JPH09504950A - 核酸検出用ハイブリダイゼーションプローブ、共通ステム、方法およびキット - Google Patents
核酸検出用ハイブリダイゼーションプローブ、共通ステム、方法およびキットInfo
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1. 検出温度を含む所定のアッセイ条件下で、所定の核酸標的配列を含む少な くとも一つの核酸鎖を検出するためのラベルされたユニタリープローブであって 、 10から約140ヌクレオチドを有し、5’末端と3’末端とを備えかつ標的 配列に相補的である一本鎖標的相補配列と、 前記5’末端に隣接かつ共有結合した5’腕配列と、前記3’末端に隣接かつ 共有結合した3’腕配列とからなり、長さが3から25ヌクレオチドであって、 所定のアッセイ条件下の前記検出温度以上の融解温度を備えたステム二重鎖と、 前記5’腕配列の近くでプローブに結合した第一ラベル分子と、該第一ラベル 分子に近接しかつ前記3’腕配列の近くでプローブに結合した第二ラベル分子を 含む少なくとも一つのラベルペアとを含み、 前記プローブは、前記標的配列の存在しない前記所定のアッセイ条件下で、そ のレベルが前記第一ラベル分子及び第二ラベル分子の相互作用の度合いに応じた 特徴的なシグナルを有し、前記シグナルは前記融解温度より10℃低いところで 第一レベル、前記融解温度より10℃高いところで第二レベル、かつ前記検出温 度において第三レベルを備え、 検出温度における所定のアッセイ条件下かつ過剰の前記標的配列の存在下にお いて、標的配列に対する標的相補配列のハイブリダイゼーションが、前記特徴的 なシグナルのレベルを、前記第三レベルから第二レベル方向に、第一レベルと第 二レベルとの間の差異の少なくとも10パーセント変えるプローブ。 2. 前記ユニタリープローブが単一分子プローブである請求項1記載のプロー ブ。 3. 前記ユニタリープローブが、前記5’末端を含む前記標的相補配列の約半 分、5’腕配列及び第一ラベル分子を含む第一分子と、前記3’末端を含む前記 標的相補配列の約半分、3’腕配列及び第二ラベル分子を含む第二分子とからな る二分子プローブである、請求項1記載のプローブ。 4. 前記少なくとも一つのラベルペアがFRETペアである請求項1記載のプ ローブ。 5. 前記溶解温度が前記検出温度より少なくとも5℃高いクレーム1記載のプ ローブ。 6. 前記少なくとも一つのラベルペアがFRETペアである請求項5記載のプ ローブ。 7. 請求項6記載の単一分子プローブ。 8. 前記5’及び3’腕配列が前記標的相補配列に直接的に隣接している請求 項6記載のプローブ。 9. 請求項8記載の単一分子プローブ。 10. 前記第一及び第二ラベル分子が前記単一プローブに共有結合している、 請求項6記載のプローブ。 11. 請求項10記載の単一分子プローブ。 12. 前記融解温度が前記検出温度より少なくとも10℃高い請求項6記載の プローブ。 13. 請求項12記載の単一分子プローブ。 14. 前記FRETペアが蛍光剤と消光剤である請求項6記載のプローブ。 15. 請求項14記載の単一分子プローブ。 16. 前記FRETペアがEDANSとDABCYLである請求項7記載のプ ローブ。 17. 前記5’及び3’腕配列が、前記標的相補配列に直接的に共有結合して いる請求項1記載のプローブ。 18. 請求項17記載の単一分子プローブ。 19. 少なくとも一つの前記5’及び3’腕配列が、標的配列を含む核酸鎖に 少なくとも部分的に相補的である請求項1記載のプローブ。 20. 請求項19記載の単一分子プローブ。 21. 5’及び3’腕配列のいずれも、少なくとも3ヌクレオチドの隣接した 相補配列を有する請求項1記載のプローブ。 22. 請求項21記載の単一分子プローブ。 23. プローブ配列が、DNA、RNA及びDNAとRNAとの混合物からな る群から選択される、請求項1記載のプローブ。 24. 前記第一ラベル分子及び第二ラベル分子が、前記ユニタリープローブに 共有結合している請求項1記載のプローブ。 25. 前記第一ラベル分子及び第二ラベル分子が、アルキルスペーサーを介し て共有結合している、請求項24記載のプローブ。 26. 請求項25記載の単一分子プローブ。 27. 固体表面に繋がれた、請求項1記載のプローブ。 28. 請求項27記載の単一分子プローブ。 29. 前記融解温度が前記検出温度より少なくとも5℃高く、前記5’及び3 ’腕配列が前記標的相補配列に直接的に共有結合しており、前記第一ラベル分子 及び第二ラベル分子が前記5’及び3’腕配列に共有結合しており、前記少なく とも一つのラベルペアが蛍光剤及び消光剤である、請求項1記載のプローブ。 30. 請求項29記載の単一分子プローブ。 31. 固体支持体に繋がれた請求項29記載のプローブ。 32. 請求項31記載の単一分子プローブ。 33. 前記標的相補配列が、20ないし60ヌクレオチドを有する請求項29 記載のプローブ。 34. 請求項33記載の単一分子プローブ。 35. 固体支持体に繋がれた請求項34記載のプローブ。 36. 所定の核酸ハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、所定の標的配列 を含む少なくとも一つの核酸標的を検出するためのユニタリーハイブリダイゼー ションプローブであって、該プローブは閉じた形態及び開いた形態を呈すること ができ、 a)5’末端と3’末端とを備える、前記所定の核酸標的配列に相補的な10 ないし約140ヌクレオチドの標的相補配列、 b)前記5’末端に共有結合した第一親和性分子と前記3’末端に共有結合し た第二親和性分子とを有し、前記核酸標的が存在しない前記所定のアッセイ条件 下で前記プローブを閉じた形態に保持するのに十分に相互作用する親和性ペア、 および c)前記プローブに前記第一親和性分子の近くで結合した第一ラベル分子と、 前記プローブに前記第二親和性分子の近くで結合した第二ラベル分子とを備え、 前記プローブが閉じた形態にあるときにこれらのラベル分子の少なくとも一つの 測定可能な特徴に影響するように相互作用するラベルペア を含み、 所定のアッセイにおける前記標的配列に対する前記標的相補配列のハイブリダ イゼーションにより、前記プローブが、前記ラベル分子が上記のように相互作用 しない開いた形態を呈するプローブ。 37. 前記ユニタリープローブが単一分子プローブである、請求項36記載の プローブ。 38. 前記ユニタリープローブが、前記5’末端を含む前記標的相補配列の約 半分、5’第一親和性分子及び第一ラベル分子を含む第一分子と、前記3’末端 を含む前記標的相補配列の約半分、第二親和性分子及び第二ラベル分子を含む第 二分子とからなる二分子プローブである、請求項36記載のプローブ。 39. 前記第一ラベル分子が前記第一親和性分子に結合し、前記第二ラベル分 子が前記第二親和性分子に結合している、請求項36記載のプローブ。 40. 請求項39記載の単一分子プローブ。 41.前記親和性ペアが、長さが3ないし25ヌクレオチドの相補的オリゴヌク レオチドの腕配列を有する請求項36記載のプローブ。 42. 前記第一ラベル分子が前記第一親和性分子に共有結合しており、前記第 二ラベル分子が前記第二親和性分子に共有結合している、請求項41記載のプロ ーブ。 43. 請求項42記載の単一分子プローブ。 44. 前記ラベルペアがFRETペアを含む請求項39記載のプローブ。 45. 請求項44記載の単一分子プローブ。 46. 前記親和性ペアが、抗体及び抗原を含む請求項36記載のプローブ。 47. 固体表面に繋がれた請求項36記載のプローブ。 48. 請求項47記載の単一分子プローブ。 49. 共通ステムが、 3’末端に第一の共有結合性反応基を備え、かつ、その3’末端以外の位置に 第一ラベルペアの少なくとも一つの第一ラベル分子が結合した、5ないし20ヌ クレオチドの第一オリゴヌクレオチド、および 前記第一オリゴヌクレオチドに相補的で、5’末端に第二の共有結合性反応基 を備え、かつ、その5’末端以外の位置に前記第一ラベルペアの少なくとも一つ の第二ラベル分子が結合し、前記オリゴヌクレオチドが互いにハイブリダイズす ると前記ラベル分子が近接する、5ないし20ヌクレオチドの第二オリゴヌクレ オチドを含み、 前記第一及び第二ラベル分子が、互いに近接していない場合との違いを検出で きる程度まで近接した際に、前記第一ラベルペアの少なくとも一つのラベル分子 が、他方の物理学的に測定可能な特徴に影響する共通ステム。 50. 前記第一及び第二オリゴヌクレオチドが、DNA、RNA及びDNAと RNAとの混合物からなる群から選択される、請求項49記載の共通ステム。 51. 前記第一の共有結合性反応基及び第二の共有結合性反応基が、ヒドロキ シル基、リン酸基、スルフヒドリル基、アミノ基、アルキルリン酸基、アルキル アミノ基およびヒドロキシアルキル基からなる群からそれぞれ選択される、請求 項50記載の共通ステム。 52. 前記第一及び第二オリゴヌクレオチドが、少なくとも3ヌクレオチドの 隣接する相補配列を含む請求項49記載の共通ステム。 53. 前記第一ラベルペアがFRETペアである請求項49記載の共通ステム 。 54. 前記第一および第二オリゴヌクレオチドが互いにハイブリダイズして、 5’末端および3’末端の一方が少なくとも2ヌクレオチドだけ他方より長く伸 びたリゲートし得る突出部を与える、請求項49記載の共通ステム。 55. 前記第一ラベルペアがFRETペアである請求項54記載の共通ステム 。 56. 前記第一および第二オリゴヌクレオチドが、一組の容器に別々に収容さ れる請求項49記載の共通ステム。 57. 前記第一および第二オリゴヌクレオチドの一方が、固体表面に繋がれる 請求項49記載の共通ステム。 58. 請求項49記載の共通ステム、および前記ステムに請求項1記載の標的 相補配列を共有結合させるのに十分な情報を含む、共通ステムを用いて請求項1 記載の少なくとも一つのプローブを作成するためのキット。 59. 前記共通ステムの第一ラベルペアがFRETペアである請求項58記載 のキット。 60. 前記共通ステムの第一および第二オリゴヌクレオチドが、別々に収容さ れている請求項58記載のキット。 61. 前記情報が、第一オリゴヌクレオチドに、3’末端を含む請求項1記載 の標的相補配列の約半分を含む第一核酸鎖を共有結合させ、かつ、第二オリゴヌ クレオチドに、5’末端を含む前記標的相補配列の約半分を含む第二核酸鎖を共 有結合させるのに十分である、請求項60記載のキット。 62. 前記第一および第二オリゴヌクレオチドの一方が固体表面に繋がれてい る請求項61記載のキット。 63. 前記ステムの第一および第二オリゴヌクレオチドが互いにハイブリダイ ズして、5’末端および3’末端の一方が少なくとも2ヌクレオチドだけ他方よ り長く伸びたリゲートし得る突出部を与え、かつ、前記情報が、前記突出部に相 補的であって請求項1記載の標的相補配列を含む自発的にハイブリダイズし得る 一本鎖を前記ステムにリゲートするのに十分である、請求項49記載の共通ステ ム。 64. 所定のアッセイ条件下で異なる融解温度を備えた、少なくとも2つのス テムを含む請求項63記載のキット。 65. 前記ステムが共通する第一または第二オリゴヌクレオチドを有する請求 項64記載のキット。 66. 前記共通ステムの第一ラベルペアがFRETペアである請求項63記載 のキット。 67. 前記ステムの前記第一および第二オリゴヌクレオチドが、少なくとも3 ヌクレオチドの隣接する相補配列を含む請求項63記載のキット。 68. 前記第一および第二オリゴヌクレオチドが固体表面に繋がれている請求 項63記載のキット。 69. 検出温度を含む所定のアッセイ条件下で、所定の標的配列を含む少なく とも一つの核酸鎖を検出するためのアッセイであって、 前記所定のアッセイ条件下で請求項1記載のユニタリープローブをサンプルに 添加し、かつ、 前記検出温度における前記特徴的シグナルのレベルの変化を調べることを含む アッセイ。 70. 前記調べる段階が測定を含む請求項69記載のアッセイ。 71. 請求項70記載のリアルタイムアッセイ。 72. 請求項69記載のリアルタイムアッセイ。 73. 調べる段階が、時間の関数の測定を含む請求項70記載のアッセイ。 74. 前記所定のアッセイ条件下で請求項1記載のプローブを標的のないコン トロールに添加する工程と、前記コントロールのレベル変化を測定する工程とを さらに含み、前記調べる段階が前記コントロールのレベル変化と前記サンプルの レベル変化との間の差異を算定することを含む、請求項70記載のアッセイ。 75. 標的を含まないコントロールに請求項1記載のプローブを添加する工程 をさらに含む請求項69記載のアッセイ。 76. 前記プローブが請求項3記載の二分子プローブであり、アッセイが前記 プローブの融解温度以下で完全に行われる、請求項69記載のアッセイ。 77. 前記プローブの融解温度が前記検出温度より少なくとも5℃高く、前記 5’および3’腕配列が前記標的相補配列に直接的に共有結合しており、前記第 一および第二ラベル分子が前記5’および3’腕配列に共有結合しており、前記 少なくとも一つのラベルペアが蛍光剤および消光剤である、請求項69記載のア ッセイ。 78. 請求項77記載のリアルタイムアッセイ。 79. 前記プローブが請求項3記載の二分子プローブであり、アッセイが前記 プローブの融解温度以下で完全に行われる、請求項77記載のアッセイ。 80. 調べる段階が定量的である請求項69記載のアッセイ。 81. 前記プローブが単一分子プローブである請求項69記載のアッセイ。 82. 調べる段階が定量的である請求項81記載のアッセイ。 83. 標的を含まないコントロールに請求項2記載の前記単一分子プローブを 添加する段階をさらに含む、請求項81記載のアッセイ。 84. 前記プローブの融解温度が前記検出温度より少なくとも5℃高く、前記 5’および3’腕配列が前記標的相補配列に直接的に共有結合しており、前記第 一および第二ラベル分子が前記5’および3’腕配列に共有結合しており、前記 少なくとも一つのラベルペアが蛍光剤および消光剤である、請求項81記載のア ッセイ。 85. 前記核酸標的配列が増幅反応の産物であり、サンプルへの前記プローブ の添加段階を前記増幅反応の完了前に行う、請求項81記載のアッセイ。 86. 陰性コントロールに前記プローブを添加する工程をさらに含み、この工 程を前記陰性コントロールにおける前記増幅反応の完了前に行う、請求項85記 載のアッセイ。 87. 請求項86記載のリアルタイムアッセイ。 88. 前記調べる工程が、前記コントロールのレベル変化と前記サンプルのレ ベル変化との間の差異を算定することを含む請求項87記載のアッセイ。 89. 前記調べる工程が、前記増幅反応の間中反復して測定することを含む、 請求項85記載のアッセイ。 90. 前記プローブの融解温度が前記検出温度より少なくとも5℃高く、前記 5’および3’腕配列が前記標的相補配列に直接的に共有結合しており、前記第 一および第二ラベル分子が前記5’および3’腕配列に共有結合しており、前記 少なくとも一つのラベルペアが蛍光剤および消光剤である、請求項89記載のア ッセイ。 91. 前記増幅反応がRNAポリメラーゼによるRNAレポーターの増幅であ る請求項85記載のアッセイ。 92. 前記増幅反応がPCR反応である請求項85記載のアッセイ。 93. 前記増幅反応がSDA反応である請求項85記載のアッセイ。 94. 前記ラベルペアがFRETペアである請求項85記載のアッセイ。 95. 請求項1記載の前記プローブが固体表面に繋がれている請求項69記載 のアッセイ。 96. 異なる標的相補配列を有し、同一の支持体表面に所定の位置で結合され た本発明にかかる少なくとも一つの付加の繋がれたプローブを含む請求項95記 載のアッセイ。 97. 所定のアッセイ条件下で請求項36記載のユニタリープローブをサンプ ルに添加する工程、および前記測定し得る特徴のレベル変化を調べる工程を含む 、所定の標的配列を含有する少なくとも一つの核酸標的を検出するためのアッセ イ。 98. 前記調べる工程が測定することを含む請求項97記載のアッセイ。 99. 前記測定が、基準と視覚的に比較することを含む請求項98記載のアッ セイ。 100. 前記核酸標的が増幅反応の産物であり、前記プローブが単一分子であ る請求項97記載のアッセイ。 101. 前記プローブの添加工程を前記増幅反応が完了する前に行う請求項1 00記載のアッセイ。 102. 請求項1記載のプローブおよびアッセイを行うための説明を含む請求 項69記載のアッセイを行うためのキット。 103. 塩類、バッファー類、ヌクレアーゼ阻害剤類、制限酵素類および変性 剤からなる群から選択された一つ以上の試薬をさらに含む請求項102記載のキ ット。 104. プライマー類、ヌクレオチド類、ポリメラーゼ類およびポリメラーゼ の鋳型類からなる群から選択された一つ以上の成分を含む請求項102記載の増 幅キット。 105. プローブが単一分子である請求項102記載の増幅キット。 106. 浸透剤類、リポソーム前駆体類およびカウンター染料類からなる群か ら選択された一つ以上の成分を含む請求項102記載の生体染色アッセイキット 。 107. 固定化剤類、脱水素剤類、プロテアーゼ類、カウンター染料類および 界面活性剤類からなる群から選択された一つ以上の成分を含む請求項102記載 のin situアッセイキット。 108. 前記プローブが繋がれたプローブである請求項102記載のフィール ドキット。 109. 異なる標的相補配列を有し、同一の支持体表面に所定の位置で結合さ れた本発明にかかる少なくとも一つの付加の繋がれたプローブを含む請求項95 記載のアッセイ。 110. 本発明に係る陽性コントロールプローブを含む請求項108記載のキ ット。 111. 前記プローブが単一分子である請求項108記載のキット。
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Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002507719A (ja) * | 1997-11-29 | 2002-03-12 | イギリス国 | 核酸増幅のモニター及び検出のための蛍光定量法 |
JP2003522119A (ja) * | 1999-05-24 | 2003-07-22 | インビトロジェン コーポレイション | 標識されたオリゴヌクレオチドの脱ブロック化方法 |
JP2004512498A (ja) | 2000-07-07 | 2004-04-22 | リー,エレン | ディップスティック検定における改良型検出シグナルおよび捕捉 |
WO2006049297A1 (ja) * | 2004-11-08 | 2006-05-11 | Riken | 新規なヌクレオシド若しくはヌクレオチド誘導体及びその利用 |
JP2009291202A (ja) * | 2001-09-04 | 2009-12-17 | Abbott Lab | Hiv−1の増幅及び検出試薬 |
JP2021531024A (ja) * | 2018-07-24 | 2021-11-18 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン | 分子内動力学的プローブ |
Families Citing this family (73)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7081226B1 (en) | 1996-06-04 | 2006-07-25 | University Of Utah Research Foundation | System and method for fluorescence monitoring |
US7273749B1 (en) | 1990-06-04 | 2007-09-25 | University Of Utah Research Foundation | Container for carrying out and monitoring biological processes |
US6576419B1 (en) | 1993-07-23 | 2003-06-10 | University Of Utah Research Foundation | Assay procedure using fluorogenic tracers |
US5925517A (en) * | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
JP4040087B2 (ja) | 1995-05-05 | 2008-01-30 | アプレラ コーポレイション | Pcr増幅とハイブリダイゼーションプロービングアッセイとを組み合わせた方法およびそのための試薬 |
WO1997032044A1 (en) * | 1996-03-01 | 1997-09-04 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | A method for the amplification and detection of a nucleic acid fragment of interest |
CA2252048C (en) * | 1996-04-12 | 2008-03-11 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detection probes, kits and assays |
US5955268A (en) * | 1996-04-26 | 1999-09-21 | Abbott Laboratories | Method and reagent for detecting multiple nucleic acid sequences in a test sample |
PT912766E (pt) | 1996-06-04 | 2009-07-16 | Univ Utah Res Found | Monitorização da hibridização durante a pcr |
JP4281877B2 (ja) * | 1996-06-04 | 2009-06-17 | ユニバーシティ オブ ユタ リサーチ ファウンデーション | 生物学的プロセスを実行し且つモニタリングするためのシステムと方法 |
US6117635A (en) * | 1996-07-16 | 2000-09-12 | Intergen Company | Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon |
GB9715522D0 (en) * | 1997-07-24 | 1997-10-01 | Zeneca Ltd | Assays |
US5935791A (en) * | 1997-09-23 | 1999-08-10 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acids by fluorescence quenching |
US6485901B1 (en) | 1997-10-27 | 2002-11-26 | Boston Probes, Inc. | Methods, kits and compositions pertaining to linear beacons |
ATE478090T1 (de) | 1997-10-27 | 2010-09-15 | Boston Probes Inc | SICH AUF ßPNA MOLECULAR BEACONSß BEZIEHENDE VERFAHREN, TESTSÄTZE UND ZUSAMMENSETZUNGEN |
GB9804355D0 (en) * | 1998-03-03 | 1998-04-22 | Zeneca Ltd | Method |
DE19811731A1 (de) | 1998-03-18 | 1999-09-23 | November Ag Molekulare Medizin | Verfahren zum Nachweis einer Nukleotidsequenz |
US6361942B1 (en) | 1998-03-24 | 2002-03-26 | Boston Probes, Inc. | Method, kits and compositions pertaining to detection complexes |
US6468743B1 (en) | 1998-05-18 | 2002-10-22 | Conagra Grocery Products Company | PCR techniques for detecting microbial contaminants in foodstuffs |
GB9812768D0 (en) | 1998-06-13 | 1998-08-12 | Zeneca Ltd | Methods |
EP1092047B1 (en) | 1998-07-02 | 2009-08-26 | Gen-Probe Incorporated | Molecular torches |
US6037130A (en) * | 1998-07-28 | 2000-03-14 | The Public Health Institute Of The City Of New York, Inc. | Wavelength-shifting probes and primers and their use in assays and kits |
US6440706B1 (en) | 1999-08-02 | 2002-08-27 | Johns Hopkins University | Digital amplification |
GB2359625B (en) | 1999-12-10 | 2004-10-20 | Molecular Light Tech Res Ltd | Monitoring oligonucleotide binding process using chemiluminescence quenching |
CA2393844A1 (en) * | 1999-12-14 | 2001-06-21 | Genovo, Inc. | Methods and compositions for the manufacture of replication incompetent adenovirus |
US6346384B1 (en) * | 2000-03-27 | 2002-02-12 | Dade Behring Inc. | Real-time monitoring of PCR using LOCI |
US6936443B2 (en) | 2000-04-03 | 2005-08-30 | Cytyc Corporation | Detection and typing of human papillomavirus using PNA probes |
EP1294939B1 (en) | 2000-04-03 | 2010-01-27 | Cytyc Corporation | Detection and typing of human papillomavirus using pna probes |
CN1348096A (zh) * | 2000-10-10 | 2002-05-08 | 栾国彦 | 一种均相特异性检测核酸的探针及应用方法 |
WO2002034947A2 (en) * | 2000-10-24 | 2002-05-02 | Intergen Company | Detecting specific nucleotide sequences |
US20020102557A1 (en) * | 2001-01-31 | 2002-08-01 | Gentile-Davey Maria C. | Self -complementary molecular probe |
US20020142336A1 (en) * | 2001-02-02 | 2002-10-03 | Genome Therapeutics Corporation | Methods for determining a nucleotide at a specific location within a nucleic acid molecule |
CA2424614A1 (en) * | 2001-03-27 | 2003-04-02 | National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology | Novel nucleic acid probe and novel method of assaying nucleic acids using the same |
US20030082547A1 (en) | 2001-08-27 | 2003-05-01 | Ewing Gregory J. | Non-fluorescent quencher compounds and biomolecular assays |
ES2282599T3 (es) | 2002-01-07 | 2007-10-16 | Norchip A/S | Metodo para detectar arnm del virus del papiloma humano. |
CA2486420C (en) * | 2002-06-14 | 2014-04-15 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods for detecting hepatitis b virus |
EP1403382A3 (en) * | 2002-08-06 | 2004-05-06 | Roche Diagnostics GmbH | Improved fluorescent resonance energy transfer probes |
EP1431398A1 (en) | 2002-12-20 | 2004-06-23 | Evotec OAI AG | A method for detecting in a mixture an amount of analytes |
GB0317592D0 (en) | 2003-07-26 | 2003-08-27 | Astrazeneca Ab | Method |
WO2005012548A2 (en) * | 2003-08-01 | 2005-02-10 | Dynal Biotech Inc. | Self-hybridizing multiple target nucleic acid probes and methods of use |
WO2005052193A2 (en) * | 2003-11-19 | 2005-06-09 | Applera Corporation | Methods for determining the degradation state or concentration of nucleic acids |
WO2006002262A2 (en) | 2004-06-21 | 2006-01-05 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Genes and pathways differentially expressed in bipolar disorder and/or major depressive disorder |
US20080311571A1 (en) * | 2004-11-19 | 2008-12-18 | Wakunaga Pharmaceutical Co., Ltd. | Nucleic Acid Fragments for Detecting Nucleic Acid and Method for Detecting Nucleic Acid |
GB0510979D0 (en) * | 2005-05-28 | 2005-07-06 | Kbiosciences Ltd | Detection system for PCR assay |
CA2528222A1 (en) | 2005-10-31 | 2007-04-30 | Centre For Addiction And Mental Health | Slc1a1 marker for anxiety disorder |
DK2564864T3 (en) | 2005-11-12 | 2015-04-07 | Trustees Of The Leland Board Of | FGF-2 related methods for the diagnosis and treatment of depression |
US7759062B2 (en) | 2006-06-09 | 2010-07-20 | Third Wave Technologies, Inc. | T-structure invasive cleavage assays, consistent nucleic acid dispensing, and low level target nucleic acid detection |
FR2906532B1 (fr) | 2006-09-28 | 2008-12-12 | Biomerieux Sa | Nouvel oligonucleotide marque |
EP1911852B1 (en) * | 2006-10-12 | 2009-07-29 | Bio-Rad Pasteur | Double-stranded probes for the fluorescent detection of nucleic acids |
CN101910415B (zh) | 2007-11-07 | 2015-02-25 | 不列颠哥伦比亚大学 | 微流体装置及其使用方法 |
FR2933410B1 (fr) | 2008-07-04 | 2010-08-20 | Biomerieux Sa | Nouvelle sonde de detection |
DE102010012421B4 (de) | 2009-03-23 | 2023-04-20 | Vermicon Ag | Verfahren zum spezifischen Nachweis von Mikroorganismen |
WO2010112033A2 (en) | 2009-03-31 | 2010-10-07 | Østjysk Innovation A/S | Method for estimating the risk of having or developing multiple sclerosis using sequence polymorphisms in a specific region of chromosome x |
US8355927B2 (en) | 2010-11-05 | 2013-01-15 | Genomind, Llc | Neuropsychiatric test reports |
JP5334136B2 (ja) | 2009-09-09 | 2013-11-06 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | 電気化学分子認識プローブ及びそれを用いた分子認識センサ並びにそれらを用いた電気化学的検出方法 |
EP2561090A1 (en) | 2010-04-21 | 2013-02-27 | Erik Berntorp | Genetic factors associated with inhibitor development in hemophilia a |
WO2012052758A1 (en) | 2010-10-22 | 2012-04-26 | Astrazeneca Ab | Response biomarkers for iap antagonists in human cancers |
JP5958034B2 (ja) | 2012-04-11 | 2016-07-27 | 富士レビオ株式会社 | 分子ビーコン型プローブを用いた標的核酸の検出方法 |
US20150218625A1 (en) * | 2012-09-17 | 2015-08-06 | Brandeis University | Combination of dsdna binding dye and probes for characterization of ssdna sequences |
EP2722399A1 (en) | 2012-10-18 | 2014-04-23 | Roche Diagniostics GmbH | Method for preventing high molecular weight products during amplification |
US9816120B2 (en) * | 2013-01-09 | 2017-11-14 | The Penn State Research Foundation | Low sequence bias single-stranded DNA ligation |
MX2016000997A (es) | 2013-07-25 | 2016-04-19 | Dch Molecular Diagnostics Inc | Metodos y composiciones para detectar contaminacion bacteriana. |
EP3058106B1 (en) | 2013-10-17 | 2019-02-27 | Centre for Addiction and Mental Health | Genetic markers for antipsychotic induced weight gain and methods for use thereof |
RU2016134406A (ru) | 2014-01-24 | 2018-03-01 | Лэм Терапьютикс, Инк. | Композиции апилимода и способы их применения |
WO2015127557A1 (en) | 2014-02-28 | 2015-09-03 | Centre For Addiction And Mental Health | Compositions and methods for the treatment and prevention of antipsychotic medication-induced weight gain |
EP3581184B1 (en) | 2014-11-07 | 2021-02-24 | AI Therapeutics, Inc. | Apilimod for use in the treatment of renal cancer |
US9957393B2 (en) | 2015-03-30 | 2018-05-01 | Enzo Biochem, Inc. | Monoazo dyes with cyclic amine as fluorescence quenchers |
US10443095B2 (en) | 2016-08-02 | 2019-10-15 | Roche Molecular Systems, Inc. | Helper oligonucleotide for improved efficiency of amplification and detection/quantitation of nucleic acids |
AU2018341571A1 (en) | 2017-09-27 | 2020-04-23 | AI Therapeutics, Inc. | Therapeutic methods relating to HSP90 inhibitors |
SG11202108788TA (en) * | 2019-02-12 | 2021-09-29 | 10X Genomics Inc | Methods for processing nucleic acid molecules |
GB201915346D0 (en) | 2019-06-21 | 2019-12-04 | Lumiradx Tech Ltd | Improvements in or relating to nicking enzymes |
AR119934A1 (es) | 2019-09-12 | 2022-01-19 | Ai Therapeutics Inc | Inhibidores de pikfyve para terapia contra el cáncer |
EP4162068A4 (en) * | 2020-06-04 | 2024-10-02 | Logicink Corp | MULTIPLE DETECTION OF NUCLEIC ACID MARKERS AND SMALL MOLECULES |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPS62157570A (ja) * | 1985-12-23 | 1987-07-13 | シンジーン・インコーポレイテッド | 標的一本鎖ポリヌクレオチド配列を検出するための分光学的方法およびそれに用いるプローブ |
JPS62240864A (ja) * | 1986-02-19 | 1987-10-21 | エンゾ− バイオケム インコ−ポレイテツド | エネルギ−伝達による分析物検出 |
JPS62244399A (ja) * | 1986-01-10 | 1987-10-24 | アモコ・コ−ポレ−シヨン | 競合的均質検定法 |
WO1990003446A1 (en) * | 1988-09-30 | 1990-04-05 | Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Nucleic acid probes containing improved molecular switch, and assays and kits incorporating same |
JPH03172196A (ja) * | 1989-11-03 | 1991-07-25 | Abbott Lab | 蛍光発生基質およびそれを用いたタンパク質分解酵素の検出方法 |
JPH05123195A (ja) * | 1991-10-30 | 1993-05-21 | Hitachi Ltd | 核酸のホモジニアス検定法 |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA1190838A (en) | 1981-07-17 | 1985-07-23 | Cavit Akin | Homogeneous nucleic acid hybridization diagnostics by non-radiative energy transfer |
US4766062A (en) | 1984-05-07 | 1988-08-23 | Allied Corporation | Displacement polynucleotide assay method and polynucleotide complex reagent therefor |
US4822733A (en) | 1985-05-28 | 1989-04-18 | Amoco Corporation | Lifetime-resolved assay procedures |
WO1992014845A1 (en) * | 1991-02-26 | 1992-09-03 | Worcester Foundation For Experimental Biology | Diagnosing cystic fibrosis and other genetic diseases using fluorescence resonance energy transfer (fret) |
EP0601889A2 (en) * | 1992-12-10 | 1994-06-15 | Maine Medical Center Research Institute | Nucleic acid probes |
-
1994
- 1994-11-14 PT PT95904104T patent/PT728218E/pt unknown
- 1994-11-14 ES ES07075511T patent/ES2386007T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1994-11-14 DK DK07075511.1T patent/DK1921169T3/da active
- 1994-11-14 AT AT95904104T patent/ATE382708T1/de not_active IP Right Cessation
- 1994-11-14 EP EP10184995A patent/EP2423322A1/en not_active Withdrawn
- 1994-11-14 PT PT07075511T patent/PT1921169E/pt unknown
- 1994-11-14 AT AT07075511T patent/ATE545711T1/de active
- 1994-11-14 JP JP51407995A patent/JP4071277B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1994-11-14 CA CA002176348A patent/CA2176348C/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-11-14 AU AU12921/95A patent/AU697841B2/en not_active Expired
- 1994-11-14 EP EP07075511A patent/EP1921169B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-11-14 WO PCT/US1994/013415 patent/WO1995013399A1/en active IP Right Grant
- 1994-11-14 EP EP95904104A patent/EP0728218B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-11-14 DE DE69435060T patent/DE69435060T2/de not_active Expired - Lifetime
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPS62157570A (ja) * | 1985-12-23 | 1987-07-13 | シンジーン・インコーポレイテッド | 標的一本鎖ポリヌクレオチド配列を検出するための分光学的方法およびそれに用いるプローブ |
JPS62244399A (ja) * | 1986-01-10 | 1987-10-24 | アモコ・コ−ポレ−シヨン | 競合的均質検定法 |
JPS62240864A (ja) * | 1986-02-19 | 1987-10-21 | エンゾ− バイオケム インコ−ポレイテツド | エネルギ−伝達による分析物検出 |
WO1990003446A1 (en) * | 1988-09-30 | 1990-04-05 | Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Nucleic acid probes containing improved molecular switch, and assays and kits incorporating same |
JPH03172196A (ja) * | 1989-11-03 | 1991-07-25 | Abbott Lab | 蛍光発生基質およびそれを用いたタンパク質分解酵素の検出方法 |
JPH05123195A (ja) * | 1991-10-30 | 1993-05-21 | Hitachi Ltd | 核酸のホモジニアス検定法 |
Cited By (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002507719A (ja) * | 1997-11-29 | 2002-03-12 | イギリス国 | 核酸増幅のモニター及び検出のための蛍光定量法 |
JP2003522119A (ja) * | 1999-05-24 | 2003-07-22 | インビトロジェン コーポレイション | 標識されたオリゴヌクレオチドの脱ブロック化方法 |
US8093372B2 (en) | 1999-05-24 | 2012-01-10 | Life Technologies Corporation | Method for deblocking of labeled oligonucleotides |
US8524882B2 (en) | 1999-05-24 | 2013-09-03 | Life Technologies Corporation | Method for deblocking of labeled oligonucleotides |
US9085797B2 (en) | 1999-05-24 | 2015-07-21 | Life Technologies Corporation | Method for deblocking of labeled oligonucleotides |
JP2004512498A (ja) | 2000-07-07 | 2004-04-22 | リー,エレン | ディップスティック検定における改良型検出シグナルおよび捕捉 |
JP2009291202A (ja) * | 2001-09-04 | 2009-12-17 | Abbott Lab | Hiv−1の増幅及び検出試薬 |
WO2006049297A1 (ja) * | 2004-11-08 | 2006-05-11 | Riken | 新規なヌクレオシド若しくはヌクレオチド誘導体及びその利用 |
JPWO2006049297A1 (ja) * | 2004-11-08 | 2008-05-29 | 独立行政法人理化学研究所 | 新規なヌクレオシド若しくはヌクレオチド誘導体及びその利用 |
US7960543B2 (en) | 2004-11-08 | 2011-06-14 | Riken | Nucleoside or nucleotide derivative and use thereof |
JP2021531024A (ja) * | 2018-07-24 | 2021-11-18 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン | 分子内動力学的プローブ |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
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DE69435060T2 (de) | 2009-01-02 |
EP1921169A1 (en) | 2008-05-14 |
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Diaz | Design and optimization of nucleic acid probes for intracellular imaging and biosensor development |
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