JP7125782B2 - Rna修飾を利用した分析・診断法 - Google Patents
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Description
(項目A1) 対象における少なくとも1種類のRNA上の修飾情報<RNA mod>を取得するステップと、該修飾情報に基づいて該対象の状態を分析するステップと
を含む、対象の状態を分析する方法。
(項目A2) 前記RNAはマイクロRNAを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A3) 前記修飾はメチル化を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A3-1) 前記修飾はヌクレオシド上のメチル化を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A3-2) 前記修飾は核酸塩基上のメチル化を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A4) 前記RNA上の修飾はマイクロRNAのメチル化を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A4-1) 前記RNA上の修飾情報はマイクロRNAのヌクレオシド上のメチル化を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A4-2) 前記RNA上の修飾情報はマイクロRNAの核酸塩基上のメチル化を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A5) 前記修飾がm6Aである、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A6) 前記修飾情報が修飾位置情報を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A7) 前記修飾情報が修飾されたRNAの量の情報を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(状態)
(項目A8) 前記状態が、医学的状態または生物学的状態である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A9) 前記状態が、前記対象における微生物(例えば、腸内細菌、表皮細菌)の状態である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A10) 前記生物学的状態が、老化または細胞の分化状態である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A11) 前記医学的状態が、がん、炎症性腸疾患または腸管免疫を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A12) 前記がんが、膵臓がん(例えば、早期膵臓がん)、肝臓がん、胆嚢がん、胆道がん、胃がんおよび大腸がんのうちの少なくとも1つを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A13) 前記状態が、前記対象の薬剤または処置に対する応答性である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(薬剤、処置)
(項目A14) 前記処置が、放射線処置または手術である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A15) 前記処置が、重粒子線(例えば、Carbon/HIMAC)またはX線による処置である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A16) 前記薬剤が、抗がん剤、分子標的薬、抗体医薬、生物製剤(例えば、核酸、タンパク質)、または抗生物質である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A17) 前記薬剤が、ロンサーフ(TAS102)、ゲムシタビン、CDDP、5-FU、セツキシマブ、核酸医薬またはヒストン脱メチル化酵素阻害剤である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A18) 前記薬剤が抗がん剤であり、前記応答性が、前記対象が該抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A19) 前記応答性に基づいて、前記対象を処置するための薬剤および/または前記対象に対する処置が示される、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A20) 複数の薬剤についての前記応答性に基づいて、該複数の薬剤の中から前記状態を処置するための薬剤が示される、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A21) 前記分析は、前記薬剤の投与または前記処置の前後の前記対象における前記修飾情報の比較に基づく、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(周辺情報)
(項目A22) 前記対象の年齢、性別、人種、家系情報、病歴、治療歴、喫煙状態、飲酒状態、職業情報、生活環境情報、疾患マーカー情報、核酸情報(前記対象における細菌の核酸情報を含む)、代謝物情報、タンパク質情報、腸内細菌情報、表皮細菌情報およびこれらのいずれかの組み合わせからなる群から選択される少なくとも1つの情報にさらに基づいて、前記対象の前記状態を分析するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A23) 前記核酸情報が、ゲノム情報、エピゲノム情報、トランスクリプトームの発現量情報、RIPシークエンシング情報、マイクロRNAの発現量情報およびこれらのいずれかの組み合わせからなる群から選択される、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A24) 前記RIPシークエンシング情報が、薬剤耐性ポンプP-糖蛋白のRIPシークエンシング情報を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A25) 前記RIPシークエンシング情報が、前記対象の糞便のRIPシークエンシング情報を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A26) 前記RIPシークエンシング情報が、前記対象の糞便中の大腸菌のRIPシークエンシング情報を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(修飾情報についての付加的情報)
(項目A27-1) 薬剤または処置に対する耐性株、または該耐性株と該耐性株が由来した細胞株との組み合わせにおける前記RNA上の修飾情報にさらに基づいて、前記対象の前記状態を分析するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A27-2) 前記薬剤または処置が、ロンサーフ(TAS102)、ゲムシタビン、CDDP、5-FU、セツキシマブ、核酸医薬、ヒストン脱メチル化酵素阻害剤、あるいは重粒子線(例えば、Carbon/HIMAC)またはX線による処置を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A28) 少なくとも2000種類のRNA上の修飾情報を分析する、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A29) 複数の前記修飾情報に基づいて前記状態の確率を計算するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A30) 前記修飾情報が、同じ配列を含むRNA上の複数の修飾情報を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A31) RNAの構造情報にさらに基づいて、前記対象の前記状態を分析するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A32-1) メチル化酵素(例えば、Mettl3、Mettl14、Wtap)、脱メチル化酵素(例えば、FTO、AlkBH5)およびメチル化認識酵素(例えば、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3などのYTHドメインを持つファミリー分子)のうちの少なくとも1つがノックダウンされた生物におけるRNAの修飾情報にさらに基づいて、前記対象の前記状態を分析するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A32-2) メチル化酵素(例えば、Mettl3、Mettl14、Wtap)、脱メチル化酵素(例えば、FTO、AlkBH5)およびメチル化認識酵素(例えば、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3などのYTHドメインを持つファミリー分子)のうちの少なくとも1つの認識モチーフ情報にさらに基づいて、前記対象の前記状態を分析するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A33) 主成分解析を行うステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(試料)
(項目A34)<市販キットで得られた試料の分析ビジネス>
送付された前記対象由来の試料から前記修飾情報を取得する、上記項目のいずれか一項のいずれか一項に記載の方法。
(項目A35) 前記試料が、凍結輸送される、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A36) オンサイトで前記対象から取得された試料をオンサイトで分析する、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A37-1) 前記試料が、血液、生検試料(例えば、液体生検試料)、口腔粘膜、唾液、汗、涙、尿、糞便または皮膚表皮のうちの少なくとも1つを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A37-2) 前記RNAが、前記対象における微生物由来のRNAを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(精製)
(項目A38) 精製手段によって前記RNAを精製するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A39) 修飾RNAを精製するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A40) 前記精製手段が、前記RNAに少なくとも部分的に相補的な核酸を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A41) 前記精製手段が、抗体を含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A42) 前記抗体が、前記修飾に特異的である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A43) 前記抗体が、前記RNAに特異的である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A44) 前記抗体が、修飾された前記RNAに特異的である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A45) 前記精製手段がプレートの所定の位置に配置されている、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A46) 前記プレートの所定の位置がモンテカルロ法によって決定されている、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(測定手段)
(項目A47) PCRによって前記修飾情報を取得する、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A48) 質量分析によって前記修飾情報を取得する、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A49) MALDI-MSによって前記修飾情報を取得する、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(測定の前処理)
(項目A50) 前記RNAをブロモアセトアルデヒドまたはクロロアセトアルデヒドで処理するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目A51) 3-ヒドロキシピコリン酸を含む塗布剤を使用する、上記項目のいずれ
か一項に記載の方法。
(項目B1) 前記対象が食品である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目B2) 前記食品が肉である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目B3) 前記対象の状態が食品の品質である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目B4) 前記食品の品質が、食品の産地、年齢、加工後経過時間、加工後変性、味質、活性酸素状態、脂肪酸状態または熟成度である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目B5) 代謝物の情報にさらに基づいて、前記対象の前記状態を分析するステップを含む、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目C1) 前記状態が種の分類である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目C2) 前記状態が微生物集団における少なくとも1種の微生物の種の分類である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目C3) 前記状態が麹の種の分類である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目D1) RNAの修飾情報に基づいて、対象の状態を判定するためのシステムであって、
RNAの修飾状態を測定する測定部と
該測定の結果に基づいてRNA上の修飾状態を計算する計算部と、
該修飾状態に基づいて該対象の状態を分析・判定する分析・判定部と
を含む、システム。
(項目D2) 前記測定部が、質量分析計である、上記項目のいずれか一項に記載のシステム。
(項目D3) 前記測定部が、MALDI-MSである、上記項目のいずれか一項に記載のシステム。
(項目D4)項目A2~A12のいずれか一項に記載の特徴を含む、上記項目のいずれか一項に記載のシステム。
(項目E1) RNAの修飾情報に基づいて対象の状態を判定するためのデバイスであって、
該デバイスは、該対象由来の試料から精製した少なくとも1種類のRNAを配置するための配置部を含み、
該配置部は、検出器によって読み取られて該少なくとも1種類のRNA上の修飾情報を提供するように構成され、
該修飾情報に基づいて、該対象の該状態が判定される、
デバイス。
(項目E2) 質量分析用である、上記項目のいずれか一項に記載のデバイス。
(項目E3) MALDI-MS用である、上記項目のいずれか一項に記載のデバイス。
(項目F1) RNAの修飾情報に基づいて対象の状態を判定するためにRNAを精製するための組成物であって、
該組成物は、該対象における少なくとも1種類のRNAを捕捉するための手段を含み、
捕捉された該RNAは、検出器によって読み取られて該RNA上の修飾情報を提供することを特徴とし、
該修飾情報に基づいて、該対象の状態が判定される、
組成物。
(項目F2) 前記手段が前記RNAと少なくとも部分的に相補的な核酸を含む、上記項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目F3) 前記手段が修飾されたRNAを捕捉するための手段である、上記項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目F4) 前記手段が修飾されたRNAに特異的な分子を含む、上記項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目F5) 前記手段が修飾された前記RNAに特異的な分子を含む、上記項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目F6) 前記分子が抗体を含む、上記項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目F7) 前記手段が磁気を帯びた担体を含む、上記項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目H1) RNAの修飾情報に基づいて対象の状態を判定するためのキットであって、
該キットは、上記項目のいずれか一項に記載の組成物および該対象から試料を取得するための機器のうち少なくとも1つと、該組成物および機器のうち少なくとも1つを使用するための説明書とを含む、キット。
(項目H2) 上記項目のいずれか一項に記載のデバイスをさらに含む、上記項目のいずれか一項に記載のキット。
(項目H3) 前記デバイスに配置されたRNA上に塗布するための塗布剤をさらに含む、上記項目のいずれか一項に記載のキット。
(項目H4) 前記塗布剤が、3-ヒドロキシピコリン酸を含む、上記項目のいずれか一項に記載のキット。
(項目H5) 前記試料の送付先が示されている、上記項目のいずれか一項に記載のキット。
(項目H6) 前記試料が、血液、液体生検試料などの生検試料、口腔粘膜、唾液、汗、涙、尿、糞便または皮膚表皮のうちの少なくとも1つを含む、上記項目のいずれか一項に記載のキット。
(項目I1) RNAの修飾情報に基づいて対象の状態を判定するためのプログラムであって、該プログラムは、該対象における少なくとも1種類のRNA上の修飾情報を、該RNAの参照修飾情報と比較するステップと、該比較するステップの出力結果に基づいて該対象の該状態を判定するステップと、を実行するように構成されている、プログラム。
(項目I2) 前記参照修飾情報が、前記対象とは異なる対象における前記RNA上の修飾情報に基づいて構成されている、上記項目のいずれか一項に記載のプログラム。
(項目I3) 前記参照修飾情報が、前記修飾情報とは別の時点で取得された前記対象における前記RNA上の修飾情報である、上記項目のいずれか一項に記載のプログラム。
(項目J1) 薬剤に対する耐性に関与するRNAの修飾情報を決定するための方法であって、該方法は、該薬剤に対して耐性を有する細胞株由来の少なくとも1種類のRNA上の修飾情報を取得するステップ、を含み、該耐性を有する細胞株と、該耐性を有する細胞株が由来した細胞株との間の前記RNA上の修飾情報を比較して、差が観察された場合に、該RNA上の該修飾情報が該薬剤に対する耐性に関与すると決定される、方法。
(項目J2) 複数のRNA上の複数の修飾情報の差の組み合わせが前記薬剤に対する耐性に関与すると決定される、上記項目のいずれか一項に記載の方法。
本明細書において、「リボ核酸(RNA)」少なくとも1つのリボヌクレオチド残基を含む分子を意味する。「リボヌクレオチド」とは、β-D-リボ-フラノース部分の2’位においてヒドロキシル基を有するヌクレオチドを意味する。RNAには、例えば、mRNA、tRNA、rRNA、lncRNA、miRNAが含まれる。
る成熟マイクロRNAは以下の表のものが挙げられる。
(RNA修飾)
本発明は、RNA上の修飾情報に基づいて対象の状態を分析する方法を提供する。RNA(例えば、マイクロRNA)上の修飾(例えば、メチル化)情報が種々の対象(ヒトなどの哺乳動物、大腸菌などの微生物)の状態(例えば、疾患および薬剤耐性などの後天的な状態)に密接に関連しており、RNA上、特にマイクロRNA上の修飾情報を分析することで対象の状態を高精度に分析可能であることは驚くべきことであった。特に、早期膵臓がんなどの診断が困難な状態を区別可能であったことは、本発明が医療および産業上非常に有意義であることを示す。一つの実施形態では、修飾情報は、マイクロRNA上の修飾情報を含む。一つの実施形態では、修飾情報は、メチル化情報を含む。一つの実施形態では、修飾情報は、マイクロRNA上のメチル化情報を含む。
一つの局面では、本発明は、質量分析計を使用してRNA上の修飾を分析する方法を提供し、この方法は、
(A)目的のRNAと相補的な核酸が共有結合により連結されたビーズを使用して目的のRNAを精製するステップと、
(B)精製したRNAをMALDIによってイオン化して質量分析計で測定するステップと、を含む。
捕捉核酸とビーズとを直接結合させることで、捕捉核酸とビーズとがビオチン-ストレプトアビジン結合で間接的に結合されている場合と比較して、より過酷な条件で洗浄を行うことができることにより、MALDI-MS測定の強度が大きく向上することを見出した。
一つの局面では、本発明は、質量分析計を使用してRNA上の修飾を分析する方法を提供し、この方法は、
(A-1)細胞分画法によってエキソソームを精製するステップと、
(A-2)抗CD63抗体を使用してエキソソームを精製するステップと、
(B)目的のRNAと相補的な核酸を使用して目的のRNAを精製するステップと、
(C)精製したRNAをイオン化法(例えば、MALDI)によってイオン化して質量分析計で測定するステップと、を含む。
(試料)
本発明の方法は、RNAを含む任意の試料を使用して実施することができるが、臨床的に入手しやすいものが好ましい。一つの実施形態では、試料は、対象に由来し、ここで、対象としては、哺乳動物(例えば、ヒト、チンパンジー、サル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ウマ、ブタ、ネコなど)、微生物(例えば、病原菌、発酵に使用する微生物、大腸菌などの細菌、寄生虫、真菌、ウイルスなど)、食用生物(鳥類、魚類、爬虫類、菌類、植物など)、鑑賞・愛玩生物、環境指標生物、が挙げられるがこれらに限定されない。一つの実施形態では、試料は、特定の状態であるか、または特定の状態である可能性のある対象に由来する。一つの実施形態では、特定の状態として、疾患、年齢、性別、人種、家系、病歴、治療歴、喫煙状態、飲酒状態、職業、生活環境情報などが挙げられるがこれらに限定されない。一つの実施形態では、試料は、対象から得られた器官、組織、細胞(例えば、循環腫瘍細胞(CTC)など)、血液(例えば、血漿、血清など)、粘膜表皮(例えば、口腔、鼻腔、耳腔、膣などにおけるもの)、皮膚表皮、生体分泌液(例えば、唾液、鼻水、汗、涙、尿、胆汁など)、糞便、表皮上微生物またはその部分である。一つの実施形態では、試料は、培養細胞(例えば、対象から得られた細胞に基づくオルガノイド、特定の細胞株など)である。一つの実施形態では、試料は、食品またはその部分、あるいは、食品上微生物である。
一つの実施形態では、RNA修飾を分析するために事前にRNAを精製してもよいし、精製しなくてもよい。本明細書において「精製された」物質または生物学的因子(例えば、遺伝子マーカー等のRNAまたはタンパク質など)とは、その生物学的因子に天然に随伴する因子の少なくとも一部が除去されたものをいう。従って、通常、精製された生物学的因子におけるその生物学的因子の純度は、その生物学的因子が通常存在する状態よりも高い(すなわち濃縮されている)。本明細書中で使用される用語「精製された」は、好ましくは少なくとも75重量%、より好ましくは少なくとも85重量%、よりさらに好ましくは少なくとも95重量%、そして最も好ましくは少なくとも98重量%の、同型の生物学的因子が存在することを意味する。本発明で用いられる物質は、好ましくは「精製された」物質である。本明細書において「単離」されたとは、天然に存在する状態で付随する任意のものを少なくとも1つ除去したものをいい、例えば、全RNA配列から特定のマイクロRNA配列を取り出した場合も単離といいうる。従って、本明細書において使用されるRNAは、単離されたものでありうる。一つの実施形態では、全ての種類のRNAを区別することなく他の成分から精製してもよい。一つの実施形態では、ポリAを使用してRNAを他の成分から精製してもよい。一つの実施形態では、全てのマイクロRNAを他の成分から精製してもよい。一つの実施形態では、目的の配列(単一の種類または複数の種類)を有するRNAを他の成分から精製してもよい。一つの実施形態では、複数種類の目的の配列を有するRNAを配列毎に別々に精製してもよい。一つの実施形態では、修飾(単一の種類または複数の種類)を有するRNAを他の成分から精製してもよい。一つの実施形態では、メチル化修飾を有するRNAを他の成分から精製してもよい。一つの実施形態では、目的の配列(単一の種類または複数の種類)を有し、かつ修飾(単一の種類または複数の種類)を有するRNAを他の成分から精製してもよい。
CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG(配列番号1)
UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA(配列番号2)
CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG(配列番号3)
UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA(配列番号4)
UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU(配列番号5)
からなる群から選択される配列の少なくとも一部を含む。
CTACCTGCACTGTAAGCACTTTG(配列番号6)
TCAACATCAGTCTGATAAGCTA(配列番号7)
CCAAACACTGCTGGGTAAGACG(配列番号8)
TCCATCATTACCCGGCAGTATTA(配列番号9)
AACTATACAACCTACTACCTCA(配列番号10)
からなる群から選択される配列の少なくとも一部を含むDNAを使用してRNAを精製する。
RNA上の修飾の検出および同定は任意の公知の手法を用いて行うことができる。例えば、このようなRNA上の修飾の検出および同定する方法として、修飾特異的な抗体による蛍光検出、修飾および/またはRNA特異的なタンパク質(抗体など)によって免疫沈降したRNAのシークエンシング、精製RNAの質量分析、バイサルファイトシークエンシングなどの化学処理を施したRNAのシークエンシング(必要に応じてPCRと組み合わせる)、ナノポアシークエンシング(例えば、オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズのもの)、トンネル電流シークエンス(Scientific Reports 2,doi: 10.1038/srep00501(2012))が挙げられる。
CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG配列番号1の13番目のAのメチル化(配列番号15)
UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA配列番号2の9番目のCのメチル化(配列番号16)
CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG配列番号3の13番目のCのメチル化(配列番号17)
UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA配列番号4の9番目のCのメチル化(配列番号18)
UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU配列番号5の19番目のAのメチル化(配列番号19)
からなる群から選択される修飾を含む修飾が同定される。
一つの実施形態では、目的のRNAは、測定の前に物理的、化学的または生物的に事前処理されていてもよい。事前処理を行うことで、例えば、目的のRNAの測定における感度、正確さおよび/または精度の向上、異なる種類の修飾の区別、試料間比較における定量性の向上、測定機器における分離の向上などの効果が得られ得る。このような事前処理として、例えば、硫酸ジメチル処理、ハロゲン化合物処理、アルカリ加水分解処理、安定同位体標識導入処理、検出向上剤(例えば、蛍光色素など、MALDIにおいてレーザーの吸収が良好な部分を含む化合物)処理が挙げられるが、これらに限定されない。一つの実施形態では、事前処理は、RNAを担持した基材(ビーズなど)に対して実施され得る。一つの実施形態では、事前処理に用いる薬剤は、RNAの塩基上のアミン部分、末端のリン酸基または水酸基に基を導入するように設計され得る。
取得されたRNA修飾情報を使用して、種々の状態を分析することができる。一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、対象の医学的状態または生物学的状態を分析する。対象の医学的状態または生物学的状態として、例えば、疾患、老化、免疫状態(例えば、腸管免疫、全身免疫など)、細胞分化状態、薬剤または処置に対する応答性、対象の微生物(例えば、腸内細菌、表皮細菌)の状態、が挙げられるがこれらに限定されない。本発明が分析しうる疾患としては、例えば、脳神経疾患、公害病、小児外科の病気、真菌症、特定疾患、感染症、がん(悪性腫瘍)、消化器病(炎症性腸疾患を含む)、神経変性疾患、アレルギー疾患、寄生虫病、動物の感染症、尿路系腫瘍、種々の症候群、呼吸器疾患、乳腺腫瘍、人格障害、皮膚疾患、性行為感染症、歯科疾患、精神疾患、腎泌尿器疾患、眼疾患、食中毒、赤星病中間宿主、肝炎、循環器病、奇病、膠原病、症候、人獣共通感染症、パラフィリア、免疫病(腸管免疫を含む)、先天性疾患、発達障害、皮疹、先天性心疾患、領域別病名、恐怖症、ウイルス感染症、男性生殖器疾患、動物の病気、魚病、増殖性疾患、ポリープ、歯周疾患、乳腺疾患、遺伝子疾患、血液疾患、代謝内分泌疾患、婦人科疾患、発熱と発疹を起こす病気、軟部腫瘍、植物の病気等を挙げることができるがこれらに限定されるものではない。本発明が特に好適に分析しうる疾患としては、例えば、がん、炎症性腸疾患、アルツハイマー型もしくは血管障害性認知症、境界領域精神疾患、拡張型心筋症、肥大型心筋症、心不全(隠れた軽度のものを含む)、心臓疾患(例えば、致死性を含め、不整脈による突然死を誘発するもの)などが挙げられるがこれらに限定されず、これらの疾患は、細胞の特異的な代謝を介してRNAの修飾状態に影響を与え得る。対象の微生物の状態としては、例えば、熱処理および消毒薬などに対する耐性状態(例えば、調理が不完全な食品に寄生するE型肝炎ウイルスなどの芽胞形成状態)などの公衆衛生上のインシデントとなり得る状態、宿主に侵入したウイルス(例えば、肝炎RNAウイルス、パピローマDNAウイルス)の核酸の修飾状態(メチル化など)などが挙げられるがこれらに限定されない。
RNAの発現情報や修飾情報を分析することができる。
一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、新たなバイオマーカーの探索を行うことができる。一つの実施形態では、ある状態である対象において取得されたRNA修飾情報を、その状態でない対象において取得されたRNA修飾情報と比較して、RNA修飾状態(例えば、量、修飾位置など)に差(例えば、統計的有意差)が観察されたRNAまたはRNAの群を、その状態を予測するためのバイオマーカーとすることができる。
一つの実施形態では、薬物および/または処置に対して耐性のある耐性株において取得されたRNA修飾情報を、その耐性株の元となった野生株において取得されたRNA修飾情報と比較して、RNA修飾状態(例えば、量、修飾位置など)に差(例えば、統計的有意差)が観察されたRNAまたはRNAの群を、その薬物および/または処置に対しての応答性および/または耐性を予測するためのバイオマーカーとすることができる。
一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、新たな薬物を評価することができる。一つの実施形態では、ある薬物で処置した対象において取得されたRNA修飾情報を、別の薬物で処置した対象において取得されたRNA修飾情報と比較することによって、各薬物の処置で変動したRNAに基づいて、薬物間で分類を行うことができる。
一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、生物種を分類することができる。一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、微生物(例えば、大腸菌)を分類することができる。一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、微生物(例えば、大腸菌)を分類することができる。一つの実施形態では、薬剤耐性ポンプP-糖蛋白をコードするRNA上の修飾情報を使用して、微生物(例えば、大腸菌)を分類することができる。一つの実施形態では、微生物(例えば、大腸菌)の分類結果に基づいて、該微生物が取得された対象(例えば、ヒトなどの哺乳動物、食品など)を分析することができる。
一つの実施形態では、取得されたRNA修飾情報を使用して、食品の品質を分析することができる。食品の品質として、例えば、産地、年齢、加工後経過時間、鮮度、加工後変性、味質、活性酸素状態、微生物汚染(大腸菌、サルモネラ菌、ボツリヌス菌、ウイルス、寄生虫など)、発酵状態(発酵に係る微生物の状態を含む)、化学的要因(例えば、農薬、添加物など)、物理的要因(例えば、異物、放射線等)、脂肪酸状態または熟成度などが挙げられるが、これらに限定されない。一つの実施形態では、行政機関などの公的機関による食品の品質管理のために取得されたRNA修飾情報を使用して食品の品質が分析され得る。一つの実施形態では、消費者が製品の品質を判断するための指標を提供するために取得されたRNA修飾情報を使用して食品の品質が分析され得る(味、においで表現されていた事柄を客観的に表現する)。
一つの実施形態では、対象から取得したRNA修飾情報に加えて、他の情報、例えば、別の時点で対象から取得したRNA修飾情報(例えば、処置の前後)、該対象に関する情報、修飾に関連するタンパク質のモチーフ情報、他の対象から取得したRNA修飾に関する情報、RNAと結合する物質(タンパク質、脂質など)とRNAとの複合体に関する情報(必要に応じて、さらにRNA修飾状態に関連した状態)などを使用して対象の状態を分析することができる。
一つの実施形態では、本発明は、対象における少なくとも1種類のRNA(例えば、マイクロRNA)上の修飾(例えば、メチル化)情報を取得するステップと、該修飾情報に基づいて該対象の状態を分析するステップとを含む、対象の状態を分析する方法を提供する。修飾情報は、対象に由来する試料を測定することで取得することができる。一つの実施形態では、分析は、試料を取得した後短期間で(例えば、1日以内、10時間以内、5時間以内、2時間以内、1時間以内、30分以内、15分以内など)測定を行うオンサイト分析である。一つの実施形態では、オンサイト分析の分析結果は、試料の取得から短期間で(例えば、1日以内、10時間以内、5時間以内、2時間以内、1時間以内、30分以内、15分以内など)出力される。一つの実施形態では、試料を取得した後、試料が測定器および/または分析器のある場所に送達されて、そこで分析が実施される。試料の取得は対象自身が行なってもよい。一つの実施形態では、取得した試料は凍結して送達される。分析結果は、送達元に伝えられてもよいし、インターネット上のサイトにアクセスすることで利用可能であってもよい。
1つの局面において、本発明は、RNAの修飾情報に基づいて対象の状態を分析する方法をコンピュータに実装させるプログラムを提供する。このプログラムが実装する方法は:(a)対象における少なくとも1種類のRNA上の修飾情報を、該RNAの参照修飾情報と比較するステップ;および(b)該比較するステップの出力結果に基づいて該対象の該状態を判定するステップ、を包含する。一つの実施形態では、参照修飾情報は、前記対象とは異なる対象における前記RNA上の修飾情報を含む。一つの実施形態では、参照修飾情報は、前記修飾情報とは別の時点で取得された前記対象における前記RNA上の修飾情報を含む。
1つの局面において、本発明は、RNAの修飾情報に基づいて対象の状態を分析するシステムを提供する。システムは:(a)RNAを測定する測定部;(b)該測定の結果に基づいてRNA上の修飾状態を計算する計算部;および(c)該修飾状態に基づいて該対象の状態を分析する分析部、を包含する。一つの実施形態では、システムは試料を処理して目的のRNAを精製する試料処理部をさらに含む。
(試薬)
(プレート、チップ)
(キット)
(一般技術)
試薬類は具体的には実施例中に記載した製品を使用したが、他メーカー(Sigma-Aldrich、和光純薬、ナカライ、R&D Systems、USCN Life Science INC等)の同等品でも代用可能である。
本明細書において説明した略称の他、以下の略称も用いる。
3-HPA(3-ヒドロキシピコリン酸)
DHC(クエン酸二アンモニウム)
本明細書において使用した標準的なプロトコルを以下に例示する。
試料から全RNAを抽出するときには、TRIzol(インビトロジェン)を説明書通りに使用した。
直接結合ビーズは以下のように作製した。上記捕捉オリゴDNAの5’端のリン酸部分に6-アミノヘキシル基を導入した。それぞれの修飾捕捉オリゴDNAを、2価のアミノクロスリンカー(BS3、ビス(スルホスクシンイミジル)スベラート)によって表面にアミノ基が共有結合した磁気ビーズ(Dynabeads M270 Amine、サーモフィッシャーサイエンティフィック、東京)と連結させた。
別のタイプのビーズも作製した。上記捕捉オリゴDNAの5’端のリン酸部分にビオチンを導入した。表面にストレプトアビジンが共有結合している磁気ビーズ(Dynabeads M270 Streptoavidin、サーモフィッシャーサイエンティフィック)を、上記のビオチン化した捕捉オリゴDNAと混合してアビジン-ビオチン結合を生じさせて、捕捉オリゴDNAを磁気ビーズ上に固定した。
このプロトコルは、J.Engbergら、Eur.J.Biochem,41,321-328(1974)の方法を改変したものである。
1. 試料に、上記捕捉オリゴDNA結合ビーズのうちの1種類と、6xSSPE(0.9M NaCl、60mM NaH2PO4、7.5mM EDTA、pH7.4)10mLを添加した。
2. 変性液D(4Mグアニジンチオシアネート、25mMクエン酸(pH7.0)、0.5%サルコシン、0.1M 2-メルカプトエタノール)5mLを加えた(グアニジンチオシアネートの終濃度は1.25M)。
3. 60℃で10分間加熱した後、室温で45分旋回させた。
4. 磁石スタンドを使用して上清を除き、ビーズをBW Buffer(10mM Tris-HCl、pH7.5、1mM EDTA、2.0M NaCl)1mLで4回、Volatile Rinse Buffer(10mM酢酸アンモニウム、pH7.0)1mLで2回洗浄した。
5. 洗浄液を完全に除いた後、ビーズに、100μLのRNase free SDWを加えて70℃で3分間加熱した後、氷上で急冷し、上清を回収した。
6. 濃度が低い場合には、上清を凍結乾燥した。
(ストレプトアビジン結合ビーズのための精製プロトコル)
2. 混合物をPCR装置にセットして、90℃で1分間変性させ、45℃まで徐冷してアニーリングさせた。
3. アビジン磁気ビーズ(Dynabeads M-280 Streptavidin)を添加した。
4. 磁気スタンド上で非吸着画分(上清)を破棄した。
5. 10mMリン酸緩衝液pH7.0、50mM KClを用いて磁気スタンド上でビーズを3回洗浄した。
6. 10mM酢酸アンモニウム(pH7.0)を用いて磁気スタンド上でビーズを3回洗浄した後、RNase free waterを用いて溶出した。
7. 濃度が低い場合には、上清を凍結乾燥した。
硫酸ジメチル処理を、以下に示す手順に従って反応を行った。精製したRNAを100μMとなるように10mMのリン酸緩衝液(pH7.5)に、それぞれ個別に溶解し、用時調整した15%硫酸ジメチルのエタノール溶液を終濃度0.5%添加し、25℃で1分処理を行った。終濃度2%となるようβメルカプトエタノールを添加し、十分に攪拌することで、反応を停止させた。
クロロアセトアルデヒド処理を、以下に示す手順に従って反応を行った。精製したRNAを100μMとなるように10mMのリン酸カリウム(pH5)に、それぞれ個別に溶解し、終濃度1%となるようにブロモアセトアルデヒドあるいはクロロアセトアルデヒドを添加し、37℃で2時間処理を行った。過剰のブロモアセトアルデヒドあるいはクロロアセトアルデヒドをジエチルエーテル抽出により除去した後、水層を乾燥させて残渣を得た。
RNA試料は、必要に応じてZip Tip C18(ミリポア)を使用して精製した。
positive-mode(陽イオン検出モード)
reflector-mode(反射モード)
Laser Power Max(設定可能な最大の出力)
(質量分析計による測定結果の分析)
予想される質量のリストを、miRBase(Release 21)(http://www.mirbase.org)から取得したマイクロRNAの配列情報に基づいて作成し、測定で得られたマススペクトログラムと比較してマニュアルで配列および修飾を特定した。
RIPシークエンシングは、以下のプロトコルに従って実施した。
15cmデッシュ3枚サブコンフレントの細胞を1サンプルとする場合のプロトコルである。15cmデッシュ1枚につき2mlのTrizol(インビトロジェン)を使用して、15cmデッシュ3枚から500μg~700μgのRNAが回収できる。また、1mlの血清につき2mlのTrizol(インビトロジェン)を使用して、RNAが回収できる。
使用した試薬等
Oligotex(登録商標)(タカラバイオ)キットのプロトコルに従いployA精製を行った。
*抽出は75℃のDW 30μLで3回行い、合計90μLを回収した。
*全RNAから1~3%のpolyA RNAが得られる。
*1サンプルにつき、polyA RNA 5μgが必要。
1. RNAを750ng/18μLに調節する。
2. RNA 750ng/18μL+10XFragmentation Buffer 2μLの合計20μLを8連チューブの各ウェルに分けた。
3. 90℃で2分間インキュベーションした。
4. 20μLの反応液に、素早くEDTA(0.5M)2μLを入れ、反応を止めた。
5. 反応液をサンプル毎に集め、エタノール沈殿を行った。
例:RNA 200μL
+3M酢酸ナトリウム(pH5.2)20μL(RNAの1/10量)
+グリコーゲン(20mg/mlストック)3.6μL (200倍)
+100%エタノール500μL (RNAの2.5倍)
6. -80℃で1時間インキュベーションした。
7. 遠心分離(12000G、30分、4℃)
上清を除き、75%エタノール1mを加えた。
遠心分離(12000G、15分、4℃)
上清を除き、200μLのRNAse free waterで溶解した。
8. 各サンプル10μLをINPUTとして-80℃で保存した。
1. Dynabeads ProteinG(サーモフィッシャーサイエンティフィック)を1サンプル
につき50μL使用し、1xIP Buffer 1mlで2回洗浄した。
2. 磁気で分離したビーズに1xIP Buffer 1ml+RVC 10μL+RNAse inhibitor 1μL+BSA(10mg/ml)50μLを加え、ローテーションしながら4℃で2時間インキュベーションした(ビーズの非特異的結合の抑制)。
3. ビーズを、1XIP Buffer 1ml+RVC 10μL+RNAse inhibitor 1μLで2回洗浄した。
4. サンプル毎に分け、磁気で分離したビーズにステップ(C)の反応液を加え、ローテーションしながら4℃で2時間(または一晩)インキュベートした。
1. 洗浄バッファー(1XIP Buffer 10ml+RVC 10μL+RNAse inhibitor 5μL)で、ステップ(D)のビーズを3回洗浄した。
2. Elution bufferを1サンプルにつき100μL加え、15分毎にボーテックスしながら、4℃で2時間インキュベートした。
3. ビーズを磁気分離し、上清を回収した。
4. ビーズにさらに、(1XIP Buffer 1ml+RVC 10μL+RNAse inhibitor 1μL)から100μLを加えてタッピングし、ビーズを磁気分離し、上清を回収した。
5. 上の5~7のステップを繰り返し、上清を回収し、2回分を合わせた。
6. 上清400μL+酢酸ナトリウム40μL+100%エタノール1000μLを混合し、エタノール沈殿を行った。(グリコーゲンなどのキャリアは加えない)
7. -80℃で一晩静置した。
8. 遠心分離(12000G、30分、4℃)
上清を除き、75%エタノール1mlを加えた。
遠心分離(12000G、15分、4℃)
9. ペレットを15μLのRNAse free waterで溶解した。
ステップ(B)の8のINPUTとともにシークエンシングに供した。
SRA Toolkit、bowtie、samtools、macsをインストールし、hg19のアノテーションファイルをダウンロードした(DRY解析教本(秀潤社)などを参照)。
fastqファイルをbowtieでマッピングし、samファイルを作成し、samファイルからbamファイルを作成した。
以下のパッケージを使用した。
(Guitar)
(MeTPeak)
(openxlsx)
(ChIPpeakAnno)
(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
(rGADEM)
(ChIPseeker)
hg19から、トランスクリプトームの情報だけ取り出し、gc_txdbに格納し、エクセルは読み込めない上部を削除して、xlsからxlsxに変換して保存した。
本実施例では、マイクロRNAのメチル化分析を行った。具体的には以下のとおりである。
本実施例では、がんがRNA修飾に及ぼす影響を分析し、RNA修飾を用いることにより癌を検出または診断することができることを実証した。
ヒト膵臓がん細胞株であるBxPC3、Panc10.5、PSN1およびCapan2をAmerican Type Culture Collection(Manassas, VA, USA)から入手した。これら4つの株についてそれぞれ抗m6A抗体を使用したRIP-Seqによるメチル化miRNA分析を行ったところ、4つの膵臓がん細胞株に共通するメチル化miRNAとして以下の表に示す63種類が見出された。
これらのmiRNAのメチル化はがん(例えば、膵臓がん)の判定に有用に使用され得る。
事前にインフォームド・コンセントを得たヒト患者よりステージ2~4の原発巣のみの大腸がん(3名)の組織検体を手術時に採取した。同時に、健常組織として悪性腫瘍領域から5cm以上離間した領域から組織検体を採取した。
生体メチル化検出
膵臓がん組織において、共通プロトコルの通り、抗m6A抗体を使用したRIP-Seqによってメチル化miRNAを同定した。メチル化が検出されたmiRNAのうちLet-7aおよびmiR-17についてさらに解析を行った。
膵臓がん組織試料に対して、上記のLet-7aおよびmiR-17用の捕捉ビーズで目的のmiRNAを濃縮し、MALDI-TOF-MS/MSによりメチル化を検出した(図11)。その結果、メチル化の位置が決定され、メチル化量の定量も可能であった。
膵臓がん試料におけるこれらのmiRNAのメチル化レベルは、正常組織、正常被験体、および手術によるがんを除去した後の被験体のいずれの対照試料と比較しても上昇していた(図16、17)。
これらのmiRNAのメチル化が高度であることは、がん(例えば、膵臓がん)の指標となり得る。
本実施例では、17名のヒト膵臓がん患者から採取した血清検体を用いてRNA修飾状態を調べた。これらの膵臓がんは、ステージI~IIと診断された早期膵がん(4名がステージIA、5名がステージIIA、7名がステージIIB)であった。正常検体として、健常者の血清検体を使用した。
本実施例では、他のがん試料の分析を行った。
実施例2-2と同様の手法を用いて、種々のがん試料について実施例2-3のRNAの範囲において、メチル化を分析した。事前にインフォームド・コンセントを得たヒト患者より胃がん(4名)の組織検体を手術時に採取した。同時に、健常組織として悪性腫瘍領域から5cm以上離間した領域から組織検体を採取した。
結腸直腸がん患者の特徴付け
*Tumor-node-metastasis(TNM)分類は、TNM staging of the Union for International Cancer Control(https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/f_guidelines.asp)の第7版に従った。
結腸直腸がん患者における結腸直腸がん組織および正常結腸直腸組織の間でmiRNAのメチル化を比較した。早期大腸がん(StageI)と進行期大腸がん(StageIV)では正常部に比べてメチル化が亢進していることがわかった。
このように、RNAの修飾を観察することで、がん(例えば、大腸がん)の進行の程度が予測され得る。
CTC(circulating tumor cells)の分析
CTC試料を実施例2-3と同様の手法を用いて、このCTC試料について全てのマイクロRNAのメチル化を分析する。
本実施例では、RNA修飾を用いて耐性株が分析できることを実証した。
本実施例では、耐性株(ChmRcell)を作製した。
ATCC、RIKENなどの細胞バンクから入手したがん細胞株DLD-1をトリフルリジン(FTD)(Aldrich-Sigma)(約10mg/mL)の存在下で6ヶ月以上維持培養した。維持培養は、プラスチックディッシュ上で血清10%添加DMEM培地において、37℃で、60~80%コンフエント状態を維持するように、週に約2回継代を行った。この培養細胞についてトリフルリジンに対するIC50を計測した結果、IC50=300μmol/Lという結果が得られ、トリフルリジン耐性株の確立が確認された。
本実施例では、耐性株のRNA修飾分析を行った。
2017-11-30)を用いたペアワイズT-TESTによって評価した。P値<0.05を統計的に有意であるとみなした。その結果、野生株および各耐性株は明確に区別され、また、RNA修飾状態は、RNA発現状態よりも緊密に耐性株の特徴を表していることが示唆された(図20)。
本実施例では、手術、治療や予防などの処置がRNA修飾に及ぼす影響を分析し、RNA修飾の分析により手術、治療や予防などの処置が及ぼす効果を分析した。
本実施例では、手術がRNA修飾に及ぼす影響を調べた。
*表中、RRACモチーフ、およびモチーフと一塩基ミスマッチの配列におけるアデニンを下線で示す。
本実施例では、他の処置がRNA修飾に及ぼす影響を分析し、同様に他の処置の分析が可能かどうかを分析する。例えば、温度、低酸素(例えば1%、+19%は窒素置換)、低栄養(グルコース、グルタミン、アミノ酸の欠乏)、温度(32度~42度の範囲)など、低酸素であれば1%、+19%は窒素置換など)を分析することができる。
(実施例5-1:RNAメチル化がRNA-タンパク質間相互作用に及ぼす影響)
RNAメチル化がRNA-タンパク質間相互作用に及ぼす影響を検討した。
分子ダイナミクスシミュレーション
メチル化および非メチル化miRNA(miR-200c、let-17a、miR-17)のヒトAGO2タンパク質への結合を予測するために、AGO2/RNA複合体のX線構造をガイドとして使用した(PDB ID:4OLB25および4W5N26)。最初に、RNA結合塩基を各miRNA中の対応する塩基と置換した。各miRNA複合体構造について、1気圧および約37℃条件下で分子ダイナミクスシミュレーションを実施した。熱力学的サンプリングの後、構造のドッキングを予測するためにエネルギー最小化を実施した。全ての計算は、Amber12プログラム(http://ambermd.org/)を用いて行った。結果を図25~27に示す。
RNAメチル化が実際に生体に及ぼす影響を検討した。
合成オリゴヌクレオチドのトランスフェクション
メチル化および非メチル化二本鎖RNAオリゴヌクレオチド(miR-200c、let-7a)を、GeneDesign(大阪、日本)に依頼して合成した。これらの合成RNAの配列はMALDI-TOF-MS/MSにより確認した。miRNA配列は、miRBASE(release 21;http://www.mirbase.org/)から入手した。メチル化または非メチル化合成miRNAを、製造者のプロトコルに従ってリポフェクタミン3000(Invitrogen)を用いて内因性miRNAの発現レベルが非常に低いDICERエクソン5破壊大腸癌細胞株HCT116(HCT116EX5)(Bert Vogelstein(Johns Hopkins University, Baltimore, MS, USA)から譲り受けた)にトランスフェクトした。
Tarbase14(http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=tarbase/index)に報告されているそのmRNAがmiR-200c、let-7aに結合する遺伝子を、標的遺伝子として用いた。miR-200cについては、マイクロアレイによって観察された標的遺伝子の発現レベルを比較した(図28)。let-7aについては、配列から推定して100万リードあたりのエクソンのうちのキロベースあたりのリードについて同様に分析した(図29)。
遺伝子発現プロファイリングによって、非修飾miR-200cおよびm5C修飾miR-200cは強力な遺伝子抑制効果を示すが、m6A修飾miR-200cの遺伝子発現抑制効果は弱く、非メチル化let-7aと比較して、m6A修飾let-7aは標的mRNA発現を減少させないことが分かった。
本実施例では、RNA修飾を用いて遺伝子のノックダウン分析をしうるかどうかを分析した。
本実施例では、RNA修飾を用いて遺伝子のノックダウン分析をしうるかどうかを分析した。ヒト膵臓腺癌細胞株MIA PaCa-2細胞を、shRNA、siRNAを使用した標準的な方法で処理してMettl3ノックダウン細胞株を作製した(Kosuke Taketoら、Int J Oncol.2018 Feb;52(2):621-629を参照のこと)。その後、RIPシークエンシングを行った。
マウスのMettl3遺伝子をCAG発現ベクターに組み込み、これをBL6マウスの受精卵に注入して仮親の子宮に移植してMettl3遺伝子の過剰発現マウスを作製した。マウスの膵臓酵素遺伝子の下流にウイルスタンパク質SVを繋いだベクターを作製し、これをBL6マウスの受精卵に注入して仮親の子宮に移植して膵臓のP53およびRBが不活性化したEL1-SV40マウスを作製した。このように作製したMettl3遺伝子過剰発現マウスと、EL1-SV40マウスとを通常の方法で掛け合わせてダブルトランスジェニックマウスを作製した。その後、PCRなどによってこのダブルトランスジェニックマウスに、目的の遺伝子が組み込まれていることを確認した。マウスの飼育は、通常の動物実験施設においてSPF環境で行った。
本実施例では、がん、認知症、心不全、炎症性腸疾患、老化、腸管免疫の試料において、RNA修飾分析を行う。その結果、RNA修飾情報がこれらの状態の予測に有用であることが示される。
これらの分析のために、例えば、
(1)代謝の鍵酵素であるプロテインキナーゼM(PKM)の遺伝子操作による脳内の酸化的リン酸化反応によるアルツハイマー型認知症のモデルであるマウス、
(2)消化器のがん抑制遺伝子の操作によるモデルで、消化管を含む消化器臓器において、老化や炎症の結果、免疫との相互作用で生じるマウス、を用いて、糞便中のマイクロフローラからリボゾームRNA等のメチル化を調ベる、
(3)がん代謝に関わる遺伝子の改変マウスなどの糞便の調査
などを行うことができる。
本実施例では、RNA修飾による薬剤スクリーニングが可能であることを実証する。
本実施例では、RNA修飾分析を用いた大腸菌の分類が可能かどうかを実証する。
RNA修飾情報を利用することで非常に容易に微生物の種分類が可能であることが見出される。
また、マウスの糞便について、RNA修飾を分析することができる。
その結果、提示した大腸菌種のidentityを分析することができ、マウスの状態と大腸菌の状態の関連を示唆することができる。
その結果、食品中の微生物種(例えば、大腸菌種)を分析でき、食品の品質と大腸菌の状態の関連を示唆することができる。
本実施例では、RNA修飾情報を用いた食品の分析の例を示す。
本実施例では、他のRNA修飾を用いた分析を実証する。
マイクロRNA以外のRNAの修飾情報と、何らかの状態を関連付けるデータを結び付けることができる。例えば、質量分析でのピークは多数あり、1つ1つを手作業で当てることもできるし、機械学習で行うこともできる。また、これらについては、ブルカのMaldiの仕様書を参酌することができる。
本実施例では、RNA修飾情報を他のデータと組み合わせた分析を実証する。
本実施例では、メチル化RNAチップの設計例を用いた分析を実証する。
1.各RNAに対して「観測される部分RNAの理論上の質量」を算出
2.モンテカルロ法を用いてプレート上に捕捉核酸をランダムに配置
3.隣接したウェル間で、観測される部分RNAの理論上の質量の差を算出
4.(繰り返し2回目以降で)
理論上の質量の差が前回を上回った場合:今回の配置を採択
下回った場合:今回の配置を棄却
5.2に戻りモンテカルロ・サンプリングを繰り返す。
本実施例では、オリゴDNAによる精製の最適化を行うことで、RNA修飾の分析効率が改善されることを示す。
本実施例では、エキソソーム濃縮を行うことによって、RNA修飾の分析精度が改善することを示す(図33)。
血清・血漿(同仁化学研究所から購入)を試料として使用した。
・処理1(免疫沈降(IP)処理なし)
TRIzolによってmiRNAを抽出・精製した後、ハイブリダイゼーションによる各miRNA精製を行った。
・処理2(抗CD63抗体によるIP処理あり)
ExoQuick(システムバイオサイエンス)で簡易精製したエキソソーム画分に抗CD63抗体(Santa Cruz Biotechnology)を加えて得た免疫沈降物に対して、ハイブリダイゼーションによる各miRNA精製を行った。
本実施例では、試料を凍結した場合のRNA修飾の分析の精度に対する影響を分析した。
Dalotnics)で測定した。
Dalotnics)で測定した。
以上のように、本発明の好ましい実施形態を用いて本発明を例示してきたが、本発明は、特許請求の範囲によってのみその範囲が解釈されるべきであることが理解される。本明細書において引用した特許、特許出願及び他の文献は、その内容自体が具体的に本明細書に記載されているのと同様にその内容が本明細書に対する参考として援用されるべきであることが理解される。
miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG (配列番号1)
miR-21-5p UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA (配列番号2)
miR-200c-5p CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG (配列番号3)
miR-200c-3p UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA (配列番号4)
miR-let7a-5p UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU (配列番号5)
捕捉17-5p CTACCTGCACTGTAAGCACTTTG (配列番号6)
捕捉21-5p TCAACATCAGTCTGATAAGCTA (配列番号7)
捕捉200c-5p CCAAACACTGCTGGGTAAGACG (配列番号8)
捕捉200c-3p TCCATCATTACCCGGCAGTATTA (配列番号9)
捕捉let7a-5p AACTATACAACCTACTACCTCA (配列番号10)
合成miR-200c-5p CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG (#7,mA;#13,mC) (配列番号11)
合成miR-369-3p AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU (配列番号12)
相補DNA 369-3p AATAATACATGGTTGATCTTT (配列番号13)
アンチセンス相補DNA 369-3p AAAGATCAACCATGTATTATT (配列番号14)
miR-21-5p UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA (#9,mC) (配列番号15)
miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG (#13,mA) (配列番号16)
let-7a-5p UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU (#19,mA) (配列番号17)
miR-200c-3p UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA (#9,mC) (配列番号18)
miR-200c-5p CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG (#13,mC) (配列番号19)
miR378a-3p ACUGGACUUGGAGUCAGAAGGC (配列番号20)
miR378d ACUGGACUUGGAGUCAGAAA (配列番号21)
miR378e ACUGGACUUGGAGUCAGGA (配列番号22)
miR378f ACUGGACUUGGAGCCAGAAG (配列番号23)
miR378h ACUGGACUUGGUGUCAGAUGG (配列番号24)
miR378i ACUGGACUAGGAGUCAGAAGG (配列番号25)
miR492 AGGACCUGCGGGACAAGAUUCUU (配列番号26)
miR3690 ACCUGGACCCAGCGUAGACAAAG (配列番号27)
miR4754 AUGCGGACCUGGGUUAGCGGAGU (配列番号28)
miR6861-5p ACUGGGUAGGUGGGGCUCCAGG (配列番号29)
miR3122 GUUGGGACAAGAGGACGGUCUU (配列番号30)
miR3131 UCGAGGACUGGUGGAAGGGCCUU (配列番号31)
miR6847-3p GGCUCAUGUGUCUGUCCUCUUC (配列番号32)
miR6887-3p UCCCCUCCACUUUCCUCCUAG (配列番号33)
miR-6887-5p UGGGGGGACAGAUGGAGAGGACA (配列番号34)
miR-16-1-3p CCAGUAUUAACUGUGCUGCUGA (配列番号35)
miR-34b-5p UAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUG (配列番号36)
miR369-5p AGAUCGACCGUGUUAUAUUCGC (配列番号37)
miR-431-5p UGUCUUGCAGGCCGUCAUGCAG (配列番号38)
miR-494-3p UGAAACAUACACGGGAAACCUC (配列番号39)
miR-519-d-5p CCUCCAAAGGGAAGCGCUUUCUGUU (配列番号40)
miR-3181 AUCGGGCCCUCGGCGCCGG (配列番号41)
miR-4435 AUGGCCAGAGCUCACACAGAGG (配列番号42)
miR-4467 UGGCGGCGGUAGUUAUGGGCUU (配列番号43)
miR-5581-5p AGCCUUCCAGGAGAAAUGGAGA (配列番号44)
miR-5587-5p AUGGUCACCUCCGGGACU (配列番号45)
miR-629-3p GUUCUCCCAACGUAAGCCCAGC (配列番号46)
miR-16-5p UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG (配列番号47)
miR-711 GGGACCCAGGGAGAGACGUAAG (配列番号48)
miR-3977 GUGCUUCAUCGUAAUUAACCUUA (配列番号49)
共通配列2 GGGAGGUGUG (配列番号50)
miR-6799-5p GGGGAGGUGUGCAGGGCUGG (配列番号51)
miR-3689d GGGAGGUGUGAUCUCACACUCG (配列番号52)
miR-3689a-3p CUGGGAGGUGUGAUAUCGUGGU (配列番号53)
miR-3689c CUGGGAGGUGUGAUAUUGUGGU (配列番号54)
miR-6825-5p UGGGGAGGUGUGGAGUCAGCAU (配列番号55)
共通配列3 CUCCCUGCCC (配列番号56)
miR-6756-3p UCCCCUUCCUCCCUGCCCAG (配列番号57)
miR-7113-3p CCUCCCUGCCCGCCUCUCUGCAG (配列番号58)
miR-6743-3p AGCCGCUCUUCUCCCUGCCCACA (配列番号59)
共通配列4 GACUUGGAGUCA (配列番号60)
miR-378c ACUGGACUUGGAGUCAGAAGAGUGG (配列番号61)
共通配列5 CCCUUUAGAGUGU (配列番号62)
miR-521 AACGCACUUCCCUUUAGAGUGU (配列番号63)
miR-517a-3p AUCGUGCAUCCCUUUAGAGUGU (配列番号64)
miR-522-3p AAAAUGGUUCCCUUUAGAGUGU (配列番号65)
miR-520g-3p ACAAAGUGCUUCCCUUUAGAGUGU (配列番号66)
Claims (10)
- 対象における少なくとも1種類のマイクロRNAを含むRNA上の修飾情報を取得するステップと、
該修飾情報に基づいて該対象の医学的状態または生物学的状態を分析するステップとを含む、
対象の医学的状態または生物学的状態を分析する方法であって、
該医学的状態または生物学的状態は、膵臓がん、胃がんおよび大腸がんのうちの少なくとも1つに罹患している状態であり、
該取得するステップは、対象におけるmiR-21、miR-17、let-17aおよびmiR-200c上のメチル化情報を取得することを含み、
該分析は、該医学的状態または生物学的状態でない対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルと、取得された該修飾情報とを比較することで実施され、
該メチル化の上昇が膵臓がんまたは直腸がんを示し、該メチル化の低下が胃がんを示す、
方法。 - 前記修飾がm6Aである、請求項1に記載の方法。
- 前記修飾情報が、修飾位置情報および修飾されたRNAの量の情報のうちの少なくとも1つを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 対象における少なくとも1種類のマイクロRNA上のメチル化修飾情報を取得するステップと、
該メチル化修飾情報に基づいて該対象の抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を分析するステップとを含む、
対象の抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を分析する方法であって、
該分析は、該抗がん剤に対する耐性を有する対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルおよび該抗がん剤に対する耐性を有さない対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルを比較することで実施され、
miR-378a、miR-378d、miR-378e、miR-378f、miR-378h、miR-378i、miR-6861、miR-3131またはmiR-6847におけるメチル化の低下、あるいはmiR-4754またはmiR-3122におけるメチル化の上昇が5-フルオロウラシル耐性を示し、
miR-378a、miR-378d、miR-378f、miR-378i、miR-3690、miR-4754、miR-6861またはmiR-6847におけるメチル化の低下、あるいはmiR-378eまたはmiR-3131におけるメチル化の上昇がトリフルリジン耐性を示す、
方法。 - 前記応答性に基づいて、前記対象を処置するための薬剤および/または前記対象に対する処置が示される、請求項4に記載の方法。
- マイクロRNAのメチル化修飾情報に基づいて、対象の医学的状態または生物学的状態を判定するためのシステムであって、
マイクロRNAのメチル化修飾状態を測定する測定部と
該測定の結果に基づいてマイクロRNA上のメチル化修飾状態を計算する計算部と、
該メチル化修飾状態に基づいて該対象の医学的状態または生物学的状態を分析・判定する分析・判定部と
を含み、
該医学的状態または生物学的状態は、膵臓がん、胃がんおよび大腸がんのうちの少なくとも1つに罹患している状態であり、
該測定部は、miR-21、miR-17、let-17aおよびmiR-200c上のメチル化情報を測定し、
該分析・判定は、該医学的状態または生物学的状態でない対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルと、測定された該修飾情報とを比較することで実施され、
該メチル化の上昇が膵臓がんまたは直腸がんを示し、該メチル化の低下が胃がんを示す、
システム。 - 前記メチル化修飾情報が、修飾位置情報および修飾されたRNAの量の情報のうちの少なくとも1つを含む、請求項6に記載のシステム。
- マイクロRNAのメチル化修飾情報に基づいて、対象の抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を判定するためのシステムであって、
マイクロRNAのメチル化修飾状態を測定する測定部と
該測定の結果に基づいてマイクロRNA上のメチル化修飾状態を計算する計算部と、
該メチル化修飾状態に基づいて該対象の抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を分析・判定する分析・判定部と
を含み、
該分析・判定は、該抗がん剤に対する耐性を有する対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルおよび該抗がん剤に対する耐性を有さない対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルを比較することで実施され、
miR-378a、miR-378d、miR-378e、miR-378f、miR-378h、miR-378i、miR-6861、miR-3131またはmiR-6847におけるメチル化の低下、あるいはmiR-4754またはmiR-3122におけるメチル化の上昇が5-フルオロウラシル耐性を示し、
miR-378a、miR-378d、miR-378f、miR-378i、miR-3690、miR-4754、miR-6861またはmiR-6847におけるメチル化の低下、あるいはmiR-378eまたはmiR-3131におけるメチル化の上昇がトリフルリジン耐性を示す、
システム。 - マイクロRNAの修飾情報に基づいて対象の医学的状態または生物学的状態を判定するためのプログラムであって、該プログラムは、該対象における少なくとも1種類のマイクロRNA上の修飾情報を、該マイクロRNAの参照修飾情報と比較するステップと、該比較するステップの出力結果に基づいて該対象の該医学的状態または生物学的状態を判定するステップと、を実行するように構成されており、
該医学的状態または生物学的状態は、膵臓がん、胃がんおよび大腸がんのうちの少なくとも1つに罹患している状態であり、
該マイクロRNA上の修飾情報は、miR-21、miR-17、let-17aおよびmiR-200c上のメチル化情報を含み、
該判定は、該医学的状態または生物学的状態でない対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルと、取得された該修飾情報とを比較することで実施され、
該メチル化の上昇が膵臓がんまたは直腸がんを示し、該メチル化の低下が胃がんを示す、
プログラム。 - マイクロRNAのメチル化修飾情報に基づいて対象の抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を判定するためのプログラムであって、該プログラムは、該対象における少なくとも1種類のマイクロRNA上のメチル化修飾情報を、該マイクロRNAの参照メチル化修飾情報と比較するステップと、該比較するステップの出力結果に基づいて該対象の抗がん剤に対する耐性を有するかどうかの応答性を判定するステップと、を実行するように構成されており、該判定は、該抗がん剤に対する耐性を有する対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルおよび該抗がん剤に対する耐性を有さない対象に由来する試料中に通常存在するマイクロRNAのメチル化の対照レベルを比較することで実施され、
miR-378a、miR-378d、miR-378e、miR-378f、miR-378h、miR-378i、miR-6861、miR-3131またはmiR-6847におけるメチル化の低下、あるいはmiR-4754またはmiR-3122におけるメチル化の上昇が5-フルオロウラシル耐性を示し、
miR-378a、miR-378d、miR-378f、miR-378i、miR-3690、miR-4754、miR-6861またはmiR-6847におけるメチル化の低下、あるいはmiR-378eまたはmiR-3131におけるメチル化の上昇がトリフルリジン耐性を示す、
プログラム。
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CN114214420B (zh) * | 2020-03-30 | 2023-06-23 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 外泌体miR-106b-3P、IL1B等在肺癌诊断中的应用 |
CN111363829B (zh) * | 2020-05-27 | 2020-09-22 | 北京信诺卫康科技有限公司 | 胆管癌的miRNA标记物及其应用 |
WO2021250546A1 (en) * | 2020-06-09 | 2021-12-16 | University Of Washington | Micrornas as predictors of response to anti-ige therapies in chronic spontaneous urticaria |
CN114058697B (zh) * | 2020-07-29 | 2023-08-18 | 四川大学华西医院 | 检测外泌体miR-6774-3p或miR-6776-5p的试剂的用途 |
CN114085906A (zh) * | 2020-08-24 | 2022-02-25 | 沈阳康为医学检验实验室有限公司 | 一种血清miRNA乳腺癌诊断标志物组合及其检测试剂盒 |
CN112362872A (zh) * | 2020-10-27 | 2021-02-12 | 上海尤里卡信息科技有限公司 | 胰腺癌肿瘤标志物及其应用 |
CN112609002B (zh) * | 2021-01-11 | 2023-04-25 | 中国医科大学 | 一种外周血miRNA结肠癌诊断标志物组合及其检测试剂盒 |
CN113755597B (zh) * | 2021-10-14 | 2022-12-06 | 杭州师范大学 | 外周血外泌体miRNA联合标志物在制备检测HBV阳性肝硬化早期肝癌试剂盒中的应用 |
CN114231612B (zh) * | 2021-12-27 | 2022-05-06 | 深圳大学 | 与活动性肺结核有关的miRNA标志物及其应用 |
CN114277159B (zh) * | 2021-12-29 | 2024-02-27 | 中国人民解放军海军军医大学 | 基于一组外周血白细胞中miRNA的辐射生物剂量估算方法 |
WO2023194331A1 (en) * | 2022-04-04 | 2023-10-12 | Ecole Polytechnique Federale De Lausanne (Epfl) | CONSTRUCTION OF SEQUENCING LIBRARIES FROM A RIBONUCLEIC ACID (RNA) USING TAILING AND LIGATION OF cDNA (TLC) |
CN114941025B (zh) * | 2022-04-06 | 2023-03-14 | 温州医科大学附属第二医院(温州医科大学附属育英儿童医院) | 用于诊断子痫前期的miRNA及其应用 |
CN114686593B (zh) * | 2022-05-30 | 2022-10-25 | 深圳市慢性病防治中心(深圳市皮肤病防治研究所、深圳市肺部疾病防治研究所) | 与乳腺癌有关的外泌体SmallRNA及其应用 |
CN114959014B (zh) * | 2022-06-17 | 2023-03-31 | 中山大学附属第一医院 | 血清miRNAs作为绝经后骨质疏松联合诊断标志物的应用 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008502336A (ja) | 2004-06-14 | 2008-01-31 | マックス プランク ゲゼルシャフト ツール フェルデルング デル ヴィーセンシャフテン エーファウ | 生体分子中のメチル化の配列特異的検出 |
WO2014136870A1 (ja) | 2013-03-08 | 2014-09-12 | 国立大学法人熊本大学 | Rna修飾の簡易検出法、及び該検出法を用いた2型糖尿病の検査方法 |
JP2016123338A (ja) | 2014-12-26 | 2016-07-11 | いであ株式会社 | マイクロrnaにおけるメチル化修飾部位を計測する方法 |
JP2017517262A (ja) | 2014-06-05 | 2017-06-29 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | メチル化分析のための方法 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101671485B1 (ko) * | 2014-06-30 | 2016-11-01 | 에스케이텔레콤 주식회사 | 마이크로rna를 이용하여 췌장암 환자의 예후를 예측하는 방법 |
JP6980219B2 (ja) * | 2016-08-22 | 2021-12-15 | いであ株式会社 | がんを検出、又はがんの進行期を判定する方法 |
GB2573695B (en) * | 2016-12-28 | 2022-02-23 | Univ Kumamoto Nat Univ Corp | Method for detecting mitochondrial tRNA modification |
-
2019
- 2019-02-21 JP JP2020501038A patent/JP7125782B2/ja active Active
- 2019-02-21 US US16/971,604 patent/US20230175066A1/en active Pending
- 2019-02-21 CN CN201980027322.6A patent/CN112004942A/zh active Pending
- 2019-02-21 EP EP19757489.0A patent/EP3763826A4/en not_active Withdrawn
- 2019-02-21 WO PCT/JP2019/006588 patent/WO2019163900A1/ja unknown
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008502336A (ja) | 2004-06-14 | 2008-01-31 | マックス プランク ゲゼルシャフト ツール フェルデルング デル ヴィーセンシャフテン エーファウ | 生体分子中のメチル化の配列特異的検出 |
WO2014136870A1 (ja) | 2013-03-08 | 2014-09-12 | 国立大学法人熊本大学 | Rna修飾の簡易検出法、及び該検出法を用いた2型糖尿病の検査方法 |
JP2017517262A (ja) | 2014-06-05 | 2017-06-29 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | メチル化分析のための方法 |
JP2016123338A (ja) | 2014-12-26 | 2016-07-11 | いであ株式会社 | マイクロrnaにおけるメチル化修飾部位を計測する方法 |
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
Bock, C. et al.,Managing drug resistance in cancer: lessons from HIV therapy,Nat. Rev. Cancer,2012年,Vol. 12(7),pp. 494-501 |
Dai, D. et al,N6-methyladenosine links RNA metabolism to cancer progression,Cell Death Dis.,2018年,Vol. 9(2):124,pp. 1-13 |
Ganem, N. S. et al.,In cancer, A-to-I RNA editing can be the driver, the passenger, or the mechanic,Drug Resist. Updat.,2017年,Vol. 32,pp. 16-22 |
Han, L. et al.,The Genomic Landscape and Clinical Relevance of A-to-I RNA Editing in Human Cancers,Cancer Cell,2015年,Vol. 28(4),pp. 515-528 |
Ma, J. Z. et al,METTL14 suppresses the metastatic potential of hepatocellular carcinoma by modulating N6-methyladenosine-dependent primary MicroRNA processing,Hepatology,2017年,Vol. 65(2),pp. 529-543 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
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