JP6895718B2 - 関節リウマチの治療、診断及びモニターするための方法 - Google Patents

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Description

関連出願の説明
本出願は、２００９年９月３日に出願の米国仮出願番号第６１／２７５，９４８号及び２００９年１０月１６日に出願の米国仮出願番号第６１／２５２，４２４号の優先権の利益を請求し、両出願の全ては本明細書に出典明示により援用されたものとする。
技術分野
関節リウマチの同定方法、診断方法及び予後診断方法、ならびに関節リウマチの治療方法が提供される。有効な関節リウマチ治療薬の同定方法及び関節リウマチ治療薬に対する反応性を予測する方法も提供する。
発明の背景
関節リウマチ（ＲＡ）は、臨床的に重要な慢性全身性自己免疫炎症性疾患であり、アメリカ合衆国の１３０万人から２１０万人が発症している（Ａｌａｍａｎｏｓａ ａｎｄ Ｄｒｏｓｏｓ， Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ． Ｒｅｖ．， ４：１３０−１３６ （２００５）を参照のこと）。ＲＡは、病因論が未知の自己免疫疾患である。大部分のＲＡ患者は、現在利用可能な治療によっても進行性の関節の破壊、奇形、障害及び早発性の死亡さえ引き起こす、疾患の慢性的な経過を経験する。年間９００万人以上の医師の訪問及び２５０，０００回以上の入院がＲＡにより生じる。
ＲＡの診断は、一般的に患者の兆候及び症状の臨床的な評価及び検査の評価に依存する。一般に、ＲＡを有することが推測される患者の検査評価は、血清中のリウマチ因子（ＲＦ）として知られる特定の抗体レベル及び環状シトルリン化ペプチドに対する抗体（抗ＣＣＰ）レベルの測定を含み得る。（例えばＳｃｈｅｌｌｅｋｅｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ４３：１５５−１６３ （２０００）； ＤｉＦｒａｎｃｏ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｖ． Ｒｈｅｕｍ． Ｅｎｇｌ． Ｅｄ．， ６６（５）： ２５１−２５５ （１９９９）； Ｒａｎｔａｐａａ−Ｄａｈｌｑｖｉｓｔ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ４８：２７４１−２７４９ （２００３）； Ｌｉ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２２（１２）： １５０３−１５０７ （２００６）； Ｒｕｓｓｅｌｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， ３３（７）： １２４０−１２４２ （２００６）； Ｏｔａ， Ｒｉｎｓｈｏ ｂｙｏｒｉ． Ｊａｐ． Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｐａｔｈｏｌ．， ５４（８）８６１−８６８ （２００６）； Ａｖｏｕａｃ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｒｈｅｕｍ． Ｄｉｓ．， ６５（７）： ８４５−８５１ （２００６）を参照のこと）。これらの抗体はＲＡ患者の血清中でしばしば見られるのに対して、全てのＲＡ患者がそれらを有するというわけではない。赤血球沈降速度（ＥＳＲ）として知られる付加的な血液検査もまた用いられ得る。必ずしもＲＡというわけではないが、高いＥＳＲは炎症性プロセスの一般的な存在を示す。さらに、血液検査は、例えばＲＡと関連しているＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）などの他の因子のレベルを評価するために用いられてもよい。さらに、発症した関節のエックス線検査解析も行われてもよい。要するに、ＲＡを診断するためのそのような現在利用可能な検査は、不正確かつ不完全である。
特定の例において、患者が特定の米国リウマチ学会（ＡＣＲ）基準を満たす場合、ＲＡの診断は製作される。特定のそのような基準は、最大の改善の前に少なくとも１時間続く関節の内外での朝のこわばり；３箇所以上の関節の関節炎：３箇所以上の関節部が、医師によって観察される軟組織の膨張又は体液（骨の過剰成長のみではない）を有する；１４の起こりうる関節部（左右）は、近位指節間関節（ＰＩＰ）、中手指節関節（ＭＣＰ）、手首、肘、膝、足首及び中足指節関節（ＭＴＰ）である；手関節の関節炎：手首、ＭＣＰ関節又はＰＩＰ関節などにおける、上記のように膨張した少なくとも一つの関節部；対称性関節炎：体の両側の同じ関節部（上記の３以上の関節部の関節炎）の同時関与（ＰＩＰ、ＭＣＰ又はＭＴＰ関節の両側性病変は、絶対的に左右対称でなくとも容認される）リウマトイド結節：医師によって観察される、骨の突出又は伸筋表面上、又は関節近接領域におけるリウマトイド結節；血清リウマチ因子：正常なコントロール患者の５％以下で陽性であるあらゆる方法による血清リウマチ因子の異常な量の証明；エックス線検査の変化：前後方向の手及び手首のＸ線における関節リウマチで典型的なエックス線検査の変化であって、罹患した関節に局所化するかほとんどが罹患した関節に近接する浸食又は明白な骨の脱灰を含む（骨関節炎の変化単独では適さない）。一般的に、患者が少なくとも上記の基準の四つを満たす場合にＲＡの診断が行われる。
多くの公開された研究は、診断及び予後診断を目的とする信頼性が高いバイオマーカー同定の試みについて報告している。（例えばＲｉｏｊａ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍ． ５８（８）： ２２５７−２２６７ （２００８）；Ｐｙｒｐａｓｏｐｏｕｌｏｕ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｄｉａｇｎ． Ｔｈｅｒ． １４（１）： ４３−４８ （２０１０）；国際公開第２００４／０００９４７９号；国際公開第２００７／０１０５１３３号；国際公開第２００７／０３８５０１号；国際公開第２００７／１３５５６８号；国際公開第２００８／１０４６０８号；国際公開第２００８／０５６１９８号；国際公開第２００８／１３２１７６号；及び国際公開第２００８／１５４４２３号を参照）。しかしながら、臨床医等が正確に関節リウマチの病態生理学態様、臨床活性、治療への反応性、予後診断又は疾患を進行させるリスクを定義することを可能にする、臨床的に確証された診断マーカー、例えばバイオマーカーは同定されていない。したがって、ＲＡ患者が治療を求めているので、特定の患者に有効な治療薬の探索に関与する多くの試行錯誤が存在する。そのような試行錯誤には、多くの場合、最も有効な治療を見つけるため、患者の大きなリスク及び不快が関与する。したがって、測定すること間のより有効手段のためのニーズがある。そして、どの患者がどの治療に反応するかを決定するため、及びそのような決定を喘息患者のためのより効果的な治療計画に組み込むためのより効果的な手段に対するニーズがある。
したがって、客観的に患者の疾患の存在を同定及び／又は分類するため、関節リウマチの病態生理学の態様、臨床活性、様々なＲＡ治療薬での治療への反応を含む治療への反応、予後診断及び／又は関節リウマチ発症のリスクを定義するために用いることができる分子ベースの診断方法を含むさらなる診断方法を得ることは、高度に有利であり得る。さらに、疾患の様々な臨床的指標及び／又は病態生理学的指標及び／又は他の生物学的指標と関連する分子ベースの診断マーカーを得ることは有利である。したがって、関節リウマチ及び他の自己免疫疾患と関連する新規な分子バイオマーカーを同定するという継続的なニーズが存在している。そのような関連性は、患者の関節リウマチの存在の同定又は疾患を発症する感受性の決定に役立つ。そのような関連性は、ＲＡの病態生理学の態様、臨床活性、治療への反応又は予後診断の同定にも役立つ。さらに、そのような関連性に関する統計学的に及び生物学的に重要で再現可能な情報は、例えば臨床研究において特定のＲＡ患者亜集団で治療的恩恵を有することが示された特定の治療薬での治療から有意に恩恵を受けることが期待される一部の特定の患者の同定の取り組みにおける不可欠な構成要素として利用され得る。
本明細書に記載される発明は、上記のニーズを満たし、その他の利益を提供する。
特許出願及び公報を含む本明細書に引用される全ての文献は、あらゆる目的のためにその全てが出典明示により援用されるものとする。
発明の概要
本発明の組成物及び方法は、少なくとも部分的に、関節リウマチ（ＲＡ）の４つの新規かつ異なる分子表現型（本明細書において分子サブタイプとも称される）の定義に基づく。本明細書に記載されるこれらの４つのＲＡ分子サブタイプは、サブタイプと、それぞれの分子サブタイプの関節病理学の特定の組織学的指標及び特定の生物学的経路との重要な関連性との間の差次的な遺伝子発現に基づいて定義された。用語「分子表現型」及び「分子サブタイプ」は、本明細書では交換可能に用いられる。
したがって、ある態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（リンパ系リッチ（Ｌ）サブタイプとして本明細書に記載される）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表５に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプの治療標的は、表５に記載される遺伝子の一又は組合せにコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプ治療標的は、表１に記載される遺伝子の一又は組合せにコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプ治療標的は、表１０に記載される遺伝子の一又は組合せにコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＬサブタイプの治療標的は、一以上のＣＤ２０（ＭＳ４Ａ１と同義）、ＣＴＬＡ４、ＣＤ３、ＣＲＴＡＭ、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＣＤ１９、ＨＬＡＩＩ、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ＣＤ３８、ＩＬ２１Ｒ、ＩＬ１２Ｒβ１及びＩＬ１２Ｒβ２から選択される。
別の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（Ｌサブタイプとして本明細書に記載される）を診断する方法は、表５に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表５に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表５に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一つ以上は、Ｌサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＬサブタイプＲＡの診断方法は、表１に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一つ以上は、Ｌサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＬサブタイプＲＡの診断方法は、表１０に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１０に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一つ以上は、Ｌサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＬサブタイプを診断する方法は、一以上のＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。特定の実施態様において、ＲＡのＬサブタイプを診断する方法は、ＣＸＣＬ１３及び／又はｓＦｃＲＨ５のタンパク質発現及び／又は血清中のＲＦを測定することを含む。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。特定の実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。特定の実施態様において、血清がＲＦに陽性である場合及びｓＦｃＲＨ５の血清レベルがコントロール試料と比較して上昇している場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。そのような特定の実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルは、１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い。特定の実施態様において、血清がＲＦに陽性である場合及びｓＦｃＲＨ５とＣＸＣＬ１３の血清レベルがコントロール試料と比較して上昇している場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断される。そのような特定の実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルは１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高く、ＣＸＣＬ１３の血清レベルは１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い。
他の態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（本明細書において骨髄性リッチ（Ｍ）サブタイプ）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表６に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表６に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表２に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプ治療標的は、表１１に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＭサブタイプの治療標的は、ＣＬＥＣ５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＡＬＣＡＭ、ＩＬ１ＲＡＰ、ＩＲＡＫ１、ＮＲＰ２、ＴＲＥＭ１及びＶＥＧＦの一以上から選択される。
他の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（本明細書にＭサブタイプとして記載される）を診断する方法は、表６に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表６に記載される遺伝子の一又は組合せによって発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表６に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｍサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＭサブタイプＲＡの診断方法は、表２に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表２に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表２に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｍサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＭサブタイプＲＡの診断方法は、表１１に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１１に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｍサブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＭサブタイプを診断する方法は、ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１の一以上の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。
別の態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（繊維芽細胞リッチ２型（Ｆ２）サブタイプとして本明細書に記載される）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表７に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表７に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表３に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプ治療標的は、表１２に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＦ２サブタイプの治療標的は、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７ＲＣ、ＴＩＭＰ３及びＴＮＦＲＳＦ１１Ｂの一以上から選択される。
他の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（本明細書にＦ２サブタイプとして記載される）を診断する方法は、表７に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表７に記載される遺伝子の一又は組合せによって発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表７に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ２サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプＲＡの診断方法は、表３に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表３に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表３に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ２サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプＲＡの診断方法は、表１２に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１２に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ２サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＦ２サブタイプの診断方法は、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ，ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄの一以上の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。
別の態様において、ＲＡの特定の分子サブタイプ（繊維芽細胞リッチ１型（Ｆ１）サブタイプとして本明細書に記載される）の治療のための治療標的が提供される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプの治療標的は、表８に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプの治療標的は、表４に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプの治療標的は、表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプ治療標的は、表８に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプ治療標的は、表４に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプ治療標的は、表１３に記載される遺伝子の一又は組合せによりコード化されるタンパク質の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのＦ１サブタイプの治療標的は、ＣＤＨ１１、ＩＴＧＡ１１及びＣＬＥＣ１１Ａの一以上から選択される。
他の態様において、ＲＡの特定のサブタイプ（本明細書にＦ１サブタイプとして記載される）を診断する方法は、表８に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表８に記載される遺伝子の一又は組合せによって発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表８に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ１サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプＲＡの診断方法は、表４に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表４に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表４に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ１サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプＲＡの診断方法は、表１３に記載される遺伝子の一又は組合せの遺伝子発現を測定すること、又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せにより発現するタンパク質の量を測定することを含む。特定の実施態様において、表１３に同定された遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上は、Ｆ１サブタイプのバイオマーカーである。特定の実施態様において、ＲＡのＦ１サブタイプの診断方法は、ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦの一以上の遺伝子発現又はタンパク質発現を測定することを含む。
ある態様において、遺伝子発現はマイクロアレイで測定される。別の態様において、遺伝子発現は、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応法（ｑＰＣＲ）で測定される。別の態様において、遺伝子発現は、マルチプレックスＰＣＲで測定される。他の実施態様によれば、遺伝子発現は、上述した遺伝子のタンパク質発現量を観測することで測定される。他の実施態様によれば、健常なコントロールと比較した場合に、対象の遺伝子の相対的なｍＲＮＡレベルがコントロール遺伝子ｍＲＮＡのレベルの２倍を超えると、対象の遺伝子の発現は上昇していると考えられる。他の実施態様によれば、対象の遺伝子の相対的なｍＲＮＡレベルは、健常コントロールの遺伝子発現と比較して３倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍又は３０倍より高い。ある態様において、遺伝子発現レベルは、ＰＣＲ法、マイクロアレイ法又はイムノアッセイ法から選択される方法で測定される。一実施態様において、マイクロアレイ法は、前述の遺伝子をコード化する核酸分子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる一以上の核酸分子を有するか、前述の遺伝子によってコード化されるタンパク質の一以上に結合することができる一以上のポリペプチド（例えばペプチド又は抗体）を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様において、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。一実施態様において、ＰＣＲ法はマルチプレックスＰＣＲである。一実施例によれば、イムノアッセイ法は、患者試料中の前述の遺伝子から発現されるタンパク質に抗体を結合させること、及び患者試料のタンパク質レベルが上昇しているかを決定することを含む。特定の実施態様において、イムノアッセイ法は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦのタンパク質発現は、ＥＬＩＳＡで測定される。
ある態様では、被検者の関節リウマチのサブタイプを同定する方法が提供され、その方法は被験者から得られた生体試料において、特定のサブタイプと関連する一以上の遺伝子又は前記遺伝子にコード化される一以上のタンパク質の発現を測定することを含む。ある態様では、本明細書に記載されるように、ＲＡのサブタイプは、Ｌサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表１、表５又は表１０に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５である。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルは１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプとして同定される。特定の実施態様において、ＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプとして同定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表２、表６又は表１１に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表３又は表７又は表１２に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ表４又は表８又は表１３に記載される対応するプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
別の態様において、ＲＡを有する被検者がＲＡ治療薬に反応するかどうかを予測する方法が提供され、その方法は被験者から得られた生体試料において、ＲＡの特定のサブタイプと関連する遺伝子特性の一以上の遺伝子又は前記遺伝子にコード化される一以上のタンパク質の発現（タンパク質特性）を測定することを含む。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及びＲＦから選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２抗体、ＣＤ２０抗体、ＢＲ３抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。特定の実施態様において、ＲＡを有する被検者がリツキシマブに反応するかどうかを予測する方法が提供され、その方法はＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦの血清レベルを測定することを含む。一実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。一実施態様において、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。一実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高く、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。一実施態様において、血清がＲＦ陽性であり、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高く、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＲＡを有する被検者はリツキシマブに反応すると予測される。
別の態様において、上述の遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。
さらに別の態様において、前述の遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。
さらに別の態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
特定の実施態様において、ＲＡ治療薬は、サイトカイン／ケモカイン、リンパ球、樹状細胞、マクロファージ、繊維芽細胞、骨芽細胞及び破骨細胞から選択される生物学的経路を標的とする。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬は、ＴＮＦ阻害剤、Ｂ細胞アンタゴニスト、ＩＬ−１７Ａ／Ｆ結合剤、ＩＬ−６結合剤、ＣＤ２８／Ｂ７経路の阻害剤などの同時刺激の阻害剤、ＣＤ４結合剤から選択される。特定の実施態様において、ＣＤ２８／Ｂ７経路の阻害剤は、ＣＴＬＡ４−Ｉｇである。
さらに別の態様において、被検者のＲＡを診断又は予後診断する方法が提供され、その方法は被検者から得られた生体試料における特定のサブタイプと関連した一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質の発現を測定することを含む。ある態様において、本明細書に記載されているように、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプがＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、方法は、被検者から得られた血清思料におけるＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦのタンパク質発現を測定することを含む。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断又は予後診断される。特定の実施態様において、ＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、患者はＬサブタイプＲＡと診断又は予後診断される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の一から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の両方である。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
更なる態様において、被検者のＲＡの診断又は予後診断を補助する方法が提供され、その方法は被検者から得られた生体試料における特定のサブタイプと関連する一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質の発現を測定することを含む。ある態様において、ＲＡのサブタイプは、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＬサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される。特定の実施態様において、方法は、被検者から得られた血清試料におけるＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦのタンパク質発現）を測定することを含む。特定の実施態様において、ＣＸＣＬ１３の血清レベルが１１６．６ｐｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は２００ｐｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｐｇ／ｍｌより高い、又は３００ｐｇ／ｍｌより高い場合、ＬサブタイプＲＡの診断又は予後診断は補助される。特定の実施態様において、ＦｃＲＨ５の血清レベルが１２６．７ｎｇ／ｍｌより高い、又は１５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は２００ｎｇ／ｍｌより高い、又は２５０ｎｇ／ｍｌより高い、又は３００ｎｇ／ｍｌより高い場合、ＬサブタイプＲＡの診断又は予後診断は補助される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の一から選択される。特定の実施態様において、生体試料は血清試料であり、血清試料はＲＦ陽性であり、発現が測定されるタンパク質はＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５の両方である。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＭサブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ２サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、ＲＡのサブタイプはＦ１サブタイプであり、一以上の遺伝子又は前記遺伝子によってコード化される一以上のタンパク質はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される。
ある態様において、ＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性が検出された被検者のＲＡを治療する方法が提供される。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプに関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
別の態様において、ＲＡの分子サブタイプを有する被検者を治療する方法が提供され、その方法はＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性が検出された被検者におけるサブタイプを治療するのに有効な治療剤を被検者に投与することを含む。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は本明細書にきさいされるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプに関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。ある種の実施形態では、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
別の態様において、ＲＡを有するか有すると考えられ、ＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性が検出された被検者に薬剤を投与するという指示書と共に薬剤を梱包することを含む、ＲＡ治療薬を製造することを含む方法が提供される。ある態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性は、本明細書に記載されるＬサブタイプ、Ｍサブタイプ、Ｆ２サブタイプ及びＦ１サブタイプから選択されるＲＡの分子サブタイプと関連している。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
ある態様において、ＲＡ治療薬での治療のためにＲＡに苦しむ患者を選択するための方法が提供され、その方法はＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性の存在を検出することを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプに関連しており、遺伝子特性は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
別の態様において、被検者又は被検者から得られた生体試料のＲＡのステージを評価する方法が提供され、その方法は被検者から得られた生体試料中のＲＡの分子サブタイプに関連する遺伝子特性又はタンパク質特性の存在を検出することを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性は表１又は表５に記載される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表１又は表５又は表１０に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表１又は表５又は表１０に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性はＬサブタイプと関連しており、遺伝子特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性はＬサブタイプと関連しており、タンパク質特性はＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、タンパク質特性は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５及び／又はＲＦを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＭサブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＭサブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表２又は表６又は表１１に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表２又は表６又は表１１に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ２サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表３又は表７又は表１２に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表３又は表７又は表１２に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ２サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。特定の実施態様において、遺伝子特性はＦ１サブタイプと関連しており、一以上の遺伝子は表４又は表８又は表１３に記載される遺伝子の一又は組合せから選択され、一以上の遺伝子の発現はそれぞれ対応する表４又は表８又は表１３に記載されるプローブを用いて測定される。特定の実施態様において、遺伝子特性又はタンパク質特性はＦ１サブタイプと関連しており、遺伝子特性又はタンパク質特性はＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子又は前記遺伝子によってコード化されるタンパク質の一又は組合せを含む。
さらに別の態様において、生体試料において分子サブタイプと関連する遺伝子特性を検出することを含む、患者のＲＡの分子サブタイプを診断するためのキットが提供される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＬサブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｍサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＭサブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ２サブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択される遺伝子とハイブリダイズする一以上の核酸分子；及び（２）ＲＡ患者試料の遺伝子の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記遺伝子の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ１サブタイプを示す。特定の実施態様において、遺伝子発現レベルは、ｍＲＮＡレベルをアッセイすることにより測定される。特定の実施態様において、アッセイは、ＰＣＲ法及び／又はマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様において、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。一実施態様において、ＰＣＲ法はマルチプレックスＰＣＲである。特定の実施態様において、キットは、ヌクレアーゼ、リガーゼ及びポリメラーゼから選択される少なくとも一つの酵素を含む。
更なる態様において、患者の生体試料の分子サブタイプに関連する一以上のタンパク質の発現を検出することを含む、患者のＲＡの分子サブタイプを診断するためのキットが提供される。特定の実施態様において、Ｌサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＣＸＣＬ１３、ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２と同義）、ｓＦｃＲＨ５（ｓＩＲＴＡ２と同義）、ＬＴβ、ＩＣＡＭ３、ＩＬ１８、ＰＡＣＡＰ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ、ＩＧＭ、ＩｇＧ及びＸＢＰ１から選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＬサブタイプを示す。特定の実施態様において、検出されるタンパク質は、ＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５、ＲＦ及びその組合せから選択される。特定の実施態様において、Ｍサブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＡＤＡＭ８、ＣＴＳＢ、ＣＸＣＬ３、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＭＰ１２、ＣＣＬ２、ＶＥＧＦＡ及びＳ１００Ａ１１から選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＭサブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ２サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ２、ＬＲＰ６、ＴＧＦβ２、ＷＮＴ１１、ＢＭＰ６、ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＺＤ１０、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８及びＩＬ１７Ｄから選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ２サブタイプを示す。特定の実施態様において、Ｆ１サブタイプを診断するためのキットが提供され、（１）ＩＴＧＡ１１、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ２８、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２２、ＣＴＳＫ、ＣＴＨＲＣ１、ＥＮＰＥＰ、ＰＯＳＴＮ、ＡＮＧＰＴ２、ＳＦＲＰ２、ＴＩＥ１及びＶＷＦから選択されるタンパク質に結合する一以上のタンパク質分子（例えば抗体を含むが、これに限定されない）；及び（２）ＲＡ患者試料のタンパク質の発現レベルを測定するための指示書を含んでなり、前記タンパク質の一、組合せ又は全ての上昇した発現レベルがＦ１サブタイプを示す。特定の実施態様において、タンパク質分子は、抗体、ペプチド又はペプチボディである。さらなる実施態様において、キットは、タンパク質分子を検出するためのマイクロアレイチップを含む。
ある態様において、患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含む場合に、関節リウマチを治療するために患者にＲＡ治療薬の有効量を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストはＣＤ２０に対する抗体であり、ＣＤ２０に対する抗体はリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。
別の態様において、患者にＢ細胞アンタゴニストの有効量を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法であって、投与前に患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含むかを決定し、それによりＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその組合せの量が患者がアンタゴニストによる治療に反応するであろうことを示す方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストはＣＤ２０に対する抗体であり、ＣＤ２０に対する抗体はリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。
さらに別の態様において、患者にＢ細胞アンタゴニストの有効量を投与することを含む、患者の関節リウマチを治療する方法であって、投与前に患者の血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを含むかを決定し、それによりＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５又はその組合せの量が患者がアンタゴニストによる治療に有利に反応する可能性が高いことを示す方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。特定の実施態様において、ＲＡ治療薬はＢ細胞アンタゴニストである。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２２に対する抗体、ＣＤ２０に対する抗体、ＢＲ３に対する抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。特定の実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストはＣＤ２０に対する抗体であり、ＣＤ２０に対する抗体はリツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、１Ｆ５、２Ｈ７及びＡ２０から選択される。
さらに別の態様において、ターゲットオーディエンスに、得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はその組合せを示す関節リウマチの患者又は患者集団を治療するために、アンタゴニスト又はその製薬的組成物の使用を宣伝することを含む、Ｂ細胞アンタゴニスト又はその製薬的に許容可能な組成物を宣伝広告するための方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
ある態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む製薬的組成物、及び製薬的に許容可能な担体、及び得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを示す関節リウマチの患者を治療するためのものであることを記載するラベル、が共に梱包された製品が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
別の態様において、Ｂ細胞アンタゴニスト又はその製薬的組成物を製造する方法であって、アンタゴニスト又は製薬的組成物、及び得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを示す関節リウマチの患者を治療するためのものであることを記載するラベル、を容器中に組み合わせることを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
さらに別の態様において、関節リウマチを有する患者のために治療方法の選択肢を提供する方法であって、得られた血清試料が１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを含む関節リウマチの患者を治療するという指示書を含む添付文書と共に、バイアル中のＢ細胞アンタゴニストを梱包することを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
さらに別の態様において、関節リウマチ患者亜集団に使用するためのＢ細胞アンタゴニストを特定するための方法であって、前記亜集団の血清試料中に１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せの存在により特徴付けられる患者亜集団にＢ細胞アンタゴニストを投与するという指示を提供することを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、血清試料はＲＦ陽性である。
ある態様において、関節リウマチ患者亜集団に用いるためのＢ細胞アンタゴニストのマーケティング方法であって、そのような亜集団の患者の血清試料における１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せの存在によって特徴づけられる患者亜集団の治療のためのアンタゴニストの使用についての情報をターゲットオーディエンスに知らせることを含む方法が提供される。さらなる実施態様において、そのような亜集団の患者の血清試料はＲＦ陽性である。
別の態様において、関節リウマチを有する患者又は患者亜集団の治療を選択するための方法が提供され、その方法は：（ａ）患者の血清試料中のＣＸＣＬ１３、ｓＦｃＲＨ５の量又はこれらの量の両方を決定すること；（ｂ）血清試料がＲＦ陽性かＲＦ陰性かを決定すること；及び（ｃ）患者の試料がＲＦ陽性であり、１１６．６ｐｇ／ｍｌより多い量のＣＸＣＬ１３又は１２６．７ｎｇ／ｍｌより多い量のｓＦｃＲＨ５又はこれらの量の組合せを有する場合、治療としてＢ細胞アンタゴニストを選択すること、を含む。
図１は、実施例１に記載されるようなＲＡ患者の滑膜組織のマイクロアレイ解析に続く、試料クラスター及び枝のサポート値を表しているデンドログラムを示す。
図２は、実施例１に記載されるようなＲＡの４つ分子表現型（サブタイプ）を明らかにするヒートマップ及びブートストラップデンドログラム（垂直線）を示す。Ｆ１＝繊維芽細胞−リッチ１型サブタイプ；Ｆ２＝繊維芽細胞−リッチ２型サブタイプ；Ｌ＝リンパ系リッチサブタイプ；Ｍ＝骨髄リッチサブタイプ。各々の分子表現型は、ブートストラップデンドログラムの上の図の最上位に示される；ヒートマップ内の遺伝子発現の周囲に対応するボックスが示され、同時制御された特性遺伝子の特異的な領域を強調している。発現データは、視覚化のためにｚ−スコア標準化された（図の下部にあるバー）。
図３は、実施例１に記載されるＬサブタイプ滑膜組織試料の分子的、臨床的、組織学的及び免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）非Ｌサブタイプ試料（ＮＬ）と比較したＬサブタイプ試料（Ｌ）のＸＢＰ１転写因子の発現；（Ｂ）リンパ系の凝集体を欠く滑膜試料（−）と比較したリンパ系の凝集体（＋）を含む滑膜試料におけるＸＢＰ１転写因子の発現；（Ｃ）試験した全てのＲＡ試料におけるＸＢＰ１発現レベルと比較した赤血球沈降速度（ＥＳＲ）（「沈降速度」）のグラフィカルプロット；（Ｄ）試験した全てのＲＡ試料におけるＸＢＰ１発現レベルと比較したＣ反応性タンパク質のグラフィカルプロット；（Ｅ）Ｌサブタイプの代表的な滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｆ）Ｌサブタイプの代表的な滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｇ）Ｌサブタイプの代表的な滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｈ）Ｌサブタイプの代表的な試料ののＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
図４は、実施例１に記載されるＭサブタイプ滑膜組織試料の分子的、組織学的及び免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）他のサブタイプ（Ｆ１、Ｆ２、Ｌ）の発現と比較したＭサブタイプ試料（Ｍ）におけるＩＣＡＭ１の発現；（Ｂ）Ｍサブタイプ試料におけるＴＮＦ遺伝子発現と比較したＩＬ１遺伝子発現のグラフィカルプロット；（Ｃ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｄ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｅ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｆ）代表的なＭサブタイプの滑膜試料のＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
図５は、実施例１に記載されるＦ２サブタイプ滑膜組織試料の分子的、組織学的免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）他のサブタイプ（Ｆ１、Ｌ及びＭ）の発現と比較したＦ２サブタイプ試料（Ｆ１）におけるＩＬ１７Ｄの発現；（Ｂ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｃ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｄ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｅ）代表的なＦ２サブタイプの滑膜試料のＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
図６は、実施例１に記載されるＦ１サブタイプ滑膜組織試料の分子的、組織学的及び免疫組織化学的特性を示す。（Ａ）他のサブタイプ（Ｆ２、Ｌ及びＭ）の発現と比較したＦ１サブタイプ試料（Ｆ１）におけるＩＬ１７Ｄの発現；（Ｂ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料のヘマトキシリン‐エオジン染色；（Ｃ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料のＴ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色；（Ｄ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料の活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色；（Ｅ）代表的なＦ１サブタイプの滑膜試料のＢ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色。
図７は、実施例１に記載される分子サブタイプによる、リンパ系クラスターの試料の割合を示す。Ｆ１、Ｆ２、Ｌ及びＭ分子サブタイプは、底面の軸に沿って示される。
図８は、実施例１に記載されるように、各々の示された分子サブタイプの、ＲＡの特定の典型的なマーカーについての特定の試料の値を示す。（Ａ）赤血球沈降速度（ＥＳＲ）（ｍｍ／ｈｒ）；（Ｂ）Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）（ｍｇ／ｄＬ）；（Ｃ）ステージ別のエックス線検査の進行。Ｆ１、Ｆ２、Ｌ及びＭ分子サブタイプは、底面の軸に沿って（Ａ）−（Ｃ）のそれぞれについて示される；各々の点は、個々の試料についての値を表す。
図９は、実施例１に記載される各々のサブタイプに特異的な遺伝子特性の統計解析によって同定される各々の分子サブタイプの生物学的経路を示す。ヒートマップは解析の結果を表す。サブタイプＦ１、Ｆ２、Ｌ及びＭのそれぞれはヒートマップの上部に記載される；生物学的経路はヒートマップの右側に沿って示される；ヒートマップ中の灰色の濃淡は、図の底面に示されるスケールによる、各々のサブタイプの中で統計学的に多い経路についてのｐ値に対応する。
図１０は、実施例２に記載されるように、マイクロアレイ解析によって差次的に発現することが見い出された選択された遺伝子の検証を示す。（Ａ）Ｆ１特異的な転写産物；（Ｂ）Ｆ２特異的な転写産物；（Ｃ）Ｌ特異的な転写産物；（Ｄ）Ｍ特異的な転写産物。（Ａ）−（Ｄ）のそれぞれにおいて、遺伝子転写物の名称はグラフの上部に示される；サブタイプＦ１、Ｆ２、Ｌ及びＭのそれぞれのは、正常（Ｎｒｍｌ）及び骨関節炎（ＯＡ）個体と共に各々のグラフの水平軸に示される；ハウスキーピング遺伝子（ＨＰＲＴ１）と比較して多量の転写産物は、各々のグラフの垂直軸に示される。
図１１は、実施例３に記載されるように、健常なコントロールと比較した、リツキシマブの投薬前のＲＥＦＬＥＸ試験におけるＲＡ患者の（Ａ）血清ｓＦｃＲＨ５レベル及び（Ｂ）血清ＣＸＣＬ１３レベルのグラフィカルプロットを示す。血清ｓＦｃＲＨ５レベルは、（Ａ）の垂直軸（ｎｇ／ｍｌ）にプロットされる；血清ＣＸＣＬ１３レベルは、（Ｂ）の垂直軸（ｐｇ／ｍｌ）にプロットされる；健常なコントロール及びＲＡ患者は、（Ａ）及び（Ｂ）の水平軸に示される。
図１２は、実施例３に記載されるように、ＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５データの限界感度解析の結果を示す。ストライプのバー：リツキシマブを処理された患者；オープンバー：プラセボを処理された患者；バーの幅は、集団の患者数を反映する；図の右側は、９５％信頼区間（ＣＩ）での、高バイオマーカー集団及び低バイオマーカー集団間のプラセボ修正最適サブグループの有効性の相違を示す。
図１３は、実施例３に記載されるように、ＲＥＦＬＥＸ試験（Ａ）及びＳＥＲＥＮＥ試験（Ｂ）におけるｓＦｃＲＨ５レベル及びＲＦ血清陽性によって定義される患者サブセットのプラセボ対照２４週間ＡＣＲ５０奏効率を示す。ストライプのバー、リツキシマブを処理された患者；オープンバー、プラセボを処理された患者。患者サブセットは、水平軸に示される（全ての患者、ＦｃＲＨ５ｌｏ又はｈｉ、ＲＦ陰性又は陽性）；そのサブセットにおける患者の総数と比較した、各々のサブセットにおけるＡＣＲ５０反応を示す患者数は、それぞれのバーの上に示される。プラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率（ΔＡＣＲ５０）もまた、各々のサブセットについてグラフの上部に示される。
図１４は、実施例３に記載されているように、ＲＥＦＬＥＸ試験におけるｓＦｃＲＨ５レベル、ＣＸＣＬ１３レベル及びＲＦ血清陽性によって定義される患者サブセットのプラセボ対照２４週間ＡＣＲ５０奏効率を示す。ストライプのバー、リツキシマブを処理された患者；オープンバー、プラセボを処理された患者。患者サブセットは、水平軸に示される（全ての患者、ＦｃＲＨ５ｌｏ又はｈｉ、ＣＸＣＬ１３ｌｏ又はｈｉ、ＲＦ陰性又は陽性）；そのサブセットにおける患者の総数と比較した、各々のサブセットにおけるＡＣＲ５０反応を示す患者数は、それぞれのバーの上に示される。プラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率（ΔＡＣＲ５０）もまた、各々のサブセットについてグラフの上部に示される。
発明の詳細な説明
特に定義されない限り、本願明細書において用いられる専門的及び科学的な用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって共通して理解されるのと同じ意味を有する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２ｎｄ ｅｄ．， Ｊ． Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｎ．Ｙ． １９９４）及びＭａｒｃｈ， Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ， Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ４ｔｈ ｅｄ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｎ．Ｙ． １９９２）は、本出願において用いられる用語の多くについての、一般的な指針を当業者に提供する。
［定義］
本明細書を解釈する目的のために、以下の定義が適用され、適切な場合にはいつでも、単数形で使用される用語は複数も含み、その逆もある。以下に説明される任意の定義が、参照により本明細書に組み込まれる任意の文書と矛盾する場合には、以下に説明される定義が統制するであろう。
「関節リウマチ」（ＲＡ）は、関節軟骨に対して生じた損傷を持つ複数の関節の滑膜を主に伴い、慢性の全身性自己免疫炎症性疾患を指し、関節破壊をもたらす。ＲＡの主な症状としては、痛み、硬直、腫れ、及び／又は１つまたは複数の関節の機能の喪失である。
本明細書中で交換可能に用いられる「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、変性ヌクレオチド又は塩基および／またはそれらのアナログ、又は、ＤＮＡ又はＲＮＡポリメラーゼによって又は合成反応によってポリマーに組み込まれうる任意の基質であってよい。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそのアナログといった変性ヌクレオチドを含んでよい。 存在するならば、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーの組み立ての前又は後になされ得る。ヌクレオチドの配列は非ヌクレオチド成分により中断されてもよい。ポリヌクレオチドは合成後になされる修飾(一又は複数)、例えば標識との結合を含みうる。他のタイプの修飾には、例えば「キャップ(caps)」、類似体との自然に生じたヌクレオチドの一又は複数の置換、ヌクレオチド間修飾、例えば非荷電連結(例えばホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミダート、カルバマート等)及び荷電連結(ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート等)を有するもの、ペンダント部分、例えばタンパク質(例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ-Ｌ-リジン等)を含むもの、インターカレータ(intercalators)を有するもの(例えばアクリジン、ソラレン等)、キレート剤(例えば金属、放射性金属、ホウ素、酸化的金属等)を含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾された連結を含むもの(例えばアルファアノマー核酸等)、並びにポリヌクレオチド(類)の未修飾形態が含まれる。更に、糖類中に通常存在する任意のヒドロキシル基は、例えばホスホナート基、ホスファート基で置き換えられてもよく、標準的な保護基で保護されてもよく、又は付加的なヌクレオチドへのさらなる連結を調製するように活性化されてもよく、もしくは固体又は半固体担体に結合していてもよい。５'及び３'末端のＯＨはホスホリル化可能であり、又は１〜２０の炭素原子を有する有機キャップ基部分又はアミンで置換することもできる。また他のヒドロキシルは標準的な保護基に誘導体化されてもよい。またポリヌクレオチドは当該分野で一般的に知られているリボース又はデオキシリボース糖類の類似形態のものをさらに含み得、これらには例えば２'-Ｏ-メチル-、２'-Ｏ-アリル、２'-フルオロ又は２'-アジド-リボース、炭素環式糖の類似体、アルファ-アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース類又はリキソース類、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び非塩基性ヌクレオシド類似体、例えばメチルリボシドが含まれる。一又は複数のホスホジエステル連結は代替の連結基で置き換えてもよい。これらの代替の連結基には、限定されるものではないが、ホスファートがＰ(Ｏ)Ｓ(「チオアート」)、Ｐ(Ｓ)Ｓ(「ジチオアート」)、「(Ｏ)ＮＲ２ (「アミダート」)、Ｐ(Ｏ)Ｒ、Ｐ(Ｏ)ＯＲ'、ＣＯ又はＣＨ２ (「ホルムアセタール」)と置き換えられた実施態様のものが含まれ、ここでそれぞれのＲ及びＲ'は独立して、Ｈ又は、エーテル(-Ｏ-)結合を含んでいてもよい置換もしくは未置換のアルキル(１-２０Ｃ)、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル又はアラルジル(araldyl)である。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同一である必要はない。先の記述は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含むここで引用される全てのポリヌクレオチドに適用される。
ここで使用される「オリゴヌクレオチド」とは、短く、少なくとも約７ヌクレオチドであり、約２００未満のヌクレオチド長さの単鎖である。オリゴヌクレオチドは合成され得る。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」なる用語は、相互に排他的なものではない。ポリヌクレオチドについての上述した記載はオリゴヌクレオチドと等しく、十分に適用可能である。
「プライマー」は、一般に遊離した３’−ＯＨ基を提供することにより、核酸にハイブリダイズし、相補的な核酸の重合を可能とする、単鎖のポリヌクレオチドである。
ここで使用される「アレイ」又は「マイクロアレイ」なる用語は、基質上でのハイブリダイズ可能なアレイ成分、好ましくはポリヌクレオチドプローブ(例えばオリゴヌクレオチド)の規則正しい整列を指す。基質は、ガラススライドなどの固体基質、又はニトロセルロースメンブレンなどの半固体基質であってもよい。
「増幅」は、基準核酸配列又はその相補鎖の一又は複数のコピーを製造する過程を意味する。増幅は、一次関数的、又は指数関数的（例えばＰＣＲ）であり得る。「コピー」は、鋳型配列に対して必ずしも完全に相補的又は同一な配列を意味するものではない。例えば、コピーは、例えばデオキシイノシンなどのヌクレオチド類似体、意図的配列変化(鋳型に完全に相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含むプライマーにより導入された配列変化など)及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
「検出」は、直接的および間接的な検出を含む検出するための任意の手段を含む。
「上昇した発現」又は「上昇したレベル」は、ＲＡなどに罹患していない個体（単数）又は個体（複数）などの対照に対して、又は事前に確立された閾値又はカットオフ値に対して、患者におけるｍＲＮＡ又はタンパク質の発現の増加を指す。
用語「分子サブタイプ」は、「分子表現型」と交換可能に用いられ、一又は複数の特定の遺伝子又は一又は複数の特定のタンパク質、又は遺伝子の組合せ又はタンパク質の組合せの発現の特定の発現パターンに特徴付けられるＲＡのサブタイプ又は表現型を意味する。特定の遺伝子、タンパク質又は遺伝子もしくはタンパク質の組合せの発現はさらに、ＲＡの特定の病理学的、組織学的及び／又は臨床的特徴と関連し得る。
用語「多重ＰＣＲ」は、単一反応で二以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のため、一以上のプライマーの組を使用して、単一供給源（例えば患者）から得られた核酸で実施される単一ＰＣＲ反応を指す。
本出願で使用される場合、「リウマチ因子」又は「ＲＦ」は、患者の血清中で検出され、ヒト及び動物のＩｇＧに存在する抗原決定基を指向する抗体の、ＩｇＭ、ＩｇＧ、又はＩｇＡアイソタイプを単独又は組み合わせで指す。
用語「ＲＦに対して陽性」とは、結果が、検出可能なレベルのＲＦを再現可能に含むと見なされるサンプルに対するそのアッセイについての閾値又はカットオフ値を越えている、ＲＦについてのアッセイ、例えばＥＬＩＳＡアッセイなどの結果を指す。
用語「ＲＦに対して陰性」とは、結果が、検出不可能なレベルのＲＦを再現可能に含むと見なされるサンプルに対するそのアッセイについての閾値又はカットオフ値を以下である、ＲＦについてのアッセイ、例えばＥＬＩＳＡアッセイなどの結果を指す。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングに必要な温度が高くなり、プローブが短くなるとそれに必要な温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に、相補鎖がその融点より低い環境に存在する場合に、変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイゼーション配列の間で所望される同一性の程度が高くなればなるほど、用いることができる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにすることになり、低い温度はストリンジェントを低下させることになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明については、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， １９９５）を参照のこと。
ここで定義される「ストリンジェントな条件」又は「高度なストリンジェンシー条件」は、(１)洗浄に低イオン強度及び高温度を用いる、例えば、５０℃で、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウム；(２)ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤を用いる、例えば、４２℃で、５０％(ｖ／ｖ)ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウム；又は(３)４２℃で、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ(０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム)、５０ｍＭのリン酸ナトリウム(ｐＨ６．８)、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ(５０μｇ／ｍｌ)、０．１％ＳＤＳ、及び１０％の硫酸デキストラン溶液を用いた溶液中で終夜ハイブリダイズさせ、４２℃の０．２×ＳＳＣ(塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム)にて１０分洗浄し、ついで５５℃で、ＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣからなる高ストリンジェンシー洗浄を１０分行うものによって同定される。
「中程度のストリンジェント条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Press, 1989)に記載されているように同定され、上記のものよりも低いストリンジェントの洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件を使用する。中程度のストリンジェント条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ(１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム)、５０ｍＭリン酸ナトリウム(ｐＨ７．６)、５×デンハード液、１０％硫酸デキストラン、及び２０ｍｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中にて３７℃で終夜インキュベーションし、次いで１×ＳＳＣ中にて約３７−５０℃でフィルターを洗浄することを含む。当業者であれば、プローブ長などの因子に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかは理解されるであろう。
本明細書で使用される用語「バイオマーカー」は、患者の表現型の指標、例えば、病理学的状態又は治療薬に対する応答性の可能性を指し、それらは患者の生物学的サンプル中に検出することができる。バイオマーカーは、限定されないが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、又は糖脂質ベースの分子マーカーを含む。
ここで用いられる「診断」なる用語は、癌の同定といった分子又は病的状態、疾患又は状態の同定を指すためにここで用いられる。 例えば、「診断」は、組織病理学的な基準（例えば、リンパ球浸潤又は濾胞様リンパ様クラスター）によって、又は分子的特徴（例えば、前記遺伝子によりコードされた特定の遺伝子又はタンパク質の一つ又は組み合わせの発現により特徴付けられるサブタイプ）による特定のサブタイプのＲＡの分類を指す場合もある。
用語「診断幇助」は、本明細書において、特定のタイプの症状または状態の存在、又は性質に関する臨床的決定を行うことにおいて支援する方法を指す。例えば、ＲＡの診断を支援する方法は、個体からの生物学的サンプル中で特定の遺伝子死の発現を測定することを含むことができる。
「予後」なる用語は、関節リウマチのような自己免疫性疾患の自己免疫性疾患に起因し得る疾患症状の可能性の予測を指すためにここで用いられる。「予測」なる用語は、患者が薬剤又は一連の薬剤に対して有利又は不利に応答する可能性を指すためにここで用いられる。一実施態様では、予測はそれらの応答の程度に関する。一実施態様では、予測は、例えば特定の治療的薬剤による治療、及び疾患の再発を伴わない一定期間の治療の後に患者が生存しているか改善しているかどうか、及び／又はその可能性に関する。本発明の予測方法は、任意の特定の患者のために最も好適な治療様式を選択することによって、治療決定を臨床的に行うことができる。本発明の予測方法は、患者が、治療投薬計画、例えば特定の治療剤や組み合わせの投与、外科的介入、ステロイド治療などを含む特定の治療投薬計画に有利に応答するかどうか、又は治療投薬計画の後に患者が長期に生存しているかどうかを予測する際の有用なツールである。
ここで使用される「治療」とは、治療される個体又は細胞の自然の経過を変化させる試みにおける臨床的介入を意味し、臨床病理経過中又はその前に実施することができる。治療の所望する効果には、疾患又はその状態ないし症状の発症又は再発の予防、疾患の状態ないし症状の緩和、疾病の任意の直接的又は間接的な病理学的結果の低減、疾病の進行速度の低減、病状の回復又は緩和、及び寛解の達成又は予後の改善が含まれる。いくつかの実施態様では、本発明の方法及び組成物は疾患又は障害の発達を遅らせるために有用である。
「有効量」とは、所望される治療的又は予防的結果を達成するのに必要な期間、必要な用量での有効量を意味する。個体に所望する反応を引き出すための治療薬剤の「治療的有効量」は、病状、年齢、性別、個体の体重、及び抗体の能力等の要因に応じて変わり得る。また、治療的有効量とは、治療薬剤の任意の毒性又は有害な影響を、治療的に有益な効果が上回る量でもある。「予防的有効量」は、所望する予防的結果を達成するのに必要な期間、用量で有効な量を意味する。必ずではないが、典型的には、予防的用量は、疾病の前又は初期の段階に患者に使用されるために、予防的有効量は治療的有効量よりも少ない。
「個体」、「被検体」又は「患者」は脊椎動物である。特定の実施態様では、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物には、これに限定されないが、霊長類（ヒト及び非ヒト霊長類を含む）及び齧歯類（例えばマウス及びラット）が含まれる。特定の実施態様では、哺乳動物はヒトである。
「対照被験者」は、特定の疾患、ＲＡを有していると診断されておらず、ＲＡに関連した任意の徴候又は症状に罹患していない健常被験者を指す。
ここで用いられる「試料」なる用語は、例えば理学的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特徴に基づいて特性を示す又は同定される、細胞実体及び／又は他の分子実体を含有する対象とする被検体から得られる、又は対象とする被検体由来の組成物を指す。例えば、「疾患試料」なる表現及びこの変形は、特徴付けられている細胞実体及び／又は分子実体を含むことが予測される、又はそうであることが知られている対象の被検体から得た任意の試料を指す。
「組織」又は「細胞の試料」は、被検体又は患者の組織から採取された同種の細胞の集まりを意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結された及び／又は保存されていた臓器や組織の試料又は生検又は吸引による固形組織；血液又はいずれかの血液成分；大脳脊髄液、羊水、腹水又は間質液などの体液；被検体の妊娠期又は発生期の任意の時期の細胞であってもよい。また、組織試料は原発性又は培養した細胞又は細胞株であってもよい。場合によっては、組織又は細胞の試料は罹患組織／臓器から得られる。組織試料は、防腐剤、抗凝血物質、バッファー、固定液、栄養分、抗生物質など天然の組織にはもともと混在していない化合物を含んでもよい。本明細書中で用いる「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「コントロール試料」、「コントロール細胞」又は「コントロール組織」は、本発明の方法又は組成物が同定するために用いられている疾患又は状態に罹患していないことがわかっているか、又は考えられている供給源から採取した試料、細胞又は組織を指す。一実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、本発明の組成物又は方法によって疾患又は状態が同定される被検体又は患者と同じ身体の健康な部分から採取される。一実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、本発明の組成物又は方法によって疾患又は状態が同定される被検体又は患者でない個体の身体の健康な部分から採取される。
本明細書中の組織試料の「切断部分(切片)」とは、組織試料の一部又は一片、例えば組織試料から切り出した組織又は細胞の一薄片を意味する。本発明が、組織試料の同じ切断部分が形態学的及び分子的レベルで分析されるか、又はタンパク質及び核酸の両方に関して分析される方法を含む場合に、組織試料の複数の切断部分が採取され、本発明に係る分析に供されてもよいと理解される。
「相関」又は「相関する」は、任意の方法で、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを行うかどうかを決定してもよい。遺伝子発現分析又はプロトコルの実施態様に関し、遺伝子発現分析又はプロトコルの結果を用いて、特定の治療投薬計画を実行するかどうかを決定してもよい。
「医薬」は、疾患、障害および／または状態を治療するために活性な薬剤である。一実施態様では、疾患、障害および／または状態は、関節リウマチ又はその症状又は副作用である。
本発明に従って用いられる場合、特定の治療薬又は治療選択に対する「耐性の増加」なる用語は、薬剤の標準的な用量又は標準的な治療手順に対する応答の減少を意味する。
本発明に従って用いられる場合、特定の治療薬又は治療選択に対する「感受性の減少」なる用語は、薬剤の標準的な用量又は標準的な治療手順に対する応答の減少を意味し、この応答の減少は薬剤の用量や治療の強度を増やすことによって、(少なくとも部分的に)補われうるものである。
「患者応答」又は「応答」は、限定するものではないが以下のものを含む患者に利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価できる。（１）緩徐化及び完全な停止を含む、ある程度の疾患進行の阻害、（２）疾患出現及び／又は症状の数の減少、（３）病変サイズの減少、（４）近接する末梢器官及び／又は組織への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）、（５）疾患の拡がりの阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）、（６）必ずではないが疾患病変の退縮又は除去が生じ得る自己免疫応答の減少、（７）障害と関連する一又は複数の症状の、ある程度の軽減、（８）治療後の無症候期間の増加、及び／又は（９）治療後の特定の時点での死亡率の減少。
用語「遺伝子特性」は、「遺伝子発現特性」と互換的に使用され、その発現が、特定の分子、病理学的組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられるＲＡの特定のサブタイプまたは疾患状態の指標である遺伝子の一又は組み合わせを指す。ある実施態様において、遺伝子特性を含む一又は複数の遺伝子の発現は、対照被検体におけるそれと比べて上昇する。
用語「タンパク質特性」は、「タンパク質発現特性」と互換的に使用され、その発現が、特定の分子、病理学的組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられるＲＡの特定のサブタイプまたは疾患状態の指標であるタンパク質の一又は組み合わせを指す。ある実施態様において、タンパク質特性を含む一又は複数のタンパク質の発現は、対照被検体におけるそれと比べて上昇する。
「ＲＡ治療薬」、「ＲＡを治療するために有効な治療薬」及びその文法的変形は、本明細書で使用される場合、有効量で与えられると、ＲＡを有する被検体に治療的利益を与えることが知られ、臨床的に示され、又は臨床医により期待される薬剤を指す。
ここで「Ｂ細胞表面上マーカー」又は「Ｂ細胞表面上抗原」とは、それを結合するアンタゴニストの標的となることができるＢ細胞の表面上に発現する抗原である。例示的Ｂ細胞表面上マーカーには、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０（ＭＳ４Ａ１）、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ５３、ＣＤ７２、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＤｗ７５、ＣＤｗ７６、ＣＤ７７、ＣＤｗ７８、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８２、ＣＤ８３、ＣＤｗ８４、ＣＤ８５及びＣＤ８６白血球表面上マーカーが含まれる。(詳しくは、The Leukocyte Antigen Facts Book, 2nd Edition. 1997, Barclay等編集, Academic Press, Harcourt Brace & Co., New Yorkを参照)。他のＢ細胞表面上マーカーには、ＲＰ１０５、ＦｃＲＨ２、Ｂ細胞ＣＲ２、ＣＣＲ６、Ｐ２Ｘ５、ＨＬＡ-ＤＯＢ、ＣＸＣＲ５、ＦＣＥＲ２、ＢＲ３、ＢＴｉｇ、ＮＡＧ１４、ＳＬＧＣ１６２７０、ＦｃＲＨ１、ＩＲＴＡ２、ＡＴＷＤ５７８、ＦｃＲＨ３、ＩＲＴＡ１、ＦｃＲＨ６、ＢＣＭＡ、及び２３９２８７などがある。特に対象とするＢ細胞表面上マーカーは、哺乳動物の他の非Ｂ細胞組織と比較してＢ細胞上に主にに発現しており、Ｂ細胞前駆細胞及び成熟Ｂ細胞の両方の細胞上に発現していてもよい。
「Ｂ細胞表面マーカーに結合する抗体」とは、Ｂ細胞表面マーカーに結合することによって哺乳動物のＢ細胞を破壊又は枯渇させる、及び／又は一以上のＢ細胞機能を妨げる、例えば、Ｂ細胞に誘導される体液性反応を低減又は阻害する分子である。場合によって、抗体は、それによって治療する哺乳動物のＢ細胞を枯渇する（すなわち、循環中のＢ細胞レベルを下げる）ことができる。そのような枯渇は、ＡＤＣＣ及び／又はＣＤＣ、Ｂ細胞増殖の阻害及び／又はＢ細胞死の誘導（例えば、アポトーシスを介する）等の多様な機能を介して達成されるであろう。
「アンタゴニスト」なる用語は、リガンドの場合には一又は複数のレセプターへの結合、又はレセプターの場合には一又は複数のリガンドへの結合を含む、特定のタンパク質の活性を中和、遮断(ブロック)、阻害、抑止、低減又は干渉することができる分子を指す。アンタゴニストには、抗体及びその抗原結合断片、タンパク質、ペプチド、糖タンパク質、糖ペプチド、糖脂質、多糖類、オリゴ糖類、核酸、バイオ有機分子、ペプチド模倣薬、製薬的薬剤及びその代謝物、転写及び翻訳制御配列などが含まれる。また、アンタゴニストには、タンパク質の小分子インヒビター、及び融合タンパク質、タンパク質に特異的に結合することによってその標的への結合を隔離するレセプター分子及び誘導体、タンパク質のアンタゴニスト変異体、本発明のタンパク質に対するアンチセンス分子、ＲＮＡアプタマー、及び本発明のタンパク質に対するリボザイムが含まれる。
「Ｂ細胞アンタゴニスト」は、例えばＢ細胞により誘発される体液性応答を低減又は阻害することによって、哺乳動物のＢ細胞を破壊又は枯渇し、及び／又は一又は複数のＢ細胞の機能を妨げる。場合によってＢ細胞アンタゴニストは、それで治療された哺乳動物のＢ細胞を枯渇させる（つまり、循環Ｂ細胞レベルを減少させる）ことができる。このような枯渇は、例えばＡＤＣＣ及び／又はＣＤＣ、Ｂ細胞増殖の阻害、及び／又はＢ細胞死の誘導（例えば、アポトーシスを介して）など様々な機構を介して達成することができる。典型的なアンタゴニストは、合成又は天然配列ペプチド、融合タンパク質、Ｂ細胞マーカーに結合し、任意で細胞毒性剤にコンジュゲートした小分子アンタゴニストを含む。例としては、限定されないが、例えばＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、ＢＲ３抗体（例えば、国際公開第０２２４９０９号）、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンを含む。
ＣＤ２０抗体の例には、「リツキシマブ」(「RITUXAN(登録商標)」)と称される「Ｃ２Ｂ８」(米国特許第５７３６１３７号)、「Ｙ２Ｂ８」と呼称されるイットリウム-[９０]-ラベル２Ｂ８マウス抗体、又はIDEC pharmaceuticals社から商業的に入手可能な「イブリツモマブ・チウキセタン」(ZEVALIN(登録商標))(米国特許第５７３６１３７号；１９９３年６月２２日にＨＢ１１３８８の受託番号でＡＴＣＣに寄託された２Ｂ８；場合によっては１３１Ｉで標識され、「１３１Ｉ-Ｂ１」を生じる、「トシツモマズ」と呼称されるマウスＩｇＧ２ａ「Ｂ１」、又はCorixaから商業的に入手可能な「ヨードＩ１１３トシツモマズ」抗体(BEXXARＴＭ)(また、米国特許第５５９５７２１号を参照)；マウスモノクローナル抗体「１Ｆ５」(Pressら, Blood 69(2)：584-591(1987))及び「フレームワークパッチ」又はヒト化１Ｆ５を含むその変異体(国際公開第２００３／００２６０７号、Leung, S.; ＡＴＣＣ寄託ＨＢ−９６４５０)；マウス２Ｈ７及びキメラ２Ｈ７抗体(米国特許第５６７７１８０号)；ヒト化２Ｈ７(国際公開第２００４／０５６３１２号、米国特許出願公開第２００６００２４２９５)；ＨｕＭａｘ-ＣＤ２０ＴＭ抗体（Genmab, Denmark）; ＡＭＥ−１３３TM 抗体 (Applied Molecular Evolution)；国際公開第２００４／０３５６０７号 (Teelingら)に説明されているヒトモノクローナル抗体；Ａ２０抗体又はその変異体、例えばキメラ又はヒト化Ａ２０抗体(それぞれ、ｃＡ２０、ｈＡ２０) (米国特許出願公開第２００３／０２１９４３３号、Immunomedics)； International Leukocyte Typing Workshopから入手可能なモノクローナル抗体Ｌ２７、Ｇ２８-２、９３-１Ｂ３、Ｂ-Ｃ１又はＮＵ-Ｂ２(Valentineら: Leukocyte Typing III(McMichael編, p. 440, Oxford University Press(1987))が含まれる。
ここで用いられる場合、「ＢＡＦＦ」、「ＢＡＦＦポリペプチド」、「ＴＡＬＬ-１」又は「ＴＡＬＬ-１ポリペプチド」、「ＢＬｙＳ」なる用語は、「天然配列ＢＡＦＦポリペプチド」及び「ＢＡＦＦ変異体」を包含する。「ＢＡＦＦ」は、例えば米国特許出願公開第２００６／０１１０３８７号に記載されるヒトＢＡＦＦ配列を有するポリペプチドに与えられた名称である。ＢＡＦＦの生物学的活性は、Ｂ細胞生存を促進する、Ｂ細胞成熟を促進する、およびＢＲ３に結合することからなる群から選択されうる。「ＢＡＦＦ」なる用語は、Shu 等., J. Leukocyte Biol., 65:680 (1999)；GenBank寄託番号 AF136293；1998年5月7日公開の国際公開第98/18921号；1998年10月7日公開の欧州特許出願公開第 869,180号；1998年6月25日公開の国際公開第98/27114号；1999年3月18日公開の国際公開第99/12964；1999年7月8日公開の国際公開第99/33980；Moore 等., Science, 285:260-263 (1999)；Schneider 等., J. Exp. Med., 189:1747-1756 (1999)；Mukhopadhyay 等., J. Biol. Chem., 274:15978-15981 (1999)に記載のポリペプチドを含む。
ここで用いられる「ＢＡＦＦアンタゴニスト」なる用語には、最も広義に用いられ、、(１)天然配列ＢＡＦＦポリペプチドないし天然配列ＢＲ３ポリペプチドに結合してＢＡＦＦポリペプチドと相互作用するＢＲ３を部分的又は完全にブロック(阻止)する、および(２)天然配列ＢＡＦＦシグナル伝達を部分的又は完全にブロック、阻害ないし中和(無効化)する任意の分子を含む。天然配列ＢＡＦＦポリペプチドシグナル伝達はＢ細胞生存およびＢ細胞成熟を促進する。ＢＡＦＦシグナル伝達の阻害、ブロックまたは中和により、とりわけＢ細胞数が減少する。本発明によるＢＡＦＦアンタゴニストはインビトロ又はインビボのＢＡＦＦポリペプチドの一以上の生物学的活性を部分的または完全にブロック、阻害ないし中和するであろう。一実施態様では、生物学的活性なＢＡＦＦはインビトロ又はインビボで以下の事象の何れか一またはそれらのいくつかを増強する：Ｂ細胞の生存促進、ＩｇＧ及び／又はＩｇＭレベルの増加、形質細胞の数の増加、及び脾臓Ｂ細胞のｐ５２ ＮＦ-κｂへのＮＦ-κｂ２／１００のプロセシング(例として、Batten, M 等, (2000) J. Exp. Med. 192:1453-1465；Moore, 等, (1999) Science 285:260-263；Kayagaki, 等, (2002) 10:515-524)。
ある実施態様では、本発明に係るＢＡＦＦアンタゴニストには、抗ＢＡＦＦ抗体、ＢＡＦＦ結合ポリペプチド（イムノアドヘシン及びペプチドを含む）、及びＢＡＦＦ結合小分子が含まれる。ＢＡＦＦアンタゴニストには、国際公開第０２／０２６４１号に記載されたＢＡＦＦ結合抗体（例えば表１の配列番号１−４６、３２１−３２９、８３４−８７２、１５６３−１５９５、１８８１−１９０５の任意のアミノ酸を含んでなる抗体）が含まれる。さらなる実施態様において、イムノアドヘシンには、BAFF受容体（例えば、BR3、BCMA又はTACI）のBAFF結合領域が含まれる。さらなる実施態様では、イムノアドヘシンはBR3-Fcである。BAFF結合Fcタンパク質の他の例は、国際公開第02/66516号、国際公開第00/40716号、国際公開第01/87979号、国際公開第03/024991号、国際公開第02/16412号、国際公開第02/38766号、国際公開第02/092620号及び国際公開第01/12812号において見られる。BAFFアンタゴニストの製造方法は、例えば米国特許出願公開第2005/0095243号及び第2005/0163775号に記載される。
ここで用いられる「ＢＲ３」、「ＢＲ３ポリペプチド」または「ＢＲ３レセプター」なる用語は、「天然配列ＢＲ３ポリペプチド」および「ＢＲ３変異体」を包含する（ここでさらに定義する）。「ＢＲ３」は、例えば国際公開第２００３／１４２９４及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号に記載されるヒトBR3配列を含むポリペプチドに与えられた名称である。ＢＲ３ポリペプチドは、例えばヒト組織型から又は別の供給源からなど、様々な供給源から単離することができ、又は組換え及び／又は合成法により調製することができる。用語ＢＲ３は、国際公開第２００２／２４９０９号，国際公開第２００３／１４２９４号，及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号に記載されるＢＲ３ポリペプチドを含む。抗ＢＲ３抗体は、例えば、国際公開第２００３／１４２９４号及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号に説明される方法に従って調製することができる。
「天然配列」ＢＲ３ポリペプチド又は「天然ＢＲ３」は、天然由来の対応するＢＲ３ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。そのような天然配列のＢＲ３ポリペプチドは天然から単離するか、組換え及び／又は合成方法により生成することができる。「天然配列ＢＲ３ポリペプチド」なる用語は、ポリペプチドの天然に生じる切断型、可溶型もしくは分泌型（例えば、細胞外ドメイン配列）、天然に生じる変異型（例えば、選択的スプライシング型）及び天然に生じる対立遺伝子変異型を特に包含する。本発明のＢＲ３ポリペプチドには、ヒトＢＲ３のアミノ酸残基１−１８４の近接配列からなるか又はこれを含むＢＲ３ポリペプチドが含まれる（例えば国際公開第2003/14294号及び米国特許出願公開第2005/0070689号を参照のこと).
ＢＲ３「細胞外ドメイン」又は「ＥＣＤ」は、膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインを本質的に含まないＢＲ３ポリペプチドの型を意味する。ヒトＢＲ３のＥＣＤ型には、ＢＲ３のアミノ酸１−７７、２−６２、２−７１、１−６１及び２−６３の何れか一を含んでなるものが含まれる。ある実施態様では、BAFFアンタゴニストは、天然BAFFに結合する上記ヒトBR3のECD型及びその変異体又は断片のいずれかを含むポリペプチドである。
「ＢＲ３変異体」は、天然配列、完全長ＢＲ３又はＢＲ３ＥＣＤのアミノ酸配列と少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するＢＲ３ポリペプチドを意味する。場合によっては、ＢＲ３変異体は単一のシステインリッチドメインを含む。そのようなＢＲ３変異体ポリペプチドには、例えば完全長アミノ酸配列のうちの一以上のアミノ酸残基がＮ及び／又はＣ末端で、並びに一以上の内部ドメイン内で一又は複数のアミノ酸残基が付加又は欠失しているＢＲ３ポリペプチドが含まれる。天然配列BAFFポリペプチドに結合するBR3ECDの断片も考慮される。
本明細書で用いられる「ＡＰＲＩＬアンタゴニスト」なる用語は、広義の意味で用いられ、（１）天然配列ＡＰＲＩＬポリペプチドに結合又はＡＰＲＩＬに対する天然配列リガンドに結合してＡＰＲＩＬポリペプチドとのリガンドの相互作用を部分的又は完全に遮断する、及び（２）天然配列ＡＰＲＩＬシグナル伝達を部分的又は完全に遮断、阻害又は中和する任意の分子を含む。とりわけ、天然配列ＡＰＲＩＬポリペプチドシグナル伝達はＢ細胞生存及びＢ細胞成熟を促進する。ＡＰＲＩＬ（増殖誘導リガンド）は、ＢＡＦＦへの受容体を共有するＴＮＦファミリーのメンバーである。ＡＰＲＩＬアンタゴニストの例は、限定されないが、アタシセプト（ＴＡＣＩ−Ｉｇのイムノアドヘシンと同じ）及びＢＡＦＦ／ＡＰＲＩＬアンタゴニスト（可溶性ＢＣＭＡ−Ｆｃ）を含む。
「サイトカイン」という用語は、一つの細胞集団から放出されるタンパク質であって、他の細胞に対して細胞間メディエータとして作用するものの包括的な用語である。このようなサイトカインの例としては、リンホカイン、モノカイン；ＩＬ-１、ＩＬ-１ａ、ＩＬ-２、ＩＬ-３、 ＩＬ-４、ＩＬ-５、ＩＬ-６、ＩＬ-７、 ＩＬ-８、ＩＬ-９、ＩＬ-１１、ＩＬ-１２、又はＩＬ-１７等のインターロイキン（ＩＬ）；腫瘍壊死因子、例えばＴＮＦ-α又はＴＮＦ-β；及びＬＩＦ及びキットリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子が含まれる。ここで使用される場合、サイトカインなる用語は、小分子実体及び製薬的に許容可能な誘導体及び塩を含む、天然源由来或いは組換え細胞培養由来のタンパク質及び天然配列サイトカインの生物的に活性な等価物を含む。
ここで目的とする「腫瘍壊死因子α(ＴＮＦα)」は、Pennica等., Nature, 312:721 (1984)又はAggarwal等., JBC, 260:2345 (1985)に記載のアミノ酸配列を含むヒトＴＮＦα分子を指す。
ここで言う「ＴＮＦαインヒビター」は、一般的にＴＮＦαに結合してその活性を中和することによって、いくらかＴＮＦαの生物学的機能を阻害する薬剤である。ここで特に組み込まれるＴＮＦインヒビターの例は、エタネルセプト(Etanercept)(ENBREL（登録商標）)、インフリキシマブ(Infliximab)(REMICADE（登録商標）)及びアダリムマブ(Adalimumab)(HUMIRAＴＭ)、ゴリムマブ(golimumab)（HUMIRA TM）及びセルトリズマブペゴール(certolizumab pegol)（CIMZIA（登録商標））である。
「ＩＬ−１７Ａ／Ｆ結合剤」は、例えばサイトカインＩＬ−１７Ａ／Ｆに結合する抗体、又はＩＬ−１７Ａ及びＩＬ−１７Ｆに交差反応性の薬剤などの薬剤である。
「ＩＬ−６結合剤」は、例えばサイトカインＩＬ−６に結合する抗体などの薬剤である。
「ＣＤ４結合剤」は、例えばＴリンパ球分化系列上に発現する表面糖タンパク質ＩＬ−６に結合する抗体などの薬剤である。
「疾患修飾性抗リウマチ薬」又は「ＤＭＡＲＤ」の例には、ヒドロキシクロロキノン、スルファサラジン、メトトレキセート（並びに、経口及び皮下用メトトレキセート）、レフルノミド、アザチオプリン、Ｄ−ペニシラミン、ゴールド塩類（経口）、ゴールド塩類（筋肉内）、ミノサイクリン、シクロスポリン、ブドウ球菌プロテインＡ、これらの塩類及び誘導体を含むものなどがある。
「ＣＴＬＡ４」は、活性化Ｔリンパ球上に発現され、免疫応答のダウンレギュレーションに関与している。文献におけるＣＴＬＡ４の別名は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４、細胞分化抗原ＣＤ１５２、及び細胞傷害性Ｔリンパ球関連顆粒セリンプロテアーゼ４が含まれる。
本明細書中で用いる、「販売承認」がある治療薬、又は「治療薬として承認され」ている治療薬、又はその文法上の変形は、関係政府団体(例えば、連邦、州ないしは地方の管理機関、部門、局)により、特定の疾患(例えばRA)患者サブ集団(例えば特定の民族性、性別、生活習慣、疾患リスク性質などを有する患者)の治療のために、ある商業団体(例えば営利団体)によって、及び／又は該団体を介して、及び／又は該団体の代わりに販売されることが承認、許諾、登録又は権限を与えられている(例えば薬剤製剤、医薬の形態の)薬剤を指す。関連する政府独立団体には、例えば、食品・医薬品局(ＦＤＡ)、欧州医薬品審査庁(ＥＭＥＡ)およびその同等団体が含まれる。
「抗体」（Ａｂｓ）及び「免疫グロブリン」（Ｉｇｓ）は同じ構造上の特徴を有する糖タンパク質である。抗体が特定の抗原に対する結合特異性を示すの対し、免疫グロブリンは抗体及び抗原特異性を欠いた抗体様分子が含まれる。後者に類するポリペプチドは、例えば、低いレベルでリンパ系により、また、増加したレベルでミエローマにより生産される。
「抗体」及び「イムノグロブリン」なる用語は互換性をもって広義な意味で使われ、モノクローナル抗体(例えば完全長又は無傷のモノクローナル抗体)、ポリクローナル抗体、単価抗体、多価抗体、多特異性抗体(例えば所望の生物学的活性を示す限りの二重特異性抗体)及び（本明細書により詳細に記載される）特定の抗体断片が含まれる。抗体はキメラ、ヒト、ヒト化及び／又は親和性成熟したものであり得る。
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、ほぼインタクトな形態の抗体を指し、以下に定義するような抗体断片は意味しない。この用語は、特にＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「抗体断片」は、好ましくは抗原結合領域を含む、インタクトな抗体の一部を含む。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ(ａｂ')２およびＦｖ断片；ダイアボディ；線形抗体；単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多特異性抗体が含まれる。
抗体のパパイン消化は、それぞれ単一の抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片と、容易に結晶化する能力を反映して命名された残りの「Ｆｃ」断片を産生する。抗体のペプシン処理により、２つの抗原結合部位を有し、抗原に交差結合することができるＦ(ａｂ')２断片が生じる。
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含む最小抗体断片である。ある実施態様では、二本鎖Ｆｖ種は、堅固な非共有結合をなした一つの重鎖及び一つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。集合的に、Fvの６つのＨＶＲが抗体に抗原結合特異性を付与する。しかし、単一の可変ドメイン(又は抗原に対して特異的な３つのＨＶＲのみを含むＦｖの半分)でさえ、全結合部位よりも親和性が低くなるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
またＦａｂ断片は、重鎖及び軽鎖の可変ドメインを含み、軽鎖の定常ドメインと重鎖の第一定常領域(ＣＨ１)を有する。Ｆａｂ'断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１領域のカルボキシ末端に数個の残基が付加している点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ'-ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基が一つの遊離チオール基を担持しているＦａｂ'に対するここでの命名である。Ｆ(ａｂ')２抗体断片は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ'断片の対として生産された。また、抗体断片の他の化学結合も知られている。
ここで使用される「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団に含まれる個々の抗体は、少量で存在しうる可能性がある突然変異、例えば自然に生じる突然変異を除いて同一である。従って、「モノクローナル」との形容は、個別の抗体の混合物ではないという抗体の性質を示す。ある実施態様では、このようなモノクローナル抗体は、通常、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、この場合、標的に結合するポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列を選択することを含むプロセスにより得られる。例えば、この選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン又は組換えＤＮＡクローンのプールのような複数のクローンからの、唯一のクローンの選択とすることができる。選択された標的結合配列を更に変化させることにより、例えば標的への親和性の向上、標的結合配列のヒト化、細胞培養液中におけるその産生の向上、インビボでの免疫原性の低減、多選択性抗体の生成等が可能になること、並びに、変化させた標的結合配列を含む抗体も、本発明のモノクローナル抗体であることは、理解されるべきところである。異なる決定基(エピトープ)に対する異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体の調製物とは異なり、モノクローナル抗体の調製物の各モノクローナル抗体は、抗原の単一の決定基に対するものである。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体の調製物は、それらが他の免疫グロブリンで通常汚染されていないという点で有利である。
「モノクローナル」との形容は、抗体の、実質的に均一な抗体の集団から得られたものであるという特性を示し、抗体を何か特定の方法で生産しなければならないことを意味するものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は様々な技術によって作製することができ、それらの技術には、例えば、ハイブリドーマ法(例えば、Kohler and Milstein, Nature, 256:495-97 (1975)； Harlow等, Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)；Hammerling等: Monoclonal Antibodies and T-Cell hybridomas 563-681 (Elsevier, N. Y., 1981))、組換えＤＮＡ法(例えば、米国特許第４８１６５６７号参照)、ファージディスプレイ技術(例えば、Clackson等, Nature, 352:624-628 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol. 222:581-597 (1992)；Sidhu等, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等, J. Mol. Biol. 340(5);1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34):12467-12472 (2004)；及びLee等, J. Immounol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004))、並びに、ヒト免疫グロブリン座位の一部又は全部、或るいはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子を有する動物にヒト又はヒト様抗体を生成する技術(例えば、国際公開第９８／２４８９３号；国際公開第９６／３４０９６号；国際公開第９６／３３７３５号；国際公開第９１／１０７４１号；Jakobovits等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)；Jakobovits等, Nature 362: 255-258 (1993)；Bruggemann等, Year in Immunol. 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０７号；同第５５４５８０６号；同第５５６９８２５号；同第５６２５１２６号；同第５６３３４２５号；同第５６６１０１６号; Marks等, Bio.Technology 10: 779-783 (1992)；Lonberg等, Nature 368: 856-859 (1994)；Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)；Fishwild等, Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)；Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)及びLonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)参照)が含まれる。
ここでモノクローナル抗体は、特に「キメラ」抗体を含み、それは特定の種由来又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体において、対応する配列に一致する又は類似する重鎖及び／又は軽鎖の一部であり、残りの鎖は、所望の生物学的活性を表す限り、抗体断片のように他の種由来又は他の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体において、対応する配列に一致するか又は類似するものである(米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855(1984))。
非ヒト(例えばマウス)の抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。一実施態様では、ヒト化抗体は、レシピエントの高頻度可変領域の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は所望の特異性、親和性及び／又は能力を有する非ヒト霊長類のような非ヒト種(ドナー抗体)からの高頻度可変領域の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)である。例として、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域(ＦＲ)残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、もしくはドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体の特性をさらに洗練するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、全てあるいは実質的に全ての高頻度可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいは実質的に全てのＦＲが、ヒト免疫グロブリン配列のものである少なくとも一又は典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むであろう。ヒト化抗体は、場合によっては免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部も含む。さらなる詳細については、例えばJones等, Nature 321:522-525(1986)；Riechmann等, Nature 332:323-329(1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596(1992)を参照のこと。また以下のレビュー及びそこに引用される文献も参照のこと：Vaswani及びHamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)；Hurle及びGross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)。
「ヒト抗体」は、ヒトによって生産される抗体のアミノ酸配列に相当するアミノ酸配列を含むもの、及び／又はここに開示されたヒト抗体を作製する任意の技術を使用して製造されたものである。そのような技術には、ファージディスプレイのようなヒト由来組み合わせライブラリーのスクリーニング（Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991)及びHoogenboom et al., Nucl. Acids Res., 19: 4133-4137 (1991)参照）；ヒトモノクローナル抗体産生のためのヒトミエローマ及びマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株の使用(Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)及びBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)参照)；及び内因性の免疫グロブリンを産生しない、ヒト抗体の完全なレパートリーを産生可能なトランスジェニック動物（例えばマウス）におけるモノクローナル抗体の生成(Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature, 362: 255 (1993); Bruggermann et al., Year in Immunol., 7: 33 (1993)参照)が含まれる。ヒト抗体のこの定義は、特に非ヒト動物由来の抗原結合残基を含むヒト化抗体を除く。
「親和成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じさせる、その一又は複数のＣＤＲにおいて一又は複数の改変を持つものである。一実施態様では、親和成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル又はピコモルの親和性を有する。親和成熟抗体は、当該分野において知られている手順によって生産される。Marks et al., Bio/Technology, 10：779-783(1992)は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和成熟について記載している。ＨＶＲ及び／又はフレームワーク残基のランダム突然変異誘導は、Barbas et al., Proc Nat Acad. Sci, USA 91：3809-3813(1994)；Schier et al., Gene, 169：147-155(1995)；Yelton et al., J. Immunol.155：1994-2004(1995)；Jackson et al., J. Immunol.154(7)：3310-9(1995)；及びHawkins et al., J. Mol. Biol.226：889-896(1992)に記載されている。
「阻止(ブロック)抗体」又は「アンタゴニスト抗体」は、結合する抗原の生物学的活性を阻害するか又は低下させる抗体である。特定の阻止抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を、部分的又は完全に阻害する。
ここで用いられる際の「増殖阻害」抗体は、抗体が結合する抗原を発現している細胞の増殖を予防するかまたは低減するものである。例えば、抗体はインビボ及びインビトロにおいてB細胞の増殖を阻害又は低減する。
「アポトーシスを誘導する」抗体とは、例えば、アネキシンＶの結合、ＤＮＡ断片化、細胞収縮、小胞体の肥大、細胞断片化、及び／又は膜小嚢の形成(アポトーシス体と呼称) などの標準的なアポトーシスアッセイにより測定できるようなＢ細胞などのプログラム細胞死を誘導するものである。
抗体の「エフェクター機能」とは、抗体のＦｃ領域（天然配列Ｆｃ領域又はアミノ酸配列変異体Ｆｃ領域）に帰する生物学的活性を意味し、抗体のアイソタイプにより変わる。抗体のエフェクター機能の例には、これに限られるものではないが、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）；Ｆｃレセプター結合性；抗体依存性細胞媒介性細胞障害(ＡＤＣＣ)；貪食作用；細胞表面レセプター（例えば、Ｂ細胞レセプター）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化が含まれる。
「Ｆｃ領域」なる用語は、天然配列Ｆｃ領域及び変異形Ｆｃ領域を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は変化するかも知れないが、通常、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６の位置又はＰｒｏ２３０からの位置のアミノ酸残基からＦｃ領域のカルボキシル末端まで伸長すると定義される。Ｆｃ領域のＣ末端リジン(ＥＵ番号付けシステムによれば残基４４７)は、例えば、抗体の産生又は精製中に、又は抗体の重鎖をコードする核酸を組み換え遺伝子操作することによって取り除かれてもよい。したがって、インタクト抗体の組成物は、すべてのＫ４４７残基が除去された抗体群、Ｋ４４７残基が除去されていない抗体群、及びＫ４４７残基を有する抗体と有さない抗体の混合を含む抗体群を含みうる。
特に明記しない限りは、免疫グロブリン重鎖の定常ドメイン中の残基の番号付けは、KabatのＥＵインデックスのものである（Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)）。「KabatのＥＵインデックス」とはヒトＩｇＧ１ＥＵ抗体の残基番号付けを意味する。
「機能的Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的「エフェクター機能」は、これに限られるものではないが、Ｃ１ｑ結合、ＣＤＣ、Ｆｃレセプター結合、ＡＤＣＣ、食作用、細胞表面レセプター(例えばＢ細胞レセプター；ＢＣＲ)の下方制御などを含む。そのようなエフェクター機能は、通常、Ｆｃ領域が結合ドメイン(例えば、抗体可変ドメイン)と組み合わさることを必要とし、例えば本明細書中の定義に開示される様々なアッセイを使用して評価される。
「天然配列のＦｃ領域」は、天然に見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を包含する。天然配列のヒトＦｃ領域は、天然配列のヒトＩｇＧ１Ｆｃ領域(非Ａ-及びＡ-アロタイプ)；天然配列のヒトＩｇＧ２Ｆｃ領域；天然配列のヒトＩｇＧ３Ｆｃ領域；及び天然配列のヒトＩｇＧ４Ｆｃ領域；並びに、これらの自然に生じる変異体が含まれる。
「変異体Ｆｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾、通常は一又は複数のアミノ酸置換により、天然配列のＦｃ領域とは異なるアミノ酸配列を包含するものである。
「Ｆｃ領域を含む抗体」なる用語は、Ｆｃ領域を含む抗体を指す。Ｆｃ領域のＣ末端リジン(ＥＵ番号付けシステムに従うと残基４４７)は、例えば、ポリペプチドの精製中又はポリペプチドをコードする核酸を組み換え操作することによって除去してもよい。したがって、本発明のＦｃ領域を有する抗体を含有する組成物は、Ｋ４４７を有する抗体、すべてのＫ４４７が除去された抗体、又はＫ４４７残基を有する抗体とＫ４４７残基を有さない抗体の混合を含みうる。
「Ｆｃレセプター」もしくは「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを指す。ある実施態様では、ＦｃＲは、天然配列ヒトＦｃＲである。ある実施態様では、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体(ガンマレセプター)と結合するもので、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスを含み、それらの対立遺伝子変異体、選択的にスプライシングされたものも含まれる。ＦｃγＲＩＩレセプターには、ＦｃγＲＩＩＡ(「活性型レセプター」)及びＦｃγＲＩＩＢ(「阻害型レセプター」)が含まれ、主として細胞質領域は異なるが、類似のアミノ酸配列を有するものである。活性型レセプターＦｃγＲＩＩＡは、細胞質領域にチロシン依存性免疫レセプター活性化モチーフ(immunoreceptor tyrosine-based activation motif ；ITAM)を含んでいる。阻害型レセプターＦｃγＲＩＩＢは、細胞質領域にチロシン依存性免疫受容体阻害性モチーフ(immunoreceptor tyrosine-based inhibition motif ；ITIM)を含んでいる(Daeron, Annu. Rev. immunol. 15:203-234 (1997))。ＦｃＲに関しては、Ravetch and Kinet, Annu.Rev. Immunol. 9:457-92 (1991)；Capel 等, Immunomethods 4:25-34 (1994)；及びde Haas 等, J.Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995) に総説されている。他のＦｃＲ、ここでは、将来的に同定されるものも含めて、「ＦｃＲ」という言葉によって包含される。
「Ｆｃレセプター」又は「ＦｃＲ」なる用語には、母性ＩｇＧの胎児への移送と(Guyer等, J. Immunol. 117:587 (1976) Kim等, J. Immunol.24:249 (1994))、免疫グロブリンのホメオスタシスの調節を担う新生児性レセプターＦｃＲｎも含まれる。ＦｃＲｎへの結合の測定方法は公知である(例としてGhetie and Ward., Immunol. Today 18(12):592-598 (1997)；Ghetie et al., Nature Biotechnology, 15(7):637-640 (1997)；Hinton et al., J. Biol. Chem. 279(8):6213-6216 (2004)：国際公開２００４／９２２１９(Hinton et al.)を参照)。
インビボでのヒトＦｃＲｎへの結合とヒトＦｃＲｎ高親和性結合ポリペプチドの血清半減期は、例えばヒトＦｃＲｎを発現するトランスジェニックマウス又は形質転換されたヒト細胞株、又は変異体Ｆｃ領域を有するポリペプチドを投与された霊長類動物においてアッセイすることができる。国際公開公報００／４２０７２(Presta) にＦｃＲへの結合を向上又は減弱させた抗体変異型が述べられている。例としてShields等, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)も参照のこと。
「ヒトエフェクター細胞」とは、一又は複数のＦｃＲｓを発現し、エフェクター機能を実行する白血球のことである。ある実施態様では、その細胞が少なくともＦｃγＲIIIを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を実行することが望ましい。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例として、末梢血液単核細胞(ＰＢＭＣ)、ナチュラルキラー(ＮＫ)細胞、単球、細胞障害性Ｔ細胞及び好中球が含まれる。エフェクター細胞は天然源、例えば血液から単離してもよい。
「抗体依存性細胞媒介性細胞障害」又は「ＡＤＣＣ」とは、ある種の細胞障害細胞(例えば、ナチュラルキラー(ＮＫ)細胞、好中球及びマクロファージ)上に存在するＦｃレセプター(ＦｃＲ)と結合した分泌Ｉｇにより、これらの細胞障害エフェクター細胞が抗原-担持標的細胞に特異的に結合し、続いて細胞毒により標的細胞を死滅させることを可能にする細胞障害性の形態を意味する。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞ＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991) の４６４頁の表３に要約されている。対象の分子のＡＤＣＣ活性をアッセイするために、米国特許第５５００３６２号又は同第５８２１３３７号又は同第６７３７０５６号(Presta)に記載されているようなインビトロＡＤＣＣアッセイを実施することができる。このようなアッセイにおいて有用なエフェクター細胞には、末梢血液単核細胞(ＰＢＭＣ)及びナチュラルキラー細胞(ＮＫ細胞)が含まれる。代わりとして、もしくは付加的に、対象の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Clynes等, (USA) 95:652-656 (1998)において開示されているような動物モデルにおいて、インビボで評価することが可能である。
「補体依存性細胞障害」もしくは「ＣＤＣ」は、補体の存在下で標的を溶解することを意味する。典型的な補体経路の活性化は補体系(Ｃｌｑ)の第１補体が、同族抗原と結合した(適切なサブクラスの)抗体に結合することにより開始される。補体の活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを、例えばGazzano-Santoro等, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)に記載されているように実施することができる。Ｆｃ領域アミノ酸配列を変更して(変異体Ｆｃ領域を有するポリペプチド)Ｃ１ｑ結合能力が増大又は減少したポリペプチド変異体は、例として米特許第６１９４５５１号Ｂ１及び国際公開公報９９／５１６４２に記述される。また例としてIdusogie 等 J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)を参照のこと。
一般的に「結合親和性」は、分子(例えば抗体)の単一結合部位とその結合パートナー(例えば抗原)との間の非共有結合的な相互作用の総合的な強度を意味する。特に明記しない限り、「結合親和性」は、結合対のメンバー(例えば抗体と抗原)間の１：１相互作用を反映する内因性結合親和性を意味する。一般的に、分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、解離定数(Ｋｄ)として表される。親和性は、本明細書中に記載のものを含む当業者に公知の共通した方法によって測定することができる。低親和性抗体は抗原にゆっくり結合して素早く解離する傾向があるのに対し、高親和性抗体は抗原により密接により長く結合したままとなる。結合親和性の様々な測定方法が当分野で公知である。
ここで用いる「実質的に類似」、「実質的に同じ」なる用語は、当業者が２つの数値(例えば、本発明の抗体に関連するもの、及び参照／比較抗体に関連する他のもの)の差異に、該値(例えばＫｄ値)によって測定される生物学的性質上わずかに又は全く生物学的及び／又は統計学的有意差がないと認められるほど、２つの数値が有意に類似していることを意味する。前記２つの値間の差異は、参照／比較値の例えば約５０％以下、約４０％以下、約３０％以下、約２０％以下、及び／又は約１０％以下である。
ここで用いる「実質的に低減する」又は「実質的に異なる」という句は、当業者が２つの数値(一般に、分子に関連するもの、及び参照／比較分子に関連する他のもの)の差異に、該値(例えばＫｄ値)によって測定される生物学的性質上統計学的に有意であると認められるほど、２つの数値が有意に異なっていることを意味する。前記２つの値間の差異は、参照／比較分子の値の、例えば約１０％より大きく、約２０％より大きく、約３０％より大きく、約４０％より大きく、及び／又は約５０％より大きい。
「小分子」又は「有機小分子」は、本明細書において５００ダルトン以下の分子量を有する有機分子と定義される。
ここで使用される場合「標識」なる語句は検出可能な化合物又は組成物を意味する。通常、標識は直接又は間接的に核酸プローブ又は抗体などの試薬にコンジュゲート又は融合されており、コンジュゲート又は融合した試薬の検出を容易にする。標識はそれ自体が検出可能であり得（例えば放射性同位体標識又は蛍光標識）、又は酵素標識の場合には、検出可能な産物を生じる基質化合物又は組成物の化学的変化を触媒しうる。
「単離された」生物学的分子、例えば核酸、ポリペプチド、又は抗体は、その天然環境の少なくとも一成分から同定され、分離され、及び／又は回収されたものである。
本明細書中の「およそ」の値又はパラメーターへの言及は、その値又はパラメーター自体に対する実施態様を含む（記載する）。例えば、「およそＸ」との記載には「Ｘ」の記載が含まれる。
「製薬的製剤」なる用語は、活性な成分の生物学的活性が有効であるような形態にあり、製剤が投与される被検体に受け入れられない程の毒性ある他の成分を含んでいない無菌の調製物を指す。
「無菌の」製剤は、無菌であるか、生きている微生物およびそれらの胞子をまったく含まない。
パッケージ挿入物は、慣習的に治療用製品又は医薬の市販パッケージに含まれる指示書を指し、効能、使用、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品及び／又はこのような治療用製品や医薬の使用に関する警告についての情報を含むものである。
「キット」は、例えばＲＡ又は関節損傷の治療のための少なくとも一の医薬、又はバイオマーカー遺伝子やタンパク質を特異的に検出するプローブを具備する任意の製造品(例えば、パッケージ又は容器)である。ある実施態様において、製造品は、本発明の方法を行うためのユニットとして宣伝され、流通され、又は市販される。
「標的視聴者」は、特に特定の使用、治療又は症状について、マーケティングする又は宣伝することによって、特定の医薬が販売促進される、ないしは販売促進されることを意図する対象となる集団又は施設であり、例えば、個々の患者、患者集団、新聞、医学文献及び雑誌の読者、テレビ又はインターネットの視聴者、ラジオ又はインターネット視聴者、医師、製薬会社などである。
「血清試料」なる用語は、個人から得られたあらゆる血清試料を指す。哺乳動物から血清を得る方法は、その技術分野において知られている。
前もって投与された一又は複数の医薬に対する被検体又は患者の反応に関連して「応答しない(反応しない)」なる表現は、治療という単語がここで定義されるように用いられる場合、そのような医薬の投与により治療される疾患の治療の何らか又は十分な兆候を表さなかった、又は医薬に対して臨床上許容できないほどの高い程度の毒性を表わした、又は医薬の初回の投与の後に治療の兆候を維持しなかった被検体又は患者を表わす。「応答しない」というフレーズには、既に投与された医薬に対して耐性がある及び／又は不応性である被検体の記載、そして被検体又は患者が投与されている医薬を受けているにもかかわらず進行する状況、そして被検体又は患者がもはや応答しない医薬を伴う投薬計画を実施した後１２か月(例えば６か月)以内に進行した状況が含まれる。 一又は複数の医薬に対する非応答性とは、以前又は現在の治療後に活動性疾患を持ち続ける被験者を含む。例えば、患者は、非応答性である医薬による治療の、およそ１ヶ月から３ヶ月後に活動性疾患の活性を有する場合がある。そのような応答性は問題となっている疾患を治療に熟練した臨床医により評価され得る。
医薬に対する非応答の目的のために、一又は複数の医薬による過去又は現在の治療からの「臨床的に許容できない高レベルの毒性」を経験する被験者は、経験のある臨床医により重大であると考えられ、それに関連する一以上の負の副作用又は有害事象、例えば、重篤な感染症、うっ血性心不全、脱髄（多発性硬化症につながる）、重大な過敏症、神経病理学的事象、高度の自己免疫、癌、例えば子宮内膜癌、非ホジキンリンパ腫、乳癌、前立腺癌、肺癌、卵巣癌、メラノーマなど、及び結核（ＴＢ）などを経験する。
「ネガティブな副作用のリスクを減少する」とは、ここに記載されるアンタゴニストを用いた治療の結果生じる副作用のリスクを、前に投与された医薬での同一又は他の患者の治療にみられるよりも低い程度に低減することである。そのような副作用には、上記の毒性、好ましくは感染症、癌、心不全及び髄鞘脱落などが含まれる。
特定の疾患又は障害に罹患した患者に対する臨床的利益の増大に関連した、又は特定の治療薬又は治療レジメンに対する応答を予測するバイオマーカーの「量」又は「レベル」とは生物学的サンプル中での検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また、本明細書に開示された方法により測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療又は治療薬に対する反応又は予測される反応を決定するために使用することができる。
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のポリヌクレオチド又はアミノ酸生成物又はタンパク質の量を指す。「発現」は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し作動する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本発明で使用される場合、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳後修飾を意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでタンパク質に翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、タンパク質には翻訳されていないもの（例えば、転移ＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）が含まれる。
関節リウマチ
自己免疫性疾患は依然としてヒトの臨床的に重要な疾患である。名前が示すように、自己免疫疾患は、体自身の免疫系を介して作用する。病理学的メカニズムは個々のタイプの自己免疫性疾患間で異なるが、共通のあるメカニズムは特定の内在性タンパク質に対する抗体（本明細書において、自己応答性抗体又は自己抗体と称される）の生成を伴う。医師及び科学者は、ＲＡ、多発性硬化症（ＭＳ）、血管炎、免疫媒介性疾患、及び全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）等のループスを含む７０の臨床的に異なった自己免疫性疾患を識別している。多くの自己免疫性疾患は、２０００００足らずの個体が罹患している稀な疾患であるが、あわせて、これらの疾患は、集団の５％と概算される何百万ものアメリカ人を苦しめており、ほとんどの疾患は女性に偏って発症する。これらの疾患の慢性的性質により、巨大な社会的かつ財政的な負荷が生じる。
炎症性関節炎は、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬性関節炎（ＰｓＡ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、シェーグレン症候群及び多発性筋炎を含む多様な自己免疫障害における顕著な臨床症状である。これらの患者のほとんどが、身体的診察時には関節の変形を起こしているが、典型的にはＲＡ及びＰｓＡ患者のみが、画像研究において骨の浸食を現している。
ＲＡは、北欧及び北アメリカの成人人口の約０．５〜１％及び世界の他の地域ではそれよりもわずかに少ない人々に影響を及ぼす慢性炎症性疾患である。Ａｌａｍａｎｏｓ ａｎｄ Ｄｒｏｓｏｓ，Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．Ｒｅｖ．，４：１３０−１３６（２００５）．それは、罹患している関節の滑膜における慢性炎症を特徴とする全身性炎症性疾患であり、慢性疼痛及び疲労に起因して最終的には日常の機能の喪失に導くものである。患者の大部分はまた、罹患している関節において軟骨及び骨の進行性増悪を起こし、最終的には持続性の障害に導き得る。ＲＡの長期の予後は悪く、患者の約５０％は、診断時から１０年以内に著しい機能障害を経験する。Ｋｅｙｓｔｏｎｅ，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ，４４（Ｓｕｐｐｌ．２）：ｉｉ８−ｉｉ１２（２００５）．平均余命は、平均３〜１０年短縮される。上掲のＡｌａｍａｎｏｓ ａｎｄ Ｒｏｓｏｓ。高力価のリウマチ因子（ＲＦ）を有する患者（患者の約８０％）が、より攻撃的な疾患を有し（Ｂｕｋｈａｒｉ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４６：９０６−９１２（２００２））、そしてＲＦ陰性の人よりも長期間結果が悪く、死亡率が高くなる。Ｈｅｌｉｏｖａａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．，５４：８１１−８１４（１９９５））．
ＲＡなどの慢性炎症性骨疾患の病因は、完全には解明されていない。このような疾患は、破骨細胞性吸収の増大に起因して、罹患している関節周辺の骨減少を伴う。このプロセスは、主に炎症促進性サイトカインの局所的産生の増大に媒介されている。Ｔｅｉｔｅｌｂａｕｍ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８９：１５０４−１５０８（２０００）；Ｇｏｌｄｒｉｎｇ ａｎｄ Ｇｒａｖａｌｌｅｓｅ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ．，２（１）：３３−３７（２０００）．これらのサイトカインは、破骨細胞系統の細胞に対して直接作用し得るか、または、骨芽細胞／ストローマ細胞による、不可欠な破骨細胞分化因子であるＮＦκＢ活性化レセプターリガンド（ＲＡＮＫＬ），Ｉ及び／又はその可溶性デコイレセプターであるオステオプロテゲリン（ＯＰＧ）の産生に影響を及ぼすことによって間接的に作用し得る。Ｈｏｓｓｂａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｏｎｅ Ｍｉｎ．Ｒｅｓ．，１５（１）：２−１２（２０００）．腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）は、炎症の主なメディエーターである。様々な型の骨減少の病因における重要性がいくつかの系統の実験上及び臨床上の証拠によって支持される。Ｆｅｌｄｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，８５（３）：３０７−３１０（１９９６）．しかしながら、破骨細胞形成（Ｄｏｕｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｆｌａｍｍ．４７：２７−３８（１９９６））、糜爛性関節炎（Ｃａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１０７（１２）：１５１９−１５２７（２００１））または骨溶解（Ｃｈｉｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｏｎ．Ｍｉｎ．Ｒｅｓ．１６：３３８−３４７（２００１））は、ＴＮＦ−αの非存在下で生じ得るので、これらにとってＴＮＦ−αは必須ではない。
特にＲＡでは、免疫応答が、滑膜の区画における１つまたはいくつかの抗原提示によって開始／永続化されると考えられており、その結果、関節への急性的な炎症細胞及びリンパ球の流入が生じる。炎症の連続的な波によって、パンヌスと呼ばれる侵襲性及び糜爛性の組織の形成がもたらされる。これは、線維芽細胞様滑膜細胞の増殖及び炎症促進性サイトカイン、例えば、ＴＮＦ−α及びインターロイキン−１（ＩＬ−１）を産生するマクロファージの増殖を含む。タンパク分解性酵素の局所的放出、様々な炎症性メディエーター及び破骨細胞活性化は、組織損傷の多くに関与する。関節軟骨の喪失及び骨の浸食の形成が生じる。周囲の腱及び包は、炎症性プロセスによって影響を受けることになる場合がある。究極的には、関節構造の完全性が損なわれ、障害が生じる。
ＲＡの免疫病原性に対するＢ細胞の正確な関与は、完全には特徴付けされていない。しかしながら、Ｂ細胞が疾患プロセスに関与し得るいくつかの起こり得るメカニズムが存在する。Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ ａｎｄ Ｃａｒｓｏｎ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ．Ｔｈｅｒ．，５ Ｓｕｐｐｌ．４：Ｓ１−６（２００３）．
歴史的には、Ｂ細胞は、主に自己抗体産生細胞の前駆体として働くことによってＲＡにおける疾患プロセスに関与すると考えられていた。ＩＩ型コラーゲン及びプロテオグリカンならびにリウマチ因子に対する抗体をはじめとした多くの自己抗体特異性が、同定されている。大量の抗体の産生によって、免疫複合体の形成及び補体カスケードの活性化が導かれる。これは、その後、免疫応答を増幅し、局所的な細胞溶解を招くことがある。ＲＦ合成の増大及び補体の消耗は、疾患活性と相関がある。ＲＦ自体の存在が、ＲＡのより重篤な型及び関節外の特徴の存在と関連する。
Ｂ細胞が、非常に有効な抗原提示細胞（ＡＰＣ）であることを示す証拠がある（Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｋａｔｚ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３８：１０５１（１９９８）；Ｒｉｖｅｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３：１５８３−１５９３（２００１））。ＲＦ陽性Ｂ細胞は、その表面免疫グロブリンが、その中の抗原の存在に関係なく任意の免疫複合体の捕捉を容易に可能にし得るので、特に強力なＡＰＣであり得る。従って、多くの抗原が、Ｔ細胞に対する提示に対して処理され得る。さらに、近年、このことが、ＲＦ陽性Ｂ細胞の自己永続を可能にし得ると提案されている。Ｅｄｗａｒｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，９７：１８８−１９６（１９９９）．
Ｔ細胞の活性化では、２つのシグナルが、Ｔ細胞に送達される必要がある；１つは、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）抗原の存在下で処理されたペプチドを認識するＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）を介するものであり、第２のものは、共刺激分子を介するものである。Ｂ細胞は、活性化されると、その表面上に共刺激分子を発現し、それによってＴ細胞活性化及びエフェクター細胞の産生に対する第２のシグナルをもたらし得る。
Ｂ細胞は、サイトカインを産生することによってＢ細胞自身の機能ならびに他の細胞の機能を促進し得る。Ｈａｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１：４７５−４８２（２０００）．ＴＮＦ−α、ＩＬ−１、リンフォトキシン−α、ＩＬ−６及びＩＬ−１０は、Ｂ細胞がＲＡ滑膜において産生し得るサイトカインのいくつかである。
Ｔ細胞活性化が、ＲＡの病因において重要な要素であると考えられているが、重症複合免疫不全障害（ＳＣＩＤ）マウスにおいてヒト滑膜外植片を用いた近年の研究では、関節内でのＴ細胞の活性化及び保持が、Ｂ細胞の存在に決定的に依存することが証明された。Ｔａｋｅｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６７：４７１０−４７１８（２００１）．他のＡＰＣは、Ｔ細胞に対して同じ作用を有していないようであったので、上記のことにおけるＢ細胞の正確な役割は不明である。
関節に対する構造的損傷は、慢性滑膜炎症の重要な結果である。関節リウマチ（ＲＡ）を有する患者の６０％〜９５％が、疾患発症の３〜８年以内に少なくとも１つのＸ線撮影によって判断される（ｒａｄｉｏｇｒａｐｈｉｃ）糜爛を生じる（Ｐａｕｌｕｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２３：８０１−８０５（１９９６）；Ｈｕｌｓｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４３：１９２７−１９４０（２０００））。初期ＲＡでは、Ｘ線撮影によって判断される損傷スコアと機能的能力との相関は、小さいが、疾患の８年後には、相関係数は、０．６８にまで達することがある（Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ，３９：１２２−１３２（２０００））。少なくとも４年間ＲＡに罹患していた６０歳未満の１，００７人の患者において、Ｗｏｌｆｅらは（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，４３ Ｓｕｐｐｌ．９：Ｓ４０３（２０００））、Ｘ線撮影によって判断されるＬａｒｓｅｎの損傷スコア（Ｌａｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｒａｄｉｏｌ．Ｄｉａｇｎ．１８：４８１−４９１（１９７７））の進行の速度と、社会保障身体障害状態の増加と、家族の収入の減少との間に著しい関連を見出した。
ＲＡの診断は、現在の米国リウマチ学会（ＡＣＲ）の基準に従う場合があり、最大の改善の前に少なくとも１時間続く関節の内外での朝のこわばり；３箇所以上の関節の関節炎：３箇所以上の関節部が、医師によって観察される軟組織の膨張又は体液（骨の過剰成長のみではない）を有する；１４の起こりうる関節部（左右）は、近位指節間関節（ＰＩＰ）、中手指節関節（ＭＣＰ）、手首、肘、膝、足首及び中足指節関節（ＭＴＰ）である；手関節の関節炎：手首、ＭＣＰ関節又はＰＩＰ関節などにおける、上記のように膨張した少なくとも一つの関節部；対称性関節炎：体の両側の同じ関節部（上記の３以上の関節部の関節炎）の同時関与（ＰＩＰ、ＭＣＰ又はＭＴＰ関節の両側性病変は、絶対的に左右対称でなくとも容認される）リウマトイド結節：医師によって観察される、骨の突出又は伸筋表面上、又は関節近接領域におけるリウマトイド結節；血清リウマチ因子：正常なコントロール患者の５％以下で陽性であるあらゆる方法による血清リウマチ因子の異常な量の証明；エックス線検査の変化：前後方向の手及び手首のＸ線における関節リウマチで典型的なエックス線検査の変化であって、罹患した関節に局所化するかほとんどが罹患した関節に近接する浸食又は明白な骨の脱灰を含み得る（骨関節炎の変化単独では適さない）。患者が上記の基準の少なくとも四つを満たす場合、ＲＡの診断が典型的に行われる。
Ｘ線撮影によって判断される損傷の予防または遅延は、ＲＡ処置の目標の１つである。Ｅｄｍｏｎｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３６：３３６−３４０（１９９３）．６または１２ヶ月間の制御された臨床試験では、Ｘ線撮影によって判断される損傷スコアの進行が、メトトレキサート（ＭＴＸ）（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４３：４９５−５０５（２０００））、レフルノミド（上掲のＳｈａｒｐｅｔ ａｌ．）、スルファサラジン（ＳＳＺ）（上掲のＳｈａｒｐｅｔ ａｌ．）、プレドニゾロン（Ｋｉｒｗａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３３：１４２−１４６（１９９５）；Ｗａｓｓｅｎｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，４２：Ｓｕｐｐｌ ９：Ｓ２４３（１９９９））、インターロイキン−１レセプターアンタゴニスト（Ｂｒｅｓｎｉｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，４１：２１９６−２２０４（１９９８））またはインフリキシマブ／ＭＴＸ併用（Ｌｉｐｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５９４−１６０４（２０００））を投与された群よりもプラセボ群のほうが速かったことが証明されている。また、臨床試験でも、エタネルセプトによる処置後の、Ｘ線撮影によって判断される進行が、ＭＴＸによる処置後の進行よりも速くないことが証明されている。Ｂａｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ．， ３４３：１５８６−１５９３（２０００）．他の研究では、コルチコステロイド（Ｊｏｉｎｔ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｕｎｃｉｌ ａｎｄ Ｎｕｆｆｉｅｌｄ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ， Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．１９：３３１−３３７（１９６０）；Ｖａｎ Ｅｖｅｒｄｉｎｇｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．， １３６：１−１２（２００２））、シクロスポリンＡ（Ｐａｓｅｒｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ， ２４：２１１３−２１１８（１９９７）；Ｆｏｒｒｅ， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３７：１５０６−１５１２（１９９４））、ＭＴＸ対アザチオプリン（Ｊｅｕｒｉｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，１１４：９９９−１００４（１９９１））、ＭＴＸ対オーラノフィン（Ｗｅｉｎｂｌａｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３６：６１３−６１９（１９９３））、ＭＴＸ（メタアナリシス）（Ａｌａｒｃｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，１９：１８６８−１８７３（１９９２））、ヒドロキシクロロキン（ＨＣＱ）対ＳＳＺ（Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，１：１０３６−１０３８）、ＳＳＺ（Ｈａｎｎｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．３６：１５０１−１５０９（１９９３））、プレドニゾロンとＭＴＸとＳＳＺとのＣＯＢＲＡ（Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｅｔｈｅｒａｐｅｉ Ｂｉｊ Ｒｅｕｍａｔｏｉｄｅ Ａｒｔｒｉｔｉｓ）併用（Ｂｏｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，３５０：３０９−３１８（１９９７）；Ｌａｎｄｅｗｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４６：３４７−３５６（２００２））、ＭＴＸとＳＳＺとＨＣＱとの併用（Ｏ’Ｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３４：１２８７−１２９１（１９９６）；Ｍｏｔｔｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｌａｎｃｅｔ，３５３：１５６８−１５７３（１９９９））、シクロホスファミドとアザチオプリンとＨＣＱとの併用（Ｃｓｕｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ，２５５：２１１５−２１１９（１９８６））及びＭＴＸとアダリムマブの併用（Ｋｅｙｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４６ Ｓｕｐｐｌ．９：Ｓ２０５（２００２））によって処置される患者における、Ｘ線撮影によって判断される進行を評価している。Ｋｅｙｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ４６ Ｓｕｐｐｌ． ９：Ｓ２０５ （２００２）．
ＦＤＡは、現在、ある特定の薬剤、例えば、レフルノミド、エタネルセプト及びインフリキシマブが、Ｘ線撮影によって判断される関節損傷の進行を遅延させるという表示の請求を承認した。これらの請求は、無作為に割り当てられた治療群とコントロール群との間に観察された進行速度の統計的な有意差に基づくものである。しかしながら、治療群内の個体とコントロール群内の個体とにおける進行速度は、かなりの程度で重複している。それゆえ、治療群間に有意差が存在することをよそに、これらのデータを、治療を開始している患者がＸ線撮影によって判断される損傷の進行に関して好ましい結果を有し得る確率を推定するために使用することはできない個別の患者由来のＸ線写真の対を、進行性でない（例えば、その両方の時点において損傷スコアが０である）、損傷スコアの上昇がない、糜爛を有する新しい関節がない、及び検出可能な最小の差異（すなわち、同じＸ線写真を繰り返し読み出したものの間の差について９５％信頼区間）を超えないスコアの変化、と分類するための様々な方法が提案されてきた。Ｌａｓｓｅｒｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， ２６： ７３１−７３９ （１９９９）．
６か月または１２か月の臨床試験の開始時及び終了時に得たＸ線写真の対の間で、それらの間隔の間に個別の患者において構造的な損傷が増加するか否かを判定することは、いくつかの理由により困難である。Ｘ線撮影によって判断される損傷の割合は、ＲＡ患者の集団内で一様ではない；何人かの患者の損傷は、急速に進行することがあるが、その間隔が比較的短い場合は特に、多くの患者が、ほとんど進行しないかまたは全く進行しないことがある。Ｘ線撮影によって判断される損傷をスコア付けするための方法、例えば、Ｓｈａｒｐ法（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， １４：７０６−７２０（１９７１）；Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ２８：１３２６−１３３５（１９８５））、Ｌａｒｓｅｎ法（Ｌａｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｃｔａ Ｒａｄｉｏｌ．Ｄｉａｇｎ．， １８：４８１−４９１（１９７７））及びこれらの方法の変法（Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ， Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ， ２７：２６１−２６３（２０００））は、何が真であるかに関して、判読者の判断及び解釈に依存するものである。決定すべき因子は、肋軟骨下の皮質板の明らかな不連続が真であるか、あるいは、反対側の関節における皮質間の距離の減少が真であるか、または、それがそのフィルム及びＸ線ビームに対する関節の位置のわずかな変化、Ｘ線曝露の変化、もしくは、他のいくつかの技術的な因子によるものであるかである。
それゆえ、記録されたスコアは、真の損傷の近似値であり、多くの被験者に対して同じＸ線写真の反復スコア間の検出可能な最小の差は、ベースラインと最終的なＸ線写真との間に起こった実際の変化よりも大きい。判読者が、フィルムの時系列に対して盲検化されている場合、これらの避けられないスコア誤差は、スコアが低下しているときに明らかな「治癒」となり得るか、またはフィルム間の差の読み間違いが増えるときに明らかな急速な進行となり得る。この研究が、プラセボと比べて、有効な治療を受けるように無作為に割り当てられた、十分に大きい患者の集団を含むとき、正及び負の誤判読が互いに相殺し、そして治療群間の小さいけれども真の差が検出され得る。
ＲＡ疾患活動性を定量するために使用される臨床基準の不正確さは、同様の問題点の原因となっている。臨床試験に由来するある特定の評価項目間の統計的な有意差は、治療を開始している個体に対する改善の確率を推定するために有用でなかったＰａｕｌｕｓ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３３：４７７−４８４ （１９９０）．個別の改善の属性は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（ＡＣＲ）が作成した改善についての複合基準２０％（ＡＣＲ２０）（圧痛のある関節数及び腫脹関節数が２０％改善している場合、及び５つの追加の基準（疼痛、身体機能、患者による全般的な健康状態の評価、医師による全般的な健康状態の評価及び急性期反応レベル）のうち少なくとも３つにおいて２０％改善している場合に、患者を改善したと指定するもの）を用いることにより実用的になった（Ｆｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３８：７２７−７３５（１９９５））。Ｆｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３８：７２７−７３５ （１９９５）．これらの基準のすべては、検出可能な最小の差に対して大きい値を有するが、同じプロセス（疾患活動性）の７つの局面のうち５つにおいて同時に改善することを求めることによって、７つの誤判定の無作為性は、限定され、真の改善を個々に帰属することが容易となる。
ＲＡでは、関節損傷が、顕著な特徴である。関節破壊の放射線学的パラメータは、疾患の転帰の記述における重要な評価項目として考えられている。最近のＯＭＥＲＡＣＴ（Ｏｕｔｃｏｍｅ Ｍｅａｓｕｒｅｓ ｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｔｒｉａｌｓ）コンセンサスミーティングにおいて、縦断的観察研究に対する評価項目のコアセットの一部として放射線学が選択された。Ｗｏｌｆｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ４１ Ｓｕｐｐ ９： Ｓ２０４ （１９９８） 要旨。放射線学はまたＷＨＯ／ＩＬＡＲ（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ／Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｅａｇｕｅ ｏｆ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ）が要求する長期臨床試験における尺度のコアセットの一部である。Ｔｕｇｗｅｌｌ ａｎｄ Ｂｏｅｒｓ， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， ２０：５２８−５３０ （１９９３）．
ＲＡにおける放射線学的損傷の転帰に対する利用可能なデータは、短期間及び長期間の研究の両方において得られる。最近疾患を発症したＲＡ患者の短期間の研究では、６ヶ月ごとに撮影されたＸ線写真によって、最初の急速な進行の後、２〜３年後に手及び肢において放射線学的損傷の進行速度の低下が認められたことが示された。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３５：２６−３４（１９９２）；Ｆｅｘ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，３５：１１０６−１０５５（１９９６）．Ｘ線撮影の頻度が低い長期間の研究では、一定速度の進行が見出され、罹患期間のうち最高２５年間にわたって過酷な損傷の変質を伴っていた。Ｗｏｌｆｅ ａｎｄ Ｓｈａｒｐ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４１：１５７１−１５８２（１９９８）；Ｇｒａｕｄａｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４１：１４７０−１４８０（１９９８）；Ｐｌａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２５：４１７−４２６（１９９８）；Ｋａａｒｅｌａ ａｎｄ Ｋａｕｔｉａｉｎｅｎ，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２４：１２８５−１２８７（１９９７）．Ｘ線撮影で判断される進行パターンにおけるこれらの差が、スコア付け技術の差に起因するものであるか否かは明らかではない。
使用されるスコア付けのシステムにおいて、スコア付けされる関節の数、糜爛（ＥＲＯ）及び関節腔狭小化（ＪＳＮ）に対する独立したスコアの存在、関節あたりの最大スコア、ならびに、放射線学的異常の重み付けが異なる。今までのところ、好ましいスコア付け方法についてのコンセンサスは存在しない。初期関節炎を有する患者のコホート研究における経過観察の最初の３年間において、手及び肢の放射線学的損傷において判断される進行に対するＪＳＮ及びＥＲＯの寄与が異なることが見出された。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３５：２６−３４（１９９２）．更に、ＥＲＯ及びＪＳＮを独立してスコアづけする方法、例えば、Ｓｈａｒｐスコア及びＫｅｌｌｇｒｅｎスコアが、Ｌａｒｓｅｎスコアなどの全般的な尺度を使用した方法よりも初期ＲＡにおける変化に対して敏感であることが見出された。Ｐｌａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２１：１８０８−１８１３（１９９４）；Ｃｕｃｈａｃｏｖｉｃｈ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３５：７３６−７３９（１９９２）．Ｓｈａｒｐスコアは、非常に大きな労働力を要する方法である。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ，Ｂａｉｌｌｉｅｒｅｓ Ｃｌｉｎ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， １０：４３５−５３３（１９９６）．後期ＲＡまたは破壊性ＲＡにおいて、Ｓｈａｒｐ法及びＬａｒｓｅｎ法は、同様の情報を提供することが見出された。しかしながら、疾患の後期に対する様々なスコア付け方法の感度は、未だ調査されておらず、ＥＲＯ及びＪＳＮを独立して測定するスコア付け方法は、有用な情報を提供すると立証され得る。Ｐｉｎｃｕｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２４：２１０６−２１２２（１９９７）．ＲＡの長期間評価について３つの放射線学的スコア付けシステムを比較しているＤｒｏｓｓａｅｒｓ−Ｂａｋｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４３：１４６５−１４７２（２０００）もまた参照のこと。
Ｐａｕｌｕｓら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，５０：１０８３−１０９６（２００４）では、臨床試験に参加したＲＡを有する個体における、Ｘ線撮影によって判断される関節損傷を進行性または非進行性と分類し、構造的な関節損傷の多くの不正確で関連性があるが別々の尺度を含む、複合した定義を使用することによって、観察コホートにおけるＲＡ関節損傷を進行性または非進行性と分類することができると結論付けた。ＲＡ患者の日々の臨床上の管理では、１対のＸ線写真の間において、Ｘ線撮影によって判断されるＳｈａｒｐ損傷スコア単位の少なくとも５つが変化した後に、その構造の変化が真であると考えられ、そしてその変化を、処置を決定する基準として使用するべきであると思われる。
特定のＲＡ治療薬
通常、ＲＡの初期治療は、以下の薬剤の一又は複数の投与を含む：非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、例えば、アセチルサリチル酸（例えば、アスピリン）、イブプロフェン（Ｍｏｔｒｉｎ）、ナプロキセン（Ｎａｐｒｏｓｙｎ）、インドメタシン（Ｉｎｄｏｃｉｎ）、ナブメトン（Ｒｅｌａｆｅｎ）、トルメチン（Ｔｏｌｅｃｔｉｎ）；糖質コルチコイド（関節注入による）；及び低用量プレドニゾン。”Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ，”Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ ４６（２）：３２８−３４６（Ｆｅｂｒｕａｒｙ，２００２）を参照のこと。新規にＲＡと診断された大多数の患者は、診断から３ヵ月以内に疾患修飾性抗リウマチ剤（ＤＭＡＲＤ）により治療を始める。ＲＡで一般に用いられているＤＭＡＲＤは、ヒドロキシクロロキン、スルファサラジン、メトトレキセート（＋経口及び皮下メトトレキサート）、レフルノミド、アザチオプリン、Ｄ−ペニシラミン、ゴールド（Ｇｏｌｄ）（経口）、ゴールド（筋肉内）、ミノサイクリン、シクロスポリン、ブドウ球菌プロテインＡ免疫吸着である。特定の場合において、患者は、アザチオプリン又はシクロホスファミドなどの免疫調節薬剤で治療される。更なるＲＡ治療薬は、抗サイトカイン剤（例えば、抗腫瘍壊死因子α、抗インターロイキン−１受容体（例えば、アナキンラ（ａｎａｋｉｎｒａ））、抗インターロイキン１０、抗インターロイキン６受容体、抗インターロイキン６、抗インターフェロンα、抗Ｂ−リンパ球刺激因子）共刺激（ｃｏｓｔｉｍｕｌａｔｉｏｎ）の阻害剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（例えば、アバタセプト））を含む。
特定の場合において、ＴＮＦα阻害剤はＲＡの治療に使用されてきた。典型的なＴＮＦα阻害剤は、エタネルセプト（商品名ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）の下で販売されている）、インフリキシマブ（商品名ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）の下で販売されている）、アダリムマブ（商品名ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）の下で販売されている）、ゴリムマブ（商品名ＳＩＭＰＯＮＩＴＭで販売されている）及びセルトリズマブペゴル（商品名ＣＩＭＺＩＡ（登録商標）の下で販売されている）が含まれる。
エタネルセプト（商品名ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）の下で販売されている）は、活動性ＲＡの治療用に米国で承認されら注射可能な薬物である。エタネルセプトはＴＮＦαに結合し、関節及び血液から大半のＴＮＦαを除去する働きをし、それによってＴＮＦαが慢性関節リウマチの炎症及び他の症状を促進するのを阻止する。エタネルセプトは、ヒトＩｇＧ１のＦｃ部分にリンクされているヒト７５ｋＤ（ｐ７５）腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）の細胞外リガンド結合部分からなる「イムノアドヘシン」融合タンパク質である。薬物は、重篤な感染症及び敗血症、及び多発性硬化症（ＭＳ）などの神経系障害を含む負の副作用と関連している。例えば、ｗｗｗ．ｒｅｍｉｃａｄｅ−ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ．ｃｏｍ／ｐａｇｅｓ／ｅｎｂｒｅｌ＿ｅｍｂｒｅｌ．ｈｔｍｌを参照。
ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）の商品名で販売されているインフリキシマブは、ＲＡ及びクローン病を治療するために処方される免疫抑制剤である。インフリキシマブは、ＴＮＦαに結合し、炎症を生成するＴＮＦを標的し結合することによって、体内の炎症を軽減させるキメラモノクローナル抗体である。インフリキシマブは、心不全及び結核を含む感染症、並びにＭＳで生じる脱髄などの特定の致命的な反応にリンクされている。例えば、ｗｗｗ．ｒｅｍｉｃａｄｅ−ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ．ｃｏｍを参照。
２００２年に、アボット・ラボラトリーズは、以前Ｄ２Ｅ７として知られているアダリムマブ（商品名ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）の下で販売されている）にＦＤＡの承認を受けた。アダリブマブは、一又は複数の伝統的な疾患修飾性ＤＭＲＤに対する応答が不十分な、中程度から重度に活動性のＲＡに罹患した成人における構造的損傷の徴候及び症状を減少させ、その増悪を阻害するために承認された、ＴＮＦαに結合するヒトモノクローナル抗体である。
２００９年４月に、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ Ｏｒｔｈｏ Ｂｉｏｔｅｃｈ社はＦＤＡの承認を受けた。ゴルムマブ（商品名ＳＩＭＰＯＮＩＴＭで販売）を、中等度から重度の乾癬性関節炎、及び強直性脊椎炎に罹患した患者に市販するためにＦＤＡの承認を受けた。ゴリムマブは、ヒトＴＮＦαに対して特異的なヒトＩｇＧ１κモノクローナル抗体であり、毎月一度患者によって皮下に自己投与される。ゴリムマブは、ＴＮＦαの可溶性生理活性型及び膜貫通生理活性型の両方に結合する。ＴＮＦαを阻害する他の薬剤に類似して、ゴリムマブは、深刻かつ生命を脅かす真菌感染症を含む感染のリスクなどの所定の副作用と関連している。
２００９年５月に、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標）の商品名で販売されている）が、ＲＡ患者の治療のためにＦＤＡによって承認された。それは、誘導中に隔週で、その後維持の最中に４週間ごとに、医療専門家によって皮下注射で投与される。セルトリズマブペゴルは、約４０ｋＤａのポリエチレングリコール（ＰＥＧ２ＭＡＬ４０Ｋ）にコンジュゲートし、ヒトＴＮＦαに対して特異性を有する、組換えヒト化抗体のＦａｂ’断片である。セルトリズマブペゴルはまた、他のＴＮＦα阻害剤に似て、重篤な感染症のリスクの増加など、一定の安全上のリスクと関連している。
所定の場合において、リツキシマブ抗体（商品名ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）で販売）がＲＡに対する治療として用いられている。リツキシマブは、ＣＤ２０抗原に対する、遺伝子操作型キメラマウス／ヒトモノクローナル抗体である。リツキシマブは、１９９８年４月７日に発行された米国特許第５７３６１３７号（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．）において「Ｃ２Ｂ８」と呼ばれる抗体である。
別の抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブある。オクレリズマブは、抗ＣＤ２０抗体のヒト化変異体、２Ｈ７である。そのようなヒト化２Ｈ７変異体は、例えば、国際公開第２００４／０５６３１２号に記載されている（国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４０４２６）。
Ｂ細胞アンタゴニスト活性を有するＲＡ治療薬は、例えば、特定の生物学的特性をスクリーニングする化合物により同定することができる。例えば、化合物は、迅速かつ特異的分解のために、ｃｍｙｃタンパク質を標的とすることにより、Ｂ細胞増殖の阻害についてスクリーニングされることを特徴とするＳｕｎｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６６，１７７５−１７８２（２００６）に記載のスクリーニング方法を用いることができる。ＢＡＦＦ，ＡＰＲＩＬ、及びＢ細胞の生存とスクリーニングに関するチュートリアルに関しては、Ｍａｃｋａｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２１：２３１−２６４（２００３）を、並びにＢ細胞増殖とＡＰＲＩＬにおいてはＴｈａｎｇａｒａｊｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａｎ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６５（１）：９２（２００７）を参照のこと。更に、Ｓａｋｕｒａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３７（１）：１１０（２００７）は、ＴＡＣＩは、ＢＡＦＦ−Ｒ及びＣＤ４０による共刺激された抗体産生を減衰させることを開示している。更に、Ａｃｏｓｔａ−Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３７（４）：９９０（２００７）は、ＢＡＦＦとＬＰＳはＣＤ９５／Ｆａｓ−媒介性細胞死を起こしやすくなるようにＢ細胞を誘導するために協同することを開示している。更なるスクリーニング法は、Ｍａｒｔｉｎ ａｎｄ Ｃｈａｎ，”Ｂ Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ ｉｎ Ｄｉｓｅａｓｅ：Ｅｖｏｌｖｉｎｇ Ｃｏｎｃｅｐｔｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｃｌｉｎｉｃ Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，”２４：４６７−４９６（２００６），Ｐｉｌｌａｉ ｅｔ ａｌ．，”Ｍａｒｇｉｎａｌ Ｚｏｎｅ Ｂ Ｃｅｌｌｓ” Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２３：１６１−１９６（２００５），及びＨａｒｄｙ ａｎｄ Ｈａｙａｋａｗａ， ”Ｂ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｐａｔｈｗａｙｓ，” Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９：５９５−６２１（２００１）に見いだすことができる。これら及び他の参考文献から、当業者は、適切なアンタゴニストをスクリーニングすることができる。マイクロアレイをこの目的のために（Ｈａｇｍａｎｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９０：８２−８３（２０００））、並びにＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）のために（Ｎｇｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４４１：１０６−１１０（２００６））用いることができる。
本発明の範囲内に含まれるＢ細胞アンタゴニストは、抗体、合成または天然配列ペプチド、イムノアドヘシン、及びＢ−細胞表面マーカーまたはＢ細胞特異的生存または増殖因子に結合し、任意で、別の分子に結合したり又は融合した小分子アンタゴニストが含まれる。ある実施態様において、アンタゴニストは、抗体又はイムノアドヘシンを含む。それは、限定されないが、抗ＣＤ２３（例えばルミリキシマブ）、抗ＣＤ２０、抗ＣＤ２２，又は抗ＢＲ３抗体を含む、イムノアドヘシンなどのＢＬｙＳアンタゴニスト、ＡＲＲＩＬアンタゴニスト、及び／又はＢＬｙｓイムノアドヘシンを含む。ある実施態様において、ＢＬｙｓイムノアドヘシンは、ＢＲ３の細胞外ドメインを含むＢＲ３イムノアドヘシン、ＴＡＣＩの細胞外ドメインを含むＴＡＣＩイムノアドヘシン、及びＢＣＭＡの細胞外ドメインを含むＢＣＭＡイムノアドヘシンから選択される。ＢＲ３イムノアドヘシンのある実施態様は、国際公開第２００５／００３５１号、米国特許出願公開第２００５／００９５２４３号、米国特許出願公開第２００５／０１６３７７５号及び国際公開第２００６／０６８８６７号に記載されるｈＢＲ３−Ｆｃを含む。ある実施態様において、ＢＬｙｓアンタゴニストは、抗ＢＬｙｓ抗体であり、ここでは抗ＢＬｙｓ抗体は、残基１６２−２７５を含むＢＬｙｓの領域内でＢＬｙｓに結合することを特徴とし、又は抗ＢＲ３抗体であり、ここでは抗ＢＲ３抗体は、ヒトＢＲ３の残基２３−３８を含む領域でＢＲ３に結合することを特徴とする。ある実施態様において、イムノアドヘシンは、ＴＡＣＩ−Ｉｇ（アタシセプト）及びＢＲ３−Ｉｇから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＢＡＦＦ、またはＡＰＲＩＬに対する。あるそのような実施態様において、アンタゴニストは、抗体又はＴＡＣＩ−Ｉｇである。
ＢＬ−ＣＡＭまたはＬｙｂ８としても知られるＣＤ２２抗原又はＣＤ２２は、約１３０ｋＤａ（還元型）から１４０ｋＤａ（非還元型）の分子量を有する１型内在性膜糖タンパク質である。これは、Ｂリンパ球の細胞質及び細胞膜の両方で発現される。ＣＤ２２抗原は、ＣＤ１９抗原とほとんど同じ段階で、Ｂ細胞リンパ球の分化の初期に現れる。特定の他のＢ細胞マーカーと異なり、ＣＤ２２の膜発現は、成熟Ｂ細胞（ＣＤ２２＋）及び形質細胞（ＣＤ２２−）の間に含まれる後期分化段階に限定される。ＣＤ２２抗原は、例えば、Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１７３：１３７（１９９１）及びＷｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５０：５０１３（１９９３）．に記載される。
特定の典型的な抗ＣＤ２２抗体は、欧州特許第１，４７６，１２０号（Ｔｅｄｄｅｒ ａｎｄ Ｔｕｓｃａｎｏ），欧州特許第１，４８５，１３０号（Ｔｅｄｄｅｒ），及び欧州特許第１，５０４，０３５号（Ｐｏｐｐｌｅｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．）、並びに米国特許出願公開第２００４／０２５８６８２号（Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．）、米国特許出願公開第５，４８４，８９２号（Ｄａｎａ−Ｆａｒｂｅｒ）、米国特許第６，１８３，７４４号（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，ｅｐｒａｔｕｚｕｍａｂ），及び米国特許第７，０７４，４０３号（Ｇｏｌｄｅｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈａｎｓｅｎ）に記載されるものを含む。
ＢＬｙＳ（ＢＡＦＦ、ＴＡＬＬ−１、ＴＨＡＮＫ、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、またはｚＴＮＦ４としても知られている）は、Ｂ細胞の生存及び成熟に必須であるＴＮＦ１リガンドスーパーファミリーのメンバーである。トランスジェニックマウスにおけるＢＡＦＦの過剰発現は、Ｂ細胞の過形成及び重度の自己免疫疾患の発症をもたらす（Ｍａｃｋａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１９０：１６９７−１７１０（１９９９）；Ｇｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４０４：９９５−９９９（２０００）；Ｋｈａｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ，９７：３３７０−３３７５（２０００））。ＢＡＦＦレベルは、ＳＬＥ、ＲＡ、及びシェーグレン症候群などの様々な自己免疫疾患を持つヒト患者において上昇している（Ｃｈｅｅｍａ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４４：１３１３−１３１９（２００１）；Ｇｒｏｏｍ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１０９：５９−６８（２００２）；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６６：６−１０（２００１））。さらに、ＢＡＦＦレベルは、疾患の重症度と相関しており、ＢＡＦＦがこれらの疾患の病因に直接的な役割を果たすことができることを示唆している。ＢＡＦＦは、ＴＮＦ受容体スーパーファミリー、ＴＡＣＩ、ＢＣＭＡ、及びＢＲ３の３つのメンバーに結合することによって、Ｂ細胞に作用する（ＢＡＦＦ−Ｒとしても知られる）（Ｇｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，上掲；Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９３：２１０８−２１１１（２００１）；Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．１１：１５４７−１５５２（２００１）；Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１：３７−４１（２０００）；Ｓｃｈｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９３：２１１１−２１１４（２００１））。
３つのうち、ＢＲ３はＢＡＦＦに特異的であり、他の２つはまた、関連するＴＮＦファミリーメンバー、増殖誘導リガンド（ＡＰＲＩＬ）に結合する。ＢＡＦＦの表現型及び受容体ノックアウト又は変異体マウスの比較は、ＢＲ３を介したシグナル伝達はＢＡＦＦのＢ細胞生存機能を媒介することを示している（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，上記，２００１；Ｓｃｈｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，上記）。対照的に、ＴＡＣＩは抑制性受容体として働くように見えるが（Ｙａｎ，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２：６３８−６４３（２００１））、ＢＣＭＡの役割は不明である（Ｓｃｈｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，上記）。米国特許出願公開第２００７／００７１７６０号は、ＢＬｙＳ及びＡＰＲＩＬの増殖誘導機能を抑制するのに十分な量のＴＡＣＩ−Ｉｇ融合分子を用いるＢ細胞悪性腫瘍の治療を開示している。
ＢＲ３は、Ｂ細胞の表面に発現した１８４残基のＩＩＩ型膜貫通タンパク質である（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｙａｎ，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎ．，上記）。細胞内領域は、既知の構造ドメイン又はタンパク質−タンパク質相互作用モチーフへの配列類似性を持たない。にも関わらず、ＢＲ３を介するＢＡＦＦ誘導型シグナル伝達は、転写因子ＮＦ−Ｂ２／ｐ１００のｐ５２へのプロセシングをもたらす（Ｃｌａｕｄｉｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３：９５８−９６５（２００２）；Ｋａｙａｇａｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１０：５１５−５２４（２００２））。ＢＲ３の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）も多岐にわたる。ＴＮＦＲファミリーのメンバーは通常、細胞外領域に複数のシステインに富んだドメイン（ＣＲＤ）の存在によって特徴付けられ；各ＣＲＤは典型的には、６つのシステインによって３つのジスルフィド結合で安定化された約４０残基からなる。このファミリーのありふれたメンバーは、リガンド表面上の２つの別個のパッチと相互作用する２つのＣＲＤを通じてリガンドと接触する（Ｂｏｄｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，２７：１９−２６（２００２））。しかし、ＢＲ３ ＥＣＤは、せいぜい部分的なＣＲＤを形成することができる、たった４つのシステイン残基を含み、その小さな受容体がどのように高親和性リガンド結合を付与するのかという疑問を提起している。
ＢＲ３のＢＡＦＦ結合ドメインが２６残基のコア領域内にあることが示されている（Ｋａｙａｇａｋｉ ｅｔ ａｌ．，上記）。６つのＢＲ３残基は、βヘアピンペプチド内で構造をとると（ｂｈｐＢＲ３）、ＢＡＦＦ結合を付与するのに十分であり、ＢＡＦＦ媒介型シグナル伝達を遮断する。その他はＢＡＦＦと相互作用すると主張されたポリペプチドを報告している（例えば、国際公開第２００２／２４９０９号、国際公開第２００３／０３５８４６号、国際公開第２００２／１６３１２号、及び国際公開第２００２／０２６４１号）。
機能損失及びＸ線写真変化は、疾患過程の初期で生じる。これらの変化はある種のＤＭＡＲＤの使用により、遅延化又は予防することができる。いくつかのＤＭＡＲＤは、病初では臨床的に効果的であり、良好な耐性を有するが、これらの薬剤の多くは、経時的にあまり効果がなくなるか、又は毒性が増加してくる。その効能及び耐用性に基づき、ＭＴＸは、他の治療が測定されることにより、標準的な治療となる。Ｂａｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５８６−１５９３（２０００）；Ａｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２７：６４４−６５２（２０００）．
近年の研究では、レフルノミド、ＭＴＸ、又はプラセボを摂取した後期ＲＡに罹患した患者（Ｓｔｒａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，１５９：２５４２−２５５０（１９９９））、並びにＭＴＸに部分的に反応した後、インフリキシマブとＭＴＸ、又はプラセボとＭＴＸを摂取した患者における、Ｘ線検査での進行が調べられた。Ｌｉｐｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５９４−１６０２（２０００）；Ｍａｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，３５４：１９３２−１９３９（１９９９）．ＥＮＢＲＥＬＴＭ ＥＲＡ（初期ＲＡ）治験の最初の１年において、エタネルセプトは、疾患の徴候及び症状の改善性、及びＸ線検査上での進行の阻害において、ＭＴＸよりもかなり効果的であることが示された。Ｂａｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５８６−１５９３（２０００）．Ｇｅｎｏｖｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４６：１４４３−１４５０（２００２）は、研究の２年目の結果が報告されており、単独療法としてのエタネルセプトは、疾患活動度の低減、構造的損傷の抑制、及び初期の攻撃的ＲＡを患っている患者における２年以上にわたっての身体障害の低減において、ＭＴＸよりも安全で優れていると結論付けている。更に研究されたのは、中程度から重篤なＲＡ患者において、ＭＴＸと併用したオクレリズマブ（ＣＤ２０＋Ｂ細胞を標的とするヒト化抗体）の安全性と臨床活性であった（Ｐｈ Ｉ／ＩＩ ＡＣＴＩＯＮ試験）。Ｇｅｎｏｖｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，５４（９）：Ｓ６６−Ｓ６７（２００６年９月）。
さらに、手及び足におけるＸ線検査における進行の低下は、ＭＴＸと併用してインフリキシマブを受容した後の、初期のＲＡの患者において観察された。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：４１７（２００５）．初期のＲＡの患者は、インフリキシマブで治療した後の身体機能に、臨床的に有意義で持続性の改善が達成された。Ｓｍｏｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：４１８−４１９（２００５）．
ＡＳＳＥＲＴと命名された、ランダム化されたプラセボ対照試験から得られた、強直性脊椎炎（ＡＳ）に罹患した患者の骨密度におけるインフリキシマブ治療の効果は、Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：３１９（２００５）に報告されている。ＡＳＳＥＲＴ試験では、インフリキシマブはＡＳ患者でその疲労や痛みを改善することを示した。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：３１８−３１９（２００５）．ＡＳＳＥＲＴにより治療されたＡＳ患者におけるインフリキシマブの有効性と安全性は、ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，５：５８２−５９１（２００５）によって説明されている。著者らは、インフリキシマブは、２４週間の試験期間中ＡＳ患者の大規模コホートにおいて、良好な耐容性を示し効果的であると結論づけている。更に、脊椎炎症におけるインフリキシマブ治療の効果を、ＡＳに罹患した２７９人の患者のランダム化されたプラセボ対照試験における磁気共鳴映像により評価した。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：３１７（２００５）．ＡＳに罹患した患者における脊椎のＸ線検査による進行において治療効果が測定されるべき方法は、ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．５２：１９７９−１９８５（２００５）が取り組んでいる。
１年後の、インフリキシマブ多国籍ＰｓＡ対照試験（ＩＭＰＡＣＴ）のＸ線検査の分析の結果が、Ａｎｔｏｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ６４：１０７（２００５）により報告されている。併用治療試験による、ＲＡにおける抗ＴＮＦ因子治験からのデータを詳細にサブ解析することによる、臨床的改善の見られないＲＡ患者でのインフリキシマブとＭＴＸを用いた治療によるＸ線検査上の利点の証拠は、Ｓｍｏｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．５２：１０２０−１０３０（２００５）により報告されている。（修正されたシャープ／ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅスコアにおける平均変化により測定された場合の）Ｘ線検査上での進行は、インフリキシマブとＭＴＸを受容した患者よりも、ＭＴＸとプラセボを受容した患者のほうが、より大きかった。著者は、臨床的改善のない患者でさえ、インフリキシマブとＭＴＸを用いた治療により、破壊過程に対してかなりの利点が提供され、このような患者において、疾患のこれらの２つの測定が解離していることが示唆される。ベースラインとなるＸ線検査上での損傷と、ＲＡに罹患した患者をインフリキシマブを用いて治療した後の身体機能における改善との間の関連性は、Ｂｒｅｅｄｖｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：５２−５５（２００５）に記載されている。構造的損傷は、シャープスコアのｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ修正を使用して評価した。著者は、ベースラインにおいて関節損傷が大きければ大きいほど、ベースラインにおける身体機能は乏しく、治療後の身体機能の改善性は少なく、関節破壊の進行を遅延化させるために、初期の治療介入の重要性が強調されると結論付けた。
関節リウマチ分子バイオマーカー
多くの研究者が、ＲＡ患者から単離された滑膜組織のマイクロアレイ遺伝子発現プロファイリング研究を行ってきた。公開された研究は、ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｏｕｗ Ｋｒａａｎ ＴＣ ｅｔ ａｌ．，ｃＤＮＡマイクロアレイ技術を用いたリウマチ滑膜内の特徴的な遺伝子発現プロファイルの発見：組織破壊及び修復の複数の経路が存在することの証拠（Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ ｄｉｓｔｉｎｃｔｉｖｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ｓｙｎｏｖｉｕｍ ｕｓｉｎｇ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｘｉｓｔｅｎｃｅ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｐａｔｈｗａｙｓ ｏｆ ｔｉｓｓｕｅ ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｐａｉｒ），Ｇｅｎｅｓ Ｉｍｍｕｎ Ａｐｒ；４（３）：１８７−９６（２００３）；ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｏｕｗ Ｋｒａａｎ ＴＣ，ｅｔ ａｌ．，関節リウマチは異種起源の疾患である：関節リウマチ組織間でのＳＴＡＴ−１経路の活性化の違いの証拠（Ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｉｓ ａ ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓ ｄｉｓｅａｓｅ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＳＴＡＴ−１ ｐａｔｈｗａｙ ｂｅｔｗｅｅｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ｔｉｓｓｕｅｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ Ａｕｇ；４８（８）：２１３２−４５（２００３）；Ｆｉｎｉｓ Ｋ ｅｔ ａｌ．，ゲノムワイドな相補的なＤＮＡマイクロアレイ及び組織アレイ技術を使用する色素性絨毛結節性滑膜炎の分析は、潜在的な新規な治療的アプローチに対する見通しを明らかにする（Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｉｇｍｅｎｔｅｄ ｖｉｌｌｏｎｏｄｕｌａｒ ｓｙｎｏｖｉｔｉｓ ｗｉｔｈ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ｔｉｓｓｕｅ ａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｒｅｖｅａｌｓ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｎｏｖｅｌ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ Ｍａｒ；５４（３）：１００９−１９（２００６）；Ｌｉｎｄｂｅｒｇ Ｊ，ｅｔ ａｌ．，関節リウマチ患者の滑膜組織中のｍＲＮＡ発現プロファイルにおけるインフリキシマブの効果（Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ ｏｎ ｍＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｉｎ ｓｙｎｏｖｉａｌ ｔｉｓｓｕｅ ｏｆ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｐａｔｉｅｎｔｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．８（６）：Ｒ１７９（２００６）；ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｏｕｗ Ｋｒａａｎ ＴＣ ｅｔ ａｌ．，抗腫瘍壊死因子アルファによる治療に対する応答性は、関節リウマチ患者の治療前の組織の炎症レベルに関連する（Ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ ｔｏ ａｎｔｉ−ｔｕｍｏｕｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ａｌｐｈａ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｓ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ｐｒｅ−ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｔｉｓｓｕｅ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ｌｅｖｅｌｓ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｐａｔｉｅｎｔｓ），Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ．Ａｐｒ；６７（４）：５６３−６（２００８）；Ｈｕｂｅｒ Ｒ ｅｔ ａｌ．，関節リウマチ滑膜のｍＲＮＡ発現プロファイルにおける、グループ内、個体間、及び遺伝子特異的な差異の同定（Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｒａ−ｇｒｏｕｐ，ｉｎｔｅｒ−ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ，ａｎｄ ｇｅｎｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｖａｒｉａｎｃｅｓ ｉｎ ｍＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｓｙｎｏｖｉａｌ ｍｅｍｂｒａｎｅ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ １０（４）：Ｒ９８（２００８）；Ｂａｄｏｔ Ｖ ｅｔ ａｌ．，滑膜内の遺伝子発現プロファイリングは、関節リウマチのアダリムマブによる治療に対する反応の有無を予測する特徴を同定する（Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅ ｓｙｎｏｖｉｕｍ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ａ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｏｆ ａｂｓｅｎｃｅ ｏｆ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ａｄａｌｉｍｕｍａｂ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．１１（２）：Ｒ５７（２００９），電子出版２００９年４月２３日を含む。
一般的な技術
本発明の実施は、特に明記しない限り、当業者の技術範囲内の分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来技術を用いる。このような技術は、文献、例えば、”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”， ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， １９８９）；”Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，編，１９８４）；”Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，編，１９８７）；”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；”Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ． Ｍ． Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，編， １９８７， ａｎｄ ｐｅｒｉｏｄｉｃ ｕｐｄａｔｅｓ）； ”ＰＣＲ： Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，編，１９９４）に完全に説明されている。
本発明に用いられるプライマー、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、当該技術分野で既知の標準技術を用いて生成することができる。
ＲＡ患者及びＲＡの特定のサブタイプに関連した遺伝子発現特性が、本明細書にて提供される。これらの特性はＲＡ及び／又はＲＡのサブタイプのバイオマーカーを構成し、ＲＡの発達、持続及び／又は進行の素因又は一因となる。従って、本明細書に開示される本発明は、例えば、自己免疫疾患の診断及び治療に関連する方法及び組成物における様々な設定に有用である。
遺伝子発現レベルの検出
本明細書記載された方法の何れかに係る核酸は、ゲノムＤＮＡから転写されたＲＮＡ、又はＲＮＡから生成されたｃＤＮＡであり得る。核酸は、脊椎動物、例えば哺乳動物に由来し得る。核酸は、それがその起源から直接得られた場合、または、それが、その起源で見つかった核酸のコピーである場合に、特定の起源「に由来する」と言われる。
核酸は、核酸のコピー、例えば増幅から生じたコピーを含む。増幅は、特定の場合において、例えば変異を検出するための材料の所望の量を得るために望まれ得る。アンプリコンは、その後、後述のように、特定の遺伝子の発現を決定するために、変異検出方法に供することができる。
マイクロアレイは、典型的には、例えば、高ストリンジェンシー条件下で、ｃＤＮＡ又はｃＲＮＡサンプルとハイブリダイズするために、配列した一連の数千もの核酸プローブを使用する多重化技術である。プローブ−標的ハイブリダイゼーションは、典型的には、フルオロフォア、銀、又は化学発光標識化標的の検出によって検出され、定量化され、標的内の核酸配列の相対量を決定する。典型的なマイクロアレイでは、プローブは化学的マトリックスへの共有結合により（エポキシ−シラン、アミノ−シラン、リジン、ポリアクリルアミド等を介して）、固体表面に結合されている。固体表面は、例えば、ガラス、シリコンチップ、または微視的ビーズである。様々なマイクロアレイは、例えば、アフィメトリクス社（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ）とイルミナ社（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ）により製造されたものを含み市販されている。
生物学的サンプルは、当業者に公知の特定の方法を用いて得ることができる。生物学的サンプルは脊椎動物から、特に、哺乳動物から得られる。特定の場合において、生物学的サンプルは、滑膜組織、血清又は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。そうした身体サンプルをスクリーニングすることによって、単純な早期診断を、例えば、ＲＡなどの疾患のために実現することができる。更に、治療の進行は、標的核酸（又はコードされるポリペプチド）の発現レベルの変化に対して、そのような身体サンプルを試験することによってより容易にモニタリングすることができる。
被験者又は組織又は細胞サンプルが、本明細書に開示された遺伝子発現特性を含有することを決定した後に、適切なＲＡ治療薬の有効量が、被験者のＲＡを治療するために被験者に投与され得ることが意図される。本明細書に記載の哺乳動物における様々な病理学的状態の臨床診断は、当業者によって行うことができる。例えば、哺乳動物におけるＲＡの診断または検出のための臨床診断技術は、当該技術分野で利用可能である。
ＲＡ治療薬は、ボーラスとして静脈内投与など既知の方法に従って、又はある期間にわたる連続注入によって、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内（ｉｎｔｒａｃｅｒｏｂｒｏｓｐｉｎａｌ）、皮下、関節内、滑液内、髄腔内、経口、局所、又は吸入経路によって投与することができる。任意で、投与は、様々な市販の装置を用いた小型ポンプによる注入を介して行われてもよい。
キット
本明細書で記述され又は提言される用途における使用のため、キット又は製造品も提供される。このようなキットは、バイアル、チューブなどのような一又は複数の容器手段を密に閉じ込めて収容するように区画化されている運搬手段を含む場合があり、容器手段の各々は該方法で使用される別個の手段の一つを含む。例えば、容器手段の一つは、標識されているか又は検出可能に標識されうるプローブを含みうる。そのようなプローブは、遺伝子発現特性の遺伝子を含むポリヌクレオチドに対して特異的なポリヌクレオチドでありうる。キットが標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチドを収容する容器、及び／又は酵素、蛍光又は放射性標識などのリポーター分子に結合した、アビジン又はストレプトアビジンなどのビオチン結合タンパク質のようなレポーター手段を含む容器を有していてもよい。
キットは、典型的には、上述の容器と、商業的及び使用者の観点からみて望ましい材料、例えばバッファー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用のための指示書を有するパッケージ挿入物を収容する一又は複数のその他の容器を具備する。特定の治療又は非治療的用途に組成物が使用されることを示すラベルが容器上にあってもよく、またそのラベルは上述したもののようにインビボ用途又はインビトロ用途の何れかについての指示を示すものであってもよい。キット中の他の任意成分には、一又は複数のバッファー（例えばブロックバッファー、洗浄バッファー、基質バッファーなど）、酵素標識によって化学的に変化する基質などの他の試薬（例えば色素原）、エピトープ探索溶液、コントロール試料（ポジティブコントロール及び／又はネガティブコントロール）、コントロールスライドなどがある。
マーケティング法
また、本発明には、そこからサンプルを得て、本明細書に開示されるように遺伝的変異の存在を示すＲＡの患者又は患者集団を治療するための、薬剤又は薬学的組成物の使用を促す、指示する、及び／又は明確に述べることを含む、ＲＡ治療薬又はその薬学的に許容可能な組成物をマーケティングするための方法が包含される。
マーケティングは一般的にはスポンサーが識別され、メッセージが制御された非個人的な媒体を介する有料の通信である。本明細書における目的のためのマーケティングには、公報、広告、製品の提供、後援、引受業務、及び販売促進が含まれる。該用語はまた、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する良好なパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、促進し、動機付けし、あるいは行動を変更するようにアピールするように計画された、印刷通信媒体の何れかに現れるスポンサー提供の情報公告を含む。
本明細書中の診断方法のマーケティングは、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを配信するために使用するマーケティング媒体の例としては、放送メディアに現れるメッセージであるコマーシャルを含む、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。
使用されるマーケティングの種類は、到達されるべきターゲト層、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、並びに、コストの考慮、及び医薬と診断のマーケティングを規制する関連法律及び規制など、多くの要因に依存する。マーケティングは、サービスの相互作用及び／又はユーザーの人口統計及び地理的な場所など他のデータによって定義されたユーザの特性評価に基づいて、個別化又はカスタマイズされ得る。
以下は、本発明の方法及び組成物の例である。上記の一般的な記載を前提に、その他様々な実施態様が実施され得ることはよく理解されている。
実施例１
方法及び被検者
被検者及び滑膜の生検
ヒト被験者から得られる検体が関与する全ての手法は、ミシガン大学治験委員会の承認が得られたプロトコルの下で行われた。ヒト滑膜組織はＲＡの米国リウマチ学会によって開発された７つの基準のうちの少なくとも４つの存在に基づいてＲＡと診断された患者の発症した関節から滑膜切除術によって得られた（Ａｒｎｅｔｔ， Ｆ． Ｃ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３１： ３１５−３２４ （１９８８））。切除された組織は、直ちに液体窒素で瞬間凍結され、−８０℃で保存された。適合する組織学切片のために、試料は一次的に−２０℃にして、クリオスタットで切片化され、直ちに−８０℃に戻した。凍結された試料は、ＱｉａｇｅｎブランドＲＬＴ中でホモジナイズされ、ＲＮＡは製造業者推奨プロトコルに従って単離された（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖａｌｅｎｃｉａ， ＣＡ）。
方法
マイクロアレイハイブリダイゼーション
ｃＲＮＡの調製及びアレイハイブリダイゼーションのための方法は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ， ＣＡ）によって提供された。簡潔に、３μｇのトータルＲＮＡは、ｃＤＮＡ合成キットＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ Ｃｈｏｉｃｅ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）及びＴ７−（ｄＴ）２４オリゴマープライマー（Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．， Ｎｏｖａｔｏ， ＣＡ）を用いて二本鎖ｃＤＮＡに変換された。二本鎖ｃＤＮＡは、親和性樹脂Ｓａｍｐｌｅ Ｃｌｅａｎｕｐ Ｍｏｄｕｌｅ Ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．）を用いて精製され、次いでエタノール沈澱された。標識されたｃＲＮＡは、インビトロ転写試薬（Ｅｎｚｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ， Ｉｎｃ．， Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ， ＮＹ）中で、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼ及びビオチン標識ヌクレオチドを用いてｃＤＮＡから生成された。標識されたｃＲＮＡは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｓａｍｐｌｅ Ｃｌｅａｎｕｐ Ｍｏｄｕｌｅ Ｋｉｔを用いて精製された。標識されたｃＲＮＡの量は、２６０ｎｍにおける吸光度を測定し、２６０ｎｍにおける１ＯＤが４０ｇ／ｍｌのＲＮＡに相当するという慣例を用いることで測定された。１５マイクログラムの標識されたｃＲＮＡは、４０ｍＭトリス−酢酸塩ｐＨ ８．１、１００ｍＭ酢酸カリウム及び３０ｍＭ酢酸マグネシウム中で３０分間、９４℃でインキューベートすることによって断片化された。試料は、６０ｒｐｍに設定されたローティッセリーオーブンで１９時間、４５℃でＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．）にハイブリダイズされた。アレイは洗浄され、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーションにおいて染色され、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ｓｃａｎｎｅｒ ３０００でスキャンされた。データ解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）オペレーティングシステム及び解析ソフトウェアを用いて行われた。
組織病理学及び免疫組織化学
染色は、アセトンで固定されたヒト滑膜組織の５μｍ厚凍結切片に対して行われた。切片のいくつかは、組織学的評価のために、ヘマトキシリン‐エオジンで染色された。他の切片は、３０分間１０％血清でブロッキングされ、以下の系統マーカー（ＣＤ２０−マウス抗ヒトクローンＬ２６、５ｇ／ｍｌ、Ｄａｋｏ；ＣＤ３−ウサギ抗ヒト抗体ＳＰ７、１：２００希釈、ＮｅｏＭａｒｋｅｒｓ；及びＣＤ６８−マウス抗ヒトクローンＫＰ−１、２．５ｇ／ｍｌ、Ｄａｋｏ）を発現する細胞の検出のために染色された。全ての免疫組織化学染色は、種特異的な、ビオチン化二次抗体及び３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）で検出された。
統計解析
マイクロアレイデータの統計解析は、統計プログラミング環境Ｒ（ＵＲＬで利用可能：ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）及び商業的に入手可能なＳｐｏｔｆｉｒｅ Ｄｅｃｉｓｉｏｎ Ｓｉｔｅ（ＴＩＢＣＯ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｉｎｃ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）において利用可能なオープンソースツールを用いて行われた。分子サブタイプの同定は、オープンソースのＲパッケージであるＰｖｃｌｕｓｔを用いたマルチスケールブートストラップリサンプリングによって行われた（Ｓｈｉｍｏｄａｉｒａ， Ｈ ａｎｄ Ｓｕｚｕｋｉ， Ｒ．， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２２（１２）， ２００６）。差次的に発現された遺伝子のヒートマップ視覚化及び同定は、Ｓｐｏｔｆｉｒｅにより提供される分散分析を用いて行われた。それぞれのサブタイプで有意に大きな割合を占める経路の同定は、開発者の推奨プロトコルに続いて、ＣｏＰｕｂを用いて行われた（Ｆｒｉｊｔｅｒｓ， Ｒ． ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３６： Ｗ４０６−Ｗ４１０ （Ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｉｓｓｕｅ ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｎ２１５） （２００８））； ＵＲＬ：ｓｅｒｖｉｃｅｓ．ｎｂｉｃ．ｎｌ／ｃｇｉ ｂｉｎ／ｃｏｐｕｂ／ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ＿ａｎａｌｙｓｉｓ．ｐｌで利用可能。簡潔には、各々のサブタイプで特異的に上方制御されたＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット識別子（上位１０００にランク付けされたプローブセット）がウェブサーバーにアップロードされた。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３Ａ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．）は背景データセットとして選択され、サーチカテゴリーは生物学的プロセスに限定し、全ての算出設定はそれらのデフォルトとした。結果データは、パソコンに保存され、Ｓｐｏｔｆｉｒｅの比較ヒートマップ視覚化のためにフォーマットされた。
分類指標の同定：分子表現型の訓練及び試験
２０，７７６のプローブ及びクラス標識からなるフィルター処理された発現データセットを用いて、我々は、（ｉ）その他の３つのサブタイプから各々の推定上の患者サブクラス区別する、又は（ｉｉ）互いに４つ全てのサブクラスを互いに区別することができる、一連の２−クラス及びマルチクラス分類モデルを構築することを求めた。我々は、本明細書において、そのような分類モデルを「分類指標」と呼ぶ。複数の試料が同じ患者で利用可能だった場合には、その患者の試料はモデルを始めるためにランダムに選択された。変数（プローブ）の選択及びモデル訓練は、ＣＭＡパッケージを用いて行われた（Ｓｌａｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．， ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ９：４３９ （２００８））。２−クラスモデルの場合、変数選択は、その２−試料ｔ−統計の絶対値又はそのロバストウィルコクソン統計値に従って、特定のクラス標識とのそれぞれのプローブの関連性をランク付けすることによって行われた。マルチクラスモデルでは、それぞれのプローブは、４つ全ての推定上のクラスについて、その一元Ｆ−統計又はそのロバストＫｒｕｓｋａｌｌ−Ｗａｌｌｉｓ試験統計の値によってランク付けされた。試験統計の値は、１つ抜き交差確認法（ＬＯＯＣＶ）を４８回、又はクラスサイズが十分に大きいと考えられた場合（すなわちＦ２、Ｌ及びＭ２−クラスモデルについて）は５倍交差確認法を１００回以上記録した。試験統計のそれぞれのモデル及び選択のために、交差確認法のそれぞれの回において、最大かつ最も有意な試験統計値を有する上位２０のプローブのリストが保持された。プローブが上位２０の最も強く関連しているプローブのリストに見られた交差確認法の回数（又は割合）の算出に基づいて、プローブ特異的な投票ベースの変数重要性尺度が作成された。
ＣＭＡパッケージで線形判別分析（ＬＤＡ）を行い、これらの特異的な４８の患者試料を用いることで得られた推定上のクラス標識が、クラスタリング結果の当初の推定された標識と比較された。サニティーチェックとして、変数選択及びＬＤＡステップが順序を変えたクラス標識を用いて繰り返され、誤分類の割合の増加が生じた。
２色マイクロアレイプラットフォーム（Ｌｉｎｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ５（６）： ｅ１１３１０ （２０１０））についての公的に利用可能な独立試験データは、訓練データから構成されるモデルの頑健性を評価するために用いられた。各々のＲＡ患者ｔｗｏ−ｔｗｏ−ｗａｙモデルのために及びマルチ・クラス・モデルのために、パラメータ又は頑健な試験統計値の選択を通じて凝集され、交差確認法の上位２０のプローブのリストの特定の回において見られる固有のプローブセットは、訓練データについてＲのＭＡＳＳパッケージを用いてＬＤＡモデルに適用される（Ｖｅｎａｂｌｅｓ， Ｗ． Ｎ． ＆ Ｒｉｐｌｅｙ， Ｂ． Ｄ． （２００２） Ｍｏｄｅｒｎ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｗｉｔｈ Ｓ． Ｆｏｕｒｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ． Ｓｐｒｉｎｇｅｒ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ． ＩＳＢＮ ０−３８７−９５４５７−０）ＬＯＯＣＶを用いて、新規な予測クラス標識が、訓練データについて構築されたＬＤＡモデルを新しい試験セットデータに適用させることで得られた。２つのデータセット間のプローブは、それらの固有のＥｎｔｒｅｚ遺伝子識別番号によって連結された。いずれかのデータセットの複数のプローブが特定のＥｎｔｒｅｚ遺伝子番号に位置した場合には、固有のプローブは特定の遺伝子を表すために選択された。元のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ訓練データにおいて、複数回のＬＯＯＣＶを通して最も高い変数重要性スコアを有するプローブが選択された。同数の場合、１つのプローブがランダムに選択された。試験データにおいて特有の代表的なプローブも、ランダムに選択された。試験データセットにおける欠測データは、そのプローブの発現中央値を用いて帰属させた。ＬＤＡを行う前に、訓練及び試験データを、同等の条件にするために、中心化及び拡大、縮小した。それぞれ４つの分子表現型のための分類指標は、下記に提供される。
分子表現型（サブタイプ）の同定
例えば、ＲＡの病因学及び進行において重要な分子経路のさらなる理解の基礎としての遺伝子発現パターンを評価するため、及び診断及び予後診断の目的のための潜在的な治療的標的及びバイオマーカーを同定するために、ＲＡを有する患者から単離された滑膜組織についての遺伝子発現マイクロアレイ実験が行われた。５０人のＲＡ患者から切除された８１の滑膜組織試料についての遺伝子発現マイクロアレイ実験は、全ゲノム発現アレイであるＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．）を用いて行われた。発現データは、製造業者から提供されたソフトウェアであるＭＡＳ５を用いて正規化され、５００に標準化され、対数変換及びｚ−スコア化された。少なくとも１００の最小限の発現を有し、全ての試料におけるプローブの平均発現量と比較して少なくとも５つの試料において１．５の標準偏差で異なる場合、そのプローブは解析に含まれた。この評価から２０，７７６のプローブが生じ、それらは１０，０００の反復に代えてランダムに抽出され、アグロメレーションのために距離メトリック及び平均連結法として相関を用いてクラスタリングされた。図１に示された結果として生じたデンドログラムは、試料クラスタリング及び結果として生じたブートストラップ分岐サポート値を表す。
我々は、マイクロアレイ実験（図２）の結果から生じたヒートマップを解析し、異なるＲＡ分子サブタイプ間で差次的に発現される遺伝子の相対的な発現量に基づいて、ＲＡの４つの分子サブタイプを同定した。我々は、試料を、ブートストラップデンドログラム（図２）から推定した４つの異なる群に割り振った。対数変換された発現データの分散分析は、それぞれの群において差次的に発現した遺伝子を同定した。階層的クラスター分析は、統計学的に有意なプローブ（ｐ＜１．０Ｅ−６を有する５５０１のプローブ）について行われた。発現データは、視覚化のためにｚ−スコアで標準化された。
図２に示されるように、試料の最も大きい群（４５％）は、本明細書にリンパ系リッチ（Ｌ）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｌ」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、８７％ブートストラップサポート）。これらの試料は、広範囲なリンパ系浸潤及びろ胞様リンパ球のクラスターを共有した（それぞれｐ＜０．０１）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、Ｂ細胞、プラズマ細胞、Ｔ細胞及びマクロファージのパターン特性を明らかにし、Ｂ及びＴ細胞活性化、アイソタイプスイッチ、Ｉｇ分泌及びサイトカイン産生を含む特定の経路に関与していた。表５は、Ｌサブタイプと関連するプローブセット（及び関連する遺伝子）のリストを提供する。これらは、以下の基準を用いたマイクロアレイデータから同定された：（１）倍数変化 ＞ １．５（Ｌサブタイプ中）；（２）ｔ検定ｐ値 ＜ ０．０００１；及び（３）以下のタンパク質の分子カテゴリーの少なくとも一に属すると注釈が付けられている：分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、キナーゼタンパク質、Ｇ結合タンパク質受容体タンパク質、ホスファターゼタンパク質、核受容体タンパク質、イオンチャネルタンパク質、Ｅ３−リガーゼタンパク質、脱ユビキチン化酵素タンパク質。
下記の表１は、Ｌサブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表５のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。表１において同定された遺伝子は、細胞表面発現及び分泌の特性を共有するタンパク質をコード化する。それらの特性を有するタンパク質は、場合により、例えばモノクローナル抗体の目標となり、その場合は治療的標的であると考えられる。分泌タンパク質及び細胞膜から切断された産物は、場合によって、測定され、その場合はバイオマーカーであると考えられる。
表１．特定のＬサブタイプの治療標的及びバイオマーカー
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上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的方法を用いて、以下の表１０に示されるように、Ｌ表現型分類指標が同定された。
表１０．Ｌ表現型（サブタイプ）分類指標の遺伝子及びプローブ
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図２に示されるように、試料の他の群（２１％）は、本明細書に骨髄系リッチ（Ｍ）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｍ」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、６７％分岐サポート）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、モノサイト、マクロファージ、好中球及びリンパ球のパターン特性を明らかにし、マクロファージ活性化、貪食作用、呼吸性バースト、Ｔ細胞活性化及びサイトカイン産生を含む特定の経路に関与していた。さらに、このサブタイプは、関節血管分布と逆相関していた（ｐ＜０．０５）。表６は、Ｍサブタイプと関連しているプローブセット（及び関連する遺伝子）のリストを提供する。これらは、以下の基準を用いてマイクロアレイデータから同定された：（１）倍数変化 ＞ １．５（Ｍサブタイプ中）；（２）ｔ検定ｐ値 ＜ ０．０００１；及び（３）以下のタンパク質の分子カテゴリーの少なくとも一に属すると注釈が付けられている：分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、キナーゼタンパク質、Ｇ結合タンパク質受容体タンパク質、ホスファターゼタンパク質、核受容体タンパク質、イオンチャネルタンパク質、Ｅ３−リガーゼタンパク質、脱ユビキチン化酵素タンパク質。
下記の表２は、Ｍサブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表６のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。表２において同定された遺伝子は、細胞表面発現及び分泌の特性を共有するタンパク質をコード化する。それらの特性を有するタンパク質は、場合により、例えばモノクローナル抗体の目標となり、その場合は治療的標的であると考えられる。分泌タンパク質及び細胞膜から切断された産物は、場合によって、測定され、その場合はバイオマーカーであると考えられる。
表２． 特定のＭサブタイプ治療標的及びバイオマーカー。
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上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的手法を用いて、以下の表１１に示されるように、Ｍ表現型分類指標が同定された。
表１１．Ｍ表現型（サブタイプ）分類指標遺伝子及びプローブ
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図２に示すように、２つの非炎症性分子サブタイプが同定された。第一の群（２２％）は、本明細書に繊維芽細胞リッチ２型（Ｆ２）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｆ２」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、９４％分岐サポート）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、繊維芽細胞及び骨芽細胞のパターン特性を明らかにし、骨の形成、増殖及び分化、ｗｎｔ−シグナリング及び腫瘍形成を含む特定の経路に関与していた。Ｆ２遺伝子発現特性は、リンパ球及びＣＤ１５＋細胞浸潤と逆相関していた（それぞれｐ＜０．０１）。第二の非炎症性群（２２％）は、本明細書に繊維芽細胞リッチ１型（Ｆ１）として記載される分子サブタイプを明らかにした（図２、図の上部に「Ｆ１」と標識され、ヒートマップ中に示されたボックスに対応するデンドログラムの上部の分岐、８８％分岐サポート）。試料のこの群の遺伝子発現特性は、繊維芽細胞、破骨細胞及び骨芽細胞のパターン特性を明らかにし、骨の破壊及び脈管形成を含む特定の経路に関与していた。さらに、Ｆ１サブタイプは、他のサブタイプと比較して滑膜のライニング過形成とより高度に関連していた。表７及び８は、それぞれＦ２及びＦ１サブタイプと関連するプローブセット（及び関連する遺伝子）のリストを提供する。これらは、以下の基準を用いてマイクロアレイデータから同定された：（１）倍数変化 ＞ １．５（Ｌサブタイプ中）；（２）ｔ検定ｐ値 ＜ ０．０００１；及び（３）以下のタンパク質の分子カテゴリーの少なくとも一に属すると注釈が付けられている：分泌タンパク質、原形質膜タンパク質、キナーゼタンパク質、Ｇ結合タンパク質受容体タンパク質、ホスファターゼタンパク質、核受容体タンパク質、イオンチャネルタンパク質、Ｅ３−リガーゼタンパク質、脱ユビキチン化酵素タンパク質。
下記の表３は、Ｆ２サブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表７のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。
下記の表３は、Ｆ１サブタイプの治療標的及びバイオマーカーとして同定された、表８のこれらのプローブセットの特定のサブセット（及び関連する遺伝子）を示す。表３及び４において同定された遺伝子は、細胞表面発現及び分泌の特性を共有するタンパク質をコード化する。それらの特性を有するタンパク質は、場合により、例えばモノクローナル抗体の目標となり、その場合は治療的標的であると考えられる。分泌タンパク質及び細胞膜から切断された産物は、場合によって、測定され、その場合はバイオマーカーであると考えられる。
表３．特定のＦ２サブタイプ治療標的及びバイオマーカー。
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表４． 特定のＦ１サブタイプ治療標的及びバイオマーカー。
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上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的手法を用いて、以下の表１２に示されるように、Ｆ２表現型分類指標が同定された。
表１２．Ｆ２表現型（サブタイプ）分類指標遺伝子及びプローブ
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上述した分子表現型の訓練及びテスト統計的手法を用いて、以下の表１３に示されるように、Ｆ１表現型分類指標が同定された。
表１３．Ｆ１表現型（サブタイプ）分類指標遺伝子及びプローブ
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それぞれの分子サブタイプをさらに特徴づけ、それぞれの分子サブタイプの遺伝子発現特性及びＲＡの臨床的と組織学的特徴との関連性を見いだすために、それぞれの分子サブタイプの試料はそのサブタイプにおいて主に発現される一以上の特定の遺伝子の発現について解析された。特定の試料は、炎症の全身性測定値、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）及びＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルとの関連性についても評価された。エックス線検査の進行度との関連性についても評価された。さらに、試料を組織学的及び免疫組織化学的解析に供した。
図３は、Ｌサブタイプ試料についてのこれらの研究結果を示す。図３Ａは、転写因子ＸＢＰ１が他のサブタイプ（ＮＬ）の試料と比較してＬサブタイプ試料（Ｌ）において上方制御されることを示す。したがって、ＸＢＰ１の発現は、Ｌサブタイプ特異的な代替マーカーである。さらにまた、図３Ｂは、ＸＢＰ１発現がリンパ球凝集体を欠く試料（−）と比較してリンパ球凝集体を含む滑膜試料（＋）において有意に上方制御されることを示す。図３Ａ及び３Ｂの箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。図３は、ＸＢＰ１発現がＥＳＲ（図３Ｃ）又はＣＲＰレベル（図３Ｄ）とは関連していないことも示している。図３Ｅ−Ｈは、Ｌサブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図３Ｅは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図３Ｆは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図３Ｇは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図３Ｈは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
図４は、Ｍサブタイプ試料の特性評価を示す。図４Ａは、遺伝子ＩＣＡＭ１が、他のサブタイプ（Ｆ１、Ｆ２及びＬ）の試料と比較してＭサブタイプ試料（Ｍ）において上方制御されることを示す。図４Ａにおいて、箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。したがって、ＩＣＡＭ１の発現は、Ｍサブタイプ特異的な代替マーカーである。図４Ｂは、Ｍサブタイプ試料におけるＴＮＦ遺伝子発現と比較したＩＬ１遺伝子発現のグラフィカルプロットである。プロットは、Ｍサブタイプの滑膜試料におけるＩＬ１遺伝子発現とＴＮＦ遺伝子発現が相関していることを示す。この相関は、その他の３つの分子サブタイプにおいて観測されなかった（データ未掲載）。図４Ｃ−Ｆは、Ｍサブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図４Ｃは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図４Ｄは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図４Ｅは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図４Ｆは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
図５は、Ｆ２サブタイプ試料の特性評価を示す。図５Ａは、遺伝子ＩＬ１７Ｄが他のサブタイプ（Ｆ１、Ｌ及びＭ）の試料と比較してＦ２サブタイプ試料（Ｍ）において上方制御されることを示す。図５Ａにおいて、箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。したがって、ＩＬ１７Ｄの発現は、Ｆ２サブタイプ特異的な代替マーカーである。図５Ｂ−Ｅは、Ｆ２サブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図５Ｂは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図５Ｃは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図５Ｄは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図５Ｅは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
図６は、Ｆ１サブタイプ試料の特性評価を示す。図６Ａは、遺伝子ＩＴＧＡ１１が他のサブタイプ（Ｆ２、Ｌ及びＭ）の試料と比較してＦ１サブタイプ試料（Ｍ）において上方制御されることを示す。図６Ａにおいて、箱ひげ図は、各試料を白丸として表す。ボックスは２５から７５パーセンタイルを表し、中間値（ボックス内の水平線）を含む。ひげは、四分位範囲の上下に１．５倍の値を表すために、ボックスから延びている。したがって、ＩＴＧＡ１１の発現は、Ｆ１サブタイプ特異的な代替マーカーである。図６Ｂ−Ｅは、Ｆ１サブタイプの代表的な試料の組織学的及び免疫組織化学的染色の結果を示す。図６Ｂは、ヘマトキシリン‐エオジンでの染色を示す；図６Ｃは、Ｔ細胞マーカーＣＤ３についての免疫組織化学染色を示す；図６Ｄは、活性化白血球マーカーＣＤ６８についての免疫組織化学染色を示す；図６Ｅは、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０についての免疫組織化学染色を示す。
各々のサブタイプについて、我々は特定の関節から得られた試料の数を測定した。このデータは、以下の表９に示される。
表９．分子サブタイプによる関節の分布。
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上記のように、我々は、Ｌサブタイプのろ胞様リンパ球クラスターを観測した。我々は、Ｌサブタイプに加えてその他の３つのサブタイプそれぞれの試料の組織学的切片を解析し、リンパ系クラスター（又は凝集体）を示すそれぞれのサブタイプの試料の割合を定量した。結果を図７に示す。図７に示すように、Ｌサブタイプ試料の約６０％がリンパ系クラスターを有したが、Ｆ２及びＭサブタイプ試料のかなり少ない割合（＜ １０％）がリンパ系クラスターを有した。Ｆ１サブタイプ試料のさらに小さい割合（２％−３％）がリンパ系クラスターを有した。これらの結果は、Ｌサブタイプ遺伝子発現特性が関節における系統的なリンパ系の構成の存在と関連していることを示す。
それぞれのサブタイプと、炎症の全身性測定値、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）及びＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルならびにＸ線検査の進行度との関連性が評価された。ＥＳＲ、ＣＲＰ及びエックス線検査の評価は、当業者に周知の標準的な方法に従って行われた。これらの関連性は、視覚的に図８Ａ−Ｃに示される。図８Ａ−Ｃに示すように、サブタイプのいずれも、ＥＳＲ、ＣＲＰ及び／又はエックス線検査の進行度とは明らかに関連していない。上記のように、ＥＳＲ、ＣＲＰレベル及びエックス線検査の進行度は、ＲＡの診断マーカーとして使用され、それぞれにはある程度の制限がある。Ｐｉｎａｌｓ， Ｒ．Ｓ．， ｅｔ． ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ２４：１３０８ （１９８１）及びＦｅｌｓｏｎ， Ｄ．Ｔ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ３８： ７２７−３５ （１９９５）を参照のこと。したがって、本明細書に記載される遺伝子発現特性は、例えば、本明細書に記載される方法を用いて使用され、先の診断マーカー又は方法の制限を向上又は回避する新規な診断組成物を提供するが、これに限定されるものではない。
それぞれの分子サブタイプに関係していると示される生物学的経路を同定するために、それぞれのサブタイプに特異的な遺伝子特性の統計解析（経路解析）が行われた。この解析結果は、図９に示されるヒートマップに表される。それぞれの分子サブタイプはヒートマップの上部に記載され、生物学的経路はヒートマップの右側に沿って提供される。ヒートマップは、図の底部に示されるスケールに従って、それぞれのサブタイプの統計学的に豊富な経路のｐ値のログを表すために、濃淡を付けられている。統計学的に豊富な経路は、開発者の推奨プロトコルにしたがって、公的に利用可能なウェブ−サービス、ＣｏＰｕｂを用いて同定された（Ｆｒｉｊｔｅｒｓ， Ｒ． ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３６： Ｗ４０６−Ｗ４１０ （Ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｉｓｓｕｅ ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｎ２１５） （２００８））； ＵＲＬ：ｓｅｒｖｉｃｅｓ．ｎｂｉｃ．ｎｌ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｃｏｐｕｂ／ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ＿ａｎａｌｙｓｉｓ．ｐｌで利用可能。簡潔には、それぞれのサブタイプで特異的に上方制御されたＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット識別子（上位１０００までにランク付けされたプローブセット）は、ウェブサーバにアップロードされた。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３Ａ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．）は、背景データセットとして選択され、サーチカテゴリーは生物学的プロセスに限定され、全ての算出設定はそれらのデフォルトとした。結果データは、パソコンに保存され、比較視覚化のためにフォーマットされた。図９に示されるように、Ｌサブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えばＢ及びＴ細胞活性化及びサイトカイン産生を含む；Ｍサブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えばマクロファージ活性化、貪食作用、呼吸性バースト及びサイトカイン産生を含む；Ｆ２サブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えば骨の形成、増殖及び分化、ｗｎｔ−シグナリング及び細胞周期を含む；及び、Ｆ１サブタイプにおいて最も高い統計上の富化を示した生物学的経路は、例えば骨芽細胞分化、骨再形成及び脈管形成を含む。
実施例２
実施例１において同定した分子４つの分子表現型（サブタイプ）をさらに特徴づけるために、それぞれの表現型の特異的な細胞型及び生物学的プロセスを示す選択された遺伝子は、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応法（ｑＰＣＲ）を用いて特異性について試験された。非ＲＡコントロールとして、我々は骨関節炎患者から得られた一組の滑膜試料（ＯＡ）及びＲＡではなく関節の外傷を患う患者から得られた一組の滑膜試料（正常［Ｎｒｍｌ］）を用いた。リアルタイムｑＰＣＲは、以下のように実行された。
ｃＤＮＡ合成はｉＳｃｒｉｐｔ ＴＭｃＤＮＡ合成キット及びプロトコル（Ｂｉｏｒａｄ， Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）を用いて行われた 。２００ｎｇのトータルＲＮＡは、４μｌの５×ｉＳｃｒｉｐｔＴＭ反応混合物、１μｌのｉＳｃｒｉｐｔＴＭ逆転写酵素及びヌクレアーゼを含まない水を含む２０μｌのｃＤＮＡ反応混合物に添加された。逆転写反応混合物は、２５℃で５分間、４２℃で３０分間及び８５℃で５分間インキューベートされた。
ｃＤＮＡ試料の遺伝子特異的な前増幅は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）を用いて行われた。合計７７の２０×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓの１μｌ（全てのアッセイはＦＡＭ ＴＭ色素標識されたＭＧＢプローブＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡを含んだ）は、プールされ、１アッセイにつき０．２×の最終濃度にまで１×ＴＥバッファーで希釈された。試料につき、１．２５μｌのｃＤＮＡ、１．２５μｌのプールされたアッセイ混合物及び２．５μｌの２×ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）が混合された。前増幅反応は、９５℃で１０分間、及び９５℃で１５秒間と６０℃で４分間の１４サイクルというプロトコルを用いて、ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）中で行われた。熱サイクルの後、前増幅された試料は、１×ＴＥバッファーで５倍に希釈された。
４５の遺伝子及び３つのハウスキーピング遺伝子（ＨＰＲＴ１、ＧＡＰＤＨ及びＢ−Ａｃｔｉｎ）についてのマイクロアレイデータの半定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲでの検証は、ＢｉｏＭａｒｋ ＴＭ ４８．４８ Ｄｙｎａｍｉｃ Ａｒｒａｙｓ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）を用いて行われた。２．５μｌの前増幅されたｃＤＮＡ、２．５μｌのＴａｑＭａｎＴＭＵｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）及び０．２５μｌのＤＡ Ｓａｍｐｌｅ Ｌｏａｄｉｎｇ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）を含む試料混合物、及び２．５μｌの２０×ＴａｑＭａｎＴＭＧｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）及び２．５μｌのＤＡ Ａｓｓａｙ Ｌｏａｄｉｎｇ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）を含むアッセイ混合物が調製された。ＩＦＣ ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｒ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）のコントロールライン液での４８．４８ Ｄｙｎａｍｉｃ Ａｒｒａｙの準備に続いて、５μｌの試料混合物はそれぞれの注入口にロードされ、５μｌのアッセイ混合物はチップの検出器注入口にロードされた。全ての試料は、二回ロードされた。チップは、その後試料及びアッセイをロードし、混合するためにＩＦＣ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｒに置かれ、ＢｉｏＭａｒｋ ＴＭ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍに移動された。サイクルプログラムは、９５℃で１０分に続く９５℃で１５秒間と６０℃で１分間の４０サイクルで構成された。
データは、ＣＴ値を得るために、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ ２．１．１、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）を用いて解析された。相対存在量は、以下の化学式に従って算出された：２＾（平均ＣＴ遺伝子Ａ−平均ＣＴ ＨＰＲＴ１）。ＨＰＲＴ１は、最も安定したハウスキーピング遺伝子であった。結果は図１０Ａ−Ｄに示される。
図１０Ａ−Ｄのそれぞれにおいて、それぞれの試料のそれぞれの遺伝子についてのボックス−プロットは、分子表現型Ｆ１、Ｆ２、Ｌ及びＭによって分類されて示される。５人の健常コントロール（Ｎｒｍｌ）及び４１人の非炎症性骨関節炎（ＯＡ）試料は、参考のために含まれた。それぞれのプロットのボックスは、２５〜７５パーセンタイルを表し、水平線は中央値を表し、ひげは９５％信頼区間の評価を表し、個々の点はそれぞれの観測に相当する。
Ｆ１表現型の結果は、図１０Ａに示される。Ｐｅｒｉｏｓｔｉｎ（ＰＯＳＴＮ）はＦ１特異的な転写産物として検証された（図１０Ａ）。ＰＯＳＴＮが一定の機械的ストレスにかけられたコラーゲンリッチ線維性結合組織において主に発現されることが示された（Ｏｋｕ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｔ Ｊ Ｈｅｍａｔｏｌ． ８８（１）： ５７−６３ （２００８））。ＰＯＳＴＮ発現は、ＴＧＦＢによって誘導され、骨髄線維症の成分であることが示されている。検証されたさらなるＦ１特異的な転写産物は、ＡＤＡＭ１２、ＣＴＨＲＣ１及びＥＮＰＥＰを含んだ（図１０Ａ）。
図１０Ｂに示すように、Ｆ２特異的な転写産物ＢＴＣ、ＣＬＵ、ＣＲＬＦ１及びＴＩＭＰ３の全てが、Ｆ２として同定された患者試料において上方制御されたが、Ｆ２組織におけるこれらの転写産物のレベルはＯＡ組織において見られるレベルとは有意に異ならなかった。
図１０Ｃに示したように、Ｂ細胞転写産物ＣＤ１９、ＴＮＦＲＳＦ７、ＩｇＪ及びＩＲＴＡ２は、Ｌ表現型に対する特異性を示した。Ｌ組織におけるこれらの転写産物のそれぞれの発現は、正常及びＯＡ組織における発現より有意に高かった。
図１０Ｄに示すように、ＣＣＬ２、ＣＸＣＬ３及びＶＥＧＦＡは全てＭ表現型に特異的であったが、マクロファージ活性化マーカーＣＤ６８は正常コントロールと同様の低レベルを有したＦ１以外の全ての表現型において同様のレベルを示した。ＶＥＧＦＡレベルも注目すべきであり、ＲＡ及びＯＡ試料中でＭ表現型に特有であった。
これらの所見は、プラットフォームに依存しない表現型特異的な差次的遺伝子発現の検証を提供する。重要なことに、本明細書で試験された検体の全ては、細胞表面及び／又は可溶性タンパク質をコード化し、したがって全身又は骨液において測定可能な表現型特異的なバイオマーカーとして機能し得る。さらに、これらの検体はｑＰＣＲによって容易に検出可能であったので、直接的な滑膜組織の評価の可能性は最小限に侵襲的な生検技術を用いて実現可能であり得る。
実施例３
上記のように、Ｌサブタイプは、滑膜組織の組織学的切片において、系統的なリンパ系の構成の存在と関連していた。これらのリンパ系クラスターは、多数のＢ細胞を含むことも示された（図３Ｈ参照）。さらにまた、胚中心に類似しているクラスターの形態に基づくと、リンパ系クラスターが抗体分泌プラズマ細胞を含む可能性が高い。さらに、上記の通り、Ｌサブタイプは、Ｂ細胞、プラズマ細胞及び他の細胞の遺伝子特性の発現と関連していた。そのような遺伝子は、表１に示されるように、ＩＲＴＡ２（ＦｃＲＨ５）及びＣＸＣＬ１３を含む。ＣＸＣＬ１３は全身で検出される可溶性ケモカインであるが、完全長ＦｃＲＨ５はＢ細胞に限定された膜結合タンパク質である。しかしながら、それは一次ｍＲＮＡの選択的スプライシングによって、切断された可溶性タンパク質として発現する（Ｈａｔｚｉｖａｓｓｉｌｉｏｕ， Ｇ．， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １４：２７７−２８９， ｄｏｉ：Ｓ１０７４−７６１３（０１）００１０９−１ ［ｐｉｉ］ （２００１）； Ｉｓｅ， Ｔ．， ｅｔ ａｌ．， Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２１：１６９−１７４， ｄｏｉ： ２４０４４４５ ［ｐｉｉ］ １０．１０３８／ｓｊ．ｌｅｕ．２４０４４４５ （２００７））。したがって、我々は、ｓＦｃＲＨ５及びＣＸＣＬ１３がＲＡ患者の血清において測定可能で、その場合はＬサブタイプの血清バイオマーカーとして役立ち得ると仮定した。さらに、例えばリツキシマブなどの抗ＣＤ２０治療的抗体を含む多くの治療剤がＢ細胞を標的とすることから、我々は、血清ｓＦｃＲＨ５及び／又はＣＸＣＬ１３がそのような治療薬への患者の反応性を予測するためのバイオマーカーとして有用かどうかを決定しようとした。
我々は、したがって、血清ｓＦｃＲＨ５及びＣＸＣＬ１３レベルがＲＡのＬサブタイプのバイオマーカとして用い得るかどうかを確認するため、及び／又は抗Ｂ細胞治療剤に対する患者の反応を予測するために、以下の実験を行った。例示的な抗Ｂ細胞治療剤として、我々はリツキシマブを選択した。ＲＥＦＬＥＸ（Ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ｌｏｎｇ−Ｔｅｒｍ Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ Ｒｉｔｕｘｉｍａｂ ｉｎ ＲＡ）として知られる、プラセボ対照二重盲検第ＩＩＩ相ランダム化コントロール試験における３３９人のＲＡ患者の血清は、収集され、後述するように解析された。ＲＥＦＬＥＸ試験はＧｅｎｅｎｔｅｃｈ社、Ｂｉｏｇｅｎ−Ｉｄｅｃ社及びＲｏｃｈｅによって行われ、第一人者の臨床知見がＣｏｈｅｎ， Ｓ． Ｂ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ５４：２７９３−２８０６ （２００６）によって公開された。
最初に、我々は、ベースライン（リツキシマブ投薬の一日前）における患者血清中のｓＦｃＲＨ５レベルをアッセイし、健常なコントロール試料のレベルと比較した。ｓＦｃＲＨ５をアッセイするために、我々はＦｃＲＨ５分子の細胞外ドメインを認識する抗ＦｃＲＨ５モノクローナル抗体６Ｈ１（ＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−７２１１）を使用した。この抗体は、国際特許出願番号第ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２９５１６号にも記載されている。ＥＬＩＳＡウェル（３８４／プレート）は、オーバーナイトで２−８℃で０．０５ＭＣａｒｂｏｎａｔｅ／Ｂｉｃａｒｂｏｎａｔｅバッファー（ｐＨ９．６）中の０．５μｇ／ｍＬのｍｓ６Ｈ１ｍＡｂでコートされた。コート溶液の除去の後、非特異的結合部位は、ブロッキング溶液（ＰＢＳ／０．５％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０／１５ｐｐｍＰｒｏｃｌｉｎ、５０μｌ／ウェル）で少なくとも１時間インキューベートすることによってブロッキングされた。洗浄バッファー（ＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ）１００μｌでの洗浄後、標準（２０−０．１５６ｎｇ／ｍｌ）又はアッセイバッファー（ＰＢＳ／０．５％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０／１５ｐｐｍ Ｐｒｏｃｌｉｎ３００／０．２５％ＣＨＡＰＳ／０．３５ＭＮａＣｌ／５ｍＭＥＤＴＡ，ｐＨ７．４，５％ウシ胎仔血清）に希釈される試料は、添加され（２５μｌ／ウェル）、室温で２時間インキューベートされ、２−８℃に移動してオーバーナイトでインキュベートした。一晩のインキュベーションの後、プレートを室温（ＲＴ）で１時間振盪した。次いで、プレートは洗浄され、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓのビオチン化ｐＡｂ７０ｎｇ／ｍＬを添加し（２５μｌ／ウェル）、さらに１時間インキューベートした。洗浄後、１：１０，０００に希釈されたストレプトアビジン−西洋ワサビペルオキシダーゼ（Ａｍｄｅｘ）がプレートを添加し、３０分間インキューベートした。さらなる洗浄後、テトラメチルベンジジン基質（Ｍｏｓｓ ＴＭＢ）が添加され（２５μＬ／ウェル）、１５分間発色させ、反応は１Ｍリン酸（２５μｌ／ウェル）の添加によって停止させた。プレートは、マイクロプレートリーダーを使用して、６３０ｎｍの対照標準と共に、４５０ｎｍの波長で読みとられた（Ｔｈｅｒｍｏ Ｌａｂｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｉｎｌａｎｄ）。試料中の可溶性ＦｃＲＨ５の濃度は、標準曲線の４パラメータ適合から推定された。
図１１Ａに示すように、ｓＦｃＲＨ５の血清レベルは、健常なコントロールと比較して何人かのＲＡ患者において明らかに上昇していた。したがって、これらの結果は、ｓＦｃＲＨ５血清レベルがＲＡのＬサブタイプを含むＲＡの血清バイオマーカとして用いられ得るという仮説を裏づける。
さらに、我々は、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓのｈｕｍａｎ ＣＸＣＬ１３／ＢＬＣ／ＢＣＡ−１ Ｑｕａｎｔｉｋｉｎｅ ＥＬＩＳＡ Ｋｉｔ（Ｃａｔ． Ｎｏ． ＤＣＸ１３０）を用いて、同じ患者試料及び健常なコントロールのＣＸＣＬ１３血清レベルを測定した。データは、図１１Ｂに示す。ｓＦｃＲＨ５の結果と同様に、図１１ＢはＣＸＣＬ１３の血清レベルが健常なコントロールと比較して何人かのＲＡ患者において上昇したことを示す。したがって、これらの結果は、ＣＸＣＬ１３血清レベルがＲＡのＬサブタイプを含むＲＡの血清バイオマーカとして用いられ得るという仮説を裏づける。
次に、我々は、２４週目のＡＣＲ５０奏効率により定義される、リツキシマブに対してより大きな臨床的有用性を有するＲＥＦＬＥＸ試験中の患者サブグループを同定するために、ｓＦｃＲＨ５及びＣＸＣＬ１３データの限界感度解析を行った。限界感度解析は、以下の通りに行われた。ＲＥＦＬＥＸ試験の患者の少なくとも２０％を表した候補バイオマーカーサブグループを同定することが目的であり、初回のリツキシマブの後、２４週目におけるプラセボ修正ＡＣＲ５０奏効率（リツキシマブとメトトレキセートの群のＡＣＲ５０からプラセボとメトトレキセートの群のＡＣＲ５０を引いたもの）が有用である。増加した臨床的有用性を有するサブグループを同定するために、ＲＥＦＬＥＸの研究母集団は、血清試料が利用可能であった患者において測定されたベースライン臨床的特徴及び血清学的バイオマーカーを用いて階層化された。適合したバイオマーカー血清試料を有する患者サブグループのためのベースライン特性は、臨床試験の全患者集団と同程度であった。それぞれの連続的バイオマーカー（計数値の範囲が候補）及び効果の指標である２４週目のＡＣＲ５０の調査のために、コントロールバイアスに対してサブグループ有効性差異対潜在的な限界値（５−パーセンタイル増加における２０番目−８０番目のバイオマーカーパーセンタイル）を示すプロットが作成された。最大の有効性差異（Δ高−Δ低）を与える閾値が同定された。この閾値のために、並べ替え検定が統計的有意差に取り組むために用られた。それぞれの並べ替えのために、バイオマーカー値は並べ替えられ、治療の割付及び効果の指標の両方が固定された。最大の有効性差異は並べかえられたデータセットのために計算され、オリジナルデータで観測された最大の有効性差異と比較された。並べ替えｐ値は、２０００の並べ替えに基づいている。最大の有効性差異上の９５％信頼区間が算出された。
図１２は、１２６．７ｎｇ／ｍｌより大きいｓＦｃＲＨ５レベルを有する患者のサブグループ及び１１６．６ｐｇ／ｍｌより大きいＣＸＣＬ１３レベルを有する患者のサブグループが、これらのバイオマーカーの低いレベルを有する患者と比較して、有意に高いＡＣＲ５０奏効率を示したことを示している。図１２におけるストライプのバーは、リツキシマブで処理された患者である。図１２は、これらのバイオマーカで定義されたサブグループのプラセボ奏効率（オープンバー）が同じような反応を示さなかったことを示している。図１２の右側は、最適サブグループ有効性相違（９５％ ＣＩ）；すなわち、バイオマーカー（高）とバイオマーカー（低）のサブグループ間のプラセボ修正有効性相違を示している。ＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５のバイオマーカーレベルがプラセボを処理された患者でなく、リツキシマブを処理された患者における改善されたＡＣＲ５０奏効率と関連していたことから、これらの結果は、ＣＸＣＬ１３及びｓＦｃＲＨ５血清レベルがリツキシマブに対する増強された反応を予測するものであり、例えば、単純に疾患の重症度及び／又は進行の前兆を示すものではない。
我々は、ＲＥＦＬＥＸ試験（上記した）又はＳＥＲＥＮＥとして公知の第二相試験の患者の血清ｓＦｃＲＨ５と組み合わせて、推定リンパ系特性血清マーカーであるリウマチ因子（ＲＦ、典型的なＲＡ自己抗体）のレベルを評価した。ＳＥＲＥＮＥ（Ｓｔｕｄｙ Ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ Ｒｉｔｕｘｉｍａｂ’ｓ Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｉｎ ＭＴＸ ｉＮａｄｅｑｕａｔｅ ｒＥｓｐｏｎｄｅｒｓ）もまた、ＤＭＡＲＤ−ＩＲ ＲＡ患者におけるものではあるが、リツキシマブの重要なプラセボ対照臨床試験であり、Ｅｍｅｒｙ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ． ６９（９）： １６２９−３５ （２０１０）によって公開された第一人者の臨床的知見である。これらの実験において、ｓＦｃＲＨ５は上記の通りにアッセイされた。ＲＦは、ＲＦのＩｇＭ、ＩｇＧ及びＩｇＡアイソタイプを測定する商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット（Ｃａｔａｌｏｇ ＃ ３０３−３０５， ＴｈｅｒａＴｅｓｔ Ｌａｂｓ， Ｌｏｍｂａｒｄ， Ｉｌｌ．）を使用してアッセイされた。
図１３は、ＲＥＦＬＥＸ（図１３Ａ）及びＳＥＲＥＮＥ（図１３Ｂ）試験におけるリンパ系バイオマーカーに定義される患者のサブセットにおけるプラセボ対照第２４週ＡＣＲ５０奏効率の評価結果を示す。ＡＣＲ５０奏効率は、ｓＦｃＲＨ５レベル及び／又はＲＦに対する血清陽性によって定義される患者サブセットと同様に、それぞれの研究における全ての患者について示される。高ｓＦｃＲＨ５対低ｓＦｃＲＨ５サブセットの濃度カットオフは、それぞれの研究の限界感度解析によって決定され、ＲＥＦＬＥＸでは１２６．７ｎｇ／ｍｌであり、ＳＥＲＥＮＥでは１６５ｎｇ／ｍｌであった。限界感度解析は、上記の通りに行われた。後にＡＣＲ５０奏効率基準を満たした患者数と同様に、リツキシマブ又はプラセボで処理された患者数は、それぞれのサブセットについて図１３Ａ−Ｂに示される。プラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率（ＡＣＲ５０）は、それぞれのサブセットについて示される。１３Ａ図及び１３Ｂで分かるように、高いｓＦｃＲＨ５を有し、ＲＦに対して血清陽性の患者サブセットは、選択されなかった試験母集団と比較して、増強されたプラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率を有していた。対照的に、低いｓＦｃＲＨ５レベル及び／又はＲＦに対する血清陰性状態によって定義される患者サブセットは、減少したプラセボ対照ＡＣＲ５０奏効率を有していた。
さらに、ＲＥＦＬＥＸ研究において、我々は、最適カットポイント（１１６．６ｐｇ／ｍｌ）が限界感度方法（上記参照）を使用して測定されたＣＸＣＬ１３の血清レベルと組み合わせて、ベースラインで可溶性ＦｃＲＨ５及びＲＦバイオマーカーを調べた。ＲＦ、ｓＦｃＲＨ５及びＣＸＣＬ１３は、上記の通りにアッセイされた。図１４は、３つのバイオマーカー全てが高いレベルを有する患者がリツキシマブ処理に対して強化された反応を有するのに対し、３つのバイオマーカー全てが低いベースラインレベルを有する患者はリツキシマブ処理に対してＡＣＲ５０奏効率を有しないことを示している。これらのデータは、Ｂ細胞経路の活性、つまりリンパ系サブセットの特質が、Ｂ細胞枯渇治療に対する臨床効果に影響することを示唆している。
要約すると、これらのデータは、それらの組織におけるリンパ系浸潤、及びＬサブタイプ遺伝子発現特性において特異的かつ有意に発現するバイオマーカー（すなわちｓＦｃＲＨ５、ＣＸＣＬ１３及びＲＦ）の高い血清レベルにより特徴づけられるＲＡを有する患者が、リツキシマブのようなＢ細胞枯渇剤に対してより強い臨床効果を有するという仮説を裏づけている。
表５．ＲＡのＬサブタイプと関連する遺伝子発現
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 表６．ＲＡのＭサブタイプと関連する遺伝子発現。
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 表７．ＲＡのＦ２サブタイプと関連する遺伝子発現。
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 表８．ＲＡのＦ１サブタイプと関連する遺伝子発現。
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Claims (12)

  1. 被検体において、関節リウマチ（ＲＡ）のサブタイプを分類する方法であって、
    ＲＡのサブタイプはＲＡ治療薬に対して臨床応答性を有し、
    被検体から得た生物学的試料においてＩＣＡＭ１遺伝子、ＣＸＣＬ１３遺伝子、又はこれらの組み合わせの発現、あるいはＩＣＡＭ１遺伝子、ＣＸＣＬ１３遺伝子、又はこれらの組み合わせによりコードされるＩＣＡＭ１タンパク質、ＣＸＣＬ１３タンパク質、又はこれらの組み合わせの発現を測定することを含み、
    ＩＣＡＭ１の発現の上昇がＲＡの骨髄性リッチ（Ｍ）サブタイプを示す、又はＣＸＣＬ１３の発現の上昇がＲＡのリンパ系リッチ（Ｌ）サブタイプを示す、方法。
  2. 生物学的試料が血清である、請求項１に記載の方法。
  3. ＩＣＡＭ１タンパク質、ＣＸＣＬ１３タンパク質、又はこれらの組み合わせの発現がイムノアッセイを使用して測定される、請求項２に記載の方法。
  4. イムノアッセイがＥＬＩＳＡである、請求項３に記載の方法。
  5. 血清中のＲＦを測定すること、及び血清がＲＦについて陽性であるか又は陰性であるかを決定することを更に含む、請求項２に記載の方法。
  6. 生物学的試料が滑液｛かつえき｝組織である、請求項１に記載の方法。
  7. ＩＣＡＭ１遺伝子、ＣＸＣＬ１３遺伝子、又はこれらの組み合わせの発現がＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを使用して測定される、請求項６に記載の方法。
  8. 測定が、ＩＣＡＭ１遺伝子又はＩＣＡＭ１タンパク質の発現が上昇していることを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
  9. 測定が、ＣＸＣＬ１３遺伝子又はＣＸＣＬ１３タンパク質の発現が上昇していることを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
  10. 測定が、ＩＣＡＭ１遺伝子又はＩＣＡＭ１タンパク質の発現が上昇していないことを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
  11. 測定が、ＣＸＣＬ１３遺伝子又はＣＸＣＬ１３タンパク質の発現が上昇していないことを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
  12. ＩＣＡＭ１タンパク質がｓＩＣＡＭ１である、請求項１〜６の何れか一項に記載の方法。
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