KR20120104517A - 류마티스 관절염의 치료, 진단 및 모니터링 방법 - Google Patents

류마티스 관절염의 치료, 진단 및 모니터링 방법 Download PDF

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제이알. 글린 데니스
플라비우스 마틴
마이클 제이. 타운센드
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제넨테크, 인크.
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Abstract

류마티스 관절염의 확인, 진단 및 예측 방법 뿐만 아니라 류마티스 관절염의 치료 방법이 제공된다. 또한, 유효한 류마티스 관절염 치료제의 확인 방법 및 류마티스 관절염 치료제에 대한 반응성의 예측 방법이 제공된다.

Description

류마티스 관절염의 치료, 진단 및 모니터링 방법{METHODS FOR TREATING, DIAGNOSING, AND MONITORING RHEUMATOID ARTHRITIS}
<관련 출원에 대한 상호 참조>
본 출원은 미국 가출원 번호 61/275,948 (2009년 9월 3일 출원), 및 미국 가출원 번호 61/252,424 (2009년 10월 16일 출원)을 우선권으로 청구하고, 이들은 둘 모두 그의 전문이 본원에 참고로 포함된다.
<분야>
류마티스 관절염을 확인, 진단 및 예측하는 방법 뿐만 아니라 류마티스 관절염을 치료하는 방법이 제공된다. 또한, 유효한 류마티스 관절염 치료제를 확인하는 방법 및 류마티스 관절염 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 제공된다.
류마티스 관절염 (RA)은 미국에서 130만명 내지 210만명의 사람에게 영향을 미치는 임상적으로 중요한 만성 전신 자가면역 질환이다 (예를 들어, 문헌 [Alamanosa and Drosos, Autoimmun. Rev., 4:130-136 (2005)] 참조). RA는 병인이 알려지지 않은 자가면역 장애이다. 대부분의 RA 환자는 현재 이용가능한 요법에도 불구하고 진행성 관절 파괴, 기형, 장애 및 심지어는 조기 사망을 초래할 수 있는 질환의 만성 과정을 겪는다. 해마다 900만 초과의 의사 방문 및 250,000 초과의 입원이 RA로부터 초래된다.
RA의 진단은 전형적으로 환자의 징후 및 증상의 임상적 및 실험실 평가에 달려있다. 일반적으로, RA를 앓고 있는 것으로 의심되는 환자의 실험실 평가는 류마티스 인자 (RF)로 알려진 혈청 내의 특정 항체 및 시클릭 시트룰린화 펩티드에 대한 항체 (항-CCP)의 수준의 결정을 포함할 수 있다. (예를 들어, 문헌 [Schellekens et al., Arthritis Rheum., 43:155-163 (2000)]; [DiFranco et al., Rev. Rheum. Engl. Ed., 66(5):251-255 (1999)]; [Rantapaa-Dahlqvist et al., Arthritis Rheum., 48:2741-2749 (2003)]; [Li et al., Bioinformatics 22(12):1503-1507 (2006)]; [Russell et al., J. Rheumatol., 33(7):1240-1242 (2006)]; [Ota, Rinsho byori. Jap. J. Clin. Pathol., 54(8)861-868 (2006)]; [Avouac et al., Ann. Rheum. Dis., 65(7):845-851 (2006)] 참조). 이들 항체는 RA 환자의 혈청에서 발견되기도 하지안 모든 RA 환자가 이들을 갖지는 않는다. 적혈구 침강 속도 (ESR)로 알려진 추가의 혈액 시험이 또한 사용될 수 있다. 상승된 ESR은 염증성 과정의 일반적 존재를 나타내지만, 반드시 RA인 것은 아니다. 추가의 혈액 시험을 사용하여 RA와 관련된 다른 인자, 예컨대 C-반응성 단백질 (CRP)의 수준을 평가할 수 있다. 또한, 환부 관절의 방사선 분석을 수행할 수 있다. 요컨대, RA를 진단하기 위한 이러한 현재 이용가능한 실험실 시험은 부정확하고 불완전하다.
특정 경우에, RA의 진단은 환자가 특정 미국 류마티스 학회 (ACR) 기준을 충족시키는 경우 이루어진다. 이러한 특정 기준은 최대 개선 전에 1시간 이상 동안 지속되는 관절 내 및 부근에서의 조조 강직; 3가지 이상의 관절 영역의 관절염: 의사에 의해 관찰된 동시에 연조직 팽윤 또는 유체를 갖는 3가지 이상의 관절 영역 (골 과다성장 단독은 아님); 14개 가능한 관절 영역 (우측 및 좌측) - 근위 지간 (PIP), 중수수지 (MCP), 손목, 팔꿈치, 무릎, 발목, 및 중족 지절 (MTP) 관절; 손 관절의 관절염: 손목, MCP, 또는 PIP 관절에서 상기와 같이 팽창된 하나 이상의 관절; 대칭적 관절염: 신체의 양측면 상의 동일한 관절 영역 (상기 3가지 이상의 관절 영역의 관절염에서와 같음)의 동시 관여 (PIP, MCP, 또는 MTP 관절의 양측 관여가 절대적인 대칭없이 허용됨); 류마티스 결절: 의사에 의해 관찰된 골 프로미넌스 또는 실근 표면 상의 또는 관절 근접 영역에서의 피하 결절; 혈청 류마티스 인자: 5 퍼센트 보다 적은 정상 대조군 환자에서 양성인 임의의 방법에 의한 혈청 류마티스 인자의 비정상적인 양의 입증; 방사선 변화: 수반되는 관절에 국지화되거나 또는 대부분 이에 인접하여 표시된 부식 또는 명백한 골 탈석회화를 포함하여야 하는, 후전 손 및 손목 X선 상의 류마티스 관절염의 전형적인 방사선 변화 (골관절염 변화가 단독으로 정성되지 않음)를 포함한다. RA의 진단은 전형적으로 환자가 상기 기준 중 4개 이상을 충족시키는 경우에 이루어질 수 있다.
다수의 공개된 연구는 진단 및 예후 목적을 위해 시도된 신뢰할만한 바이오마커의 확인을 보고하고 있다. (예를 들어, 문헌 [Rioja et al., Arthritis and Rheum. 58(8):2257-2267 (2008)]; [Pyrpasopoulou et al., Mol. Diagn. Ther. 14(1):43-48 (2010)]; WO 2004/0009479; WO 2007/0105133; WO 2007/038501; WO 2007/135568; WO 2008/104608; WO 2008/056198; WO 2008/132176; 및 WO 2008/154423 참조). 그러나, 임상의 또는 다른 사람이 류마티스 관절염의 병리생리학적 측면, 임상적 활성, 요법에 대한 반응, 예후, 또는 질환의 발생 위험을 정확하게 규정할 수 있도록 하는 임상적으로 검증된 진단 마커, 예를 들어 바이오마커가 확인되지 않았다. 따라서, RA 환자가 치료법을 찾는 과정에서, 특정 환자에 유효한 치료제(들)에 관한 조사와 관련된 상당한 시험 및 착오가 있었다. 이러한 시험 및 착오는 종종, 가장 유효한 요법을 찾기 위해 환자에게 불쾌감을 주고 상당히 위험하기도 하다. 따라서, 환자가 해당 치료에 반응하게 될 것인지를 결정하고, 이러한 결정을 천식 환자에 보다 유효한 치료 섭생 내로 혼입시키는 데 보다 유효한 수단이 요구된다.
따라서, 류마티스 관절염의 병리생리학적 측면, 임상적 활성, 요법에 대한 반응 (다양한 RA 치료제로의 치료에 대한 반응 포함), 예후, 및/또는 류마티스 관절염의 발생 위험을 규정하는, 환자에서 질환의 존재를 객관적으로 확인하고/하거나 질환을 분류하기 위해 사용될 수 있는 분자-기반 진단 방법을 포함하는 추가의 진단 방법을 갖는 것이 매우 유익할 것이다. 또한 질환의 다양한 임상적 및/또는 병리생리학적 및/또는 다른 생물학적 지시자와 관련된 분자-기반 진단 마커를 갖는 것이 유리할 것이다. 따라서, 류마티스 관절염 뿐만 아니라 다른 자가면역 장애와 관련된 새로운 분자 바이오마커를 확인하는 것이 지속적으로 요구된다. 이러한 연관성은 환자에서 류마티스 관절염의 존재의 확인, 또는 질환이 발생할 감수성의 결정에 매우 유익할 것이다. 이러한 연관성은 또한 RA의 병리생리학적 측면, 임상적 활성, 요법에 대한 반응, 또는 예후의 확인에 유익할 것이다. 또한, 이러한 연관성에 관한 통계적으로 및 생물학적으로 유의하고 재현가능한 정보는 특정 치료제를 사용하는 치료가 유의하게 유익한 것으로 예상될 환자의 특이적인 하위세트를 확인하기 위한 노력에서, 예를 들어 치료제가 이러한 특이적인 RA 환자 하위집단에서 치료상 유익하거나 임상 연구에서 치료상 유익한 것으로 나타나는 경우에 통합 성분으로서 사용될 수 있다.
본원에 기재된 본 발명은 상기 기재된 필요를 충족시키고 다른 이익을 제공한다.
특허 출원 및 공개를 포함한 본원에 인용된 모든 참조문헌은 임의의 목적을 위해 그의 전문이 참조로 포함된다.
<개요>
본 발명의 조성물 및 방법은 적어도 부분적으로 류마티스 관절염 (RA)의 4가지 새롭고 고유한 분자 표현형 (또한, 본원에서 분자 하위유형으로 언급됨)의 규정에 기초한다. 본원에 기재된 이들 4가지 RA 분자 하위유형은 하위유형 사이의 차별적 유전자 발현 및 각각의 분자 하위유형과 특정 생물학적 경로 뿐만 아니라 관절 병리상태의 조직학적 지시자의 유의한 관련성을 기초로 규정되었다. 용어 "분자 표현형" 및 "분자 하위유형"은 본원에서 교환가능하게 사용된다.
따라서, 한 측면에서, 본원에 림프구양-풍부 (L) 하위유형으로 기재된 RA의 특정 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적이 제공된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 치료 표적은 표 5에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 치료 표적은 표 1에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 치료 표적은 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 치료 표적은 표 5에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 치료 표적은 표 1에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 치료 표적은 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 L 하위유형의 치료 표적은 CD20 (MS4A1과 동의어), CTLA4, CD3, CRTAM, IL2Rβ, IL2Rγ, CD19, HLAII, CD79a, CD79b, FcRH5 (IRTA2와 동의어), CD38, IL21R, IL12Rβ1, 및 IL12Rβ2 중 하나 이상으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 본원에 L 하위유형으로 기재된 RA의 특정 하위유형을 진단하는 방법은 표 5에 열거된 유전자 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 5에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질의 양을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 5에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 L 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 1에 열거된 유전자 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 1에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질의 양을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 1에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 L 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 10에 열거된 유전자 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질의 양을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 10에서 확인된 유전자 중 하나 이상 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 L 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, RA의 L 하위유형을 진단하는 방법은 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1 중 하나 이상의 유전자 발현 또는 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, RA의 L 하위유형을 진단하는 방법은 혈청에서 CXCL13 및/또는 sFcRH5 및/또는 RF의 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자는 CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과, 또는 150 pg/㎖ 초과, 또는 200 pg/㎖ 초과, 또는 250 pg/㎖ 초과, 또는 300 pg/㎖ 초과인 경우에 L 하위유형 RA로 진단된다. 특정 실시양태에서, 환자는 sFcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/㎖ 초과, 또는 300 ng/㎖ 초과인 경우에 L 하위유형 RA인 것으로 진단된다. 특정 실시양태에서, 환자는 혈청이 RF에 대해 양성이고, sFcRH5의 혈청 수준이 대조군 샘플과 비교하여 상승된 경우에 L 하위유형 RA로 진단된다. 이러한 특정 실시양태에서, sFcRH5의 혈청 수준은 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/㎖ 초과, 또는 300 ng/㎖ 초과이다. 특정 실시양태에서, 환자는 혈청이 RF에 대해 양성이고, sFcRH5 및 CXCL13 둘 모두의 혈청 수준이 대조군 샘플과 비교하여 상승된 경우에 L 하위유형 RA로 진단된다. 이러한 특정 실시양태에서, sFcRH5의 혈청 수준은 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/㎖ 초과, 또는 300 ng/㎖ 초과이고, CXCL13의 혈청 수준은 116.6 pg/㎖ 초과, 또는 150 pg/㎖ 초과, 또는 200 pg/㎖ 초과, 또는 250 pg/㎖ 초과, 또는 300 pg/㎖ 초과이다.
또 다른 측면에서, 본원에 골수성-풍부 (M) 하위유형으로 기재된 RA의 특정 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적이 제공된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 치료 표적은 표 6에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 치료 표적은 표 2에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 치료 표적은 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 치료 표적은 표 6에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 치료 표적은 표 2에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 치료 표적은 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 M 하위유형의 치료 표적은 CLEC5A, CLEC7A, ALCAM, IL1RAP, IRAK1, NRP2, TREM1, 및 VEGF 중 하나 이상으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 본원에 M 하위유형으로 기재된 RA의 특정 하위유형을 진단하는 방법은 표 6에 열거된 유전자 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 6에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질의 양을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 6에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 M 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 2에 열거된 유전자 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 2에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 2에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 M 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, M 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 11에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 M 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, RA의 M 하위유형을 진단하는 방법은 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11 중 하나 이상의 유전자 발현 또는 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에 섬유모세포-풍부 유형 2 (F2) 하위유형으로 기재된 RA의 특정 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적이 제공된다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 치료 표적은 표 7에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 치료 표적은 표 3에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 치료 표적은 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 치료 표적은 표 7에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 치료 표적은 표 3에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 치료 표적은 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 F2 하위유형의 치료 표적은 IL17D, IL17RC, TIMP3, 및 TNFRSF11B 중 하나 이상으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 본원에 F2 하위유형으로 기재된 RA의 특정 하위유형을 진단하는 방법은 표 7에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 7에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 7에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 F2 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 3에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 3에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 3에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 F2 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는것, 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 12에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 F2 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, RA의 F2 하위유형을 진단하는 방법은 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D 중 하나 이상의 유전자 발현 또는 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에 섬유모세포-풍부 유형 1 (F1) 하위유형으로 기재된 RA의 특정 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적이 제공된다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 치료 표적은 표 8에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 치료 표적은 표 4에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 치료 표적은 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 치료 표적은 표 8에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 치료 표적은 표 4에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 치료 표적은 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 F1 하위유형의 치료 표적은 CDH11, ITGA11, 및 CLEC11A 중 하나 이상으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 본원에 F1 하위유형으로 기재된 RA의 특정 하위유형을 진단하는 방법은 표 8에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 8에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 8에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 F1 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 RA를 진단하는 방법은 표 4에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 4에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 4에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 F1 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형 RA를 진단하는 방법은 유전자 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것, 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 발현된 단백질을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 13에서 확인된 유전자 중 하나 이상, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질이 F1 하위유형의 바이오마커이다. 특정 실시양태에서, RA의 F1 하위유형을 진단하는 방법은 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF 중 하나 이상의 유전자 발현 또는 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 유전자 발현은 마이크로어레이에 의해 측정된다. 또 다른 측면에서, 유전자 발현은 실시간 정량적 폴리머라제 연쇄 반응 (qPCR)에 의해 측정된다. 또 다른 측면에서, 유전자 발현은 멀티플렉스-PCR에 의해 측정된다. 또 다른 실시양태에 따라, 유전자 발현은 상기 언급된 유전자의 단백질 발현 수준의 관찰에 의해 측정된다. 또 다른 실시양태에 따라, 관심있는 유전자의 발현은 관심있는 유전자의 상대적 mRNA 수준이 대조군 유전자 mRNA의 수준의 2배를 초과하면 건강한 대조군과 비교한 경우 상승된 것으로 간주된다. 또 다른 실시양태에 따라, 관심있는 유전자의 상대적 mRNA 수준은 건강한 대조군 유전자 발현 수준과 비교하여 3배, 배, 10배, 15배, 20배, 25배, 또는 30배 초과이다. 한 측면에서, 유전자 발현 수준은 PCR 방법, 마이크로어레이 방법, 또는 면역검정 방법으로부터 선택된 방법에 의해 측정된다. 한 실시양태에서, 마이크로어레이 방법은 엄격한 조건하에 상기 언급된 유전자를 코딩하는 핵산 분자에 혼성화할 수 있는 하나 이상의 핵산 분자를 갖거나 또는 상기 언급된 유전자에 의해 코딩되는 단백질 중 하나 이상에 결합할 수 있는 하나 이상의 폴리펩티드 (예컨대, 펩티드 또는 항체)를 갖는 마이크로어레이 칩의 사용을 포함한다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 qPCR이다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 멀티플렉스-PCR이다. 한 실시양태에 따라, 면역검정 방법은 환자 샘플에서 상기 언급된 유전자로부터 발현된 단백질에 항체를 결합시키는 것, 및 환자 샘플로부터의 단백질 수준이 상승되는지 결정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 면역검정 방법은 효소-연결 면역흡착 검정 (ELISA)이다. 특정 실시양태에서, CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF의 단백질 발현은 ELISA에 의해 측정된다.
한 측면에서, 대상체에서 류마티스 관절염의 하위유형을 확인하는 방법이 제공되고, 이 방법은 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 특정 하위유형과 관련된 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질의 발현을 측정하는 것을 포함한다. 한 측면에서, RA의 하위유형은 본원에 기재된 바와 같이 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플이 혈청 샘플이고, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이고, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5이다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과, 또는 150 pg/㎖ 초과, 또는 200 pg/㎖ 초과, 또는 250 pg/㎖ 초과, 또는 300 pg/㎖ 초과인 경우 L 하위유형으로 확인된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 FcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/㎖ 초과, 또는 300 ng/㎖ 초과인 경우 L 하위유형으로 확인된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, RA를 앓고 있는 대상체가 RA 치료제에 대해 반응할지 여부를 예측하는 방법이 제공되고, 이 방법은 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서, RA의 분자 하위유형과 관련된, 유전자 시그너쳐의 하나 이상의 유전자의 발현, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질 (단백질 시그너쳐)의 발현을 측정하는 것을 포함한다. 한 측면에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 본원에 기재된 바와 같은 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된 RA의 분자 하위유형과 관련된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 CXCL13, sFcRH5 및 RF로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이다. 특정 실시양태에서, RA 치료제는 B-세포 길항제이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD22 항체, CD20 항체, BR3 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA를 앓고 있는 대상체가 리툭시맙에 대해 반응할지 여부를 예측하는 방법이 제공되고, 이는 CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF의 혈청 수준을 측정하는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, RA를 앓고 있는 대상체는 CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과인 경우에 리툭시맙에 대해 반응할 것으로 예측된다. 한 실시양태에서, RA를 앓고 있는 대상체는 sFcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과인 경우에 리툭시맙에 대해 반응할 것으로 예측된다. 한 실시양태에서, RA를 앓고 있는 대상체는 CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과이고, sFcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과인 경우에 리툭시맙에 대해 반응할 것으로 예측된다. 한 실시양태에서, RA를 앓고 있는 대상체는 혈청이 RF에 대해 양성이고, CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과이고, sFcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과인 경우에 리툭시맙에 대해 반응할 것으로 예측된다.
또 다른 측면에서, 상기 언급된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 상기 언급된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, RA 치료제 표적 생물학적 경로는 시토카인/케모카인, 림프구, 수지상 세포, 대식세포, 섬유모세포, 골모세포 및 파골세포로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA 치료제는 TNFα 억제제, B-세포 길항제, IL-17A/F 결합제, IL-6 결합제, 공동자극의 억제제, 예를 들어, CD28/B7 경로의 억제제, CD4 결합제로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, CD28/B7 경로의 억제제는 CTLA4-Ig이다.
또 다른 측면에서, 대상체에서 RA를 진단 또는 예측하는 방법이 제공되고, 이 방법은 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 특정 하위유형과 관련된 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질의 발현을 측정하는 것을 포함한다. 한 측면에서, RA의 하위유형은 본원에 기재된 바와 같은 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은 대상체로부터 수득한 혈청 샘플에서 CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF의 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자는 CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과, 또는 150 pg/㎖ 초과, 또는 200 pg/㎖ 초과, 또는 250 pg/㎖ 초과, 또는 300 pg/㎖ 초과인 경우에 L 하위유형 RA로 진단 또는 예측된다. 특정 실시양태에서, 환자는 FcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/㎖ 초과, 또는 300 ng/㎖ 초과인 경우에 L 하위유형 RA로 진단 또는 예측된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이고, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5 중 하나로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이고, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5 둘 모두이다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된다.
다른 추가의 측면에서, 대상체에서 RA를 진단 또는 예측하는 것을 돕는 방법이 제공되고, 이 방법은 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 주어진 하위유형과 관련된 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질의 발현을 측정하는 것을 포함한다. 한 측면에서, RA의 하위유형은 본원에 기재된 바와 같은 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 L 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은 대상체로부터 수득한 혈청 샘플에서, CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF의 단백질 발현을 측정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 RA의 진단 또는 예측은 CXCL13의 혈청 수준이 116.6 pg/㎖ 초과, 또는 150 pg/㎖ 초과, 또는 200 pg/㎖ 초과, 또는 250 pg/㎖ 초과, 또는 300 pg/㎖ 초과인 경우에 도움을 받는다. 특정 실시양태에서, L 하위유형 RA의 진단 또는 예측은 FcRH5의 혈청 수준이 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/ml 초과, 또는 300 ng/ml 초과인 경우에 도움을 받는다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이고, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5 중 하나로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 샘플이고, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 측정된 단백질 발현은 CXCL13 및 sFcRH5 둘 모두이다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 M 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F2 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, RA의 하위유형은 F1 하위유형이고, 하나 이상의 유전자, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질은 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된다.
한 측면에서, RA의 분자 하위유형과 관련된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐가 검출된 대상체에서 RA를 치료하는 방법이 제공된다. 한 측면에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 본원에 기재된 바와 같은 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된 RA의 분자 하위유형과 관련된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF를 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다.
또 다른 측면에서, RA의 분자 하위유형을 갖는 대상체를 치료하는 방법이 제공되고, 이 방법은 RA의 분자 하위유형과 관련된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐가 검출된 대상체에서 하위유형을 치료하는데 유효한 치료제를 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 한 측면에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 본원에 기재된 바와 같은 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된 RA의 분자 하위유형과 관련된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 및/또는 RF를 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다.
또 다른 측면에서, RA 치료제를 제조하는 것을 포함하는 방법이 제공되고, 이는 작용제를 RA를 앓고 있거나 또는 RA를 앓고 있는 것으로 여겨지고, RA의 분자 하위유형과 관련된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐가 검출된 대상체에게 작용제를 투여하기 위한 설명서와 포장하는 것을 포함한다. 한 측면에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 본원에 기재된 바와 같은 L 하위유형, M 하위유형, F2 하위유형, 및 F1 하위유형으로부터 선택된 RA의 분자 하위유형과 관련된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 및/또는 RF를 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다.
한 측면에서, RA의 분자 하위유형과 관련된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐의 존재를 검출하는 것을 포함하는, RA 치료제로 치료하기 위한 RA를 앓고 있는 환자를 선택하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF를 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 RA의 분자 하위유형과 관련된 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐의 존재를 검출하는 것을 포함하는, 대상체 또는 대상체로부터 수득한 샘플에서 RA의 기를 평가하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 표 1 또는 표 5에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 1 또는 표 5 또는 표 10에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐는 CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 L 하위유형과 관련되고, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐는 CXCL13, sFcRH5, 및/또는 RF를 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 2 또는 표 6 또는 표 11에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 M 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 3 또는 표 7 또는 표 12에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F2 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 하나 이상의 유전자는 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합으로부터 선택되고, 하나 이상의 유전자의 발현은 각각 표 4 또는 표 8 또는 표 13에 열거된 상응하는 프로브를 사용하여 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 F1 하위유형과 관련되고, 유전자 시그너쳐 또는 단백질 시그너쳐는 ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 포함한다.
또 다른 측면에서, 생물학적 샘플에서 RA의 분자 하위유형과 관련된 유전자 시그너쳐를 검출하는 것을 포함하는, 환자에서 RA의 분자 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) CXCL13, FcRH5 (IRTA2와 동의어), sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 유전자와 혼성화하는 하나 이상의 핵산 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 유전자의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 유전자 중 어느 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 L 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, M 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 유전자와 혼성화하는 하나 이상의 핵산 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 유전자의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 유전자 중 어느 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 M 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 유전자와 혼성화하는 하나 이상의 핵산 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 유전자의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 유전자 중 어느 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 F2 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 유전자와 혼성화하는 하나 이상의 핵산 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 유전자의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 유전자 중 어느 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 F1 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 유전자 발현 수준은 mRNA 수준에 대한 검정에 의해 측정된다. 특정 실시양태에서, 검정은 PCR 방법 및/또는 마이크로어레이 칩의 사용을 포함한다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 qPCR이다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 멀티플렉스-PCR이다. 특정 실시양태에서, 키트는 뉴클레아제, 리가제, 및 폴리머라제로부터 선택된 하나 이상의 효소를 포함한다.
추가의 측면에서, 환자로부터의 생물학적 샘플에서 RA의 분자 하위유형과 관련된 하나 이상의 단백질의 발현을 검출하는 것을 포함하는, 환자에서 RA의 분자 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공된다. 특정 실시양태에서, L 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) CXCL13, sFcRH5 (sIRTA2와 동의어), LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택된 단백질에 결합하는 하나 이상의 단백질 분자 (예를 들어, 항체를 포함하나 이에 제한되지는 않음); 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 단백질 중 임의의 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 L 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 검출된 단백질은 CXCL13, sFcRH5, RF 및 그의 조합으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, M 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택된 단백질에 결합하는 하나 이상의 단백질 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 단백질 중 임의의 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 M 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, F2 하위유형를 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택된 단백질에 결합하는 하나 이상의 단백질 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터의 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 단백질 중 임의의 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 F2 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, F1 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되고, 이는 (1) ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택된 단백질에 결합하는 하나 이상의 단백질 분자; 및 (2) RA 환자 샘플로부터 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 설명서를 포함하고, 여기서 상기 단백질 중 임의의 하나, 그의 조합 또는 이들 모두의 상승된 발현 수준이 F1 하위유형을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 단백질 분자는 항체, 펩티드, 또는 펩티바디이다. 추가의 실시양태에서, 키트는 단백질 분자(들)을 검출하기 위한 마이크로어레이 칩을 포함한다.
한 측면에서, 류마티스 관절염을 치료하기 위해 유효량의 RA 치료제를 환자에게 투여하는 것을 포함하고, 단 환자로부터의 혈청 샘플은 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 그의 조합을 함유하는 것인, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다. 특정 실시양태에서, RA 치료제는 B-세포 길항제이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD20에 대한 항체이고, CD20에 대한 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 환자에게 유효량의 B-세포 길항제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 투여 전에 환자로부터의 혈청 샘플은 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 그의 조합을 함유하는 것으로 결정되고, 이에 의해 CXCL13, sFcRH5, 또는 그의 조합의 양(들)이 환자가 길항제로의 치료에 대해 반응할 것임을 나타내는 것인, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다. 특정 실시양태에서, RA 치료제는 B-세포 길항제이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD20에 대한 항체이고, CD20에 대한 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 환자에게 유효량의 B-세포 길항제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 투여 전에 환자로부터의 혈청 샘플은 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 그의 조합을 함유하는 것으로 결정되고, 이에 의해 CXCL13, sFcRH5, 또는 그의 조합의 양(들)이 환자가 길항제로의 치료에 대해 우선적으로 반응할 가능성이 있다는 것을 나타내는 것인, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다. 특정 실시양태에서, RA 치료제는 B-세포 길항제이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD20에 대한 항체이고, CD20에 대한 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 표적 청중에게 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 나타내는 혈청 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자 또는 환자 집단을 치료하기 위해 B-세포 길항제 또는 그의 제약 조성물을 사용하는 것을 판촉하는 것을 포함하는, B-세포 길항제 또는 그의 제약상 허용되는 조성물을 광고하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다.
한 측면에서, B-세포 길항제 및 제약상 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물 및 이 길항제 또는 제약 조성물이 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 나타내는 혈청 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위해 처방되었음을 언급한 라벨을 함께 포장된 상태로 포함하는 제조품이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다.
또 다른 측면에서, B-세포 길항제 또는 그의 제약 조성물 및 이 길항제 또는 제약 조성물이 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 나타내는 혈청 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위해 처방되었음을 언급한 라벨을 포장물에서 조합하는 것을 포함하는, B-세포 길항제 또는 그의 제약 조성물을 제조하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다.
또 다른 측면에서, 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 함유하는 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위한 설명서를 함유하는 포장 삽입물이 있는 바이알에 B-세포 길항제를 포장하는 것을 포함하는, 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 위한 치료 옵션을 제공하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 샘플은 RF에 대해 양성이다.
또 다른 측면에서, 류마티스 관절염 환자 하위집단으로부터의 혈청 샘플에서 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합의 존재를 특징으로 하는 환자 하위집단에게 B-세포 길항제를 투여하는 것에 대한 설명서를 제공하는 것을 포함하는, 류마티스 관절염 환자 하위집단에서 사용하기 위한 B-세포 길항제를 특정하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다.
한 측면에서, 류마티스 관절염 환자 하위집단의 환자로부터의 혈청 샘플에서 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합의 존재를 특징으로 하는 환자 하위집단을 치료하기 위해 B-세포 길항제를 사용하는 것에 대한 정보를 표적 청중에게 알리는 것을 포함하는, 류마티스 관절염 환자 하위집단에서 사용하기 위한 B-세포 길항제를 마케팅하는 방법이 제공된다. 추가의 실시양태에서, 이러한 하위집단의 환자로부터의 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이다.
또 다른 측면에서, (a) 환자로부터의 혈청 샘플에서 CXCL13의 양, sFcRH5의 양, 또는 이들 양 둘 모두를 결정하는 것; (b) 혈청 샘플이 RF 양성인지 또는 RF 음성인지 여부를 결정하는 것; 및 (c) 환자의 샘플이 RF 양성이고, 샘플에서 116.6 pg/ml 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/ml 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 갖는다면 B-세포 길항제를 요법으로 선택하는 것을 포함하는, 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자 또는 환자 하위집단을 위한 요법을 선택하는 방법이 제공된다.
도 1은 실시예 1에 기재된 바와 같은 RA 환자로부터의 활막 조직의 마이크로어레이 분석 후의 샘플 클러스터 및 분지 서포트 값을 도시하는 계통도를 보여준다.
도 2는 실시예 1에 기재된 바와 같은 RA의 4가지 분자 표현형 (하위유형)을 나타내는 히트맵 및 부트스트랩형 계통도 (수직선)를 보여준다. F1 = 섬유모세포-풍부 유형 1 하위유형; F2 = 섬유모세포-풍부 유형 2 하위유형; L = 림프구양-풍부 하위유형; M = 골수성-풍부 하위유형. 각각의 분자 표현형은 부트스트랩형 계통도 위의 도면의 상부에 나타내고; 히트맵 내의 유전자 발현 주위에 상응하는 박스를 나타내고, 공조절되는 시그너쳐 유전자의 특이적 영역을 강조한다. 발현 데이터를 시각화를 위해 z-스코어 정상화하였다 (도면의 하부의 막대).
도 3은 실시예 1에 기재된 바와 같은 L 하위유형 활막 조직 샘플의 분자, 임상적, 조직학적, 및 면역조직화학 특성을 보여준다. (A) 비-L 하위유형 샘플 (NL)과 비교한 L 하위유형 샘플 (L)에서의 XBP1 전사 인자의 발현; (B) 림프구양 응집물 결여된 활막 샘플 (-)과 비교한 림프구양 응집물을 함유하는 활막 샘플 (+)에서의 XBP1 전사의 발현; (C) 시험된 모든 RA 샘플에서 XBP1 발현 수준과 비교한 적혈구 침강 속도 (ESR) ("Sed 속도")의 그래프 플롯; (D) 시험된 모든 RA 샘플에서 XBP1 발현 수준과 비교한 C-반응성 단백질의 그래프 플롯; (E) L 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 헤마톡실린 및 에오신 염색; (F) L 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색; (G) L 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색; (H) L 하위유형의 대표적인 샘플의 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색.
도 4는 실시예 1에 기재된 바와 같은 M 하위유형 활막 조직 샘플의 분자, 조직학적, 및 면역조직화학 특성을 보여준다. (A) 다른 하위유형 (F1, F2, L)에서의 발현과 비교한 M 하위유형 샘플 (M)에서의 ICAM1의 발현; (B) M 하위유형 샘플에서의 TNF 유전자 발현과 비교한 IL1β 유전자 발현의 그래프 플롯; (C) M 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 헤마톡실린 및 에오신 염색; (D) M 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색; (E) M 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색; (F) M 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색.
도 5는 실시예 1에 기재된 바와 같은 F2 하위유형 활막 조직 샘플의 분자, 조직학적, 및 면역조직화학 특성을 보여준다. (A) 다른 하위유형 (F1, L, 및 M)에서의 발현과 비교한 F2 하위유형 샘플 (F2)에서의 IL17D의 발현; (B) F2 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 헤마톡실린 및 에오신 염색; (C) F2 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색; (D) F2 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색; (E) F2 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색.
도 6은 실시예 1에 기재된 바와 같은 F1 하위유형 활막 조직 샘플의 분자, 조직학적, 및 면역조직화학 특정을 보여준다. (A) 다른 하위유형 (F2, L, 및 M)에서의 발현과 비교한 F1 하위유형 샘플 (F1)에서의 ITGA11의 발현; (B) F1 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 헤마톡실린 및 에오신 염색; (C) F1 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색; (D) F1 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색; (E) F1 하위유형의 대표적인 활막 샘플의 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색.
도 7은 실시예 1에 기재된 바와 같은 분자 하위유형에 따른 림프구양 클러스터를 갖는 샘플의 백분율을 보여준다. F1, F2, L, 및 M 분자 하위유형은 하부 축을 따라 나타낸다.
도 8은 실시예 1에 기재된 바와 같은, 각각의 나타낸 분자 하위유형 내에서, RA의 특정 고전적 마커에 대한 특정 샘플의 값을 보여준다. (A) 적혈구 침강 속도 (ESR) (mm/hr); (B) C-반응성 단백질 (CRP) (mg/dL); (C) 기에 의한 방사선 진행. F1, F2, L, 및 M 분자 하위유형은 하부 축을 따라 각각 (A)-(C)에 나타내고; 각각의 점은 하나의 개별 샘플에 대한 값을 대표한다.
도 9는 실시예 1에 기재된 바와 같은 각각의 하위유형에 특이적인 유전자 시그너쳐의 통계적 분석에 의해 확인된 각각의 분자 하위유형 내의 생물학적 경로를 보여준다. 히트맵은 분석의 결과를 도시한다. 각각의 하위유형 F1, F2, L, 및 M은 히트맵의 상부에 걸쳐 열거되고; 생물학적 경로는 히트맵의 우측면을 따라 나타내고; 히트맵 내의 회색 음영 부분은 도면의 하부에 나타낸 스케일에 따라 각각의 하위유형 내의 통계적으로 풍부한 경로에 대한 p-값에 상응한다.
도 10은 실시예 2에 기재된 바와 같은 마이크로어레이 분석에 의해 차별적으로 발현되는 것으로 밝혀진 선택된 유전자의 검증을 보여준다. (a) F1-특이적 전사체; (b) F2-특이적 전사체; (c) L-특이적 전사체; (d) M-특이적 전사체. 각각의 (a)-(d)에서, 유전자 전사체의 명칭은 그래프의 상부에 나타내고; 각각의 하위유형 F1, F2, L, 및 M은 정상 (Nrml) 및 골관절염 (OA) 개체와 함께 각각의 그래프의 수평 축을 따라 나타내고; 하우스키핑 유전자, HPRT1에 비한 전사체 존재량은 각각의 그래프의 수직 축을 따라 나타낸다.
도 11은 실시예 3에 기재된 바와 같은 건강한 대조군과 비교하여 리툭시맙을 투여하기 전 REFLEX 시험에서 RA 환자에서의 (A) 혈청 sFcRH5 수준 및 (B) 혈청 CXCL13 수준의 그래프 플롯을 보여준다. 혈청 sFcRH5 수준은 (A)에서 수직 축 상에 플롯팅하고 (ng/ml); 혈청 CXCL13 수준은 (B)에서 수직 축 상에 플롯팅하고 (pg/ml); 건강한 대조군 및 RA 환자는 (A) 및 (B)에서 수평 축 상에 나타낸다.
도 12는 실시예 3에 기재된 바와 같은 CXCL13 및 sFcRH5 데이터의 역치 감도 분석의 결과를 보여준다. 줄무늬 막대: 리툭시맙-치료 환자; 개방 막대: 위약-치료 환자; 막대의 폭은 군에서 환자의 수를 반영하고; 도면의 우측면은 95％ 신뢰 구간 (CI)을 갖는 바이오마커-높은 군과 바이오마커-낮은 군 사이의 위약-보정 최적 하위군 효능 차이를 보여준다.
도 13은 실시예 3에 기재된 바와 같은 REFLEX 시험 (A) 및 SERENE 시험 (B)에서 sFcRH5 수준 및 RF 혈청양성에 의해 규정된 환자 하위세트에서의 위약-제어 24주 ACR50 반응률을 보여준다. 줄무늬 막대, 리툭시맙-치료 환자; 개방 막대, 위약-치료 환자. 환자 하위세트는 수평 축을 따라 나타내고 (모든 환자, FcRH5 lo 또는 hi, RF 음성 또는 양성); 해당 하위세트에서의 환자의 총 수와 비교하여 ACR50 반응을 나타내는 각각의 하위세트에서의 환자의 수는 각각의 막대 위에 나타낸다. 위약-제어 ACR50 반응률 (ΔACR50)은 또한 그래프의 상부에 각각의 하위세트에 대해 나타낸다.
도 14는 실시예 3에 기재된 바와 같은 REFLEX 시험에서 sFcRH5 수준, CXCL13 수준 및 RF 혈청양성에 의해 규정된 환자 하위세트에서의 위약-제어 24주 ACR50 반응률을 보여준다. 줄무늬 막대, 리툭시맙-치료 환자; 개방 막대, 위약-치료 환자. 환자 하위세트는 수평 축을 따라 나타내고 (모든 환자, FcRH5 lo 또는 hi, CXCL13 lo 또는 hi, RF 음성 또는 양성); 해당 하위세트에서 환자의 총 수와 비교하여 ACR50 반응을 나타내는 각각의 하위세트에서의 환자의 수는 각각의 막대 위에 나타낸다. 위약-제어 ACR50 반응률 (ΔACR50)은 또한 그래프의 상부에 각각의 하위세트에 대해 나타낸다.
<상세한 설명>
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 전문 학술 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 문헌 [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley ＆ Sons (New York, N.Y. 1994)] 및 [March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley ＆ Sons (New York, N.Y. 1992)]은 당업자에게 본 출원에서 사용된 많은 용어에 관한 일반적인 지침을 제공한다.
특정 정의
본 명세서를 이해하기 위한 목적으로 하기하는 정의가 적용될 것이며, 적절한 경우에는 단수형으로 사용된 용어가 복수형도 포함할 것이고, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 이하에서 언급하는 임의의 정의가 본원에서 참조로 포함되는 임의의 문헌과 충돌할 경우, 이하에서 언급하는 정의는 조정될 것이다.
"류마티스 관절염" (RA)은 관절 파괴를 초래하는, 주로 관절 연골에 결과적인 손상을 갖는 여러 관절의 활막을 포함하는 만성 전신 자가면역 염증성 질환을 나타낸다. RA에서 주로 나타나는 증상은 하나 이상의 관절의 통증, 강직, 팽윤 및/또는 기능 손실이다.
본원에서 구별없이 사용되는 바와 같이, 용어 "폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기 및/또는 이들의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해 중합체로 혼입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예를 들어 메틸화 뉴클레오티드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 구조에 대한 변형이 존재하는 경우, 이러한 변형은 중합체의 조립 이전 또는 이후에 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열에 비뉴클레오티드 성분이 개재될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 표지 성분과의 접합에 의해서와 같이 중합 후에 추가로 변형될 수 있다. 다른 유형의 변형은 예를 들어 "캡 (cap)", 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 치환, 및 뉴클레오티드간 변형, 예컨대 예를 들어 비하전 연결 (예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카르바메이트 등)을 갖는 것 및 하전 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)을 갖는 것, 펜던트 잔기를 함유하는 것, 예컨대 예를 들어, 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-리신, 등), 인터칼레이터를 갖는 것 (예를 들어, 아크리딘, 프소랄렌 등), 킬레이터를 함유하는 것 (예를 들어, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화적 금속 등), 알킬레이터를 함유하는 것, 변형된 연결 (예를 들어, 알파 아노머 핵산 등)을 갖는 것, 뿐만 아니라 폴리뉴클레오티드(들)의 비변형 형태를 포함한다. 또한 당에 본래 존재하는 임의의 히드록실기는 예를 들어 포스포네이트기, 포스페이트기에 의해 치환되거나, 표준 보호기에 의해 보호되거나, 또는 추가의 뉴클레오티드에 대한 추가의 연결을 형성하기 위해 활성화되거나, 또는 고체 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 인산화되거나 또는 아민 또는 1 내지 20개의 탄소 원자를 갖는 유기 캡핑 기 잔기로 치환될 수 있다. 다른 히드록실이 표준 보호기로 유도체화될 수도 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한 예를 들어 2'-O-메틸-2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보스, 카르보시클릭 당 유사체, α-아노머 당, 에피머 당, 예컨대 아라비노스, 자일로스 또는 릭소스, 피라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식 유사체 및 무염기성 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 메틸 리보시드를 포함하여, 일반적으로 당업계에 공지되어 있는 유사한 형태의 리보스 또는 데옥시리보스 당을 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결부가 대안적 연결기로 대체될 수 있다. 이들 대안적 연결기는 포스페이트가 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), "(O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("포름아세탈")로 대체된 실시양태를 포함하나, 이에 제한되지 않으며, 여기서 각각의 R 또는 R'는 독립적으로 H 또는 임의로 에테르 (-O-) 연결을 함유하는 치환 또는 비치환된 알킬 (1-20 C), 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐 또는 아르알킬이다. 폴리뉴클레오티드 내의 모든 연결부가 동일할 필요는 없다. 전술한 설명은 RNA 및 DNA를 비롯하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오티드에 적용된다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "올리고뉴클레오티드"는 길이가 약 7개 이상의 뉴클레오티드 및 약 250개 미만의 뉴클레오티드인 짧은 단일가닥 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 올리고뉴클레오티드는 합성된 것일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 서로 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기재는 올리고뉴클레오티드에 동일하고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 혼성화하고, 일반적으로 유리 3'-OH기를 제공함으로써 상보성 핵산의 중합을 허용할 수 있는 단일가닥 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
용어 "어레이" 또는 "마이크로어레이"는 기판 상의 혼성화 가능 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)의 정렬된 배열을 의미한다. 상기 기판은 고체 기판, 예를 들어 유리 슬라이드, 또는 반-고체 기판, 예를 들어 니트로셀룰로스 막일 수 있다.
용어 "증폭"은 하나 이상의 카피의 참조 핵산 서열 또는 그의 상보체의 생산 과정을 의미한다. 증폭은 선형 또는 기하급수적 (예를 들어, PCR)일 수 있다. "카피"는 반드시 주형 서열에 대해 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지는 않는다. 예를 들어, 카피는 뉴클레오티드 유사체, 예를 들어 데옥시이노신, 인위적인 서열 변경 (예를 들어, 주형에 혼성화 가능하지만 완전히 상보성이지는 않은 프라이머를 통해 도입된 서열 변경), 및/또는 증폭 동안 발생하는 서열 오류를 포함할 수 있다.
용어 "검출"은 직접 및 간접 검출을 포함하는, 임의의 검출 수단을 포함한다.
"상승된 발현" 또는 "상승된 수준"은 대조군, 예컨대 RA를 앓고 있지 않은 개체(들)에 비해 환자에서 mRNA 또는 단백질의 발현이 증가되는 것을 나타낸다.
용어 "분자 하위유형"은 "분자 표현형"과 교환가능하게 사용되고, 하나 이상의 특정 유전자 또는 하나 이상의 특정 단백질의 발현, 또는 유전자의 조합 또는 단백질의 조합의 발현의 특정 패턴을 특징으로 하는 RA의 하위유형 또는 표현형을 나타낸다. 특정 유전자, 단백질 또는 유전자 또는 단백질의 조합이 발현은 추가로 RA의 특정 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징과 관련될 수 있다.
용어 "멀티플렉스-PCR"은 단일 반응에서 2개 이상의 DNA 서열을 증폭시키는 목적을 위해 하나 초과의 프라이머 세트를 사용하여 단일 공급원 (예를 들어, 환자)로부터 수득한 핵산에 대해 수행되는 단일 PCR 반응을 나타낸다.
본원에 사용된 "류마티스 인자" 또는 "RF"는 환자 혈청에서 검출되고, 인간 및 동물 IgG 상에 제시된 항원 결정인자에 대해 지시된 항체의 IgM, IgG, 또는 IgA 이소형을 단독으로 또는 임의의 조합으로 나타낸다.
"RF에 대해 양성"이라는 용어는 RF에 대한 검정, 예를 들어 ELISA 검정의 결과를 나타내고, 여기서 결과는 검출가능한 수준의 RF를 재현가능하게 함유하는 것으로 간주된 샘플에 대한 그 검정에 대한 역치 또는 컷오프 값 초과이다.
"RF에 대해 음성"이라는 용어는 RF에 대한 검정, 예를 들어 ELISA 검정의 결과를 나타내고, 여기서 결과는 검출가능한 수준의 RF를 재현가능하게 함유하는 것으로 간주된 샘플에 대한 그 검정에 대한 역치 또는 컷오프 값 이하이다.
혼성화 반응의 "엄격성"은 당업자에 의해 쉽게 결정될 수 있고, 일반적으로 프로브 길이, 세척 온도 및 염 농도에 따라 실험적으로 계산된다. 일반적으로, 프로브가 길수록 적절한 어닐링을 위해 더 높은 온도가 필요하고, 프로브가 짧으면 보다 낮은 온도가 필요하다. 혼성화는 일반적으로 상보성 가닥이 그의 융점 미만의 환경에 존재할 때 변성 DNA가 재어닐링되는 능력에 따라 결정된다. 프로브와 혼성화 가능 서열 사이의 목적하는 상동성 정도가 클수록 사용될 수 있는 상대적 온도가 더 높다. 그 결과, 보다 높은 상대 온도는 반응 조건을 보다 엄격하게 만들고, 보다 낮은 온도는 덜 엄격하게 만드는 경향이 있다. 혼성화 반응의 엄격성에 대한 추가의 상세한 내용 및 설명에 대해서는 문헌 [Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)]을 참조한다.
본원에서 규정되는 바와 같은 "엄격한 조건" 또는 "고엄격성 조건"은 (1) 세척을 위해 낮은 이온 강도 및 높은 온도, 예를 들어 50℃의 0.015 M 염화나트륨/0.0015 M 시트르산나트륨/0.1％ 나트륨 도데실 술페이트의 사용; (2) 혼성화 동안 변성제, 예를 들어 포름아미드, 예를 들어 50％ (v/v) 포름아미드 + 0.1％ 소 혈청 알부민/0.1％ 피콜/0.1％ 폴리비닐피롤리돈/50 mM 인산나트륨 완충제 (pH 6.5) + 750 mM 염화나트륨, 75 mM 시트르산나트륨 (42℃)의 사용; 또는 (3) 42℃의 0.2 x SSC (염화나트륨/시트르산나트륨)에서의 10분 세척, 이어서 55℃의 EDTA 함유 0.1 x SSC로 구성된 10분 동안의 고엄격성 세척과 함께, 42℃에서 50％ 포름아미드, 5 x SSC (0.75 M NaCl, 0.075 M/시트르산나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 6.8), 0.1％ 피로인산나트륨, 5 x 덴하르트 (Denhardt) 용액, 초음파 처리된 연어 정자 DNA (50 ㎍/ml), 0.1％ SDS, 및 10％ 덱스트란 술페이트를 사용한 용액 중의 밤새 혼성화에 의해 확인될 수 있다.
"중등 엄격성 조건"은 문헌 [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989]에 기재된 바와 같이 확인할 수 있고, 상기한 것보다 엄격성이 낮은 세척 용액 및 혼성화 조건 (예를 들어, 온도, 이온 강도 및 ％SDS)의 사용을 포함한다. 중등 엄격성 조건의 예는 20％ 포름아미드, 5 x SSC (150 mM NaCl, 15 mM 시트르산삼나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 7.6), 5 x 덴하르트 용액, 10％ 덱스트란 술페이트, 및 20 mg/ml 변성 전단 처리 연어 정자 DNA를 포함하는 용액 중에서 37℃에서의 밤새 인큐베이션, 이어서 약 37-50℃의 1 x SSC에서의 필터의 세척을 포함한다. 당업자는 프로브 길이 등과 같은 인자를 조정하기 위해 필요한 온도, 이온 강도 등의 조정 방법을 알 것이다.
본원에 사용된 용어 "바이오마커"는 예를 들어 환자의 생물학적 샘플에서 검출될 수 있는, 환자의 병적 상태의 지시자를 나타낸다. 바이오마커는 DNA, RNA, 단백질, 탄수화물 또는 당지질-기재의 분자 마커를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
용어 "진단"은 분자 또는 병적 상태, 질환 또는 상태의 확인 또는 분류를 나타내기 위해 본원에 사용된다. 예를 들어, "진단"은 RA의 특정 유형의 확인을 나타낼 수 있다. "진단"은 또한 예를 들어 조직병리학적 기준 (예를 들어, 림프구양 침윤 또는 여포-유사 림프구양 클러스터), 또는 분자 특징 (예를 들어, 특정 유전자 중 하나 또는 그의 조합 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질의 발현을 특징으로 하는 하위유형)에 의한 RA의 특정 하위유형의 분류를 나타낼 수 있다.
용어 "진단을 돕는 것"은 RA의 특정 유형의 증상 또는 상태의 존재 또는 특성에 대한 임상적 결정을 돕는 방법을 나타내기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들어, RA의 진단을 돕는 방법은 개체로부터의 생물학적 샘플에서 특정 유전자의 발현을 측정하는 것을 포함할 수 있다.
용어 "예후"는 자가면역 질환, 예컨대 RA의 자가면역 장애-기인성 질환 증상의 가능성의 예측을 나타내기 위해 본원에서 사용된다. 용어 "예측"은 본원에서 환자가 약물 또는 약물 세트에 대해 유리하게 또는 불리하게 반응할 가능성을 지칭하기 위해 사용된다. 한 실시양태에서, 예측은 이러한 반응의 정도에 관한 것이다. 한 실시양태에서, 예측은 환자가 치료, 예를 들어 특정 치료제를 사용한 치료 이후에 질환의 재발 없이 특정 기간 동안 생존하거나 개선되는지의 여부 및/또는 그러할 확률과 관련이 있다. 본 발명의 예측 방법은 임의의 특정 환자에 대한 가장 적절한 치료 처방을 선택하여 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측 방법은 환자가 치료 처방, 예를 들어 주어진 치료 처방, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 수술적 개입, 스테로이드 치료 등에 유리하게 반응할 것인지의 여부 또는 치료 처방 수행 후에 환자의 장기간 생존이 가능한지의 여부를 예측할 때 유용한 도구이다.
본원에서 사용되는 바, "치료"는 치료될 개체 또는 세포의 자연적 과정을 변경시키려는 시도의 임상적 개입을 나타내고, 임상적 병리의 과정 전에 또는 그 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환 또는 그의 상태 또는 증상의 발생 또는 재발 예방, 질환의 상태 또는 증상의 완화, 질환의 임의의 직접 또는 간접적인 병리학적 결과의 감소, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 호전, 및 완화 또는 개선된 예후 달성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 질환 또는 장애의 발달을 지연시키려는 시도에서 유용하다.
"유효량"은 필요한 투여량에서 필요한 기간 동안 목적하는 치료 또는 예방 결과를 달성하는데 유효한 양을 의미한다. 치료제의 "치료 유효량"은 개체병 상태, 연령, 성별 및 체중, 및 개체에서 원하는 반응을 도출하는 항체의 능력과 같은 인자에 따라 변할 수 있다. 또한 치료 유효량은 치료적으로 이로운 효과가 치료제의 임의의 독성 또는 해로운 효과를 능가하는 양이다. "예방적 유효량"은 필요한 투여량에서 필요한 기간 동안 목적하는 예방 결과를 달성하는데 유효한 양을 의미한다. 반드시는 아니지만 대개, 예방 용량은 질병의 보다 초기 단계 전에, 또는 보다 초기 단계에서 대상체에서 사용되기 때문에, 예방 유효량은 치료 유효량보다 적을 것이다.
"개인", "대상체" 또는 "환자"는 척추동물이다. 특정 실시양태에서, 척추동물은 포유동물이다. 포유동물은 영장류 (인간 및 비인간 영장류 포함) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 래트)를 포함하지만 이로 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 포유동물은 인간이다.
"대조군 대상체"는 RA를 앓고 있는 것으로 진단되지 않고 RA와 관련된 임의의 징후 또는 증상을 앓고 있지 않는 건강한 대상체를 나타낸다.
본원에 사용된 용어 "샘플"은 예를 들어 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특징을 기초로 하여 특성화 및/또는 확인되는 세포성 및/또는 다른 분자 엔티티를 함유하는 관심있는 있는 대상체로부터 얻거나 상기 대상체로부터 유래된 조성물을 나타낸다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 그의 변형 표현은 특성화되는 세포성 및/또는 분자 엔티티를 함유하는 것으로 예상되거나 공지된 관심있는 있는 대상체로부터 수득한 임의의 샘플을 나타낸다.
"조직 또는 세포 샘플"은 대상체 또는 환자의 조직으로부터 수득한 유사한 세포의 집합을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성분; 체액, 예를 들어 뇌척수액, 양수, 복수, 또는 간질액; 대상체의 임신 또는 발생 중의 임의의 시간으로부터의 세포일 수 있다. 또한, 조직 샘플은 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 수득하였다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연히 서로 혼합되지 않는 화합물, 예를 들어 보존제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다. "참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직", "대조 샘플", "대조 세포", 또는 "대조 조직"은 본원에서 사용되는 바와 같이, 그를 확인하기 위해 본 발명의 방법 또는 조성물이 사용되는 질병 또는 병태로 시달리지 않는 것으로 알려지거나 생각되는 공급원으로부터 얻은 샘플, 세포 또는 조직을 의미한다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 질병 또는 병태가 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 확인되는 동일한 대상 또는 환자의 신체의 건강한 부분으로부터 수득하였다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 질병 또는 병태가 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 확인되는 대상 또는 환자가 아닌 개인의 신체의 건강한 부분으로부터 수득하였다.
본원의 목적상, 조직 샘플의 "절편"은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예를 들어 조직 샘플로부터 절단된 조직 또는 세포의 박편을 나타낸다. 조직 샘플의 동일한 절편이 형태 및 분자 수준 모두에서 분석되거나, 또는 단백질과 핵산 모두에 대해 분석되는 방법을 본 발명이 포함함을 이해한다면, 조직 샘플의 다수의 절편을 채취하여 본 발명에 따른 분석에 적용할 수 있음이 이해된다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은, 제1분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과를 제2분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 임의의 방식으로 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 제2 프로토콜의 수행시에 제1분석 또는 프로토콜의 결과를 이용할 수 있고/있거나 제1분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 제2분석 또는 프로토콜을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다. 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 특정 치료 처방을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다.
"의약"은 질환, 장애 및/또는 상태를 치료하기 위한 활성 약물이다. 한 실시양태에서, 질환, 장애 및/또는 상태는 RA 또는 그의 증상 또는 부작용이다.
특정 치료제 또는 선택할 수 있는 치료법에 대한 "증가된 내성"이라는 용어가 본 발명에 따라 사용되는 경우, 이것은 표준 투여량의 약물 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 반응을 의미한다.
특정 치료제 또는 선택할 수 있는 치료법에 대한 "감소된 감수성"이라는 용어가 본 발명에 따라 사용되는 경우, 이것은 표준 투여량의 작용제 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 반응을 의미하고, 여기서의 감소된 반응은 작용제의 투여량을 증가시키거나 처치 강도를 증가시켜서 (적어도 부분적으로) 보상될 수 있다.
"환자 반응" 또는 "반응"은 (1) 질환 진행의 어느 정도까지의 억제, 예를 들어 지연 및 완전한 정지, (2) 질환 에피소드 및/또는 증상의 수의 감소, (3) 병변 크기의 감소, (4) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 질환 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지), (5) 질환 확산의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지), (6) 질환 병변의 리그레션 또는 어블레이션을 초래할 수 있으나 반드시 그러해야 하는 것은 아닌 자가면역 반응의 감소. (7) 장애와 관련된 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 완화, (8) 치료 후 무병 상태를 보이는 기간의 증가, 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 사망률 감소를 포함하지만 이에 제한되지 않는, 환자에 대한 이익을 나타내는 임의의 종점을 이용하여 평가할 수 있다.
용어 "유전자 시그너쳐"는 유전자 발현 시그너쳐와 교환가능하게 사용되고, 그의 발현이 특정 분자, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특성을 특징으로 하는 RA의 특정 하위유형의 지표인 유전자들 중 하나 또는 그의 조합을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 유전자 시그너쳐를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현이 대조군 대상체에서의 발현과 비교하여 상승된다.
용어 "단백질 시그너쳐"는 단백질 발현 시그너쳐와 교환가능하게 사용되고, 그의 발현이 특정 분자, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특성을 특징으로 하는 RA의 특정 하위유형의 지표인 단백질들 중 하나 또는 그의 조합을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 단백질 시그너쳐를 포함하는 하나 이상의 단백질의 발현이 대조군 대상체에서의 발현과 비교하여 상승된다.
"RA 치료제", "RA를 치료하는데 유효한 치료제", 및 그의 문법적 변형은 본원에서 사용되는 바와 같이 유효량이 제공될 경우, RA를 앓고 있는 대상체에서 치료상 이익을 제공하는 것으로 알려졌거나, 임상적으로 밝혀졌거나, 임상의에 의해 예상되는 작용제를 나타낸다.
본원에서 "B-세포 표면 마커" 또는 "B-세포 표면 항원"은 그에 대해 결합하는 길항제로 표적화될 수 있는 B 세포의 표면 상에 발현되는 항원이다. 예시적인 B-세포 표면 마커는 CD10, CD19, CD20 (MS4A1), CD21, CD22, CD23, CD24, CD37, CD40, CD53, CD72, CD73, CD74, CDw75, CDw76, CD77, CDw78, CD79a, CD79b, CD80, CD81, CD82, CD83, CDw84, CD85, 및 CD86 백혈구 표면 마커를 포함한다 (이에 대한 설명은 문헌 [The Leukocyte Antigen Facts Book, 2nd Edition. 1997, ed. Barclay et al. Academic Press, Harcourt Brace ＆ Co., New York]을 참조). 다른 B-세포 표면 마커는 RP105, FcRH2, B-세포 CR2, CCR6, P2X5, HLA-DOB, CXCR5, FCER2, BR3, Btig, NAG14, SLGC16270, FcRH1, IRTA2, ATWD578, FcRH3, IRTA1, FcRH6, BCMA, 및 239287을 포함한다. 특히 관심있는 B-세포 표면 마커는 포유동물의 다른 비-B-세포 조직에 비해 B 세포 상에 우선적으로 발현되고, 전구체 B 세포와 성숙 B 세포 모두 상에 발현될 수 있다.
"B-세포 표면 마커에 결합하는 항체"는 B-세포 표면 마커에 대한 결합 시에, 예를 들어 B 세포에 의해 유발되는 체액 반응을 감소시키거나 방지함으로써, 포유동물 내의 B 세포를 파괴 또는 고갈시키고/시키거나 하나 이상의 B-세포 기능을 방해하는 분자이다. 항체는 특정 경우에 이것으로 치료된 포유동물에서 B 세포를 고갈시킬 수 있다 (즉, 순환되는 B-세포 수준을 감소시킬 수 있다). 이같은 고갈은 다양한 메카니즘, 예컨대 항체 의존성 세포 매개 세포독성 (ADCC) 및/또는 보체 의존성 세포독성 (CDC), B-세포 증식 억제, 및/또는 B-세포 사멸의 유도 (예를 들어, 아폽토시스를 통한 유도)를 통해 달성될 수 있다.
용어 "길항제"는 특정 또는 지시된 단백질의 활성, 예컨대 리간드의 경우에는 하나 이상의 수용체에 대한 그의 결합, 또는 수용체의 경우에는 하나 이상의 리간드에 대한 그의 결합을 중화하거나, 차단하거나, 억제하거나, 없애거나, 감소시키거나, 또는 방해할 수 있는 분자를 나타낸다. 길항제에는 항체 및 그의 항원-결합 단편, 단백질, 펩티드, 당단백질, 글리코펩티드, 당지질, 폴리사카라이드, 올리고사카라이드, 핵산, 생물유기 분자, 펩티드모방체, 약리 작용제 및 그의 대사물, 전사 및 번역 제어 서열 등이 포함된다. 또한 길항제에는 단백질의 소분자 억제제, 및 단백질에 특이적으로 결합하여 그것이 그의 표적에 결합하는 것을 봉쇄하는 융합 단백질, 수용체 분자 및 유도체, 단백질의 길항제 변이체, 단백질에 대해 지시된 안티센스 분자, RNA 압타머, 및 단백질에 대한 리보자임이 포함된다.
"B-세포 길항제"는, B-세포 표면 마커에의 결합 시, 예를 들어 B 세포에 의해 유발되는 체액성 반응을 감소시키거나 방지함으로써, 포유동물 내의 B 세포를 파괴 또는 고갈시키고/시키거나 하나 이상의 B-세포 기능을 방해하는 분자이다. 길항제는 특정 경우에 이것으로 치료된 포유동물에서 B 세포를 고갈시킬 수 있다 (즉, 순환되는 B-세포 수준을 감소시킬 수 있다). 이같은 고갈은 다양한 메카니즘, 예컨대 ADCC 및/또는 CDC, B-세포 증식 억제, 및/또는 B-세포 사멸 유도 (예를 들어, 아폽토시스를 통한 유도)를 통해 달성될 수 있다. 예시적 길항제는 임의로 세포독성제와 접합되거나 이에 융합된 B-세포 마커에 결합하는 합성 또는 천연-서열 펩티드, 융합 단백질 및 소분자 길항제를 포함한다. 예는 예를 들어 CD22 항체, CD20 항체, BR3 항체 (예를 들어, WO0224909) 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다.
CD20 항체의 예에는 다음이 포함된다: 현재 "리툭시맙" ("리툭산(RITUXAN)®)으로 지칭되는 "C2B8" (미국 특허 번호 5,736,137); 이덱 파마슈티칼스, 인크. (IDEC Pharmaceuticals, Inc.)에서 시판하는 "Y2B8" 또는 "이브리투모맙 티욱세탄" (제발린(ZEVALIN)®)으로 명명된 이트륨-[90]-표지된 2B8 뮤린 항체 (미국 특허 번호 5,736,137; 2B8은 1993년 6월 22일에 ATCC에 기탁 번호 HB11388 하에 기탁됨); "토시투모맙"으로도 지칭되는 뮤린 IgG2a "B1" (임의로 131I로 표지되어, 코릭사 (Corixa)에서 시판하는 "131I-B1" 또는 "아이오딘 I131 토시투모맙" 항체 (벡사르(BEXXAR)TM)가 생성됨) (또한 미국 특허 번호 5,595,721 참조); 뮤린 모노클로날 항체 "1F5" (문헌 [Press et al. Blood 69(2):584-591 (1987)]) 및 "프레임워크 패치" 또는 인간화 1F5를 포함하는 그의 변이체 (WO 2003/002607 (Leung, S.); ATCC 기탁물 HB-96450); 뮤린 2H7 및 키메라 2H7 항체 (미국 특허 번호 5,677,180); 인간화 2H7 (예를 들어, WO04/056312; US20060024295 참조); HUMAX-CD20™ 항체 (젠맙 (Genmab, 덴마크); WO 2004/035607 (Teeling et al.)에 열거된 인간 모노클로날 항체; AME-133TM 항체 (어플라이드 몰레큘라 에볼루션 (Applied Molecular Evolution)); A20 항체 또는 그의 변이체, 예를 들어 키메라 또는 인간화 A20 항체 (각각 cA20, hA20) (US 2003/0219433, 이뮤노메딕스 (Immunomedics)); 및 'International Leukocyte Typing Workshop'으로부터 입수가능한 모노클로날 항체 L27, G28-2, 93-1 B3, B-C1 또는 NU-B2 (문헌 [Valentine et al., In: Leukocyte Typing III (McMichael, Ed., p. 440, Oxford University Press (1987)]).
용어 "BAFF", "BAFF 폴리펩티드", "TALL-1" 또는 "TALL-1 폴리펩티드", "BLyS"과 "THANK"는 본원에 사용되는 경우 "천연-서열 BAFF 폴리펩티드" 및 "BAFF 변이체"를 포함한다. "BAFF"은 예를 들어 미국 특허 공개 번호 2006/0110387에 열거된 인간 BAFF 서열, 및 천연-서열 BAFF의 생물학적 활성을 갖는 상동체 및 단편 및 그의 변이체를 갖는 그 폴리펩티드에 주어진 명칭이다. BAFF의 생물학적 활성은 B-세포 생존을 촉진하고, B-세포 성숙을 촉진하고, BR3에 결합하는 것으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 용어 "BAFF"는 문헌 [Shu et al., J. Leukocyte Biol., 65:680 (1999)]; 진뱅크(GenBank) 승인 번호 AF136293; WO 1998/18921; EP 869,180; WO 1998/27114; WO 1999/12964; WO 1999/33980; [Moore et al., Science, 285:260-263 (1999)]; [Schneider et al., J. Exp. Med., 189:1747-1756 (1999)]; 및 [Mukhopadhyay et al., J. Biol. Chem., 274:15978-15981 (1999)]에 기재된 폴리펩티드를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "BAFF 길항제"는 가장 넓은 의미로 사용되고, (1) 천연-서열 BAFF 폴리펩티드에 결합하거나 또는 천연-서열 BR3 폴리펩티드에 결합하여 부분적으로 또는 완전히 BAFF 폴리펩티드와의 BR3 상호작용을 차단하고; (2) 부분적으로 또는 완전히 천연-서열 BAFF 신호전달을 차단하거나, 억제하거나 또는 중화하는 임의의 분자를 포함한다. 천연-서열 BAFF 폴리펩티드 신호전달은 다른 것들 중에서 B-세포 생존 및 B-세포 성숙을 촉진한다. BAFF 신호전달의 억제, 차단 또는 중화는 특히 B 세포의 수의 감소를 초래한다. 본원에 정의된 바와 같은 BAFF 길항제는 부분적으로 또는 완전히 BAFF 폴리펩티드의 하나 이상의 생물학적 활성을 시험관내 또는 생체내에서 차단하거나, 억제하거나 또는 중화할 것이다. 한 실시양태에서, 생물학적 활성 BAFF는 하기 사건 중 어느 하나 또는 그의조합을 시험관내 또는 생체내에서 강화시킨다: B 세포의 생존 증가, IgG 및/또는 IgM의 수준 증가, 형질 세포의 수의 증가, 비장 B 세포에서 NF-κb2/100의 p52 NF-κβ로의 프로세싱 (예를 들어, 문헌 [Batten et al., J. Exp. Med. 192:1453-1465 (2000)]; [Moore et al., Science 285:260-263 (1999)]; 및 [Kayagaki et al., Immunity, 10:515-524 (2002)]).
일부 실시양태에서, 본원에 정의된 BAFF 길항제는 항-BAFF 항체, BAFF-결합 폴리펩티드 (이뮤노어드헤신 및 펩티드 포함) 및 BAFF-결합 소분자를 포함한다. BAFF 길항제는 예를 들어 WO 2002/02641 (예를 들어, 그의 표 1의 임의의 서열 1-46, 321-329, 834-872, 1563-1595, 1881-1905의 아미노산 서열을 포함하는 항체)에 기재된 BAFF-결합 항체를 포함한다. 추가 실시양태에서, 이뮤노어드헤신은 BAFF 수용체의 BAFF-결합 영역 (예를 들어, BR3, BCMA 또는 TACI의 세포외 도메인)을 포함한다. 다른 추가의 실시양태에서, 이뮤노어드헤신은 BR3-Fc이다. BAFF-결합 Fc 단백질의 다른 예는 WO 2002/66516, WO 2000/40716, WO 2001/87979, WO 2003/024991, WO 2002/16412, WO 2002/38766, WO 2002/092620, 및 WO 2001/12812에서 찾아볼 수 있다. BAFF 길항제를 만드는 방법은 예를 들어 US 2005/0095243 및 US 2005/0163775에 기재되어 있다.
용어 "BR3", "BR3 폴리펩티드" 또는 "BR3 수용체"는 본원에 사용되는 경우 본원에서 하기 정의되는 바와 같은 천연-서열 BR3 폴리펩티드 및 BR3 변이체를 포함한다. "BR3"은 예를 들어 WO 2003/14294 및 US 2005/0070689에 열거된 인간 BR3 서열을 포함하는 폴리펩티드에 주어진 명칭이다. BR3 폴리펩티드는 다양한 공급원, 예컨대 인간 조직 유형 또는 또 다른 공급원으로부터 단리될 수 있거나, 또는 재조합 및/또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다. 용어 BR3은 WO 2002/24909, WO 2003/14294, 및 US 2005/0070689에 기재된 BR3 폴리펩티드를 포함한다. 항-BR3 항체는 예를 들어 WO 2003/14294 및 US 2005/0070689에 열거된 방법에 따라서 제조될 수 있다.
"천연-서열" BR3 폴리펩티드 또는 "천연 BR3"은 자연으로부터 유래된 상응하는 BR3 폴리펩티드로서 동일한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 천연-서열 BR3 폴리펩티드는 자연으로부터 단리될 수 있거나, 또는 재조합 및/또는 합성 수단에 의해 생성될 수 있다. 용어 "천연-서열 BR3 폴리펩티드"는 특히 자연 발생 말단절단된, 가용성 또는 분비된 형태 (예를 들어, 세포외 도메인 서열), 자연 발생 변이체 형태 (예를 들어, 대안적으로 스플라이싱된 형태) 및 폴리펩티드의 자연 발생 대립유전자 변이체를 포함한다. 본 발명의 BR3 폴리펩티드는 인간 BR3의 아미노산 잔기 1 내지 184의 근접한 서열을 포함하거나 구성되는 BR3 폴리펩티드를 포함한다 (WO 2003/14294 및 US 2005/0070689 참조).
BR3 "세포외 도메인" 또는 "ECD"는 본질적으로 막횡단 및 세포질 도메인이 없는 BR3 폴리펩티드의 형태를 나타낸다. BR3의 ECD 형태는 인간 BR3의 아미노산 1-77, 2-62, 2-71, 1-61, 7-71, 23-38 및 2-63으로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열 중 어느 하나를 포함하는 폴리펩티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, BAFF 길항제는 천연 BAFF에 결합하는 인간 BR3의 상기 언급된 ECD 형태 및 그의 변이체 및 단편 중 어느 하나를 포함하는 폴리펩티드이다.
"BR3 변이체"는 천연-서열, 전장 BR3 또는 BR3 ECD의 아미노산 서열과 약 80％ 이상의 아미노산 서열 동일성을 갖는 BR3 폴리펩티드를 의미하고, 천연-서열 BAFF 폴리펩티드에 결합한다. 임의로, BR3 변이체는 단일 시스테인-풍부 도메인을 포함한다. 이러한 BR3 변이체 폴리펩티드는 예를 들어 하나 이상의 아미노산 잔기가 전장 아미노산 서열의 N- 및/또는 C-말단에서 뿐만 아니라 하나 이상의 내부 도메인 내에서 부가 또는 결실된 BR3 폴리펩티드를 포함한다. 천연 서열 BAFF 폴리펩티드에 결합하는 BR3 ECD의 단편이 또한 고려된다.
본원에 사용된 용어 "APRIL 길항제"는 가장 넓은 의미로 사용되고, (1) 천연-서열 APRIL 폴리펩티드에 결합하거나 또는 부분적으로 또는 완전히 APRIL 폴리펩티드와의 리간드의 상호작용을 차단하기 위해 APRIL에 천연-서열 리간드를 결합시키고; (2) 부분적으로 또는 완전히 천연-서열 APRIL 신호전달을 차단하거나, 억제하거나 또는 중화하는 임의의 분자를 포함한다. 천연-서열 APRIL 폴리펩티드 신호전달은 다른 것 중에서 B-세포 생존 및 B-세포 성숙을 촉진한다. APRIL (증식-유도 리간드)은 BAFF에 공유된 수용체를 갖는 TNF 패밀리 구성원이다. APRIL 길항제의 예는 아타시셉트 (TACI-Ig 이뮤노어드헤신과 동일함) 및 BAFF/APRIL 길항제 (가용성 BCMA-Fc)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
용어 "시토카인"은 세포간 매개자로서 또 다른 세포에 대해 작용하는, 한 세포 집단에 의해 방출되는 단백질에 대한 일반 용어이다. 이러한 시토카인의 예는 림포카인, 모노카인; 인터류킨 (IL), 예컨대 IL-1, IL-1a, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-11, IL-12, IL-15, IL-17A, IL-17F, IL-17A/F; 종양 괴사 인자, 예컨대 TNF-α 또는 TNF-β 및 다른 폴리펩티드 인자 (이에는 LIF 및 키트 리간드 (KL) 포함)이다. 본원에서 사용되는 용어 시토카인은 천연 공급원 또는 재조합 세포 배양물로부터의 단백질 및 천연 서열 시토카인의 생물학적 활성 등가물, 예를 들어 이것의 합성 생성된 소분자 및 제약상 허용되는 유도체 및 염을 포함한다.
본원의 목적을 위해, "종양 괴사 인자-알파 (TNF-알파)"는 문헌 [Pennica et al., Nature, 312:721 (1984)] 또는 [Aggarwal et al., JBC, 260:2345 (1985)]에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 인간 TNF-알파 분자를 나타낸다.
본원에서 "TNF-알파 억제제"는 일반적으로 TNF-알파에 대한 결합 및 그의 활성의 중화를 통해, TNF-알파의 생물학적 기능을 어느 정도까지 억제하는 작용제이다. 본원에서 특히 고려되는 TNF 억제제의 예는 에타네르셉트 (엔브렐(ENBREL)®), 인플릭시맙 (레미케이드(REMICADE)®), 아달리무맙 (휴미라(HUMIRA)®), 골리무맙 (심포니(SIMPONI)TM) 및 세르톨리주맙 페골 (심지아(CIMZIA)®)이다.
"IL-17A/F 결합제"는 시토카인 IL-17A/F에 결합하는 작용제, 예를 들어 항체 또는 IL-17A 및 IL-17F와 교차-반응성인 작용제이다.
"IL-6 결합제"는 시토카인 IL-6에 결합하는 작용제, 예를 들어 항체이다.
"CD4 결합제"는 T 림프구 계통의 세포 상에 발현된 표면 당단백질 CD4에 결합하는 작용제, 예를 들어 항체이다.
"질환-변형 항-류마티스 약물" 또는 "DMARD"의 예는 히드록시클로로퀸, 술파살라진, 메토트렉세이트 (경구 및 피하 메토트렉세이트 포함), 레플루노미드, 아자티오프린, D-페니실라민, 금 (경구), 금 (근육내), 미노시클린, 시클로스포린, 스타필로코쿠스 단백질 A 면역흡착 (그의 염 및 유도체 포함) 등을 포함한다.
"CTLA4"는 활성화된 T 림프구 상에서 발현되고, 면역 반응의 하향-조절에 관련된다. 문헌에서 CTLA4에 대한 다른 명칭은 세포독성 T-림프구-관련 항원 4, 세포독성 T-림프구-관련 단백질 4, 세포 분화 항원 CD152 및 세포독성 T-림프구-관련 과립 세린 프로테아제 4를 포함한다.
본원에 사용된 "마케팅 승인된", 또는 "치료제로서 승인된" 치료제, 또는 이들 구문의 문법적 변형은 특정 장애 (예를 들어, RA)의 치료를 위한 상업 기관 (예를 들어, 영리 조직) 또는 환자 하위 집단 (예를 들어, 특정 민족성, 성별, 생활방식, 질환 위험 프로파일의 환자 등)에 의해 및/또는 이를 통해 및/또는 이를 위해, 관련 정부 기구 (예를 들어, 연방, 주 또는 지역 규제청, 부, 국)에 의해 판매가 승인, 인가, 등록 또는 허가된 작용제 (예를 들어, 약물 제제, 의약의 형태로)를 나타낸다. 관련 정부 기구는 예를 들어 식품의약국(FDA), 유럽의약품평가청(EMEA), 및 그의 동등한 기구를 포함한다.
"항체" (Ab) 및 "이뮤노글로불린" (Ig)은 유사한 구조적 특징을 갖는 당단백질을 나타낸다. 항체는 특정 항원에 대해 결합 특이성을 나타내지만, 이뮤노글로불린은 항체, 및 일반적으로 항원 특이성이 결여된 다른 항체 유사 분자 둘 모두를 포함한다. 상기 항체 유사 분자의 폴리펩티드는 예를 들어 림프계에 의해 낮은 수준으로, 골수종에 의해 증가된 수준으로 생성된다.
용어 "항체" 및 "이뮤노글로불린"은 가장 넓은 의미로 구별없이 사용되고, 모노클로날 항체 (예를 들어, 전장 또는 무손상 모노클로날 항체), 폴리클로날 항체, 1가 항체, 다가 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한은 이중특이적 항체)를 포함하고, 또한 특정 항체 단편 (본원에 보다 상세히 기재된 바와 같음)도 포함할 수 있다. 항체는 키메라, 인간, 인간화 및/또는 친화도 성숙 항체일 수 있다.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "온전한 항체"는 본원에서 구별없이 사용되며, 하기 정의된 바와 같은 항체 단편이 아니라 실질적으로 무손상인 형태의 항체를 나타낸다. 상기 용어는 특히 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 나타낸다.
"항체 단편"은 바람직하게는 항원 결합 영역을 포함하는 무손상 항체의 일부를 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편, 디아바디, 선형 항체, 단일-쇄 항체 분자, 및 항체 단편들로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체를 파파인으로 소화시키면 "Fab" 단편이라 불리는 2개의 동일한 항원 결합 단편 (각각 단일 항원-결합 부위를 가짐) 및 나머지 "Fc" 단편 (이러한 명칭은 쉽게 결정화되는 능력을 반영함)이 생성된다. 펩신 처리하면, 2개의 항원-결합 부위를 갖고 항원과 여전히 가교 결합할 수 있는 F(ab')2 단편이 생성된다.
"Fv"는 완전한 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 한 실시양태에서, 2-쇄 Fv 종은 1개의 중쇄 및 1개의 경쇄 가변 도메인이 단단하게 비공유적으로 회합된 이량체로 이루어진다. 종합적으로, Fv의 6개의 CDR은 항체에 항원 결합 특이성을 부여한다. 그러나, 단일 가변 도메인 (또는 항원에 특이적인 3개의 CDR만을 포함하는 Fv의 절반)일지라도 전체 결합 부위보다 친화도가 낮긴 하지만 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄 및 경쇄 가변 도메인을 함유하고, 또한 경쇄의 불변 도메인과 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터의 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카르복시 말단에 수개의 잔기가 부가되었다는 점에서 Fab 단편과 상이하다. 본원에서, Fab'-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)에 유리 티올 기를 보유하는 Fab'에 대한 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 원래 Fab' 단편들 사이에 힌지 시스테인을 갖는, Fab' 단편들의 쌍으로서 생성되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어 있다.
본원에 사용된 용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 동종인 항체 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하며, 즉, 이 집단을 구성하는 개별 항체는 소량으로 존재할 수 있는 가능한 돌연변이, 예를 들어 자연 발생 돌연변이를 제외하고는 동일하다. 따라서, 수식어구 "모노클로날"은 항체의 특징을 별개의 항체의 혼합물이 아니라는 것으로 나타낸다. 특정 실시양태에서, 이러한 모노클로날 항체는 전형적으로 표적에 결합하는 폴리펩티드 서열을 포함하는 항체를 포함하고, 표적 결합 폴리펩티드 서열은 복수개의 폴리펩티드 서열로부터 단일 표적 결합 폴리펩티드 서열의 선별을 포함하는 과정에 의해 수득하였다. 예를 들어, 선별 과정은 복수개의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파지 클론 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터 독특한 클론을 선별하는 것일 수 있다. 선별된 표적 결합 서열은 예를 들어 표적에 대한 친화도 개선, 표적 결합 서열의 인간화, 세포 배양물 중 그의 생성 개선, 생체내에서의 그의 면역원성 감소, 다중특이적 항체의 생성 등을 위해 추가로 변경될 수 있고, 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체도 본 발명의 모노클로날 항체임을 이해해야 한다. 상이한 결정자 (에피토프)에 대해 유도된 상이한 항체를 전형적으로 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 달리, 모노클로날 항체 제제의 각 모노클로날 항체는 항원상의 단결정자에 대한 것이다. 모노클로날 항체 제제는 이것의 특이성에 더하여 전형적으로 다른 이뮤노글로불린에 의해 오염되지 않았다는 점에서 유리하다.
수식어구 "모노클로날"은 항체의 특징을 실질적으로 동종인 항체 집단으로부터 수득된 것으로 나타내며, 임의의 특정한 방법을 통한 항체 생성이 필요하다는 것으로 해석되어서는 안된다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용될 모노클로날 항체는 하이브리도마 방법 (예를 들어, 문헌 [Kohler et al., Nature, 256: 495 (1975)]; [Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)]; [Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)]), 재조합 DNA 방법 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,816,567 참조), 파지 디스플레이 기술 (예를 들어, 문헌 [Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991)]; [Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)]; [Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)]; [Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)]; [Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)]; 및 [Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)] 참조), 및 인간 이뮤노글로불린 서열을 코딩하는 인간 이뮤노글로불린 유전자좌 또는 유전자의 일부 또는 모두를 갖는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생성하기 위한 기술 (예를 들어, WO98/24893; WO96/34096; WO96/33735; WO91/10741; 문헌 [Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)]; [Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993)]; [Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993)]; 미국 특허 번호 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016; [Marks et al., Bio.Technology 10: 779-783 (1992)]; [Lonberg et al., Nature 368: 856-859 (1994)]; [Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)]; [Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)]; [Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)] 및 [Lonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)] 참조)이 예를 들어 포함되는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다.
본원에서의 모노클로날 항체는 특히 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정 종으로부터 유래되거나 특정 항체 클래스 또는 하위클래스에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이고, 쇄(들)의 나머지 부분은 또 다른 종으로부터 유래되거나 또 다른 항체 클래스 또는 하위클래스에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체, 뿐만 아니라 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한은 이러한 항체의 단편을 포함한다 (미국 특허 번호 4,816,567 및 문헌 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6855-9855 (1984)]).
비-인간 (예를 들어, 뮤린) 항체의 "인간화" 형태는 비-인간 이뮤노글로불린에서 유래된 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 한 실시양태에서, 인간화 항체는 수용자의 초가변 영역의 잔기가 원하는 특이성, 친화도 및/또는 능력을 갖는 비-인간 종 (공여자 항체), 예컨대 마우스, 래트, 토끼 또는 비-인간 영장류의 초가변 영역의 잔기로 대체된 인간 이뮤노글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 경우에, 인간 이뮤노글로불린의 프레임워크 영역 (FR) 잔기는 상응하는 비인간 잔기에 의해 치환된다. 추가로, 인간화 항체는 수용자 항체 또는 공여자 항체에서는 발견되지 않는 잔기를 포함할 수도 있다. 이러한 변형은 항체 성능이 추가로 개선되도록 이루어질 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 하나 이상, 전형적으로는 2개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함할 것이고, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 초가변 루프는 비-인간 이뮤노글로불린의 그것에 상응하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 이뮤노글로불린 서열의 그것이다. 또한, 인간화 항체는 임의로 이뮤노글로불린 불변 영역 (Fc) 중 적어도 일부, 전형적으로는 인간 이뮤노글로불린의 적어도 일부를 포함할 것이다. 보다 상세한 내용은 문헌 [Jones et al., Nature 321:522-525 (1986)]; [Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988)]; 및 [Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)]을 참조한다. 또한, 하기하는 연구 논문 및 그에 인용된 참고문헌도 참조한다: 문헌 [Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma ＆ Immunol. 1:105-115 (1998)]; [Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)]; [Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)].
"인간 항체"는 인간에 의해 생성된 항체의 것에 상응하는 아미노산 서열을 포함하고/하거나 본원에 개시된 바와 같은 인간 항체 제조 기술 중 임의의 것을 이용하여 제조된 것이다. 이러한 기술은 인간-유래된 조합 라이브러리, 예컨대 파지 디스플레이 라이브러리의 스크리닝 (예를 들어, 문헌 [Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991)] 및 [Hoogenboom et al., Nucl. Acids Res., 19: 4133-4137 (1991)] 참조); 인간 모노클로날 항체를 생성을 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주의 사용 (예를 들어, 문헌 [Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)]; [Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 55-93 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)]; 및 [Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조); 및 내인성 이뮤노글로불린 생성의 부재 하에 인간 항체의 전체 레퍼토리를 생성할 수 있는 트랜스제닉 동물 (예를 들어, 마우스)에서 모노클로날 항체의 생성 (예를 들어, 문헌 [Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90: 2551 (1993)]; [Jakobovits et al., Nature, 362: 255 (1993)]; [Bruggermann et al., Year in Immunol., 7: 33 (1993)] 참조)을 포함한다. 인간 항체의 이러한 정의는 비-인간 동물로부터의 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화 항체는 명확하게 제외한다.
"친화도 성숙" 항체는 변경(들)을 갖지 않는 모 항체에 비해 항원에 대한 항체의 친화도를 개선시키는, 하나 이상의 CDR에 하나 이상의 변경을 갖는 항체이다. 한 실시양태에서, 친화도 성숙 항체는 표적 항원에 대한 나노몰 또는 심지어 피코몰의 친화도를 갖는다. 친화도 성숙 항체는 당업계에 공지된 절차에 의해 제조된다. 문헌 [Marks et al. Bio/Technology 10:779-783 (1992)]에서는 VH 및 VL 도메인 셔플링 (shuffling)에 의한 친화도 성숙을 설명하고 있다. HVR 및/또는 프레임워크 잔기의 무작위 돌연변이유발은 문헌 [Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813 (1994)]; [Schier et al. Gene 169:147-155 (1995)]; [Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995)]; [Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995)]; 및 [Hawkins et al., J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992)]에 기재되어 있다.
"차단 항체" 또는 "길항제 항체"는 이것이 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 감소시키는 항체이다. 특정 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 완전히 억제한다.
본원에 사용된 "성장 억제" 항체는 이러한 항체와 결합하는 항원을 발현하는 세포의 증식을 방지 또는 저하시키는 것이다. 예를 들어, 상기 항체는 B 세포의 증식을 시험관내 및/또는 생체내 방지 또는 저하시킬 수 있다.
"아포토시스를 유도하는" 항체는 아넥신 V의 결합, DNA의 단편화, 세포 수축, 소포체의 확장, 세포 단편화 및/또는 막 소포 (아폽토시스체라 불림)의 형성과 같은 표준 아폽토시스 검정에 의해 결정되는 바와 같이, 예를 들어 B 세포의 세포 예정사를 유도하는 항체를 나타낸다.
항체 "이펙터 기능"은 항체의 Fc 영역 (천연 서열 Fc 영역 또는 아미노산 서열 변이체 Fc 영역)에 기인하는 생물학적 활성을 지칭하며, 항체 이소형에 따라서 달라진다. 항체 이펙터 기능의 예는 C1q 결합 및 보체 의존성 세포독성 (CDC), Fc 수용체 결합, 항체 의존성 세포 매개 세포독성 (ADCC), 식세포작용, 세포 표면 수용체 (예를 들어, B 세포 수용체)의 하향 조절, 및 B 세포 활성화를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에서의 용어 "Fc 영역"은 이뮤노글로불린 중쇄의 C-말단 영역, 예를 들어 천연 서열 Fc 영역 또는 변이체 Fc 영역을 정의하기 위하여 사용된다. 이뮤노글로불린 중쇄의 Fc 영역의 경계는 달라질 수 있지만, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 전형적으로 위치 Cys226 또는 Pro230의 아미노산 잔기로부터 이것의 카르복실 말단까지의 스트레치인 것으로 정의된다. Fc 영역의 C-말단 리신 (EU 넘버링 시스템에 따른 잔기 447)은 예를 들어 항체의 생성 또는 정제 동안 또는 항체의 중쇄를 코딩하는 핵산의 재조합 조작으로 제거될 수 있다. 따라서, 무손상 항체의 조성물은 모든 K447 잔기가 제거된 항체 집단, K447 잔기가 제거되지 않는 항체 집단, 및 K447 잔기가 존재하는 항체와 존재하지 않는 항체들의 혼합물을 갖는 항체 집단을 포함할 수 있다.
본원에서 달리 나타내지 않는 한, 이뮤노글로불린 중쇄 내의 잔기의 넘버링은 카바트 (문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Ed. 5 (Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)]에서와 같은 EU 인덱스의 넘버링이다. "카바트에서와 같은 EU 인덱스"는 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 나타낸다.
"기능적 Fc 영역"은 천연 서열 Fc 영역의 "이펙터 기능"을 보유한다. 예시적인 "이펙터 기능"은 C1q 결합, CDC, Fc 수용체 결합, ADCC, 식세포작용, 세포 표면 수용체 (예를 들어, B-세포 수용체, BCR)의 하향 조절 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 이러한 이펙터 기능에는 일반적으로 Fc 영역이 결합 도메인 (예를 들어, 항체 가변 도메인)과 조합될 것이 요구되고, 이는 예를 들어 본원에서 개시된 바와 같은 각종 검정을 이용하여 평가할 수 있다.
"천연 서열 Fc 영역"은 자연계에서 발견된 Fc 영역의 아미노산 서열과 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 천연 서열 인간 Fc 영역은 천연 서열 인간 IgG1 Fc 영역 (비-A 및 A 동종이형), 천연 서열 인간 IgG2 Fc 영역, 천연 서열 인간 IgG3 Fc 영역 및 천연 서열 인간 IgG4 Fc 영역 뿐만 아니라 이들의 자연 발생 변이체를 포함한다.
"변이체 Fc 영역"은 하나 이상의 아미노산 변형, 전형적으로 하나 이상의 아미노산 치환(들)을 통하여 천연-서열 Fc 영역과는 상이한 아미노산 서열을 포함한다.
용어 "Fc-영역-포함 항체"는 Fc 영역을 포함하는 항체를 나타낸다. Fc 영역의 C-말단 라이신 (EU 넘버링 시스템에 따른 잔기 447)은 예를 들어 항체의 정제 동안 또는 항체를 코딩하는 핵산의 재조합 조작으로 제거될 수 있다. 따라서, Fc 영역을 갖는 항체를 포함하는 조성물은 K447을 갖는 항체, 모든 K447이 제거된 항체, 또는 K447 잔기가 존재하는 항체와 존재하지 않는 항체들의 혼합물을 포함할 수 있다.
"Fc 수용체" 또는 "FcR"은 항체의 Fc 영역에 결합하는 수용체를 기재한다. 일부 실시양태에서, FcR은 천연 인간 FcR이다. 일부 실시양태에서, FcR은 IgG 항체에 결합하는 수용체 (감마 수용체)이고, FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII 하위클래스의 수용체를 포함하며, 이들은 이들 수용체의 대립유전자 변이체 및 대안적으로 스플라이싱된 형태를 포함한다. FcγRII 수용체는 FcγRIIA ("활성화 수용체") 및 FcγRIIB ("억제 수용체")를 포함하는데, 이들은 그의 세포질 도메인에서 주로 차이가 나는 유사한 아미노산 서열을 갖는다. 활성화 수용체 FcγRIIA는 그의 세포질 도메인에 면역수용체 티로신-기재의 활성화 모티프 (ITAM)를 함유한다. 억제 수용체 FcγRIIB는 그의 세포질 도메인에 면역수용체 티로신 기재의 억제 모티프 (ITIM)를 함유한다. (예를 들어, 문헌 [Daeron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)] 참조). FcR은 예를 들어 문헌 [Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)]; [Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994)]; 및 [de Haas et al., J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)]에서 검토된다. 추후로 확인될 것을 포함하는 다른 FcR이 본원의 용어 "FcR"에 포함된다.
용어 "Fc 수용체" 또는 "FcR"은 또한 모체 IgG의 태아로의 전달 (문헌 [Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976)] 및 [Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)]) 및 이뮤노글로불린의 항상성 조절을 담당하는 신생아 수용체 FcRn을 포함한다. FcRn에 대한 결합을 측정하는 방법은 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Ghetie and Ward, Immunology Today,18 (12):592-8 (1997)]; [Ghetie et al., Nature Biotechnology, 15 (7):637-40 (1997)]; [Hinton et al., J. Biol. Chem.,279(8):6213-6 (2004)]; WO 2004/92219 (Hinton et al.) 참조).
인간 FcRn 고친화도 결합 폴리펩티드의 인간 FcRn에 대한 생체내 결합 및 혈청 반감기는 예를 들어 인간 FcRn을 발현하는 트랜스제닉 마우스 또는 형질감염된 인간 세포주에서 또는 변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드를 투여한 영장류에서 검정할 수 있다. WO 2000/42072 (Presta)에는 FcR에 대한 결합이 개선되거나 감소된 항체 변이체가 기재되어 있다. 또한, 예를 들어 문헌 [Shields et al., J. Biol. Chem., 9(2): 6591-6604 (2001)]을 참조한다.
"인간 이펙터 세포"는 하나 이상의 FcR을 발현하고 이펙터 기능을 수행하는 백혈구이다. 특정 실시양태에서, 세포는 적어도 FcγRIII을 발현하고 ADCC 이펙터 기능(들)을 수행한다. ADCC를 매개하는 인간 백혈구의 예는 말초혈 단핵 세포 (PBMC), 천연 킬러 (NK) 세포, 단핵구, 세포독성 T 세포 및 호중구를 포함한다. 이펙터 세포는 천연 공급원, 예를 들어 혈액으로부터 단리될 수 있다.
"항체 의존성 세포 매개 세포독성" 또는 "ADCC"는 특정 세포독성 세포 (예를 들어, NK 세포, 호중구 및 대식세포)상에 존재하는 Fc 수용체 (FcR)와 결합된 분비형 Ig가 이들 세포독성 이펙터 세포가 항원-보유 표적 세포에 특이적으로 결합할 수 있게 하고, 이후에 표적 세포를 세포독소로 사멸시킬 수 있게 하는 세포독성의 형태를 나타낸다. ADCC를 매개하는 주요 세포인 NK 세포는 FcγRIII 만을 발현하는 반면에, 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포상에서의 FcR 발현은 문헌 [Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol., 9:457-492 (1991)]의 페이지 464, 표 3에 요약되어 있다. 관심 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위해서, U.S. 5,500,362 또는 5,821,337 또는 U.S. 6,737,056 (Presta)에 기재된 바와 같은 시험관내 ADCC 검정을 수행할 수 있다. 이러한 검정에 유용한 이펙터 세포는 PBMC 및 NK 세포를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로, 관심있는 분자의 ADCC 활성은 예를 들어 문헌 [Clynes et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 95:652-656 (1998)]에 개시된 바와 같은 동물 모델에서 생체내 평가할 수 있다.
"보체-의존성 세포독성" 또는 "CDC"는 보체 존재하의 표적 세포의 용해를 나타낸다. 고전적인 보체 경로의 활성화는 보체계의 제1 성분 (C1q)이 동족 항원에 결합된 항체 (적절한 서브클래스의 항체)에 결합함으로써 개시된다. 보체 활성화를 평가하기 위해, 예를 들어 문헌 [Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods, 202:163 (1996)]에 기재되어 있는 바와 같은 CDC 검정을 수행할 수 있다. 변경된 Fc 영역 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 변이체 (변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드) 및 증가되거나 저하된 C1q 결합 능력을 갖는 폴리펩티드 변이체는 예를 들어 U.S. 6,194,551 및 WO 1999/51642에 기재되어 있다. 또한, 예를 들어 문헌 [Idusogie et al., J. Immunol. 164:4178-4184 (2000)]을 참조한다.
"결합 친화도"는 일반적으로 분자 (예를 들어, 항체)의 단일 결합 부위와 그의 결합 파트너 (예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총 합의 강도를 나타낸다. 달리 나타내지 않는 한, 본원에서 사용된 바와 같은 "결합 친화도"는 결합 쌍의 구성원들 (예를 들어, 항체 및 항원) 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 내재적 결합 친화도를 나타낸다. 파트너 Y에 대한 분자 X의 친화도는 일반적으로 해리 상수 (Kd)로 표시될 수 있다. 친화도는 본원에 기재된 방법을 포함하는 당업계에 공지된 통상의 방법으로 측정할 수 있다. 저친화도 항체는 일반적으로 항원과 서서히 결합하고 쉽게 해리되는 경향이 있는 반면, 고친화도 항체는 일반적으로 항원과 보다 신속하게 결합하고 보다 오랫 동안 결합된 상태를 유지하는 경향이 있다. 결합 친화도를 측정하는 다양한 방법은 업계에 알려져 있다.
본원에서 사용되는 용어 "실질적으로 유사한" 또는 "실질적으로 동일한"은 당업자가 2개의 수치값 (예를 들어, 하나는 본 발명의 항체와 관련이 있고, 다른 하나는 참조/비교 항체와 관련이 있음) (예를 들어, Kd 값)에 의해 측정된 생물학적 특징과 관련하여 이들 2개 값 사이의 차이를 생물학적 및/또는 통계적 유의성이 거의 또는 전혀 없는 것으로 간주할 정도의, 상기 값 사이의 충분히 높은 정도의 유사성을 나타낸다. 상기 2개 값 사이의 차이는 참조/비교 값의 함수로서 예를 들어 약 50％ 미만, 약 40％ 미만, 약 30％ 미만, 약 20％ 미만 및/또는 약 10％ 미만이다.
본원에서 사용되는 어구 "실질적으로 감소된" 또는 "실질적으로 상이한"은 당업자가 2개의 수치값 (일반적으로, 하나는 분자와 관련이 있고, 다른 하나는 참조/비교 분자와 관련이 있음) (예를 들어, Kd 값)에 의해 측정된 생물학적 특징과 관련하여 이들 2개 값 사이의 차이를 통계적 유의성이 있는 것으로 간주할 정도의, 상기 값 사이의 충분히 높은 정도의 차이를 나타낸다. 상기 2개 값 사이의 차이는 참조/비교 분자에 대한 값의 함수로서 예를 들어 약 10％ 초과, 약 20％ 초과, 약 30％ 초과, 약 40％ 초과 및/또는 약 50％ 초과이다.
"소분자" 또는 "유기 소분자"는 본원에서 분자량이 약 500 달톤 미만인 유기 분자로 정의된다.
용어 "표지"는 본원에서 사용되는 경우 검출가능한 화합물 또는 조성물을 나타낸다. 표지는 전형적으로 시약, 예컨대 핵산 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 융합되고, 그와 접합되거나 융합된 시약의 검출을 용이하게 한다. 표지는 그 자체로 검출가능할 수도 있고 (예를 들어, 방사선동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우에는 검출가능한 생성물을 생성하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매할 수도 있다.
"단리된" 생물학적 분자, 예컨대 핵산, 폴리펩티드 또는 항체는 그의 천연 환경의 하나 이상의 성분으로부터 확인 및 분리 및/또는 회수된 것이다.
본원에서, 값 또는 파라미터의 "약"에 대한 언급은 그 값 또는 파라미터 자체와 관련된 실시양태를 포함 (및 기재)한다. 예를 들어, "약 X"를 언급하는 기재는 "X"의 기재를 포함한다.
용어 "제약 제제"는 약물의 생물학적 활성이 유효하도록 해줄 수 있는 형태로 존재하고, 해당 제제가 투여되는 대상체에 대해 허용 가능하지 않은 수준으로 독성인 부가의 성분을 전혀 함유하지 않는 멸균성 제제를 나타낸다.
"멸균" 제제는 무균 상태이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 이들의 포자가 존재하지 않는다.
"포장 삽입물"은 치료 제품 또는 의약의 시판되는 포장물 내에 통상적으로 포함되어 있으며 적응증, 사용법, 용량, 투여, 금기 사항, 이러한 포장 제품과 조합될 다른 치료 제품 및/또는 이러한 치료 제품 또는 의약의 사용에 관한 경고 등에 대한 정보를 함유하는 설명서를 나타내기 위해 사용된다.
"키트"는 RA 또는 관절 손상을 치료하기 위한 하나 이상의 시약, 예를 들어 의약 또는 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브를 포함하는 임의의 제조품 (예를 들어, 포장물 또는 용기)이다. 특정 실시양태에서, 제조품은 본 발명의 방법을 수행하기 위한 단위로서 판촉되거나, 배급되거나 또는 판매된다.
"표적 수신자"는 특히 특정 용도, 치료, 또는 적응증을 위해, 예컨대 마케팅 또는 광고에 의해, 특정 의약이 판촉되거나 판촉되도록 의도되는 일군의 사람들 또는 시설, 예컨대 개별적인 환자, 환자 집단, 신문, 의학 문헌 및 잡지의 구독자, 텔레비젼 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 의사, 제약 회사 등이다.
용어 "혈청 샘플"은 개체로부터 수득한 임의의 혈청 샘플을 나타낸다. 포유동물로부터 혈청을 얻기 위한 방법은 당업계에 공지되어 있다.
표현 "~에 반응성이 아닌"은 이전에 투여된 하나 이상의 의약에 대한 대상체 또는 환자의 반응과 관련이 있으며, 이러한 의약(들)의 투여시에 처치를 받은 장애의 치료에 대한 임의의 또는 적절한 징후를 나타내지 않거나 의약(들)에 대해 임상적으로 허용되지 않는 높은 정도의 독성을 나타내거나 이러한 의약(들)의 최초 투여 후에 치료 징후를 유지하지 않는 대상체 또는 환자를 나타내며, 여기서 치료라는 표현은 본원에 정의된 바와 같이 사용된다. 어구 "반응성이 아닌"은 이전에 투여된 의약(들)에 대해 내성이 있고/있거나 불응성인 대상체에 관한 기재를 포함하고, 의약(들)이 투여되는 동안에도 대상체 또는 환자병이 진행된 상황 및 대상체 또는 환자가 더이상 반응성이 아니어서 이러한 의약(들)을 수반하는 투약을 완료한 후 이들병이 12개월 이내 (예를 들어, 6개월 이내)에 진행된 상황을 포함한다. 따라서, 하나 이상의 의약에 대한 비-반응성은, 이것을 사용한 이전 또는 현행 처치 후에도 계속해서 활동성 질환을 앓는 대상체를 포함한다. 예를 들어, 환자는 그가 비-반응성인 의약(들)을 사용한 약 1개월 내지 3개월의 요법 후에도 활동성인 질환 활성을 가질 수 있다. 이러한 반응성은 해당 장애 치료에 숙련된 임상의가 평가할 수 있다.
의약(들)에 대한 비-반응의 목적의 경우, 하나 이상의 의약으로 이전에 또는 현재 치료를 받고 "임상적으로 허용되지 않는 높은 수준의 독성"을 경험한 대상체는 숙련된 임상의에 의해 유의한 것으로 여겨지는 이와 관련된 하나 이상의 부정적인 부작용 또는 유해 사례, 예컨대 예를 들어 중증의 감염, 울혈성 심부전, (다발성 경화증을 초래하는) 탈수초, 심각한 과민증, 신경병리학적 사건, 고도의 자가면역, 암, 예컨대 자궁내막암, 비-호지킨 림프종, 유방암, 전립선암, 폐암, 난소암, 또는 흑색종, 결핵 (TB) 등을 경험한다.
"음성 부작용의 위험 감소"는, 본원의 길항제 처치로 인한 부작용의 위험이 이전에 투여된 의약을 동일 환자 또는 또 다른 환자에게 처치하여 관찰되는 위험보다 낮은 정도로 감소된 것을 의미한다. 이러한 부작용은 독성에 관하여 상기한 것들을 포함하고, 바람직하게는 감염, 암, 심부전 또는 탈수초이다.
RA 환자 또는 관절 손상을 앓고 있는 환자에 대한 임상적 이익의 증가와 관련된 바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플 중의 검출가능한 수준이다. 이것은 당업자에게 공지되고 또한 본 발명에 의해 개시된 방법으로 측정될 수 있다. 평가되는 바이오마커의 발현 수준 또는 양을 이용하여 처치에 대한 반응을 결정할 수 있다.
용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 일반적으로 교환가능하게 사용되고, 일반적으로 생물학적 샘플에서 폴리뉴클레오티드 또는 아미노산 생성물 또는 단백질의 양을 나타낸다. "발현"은 일반적으로 유전자-코딩된 정보가 세포에서 존재하고 작동하는 구조로 전환되는 과정을 나타낸다. 따라서, 본원에 사용된 유전자의 "발현"은 폴리뉴클레오티드로의 전사, 단백질로의 번역 또는 심지어 단백질의 번역후 변형을 나타낼 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 단백질 또는 번역후 변형된 단백질의 단편은 또한 그들이 대안적인 스플라이싱 또는 퇴화된 전사체에 의해 생성된 전사체로부터 유래하든지 또는 예를 들어 단백질분해에 의한 단백질의 번역후 프로세싱으로부터 유래하든지 관계없이 발현되는 것으로 여겨질 것이다. "발현된 유전자"는 mRNA로서 폴리뉴클레오티드로 전사되고, 이어서 단백질로 번역되는 것, 또한 RNA로 전사되지만 단백질로 번역되지 않는 것 (예를 들어, 수성 및 리보솜 RNA)을 포함한다.
류마티스 관절염
자가면역 질환은 인간에서 여전히 임상적으로 중요한 질환이다. 명칭이 의미하는 바와 같이, 자가면역 질환은 신체 자신의 면역계를 통해 작용한다. 자가면역 질환의 개별적 유형들 간의 병리적 메카니즘은 상이하지만, 한가지 일반적인 메카니즘은 특정 내인성 단백질에 대한 항체 (본원에서는, 자가-반응성 항체 또는 자가항체라 지칭됨)의 생성을 수반하였다. 의사와 과학자들은 70가지가 넘는 임상적으로 별개인 자가면역 질환을 확인하였는데, 이에는 RA, 다발성 경화증 (MS), 혈관염, 면역 매개형 당뇨병, 및 루푸스, 예를 들어 전신성 홍반성 루푸스 (SLE)가 포함된다. 총괄적으로 다수의 자가면역 질환은 희귀하지만 (200,000명 미만을 침범함), 이러한 질환은 수백만명의 미국인 (인구의 5％로 추정됨)을 괴롭히고, 이때 대부분병이 여성을 불균형적으로 침범한다. 이러한 질환의 만성적인 성질은 막대한 사회적 및 경제적 부담이 된다.
염증성 관절염은 RA, 건선성 관절염 (PsA), SLE, 쇼그렌 증후군 및 다발성근염을 포함하는 다양한 자가면역 장애에서 현저한 임상적 징후이다. 대부분의 이러한 환자는 신체 검사시에 관절 기형이 나타나지만, 전형적으로는 RA 및 PsA 환자에서만 영상화 연구시에 골 부식이 나타난다.
RA는 북유럽 및 북미에서는 성인 인구의 대략 0.5％ 내지 1％에서 나타나지만 세계 다른 곳에서는 약간 더 낮은 비율로 나타나는 만성 염증성 질환이다. 문헌 [Alamanos and Drosos, Autoimmun. Rev., 4: 130-136 (2005)]. 이것은, 환부 관절 활막에서의 만성 염증을 특징으로 하는 전신성 염증 질환으로, 궁극적으로는 만성 통증 및 피로로 인한 일상 기능의 손실을 야기한다. 대다수의 환자는 또한 환부 관절에서 연골과 골의 진행적 악화를 경험하고, 이것은 결국에는 영구적인 장애로 이어질 수 있다. RA의 장기 예후는 불량하며, 환자의 대략 50％가 진단 시점으로부터 10년 이내에 유의한 기능적 장애를 겪게 된다. 문헌 [Keystone, Rheumatology, 44 (Suppl. 2): ii8-ii12 (2005)]. 기대 수명은 평균 3년 내지 10년 단축된다. [Alamanos and Drosos, 상기 문헌]. 류마티스 인자 (RF)의 역가가 높은 환자 (환자의 대략 80％)는 보다 공격적인 질환을 가지며 (문헌 [Bukhari et al., Arthritis Rheum., 46: 906-912 (2002)]) 장기적 결과가 더 안좋고, RF 음성인 사람들보다 사망률이 증가된다. 문헌 [Heliovaara et al., Ann. Rheum. Dis., 54: 811-814 (1995)].
만성 염증성 골 질환, 예컨대 RA의 발병기전은 완전히 해명되지 않았다. 이러한 질환은 파골세포 재흡수 증가로 인한 환부 관절 주위의 골 손실을 수반하였다. 이러한 과정은 주로 염증전 시토카인의 국소 생성 증가에 의해 매개된다. 문헌 [Teitelbaum, Science, 289:1504-1508 (2000)]; [Goldring and Gravallese, Arthritis Res., 2(1):33-37 (2000)]. 이들 시토카인은 파골세포 계통의 세포에 직접 작용할 수도 있거나, 또는 골모세포/간질 세포에 의한 필수적인 파골세포 분화 인자, NFκB 리간드의 수용체 활성화제 (RANKL) 및/또는 그의 가용성 유인 수용체, 오스테오프로테게린 (OPG)의 생성에 영향을 미쳐서 간접적으로 작용할 수도 있다. 문헌 [Hossbauer et al., J. Bone Min. Res., 15(1):2-12 (2000)]. 종양 괴사 인자-알파 (TNF-α)는 염증의 주요 매개자이다. 다양한 형태의 골 손실의 발병기전에 있어서 이것의 중요성은 여러가지 실험적 및 임상적 증거에 의해 뒷받침된다. 문헌 [Feldmann et al., Cell, 85(3):307-310 (1996)]. 그러나, TNF-α는 파골세포분화 (문헌 [Douni et al., J. Inflamm., 47:27-38 (1996)]), 미란성 관절염 (문헌 [Campbell et al., J. Clin. Invest., 107(12):1519-1527 (2001)]) 또는 골변성 (문헌 [Childs et al., J. Bon. Min. Res., 16:338-347 (2001)])에 필수적이 아니며, 이들은 TNF-α의 부재시에도 발생할 수 있다.
구체적으로, RA에서의 면역 반응은 활막 구획에서 제시되는 1종 또는 여러 항원에 의해 개시/영속되어, 급성 염증성 세포 및 림프구가 관절 내로 유입되게 한다고 여겨진다. 연속적인 염증 증가는 판누스라 불리는 침윤성 및 미란성 조직의 형성을 야기한다. 이것은 염증전 시토카인, 예컨대 TNF-α 및 인터류킨-1 (IL-1)을 생성하는 증식 중인 섬유모세포-유사 활막세포 및 대식세포를 함유한다. 단백질분해 효소의 국소 방출, 다양한 염증성 매개자 및 파골세포 활성화는 많은 조직 손상에 기여한다. 관절 연골이 손실되고 골 미란이 형성된다. 주변의 건 및 윤활낭은 염증 과정에 의해 영향을 받게 될 수 있다. 궁극적으로, 관절 구조의 완전성이 약화되면서 장애가 발생한다.
RA의 면역학적 발병기전에 대한 B 세포의 정확한 기여는 완전히 특징규명되지 않았다. 그러나, B 세포가 질환 과정에 참여할 수 있는 여러가지 가능한 메카니즘이 존재한다. 문헌 [Silverman and Carson, Arthritis Res. Ther., 5 Suppl. 4: S1-6 (2003)].
역사적으로, B 세포는 주로 자가항체-생성 세포의 전구체로서 기능함으로써 RA에서의 질환 과정에 기여하는 것으로 여겨졌다. 제II형 콜라겐 및 프로테오글리칸 뿐만 아니라 RF에 대한 항체를 포함하여 수많은 자가항체 특이성이 확인된 바 있다. 다량의 항체의 생성은 면역 복합체 형성 및 보체 캐스케이드의 활성화를 유도한다. 이후, 이것은 면역 반응을 증폭시키고, 결국 국소 세포 용해를 일으킬 수 있다. 증가된 RF 합성 및 보체 소모는 질환 활성과 상관관계가 있었다. RF의 존재는 그 자체가 보다 중증 형태의 RA 및 관절외 특징의 존재와 관련이 있다.
최근의 증거 (문헌 [Janeway and Katz, J. Immunol., 138:1051 (1998)]; [Rivera et al., Int. Immunol., 13: 1583-1593 (2001)])는 B 세포가 고도로 효율적인 항원-제시 세포 (APC)임을 보여준다. RF-양성 B 세포는 이것의 표면 이뮤노글로불린이 면역 복합체 내에 존재하는 항원과 상관없이 임의의 면역 복합체를 쉽게 포획하기 때문에 특히 강력한 APC일 수 있다. 따라서, 많은 항원이 T 세포에 제시되도록 프로세싱될 수 있다. 또한, 이것이 또한 RF-양성 B 세포가 자가 영속되게 할 수 있다는 것이 최근 시사된 바 있다. 문헌 [Edwards et al., Immunology, 97: 188-196 (1999)].
T 세포의 활성화를 위해서는 하기하는 2가지 신호가 세포에 전달될 필요가 있다: 한 신호는 T-세포 수용체 (TCR)를 통해 일어나며 주 조직적합성 복합체 (MHC) 항원의 존재하에 프로세싱된 펩티드를 인식하고, 두번째 신호는 공동-자극 분자를 통해 일어난다. B 세포는 활성화되는 경우에 그의 표면상에 공동-자극 분자를 발현하고, 이에 따라 T-세포 활성화 및 이펙터 세포의 생성을 위한 제2 신호를 제공할 수 있다.
B 세포는 시토카인을 생성함으로써 그의 자체 기능 뿐만 아니라 다른 세포의 기능을 촉진시킬 수 있다. 문헌 [Harris et al., Nat. Immunol., 1: 475-482 (2000)]. TNF-α, IL-1, 림포톡신-α, IL-6 및 IL-10은 B 세포가 RA 활막에서 생성할 수 있는 시토카인 중 일부이다.
T-세포 활성화가 RA 발병기전의 핵심 성분이라고 여겨지지만, 중증 복합 면역결핍 장애 (SCID) 마우스에서 인간 활막 체외이식편을 사용한 최근의 연구는 T-세포 활성화 및 관절 내 체류가 B 세포의 존재에 크게 의존적임을 입증하였다. 문헌 [Takemura et al., J. Immunol., 167: 4710-4718 (2001)]. 다른 APC는 T 세포에 동일한 효과를 갖는다고 여겨지지 않기 때문에, 여기서의 B 세포의 정확한 역할은 명확하지 않다.
관절에 대한 구조적 손상은 만성 활막 염증의 중요한 결과이다. RA를 앓고 있는 환자의 60％ 내지 95％는 질환 개시 3년 내지 8년 이내에 하나 이상의 방사선 미란을 나타낸다. 문헌 [Paulus et al., J. Rheumatol., 23: 801-805 (1996)]; [Hulsmans et al., Arthritis Rheum., 43: 1927-1940 (2000)]. 초기 RA에서는 방사선 손상 스코어 및 기능적 능력 사이의 상관관계가 미약하지만, 질환이 발생하고 8년 후에는 상관관계 계수가 무려 0.68에 이를 수 있다. 문헌 [Scott et al., Rheumatology, 39:122-132 (2000)]. 4년 이상 동안 RA를 앓고 있는 60세 미만의 1,007명의 환자에서, 문헌 [Wolfe et al. (Arthritis Rheum, 43 Suppl. 9:S403 (2000))]에서는 라르센(Larsen) 방사선 손상 스코어의 진행 속도 사이의 유의한 관련성을 발견하였고 (문헌 [Larsen et al., Acta Radiol. Diagn. 18:481-491 (1977)]), 이것은 사회 보장 장애 상태를 증가시키고 가족의 수입을 감소시킨다.
RA의 진단은 현재 미국 류마티스 학회 (ACR) 기준을 따를 수 있고, 이러한 특정 기준은 최대 개선 전에 1시간 이상 동안 지속되는 관절 내 및 부근에서의 조조 강직; 3가지 이상의 관절 영역의 관절염: 의사에 의해 관찰된 동시에 연조직 팽윤 또는 유체를 갖는 3가지 이상의 관절 영역 (골 과다성장 단독은 아님); 14개 가능한 관절 영역 (우측 및 좌측) - 근위 지간 (PIP), 중수수지 (MCP), 손목, 팔꿈치, 무릎, 발목, 및 중족 지절 (MTP) 관절; 손 관절의 관절염: 손목, MCP, 또는 PIP 관절에서 상기와 같이 팽창된 하나 이상의 관절; 대칭적 관절염: 신체의 양측면 상의 동일한 관절 영역 (상기 3가지 이상의 관절 영역의 관절염에서와 같음)의 동시 관여 (PIP, MCP, 또는 MTP 관절의 양측 관여가 절대적인 대칭없이 허용됨); 류마티스 결절: 의사에 의해 관찰된 골 프로미넌스 또는 실근 표면 상의 또는 관절 근접 영역에서의 피하 결절; 혈청 류마티스 인자: 5 퍼센트 보다 적은 정상 대조군 환자에서 양성인 임의의 방법에 의한 혈청 류마티스 인자의 비정상적인 양의 입증; 방사선 변화: 수반되는 관절에 국지화되거나 또는 대부분 이에 인접하여 표시된 부식 또는 명백한 골 탈석회화를 포함하여야 하는, 후전 손 및 손목 X선 상의 류마티스 관절염의 전형적인 방사선 변화 (골관절염 변화가 단독으로 정성화하지 않음)를 포함할 수 있다. RA의 진단은 전형적으로 환자가 상기 기준 중 4개 이상를 충족시키면 이루어진다.
방사선 손상의 방지 또는 지연은 RA 치료의 목적 중 하나이다. 문헌 [Edmonds et al., Arthritis Rheum., 36:336-340 (1993)]. 6개월 또는 12개월 지속기간의 제어된 임상적 시험은 방사선 손상 스코어의 진행이 메토트렉세이트 (MTX) (문헌 [Sharp et al., Arthritis Rheum., 43: 495-505 (2000)]), 레플루노미드 ([Sharp et al., 상기 문헌]), 술파살라진 (SSZ) ([Sharp et al., 상기 문헌]), 프레드니솔론 (문헌 [Kirwan et al., N. Engl. J. Med., 333:142-146 (1995)]; [Wassenburg et al., Arthritis Rheum, 42: Suppl 9:S243 (1999)]), 인터류킨-1 수용체 길항제 (문헌 [Bresnihan et al., Arthritis Rheum, 41: 2196-2204 (1998)]), 또는 인플릭시맙/MTX 조합을 처리한 군에서보다 위약군에서 더 빠르다고 기록하고 있다. 문헌 [Lipsky et al., N. Eng. J. Med., 343: 1594-1604 (2000)]. 임상적 시험은 또한 에타네르셉트로의 치료에 따른 방사선 진행이 MTX로의 치료에 따른 것 보다 덜 빠르다고 기록하고 있다. 문헌 [Bathon et al., N. Engl. J. Med., 343:1586-1593 (2000)]. 다른 연구는 코르티코스테로이드 (문헌 [Joint Committee of the Medical Research Council and Nuffield Foundation, Ann Rheum. Dis., 19:331-337 (1960)]; [Van Everdingen et al., Ann. Intern. Med., 136:1-12 (2002)]), 시클로스포린 A (문헌 [Pasero et al., J. Rheumatol., 24:2113-2118 (1997)]; [Forre, Arthritis Rheum., 37:1506-1512 (1994)]), MTX 대 아자티오프린 (문헌 [Jeurissen et al., Ann. Intern. Med., 114:999-1004 (1991)]), MTX 대 아우라노핀 (문헌 [Weinblatt et al., Arthritis Rheum., 36:613-619 (1993)]), MTX (메타-분석) (문헌 [Alarcon et al., J. Rheumatol., 19:1868-1873 (1992)]), 히드록시클로로퀸 (HCQ) 대 SSZ (문헌 [Van der Heijde et al., Lancet, 1:1036-1038]), SSZ (문헌 [Hannonen et al., Arthritis Rheum., 36:1501-1509 (1993)]), 프레드니솔론, MTX, 및 SSZ의 COBRA (Combinatietherapei Bij Reumatoide Artritis) 조합 (문헌 [Boers et al., Lancet, 350:309-318 (1997)]; [Landewe et al., Arthritis Rheum., 46: 347-356 (2002)]), MTX, SSZ, 및 HCQ의 조합 (문헌 [O'Dell et al., N. Engl. J. Med., 334:1287-1291 (1996)]; [Mottonen et al., Lancet, 353:1568-1573 (1999)]), 시클로포스파미드, 아자티오프린, 및 HCQ의 조합 (문헌 [Csuka et al., JAMA, 255:2115-2119 (1986)]), 및 아달리무맙과 MTX의 조합으로 치료된 환자에서 방사선 진행을 평가하였다. 문헌 [Keystone et al., Arthritis Rheum., 46 Suppl. 9:S205 (2002)].
현재, FDA는 특정 의약, 예를 들어 레플루노미드, 에타네르셉트 및 인플릭시맙이 방사선 관절 손상의 진행을 저속화한다고 주장하는 라벨 부착을 승인하였다. 이러한 주장은 무작위로 배정된 처치군과 대조군 사이에서 관찰된 진행 속도에 있어서의 통계적으로 유의한 차이를 기초로 한다. 그러나, 치료군 및 대조군 내의 개체의 진행 비율은 상당한 범위에 중첩된다. 따라서, 치료군 사이의 유의한 차이에도 불구하고, 이러한 데이터를 사용하여 치료를 시작한 환자가 방사선 손상의 진행에 대해 유리한 결과를 갖게 될 확률을 추정할 수는 없다. 개별 환자로부터의 쌍을 이룬 방사선사진을 진행성이 아닌 것으로 분류하는 다양한 방법이 제안된 바 있다 (예를 들어, 둘 모두의 시점에서 손상 스코어 0, 손상 스코어가 증가하지 않음, 미란을 갖는 새로운 관절이 없음, 및 최소의 검출가능한 차이를 넘지 않는 스코어 변화 (즉, 동일 방사선사진의 반복된 판독 사이의 차이에 대해 95％ 신뢰 구간)). 문헌 [Lassere et al., J. Rheumatol., 26: 731-739 (1999)].
6-개월 또는 12-개월 임상적 시험의 시작 및 종점에 수득한 쌍을 이룬 방사선사진 사이의 간격 동안 개별 환자에서의 증가된 구조적 손상이 있는지 여부를 결정하는 것은 여러 이유로 어렵다. 방사선 손상의 비율은 RA 환자의 집단에서 균일하지 않다; 특히 고정 간격이 상대적으로 짧으면, 소수의 환자는 빠르게 손상이 진행될 수 있지만, 다수는 거의 혹은 전혀 진행되지 않을 수 있다. 방사선 손상을 스코어링하는 방법, 예를 들어 샤프 (문헌 [Sharp et al., Arthritis Rheum., 14: 706-720 (1971)]; [Sharp et al., Arthritis Rheum., 28: 1326-1335 (1985)]), 라르센 (문헌 [Larsen et al., Acta Radiol. Diagn., 18: 481-491 (1977)]), 및 이들 방법의 변형 (문헌 [Van der Heijde, J. Rheumatol., 27: 261-263 (2000)])은 실제인 것처럼 판독자의 판단 및 해석에 의존한다. 결정을 위한 인자는 연골하 피질판의 명백한 방해가 실제인지 여부, 또는 관절의 반대 측면 상의 피질 사이의 거리의 감소가 실제인지 여부이거나, 또는 필름 및 방사선사진 빔에 대한 관절의 위치에서의 약간의 변화, 방사선사진 노출의 변화, 또는 일부 다른 기술적 요인에 기인한다.
따라서, 기록된 스코어는 진정한 손상에 대한 근사치이고, 많은 대상체의 경우에는 동일 방사선사진의 반복된 스코어 사이의 최소의 검출가능한 차이가 기저수준과 최종 방사선사진 사이에서 기간 동안 발생한 실제 변화보다 더 크다. 판독자에게 필름의 시간 순서를 모르게 하는 경우, 이러한 불가피한 스코어링 오류는 스코어가 감소하는 경우에는 명백한 "치유", 또는 판독 오류가 필름 사이의 차이를 증가시키는 경우에는 명백한 신속한 진행의 어떠한 방향으로든 일어날 수 있다. 연구가 위약과 비교하여 유효한 처치를 받는 것에 무작위로 할당된 충분히 대규모 집단의 환자를 포함하는 경우, 양성 및 음성 판독 오류는 서로 상쇄되고, 처치군 사이의 작지만 실제적인 차이가 검출될 수 있다.
RA 질환 활성을 정량하는데 사용된 임상적 측정치의 부정확성은 유사한 문제의 원인이 되었다. 임상 시험으로부터의 특정 결과 측정치 사이의 통계적으로 유의한 차이는 치료를 시작하고 있었던 개체에 대한 개선의 확률을 추정하기 위해 유용하지 않았다. 문헌 [Paulus et al., Arthritis Rheum., 33:477-484 (1990)]. 개개의 개선의 속성은 미국 류마티스 학회 (ACR) 20％ 복합 개선 기준 (ACR20) (이것은 환자가 압통 및 부종 관절 수에서 20％의 개선 및 5가지 추가의 측정치 (통증, 신체적 기능, 환자의 전반적 건강 평가, 전문의의 전반적 건강 평가, 및 급성-기 반응 수준) 중 3가지 이상에서 20％의 개선이 있는 경우에 개선된 것으로 함)이 세워진 것과 더불어 실용적이 되었다. 문헌 [Felson et al., Arthritis Rheum., 38:727-735 (1995)]. 이러한 측정치 모두가 최소의 검출가능한 차이에 대해 높은 값을 갖지만, 동일 과정 (질환 활성)의 7가지 측면 중 5가지에서의 동시 개선을 요구하며, 7가지 측정 오류의 무작위가 제한되고, 개체에 대한 실제 개선에 기여하기 더 쉽다.
RA에서, 관절 손상은 두드러진 특징이다. 관절 파괴의 방사선 파라미터는 질환 결과를 기재하는데 있어서 핵심이 되는 결과 측정치라 여겨진다. 최근의 OMERACT (류마티스학 임상적 시험에서의 결과 측정) 컨센서스 회의에서, 방사선연구를 장기적 관점의 관찰 연구에 대한 결과 측정의 핵심 세트의 일부로 선택하였다. 문헌 [Wolfe et al., Arthritis Rheum., 41 Supp 9: S204 (1998) abstract]. 방사선연구는 또한 장기 임상적 시험에 대한 측정의 핵심 세트에 필요한 WHO/ILAR (세계 보건 기구/국제 류마티스학 연합회)의 일부이다. 문헌 [Tugwell and Boers, J. Rheumatol., 20:528-530 (1993)].
RA에서 방사선 손상의 결과에 대해 이용가능한 데이터가 단기 및 장기 연구 둘 모두에서 얻어졌다. 최근 발병한 질환을 갖는 RA 환자의 단기 연구에서, 6개월 마다 찍은 방사선사진은 초기의 신속한 진행 이후에 2년 내지 3년 후에는 손과 발에서 방사선 손상의 진행 속도가 감소되었음을 보여주었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Arthritis Rheum., 35: 26-34 (1992)]; [Fex et al., Br. J. Rheumatol., 35: 1106-1055 (1996)]. 덜 빈번하게 촬영한 방사선사진을 사용한 장기 연구에서는 질환 기간의 25년까지 꾸준히 손상이 악화되는 일정한 진행 속도가 발견되었다. 문헌 [Wolfe and Sharp, Arthritis Rheum., 41:1571-1582 (1998)]; [Graudal et al., Arthritis Rheum., 41:1470-1480 (1998)]; [Plant et al., J. Rheumatol., 25:417-426 (1998)]; [Kaarela and Kautiainen, J. Rheumatol., 24:1285-1287 (1997)]. 방사선 진행 패턴에 있어서의 이러한 차이가 스코어링 기술 차이로 인한 것인지의 여부는 명확하지 않다.
이용되는 스코어링 시스템은 스코어링되는 관절의 수, 미란 (ERO) 및 관절강 협소화 (JSN)에 대한 독립적인 스코어의 존재, 관절 마다의 최대 스코어, 및 방사선 이상의 가중치에서 차이가 있다. 아직까지, 선호되는 스코어링 방법에 대한 컨센서스는 없었다. 조기 관절염을 앓고 있는 환자의 코호트 연구에서 처음 3년의 추적 연구 동안, JSN 및 ERO는 손과 발의 방사선 손상에 있어서의 측정된 진행에 대한 기여도에 차이가 있는 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Van der Heijde et al., Arthritis Rheum., 35:26-34 (1992)]. 추가로, ERO 및 JSN을 독립적으로 스코어링하는 방법, 예컨대 샤프 및 켈그렌(Kellgren) 스코어링은 전체 측정치를 사용하는 방법, 예컨대 라르센 스코어링보다 초기 RA에서의 변화에 감수성이 더 높은 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Plant et al., J. Rheumatol., 21:1808-1813 (1994)]; [Cuchacovich et al., Arthritis Rheum., 35:736-739 (1992)]. 샤프 스코어링은 매우 노동 집약적인 방법이다. 문헌 [Van der Heijde, Baillieres Clin. Rheumatol., 10:435-533 (1996)]. 후기 또는 파괴적 RA에서, 샤프 및 라르센 방법은 유사한 정보를 제공하는 것으로 밝혀졌다. 그러나, 질환 후기에 다양한 스코어링 방법의 변화에 대한 감수성은 아직 조사된 바 없고, ERO 및 JSN를 독립적으로 측정하는 스코어링 방법이 유용한 정보를 제공한다고 주장될 수 있다. 문헌 [Pincus et al., J. Rheumatol., 24:2106-2122 (1997)]. 또한, RA의 장기 평가 동안 3가지 방사선학 스코어링 시스템을 비교한, 문헌 [Drossaers-Bakker et al., Arthritis Rheum., 43:1465-1472 (2000)]을 참조한다.
문헌 [Paulus et al., Arthritis Rheum., 50: 1083-1096 (2004)]은 방사선 관절 손상을 임상 실험에 참여한 RA를 앓고 있는 개체에서 진행성 또는 비-진행성으로 분류하였고, 관찰 코호트에서의 RA 관절 손상은 구조적 관절 손상의 부정확하고 관련은 있지만 별개의 수많은 측정치를 포함하는 복합적 정의를 사용하여 진행성 또는 비-진행성으로 분류될 수 있다. 구조적 변화가 실제인지를 판단하고 이것을 처치 결정의 기초로 사용하기 전에, RA 환자의 매일의 임상적 관리시에 5 이상의 샤프 방사선 손상 스코어 단위의 한쌍의 방사선사진들 사이에는 간격 변화가 존재해야 한다고 여겨진다.
특정 RA 치료제
RA의 개시 요법은 전형적으로 하기 약물 중 하나 이상의 투여를 포함한다: 비스테로이드성 소염 약물 (NSAID), 예를 들어, 아세틸살리실산 (예를 들어, 아스피린), 이부프로펜 (모트린), 나프록센 (나프로신), 인도메타신 (인도신), 나부메톤 (렐라펜), 톨메틴 (톨렉틴); 글루코코르티코이드 (관절 주사를 통함); 및 저용량 프레드니손. 문헌 ["Guidelines for the management of rheumatoid arthritis," Arthritis ＆ Rheumatism 46(2): 328-346 (February, 2002)]을 참조한다. 새로 진단된 RA를 앓고 있는 대부분의 환자는 진단 3개월 이내에 질환-변형 류마티스 치료 약물 (DMARD) 요법을 시작한다. RA에 통상적으로 사용되는 DMARD는 히드록시클로로퀸, 술파살라진, 메토트렉세이트 (경구 및 피하 메토트렉세이트 포함), 레플루노미드, 아자티오프린, D-페니실라민, 금 (경구), 금 (근육내), 미노시클린, 시클로스포린, 스타필로코쿠스 단백질 A 면역흡착이다. 특정 경우에, 환자는 면역조정제, 예컨대 아자티오프린 또는 시클로포스파미드로 치료된다. 추가의 RA 치료제는 항-시토카인 작용제 (예를 들어, 항-종양 괴사 인자 α, 항-인터류킨-1-수용체 (예를 들어, 아나킨라), 항-인터류킨 10, 항-인터류킨 6 수용체, 항-인터류킨 6, 항-인터페론 알파, 항-B-림프구 자극제), 공동자극의 억제제 (예를 들어, 항-CD154, CTLA4-Ig (예를 들어, 아바타셉트))를 포함한다.
특정 경우에, TNFα 억제제는 RA의 요법을 위해 사용되었다. 예시적 TNFα 억제제는 에타네르셉트 (상표명 엔브렐®로 판매됨), 인플릭시맙 (상표명 레미케이드®로 판매됨), 아달리무맙 (상표명 휴미라®로 판매됨), 골리무맙 (상표명 심포니TM로 판매됨)과 세르톨리주맙 페골 (상표명 심지아®로 판매됨)을 포함한다.
에타네르셉트 (상표명 엔브렐®로 판매됨)는 활성 RA의 요법을 위해 미국에서 승인을 받은 주사가능한 약물이다. 에타네르셉트는 TNFα에 결합하고, 대부분의 TNFα를 관절 및 혈액으로부터 제거하는 작용을 하며, 이에 의해 TNFα가 염증 및 류마티스 관절염의 다른 증상을 촉진하는 것을 못하도록 한다. 에타네르셉트는 인간 IgG1의 Fc 부분에 연결된 인간 75 kD (p75) 종양 괴사 인자 수용체 (TNFR)의 세포외 리간드 결합 부분으로 이루어진 "이뮤노어드헤신" 융합 단백질이다. 약물은 심각한 감염 및 패혈증을 포함하는 부정적인 부작용, 및 신경계 장애, 예컨대 다발성 경화증 (MS)과 관련된다. 예를 들어, www.remicade-infliximab.com/pages/enbrel_embrel.html을 참조한다.
상표명 레미케이드®로 판매되는 인플릭시맙은 RA 및 크론병을 치료하기 위해 처방된 면역-저해 약물이다. 인플릭시맙은 TNFα에 결합하고, 염증을 생성하는 TNFα에 대한 표적화 및 결합에 의해 신체에서 염증을 감소시키는 키메라 모노클로날 항체이다. 인플릭시맙은 MS에서 초래하는 결핵 뿐만 아니라 탈수초를 포함하는 심부전 및 감염과 같은 특정 치명적 반응과 관련된다. 예를 들어, www.remicade-infliximab.com을 참조한다.
2002년에, 애보트 래보러토리즈(Abbott Laboratories)는 이전에 D2E7로 알려진 아달리무맙 (상표명 휴미라®로 판매됨)의 판매에 대해 FDA 승인을 받았다. 아달리무맙은 TNFα에 결합하는 인간 모노클로날 항체이고, 하나 이상의 종래의 질환 변형 DMARD에 대해 불충분한 반응을 나타냈던 중등도 내지 중증의 활성 RA를 앓고 있는 성인에서 징후를 감소시키고 구조적 손상의 진행을 억제하는 것으로 승인되었다.
2009년 4월에, 센토코어 오르토 바이오테크 인크.(Centocor Ortho Biotech Inc.)는 중증도 내지 중증의 RA, 건선성 관절염 및 강직성 척추염을 앓고 있는 환자를 위한 골리무맙 (상표명 심포니TM로 판매됨)의 판매에 대해 FDA 승인을 받았다. 골리무맙은 인간 TNFα에 특이적인 인간 IgG1κ 모노클로날 항체로, 한 달에 한 번 환자에 의해 자가 피하 투여된다. 골리무맙은 TNFα의 가용성 및 막횡단 생물활성 형태 둘 모두에 결합한다. TNFα를 억제하는 다른 작용제와 유사하게, 골리무맙은 심각한 및 생명을 위협하는 진균 감염을 포함하는 감염의 위험과 같은 특정 부작용과 관련된다.
2009년 5월에, 세르톨리주맙 페골 (상표명 심지아®로 판매됨)은 RA를 앓고 있는 환자의 치료를 위해 FDA에 의해 승인을 받았다. 이는 유도 기간 동안 2주 마다, 이후에 유지 동안 4주 마다 피하 주사에 의해 건강관리 전문가에 의해 투여된다. 세르톨리주맙 페골은 대략 40kDa 폴리에틸렌 글리콜 (PEG2MAL40K)에 접합된, 인간 TNFα에 대한 특이성을 갖는, 재조합 인간 항체 Fab' 단편이다. 세르톨리주맙 페골은 또한 다른 TNFα 억제제와 유사한 특정 안전성 위험, 예컨대 심각한 감염의 증가된 위험과 관련된다.
특정 경우에, 리툭시맙 항체 (상표명 리툭산®으로 판매됨)는 RA를 위한 요법으로 사용되었다. 리툭시맙은 CD20 항원에 대해 지시된 유전자 조작된 키메라 뮤린/인간 모노클로날 항체이다. 리툭시맙은 1998년 4월 7일 허여된 미국 특허 번호 5,736,137에서 "C2B8"로 지칭되는 항체이다 (Anderson et al.).
또 다른 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 오크렐리주맙은 항-CD20 항체, 2H7의 인간화 변이체이다. 이러한 인간화 2H7 변이체는 예를 들어 국제 공보 번호 WO 2004/056312 (국제 출원 번호 PCT/US2003/040426)에 기재되어 있다.
B-세포 길항제 활성을 갖는 RA 치료제가, 예를 들어 화합물을 특정 생물학적 특성에 대해 스크리닝함으로써 확인될 수 있다. 예를 들어, 스크리닝의 방법은 문헌 [Sundberg et al., Cancer Research 66, 1775-1782 (2006)]에 기재된 바와 같이 사용될 수 있고, 여기서 화합물은 빠르고 특이적인 퇴화에 대해 c-myc 단백질을 표적화함으로써 B-세포 증식의 억제에 대해 스크리닝되었다. 또한, BAFF, APRIL, 및 B-세포 생존 및 스크리닝에 대한 지침서에 관한 문헌 [Mackay et al., Annual Review of Immunology, 21: 231-264 (2003)], 및 B-세포 증식 및 APRIL에 관한 문헌 [Thangarajh et al., Scandinavian J. Immunol., 65(1):92 (2007)]을 참조한다. 또한, 문헌 [Sakurai et al., European J. Immunol., 37(1):110 (2007)]은 TACI가 BAFF-R 및 CD40에 의해 공동-자극된 항체 생성을 감쇠시킨다는 것을 개시하고 있다. 또한, 문헌 [Acosta-Rodriguez et al., European J. Immunol., 37(4):990 (2007)]은 BAFF 및 LPS가 협력하여 B 세포를 유도함으로써 CD95/Fas-매개 세포 사멸에 영향을 받기 쉽게 된다는 것을 개시하고 있다. 추가의 스크리닝 방법은 문헌 [Martin and Chan, "B Cell Immunobiology in Disease: Evolving Concepts from the Clinic Annual Review of Immunology," 24:467-496 (2006)], [Pillai et al., "Marginal Zone B Cells" Annual Review of Immunology, 23:161-196 (2005)], 및 [Hardy and Hayakawa, "B Cell Development Pathways," Annual Review of Immunology, 19:595-621 (2001)]에서 찾아볼 수 있다. 이들 및 다른 참고문헌으로부터 당업자는 적절한 길항제에 대해 스크리닝할 수 있다. 이 목적을 위해 마이크로어레이 (문헌 [Hagmann, Science, 290:82-83 (2000)]) 뿐만 아니라 RNA 간섭 (RNAi) (문헌 [Ngo et al., Nature, 441:106-110 (2006)])을 사용할 수 있다.
본 발명의 범위 내에 포함되는 B-세포 길항제는 B-세포 표면 마커 또는 B-세포 특이적 생존 또는 증식 인자에 결합하고, 임의로는 또 다른 분자와 접합되거나 또는 이에 융합된, 항체, 합성 또는 천연-서열 펩티드, 이뮤노어드헤신, 및 소분자 길항제를 포함한다. 특정 실시양태에서, 길항제는 항체 또는 이뮤노어드헤신을 포함한다. 이는 BLyS 길항제, 예컨대 이뮤노어드헤신, 예컨대 비제한적으로, 항-CD23 (예를 들어, 루밀릭시맙), 항-CD20, 항-CD22, 또는 항-BR3 항체, APRIL 길항제, 및/또는 BLyS 이뮤노어드헤신을 포함한다. 특정 실시양태에서, BLyS 이뮤노어드헤신은 BR3의 세포외 도메인을 포함하는 BR3 이뮤노어드헤신, TACI의 세포외 도메인을 포함하는 TACI 이뮤노어드헤신, 및 BCMA의 세포외 도메인을 포함하는 BCMA 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. BR3 이뮤노어드헤신의 특정 실시양태는 WO 2005/00351, 미국 특허 공보 번호 2005/0095243, 미국 특허 공보 번호 2005/0163775 및 WO 2006/068867에 기재된 바와 같은 hBR3-Fc를 포함한다. 특정 실시양태에서, BLyS 길항제는 항-BLyS 항체이고, 여기서 항-BLyS 항체는 잔기 162-275를 포함하는 BLyS의 영역 내에서 BLyS에 결합하거나, 또는 항-BR3 항체이고, 여기서 항-BR3 항체는 인간 BR3의 잔기 23-38을 포함하는 영역 내에서 BR3에 결합한다. 특정 실시양태에서, 이뮤노어드헤신은 TACI-Ig (아타시셉트) 및 BR3-Ig로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD20, CD22, BAFF, 또는 APRIL에 대한 것이다. 특정 이러한 실시양태에서, 길항제는 항체 또는 TACI-Ig이다.
BL-CAM 또는 Lyb8로 또한 공지된 CD22 항원 또는 CD22는 분자량이 약 130 (환원형) 내지 140kD (비-환원형)인 제1형 통합 막 당단백질이다. 이는 B-림프구의 세포질 및 세포막 모두에서 발현된다. CD22 항원은 CD19 항원과 거의 동일한 단계에서 B-세포 림프구 분화의 초기에 나타난다. 특정 다른 B-세포 마커와 달리, CD22 막 발현은 성숙형 B 세포 (CD22+)와 형질 세포 (CD22-) 사이에 포함되는 후기 분화 단계에 한정된다. CD22 항원은 예를 들어 문헌 [Wilson et al., J. Exp. Med., 173:137 (1991)] 및 [Wilson et al., J. Immunol., 150:5013 (1993)]에 기재되어 있다.
특정 예시 항-CD22 항체는 EP 1,476,120 (Tedder and Tuscano), EP 1,485,130 (Tedder), 및 EP 1,504,035 (Popplewell et al.)에 기재된 것 뿐만 아니라 미국 특허 공보 번호 2004/0258682 (Leung et al.), 미국 특허 번호 5,484,892 (Dana-Farber), 미국 특허 번호 6,183,744 (이뮤노메딕스(Immunomedics), 에프라투주맙), 및 미국 특허 번호 7,074,403 (Goldenberg and Hansen)에 기재된 것을 포함한다.
BLyS (또한 BAFF, TALL-1, THANK, TNFSF13B, 또는 zTNF4로 공지됨)는 B-세포 생존 및 성숙에 필수적인 TNF1 리간드 슈퍼패밀리의 구성원이다. 트랜스제닉 마우스에서 BAFF 과다발현은 B-세포 증식증 및 중증의 자가면역 질환의 발생을 유발한다 (문헌 [Mackay et al., J. Exp. Med., 190:1697-1710 (1999)]; [Gross et al., Nature, 404:995-999 (2000)]; [Khare et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 97:3370-3375 (2000)]). BAFF 수준은 다양한 자가면역 장애, 예컨대 SLE, RA, 및 쇼그렌 증후군을 갖는 인간 환자에서 상승된다 (문헌 [Cheema et al., Arthritis Rheum., 44:1313-1319 (2001)]; [Groom et al., J. Clin. Invest.,109:59-68 (2002)]; [Zhang et al., J. Immunol., 166:6-10 (2001)]). 또한, BAFF 수준은 질환 중증도와 관련되어, BAFF가 이들 병의 발병기전에 직접적인 역할을 수행할 수 있음을 제안한다. BAFF는 TNF 수용체 슈퍼패밀리, TACI, BCMA, 및 BR3 (또한, BAFF-R로 공지됨)의 3개의 구성원에 결합함으로써 B 세포 상에서 작용한다 ([Gross et al., 상기 문헌]; [Thompson et al., Science, 293:2108-2111 (2001)]; [Yan et al., Curr. Biol. 11:1547-1552 (2001)]; [Yan et al., Nat. Immunol., 1:37-41 (2000)]; [Schiemann et al., Science, 293:2111-2114 (2001)]).
3가지 중에서, 오직 BR3이 BAFF에 대해 특이적이고; 다른 2가지는 또한 관련된 TNF 패밀리 구성원, A 증식-유도 리간드 (APRIL)에 결합한다. BAFF의 표현형 및 수용체 녹아웃 또는 돌연변이체 마우스의 비교는 BR3을 통한 신호전달이 BAFF의 B-세포 생존 기능을 매개한다는 것을 나타낸다 ([Thompson et al., 상기 문헌]; [Yan et al., 상기 문헌, 2001]; [Schiemann et al., 상기 문헌]). 대조적으로, TACI는 억제 수용체 역할을 하기 위해 나타난 반면 (문헌 [Yan, Nat. Immunol., 2:638-643 (2001)]), BCMA의 역할은 명백하지 않다 ([Schiemann et al., 상기 문헌]). US 2007/0071760은 BlyS 및 APRIL의 증식-유도 기능을 저해하기에 충분한 양으로 TACI-Ig 융합 분자를 사용하여 B-세포 악성종양을 치료하는 것을 개시한다.
BR3은 B 세포의 표면 상에서 발현된 184-잔기 제III형 막횡단 단백질이다 ([Thompson et al., 상기 문헌]; [Yan, Nat. Immun., 상기 문헌]). 세포내 영역은 공지된 구조적 도메인 또는 단백질-단백질 상호작용 모티프에 대해 서열 유사성을 보유하지 않는다. 그럼에도 불구하고, BR3을 통한 BAFF-유도된 신호전달은 전사 인자 NF-B2/p100의 p52로의 프로세싱을 유발한다 (문헌 [Claudio et al., Nat. Immunol., 3:958-965 (2002)]; [Kayagaki et al., Immunity, 10:515-524 (2002)]). BR3의 세포외 도메인 (ECD)이 또한 다르다. TNFR 패밀리 구성원은 일반적으로 그의 세포외 영역에서의 다중 시스테인-풍부 (CRD)의 존재를 특징으로 하고; 각각의 CRD는 전형적으로 3개의 디술피드 결합에서 6개의 시스테인에 의해 안정화된 약 40개 잔기로 구성된다. 이 패밀리의 종래의 구성원은 리간드 표면 상에서 2개의 고유한 패치와 상호작용하는 2개의 CRD를 통해 리간드와 접촉한다 (문헌 [Bodmer et al., Trends Biochem. Sci., 27:19-26 (2002)]). 그러나, BR3 ECD는 오직 4개의 시스테인 잔기를 함유하여, 최대로 부분적 CRD를 형성할 수 있고, 이러한 작은 수용체가 어떻게 고-친화도 리간드 결합을 전하는지 의문이 제기된다.
BR3의 BAFF-결합 도메인이 26-잔기 코어 영역 내에 위치하는 것으로 밝혀졌다 ([Kayagaki et al., 상기 문헌]). 6개의 BR3 잔기는 β-헤어핀 펩티드 내에서 구조화되었을 때 (bhpBR3) BAFF 결합을 부여하고, BR3-매개 신호전달을 차단하기에 충분하였다. 다른 것은 BAFF와 상호작용하는 것으로 주장된 폴리펩티드를 보고하였다 (예를 들어, WO 2002/24909, WO 2003/035846, WO 2002/16312, 및 WO 2002/02641).
기능 및 방사선 변화의 손실은 질환의 과정 동안 조기에 발생한다. 이러한 변화는 특정 DMARD의 사용으로 지연되거나 예방될 수 있다. 여러가지 DMARD가 초기에는 임상적으로 효과적이고 잘 허용되지만, 이들 약물 중 많은 것들이 시간 경과에 따라 덜 효과적이 되거나 증가된 독성을 나타낸다. 그의 효능 및 허용성에 기초하여, MTX는 다른 치료제를 측정하는 표준 요법이 되었다. 문헌 [Bathon et al., N. Eng. J. Med., 343:1586-1593 (2000)]; [Albert et al., J. Rheumatol., 27:644-652 (2000)].
최근의 연구는 레플루노미드, MTX, 또는 위약을 처치한 후기 RA를 앓고 있는 환자 (문헌 [Strand et al., Arch. Intern. Med., 159:2542-2550 (1999)]) 뿐만 아니라 MTX에 대한 부분적 반응 후에 인플릭시맙 + MTX 또는 위약 + MTX를 처치한 환자에서 방사선 진행을 조사하였다. 문헌 [Lipsky et al., N. Engl. J. Med., 343:1594-1602 (2000)]; [Maini et al., Lancet, 354:1932-1939 (1999)]. 엔브렐TM ERA (초기 RA) 시험의 첫해에서, 에타네르셉트는 질환의 징후 및 증상의 개선 및 방사선 진행의 억제에 있어 MTX보다 유의하게 더 효과적으로 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Bathon et al., N. Eng. J. Med., 343:1586-1593 (2000)]. 문헌 [Genovese et al., Arthritis Rheum. 46:1443-1450 (2002)]은 에타네르셉트가 단일요법으로서 안전하고, 질환 활성의 감소, 구조적 손상의 정지, 및 초기 공격성 RA를 앓고 있는 환자에서 2년에 걸친 장애의 감소에 있어서 MTX보다 우수하다는 결론을 내린, 두번째 해의 연구로부터의 결과를 보고하고 있다. 또한, 중등도-내지-중증의 RA 환자에서 MTX와 조합된 오크렐리주맙 (CD20 + B 세포를 표적화하는 인간화 항체)의 안전성 및 임상적 활성이 연구되었다 (Ph I/II ACTION 연구). 문헌 [Genovese et al., Arthritis Rheum., 54(9):S66-S67 (Sept. 2006)].
또한, 손 및 발에서의 방사선 진행의 감소는 MTX와 조합하여 인플릭시맙을 처치한 초기 RA를 앓고 있는 환자에서 관찰되었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:417 (2005)]. 초기 RA를 앓고 있는 환자는 인플릭시맙으로의 치료 후에 신체 기능이 임상적으로 의미있고 지속된 개선을 달성하였다. 문헌 [Smolen et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:418-419 (2005)].
무작위 위약-제어 시험 (ASSERT로 명명됨)으로부터 나타난 강직성 척추염 (AS)을 앓고 있는 환자에서 골 무기질 밀도에 대한 인플릭시맙 요법의 효과가 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:319 (2005)]에 보고되어 있다. ASSERT 시험은 인플릭시맙이 AS를 앓고 있는 환자에서 피로 및 통증을 개선시킨다는 것을 보여주었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:318-319 (2005)]. ASSERT에 따라 치료된 AS 환자에서 인플릭시맙의 효능 및 안전성은 문헌 [van der Heijde et al., Arthritis Rheum., 5:582-591 (2005)]에 기재되어 있다. 저자들은 인플릭시맙이 24-주 연구 기간 동안 AS를 앓고 있는 환자의 큰 코호트에서 잘 허용되고 효과적이라는 결론을 내렸다. 또한, 척추 염증에 대한 인플릭시맙 요법의 효과는 AS을 갖는 279명 환자의 무작위 위약-제어 시험에서 자기 공명 영상화에 의해 평가되었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:317 (2005)]. AS를 앓고 있는 환자에서 척추 방사선 진행에 대한 치료적 효과가 측정되어야 한 방식은 문헌 [van der Heijde et al., Arthritis Rheum. 52:1979-1985 (2005)]에서 다루고 있다.
1년 후에 인플릭시맙 다국적 PsA 제어 시험 (IMPACT)의 방사선 분석의 결과는 문헌 [Antoni et al., Annals Rheumatic Diseases 64:107 (2005)]에 보고되어 있다. 동시 요법 연구를 이용하여 RA에서의 항-TNF 시험으로부터 얻은 데이터를 상세하게 세부분석한 것과 더불어 임상적 개선이 없었던 RA 환자에서 인플릭시맙 및 MTX로의 치료에 대한 방사선 이익의 증거는 문헌 [Smolen et al., Arthritis Rheum. 52:1020-1030 (2005)]에 보고되어 있다. 방사선 진행 (변형된 샤프/반 데르 헤이데(van der Heijde) 스코어에서의 평균 변화로 측정되는 바와 같음)은 인플릭시맙 + MTX를 처치한 환자에서보다 MTX + 위약을 처치한 환자에서 훨씬 더 높았다. 저자들은 임상적 개선이 없는 환자에서조차도 인플릭시맙 + MTX로의 치료가 파괴 과정과 관련하여 유의한 이익을 제공한다고 결론을 내렸고, 이는 이러한 환자에서 이들 2가지 질환 측정치가 관련되지 않는다는 것을 시사한다. 기준 방사선 손상 및 RA 환자를 인플릭시맙으로 처치한 후 신체적 기능에 있어서의 개선 사이의 관련성은 문헌 [Breedveld et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:52-55 (2005)]에 기재되어 있다. 구조적 손상은 샤프 스코어의 반 데르 헤이데 변형을 사용하여 평가되었다. 저자들은 기저수준에서의 더 심한 관절 손상이 기저수준에서의 신체적 기능이 더 불량하고 처치 후 신체적 기능의 개선이 덜한 것과 관련이 있다고 결론을 내렸고, 이는 관절 파괴의 진행을 저속화하기 위한 조기 개입의 중요성을 강조한다.
류마티스 관절염 분자 바이오마커
다수의 연구원들이 RA 환자로부터 단리된 활막 조직의 마이크로어레이 유전자 발현 프로파일링 연구를 수행하였다. 공개된 연구는 [van der Pouw Kraan TC et al., Discovery of distinctive gene expression profiles in rheumatoid synovium using cDNA microarray technology: evidence for the existence of multiple pathways of tissue destruction and repair, Genes Immun Apr;4(3):187-96 (2003)]; [van der Pouw Kraan TC, et al., Rheumatoid arthritis is a heterogeneous disease: evidence for differences in the activation of the STAT-1 pathway between rheumatoid tissues, Arthritis Rheum Aug;48(8):2132-45 (2003)]; [Finis K et al., Analysis of pigmented villonodular synovitis with genome-wide complementary DNA microarray and tissue array technology reveals insight into potential novel therapeutic approaches, Arthritis Rheum Mar;54(3):1009-19 (2006)]; [Lindberg J, et al., Effect of infliximab on mRNA expression profiles in synovial tissue of rheumatoid arthritis patients, Arthritis Res Ther. 8(6):R179 (2006)]; [van der Pouw Kraan TC et al., Responsiveness to anti-tumour necrosis factor alpha therapy is related to pre-treatment tissue inflammation levels in rheumatoid arthritis patients, Ann Rheum Dis. Apr;67(4):563-6 (2008)]; [Huber R et al., Identification of intra-group, inter-individual, and gene-specific variances in mRNA expression profiles in the rheumatoid arthritis synovial membrane, Arthritis Res Ther 10(4):R98 (2008)]; [Badot V et al., Gene expression profiling in the synovium identifies a predictive signature of absence of response to adalimumab therapy in rheumatoid arthritis, Arthritis Res Ther. 11(2):R57 (2009), Epub 2009 Apr 23]을 포함한다.
일반적 기술
달리 나타내지 않는 한, 본 발명의 실시는 분자 생물학 (재조합 기술 포함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상적인 기술을 이용할 것이고, 이들은 당업계의 기술 범위 내에 속한다. 이러한 기술은 문헌, 예컨대 ["Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook et al., 1989)]; ["Oligonucleotide Synthesis" (M. J. Gait, ed., 1984)]; ["Animal Cell Culture" (R. I. Freshney, ed., 1987)]; ["Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.)]; ["Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel et al., eds., 1987)] 및 주기적인 증보판; ["PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis et al., eds., 1994)]에 충분히 설명되어 있다.
본 발명에서 사용되는 프라이머, 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드는 당업계에 공지된 표준 기술을 사용하여 생성될 수 있다.
RA 및 RA의 특정 하위유형과 관련된 유전자 발현 시그너쳐가 본원에 제공된다. 이들 시그너쳐는 RA 및/또는 RA의 하위유형에 대한 바이오마커를 구성하고/거나 RA의 발생, 지속 및/또는 진행의 쉽게 하거나 또는 이에 기여한다. 따라서, 본원에 개시된 본 발명은 다양한 설정에서, 예를 들어 RA 진단 및 요법에 관련된 방법 및 조성물에서 유용하다.
유전자 발현 수준의 검출
본원에 기재된 임의의 방법에 따라, 핵산은 게놈 DNA로부터 전사된 RNA 또는 RNA로부터 생성된 cDNA일 수 있다. 핵산은 척추동물, 예를 들어, 포유동물로부터 유도될 수 있다. 핵산은 특정 공급원으로부터 직접 얻거나 공급원에서 발견되는 핵산의 카피일 경우 상기 공급원으로부터 "유래된" 것으로 언급된다.
핵산은 핵산의 카피, 예를 들어 증폭에 의해 생성된 카피를 포함한다. 증폭은 특정 환경에서, 예를 들어 변이를 검출하기 위한 물질의 요구되는 양을 얻기 위해 바람직할 수 있다. 이어서, 앰플리콘은 특정 유전자의 발현을 결정하기 위해 하기 기재된 것과 같은 변이 검출 방법에 적용될 수 있다.
마이크로어레이는 전형적으로 높은-엄격성 조건하에 예를 들어 cDNA 또는 cRNA 샘플과의 혼성화를 위해 수천개의 핵산 프로브의 배열된 시리즈를 사용하는 멀티플렉스 기술이다. 프로브-표적 혼성화는 전형적으로 형광단-, 은-, 또는 화학발광-표지된 표적의 검출에 의해 검출되고, 정량되어, 표적에서 핵산 서열의 상대적 존재비를 결정한다. 전형적인 마이크로어레이에서, 프로브는 화학적 매트릭스 (에폭시-실란, 아미노-실란, 리신, 폴리아크릴아미드 또는 기타를 통함)에 대한 공유 결합에 의해 고체 표면에 부착된다. 고체 표면은 예를 들어 유리, 규소 칩 또는 미시적 비드이다. 예를 들어 아피메트릭스, 인크. 및 일루미나, 인크.(Illumina, Inc.)에 의해 제조된 것을 포함하는 다양한 마이크로어레이가 시판된다.
생물학적 샘플은 당업자에게 공지된 특정 방법을 이용하여 얻을 수 있다. 생물학적 샘플은 척추동물, 특히 포유동물로부터 얻을 수 있다. 특정 경우에, 생물학적 샘플은 활막 조직, 혈청 또는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)이다. 이러한 신체 샘플을 스크리닝함으로써, 간단한 조기 진단은 RA와 같은 질환에 대해 달성될 수 있다. 또한, 요법의 진행은 표적 핵산 (또는 코딩된 폴리펩티드)의 발현 수준의 변화에 대해 상기 신체 샘플을 시험함으로써 보다 용이하게 모니터링할 수 있다.
대상체, 또는 조직 또는 세포 샘플이 본원에 개시된 유전자 발현 시그너쳐를를 포함하는지를 결정한 후에, 유효량의 적절한 RA 치료제가 대상체에서 RA를 치료하기 위해 대상체에게 투여될 수 있음이 고려된다. 본원에 기재된 다양한 병리 상태의 포유동물에서 임상적 진단이 당업자에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어 포유동물에서 RA의 진단 또는 검출을 허용하는 임상적 진단 기술이 당업계에서 이용가능하다.
RA 치료제는 공지의 방법에 따라, 예컨대 볼루스로서 정맥내 투여 또는 일정 시간에 걸친 연속 주입, 근내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 활액내, 수막강내, 경구, 국소 또는 흡입 경로에 의해 투여될 수 있다. 임의로, 투여는 각종 상업적으로 이용가능한 장치를 사용하여 미니-펌프 주입을 통해 수행될 수 있다.
키트
본원에 기재되거나 제안된 용도에서 사용하기 위해, 키트 또는 제조품이 또한 제공된다. 상기 키트는 긴밀하게 갇힌 상태로 바이알, 튜브 등과 같은 하나 이상의 용기 수단을 수용하도록 구획화되는 운반체 수단을 포함할 수 있고, 여기서 각각의 용기 수단은 방법에서 사용될 별개의 요소 중 하나를 포함한다. 예를 들어, 용기 수단 중 하나는 검출가능하게 표지된 것이거나 검출가능하게 표지될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 프로브는 유전자 발현 시그너쳐의 하나 이상의 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 특이적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 혼성화를 이용하는 경우에, 키트는 또한 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오티드(들)을 함유하는 용기, 및/또는 효소, 형광 또는 방사성 동위원소 표지와 같은 리포터 분자에 결합된, 아비딘 또는 스트렙타비딘과 같은 비오틴-결합 단백질과 같은 리포터 수단을 포함하는 용기를 가질 수 있다.
키트는 전형적으로 상기 기재된 용기, 및 완충제, 희석제, 필터, 바늘, 시린지 및 사용 설명서를 갖는 포장 삽입물을 포함하는, 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 물질을 포함하는 하나 이상의 다른 용기를 포함할 것이다. 조성물이 특정 요법을 위해 또는 비-치료 용도로 사용되는지 나타내도록 라벨이 용기 상에 존재할 수 있고, 또한 상기 기재된 것과 같은 생체내 또는 시험관내 사용을 위한 지시를 나타낼 것이다. 키트 중의 다른 임의의 성분은 하나 이상의 완충제 (예를 들어, 차단 완충제, 세척 완충제, 기질 완충제 등), 다른 시약, 예를 들어 효소 표지에 의해 화학적으로 변경되는 기질 (예를 들어, 발색원), 에피토프 복구 용액, 대조군 샘플 (양성 및/또는 음성 대조군), 대조군 슬라이드(들) 등을 포함한다.
마케팅의 방법
본 발명은 또한 본원에 개시된 유전자 변이의 존재를 나타내는 샘플이 수득된 RA를 앓고 있는 환자 또는 환자 집단을 치료하기 위한 RA 치료제 또는 그의 제약 조성물의 사용을 표적 청중에게 판촉하고/하거나 지시하고/하거나 특정하는 것을 포함하는, RA 치료제 또는 그의 제약상 허용되는 조성물을 마케팅하는 방법을 포함한다.
마케팅은 일반적으로 후원자가 확인되고 메시지가 제어되는 비-개인 매체를 통한 유료 커뮤니케이션 (paid communication)이다. 본원의 목적에서 마케팅은 선전, 홍보, 제품 삽입 광고, 후원, 보증 및 판촉을 포함한다. 이러한 용어는 또한 본 발명을 구입하거나 지지하거나 승인하는 유리한 패턴으로 설득하거나 정보를 제공하거나 판촉하거나 자극하거나 또는 다른 방식으로 행동을 변형시키기 위해 대중에게 호소하도록 디자인된 인쇄 커뮤니케이션 매체들 중 임의의 것에서 나타나는, 후원받은 정보성 공시 또한 포함한다.
본원에서 진단 방법의 마케팅은 임의의 수단에 의해 달성할 수 있다. 이들 메시지를 전달하기 위해 사용되는 마케팅 매체의 예는 텔레비젼, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷, 및 전파 매체에서 나타나는 메시지인 광고방송을 포함한 광고게시판을 포함한다.
사용된 마케팅의 종류는 많은 인자, 예를 들어, 도달할 표적 대상의 특성, 예를 들어, 병원, 보험 회사, 클리닉, 의사, 간호사 및 환자, 뿐만 아니라 비용 고려사항 및 의약 및 진단의 마케팅을 규제하는 관련 관할 법률 및 규정에 의해 좌우될 수 있다. 마케팅은 서비스 상호작용 및/또는 다른 데이터, 예를 들어 사용자 인구학 및 지리학상 위치에 의해 규정되는 사용자 특징에 기초하여 개별화되거나 주문제작될 수 있다.
실시예
다음은 본 발명의 방법 및 조성물의 예이다. 상기 나타낸 일반적인 설명을 기초로 하여 다양한 다른 실시양태를 실시할 수 있음이 이해된다.
실시예 1
방법 및 대상체
대상체 및 활막 생검
인간 대상체로부터 수득한 시료를 포함하는 모든 절차는 미시간 대학 임상시험 심사 위원회에 의해 승인된 프로토콜 하에 수행하였다. 인간 활막 조직은 RA에 대해 미국 류마티스 학회에 의해 개발된 7개의 기준 중 4개 이상의 존재에 기초하여 RA로 진단된 환자에서 환부 관절로부터 활막절제술에 의해 수득하였다 (문헌 [Arnett, F. C., et al., Arthritis Rheum., 31: 315-324 (1988)]). 절제된 조직을 즉시 액체 질소에 순간-동결시키고, -80℃에 저장하였다. 매칭된 조직학 절편의 경우, 샘플을 간단하게 -20℃로 가져오고, 크라이오스태트를 절개하고, 즉시 다시 -80℃로 가져왔다. 동결된 샘플을 퀴아젠(Qiagen) 브랜드 RLT에서 균질화시키고, RNA를 제조업체 제안된 프로토콜에 따라 단리하였다 (퀴아젠, 미국 캘리포니아주 발렌시아).
방법
마이크로어레이 혼성화
cRNA의 제조 및 어레이 혼성화를 위한 방법은 아피메트릭스, 인크.(Affymetrix, Inc.) (미국 캘리포니아주 산타 클라라)에 의해 제공된다. 간략하게, 3 ㎍의 총 RNA를 cDNA 합성 키트, 슈퍼스크립트 초이스(SuperScript Choice) (인비트로젠(Invitrogen), 미국 캘리포니아주 칼스배드) 및 T7-(dT)24 올리고머 프라이머 (바이오서치 테크놀로지스, 인크.(Biosearch Technologies, Inc.), 미국 캘리포니아주 노바토)를 사용하여 이중-가닥 cDNA로 전환시켰다. 이중-가닥 cDNA를 친화도 수지 샘플 클린업 모듈(Cleanup Module) 키트 (아피메트릭스, 인크.)를 사용하여 정제한 후에, 에탄올 침전시켰다. 표지된 cRNA를 시험관내 전사 시약 (엔조 디아그노스틱스, 인크.(Enzo Diagnostics, Inc.), 미국 뉴욕주 파밍데일)에서 T7 RNA 폴리머라제 및 비오틴-표지된 뉴클레오티드를 사용하여 cDNA로부터 생성하였다. 표지된 cRNA를 아피메트릭스 샘플 클린업 모듈 키트를 사용하여 정제하였다. 표지된 cRNA의 양을 260 nm에서의 흡광도를 측정하고, 260 nm에서의 1 OD가 40 ㎍/ml의 RNA에 상응한다는 관념을 사용하여 결정하였다. 15 ㎍의 표지된 cRNA를 40 mM Tris-아세테이트 pH 8.1, 100 mM 칼륨 아세테이트 및 30 mM 마그네슘 아세테이트 중에서 30분 동안 94℃에서 인큐베이션하여 단편화시켰다. 이어서, 샘플을 60 rpm의 로티세리 오븐 세트에서 19시간 동안 45℃에서 진칩(GeneChip)® 인간 게놈 U133 플러스 2.0 어레이 (아피메트릭스, 인크.)에 혼성화시켰다. 어레이를 세척하고, 아피메트릭스 플루이딕스(Affymetrix Fluidics) 스테이션에서 염색하고, 진칩® 스캐너 3000 상에서 스캐닝하였다. 데이터 분석을 아피메트릭스 진칩® 운영 시스템 및 분석 소프트웨어를 사용하여 수행하였다.
조직병리학 및 면역조직화학
염색은 아세톤에 고정된 인간 활막 조직의 5-㎛-두께 동결 절편 상에서 수행하였다. 일부 절편을 조직학 평가를 위해 헤마톡실린 및 에오신으로 염색하였다. 다른 절편을 30분 동안 10％ 혈청에서 차단시키고, 하기 계통 마커를 발현시키는 세포의 검출을 위해 염색하였다 (CD20 - 마우스 항-인간 클론 L26, 5 ㎍/ml, 다코(Dako); CD3 - 토끼 항-인간 항체 SP7, 1:200 희석, 네오마커; 및 CD68 - 마우스 항-인간 클론 KP-1, 2.5 ㎍/ml, 다코). 모든 면역조직화학 염색은 종 특이적, 비오닐화 2차 항체 및 3,3'-디아미노벤지딘 (DAB)으로 검출하였다.
통계적 분석
마이크로어레이 데이터의 통계적 분석을 통계적 프로그래밍 환경, R (URL: cran(dot)r-project(dot)org에서 이용가능함)에서 이용가능한 개방-공급원 도구 및 상업적으로 이용가능한 스팟파이어(spotfire) 결정 부위 (TIBCO 소프트웨어 인크.(TIBCO Software Inc.), 미국 캘리포니아주 팔로 알토)로 수행하였다. 분자 하위유형의 확인은 개방-공급원 R 패키지, Pvclust를 사용하여 멀티-스케일 부트스트랩 리샘플링에 의해 수행하였다 (문헌 [Shimodaira, H and Suzuki, R., Bioinformatics, 22(12), 2006]). 차별적으로 발현된 유전자의 히트맵 시각화 및 확인은 스팟파이어에 의해 제공된 분산의 분석을 사용하여 수행하였다. 각각의 하위유형 내에서 유의하게 과다-제시된 경로의 확인은 개발자 제안된 프로토콜에 따라 CoPub를 사용하여 수행하였다 (문헌 [Frijters, R. et al., Nucleic Acids Res. 36:W406-W410 (Web server issue doi:10.1093/nar/gkn215) (2008)]); URL: services(dot)nbic(dot)nl(slash)cgi-bin(slash)copub(slash)microarray_analysis(dot)pl에서 이용가능함). 간략하게, 각각의 하위유형 내에서 특이적으로 상향 조절된 아피메트릭스 프로브세트 식별자 (약 1000개 상위 랭크 프로브세트)를 웹-서버에 업로드하였다. 진칩® 인간 게놈 U133A 플러스 2.0 어레이 (아피메트릭스, 인크.)를 백그라운드 데이터 세트로 선택하고, 검색 카테고리를 생물학적 과정으로 제한하고, 모든 연산 설정은 이들의 디폴트에서 좌측이었다. 생성된 데이터를 퍼스널 컴퓨터에 저장하고, 스팟파이어에서 비교 히트맵 시각화를 위해 포맷하였다.
분류기의 확인: 분자 표현형 훈련 및 시험
20,776개 프로브 및 클래스 표지로 이루어진 여과된 발현 데이터 세트를 사용하여 본 발명자들은 (i) 각각의 추정 환자 서브클래스를 다른 3개의 하위유형으로부터 구별할 수 있거나 또는 (ii) 상호적으로 모든 4개의 서브클래스를 각각 서로로부터 구별할 수 있는 일련의 2개-클래스 및 멀티클래스 분류 모델을 구축하고자 하였다. 본 발명자들은 이러한 분류 모델을 본원에서 "분류기"로 지칭한다. 다중 샘플이 동일한 환자로부터 이용가능한 경우에, 이 환자로부터 하나의 샘플을 무작위적으로 선택하여 모델에 진입시켰다. 변수 (프로브) 선택 및 모델 훈련은 CMA 패키지를 사용하여 수행하였다 (문헌 [Slawski et al., BMC Bioinformatics 9:439 (2008)]). 2-클래스 모델의 경우에, 변수 선택은 그의 2개-샘플 t-통계치 또는 그의 견고한 윌콕슨 통계치의 절대값에 따라 주어진 클래스 표지와의 각각의 프로브의 관련성 랭킹에 의해 수행하였다. 멀티클래스 모델의 경우, 각각의 프로브는 모든 4개의 추정 클래스에 걸쳐 그의 1-방향 F-통계치 또는 그의 견고한 크루스칼-월리스(Kruskall-Wallis) 시험 통계치의 값에 의한 랭킹을 수행하였다. 시험 통계치의 값은 N=48 라운드의 리브-원-아웃(leave-one-out) 교차-검증 (LOOCV)에 걸쳐, 또는 클래스 크기가 충분히 큰 것으로 간주된 경우, 즉 F2, L 및 M 2-클래스 모델의 경우, 100회 반복 라운드의 5-배 교차-검증에 걸쳐 기록하였다. 시험 통계치의 각각의 모델 및 선택의 경우, 및 각각의 라운드의 교차-검증에서, 이들의 시험 통계치의 최대, 가장 유의한 값을 갖는 상위 20개 프로브의 목록을 유지하였다. 상위 20개 가장 강하게 관련된 프로브의 목록에서 나타난 프로브의 교차-검증의 라운드의 수 (또는 분율)을 계산하는 프로브-특이적 보팅(voting)-기재의 변수 중요도 측정치를 계산하였다.
CMA 패키지에서 선형 판별식 분석 (LDA)을 수행하여, 이들 특이적 48명 환자 샘플을 사용하여 이로부터 수득한 추정되는 클래스 표지를 클러스터링 결과의 본래 추정되는 표지와 비교할 수 있었다. 위생 검사로서, 변수 선택 및 LDA 단계를 변경된 클래스 표지를 사용하여 반복하여, 분류 오류의 비율이 증가하였다.
2-색 마이크로어레이 플랫폼 상의 공개적으로 이용가능한 독립적 시험 데이터 (문헌 [Lindberg et al., PLoS One 5(6):e11310 (2010)])를 사용하여 훈련 데이터로부터 구축된 모델의 견고성을 평가하였다. 각각의 RA 환자 2-2-방향 모델 및 멀티클래스 모델의 경우, 파라미터 또는 견고한 시험 통계치의 선택에 걸쳐 집합된 고유의 프로브의 세트 (상위 20개 프로브의 교차-검증 목록의 주어진 라운드에서 나타난 적이 있음)를 R에서 MASS 패키지를 사용하여 훈련 데이터 상의 LDA 모델에 적용하였다 (문헌 [Venables, W. N. ＆ Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York. ISBN 0-387-95457-0]). LOOCV를 사용하여, 예측되는 클래스 표지를 훈련 데이터 상에 구축된 LDA 모델을 새로운 시험 세트 데이터에 적용하여 수득하였다. 2개의 데이터 세트 사이의 프로브를 이들의 고유의 엔트레즈(Entrez) 유전자 확인 번호에 의해 연결하였다. 데이터 세트에서 다중 프로브가 주어진 엔트레즈 유전자 번호에 맵핑된 경우, 고유의 프로브를 선택하여 주어진 유전자를 표시하였다. 본래 아피메트릭스 훈련 데이터에서, LOOCV의 라운드에 걸쳐 최고 변수 중요도 스코어를 갖는 프로브를 선택하였다. 동점의 경우, 하나의 프로브를 무작위적으로 선택하였다. 시험 데이터에서 고유의 대표적인 프로브를 또한 무작위적으로 선택하였다. 시험 데이터 세트에서 미싱 데이터를 그 프로브에 대한 중앙 발현 값을 사용하여 전가하였다. LDA 수행 전에, 훈련 및 시험 데이터 둘 모두를 중심에 두고, 스케일링하여 이들을 보다 동일한 푸팅(footing) 상에 두었다. 4개의 분자 표현형 각각에 대한 분류기는 하기 제공된다.
분자 표현형 (하위유형)의 확인
RA를 앓고 있는 환자로부터 단리된 활막 조직 상의 유전자 발현 마이크로어레이 실험을 수행하여, 예를 들어 RA 발병기전 및 진행에 중요한 분자 경로의 이해를 진보시키기 위한 기초로서 유전자 발현 패턴을 평가할 뿐만 아니라 진단 및 예후 목적을 위한 잠재적 치료 표적 및 바이오마커를 확인하였다. 50명의 RA 환자로부터 절제된 81개 활막 조직 샘플 상의 유전자 발현 마이크로어레이 실험을 전체 게놈 발현 어레이, 진칩® 인간 게놈 U133 플러스 2.0 어레이 (아피메트릭스, 인크.)를 사용하여 수행하였다. 발현 데이터를 제조업체 제공된 소프트웨어, MAS5를 사용하여 정상화하고, 500으로 표준화하고, log 변환시키고, z-스코어링하였다. 프로브는 이것이 100 이상의 최소 발현을 갖고, 모든 샘플에 걸친 프로브의 평균 발현 수준에 비해 5개 이상의 샘플에서 1.5 표준 편차만큼 달라진다면 분석에 포함시켰다. 이 평가는 20,776개 프로브를 생성하였고, 이들을 10,000회 반복을 위한 대체로 무작위적으로 샘플링하고, 응집을 위한 거리 (미터) 및 평균 연결로서 상관관계를 사용하여 클러스터링하였다. 도 1에 나타낸 생성된 계통도는 샘플 클러스터링 및 생성된 부트스트랩형 분지 서포트 값을 도시한다.
본 발명자들은 마이크로어레이 실험으로부터 생성된 히트맵을 분석하고 (도 2), 상이한 RA 분자 하위유형 사이에 차별적으로 발현된 유전자의 상대적 발현 수준에 기초하여 RA의 4개의 분자 하위유형을 확인하였다. 본 발명자들은 부트스트랩형 계통도로부터 추론된 4개의 고유한 군에 할당하였다 (도 2). log 변환된 발현 데이터 상의 분산 분석은 각각의 군 내에서 차별적으로 발현된 유전자를 확인하였다. 계층적 클러스터링을 통계적으로 유의한 프로브 (p < 1.0E-6을 갖는 5501개 프로브) 상에서 수행하였다. 발현 데이터를 시각화를 위해 z-스코어 정상화하였다.
도 2에 나타낸 바와 같이, 샘플의 최대 그룹화 (45％)는 본원에 기재된 분자 하위유형을 림프구양-풍부 (L)로 규정하였다 (도 2, 도면의 상부에 계통도 표지된 "L"의 상부의 분지 및 히트맵 내에 나타낸 상응하는 박스, 87％ 부트스트랩 서포트). 이들 샘플은 광범위한 림프구양 침윤 및 여포-유사 림프구양 클러스터를 공유하였다 (각각 p < 0.01). 이러한 군의 샘플의 유전자 발현 시그너쳐는 B 세포, 형질 세포, T 세포, 및 대식세포 및 연관된 특정 경로, 예컨대 B 및 T 세포 활성화, 이소형 스위칭, Ig 분비 및 시토카인 생성의 특징적인 패턴을 나타내었다. 표 5는 L 하위유형과 관련된 프로브 세트 (및 관련 유전자)의 목록을 제공한다. 이들을 마이크로어레이 데이터로부터 하기 기준을 사용하여 확인하였다: (1) L 하위유형 내에서 변화 배수 ≥ 1.5; (2) t-시험 p-값 ≤ 0.0001; 및 (3) 단백질의 하기 분자 카테고리 중 하나 이상에 속하는 것으로 주석이 달림: 분비된, 원형질 막, 키나제, G-커플링 단백질 수용체, 포스파타제, 핵 수용체, 이온 채널, E3-리가제, 탈유비퀴딘산 효소.
하기 표 1은 L 하위유형의 치료 표적 및 바이오마커로 확인된 표 5로부터의 이들 프로브 세트 중 특정 하위세트 (및 관련 유전자)를 나타낸다. 표 1에서 확인된 유전자는 표면 발현 및 분비의 특성을 공유하는 단백질을 코딩한다. 이러한 특성을 갖는 단백질은 특정 경우에 예를 들어 모노클로날 항체로 표적화될 수 있고, 이러한 경우에 고려되는 치료 표적이다. 분비된 단백질 및 세포막으로부터 절단된 생성물은 특정 경우에 측정될 수 있고, 이러한 경우에 고려되는 바이오마커이다.
Figure pct00001
Figure pct00002
Figure pct00003
분자 표현형 훈련을 사용하고, 상기 기재된 통계적 방법을 시험하여, L 표현형 분류기를 하기 표 10에 나타낸 바와 같이 확인하였다.
Figure pct00004
Figure pct00005
도 2에 나타낸 샘플의 또 다른 그룹화 (21％)는 본원에 기재된 분자 하위유형을 골수성-풍부 (M)으로 규정하였다 (도 2, 도면의 상부에 계통도 표지된 "M"의 상부의 분지 및 히트맵 내에 나타낸 상응하는 박스, 67％ 분지 서포트). 이러한 군의 샘플의 유전자 발현 시그너쳐는 단핵구, 대식세포, 호중구, 및 림프구 및 연관된 특정 경로, 예컨대 대식세포 활성화, 식세포작용, 호흡 버스트, T 세포 활성화 및 시토카인 생성의 특징적인 패턴을 나타내었다. 또한, 이 하위유형은 관절 혈관분포와 역으로 관련된다 (p < 0.05). 표 6은 M 하위유형과 관련된 프로브 세트 (및 관련 유전자)의 목록을 제공한다. 이들을 마이크로어레이 데이터로부터 하기 기준을 사용하여 확인하였다: (1) M 하위유형 내에서 변화 배수 ≥ 1.5; (2) t-시험 p-값 ≤ 0.0001; 및 (3) 단백질의 하기 분자 카테고리 중 하나 이상에 속하는 것으로 주석이 달림: 분비된, 원형질 막, 키나제, G-커플링 단백질 수용체, 포스파타제, 핵 수용체, 이온 채널, E3-리가제, 탈유비퀴딘산 효소.
하기 표 2는 M 하위유형의 치료 표적 및 바이오마커로 확인된 표 6으로부터의 이들 프로브 세트 중 특정 하위세트 (및 관련 유전자)를 나타낸다. 표 2에서 확인된 유전자는 표면 발현 및 분비의 특성을 공유하는 단백질을 코딩한다. 이러한 특성을 갖는 단백질은 특정 경우에 예를 들어 모노클로날 항체로 표적화될 수 있고, 이러한 경우에 고려되는 치료 표적이다. 분비된 단백질 및 세포막으로부터 절단된 생성물은 특정 경우에 측정될 수 있고, 이러한 경우에 고려되는 바이오마커이다.
Figure pct00006
Figure pct00007
분자 표현형 훈련을 사용하고, 상기 기재된 통계적 방법을 시험하여, M 표현형 분류기를 하기 표 11에 나타낸 바와 같이 확인하였다.
Figure pct00008
Figure pct00009
도 2에 나타낸 바와 같이, 2개의 비-염증성 분자 하위유형을 확인하였다. 제1 그룹화 (22％)는 본원에 기재된 분자 하위유형을 섬유모세포-풍부 유형 2 (F2)로 규정하였다 (도 2, 도면의 상부에 계통도 표지된 "F2"의 상부의 분지 및 히트맵 내에 나타낸 상응하는 박스, 94％ 분지 서포트). 이러한 군의 샘플의 유전자 발현 시그너쳐는 섬유모세포 및 골모세포 및 연관된 특정 경로, 예컨대 골 형성, 성장 및 분화, wnt-신호전달 및 종양형성의 특징적인 패턴을 나타내었다. F2 유전자 발현 시그너쳐는 림프구 및 CD15+ 세포 침윤과 역으로 관련된다 (각각 p < 0.01). 제2 비-염증성 그룹화 (11％)는 본원에 기재된 분자 하위유형을 섬유모세포-풍부 유형 1 (F1)로 규정하였다 (도 2, 도면의 상부에 계통도 표지된 "F1"의 상부의 분지 및 히트맵 내에 나타낸 상응하는 박스, 88％ 분지 서포트). 이러한 군의 샘플의 유전자 발현 시그너쳐는 섬유모세포, 조골세포, 및 골모세포 및 연관된 특정 경로, 예컨대 골 파괴 및 혈관형성의 특징적인 패턴을 나타내었다. 또한, F1 하위유형은 다른 하위유형과 비교하여 높은 정도의 활막 내막 증식증과 관련이 있었다. 표 7 및 8은 각각 F2 및 F1 하위유형과 관련된 프로브 세프 (및 관련 유전자)의 목록을 제공한다. 이들을 마이크로어레이 데이터로부터 하기 기준을 사용하여 확인하였다: (1) L 하위유형 내에서 변화 배수 ≥ 1.5; (2) t-시험 p-값 ≤ 0.0001; 및 (3) 단백질의 하기 분자 카테고리 중 하나 이상에 속하는 것으로 주석이 달림: 분비된, 원형질 막, 키나제, G-커플링 단백질 수용체, 포스파타제, 핵 수용체, 이온 채널, E3-리가제, 탈유비퀴딘산 효소.
하기 표 3은 F2 하위유형의 치료 표적 및 바이오마커로 확인된 표 7로부터의 이들 프로브 세트 중 특정 하위세트 (및 관련 유전자)를 나타낸다. 하기 표 4는 F1 하위유형의 치료 표적 및 바이오마커로 확인된 표 8로부터의 이들 프로브 세트 중 특정 하위세트 (및 관련 유전자)를 나타낸다. 표 3 및 4에서 확인된 유전자는 표면 발현 및 분비의 특성을 공유하는 단백질을 코딩한다. 이러한 특성을 갖는 단백질은 특정 경우에 예를 들어 모노클로날 항체로 표적화될 수 있고, 이러한 경우에 고려되는 치료 표적이다. 분비된 단백질 및 세포막으로부터 절단된 생성물은 특정 경우에 측정될 수 있고, 이러한 경우에 고려되는 바이오마커이다.
Figure pct00010
Figure pct00011
Figure pct00012
Figure pct00013
분자 표현형 훈련을 사용하고, 상기 기재된 통계적 방법을 시험하여, F2 표현형 분류기를 하기 표 12에 나타낸 바와 같이 확인하였다.
Figure pct00014
Figure pct00015
분자 표현형 훈련을 사용하고, 상기 기재된 통계적 방법을 시험하여, F1 표현형 분류기를 하기 표 13에 나타낸 바와 같이 확인하였다.
Figure pct00016
Figure pct00017
각각의 분자 하위유형을 추가로 특성화하고, 각각의 분자 하위유형의 유전자 발현 시그너쳐와 RA의 임상적 및 조직학적 특징 사이의 관련성을 찾기 위해, 각각의 분자 하위유형의 샘플을 그 하위유형에서 우세하게 발현되는 하나 이상의 특정 유전자의 발현에 대해 분석하였다. 특정 샘플은 또한 염증의 전신 측정, 적혈구 침강 속도 (ESR) 및 C-반응성 단백질 (CRP) 수준과의 관련성에 대해 평가하였다. 또한, 방사선 진행과의 관련성을 평가하였다. 또한, 샘플에 대해 조직학적 및 면역조직화학 분석을 수행하였다.
도 3은 L 하위유형 샘플에 대한 이들 연구의 결과를 보여준다. 도 3A는 전사 인자 XBP1이 다른 하위유형 (NL)의 샘플과 비교하여 L 하위유형 샘플 (L)에서 상향 조절된다는 것을 보여준다. 따라서, XBP1의 발현은 L 하위유형-특이적 대용물 마커이다. 또한, 도 3B는 XBP1 발현이 림프구양 응집물이 결여된 활막 샘플 (-)과 비교하여 림프구양 응집물을 함유하는 활막 샘플 (+)에서 유의하게 상향 조절된다는 것을 보여준다. 도 3A 및 3B에서의 박스 및 휘스커 플롯은 각각의 샘플을 개방원으로 나타낸다. 박스는 제25 - 제75 백분위수를 나타내고, 중앙값 (박스 내의 수평선)을 함유한다. 휘스커는 박스로부터 연장되어 사분위수 범위 1.5배 위 및 아래까지의 값을 나타낸다. 도 3은 또한 XBP1 발현이 ESR (도 3C) 또는 CRP 수준 (도 3D)과 관련되지 않는다는 것을 보여준다. 도 3E-H는 L 하위유형의 대표적인 샘플의 조직학적 및 면역조직화학 염색의 결과를 보여준다. 도 3E는 헤마톡실린 및 에오신으로의 염색을 보여주고; 도 3F는 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 3G는 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 3H는 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색을 보여준다.
도 4는 M 하위유형 샘플의 특성화를 보여준다. 도 4A는 유전자 ICAM1이 다른 하위유형 (F1, F2, 및 L)의 샘플과 비교하여 M 하위유형 샘플 (M)에서 상향 조절된다는 것을 보여준다. 도 4A에서, 박스 및 휘스커 플롯은 각각의 샘플을 개방원으로 나타낸다. 박스는 제25 - 제75 백분위수를 나타내고, 중앙값 (박스 내의 수평선)을 함유한다. 휘스커는 박스로부터 연장되어 사분위수 범위 1.5배 위 및 아래까지의 값을 나타낸다. 따라서, ICAM1의 발현은 M 하위유형-특이적 대용물 마커이다. 도 4B는 M 하위유형 샘플에서의 TNF 유전자 발현과 비교한 IL1β 유전자 발현의 그래프 플롯이다. 플롯은 M 하위유형의 활막 샘플에서의 IL1β 유전자 발현 및 TNF 유전자 발현이 상호관련된다는 것을 보여준다. 이 상호관련은 다른 3개의 분자 하위유형에서 관찰되지 않았다 (데이터는 나타내지 않음). 도 4C-F는 M 하위유형의 대표적인 샘플의 조직학적 및 면역조직화학 염색의 결과를 보여준다. 도 4C는 헤마톡실린 및 에오신으로의 염색을 보여주고; 도 4D는 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 4E는 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 4F는 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색을 보여준다.
도 5는 F2 하위유형 샘플의 특성화를 보여준다. 도 5A는 유전자 IL17D가 다른 하위유형 (F1, L, 및 M)의 샘플과 비교하여 F2 하위유형 샘플 (M)에서 상향 조절된다는 것을 보여준다. 도 5A에서, 박스 및 휘스커 플롯은 각각의 샘플을 개방원으로 나타낸다. 박스는 제25 - 제75 백분위수를 나타내고, 중앙값 (박스 내의 수평선)을 함유한다. 휘스커는 박스로부터 연장되어 사분위수 범위 1.5배 위 및 아래까지의 값을 나타낸다. 따라서, IL17D의 발현은 F2 하위유형-특이적 대용물 마커이다. 도 5B-E는 F2 하위유형의 대표적인 샘플의 조직학적 및 면역조직화학 염색의 결과를 보여준다. 도 5B는 헤마톡실린 및 에오신으로의 염색을 보여주고; 도 5C는 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 5D는 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 5E는 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색을 보여준다.
도 6은 F1 하위유형 샘플의 특성화를 보여준다. 도 6A는 유전자 ITGA11이 다른 하위유형 (F2, L, 및 M)의 샘플과 비교하여 F1 하위유형 샘플 (M)에서 상향 조절된다는 것을 보여준다. 도 6A에서, 박스 및 휘스커 플롯은 각각의 샘플을 개방원으로 나타낸다. 박스는 제25 - 제75 백분위수를 나타내고, 중앙값 (박스 내의 수평선)을 함유한다. 휘스커는 박스로부터 연장되어 사분위수 범위 1.5배 위 및 아래까지의 값을 나타낸다. 따라서, ITGA11의 발현은 F1 하위유형-특이적 대용물 마커이다. 도 6B-E는 F1 하위유형의 대표적인 샘플의 조직학적 및 면역조직화학 염색의 결과를 보여준다. 도 6B는 헤마톡실린 및 에오신으로의 염색을 보여주고; 도 6C는 T 세포 마커 CD3에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 6D는 활성화 백혈구 마커 CD68에 대한 면역조직화학 염색을 보여주고; 도 6E는 B 세포 마커 CD20에 대한 면역조직화학 염색을 보여준다.
각각의 하위유형에 대해, 본 발명자들은 특정 관절로부터 수득한 샘플의 수를 결정하였다. 이 데이터를 하기 표 9에 나타내었다.
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상기 나타낸 바와 같이, 본 발명자들은 L 하위유형에서 여포-유사 림프구양 클러스터를 관찰하였다. 본 발명자들은 또한 L 하위유형에 더하여 각각의 다른 3개의 하위유형으로부터의 샘플의 조직학적 절편을 분석하고, 림프구양 클러스터 (또는 응집물)을 나타내는 각각의 하위유형 내의 샘플의 백분율을 정량하였다. 결과를 도 7에 나타내었다. 도 7에 나타낸 바와 같이, 대략 60％의 L 하위유형 샘플은 림프구양 클러스터를 가진 반면, 훨씬 더 적은 백분율 (< 10％)의 F2 및 M 하위유형 샘플이 림프구양 클러스터를 가졌다. 심지어 더 적은 백분율의 F1 하위유형 샘플 (2％-3％)이 림프구양 클러스터를 가졌다. 이들 결과는 L-하위유형 유전자 발현 시그너쳐가 관절 내의 조직화된 림프구양 구조의 존재와 관련된다는 것을 나타낸다.
각각의 하위유형의 염증의 전신 측정, 적혈구 침강 속도 (ESR) 및 C-반응성 단백질 (CRP) 수준과의 관련성 뿐만 아니라, 각각의 하위유형의 방사선 진행과의 관련성을 평가하였다. ESR, CRP, 및 방사선 평가를 당업자에게 주지된 표준 절차에 따라 수행하였다. 이들 관련성을 도 8A-C에 그래프로 나타내었다. 도 8A-C에 나타낸 바와 같이, 어떠한 하위유형도 ESR, CRP 및/또는 방사선 진행과 명확하게 관련되지 않았다. 상기 논의된 바와 같이, ESR, CRP 수준 및 방사선 진행은 각각 특정 제한을 갖는 RA에서의 진단 마커로 사용되어 왔다. 또한, 문헌 [Pinals, R.S., et al., Arthritis Rheum 24:1308 (1981)] 및 [Felson, D.T., et al., Arthritis Rheum 38: 727-35 (1995)]을 참조한다. 따라서, 본원에 기재된 유전자 발현 시그너쳐는 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 방법을 이용하여 사용될 수 있거나 또는 이전의 진단 마커 또는 방법의 제한을 증가시키거나 또는 방지하는 새로운 진단 조성물을 제공하나 이에 제한되지는 않는다.
각각의 분자 하위유형에 연관된 생물학적 경로를 확인하기 위해, 각각의 하위유형에 특이적인 유전자 시그너쳐의 통계적 분석 (경로 분석)을 수행하였다. 이 분석의 결과를 도 9에 나타낸 히트맵에 도시하였다. 각각의 분자 하위유형을 히트맵의 상부에 열거하고, 생물학적 경로를 히트맵의 우측면을 따라 제공하였다. 히트맵에 음영 표시를 하여 도면의 하부에 나타낸 스케일에 따라 각각의 하위유형 내에서 통계적으로 풍부한 경로에 대한 p-값의 -log를 표시하였다. 통계적으로 풍부한 경로를 개발자 제안 프로토콜에 따라 공개적으로 이용가능한 웹-서비스, CoPub (문헌 [Frijters, R. et al., Nucleic Acids Res. 36:W406-W410 (Web server issue doi:10.1093/nar/gkn215) (2008)]); URL: services(dot)nbic(dot)nl(slash)cgi-bin(slash)copub(slash)microarray_analysis(dot)pl에서 이용가능함)를 사용하여 확인하였다. 간략하게, 각각의 하위유형 내에서 특이적으로 상향 조절된 아피메트릭스 프로브세트 식별자 (약 1000개 상위 랭크 프로브세트)를 웹-서버에 업로드하였다. 진칩® 인간 게놈 U133A 플러스 2.0 어레이 (아피메트릭스, 인크.)를 백그라운드 데이터 세트로 선택하고, 검색 카테고리를 생물학적 과정으로 제한하고, 모든 연산 설정은 이들의 디폴트에서 좌측이었다. 생성된 데이터를 퍼스널 컴퓨터에 저장하고, 비교 시각화를 위해 포맷하였다. 도 9에 나타낸 바와 같이, L 하위유형에서 최고 통계적 풍부도를 나타내는 생물학적 경로는 예를 들어 B 및 T 세포 활성화 및 시토카인 생성을 포함하고; M 하위유형에서 최고 통계적 풍부도를 나타내는 생물학적 경로는 예를 들어 대식세포 활성화, 식세포작용, 호흡 버스트, 및 시토카인 생성을 포함하고; F2 하위유형에서 최고 통계적 풍부도를 나타내는 생물학적 경로는 예를 들어 골 형성, 성장 및 분화, wnt-신호전달 및 세포 주기를 포함하고; F1 하위유형에서 최고 통계적 풍부도를 나타내는 생물학적 경로는 예를 들어 골모세포 분화, 골 재형성 및 혈관형성을 포함한다.
실시예 2
실시예 1에서 확인된 분자의 4개의 표현형 (하위유형)을 추가로 특성화하기 위해, 특정 세포질을 나타내는 선택 유전자 및 각각의 표현형의 생물학적 과정을 실시간 정량적 폴리머라제 연쇄 반응 (qPCR)을 사용하여 특이성에 대해 시험하였다. 비-RA 대조군으로서 본 발명자들은 골관절염 환자로부터 수득한 활막 샘플의 세트 (OA) 및 관절 외상을 앓고 있으나 RA는 앓고 있지 않은 환자로부터 수득한 활막 샘플의 세트 (정상 [Nrml])를 사용하였다. 실시간 qPCR을 다음과 같이 수행하였다.
cDNA 합성을 iScriptTM cDNA 합성 키트 및 프로토콜 (바이오라드(Biorad), 미국 캘리포니아주 허큘레스)을 사용하여 수행하였다. 200 ng의 총 RNA를 4 ㎕ 5x iScriptTM 반응 혼합물, 1 ㎕ iScriptTM 역전사효소 및 뉴클레아제-비함유 물을 함유하는 20 ㎕ cDNA 반응 혼합물에 첨가하였다. 역전사 반응 혼합물을 25℃에서 5분 동안, 42℃에서 30분 동안 및 85℃에서 5분 동안 인큐베이션하였다.
cDNA 샘플의 유전자 특이적 예비-증폭을 TaqMan® 프리앰프 마스터 믹스(PreAmp Master Mix) (어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems), 미국 캘리포니아주 포스터 시티)를 사용하여 수행하였다. 1 ㎕의 총 77개 20X TaqMan® 유전자 발현 검정물 (모든 검정물은 FAMTM 염료-표지된 MGB 프로브 (어플라이드 바이오시스템즈, 미국 캘리포니아주 포스터 시티)를 함유함)을 모으고, 검정 당 0.2X의 최종 농도를 위해 1X TE 완충제로 희석하였다. 샘플 당, 1.25 ㎕의 cDNA, 1.25 ㎕의 모은 검정 믹스 및 2.5 ㎕의 2X TaqMan® 프리앰프 마스터 믹스 (어플라이드 바이오시스템즈)를 혼합하였다. 예비-증폭 반응을 프로토콜, 95℃ (10분), 및 14 사이클의 95℃ (15초) 및 60℃ (4분)를 사용하여 진앰프(GeneAmp)® PCR 시스템 9700 (어플라이드 바이오시스템즈, 미국 캘리포니아주 포스터 시티)에서 수행하였다. 열 순환 후에, 예비-증폭된 샘플을 1X TE 완충제로 5배 희석하였다.
45개 유전자 및 3개의 하우스키핑 유전자 (HPRT1, GAPDH 및 B-액틴)에 대한 마이크로어레이 데이터의 반-정량적 실시간 RT-PCR 검증을 BioMarkTM 48.48 다이나믹 어레이 (플루이다임 코포레이션(Fluidigm Corporation), 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코)를 사용하여 수행하였다. 2.5 ㎕의 예비-증폭된 cDNA, 2.5 ㎕의 TaqMan® 유니버셜 PCR 마스터 믹스 (어플라이드 바이오시스템즈, 미국 캘리포니아주 포스터 시티) 및 0.25 ㎕의 DA 샘플 로딩 시약 (플루이다임 코포레이션, 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코)을 함유하는 샘플 믹스 및 2.5 ㎕의 20x TaqMan® 유전자 발현 검정물 (어플라이드 바이오시스템즈, 미국 캘리포니아주 포스터 시티) 및 2.5 ㎕의 DA 검정 로딩 시약 (플루이다임 코포레이션, 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코)을 함유하는 검정 믹스를 제조하였다. 48.48 다이나믹 검정물을 IFC 컨트롤러 (플루이다임 코포레이션, 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코)에서 컨트롤 라인 유체로 프라이밍한 후에, 5 ㎕의 샘플 믹스를 각각의 샘플 주입구에 로딩하고, 5 ㎕의 검정 믹스를 칩의 검출기 주입구에 로딩하였다. 모든 샘플을 2벌 로딩하였다. 이후에, 칩을 샘플 및 검정물의 로딩 및 혼합을 위해 IFC 컨트롤러에 넣고, 이어서 BioMarkTM 실시간 PCR 시스템으로 옮겼다. 순환 프로그램은 95℃ (10분), 이어서 40 사이클의 95℃ (15초) 및 60℃ (1분)로 구성된다.
플루이다임 유전자 발현 데이터 분석 소프트웨어 (버전 2.1.1, 플루이다임 코포레이션, 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코)를 사용하여 데이터를 분석하여 CT 값을 수득하였다. 상대적 존재비는 하기 식에 따라 계산하였다: 2^(평균 CT 유전자 A-평균 CT HPRT1). HPRT1은 가장 안정한 하우스키핑 유전자였다. 결과를 도 10a-d에 나타내었다.
각각의 도 10a-d에서, 각각의 샘플에서 각각의 유전자에 대한 박스-플롯을 분자 표현형, F1, F2, L, 및 M에 의해 분류하여 나타내었다. 5개의 건강한 대조군 (Nrml) 및 41개의 비염증성 골관절염 (OA) 샘플이 참조를 위해 포함되었다. 각각의 플롯 내의 박스는 제25 - 제75 백분위수를 나타내고, 수평선은 중앙값을 나타내고, 휘스커는 95％ 신뢰 구간의 추정치를 나타내고, 개별 점은 각각의 관찰에 상응한다.
F1 표현형에 대한 결과는 도 10a에 나타내었다. 페리오스틴 (POSTN)은 F1-특이적 전사체로 검증되었다 (도 10a). 다른 것은 POSTN이 지속적인 기계적 스트레스를 받은 콜라겐-풍부 섬유질 결합 조직에서 우세하게 발현된다는 것을 보여준다 (문헌 [Oku et al., Int J Hematol. 88(1):57-63 (2008)]). POSTN 발현은 TGFB에 의해 유도되고, 골수 섬유증의 성분인 것으로 밝혀졌다. 추가의 검증된 F1-특이적 전사체는 ADAM12, CTHRC1, 및 ENPEP를 포함하였다 (도 10a).
도 10b에 나타낸 바와 같이, F2-특이적 전사체 BTC, CLU, CRLF1 및 TIMP3은 F2로 확인된 환자 샘플에서 모두 상향 조절되나, F2 조직에서 이들 전사체의 수준은 OA 조직에서 발견된 수준과 유의하게 상이하지 않았다.
도 10c에 나타낸 바와 같이, B 세포 전사체 CD19, TNFRSF7, IgJ 및 IRTA2는 L 표현형에 대한 특이성을 입증하였다. L 조직에서 각각의 이들 전사체의 발현은 정상 및 OA 조직에서 보다 유의하게 더 높았다.
도 10d에 나타낸 바와 같이, CCL2, CXCL3 및 VEGFA는 모두 M 표현형에 대해 특이적인 반면, 대식세포 활성화 마커 CD68는 모든 표현형에서 유사한 수준을 나타냈으나, 예외로 F1은 정상 대조군과 유사한 낮은 수준을 나타내었다. 또한, RA 및 OA 샘플 중에서 M 표현형에 대해 고유하지만, 정상 샘플과 상이하지 않았던 VEGFA의 수준이 주목할 만하다.
이들 발견은 표현형-특이적 차별적 유전자 발현의 플랫폼-독립적 검증을 제공한다. 중요하게는, 여기서 시험된 모든 분석물을 세포 표면 및/또는 가용성 단백질을 코딩하고, 이에 따라 전신에서 또는 활액에서 측정가능할 수 있는 표현형-특이적 바이오마커로서 작용할 수 있다. 또한, 이들 분석물은 qPCR에 의해 용이하게 검출가능하기 때문에, 직접적인 활막 조직 평가의 가능성은 최소한으로 침습성 생검 기술을 사용하여 가능할 수 있다.
실시예 3
상기 기재된 바와 같이, L 하위유형은 활막 조직의 조직학적 절편에서 조직화된 림프구양 구조의 존재와 관련된다. 이들 림프구양 클러스터는 또한 다수의 B 세포를 함유하는 것으로 밝혀졌다 (예를 들어, 도 3H 참조). 또한, 림프구양 클러스터는 배선 중심을 닮은 클러스터의 형태에 기초하여 형질 세포를 분비하는 항체를 함유할 가능성이 있다. 또한, 상기 기재된 바와 같이, L 하위유형은 B 세포, 형질 세포, 및 다른 세포의 유전자 특징의 발현과 관련된다. 이러한 유전자는 표 1에 나타낸 바와 같이, IRTA2 (FcRH5) 및 CXCL13을 포함한다. CXCL13은 전신에서 검출될 수 있는 가용성 케모카인인 한편, 전장 FcRH5는 B-세포-제한 막 결합 단백질이다. 그러나, 이는 또한 일차 mRNA의 대안적인 스플라이싱으로 인해 말단절단된 가용성 단백질로 발현된다 (문헌 [Hatzivassiliou, G., et al., Immunity 14:277-289, doi:S1074-7613(01)00109-1 [pii] (2001)]; [Ise, T., et al., Leukemia 21:169-174, doi:2404445 [pii] 10.1038/sj.leu.2404445 (2007)]). 따라서, 본 발명자들은 sFcRH5 및 CXCL13이 RA 환자의 혈청에서 검출가능할 수도 있으며, 그렇다면 L 하위유형의 혈청 바이오마커로서 유용한 것으로 증명될 수 있다는 가설을 세웠다. 또한, 항-CD20 치료 항체, 예컨대 리툭시맙을 포함하는 다수의 치료제 표적 B 세포 때문에, 본 발명자들은 혈청 sFcRH5 및/또는 CXCL13이 이러한 치료제에 대한 환자 반응성을 예측하기 위한 바이오마커로서 유용할 수 있는지 여부를 결정하고자 하였다.
따라서, 본 발명자들은 혈청 sFcRH5 및 CXCL13 수준이 RA의 L 하위유형의 바이오마커로 사용될 수 있는지 여부를 확정하고/거나 항-B 세포 치료제에 대한 환자 반응성을 예측하기 위해 하기 실험을 수행하였다. 예시적 항-B 세포 치료제로서, 본 발명자들은 리툭시맙을 선택하였다. REFLEX (RA에서의 리툭시맙의 장기 효능의 무작위화 평가)로 알려진 이중 맹검, 위약-제어 단계 III 무작위화 제어 시험에서 339명의 RA 환자로부터의 혈청을 수집하고, 아래 추가로 기재된 바와 같이 분석하였다. REFLEX 시험은 제넨테크 인크.(Genentech, Inc.), 비오겐-이덱, 인크.(Biogen-Idec, Inc.) 및 로슈(Roche)에 의해 수행되었고, 이의 최고 수준 임상적 발견은 문헌 [Cohen, S. B., et al., Arthritis Rheum 54:2793-2806 (2006)]에 공개되었다.
우선, 본 발명자들은 기준선 (리툭시맙으로 투여하기 하루 전)에서 환자 혈청에서의 sFcRH5의 수준을 검정하고, 건강한 대조군 샘플에서의 수준과 비교하였다. sFcRH5를 검정하기 위해, 본 발명자들은 FcRH5 분자의 세포외 도메인을 인식하는 항-FcRH5 모노클로날 항체, 6H1 (ATCC 번호 PTA-7211)을 사용하였다. 이 항체는 또한 국제 특허 출원 번호 PCT/US2010/029516에 기재되어 있다. ELISA 웰 (384개/플레이트)을 2-8℃에서 밤새 0.05M 카르보네이트/바이카르보네이트 완충제 (pH 9.6) 중 0.5 ㎍/mL에서 ms6H1 mAb로 코팅하였다. 코팅 용액을 제거한 후에, 비특이적 결합 부위를 1시간 이상 동안 차단 용액 (PBS/0.5％ BSA/0.05％ Tween20/15 ppm 프로클린, 50 ㎕/웰)과 인큐베이션하여 차단하였다. 플레이트를 100 ㎕ 세척 완충제 (PBS/0.05％ Tween)로 세척한 후에, 표준 (20-0.156 ng/㎖) 또는 검정 완충제 (PBS/0.5％ BSA/0.05％ Tween-20/15 ppm 프로클린 300/0.25％ CHAPS/0.35M NaCl/5 mM EDTA, pH 7.4, 5％ 태아 소 혈청)에 희석된 샘플을 첨가하고 (25 ㎕/웰), RT에서 2시간 동안 인큐베이션한 후에, 2-8℃로 이동시켜 밤새 인큐베이션하였다. 밤새 인큐베이션한 후에, 플레이트를 실온(RT)에서 1시간 동안 진탕시켰다. 이어서, 플레이트를 세척하고, R&D 시스템즈로부터의 70 ng/㎖의 비오티닐화 pAb를 첨가하고 (25 ㎕/웰), 추가의 1시간 동안 인큐베이션하였다. 세척 후에, 1:10,000 희석된 스트렙타비딘-양고추냉이 퍼옥시다제 (암덱스(Amdex))를 플레이트에 첨가하고, 30분 동안 인큐베이션하였다. 또 다른 세척 후에, 테트라메틸 벤지딘 기질 (모스 TMB(Moss TMB))을 첨가하고 (25 ㎕/웰), 15분 동안 발색시키고, 1M 인산 (25 ㎕/웰)을 첨가하여 반응을 정지시켰다. 플레이트를 마이크로플레이트 판독기 (서모 랩시스템즈(Thermo Labsystems), 핀란드)를 사용하여 450 nm의 파장에서 630 nm에서의 참조값과 함께 판독하였다. 샘플에서 가용성 FcRH5의 농도를 표준 곡선의 4-파라미터 핏으로부터 추정하였다.
도 11A에 나타낸 바와 같이, sFcRH5의 혈청 수준은 건강한 대조군과 비교하여 일부 RA 환자에서 명확하게 상승하였다. 따라서, 이들 결과는 sFcRH5 혈청 수준이 RA의 L 하위유형을 포함하는 RA의 혈청 바이오마커로 사용될 수 있다는 가설을 뒷받침한다.
또한, 본 발명자들은 R&D 시스템즈로부터의 인간 CXCL13/BLC/BCA-1 퀀티킨(Quantikine) ELISA 키트 (카달로그 번호 DCX130)를 사용하여 동일한 환자 샘플 및 건강한 대조군에서 CXCL13의 혈청 수준을 결정하였다. 데이터를 도 11B에 나타내었다. sFcRH5로의 결과와 유사하게, 도 11B는 건강한 대조군과 비교하여 일부 RA 환자에서 CXCL13의 혈청 수준이 상승되었다는 것을 보여준다. 따라서, 이들 결과는 CXCL13 혈청 수준이 RA의 L 하위유형을 포함하는 RA의 혈청 바이오마커로 사용될 수 있다는 가설을 뒷받침한다.
다음에, 본 발명자들 REFLEX 시험 내에서 24주에 ACR50 반응에 의해 규정된 바와 같이 리툭시맙에 대해 더 큰 임상적 이익을 나타내는 환자 하위군을 확인하기 위해 sFcRH5 및 CXCL13 데이터의 역치 감도 분석을 수행하였다. 역치 감도 분석은 다음과 같이 수행하였다. 목적은 리툭시맙의 제1 과정후 제24주에서 REFLEX 시험으로부터의 20％ 이상의 환자를 나타내고, 위약-보정 ACR50 반응 (리툭시맙 + 메토트렉세이트 군에 대한 ACR50 - 위약 + 메토트렉세이트 군에 대한 ACR50)에 대해 풍부한 후보 바이오마커 하위군을 확인하는 것이다. 임상적 이익이 증가한 하위군을 확인하기 위해, REFLEX로부터의 연구 집단을 그에 대한 혈청 샘플이 이용가능한 환자에서 측정된 기준선 임상적 특성 및 혈청학적 바이오마커를 사용하여 계층화하였다. 바이오마커 혈청 샘플과 일치하는 환자 하위군에 대한 기준선 특징은 임상적 시험에서의 전체 환자와 대등하였다. 제24주에 각각의 연속적 바이오마커 (소정 범위의 별개의 값이 가능한 경우) 및 결과 측정치 ACR50의 조사를 위해, 바이어스 제어를 위한 하위군 효능 차이 대 소정 범위의 잠재적 역치 값 (5-백분위수 증분으로 제20-제80 바이오마커 백분위수)을 나타내는 플롯을 생성하였다. 이어서, 최대 효능 차이 (Δ고-Δ저)을 제공하는 역치를 확인하였다. 이 역치의 경우, 순열 시험을 사용하여 통계적 유의성을 다루었다. 각각의 순열에서, 바이오마커 값을 순열로 배치하고, 치료 할당 및 결과 측정치 둘 모두를 고정시켰다. 최대 효능 차이를 순열로 배치된 데이터 세트에 대해 계산하고, 본래 데이터로부터 관찰된 최대 효능 차이와 비교하였다. 순열 p-값은 2000개 순열을 기초로 하였다. 최대 효능 차이에 대한 95％ 신뢰 구간을 계산하였다.
도 12는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5 수준을 나타내는 환자의 하위군, 및 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13 수준을 나타내는 환자의 하위군이 이들 바이오마커의 수준이 보다 낮은 환자와 비교하여 유의하게 보다 높은 ACR50 반응률을 입증하였다는 것을 보여준다. 도 12에서 줄무늬 막대는 리툭시맙-치료 환자이다. 도 12는 또한 이들 바이오마커-규정된 하위군에 대한 위약 반응률 (개방 막대)이 유사한 방식으로 거동하지 않았다는 것을 보여준다. 도 12의 우측면은 최적 하위군 효능 차이 (95％ CI); 즉, 바이오마커-높은 하위군과 바이오마커-낮은 하위군 사이의 위약-보정된 효능 차이를 보여준다. CXCL13 및 sFcRH5 둘 모두의 바이오마커 수준이 리툭시맙-치료 환자에서는 개선되나 위약-치료 환자에서는 개선되지 않은 ACR50 비율과 관련이 있기 때문에, 이들 결과는 CXCL13 및 sFcRH5 혈청 수준이 리툭시맙에 대한 향상된 반응성을 예측하고, 예를 들어 단순하게 질환 중증도 및/또는 진행에 대한 예후는 아니라는 것을 제안한다.
본 발명자들은 다음에 REFLEX 시험 (상기 기재됨) 또는 SERENE으로 공지된 제2 시험에서 환자의 혈청에서의 sFcRH5와 함께 추정 림프구양 시그너쳐 혈청 마커 류마티스 인자 (RF), 원형 RA 자가항체의 수준을 평가하였다. SERENE (MTX 부적절한 반응자에서의 리툭시맙의 효능을 평가하는 연구: Study Evaluating Rituximab's Efficacy in MTX iNadequate rEsponders)은 또한 리툭시맙의 중추적 위약-제어 임상적 시험이나, DMARD-IR RA 환자에서, 그의 최고 수준 임상적 발견은 문헌 [Emery et al., Ann Rheum Dis. 69(9):1629-35 (2010)]에 공개되었다. 이들 실험에서, sFcRH5는 상기 기재된 바와 같이 검정하였다. RF는 RF의 IgM, IgG, 및 IgA 이소형을 측정하는 상업적으로 이용가능한 ELISA 키트 (카달로그 # 303-305, 테라테스트 랩스(TheraTest Labs), 미국 일리노이주 롬바드)를 사용하여 검정하였다.
도 13은 REFLEX (도 13A) 및 SERENE (도 13B) 시험 둘 모두에서 림프구양 바이오마커-규정된 환자 하위세트에서의 위약-제어 24주 ACR50 반응률의 평가 결과를 보여준다. ACR50 반응률은 각각의 연구에서 모든 환자 뿐만 아니라 sFcRH5 수준 및/또는 RF에 대한 혈청양성으로 규정된 환자 하위세트에 대해 나타내었다. sFcRH5 높은 하위세트 대 sFcRH5 낮은 하위세트에 대한 농도 컷오프는 각각의 연구에서 역치 감도 분석에 의해 결정된 바와 같이 REFLEX의 경우에는 126.7 ng/㎖ 및 SERENE의 경우에는 165 ng/㎖이었다. 역치 감도 분석을 상기 기재된 바와 같이 수행하였다. 리툭시맙 또는 위약으로 치료된 환자의 수 뿐만 아니라 이후에 ACR50 반응 기준을 만난 환자의 수를 각각의 하위세트에 대해 도 13A-B에 나타내었다. 위약-제어 ACR50 반응률 (ΔACR50)을 각각의 하위세트에 대해 나타내었다. 도 13A 및 13B에서 볼 수 있는 바와 같이, 상승된 sFcRH5 및 또한 RF에 대한 혈청양성을 나타내는 환자 하위세트는 선택되지 않은 시험 집단과 비교하여 향상된 위약-제어 ACR50 반응률을 가졌다. 반면, 낮은 sFcRH5 수준 및/또는 RF에 대한 혈청음성 상태로 규정된 환자 하위세트는 위약-제어 ACR50 비율을 감소시켰다.
또한, REFLEX 연구에서 본 발명자들은 기준선에서 가용성 FcRH5 및 RF 바이오마커를 최적 컷트-포인트 (116.6 pg/㎖)를 역치 감도 방법 (상기 참조)를 사용하여 결정한 CXCL13의 혈청 수준과 함께 조사하였다. RF, sFcRH5 및 CXCL13을 상기 기재된 바와 같이 검정하였다. 도 14는 모든 3개의 바이오마커의 기준선 수준이 낮은 환자는 리툭시맙 치료에 대해 ACR50 반응을 나타내지 않는 한편, 모든 3개의 바이오마커의 수준이 높은 환자는 리툭시맙 치료에 대해 풍부한 반응을 나타낸다는 것을 보여준다. 이들 데이터는 B 세포 경로의 활성, 림프구양 하위세트의 특징이 B 세포 고갈 요법에 대한 후속 임상적 반응에 영향을 미친다는 것을 제안한다.
요약하여, 이들 데이터는 이들의 조직에서의 림프구양 침윤물을 특징으로 하는 RA, 및 L 하위유형 유전자 발현 시그너쳐에서 특이적이고 유의하게 발현된 바이오마커, 즉, sFcRH5, CXCL13, 및 RF의 상승된 혈청 수준을 나타내는 환자가 B 세포-고갈 작용제, 예컨대 리툭시맙에 대해 보다 더 강력한 임상적 반응을 나타낸다는 가설을 뒷받침한다.
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Claims (77)

  1. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 1, 표 5, 표 10, CXCL13, FcRH5, sFcRH5, LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 분자 하위유형을 나타내는 것인, 대상체에서 RA의 분자 하위유형을 진단하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 생물학적 샘플이 활막 조직인 방법.
  3. 제2항에 있어서, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 사용하여 측정하는 방법.
  4. 제1항에 있어서, 유전자의 조합이 XBP1, SMPDL3B, LOC255458, LOC339562, PIM2, SLC2A11, FAM46C, NDP52, CD79A, SLC38A1, IGLL1, LOC91316, PLCG2, LOC440361, MGC27165, IGKV1D13, ST6GAL1, HERPUD1, DKFZP564G2022, GIMAP5, DERL3, FLJ22170, PHYH, MTMR4, NDEL1, SSB1, NLK, TMAP1, SLC39A3, CBFA2T3, FAM20B, FKBP11, P2RY8, KIAA0746, SCAMP5, LRP12, SLC39A6, DKFZp762C2414, E2IG2, SOS1 및 APG10L을 포함하는 것인 방법.
  5. 제1항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈청이고, 단백질들 중 하나 또는 그의 조합이 CXCL13, sFcRH5, 및 그의 조합으로부터 선택되는 것인 방법.
  6. 제5항에 있어서, 혈청에서 RF를 측정하고, 혈청이 RF에 대해 양성인지 또는 RF에 대해 음성인지 여부를 결정하는 것을 더 포함하는 방법.
  7. 제5항에 있어서, 측정이 면역검정을 사용하는 것을 포함하는 방법.
  8. 제7항에 있어서, 면역검정이 ELISA인 방법.
  9. 제8항에 있어서, CXCL13의 양을 결정하는 것을 더 포함하는 방법.
  10. 제9항에 있어서, 결정된 양이 116.6 pg/㎖ 초과, 또는 150 pg/㎖ 초과, 또는 200 pg/㎖ 초과, 또는 250 pg/㎖ 초과, 또는 300 pg/㎖ 초과인 방법.
  11. 제8항에 있어서, sFcRH5의 양을 결정하는 것을 더 포함하는 방법.
  12. 제11항에 있어서, 결정된 양이 126.7 ng/㎖ 초과, 또는 150 ng/㎖ 초과, 또는 200 ng/㎖ 초과, 또는 250 ng/㎖ 초과, 또는 300 ng/㎖ 초과인 방법.
  13. 제6항에 있어서, 혈청이 RF에 대해 양성인 것으로 결정되고, 단백질의 조합이 CXCL13 및 sFcRH5로 구성되는 것인 방법.
  14. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 2, 표 6, 표 11, ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 분자 하위유형을 나타내는 것인, 대상체에서 RA의 분자 하위유형을 진단하는 방법.
  15. 제14항에 있어서, 생물학적 샘플이 활막 조직인 방법.
  16. 제15항에 있어서, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 사용하여 측정하는 방법.
  17. 제14항에 있어서, 유전자의 조합이 EMILIN2, RHOG, MICAL3, NAGA, SERPINB1, ICAM1, ZYX, UBE3A, VPS13A, FLJ11259, CCL2, GSTO1, LILRB2, FLNA, LILRB3, P2RX4, HSMPP8, HCK, CXCL3, TPM4, CAPZB, PGD, CTSB, ATP6V0D1, SLC16A3, CTSZ, C5R1, FLJ20847, CLK1, VEGF, C9orf88, ARL7, RAPGEF1, TFRC, ATP6V1A, ZYX, NRP2, CCR1, NPC1, TCF7L2, KIAA0485, TM7SF1, PLAU, CTSL, FZD4, LACTB, KIAA0582, MFHAS1, LILRB3, RABGAP1, FAM50B, MBD2, VPS37C, ACTN1, MGC2752, PLAUR 및 EIF4E2를 포함하는 것인 방법.
  18. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 3, 표 7, 표 12, FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 분자 하위유형을 나타내는 것인, 대상체에서 RA의 분자 하위유형을 진단하는 방법.
  19. 제18항에 있어서, 생물학적 샘플이 활막 조직인 방법.
  20. 제19항에 있어서, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 사용하여 측정하는 방법.
  21. 제18항에 있어서, 유전자의 조합이 SLC29A1, FZD8, GULP1, RNASE4, PTTG1, GPR64, CBX7, CLU, KBTBD9, IPO9, PLEKHA1, NOVA1, ABTB2, MSL3L1, NTN4, GABARAPL1, IDH2, PCOLCE2, NTRK2, ARGBP2, SCARA3, SLC35A1, HMGB3, POSTN, LTBP3, LOC201895, NDFIP1, LOC283481, FLJ10970, AUTS2, FANCA, PPP3CA, BBS1, FLJ32803 및 CHD9를 포함하는 것인 방법.
  22. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 4, 표 8, 표 13, ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 분자 하위유형을 나타내는 것인, 대상체에서 RA의 분자 하위유형을 진단하는 방법.
  23. 제22항에 있어서, 생물학적 샘플이 활막 조직인 방법.
  24. 제23항에 있어서, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 사용하여 측정하는 방법.
  25. 제22항에 있어서, 유전자의 조합이 CREB3L1, KYNU, CDH11, C10orf38, FLJ22662, STAT5A, FCGR2C, HEPH, LOC90139, SEPT11, CTSS, PTPNS1, KIAA1374, TPM1, VSIG4, AP1S2, FLJ44635, MAP4K4, RNASET2, LPIN1, MFAP2, COL4A1, HEYL, COL18A1, MGC17943, GPR116, KCTD15, GUCY1A3, MARCO, CDH5, NXN, AP1S2, C16orf9, KYNU, MGC48972, FBP1, ZNF462, MSR1, ADRBK1, SGKL, SLC38A2, QARS, CD68, ABCA1, YIF1, FLJ20364, FPRL2, MAP1B, CYBB, CASK, FLJ11127, POSTN, HAVCR2, FGL2, TRIM14, LILRA2, ITGB2, FCGR2C, FCGR3A, FCGR3B, LST1, PNKP 및 CORO1A를 포함하는 것인 방법.
  26. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 1, 표 5, 표 10, CXCL13, FcRH5, sFcRH5, LTβ, ICAM3, IL18, PACAP, TNFRSF7, IgJ, IGM, IgG, 및 XBP1로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 것인, RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 방법.
  27. 제26항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈청이고, 단백질들 중 하나 또는 그의 조합이 CXCL13, sFcRH5, 및 그의 조합으로부터 선택되는 것인 방법.
  28. 제27항에 있어서, 혈청에서 RF를 측정하고, 혈청이 RF에 대해 양성인지 또는 RF에 대해 음성인지 여부를 결정하는 것을 더 포함하는 방법.
  29. 제26항에 있어서, 측정이 면역검정을 사용하는 것을 포함하는 방법.
  30. 제29항에 있어서, 면역검정이 ELISA인 방법.
  31. 제26항에 있어서, RA 치료제가 B-세포 길항제인 방법.
  32. 제31항에 있어서, B-세포 길항제가 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택되는 것인 방법.
  33. 제32항에 있어서, B-세포 길항제가 CD20에 대한 항체인 방법.
  34. 제33항에 있어서, CD20에 대한 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택되는 것인 방법.
  35. 제30항에 있어서, 측정된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 양을 결정하는 것을 더 포함하는 방법.
  36. 제35항에 있어서, CXCL13의 양이 116.6 pg/㎖ 초과인 것으로 결정된 방법.
  37. 제35항에 있어서, sFcRH5의 양이 126.7 ng/㎖ 초과인 것으로 결정된 방법.
  38. 제28항에 있어서, 혈청이 RF에 대해 양성인 것으로 결정된 방법.
  39. 제26항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 리툭시맙에 대해 효과적으로 반응하는 것으로 예측된 방법.
  40. 류마티스 관절염을 앓고 있는 대상체로부터의 혈청 샘플이 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 함유하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 여기서 CXCL13, sFcRH5, 또는 그의 조합의 양(들)은 대상체가 B-세포 길항제에 대해 반응할 것임을 나타내는 것인, 류마티스 관절염을 앓고 있는 대상체가 B-세포 길항제에 대해 반응할지 여부를 예측하는 방법.
  41. 제40항에 있어서, 혈청에서 RF를 측정하고, 혈청이 RF에 대해 양성인지 또는 RF에 대해 음성인지 여부를 결정하는 것을 더 포함하고, 여기서 혈청이 RF에 대해 양성인 것으로 결정된 방법.
  42. 바이오마커로서 환자로부터의 혈청 샘플에서 CXCL13, sFcRH5, 또는 둘 모두의 양을 평가하는 것, 및 류마티스 관절염을 앓고 있는 대상체가 B-세포 길항제로의 치료에 대해 효과적으로 반응할지 예측하는 것을 포함하고, 여기서 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합이 대상체가 길항제로의 치료에 대해 효과적으로 반응할 가능성이 있음을 나타내는 것인, 류마티스 관절염을 앓고 있는 대상체가 B-세포 길항제로의 치료에 대해 효과적으로 반응할지 여부를 예측하는 방법.
  43. 제42항에 있어서, 혈청에서 RF를 측정하고, 혈청이 RF에 대해 양성인지 또는 RF에 대해 음성인지 여부를 결정하는 것을 더 포함하고, 여기서 혈청이 RF에 대해 양성인 것으로 결정된 방법.
  44. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 2, 표 6, 표 11, ADAM8, CTSB, CXCL3, ICAM1, IL18BP, IL1B, IL8, MMP12, CCL2, VEGFA, 및 S100A11로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 것인, RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 방법.
  45. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 3, 표 7, 표 12, FGF10, FGF18, FGF2, LRP6, TGFβ2, WNT11, BMP6, BTC, CLU, CRLF1, TIMP3, FZD10, FZD7, FZD8, 및 IL17D로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 것인, RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 방법.
  46. 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 발현, 또는 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함하고, 여기서 유전자들 중 하나 또는 그의 조합은 임의의 표 4, 표 8, 표 13, ITGA11, MMP11, MMP13, MMP16, MMP28, ADAM12, ADAM22, CTSK, CTHRC1, ENPEP, POSTN, ANGPT2, SFRP2, TIE1, 및 VWF로부터 선택되고, 유전자들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현, 또는 단백질들 중 하나 또는 그의 조합의 상승된 발현이 RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 것인, RA 치료제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 방법.
  47. 류마티스 관절염을 치료하기 위해 유효량의 RA 치료제를 환자에게 투여하는 것을 포함하고, 단 환자로부터의 혈청 샘플이 RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 그의 조합을 함유하는 것인, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법.
  48. 제47항에 있어서, RA 치료제가 B-세포 길항제인 방법.
  49. 제48항에 있어서, B-세포 길항제가 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택되는 것인 방법.
  50. 제49항에 있어서, B-세포 길항제가 CD20에 대한 항체인 방법.
  51. 제50항에 있어서, CD20에 대한 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택되는 것인 방법.
  52. 환자에게 유효량의 B-세포 길항제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 투여전에 환자로부터의 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 그의 조합을 함유하는 것으로 결정되고, 이에 의해 CXCL13, sFcRH5, 또는 그의 조합의 양(들)이 환자가 길항제로의 치료에 대해 반응할 것임을 나타내는 것인, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법.
  53. 제52항에 있어서, RA 치료제가 B-세포 길항제인 방법.
  54. 제53항에 있어서, B-세포 길항제가 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택되는 것인 방법.
  55. 제54항에 있어서, B-세포 길항제가 CD20에 대한 항체인 방법.
  56. 제55항에 있어서, CD20에 대한 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택되는 것인 방법.
  57. 환자에게 유효량의 B-세포 길항제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 투여전에 환자로부터의 혈청 샘플은 RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 그의 조합을 함유하는 것으로 결정되고, 이에 의해 RF에 대해 양성인 것 및 CXCL13, sFcRH5, 또는 그의 조합의 양(들)이 환자가 길항제로의 치료에 대해 우선적으로 반응할 가능성이 있음을 나타내는 것인, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법.
  58. 제57항에 있어서, RA 치료제가 B-세포 길항제인 방법.
  59. 제58항에 있어서, B-세포 길항제가 CD22에 대한 항체, CD20에 대한 항체, BR3에 대한 항체, 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택되는 것인 방법.
  60. 제59항에 있어서, B-세포 길항제가 CD20에 대한 항체인 방법.
  61. 제60항에 있어서, CD20에 대한 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 1F5, 2H7, 및 A20으로부터 선택되는 것인 방법.
  62. RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 함유하는 것으로 나타난 혈청 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자 또는 환자 집단을 치료하기 위해 B-세포 길항제 또는 그의 제약 조성물을 사용하는 것을 표적 청중에게 판촉하는 것을 포함하는, B-세포 길항제 또는 그의 제약상 허용되는 조성물을 광고하는 방법.
  63. B-세포 길항제 및 제약상 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물, 및 RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 함유하는 것으로 나타난 혈청 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위해 길항제 또는 제약 조성물이 처방되었음을 언급하는 라벨을 함께 포장된 상태로 포함하는 제조품.
  64. B-세포 길항제 또는 그의 제약 조성물, 및 RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 함유하는 것으로 나타난 혈청 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위해 길항제 또는 제약 조성물이 처방되었음을 언급하는 라벨을 포장물에서 조합하는 것을 포함하는, B-세포 길항제 또는 그의 제약 조성물의 제조 방법.
  65. RF에 대해 양성이고, 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 함유하는 샘플이 수득된 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위한 설명서를 함유하는 포장 삽입물을 갖는 바이알에 B-세포 길항제를 포장하는 것을 포함하는, 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자를 위한 치료 옵션을 제공하는 방법.
  66. 환자 하위집단으로부터의 혈청 샘플에서의 RF의 존재 및 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합의 존재를 특징으로 하는 환자 하위집단에게 B-세포 길항제를 투여하기 위한 설명서를 제공하는 것을 포함하는, 류마티스 관절염 환자 하위집단에서 사용하기 위한 B-세포 길항제를 특정하는 방법.
  67. 류마티스 관절염 환자 하위집단의 환자로부터의 혈청 샘플에서의 RF의 존재 및 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합의 존재를 특징으로 하는 환자 하위집단을 치료하기 위해 B-세포 길항제를 사용하는 것에 대한 정보를 표적 청중에게 알리는 것을 포함하는, 류마티스 관절염 환자 하위집단에서 사용하기 위한 B-세포 길항제를 마케팅하는 방법.
  68. (a) 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자로부터의 혈청 샘플에서 CXCL13의 양, sFcRH5의 양, 또는 이들 양 둘 모두를 결정하는 것; 및 (b) 환자의 샘플이 샘플에서 116.6 pg/㎖ 초과의 CXCL13의 양, 또는 126.7 ng/㎖ 초과의 sFcRH5의 양, 또는 이들 양의 조합을 갖는다면 요법으로 B-세포 길항제를 선택하는 것을 포함하는, 류마티스 관절염을 앓고 있는 환자 또는 환자 하위집단을 위한 요법을 선택하는 방법.
  69. 제68항에 있어서, 혈청에서 RF를 측정하고, 혈청이 RF에 대해 양성인지 또는 RF에 대해 음성인지 여부를 결정하는 것을 더 포함하고, 여기서 혈청이 RF에 대해 양성인 방법.
  70. 임의의 표 1, 표 5, 표 10, CD20, CTLA4, CD3, CRTAM, IL2Rβ, IL2Rγ, CD19, HLAII, CD79a, CD79b, FcRH5, CD38, IL21R, IL12Rβ1, 및 IL12Rβ2로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합인, 류마티스 관절염 (RA)의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  71. 임의의 표 1, 표 5, 표 10, CD20, CTLA4, CD3, CRTAM, IL2Rβ, IL2Rγ, CD19, HLAII, CD79a, CD79b, FcRH5, CD38, IL21R, IL12Rβ1, 및 IL12Rβ2로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  72. 임의의 표 2, 표 6, 표 11, CLEC5A, CLEC7A, ALCAM, IL1RAP, IRAK1, NRP2, TREM1, 및 VEGF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  73. 임의의 표 2, 표 6, 표 11, CLEC5A, CLEC7A, ALCAM, IL1RAP, IRAK1, NRP2, TREM1, 및 VEGF로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  74. 임의의 표 3, 표 7, 표 12, IL17D, IL17RC, TIMP3, 및 TNFRSF11B로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  75. 임의의 표 3, 표 7, 표 12, IL17D, IL17RC, TIMP3, 및 TNFRSF11B로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  76. 임의의 표 4, 표 8, 표 13, CDH11, ITGA11, 및 CLEC11A로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
  77. 임의의 표 4, 표 8, 표 13, CDH11, ITGA11, 및 CLEC11A로부터 선택된 유전자들 중 하나 또는 그의 조합에 의해 코딩된 단백질들 중 하나 또는 그의 조합인, RA의 분자 하위유형의 치료를 위한 치료 표적.
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