MX2014009490A - Metodos relacionados con el tratamiento de enfermedades y trastornos inflamatorios. - Google Patents

Abstract

La presente invención se refiere a marcadores de genes asociados con un método para predecir la respuesta clínica en un paciente que padece enfermedades o trastornos inflamatorios a un tratamiento anti-inflamatorio.

Description

METODOS RELACIONADOS CON EL TRATAMIENTO DE ENFERMEDADES Y TRASTORNOS INFLAMATORIOS CAMPO DE LA INVENCION La presente invención se refiere a métodos dentro del campo de la optimización del diagnóstico, pronóstico y tratamiento de enfermedades y trastornos inflamatorios, destinados a mejorar las opciones y regímenes de tratamiento para los pacientes al proveer métodos para predecir la capacidad de respuesta a un agente terapéutico.

ANTECEDENTES DE LA INVENCION Las enfermedades y trastornos inflamatorios y, en particular, la enfermedad auto-inmune y el bienestar del paciente con impacto severo y las opciones de tratamiento no son satisfactorios para un grupo grande de pacientes.

La artritis reumatoide (RA, por sus siglas en inglés) es clínicamente importante, la RA autoinmune sistémica crónica es un trastorno autoinmune de etiología desconocida. La mayoría de los pacientes con RA padecen un curso crónico de enfermedad que, incluso con las terapias actualmente disponibles, puede dar como resultado la destrucción progresiva de las articulaciones, deformidad, discapacidad e incluso la muerte prematura. El diagnóstico de RA normalmente se basa en la evaluación clínica y de laboratorio de los signos y síntomas de un paciente. En Ref. 249890 general, la evaluación de laboratorio de un paciente que se sospecha que tiene RA puede incluir la determinación del nivel de ciertos anticuerpos en suero conocidos como el factor reumatoide (RF, por sus siglas en inglés) y anticuerpos contra un péptido citrulinado cíclico (anti-CCP) . Aunque estos anticuerpos se encuentran a menudo en el suero de pacientes con RA, no todos los pacientes con RA los tienen. Una prueba de sangre adicional conocida como la tasa de sedimentación de eritrocitos (ESR, por sus siglas en inglés) también se puede usar. Una ESR elevada indica la presencia general de un proceso inflamatorio, aunque no necesariamente RA. Pruebas sanguíneas adicionales se pueden usar para evaluar el nivel de otros factores, tales como proteína C-reactiva (CRP, por sus siglas en inglés) que se ha asociado con RA. Además, se puede realizar el análisis radiográfico de articulaciones afectadas. En resumen, estas pruebas de laboratorio disponibles en la actualidad para diagnosticar RA son imprecisas e imperfectas.

Los criterios del American College of Rheumatology (Colegio Americano de Reumatología o ACR) se usan con frecuencia para el diagnóstico y la determinación de la severidad (htt : //www . rheumatolog . org) Se han hecho intentos para mejorar el diagnóstico y pronóstico con base en los biomarcadores (Véase, por ejemplo, Rioja et al., Arthritis and Rheum. 58 (8) : 2257-2267 (2008),- Pyrpasopoulou et al, Mol. Diagn. Ther. 14(l):43-48 (2010); WO 2004/0009479; WO 2007/0105133; WO 2007/038501; O 2007/135568; WO 2008/104608; WO 2008/056198; WO 2008/132176; y WO 2008/154423). Recientemente, se han presentado métodos para sub-agrupar a pacientes con RA y la identificación de grupos de pacientes que demuestran una capacidad de respuesta más alta a la terapia anti-CD20 con base en perfiles moleculares particulares ( O2011028945 ) . Sin embargo, no se ha identificado un marcador de diagnóstico o pronóstico clínicamente validado que permita a los médicos u otros definir con precisión aspectos fisiopatológicos de artritis reumatoide, actividad clínica, respuesta a la terapia, pronóstico o riesgo de desarrollar la enfermedad.

Por consiguiente, puesto que los pacientes con RA buscan tratamiento, existe un considerable ensayo y error implicados en la búsqueda de agente (s) terapéutico (s) eficaz para un paciente en particular. Ese ensayo y error a menudo implica un riesgo considerable y el malestar del paciente con el fin de encontrar la terapia más eficaz. Por lo tanto, hay una necesidad de medios más eficaces para determinar qué pacientes responderán a qué tratamiento y para incorporar esas determinaciones en regímenes de tratamiento más eficaces para los pacientes con RA.

Por tanto, sería altamente ventajoso disponer de métodos adicionales para identificar objetivamente la presencia de la enfermedad en un paciente, definir los aspectos fisiopatológicos de la artritis reumatoide, la actividad clínica, la respuesta a la terapia, incluyendo la respuesta al tratamiento con varios agentes terapéuticos con RA, pronóstico, y/o el riesgo de desarrollar artritis reumatoide .

Por lo tanto, hay una continua necesidad de identificar nuevos marcadores de diagnóstico o pronóstico moleculares asociados con la artritis reumatoide, así como otros trastornos autoinmunes .

SUMARIO DE LA INVENCION Como se describe en el presente documento, el inventor provee una serie de métodos útiles para mejorar la terapia de enfermedades o trastornos inflamatorios, enfermedades autoinmunes y, en particular, RA.

Un aspecto de la invención se refiere a un método para predecir la respuesta de un sujeto a un agente anti-inflamatorio que comprende: obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente, en el que la expresión alterada de uno o más de ese gen(es) en comparación con un nivel de referencia de ese gen(s), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti -inflamatorio .

Un aspecto adicional de la invención se refiere a un método para predecir la respuesta de un paciente a un agente anti-inflamatorio que comprende: a) medir el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese paciente y b) comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen (es) en donde la expresión alterada de uno o más de ese gen (es) en comparación a ese nivel de referencia, es predictivo de una respuesta del paciente al agente antiinflamatorio .

La invención describe además un método para la identificación de un sujeto con un aumento en la probabilidad de responder al agente anti-inflamatorio que comprende: obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese sujeto, en el que la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es) indica que se ha identificado un sujeto con una mayor probabilidad de responder a un agente anti-inflamatorio.

En un aspecto, la invención se refiere a un método para la identificación de un paciente con un aumento en la probabilidad de responder al agente anti-inflamatorio que comprende ; a. medir el nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente b. comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen (es) , en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con el nivel de referencia de ese gen(es), indica que se ha identificado un paciente con una mayor probabilidad de responder a un agente antiinflamatorio.

Los métodos de la invención pueden referirse a situaciones en las que la expresión alterada es un incremento de la expresión de un gen de la figura 1A en comparación con el nivel de referencia y/o en donde la expresión alterada es una disminución de la expresión de un gen de la figura IB en comparación con el nivel de referencia.

Los métodos además describen que el nivel de expresión se puede determinar en una muestra de sangre con base en ARNm mediante el uso de qRT-PCR o mediante el uso de un chip de microarreglo . En modalidades específicas de la invención, el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se determina y se encontró que está por arriba de un nivel de referencia, que puede ser definido de manera diferente según el método aplicado para la detección de esa transcripción .

Un aspecto de la invención se refiere a un agente anti-inflamatorio para el tratamiento de una enfermedad o trastorno auto- inmune, en el que el paciente tiene una expresión alterada de uno o más de los genes de la Figura 1, en comparación con el nivel de referencia de ese gen (es) .

Un aspecto adicional de la invención se refiere al método de tratamiento de un sujeto que padece una enfermedad inflamatoria o en donde los niveles de expresión de uno o más de los genes de la figura 1 es alterado en comparación con un nivel de referencia, que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese sujeto.

El método puede incluir una etapa adicional que comprende: considerar si el nivel (es) de expresión de uno o más de los genes de la figura 1, en ese paciente es alterado en comparación con un nivel de referencia.

Un aspecto de la invención se refiere a un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende; a. medir los niveles de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese paciente b. comparar esos niveles con un nivel de referencia de esos genes, c. determinar si los niveles de expresión de uno o más de los genes de la figura 1, son alterados en comparación con ese nivel de referencia d. administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente.

En algunos casos, la información sobre la expresión de genes se puede usarse para determinar si el paciente en realidad ha de ser dosificado con el agente anti-inflamatorio y los métodos descritos anteriormente por lo tanto pueden incluir la evaluación de los datos de expresión, por ejemplo, la conclusión de que el nivel de expresión de uno o más de los genes de la figura 1, es alterado en la muestra biológica en comparación con ese nivel de referencia. Se considera pertinente considerar si el nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB se incrementa en comparación con el nivel de referencia y/o si el nivel de expresión de uno o más genes de la figura IB disminuye en comparación con el nivel de referencia.

En un aspecto adicional, la invención se refiere a un artículo de fabricación que comprende, empacados juntos, una composición farmacéutica que comprende un agente anti-inflamatorio y un vehículo farmacéuticamente aceptable y una etiqueta que indica que la composición farmacéutica es útil para el tratamiento de un paciente que padece una enfermedad o trastorno auto-inmune con una expresión alterada de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB.

Un aspecto de la invención se refiere a un kit que comprende a) una o más composiciones que comprenden por lo menos un agente de detección para determinar el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1A y/o la figura IB b) las instrucciones de uso del kit que incluyen cómo se correlaciona el nivel (es) de expresión con la probabilidad de respuesta de un sujeto.

Con base en los datos actuales, un tratamiento mejorado se puede sugerir a los pacientes y el impacto de la prueba y error puede ser reducido al mínimo. Está claro para el experto en la técnica que la invención se puede realizar con cierta variación además de los ejemplos específicos en este documento .

LISTADO DE SECUENCIAS La presente solicitud incluye un listado de secuencias que incluye las siguientes secuencias SEQ ID NO 1: Sonda de ARNm de CFD : CCTGCTGCTACAGCTGTCGGAGAAG SEQ ID NO 2: Sonda de control de ARNr de 18S: TGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAG SEQ ID NO 3: rsl683565: AGAGCCCAAAGCTCATGGAAAAGAGXATATAAAGGAGTCCCTGCAGTAGA en donde X en la posición 26 es A o G SEQ ID NO 4: rsl683591: TCTGTCCACAGGCGGGGGTGGAGGGXATGGCCGGCCTCACACCATCTGCCA en donde X en la posición 26 es A o G SEQ ID NO 5: rsl683590: AATATCTGAAATTTTCCCAGTTTACXAGCCTCTGACGTAACCGTCCTCTCT en donde X en la posición 26 es A o G SEC ID NO 6 : Sonda de ACTB : CCTTTGCCGATCCGCCGCCCGTCCA BREVE DESCRIPCION DE LAS FIGURAS Las figuras 1A y IB muestran una lista de transcripciones positivamente (figura 1A) y negativamente (figura IB) correlacionadas con puntuación de actividad de enfermedad de 28 articulaciones - cambios de proteína C-reactiva (DAS28-CRP) (en la semana 8) en ensayos anti-IL20 RA. Las transcripciones que muestran correlación significativa (Tasa de Descubrimiento Falso (FDR) = 5%) en pacientes que recibieron dosis (excluidos los controles de placebo) se incluyen en las listas (el orden de clasificación con correlación más significativa en la parte superior de cada lista) . Los genes listados en la figura 1A se han identificado como relevantes para el uso en los métodos de la invención en donde un alto nivel relativo de expresión es de interés.

Los genes listados en la figura IB se han identificado como relevantes para usarse en los métodos de la invención en donde una expresión relativa de bajo nivel es de interés .

La figura 2 muestra una selección de genes de las figuras 1A y IB, que se consideran relevantes para el uso en los métodos de la invención y en particular en métodos que aplican análisis multivariable . Los transcritos/genes seleccionados son relevantes para una predicción de base multivariada de DAS28-CRP.

La figura 3 muestra la distribución del nivel de transcripción de los transcritos de CFD (factor D del complemento) en muestras de sangre entera PaxGene de pacientes con RA en ensayos anti-IL20. Valores normalizados de promedio de multichip robusto (RMA, por sus siglas en inglés) se muestran en el eje Y (escala log2) . Las muestras de pacientes individuales se presentan en colores alternados (blancos o negros) y los pacientes individuales están numerados arbitrariamente 1-82.

La figura 4 muestra una curva de característica de operación de receptor (ROC, por sus siglas en inglés) de ARNm de CFD y respuestas del 50% de criterios mixtos del American College of Rheumatology (ACR50) en el ensayo anti-IL20 de fase 2a. El valor de umbral de 10.32 (valor de la expresión normalizada de RMA) se indica mediante la X en la curva ROC.

La figura 5 muestra una curva ROC de ARNm de CFD y respuestas del 70% de criterios mixtos del American College of Rheumatology (ACR70) en el ensayo anti-IL20 de fase 2a.

La figura 6 muestra la correlación de la detección cuantitativa de ARNm de CFD de RT-PCR (qRT-PCR) en muestras de pre-dosis (día 1) con los datos de detección de microarreglos basados en más puntos de tiempo. Señales de microarreglos en una escala lineal (datos de RMA retro-transformados (eje Y) ) se comparan con los niveles de CFD 18S normalizados del análisis de qRT-PCR.

Las figuras 7A y 7B muestran las tasas de respuesta a ACR20, ACR50 y ACR70 en el ensayo de fase 2a de anti-IL20 (identificador clinicaltrials.gov NCT01282255) con dos umbrales alternativos de estratificación basada en CFD. Si una estratificación de los pacientes basada en los niveles de ARNm de CFD de la curva de ROC de la figura. 4 se aplica (por ejemplo, se usa un valor umbral de >10.32 (valor de expresión normalizada a RMA) ) , se obtiene una población de pacientes con alta respuesta (parte inferior de la fig. 7 A) . La parte superior de la fig. 7 A muestra las respuestas si se incluyen sólo los individuos con niveles de CFD por debajo del umbral. Cuando se aplica un umbral alternativo para CFD (basado en la cuantificación absoluta de CFD y beta actina (ACTB) ) se obtiene un enriquecimiento similar en los pacientes que responden (parte inferior de la fig. 7 B) .

La figura 8 muestra los niveles de Bb en el líquido sinovial de pacientes con RA que presentan niveles altos o bajos de expresión de CFD en muestras de PaxGene según se evaluó por qPCR.

DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION La presente invención se relaciona con un método para predecir el efecto terapéutico de un compuesto anti-inflamatorio . Como se describe en la sección de antecedentes, el tratamiento actualmente disponible tiene, por lo menos en cierta medida, una tasa de éxito baja y el tratamiento implica con frecuencia un cierto grado de ensayo y error. Esta invención provee un método para la identificación de un subgrupo de pacientes que tienen una tasa de éxito alta del tratamiento mediante el cual un gran número de pacientes puede evitar el riesgo de un malestar asociado con las dificultades para encontrar una terapia eficaz.

Definiciones Para los fines de interpretación de esta solicitud, las siguientes definiciones se han de usar sobre lo que de otro modo no está tan bien explicado en el presente documento .

El término "polinucleótido" o "ácido nucleico", como se usa indistintamente en este documento, se refiere a polímeros de nucleótidos de cualquier longitud, e incluyen ADN y ARN. Los nucleótidos pueden ser desoxirribonucleotidos, ribonucleótidos , nucleótidos o bases modificadas, y/o sus análogos, o cualquier sustrato que se puede incorporar en un polímero mediante ADN o ARN polimerasa. Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y sus análogos. Si está presente, la modificación a la estructura de nucleótidos se puede impartir antes o después del ensamblaje del polímero. La secuencia de nucleótidos puede ser interrumpida por componentes no nucleótidos. Un polinucleótido puede modificarse adicionalmente después de la polimerización, tal como mediante conjugación con un componente de etiquetado y otros tipos de modificaciones conocidas en la técnica.

El término "oligonucleótido" , como se usa aquí, se refiere a polinucleótidos de una sola hebra cortos que son por lo menos de aproximadamente siete nucleótidos de longitud y menos de aproximadamente 250 nucleótidos de longitud. Los oligonucleótidos pueden ser sintéticos. Los términos "oligonucleótido" y "polinucleótido" no se excluyen mutuamente. La descripción anterior para polinucleótidos es igualmente y totalmente aplicable a oligonucleótidos.

El término "cebador" se refiere a un polinucleótido de una sola hebra que es capaz de hibridarse a un ácido nucleico y que permite la polimerización de un ácido nucleico complementario, en general, al proveer un grupo libre de 3' -OH.

El término "arreglo" o "microarreglo" se refiere a una disposición ordenada de elementos de arreglo hibridables, preferiblemente sondas de polinucleótidos (por ejemplo, oligonucleótidos) , sobre un sustrato. El sustrato puede ser un sustrato sólido, tal como un portaobjetos de vidrio, o un substrato semi-sólido, tal como una membrana de nitrocelulosa .

El término "amplificación" se refiere al proceso de producir una o más copias de una secuencia de ácido nucleico de referencia o su complemento. La amplificación puede ser lineal o exponencial (por ejemplo, PCR) . Una "copia" no significa necesariamente la complementariedad o identidad de secuencia perfecta con respecto a la secuencia de plantilla. Por ejemplo, las copias pueden incluir análogos de nucleótidos tales como desoxiinosina, alteraciones de secuencia intencionales (tales como alteraciones de secuencia introducidas a través de un cebador que comprende una secuencia que es hibridable, pero no totalmente complementaria, a la plantilla) , y/o errores de secuencia que se producen durante la amplificación.

El término "PCR múltiple" se refiere a una sola reacción de PCR llevada a cabo en el ácido nucleico obtenido a partir de una sola muestra (por ejemplo, un paciente) mediante el uso de más de un conjunto de cebadores con el propósito de amplificar dos o más secuencias de ADN en una sola reacción.

"Rigurosidad" de las reacciones de hibridación es fácilmente determinable por un experto ordinario en la técnica, y generalmente es un cálculo empírico dependiente de la longitud de la sonda, temperatura de lavado y concentración de sal. En general, sondas más largas requieren temperaturas más elevadas para una hibridación adecuada, mientras que sondas más cortas necesitan temperaturas más bajas. La hibridación depende generalmente de la capacidad del ADN desnaturalizado para volver a hibridar cuando las cadenas complementarias están presentes en un entorno por debajo de su temperatura de fusión. Cuanto mayor sea el grado de homología deseada entre la sonda y la secuencia hibridable, mayor será la temperatura relativa. Como resultado, se deduce que temperaturas relativas más altas tenderían a hacer las condiciones de reacción más rigurosas, mientras que temperaturas inferiores no tanto. Para detalles y explicaciones de la rigurosidad de las reacciones de hibridación, véase Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995) .

"Condiciones rigurosas" o "condiciones de alta rigurosidad", como se define aquí, se pueden identificar por aquéllas que: (1) utilizan baja concentración iónica y alta temperatura para el lavado, por ejemplo, cloruro de sodio 0.015 M/citrato de sodio 0.0015 M/0.1 por ciento de dodecilsulfato de sodio a 50°C; (2) utilizan durante la hibridación un agente desnaturalizante, tal como formamida, por ejemplo, 50 por ciento (v/v) de formamida con 0.1 por ciento de albúmina de suero bovino/0.1 ciento de Ficoll/0.1 por ciento de polivinilpirrolidona/50 mM de regulador de pH de fosfato de sodio a pH 6.5 con 750 mM de cloruro sódico, 75 mM de citrato de sodio a 42 °C; o (3) hibridación durante la noche en una solución que utiliza 50 por ciento de formamida, 5 x SSC (0.75 M de NaCl, 0.075 M de citrato de sodio), 50 mM de fosfato de sodio (pH 6.8), 0.1 por ciento de pirofosfato de sodio, 5 x solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón sonicado (50 micro g/ml) , 0.1 por ciento de SDS, y 10 por ciento de sulfato de dextrano a 42 °C, con un lavado de 10 minutos a 42 °C en 0.2 x SSC (cloruro de sodio/citrato de sodio) seguido de un lavado de rigurosidad elevada de 10 minutos que consiste de 0.1 x SSC que contiene EDTA a 55C.

"Condiciones moderadamente rigurosas" pueden identificarse como se describe en Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Nueva York: Cold Spring Harbor Press, 1989, e incluyen el uso de solución de lavado y condiciones de hibridación (por ejemplo, temperatura, concentración iónica y porcentaje de SDS) menos rigurosas que las descritas anteriormente. Un ejemplo de condiciones moderadamente rigurosas es la incubación durante la noche a 37 grados centígrados en una solución que comprende: 20 por ciento de formamida, 5 x SSC (mM de NaCl 150, 15 mM de citrato trisódico) , 50 mM de fosfato de sodio (pH 7.6), 5 x solución de Denhardt, 10 por ciento de sulfato de dextrano, y 20 mg/ml de ADN desnaturalizado de esperma de salmón cortado, seguido de lavado de los filtros en 1 x SSC a aproximadamente 37-50C. El experto en la técnica reconocerá cómo ajustar la temperatura, concentración iónica, etc., según sea necesario, para acomodar factores tales como longitud de la sonda y similares .

El término "detección" incluye cualquier medio de detección, incluyendo la detección directa e indirecta.

Los términos "nivel de expresión" o "nivel de expresión" se utilizan generalmente en forma intercambiable y se refieren a la cantidad de un polinucleótido o un producto de aminoácidos o proteína en una muestra biológica. "Expresión" generalmente se refiere al proceso por el cual la información genética codificada se convierte en las estructuras presentes y que operan en la célula. Por lo tanto, tal como se usa en el presente documento, "expresión" de un gen puede referirse a la transcripción en un polinucleótido, la traducción en una proteína, o incluso la modificación postraduccional de la proteína. Los fragmentos del polinucleótido transcrito, la proteína traducida, o la proteína después postraduccionalmente modificada también se considerarán expresadas si se originan a partir de un transcrito generado por corte y empalme alternativo o un transcrito degradado, o bien de un procesamiento postraduccional de la proteína, por ejemplo, por proteólisis. "Genes expresados" incluyen aquellos que se transcriben en un polinucleótido como ARNm y luego traducidos en una proteína, y también aquellos que se transcriben en AR , pero no se traducen en una proteína (por ejemplo, y ARN de transferencia ribosomal) .

El término "perfil de expresión" se puede usar para definir el nivel de expresión de un grupo de genes, lo que provee una imagen más compuesta de la actividad transcripcional en la muestra.

El término "biomarcador", como se usa aquí, se refiere a un indicador de un estado de un paciente; como tal, el biomarcador puede ser útil para evaluar el estado de enfermedad de un paciente, que incluye el diagnóstico y evaluación de la respuesta de tratamiento en un individuo) . Un biomarcador es una entidad molecular, que se puede detectar en una muestra biológica del paciente. Los biomarcadores incluyen, pero no se limitan a, ADN, ARN, proteínas, carbohidratos, y otras entidades o porciones bioquímicas, que incluyen combinaciones de los mismos, por ejemplo, un glicolípido o un marcador molecular basado en glicoproteína . "Marcador de diagnóstico" y "marcador de pronóstico" es una especificación de "biomarcadores" que indica que la presencia o ausencia o el nivel de una entidad molecular pueden proveer información sobre el diagnóstico y/o pronóstico, que incluye la respuesta a uno o más tipos de terapia. Algunos biomarcadores pueden ser adecuados para el diagnóstico, algunos son adecuados para el seguimiento del desarrollo de la enfermedad y la respuesta al tratamiento, mientras que otros son adecuados para las predicciones de una respuesta clínica a la terapia.

La "cantidad" o "nivel" de un "marcador de pronóstico" asociado con un mayor beneficio clínico de un paciente es el nivel detectable en una muestra biológica de ese paciente. El nivel de expresión puede medirse por métodos conocidos por un experto en la técnica y también se describe aquí. El nivel de expresión o cantidad de biomarcador evaluado se puede usar para determinar o predecir la respuesta del tratamiento.

El término "expresión alterada" se refiere a un nivel de expresión aumentado o disminuido de un gen, normalmente se mide en el AR m o el nivel de proteína. El nivel de expresión alterado se considera en relación con un nivel de referencia, por ejemplo, el nivel de expresión es "superior" o "inferior" en comparación con un nivel predeterminado de relevancia. El nivel de expresión alterado de un gen puede representar un gen cuya expresión es "alta" o "baja" en comparación con otros genes y/o en relación con el nivel de expresión en otros individuos.

El término "expresión aumentada" o "niveles aumentados" se refieren a un nivel de expresión elevado o aumentado de un gen, normalmente medido al nivel de ARNm o proteína. El nivel de expresión se considera aumentado con respecto a un nivel de referencia, por ejemplo, el nivel de expresión es "superior" a un nivel de relevancia predeterminado. El nivel de expresión aumentado de un gen, puede representar un gen que se expresa en un "alto" nivel en un individuo, en relación con otros genes y/o en relación con el nivel de expresión en otros individuos.

El término "expresión disminuida" o "niveles disminuidos" se refieren a un nivel de expresión reducido o disminuido de un gen, normalmente medido en el ARNm o el nivel de proteína. El nivel de expresión se considera reducido en relación con un nivel de referencia, por ejemplo, el nivel de expresión es "inferior" a un nivel de relevancia predeterminado. El nivel de expresión disminuido de un gen, puede representar un gen que se expresa a nivel "bajo" en un individuo, en relación con otros genes y/o en relación con el nivel de expresión en otros individuos.

El término "factor reumatoide" o "RF" , se refiere a los isotipos IgM, IgG o IgA, solos o en cualquier combinación, de anticuerpos detectados en el suero del paciente y dirigidos a determinantes antigénicos presentes en la IgG humana y animal .

El término "positivo para RF" se refiere a un resultado de un ensayo para RF, por ejemplo, un ensayo de ELISA, en donde el resultado está por arriba de un umbral o valor de corte para ese ensayo para las muestras que se considera que contienen reproduciblemente niveles detectables de RF.

El término "negativo para RF" se refiere a un resultado de un ensayo para RF, por ejemplo, un ensayo de ELISA, en donde el resultado está en o por debajo de un umbral o valor de corte para ese ensayo para las muestras que se considera que contienen reproduciblemente niveles indetectables de RF.

El término "muestra" o "muestra biológica" , como se usa aquí, se refiere a una composición que se obtiene o se deriva de un sujeto de interés que contiene una o más entidades moleculares que se detectan, miden o identifican. Por ejemplo, la frase "muestra del paciente", "muestra del sujeto" y variaciones de los mismos se refiere a cualquier muestra obtenida de un paciente o sujeto de interés que se esperaría o se sabe que contiene la entidad celular y/o molecular que ha de ser caracterizada, que incluye pero no se limita a una muestra de tejido, una muestra de células o una muestra de sangre.

Los términos "muestra de tejido" o "muestra de células" o "muestra de sangre" son para muestras, que incluyen una o más células obtenidas de un sujeto. La fuente de la muestra de tejido o célula puede ser tejido sólido como de un órgano fresco, congelado o conservado o muestra de tejido o biopsia o aspirado; fluidos corporales tales como líquido cefalorraquídeo, líquido amniótico, líquido peritoneal, líquido intersticial, o sangre o cualquiera de los constituyentes sanguíneos. La muestra de tejido o muestra de células también pueden ser células primarias o cultivadas o líneas celulares. Opcionalmente , el tejido o célula de la muestra se obtiene de un tejido/órgano enfermo (por ejemplo, la demostración de una característica patológica) . La muestra de tejido puede contener compuestos que no son entremezclados de forma natural con el tejido en la naturaleza tales como conservantes, anticoagulantes, reguladores de pH, fijadores, nutrientes, antibióticos o similares.

El término "muestra de suero" se refiere a cualquier muestra de suero obtenida de un individuo. Los métodos para obtener sueros de mamíferos son bien conocidos en la técnica.

Una "muestra de control", "célula de control" o "tejido de control", como se usa aquí, se refiere a una muestra biológica, célula o tejido obtenido de una fuente conocida, o se cree, que no son afectados con la enfermedad o condición para la cual un método o composición de la invención se usa para identificar. En una modalidad, una muestra de control, células de control o tejido de control se obtiene de una parte aparentemente no afectada del cuerpo del mismo sujeto o paciente en el que se identifica una enfermedad o condición mediante el uso de una composición o método de la invención. En una modalidad, la muestra de control, células de control o control de tejido se obtiene de una parte del cuerpo de un individuo que no es el sujeto o paciente en el que se identifica una enfermedad o condición mediante el uso de una composición o método de la invención.

El término "diagnóstico" se usa aquí para referirse a la identificación o clasificación de un estado, enfermedad o condición molecular o patológica. Por ejemplo, "diagnóstico" puede referirse a la identificación de un determinado tipo de enfermedad o trastorno inflamatorio o una enfermedad autoinmune específica, tal como RA.

El término "predicción", "predecir" o variaciones del mismo se usan para referirse a la probabilidad de que un paciente responda favorable o desfavorablemente a un fármaco o conjunto de fármacos. En una modalidad, la predicción se refiere al grado de esas respuestas. En una modalidad, la predicción se refiere a la probabilidad de que un paciente mejore después de un tratamiento, por ejemplo tratamiento con un agente terapéutico particular, y durante un cierto periodo de tiempo sin recurrencia de la enfermedad. Los métodos predictivos de la invención pueden usarse clínicamente para tomar decisiones de tratamiento al escoger las modalidades de tratamiento apropiadas para cualquier paciente particular. Los métodos predictivos de la presente invención son herramientas valiosas en la determinación de si un paciente es probable que responda favorablemente a un régimen de tratamiento, tal como un régimen terapéutico dado, incluyendo, por ejemplo, la administración de un medicamento o agente terapéutico dado, o combinaciones de los mismos.

El término "indicación", "indicativo" o variaciones de los mismos, se usan para referirse a la orientación obtenida; como una "indicación" basada en un nivel de expresión alterado de un gen como se describe en este documento proveen información que el sujeto o paciente es probable que responda a un tratamiento anti-inflamatorio . Con base en esa orientación, los métodos de la invención se pueden usar clínicamente para tomar decisiones de tratamiento al escoger las modalidades de tratamiento apropiadas para cualquier paciente particular.

Como se usa en el presente documento, "tratamiento" se refiere a la intervención clínica en un intento de alterar el curso natural del individuo que es tratado, y se puede realizar antes o durante el curso de la patología clínica. Efectos deseables del tratamiento incluyen la prevención de la aparición o recurrencia de una enfermedad o una afección o síntoma de la misma, el alivio de una afección o síntoma de la enfermedad, la disminución de las consecuencias patológicas directas o indirectas de la enfermedad, la disminución de la tasa de progresión de la enfermedad, la mejora o mitigación el estado de la enfermedad, y/o lograr la remisión o la mejora del pronóstico. En algunas modalidades, los métodos y composiciones de la invención son útiles en los intentos para retrasar el desarrollo de una enfermedad o trastorno .

Una "cantidad eficaz" se refiere a una cantidad eficaz, a dosificaciones y durante periodos de tiempo necesarios, para conseguir el resultado terapéutico o profiláctico deseado. Una "cantidad terapéuticamente eficaz" de un agente terapéutico puede variar de acuerdo con factores tales como el estado de la enfermedad, edad, sexo, y peso del individuo, y la capacidad del anticuerpo para provocar una respuesta deseada en el individuo. Una cantidad terapéuticamente eficaz también es una en la que cualquier efecto tóxico o perjudicial del agente terapéutico es superado por los efectos terapéuticamente beneficiosos. Una "cantidad profilácticamente eficaz" se refiere a una cantidad eficaz, a dosificaciones y durante periodos de tiempo necesarios, para conseguir el resultado profiláctico deseado. Típicamente, pero no necesariamente, puesto que una dosis profiláctica se usa en sujetos antes de o en una fase anterior de la enfermedad, la cantidad profilácticamente eficaz será menor que la cantidad terapéuticamente eficaz.

Los términos "individuo", "sujeto" o "paciente", como se usan aquí, se pueden usar indistintamente y generalmente se refiere a un vertebrado. En ciertas modalidades, el vertebrado es un mamífero. Los mamíferos incluyen, pero no se limitan a, primates (que incluyen primates humanos y no humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas) . En ciertas modalidades, el mamífero es un ser humano. El término "paciente", indica que el sujeto no es un sujeto sano. En una modalidad, un "paciente" es un individuo que ha sido diagnosticado con, o que padece signo (s) o síntoma (s) asociados con, enfermedades o trastornos inflamatorios. En una modalidad, el "paciente" padece una enfermedad o trastornos autoinmunes, como la RA.

Un "sujeto de control" se refiere a un sujeto aparentemente sano que no ha sido diagnosticado y/o que no padece ningún signo o síntoma asociado con enfermedades o trastornos inflamatorios.

Por "correlacionar" o "correlación" se entiende comparar, de cualquier forma, el rendimiento y/o resultados de un primer análisis o protocolo con el rendimiento y/o resultados de un segundo análisis o protocolo. Por ejemplo, se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo en la realización de un segundo protocolo y/o se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para determinar si se debe realizar un segundo análisis o protocolo. Con respecto a la modalidad de análisis o protocolo de expresión génica, se pueden usar los resultados del análisis o protocolo de la expresión génica para determinar si un régimen terapéutico específico se debe realizar .

El término "respuesta del paciente" o "respuesta" pueden evaluarse mediante el uso de cualquier punto final que indica un beneficio al paciente, que incluye, sin limitación al mismo, a) la inhibición de la progresión de la enfermedad, b) la reducción en el número de episodios y/o síntomas de la enfermedad; c) reducción en el tamaño de la lesión; d) inhibición de la enfermedad de la infiltración de células en órganos y/o tejidos periféricos adyacentes; e) inhibición de la propagación de la enfermedad; f) disminución de la respuesta auto- inmune, lo que puede, pero no tiene por qué, dar lugar a la regresión o la ablación de la lesión de la enfermedad; g) alivio, hasta cierto punto, de uno o más síntomas asociados con el trastorno; h) aumento de la duración de la presentación libre de la enfermedad después del tratamiento; y/o i) disminución de la mortalidad en un punto dado del tiempo después del tratamiento. Para el propósito de la respuesta del paciente, la inhibición está destinada a la cobertura, reducción, desaceleración o detención completa de síntoma (s) de relevancia.

La expresión "que no responde a," en lo que respecta a la reacción de los sujetos o pacientes a uno o más de los medicamentos que se les administró previamente, describe aquellos sujetos o pacientes que, tras la administración del medicamento (s) , no presentaron cualquiera o adecuados signos de tratamiento de la enfermedad para la cual son tratados, o que presentaron un grado de toxicidad clínicamente inaceptablemente alto para el medicamento (s) , o que no mantuvieron los signos de tratamiento después de que se les administra primero el medicamento (s) , con la palabra tratamiento siendo utilizada en este contexto como se define aquí. La frase "no responde" incluye una descripción de aquellos sujetos que son resistentes y/o que no responden al medicamento (s) administrado anteriormente, e incluye las situaciones en las que un sujeto o paciente ha progresado mientras recibe el medicamento ( s) que se le está dando, y en el que un sujeto o paciente ha progresado en los 12 meses (por ejemplo, dentro de los seis meses) después de completar un régimen que implica el medicamento (s) al cual ya no responde. La falta de respuesta a uno o más medicamentos incluye por tanto aquellos sujetos que siguen teniendo la enfermedad activa después del tratamiento previo o actual con el mismo. Por ejemplo, un paciente puede tener actividad de la enfermedad activa después de aproximadamente uno a tres meses de terapia con el medicamento (s) al que no es sensible. Esa respuesta puede ser evaluada por un médico experto en el tratamiento de la enfermedad de que se trate. Para el propósito de la falta de respuesta al medicamento (s) , un sujeto que experimenta "un nivel de toxicidad clínicamente inaceptablemente alto" de un tratamiento anterior o actual con uno o más medicamentos experimenta uno o más efectos secundarios negativos o eventos adversos asociado al mismo que son considerado por un médico con experiencia como significativos, tales como, por ejemplo, infecciones graves, insuficiencia cardíaca congestiva, desmielinización (que conduce a esclerosis múltiple) , hipersensibilidad significativa, eventos neuropatológicos , altos grados de autoinmunidad, cáncer tal como cáncer de endometrio, linfoma no Hodgkin, cáncer de mama, cáncer de próstata, cáncer de pulmón, cáncer de ovario o melanoma, la tuberculosis (TB) , y similares .

El término "respuesta inadecuada" o "que responde inadecuadamente" se usa para describir a los pacientes que experimentan un efecto insatisfactorio de un tratamiento dado. Esto puede ser caracterizado por un efecto terapéutico bajo y/o por los efectos secundarios sustanciales. El criterio se considera equivalente a no haber respuesta. El término "respuesta inadecuada" se usa en relación con la terapia para donde una respuesta dada es esperada o destinada con base en estudios previos. Si después de un cierto periodo no se obtiene ninguna "respuesta adecuada" , el tratamiento generalmente se suspende y el paciente se considera "que responde inadecuadamente" . También puede ser que el paciente continúe el tratamiento, pero en combinación con un tratamiento adicional con el fin de mejorar la respuesta al tratamiento .

El término "respuesta adecuada" se usa para describir el efecto de un tratamiento en un paciente cuando se cumplen las expectativas a la eficacia del tratamiento.

Un "medicamento" es un fármaco activo para tratar una enfermedad, trastorno y/o condición. En una modalidad, la enfermedad, trastorno, y/o condición es la RA o de sus síntomas o efectos secundarios.

Un "agente anti- inflamatorio" es un compuesta, medicamento o agente, que puede, o se espera que disminuya una respuesta o síntoma inflamatorio (s) de enfermedades o trastornos inflamatorios .

Un "agente terapéutico RA" , un "agente terapéutico eficaz para el tratamiento de RA" , y sus variaciones gramaticales, como se usa aquí, se refiere a un agente que cuando se provee en una cantidad efectiva se sabe, se ha demostrado clínicamente, o se espera por los médicos, que provea una respuesta terapéutica en un sujeto que tiene RA.

Un "antagonista" se refiere a una molécula capaz de neutralizar, bloquear, inhibir, abrogar, reducir o interferir con las actividades de una proteína particular o especificada, que incluyen su unión a uno o más receptores en el caso de un ligando o unión a uno o más ligandos en caso de un receptor. Los antagonistas incluyen anticuerpos y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, proteínas, péptidos, glicoproteínas, glicopéptidos, glicolípidos , polisacáridos , oligosacáridos , ácidos nucleicos, moléculas bioorgánicas , peptidomiméticos , agentes farmacológicos y sus metabolitos, secuencias de control de transcripción y traducción, y similares. Los antagonistas también incluyen inhibidores de molécula pequeña de la proteína, y proteínas de fusión, moléculas receptoras y derivados que se unen específicamente a la proteína al secuestrar así su unión a su objetivo, variantes antagonistas de la proteína, moléculas antisentido dirigidas a la proteína, aptámeros de ARN, y ribozimas contra la proteína.

Los inventores de la presente invención han encontrado que los pacientes con una alta probabilidad de un tratamiento exitoso pueden identificarse con base en el examen del perfil de expresión de ciertos genes. La presente invención se basa en los datos obtenidos como se describe en los ejemplos. El paciente de conformidad con la invención típicamente padece un trastorno o enfermedades inflamatorias y, en particular, una enfermedad o trastorno auto-inmune. Con base en los datos obtenidos, la información se puede usar en varios métodos, ya que los pacientes con una mayor probabilidad de responder a la terapia pueden ser seleccionados .

Un aspecto de la invención se refiere a un método para predecir la respuesta de un sujeto a un agente antiinflamatorio que comprende obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese sujeto, en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti- inflamatorio.

Se puede usar una redacción diferente para explicar el contexto de la evaluación de la expresión génica de los uno o más genes de las figuras 1A y IB . Es igualmente útil para obtener información acerca del nivel de expresión, o evaluar el nivel de expresión o para considerar el nivel de expresión. Todos estos métodos no necesitan incluir la obtención de la muestra de sangre ya que pueden haber ocurrido previamente y por lo tanto los métodos especifican que se usa la información sobre la expresión génica de una muestra biológica para el propósito de la predicción de la respuesta clínica o la probabilidad de una respuesta clínica, en un paciente dado. Esto indica además que la información sobre el nivel de la expresión génica que también se ha obtenido anteriormente se puede usar en los métodos de conformidad con la invención.

Un aspecto de la invención se refiere a un método para la identificación de un sujeto con una mayor probabilidad de responder a un agente anti-inflamatorio que comprende obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese sujeto, en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es) en la muestra, identifica un sujeto con una mayor probabilidad de responder a un agente anti- inflamatorio .

Como la redacción alternativa anterior, tal como la evaluación del nivel de expresión o de considerar el nivel de expresión se puede usar de conformidad con los métodos de la invención y, además, como también se ha descrito anteriormente, los métodos no incluyen necesariamente el paso de obtener la muestra de sangre y probar el nivel de expresión en la muestra de sangre.

En aspectos adicionales de la invención, los métodos incluyen un paso de medir los niveles de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese paciente y comparar ese nivel con un nivel de referencia de esos genes.

Un aspecto de la invención por lo tanto abarca un método para predecir la respuesta de un sujeto a un agente anti - inflamatorio que comprende: a) medir el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese sujeto y b) comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen(es) en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con ese nivel de referencia, es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio .

Un aspecto adicional se refiere a un método para la identificación de un sujeto con una mayor probabilidad de responder a agente anti-inflamatorio que comprende: a) medir el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese sujeto, b) comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen (es) , en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con el nivel de referencia de ese gen(es), indica que un sujeto con una mayor probabilidad de responder a un agente antiinflamatorio se ha identificado.

Expresión génica El fondo molecular de muchas enfermedades o trastornos inflamatorios, que incluyen enfermedades o trastornos autoinmunes no se entiende bien y por lo tanto el diagnóstico es complicado y es propenso a inexactitudes. Las terapias actualmente disponibles son útiles para algunos pacientes, pero no para otros, y la razón hasta ahora todavía no se ha aclarado. Con el fin de aumentar el éxito del tratamiento, se hacen intentos para sub-agrupar a pacientes según los diversos parámetros.

Una opción consiste en caracterizar el perfil de expresión génica de los pacientes y agrupar a los pacientes con base en el mismo. Por lo general, la expresión génica se mide a nivel del ARN o a nivel de proteínas, ya que se determina el nivel de un ARm dado o, alternativamente, el producto de traducción. Alternativamente la expresión génica puede medirse o determinarse indirectamente, tal como por correlación con otros genes o marcadores, que también incluye marcadores de polimorfismo, tales como SNP. Los SNPs son generalmente bi-alélicos y fácilmente probados. La expresión génica por lo tanto se puede medir en varios niveles por múltiples métodos conocidos por el experto en la técnica.

La prueba usada para la expresión del gen medida por el nivel de ARNm puede estar basado en la tecnología de PCR, tal como PCR múltiple, en donde se usan más de dos conjuntos de cebadores para el propósito de la amplificación de dos o más secuencias de ADN en una sola reacción llevada a cabo en el ácido nucleico aislado de una muestra biológica, tal como una muestra de sangre de un paciente. El método puede ser un método de dos pasos que también incluye una etapa de síntesis de ADNc por delante de la amplificación. Chips de microarreglo también son útiles para el análisis de un gran grupo de genes, esos chips de microarreglo pueden ser diseñados específicamente para incluir sondas de relevancia o información de chips estándares en los genes de interés puede ser recopilada para evaluar el perfil de expresión génica de los genes que se consideran relevantes.

La especificidad de la PCR y la tecnología de arreglo son dependientes de la hibridación de los cebadores y sondas para las moléculas de ARNm en la muestra analizada y la rigurosidad puede ser ajustada por los parámetros conocidos por un experto en la técnica.

La medición de la expresión génica por correlación con otros genes o marcadores se puede realizar cuando hay evidencia de que la detección de esos otros genes o esos marcadores se correlaciona con el nivel de expresión del gen de interés. Como se describe en el ejemplo 4 en el presente documento, el experto en la técnica puede llevar a cabo análisis de loe de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL) para un gen de interés e identificar correlaciones o asociaciones de SNP con el nivel de expresión de ese gen. En una alternativa adicional, el nivel de expresión de ese modo se puede determinar por correlación con otro gen (es) o marcador (es) .

La medición de la expresión génica a nivel de proteína también se contempla en la medida en que el producto de traducción es una proteína que es detectable en la muestra obtenida del paciente.

Las proteínas se pueden detectar mediante el uso de técnicas adecuadas, que son con frecuencia basadas en anticuerpo, ya que un anticuerpo con especificidad para una proteína dada puede ser generado y usado con base en tecnologías conocidas en la técnica. Las tecnologías basadas en anticuerpos son más útiles cuando se usan datos de expresión de genes de un bajo número de genes. Un análisis más complejo de la expresión génica al nivel de proteínas se puede hacer mediante el uso de análisis del proteoma.

Para ciertos productos génicos, un ensayo funcional podría igualmente ser aplicada con el propósito de determinar el nivel de expresión. Un ensayo funcional podría ser una prueba de ensayo para la actividad biológica o enzimática, dependiendo de la funcionalidad de la proteína y el conocimiento en la técnica acerca de esa actividad de la proteína .

Como se describió anteriormente, una modalidad de la invención se refiere a un método para la identificación de un paciente con una mayor probabilidad de responder a un agente anti - inflamatorio que comprende: a) medir los niveles de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente b) comparar esos niveles con un nivel de referencia de esos genes, en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con el nivel de referencia de ese gen (es), es predictiva de una respuesta del paciente al agente anti - inflamatorio .

Los mismos criterios se pueden aplicar para la identificación o la selección de un paciente para el tratamiento con ese agente anti-inflamatorio basado en el deseo de identificar a pacientes que tienen una mayor probabilidad de responder al tratamiento con ese agente inflamatorio .

Como se puede ver en el ejemplo descrito en el presente documento, un nivel de expresión alterado de uno o más genes de las figuras 1A y IB es indicativo de una respuesta clínica al agente anti-inflamatorio. Además, es atractivo centrarse en uno o más genes que son incrementados en comparación con el nivel de referencia. Alternativamente, el énfasis podría estar en uno o más genes que son disminuidos en comparación con el nivel de referencia. Los genes, para los cuales, cualquiera de estas características, se han correlacionado con una tasa de respuesta mejorada en los pacientes, se enumeran en la figura 1A y la figura IB, respectivamente. En una modalidad adicional, los métodos descritos en el presente documento se refieren a la situación en la que la expresión alterada de un gen de la figura 1A es un aumento en comparación con el nivel de referencia. En una modalidad adicional, los métodos descritos en el presente documento se refieren al caso en que se redujo la expresión alterada de un gen de la figura IB en comparación con el nivel de referencia. En otras modalidades, más genes se pueden incluir, tal como uno o más genes de la figura 1A con un nivel de expresión por arriba del nivel de referencia en combinación con uno o más genes de la figura IB con un nivel de expresión por debajo del nivel de referencia, por lo que se usa la información de expresión de múltiples genes. En una modalidad, el nivel de expresión de por lo menos dos genes se compara con los niveles de referencia individuales. Además, es posible combinar la información de que una expresión alterada de un gen de la figura 1A se incrementa en comparación con el nivel de referencia con información de que una expresión alterada de un gen de la figura IB se reduce en comparación con el nivel de referencia.

Una combinación de genes útiles para métodos basados en multivariantes de conformidad con la invención se ejemplifica en la figura 2, en esos métodos la información de los niveles de expresión de uno o más genes se puede usar, tal como por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro.

Como se describe adicionalmente a continuación, el nivel de referencia es gen específico y dependerá de la finalidad específica del método.

Nivel de referencia El nivel de referencia puede ser el nivel de expresión en un sujeto no afectado o sano, que muy probablemente es el caso para genes en donde una expresión alterada de un gen es característica de una enfermedad o trastorno inflamatorio, y esos genes pueden ser útiles como marcadores de diagnóstico. En una modalidad, el nivel de referencia puede ser el nivel de expresión en un individuo no afectado o sano.

Como se desprende de los datos de este documento, otros biomarcadores no muestran necesariamente una expresión diferente en los individuos no afectados o sanos en comparación con los pacientes. En una modalidad, el nivel de referencia puede ser un promedio de los niveles de expresión determinados en una población ya sea de individuos sanos o pacientes o una mezcla de los mismos. En otras situaciones, el nivel de expresión génica de ciertos genes puede proveer información predictiva del tratamiento de un paciente mediante el uso de un agente anti-inflamatorio aunque el perfil de expresión no puede correlacionarse con el estado de la enfermedad o los criterios de diagnóstico. Esto puede deberse al hecho de que el diagnóstico de la enfermedad no es exacto ya que las herramientas para el diagnóstico no reflejan la variabilidad de las enfermedades. No obstante, esos biomarcadores pueden tener un gran valor, ya que se pueden usar de acuerdo con los métodos de la presente para dirigir el tratamiento a las patentes individuales que son más propensos a responder a un tratamiento dado.

Con base en esa información, el nivel de referencia puede ser un nivel predeterminado, un nivel arbitrariamente de expresión útil para el cribado de pacientes que responden a un fármaco antiinflamatorio. En la modalidad de conformidad con la invención, el nivel de referencia es un nivel predeterminado .

Los ejemplos en este documento demuestran que el nivel de expresión de un solo gen puede ser usado de conformidad con los métodos de la invención. Este nivel predeterminado por lo tanto puede ser un nivel de expresión que es indicativo de una respuesta dada, tal como una respuesta medida por el DAS28-PCR, una respuesta a ACR20, ACR50 y/o ACR70. El nivel de referencia o nivel predeterminado pueden considerarse un umbral y el umbral se puede seleccionar con el objetivo de un cierto nivel de respuesta en un grupo de pacientes. El umbral seleccionado será entonces indicativo de la probabilidad de llegar a una respuesta a ACR20, ACR50 y/o ACR70 en una fracción de pacientes. Asimismo, el umbral puede ser seleccionado con base en las puntuaciones de DAS28-CRP dirigidas por un cierto puntaje en un grupo de pacientes. El nivel de este modo se puede ajustar para anular no seleccionar a los que no responden para cada criterio, o para aumentar la fracción de pacientes que alcanza uno o más de los criterios para una respuesta positiva. Los biomarcadores son por lo tanto predictivos para una respuesta al tratamiento e incluso útiles para predecir el grado de respuesta si están destinados sólo para aquellos de respuesta alta.

En una modalidad, el nivel de referencia predeterminado puede estar basado en una curva de ROC configurada para seleccionar un nivel de expresión que alcanza una respuesta a ACR50 en por lo menos 40% de los pacientes, tal como 45%, tal como 50%, tal como 55%, tal un 60%, tal como 65% o tal como por lo menos 70% de los pacientes tratados con el agente anti- inflamatorio.

En una modalidad, el nivel de referencia predeterminado puede estar basado en una curva de ROC configurada para seleccionar un nivel de expresión que alcanza una respuesta a ACR70 en por lo menos 25% de los pacientes, tal como 30%, tal como 35%, tal como 40%, tal como, por ejemplo, 45%, tal como 50% de los pacientes tratados con el agente anti - inflamatorio .

En una modalidad de conformidad con la invención, el nivel de expresión de factor D del complemento (CFD) , también conocido como adipsina, se usa para seleccionar, identificar y/o determinar si un paciente tiene una mayor probabilidad de responder a un fármaco anti-inflamatorio. El gen se enumera en la figura 1A (y la figura 2), y ejemplifica cómo un gen con un nivel de expresión aumentado se puede usar en los métodos de la invención. En los ejemplos del presente documento el nivel de expresión se determina mediante el uso de la tecnología de microarreglos y qRT-PCR, pero también es relevante de conformidad con la presente invención para considerar métodos alternativos para medir el nivel de AR m 4 de CFD y métodos en general para medir el nivel de proteína o la actividad de CFD.

De conformidad con un método de la presente invención, puede incluir que el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) está por arriba de 9.5 en una escala log2 de valores de expresión normalizados cuando se determina por la tecnología de microarreglos . Con base en los datos de ROC presentados en el presente documento, el aumento del umbral a 9.8, 10.0, 10.2, 10.3, 10.4 o incluso 10.5 provee métodos con mayor especificidad pero también menos sensibilidad.

El nivel de expresión también se puede determinar con base en mediciones de PCR, tales como RT-PCR, ya sea como qRT-PCR realizada mediante el uso de los controles internos o el uso de PCR múltiple en donde más de un transcrito se puede probar a la vez, también con frecuencia incluidos los controles internos .

De conformidad con un método de la presente invención, puede incluir métodos en los que el nivel de expresión de factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde la transcripción se detecta con un valor de umbral de ciclo (Ct) de 30 (mediante el uso de la ID de ensayo: Hs00157263_ml (Applied Biosystems de Life Technologies) . En otras de esas modalidades, el transcrito de CFD puede ser detectado dentro del ciclo 28 de PCR o incluso 26. Se prefiere además que, al mismo tiempo, 18S ARN sea detectado con un valor de umbral de ciclo (Ct) de 12.5 en la misma muestra de ADNc que confirma la calidad del análisis de PCR.

La eficiencia de la reacción de amplificación también se puede medir y debe estar por arriba de 95%, en donde el 100% indica la duplicación teórica de amplicones por ciclo. Alternativamente, la eficiencia de la amplificación por PCR debe ser de por lo menos 1.9 o preferiblemente por lo menos 1.93, en donde 2.0 representa la duplicación teórica de amplicones por ciclo.

En otras modalidades, los métodos de la presente invención incluyen métodos en los que el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente mediante la detección de SNP. En ese método, uno o más SNPs pueden ser evaluados. Al contrario de la expresión génica, la detección de SNP provee una respuesta sí/sí, sí/no (= no/sí) o no/no y no una escala relativa de expresión alta o baja y la evaluación debe centrarse en el genotipo correspondiente a la expresión alterada de interés.

Según el SNP seleccionado, el nivel de referencia puede ser "no/no" , y para correlacionarse con la expresión alterada por lo menos un alelo debe proveer un "sí" . En una modalidad alternativa, el nivel de referencia puede ser "sí/sí" o incluso "sí/no" .

En el ejemplo de CFD, la expresión de CFD incrementada se debe correlaciona con niveles de referencia específicos para cada SNP. Ese método por lo tanto incluirá un método en el que el nivel de expresión de factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente mediante la detección de uno o más de rsl683565, rsl683591, rsl683590, rsl683569, rsl683574, rsl651888, rs2930894, rs2930891, rs4417648, rsl651891, rsl651890 y rs2930898.

Puesto que todos estos SNPs se refieren a un solo nucleótido que es A o G, el nivel de referencia será AA, AG, o GG.

Para el SNP rsl683591 descrito en el ejemplo, el nivel de referencia sería el genotipo AA (expresión de CFD baja y los genotipos AG y GG indicarían una expresión de CFD alterada (expresión de CFD alta) .

Los métodos de conformidad con la invención por lo tanto incluyen métodos en los que el nivel de CFD se mide indirectamente por la presencia de los genotipos AG o GG de SNP rsl683591.

Como se ve por el método mediante el uso de microarreglos de datos y los datos de RT-PCR, la especificidad del método se puede aumentar al reducir el umbral aunque se pierde así cierta sensibilidad.

Si una expresión incrementada de un gen es relevante para el método de conformidad con la invención, como para CFD, el incremento del umbral proveerá métodos con mayor especificidad pero también menos sensibilidad.

A la inversa, si una disminución de expresión de un gen es relevante para el método de conformidad con la invención, la disminución del umbral de nivel de expresión proveerá un método con mayor especificidad pero también menos sensibilidad. También es evidente que para satisfacer los criterios de umbral en este caso el nivel de expresión deberá estar por debajo del umbral.

Está claro a partir de lo anterior, que otros genes, como se identifica en el presente documento, asimismo, solos o en combinación, pueden usarse en métodos para predecir la probabilidad de una respuesta clínica en un paciente y por lo tanto la selección de los pacientes para una base de tratamiento dada en un alto probabilidad de que los pacientes seleccionados respondan a ese tratamiento.

Muestra biológica El punto de partida para cualquier subagrupamiento o caracterización de un paciente individual, más allá del diagnóstico inicial, es una muestra biológica o información con base en una muestra biológica que se ha obtenido antes. La muestra biológica puede, de conformidad con la invención, ser cualquier muestra que se obtenga de un paciente antes o en el curso del uso la presente invención. La muestra es preferiblemente una muestra de sangre que se puede obtener fácilmente por métodos de rutina, pero también se puede usar otros tipos de muestras. La muestra también puede ser una muestra de suero. En algunos casos se puede usar una muestra de tejido tal como una muestra sinovial. El experto en la técnica comprenderá cómo tratar a una muestra dada antes de medir el nivel de expresión de un conjunto dado de genes. La muestra completa de sangre se puede recolectar como muestras PaxGene. Si el gen de interés se expresa en tipos de células específicos, esto puede reflejar la muestra usada para estudios de expresión. La muestra biológica por lo tanto puede ser una muestra de células mononucleares de sangre periférica a partir de una muestra de sangre, también llamada una fracción de PBMC, o incluso sub-fracciones de la misma que incluyen sólo monocitos, tales como una o más de células positivas para CD14+, CD4+ y/o CD8+.

En el caso en el que el gen codifica un marcador de proteína soluble, los estudios de expresión se pueden realizar en una muestra de suero y la presencia de la proteína, no el transcrito, pueden ser evaluados. Las proteínas solubles en el suero se pueden detectar mediante el uso de un anticuerpo específico, tal como mediante una prueba de ELISA conocida en la técnica. Si más proteínas son evaluadas, un análisis más complejo de la expresión génica a nivel de proteínas se puede hacer mediante el uso del análisis del proteoma.

Aparte del nivel de expresión y alteraciones del mismo, la muestra biológica también puede ser usada para determinar el estado del factor reumatoide (RF) del paciente.

Paciente y estado del paciente En una modalidad, el sujeto es un paciente, por ejemplo, un individuo al que se ha diagnosticado o que padece signo (s) o síntoma (s) asociado con enfermedades o trastornos inflamatorios como se describe en el presente documento. En una modalidad, el paciente padece una enfermedad o trastorno autoinmune. En una modalidad específica, el paciente es un paciente con RA o que padece síntomas de RA.

La muestra se puede obtener de un paciente que es intacto al tratamiento de la enfermedad o trastorno inflamatorio, lo que significa que no se le ha administrado anteriormente tratamiento para la enfermedad o trastorno inflamatorio. Para los pacientes que padecen una enfermedad autoinflamatoria que es probable que sea una ocasión especial ya que diversos tratamientos suelen ser considerados antes de considerar los agentes anti-inflamatorios descritos en el presente documento, en particular con respecto a la clase de fármacos biológicos. En algunos casos, la información de la expresión génica se puede obtener a partir de una muestra previamente obtenida, por lo tanto la muestra puede ser considerada intacta mientras que el paciente ya no es intacto a una terapia dada. La muestra en algunas situaciones puede obtenerse de un paciente que actualmente es tratado para la enfermedad o trastorno inflamatorio. El paciente puede estar en tratamiento mediante el uso de, básicamente, cualquier fármaco no limitado a los agentes antiinflamatorios mencionados en este documento.

Los fármacos que se usan como fármacos de primera línea para el tratamiento de la enfermedad o trastorno inflamatorio por lo general se administran al paciente antes de que sea evaluado si una terapia de conformidad con la presente invención tiene una alta probabilidad de éxito.

Los fármacos con los que el paciente es tratado o ha sido tratado anteriormente pueden incluir uno o más de los siguientes: fármacos antiinflamatorios no esteroides (NSAID) , como Asprina™, ibuprofeno™, etc., corticosteroides , fármacos ant-reumáticos modificadores de enfermedad (DMARD) , como Plaquenil™, Azulfidine™, Metotrexato™, etc., Copaxone™ (acetato glatirimer) , Gilneya™ (fingolimod) , antibióticos como Flagyl™, Cipro™, medicamentos tópicos (aplicados a la piel) que incluyen los corticosteroides tópicos, cremas análogas a vitamina D (Dovonex ™) , retinoides tópicos (Tazorac™) , cremas hidratantes, inmunomoduladores tópicos (tacrolimus y pimecrolimus) , alquitrán de hulla, antralina y otros, Raptiva™, Ustekimumab™, terapia de luz como PUVA, UVB y CellCept™ (micofenolato mofetilo) . También se incluyen agentes antiinflamatorios biológicos que incluyen, pero no se limitan a, IFN-beta, Orencia™ (CTLA4-Ig), Humira™ (anti-TNF) , Cimzia™ (anti-TNF, PEG Fab) , Tysabri™ (A4 -integrina mAb) , Simponi™, Rituxan/MabThera™ , Actemra/RoActemra™ y Kineret™.

Si no se usa una muestra obtenida antes del tratamiento, el paciente puede ser tratado mediante el uso de una o más de una amplia gama de fármacos anti-inflamatorios, que incluyen NSADI, DMARD e inhibidores de TNF-alfa como se mencionó anteriormente. Con frecuencia, el paciente será tratado con metotrexato (MTX) .

También puede ser que el tratamiento aplicado previamente no proveyó una respuesta adecuada en el paciente, y por lo tanto el paciente ya no es intacto a ese tratamiento, pero se considera que responde adecuadamente. En cuanto al diagnóstico y la respuesta clínica, los criterios aplicados para determinar si un paciente dado responde adecuadamente dependerán de la enfermedad o trastorno que ha de ser tratado como se describe a continuación.

El paciente por lo tanto puede responder inadecuadamente al tratamiento con MTX y/o al tratamiento con inhibidor del TNF-alfa, en donde el tratamiento con inhibidor de TNF-alfa está destinado a ser uno o más de los fármacos reconocidos como inhibidores de TNF-alfa, que incluyen tanto fármacos de anticuerpos como fármacos de receptores solubles.

Se prefiere que la expresión de los genes seleccionados para el método de identificación descrito en este documento no se vea afectada por el tratamiento previo o concurrente con cualquier fármaco anti- inflamatorio, antes o en el momento en que se obtiene la muestra biológica.

Como se mencionó anteriormente, también puede ser relevante considerar el estado del factor reumatoide (RF) y el estado de los anticuerpos anti-proteína citrulinada cíclica (anti-CCP) del paciente. Los ensayos para determinar el estado de RF y anti-CCP se conocen en la técnica y el experto en la técnica puede aplicar cualquiera de esos ensayos sin dificultad al seguir las instrucciones de la fabricación. Los pacientes positivos para RF tienen un nivel de factor reumatoide por arriba de un cierto umbral indicativo de la presencia de RF en una muestra. Si es negativo, el nivel del factor reumatoide está por debajo de ese umbral, indicativo de la ausencia de RF en la muestra.

En una modalidad, el estado de RF del paciente es positivo o negativo. En otras modalidades específicas, el estado de RF del paciente es positivo o negativo.

En una modalidad, el estado de anti-CCP del paciente es positivo o negativo. En otras modalidades específicas, el estado anti-CCP del paciente es positivo o negativo .

Indicaciones Como se describe en el presente documento anteriormente, la presente invención se refiere al tratamiento de una variedad de enfermedades, en particular incluidas las enfermedades o trastornos autoinmunes e inflamatorios .

Las condiciones o trastornos que han de ser tratados con el agente anti-inflamatorio son artritis reumatoide, artritis reumatoide juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, espondilitis anquilosante, síndrome de Sjogren, esclerosis múltiple, enfermedades inflamatorias del intestino tales como colitis ulcerosa y enfermedad de Crohn, lupus eritematoso sistémico o nefritis lúpica, y cualquier combinación de los mismos, así como las co-morbilidades asociadas con estas enfermedades, en donde la enfermedad cardiovascular es un ejemplo no limitativo de esas co-morbilidades. En un aspecto adicional, otras condiciones ejemplares incluyen, pero no se limitan a, artritis crónica juvenil, osteoartritis , otras espondiloartropatías que la espondilitis anquilosante, esclerosis sistémica (esclerodermia) , miopatías inflamatorias idiopáticas (dermatomiositis , polimiositis) , vasculitis, vasculitis sistémica, arteritis temporal, aterosclerosis , sarcoidosis, miastenia gravis, anemia hemolítica autoinmune (pancitopenia inmune, hemoglobinuria nocturna paroxística) , anemia perniciosa, trombocitopenia autoinmune (púrpura trombocitopénica idiopática, trombocitopenia inmuno-mediada) , tiroiditis (enfermedad de Grave, tiroiditis de Hashimoto, tiroiditis linfocítica juvenil, tiroiditis atrófica) , diabetes mellitus, diabetes de tipo 2, enfermedad renal inmuno-mediada (glomerulonefritis , nefritis tubulointersticial , oophiritis autoinmune) , pancreatitis, orquitis autoinmune, uveítis autoinmune, síndrome anti-fosfolípido, enfermedades desmielinizantes de los sistemas nerviosos central y periférico además de esclerosis múltiple, polineuropatía desmielinizante idiopática o síndrome de Guillain-Barre , y polineuropatía desmielinizante inflamatoria crónica, enfermedades hepatobiliares , tales como hepatitis infecciosa (hepatitis A, B, C, D, E y otros virus no hepatotrópicos) , hepatitis activa crónica autoinmune, hepatitis vírica, cirrosis biliar primaria, hepatitis granulomatosa, granulomatosis de egener, enfermedad de Behcet, y colangitis esclerosante, enfermedades inflamatorias intestinales tales como enfermedad celíaca, enteropatía sensible al gluten, y enfermedad de Whipple, enfermedades enfermedades de la piel autoinmunes o inmuno-mediadas que incluyen enfermedades ampulosas de la piel, eritema multiforme y dermatitis de contacto, dermatitis atópica, dermitis herpetiforme , pénfigo vulgar, vitíligo (leucoderma) , enfermedades alérgicas tales como el asma, rinitis alérgica, dermatitis atópica, hipersensibilidad alimentaria y urticaria, sepsis, endotoxemia, enfermedades inmunológicas del pulmón, tales como neumonías eosinofílicas , fibrosis idiopática y neumonitis por hipersensibilidad pulmonar, enfermedad pulmonar obstructiva crónica, y enfermedades asociadas a trasplantes de órganos o de médula ósea que incluyen rechazo del injerto y enfermedad de injerto contra hospedero.

Las causas de las enfermedades inflamatorias son múltiples y están implicadas múltiples vías y componentes. La inflamación es una cascada de eventos que implican múltiples componentes, que incluyen la vasculatura (por ejemplo, células endoteliales , pericitos, células del músculo liso), células del sistema inmunológico (por ejemplo, linfocitos T y B; leucocitos polimorfonucleares o granulocitos , tales como monocitos y neutrófilos; células dendríticas, macrófagos, y células NK) , mediadores solubles derivados de células (citocinas, quimiocinas) y también células residentes en el tejido diana (por ejemplo, células epiteliales, fibroblastos sinoviales, células neuronales) . Cada uno de estos elementos, que incluyen los reguladores de los mismos puede tener un papel en el desarrollo de la enfermedad y posteriormente puede ser también un objetivo de la terapia para las enfermedades y trastornos mencionados anteriormente. Las enfermedades inflamatorias por lo tanto también pueden ser caracterizadas por la vía afectada, por ejemplo, como una enfermedad o trastorno mediado por células B o T, como un trastorno mediado por citocina o un trastorno mediado por el receptor, etc.

Para la presente invención, la indicación por lo tanto puede ser cualquier trastorno mejorado mediante el tratamiento con un agente anti-inflamatorio, tal como un trastorno mediado por la regulación descendente de la señalización/actividad de los receptores de la familia de IL-10 por ejemplo, receptores y ligandos como se describe en el presente documento a continuación.

La indicación que puede ser tratada mediante el uso de moduladores de la familia de IL-10 de citocinas y receptores incluyen enfermedades y trastornos autoinmunes, tales como artritis reumatoide (RA) , lupus eritematoso sistémico (SLE) , esclerosis múltiple (MS) , enfermedad inflamatoria intestinal (IBD), psoriasis o artritis psoriásica (PSA) .

Agente anti-inflamatorio Como se ha descrito anteriormente en este documento, múltiples vías están implicadas en la inflamación y cada vía puede ser dirigida a múltiples niveles. La inhibición de la señalización del receptor se puede obtener mediante el bloqueo de un receptor, al proveer un fragmento de receptor soluble o mediante la prevención de la unión de ligando o de señalización a través del receptor como se ejemplifica por la agentes terapéuticos biológicos específicos para el tratamiento de ciertas enfermedades autoinmunes y/o cáncer. Por ejemplo, los pacientes con cáncer pueden ser tratados con un anticuerpo contra CD20 (anti-CD20) ; los pacientes con artritis reumatoide pueden ser tratados con anti-CD20, un antagonista de TNF (TNFR o anti-TNF-a soluble) ; los pacientes con psoriasis pueden ser tratados con anti-CDlla; los pacientes con esclerosis múltiple pueden ser tratados con INF-beta; los pacientes con colitis ulcerosa pueden ser tratados con anti-TNF-a y los pacientes con enfermedad de Crohn pueden ser tratados con anti-TNF-a o integrina anti-a4. Infortunadamente, estos tratamientos no son totalmente eficaces.

Previamente se ha descrito que miembro de la familia de la IL-10 son dianas útiles para el tratamiento de enfermedades o trastornos inflamatorios (documento O 2001/46261) .

La familia de IL-10 incluye IL-10, IL-19, IL-20, IL-22, IL-24 e IL-26, que se une a los siguientes heterodímeros del receptor: IL-10: se une a IL- 10R1/IL- 10R2 IL-19: se une a IL-20R1/IL-20R2 IL-20: se une a IL-20R1/IL-20R2 e IL-22R/IL-20R2 IL-22: se une a IL-22R/IL- 10R2 IL-24: se une a IL-20R1/IL-20R2 e IL-22R/IL-20R2 IL-26: No se conoce ningún receptor Esta superposición de receptores sugiere que, aunque algunas funcionalidades son específicas para cada miembro de la familia, también hay algunos efectos compartidos. El papel exacto de cada ligando y receptor en las enfermedades inflamatorias no se ha establecido, pero varios se han relacionado con enfermedades. Ejemplos incluyen IL-20, que pueden ser el objetivo de anticuerpos o fragmentos de receptor, para el tratamiento de ciertas enfermedades inflamatorias (documento WO 2001/45261) , IL-22 e IL-19, IL-17 (documentos W010025369, WO2010102251) , que son todos los miembros de la familia de la IL-10 de citocinas.

La interleucina-19 (IL-19), IL-20, y la interleucina-24 (IL-24) son miembros de la familia de citocinas de la interleucina-10 (IL-10) . Como se ve a partir de lo anterior, estas tres interleucinas se unen y envían señales a través del receptor heterodimérico IL-20R1/IL-20R2. IL-20 e IL-24 (pero no IL-19) son también ligandos para el complejo de receptor compuesto por IL-20R2 e IL-22R1 (Parrish-Novak et al, J Biol. Chem. 2002; 277:47517-47523; Dumoutier et al, J Immunol 2001; 167:3545-3549). Se ha propuesto que IL-19 e IL-20, junto con otros miembros de la familia de la IL-10, forman una subfamilia distinta de citocinas helicoidales en donde por lo menos IL-19 e IL-20 tienen estructuras tridimensionales similares (Chang et al., J Biol Chem 2003; 278: 3308-13).

Por lo tanto, la actividad antagonista de IL-20 mediante el uso de fragmentos de receptor o anticuerpos monoclonales se ha descrito como un enfoque prometedor para el tratamiento de diversas condiciones inflamatorias. Los epítopos antigénicos de IL-20 humana (hIL-20) , así como anticuerpos monoclonales rata o murinos que se unen a huIL-20, también se han descrito (por ejemplo, documentos WO2005052000, US20060142550 y WO2007081465) . Los anticuerpos monoclonales anti- IL-20 que pueden reducir la activación mediada por IL-20 de los complejos de receptor de IL-20R1/IL-20R2 e IL-22R1/IL-20R2 en una o más especies, incluidos seres humanos, se han descrito en el documento WO 2010/000721.

El agente anti - inflamatorio puede ser en consecuencia un antagonista de la IL-20 capaz de reducir la activación mediada por IL-20 tanto del receptor de IL-20R1/IL-20R2 como del IL-22R/IL-20. El agente antiinflamatorio puede ser específico al no reducir la activación del receptor a través del receptor de IL-19 o IL-24.

Con base en por lo menos una orientación de modo de acción compartido de cada ligando y el receptor puede proveer un efecto biológico similar. Un agente anti- inflamatorio de conformidad con la invención por lo tanto puede ser un antagonista de los miembros de la familia de IL-10 y sus receptores, por ejemplo, un compuesto que regula la señalización de los receptores antes mencionados mediante la unión ya sea de ligando o receptor, por lo que la actividad biológica del ligando o el receptor se disminuyó. Los ensayos para determinar la actividad antagonista de miembros de la familia de IL-10 son conocidos en la técnica y también se describen en el documento WO 2010/000721.

El agente anti-inflamatorio de conformidad con la invención puede estar en una composición farmacéutica, por ejemplo, una composición farmacéutica que comprende un agente anti-inflamatorio y un vehículo farmacéuticamente aceptable y una etiqueta. El agente anti -inflamatorio o composición farmacéutica puede ser adecuada para administración oral, i.v. y/o s.c. El agente antiinflamatorio o composición farmacéutica puede ser para la administración repetida como una vez al mes o una vez por semana.

Los métodos de la presente invención también pueden tener en cuenta la vía o régimen de administración, ya que la respuesta puede ser dependiente del régimen de tratamiento aplicado. En una modalidad, la predicción o indicación de respuesta se basa en que se administra un anticuerpo anti-IL-20, una vez por semana. En una modalidad, ese anticuerpo se administra por vía subcutánea.

Respuesta clínica Según la indicación, el diagnóstico y la respuesta clínica pueden ser determinados por una variedad de métodos. Los pacientes que, después de la administración del agente anti - inflamatorio dado, no presentan ningún o suficientes indicios de tratamiento del trastorno para el cual son tratados se considera que no responden. Los pacientes que, por el contrario, después de la administración de un agente anti-inflamatorio dado, responden al mostrar signos adecuados de tratamiento del trastorno para el cual son tratados, se considera que responden. Signos adecuados de tratamiento varían de una enfermedad a otra y de un paciente a otro, y no implican que el paciente experimenta un tratamiento "completo", sino únicamente que se observa mejora de uno o más parámetros clínicos. La capacidad de respuesta puede ser considerada como un punto de tiempo diferente después de la dosificación del agente anti - inflamatorio y los pacientes pueden responder después de una o más dosificaciones, durante un período de tiempo corto o durante períodos más largos, pero siempre y cuando se obtenga un resultado positivo, que el paciente se considera con capacidad de respuesta.

La tasa de éxito (por ejemplo, la frecuencia de la administración de un agente anti - inflamatorio a un paciente que va a responder) puede aumentarse con base en la presente invención, además, la frecuencia de alcanzar no sólo una tasa de éxito alta sino también una fuerte respuesta en el paciente al que se administrado se puede obtener mediante el uso de la presente invención.

La respuesta clínica se puede determinar por métodos conocidos en la técnica. Las puntuaciones oficiales de la enfermedad, según lo aprobado por las autoridades gubernamentales, son preferiblemente usadas. Es decir, esas puntuaciones de enfermedad evolucionan con el tiempo, así como los futuros métodos para la obtención de una puntuación clínica se considera relevante para la presente invención.

Se contempla que un experto en la técnica es capaz de identificar parámetros clínicos relevantes para una enfermedad o trastorno dado y sólo unos pocos parámetros clínicos principales son por lo tanto incluidos en el presente documento. Las enfermedades autoinmunes se diagnostican con base en diversos criterios.

Los métodos del presente documento se refieren a indicaciones y predicciones de una respuesta de un paciente a un agente anti- inflamatorio, según la indicación y los síntomas, la respuesta esperada puede ser proyectada en diferentes puntos de tiempo. En una modalidad individual, la indicación y la predicción se relacionan con una respuesta que ha de ser obtenida dentro de 12 meses, dentro de 10 meses, dentro de 8 meses, dentro de 6 meses, dentro de 5 meses, dentro de 4 meses, dentro de 3 meses o dentro de 2 meses .

Artritis reumatoide (RA) La artritis reumatoide puede ser diagnosticada con base en los criterios definidos por el American College of Rheumatology (ACR) o similar. La capacidad de respuesta a un tratamiento puede basarse en la puntuación de grados al aplicar esos criterios. La prevención o el retraso del daño radiológico es también un objetivo para el tratamiento de RA. Los criterios mixtos del 20% del American College of Rheumatology (ACR) para mejora describen a los pacientes como "mejorados" si hay una mejora del 20% en los conteos de articulaciones sensibles e inflamadas y mejora del 20% en por lo menos tres de las cinco medidas adicionales (dolor, función física, evaluación de la salud general del paciente, evaluación de salud global del médico y los niveles de reactantes de fase aguda) . De mismo similar, ACR50 y ACR70 representan grados de mejora aún más altos para el paciente.

La eficacia de un agente anti-inflamatorio como un agente terapéutico para RA por lo tanto puede ser cuantificada con base en el número de pacientes o de la fracción de pacientes que obtiene ACR20, ACR50 y/o ACR70.

Alternativa a las puntuaciones de ACR, la progresión de la artritis reumatoide también se puede seguir mediante el uso de una puntuación de actividad de enfermedad de 28 articulaciones (DAS28) . Es un índice combinado que se ha desarrollado en Nijmegen en la década de 1980 y ha sido ampliamente usado como un indicador de la actividad de enfermedad de RA y la respuesta al tratamiento también en combinación con los criterios de respuesta de la European League Against Rehumatism (EULAR) basados en DAS. Las articulaciones incluidas en DAS28 son (bilateralmente) : articulaciones interfalángicas proximales (10 articulaciones) , articulaciones metacarpofalángicas (10) , muñecas (2), codos (2), hombros (2) y rodillas (2) . Al mirar estas articulaciones, tanto en el número de articulaciones con dolor al tocar (TJC28) e hinchazón (SJC28) se cuentan. Las mediciones de nivel de proteína C-reactiva (CRP) (en mg/1) pueden ser incluidas y el paciente también hace una evaluación subjetiva (SA) de la actividad de la enfermedad durante los 7 días anteriores en una escala entre 0 y 100, en donde 0 es "sin actividad" y 100 es "la actividad más alta posible". Con base en este documento, se calcula DAS28.

Mediante el uso de DAS, se han desarrollado varios umbrales para la actividad de enfermedad alta, actividad de enfermedad baja o incluso la remisión. La puntuación también se puede usar como criterios de respuesta, cuando el DAS de un paciente se mide en dos puntos de tiempo (por ejemplo, antes del inicio de un tratamiento y después del tratamiento) , la respuesta clínica en los pacientes puede ser evaluada.

La presente invención se refiere a la mejora de la eficacia del tratamiento de RA. Aunque varios compuestos han sido aprobados y se usan para el tratamiento de RA, el resultado del tratamiento es rara vez óptimo para todos los pacientes e implica algunos aspectos del ensayo y error ya que ningún método para predecir la eficacia de un tratamiento de la RA se ha aplicado.

Recientemente, los métodos para aumentar la eficacia de tratamiento de RA con la terapia con anticuerpos contra CD20 (Rituximab) se han descrito (documento 02011/028945 , Owczarczyk et al. 201 1, Science traslacional medicine) . En el documento O2011/028945 , diferentes subgrupos de pacientes con RA se definen con base en perfiles de expresión de los pacientes y una cierta correlación con la respuesta clínica también se incluye al identificar un subgrupo de pacientes con RA que es poco probable que respondan a la terapia anti-CD20. Un alta (por arriba del umbral) nivel de ARNm de uno o más de FcRH5 y CXCL13 aumenta la tasa de ARC50 de los pacientes con RA. Un subgrupo adicional que depende del estado de RF permite un refinamiento adicional, por lo que los criterios ARC50 se obtienen para aproximadamente 40% de los pacientes, lo que puede reflejar un subgrupo que depende de la vía de las células B, que es el sello distintivo del subconjunto linfoide y el objetivo de Rituximab.

La presente invención demuestra que un nivel de expresión alterado de los genes de las figuras 1A, IB y 2, son indicativos de una respuesta clínica que es más alta que el promedio de la respuesta clínica en los pacientes con RA.

Lupus Eritematoso (LES) Con respecto a RA, el efecto del tratamiento de SLE se puede basar en la base de los criterios de clasificación del American College of Rheumatology (ACR) . Estos criterios fueron establecidos principalmente para su uso en la investigación científica y en el ensayo clínico y no con fines de diagnóstico, por lo que no todos los pacientes con LES que pasan los criterios completos.

Esclerosis múltiple (EM) Existen varios subtipos de la enfermedad y se observa un diferente pronóstico y progresión. La United States National Múltiple Sclerosis Society en 1996 estandarizó cuatro definiciones de subtipo: como 1) remitente recidivante, 2) progresiva secundaria, 3) progresiva primaria, y 4) progresiva con recaídas. Se usan varios criterios para el diagnóstico y la evaluación, lo que complica seriamente las pruebas de fármacos potencialmente eficaces en el tratamiento de la MS . Con base en MS que es inmunomoduladores de enfermedad auto- inmune que incluyen agentes anti -inflamatorios pueden ser útiles para el tratamiento o manejo de MS .

Artritis psoriásica (PSA) La artritis psoriásica puede ser diagnosticada con base en los criterios definidos por el American College of Rheumatology (ACR) o similares. La capacidad de respuesta a un tratamiento puede basarse en la puntuación de grados al aplicar esos criterios. La prevención o el retraso del daño radiológico es también un objetivo para el tratamiento de PSA. Los criterios mixtos del 20% del American College of Rheumatology (ACR) para mejora describen a los pacientes como "mejorados" si hay una mejora del 20% en los conteos de articulaciones sensibles e inflamadas y mejora del 20% en por lo menos tres de las cinco medidas adicionales (dolor, función física, evaluación de la salud general del paciente, evaluación de salud global del médico y los niveles de reactantes de fase aguda) . De mismo similar, ACR50 y ACR70 representan grados de mejora aún más altos para el paciente.

La eficacia de un agente anti-inflamatorio como un agente terapéutico para PSA por lo tanto puede ser cuantificada con base en el número de pacientes o de la fracción de pacientes que obtiene ACR20, ACR50 y/o ACR70.

Alternativa a las puntuaciones de ACR, la progresión de la artritis psoriásica también se puede seguir mediante el uso de una puntuación de actividad de enfermedad de 28 articulaciones (DAS28) . Es un índice combinado que se ha desarrollado en Nijmegen en la década de los años ochenta y ha sido ampliamente usado como un indicador de la actividad de enfermedad de PSA y la respuesta al tratamiento también en combinación con los criterios de respuesta de EULAR. Las articulaciones incluidas en DAS28 son (bilateralmente) : articulaciones nterfalángicas proximales (10 articulaciones) , articulaciones metacarpofalángicas (10) , muñecas (2), codos (2), hombros (2) y rodillas (2) . Al mirar estas articulaciones, tanto en el número de articulaciones con dolor al tocar (TJC28) e hinchazón (SJC28) se cuentan.

Las mediciones de nivel de proteína C-reactiva (CRP) (en mg/1) pueden ser incluidas y el paciente también hace una evaluación subjetiva (SA) de la actividad de la enfermedad durante los 7 días anteriores en una escala entre 0 y 100, en donde 0 es "sin actividad" y 100 es "la actividad más alta posible" . Con base en este documento, se calcula DAS28.

Mediante el uso de DAS, se han desarrollado varios umbrales para la actividad de enfermedad alta, actividad de enfermedad baja o incluso la remisión. La puntuación también se puede usar como criterios de respuesta, cuando el DAS de un paciente se mide en dos puntos de tiempo (por ejemplo, antes del inicio de un tratamiento y después del tratamiento) , la respuesta clínica en los pacientes puede ser evaluada.

La psoriasis de la piel es un aspecto importante de la artritis psoriásica, aunque el grado de actividad en la piel no se correlaciona necesariamente con la actividad conjunta. Varios instrumentos para evaluar la psoriasis de la piel se han desarrollado. Un instrumento usado es el área de la psoriasis y el índice de severidad (PASI) . El PASI evalúa las lesiones psoriásicas individuales para eritema, grosor/induración, y descamación, y luego usa una fórmula para explicar el grado global de la superficie corporal de la piel afectada, con puntuaciones que van desde 0 hasta 72.

Los criterios de respuesta de artritis psoriásica (PsARC) se desarrollaron específicamente para los ensayos clínicos de PSA. Los PsARC se componen de cuatro medidas: 1) evaluación global por el paciente de la actividad de la enfermedad (se requiere una mejora de una escala de Likert de 1 a 5 puntos para una respuesta) , 2) evaluación global por el médico de la actividad de la enfermedad (se requiere una mejora de una escala de Likert de 1 a 5 puntos para una respuesta) , 3) dolor en las articulaciones (reducción del 30% o más en la puntuación total, se requiere la evaluación, ya sea 68 o 78 articulaciones, mediante el uso de una escala de 4 puntos para una respuesta) , y 4) la inflamación de las articulaciones (reducción de 30% o más en la puntuación total, se requiere la evaluación, ya sea 66 o 76 articulaciones, mediante el uso de una escala de 4 puntos para una respuesta) . Con el fin de ser un paciente que responde a PsARC, los pacientes deben lograr una mejora en 2 de 4 medidas, una de las cuales debe ser el dolor o la inflamación de las articulaciones, sin empeoramiento en cualquier medida.

Tratamiento Un aspecto de la invención se refiere a métodos de tratamiento basados en la información derivada de los ejemplos del presente documento. El método para predecir el éxito clínico de un agente anti-inflamatorio, posteriormente provee un método de tratamiento de pacientes identificados con ese método. Como el método de identificación de pacientes que cumplen ciertos criterios predefinidos fácilmente se puede realizar por separado del tratamiento actual del paciente, el método aplicado no incluye necesariamente un paso de determinar que el paciente cumple una serie de criterios predefinidos, aunque es una modalidad preferida de la invención. Al aplicar el método de tratamiento de conformidad con la invención, se espera que el paciente responda con un alto grado de certeza, lo cual no sería el caso sin el conocimiento previo del hecho de que el paciente cumple ciertos criterios predefinidos.

Una modalidad de conformidad con la invención se refiere a un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente en donde los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, son alterados en comparación con un nivel de referencia, que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente.

Una modalidad adicional se refiere a un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente a. que considera si los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia, b. que comprende la administración de una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente.

Además, la invención en una modalidad se refiere a un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente a. que mide si los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia, b. que comprende la administración de una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente.

Incluso adicionalmente , la invención en una modalidad se refiere a un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende; a. medir los niveles de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente b. comparar esos niveles con un nivel de referencia de esos genes, c. determinar si los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, son alterados en comparación a ese nivel de referencia d. administrar una cantidad terapéutica de un agente anti - inflamatorio a ese paciente. En alternativa a los métodos anteriores, el nivel de referencia puede ser un nivel predeterminado.

En otras modalidades, cada uno de los métodos puede incluir que el nivel de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, sea alterado en la muestra biológica en comparación con ese nivel de referencia.

Se hace referencia a la descripción en este documento anteriormente, que incluye además información detallada del método de predicción que es relevante para el método de tratamiento de la presente invención.

Un aspecto de la invención se refiere a un agente anti -inflamatorio para el tratamiento de una enfermedad o trastorno inflamatorio en un sujeto, en donde el sujeto despliega una expresión alterada de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en comparación con un nivel de referencia de esos genes.

Con respecto al método de tratamiento, se hace referencia a la descripción en este documento anteriormente, que incluye además información detallada de los métodos de predicción o de identificación, que obviamente es igualmente relevante para definir las características del agente anti-inflamatorio y el uso médico del presente documento.

Artículo de fabricación La presente invención en un aspecto adicional se refiere a un artículo de fabricación que comprende, empacados juntos, una composición farmacéutica que comprende un agente antiinflamatorio y un vehículo farmacéuticamente aceptable y una etiqueta que indica que la composición farmacéutica es para el tratamiento de un paciente que padece una enfermedad o trastorno auto-inmune con una expresión alterada de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB.

Se hace referencia a la descripción anteriormente en el presente documento, que incluye además información detallada del método de predicción que es relevante para el artículo de fabricación de la presente invención.

Agentes y kits de detección La presente invención se refiere además a una composición que comprende por lo menos un agente de detección para la determinación del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB, en particular, uno o más genes de la figura 2 y, específicamente, CFD. El agente (s) de detección puede ser un anticuerpo, una sonda o un cebador específico para cada gen que incluye ARNm y la proteína codificada por el mismo.

Un aspecto adicional de la invención se refiere a un kit que comprende un agente de detección o una composición que comprende el agente de detección, como se describió anteriormente, y las instrucciones para su uso. Un kit puede comprender además una composición de gen de referencia, en caso de que un control interno sea útil. El kit también puede incluir un agente de detección para la normalización de la expresión de un agente de detección este tipo para detectar un gen de la globulina. Además, es parte de la invención incluir una descripción sobre cómo correlacionar el nivel (es) de expresión con la probabilidad de respuesta a un agente anti-inflamatorio como se describe en el presente documento. En particular, se contempla un kit para determinar el nivel de expresión de factor D del complemento (CFD) y la evaluación del mismo.

Dianas terapéuticas Los agentes anti-inflamatorios son moduladores de vías esenciales para el fenotipo de la enfermedad o trastorno inflamatorio. Como es evidente a partir de los datos de este documento, los genes seleccionados pueden ser considerados individualmente como nuevas dianas terapéuticas para el tratamiento de enfermedades o trastornos inflamatorios, siempre que no hayan sido previamente descritos en relación con las enfermedades autoinmunes y, en particular RA.

Modalidades La invención, como se describe en el presente documento, es resumida, pero no está limitada, en las siguientes modalidades. 1. Un método para predecir la respuesta de un sujeto a un agente anti - inflamatorio que comprende: obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese sujeto, en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen(es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio. 2. Un método para predecir la respuesta de un paciente a un agente anti-inflamatorio que comprende a. medir el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese paciente y b. comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen(es) en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación a ese nivel de referencia, es predictivo de una respuesta del paciente al agente anti-inflamatorio . 3. Un método para la identificación de un sujeto con una mayor probabilidad de responder al agente antiinflamatorio que comprende: obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese sujeto, en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es) indica que un sujeto con una mayor probabilidad de responder a un agente anti-inflamatorio ha sido identificado. 4. Un método para la identificación de un paciente con una mayor probabilidad de responder al agente antiinflamatorio que comprende. a. medir el nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente b. comparar ese nivel de expresión con un nivel de referencia de ese gen (es), en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con el nivel de referencia de ese gen (es), indica que un paciente con una mayor probabilidad de responder a un agente anti-inflamatorio ha sido identificado. 5. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la expresión del factor D del complemento (CFD) se mide en una muestra biológica. 6. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y el inhibidor de serpina peptidasa, ciado B, miembro 9 (SERPINB9) se mide en una muestra biológica. 7. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o inhibidor de serpina peptidasa, ciado B, miembro 9 (SERPINB9) y/o el dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24 (ZCCHC24) es medido en una muestra biológica. 8. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o proteína relacionada con fructosamina 3 quinasa (FN3KRP) y/o secuencia homeótica de mesénquina 1 (ME0X1) se mide en una muestra biológica. 9. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o inhibidor de serpina peptidasa, ciado B, miembro 9 (SERPINB9) y/o dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24 (ZCCHC24 ) y/o proteína relacionada con fructosamina 3 quinasa (FN3KRP) se mide en una muestra biológica . 10. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o inhibidor de serpina peptidasa, ciado B, miembro 9 (SERPINB9) y/o dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24 (ZCCHC24 ) y/o proteína relacionada con fructosamina 3 quinasa (FN3KRP) y/o secuencia homeótica de mesénquina 1 (MEOX1) se mide en una muestra biológica. 11. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o el factor de crecimiento de fibroblastos 13 (FGF13) y/o la tubulina, beta 2A (TUBB2A) y/o familia de vehículo de soluto 39 (transportador de iones de metal, miembro 11) (SLC39A11) y/o tipo canal-4 de transmembrana (TMC4) se mide en una muestra biológica. 12. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión del factor D del complemento (CFD) y/o tipo proteína-2 de interacción con complejo de poro nuclear (NPIPL2) y/o proteína de dedo de zinc 880 (ZNF880) y/o familia de aldehido deshidrogenasa 5, miembro Al (ALDH5A1) se mide en una muestra biológica. 13. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o el factor de crecimiento de fibroblastos 13 (FGF13) y/o la tubulina, beta 2A (TUBB2A) y/o familia de vehículo de soluto 39 (transportador de iones metálicos, miembro 11) (SLC39A1 1) y/o tipo canal 4 de transmembrana (TMC4) y/o tipo canal-2 de interacción con complejo del poro nuclear (NPIPL2) y/o proteína de dedo de zinc 880 (ZNF880) y/o familia de aldehido deshidrogenasa 5, miembro Al (ALDH5A1) se mide en una muestra biológica. 1 . El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 4, en donde la expresión de factor D del complemento (CFD) y/o inhibidor de serpina peptidasa, ciado B, miembro 9 (SERPINB9) y/o dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24 (ZCCHC24) y/o proteína relacionada con fructosamina 3 quinasa (FN3KRP) y/o secuencia homeótica de mesénquina 1 (ME0X1) y/o factor de crecimiento de fibroblastos 13 (FGF13) y/o tubulina, beta 2A (TUBB2A) y/o familia de vehículo de soluto 39 (transportador de iones de metal, miembro 11) (SLC39A11) y/o tipo canal-4 de transmembrana 4 (TMC4) y/o tipo proteína-2 de interacción con complejo de poro nuclear (NPIPL2) y/o proteína de dedo de zinc 880 (ZNF880) y/o familia de aldehido deshidrogenasa 5, miembro Al (ALDH5A1) se mide en una muestra biológica. 15. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la expresión alterada de un gen de la figura 1A es un aumento en comparación con el nivel de referencia. 16. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la expresión alterada de un gen de la figura IB es una disminución en comparación con el nivel de referencia. 17. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión de por lo menos dos genes se comparan con los niveles de referencia individuales de los por lo menos dos genes. 18. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión de por lo menos dos genes se comparan con los niveles de referencia individuales de los por lo menos dos genes y en donde la expresión alterada de un gen de la figura 1A se incrementa en comparación con el nivel de referencia y en donde la expresión alterada de un gen de la figura IB se reduce en comparación con el nivel de referencia. 19. Los métodos de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de referencia es un nivel predeterminado. 20. Los métodos de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel predeterminado es un umbral indicativo de una respuesta medida mediante el uso de DAS28-PCR, ACR20, ACR50 y/o ACR70. 21. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la muestra biológica es una muestra de sangre o muestra de suero . 22. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la muestra biológica es una muestra de sangre completa Paxgene . 23. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la muestra biológica es la fracción de PBMC de una muestra de sangre. 24. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la muestra biológica es un subconjunto de células de una muestra de sangre. 25. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la muestra biológica es un subconjunto de células de una muestra de sangre, en donde en el subconjunto puede ser una o más de células positivas CD14+, CD4+ y CD8+. 26. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión se mide con base en ARNm. 27. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión se mide mediante el uso de PCR. 28. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde la PCR se selecciona del grupo que consiste de PCR múltiple y qRT-PCR. 29. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión se mide mediante el uso de chip de microarreglo. 30. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide por qRT-PCR y en donde el transcrito se detecta con un valor de umbral de ciclo (Ct) de 30 mediante el uso de la ID de ensayo: Hs00157263_ml (Applied Biosystems) . 31. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde el transcrito se detecta en números absolutos de por lo menos 0.03 copias de CFD pr. copia del ARNm de beta-actina (símbolo del gen ACTB) mediante el uso de ID de ensayo: Hs00157263_ml para CFD (Applied Biosystems/lnvitrogen) y Hs99999903_ml para ACTB (Applied Biosystems/Invitrogen) . 32. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde el transcrito se detecta en números absolutos de por lo menos 0.04 copias de CFD pr. copia del ARNm de beta-actina (símbolo del gen ACTB) mediante el uso de ID de ensayo: Hs00157263_ml para CFD (Applied Biosystems/Invitrogen) y Hs99999903_ml para ACTB (Applied Biosystems/Invitrogen) . 33. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde el transcrito se detecta en números absolutos de por lo menos 0.05 copias de CFD pr. copia del ARNm de beta-actina (símbolo del gen ACTB) mediante el uso de ID de ensayo: Hs00157263_ml para CFD (Applied Biosystems/Invitrogen) y Hs99999903_ml para ACTB (Applied Biosystems/Invitrogen) . 34. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde el transcrito se detecta en números absolutos de por lo menos 0.06 copias de CFD pr. copia del ARNm de beta-actina (símbolo del gen ACTB) mediante el uso de ID de ensayo: Hs00157263_ml para CFD (Applied Biosystems/Invitrogen) y Hs99999903_ml para ACTB (Applied Biosystems/Invitrogen) . 35. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) está por arriba de 9.5 en una escala de log2 de valores de expresión normalizados de RMA o GC-RMA cuando se mide mediante el uso del chip de microarreglo . 36. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión se mide indirectamente con base en uno o más SNPs. 37. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNPs correlacionados con la expresión de CFD. 38. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNPs en el haplobloque de CFD. 39. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNP de seleccionados del grupo de: rsl683565, rsl683591, rsl683590, rsl683569, rsl683574, rsl651888, rs2930894, rs2930891, rs4417648, rsl651891, rsl651890 y rs2930898. 40. Los métodos de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el nivel de expresión de CFD se mide indirectamente por la presencia de la AG o el genotipo GG de SNP rs1683591. 41. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores 1 a 25, en donde el nivel de expresión se mide en el nivel de proteína. 42. El método de conformidad con la modalidad 41, en donde el nivel de expresión se mide mediante el uso de anticuerpo. 43. El método de conformidad con la modalidad 41, en donde el nivel de expresión se mide mediante el uso de un análisis del proteoma . 44. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el sujeto o paciente es un paciente que padece una enfermedad o trastorno inflamatorio. 45. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el paciente padece una enfermedad o trastorno auto- inmune. 46. El método de conformidad con la modalidad 44 o 45, en donde el paciente padece artritis reumatoide (RA) , lupus eritematoso sistémico (SEL) , esclerosis múltiple (MS) , enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) , artritis psoriásica (PSA) o artritis psoriásica. 47. El método de conformidad con 46, en donde el paciente padece de la RA. 48. El método de conformidad con las modalidades 44 a 47, en donde el paciente es tratado o ha sido tratado con MTX. 49. El método de conformidad con las modalidades 44 a 48, en donde el paciente responde inadecuadamente al tratamiento con MTX. 50. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores 44 a 49, en donde el paciente es tratado con un inhibidor de TNF-alfa. 51. El método de conformidad con las modalidades 44 a 50, en donde el paciente es intacto al tratamiento con inhibidor de TNF-alfa. 52. El método de conformidad con las modalidades 44 a 51, en donde el paciente responde inadecuadamente al tratamiento inhibidor de TNF-alfa. 53. El método de conformidad con las modalidades 44 a 52, en donde el paciente responde inadecuadamente a una o más terapias aplicables para esa enfermedad o trastorno inflamatorio. 54. El método de conformidad con las modalidades 44 a 53, en donde el paciente responde inadecuadamente a tratamiento de MTX e inhibidor de TNF-alfa. 55. El método de conformidad con las modalidades 44 a 54, en donde el paciente es positivo para RF . 56. El método de conformidad con las modalidades 44 a 55, en donde el paciente es negativo para FR. 57. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un anticuerpo. 58. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista del receptor. 59. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más miembros de la familia de la IL-10. 60. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-10, IL-19, IL-20, IL-22, IL-24 e IL-26. 61. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-19, IL-20 e IL-24. 62. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20. 63. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20, que reduce la activación mediada por IL-20 tanto de los receptores de IL-20R1/IL-20R2 como de los receptores de IL-22R/IL-20R2. 64. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de la IL-20, que reduce la activación mediada por IL-20 tanto de los receptores de IL-20R1/IL-20R2 como los receptores de IL-22R/IL-20R2 , pero no la activación mediada por el receptor IL19 o IL24. 65. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores, en donde el agente anti-inflamatorio es un anticuerpo anti -IL-20 humano. 66. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un sujeto, en donde el nivel de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB es alterado en comparación con un nivel de referencia, que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti - inflamatorio a ese sujeto. 67. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende: a. considerar si los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia, b. administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente. 68. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende a. medir si los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia, b. administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente. 69. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende: a. medir los niveles de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente , b. comparar esos niveles con un nivel de referencia de esos genes, c. determinar si los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, son alterados en comparación a ese nivel de referencia y d. administrar una cantidad terapéutica de un agente anti - inflamatorio a ese paciente. 70. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores 68 a 69, en donde el nivel de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, es alterado en la muestra biológica en comparación a ese nivel de referencia. 71. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores 68 a 70, en donde el método se caracteriza por cualquiera o más de las características de las modalidades anteriores 15 a 65. 72. Un artículo de fabricación que comprende, empacados juntos, una composición farmacéutica que comprende un agente anti- inflamatorio y un vehículo farmacéuticamente aceptable y una etiqueta que indica que la composición farmacéutica es para el tratamiento de un paciente que padece una enfermedad o trastorno auto-inmune con una expresión alterada de uno o más de los genes de la figura 1. 73. El artículo de fabricación de conformidad con la modalidad 72, en donde el artículo es caracterizado por cualquiera o más de las características de las modalidades anteriores 5 a 46. 74. Un agente anti-inflamatorio para el tratamiento de una enfermedad o trastorno inflamatorio en un sujeto, en donde el sujeto despliega un nivel de expresión alterado de uno o más de los genes de la figura 1, en comparación con un nivel de referencia de esos genes. 75. El agente anti - inflamatorio de conformidad con la modalidad 74, que se caracteriza por cualquiera o más de las características de las modalidades anteriores 15 a 65. 76. Una composición que comprende por lo menos el agente de detección para la determinación del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB. 77. La composición de la modalidad 76, en donde el agente de detección es para determinar la expresión del factor D del complemento (CFD) . 78. La composición de la modalidad 76, en donde el agente de detección es una sonda de CFD. 79. La composición de la modalidad 76, en donde el agente de detección es un cebador de CFD. 80. La composición de la modalidad 76, en donde el agente de detección es un cebador para la detección de una expresión de SNP correlacionado con CFD. 81. La composición de la modalidad 76, en donde el agente de detección es uno o más de cebadores para la detección de una expresión de SNP correlacionado con CFD, seleccionado de rsl683565, rsl683591, rsl683590, rsl683569, rsl683574, rsl651888, rs2930894, rs2930891, rs4417648, rsl651891, rsl651890 y rs2930898. 82. Un kit que comprende una composición de conformidad con cualquiera de las modalidades 76 a 81 e instrucciones para su uso. 83. El kit de la modalidad 82, que comprende además una muestra de referencia. 84. El kit de las modalidades 82 a 83, que comprende además un agente de detección para la normalización . 85. El kit de las modalidades 82 a 84, en donde las instrucciones de uso incluyen una descripción sobre la manera de correlacionar el nivel (es) de expresión con la probabilidad de respuesta. 86. El kit de las modalidades 82 a 85, en donde el kit es para la determinación de la probabilidad de que un paciente responda a un agente anti-inflamatorio . 87. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti-inflamatorio, por lo menos una prueba ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia. 88. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende la administración de una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti-inflamatorio, por lo menos una prueba ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una biológica muestra de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti- inflamatorio . 89. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente antiinflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti -inflamatorio, se ha determinado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de la las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia . 90. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti - inflamatorio, se ha determinado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen(es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio . 91. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende la administración de una cantidad terapéutica de un agente antiinflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti- inflamatorio, por lo menos una prueba, de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 43, ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia . 92. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente antiinflamatorio a ese paciente. 93. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti -inflamatorio, por lo menos una prueba, de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 43, ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio . 94. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende la administración de una cantidad terapéutica de un agente antiinflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti- inflamatorio, se ha determinado, de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 43, que los niveles de expresión de uno o más de los los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia. 95. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, que comprende la administración de una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti -inflamatorio, se ha determinado, de conformidad con cualquiera de las modalidades 1 a 43, que los niveles de expresión de uno o más de los los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen(es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio. 96. El método de conformidad con las modalidades 87 a 94, en donde el sujeto o paciente es un paciente que padece una enfermedad o trastorno inflamatorio. 97. El método de conformidad con las modalidades 87 a 94, en donde el paciente padece una enfermedad o trastorno auto-inmune . 98. El método de conformidad con la modalidad 87- 96, en donde el paciente padece de artritis reumatoide (RA) , lupus eritematoso sistémico (SLE) , esclerosis múltiple (MS) , enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) , artritis psoriásica (PSA) o artritis psoriásica. 99. El método de conformidad con 97, en donde el paciente padece RA. 100. El método de conformidad con las modalidades 87 a 98, en donde el paciente es tratado o ha sido tratado con MTX. 101. El método de conformidad con las modalidades 87 a 99, en donde el paciente responde inadecuadamente al tratamiento con MTX. 102. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades anteriores 87 a 100, en donde el paciente es tratado con un inhibidor de TNF-alfa. 103. El método de conformidad con las modalidades 87 a 101, en donde el paciente es intacto al tratamiento con inhibidor de TNF-alfa. 104. El método de conformidad con las modalidades 87 a 103, en donde el paciente responde inadecuadamente al 9 tratamiento con inhibidor de TNF-alfa. 105. El método de conformidad con las modalidades 87 a 103, en donde el paciente responde inadecuadamente a una o más terapias aplicables para la enfermedad o trastorno inflamatorio. 106. El método de conformidad con las modalidades 87 a 104, en donde el paciente responde inadecuadamente al tratamiento con MTX e inhibidor de TNF-alfa. 107. El método de conformidad con las modalidades 87 a 105, en donde el paciente es positivo para RF. 108. El método de conformidad con las modalidades 87 a 106, en donde el paciente es negativo para RF. 109. El método de conformidad con las modalidades 87 a 107, en donde el agente anti-inflamatorio es un anticuerpo. 110. El método de conformidad con las modalidades 87 a 108, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista del receptor. 111. El método de conformidad con las modalidades 87 a 109, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más miembros de la familia de la IL-10. 112. El método de conformidad con las modalidades 87 a 110, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-10, IL19, IL-20, IL-22, IL-24 e IL-26. 113. El método de conformidad con las modalidades 87 a 111, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-19, IL-20 e IL-24. 114. El método de conformidad con las modalidades 87 a 112, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20. 115. El método de conformidad con las modalidades 87 a 113, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20, que reduce la activación mediada por IL-20 tanto de los receptores IL-20R1/IL-20R2 como de los receptores IL-22R/IL-20R2. 116. El método de conformidad con las modalidades 87 a 114, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20, que reduce la activación mediada por IL-20 tanto de los receptores IL-20R1/IL-20R2 como de los receptores IL-22R/IL-20R2 , pero no la activación del receptor mediada por IL19 o IL24. 117. El método de conformidad con las modalidades 87 a 115, en donde el agente anti-inflamatorio es un anticuerpo anti-IL-20 humano. 118. Un método de tratamiento de una enfermedad inflamatoria que comprende administrar una cantidad farmacéuticamente efectiva de un agente anti-inflamatorio a un paciente con una enfermedad inflamatoria que tiene un perfil de expresión en el cual la expresión de un primer biomarcador es incrementada en relación a la expresión del primer biomarcador en una persona que no responde al agente anti-inflamatorio, en donde el primer biomarcador es el factor D del complemento (CFD) . 119. El método de la modalidad 118, en donde la expresión de CFD de en el paciente con la enfermedad inflamatoria es por lo menos una desviación estándar más alta que la expresión de CFD en la persona que no responde al agente anti-inflamatorio. 120. El método de la modalidad 118, en donde la enfermedad inflamatoria es una enfermedad o trastorno autoinmune . 121. El procedimiento de la modalidad 120, en donde la enfermedad o trastorno autoinmune se selecciona del grupo que consiste de artritis reumatoide (RA) , lupus eritematoso sistémico (SLE) , esclerosis múltiple (MS) , enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) , y artritis psoriásica (PSA) . 122. El método de conformidad con la modalidad 121, en donde la enfermedad autoinmune es RA. 123. El método de la modalidad 118, en donde el paciente con una enfermedad inflamatoria tiene un perfil de expresión en eL nual la expresión de un segundo biomarcador es incrementada en relación con la expresión del segundo biomarcador en una persona que no responde al agente antiinflamatorio, en donde el segundo biomarcador es SERPINB9 (inhibidor de serpina depeptidasa y ciado B (ovoalbúmina) , miembro 9) . 124. El método de la modalidad 118, en donde el paciente con una enfermedad inflamatoria tiene un perfil de expresión en el cual la expresión de un segundo biomarcador es incrementada en relación con la expresión del segundo biomarcador en una persona que no responde al agente antiinflamatorio, en donde el segundo biomarcador se selecciona de uno o más del grupo que consiste de SERPINB9 (inhibidor de serpina peptidasa, ciado B (ovoalbúmina) miembro 9) y ZCCHC24 (dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24) . 125. El método de la modalidad 118, en donde el paciente con una enfermedad inflamatoria tiene un perfil de expresión en donde la expresión de un segundo biomarcador es incrementada en relación con la expresión del segundo biomarcador en una persona que no responde al agente antiinflamatorio, en donde el segundo biomarcador se selecciona de uno o más del grupo que consiste de SERPINB9 (inhibidor de serpina peptidasa, ciado B (ovoalbúmina) miembro 9) , ZCCHC24 (dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24) , FN3 RP (proteína relacionada con fructosamina 3 quinasa) , FN3KRP (proteína quinasa relacionada con fructosamina 3) , MEOX1 (secuencia homeótica de mesénquina 1) , FGF13 (factor de crecimiento de fibroblastos 13) , TUBB2A (tubulina, beta 2A) , SLC39A11 (familia de vehículo de soluto 39 (metal transportador de iones) , miembro 11) , TMC4 (tipo canal-4 de transmembrana) , NPIPL2 (tipo proteína-2 de interacción con complejo de poro nuclear), ZNF880 (proteína de dedo de zinc 880), y ALDH5A1 (familia de aldehido deshidrogenasa 5, miembro Al) . 126. El método de conformidad con las modalidades 1 18 a 125, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-10, IL-19, IL-20, IL-22, IL-24 e IL-26. 127. El método de conformidad con las modalidades 118 a 126, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-19, IL-20 e IL-24. 128. El método de conformidad con una modalidades 118 a 127, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20. 129. Un método de tratamiento de una enfermedad autoinmune que comprende : identificar un paciente con una enfermedad autoinmune ; determinar que el paciente expresa un primer biomarcador, en donde el primer biomarcador es el factor D del complemento (CFD) ; seleccionar un agente anti-inflamatorio como un tratamiento para el paciente con base en un reconocimiento de que el agente anti-inflamatorio es eficaz en pacientes con la enfermedad autoinmune en la que un perfil de expresión del primer biomarcador es incrementado en relación con la expresión del primer biomarcador en un sujetos que no responden al agente anti-inflamatorio; y administrar el agente anti - inflamatorio para el paciente . 130. El método de la modalidad 129, en donde la enfermedad o trastorno autoinmune se selecciona del grupo que consiste de artritis reumatoide (RA) , lupus eritematoso sistémico (SLE) , esclerosis múltiple (MS) , enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) y artritis psoriásica (PSA) . 131. El método de conformidad con la modalidad 130, en donde la enfermedad autoinmune es artritis reumatoide. 132. El método de la modalidad 129, en donde la selección de un agente anti-inflamatorio como un tratamiento para el paciente comprende además un reconocimiento de que el agente anti-inflamatorio es eficaz en pacientes con enfermedad autoinmune en la que un perfil de expresión de un segundo biomarcador es incrementado en relación con la expresión del segundo biomarcador en un sujeto que no responde al agente anti-inflamatorio; y en donde el segundo biomarcador se selecciona de uno o más del grupo que consiste de SERPINB9 (inhibidor de serpina peptidasa, ciado B (ovoalbúmina) miembro 9), ZCCHC24 (dedo de zinc, que contiene dominio CCHC 24), FN3KRP (proteína relacionada con fructosamina 3 quinasa) , FN3KRP (proteína quinasa relacionada con fructosamina 3) , MEOX1 (secuencia homeótica de mesénquina 1) , FGF13 (factor de crecimiento de fibroblastos 13) , TUBB2A (tubulina, beta 2A) , SLC39A11 (familia de vehículo de soluto 39 (transportador de iones metálicos) , miembro 11) , TMC4 (tipo canal -4 de transmembrana) , NPIPL2 (tipo proteína-2 de interacción con complejo de poro nuclear) , ZNF880 (proteína de dedo de zinc 880) , y ALDH5A1 (familia de aldehido deshidrogenasa 5, miembro Al) . 133. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 129 a 132, en donde el agente antiinflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-10, IL-19, IL-20, IL-22, IL-24 e IL-26. 134. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 129 a 133, en donde el agente antiinflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-19, IL-20 e IL-24. 135. El método de conformidad con cualquiera de las modalidades 129 a 134, en donde el agente anti-inflamatorio es un antagonista de IL-20. 136. El método de la modalidad 129, en donde la determinación de que el paciente expresa un primer biomarcador comprende la medición de ARNm. 137. El método de la modalidad 136, en donde la medición de ARNm implica PCR múltiple y qRT-PCR. 138. El método de la modalidad 129, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNPs correlacionados con expresión de CFD. 139. El método de la modalidad 129, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNPs en el haplobloque de CFD. 140. El método de las modalidades 138 a 139, en donde el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNPs seleccionados del grupo de: rsl683565, rsl683591, rsl683590, rsl683569, rsl683574, rsl651888, rs2930894, rs2930891, rs4417648, rsl651891, rsl651890 y rs2930898. 141. Los métodos de modalidad 140, en donde el nivel de expresión de CFD se mide indirectamente por la presencia de la AG o el genotipo GG de SNP rsl683591. 142. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti-inflamatorio, por lo menos una prueba ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia. 143. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti- inflamatorio, por lo menos una prueba ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen(es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio. 144. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti -inflamatorio, se ha determinado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia . 145. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti- inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti- inflamatorio, se ha determinado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio.

Métodos generales Purificación de AR total El ARN total se puede obtener a partir de cualquier tipo de muestra biológica por diversos métodos conocidos por el experto en la técnica.

Los ejemplos en este documento se basan en los datos obtenidos mediante el uso del PAXGene blood RNA KIT IVD (QIAGEN) , que son particularmente adecuados para las muestras que se recolectan en las horas extras y para ser analizados posteriormente. Las muestras de sangre PaxGene fueron manejadas según las instrucciones del fabricante (Qiagen) y se aisló el ARN total según el protocolo para el PaxGene Blood RNA KIT (QIAGEN) .

Reducción de ARNm de globina Una reducción de ARNm de globina en una muestra de ARN total se puede obtener mediante el uso del kit GLOBINCIear (Applied Biosystems, Foster City, CA, E.U.A.) según las instrucciones del fabricante.

Confirmación de la integridad del ARN Es aconsejable confirmar la integridad de las muestras de ARN antes de realizar más análisis.

El Agilent 2100 Bioanalyzer y Nanochips de ARN total (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, E.U.A.) se puede usar, según las instrucciones del fabricante. En general, una muestra que dé un número de la integridad del ARN (puntuación de RIN) por arriba de 7 se considera aceptable para su posterior análisis.

Hibridación, escaneo y análisis de Affymetrix GeneChip Mediante el uso de una muestra de ARN total, ARNc etiquetado (objetivos) es/son preparados a partir de cincuenta nanogramos de ARN total por un 3' IVT Express Kit (Affymetrix, Santa Clara, Ca, E.U.A.) según las instrucciones del fabricante. Cócteles de hibridación se prepararon como se describe por el fabricante y se hibridaron en Genoma Humano U133 Plus 2.0 GeneChips ® (Affymetrix) a 45 °C durante 17 horas (60 rpm) en un horno de hibridación 640 (Affymetrix) . Después de la hibridación, los GeneChips se lavaron y se tiñeron en una estación de fluidos GeneChip® 450 mediante el uso del protocolo de fluidos "EukGE-WS2v5_450" (Affymetrix) . La GeneChips® son escaneados en un escáner 3000 de GeneChip® (Affymetrix) . El resultado, los "archivos *.cel" se usaron para normalización por RMA (multiarreglo robusto promedio) de los datos GeneChip mediante el uso del entorno R y el paquete Bioconductor" Affy "que se puede encontrar en la URL: cran.r project.org & bioconductor.org.

El análisis estadístico de los datos de microarreglos se realiza con las herramientas de código abierto disponibles en el entorno de programación estadística, R (disponible en la URL: cran.r-project.org), así como con QluCore Omics explorer 2.2 (QluCore AB, Suecia) . Los microarreglos son normalizados por RMA (multiarreglo robusto promedio) mediante el uso del paquete Affy (disponible en la URL: cran.r-project.org) y los archivos personalizado de definición de chip (HGU133Plus2_Hs_ENSG) disponible en la URL: brainarray.mbni.med.umich.edu) Predicciones multivariadas se realizaron mediante el uso del software Simca-P +11 (Umetrics, Umea, Suecia), y la herramienta de mínimos cuadrados parciales (PLS) .

Curvas de ROC (característica operativa del receptor) se preparan mediante el uso de GraphPad Prism 5 (GraphPad Software, CA, E.U.A.).

RT-PCR cuantitativa El análisis cuantitativo de RT-PCR se lleva a cabo mediante la preparación de 25 microlitros de ADNc a partir de 200 ng de ARN total mediante el uso de cebadores aleatorios y reactivos de transcripción inversa TaqMan (Applied Biosystems, Foster City, CA, E.U.A.) según las instrucciones del fabricante.

El análisis de qPCR se realizó en un volumen total de 25 microlitros en duplicados de cada muestra (6.95 microlitros de una dilución de 10 veces de ADNc) , mediante el uso de reactivos básicos de TaqMan PCR (Applied Biosystems) y el Sistema de Detección de Secuencia ABI PRISM® 7900HT (Applied Biosystems) .

Los niveles de expresión de ARNm de CFD, AR m de ACTB y ARNr de 18S se determinan mediante el uso de los cebadores y sondas marcadas con FAM para ARNm de CFD y ARNr de 18S. Los cebadores y sondas fueron ordenados como ensayos sobre demanda (Applied Biosystems) . Secuencias de sonda para estos ensayos fueron como sigue: CFD (CCTGCTGCTACAGCTGTCGGAGAAG (ID de Ensayo: Hs00157263_ml) ) , ACTB (CCTTTGCCGATCCGCCGCCCGTCCA (ID de Ensayo: Hs Hs99999903_ml) , y ARNr de 18s (TGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAG; ensayo Hs99999901_sl) . Los datos se analizaron mediante el uso del software ABI Prism SDS 2.2 (Applied Biosystems), y los niveles de expresión se normalizaron a ARNr de 18S o ARNr de ACTB.

Un ensayo confiable del producto de PCR debe ser detectable dentro del ciclo (valor de Ct) 26 en el ensayo de CFD (ID: Hs00157263_ml) , y la detección de ARNr de 18S (ID de ensayo Hs99999901_sl) deberá obtenerse al Ct = 12.5. La normalización también se podría hacer mediante el cálculo de un valor de delta-Ct, o mediante el uso de curvas estándares de plásmido diluido que codifica CFD, ACTB y 18S, y que relaciona el número de copias de CFD con el número cuantificado de copias de ACTB o 18S.

En lo anterior, los identificadores oficiales de símbolo de genes se usan para los transcritos analizados.

Ej emplos Ejemplo 1 - Identificación de transcritos de predicción Muestras de sangre de un ensayo de fase Ib y fase 2a que examina la seguridad, tolerabilidad y eficacia de anti-IL-20 en pacientes con artritis reumatoide (RA) ( identificadores clinicaltrials.org: NCT01038674 y NCT01282255) se obtuvieron de los pacientes en los siguientes puntos de tiempo: antes de la dosificación (día 1) y después de la dosificación en el día 8, 15, 29, 43, y el día 99 en el ensayo de fase Ib y antes de la dosificación (día 1) y después de la dosificación en el día 15, 36 en el ensayo de fase 2a. Los pacientes fueron dosificados una vez por semana durante un período de 6 semanas (en total 7 dosis) y durante un período de 11 semanas (en total 12 dosis) , respectivamente .

El ARN total se obtuvo como se describió anteriormente. Después de la reducción de ARNm de globina y la confirmación de la integridad del AR , las muestras de ARN se analizaron mediante hibridaciones de Affymetrix GeneChip de acuerdo con el procedimiento descrito anteriormente.

Para identificar los transcritos en las muestras de sangre total PaxGene que se correlacionan con los cambios en DAS28-CRP y otras medidas de puntuación de enfermedades como ACR20, ACR50 y ACR70, se realizó un análisis de regresión de los perfiles de expresión de pacientes individuales inscritos en los ensayos de fase Ib y Fase 2a que examinaron el efecto del anticuerpo anti-IL20 en pacientes con RA. Con base en las muestras obtenidas principalmente en la pre-dosis (línea basal) y en el día 8, 15, 29, 36 y 43, los transcritos que presentan estabilidad relativa en el tiempo, y por lo tanto marcadores de estratificación antes de la dosificación adecuados, se seleccionaron.

También se persiguió un enfoque multivariado para correlacionar los puntos de datos de microarreglos obtenidos de la eficacia clínica. Mediante el uso de proyección de mínimos cuadrados parciales (PLS) para las estructuras latentes se identificó la mejor combinación de las transcripciones para predecir el efecto clínico en pacientes individuales dosificados con anti-IL20. El modelo de PLS identificado fue validado en forma cruzada por una prueba de permutación (reducción de los coeficientes R2 para la correlación entre los datos observados y predichos de 0.8 a 0.1) . Esto indicó que el modelo de PLS fue válido y no se sobreajustó. Una predicción basada en PLS se puede hacer con cualquier herramienta de software de análisis multivariado (como Simca-P+11 (Utnetrics) o Unscrambler (CAMO software AS, Oslo, Noruega) . Inicialmente , la predicción de multivariantes se hizo mediante el uso de 18954 puntos de datos a partir de los microarreglos de Affymetrix. Un ejemplo de un conjunto de 14 transcripciones de predicción se muestra en la figura 2.

Un gen de interés en el modelo de predicción de basado multivariada fue el Factor D de Complemento (CFD) , también conocido como Adipsin. El nivel del transcrito de CFD entre los pacientes con RA se muestra en la figura 3. El nivel de expresión de ARNm en los pacientes individuales es estable en el tiempo, pero con una variación pronunciada entre los pacientes. La diferencia entre el paciente con el nivel más bajo de ARNm de CFD para el paciente con el nivel más alto fue de aproximadamente 8 veces.

Como se muestra en la figura 1, CFD también estuvo entre los transcritos correlacionados positivamente en el análisis de regresión univariado. Juntos, estos hallazgos impulsaron el examen de la utilidad de la CFD como un predictor de respuesta alta en pacientes con RA a los que se dosificó anticuerpo. Esto se hizo mediante la preparación de las curvas de Características de Operación del Receptor (ROC) como se muestra en la figura 4 (respuesta a ACR50) , y en la figura 5 (respuesta a ACR70) . El área ba o la curva (AUC) para la respuesta a ACR50, se encontró que era 0.81 (p = 0.00068) indicativo de una buena predicción de las respuestas de ACR50 basadas en los niveles de ARNm de CFD.

Para probar si el ARNm de CFD puede ser un predictor de altas respuestas en los ensayos de RA con anti-IL20, los umbrales de una clasificación óptima de los pacientes se definieron en aquellos que respondieron y aquellos que no respondieron a ACR50, así como para aquellos que respondieron y aquellos que no respondieron a ACR70. Esto se hizo con un nivel medio de ARNm de CFD obtenido de las cuatro muestras recolectadas en el día 1 (pre-dosis) , y después de la dosis en el día 15 y 36. Como se describió anteriormente, el nivel de ARNm de CFD resultó ser estable en el tiempo en estas visitas. Para la clasificación de ACR50 se encontró un umbral de ARNm de CFD de 10.32 (escala log2 de niveles de microarreglo de Affymetrix normalizado por RMA) (indicado por la X en la figura 4) .

Cuando se aplica este umbral (10.32 o superior) en los pacientes con RA dosificados con anticuerpo anti-IL20 en los datos de los ensayos de fase 2a, se encontró que la tasa de respuesta a ACR50 fue significativamente mayor de 37% a 65% (figuras 7A y 7B) . Aproximadamente la mitad de los pacientes incluidos en el ensayo de fase 2a se incluiría en la aplicación de un umbral de inclusión de 10.32 o más.

Asimismo, para las respuestas a ACR70, se encontró un umbral de 10.32 en los pacientes con RA dosificados para aumentar la tasa de respuesta del 25% a 45%. El enriquecimiento de las tasas de respuesta al aplicar un umbral de 10.32 se visualiza en las figuras 7A y 7B.

En los individuos a los que dosificó placebo del ensayo de fase 2a, la tasa de respuesta a ACR50 en pacientes que tienen un nivel de AR m de CFD de 10.32 o superior fue de 17% en comparación con 11 en pacientes con un nivel de ARNm de CFD por debajo de 10.32. Para ACR70, las tasas de respuesta en pacientes que recibieron dosis de placebo con un nivel de ARNm de CFD de 10.32 o superior fue de 8% en comparación con 0% en los pacientes con un nivel de ARNm de CFD por debajo de 10.32.

Con base en el análisis anterior, se concluyó que el nivel ARNm de CFD fue un buen predictor de la alta respuesta a anti-IL-20 en pacientes con RA, y que los aumentos significativos especialmente en respuestas a ACR50 y ACR70 se podrían obtener si sólo se incluyeran pacientes con RA con un nivel ARNm de CFD de 10.32 o más.

Ejemplo 2 - Correlación de qRT-PCR con datos del arreglo Para examinar si la medición de la línea basal de ARNm de CFD (antes de la dosis) por sí sola se correlaciona con los niveles de ARNm de CFD de los diferentes puntos de tiempo evaluados en el análisis de microarreglos, qRT-PCR se realizó en ARNm de CFD en muestras antes de la dosis disponibles y se correlacionó a estos con la niveles CFD de los microarreglos registrados. Se realizaron análisis de RT-PCR cuantitativa como se describió anteriormente en este documento y datos obtenidos a partir de análisis por duplicado de cada una de las muestras de ADNc . Los niveles de ARNm de CFD de la plataforma de qRT-PCR se normalizaron a los niveles de ARNr de 18S, que también fueron determinados por qRT-PCR. Para correlacionar los niveles de microarreglos para los niveles de qRT-PCR, los niveles de microarreglos normalizados de ARN fueron transformados a una escala lineal. Como se muestra en la figura 6, un alto grado de correlación (R2 = 0.86) entre las mediciones de qRT-PCR en la línea basal y las mediciones de microarreglos de varias visitas. Esto indica que una estratificación basada en CFD de pacientes con RA en la línea basal (antes de la dosificación) es factible, ya que los otros transcritos predictivos descritos en la figura 1 y la figura 2 como CFD se identificaron no sólo mediante la correlación de muestras de línea basal, sino a varios puntos de tiempo en el ensayo de fase 2a, éstos también han sido seleccionados para mostrar estabilidad en el tiempo (como se ejemplifica en las correlaciones de CFD en la figura 6) . Los transcritos que se describen en el presente documento son, por tanto, especialmente adecuados para una estratificación de predicción antes de la dosis de los pacientes que respondieron bien.

Para obtener una estratificación basada en datos de qRT-PCR que se asemejan a la estratificación obtenida con un umbral de 10.32 mediante el uso de los datos de microarreglo, el producto de PCR debe ser detectado dentro del ciclo (valor de Ct) 26 en el ensayo de CFD (ID: Hs00157263_ml) ) , y la detección de AR r de 18S (ensayo Hs99999901_sl ) se debe obtener con un Ct = 12.5. Estos valores corresponden a aproximadamente el 10.25 en la escala de RMA de valores de microarreglos como se estima con base en las muestras de un paciente individual para el cual dos detecciones de arreglo están cerca de 10.32, con un promedio de 10.24. Mediante el uso del ensayo de qRT-PCR, la detección de CFD en este paciente se obtiene con un valor de Ct de 26 y con el control de 18S que tiene un valor de Ct de 12.5) .

También es posible medir el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) por qRT-PCR, en donde los números absolutos de por lo menos 0.04 copias para CFD pr. copia de beta-ARNm de acción prolongada (símbolo del gen ACTB) mediante el uso de ID de ensayo: . Hs00157263_ml para CFD (Applied Biosystems/Invitrogen) y Hs99999903_ml para ACTB (Applied Biosystems/Invitrogen) es el valor del umbral para una mejor respuesta.

Ejemplo 3 - Relevancia de enfermedad de los niveles de ARNm de CFD en muestras de PaxGene Para evaluar si los niveles de CFD en sangre periférica de pacientes con RA se podrían correlacionar con los marcadores de actividad relevante en la articulación local, se recolectaron PaxGene pareado (sangre completa) y muestras de líquido sinovial. El factor D del complemento es la serina proteasa de inicio en la activación de la vía del complemento alternativa, y escinde C3b que está en complejo con el factor B, en C3bBb y Ba. C3bBb es una C3 convertasa que escindirá moléculas de C3 adicionales en C3a y C3b. Puesto que la molécula de Bb es única para la activación de complemento alternativa, los niveles de proteína de Bb sirven como un marcador de actividad de esta vía. Hay pruebas sólidas que apoyan tanto la activación del complemento clásica como la alternativa para participar en la fisiopatología de la artritis reumatoide.

Un ensayo de BB más EIA (MicroVue Cat # A027) (un ensayo que mide la cantidad de fragmento de complemento Bb en el plasma o suero humano) se preparó de acuerdo con el protocolo del kit.

Un regulador de pH de lavado (x20) se diluyó en agua desionizada. 1% de HBR1 (un reactivo de bloqueo heterófilo (HBR1) 18.42 mg/ml, de Scantibodies lab. Parte 3KC533) se añadió al reactivo hidratante y 1% de HBr se añadió al diluyente del espécimen del complemento (80 µ? de HBRl + 7.92 mi) . El estándar de reconstitución y los controles se diluyeron en 1 mi de Reactivo Hidratante/HBRl y se dejó reposar durante 15 minutos. Las muestras se diluyeron 10 veces (45 µ? 405 µ?) y 20 veces (22 µ? 418 µ?) en diluyente de espécimen de complemento +1% de HBRl.

Las muestras fueron previamente lavadas 3 veces y se incubaron con 100 µ? de estándar durante 30 minutos, se lavó 5 veces, se incubaron durante 30 min con 50 µ? de conjugado, se lavó 5 veces, se incubaron 15 min con sustrato 100 µ? y finalmente se detuvo con solución de detención de 100 µ?.

La absorbancia se determinó mediante un lector de ELISA fijado a 450 nm (Ref en 600-690 nm) con ajuste de curva lineal.

Al usar el análisis MicroVue Bb Plus EIA y HBRl, los inventores de la presente han sido capaces de medir los niveles de Bb en el líquido sinovial de pacientes con RA. Cuando se grafican estos niveles en contra de los niveles de AR m de CFD en muestras de PaxGene pareados de los mismos pacientes, se encontró una correlación significativa, como se muestra en la figura 8.

Este hallazgo muestra que los niveles de ARNm de CFD en sangre completa de pacientes con RA, son indicativos del estado de activación de la vía alternativa del complemento en el conjunto local.

Dado que los niveles de ARNm de CFD en sangre completa de pacientes con RA se correlaciona con el estado de activación de la vía del complemento alternativa en la articulación local (correlación entre el ARNm de CFD en muestras de PaxGene y los niveles de Bb en los niveles de líquido sinovial pareados) , se puede especular que los niveles de ARNm de CFD en muestras de PaxGene de pacientes con RA también podrían ser un predictor de terapias dirigidas a la activación del complemento.

Ejemplo 4 - Análisis mediante el uso de polimorfismos de núcleotido único (SNFs) Como una alternativa para medir los niveles de ARNm de CDF en muestras de PaxGene, los análisis de ciertos polimorfismos de nucleótido único (SNP) en el haplobloque de CFD podrían proveer un método conveniente de predicción de la respuesta. La distribución bimodal de ARNm de CFD en PaxGene y otras muestras indican claramente que los polimorfismos genéticos podrían ser una explicación fundamental para el patrón de expresión de ARNm de CFD. Un experto en la técnica puede realizar análisis de loci de expresión de rasgos cuantitativos (eQTL) para CFD, e identificar correlaciones o asociaciones de SNP a los niveles de expresión de CFD. Un ejemplo de un SNP que muestra fuertes asociaciones a los niveles de expresión de ARNm de CFD en el haplobloque de CFD y sus genes vecinos tiene la identidad rsl683565. La medición de este SNP, u otros SNPs que muestran fuerte desequilibrio de enlace a rsl683565 se puede hacer por varios métodos diferentes, que incluyen, pero no se limitan a, métodos de hibridación (por ejemplo, microarreglos de SNP) y métodos basados en enzima (por ejemplo, métodos de PCR y polimorfismo de longitud de fragmento de restricción) . Otros SNPs que muestran fuerte desequilibrio de enlace a rsl683565 incluyen, pero no se limitan a, los SNPs con identidades: rsl683591, rsl683590, rsl683569, rsl683574, rsl651888, rs2930894, rs2930891, rs4417648, rsl651891, rsl651890 y rs2930898.

Como ejemplo, el SNP rsl683591 provee los genotipos AA, AG o GG. Con base en la correlación con la expresión de CFD, el genotipo AA correspondiente a una expresión de CFD baja (con tasas de respuesta más bien bajas), mientras que los genotipos AG y GG corresponden a un nivel más alto de expresión de CFD y por lo tanto una alta probabilidad de responder a agentes antiinflamatorios.

Los SNPs antes mencionados, combinaciones de los mismos, u otros SNPs que muestran fuerte enlace a los SNPs mencionados (rsl683565, rsl683591, rsl683590, rsl683569, rsl683574, rsl651888, rs2930894, rs2930891, rs4417648, rsl651891, rsl651890 y rs2930898) puede ser detectado por un número de metodologías bien descritas, que incluyen, pero no se limitan a, métodos de hibridación (por ejemplo, microarreglos de SNP) y métodos basados en enzima (por ejemplo, métodos de PCR y polimorfismo de longitud de fragmento de restricción) .

En un ejemplo, una muestra de sangre se extrae de un paciente, y el ADN genómico se aisló mediante el reactivo DNAzol® (Becton Dickinson) según las instrucciones del fabricante. En resumen, la mezcla de 1 mi de DNAzol® con 0.5 mi de sangre completa por acción de remolino o mezclado a mano. El ADN precipitado de la muestra mediante la adición de 0.4 mi de isopropanol al lisado de sangre BD-DNAzol®. La mezcla resultante se somete a acción de remolino y se almacena durante 5 min a temperatura ambiente . El ADN precipitado se decanta por centrif gación a 6000 x g durante 6 minutos. Se remueve el sobrenadante y se añade 0.5 mi de DNAzol al sedimento de ADN. Se somete a acción de remolino o se agita la pastilla de ADN hasta que se disuelve por completo. Se centrifuga la mezcla resultante a 6000 x g durante 5 minutos. A continuación, se remueve el sobrenadante y se lava el sedimento de ADN al mezclar con 1 mi de etanol al 75% y se centrifuga a 6000 x g durante 5 minutos. Se remueve el etanol y, sin secar, se añade a la pastilla de ADN 200 µ? de NaOH 8 mM y se solubilizar el ADN por incubación a temperatura ambiente durante 3 a 5 minutos, seguido de acción de remolino. Se neutraliza la solución de ADN alcalina con 0.1 de HEPES . Del ADN aislado, se prepara una reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) con un ensayo específico para el SNP deseado. La configuración de qPCR podría basarse en sondas TaqMan diseñadas para detectar específicamente el SNP deseado. Como un ejemplo el SNP con identidad rsl683565 sería detectado por cualquier sonda y/o combinación de cebadores que puedan discriminar la secuencia: AGAGCCCAAAGCTCATGGAAAAGAG [A/G] ATATGAAAGGAGTCCCTGCAGTAGA. Esto podría hacerse mediante el ensayo comercialmente disponible en Invitrogen (Catálogo #: 4351379 ID: C_9612061_10) . En otro ejemplo, el SNP con identidad rsl683591 sería detectado por cualquier sonda y/o combinación de cebadores que pueda discriminar la secuencia TCTGTCCACAGGCGGGGGTGGAGGG [A/G] ATGGCCGGCCTCACACCATCTGCCA. Esto podría hacerse mediante el ensayo comercialmente disponible de Invitrogen (Número de catálogo: 4351379 ID: C_9612100_10) . En un tercer ejemplo, el SNP con identidad rsl683590 sería detectado por cualquier sonda y/o combinación de cebadores que pueda discriminar la secuencia AATATCTGAAATTTTCCCAGTTTAC [A/G] AGCCTCTGACGTAACCGTC CTCTCT. Esto podría hacerse mediante el ensayo comercialmente disponible de Invitrogen (Catálogo # 4351379 ID: C_3153459_10) . Para una prueba de genotipo TaqMan®, se debe agregar el equivalente de 1 a 10 ng de plantilla de ADN por pozo de reacción. Para cuantificar el ADN genómico, se usa un método confiable tal como mediciones de A260. Se mezcla bien TaqMan ® GTXpress™ Master Mix (Invitrogen (Catálogo # 4403311) ) por agitación de la botella y se mezcla con el ensayo de genotipificación TaqMan® y la plantilla de ADN genómico como lo describe el fabricante. Se ejecuta la PCR en un instrumento de PCR compatible (por ejemplo, Sistema de Detección de Secuencia ABI 7900HT PRISM® con un bloque FAST) para 40 ciclos (primero 95°C durante 20 seg, y luego 40 ciclos con hibridación del cebador y se extiende a 60°C durante 20 segundos y posteriormente se desnaturaliza a 95°C durante 3 segundos. Después de la amplificación por PCR, se debe efectuar una lectura de placa de punto final en una PCR en tiempo real. Con el software SDS de Invitrogen que usa las mediciones de fluorescencia de cada pozo hecho durante la lectura de la placa, después se grafican los valores de la señal . El software determina qué alelos están en cada muestra para análisis de discriminación alélica posterior.

Se hace constar que con relación a esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (16)

REIVINDICACIONES Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones:

1. Un método para predecir la respuesta de un sujeto a un agente anti-inflamatorio, caracterizado porque comprende: obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese paciente, en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio .

2. Un método para predecir la respuesta de un paciente a un agente anti-inflamatorio, caracterizado porque comprende a. medir el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese paciente y b. comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen(es) en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con ese nivel de referencia, es predictiva de una respuesta del paciente al agente anti-inflamatorio .

3. Un método para la identificación de un sujeto con una mayor probabilidad de responder al agente antiinflamatorio, caracterizado porque comprende: obtener información acerca del nivel de expresión de uno o más genes de las figuras 1A y IB en una muestra biológica de ese sujeto, en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen (es) indica que un sujeto con una mayor probabilidad de responder a un agente antiinflamatorio se ha identificado.

4. Un método para la identificación de un paciente con una mayor probabilidad de responder a agente anti-inflamatorio, caracterizado porque comprende; a. medir el nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1 en una muestra biológica de ese paciente b. comparar ese nivel con un nivel de referencia de ese gen (es) , en donde la expresión alterada de uno o más de esos genes en comparación con el nivel de referencia de ese gen (es), indican que un paciente con una mayor probabilidad de responder a un agente anti- inflamatorio se ha identificado.

5. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque a. La expresión alterada de un gen de la figura 1A es un aumento en comparación con el nivel de referencia y/o b. La expresión alterada de un gen de la figura IB es una disminución con respecto al nivel de referencia.

6. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el nivel de expresión se mide en una muestra de sangre con base en AR m mediante el uso de PCR, tal como PCR múltiple o qRT-PCR, o el microchip de arreglo.

7. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) está por arriba de un nivel de referencia.

8. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque a. El nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde el transcrito detectado con un valor de umbral de ciclo (Ct) de 30 mediante el uso de la ID de ensayo: Hs00157263_ml (Applied Biosystems) o b. El nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante el uso del chip de microarreglo y en donde el nivel de expresión está por arriba de 9.5 en una escala log2 de valores de expresión normalizados por PJVLA o GC-RMA o c. El nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide mediante qRT-PCR y en donde el transcrito se detecta en números absolutos de por lo menos 0.04 copias de CFD pr. copia del AR m de beta-actina mediante el uso de ID de ensayo: Hs00157263_ml para CFD (Applied Biosystems/lnvitrogen) o d. El nivel de expresión del factor D del complemento (CFD) se mide indirectamente con base en uno o más SNPs correlacionados con la expresión de CFD.

9. Un método para tratar una enfermedad o trastorno inflamatorio en un paciente, caracterizado porque comprende administrar una cantidad terapéutica de un agente anti-inflamatorio a ese paciente, en donde, antes de la administración de ese agente anti-inflamatorio, por lo menos una prueba, de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, ha mostrado que los niveles de expresión de uno o más de los genes de la figura 1, en una muestra biológica de ese paciente son alterados en comparación con un nivel de referencia y en donde el nivel de expresión alterado de uno o más de esos genes en comparación con un nivel de referencia de ese gen(es), es predictivo de una respuesta del sujeto al agente anti-inflamatorio .

10. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el sujeto o paciente padece de una enfermedad o trastorno autoinmune, tal como artritis reumatoide (RA) , lupus eritematoso sistémico (SLE) , esclerosis múltiple (MS) , enfermedad intestinal inflamatoria (IBD) , artritis psoriásica (PSA) o psoriasis.

11. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el agente anti-inflamatorio es un antagonista de uno o más de IL-19, IL-20 e IL-24.

12. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el agente anti-inflamatorio es un anticuerpo anti-IL-20 humano.

13. Un agente anti - inflamatorio para el tratamiento de una enfermedad o trastorno autoinmune, caracterizado porque el paciente tiene una expresión alterada de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB, en comparación con el nivel de referencia de ese gen (es) .

14. Un artículo de fabricación caracterizado porque comprende empacados juntos, una composición farmacéutica que comprende un agente anti-inflamatorio y un vehículo farmacéuticamente aceptable y una etiqueta que indica que la composición farmacéutica es útil para el tratamiento de un paciente que padece una enfermedad o trastorno auto- inmune con una la expresión alterada de uno o más de los genes de las figuras 1A y IB.

15. Un kit caracterizado porque comprende: a. una o más composiciones que comprenden por lo menos un agente de detección para la determinación del nivel de expresión de uno o más genes de la figura 1A y/o en la figura IB y b. instrucciones de uso del kit que incluye cómo correlacionar el nivel (es) de expresión con una probabilidad de respuesta de un sujeto.

16. El kit de la reivindicación 15, caracterizado porque el agente de detección es para determinar la expresión del factor D del complemento (CFD) .