JP6800828B2 - 新規のha結合剤 - Google Patents

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Description

関連出願への相互参照
本願は、2013年3月14日に出願された米国特許出願第13/830,367号の継続出願であり、また2012年5月10日に出願された米国仮特許出願第61/645,554号、および2012年10月19日に出願された米国仮特許出願第61/716,447号の利益を主張する。先行出願の開示は、本願の開示の一部とみなされる(かつ、本明細書中に参考として援用される)。
発明の分野
本開示は、インフルエンザウイルスのヘマグルチニンタンパク質に結合し、複数の実施形態では、ウイルスを中和する、新規の結合剤、例えば、ペプチド剤、例えば、抗体分子、例えば、抗体、およびそれらの抗原結合性断片、ならびにそれらを使用する方法に関する。
背景
インフルエンザとは、Orthomyxoviridae科のRNAウイルス(インフルエンザウイルス)により引き起こされる感染性疾患である。インフルエンザウイルスは、コアタンパク質に基づき、A、B、およびCの3種類に分類され、これらは、ウイルスエンベロープの糖タンパク質であるヘマグルチニン(HA)およびノイラミニダーゼ(NA)により決定される亜型にさらに分けられる。A型インフルエンザウイルスが、ある範囲の哺乳動物および鳥類に感染するのに対し、B型およびC型の感染は、主にヒトに限定される。A型およびB型だけが、何らかの重要なヒト疾患を引き起こす。
インフルエンザウイルスの大きな変異率および高頻度の遺伝子的再集合は、HA抗原およびNA抗原の大きな可変性に寄与する。小さな変化(「抗原ドリフト」)を引き起こす微細な点変異は、比較的しばしば生じる。抗原ドリフトは、ウイルスが免疫認識を回避することを可能とし、大流行間期の数年間における反復的なインフルエンザの発生を結果としてもたらす。HA抗原の大きな変化(「抗原シフト」)は、異なるA型インフルエンザ亜型に由来する遺伝物質の再集合により引き起こされる。新たな汎発性株を結果としてもたらす抗原シフトは、稀な事象であり、例えば、共感染したブタにおける動物亜型とヒト亜型との間の再集合により生じる。
A型インフルエンザは、季節性の流行において世界中に広がり、毎年250,000〜500,000人の間の死亡を結果としてもたらし、一部の大流行年では、最大で数百万人の死亡を結果としてもたらす。米国では、1979年〜2001年の間に、平均で41,400人が、毎年インフルエンザで亡くなった。
要旨
本開示は、少なくとも部分的に、本明細書で開示される機能的特性および構造的特性を含むヒト抗HA抗体、例えば、インフルエンザウイルス上の保存的領域またはエピトープに結合する抗体およびそれらの使用の発見に基づく。
したがって、本開示は、インフルエンザウイルスに由来するヘマグルチニン(HA)に結合する結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、広域スペクトルであり、複数のHA、例えば、A型インフルエンザウイルスの群1株もしくは群2株の一方もしくは両方および/またはB型インフルエンザウイルスの1もしくは複数の株に由来するHAに結合する。したがって、いくつかの実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子は、群1インフルエンザウイルスおよび群2インフルエンザウイルスによる感染を処置または予防しうる。他の実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子は、A型インフルエンザウイルスおよびB型インフルエンザウイルスによる感染を処置または予防しうる。結合剤、例えば、抗体分子は、本明細書で開示される抗体の機能的属性を保有するように、本明細書で開示される抗体または可変領域との十分な構造的類似性を共有する。複数の実施形態では、構造的類似性は、三次元構造もしくは直鎖状のアミノ酸配列またはこれらの両方との関連における類似性でありうる。
一態様では、本開示は、抗ヘマグルチニン(抗HA)結合剤、例えば、特異的結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物であって、以下の特性:
(a)抗体分子とA型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、または5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;
(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;
(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、または5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、または5つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;
(d)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;
(e)ウイルスが、H1ウイルス、H5ウイルス、またはH9ウイルスである場合など、群1のウイルスによる感染を処置または予防すること;およびウイルスが、H3ウイルスまたはH7ウイルスである場合など、群2のウイルスによる感染を処置または予防すること;
(f)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置または予防すること;
(g)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防または処置に有効であること;
(h)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置または予防すること;
(i)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H5N1感染の予防または処置に有効であること;
(j)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;
(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置または予防すること;
(l)10mg/kg、6mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトまたはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防または処置に有効であること;
(m)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010ウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;
(n)二次感染(例えば、二次細菌感染)または対象に対するその影響を予防または最小化すること;
(o)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)または対象に対するその影響を予防または最小化するのに有効であること;
(p)ヘマグルチニンの三量体のインターフェース(interface)を含むかまたはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに
(q)例えば、構造解析、例えば、X線結晶構造解析またはNMR分光分析により決定される通り、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合すること;
(r)ある実施形態では、例えば、変異解析または結晶構造解析により決定される通り、本明細書で開示される抗体のエピトープに結合すること、例えば、本明細書で開示される抗体と重複するかまたはこれと同じエピトープを有すること
のうちの1または複数または全てを含む抗HA結合剤を特色とする。
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、以下の特徴:抗HA抗体分子は、群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗HA抗体分子の濃度は、10μg/mL未満であること;または抗HA抗体分子は、ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合することのうちの1または複数を有する。
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、ウイルスが、H1ウイルス、H2ウイルス、H5ウイルス、H6ウイルス、H8ウイルス、H9ウイルス、H12ウイルス、H11ウイルス、H13ウイルス、H16ウイルス、またはH17ウイルスである場合など、群1のウイルスによる感染を処置または予防し;ウイルスが、H3ウイルス、H4ウイルス、H7ウイルス、H10ウイルス、またはH15ウイルスである場合など、群2のウイルスによる感染を処置または予防する。
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、または11のインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つのインフルエンザ亜型による感染を予防する。
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、H1N1、H2N2、H5N1、およびH9N2のうちの1または複数による感染を処置または予防し、また、H3N2およびH7N7のうちの1または複数による感染も処置または予防する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、および群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株、例えば、B/Wisconsin/1/2010
に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株、例えば、B/Wisconsin/1/2010に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株、例えば、B/Wisconsin/1/2010
に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、B型インフルエンザウイルスのうちの1または複数、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置または予防する。
一実施形態では、抗HA抗体分子は、当技術分野で既に記載されている抗HA抗体分子ではない。例えば、抗HA抗体分子は、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(本明細書で使用されるFI6とは、米国出願公開第2010/0080813号、米国出願公開第2011/0274702号、WO2013/011347、または2011年7月28日にオンラインで公開された、Cortiら、Science、333巻:850〜856頁、2011年;図12A〜12Cにおいて具体的に開示された任意のFI6の配列を指す)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜1558頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(2012年8月9日にオンラインで公開された、Dreyfusら、Science.、2012年;337巻(6100号):1343〜1348頁)、またはCR6261(2009年2月26日にオンラインで公開されたEkiertら、Science、324巻:246〜251頁、2009年)のうちの1つまたは複数または全て以外の抗HA抗体分子である。
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vitroにおいて、H1N1およびH3N2感染を中和する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vivoにおいて、H1N1およびH3N2感染を中和する。
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vitroにおいて、H5N1感染を中和する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vivoにおいて、H5N1感染を中和する。
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vitroにおいて、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を中和する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vivoにおいて、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を中和する。
別の実施形態では、A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
別の実施形態では、A型インフルエンザウイルスの60%の中和、A型インフルエンザウイルスの50%の中和、またはA型インフルエンザウイルスの40%の中和に要請される結合剤、例えば、抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
さらに別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6.0mg/kg、5.0mg/kg、4.0mg/kg、3.0mg/kg、2.0mg/kg、または1.0mg/kg以下で投与された場合などに、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防または処置に有効である。
なおも別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6.0mg/kg、5.0mg/kg、4.0mg/kg、3.0mg/kg、2.0mg/kg、または1.0mg/kg以下で投与された場合などに、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H5N1感染の予防または処置に有効である。
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、H1、H5、またはH9である群1のウイルスの処置または予防に有効であり、別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、H3またはH7である群2のウイルスの処置または予防に有効である。
別の実施形態では、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
別の実施形態では、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の60%の中和、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和、またはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の40%の中和に要請される結合剤、例えば、抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、全長四量体抗体、単鎖抗体(scFv)、F(ab’)断片、Fab断片、またはFd断片である。別の実施形態では、抗体分子の重鎖は、γ1重鎖であり、さらに別の実施形態では、抗体分子の軽鎖は、κ軽鎖またはλ軽鎖である。さらに別の実施形態では、本開示で特色とされる抗HA抗体分子は、IgG1抗体である。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基であるT319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、特異的結合剤、例えば、抗体分子は、
表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による重鎖可変領域との、少なくとも60、65、70、75、80、85、87、90、95、98、もしくは99パーセント、もしくはこれを超える相同性を含む重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖可変領域との、少なくとも60、65、70、75、80、85、87、90、95、98、もしくは99パーセント、もしくはこれを超える相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域;および
軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域
を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む重鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む重鎖可変領域;および
軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む軽鎖可変領域
を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、図2もしくは図13による重鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、図3もしくは図14による軽鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、図2もしくは図13による重鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、図3もしくは図14による軽鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表3に開示された抗体、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、HC CDR1、HC CDR2、およびHC CDR3のうちの1つ、2つ、または全て、ならびにLC CDR1、LC
CDR2、およびLC CDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む。
別の実施形態では、抗体分子は、軽鎖LC45(配列番号45)を含む。さらに別の実施形態では、抗体は、軽鎖LC45および重鎖HC25(配列番号25)または重鎖HC24(配列番号24)を含む。一実施形態では、抗体分子は、軽鎖Ab032(配列番号45)および重鎖25(配列番号25)を含む。さらに別の実施形態では、抗体分子は、軽鎖LC52(配列番号52)および重鎖HC25(配列番号25)を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)本明細書で開示される重鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される重鎖と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なるFR配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)本明細書で開示される軽鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される軽鎖と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なるFR配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
一態様では、本開示で特色とされる抗HA抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物は、
(a)本明細書で提示される重鎖コンセンサス配列、例えば、図2または図13に提示される重鎖コンセンサス配列、例えば、図2、配列番号161に提示される重鎖コンセンサス配列と、少なくとも60、70、80、85、87、90、95、97、98、または99、例えば、90%相同な配列を含む、重鎖免疫グロブリン可変ドメイン;および
(b)本明細書で提示される軽鎖コンセンサス配列、例えば、図3または図14に提示される軽鎖コンセンサス配列、例えば、図3、配列番号62に提示される軽鎖コンセンサス配列と、少なくとも60、70、80、85、87、90、95、97、98、または99、例えば、95%相同な配列を含む、軽鎖免疫グロブリン可変ドメインを含む。
例えば、一実施形態では、本開示で特色とされる抗HA抗体分子は、
(a)配列番号161の配列、もしくは配列番号161と少なくとも87%同一な配列を含む、免疫グロブリン重鎖可変ドメイン;および
(b)配列番号62の配列、もしくは配列番号62と少なくとも95%同一な配列を含む、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン
の一方または両方を含む。
別の実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号161の配列、または配列番号161と少なくとも87%同一な配列を含む、免疫グロブリン重鎖可変ドメイン;および
(b)配列番号62の配列、または配列番号62と少なくとも95%同一な配列を含む、免疫グロブリン軽鎖可変ドメインを含み、前記抗体分子は、
(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、または5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさず;
(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらす。
ある実施形態では、本開示は、
(a)配列番号161の配列、もしくは配列番号161と、1、2、3、4、5、6、8、10、11、12、13、14、15、または16アミノ酸以下、例えば、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、2つ、3つ、4つ、または5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列を含む、免疫グロブリン重鎖可変領域;および
(b)配列番号62の配列、または配列番号62と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列を含む、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン
の一方または両方を含む抗体分子を特色とする。
一実施形態では、免疫グロブリン重鎖可変領域内の1、2、3、4、5、6、8、10、11、12、13、14、15、または16アミノ酸の差違、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、8つ、10、11、12、13、14、15、または16の保存的アミノ酸の差違は、免疫グロブリン重鎖可変ドメインのFR領域内の差違である。別の実施形態では、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン内の1、2、3、4、または5アミノ酸の差違、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、または5つの保存的アミノ酸の差違は、免疫グロブリン軽鎖可変ドメインのFR領域内の差違である。一実施形態では、免疫グロブリン重鎖可変領域または免疫グロブリン軽鎖可変領域におけるアミノ酸の差違は、保存的アミノ酸変化である。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、例えば、変異解析または結晶構造解析により決定される通り、本明細書で開示される抗体のエピトープに結合する、例えば、本明細書で開示される抗体と重複するかまたはこれと同じエピトープを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)本明細書で開示される重鎖コンセンサス配列に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される重鎖コンセンサス配列と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)本明細書で開示される軽鎖コンセンサス配列に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される軽鎖コンセンサス配列と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
別の態様では、本開示は、Ab 044の構造的特性または機能的特性を含む結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 044
でありうる。
HAは、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来しうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 044
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。
結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;または
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号52との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号52との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、各HC CDRは、配列番号25の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号52の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号52との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるS;および第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)LC CDR1内の第3の位置におけるI;もしくは第6の位置におけるDの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 044のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 044のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(b)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号69)(または、任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

、もしくは

の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号70)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:

(配列番号145)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくはこれらの両方は変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む抗体分子である。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖CDR2の

は変化させない。
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の

の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の

、もしくは

の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の

は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の

の一方もしくは両方は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;または
(f)LC CDR3内の

は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
一実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体分子より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号25に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号25と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号52に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号52と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号74)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列

(配列番号75)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号76)(あるいは任意選択で、

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または

を変化させる場合は、G以外に変化させるか、

を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは

を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)、もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号78)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号80)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の

のうちの1つ、2つもしくは3つは変化させない。
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、重鎖可変領域セグメントのFR1の配列は、

(配列番号74)である。
ある実施形態では、重鎖可変領域セグメントのFR1の配列は、

(配列番号173)である。
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むことのうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
別の態様では、本開示は、Ab 069の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 069
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)Biacore解析;
b)ELISAアッセイ;
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 069
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析、例えば、残基が変異している場合の、例えば、変異体のHAに対する結合もしくはその欠如;
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;あるいは
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号155との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号155との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、各HC CDRは、配列番号25の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号155の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号155との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるS;および第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)LC CDR1内の第3の位置におけるI;もしくは第6の位置におけるEの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 069のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 069のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号69)(または、任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

の両方、もしくは

の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号70)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:

(配列番号172)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも一方もしくはこれらの両方は変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む抗体分子である。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の

の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の

の両方、もしくは

の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の

は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の

の一方もしくは両方は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;
(f)LC CDR3内の

は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体分子より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号25に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号25と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号155に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号155と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号74)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列

(配列番号75)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号76)(あるいは任意選択で、

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または

を変化させる場合は、G以外に変化させるか、

を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは

を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号78)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号80)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の

のうちの1つ、2つ、または3つは変化させない。
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
別の態様では、本開示は、Ab 032の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 032
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 32
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、各HC CDRは、配列番号25の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号45の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるS;および第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)第3の位置におけるIを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 032のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 032のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号69)(または、例えば、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

の両方、もしくは

の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号70)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:

(配列番号71)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも一方もしくはこれらの両方は変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む抗体分子である。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の

の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の

の両方、もしくは

の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の

は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の

は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;
(f)LC CDR3内の

は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体分子より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号25に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号25と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号45に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号45と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号74)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列

(配列番号75)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号76)(あるいは任意選択で、

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または

を変化させる場合は、G以外に変化させるか、

を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは

を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)、もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号78)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号80)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の

のうちの1つ、2つ、または3つは変化させない。
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
別の態様では、本開示は、Ab 031の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 031
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 031
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号24との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号24との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、任意選択で、各HC CDRは、配列番号24の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号45の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるSおよび第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)第3の位置におけるIを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤は、
(a)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
を含む抗体分子を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 031のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 031のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号69)(または、例えば、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

の両方、もしくは

の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号70)(または任意選択で、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:

(配列番号71)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、

のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも一方もしくはこれらの両方は変化させない、例えば、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の

の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の

の両方、もしくは

の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の

は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の

は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;
(f)LC CDR3内の

は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)例えば、(i)において記載される方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号24に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号24と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号45に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号45と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号82)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列

(配列番号75)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号76)(あるいは任意選択で、

のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または

を変化させる場合は、G以外に変化させるか、

を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは

を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)、もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに
(a)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号78)(または任意選択で、

は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列

(配列番号80)(または任意選択で、

は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントを含む。
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の

のうちの1つ、2つ、または3つは変化させない。
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号82)を含むFR1;
配列W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むFR2;
配列R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号78)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)を含むFR2;
配列G−V−P−S−R−F−S−G−S−G−S−G−T−D−F−T−L−T−I−S−S−L−Q−P−E−D−F−A−T−Y−Y−C(配列番号80)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
別の実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab
67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
別の態様では、本開示は、(a)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および(b)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含む抗体分子を特色とする。いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とA型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
別の態様では、本開示は、本明細書で開示される重鎖可変領域および軽鎖可変領域の一方または両方の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖可変領域
に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRを含む抗体分子;
b)抗体分子であって、(i)表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖可変領域セグメントを含む抗体分子;または
c)本明細書で開示される抗体
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖可変領域
に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRを含む抗体分子;
b)抗体分子であって、(i)表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖可変領域セグメントを含む抗体分子;または
c)本明細書で開示される抗体
でありうる。
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
d)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
e)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方。
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による基準重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による基準軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域の一方または両方を含み、
ここで、任意選択で、各HC CDRは、その基準重鎖に由来する、対応するHC CDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、その基準軽鎖中の、対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、表3による重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域、および対応する、表3による軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、表4Aによる重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域、および対応する、表4Aによる軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、表4Bによる重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域、および対応する、表4Bによる軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3による重鎖可変領域、および、対応する、表3による軽鎖;
表4Aによる重鎖および表4Aによる対応する軽鎖;または
表4Bによる重鎖および表4Bによる対応する軽鎖
を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)表3、表4A、表4B、図2、図13、もしくは図17による重鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸だけ、個別にもしくは合計で異なるCDR);および
(b)表3、表4A、表4B、図3、図14、もしくは図17による軽鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸だけ、個別にもしくは合計で異なるCDR)
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3の重鎖に由来するCDR、および対応する、表3による軽鎖に由来する軽鎖CDRの一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表4Aの重鎖に由来するCDR、および対応する、表4Aによる軽鎖に由来する軽鎖CDR
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表4Bの重鎖に由来するCDR、および対応する、表4Bによる軽鎖に由来する軽鎖CDR
の一方または両方を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(ii)例えば、(i)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;および(iii)Ab 67−11およびFI6以外であることのうちの1または複数または全てを含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)図2、図13、もしくは図17の重鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)図3、図14、もしくは図17の軽鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
一実施形態では、抗体分子は、
(a)図2または図17による免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)図3または図17による免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
一実施形態では、免疫グロブリン重鎖可変領域は、N末端において、イソロイシン−アスパラギン酸(Ile−Asp)ジペプチドをさらに含む。別の実施形態では、免疫グロブリン軽鎖可変領域は、N末端において、Ile−Aspジペプチドをさらに含む。さらに別の実施形態では、本開示で特色とされる抗体の免疫グロブリン重鎖可変領域および免疫グロブリン軽鎖可変領域のいずれも、N末端において、Ile−Aspジペプチドをさらに含む。他の実施形態では、Ile−Aspジペプチドは、重鎖および軽鎖の一方または両方で存在しない。
一実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下:(a)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(b)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(c)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(d)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(e)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(f)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(g)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(h)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(i)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(m)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(n)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(o)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(p)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、
a)本明細書で開示される重鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される重鎖と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)本明細書で開示される軽鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される軽鎖と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するKは、10−6以下であり、ここで、前記Kは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
一態様では、本開示は、抗ヘマグルチニン(抗HA)結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物であって、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列G−F−T−F−[S/T]−[S/T]−Y−[A/G]−M−H(配列番号1)または配列番号1と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR1;
配列V−[I/V/L]−S−[Y/F]−D−G−[S/N]−[Y/N]−[K/R]−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号2)または配列番号2と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR2;および
配列D−[S/T]−[R/K/Q]−L−R−[S/T]−L−L−Y−F−E−W−L−S−[Q/S]−G−[Y/L/V]−[F/L]−[N/D]−[P/Y](配列番号3)または配列番号3と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR3
のうちの1つまたは複数または全てを含むセグメント;ならびに
(b)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列[K/R]−S−S−Q−[S/T]−[V/L/I]−[T/S]−[Y/F/W]−[N/S/D]−Y−K−N−Y−L−A(配列番号4)または配列番号4と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むか、あるいは配列[K/R]−S−S−Q−[S/T]−[V/L/I]−[T/S]−[Y/F/W]−[N/S/D/Q/R/E]−Y−K−N−Y−L−A(配列番号170)または配列番号170と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むか、あるいは[K/R]−S−S−Q−[S/T]−[V/L/I]−[T/S]−[Y/F/W]−[N/S/D/E]−Y−K−N−Y−L−A(配列番号4)または配列番号170と1もしくは2残基だけ異なる配列をふくむCDR1;
配列W−[A/G]−S−[T/A/Y/H/K/D]−[R/L]−E−[S/T](配列番号5)または配列番号5と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR2;
配列Q−Q−[Y/H]−Y−R−T−P−P−[T/S](配列番号6)または配列番号6と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR3
のうちの1つまたは複数または全てを含むセグメント
を含み、
任意選択で、
軽鎖可変領域セグメントが、配列K−S−S−Q−S−V−T−Y−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号83)を含むCDR1;配列W−A−S−T−R−E−S(配列番号84)を含むCDR2;および配列Q−Q−Y−Y−R−T−P−P−T(配列番号85)を含むCDR3を含む場合;
重鎖可変領域セグメントは、以下:(a)以下:配列S−Y−G−M−H(配列番号86)を含むCDR1;配列V−I−S−Y−D−G−S−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号87)を含むCDR2;または配列D−S−E−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号88)を含むCDR3以外のCDR;あるいは(b)以下:

(配列番号82)を含むFR1;W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むFR2;R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むFR3;またはW−G−A−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号89)を含むFR4以外のFR;(c)配列番号1の5位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号1の6位におけるアミノ酸残基がTであるか、または配列番号1の8位におけるアミノ酸残基がAであるCDR1;(d)配列番号2の2位におけるアミノ酸残基がVもしくはLであるか、4位におけるアミノ酸がFであるか、7位におけるアミノ酸がNであるか、8位におけるアミノ酸がYであるか、または9位におけるアミノ酸がRであるCDR2;(e)配列番号3の2位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号3の3位におけるアミノ酸残基がR、K、もしくはQであるか、配列番号3の6位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号3の15位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号3の17位におけるアミノ酸残基がLもしくはVであるか、配列番号3の18位におけるアミノ酸残基がLであるか、配列番号3の19位におけるアミノ酸残基がDであるか、または配列番号3の20位におけるアミノ酸残基がYであるCDR3;(f)配列番号7の11位におけるアミノ酸残基がQであるか、または配列番号7の7位におけるアミノ酸残基がTであるFR1;(g)配列番号10の3位におけるアミノ酸残基がQであるか、配列番号10の5位におけるアミノ酸残基がAであるか、配列番号10の6位におけるアミノ酸残基がMであるか、または配列番号10の7位におけるアミノ酸残基がVであるFR4;あるいは(h)例えば、本明細書で開示される方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1あるいは複数を含む
ことを条件とし;また、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントが、配列S−Y−G−M−H(配列番号86)を含むCDR1;配列V−I−S−Y−D−G−S−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号87)を含むCDR2;および配列D−S−E−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号88)を含むCDR3を含む場合;軽鎖可変領域セグメントは、以下:(a)以下:CDR1:KSSQSVTYNYKNYLA(配列番号83);CDR2:WASTRES(配列番号84);またはCDR3:QQYYRTPPT(配列番号85)以外のCDR;(b)以下:配列EIVMTQSPDSLAVSLGERATINC(配列番号90)を含むFR1;配列WYQQKPGQPPKLLIY(配列番号91)を含むFR2;配列GVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYC(配列番号92)を含むFR3;または配列FGGGTKLDIK(配列番号93)を含むFR4以外のFR;(c)配列番号4の1位におけるアミノ酸残基がRであるか、配列番号4の5位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号4の6位におけるアミノ酸残基がLもしくはIであるか、配列番号4の7位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号4の8位におけるアミノ酸残基がFもしくはWであるか、または配列番号4の9位におけるアミノ酸残基がSもしくはDであるCDR1;(d)配列番号5の2位におけるアミノ酸残基がGであるか、配列番号5の4位におけるアミノ酸残基がA、Y、H、K、もしくはDであるか、配列番号5の5位におけるアミノ酸残基がLであるか、配列番号5の7位におけるアミノ酸残基がTであるCDR2;(e)配列番号6の3位におけるアミノ酸残基がHであるか、配列番号6の9位におけるアミノ酸残基がSであるCDR3;(f)配列番号11の1位におけるアミノ酸残基がDであるか、配列番号11の3位におけるアミノ酸残基がQであるか、配列番号11の9位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号11の10位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号11の11位におけるアミノ酸残基がVであるか、配列番号11の12位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号11の13位におけるアミノ酸残基がAであるか、配列番号11の14位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号11の15位におけるアミノ酸残基がVもしくはRであるか、配列番号11の17位におけるアミノ酸残基がDであるか、配列番号11の20位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号11の22位におけるアミノ酸残基がT、Q、D、もしくはRであるFR1;(g)配列番号12の8位におけるアミノ酸残基がKであるか、または配列番号12の9位におけるアミノ酸残基がAであるFR2;(h)配列番号13の4位におけるアミノ酸残基がEもしくはSであるか、配列番号13の24位におけるアミノ酸残基がPであるか、配列番号13の27位におけるアミノ酸残基がF、K、もしくはDであるか、配列番号13の29位におけるアミノ酸残基がTであるFR3;(i)配列番号14の3位におけるアミノ酸残基がQ、T、S、もしくはNであるか、配列番号14の7位におけるアミノ酸残基がVであるか、または配列番号14の8位におけるアミノ酸残基がEであるFR4;あるいは(j)例えば、本明細書で開示される方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1あるいは複数を含むことを条件とし;さらに、軽鎖可変領域セグメントが、配列K−S−S−Q−S−V−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号146)を含むCDR1;配列W−A−S−A−R−E−S(配列番号147)を含むCDR2;および配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−T(配列番号148)を含むCDR3を含む場合;重鎖可変領域セグメントは、以下:図12Bに記載されるCDR以外のCDR;または図12Cに記載されるFR以外のFRのうちの1または複数を含むことも条件とする結合剤を特色とする。
一実施形態では、重鎖CDR配列は、列挙された配列と、5、4、3、2、または1アミノ酸残基以下だけ合計で異なり;軽鎖CDR配列は、列挙された配列と、5、4、3、2、または1アミノ酸残基以下だけ合計で異なる。
一態様では、本開示は、本開示で特色とされる免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を特色とする。
別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を特色とする。
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントおよび本開示で特色とされる免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を特色とする。
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列または免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を含む発現ベクターなどの組換えベクターを特色とする。
一態様では、本開示は、本開示で特色とされる、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列および免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターなどの組換えベクターを特色とする。
一実施形態では、組換えベクター内の核酸分子は、(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、CDR1内のS−Y−A−M−H(配列番号68);CDR2内のV−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69);およびCDR3内のD−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)のアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、CDR1内のQ−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145);CDR2内のW−G−S−Y−L−E−S(配列番号72);およびCDR3内のQ−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)のアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む。
一態様では、本開示は、免疫グロブリン重鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクター、または免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターなど、本開示で特色とされる組換えベクターを含有する細胞を特色とする。一実施形態では、細胞は、免疫グロブリン重鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターおよび免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターを含有する。さらに別の実施形態では、細胞は、免疫グロブリン重鎖可変領域をコードする核酸配列および免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターを含有する。
一態様では、本開示は、重鎖セグメントを発現させる核酸配列および軽鎖セグメントを発現させる核酸配列を含む宿主細胞を用意し、宿主細胞内で核酸を発現させることなどにより、本発明で特色とされる抗体分子を作製する方法を特色とする。
一実施形態では、重鎖セグメントを発現させる核酸配列および軽鎖セグメントを発現させる核酸配列は、同じ組換え発現ベクター上にある。別の実施形態では、重鎖セグメントを発現させる核酸配列および軽鎖セグメントを発現させる核酸配列は、別個の組換え発現ベクター上にある。
一態様では、本開示は、本開示で特色とされる抗体分子および薬学的に許容される担体を含有する医薬組成物を特色とする。
別の態様では、本開示は、対象、例えば、ヒト対象における、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)による感染を処置または予防する方法であって、
本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子を、それを必要とする対象、例えば、ヒト対象に投与するステップ
を含む方法を特色とする。
一実施形態では、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
ある実施形態では、投与は、インフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、またはインフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
ある実施形態では、投与は、二次感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、または二次感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
複数の実施形態では、対象、例えば、ヒト対象は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与されているか、または方法は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与もしくは推奨するステップを含む。
複数の実施形態では、抗体分子は、第2の薬剤もしくは治療またはさらなる薬剤もしくは治療と組み合わせて投与する。
複数の実施形態では、第2の治療またはさらなる治療は、ワクチンまたは抗ウイルス治療、例えば、抗NA治療または抗M2治療の投与を含む。
ある実施形態では、第2の治療またはさらなる治療は、患者の免疫系を刺激して、A型インフルエンザの特定の株による感染を予防するためのインフルエンザペプチドによるワクチン、例えば、本明細書で記載されるワクチンまたは混合物(別称、カクテル)の投与を含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗ウイルス剤、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生剤、ステロイド剤、第2の治療用抗体分子(例えば、抗HA抗体)、アジュバント、プロテアーゼまたはグリコシダーゼ(例えば、シアリダーゼ)の投与を含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、ノイラミニダーゼ阻害剤(例えば、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル)、またはリマンタジンを含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、第2の抗体分子、例えば、Ab
67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(米国出願公開第2010/0080813号)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜8頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(例えば、Ekiertら、Science、324巻:246頁、2009年を参照されたい)を含む。したがって、Ab 044は、これらの抗体のうちのいずれかと組み合わせて使用することができる。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、第2の結合剤またはさらなる結合剤、例えば、抗体分子、例えば、抗HA抗体、例えば、本明細書で開示される抗体を含む。例えば、Ab 044、Ab 069、Ab 032、およびAb 031のうちの2つ以上を投与することができる。例えば、Ab 044は、Ab 069またはAb 032と組み合わせて投与することができる。
組み合わせの場合、2つの薬剤は、同じ投与量単位の一部として投与することもでき、個別に投与することもできる。インフルエンザ感染と関連する症状を処置するのに有用な他の例示的な薬剤は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、およびナプロキセンである。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染を患っているか、またはこれに感受性のヒト対象に投与する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の前に投与する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の前に投与する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の後で投与する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の観察の後で投与する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状、例えば、炎症、発熱、悪心、体重の減少、食欲の減退、呼吸の促迫、心拍数の増大、高血圧、体の痛み、筋肉痛、眼痛、疲労感、倦怠感、空咳、鼻水、および/または咽頭痛の発現に応答して、またはこれらを処置もしくは予防するために投与する。
ある実施形態では、方法は、ヒト対象を、インフルエンザウイルスについて、例えば、本明細書で開示される方法により検査するステップもさらに含む。複数の実施形態では、投与は、インフルエンザについての検査陽性に応答してなされる。
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子を投与することにより、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染した対象、例えば、ヒト対象を処置する方法を特色とする。例えば、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
一実施形態では、本明細書で記載される結合剤、例えば、抗HA抗体を、インフルエンザを予防するためのワクチンの代わりに投与する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子を、流感を予防するためのワクチンと組み合わせて(ワクチンと同時または逐次的に)投与する。
さらに別の態様では、本開示は、試料を、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子と接触させ、次いで、抗体分子の試料への結合を検出することなどにより、生物学的試料中のインフルエンザ(例えば、A型インフルエンザまたはB型インフルエンザ)ビリオンを検出する方法を特色とする。一実施形態では、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルスまたはB型インフルエンザウイルス)を検出する方法を、in vitroで実施する。
一態様では、本開示は、(a)患者に由来する試料を用意する方法、(b)試料を、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子と接触させる方法、および(c)本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子が、試料中のポリペプチドに結合するのかどうかを決定する方法であって、結合剤、例えば、抗体分子が、試料中のポリペプチドに結合する場合は、患者がインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、またはB型インフルエンザウイルス、例えば、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染していることを決定する方法を特色とする。一実施形態では、患者がインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染していることを決定し、患者に、本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子、例えば、それによって検査を実施した結合剤、例えば、抗体分子をさらに投与する。
別の態様では、本発明は、脊椎動物、例えば、ヒトにおいて、1または複数のインフルエンザ株に対する免疫を誘導する方法、またはインフルエンザ株による感染もしくはその症状を予防するか、遅延させるか、もしくは軽減する方法を特色とする。方法は、脊椎動物、例えば、ヒトに、本明細書で記載される広域ワクチン(broad range vaccine)または広域免疫原(broad range immunogen)を投与するステップを含む。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、1または複数のインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、2つのインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、2つの群1のインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、少なくとも1つの群1の株、および群1、群2、またはインフルエンザB株に由来する第2の株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
一実施形態では、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
ある実施形態では、投与は、感染の可能性の低減、インフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、またはインフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
ある実施形態では、投与は、二次感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、または二次感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
複数の実施形態では、対象、例えば、ヒト対象は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与されているか、または方法は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与もしくは推奨するステップを含む。
複数の実施形態では、広域ワクチンを、第2の治療またはさらなる治療と組み合わせて投与する。
複数の実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、別のワクチンまたは別の抗ウイルス治療、例えば、抗NA治療または抗M2治療の投与を含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、患者の免疫系を刺激して、A型インフルエンザの特定の株による感染を予防するためのインフルエンザペプチドの混合物(別称、カクテル)を含むワクチンの投与を含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗ウイルス剤、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生剤、ステロイド剤、第2の治療用抗体分子(例えば、抗HA抗体)、アジュバント、プロテアーゼまたはグリコシダーゼ(例えば、シアリダーゼ)の投与を含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、ノイラミニダーゼ阻害剤(例えば、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル)、またはリマンタジンを含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗体分子、例えば、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(米国出願公開第2010/0080813号)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜8頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(例えば、Ekiertら、Science、324巻:246頁、2009年を参照されたい)を含む。
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、本明細書で開示される抗体分子、例えば、Ab−044抗体分子、Ab 069抗体分子、Ab 032抗体分子、およびAb 031抗体分子から選択される抗体分子を含む。
組み合わせの場合、2つの薬剤は、同じ投与量単位の一部として投与することもでき、個別に投与することもできる。
インフルエンザ感染と関連する症状を処置するのに有用な他の例示的な第2の薬剤またはさらなる薬剤は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、およびナプロキセンである。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原を、インフルエンザ感染を患っているか、またはこれに感受性のヒト対象に投与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の前に投与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の前に投与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の後で投与する。
ある実施形態では、広域ワクチンは、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の観察の後で投与する。
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状、例えば、炎症、発熱、悪心、体重の減少、食欲の減退、呼吸の促迫、心拍数の増大、高血圧、体の痛み、筋肉痛、眼痛、疲労感、倦怠感、空咳、鼻水、および/または咽頭痛の発現に応答して、またはこれらを処置もしくは予防するために投与する。
ある実施形態では、方法は、ヒト対象を、インフルエンザウイルスについて、例えば、本明細書で開示される方法により検査するステップもさらに含む。複数の実施形態では、投与は、インフルエンザについての検査陽性に応答してなされる。
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる広域ワクチンを投与することにより、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染した対象、例えば、ヒト対象を処置する方法を特色とする。例えば、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
別の態様では、本発明は、集団におけるインフルエンザの重症度を軽減する方法を特色とする。方法は、広域ワクチンまたは広域免疫原を、集団内の別の個体へのインフルエンザウイルスの伝染を予防するか、またはその可能性を減少させるのに十分な集団内の個体に投与するステップを含む。
別の態様では、本発明は、広域免疫原、広域エピトープをコードする核酸、または本明細書で記載される広域ワクチンを内部に配置した1または複数の容器を含むキットを特色とする。ある実施形態では、キットは、アジュバントを内部に配置した容器を含む。ある実施形態では、キットは、送達デバイス、例えば、注射デバイスまたは吸入器を含む。ある実施形態では、本明細書で記載される広域エピトープ、または広域エピトープをコードする核酸、または広域ワクチンは、送達デバイス内に配置する。
ある実施形態では、キットは、送達デバイス、例えば、注射デバイスまたは吸入器を含む。ある実施形態では、ワクチンは、送達デバイス内に配置する。
別の態様では、本発明は、アンプルなど、密封された容器内にパッケージングされた、本明細書で記載される広域エピトープを含む組成物、例えば、ワクチンを特色とする。ある実施形態では、組成物は、液体である。ある実施形態では、組成物は、液体の滅菌凍結乾燥粉末または無水濃縮物である。
別段に規定されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。本発明の実施または試行では、本明細書で記載される方法および材料と類似または同等の方法および材料も使用しうるが、下記では、適切な方法および材料について記載する。本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、参照によりそれらの全体において組み込まれる。有益性相反の場合は、定義を含め、本明細書により管理するものとする。加えて、材料、方法、および例は、例示的なものであるに過ぎず、限定的であることを意図するものではない。
本開示で特色とされる1または複数の実施形態の詳細については、付属の図面および下記の記載に示す。本開示で特色とされる他の特色、目的、および利点については、記載および図面から明らかであろうし、特許請求の範囲からも明らかであろう。
例えば、本発明は以下を提供する。
(項目1)
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列

(配列番号68)(または、任意選択で、

のいずれも変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、もしくは3つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号69)(または、任意選択で、

、もしくは

の3つ全ては変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号70)(または、任意選択で、

は変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:

(配列番号145)(または、任意選択で、

は変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列

(配列番号72)(または、任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列

(配列番号73)(または、任意選択で、

は変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメントを、
前記軽鎖または重鎖の一方または両方のCDRが、そのCDRに、前記強調された残基のうちの1つ、または前記強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、前記強調された残基または残基の組合せは変化させない)という条件で含む抗体分子。
(項目2)
前記軽鎖のCDRおよび前記重鎖のCDRの各々が、そのCDRに、前記強調された残基のうちの1つ、または前記強調された残基の組合せのうちの1つを含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目3)
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
を含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目4)
前記抗体が、以下の特性:
(i)前記抗体とA型インフルエンザウイルスとの混合物を有する細胞培養物中の少なくとも5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および
(ii)(i)で記載した方法により試験した場合に、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261から選択される基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすこと
のうちの1または複数または全てを有する、項目1に記載の抗体分子。
(項目5)
a)前記免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントが、
配列Q−V−Q−L−L−E−T−G−G−G−L−V−K−P−G−Q−S−L−K−L−S−C−A−A−S−G−F−T−F−T(配列番号74)を含むFR1;
配列W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むFR2;
配列R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含み;
b)前記免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントが、
配列D−I−Q−M−T−Q−S−P−S−S−L−S−A−S−V−G−D−R−V−T−I−T−C−R−S−S(配列番号78)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)を含むFR2;
配列G−V−P−S−R−F−S−G−S−G−S−G−T−D−F−T−L−T−I−S−S−L−Q−P−E−D−F−A−T−Y−Y−C(配列番号80)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目6)
a)VH25である配列番号25を含む、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
b)VL52である配列番号52を含む、軽鎖可変領域セグメント
を含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目7)
以下の特性:
(a)前記抗体とA型インフルエンザウイルスとの混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;
(b)(a)で記載した方法により試験した場合に、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261から選択される基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;
(c)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;
(d)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;
(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;
(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;
(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;ならびに
(j)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること
のうちの1または複数または全てを有する、項目1に記載の抗体分子。
(項目8)
単鎖抗体(scFv)、F(ab’)断片、Fab断片、またはFd断片である、項目1に記載の抗体分子。
(項目9)
IgG1抗体である、項目1に記載の抗体分子。
(項目10)
以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープを含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目11)
特性cおよびdを含む、項目10に記載の抗体分子。
(項目12)
cc)H1HA1の残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方;ならびに
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全て
の一方または両方を含まないエピトープに結合する、項目10に記載の抗体分子。
(項目13)
特性aまたはbおよびcまたはdを含む、項目10に記載の抗体分子。
(項目14)
項目1に記載の抗体と結合について競合する抗体分子であって、前記抗体のエピトープが、
a)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、または全てを含まないこと;ならびに
b)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、または全てを含まないこと
を条件とする抗体分子。
(項目15)
項目1に記載の免疫グロブリン重鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子。
(項目16)
項目1に記載の免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子。
(項目17)
項目15に記載の核酸分子および項目16に記載の核酸分子の一方または両方を含む、組換えベクター。
(項目18)
項目17に記載のベクターを含む細胞。
(項目19)
項目1に記載の抗体分子を作製する方法であって、項目16に記載の宿主細胞を用意するステップと、前記宿主細胞内で前記核酸を発現させ、これにより前記抗体分子を作製するステップとを含む方法。
(項目20)
ヒト対象におけるインフルエンザウイルスによる感染を予防または処置する方法であって、項目1に記載の抗体分子を投与するステップを含む方法。
(項目21)
前記ヒト対象が、インフルエンザウイルスへの曝露の危険性が高い、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記ヒト対象が、免疫不全状態であるか、65歳以上であるか、6カ月〜18歳であるか、または慢性医学的状態を有する、項目20に記載の方法。
(項目23)
第2の薬剤を投与するステップをさらに含む、項目20に記載の方法。
(項目24)
前記第2の薬剤が、ワクチンである、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記第2の薬剤が、抗ウイルス剤である、項目23に記載の方法。
(項目26)
前記第2の薬剤が、ノイラミニダーゼ阻害剤またはヌクレオシド類似体である、項目23に記載の方法。
(項目27)
前記第2の薬剤が、ジドブジン、ガングシクロビル(gangcyclovir)、ビダラビン、イドキシウリジン、トリフルリジン、フォスカネット、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、サクィナビル、インジナビル、リトナビル、アルファ−インターフェロンおよび他のインターフェロン、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル、およびリマンタジンから選択される、項目23に記載の方法。
(項目28)
前記第2の薬剤が、抗HA抗体である、項目23に記載の方法。
(項目29)
前記抗体が、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261から選択される、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記抗体が、Ab 069、Ab 032、およびAb 031から選択される、項目28に記載の方法。
(項目31)
前記インフルエンザが、A型インフルエンザである、項目20に記載の方法。
(項目32)
前記A型インフルエンザウイルスが、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である、項目31に記載の方法。
(項目33)
ヒト対象における1または複数のインフルエンザ株に対する免疫を誘導する方法であって、
前記ヒト対象に広域ワクチンを投与するステップ
を含む方法。
(項目34)
インフルエンザ株による感染またはその症状を予防するか、遅延させるか、または軽減するステップを含む、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記広域ワクチンが、2つのインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導する、項目33に記載の方法。
(項目36)
前記広域ワクチンが、2つの群1のインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導する、項目33に記載の方法。
(項目37)
前記広域ワクチンが、群1株、および群1、群2、またはインフルエンザB株に由来する第2の株に対する免疫応答を誘導する、項目33に記載の方法。
(項目38)
前記広域ワクチンを、第2の薬剤と組み合わせて投与する、項目33に記載の方法。
(項目39)
前記第2の薬剤が、抗ウイルス剤である、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記第2の薬剤が、ノイラミニダーゼ阻害剤またはヌクレオシド類似体である、項目38に記載の方法。
(項目41)
前記第2の薬剤が、抗HA抗体である、項目38に記載の方法。
(項目42)
生物学的試料中のインフルエンザウイルスを検出する方法であって、前記試料を、項目1に記載の抗体分子と接触させるステップと、前記抗体分子の前記試料への結合を検出し、これにより、前記試料中の前記インフルエンザウイルスを検出するステップとを含む方法。
(項目43)
(a)患者に由来する試料を用意するステップと、
(b)前記試料を、項目1に記載の抗体分子と接触させるステップと、
(c)項目1に記載の前記抗体分子が、前記試料中のポリペプチドに結合するのかどうかを決定するステップであって、
前記抗体分子が前記試料中のポリペプチドに結合する場合、前記患者がインフルエンザに感染していることを決定するステップと
を含む方法。
(項目44)
前記患者が、A型インフルエンザまたはB型インフルエンザに感染していることを決定し、前記患者に、項目1に記載の抗体分子をさらに投与する、項目43に記載の方法。
(項目45)
項目1に記載の抗体分子と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
(項目46)
広域ワクチン。
(項目47)
単離広域免疫原。
(項目48)
項目1に記載の抗体分子を内部に配置した容器;薬学的に許容される送達媒体もしくは緩衝液;および項目1に記載の前記抗体分子を内部に任意選択で配置した送達デバイスのうちの1または複数を含むキット。
(項目49)
広域ワクチンを内部に配置した1もしくは複数の容器;アジュバントを内部に配置した容器;および広域ワクチンを内部に任意選択で配置した送達デバイスのうちの1または複数を含むキット。
図1は、抗HA抗体であるA18の重鎖アミノ酸配列および軽鎖アミノ酸配列(それぞれ、配列番号94および95)である。定常ドメイン配列は、斜字体で表示する。CDRは、下線により表示する。 図2は、例示的な抗HA抗体の重鎖可変ドメイン配列である。示される配列の配列番号は以下の通りである:VH15は、配列番号15であり;VH16は、配列番号16であり;VH17は、配列番号17であり;VH18は、配列番号18であり;VH19は、配列番号19であり;VH21は、配列番号21であり;VH22は、配列番号22であり;VH20は、配列番号20であり;VH23は、配列番号23であり;VH24は、配列番号24であり;VH25は、配列番号25であり;VH26は、配列番号26であり;VH27は、配列番号27であり;VH161は、配列番号161である。 図3は、例示的な抗HA抗体の軽鎖可変ドメイン配列である。示される配列の配列番号は以下の通りである:VL28は、配列番号28であり;VL29は、配列番号29であり;VL30は、配列番号30であり;VL35は、配列番号35であり;VL31は、配列番号31であり;VL32は、配列番号32であり;VL33は、配列番号33であり;VL34−IDは、配列番号34であり;VL36は、配列番号36であり;VL45は、配列番号45であり;VL46は、配列番号46であり;VL37は、配列番号37であり;VL38は、配列番号38であり;VL39は、配列番号39であり;VL40は、配列番号40であり;VL41は、配列番号41であり;VL42は、配列番号42であり;VL43は、配列番号43であり;VL44は、配列番号44であり;VL47は、配列番号47であり;VL48は、配列番号48であり;VL49は、配列番号49であり;VL50は、配列番号50であり;VL51は、配列番号51であり;VL52は、配列番号52であり;VL53は、配列番号53であり;VL54は、配列番号54であり;VL55は、配列番号55であり;VL56は、配列番号56であり;VL57は、配列番号57であり;VL58は、配列番号58であり;VL59は、配列番号59であり;VL60は、配列番号60であり;VL61は、配列番号61であり;VL153は、配列番号153であり;VL154は、配列番号154であり;VL155は、配列番号155であり;VL156は、配列番号156であり;VL62は、配列番号62である。 図4は、A18抗体によるH3N2 X−31株の中和を描示するグラフである。これに対し、X−31株は、AB1抗体によっては中和されなかった。 図5は、A18の、H3Brisbane/07への強い結合、およびH3Wyoming/03へのはるかに弱い結合を描示するELISA結果のグラフである。 図6は、A18の、H3Bris07HAであるH3N2Bris07ウイルスへの結合、および陰性対照であるBSA(ウシ血清アルブミン)への弱い結合を描示するELISA結果のグラフである。 図7Aおよび7Bは、感染したマウスを体重の減少から防御するA18抗体の能力を描示するグラフである。マウスには、H1N1(図7A)インフルエンザ株、またはH3N2(図7B)インフルエンザ株を感染させた。 図8Aおよび8Bは、H1N1(図8A)またはH3N2(図8B)に感染させ、48時間後に、Ab 028抗体、Ab 031抗体、またはAb 032抗体で処置したマウスの生存パーセントを描示するグラフである。 図9A、9B、および9Cは、H1N1(A/Puerto Rico/8/34)(図9A)、H3N2(A/Victoria/03/75)(図9B)、またはH1N1(A/California/04/09)(図9C)に感染させたマウスの生存パーセントを描示するグラフである。マウスは、多様な投与量のAb 032抗体で処置した。 図10A〜10Dは、抗体Ab 014およびAb 028の広範な特異性を描示するELISA結果のグラフである。いずれの抗体も、群1(亜型H1、H5、およびH9)および群2(亜型H3およびH7)のインフルエンザ亜型に結合することが示される。 図11は、インフルエンザPR8(H1N1)株が、AB1の存在下における、5ラウンド(R5)の繁殖後に、AB1による中和を凌駕できないことを描示するグラフである。これに対し、PR8は、C179の存在下で4ラウンドの選択後における力価の回復により見られる、対照の中和抗体であるC179に対する耐性を発生させる。 図12は、FI6(配列番号175)、FI370(配列番号176)、FI6のバリアント1(配列番号177)、FI6のバリアント3(配列番号178)、FI6/370(配列番号179)の重鎖可変領域のアミノ酸配列、およびFI6(配列番号180)のカッパ軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 図13は、図2に示され、N末端のIDジペプチドを含む、例示的な抗HA抗体の重鎖可変ドメイン配列である。示される配列の配列番号は以下の通りである:VH15−IDは、配列番号96であり;VH16−IDは、配列番号97であり;VH17−IDは、配列番号98であり;VH18−IDは、配列番号99であり;VH19−IDは、配列番号100であり;VH21−IDは、配列番号101であり;VH22−IDは、配列番号102であり;VH20−IDは、配列番号103であり;VH23−IDは、配列番号104であり;VH24−IDは、配列番号105であり;VH25−IDは、配列番号106であり;VH26−IDは、配列番号107であり;VH27−IDは、配列番号108であり;VH161−IDは、配列番号109である。 図14は、図3に示され、N末端のIDジペプチドを含む、例示的な抗HA抗体の軽鎖可変ドメイン配列である。示される配列の配列番号は以下の通りである:VL28−IDは、配列番号110であり;VL29−IDは、配列番号111であり;VL30−IDは、配列番号112であり;VL35−IDは、配列番号113であり;VL31−IDは、配列番号114であり;VL32−IDは、配列番号115であり;VL33−IDは、配列番号116であり;VL34−IDは、配列番号117であり;VL36−IDは、配列番号118であり;VL45−IDは、配列番号119であり;VL46−IDは、配列番号120であり;VL37−IDは、配列番号121であり;VL38−IDは、配列番号122であり;VL39−IDは、配列番号123であり;VL40−IDは、配列番号124であり;VL41−IDは、配列番号125であり;VL42−IDは、配列番号126であり;VL43−IDは、配列番号127であり;VL44−IDは、配列番号128であり;VL47−IDは、配列番号129であり;VL48−IDは、配列番号130であり;VL49−IDは、配列番号131であり;VL50−IDは、配列番号132であり;VL51−IDは、配列番号133であり;VL52−IDは、配列番号134であり;VL53−IDは、配列番号135であり;VL54−IDは、配列番号136であり;VL55−IDは、配列番号137であり;VL56−IDは、配列番号138であり;VL57−IDは、配列番号139であり;VL58−IDは、配列番号140であり;VL59−IDは、配列番号141であり;VL60−IDは、配列番号142であり;VL61−IDは、配列番号143であり;VL153−IDは、配列番号157であり;VL154−IDは、配列番号158であり;VL155−IDは、配列番号159であり;VL156−IDは、配列番号160であり;VL62−IDは、配列番号144である。 図15は、HAに感染させたHEK293細胞のAb 032抗体による処置後に観察される合胞体数を描示するグラフである。「処置前」および「処置後」とは、低pH(5.0)による融合条件の誘導前、または低pHによる誘導後における、細胞の抗体による処置を表示する。 図16は、H1N1に感染させ、その後、細菌S.pneumococcusに感染させたマウスの生存パーセントを描示するグラフである。マウスは、抗生剤または抗HA抗体で処置した。 図17は、さらなる例示的な抗HA抗体の軽鎖可変配列および重鎖可変配列を示す。示される配列の配列番号は以下の通りである:VL165は、配列番号165であり;VL166は、配列番号166であり;VL167は、配列番号167であり;VL168は、配列番号168であり;VL169は、配列番号169であり;VH164は、配列番号164であり;VH162は、配列番号162であり;VH163は、配列番号163である。 図18は、HAに感染させたHEK293細胞のAb 044抗体による処置後に観察される合胞体数を描示するグラフである。左のバー=pH5.0;右のバー=pH7.0。 図19Aは、H1N1 PR8株による感作およびビヒクル、リバビリン、10mg/kgのAb 044による予防、2.5mg/kgのAb 044による予防、または0.6mg/kgのAb 044による予防の投与後におけるマウスの体重の変化を示す。 図19Bは、H1N1 PR8株による感作および感染の2日後における10mg/kg、2.5mg/kg、もしくは0.6mg/kgのAb 044による治療;または感染の3日後における20mg/kgのAb 044による治療の投与後におけるマウスの体重の変化を示す。 図20Aは、H3N2 Victoria株による感作およびビヒクル、リバビリン、または10mg/kgのAb 044による予防の投与後におけるマウスの体重の変化を示す。 図20Bは、H3N2による感作および感染の2日後における10mg/kg、2.5mg/kg、もしくは0.6mg/kgのAb 044による治療;または感染の3日後における20mg/kgのAb 044による治療の投与後におけるマウスの体重の変化を示す。 図21Aは、プラークアッセイにより測定される、H1N1によるウイルス感作の4日後のマウスにおける肺ウイルス負荷を示す。感染させたマウスは、ビヒクル、リバビリン、10mg/kgのAb 044による予防、2.5mg/kgのAb 044による予防、0.6mg/kgのAb 044による予防、10mg/kgのAb 044による予防、2.5mg/kgのAb 044による治療、0.6mg/kgのAb 044による治療、または72時間後におけるAb 044による治療で処置した。 図21Bは、H3N2によるウイルス感作の4日後のマウスにおける肺ウイルス負荷を示す。感染させたマウスは、ビヒクル、リバビリン、10mg/kgのAb 044による予防、10mg/kgのAb 044による治療、2.5mg/kgのAb 044による治療、0.6mg/kgのAb 044による治療、または72時間後におけるAb 044による治療で処置した。アステリスク:p<0.05。 図22Aは、H1N1による感作およびビヒクル、リバビリン、10mg/kg、2.5mg/kg、または0.6mg/kgのAb 044による予防の投与後におけるマウスの生存曲線を示す。 図22Bは、H1N1による感作および48時間後のビヒクル、10mg/kg、2.5mg/kg、0.6mg/kgのAb 044による治療、または72時間後、20mg/kgのAb 044による治療の投与後におけるマウスの生存曲線を示す。 図23Aは、H3N2による感作およびビヒクル、リバビリン、または10mg/kgのAb 044による予防の投与後におけるマウスの生存曲線を示す。 図23Bは、H3N2による感作および感染の48時間後のビヒクル、10mg/kg、2.5mg/kg、0.6mg/kgのAb 044による治療、または感染の72時間後、20mg/kgのAb 044による治療の投与後におけるマウスの生存曲線を示す。 図24は、Ab 044の予防的投与および治療的投与の、A型インフルエンザ/Vietnam/1203/2004H5N1ウイルスを感染させたBALB/cマウスの体重に対する効果を描示する。 図25は、Ab 044の予防的投与および治療的投与の、A型インフルエンザ/Vietnam/1203/2004H5N1ウイルスを感染させたBALB/cマウスの生存に対する効果を描示する。 図26は、Ab044 エピトープの一部ではあるが、強調されたFI6のエピトープの一部ではないことが予測されるアミノ酸残基を伴うH3HAの三次元表示である。すなわち、強調されたアミノ酸は、Ab044のエピトープに固有である。 図27は、FI6のエピトープの一部ではあるが、強調されたAb044のエピトープの一部ではないことが予測されるアミノ酸残基を伴うH3HAの三次元表示である。
詳細な説明
本開示は、少なくとも部分的に、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルスおよびB型インフルエンザウイルス)の複数のヘマグルチニン亜型にわたり保存的なエピトープに結合しうる抗体分子のデザインおよび合成に基づく。例えば、本明細書で記載される抗体分子は、群1および群2の両方に属するウイルス(各群の少なくとも1つの亜型)の感染性を中和するための、群1に属する少なくとも1つのA型インフルエンザ株および群2に属する少なくとも1つのA型インフルエンザ株により引き起こされる疾患に対する広域スペクトル治療として有用である。
抗体分子は、合理的な構造ベースの手法であって、ヒト免疫系に完全に接触可能ではなく、したがって、より古典的なスクリーニング法による抗体の選択に適さないウイルス上の領域を標的とするための手法によりデザインした。広域スペクトル抗体分子をデザインおよび開発するための、この合理的構造ベースの手法は、汎発性および季節性のインフルエンザに対するより有効なワクチンの開発を可能とする。この手法はまた、それらが、変異してヒト適応型で高伝染性となりうる、特定のウイルス亜型(例えば、トリウイルス亜型)に対して援用される準備ができるように、パンデミックワクチンの事前の調製も可能とする。本明細書で記載される抗体分子を使用するワクチン(例えば、季節性ワクチン)は、アジュバントを使用せずに、より強力な免疫応答を生み出し、ウイルス株の変異に対する広域防御をもたらすことが可能である。
定義
本明細書で使用される「抗体分子」という用語は、免疫グロブリン重鎖可変領域に由来する、抗原特異的な結合をもたらすのに十分な配列および/または免疫グロブリン軽鎖可変領域に由来する、抗原特異的な結合をもたらすのに十分な配列を含むポリペプチドを指す。抗体分子は、全長抗体ならびにその断片、例えば、抗原の結合を支援するFab断片を含む。抗体分子は、重鎖CDR1配列、重鎖CDR2配列、および重鎖CDR3配列、ならびに軽鎖CDR1配列、軽鎖CDR2配列、および軽鎖CDR3配列を含むことが典型的である。抗体分子は、ヒト抗体、ヒト化抗体、CDR移植抗体、およびその抗原結合性断片を含む。複数の実施形態では、抗体分子は、少なくとも1つの免疫グロブリン可変領域セグメントを含むタンパク質、例えば、免疫グロブリン可変ドメインをもたらすアミノ酸配列、または免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む。
抗体分子のVH鎖またはVL鎖は、重鎖定常領域または軽鎖定常領域の全部または一部もさらに含み、これにより、免疫グロブリン重鎖または軽鎖のそれぞれを形成しうる。一実施形態では、抗体分子は、2つの免疫グロブリン重鎖および2つの免疫グロブリン軽鎖の四量体である。
抗体分子は、免疫グロブリン重鎖(または軽鎖)可変領域セグメントの一方または両方を含みうる。本明細書で使用される「免疫グロブリン重鎖(または軽鎖)可変領域セグメント」という用語は、抗原に結合することが可能な免疫グロブリン重鎖(または軽鎖)可変領域の全体、またはその断片を指す。抗原に結合する重鎖セグメントまたは軽鎖セグメントの能力は、セグメントを軽鎖または重鎖のそれぞれと対合させることにより測定する。いくつかの実施形態では、全長可変領域より短い重鎖セグメントまたは軽鎖セグメントは、適切な鎖と対合させると、全長鎖を軽鎖または重鎖のそれぞれと対合させた場合に見られるアフィニティーの少なくとも20、30、40、50、60、70、80、90、または95%のアフィニティーで結合する。
免疫グロブリン可変領域セグメントは、基準配列またはコンセンサス配列と異なりうる。本明細書で使用される「異なる」とは、基準配列内またはコンセンサス配列内の残基が、異なる残基または非存在の残基または挿入された残基で置き換えられていることを意味する。
抗体分子は、重(H)鎖可変領域(本明細書では、VHと略記する)、および軽(L)鎖可変領域(本明細書では、VLと略記する)を含みうる。別の例では、抗体は、2つの重(H)鎖可変領域および2つの軽(L)鎖可変領域またはこれらの抗原結合性断片を含む。免疫グロブリンの軽鎖は、カッパ型の場合もあり、ラムダ型の場合もある。一実施形態では、抗体分子をグリコシル化する。抗体分子は、抗体依存性細胞傷害作用および/または補体介在性細胞傷害作用について機能的な場合もあり、これらの活性の一方または両方について非機能的な場合もある。抗体分子は、無傷抗体の場合もあり、その抗原結合性断片の場合もある。
抗体分子は、全長抗体の「抗原結合性断片」、例えば、対象のHA標的に特異的に結合する能力を保持する、全長抗体の1または複数の断片を含む。全長抗体の「抗原結合性断片」という用語の中に包摂される結合性断片の例は、(i)VLドメイン、VHドメイン、CLドメイン、およびCH1ドメインからなる一価断片であるFab断片;(ii)F(ab’)またはヒンジ領域においてジスルフィド架橋により連結された2つのFab断片を含む二価断片であるF(ab’)断片;(iii)VHドメインおよびCH1ドメインからなるFd断片;(iv)抗体の単一のアームのVLドメインおよびVHドメインからなるFv断片;(v)VHドメインからなるdAb断片(Wardら(1989年)、Nature、341巻:544〜546頁);および(vi)機能性を保持する単離相補性決定領域(CDR)を含む。なおさらに、Fv断片の2つのドメインであるVLドメインおよびVHドメインは、個別の遺伝子によりコードされるが、それらは、組換え法を使用して、それらが一本鎖Fv(scFv)として公知の一価分子を形成するようにVLおよびVH領域が対合する単一のタンパク質鎖として作製されることを可能とする合成リンカーにより接合することができる。例えば、Birdら(1988年)、Science、242巻:423〜426頁;およびHustonら(1988年)、Proc.
Natl. Acad. Sci. USA、85巻:5879〜5883頁を参照されたい。抗体分子は、ダイアボディーを含む。
本明細書で使用される抗体とは、ポリペプチド、例えば、免疫グロブリンの構造機能的特徴、特に、抗原結合性の特徴を含む四量体または一本鎖ポリペプチドを指す。ヒト抗体は、2つの同一な軽鎖および2つの同一な重鎖を含むことが典型的である。各鎖は、可変領域を含む。
重鎖可変(VH)領域および軽鎖可変(VL)領域は、より保存的な「フレームワーク領域」(FR)と称する領域を散在させた、超可変性の「相補性決定領域」(「CDR」)と称する領域にさらに細分化することができる。ヒト抗体は、フレームワーク領域であるFR1〜FR4により隔てられた3つのVH CDRおよび3つのVL CDRを有する。FRおよびCDRの範囲は、正確に規定されている(Kabat, E.A.ら(1991年)、「Sequences of Proteins of Immunological Interest」、5版、U.S. Department of Health and Human Services、NIH刊行物第91−3242号;およびChothia, C.ら(1987年)、J. Mol. Biol.、196巻:901〜917頁を参照されたい)。本明細書では、Kabatによる定義が用いられる。各VHおよびVLは、アミノ末端〜カルボキシル末端において、以下:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4の順序で配置された3つのCDRおよび4つのFRからなることが典型的である。
免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖は、ジスルフィド結合により接続することができる。重鎖定常領域は、3つの定常ドメインであるCH1、CH2、およびCH3を含むことが典型的である。軽鎖定常領域は、CLドメインを含むことが典型的である。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合性ドメインを含有する。抗体の定常領域は、免疫系の多様な細胞(例えば、エフェクター細胞)および古典的補体系の第1成分(Clq)を含む、抗体の宿主組織または宿主因子への結合を媒介することが典型的である。
「免疫グロブリン」という用語は、生化学的に識別されうる、多様で広範なポリペプチドのクラスを含む。当業者は、重鎖が、それらの間にいくつかのサブクラス(例えば、γ1〜γ4)を伴う、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ、またはイプシロン(γ、μ、α、δ、ε)として分類されることを察知するであろう。抗体の「クラス」を、それぞれ、IgG、IgM、IgA、IgD、またはIgEと決定するのは、この鎖の性質である。免疫グロブリンのサブクラス(アイソタイプ)、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1などは、十分に特徴づけられており、機能的な特化を付与することが公知である。これらのクラスおよびアイソタイプの各々の改変形は、本開示の観点では、当業者にたやすく弁別可能であり、したがって、本開示の範囲内にある。全ての免疫グロブリンのクラスは、明らかに、本開示の範囲内にある。軽鎖は、カッパ鎖またはラムダ鎖(κ、λ)として分類される。各重鎖クラスは、カッパ軽鎖またはラムダ軽鎖と結合しうる。
適切な抗体は、モノクローナル抗体、単一特異性抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体、ヒト抗体、霊長動物化抗体、キメラ抗体、二特異性抗体、ヒト化抗体、コンジュゲート抗体(すなわち、他のタンパク質、放射性標識、サイトトキシンにコンジュゲートするかまたは融合させた抗体)、Small Modular ImmunoPharmaceuticals(「SMIP(商標)」)、一本鎖抗体、ラクダ抗体、および抗体断片を含むがこれらに限定されない。
複数の実施形態では、抗体は、ヒト化抗体である。ヒト化抗体とは、ヒトフレームワーク領域および非ヒト免疫グロブリン、例えば、マウス免疫グロブリンまたはラット免疫グロブリンに由来する1または複数のCDRを含む免疫グロブリンを指す。複数の実施形態では、供給源または工程の限定が含意されることはないが、CDRを提供する免疫グロブリンを、「ドナー」と称することが多く、フレームワークを提供するヒト免疫グロブリンを、「アクセプター」と呼ぶことが多い。ヒト化抗体は、ヒト化免疫グロブリン軽鎖およびヒト化免疫グロブリン重鎖を含むことが典型的である。
「免疫グロブリンドメイン」とは、免疫グロブリン分子の可変ドメインまたは定常ドメインに由来するドメインを指す。免疫グロブリンドメインは、約7本のβストランドおよび保存的ジスルフィド結合から形成される2枚のβシートを含有することが典型的である(例えば、A. F. WilliamsおよびA. N. Barclay(1988年)、Ann. Rev. Immunol.、6巻:381〜405頁を参照されたい)。
本明細書で使用される「免疫グロブリン可変ドメイン配列」とは、免疫グロブリン可変ドメインの構造を形成しうるアミノ酸配列を指す。例えば、配列は、自然発生の可変ドメインのアミノ酸配列の全部または一部を含みうる。例えば、配列は、1つ、2つ以上のN末端アミノ酸またはC末端アミノ酸、内部アミノ酸を除外することが可能であり、1または複数の挿入またはさらなる末端アミノ酸を含む場合もあり、他の改変を含む場合もある。一実施形態では、免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むポリペプチドは、別の免疫グロブリン可変ドメイン配列と会合させて、標的結合性構造(または「抗原結合性部位」)、例えば、標的抗原と相互作用する構造を形成することができる。
本明細書で使用される抗体という用語は、無傷モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、単一ドメイン抗体(例えば、サメ単一ドメイン抗体(例えば、IgNARまたはその断片))、少なくとも2つの無傷抗体から形成される多特異性抗体(例えば、二特異性抗体)、および、それらが所望の生物学的活性を呈示する限りにおける抗体断片を含む。本明細書における使用のための抗体は、任意の種類(例えば、IgA、IgD、IgE、IgG、IgM)でありうる。
抗体または抗体分子は、哺乳動物、例えば、齧歯動物、例えば、マウスまたはラット、ウマ、ブタ、またはヤギに由来しうる。複数の実施形態では、抗体または抗体分子は、組換え細胞を使用して作製する。いくつかの実施形態では、抗体または抗体分子は、ヒト定常領域ドメインおよび/または可変領域ドメインを保有する、例えば、マウス、ラット、ウマ、ブタ、または他の種に由来するキメラ抗体である。
本明細書で使用される結合剤とは、標的抗原、例えば、HAに結合する、例えば、これに特異的に結合する薬剤である。本発明の結合剤は、本明細書で開示される抗HA抗体分子と、HAへの特異的結合を支援し、複数の実施形態では、本明細書で開示される抗HA抗体分子の他の機能的な特性を支援するのに十分な構造的関係を共有する。複数の実施形態では、結合剤は、本明細書で開示される抗体分子、例えば、それと著明な構造的相同性、例えば、CDR配列を共有する抗体分子の少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、または90%の結合アフィニティーを呈示するであろう。結合剤は、例えば、いくつかの抗体の場合のように、自然発生の場合もあり、合成の場合もある。ある実施形態では、結合剤は、ポリペプチド、例えば、抗体分子、例えば、抗体である。ある結合剤は抗体分子であるが、他の分子、例えば、他のポリペプチドもまた、結合剤として機能しうる。ポリペプチドの結合剤は、単量体の場合もあり、多量体、例えば、二量体、三量体、または四量体の場合もあり、鎖内結合または鎖間結合、例えば、ジスルフィド結合により安定化させることができる。ポリペプチドの結合剤は、天然のアミノ酸残基を含有する場合もあり、非自然発生のアミノ酸残基を含有する場合もある。複数の実施形態では、結合剤は、本明細書で開示される抗体分子の1または複数のCDRを提示するか、または本明細書で開示される抗体分子の構造を別の形で模倣する、抗体分子または他のポリペプチドである。結合剤はまた、アプトマー、核酸、または他の分子実体も含みうる。結合剤は、様々な形で、例えば、免疫化により開発することもでき、合理的なデザインにより開発することもでき、ランダムな構造のスクリーニングにより開発することもでき、これらの手法または他の手法の組合せにより開発することもできる。結合剤は、本明細書で開示される抗体分子、例えば、それと著明な構造的相同性、例えば、CDR配列を共有する抗体分子と実質的に同じエピトープと接触することにより作用することが典型的である。結合剤は、アミノ酸、糖、またはこれらの組合せと相互作用しうる。抗体以外のポリペプチドも、配列、例えば、本明細書で開示される重鎖CDRおよび/もしくは軽鎖CDRのうちの1もしくは複数、またはこれらの完全なセットを提示するための足場として使用することができる。例示的な足場は、アドネクチン、亜鉛フィンガーDNA結合性タンパク質、プロテインA、リポクリン、アンキリン(ankryin)コンセンサス反復ドメイン、チオレドキシン、アンチカリン、センチリン、アビマードメイン、ユビキチン、ペプチド模倣剤、ステープルドペプチド、シスチンノットミニタンパク質、およびIgNARを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は、核酸、例えば、DNA、RNA、もしくはこれらの混合物であるか、またはこれらを含む。複数の実施形態では、結合剤、例えば、核酸は、二次構造、三次構造、または四次構造を示す。いくつかの実施形態では、結合剤、例えば、核酸は、本明細書で開示される抗体分子の構造を模倣する構造を形成する。
本明細書で使用される広域スペクトル結合剤、例えば、抗体分子は、複数の異なるHA分子に結合し、任意選択で、異なるHA分子を含むウイルスを中和する。ある実施形態では、抗体分子は、A型インフルエンザの群1のウイルスに由来する第1のHAに結合し、A型インフルエンザの群1のウイルスに由来する第2のHAに結合し、任意選択で、第1のHA分子または第2のHA分子を含むウイルスを中和する。ある実施形態では、抗体分子は、A型インフルエンザの群1のウイルスに由来する第1のHAに結合し、A型インフルエンザの群2のウイルスに由来する第2のHAに結合し、任意選択で、異なるHA分子を含むウイルスを中和する。ある実施形態では、抗体分子は、A型インフルエンザの群1のウイルスまたは群2のウイルスに由来する第1のHAに結合し、B型インフルエンザウイルスに由来するHAに結合し、任意選択で、異なるHA分子を含むウイルスを中和する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、異なる群に由来する、ウイルスの少なくとも2つの異なるクレードまたはクラスターに結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。複数の実施形態では、抗体分子は、本明細書で開示される群1および/または群2の全てまたは実質的に全ての株に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、および群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。いくつかの実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、結合し、任意選択で、特定の宿主、例えば、トリ、ラクダ、イヌ、ネコ、ジャコウネコ、ウマ、ヒト、マウス、ブタ、トラ、または他の哺乳動物もしくは鳥類の感染を中和または媒介する。
本明細書で使用される「組合せ治療」という用語は、複数の薬剤の投与、例えば、少なくとも1つの、本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子を、対象、例えば、ヒト対象に投与する、複数の薬剤の投与を指す。薬剤の対象への導入は、異なる時点でありうる。複数の実施形態では、薬剤を重複レジメンで、または対象が両方の薬剤に同時に曝露されるように、または対象の応答が、いずれかの薬剤を単独で投与した場合に見られるより良好となるように投与する。
本明細書で使用される「エスケープ変異体」とは、本明細書で記載される抗HA抗体分子による中和に対して耐性である、変異したインフルエンザ株である。複数の実施形態では、エスケープ変異体は、結合剤、例えば、抗体分子による中和に対して耐性であるが、その親株は、結合剤、例えば、抗体分子により中和される。
本明細書で使用される「汎発性インフルエンザ」とは、A型インフルエンザの異なる株の再集合を介する株の変異または株の出現によるインフルエンザ株のヒトへの適応に起因して現れる新たなウイルス株を指す。結果として生じる汎発性株は、かつての株とは異なり、大半の人々は、既存の免疫がほとんど有さないかまたは全く有さない。症状および合併症は、季節性インフルエンザに典型的な症状および合併症より重度かつ高頻度でありうる。過去の汎発性流感ウイルスの例は、例えば、2009H1N1「ブタインフルエンザ」株、1957−58H2N2「アジア風邪」株、および1968H3N2インフルエンザ株を含む。
本明細書の、天然の供給源から得られる抗体分子、例えば、抗体、免疫原、または一般にポリペプチドの文脈で使用される「精製」および「単離」という用語は、天然の供給源に由来する夾雑物質、例えば、天然の供給源に由来する細胞性物質、例えば、細胞内に存在する細胞破砕物、細胞膜、細胞小器官、核酸のバルク、またはタンパク質を実質的に含まない分子を指す。したがって、単離されたポリペプチド、例えば、抗体分子は、約30%、20%、10%、5%、2%、または1%(乾燥重量で)未満の細胞性物質および/または夾雑物質を有するポリペプチドの調製物を含む。化学合成分子種、例えば、抗体分子、または免疫原の文脈で使用される場合の「精製」および「単離」という用語は、分子の合成に関与する化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない分子種を指す。
本明細書で使用される結合剤、例えば、抗体分子の調製物は、複数の結合剤分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子を含む。複数の実施形態では、この結合剤、例えば、抗体分子は、重量または数で、調製物または調製物の有効成分のうちの少なくとも60、70、80、90、95、98、99、99.5、または99.9%を構成する。複数の実施形態では、この結合剤は、重量または数で、調製物、または調製物の有効成分、もしくはポリペプチド成分、もしくは抗体分子のうちの少なくとも60、70、80、90、95、98、99、99.5、または99.9%を構成する抗体分子である。複数の実施形態では、結合剤は、抗体分子であり、調製物は、重量または数で、30、20、10、5、2、1、または0.5%以下の夾雑物、例えば、抗体分子の供給源に由来するかまたは抗体分子の調製物中で使用される反応物、溶媒、前駆体、または他の分子種、例えば、抗体分子を作製するために使用される細胞、反応混合物、または他の系に由来する分子種を含有する。
本明細書で使用される「感染を予防する」という用語は、対象が、インフルエンザに曝露される前(例えば、1日間、2日間、1週間、2週間、3週間、または1カ月間以上前)に抗体を施される場合、対象(例えば、ヒト)が、インフルエンザに感染する可能性を低めることを意味する。
本明細書で使用される「季節性インフルエンザ」とは、近年においてヒト集団内を循環しており、したがって、大半の人々は、それに対して少なくとも部分的に免疫である株と同一であるかまたは近縁の株である。このような株は、重度の疾患を引き起こす可能性が低い。症状は、発熱、咳、鼻水、および筋肉痛を含む可能性があり、稀な症例では、肺炎などの合併症から死亡する場合もある。発生は、予測可能な季節性パターンに従い、毎年、温帯気候では通常秋および冬に見られる。季節性インフルエンザに起因する感染は、一般に流感と称する。
本明細書で使用される特異的結合とは、結合剤、例えば、抗体分子が、その抗原に10−5以下のKで結合することを意味する。複数の実施形態では、抗体は、その抗原に10−6、10−7、10−8、10−9、10−10、10−11、または10−12以下のKで結合する。
本明細書で使用される「治療有効量」という用語は、対象に肯定的な転帰を結果としてもたらす治療剤、例えば、結合剤、例えば、抗体分子の量を指す。複数の実施形態では、治療有効量は、治療効果または治療有益性、例えば、対象の集団に投与された場合の、影響または症状の発現の緩和または予防と統計学的に相関しうる。複数の実施形態では、治療有効量は、あらかじめ選択されるか、または妥当な有益性/危険性比もまたもたらす量である。複数の実施形態では、治療有効量は、疾患、障害、または状態の1または複数の特性、症状、または特徴の発生率および/もしくは重症度を低減し、かつ/またはこれらの発症を遅延させるのに有効な量である。治療有効量は、1回分または複数回分の単位用量を含みうる投薬レジメンにより投与することができる。
本明細書で使用される「感染を処置する」という用語は、インフルエンザに感染し、インフルエンザ(例えば、流感)の症状を経た対象(例えば、ヒト)が、抗体分子を投与された場合に、複数の実施形態では、抗体を投与されなかった場合より重度でない症状を被り、かつ/または早期に回復することを意味する。複数の実施形態では、感染を処置した場合、対象においてウイルスを検出するためのアッセイでは、感染に有効な処置の後に検出されるウイルスが減少するであろう。例えば、本明細書で記載される抗体分子などの抗体分子を使用する診断アッセイでは、ウイルス感染の有効な処置のための抗体分子を投与した後に患者の生物学的試料中で検出されるウイルスが減少するか、または患者の生物学的試料中ではウイルスが検出されないであろう。患者における処置をモニタリングして、患者におけるウイルス感染を処置した後におけるウイルスの存在、例えば、存在の減少(または非存在)を検出するのに、PCR(例えば、qPCR)など、他のアッセイもまた使用することができる。処置は、特定の疾患、障害、および/または状態(例えば、インフルエンザ)の、影響もしくは症状の1もしくは複数の発現、特性、および/または原因の重症度を緩和するか、改善するか、和らげるか、阻害するか、低減し、かつ/またはこれらの発生を低減し、任意選択で、これらの発症を遅延させることが可能である。複数の実施形態では、処置は、関与性の疾患、障害、および/もしくは状態の徴候を呈示しない対象、ならびに/または疾患、障害、および/もしくは状態の早期の徴候だけを呈示する対象の処置である。複数の実施形態では、処置は、関与性の疾患、障害、および/または状態の、1または複数の確立された徴候を呈示する対象の処置である。複数の実施形態では、処置は、インフルエンザを患うと診断された対象の処置である。
2つの配列の間の「相同性」または「配列同一性」または「同一性」(本明細書では、これらの用語を互換的に使用する)の計算は、以下の通りに実施することができる。配列は、最適な比較を目的として配列決定する(例えば、最適なアライメントのために、第1のアミノ酸配列または核酸配列および第2のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方にギャップを導入し、非相同な配列は、比較の目的では無視することができる)。最適なアライメントは、ギャップペナルティーを12とし、ギャップ拡張ペナルティーを4とし、フレームシフトギャップペナルティーを5とするBlossum 62スコアリング行列を伴うGCGソフトウェアパッケージ内のGAPプログラムを使用して、最高のスコアとして決定する。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第1の配列内の位置が、第2の配列内の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占有される場合、分子は、その位置において同一である(本明細書で使用されるアミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と同義である)。2つの配列の間の同一性パーセントは、配列により共有される同一な位置の数の関数である。
ヘマグルチニン(HA)ポリペプチドおよびインフルエンザ
インフルエンザウイルスとは、ネガティブセンスで一本鎖のセグメント化RNAエンベロープウイルスである。2つの糖タンパク質であるヘマグルチニン(HA)ポリペプチドおよびノイラミニダーゼ(NA)ポリペプチドは、ウイルスエンベロープの外表面上に提示されている。H数(ヘマグルチニンの種類について)およびN数(ノイラミニダーゼの種類について)に従い表示される、複数のA型インフルエンザ亜型が存在する。17の異なるH抗原(H1〜H17)および9つの異なるN抗原(N1〜N9)が存在する。インフルエンザ株は、株のHAポリペプチド亜型およびNAポリペプチド亜型の番号、例えば、H1N1、H1N2、H1N3、H1N4、H1N5などに基づく命名法により同定する。
HAとは、ウイルスの結合および宿主細胞への侵入を媒介する、主要なウイルス表面糖タンパク質であり、中和抗体応答の第一義的な標的である。HAは、3つの同一な単量体の三量体である。各単量体は、前駆体であるHAとして合成され、これが、タンパク質分解により、2つのジスルフィド結合したポリペプチド鎖であるHAおよびHAにプロセシングされる。このタンパク質の細胞外ドメインは、(i)受容体の結合活性および主要な抗原決定基を保有する球状ヘッドドメイン、(ii)ヒンジ領域、ならびに(iii)融合に極めて重要な配列である融合ペプチドが配置されるステム領域を有する。ウイルスの複製サイクルは、ビリオンが、その表面ヘマグルチニンタンパク質を介して、宿主細胞上のシアル化グリカン受容体に結合し、エンドサイトーシスにより細胞に侵入するときに開始される。エンドソーム内の酸性環境は、HA内のコンフォメーション変化を誘導し、これにより、三量体のステム領域内に伏在する融合ペプチドが露出される。露出された融合ペプチドは、ウイルス膜と標的細胞膜との融合を媒介する結果として、ウイルス性リボ核タンパク質の細胞質への放出をもたらす。
A型インフルエンザのヘマグルチニン亜型は、2つの主要群および4つの下位クレードに分けられ、これらがクラスターにさらに分けられている。群1のA型インフルエンザ株は、3つのクレード:(i)H8、H9、およびH12(「H9クラスター」);(ii)H1、H2、H5、H6、およびH17(「H1aクラスター」);ならびに(iii)H11、H13、およびH16(「H1bクラスター」)に分けられる。群2株は、2つのクレード:(i)H3、H4、およびH14(「H3クラスター」);ならびに(ii)H7、H10、およびH15(「H7クラスター」)に分けられる。H1bクラスターおよびH1aクラスターは、H1クラスターとして併せて分類される。異なるHA亜型は、高度のアミノ酸配列同一性を必ずしも共有しないが、それらの全体的な三次元構造は類似する。
17のHAポリペプチド亜型のうち、3つ(H1、H2、およびH3)だけが、ヒトへの感染に適応している。これらの亜型は、アルファ2,6シアル化グリカンに結合する能力を共有する。これに対し、それらのトリ対応物は、アルファ2,3シアル化グリカンに優先的に結合する。ヒトに感染するように適応したHAポリペプチド(例えば、汎発性H1N1(1918年)インフルエンザ亜型、および汎発性H3N2(1967〜68年)インフルエンザ亜型に由来するHAポリペプチドのうちの)は、α2,3シアル化グリカンに優先的に結合するそれらのトリ前駆細胞と比較して、α2,6シアル化グリカンに優先的に結合する能力を特徴とした(例えば、SkehelおよびWiley、Annu Rev Biochem、69巻:531頁、2000年; RogersおよびPaulson、Virology、127巻:361頁、1983年; Rogersら、Nature、304巻:76頁、1983年; Sauterら、Biochemistry、31巻:9609頁、1992年を参照されたい)。
さらに、ヒトの感染を媒介するHAポリペプチドは、コーントポロジーグリカンより、アンブレラトポロジーグリカンに優先的に結合する(例えば、U.S.2011/0201547を参照されたい)。いかなる特定の理論に束縛されることも望まずに述べると、コーントポロジーグリカンもなお、α2,6シアル化グリカンでありうるが、ヒト宿主に感染する能力は、特定の連結を有するグリカンへの結合とはそれほど大きくは相関せず、特定のトポロジーを有するグリカンへの結合と大きく相関することが提起されている。ヒトの感染を媒介するHAポリペプチドは、アンブレラトポロジーグリカンに結合し、コーントポロジーグリカンよりアンブレラトポロジーグリカンに対する優先性を示すことが多いことが裏付けられている(例えば、2009年1月2日に出願されたUSSN12/348,266、2008年11月17日に出願されたUSSN12/301,126、2008年1月3日に出願されたUSSN61/018,783、2008年1月3日に出願されたUSSN11/969,040、2007年8月14日に出願されたUSSN11/893,171、2006年8月14日に出願されたUSSN60/837,868、8月14日に出願されたUSSN60/837,869、および2007年8月14に出願されたPCT出願第PCT/US07/18160号を参照されたい)。
成熟HAポリペプチドは、3つのドメインである(i)主にHA1ペプチドからなり、受容体(シアル化糖タンパク質)結合性領域を含有する球状ドメイン(別称、ヘッドドメイン)、(ii)膜融合ペプチドが存在する茎状ドメイン(HA1およびHA2)、および(iii)ヘマグルチニンをウイルスエンベロープにアンカリングする膜貫通ドメイン(HA2)を含む。HA1ペプチドとHA2ペプチドとのインターフェース内のアミノ酸のセットは、全てのインフルエンザ亜型にわたり高度に保存的である。カノニカルアルファ−へリックスを含むHA1/HA2膜近位領域(MPER)もまた、インフルエンザ亜型にわたり高度に保存的である。
HAポリペプチドは、糖タンパク質受容体に結合することにより、HA受容体として公知の細胞の表面と相互作用する。HAポリペプチドのHA受容体への結合は、HA受容体上のN結合グリカンに主に媒介される。流感ウイルス粒子表面上のHAポリペプチドは、細胞宿主の表面上でHA受容体と会合するシアル化グリカンを認識する。細胞機構によるウイルスタンパク質およびウイルスゲノムの複製の後、新たなウイルス粒子が宿主から出芽し、近隣の細胞に感染する。
現在、流感を予防する、例えば、感染を予防するか、またはインフルエンザウイルスによる感染の影響を最小化するには、ワクチンを対象、例えば、ヒトに投与する。従来のワクチンは、インフルエンザの多様な株に由来する抗原のカクテルを含有し、ヒトに投与されて、ヒトがウイルスに感染することを予防する。HAとは、A型インフルエンザ中和抗体の主要標的であり、HAは、HAポリペプチドの膜遠位受容体結合性サブドメインに対して主に方向付けられる抗体応答の選択圧により駆動される持続的な進化を経る。しかし、対象が防御されるのは、カクテル中の抗原が由来する株と同一の株または近縁の株からだけである。ヒトは依然として、カクテル中に含まれなかったインフルエンザの他の株による感染に対して極めて脆弱である。本明細書で提示される抗体の利点のうちの1つは、A型インフルエンザの複数の株にわたり保存的であり、複数の実施形態では、B型インフルエンザの複数の株にわたり保存的なHAのエピトープに結合するそれらの能力である。したがって、本明細書で記載される抗HA抗体の投与は、個体を、より広域スペクトルのインフルエンザ(例えば、A型インフルエンザであり、複数の実施形態では、B型インフルエンザ)およびそれと関連する状態(例えば、二次感染、例えば、二次細菌感染)に由来する感染から防御するのに有効であろう。さらに、抗体は、感染が生じた後で対象を処置するときにも有効である。
抗HA抗体分子
本明細書で記載される結合剤、および、特に、本明細書で記載される抗体分子は、群1および群2の両方に由来するA型インフルエンザウイルスにも結合することが可能であり、複数の実施形態では、B型インフルエンザウイルスにもまた結合する。例えば、本明細書で記載される抗体分子は、群1に由来する少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、または11の株上のHAポリペプチドに結合することが可能であり、また、群2に由来する少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つの株上のHAポリペプチドにも結合しうる。別の例では、本明細書で記載される抗体分子は、群1に由来する少なくとも1つ、2つ、または3つのクレードに由来するインフルエンザ株上のHAポリペプチドに結合することが可能であり、また、群2のクレードの一方または両方に由来するインフルエンザ株上のHAポリペプチドにも結合しうる。本明細書で記載される抗体分子は、細胞への侵入を阻害し、これにより、感染過程の早期の段階を標的とする。
本開示で特色とされる結合剤、および、特に、本開示で特色とされる抗体分子は、季節性インフルエンザ株または汎発性インフルエンザ株による感染を処置または予防するのに有効でありうる。本明細書で記載される結合剤、および、特に、本明細書で記載される抗体分子は、A型インフルエンザウイルスの群1株または群2株を予防もしくは処置するか、または複数の実施形態では、B型インフルエンザウイルスの株を予防もしくは処置するそれらの能力を特徴とすることが可能である。本開示で特色とされる結合剤、および、特に、本開示で特色とされる抗体分子は、群1の1または複数の株、群2の1または複数の株による感染を予防または処置し、また、B型インフルエンザウイルスの1または複数の株による感染も予防または処置するのに有効である。
対象が曝露されるのと同じ日に投与される場合、または、例えば、感染の1日間、2日間、3日間、4日間以上後に投与される場合、または患者が最初の症状を被るとき、結合剤、および、特に、抗体分子は、感染を処置するのに有効であることが可能である。

本明細書で記載される抗体分子は、群1の1または複数のインフルエンザ株、群2の1または複数のインフルエンザ株を処置するのに有効であり、また、1または複数のB型インフルエンザ株、およびこれらの株の中の特殊な分離株も処置するのに有効である。ある種の抗体分子は、他の分離株より、ある種の分離株を処置するのに有効でありうる。例示的なインフルエンザ株および分離株を、下記の表1に記載する。
表1: 例示的なインフルエンザ株および分離株
アフィニティーはまた、A型インフルエンザウイルスについて与えられた群1の株もしくは群2の株、またはB型インフルエンザウイルスについて与えられた株の特定の分離株についてのアフィニティーでもありうる。例示的な分離株は、上記の表1に提示した通りである。
阻害の機構
特殊な機構により限定されるわけではないが、HA特異的抗体は、宿主細胞の表面タンパク質上のシアル酸残基へのウイルスの結合を遮断すること、エンドソーム内の融合活性を誘発するHAの構造的遷移に干渉すること、または結合およびウイルス−細胞間融合を同時に阻害することによるなど、多数の方法により感染を阻害しうる。
複数の実施形態では、本明細書で特色とされる抗体分子は、HAの三量体インターフェースにおいて、エピトープに結合する。三量体インターフェースにおける構造的変化は、ウイルス膜とエンドサイトーシス膜との融合に重要であり、本明細書で記載される抗体分子は、感染のこの極めて重要なステップに干渉する。当技術分野では、HAの融合活性を測定するアッセイが公知である。例えば、1つの融合アッセイは、細胞間融合イベントにおいて生じる合胞体の形成を測定する。アッセイでは、インフルエンザウイルス株のHAを発現させ、提示する細胞を使用することができる。これらの細胞内の膜アンカーヘマグルチニンは、低pH(例えば、pH5)への短時間の(例えば、3分間)曝露により、融合コンフォメーションに転換されるように誘導する。2〜3時間のインキュベーション時間に従い、細胞を戻し、融合させて、合胞体を形成させる。核染色を使用して、これらの融合産物の造影の一助とすることができる。それらのカウントを、融合活性の測定基準として使用する。候補抗HA抗体を、低pH処理の前または後に添加して、融合過程のどの段階で抗体が干渉するのかを決定することができる。
別の種類の融合アッセイでは、内容物混合をモニタリングする。内容物混合を測定するには、宿主細胞(例えば、赤血球)に、色素(例えば、Lucifer Yellow)をロードして、HA結合宿主細胞の内容物が、融合誘導状態(例えば、pH6未満またはpH5未満などの低pH)に曝露した後に、HA発現細胞に送達されうるのかどうかを決定する。色素が宿主細胞の内容物と混合されない場合は、融合が阻害されているという結論を下すことができる。例えば、Kembleら、J. Virol.、66巻:4940〜4950頁、1992年を参照されたい。
別の例では、脂質混合をモニタリングすることにより、融合アッセイを実施する。脂質混合アッセイは、宿主細胞(例えば、赤血球)を、蛍光色素(例えば、R18(オクタデシルローダミン))または色素対(例えば、CPT−PC/DABS−PC)(蛍光共鳴エネルギー移動用)で標識し、宿主細胞およびHA発現細胞を、融合誘導状態に曝露し、蛍光消光解除(FDQ)についてアッセイすることにより実施することができる。脂質混合は、ウイルスエンベロープへの標識の希釈、および結果としての消光解除をもたらす。消光解除の遅延または消光解除の非存在は、膜融合の阻害を示す。例えば、Kembleら、J. Virol.、66巻:4940〜4950頁、1992年;およびCarrら、Proc. Natl. Acad. Sci.、94巻:14306〜14313頁、1997年を参照されたい。
エスケープ変異体
複数の実施形態では、特色とされる抗体分子と接触させた場合、インフルエンザ株は、エスケープ変異体を産生したとしても稀であろう。
エスケープ変異体は、当技術分野で公知の方法により同定することができる。例えば、本開示で特色とされる抗体は、細胞を、ウイルスに、本開示で特色とされる抗HA抗体への長時間にわたる繰り返しの曝露下で感染させても、エスケープ変異体を産生しないであろう。
1つの例示的な方法は、感染率を50%減じる公知の濃度の抗体の存在下における、細胞(例えば、MDCK細胞)の、一定量のA型インフルエンザウイルス粒子による感染を含む。各継代培養後に回収されたウイルスの後代を使用して、同じ濃度以上の抗体の存在下で、新鮮な細胞培養物に感染させる。これらの条件下における複数の感染サイクルの後、例えば、15サイクル、12サイクル、11サイクル、10サイクル、9サイクル、8サイクル、7サイクル、6サイクル、または5サイクルの感染の後、20回にわたるウイルスプラークの採取から抽出されるHAヌクレオチド配列を、抗体による中和に対してウイルス性分離株を耐性とする変異の強化(エスケープ変異体)について査定する。複数ラウンドの選択の後で、例えば、11ラウンド、10ラウンド、または9ラウンドの選択の後で、抗体に対する感受性が低減された変異体が検出されない場合、抗体は、エスケープ変異に対して抵抗性であることが決定される。(例えば、Throsbyら(2008年)、PLoS One、3巻、e3942頁を参照されたい)。
別の例では、中和抗体の最小阻止濃度(MIC)を測定するアッセイを使用して、エスケープ変異体を同定することができる。抗体分子のMICとは、ウイルスと混合されて、細胞培養物のインフルエンザによる感染を予防しうる、抗体分子の最低濃度である。エスケープ変異体がウイルス集団内で現れる場合は、集団内に耐性変異を保有するウイルス粒子の比率が増大するので、特定の抗体のMICは、抗体の選択圧下における繁殖ラウンドの増大と共に上昇することが観察されるであろう。本明細書で記載される抗HA抗体分子に応答して、インフルエンザのエスケープ変異体が進化したとしても稀であり、したがって、MICは、時間経過にわたり、同じ値を維持するであろう。
エスケープ変異体の発生についてモニタリングするのに適する別のアッセイは、細胞変性効果(CPE)アッセイである。CPEアッセイは、インフルエンザ株を中和する(すなわち、インフルエンザ株による感染を予防する)抗体の能力をモニタリングする。CPEアッセイは、細胞培養物中でウイルスを中和するのに要請される抗体の最小濃度を提示する。エスケープ変異体が現れる場合、抗体はウイルスの中和にそれほど有効でなくなるので、時間経過にわたり、特定の抗体のCPEが増大する。本明細書で記載される抗HA抗体分子に応答して、ウイルス株がエスケープ変異体を産生したとしても稀であり、したがって、CPEは、時間経過にわたり、本質的に同じ値を維持するであろう。
エスケープ変異体の発生についてモニタリングするのに、定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)もまた使用することができる。qPCRは、インフルエンザ株を中和する(すなわち、インフルエンザ株による感染を予防する)抗体の能力をモニタリングするのに有用である。抗体がウイルスを有効に中和する場合、細胞培養物試料に対して実施されるqPCRは、ウイルスゲノム核酸の存在を検出しないであろう。エスケープ変異体が現れる場合は、時間経過にわたり、qPCRは、ウイルスゲノム核酸をますます増幅するであろう。本明細書で記載される抗HA抗体分子に応答して、エスケープ変異体が発生したとしても稀であり、したがって、qPCRは、時間経過の後でなお、ウイルスゲノム核酸を検出したとしても稀であろう。
結合およびアフィニティー
複数の実施形態では、本明細書で特色とされる結合剤、特に、抗体分子は、以下:
群1のインフルエンザ株(例えば、H1ポリペプチド、H2ポリペプチド、H5ポリペプチド、H6ポリペプチド、H8ポリペプチド、H9ポリペプチド、H12ポリペプチド、H11ポリペプチド、H13ポリペプチド、H16ポリペプチド、またはH17ポリペプチド)に由来する少なくとも1つのHAポリペプチド;
群2のインフルエンザ株(例えば、H3ポリペプチド、H4ポリペプチド、H14ポリペプチド、H7ポリペプチド、H10ポリペプチド、またはH15ポリペプチド)に由来する少なくとも1つのHAポリペプチド;および
B型インフルエンザ株に由来する少なくとも1つのHAポリペプチド
のうちの2つ以上に結合する。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子の、群1のインフルエンザ株に由来するHA(例えば、H1ポリペプチド、H2ポリペプチド、H5ポリペプチド、H6ポリペプチド、H8ポリペプチド、H9ポリペプチド、H12ポリペプチド、H11ポリペプチド、H13ポリペプチド、H16ポリペプチド、またはH17ポリペプチド)に対するKは、10−6、10−7、10−8、10−9、10−10、10−11、または10−12以下となろう。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子の、群2のインフルエンザ株に由来するHA(例えば、H3ポリペプチド、H4ポリペプチド、H14ポリペプチド、H7ポリペプチド、H10ポリペプチド、またはH15ポリペプチド)に対するKは、10−6、10−7、10−8、10−9、10−10、10−11、または10−12以下となろう。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子の、B型インフルエンザのHAに対するKは、10−6、10−7、10−8、10−9、10−10、10−11、または10−12以下となろう。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)第1のK(群1のインフルエンザ株に由来するHA、例えば、H1ポリペプチド、H2ポリペプチド、H5ポリペプチド、H6ポリペプチド、H8ポリペプチド、H9ポリペプチド、H12ポリペプチド、H11ポリペプチド、H13ポリペプチド、H16ポリペプチド、またはH17ポリペプチドに対するアフィニティーを表す);および
b)第2のK(群2のインフルエンザ株に由来するHA、例えば、H3ポリペプチド、H4ポリペプチド、H14ポリペプチド、H7ポリペプチド、H10ポリペプチド、またはH15ポリペプチドに対するアフィニティーを表す)
を有し、
ここで、第1のKおよび第2のKは、
いずれも10−8以下;および
互いの10または100倍以内
の一方または両方である。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)第1のK(H1、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009に由来するH1、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に対するアフィニティーを表す);および
b)第2のK(H3ポリペプチド、例えば、H3N2株、例えば、A/Brisbane/59/2007に由来するH3に対するアフィニティーを表す)
を有し、
ここで、第1のKおよび第2のKは、
いずれも10−8以下;および
互いの10または100倍以内
の一方または両方である。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)第1のK(H1、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009に由来するH1、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に対するアフィニティーを表す);および
b)第2のK(H3ポリペプチド、例えば、H3N2株、例えば、A/Brisbane/59/2007に由来するH3に対するアフィニティーを表す)
を有し、 ここで、第1のKおよび第2のKは、
いずれも10−8以下;および
互いの10または100倍以内
の一方または両方である。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)第1のK(群1のインフルエンザ株に由来するHA、例えば、H1ポリペプチド、H2ポリペプチド、H5ポリペプチド、H6ポリペプチド、H8ポリペプチド、H9ポリペプチド、H12ポリペプチド、H11ポリペプチド、H13ポリペプチド、H16ポリペプチド、もしくはH17ポリペプチドに対するアフィニティー、および/または群2のインフルエンザ株に由来するHA、例えば、H3ポリペプチド、H4ポリペプチド、H14ポリペプチド、H7ポリペプチド、H10ポリペプチド、もしくはH15ポリペプチドに対するアフィニティーを表す);および
b)第2のK(例えば、B/Wisconsin/1/2010に由来する、B型インフルエンザのHAに対するアフィニティーを表す)
を有し、
ここで、第1のKおよび第2のKは、
いずれも10−8以下;および
互いの10または100倍以内
の一方または両方である。
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)第1のK(群1のインフルエンザ株に由来するHA、例えば、H1、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009に由来するH1、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に対するアフィニティー、および/あるいは群2のインフルエンザ株に由来するHA、例えば、H3N2株、例えば、A/Brisbane/59/2007に由来するH3ポリペプチドに対するアフィニティーを表す);および
b)第2のK(B型インフルエンザのHAに対するアフィニティー)
を有し、
ここで、第1のKおよび第2のKは、
いずれも10−8以下;および
互いの10または100倍以内
の一方または両方である。
一実施形態では、抗体分子は、群1のインフルエンザ株に由来する少なくとも1つのHAポリペプチドに、基準の抗HA抗体より大きなアフィニティーで結合し、群2のインフルエンザ株に由来する少なくとも1つのHAポリペプチドに、基準の抗HA抗体より大きなアフィニティーで結合する。別の実施形態では、抗体分子は、A型インフルエンザ株に由来する少なくとも1つのHAポリペプチドに、基準の抗HA抗体より大きなアフィニティーで結合し、B型インフルエンザ株に由来する少なくとも1つのHAポリペプチドに、基準の抗HA抗体より大きなアフィニティーで結合する。例示的な基準HA抗体は、Ab
67−11(本出願と同日に出願された、米国仮出願第61/645,453号)、FI6(本明細書で使用されるFI6とは、米国出願公開第2010/0080813号、米国出願公開第2011/0274702号、WO2013/011347;または2011年7月28日にオンラインで公開された、Cortiら、Science、333巻:850〜856頁、2011年;図12A〜12Cにおいて具体的に開示された任意のFI6の配列を指す)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、およびC179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜1558頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(2012年8月9日にオンラインで公開された、Dreyfusら、Science.、2012年;337巻(6100号):1343〜1348頁)、およびCR6261(2009年2月26日にオンラインで公開されたEkiertら、Science、324巻:246〜251頁、2009年)を含む。
アフィニティー、または相対アフィニティーもしくはアビディティーは、ELISAアッセイ(酵素結合免疫アッセイ)、表面プラズモン共鳴(SPR、例えば、Biacore(商標)アッセイによる)、またはKinExA(登録商標)アッセイ(Sapidyne,Inc.)によるなど、当技術分野で公知の方法により測定することができる。本明細書では、相対結合アフィニティーは、ELISAアッセイに従い表す。本明細書で使用される、群1のHA、群2のHA、およびB型インフルエンザのHAに「高アフィニティー」で結合する抗HA抗体は、ELISAにより測定される通り、200pM以下の、例えば、100pM以下のKdで、群1のHAに結合することが可能であり、ELISAにより測定される通り、200pM以下の、例えば、100pM以下のKdで、群2のHAに結合することが可能であり、ELISAにより測定される通り、200pM以下の、例えば、100pM以下のKdで、B型インフルエンザのHAに結合することが可能である。
例示的な抗HA抗体分子
本明細書では、表2に示される1または複数のCDR配列および1または複数のフレームワーク(FR)配列を有する抗体が提示される。
表2: 抗HA抗体の重鎖CDR配列および重鎖FR配列ならびに軽鎖CDR配列および軽鎖FR配列
一実施形態では、抗HA抗体は、下記の表3で規定される重鎖および/または軽鎖を含む。表3の可変重鎖および可変軽鎖のアミノ酸配列を、図2、3のそれぞれ、または図17に提示する。
表3: 抗HA抗体の重鎖アミノ酸配列および軽鎖アミノ酸配列の呼称

一実施形態では、抗HA抗体は、下記の表4Aで規定される重鎖、および/または下記の表4Aで規定される軽鎖を含む。
表4A: 重鎖アミノ酸配列および軽鎖アミノ酸配列の呼称
一実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、表4Aで規定される重鎖配列および表4Aで規定される軽鎖配列を含む。
一実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、本明細書、例えば、表4Aで規定される重鎖配列であって、ジペプチドをN末端に融合させた重鎖配列を含む。ジペプチドは、イソロイシン−アスパラギン酸(Ile−Asp)であることが典型的である。別の実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、本明細書、例えば、表4Aで規定される軽鎖配列であって、ジペプチドをN末端に融合させた軽鎖配列を含む。ジペプチドは、Ile−Aspであることが典型的である。さらに別の実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、N末端のIle−Aspジペプチドを含む重鎖およびIle−Aspジペプチドを含む軽鎖を含む。重鎖ポリペプチドまたは軽鎖ポリペプチドのプロペプチド配列では、Ile−Aspジペプチドは、シグナル配列とFR1との間で生じる。N末端においてIle−Aspジペプチドを含む重鎖可変配列および軽鎖可変配列は、表4Bにおいて同定される。
表4B: N末端Ile−Aspジペプチドを含む、重鎖アミノ酸配列および軽鎖アミノ酸配列の呼称
別の実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、当技術分野で公知の抗体以外の抗体である。例えば、抗体は、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(本明細書で使用されるFI6とは、米国出願公開第2010/0080813号、米国出願公開第2011/0274702号、WO2013/011347;または2011年7月28日にオンラインで公開された、Cortiら、Science、333巻:850〜856頁、2011年;図12A〜12Cにおいて具体的に開示された任意のFI6の配列を指す)FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(Ekiertら、Science、324巻:246頁、2009年)ではない。
一実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、Ab 67−11(本出願と同日に出願された、米国仮出願第61/645,453号)以外の抗体である。
バリアント
ある実施形態では、抗体分子、例えば、本開示で特色とされる抗体は、本明細書で開示される重鎖、例えば、表3、表4A、表4B、図2、図13、または図17による重鎖、例えば、配列番号161のコンセンサス配列に由来する重鎖と、少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%相同であるか、または少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一な免疫グロブリン可変重鎖ドメインを有し、本明細書で開示される軽鎖、例えば、表3、表4A、表4B、図3、図14、または図17による軽鎖、例えば、配列番号62のコンセンサス配列に由来する軽鎖と、少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%相同であるか、または少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一な免疫グロブリン可変軽鎖ドメインを有する。コンセンサス配列は、コンピュータによりデザインされた数百のVH/VLの組合せの生化学的特性および生物物理的特性を解析することにより決定した。コンセンサス配列とは、所望の生化学的データおよび生物物理的データを含む複数の配列を配列決定する場合に、各アミノ酸が、その部位において最も高頻度で生じるアミノ酸であるアミノ酸配列を表す。
例示的な抗HA結合性抗体は、本明細書で開示される特定の抗体の1または複数のCDR、例えば、3つのHC CDR全ておよび/または3つのLC CDR全て、あるいはこのような抗体と、合計で、少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%相同であるか、または少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一なCDRを有する。
一実施形態では、H1超可変ループおよびH2超可変ループは、本明細書で記載される抗体の超可変ループと同じカノニカル構造を有する。一実施形態では、L1超可変ループおよびL2超可変ループは、本明細書で記載される抗体の超可変ループと同じカノニカル構造を有する。
一実施形態では、HC可変ドメイン配列および/またはLC可変ドメイン配列のアミノ酸配列は、本明細書で記載される抗体のHC可変ドメインおよび/またはLC可変ドメインのアミノ酸配列と、少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%相同であるか、または少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である。HC可変ドメイン配列および/またはLC可変ドメイン配列のアミノ酸配列は、本明細書で記載される抗体の対応する配列と、少なくとも1つのアミノ酸だけ異なりうるが、異なりうるのは10、8、6、5、4、3、または2アミノ酸以下だけである。例えば、差違は、主に、または全く、フレームワーク領域内に存在しうる。
ある種の実施形態では、アミノ酸の差違は、保存的なアミノ酸の差違(例えば、保存的アミノ酸置換)である。「保存的」アミノ酸置換とは、アミノ酸残基を、類似する側鎖を含むアミノ酸残基で置きかえた置換である。当技術分野では、類似する側鎖を含むアミノ酸残基のファミリーが規定されている。これらのファミリーは、例えば、塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非帯電極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ−分枝状側鎖(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を伴うアミノ酸を含む。
HC可変ドメイン配列およびLC可変ドメイン配列のアミノ酸配列は、本明細書で記載される核酸配列、または本明細書で記載される可変ドメインもしくはアミノ酸配列をコードする核酸配列と高度な厳密性条件下でハイブリダイズする核酸配列によりコードさせることができる。一実施形態では、HC可変ドメインおよび/またはLC可変ドメインの1または複数のフレームワーク領域(例えば、FR1、FR2、FR3、および/またはFR4)のアミノ酸配列は、本明細書で記載される抗体のHC可変ドメインおよびLC可変ドメインの対応するフレームワーク領域と、少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%相同であるか、または少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である。一実施形態では、1または複数の重鎖フレームワーク領域または軽鎖フレームワーク領域(例えば、HC FR1、HC FR2、およびHC FR3)は、ヒト生殖細胞系列の抗体に由来する対応するフレームワーク領域の配列と、少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%相同であるか、または少なくとも85%、87%、88%、89%、90%、92%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である。
エピトープの検証
一実施形態では、本開示で特色とされる抗体は、特定のエピトープに基づくワクチンを検証するのに有用である。例えば、本開示で特色とされる抗体の標的であるエピトープは、天然では一過性であるかまたは接触可能性が最小限のエピトープを安定化させるなど、エピトープのコンフォメーションを支持するのに適するペプチドフレームワークを同定するためのコンピュータ処理法により評価することができる。エピトープ特性およびフレームワーク特性のコンピュータ処理による抽出は、データベースの自動式スクリーニングにより、候補アクセプターペプチドの足場を同定することを可能とする。アクセプターの足場は、例えば、ベータシート、ベータサンドイッチ、ループ、またはアルファへリックスもしくはベータへリックスのうちの1または複数を含む、特定の三次構造を有しうる。候補エピトープ−足場抗原は、本開示で特色とされる抗体との結合特性、例えば、エピトープ−足場/抗体複合体の結合アフィニティー解析または構造解析、またはin vitroにおける中和を同定するなど、in vitroでアッセイすることができる。免疫応答を発生させる(例えば、抗体を発生させる)エピトープ−足場の能力は、エピトープ−足場を、動物(例えば、ラット、マウス、モルモット、またはウサギなど、哺乳動物の動物)に投与し、次いで、血清を、例えば、ELISAアッセイにより、抗エピトープ−足場抗体の存在について検査することにより調べることができる。A型インフルエンザの群1の株もしくは群2の株、または両方の種類のインフルエンザ株、あるいはB型インフルエンザ株による感染に対する防御を誘発するエピトープ−足場の能力は、動物において(例えば、哺乳動物において)評価するなど、in vivoで評価することができる。したがって、本開示で特色とされる抗体は、エピトープが機能的に重要であり、エピトープを標的とすることにより、群1のインフルエンザ株もしくは群2のインフルエンザ株、または両方の種類のインフルエンザ株、あるいはB型インフルエンザ株による感染からの防御がなされることの検証をもたらしうる。
抗体分子の作製
本明細書で記載される方法により作り出される抗体分子をコードする核酸(例えば、遺伝子)は、配列決定することができ、核酸の全部または一部は、核酸の全部または一部を発現させるベクターにクローニングすることができる。例えば、核酸は、単鎖抗体(scFv)、F(ab’)断片、Fab断片、またはFd断片などの抗体をコードする遺伝子の断片を含みうる。
本開示はまた、本明細書で記載される抗体またはその断片をコードする核酸を含む宿主細胞も提示する。宿主細胞は、例えば、原核細胞の場合もあり、真核細胞、例えば、哺乳動物細胞、または酵母細胞、例えば、Pichia属(例えば、Powersら(2001年)、J. Immunol. Methods、251巻:123〜35頁を参照されたい)、Hansenula(Hanseula)属、またはSaccharomyces属の場合もある。
抗体分子、特に、全長抗体分子、例えば、IgGは、哺乳動物細胞内で作製することができる。例示的な、組換え発現のための哺乳動物の宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞(例えば、KaufmanおよびSharp(1982年)、Mol. Biol.、159巻:601〜621頁において記載されているDHFR選択マーカーと共に使用される、UrlaubおよびChasin(1980年)、Proc.
Natl. Acad. Sci. USA、77巻:4216〜4220頁において記載されている、dhfr CHO細胞を含む)、リンパ球細胞系、例えば、NS0骨髄腫細胞およびSP2細胞、COS細胞、K562、およびトランスジェニック動物、例えば、トランスジェニック哺乳動物に由来する細胞を含む。例えば、細胞は、乳腺上皮細胞である。
免疫グロブリンドメインをコードする核酸配列に加えて、組換え発現ベクターは、宿主細胞内のベクターの複製を調節する配列(例えば、複製起点)および選択マーカー遺伝子など、さらなる核酸配列を保有しうる。選択マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞の選択を容易とする(例えば、米国特許第4,399,216号;同第4,634,665号;および同第5,179,017号を参照されたい)。例示的な選択マーカー遺伝子は、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)遺伝子(メトトレキサートによる選択/増幅を伴うdhfr宿主細胞における使用のための)およびneo遺伝子(G418による選択のための)を含む。
抗体分子(例えば、全長抗体またはその抗原結合性部分)を組換え発現させるための例示的な系では、抗体の重鎖および抗体の軽鎖の両方をコードする組換え発現ベクターを、リン酸カルシウム媒介トランスフェクションにより、dhfr− CHO細胞に導入する。組換え発現ベクター内では、抗体の重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子の各々を、エンハンサー/プロモーター調節エレメント(例えば、CMVエンハンサー/AdMLPプロモーター調節エレメント、またはSV40エンハンサー/AdMLPプロモーター調節エレメントなど、SV40、CMV、アデノウイルスなどに由来する)に作動的に連結して、高レベルの遺伝子の転写を駆動する。組換え発現ベクターはまた、メトトレキサートによる選択/増幅を使用して、ベクターをトランスフェクトされたCHO細胞の選択を可能とするDHFR遺伝子も保有する。選択された形質転換体の宿主細胞は、抗体の重鎖および軽鎖の発現を可能とするように培養し、無傷抗体分子を培養培地から回収する。標準的な分子生物学法を使用して、組換え発現ベクターを調製し、宿主細胞にトランスフェクトし、形質転換体について選択し、宿主細胞を培養し、抗体を培養培地から回収する。例えば、いくつかの抗体は、プロテインAまたはプロテインGを伴うアフィニティークロマトグラフィーにより単離することができる。例えば、精製抗体は、当技術分野で公知のタンパク質濃縮法を使用して、約100mg/mL〜約200mg/mLまで濃縮することができる。
抗体分子はまた、トランスジェニック動物により作製することもできる。例えば、米国特許第5,849,992号は、トランスジェニック哺乳動物の乳腺内で抗体分子を発現させるための方法について記載する。ミルク特異的プロモーター、ならびに対象の抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体、および分泌のためのシグナル配列をコードする核酸配列を含むトランス遺伝子を構築する。このようなトランスジェニック哺乳動物の雌により産生されるミルクは、その中に分泌された対象の抗体、例えば、本明細書で記載される抗体を含む。抗体分子は、ミルクから精製することもでき、いくつかの適用では、直接使用することもできる。
抗体分子はまた、抗体の重鎖および抗体の軽鎖をコードする核酸を含有するベクターの投与の後に、in vivoにおいて発現させることもできる。次いで、ベクター媒介遺伝子導入を使用して、抗HA抗体の循環への分泌を操作する。例えば、本明細書で記載される、抗HA抗体の重鎖および抗HA抗体の軽鎖を、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベースのベクターにクローニングし、抗HA抗体の重鎖および抗HA抗体の軽鎖の各々を、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーターなど、プロモーターの制御下に置く。ベクターの、患者、例えば、ヒト患者など、対象への、筋内注射などによる投与は、抗HA抗体の発現および循環への分泌を結果としてもたらす。
結合剤の修飾
結合剤、例えば、抗体分子は、多数の特性を有する、例えば、半減期を変化させる、例えば、延長するか、検出可能部分、例えば、標識と会合させる、例えば、これらに共有結合的に結合させるか、毒素と会合させる、例えば、これらに共有結合的に結合させるか、または他の特性を有する、例えば、免疫機能を変化させるように修飾することができる。
抗体分子は、修飾、例えば、Fc機能を変化させる修飾、例えば、Fc受容体もしくはC1qまたはこれらの両方との相互作用を減殺または除去する修飾を含みうる。一例では、ヒトIgG1の定常領域を、1または複数の残基において変異させることができる。
Fcドメインを含むいくつかの抗体分子のためには、抗体産生系を、Fc領域がグリコシル化された抗体分子を合成するようにデザインすることができる。Fcドメインは、アスパラギン297と対応する残基を適切にグリコシル化する哺乳動物の発現系内で産生させることができる。Fcドメインはまた、他の真核細胞による翻訳後修飾も含みうる。
他の適切なFcドメイン修飾は、WO2004/029207において記載されている修飾を含む。例えば、Fcドメインは、XmAb(登録商標)Fc(Xencor、Monrovia、CA)でありうる。WO05/063815において記載されているドメインおよび断片などのFcドメインまたはその断片は、Fcγ受容体(FcγR)結合性領域内に置換を有しうる。いくつかの実施形態では、Fcドメインまたはその断片は、WO05047327において記載されているドメインおよび断片など、新生児型Fc受容体(FcRn)結合性領域内に置換を有する。他の実施形態では、Fcドメインは、WO2008143954において記載されているFcドメインなど、一本鎖、もしくはその断片、またはその修飾形である。他の適するFc修飾は、公知であり、当技術分野で記載されている。
抗体分子は、例えば、循環中、例えば、血液中、血清中、リンパ中、気管支肺胞洗浄液中、または他の組織内のその安定化および/または保持を、例えば、少なくとも1.5、2、5、10、または50倍改善する部分で修飾することができる。
例えば、本明細書で記載される方法により作り出される抗体分子は、ポリマー、例えば、ポリアルキレンオキシドまたはポリエチレンオキシドなど、実質的に非抗原性のポリマーと会合させることができる。適するポリマーの重量には、実質的にばらつきがあろう。約200〜約35,000ドルトン(または約1,000〜約15,000、および2,000〜約12,500ドルトン)の範囲の分子数による平均重量を含むポリマーを使用することができる。
例えば、本明細書で記載される方法により作り出される抗体分子は、水溶性ポリマー、例えば、親水性のポリビニルポリマー、例えば、ポリビニルアルコールまたはポリビニルピロリドンとのコンジュゲートでありうる。このようなポリマーの非限定的なリストは、ポリエチレングリコール(PEG)またはポリプロピレングリコール、ポリオキシエチレン化ポリオール、そのコポリマー、および、ブロックコポリマーの水溶性を維持する条件下における、そのブロックコポリマーなど、ポリアルキレンオキシドのホモポリマーを含む。さらなる有用なポリマーは、ポリオキシエチレン、ポリオキシプロピレン、およびポリオキシエチレンとポリオキシプロピレンとのブロックコポリマー(Pluronics)などのポリオキシアルキレン;ポリメタクリル酸;カルボマー;糖の単量体であるD−マンノース、D−ガラクトースおよびL−ガラクトース、フコース、フルクトース、D−キシロース、L−アラビノース、D−グルクロン酸、シアル酸、D−ガラクツロン酸、D−マンヌロン酸(例えば、ポリマンヌロン酸またはアルギン酸)、D−グルコサミン、D−ガラクトサミン、D−グルコースおよびノイラミン酸を含む分枝状多糖または非分枝状多糖であって、ラクトース、アミロペクチン、デンプン、ヒドロキシエチルデンプン、アミロース、硫酸デキストラン(dextrane sulfate)、デキストラン、デキストリン、グリコーゲン、または酸性ムコ多糖、例えば、ヒアルロン酸の多糖サブユニットなどのホモ多糖およびヘテロ多糖を含む分枝状多糖または非分枝状多糖;ポリソルビトールおよびポリマンニトールなど、糖アルコールのポリマー;ヘパリンまたはヘパランを含む。
本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子は、別の実体または部分と(例えば、細胞傷害性部分もしくは細胞増殖抑制性部分、標識もしくは検出可能部分、または治療用部分と)コンジュゲートすることができる。例示的な部分は、細胞傷害剤または細胞増殖抑制薬、例えば、治療剤、薬物、放射線を発する化合物、植物由来の分子、真菌由来の分子、もしくは細菌由来の分子、または生体タンパク質(例えば、タンパク質毒素)または粒子(例えば、組換えウイルス性粒子、例えば、ウイルス性コートタンパク質を介する)、検出用薬剤;医薬剤、および/または抗体もしくは抗体の部分の、別の分子との会合を媒介しうるタンパク質もしくはペプチド(ストレプトアビジンのコア領域またはポリヒスチジンタグなど)を含む。本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子は、任意の適する方法(例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、共有結合的結合、非共有結合的会合、または他の形)により1または複数の他の分子実体に機能的に連結することができる。
本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子は、検出可能部分、例えば、標識または造影剤とコンジュゲートすることができる。このような部分は、酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、アセチルコリンエステラーゼ、グルコースオキシダーゼなど)、放射性標識(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I,131Iなど)、ハプテン、蛍光標識(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体、フルオレセイン、イソチオシアン酸フルオレセイン、ローダミン、5−ジメチルアミン−1−ナフタレンスルホニルクロリド、フィコエリトリンなど)、燐光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、光アフィニティー分子、有色粒子、またはビオチンなどのアフィニティーリガンド、二次レポーター(例えば、ロイシンジッパー対合配列、または二次抗体の結合性部位、金属結合性ドメイン、エピトープタグ)により認識される所定のポリペプチドエピトープを含みうる。いくつかの実施形態では、部分、例えば、検出可能部分、例えば、標識は、多様な長さのスペーサーアームにより、潜在的な立体障害を低減するように結合させる。
複数の実施形態では、本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子を、検出可能な酵素で誘導体化し、酵素が検出可能な反応産物を生成させるのに使用するさらなる試薬を添加することにより検出する。例えば、検出可能な薬剤である西洋ワサビペルオキシダーゼが存在する場合、過酸化水素およびジアミノベンジジンの添加は、検出可能な有色の反応産物をもたらす。本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子はまた、補欠分子族(例えば、ストレプトアビジン/ビオチン、およびアビジン/ビオチン)により誘導体化することもできる。例えば、抗体は、ビオチンにより誘導体化し、アビジンまたはストレプトアビジンの結合を間接的に測定することにより検出することができる。
複数の実施形態では、部分は、とりわけ、常磁性イオンおよびNMR検出用物質を含む。例えば、いくつかの実施形態では、常磁性イオンは、クロム(III)、マンガン(II)、鉄(III)、鉄(II)、コバルト(II)、ニッケル(II)、銅(II)、ネオジム(III)、サマリウム(III)、イッテルビウム(III)、ガドリニウム(III)、バナジウム(II)、テルビウム(III)、ジスプロシウム(III)、ホルミウム(III)、エルビウム(III)、ランタン(III)、金(III)、鉛(II)、および/またはビスマス(III)のうちの1または複数である。
本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子は、治療剤、例えば、抗ウイルス活性、抗炎症活性、または細胞傷害活性などを含む薬剤と会合させる、例えば、コンジュゲートするように修飾することができる。いくつかの実施形態では、治療剤は、インフルエンザ感染の症状または原因を処置しうる(例えば、例えば、抗ウイルス活性、鎮痛活性、抗炎症活性、免疫調節活性、睡眠誘導活性など)。
処置法および投与
本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子を使用して、対象、例えば、インフルエンザウイルスに感染するか、またはこれに感染する危険性がある対象、例えば、ヒト対象を処置することができる。
任意のヒトは、インフルエンザウイルスによる感染を処置または予防するために、本開示で特色とされる抗体分子を施される候補である。免疫不全状態の個体など、感染の危険性が高いヒト、およびインフルエンザウイルスへの曝露の危険性が高いヒトは、特に、抗体分子による処置を施されるのに適する。免疫不全状態の個体は、老齢者(65歳以上)および小児(例えば、6カ月〜18歳である)、ならびに慢性医学的状態を伴う人々を含む。曝露の危険性が高い人々は、医療ケア従事者、養護教諭、および緊急時要員(例えば、消防士、警察官)を含む。
本明細書で記載される抗体分子はまた、インフルエンザと関連する二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは二次感染の危険性、または対象に対するその任意の影響(例えば、症状または合併症)を予防または低減する(例えば、最小化する)のにも使用することができる。日和見二次細菌感染(例えば、例えば、主に、Streptococcus pneumoniaによる続発性細菌性肺炎)は、季節性インフルエンザ感染および汎発性インフルエンザ感染と関連する全体的な罹患率および死亡率に著明に寄与する。本明細書で記載される抗体分子を使用して、対象における二次感染、日和見感染(例えば、細菌感染)に由来する合併症を予防または低減する(例えば、最小化する)ことができる。
抗体分子を、対象、例えば、ヒト対象に、様々な方法により投与することができる。多くの適用では、投与経路は、静脈内注射もしくは静脈内注入、皮下注射、または筋内注射のうちの1つである。抗体分子は、固定用量として投与することもでき、mg/kg用量で投与することもできる。抗体分子は、静脈内(IV)投与することもでき、皮下(SC)投与することもできる。例えば、抗体分子は、例えば、4週間ごとに静脈内で約50〜600mgの間、または、例えば、少なくとも毎週1回(例えば、毎週2回)皮下で約50〜100mg(例えば、75mg)の間の固定単位用量で投与することができる。一実施形態では、抗体分子は、50mg、60mg、80mg、100mg、120mg、130mg、140mg、150mg、160mg、180mg、200mg、300mg、400mg、500mg、または600mg以上の固定単位用量で静脈内投与する。静脈内投与の実施は、毎週1回もしくは2回もしくは3回以上、または2、3、4、もしくは5週間ごとに1回、あるいはより低頻度でありうる。
一実施形態では、抗体分子は、50mg、60mg、70mg、75mg、80mg、100mg、または120mg以上の固定単位用量で皮下投与する。皮下投与の実施は、毎週1回もしくは2回もしくは3回以上、または2、3、4、もしくは5週間ごとに1回、あるいはより低頻度でありうる。
本開示で特色とされる抗HA抗体はまた、50mg、60mg、80mg、100mg、120mg、130mg、140mg、150mg、160mg、180mg、200mg、300mg、400mg、500mg、または600mg以上の固定単位用量などの鼻腔内吸入または経口吸入などの吸入によっても投与することができる。
一実施形態では、抗HA抗体は、対象に、抗HA抗体の重鎖および軽鎖をコードするベクターの送達を介するなど、ベクター媒介遺伝子導入を介して投与し、抗体を、体内で、重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子から発現させる。例えば、重鎖および軽鎖をコードする核酸は、自己相補的AAVベクター、ヒトに筋内注射などの注射により投与されるscAAVベクターなどによりAAVベクター内にクローニングすることができ、抗体を、ヒトの循環に発現および分泌させる。
抗体分子はまた、約1〜50mg/kgの間、例えば、約1〜10mg/kgの間、約1〜25mg/kgの間または約25〜50mg/kg、例えば、約50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6.0mg/kg、5.0mg/kg、4.0mg/kg、3.0mg/kg、2.0mg/kg、1.0mg/kg以下の用量のボーラスによっても投与することができる。改変用量範囲は、典型的には、4週目ごとの投与または1カ月間に1回の投与のための、対象1人当たり約3000mg、対象1人当たり約1500mg、対象1人当たり約1000mg、対象1人当たり約600mg、対象1人当たり約500mg、対象1人当たり約400mg、対象1人当たり約300mg、対象1人当たり約250mg、対象1人当たり約200mg、または対象1人当たり約150mg未満である用量を含む。抗体分子は、例えば、3〜5週間ごと、例えば、4週目ごと、または毎月投与することができる。
投薬は、前回の抗体投与に対する患者のクリアランス速度に従い調整することができる。例えば、患者の系内の抗体のレベルが、所定のレベルを下回って降下する以前に、患者に2回目の投与または追加投与を実施することはできない。一実施形態では、患者(例えば、血漿、血清、血液、尿、または脳脊髄液(CSF))に由来する試料を、抗体の存在についてアッセイし、抗体のレベルが、所定のレベルを上回る場合、患者には2回目の投与または追加投与を実施しないであろう。患者の系内の抗体のレベルが、所定のレベルを下回る場合、患者には、2回目の投与または追加投与を実施する。その抗体レベルが、高過ぎる(所定のレベルを上回る)と決定される患者は、1日後もしくは2日後もしくは3日後または1週間後に再度検査し、患者試料中の抗体のレベルが、所定のレベルを下回って降下していれば、患者に抗体の2回目の投与または追加投与を投与することができる。
ある種の実施形態では、抗体を、インプラントおよびマイクロカプセル化送達系を含む制御放出処方物など、薬物を急速な放出に対して保護する担体と共に調製することができる。エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸など、生体分解性ポリマー、生体適合性ポリマーを使用することができる。このような処方物を調製するための多くの方法が、特許化されているか、または一般に公知である。例えば、「Controlled Drug Delivery」(「Drugs and Parmaceutical Sciences」)、2版、J. RobinsonおよびV. H. L. Lee編、Marcel Dekker, Inc.、New York、1987年を参照されたい。
医薬組成物は、医療デバイスにより投与することができる。例えば、医薬組成物は、米国特許第5,399,163号;同第5,383,851号;同第5,312,335号;同第5,064,413号;同第4,941,880号;同第4,790,824号;または同第4,596,556号において開示されているデバイスなどの無針皮下注射デバイスにより投与することができる。周知のインプラントおよびモジュールの例は、例えば、医薬物を制御速度で分注するための、植込み可能型微量注入用ポンプを開示する、米国特許第4,487,603号;皮膚を介して医薬を投与するための治療用デバイスを開示する米国特許第4,486,194号;医薬物を正確な注入速度で送達するための医薬物注入用ポンプを開示する米国特許第4,447,233号;持続的薬物送達のための可変流量植込み可能型注入装置を開示する米国特許第4,447,224号;マルチチャンバーコンパートメントを含む浸透圧式薬物送達系を開示する米国特許第4,439,196号;および浸透圧式薬物送達系を開示する米国特許第4,475,196号において論じられている。当然ながら、多くの他のこのようなインプラント、送達系、およびモジュールもまた公知である。
複数の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、例えば、液体もしくは滴下剤による、例えば、局所適用を介するか、または吸入を介する、例えば、液体、スプレー、またはエアゾールとして、口腔内投与するか、経口投与するか、または経鼻送達により投与する。
本明細書で記載される抗体分子は、ウイルス感染または感染の症状を処置するための1または複数のさらなる治療剤、例えば、第2の薬物と共に投与することができる。抗体分子および1または複数の第2の薬剤またはさらなる薬剤は、同じ処方物中に併せて製剤化することもでき、個別の処方物中に製剤化することもでき、患者に、同時に投与することもでき、いずれかの順序で逐次的に投与することもできる。
投与量レジメンは、治療的応答または組合せ治療効果など、所望の応答をもたらすように調整する。一般に、抗体分子の投与と第2の薬剤またはさらなる薬剤の投与との任意の組合せ(個別投与または共製剤化投与)を使用して、対象に両方の薬剤を、生物学的利用可能量でもたらすことができる。
本明細書で使用される単位剤形または「固定用量」とは、処置される対象に単位投与量として適する物理的に個別の単位を指し;各単位は、所望の治療効果をもたらすように計算された、要請される医薬担体と会合させ、任意選択で、別の薬剤と会合させた所定量の活性化合物を含有する。
医薬組成物は、「治療有効量」の、本明細書で記載される薬剤を含みうる。抗体分子を、第2の薬剤またはさらなる薬剤と組み合わせて投与する複数の実施形態では、このような有効な量は、投与される第1の薬剤および第2の薬剤またはさらなる薬剤の組合せ効果に基づき決定することができる。薬剤の治療有効量はまた、個体の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに個体において、悪寒、発熱、咽頭痛、筋肉痛、頭痛、咳、脱力感、疲労感、および全般的不快感など、少なくとも1つの感染パラメータの改善または少なくとも1つの感染症状の改善などの所望の応答を誘発する化合物の能力などの因子に従っても変化しうる。治療有効量はまた、組成物の任意の毒性作用または有害作用を、治療的に有益な効果が凌駕する量でもある。
ある実施形態では、例えば、医薬調製物として提供される結合剤、例えば、抗体分子の投与は、以下の経路:経口経路、静脈内経路、筋内経路、動脈内経路、皮下経路、脳室内経路、経皮経路、皮内経路、直腸内経路、膣内経路、腹腔内経路、局所経路(液体、粉末、軟膏、クリーム、スプレー、または滴下によるなど)、経粘膜経路、経鼻経路、口腔内経路、腸内経路、舌下経路;気管内点滴、気管支内点滴、および/もしくは吸入;ならびに/または経口スプレー、経鼻スプレー、および/またはエアゾールなどのうちの1つを介する。
組合せ処置および例示的な第2の薬剤またはさらなる薬剤
例えば、医薬組成物として提供される結合剤、例えば、抗体分子は、単独で投与することもでき、1または複数の他の治療、例えば、第2の治療剤またはさらなる治療剤の投与と組み合わせて投与することもできる。
複数の実施形態では、組合せは、必要とされる抗体分子または他の治療の用量の減少を結果としてもたらすことが可能であり、複数の実施形態では、副作用を軽減しうる。複数の実施形態では、組合せは、薬剤の一方または両方の送達または有効性の増強を結果としてもたらしうる。薬剤または治療を同時に投与することもでき(例えば、患者に投与される単一の処方物として、または共時的に投与される2つの個別の処方物として)、任意の順序で逐次的に投与することもできる。
このような第2の薬剤またはさらなる薬剤は、ワクチン、抗ウイルス剤、および/またはさらなる抗体を含む。典型的な実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤を、結合剤、例えば、抗体分子と共製剤化しないが、他の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子と共製剤化する。
複数の実施形態では、以下:一方の治療レベルまたは治療効果が他方の治療レベルまたは治療効果と重複すること;両方の検出可能なレベルが同時に存在すること;または治療効果が、結合剤、例えば、抗体分子、または第2の薬剤もしくはさらなる薬剤の非存在下で見られる治療効果より大きいことのうちの1または複数を達成するように、結合剤、例えば、抗体分子、および第2の薬剤またはさらなる薬剤を投与する。複数の実施形態では、各薬剤は、その薬剤について決定された用量および時間スケジュールで投与することになろう。
第2の薬剤またはさらなる薬剤は、例えば、インフルエンザを処置または予防するための薬剤でありうる。例えば、本明細書で提示される結合剤、例えば、抗体分子、例えば、治療用抗体は、患者の免疫系を刺激して、A型インフルエンザの特定の株による感染を予防するためのインフルエンザペプチドによるワクチン、例えば、本明細書で記載されるワクチンまたは混合物(別称、カクテル)と組み合わせて投与することができる。他の例では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗ウイルス剤(例えば、抗NA剤または抗M2剤)、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生剤、ステロイド剤、第2の治療用抗体分子(例えば、抗HA抗体)、アジュバント、プロテアーゼまたはグリコシダーゼ(例えば、シアリダーゼ)などである。
例示的な抗ウイルス剤は、例えば、ワクチン、ノイラミニダーゼ阻害剤、またはヌクレオシド類似体を含む。例示的な抗ウイルス剤は、例えば、ジドブジン、ガングシクロビル(gangcyclovir)、ビダラビン、イドキシウリジン、トリフルリジン、フォスカネット、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、サクィナビル、インジナビル、リトナビル、アルファ−インターフェロンおよび他のインターフェロン、ノイラミニダーゼ阻害剤(例えば、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル)、リマンタジンを含みうる。例示的な第2の抗体分子は、例えば、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(米国出願公開第2010/0080813号)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜8頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(例えば、Ekiertら、Science、324巻:246頁、2009年を参照されたい)を含む。したがって、Ab 044は、これらの抗体のうちのいずれかと組み合わせて使用することができる。他の実施形態では、本明細書で開示される2つ以上の結合剤、例えば、抗体分子を組合せで投与することができる、例えば、Ab 044は、Ab 032と組み合わせて投与することができる。組み合わせの場合、2つの薬剤は、同じ投与量単位の一部として投与することもでき、個別に投与することもできる。インフルエンザ感染と関連する症状を処置するのに有用な他の例示的な薬剤は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、およびナプロキセンである。
一実施形態では、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤を共処方物として提供し、共処方物を対象に投与する。例えば、共処方物を投与する少なくとも24時間前または後に、1つの用量の抗体処方物を個別に投与し、次いで、第2の薬剤またはさらなる薬剤を含有する1つの用量の処方物を投与することもさらに可能である。別の実装では、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤を、個別の処方物として提供し、投与するステップは、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤を逐次的に投与することを含む。逐次的投与は、同じ日に(例えば、互いから1時間以内に、または少なくとも3、6、もしくは12時間おいて)施すこともでき、異なる日に施すこともできる。
複数の実施形態では、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤は各々、時間的に隔てられた複数回の投与として投与する。抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤は各々一般に、レジメンに従い投与する。一方または両方のためのレジメンは、規則的な周期性を有しうる。抗体分子のためのレジメンは、第2の薬剤もしくはさらなる薬剤のためのレジメンと異なる周期性を有しうる、例えば、一方を他方より高頻度で投与することができる。一実装では、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤のうちの一方は、毎週1回および他方は、毎月1回投与する。別の実装では、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤のうちの一方は、持続的に、例えば、30分間を超える時間であるが、1、2、4、または12時間未満にわたり投与し、他方は、ボーラスとして投与する。複数の実施形態では、逐次的投与を実施する。一方の薬剤の投与と別の薬剤の投与との間の時間は、数分間、数時間、数日間、または数週間でありうる。本明細書で記載される抗体分子の使用はまた、別の治療の投与量を低減する、例えば、投与される別の薬剤と関連する副作用を軽減するのにも使用することができる。したがって、組合せは、第2の薬剤またはさらなる薬剤を、抗体分子の非存在下で使用される投与量より少なくとも10、20、30、または50%少ない投与量で投与することを含みうる。抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤は、任意の適切な方法により投与する、例えば、皮下投与、筋内投与、または静脈内投与することができる。
いくつかの実施形態では、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤の各々は、各々が単剤療法のために処方される用量と同じ用量で投与する。他の実施形態では、抗体分子は、単独で投与される場合の有効性に要請される量以下の投与量で投与する。同様に、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、単独で投与される場合の有効性に要請される量以下の投与量で投与することができる。
場合によっては、本明細書で記載される処方物、例えば、本開示で特色とされる抗体分子を含有する処方物は、1もしくは複数の第2の薬剤もしくはさらなる薬剤を含むか、または1もしくは複数の第2の薬剤もしくはさらなる薬剤を含有する処方物と組み合わせて投与する。
ある実施形態では、例えば、医薬調製物として提供される結合剤、例えば、抗体分子は、複数の粒子、例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、または13ミクロンの平均粒子サイズを含む粒子の吸入送達またはエアゾール送達により投与する。
医薬組成物
本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザを処置または予防するためなどの医薬組成物として製剤化することができる。
医薬組成物は、薬学的に許容される担体を含むことが典型的である。本明細書で使用される「薬学的に許容される担体」は、任意および全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、生理学的に適合性の等張剤および吸収遅延薬剤などを含む。
「薬学的に許容される塩」とは、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、いかなる所望されない毒性効果も付与しない塩を指す(例えば、Berge, S.M.ら(1977年)、J. Pharm. Sci.、66巻:1〜19頁を参照されたい)。このような塩の例は、酸添加塩および塩基添加塩を含む。酸添加塩は、塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸などの非毒性の無機酸に由来する塩のほか、脂肪族モノカルボン酸および脂肪族ジカルボン酸、フェニル置換された アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香族酸、脂肪族スルホン酸、および芳香族スルホン酸など、非毒性の有機酸に由来する塩も含む。塩基添加塩は、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなどのアルカリ土類金属に由来する塩のほか、N,N’−ジベンジルエチレンジアミン、N−メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカインなど非毒性の有機アミンに由来する塩も含む。
抗体分子を含む組成物は、当技術分野で公知の方法に従い製剤化することができる。医薬の処方は、十分に確立された技術分野であり、Gennaro(編)、「Remington: The Science and Practice of Pharmacy」、20版、Lippincott Williams & Wilkins(2000年)、(ISBN:0683306472); Anselら、「Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems」、7版、Lippincott Williams & Wilkins Publishers(1999年)、(ISBN:0683305727);およびKibbe(編)、「Handbook of Parmaceutical Excipients American Pharmaceutical Association」、3版(2000年)、(ISBN:091733096X)においてさらに記載されている。
医薬組成物は、様々な形態でありうる。医薬組成物は、例えば、溶液(例えば、注射用溶液および注入用溶液)、分散液、または懸濁液、錠剤、丸剤、粉末、リポソーム、および坐剤などの液体剤形、半固体剤形、および固体剤形を含む。形態は、意図される投与方式および治療適用に依存しうる。本明細書で記載される薬剤のための組成物は、注射溶液または注入溶液の形態にあることが典型的である。
このような組成物は、非経口方式(例えば、静脈内注射、皮下注射、腹腔内注射、または筋内注射)により投与することができる。本明細書で使用される「非経口投与」および「非経口投与される」という語句は通常、注射による、腸内投与および局所投与以外の投与方式を意味し、限定なしに述べると、静脈内注射または静脈内注入、筋内(IM)注射または筋内注入、動脈内注射または動脈内注入、髄腔内注射または髄腔内注入、関節腔内注射または関節腔内注入、眼窩内注射または眼窩内注入、心内注射または心内注入、皮内注射または皮内注入、腹腔内注射または腹腔内注入、経気管注射または経気管注入、皮下注射または皮下注入、表皮下注射または表皮下注入、関節内注射または関節内注入、被膜下注射または被膜下注入、くも膜下注射またはくも膜下注入、脊髄内注射または脊髄内注入、硬膜外注射または硬膜外注入、および胸骨下(intrasternal)注射または胸骨下注入を含む。
医薬組成物は、滅菌注射用形態(例えば、皮下注射または静脈内注入に適する形態)で提供することができる。いくつかの実施形態では、医薬組成物を、注射適用または局所適用に適する液体剤形で提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物を、乾燥形態にある医薬組成物、例えば、粉末(例えば、凍結乾燥調製物および/または滅菌調製物)として提供する。医薬組成物は、例えば、窒素下または真空下における安定性を増強する条件下で施すことができる。乾燥材料は、注射の前に水性希釈剤(例えば、水、緩衝液、塩溶液など)で再構成することができる。
一実施形態では、抗HA抗体を含有する医薬組成物は、鼻腔内投与する。別の実施形態では、抗HA抗体を含有する医薬組成物は、経口吸入または経鼻吸入などの吸入により投与する。
複数の実施形態では、医薬組成物は、例えば、液体もしくは滴下剤による、例えば、局所適用を介するか、または吸入を介する、例えば、液体、スプレー、またはエアゾールとしての、口腔内送達、経口送達、または経鼻送達に適する。複数の実施形態では、医薬調製物は、例えば、吸入送達またはエアゾール送達に適する複数の粒子を含む。複数の実施形態では、平均粒子サイズは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、または13ミクロンのサイズである。複数の実施形態では、医薬調製物は、例えば、吸入送達またはエアゾール送達に適する乾燥粉末として製剤化する。複数の実施形態では、医薬調製物は、保湿剤、例えば、水、生理食塩液、または生理学的pHの他の液体を含めることにより、湿潤粉末として製剤化する。複数の実施形態では、医薬調製物は、例えば、鼻腔または口腔への送達に適する滴下剤として提供する。
複数の実施形態では、医薬組成物は、送達デバイス内、例えば、シリンジ内、点滴器内もしくは点滴器ボトル内、吸入器内、または用量計量型デバイス内、例えば、用量計量型吸入器内に配置する。
一実施形態では、医薬組成物は、本開示で特色とされる抗HA抗体分子の重鎖および抗HA抗体分子の軽鎖をコードするアデノウイルス随伴ウイルス(AAV)ベースのベクターなどのベクターを含有する。ベクターを含有する組成物は、注射、例えば、筋内注射などにより、患者などの対象に投与することができる。例えば、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーターの制御下で抗HA抗体をコードする遺伝子を体内で発現させ、組換え抗HA抗体分子を循環に導入する。例えば、Balazsら、Nature、30:481巻:81〜84頁、2011年を参照されたい。
医薬組成物は、製造条件下および保管条件下において無菌および安定であるべきことが典型的である。医薬組成物はまた、規制機関および業界における投与のための基準を満たすことを確認するために、試験にかけることもできる。
組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、分散液、リポソーム、または高い薬物濃度に適する他の秩序化構造として製剤化することができる。滅菌注射溶液は、本明細書で記載される薬剤を、要請される量で適切な溶媒中に、上記で列挙した1つの成分または成分の組合せと共に、要請に応じて組み込んだ後、濾過滅菌を施すことにより調製することができる。一般に、分散液は、本明細書で記載される薬剤を、基本分散媒、および上記で列挙した成分に由来する、要請される他の成分を含有する滅菌媒体(vehicle)に組み込むことにより調製する。滅菌注射溶液を調製するための滅菌粉末の場合、典型的な調製法は、そのあらかじめ滅菌濾過された溶液に由来する任意のさらなる所望の成分を加えた、本明細書で記載される薬剤の粉末をもたらす真空乾燥および凍結乾燥である。溶液の適正な流体性は、例えば、レシチンなどのコーティングを使用することにより、分散液の場合は要請される粒子サイズを維持することにより、界面活性剤を使用することにより維持することができる。注射用組成物の遅延吸収は、組成物中に、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸塩およびゼラチンを含めることによりもたらすことができる。
医薬組成物は、単回の単位用量および/または複数の単回の単位用量として、バルクで提供、調製、パッケージ化、および/または販売することができる。バルク調製物は、少なくとも2、5、10、20、50、または100単位用量を含有することが典型的である。単位用量は、単回の投与で患者に導入される量であることが典型的である。複数の実施形態では、単位用量のうちの一部だけを導入する。複数の実施形態では、単位用量の小倍数倍、例えば、最大1.5、2、3、5、または10倍を投与する。有効成分の量は一般に、対象に投与される用量および/またはこのような用量の好都合な一部分、例えば、このような用量の半分または3分の1などと等量である。
免疫原およびワクチン
本発明の抗体は、複数の実施形態では、1または複数の、例えば、少なくとも2つの、インフルエンザ株からの防御をもたらすための免疫を誘導するのに有用なエピトープを解明した。本明細書では、これらのエピトープを、「広域免疫原」と称する。ある実施形態では、広域免疫原は、免疫を誘導し、複数の実施形態では、少なくとも1つの群1の株、ならびに群1の株、群2の株、およびB型インフルエンザの株から選択される第2の株に対する防御を付与する。その用語が本明細書で用いられる広域免疫原は、本発明の抗体、例えば、Ab 044、Ab 069、Ab 032、およびAb 031のうちの1つの、広域免疫原への結合を可能とするのに十分な、HA、例えば、群1株に由来するHA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004の配列および三次元構造を有するポリペプチドを含む。複数の実施形態では、広域免疫原は、本明細書で記載される抗体、例えば、Ab 044、Ab 069、Ab 032、およびAb 031のうちの1つのエピトープを含む。複数の実施形態では、広域免疫原は、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、またはCR6261のうちの1または複数に結合しない。ある実施形態では、Ab 044は、広域免疫原に、それが天然のHA、例えば、群1株に由来するHA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に結合するアフィニティーの少なくとも50、60、70、80、90、95、または99%で結合する。ある実施形態では、CR6261は、広域免疫原に、それが天然のHA、例えば、群1株に由来するHA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto
Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に結合するアフィニティーの60、50、40、30、20、または10%未満で結合する。ある実施形態では、広域免疫原は、野生型と、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、または40残基だけ異なる。ある実施形態では、広域免疫原は、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、またはCR6261のうちの1または複数に、それらが天然のHA、例えば、群1株に由来するHA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に結合するアフィニティーの60、50、40、30、20、または10%未満で結合する。ある実施形態では、広域免疫原は、Ab 044に、CR626に対するそのアフィニティーより少なくとも10、30、50、100、または200%大きいアフィニティーで結合する。ある実施形態では、Ab 044、Ab 069、Ab 032、およびAb 031のうちの1つ、例えば、Ab 044のエピトープは、広域免疫原上の免疫優勢エピトープである。
本明細書で使用される「広域ワクチン」という用語は、広域免疫原、または生物、例えば、インフルエンザウイルスに対する抗体または免疫の形成を誘導しうる、広域免疫原または広域免疫原をコードする核酸を含む調製物を指す。広域免疫原は、生物、例えば、インフルエンザウイルスに由来する、死滅させるかまたは弱毒化したウイルスまたは抗原決定基を含みうる。広域ワクチンは、1または複数のさらなる成分、例えば、担体、アジュバントなどを含むことが典型的であろう。
ある実施形態では、広域ワクチンは、2つの広域免疫原、または2つの広域免疫原をコードする核酸を含む。
本明細書で開示される広域免疫原、および広域免疫原または広域免疫原をコードする核酸を含むワクチン(広域ワクチン)を使用して、対象、例えば、ヒト対象における、本明細書で記載される1または複数のインフルエンザウイルスに対する免疫応答を誘発することができる。複数の実施形態では、広域ワクチンは、本明細書で記載されるインフルエンザウイルスのうちの1または複数に対する防御を付与する、例えば、広域ワクチンは、感染もしくは感染症状を発生させる可能性を減少させるか、または感染の重症度を抑える。本発明の広域ワクチンは、広域免疫原を含むHAポリペプチド、広域免疫原を含むHAポリペプチドをコードする核酸、広域免疫原または広域免疫原をコードする核酸を含む粒子、例えば、VLP、リポソーム、ナノ粒子、またはマイクロ粒子を含みうる。ワクチンは、生ウイルスを含む場合もあり、不活化ウイルス、例えば、複製欠損ウイルスを含む場合もある。広域ワクチンでは、インフルエンザウイルスのほか、他のウイルスも使用することができる。
本明細書で使用される「免疫原」または「抗原性処方物」または「抗原性組成物」という用語は、脊椎動物、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトに投与されると、免疫応答を誘導しうる調製物を指す。
ワクチン処方物
広域免疫原、例えば、ポリペプチド、または広域免疫原を含むVLP、リポソーム、ナノ粒子、もしくはマイクロ粒子は、薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む組成物に製剤化することができる。広域免疫原をコードする核酸も、薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む組成物に製剤化することができる。担体または賦形剤とは、組成物を施される動物に対して有害な免疫応答の生成をそれ自体で誘導せず、不要な毒性を引き起こすことなしにワクチン成分として投与しうる医薬剤である。本明細書で使用される「薬学的に許容されるワクチン成分」という用語は、米国連邦政府もしくは州政府の規制機関により承認されているか、または哺乳動物、例えば、ヒトにおける使用のための米国薬局方、欧州薬局方、もしくは他の一般に認知されている薬局方において列挙されている成分、例えば、担体を含む。薬学的に許容される担体の非限定的な例は、生理食塩液、緩衝生理食塩液、デキストロース、水、グリセロール、滅菌等張性水性緩衝液、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム、およびこれらの組合せである。一実施形態では、処方物は、ワクチンをヒトに投与するために使用することができる。いくつかの実施形態では、処方物は、無菌であり、粒子状物質を含まず、かつ/または非発熱性である。ワクチンはまた、保湿剤、乳化剤、および緩衝剤のうちの1または複数も含みうる。ワクチンは、固体形態、例えば、凍結乾燥粉末、溶液、懸濁液、乳剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、持続放出処方物、または粉末剤でありうる。
いくつかの実施形態では、広域ワクチンは、1または複数のアジュバントを含みうる。アジュバントとは、免疫応答を増強する薬剤であり、それらの使用は、当技術分野で公知である(例えば、「Vaccine Design: The Subunit and
Adjuvant Approach」、Pharmaceutical Biotechnology、6巻、PowellおよびNewman編、Plenum Press、New YorkおよびLondon、1995年を参照されたい)。アジュバントの非限定的な例は、完全フロイントアジュバント(CFA)、不完全フロイントアジュバント(IFA)、スクァレン、スクァラン、水酸化アルミニウム、アルミニウム塩、カルシウム塩、および南米産の樹木であるQuillaja Saponaria Molinaの樹皮に由来するサポニンの画分(例えば、QS21)である。いくつかの実施形態では、アジュバントは、油および水を含む乳剤でありうる。油相は、スクァレン、スクァラン、および/または界面活性剤を含みうる。界面活性剤は、非イオン性界面活性剤、例えば、ソルビタンまたはマンニドのモノ−Ci2〜C24−脂肪酸エステルまたはジ−Ci2〜C24−脂肪酸エステルでありうる。
Toll様受容体(TLR)により認識される分子の合成バリアントもまた、アジュバントとして使用することができる。TLRは、病原体と関連する分子パターンを認識することにより、身体が自己分子と非自己分子とを識別する一助となる。TLRにより認識される分子は、ウイルス特異的修飾または細菌特異的修飾を伴う二本鎖RNA、リポ多糖、一本鎖RNA、およびウイルス特異的修飾または細菌特異的修飾を伴うDNAを含む。これらの自然発生のTLRにより認識される分子の特性を模倣する合成分子は、免疫応答を誘発する一助となり、したがって、アジュバントとしても使用することができる。このような合成分子の非限定的な例は、ポリリボイノシン酸:ポリリボシチジル酸(ポリ(I:C))、少なくとも1つのロックト核酸のヌクレオシドを伴う二本鎖核酸、弱毒化リピドA誘導体(ALD)(例えば、モノホスホリルリピドAおよび3−デアシルモノホスホリルリピドA)、およびイミキモドを含む。
ワクチンは、免疫刺激剤と共に製剤化することもでき、免疫刺激剤の投与と組み合わせて投与することもできる。免疫刺激剤とは、免疫系の応答を増大させる分子である。免疫刺激剤の非限定的な例は、インターロイキン(例えば、IL−1、IL−2、IL−3、IL−4、IL−12、IL−13)、成長因子(例えば、顆粒球マクロファージ(GM)コロニー刺激因子(CSF));およびマクロファージ炎症性因子、Flt3リガンド、B7.1; B7.2など、他の免疫刺激性分子など、免疫刺激活性、免疫強化活性、および炎症促進活性を有する、サイトカイン、リンホカイン、およびケモカインである。免疫刺激剤は、VLPと同じ処方物中で投与することもでき、個別に投与することもできる。免疫刺激剤は、タンパク質として投与することもでき、免疫刺激性タンパク質を発現させうる核酸として投与することもできる。
投与
一般に、広域ワクチンは、インフルエンザの1または複数の株に対する免疫応答を刺激するのに有効な量または十分な量で投与されるであろう。ワクチンの投与量は、臨床的因子、例えば、年齢、全身状態、体重、性別、食餌、および投与回数に基づき、この範囲内で調整することができる。
広域免疫原または広域ワクチンを投与する方法は、腸内投与および非経口投与を含む。それらはまた、硬膜外投与または経粘膜投与(例えば、鼻腔内経路および経口経路もしくは肺内経路または坐剤)によっても施すことができる。それらは、吸入または口腔もしくは鼻腔との直接的な接触により施すことができる。複数の実施形態では、広域免疫原または広域ワクチンを、筋内投与、静脈内投与、皮下投与、経皮投与、または皮内投与する。組成物は、任意の簡便な経路により、例えば、注入またはボーラス注射、上皮または皮膚粘膜の内膜(例えば、口腔粘膜、結腸粘膜、結膜、鼻咽頭粘膜、中咽頭粘膜、膣粘膜、尿道粘膜、膀胱粘膜、および腸粘膜など)を介する吸収、および任意の簡便な手段により、例えば、注射針およびシリンジまたは無針型注射デバイスを使用する注射により、滴下により、大型の粒子を含むエアゾールを介して、または上気道へのスプレーにより投与することができる。広域免疫原またはワクチンは、他の生体活性薬剤、例えば、免疫原性薬剤、例えば、抗ウイルス剤および/または抗生剤と併せて投与することができる。
いくつかの実施形態では、広域免疫原または広域ワクチンは、免疫化部位において免疫応答を誘発するために、粘膜組織を標的とするように投与する。例えば、特異的な粘膜標的化特性を伴うアジュバントを含有する組成物の経口投与を使用することにより、粘膜組織を免疫化の標的とすることができる。標的としうる粘膜組織の例は、消化管関連リンパ系組織(GALT)、鼻咽頭リンパ系組織(NALT)、および気管支内関連リンパ系組織(BALT)を含むがこれらに限定されない。
広域免疫原または広域ワクチンは、投与スケジュールによって、例えば、対象への逐次的投与により投与することができる。いくつかの実施形態では、組成物の1回目の投与に続き、ある期間の後、2回目の投与を行う。1回目の投与と2回目の投与との間の期間は、2週間〜1年間、例えば、約1、約2、約3、約4、約5〜約6カ月間の任意の期間でありうる。いくつかの実施形態では、組成物の1回目の投与のある期間の後に投与される、2回目の投与に続いて、3回目の投与を行う。1回目の投与と3回目の投与との間の期間は、約3カ月間〜約2年間以上、例えば、約4、約5、または約6カ月間、または約7カ月間〜約1年間の任意の期間でありうる。いくつかの実施形態では、2回目、3回目、または多数回目の投与は、対象の血清中、尿中、および/または粘膜分泌物中の特異的な免疫グロブリンのレベルが、閾値を下回って降下する場合に投与する。一実施形態では、1回目の投与と2回目の投与との間の期間は、約1カ月間であり、1回目の投与と3回目の投与との間の期間は、約6カ月間である。別の実施形態では、1回目の投与と2回目の投与との間の期間は、約6カ月間である。いくつかの実施形態では、例えば、対象が新生児または乳児である場合は、小児期を通して投与を実施することができる。対象の感染の危険性を増大させる他の因子、例えば、医療ケア従事者、デイケア従事者、低年齢の小児、老齢者、および/または心肺機能不全の個体の家族の構成員である対象は、投与スケジュールに影響を及ぼす可能性があり、例えば、対象により多数回の投与またはより高頻度の投与を行うことを要請することが可能である。複数回の投与が要請される場合、投与は、同じ経路により実施することもでき、異なる経路により実施することもできる。
当業者は、広域免疫原または広域ワクチンの投与量をたやすく決定しうる。例えば、投与量は、防御的免疫応答または治療的免疫応答を誘発する用量を同定することにより、例えば、血清中の特異的な免疫グロブリンのレベルを測定するか、または対象に由来する血清、尿、もしくは粘膜分泌物による試料中の抗体の阻害率を測定することにより決定することができる。投与量は、動物、例えば、モルモット、ハムスター、フェレット、チンチラ、マウス、またはラットによる研究から決定することができる。動物は、前記感染作用物質により引き起こされる疾患についての研究において対象として用いられる特定の感染作用物質に対する天然の宿主である必要はない。投与量はまた、当技術分野で日常的な、ヒトにおける臨床研究からも決定することができる。当業者は、投与経路が、投与量に影響を及ぼすことを理解するであろう。投与量はまた、in vitro研究または動物モデルを使用する研究から得られる用量反応曲線からも計算することができる。
広域免疫原またはワクチンは、インフルエンザウイルスの感染により引き起こされる疾患を有さないか、またはインフルエンザウイルスに感染したことがないか、もしくはインフルエンザウイルスに現在感染していない対象に投与することができる。例えば、広域免疫原またはワクチンは、感染の危険性がある対象に投与することができる。広域免疫原またはワクチンは、第1のインフルエンザ株に感染した対象に投与して、例えば、第2の株による感染に対して防御することができる。複数の実施形態では、広域免疫原またはワクチンは、第1の株に対して防御的である。複数の実施形態では、広域免疫原またはワクチンは、第1の株に対して防御的でない。
複数の実施形態では、対象は、成人、50歳を超えた成人、18歳未満の患者、2歳未満の患者、または6カ月齢未満の患者である。
ある実施形態では、対象は、肺の障害、例えば、嚢胞性線維症、気腫、喘息、もしくは細菌感染、または心血管疾患の危険性がある。ある実施形態では、対象は、免疫不全状態である。ある実施形態では、対象は、医療ケア提供者、例えば、医師、看護師、または介護士である。ある実施形態では、対象は、病院、介護施設、日常生活動作支援介護付き施設、医院、または診療所で勤務しているか、またはこれらに規則的に来院するか、またはこれらにおいて生活している。
広域免疫原および広域ワクチンは、例えば、インフルエンザ感染の1または複数の症状または影響を予防または遅延または最小化するのに、単独で投与することもでき、1または複数の他の治療または薬剤、例えば、第2の薬剤またはさらなる薬剤の投与と組み合わせて投与することもできる。
複数の実施形態では、組合せは、必要とされる広域ワクチンまたは他の治療の用量の減少を結果としてもたらすことが可能であり、複数の実施形態では、副作用を軽減しうる。複数の実施形態では、組合せは、薬剤の一方または両方の送達または有効性の増強を結果としてもたらしうる。薬剤または治療を同時に投与することもでき(例えば、患者に投与される単一の処方物として、または共時的に投与される2つの個別の処方物として)、任意の順序で逐次的に投与することもできる。
このような第2の薬剤またはさらなる薬剤は、他のワクチン、抗ウイルス剤、および/または抗体を含む。典型的な実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤を、結合剤、例えば、抗体分子と共製剤化しないが、他の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子と共製剤化する。
複数の実施形態では、以下:一方の治療レベルまたは治療効果が他方の治療レベルまたは治療効果と重複すること;両方の検出可能なレベルが同時に存在すること;または治療効果が、広域ワクチン、または第2の薬剤もしくはさらなる薬剤の非存在下で見られる治療効果より大きいことのうちの1または複数を達成するように、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤を投与する。複数の実施形態では、各薬剤は、その薬剤について決定された用量および時間スケジュールで投与することになろう。
第2の薬剤またはさらなる薬剤は、例えば、インフルエンザを処置または予防するための薬剤でありうる。例えば、本明細書で提示される広域ワクチンは、別のワクチン、例えば、患者の免疫系を刺激して、A型インフルエンザの特定の株による感染を予防するためのインフルエンザペプチドの混合物(別称、カクテル)と組み合わせて投与することができる。他の例では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗ウイルス剤(例えば、抗NA剤または抗M2剤)、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生剤、ステロイド剤、第2の治療用抗体分子(例えば、抗HA抗体)、アジュバント、プロテアーゼまたはグリコシダーゼ(例えば、シアリダーゼ)などである。
例示的な抗ウイルス剤は、例えば、ワクチン、ノイラミニダーゼ阻害剤、またはヌクレオシド類似体を含む。例示的な抗ウイルス剤は、例えば、ジドブジン、ガングシクロビル、ビダラビン、イドキシウリジン、トリフルリジン、フォスカネット、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、サクィナビル、インジナビル、リトナビル、アルファ−インターフェロンおよび他のインターフェロン、ノイラミニダーゼ阻害剤(例えば、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル)、リマンタジンを含みうる。例示的な抗体分子は、例えば、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(米国出願公開第2010/0080813号)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜8頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(例えば、Ekiertら、Science、324巻:246頁、2009年を参照されたい)を含む。他の例示的な抗体は、本明細書で記載される抗体、例えば、Ab 044、Ab 069、Ab 032、またはAb 031を含む。組み合わせの場合、2つの薬剤は、同じ投与量単位の一部として投与することもでき、個別に投与することもできる。インフルエンザ感染と関連する症状を処置するのに有用な他の例示的な薬剤は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、およびナプロキセンである。
ある実施形態では、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤を、個別の処方物として提供し、投与するステップは、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤を逐次的に投与することを含む。逐次的投与は、同じ日に(例えば、互いから1時間以内に、または少なくとも3、6、もしくは12時間おいて)施すこともでき、異なる日に施すこともできる。
複数の実施形態では、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤は各々、時間的に隔てられた複数回の投与として投与する。広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤は各々一般に、レジメンに従い投与する。一方または両方のためのレジメンは、規則的な周期性を有しうる。広域ワクチンのためのレジメンは、第2の薬剤もしくはさらなる薬剤のためのレジメンと異なる周期性を有しうる、例えば、一方を他方より高頻度で投与することができる。一実装では、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤のうちの一方は、毎週1回および他方は、毎月1回投与する。別の実装では、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤のうちの一方は、持続的に、例えば、30分間を超える時間であるが、1、2、4、または12時間未満にわたり投与し、他方は、ボーラスとして投与する。複数の実施形態では、逐次的投与を実施する。一方の薬剤の投与と別の薬剤の投与との間の時間は、数分間、数時間、数日間、または数週間でありうる。本明細書で記載される広域ワクチンの使用はまた、別の治療の投与量を低減する、例えば、投与される別の薬剤と関連する副作用を軽減するのにも使用することができる。したがって、組合せは、第2の薬剤またはさらなる薬剤を、広域ワクチンの非存在下で使用される投与量より少なくとも10、20、30、または50%少ない投与量で投与することを含みうる。広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤は、任意の適切な方法により投与する、例えば、皮下投与、筋内投与、または静脈内投与することができる。
いくつかの実施形態では、広域ワクチンおよび第2の薬剤またはさらなる薬剤の各々は、各々が単剤療法のために処方される用量と同じ用量で投与する。他の実施形態では、広域ワクチンは、単独で投与される場合の有効性に要請される量以下の投与量で投与する。同様に、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、単独で投与される場合の有効性に要請される量以下の投与量で投与することができる。
場合によっては、本明細書で記載される処方物、例えば、本開示で特色とされる広域ワクチンを含有する処方物は、1もしくは複数の第2の薬剤もしくはさらなる薬剤、例えば第2の薬剤もしくはさらなる薬剤を含むか、または1もしくは複数の第2の薬剤もしくはさらなる薬剤を含有する処方物と組み合わせて投与する。
ある実施形態では、広域ワクチンの投与は、以下の経路:経口経路、静脈内経路、筋内経路、動脈内経路、皮下経路、脳室内経路、経皮経路、皮内経路、直腸内経路、膣内経路、腹腔内経路、局所経路(液体、粉末、軟膏、クリーム、スプレー、または滴下によるなど)、経粘膜経路、経鼻経路、口腔内経路、腸内経路、舌下経路;気管内点滴、気管支内点滴、および/もしくは吸入;ならびに/または経口スプレー、経鼻スプレー、および/またはエアゾールなどのうちの1つを介する。
ある実施形態では、広域ワクチンは、複数の粒子、例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、または13ミクロンの平均粒子サイズを含む粒子の吸入送達またはエアゾール送達により投与する。
本発明のワクチンは、本明細書の別の箇所で本発明の抗体による処置の文脈において論じられている、第2の薬剤および処置と組み合わせることができる。
ウイルス様粒子
広域免疫原は、ウイルス様粒子(VLP)により施すことができる。VLPとは、いくつかの成分および構造的類似性をウイルスと共有するが、一般に感染性ではない構造である。VLPは、ウイルスゲノムを欠き、したがって、複製が不可能なことが典型的である。VLPは、対象の抗原性タンパク質を含むことが典型的な、1または複数のウイルスタンパク質を、細胞内でクローニングし、共発現させ、対象の抗原性タンパク質を含むVLPを細胞から回収することにより作製することができる。これについては、下記でより詳細に記載する。
クローニング
当技術分野では、分子クローニング法が公知である(例えば、BergerおよびKimmel、「Guide to Molecular Cloning Techniques」、「Methods in Enzymology」、152巻、Academic Press, Inc.、San Diego、Calif.;ならびにSambrookら、「Molecular Cloning−A Laboratory Manual」(3版)、1〜3巻、Cold Spring Harbor Laboratory、Cold Spring Harbor、N.Y.、2000年を参照されたい)。分子クローニング法は、ポリペプチド内のアミノ酸の欠失、挿入、置換、および他の改変を可能とする、ポリペプチドの操作(engineering)および変異誘発のための技法を含む。分子クローニング法はまた、ポリペプチドの発現を増大させるか、減少させるか、調節するか、または別の形で変化させるポリペプチドをコードする核酸を単離および操作(manipulation)するための技法も含む。分子クローニング法は、ポリペプチドおよび核酸の遺伝子操作および発現を容易にするベクターもさらに含む。
ベクターとは、細胞または生物の間で核酸を複製(reproduced)するかまたは伝搬させうる媒体である。ベクターは、プラスミド、ウイルス、バクテリオファージ、プロウイルス、ファージミド、トランスポゾン、または人工染色体でありうるがこれらに限定されない。ベクターは、自律的に複製(replicate)される場合もあり、宿主細胞または宿主生物の機構を介する場合もある。ベクターは、単離形態で存在する場合もあり、他の成分、例えば、タンパク質との複合体で存在する場合もある、DNAおよび/またはRNAを含みうる。分子クローニング法を使用して、外因性核酸をベクターに挿入して、核酸および/またはポリペプチド、例えば、インフルエンザHAを発現させるための構築物を創出することができる。
発現
当技術分野では、外因性核酸および/またはポリペプチドを発現させる方法が公知である(例えば、Sambrookを参照されたい)。外因性発現は、上記で記載した方法を使用して創出された発現構築物を、宿主細胞または宿主生物に導入し、宿主細胞の生化学的機構に外来核酸および/または外来ポリペプチドのうちの1または複数を作製させることを伴うことが典型的である。宿主細胞は、原核細胞、例えば、細菌細胞、あるいは真核細胞、例えば、真菌細胞、植物細胞、鳥類細胞、両生動物細胞、線形動物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞、例えば、マウス細胞、ハムスター細胞、サル細胞、もしくはヒト細胞でありうるがこれらに限定されない。昆虫細胞の例は、Sf9細胞、SfZl細胞、High Five細胞、およびDrosophila属S2細胞を含む。真菌(酵母を含む)宿主細胞の例は、S.cerevisiae、Kluyveromyces lactis、Candida albicans種、Candida glabrata種、Aspergillus nidulans種、Schizosaccharomyces pombe種、Pichia pastoris種、およびYarrowia lipolytica種である。哺乳動物細胞の例は、COS細胞、ベビーハムスター腎細胞、マウスL細胞、LNCaP細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、ヒト胎児由来腎(HEK)細胞、アフリカミドリザル細胞、CVl細胞、HeLa細胞、MDCK細胞、Vero細胞、およびHep−2細胞を含む。両生動物細胞の例は、Xenopus laevisに由来する卵母細胞である。原核細胞の例は、E.coli、B.subtilis、およびマイコバクテリアを含む。宿主細胞は、多細胞生物の一部の場合もあり、in vitroで、例えば、組織、臓器、細胞の混合集団、または細胞のクローン集団の培養物中で成長させる場合もある。発現構築物は、例えば、トランスフェクション、遺伝子導入、形質転換、電気穿孔、マイクロインジェクション、リポフェクション、または感染により、宿主細胞に導入することができる。
VLPは、外因性ポリペプチドの発現を可能とする1または複数の構築物を導入した宿主細胞を培養することにより作製することができる。外因性タンパク質は、インフルエンザウイルスのポリペプチド、例えば、M1、HA、もしくはNA、M1、HA、もしくはNAの断片、またはM1、HA、もしくはNAのバリアントと同一であるかまたはこれに由来するポリペプチドでありうる。発現構築物は、1または複数のさらなるエレメント、例えば、マーカー、例えば、選択マーカー、または複製起点を含有しうる。VLPを作製するための細胞を成長させる方法は、回分細胞培養法、流加細胞培養法、連続細胞培養法、および潅流細胞培養法を含むがこれらに限定されない。VLPを作製する効率を増大させるための方法および試薬を使用することができる。例えば、リーダー配列、例えば、シグナル配列を、1または複数の外因性ポリペプチド、例えば、M1、HA、および/またはNAに付加して、宿主細胞内の外因性ポリペプチド(複数可)の輸送を容易にすることができる。
VLPの単離および精製
VLPは、密度勾配遠心分離、濾過、イオン交換クロマトグラフィー、およびゲル濾過クロマトグラフィーなど、当技術分野で公知の方法を使用して単離および精製することができる。上記で記載した方法を使用して、VLPを宿主細胞に産生させ、培養培地に分泌させることができる。VLPを培養培地から単離および精製するための典型的な段階的手順は、(1)VLPを濃縮するための培養培地の限外濾過、(2)培養培地の成分を除去するためのVLPの透析濾過、(3)細胞破砕物および粒子状物質を除去するための、スクロース密度勾配上におけるVLPの遠心分離、ならびに(4)核酸を除去するための、VLPの陰イオン交換クロマトグラフィーを伴う。
ベシクル
広域免疫原は、ベシクル内に組み込むかまたはパッケージングすることができる。ベシクルは、両親媒性分子(例えば、脂肪酸、脂質、ステロイドなど)を含む、1または複数の二重層により封入された水性コンパートメントを有することが典型的である。広域免疫原は、ベシクルの水性コア内に含有させることもでき、両親媒性二重層に局在化させることもできる。
いくつかの実施形態では、両親媒性のベシクル分子は、非イオン性であり、例えば、非イオン性界面活性剤である。例えば、非イオン性の両親媒性分子は、グリセロールベースのエステル結合界面活性剤でありうる。このようなグリセロールエステルは、2つの高級脂肪族アシル基、例えば、各アシル部分内に少なくとも10個ずつの炭素原子を含有するアシル基のうちの1つを含みうる。このようなグリセロールエステルに基づく界面活性剤は、複数のグリセロール単位、例えば、2つ、3つ、4つ、または5つのグリセロール単位を含みうる。グリセロールモノエステルは、例えば、C12〜C20のアルカノイル部分またはアルケノイル部分、例えば、カプロイル部分、ラウロイル部分、ミリストイル部分、パルミトイル部分、オレオイル(oleyl)部分、またはステアロイル部分を含有するエステルを使用することが可能である。例示的な、グリセロールに基づくエステル結合界面活性剤は、1−モノパルミトイルグリセロールである。
非イオン性の両親媒性ベシクル分子の二重層はまた、エーテル結合界面活性剤でもありうる。例えば、エチレングリコールなど、最大で4個の炭素原子による低級脂肪族グリコールを有する、グリセロールまたはグリコールに基づくエーテル結合界面活性剤を使用することができる。このようなグリコールに基づく界面活性剤は、複数のグリコール単位、例えば、2つ、3つ、4つ、または5つのグリコール単位(例えば、ジグリコールセチルエーテルおよび/またはポリオキシエチレン−3−ラウリルエーテル)を含みうる。C12〜C20のアルカニル部分またはアルケニル部分、例えば、カプリル部分、ラウリル部分、ミリスチル部分、セチル部分、オレイル部分、またはステアリル部分を含有するグリコールモノエーテルまたはグリセロールモノエーテルを含む、グリコールモノエーテルまたはグリセロールモノエーテルを使用することができる。両親媒性分子として使用しうるエチレンオキシド凝縮生成物の例については、PCT公開第WO88/06882号(例えば、ポリオキシエチレン高級脂肪族エーテル界面活性剤およびアミン界面活性剤)を参照されたい。エーテル結合界面活性剤の非限定的な例は、1−モノセチルグリセロールエーテルおよびジグリコールセチルエーテルである。
いくつかの実施形態では、非イオン性界面活性剤を含むベシクルはまた、イオン性両親媒性分子も含みうる。例えば、イオン性両親媒性物質は、ベシクルを負に帯電させることが可能であり、これは、ベシクルを安定化させ、分散を促進する一助となりうる。ベシクルに組み込まれうるイオン性両親媒性分子は、高級アルカン酸および高級アルケン酸(例えば、パルミチン酸、オレイン酸)および酸性基、例えば、リン酸モノエステル(例えば、リン酸ジアルキル、例えば、リン酸ジセチル、またはホスファチジン酸もしくはホスファチジルセリン)および硫酸モノエステル(例えば、高級硫酸アルキル、例えば、硫酸セチル)を含有する他の化合物を含むがこれらに限定されない。イオン性の両親媒性物質は、重量による非イオン性界面活性剤の量の1%〜30%の間、2%〜20%の間、または5%〜15%の間で存在しうる。
いくつかの実施形態では、ベシクルは、二重層を形成することが可能な高分子量の疎水性分子、例えば、ステロイド、例えば、コレステロールもさらに含みうる。ステロイドの存在は、例えば、二重層に物理的特性を付与することにより、二重層の形成を容易にしうる。ステロイドは、重量による、非イオン性界面活性剤の量の20%〜120%の間、25%〜90%の間、または35%〜75%の間で存在しうる。
いくつかの実施形態では、ベシクルは、バイロソーム(例えば、米国特許第5,876,721号を参照されたい)でありうる。本明細書で使用される「バイロソーム」とは、非イオン性界面活性剤および粘膜を越える脂質様分子の輸送を容易にする輸送増強分子を含むベシクルである。
当技術分野では、非イオン性界面活性剤を含むベシクルを調製するための方法が公知である。当業者は、このような方法を使用して、広域免疫原を含むベシクルを調製しうることを理解するであろう。
ウイルスベクター
広域免疫原は、インフルエンザウイルスにより施すことができる。ある実施形態では、広域免疫原は、HAポリペプチド、例えば、野生型と異なるHAポリペプチド内に組み込む。複数の実施形態では、広域免疫原を含むHAポリペプチドは、野生型配列以外の配列、例えば、操作された配列である。広域免疫原を含むHAポリペプチドは、ビリオンの作製時において、トランスのポリペプチドを供給することにより、ビリオンに組み込むこともでき、ウイルスのゲノムを操作して、広域免疫原を含むHAポリペプチドを作製することもできる。いずれの場合においても、広域免疫原を含むウイルス粒子が作製される。ある実施形態では、弱毒化表現型を有する、例えば、ヒト細胞内のウイルスの複製が可能でないか、または極めて低レベルの複製だけが可能であるようにウイルスを操作する。複数の実施形態では、ウイルスを不活化する。不活化法は、変性剤、例えば、ホルマリンとの接触、熱、または洗浄剤を含む。広域免疫原は、インフルエンザ以外のウイルスにより施すことができる、例えば、インフルエンザ以外のウイルスベクターは、ニューカッスル病ウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、レトロウイルス、またはレンチウイルスでありうる。
キット
一実施形態では、広域免疫原またはワクチンを、キットにパッケージ化する。いくつかの実施形態では、キットは、2つの容器を含み、そのうちの一方は、広域免疫原を含有し、他方は、アジュバントを含有する。いくつかの実施形態では、キットは、2つの容器を含み、そのうちの一方は、凍結乾燥粉末としての広域免疫原を含有し、他方は、広域免疫原を再懸濁させるための液体を含有する。キットは、医薬品または生物学的製品の製造、使用、および販売を規制する政府機関により要請される公示であって、組成物が、ヒトへの投与のための製造、使用、および/または販売について承認されていることを表示する公示を含有する場合がある。
ワクチンは、密封された容器により供給することができる。ワクチンは、液体として提供することもでき、例えば、水または生理食塩液を添加することにより対象への投与に適する濃度に再構成しうる、凍結乾燥粉末として提供することもできる。
エピトープ
HAは、天然ではタンパク質分解によりプロセシングされる成熟サブユニットのホモ三量体として存在する。三量体の各サブユニットは、前駆体として合成される。前駆体分子は、タンパク質分解により、2つのジスルフィド結合したポリペプチド鎖にプロセシングされて、成熟HAポリペプチドを形成する。成熟HAポリペプチドは、2つのドメイン:(1)分子の基部から、繊維状ステムを介して、グリカン受容体結合性ドメインを含有する、膜遠位ヘッド領域に伸長し、切断部位で終結する繊維状領域に戻る、コアHA−1ドメイン;および(2)HAのステム領域および膜貫通ドメインを含むHA−2ドメインを含む。HA−1は、グリカン結合性部位を含む。グリカン結合性部位は、HAのHA受容体への結合を媒介する一因となりうる。HA−2ドメインは、HA−1ドメインを提示するように作用する。HA三量体は、HA単量体のステムの3本の長いHAアルファ−へリックスの間の極性相互作用および非極性相互作用により安定化させることができる。
全てのインフルエンザ亜型に由来するHA配列は、HA−1ドメインとHA−2ドメインとのインターフェース内のアミノ酸のセットであって、十分に保存的なアミノ酸のセットを共有する。HA−1/HA−2インターフェースの膜近位エピトープ領域(MPER)は、カノニカルα−へリックスを含み、その近傍の残基もまた、広域スペクトルの亜型にわたり保存的である(Ekiertら、Science、324巻(5924号):246頁、2009年; Suiら、Nat Struct Mol Biol.、16巻(3号):265頁、2009年)。
Ab 044は、群1および群2に由来するHAに対して高アフィニティーを有する。Ab 044は、複数のインフルエンザ株にわたり広範に保存されているコンフォメーショナルエピトープに結合する。異なる株/亜型に由来するHAの直鎖状配列に沿って分布する多数のアミノ酸残基が、Ab 044のコンフォメーショナルエピトープに寄与する。Ab044のH3との相互作用は、ドッキング研究により解析され、Ab044が結合する(または結合しない)残基が同定された。
ZDOCKを使用して、Ab 044のFvを、群I株および群II株のHAに対してドッキングさせた。H1N1の解明された結晶構造を鋳型として保持する、SWISS MODEL相同性モデル化サーバーを使用して、HA抗原の構造をモデル化した。ZDOCKでは、脱溶媒和項および静電エネルギー項と共に形状相補性項を使用して(「ZRANK」)、ドッキングポーズをランク付けする。ドッキングポーズが、天然の複合体からそれほど逸脱しないことを確認するために、アラニン走査によりマッピングされたエピトープ残基およびパラトープ残基を、結合インターフェース内に含ませた。
比較研究のために、FI6に結合する(または結合しない)アミノ酸を、2011年7月18日に出願されて公表された、米国特許出願第US2011/0274702A1号、「Neutralizing Anti−Influenza A Virus Antibodies and Uses Thereof」から抽出した。
ZDOCKとは、高速フーリエ変換ベースのタンパク質ドッキングプログラムである。ZDOCKは、University of Massachusetts Medical SchoolのZhiping Wengにより開発された。ZDOCKでは、2つのPDBファイルを入力するが、出力は、それらの複合体の予測される構造である。プログラムは、2つのタンパク質の間の並進運動空間内および回転運動空間内の全ての可能な結合モードを検索し、各モードをエネルギースコアリング関数により査定する。タンパク質の構造は、デジタルシグナルに変換し、高速フーリエ変換法を使用して、コンピュータ処理時間を短縮する。ZDOCKは、Pierce BG、Hourai Y、Weng Z(2011年)、「Accelerating Protein Docking in ZDOCK Using an Advanced 3D Convolution Library」、PLoS One、6巻(9号):e24657頁; Pierce B、Tong W、Weng Z.(2005年)、「M−ZDOCK: A Grid−based Approach for C Symmetric Multimer Docking」、Bioinformatics、21巻(8号):1472〜1476頁; Mintseris J、Pierce B、Wiehe K、Anderson R、Chen R、Weng Z.(2007年)、「Integrating Statistical Pair Potentials into Protein Complex Prediction」、Proteins、69巻(3号):511〜520頁;およびChen R、Li L、Weng Z.(2003年)、「ZDOCK: An Initial−stage Protein Docking Algorithm」、Proteins、52巻(1号):80〜7頁において論じられている。
SWISS−MODELとは、全自動式タンパク質構造相同性モデル化サーバーである。SWISS−MODELは、ExPASyウェブサーバーを介して、またはDeepView(Swiss Pdb−Viewer)プログラムからアクセス可能である。Swiss−Modelは、Arnold K.、Bordoli L.、Kopp J.、およびSchwede T(2006年)、「The SWISS−MODEL Workspace: A web−based environment for protein structure homology modelling」、Bioinformatics、22巻、195〜201頁; Kiefer F、Arnold K、Kunzli M、Bordoli L、Schwede T(2009年)、「The SWISS−MODEL Repository and associated resources」、Nucleic Acids Research、37巻、D387〜D392頁;およびPeitsch, M. C.(1995年)、「Protein modeling by E−mail」、Bio/Technology 、13巻、658〜660頁において論じられている。
Ab 044に結合するH3残基およびFI6に結合するH3残基については、下記で論じる。
H3HA1
H3HA1のアミノ酸配列を、配列番号173として下記に提示する。破線の枠囲いで示された残基N38、I278、およびD291は、Ab 044は結合するが、FI6は結合せず;点線の枠囲いで示された残基Q327、T328、およびR329は、FI6は結合するが、Ab 044は結合せず;実線の枠囲いで示された残基T318、R321、およびV323は、Ab 044およびFI6が結合する。

(配列番号173)
H3HA2
H3HA21のアミノ酸配列を、配列番号174として下記に提示する。破線の枠囲いで示された残基N12は、Ab 044は結合するが、FI6は結合せず;点線の枠囲いで示された残基G1、L2、F3、G4、およびD46は、FI6は結合するが、Ab 044は結合せず;実線の枠囲いで示された残基A7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57は、Ab 044およびFI6が結合する。

(配列番号174)
Ab 044に結合するH1残基およびFI6に結合するH1残基については、下記で論じる。
H1HA1
H1HA1のアミノ酸配列を、配列番号181として下記に提示する。破線の枠囲いで示された残基H31、N279、およびS292は、Ab 044は結合するが、FI6は結合しない。点線の枠囲いで示された残基Q328およびS329は、FI6は結合するが、Ab 044は結合しない。実線の枠囲いで示された残基T319、R322、およびI324は、Ab 044およびFI6が結合する。

(配列番号181)
H1HA2
H1HA2のアミノ酸配列を、配列番号182として下記に提示する。破線の枠囲いで示された残基G12は、Ab 044は結合するが、FI6は結合しない。点線の枠囲いで示された残基G1、L2、F3、G4、およびD46は、FI6は結合するが、Ab 044は結合しない。実線の枠囲いで示された残基A7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57は、Ab 044およびFI6が結合する。

(配列番号182)
図26は、Ab044 エピトープの一部ではあるが、強調されたFI6のエピトープの一部ではないことが予測されるアミノ酸残基を伴うH3HAの三次元表示である。すなわち、強調されたアミノ酸は、Ab044のエピトープに固有である。
図27は、FI6のエピトープの一部ではあるが、強調されたAb044のエピトープの一部ではないことが予測されるアミノ酸残基を伴うH3HAの三次元表示である。
診断法
本明細書では、生物学的試料、例えば、体液試料、例えば、血液試料、血清試料、唾液試料、粘液試料、もしくは尿試料、または生検などの組織試料など、患者試料中のインフルエンザの存在を同定するのに有用な結合剤、例えば、抗体分子が提示される。
一実施形態では、患者試料を、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子と接触させ、結合を検出する。結合は、多数のフォーマットおよび検出手段、例えば、ELISAアッセイもしくはウェスタンブロット、または免疫組織化学アッセイなどの抗原捕捉アッセイで検出することができる。複数の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、例えば、不溶性のマトリックス、例えば、ビーズまたは他の基質、およびHAの結合を検出するのに使用される検出分子にカップリングさせて提供する。
結合剤、例えば、抗体分子のHAへの結合は、検出可能部分、例えば、結合剤、例えば、抗体分子に結合する試薬、例えば、抗体を含む試薬で検出することができる。複数の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、検出可能部分を有する。適する検出可能部分は、酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、アセチルコリンエステラーゼ、グルコースオキシダーゼなど)、放射性標識(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I,131I)、ハプテン、蛍光標識(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体、フルオレセイン、イソチオシアン酸フルオレセイン、ローダミン、5−ジメチルアミン−1−ナフタレンスルホニルクロリド、フィコエリトリンなど)、燐光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、光アフィニティー分子、有色粒子またはビオチンなどのアフィニティーリガンド、二次レポーター(例えば、ロイシンジッパー対合配列、または二次抗体の結合性部位、金属結合性ドメイン、エピトープタグ)により認識される所定のポリペプチドエピトープを含む。いくつかの実施形態では、標識は、多様な長さのスペーサーアームにより、潜在的な立体障害を低減するように結合させる。
複数の実施形態では、本明細書で記載される方法によりヒトを、インフルエンザウイルスの存在について検査し、検査が陽性である場合は、本明細書で提示される結合剤、例えば、抗体分子、例えば、抗体を投与する。
本明細書で提示される結合剤、例えば、抗体分子、例えば、抗体を、細胞内のHAを同定するためなどの細胞診アッセイに使用することができる。アッセイは、比色アッセイでありうる。正常(非感染)個体に由来する生物学的試料を、対照として使用する。診断アッセイは、in vitroで実施することができる。
診断アッセイはまた、培養物中の細胞の感染、例えば、培養物中の哺乳動物細胞の感染を決定するのにも実施することができる。抗体分子は、in vitroアッセイで使用することができる。
本明細書で特色とされる抗体分子は、広域スペクトルのHA亜型に結合するため、本開示で特色とされる診断アッセイは、様々な、明確に異なるインフルエンザ株に感染する患者におけるインフルエンザウイルスの存在を検出しうる。患者試料は、亜型特異的抗体、または他のアッセイ(例えば、RFLP(制限断片長多型)、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)、RT−PCR(ポリメラーゼ連鎖反応とカップリングさせた逆転写)、ノーザンブロット、サザンブロット、またはDNA配列決定)でさらに検査して、ウイルスの特定の株をさらに決定することができる。
一実施形態では、A型インフルエンザに感染していることが決定された患者には、本開示で特色とされる抗体分子をさらに投与して、感染を処置することができる。
また、その上に結合剤、例えば、抗体分子が配置される固体基質、例えば、ビーズ、ディップスティック、アレイなども提供される。
キット
例えば、本明細書で記載される方法により作り出される、本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子は、キットにより提供することができる。キットは、1または複数の他の構成要素、例えば、容器、緩衝液または他の希釈剤、送達デバイスなどを含みうる。
一実施形態では、キットは、インフルエンザウイルスによる感染の処置または予防などのために、抗体分子を対象に投与するための材料を含む。例えば、キットは、(a)抗体分子を含む組成物を含有する容器、任意選択で、(b)第2の治療用薬剤を含む組成物を含有する容器、および、任意選択で、(c)情報材料のうちの1つまたは複数または全てを含みうる。
別の実施形態では、キットは、生物学的試料中のHAの検出などのために、診断アッセイにおいて抗体分子を使用するための材料を含む。例えば、キットは、(a)抗体分子を含む組成物を含有する容器、任意選択で、(b)例えば、ELISAまたは免疫組織化学アッセイにおける使用のための、例えば、抗体を検出する検出可能部分で標識された試薬を含有する容器、および、任意選択で、(c)情報材料のうちの1つまたは複数または全てを含みうる。他の実施形態では、キットは、検出可能部分を含む結合剤、例えば、抗体分子を含む。
ある実施形態では、キットは、その上に結合剤、例えば、抗体分子が配置される固体基質、例えば、ビーズ、ディップスティック、アレイなどを含む。
情報材料は、本明細書で記載される方法、および/または治療的な有益性もしくは診断アッセイのための薬剤の使用に関する、記載的材料、指示的材料、販売的材料、または他の材料でありうる。
キットの情報材料は、その形態を制限されない。一実施形態では、情報材料は、抗体の製造情報、濃度情報、有効期限情報、バッチ情報または製造地情報などについての情報を含みうる。一実施形態では、情報材料は、抗体を、例えば、適切な用量、剤形、または投与方式(例えば、本明細書で記載される用量、剤形、または投与方式)で投与して、感染、例えば、ウイルス感染または二次感染(例えば、二次細菌感染)を有する対象を処置する方法に関する。
別の実施形態では、情報材料は、例えば、生物学的試料中のインフルエンザウイルスの存在を検出する診断アッセイに抗体分子を使用するための方法に関する。
情報は、印刷物、コンピュータで読取り可能な材料、画像記録、もしくは音声記録、または実質的な材料にリンクまたはアドレスを施す情報を含む、様々なフォーマットで提供することができる。
薬剤に加えて、キット内の組成物は、溶媒もしくは緩衝液、安定化剤、または保存剤など、他の成分も含みうる。薬剤は、任意の形態、例えば、液体形態、乾燥形態もしくは凍結乾燥形態で施すことができ、実質的に純粋および/または無菌でありうる。薬剤を溶液で提供する場合、溶液は水溶液であることが典型的である。薬剤を乾燥形態として提供する場合、再構成は一般に、適切な溶媒の添加を介する。溶媒、例えば、滅菌水または滅菌緩衝液は、任意選択で、キット内に用意することができる。
キットは、薬剤を含有する1または複数の組成物のための1または複数の容器を含みうる。いくつかの実施形態では、キットは、組成物および情報材料のための個別の容器、仕切りまたはコンパートメントを含有する。例えば、組成物は、ボトル内、バイアル内、またはシリンジ内に含有させることができ、情報材料は、プラスチック製のスリーブ内またはパケット内に含有させることができる。他の実施形態では、キットの個別の要素は、単一の仕切りのない容器内に含有させる。例えば、組成物は、情報材料を表示の形態でそれに添付したボトル内、バイアル内、またはシリンジ内に含有させる。いくつかの実施形態では、キットは、各々が薬剤の1または複数の単位剤形(例えば、本明細書で記載される剤形)を含有する、複数の個々の容器(例えば、個々の容器のパック)を含む。容器は、組合せ単位投与量、例えば、抗体分子および第2の薬剤またはさらなる薬剤の両方を、所望の比などで含む単位を含みうる。例えば、キットは、各々が例えば、単一の組合せ単位用量を含有する、複数のシリンジ、アンプル、ホイルパケット、ブリスターパック、または医療デバイスを含みうる。キットの容器は、気密性、防水性(例えば、水分または蒸発の変化に対して不透過性)、および/または遮光性でありうる。
キットは、任意選択で、組成物を投与するのに適するデバイス、例えば、シリンジまたは粒子またはエアゾールを送達するためのデバイス、例えば、吸入器、スプレーデバイス、もしくは点滴器、または他の適する送達デバイスを含む。デバイスは、薬剤の一方または両方をあらかじめロードして提供することもでき、空ではあるがローディングに適した状態で提供することもできる。
以下の例により、本発明をさらに例示するが、これらは、さらに限定的なものとしてみなされるべきではない。















(実施例1)
抗HA抗体のデザイン
ウイルスヘマグルチニン(HA)を標的とするヒト抗体(IgG)を、コンピュータによりデザインした。HAは、ウイルスの宿主細胞の表面受容体への結合および細胞膜のウイルスエンベロープとの融合を媒介する結果として、ウイルスを侵入させる。本明細書で記載される抗体分子は、HAの融合活性を遮断するようにデザインした。
全ての抗体構築物は、ヒトIgG1構造(γ1重鎖およびκ軽鎖)に基づいた。V(重鎖可変ドメイン)内およびV(軽鎖可変ドメイン)内の点変異を、コンピュータによりデザインした。これらの変異は、CDR(相補性決定領域)の内部または外部に配置する。変異は、例えば、抗原結合性の特性を修飾する(例えば、結合アフィニティーを増大または減少させる)か、または構造を安定化させるか、または発現特性などを改善するようにデザインした。
A18と称する1つの抗体の重鎖および軽鎖の配列を、図1に提示する。
コンピュータによりデザインされた例示的な抗体の重鎖と軽鎖との対合を、上記の「発明を実施するための形態」の表3に示す。
抗体Ab A18、Ab 031、Ab 032、Ab 044、Ab 014、およびAb 028の各々の可変重鎖および可変軽鎖のDNA配列を、下記に提示する。
VH16:

(配列番号63)
VL29:

(配列番号64)
VL30:

(配列番号65)
VH15:

(配列番号66)
VL28:

(配列番号67)
VL52:

(配列番号149)
VL45:

(配列番号150)
VH25:

(配列番号151)
VH24:

(配列番号152)
上記の配列の各々は、アミノ末端にIle−Aspを含む、可変重鎖ポリペプチドまたは可変軽鎖ポリペプチドをコードする、5’端にATCGATヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。
(実施例2)
ELISAにより測定される、抗HA抗体の、様々なインフルエンザウイルスに由来するヘマグルチニンへの結合
ELISAアッセイにより、抗体を、異なるインフルエンザ株に由来するヘマグルチニン(HA)への結合について調べた。抗体はまた、非特異的結合について調べるために、BSAへの結合についてもアッセイした。結合アフィニティーとin vivo研究における有効性のレベルとの間には、必ずしも直接的な相関がみられるわけではない。
抗体の結合アフィニティーは、ELISAにより測定した。ELISAを実施するために、96ウェル平底NUNC Maxisorpプレート(型番439454)を、1倍濃度のPBSであり、ウェル1つ当たり100μLのPBS中に2μg/mLに希釈された、表示されるヘマグルチニン(HA)でコーティングした。プレートは、プレートカバーで密封し、4℃で一晩にわたり静置してインキュベートさせた。次いで、プレートを、1倍濃度のPBS+0.05%のTween−20(PBST)で3回にわたり洗浄した。HAでコーティングされたプレートを、1倍濃度のPBS中に5%のBlotto(Santa Cruz Biotechnology;型番sc−2325)200μLでブロッキングし、室温で1時間にわたりインキュベートした。その後、プレートを、PBSTで3回にわたり洗浄した。洗浄したら、抗体(本開示において記載されている)を、PBST中に所望の出発濃度に希釈し、系列希釈してプレート上にロードした。抗原ブランクの読取りを得るために、セット内の最後のウェルへは試料を添加しなかった。プレートは、室温で2時間にわたり静置してインキュベートし、次いで、PBSTで3回にわたり洗浄し、タッピングして乾燥させた。抗ヒトHRPコンジュゲート抗体をPBST中で希釈し、100μLのHRP−抗体を、ウェル1つずつ全てのウェルにロードした。室温で1時間にわたるインキュベーションの後、プレートを、PBSTで3回にわたり洗浄した。TMB溶液(KPL、Gaithersburg、MD;型番50−76−00)を使用前に調製し、室温まで温めた。次いで、TMB溶液をプレートに添加し、96ウェルプレートリーダー(SpectraMax M2eまたは類似品)上で読み取られる、650nmにおける最大のODが、2〜3吸光度単位の間となるまで、または4分間にわたり現像し、所望のODに達したら、反応を1NのHSOでクェンチングし、同じプレートリーダー上の450nmにおけるODを、プレート上で読み取った。ODは、濃度の関数としてプロットし、4パラメータ近似を使用して、相対Kdを計算した。
抗体Ab 018:抗体Ab 018は、ELISAにより測定したところ、群1の株(H1(A/Solomon Islands/3/2006)、H5(A/Vietnam/1203/2004)、およびH9(A/Hong Kong/1073/99))、および少なくとも1つの群2の株(H7(A/Netherlands/219/2003)に対してピコモル単位の結合アフィニティーを有するが、少なくとも1つのH3の株(A/Wyoming/03/2003)に対してピコモル単位の結合アフィニティーを有さないことが見出された。表5を参照されたい。
表5: 抗体結合アッセイ

VLB=「極めて低度な結合」
Ab 018はまた、A/Brisbane/10/2007に由来するH3にも高アフィニティーで結合する。結合アフィニティーは、H7 HAと同等であった。用量範囲を拡張することにより、A18のA/Wyoming/03/2003への低アフィニティーの結合が明らかとなった(図5)。
Ab 018はまた、HAおよび無傷ウイルスのいずれにも高アフィニティーで結合する(図6)。したがって、Ab 018が結合するエピトープは、切断型HAおよび非切断型HAの両方において提示される。
抗体Ab 004、Ab 005、Ab 031、Ab 032、Ab 037、およびAb 038:ELISAにより決定される、選り抜きの抗体(Ab 004、Ab 005、Ab 031、Ab 032、Ab 037、およびAb 038)の結合アフィニティーを、下記の表6に示す。
表6: 抗体結合アッセイ
抗体Ab 014およびAb 028:ELISAアッセイにより測定される通り、抗体Ab 014およびAb 028は、広範な特異性を有することが見出された(図10A〜10Dを参照されたい)。
抗体Ab 044:ELISAにより測定したところ、抗体Ab 044の、群1の株(「H1aクラスター」(H1(A/Solomon Islands/20/1999、A/Puerto Rico/8/34)、H2(A/chicken/PA/2004)、H5(A/Vietnam/1203/2004));「H9クラスター」(H9(A/Hong Kong/1073/1999、A/Guinea fowl/HK/WF10/99));「H1bクラスター」(H16(A/black headed gull/Mongolia/1756/2006)))および群2株(「H3クラスター」(H3(A/Brisbane/10/2007、A/New York/55/2004、A/Wyoming/3/2003、A/Wisconsin/67/2005、A/Moscow/10/1999、A/Perth/16/2006、A/Uruguay/716/2007));「H7クラスター」(H7(A/Netherlands/219/2003)))を含む、異なる群、クレード、および亜型の様々なインフルエンザ株に由来するヘマグルチニン(HA)に対する結合アフィニティー(Kd)は、500pM未満であることが見出された。
ELISAにより測定される通り、抗体Ab 044の、B型インフルエンザ(B/Wisconsin/1/2010)に由来するHAに対する結合アフィニティー(Kd)もまた、500pM未満であることが見出された。
(実施例3)
表面プラズモン共鳴(SPR)により測定される、抗HA抗体Ab 032の、多様なインフルエンザ株に由来するヘマグルチニンへの結合
GE Biacore(商標)Biotin CAPture Kit(Amersham Biosciences、Pittsburgh、PA)を使用して、そこから2つのパートナーの間の解離定数(K=koff/kon)が得られる、オン速度(kon)およびオフ速度(koff)を測定することに成功した。具体的には、Biacore(登録商標)3000(Amersham Biosciences、Pittsburgh、PA)上の表面プラズモン共鳴を使用して、Ab 032の、Protein Sciences(Meriden、CT)製の、化学量論比未満でビオチニル化および固定化されたH3(A/Brisbane/10/07)ヘマグルチニン、H7(A/Netherlands/219/03)ヘマグルチニン、H1(A/California/07/09)ヘマグルチニン、およびH5(A/Vietnam/1203/2004)ヘマグルチニンに対する相互作用を評価した。キットは、その表面が一本鎖DNAで共有結合的に修飾されたチップを含有する。キットはまた、ハイブリダイゼーションを介して表面に捕捉される、ストレプトアビジンで修飾された相補的なDNAも含有する。組み込まれなかったビオチンを除去するために、2つのZeba Spin Desalting Columns and Devices 7k MWCO(Thermo Fisher Scientific、Rockford、IL)を流過させたビオチニル化ヘマグルチニン標的を、所望のRUレベル(フローセル2、3、または4上に約100RUずつの異なるヘマグルチニンリガンド)で適用した。ビオチニル化標的リガンドは、高度の非共有結合的ビオチン−ストレプトアビジン間相互作用により固定化し、標的リシンの、ビオチンの活性化NHSエステル(型番21338;EZ−Link Sulfo−NHS−LC−LC−Biotin;Thermo Fisher Scientific製;Rockford、IL)による修飾を、ヘマグルチニンの約72kDaの単量体に対する化学量論比未満で実施して、均一のリガンド提示の一助とした。反応速度パラメータは、二重基準除外および実験前に40%グリセロールで標準化した、チップをドッキングさせた質量移動モデルによる1:1結合を使用して、濃度を増大させるAb 032抗体解析物の逐次的な30μL/分にわたる注入(500秒間分のオン速度データを近似するための)および注入を停止したときの減衰データの蓄積(1200秒間分のオフ速度データを近似するための)により作成される4つ以上の曲線の全域的近似に基づいた。Ab 032のためのランニング緩衝液および希釈剤は、3mMのEDTA(pH8.5)および0.005%のSurfactant P−20(GE型番BR−1000−54;Amersham Biosciences、Pittsburgh、PA)中に1倍濃度のPBS(Gibco(登録商標);Life Technologies Corporation、Grand Island、NY)であった。BIAevaluationソフトウェア(バージョン4.1.1)を、屈折率を0に設定し、Rmaxを局所近似し、質量移動による1:1結合を援用する「Kinetics Simultaneous ka/kd・・・」モジュールにおいて使用した。データは、処理の前に、基準フローセル(ストレプトアビジン表面は含有するが、ヘマグルチニンは含有しない)に由来するシグナルを、対象のヘマグルチニンを含有するフローセルに由来するシグナルから除外する「二重基準除外」にかけ;次いで、このセット内の曲線から、ランニング緩衝液注入(抗体を伴わない)に由来する曲線を除外した。次のAb 032濃縮液注入のために新鮮なDNA−ストレプトアビジンおよびビオチニル化ヘマグルチニン標的を適用する次のサイクルの前に、0.25MのNaOHおよび6Mのグアニジン−HClの注入を伴うDNA変性により表面を再生した。3回のブランク注入によるフルランサイクルを実施した後、低〜高濃度のAb 032解析物によるフルランサイクルを実施し、3回目のブランク注入を、ハイブリダイズしたDNA−ストレプトアビジンコンジュゲートを含有するが、ビオチニル化材料を投入されていないフローセル1を使用する二重基準除外に使用した。
Ab 032抗体解析物の結合を、化学量論比未満でビオチニル化および固定化されたヘマグルチニンのH7 Netherlands標的に対して測定した。8nM〜0.5nMにおけるAb 032の2倍の系列希釈を、沈着させた85RUのH7に対して使用した。
別個の実験では、Ab 032抗体解析物の結合を、化学量論比未満でビオチニル化および固定化されたヘマグルチニンのH1 California 07標的に対して測定した。8nM〜0.5nMにおけるAb 032の2倍の系列希釈を、沈着させた111RUのH1に対して使用した。
結果を、下記の表7に示す。
表7: SPRにより測定されるAb 032の結合アフィニティー
Ab 032がH5 Vietnamと相互作用するときのオフ速度(koff)は極めて遅いので、Biacore測定規格(<5×10−6−1)の範囲外にはずれ、したがって、表7では該当なし(NA)と表示する。解離定数(K)は、オフ速度をオン速度で除することにより決定するので、Kもまた、NA表示を施される。
(実施例4)
抗HA抗体のin vitroにおける抗ウイルス活性
MICアッセイ、CPEアッセイ、およびqRT−PCR
最小阻止濃度(MIC)を決定するために、抗体を試験にかけた。A18がH3の株(A/Wyoming/03/2003)に結合しないことを指し示すELISAアッセイ(実施例2に示した)の結果にもかかわらず、A18は、in vitroのMICアッセイにおいて、H1N1(PR8)および異なる株であるH3N2(X−31)のいずれの株も中和した。A18のPR8に対するMICは、約26μg/mLであり、A18のX−31に対するMICは、約421μg/mLであった。
表6において記載されている抗体もまた、in vitroにおいて、H1N1ウイルスおよびH3N2ウイルスを中和した。下記の表8を参照されたい。
表8: MICアッセイの結果
細胞変性効果(CPE)アッセイでは、10μg/mLおよび50μg/mLのA18が、X−31感染のほぼ完全な阻害を裏付けたのに対し、10μg/mLおよび50μg/mLのAB1抗HA対照抗体は、X−31感染の阻害をほとんどまたは全く示さなかった(図4)。AB1は、HA三量体のステム領域に結合する。
qPCRアッセイによるX−31のウイルスRNAの定量化は、A18のIC50が、10μg/mLより著明に低い可能性が高いことをさらに指し示した。
RT−PCR実験は、A18が、Vic75(IC50=2μg/mL)、X−31(IC50=0.4μg/mL)、およびBris07(IC50=約7μg/mL)を含む複数のH3N2株を中和しうることを明らかにした。
目視アッセイおよびNeutral Redアッセイ
Ab 032のin vitroにおける中和可能性の外部検証は、目視アッセイおよびNeutral Redアッセイにより確認した。
略述すると、抗体を、50μg/mLのゲンタマイシンを伴うMEM溶液中で調製した。最高濃度としての500μg/mLで始めて、半対数希釈液を調製し、各々を、コンフルエント状態にあるMDCK細胞を伴う96ウェルプレート上の5ウェルずつに添加した。各希釈液の3つずつのウェルに低力価のウイルスを感染させ、2つずつのウェルは、毒性対照として感染させずにおいた。プレートは、ウイルス対照ウェルが、最大細胞変性効果(CPE)に達するまで、3〜6日間にわたりインキュベートした。プレートは、CPEの目視による評定を介して査定するか、またはNeutral Red色素で約2時間にわたり染色し、次いで、上清色素をウェルから除去し、組み込まれた色素を、50:50のSorensenクエン酸緩衝液/エタノール中で抽出し、次いで、光学濃度(O.D.)を、分光光度計上で読み取った。次いで、O.D.を、細胞対照に照らしたパーセントに変換し、ウイルス対照に照らして標準化し、次いで、CPEを50%だけ阻害するのに要請される被験化合物の濃度(EC50)を、回帰分析により計算した。ウイルスの非存在下で50%のCPEを引き起こす化合物の濃度(CC50)も同様に計算した。選択性指数(SI)とは、CC50をEC50で除したものである。
結果を下記の表9に示す。
表9: Ab 032についての目視アッセイおよびNeutral Redアッセイの結果

SIとは、選択性指数(CC50:EC50)である
in vitroにおけるAb 044の抗ウイルス効果もまた、上記で記載したアッセイにより検討した。結果を表10に示す。in vitroにおいて、Ab 044は、in vitroにおける、群1および群2の全ての被験ウイルス株に対する、0.3〜6.8ug/mlの範囲のEC50による、用量依存的なウイルスの阻害を裏付けた。
表10: Ab 044についてのNeutral Redアッセイの結果

接種:ウェル1つあたりのウイルスの50%細胞培養物感染用量(CCID50)
CC50=ウイルスを添加しない場合の、化合物の50%毒性濃度(μg/mL)
EC50=50%抗ウイルス有効濃度(μg/mL)
SI=CC50/EC50
マウス適応株
(実施例5)
in vitroにおける薬物耐性アッセイ
H1N1インフルエンザ株であるPR8の、本明細書で記載される抗インフルエンザHA標的化抗体への持続的曝露の後で、薬物耐性の出現を査定した。略述すると、コンフルエントのMDCK細胞に、96ウェルプレートフォーマットで感染させる前に、PR8を、抗体と共に、IC50で、40分間にわたりプレインキュベートした。感染は1時間にわたり生じさせ、その時点で、抗体およびウイルスを含有する培地を除去し、抗体をIC50で含有するウイルス非含有培地で置きかえた。37℃、5%COにおけるインキュベーションの48時間後、上清を除去し、ウイルスのMタンパク質に対して特異的なプライマーを使用するリアルタイムPCRにより、ウイルス力価を定量化した。滴定したら、ウイルス上清を希釈し、IC50で薬物を伴うプレインキュベーションの後に、同じPFU/mLでMDCK細胞に再感染させるのに使用した。各ラウンドの再感染を薬圧下で持続させるので、耐性集団について選択する可能性が増大する。C179は、HAのステム領域を標的とする公知の抗インフルエンザ剤である(Okunaら、J Virol、1993年)ので、対照薬剤として査定した。
2つの対照抗HAステム抗体であるAB1およびC179(Takara)を使用する例を図11に示す。いずれの抗体の濃度も、1μg/mL(両方の抗体に対する出発IC50レベル)で維持した。C179の存在下ではあるが、AB1の非存在下における5ラウンドの継代培養の後、PR8ウイルス力価が回復したことから、所与の条件下において、PR8は、AB1による阻害からエスケープするように耐性であるが、C179による阻害からエスケープするように耐性ではないことが示唆される。
AB1およびC179のいずれも、MDCK細胞内のPR8の繁殖を阻害したが、C179による処置を伴う5ラウンドの継代培養ではこの阻害が失われたのに対し、AB1による処置では保持された。薬物を伴い継代培養されたPR8をプラーク精製して、10のプラークを単離し、これをHAについて配列決定して、AB1が少数の耐性集団も発生させないことを確認した。
これらの結果は、AB1による細胞の処置が、少なくとも5ラウンドの感染にわたり、エスケープ変異体の産生を防止することを指し示した。
(実施例6)
抗HA抗体によるH5媒介型細胞融合の阻害
Ab 032およびAb 044を、細胞間融合を遮断するそれらの能力について査定した。略述すると、アッセイは、H5(Viet04)を安定的に発現させ、提示するHEK293細胞を利用する。膜アンカーヘマグルチニンは、低pH(5.0)への短時間の(3分間)曝露により、融合コンフォメーションに転換されるように誘導することができる。続いて、3時間のインキュベーション時間を施し、細胞を戻し、融合させて、合胞体を形成させる。核染色を使用して、これらの融合産物の造影の一助とすることができる。それらのカウントを、融合活性の測定基準として使用する。被験抗体を、低pH処理の前または後に添加して、融合過程のどの段階で抗体が干渉するのかを決定する。
3分間にわたる低pH(5.0)または中性pH(7.0;対照)による、HAのその融合コンフォメーションへの誘導の1時間前またはその直後に、Ab 032またはAb
044を、表示されるレベルで、表面のH5(Viet04)を提示するHEK293細胞の96ウェルプレート培養物に添加した。細胞融合を刺激する3分間にわたる誘導の後、緩衝液を、完全培養培地(pH7.4)で置きかえ、2〜3時間のインキュベーション時間において、細胞を戻し、融合させた。低pHによる融合の誘導または中性pHの対照緩衝液による処置の前または後に、細胞培養物を、0、10、もしくは100μg/mLのAb 032、または0、0.2、0.78、3.13、12.5、もしくは50μg/mLのAb 044で処置した。次いで、細胞を固定し、それらの核をHema−3で染色した。細胞融合の程度は、顕微鏡のレンズ(20倍)下で観察される、視野1つ当たりの合胞体数により測定した(図15)。
図15に示す通り、Ab 032は、低pHによるHAの活性化の前に細胞培養物に添加される場合に限り、細胞融合を阻害するのに有効である。
図18に示す通り、HA−発現細胞間の合胞体の形成は、Ab 044の前処置により、用量反応的な形で阻害された。結果は、Ab 044は、低pHの緩衝液への曝露の前に存在する場合、おそらく、HAに結合し、その活性/融合性コンフォメーションへの変換を防止することにより、HA媒介型融合を遮断することが可能なことを指し示した。Ab044は、H1N1ウイルスによるtRBCの凝集反応は阻害しない。
(実施例7)
マウス共感染モデルにおける抗HA抗体の予防効果および治療効果
Ab 032およびAb 028の治療的投与は、H1N1およびH3N2で感作されたマウスをレスキューした。
in vivoにおける抗HA抗体の効果を調べるため、共感染のマウスモデルを使用した(McCullers、「Effect of Antiviral Treatment on the Outcome of Secondary Bacterial Pneumonia after Influenza」、Jour. Infect. Dis.、190巻:519〜526頁、2004年)。略述すると、0日目に、マウスにイソフルラン下で麻酔をかけ、容量50μLのPBS中に1匹当たり100PFUのインフルエンザH1N1で鼻腔内感作した。ウイルス感染後の7日目に、マウスにイソフルラン下で麻酔をかけ、容量50μLのPBS中に1匹当たり200CFUの用量のStreptococcus pneumoniaeで鼻腔内感作した。動物には、表11に表示される日に、200μLの容量で、腹腔内(IP)処置により、薬物を投与した。麻酔レジメンは、疾患状態に寄与しうるため、いずれの感染ステップにおいても全てのマウスに麻酔をかけた。ウイルス負荷を決定するために、ウイルス感染後4日目に肺を摘出し、細菌負荷を決定するために、ウイルス感染後11日目にも肺を摘出した。肺は、全ての試料が、ウイルス負荷および微生物負荷のそれぞれについて解析されうるような時点まで、−80℃で保管した。動物の体重およびボディコンディションスコアは、毎日記録した。動物は、立毛など、疾病の身体的指標と共に、無視できない体重の減少(>20%)が生じたら、安楽死させた。
実験デザインの概略を、下記の表11に提示する。陰性対照群は、共感染させたが、PBS以外の薬剤を施さなかった。H1N1の公知の阻害剤であるリバビリンを、抗ウイルス活性についての陽性対照として使用した。Streptococcus pneumoniaeの公知の阻害剤であるアジスロマイシンを、抗菌活性についての陽性対照として使用した。Ab 032は、予防として、感染の24時間前に、10mg/kgの単回投与で投与するか、または治療として、感染の48時間後に、10mg/kgの単回投与で投与した。10mg/kgのAb 028は、治療として、感染の48時間後に、単回投与で投与した。
表11: マウス共感染モデルの実験デザイン
生存曲線を作成して、実験の転帰について記載した。リバビリンによる処置が、動物を死亡からレスキューできなかったのに対し、Ab 028による治療は、100%の生存を結果としてもたらした(図16)。予防または治療としての、10mg/kgのAb 032は、直接的な抗菌阻害活性を含まないにもかかわらず、マウスのうちの80%を、肺炎球菌による二次感染に起因する死亡から防御した(図9A、9B、および9C)。
まとめると、Ab 028およびAb 032は、ウイルス誘導性の損傷に影響を及ぼしうるだけでなく、また、Streptococcus pneumoniaeなどに由来する二次感染、日和見細菌感染に由来する合併症も予防する。
(実施例8)
H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルにおける、抗HA抗体AB1およびA18の予防有効性および治療有効性
抗HA抗体AB1およびA18の予防有効性および治療有効性を、H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルにおいて、実施例10において記載されているのと本質的に同じ様式で探索した。
結果を図7A〜7Bに示す。AB1およびA18は、10mg/kgで、感染の48時間後にマウスに投与したところ、H1N1(PR8)に対して有効であった(図7A)。
A18はまた、マウスに10mg/kgで予防としてまたは感染の48時間後に投与したところ、H3N2(Vic75)に対しても有効であった(図7B)。
(実施例9)
H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルにおける、抗HA抗体Ab 028、Ab 031、およびAb 032の予防有効性および治療有効性
抗HA抗体Ab 028、Ab 031、およびAb 032の予防有効性および治療有効性を、H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルにおいて、実施例10において記載されているのと本質的に同じ様式で探索した。
結果を図8A〜8Bに示す。図8Aは、感染の48時間後にHA抗体治療を投与されたH1N1感染マウスの生存時間を指し示す。図8Bは、感染の48時間後にHA抗体治療を投与されたH3N2感染マウスの生存時間を指し示す。
(実施例10)
H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルにおける、抗HA抗体Ab 044の予防有効性および治療有効性
薬剤Ab 044の治療および予防の両方としての潜在的可能性を探索するために、H1N1およびH3N2致死マウスモデルにおいてin vivo実験を実施した。用量反応デザインを利用して、治療有効性に要請される薬物の最小量を弁別した。本明細書では、場合によって、Ab 044を、G044、G44、またはAb044と称する。
略述すると、H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルのいずれも、1匹当たり100PFUのPR8および1匹当たり10,000PFUのVictoriaの感作投与による致死モデルであった。マウスにイソフルラン下で麻酔をかけ、50ulのウイルス性懸濁液で鼻腔内(IN)感作した。動物には、薬剤を、200ulの容量で、(a)感染の1日前に予防として、(b)感染の2日後に治療として、または(c)感染の3日後に治療として、腹腔内投与した。動物の体重および外見を毎日記録した。動物は、疾病を指し示す高値のボディコンディションスコアと共に、無視できない体重の減少(>20%)が生じたら、安楽死させた。プラークアッセイによりウイルス負荷を決定するために、感染の4日後に、一部の動物から肺を摘出した。加えて、8日目に、肺を、組織学的検討にもかけた。研究は、以下の通りに完結させた(表12)。
表12: 実験デザイン
結果の概要
H1N1(A/Puerto Rico/08/1934;群1のウイルス)またはH3N2(A/Victoria/03/1975;群2のウイルス)に対するインフルエンザ感作致死モデルにおいて、治療的に投与する場合、10mg/kg(感染の48時間後)または20mg/kg(感染の72時間後)のAb 044の単回注射は、マウスの100%の生存(1アーム当たりのn=5)をもたらす。生存は、ウイルス力価の降下、およびウイルスにより誘導される体重の喪失およびボディコンディションスコアの低減を含む副次的計量と相関する。
H1N1(A/Puerto Rico/08/1934)またはH3N2(A/Victoria/03/1975)に対するインフルエンザ感作致死モデルにおいて、予防的に投与する場合、最大で10mg/kg(感染の24時間前)のAb 044の単回注射は、マウスの100%の防御(1アーム当たりのn=5)をもたらす。生存は、ウイルス力価の降下、およびウイルスにより誘導される体重の喪失およびボディコンディションスコアの低減を含む副次的計量と相関する。
詳細な実験結果を、下記に提示する。
H1N1の結果
視覚的な手がかり:動物を、疾病の徴候(逆毛、うずくまり)について、毎日モニタリングした。目視スコアは、群の平均を反映する(ここで、点のマーカーを伴わない直線は、回復しつつある生存マウス(複数可)の平均を反映する)。
H1N1で感作されたマウスは、予期した通り、感染の3日後に病的な外見を呈し、7日目に安楽死させた。H1N1で感作され、リバビリンで処置されたマウスは、疾病の徴候をほとんど呈示せず、完全に回復した。感作の1日前に2.5mg/kgまたは10mg/kgのAb 044で処置されたマウスは、疾病の徴候を呈示しなかった。感作の1日前に0.6mg/kgのAb 044で処置されたマウスは、疾病の徴候を呈示したが、60%が回復した。
薬剤Ab 044は、感染の2日後に、用量反応的に投与した。10mg/kgを施された動物が、疾病の徴候をほとんど呈示しなかったのに対し、2.5mg/kgまたは0.6mg/kgを施された動物は、高度に病的となり、いずれの群でも何匹かの死亡がカウントされた。薬剤Ab 044はまた、感染の3日後に、20mg/kgでも投与したが、これらの動物は、治療から利益を得、6日目に処置された動物と処置されなかった動物との間の差違は明らかとなり、7日目までに完全に回復した。
動物はまた、体重の減少についてもモニタリングした。体重変化は、群の平均を反映する(ここで、点のマーカーを伴わない直線は、回復しつつある生存マウス(複数可)の平均を反映する)。
H1N1で感作されたマウスは、予期された通り、7日目までに体重を>20%減少させ、安楽死させた。感作されたが、75mg/kgのリバビリンで1日1回3日間にわたり処置されたマウスは、<10%の体重の減少を呈示したが、回復した。感作の1日前に2.5mg/kgまたは10mg/kgのAb 044で処置されたマウスは、体重の減少を呈示しないか、または時間経過にわたり体重を増加させた。0.6mg/kgのAb
044による予防で処置されたマウスは、体重を実質量減少させ、5匹の動物のうちの3匹が、体重を≧16%減少させ、5匹の動物のうちの2匹は、安楽死させた(図19A)。
Ab 044による治療は、用量反応的に投与した。10mg/kgを施された動物は、10%の体重の減少を呈示し、回復した。2.5mg/kgを施された動物は、体重を実質的に減少させ、5匹の動物のうちの4匹が、体重を>16%減少させ、3匹の動物は、安楽死させた。0.6mg/kgを施された動物のうちの1匹を除く全ての動物は、体重を>20%減少させ、安楽死させた(図19B)。
まとめると、感作の1日前におけるAb 044による予防は、≧2.5mg/kgで投与したところ、H1N1感染による死亡を防止した。感染の2日後におけるAb 044による治療は、10mg/kgで投与したところ、マウスを死亡からレスキューしたが、感染の3日後における20mg/kgのAb 044による治療は、完全に有効であった。
ウイルス負荷:H1N1感染の4日後における肺ウイルス負荷を、単一のプラークアッセイにより評価した(表13)。3つの群:リバビリン、10mg/kgのAb 044による予防、および2.5mg/kgのAb 044による予防における、肺ウイルス負荷の低減は、予期したよりも実質的に大きかった。試料中のウイルス負荷は、反復プラークアッセイにより確認し、次いで、qPCRにより再度確認し(データは示さない)、これにより、本明細書で報告する。
表13: H1N1 PR8による感作の4日後のマウスにおける肺ウイルス負荷
処置群の間で比較を行って、肺ウイルス負荷の低減の有意性を評価した。有意性(p<0.05)は、マン−ホイットニーのU検定により決定した。全ての処置アームにおける肺ウイルス負荷は、非処置群と異ならない、48時間後における0.6mg/kgのAb
044による治療を例外として、非処置群における肺ウイルス負荷と異なった。
H3N2の結果
視覚的な手がかり:動物を、疾病の徴候(立毛、うずくまり)について毎日モニタリングした。
H3N2で感作されたマウスは、予期した通り、感染の3日後に病的な外見を呈し、7日目に安楽死させた。H3N2で感作され、リバビリンで処置されたマウスは、予期された通り、疾病の徴候を呈示せず、完全に回復した。感作の1日前に10mg/kgのAb
044で処置されたマウスは、疾病の徴候を呈示しなかった。
薬剤Ab 044は、感染の2日後に、用量反応的に投与した。≧2.5mg/kgで治療を施された動物は、疾病をほとんど呈示せず、完全に回復した。0.6mg/kgで治療を施されたマウスは、非処置群におけるマウスと識別不可能であり、重度の疾病を伴い、7日目までに安楽死が要請された。薬剤Ab 044はまた、感染の3日後に、20mg/kgでも投与した。これらの動物は、治療から利益を得、4日目に処置された動物と処置されなかった動物との間の差違は明らかとなり、6日目までに完全に回復した。
動物はまた、体重の減少についてもモニタリングした(図20A〜20B)。
全てのH3N2で感作されたマウスは、5日目までに体重を>10%減少させ、体重の減少が>20%となった7日目に安楽死させた。感作されたが、75mg/kgのリバビリンで1日1回3日間にわたり処置されたマウスは、<10%の体重の減少を呈示したが、回復した。感作の1日前に10mg/kgのAb 044で処置されたマウスは、時間経過にわたり体重を増加させた(図20A)。
Ab 044による治療は、用量反応的に投与した。10mg/kgを施された動物は、≦10%の体重の減少を呈示したが、回復した。2.5mg/kgを施された動物は、体重を>10%減少させたが、回復した。0.6mg/kgを施された動物は、体重を>20%減少させ、安楽死させた(図20B)。
ウイルス負荷:H3N2感染の4日後における肺ウイルス負荷を、単一のプラークアッセイにより評価した(表15)。
表15 H3N2による感作の4日後のマウスにおける肺ウイルス負荷
処置群の間で比較を行って、肺ウイルス負荷の低減の有意性を評価した。有意性(p<0.05)は、マン−ホイットニーのU検定により決定した。全ての処置アームにおける肺ウイルス負荷は、2つのアームを例外として、非処置群における肺ウイルス負荷と有意に異なった。2.5mg/kgまたは0.6mg/kgのAb 044による治療の48時間後における肺ウイルス負荷は、非処置群と異ならなかった。
in vitro活性とin vivo活性との相関
薬剤Ab 044は、H1N1 PR8およびH3N2 X31に対する再現可能なin vitro活性を呈示した(表17)。
表17: CPEにより測定される薬剤Ab 044のin vitro活性
いずれのモデルにおいても、in vitro活性は、in vivo活性に変換された。4日目における肺ウイルス負荷は、感染状態のスナップショットを提示し(図21A〜21B)、Ab 044による多様な処置戦略に帰せられるウイルス負荷の著明な(p<0.05)低減を裏付けた。
感染の第2のスナップショットは、組織学的検討のために8日目に肺を摘出したときに収集した(表14および16)。感作の1日前における、10mg/kgのAb 044による予防としての投与は、H1N1感染に帰せられる壊死および炎症の重症度を実質的に低下させた。感染の2日後における10mg/kgのAb 044の治療的投与は、H1N1感染またはH3N2感染に帰せられる肺の微細構造の破壊に対して明らかな効果を及ぼさなかった。Ab 044による予防および治療のいずれも、インフルエンザ感染と関連する炎症および壊死を、目視可能に低減することが予測された。これに対し、感染に先立つAb 044の送達は、それによる白血球の動員ならびに結果としてもたらされる炎症および壊死を伴うサイトカインカスケードを変化させるが、感染後におけるAb 044の送達が転帰に及ぼす影響は最小限であるようなタイミングの成分が存在すると考えられる。
H1N1モデルについて作成された生存曲線:Ab 044による予防は、致死感作にもかかわらず、感染の1日前に≧2.5mg/kgで投与したところ、100%の生存を結果としてもたらした(図22A)。致死感染させた動物の100%の生存が、感染の2日後における10mg/kgのAb 044による治療、または感染の3日後における20mg/kgのAb 044による治療について観察された(図22B)。
H3N2モデルについて作成された生存曲線:10mg/kgのAb 044による予防は、100%の生存を結果としてもたらした(図23A)。致死感染させた動物の100%の生存が、感染の2日後における≧2.5mg/kgのAb 044による治療、または感染の3日後における20mg/kgのAb 044による治療について観察された(図23B)。
まとめると、Ab 044は、H1N1マウスモデルおよびH3N2マウスモデルのいずれにおいても有効であった(表18)。2.5mg/kg以上のAb 044による予防の投与は、H1N1モデルにおける100%の生存を結果としてもたらし、H3N2モデルにおける100%の生存もまた達成する用量である可能性が高かろう。感染の48時間後における、H1N1感染に対する10mg/kgのAb 044およびH3N2感染に対する≧2.5mg/kgのAb 044による治療の投与は、100%の生存を達成した。感染の3日後における20mg/kgのAb 044による治療の投与は、H1N1感染動物およびH3N2感染動物の100%をレスキューした。
表18: 致死マウスモデルにおける薬剤Ab 044のin vivoの有効性
(実施例11)
高病原性トリA型インフルエンザウイルスマウスモデルにおける、抗HA抗体Ab 044の予防有効性および治療有効性
高病原性トリA型インフルエンザH5N1マウスモデルにおけるその有効性を決定するために、Ab 044を試験にかけた。
この研究の目的は、Ab 044の予防的投薬レジメンおよび治療的投薬レジメンの両方を、有効性について査定することであった。評価されるパラメータ/エンドポイントは、体重の減少(21日間にわたり毎日評価した)、ウイルスへの曝露後4日目における肺ウイルス力価の低減、および死亡率を含んだ。
材料および方法
動物:本研究のための17〜20gの雌BALB/cマウスは、Charles River Laboratories(Wilmington、MA)から得た。マウスは、Wayne Lab Bloxにおいて、水道水の不断施与で維持した。マウスは、使用前に、24時間にわたり検疫した。
ウイルス:A型インフルエンザ/Vietnam/1203/2004(H5N1)ウイルスは、Centers for Disease ControlのJackie Katz博士から恵与された。致死用量のウイルス(5MLD50、マウス1匹当たり5PFU)に曝露されたマウスは一般に、8〜13日目に死ぬ。
実験デザイン:マウス群に、Ab 044を、ウイルスへの曝露の24時間前に1回(1日1回(qd))、20、10、または5mg/kgのAb 044用量で腹腔内(i.p.)投与した。これらのマウスのうちの5匹は、4日目に屠殺して、観察可能な全体的肺病態の範囲、肺重量を増大させる形態の肺浮腫の範囲を決定し、肺ウイルス力価を決定した。残りのマウスは、ウイルスへの曝露後21日目まで、死亡率または有害事象について観察した。13匹のマウスは、ウイルスへの曝露の24時間後に20mg/kgのAb 044で処置し、13匹のマウスは、ウイルスへの曝露の48時間後に20mg/kgのAb 044で処置し、各群から4匹ずつのマウスは、上記で記載した通り、ウイルスへの曝露後4日目に屠殺し、残りのマウスは、死亡または有害事象を観察するために、ウイルスへの曝露後21日目まで保持した。さらなる7匹のマウスには、1日当たり30mg/kgのオセルタミビルを、時点0で始めて、1日2回5日間にわたり(bid×5)施し、ウイルスへの曝露後21日目まで、死亡率または有害事象について観察した。20匹のマウスはまた、ウイルスへの曝露の48時間後に、PSSで処置し、これらのうちの5匹は、4日目に、肺力価のために屠殺した。これらのマウスは、プラセボ対照を表した。マウスは、ウイルスへの曝露の直前に始めて、21日目まで、または死亡するまで毎日秤量した。
肺ウイルス力価の決定:各マウスの肺をMEM溶液中でホモジナイズし、3連で、MDCK細胞内の感染性ウイルスについてアッセイした。各被験群に由来する試料を3連で滴定した。
統計学的解析:動物の体重の正規性は、ダゴスティーノおよびピアソンのオムニバス正規性検定により評価した。体重データはガウス分布に近似するという知見に基づき、二元分散分析に続いて、各処置群をプラセボ処置と比較するためのボンフェローニの事後検定を使用する対応のある比較を行うことにより、統計学的推定を行った。カプラン−マイヤーの生存曲線法およびログランク検定を使用して、生存解析を行った。この解析は、処置群間の有意差を明らかにした。したがって、生存曲線の対応のある比較(PSS対任意の処置)を、ゲーハン−ブレスロウ−ウィルコクソン検定により解析して、どの処置群がプラセボ群と有意に異なるのかを決定し、相対的有意性を、ボンフェローニ補正による有意性閾値に照らして、なされる処置の比較の数について調整した。
処置マウスの群が、どのくらい急速に死亡するのかを、非処置対照マウス群に照らして比較するハザード比(HR)は、上記で使用した生存解析プログラム(GraphPad
Prism(登録商標);MAC v5対応型)の一部としてのマンテル−ヘンツェル検定により決定した。クルスカル−ワリス検定に続いて、有意な対応のある比較を査定するためのダンの事後検定を使用して、処置群マウスとプラセボ処置マウスとの、死亡までの平均日数の有意差を検出した。処置群についての生存マウス/全マウスの比の差違は、分割表解析を使用して解析し、プラセボ処置群に照らした対応のある比較は、フィッシャーの正確検定により行った。
各処置群に由来する肺ウイルス力価は、等分散および正規分布を仮定する、対数変換値に対する分散分析を使用して、非処置対照と比較した。P<0.05における有意性は、全ての処置についてのANOVA分析により達成し、次いで、ニューマン−クールズの対応のある比較検定を使用して、個々の処置による値を、PSS対照と比較した。
結果の概要
H5N1(A/Vietnam/1203/2004;群1のウイルス)に対するインフルエンザ感作致死モデルにおいて、治療的に投与する場合、10〜20mg/kg(感染の24時間前)または20mg/kg(最大で感染の72時間後)のAb 044の単回注射は、マウスの100%の生存(1アーム当たりのn=5)をもたらす。生存は、ウイルス力価の降下、およびウイルスにより誘導される体重の喪失およびボディコンディションスコアの低減を含む副次的計量と相関する。この同じ実験において、1日2回5日間にわたり投与された30mg/kgのオセルタミビルが結果としてもたらす生存は60%に過ぎなかった。
10mg/kgのAb 044で処置されたマウスを、14日間にわたり観察した。Ab 044処置マウスは、体重も減少させず、目視可能なストレスの徴候も示さなかった。8日目に摘出された肺について、組織学的解析を実施し、観察された壊死または炎症の徴候に基づき組織を評定した。Ab 044で処置されたマウスの組織では、壊死も炎症も観察されなかった。
詳細な実験結果を、下記に提示する。
結果
図24に示される体重データは、Ab 044で処置されたマウスが、これらの処置マウスの出発体重と比較して有意量の体重を減少させなかったので、化合物が、感染マウスにおいても良好に忍容されたことを示唆する。加えて、Ab 044処置された感染マウスは、使用された投薬レジメンにかかわらず、ウイルスへの曝露後7〜12日目において使用されたAb 044の全ての濃度で、ウイルス感染に起因する体重の減少に対して有意に防御された(図24、表19;P<0.01〜P<0.001)。この一般化に対する唯一の例外は、ウイルスへの曝露後12日目に1日当たり5mg/kg(−24時間で始めてqd×1)のAb044で処置されたマウス群であった。体重の減少が見られないことについてとりわけ注目すべきは、20mg/kgの用量で処置されたマウスは、体重を全く減少させず、大半のマウスはなお、実験の終了時までに、体重を、それらの出発体重と比較して増大させた事実であった。これは、20mg/kgのAb 044を施されたマウス全てが、ウイルスへの曝露後において感染を免れた事実と極めてよく相関する(図25)。実際、Ab 044を施された各処置群では、有意数(90〜100%)のマウスが、使用された用量および処置レジメンにかかわらず感染を免れた(P<0.0001)。
オセルタミビルで処置されたマウスのうちで感染を免れたのは60%だけであるが、この生存率は、感染非処置マウス群と有意に異なった(P=0.0055)。かつて、H5N1感染マウスを、1日当たり30mg/kgのオセルタミビルで、本研究で施される5日間ではなく、8日間にわたり処置したとき、長期間にわたり処置されたマウスのうちの90〜100%は、ウイルス感染を免れ、体重の減少もほとんどないかまたは全くなかった。過去の研究における体重の減少は、本研究において、ウイルスへの曝露後9、10、および12日目に検出される体重の減少と異なり、非処置の感染マウスの場合より有意に小さかった(図24、表19)。
興味深いことに、本研究において、オセルタミビル処置マウス群におけるマウスが、ウイルス感染に屈するのはウイルスへの曝露後9〜12日目の期間においてであった(図25)。
全生存マウスにより測定される通り、Ab 044によるマウスの処置は、マウスを死亡に対して有意に防御しただけではなく(表20;生存例/全例欄;P≦0.0019)、また、死亡の動態にも深く影響を及ぼし;Ab 044で処置されたマウスがウイルス感染で死ぬとしても、非処置の感染マウスより早く死ぬ可能性は、11〜38分の1であった(表20、ハザード比)。加えて、大半のAb 044による処置レジメンについて、各群において感染に屈した1匹のマウスは、プラセボ(PSS)群において死んだマウスと比較して1〜2日後であった(表20;死亡までの平均日数を参照されたい)。
H5N1マウスモデルでは、これらの感染に関連する現象は通常、ウイルスへの曝露後8日目以後において観察されるため、ウイルスへの曝露後4日目には、全体的肺病態も浮腫も検出されなかった。しかし、10mg/kg以上のAb 044の用量で処置されたマウスでは、肺ウイルス力価は、Ab 044がいつ投与されたのかにかかわらず有意に低減された(表21;P<0.05、P<0.01)。5mg/kgのAb 044で処置されたマウスに由来する肺ウイルス力価は、低値であったが、統計学的には、プラセボ群に由来するマウスの肺において検出される肺ウイルス力価と同様であった。
したがって、ウイルスへの曝露の24時間後の、感染の早期におけるAb 044処置による肺ウイルス力価の低減は、マウスにおけるH5N1の肺感染の、病原性の高炎症反応特徴を誘導することが可能な抗原の産生量を低減した可能性が高い(Otteら、Am
J Pathol、179巻:230〜239頁(2011年))。しかし、このマウス群についての4日目の力価は、プラセボ処置マウスのレベルに近かったので、ウイルスへの曝露の48時間後に始めた処置に由来するウイルス力価データは、この仮説に反しうると考えられる。48時間後における処置は、次の24時間にわたり、元の攻撃に対する高炎症反応を回避するのに十分な程度に低く力価を保持した可能性がある。また、48時間後〜4日後のウイルス力価アッセイの間は、化合物に、その抗ウイルス効果を及ぼすのに十分な時間がなかったが、それがマウスを死亡から防御し始める9日目までに十分な活性を有した可能性もある。
結論として述べると、2.5および10mg/kgの用量において、Ab 044は、H1N1およびH3N2のそれぞれによる致死感作からの100%の防御をもたらす。なおさらに、モノクローナル抗体を、最大で感染の72時間後に投与したとき、抗体は、感染を処置するのに完全に有効であり、H1N1ウイルス亜型およびH3N2ウイルス亜型のいずれに対しても100%の生存をもたらした。Ab 044は、使用される用量または投薬レジメン(予防レジメンまたは治療レジメン)にかかわらず、BALB/cマウスを、高病原性トリA型インフルエンザH5N1ウイルスによる極めて致死性の感染に起因する死亡に対して防御するのに極めて有効であった。なおさらに、同じAb 044による処置レジメンは、ウイルス感染に起因する体重の減少の防止においても、4日目における肺ウイルス力価の有意な低減においても極めて有効であった。
(実施例12)
抗体エピトープマッピングのための競合アッセイ
競合ELISAを使用して、モノクローナル抗体(mAb1)が、標的に結合する別の抗体(例えば、mAb2または被験抗体)の能力を変化させるのかどうかを調べる。アッセイを実施するために、96ウェル平底NUNC Maxisorpプレート(型番439454)を、1倍濃度のPBSであり、ウェル1つ当たり100μLのPBS中に2μg/mLに希釈された所望のヘマグルチニン(HA)でコーティングする。プレートは、プレートカバーで密封し、4℃で一晩にわたり静置してインキュベートさせる。次いで、プレートを、1倍濃度のPBS+0.05%のTween−20(PBST)で3回にわたり洗浄する。HAでコーティングされたプレートを、1倍濃度のPBS中に5%のBlotto(Santa Cruz Biotechnology;型番sc−2325)200μLでブロッキングし、室温で1時間にわたりインキュベートする。その後、プレートを、PBSTで3回にわたり洗浄する。次いで、100マイクロリットルのmAb1を、飽和濃度(あらかじめ決定された)でウェルに添加し、室温で2時間にわたりインキュベートする。インキュベーション後、プレートを洗浄して、結合しなかったmAb1を除去し、被験抗体(mAb2)を、PBST中に所望の出発濃度に希釈し、プレート上にロードする。プレートは、室温で2時間にわたり静置してインキュベートし、次いで、PBSTで3回にわたり洗浄し、タッピングして乾燥させる。所望の濃度の適切なHRPコンジュゲート抗体をPBST中で希釈し、100μLのHRP−抗体を、ウェル1つずつ全てのウェルにロードする。室温で1時間にわたるインキュベーションの後、プレートを、PBSTで3回にわたり洗浄する。TMB溶液(KPL;型番50−76−00)を使用前に調製し、室温まで温める。次いで、TMB溶液をプレートに添加し、96ウェルプレートリーダー(SpectraMax M2eまたは類似品)上で読み取られる、650nmにおける最大のODが、2〜3吸光度単位の間となるまで現像する。所望のODに達したら、反応を1NのHSOでクェンチングし、450nmにおけるODを読み取る。ODは、濃度の関数としてプロットし、4パラメータ近似を使用して、Kdを計算する。mAb1とmAb2との間で重複するエピトープの存在は、mAb1の存在下における、mAb2のHAへの結合の、対照ウェル内のその(mAb1)非存在下において観察される結合と比べた有意な降下により指し示されるであろう。
(実施例13)
候補抗体の作製および試験
抗体の組換え発現:
IgG1を組換え発現させるため、抗体のV領域およびV領域を、B細胞、ハイブリドーマから単離するか、または合成し、CH1−H2−H3およびCのそれぞれを含有するプラスミドにサブクローニングすることができる。抗体の組換え発現は、37℃、80%の湿度、および8%のCOで維持された293−F FreeStyle Expression Medium(Invitrogen、Carlsbad、CA)中で培養されたHEK 293−F FreeStyle懸濁液細胞(Invitrogen、Carlsbad、CA)など、哺乳動物細胞内で実行することができる。細胞(生存率を>95%とする)に、等量のHCおよびLCを含有するプラスミドを伴う、Poly−ethylene−imine Max(PEI−MAX、PolySciences)をトランスフェクトする。感染の7日間後、細胞を、4℃、4000rpmで15分間にわたりスピンすることにより細胞を摘出し、0.45μmのフィルターシステム(Nalgene)で濾過し、1:1000に希釈されたプロテアーゼ阻害剤カクテル(Calbiochem)を補充する。
プロテインA樹脂(Pierce)を充填したカラムを、AKTA Purifier
FPLCシステム上で使用して、抗体を、上清から精製する。抗体を、100mMのグリシン−HCl緩衝液(pH2.5)で溶出させ、10%の1Mトリスベースの2.5MのNaCl(pH8.5)を添加することによりpHを中性化する。次いで、精製された試料を、1倍濃度のPBS(pH7.4)に緩衝液交換し、30KDa MWCOのスピンフィルター(Millipore)を使用する限外濾過/透析濾過(UF/DF)により濃縮する。精製された抗体は、NanoDrop分光光度計を使用して定量化する。
ELISA結合アッセイ
組換えヘマグルチニンを、PBS中で2μg/mLに希釈し、100μlを使用して、96ウェルマイクロ力価プレート(Immuno(商標)Maxisorp、Nunc)をコーティングする。プレートは、4℃で一晩にわたりインキュベートする。その後、プレートを、1倍濃度のPBS+0.05%のTween−20(PBST)で3回にわたり洗浄し、次いで、1倍濃度のPBS中に5%のBlotto(Santa Cruz Biotechnology)200μLで1時間にわたりブロッキングする。次いで、プレートを、PBSTで3回にわたり洗浄し、PBST中で系列希釈された抗体を添加し、室温で2時間にわたりインキュベートする。その後、ウェルをPBSTで洗浄し、100μlの1:1000HRPコンジュゲート抗hIgG1を使用して、結合したIgG1を検出する。1時間にわたるインキュベーションの後、プレートを洗浄し、TMB溶液(KPL)を使用して反応を現像し、1NのHSOを添加することにより停止させる。450nmにおける吸光度は、SpectraMax M2eプレートリーダー上でTMBを使用して測定する。
マイクロ中和アッセイ
MDCK細胞内のインフルエンザウイルス感染性を阻害する抗体の能力を調べるため、SidwellおよびHuffmanにより記載されているプロトコールを使用して、in vitroにおける中和アッセイを実施する。略述すると、抗体を、50μg/mLのゲンタマイシンを伴うMEM溶液中に500μg/mLで始める半対数希釈液中で調製する。各希釈液を、コンフルエント細胞を伴う96ウェルプレートの5ウェルずつに添加する。各希釈液の3つずつのウェルに低力価のウイルスを感染させ、2つずつのウェルは、毒性対照として感染させずにおく。リバビリンを対照として含める。プレートは、ウイルス対照ウェルが、最大細胞変性効果(CPE)に達するまで、3〜6日間にわたりインキュベートする。次いで、プレートを、Neutral Red色素で約2時間にわたり染色し、次いで、上清色素をウェルから除去し、組み込まれた色素を、50:50のSorensenクエン酸緩衝液/エタノール中で抽出し、光学濃度を分光光度計上で読み取る。光学濃度を、細胞対照に照らしたパーセントに変換し、ウイルス対照に照らして標準化し、次いで、CPEを50%だけ阻害するのに要請される被験化合物の濃度(EC50)を、回帰分析により計算する。ウイルスの非存在下で50%のCPEを引き起こす化合物の濃度(CC50)も同様に計算する。選択性指数(SI)とは、CC50をEC50で除したものである。
参照による組込み
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれることが、具体的かつ個別に表示された場合と同様に、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる。利益相反の場合は、本明細書における任意の定義を含む本出願により管理する。
均等物
当業者は、以下の日常的な実験を使用して、本明細書で記載される本発明の具体的な実施形態に対する多くの同等物を認識するかまたは確認することが可能となろう。このような均等物は、以下の特許請求の範囲に包摂されることを意図する。

Claims (24)

  1. ヘマグルチニン(HA)と結合することができる抗体分子であって、前記抗体分子は、
    (a)重鎖(HC)免疫グロブリン可変領域セグメントであって、
    配列S−Y−A−M−H(配列番号68)、あるいはそこから第3の位置において異なる(AからGへの置換)配列を含むHC CDR1;
    配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)、あるいはそこから第2の位置において異なる(VからIへの置換)、第7の残基において異なる(NからSへの置換)、第8の位置において異なる(YからNへの置換)、またはその組み合わせにおいて異なる配列を含むHC CDR2;
    配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)、あるいはそこから第2の位置において異なる(SからTへの置換)、第3の位置において異なる(RからKへの置換)、第15の位置において異なる(QからSへの置換)、第17の位置において異なる(YからLへの置換)、第18の位置において異なる(FからLへの置換)、第19の位置において異なる(NからDへの置換)、第20の位置において異なる(PからYへの置換)、またはその組み合わせにおいて異なる配列を含むHC CDR3
    を含む重鎖免疫グロブリン可変領域セグメントと;
    (b)軽鎖(LC)免疫グロブリン可変領域セグメントであって、
    配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)、あるいはそこから第2の位置において異なる(SからTへの置換)、第3の位置において異なる(IからVへの置換)、第5の位置において異なる(FからYへの置換)、第6の位置において異なる(NからSへの置換)、第12の位置において異なる(AからGへの置換)、またはその組み合わせにおいて異なる配列を含むLC CDR1;
    配列W G S Y L E S(配列番号72)、あるいはそこから第2の位置において異なる(GからAへの置換)、第4の位置において異なる(YからTへの置換)、第5の位置において異なる(LからRへの置換)、またはその組み合わせにおいて異なる配列を含むLC CDR2;
    配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)、あるいはそこから第3の位置において異なる(HからYへの置換)、第9の位置において異なる(SからTへの置換)、または両方において異なる配列を含むLC CDR3
    を含む軽鎖免疫グロブリン可変領域セグメントと
    を含み、
    前記HC CDR1〜3およびLC CDR1〜3は、配列番号68〜73と0、1または2のアミノ酸だけ合計で異なる配列を含む、抗体分子。
  2. 前記抗体分子が、以下の特性:
    (i)前記抗体分子とA型インフルエンザウイルスとの混合物を有する細胞培養物中の少なくとも5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および
    (ii)(i)で記載した方法により試験した場合に、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261から選択される基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;
    (iii)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、200pM以下のKdで結合すること;
    (iv)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;
    (v)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;
    (vi)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のインフルエンザウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のインフルエンザウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;
    (vii)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;ならびに
    (viii)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること
    のうちの1または複数を有する、請求項1に記載の抗体分子。
  3. a)前記重鎖(HC)免疫グロブリン可変領域セグメントが、
    配列Q−V−Q−L−L−E−T−G−G−G−L−V−K−P−G−Q−S−L−K−L−S−C−A−A−S−G−F−T−F−T(配列番号74)を含むHC FR1;
    配列W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むHC FR2;
    配列R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むHC FR3;および
    配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)を含むHC FR4
    のうちの1つまたは複数または全てをさらに含み;
    b)前記軽鎖(LC)免疫グロブリン可変領域セグメントが、
    配列D−I−Q−M−T−Q−S−P−S−S−L−S−A−S−V−G−D−R−V−T−I−T−C−R−S−S(配列番号78)を含むLC FR1;
    配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)を含むLC FR2;
    配列G−V−P−S−R−F−S−G−S−G−S−G−T−D−F−T−L−T−I−S−S−L−Q−P−E−D−F−A−T−Y−Y−C(配列番号80)を含むLC FR3;および
    配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)を含むLC FR4
    のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む、請求項1に記載の抗体分子。
  4. (1)重鎖免疫グロブリン可変領域セグメントであって、
    (a)
    配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むHC CDR1;
    配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むHC CDR2;
    配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むHC CDR3
    を含む重鎖(HC)免疫グロブリン可変領域セグメントと;
    (b)軽鎖(LC)免疫グロブリン可変領域セグメントであって、
    配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むLC CDR1;
    配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むLC CDR2;および
    配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むLC CDR3
    を含む軽鎖免疫グロブリン可変領域セグメントとを含むか;または
    (2)
    配列番号25の配列と少なくとも98%相同である配列を含む重鎖免疫グロブリン可変領域セグメント、配列番号45の配列と少なくとも98%相同である配列を含む軽鎖免疫グロブリン可変領域セグメント、または両方を含むか;または
    (3)
    a)配列番号25を含む重鎖免疫グロブリン可変領域セグメントと;
    b)配列番号45を含む軽鎖免疫グロブリン可変領域セグメントとを含む、
    請求項1に記載の抗体分子。
  5. 単鎖抗体(scFv)、F(ab’)断片、Fab断片、Fd断片またはIgG1抗体である、請求項1に記載の抗体分子。
  6. 前記抗体分子が、以下の特性a)〜f):
    a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
    b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
    c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
    d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
    e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
    f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
    g)特性c)およびd);または
    h)特性a)またはb);およびc)またはd);
    のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合し、
    任意選択で、前記抗体分子は、
    cc)H1HA1の残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方;ならびに
    dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全て
    の一方または両方を含まないエピトープに結合する、請求項1に記載の抗体分子。
  7. 請求項1に記載の抗体分子と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
  8. 請求項1に記載の抗体分子を内部に配置した容器;および薬学的に許容される送達媒体もしくは緩衝液、送達デバイスまたは両方を含むキット。
  9. 2つの重鎖免疫グロブリン可変領域セグメントおよび2つの軽鎖免疫グロブリン可変領域セグメントの四量体、全長抗体、または2つの重鎖可変領域および2つの軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗体分子。
  10. 前記抗体分子が、
    (a)ヒト化抗体分子を含むか、
    (b)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型のHAに、200pM以下のKdで結合するか、
    (c)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型による感染を予防するか、または
    (d)標的とされたHAの融合活性を阻害する、
    請求項1に記載の抗体分子。
  11. 請求項1に記載の抗体分子を含む、感染を予防または処置するための組成物であって、前記組成物は、
    (a)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のインフルエンザウイルスによる感染を予防または処置し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のインフルエンザウイルスによる感染を処置もしくは予防するか、または
    (b)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を予防または処置する、
    組成物。
  12. 前記抗体分子が、
    (a)10−6M以下の群1のインフルエンザウイルス由来のHAに対する第1のK、および10−6M以下の群2のインフルエンザウイルス由来のHAに対する第2のKを有し、任意選択でここで、前記群1のインフルエンザウイルスは、H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスであり、前記群2のインフルエンザウイルスは、H3ウイルスもしくはH7ウイルスであるか、または
    (b)インフルエンザウイルス群1由来の少なくとも1株、およびインフルエンザウイルス群2由来の少なくとも1株を中和し、任意選択でここで、前記インフルエンザウイルス群1由来の少なくとも1株は、H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスのうちの1株または複数を含み、前記インフルエンザウイルス群2由来の少なくとも1株は、H3ウイルスもしくはH7ウイルスのうちの1株または両方を含む、
    請求項1に記載の抗体分子。
  13. 前記HC CDR1〜3およびLC CDR1〜3が、配列番号68〜73と1以下のアミノ酸だけ合計で異なる配列を含む、請求項1に記載の抗体分子。
  14. 請求項1に記載の抗体分子を作製する方法であって、宿主細胞を用意するステップと、前記宿主細胞内で組換えベクターを発現させ、これにより前記抗体分子を作製するステップとを含み、
    前記宿主細胞は前記組換えベクターを含み、
    前記組換えベクターは、請求項1に記載の重鎖免疫グロブリン可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子、および請求項1に記載の軽鎖免疫グロブリン可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子の両方を含む、
    方法。
  15. ヒト対象におけるインフルエンザウイルスによる感染を予防または処置する方法における使用のための医薬の製造における、請求項1に記載の抗体分子の使用。
  16. 前記ヒト対象が、
    (a)インフルエンザウイルスへの曝露の危険性が高いか、または
    (b)免疫不全状態であるか、65歳以上であるか、6カ月〜18歳であるか、または慢性医学的状態を有する、
    請求項15に記載の使用。
  17. 前記方法が第2の薬剤を投与するステップをさらに含む、請求項15に記載の使用であって、任意選択で、前記第2の薬剤は、
    (a)ワクチンであるか、
    (b)抗ウイルス剤であるか、
    (c)ノイラミニダーゼ阻害剤またはヌクレオシド類似体であるか、
    (d)ジドブジン、ガングシクロビル(gangcyclovir)、ビダラビン、イドキシウリジン、トリフルリジン、フォスカネット、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、サクィナビル、インジナビル、リトナビル、アルファ−インターフェロンおよび他のインターフェロン、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル、およびリマンタジンから選択されるか、または
    (e)抗HA抗体であり、任意選択で、前記抗体は、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、CR6261、Ab 069、Ab 032、およびAb 031から選択される、
    使用。
  18. 前記インフルエンザウイルスがインフルエンザAウイルスであり、任意選択で、前記インフルエンザAウイルスが、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である、請求項15に記載の使用。
  19. 生物学的試料中のインフルエンザウイルスを検出する方法において使用するための請求項1に記載の抗体分子を含む組成物であって、前記試料を、前記組成物と接触させるステップと、前記抗体分子の前記試料への結合を検出し、これにより、前記試料中の前記インフルエンザウイルスを検出するステップとを含む方法。
  20. 方法において使用するための請求項1に記載の抗体分子を含む組成物であって、前記方法は、
    (a)患者に由来する試料を用意するステップと、
    (b)前記試料を、前記組成物と接触させるステップと、
    (c)請求項1に記載の前記抗体分子が、前記試料中のポリペプチドに結合するのかどうかを決定するステップであって、前記抗体分子が前記試料中のポリペプチドに結合する場合、前記患者がインフルエンザに感染していることを決定するステップと
    を含み、
    任意選択で、前記患者が、A型インフルエンザまたはB型インフルエンザに感染していることが決定され、前記患者に、請求項1に記載の抗体分子がさらに投与される、
    組成物。
  21. ヒト対象におけるインフルエンザウイルスによる感染を予防または処置するための、請求項1に記載の抗体分子を含む組成物。
  22. 前記ヒト対象が、
    (a)インフルエンザウイルスへの曝露の危険性が高いか、または
    (b)免疫不全状態であるか、65歳以上であるか、6カ月〜18歳であるか、または慢性医学的状態を有する、
    請求項21に記載の組成物。
  23. 第2の薬剤がさらに投与されることを特徴とする、請求項21に記載の組成物であって、任意選択で、前記第2の薬剤は、
    (a)ワクチンであるか、
    (b)抗ウイルス剤であるか、
    (c)ノイラミニダーゼ阻害剤またはヌクレオシド類似体であるか、
    (d)ジドブジン、ガングシクロビル(gangcyclovir)、ビダラビン、イドキシウリジン、トリフルリジン、フォスカネット、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、サクィナビル、インジナビル、リトナビル、アルファ−インターフェロンおよび他のインターフェロン、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル、およびリマンタジンから選択されるか、または
    (e)抗HA抗体であり、任意選択で、前記抗体は、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、CR6261、Ab 069、Ab 032、およびAb 031から選択される、
    組成物。
  24. 前記インフルエンザウイルスがインフルエンザAウイルスであり、任意選択で、前記インフルエンザAウイルスが、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である、請求項21に記載の組成物。
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