JP2020504760A5 - - Google Patents

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別の関連する実施形態では、ポリペプチド抗原接合体を生成するための方法であって、少なくとも1つのアルキニル基を第1の化学ハンドルとして内部に組み込み、第2の化学ハンドルとしてアジド基を持つ、少なくとも1つのnnAA、および好ましくは少なくとも2つのnnAAを含むポリペプチドと抗原を反応させることによって抗原を活性化し、それによってポリペプチドと抗原との間の非触媒共有結合生体接合反応を可能にすることを含む、方法を提供する。好ましい実施形態では、アルキニル基を拘束して、例えば、ジアリール歪みシクロオクンなどの環構造において、反応性を増加させる。
別の実施形態では、本開示は、少なくとも14、20、21、24、または25個の別個の担体タンパク質−抗原接合体を含む組成物であって、抗原が、莢膜多糖であり、(a)各別個の担体タンパク質−抗原接合体中の莢膜多糖が、肺炎連鎖球菌の異なる血清型由来のものであり、(b)担体タンパク質−抗原接合体の担体タンパク質が、少なくとも1つのT細胞活性化エピトープおよび少なくとも2つの非天然アミノ酸(nnAA)を含むポリペプチドを含み、(c)莢膜多糖がnnAAと接合している、組成物を提供する。この実施形態の好ましい型では、少なくとも1つのT細胞活性化エピトープは、配列番号1によるCRM197由来のものであり、ポリペプチドは、配列番号1と少なくとも80%または95%の配列同一性を有し、(i)ポリペプチドは、2〜9つのnnAAを含み、(ii)ポリペプチドは、4〜6つのnnAAを含み、かつ/または(iii)少なくとも1つのnnAAは、(a)CRM197のK25、K34、K38、K40、K213、K215、K228、K245、K265、K386、K523、K527、(b)配列番号1のF13、F54、F124、F128、F141、F168、F251、F390、F531、もしくはF532、または(c)配列番号1のK25、K34、K38、K40、K213、K215、K228、K245、K265、K386、K523、K527、F13、F54、F124、F128、F141、F168、F251、F390、F531、もしくはF532からなる群から選択されるアミノ酸産と置換される。先の実施形態の好ましい型は、少なくとも14、20、21、24、または25個の別個の担体タンパク質−抗原接合体を含む組成物を含み、各別個の担体タンパク質−抗原接合体は、血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される肺炎連鎖球菌血清型の莢膜多糖から個別に選択される抗原、別個の担体タンパク質−抗原接合体のうちの24個の莢膜多糖が、肺炎連鎖球菌血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、14、15B、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、および33F由来のものである少なくとも24個の別個の担体タンパク質−抗原接合体の組成物、別個の担体タンパク質−抗原接合体のうちの少なくとも1つの莢膜多糖が、6C、7C、13、15A、15C、16、16F、23A、23B、24F、31、34、35B、33F、35F、37、および38からなる群から選択される肺炎連鎖球菌血清型由来のものである少なくとも25個の別個の担体タンパク質−抗原接合体を含む組成物、ならびに別個の担体タンパク質−抗原接合体のうちの少なくとも1つの莢膜多糖が、15Aおよび35B、または代替的に、20A、20B、および24Bからなる群から選択される肺炎連鎖球菌血清型由来のものである少なくとも25個の別個の担体タンパク質−抗原接合体を含む組成物を含む。
7.配列変異体
本開示の改善された担体タンパク質は、ポリペプチドの1つ以上のT細胞エピトープの免疫原性機構が保存される限り、ポリペプチド内の任意の位置で置換される1つ以上のnnAAを含む。改善された担体タンパク質を既知の担体に基づかせる場合、通常、担体の特性に悪影響を与える機を最小限に抑えるために、nnAAのうちのいくつかまたはすべてを既知の担体における既存の天然に生じるアミノ酸と置換することが好ましい。しかしながら、nnAAは、開始担体配列への追加として内部に、または終端に挿入され得ることが理解される。いくつかの実施形態では、改善された担体タンパク質(例えば、eCRM)中の少なくとも1つのnnAAは、T細胞エピトープを含むタンパク質の1つ以上の領域内に存在しない。別の実施形態では、増強された免疫原性ポリペプチド中のnnAAは、T細胞エピトープを含むタンパク質の1つ以上の領域内に存在しない。
好ましい実施形態では、化学ハンドルを介してポリペプチドを抗原に接合するための方法は、以下のとおりである。抗原は、少なくとも1つの第1の化学ハンドルを内部に組み込むように活性化され、ここで第1の化学ハンドルは、ポリペプチド中のnnAAの第2の化学ハンドルに接合することができる。活性化抗原は、第1および第2の化学ハンドルが抗原−ポリペプチド接合体を形成するように反応する条件下で、第2のハンドルを持つ少なくとも1つのnnAAを含有するポリペプチドと組み合わされる。そのように可能にされる反応は、非触媒共有結合生体接合反応である。「第1の化学ハンドル」として機能する抗原の反応性部位は、好ましくはアルキニル基であり、アルキニル基は、反応性を増加させる分子環境に組み込まれ得る。例えば、アルキニル基は、環、例えば、ジアリール歪みシクロオクンなどのシクロオクチニル環に組み込まれ得る。nnAA残基によって提供されるポリペプチド中の好ましい反応性部位、すなわち、「第2の化学ハンドル」は、アジド基である。当該技術分野で知られているように、この場合の反応は、以下でさらに詳細に考察される、「歪み促進アジド−アルキン負荷環化」(SPAAC)として当該技術分野で参照される[3+2]負荷環化である。
一実施形態では、抗原は、(例えば、最初に、増強された担体タンパク質もしくは抗原を反応性リンカーと組み合わせ、次に、増強された担体タンパク質−リンカーもしくは抗原−リンカー付加物を、それぞれ抗原もしくは増強された担体タンパク質と組み合わせることによって)間接的に増強された担体タンパク質に接合される。別の実施形態では、抗原は、(例えば、増強された担体タンパク質および抗原を含む2つの成分を1つの反応で一緒に組み合わせることによって)直接増強された担体タンパク質に接合される。接合体がリンカーを含む場合、任意の好適な基を使用することができる。例えば、接合体は、アジピン酸、アジピン酸ジヒドラジド(ADH)、β−プロピオンアミド、ニトロフェニル−エチルアミン、ハローアシルハロゲン化物、グリコシド連結、6−アミノカプロン酸、N−スクシンイミジル−3−(2−ピリジルジチオ)−プロピオン酸(SPDP)、C〜C12部分などから選択されるリンカーを含み得る。例えば、ジアリールシクロオクテンなどのジアリールシクロオクン部分の残基を含む、上記で考察されるDBCO基およびDIFO基から生じるリンカーはまた、使用され得る。リンカーは、一般的に、担体に付着されるのではなく、接合のために抗原に付着されるであろう。
CuAACいくつかの実施形態では、抗原は、銅(I)触媒アルキン−アジド負荷環化(CuAAC)によって増強された担体タンパク質に接合される。この実施形態の1つの変形例では、増強された担体タンパク質はプロパルギル含有nnAAを含み、抗原はアジド基を含む。この実施形態の別の変形例では、増強された担体タンパク質はアジド含有nnAAを含み、抗原はプロパルギル基を含む。生体分子のCuAAC接合に好適な条件は、例えば、Presolski et al.Curr Protoc Chem Biol.2011;3(4):153−162に見出され、それらのすべてが、Cu2+の付加を伴う。いくつかの実施形態では、反応は、THPAなどのCu配位リガンドの付加によって加速される。いくつかの実施形態では、反応は、Cu2+の酸化状態を維持するために還元剤の付加によって加速される。好適な還元剤は、アスコルビン酸ナトリウム、DTT、またはTCEPを含む。
SPAACいくつかの実施形態では、抗原は、歪み促進アジド−アルキン負荷環化(SPAAC)によって増強された担体タンパク質に接合される。これらの実施形態の1つの変形例では、増強された担体タンパク質はアジド含有nnAAを含み、抗原はシクロオクン基を含む。これらの実施形態の別の変形例では、増強された担体タンパク質はシクロオクン含有nnAAを含み、抗原はアジド基を含む。SPAACは追加の触媒または補助因子を必要としないため、この反応は、蒸留水、0.9%生理食塩水、PBS、または生理的緩衝液中で行うことができる。一実施形態では、増強された担体タンパク質および抗原は、1.20:1(w/w)の質量比率で組み合わされる。
緩衝化された多糖類溶液に、1−シアノ−4−ジメチルアミノピリジニウムテトラフルオロホウ酸(CDAP、アセトニトリル中の100mg/mLの溶液由来)のXモル当量(多糖類の繰り返し単位まで、Xはスクリーニングによって判定される)を、激しく攪拌しながら加える。CDAPを加えた5分後に、0.5モル当量のジベンゾシクロオクタン−アミンリンカー(DMSO原液由来の)を加えた。さらに1時間後、グリシンを加えて、任意の未反応シアン酸エステルをクエンチする。代替的に、過ヨウ素酸塩またはTEMPO/NCS化学を使用して、CPSを改変し得る。次に、誘導体化された多糖類を、透析またはUF/DFを介して精製する。アントロン比色分析を使用して、多糖類の濃度を測定し、309nmでの吸光度を使用して、ジベンゾシクロオクンの濃度を測定する。これらの2つの値を組み合わせて、ジベンジシクロオクン官能基で誘導体化された多糖類の百分率の推定値を得ることができる。
表2のものなど、最適なeCRMタンパク質と誘導体化された多糖類とを混合することによって、接合体を調製した。18時間の培養後、1モル当量のアジ化ナトリウムを加え、任意の未反応ジベンゾシクロオクン官能基をクエンチする。次に、透析またはUF/DFを介して接合体を精製し、未反応eCRMタンパク質を除去する。次に、接合体を分析して、多糖類の濃度(比色分析)、タンパク質の濃度(比色分析)を判定し、遊離/非接合単糖類百分率を計算する。SEC−MALSを使用して、分子量を測定する。
本明細書に記載される実施形態は、例示のみの方法によって提供され、実施形態に対する様々な代替例は、本明細書に記載される実施形態を実践する際に除外されない。
さらに、本発明は次の態様を包含する。
1. ポリペプチドおよび抗原を含む接合体であって、前記ポリペプチドが、少なくとも1つのT細胞活性化エピトープおよび少なくとも2つの非天然アミノ酸(「nnAA」)残基を含む担体タンパク質であり、(i)前記担体タンパク質が、コリネバクテリウム・ジフテリア菌毒素、破傷風菌テタノスパスミン、ヘモフィルス・インフルエンザ菌タンパク質D、およびCRM197からなる群から選択されるタンパク質由来の少なくとも1つのT細胞活性化エピトープを含み、(ii)前記抗原が、前記nnAA残基と接合している、接合体。
2. 前記担体タンパク質が、4〜9個のnnAA残基を含む、項1に記載の接合体。
3. 少なくとも1つのnnAAが、天然担体タンパク質中のリジンと置換される、項1または2に記載の接合体。
4. 前記担体タンパク質が、配列番号1と少なくとも80%の配列同一性を有する、項1〜3のいずれかに記載の接合体。
5. 少なくとも1つのnnAAが、配列番号1のK25、K34、K38、K40、K213、K215、K228、K245、K265、K386、K523、またはK527と置換される、項4に記載の接合体。
6. 前記担体タンパク質が、配列番号9のアミノ酸配列を含む、項1〜5のいずれかに記載の接合体。
7. 前記少なくとも1つのnnAAが、2位のアミノ置換基と、3位のアジド含有置換基、1,2,4,5−テトラジニル置換基、またはエチニル含有置換基とを持つ2,3−二置換プロパン酸である、項1〜6のいずれかに記載の接合体。
8. 前記nnAAが、2−アミノ−3−(4−アジドフェニル)プロパン酸(pAF)、2−アミノ−3−(4−(アジドメチル)フェニル)プロパン酸(pAMF)、2−アミノ−3−(5−(アジドメチル)ピリジン−2−イル)プロパン酸、2−アミノ−3−(4−(アジドメチル)ピリジン−2−イル)プロパン酸、2−アミノ−3−(6−(アジドメチル)ピリジン−3−イル)プロパン酸、2−アミノ−5−アジドペンタン酸、および2−アミノ−3−(4−(アジドメチル)フェニル)プロパン酸、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、項1〜7のいずれかに記載の接合体。
9. 前記抗原が、トリアゾール連結部分を介して前記nnAAと接合している、項1〜8のいずれかに記載の接合体。
10. ポリペプチドおよび抗原を含む接合体であって、前記ポリペプチドが、少なくとも1つのT細胞活性化エピトープおよび少なくとも1つの非天然アミノ酸(nnAA)を含む担体タンパク質であり、前記抗原が、前記nnAAと接合し、さらに、前記少なくとも1つのnnAA残基が、式XIIの構造を有するアミノ酸に対応し、
式中、Arが、任意選択的に少なくとも1つのヘテロ原子を含有する5員または6員芳香族環を含み、W が、C 〜C 10 アルキレン、−NH−、−O−、および−S−から選択され、Q1が、ゼロまたは1であり、W が、アジド、任意選択的に低級アルキル基とC置換される1,2,4,5−テトラジニル、およびエチニルから選択され、その結果、前記ポリペプチド中の前記nnAA残基が、式XIIIの構造を有し、
式中、R が、OHまたは前記担体タンパク質のアミノ酸残基であり、R が、Hまたは前記担体タンパク質のアミノ酸残基である、接合体。
11. W がアジドであり、Arがフェニレンであり、またはArが、窒素ヘテロ原子および任意選択的に、N、O、およびSから選択される少なくとも1つの追加のヘテロ原子を含有し、Q1が1であり、かつ/またはW が低級アルキレンである、項10に記載の接合体。
12. 前記抗原が、式XIまたはXIaによる前記担体タンパク質に連結され、
式中、
が、H、ホルミル、または前記担体タンパク質の少なくとも1つのアミノ酸であり、
が、OHまたは前記担体タンパク質の少なくとも1つのアミノ酸であり、
Wが、CまたはNであり、
yが、少なくとも1であり、
nが、少なくとも1であり、
Xが、莢膜多糖の少なくとも1つのポリオールである、項1〜11のいずれかに記載の接合体。
13. 前記抗原が、細菌莢膜多糖、例えば、肺炎連鎖球菌、髄膜炎菌、ヘモフィルス・インフルエンザ菌、化膿連鎖球菌、ストレプトコッカス・アガラクチア、およびポルフィロモナス・ジンジバリスからなる群から選択される細菌由来の莢膜多糖である、項1〜12のいずれかに記載の接合体。
14. 前記抗原が、1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される肺炎連鎖球菌血清型の莢膜多糖である、項12に記載の接合体。
15. 多糖類と担体タンパク質との比率(w/w)が、1を上回る、項1〜14のいずれかに記載の接合体。
16. 前記ポリペプチドが、3つ以上のnnAA残基を含み、前記接合体が、少なくとも500kDaの分子量を有する、項1〜15のいずれかに記載の接合体。
17. 前記ポリペプチドが、(a)CRM197であるか、または配列番号1と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、(b)3〜9つのnnAA残基を含む、項15に記載の接合体。
18. 前記接合体が、タンパク質−抗原−タンパク質連結を通して架橋される、項1〜17のいずれかに記載の接合体。
19. 前記接合体が、少なくとも900kDaの分子量を有する、項1〜18のいずれかに記載の接合体。
20. 分子量が900kDa〜5MDaである、項19に記載の接合体。
21. 接合体を生成するための方法であって、
a.非天然アミノ酸(「nnAA」)の第2の化学ハンドルに接合することができる第1の化学ハンドルを含む複数の官能基を含む活性化抗原を提供することと、
b.前記第1および第2の化学ハンドルが反応して抗原−ポリペプチド接合体を形成する条件下で、前記nnAAのうちの少なくとも1つを含むポリペプチドと前記活性化抗原を組み合わせることであって、前記ポリペプチドが、少なくとも1つのT細胞活性化エピトープを含む、組み合わせることと、
c.前記接合体を含む組成物を回収することと、を含む、方法。
22. 前記第1の化学ハンドルが、アルキン基を含み、かつ/または前記第2の化学ハンドルがアジド基を含む、項21に記載の方法。
23. 前記抗原が、プロパルギル、DIFO、DBCO、DBCO−NH 、およびDBCO(PEG)n−NH からなる群から選択される官能基を含む第2の試薬と反応されている、項21または22に記載の方法。
24. (i)前記抗原が、式V、式VI、もしくは式VIaの構造を含み、
式中、L が、結合、−NH−、−O−、−S−、−NH(L 12 )−、−O(L 12 )−、もしくは−S(L 12 )−であり、
が、結合、−C(=O)−、−S(=O) −、−C(=O)L 12 −、−S(=O) 12 であり、
12 が、L 22 もしくはL 22 NH−であり、
22 が、C 1−10 アルキルまたは−(CH CH O) 1−10 −であり、
が、前記抗原の少なくとも1つの部分であるか、
または(ii)前記抗原が、式VIIもしくは式VIIaの構造を含み、
式中、Xが、多糖類の少なくとも1つのポリオールであり、
nが少なくとも1であるか、
または(iii)前記抗原が、式VIIbもしくは式VIIcの構造を含み、
式中、Xが、多糖類の少なくとも1つのアミノ糖のアミンであり、
nが少なくとも1であるか、
または(iv)前記抗原が、構造A−Xのz部分を含み、式中、
Aが、
であり、
Xが、多糖類の少なくとも1つのポリオールであり、
nが、少なくとも1であり、
zが1を上回るか、
または(v)前記抗原が式VIIIの構造を含み、
式中、L 22 が、結合、アルキル、またはポリ(アルキルオキシ)であり、
が、抗原の少なくとも1つの部分であるか、
または(vi)前記抗原が、式IXの構造を含み、
式中、U が、抗原の少なくとも1つの部分であるか、
または(vii)前記抗原が、式IXaの構造を含み、
式中、L 22 が、C 1−10 アルキルまたは−(CH CH O) 1−10 −であり、
が、抗原の少なくとも1つの部分であるか、項21または項22に記載の方法。
25. 項1〜20のいずれかに記載の接合体を生成するための、項21〜24のいずれかに記載の方法。
26. 抗原がT細胞依存性免疫反応を提供する担体タンパク質と接合している、タンパク質−接合体ワクチンを作製する改善された方法であって、前記改善が、少なくとも1つの非天然アミノ酸を含むポリペプチドを前記担体タンパク質として用いることを含み、前記非天然アミノ酸が、バイオ直交性反応性部分を含み、それを通じて前記抗原が前記ポリペプチドに接合される、改善された方法。
27. 少なくとも1つのT細胞活性化エピトープおよび少なくとも2つの非天然アミノ酸(「nnAA」)残基を含む担体タンパク質であって、(i)前記担体タンパク質が、コリネバクテリウム・ジフテリア菌毒素、破傷風菌テタノスパスミン、ヘモフィルス・インフルエンザ菌タンパク質D、およびCRM197からなる群から選択されるタンパク質由来の少なくとも1つのT細胞活性化エピトープを含む、担体タンパク質。
28. 配列番号1と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ配列番号1内に天然に生じるアミノ酸と置換される少なくとも1つのnnAAを含む、担体タンパク質であって、前記少なくとも1つのnnAAが、配列番号1のK25、K34、K38、K40、K213、K215、K228、K245、K265、K386、K523、またはK527と置換され、前記nnAAが、連結部分を含む、担体タンパク質。
29. 免疫原性多糖類−タンパク質接合体を調製するための担体タンパク質であって、前記タンパク質が、(i)少なくとも1つのT細胞活性化エピトープを含み、(ii)少なくとも1つのnnAAを含み、かつ(iii)pH7.4のトリス緩衝液中、20℃で少なくとも50mg/Lの溶解度を有する、担体タンパク質。
30. 項26〜28のいずれかに記載の担体タンパク質を生成するためのプロセスであって、
(a)前記担体タンパク質をコードする核酸であって、複数の抑制コドンを含む、核酸を提供することと、
(b)前記非天然アミノ酸、前記抑制コドンに相補的であるtRNA、およびアミノアシル−tRNA合成酵素を含む無細胞抽出物と前記核酸を組み合わせることによって反応混合物を作出することと、
(c)前記担体タンパク質中の各抑制コドンに対応する部位に前記非天然アミノ酸を選択的に組み込むのに十分な条件下で、前記(b)の前記反応混合物を培養することと、を含む、プロセス。
31. 前記非天然アミノ酸が、4−アジドメチル−フェニルアラニン(pAMF)であり、前記(b)のtRNAが、pAMFで荷電されることができる、項30に記載の方法。
32. 約10℃〜約30℃の温度で維持された無細胞発現混合物中に少なくとも2つのnnAAを含むポリペプチドの合成のための方法であって、生成された前記ポリペプチドが、可溶性画分および不溶性画分の両方を含み、前記可溶性画分と前記不溶性画分との比率が、少なくとも30%(w/w)である、方法。
33. 前記温度が、(i)約20℃を上回るか、または(ii)約20℃を下回り、例えば、前記温度が、約14℃〜約18℃である、項32に記載の方法。
34. 項1〜19に記載の複数の接合体を含む組成物であって、前記複数の接合体の各々が、異なる抗原を含む、組成物。
35. 血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される2つ以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される14個以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される15個以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される20個以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される21個以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される24個以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、13、14、15B、16、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、24F、31、および33Fからなる群から選択される25個以上の異なる肺炎球菌血清型由来の莢膜多糖の接合体、
血清群A、C、W135、X、およびYからなる群から選択される4つ以上の異なる髄膜炎菌血清群由来の莢膜多糖の接合体、または
血清型K1、K2、K3、K4、K5、およびK6からなる群から選択される2つ以上の異なるポルフィロモナス・ジンジバリス血清型由来の莢膜多糖の接合体を含む、項34に記載の組成物。
36. 対象における抗原に対する免疫防御性抗体反応を誘発する方法であって、非経口投与に好適な賦形剤で、項1〜20のいずれかに記載の接合体または項34もしくは項35に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、方法。

Claims (33)

  1. 複数の担体−タンパク質抗原接合体を含む組成物であって、該複数の担体−タンパク質抗原接合体が少なくとも14個の別個の担体タンパク質−抗原接合体を含み、該抗原が肺炎連鎖球菌の莢膜多糖であり、
    (a)各別個の担体タンパク質−抗原接合体中の莢膜多糖が肺炎連鎖球菌の異なる血清型由来のものであり;
    (b)担体タンパク質−抗原接合体の担体タンパク質が、少なくとも1つのT細胞活性化エピトープおよび少なくとも3つの非天然アミノ酸(nnAA)を含むポリペプチドであり、ここで、該莢膜多糖がnnAAと接合しており;
    (c)肺炎連鎖球菌血清型1、3、4、5、6A、6B、7F、9V、14、18C、19A、19F、および23Fの各々に対する莢膜多糖を含む別個の担体タンパク質−抗原接合体があり;
    (d)血清型2、6C、8、9N、10A、12F、15A、15B、15C、16F、17F、20、20A、20B、22F、23A、23B、24F、24B、31、33F、34、35B、35F、および38からなる群から選択される肺炎連鎖球菌血清型由来の莢膜多糖を含む少なくとも1つの追加の別個の担体タンパク質−抗原接合体があり;
    (e)組成物中のすべての血清型多糖類と担体タンパク質との全体的な(重量単位)比率が少なくとも0.8である、
    組成物。
  2. 複数の担体−タンパク質抗原接合体が少なくとも20個の別個の担体タンパク質−抗原接合体を含む、請求項1に記載の組成物。
  3. 血清型2、6C、8、9N、10A、12F、15A、15B、15C、16F、17F、20、20A、20B、22F、23A、23B、24F、24B、31、33F、34、35B、35F、および38からなる群から選択される肺炎連鎖球菌血清型由来の莢膜多糖を含む少なくとも7つの追加の別個の担体タンパク質−抗原接合体がある、請求項1または2に記載の組成物。
  4. 少なくとも14個の別個の担体タンパク質−抗原接合体が
    (a)肺炎連鎖球菌血清型1、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、10A、11A、12F、14、15B、18C、19A、19F、22F、23F、および33Fの各々を含む別個の担体タンパク質−抗原接合体がある少なくとも20個または21個の別個の担体タンパク質−抗原接合体;または
    (b)肺炎連鎖球菌血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7F、8、9V、9N、10A、11A、12F、14、15B、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F、および33Fの各々を含む別個の担体タンパク質−抗原接合体がある少なくとも24個の担体タンパク質−抗原接合体
    を含む、請求項1〜3のいずれかに記載の組成物。
  5. nnAAが連結部分を介してnnAAと接合しており、該肺炎連鎖球菌莢膜多糖がシクロオクチン基を含み、アジド基を含むnnAAに接合しているかまたは該肺炎連鎖球菌莢膜多糖がアジド基を含み、シクロオクチン基を含むnnAAに接合している、請求項1〜4のいずれかに記載の組成物。
  6. 各別個の担体タンパク質−抗原接合体が同じ担体タンパク質を含む、請求項1〜5のいずれかに記載の組成物。
  7. 組成物中に約25%(重量)未満の総遊離多糖類がある、請求項1〜6のいずれかに記載の組成物。
  8. ポリぺプチド内のnnAAが2−アミノ−3−(4−アジドフェニル)プロパン酸(pAF)、2−アミノ−3−(4−(アジドメチル)フェニル)プロパン酸(pAMF)、2−アミノ−3−(5−(アジドメチル)ピリジン−2−イル)プロパン酸、2−アミノ−3−(4−(アジドメチル)ピリジン−2−イル)プロパン酸、2−アミノ−3−(6−(アジドメチル)ピリジン−3−イル)プロパン酸、2−アミノ−5−アジドペンタン酸および2−アミノ−3−(4−(アジドメチル)フェニル)プロパン酸から選択される、請求項1〜7のいずれかに記載の組成物。
  9. ポリぺプチド内のnnAAがpAMFである、請求項8に記載の組成物。
  10. 担体タンパク質がコリネバクテリウム・ジフテリア菌毒素、破傷風菌テタノスパスミン、ヘモフィルス・インフルエンザ菌タンパク質DおよびCRM197からなる群から選択される少なくとも1つのタンパク質由来のT細胞活性化エピトープを含む、請求項1〜9のいずれかに記載の組成物。
  11. 担体タンパク質が配列番号1と少なくとも80%の配列同一性を有する、請求項1〜9のいずれかに記載の組成物。
  12. 担体タンパク質が配列番号1と少なくとも95%の配列同一性を有する、請求項1〜9のいずれかに記載の組成物。
  13. 担体タンパク質が配列番号1による天然ポリペプチド内に天然に生じるアミノ酸と置換される少なくとも3つのnnAAを含み、ここで該nnAAが配列番号1のK25、K34、K38、K40、K213、K215、K228、K245、K265、K386、K523またはK527と交換される、請求項11または12に記載の組成物。
  14. 担体−タンパク質抗原接合体の担体タンパク質が少なくとも4つのnnAAまたは4〜6つのnnAAを含む、請求項1〜13のいずれかに記載の組成物。
  15. 担体タンパク質が1)K25、K34、K38およびK40からなる群由来の1つの残基、2)K213およびK215からなる群から選択される1つの残基ならびに3)K28、K245、K265、K386、K523およびK527からなる群から選択される2〜4つの残基のとおり、配列番号1中でリジン残基で置換されている、請求項1〜14のいずれかに記載の組成物。
  16. すべての血清型多糖類と担体タンパク質との全体的な(重量単位)比率が少なくとも0.9、少なくとも1.0、少なくとも1.1、少なくとも1.2、少なくとも1.3、少なくとも1.4または少なくとも1.5である、請求項1〜15のいずれかに記載の組成物。
  17. 抗原が式XIまたはXIaによる担体タンパク質に連結され、
    式中、
    がH、ホルミル、または担体タンパク質の少なくとも1つのアミノ酸であり、
    がOHまたは担体タンパク質の少なくとも1つのアミノ酸であり、
    WがCまたはNであり、
    yが少なくとも1であり、
    nが少なくとも1であり、
    Xが莢膜多糖の少なくとも1つのポリオールである、
    請求項1〜16のいずれかに記載の組成物。
  18. 請求項1〜17のいずれかに記載の組成物に含まれる担体−タンパク質抗原接合体を製造する方法であって、
    (a)担体タンパク質をコードする核酸と、担体タンパク質をコードする核酸に少なくとも3つのnnAAを組み込むためのtRNAを含む反応混合物を産生することを含む、無細胞抽出物ベースのタンパク質合成によって担体タンパク質を製造し、ここで、nnAAは少なくとも2つの抑制コドン部位が組み込まれ、担体タンパク質をコードする核酸が第1のバイオ直交性反応性部分および少なくとも1つのT細胞活性化エピトープを含む少なくとも3つのnnAAを含み;
    (b)抗原における部位に第2のバイオ直交性反応性部分を組み込むことにより誘導体化された抗原を産生し、ここで、該第2のバイオ直交性反応性部分は第1のバイオ直交性反応性部分と反応でき;そして
    (c)担体タンパク質と誘導体化された抗原を反応させて、担体−タンパク質抗原接合体を製造する
    ことを含む、方法。
  19. 担体タンパク質が4〜6つのnnAAを含む、請求項18に記載の方法。
  20. (i)工程(c)がシクロオクチン反応性基とアジド基の間の歪み促進アジド−アルキン負荷環化を含む;
    (ii)工程(a)で産生された担体タンパク質が可溶性画分および不溶性画分を含み、可溶性画分と不溶性画分との比率が少なくとも40%(w/w)である;
    (iii)工程(a)の無細胞抽出物ベースのタンパク質合成を25℃以下で行う;
    (iv)tRNAの濃度が少なくとも20μMである;および/または
    (v)工程(c)で形成された担体−タンパク質抗原接合体における多糖類と担体タンパク質との比率(重量単位)が(A)約0.9〜約3.0(w/w)である、(B)1を超えるまたは(C)1.0〜2.8である、
    請求項18または19に記載の方法。
  21. 可溶性画分と不溶性画分との比率が少なくとも60%である、請求項20に記載の方法。
  22. 工程(a)の無細胞抽出物ベースのタンパク質合成を20℃以下で行う、請求項20または21に記載の方法。
  23. 配列番号1と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、CRM197由来のT細胞活性化エピトープを含み、配列番号1による天然ポリペプチド内に天然に生じるアミノ酸と置換される2〜9のnnAAを含み、ここで、nnAAが配列番号1のK25、K34、K38、K40、K213、K215、K228、K245、K265、K386、K523またはK527と交換される、担体タンパク質。
  24. nnAAがアジド部分を含む、請求項20に記載の担体タンパク質。
  25. 一種のnnAAのみを含む、請求項20または21に記載の担体タンパク質。
  26. nnAAがパラ−アジド−Phe(「pAF」)、パラ−アジド−メチル−Phe(「pAMF」)、パラ−フルオロ−Phe、パラ−アセチル−Pheまたはパラ−ベンゾイル−Pheである、請求項20〜22のいずれかに記載の方法。
  27. 4〜6つのnnAAを含む、請求項23〜26のいずれかに記載の方法。
  28. 担体タンパク質が配列番号9のアミノ酸配列を含みここで、各XがnnAAを表す、請求項27に記載の方法。
  29. XがpAMFを表す、請求項8に記載の方法。
  30. pH7.4のトリス緩衝液中、20℃で少なくとも50mg/Lの溶解度を有する、請求項23〜29のいずれかに記載の方法。
  31. (i)抗原が血清型1、3、4、5、6A、6B、7F、9V、14、18C、19A、19F、23F、2、6C、8、9N、10A、12F、15A、15B、15C、16F、17F、20、20A、20B、22F、23A、23B、24F、24B、31、33F、34、35B、35Fおよび38からなる群から選択される肺炎連鎖球菌由来の莢膜多糖類である;および
    (ii)担体タンパク質が莢膜多糖類がnnAAに共役している、請求項23〜29の何れかに記載の担体タンパク質である、
    担体タンパク質−抗原接合体。
  32. 接合が請求項17に記載の連結部を含む、請求項31に記載の担体タンパク質−抗原接合体。
  33. 対象における抗原に対する免疫防御性抗体反応を誘発するための医薬組成物であって、非経口投与に好適な賦形剤中に、請求項1〜19のいずれかに記載の組成物または請求項21もしくは請求項32に記載の接合体を前記対象に投与することを含む、医薬組成物。
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