JP2020500530A - 合成免疫受容体およびその使用方法 - Google Patents

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Abstract

本開示は、合成免疫受容体(SIR)、SIRをコードする核酸、SIRを作製する方法およびSIRを、例えば養子細胞療法において、使用する方法を提供する。【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2016年12月2日出願の米国仮出願第62/429,619号および2016年12月2日出願の米国仮出願第62/429,597号の合衆国法典第35編第119条に基づく優先権を主張し、これらの仮出願の開示は、参照により本出願に組み込まれる。
本発明は、合成免疫受容体(synthetic immune receptor)(SIR)のポリペプチド、ポリヌクレオチド、発現コンストラクト、ならびに合成免疫受容体(SIR)を発現するように操作された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NKT細胞)および幹細胞の使用に関する。本開示はまた、癌、感染症、アレルギー疾患、自己免疫疾患、変性性疾患またはそれらの組み合わせを包含するがこれらに限定されない疾患および障害を治療するためにそのようなポリペプチド、ポリヌクレオチド、発現コンストラクトおよび組換え細胞を使用する方法も提供する。
参照による配列表の組み込み
本出願には、2017年12月2日に作製され、IBM−PC、MS Windows OSでマシンフォーマットされた、77,085,242バイトのデータを有する「Sequence_ST25.txt」と言う題の配列表が添付されている。当該配列表は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本出願に組み込まれる。
腫瘍を選択的に認識し破壊するために免疫細胞を活性化する戦略、すなわち、癌免疫療法は、癌治療にとって強力なアプローチを提供する。腫瘍特異的T細胞およびキメラ抗原受容体(CAR)修飾T細胞(CAR−T細胞)の養子移入を用いる免疫療法は、転移性癌患者の一部において疾患の永続的かつ完全な退縮を媒介する。
CAR―T細胞での成功にもかかわらず、このアプローチにはいくつかの制限が存在する。操作されたCAR−T細胞に応答する患者の大半において、炎症促進性サイトカインの過剰な放出が、発熱、低血圧、低酸素血症、心機能障害、腎不全および電解質異常を含む症状(総称的に「サイトカイン放出症候群」(CRS)と呼ばれる)を引き起こす。いくつかの症例では、CAR療法は、振戦、発作を含む、神経症状をもたらす可能性があり、致命的になり得る。CRSを相殺するための戦略には、サイトカイン放出を阻止するための、免疫抑制剤、およびサイトカインに対する抗体、での治療が含まれる。
加えて、癌免疫療法の成功についての最も重要な課題の一つは、移入後数か月以上、斯かる遺伝子改変T細胞が存続しなければならないことである。これは、CAR遺伝子で修飾されたT細胞に関しては、より大きな課題であることが分かっている。
共刺激ドメインCD28または41BBを含ませるCARコンストラクトの最近の分子設計は、持続性の改善を達成している。しかし、CARコンストラクトに共刺激ドメインを含ませると、受容体を介した非生理学的シグナル伝達が発生する。いくつかのCARは、抗原に依存しない持続的なシグナル伝達を示し、その結果、最終的にはアポトーシスが起こる無制限の細胞活性化、コグネイト抗原に依存しない過剰なサイトカイン放出、および免疫の疲弊が生じる。CD28およびLCD3zタンデムシグナルドメインを含むいくつかのCARの発現により、形質導入初代ヒトT細胞の構成的活性化および増殖(これはインビボでの劣った効力に関連付けられている)が生じる(Frigaultら、2015)。T細胞の継続増殖を伴うCARの表現型をもたらすことが分かっているメカニズムの一つは、細胞表面におけるCARの密度が高いことであった(Frigaultら、2015)。
T細胞受容体(TCR)は、T細胞表面に発現する。ヒトにおいては、斯かる受容体は、ヒト白血球抗原(HLA)分子と抗原性ペプチドとの間で形成される複合体を認識する。斯かるペプチドの認識は、T細胞の免疫機能の活性化につながる。
ほとんどのT細胞において、TCRは、アルファ(α)鎖とベータ(β)鎖のヘテロ二量体である。β鎖は、2つのアイソフォーム、Cβ2(ヒトT細胞の80%)およびCβ1(ヒトT細胞の20%)、を有する。TCRの各鎖は、N末端免疫グロブリン(Ig)様可変(V)ドメインおよびIg様定常(C)ドメインを含み、それらはC末端に膜貫通領域および短い細胞質尾部を含む。
本開示は、少なくとも1つの合成免疫受容体(SIR)をコードする少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを提供し、上記少なくとも1つのSIRは、(a)T細胞受容体(TCR)定常鎖であって、(i)配列番号3010と少なくとも98%同一であり、48、61、91、92、93、および/または94の位置に1つ以上の変異を有し、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、(ii)配列番号3024と少なくとも98%同一であり、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、(iii)配列番号3025と少なくとも98%同一であり、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、(iv)配列番号3046、3047、または3048と少なくとも98%同一であり、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、(v)配列番号3049と少なくとも98%同一であり、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、(vi)配列番号3051または3052と少なくとも98%同一であり、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、ならびに(vii)(i)と(ii)、(i)と(iii)、(iv)と(ii)、(iv)と(iii)、および(v)と(vi)、から選択される2つのTCR定常鎖の二量体の組み合わせ、から成る群から選択されたアミノ酸配列を有するT細胞受容体定常鎖と、(b)任意選択のリンカーと、(c)(a)に連結された1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインであって、(1)抗体、(2)抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)、(3)抗体の重鎖可変領域(vHドメイン)またはその断片、(4)抗体の軽鎖可変領域(vLドメイン)またはその断片、(5)単鎖可変断片(scFv)またはその断片、(6)単一ドメイン抗体(SDAB)またはその断片、(7)ラクダ科動物由来VHHドメインまたはその断片、(8)抗体の単量体可変領域、(9)DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オーボディ(obody)、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、またはそれらの断片等の、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、(10)受容体またはその断片、(11)リガンドまたはその断片、(12)二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンド、および(13)自己抗原またはその断片、から成る群から選択される1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインと、を含み、(a)(i)〜(a)(iii)の変異体および(a)(vii)の二量体は、抗原結合ドメインの標的抗原に対する多様な結合親和性をもたらし、上記親和性は、同じ結合ドメインを有するcTCRの結合親和性よりも少なくとも5%大きく、合成免疫受容体は、リンパ球で発現した場合に、リンパ球の表面上の1つ以上の連続鎖で、上記抗原結合ドメインおよびT細胞受容体定常鎖の両方を発現し、その結果、発現した抗原結合ドメインがその抗原に結合した際に、リンパ球が、活性化、増殖、サイトカインを分泌および/または標的細胞の死滅を調整(誘発または抑制)するようにトリガーされ且つMHC拘束性およびMHC非拘束性の抗体タイプ特異性を有する。1つの実施形態において、(a)(vii)のTCR定常鎖を有しており、非天然TCR結合ドメインは、所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖および軽鎖またはその断片の可変領域であって、発現した場合に、抗体の重鎖および軽鎖またはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗体の重鎖および軽鎖またはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、可変領域と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単鎖可変断片(scFv)であって、発現した場合に、scFvの1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、scFvのもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、単鎖可変断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの抗体断片であって、発現した場合に、抗体断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗体断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、抗体断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単一ドメイン抗体(SDAB)断片であって、発現した場合に、SDAB断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、SDAB断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、単一ドメイン抗体断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのラクダ科動物由来vHHドメインであって、発現した場合に、vHHドメインの1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、vHHドメインのもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、vHHドメインと、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドであって、発現した場合に、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドの1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドドメインのもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの受容体またはその断片であって、発現した場合に、受容体またはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、受容体またはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのリガンドまたはその断片であって、発現した場合に、リガンドまたはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、リガンドまたはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの構造的に異なる抗原結合断片であって、発現した場合に、抗原結合断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗原結合断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、構造的に異なる抗原結合断片と、2つの結合断片であって、そのいずれかまたは両方が二重特異性または多重特異性であり、発現した場合に、抗原結合断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗原結合断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、結合断片と、2つの自己抗原またはその断片であって、発現した場合に、自己抗原またはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、自己抗原またはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、2つのvLまたはその断片であって、発現した場合に、vLまたはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、vLまたはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、2つのvHまたはその断片であって、発現した場合に、vHまたはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、vHまたはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(a)(iv)のTCR定常鎖は、所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域またはその断片と、所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域またはその断片と、所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)またはその断片と、所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、自己抗原またはその断片と、から成る群から選択される、非天然TCR結合ドメインを有する。更に別の実施形態において、(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、または(vi)をコードするポリヌクレオチドを有し、非天然TCR結合ドメインは、所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域と、所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域と、所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)と、所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、自己抗原またはその断片と、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、TCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドはコドン最適化配列である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(a)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、TCR定常鎖の発現および/または対形成を向上させる変異であって、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる変異を有するTCR定常鎖をコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(a)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号730〜743の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号730〜743の核酸配列に少なくとも70%同一の配列であって、TCRβ1またはTCRβ2鎖と二量体化可能な配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(b)または(c)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号744〜765の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号744〜765の核酸配列に少なくとも70%同一の配列であって、TCRα鎖と二量体化可能な配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(v)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号769〜
770の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号769〜770の核酸配列に少なくとも70%同一の配列であって、TCRδ鎖と二量体化可能な配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(vi)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号771〜772の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号771〜772の核酸配列に少なくとも70%同一の配列であって、TCRγ鎖と二量体化可能な配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(iv)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号766〜768の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号766〜768の核酸配列に少なくとも70%同一の配列であって、TCRβ1またはTCRβ2鎖と二量体化可能な配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、1つ以上の疾患関連抗原に結合する上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン(surviving);テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRα4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、GD3、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、scFv、Fv、Fab、(Fab’)2、単一ドメイン抗体(SDAB)、vHまたはvLドメイン、ラクダ科動物由来vHHドメイン、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、例えば、DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、受容体、またはリガンドを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、(i)配列番号226〜400または10203〜10321のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる重鎖可変領域(vH)と、(ii)配列番号16〜191または10085〜10202のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる軽鎖可変領域(vL)と、(iii)配列番号488〜657、10346〜10400、または18098〜18160のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる単鎖可変断片(scFv)と、(iv)配列番号421〜445または10322〜10337のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされるラクダ科動物VHHドメインと、(v)配列番号439〜443のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる非免疫グロブリンスカフォールドと、(vi)配列番号456〜468のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドを
コードするポリヌクレオチドによりコードされる受容体と、(vii)配列番号476〜486または10402〜
10404のいずれかの配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであって、抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされるリガンドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号13999〜14879または14880のいずれか1つに記載の選択標的抗原のための1つ以上の軽鎖相補性決定領域、および/または配列番号14881〜15761または15762のいずれか1つに記載の選択標的抗原のための1つ以上の軽鎖相補性決定領域を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2307〜2482または12042〜12159のいずれか1つに記載の配列を有する可変軽鎖(vL)ドメイン、および/または10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2506〜2680または12160〜12278のいずれか1つに記載の配列を有する可変重鎖(vH)ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2701〜2725または12279〜12294のいずれか1つに記載の選択抗原のための1つ以上のラクダ科動物vHH相補性決定領域を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2728〜2732または12296〜12301のいずれか1つに記載のアミノ酸を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を含む非免疫グロブリン抗原結合ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2307〜2482または12042〜12159のいずれか1つの配列を有する可変軽鎖(vL)ドメインの1つ以上の軽鎖相補性決定領域と、配列番号2506〜2680または12160〜12278のいずれか1つの配列を有する可変重鎖(vH)ドメインの1つ以上の重鎖相補性決定領域とを含むscFvドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2770〜2939、12303〜12357、および18162〜18224から成る群であって、各々10までの保存的アミノ酸置換体を有する群から選択された配列を含むscFv断片を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る1つ以上の受容体を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2758〜2768または12359〜12361のうちいずれかの配列から成る1つ以上のリガンドを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD16A、NKG2D、CD4、PD1、デスモグレイン3(Dsg3)、またはCD4−DC−SIGNの細胞外ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、hTPO、mTPO、CGHα鎖、CGHβ鎖、FHβ鎖、LHβ鎖、TSHβ鎖、APRIL、またはそれらの組み合わせのうち1つ以上の細胞外ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれか1つの配列を含み、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)と、a)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれかに記載されている任意のラクダ科動物vHH、またはb)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、またはc)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、またはd)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインとを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか記載のラクダ科動物vHHと、a)配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれかの配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)、またはb)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、またはc)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、またはd)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインと、を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、リンカー領域によりTCR定常領域の各々に任意に接続されており、前記リンカー領域の核酸は、配列番号2981〜2992およびそれらの任意の組み合わせから成る群から選択されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列をコードするか、あるいはリンカーは、配列番号701〜714から成る群から選択される核酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列によってコードされている。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、それを取得した抗体よりも少なくとも5倍少ない標的抗原への結合親和性を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、SIRをコードするポリヌクレオチドは、各鎖のN末端に存在し配列番号1〜9および10から成る群から選択される配列を有するリーダー配列またはシグナルペプチドを更に有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、少なくとも1つのポリヌクレオチドは2つのSIRをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記ポリヌクレオチドは、切断可能リンカーをコードするヌクレオチド配列によって結合された2つのSIRをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、自己切断による切断可能リンカーである。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、切断可能リンカーは、2Aリンカー、2A様リンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、T2Aリンカー、P2A、F2A、E2Aリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、配列番号780〜785のうち任意の1つ以上の配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチド配列の前には、任意に、フーリン切断部位、フーリン様切断部位、またはそれらの機能的等価物をコードするヌクレオチド配列が位置する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーに先行するフーリン切断部位は、配列番号788〜790のうち任意の1つ以上の配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチド配列の前には、可撓性リンカーをコードするヌクレオチド配列が位置する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーに先行する可撓性リンカーは、Ser−Glyリンカー、Ser−Gly−Ser−Glyリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち1つ以上をコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーに先行する可撓性リンカーは、配列番号786〜787の配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、順番が、フーリン切断部位、可撓性リンカー、切断可能リンカーとなるよう、上記フーリン切断部位をコードするポリヌクレオチド配列の後ろに可撓性リンカーをコードするポリヌクレオチドが位置し、その後ろに切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチドが位置する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチドは、第二SIRをコードしたリーダー配列(シグナルペプチド)をコードする配列の前に存在する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRは、選択抗原のために、多様な結合親和性を有するように設計可能である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRはアクセサリーモジュールを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記アクセサリーモジュールはCD3zドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCR定常鎖は、(viii)配列番号12401、12402、12403、12408、または12409と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列と、(ix)配列番号12421、12422、12423、12427、または12428と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列と、(x)(viii)および(ix)の2つのTCR定常鎖の二量体組み合わせと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインはCD19と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2318〜2324、12060〜12068、12108、12127、および12156のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる相補性決定領域(CDR)と、配列番号2517〜2523、12178〜12186、1227、12246、および12275のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる相補性決定領域(CDR)と、配列番号12288に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、配列番号2770〜2774、12325、12308、18162〜18170、および12354のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3135〜3235、3250〜3346、3396、3401〜3403、3406、3429〜3432、3435〜3439、3540、3855〜3859、12431〜12489、12491〜
12493、12495〜12530、12534、13195〜13203、
13250、13267、13289、13429〜13437、13483、13501、および13523から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD20と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2325〜2326、12069〜12077、および12078のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2524〜2525、12187〜12195、および12196のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号12289または12290に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、配列番号2787〜2788、18177〜18186、および18187のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3263、3348、3456〜3457、3876〜3877、12464〜12465、12477〜12482、12492、12534、13204〜13213、13438〜13446、および13447から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD22と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2327〜2329、12122〜12126、および12132のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2526〜2528、12241〜12245、および12251のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2789〜2791、12320〜12330、および18188のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドにおいて、配列番号3332,3433、3458〜3460、3878〜3880、12483、12485、12488〜12490、13241〜13245、13268、13475〜13479、および13502から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、BCMAと結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2310〜2313、12046〜12048、12118〜12119、12139〜12145、および12146のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2509〜2512、12164〜12166、12237〜12238、12258〜12264、および12265のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号12279〜12281、12283〜12285、12287、12291〜12292、12293、または12294に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、配列番号2780〜2783、12237〜12344、18174〜18175、および18176のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3445〜3449、3866〜3869、12463、12533、12535〜12536、13181〜13183、13261〜13262、13277〜13284、13415〜13417、13495〜13496、13511〜13517、および13518から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、MPLと結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2414〜2421、12120、12128、および12129のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2611〜2618、12239、12247、および12248のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2871〜2878、12326〜12327、および12318のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記配列番号3347、3373、3427〜3428、3495、3556〜3562、3979〜3985、4025、12454、12456、12458、12462、12532、13259、13265〜13266、13493、13499、および13500から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CS1と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2355〜2358、12090〜12094、および12095のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2553〜2555、12209〜12213、および12214のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2817〜2819、18211〜18215、および18216のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドにおいて、配列番号3376、3487、3489、3907〜3909、12455、12457、12459、12461、12476、13226〜13231、13460〜13464、および13465から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD33と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2336〜2337、12079〜12084、および12085のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2535〜2536、12197〜12202、および12203のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2795〜2796、18189〜18193、および18194のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3464〜3465、3884〜3885、12460、12473、12479、13214〜13220、13448〜13453、および13454から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD123と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2315、2472、12049〜12058、および12059のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2514、2670、12167〜12176、および12177のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2716または2717に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、配列番号2801、2929、18196〜18205、および18206のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3266〜3267、3366〜3368、3375、3378、3405、3409、3434、3470、3492〜3497、3617、3890、3912〜3913、4041、12480、13184〜13194、13418〜13427、および13428から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、葉酸受容体1と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2373に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2570に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2833に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3511および3928から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、メソテリンと結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2413、12154、および12155のうちのいずれか1つに少なくとも
98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2609〜2610、12273、および12274のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2713〜2714または2725に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、配列番号2870、2899、12352、および12353のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドにおいて、配列番号3414、3419、3554、3585、3976、4008、13287〜13288、13521、および13522から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、IL13Ra2と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2399および2400のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2595および2596のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2858および2859のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドにおいて、配列番号3541〜3542、3542、3963、および3964から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD138と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2316に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2515に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2802に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記組換えポリヌクレオチドにおいて、配列番号3268、3374、3404、3471、および3891から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、TCRgdと結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2449に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2646に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2907に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3594および4017から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、TCRB1と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2445および2446のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2642および2643のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2903および2904のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3590〜3591、4013、および4014から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、TCRB2と結合する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2447および2448のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2644および2645のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、またはポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、配列番号2905および2906のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、から成る群から選択される。上記組換えポリヌクレオチドは、配列番号3353〜3364、3592〜3593、4015、および4016から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする。
治療コントロールと共発現する本明細書記載の組換えポリヌクレオチドを有する組換え発現システムであって、上記治療コントロールは、切断型上皮増殖因子受容体(tEGFR)、切断型切断型上皮増殖因子受容体viii(tEGFRviii)、切断型CD30(tCD30)、切断型BCMA(tBCMA)、切断型CD19(tCD19),CD34、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、ニトロレダクターゼ、キサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ、ヒトカスパーゼ8、ヒトカスパーゼ9、誘導型カスパーゼ9(icaspase9)、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、リナマラーゼ/リナマリングルコースオキシダーゼ、デオキシヌクレオシドキナーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)/インドール−3−酢酸(IAA)、γグルタミルシステインシンターゼ、CD20/αCD20、CD34/チミジンキナーゼキメラ、dox依存カスパーゼ2、変異チミジンキナーゼ(HSV−TKSR39)、AP1903/Fasシステム、キメラサイトカイン受容体(CCR)、選択マーカー、およびそれらの組み合わせから成る群から選択される。1つの実施形態において、上記tEGFRおよびtEGFRviiiは、EGFR特異的siRNA、低分子化合物、抗EGFR抗体またはその断片、またはそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する。別の実施形態において、上記tCD30は、CD30特異的siRNA、低分子化合物、抗CD30抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する。別の実施形態において、上記tCD19は、CD19特異的siRNA、低分子化合物、抗CD19抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する。別の実施形態において、上記CD34は、CD34特異的siRNA、低分子化合物、抗CD34抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する。 別の実施形態において、上記選択マーカーは、ジヒドロキシ葉酸受容体、変異DHFR、メチル化DNAタンパク質システインメチルトランスフェラーゼ、イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼII(IMDHP2)、ピューロマイシンアセチルトランスフェラーゼ(PAC)、ブラスティシジン耐性遺伝子、変異カルシニューリンa/b(Can/b)、CNa12、CNb30、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する。更に別の実施形態において、上記CCRは、(i)IL−7サイトカインリンカーIL7Ra、(ii)IL2Rβの細胞質ドメインのうち、IL−7Ra膜貫通ドメインのIL−RaIL−7サイトカインリンカー細胞外ドメイン、(iii)IL−7サイトカインリンカーIL2Rβ、および(iv)それらの組み合わせのうち任意の1つ以上を有する。別の実施形態において、上記組換え発現システムは、アクセサリーモジュールと共に共発現する本開示の組換えポリヌクレオチドを有し、上記アクセサリーモジュールは、41BBL、CD40L、K13、MC159、cFLIP−L/MRITα、cFLIP−p22、HTLV1 Tax、HTLV2 Tax、HTLV2 Tax2―RS変異体、FKBPx−K13、FKBPx−HTLV2−Tax、FKBPx−HTLV2−Tax―RS、IL6R−304−vHH−Alb8−vHH、IL12f、PD1−4H1 scFV、PD1−5C4 scFV、PD1−4H1−Alb8−vHH、PD1−5C4−Alb8−vHH、CTLA4イピリムマブscFV、CTLA4イピリムマブAlb8−vHH、IL6−19A−scFV、IL6−19A−scFV−Alb8−vHH、sHVEM、sHVEM−Alb8−vHH、hTERT、Fx06、CD3z、CD3z−GGGS−41BB、CD3−BBz、CD3−CD28z、CD3−CD28−Lck融合タンパク質、shRNA標的Brd4、キメラ抗原受容体(CAR)、hTERT、ヘパリナーゼ、CAR、阻害CAR、およびそれらの組み合わせから成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRをコードする組換えポリヌクレオチド、1つ以上の治療コントロール、および/または1つ以上のアクセサリーモジュールは、切断可能リンカーをコードするヌクレオチド配列によって結合される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは自己切断による切断可能リンカーである。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチド配列の前には、フーリン切断部位、フーリン様切断部位、またはそれらの機能的等価物をコードするヌクレオチド配列が位置する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチド配列の前には、任意に、可撓性リンカーをコードするヌクレオチド配列が位置する。
更に、本開示は本明細書記載の組換えポリヌクレオチドを有する少なくとも1つのベクターを提供し、該ベクターは、DNAベクター、RNAベクター、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、sleeping beautyトランスポゾンベクター、およびpiggybacトランスポゾンベクターから成る群から選択される。1つの実施形態において、ベクターのバックボーンは、配列番号870〜875および876から成る群から選択される配列を有する。別の実施形態において、上記ベクターは、EF−1プロモーター、CMV IE遺伝子プロモーター、EF−1aプロモーター、ユビキチンCプロモーター、MSCV LTRプロモーター、およびホスホグリセレートキナーゼ(PGK)プロモーターから選択されるプロモーターを有する。更なる実施形態において、上記EF−1プロモーターは、配列番号877の配列またはそれと80〜99%同一である配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記ベクターはインビトロ転写ベクターである、あるいは上記ベクターはポリ(A)テールまたは3’UTRを更に有する。
本開示は、本開示の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドによってコードされている少なくとも1つのポリペプチドを提供する。
更に、本開示は、本明細書記載の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを発現する組換え細胞も提供する。
更に、本開示は、単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体も提供し、当該単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体は、(a)T細胞受容体(TCR)定常鎖であって、(i)配列番号3010と少なくとも98%同一であり、48、61、91、92、93、および/または94の位置に1つ以上の変異を有し、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、(ii)配列番号3024と少なくとも98%同一であり、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、(iii)配列番号3025と少なくとも98%同一であり、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、(iv)配列番号3046、3047、または3048と少なくとも98%同一であり、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、(v)配列番号3049と少なくとも98%同一であり、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、(vi)配列番号3051または3052と少なくとも98%同一であり、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、(vii)(i)および(ii)、(i)および(iii)、(iv)および(ii)、(iv)および(iii)、(v)および(vi)から選択される2つのTCR定常鎖の二量体組み合わせと、から成る群から選択されたアミノ酸配列を有するT細胞受容体定常鎖と、(b)任意のリンカーと、(c)(a)に結合された1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインであって、(1)抗体と、 (2)抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、(3)抗体の重鎖可変領域(vHドメイン)またはその断片と、(4)抗体の軽鎖可変領域(vLドメイン)またはその断片と、(5)単鎖可変断片(scFv)またはその断片と、(6)単一ドメイン抗体(SDAB)またはその断片と、(7)ラクダ科動物由来VHHドメインまたはその断片と、(8)抗体の単量体可変領域と、(9)DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、またはそれらの断片等の、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、(10)受容体またはその断片と、(11)リガンドまたはその断片と、(12)二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、(13)自己抗原またはその断片と、から成る群から選択される非天然TCR抗原結合ドメインとを含み、(a)(i)〜(a)(iii)の変異体は、抗原結合ドメインの標的抗原に多様な結合親和性を有し、合成免疫受容体は、リンパ球で発現した場合に、リンパ球の表面上の1つ以上の連続鎖で、抗原結合ドメインおよびT細胞受容体定常鎖の両方を発現し、発現した抗原結合ドメインがその抗原に結合した際に、サイトカインを活性化、増殖、および分泌するようにトリガーされ、および/または標的細胞の死滅を調整(誘発または抑制)し、MHC拘束性およびMHC非拘束性の抗体タイプ特異性を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記(a)(vii)のTCR定常鎖は非天然TCR結合ドメインを有し、該非天然TCR結合ドメインは、所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖および軽鎖またはその断片の可変領域であって、発現した場合に、抗体の重鎖および軽鎖またはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗体の重鎖および軽鎖またはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、可変領域と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単鎖可変断片(scFv)であって、発現した場合に、scFvの1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、scFvのもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、単鎖可変断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの抗体断片であって、発現した場合に、抗体断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗体断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、抗体断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単一ドメイン抗体(SDAB)断片であって、発現した場合に、SDAB断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、SDAB断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、単一ドメイン抗体断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのラクダ科動物由来vHHドメインであって、発現した場合に、vHHドメインの1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、vHHドメインのもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、vHHドメインと、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドであって、発現した場合に、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドの1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドドメインのもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの受容体またはその断片であって、発現した場合に、受容体またはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、受容体またはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのリガンドまたはその断片であって、発現した場合に、リガンドまたはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、リガンドまたはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの構造的に異なる抗原結合断片であって、発現した場合に、前記抗原結合断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗原結合断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、構造的に異なる抗原結合断片と、2つの結合断片であって、そのいずれかまたは両方が二重特異性または多重特異性であり、発現した場合に、抗原結合断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、抗原結合断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、結合断片と、2つの自己抗原またはその断片であって、発現した場合に、自己抗原またはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、自己抗原またはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、2つのvLまたはその断片であって、発現した場合に、vLまたはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、vLまたはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、2つのvHまたはその断片であって、発現した場合に、vHまたはその断片の1つは、T細胞定常領域の(a)(vii)の2つの鎖のうちの一つに付いており、vHまたはその断片のもう1つは、T細胞定常領域の2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(a)(iv)のTCR定常鎖は非天然TCR結合ドメインを有しており、該非天然TCR結合ドメインは、所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域またはその断片と、所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域またはその断片と、所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)またはその断片と、所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、自己抗原またはその断片と、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、または(vi)のTCR定常ドメインを有しており、非天然TCR結合ドメインは、所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域と、所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域と、所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)と、所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、自己抗原またはその断片と、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCR定常鎖(複数も可)は、TCR定常鎖の発現および/または対形成を向上させる変異であって、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる変異を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCRの定常領域は、配列番号3010〜3023から成る群から選択される配列、または配列番号3010〜
3023から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体α鎖(Cα)である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCRの定常領域は、配列番号3024〜3044から成る群から選択される配列、または配列番号3024〜3044から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体β鎖(Cβ)である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCRの定常領域は、配列番号3049〜3050から成る群から選択される配列、または配列番号3049〜3050から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体γ鎖(Cγ)である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCRの定常領域は、配列番号3051〜3052から成る群から選択される配列、または配列番号3051〜3052から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体δ鎖(Cδ)である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記TCRの定常領域は、配列番号3046〜3048から成る群から選択される配列、または配列番号3046〜3048から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するプレTCR受容体α鎖(前Cα)である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の疾患関連抗原に結合する1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、GD3、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、scFv、Fv、Fab、(Fab’)2、単一ドメイン抗体(SDAB)、vHまたはvLドメイン、ラクダ科動物由来vHHドメイン、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、例えば、DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、受容体、またはリガンドを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、(i)配列番号2506〜2680または12160〜12278のいずれかに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする重鎖可変領域(vH)と、(ii)配列番号2307〜2482または12042〜12159のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする軽鎖可変領域(vL)と、(iii)配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする単鎖可変断片(scFv)と、(iv)配列番
号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも
98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードするラクダ科動物VHHと、(v)配列番号439〜443のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列によりコードされ、同種に結合するポリペプチドをコードする非免疫グロブリンスカフォールドと、(vi)配列番号2736〜2748のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする受容体と、(vii)配列番号2758〜2768または12359〜12361のうちのいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、同種に結合するポリペプチドをコードするリガンドと、から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号13999〜14879または14880のいずれかに記載の、選択標的抗原のための1つ以上の軽鎖相補性決定領域、および/または配列番号14881〜15761または15762のいずれかに記載の、選択標的抗原のための1つ以上の重鎖相補性決定領域を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2307〜2482または12042〜12159のうちいずれか1つの配列を含む可変軽鎖(vL)ドメイン、および/または10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2506〜2680または12160〜12278のうちいずれか1つの配列を含む可変重鎖(vH)ドメインを有する。上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のいずれかに記載の、選択された抗原のための1つ以上のラクダ科動物vHH相補性決定領域を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2728〜2732または12296〜12301のいずれかに記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を含む非免疫グロブリン抗原結合ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2307〜2482または12042〜12159のうちのいずれか1つの配列を有する可変軽鎖(vL)ドメインのうち1つ以上の軽鎖相補性決定領域と、配列番号2506〜2680または12160〜12278のうちのいずれか1つの配列を有する可変重鎖(vH)ドメインのうち1つ以上の重鎖相補性決定領域とを含むscFvドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、各々10までの保存アミノ酸置換体を有する、配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224から成る群から選択される配列を含むscFv断片を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る1つ以上の受容体を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361のうちいずれかの配列を含む1つ以上のリガンドを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD16A、NKG2D、CD4、PD1、デスモグレイン3(Dsg3)、またはCD4−DC−SIGNの細胞外ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、hTPO、mTPO、CGHα鎖、CGHβ鎖、FHβ鎖、TSHβ鎖、APRIL、またはそれらの組み合わせのうち1つ以上の細胞外ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれかの配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)と、a)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか記載のラクダ科動物vHH、またはb)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、またはc)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、またはd)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインとを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか記載のラクダ科動物vHHと、a)配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれかの配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)、またはb)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、またはc)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、またはd)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインとを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、リンカー領域により前記TCR定常領域の各々に任意に接続されており、前記リンカー領域の核酸は、配列番号2981〜3003およびそれらの任意の組み合わせから成る群から選択されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列をコードするか、あるいは前記リンカーは、配列番号701〜725から成る群から選択される核酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列によってコードされている。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、それを取得した抗体よりも少なくとも5倍少ない標的抗原への結合親和性を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRをコードするポリヌクレオチドは、各鎖のN末端に存在し配列番号1〜9および10から成る群から選択される配列を有するリーダー配列またはシグナルペプチドを更に有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRはSIRヘテロ二量体を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記ポリペプチドは、切断可能リンカーによって結合される2つのSIRを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、自己切断による切断可能リンカーである。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、2Aリンカー、2A様リンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、T2Aリンカー、P2A、F2A、E2Aリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である。更なる実施形態において、上記切断可能リンカーは、配列番号780〜785のうち任意の1つ以上の配列を有する。前述のいずれかの実施形態において、上記切断可能リンカーの前には、任意に、フーリン切断部位、フーリン様切断部位、またはそれらの機能的等価物が位置する。更なる実施形態において、上記切断可能リンカーに先行する前記フーリン切断部位は、配列番号788〜790のうち任意の1つ以上の配列を有する。更なる実施形態において、上記切断可能リンカーの前には可撓性リンカーが位置する。更なる実施形態において、上記切断可能リンカーに先行する前記可撓性リンカーは、Ser−Glyリンカー、Ser−Gly−Ser−Glyリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち1つ以上をコードする。上記切断可能リンカーに先行する前記可撓性リンカーは、配列番号786〜787の配列を有する。更なる実施形態において、順番が、フーリン切断部位、可撓性リンカー、切断可能リンカーとなるよう、上記フーリン切断部位の後ろに可撓性リンカーが位置し、その後ろに切断可能リンカーが位置する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRは、選択抗原のために、多様な結合親和性を有するように設計される。
本開示は、本明細書記載の少なくとも1つのポリペプチドまたはヘテロ二量体を有する免疫エフェクター細胞または幹細胞も提供する。
本開示は、本明細書記載の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを有する免疫エフェクター細胞または幹細胞も提供する。
本開示は、本明細書記載の、本開示の少なくとも1つのベクターを有する免疫エフェクター細胞または幹細胞も提供する。
前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、免疫エフェクター細胞または幹細胞は複数のSIRポリペプチドを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記複数のSIRポリペプチドのうち少なくとも1つのSIRポリペプチドは、少なくとも1つの他のSIRポリペプチドとは異なる抗原を標的にする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記複数のSIRポリペプチドのうち少なくとも1つのSIRポリペプチドは、同じ抗原を標的にする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記複数のSIRポリペプチドのうち少なくとも1つのSIRポリペプチドは、少なくとも1つの他のSIRポリペプチドとは異なる抗原への結合親和性を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記免疫細胞は、少なくとも1つのキメラ抗原受容体(CAR)ポリペプチドを更に有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIRポリペプチドの抗原結合ドメインは、CARポリペプチドの抗原結合ドメインとは異なる抗原を標的にする。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、CARポリペプチドは、共刺激シグナル伝達ドメインを含むが第一シグナル伝達ドメインは含まない細胞内シグナル伝達ドメインを有するか、あるいは第一シグナル伝達ドメインは含むが共刺激シグナル伝達ドメインは含まない細胞内シグナル伝達ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記CARポリペプチドは、4−1BB、CD28、CD27、またはOX−40から成る群から選択されたタンパク質の機能性シグナル伝達ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを有するか、あるいはCARポリペプチドは、CD3ζの機能性シグナル伝達ドメインを含む第一シグナル伝達ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記CARポリペプチドは抑制CARポリペプチドであり、該抑制CARポリペプチドは、抑制分子の抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを有し、抑制分子は、PD1、PD−L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、CEACAM−3、およびCEACAM−5から成る群から選択される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記CARポリペプチドは、第一シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または細胞内シグナル伝達ドメインを更に有し、当該細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζの機能ドメインを含む第一シグナル伝達ドメインと、4−1BBおよび/またはCD28の機能ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記CARポリペプチドは、配列番号3077〜配列番号3083のアミノ酸配列を有する。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記免疫エフェクター細胞は、任意に、免疫エフェクター細胞を発生可能なヒトT細胞、ヒトNKT細胞、または合成T細胞、あるいは幹細胞であり、T細胞は、ジアシルグリセロールキナーゼ(DGK)および/またはイカロス欠乏および/またはBrd4欠損である。
本開示は、SIR発現免疫エフェクター細胞を作製する方法を提供し、当該方法は、上記SIRポリペプチドが発現する条件下で、免疫エフェクター細胞、あるいは免疫エフェクター細胞を発生可能な造血幹細胞または前駆細胞へ、本開示の少なくとも1つのベクターまたは本開示の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを導入する工程を含む。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記方法は、a)免疫エフェクター細胞の母集団を提供する工程と、b)前記母集団から制限T細胞を除去する工程であって、それにより制限T枯渇細胞を提供する工程とを更に有し、工程a)およびb)は、ベクターまたは上記SIRをコードする組み換えポリヌクレオチドを母集団に導入する前に実行される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記制限T細胞は、抗CD25抗体または抗GITR抗体を用いて、前記細胞母集団から除去される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記方法は、a)免疫エフェクター細胞の母集団を提供する工程と、b)母集団からP−糖タンパク質(P−gpまたはPgp、MDR1、ABCB1、CD243)陽性細胞を濃縮する工程であって、それによりP−糖タンパク質(P−gpまたはPgp、MDR1、ABCB1、CD243)濃縮細胞の母集団を提供する工程とを更に有し、工程a)およびb)は、ベクターまたは上記SIRをコードする組み換えポリヌクレオチドを導入する前または後に実行される。前述のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記P−糖タンパク質陽性細胞は、i)P−糖タンパク質に特異的な工程のカクテルの1つ以上を用いる免疫選別と、ii)P−糖タンパク質がポンプとして活性であると言う条件下で、P−糖タンパク質の基質である蛍光染料の1つ以上、テトラメチルローダミンメチルエステル(TMRM)、アドリアマイシン、およびアクチノマイシンDを用いて染色し、前記染料で染色されにくい細胞を濃縮することと、iii)P−糖タンパク質の基質である光毒性化合物、例えば、TH9402、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸メチルエステル塩酸塩、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸エチルエステル塩酸塩、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸オクチルエステル塩酸塩、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸n−ブチルエステル塩酸塩、2−(6−エチルアミノ−3−エチルイミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸n−ブチルエステル塩酸塩、またはその誘導体、またはそれらの組み合わせの任意の1つ以上に耐性な細胞の選別と、iv)P−糖タンパク質の基質である細胞毒性化合物、例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、タキソール、パクリタキセル、ミトキサントロン、エトポシド、アドリアマイシン、ダウノルビシン、およびアクチノマイシンDに対する耐性の細胞の選別と、から成る群から選択される方法の任意の1つ以上を用いて濃縮される。
本開示は、RNA組換え細胞の母集団を発生させる方法を提供し、該方法は、インビトロ転写RNA(複数も可)または合成RNA(複数も可)を細胞または細胞の母集団に導入する工程を有し、その場合、上記RNA(複数も可)は本明細書記載の組換えポリヌクレオチド(複数も可)を有する。
本開示は、被験者に抗病性免疫を提供する方法を提供し、該方法は、本開示の免疫エフェクター細胞を発生可能な有効量の免疫エフェクター細胞または幹細胞を前記被験者に投与する工程を有しており、その場合、上記細胞は、免疫エフェクター細胞を発生可能な自己T細胞、同種T細胞、自己NKT細胞、同種NKT細胞、自己または同種造血幹細胞、または自己または同種iPSCである。1つの実施形態において、同種T細胞または同種NK細胞は、機能性TCRまたは機能性HLAの発現を欠如している、あるいは斯かる発現が少ない。
本開示は、病気関連抗原の発現に関連した病気を有する被験者の治療において、あるいは病気関連抗原の発現に関連した病気のリスクが増大している被験者の病気の予防において、免疫エフェクター細胞の効果を増大させる作用物質と併用して使用されるための、1つ以上の合成免疫受容体(SIR)を有する免疫エフェクター細胞を発生可能な免疫エフェクター細胞または幹細胞を有する組成物を提供し、(i)前記SIR分子は、病気関連抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインに任意のリンカーを通して結合する1つ以上のT細胞受容体定常鎖を有しており、前記病気関連抗原は、CD5、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択され、その場合、(ii)前記免疫細胞の効果を増大させるための作用物質が、プロテインホスファターゼ阻害剤と、キナーゼ阻害剤(例えば、P13K/AKT阻害剤、mTOR阻害剤、LCK阻害剤、またはBTK阻害剤)と、サイトカインと、免疫抑制分子の阻害剤と、TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる作用物質と、SIR修飾細胞の増殖および維持を増大させる作用物質と、ケモカインと、SIRの発現を増大させる作用物質と、SIRの発現または活性の調整を可能にする作用物質と、SIR修飾細胞の生存および/または維持の制御を可能にする作用物質と、SIR修飾細胞の副作用を制御する作用物質と、Brd4阻害剤と、病気の部位へ治療薬(例えばsHVEM)または予防薬を送達する作用物質と、SIRが標的とする抗原の発現を増大させる作用物質と、アデノシンA2a受容体アンタゴニストと、のうちの1つ以上から選択される。
本開示は、被験者における病気関連抗原の発現に関連する病気を治療または予防する方法を提供し、該方法は、免疫細胞の効果を増大させる作用物質との併用で、合成免疫受容体(SIR)分子を有する有効量の免疫エフェクター細胞を前記被験者へ投与する工程を有し、(i)前記SIR分子は、病気関連抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインに任意のリンカーを通して結合する1つ以上のT細胞受容体定常鎖を有しており、前記病気関連抗原は、CD5、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択され、(ii)前記免疫細胞の効果を増大させるための作用物質が、プロテインホスファターゼ阻害剤と、キナーゼ阻害剤(例えば、P13K/AKT阻害剤、mTOR阻害剤、LCK阻害剤、またはBTK阻害剤)と、サイトカインと、免疫抑制分子の阻害剤と、TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる作用物質と、SIR修飾細胞の増殖および維持を増大させる作用物質と、ケモカインと、SIRの発現を増大させる作用物質と、SIRの発現または活性の調整を可能にする作用物質と、SIR修飾細胞の生存および/または維持の制御を可能にする作用物質と、SIR修飾細胞の副作用を制御する作用物質と、Brd4阻害剤と、病気の部位へ治療薬(例えばsHVEM)または予防薬を送達する作用物質と、SIRが標的とする抗原の発現を増大させる作用物質と、アデノシンA2a受容体アンタゴニストとの1つ以上から選択され、それにより前記被験者を治療する、あるいは前記被験者の病気を予防する。
本開示は、被験者における病気関連抗原の発現に関連する病気を治療または予防する方法を提供し、当該方法は、合成免疫受容体(SIR)分子を含む有効量の免疫エフェクター細胞を前記被験者へ投与する工程を有し、(i)前記SIR分子は、病気関連抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインに任意のリンカーを通して結合する1つ以上のT細胞受容体定常鎖を有しており、前記病気関連抗原は、CD5、CD19;CD123;CD22;CD23;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α(FRaまたはFR1);葉酸受容体β(FRb);受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、KSHV K8.1、KSHV−gH、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択され、(ii)前記SIR分子の抗原結合ドメインは、前記抗原結合ドメインを誘導した抗体よりも少なくとも5倍少ない結合親和性を有する。
前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、病気関連抗原の発現に関連する病気は、増殖症、前癌状態、癌、および前記病気関連の発現に関連する非癌関連適応症から成る群から選択される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性白血病、急性リンパ性白血病(ALL)、B細胞急性リンパ性白血病(B−ALL)、T細胞急性リンパ性白血病(T−ALL)、慢性骨髄性白血病(CML)、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセルリンパ腫、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性症状、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、および前白血病の1つ以上から選択される血液癌である。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、癌は、結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝臓癌、肺非小細胞癌、小腸癌、食道癌、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭または首の癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門領域の癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頚癌、膣癌、外陰部の癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部肉腫、尿道癌、陰茎癌、小児の充実性腫瘍、膀胱癌、腎臓または尿管の癌、腎盂癌、中枢神経(CNS)の腫瘍、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹グリオーマ、垂体腺腫、カポジ肉腫、メルケル細胞癌、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、環境誘発癌、上記癌の組み合わせ、および上記癌の転移巣から成る群から選択される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記病気は、ウイルス感染に関連しており、限定されないが、HIV1、HIV2、HTLV1、エプスタインバーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、BKウイルス、ヒトヘルペスウイルス6型、ヒトヘルペスウイルス8型インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、鳥インフルエンザウイルス、MERSおよびSARSコロナウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ライノウイルス、エンテロウイルス、デング熱ウイルス、ウェストナイルウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、ラッサ熱ウイルス、ジカウイルス、RSV、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、ライノウイルス、水痘ウイルス1型および2型、水痘帯状疱疹ウイルス、HIV−1、HTLV1、肝炎ウイルス、エンテロウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、ニパおよびリフトバレー熱ウイルス、日本脳炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルスあるいは結核菌感染に関連したウイルス、不定型マイコバクテリア種、ニューモシスチスジロベシ、トキソプラズマ症、リケッチャー、ノカルディア、アスペルギルス、ムコール、およびカンジダを含む。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記病気は免疫病または変性疾患であり、限定されないが、真正糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ炎、尋常性天疱瘡、強直性脊椎炎、橋本甲状腺炎、SLE、サルコイドーシス、強皮症、混合性結合組織症、移植片対宿主病、およびアルツハイマー病を含む。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、(i)前記プロテインホスファターゼ阻害剤はSHP−1阻害剤および/またはSHP−2阻害剤であり、(ii)前記キナーゼ阻害剤は、CDK4阻害剤、CDK4/6阻害剤、mTOR阻害剤、MNK阻害剤、およびデュアルP13K/mTOR阻害剤のうち1つ以上から選択され、(iii)前記免疫抑制因子を阻害する作用物質は、前記抑制分子の発現を阻害する、抗体または抗体断片、阻害性核酸、クラスター化された、等間隔にスペーサーが入った、短い回文型のリピート(CRISPR)、TALエフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)を含み、(iv)前記TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる作用物質は、シクロホスファミド、抗GITR抗体、CD25枯渇、またはそれらの組み合わせから選択され、および/または、(v)前記Brd4阻害剤は、米国特許第20140256706A1号記載のJQ1、MS417、OTXO15、LY303511、およびBrd4阻害剤、あるいはそれらの誘導体から選択される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記免疫抑制剤は、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、 CEACAM−3、およびCEACAM−5から成る群から選択される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記抑制分子を阻害する作用物質は、抑制分子またはその断片を含む第一ポリペプチドと、細胞へ陽性シグナルを提供する第二ポリペプチドとを有し、上記第一および第二ポリペプチドは、上記SIR含有免疫細胞上で発現し、(i)上記第一ポリペプチドは、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、 CEACAM−3、およびCEACAM−5、またはその断片、および/または上記第二ポリペプチドは、第一シグナル伝達ドメインおよび/または共刺激シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを有する。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記第一シグナル伝達ドメインはCD3ζの機能性ドメインを有し、および/または上記共刺激シグナル伝達ドメインは、41BB、CD27、およびCD28から選択されるタンパク質の機能性ドメインを有する。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記サイトカインは、IL−15および/またはIL−21から選択される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIR分子(複数も可)を含む免疫エフェクター細胞と、免疫エフェクター細胞の効果を増大させる作用物質とは、実質的に同時に、または連続的に投与される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記SIR分子は、GITRを標的とする分子、および/またはGITR機能を調節する分子と併用して投与される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記GITRを標的とする分子および/またはGITR機能を調節する分子は、SIR発現細胞または細胞母集団の前に、あるいはアフェレシスの前に投与される。前述の方法または使用のいずれかに関する別のまたは更なる実施形態において、上記被験者はヒトである。
本開示は、本開示の少なくとも1つのポリヌクレオチドと、本開示のSIRポリペプチド分子と、本開示のベクターまたは本開示の細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを有する組成物も提供する。
本開示は、本開示の少なくとも1つのポリヌクレオチドと、本開示のSIRポリペプチド分子と、本開示のベクターまたは本開示の細胞と、および/または本開示の組成物とを有するキットも提供する。
本開示は、配列番号900〜2264、配列番号4531〜6013、配列番号7519〜8160、配列番号8803〜9230、配列番号9659〜9856、配列番号10474〜12041、配列番号15786〜16011、配列番号16240〜16465、配列番号16694〜16926、配列番号17162〜配列番号17394、配列番号17864〜17979、配列番号18321〜18322、配列番号18242〜18259、配列番号18280〜18588、配列番号18899、配列番号18915〜18916から成る群から選択される配列を有するか、あるいは配列番号900〜2264、配列番号4531〜6013、配列番号7519〜8160、配列番号8803〜9230、配列番号9659〜9856、配列番号10474〜12041、配列番号15786〜16011、配列番号16240〜16465、配列番号16694〜16926、配列番号17162〜配列番号17394、配列番号17864〜17979、配列番号18321〜18322、配列番号18242〜18259、配列番号18280〜18588、配列番号18899、配列番号18915〜18916のうちいずれか1つに記載の合成免疫受容体をコードするヌクレオチド配列に少なくとも75%同一の配列を有する、合成免疫受容体をコードする組換えポリヌクレオチドも提供する。
本開示は、配列番号3135〜4498、配列番号6044〜7518、配列番号8161〜8802、配列番号9231〜9658、配列番号9873〜10070、配列番号12431〜13998、配列番号16013〜16238、配列番号16467〜16692、配列番号16928〜17160、配列番号17396〜17628、配列番号17981〜18096、配列番号18239〜18240、配列番号18261〜18278、配列番号18590〜18898、配列番号18900、および配列番号18919〜18920から成る群から選択される合成免疫受容体ポリペプチドをコードするアミノ酸配列、あるいは配列番号3135〜4498、配列番号6044〜7518、配列番号8161〜8802、配列番号9231〜9658、配列番号9873〜10070、配列番号12431〜13998、配列番号16013〜16238、配列番号16467〜16692、配列番号16928〜17160、配列番号17396〜17628、配列番号17981〜18096、配列番号18239〜18240、配列番号18261〜18278、配列番号18590〜18898、配列番号18900、および配列番号18919〜18920のいずれか1つに記載の前記合成免疫受容体ポリペプチドをコードするアミノ酸配列に少なくとも75%同一の配列も提供する。
本発明の1つ以上の実施形態の詳細が以下に添付の図面および本明細書記載によって説明される。本発明の他の特徴、目的、および利点は、本明細書の記載、図面、および特許請求項から明白であろう。
図1は、抗体、TCR、二重鎖キメラ受容体、およびCARの異なる世代の概略図を示す。 図2は、本開示の例示的ベクターコンストラクトを示す。 図3A−図3Q。図3A−図3Qは、発現時に、本開示のSIRが取り得る種々のフォーマットの図を示す。斯かる図においては、TCRペアの各TCRはvHまたはvL結合ドメインにリンクされている。他の実施形態では、各TCRは、vHやvLではなくvHHドメインと結合している。 図4A−図4Q。図4A−図4Qは、発現時に、本開示のSIRが取り得る種々のフォーマットの図を示す。斯かる図においては、TCRペアのうち1つのTCRはvHまたはvLにリンクしており、斯かるvHまたはvLは次に反対側のvHまたはvLにリンクしている。(A)において、vLはTCRb鎖にリンクしているのが示してあるが、(A)〜(Q)の全図において、方向が変換可能なこと(例えば、(A)において、vLはTCRaにリンクされる)は認識されるであろう。 図5A−図5Q。図5A−Qは、本開示のSIRが取り得る種々のフォーマットの図を示す。斯かるコンストラクトにおいては、SIRは2つのTCR定常鎖のうちの1つだけに結合した単一ドメイン抗体(vHH)に基づいており、もう一つの鎖は空き状態である。例示的な斯かるコンストラクトは、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−Her3−17B05So−vHH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC[配列番号1715]である。vHHドメインの代わりに他の非免疫グロブリン結合ドメインに基づいて、類似のコンストラクトを作製することも可能である。例えば、斯かる非免疫グロブリン結合ドメインは、アフィボディ、DARPIN、自己抗原(例えばDsg3)、リガンド(例えばMPLまたはTRAIL)、または受容体(例えばCD16)に基づいていてもよい。 図6A−図6Q。図6A−Qは、本開示のSIRが取り得る種々のフォーマットの図を示す。斯かるコンストラクトにおいては、SIRは構造的に異なる2つのタイプの抗原結合ドメインを含んでいる。1つの例において、1つの抗原結合ドメインは単一ドメイン抗体から成り、もう1つの抗原結合ドメインは、vL/リンカー/vHの方向またはvH/リンカー/vLの方向のscFV断片から成る。別の例では、1つの抗原結合ドメインは単一ドメイン抗体から成り、もう1つの抗原結合ドメインは受容体(例えばCD16)から成る。別の例では、1つの抗原結合ドメインは単一ドメイン抗体から成り、もう1つの抗原結合ドメインはアフィボディから成る。2つの異なるタイプの抗原結合ドメインを用いる利点は、相互に干渉し合う可能性が小さくなることである。第一抗原結合ドメイン(例えばvHH)は1つの抗原に向かうことができ、第二の抗原結合ドメイン(例えばscFV断片)は別の抗原に向かうことが可能である。あるいは、親和力を増大させるため、両方が同じ抗原に向かっていてもよい。 図7A−図7Q。図7A−Qは、本開示のSIRが取り得る種々のフォーマットの図を示す。斯かるコンストラクトにおいては、SIRは2つのdcFV断片に基づいている。2つのscFv断片は2つの異なる抗原に向けられていてもよい(例えば、CD8SP−CD19Bu12−scFv−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD20−2F2−scFv−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(040716−B04)(配列番号1028)。あるいは、親和力を増大させるため、両方が同じ抗原に向かっていてもよい(例えば、CD8SP−CD19Bu12−scFv−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−scFv−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(020216−B07)(配列番号1026)。scFVのフォーマットはvH/リンカー/vLであってもよいし、vL/リンカー/vHであってもよい。 図8A−図8T。図8A−Tは、本開示のSIRが取り得る種々のフォーマットの図を示す。いくつかのSIRコンストラクトにおいては、シグナルペプチド(例えば、ヒトCD8シグナルペプチドから誘導される)から成るscFv断片が、Gly−Serリンカー(GGGGSx3)を通してフレーム単位でvL領域と融合しており、vH領域はCα、Cβ、前Cα、Cδ、またはCγ鎖と融合し、相補性鎖は存在しない。 図9A−図9B。図9A−Bは、293FT細胞におけるCARの発現を測定するNLucアッセイを示す。非形質導入293FT細胞、並びにCD19(FMC63−BBZ−PAC)および161−BBZ−PAC CARで形質導入した細胞をCD19−GGSG−NLuc−AcV5およびMPL−GGSG−NLuc−AcV5上澄みと共に培養し、PBSで洗浄し、PBSで希釈したセレンテラジン(CTZ:Nanolight)によりNLuc活性を測定した。発光はBio Tekプレートリーダーを用いて定量した。データは、三つのウェルの平均値+/−標準偏差(SD)を示す。 図9Aのつづき。 図10は、MPL−GGSG−NLuc AcV5上澄み液に対する、161(vL+vH)−Myc−BBz−PAC R07、175(vL+vH)−Myc−28z−PAC Q04、VB22(vL+vH)−Myc−28z−PAC B06 CARを発現しているT細胞の強力な結合、並びに161(vL+vH)−Myc−28z−PAC Z07、AB317(vL+vH)−Myc−28z−PAC T04、および12E10(vL+vH)−Myc−28z−PAC B06を発現しているT細胞の穏やかな結合を示しており、非形質導入T細胞または4C3(vL+vH)−Myc−28z−PAC対照CARを発現する細胞では重要な結合は観察されなかった。同様に、CD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄みを有するMPL CAR−T細胞では特異的な結合は観察されなかったので、アッセイの特異性が証明された。 図10は、MPL−GGSG−NLuc AcV5上澄み液に対する、161(vL+vH)−Myc−BBz−PAC R07、175(vL+vH)−Myc−28z−PAC Q04、VB22(vL+vH)−Myc−28z−PAC B06 CARを発現しているT細胞の強力な結合、並びに161(vL+vH)−Myc−28z−PAC Z07、AB317(vL+vH)−Myc−28z−PAC T04、および12E10(vL+vH)−Myc−28z−PAC B06を発現しているT細胞の穏やかな結合を示しており、非形質導入T細胞または4C3(vL+vH)−Myc−28z−PAC対照CARを発現する細胞では重要な結合は観察されなかった。同様に、CD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄みを有するMPL CAR−T細胞では特異的な結合は観察されなかったので、アッセイの特異性が証明された。 図10は、MPL−GGSG−NLuc AcV5上澄み液に対する、161(vL+vH)−Myc−BBz−PAC R07、175(vL+vH)−Myc−28z−PAC Q04、VB22(vL+vH)−Myc−28z−PAC B06 CARを発現しているT細胞の強力な結合、並びに161(vL+vH)−Myc−28z−PAC Z07、AB317(vL+vH)−Myc−28z−PAC T04、および12E10(vL+vH)−Myc−28z−PAC B06を発現しているT細胞の穏やかな結合を示しており、非形質導入T細胞または4C3(vL+vH)−Myc−28z−PAC対照CARを発現する細胞では重要な結合は観察されなかった。同様に、CD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄みを有するMPL CAR−T細胞では特異的な結合は観察されなかったので、アッセイの特異性が証明された。 図11は、野生型ヌクレオチド配列によりコードされたTCRαおよびTCRβ定常領域を含むSIRが、ヒト初代T細胞において効果的には発現しないことを示す図である。対照的に、追加のシステイン基を有するコドン最適化ヒトTCRa/bを含めて、鎖間ジスルフィド結合を促進させたSIRは、効果的に発現した。(081415−D06)(配列番号992)SIRに見られるように、ヒトTCRα/β定常鎖のマウス化は、SIRの発現を更に増大させた。更に、(082815−G07)(配列番号1620)および(082815−E05)(配列番号1622)コンストラクトに見られるように、scFv断片は、TCRb定常鎖と共発現させた場合、たとえTCRbが抗原結合部分を全く有しなくても、TCRa定常領域と融合することにより発現できる。 図11は、野生型ヌクレオチド配列によりコードされたTCRαおよびTCRβ定常領域を含むSIRが、ヒト初代T細胞において効果的には発現しないことを示す図である。対照的に、追加のシステイン基を有するコドン最適化ヒトTCRa/bを含めて、鎖間ジスルフィド結合を促進させたSIRは、効果的に発現した。(081415−D06)(配列番号992)SIRに見られるように、ヒトTCRα/β定常鎖のマウス化は、SIRの発現を更に増大させた。更に、(082815−G07)(配列番号1620)および(082815−E05)(配列番号1622)コンストラクトに見られるように、scFv断片は、TCRb定常鎖と共発現させた場合、たとえTCRbが抗原結合部分を全く有しなくても、TCRa定常領域と融合することにより発現できる。 図12は、望ましいまたは多様な結合親和性を有するSIRプールの生成方法を示す。 図13A−図13B。図13A−Bは、代表的なFACS分析を示す。(A)Jurkat−NFAT−GFP細胞またはCD19(クローンID:051716−108)、MPL(クローンID:040716−A07)、およびBCMA(クローンID:011116−A07)を標的にするSIRを発現する細胞を、それぞれRAJI細胞(上)、HEL細胞(中)、およびU266細胞(下)と共に培養した。SIR発現Jurkat−NFAT−GFP細胞とそれぞれの標的細胞との共培養により、GFP発現の誘発は明白である。(B)CDH6(クローンID:051716−J05)、CD276(クローンID:050516−Q06)、およびHer2/neu(クローンID:050516−I03)を標的にするSIRを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞を、それぞれSKOV3細胞(上)、MC7細胞(中および下)と共に培養した。SIR発現Jurkat−NFAT−GFP細胞とそれぞれの標的細胞との共培養により、GFP発現の誘発は明白である。 図13A−1のつづきである。 図13A−2のつづきである。 図13B−1のつづきである。 図14は、本開示のSIRを発現するのに使用されたレトロウイルスベクターの例示的結果を示す。 図15は、Sleeping Beautyトランスポゾンベクターを使用した結果を示す。コンストラクトpSBbi−puro−FMC63vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−FMC63vH−MYC−[TCRa−CSDVP]−F−F2A(010616−B01)(配列番号875)を形質導入されたJurkat−NFAT−GFP細胞が、対応するRAJI標的細胞株との共培養により、GFPが誘発されることを示している。 図16は、T細胞上での、Bu12 SIR(CD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021))の細胞表面発現が、Bu12 CAR CD8SP−CD19Bu12−(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(082815−P08)(配列番号4503)と比較して少ないことを示しており、これはそれぞれAPC−MYC−APCおよびビオチンタンパク質LプラスAPCストレプトアビジンで染色することにより決定された。 図17は、RAJI細胞を注射され、CD19介在性のSIR(CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900))を発現するT細胞を投与されたNSGマウス、およびSIR(CD8SP−CD19Bu12−vL−V5−「TCRb−S57C−opt1」−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021))を発現するT細胞を投与されたNSGマウスの生存率を示しており、これは、MPL介在性の対照であるSIR(CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112))と比較された。 図18は、本開示のコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞とProteinLビーズとの共培養による、GFP誘発を示している。 図19A−図19D。図19A−Dは、239ProteinL−II細胞との共培養により、(B)CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)CAR、(C)CD8SP−HuLuc64−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−Huluc64−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(092916−E07)(配列番号1253)、および(D)CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2−CD8SP−CD19Bu12−vL−Gly−Ser−Linker−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(082815−E05)(配列番号1622)SIRコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞において、GFP発現の強力な誘発が生じたことを示している。 図19Aのつづきである。 図19Bのつづきである。 図19Cのつづきである。
本明細書並びに添付の特許請求項に記載される場合、文脈により明白に異ならない限り、単数の「a」、「an」、および「the」は複数を含む。従って、例えば、「細胞」と言う用語は複数の斯かる細胞を含み、「ポリペプチド」と言う用語は1つ以上のポリヌクレオチドを含む。
更に、特に断らない限り、「または」と言う用語は「および/または」を意味している。同様に、「有する」、「有して」「含む」、および「含んで」と言う用語は相互に同意語であり、何ら制限的な意味は持たない。
種々の実施形態の記述に「有して」と言う用語が使用されている場合、ある特定の場合には、ある実施形態は代わりに「実質的にから成る」または「から成る」と言う用語を用いて記述し得ることも当業者は理解しており、この点も更に了解されるべきである。
別に特別な規定がない限り、本明細書に使用されている技術的および科学的用語は全て、本発明が属する当業者によって一般的に理解されている内容と同じ意味を有している。Allenら、Remington: The Science and Practice of Pharmacy 22nd ed., Pharmaceutical Press (2012年9月15日)、Homyakら、Introduction to Nanoscience and Nanotechnology, CRC Press (2008)、Singleton and Sainsbury, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 3rd ed.、改訂版、 J. Wiley & Sons (New York, NY 2006)、Smith, March‘s Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanism and Structure 7th ed., J. Wiley & Sons (New York, NY 2013)、Singleton, Dictionary of DNA and Genome Technology 3rd ed., Wiley−Blackwell (2012年11月28日)、およびGreen and Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press (Cold Spring Harbor, NY 2012)は、本出願に使用される用語の多くに関する一般的な指針を当業者に提供する。抗体の調製方法に関する参考文献としては、Greenfield, Antiboides A Laboratory Manual 2nd ed., Cold Spring Harbor Press (Cold Spring Harbor, NY 2013)、Koehler and Milstein, Derivation of Specific antibody−producing tissue culture and tumor lines by cell fusion, Eur. J. Immunol. 1976 Jul, 6(7):511−9、Queen and Selick, Humanized Immunoglobulins, 米国特許第5,585,089号、およびRiechmannら、Reshaping human antibodies for therapy, Nature 1988 Mar 24, 332(6162):323−7を参照の事。本明細書に提供される表題および副題は全て読み易さを目的としているに過ぎず、本発明を限定するように解釈されるべきではない。本明細書記載の方法および材料と類似または等価の方法および材料も本発明の実践および試験において使用できるが、適切な方法および材料は以下に記載される通りである。本明細書記載の出版物、特許出願、特許、および他の参照文献は全て、参照としてその全体が本明細書に援用される。相互に矛盾が生じる場合は、本明細書が、定義を含めて優先される。加えて、材料、方法、および特定の実施例は例示目的のためだけであり、何ら限定的な意味を持たない。
本開示の合成免疫受容体(SIR)は、例えば、MHC依存的またはMHC独立的に抗原に結合可能な抗原結合ドメイン(例えば、抗体または抗体断片)を有する。通常、内因性タンパク質から誘導されるペプチドは、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスI分子のポケットを満たし、CD8+Tリンパ球上のT細胞受容体(TCR)によって認識される。MHCクラスI複合体は、全ての有核細胞により構成的に発現される。癌においては、ウイルス特異的および/腫瘍特異的なペプチド/MHC複合体は、免疫療法において、ユニークなクラスの細胞表面標的を表す。ヒト白血球抗原(HLA)−A1またはHLA−A2との関連において、ウイルス抗原または腫瘍抗原から誘導されるTCR様抗体標的ペプチドが記述されている(例えば、Sastryら、J. Viral. 201185(5):1935−1942、 Sergeevaら、Blood, 2011, 117(6):4262−4272、 Vermaら、JImmunol, 2010, 184(4):2156−2165、 Willemsenら、Gene Ther., 2001, 8(21):1601−1608、 Daoら、Sci Transl Med., 2013, 5(176):176ra33、 Tassevら、Cancer Gene Ther., 2012, 19(2):84−100を参照)。例えば、TCR様抗体は、ヒトscFvファージ提示ライブラリなどのライブラリをスクリーニングすることにより特定できる。
本開示は、一般的に、T細胞受容体ドメインに作動可能に結合する抗原結合部位を含む合成免疫受容体(SIR)を提供する。更に、本開示は、SIRをコードする配列を含む1つ以上の組換え核酸コンストラクトも提供し、該SIRは、抗原または標的分子(本明細書で以下に更に記載される)に結合する1つ以上の抗原結合ドメイン(例えば、抗体、抗体断片、非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、自己抗原、リガンド、または受容体)を有しており、1つ以上のT細胞受容体定常鎖(その変異体または変形を含む)に結合する。SIRの抗原結合ドメイン(複数も可)は、本明細書記載の1つ以上の病気関連抗原または同種に特異的に結合するが、その場合、抗原結合ドメインの各々のコードシーケンスは、それが結合するT細胞受容体定常鎖の各々をコードする核酸配列に作動可能にリンクされているので、当該抗原結合ドメインはT細胞定常鎖と共に作動可能に発現する。いくつかの実施形態において、SIRは、単一のT細胞受容体定常鎖と結合する単一の抗原結合ドメインを有していてもよい。いくつかの実施形態において、SIRは、各々別々のT細胞受容体定常鎖に結合する2つの抗原結合ドメインを有している。例えば、抗原結合ドメイン1はT細胞受容体α(TCRα)の定常鎖に結合して「機能単位1」を構成し、抗原結合ドメイン2はT細胞受容体β(TCRβ)の定常鎖に結合して「機能単位2」を構成する。斯かるSIRの2つの機能単位は同じ細胞で共発現し、機能的に活性化(例えば、ヘテロ二量体化)される。いくつかの実施形態において、SIRはフレーム単位で1つのT細胞受容体定常鎖に結合する抗原結合ドメイン(機能単位1)を有しているが、それは第二T細胞受容体定常鎖と共に共発現する。斯かるSIRにおける第二T細胞受容体定常鎖の目的は、機能単位1(例えば、T細胞受容体定常鎖に結合する抗原結合ドメイン1)の細胞表面発現を簡便化するためである。従って、第二T細胞受容体定常鎖は、それ自体で発現してもよいし、エピトープタグ(例えば、MYC、V5、AcV5、G4Sx2、StrepTagIIなど)を有する融合タンパク質として発現してもよいし、機能単位1のアセンブリおよび機能に干渉しない任意の無関係のタンパク質断片(例えば、vLまたはvH断片)を有する融合タンパク質として発現してもよい。例えば、SIRはT細胞受容体α(TCRα)の定常鎖にフレーム単位で作動可能にリンクする抗原結合ドメイン1と、T細胞受容体β(TCRβ)の空の(すなわち抗原結合ドメインの欠如した)定常鎖とを有していてもよい。斯かるSIRの2つの機能単位は同じ細胞で共発現し、機能的に活性化される。いくつかの実施形態において、SIRの2つの機能単位は、両方の機能単位をコードする単一のポリヌクレオチドの形質導入により共発現し、他の実施形態では、各々1つの機能単位をコードする2つの異なるポリヌクレオチドの形質導入により共発現する。いくつかの実施形態では、SIRの2つの機能単位は単一の遺伝子座に挿入され、他の実施形態では、2つの機能単位は2つの遺伝子座に挿入される。例えば、いくつかの実施形態では、両方の機能単位がTCRα定常鎖(TRAC)に挿入され、単一のポリヌクレオチドとして発現されてもよい。他の実施形態では、機能単位1がTCRα定常鎖(TRAC)に挿入され、機能単位2がTCR定常鎖β1(TRBC1)に挿入されてもよい。いくつかの実施形態では、SIRの2つの機能単位は、両方の機能単位をコードする単一のポリヌクレオチドの形質導入により共発現し、他の実施形態では、各々1つの機能単位をコードする2つの異なるポリヌクレオチドの形質導入により共発現する。いくつかの実施形態において、SIRはフレーム単位で1つのT細胞受容体定常鎖に結合する抗原結合ドメイン(機能単位1)を有しているが、それは第二T細胞受容体定常鎖と共に共発現する。斯かるSIRにおける第二T細胞受容体定常鎖の目的は、機能単位1(例えば、T細胞受容体定常鎖に結合する抗原結合ドメイン1)の細胞表面発現を簡便化するためである。従って、第二T細胞受容体定常鎖は、それ自体で発現してもよいし、エピトープタグ(例えば、MYC、V5、AcV5、G4Sx2、StrepTagIIなど)を有する融合タンパク質として発現してもよいし、機能単位1のアセンブリおよび機能に干渉しない任意の無関係のタンパク質断片(例えば、vLまたはvH断片)を有する融合タンパク質としては発現してもよい。例えば、SIRはT細胞受容体α(TCRα)の定常鎖にフレーム単位で作動可能にリンクする抗原結合ドメイン1と、T細胞受容体β(TCRβ)の空の(すなわち抗原結合ドメインの欠如した)定常鎖とを有していてもよい。斯かるSIRの2つの機能単位は同じ細胞で共発現し、機能的に活性化される。いくつかの実施形態では、SIRの2つの機能単位は単一のベクターを用いて共発現され、他の実施形態では、SIRの2つの機能単位は異なるベクターを用いて同じ細胞で共発現される。いくつかの実施形態において、SIRの2つの機能単位は、両方の機能単位をコードする単一のポリヌクレオチドの形質導入により共発現し、他の実施形態では、各々1つの機能単位をコードする2つの異なるポリヌクレオチドの形質導入により共発現する。本開示のSIRの種々の構成が図3〜8に提供される。
本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、および変性疾患の治療用の養子細胞療法に使用可能な、あるクラスのキメラT細胞受容体(合成免疫受容体(SIR))を提供する。キメラ抗原受容体(CAR)とは対照的に、本開示のSIRは、生理学的T細胞受容体シグナル伝達経路を完全に有効に利用し、従って、CARに関連した合併症、例えばサイトカイン放出症候群、神経毒、およびインビボ持続の欠如などを生じる可能性が小さい。CARとは対照的に、本開示のSIRは、抗原結合ドメインの自己凝集の傾向の低下、持続性シグナル伝達の可能性の減少、およびT細胞の早期枯渇の可能性の減少を示す。本開示のSIRは、TCRα(Cα)、TCRβ(Cβ)、TCRδ(Cδ)、TCRγ(Cγ)、または前TCRα(Cα)(前述の変異体および変形を含む)の定常鎖に融合した1つ以上の抗原結合ドメインを含む。抗原結合ドメインは、抗体または抗体断片、抗体のvLおよび/またはvH断片、抗体から誘導されたscFv断片、単一ドメイン抗体、アフィボディ、DARPIN、任意の抗原結合リガンドまたは受容体、自己抗原、または任意の他の非免疫グロブリン抗原結合断片を有していてもよい。抗原結合ドメインは単一の抗原を標的にしてもよいし、複数の抗原を標的にしてもよい(二重特異性または多重特異性SIR)。SIRのTCR定常ドメインは単独で発現してもよいが、最適な細胞表面発現を促進するため、通常はペア(例えば、CαおよびCβ、前CαおよびCβ、CδおよびCγなど)で発現される。TCR定常鎖断片は、最適な細胞表面発現を可能にするため、通常はコドン最適化される。TCR定常断片は、最適発現および相補性鎖との対形成の促進、および/または内因性TCR鎖との対形成の減少、および/または抗体結合ドメイン間の相互作用の安定化のため、追加の変異体または置換体を有していてもよい。SIRは、融合タンパク質として、1つ以上の追加のドメイン(例えば、Myc, streptag、V5、FLAG、Ritxタグなど)を発現してもよい。本開示のSIRは、限定されないが、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、アデノ関連ウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、sleaping beautyトランスポゾン、piggybacトランスポゾン、mRNAトランスフェクション、または上記方法の組み合わせを含む任意の数の技術を用いて細胞に導入できる。SIR送達用の最適化ベクターも開示されている。本開示のSIRは、内因性プロモーター(例えば、TCRαまたはTCRβプロモーター)の管理下にあるように発現されてもよい。いくつかの実施形態において、本開示のSIRは外来性のプロモーター(例えば、CMVプロモーター)を用いて発現される。更に、本開示のSIRは追加のモジュール、例えば、SIRの発現または機能を促進する分子(例えば、CD3z、CD3ε、CD3δ、CD3z−41BB融合タンパク質など)、T細胞の増殖、維持、拡大、および活性化を促進する分子(例えば、41BBL、CD40L、IL12f、K13、Tax、Tax2、MC159L、cFLIP、PD1を標的にするscFV、BRD4を標的にするshRNAなど)、毒性を減少させる分子(例えば、vHHまたはIL6Rを標的にするscFV、IL6、TNFαなど)などをコードするcDNA、選別マーカー(例えば、tEGFR、tEGFRvIII、tBCMA、tCD19など)、および/または自殺遺伝子(例えば、icaspase9、HSVチミジンキナーゼ)を共発現させてもよい。本開示のSIRは、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)または幹細胞で発現させてもよく、それには免疫エフェクター細胞を発生させる人工多能性幹細胞(iPSC)を含む。本開示は、SIR発現のための免疫エフェクター細胞のサブセット、およびSIRを発現する免疫エフェクター細胞の活性化および拡張方法も提供する。更に、本開示は、SIRを発現する免疫エフェクター細胞の活性化および維持を向上させたり、その毒性を減少させたりする作用物質も記載する。本開示は、種々のアプリケーションに適したSIRを特定するのに使用可能な一組のインビトロおよびインビボアッセイも記載する。
量、時間などの測定可能な値に言及する場合の「約」と言う用語は、本開示の方法を実施したり、本明細書の組成物を記載したりするのに適している場合は、特定の値から+/−20%の変動、ある場合には+/−10%の変動、ある場合には+/−5%の変動、ある場合には+/−1%の変動、ある場合には+/−0.1%の変動を含む。更に、任意の値または範囲(例えば、20未満、または類似の用語)は、斯かる値間またはその値までのあらゆる整数を明示的に含む。従って、例えば、「1〜5変異体」は、明示的に、1、2、3、4、および/または5の変異体を含む。
「アクセサリーモジュール」と言う用語は、41BBL、CD40L、K13、MC159、cFLIP−L/MRITα、cFLIP−p22、HTLV1 Tax、HTLV2 Tax、HTLV2 Tax―RS変異体、FKBPx2−K13、FKBPx2−HTLV2−Tax、FKBPx2−HTLV2−Tax―RS、IL6R−304−vHH−Alb8−vHH、IL12f、PD1−4H1 scFV、PD1−5C4 scFV、PD1−4H1−Alb8−vHH、PD1−5C4−Alb8−vHH、CTLA4イピリムマブscFV、CTLA4イピリムマブAlb8−vHH、IL6−19A−scFV、IL6−19A−scFV−Alb8−vHH、sHVEM、sHVEM−Alb8−vHH、hTERT、Fx06、CD3z、CD3z−GGGS−41BB、CD3−BBz、CD3−CD28z、CD3−CD28−Lck融合タンパク質、sBrd4を標的にするhRNA、およびSIRと共発現可能なそれらの組み合わせのうちの1つ以上を意味する。アクセサリーモジュールは、単一のベクターを用いて、または2つ以上の異なるベクターを用いて、SIRと共発現できる。1つの実施形態において、アクセサリーモジュールは、配列番号3087〜3117のアミノ酸配列(DNAコード配列:配列番号812〜842)、またはそれに80〜99%同一の配列を有する。他の実施形態では、アクセサリーモジュールをコードする核酸配列は、配列番号812〜配列番号842の配列、またはそれに80〜99%同一の配列を有する。
「自己抗体」は、自己抗原に特異的なB細胞が作り出す抗体を意味する。
本明細書で使用される場合、「抗体」と言う用語は、抗原と特異的に結合する免疫グロブリン由来のタンパク質またはポリペプチド配列を意味する。抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、複数鎖または単一鎖、あるいはインタクト型免疫グロブリンであってもよく、天然源由来であってもよいし、組換え源由来であってもよい。抗体は免疫グロブリン分子の四量体であってもよい。抗体は「ヒト化」、「キメラ」、または非ヒトであってもよい。
「抗体断片」と言う用語は、抗原のエピトープと(例えば、結合、立体障害、安定化/非安定化、空間分布などにより)特異的に相互作用する能力を保持している抗体の少なくとも一部を意味する。抗体断片の例としては、限定されないが、Fab、Fab’、F(ab’h、Fv断片、scFv抗体断片、ジスルフィド結合Fvs(sdFv)、VHおよびCH1ドメインから成るFd断片、線形抗体、sdAb(vLまたはvH)などの単一ドメイン抗体、ラクダ科動物vHHドメイン、ヒンジ領域においてジスルフィド架橋でリンクされた2つのFab断片を有する二価断片などの抗体断片から形成される多重特異性抗体、単離CDR、または抗体の他のエピトープ結合断片が挙げられる。抗原結合断片は、単一ドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、ナノボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、v−NAR、およびビスscFvに組み込まれてもよい(例えば、Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126〜1136、2005を参照)。抗原結合断片は、フィブロネクチンIII型(Fn3)などのポリペプチドに基づいて、スカフォールドに移植されてもよい(フィブロネクチンポリペプチドミニボディを記載する米国特許第6,703,199を参照)。
「抗体重鎖」と言う用語は、天然配列の抗体分子に存在する2つのタイプのポリペプチド鎖のうち大きい方を意味し、これは通常その抗体が属するクラスを決定する。
「抗体軽鎖」と言う用語は、天然配列の抗体分子に存在する2つのタイプのポリペプチド鎖のうち小さい方を意味する。カッパ(κ)およびラムダ(λ)軽鎖は2つの主要抗体軽鎖アイソタイプを意味する。
「抗癌効果」と言う用語は、限定されないが、腫瘍体積の減少、癌細胞の数の減少、転移の数の減少、寿命の延長、癌細胞の増殖低下、癌細胞生存率の低下、癌症状に関連する種々の生理学的症状の改善などを含む種々の手段によって証明し得る、生物学的効果を意味する。「抗癌効果」は、癌の発生を予防するSIRの能力によっても証明できる。
「抗癌剤」は、異常な細胞分裂および成長を阻害する作用物質、腫瘍細胞の移動を阻害する作用物質、浸潤を阻害する作用物質、または癌の成長および転移を防止する作用物質を意味する。この用語には、化学療法剤、生物剤(例えば、siRNA、細胞毒遺伝子を送達する、改変MLV、アデノウイルス、ヘルペスウイルスなどのウイルスベクトル)、抗体なども含まれ得る。
「抗原」または「Ag」と言う用語は、免疫応答を引き起こす分子である。斯かる免疫応答とは、抗体生産、または特定の免疫学的適格細胞の活性化、あるいはその両方である。ほとんど全てのタンパク質またはペプチドを含むあらゆる高分子が抗原として機能し得ることを当業者は理解するであろう。更に、抗原は、組換えDNA由来であってもゲノムDNA由来であってもよい。従って、免疫応答を引き出すタンパク質をコードするヌクレオチド配列または部分的ヌクレオチド配列を有する任意のDNAが、本明細書記載の「抗原」をコードすることを当業者は理解するであろう。更に、抗原は、遺伝子の全長ヌクレオチド配列によってのみコードされる必要のないことも、当業者は理解するであろう。本開示は、限定されないが、2つ以上の遺伝子の部分的ヌクレオチド配列の使用を含み、斯かるヌクレオチド配列は、望ましい免疫応答を引き出すポリペプチドをコードするため、種々の組み合わせで配置されることは明白である。更に、抗原は「遺伝子」でコードされる必要のないことを当業者は理解するであろう。抗原は、合成されてもよいし、生物試料由来であってもよいし、ポリペプチド以外の高分子であってよいことは明白である。斯かる生物試料には、限定されないが、組織試料、腫瘍試料、細胞、または他の生物学的要素を有する液体を含む。
標的抗原の例には、限定されないが、CD5、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α(FRaまたはFR1);葉酸受容体β(FRb);受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHRまたはGR)、CCR4、GD3、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、KSHV−K8.1、KSHV−gH、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IgE、CD99、Ras G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、Liv1、NECTIN−4、Cripto、gpA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体が含まれる。
「抗原提示細胞」または「APC」と言う用語は、表面に主要組織適合遺伝子複合体(MHC)と複合体を形成した外来抗原を提示するアクセサリー細胞(例えば、B細胞、樹状細胞など)などの免疫系細胞を意味する。T細胞は、T細胞受容体(TCR)を用いて、斯かる複合体を認識する。APCは抗原を処理し、それをT細胞に提示する。
「抗炎症効果」と言う用語は、限定されないが、例えば、感染因子の力価の減少、感染因子のコロニー数の減少、感染症状関連の種々の生理学的症状の改善などを含む種々の手段で証明し得る生物学的効果を意味する。「抗炎症効果」は、ペプチド、ポリヌクレオチド、細胞、および抗体による、感染発生を予防する能力によっても証明できる。
「抗腫瘍効果」または「抗癌効果」と言う用語は、限定されないが、例えば、腫瘍体積の減少、腫瘍細胞数の減少、腫瘍細胞増殖の減少、主要細胞生存率の減少などを含む種々の手段で証明し得る生物学的効果を意味する。
本明細書で使用される場合、「親和性」は、結合力の程度を意味する。いくつかの例において、親和性は、結合剤とその標的間(例えば、抗体と、結合ドメインに特異的なエピトープを含む抗原との間)の立体化学的フィット性の近さ、接触面積の大きさ、荷電基と疎水基の分配などに依存する。一般的に、親和性は、標的に結合する結合剤の「能力」を意味する。当業界には、「親和性」を測定する方法が数多く存在する。例えば、抗体による抗原への親和性を計算する方法は、親和性を計算するための結合実験の使用を含めて、当業界では知られている。結合親和性は、当業界で既知の種々の技術、例えば、表面プラズモン共鳴、バイオレイヤー干渉法、二重偏波干渉法、静的光散乱、動的光散乱、等温滴定カロリメトリ―、ELISA、超遠心分析法、およびフローサイトメトリーを用いて決定してもよい。結合親和性を決定する例示的方法は、表面プラズモン共鳴の利用である。表面プラズモン共鳴は、例えば、BIAcoreシステム(Pharmacia Biosensor AB, Uppsala, Sweden and Pascataway, N.J.)を用いて、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化を検出することにより、リアルタイムで生物特異的な相互作用の分析を可能にする光学現象である。
「抗原結合ドメイン」、「抗原結合モジュール」、または「抗原結合セグメント」は、一次配列、二次配列、または三次配列、および/または翻訳後修飾、および/または荷電の故に、高度な特異性により抗原に結合するポリペプチドまたはペプチドを意味する。抗原結合ドメインは、例えば、抗体、非免疫グロブリン結合タンパク質、リガンド、または受容体など、異なる材料源由来であってよい。本開示は、1つ以上の標的抗原に結合する抗原結合ドメインを有するSIRを提供する。本開示は、抗体由来ではない抗原結合ドメインを有するSIRも提供する。
「親和力」は、結合剤とその標的との間の相互作用の力(例えば、抗体と、その抗原標的、受容体、およびその同種などとの間の相互作用の力)を意味する。親和力は弱い場合もあれば、強い場合もある。抗体による抗原への親和性を計算する方法は、親和性を計算するための結合実験の使用を含め、当業界では知られている。機能アッセイ(例えば、フローサイトメトリーアッセイ)における抗体活性も、抗体親和性を反映する。抗体および親和性は、機能アッセイ(例えば、フローサイトメトリーアッセイ)を用いて、表現型的に特徴付けたり、比較したりできる。
「会合定数(Ka)」と言う用語は、受容体とリガンドと会合の平衡定数として定義される。
「自己抗原」と言う用語は、自己免疫応答の発生(例えば、自己抗体の生産)を刺激する内因性抗原を意味する。自己抗原は、自らの抗原、あるいは細胞媒介または抗体媒介免疫応答の標的であり、自己免疫疾患を引き起こす可能性のある通常組織からの抗原を含む。自己抗原の例には、限定されないが、デスモグレイン1、デスモグレイン3、およびその断片が含まれる。
本明細書で使用される場合、「有益な結果」には、もちろん限定されないが、病状の重篤性の低下または緩和、病状の悪化の防止、病状の治癒、病状の進展の防止、患者の病状の進展の可能性の低下、患者の延命または寿命の延びを含み得る。
本明細書で使用される場合、「結合ドメイン」または「抗体分子」と言う用語は、少なくとも1つのドメイン(例えば、非特異的なドメインよりも高い親和性で標的に結合できる免疫グロブリン可変ドメイン配列)を含むタンパク質(例えば、免疫グロブリン鎖またはその断片)を意味する。この用語には、抗体および抗体断片が包含される。別の実施形態においては、抗体分子は、多重特異性の抗体分子であり、例えば、複数の免疫グロブリン可変ドメイン配列を有しており、当該複数のうち第一免疫グロブリン可変ドメイン配列は第一エピトープに結合特異性を有し、当該複数のうち第二免疫グロブリン可変ドメイン配列は第二エピトープに結合特異性を有する。別の実施形態いおいては、多重特異性の抗体分子は二重特異性の抗体分子である。二重特異性の抗体は2つの抗原に特異性を有する。二重特異性の抗体分子は、第一エピトープに結合特異性を有する第一免疫グロブリン可変ドメイン配列と、第二エピトープに結合特異性を有する第二免疫グロブリン可変ドメイン配列とで特徴付けられる。
「〜と同じエピトープに結合する」と言う用語は、例示的な抗体、scFv、または他の抗原結合ドメインと同じエピトープを有する標的抗原に結合する、抗体、scFv、または他の抗原結合ドメインの能力を意味する。例えば、例示的な抗体、scFv、または他の結合剤および他の抗体のエピトープは、標準のエピトープマッピング技術を用いて決定できる。当業界で周知のエピトープマッピング技術には、Epitope Mapping Protocols in Methods in Molecular Biology, Vol. 66(Glenn E. Morris, Ed. 1996),Humana Press, Totowa, New Jerseyが含まれる。例えば、直線状エピトープは、大規模なペプチドを同時に合成し(ペプチドはタンパク質分子の部分に対応する)、ペプチドが支持体に結合したままの状態でそのペプチドを抗体と反応させる。斯かる技術は当業界では周知であり、例えば、米国特許第4,708,871号、Geysenら、(1984)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 8:3998−4002、Geysenら、(1985)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:78−182,Geysenら、(1986)Mol. Immunol.23:709−715に記載されている。SIRの抗原結合ドメインが結合するエピトープは、エピトープビニングアッセイによって決定してもよい。エピトープビニングは、標的タンパク質に対するモノクローナル抗体のライブラリを特徴付け、分類するのに使用される競合的免疫測定法である。抗体が抗原のエピトープへの結合を相互に阻害するか否かを知るため、類似の標的への抗体が、ライブラリにある他の全ての抗体に対してペア間で試験される。ライブラリにある他の全ての抗体に対して作成されたプロフィルを各抗体が得たら、ライブラリ内の他の抗体に対する競合的阻害プロフィルが各抗体について作成される。密接に関係したビニングプロフィルは、抗体が同じまたは密接に関係したエピトープを有していることを示しており、一緒に「ビンに入れ」られる。同様に、立体配座的エピトープが、例えば、水素/重水素交換、X線結晶学、二次元核磁気共鳴などによりアミノ酸の空間的構造を決定することにより容易に特定される。例えば、前述のエピトープマッピングプロトコルを参照の事。タンパク質の抗原領域も、例えば、Oxford Molecular Groupから入手可能なOmigaバージョン1.0ソフトウェアプログラムを用いて計算される標準の抗原性/疎水性プロットを使用して特定できる。上記コンピュータプログラムは、抗原性プロフィルを決定するのに、Hopp/Woods方法(Hopeら、(1981)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:3824−3828)を用い、疎水性プロットには、Kyte−Doolittle技術(Kyteら、(1982)J. Mol. Bioi. 157:105−132)を用いる。標的(例えば、CD19)に対する選別されたモノクローナル抗体がユニークなエピトープに結合するか否かを決定するため、商業的に入手可能な試薬を用いて各抗体をビオチニル化してもよい。未標識のモノクローナル抗体およびビオチニル化モノクローナル抗体を用いた競合試験が、CD19−細胞外ドメインコーティングELISAプレートを用いて実行できる。ビオチニル化mAb結合は、ストレプトアビジン/アルカリホスファターゼプローブで検出できる。
本明細書で使用される場合、「CDR」または「相補性決定領域」と言いう用語は、重鎖および軽鎖ポリペプチドの可変領域内に存在する非隣接した抗原結合部位を意味する。斯かる特定の領域は、Kabatら、J. Bioi. Chem. 252:6609−6616(1977)、Kabatら、U.S. Dept. of Health and Human Services, “Sequences of proteins of immnological interests”(1991)、Chothiaら、J. Mol. Bioi. 196:901−917(1987)、およびMacCallumら、J. Mol. Bioi. 25 262:732−745(1996)によって記述されており、定義は、相互に比較すると、アミノ酸残基の部分的重複またはサブセットを含んでいる。しかし、抗体または移植抗体またはそれらの変異体のCDRに言及する場合、いずれかの定義が、本明細書で定義および使用される用語の範囲内にある。本明細書で使用される場合、抗体の異なるCDRが、異なる定義の組み合わせによって定義されてもよい。例えば、VHCDR1をKabatに基づいて定義し、VHCDR2をChothiaに基づいて定義してもよい。上述の各参考文献によって定義されるCDRを包含するアミノ酸残基は以下の通りである。
Figure 2020500530
本開示のSIRの抗原結合ドメインを構成し、異なる抗原を標的にする、様々なvLおよびvHセグメントのCDRの配列番号が表5に提供される。
いくつかの実施形態において、標的抗原に特異的に結合する抗原結合モジュール(Fab様またはFv様抗原結合モジュール)とは、(a)抗原結合モジュールが他の分子への結合親和性の少なくとも約10倍(例えば、約10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、75倍、100倍、200倍、300倍、400倍、500倍、750倍、1000倍またはそれ以上)の親和性で標的抗原に結合すること、または(b)他の分子への結合のKのせいぜい約1/10(例えば、1/10、1/20、1/30、1/40、1/50、1/75、1/100、1/200、1/300、1/400、1/500、1/750、1/1000またはそれ未満)のKで標的抗原に結合することを意味する。結合親和性は、ELISA、蛍光活性化細胞選別(FACS)分析または放射線免疫沈降法(RIA)など、当業界で周知の方法で決定できる。Kは、例えばBiacore装置を用いた表面プラズモン共鳴(SPR)アッセイ、例えばSapidyne装置を用いた結合平衡除外法(KinExA)など、当業界で周知の方法で決定できる。
「癌」および「癌性の」と言う用語は、通常無制限な細胞増殖によって特徴付けられる哺乳動物の生理学的症状を意味する。癌の例には、限定されないが、B細胞リンパ腫(ホジキンリンパ腫および/または非ホジキンリンパ腫)、T細胞リンパ腫、骨髄腫、骨髄異形成症候群、皮膚癌、脳腫瘍、乳癌、結腸癌、直腸癌、食道癌、肛門癌、原発性部位不明の癌、内分泌癌、精巣癌、肺癌、肝細胞癌、胃癌、膵臓癌、子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路系の癌、生殖器官の癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、頭および首の癌、脳腫瘍(例えば、多形成膠芽腫)、前立腺癌(限定されないが、アンドロゲン依存前立腺癌およびアンドロゲン独立前立腺癌を含む)、および白血病が含まれる。他の癌および細胞増殖性疾患は、当業界で容易に認識されるであろう。本明細書で使用される場合、「腫瘍」および「癌」と言う用語は同意語として使用されており、例えば、どちらの用語も固形腫瘍および液体腫瘍、びまん性腫瘍および循環性腫瘍を含む。本明細書で使用される場合、「癌」または「腫瘍」と言う用語は、前悪性並びに悪性の癌および腫瘍を含む。
「化学療法剤」は、癌の化学療法に使用されることが知られている化合物である。化学療法剤の例には、限定されないが、チオテパ、CYTOXAN(登録)シクロホスファミドなどのアルキル化剤;ブスルファン、インプロスルファン、ピポスルファンなどのアルキルスルホネート;ベンゾドーパ、カルボクオン、ムツレドーパ、ウレドーパなどのアジリジン、エチレンイミンおよびアルト;レタミンを含むメチラメラミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、およびトリメチロールメラミン;アセトゲニン(特にブラタシンおよびブラタシノン);カンプトテシン(合成類似体のトポテカンを含む);ブリオスタチン;カリスタチン;CC−1065(そのアドゼレシン、カルゼレシン、ビゼレシン合成類似体を含む);クリプトフィシン(特にクリプトフィシン1およびクリプトフィシン8);ドラスタチン;デュオカルマイシン(合成類似体KW−2189およびCB1−TM1を含む);エレウテロビン;パンクラチスタチン;サルコディクチン;スポンジスタチン;クロランブシル、クロルナファジン、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、ウラシルマスタードなどの窒素マスタード;カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロソウレア;エネジイン抗生物質(例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγIIおよびカリケアマイシンωII(例えば、Agnew, Chem. Intl. Ed. Engl., 33:183−186(1994)を参照);ダイネマイシンAを含むダイネマイシン;クロドロネートなどのビホスホネート;エスペラマイシン;並びにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連クロモプロテインエネジイン抗生物質クロモフォア)、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシニス、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6−ジアゾー5−オキソ−L−ノルロイシン、ADRIAMYCIN(登録)ドキソルビシン(モルホリノドキソルビシン、シアノモルホリノドキソルビシン、2−ピロリノ−ドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシンを含む)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、ミトマイシンCなどのミトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ぺプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピュロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなどの抗生物質;メトトレキサート、5−フルオロウラシル(5−FU)などの代謝抵抗物質;デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体;フルダラビン、6−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体;アンシタビン、アザシチジン、6−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジンなどのピリミジン類似体;カルステロン、ドロモスタノロンプロピオネート、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン;アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤;フォリン酸などの葉酸補充剤;アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;エニルウラシル;ムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトラキサート;デフォファミン;デメコルシン;ディアジクオン;エルフォルミチン;エリプチニウムアセテート;エポチロン;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシウレア;レンチナン;ロニダイニン;メイタンシン、アンサミトシンなどのメイタンシノイド;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダンモール;ニトラエリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ロソキサントロン;ポドフィリン酸;2−エチルヒドラジン;プロカルバジン;PSK(登録)多糖類複合体(JHS Natural Products, Eugene Oreg.);ラゾキサン;リゾキシン;シゾフラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジクオン;2,2’2”−トリクロロトリエチラミン;トリコテセン(特に、T−2トキシン、ベラキュリンA、ロリジンA、およびアングイジン);ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクト―ル;ピポブロマン;ガシトシン;アラビノシド(Ara−C);シクロホスファミド;チオテパ;タキソイド、例えば、TAXOL(登録)パクリタキセル(Bristol−Myers Squibb Oncology, Princeteon, N.J.)、ABRAXANE(登録)(パクリタキセルのクレモフォールフリーアルブミン改変ナノ粒子製剤)(American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill)、およびTAXOTERE(登録)ドキセタキセル(Rhone−Poulenic Rorer, Antony, France);クロランブシル;GEMZAR(登録)ゲムシタビン;6−チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキセート;シスプラチン、オキサリプラチン、カルボプラチンなどの白金類似体;ビンブラスチン;白金;エトポシド(VP−16);イフォスファミド;ミトキサントロン;ビンクリスチン;NAVELBINE;ビノレルビン;ノバントロン;テニポシド;エダトレキセート;ダウノマイシン;アミノプテリン;ゼローダ;イバンドロネート;イリノテカン(カンプトサル、CPT−II)(5−FUおよびロイコボリン併用によるイリノテカンの治療レジメンを含む);トポイソメラーゼ阻害剤RFS2000;ジフルオロメチルオルニチン(DMFO);レチノイン酸などのレチノイド;カペシタビン;コンブレタスタチン;ロイコボリン(LV);オキサリプラチン治療レジメンを含むオキサリプラチン(FOLFOX);ラパチニブ(Tykerb);PKCα、Raf、H−Ras、EGFRの阻害剤(例えば、エルロチニブ(Tarceva(登録));細胞増殖を制限するVEGF−A;および上記いずれかの薬学的に容認される塩、酸、または誘導体、あるいはそれらの組み合わせが含まれる。
「キメラ抗原受容体(CAR)」は、養子細胞移入と呼ばれる技術を用いて、癌治療に使用されるための人工的なT細胞受容体である。複合体の実質的抗原結合、シグナル伝達、および刺激機能は、遺伝子組換え法により、キメラ抗原受容体(CAR)と呼ばれる単一のポリペプチド鎖へ縮小される。例えば、Eshahar,米国特許第7,741,465号、Eshahar,米国特許出願第2012/0093842を参照。CARは、CARが結合する特定の抗原に応答して、特にT細胞の活性化および増殖を刺激するように構築される。「キメラ抗原受容体」あるいは「(CAR)」と言う用語は、一組のポリペプチド、最も簡単な実施形態では通常2つのポリペプチドを意味し、免疫エフェクター細胞で発現した場合、当該細胞に、標的細胞(通常、癌細胞)への特異性並びに細胞内シグナルの発生を提供する。いくつかの実施形態において、CARは、少なくとも、細胞外抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、刺激細胞および/または共刺激細胞由来の機能性シグナル伝達ドメインを含む細胞質シグナル伝達ドメイン(本明細書では「細胞内シグナル伝達ドメイン」とも呼ばれる)とを有する。いくつかの態様において、上記一組のポリペプチドは互いに隣接している。1つの態様において、刺激細胞はT細胞受容体複合体に関連したζ鎖である。1つの態様において、細胞質シグナル伝達ドメインは、以下に定義される少なくとも1つの共刺激分子由来の1つ以上の機能性シグナル伝達ドメインを更に有している。1つの態様において、共刺激分子は、本明細書記載の共刺激分子、例えば、4−IBB(すなわちCD137)、CD27、および/またはCD28から選別される。1つの態様において、CARは、CAR融合タンパク質のアミノ末端(N末端)において、任意のリーダー配列を有している。1つの態様において、CARは、細胞外抗原結合ドメインのN末端において更にリーダー配列を有しており、該リーダー配列は、細胞プロセシングおよび細胞膜へのCARの局在化中に、抗原結合ドメイン(例えば、scFv)から任意に切断される。通常、「CAR−T細胞」が使用されるが、これは、キメラ抗原受容体を含むように改変されたT細胞を意味する。従って、斯かるCARを有するリンパ球は、一般的に、CAR−Tリンパ球と呼ばれる。
「コドン最適化」または「種コドンバイアスの制御」は、特定の宿主細胞による好ましいコドン使用を意味する。当業者には理解されるように、コード配列は、特定の宿主において発現を向上させるように修飾するのが有利であろう。遺伝子コードは64の可能なコドンを重複しているが、ほとんどの有機体は斯かるコドンのサブセットを利用する。種において最も頻繁に利用されるコドンは最適コドンと呼ばれ、余り頻繁に利用されないコドンは、まれにしか利用されないコドン、または使用頻度の低いコドンとして分類される。
例えば、翻訳速度を向上させるため、または最適化されていない配列から得られるRNA転写産物と比較して、望ましい特性(例えば、より長い活性半減期)を有するRNA転写産物を得るため、特定の原核生物宿主または原核生物宿主に好まれるコドンを含む最適化コドン配列(Murrayら、(1989)Nucl. Acids Res. 17:477−508も参照)が調製されてもよい。翻訳停止コドンも、宿主の好みを反映するように修飾されてよい。遺伝子コードは変性し易いので、本開示の所定のポリペプチドをコードするのに、ヌクレオチド配列を異にする種々のDNA化合物が使用できることは、当業者には認識されるであろう。
本明細書で使用される場合、「共発現」は2つ以上の遺伝子の発現を意味する。遺伝子は、例えば、単一のタンパク質をコードする、あるいは単一のポリペプチド鎖のキメラタンパク質をコードする核酸であってもよい。本明細書記載のSIRは、単一のポリヌクレオチド鎖としてコードされ、単一のポリペプチド鎖として合成されてもよく、該ポリペプチド鎖は、その後、各々異なる機能単位を示す種々のポリペプチドへ切断されてもよい。いくつかの実施形態において、SIRが2つ以上の機能性ポリペプチド単位から成る場合、当該異なる機能単位は、1つ以上のポリヌクレオチド鎖を用いて共発現される。別の実施形態では、異なるポリヌクレオチド鎖が、切断可能リンカー(例えば、T2A、F2A、P2A、E2Aなど)をコードする核酸配列でリンクされる。別の実施形態では、切断の効率を向上させるため、Ser−Gly−SEr−Gly(SGSG)モチーフ(配列番号3065)も切断可能リンカーの上流に追加される。切断可能リンカーの潜在的欠点は、N末端タンパク質の端に残された小さい2Aタグがタンパク質の機能に影響を及ぼしたり、タンパク質の抗原性に寄与したりする可能性である。この問題を解決するため、いくつかの実施形態においては、翻訳後に残基2Aペプチドの切断を促進するため、フーリン切断部位(RAKR)(配列番号3066)が、SGSGモチーフの上流に追加される。SIRの異なる単位をコードするポリヌクレオチドを、IRES(リボゾーム内部侵入部位)によってリンクしてもよい。あるいは、SIRの異なる機能単位は、リンカーによってリンクされてはいないが、例えば2つの異なるベクターによってコードされる2つの異なるポリヌクレオチドによってコードされる。切断可能リンカーおよびフーリン切断部位の核酸配列は、配列番号780〜配列番号790に提供される。
「保存的置換」または「保存的配列修飾」は、コードタンパク質の結合特性や機能に重要な影響を及ぼしたり、それらを変化させたりしないアミノ酸修飾を意味する。例えば、「保存的配列修飾」は、TCR定常鎖、抗体、抗体断片、または非免疫グロブリン結合ドメインの結合特性または機能に重要な影響を及ぼしたり、それらを変化させたりしないアミノ酸修飾を意味する。斯かる保存的修飾は、アミノ酸の置換、追加、削除を含む。修飾は、部位特異的変異、PCR仲介変異などの当業界で周知の標準技術によって、TCR定常ドメイン、抗体または抗体断片、非免疫グロブリン結合ドメイン、または本開示の他のタンパク質またはポリペプチドに導入されてもよい。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基を類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換える。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当業界で定義されている。斯かるファミリーには、塩基性側鎖(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、極性無荷電側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン)、および芳香性側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)が含まれる。従って、本開示のSIR内の1つ以上のアミノ酸残基を同じ側鎖ファミリーの他のアミノ酸残基で置き換えてもよく、変化したSIRは、本明細書記載の結合アッセイおよび/または機能アッセイを用いて試験してもよい。
「T細胞受容体αの定常領域」、「T細胞受容体αの定常鎖」、「TCRα」または「Cα」と言う用語は、配列番号3010または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。本開示は、TCRαポリペプチドの特定の変異体も提供する。例えば、発現の向上および本開示の合成免疫受容体(SIR)の誤対合の減少を示すCαの変異部位は、配列番号3010の91,92、93、および94の位置に存在する。Cαにおける48Cys(T48C)変異およびCβ1またはCβ2鎖(本明細書の他の場所でより詳細に記載される)のSer−57−Cys(S57C)変異を有するSIRでは、2つのTCR定常鎖(αおよびβ)間に追加のジスルフィド結合が生じる。その結果、免疫細胞における内因性TCR鎖との誤対合が減少し、機能性が向上する。同様に、CαにおけるSer61Arg(S61R)変異およびβ1またはCβ2鎖(本明細書の他の場所でより詳細に記載される)のArg79Gly(R79G)変異を有するSIRでは、対形成のための「凸凹構造」設計の故に、免疫細胞における内因性TCR鎖との誤対合が減少し、機能性を向上する。本開示は、以下の表1による変異の1つ以上または全てを有するCαポリペプチドを提供する。
Figure 2020500530
ヒトゲノムは2つの極めて相同のTCRβ定常鎖、すなわちTCRベータ1(TCRβ1、TCRb1、またはcβ1)およびTCRベータ2(TCRβ2、TCRb2、またはcβ2)をコードする。本開示のSIRは、これら2つの鎖のいずれかを有していてもよい。同様に、他の哺乳動物の種のTCRベータ1またはTCRベータ2鎖を用いて、本開示の方法によりSIRを作製してもよい。
「T細胞受容体ベータ1の定常領域」または「T細胞受容体ベータ1の定常鎖」(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、hTCRベータ1、またはCβ1)と言う用語は、配列番号3024または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
「T細胞受容体ベータ2の定常領域」または「T細胞受容体ベータ2の定常鎖」(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、hTCRベータ2、またはCβ2)と言う用語は、配列番号3025または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
「T細胞受容体ベータの定常領域」または「T細胞受容体ベータの定常鎖」(TCRベータ、TCRβ、TCRb、hTCRベータ、またはCβ)と言う用語は、配列番号3024または配列番号3025または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
Cβ2(配列番号3025)およびCβ1(配列番号3024)のタンパク質配列は既知である。Cβ2とCβ1との間の違いは、当業界の通常の技術を用いて配列アラインメントを行うことにより容易に特定される。本開示は、TCRβに特定の変異も提供する。例えば、発現の向上、および内因性TCRα鎖と合成受容体(SIR)との誤対合の減少を示すCβの変異部位が、本明細書に提供される。Cβ1およびCβ2における変異部位は、配列番号3025および3024の18、22、57、79、133、136、および139の位置に存在しており、以下の表2および3に要約されている。Cβ1およびCβ2における変異部位の位置は同一である。2つの配列における唯一の違いは、位置136の変異である。この位置で、Cβ2にはグルタミン酸(E)が、Cβ1にはバリンが存在する。
Figure 2020500530
Figure 2020500530
「前TCRaの定常鎖」(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)または「前TCRaの定常領域」と言う用語は、配列番号3046、または配列番号3047、または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
「前TCRa−Del48の定常鎖」(前TCRアルファ−Del48、前TCRα−Del48、前TCRa−Del48、または前Cα−Del48)または「前TCRa−Del48の定常領域」と言う用語は、配列番号3048または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
「TCRガンマの定常鎖」または「TCRガンマの定常領域」(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)と言う用語は、配列番号3049または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
「TCRデルタの定常鎖」または「TCRデルタの定常領域」(TCRデルタ、TCRδ、TCRd、またはCδ)と言う用語は、配列番号3051または配列番号3052または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基(すなわちホモログ)として提供されるタンパク質と定義される。
タンパク質は相互に同一または相同であり、類似または同一の機能を維持し得ることが認識されるであろう。本開示は、生物活性を維持しつつ、本明細書記載の配列のいずれかに85%、90%、95%、97%、98%、98.5%、99%、または99.9%同一であるTCR定常領域を含む。
従って、本開示は、(a)配列番号3010に少なくとも98%同一で、61、91、92、93、および/または94の位置に1つ以上の変異を有し得るアミノ酸配列、(b)配列番号3024に少なくとも98%同一で、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し得るアミノ酸配列、(c)配列番号3025に少なくとも98%同一で、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し得るアミノ酸配列、(d)配列番号3046または3047に少なくとも98%同一なアミノ酸配列、(e)配列番号3048に少なくとも98%同一なアミノ酸配列、(f)配列番号3049に少なくとも98%同一なアミノ酸配列、および(g)配列番号3051または3052に少なくとも98%同一なアミノ酸配列から成る群から選択される配列を有するT細胞受容体定常鎖を提供する。(a)〜(g)のいずれかのT細胞受容体定常鎖は、それと同一性または相同性を有する野生型T細胞受容体定常鎖の生物学的活性を少なくとも1つ保持する。
「共刺激分子」と言う用語は、共刺激リガンドと特異的に結合するT細胞上の同種結合パートナーを意味し、T細胞による共刺激応答(例えば、限定されないが、増殖)を仲介する。共刺激分子は、抗原受容体またはそのリガンド以外の、効果的な免疫応答に寄与する細胞表面分子である。共刺激分子には、限定されないが、MHCクラスI分子、BTLAおよびトールリガンド受容体、並びにOX40、CD27、CD28、CD8、ICAM−1、LFA−1(CD11a/CD18)、ICOS(CD278)、および4−1BB(CD137)が含まれる。斯かる共刺激分子の更なる例には、CD8、ICAM−1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA−6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA−1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA−1、ITGB7、NKg2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRT AM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD1OO(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB−A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IP0−3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP−76、PAG/Cbp、CD19a、およびCD83に特異的に結合するリガンドが含まれる。共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内部分であってもよい。共刺激分子は、以下のタンパク質ファミリー、すなわち、TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球活性化分子(SLAMタンパク質)、および活性化NK細胞受容体に示されてもよい。斯かる分子の例には、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、ICAM−1、リンパ球機能関連抗原1(LFA−1)、CD2、CD8、CD7、CD287、LIGHT、NKG2C、NKG28、SLAMF7、NKp80、NKp30、NKp44、NKp46、CD160、B7−H3、およびCD83に特異的に結合するリガンドなどが含まれる。細胞内シグナル伝達ドメイには、誘導源の分子の全細胞内部分、天然の細胞内シグナル伝達ドメイン全体、あるいはそれらの機能断片または誘導体が含まれてもよい。
「cTCR」と言う用語は、野生型のTCR核酸コード配列、および抗原結合ドメインにリンクした対応する野生型TCRタンパク質を意味する。cTCRは、いくつかの実施形態および参照用対照で使用される。例えば、CD19結合ドメインを有するcTCRおよびCD19−SIR(変異TCR鎖およびCD19結合ドメインを有する)は、標的抗原に対して異なる発現および/または異なる結合親和性を有するであろう。
「変性疾患」と言う用語は、変性的な細胞変化に基づく継続プロセスの結果生じる病気を意味し、組織または器官に影響を及ぼし、通常の身体的疲労あるいは運動または食習慣などの生活様式によって、時間と共に次第に悪化していく病気である。例示的な変性疾患には、アルツハイマー病、シャルコー・マリー・トゥース病、クロイツフェルト・ヤコブ病、フリードライヒ失調症、真正糖尿病(II型)、アテローム性動脈硬化症などが含まれる。
本明細書で使用される場合、「由来の」と言う用語は、第一分子と第二分子の関係を示す。一般的に、第一分子と第二分子との間の構造的な類似性を意味し、第二分子由来の第一分子に関して、プロセスやソースの制限を暗に示したり含んだりしない。例えば、抗体分子由来の抗原結合ドメインの場合、該抗原結合ドメインは抗体の構造を十分に維持しているので、要求されている機能、すなわち抗原への結合能力を有している。抗体を作製する特定のプロセスについて制限を暗に示したり含んだりしない(例えば、抗体結合ドメインを提供するのに、抗体配列から開始し、望ましくない配列を削除したり、変異を起こしたりする必要はない)。
「標的抗原の発現に関する病気」または「本明細書記載の抗原に関連した病気」と言う句は、限定されないが、本明細書記載の標的抗原の発現に関連する病気、または本明細書記載の標的抗原を発現する細胞に関連した症状を含み、その中には、例えば、癌のような増殖性の病気、または骨髄異形成、骨髄異形成症候群、または白血病の前段階のような前癌症状、あるいは本明細書記載の標的抗原を発現する細胞に関連した非癌系疾患が含まれる。1つの態様において、本明細書記載の腫瘍抗原の発現に関連する癌は血液学的癌である。1つの態様において、本明細書記載の腫瘍抗原の発現に関連する癌は固形癌である。本明細書記載の腫瘍抗原の発現に関連する更なる疾患には、限定されないが、本明細書記載の腫瘍抗原の発現に関連する非定型的および/または非典型的癌、悪性腫瘍、前癌症状または増殖性疾患が含まれる。本明細書記載の腫瘍抗原の発現に関連する非癌系疾患には、限定されないが、例えば、自己免疫疾患(例えば、狼瘡)、炎症性疾患(アレルギーおよび喘息)、および移植が含まれる。いくつかの実施形態において、標的抗原発現細胞は、標的抗原をコードするmRNAを発現する、または随時発現した。別の実施形態において、標的抗原発現細胞は、標的抗原タンパク質(例えば、野生型または変異体)を生成するが、その場合、該標的抗原タンパク質は通常レベルまたは減少レベルで存在していてもよい。別の実施形態においては、標的抗原タンパク質は、ある時点で検出可能なレベルの標的抗原タンパク質を生成し、その後、検出可能な標的抗原タンパク質を実質的に全く生成しなかった。
本明細書で使用される場合、「遺伝子組換え細胞により標的とされる病気」には、細胞治療的に有効な結果を達成するため、遺伝子組換えされた細胞が病気の細胞を標的にするか健康な細胞を標的にするかに関係なく、病気、標的組織、または細胞タイプに向けられた遺伝子組換え細胞により、任意の方法で、任意の病気において、関係する任意の細胞を標的にすることが包含される。
「解離定数(Kd)」と言う用語は、受容体/リガンド相互作用の解離の平衡定数として定義される。
本明細書で使用される場合、「種々のセットのSIR」または「種々のセットの合成免疫受容体」とは、種々のセットのT細胞受容体定常鎖にリンクする同じ結合ドメインを有する複数のSIRを意味しており、結合ドメインおよび異なるT細胞定常鎖を有する各コンストラクトは、標的抗原および/または種々の発現レベルに対して、様々な範囲の結合を提供する。例えば、標的への結合ドメインの結合親和性は、定常ドメインの変異組成物(例えば、変異TCRa+TCRb)次第で様々である。いくつかの実施形態において、本開示のSIR(一本鎖または二量体)は、同じ結合ドメインを有する野生型TCR(例えば、cTCR)よりも高い結合親和性を有する。1つの実施形態において、SIRは、少なくとも1.25倍から約10,000倍(その間の任意の数)大きい発現レベルを有しており、その場合、SIRとcTCRは、TCRドメインの変異が異なっているだけである。別の実施形態においては、抗原への結合ドメインを有するcTCRよりも少なくとも1.5倍から約10,000倍高い結合親和性を同じ抗原に対して有している。更に別の実施形態では、SIRは同じ抗原に対してcTCRよりも高い結合親和性を有しているが、それは同じ結合親和性を有するキメラ抗原受容体よりも小さい。いくつかの実施形態においては、標的抗原に対してエフェクター細胞を発現するSIRの結合は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合よりも少なくとも1.25倍大きいが、対応するcTCRと比較して10,000倍未満である。いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、約10−4Mと10−8Mとの間の解離定数(結合親和性を反映するK)を有している。いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、上述の抗原の1つ以上に結合する。いくつかの実施形態においては、抗原結合ドメインは、標的抗原に対して約10−4Mと10−8Mとの間(例えば、約10−5Mと10−7Mとの間、例えば、約10−5Mと10−6Mとの間)のKを有している。1つの実施形態において、抗原結合ドメインの結合親和性は、参照抗体よりも少なくとも5倍、10倍、20倍、30倍、50倍、100倍、または1,000倍低い。1つの実施形態において、コードされた抗原結合ドメインは、参照抗体よりも少なくとも5倍低い結合親和性を有している。いくつかの実施形態においては、参照抗体は、抗原結合ドメインの元となった抗体である。
本明細書で使用される場合、「エピトープ」とは、免疫反応を誘発し得る抗原の一部、あるいは抗体または抗体断片に結合する抗原の一部であると定義される。エピトープはタンパク質配列またはサブ配列であってよい。
「発現ベクター」と言う用語は、発現対象のヌクレオチド配列に作動可能にリンクされた発現制御配列を含む組換えポリヌクレオチドを有するベクターを意味している。発現ベクターは発現のための十分なシス作用性要素を有しており、発現のための他の要素は宿主細胞またはインビトロ発現システムで供給されてもよい。発現ベクターは、当業界で周知の全てのベクターを含み、例えば、組換えヌクレオチドを組み込んでいる、コスミド、プラスミド(例えば、むき出し状態またはリポソームに含まれた状態)、およびウイルス(例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ関連ウイルス)などを含む。
SIRの「機能性ポリペプチド単位(FPU)」と言う用語は、TCR定常鎖に機能的にリンクされたアミノ末端シグナル配列を有するポリペプチドを意味する。いくつかの実施形態においては、FPUは、シグナル配列とTCR定常鎖との間に位置する抗原結合ドメインを含んでいる。別の実施形態においては、FPUには、シグナル配列とTCR定常鎖との間に位置する抗原結合ドメインが欠如している。FPUは、リンカーなどの追加の配列を含んでいてもよい。例えば、FPUは、抗原結合ドメインとTCR定常鎖との間に、MYC2−TAG(EQKLISEEDLGSG)リンカーを含んでいてもよい。FPUは、切断可能リンカー(例えば、P2A、F2A)、Ser−Gly(SGSG)リンカー、およびフーリン切断部位(RAKR)を含んでいてもよい。
SIRとの関連で使用される場合、「機能部分」と言う用語は、SIR(親SIR)の生物活性を維持しているSIRの任意の一部または断片を意味する。機能部分には、例えば、標的細胞を認識したり、病気を検出、治療、または予防したりする能力を、親SIRに類似した範囲、または同じ範囲、またはそれよりも大きい範囲で維持するSIRの一部も包含する。親SIRとの関連で、機能部分は、例えば、親SIRの約10%、25%、30%、50%、68%、80%、90%、95%、あるいはそれ以上を有していてもよい。
本明細書で使用される場合、「遺伝子組換え細胞」、「改変細胞」、「遺伝子改変細胞」、または「組換え細胞」とは、合成免疫受容体(SIR)を発現するように修飾され、任意にキメラ抗原受容体を含んでいてもよい細胞を意味する。例えば、SIRを発現する遺伝子組換えTリンパ球は、遺伝子組換え細胞である。
「免疫疾患」と言う用語は、免疫系の機能不全によって特徴付けられる病気を意味する。自己免疫疾患は、正常な体の部分に対する異常な免疫応答によって生じる症状である。少なくとも80タイプの自己免疫疾患が存在する。
本明細書で使用される場合、「免疫エフェクター細胞」と言う用語は、免疫反応(例えば、免疫エフェクター応答の促進)に関係した細胞を意味する。免疫エフェクター細胞の例には、T細胞(例えば、α/βT細胞、γ/δT細胞)、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、マスト細胞、骨髄由来ファゴサイトなどが含まれる。
本明細書で使用される場合、「免疫エフェクター機能または免疫エフェクター応答」と言う用語は、標的細胞の免疫攻撃を向上または促進させる免疫エフェクター細胞などの機能または応答を意味する。例えば、免疫エフェクター機能または応答は、標的細胞の死滅、またはその成長または増殖を阻害するT細胞またはNK細胞の特性を意味する。T細胞の場合、一次刺激および共刺激が、免疫エフェクター機能および応答の例である。
本明細書で使用される場合、「細胞内シグナル伝達ドメイン」と言う用語は、分子の細胞内シグナル伝達部分を意味する。細胞内シグナル伝達ドメインは、TCRを含む細胞の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを発生する。免疫エフェクター機能の例は、サイトカインの分泌を含む、細胞溶解活性およびヘルパー活性を含む。TCRα/β/γ/δ鎖は、自らの細胞内シグナル伝達ドメインは持たないが、シグナル伝達ドメインを有する他のTCR信号伝達複合体(例えば、CD3z、CD3e、CD3d、およびCD3g)の鎖と関係することによりシグナルを伝達する。
別の実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、主要細胞内シグナル伝達ドメインを有していてもよい。例示的な主要細胞内シグナル伝達ドメインは、一次刺激または抗原依存性刺激に責任を有する分子由来のドメインを含む。別の実施形態においては、細胞内シグナル伝達ドメインは共刺激細胞内ドメインを有していてもよい。例示的な共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナルまたは抗原独立性刺激に責任を有する分子由来のドメインを含む。例えば、主要細胞内シグナル伝達ドメインはCD3zの細胞質配列を有し、共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは共受容体または共刺激分子(例えば、CD28または41BB)からの細胞質配列を有していてもよい。
主要細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容活性化チロシンモチーフ(ITAM)として知られるシグナル伝達モチーフを有していてもよい。主要細胞質シグナル伝達配列を有するITAMの例には、限定されないが、CD3ζ、コモンFeRγ(FCERIG)、FeγRIIa、FeRβ(FeεR1b)、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD79a、CD79b、DAP1O、およびDAP12由来の配列が含まれる。
本明細書で使用される場合、「リンカー」(または「リンカードメイン」または「リンカー領域」)と言う用語は、本明細書記載のSIRの2つ以上のドメインまたは領域を結合するオリゴペプチドまたはポリペプチドを意味する。リンカーの長さは1アミノ酸から500アミノ酸の間の任意の数である。いくつかの実施形態おいて、「リンカー」は、切断可能または非切断可能である。他の特別な規定がない限り、本明細書で使用される「リンカー」と言う用語は非切断可能リンカーである。SIRの作製に使用できる例示的な非切断可能リンカーは、表6Dに提供される。上記非切断可能リンカーは、隣接したタンパク質の自由な相互動作を可能にする可撓性の残基から成っている。斯かる残基の例は、限定されないが、グリシンおよびセリンである。いくつかの実施形態においては、リンカーは非可撓性の残基を含む。非可撓性リンカーの例示的な実施形態には、EAAAK(配列番号18933)、E−coil(配列番号18931)、K−coil(配列番号18932)、またはPG4SP(18929)が含まれる。CD19を標的としFMC63抗体由来の抗原結合ドメインを含むSIRは、抗原結合ドメインとTCR定常鎖との間に非可撓性リンカー(例えば、EAAAK(配列番号18933)、E−coil(配列番号18931)、K−coil(配列番号18932)、またはPG4SP(18929))を用いて構築した場合に、リンカーを含まないSIRと比較して、標的抗原の結合親和性よりも約1.5倍以上高い親和性を示す。従って、いくつかの実施形態においては、非可撓性リンカー(例えば、EAAAK(配列番号18933)、E−coil(配列番号18931)、K−coil(配列番号18932)、またはPG4SP(18929))は、SIRを構築するための好ましいリンカーを示す。他の実施形態では、二重鎖SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖を結合する2つのリンカーは、同じような長さを共有する。他の実施形態では、二重鎖SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖を結合する2つのリンカーの長さは、せいぜい20アミノ酸の違い、通常せいぜい10アミノ酸の違い、好ましくはせいぜい5アミノ酸の違い、より好ましくはせいぜい2つのアミノ酸の違いである。いくつかの実施形態においては、二重鎖SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖を結合する2つのリンカーは、同一または類似のアミノ酸組成を有する。同一組成の例示的リンカーは、PG4SP(配列番号18922)およびPG4SP−v2(配列番号18923)である。いくつかの実施形態においては、二重鎖SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖を結合する2つのリンカーは、PG4SP(DNA配列番号18922、PRT配列番号18929)およびPG4SP−v2(DNA配列番号18923、PRT配列番号18929または18930)である。いくつかの実施形態では、二重鎖SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖を結合する2つのリンカーは、EAAAK(配列番号18926、PRT配列番号18933および18934)およびEAAAK−v2(DNA配列番号18927)である。いくつかの実施形態では、二重鎖SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖を結合する2つのリンカーは、E−coil(DNA配列番号18924)およびK−coil(DNA配列番号18925)である。いくつかの実施形態では、リンカーはエピトープタグを有していてもよい。いくつかの実施形態では、エピトープタグは、MYCタグ、V5タグ、AcV5タグ、StreptagII、FLAGタグ、またはHAの群から選択される。いくつかの実施形態では、非切断可能リンカーの長さは、2つの隣接したドメインが立体的に互いに干渉し合わないようにするのに十分な長さである。本開示の1つの実施形態では、SIRの抗原結合ドメインとTCR定常鎖との間に位置するリンカー(例えば、MycタグまたはV5タグ)のカルボキシ末端に、3つのアミノ酸残基(Gly−Ser−Gly)が加えられている。特定の実施形態では、リンカーは、制限酵素部位などの追加の配列を有していてもよい。いくつかの例示的リンカーの核酸配列は配列番号701から配列番号725に提供され、いくつかの例示的リンカーのアミノ酸配列は配列番号2981から配列番号3003に提供される。
本明細書で使用される場合、「可撓性ポリペプチドリンカー」と言う用語は、ポリペプチド鎖(例えば、可変重鎖および可変軽鎖領域)をリンクするのに、単独使用または併用されるアミノ酸(グリシンおよび/またはセリン残基)から成るペプチドを意味する。1つの実施形態では、可撓性ポリペプチドリンカーはGly/Serリンカーであり、アミノ酸配列(Gly−Gly−Gly−Ser)(この場合、nは1以上の正の整数である)を有す。例えば、n=1、n=2、n=3、n=4、n=5、n=6、n=7、n=8、n=9、およびn=10である。1つの実施形態では、可撓性ポリペプチドリンカーは、限定されないが、(GlySer)または(GlySer)(配列番号2500)である。別の実施形態では、リンカーは(GlySer)、(GlySer)、または(GlySer)(配列番号2501および2502)の複数の反復配列を含む。本開示の範囲には、WO2012/138475記載のリンカー(参照として本明細書に援用される)も含まれる。
切断可能リンカーの例には、限定されないが、2Aリンカー(例えばT2A)、ピコルナウイルス2A様リンカー、ブタのテスコウイルスのCHYSEL配列(P2A)、Thosea asignaウイルス(T2A)、2A様リンカーまたはその機能的等価物、およびそれらの組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、2Aグリシンと2Bプロリンとの間の切断をもたらすモチーフを有していてもよい(例えば、T2A配列、配列番号3061、C末端Gly−Proを参照)。いくつかの例示的切断可能リンカーの核酸配列は、配列番号780から配列番号785に提供され、いくつかの例示的リンカーのアミノ酸配列は配列番号3060から配列番号3064に提供される。本明細書で使用可能な他の切断可能リンカーは当業者が容易に想到し得る。
「レンチウイルス」と言う用語は、レトロウイルス科の属を意味する。レンチウイルスは、非分裂細胞を感染させることができ、大量の遺伝情報を宿主細胞のDNAに送達できるので、レトロウイルスの中でもユニークであり、遺伝子運搬ベクターとして最も有効な方法の1つである。HIV、SIV、およびFIVは全てレンチウイルスの例である。
「レンチウイルスベクター」と言う用語は、特にMiloneら、Mol. Ther. 17(8):1453−1464(2009)に提供されるような自殺メカニズムレンチウイルスベクターを含む、レンチウイルスゲノムの少なくとも一部由来のベクターを意味する。臨床で使用可能なレンチウイルスベクターの他の例には、限定されないが、例えば、Oxford BioMedicaのLENTIVECTOR(登録)遺伝子運搬技術、LentigenのLENTIMAX(登録商標)ベクターシステムなどがある。レンチウイルスベクターの非臨床タイプも利用可能であり、当業者には周知であろう。レンチウイルスベクターの他の例は、pLENTI−EF1α(配列番号870)およびpLENTI−EF1α―DWPRE(配列番号871)である。
本明細書で使用される場合、「哺乳動物」とは、哺乳綱の任意のメンバー、例えば、限定されないが、ヒト、およびチンパンジー、他の類人猿、サル種;牛、羊、豚、山羊、馬などの農場動物;犬や猫などの家畜;マウスやラットなどのげっ歯類、モルモットなどを含む実験用動物などである。この用語は特定の年齢や性別を意味しない。従って、大人の被験者、新生児、並びに胎児は、男性女性の区別なく、この用語の範囲に含まれる。
本明細書で使用される場合、「非天然のTCR抗原結合ドメイン」とは、自然に存在するTCRに対して、キメラおよび非天然のTCR定常鎖に作動可能にリンクされた結合ドメインを意味する。言い換えると、非天然のTCR抗原結合ドメインは、TCRに作動可能にリンクさせるため、組換え分子生物学技術を用いて「改変」されており、抗原結合ドメインは、自然に存在するTCRとは異なる分子から得られるか、または誘導される。自然のTCRとは異なる抗原結合ドメインには、抗原vHおよびvL断片、ヒト化抗体断片、キメラ抗体断片、受容体リガンドなどが含まれる。
「作動可能なリンク」と言う用語は、第一構成要素と第二構成要素との間の機能的な結合または関連を意味し、その場合、各構成要素は機能的である。例えば、作動可能にリンクには、調節配列と異種核酸配列との間の関連が含まれ、後者が発現する。例えば、第一核酸配列が第二核酸配列と機能的な関係に置かれた場合、第一核酸配列は第二核酸配列と作動可能にリンクされている。作動可能にリンクされた2つのポリペプチドにおいて、第一ポリペプチドは任意のリンクから独立したやり方で機能し、第二のポリペプチドはまるで両者にリンクが無いように機能する。
2つ以上の核酸またはポリペプチド配列における「%同一」とは、同じ2つ以上の配列について言及する。以下の配列比較アルゴリズムの1つを用いて、または手動アラインメント、および目視検査によって測定される比較ウインドまたは指定領域に関して、最大対応が比較および調整された際に、2つの配列が同じアミノ酸残基およびヌクレオチドの特定の百分率を有する場合は、2つの配列は「実質的に同一」である(例えば、特定の領域、不特定の領域、配列全体に関して、60%同一、任意に、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一)。任意に、少なくとも約50のヌクレオチド(または10アミノ酸)の長さの領域に関して、好ましくは100〜500または1000以上のヌクレオチド(または20、50、200またはそれ以上のアミノ酸)の長さに関して同一性が存在する。
配列比較の場合、一般的に、1つの配列は参照配列として機能し、それに対して試験配列が比較される。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列および参照配列がコンピューターに入力され、必要ならばその後の座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムパラメーターが指定される。デフォルトプログラムパラメーターが使用されてもよいし、あるいは代替パラメーターが指定されてもよい。次に、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメーターに基づいて、参照配列に対する試験配列の配列同一%を計算する。比較のための配列アラインメントの方法は、当業界では周知である。比較のための最適配列アラインメントは、例えば、Smith and Waterman,(1970)Adv. Appl. Math. 2:482cのローカルホモロジーアルゴリズム、Needleman and Wunsch, (1970)J. Mol. Bioi. 48:443のホモロジーアラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman,(1988)Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA 85:2444の類似探索手法、斯かるアルゴリズムのコンピューター実施(Wisconsin Genetics Software PackageのGAP, BESTFIT, FASTA, and TFASTA, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI)、または手動アラインメント、および目視(例えば、Brentら、(2003)Current Protocols in Molecular Biologyを参照)によって実施し得る。
配列同一%を決定するのに使用できるアルゴリズムの2つの例は、BLASTおよびBLAST2.0アルゴリズムであり、それぞれAtschulら、(1977)Nucl. Acids Res. 25:3389−3402、およびAtschulら、(1990)J. Mol. Bioi. 215:403−410に記載されている。BLAST解析を実行するソフトウェアは、米国国立バイオテクノロジー情報センター(National Cener for Biotechnology Information)を通して公的に入手可能である。
2つのアミノ酸配列間の同一%は、ALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み込まれているE. Meyers and W. Miller,(1988)Comput. Appl. Biosci. 4:11−17のアルゴリズムを用いて、PAM120 weight residue table、12のギャップ長ペナルティ、および4のギャップペナルティを用いることにより決定されてもよい。加えて、2つのアミノ酸配列間の同一%は、GCGソフトウェアパッケージ(www.gcg.comで入手可能)のGAPプログラムに組み込まれているNeedleman and Wunsch(1970)J. Mol. Bioi. 48:444−453を用いて、Blossom62マトリックスまたはP AM250マトリックス、16、14、12、10、8、6、または4のギャップウェイト、および1、2、3、4、5、または6のレングスウェイトを用いることにより決定されてもよい。
「ポリヌクレオチド」、「核酸」、または「組換え核酸」と言う用語は、デオキシリボ核酸(DNA)および、適切な場合、リボ核酸(RNA)などのヌクレオチドの重合体を意味する。
本明細書で使用される場合、「タンパク質」または「ポリペプチド」は同意語であるが、ペプチド結合と呼ばれる化学結合によってリンクされたアミノ酸と呼ばれる化学構造ブロックの1つ以上の鎖を有する。
「レトロウイルスベクター」と言う用語は、レトロウイルスゲノムの少なくとも一部由来のベクターを意味する。レトロウイルスベクターの例には、AddgeneまたはClontechから入手可能なMSCVneo、MSCV−pac(またはMSCV−puro)、MSCV−hygroが挙げられる。レトロウイルスベクターの他の例は、MSCV−Bgl2−AvrII−Bam−EcoR1−Xho−BstB1−Mlu−Sal−ClaI.I03(配列番号872)である。
「Sleeping Beautyトランスポゾン」または「Sleeping Beautyトランスポゾンベクター」は、Sleeping Beautyトランスポゾンゲノムの少なくとも一部由来のベクターを意味する。Sleeping Beautyトランスポゾンベクターの一例は、pSBbi−Pur(配列番号874)である。SIRをコードするSleeping Beautyトランスポゾンベクターの他の例は、配列番号875および配列番号876に提供される。
「scFv」と言う用語は、軽鎖の可変領域を含む少なくとも1つの抗体断片と、重鎖の可変領域を含む少なくとも1つの抗体断片とを有する融合タンパク質を意味し、軽鎖および重鎖可変領域は、例えば合成リンカー(例えば、短い可撓性ポリぺプチドリンカー)によって隣接してリンクされており、単鎖のポリペプチドとして発現可能である(この場合、scFvは元の無処理抗体の特異性を保持している)。本明細書で使用される場合、特別な規定がない限り、scFvは、例えばポリペプチドのN末端およびC末端に対してvLおよびvH可変領域をいずれの順番で有していてもよい。scFvはvL−Linker−vHを有していてもよいし、vH−Linker−vLを有していてもよい。本発明においては、scFvは、vL−Gly−Ser−Linker−vHとして記載されてもよい。例えば、FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vHは、GlyおよびSer残基から成るリンカーを通してリンクされたFMC63モノクローナル抗体のvLおよびvH断片を含むscFvを意味する。例示的Gly−Serリンカーのアミノ酸配列は配列番号2500に提供される。あるいは、scFvは(vL+vH)とも記載される。例えば、FMC6−(vL+vH)は、リンカーを通してリンクされたFMC63抗体のvLおよびvH断片を含むscFvを意味し、この場合、vL断片はN末端に位置している。
「信号伝達ドメイン」と言う用語は、細胞内で情報を伝達するタンパク質の機能領域を意味しており、第二メッセンジャーを発生させることにより、あるいは斯かるメッセンジャーへ応答してエフェクターとして機能することにより、画定されたシグナル伝達経路を通して細胞活動を調整する。
「合成免疫受容体」または「SIR」とは、一組のポリペプチド(いくつかの実施形態では通常2つ)を意味しており、エフェクター細胞で発現した場合、当該細胞に、標的細胞(通常、癌細胞)への特異性並びに細胞内シグナルの発生を提供する。典型的な実施形態において、SIRは、本明細書記載のような抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメイン(例えば、抗体または抗体断片、リガンド、または受容体)を有しており、任意のリンカーを通して1つ以上のT細胞受容体定常鎖に結合している。いくつかの実施形態では、その一組のポリペプチドが互いに隣接して存在する。いくつかの実施形態では、SIRは、2つ以上のポリペプチドの2つ以上の組を有する。SIRの各組のポリペプチドは互いに隣接している(機能性ポリペプチド単位1)が、もう一つの組(機能性ポリペプチド単位2)のポリペプチドとは隣接していない。いくつかの態様においては、SIR T細胞受容体定常鎖(または領域)は、ヒトT細胞受容体α(TCRアルファ、TCRα、hTCRアルファ、hTCRα、またはCα)、ヒトT細胞受容体β1(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、hTCRベータ1、hTCRβ1、hTCRb1、またはCβ1)、ヒトT細胞受容体β2(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、hTCRベータ2、hTCRβ2、hTCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる)、ヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、hTCRガンマ、hTCRγ、hTCRg、hTCRγ1、hTCRガンマ、またはCγ)、およびヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、hTCRデルタ、hTCRd、hTCRδ、またはCδ)の定常鎖から選択される。いくつかの実施形態では、SIRのTCR定常鎖は、野生型ヌクレオチド配列でコードされるが、他の態様では、SIRのTCR定常鎖は、野生型ではないヌクレオチド配列でコードされる。いくつかの実施形態では、SIRのTCR定常鎖はコドン最適化配列でコードされている。いくつかの実施形態では、SIRのTCR定常鎖は、野生型ポリペプチド配列をコードするが、他の実施形態では、SIRのTCR定常鎖は、1つ以上の変異を有するポリペプチドでコードされる。いくつかの実施形態では、SIRのTCR定常鎖は、1つ以上の変異を有するコドン最適化配列でコードされる。本明細書に記載されるような特定の腫瘍マーカー「X」を標的にする抗原結合ドメイン(例えば、scFvまたはvHH)を有するSIRは、X−SIRまたはXSIRとも呼ばれる。例えば、CD19を標的にする抗原結合領域を有するSIRは、CD19−SIRまたはCD19SIRと呼ばれる。SIRのTCR定常鎖/ドメインは、SIRが最終的に使用される種と同じ種由来であってもよい。例えば、ヒトに使用される場合、SIRのTCR定常鎖は、ヒトTCR定常鎖由来、またはヒトTCR定常鎖から構成されるのが有利である。しかし、いくつかの例では、TCR定常鎖は、SIRが最終的に使用される種と同じ種由来であるが、TCR定常鎖の発現を向上させるアミノ酸置換体を有するように修飾されるのが有利である。例えば、ヒトに使用される場合、SIRのTCR定常鎖は、ヒトTCR定常鎖由来、またはヒトTCR定常鎖から構成されているが、特定のアミノ酸がマウスのTCR定常鎖の対応するアミノ酸によって置き換えられているのが有利である。斯かるマウス化TCR定常鎖は、SIRの発現を増大させる。例示的なマウス化TCR定常鎖のアミノ酸配列は、配列番号3017、配列番号3033〜3039である(表1〜3も参照)。SIRまたはその機能部分は、アミノ末端および/またはカルボキシ末端に追加のアミノ酸を含んでもよく、斯かる追加のアミノ酸は、TCRまたはSIRを構成する抗原結合ドメインのアミノ酸配列には見出されない。追加のアミノ酸は、SIRまたは機能部分の生物学的機能(例えば、標的細胞の認識、癌の検出、癌の治療または防止など)に干渉しないのが望ましい。追加のアミノ酸が、親SIRの生物活性と比較して、生物活性を向上させるのが更に望ましい。
「刺激」と言う用語は、刺激分子(例えば、TCR/CD3複合体またはSIR)をその同種リガンド(またはSIRの場合、標的抗原)と結合させることにより誘発される一次応答を意味しており、それにより、限定されないが、TCR/CD3を通してシグナル伝達などのシグナル伝達事象を仲介する。刺激は、特定の分子の改変された発現を仲介してもよい。
「刺激分子」と言う用語は、免疫細胞(例えば、T細胞、NK細胞、B細胞)によって発現される分子であり、免疫細胞シグナル伝達経路の少なくとも特定の面において、免疫細胞の活性化を刺激的方法で調整する細胞質シグナル伝達配列を提供する。1つの態様において、シグナルは、例えば、TCR/CD3複合体とペプチド満載のMHC分子との結合により開始される一次シグナルであり、それを通して、限定されないが、増殖、活性化、分化などのT細胞応答を仲介する。刺激的に行われる細胞質シグナル伝達配列(「主要シグナル伝達ドメイン」とも呼ばれる)は、免疫受容活性化チロシンモチーフ(ITAM)として知られるシグナル伝達モチーフを有していてもよい。細胞質シグナル伝達配列を有するITAMの例には、限定されないが、CD3ζ、コモンFeRγ(FCERIG)、FeγRIIa、FeRβ(FeεRib)、CDγ、CD3δ、CD3ε、CD79a、CD79b、DAP1O、およびDAP12由来の配列が含まれる。
「被験者」と言う用語には、免疫応答を引き出すことのできる有機体(例えば、家畜またはヒト)が含まれる。
本明細書で使用される場合、「T細胞」および「Tリンパ球」と言う用語は同意語である。その例としては、限定されないが、ナイーブT細胞(「リンパ球前駆体」)、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、ステムメモリーT細胞(Tscm)、iPSC由来T細胞、合成T細胞、またはそれらの組み合わせが含まれる。
「治療効果」と言う用語は、種々の手段、例えば、限定されないが、腫瘍体積の減少、癌細胞の数の減少、転移の数の減少、寿命の延長、癌細胞の増殖低下、癌細胞生存率の低下、感染病原体の力価の減少、感染病原体のコロニー数の減少、癌症状に関連する種々の生理学的症状の改善などによって証明される生物学的効果を意味する。「治療効果」は、病気の発生の予防、または病気の再発予防における、ペプチド、ポリヌクレオチド、細胞、および抗体の能力によっても証明できる。
「トランスファーベクター」と言う用語は、単離された核酸を含み、単離された核酸を細胞の内部へ運搬するのに使用可能な物質の組成物を意味する。直線状ポリヌクレオチド、イオン性化合物または両親媒性化合物、プラスミド、ウイルスなどを含む種々のベクターが当業界で知られている。従って、「トランスファーベクター」と言う用語は、自動的に複製するプラスミドまたはウイルスを含む。この用語には、更に、ポリリジン化合物、リポソームなど、細胞への核酸の移入を促進する非プラスミドおよび非ウイルス化合物も含まれる。ウイルス移入ベクターの例には、限定されないが、アデノウイルスベクター、アデノ関連ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクターなどが含まれる。
本明細書で使用される場合、「治療」および「治療する」とは、治療および予防的手段の両方を意味し、その目的は、標的病気の症状を予防または減少させること、病気の症状を予防すること、有益な結果を追求または取得すること、あるいは例え治療が結果的に成功しなくても症状が悪化する可能性を低くすることである。治療を必要とする対象は、既に症状を訴えている対象、その症状が出る傾向にある対象、または症状を予防したい対象である。
本明細書で使用される場合、「腫瘍」は、悪性または良性に関係なく、全ての新生細胞の成長および増殖、全ての前癌細胞および組織、並びに癌細胞および組織を意味する。
「ゼータ」、あるいは「ゼータ鎖」、「CD3ゼータ」、または「TCRゼータ」と言う用語は、GenBank Acc番号BAG36664.1、または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基として提供されるタンパク質と定義される。「ゼータ刺激ドメイン」、あるいは「CD3ゼータ刺激ドメイン」、または「TCRゼータ刺激ドメイン」は、T細胞活性化に必要な最初のシグナルを機能的に伝達するの十分な、ゼータ鎖の細胞質ドメインからのアミノ酸残基、またはその機能的誘導体として定義される。1つの態様において、ゼータの細胞質ドメインは、GenBank Acc番号BAG36664.1の残基52〜164、または機能的オルソログである非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿などからの同等の残基を有する。1つの態様において、「ゼータ刺激ドメイン」または「CD3ゼータ刺激ドメイン」は、配列番号18として提供される配列である。1つの態様において、「ゼータ刺激ドメイン」または「CD3ゼータ刺激ドメイン」は、配列番号20として提供される配列である。
本明細書で使用される場合、本開示のSIRの各鎖は、一般的な構造として、シグナルペプチド−(結合ドメイン)−(任意のリンカー)−(T細胞受容体定常領域)−(任意のアクセサリーモジュール)を有する。SIR T細胞受容体定常領域は、T細胞受容体定常鎖とCD3シグナル伝達鎖(任意の共刺激ドメインを有する)との融合から構成されてもよい。例示的なTCRβ定常鎖とCD3zの融合タンパク質は、配列番号12401〜12407に提供される。例示的なTCRβ定常鎖とCD3zの融合タンパク質(追加の共刺激ドメインを有する)は、配列番号12408〜12409に提供される。例示的なTCRα定常鎖とCD3zの融合タンパク質は、配列番号12422〜12426に提供される。例示的なTCRα定常鎖とCD3zの融合タンパク質(追加の共刺激ドメインを有する)は、配列番号12427〜12428に提供される。以下は、本開示のSIRの各「ドメイン」または「セクション」を記述する。種々のTCRを組み替えたり、他の結合ドメインと組み合わせたりできることは、当業者には理解されるであろう。
本開示は、本開示のSIR、SIRポリペプチド、発現コンストラクト、SIRまたは本開示のコンストラクトを含む遺伝子組換え細胞、並びに斯かるポリペプチド、ポリヌクレオチド、および細胞の作製および使用方法を提供する。
本開示は、合成抗原受容体(SIR)をコードする単離核酸分子を提供する。SIRは、本明細書記載の抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメイン(例えば、抗体または抗体断片、自己抗原、リガンド、または受容体)を有し、1つ以上のT細胞受容体定常鎖に結合されている。
いくつかの実施形態において、SIRは、単一のT細胞受容体定常鎖に結合した単一の抗原結合ドメインを有していてもよい、または斯かるドメインで構成されていてもよい。いくつかの実施形態において、SIRは、リンカーを通して結合され、引いては単一のT細胞受容体定常鎖(例えば、配列番号1169、配列番号1182、配列番号10497〜10508および10524〜10538)に結合されている、2つ以上の抗原結合断片(例えば、vLおよびvH断片または2つのvHH断片)を有していてもよい、または斯かる断片で構成されていてもよい。別の実施形態では、SIRは、各々フレーム単位で別々のT細胞受容体定常鎖(配列番号1200)に結合する2つの抗原結合ドメインを有していてもよい、または斯かるドメインで構成されていてもよい。例えば、抗原結合ドメイン1はTCRα(Cα)の定常鎖に結合して機能単位1を構成し、抗原結合ドメイン2はT細胞受容体βTCRβ(Cβ)の定常鎖に結合して「機能単位2」を構成する。斯かるSIRの2つの機能単位は同じ細胞で共発現し、機能的に活性化される。いくつかの実施形態において、SIRの2つの機能単位は単一のベクターを用いて共発現され、他の実施形態においては、2つの機能単位は異なるベクターを用いて同じ細胞内で共発現される。いくつかの実施形態において、SIRの2つの機能単位は、両方の機能単位をコードする単一のmRNA配列のトランスフェクションにより共発現され、他の実施形態では、それぞれ1つの機能単位をコードする2つの異なるmRNA配列のトランスフェクションにより共発現される。
更に別の実施形態において、SIRは、1つのT細胞受容体定常鎖(機能単位1)に結合した抗原結合ドメインを有する、またはそのドメインで構成されるが、第二のT細胞受容体定常鎖(例えば、配列番号1620)と共発現される。斯かるSIRにおける第二のT細胞受容体定常鎖の目的は、機能単位1(例えば、T細胞受容体定常鎖に結合した抗原結合ドメイン1)の細胞表面発現を促進することである。第二T細胞受容体定常鎖は、それ自体で発現してもよいし、エピトープタグ(例えば、MYC、V5、AcV5、G4Sx2、StrepTagIIなど)を有する融合タンパク質として発現されてもよいし、あるいは機能単位1のアセンブリおよび機能に干渉しない任意の無関係なタンパク質断片(例えば、vLまたはvH断片)を有する融合タンパク質として発現されてもよい。例えば、SIRは、Cαに結合した抗体結合ドメイン1と、空の(すなわち抗原結合ドメインの欠如した)Cβ(例えば配列番号1620)とを有していてもよいし、それらから構成されていてもよい。斯かるSIRの2つの機能単位は同じ細胞で共発現され、機能的に活性化される。いくつかの実施形態では、SIRの2つの機能単位は、単一のベクターを用いて共発現され、他の実施形態では、2つの機能単位は異なるベクターを用いて同じ細胞内で共発現される。いくつかの実施形態では、SIRの2つの機能単位は、両方の機能単位をコードする単一のmRNA配列のトランスフェクションにより共発現され、他の実施形態では、それぞれ1つの機能単位をコードする2つの異なるmRNA配列のトランスフェクションにより共発現される。
本明細書記載のSIRは、単一のポリヌクレオチド鎖でコードされ、単一のポリペプチド鎖に翻訳され、その後異なるタンパク質に切断される。SIRをコードする核酸は、1つ以上のリーダー配列(シグナルペプチドとしても知られる)を有していてもよい。1つの実施形態では、SIRの各機能単位(例えば、T細胞受容体定常鎖に結合した抗原結合ドメイン+フーリンSGSG切断可能リンカー、またはT細胞受容体定常鎖+フーリンSGSG切断可能リンカー)の前には、I型膜貫通タンパク質として細胞表面へSIRを導くリーダー配列が置かれてもよい。1つの実施形態では、SIRの抗体結合ドメインは細胞外に面している。いくつかの実施形態では、リーダー配列は、配列番号1〜9の任意の核酸配列と、配列番号2300から配列番号2302のアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、制限酵素部位を含む短い核酸配列(3〜9核酸)が、SIRの異なるサブユニット(例えば、SIRのシグナル配列と抗原結合ドメインとの間、または抗原結合(ドメイン)とTCR鎖との間)に置かれる。
合成免疫受容体(SIR)は、異なるTCR定常鎖と共に作製されてもよい。TCR定常鎖はその野生型配列でコードしてもよいし、非野生型配列でコードしてもよいし、コドン最適化配列でコードしてもよい。加えて、TCR定常鎖は、細胞表面発現および/または相互の対形成を向上させるため、並びに内因性TCR鎖との対形成を減少させるため、特定の変異(例えば、表2または3記載の1つ以上の変異、および表1の1つ以上の変異を有するTCRα定常鎖)を有していてもよい。SIRのTCRドメインの変異は、結合親和性および/または標的または細胞へのSIRの発現をそれぞれ修飾する。例えば、本開示は、特定の抗原標的に対する種々のSIR母集団を想定しており、斯かる母集団は、対形成または発現および/または結合ドメインとTCRドメインとの間のリンカーの使用を促進させるため、核酸配列コドン最適化および/またはTCR鎖の変異に基づいて、設計およびスクリーニングできる。いくつかの実施形態において、プールのSIRを発現させる免疫エフェクター細胞は、抗原結合親和性、細胞表面発現、細胞シグナル伝達、NFATレポーター活性、細胞毒性、サイトカイン分泌、増殖、インビボ持続性、枯渇マーカーの発現、およびインビボ活性の群から選択される特性の1つ以上に関して、同じ結合ドメイン(例えば、試験SIRの場合と同じscFv由来の結合ドメイン)を含むプールの別のSIRを発現する同等の免疫エフェクター細胞と比較すると、同様な条件下でアッセイを行った場合、2倍超、5倍超、10倍超、更には100倍超の違いを示している。本開示は、X−SIR分子(Xは抗原結合ドメイン)のライブラリを想定しているので、ライブラリまたは「プール」は、多様な結合親和性、発現レベル、および機能的特徴(例えば、細胞毒性、サイトカイン生産、および長期的持続性)をSIRに提供する。いくつかの実施形態において、プールのSIRは、抗原結合親和性、細胞表面発現、細胞毒性、サイトカイン分泌、T細胞増殖、T細胞の持続性、T細胞の枯渇、および免疫エフェクター細胞で発現させた場合のインビボ活性の群から選択された特性の1つ以上に関して、同じ結合ドメイン(例えば、試験SIRの場合と同じscFv由来の結合ドメイン)を含むプールの別のSIRと比較すると、同様な条件下でアッセイを行った場合、2倍超、好ましくは5倍超、更に好ましくは10倍超、更に好ましくは100倍超の違いを示している。次世代シーケンシングまたは当業界で周知の他の技術による識別が可能となるように、プールの異なるSIRには異なるバーコードを付してもよい。例示的なバーコードは、配列番号864〜869によって提供される。バーコードは、SIRの発現に干渉しないように、SIRをコードするベクターの便利な場所に挿入してもよい。例示的実施形態において、バーコードは、SIRの停止コドンのすぐ下流に挿入される。当業者は、本明細書記載のアッセイの任意の1つ以上を用いて、望ましい結合親和性、発現レベル、または機能特性を有するX−SIRを、斯かるプールをスクリーニングすることにより特定できる。異なるSIRまたは異なるSIRのプールが、異なる病気および病状に適しているかも知れないし、それらを組み合わせて、多様な免疫応答およびポリクローナルな免疫応答を提供することもできる。従って、標的への親和性の高いSIRを発現するT細胞は、短期的には腫瘍を死滅させるにはより効果的であるかもしれないが、斯かる細胞は迅速に枯渇し、および/またはインビボでの持続性が短いかもしれない。高親和性のSIRを発現する斯かるT細胞は、(腫瘍細胞を短期間に死滅させるには効果的ではないかもしれないが、迅速に枯渇することはない、および/またはインビボでより長期間持続できる)低親和性のSIRを発現するT細胞と組み合わせてもよい。本開示のSIRは、SIRの異なるプールを含めて、他の遺伝子組換えT細胞(CAR−T細胞など)と組み合わせることにより、多様な免疫応答を生成してもよい。従って、本開示はX−SIRのライブラリを提供する。
本明細書に記載されるように、SIRは、1つ以上のT細胞受容体(TCR)定常鎖領域に作動可能にリンクする1つ以上の抗原結合ドメインを有している。本開示のSIRは、ヒトβ1鎖定常領域(Cβ1)またはヒトβ2鎖定常領域(Cβ2)を有し得る。1つの実施形態では、SIRのヒト定常β領域(1または2)は、18の位置に塩基性アミノ酸を有している。この塩基性アミノ酸は、アルギニン(R)とリシン(K)から成る群から選択される。「位置18」と言う用語は、配列番号3025(Cβ2)または配列番号3024(Cβ1)の配列の18番目のアミノ酸残基を意味する。SIRの生物機能に影響がない限り、SIRのCβ1またはCβ2は、位置18の変異の外にも、更なる変異を有してもよい。同一でなくても類似の場合(例えば、改良または悪化)、生物活性は影響を受けていない。「SIRの機能」と言う用語は、例えば、特定の親和性を持って特定の抗原に特異的に結合し、および/または細胞のシグナル伝達を活性化することによりそれに応答し、その結果、T細胞の機能を活性化(例えば、活性化、増殖、サイトカイン分泌、および/または細胞毒性)させるSIRの能力を意味している。
1つの実施形態において、SIRは、位置18に塩基アミノ酸を有することに加え、Cβ1またはCβ2鎖に少なくとも1つの変異を有する。この変異は、位置22のアラニン(A)、位置133のイソロイシン(I)、位置136のアラニン(A)、および位置139のヒスチジン(H)から成る群から選択されるが、上述の位置は、配列番号3025(Cβ2)または配列番号3024(Cβ1)の位置である。別の実施形態では、SIRは、Cβ1またはCβ2鎖の位置18に塩基アミノ酸を有し、位置22のアラニン(A)、位置133のイソロイシン(I)、位置136のアラニン(A)、および位置139のヒスチジン(H)から成る群から選択される1つ以上の追加の変異を有するが、上述の位置は、配列番号3025(Cβ2)または配列番号3024(Cβ1)の位置である。。
本開示は、αおよびβ鎖の定常領域に追加のシステインを含むSIRは、相互に好ましい対形成を促進し、導入されたSIRの全表面発現を増大させ、標的抗原の結合親和性を改善し、機能性を向上させることを証明している。例えば、CαにThr48Cys(T48C)の変異を有し、Cβ1またはCβ2にSer−57−Cys(S57C)の変異を有するSIRは、2つの鎖の間に追加のジスルフィド結合を有し、その結果、内因性TCR鎖との誤対合が減少し、機能性が向上する。他のジスルフィド結合の位置(またはその組み合わせ)は、Cα―T48CおよびCβ1またはCβ2−S57C、Cα―S15CおよびCβ1またはCβ2−E15C、Cα―T45CおよびCβ1またはCβ2−D59C、Cα―T45CおよびCβ1またはCβ2−S77C、Cα―Y10CおよびCβ1またはCβ2−S17Cである。
導入されたTCRαおよびTCRβ鎖と内因性TCR鎖との間の望ましくない対形成の問題を解決する別の方法は、「凸凹」または「凹凸」構成および静電気環境の使用を含む。本開示は、CαにおけるSer61Arg(S61R)変異と、Cβ1またはCβ2鎖におけるArg79Gly(R79G)変異とを有するSIRも、内因性TCR鎖との誤対合を減少させ、機能性を向上させることを証明している。導入されたTCR鎖の発現を向上させるための他の方法、例えばNグリコシル化部位の除去なども、表面発現および機能性の向上したSIRを得るため、本開示の方法で使用可能である。
導入されたTCRαおよびTCRβ鎖と内因性TCR鎖との間の望ましくない対形成の問題を解決する別の方法は、内因性TCRαまたは/およびTCRβ鎖の発現をノックアウトするための遺伝子ターゲティングの使用を含む。内因性TCRαまたは/およびTCRβ鎖のノックアウトは、当業界で周知の数多くの方法、例えば、CRISP/Cas9およびジンクフィンガーヌクレアーゼ使用方法を用いて達成できる。配列番号897および898は、TCRαを標的にするgRNAおよびTCRβ座の配列を提供する。斯かるgRNAは、内因性TCRαおよびTCRβ鎖の発現をノックアウトするため、Cas9mRNAと一緒に、T細胞、iPSC、または幹細胞に導入してもよい。斯かるTCRα/βノックアウト細胞は本開示のSIRの導入に使用できる。代替実施形態において、同じ方法が、cTCR(表7Aに列挙された本開示のcTCRを含む)の発現および鎖対形成の向上に使用できる。cTCRは、内因性TCR鎖の発現が減少または排除されたT細胞で発現されると、SIRの機能特性のいくつかを獲得する。本開示の代替実施形態において、まずSIRまたはcTCRをT細胞、iPSC、または幹細胞に導入し、次に、TCRαおよびTCRβ鎖のノックアウトを行ってもよい。TCRγδ細胞でSIRまたはcTCRを発現させたい場合、内因性TCRγおよび/またはTCRδの発現を減少または排除するのに、実質的に同じ方法を使用してもよい。
表1〜3はCα、Cβ1、およびCβ2の適切な置換の非制限的例を提供する。更なる置換も可能である。例えば、同等のアミノ酸を同じ「変異」位置に使用してもよい(すなわち保存的置換)。
本開示のSIRの設計において、導入されたSIR鎖の発現向上および内因性TCR鎖との誤対合の減少をもたらす追加の変異を、TCRα、TCRβ1、およびTCRβ2定常領域に組み込んでもよい。更に、マウスのTCRの方が、ヒトTCRと比較して、発現面で優れていることが文献により知られている。マウス化ヒトTCRαおよびβ(すなわち、ヒトTCRαおよびβの特定のアミノ酸残基をマウスのTCRαおよびβの対応するアミノ酸により置き換えられている)を含むSIRの方が、ヒトTCRαおよびβ定常鎖の野生型アミノ酸配列を含むSIRと比較して発現面で優れていることを本開示は証明している。同様に、マウスTCRαおよびTCRβ鎖の配列に基づいて、ヒトTCRαおよびβの追加の変異を行ってもよい。斯かるマウス化TCRαおよびTCRβ鎖を含むSIRは、本明細書記載のアッセイ(例えば、NLuc結合アッセイ、サイトカイン分泌、細胞死滅、Jurkat NFAT−GFPアッセイなどを用いた標的抗原への結合)で簡単に試験し、当該SIRの発現および/または機能活性を向上させる変異体を特定してもよい。
本開示のSIRをコードする核酸は、1つ以上のT細胞受容体定常鎖または領域をコードする。SIRを作製するのに使用可能な例示的T細胞受容体定常鎖または領域の核酸配列が、配列番号730〜775、10427〜10452、および10464〜10471に提供される。対応するアミノ酸配列は、配列番号3010〜3055、12384〜12409、および12421〜12428(表4)に提供される。いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα;配列番号730および731)、ヒトT細胞受容体ベータ1(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、またはCβ1;配列番号744)、ヒトT細胞受容体ベータ1(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる;配列番号745および746)、ヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ;配列番号769)、またはヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の定常鎖の野生型配列を含む。
Figure 2020500530
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いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、ヒトT細胞受容体ベータ1(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、またはCβ1)、ヒトT細胞受容体ベータ2(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる)、ヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の非野生型核酸配列を含む。例えば、非野生型配列は、コドン最適化配列、および/またはコードされたポリペプチドの変異をもたらす1つ以上の変異体を含む配列であってよい。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、ヒトT細胞受容体ベータ1(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、またはCβ1)、ヒトT細胞受容体ベータ2(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる)、ヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)のコドン最適化配列を含む。例示的なコドン最適化ヒトTCRβ1定常領域核酸配列は、配列番号752に提供される。例示的なコドン最適化ヒトTCRβ2定常領域核酸配列は、配列番号749および750に提供される。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、SIRの鎖の発現および対形成を向上させ、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる特定の変異(点変異および/または削除)を有する、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、ヒトT細胞受容体ベータ1(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、またはCβ1)、ヒトT細胞受容体ベータ2(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる)、ヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の定常鎖を含む。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、SIRの鎖の発現および対形成を向上させ、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる特定の変異(点変異および/または削除)を有する、コドン最適化された、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、ヒトT細胞受容体ベータ1(TCRベータ1、TCRβ1、TCRb1、またはCβ1)、ヒトT細胞受容体ベータ2(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる)、ヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の定常鎖を含む。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、イヌT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、イヌT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβ)、イヌ前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、イヌT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはイヌT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の野生型、非野生型、またはコドン最適化定常鎖を含む。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、SIRの鎖の発現および対形成を向上させ、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる特定の変異(点変異および/または削除)を有する、コドン最適化された、イヌT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、イヌT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβ)、イヌ前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、イヌT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはイヌT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の定常鎖を含む。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子のT細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列は、SIRの鎖の発現および対形成を向上させ、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる特定の変異(点変異および/または削除)を有するか、あるいは斯かる変異を有さない、ネズミT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)、ネズミT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβ)、マウス前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)、ネズミT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、またはCγ)、またはネズミT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRd、TCRδ、またはCδ)の野生型、非野生型、またはコドン最適化定常鎖を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号730、配列番号731、または配列番号733に示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)の定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3010または配列番号3011のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体アルファの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3010または配列番号3011のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3010または配列番号3011の配列を含むヒトTCRaの定常鎖をコードする。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3011のアミノ酸配列をコードするが、1つ以上の変異(位置91のセリン(S)、位置92の(D)、位置93のバリン(V)、位置94のプロリン(P)、位置48のシステイン(C)、および位置61のアルギニン(R)(例えば、配列番号732、735、736、737、738、739、または740)を含む)を有する、ヒトT細胞受容体アルファの定常領域(鎖)の核酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3011のアミノ酸配列をコードするが、1つ以上のアミノ酸配列がマウスTCRα定常鎖(配列番号3022)の対応するアミノ酸で置換されている、ヒトT細胞受容体アルファの定常領域(鎖)の核酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号732で示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、コードされたポリペプチドとSIRの相補性TCRb定常鎖との発現または鎖対形成を向上させ、内因性TCRβ鎖との鎖対形成を減少させるアミノ酸置換(CSDVP)を有する、ヒトTCRa定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3012のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3012のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体アルファの定常鎖のアミノ酸配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRaの定常鎖は、配列番号3012のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号737で示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、コードされたポリペプチドの発現を向上させるアミノ酸置換(SDVP)を有する、ヒトTCRa定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3017のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3017のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)の定常鎖のアミノ酸配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRaの定常鎖は、配列番号3017のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号740で示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、コードされたポリペプチドの発現を向上させるアミノ酸置換(SD)を有する、ヒトTCRaの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3020のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3020のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)の定常鎖のアミノ酸配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRaの定常鎖は、配列番号3020のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号736で示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、S57C(Ser57cys)置換を有する導入された変異ヒトTCRβ定常鎖と共発現させた場合に、追加の鎖間ジスルフィド結合形成を促進し、内因性TCRβ鎖との鎖対形成を減少させるThr48Cys(T48C)置換を有するヒトTCRaの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3016のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3016のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)の定常鎖のアミノ酸配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRaの定常鎖は、配列番号3016のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号738で示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、R79G(Arg79Gly)置換を有する導入された変異ヒトTCRβ定常鎖と共発現させた場合に、追加の鎖間ジスルフィド結合形成を促進し、内因性TCRβ鎖との鎖対形成を減少させるSer61Arg(S61R)置換を有するヒトTCRaの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3018のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3018のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)の定常鎖のアミノ酸配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRaの定常鎖は、配列番号3018のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号739で示されるヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、hTCRa、hTCRα、またはCα)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、コードされたポリペプチドの発現および相補性TCRβ定常鎖との対形成を向上させ、内因性TCRβ鎖との鎖対形成を減少させるアミノ酸置換(SDVPR)を有するヒトTCRaの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3019のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3019のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体アルファ(TCRアルファ、TCRα、TCRa、またはCα)の定常鎖のアミノ酸配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRaの定常鎖は、配列番号3019のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号744または配列番号745で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3024または配列番号3025のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)か、あるいは配列番号3024または配列番号3025のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列を有する、ヒトT細胞受容体ベータの定常鎖のアミノ酸配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3024または配列番号3025のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3024または配列番号3025のアミノ酸配列をコードするが、1つ以上の変異(位置18における塩基アミノ酸(ArgまたはLys)、位置22のアラニン(A)、位置133のイソロイシン(I)、位置136のアラニン(A)、位置139のヒスチジン(H)、位置57のシステイン(C)、および/または位置79のグリシン(G)を含む)を有する、ヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、ヒトTCRβ1(配列番号3024またはTCRβ2(配列番号3025)の定常鎖のアミノ酸配列をコードするが、1つ以上のアミノ酸が、マウスTCRβ定常鎖(配列番号3047)の対応するアミノ酸によって置換されている、ヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号748で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、コードされたポリペプチドの発現およびSIRの相補性TCRa定常鎖との対形成を向上させ、内因性TCRa鎖との鎖対形成を減少させる、配列番号3028に示されるアミノ酸置換(KACIAH)を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3028のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトTCRbの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3028のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3028のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号747で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、T48C(Thr48Cys)置換を有する変異ヒトTCRα定常鎖と共発現させた場合に、追加の鎖間ジスルフィド結合形成を促進し、内因性TCRα鎖との鎖対形成を減少させる、配列番号3027に示されるSer57cys(S57C)置換を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3027のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトTCRbの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3027のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRb2の定常鎖は、配列番号3027のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号762で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3042に示されるArg79GLy(R79G)置換(この置換は、Ser61Arg(S61R)置換を有する導入された変異ヒトTCRα定常鎖との鎖対形成を促進し、TCRα鎖との鎖対形成を減少させる)を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3042のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3042のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3042のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号753〜759で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3034、3035、3036、3037、3038、または3039に示される、発現を向上させるアミノ酸置換を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3034〜3038または3039のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3034、3035、3036、3037、3038、または3039のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3034、3035、3036、3037、3038、または3039のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号753で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3033で示される、発現を向上させるアミノ酸置換(KAIAH)を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3033のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3033のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3033のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号761で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3041で示される、発現および導入されたTCRa定常鎖との対形成を向上させるアミノ酸置換(KAG)を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3041のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3041のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3041のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号760で示されるヒトT細胞受容体ベータ(TCRベータ、TCRb、TCRβ、hTCRベータ、hTCRb、hTCRβ、またはCβ)定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号3040で示される、発現および導入されたTCRa定常鎖との対形成を向上させるアミノ酸置換(KAIHAG)を有するヒトTCRbの定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3040のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3040のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRbの定常鎖は、配列番号3040のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号755、756、757、758、または759の配列を有し、上記配列は、発現を向上させ、導入されたTCRa定常鎖との対形成を向上させるアミノ酸置換(K181133、K18A136、K18A136、K18H139、R18A22、またはR18)を含むヒトTCRb2の定常鎖をコードする。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3034、3035、3036、3037、3038、または3039のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または10の改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体β2(TCRベータ2、TCRβ2、TCRb2、またはCβ2;TCRベータ、TCRβ、TCRb、またはCβとも呼ばれる)の定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3034、3035、3036、3037、3038、または3039のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする配列を有する。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRb2の定常鎖は、配列番号3034、3035、3036、3037、3038、または3039のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、C末端48アミノ酸(前TCRアルファDel48、前TCRαDel48、前TCRaDel48、または前CαDel48)を欠損し、配列番号768に示される核酸配列を有する、ヒト前T細胞受容体アルファの定常鎖のアミノ酸配列をコードする。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3048のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)前CαDel48の定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3048のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒト前TCRaDel48の定常鎖は、配列番号3048のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号766または767に示されるヒト前T細胞受容体アルファ(前TCRアルファ、前TCRα、前TCRa、または前Cα)の定常鎖の核酸配列を有する。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3046または3047に示されるヒト前T細胞受容体αであって、配列番号3046または3047のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒト前T細胞受容体αの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3046または3047のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒト前TCRaの定常鎖は、配列番号3046または3047のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号769または770に示されるヒトT細胞受容体ガンマ(TCRガンマ、TCRγ、TCRg、hTCRガンマ、hTCRγ、hTCRg、またはCγ)の定常鎖の核酸配列を有する。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3049または3050のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体γの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3049または3050のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRgの定常鎖は、配列番号3049または3050のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号771または772に示されるヒトT細胞受容体デルタ(TCRデルタ、TCRδ、TCRd、hTCRデルタ、hTCRδ、hTCRd、またはCδ)の定常鎖の核酸配列を有する。特定の実施形態において、SIRのヌクレオチド配列は、配列番号3052に示されたヒトT細胞受容体δであって、配列番号3052のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ヒトT細胞受容体δの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3052のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされたヒトTCRδの定常鎖は、配列番号3052のアミノ酸配列を有する。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号743に示されるイヌT細胞受容体アルファ(イヌTCRアルファ、イヌTCRα、イヌTCRa、イヌまたはcTCRアルファ、cTCRα、cTCRa、またはcCα)の定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3023に示されるイヌT細胞受容体αであって、配列番号3023のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)イヌT細胞受容体αの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3023のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされるイヌTCRαは、配列番号3023のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号764に示されるイヌT細胞受容体ベータ(イヌTCRベータ、イヌTCRβ、イヌTCRb、イヌCβ、cTCRベータ、cTCRβ、cTCRb、またはcCβ)の定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3044に示されるイヌT細胞受容体βであって、配列番号3044のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)イヌT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3044のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされるイヌTCRβは、配列番号3044のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号742に示されるネズミT細胞受容体アルファ(ネズミTCRアルファ、ネズミTCRα、ネズミTCRa、ネズミCα、mTCRアルファ、mTCRα、mTCRa、またはmCα)の定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3022に示されるネズミT細胞受容体αであって、配列番号3022のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ネズミT細胞受容体αの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3022のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされるネズミTCRαは、配列番号3022のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、配列番号763に示されるネズミT細胞受容体ベータ(ネズミTCRベータ、ネズミTCRβ、ネズミTCRβ、ネズミCβ、mTCRベータ、mTCRβ、mTCRb、またはmCβ)の定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3043に示されるネズミT細胞受容体βであって、配列番号3043のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)ネズミT細胞受容体βの定常鎖のアミノ酸配列か、あるいは配列番号3043のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされるネズミTCRβは、配列番号3043のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および配列番号741に示されるヒトTCD3ゼータ(CD3ζ)鎖の細胞質ゾルと融合したヒトTCRa定常鎖細胞外ドメインの核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3021に示されるアミノ酸配列であって、配列番号3021のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)アミノ酸配列か、あるいは配列番号3021のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされる細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、およびヒトTCD3ゼータ(CD3ζ)鎖の細胞質ゾルと融合したヒトTCRa定常鎖細胞外ドメインの定常鎖は、配列番号3043のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、SIR分子の核酸配列は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および配列番号765に示されるヒトTCD3ゼータ(CD3ζ)鎖の細胞質ゾルと融合したヒトTCRb定常鎖細胞外ドメインの定常鎖の核酸配列を含む。特定の実施形態において、SIRの核酸配列は、配列番号3045に示されるアミノ酸配列であって、配列番号3045のアミノ酸配列のうち少なくとも1つ、5つ、または9つの改変を有する(しかし、斯かる改変は20以下である)アミノ酸配列か、あるいは配列番号3045のアミノ酸配列に80〜99%同一の配列をコードする。特定の実施形態において、SIR分子によってコードされる細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、およびヒトTCD3ゼータ(CD3ζ)鎖の細胞質ゾルと融合したヒトTCRa定常鎖細胞外ドメインの定常鎖は、配列番号3045のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本開示のSIRをコードする核酸は、ヒト、マウス、またはイヌ由来のTCRa、TCRb、前TCRa、TCRγ、またはTCRδの定常鎖を有する、またはそれ由来の単一T細胞受容体定常鎖をコードする。単一TCR定常鎖を有する例示的SIRは、クローンID:051216−F04によって示される(その核酸配列およびアミノ酸配列はそれぞれ配列番号1023および3258に示される)。
特定の実施形態において、本開示のSIRをコードする核酸は、ヒト、マウス、またはイヌ由来のTCRa、TCRb、前TCRa、TCRγ、またはTCRδを有する、またはそれ由来の2つのT細胞受容体定常鎖をコードする。2つのTCR定常鎖を有する例示的SIRは、クローンID:102615−C08に示される(その核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1200および3435に示される)。
特定の実施形態において、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は同タイプであってよい(例えば、TCRa/TCRa、TCRb/TCRb、前TCRa/前TCRa、TCRγ/TCRγ、TCRδ/TCRδなど)。同じタイプの2つのT細胞受容体定常鎖を有するSIRは、例えば、クローンID:021116−E08(配列番号905)、クローンID:012216−P08(配列番号906)、クローンID:012216−Q05(配列番号907)、クローンID:012216−R04(配列番号908)、およびクローンID:012216−S02(配列番号909)である。別の実施形態では、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は異なるタイプである(例えば、TCRa/TCRb、前TCRa/TCRb、TCRγ/TCRδなど)。異なるタイプの2つのT細胞受容体定常鎖を有するSIRは、例えば、クローンID:102615−C08に示される(その核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1200および3435に示される)。
上述の通り、本開示のSIRは、抗原結合ドメインにリンクしたTCRドメインを含む。従って、本開示のSIRは、1つ以上の抗原結合ドメイン(例えば、抗体または抗体断片、自己抗原、リガンド、または受容体)と、(本明細書記載の)1つ以上のT細胞受容体定常鎖とを含むが、その場合、抗原結合ドメイン(複数も可)は標的抗原に結合する。非制限的な例示的標的抗原には、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α(FRaまたはFR1);葉酸受容体β(FRb);受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、GD3、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、KSHV−K8.1、KSHV−gH、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体が含まれる。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチド分子の抗原結合ドメインは腫瘍抗原に結合する。SIRポリペプチドが標的とし得る腫瘍抗原の例としては、限定されないが、TSHR、CD171、CS−1、CLL−1、GD3、Tn Ag、FLT3、CD38、CD44v6、B7H3、KIT、IL−13Ra2、IL−IIRa、PSCA、PRSS21、VEGFR2、ルイスY、CD24、PDGFRβ、SSEA−4、MUC1、EGFR、NCAM、CAIX、LMP2、EphA2、フコシルGM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、O−アセチル−GD2、葉酸受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY−BR−1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、ETV6−AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie2、MAD−CT−1、MAD−CT−2、Fos関連抗原1、p53変異体、hTERT、肉腫転座切断点、ML−IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、MYCN、RhoC、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY−TES1、LCK、AKAP−4、SSX2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、IGLL1などが挙げられる。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチド分子の抗原結合ドメインは、HLA−A2に関連した抗原に結合する。HLA−A2に関連して認識される抗原の例としては、限定されないが、TARP、WT1、hTERT、gp100、チロシナーゼ、MART1、NY−ESO1、CMV pp65、EBV EBNA3c、HIV1 gag、HTLV1−Tax、PR1、CMV pp65、EBV−EBNA3c、Ras G12V変異体、GADなどが挙げられる。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチド分子の抗原結合ドメインは、自己抗体に結合する自己抗原またはその断片から成る。自己抗原の例としては、限定されないが、Dsg1およびDsg3が挙げられる。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチド分子の抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、scFv、Fv、Fab、(Fab’)2、単一ドメイン抗体(SDAB)、vHまたはvLドメイン、ラクダ科動物由来vHHドメイン、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、例えば、DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、自己抗原、受容体、またはリガンドの野生型または非野生型配列由来である、またはそれらを有する。いくつかの実施形態において、コードされているSIRポリペプチドは、2つ以上の抗原結合ドメインを含む。種々の実施形態において、抗原結合ドメインは、TCRドメイン(すなわち、TCRα、TCRβ、TCRβ2、前TCRα、前TCRαDel48、TCRγ、またはTCRδの定常鎖)のNH2末端へ、直接または任意のリンカーを通して、作動可能にリンクされている。いくつかの例示的リンカーの核酸配列およびアミノ酸配列は、配列番号701〜725、18922〜18927、2981〜3003、および18929〜18934に提供される。斯かる例示的なSIRをコードするコンストラクトは、クローンID:082815−G07に提供される。コードされたSIRポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号3855に対応する。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチド分子の抗原結合ドメインは、T細胞受容体の2つの定常鎖(すなわち、TCRα、TCRβ、TCRβ2、前TCRα、前TCRαDel48、TCRγ、またはTCRδの定常鎖、または本明細書記載のその変形または変異体)のNH2末端に別々に結合している抗体のvLおよびvHドメインから誘導され、またはそれらを含み、共同で単一の抗原結合ドメインを構成する。CD19を標的にする斯かる例示的なSIRは、クローンID:102615−C08に提供される。このSIRのアミノ酸配列は、配列番号3435に対応する。このSIRにおいて、FMC63(CD19モノクローナル抗体)由来のvL断片は、リンカーを通して変異(KACIAH)ヒトTCRbの定常領域に結合し、FMC63モノクローナル抗体由来のvH断片は、リンカーを通して変異(CSDVP)ヒトTCRα鎖に結合している。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドは2つ以上の抗原結合ドメインを有しており、それらは、単鎖可変断片(scFv)として発現している抗体から誘導され、またはそれから構成されており、T細胞受容体(すなわち、TCRα、TCRβ、TCRβ2、前TCRα、前TCRαDel48、TCRγ、またはTCRδの定常鎖、またはその変形または変異体)の2つの定常鎖のNH2末端に別々に結合している。いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子の2つ(またはそれ以上)の抗原結合ドメインは、T細胞受容体(すなわち、TCRα、TCRβ、TCRβ2、前TCRα、前TCRαDel48、TCRγ、またはTCRδの定常鎖)由来の2つの定常鎖とフレーム単位で融合した2つの単鎖可変断片(scFv)をコードするヌクレオチド配列によってコードされている。コードされた2つのscFv断片は、同じ抗原(単一特異性SIR)または異なる抗原(すなわち二重特異性または多重特異性SIR)を標的としてもよい。単一特異性SIRの場合、2つのscFvが、同一のアミノ酸配列または異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードしてもよい。更に、単一特異性SIRの場合であって、scFvが同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドでコードされている場合、その2つのscFvは同一であってもよいし、異なっていてもよい。2つのscFvを有する例示的な単一特異性SIRは、配列番号1026に示される。このSIRの2つの抗原結合ドメインは、2つの異なるモノクローナル抗体、CD19Bu12およびFMC63由来のscFvで構成されており、ヒトCD19抗原を標的としている。2つのscFvを有する例示的な多重特異性SIRは、配列番号1028に示される。このSIRの2つの抗原結合ドメインは、それぞれヒトCD19およびCD20抗原を標的とする2つの異なるモノクローナル抗体(D19Bu12およびCD20−2F2)由来のscFvで構成されている。斯かるSIRの例は、CD19およびCD20を標的とする040716−B04(CD8SP−CD19Bu12−scFv−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD20−2F2−scFv−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC)によって示され、対応するアミノ酸配列は配列番号1028に示される。
2つの結合ドメインを有する例示的なSIRは、040716−B04(CD8SP−CD19Bu12−scFv−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD20−2F2−scFv−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC)によって示されるが、これは、配列番号1028によって示される対応するアミノ酸配列を有するCD19およびCD20を標的とする。コードされた2つのscFv断片は、同じ抗原(単一特異性SIR)または異なる抗原(すなわち二重特異性または多重特異性SIR)を標的としてもよい。単一特異性SIRの場合、2つのscFvは、同一のアミノ酸配列を有してもよいし、異なるアミノ酸配列を有してもよい。2つの異なる抗原を標的とする例示的SIRは、配列番号1028および1163に示される。 特定の実施形態において、2つのSIRポリペプチドの抗原結合ドメインは構造が類似している(例えば、両方の抗原結合ドメイン共、scFv、ラクダ科動物VHHドメイン、アフィボディ、vL、またはvH)。例えば、第一のSIRポリペプチドの抗原結合ドメインは、Her2を標的とするラクダ科動物VHHドメインを有し、第二のSIRポリペプチドの抗原結合ドメインは、Her3を標的とするラクダ科動物VHHドメインを有する。両方の抗原結合ドメインがvL鎖から成るSIRはCD8SP−FMC63−11−vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−FMC63vL−Myc−[TCRa−CSDVP]−F−F2A−PACであり、配列番号10474に示される。1つの実施形態においては、2つのSIRポリペプチドの抗原結合ドメインは構造が類似していない(例えば、第一の抗原結合ドメインはscFvであり、第二の抗原結合ドメインはラクダ科動物VHHである)。斯かる例示的なSIRは、CD8SP−IL6R−304−vHH−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vL−Gly−Ser−Gly−linker−vH−MYC−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1166)である。特定の実施形態においては、第一SIRポリペプチド(機能ポリペプチド単位1)の抗原結合ドメインは、CD123を標的とするラクダ科動物VHHを有しており、第二SIRポリペプチド(機能ポリペプチド単位2)の抗原結合ドメインは、MPLを標的とするscFvを有する。
いくつかの実施形態において、コードされたSIRポリペプチドの抗原結合ドメインは、対応する野生型配列または非野生型配列の抗体、単一ドメイン抗体(SDAB)、VHドメイン、VLドメイン、ラクダ科動物VHHドメイン、または非免疫グロブリンスカフォールド、例えば、DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、自己抗原、受容体、またはリガンドのコドン最適化ヌクレオチド配列によってコードされている。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2307〜2482および12042〜12159の軽鎖可変ドメイン(vLまたはVL)アミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、9つまでのアミノ酸残基(せいぜい10)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2307〜2482および12042〜12159のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している、あるいは配列番号2307〜2482および12042〜12159の相補性決定領域(CDR)に98〜100%同一の配列を有している。表5は、本明細書で使用される例示的vLドメインのCDR1〜3の標的抗原、名前、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)を示す。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2506〜2680および12160〜12278の重鎖可変ドメイン(vHまたはVH)アミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、9つまでのアミノ酸残基(せいぜい10)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2506〜2680および12160〜12278のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している、あるいは配列番号2506〜2680および12160〜12278の相補性決定領域(CDR)に98〜100%同一の配列を有している。表5は、本明細書で使用される例示的vHドメインのCDR1〜3の標的抗原、名前、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)を示す。vH断片の名前は、対応するvL断片の名前に基づいて、その断片を特定するのに使用できる。例えば、vH断片Alk−48−vH(配列番号226)は、vL断片Alk−48−vL(配列番号16)と同じ抗体またはscFvから誘導され、2つの構成要素は、scFvまたはALKを標的にするSIRを作製するのに併用できる。特定の場合において、表5は、FMC63(配列番号30)、FMC63−〔2〕−vL(配列番号31)、FMC63−〔3〕−vL(配列番号32)のように、同一の名前でその後に数字を付した2つ以上のvLまたはvHを挙げている。このような場合、FMC63ベースの結合ドメインに基づいて対応するSIRを開発するため、上記FMC63vLのいずれか1つをFMC63−vH鎖(配列番号241およびll242)いずれか1つと結合できる。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2701〜2725および12279〜12294のラクダ科動物単一ドメイン抗体(vHHまたはVHH)アミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、9つまでのアミノ酸残基(せいぜい10)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2701〜2725および12279〜12294のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している、あるいは配列番号2701〜2725および12279〜12294の相補性決定領域(CDR)に98〜100%同一の配列を有している。表5は、本明細書で使用される例示的vHHドメインの標的抗原、名前、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)を示す。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2728〜2732および12296〜12301の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドアミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、9つまでのアミノ酸残基(せいぜい10)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2728〜2732および12296〜12301のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している。表6Aは、本明細書で使用される例示的非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドの標的抗原、名前、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)を示す。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2736〜2747の受容体アミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、19までのアミノ酸残基(せいぜい20)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2736〜2747のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している。表6Aは、標的抗原、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)、および名前を示す。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2748の自己抗原アミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、19までのアミノ酸残基(せいぜい20)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2748のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している。表6Aは、標的抗原、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)、および名前を示す。
いくつかの実施形態において、コードされたSIR分子の1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2758〜2768、12359〜12361、および18918のリガンドアミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、19までのアミノ酸残基(せいぜい20)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2758〜2768、12359〜12361、および18918のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している。表6Aは、標的抗原、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)、および名前を示す。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、配列番号2770〜2939,12303〜12357、および18162〜18224のscFvアミノ酸配列を任意に1つ以上有しており、その場合、18までのアミノ酸残基(せいぜい20)は任意の他のアミノ酸で置換されている、あるいは配列番号2770〜2939、12303〜12357、および18162〜18224のアミノ酸配列に80〜100%同一の配列を有している、あるいは配列番号2770〜2939,12303〜12357、および18162〜18224の相補性決定領域(CDR)に98〜100%同一の配列を有している。表6Bは、本明細書で使用される例示的scFvの標的抗原、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)、名前、およびアミノ酸配列を示す。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、抗原結合ドメイン、例えば、斯かる抗原を標的とするvLおよびvH断片のCDRを任意に1つ以上有している。異なる標的を標的にするvLおよびvHのCDR1〜3の配列番号は表5に掲載されている。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、抗原結合部分、例えば、SIRポリペプチド有するscFvのvLおよびvH断片のCDRを任意に1つ以上有している。異なる抗原を標的とするscFv断片を含むvLおよびvH断片のCDR1〜3が表5に掲載されている。異なる抗原を標的とするscFv断片の配列番号(DNA)および配列番号(PRT)は表6Aに掲載されており、対応するCDR1〜3の配列は当業界で周知の方法により決定できる、あるいは表5に掲載された構成要素vLおよびvHのCDR1〜3の配列番号から決定できる。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、抗原結合部分、例えば、斯かる抗原を標的とするvHH断片のCDRを任意に1つ以上有している。異なる抗原を標的とするvHH断片の配列番号が表5に掲載されており、対応するCDR1〜3の配列は当業界で周知の方法により決定できる。
1つの実施形態において、SIRの抗原結合ドメインは、斯かる標的抗原に結合することが知られている受容体の抗原結合部分である。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、SIRポリペプチドを有する受容体の抗原結合部分を任意に1つ以上有している。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、SIRポリペプチドを有するリガンドの抗原結合部分を任意に1つ以上有している。
いくつかの実施形態において、SIRポリペプチドのコードされた1つ以上の抗原結合ドメインは、SIRポリペプチドを有する非免疫グロブリンスカフォールドの抗原結合部分を任意に1つ以上有している。
別の実施形態において、本開示は、異なる標的のエピトープに関して、本開示の任意のSIRと同じエピトープに結合するSIR(すなわち、異なる標的への結合に関して、本開示の任意のSIRと競合する能力のあるSIR)を提供する(表7A〜7Hに記載される)。いくつかの実施形態において、斯かるSIRの抗原特異的ドメインは、SIRの構成要素として使用される抗体のvL断片、vH断片、および/またはscFv断片から決定できる。いくつかの実施形態において、表7A〜7H記載の本開示のSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照抗体は、配列番号2770〜2939、12303〜12357、および18162〜18224(表6B)に示される配列を有するscFvである。例示的実施形態において、配列番号2770に表示される参照scFv FMC63が、表7A〜7H記載の本開示のFMC63ベースSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験に使用できる。いくつかの実施形態において、表7A〜7H記載の本開示のSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照vHH断片は、配列番号2701〜2725および12279〜12294(表5)に示される配列を有するvHH断片である。いくつかの実施形態において、表7A〜7H記載の本開示のSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドは、配列番号2728〜2732および12296〜12301(表6A)に示される配列を有する非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドである。いくつかの実施形態において、表7A〜7H記載の本開示のSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照リガンドは、配列番号2758〜2768および12359〜12361および18918(表6A)に示される配列を有するリガンドである。いくつかの実施形態において、異なる標的を標的にするSIRに対する競合試験用の参照SIRは、配列番号3435〜3634、13184〜13292(表7D)および配列番号3855〜4051および13411〜13526(表7E)に示される配列を有するSIRである。
別の実施形態において、本開示のMPL標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3566〜3562、13259、および13265〜13266)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2871〜2878、12318、12326〜12327)。1つの実施形態において、本開示のMPL標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2871〜2874に示される。
別の実施形態において、本開示のMPL標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照リガンドは、表6Aに掲載される対応するリガンドである(例えば、配列番号2758〜2759)。
別の実施形態において、本開示のMPL標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7Dおよび7Eに掲載されるMPL−SIRである(例えば、配列番号3566〜3562、13259、および13265〜13266)。
1つの実施形態において、本開示のMPL標的SIRは、ペプチド配列PWQDGPKに対応する、またはそれと重なり合うMPLエピトープに結合する(配列番号15784)。
別の実施形態において、本開示のCD19標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3645〜3649、13195〜13203、13249、および13267)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2770〜2774、12308、12325、および18162〜18170)。1つの実施形態において、本開示のCD19標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2771、2772、12308、および18169に示される。
別の実施形態において、本開示のCD19標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCD19標的SIRである(例えば、配列番号3645〜3649、13195〜13203、13249、および13267)。
別の実施形態において、本開示のCD20標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3456〜3457、13204〜13213)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2787〜2788および18177〜18187)。1つの実施形態において、本開示のCD20標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号18182、18185、および2787に示される。
別の実施形態において、本開示のCD20標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCD20−SIRである(例えば、配列番号3456〜3457、13204〜13213)。
好ましい実施形態において、本開示のCD20標的SIRは、配列PAGIYAPI(配列番号18902)、FLKMESLNFIRAHTP(配列番号18903)、HFLKMESLNFIRAHTPY(配列番号18904)、YNAEPANPSEKNSPSTQY(配列番号18905)、YNAEPANPSEKNSPST(配列番号18906)、およびYNCEPANPSEKNSP(配列番号18907)のうちの1つ以上の対応するエピトープに結合する。
別の実施形態において、本開示のBCMA標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3446〜3449、3632〜3634、13277〜13284)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2780〜2783、12337〜12344、および18174〜18186)。1つの実施形態において、本開示のBCMA標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2780〜2781、18175〜18176に示される。
別の実施形態において、本開示のBCMA標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるBCMA−SIRである(例えば、配列番号3446〜3449、3632〜3634、13277〜13284)。
好ましい実施形態において、本開示のBCMA標的SIRは、配列番号18908〜18912掲載の配列の1つ以上に対応するエピトープに結合する。
別の実施形態において、本開示のCD22標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3458〜3460、13241〜13245、13268)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2789〜2791、12320〜12324、12330、18188)。1つの実施形態において、本開示のCD22標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号18188、12330、および12320に示される。
別の実施形態において、本開示のCD22標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCD22−SIRである(例えば、配列番号3458〜3460、13241〜13245、13268)。
別の実施形態において、本開示のCD123標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号2929、3470、13184〜13194)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2801、18196〜18206)。1つの実施形態において、本開示のCD123標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2929、18196、18197、18200、18202、および18205に示される。
別の実施形態において、本開示のCD123標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCD123−SIRである(例えば、配列番号3470、13184〜13194)。
別の実施形態において、本開示のCD33標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3464〜3465、13214〜13220)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2795〜2796、18189〜18194)。1つの実施形態において、本開示のCD33標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2795、2796、および18127に示される。
別の実施形態において、本開示のCD33標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCD33−SIRである(例えば、配列番号3464〜3465、13214〜13220)。
別の実施形態において、本開示のCS1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3487〜3489、13226〜1323)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2817〜2819および18211〜18216)。1つの実施形態において、本開示のCS1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2818、18212,18213、18215、および18216に示される。
別の実施形態において、本開示のCS1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCS1−SIRである(例えば、配列番号3487〜3489、13226〜1323)。
別の実施形態において、本開示のCLL1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3484〜3485、13222〜13225)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2814〜2815、18207〜18210、12345〜12346)。
別の実施形態において、本開示のCLL1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるCLL1−SIRである(例えば、配列番号3484〜3485、13222〜13225)。
別の実施形態において、本開示のメソテリン標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFv(例えば、配列番号3554、13287〜13288)は、表6Bに掲載される対応するscFvである(例えば、配列番号2870、12352〜12353)。
別の実施形態において、本開示のメソテリン標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるメソテリン−SIRである(例えば、配列番号3554、13287〜13288)。
別の実施形態において、本開示のBST1/CD157標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のBST1/CD157標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるBST1/CD157−SIRである。
別の実施形態において、本開示のDLL3標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のDLL3標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるDLL3−SIRである。
別の実施形態において、本開示のPTK7標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のPTK7標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるPTK7−SIRである。
別の実施形態において、本開示のIL13Ra2標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のIL13Ra2標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるIL13Ra2−SIRである。
別の実施形態において、本開示のROR1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のROR1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるROR1−SIRである。
別の実施形態において、本開示のTCRgd標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のTCRgd標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるTCRgd−SIRである。
別の実施形態において、本開示のTCRB1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のTCRB1標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるTCRB1−SIRである。
別の実施形態において、本開示のTCRB2標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のTCRB2標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載されるTCRB2−SIRである。
いくつかの実施形態において、gp100、MART、チロシナーゼ、hTERT、MUC1、CMV−pp65、HTLV1−Tax、HIV1−gag、NY−ESO、WT1、AFP、HPV−16−E7、PR1、およびRas G12Vを標的とするSIRは、MHCクラスI複合体(例えば、HLA−A201)において、表7Iに示される標的ペプチドに結合する。
別の実施形態において、本開示のAFP/MHCI標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号18171および18173に示される。
別の実施形態において、本開示のWT1/MHCI標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2926〜2928に示される。
別の実施形態において、本開示のALK標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2777に示される。
別の実施形態において、本開示のCD30標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2934〜2935に示される。
別の実施形態において、本開示のCD30標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2792〜2793に示される。
別の実施形態において、本開示のCD138標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2802に示される。
別の実施形態において、本開示のEGFRviii標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2826に示される。
別の実施形態において、本開示のFR1(葉酸受容体1)標的SIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、配列番号2833に示される。
別の実施形態において、本開示のTROP2、LAMP1、CDH19、CDH17、CD70、CD79b、CDH6、TSHR、ALK、WT1/MHC1、NY−ESO−1/MHC1、HIV1 env gp、NYBR1、Lym1、Lym2、TSLRP、葉酸受容体α、B7H4、CD200R、Igk軽鎖、CD179a、CD179b、Cripto,STEAP1、hLiv1、ILRAP、Nectin−4、gpA33、PSCA、PSMA、Mucl/MHCI、GFRa4、EGFRviii、EGFR、Her2、CSF2RA、CLEC5A、GPRC5D、Tn−Muc1、FLT3、FR1/MHCI、AFP/MHCI、およびHPV16−E7/MHCIを標的にするSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照scFvは、表6Bに掲載される対応するscFvである。
別の実施形態において、本開示のTROP2、LAMP1、CDH19、CDH17、CD70、CD79b、CDH6、TSHR、ALK、WT1/MHC1、NY−ESO−1/MHC1、HIV1 エンベロープ糖タンパク質、NYBR1、Lym1、Lym2、TSLRP、葉酸受容体α、B7H4、CD200R、Igk軽鎖、CD179a、CD179b、Cripto,STEAP1、hLiv1、ILRAP、Nectin−4、gpA33、PSCA、PSMA、Mucl/MHCI、GFRa4、EGFRviii、EGFR、Her2、CSF2RA、CLEC5A、GPRC5D、Tn−Muc1、FLT3、FR1/MHCI、AFP/MHCI、およびHPV16−E7/MHCIを標的にするSIRが認識する標的エピトープを決定するための競合試験用の参照SIRは、表7A〜7Hに掲載される対応するSIRである。
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本開示の1つの実施形態において、SIRコンストラクトはscFvドメインを含み、scFvドメインの前には、配列番号2300、2301、または2302に提供されるような任意のリーダー配列が存在し、その後には配列番号2981〜2986のいずれか1つに提供されるような任意のリンカー配列と、配列番号3010〜3020、配列番号3022〜3044、配列番号3045〜3052(本明細書記載の変形および変異体を含む)に提供されるようなT細胞受容体定常鎖とが存在していてもよく、その場合、ドメインは互いに隣接し、同じリーディングフレーム内にあり、単一の融合タンパク質を形成する。リンカー配列は、SIRコンストラクトに存在していても、存在していなくてもよい。1つの実施形態では、SIRは2つの機能ポリペプチド単位を含んでおり、その場合、該2つの単位は、配列番号3060〜3064に提供されるような切断可能リンカーによって分けられている。切断可能リンカーの前には、配列番号3065などの短い可撓性リンカー(例えば、SGSG)および配列番号3066などのフーリン切断部位(例えば、RAKR)が存在していてもよい。SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、IRES配列によって分けられる2つの異なるポリヌクレオチドによってコードされていてもよい。あるいは、SIRの2つの機能ポリペプチド単位をコードする2つの異なるポリヌクレオチドは、2つの異なるベクターでコードされていてもよい。
1つの実施形態において、SIRコンストラクトは、リーダー配列(例えば、本明細書記載のリーダー配列)と、細胞外抗原結合ドメイン(例えば、本明細書記載の抗原結合ドメイン)と、任意のリンカー(例えば、本明細書記載のリンカー領域)と、T細胞受容体定常鎖(例えば、本明細書記載のT細胞受容体定常鎖で、変異体や変形を含む)とを有している。
例えば、本開示のSIRは、表5および6A〜Bに特定されている抗原結合配列などの抗原結合ドメインにリンクされた、配列番号2300、2301、および配列番号2302から選択される例示的リーダー配列と、配列番号3010〜3020、3022〜3044、3045〜3051、および3052(本明細書記載の変形および変異体を含む)から成る群から選択される配列を含むT細胞受容体定常鎖ドメインにリンクされた、配列番号2981〜2985および2986(表6Dも参照)から選択される任意のリンカー配列とを有していてもよい。更に、SIRは、T細胞受容体定常鎖の細胞外ドメインと、配列番号3021および配列番号3045に提供されるようなCD3zの細胞外、膜貫通、および細胞質ゾルドメイン並びに変形および変異との融合を有していてもよい。
本明細書記載の任意の実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合に、対応するcTCR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むcTCR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFv、vL、および/またはvH断片を有するcTCRを表面に提示しているエフェクター細胞)と比べて、標的抗原への結合力が大きい。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的にする対応するcTCRは、CD8SP−FMC63−vL−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号18280)で示される。本開示のいくつかの例示的cTCRヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が表7A〜7Bに提供される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的にするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、4℃で60分培養後、CD19−ECD−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質への結合力が大きい。いくつかの実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較した場合、標的抗原への特異的結合力が大きい。SIR発現エフェクター細胞への標的抗原の特異的結合は、SIR発現エフェクター細胞で得られる値から対照エフェクター細胞で得られる結合値を差し引くことにより測定される。いくつかの実施形態において、対照のエフェクター細胞は、SIRをいずれも発現していない親エフェクター細胞(例えば、形質導入されていないT細胞)である。代替実施形態において、対照エフェクター細胞は、試験SIRが標的とする抗原以外の抗原を標的とする対照SIRを発現するエフェクター細胞である。CD19−SIRの結合活性を比較するための例示的な対照SIRは、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−161−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1322)である。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、4℃で60分培養後、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%大きい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも1.25倍(例えば、1.5倍、2倍、5倍、または10倍)大きい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、100,000倍以下(例えば、5000倍、10,000倍、または50,000倍)大きい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、約1.25倍から約100,000倍(例えば、約5倍から約50,000倍、約10倍から約10,000倍、約100倍から約1000倍、および前述の範囲の任意の値)大きい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、4℃で60分培養後、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも1.25倍から約100,000倍未満大きい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。
本明細書記載の他の実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合、対応するCAR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むCAR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFvを有するCARを、表面に提示しているエフェクター細胞)と比べると、標的抗原への結合力が小さい。CD19を標的とする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的とする対応するCARは、CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(配列番号4501)で示される。例示的ないくつかのCARのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が、本明細書に提供される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的とするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するCAR発現エフェクター細胞と比較して、CD19−ECD−GGSG−NLuc−AcV5への結合力が小さい。いくつかの実施形態では、4℃で60分培養後、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、同様な条件下で、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも5%(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、または上記整数間の任意の値)小さい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも約1.5倍(例えば、2倍、5倍、10倍、20〜100倍、100〜500倍500〜1000倍、100〜10,000倍、10,000〜50,000倍、50,000〜100,000倍、またはそれらの間の任意の整数)小さい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、4℃で60分培養後、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも1.25倍から100,000倍未満(またはそれらの間の任意の値)小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。
本明細書記載の他の実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合、対応するcTCR発現エフェクター細胞との比較では標的抗原への結合力が大きいが、対応するCAR発現エフェクター細胞との比較では標的抗原への結合力が小さい。例えば、いくつかの実施形態では、CD19を標的とするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、CD19−ECD−GGSG−NLuc−AcV5との結合において、対応するcTCR発現エフェクター細胞との比較では結合力が大きいが、対応するCAR発現エフェクター細胞との比較では結合力が小さい。いくつかの実施形態では、4℃で60分培養後、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも5%(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、100%、またはそれらの間の任意の値)大きいが、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも5%(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、またはそれらの間の任意の値)小さい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の結合力は、4℃で60分培養後、対応するcTCR発現エフェクター細胞の結合力よりも、同じ条件下で、少なくとも約1.25倍(例えば、2倍、5倍、10倍、またはそれらの間の任意の整数)大きいが、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも、少なくとも約1.5倍(例えば、2倍、5倍、10倍、またはそれらの間の任意の整数)小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。
本明細書記載の他の実施形態において、SIRは、エフェクター細胞で発現させ、同様な条件下で比較すると、対応するcTCRよりも細胞表面の発現が多い。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的にする対応するcTCRは、CD8SP−FMC63−vL−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号18280)で示される。例えば、いくつかの実施形態では、SIRの細胞表面発現は、APC共役タンパク質との結合力によって測定し、同様な条件下で検査した場合、対応するcTCRの結合力よりも大きい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、60分の培養後、APC共役タンパク質との結合力に関して、対応するcTCR発現エフェクター細胞よりも約5%超(例えば、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、または50%の任意の概数で、それらの値間の任意の範囲を含む)である。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞表面でのSIRおよび対応するcTCRの発現は、代替方法、例えば、CD8SP−ProteinL−GGSG−NLuc−4xFLAG−x2STREP−8xHis融合タンパク質との結合、あるいはSIRおよびcTCRの細胞外ドメインに挿入されるエピトープタグ(例えば、MYCタグ)を用いた染色法で測定してもよい。
本明細書記載の更に他の実施形態において、SIRは、エフェクター細胞で発現させ、同様な条件下で比較すると、対応するCARよりも細胞表面の発現が少ない。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的とする対応するCARは、CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(配列番号4501)で示される。例えば、いくつかの実施形態では、SIRの細胞表面発現は、APC共役タンパク質との結合力によって測定し、同様な条件下で検査した場合、対応するCARの結合力よりも小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞のAPC共役タンパク質Lとの結合は、同様な条件下で、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも少なくとも5%(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、またはそれらの間の任意の値)小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞のAPC共役タンパク質Lとの結合は、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも少なくとも1.5倍から約1,000倍(またはその間の任意の数)小さい。1つの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞のAPC共役タンパク質Lとの結合は、対応するCAR発現エフェクター細胞の結合力よりも少なくとも2倍から約100倍(またはその間の任意の数)小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。エフェクター細胞表面でのSIRおよび対応するCARの発現は、代替方法、例えば、CD8SP−タンパク質L−GGSG−NLuc−4xFLAG−x2STREP−8xHis融合タンパク質との結合、あるいはSIRおよびCARの細胞外ドメインに挿入されるエピトープタグ(例えば、MYCタグ)を用いた染色法で測定してもよい。
本明細書記載のいくつかの斯かる実施方法のいずれかにおいて、SIRは、エフェクター細胞で発現され、同様の条件下で比較されると、対応するcTCRとの比較では細胞表面発現は多いが、対応するCARとの比較では発現は少ない。例えば、いくつかの実施形態では、SIRの細胞表面発現は、APC共役タンパク質との結合力によって測定し、同様な条件下で検査した場合、対応するcTCRの結合力よりも大きいが、対応するCARの結合力よりも小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、60分の培養後、APC共役タンパク質との結合力に関して、対応するcTCR発現エフェクター細胞よりも約5%超(例えば、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%超、それらの値間の任意の範囲を含む)大きいが、対応するCAR発現エフェクター細胞と比較すると、60分の培養後、APC共役タンパク質との結合力に関して、約50%(例えば、約45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、それらの値間の任意の範囲を含む)小さい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。
本明細書記載の他の実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合に、対応するcTCR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むcTCR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFv、vL、および/またはvH断片を有するcTCRを、表面に提示しているエフェクター細胞)と比べて、標的抗原発現細胞への細胞毒性が大きい。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的にする対応するcTCRは、CD8SP−FMC63−vL−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号18280)で示される。本開示のいくつかの例示的SIRおよびcTCRヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が表7AおよびDに提供される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的にするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、37℃で4時間から96時間共培養後、RAJI−GLuc細胞に高い細胞毒性を示す。いくつかの実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較した場合、標的抗原を発現する細胞への特異的細胞毒性が大きい。SIR発現エフェクター細胞の特異的細胞毒性は、SIR発現エフェクター細胞で得られる値から対照エフェクター細胞で得られる細胞毒性値を差し引くことにより測定される。いくつかの実施形態において、対照のエフェクター細胞は、SIRをいずれも発現していない親エフェクター細胞(例えば、形質導入されていないT細胞)である。代替実施形態において、対照エフェクター細胞は、試験SIRが標的とする抗原以外の抗原を標的とする対照SIRを発現するエフェクター細胞である。例えば、CD19−SIRの細胞毒性活性を比較するための例示的な対照SIRは、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−161−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1322)である。いくつかの実施形態では、標的抗原発現細胞(すなわち標的細胞)へのSIR発現エフェクター細胞の細胞毒性は、37℃で4時間から96時間共培養後、対応するcTCR発現エフェクター細胞の細胞毒性よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%大きい。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞の細胞毒性は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の細胞毒性よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍大きい。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。
本明細書記載の前述の実施形態の別のまたは更なる実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合に、対応するcTCR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むcTCR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFv、vL、および/またはvH断片を有するcTCRを、表面に提示しているエフェクター細胞)と比べて、標的抗原発現細胞へのインビボ活性が高い。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的にする対応するcTCRは、CD8SP−FMC63−vL−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号18280)で示される。本開示のいくつかの例示的SIRおよびcTCRヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が表7Aおよび7Dに提供される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的にするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、NSGマウス異種移植片モデルにおいて、RAJI−GLuc細胞に高いインビボ活性を示す。いくつかの実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較した場合、標的抗原を発現する細胞へのインビボ活性が高い。SIR発現エフェクター細胞の特異的インビボ活性は、SIR発現エフェクター細胞で得られる値から対照エフェクター細胞で得られるインビボ活性(例えば、腫瘍減少、または腫瘍を発現するFlucから得られた生物発光の減少)を差し引くことにより測定される。いくつかの実施形態において、対照のエフェクター細胞は、SIRをいずれも発現していない親エフェクター細胞(例えば、形質導入されていないT細胞)である。代替実施形態において、対照エフェクター細胞は、試験SIRが標的とする抗原以外の抗原を標的とする対照SIRを発現するエフェクター細胞である。例えば、CD19−SIRのインビボ活性を比較するための例示的な対照SIRは、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−161−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1322)である。いくつかの実施形態では、NSGマウス異種移植片モデルにおいて、標的抗原発現細胞(すなわち標的細胞)へのSIR発現エフェクター細胞のインビボ活性は、対応するcTCR発現エフェクター細胞のインビボ活性よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%高い。いくつかの実施形態では、標的抗原へのSIR発現エフェクター細胞のインビボ活性は、対応するcTCR発現エフェクター細胞のインビボ活性よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞のインビボ活性は、他の方法、例えば、生存率の増大、キャリパで測定された腫瘍体積の減少などで測定される。
本明細書記載の前述の実施形態の別のまたは更なる実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合に、対応するcTCR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むcTCR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFv、vL、および/またはvH断片を有するcTCRを、表面に提示しているエフェクター細胞)と比べて、標的細胞(例えば標的抗原を発現する細胞)と共培養した場合のTNFα生産力が高い。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的にする対応するcTCRは、CD8SP−FMC63−vL−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号18280)で示される。本開示のいくつかの例示的SIRおよびcTCRヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が表7Aおよび7Dに提供される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的にするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、37℃で4時間から96時間Nalm6標的細胞と一緒に共培養した場合、ELISAで測定したTNFα生産力が高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、倍率誘導TNFα生産力が高い。SIR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力は、SIR発現エフェクター細胞を標的細胞と共培養した場合に得られるTNFαレベルを、SIR発現エフェクター細胞だけを培養した場合に得られるTNFα値で割ることにより測定される。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、標的細胞と共培養した場合の特異的TNFα生産力が高い。標的細胞と接触させた場合のSIR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力は、37℃で4時間から96時間、同じ条件下で標的細胞と共培養した場合のSIR発現エフェクター細胞で得られる値から、対照エフェクター細胞で得られるTNFαを差し引くことにより測定される。いくつかの実施形態において、対照のエフェクター細胞は、SIRをいずれも発現していない親エフェクター細胞(例えば、形質導入されていないT細胞)である。代替実施形態において、対照エフェクター細胞は、試験SIRが標的とする抗原以外の抗原を標的とする対照SIRを発現するエフェクター細胞である。例えば、CD19−SIRの結合活性を比較するための例示的な対照SIRは、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−161−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1322)である。いくつかの実施形態では、37℃で24時間培養後の標的細胞に対するSIR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力よりも、100,000倍未満高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的TNFα生産力よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍高いが、100,000倍未満(例えば、50,000倍、10,000倍、または1000倍未満)である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。
本明細書記載の前述の実施形態の別のまたは更なる実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合に、対応するcTCR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むcTCR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFv、vL、および/またはvH断片を有するcTCRを、表面に提示しているエフェクター細胞)と比べて、標的細胞(例えば標的抗原を発現する細胞)と共培養した場合のIL2生産力が高い。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。CD19を標的にする対応するcTCRは、CD8SP−FMC63−vL−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号18280)で示される。本開示のいくつかの例示的SIRおよびcTCRヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が表7Aおよび7Dに提供される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的にするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、37℃で4時間から96時間Nalm6標的細胞と一緒に共培養した場合、ELISAで測定したIL2生産力が高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、倍率誘導IL2生産力が高い。SIR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力は、SIR発現エフェクター細胞を標的細胞と共培養した場合に得られるIL2レベルを、SIR発現エフェクター細胞だけを培養した場合に得られるIL2値で割ることにより測定される。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、標的細胞と共培養した場合の特異的IL2生産力が高い。標的細胞と接触させた場合のSIR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力は、37℃で4時間から96時間、同じ条件下で標的細胞と共培養した場合のSIR発現エフェクター細胞で得られる値から、対照エフェクター細胞で得られるIL2を差し引くことにより測定される。いくつかの実施形態において、対照のエフェクター細胞は、SIRをいずれも発現していない親エフェクター細胞(例えば、形質導入されていないT細胞)である。代替実施形態において、対照エフェクター細胞は、試験SIRが標的とする抗原以外の抗原を標的とする対照SIRを発現するエフェクター細胞である。例えば、CD19−SIRの結合活性を比較するための例示的な対照SIRは、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−161−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1322)である。いくつかの実施形態では、37℃で24時間培養後の標的細胞に対するSIR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力よりも、100,000倍未満高い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的IL2生産力よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍高いが、100,000倍未満(例えば、50,000倍、10,000倍、または1000倍未満)である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。
本明細書記載の前述の実施形態の別のまたは更なる実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で比較した場合に、対応するCAR発現エフェクター細胞(例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むCAR、例えば、SIRの抗原結合ドメインを含むscFv、vL、および/またはvH断片を有するCARを、表面に提示しているエフェクター細胞)と比べて、標的細胞(例えば標的抗原を発現する細胞)と共培養した場合のTNFαおよび/またはIL2生産力が低い。CD19を標的にする例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(配列番号1200)で示される。例えば、いくつかの実施形態において、CD19を標的にするSIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、37℃で4時間から96時間Nalm6標的細胞と一緒に共培養した場合、ELISAで測定したTNFαおよび/またはIL2生産力が高いが、同様な条件下で、対応するCAR発現エフェクター細胞と比較すると、TNFαおよび/またはIL2生産力が低い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、同様な条件下で、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、倍率誘導TNFαおよび/またはIL2生産力が高いが、対応するCAR発現エフェクター細胞と比較すると、倍率誘導TNFαおよび/またはIL2生産力が低い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、対応するcTCR発現エフェクター細胞と比較すると、標的細胞と共培養した場合の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力が高いが、同様な条件下で、対応するCAR発現エフェクター細胞と比較すると、特異的TNFαおよび/またはIL2生産力が低い。いくつかの実施形態では、37℃で24時間培養後の標的細胞に対するSIR発現エフェクター細胞の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%高いが、対応するCAR発現エフェクター細胞の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力よりも、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%低い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力は、対応するcTCR発現エフェクター細胞の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍高いが、同様な条件下で、対応するCAR発現エフェクター細胞の特異的TNFαおよび/またはIL2生産力よりも、少なくとも1.25倍、1.5倍、2倍、5倍、または10倍低い。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。
本明細書記載の実施形態のいずれかにおいて、1つのタイプのSIRを発現するエフェクター細胞は、異なるタイプのSIRを発現するエフェクター細胞(例えば、第一SIRの抗原結合ドメインを有するが異なるTCR鎖を有するSIR、例えば、第一SIRの抗原結合ドメインを有するscFv、vL断片、および/またはvH断片を含むSIRを表面に提示しているエフェクター細胞)と比較すると、同様な条件下で種々の特性を示す。表7A〜Cは、異なるタイプの例示的SIRの配列番号を提供する。SIRはモジュール形式の設計なので、1つのモジュールを他のモジュールで置き換えることにより、追加のSIRタイプが当業者により作製できる。免疫エフェクター細胞で発現させた場合に異なるタイプのSIRが多様性を示す例示的な特性には、限定されないが、結合親和性、細胞表面発現、細胞毒性、サイトカイン生産、細胞増殖、最終分化、枯渇、およびインビボ生物活性などが挙げられる。例示的実施形態において、同様な条件下で検査し、異なるSIRコンストラクト組み込みのランダム位置による発現の変動を除外するために、両方のSIRタイプともTRAC(TCRアルファ定常鎖)ゲノム座を標的にした場合、FMC63ベースCD19標的ドメインを含むSIR1(配列番号1200)を発現するエフェクター細胞は、CD19を標的にするSIR2(配列番号1410)またはSIR3(配列番号4531)を発現する対応するエフェクター細胞と比較すると、4℃で60分の培養後のCD19−ECD−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質との結合力が高い。いくつかの実施形態では、同様な条件下で検査し、両方のSIRタイプともTRAC(TCRアルファ定常鎖)ゲノム座を標的にした場合、4℃で60分の培養後、1つのタイプのSIR(例えばSIR1)を発現するエフェクター細胞の標的抗原結合力は、同じ結合ドメインを有する異なるタイプのSIR(例えばSIR2)を発現するエフェクター細胞の標的抗原結合力と比較し、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、または100%高い。いくつかの実施形態では、同様な条件下で検査し、両方のSIRタイプともTRAC(TCRアルファ定常鎖)ゲノム座を標的にした場合、4℃で60分の培養後、同じ結合ドメインを有する異なるタイプのSIR(例えばSIR1、SIR2、SIR3など)を発現するエフェクター細胞の標的抗原結合力は、5倍、10倍、20倍、50倍、または100倍異なる。特定の遺伝子座にゲノムを挿入する技術は当業界で周知である。いくつかの実施形態では、同様な条件下で検査し、両方のSIRタイプともTRAC(TCRアルファ定常鎖)ゲノム座を標的にした場合、4℃で60分の培養後、同じ結合ドメインを有する異なるタイプのSIR(例えばSIR1、SIR2、SIR3など)を発現するエフェクター細胞の標的抗原結合力は、5倍、10倍、20倍、50倍、または100倍異なる。特定の遺伝子座にゲノムを挿入する技術は当業界で周知である。いくつかの実施形態では、同様な条件下で検査し、両方のSIRタイプともTRAC(TCRアルファ定常鎖)ゲノム座を標的にした場合、4℃で60分の培養後、同じ結合ドメインを有する異なるタイプのSIR(例えばSIR1、SIR2、SIR3など)を発現するエフェクター細胞の標的抗原結合力の標準偏差は、対応するcTCRを発現するエフェクター細胞を独立に単離した母集団の標的抗原結合力の標準偏差と比較すると、5倍、10倍、20倍、50倍、または100倍高い。本開示の他の実施形態では、標的細胞と共に37℃で4時間培養後、同じ結合ドメインを有する異なるタイプのSIR(例えばSIR1、SIR2、SIR3など)を発現するエフェクター細胞の細胞毒性の標準偏差は、SIRタイプおよびcTCRの各々をTRAC座に挿入した場合、対応するcTCRを発現するエフェクター細胞を独立に単離した母集団の標的抗原結合力の標準偏差と比較すると、5倍、10倍、20倍、50倍、または100倍高い。標準偏差は分散の平方根であり、業界周知の方法で測定できる。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞はSIR T細胞である。いくつかの実施形態では、SIR発現エフェクター細胞は、SIR発現JurkatT細胞である。
本明細書記載の実施形態のいずれかにおいて、SIRは、ヒトコドン最適化ポリヌクレオチドでコードされた野生型および変異TCRa(例えば、配列番号732〜740)およびTCRb(例えば、配列番号747〜762)定常鎖で構成され、対応するcTCRは、その野生型ポリヌクレオチド配列でコードされた野生型TCRa(例えば、配列番号730〜731)およびTCRb(例えば、配列番号744〜746)定常鎖で構成される。いくつかの実施形態では、SIRは、1つ以上の抗原結合ドメインをTCRaおよびTCRb定常鎖と結合させる任意のリンカーも含んでいる。いくつかの実施形態では、SIRは、ヒトコドン最適化ポリヌクレオチドでコードされた野生型および変異TCRa(例えば、配列番号767〜768)およびTCRb(例えば、配列番号747〜762)定常鎖で構成され、対応するcTCRは、その野生型ポリヌクレオチド配列でコードされた野生型TCRaおよびTCRb定常鎖で構成される。いくつかの実施形態では、SIRは、1つ以上の抗原結合ドメインを前TCRaおよびTCRb鎖と結合させる任意のリンカーを含んでいる。本明細書記載の実施形態のいずれかにおいて、SIRは、ヒトコドン最適化ポリヌクレオチドでコードされた野生型および変異TCRg(例えば、配列番号770)およびTCRd(例えば、配列番号772)定常鎖で構成され、対応するcTCRは、その野生型ポリヌクレオチド配列でコードされた野生型TCRg(例えば、配列番号769)およびTCRd(例えば、配列番号771)定常鎖で構成される。いくつかの実施形態では、SIRは、1つ以上の抗原結合ドメインをTCRaおよびTCRb定常鎖と結合させる任意のリンカーも含んでいる。いくつかの実施形態では、SIRは、ヒトコドン最適化ポリヌクレオチドでコードされた野生型および変異hTCRbECD−Bam−CD3zECDTMCP(例えば、配列番号10444〜10452)およびhTCRaECD−Kpn−CD3zECDTMCP−opt2(例えば、配列番号10464〜10471)定常鎖で構成され、対応するcTCRは、その野生型ポリヌクレオチド配列でコードされた野生型TCRaおよびTCRb定常鎖で構成される。いくつかの実施形態では、SIRは、1つ以上の抗原結合ドメインをhTCRbECD−Bam−CD3zECDTMCP(例えば、配列番号10444〜10452)およびhTCRaECD−Kpn−CD3zECDTMCP−opt2(例えば、配列番号10464〜10471)定常鎖と結合させる任意のリンカーも含んでいる。(CD19−ECD−GGSG−NLuc−AcV5) いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、約10−4Mと10−8Mとの間の解離定数(結合親和性を反映するK)を有している。いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、上述の抗原の1つ以上に結合する。いくつかの実施形態においては、抗原結合ドメインは、標的抗原に対して約10−4Mと10−8Mとの間(例えば、約10−5Mと10−7Mとの間、例えば、約10−5Mと10−6Mとの間)のKを有している。1つの実施形態において、抗原結合ドメインの結合親和性は、参照抗体よりも少なくとも5倍、10倍、20倍、30倍、50倍、100倍、または1,000倍低い。1つの実施形態において、コードされた抗原結合ドメインは、参照抗体よりも少なくとも5倍低い結合親和性を有している。いくつかの実施形態においては、参照抗体は、抗原結合ドメインの元となった抗体である。
いくつかの実施形態では、二重鎖SIRの上記第一鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原への結合力は、それが細胞表面に存在する場合、SIRの上記第二鎖の存在またはCARの存在によって実質的な減少を生じない。いくつかの実施形態では、SIRの上記第一鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原への結合力は、SIR(またはCAR)の上記第二鎖が存在する場合、コグネイト抗原へのSIR(またはCAR)の上記第二鎖が存在しない場合と比べ、SIR(またはCAR)の上記第一鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原(すなわちCD19)への結合力の70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%である。例えば、細胞が二重鎖SIRを発現し、第一鎖がTCRαに結合したCD19を標的にするscFvで構成されており、第二鎖がTCRβ2に結合したCD123を標的にするラクダ科動物vHH断片で構成されている場合、SIRの上記第一鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原(すなわちCD19)への結合力は、SIRの上記第二鎖が存在する場合、コグネイト抗原(すなわちCD123)へのSIRの上記第二鎖が存在しない場合と比較し、SIRの上記第一鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原(すなわちCD19)への結合力の70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%である。別の例では、細胞が二重鎖SIRを発現し、CD123を標的にするvHH断片を含むCARと共に、第一鎖がTCRαに結合したCD19を標的にするFMC63抗体のvL断片で構成されており、第二鎖がTCRβ2に結合したCD193を標的にするFMC63抗体のvH断片で構成されている場合、二重鎖SIRの上記第一および第二鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原(すなわちCD19)への結合力は、CARが存在する場合、コグネイト抗原(すなわちCD123)へのCARが存在しない場合と比べ、SIRの二重鎖の上記第一鎖および第二鎖の抗原結合ドメインによるコグネイト抗原(すなわちCD19)への結合力の70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%である。
いくつかの実施形態において、二重鎖SIRの上記第一および第二鎖の抗原結合ドメインは、それが細胞表面に存在する場合、両方共scFv抗原結合ドメインである場合と比べ、相互の関連性が少ない。いくつかの実施形態では、二重鎖SIRの上記第一および第二鎖の抗原結合ドメインは、両方共scFv抗原結合ドメインである場合と比べ、相互の関連性は、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または99%少ない。
本明細書記載のSIR機能ポリペプチド単位は、単一のポリヌクレオチド鎖でコードされ、単一のポリペプチド鎖として合成し、その後、異なるポリペプチドへ切断してもよい。SIRポリペプチドは、初めに、1つ以上のリーダー配列(シグナルペプチドとしても知られる)を含むように合成され、その後、成熟したポリペプチドから除去されてもよい。好ましい実施形態では、SIRポリペプチドの各機能ポリペプチド単位(すなわち、フレーム単位でT細胞受容体に結合した抗原結合ドメイン+フーリンSGSG切断可能リンカー、またはT細胞受容体定常鎖+フーリンSGSG切断可能リンカー)の前に、SIRの機能ポリペプチド単位をI型膜貫通タンパク質として細胞表面へ導くリーダー配列が置かれる。好ましい実施形態では、SIRの抗原結合ドメインは細胞外に向いている。いくつかの実施形態では、SIRポリペプチドのリーダー配列は、配列番号2300〜配列番号2302の配列を有する。
特定の実施形態において、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は同タイプであってもよい(すなわち、TCRaおよびTCRa、TCRbおよびTCRb、前TCRaおよび前TCRa、TCRγおよびTCRγ、およびTCRδおよびTCRδ)。同タイプの2つのTCR定常鎖を有する例示的ないくつかのSIRは、クローンID:021116−E08(配列番号905)、クローンID:012216−P08(配列番号906)、クローンID:012216−Q05(配列番号907)、クローンID:012216−R04(配列番号908)、およびクローンID:012216−S02(配列番号909)である。好ましい実施形態では、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は異なるタイプである(例えば、TCRaおよびTCRb、前TCRaおよびTCRb、TCRγおよびTCRδなど)。異なるタイプの2つのT細胞受容体定常鎖を有する例示的SIRは、例えば、クローンID:102615−C08に示される(その核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1200および3435に示される)。
特定の実施形態では、SIRポリペプチドは、ヒト、マウス、またはイヌのTCRa、TCRb、前TCRa、TCRγ、またはTCRγ鎖から成る、またはそれ由来の単一のT細胞受容体定常鎖で構成される。単一のTCR定常鎖を有する例示的SIRはクローンID:051216−F04で表され、そのアミノ酸配列は配列番号3258である。
特定の実施形態では、本開示のSIRポリペプチドは、ヒト、マウス、またはイヌのTCRa、TCRb、前TCRa、TCRγ、またはTCRγ鎖から成る、またはそれ由来の2つのT細胞受容体定常鎖をコードする。2つのT定常鎖をを有する例示的SIRはクローンID:102615−C08で表され、その核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1200および配列番号3435で与えられる。
特定の実施形態において、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は同タイプであってもよい(すなわち、TCRaおよびTCRa、TCRbおよびTCRb、前TCRaおよび前TCRa、TCRγおよびTCRγ、およびTCRδおよびTCRδ)。同タイプの2つのTCR定常鎖を有する例示的SIRは、クローンID:012216−E08で、そのアミノ酸配列は配列番号3140で与えられる。好ましい実施形態では、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は異なるタイプである(例えば、TCRaおよびTCRb、前TCRaおよびTCRb、TCRγおよびTCRδなど)。異なるタイプの2つのT細胞受容体定常鎖を有する例示的SIRは、例えば、クローンID:102615−C08に示される(その核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1200および3435に示される)。
いくつかの実施形態では、SIRの2つのT細胞受容体定常鎖は、いずれも、野生型TCRa、野生型TCRb、野生型TCRg、野生型TCRd、または野生型前TCRaではない。
以下の表は、本開示記載の例示的いくつかのSIRの標的抗原、クローンID、配列番号(DNA)、配列番号(PRT)、および名前を要約している。斯かるコンストラクトは、一般的に、表5〜6記載の抗原結合断片と、本明細書記載のTCRの定常鎖の例示的変異体(表1〜3に提供される変異体を含む)とを組み合わせることにより作製された。SIRは、その骨格構造(すなわち、TCR定常鎖のタイプ)に基づいて異なるタイプ(例えば、SIR1〜SIR18)に分割される。しかし、SIRはモジュール設計なので、本開示の範囲は以下の表に記載されるSIRに限定されず、異なるモジュールに変換することにより異なるSIRを作製することも可能であり、この点は了解されるべきである。従って、以下の表7に記載されるSIRに含まれていないTCR定常鎖の他の変異体と抗原結合ドメインとを組み合わせることも可能である。更に、表5〜6に掲載されていない抗原結合ドメインを用いてSIRを設計するのも可能である。更に、SIRとの関係で、異なる治療的モジュールおよびアクセサリーモジュールを追加、置換、または除去するのも可能である。従って、以下の表は抗生物質耐性の遺伝子(例えば、PAC)を有するSIRをいくつか含んでいるが、斯かるモジュールを除去することも可能である。本開示のSIRに加えて、表7は、CD3z一次シグナル伝達ドメインおよび41BB共刺激ドメインを含むいくつかのキメラ抗原受容体(CAR)も記載する。他の一次ドメインおよび共刺激ドメインを用いて(例えば、CD28から)類似のCARを作製してもよいことは理解されるべきである。斯かるCARは、本明細書記載のCARと併用して発現させてもよい。
表7A〜Cにおいて、SIRタイプは「例示的SIR」の下に掲載されたコンストラクトの骨格構造を意味しており、各配列は同じ「骨格構造」を有しているが、抗原結合ドメインは異なっている。表7A〜Cは、特定の結合ドメインを含み、特定のSIRタイプ、cTCR、またはCARに属するコンストラクトのDNAおよびPRTの配列番号を決定するのに使用できる。従って、配列番号1200はFMC63結合ドメインを有しており、配列番号1201は同じSIR骨格構造であるがhuFMC63結合ドメインを有している。SIR1タイプのいくつかの例示的コンストラクトの標的抗原、DNAおよびPRT配列番号、および名前(結合ドメインを含む)が表7Dに掲載される。SIR1タイプのDNAおよびPRT配列番号を参照して、骨格構造SIR2〜9およびcTCRの異なる結合ドメインのDNAおよびPRT配列番号の順番が、表7A〜Bに掲載される。従って、表7Aおよび7Dを利用することにより、SIR1〜SIR6タイプ骨格構造およびcTCRの任意の抗原結合ドメインのDNAおよびPRT配列番号が決定できる。同様に、表7Bおよび7Dを利用することにより、SIR7〜SIR9タイプ骨格構造の任意の抗原結合ドメインのDNAおよびPRT配列番号が決定できる。SIR10タイプのいくつかの例示的コンストラクトの標的抗原、DNAおよびPRT配列番号、および名前(結合ドメインを含む)が表7Eに掲載される。SIR10タイプのDNAおよびPRT配列番号を参照して、骨格構造SIR10〜18およびCARの異なる結合ドメインのDNAおよびPRT配列番号の順番が、表7Cに掲載される。従って、表7Eおよび7Cを利用することにより、SIR10〜SIR18タイプ骨格構造およびCARの任意の抗原結合ドメインのDNAおよびPRT配列番号が決定できる。あるいは、本開示の特定の抗原結合ドメインを含むSIRの配列が、本開示添付のSEQリストファイルの相同性検索によって決定できる。最後に、SIRはモジュール設計なので、特定のモジュールを含むSIRのDNAおよびアミノ酸配列が、SIR1およびSIR10タイプにおけるモジュール(複数も可)を新しいモジュールで単純に置き換えることにより作製できる。
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別の態様において、本開示は、本明細書記載の抗原に結合し1つ以上のT細胞受容体定常鎖に結合する1つ以上の抗原結合ドメイン(例えば、抗体、抗体断片、リガンド、または受容体)を有する、単離されたSIRポリペプチド分子を提供する。
いくつかの実施形態において、SIRは、単一のT細胞受容体定常鎖(クラス1)のNH2末端に結合する単一の抗原結合ドメインを含む単一のポリペプチドを有していてもよい、またはそれから構成されていてもよい。例示的クラス1SIRをコードするコンストラクトが、クローンID:051216−F04に提供される。コードされたSIRの核酸配列が配列番号1023に提供され、コードされたSIRのアミノ酸配列が配列番号3258に対応する。
いくつかの実施形態において、SIRは、機能性SIRを形成するようにアセンブルされる2つのポリペプチドを有している、あるいはそれらから構成されている。斯かる二重鎖クラス2SIRのポリペプチドの各々は、T細胞受容体定常鎖と、(クラス2Aとして)抗原結合ドメインとを含んでいる、あるいは前者は含んでいるが、(クラス2Bとして)抗原結合ドメインは含んでいない。クラス2のASIRにおいて、抗原結合ドメインの各々は、別々のT細胞受容体定常鎖のN末端に結合している。例えば、抗原結合ドメイン1(例えば、抗体のvL断片)はT細胞受容体ベータ(TCRβ)の定常鎖に結合して機能ポリペプチド単位1を構成し、抗原結合ドメイン2(抗体のvH断片)は、T細胞受容体α(TCRα)の定常鎖に結合して機能ポリペプチド単位2を構成する。斯かるSIRの2つの機能ポリペプチド単位は同じ細胞で共発現し、相互に対を形成することにより機能的に活性化される。抗原結合ドメインの各々は二重特異性であってもよいし、多重特異性であってもよいので、クラス2SIRは3つ以上の抗原を標的にするのも可能である。CD19を標的にする例示的クラス2ASIRは、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102615−C08)(配列番号1200)に提供される。このSIRの核酸配列は配列番号1200に示されており、そのアミノ酸配列は配列番号3435に対応する。このSIRにおいて、FMC63(CD19モノクロナール抗体)由来のvL断片は、リンカーを通してヒトTCRb鎖の変異(KACIAH)形の定常領域に結合し、FMC63モノクロナール抗体由来のvH断片は変異(CSDVP)ヒトTCRαの定常領域にリンカーを通して結合している。
いくつかの実施形態において、二重ポリペプチド鎖SIRは、1つだけのT細胞受容体定常鎖(機能ポリペプチド単位1)のNH2末端に結合した抗原結合ドメインを有するが、あるいはそれで構成されるが、第二のT細胞受容体定常鎖と共発現する。斯かるSIRはクラス2Bと呼ばれる。斯かるクラス2BSIRにおける第二T細胞受容体定常鎖の目的は、機能ポリペプチド単位1(すなわちT細胞受容体の定常鎖に結合した抗原結合ドメイン1)の細胞表面発現を促進することである。従って、クラス2BSIRにおける第二T細胞受容体定常鎖はそれ自体で発現してもよいし、エピトープタグ(例えば、MYC、V5、AcV5、G4Sx2、StrepTagIIなど)を有する融合タンパク質として発現されてもよいし、あるいは機能単位1のアセンブリおよび機能に干渉しない限り、任意の無関係なタンパク質断片(例えば、vLまたはvH断片)を有する融合タンパク質として発現されてもよい。例えば、クラス2BSIRは、T細胞受容体α(TCRα)の定常鎖に結合して機能ポリペプチド単位1を構成する抗原結合ドメインと、機能ポリペプチド単位2を構成するT細胞受容体β(TCRβ)の空の(すなわち抗原結合ドメインを欠如した)定常鎖とを有していてもよい、あるいはそれらから構成されていてもよい。斯かるSIRの2つの機能ポリペプチド単位は、同じ細胞で共発現される。例示的クラス2BSIRをコードするコンストラクトは、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(082815−G07)(配列番号1620)である。コードされたSIRの核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1620および配列番号3855に対応する。
いくつかの実施形態において、クラス2SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、異なるベクターを用いて細胞で共発現される。いくつかの実施形態において、クラス2SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、単一のベクターを用いて細胞内で共発現されるが、該ベクターは、2つの別々の調節エレメント(例えばプロモーター)を用いてクラス2SIRの2つの機能ポリペプチド単位をコードするポリヌクレオチドをコードする。いくつかの実施形態において、クラス2SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、単一のベクターを用いて細胞内で共発現されるが、該ベクターは、単一のプロモーターを用いて、IRES配列(SIRの2つのポリペプチドをコードするヌクレオチド断片を分離する)を含むポリヌクレオチドを発現する。いくつかの実施形態において、クラス2SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、単一のベクターを用いて細胞内で共発現されるが、該ベクターは、単一のプロモーターを用いて、切断可能リンカー(例えば、F2A、T2A、E2A、P2A、フーリン−SGSG−F2A、フーリン−SGSG−T2A、フーリン−SGSG−E2A、フーリン−SGSG−P2Aなど)を含む単一ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをコードする。その結果得られるmRNAは単一のポリペプチドをコードしており、その後SIRの2つの機能ポリペプチド単位が生成される。いくつかの実施形態において、クラス2SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、両方の機能ポリペプチド単位をコードする単一のmRNA配列のトランスフェクションを用いて共発現されるが、他の実施形態では、2つの機能ポリペプチド単位は、それぞれ1つの機能ポリペプチド単位をコードする2つの異なるmRNA配列のトランスフェクションによって共発現される。いくつかの実施形態において、SIRをコードするベクターまたはmRNAは追加の遺伝子/タンパク質(治療コントロール、阻害分子、アクセサリーモジュールなど)をコードしてもよいが、斯かる遺伝子/タンパク質は、IRES、切断可能リンカー、またはそれらの組み合わせによってSIRコード配列から分離されてもよい。別の実施形態では、治療コントロールおよび/またはアクセサリーモジュールを、別々のベクターまたはmRNAを用いて、SIRが発現している細胞内で発現させてもよい。例示的治療コントロールは、表8(配列番号3070および3076)に提供される。治療コントロールまたはアクセサリーモジュールはSIRの機能にとって本質的ではなく、本実施形態のSIRは、治療コントロールまたはアクセサリーモジュールなしで使用でき、この点は理解されるべきである。例えば、PAC(ピューロマイシン耐性遺伝子)などの抗生物質耐性カセットは、SIRの機能性を損なうことなく、本開示のSIRをコードするベクターから排除してもよい。
更に、配列が親SIRと実質的または本質的に同一である、または類似している、本明細書記載のSIRの機能性変異体も提供されるが、その場合、機能性変異体は元となったSIRの生物活性を維持している。機能性変異体は、例えば、本明細書記載のSIR(親SIR)の変異体を包含し、標的細胞を親SIRと類似のレベル、または同一レベル、またはそれよりも高いレベルで認識する機能を維持している。機能性変異体は、親SIRとの関連で、例えば、親SIRのアミノ酸配列に、少なくとも約30%、約50%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、あるいはそれ以上同一である。
機能性変異体は、例えば、親SIRのアミノ酸配列を有し、少なくとも1つの保存的アミノ酸置換を含んでいてもよい。あるいは、またはそれに加えて、機能性変異体は、親SIRのアミノ酸配列を有し、少なくとも1つの非保存的アミノ酸置換を含んでいてもよい。この場合、非保存的アミノ酸置換は、機能性変異体の生物活性に干渉しない、またはそれを阻害しないのが好ましい。非保存的アミノ酸置換は、機能性変異体の生物活性を向上させる(例えば、親CARと比較して機能性変異体の生物活性が増大する)場合がある
SIR(機能性の部分または機能性変異体を含む)は、任意の長さすなわち任意のアミノ酸数を含んでいてもよいが、その場合、SIR(機能性の部分または機能性変異体を含む)は、その生物活性(例えば、抗原へ特異的に結合する機能、哺乳動物内に病気の細胞を検出する機能、哺乳動物内の病気を治療または予防する機能など)を維持するのを条件とする。例えば、SIRは、約300から約5000のアミノ酸長であってもよく、例えば、300、400、500、600、700、800、900、1000、またはそれ以上のアミノ酸長であってもよい。
SIR(本開示の機能性の部分および機能性変異体を含む)は、1つ以上の天然アミノ酸の代わりに合成アミノ酸を有してもよい。斯かる合成アミノ酸は当業界では周知であり、例えば、アミノシクロヘキサン、カルボン酸、ノルロイシン、α−アミノ−n−デカン酸、ホモセリン、S−アセチルアミノメチル−システイン、トランス−3およびトランス−4ヒドロキシプロリン、4−アミノフェニルアラニン、4−ニトロフェニルアラニン、4−クロロフェニルアラニン、4−カルボキシフェニルアラニン、β-フェニルセリン、β−ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、α−ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン−2−カルボン酸、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン−3−カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、N’−ベンジル−N’−メチルリシン、N’,N’−ジベンジルリシン、6−ヒドロキシリシン、オルニチン、α−アミノシクロペンタンカルボン酸、α−アミノシクロヘキサンカルボン酸、oc−アミノシクロヘプタンカルボン酸、(2−アミノ−2−ノルボルナン)カルボン酸、γ−ジアミノブチル酸、α,β−ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、およびα−t−ブチルグリシンが挙げられる。
SIR(本開示の機能性の部分および機能性変異体を含む)は、グリコシル化、アミド化、カルボン酸化、リン酸化、エステル化、N−アシル化、例えばジスルフィド架橋による環化、または酸付加塩への変換、および/または任意に二量化、ポリマー化、または共役化してもよい。
本開示は、SIRをコードする核酸分子を含む組換え核酸コンストラクトを提供するが、その場合、該核酸分子は1つ以上の抗原結合ドメインをコードする核酸配列を有し、各抗原結合ドメインをコードするヌクレオチド配列は、T細胞受容体定常鎖をコードする核酸配列と隣接しており、しかも同じリーディングフレーム内に存在している。SIRの構築に使用可能な例示的T細胞受容体定常鎖には、限定されないが、TCRα、TCRβ1、TCRβ2、TCRγ、TCRδ、前TCRα、並びにそれらの変形および変異体の定常鎖が含まれる。いくつかの例では、SIRは、TCRα、TCRβ1、TCRβ2、TCRγ、TCRδ、前TCRαなどの定常鎖の組み合わせを有していてもよい。本開示は、TCRαおよびTCRβ1、TCRαおよびTCRβ2、前TCRαおよびTCRβ1、前TCRαおよびTCRβ2、並びにTCRγおよびTCRδから選択されるTCR定常鎖の対を含むSIRを提供する。本開示は、TCR定常鎖とCD3z(SIRの構築で、TCR定常鎖を置換し得る)との融合を提供する。更に、SIRのヒト前TCRα定常鎖は、野生型ヒト前TCRα定常鎖のカルボキシル末端48アミノ酸を欠如している。カルボキシル末端48アミノ酸を欠如している前TCRαのアミノ酸配列は、配列番号3048に提供される。
本開示は、本明細書記載のSIRをコードする核酸配列(複数も可)を含むベクター(複数も可)も提供する。別の実施形態では、SIRは2つ以上のベクターによりコードされている。更に別の実施形態では、SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、各々別々のベクターまたは別々の核酸でコードされている。1つの実施形態では、SIRの2つの機能ポリペプチド単位は、単一のベクターまたは単一の核酸でコードされている。1つの実施形態では、ベクター(複数も可)は、DNAベクター(複数も可)、RNAベクター(複数も可)、プラスミド(複数も可)、レンチウイルスベクター(複数も可)、アデノウイルスベクター(複数も可)、レトロウイルスベクター(複数も可)、バキュロウイルスベクター(複数も可)、sleeping beautyトランスポゾンベクター(複数も可)、およびpiggybackトランスポゾン(複数も可)から選択される。1つの実施形態では、ベクターは、レンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクターである。別の実施形態では、ベクターはsleeping beautyトランスポゾンベクターである。例示的いくつかのベクターの核酸配列は、配列番号870〜876に提供される。pLenti−EF1α(配列番号870)およびpLenti−EF1α−DWPRE(配列番号871)は空のレンチウイルスベクターであり、pLenti−EF1α−DWPREはWPRE領域を欠如していると言う点で両者は異なっている。本開示のSIRコード配列は、斯かるベクターのNheI部位とSalI部位の間にクローンし得る。ベクターMSCV−Bg12−AvrII−Bam−EcoR1−Xho−BstB1−Mlu−Sal−Clal.103(配列番号872)はレトロウイルスベクターであり、本開示のSIRコード配列は、このベクターのマルチクローニング部位にクローンできる。ベクターMSCV−FMC63vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−2−SPe−FMC63vH−Myc−[TCRa−CSDVP]−F−F2A−Pac.N01(配列番号873)も、SIRコード配列が既に存在しているレトロウイルスベクターである。本開示のSIRコード配列は、既存のSIRを除去し、新規のSIRをコードする核酸を挿入することにより、このベクターにクローンし得る。ベクターpSBbi−Pur(配列番号874)は、sleeping beautyトランスポゾンベクターである。ベクターpSBbi−Pur-EF1−FMC63vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−FMC63vH−MYC−[TCRa−CSDVP]−F−F2A−Xba.B01(配列番号875)およびpSBbi−Pur-EF1−Nhe−FMC63vL−Xho−V5−[TCRb−S57C−opt]−F−P2A−SPe−FMC63vH−Mlu−MYC−[TCRa−T48C−opt]−F2A−MCS−I01(配列番号876)は、当業界周知の標準の組換えDNA技術を用いて既存のSIRを排除した後、本開示のSIRをサブクローニングするのに使用可能なSIR核酸を含むsleeping beautyトランスポゾンベクターである。
本開示は、細胞に直接トランスフェクション可能なRNAコンストラクトも含む。トランスフェクションで使用されるmRNAの生成方法は、特別設計のプライマーを用いてテンプレートのインビトロ転写(IVT)を行い、次にポリアデニル化を行うことにより、3’および5’非翻訳配列(UTR)(例えば、本明細書記載の3’および5’UTR)、5’キャップ(例えば、本明細書記載の5’キャップ)および/または内部リボソーム侵入部位(IRES)(例えば、本明細書記載のIRES)、発現対象の核酸、およびポリA鎖((通常、50〜2000塩基長)(配列番号860および861))を生成する。このようにして生成されたRNAは、異なる種類の細胞を効果的にトランスフェクションできる。1つの実施形態では、テンプレートはSIR用の配列を含む。1つの実施形態では、RNA/SIRベクターは、エレクトロポレーションにより、細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)へ形質導入される。別の実施形態では、RNA/SIRベクターは、ミクロ流体装置を用いて細胞膜に一時的な摂動を引き起こすことにより、細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)へ形質導入される。SIRの異なる鎖(または機能ポリペプチド単位)も、1つのベクターまたは2つ以上のベクター、異なるベクターまたは技術の組み合わせを用いて細胞へ導入できる。例えば、ベクタークローンID:050216−T02およびクローンID:050216−S08は、SIRの機能ポリペプチド単位1(FMC63−vL鎖が、V5リンカーを通して、hTCRb−KACIAHに結合されている)を含む配列番号913(CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−PAC)をコードする。斯かるベクターはピューロマイシン耐性遺伝子(PAC)も発現する。ベクタークローンID:041916−A02および041916−B03は、SIRの機能ポリペプチド単位2(FMC63−vH鎖が、MYCリンカーを通して、hTCRa−CSDVPに結合されている)を含む配列番号997(CD8SP−FMC63−vH−MYC−[TCRα−CSDVP]−F−F2A−BlastR)をコードする。斯かるベクターはブラストサイジン耐性遺伝子(BlastR)も発現する。細胞は、配列番号913および配列番号997をコードするレンチウイルスで同時にまたは連続的に感染させ、次に、その二重感染細胞を強化するため、ピューロマイシンおよびブラストサイジンへの耐性を任意に選択してもよい。両方のウイルスに感染した細胞は両方の機能ポリペプチド単位を発現し、その機能ポリペプチド単位は細胞表面で機能性SIRを発現するようにアセンブルされるであろう。別の実施形態では、SIRの1つの鎖または機能ポリペプチドはレトロウイルスベクターを用いて導入し、もう1つの機能ポリペプチドはレンチウイルスベクターを用いて導入されてもよい。別の態様において、1つの機能ポリペプチドはレンチウイルスベクターを用いて導入し、もう1つの機能ポリペプチドはsleeping beautyトランスポゾンを用いて導入されてもよい。更に別の態様では、1つの機能ポリペプチドはレンチウイルスベクターを用いて導入し、もう1つの機能ポリペプチドはRNAトランスフェクションを用いて導入されてもよい。更に別の態様では、1つの機能ポリペプチド単位は、業界周知の遺伝子標的技術を用いて内因性TCR鎖座における遺伝子組換えにより細胞内で生成され、もう1つの機能ポリペプチドはレンチウイルスまたはレトロウイルス
ベクターを用いて導入される。
RNAは、いくつかの異なる方法、例えば、限定されないが、エレクトロポレーション(Amaxa Nucleofector−II(Amaxa Biosystems, Cologne, Germany)、ECM830(BTX)(Harverd Instruments, Boston, Mass.)またはGene Pulser II(BioRad, Denver, Colo.)、Multiporator (Eppendorf, Hamburg, Germany)、リポフェクションを用いたカチオン性リポソーム仲介トランスフェクション、ポリマーカプセル化、ペプチド仲介トランスフェクション、または「遺伝子銃」などの生物分解性パーティクルデリバリーシステム(例えば、Nishikawaら、Hum Gene Ther., 12(8):861−70(2001)を参照)など商業的に入手可能な方法を用いて、あるいはミクロ流体装置を用いて細胞膜に一時的な摂動を引き起こすことにより(例えば、特許出願WO2013/059343A1およびPCT/US2012/060646を参照)、標的細胞へ導入できる。
いくつかの実施形態において、非ウイルス方法は、トランスポゾン(トランスポゾンエレメントとも呼ばれる)の使用を含む。いくつかの実施形態において、トランスポゾンは、ゲノムの場所に自ら挿入可能なDNAの一部、例えば、自己複製し、そのコピーをゲノムに挿入できるDNAの一部、または長い核酸からスプライシングしてゲノムの別の場所に挿入できるDNAの一部である。例えば、トランスポゾンは、転移用遺伝子に隣接した逆位反復から成るDNA配列を有する。
トランスポゾンを用いた核酸輸送の例示的方法は、Sleeping Beautyトランスポゾンシステム(SBTS)およびpiggyBac(PB)トランスポゾンシステムを含む。例えば、その全体が本明細書に参照として援用される、Aronovichら、Hum. Mol. Genet. 20.R1(2011):R14−20、Singhら、Cancer Res. 15(2008):2961−2971、Huangら、Mol. Ther. 16(2008):580−589、Grabundzijaら、Mol. Ther. 18(2010):1200−1209、Kabriaeiら、Blood. 122.21(2013):166、Williams. Molecular Therapy 16.9(2008):1515−16、Bellら、Nat. Protec. 2.12(2007):3153−65、およびDingら、Cell. 122.3(2005):473−83を参照。
SBTSは、2つの構成要素、すなわち1)導入遺伝子を含むトランスポゾン、および2)トランスポザーゼ酵素源を含む。トランスポザーゼは、キャリアプラスミド(または他のドナーDNA)から標的DNA(例えば、宿主細胞染色体/ゲノム)へトランスポゾンを転移できる。例えば、トランスポザーゼは、キャリアプラスミド/ドナーDNAへ結合し、トランスポゾン(導入遺伝子を含む)をプラスミドから切断し、それを宿主細胞のゲノムに挿入する。例えば、前出のAronovichらを参照。
例示的トランスポゾンはpT2ベーストランスポゾンを含む。例えば、その全体が本明細書に参照として援用される、Grabundzijaら、Nucleic Acids Res. 41.3(2013):1829−47およびSinghら、Cancer Res. 68.8(2008):2961−2971を参照。例示的トランスポゾンの核酸配列は、配列番号874および配列番号875に提供される。例示的トランスポザーゼには、Tc1/マリナータイプトランスポザーゼ、例えば、SB10トランスポザーゼまたはSB11トランスポザーゼ(例えば、サイトメガロウイルスから発現可能な活動過多のトランスポザーゼ)が含まれる。例えば、その全体が本明細書に参照として援用される、Aronovichら、Kebriaeiら、およびGrabundzijaらを参照。
SBTSの使用は、導入遺伝子(例えば、本明細書記載のSIRをコードする核酸)の効果的な組込みおよび発現を可能にする。本明細書には、例えばSBTSなどのトランスポゾンシステムを用いて、本明細書記載のSIRを安定的に発現する細胞、例えば、T細胞、NKT細胞、幹細胞、iPSC、または合成T細胞の作製方法が提供される。
本明細書記載の方法によれば、いくつかの実施形態において、SBTS構成要素を含む1つ以上の核酸(例えばプラスミド)が、細胞(T細胞、NKT細胞、幹細胞、iPSC、または合成T細胞)へ運搬される。例えば、核酸(複数も可)は、本明細書記載の標準的な核酸運搬方法、例えば、エレクトロポレーション、トランスフェクション、リポフェクションなどによって運搬される。いくつかの実施形態では、核酸は、導入遺伝子(例えば、本明細書記載のSIRをコードする核酸)を有するトランスポゾンを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、導入遺伝子(例えば、本明細書記載のSIRをコードする核酸)を有するトランスポゾン、並びにトランスポザーゼ酵素をコードする核酸配列を含む。他の実施形態では、2つの核酸を有するシステムが提供され(例えば、二重プラスミドシステム)、その場合、例えば、第一プラスミドは導入遺伝子を含むトランスポゾンを含み、第二プラスミドはトランスポザーゼ酵素をコードする核酸配列を含む。例えば、第一核酸および第二核酸は宿主細胞に一緒に運搬される。
いくつかの実施形態では、SBTSを用いる遺伝子挿入と、ヌクレアーゼ(例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、CRISPR/Casシステム、または改変メガヌクレアーゼ再改変ホーミングエンドヌクレアーゼ)を用いる遺伝子編集との組み合わせを利用することにより、本明細書記載のSIRを発現する細胞(例えば、T細胞、NKT細胞、幹細胞、iPSC、または合成T細胞)が作製される。
いくつかの実施形態では、非ウイルス運搬方法の使用は、細胞(例えば、T細胞、NKT細胞、幹細胞、iPSC、または合成T細胞)の再プログラミングおよび被験者への細胞の直接注入を可能にする。非ウイルス運搬の利点は、限定されないが、患者母集団、安定性、貯蔵期間、および免疫原性の欠如を満足させるのに必要な十分量を製造する際の容易さおよび相対的低価格である。
いくつかの実施形態において、SIRをコードする核酸配列を含むベクターは、1つ以上の阻害分子をコードする核酸配列を更に含んでいてもよい。本明細書で想定される阻害分子の非制限的な例には、例えば、inhKIR細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン(例えば、KIR膜貫通ドメイン)、およびインヒビター細胞質ドメイン、例えばITIMドメイン(例えば、inhKIR ITIMドメイン)が含まれる。1つの実施形態では、阻害分子は、野生型inhKIR、または野生型inhKIRと少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、または99%相同性を共有する配列、または野生型inhKIRとはせいぜい1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、または20の残基しか違わない配列、SLAMファミリー細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン(例えば、SLAMファミリー膜貫通ドメイン)、およびインヒビター細胞質ドメイン、例えばSLAMファミリードメイン(例えば、SLAMファミリーITIMドメイン)が含まれる。別の実施形態では、阻害分子は野生型SLAMファミリーメンバー、または野生型SLAMファミリーメンバーと少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、または99%相同性を共有する配列、または野生型SLAMファミリーメンバーとはせいぜい1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、または20の残基しか違わない配列である。
いくつかの実施形態において、本明細書のベクターはプロモーターを更に有していてもよい。プロモーターの非制限的な例は、例えば、EF−1プロモーター、CMV IE遺伝子プロモーター、EF−1αプロモーター、ユビキチンCプロモーター、コアプロモーター、またはホスホグリセレートキナーゼ(PGK)プロモーターである。いくつかの実施形態において、プロモーターはEF−1プロモーターである。更なる実施形態において、EF−1プロモーターは配列番号877を有する。いくつかの実施形態において、ベクターはRNA核酸である。いくつかの実施形態では、ベクターはポリ(A)鎖を含む。例えば、本明細書では、約150のアデノシン塩基を含むポリ(A)鎖(配列番号860〜配列番号864)が想定されている。いくつかの実施形態では、ベクターは3’UTRを有する。
別の態様では、本開示は細胞(例えば、免疫エフェクター細胞またはその母集団)の作成方法を提供し、この方法は、SIR(例えば、本明細書記載のSIR)をコードする核酸、またはSIR分子(例えば、本明細書記載のSIR)をコードする核酸を、細胞(例えば、本明細書記載のT細胞、NKT細胞、幹細胞、iPSC、または合成T細胞)に導入する(例えば、形質導入する)工程をが含む。
細胞は、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NKT細胞、またはそれらの組み合わせ)、または免疫エフェクター細胞を生じ得る幹細胞/前駆細胞、または合成T細胞である。いくつかの実施形態では、本方法の細胞は、ジアシルグリセロールキナーゼ(DGK)および/またはイカロス欠損である。いくつかの実施形態では、本方法の細胞は、内因性T細胞受容体α、β1、β2、前TCRα、γ、δ、またはそれらの組み合わせの定常鎖が欠損している。いくつかの実施形態では、本方法の細胞は、HLA抗原が欠損している。いくつかの実施形態では、本方法の細胞は、β2ミクログロブリンが欠損している。いくつかの実施形態では、本方法の細胞は、SIRの標的細胞の発現が欠損している。例えば、SIRを発現しているT細胞は、SIRがCD5を標的にしている場合、内因性CD5が欠損しており、SIRがTCRβ1定常鎖を標的にしている場合、TCRβ1定常鎖が欠損しており、SIRがTCRβ2定常鎖を標的にしている場合、TCRβ2定常鎖が欠損しており、SIRがCS1を標的にしている場合、CS1が欠損している。
いくつかの実施形態では、SIRをコードする核酸分子を導入する工程は、SIRをコードする核酸分子を含むベクターの形質導入、あるいはSIRをコードする核酸分子のトランスフェクションであり、その場合、該核酸分子はインビトロ転写RNAである。いくつかの実施形態では、核酸分子は、SIRの2つ以上の構成要素をコードし、2つ以上のベクターを細胞に形質導入することにより、またはSIRの異なるサブユニットをコードする2つ以上の核酸分子をトランスフェクションすることにより導入される。例えば、細胞は2つの異なるベクターで形質導入されてもよく、その場合、各々SIRの2つの機能ポリペプチド単位の1つをコードする。2つの異なるベクターでコードされた例示的SIRコンストラクトは、SIR断片CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−PACをコードする配列番号913に対応するSIR配列を含むSIRレンチウイルスコンストラクト050216−S08によって提供され、その場合、CD19モノクロナール抗体FMC63由来のvL断片が、V5リンカーを通して、KACIAH変異を有するhTCRbの定常鎖に結合している。このSIR FPUは、F−P2A切断可能リンカーを通して、PAC(ピューロマイシン耐性)遺伝子に結合している。050216−S08のベクターはpLenti−EF1α(配列番号870)である。SIRレンチウイルスコンストラクト041916−A02は、SIR断片CD8SP−FMC63−vH−MYC−[TCRα−CSDVP]−F−F2A−BlastRをコードする配列番号997に対応するSIR配列を含んでおり、その場合、CD19モノクロナール抗体FMC63由来のvH断片が、MYCリンカーを通して、CSDVP変異を有するhTCRαの定常鎖に結合している。このSIR FPUは、F−F2A切断可能リンカーを通して、ブラストサイジン耐性遺伝子に結合している。041916−A02コンストラクトのベクターは、pLenti−EF1α−DWPRE(配列番号871)である。例示的な選択マーカーは配列番号795〜配列番号801に示される。同様に、細胞は2つの異なるインビトロ転写RNAで形質導入されていてもよく、その場合、各々SIRの2つの機能ポリペプチド単位の1つをコードする。SIRの機能ポリペプチド単位に加え、RNAの各々は、両方のRNAで形質導入され、従ってSIRの機能ポリペプチド単位の両方を発現する細胞を選択するのに使用できる、異なる選択マーカーまたはレポーター(例えば、tEGFR、CD34,CNB30、または変異DHFR)を有していてもよい。
いくつかの実施形態では、該方法は、a)免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)の母集団を提供する工程と、およびb)その母集団から制御T細胞を除去することにより、制御T枯渇細胞の母集団を提供する工程とを更に有し、その場合、工程a)およびb)は、SIRをコードする核酸を母集団に導入する前に行われる。斯かる方法の実施形態において、制御T細胞はCD25T細胞を有しており、CD25抗体またはその断片を用いて細胞母集団から除去される。CD25抗体またはその断片は、基質(例えばビーズ)に結合されていてもよい。他の実施形態では、工程b)で提供される制御T細胞が枯渇している免疫エフェクター細胞の母集団は、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%のCD25+細胞を含んでいる。更に他の実施形態では、当該方法は、CD25を含まない病気関連抗原を発現する細胞を母集団から排除する工程であって、SIRをコードする核酸を母集団に導入する前に、制御T細胞と病気関連抗原とが枯渇した細胞の母集団を提供する工程を更に含む。病気関連抗原は、CD19,CD30,CD123、CD20、CD22、CD33、CD138、BCMA、Lyml、Lym2、CD79b、CD170、CD179b、CD14、CD11b、またはそれらの組み合わせから選択してもよい。
他の実施形態では、当該方法は、SIRをコードする核酸を母集団へ導入する前に、制御T枯渇/阻害細胞の母集団を提供するため、チェックポイント阻害剤を発現する細胞を母集団から枯渇させる工程を更に有する。チェックポイント阻害剤は、CTLA−4、PD−1、LAG−3、TIM3、B7−H1、CD160、P1H、2B4、CEACAM(例えば、CEACAM−1、CEACAM−3、および/またはCEACAM−5)、TIGIT、BTLA、およびLAIR1から選択できる。
本開示は、組換え細胞、例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、細胞の母集団、例えば、免疫エフェクター細胞の母集団)および/または核酸分子を含む幹細胞(例えば、造血器幹細胞、末梢血幹細胞、骨髄由来幹細胞、免疫幹細胞、人工多能性幹細胞(iPSC))、SIRポリペプチド分子、または本明細書記載のベクターも提供する。
いくつかの実施形態において、細胞は免疫細胞である。免疫細胞の非制限的例には、T細胞およびNK細胞が含まれる。更に、T細胞の非制限的例には、Treg、CD+8T細胞、およびCD+4T細胞が含まれる。1つの実施形態において、細胞はヒトT細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はヒト細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はイヌの細胞である。
1つの実施形態において、T細胞は、P糖タンパク質(P−gpまたはPgp、MDR1、ABCB1、CD243)を発現するT細胞である。1つの実施形態では、T細胞は、P糖タンパク質仲介流出の基質である染料で鈍く染色されるT細胞である。1つの実施形態では、細胞は、その全体が本明細書に参照として援用される、出願番号第PCT/US2017/042248号記載のT細胞である。いくつかの実施形態では、p−gpまたはp−gp活性の発現を欠如する細胞は母集団から排除される。
いくつかの実施形態では、細胞は、ジアシルグリセロールキナーゼ(DGK)および/またはイカロス欠損のT細胞である。
1つの実施形態において、細胞はT細胞であり、そのT細胞は、内因性T細胞受容体鎖の1つ以上を欠損している。本開示に従って機能性TCRの発現を安定的に欠損しているT細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、CRISP/Cas9、内因性T細胞受容体を標的にするshRNAの使用など、様々な方法を用いて作製できる。shRNAに関する非制限的な例示的方法は、その全体が本明細書に参照として援用される、米国2012/0321667A1に記載される。TCRのαおよびβ鎖の定常領域を標的にするZFNを用いて内因性TCR発現を排除する工程に関する別の非制限的な例示的方法は、Torikai Hら(Blood、119(24)、2012年6月14日)に記載されている。いくつかの実施形態では、本開示のSIRは、コドン最適化されており、あるいはヌクレオチド配列が内因性TCR定常鎖とは異なるように設計されており、従って内因性TCR定常鎖を標的とするCRISP/Cas9、ZFN、および/またはshRNAによる標的化を免れているTCRの定常鎖を有しており、この点は注目されるべきである。
機能性内因性TCRを欠如するT細胞は、例えば、表面に機能性内因性TCRを一切発現しないように改変されてもよいし、機能性内因性TCRを有する1つ以上のサブユニット(例えば、TCRα、TCRβ1、TCRβ2、TCRγ、TCRδ、または前TCR)を発現しないように改変されてもよいし、表面に機能性内因性TCRを極めて僅かしか生産しないように改変されてもよい。あるいは、T細胞は、例えば、TCRの1つ以上のサブユニット変異型または切断型の発現により、実質的に阻害された内因性TCRを発現してもよい。「実質的に阻害されたTCR」と言う用語は、斯かるTCRは宿主で都合の悪い免疫反応を誘発しないことを意味している。非修飾TCRは、(例えば、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターを用いて)異所的に発現させた場合、一次T細胞の発現が一般的に乏しく、これは、細胞表面発現において、内因性TCR鎖との競合が非効果的であることを暗に示している。しかし、ヒト細胞の効果的翻訳のためにTCR鎖を最適化すると、導入されたTCRの発現が改善されることが証明された。更に重要な点であるが、斯かる優生TCRの異所的発現は、ヒト細胞における内因性TCRレパートリーの大部分の表面発現を抑制する。
1つの実施形態において、細胞は幹細胞であり、当該幹細胞は、内因性T細胞受容体鎖の1つ以上を欠損している。別の実施形態では、細胞は幹細胞であり、SIRの1つ以上の標的抗原(例えば、MPL、CD33、CD123、CD19など)が、SIRによってもはや認識されない形態にまで欠如または変異している幹細胞である。例えば、CD19を標的とするSIRは、CRISP/Cas9またはジンクフィンガーヌクレアーゼを用いてCD19を欠損させた幹細胞で発現されるが、それは、斯かる幹細胞によって生産されるB細胞が、CD19を標的にするSIRを発現するT細胞によって排除されないようにするためである。あるいは、内因性CD19が、CRISP/Cas9またはジンクフィンガーヌクレアーゼを用いてSIRによって標的とされない形態にまで変異している幹細胞で発現されるが、それは、やはり斯かる幹細胞によって生産されるB細胞が、CD19を標的にするSIRを発現するT細胞によって排除されないようにするためである。別の実施形態では、自己ドナーまたは同種ドナーからの幹細胞および免疫エフェクター細胞で発現されるSIRは、SIR標的抗原の発現を欠如するように、あるいはSIRによって認識されないSIR標的抗原の変異体を発現するように遺伝的に改変されている。例えば、CD19を標的にするSIRは、CRISP/Cas9またはジンクフィンガーヌクレアーゼを用いてCD19を欠損させた自己または同種造血器幹細胞と一緒に患者へ注入されたT細胞で発現されるが、それは、やはり斯かる幹細胞によって生産されるB細胞が、CD19を標的にするSIRを発現するT細胞によって排除されないようにするためである。あるいは、内因性CD19が、CRISP/Cas9またはジンクフィンガーヌクレアーゼを用いてSIRによって標的とされない形態にまで変異されている自己または同種造血器幹細胞と一緒に患者へ注入されたT細胞で発現されるが、それは、やはり斯かる幹細胞によって生産されるB細胞が、CD19を標的にするSIRを発現するT細胞によって排除されないようにするためである。同様な方法が、特定の病気の治療のために斯かる抗原(病気関連細胞または病気を引き起こす細胞で発現する抗原)を標的とするSIR−T細胞を投与される被験者において、shRNA、CRISP/Cas9またはジンクフィンガーヌクレアーゼを用いて幹細胞内の他の内因性抗原(例えば、MPL、CD33、CD123など)を変異させる、または排除するのに使用できる。
T細胞、ナチュラルキラー細胞、または幹細胞は、被験者から取得してもよい。「被験者」と言う用語には、免疫応答が誘発される有機体(例えば、哺乳類)が含まれる。被験者の例には、ヒト、サル、チンパンジー、イヌ、ネコ、マウス、ラット、およびその形質転換種が含まれる。T細胞は、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ腺組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位からの組織、腹水、胸水、脾臓組織、および腫瘍を含む数多くの材料源から入手可能である。T細胞は、SIRの発現前にインビトロで培養および増殖可能な組織常在性のγδT細胞である。
SIRおよび/またはCARおよび/またはAb−TCRおよび/またはTRUCおよび/またはcTCR発現エフェクター細胞は、ProteinLとのシミュレーションにより増殖してもよい。1つの態様において、ProteinLはビーズまたは他の表面(例えば、プレート)に固定される。1つの態様では、ProteinLはCD3抗体と同じビーズに固定される。別の態様では、ProteinLはCD3抗体およびCD28抗体が固定されているビーズに固定される。1つ態様では、ProteinLは人工抗原提示細胞の表面に発現される。1つの態様では、ProteinLは、1つ以上の共刺激分子と一緒に人工抗原提示細胞の表面に発現される。1つの態様では、共刺激分子は、CD28、41BB、およびOX40のうちの1つ以上を含む。1つの態様では、表面にProteinLを発現している細胞は哺乳類の細胞である。1つの態様では、細胞はヒト細胞である。1つの態様では、細胞は293FT細胞である。1つの態様では、細胞はK562細胞である。1つの態様では、ProteinLは安定的に細胞で発現される。1つの態様では、ProteinLは一時的に細胞で発現される。ProteinLは、業界で周知の方法のいずれかによって細胞で発現させてもよい。1つの態様では、SIR、CAR、Ab−TCR、TRUC、またはcTCR発現エフェクター細胞は、ProteinLコーティングビーズまたはAPCと一緒に10分間から数日または数週間(またはその間の任意の期間)共培養することにより増殖される。
本開示の特定の態様において、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、当業者に周知の任意数の技術(例えば、Ficoll(登録商標)分離)を用いて被験者から集められた血液単位から取得してもよい。1つの好ましい態様では、個人の循環血からの細胞はアフェレシスによって取得される。アフェレシスは、通常、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および血小板を含むリンパ球を有している。1つの態様では、アフェレシスによって集められた細胞は、洗浄して血漿画分を除去し、その後の処理工程として、任意に、細胞を適切な緩衝液または媒体に配置する。1つの実施形態では、細胞はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で洗浄される。代替実施形態において、洗浄液はカルシウムを含んでいないが、マグネシウムを含んでいなくてもよいし、あるいはその他多くを含んでいなくてもよい(二価の陽イオン全てと言う訳ではない)。
カルシウム欠如状態の最初の活性化工程により、活性化の増大が導かれる。洗浄工程は、当業者に周知の方法、例えば、半自動「流水式」遠心分離(例えば、Cobe2991Cellプロセッサ、Baxter CytoMate、またはHaemonetics Cell Server5)を製造者の指示に従って使用することにより達成できることを当業者は容易に想到するであろう。洗浄後、細胞は、種々の生体適合性の緩衝液、例えば、CaフリーPBS、MgフリーPBS、PlasmaLyte A、または緩衝液を含む、または含まない他の生理食塩水に再懸濁してもよい。あるいは、アフェレシスの望ましくない構成成分を除去し、その細胞を培養媒体に直接再懸濁してもよい。
本出願の方法は、5%未満(例えば2%)のヒトAB血清を含む培養媒体条件を利用でき、周知の培養媒体条件および構成成分、例えば、Smithら、「Ex vivo expansion of human T cell for adoptive immunotherapy using the novel Xeno−free CTS Immune Cell Serum Replacement」Clinical & Translational Immunology (2015)4,e31;doi:10.1038/cti.2014.31に記載の培養媒体条件および構成成分を使用できることは認識されている。
1つの態様において、T細胞は、赤血球を溶解し、例えば、向流延伸溶出法、またはPERCOLL(登録商標)勾配による遠心分離を通して、末梢血単球から単離される。
別の実施形態では、本明細書記載のSIR発現エフェクター細胞は、SIR発現細胞の活性を向上させる物質を更に発現させてもよい。いくつかの実施形態では、その物質は阻害分子を阻害する物質である。阻害剤の非制限的例には、PD−1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、CEACAM(例えば、CEACAM−1、CEACAM−3、および/またはCEACAM−5)、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、およびTGFRβなどが含まれる。斯かる阻害分子を阻害する物質の非制限的例は、配列番号3102〜3107(コード配列の配列番号827〜832)(表8を参照)に提供される。1つの実施形態では、阻害分子を阻害する物質には、第一ポリペプチド、例えば、阻害分子に結合するscFv、VHH、受容体、リガンド断片が含まれ、これは、細胞へ陽性シグナル、例えば、細胞内signal伝達ドメイン、例えば、41BB、CD27、OX40、CD28、Dap10、CD2、CD5、ICAM−1、LFA−1、Lck、TNFR−1、TNFR−II、Fas、CD30、CD40、またはそれれの組み合わせ、および/または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3ζシグナル伝達ドメイン)を提供する第二ポリペプチドと関連付けられている。斯かるポリペプチドを発現する例示的SIRは、配列番号3217〜3219および配列番号3221〜3222に示される。1つの実施形態では、阻害分子を阻害する物質には、第一ポリペプチド、例えば、阻害分子に結合するscFv、VHH、受容体、リガンド断片が含まれ、これは、本明細書記載のT細胞受容体定常鎖(例えば、TCRa、TCRb1、TCRb2、前TCRa、前TCRa-Del48、TCRγ、またはTCRδの定常鎖)と関連付けられている。阻害分子に結合する例示的SIRは、配列番号3572、3573、3574、および3575に示される。
別の実施形態において、本明細書記載のSIR発現細胞は、アクセサリーモジュール、例えば、SIR発現細胞の活性を向上させる物質を更に発現させてもよい。SIR発現細胞の活性を向上させる物質から成るアクセサリーモジュールのいくつかの例が、配列番号3087〜3116(表8)に提供される。例えば、1つの実施形態において、当該物質は、SIR鎖(例えば、CD3ζ、CD3δ、CD3ε、CD3γ、またはそれらの組み合わせ)の発現および/または活性を増大させる物質であってよい。別の実施形態では、当該物質は、SIR発現細胞に共刺激シグナルを提供する物質(例えば、vFLIP K13、vFLIP MC159、cFLIP−L、cFLIP−p22、HTLV1 Tax、HTLV2 Tax、41BB,またはCD28)であってもよい。別の例では、当該物質は、誘発可能なやり方でSIR発現細胞に共刺激シグナルを提供する物質(例えば、FKBPx2−K13、FKBPx2−MC159、FKBPx2−cFLIP、FKBPx2−cFLIP−L、FKBPx2−cFLIP−p22、FKBPx2−HTLV1 Tax、FKBPx2−HTLV2 Tax、FKBPx2−41BBまたはFKBPx2−CD28、Myr−MYD88−CD40−Fv’ −Fvなど)であってもよい。別の実施形態では、当該物質は、SIR発現細胞の増殖または維持を促進するサイトカインまたはケモカイン(例えば、CD40L、IL2、IL−7、IL−15、IL12f、またはIL−21)であってもよい。別の実施形態では、当該物質は、SIR発現細胞の活性を促進する、および/またはSIR発現細胞と相乗作用を引き起こす溶解性の受容体(例えば、sHVEMまたはsHVEM−Alb8−vHH)である。別の実施形態では、当該物質は阻害分子を阻害する物質である。いくつかの実施形態では、阻害分子(例えば、PD1)は、免疫エフェクター応答を開始するSIR発現細胞の機能を減少させる。別の実施形態では、当該物質は、PD1またはCTLA4を標的にするscFvである。PD1またはCTLA4を標的にする例示的scFvは、配列番号3102〜3107に提供される。1つの実施形態では、当該物質は、例えば、PD−1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、CEACAM(例えば、CEACAM−1、CEACAM−3、および/またはCEACAM−5)、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、またはTGFRβなどの阻害分子の第一ポリペプチドまたはそのいずれかの断片(例えば、少なくともそのいずれかの細胞外ドメインの一部)と、本明細書記載の細胞内信号伝達ドメイン(例えば、共刺激ドメイン(例えば、本明細書記載の41BB、CD27、またはCD28)、および/または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、本明細書記載のCD3ζ信号伝達ドメイン))である第二ポリペプチドとを含む。1つの実施形態では、当該物質は、PD1の第一ポリペプチドまたはその断片(例えば、PD1の細胞外ドメインの少なくとも一部)と、本明細書記載の細胞内信号伝達ドメイン(例えば、本明細書記載のCD28信号伝達ドメイン、および/または本明細書記載のCD3ζ信号伝達ドメイン)の第二ポリペプチドとを有する。
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1つの実施形態において、当該物質は、PD1の第一ポリペプチドまたはその断片と、本明細書記載の細胞内信号伝達ドメイン(例えば、CD28、CD27、OX40、または4−IBB信号伝達ドメイン、および/またはCD3ζ信号伝達ドメイン)の第二ポリペプチドとを有する。別の実施形態では、当該物質は、PD1の第一ポリペプチドまたはその断片と、本明細書記載のT細胞受容体定常鎖(例えば、TCRa、TCRb1、TCRb2、前TCRa、前TCRa-Del48、TCRγ、またはTCRδの定常鎖)である第二ポリペプチドとを有する。
1つの実施形態において、本明細書記載のSIR発現エフェクター細胞は、同じまたは異なる標的に対して異なる抗原結合ドメインを有する第二SIRを更に含んでいてもよい。いくつかの実施形態においては、第二SIRは、第一SIRと同じ細胞タイプまたは異なる細胞タイプを標的にしてもよい。
1つの実施形態において、本明細書記載のSIR発現エフェクター細胞は、同じまたは異なる抗原結合ドメインを有するCARであって、任意に、同じまたは異なる抗原を有するCARを更に有していてもよい。いくつかの実施形態において、CARは第一SIRと同じまたはそれとは異なる細胞タイプを標的にしてもよい。CARのいくつかの例における核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号9659〜9854および配列番号9873〜10068に示される。1つの実施形態において、CARは、病気関連抗原と同じ病気細胞タイプ(例えば、癌)で発現する標的への抗原結合ドメインを含んでいる。1つの実施形態では、SIR発現細胞は第一抗原を標的にするSIRを含み、第二の異なる抗原を標的にするCARは、一次シグナル伝達ドメインは有さないが共刺激シグナル伝達ドメインは有する細胞内部シグナル伝達ドメインを含む。理論によって拘束されたくはないが、共刺激シグナル伝達ドメイン、例えば、4−1BB、CD28、CD27、またはOX−40をCARに置くことにより、両方の標的が発現している細胞に対するSIRの活性が調整できるのであろう。1つの実施形態において、SIR発現細胞は、i)本明細書記載の標的抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインと、1つまたは2つのTCR定常鎖とを含む第一病気関連抗原SIRと、ii)異なる標的抗原(例えば、第一標的抗原と同じ病気関連(例えば、癌)で発現する抗原)を標的とし、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、一次シグナル伝達ドメイン、および共刺激ドメインを含むCARとを有する。斯かる構成を有する例示的コンストラクトの核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号983および配列番号3218に示される。斯かるコンストラクトにおけるSIRの抗原結合ドメインは、CD19を標的にするFMC63モノクロナール抗体由来のvLおよびvH断片で構成され、CARの抗原結合ドメインは、PD1の細胞外ドメインで構成される。斯かるコンストラクトにおけるCARの一次信号伝達ドメインは、CD3z細胞質ゾルドメインで構成され、共刺激ドメインは4−1BB細胞質ゾルドメインで構成される。別の実施形態では、SIR発現細胞は、i)本明細書記載の標的抗原に結合する抗原結合ドメインと、1つまたは2つのTCR定常鎖とを含むSIRと、ii)第一標的抗原以外の抗原(例えば、第一標的抗原と同じ癌細胞タイプで発現する抗原)を標的とし、抗原への抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および共刺激ドメインを含むCARとを有する。斯かる構成を有する例示的コンストラクトの核酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号982および配列番号3217に示される。このコンストラクトは、CARがCD3zドメインを欠如している点を除いて、配列番号983に示されるコンストラクトと類似している。更に別の実施形態において、SIR発現細胞は、i)本明細書記載の標的抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインと、1つまたは2つのTCR定常鎖とを含む第一病気関連抗原SIRと、ii)異なる標的抗原(例えば、第一標的抗原と同じ病気関連(例えば、癌)で発現する抗原)を標的とし、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および一次シグナル伝達ドメインを含むが、共刺激ドメインは含まないCARとを有する。
1つの実施形態において、CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内信号伝達ドメイン(例えば、限定されないが、41BB、CD27、OX40、CD28、Dap10、CD2、CD5、ICAM−1、LFA−1、Lck、TNFR−1、TNFR−II、Fas、CD30、CD40、またはそれらの組み合わせからの1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン)、および/または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、限定されないが、CD3ζシグナル伝達ドメイン)を有する。CARを共発現する例示的SIRは、配列番号3217〜3219および配列番号3221〜3222に示される。
1つの実施形態において、SIR発現エフェクター細胞は、本明細書記載のSIRおよび阻害性CARを含む。1つの実施形態において、阻害性CARは、通常の細胞には存在するが癌細胞には存在しない抗原に結合する抗原結合ドメインを有する。1つの実施形態では、阻害性CARは、阻害分子の抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを有する。例えば、阻害性CARの細胞内ドメインは、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、CEACAM(例えば、CEACAM−1、CEACAM−3、および/またはCEACAM−5)、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、またはTGFRβのいずれか1つの細胞内ドメインであってよい。阻害性CARを共発現する例示的SIRポリペプチドは、配列番号3220に示される。このポリププチドの阻害性CARは、LAIT1の細胞質ゾルドメインおよび膜貫通ドメインと融合したCXCR4を標的とするvHHを発現する。
特定の実施形態において、SIR分子の抗原結合ドメインはscFvを有し、CAR分子の抗原結合ドメインはscFvを有さない。例えば、SIR分子の抗原結合ドメインはscFvを有し、CAR分子の抗原結合ドメインはラクダ科動物のVHHドメインを有する。
1つの実施形態において、本開示は、本明細書記載の腫瘍抗原に結合する抗原結合ドメインを含むSIRと、PD1細胞外ドメインまたはその断片を含むCARを発現する免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を提供する。いくつかの実施形態では、細胞は、inhKIR細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン(例えば、KIR膜貫通ドメイン)、およびインヒビター細胞質ドメイン、例えばITIMドメイン(例えば、inhKIR ITIMドメイン)を含む阻害分子を更に有する。1つの実施形態では、阻害分子は、天然のinhKIRと少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、または99%相同性を共有する配列、または天然のinhKIRとはせいぜい1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、または20の残基しか違わない配列、SLAMファミリー細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン(例えば、SLAMファミリー膜貫通ドメイン)、およびインヒビター細胞質ドメイン、例えばSLAMファミリードメイン(例えば、SLAMファミリーITIMドメイン)である。別の実施形態では、阻害分子は、天然のSLAMファミリーメンバー、または天然のSLAMファミリーメンバーと少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、または99%相同性を共有する配列、または天然のSLAMファミリーメンバーとはせいぜい1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、または20の残基しか違わない配列である。
本開示は、SIR分子、SIR分子を発現する細胞、またはSIR分子をコードする核酸を有する細胞を被験者へ投与する工程を含む方法も提供する。1つの実施形態において、被験者は、本明細書記載の疾患を有する(例えば、被験者は、本明細書記載の標的抗原を発現する癌、感染症、アレルギー疾患、変性性疾患、または自己免疫疾患を患っている)。更に1つの実施形態では、被験者は本明細書記載の疾患を患う危険性が増大している(例えば、被験者は、本明細書記載の標的抗原を発現する癌、感染症、アレルギー疾患、変性性疾患、または自己免疫疾患を患う危険性が増大している)。1つの実施形態では、被験者はヒトである。1つの実施形態では、被験者は動物である。更に別の実施形態では、被験者はイヌなどのペット動物である。
本開示は、本明細書記載の病気関連抗原の発現に関連した病気を治療または予防する方法を提供する。
1つの実施形態において、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、標的のX−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供し、この場合、Xは本明細書記載の病気関連抗原を示し、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞は上記X抗原を発現する。表9は、斯かる抗原を標的とするSIRを発現する免疫エフェクター細胞を用いて、予防、阻害、または治療し得る例示的病気の一覧を提供する。
Figure 2020500530
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別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、本明細書記載ののXSIR(またはX−SIR)を発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供し、この場合、癌細胞が抗原標的「X」を発現する。1つの実施形態において、Xは正常細胞でも癌細胞でも発現されるが、正常細胞での発現レベルは低い。1つの実施形態では、当該方法は、本明細書記載のアッセイで測定した場合、XSIRがXを発現する癌細胞に結合しそれを殺すことができる親和性を有してXに結合するSIRであるが、Xを発現する正常細胞はその30%、25%、20%、15%、10%、5%未満しか殺されないSIRを選択する工程を更に含む。例えば、癌細胞を標的にするXSIRを同定するのに、本明細書記載のGluc放出細胞毒性アッセイが使用できる。1つの実施形態では、選択されるSIRは、標的抗原に対して約10−4Mから10−8M、より一般的には10−5Mから10−7M、および典型的には約10−6Mから10−7Mの結合親和性KDを有する抗原結合ドメインを含む。1つの実施形態では、選択された抗原結合ドメインは、参照抗体(例えば、当該SIRの元となった本明細書記載の抗体)よりも少なくとも2倍、5倍、10倍、20倍、30倍、50倍、100倍、または1,000倍少ない結合親和性を有する。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、TCRB1−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供し、この場合、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞はTCRB1(T細胞受容体β1鎖)を発現する。1つの実施形態では、治療または予防対象の病気は癌または免疫疾患である。1つの実施形態では、治療または予防対象の癌はT細胞白血病またはT細胞リンパ腫である。1つの実施形態では、治療または予防対象の免疫疾患は多発性硬化症、関節リウマチ、強直性脊椎炎、炎症性腸疾患、真正糖尿病、移植臓器対個体反応疾患、または自己免疫性甲状腺炎である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、TCRB2−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供し、この場合、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞はTCRB2(T細胞受容体β2鎖)を発現する。1つの実施形態では、治療または予防対象の病気は癌または免疫疾患である。1つの実施形態では、治療または予防対象の癌はT細胞白血病またはT細胞リンパ腫である。1つの実施形態では、治療または予防対象の免疫疾患は多発性硬化症、関節リウマチ、強直性脊椎炎、炎症性腸疾患、真正糖尿病、移植臓器対個体反応疾患、または自己免疫性甲状腺炎である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、T細胞受容体γδ−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供し、この場合、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞はT細胞受容体γδを発現する。1つの実施形態では、治療または予防対象の病気は癌または免疫疾患である。1つの実施形態では、治療または予防対象の癌はT細胞白血病またはT細胞リンパ腫である。1つの実施形態では、治療または予防対象の免疫疾患は多発性硬化症、関節リウマチ、強直性脊椎炎、炎症性腸疾患、真正糖尿病、移植臓器対個体反応疾患、または自己免疫性甲状腺炎である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、CD4−DC−SIGNをコードするSIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの実施形態では、治療または予防対象の病気はHIV1/AIDSである。
別の実施形態では、本開示は、自己免疫疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、自己抗原またはその断片をコードするSIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの実施形態では、自己免疫疾患は、真正糖尿病、関節リウマチ、多発性硬化症、尋常性天疱瘡、腫瘍随伴性天疱瘡、糸球体腎炎、強直性脊椎炎、潰瘍性大腸炎、またはクローン病である。1つの態様において、病気は尋常性天疱瘡であり、SIRの抗原結合ドメインはデスモグレイン3(DSG3)の細胞外ドメインで構成される。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、CD16またはその欠失変異体または点変異体断片をコードする汎用SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を、SIRのCD16ドメインに結合する抗体または抗体断片および病気関連細胞で発現される抗原と一緒に提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、免疫グロブリン結合受容体またはその欠失変異体または点変異体断片をコードする汎用SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。SIR発現免疫エフェクター細胞は、SIRの免疫グロブリン結合ドメインに結合する1つ以上の抗体または抗体断片および病気関連細胞で発現される1つ以上の抗原と一緒に患者へ投与される。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、T細胞定常鎖(例えば、TCRαの定常鎖)に結合した免疫グロブリン結合受容体またはその欠失変異体または点変異体断片をコードする汎用SIR、およびT細胞定常鎖(例えば、TCRβの定常鎖)に結合した抗原結合ドメイン(例えば、scFv、vHH、vL、vH、または非免疫グロブリン抗原結合ドメイン)の両方を発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。SIR発現免疫エフェクター細胞は、第一SIRの免疫グロブリン結合ドメインに結合する1つ以上の抗体または抗体断片および病気関連細胞で発現される1つ以上の抗原と一緒に 患者へ投与される。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、免疫グロブリン受容体またはその欠失変異体または点変異体断片をコードする汎用SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を、上記受容体に結合する1つ以上の抗体または抗体断片および病気関連細胞で発現される1つ以上の抗原と一緒に提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、T細胞定常鎖に結合したCD16またはその欠失変異体または点変異体(例えば、V158変異体)断片をコードする汎用SIR、およびT細胞定常鎖に結合した抗原結合ドメイン(例えば、scFv、vHH、vL、vH、または非免疫グロブリン抗原結合ドメイン)をコードするSIRの両方を発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。SIR発現免疫エフェクター細胞は、SIRのCD16ドメインに結合する1つ以上の抗体または抗体断片および病気関連細胞で発現される1つ以上の抗原と一緒に 患者へ投与される。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、CD16またはその欠失変異体または点変異体断片(例えば、V158変異体)をコードする汎用SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を、SIRのCD16ドメインに結合する1つ以上の抗体または抗体断片および病気関連細胞で発現される1つ以上の抗原と一緒に提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、NKG2Dまたはその欠失変異体または点変異体断片をコードするSIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、CD19SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様において、病気は免疫疾患またはアレルギー疾患である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、CD20SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様において、病気は免疫疾患またはアレルギー疾患である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、CD22SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様において、病気は免疫疾患またはアレルギー疾患である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、FITC−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を、病気関連細胞で発現される抗原に結合するFITC標識抗体、抗体断片、受容体、リガンド、または非免疫グロブリンスカフォールドと一緒に提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、形質細胞、B細胞、またはT細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、アビジンSIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を、病気関連細胞で発現される抗原に結合するビオチン標識抗体、抗体断片、受容体、リガンド、または非免疫グロブリンスカフォールドと一緒に提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、または形質細胞である。
別の実施形態では、本開示は、癌、感染症、自己免疫疾患、またはアレルギー疾患を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、Streptag−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を発生し得る幹細胞を、病気関連細胞で発現される抗原に結合するStreptag含有抗体、抗体断片、受容体、リガンド、または非免疫グロブリンスカフォールドと一緒に提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様では、病気関連細胞は癌細胞、感染細胞、または形質細胞である。
別の実施形態では、本開示は、病気を治療または予防する方法であって、それを必要とする被験者へ、抗原結合ドメインがIgEに結合する抗体または抗体断片で構成されるIgE−SIRを発現するように改変された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を提供することにより、病気を治療または予防する方法を提供する。1つの態様において、病気は免疫疾患またはアレルギー疾患である。
別の実施形態において、本開示は、PD1SIR(抗原結合ドメインとしてPD1の細胞外ドメインを含むSIR)を用いてインビボで被験者を治療することにより、癌性腫瘍の増殖を抑制することに関係している。例示的PD1−SIRの核酸配列は配列番号1337で示される。PD1SIRだけを使用して癌性腫瘍の増殖を抑制してもよい。あるいは、PD1SIRは、他のSIR、CAR、免疫源、標準の癌治療、または他の抗体と併用されてもよい。1つの実施形態において、被験者は、本明細書記載のPD1SIRおよびXSIRで治療される。別の実施形態では、PD1SIRは、別のSIRまたはCAR(例えば、本明細書記載のSIRまたはCAR)およびキナーゼ阻害剤(例えば、本明細書記載のキナーゼ阻害剤)と一緒に使用される。
別の実施形態において、本開示は、XSIRおよびPD1−CARまたはCTL4−CARを用いてインビボで被験者を治療することにより、癌性腫瘍の増殖を抑制することに関係している。1つの実施形態において、被験者は、本明細書記載のPD1−CARまたはCTLA4−CARおよびXSIRで治療される。PD1−CARおよびXSIR(例えば、CD19−SIR)をコードする例示的コンストラクトの核酸配列は、配列番号982−984に示される。CTLA4−CARおよびXSIR(例えば、CD19−SIR)をコードする例示的コンストラクトの核酸配列は、配列番号986−987で提供される。別の実施形態では、PD1−CARは、別のSIRまたはCAR(例えば、本明細書記載のSIRまたはCAR)およびキナーゼ阻害剤(例えば、本明細書記載のキナーゼ阻害剤)と一緒に使用される。1つの実施形態では、XSIRはPD1−CARまたはCTL4−CARと併用される。
別の態様では、被験者を治療する方法、例えば、被験者の増殖過剰疾患または症状(例えば、癌)、例えば、固形腫瘍、柔組織腫瘍、血液癌、または転移巣を減少させる、または改善する方法が提供される。本明細書で使用される場合、「癌」と言う用語は、組織病理学的タイプまたは侵襲段階とは無関係に、あらゆるタイプの癌性増殖、発癌過程、転移組織、または悪性変質細胞、組織、または器官を包含することを意味する。例示的固形腫瘍には、悪性腫瘍、例えば、種々の器官組織(例えば、罹病している乳房、肝臓、肺、脳、リンパ管、消化器(例えば、結腸)、尿生殖器(例えば、腎臓、尿路上皮細胞)、前立腺、および咽頭)の腺癌、肉腫、および癌腫が含まれる。腺癌には、ほとんどの結腸癌、直腸癌、腎臓細胞癌腫、肝臓癌、肺の非小細胞癌腫、小腸の癌、および食道の癌などの癌が含まれる。1つの実施形態では、癌は黒色腫(例えば、進行段階の黒色腫)である。上記癌の転移巣も、本開示の方法および組成物を用いて治療または予防できる。治療または予防可能な他の癌の例には、膵臓癌、骨癌、皮膚癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、頭頚部の癌、肛門領域の癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管の癌腫、子宮内膜の癌腫、子宮頚部の癌腫、膣の癌腫、外陰部の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、食道の癌、小腸の癌、内分泌系の癌、甲状腺の癌、副甲状腺の癌、副腎の癌、柔組織の肉腫、尿道の癌、陰茎の癌、慢性または急性の白血病(急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ芽球性白血病を含む)、小児の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌、腎臓または尿管の癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管形成、脊髄軸腫瘍、脳幹グリオーマ、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、環境因子による癌(アスベストによって引き起こされる癌を含む)、および上記癌の組み合わせが含まれる。転移性癌(例えば、PD−L1を発現する転移性癌(Iwaiら、(2005)Int. Immunol. 17:133−144))の治療も、本明細書記載の抗体分子を用いることにより効果を上げることができる。
増殖を抑制可能な例示的癌には、免疫療法に典型的に応答する癌が含まれる。治療対象の癌の非制限的な例には、腎臓癌(例えば、明細胞癌)、黒色腫(例えば、転移性悪性黒色腫)、乳癌、前立腺癌(例えば、ホルモン療法抵抗性前立腺腺腫)、結腸癌、および肺癌(例えば、非小細胞肺癌)などが含まれる。加えて、再発性または抵抗性の悪性腫瘍も、本明細書記載の分子を用いて治療可能である。
1つの実施形態において、本開示は、哺乳類の免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)、または免疫エフェクター細胞を生じ得る幹細胞の発現用プロモーターに作動可能にリンクされたSIRを有するベクターに関係する。1つの態様では、本開示は、本明細書記載の癌関連抗原を発現する癌の治療または予防に使用される本発明のSIRを発現する、組換え免疫エフェクター細胞を提供する。1つの態様において、本開示のSIR発現細胞は、表面で発現した少なくとも1つの癌関連抗原を有する腫瘍細胞と接触できるので、SIR発現細胞が癌細胞を標的とし、癌の増殖を抑制できるようになる。1つの態様では、本開示は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する病気の治療または予防に使用される本発明のSIRを発現する、組換え免疫エフェクター細胞を提供する。1つの態様において、本開示のSIR発現細胞は、表面で発現した少なくとも1つの癌関連抗原を有する病気を引き起こす細胞または病気関連細胞と接触できるので、SIR発現細胞が病気を引き起こす細胞または病気関連細胞を標的とし、その病気の増殖を抑制できるようになる。
1つの実施形態において、本開示は、病気(例えば、癌、自己免疫疾患、感染症、アレルギー疾患、または変性性疾患)の成長を抑制する方法に関しており、当該方法は、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞を本発明のSIR発現細胞と接触させる工程を含んでいるので、SIRTは抗原に応答して活性化され、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞を標的とし、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞の成長が抑止される。1つの態様では、本開示は、病気を予防する方法に関しており、SIR発現細胞または本発明のSIR発現細胞を生成可能な細胞を病気のリスクを抱えている患者に投与する工程を含んでいるので、SIRTは抗原に応答して活性化され、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞を標的とし、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞の成長が防止される。1つの態様では、当該病気は癌、感染症、免疫疾患、アレルギー疾患、または変性性疾患である。
別の実施形態では、本開示は、被験者の癌を治療する方法に関する。当該方法は、被験者の癌が治療されるように、本発明のSIR発現細胞をその被験者に投与する工程を含む。1つの態様では、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した癌は血液癌である。1つの態様では、血液癌は白血病またはリンパ腫である。1つの態様では、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した癌には、限定されないが、例えば、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、前B細胞急性リンパ球性白血病、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、急性リンパ性白血病(ALL)、1つ以上の慢性白血病(限定されないが、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病(CLL)が含まれる)が含まれる。本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した追加の癌または血液症状には、限定されないが、例えば、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性症状、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、前白血病(骨髄性血液細胞などの非効果的生成(異形成)によって統合された血液学的症状の種々の集まり)などが含まれる。更に、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した病気には、限定されないが、例えば、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した、非定型的および/または非典型的癌、悪性腫瘍、前癌症状、増殖性疾患などが含まれる。
更に別の実施形態では、本開示は被験者の病気を治療する方法に関する。当該方法は、被験者の病気が治療されるように、本発明のSIR発現細胞を被験者へ投与する工程を含む。1つの態様では、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した病気は感染症である。1つの態様では、感染症は、HIV1、HIV2、HTLV1、エプスタインバーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス(CMV)、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、BKウイルス、ヒトヘルペスウイルス6型、ヒトヘルペスウイルス8型、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス、パラインフルエンザウイルス、鳥インフルエンザウイルス、MERSおよびSARSコロナウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ライノウイルス、エンテロウイルス、デング熱ウイルス、ウェストナイルウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、ラッサ熱ウイルス、ジカウイルス、RSV、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、ライノウイルス、水痘ウイルス、単純ヘルペスウイルス1および2、水痘帯状疱疹ウイルス、HIV−1、HTLV1、肝炎ウイルス、エンテロウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、ニパおよびリフトバレー熱ウイルス、日本脳炎ウイルス、結核菌、異型マイコバクテリア種、ニューモシスチスジロベシ、トキソプラズマ症、リケッチャー、ノカルディア、アスペルギルス、ムコール、およびカンジダなどによる感染に関連した病気である。
更に別の実施形態では、本開示は被験者の病気を治療する方法に関する。当該方法は、被験者の病気が治療されるように、本発明のSIR発現細胞を被験者へ投与する工程を含む。1つの態様では、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した病気は免疫疾患、アレルギー疾患、または変性性疾患である。1つの態様では、免疫疾患または変性性疾患は、真正糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ、尋常性天疱瘡、強直性脊椎炎、橋本甲状腺炎、SLE、サルコイドーシス、強皮症、混合性結合組織病、移植臓器対個体反応疾患、ピーナッツアレルギー、HLH(食血細胞性リンパ球組織球形成症)、アミロイドーシス、またはアルツハイマー病である。
いくつかの実施形態では、本発明のSIR発現細胞で治療または予防可能な癌は多発性骨髄症である。多発性骨髄症は、骨髄に形質細胞クローンが集積する特徴を有する癌である。多発性骨髄症の現在の治療は、限定されないが、サリドマイドの類似体であるレナリドマイドでの治療を含む。レナリドマイドは、抗腫瘍活性、血管新生阻害、および免疫調節の活性を有している。一般的に、骨髄細胞は、フローサイトメトリーによっては、本明細書記載の癌関連抗原CD19には陰性であると考えられている。従って、いくつかの実施形態では、例えば本明細書記載のようなCD19SIRは、骨髄細胞を標的にするのに使用できる。いくつかの実施形態では、本発明の療法のSIRは、1つ以上の追加の療法、例えば、レナリドマイド治療と併用してもよい。本発明記載の他のSIR、例えば、BCMA−SIR、CD138−SIR、CSI−SIR、GPRC5D−SIRなども、多発性骨髄腫の治療または予防に使用できる。
本開示はある種の細胞療法を含んでおり、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはT細胞を生じる幹細胞)が合成抗原受容体(SIR)を発現するように遺伝子組換えが行われており、SIR発現T細胞または幹細胞は、それを必要としているレシピエントへ注入される。注入された細胞は、そのレシピエントの病気関連細胞(例えば、腫瘍細胞またはウイルス感染細胞)を殺すことができる。SIR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、幹細胞)は、SIR抗体療法と異なりインビボで複製できるので、長期間維持され、長期的な腫瘍管理をもたらす。種々の態様において、患者へ投与された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはT細胞を生成可能な幹細胞)またはその後代は、T細胞または幹細胞を患者へ投与後、少なくとも4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月、17か月、18か月、19か月、20か月、21か月、22か月、23か月、2年、4年、または5年、患者の中で維持される。
本開示はある種の細胞療法を含んでおり、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)が合成抗原受容体(SIR)を一時的に発現するようにインビトロ転写RNAによって修飾されており、SIRT細胞は、それを必要としているレシピエントへ注入される。注入された細胞は、そのレシピエントの病気関連細胞(例えば、腫瘍細胞またはウイルス感染細胞)を殺すことができる。従って、種々の態様において、患者へ投与された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、T細胞を患者へ投与後、1か月未満、例えば、3週間、2週間、1週間存在する。
本開示はある種の細胞療法を含んでおり、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を生じ得る幹細胞(例えば、造血器幹細胞、リンパ球幹細胞、胚性幹細胞、または人工多能性幹細胞)は合成抗原受容体(SIR)を発現するように修飾され、それを必要とするレシピエントへ投与される。投与された幹細胞は、レシピエントへの移植後、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)を生じ、それ(すなわち免疫エフェクター細胞)は、レシピエントの病気関連細胞を殺すことができる。従って、種々の態様において、SIR発現幹細胞を投与後に患者内で生成される免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、T細胞または幹細胞を患者へ投与後、少なくとも1週間、2週間、3週間、1か月、2か月、3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月、17か月、18か月、19か月、20か月、21か月、22か月、23か月、2年、3年、4年、5年、10年、または20年、患者の中で維持される。更に、本開示はある種の細胞療法を含んでおり、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞を生じ得る幹細胞が合成抗原受容体(SIR)を発現するように修飾され、インビトロで分化されることにより免疫エフェクター細胞が生成され、それが治療を必要とするレシピエントへ注入されるる。注入された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、レシピエントへ注入後、レシピエント内の病気関連細胞を殺すことができる。従って、種々の態様において、患者へ投与された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、少なくとも1日、2日、3日、4日、5日、6日、1週間、2週間、3週間、1か月、2か月、3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月、17か月、18か月、19か月、20か月、21か月、22か月、23か月、2年、3年、4年、5年、10年、または20年、患者の中で維持される。
更に本開示は、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)が、自己抗原(例えば、Dsg3またはDsg1)をコードするSIRを発現するように修飾される、ある種の細胞療法も含んでいる。本開示の斯かる自己抗原発現SIRは、自己抗原に対して自己抗体を発現するB細胞および形質細胞を根絶するのに使用できる。斯かる自己抗原SIRは、尋常性天疱瘡などの自己免疫疾患の治療および予防に使用できる。
更に本開示は、制御免疫エフェクター細胞(例えば、TREGまたはCD25+T細胞)が、特定の抗原を標的にするSIRを発現するように修飾される、ある種の細胞療法も含んでいる。斯かるSIR−TREGは、特定の抗原に対する免疫応答を抑制するため、患者へ投入される。SIR−TREGは、自己免疫疾患を予防および治療し、免疫寛容を向上させるのに使用できる。特定の理論によって拘束されるつもりはないが、SIR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)によって誘発される抗腫瘍免疫応答は、能動免疫応答の場合もあるし、受動免疫応答の場合もあるし、あるいは直接免疫応答の場合もあるし、間接免疫応答の場合もあるからであろう。1つの態様では、SIR形質導入された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、本明細書記載の病気関連抗原を発現するヒト病気細胞に応答して、特定の炎症誘発性サイトカイン分泌および強力な細胞溶解活性を示し、本明細書記載の可溶性病気関連抗原に抵抗し、バイスタンダー効果を仲介し、癌を含むヒトの既存の病気の緩解を仲介する。例えば、本明細書記載の癌関連抗原の不均一場内において腫瘍を発現する抗原の少ない腫瘍細胞は、隣接する抗原陽性癌細胞に対して以前に反応した、本明細書記載の癌関連抗原/リダイレクトされた免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)によって、間接的な破壊を受けやすくなるのかもしれない。
1つの態様において、本開示の完全ヒトSIR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、哺乳動物におけるエクスビボ免疫処置および/またはインビボ療法用のある種のワクチンであってもよい。1つの態様において、哺乳動物はヒトである。1つの態様において、哺乳動物はイヌである。
エクスビボ免疫処置に関して、細胞を哺乳動物へ投与する前に、以下のうちの少なくとも1つがインビトロで行われる。i)細胞の増殖、ii)SIRをコードする核酸を細胞へ導入する工程、およびiii)細胞の冷凍保存。
エクスビボ処置は当業界で周知であり、以下に更に詳細に記載される。要約すると、細胞は哺乳動物(例えば、ヒト)から単離され、本明細書開示のSIRを発現するベクターで遺伝子組換えされる(すなわちインビトロで形質導入またはトランスフェクションされる)。SIR修飾細胞は、治療効果を提供するため、哺乳類のレシピエントに投与されてもよい。哺乳類のレシピエントはヒトであってもよいし、SIR修飾細胞はレシピエントに関して自己由来であってもよい。あるいは、細胞はレシピエントに関して同種であっても、同系であっても、異種であってもよい。
別の実施形態において、SIR修飾細胞は、骨髄または病気関連細胞(例えば、癌細胞)の末梢血造血器幹細胞から不純物を除去するためにエクスビボで使用される。例えば、骨髄または末梢血幹細胞調製物に存在する白血病細胞またはリンパ腫細胞を駆除するため、CD19−SIRを発現するT細胞が、急性リンパ球性白血病または非ホジキンリンパ腫の患者から得られた骨髄または末梢血幹細胞と一緒に共培養される。適切なインビトロ(エクスビボ)培養期間(6時間から数日であってよい)後、上記浄化された骨髄および末梢血試料は、患者の自家移植で使用される。
造血器幹細胞および前駆細胞のエクスビボ増殖方法は、本明細書に参照として援用される米国特許第5,199,942号に記載されており、本発明の細胞に適用可能である。他の適切な方法は当業界で周知であるので、本発明は、細胞のエクスビボ増殖の特定の方法に限定されない。簡略に述べると、(1)哺乳動物の末梢血採取物または骨髄外植片からCD34+造血器幹細胞および前駆細胞を集め、(2)斯かる細胞をエクスビボで増殖させる。米国特許第5,199,942号記載の細胞増殖因子に加えて、細胞の培養および増殖には、flt−3、IL−1、IL−3、およびc−Kitリガンドなどの他の因子を用いてもよい。
エクスビボ免疫化のために細胞ベースのワクチンを使用することに加え、患者の抗原に向けられた免疫応答を誘発するため、本発明はインビボ免疫化のための組成物および方法も提供する。
一般的に、本明細書記載の方法で活性化および増殖された細胞は、易感染性の個人に生じる病気の治療および予防に利用されてもよい。特に、本開示のSIR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、本明細書記載の病気関連抗原(例えば、癌抗原またはウイルス抗原)の発現に関連する病気、疾患、および症状の治療に使用される。特定の態様において、本開示の細胞は、本明細書記載の病気関連抗原の発現に関連する病気、疾患、および症状を訴える危険性のある患者の治療に使用される。従って、本開示は、本明細書記載の病気関連抗原の発現に関連する病気、疾患、および症状の治療および予防の方法を提供し、その方法は、本開示の免疫エフェクター細胞を生成可能な、治療的に有効量のSIR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)または幹細胞を、それを必要とする被験者に投与する工程を含む。
1つの態様において、本開示のSIR発現細胞は、癌や悪性腫瘍などの増殖性疾患、または骨髄異形成、骨髄異形成症候群、前白血病などの前癌症状を治療するのに使用されてもよい。更に、本明細書記載の癌関連抗原に関連した病気には、限定されないが、例えば、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した、非定型的および/または非典型的癌、悪性腫瘍、前癌症状、増殖性疾患などが含まれる。本明細書記載の病気関連細胞の発現に関連した非癌関連適応症には、限定されないが、例えば、自己免疫疾患(例えば、狼瘡)、炎症性疾患(アレルギーおよび喘息)、感染症状(例えば、HIV1、CMV、EBV、インフルエンザ)、移植などが含まれる。
本開示のSIR修飾免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)は、単独で投与されてもよいし、医薬組成物として、希釈液との併用で、および/または他の構成成分(例えば、IL−2、または他のサイトカインまたは細胞母集団)と一緒に投与されてもよい。
血液癌の症状は、血液、骨髄、およびリンパ系に影響を及ぼす白血病、リンパ腫、悪性リンパ増殖性症状などのタイプの癌である。
白血病は、急性白血病と慢性白血病に分類できる。急性白血病は、急性骨髄性白血病(AML)および急性リンパ性白血病(ALL)に更に分類できる。慢性白血病は、慢性骨髄性白血病(CML)および慢性リンパ性白血病(CLL)を含む。他の関連症状には、 骨髄性血液細胞およびAMLへの変化などの非効果的生成(異形成)によって統合された血液学的症状の種々の集まりである、骨髄異形成症候群(MDS、「前白血病」として以前は知られていた)が含まれる。
リンパ腫は、リンパ球から生じる血液細胞腫瘍の1グループである。例示的リンパ腫には、非ホジキンリンパ腫およびホジキンリンパ腫が含まれる。
本発明は、癌の治療および予防のための組成物および方法を提供する。1つの態様では、癌は血液癌であり、その中には、限定されないが、白血病およびリンパ腫が含まれる。1つの態様では、本開示のSIR発現細胞は、癌および悪性腫瘍、例えば、限定されないが、急性白血球、例えば、限定されないが、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、急性リンパ性白血病(ALL))、1つ以上の慢性白血病、例えば、限定されないが、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性リンパ性白血病(CLL)、追加の血液癌または血液症状、例えば、限定されないが、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性症状、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および「前白血病」(骨髄性血液細胞などの非効果的生成(異形成)によって統合された血液学的症状の種々の集まり)などを治療するのに使用してもよい。更に、本明細書記載の癌関連抗原の発現に関連した病気には、限定されないが、例えば、本明細書記載の癌関連抗原を発現する、非定型的および/または非典型的癌、悪性腫瘍、前癌症状、増殖性疾患などが含まれる。
本開示は、本明細書記載の癌関連抗原を発現する細胞母集団の増殖を阻害する、または斯かる細胞母集団を減少させる方法も提供し、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞を含む細胞の母集団を、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞と接触させる工程を有している。特定の態様において、本発明は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する病気細胞の母集団の増殖を阻害する、または斯かる細胞母集団を減少させる方法も提供し、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する癌細胞母集団を、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞と接触させる工程を有している。1つの態様において、本発明は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する病気細胞の母集団の増殖を阻害する、または斯かる細胞母集団を減少させる方法も提供し、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する病気細胞母集団を、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞と接触させる工程を有している。特定の態様において、本開示のSIR発現T細胞は、陰性対照と比較して、骨髄白血病または本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に関連した別の病気を患う被験者または動物モデルにおける細胞および/または病気細胞の量、数、またはパーセントを、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも65%、少なくとも75%、少なくとも85%、少なくとも95%、または少なくとも99%減少させる。1つの態様において、被験者はヒトである。1つの態様において、病気は癌、感染症、免疫疾患、アレルギー、または変性性疾患である。
本開示は、本明細書記載の病気関連抗原に関連した病気(例えば、本明細書記載の病気関連抗原を発現する、血液癌、非定型的癌、感染症、免疫疾患、アレルギー疾患、または変性性疾患)を予防、治療、および/または管理する方法も提供し、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞を、治療を必要とする被験者に投与する工程を含んでいる。1つの態様において、被験者はヒトである。本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に関連した疾患の非限定的例には、自己免疫疾患(例えば、狼瘡)、炎症性疾患(アレルギーおよび喘息)、感染症(例えば、HIV1、HTLV1、インフルエンザ、CMV、アデノウイルス、EBV、およびHHV8)、および癌(例えば、本明細書記載の癌関連抗原を発現する血液癌または非定型的癌)が含まれる。
本開示は、本明細書記載の病気関連抗原に関連した病気を予防、治療、および/または管理する方法も提供し、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞を、治療を必要とする被験者に投与する工程を含んでいる。1つの態様において、被験者はヒトである。
本開示は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に関連した病気の再発を予防する方法も提供し、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞を、治療を必要とする被験者に投与する工程を含んでいる。1つの態様において、被験者はヒトである。1つの態様において、当該方法は、本明細書記載の病気関連抗原を発現する細胞に結合する本開示のSIR発現T細胞の有効量を、別の療法の有効量と組み合わせて、治療を必要とする被験者に投与する工程を含んでいる。
本開示は、標的抗原の発現に関連した病気、または斯かる病気のリスクが増大している被験者を治療する方法、または斯かる病気を予防する方法も提供し、当該方法は、SIR分子を有する有効量の細胞を被験者へ投与する工程を含む。
本開示は、標的抗原の発現に関連した病気、または斯かる病気のリスクが増大している被験者を治療する方法、または斯かる病気を予防する方法も提供し、当該方法は、SIR分子を有する有効量の細胞(例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、免疫エフェクター細胞の母集団))を被験者へ投与する工程を含み、SIR分子は1つ以上の抗原結合ドメインと、1つ以上のT細胞受容体定常鎖とを有しており、上記抗原結合ドメインは病気関連の標的抗原に結合する。
本開示は、有効量の細胞、例えば、免疫エフェクター細胞またはその母集団(各細胞がSIR分子を含んでいる)を、任意に免疫細胞の効果および/または安全性を向上させる物質と併用して被験者へ投与する方法を提供する。種々の実施形態において、免疫細胞の効果および/または安全性を向上させる物質は、(i)プロテインホスファターゼ阻害剤、(ii)キナーゼ阻害剤、(iii)サイトカイン、(iv)免疫阻害分子の阻害剤、(v)TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる物質、(vi)SIR修飾細胞の増殖および/または維持を増大させる物質、(vii)ケモカイン、(viii)SIRの発現を増大させる物質、(ix)SIRの発現または活性の調整を可能とする物質、(x)SIR修飾細胞の生存および/または維持の制御を可能にする物質、(xi)SIR修飾細胞の副作用を制御する物質、(xii)Brd4阻害剤、(xiii)病気部位に治療薬(例えば、sHVEM)または予防薬を送達する物質、(xiv)SIRが標的とする標的抗原の発現を増大させる物質、(xv)アデノシンA2a受容体アンタゴニスト、(xvi)(i)〜(xv)の任意の組み合わせから成る群から選択される。
いくつかの実施形態において、治療または予防対象の病気は血液癌である。更なる実施形態では、血液癌は白血病である。対象となるのは、急性白血球、例えば、限定されないが、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、急性リンパ性白血病(ALL))、1つ以上の慢性白血病、例えば、限定されないが、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性リンパ性白血病(CLL)、追加の血液癌または血液症状、例えば、限定されないが、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性症状、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および「前白血病」(骨髄性血液細胞の非効果的生成(異形成)によって統合された血液学的症状の種々の集まり)、本明細書記載の腫瘍抗原の発現に関連する病気、例えば、限定されないが、本明細書記載の腫瘍抗原を発現する、非定型的および/または非典型的癌、悪性腫瘍、前癌症状、または増殖性疾患、および上記の任意の組み合わせである。別の実施形態では、本明細書記載の腫瘍抗原に関連した病気は固形腫瘍である。
いくつかの実施形態では、病気関連の腫瘍抗原は、CD5、CD19、CD123、CD22、CD23、CD30、CD171、CS−1、CLL−1(CLECL1)、CD33、EGFRviii、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL−13Ra2、メソテリン、IL−11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、ルイスY、CD24、PDGFRβ、SSEA−4、CD20、葉酸受容体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、プロスターゼ、PAP、ELF2M、エフリンB2、FAP、IGF−I受容体、CA1X、LMP2、gp100、bcr−ab1、チロシナーゼ、EphA2、フコシルGM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、o−アセチル−GD2、葉酸受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、TSHR、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY−BR−1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY−ES0−1、LAGE−1a、MAGE−A1、MAGE A1、ETV6−AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie2、MAD−CT−1、MAD−CT−2、Fos関連抗原1、p53、p53変異体、プロスタイン、サバイビンおよびテロメラーゼ、PCTA−1/ガレクチン8、MelanA/MART1、Ras変異体、hTERT、肉腫転座切断点、ML−IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、MYCN、RhoC、TRP−2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY−TES1、LCK、AKAP−4、SSX2、RAGE−1、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2、レグマイン、HPV E6、E7、腸由来カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70−2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、FCRL5、IGLL1、MPL、FITC、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRα4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、CCR4、GD3、GLYPICAN−3(GPC3)、SLAMF6、SLAMF4、HTLV1−Tax、EBV−EBNA3c、HLA、HLA−A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、TNT抗体認識抗原、TSHR、CD171、CS−1、CLL−1、GD3、Tn Ag、FLT3、CD38、CD44v6、急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血器前駆細胞では発現しない糖タンパク化CD43エピトープ、非造血器癌で発現する糖タンパク化CD43エピトープ、B7H3、KIT、IL−13Ra2、IL−IIRa、PSCA、PRSS21、VEGFR2、ルイスY、CD24、PDGFRβ、SSEA−4、MUC1、EGFR、NCAM、CAIX、LMP2、EphA2、フコシルGM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、O−アセチル−GD2、葉酸受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY−BR−1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、ETV6−AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie2、MAD−CT−1、MAD−CT−2、Fos関連抗原1、p53変異体、hTERT、肉腫転座切断点、ML−IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、MYCN、RhoC、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY−TES1、LCK、AKAP−4、SSX−2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、IGLL1、TSHR、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY−BR−1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、およびOR51E2から選択される。
いくつかの実施形態において、治療対象の病気は感染症であり、感染症は、例えば、限定されないが、HIV1、HIV2、HTLV1、エプスタインバーウイルス、BKウイルス、ヒトヘルペスウイルス6型、ヒトヘルペスウイルス8型インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、鳥インフルエンザウイルス、MERSおよびSARSコロナウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ライノウイルス、エンテロウイルス、デング熱ウイルス、ウェストナイルウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、ラッサ熱ウイルス、ジカウイルス、RSV、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、ライノウイルス、水痘ウイルス、単純ヘルペス1型および2型、水痘帯状疱疹ウイルス、HIV−1、HTLV1、肝炎ウイルス、エンテロウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、ニパおよびリフトバレー熱ウイルス、日本脳炎ウイルス、結核菌、不定型マイコバクテリア種、ニューモシスチスジロベシ、トキソプラズマ症、リケッチャー、ノカルディア、アスペルギルス、ムコール、およびカンジダによる感染症である。斯かる病気において、病気関連の標的抗原は、HIV1外皮糖タンパク質、HIV1−gag、HTLV1−Tax、CMV pp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、およびGADから選択される。
本開示の方法および組成物で治療または予防される病気は、免疫疾患または変性性疾患、例えば、真正糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ、尋常性天疱瘡、強直性脊椎炎、橋本甲状腺炎、SLE、サルコイドーシス、強皮症、混合性結合組織病、移植臓器対個体反応疾患、またはアルツハイマー病であってよい。斯かる実施形態において、病気関連の標的抗原は自己抗体である。SIRの適切な標的である例示的自己抗体は、Dsg3またはDsg1に対する自己抗体である。
標的抗原の発現に関連した病気の更なる非制限的な例には、以下の癌またはその関連症状、すなわち、結腸癌、直腸癌、腎臓細胞癌腫、肝臓癌、肺の非小細胞癌腫、小腸の癌、食道の癌、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頚部の癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門領域の癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管の癌腫、子宮内膜の癌腫、子宮頚部の癌腫、膣の癌腫、外陰部の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系の癌、甲状腺の癌、副甲状腺の癌、副腎の癌、柔組織の肉腫、尿道の癌、陰茎の癌、小児の固形腫瘍、膀胱の癌、腎臓または尿管の癌、腎盂の癌腫、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管形成、脊髄軸腫瘍、脳幹グリオーマ、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、環境因子による癌、上記癌の組み合わせ、および上記癌の転移巣のうちのいずれかが含まれる。
本明細書記載の方法または使用に関する特定の実施形態において、SIR分子は、免疫エフェクター細胞の効果を増大させる物質、例えば、プロテインホスファターゼ阻害剤、キナーゼ阻害剤、サイトカイン、ケモカイン、scFv断片、二重特異性抗体、免疫阻害分子の阻害剤、細胞シグナル伝達タンパク質、ウイルスシグナル伝達タンパク質、またはTREG細胞のレベルまたは活性を減少させる物質と併用して投与される。プロテインホスファターゼ阻害剤の非制限的な例には、SHP−1阻害剤、および/またはSHP−2阻害剤が含まれる。キナーゼ阻害剤の非制限的な例には、CDK4阻害剤、CDK4/6阻害剤(例えば、パルボシクリブ)、BTK阻害剤(例えば、イブルチニブまたはRN−486)、mTOR阻害剤(例えば、ラパマイシンまたはエベロリムス(RAD001))、MNK阻害剤、または重複P13K/TOR抑制剤が含まれる。1つの実施形態では、BTK阻害剤は、インターロイキン−2−誘導可能キナーゼ(ITK)のキナーゼ活性を減少したり、抑制したりしない。A2a受容体アンタゴニストの非制限的な例には、Vipadenantが含まれる。いくつかの実施形態では、免疫阻害分子を阻害する物質は、阻害分子の発現を阻害する抗体、抗体断片、阻害性核酸、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート(CRISPR)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)のうちの1つ以上であってよい。本明細書記載の方法または使用の他の実施形態において、TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる物質は、シクロホスファミド、抗GITR抗体、CD25枯渇、またはそれらの組み合わせから選択される。本明細書記載の方法または使用の特定の実施形態において、免疫阻害分子は、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、CEACAM−3、およびCEACAM−5から成る群から選択される。他の実施形態では、サイトカインは、IL2、IL−7、IL−15および/またはIL−21から選択される。他の実施形態では、SIR分子を含む免疫エフェクター細胞および第二、例えば、本明細書記載の任意の併用療法(例えば、免疫エフェクター細胞の効果を増大する物質)は、実質的に同時または連続的に投与される。
他の実施形態において、阻害分子を阻害する物質は、阻害分子またはその断片を含む第一ポリペプチドと、陽性シグナルを細胞へ提供する第二ポリペプチドとを有しており、第一および第二ポリペプチドはSIR含有免疫細胞で発現されるが、(i)第一ポリペプチドは、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、CEACAM−3、およびCEACAM−5、またはそれらの断片を有し、および/または(ii)第二ポリペプチドは、一次信号伝達ドメインおよび/または共刺激信号伝達ドメインを含む細胞内信号伝達ドメインを有する。1つの実施形態では、一次信号伝達ドメインはCD3ζの機能ドメインを有し、および/または共刺激信号伝達ドメインは41BB、CD27、およびCD28から選択されるタンパク質の機能ドメインを有する。
1つの実施形態において、リンパ球注入(例えば、同種リンパ球注入)は、癌、感染症、または免疫疾患の治療に使用されるが、その場合、リンパ球注入は、本開示の少なくとも1つのSIR発現細胞を含む。1つの実施形態において、自家リンパ球注入が癌、感染症、または免疫疾患の治療に使用されるが、その場合、自家リンパ球注入は、本明細書記載の少なくとも1つのSIR発現細胞を含む。
1つの実施形態において、当該方法は、SIR発現細胞の活性を向上させる物質と併用して、本明細書記載のSIR分子を発現する細胞を投与する工程を含むが、その場合、上記物質は、サイトカイン、例えば、IL−2、IL−7、IL−15、IL−21、またはそれらの組み合わせである。サイトカインは、SIR発現細胞の投与と一緒に、例えば同時に、または投与直後に投与してもよい。あるいは、サイトカインは、SIR発現細胞の投与後長時間経ってから、例えば、SIR発現細胞への被験者の応答を評価した後に投与してもよい。1つの実施形態では、サイトカインは、特許請求項143〜161のいずれか一項記載の細胞または細胞母集団の投与と同時に(例えば、同じ日の投与)、あるいは投与直後に被験者へ投与される(例えば、投与後1日目、2日目、3日目、4日目、5日目、6日目、または7日目の投与)。他の実施形態では、サイトカインは、細胞または細胞母集団の投与後長時間(例えば、少なくとも2週間、3週間、4週間、6週間、8週間、10週間、またはそれ以上)経ってから、または被験者による細胞への応答の評価後に投与される。
他の実施形態では、SIR分子を発現する分子は、SIR分子を発現する分子の投与に関連した1つ以上の副作用を緩和する物質と併用して投与される。SIR発現分子に関連した副作用は、サイトカイン放出症候群(CRS)、血球貪食性リンパ組織球症(HLH)、または神経系合併症から選択される。斯かる物質の例には、ステロイド(例えば、プレドニゾン、デキサメタゾン)、IL6Rアンタゴニスト(例えば、トシリズマブ)、srcキナーゼ阻害剤(例えば、ダサチニブ)、キナーゼ阻害剤(例えば、イブルチニブ)、カルシニューリン阻害剤(例えば、タクロリムスまたはシクロスポリンA)、または化学療法剤(例えば、シクロホスファミド、メトトレキサート、またはビンクリスチン)などが含まれる。
上記方法または使用のいずれかの実施形態において、SIR分子を発現する細胞は、標的抗原の発現に関連した病気を治療する物質(例えば、本明細書記載の第二または第三療法のいずれか)と併用して投与される。追加の例示的組み合わせには、以下の内容の1つ以上が含まれる。
別の実施形態では、SIR分子を発現する細胞(例えば、本明細書記載の細胞)は、SIRが標的とする標的抗原の発現を増大させる別の物質と一緒に投与されてもよい。例えば、古典的なホジキンリンパ腫は、B細胞に発現される遺伝子の実質的な欠損によって特徴付けられる。プロモーターの過剰メチル化、ヒストンの脱アセチル化、およびB細胞委任転写因子の発現の減少を通した、B細胞特異的な遺伝子のエピジェネティックな抑制が、この病気のB細胞表現型の損失に寄与することが報告されている。Du,Jらは、古典的なホジキンリンパ腫細胞におけるB細胞表現型の再発現を促進するいくつかの化合物(化合物27、40、49)を同定した(Blood; オンラインで事前出版、2016年10月12日)。抗白血病薬である三酸化ヒ素およびATRAが、単独使用の場合、あるいは同定化合物27、40、および49と併用された場合、古典的なホジキンリンパ腫におけるB細胞表現型の再発現を促進することも報告されている。1つの実施形態では、CD19、CD20、CD22などのB細胞マーカーを標的とするSIRを発現する細胞は、化合物27、40、49、三酸化ヒ素、およびATRAのうちの1つ以上と併用して投与されてもよい。
別の実施形態では、本発明のSIR発現免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、または造血器幹細胞)が、特定の癌において、腫瘍微小環境で免疫抑制経路を破壊する物質と一緒に被験者へ投与される。1つの実施形態では、癌の腫瘍微小環境で免疫抑制経路を破壊する物質はアデノシンA2a受容体アンタゴニストである。本開示のSIR発現免疫エフェクター細胞と一緒に投与可能な例示的アデノシンA2a受容体アンタゴニストは、Vipadenantである。
1つの実施形態において、本発明のSIR発現免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、または造血器幹細胞)は、以前に幹細胞移植(例えば、自家幹細胞移植または同種幹細胞移植)を受けた被験者へ投与される。
1つの実施形態において、本発明のSIR発現免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、または造血器幹細胞)は、以前に化学療法の投与(例えば、メルファラン、フルダラビン、またはシクロホスファミド)を受けた被験者へ投与される。
1つの実施形態において、本発明のSIR発現免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、または造血器幹細胞)は、以前にSIRの標的抗原の発現を向上させる医薬品、例えば化合物27、40、および49(Du, Jら、Blood; オンラインで事前出版、2016年10月12日)、三酸化ヒ素、またはATRAを受けた被験者へ投与される。
1つの実施形態において、SIR分子を発現する細胞(例えば、本明細書記載のSIR分子)は、SIR分子を発現する細胞の効果を増大する物質(例えば、本明細書記載の物質)と併用して投与される。
1つの実施形態において、SIR分子を発現する細胞(例えば、本明細書記載のSIR分子)は、免疫増強用の低用量のmTOR阻害剤と併用して投与される。理論によって拘束されるつもりはないが、免疫増強用の低用量(例えば、免疫系を完全には抑制しないが、免疫機能を改善するのに十分な用量)による治療は、PD−1陽性T細胞の減少またはPD−1陰性細胞の増大を伴うと考えられている。PD−1陽性T細胞(PD−1陰性T細胞ではない)は、PD−1リガンド(例えば、PD−L1またはPD−L2)を発現する細胞と接触することにより枯渇し得る。
SIR活性を測定するのに動物モデルを使用してもよい。例えば、本明細書記載のヒト癌関連抗原特異的SIRT細胞を用いる異種移植片モデルが、免疫不全マウスにおける原発性ヒト前B−ALLを治療するのに使用できる。例えば、Miloneら、Molecular Therapy 17(S):1453−1464(2009)を参照。極めて簡単に述べると、ALLの確立後、マウスは治療群に関してランダム化される。癌関連抗原特異的SIR(例えば、CD19−SIR)改変T細胞が、1対1の割合で、B−ALLを有するNOD−SCIDγマウスに同時注入される。マウスの脾臓DNAにおける癌関連抗原特異的SIRベクターのコピー数が、T細胞注入後、様々な時間間隔で評価される。動物の白血病は週間隔で評価される。B−ALL−SIR+Tおよび模擬形質導入されたT細胞を注射されたマウスにおいて、末梢血芽球細胞数が測定される。各群の生存曲線がログランク検定を用いて比較される。加えて、NOD−SCIDγマウスへのT細胞注射の4週間後の末梢血CD4+およびCD8+T細胞絶対数も分析できる。マウスは白血病細胞を注射され、3週間後、eGFPにリンクされたSIRをコードする双シストロン性レンチウイルスベクターによりSIRを発現するように改変されたT細胞を注射される。T細胞は、注射前に模擬形質導入細胞と混合することにより45〜50%インプットGFT+T細胞へ標準化され、フローサイトメトリーで確認される。動物は週間隔で白血病が評価される。ログランク検定を用いて、SIR+Tのための生存曲線が比較される。
用量依存性のSIR治療応答が評価できる。例えば、Miloneら、Molecular Therapy 17(S):1453−1464(2009)を参照。例えば、SIRT細胞、同数の模擬形質導入T細胞、またはT細胞なしで21日目に注射されたマウスにおいて、白血病確立後35〜70日目に末梢血が採取される。各群のマウスは末梢血B+ALL芽球数の決定のためランダムに採血され、35日目と49日目に屠殺される。残りの動物は57日目と70日目に評価される。
サイトカインの増殖および生産の評価は、以前に、例えば、Miloneら、Molecular Therapy 17(S):1453−1464(2009)に記載されている。簡略に述べると、SIR仲介増殖の評価は、本明細書記載の病気関連抗原である(K19)またはCD32およびCD137(KT32−BBL)を発現するK562細胞と一緒に、洗浄したT細胞を、最終T細胞対K562を2対1で混合することにより、マイクロタイタ―プレートで行われる。K562細胞は、使用前にガンマ線を照射する。T細胞増殖を刺激するための陽性対照として、抗CD3(クローンOKT3)および抗CD28(クローン9.3)モノクロナール抗体が、KT32BBLと一緒に培養物へ追加される(斯かるシグナルはエクスビボで長期CD8+T細胞の増殖を支持するからである)。培養物のT細胞は、CountBright(登録商標)蛍光ビーズ(Invitrogen, Carlsbad, CA)およびフローサイトメトリーを製造元の指示に従って使用することにより計数される。SIR+T細胞は、eGFP−2AリンクSIR発現レンチウイルスベクターで改変されたT細胞を用いて、GFP発現により同定される。GFPを発現しないSIR+T細胞は、本明細書記載のビオチニル化組換え癌関連抗原および二次アビジンPE共役体を用いて検出される。T細胞上のCD4+およびCD8+発現も、特異的モノクロナール抗体(BD Biosciences)を用いて同時に検出される。サイトカイン測定は、ヒトTH1/TH2サイトカインCytometric Bead Arrayキット(BD Biosciences、San Diego, CA)を製造元の指示に従って用いることにより、再刺激の24時間後に回収される上澄み液で実行される。蛍光はFACScaliburフローサイトメトリーを用いて評価し、データは製造元の指示に従って分析される。
細胞毒性は、標準51Cr放出アッセイにより評価できる。例えば、Miloneら、Molecular Therapy 17(S):1453−1464(2009)を参照。簡略に述べると、標的細胞(K562株および原発性前B−ALL細胞)を頻繁に攪拌しながら37℃で2時間、51Cr(NaCr04、New England Nuclear, Boston, MA)で充填し、完全RPMIで洗浄し、マイクロタイタプレートで培養する。エフェクターT細胞は、ウェル内の完全RPMIで標的細胞と一緒に、種々の比率(エフェクター細胞対標的細胞(E対T))で混合される。培地だけを含む追加のウェル(自然放出、SR)またはトリトンX100洗浄剤(全放出、TR)も調製される。37℃で4時間培養後、各ウェルの上澄み液を回収する。次に、放出された51Crは、ガンマ粒子計数器(Packard Instrument Co., Waltham, MA)を用いて測定される。各条件が少なくとも3回実行され、溶解率は、溶解%=(ER−SR)/(TR−SR)の式を用いて計算される(この場合、ERは各実験条件において放出される平均51Crを示す)。斯かるアッセイまたは同様なアッセイが、任意の母集団におけるSIR細胞の増殖および持続の測定にも使用できる。
撮像技術が、腫瘍罹患動物モデルで、SIRの特定の運搬および増殖の評価に使用できる。斯かるアッセイは、例えば、Barrettら、Human Gene Therapy 22:1575−1586(2011)に記載されている。簡略に述べると、NOD/SCID/γ−/−(NSG)マウスはNalm−6細胞を静注され、SIRコードmRNAとのエレクトロポレーション4時間後にT細胞で静注される。T細胞は安定的にレンチウイルスコンストラクトでトランスフェクションされて蛍ルシフェラーゼを発現し、マウスの生物発光が撮像される。あるいは、Nalm−6異種移植片におけるSIR+Tの単回注射の治療効果および特異性は、次のように測定できる。NSGマウスは蛍ルシフェラーゼを安定的に発現するように形質導入されたNalm−6を注射され、7日後に、本開示のSIR(例えば、CD19−SIR、配列番号1200)とエレクトロポレーションされたT細胞が、尾静脈単回注射される。動物は、注射後の種々の時間で撮像される。例えば、5日目(治療2日前)および8日目(SIR+PBLの24時間後)における代表マウスの蛍ルシフェラーゼ陽性白血病の光子密度ヒートマップが作成できる。同様の方法が、他の癌または他の病気を標的とするSIRの評価に使用できる。
本明細書の実施例のセクション並びに当業界で周知のアッセイを含む他のアッセイも、本明細書記載のSIRの評価に使用できる。
本開示の医薬組成物は、本明細書記載のSIR発現細胞(例えば、複数のSIR発現細胞)を、1つ以上の医薬的または生理学的に容認できる担体、希釈剤、または賦形剤と一緒に含んでもよい。斯かる組成物には、緩衝液(例えば、中性緩衝生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水など)、炭水化物(例えば、グルコース、マンノース、ショ糖、マンニトールなど)、タンパク質、ポリペプチドまたはアミノ酸(グリシンなど)、および保存剤が含まれてもよい。1つの態様において、本開示の組成物は静脈投与用に調製される。組成物は、二次活性物質(抗がん剤、抗ウイルス剤、抗生物質など)を更に含んでいてもよい。
本開示の医薬組成物は、治療(または予防)対象の病気に適した方法で投与できる。投与の量及び頻度は、患者の状態並びに患者の病気のタイプおよび重篤度などの要因で決定されるであろう。「免疫学的有効量」、「抗腫瘍有効量」、「腫瘍抑制有効量」、「治療量」、または「抗感染」が示されている場合、投与されるべき本開示の組成物の量は、年齢、体重、腫瘍サイズ、感染または転移の程度、および場合によっては患者(被験者)の症状などの個人的な違いを考慮して医師が決定できる。一般的に言えることであるが、本発明記載の免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)を含む医薬組成物は、10〜10細胞/kg体重、いくつかの例では10〜10細胞/kg体重(斯かる範囲の全ての整数値が含まれる)で投与される。T細胞組成物も斯かる用量で複数回投与してよい。細胞は、免疫療法で一般的に知られている注入技術を用いて投与できる(例えば、Rosenbergら、New Eng. J. of Med. 319:1676、1988)。
特定の態様において、活性化された免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)が患者に投与され、その後、再び採血され(またはアフェレシスが行われ)、本開示に従って免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)が活性化され、斯かる活性化および増殖が行われた免疫エフェクター細胞が患者に再注入されることが望ましい場合もある。斯かるプロセスは2〜3週間毎に複数回実行できる。特定の態様では、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)は、10ccから400ccの採血された血から活性化されてよい。特定の態様では、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞)は、20cc、30cc、40cc、50cc、60cc、70cc、80cc、90cc、または100ccの採血された血から活性化されてよい。
いくつかの実施形態において、被験者には白血球除去法が実施されてもよく、この場合、白血球が集められ、濃縮され、エクスビボで枯渇されることにより、目的の細胞(例えば、T細胞)が選択および/または単離される。斯かるT細胞単離体は当業界周知の方法で増殖され、処理および/または変形されて本開示の1つ以上のコンストラクトが導入され、それにより本開示のSIRT細胞が作成される。その後、治療を必要とする被験者は、高用量の化学療法で標準の治療を受け、その後、末梢血幹細胞が移植される。追加の態様において、移植後あるいは移植と同時に、本開示の増殖SIRT細胞が被験者に注入される。追加の態様において、増殖した細胞が手術前または手術後に投与される。
本開示を実践するためのキットも提供される。例えば、被験者の癌を治療するためのキット、または本明細書開示の1つ以上のSIRを発現するSIRT細胞を作製するためのキットが提供される。キットは、核酸を免疫エフェクター細胞に導入する方法と一緒に、SIRをコードする核酸分子またはポリペプチド分子、あるいはSIRをコードするベクターを含んでもよい。キットは、SIRをコードする核酸を含むウイルスと、ウイルス形質導入を向上させるための化学物質(例えば、ポリブレン)とを含んでいてもよい。キットは、SIRを発現させるため、T細胞単離用の構成成分を含んでいてもよい。あるいは、キットは、SIRを発現させる免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)または幹細胞を含んでいてもよい。開示されたSIRが2つ以上、キットに含まれていてもよい。キットには、容器および該容器上またはそれに関連したラベルまたは添付文書が含まれていてもよい。
適切な容器としては、例えば、ビン、バイアル、注射器などが挙げられる。容器は、ガラスやプラスチックなど、様々な素材で形成されていてよい。容器は、通常、1つ以上の核酸分子、ウイルス、ベクター、SIRを発現するT細胞などの構成成分を保持する。いくつかの実施形態において、容器は、無菌のアクセス口(例えば、容器は皮下注射針により穿刺可能なストッパーを有する静注液袋またはバイアルであってもよい)を有していてもよい。ラベルまたは添付文書は、組成物が特定の症状を治療するのに使用されることを示している。ラベルまたは添付文書は、通常、例えば、腫瘍の治療または予防方法において、またはSIRT細胞の作製方法において、開示された核酸分子、SIR、またはSIRを発現するT細胞を使用するための指示も更に有している。添付書類は、通常、商業用の治療用製品のパッケージに一般的に含まれる指示が含まれており、それには、使用法、用量、投与、禁忌に関する情報、および/または斯かる治療用製品の使用に関する警告が含まれる。指示用の資料は、文書であってもよいし、電子形式(コンピューターディスケットまたはコンパクトディスクなど)であってもよいし、あるいは映像(ビデオファイルなど)であってもよい。キットは、該キット設計の対象となった特定のアプリケーションを簡便化するための追加の構成要素を含んでいてもよい。従って、キットは、T細胞上のSIRの発現を測定する手段、SIRを発現するT細胞の数または%を決定する手段、あるいはSIRT細胞の機能性を決定する手段を更に含んでいてもよい。キットは、特定の方法の実践に日常的に使用されている緩衝液および他の試薬を更に含んでいてもよい。斯かるキットおよびその適切な内容物は当業者には周知である。
本開示は、以下の実験的実施例を参照して更に記載される。斯かる実施例は、特定の記載がない限り、例示目的のみに提供され、限定的な意図を有しない。従って、本開示は以下の実施例に限定されるように解釈されるべきではなく、本明細書に提供される教示の結果明白となる任意および全ての変形を包含するように解釈されるべきである。
SIRの活性は、本明細書記載のいくつかのインビトロおよびインビボアッセイによって試験可能である。適切なSIRの作成、選択、および使用に関する一般スキームが以下に提供される。
(SIR生成のための標的の同定)
SIRを設計するための適切な標的が、文献または遺伝子発現データベースの検索に基づいて選択される。一般的に、SIRの適切な標的は、通常の健康な細胞と比べて、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞でより多く発現される。
(SIRの作成)
SIRの候補標的抗原が特定されたら、SIRの抗原結合ドメインが文献で入手可能な情報に基づいて設計される。一般的に、SIRの抗原結合ドメインは、通常、抗体、抗体断片、scFv、またはラクダ科動物のvHHドメインに基づいている。抗体の重鎖(vH)および軽鎖(vL)の可変鎖、ラクダ科動物vHHドメイン、並びに種々の受容体およびリガンドの配列は、配列決定により、あるいは公的に利用可能なデータベースにより入手可能であり、異なる実施例で示されるように、本明細書記載の方法を用いて、SIRの合成に使用可能である。SIRの抗原結合ドメインを含む配列は、公的に利用可能なソフトウェア(例えば、ThermoFisherまたはIDT)および商用ベンダー(例えば、IDT)を用いて、コドン最適化され、人工的に合成される。その結果得られる断片はPCR増幅され、標準の分子生物学の技術を用いて、異なるSIR骨格構造を有する異なるベクターでクローン化される。一般的に、SIRコンストラクトは、通常、レンチウイルスベクターでクローン化される。SIRコンストラクトの配列は、自動配列決定を用いて確認される。
例示的なSIRコンストラクトは、Plenti−EF1a−CD8SP−MYC3−WT1−Ab13−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−WT1−Ab13−vH−Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC−DWPRE(クローンID:071516−J04)(配列番号1380)である。このコンストラクトは多くの便利な制限部位を有しているので、抗原結合ドメイン断片(例えば、vLおよびvHドメイン)を切断し、他の抗原を標的とする抗原結合ドメイン断片で置き換えることができる。例えば、EcoRIおよびXhoI制限酵素部位を用いてvLドメインをベクターから切断し、EcoRIおよびXhoI部位を含むvLドメインであって、別の抗原を標的にするドメインをコードする新しいDNA断片で置き換えることができる。ベクターはCD8シグナルペプチド(CD8SP)の上流にNheI部位を有しており、この部位もXhoI部位と一緒に、5’シグナルペプチドを有する新しいvL断片にクローン化できる。vH断片を置き換えるのにBstBIおよびMluI部位が使用できる。V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2Aをコードするモジュールを置き換えるのに、XhoIおよびSpeI部位が使用できる。同様に、Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2Aをコードするモジュールを置き換えるのに、MluIおよびXbaが使用できる。PACをコードするアクセサリーモジュールは、XbaI(またはNdeI)およびSalI制限部位を用いて置き換えることができる。従って、当業者は、このベクターおよび抗原結合ドメイン(例えば、抗体のvLおよびvHドメイン)の配列を用いて、他の任意の新しい抗原を標的にするSIRを生成できる。
抗原結合ドメインがTCRbコンストラクトに結合されておりTCRaは空のままであるSIRを作製するのに使用可能な別の例示的コンストラクトは、Plenti−EF1a−CD8SP−MYC−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−FMC63−vH−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−Pac−DWPRE(042616−B03)(配列番号896)である。抗原結合ドメインは、このベクターのBstBI制限酵素部位とMluI制限酵素部位との間でクローン化できる。あるいは、自らのシグナル配列を有する抗原結合ドメインが、SpeI制限酵素部位とMluI制限酵素部位との間でクローン化できる。
抗原結合ドメインがTCRaコンストラクトに結合されておりTCRbは空のままであるSIRを作製するのに使用可能な別の例示的コンストラクトは、Plenti−EF1a−CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−FMC63−vH−MYC−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−Pac−DWPRE(081415−F04)(配列番号895)である。抗原結合ドメインは、このベクターのBstBI制限酵素部位とMluI制限酵素部位との間でクローン化できる。あるいは、自らのシグナル配列を有する抗原結合ドメインが、SpeI制限酵素部位とMluI制限酵素部位との間でクローン化できる。
(分泌抗原NLuc融合タンパク質の作成(任意工程))
免疫エフェクター細胞でのSIRの発現および結合活性を試験するため、SIRの抗原標的の細胞外ドメインが、短いGly−Serリンカーを通して、ルシフェラーゼ(例えば、NLuc、GLuc、MLuc7、TurboLuc16、またはPaLuc)と融合される。例えば、CD19の細胞外ドメインは、Gly−Serリンカーを通して、フレーム単位でNLucと融合される。融合タンパク質はN末端シグナル配列を有している。その結果得られるコンストラクトは293FT細胞に一時的にトランスフェクションされ、分泌融合タンパク質を含む上澄み液は48〜72時間後に回収される。
(分泌抗原結合ドメイン(ABD)−NLuc融合タンパク質の作成(任意工程))
SIRの活性を試験するための適切な細胞株を特定するため、SIRの抗原結合ドメインは、短いGly−Serリンカーを通して、ルシフェラーゼ(例えば、NLuc、GLuc、MLuc7、TurboLuc16、またはPaLuc)とも融合される。例えば、SIRがCD19を標的にするFMC63モノクロナール抗体に基づいている場合、FMC63のscFv断片(vL−Gly−Ser−Linker−vH)は、Gly−Serリンカーを通して、フレーム単位でNLucと融合される。融合タンパク質はN末端シグナル配列を有している。その結果得られるコンストラクトは293FT細胞に一時的にトランスフェクションされ、分泌融合タンパク質を含む上澄み液は48〜72時間後に回収される。高レベルのSIR標的を発現する(従ってSIRの活性を試験するのに使用可能な)細胞株を特定するため、ABD−NLuc融合タンパク質への結合に関して、細胞株のパネルが試験される。表Aは、本開示のSIRの活性をアッセイするのに使用可能な異なる抗原標的を発現する細胞株の例示的リストを提供する。SIRの標的を発現する細胞株は、代替方法、例えば、文献検索、商業的に入手可能な抗体による免疫染色、または公的に利用可能な遺伝子発現データベースを用いて特定してもよい。
SIRを発現する免疫エフェクター細胞は、機能性SIRを同定するため、以下のアッセイで試験される。
(A)NLuc結合アッセイ
対照ベクターおよびSIR発現Jurkat−NFAT−GFPまたはT細胞が(上述のような)標的抗原NLuc融合タンパク質で染色され、標的抗原に結合する能力がNLuc活性を測定することにより分析される。例えば、CD19を標的とするFMC63ベースSIRを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞は、Jurkat−NFAT−GFP細胞または親Jurkat−NFAT−GFP細胞を発現する対照ベクターと比較して、CD19−NLuc融合タンパク質への結合が増大している。
(B)NFATプロモーター駆動GFP発現の誘導
(上述の)標的抗原を発現する細胞株と一緒に4〜24時間共培養された対照ベクターおよびSIR発現Jurkat−NFAT−GFPおよび標的抗原に結合する能力が、フローサイトメトリーを用いてGFP発現の誘導を測定することにより分析される。細胞の上澄み液が回収され、サイトカイン(例えば、IL2)の誘導が分析される。
(C)サイトカイン生成のアッセイ
対照ベクターおよびSIR発現Jurkat−NFAT−GFPまたはT細胞が、標的細胞株と一緒に4〜96時間共培養され、上澄み液が、ELISAを用いて、サイトカイン(例えば、IL2、IFNγ、TNFαなど)発現の誘導に関して検査される。
(D)インビトロおよびインビボにおける細胞毒活性のアッセイ
非感染T細胞、または対照ベクターまたはSIRを発現する細胞は、ルシフェラーゼ(GLuc、NLuc、Turboluc26など)の非分泌形態を発現する標的細胞株と4〜96時間共培養され、細胞溶解の誘導が、PCT/US17/52344記載の方法でルシフェラーゼ活性を測定することにより検査される。細胞毒活性の代替測定方法(例えば、51Cr放出アッセイまたはLDH放出アッセイ)も同様に使用できる。SIRを発現するT細胞の活性も、免疫不全マウスにおける適切な異種移植片を用いてインビボで分析できる。
上述の方法に基づいて、当業者は、任意の抗原に対して適切に機能するSIRまたはSIRのプールを容易に設計、構築、試験、および選択できる。SIRまたはSIRのプールは、種々の病状の予防及び治療のため、ヒト臨床試験及び臨床使用に用いることができる。表9は、本開示のSIRを用いて治療可能なヒトの病状の例示的一覧表を提供する。
限定されないが、病気を引き起こす細胞および病気関連細胞における標的抗原の罹患率および発現レベル、疫病負荷、および病気の進行率を含む種々の要因に基づいて、異なるSIRまたはSIRのサブセットを異なる病状に最適に適合させることが可能である。効用、毒性プロファイル、および患者の病状次第では、異なるSIRを異なる患者の単一の病状に最適に適合させてもよい。本開示は、種々の養子免疫反応生成における重大な技術的障害および物流面での障害への解決策を提供する。
遺伝子再配列によって通常のTCR多様性が生じる。胸腺における厳密な陽性および陰性の選択プロセスにより、低親和性範囲内で自己ププチド/MHCの認識に限定されるαβTCRを発現するT細胞だけが、確実に周縁部に存在可能となる。従って、胸腺の環境により、自己規制的であって自己反応性ではないαβT細胞のプールの生成が可能となる。
異なる抗原結合ドメインから広範囲なSIRプールを生成するのは、複数の抗原結合ドメインの生成および試験における技術的障害および財政的障害により制限される。更に重要なことは、抗原結合ドメイン(例えば、抗原のvLおよびvH断片)の各々は他の抗原に結合し、標的外の毒性を引き起こす可能性を有しているので、複数の抗原結合ドメインだけに基づくSIRの広範囲なプールは、毒性のリスクを増大させる可能性を秘めている。従って、斯かるプールの潜在的多様性は、標的外の毒性を減少させるように限定されるべきである。本開示は、単一のまたは僅かな数の抗原結合ドメインをTCR鎖の異なる変異体へ結合することによりSIRの種々のプールを生成しているので、斯かる問題を解決している。SIRプールの多様性は、異なるリンカーの使用により更に増やすことができる。プールを発現するT細胞の多様性は、異なるアクセサリーモジュールおよび本開示記載の治療コントロールの使用により更に増やすことができる。
SIRの多様なプールは、上記抗原を発現する病気を引き起こす細胞または病気関連細胞に対する様々な免疫応答を提供するのに使用できる。あるいは、SIRの多様なプールは、当業界の技術を用いて任意にDNAバーコーディングを行い、後に、それを用いて、最適な生物および臨床特性を有する単一のSIRまたはSIRのサブグループを選択してもよい。斯かる特性には、限定されないが、インビトロ生物アッセイ(例えば、細胞毒性、サイトカイン分泌、結合親和性、細胞表面発現、標的外効果、T細胞増殖、枯渇マーカーの発現、および末端分化など)、インビボアッセイのパフォーマンス(例えば、生存率、腫瘍減少、T細胞持続性、T細胞増殖など)、および臨床経験(例えば、病気寛解、再発率、毒性など)が含まれる。本開示のSIRは、単独で、または他のSIR,CAR、cTCR、および当業界で周知の他の天然および合成免疫受容体と組み合わせることにより、標的抗原によって引き起こされる、または標的抗原に関連した種々の病状の予防および治療のため、免疫エフェクター細胞の多様なプールを生成できる。
本開示のSIRは、多様性だけでなく、結合親和性、細胞表面発現、鎖対形成、シグナル伝達、および細胞運搬のために最適化されたキメラT細胞受容体の改良型である。臨床アプリケーションに適した二重鎖SIRを生成するため、いくつかの技術的障害および概念的障害に対する取り組みが行われた。二重鎖cTCRプラットフォームの主な限界は、2つの異なる形質コンストラクトを送達する面での技術的困難である。2つの異なるベクター内、または2つの異なるプロモーターを有する単一ベクター内の二重鎖SIRの2つの鎖をT細胞に形質導入するのは可能であるが、斯かるやり方はいずれも、導入されるSIR鎖の不均一な発現を引き起こす危険性があり、過剰に発現した鎖が内因性TCR鎖と誤対合する可能性が増大する。2つのベクターを用いるアプローチの更なる限界性は、単一のベクターを用いるアプローチと比較して、標的細胞の感染効率を下げることである。単一のベクター内の2つの異なるプロモーターの使用は、挿入サイズ(従ってベクターサイズ)をほとんどのレトロウイルスおよびレンチウイルスベクターの最適パッケージング限界を超えるレベルに増大させ、引いてはウイルス力価を減少させるという欠点を有している。加えて、内部プロモーターが、プロモーター干渉によりレトロウイルスベクター内で沈黙する可能性がある。脳心筋ウイルスの内部リボソーム侵入部位(IRES)配列は双シストロン性ウイルスベクターの構築に広範囲に使用されてはいるが、IRES仲介の翻訳は相対的に非効果的である。加えて、IRESのサイズは比較的大きく、複数のIRES要素の使用は、翻訳因子および/または相同的組換えに関して競合する結果となり得る。上記の点を考慮して、導入される両方のSIR鎖の等モル発現を達成するため、2つのSIR鎖間に組み込むために、ピコマウイルスまたはブタのテシオウイルス由来の「自己切断」2Aペプチド配列が選択された。斯かる配列は、リボソームスキップ機構により、単一のmRNA転写産物から2つの異なるペプチドの翻訳を誘導し、各ペプチドに関して化学量論に近い生産を達成する。切断可能「2A」ペプチドの例が、配列番号3060〜3062および3064に提供される。いくつかの実施形態では、切断の効率を向上させるため、(SG)モチーフも2A配列の上流に加えられた。加えて、残りの任意の2Aペプチド配列がSIRへ結合するのを回避するため、フーリン切断部位が(SG)モチーフの上流に加えられ、翻訳後の残りの2Aペプチドの切断を促進した。
最初、レンチウイルスおよびレトロウイルスベクターが、臨床アプリケーションに適した二重鎖SIRシステムを開発するのに選択された。その後、sleaping beatyトランスポゾンおよびmRNAトランスフェクションが実験で使用され、細胞内でのSIRの発現に成功した。
pLENTI−Blastベクターは、LacZ遺伝子を除去することにより、pLenti6v5gw_laczベクターから導かれた、pLenti−MP2は、Pantelis Tsoulfas(Addgeneプラスミド#36097、Enomotoら、Exp. Neurol. 248:170−82、 2013)からのギフトであり、標準の分子生物学技術を用いてCMVプロモーターをヒトEF1αプロモーターで置き換えることにより、pLENTI−EF1αレンチウイルスベクターを作製するのに使用された。psPAX2は、Didier Trono(Addgeneプラスミド#12260)からのギフトであった。pLP/VSVGエンベローププラスミドおよび293FT細胞は、Invitrogen(ThermoFIsher Scientific)から入手された。レトロウイルストランスファーベクターMSCVneo、MSCVhygro、MSCVpac、およびパッケージングベクターpKATは、Dr. Robert Illariaの実験室から入手された。phRGTK RenillaルシフェラーゼプラスミドはPromegaから入手された。
異なるシグナルペプチド、抗体結合ドメイン、リンカー、TCR定常鎖、切断可能リンカー、および選択マーカー(例えば、PAC、EGFP、CNB20など)は、商業用のサプライヤ(IDT)を用いて単一断片または複数断片で人工的に合成され、適切な制限酵素を含むプライマーとのPCR反応でテンプレートとして使用された。増幅された断片は適切な制限酵素で消化され、次に、標準の分子生物学技術を用いて、pLENTI−EF1α(配列番号870)、pLENTI−EF1α−DWPRE(配列番号871)、またはMSCV−Bg12−AvrII−Bam−EcoR1−Xho−BstB1−Mlu−Sal−Clal.103(配列番号872)ベクター内でクローン化された。pLENTI−EF1α−DWPREは、WPRE領域を欠損している点でpLENTI−EF1αと異なっている。あるいは、SIRカセット全体をコードする遺伝子断片(例えば、CD8−シグナルペプチド−161−vL−TCRb−F−2A−IgH−シグナルペプチド−161−vH−TCRa−F−2A−PAC)を人工的に合成することも可能である。その結果得られる断片は、適切な制限酵素を含むプライマーとのPCR反応でテンプレートとして使用できる。増幅された断片は適切な制限酵素で消化され、次に、標準の分子生物学技術を用いて適切なベクター内でクローン化される。
ヒトTCRβ(TCRb)およびヒトTCRα(TCRa)鎖の定常領域にそれぞれフレーム単位で融合されたFMC63モノクロナール抗体由来のvLおよびvH断片を含むいくつかの異なるレンチウイルスコンストラクトが、作製された。該コンストラクトのほとんどが、フーリンSGSG−2Aをコードするリンカーを通してSIR発現カセットに融合された異なる選択マーカー(例えば、ピューロマイシンNアセチルトランスフェラーゼ(PAC)、増強型緑色蛍光タンパク質(EGFP)、および分泌NLuc)を有していた。
例示的コンストラクトは、pLENTI−EF1αベクター(配列番号870)でクローン化されたCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)である。このベクターのSIR発現カセットは、ヒトEF1α(伸長1α)プロモーターによって駆動される。SIR発現カセットは、5’末端から、ヒトCD8シグナルペプチド(CD8SP)をコードするヌクレオチド、コドン最適化FMC63vL断片、C末端にGly−Ser−Glyアミノ酸を含むV5リンカー、ヒトTCR−β2(TCRb)鎖の定常領域(C領域)、フーリン切断部位(RSKR)、SGSGリンカー、P2Aリボソームスキップ配列、ヒトIgHシグナルペプチド、コドン最適化FMC63vH断片、一般的に使用されるMycエピトープタグ由来でC末端にGly−Ser−Glyアミノ酸を含むMycリンカー、ヒトTCRα(TCRa)鎖の定常領域(C領域)、フーリン切断部位(RSKR)、SGSGリンカー、F2Aリボソームスキップ配列、およびピューロマイシン耐性遺伝子(PAC)の変異体を含む。vL断片とV5エピトープタグとの間にはXhoI制限酵素部位があり、ヒトIgHシグナルペプチドの前にはSpeI制限部位があり、Mycタグの前にはMluI部位があり、更にPAC遺伝子の前にはXbaIおよびNdeI部位を含む短いリンカーがある。発現カセット全体が、pLENTI−EF1αベクター(配列番号870)においてNheI部位とSalI部位との間でクローン化される。このベクターは、NheIおよびXhoI並びにSpeIおよびMluI酵素で消化することにより、それぞれFMC63−vLおよびvH断片を除去し、標準の分子生物学技術を用いて、他の抗原を標的とする抗原結合ドメイン(例えば、vL、vH、vHH、scFv、受容体、リガンドなど)をコードするDNA断片で置き換えることにより、他の抗原を標的とする抗原結合ドメインをクローン化するのにも使用できる。
上記コンストラクトの変異体がいくつか以下のように作製された。
1.pLENTI−EF1−FMC63vL−V5−[mTCRb−WT]−F−P2A−FMC63−vH−Myc−[mTCRa−WT]−F−F2A−Pac−F06。 このコンストラクトは、対応するヒト鎖の代わりにマウスTCRβ(TCRb)の定常領域(C領域)およびマウスTCRαを有している点を除き、pLENTI−EF1−FMC63vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−Pac−F02コンストラクトに類似している。
2.pLENTI−EF1−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−FMC63−vH−Myc−[TCR−ca−T48C−opt1]−F−F2A−PAC−L05(050515−L05)。このコンストラクトは、以下の点で、pLenti−EF1−FMC63vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−Pac−F02と異なっている。
a.TCRbおよびTCRa鎖の定常領域をコードするヌクレオチド配列は、SIRの発現を増大させるため、コドン最適化された。
b.導入されたTCR鎖と内因性TCR鎖との誤対合を減少させるため、追加のシステイン残基が各鎖に加えられ、追加の鎖間ジスルフィド結合の形成を促進した。従って、TCRb配列はSer57からシステインへの変異を有しており、TCRaはトレオニン48からシステインへの変異を有している。
3.pLENTI−EF1−FMC63−vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−FMC63−vH−Myc−[TCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC−D06(081415−D06)。このコンストラクトは、以下の点で、pLENTI−EF1−FMC63vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−Pac−F02と異なっている。
a.TCRbおよびTCRa鎖の定常領域をコードするヌクレオチド配列は、SIRの発現を増大させるため、コドン最適化された。
b. 導入されたTCR鎖と内因性TCR鎖との誤対合を減少させるため、追加のシステイン残基が各鎖に加えられ、追加の鎖間ジスルフィド結合の形成を促進した。従って、TCRb配列はSer57からシステインへの変異を有しており、TCRaはトレオニン48からシステインへの変異を有している。
c.マウスTCRはヒトの対応物よりも発現が優れていることが証明されており、ヒトTCRのマウス化は発現を改善することが証明されている。このコンストラクトにおいては、ヒトTCRβ(TCRb)定常領域の5つのアミノ酸が対応するマウスのアミノ酸で置き換えられている。斯かるマウスのアミノ酸は、K−18、A−22、I−133、A−136、およびH−139であった。加えて、ヒトTCRα(TCRa)定常鎖が、4つのアミノ酸、すなわちセリン(S−91)、アスパラギン酸(D−92)、バリン(V−93)、およびプロリン(P−94)を含むマウスTCRα(TCRa)定常鎖の領域で置き換えられている(配列番号3010)。
レンチウイルスベクターに加えて、SIR発現カセットがレトロウイルスカセットへクローン化された。斯かる目的のため、pMSCV−puroレトロウイルスベクターが、Bg1IIおよびC1aI酵素による消化、およびAvrII、BamHI、EcoRI、XhoI、BstBI、Mlul、およびSalI用の制限酵素部位を含むBglIIおよびClaI切断二本鎖オリゴヌクレオチドの連結によって修飾された。その結果得られたMSCV−Bgl2−AvrII−Bam−EcoRI−Xho−BstBI−Mlu−Sal−ClaI.I03と名付けられた配列は、配列番号872に示される。異なるSIRコンストラクトの発現カセットが、NheIおよびSalI酵素を用いてpLENTI−EF1ベクターから消化され、AvrIIおよびSalIで消化された上記ベクターにクローン化された。例示的SIRコンストラクトMSCV−FMC63vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−2−Spe−FMC63vH−MYC−[TCRa−CSDVP]−F−F2A−Pac.N01(クローンID:032216−N01)の配列は、配列番号873に示される。MSCVベースのレトロウイルスベクターにおける他のSIRコンストラクトも、対応するpLENTI−EF1からNheI−SalI断片をクローン化することにより容易に構築できる。
SIR発現カセットも、sleeping beautyベクターであるpSBbi−pur(配列番号874、Addgene、プラスミド#60523)およびpSBbi−GP(Addgene、プラスミド#60511)にクローン化された。斯かる目的のため、異なるSIRコンストラクトの発現カセットが、AgeIおよびXbaI酵素を用いてpLENTI−EF1ベクターから消化され、AgeIおよびXbaIで消化されたpSBbi−purおよびpSBbi−GPベクターにクローン化された。CD19を標的にするSIRをコードする例示的ベクターの配列が、配列番号875に提供される。拡大されたマルチクローニング部位を有する別の例示的sleeping beautyベクターの配列が、配列番号876に示される。
異なる細胞表面および細胞内抗原を標的にする異なるコンストラクトの細胞毒性を測定するためのルシフェラーゼ(例えば、GLucまたはNLuc)を発現するように改変された細胞株が表Aに提供される。この実験で使用された細胞株、細胞株の標的抗原、およびその増殖培地が以下の表Aに示される。細胞は5%のCO2加湿型培養器で培養された。細胞株はATCC、NIH、AIDS試薬プログラムから入手された、または実験室で入手可能であった。
Figure 2020500530
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NFAT依存GFPレポーター遺伝子で改変されたJurkat細胞株(クローンE6−1)は、UCSFのDr. Arthur Weissからのギフトである。Jurkat細胞は、10%PBS、ペニシリン、およびストレプトマイシンで補充されたRPMI−1640培地で維持された。
(レンチウイルスおよびレトロウイルスの作製)
レンチウイルスは、実質的に前出されたように(Matta, Hozayev, Tomar, Chugh & Chaudhary, 2003)、293FT細胞におけるリン酸カルシウムベースのトランスフェクションによって作製された。293FT細胞は、10%FCS4mML−グルタミン、0.1mM MEM非必須アミノ酸、および1mM MEMピルビン酸ナトリウムを含むDMEM(DMEM−10と呼ばれる)で繁殖させた。レンチウイルスを作製するため、トランスフェクションの日に約80コンフルエントとなるように、10cm組織培養プレートのDMEM−10培地10mLで、抗生物質なしに、293FTを培養した。次の日、異なる遺伝子をコードするレンチウイルス発現プラスミド10μg、PSPAX2プラスミド7.5μg、およびPLP/VSVGプラスミド2μgを用いて、リン酸カルシウムトランスフェクション法により、細胞にトランスフェクションを行った。トランスフェクションの約15〜16時間後、培地9mLを除去し、新鮮な培地5mLで置き換えた。トランスフェクションの約48時間後、5mLの上澄み液を回収(第一回収)し、5mLの新鮮な培地で置き換えた。トランスフェクションの約72時間後、全ての培地を回収した(第二回収、通常約6mL)。回収された上澄み液はプールされ、細胞残骸物および非接着性細胞を除去するため、1000rpmで1分間遠心分離を行った。無細胞上澄み液は、0.45μmのシリンジフィルターで濾過した。ある場合には、上澄み液は、4℃で2時間、18500rpmの超遠心で更に濃縮した。ウイルスペレットを最初の容積の1/10のXVIVO培地に再懸濁した。ウイルスは新鮮なまま標的細胞を感染させるのに使用するか、あるいは−80℃でアリコート中に冷凍保存された。
(T細胞およびPBMCの感染)
ロサンジェルスの小児病院の血液銀行から、健康な匿名の成人ドナー由来のバッフィーコート細胞を取得し、それを使用して、フィコールハイパック比重遠心法により、末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。PBMCはそのまま使用された、あるいはCD3磁気マイクロビーズ(Miltenyi Biotech)を用い、製造元の指示に従ってT細胞を単離するのに使用された。PBMCまたは単離されたT細胞は、10ng/mLのCD3抗体、10ng/mLのCD28抗体、および100IU組換えヒトIL−2で補充されたXVIVO培地(Lonza)に再懸濁された。細胞は、5%のCO2加湿型培養器で、37℃で培養された。細胞は、レンチウイルスベクターを感染させる前、1日間、上記培地で活性化させた。一般的に、一次細胞(例えば、T細胞)は、朝、スピン感染(8μg/mLのPolybrene(登録)(Sigma、カタログ番号H9268)の存在下でXVIVO培地に再懸濁させた濃縮ウイルス300μLを用いて、37℃で90分間、1800rpmで行われた)を用いて感染させた。培地は夕方取り替え、感染は更に2日間(合計3感染)繰り返えされた。3度目の感染後、細胞はペレット化され、10ng/mLのCD3抗体、10ng/mLのCD28抗体、および100IU組換えヒトIL−2を含む新鮮なXVIVO培地に再懸濁され、(指示されている場合は)それぞれの抗生物質で補充され、別の規定がない限り、選択用の細胞培養フラスコに配置された。細胞は、薬剤選択がない場合には上記培地で10〜15日間、薬剤選択が使用された場合には20〜30日間、培養された。EGFPを発現するレンチウイルスで細胞を感染させる場合、細胞は薬剤選択なしに増殖させるか、あるいは流動選別により、EGFP発現細胞の濃縮が行われた。癌細胞株の感染に関しては、約500,000の細胞を2mLの非濃縮ウイルス上澄み液(Polybrene(登録)(Sigma、カタログ番号H9268)を含む合計容積3mL)で感染させた。翌朝、細胞をペレット化し、それぞれの抗生物質を含む培地に再懸濁し、それを選択用の細胞培養フラスコに配置した。
レンチウイルスベクター作製に関して上述された内容と実質的に同様な手順を用いて、レトロウイルスベクターの作製が行われたが、但し、この場合、293FT細胞は、一般的に、10μgのレトロウイルスコンストラクト、4μgのpKAT、および2μgのVSVGプラスミドを用いて、10cm組織培養プレートのDMEM−10培地10mLでトランスフェクションが行われた。ウイルス回収および標的細胞の感染は、レンチウイルスベクターに関する上記内容と実質的に同じ内容で行われた。
(Sleeping beautyとJurkat細胞とのエレクトロポレーション)
エレクトロポレーションのため、5x10のJurkat細胞を90gで10分間遠心分離し、10μLの緩衝液に再懸濁し、プラスミドをコードするsleeping beauty20μgおよびSB100Xトランスポザーゼプラスミドと混合する。エレクトロポレーション緩衝液およびキュベットは、LonzaのAmaxa Cell Line Nucleofector Kit V(VCA−1003)から提供された。再懸濁された細胞はキュベットへ移され、プログラムX−001を用いてエレクトロポレートされた。エレクトロポレーション後、細胞は室温で10分間、キュベット内で培養され、次に20%FBSで補充され予め温められたRPMI培地1mLがキュベット内の細胞に添加された。細胞は、予め温められた培地1mLを各ウェルに含む6ウェルプレートへ移され、37℃で終夜培養された。翌日、細胞は遠心分離され、sleeping beauty−SIR発現Jurkat細胞を選択するため、10%FBSおよび250ng/mLピューロマイシンで補充されたRPMIで培地を置き換えた。
(抗生物質および医薬品)
ジギトニンはSigma(カタログ番号D141)から購入され、100mg/mLの原液がDMSO中で調製された。1mg/mLの希釈原液がPBS中で調製された。細胞溶解に使用されたジギトニンの最終濃度は、別の規定がない限り、30μg/mLであった。
(IL2 ELISA)
ヒトIL2が、R&D Systems(Minneapolis, MN)のIL2−ELISAキットを用いて、製造元の推薦に従い、24〜96時間特定の標的細胞株と共培養されたSIR発現Jurkat−NFAT−GFPエフェクター細胞またはT細胞の細胞培養上澄み液で測定された。
(FACS分析)
マウス抗ヒトc−MycAPC共役モノクロナール抗体(カタログ番号IC3696A)をR&D Systems(Minneapolis, MN)から得た。ビオチニル化ProteinLは、GeneScript(Piscataway, NJ)から購入し、リン酸緩衝生理食塩水中1mg/mLで再構成され、4℃で保存された。ストレプトアビジンAPC(SA1005)はThermoFisher Scientificから購入した。
Myc染色を用いたCARおよびSIRの検出のため、1x10細胞を回収し、4%ウシ血清アルブミン(BSA)洗浄緩衝液を含む氷冷した1xPBS3mLで三回洗浄した。洗浄後、細胞は、APC共役Myc抗体10μLを含む氷冷した洗浄緩衝液0.1mLに再懸濁し、暗所で1時間培養し、氷冷した洗浄緩衝液で二回洗浄した。
ProteinL染色を用いたCARおよびSIRの検出のため、1x10細胞を回収し、4%ウシ血清アルブミン(BSA)洗浄緩衝液を含む氷冷した1xPBS3mLで三回洗浄した。洗浄後、細胞は、1μgのProteinLを含む氷冷した洗浄緩衝液0.1mLに、4℃で1時間再懸濁した。細胞は氷冷した洗浄緩衝液で三回洗浄し、洗浄緩衝液0.1mL中のAPC共役ストレプトアビジン10μLと一緒に(暗所で)培養し、洗浄緩衝液で二回洗浄した。FACSは、BD BiosciencesのFACSVerse分析器を用いて行われた。
(細胞死アッセイ)
細胞死を測定するため、PCT/US17/52344に記載(「A Non−Radioactive Cytotoxity Assay」)されている、GlucまたはNLucの異所性細胞質ゾル発現に基づく新しいアッセイが用いられた。この方法は、標的細胞内のレポーターの発現に関係しており、該レポーターは健康な細胞内では優先的に維持されるが、死んだ細胞または死にかかっている細胞からは放出される、あるいは死んだ細胞または死にかかっている細胞でその活性が優先的に測定可能である。本アッセイのための好ましいレポーターは、1)カイアシ類(例えば、Gaussia princeps、Pleuromamma abdominalis、Metridia pacifica、Metridia curticauda、Metridia asymmetrica、Metridia okhotensis、Metridia longa、Lucicutia ovaliformis、Heterorhabdus tanneri、およびPleuromamma scutullata)からのルシフェラーゼの非分泌型、2)深海エビ由来の改変ルシフェラーゼレポーター(例えば、NanoLuc)である。斯かるいくつかのレポーターベクターの配列が、配列番号881〜配列番号887に提供される。上記ベクターはレトロウイルスおよびレンチウイルスの作製に使用され、当該ウイルスは、適切な抗生物質で選択後、Gluc、NLuc,TurboLuc、またはMLuc7を安定的に発現するいくつかの標的細胞株のポリクロナール母集団を作製するのに使用された。特別の規定がない限り、異なるルシフェラーゼ(Gluc、NLuc,NLuc7、またはTurboLuc16)を安定的に発現する標的細胞は、384ウェルプレートの標的細胞を増殖させるのに使用される培地で、三つ組で培養された。懸濁液中に繁殖する標的細胞は、一般的に、ウェル当たり2〜3x10の濃度で培養され、付着単層として増殖する標的細胞は、ウェル当たり1〜2x10の濃度で培養された。特別の規定がない限り、標的細胞は、遺伝子組換えT細胞(すなわち、SIRまたはCARを発現する細胞)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比が1対1から10対1の範囲で、4時間から96時間、共培養された。標的細胞が付着細胞(例えば、HeLa細胞)として増殖する場合、T細胞を加える前に、斯かる細胞がウェルの底に付着するようにした。T細胞仲介による標的細胞の溶解誘導は、ルシフェラーゼ活性の増大により分析された(天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することによる、Bio Tek Synergyプレートリーダーでの測定)。
(CTZアッセイ)
天然のセレンテラジン(CTZ、Nanaolight、カタログ番号#303)の100X原液を、冷凍CT粉末1mgを100%メタノール1.1mL(時間経過によるCTZの酸化を回避するため、6NのHCL30μLで補充)に溶解することにより調製した。CTZアッセイ緩衝液を調製するため、CTZの100X原液が、PBS中で0.5X濃度に希釈された。特別の規定がない限り、(上記で調製された)CTZアッセイ緩衝液全量15μLが、ルシフェラーゼの非分泌型を発現する細胞を約50〜60mL容量の培地に含む384ウェルホワイトプレート(Greiner、384ウェルホワイトプレートカタログ番号781075)の各ウェルに添加され、Bio Tek Synergy H4プレートリーダーを用いて、エンドポイントモードで、プレートの蛍光が読み取られた。96ウェルプレートに関しては、細胞は200μLの培地で培養され、約50μLの0.5X CTZアッセイ緩衝液が添加された。特別の規定がない限り、Gluc、TurboLuc16、およびMLuc7の活性のアッセイには、0.5X CTZアッセイ緩衝液が用いられた。CTZアッセイ緩衝液(0.125X濃度へ希釈)は、いくつかの実施形態において(以下を参照)、NLuc活性の測定にも使用された。特別の規定がない限り、一般的に、添加された0.5X CTZアッセイ緩衝液の容積は、細胞を含むウェルの液体の容積の約1/4であるが、0.5X CTZアッセイ緩衝液が1対1の容量の細胞を含む培地に添加された場合もアッセイは成功した。培地だけ(Med)を含むウェル、および標的細胞がSIRコンストラクトで感染されていないT細胞(T−UI)と一緒に培養された場合のウェル内のGluc活性が、(該当する場合)対照として使用された。
Bio Tek Synergy H4プレートリーダーを用いて、エンドポイントモードで、予め細胞溶解を行うことなく、プレートの蛍光を読み取った。いくつかの実験では、CTZアッセイ緩衝液を用いてNLuc活性を測定したが、この場合、緩衝液は0.125Xの最終濃度に希釈された。CTZアッセイ緩衝液がNLuc活性の測定に使用される場合、培地容積約50〜60μL中の細胞を含む384ウェルホワイトプレート(Greiner、384ウェルホワイトプレートカタログ番号781075)の各ウェルに、全容積約15μLの0.125X CTZアッセイ緩衝液が注入器によって添加され、Bio Tek Synergy H4プレートリーダーを用いて、エンドポイントモードで、プレートの蛍光が読み取られた。96ウェルプレートに関しては、細胞は200μLの培地で培養され、約50μLの0.125X CTZアッセイ緩衝液が添加された。
(CD19およびMPL(トロンボポエチン受容体)抗原の発現を検出するためのアッセイの開発)
SIRおよびその標的抗原の発現を検出するため、ルシフェラーゼベースのレポーターアッセイが、PCT/US2017/025602(「A Highly Sensitive And Specific Luciferase Based Reporter Assay for Antigen Detection」)に記載されるように用いられた。CD19もMPL(トロンボポエチンまたはTPO−Rとしても知られる)も、造血細胞で発現するが、異なる系統の細胞では異なる発現を示す。FMC63は、ヒトCD19を特異的に認識する、良く特徴付けられたマウスモノクロナール抗体である。同様に、161はヒトMPLを認識するモノクロナール抗体である。我々は、FMC63vLおよびvH断片の既知の配列に基づいて、FMC63短鎖Fv(scFv)を作製した。FMC63scFvをコードするcDNAは、5’から3’末端にかけて、ヒトCD8分子由来のシグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列、FMC63vL断片、(GlySer)x3リンカー、およびFMC63−vH断片から成る。次に、FMC63scFv断片をコードするcDNAが、GLy−Gly−Ser−Glyリンカーを通して、AcV5タッグNLucをコードするcDNAへ融合されてFMC63−GGSG−NLucが生成され、次に、その生成物はヒトEF1αプロモーターの下流のレンチウイルスベクターpLenti−EF1にクローン化され、コンストラクトPlenti−EF1a−FMC63(vL−vH)−GGSG−NLuc−AcV5−U09(配列番号880)が生成される。挿入断片の配列は、配列番号4516である。同様に、161−GGSG−NLucをコードするコンストラクトが、MPLに対する161モノクロナール抗体のvLおよびvH断片を用いて作製された。挿入断片の核酸配列は、配列番号4517に提供される。Plenti−EF1−FMC63−GGSG−NLuc−AcV5およびPlenti−EF1−161−GGSG−NLuc−AcV5プラスミドが、リン酸カルシウム共沈法により、293FT細胞へトランスフェクションされた。トランスフェクションの約20時間後、細胞培養媒体をXVIVO培地で置き換えた。分泌されたFMC63−GGSG−NLuc−AcV5および161−GGSG−NLuc−AcV5タンパク質を含む調整培地を48〜72時間後に回収した。
FMC63−GGSG−NLuc−AcV5および161−GGSG−NLuc−AcV5タンパク質を含む上澄み液が、ヒトc−MPL cDNAを発現するレンチウイルスベクターまたは空のベクターを形質導入することによりc−MPL cDNAを発現するように改変されたJurkat、K562、RALI、RS−4−11(RS411)、およびHEL.92.1.7(HEL)細胞の表面において、CD19およびMPLの発現を検出するのに使用された。この細胞は、シグナルペプチドを欠損したヒト化Gluc cDNAも発現した。ベクターおよびMPL発現Jurkat−Gluc、K562−GLuc、HEL.92.1.7−GLuc、RAJI―Gluc、およびRS411−Gluc細胞を、FMC63−GGSG−NLuc−AcV5および161−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液と共に、4℃で1時間培養し、0.1%BSAで補充した冷却PBSで十分洗浄した。細胞は冷却PBSに再懸濁し、細胞懸濁液30μLを平底384ウェルプレート(Greiner、384ウェルホワイトプレートカタログ番号781075)の各ウェルで三つ組で培養した。NLuc基質として天然のセレンテラジン(CTZ)を含むNLucアッセイ緩衝液(PBSで希釈したセレンテラジンの30μL/ウェル)が、Bio Tek Synergy H4プレートリーダーを用いて、ウェルモードで、自動ディスペンサによって各ウェルに添加され、NLuc活性の測定値として光放射が測定された。161−GGSG−NLuc−AcV5との強力な結合がHEL.92.1.7−Glucベクター細胞で観察されたが、これはMPLの有意の内在性発現を示している。HEL.92.1.7−GLuc−MPL細胞におけるMPLの異所性発現は、161−GGSG−NLuc−AcV5において僅かな上昇を示した。対照的に、Jurkat、RAJI、およびRS411細胞を発現するベクターでは、161−GGSG−NLuc−AcV5との間で極めて弱い結合が観察され、MPLの異所性発現の増加も僅かであった。161−GGSG−NLuc−AcV5の結合はK562ベクター細胞で観察され、K562−MPL細胞で大幅に増大した。161−GGSG−NLuc−AcV5とは対照的に、FMC63−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液は、ベクターおよびMPL発現RAJI細胞に関しては最も強力な結合を示し、RS411細胞に関してはある程度強力な結合を示したが、他の細胞に関しては極めて弱い結合、または無視できるほどの結合しか示さなかった。
(CD19およびMPL(トロンボポエチン受容体)を標的とするキメラ抗原受容体(CAR)およびキメラTCR(SIR)による受容体への結合親和性を定量測定するためのアッセイの開発)
養子細胞療法分野で頻繁に生じる問題は、キメラ抗原受容体およびSIRを発現する細胞を検出可能な高感度で特異的なアッセイの欠如である。タンパク質Tによる染色は、CARおよびSIRを含むscFvの細胞表面発現の検出には使用できるが、標的抗原とCARおよびSIRとの相互作用を測定することはできない。C19およびMPLを標的とするCARの結合親和性を検出するため、PCT/US2017/025602(参照として、その全体が本明細書に援用される)記載の極めて高感度なルシフェラーゼレポーターベースの抗原検出アッセイが使用された。シグナルペプチドを含むヒトCD19およびヒトMPLの細胞外ドメインが、フレーム単位で、GLy−Gly−Ser−Glyリンカー、NLuc(分泌シグナルなし)、およびAcV5エピトープタグをコードするヌクレオチド配列と融合された。CD19コンストラクトの場合、シグナルペプチドと細胞外ドメインの最初の部分との間にFLAGタグが挿入された。カセット全体がヒトEF1αプロモーターの下流のレンチウイルスベクターpLenti−EF1にクローン化され、コンストラクトpLenti−EF1−CD19−GGSG−NLuc−AcV5およびpLenti−EF1−MPL−GGSG−NLuc−AcV5がそれぞれ作製された。挿入断片の核酸配列は、それぞれ配列番号4518および4519に提供される。該コンストラクトは、リン酸カルシウム共沈法により293FT細胞にトランスフェクションされた。トランスフェクションの約20時間後、細胞培養培地を新鮮な培地で置き換えた。48〜72時間後、分泌されたFlag−CD19−GGSG−NLuc−AcV5およびMPL−GGSG−NLuc−AcV5がタンパク質を含む調整培地が回収された。
293F−T細胞は、リン酸カルシウム共沈法を用いて、CD19(FMC63−BBZ−PAC、配列番号4501)、MPL(161−BBZ−PAC−R07、配列番号4502、または161−28Z−PAC−Z07)を標的とするキメラ抗原受容体を発現するレンチウイルスコンストラクトで一時的にトランスフェクションされた(24ウェル中、容積500μL)、あるいはトランスフェクションなしであった。翌朝、トランスフェクションの約18時間後、ピペットで上下に攪拌して細胞を1.5mLのチューブに回収した。チューブは5分間1500RPMで回転された。次に、細胞は洗浄緩衝液(PBS中の1%FBS)で1回洗浄され、GGS NLuc上澄み液の表示分泌型100μLと一緒に培養された。細胞は4℃で1時間培養した。
培養後、細胞は洗浄緩衝液(各洗浄につき1mL)で五回洗浄した。最終的に、ペレットを200μLの洗浄緩衝液に再懸濁した。再懸濁された細胞は、三つ組で(各25μL)384ウェルプレートに置かれた。ルシフェラーゼ活性が、天然のセレンテラジンを含むNLucアッセイ緩衝液(Promega)を直接ウェルに(一度に一回ずつ)添加(各ウェルに25μL)した後、Bio Tek Synergy H4プレートリーダーを用いて測定された。
図9A〜Bに示されるように、NLucアッセイで測定される場合、CD19(FMC63−BBZ−PAC)−CARを発現する293FT細胞は、Flag−CD19−GGSG−NLuc−AcV5への強力な結合を示したが、非感染T細胞(UI)または対照の161−BBZ−PAC CARを発現する細胞では、極めて僅かな結合しか見られなかった。同様に、161−BBZ−PAC CARを発現する293FT細胞は、非感染293FT細胞またはFMC63−BBZ−PAC CARでトランスフェクションされた細胞と比較すると、MPL−GGSG−NLuc−AcV5との間で強力な結合を示した。斯かる結果は、高感度かつ定量的な方法で、細胞発現キメラ受容体とその抗原との結合を測定するのに、GGSG−NLucアッセイ(またはNLuc結合アッセイ)が有効であることを証明している。CARおよびSIRの異なる潜在的標的の細胞外ドメインを含む他の多くのNLuc融合タンパク質が、対応するCARを発現する293TまたはT細胞を用いて構築および確認された。斯かるコンストラクトの名前、DNA、およびアミノ酸の配列番号は表7Iに提供される。類似のコンストラクトが、他の抗原標的についても、短い可撓性リンカーを通して、CAR/SIRの標的である細胞外ドメインをNLucと融合することにより作製できる。CD20は2つの細胞外ループを有するタイプIII膜タンパク質である。CD20−ECx2−ECD−GGSG−TurboLuc16−4xFlag−2xStreptag−8xHis−T2A−Pac(060816−I04)融合コンストラクトが成功裏に作製され、CD20 CAR発現細胞に対して確認された。このコンストラクトのアミノ酸配列は、配列番号12374に示される。従って、CAR/SIR発現細胞の発現および結合親和性の検出に使用可能な、CARまたはSIRの任意のタンパク質抗原標的を用いて、NLuc(またはTurboLuc16)融合タンパク質を生成することが可能である。
ProteinLはカッパ軽鎖に結合することが知られている。カッパ軽鎖を含むCARおよびSIRの発現を検出するため、N末端ProteinLコード領域を含む2つのNLuc融合コンストラクトが、CD8シグナルペプチドの下流に構築された。2つのコンストラクトは以下の点、すなわち、コンストラクトCD8SP−ProteinL−2−GGSG−NLuc−4xFLAG−x2STREP−8xHis−T2A−PAC(101916−P03)(配列番号12382)が、コンストラクトCD8SP−ProteinL−GGSG−NLuc−4xFLAG−x2STREP−8xHis−T2A−PAC(112316−Q02)(配列番号12381)には存在するProteinLコード領域の単一アミノ酸を欠如していると言う点を除き、同一である。融合タンパク質を含む調整上澄み液が、構成物を293FT細胞にトランスフェクションすることにより作製され、カッパ軽鎖を含むCARに結合することが示された(この場合、カッパ軽鎖はProteinLに結合する)。抗原NLuc融合タンパク質、例えば、CD19−ECD−GGSG−NLuc−AcV5は、CARまたはSIRの抗原結合ドメインに結合するので、CARまたはSIR発現免疫エフェクター細胞の結合親和性を測定するのに使用できる。対照的に、ProteinL−GGSG−NLuc融合タンパク質は、CARまたはSIRのカッパ軽鎖に結合する。従って、斯かる試薬の主な実用性はCARまたはSIRの発現を検出ことであり、この試薬は、CARまたはSIRとその標的抗原との結合親和性の測定には使用できない。
(MPL CARを発現するT細胞は、MPL−GGSG−NLuc融合タンパク質に結合できる)
異なるMPL CARコンストラクトを発現するJurkatT細胞または対照CAR(4C3)が、MPL−GGSG−NLuc−AcV5およびCD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液と一緒に培養され、十分な洗浄後、実質的に前述の例に記載されたやり方で、NLuc活性が分析された。その結果は図10に示してあり、異なるMPL CARコンストラクトを発現するJurkat細胞とMPL−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質との間の結合レベルが異なっていることを示している。斯かる相違は、異なるコンストラクトの発現レベルの違い、および/またはそれぞれのscFvとMPLとの結合親和性の違いを反映している。
(一次ヒトT細胞でのSIRの発現およびNLucアッセイによるその検出)
CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞に、CD19を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスを感染させた。MPLを標的にするSIRをコードするレンチウイルスベクター(161−SIR−U01)は陰性対照として使用した。感染後、細胞は、別の規定がない限り、10ng/mL可溶性抗CD3、10ng/mL可溶性抗CD28、および100IU組換えヒトIL−2を含むXVIVO培地で増殖させ、ピューロマイシンで選択した。異なるSIRコンストラクトを発現するT細胞は、CD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液と一緒に培養し、十分な洗浄後、実質的に前述の例に記載されたやり方で、NLuc活性が分析された。データは、CD19−GGSG−NLuc−AcV5が異なるSIRを発現するT細胞に結合することを示している。野生型ヒトTCRαおよびヒトTCRβ2ヌクレオチド配列によってコードされたTCRαおよびTCRβ定常領域を含む、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)を発現するT細胞は、陰性対照SIR161−SIR−U01(NLuc平均値=1580)を発現するT細胞と比較して、CD19−GGSG−NLuc−AcV5との有意の結合は一切示さなかった(NLuc平均値=1190)。対照的に、コドン最適化マウスTCRαおよびマウスTCRβヌクレオチド配列でコードされたTCRαおよびTCRβ定常領域を含む、CD8SP−FMC63−vL−V5−[mTCRb−opt]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[mTCRa−opt]−F−F2A−PAC(080815−B06)(配列番号953)は、CD19−GGSG−NLuc−AcV5との有意の結合を示した(NLuc平均値=5359)。CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)を発現するT細胞は、CD19−GGSG−NLuc−AcV5との強力な結合を示した(NLuc平均値=19178)。このコンストラクトは、コドン最適化ヒトTCRαおよびヒトTCRβヌクレオチド配列でコードされたTCRαおよびTCRβ定常領域を含んでおり、TCRβ定常鎖にS57C変異、TCRα定常鎖にT48C変異を有している。CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)SIRも、FMC63−vL領域とTCRβ鎖との間にV5エピトープタグを有し、FMC63−vH領域とTCRα鎖との間にMycタグを有している。CD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021)SIRを発現するT細胞は、CD19−GGSG−NLuc−AcV5と更に強力な結合を示した(NLuc平均値=39575)。このコンストラクトは、ヒトCD19に対するヒト化モノクロナール抗体であるhCD19−Bu12抗体由来のvLおよびvH断片を有すると言う点を除いて、FMC63ベースの050515−L05に類似している。CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)を発現するT細胞は、CD19−GGSG−NLuc−AcV5と最も強力な結合を示した(NLuc平均値=107077)。このコンストラクトは、コドン最適化ヒトTCRαおよびヒトTCRβヌクレオチド配列でコードされたTCRα(TCRa)およびTCRβ(TCRb)定常領域を含んでおり、TCRβ定常鎖にS57C変異、TCRα定常鎖にT48C変異を有している。FMC63−SIR−D06コンストラクトも、FMC63−vL領域とTCRβ鎖との間にV5エピトープタグを有し、FMC63−vH領域とTCRα鎖との間にMycタグを有している。最後に、このコンストラクトにおいて、TCRαおよびTCRβ定常鎖はマウス化されている。従って、ヒトTCR−b定常領域の5つのアミノ酸が、対応するマウスのアミノ酸で置き換えられている。斯かるアミノ酸は、K−18、A−22、I−133、A−136、およびH−139である。加えて、4つのアミノ酸、すなわち、セリン(S−90)、アスパラギン酸(D−91)、バリン(V−93)、およびプロリン(P−94)を含むマウスTCRa定常鎖の領域が、ヒトTCRa定常鎖を置き換えていた。
CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(082815−G07)(配列番号1620)およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CD19Bu12−vL−Gly−Ser−Linker−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(082815−E05)(配列番号1622)SIRコンストラクトを発現するT細胞も、CD19−GGSG−NLuc−AcV5への有意の結合を示した(それぞれ、NLuc平均値=29262および4671.5)。082815−G07コンストラクトにおいて、FMC63−scFv断片(すなわち、FMC63(vL+vH))は、TCRa−CSDVP断片に融合されており、TCRb−KACIAH定常領域断片は、抗原結合部分なしに発現される。082815−E05コンストラクトは、CD19Bu12断片が、082815−G07コンストラクトに存在するFMC63−scFvに置き換わっていると言う点を除いて、082815−G07に類似している。
総合的に、野生型ヌクレオチド配列でコードされているTCRαおよびTCRβ定常領域を含むSIRは、CD19への有意の結合を有していないことをこの結果は示しているが、これは恐らく、ヒト一次T細胞における斯かるコンストラクトの発現が乏しい故であろう。対照的に、ジスルフィド結合を促進するために追加のシステイン残基を有するコドン最適化ヒトTCRa/bを含むSIRは、効果的なCD19結合および機能発現を示す。(081415−D06)(際列番号992)SIRに示されるように、ヒトTCRα/β定常鎖のマウス化は、CD19結合を更に増大させる。更に、(082915−G07)(配列番号1620)および(082815−E05)(配列番号1622)コンストラクトに見られるように、TCRa定常領域に融合され、TCRb定常鎖と共発現されるならば、たとえTCRbが抗原結合部分を全く有していない場合でも、scFv断片は機能的に発現する(図11を参照)。あるいは、斯かるコンストラクトにおけるTCRb鎖は、scFv断片に存在するvLおよびvH鎖の機能アセンブリに干渉しない限り、無関係なvLまたはvH部分を発現できる。
Jurkat−NFAT−Luc細胞は、種々のコンストラクト(配列番号922、953、900、992、1110、および1021)が安定的に形質導入され、ピューロマイシンで選択された。細胞はCD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液と一緒に培養され、十分な洗浄後、実質的に前述の例に記載されたやり方で、NLuc活性が分析された。親Jurkatおよび上記異なるコンストラクトを発現する細胞のNLuc値は、それぞれ996、3606、12128、37216、503043、101958、および128996であった。野生型ヌクレオチド配列を有するTCRa/bコンストラクト鎖を含む、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)コンストラクトを発現するJurkatのCD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液との結合は全く有意ではないが、コドン最適化されたヌクレオチド配列を有するTCRa/b定常鎖を含む他のコンストラクト、および/または鎖対形成および/または発現を向上させるために特定のアミノ酸配列を有する他のコンストラクトとの関係では、種々のレベルの結合が行われることを実験が示している。特に、配列番号900および992を有するコンストラクトは、CD19−GGSG−NLuc結合の点で、それぞれ10倍および15倍超の増大を示した。
Jurkat−NFAT−Luc細胞は、異なるSIRコンストラクトが安定的に形質導入され、ピューロマイシンで選択された。細胞はCD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液と一緒に培養され、十分な洗浄後、実質的に前述の例に記載されたやり方で、NLuc活性が分析された。異なるSIRコンストラクトが、CD19−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質との関係で、種々のレベルの結合を示している。特に、TCRγおよびTCRδ由来のTCR定常鎖を含むコンストラクトCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRg−opt]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRd−opt]−F−F2A−PAC(091015−A06)(配列番号949)も、CD19−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質への結合を示した。親Jurkatおよび配列番号1620、1623、1622、926、949、1112を有するコンストラクトを発現する細胞のNLuc値は、それぞれ1515、27594、6357、10254、693、2176、および179である。従って、この場合も、配列番号926を有するコンストラクトが、可溶性CD19との結合で最低値を示した。
Jurkat−NFAT−Luc細胞は、表示コンストラクトが安定的に形質導入され、ピューロマイシンで選択された。細胞はCD19−GGSG−NLuc−AcV5上澄み液と一緒に培養され、十分な洗浄後、実質的に前述の例に記載されたやり方で、NLuc活性が分析された。異なるSIRコンストラクトが、CD19−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質との関係で、種々のレベルの結合を示した。
(CD19SIRを発現するT細胞は、CD19発現RAJIリンパ腫細胞で細胞毒性を誘発する)
CD19を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。細胞内でhGLucを安定的に発現するRAJI細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞溶解の誘発は、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより、Bio Tek Synergyプレートリーダーを用いて測定したGLuc活性増大により分析した。CD−19特異的なSIR CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)およびCD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021)を発現するT細胞と共培養した後に、MPLを標的とする対照SIR CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112)を発現するT細胞と比較すると、GLuc活性の増大すなわち標的細胞の溶解をデータは示している。ジギトニン処理を使用して、最大細胞死を示した。コンストラクト(040315−U02)(配列番号1112)、(050515−L05)(配列番号900)、(070215−M03)(配列番号1021)へ接触させた後ジギトニン処理を行ったRAJI細胞の平均GLuc値は、それぞれ119、3042、2547、および3869であった。
(CD19SIRを発現するT細胞は、CD−19発現RAJIリンパ腫で細胞毒性を誘発する)
CD19を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた、あるいは非感染状態(T−UI)に放置した。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するRAJI細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞溶解の誘発は、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより、Bio Tek Synergyプレートリーダーを用いて測定したGLuc活性増大により分析した。培地だけ(Med)を含むウェル、および任意のSIRコンストラクトで感染させていないT細胞(T−UI)と一緒に標的細胞を培養したウェル内のGluc活性が、この実験および指示された以後の実験で対照として使用された。CD−19特異的なSIR CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)、CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(091015−Y08)(配列番号926)、およびCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)を発現するT細胞と共培養した後に、MPLを標的とする対照SIR CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112)を発現するT細胞、または非感染T細胞(T−UI)と比較すると、GLuc活性の増大すなわち標的細胞の溶解をデータは示している。(091015−Y08)(配列番号926)コンストラクトの結果は、機能性二重鎖SIRを作製するにあたりTCRβの定常鎖と共発現させた場合、前TCRα−del48定常鎖断片はTCRα定常鎖領域に置き換えられることを示している。Medは媒体だけを示しており、T−UIはいずれのSIRコンストラクトでも感染されていないT細胞を意味している。
(TCR定常鎖の1つに結合しており相補性TCR鎖を欠損しているCD19単鎖SIRを発現するT細胞は、CD−19発現RAJIリンパ腫において有意の細胞毒性は誘発できない)
CD19抗原に向けられたCD19Bu12およびFMC63モノクロナール抗体由来のscFvがTCRb定常鎖に融合されており、相補性TCRaが発現されていないSIRコンストラクトを作製した。コンストラクトCD8SP−CD19Bu12−vL−Gly−Ser−Linker−CD19Bu12−vH−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−PAC(051216−D08)(配列番号1022)において、(CD19Bu12−vL−Gly−Ser−Linker−CD19Bu12−vHとして示される)CD19Bu12のscFv断片が、V5リンカーを通して、野生型ヌクレオチド配列を含むTCRb定常鎖に結合された。コンストラクトCD8SP−FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vH−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−PAC(051216−G01)(配列番号912)において、(FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vHに示される)FMC63のscFv断片が、V5リンカーを通して、コドン最適化ヌクレオチド配列を含みS57C変異を有するTCRb定常鎖に結合された。コンストラクトCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(082815−G07)(配列番号1620)において、FMC63のscFv断片が、MYCリンカーを通して、コドン最適化ヌクレオチド配列を含みCSDVP変異を有するTCRb定常鎖に結合されたが、その場合、該TCRaは、V5リンカーを通してコドン最適化ヌクレオチド配列を含みKACIAH変異を有するTCRb定常鎖と共発現された。コンストラクトCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)およびCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−K13−FLAG−F−T2A−PAC(051216−K04)(配列番号918)は、FMC63由来のvLおよびvH断片がそれぞれhTCRb−KACIAHおよびhTCRa−CSDVPに結合した二重鎖コンストラクトである。
異なるコンストラクトがT細胞で発現され、前述の通り、RAJI−GLuc細胞を溶解する能力について試験された。相補性TCRa定常鎖を欠損する(051216−D08)(配列番号1022)および(051216−G01)(配列番号912)SIRを発現するT細胞は、非感染細胞(T−UI)または培地だけを含むウェルと比較した場合、RAJI細胞の溶解を誘発できないことをデータは示している。(082815−G07)(配列番号1620)、(051216−K04)(配列番号918)、および(081415−D06)(配列番号992)は、T−UI細胞に接触したRAJI−GLuc細胞と比較して、それぞれ2倍超、2倍超、および4倍超のGluc活性増大を示した。
(TCR定常鎖の1つに結合しており相補性TCR鎖を欠損しているCD19単鎖SIR(SC SIR)を発現するT細胞は、CD−19発現RAJIリンパ腫において細胞毒性は誘発できない)
CD19を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するRAJI細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞溶解の誘発は、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより、Bio Tek Synergyプレートリーダーを用いて測定したGLuc活性増大により分析した。抗原結合ドメインがTCRb定常鎖に結合し相補性TCRa定常鎖を欠損するSIRコンストラクト(051216−D08)(配列番号1022)、(051216−F03)(配列番号1023)、および(051216−G01)(配列番号912)SIRを発現するT細胞は、非感染T細胞(T−UI)または培地だけを含むウェルと比較すると、RAJI細胞の溶解を誘発できないことをデータは示している。
(CD19SIRを発現するT細胞は、CD19発現RAJIリンパ腫で細胞毒性を誘発する)
CD19を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。TCRβ2鎖を標的にするコンストラクト(CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TCRB2−CP01−E05−vL−Gly−Ser−Linker−TCRB2−CP01−E05−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(030816−C05)(配列番号1781))が、陰性対照として用いられた。(コンストラクト022216−A04および031416−A18に関しては)細胞は選択されず、(他のコンストラクトに関しては)ピューロマイシンで選択され、増殖された。細胞は、RAJI−Gluc細胞の溶解能力について試験された。結果は、非感染T細胞(T−UI)または培地だけを含むウェルと比較すると、全てのコンストラクトを発現するT細胞によって標的細胞溶解が効果的に行われることを示している。特に、効果的な抗原細胞溶解は、コンストラクト(031616−B05)(配列番号1019)、(031616−C05)(配列番号1020)、(021816−N02)(配列番号1016)によって観察されるが、その場合、CD19Bu12scFv断片はTCRb定常鎖に結合しており、空のhTCRa定常鎖と共発現する。効果的な抗原細胞溶解は、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−2−CD19MM−vL−Gly−Ser−Linker−CD19MM−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(031616−A05)(配列番号1623)でも観察されるが、この場合、CD19MMscFvはMycリンカーを通してhTCRa−CSDVP定常鎖に結合しており、V5リンカーを有する空のhTCRb−KACIAH定常鎖と共発現する。効果的な抗原細胞溶解は、CD8SP−CD19Bu12−scFv−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−scFv−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(020216−B07)(配列番号1026)でも観察されるが、この場合、CD19Bu12scFvはhTCRb−KACIAH鎖に結合しており、FMC63scFvはhTCRa−CSDVPに結合しており、従って、2つの異なるscFv断片を含む機能性SIRが構築できることが証明された。最後に、効果的な抗原細胞溶解は、コンストラクトCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−K13−FLAG−F−T2A−CNB30(022216−A04)(配列番号920)およびCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−P2A−CD3z−41BB−T2A−CNB30(031416−A18)(配列番号998)でも観察されるが、その場合、FMC63由来のvLおよびvH断片は、それぞれhTCRb−KACIAHおよびhTCRa−CSDVP定常鎖と結合している。しかし、斯かるコンストラクトは、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルスがコードするウイルスFLICE阻害タンパク質(vFLIP)K13および融合タンパク質CD3z−41BBをそれぞれ共発現する。K13タンパク質は、細胞タンパク質NEMOに結合することにより、NF−κB経路を選択的に活性化することが知られており、CD3z−41BB融合タンパク質は、TCR複合体のCD3z鎖に結合する共刺激分子41BBの細胞質ゾル信号伝達ドメインを含む。共刺激シグナルを提供することにより、CD3z−41BB融合タンパク質はSIR発現細胞の活性化および増殖を向上させ、機能性を高め、長期的維持を改善する。022216−A04および031416−A18コンストラクトも、カルシニューリン阻害剤への耐性を与えるカルシニューリンB鎖のCNB30変異体、例えばFK506(タクロリムス)を発現する。
(CD19を標的にする二重鎖(DC)および1.5鎖(OAH)SIRを発現するT細胞は、CD19発現RAJIリンパ腫の細胞毒性を誘発する)
CD19を標的にする異なるSIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで細胞を感染させ、RAJI−GLuc細胞に対する細胞毒性を試験した。野生型ヌクレオチド配列でコードされたTCRβおよびTCRα定常鎖(すなわち、それぞれ配列番号746および配列番号731)を含む、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)SIRコンストラクトは、MPLを標的とする陰性対照コンストラクトCD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112)と比較して、有意の標的細胞溶解は誘発しないことをデータは示している。対照的に、全ての他のコンストラクト(例えば、(050515−L05)(配列番号900)、(070215−M03)(配列番号1021)、(081415)(配列番号992)、(080815−B06)(配列番号953)、(082815−G07)(配列番号1620)、および(082815−E05)(配列番号1622))はGLuc活動を上昇させ、標的細胞の溶解を示した。(082815−G07)(配列番号1620)および(082815−E05)(配列番号1622)コンストラクトは、hTCRb−KACIAH(配列番号748)をhTCRa−CSDVP(配列番号732)定常鎖断片と一緒に発現する(その場合、各鎖にFMC63およびCD19Bu12scFvがそれぞれ融合している)。抗原結合ドメインがTCRa定常鎖に融合しているSIRは、空の相補性TCRb定常鎖と共発現させれば、効果的な標的細胞溶解を誘発できる。斯かるSIRにおける空のTCRb定常鎖は、抗原結合ドメインを有するTCRa定常鎖の細胞表面発現を促進するのであろう。
(TCRaおよびTCRb定常鎖の野生型ヌクレオチド配列を有するCD19Bu12SIRを発現する細胞は、CD19発現RAJIリンパ腫において細胞毒性を誘発しない)
RAJI−GLuc細胞を、CD19を標的にする異なるSIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。上記方法により、SIR細胞仲介による標的細胞の溶解誘発を分析した。、野生型ヌクレオチド配列でコードされたTCRbおよびTCRa定常鎖を含むCD19Bu12ベースのCD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(021916−Q03)(配列番号1038)SIRコンストラクトは、陰性対照コンストラクト111815−O05または非感染T細胞と比較して、有意の標的細胞溶解を誘発しないことをデータが示していたが、これはヒト一次T細胞における021916−Q03SIRコンストラクトの発現が乏しかったからであろう。従って、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)コンストラクトの場合同様、TCRaおよびTCRb鎖の野生型ヌクレオチド配列に基づく別のSIRも、標的細胞株に対して有意の細胞毒性を誘発できなかった。
(CD19を標的にする1.5鎖(OAHSIR)を発現するT細胞は、CD19発現RAJIリンパ腫において細胞毒性を誘発する)
CD19を標的にする異なるSIRをコードするレンチウイルスで、ヒト末梢血T細胞を感染させ、RAJI−GLuc細胞を用いて、エフェクター対標的(E対T)比1対1で96時間、細胞毒性を試験した。野生型ヌクレオチド配列でコードされたTCRbおよびTCRa定常鎖を含むCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)SIRコンストラクトは、陰性対照コンストラクト040315−U02と比較して、有意の標的細胞溶解を誘発しないことをデータは示しているが、これはヒト一次T細胞における上記(すなわち、080815−F02)の発現が乏しかったからであろう。対照的に、全ての他のコンストラクト(例えば、050515−L05、070215−M03、081415−D06、080815−B06、082815−G07、および082815−E05)はGLuc活動を上昇させ、標的細胞の溶解を示した。082815−G07および082815−E05コンストラクトは、TCRb定常鎖(KACIAHバージョン)をTCRa(CSDVP)断片と一緒に発現する(その場合、各鎖にFMC63およびCD19Bu12scFvがそれぞれ融合している)。従って、TCRa定常鎖に融合した抗原結合ドメインに基づくSIRは、空の相補性TCRb定常鎖と共発現させれば、効果的な標的細胞溶解を誘発できる。従って、OAHSIRは、単鎖SIR(SCSIR)よりも効果的である。これは、恐らく、T細胞上の効果的な発現には、TCRaおよびTCRbが相補性鎖を必要とするからであろう。
(CD19を標的にする二重鎖(DCSIR)を発現するT細胞は、CD19発現RAJIリンパ腫において細胞毒性を誘発する)
RAJI−GLuc細胞を、CD19を標的にする異なるSIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養し、その後GLuc活性を測定した。CD8SP−FMC63−vL−Myc−[hTCRa−T48−opt1]−F−F2A−FMC63−vH−V5−[hTCRb−C57C−opt1]−F−P2A−PAC(100515−E03)(配列番号902)コンストラクト(FMC63−vLはhTCRa−T48−opt1定常鎖と結合し、FMC63−vHはhTCRb−C57C−opt1定常鎖と結合している)を発現するT細胞は、非感染T細胞、あるいはCD4またはKSHVタンパク質を標的にする陰性対照CARを発現するT細胞と比較して、標的細胞の効果的な溶解を誘発できることをデータが示している。同様に、CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)およびCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(100815−B04)(配列番号951)コンストラクトを発現するT細胞(FMC63−vL鎖はTCRb−S57C−opt1またはhTCRb−S57C−opt定常鎖と結合し、FMC63−vH鎖はTCRa−T48C−opt1またはhTCRa−T48C−opt定常鎖と結合する)は、効果的な標的細胞溶解を誘発した。最後に、IgHSP−FMC63−vH−[hTCRb−C57C−opt]−F−P2A−CD8SP−FMC63−vL−MYC−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−Pac(101415−M05)(配列番号901)コンストラクトを発現するT細胞(FMC63−vH鎖はhTCRb−C57C−opt定常鎖と結合し、FMC63−vL鎖はhTCRa−T48C−opt定常鎖と結合する)も、標的細胞の効果的な溶解を誘発できる。従って、二重鎖SIRコンストラクトにおいては、抗体のvL断片はTCRaまたはTCRb定常鎖と結合し、vH断片は相補性TCRbまたはTCRa定常鎖と結合できる。加えて、二重鎖SIRコンストラクトにおいては、両方の機能性ポリペプチド単位(FPU)が同じベクターから発現されるが、FPUを含むTCRbまたはTCRa鎖が第一(または5’)FPUであり得る。
(CD20SIRを発現する細胞は、CD20発現RAJI細胞において細胞毒性を誘発する)
RAJI−GLuc細胞を、CD19およびCD20を標的にする異なるSIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養し、その後GLuc活性を測定した。非感染T細胞または培地(Med)だけを含むウェルと比較して、CD8SP−CD20−2F2−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD20−2F2−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(100615−D05)(配列番号1221)SIRを発現するT細胞によって標的細胞溶解が効果的に誘発されることをデータが示している。CD19を標的とするSIRコンストラクトCD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)およびCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(100815−L05)(配列番号951)においても、僅かな細胞毒性が観察された。
(イヌTCRaおよびイヌTCRb定常鎖を含むCD20SIRを発現する細胞は、CD20発現RAJI細胞において細胞毒性を誘発する)
CD20を標的にするSIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させたが、この場合、ヒトCD20(2F2)に対するモノクロナール抗体のvLおよびvH断片が、コドン最適化イヌTCRaおよびTCRb定常鎖に結合されている。E対T比10対1で4時間共培養後、RAJI−GLuc細胞に対する細胞毒性が試験された。非感染T細胞との比較で、TCRbおよびTCRaに基づくCD8SP−CD20−2F2−vL−[イヌTCRb−opt]−F−P2A−CD20−2F2−vH[イヌTCRa−opt]−F−F2A−PAC(051716−E02)(配列番号1113)を発現するT細胞によって標的細胞溶解が効果的に誘発されることをデータが示している。
(Lym1SIRを発現するT細胞は、Lym1発現Kasumi−1細胞において細胞毒性を誘発する)
CD8SP−Lym1−vL[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−Lym1−vH−[hTCRa−opt2−Del]−F−F2A−PAC(012716−B01)(配列番号1185)SIRをコードするレンチウイルスで、ヒトT細胞を感染させ、ピューロマイシンを用いた選択後、Kasumi−1−GLuc細胞に対して、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間、細胞毒性の試験を行った(対照は非感染T細胞(T−UI)である)。細胞毒性はGLuc活性の増大で求められた。(012716−B01)(配列番号1185)SIRを発現するT細胞による標的細胞溶解の効果的な誘発をデータが示しており、Gluc活性は、非感染T細胞またが培地だけを含むウェルと比較して、約9倍増大した。
(Lym1およびLym2SIRを発現する細胞は、Lym1およびLym2発現RAJI細胞において細胞毒性を誘発する)
Lym1およびLym2を標的とするSIRを発現するT細胞が、E対T比10対1で共培養後の4時間目に、RAJI−GLuc細胞に対して試験された。CD8SP−Lym1−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−Lym1−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(021216−H02)(配列番号1314)およびCD8SP−Lym2−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−Lym2−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(100615−B07)(配列番号1315)SIRの両方により、標的細胞溶解が効果的に誘発されることをGluc細胞毒性アッセイのデータが示しており、Gluc値は、T細胞を発現する対照SIR(配列番号4639)、非感染T細胞、または培地だけと比較して、それぞれ約20倍超および10倍超高かった。082815−P08は、CD19Bu12scFvを発現しCD19抗原を標的にする従来のCARである。野生型ヌクレオチド配列でコードされるTCRbおよびTCRaを含むCD19Bu12ベース(021916−Q03)(配列番号1038)SIRコンストラクトを発現するT細胞は、この場合も、有意の標的細胞溶解を誘発することができなかった。
(CS1(SLAMF7またはCD319)に対してSIRを発現するT細胞は、CS1発現L363およびU266細胞において細胞毒性を誘発する)
CS1(SLAMF7)を標的にするSIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択され、E対T比10対1で4時間、L363−GLucおよびU266−GLuc細胞に対して細胞毒性が試験された。Gluc細胞毒性アッセイにより、非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較し、CD8SP−CS1−huLuc90−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−huLuc90−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(012716−A02)(配列番号1254)SIRを発現するT細胞により、L363−GLucおよびU266−GLuc溶解の効果的な誘発が示された(Gluc値で約15倍超および10倍の増加)。
(BCMA(B細胞成熟抗原、TNFRSF17、またはCD269)およびCSIに対してSIRを発現するT細胞は、BCMA発現L363およびU266細胞において細胞毒性を誘発する)
CS1(SLAMF7)およびBCMAを標的にするSIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択され、E対T比10対1で4時間、L363−GLucおよびU266−GLuc細胞に対して細胞毒性が試験された。Gluc細胞毒性アッセイにより、非感染T細胞、対照SIRであるCD8SP−KSHV−4C3−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−4C3−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(111815−O05)(配列番号4639)を発現するT細胞、または培地だけを含むウェルと比較し、CD8SP−BCMA−huC12A3−L3H3−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−BCMA−huC12A3−L3H3−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(011116−A07)(配列番号1212)およびCD8SP−CS1−huLuc90−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−huLuc90−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(012716−A02)(配列番号1254)SIRを発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発することが示された。LAMP1を標的にするSIRであるCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−LAMP1−Mb4−vL−Gly−Ser−Linker−LAMP1−Mb4−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050216−A02)(配列番号1732)並びにcMetおよびHer3を標的にする二重特異的CAR041316−F06を発現するT細胞によっても、僅かないし中程度の標的細胞溶解が観察された。
(CD138、CS1、GPRC5D、およびWT1に対してSIRを発現するT細胞は、U266およびL363細胞において細胞毒性を誘発する)
CD138、CS1、GPRC5D、およびWT1を標的にするSIRコンストラクトを発現するT細胞をピューロマイシンで選択し、GLucを安定的に発現するU266およびL363細胞に対して、E対T比2対1で72時間試験した。Gluc細胞毒性アッセイにより、非感染T細胞または培地(Med)だけを含むウェルと比較して、CD8SP−CD138−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD138−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(100815−A05)(配列番号1236)SIRを発現するT細胞が標的細胞溶解を効果的に誘発することが示された。野生型TCRaおよびTCRbを含むSIRであるCD8SP−CD138−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−CD138−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(021916−R04)(配列番号1139)は、U266細胞において最低限しか効果的ではなく、L363細胞においては全く効果的ではなかった。単鎖のSIRであるCD8SP−CD138−vL−Gly−Ser−Linker−CD138−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(030316−G03)(配列番号1169)(CD138scFvがhTCRa−CSDVP定常鎖に結合している)はU266細胞にだけ効果的であった。LAMP1に対する抗体のvL断片およびGPRC5Dに対する抗体のvH断片を有する二重特異的コンストラクトLAMP1−humab1−2−vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−GPRC5D−ET150−18−vH−MYC−[TCRa−CSDVP]−F−F2A−Pac−E05(092916−E05−VN)(配列番号1163)も、両方の細胞タイプで効果的に細胞毒性を誘発した。最後に、特にU266細胞において、CS1およびWT1を標的にするコンストラクトで僅かないし中程度の細胞毒性が観察された。CS1(配列番号1674、1253)およびWT1(配列番号1804、1805)に対するコンストラクトの制限された細胞毒性は、本実験における低いE対T率の使用に起因するのかも知れない。
(CLL1に対するSIRを発現するT細胞は、CLL1発現HL60細胞において細胞毒性を誘発する)
CLL1を標的にするSIRであるCD8SP−CLL1−M26−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−CLL1−M26−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(012616−A05)(配列番号4790)コンストラクトを発現するT細胞をピューロマイシンで選択し、HL60−GLuc細胞に対して、E対T比10対1で4時間試験した。Gluc細胞毒性アッセイにより、非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、(012616−A05)(配列番号4790)SIRを発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発することが示された。
(CLEC5AおよびCLL1に対するSIRを発現するT細胞は、CLEC5AおよびCLL1を発現するHL60細胞において細胞毒性を誘発する)
CLEC5AおよびCLL1に対するSIRを発現するT細胞について、実験を繰り返した。非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CLEC5A−8H8F5−vL−Gly−Ser−Linker−CLEC5A−8H8F5−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(42816−E05)(配列番号1666)、CD8SP−CLL1−M26−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−CLL1−M26−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(012616−A05)(配列番号4790)、およびCD8SP−CLL1−M32−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CLL1−M32−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(021216−I03)(配列番号1250)SIRを発現するT細胞が、HL60−GLuc細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。GLuc値は、3つのSIRを発現するT細胞で処理された細胞において、それぞれ約9倍、4倍、および7倍高かった。
(CSF2RA、LAMP1、およびCLL1を標的にするSIRを発現するT細胞は、CSF2RA、LAMP1、およびCLL1発現するTHP1細胞において細胞毒性を誘発する)
異なるSIRを発現するT細胞をE対T比10対1でTHP−GLuc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、それぞれCSF2RA、LAMP1、およびCLL1を標的にするCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CSF2RA−Ab1−vL−Gly−Ser−Linker−CSF2RA−Ab1−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050216−B02)(配列番号1676)、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−LAMP1−Mb4−vL−Gly−Ser−Linker−LAMP1−Mb4−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050216−F05)(配列番号1732)、およびCD8SP−CLL1−M32−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CLL1−M32−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(021216−I03)(配列番号1250)SIRを発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。
(CSF2RAを標的にするSIRを発現するT細胞は、CSF2RAを発現するMolm13細胞において細胞毒性を誘発する)
CSF2RAを標的にするSIRを発現するT細胞をE対T比10対1でMolm13−GLuc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。 非感染T細胞、KSHVタンパク質(111815−O05)を標的にするSIRを発現するT細胞、または培地だけを含むウェルと比較して、CSF2RAを標的にするSIRであるCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CSF2RA−Ab1−vL−Gly−Ser−Linker−CSF2RA−Ab1−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050216−B02)(配列番号1676)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。
(TSHR(甲状腺刺激ホルモン受容体)およびTnAgを標的にするSIRを発現するT細胞は、TSHRおよびTnAgを発現するJurkatおよびPEER細胞において細胞毒性を誘発する)
TSHRおよびTnAgを標的にする異なるSIRを発現するT細胞をE対T比10対1でJurkat−GLucおよびPEER1−Gluc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。非感染T細胞、陰性対照SIR(111815−O05、042816−H07、031516−J07)を発現するT細胞、または培地だけを含むウェルと比較して、TSHRおよびTnAgを標的にするSIRであるCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TSHR−KB1−vL−Gly−Ser−Linker−TSHR−KB1−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(042916−E03)(配列番号1795)およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TnAg−vL−Gly−Ser−Linker−TnAg−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050216−A04)(配列番号1788)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。
(TnAgを標的にするSIRを発現するT細胞は、TnAgを発現するJurkatおよびPEER細胞において細胞毒性を誘発する)
TnAgを標的にするSIRを発現するT細胞をE対T比10対1でJurkat−GLucおよびPEER1−Gluc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、TnAgを標的にするSIRであるCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TnAg−vL−Gly−Ser−Linker−TnAg−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(080816−H06)(配列番号2003)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。
(MPL(TPO受容体)を標的にするSIRを発現するT細胞は、MPLを発現する細胞において細胞毒性を誘発する)
MPLを標的にするSIRを発現するT細胞をE対T比10対1でHEL−GLuc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、MPLを標的にするSIRであるCD8SP−MPL−175−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−175−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(042116−G01)(配列番号4862)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを実験が示した。
(FLT3を標的にするSIRを発現するT細胞は、FLT3を発現するRS:411(またはRS411)細胞において細胞毒性を誘発する)
FLT3を標的にするSIRを発現するT細胞をE対T比10対1でRS:411−GLuc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。非感染T細胞、陰性対照SIR(111815−O05)を発現するT細胞、または培地だけを含むウェルと比較して、FLT3を標的にするSIRであるCD8SP−FLT3−NC7−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−FLT3−NC7−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050316−C01)(配列番号1273)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのをデータが示した。
(NKG2D細胞外ドメインを発現するSIR、並びにFLT3およびCSF2RAを標的にするSIRを発現するT細胞は、MV411標的細胞において細胞毒性を誘発する)
(GGGGS−GGGGD−Mycリンカーを通してhTCR−CSDVP定常鎖にリンクされている)NKG2Dの細胞外ドメイン並びにFLT3およびCSF2RAを標的にするSIRを発現するヒト末梢血T細胞をE対T比10対1でMV411−GLuc細胞と一緒に4時間培養した。非感染T細胞、陰性対照SIR(CD8SP−KSHV−4C3−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−4C3−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(111815−O05)(配列番号4639))を発現するT細胞、または培地だけを含むウェルと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−NKG2D−(GGGGS−GGGGD)−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(042916−A06)(配列番号1755)、CD8SP−FLT3−NC7−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FLT3−NC7−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050316−C01)(配列番号1273)、およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CSF2RA−Ab1−vL−Gly−Ser−Linker−CSF2RA−Ab1−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(050216−B02)(配列番号1676)SIRを発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのをGluc細胞毒性アッセイが示した。
(CD30およびWT1SIRを発現するT細胞は、U266およびL363標的細胞において細胞毒性を誘発する)
SIRは、特定のHLA抗原との関係で認識できる細胞内ペプチドに対して作製可能である。CD30またはWT1を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。WT1SIRは、HLA−A2分子と一緒にWT1由来のペプチド(RMFPNAPYL)を認識する。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するU266(WT1+/HLA−A2+)およびL−363(WT1+/HLA−A2+)細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIRであるCD8SP−WT1−Ab1−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−WT1−Ab1−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(012816−G01)(配列番号4709)を発現するT細胞は最小限の効果しか示さなかったが、SIRであるCD8SP−WT1−Ab5−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−WT1−Ab5−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(111815−C04)(配列番号4710)を発現するT細胞は、非感染T細胞(T−UI)と比較して、標的細胞を効果的に殺すことをGluc細胞毒性アッセイが示した。加えて、CD30を標的にするSIRであるCD8SP−CD30−Ac10−vL−V5−[hTCRb−LACIAH]−F−P2A−SP−CD30−Ac10−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(010716−K01)(配列番号1227)は、CD30発現標的細胞を効果的に殺した。
(CD33およびCD179bを標的にするSIRを発現するT細胞は、CD33およびCD179bを発現するHL60およびMolm13細胞において細胞毒性を誘発する)
CD33およびCD179bを標的にするSIRを発現するT細胞を、E対T比10対1でHL60−GlucおよびMolm13−Gluc細胞と一緒に4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。それぞれCD33およびCD179bを標的にするSIRであるCD8SP−CD33−AF5−vL−V5−[TCRβ−KACIAH]−F−P2A−SP−CD33−AF5vH−MYC−[TCRα−CSDVP]−F−F2A−Pac(052416−K05)(配列番号1229)およびCD179b−vL−V5−[TCRβ−KACIAH]−F−P2A−SP−CD179b−vH−MYC−[TCRα−CSDVP]−F−F2A−Pac(063016−Y06)(配列番号1237)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのをデータが示した。
(CD33を標的にするSIRを発現するT細胞は、CD33発現HL60細胞において細胞毒性を誘発する)
CD33を標的にするSIRを発現するT細胞を、HL60−Gluc細胞と一緒にE対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。CD33を標的にするSIRであるCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CD33−huMyc9−vL−Gly−Ser−Linker−CD33−huMyc9−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(090116−C02)(配列番号1650)、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CD33−AF5−vL−Gly−Ser−Linker−CD33−AF5−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(083116−E02)(配列番号1864)、およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CD33−huMyc9−vL−Gly−Ser−Linker−CD33−huMyc9−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(083116−C06)(配列番号1860)を発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを実験が示した。
(CXCR4を標的にするSIRを発現するT細胞は、CXCR4発現THP細胞において細胞毒性を誘発する)
CXCR4を標的にする表示二重特異的SIRコンストラクトCD8SP−CXCR4−1−vHH−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−MYC−[hTCRa−CSDV]−F−F2A−PAC(101415−V01)(配列番号1171)を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。SIRコンストラクトは、CD19に対するFMC63抗体のvH断片も発現した。細胞は、HL60−GLuc細胞と一緒に、E対T比5対1で4時間培養し、Glucアッセイを用いて細胞毒性を測定した。非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、CXCR4を標的にするSIRを発現するT細胞が、標的細胞溶解を効果的に誘発するのを実験が示した。
(IL11Raを標的にするSIRを発現するT細胞は、IL11Ra発現BV173細胞において細胞毒性を誘発する)
IL11Raを標的にするSIRを発現するT細胞を、THP−1−Gluc細胞と一緒にE対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−IL11Ra−8E2−Ts107−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−IL11Ra−8E2−Ts107−vH−Myc−[hTCRa−CSDV]−F−F2A−PAC(050516−R06)(配列番号1304)SIRを発現するT細胞が、Bv173標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。
(CD16SIRを発現するT細胞は、CD20発現RAJIリンパ腫において、CD20モノクロナール抗体リツキシマブと一緒に細胞毒性を誘発する)
ヒトIgGに高い親和性を有するCD16A変異体v158Aを発現するSIRコンストラクトCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP2−CD16A−v158−v2−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(020416−A08)(配列番号1186)を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。陰性対照として、KSHVタンパク質に対するA4C3SIRが使用された。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGlucを安定的に発現するRAJI細胞を、リツキシマブ(1μg/mL)の不在および存在下で、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発を、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより、Bio Tek Synergyプレートリーダーを用いて測定したGluc活性増大により分析した。結果は、CD16A−v158SIRコンストラクトにより効果的な標的細胞溶解が生じることを示していたが、それはリツキシマブの存在下のみであった。従って、CD16A−v158SIRは、任意のモノクロナール抗体と一緒に使用可能な汎用SIRとして機能でき、異なる抗原標的に対して個々のSIRを作製する必要がなくなる。
(CD123−161二重特異的SIRを発現するT細胞は、MPL発現Bv173およびHEL細胞において細胞毒性を誘発する)
CD123およびMPL(161)の両方を標的とするSIRコンストラクトIgHSP−CD123−2−vHH−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−CD8SP−MPL−161−HL−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(022516−M08)(配列番号4591)を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGlucを安定的に発現するBv173およびHEL標的細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間培養した。二重特異的SIRが、標的抗体または抗体を発現する標的細胞溶解を効果的に誘発するのをGluc細胞毒性アッセイが示した。
(CD123に対してSIRを発現するT細胞は、CD123発現L428細胞において細胞毒性を誘発する)
CD123を標的にするSIRを発現するT細胞を、L428−Gluc細胞と一緒にE対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−CD123−CSL362−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD123−CSL362−vH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(041416−K04)(配列番号1445)SIRを発現するT細胞が、L428標的細胞溶解を効果的に誘発するのを実験が示した。
(CD123に対してSIRを発現するT細胞は、CD123発現Bv173細胞において細胞毒性を誘発する)
CD123を標的にするSIRを発現するT細胞を、Bv173−Gluc細胞と一緒にE対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけ(Med)と比較して、IgHSP−CD123−2−vHH−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD123−1−vHH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(041416−V03)(配列番号1467)SIRを発現するT細胞が、Bv173標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。このSIRは、hTCRb−KACIAHおよび前TCRa−Del48定常鎖断片にそれぞれ結合した2つの異なるラクダ科動物vHH(CD132−2およびCD132−1)を含んでいる。2つの異なる抗原結合ドメインを含むSIRが機能的に活性であることを、この結果は示している。
(CD79bおよびCD138を標的にするSIRを発現するT細胞は、CD79bおよびCD138発現RAJIおよびL363細胞において細胞毒性を誘発する)
CD796およびCD138を標的にするSIRを発現するT細胞を、RAJI−GlucおよびL363−GLuc細胞と一緒にE対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。非感染T細胞または培地だけを含むウェルと比較して、それぞれCD79bおよびCD138を標的にするCD8SP−CD79b−2F2−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−CD79b−2F2−vH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(041216−H05)(配列番号1130)およびCD8SP−CD138−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD138−vH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(040416−I03)(配列番号1446)SIRを発現するT細胞が、Bv173標的細胞溶解を効果的に誘発するのを結果が示した。
(TCRβ1SIRを発現するT細胞は、TCRβ1発現Jurkat細胞において細胞毒性を誘発する)
TCRB1(TCRβ1)定常鎖を標的にするCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TCRB1−CP01−E09−vL−Gly−Ser−Linker−TCRB1−CP01−E09−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(030816−D04)(配列番号1778)およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TCRB1−Jovil−vL−Gly−Ser−Linker−TCRB1−Jovil−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(030816−B07)(配列番号1779)SIR、並びにCD30を標的にするCD8SP−CD30−Ac10−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD30−Ac10−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(063016−K02)(配列番号1227)SIRを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するJurkat細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGluc活性の増大で分析した。CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TCRB1−Jovil−vL−Gly−Ser−Linker−TCRB1−Jovil−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(030816−B07)(配列番号1779)およびCD8SP−CD30−Ac10−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD30−Ac10−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(063016−K02)(配列番号1227)は効果的な標的細胞溶解を誘発したが、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TCRB1−CP01−E09−vL−Gly−Ser−Linker−TCRB1−CP01−E09−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(030816−D04)(配列番号1778)は同じほど効果的ではなかったことを結果が示した。
(TCRβ2SIRを発現するT細胞は、TCRβ2定常鎖含有SIRを発現するJurkat細胞において細胞毒性を誘発する)
最初の実験において、TCRβ2に向けられたSIRを発現するT細胞は、細胞毒性アッセイにおいて機能的に不活性であった。これは、斯かるSIRのTCRβ定常鎖はTCRβ2鎖由来であり、従って、斯かるSIR発現T細胞は自殺または兄弟殺し(すなわち、近隣のSIR発現細胞を殺し)したからであろう。斯かる問題を回避するため、TCRβ2を標的にするSIRは、TCRβ1に基づいたTCRβ1−op4定常鎖(配列番号752およびアミノ酸配列番号3032)を用いて作製された。TCRB2(TCRβ2)定常鎖を標的にする表示SIR(CD8SP−TCRB2−D05−vL−[hTCRb−opt4]−F−P2A−SP−TCRB2−D05−vH−MYC−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−Pac−K06(072816−K06)(配列番号1129)およびCD8SP−TCRB2−CP01−E05−vL−[hTCRb−opt4]−F−P2A−SP−TCRB2−CP01−E05−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(072816−L06)(配列番号1128))コンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。標的細胞株に関しては、PSMAを標的にするSIRを含むTCRB2定常鎖を安定的に発現するJurkat細胞を使用した。更に、Jurkat細胞は、TurboLucのシグナルペプチド欠損バージョンをレポーターとして共発現した。Jurkat細胞は、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発を、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより、Bio Tek Synergyプレートリーダーを用いて測定したTurboLuc活性増大により分析した。結果は、非感染T細胞(T−UI)または培地だけと比較した場合、CD8SP−TCRB2−D05−vL−[hTCRb−opt4]−F−P2A−SP−TCRB2−D05−vH−MYC−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−Pac−K06(072816−K06)(配列番号1129)およびCD8SP−TCRB2−CP01−E05−vL−[hTCRb−opt4]−F−P2A−SP−TCRB2−CP01−E05−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(072816−L06)(配列番号1128)SIRの両方を発現するT細胞が、標的細胞の効果的な溶解を誘発した(TurboLuc活性の増大として示された)。
(葉酸受容体1(FR1)SIRを発現するT細胞は、FR1発現SKOV3、PC3、およびLNCAP細胞において細胞毒性を誘発する)
FR1を標的にする表示SIRコンストラクト(CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276))を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するSKOV3、PC3、およびLNCAP細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGluc活性の増大により分析した。非感染T細胞(T−UI)と比較して、CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)を発現するT細胞が、SKOV3およびPC3細胞死を効果的に誘発することを結果が示している。Epcam1およびL1CAMを標的とするSIRを発現するT細胞も、SKOV3およびPC3細胞株において、非感染T細胞と比較して、細胞死を僅かに誘発した。
(細胞内抗原TERT、MART1、MUC1、gp100、チロシナーゼ、およびNYESOに対するSIRを発現するT細胞は、標的細胞において細胞毒性を誘発する)
表示SIRコンストラクト(CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TERT−3G3−T865−vL−Gly−Ser−Linker−TERT−3G3−T865−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(021216−L07)(配列番号1784)、CD8SP−TERT−3G3−T865−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−TERT−3G3−T865−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(050316−A01)(配列番号4902)、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−MART1−CAG10−vL−Gly−Ser−Linker−MART1−CAG10−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(021216−N03)(配列番号1739)、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−Muc1−D6−M3B8−vL−Gly−Ser−Linker−Muc1−D6−M3B8−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(021616−B05)(配列番号1751)、CD8SP−MUC1−D6−M3A1−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−MUC1−D6−M3A1−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(050316−B01)(配列番号4870)、CD8SP−NYESO−T1−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−NYESO−T2−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(040416−D01)(配列番号4877)、CD8SP−gp100−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−gp100−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(031516−B03)(配列番号4828)、およびCD8SP−Tyros−B2−vL−[hTCRb−opt2]−F−P2A−SP−Tyros−B2−vH−[hTCRa−opt2]−F−F2A−PAC(032816−B03)(配列番号4915))を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。TERT、MART1、MUC1、gp100、チロシナーゼ、およびNYESOを標的にするSIRは、上述のHLA−A2分子と一緒に、斯かる細胞内タンパク質由来のペプチドを認識する。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現する表示標的(HLA−A2)細胞を、SIRを発現するT細胞と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発はGluc活性の増大により分析した。TERT、MART1、MUC1、gp100、チロシナーゼ、およびNYESOを標的にするSIRは、斯かる細胞内抗原を発現するKLA−A2陽性標的細胞株の溶解を示す。加えて、GD3を標的とするSIRであるCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−GD3−KM−641−vL−Gly−Ser−Linker−GD3−KM−641−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(042816−A04)(配列番号1697)を発現するT細胞は、GD3を発現するMEL624標的細胞の溶解を示す。
(EGFRに対してSIRを発現するT細胞は、EGFR発現HeLa細胞において細胞毒性を誘発する)
EGFRを標的にするSIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するHeLa細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比5対1で24時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−セツキシマブ−vL−Gly−Ser−Linker−セツキシマブ−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(062916−G04)(配列番号1880)を発現するT細胞が、HeLa標的細胞の溶解を効果的に誘発することを結果が示した。
(CD324に対してSIRを発現するT細胞は、CD324発現MDA−MB−231細胞において細胞毒性を誘発する)
CD324を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離したヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGLucを安定的に発現するMDA−MB−231細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比5対1で24時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−CD324−SC10−6−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD324−SC10−6−vH−Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(071516−L04)(配列番号1239)SIRを発現するT細胞が、CD324標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(CD276およびIL13Ra2を標的にするSIRを発現するT細胞は、斯かる抗原を発現するU87−MG標的細胞において細胞毒性を誘発する)
CD276およびIL13Ra2を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。U87−MG−GLuc細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CD276−17−vL−Gly−Ser−Linker−CD276−17−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(042816−C03)(配列番号1658)SIRを発現するT細胞が、標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(GD2を標的にするSIRを発現するT細胞は、斯かる抗原を発現するSKMEL−31およびSKMEL−37標的細胞において細胞毒性を誘発する)
GD2を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、T細胞を感染させた。細胞をピューロマイシンで選択し、増殖させた。Glucを安定的に発現するSKMEL−31およびSKMEL−37細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で4時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−GD2−hu3F8−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−GD2−hu3F8−vH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(041816−E01)(配列番号1489)SIRを発現するT細胞が、標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(L1CAMに対してSIRを発現するT細胞は、L1CAM発現SKOV3細胞において細胞毒性を誘発する)
L1CAMを標的にするSIRを発現するT細胞を、SKOV3−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−MYC−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−CD8SP−L1CAM−9−3−Hu3−V5−[hTCRb−T57C−opt1]−F−P2A−PAC(080316−T02)(配列番号1136)SIRを発現するT細胞が、SKOV3標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(CDH6に対してSIRを発現するT細胞は、CDH6発現SKOV3細胞において細胞毒性を誘発する)
CDH6を標的にするSIRを発現するT細胞を、SKOV3−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−CDH6−NOV712−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CDH6−NOV712−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(062816−U01)(配列番号1242)およびCD8SP−CDH6−NOV710−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CDH6−NOV710−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(063016−T05)(配列番号1241)SIRを発現するT細胞が、SKOV3標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(TROP2に対してSIRを発現するT細胞は、TROP2発現PC3細胞において細胞毒性を誘発する)
TROP2を標的にするSIRを発現するT細胞を、PC3−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−TROP2−ARA47−HV3KV3−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−TROP2−ARA47−HV3KV3−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(062816−S01)(配列番号1367)SIRを発現するT細胞が、PC3標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(GFRA4(GDNFファミリー受容体アルファ4)に対してSIRを発現するT細胞は、GFRA4発現TT細胞において細胞毒性を誘発する)
GFRA4を標的にするSIRを発現するT細胞を、TT−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−GFRa4−P4−10−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−GFRa4−P4−10−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(062816−W05)(配列番号1282)SIRを発現するT細胞が、PC3標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(MPL(トロンボポエチン受容体)に対してSIRを発現するT細胞は、MPL発現HEL−92.1.7細胞において細胞毒性を誘発する)
MPLを標的にするSIRを発現するT細胞を、HEL−92.1.7−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞、CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)SIRを発現するT細胞、または培地だけと比較して、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112)SIRを発現するT細胞が、HEL−92.1.7標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(MPL(トロンボポエチン受容体)に対してSIRを発現するT細胞は、MPL発現HEL−92.1.7細胞において細胞毒性を誘発する)
MPLを標的にするSIRを発現するT細胞を、HEL−92.1.7−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で4時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞、CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)CARを発現するT細胞、または培地だけと比較して、CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112)SIRを発現するT細胞が、HEL−92.1.7標的細胞の溶解を効果的に誘発することを結果が示した。単鎖SIRであるCD8SP−MPL−161−vL−Ser−Gly−Linker−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−T2A−PAC(040915−X03)(配列番号1192)およびCD8SP−MPL−161−vL−Ser−Gly−Linker−MPL−161−vH−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−T2A−PAC(032415−E07)(配列番号1193)を発現するT細胞をHEL−92.1.7標的細胞と共培養する場合も、標的細胞の溶解誘発が観察された、最後に、単鎖SIRであるCD8SP−MPL−161−vL−Ser−Gly−Linker−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−T2A−PAC(040915−X03)(配列番号1192)は、Jurkat−MPL細胞の溶解を誘発した。本開示の異なるscFvが変異TCRα鎖に結合した他の例示的単鎖SIRは、DNA配列番号7519〜7715および16694〜16809、並びにPRT配列番号8161〜8357および16928〜17043に示される。斯かる単鎖SIRは、好ましくは内因性TCRα鎖が減少している、または排除されている細胞で、相補性外因性TCRβ鎖なしに発現される。本開示の異なるscFvが変異TCRβ鎖に結合した単鎖SIRは、DNA配列番号7733〜7929および16811〜16926、並びにPRT配列番号8375〜8571および17045〜17160に示される。斯かる単鎖SIRは、好ましくは内因性TCRβ1およびTCRβ2鎖が減少している、または排除されている細胞で、相補性外因性TCRα鎖なしに発現される。
(TSLPR(胸腺間質性リンパ球新生因子受容体)に対してSIRを発現するT細胞は、TSLPR発現Jurkat細胞において細胞毒性を誘発する)
TSLPRを標的にするSIRを発現するT細胞を、Jurkat−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−TSLPR−vL−Gly−Ser−Linker−TSLPR−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(091216−C03)(配列番号1797)SIRを発現するT細胞が、Jurkat標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(SSEA4に対してSIRを発現するT細胞は、SSEA4発現P19およびF9胎生期癌細胞において細胞毒性を誘発する)
SSEA4を標的にするSIRを発現するT細胞を、HEL−92.1.7−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞と比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−SSEA4−vL−Gly−Ser−Linker−SSEA4−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(091516−I06)(配列番号1776)およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−SSEA4−vL−Gly−Ser−Linker−SSEA4−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(091516−K06)(配列番号1991)SIRを発現するT細胞が、SSEA4標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(CDH17に対してSIRを発現するT細胞は、CDH17発現LoVo細胞において細胞毒性を誘発する)
CDH7を標的にするSIRを発現するT細胞を、LoVo−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−CDH17−PTA001A4−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CDH17−PTA001A4−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(062816−X02)(配列番号1243)SIRを発現するT細胞が、LoVo標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(メソテリンに対してSIRを発現するT細胞は、メソテリン発現SKOV3卵巣癌細胞において細胞毒性を誘発する)
メソテリンを標的にするSIRを発現するT細胞を、SKOV3−GLuc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−メソテリン−m912−vL−Gly−Ser−Linker−m912−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(090616−E04)(配列番号1956)SIRを発現するT細胞が、SKOV3標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(FSHR(卵胞刺激ホルモン受容体)に対してSIRを発現するT細胞は、FSHR発現MDAMB−231ヒト乳癌細胞において細胞毒性を誘発する)
FSHRを標的にするSIRコンストラクトを発現するレトロウイルスでT細胞を感染させた。SIRの抗原結合ドメインは、Gly−Serリンカーを通してCGHa(絨毛性ゴナドトロピンホルモンアルファ鎖)に結合するFSHb(卵胞刺激ホルモンベータ鎖)を含む。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGlucを安定的に発現するMDAMB−231細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比10対1で24時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGluc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−FSHb−Gly−Ser−Linker−CGHa−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(091516−N06)(配列番号1909)SIRを発現するT細胞が、MDAMB−231標的細胞の溶解を効果的に誘発することを結果が示した。更に、結果は、抗原結合ドメインがヘテロ二量体サイトカインを含むSIRが機能的に活性であることも示している。
(LHR(黄体化ホルモン受容体)に対してSIRを発現するT細胞は、LHR発現MCF7ヒト乳癌細胞において細胞毒性を誘発する)
LHRを標的にするSIRコンストラクトを発現するレトロウイルスでT細胞を感染させた。このSIRの抗原結合ドメインは、Gly−Serリンカーを通してCGHa(絨毛性ゴナドトロピンホルモンアルファ鎖)に結合するLHb(黄体化ホルモンベータ鎖)を含む。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。hGlucを安定的に発現するMCF7細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比2対1で24時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGluc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−LHb−Gly−Ser−Linker−CGHa−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(091616−R03)(配列番号1735)SIRを発現するT細胞が、MDAMB−231標的細胞の溶解を僅かに誘発することを結果が示した。更に、結果は、抗原結合ドメインがヘテロ二量体サイトカインを含むSIRが機能的に活性であることも示している。
(DLL3(デルタ様3)に対してSIRを発現するT細胞は、DLL3発現SKMEL31およびSKMEL37黒色腫細胞において細胞毒性を誘発する)
DLL3を標的にするSIRを発現するT細胞を、SKMEL31−GlucおよびSKMEL37−Gluc細胞と一緒に、E対T比10対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−DLL3−hSC16−13−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−DLL3−hSC16−13−vH−Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(071516−N04)(配列番号1263)SIRを発現するT細胞が、SKMEL31およびSKMEL37標的細胞の溶解を効果的に誘発することをデータが示した。
(EGFRvIII変異体に対してSIRを発現するT細胞は、EGFRvIII発現HeLa細胞において細胞毒性を誘発する)
EGFRvIII細胞を標的にするSIRを発現するレトロウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。レトロウイルスベクター(MSCV−EGFRvIII)およびhGlucを発現させるレトロウイルスベクターで感染させることにより、EGFRvIIIおよびhGlucを発現するようにHeLa細胞を改変した。HeLa−EGFRvIII−hGluc細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比2対1で24時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−EGFRvIII−2173−vH−Gly−Ser−Linker−EGFRvIII−2173−vH−Myc4−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC(090616−D03)(配列番号1902)SIRを発現するT細胞が、標的細胞の溶解を誘発することを実験が示した。
(EGFRに対してSIRを発現するT細胞は、EGFR発現HeLa細胞において細胞毒性を誘発する)
EGFRを標的にするSIRを発現するT細胞を、Hela−Gluc細胞と一緒に、E対T比2対1で24時間培養し、Gluc細胞毒性アッセイを用いて試験した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−セツキシマブ−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−セツキシマブ−vH−Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(071516−H04)(配列番号1245)SIRを発現するT細胞が、EGFR標的細胞の溶解を誘発することをデータが示した。
(HIV1エンベロープ糖タンパク質に対してSIRを発現するT細胞は、HIV1エンベロープ糖タンパク質発現HL2/3細胞において細胞毒性を誘発する)
HIV1エンベロープ糖タンパク質を標的にする表示SIRを発現するレトロウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択し、増殖させた。HIV1エンベロープ糖タンパク質を発現し、hGLucを安定的に発現するように改変されたHL2/3細胞を、SIRを発現するT細胞または非感染細胞(T−UI)と一緒に、エフェクター対標的(E対T)比2対1で24時間共培養した。SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大により分析した。T−UI細胞または培地だけと比較して、CD8SP−HIV1−3BNC117−vL−MYC2−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−HIV1−3BNC117−vH−Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(091616−Y01−RP)(配列番号1297)SIRを発現するT細胞が、HIV1エンベロープ標的細胞の溶解を誘発することを結果が示した。
(BST1/CD157を標的にするSIRは、Molm13白血球細胞に対して細胞毒性を発揮する)
BST1を標的にする配列番号11333〜11335を有するSIRを発現するようにT細胞を改変し、E対T比10対1で24時間共培養後、Molm13−Gluc細胞に対する細胞毒性を試験した。細胞毒性はGlucアッセイで測定した。BST1標的SIR細胞は、有意の細胞死(GLuc活性の増大により測定)を示した。
(IL1RAPを標的にするSIRは、Molm13白血球細胞に対して細胞毒性を発揮する)
IL1RAPを標的にする配列番号18242、18248、および18254を有するSIRを発現するようにT細胞を改変し、E対T比10対1で24時間共培養後、Molm13−Gluc細胞に対する細胞毒性を試験した。細胞毒性はGlucアッセイで測定した。IL1RAP標的SIR細胞は、有意の細胞死(GLuc活性の増大により測定)を示した。
(SIR−TREG細胞は、SIR−T細胞の細胞毒活性を阻害する)
Miltenyi製のT−Reg単離キット(130−091−301)を用い、製造元の推薦に従って、T−Reg細胞を単離した。T−Reg細胞は、ラパマイシン100ng/mLTで補充したT細胞培養培地で培養した。全T細胞およびT−Reg細胞を表示CARおよびSIRレンチウイルスで感染させた。細胞はラパマイシン400ng/mLで選択した。CD19を標的にするCARおよびSIRを発現するTおよびT−Reg細胞を、単独で、またはE対T比10対1の組み合わせで、RAJI−GLuc細胞と一緒に4時間共培養し、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより細胞毒性を測定した。結果は、CD19を標的にするSIRを発現するT−Reg細胞が、SIRを発現するT細胞の細胞毒性活性を部分的に阻害できることを示している。
(合成免疫受容体用のJurkat NFAT−GFPアッセイ)
NFAT結合部位を有するIL−2プロモーターがGFP遺伝子の上流にクローン化されるように、Jurkat−NFAT−GFP細胞が改変される。斯かる細胞は、TCRおよびCARを通した信号伝達を研究するのに使用されている。レンチウイルス仲介の遺伝子導入、その後のピューロマイシンによる選択により、異なるSIRがJurkat NFAT−GFP細胞で安定的に発現された。SIRを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞が、E対T比約1対2で4時間から18時間、標的細胞と一緒に共培養された。SIRとその標的抗原との間の相互作用によりNFAT経路の活性化が行われると、GFP発現が誘発される。従って、SIRを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞は、SIRの受容体を発現する標的細胞株と相互作用する場合に、増加レベルのGFP発現を示す。
異なるSIRコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFPと異なる標的細胞との共培養によるGFPの誘発が、本質的に前出の記載(Wu, Roybal, Puchner, Onuffer & Lim, 2015)に従って研究された。GFP発現はFACS分析でモニターされた。このアッセイの代表例が、図13A〜Bにいくつか示される。パネルAにおいて、対照Jurkat−NFAT−GFP細胞またはCD19標的SIRを発現する細胞(クローンID:051716−I08)、MPL(クローンID:040716−A07)、およびBCMA(クローンID:011116−A07)が、それぞれRAJI(上)、HEL(中)、またはU266(下)細胞と一緒に培養された。SIR発現Jurkat−NFAT−GFP細胞と各標的細胞との共培養によるGFP発現の誘発は明白である。パネルBにおいて、CDH6(クローンID:051716−J05)、CD276(クローンID:050516−Q06)、およびHer2/neu(クローンID:050516−I03)を標的にするSIRを発現するJurkat細胞が、それぞれSKOV3(上)およびMC7(中および下)と培養された。SIR発現Jurkat−NFAT−GFP細胞と各標的細胞との共培養によるGFP発現の誘発は明白である。Jurkat−NFAT−GFP細胞は、他の抗原を標的にする異なるSIRを発現するように改変され、各標的抗原を発現する標的細胞との共培養において実験が繰り返された。Jurkat−NFAT−GFP(親)細胞は対照として使用された。異なるSIRに関する結果は、以下の表10Aに要約されている。異なるSIRの名前、その配列番号、構成要素の抗原結合ドメイン、およびTCR鎖が、表7A〜7Hを参照することにより決定できる。SIR発現Jurkat−NFAT−GFP細胞が、親Jurkat−NFAT−GFP細胞と比較して、標的細胞株との培養で高いGFP陽性細胞%を示した場合、SIRはアッセイで陽性であると考えられる。従って、配列番号1207のSIRを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞は、LAN5と共培養された場合、親Jurkat−NFAT−GFP細胞と比較して高いGFP発現誘発を示したが、Karpass299、SUDHL−1、またはH460細胞株と共培養した場合には、高いGFP発現は示さなかった。細胞株の後ろの+/−、+、2+などの記号は、Jurkat−NFAT−GFP細胞を発現するSIRとその細胞株との培養後のJurkat−NFAT−GFP細胞アッセイ(GFP陽性細胞%で測定)における相対的陽性度を示す。同じ抗体(例えば、FMC63)由来の結合ドメインを含む異なるSIRが、同じ細胞株に接触した場合、その構築に使用されたTCR鎖およびリンカー次第で、本アッセイを使用したNFAT信号伝達を活性化する能力に大きな多様性があることを結果が示している。加えて、SIRが同じTCR鎖およびリンカーを共有する場合でも、同じ抗原を標的にする異なる抗原結合ドメインを含むSIR(例えば、異なるCD19抗体由来の抗原結合ドメインを有するSIR)を発現するJurkat細胞において、同じ標的細胞株への応答で大きな多様性が観察された。最後に、異なる抗原(例えば、CD19対CD20)を標的にするSIRを発現するJurkat細胞は、同じ標的細胞株に接触させた場合、多様な応答を示す。従って、SIRを異なるTCR鎖、リンカー、抗原結合ドメイン、および標的特異性と組み合わせることにより、単一の標的細胞に対して、多様な免疫応答を生成できる。表10Aは、標的細胞株と接触させた場合に、異なるSIRで観察されるGLucベースT細胞細胞毒性アッセイの結果も要約している。+/−、+、2+などの記号は、標的細胞株をSIR発現T細胞と一緒に4〜96時間共培養した後Gluc毒性アッセイを用いて観察された細胞毒性の程度を示し、アッセイを同様な条件下で行った場合に、対照T細胞、すなわちSIRを全く発現しないSIRまたは無関係なSIR(例えば、特定の標的細胞株では発現しない抗原を標的にするSIR)と比較した。Jurkat−NFAT−GFP細胞で観察された結果同様、異なるSIRを発現するT細胞が、標的抗原を発現する細胞に接触した場合、TCR鎖、リンカー、抗原結合ドメイン、標的特異性、および標的細胞株次第で、細胞毒性を生じる能力に大きな多様性を示す。類似の条件下で標的細胞株に接触させた場合、TCR鎖、リンカー、抗原結合ドメイン、標的特異性、および標的細胞株次第で、サイトカイン生産(例えば、IL2、TNFα、およびIFNγ)を誘発する能力面で、同様な多様性が異なるSIRを発現するT細胞間で観察された。しかし、アッセイが同様な条件下で行われた場合、標的細胞に接触したSIR−T細胞によるサイトカイン生産は、同様なCAR−T細胞で観察された生産よりも一般的に低かった。同じ抗原結合ドメインおよび異なるTCR鎖およびリンカーを含む異なるSIRを発現するT細胞も、同様な条件下でアッセイが行われた場合、増殖および枯渇マーカー発現の面で違いを示した。
表10Aは、TCRαおよびTCRβ鎖の細胞外ドメインとCD3z鎖の細胞外、膜貫通、および細胞質ゾルドメインとの融合(41BBまたはCD28由来の任意の共刺激ドメインを含む、または含まない)SIRの結果も要約する。FMC63結合ドメインに基づくこのタイプの例示的SIRは、CD8SP−FMC63−vL−TCRb−KAC−ECD−Bam−CD3zECDTMCP−opt−F−P2A−SP−FMC63−vH−hTCRa−CSDVP−ECDn−CD3zECDTMCP−opt2−F−F2A−PAC(配列番号10554)である。このコンストラクトにおいて、FMC63のvL断片はTCRb−KAC−ECD−Bam−CD3zECDTMCP−opt鎖(配列番号12402)に結合しており、FMC63のvH断片はhTCRa−CSDVP−ECDn−CD3zECDTMCP−opt2鎖(配列番号12422)に結合している。このSIRは、Jurkat−NFAT−GFPアッセイで強陽性であったが、可溶性CD19−NLuc融合タンパク質への結合で測定した抗原結合活性は低かった。類似の設計だがTCRaおよびTCRbの異なる変異体を有する他のいくつかのコンストラクトが配列番号10552〜10557に示してあるが、Jurkat−NFAT−GFPアッセイおよびT細胞細胞毒性アッセイにおいて、強力であるが異なるレベルの活性を示した。SIRコンストラクトCD8SP−FMC63−vL−hTCRaECDn−CD3zECDTMCP−opt2−F−F2A−SP−FMC63−vH−TCRbECD−Bam−CD3zECDTMCP−opt−F−P2A−PAC(配列番号10564)において、FMC63vL断片はTCRaECDn−CD3zECDTMCP−opt2鎖(配列番号12421)に結合し、FMC63vH断片はTCRbECD−Bam−CD3zECDTMCP−optに結合している(配列番号12401)。このコンストラクトも、Jurkat−NFAT−GFPアッセイにおいて強陽性を示した。2つの鎖の各々のCD3z細胞質ドメインに挿入された41BBからの共刺激ドメインを含むコンストラクトCD8SP−FMC63−vL−TCRbECD−Bam−CD3zECDTMCP−BBz−opt−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc4−hTCRaECDn−CD3zECDTMCP−BBz−opt2−F−F2A−PAC(配列番号10565)も、Jurkat−NFAT−GFPアッセイにおいて活性であった。コンストラクト(配列番号10563)は設計が配列番号10565に類似しているが、鎖の1つだけが41BB共刺激ドメインを有している。このコンストラクトも、Jurkat−NFAT−GFPアッセイにおいて活性であった。最後に、鎖の1つにCD28共刺激ドメインを含むコンストラクトCD8SP−FMC63−vL−V5−TCRbECD−Bam−CD3zECDTMCP−opt−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−hTCRaECDn−CD3zECDTM−28z−opt2−F−F2A−PAC(配列番号10557)も、Jurkat−NFAT−GFPアッセイにおいて活性であった。
Figure 2020500530
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同じ抗原結合ドメインを含む多様なSIRのプールを生成するための能力を示すため、FMC63ベースの抗原結合ドメイン並びに異なるTCR鎖およびリンカーを含むSIRを安定的に発現するJurkat−NFAT−GFP細胞を、1)CD19−GGSG−NLuc−AcV5融合タンパク質に結合する能力(すなわち、抗原結合アッセイ)、2)RAJI細胞との18時間の共培養においてGFP発現を誘発する能力(すなわち、細胞シグナル伝達アッセイ)、3)RAJI細胞との18時間の共培養においてIL2生産を誘発する能力(すなわち、サイトカイン生産アッセイ)、および4)APC共役ProteinL染色能力(すなわち、細胞表面発現アッセイ)について比較した。結果は表10Bに要約されており、上記アッセイにおいて同じ抗原結合ドメインを有するSIR間で多様性が大きいことが示されている。野生型ヌクレオチド配列でコードされたTCRαおよびTCRβを含むコンストラクト配列番号992は、最低レベルのCD19−GGSG−NLuc結合、GFP誘発、およびProteinL染色を示した。IL2生産およびProteinL染色のアッセイにおいて、比較のため、CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)CARを安定的に発現するJurkat−NFAT−GFP細胞を含めた。驚くべきことに、CARは、全てのSIRと比較して、著しく高いIL2生産(1159pg/mL)およびProteinL染色(61%)を示した。
Figure 2020500530
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(同じ抗原を標的にし異なる抗原結合ドメインを含むSIR間の多様性)
特定の抗原に対するSIRであって、更に大きい多様性を有するSIRを生成するため、異なる抗体由来の抗原結合ドメインを用いて、CD19を標的にするいくつかのSIRが作製された。斯かるSIRは、TCR鎖、リンカー、および抗原結合ドメインのフォーマットが異なっている。対応するCAR(すなわち、SIRと同じ抗原結合ドメインを含むCAR)も作製された。異なるSIRおよびCARは、安定的にJurkat−NFAT−GFP細胞に形質導入され、RAJI細胞との終夜の共培養後、CD19−GGSG−NLuc−AcV5との結合能力およびNFATシグナル伝達の活性化能力が比較された。表9Cは、標的細胞へ接触させた後のCD19結合能力およびNFATシグナル伝達の活性化能力に関して、異なるCD19抗原結合ドメインを含む異なるSIRおよびCAR間における有意な多様性を示している。TCRαおよびTCRβ鎖の野生型ヌクレオチド配列を含むBu12抗体ベースのSIRであるCD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(配列番号1038)は、CD19結合も極めて僅かであり、NFAT信号伝達も最低であった。CD19結合能力およびNFATシグナル伝達の活性化能力の点で、異なるSIR間で大きな違いがあるが、斯かる2つのパラメーターは、異なる抗原結合ドメインを含むSIR間で比較した場合、直接の相互関連はなかった。従って、配列番号11240で示されるSIRは、配列番号10815および11245で示されるSIRと比較して、約10倍高いCD19−NLuc−AcV5結合を示したが、NFATシグナル伝達の活性化能力は低かった。斯かる結果は、多様な特性を有するSIRのプールを発現する免疫エフェクター細胞を作製する能力(多様な養子免疫応答を生成するための能力)を示している。更に多様な免疫応答を生成するため、SIRを発現する免疫エフェクター細胞をCARおよび他のキメラ免疫受容体を発現する免疫細胞と組み合わせてもよい。
Figure 2020500530
(CARと比較すると、SIRは低い抗原結合を示すが、NFAT信号伝達は同程度である)
SIRであるCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(010616−C01)(配列番号1200)およびCARであるCD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)を発現するJurkat−NFAT−GFP細胞を、RAJI細胞へ終夜接触後、NFAT誘発GFP発現を誘発するため、親Jurkat−NFAT−GFP細胞と一緒に試験した。SIR(配列番号1200)およびCAR(配列番号4501)を発現するT細胞は、親細胞と比較して、同等および有意に高いGFP生産を誘発することが示された(これは、SIRおよびCARの両方によるNFAT信号伝達の効果的な誘発を示している)。細胞は、その後、CD19−GGSG−NLuc結合アッセイを用いた抗原結合に関して、三つ組で試験された。親Jurkat細胞との平均NLuc結合活性は93であるが、SIR(配列番号1200)およびCAR(配列番号4501)を発現するJurkat細胞は、それぞれ平均NLuc値16422および186567を示す。従って、SIR(配列番号1200)を発現するJurkat細胞は、対応するCAR(配列番号4501)にほぼ等しいNFAT信号伝達活性を有しているが、両者を標的抗原に接触させた場合、約10倍低い抗原結合親和性を示す。
(Bu12ベースのSIRは、同等なBU12CARと比較すると、有意に低い細胞表面発現を示す)
T細胞表面におけるCARの発現増大は、自己凝集、持続的な信号伝達、および細胞の早期枯渇を導くことが知られている。CD19を標的にするBu12ベースのSIR(CD8SP−CD19Bu12−(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(配列番号4503))および同等のCAR(CD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021))をコードするレンチウイルスで、ヒト末梢T細胞を感染させた。細胞はピューロマイシンで選択し、繁殖させた。SIRおよびCARを発現するT細胞は、RAJI−GLuc細胞に対して効果的な細胞毒性を示した。T細胞は、Mycタグに対する抗体での染色、並びにビオチニル化ProteinL、その後のAPC共役ストレプトアビジンProteinLでの染色を用いて、SIRおよびCARの細胞表面発現に関しても調べた。図16は、いずれかの方法で測定された場合、SIR(配列番号1021)を発現するT細胞が、対応するCAR(配列番号4503)を発現するT細胞と比較して、有意に低い細胞表面発現を有することを示している。
(SIR−T細胞は、対応するCAR−T細胞と比較して、低いTNFα生産を示す)
CAR(CD8SP−FMC63−vL−Gly−Ser−Linker−FMC63−vH−Myc−CD8TM−BBz(配列番号9659))および対応するSIR(CD8SP−FMC63−vL−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−SP−FMC63−vH−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−PAC(配列番号10596))を発現するように、T細胞が改変された。細胞はNalm6およびBV173標的細胞と一緒に37℃で24時間共培養され、TNFα生産の誘発がELISAで測定された。CAR発現T細胞は、SIR−T細胞と比較して、TNFα生産が何倍も増大した。SIR−TおよびCAR−T細胞の両方が、標的細胞株に対して有意な細胞毒性を誘発することが示された。
(SIRを発現するための2つのベクターの使用)
上記の実験では、SIRの2つの機能性ポリペプチド単位(FPU)が単一のベクターを用いて発現された。次は、SIRの2つのFPUが2つの異なるベクターを用いて発現できるか否かが試験された。SIRレンチウイルスコンストラクト050216−T02および050216−S08は、SIR断片CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−PAC(CD19モノクロナール抗体FMC63由来のvL断片が、V5リンカーを通して、KACIAH変異を有するhTCRbの定常鎖に結合している)をコードする配列番号913に対応するSIR配列を含んでいる。このSIRFPUはF−P2A切断可能リンカーを通してPAC(ピューロマイシン耐性)遺伝子に結合している。050216−T02用のベクターはpLenti−EFα−DWPRE(配列番号871)であり、050216−S08用のベクターはpLenti−EFα(配列番号870)である。SIRレンチウイルスコンストラクト041916−A02および041916−B03は、SIR断片CD8SP−FMC63−vH−MYC−[TCRα−CSDVP]−F−F2A−BlastR(CD19モノクロナール抗体FMC63由来のvH断片が、MYCリンカーを通して、CSDVP変異を有するhTCRaの定常鎖に結合している)をコードする配列番号997に対応するSIR配列を含んでいる。このSIRFPUはF−F2A切断可能リンカーを通してブラストサイジン耐性遺伝子に結合している。041916−A02用のベクターはpLenti−EFα−DWPRE(配列番号871)であり、041916−B03用のベクターはpLenti−EFα(配列番号870)である。Jurkat−NFAT−GFP細胞を050216−S08で感染させ、ピューロマイシンで選択した。Jurkat−NFAT−GFP細胞は、041916−A02および041916−B03コンストラクトでも感染させ、ブラストサイジンで選択した。最後に、Jurkat−NFAT−GFP細胞を050216−S08で感染させ、ピューロマイシンで選択し、041916−A02または041916−B03コンストラクトで感染させ、ブラストサイジンで選択することにより、SIRの両方のFPUを発現する細胞を選択した。単一感染または二重感染の細胞を、NLuc結合アッセイを用いて、CD19−GGSG−NLucへの結合に関して試験した。その結果、コンストラクト050216−S08(配列番号913)、041916−A02(配列番号997)、または041916−B03(配列番号997)コンストラクトだけでは、CD19−GGSG−NLucとの有意な結合を示さないことが分かった。対照的に、コンストラクト050216−S08プラス041916−A02(配列番号997)並びに050216−S08(配列番号913)プラス041916−B03(配列番号997)で感染させたJurkat−NFAT−GFP細胞は、CD19−GGSG−NLucへの強力な結合を示した。コンストラクト050216−S08(配列番号913)プラス041916−A02(配列番号997)並びに050216−S08(配列番号913)プラス041916−B03(配列番号997で感染させたJurkat−NFAT−GFP細胞は、RAJI標的細胞と共培養した場合、GFP発現の強力な誘発を示したが、コンストラクトを単独で感染させたJurkat−NFAT−GFP細胞はそうならなかった。これらの結果は、SIRの2つのFPUが異なるベクターを用いて発現可能であること、並びに二重に感染した細胞で機能性受容体を作製するようにアセンブル可能であることを示している。V5リンカーを通して、TCRb鎖(hTCRb−S57C−opt)へ結合している本開示の異なるvL断片を発現する例示的SIRコンストラクトは、DNA配列番号8803〜8978および17162〜17277、並びにPRT配列番号9231〜9406および17396〜17511に示してある。Mycリンカーを通して、TCRa鎖(hTCRa−T84C−opt)へ結合している本開示の異なるvH断片を発現する対応する例示的SIRコンストラクトは、DNA配列番号9017〜9191および17279〜17394、並びにPRT配列番号9445〜9619および17513〜17628に示してある。
(SIR発現のためのレトロウイルスベクターの使用)
いくつかのSIR挿入体をNheIおよびSalI酵素で消化することによりレンチウイルスベクターから切り出し、AvrIIおよびSalIで消化したレトロウイルスベクターMSCV−Bgl2−AvrII−Bam−EcoR1−Xho−BstB1−Mlu−Sal−ClaI.I03(配列番号872)にサブクローン化した。挿入体のクローンID、配列番号、および名前は、以下の表11に示される。
Figure 2020500530
上記コンストラクトは対応するレトロウイルスの生成に使用され、該ウイルスはJurkat−NFAT−GFP細胞を感染させるのに使用された。感染した細胞はピューロマイシンで選択され、SIR発現および活性を試験するのに種々のアッセイで使用された。上記コンストラクトで感染したJurkat−NFAT−GFP細胞は、対応する標的細胞株と共培養すると、GFP誘発を示した。斯かる結果は、本開示のSIRを発現するのにレトロウイルスベクターが使用可能であることを示している。例示的コンストラクト(配列番号1212)の結果が図14に示してある。
(SIR発現のためのSleeping Beautyトランスポゾンの使用)
いくつかのSIR挿入体をAgeIおよびXbaI酵素で消化することによりレンチウイルスベクターから切り出し、AgeIおよびXbaIで消化したSleeping BeautyトランスポゾンベクターpSBi−Pur(配列番号874)にサブクローン化した。その結果得られたコンストラクトは、トランスポザーゼをコードするベクターpCMV/SB10(Addgene、プラスミド#24551)と一緒に、Jurkat−NFAT−GFP細胞にトランスフェクションされた。細胞は上記のようにピューロマイシンで選択し、増殖された。以下のに示されるように、コンストラクトpSBbi−Puro-FMC63vL−V5−[TCRb−KACIAH]−F−P2A−FMC63vH−MYC−[TCRa−CSDVP]−F−F2A(010616−B01)(配列番号875)でトランスフェクションされたJurkat−NFAT−GFP細胞は、対応するRAJI標的細胞株と共培養するとGFP誘発を示した。斯かる結果は、本開示のSIRを発現するのにSleeping Beautyトランスポゾンが使用可能であることを示している。
(SIR発現のためのインビトロ転写(IVT)RNAの使用)
SIRをコードするRNAを生成するIVTは、本質的に記載通り(Zhao Yら、MOLECULAR THERAPY Vol. 13,No. 1,2006)に行われる。IVTRNAを生成するのに、mMESSAGE mMACHINE High Yield Capped RNA Transcription Kit(Invitrogen)が利用される。IVTRNAはRNeasy Mini Kit(Qiagen, Inc., Valencia, CA, USA)を用いて精製され、精製されたRNAは1〜0.5μg/mLでRNaseフリーの水に溶出される。無刺激PBMCのエレクトロポレーションのため、細胞(0.1mL)は、CD19を標的にするSIR(CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102615−C08)(配列番号1200))をコードするRNA5μgでエレクトロポレートされた。細胞およびキュベットは、エレクトロポレーション前に5分間氷上に置くことにより予め冷却される。その後、0.05〜0.2mLの細胞がIVTRNA(または表示に従って)の2μg/1x10T細胞と混合され、ECM830 Electro Square Wave Porator (Harverd Apparatus BTX)を用いて、2mmのキュベット内でエレクトロポレートされる。エレクトロポレーションの直後、細胞は300IU/mLのIL−2と一緒に、新鮮なCMに移される。SIRをコードするIVTRNAに転写された細胞は、48〜72時間後に分析される。SIRをトランスフェクションされた細胞は、CD19−GGS−NLuc融合タンパク質への結合を増大させ、RAJI−GLuc標的細胞の溶解を促進する。
(CD19を標的とするSIRのインビボ効果)
CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−WT]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−WT]−F−F2A−PAC(080815−F02)(配列番号922)、CD8SP−FMC63−vL−V5−[mTCRb−opt]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[mTCRa−opt]−F−F2A−PAC(080815−B06)(配列番号953)、およびCD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)SIRコンストラクト、並びにGuassiaルシフェラーゼの非分泌形態をコードするGluc−PAC−G07対照コンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。約半分の細胞をピューロマイシンで選択し、残りの半分をピューロマイシン選択なしに繁殖させた。NSGマウス(Jackson Lab)に、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の約24時間後(第2日目)、マウスには、尾静脈を通して2.5x10RAJI細胞を注射した。3日目、マウスは(各群につきn=5)、表示SIRをコードするレンチウイルスまたはGluc−PAC−G07コンストラクトを感染させた5百万のT細胞(50%ピューロマイシン選択+50%非選択)で処理された。対照マウス(n=5)にはT細胞処理は行わなかった(あるいは非感染T細胞で処理した)。マウスは、対照群の全マウスが死滅するまで1日置きにヒトIL2(400IU腹腔内)を投与された。表12は、各群のマウスの生存を示す。TCRbおよびTCRa定常鎖の両方が野生型ヌクレオチド配列でコードされているFMCベースのSIR(080815−F02)には、延命効果は見られなかったが、コドン最適化マウスTCRbおよびTCRa定常鎖配列を含むSIRコンストラクト(080815−B06)(配列番号953)には延命効果が与えられた。同様に、コドン最適化ヒトTCRbおよびTCRa定常鎖配列を含むSIRコンストラクト(081415−D06)(配列番号992)にも延命効果が与えられた。
Figure 2020500530
表示SIRコンストラクト(040315−U02)(配列番号1112)、(050515−L05)(配列番号900)、(082815−G07)(配列番号1620)、(082815−E05)(配列番号1622)、および(091015−Y08)(配列番号926)を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。約半分の細胞をピューロマイシンで選択し、残りの半分をピューロマイシン選択なしに繁殖させた。NSGマウス(Jackson Lab)に、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の約24時間後(第2日目)、マウスには、尾静脈を通して2.5x10RAJI細胞を注射した。3日目、マウスは(各群につきn=5)、表示SIRをコードするレンチウイルスを感染させた5百万のT細胞(50%ピューロマイシン選択+50%非選択)で処理された。対照マウス(n=5)にはT細胞処理は行わなかった(あるいは非感染T細胞で処理した)。マウスは、対照群の全マウスが死滅するまで1日置きにヒトIL2(400IU腹腔内)を受けた。表13は、各群のマウスの生存を示す。TCRbおよびTCRa定常鎖がコドン最適化ヌクレオチド配列でコードされ、鎖対形成を促進するためにアミノ酸置換を有する二重鎖FMC63ベースのSIR(050515−L05)(配列番号900)には、延命効果が与えられた。重要な点であるが、野生型TCRa定常鎖に融合されたFMC63−vLおよびTCRa−Del48鎖に融合されたFMC63−vHを含む二重鎖SIRコンストラクト(091015−Y08)(配列番号926)には、更に優れた延命効果が与えられた(生存中央値=31日)。
(082815−G07)(配列番号1620)コンストラクト(TCRb−KACIAH定常鎖が融合されたvL(またはvH)断片を持たず、FMC63誘導scFv断片(vL−リンカーvH)がTCRa−CSDVPに融合されている)には、更に優れた延命効果が与えられた(生存中央値=34日)。最後に、(082815−E05)(配列番号1622)コンストラクト(TCRb−KACIAH定常鎖が融合されたvL(またはvH)断片を持たず、CD19−Bu12誘導scFv断片(vL−リンカーvH)がTCRa−CSDVPに融合されている)には、最高の延命効果が与えられた(生存中央値=36日)。
Figure 2020500530
SIRコンストラクト(CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900))を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。NSGマウス(Jackson Lab)に、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の約24時間後(第2日目)、マウスには、尾静脈を通して2.5x10RAJI細胞を注射した。3日目、マウスは(各群につきn=5)、表示SIR(CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900))をコードするレンチウイルスを感染させた5百万のT細胞で処理された。対照マウス(n=5)には5百万の非感染T細胞が注射された(またはT細胞は与えられなかった)。表は各群のマウスの生存を示す。RAJI細胞だけおよび非感染T細胞が与えられたマウスの生存中央値は22日であった。対照的に、(050515−L05)(配列番号900)を与えられたマウスの生存中央値は27日(有意な増大)であった。従って、T細胞を与えられなかったマウス、または非感染T細胞を与えられたマウスと比較して、(050515−L05)(配列番号900)SIRを発現するT細胞の注入は、リンパ腫のRAJI異種移植片モデルにおいてマウスの生存に有意な改善をもたらす。
SIR(CD8SP−FMC63−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(050515−L05)(配列番号900)およびCD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021))を発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。対照SIR(CD8SP−MPL−161−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−MPL−161−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(040315−U02)(配列番号1112))を発現するT細胞は、対照として含められた。NSGマウス(n=5)に、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の24時間後(第2日目)、マウスには、尾静脈を通して2.5x10RAJI細胞を注射した。3日目、マウスは(各群につきn=5)、表示SIRをコードするレンチウイルスを感染させた5百万のT細胞で処理された。マウスは、対照群の全マウスが死滅するまで1日置きにヒトIL2(400IU腹腔内)を受けた。表17は、各群のマウスの生存を示す。RAJI細胞および対照SIRを発現するT細胞(配列番号1112)を与えられたマウスの生存中央値は12日であった。対照的に、(050515−L05)(配列番号900)SIR−Tおよび(070215−M03)(配列番号1021)SIR−T細胞を与えられたマウスの生存中央値は28.0日および51日であり、これは有意な増大(p=0.0004)を示す。
葉酸受容体1(FR1)、L1CAM、およびEpcam1を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。1日目、NSGマウスに、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の24時間後(第2日目)、マウスには、1x10SKOV−3細胞を腹腔内注射した。3日目、マウスには、5百万の表示CAR−T細胞を静注した。4日目から、マウスは、CAR−T細胞注射後、対照群の全マウスが死滅するまで、1日置きにヒトIL−2を用量400IU/マウスで腹腔内注射された。
Figure 2020500530
CS1を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。1日目、NSGマウスに、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の24時間後(第2日目)、マウスには、0.5x10L363細胞を静注した。3日目、マウスには、1千万の表示CAR−T細胞を静注した。4日目から、マウスは、CAR−T細胞注射後、対照群の全マウスが死滅するまで、1日置きにヒトIL−2を用量400IU/マウスで腹腔内注射された。
Figure 2020500530
Lym1およびLym2を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。1日目、NSGマウスに、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の24時間後(第2日目)、マウスには、25x10Raji細胞を静注した。3日目、マウスには、1千万の表示CAR−T細胞を静注した。4日目から、マウスは、CAR−T細胞注射後、対照群の全マウスが死滅するまで、1日置きにヒトIL−2を用量400IU/マウスで腹腔内注射された。
Figure 2020500530
実質的に、上述の実施例に記載されているのと同様な実験計画が、NSGマウスおよびSIRの標的を発現する適切な細胞株を用いて、本発明記載の他のSIRコンストラクトの効果を試験するのに使用されるであろう。
(SIRおよびCAR発現細胞を刺激するための、ProteinLマイクロビーズおよびProteinL発現細胞の使用)
癌免疫療法のために、いくつかのヒト細胞ベースの人工抗原提示細胞が記載されている。CARおよびSIRのエクスビボ増殖のための1つのアプローチは、標的腫瘍関連抗原(TAA)を発現する照射人工抗原提示細胞(aAPC)の使用に関する。しかし、このアプローチでは、aAPCは、各個別のTAAを発現するように改変されなければならない。この問題を解決するため、汎用抗原提示細胞が開発された。ProteinLは、嫌気性細菌種ぺプトストレプトコッカス・マグナス(Peptostreptococcus magnus)のいくつかの株が発現する免疫グロブリン(Ig)軽鎖結合タンパク質である。ProteinLはκ軽鎖vLドメインの枠組構造領域に結合し、抗原結合ドメインには干渉しない。aAPC上で個々のTAAを発現させるアプローチの代替として、ProteinLが、特異性とは独立に、CARTおよびSIRT細胞を活性化できるか否かを決定するための実験を行った。最初の実験において、ProteinL磁気ビーズがGFP発現を誘発するか否かを決定するため、異なるCARおよびSIRコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞の共培養を試験した。Pierce ProteinL磁気ビーズ(カタログ番号88849、濃度10mg/mL)をThermoFisherから購入し、PBSで1対10に希釈した。約10μLの希釈ビーズをU底96ウェルプレートの各ウェルに添加した。Jurkat−NFAT−GFP親細胞、またはCD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)を発現するJurkat−NFAT−GFP細胞をウェルに添加し、ビーズと一緒に18時間共培養した。GFP発現誘発をフローサイトメトリーで調べた。以下の図18は、CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)を発現するJurkat−NFAT−GFP細胞とProteinLビーズとの共培養により、GFP発現が僅かに誘発されることを示している。
(細胞表面でProteinLを発現するヒトaAPCの生成)
ヒトCD8、41BB共刺激ドメイン、およびCD3z鎖のヒンジ領域および膜貫通領域と融合してProteinLの異なる領域を発現する、レンチウイルスキメラ抗原受容体(CAR)を生成した。ヒト細胞での最適発現のため、ProteinLのヌクレオチド配列をコドン最適化した。本発明目的では、ProteinLの機能にとって、41BB共刺激ドメインおよびCD3z鎖は本質的ではないので、この点は注意の必要がある。ProteinLの細胞表面輸送を可能にするため、ベクターはヒトCD8またはIgH由来のN末端シグナルペプチドも有していた。ベクターの完全な核酸およびアミノ酸配列が、配列番号888および配列番号889に提供される。
異なるProteinLコンストラクトを、293FT細胞に一時的にトランスフェクションした。細胞表面発現ProteinLによる異なるscFv断片への結合能力を、細胞をscFv−GGSG−NLuc融合タンパク質上澄み液と一緒に培養することにより調べた。異なるProteinL領域を発現する293FT細胞が、scFv−GGSG−NLuc上澄み液への結合を増大させた(これは、ProteinLが、哺乳類の細胞で細胞表面タンパク質として成功裏に発現できることを示している)。
次に、ProteinL−IIコンストラクト(072716−K01)をコードするレンチウイルスベクターで293細胞を感染させ、750ng/mLのピューロマイシンで選択した後、ProteinLを安定的に発現する細胞のポリクロナール母集団を生成した。斯かる293ProteinL−II細胞は抗原提示細胞として使用し、異なるSIRおよびCARコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞の活性化能力について試験した。斯かる目的のため、293ProteinL−II細胞を24ウェルプレートで培養し、異なるSIRおよびCARコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞と一緒に12〜24時間配置した後、約18時間共培養後、GFP発現の誘発をフローサイトメトリーで調べた。図19A〜Dに示されるように、ProteinL−II細胞との共培養は、CD8SP−FMC63(vL−vH)−Myc−BBz−T2A−PAC(112014−A13)(配列番号4501)CAR、並びにCD8SP−HuLuc64−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−HuLuc64−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(092916−E07)(配列番号1253)およびCD8SP−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD8SP−CD19Bu12−vL−Gly−Ser−Linker−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(082815−E05)(配列番号1622)SIRコンストラクトを発現するJurkat−NFAT−GFP細胞において、GFP発現の強力な誘発をもたらした。斯かる結果は、表面にProteinLを発現する哺乳類の細胞が、免疫エフェクター細胞を発現するSIRおよびCARの刺激のため、汎用抗原提示細胞として機能し得ることを示している。しかし、ProteinL発現aAPCの使用は、上述のタイプの細胞だけに限定されない。斯かる細胞は、ProteinLに結合可能な適切なκ鎖含有抗体由来の抗原結合ドメインを有する任意の免疫エフェクター細胞の汎用aAPCとして機能し得る。
(Pgp陽性リンパ球におけるSIRの発現)
末梢血単核細胞(1千万細胞)をFicoll−Hypaque分離を用いて取得する。細胞は遠心分離し、4℃で1時間、細胞ペレットを200μLのヒトAB血清でブロックする。細胞は、1%FCSを含む冷却PBSで洗浄し、4℃で1時間、3つの抗体、すなわちUIC2(200μg/mL、Santa Cruz Biotechnology,SC−73354)、MRK16、およびP−糖タンパク質(Pgp)に向けられた4E3で染色する。各抗体は、アッセイの感度を高めるため、0.5μg/100万細胞の濃度で使用される。1%FCS含有PBSで十分に洗浄後、細胞を5μL(2.5μg)のFITC共役ヤギF(ab)2抗マウスIgG(H+L)ヒト吸収抗体(Southern Biotechnology、カタログ番号1032−02)で染色する。2回洗浄後、4℃で1時間、細胞をPE共役ヒトCD3抗体で標識する。細胞を洗浄し、フローサイトメトリーで分析する。CD3陽性Tリンパ球をPgp+veとPgp−ve分画に分ける。各分画の細胞を、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)、または陰性対照SIRであるCD8SP−KSHV−4C3−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−4C3−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(111815−O05)(配列番号4639)をコードするレンチウイルスベクターで感染させる。NSGマウス(Jackson Lab)に、用量175cGyで致死量以下の照射を行う。照射の約24時間後(第2日目)、マウスには、尾静脈を通して2.5x10RAJI細胞を注射される。3日目、マウスは(各群につきn=6)、表示SIRをコードするレンチウイルスを感染させた5百万のリンパ球で処理される。対照マウス(n=6)にはT細胞を与えない、または非感染T細胞を与える。マウスには、1日置きにヒトIL2が与えられる。CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)SIRで感染させたPgp−veT細胞を与えられたマウス、あるいは陰性対照SであるCD8SP−KSHV−4C3−vL−V5−[hTCRb−S57C−opt]−F−P2A−SP−4C3−vH−Myc−[hTCRa−T48C−opt]−F−F2A−PAC(111815−O05)(配列番号4639)で感染させたPgp+veまたはPgp−veT細胞を与えられたマウスと比較して、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)SIRで感染させたPgp+veT細胞を与えられたマウスは長く生存した。CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)SIRで感染させたPgp+veT細胞を与えられたマウスの長期生存は、SIR−T細胞の長期インビボ継続と相関する。上記実験は、参照として本明細書に援用される国際特許出願第PCT/US2017/042248号記載の他の方法(MACS(磁気活性化細胞選別)、およびTH9402への露出、その後の露光を含む)を用いて、Pgp発現Tリンパ球を濃縮することにより反復される。ここでも、CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(081415−D06)(配列番号992)SIRで感染させたPgp+veT細胞を与えられたマウスは長く生存し、SIR−T細胞の長期インビボ継続と相関する。
(SIR−T細胞の活性を阻害するダサチニブの使用)
SIRであるCD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[TCRb−S57C−opt1]−F−P2A−SP−CD19Bu12−vH−Myc−[TCRa−T48C−opt1]−F−F2A−PAC(070215−M03)(配列番号1021))およびCD8SP−CD20−2F2−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD20−2F2−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(100615−D05)(配列番号1221)を発現するT細胞を、37℃で約30分、100nMのダサチニブと一緒に予備培養した、あるいは無処理状態に置いた。当該薬品処理および無処理T細胞をホワイト384細胞プレートで培養した。GLucを安定的に発現するRAJIを、30K細胞/ウェルの濃度でT細胞を含むウェルに加え、E対T比を5対1とした。最終濃度を100nMに維持するため、ダサチニブをウェルに加えた。4〜24時間の共培養後、天然のセレンテラジン(Nanaolight)を含む0.5xCTZアッセイ緩衝液を直接注入することにより、SIR−T細胞仲介による標的細胞の溶解誘発をGLuc活性の増大で分析した。結果は、100nMのダサチニブによりSIR誘発細胞死が有意に阻害されることを示した。ダサチニブ処理は、SIR−T細胞と標的細胞株との共培養後、IFNγおよびTNFα生産を有意に抑制することが判明した。SIR−T細胞による細胞毒性およびサイトカイン生産を阻害するダサチニブの能力を結果が示している。ダサチニブはFDA承認の薬剤であり、血液脳関門を通過できるので、SIR−T細胞により誘発される毒性(神経毒性を含む)の制御並びに患者へ投与後のSIR−T細胞活性の制御に使用可能である。
(SIR−T細胞を増殖させるためのP13K阻害剤の使用)
CD19を標的にする表示SIRコンストラクトを発現するレンチウイルスで、CD3磁気ビーズを用いて単離されたヒト末梢血T細胞を感染させた。細胞は無選択状態で、またはピューロマイシンで選択し、上述の標準プロトコールにより、CD3/CD28ビーズを用いて、重複P13K/mTOR阻害剤PF−04691502(0.10μM〜0.5μM)の存在下または不在下に繁殖させた。NSGマウス(Jackson Lab)に、用量175cGyで致死量以下の照射を行った。照射の24時間後(第2日目)、マウスには、尾静脈を通して、2.5x10RaJI細胞を注射した。3日目、マウス(各群につき、n=5)は5百万のT細胞で処置されたが、T細胞は表示SIRをコードするレンチウイルスで予め感染させ、PF−04691502の存在下または不在下に繁殖させた。対照マウス(n=5)には、5百万の非感染T細胞が注射された。マウスには、対照群の全マウスが死滅するまで、1日置きにヒトIL2(400IU腹腔内)が与えられた。P13K/AKTの存在下に繁殖させた(050515−L05)(配列番号900)SIR−Tを与えたマウスの生存中央値は、P13K/AKTの存在下に繁殖させたSIR−Tを与えたマウスよりも高い。
(抗原結合ドメインとしてCD16を発現する汎用SIR−T細胞の使用)
ルシフェラーゼを発現するDaudi細胞が、NSGマウス(Jackson Laboratory)に腹腔内注射される(腹腔内、0.3x10細胞/マウス)。マウスの一部には、リツキシマブ(150mg)が腹腔内注射される。CD8SP−MYC−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−SP−CD16A−V158−ECD−v2−V5−[hTCRb−S57C−opt1]−F−P2A−PAC(配列番号2069)SIRを発現するヒトT細胞(1x10)が、Daudi接種の4日後に注射される。対照マウスには、リツキシマブの代わりに組織培養培地が与えられる。リツキシマブは週1回ずつ4週間与えられるが、Tリンパ球の注射はそれ以上ない。全てのマウスに、週2回ずつ4週間、IL−2が1,000〜2,000IU腹腔内注射される。リツキシマブおよびSIR−T細胞が与えられるマウスは腫瘍の成長が低減する。
(望ましい特性を有するSIRを選択するための、インビトロおよびインビボ選択の使用)
表7A〜7Hに掲載されたCD19を標的にするSIRのプールが、TRAC gRNA(配列番号896)および業界周知の技術を用いて、T細胞のTRAC座を標的とする。T細胞は末梢血由来であってよい。代替実施形態では、T細胞は、業界で周知の技術を用いて、iPSCまたは造血器幹細胞由来の単一クローンであってもよい。SIRのプールを発現するT細胞は、1〜21日間、インビトロでRAJI細胞と共培養される。SIR−T細胞プールの分取部分が標的細胞との培養前に回収され、更に共培養後、様々な日に回収される。試料は、標的細胞へ接触させた後、異なるSIRの相対頻度を決定するため、次世代シーケンシングへ回される。標的細胞との共培養後、増殖応答の改善されたSIRを決定するのに、バイオインフォ―マティクス分析が使用される。インビボでT細胞上の増殖可能性の高いSIR、および/またはインビボで長期継続するSIR,および/または腫瘍に負けた動物と比較して生存動物における頻度(初期T細胞母集団の頻度に対して標準化された頻度)の高いSIRを決定するのに、本質的に同様のアプローチが使用される。本開示の代替実施形態において、ヒトの臨床サンプルにおいても、異なる特性および/または結果(限定されないが、改善された長期生存率、サイトカイン放出症候群の低い発生頻度、低い神経毒性、および/または改善された長期継続性)に関連するSIRを同定するのに、本質的に同様のアプローチが使用される。斯かるSIRは、その後、異なる病状および異なる患者を治療するための多様な特性を有する多様なSIRのサブプール(同じまたは異なる抗原結合ドメインを標的にするSIRを含む)を開発するのに、単独で、または種々の組み合わせで使用できる。別の実施形態では、SIR−T細胞は標的細胞株に接触させ、その後、フローサイトメトリーで決定される細胞内IFNγの程度に基づいて、異なるセットに分類される。低/高IFNγ母集団における異なるSIRの頻度は、次世代シーケンシングにより決定され、対照SIR−T細胞母集団(すなわち、標的細胞株に接触していないSIR−T細胞、またはSIRの標的を発現しない細胞に接触したSIR−T細胞)の頻度に対して標準化される。斯かる分析に基づいて、異なるレベルのINFα生産に関連しているSIRが決定される。同様なアプローチが、任意の望ましい特性または属性(限定されないが、低いTNFα生産、枯渇マーカーの低い発現、最終分化のマーカーの低い発現、および/または細胞毒性のマーカーの高い発現などが含まれる)、あるいはそれらの組み合わせを有するSIRをスクリーニングまたは選別するのに使用される。
(SIR−T細胞とIL7との併用)
本研究は前述の実施例の記載同様に行われるが、マウスには、SIR−T細胞の注入後1日目に始まって、用量200ng/マウスの外因性組換えヒトIL−7を腹腔内に三回投与され、対照マウスには正常な生理食塩水が投与される点が異なっている。
(BRD4を標的にするshRNAとSIR−T細胞との併用)
本研究は前述の実施例の記載同様に行われるが、配列番号893(Plenti−EF1α−CD8SP−FMC63−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FMC63−vH−Myc−[前TCRa−Del48]−F−F2A−PAC−shRNA−BRD4−DWPRE)(BRD4に対するH1プロモーター駆動shRNAを共発現する)に示されるSIRコンストラクトを発現するT細胞が使用される点が異なっている。BRD4−shRNAを共発現するshRNAコンストラクト(すなわち配列番号893)を与えられるマウスは、SIR−T細胞の継続性が長く、生存期間も長期である。
配列番号1200に示されるSIRを発現するT細胞を与えられたマウスで実験が繰り返されるが、マウスの半分(n=6)には、BRD4阻害剤JQ1(+)(50mg/kg)の腹腔内注射が毎日2回与えられ、対照マウスにはビヒクル対照(10%βシクロデキストリン、Sigma)が与えられる点が異なっている。JQ1(+)を与えられるマウスは、対照マウスと比較して、SIR−T細胞の継続性が長く、生存期間も長期である。
(養子細胞療法のための、自家SIR−T細胞の使用)
本開示のSIR−T細胞は養子細胞療法に使用できる。例えば、再発した急性リンパ性白血病(ALL)、慢性リンパ性白血病(CLL)、または高リスクの中悪性度B細胞リンパ腫の患者は、CD19を標的にする養子免疫伝達される自家SIR−T細胞を用いて免疫療法を受けてもよい。各患者から集められた白血球アフェレシス産物に関しては、Miltenyi BiotecのCliniMACS Prodigy(登録)Systemを使用し、製造元の推薦に従って、CD3陽性Tリンパ球の選別が行われる。Tリンパ球は、Pgp抗体で染色後の流動選別、Pgp抗体で染色後のMACS、またはTH9402への露出プラス露光後の光力学的選別を用いて、Pgp陽性T細胞のための濃縮が任意に行われる。細胞は臨床グレードのCD19−SIRウイルス(例えば、CD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−GMCSF−SP−tEGFR()(配列番号1087))を形質導入され、次に、閉鎖系でSIR−T細胞の選別および増殖が行われる。その結果得られた細胞産物が品質管理試験(無菌試験、腫瘍特異的な細胞毒性試験を含む)を受けた後、凍結保存される。その間、白血球アフェレシスの後、研究参加者は、リンパ球枯渇化学療法(30mg/m/日フルダラビン+500mg/m/日シクロホスファミドx3日)を開始する。リンパ球枯渇レジメンの完了後1日目に、以前に保存されているSIR−T細胞産物が運搬され、解凍され、患者のベッドサイドで注入される。研究参加者には、静注されたSIR形質導入リンパ球、次に高用量(720,000IU/kg)のIL−2(Aldesleukin, Prometheus, San Diego, CA)が8時間毎に許容量まで投与される。SIR―T産物の用量は、研究プロトコールに従って、1x10SIR+veCD3細胞/kgから5x10SIRveCD3細胞/kgまで様々である。SIR−T産物は、単回注入で投与されてもよいし、分割注入で投与されてもよい。研究参加者は、T細胞注入の少なくとも30分前に、15mg/kgのアセタミノフェン(経口)(最高650mg)および0.5〜1mg/kgのジフェンヒドラミン(静注)(最高用量50mg)で前投薬されてもよい。研究参加者は、ヒトIL−2を毎日任意に注射されてもよい。次に、臨床および実験の相関追跡試験が医師の自由裁量により行われてもよく、その中には、C19発現ALL/リンパ腫細胞および/または養子免疫伝達T細胞に関する定量的RT−PCR研究、FDG−PETおよび/またはCTスキャン、病気特異的な病理学的評価のための骨髄検査、リンパ管生検、および/またはFDAのBiologic Response Modifiers Advisory Committeeが設定したガイドラインに基づき遺伝子導入に適用される長期フォローアップなどが含まれてもよい。本開示のSIRを発現するように改変された同種免疫細胞(例えば、T細胞)を用いて他の病気を治療するのにも、本質的に同様なアプローチ(すなわち、病気を引き起こす細胞または病気関連の細胞で発現する抗原(複数も可)を、SIRが標的にするアプローチ)が使用できる。
(養子細胞療法のため、複数の抗原を標的にする自家SIR−T細胞の使用)
多くの異なる病気、例えば、感染症(例えば、HIV1、EBV、CMV、HTLV1など)、変性性疾患(例えば、アルツハイマー病)、自己免疫疾患(例えば、尋常性天疱瘡)、アレルギー疾患(例えば、慢性突発性蕁麻疹)、および複数の癌を罹患する患者が、多様な病気を引き起こす抗原または病気関連抗原を標的にする養子免疫伝達同種SIR−T細胞による免疫療法に関する、IRB承認第1相臨床試験に登録される。異なる病気用のSIRが、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞における標的抗原の既知の発現に基づいて選択される。可能ならば、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞におけるSIRの標的の発現は、ABD−GGS−NLuc融合タンパク質(SIRの抗原結合ドメインが、可撓性リンカーを通して、NLucタンパク質の非分泌形態に融合している)との結合により確認される。あるいは、病気を引き起こす細胞または病気関連細胞におけるSIRの標的の発現は、商業的に入手可能な抗体を用いる免疫組織化学またはフローサイトメトリーを用いて確認される。T細胞は、白血球アフェレシスを用いて回収され、適切なSIRをコードするレンチウイルスベクターで形質導入され、閉鎖系においてCD3/CD28ビーズを用いてエクスビボで繁殖させる。その結果得られた細胞産物が品質管理試験(無菌試験、腫瘍特異的な細胞毒性試験を含む)を受けた後、凍結保存される。その間、研究参加者は、リンパ球枯渇化学療法(30mg/m/日フルダラビン+500mg/m/日シクロホスファミドx3日)を開始する。リンパ球枯渇レジメンの完了後1日目に、研究参加者には、静注された形質導入リンパ球、次に高用量(720,000IU/kg)のIL−2(Aldesleukin, Prometheus, San Diego, CA)が8時間毎に許容量まで投与される。以前に保存されているSIR−T細胞産物が運搬され、解凍され、患者のベッドサイドで注入される。SIR―T産物の用量は、研究プロトコールに従って、1x10SIR+veCD3細胞/kgから5x10SIRveCD3細胞/kgまで様々である。SIR−T産物は、単回注入で投与されてもよいし、分割注入で投与されてもよい。研究参加者は、T細胞注入の少なくとも30分前に、15mg/kgのアセタミノフェン(経口)(最高650mg)および0.5〜1mg/kgのジフェンヒドラミン(静注)(最高用量50mg)で前投薬されてもよい。研究参加者は、ヒトIL−2を毎日任意に注射されてもよい。次に、臨床および実験の相関追跡試験が医師の自由裁量により行われてもよい。
(mTOR阻害剤とSIR−T細胞との併用)
研究は前述の実施例の記載同様に行われるが、SIR−T細胞の注入後1日目に始まって、研究参加者には、mTOR阻害剤、例えばアロステリック阻害剤(例えば、RAD001)を標的トラフ値が0.1〜3ng/mLを提供する用量で投与する点が異なっている(この場合、トラフ値とは、次の用量直前における血漿中の薬剤濃度、または2つの用量間の最低薬剤濃度を意味する)。
(イブルチニブとSIR−T細胞との併用)
研究は前述の実施例の記載同様に行われるが、SIR−T細胞の注入後1日目に始まって、研究参加者には、140mg/d〜420mg/dの用量でイブルチニブを経口投与する点が異なっている。イブルチニブを投与される研究参加者は、イブルチニブなしでSIR−T細胞を投与される参加者と比較して、重篤なサイトカイン放出症候群の発生数が少ない。
(養子細胞療法のための、同種SIR−T細胞の使用)
同種骨髄移植を受けた患者で、再発した急性リンパ性白血病または高リスクの中悪性度B細胞リンパ腫の患者は、養子免疫伝達同種SIR−T細胞の免疫療法を受けてもよい。ドナー(同種移植に使用されるのと同じドナー)から回収された白血球アフェレシス産物に関しては、Miltenyi BiotecのCliniMACS Prodigy(登録)Systemを使用し、製造元の推薦に従って、CD3陽性Tリンパ球の選別が行われる。Tリンパ球は、Pgp抗体で染色後の流動選別、Pgp抗体で染色後のMACS、またはTH9402への露出プラス露光後の光力学的選別を用いて、Pgp陽性T細胞のための濃縮が任意に行われる。細胞は、CD3およびCD28磁気ビーズベースの人工抗原提示細胞を用いて活性化され、臨床グレードのCD19−SIRウイルス(例えば、CD8SP−CD19Bu12−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−CD19Bu12−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−icasapase9(配列番号1080))で形質導入される。細胞は、閉鎖系で9〜12日増殖される。その結果得られた細胞産物が品質管理試験(無菌試験、腫瘍特異的な細胞毒性試験を含む)を受けた後、凍結保存される。その間、研究参加者は、リンパ球枯渇化学療法(30mg/m/日フルダラビン+500mg/m/日シクロホスファミドx3日)を開始する。リンパ球枯渇レジメンの完了後1日目に、研究参加者には、静注された形質導入リンパ球、次に高用量(720,000IU/kg)のIL−2(Aldesleukin, Prometheus, San Diego, CA)が8時間毎に許容量まで投与される。SIR−T細胞産物が運搬され、解凍され、患者のベッドサイドで注入される。SIR―T産物の用量は、研究プロトコールに従って、1x10SIR+veCD3細胞/kgから5x10SIRveCD3細胞/kgまで様々であってよい。SIR産物は、単回注入で投与されてもよいし、分割注入で投与されてもよい。研究参加者は、SIR−T細胞注入の少なくとも30分前に、15mg/kgのアセタミノフェン(経口)(最高650mg)および0.5〜1mg/kgのジフェンヒドラミン(静注)(最高用量50mg)で前投薬されてもよい。次に、臨床および実験の相関追跡試験が医師の自由裁量により行われてもよく、その中には、C19発現ALL/リンパ腫細胞および/または養子免疫伝達T細胞に関する定量的RT−PCR研究、FDG−PETおよび/またはCTスキャン、病気特異的な病理学的評価のための骨髄検査、リンパ管生検、および/またはFDAのBiologic Response Modifiers Advisory Committeeが設定したガイドラインに基づき遺伝子導入に適用される長期フォローアップなどが含まれてもよい。免疫抑制剤の使用も医師の自由裁量に任される。本開示のSIRを発現するように改変された同種免疫細胞(例えば、T細胞)を用いて他の病気を治療するのにも、本質的に同様なアプローチ(すなわち、病気を引き起こす細胞または病気関連の細胞で発現する抗原(複数も可))を、SIRが標的にするアプローチ)が使用できる。
(SIR−T細胞の肝臓動脈注入)
SIR−T細胞は、静注に加えて、高濃度のSIR−T細胞を病気関連の局部または器官に提供するため、動注されてもよい。以下の実施例では、本アプローチは、葉酸受容体アルファ(FR1)を発現する消化器系癌の肝臓転移を患う患者の場合に使用される。他の腫瘍抗原を標的にするSIR−T細胞の動注にも、本質的に同様なアプローチが使用できる。
治療開始時に、マッピング血管造影図が、右総大腿動脈アプローチで得られる。胃十二指腸動脈および胃動脈が、他の潜在的な肝臓外灌流源に加えて、マイクロコイルで塞栓される。同じ動脈アクセス手法が、CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)SIRを発現するT細胞の投与に実行される。T細胞は0日目に回収され、SIRをコードするレンチウイルスで感染させ、前述の実施例に記載されるように繁殖される。SIR―T細胞は、用量漸増方式で14日目(10SIR−T細胞)、28日目(10SIR−T細胞)、および44日目(1010SIR−T細胞)に投与される。SIR−T細胞は、60cc注射器を用いて、2cc/秒未満の速度で、手動で注入される。全注入量は約100ccである。動脈流の維持を確認するため、調整済み造影剤流量を有する血管造影法が最初の50cc注入後、並びにSIR−T注入の完了時点で行われる。可能ならば、注入は適切な肝臓動脈に対して行われる。ある患者は異常な肝臓動脈構造を有しており、右か左の肝臓動脈が適切な肝臓動脈から隆起していない。斯かる場合、SIR−T細胞の用量は、肝臓葉体積計算に基づいて分割される。斯かる場合、釣り合いの取れたSIR−Tが両肝臓葉へ確実に運搬されるように、分割用量は右および左の肝臓動脈に別々に送られる。
臨床評価が、治療開始時、注入日、および注入後の1日目、2日目、4日目、および7日目に行われる。MRIおよびPET検査を用いる計画撮像評価が、最初の注入の1か月前内、並びに最後のSIR−T注入後1か月内に計画される。試験放射線技師(BS)は、調整済みRECIST(mRECIST)および、免疫関連応答基準(Wolchokら、2009、 Clin Cancer Res, 15:7412−7420)に従って、応答を等級分けする。治療前並びに最後の用量後3週目に、経皮的生検が行われる。盲検の病理学者が、腫瘍壊死および線維化のスコアを付ける。安全性評価がプロトコールに従って行われる。有害事象の重篤性の等級分けには、全米癌研究所の有害事象共通用語基準第3版が使用される。
(SIR−T細胞の腹腔内投与)
SIR−Tは、実質的にKoneru Mら(Journal of Translational Medicine; 2015; 13:102)記載のように、腹腔内投与してもよい。以下の例において、斯かるアプローチが、葉酸受容体アルファ(FR1)を発現する卵巣癌により腹膜の病変を患っている患者の場合に使用される。他の腫瘍抗原を標的にするSIR−T細胞の腹腔内注射にも、本質的に同様なアプローチが使用できる。
FR1発現の癌を試験するため、高リスクで重篤な再発卵巣癌を患っている患者にスクリーニングのインフォームドコンセントが提供されるであろう。FR1の発現が免疫組織化学により確認された場合、患者には、末梢血から得られる白血球アフェレシス産物が与えられるであろう。過剰な血小板および赤血球の混入が白血球アフェレシス産物から除去され、該産物は凍結される。本研究の治療段階において、白血球アフェレシス産物は解凍および洗浄される。その後、CD3+T細胞は、CD3/CD28ビーズを用いた磁気分離により、解凍された白血球アフェレシス産物から単離されるであろう。活性化されたT細胞は、CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)SIRを有するレンチウイルスにより形質導入され、CD3/CD28ビーズ増殖プロトコールを用いて更に増殖されるであろう。
これは、再発性FR1+卵巣癌、卵管癌、または原発性腹膜癌を患っている患者において、遺伝子組換え自家T細胞を静注(IV)または腹腔内注射(IP)する場合の安全性を試験する第1相臨床試験である。斯かる自家T細胞は、CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)SIRを発現するように遺伝子的に改変されるであろう。層状(パラフィン包埋)腫瘍または新たに生検された腫瘍の免疫組織化学(IHC)分析により確認されるFR1抗原を発現する、高リスクで重篤な再発性卵巣癌、原発性腹膜癌、または卵管癌の患者は、潜在的に本研究の対象となる資格を得るであろう。中程度乃至強度な免疫反応性スコア(3〜5)だけが陽性と考えられ、スコア3は51〜75%強度または51〜100%弱度、4は76〜99%強度、5は100%強度の染色である。全患者が再発に対する前化学療法を受けている(最大5回の前化学療法)であろう。計画治療の時点で、他の活動性悪性腫瘍を患う患者、寿命3か月未満の患者、またはカルノフスキーパーフォ―マンスステータス(KPS)スコア70%未満の患者は不適格であろう。
本試験では、第1相用量漸増設計が使用される。最大耐量(MTD)を確立するため、3〜6人の患者のコホートに、漸増用量の修飾T細胞が注入されるであろう。4つの計画用量レベル、すなわち3x10、1x10、3x10、および1x10のCD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)SIR−T細胞/kgが存在する。コホートIおよびIIは、3x10CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)SIR−T細胞/kgで治療されるが、コホートIIの患者には、リンパ球枯渇性シクロホスファミドも投与されるであろう。コホートII〜Vには、シクロホスファミドで前治療された後、漸増用量の修飾T細胞が投与されるであろう。用量750mg/mのリンパ球枯渇性シクロホスファミドは、最初のT細胞注入の2〜4日前に投与されるであろう。その後、標準の3+3用量漸増スキームが行われる。第一用量レベルがMTDを超えたら、その後の3〜6人の患者のコホートは、リンパ球枯渇性シクロホスファミドの添加なしに、CD8SP−FR1−huMov19−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−FR1−huMov19−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(102915−P07)(配列番号1276)SIR−T細胞/kgの−1用量レベルで治療されるであろう(コホート−I)。
T細胞注入前に、IPカテーテルが配置されるであろう。カテーテルは、修飾T細胞の投与準備が整った時点で配置されるであろう。患者は、SIR−T細胞の第一注入前に病院の入院患者ユニットへの入院が許可され、SIR−T細胞の第二注入の少なくとも3日目まで入院を続けるであろう。治療対象の第一コホートの患者およびその後の各コホートで治療される第一患者は、集中治療室(ICU)への入院が許可され、その後の患者は、腫瘍内科入院患者サービスへの入院が許可されるかもしれない(治療医師の臨床判断に任される)。
患者には、SIR修飾T細胞で治療を開始する2〜4日前に、リンパ球枯渇性シクロホスファミド(750mg/mIV)化学療法の単一用量が与えられる。形質導入されたT細胞は、注入前に、数、純度、生育可能性、および無菌性の品質試験が行われる。増殖したT細胞母集団のフローサイトメトリー分析に基づいて、以下のT細胞放出基準、すなわち、生育可能性80%超、CD3+95%以上、および注入されるT細胞母集団は20%超の形質導入分画を有していなければならないという条件が満たされなければならない。更に、注入前に、形質導入T細胞の平均ベクターコピー数が、実時間PCRにより決定されるであろうが、それは細胞当たり0.3〜5コピーの範囲である必要があり、PCRは、形質導入T細胞内に複製可能なレンチウイルスが不在であるのを確認するのに使用されるであろう。全患者が、遺伝子組換えT細胞の用量の50%を静注されるであろう。患者は毒性に関して注意深く監視されるであろう。1〜3日後、T細胞の残りの用量が腹腔内注射として投与されるであろう。少なくとも3人の患者が用量レベル1で治療されるであろう(各用量レベルで、月当たりせいぜい2人の患者の増加)。各登録患者の治療と治療の間に、少なくとも1週間が経過するであろう。前述のコホートで治療される全患者が、最初のT細胞注入の日から次のコホートへ移行するまでの間に、最低4週間観察されるであろう。シクロホスファミド療法の後生じ得る好中球減少症(ANC1,000/mm以下)の重大なリスクに鑑み、シクロホスファミドで治療された患者は、調査官達の自由裁量により、成長因子サポートで治療を受けてもよい(ペグフィルグラスティムの単一皮下注射、または3連続日の皮下フィルグラスティム)。
血液試料が処置前後に全患者から回収され、毒性、治療効果、および遺伝子組換えT細胞の生存が評価される。治療後の血液試料は、T細胞注入後約1時間目、1日目、1週間目、2週間目、3週間目、4週間目、5週間目、6週間目、7週間目、8週間目、および12週間目、その後1年間、毎月1回、それから毎年1回ずつ15年間回収される。技術的に可能であれば、シクロホスファミドまたはT細胞治療(いずれか早い方)前、並びにフォローアップ期間中に、患者の腹水が試料として回収されてもよい。患者は、T細胞注入後約6週間目、3か月目、6か月目、9か月目、および12か月目、並びに臨床的に必要であればその後もCTスキャンが測定される。
(腫瘍内注入のための、SIR−T細胞の使用)
更に、SIR−T細胞は、実質的にBrown CEら、Clin Cancer Res, 2015年9月15日;21(18):4062−4072に記載される方法で、腫瘍内に投与されてもよい。以下の実施例では、本アプローチは、IL13Ra2を発現する再発性膠芽細胞腫(GBM)の患者の場合に使用される。他の腫瘍抗原を標的にするSIR−T細胞の腫瘍内注射にも、本質的に同様なアプローチが使用できる。
再発性GBMにおいて、CD8SP−IL13Ra2−hu107−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−IL13Ra2−hu107vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(051816−Y03)(配列番号1306)SIRを発現するT細胞を試験するため、パイロット安全性および実行可能性研究が行われるであろう。参加患者は全員、文書によるインフォームドコンセントを提供するように求められるであろう。臨床プロトコールは、南カルフォルニア大学の治験審査委員会によって承認され、新薬治験開始申請の下に実行され、ClinicalTrials.govに登録されるであろう。適格患者には、再発性または難治性の単源性グレードIIIまたはIVテント上膠芽腫(腫瘍は、心室/CSF経路とのコミュニケーションを示しておらず、しかも切除可能である)の患者が含まれる。本試験の参加は、IL13Rα2(またはIL13Ra2)腫瘍抗原ステータスからは独立しているであろう。患者は、高グレード膠芽腫(WHOグレードIIIまたはIV)の初期診断後に登録され、その時点で末梢血単核細胞(PBMC)回収のために白血球アフェレシスが行われるであろう。斯かる細胞は、上述の実施例に記載されるように対応するレンチウイルスベクターで感染後、ピューロマイシン耐性遺伝子(PAC)を含むCD8SP−IL13Ra2−hu107−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−IL13Ra2−hu107vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(051816−Y03)(配列番号1306)SIRを発現するようにT細胞を改変するのに使用されるであろう。あるいは、SIR−T細胞は、レトロウイルスベクターで感染後、またはsleaping beautyトランスポゾンを用いて、またはIVT mRNAのトランスフェクションにより作製してもよい。その後、遊離試験済み治療用SIR−T細胞は、冷凍され、後の使用のために保存される。最初の腫瘍再発の時点で、研究参加者は、Rickhamリザーバ/カテーテルの配置と共に、腫瘍の切除が行われるであろう。同時に、治療用SIR−T細胞は解凍され、CD3/CD28ビーズベースの急速増殖プロトコールを用いて、インビトロで再増殖されるであろう。手術からの回復およびベースラインMR撮像後、本質的に(Brown CEら、Clin Cancer Res, 2015年9月15日;21(18):4062−4072)に記載されているように、留置カテーテルを通して、CD8SP−IL13Ra2−hu107−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−IL13Ra2−hu107vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(051816−Y03)(配列番号1306)SIRが、切除腔内に直接投与されるであろう。細胞は、21ゲージバタフライ針を用いて、2mLの容積を5〜10分かけて注入し、その後、保存剤フリーの通常の生理食塩水と一緒に2mLを5分かけてフラッシングすることにより、Rickhamリザーバに手動で注入されるであろう。プロトコール治療計画は、5週間かけて頭蓋内に投与される12CAR−T細胞用量の標的に関して、週毎の治療サイクルで構成される患者内用量漸増計画を明記するであろう。サイクル1、2、4、および5中は、T細胞注入はサイクル週の1日目、3日目、および5日目に行なわれ、3週目はサイクルが休みとなるであろう。安全性のため、サイクル1において、患者内用量漸増戦術を利用するであろう(SIR−T細胞の用量は、1日目、3日目、および5日目に投与される注入当たり、それぞれ10、5x10、および10細胞である)。その後、4週間に亘り、9回の追加注入により10のSIR−T細胞が投与されるであろう。応答を評価するための撮像が、3週目の休憩サイクルおよび5週目の後に行われるであろう。その後、毒性の監視および有害事象報告のため、NCI共通毒性基準第2.0版(https://ctep.ifo.nih.gov/l)に提供されるガイドラインが実行されるであろう。
(移植前に、脊髄または末梢血幹細胞調製物をエクスビボでパージするための、SIR−T細胞の使用)
骨髄または幹細胞移植前の癌細胞の末梢血幹細胞調製物をパージするのに、SIR−T細胞が使用できる。以下の例では、SIR−T細胞を発現するCD8SP−HuLuc64−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−HuLuc64−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(092916−E07)(配列番号1253)が、多発性骨髄腫の患者から得た骨髄または末梢血幹細胞を、自家幹細胞(または骨髄)移植前にパージするのに使用される。
患者には、末梢血単核細胞(PBMC)を回収するため、白血球アフェレシスが行われる。T細胞はCD3ビーズを用いて精製される。斯かる細胞は、前述の実施例に記載されるように、対応するレンチウイルスベクターで感染後、ピューロマイシン耐性遺伝子(PAC)を含むCD8SP−HuLuc64−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−HuLuc64−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(092916−E07)(配列番号1253)SIRを発現するようにT細胞を改変するのに使用されるであろう。このSIRは、骨髄腫細胞に発現する抗原であるCS1を標的にする。CD8SP−CS1−huLuc90−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−huLuc90−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(012716−A02)(配列番号1254)、CD8SP−CD138−vL−V5−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−CD138−vH−Myc−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(100815−A05)(配列番号1236)、およびCD8SP−GPRC5D−ET150−5−vL−Myc2−[hTCRb−KACIAH]−F−P2A−SP−GPRC5D−ET150−5−vH−Myc4−[hTCRa−CSDVP]−F−F2A−PAC(100616−C03)(配列番号1285)は、CS1を標的とする上記SIR−T細胞の代わりに、またはそれと併用して、使用されるであろう。あるいは、SIR−T細胞は、レトロウイルスベクターで感染後、またはsleaping beautyトランスポゾンを用いて、またはIVT mRNAのトランスフェクションにより作製してもよい。その後、遊離試験済み治療用SIR−T細胞は、冷凍され、後の使用のため、または新鮮な使用のために保存される。骨髄細胞および末梢血前駆細胞産物は、標準の手法を用いて、多発性骨髄腫の患者から回収される。末梢血幹細胞の動員のため、患者には、シクロホスファミドの24時間後に始まって、フェレシスが完了するまで、毎日、3mg/m2のシクロホスファミド、次に10μg/kgのG−CSFを皮下注射される。末梢血幹細胞は、末梢血CD34+の細胞数が15細胞/マイクロLになったら回収されるであろう。回収目標は、1日当たり3血液量を処理し、処理後、最低2.0x10CD34+細胞/kgに達するまでとなるであろう。骨髄および末梢血幹細胞産物に関しては、任意に赤血球の枯渇が行われるであろう、および/またはMiltenyi BiotecのCliniMACS Prodigy(登録)Systemを使用し、製造元の推薦に従って、CD34発現細胞の濃縮が行われるであろう。該産物は、新鮮なエクスビボパージングに使用されるであろう、あるいは凍結乾燥されるであろう。骨髄および末梢血幹細胞産物は、パージングのため、エフェクター対標的(E対T)比5対1から30対1の範囲で、4〜24時間、100IUの組換えヒトIL2で補充されたXVIVO培地(Lonza)において、解凍されたSIR−T細胞と共培養されるであろう。細胞は、5%のCO2加湿型培養器で、37℃で培養されるであろう。共培養期間の終わりに、細胞のアリコートが、無菌および品質試験(CFU−GMの測定、CD34およびCD138陽性細胞のフローサイトメトリーを含む)のために回収されるであろう。残りの試料は、以前に骨髄破壊的化学療法(例えば、70mg/mの2分割用量、全用量140mg/mの高用量メルファラン)を受けたことのある患者に静注されるであろう。
(自己免疫疾患抑制のための自動SIRの使用)
尋常性天疱瘡の患者が、Dsg3細胞外ドメインを含むSIRの安全性および効果を試験する臨床試験に登録されるであろう。患者は、治療抵抗性の尋常性天疱瘡の診断後、登録されるであろうが、その時点で、末梢血単核細胞(PBMC)の回収のため、白血球アフェレシスを受けるであろう。斯かる細胞は、上述の実施例に記載されるように対応するレンチウイルスベクターで感染後、SIR(CD8SP−MYC−[hTCRa−T48C−opt1]−F−F2A−SP−Dsg3−ECD−V5−[hTCRb−S57C]−F−P2A−PAC(配列番号1144))を発現するようにT細胞を改変するのに使用されるであろう。あるいは、SIR−T細胞は、レトロウイルスベクターで感染後、またはsleaping beautyトランスポゾンを用いて、またはIVT mRNAのトランスフェクションにより作製されるであろう。その後、遊離試験済み治療用SIR−T細胞は、冷凍され、後の使用のために保存される。患者には、SIR修飾T細胞で治療を開始する2〜4日前に、リンパ球枯渇性シクロホスファミド(750mg/m静注)化学療法の単一用量が与えられる。形質導入されたT細胞は、注入前に、数、純度、生育可能性、および無菌性の品質試験が行われる。SIR―T産物の用量は、研究プロトコールに従って、1x10SIR+veCD3細胞/kgから5x10SIRveCD3細胞/kgまで様々であってよい。SIR産物は、単回注入で投与されてもよいし、分割注入で投与されてもよい。研究参加者は、SIR−T細胞注入の少なくとも30分前に、15mg/kgのアセタミノフェン(経口)(最高650mg)および0.5〜1mg/kgのジフェンヒドラミン(静注)(最高用量50mg)で前投薬されてもよい。次に、臨床および実験の相関追跡試験が医師の自由裁量により行われてもよい。
本開示を例示するためいくつかの実施形態が上述された。以下の特許請求の範囲は、本出願が何を発明と見なしているかを更に説明する。

Claims (198)

  1. 少なくとも1つの合成免疫受容体(SIR)をコードする少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドであって、
    前記少なくとも1つのSIRは、
    (a)T細胞受容体(TCR)定常鎖であって、
    (i)配列番号3010と少なくとも98%同一であり且つ48、61、91、92、93および/または94の位置に1つ以上の変異を有するアミノ酸配列であって、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、
    (ii)配列番号3024と少なくとも98%同一であり且つ18、22、57、79、133、136および/または139の位置に1つ以上の変異を有するアミノ酸配列であって、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、
    (iii)配列番号3025と少なくとも98%同一であり且つ18、22、57、79、133、136および/または139の位置に1つ以上の変異を有するアミノ酸配列であって、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、
    (iv)配列番号3046、3047または3048と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列であって、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、
    (v)配列番号3049と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列であって、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、
    (vi)配列番号3051または3052と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列であって、任意選択のアクセサリーモジュールを含んでもよいアミノ酸配列、ならびに
    (vii)(i)と(ii)、(i)と(iii)、(iv)と(ii)、(iv)と(iii)、および(v)と(vi)、から選択される2つのTCR定常鎖の二量体の組み合わせ、
    から成る群から選択されるアミノ酸配列を有するT細胞受容体定常鎖と、
    (b)任意選択のリンカーと、
    (c)(a)に連結された1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインであって、
    (1)抗体、
    (2)抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)、
    (3)抗体の重鎖可変領域(vHドメイン)またはその断片、
    (4)抗体の軽鎖可変領域(vLドメイン)またはその断片、
    (5)単鎖可変断片(scFv)またはその断片、
    (6)単一ドメイン抗体(SDAB)またはその断片、
    (7)ラクダ科動物由来VHHドメインまたはその断片、
    (8)抗体の単量体可変領域、
    (9)DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オーボディ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質またはそれらの断片等の、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、
    (10)受容体またはその断片、
    (11)リガンドまたはその断片、
    (12)二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンド、および
    (13)自己抗原またはその断片、
    から成る群から選択される1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインと、
    を含み、
    (a)(i)〜(a)(iii)の変異体および(a)(vii)の二量体は、前記抗原結合ドメインの標的抗原に対する多様な結合親和性をもたらし、前記親和性は、同じ結合ドメインを有するcTCRの結合親和性よりも少なくとも5%大きく、前記合成免疫受容体は、リンパ球で発現した場合に、リンパ球の表面上の1つ以上の連続鎖で、前記抗原結合ドメインおよび前記T細胞受容体定常鎖の両方を発現し、その結果、前記発現した抗原結合ドメインがその抗原に結合した際に、リンパ球が、活性化、増殖、サイトカインを分泌および/または標的細胞の死滅を調整(誘発または抑制)するようにトリガーされ且つMHC拘束性およびMHC非拘束性の抗体タイプ特異性を有する、
    組換えポリヌクレオチド。
  2. (a)(vii)のTCR定常鎖を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチドであって、前記非天然TCR結合ドメインは、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖および軽鎖またはそれらの断片の可変領域であって、発現した場合に、前記抗体の重鎖および軽鎖またはそれらの断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗体の重鎖および軽鎖またはそれらの断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、可変領域と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単鎖可変断片(scFv)であって、発現した場合に、前記scFvの1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記scFvのもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの単鎖可変断片(scFv)と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの抗体断片であって、発現した場合に、前記抗体断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗体断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの抗体断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単一ドメイン抗体(SDAB)断片であって、発現した場合に、前記SDAB断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記SDAB断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの単一ドメイン抗体(SDAB)断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのラクダ科動物由来vHHドメインであって、発現した場合に、前記vHHドメインの1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記vHHドメインのもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つのラクダ科動物由来vHHドメインと、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドであって、発現した場合に、前記非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドの1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドドメインのもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの受容体またはその断片であって、発現した場合に、前記受容体またはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記受容体またはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの受容体またはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのリガンドまたはその断片であって、発現した場合に、前記リガンドまたはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記リガンドまたはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つのリガンドまたはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの構造的に異なる抗原結合断片であって、発現した場合に、前記抗原結合断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗原結合断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの構造的に異なる抗原結合断片と、
    −2つの結合断片であって、そのいずれかまたは両方が二重特異性または多重特異性であり、発現した場合に、前記抗原結合断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗原結合断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの結合断片と、
    −2つの自己抗原またはその断片であって、発現した場合に、前記自己抗原またはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記自己抗原またはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つの自己抗原またはその断片と、
    −2つのvLまたはその断片であって、発現した場合に、前記vLまたはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記vLまたはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つのvLまたはその断片と、
    −2つのvHまたはその断片であって、発現した場合に、前記vHまたはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記vHまたはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、2つのvHまたはその断片と、
    から成る群から選択される、組換えポリヌクレオチド。
  3. (a)(iv)のTCR定常鎖を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチドであって、前記非天然TCR結合ドメインは、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、
    −所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、
    −所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    −所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、
    −自己抗原またはその断片と、
    から成る群から選択される、組換えポリヌクレオチド。
  4. (i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)または(vi)をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチドであって、前記非天然TCR結合ドメインは、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域と、
    −所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、
    −所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、
    −所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    −所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、
    −自己抗原またはその断片と、
    から成る群から選択される、組換えポリヌクレオチド。
  5. 前記TCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドがコドン最適化配列である、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  6. (a)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、TCR定常鎖の発現および/または対形成を向上させる変異であって内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる変異を含むTCR定常鎖(複数可)をコードする、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  7. (a)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号730〜743の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号730〜743の核酸配列と少なくとも70%同一の配列であって、TCRβ1鎖またはTCRβ2鎖と二量体化可能な配列を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  8. (b)または(c)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号744〜765の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号744〜765の核酸配列と少なくとも70%同一の配列であって、TCRα鎖と二量体化可能な配列を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  9. (v)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号769〜770の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号769〜770の核酸配列と少なくとも70%同一の配列であって、TCRδ鎖と対形成可能な配列を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  10. (vi)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号771〜772の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号771〜772の核酸配列と少なくとも70%同一の配列であって、TCRγ鎖と二量体化可能な配列を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  11. (iv)のTCR定常鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号766〜768の核酸配列の1〜40修飾の核酸配列または配列番号766〜768の核酸配列と少なくとも70%同一の配列であって、TCRβ1鎖またはTCRβ2鎖と二量体化可能な配列を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  12. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)から成る癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl);チロシナーゼ;エフリンA型受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP450 1B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγ−δ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、GD3、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P−糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原、から成る群から選択される疾患関連抗原のうちの1つ以上に結合する、請求項1に記載の組み換えポリヌクレオチド。
  13. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、抗体;抗体断片;scFv:;Fv;Fab;(Fab’)2;単一ドメイン抗体(SDAB);vHドメインもしくはvLドメイン;ラクダ科動物由来vHHドメイン;DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オーボディ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質のような非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド;受容体;またはリガンドを含む、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  14. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    (i)配列番号226〜400または10203〜10321のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってその抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる重鎖可変領域(vH)と、
    (ii)配列番号16〜191または10085〜10202のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってその抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる軽鎖可変領域(vL)と、
    (iii)配列番号488〜657、10346〜10400または18098〜18160のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってその抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる単鎖可変断片(scFv)と、
    (iv)配列番号421〜445または10322〜10337のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってその抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされるラクダ科動物VHHドメインと、
    (v)配列番号439〜443のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってその抗原に結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる非免疫グロブリンスカフォールドと、
    (vi)配列番号456〜468のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってそのコグネイトに結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされる受容体と、
    (vii)配列番号476〜486または10402〜10404のうちのいずれか1つの配列またはそれと少なくとも98%同一の配列を有するポリヌクレオチドであってそのコグネイトに結合するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによりコードされるリガンドと、
    から成る群から選択される、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  15. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号13999〜14879または14880のいずれかに記載される、選択された標的抗原のための軽鎖相補性決定領域のうちの1つ以上、および/または配列番号14881〜15761または15762のいずれかに記載される、選択された標的抗原のための重鎖相補性決定領域のうちの1つ以上、を含む、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  16. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2307〜2482または12042〜12159のいずれか1つに記載の配列を有する可変軽鎖(vL)ドメイン、および/または10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2506〜2680または12160〜12278のいずれか1つに記載の配列を有する可変重鎖(vH)ドメインを有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  17. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2701〜2725または12279〜12294のいずれか1つに記載の選択抗原のための1つ以上のラクダ科動物vHH相補性決定領域を有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  18. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2728〜2732または12296〜12301のいずれか1つに記載のアミノ酸を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を含む非免疫グロブリン抗原結合ドメインを有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  19. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2307〜2482または12042〜12159のいずれか1つの配列を有する可変軽鎖(vL)ドメインの1つ以上の軽鎖相補性決定領域と、配列番号2506〜2680または12160〜12278のいずれか1つの配列を有する可変重鎖(vH)ドメインの1つ以上の重鎖相補性決定領域とを含むscFvドメインを有する、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
  20. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2770〜2939、12303〜12357、および18162〜18224から成る群であって、各々10までの保存的アミノ酸置換体を有する群から選択された配列を含むscFv断片を有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  21. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る1つ以上の受容体を有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  22. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有する配列番号2758〜2768または12359〜12361のうちいずれかの配列から成る1つ以上のリガンドを有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  23. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD16A、NKG2D、CD4、PD1、デスモグレイン3(Dsg3)、またはCD4−DC−SIGNの細胞外ドメインを有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  24. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、hTPO、mTPO、CGHα鎖、CGHβ鎖、FHβ鎖、LHβ鎖、TSHβ鎖、APRIL、またはそれらの組み合わせのうち1つ以上の細胞外ドメインを有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  25. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれか1つの配列を含み、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)と、
    a)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれかに記載されている任意のラクダ科動物vHH、または
    b)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、または
    c)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、または
    d)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインと、
    を有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  26. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか記載のラクダ科動物vHHと、
    a)配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれかの配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)、または
    b)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、または
    c)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、または
    d)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインと、
    を有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  27. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、リンカー領域により前記TCR定常領域の各々に任意に接続されており、前記リンカー領域の核酸は、配列番号2981〜3003およびそれらの任意の組み合わせから成る群から選択されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列をコードする、あるいは前記リンカーは、配列番号701〜725から成る群から選択される核酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列によってコードされている、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  28. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、それを取得した抗体よりも少なくとも5倍少ない標的抗原への結合親和性を有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  29. 前記SIRをコードする前記ポリヌクレオチドは、各鎖のN末端に存在し配列番号1〜9および10から成る群から選択される配列を有するリーダー配列またはシグナルペプチドを更に有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  30. 少なくとも1つのポリヌクレオチドは2つのSIRをコードする、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  31. 前記ポリヌクレオチドは、切断可能リンカーをコードするヌクレオチド配列によって結合された2つのSIRをコードする、請求項30に記載の組換えポリヌクレオチド。
  32. 前記切断可能リンカーは、自己切断による切断可能リンカーである、請求項31に記載の組換えポリヌクレオチド。
  33. 前記切断可能リンカーは、2Aリンカー、2A様リンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である、請求項31に記載の組換えポリヌクレオチド。
  34. 前記切断可能リンカーは、T2Aリンカー、P2A、F2A、E2Aリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である、請求項31に記載の組換えポリヌクレオチド。
  35. 前記切断可能リンカーは、配列番号780〜785のうち任意の1つ以上の配列を有する、請求項31に記載の組換えポリヌクレオチド。
  36. 前記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチド配列の前には、任意に、フーリン切断部位、フーリン様切断部位、またはそれらの機能的等価物をコードするヌクレオチド配列が位置する、請求項31に記載の組換えポリヌクレオチド。
  37. 前記切断可能リンカーに先行する前記フーリン切断部位は、配列番号788〜790のうち任意の1つ以上の配列を有する、請求項36に記載の組換えポリヌクレオチド。
  38. 前記切断可能リンカーをコードする前記ポリヌクレオチド配列の前には、可撓性リンカーをコードするヌクレオチド配列が位置する、請求項31〜37のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。
  39. 前記切断可能リンカーに先行する前記可撓性リンカーは、Ser−Glyリンカー、Ser−Gly−Ser−Glyリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち1つ以上をコードする、請求項38に記載の組換えポリヌクレオチド。
  40. 前記切断可能リンカーに先行する前記可撓性リンカーは、配列番号786〜787の配列を有する、請求項39に記載の組換えポリヌクレオチド。
  41. 順番が、フーリン切断部位、可撓性リンカー、切断可能リンカーとなるよう、前記フーリン切断部位をコードする前記ポリヌクレオチド配列の後ろに前記可撓性リンカーをコードするポリヌクレオチドが位置し、その後ろに前記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチドが位置する、請求項38に記載の組換えポリヌクレオチド。
  42. 前記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチドは、第二SIRをコードしたリーダー配列(シグナルペプチド)をコードする配列の前に存在する、請求項31に記載の組換えポリヌクレオチド。
  43. 前記SIRは、選択抗原のために、多様な結合親和性を有するように設計可能である、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  44. 前記SIRはアクセサリーモジュールを有する、組換えポリヌクレオチド。
  45. 請求項44記載の組換えポリヌクレオチドにおいて、前記アクセサリーモジュールはCD3zドメインを有する、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。
  46. 前記TCR定常鎖は、
    (viii)配列番号12401、12402、12403、12408、または12409と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列と、
    (ix)配列番号12421、12422、12423、12427、または12428と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列と、
    (x)(viii)および(ix)の2つのTCR定常鎖の二量体組み合わせと、
    から成る群から選択される、請求項45に記載の組換えポリヌクレオチド。
  47. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD19と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  48. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2318〜2324、12060〜12068、12108、12127、および12156のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2517〜2523、12178〜12186、1227、12246、および12275のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号12288に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    −配列番号2770〜2774、12325、12308、18162〜18170、および12354のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項47に記載の組換えポリヌクレオチド。
  49. 配列番号3135〜3235、3250〜3346、3396、3401〜3403、3406、3429〜3432、3435〜3439、3540、3855〜3859、12431〜12489、12491〜12493、12495〜12530、12534、13195〜13203、13250、13267、13289、13429〜13437、13483、13501、および13523から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項47に記載の組換えポリヌクレオチド。
  50. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD20と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  51. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2325〜2326、12069〜12077、および12078のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2524〜2525、12187〜12195、および12196のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号12289または12290に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    −配列番号2787〜2788、18177〜18186、および18187のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項50に記載の組換えポリヌクレオチド。
  52. 配列番号3263、3348、3456〜3457、3876〜3877、12464〜12465、12477〜12482、12492、12534、13204〜13213、13438〜13446、および13447から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項50に記載の組換えポリヌクレオチド。
  53. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD22と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  54. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2327〜2329、12122〜12126、および12132のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2526〜2528、12241〜12245、および12251のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2789〜2791、12320〜12330、および18188のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項53に記載の組換えポリヌクレオチド。
  55. 配列番号3332,3433、3458〜3460、3878〜3880、12483、12485、12488〜12490、13241〜13245、13268、13475〜13479、および13502から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項53に記載の組換えポリヌクレオチド。
  56. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、BCMAと結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  57. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2310〜2313、12046〜12048、12118〜12119、12139〜12145、および12146のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2509〜2512、12164〜12166、12237〜12238、12258〜12264、および12265のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号12279〜12281、12283〜12285、12287、12291〜12292、12293、または12294に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    −配列番号2780〜2783、12237〜12344、18174〜18175、および18176のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項56に記載の組換えポリヌクレオチド。
  58. 配列番号3445〜3449、3866〜3869、12463、12533、12535〜12536、13181〜13183、13261〜13262、13277〜13284、13415〜13417、13495〜13496、13511〜13517、および13518から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項56に記載の組換えポリヌクレオチド。
  59. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、MPLと結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  60. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2414〜2421、12120、12128、および12129のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2611〜2618、12239、12247、および12248のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2871〜2878、12326〜12327、および12318のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項59に記載の組換えポリヌクレオチド。
  61. 配列番号3347、3373、3427〜3428、3495、3556〜3562、3979〜3985、4025、12454、12456、12458、12462、12532、13259、13265〜13266、13493、13499、および13500から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項59に記載の組換えポリヌクレオチド。
  62. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CS1と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  63. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2355〜2358、12090〜12094、および12095のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2553〜2555、12209〜12213、および12214のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2817〜2819、18211〜18215、および18216のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項62に記載の組換えポリヌクレオチド。
  64. 配列番号3376、3487、3489、3907〜3909、12455、12457、12459、12461、12476、13226〜13231、13460〜13464、および13465から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項62に記載の組換えポリヌクレオチド。
  65. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD33と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  66. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2336〜2337、12079〜12084、および12085のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2535〜2536、12197〜12202、および12203のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2795〜2796、18189〜18193、および18194のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項65に記載の組換えポリヌクレオチド。
  67. 配列番号3464〜3465、3884〜3885、12460、12473、12479、13214〜13220、13448〜13453、および13454から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項65に記載の組換えポリヌクレオチド。
  68. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD123と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  69. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2315、2472、12049〜12058、および12059のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2514、2670、12167〜12176、および12177のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2716または2717に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    −配列番号2801、2929、18196〜18205、および18206のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項68に記載の組換えポリヌクレオチド。
  70. 配列番号3266〜3267、3366〜3368、3375、3378、3405、3409、3434、3470、3492〜3497、3617、3890、3912〜3913、4041、12480、13184〜13194、13418〜13427、および13428から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項68に記載の組換えポリヌクレオチド。
  71. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、葉酸受容体1と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  72. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2373に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2570に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2833に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項71に記載の組換えポリヌクレオチド。
  73. 配列番号3511および3928から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項71に記載の組換えポリヌクレオチド。
  74. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、メソテリンと結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  75. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2413、12154、および12155のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2609〜2610、12273、および12274のうちのいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2713〜2714または2725に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    −配列番号2870、2899、12352、および12353のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項74に記載の組換えポリヌクレオチド。
  76. 配列番号3414、3419、3554、3585、3976、4008、13287〜13288、13521、および13522から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項74に記載の組換えポリヌクレオチド。
  77. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、IL13Ra2と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  78. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2399および2400のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2595および2596のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2858および2859のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項77に記載の組換えポリヌクレオチド。
  79. 配列番号3541〜3542、3963、および3964から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項77に記載の組換えポリヌクレオチド。
  80. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD138と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  81. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2316に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2515に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2802に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項80に記載の組換えポリヌクレオチド。
  82. 配列番号3268、3374、3404、3471、および3891から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項80に記載の組換えポリヌクレオチド。
  83. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、TCRgdと結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  84. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2449に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2646に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2907に少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項83に記載の組換えポリヌクレオチド。
  85. 配列番号3594および4017から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項83に記載の組換えポリヌクレオチド。
  86. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、TCRB1と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  87. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2445および2446のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2642および2643のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2903および2904のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項86に記載の組換えポリヌクレオチド。
  88. 配列番号3590〜3591、4013、および4014から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項86に記載の組換えポリヌクレオチド。
  89. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、TCRB2と結合する、請求項12に記載の組換えポリヌクレオチド。
  90. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    −配列番号2447および2448のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2644および2645のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチド、または前記ポリペプチドのいずれかに含まれる任意の相補性決定領域(CDR)と、
    −配列番号2905および2906のうちいずれか1つに少なくとも98%同一である配列を有するポリペプチドと、
    から成る群から選択される、請求項89に記載の組換えポリヌクレオチド。
  91. 配列番号3353〜3364、3592〜3593、4015、および4016から成る群から選択される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項89に記載の組換えポリヌクレオチド。
  92. 治療コントロールと共発現する請求項1記載の組換えポリヌクレオチドを有する組換え発現システムであって、
    前記治療コントロールは、切断型上皮増殖因子受容体(tEGFR)、切断型切断型上皮増殖因子受容体viii(tEGFRviii)、切断型CD30(tCD30)、切断型BCMA(tBCMA)、切断型CD19(tCD19),CD34、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、ニトロレダクターゼ、キサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ、ヒトカスパーゼ8、ヒトカスパーゼ9、誘導型カスパーゼ9(icaspase9)、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、リナマラーゼ/リナマリングルコースオキシダーゼ、デオキシヌクレオシドキナーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)/インドール−3−酢酸(IAA)、γグルタミルシステインシンターゼ、CD20/αCD20、CD34/チミジンキナーゼキメラ、dox依存カスパーゼ2、変異チミジンキナーゼ(HSV−TKSR39)、AP1903/Fasシステム、キメラサイトカイン受容体(CCR)、選択マーカー、およびそれらの組み合わせから成る群から選択される、
    組換え発現システム。
  93. 前記tEGFRおよびtEGFRviiiは、EGFR特異的siRNA、低分子化合物、抗EGFR抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する、請求項92に記載の組換え発現システム。
  94. 前記tCD30は、CD30特異的siRNA、低分子化合物、抗CD30抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する、請求項92に記載の組換え発現システム。
  95. 前記tCD19は、CD19特異的siRNA、低分子化合物、抗CD19抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する、請求項92に記載の組換え発現システム。
  96. 前記CD34は、CD34特異的siRNA、低分子化合物、抗CD34抗体またはその断片、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する、請求項92に記載の組換え発現システム。
  97. 前記選択マーカーは、ジヒドロキシ葉酸受容体、変異DHFR、メチル化DNAタンパク質システインメチルトランスフェラーゼ、イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼII(IMDHP2)、ピューロマイシンアセチルトランスフェラーゼ(PAC)、ブラスティシジン耐性遺伝子、変異カルシニューリンa/b(Can/b)、CNa12、CNb30、およびそれらの組み合わせのうち任意の1つ以上に結合する、請求項92に記載の組換え発現システム。
  98. 前記CCRは、(i)IL−7サイトカインリンカーIL7Ra、(ii)IL2Rβの細胞質ドメインのうち、IL−7Ra膜貫通ドメインのIL−RaIL−7サイトカインリンカー細胞外ドメイン、(iii)IL−7サイトカインリンカーIL2Rβ、および(iv)それらの組み合わせのうち任意の1つ以上を有する、請求項92に記載の組換え発現システム。
  99. アクセサリーモジュールと共に共発現する請求項1記載の組換えポリヌクレオチドを有する組換え発現システムであって、
    前記アクセサリーモジュールは、41BBL、CD40L、K13、MC159、cFLIP−L/MRITα、cFLIP−p22、HTLV1 Tax、HTLV2 Tax、HTLV2 Tax2―RS変異体、FKBPx−K13、FKBPx−HTLV2−Tax、FKBPx−HTLV2−Tax―RS、IL6R−304−vHH−Alb8−vHH、IL12f、PD1−4H1 scFV、PD1−5C4 scFV、PD1−4H1−Alb8−vHH、PD1−5C4−Alb8−vHH、CTLA4イピリムマブscFV、CTLA4イピリムマブAlb8−vHH、IL6−19A−scFV、IL6−19A−scFV−Alb8−vHH、sHVEM、sHVEM−Alb8−vHH、hTERT、Fx06、CD3z、CD3z−GGGS−41BB、CD3−BBz、CD3−CD28z、CD3−CD28−Lck融合タンパク質、shRNA標的Brd4、キメラ抗原受容体(CAR)、hTERT、ヘパリナーゼ、CAR、阻害CAR、およびそれらの組み合わせから成る群から選択される、
    組換え発現システム。
  100. 前記SIRをコードする前記組換えポリヌクレオチド、1つ以上の治療コントロール、および/または1つ以上のアクセサリーモジュールは、切断可能リンカーをコードするヌクレオチド配列によって結合される、請求項92または99に記載の組換え発現システム。
  101. 前記切断可能リンカーは、自己切断による切断可能リンカーである、請求項100に記載の組換え発現システム。
  102. 前記切断可能リンカーをコードするポリヌクレオチド配列の前には、フーリン切断部位、フーリン様切断部位、またはそれらの機能的等価物をコードするヌクレオチド配列が位置する、請求項101に記載の組換え発現システム。
  103. 前記切断可能リンカーをコードする前記ポリヌクレオチド配列の前には、任意に、可撓性リンカーをコードするヌクレオチド配列が位置する、請求項100に記載の組換え発現システム。
  104. 請求項1の組換えポリヌクレオチドを有する少なくとも1つのベクターであって、
    DNAベクター、RNAベクター、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、sleeping beautyトランスポゾンベクター、およびpiggybacトランスポゾンベクターから成る群から選択される、
    ベクター。
  105. 前記ベクターのバックボーンは、配列番号870〜875および876から成る群から選択される配列を有する、請求項104に記載のベクター。
  106. EF−1プロモーター、CMV IE遺伝子プロモーター、EF−1aプロモーター、ユビキチンCプロモーター、MSCV LTRプロモーター、およびホスホグリセレートキナーゼ(PGK)プロモーターから選択されるプロモーターを有する、請求項104に記載のベクター。
  107. 前記EF−1プロモーターは、配列番号877の配列またはそれと80〜99%同一である配列を有する、請求項106に記載のベクター。
  108. 前記ベクターは、インビトロ転写ベクターであるか、またはポリ(A)テールまたは3’UTRを更に有するベクターである、請求項104に記載のベクター。
  109. 請求項1の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドによってコードされている少なくとも1つのポリペプチド。
  110. 請求項1記載の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを発現する組換え細胞。
  111. 単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体であって、
    (a)T細胞受容体(TCR)定常鎖であって、
    (i)配列番号3010と少なくとも98%同一であり、48、61、91、92、93、および/または94の位置に1つ以上の変異を有し、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、
    (ii)配列番号3024と少なくとも98%同一であり、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、
    (iii)配列番号3025と少なくとも98%同一であり、18、22、57、79、133、136、および/または139の位置に1つ以上の変異を有し、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、
    (iv)配列番号3046、3047、または3048と少なくとも98%同一であり、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、
    (v)配列番号3049と少なくとも98%同一であり、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、
    (vi)配列番号3051または3052と少なくとも98%同一であり、任意のアクセサリーモジュールを有していてもよいアミノ酸配列と、
    (vii)(i)および(ii)、(i)および(iii)、(iv)および(ii)、(iv)および(iii)、(v)および(vi)から選択される2つのTCR定常鎖の二量体組み合わせと、
    から成る群から選択されたアミノ酸配列を有するT細胞受容体定常鎖と、
    (b)任意のリンカーと、
    (c)(a)に結合された1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインであって、
    (1)抗体と、
    (2)抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、
    (3)抗体の重鎖可変領域(vHドメイン)またはその断片と、
    (4)抗体の軽鎖可変領域(vLドメイン)またはその断片と、
    (5)単鎖可変断片(scFv)またはその断片と、
    (6)単一ドメイン抗体(SDAB)またはその断片と、
    (7)ラクダ科動物由来VHHドメインまたはその断片と、
    (8)抗体の単量体可変領域と、
    (9)DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、またはそれらの断片等の、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    (10)受容体またはその断片と、
    (11)リガンドまたはその断片と、
    (12)二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、
    (13)自己抗原またはその断片と、
    から成る群から選択される非天然TCR抗原結合ドメインとを含み、
    (a)(i)〜(a)(iii)の変異体は、抗原結合ドメインの標的抗原に多様な結合親和性を有し、前記合成免疫受容体は、リンパ球で発現した場合に、リンパ球の表面上の1つ以上の連続鎖で、前記抗原結合ドメインおよび前記T細胞受容体定常鎖の両方を発現し、前記発現した抗原結合ドメインがその抗原に結合した際に、サイトカインを活性化、増殖、および分泌するようにトリガーされ、および/または前記標的細胞の死滅を調整(誘発または抑制)し、MHC拘束性およびMHC非拘束性の抗体タイプ特異性を有する、
    単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  112. (a)(vii)のTCR定常鎖を有し、前記非天然TCR結合ドメインは、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖および軽鎖またはその断片の可変領域であって、発現した場合に、前記抗体の重鎖および軽鎖またはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗体の重鎖および軽鎖またはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、可変領域と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単鎖可変断片(scFv)であって、発現した場合に、前記scFvの1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記scFvのもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、単鎖可変断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの抗体断片であって、発現した場合に、前記抗体断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗体断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、抗体断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの単一ドメイン抗体(SDAB)断片であって、発現した場合に、前記SDAB断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記SDAB断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、単一ドメイン抗体断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのラクダ科動物由来vHHドメインであって、発現した場合に、前記vHHドメインの1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記vHHドメインのもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、vHHドメインと、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドであって、発現した場合に、前記非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドの1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドドメインのもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの受容体またはその断片であって、発現した場合に、前記受容体またはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記受容体またはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つのリガンドまたはその断片であって、発現した場合に、前記リガンドまたはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記リガンドまたはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な2つの構造的に異なる抗原結合断片であって、発現した場合に、前記抗原結合断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗原結合断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、構造的に異なる抗原結合断片と、
    −2つの結合断片であって、そのいずれかまたは両方が二重特異性または多重特異性であり、発現した場合に、前記抗原結合断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記抗原結合断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、結合断片と、
    −2つの自己抗原またはその断片であって、発現した場合に、前記自己抗原またはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記自己抗原またはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、
    −2つのvLまたはその断片であって、発現した場合に、前記vLまたはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記vLまたはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、
    −2つのvHまたはその断片であって、発現した場合に、前記vHまたはその断片の1つは、前記T細胞定常領域の(a)(vii)の前記2つの鎖のうちの一つに付いており、前記vHまたはその断片のもう1つは、前記T細胞定常領域の前記2つの鎖のうちのもう一つに付いている、受容体またはその断片と、
    から成る群から選択される、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  113. (a)(iv)のTCR定常鎖を有しており、前記非天然TCR結合ドメインは、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、
    −所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、
    −所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    −所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、
    −自己抗原またはその断片と、
    から成る群から選択される、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  114. (i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、または(vi)のTCR定常ドメインを有しており、前記非天然TCR結合ドメインは、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の重鎖(vH)の可変領域と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体の軽鎖(vL)の可変領域と、
    −所定の標的抗原に特異的な単鎖可変断片(scFv)と、
    −所定の標的抗原に特異的な抗体断片(例えば、Fv、Fab、(Fab’)2)と、
    −所定の標的抗原に特異的な単一ドメイン(SDAB)断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なラクダ科動物由来vHHドメインと、
    −所定の標的抗原に特異的な非免疫グロブリン抗原結合スカフォールドと、
    −所定の標的抗原に特異的な受容体またはその断片と、
    −所定の標的抗原に特異的なリガンドまたはその断片と、
    −1つ以上の所定の標的抗原に特異的な、二重特異性の抗体、二重特異性の抗体断片、二重特異性のscFV、二重特異性のvHH、二重特異性のSDAB、二重特異性の非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、二重特異性の受容体、または二重特異性のリガンドと、
    −自己抗原またはその断片と、
    から成る群から選択される、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  115. 前記TCR定常鎖(複数も可)は、TCR定常鎖の発現および/または対形成を促進する変異であって、内因性T細胞受容体鎖との対形成を減少させる変異を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  116. 前記TCRの定常領域は、配列番号3010〜3023から成る群から選択される配列、または配列番号3010〜3023から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体α鎖(Cα)である、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  117. 前記TCRの定常領域は、配列番号3024〜3044から成る群から選択される配列、または配列番号3024〜3044から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体β鎖(Cβ)である、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  118. 前記TCRの定常領域は、配列番号3049〜3050から成る群から選択される配列、または配列番号3049〜3050から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体γ鎖(Cγ)である、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  119. 前記TCRの定常領域は、配列番号3051〜3052から成る群から選択される配列、または配列番号3051〜3052から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するTCR受容体δ鎖(Cδ)である、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  120. 前記TCRの定常領域は、配列番号3046〜3048から成る群から選択される配列、または配列番号3046〜3048から成る群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも98%同一の配列に対して1〜40のアミノ酸置換体または変異体を含むアミノ酸配列を有するプレTCR受容体α鎖(前Cα)である、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  121. 1つ以上の疾患関連抗原に結合する前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Ab1)(bcr−ab1)から成る癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリン型A受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Tn ag、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、GD3、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択される、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  122. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、scFv、Fv、Fab、(Fab’)2、単一ドメイン抗体(SDAB)、vHまたはvLドメイン、ラクダ科動物由来vHHドメイン、非免疫グロブリン抗原結合スカフォールド、例えば、DARPIN、アフィボディ、アフィリン、アドネクチン、アフィチン、オボディーズ、リピボディ、フィノマー、アルファボディ、アビマー、アトリマー、センチリン、プロネクチン、アンチカリン、クニッツドメイン、アルマジロリピートタンパク質、受容体、またはリガンドを有する、請求項121に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  123. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    (i)配列番号2506〜2680または12160〜12278のいずれかに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする重鎖可変領域(vH)と、
    (ii)配列番号2307〜2482または12042〜12159のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする軽鎖可変領域(vL)と、
    (iii)配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする単鎖可変断片(scFv)と、
    (iv)配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードするラクダ科動物VHHと、
    (v)配列番号439〜443のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列によりコードされ、同種に結合するポリペプチドをコードする非免疫グロブリンスカフォールドと、
    (vi)配列番号2736〜2748のうちいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、抗原に結合するポリペプチドをコードする受容体と、
    (vii)配列番号2758〜2768または12359〜12361のうちのいずれか1つに記載の配列またはそれに少なくとも98%同一の配列を有し、同種に結合するポリペプチドをコードするリガンドと、
    から成る群から選択される、請求項121に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  124. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号13999〜14879または14880のいずれかに記載の、選択標的抗原のための1つ以上の軽鎖相補性決定領域、および/または配列番号14881〜15761または15762のいずれかに記載の、選択標的抗原のための1つ以上の重鎖相補性決定領域を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  125. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2307〜2482または12042〜12159のうちいずれか1つの配列を含む可変軽鎖(vL)ドメイン、および/または10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2506〜2680または12160〜12278のうちいずれか1つの配列を含む可変重鎖(vH)ドメインを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  126. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のいずれかに記載の、選択された抗原のための1つ以上のラクダ科動物vHH相補性決定領域を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  127. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2728〜2732または12296〜12301のいずれかに記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を含む非免疫グロブリン抗原結合ドメインを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  128. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、配列番号2307〜2482または12042〜12159のうちのいずれか1つの配列を有する可変軽鎖(vL)ドメインのうち1つ以上の軽鎖相補性決定領域と、配列番号2506〜2680または12160〜12278のうちのいずれか1つの配列を有する可変重鎖(vH)ドメインのうち1つ以上の重鎖相補性決定領域とを含むscFvドメインを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  129. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、各々10までの保存アミノ酸置換体を有する、配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224から成る群から選択される配列を含むscFv断片を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  130. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る1つ以上の受容体を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  131. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、10までの保存アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361のうちいずれかの配列を含む1つ以上のリガンドを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  132. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、CD16A、NKG2D、CD4、PD1、デスモグレイン3(Dsg3)、またはCD4−DC−SIGNの細胞外ドメインを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  133. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、hTPO、mTPO、CGHα鎖、CGHβ鎖、FHβ鎖、TSHβ鎖、APRIL、またはそれらの組み合わせのうち1つ以上の細胞外ドメインを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  134. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれかの配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)と、
    a)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか記載のラクダ科動物vHH、または
    b)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、または
    c)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、または
    d)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインと、
    を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  135. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、
    10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2701〜2725または12279〜12294のうちいずれか記載のラクダ科動物vHHと、
    a)配列番号2770〜2939、12303〜12357、または18162〜18224のうちいずれかの配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有する任意の単鎖可変断片(scFv)、または
    b)配列番号2728〜2732または12296〜12301のうちいずれか記載の配列を有し、10までの保存的アミノ酸置換体を有している任意の非免疫グロブリン抗原結合ドメイン、または
    c)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2736〜2748のうちいずれかのアミノ酸配列から成る受容体の任意の細胞外ドメイン、または
    d)10までの保存的アミノ酸置換体を有し、配列番号2758〜2768または12359〜12361の任意の配列を有するリガンドの任意の細胞外ドメインと、
    を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  136. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、リンカー領域により前記TCR定常領域の各々に任意に接続されており、前記リンカー領域の核酸は、配列番号2981〜3003およびそれらの任意の組み合わせから成る群から選択されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列をコードするか、あるいは前記リンカーは、配列番号701〜725から成る群から選択される核酸配列またはそれと少なくとも98%同一である配列によってコードされている、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  137. 前記1つ以上の非天然TCR抗原結合ドメインは、それを取得した抗体よりも少なくとも5倍少ない標的抗原への結合親和性を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  138. 前記SIRをコードするポリヌクレオチドは、各鎖のN末端に存在し配列番号1〜9および10から成る群から選択される配列を有するリーダー配列またはシグナルペプチドを更に有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  139. 前記SIRはSIRヘテロ二量体を有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  140. 前記ポリペプチドは、切断可能リンカーによって結合される2つのSIRを有する、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  141. 前記切断可能リンカーは、自己切断による切断可能リンカーである、請求項140に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  142. 前記切断可能リンカーは、2Aリンカー、2A様リンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である、請求項140に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  143. 前記切断可能リンカーは、T2Aリンカー、P2A、F2A、E2Aリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち任意の1つ以上である、請求項140に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  144. 前記切断可能リンカーは、配列番号780〜785のうち任意の1つ以上の配列を有する、請求項140に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  145. 前記切断可能リンカーの前には、任意に、フーリン切断部位、フーリン様切断部位、またはそれらの機能的等価物が位置する、請求項140に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  146. 前記切断可能リンカーに先行する前記フーリン切断部位は、配列番号788〜790のうち任意の1つ以上の配列を有する、請求項145に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  147. 前記切断可能リンカーの前には可撓性リンカーが位置する、請求項140〜146のいずれか一項に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  148. 前記切断可能リンカーに先行する前記可撓性リンカーは、Ser−Glyリンカー、Ser−Gly−Ser−Glyリンカー、またはそれらの機能的等価物のうち1つ以上をコードする、請求項147に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  149. 前記切断可能リンカーに先行する前記可撓性リンカーは、配列番号786〜787の配列を有する、請求項147に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  150. 順番が、フーリン切断部位、可撓性リンカー、切断可能リンカーとなるよう、前記フーリン切断部位の後ろに前記可撓性リンカーが位置し、その後ろに前記切断可能リンカーが位置する、請求項147に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  151. 前記SIRは、選択抗原のために、多様な結合親和性を有するように設計される、請求項111に記載の単離された合成免疫受容体(SIR)ポリペプチドまたはポリペプチドヘテロ二量体。
  152. 請求項111記載の少なくとも1つのポリペプチドまたはヘテロ二量体を有する免疫エフェクター細胞または幹細胞。
  153. 請求項1記載の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを有する免疫エフェクター細胞または幹細胞。
  154. 請求項104記載の少なくとも1つのベクターを有する免疫エフェクター細胞または幹細胞。
  155. 複数のSIRポリペプチドを有する、請求項152〜154のいずれか一項に記載の免疫エフェクター細胞または幹細胞。
  156. 前記複数のSIRポリペプチドのうち少なくとも1つのSIRポリペプチドは、少なくとも1つの他のSIRポリペプチドとは異なる抗原を標的にする、請求項155に記載の免疫細胞または幹細胞。
  157. 前記複数のSIRポリペプチドのうち少なくとも1つのSIRポリペプチドは、同じ抗原を標的にする、請求項155に記載の免疫細胞または幹細胞。
  158. 前記複数のSIRポリペプチドのうち少なくとも1つのSIRポリペプチドは、少なくとも1つの他のSIRポリペプチドとは異なる抗原への結合親和性を有する、請求項157に記載の免疫細胞または幹細胞。
  159. 前記免疫細胞は、少なくとも1つのキメラ抗原受容体(CAR)ポリペプチドを更に有する、請求項152〜154のいずれか一項に記載の免疫細胞または幹細胞。
  160. 前記SIRポリペプチドの抗原結合ドメインは、前記CARポリペプチドの抗原結合ドメインとは異なる抗原を標的にする、請求項159に記載の免疫細胞または幹細胞。
  161. 前記CARポリペプチドは、共刺激シグナル伝達ドメインを含むが第一シグナル伝達ドメインは含まない細胞内シグナル伝達ドメインを有するか、あるいは第一シグナル伝達ドメインは含むが共刺激シグナル伝達ドメインは含まない細胞内シグナル伝達ドメインを有する、請求項159に記載の免疫細胞または幹細胞。
  162. 前記CARポリペプチドは、4−1BB、CD28、CD27、またはOX−40から成る群から選択されたタンパク質の機能性シグナル伝達ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを有するか、あるいは前記CARポリペプチドは、CD3ζの機能性シグナル伝達ドメインを含む第一シグナル伝達ドメインを有する、請求項161に記載の免疫細胞または幹細胞。
  163. 前記CARポリペプチドは抑制CARポリペプチドであり、前記抑制CARポリペプチドは、抑制分子の抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを有し、前記抑制分子は、PD1、PD−L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、CEACAM−3、およびCEACAM−5から成る群から選択される、請求項159に記載の免疫細胞または幹細胞。
  164. 前記CARポリペプチドは、第一シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または細胞内シグナル伝達ドメインを更に有し、前記細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζの機能ドメインを含む第一シグナル伝達ドメインと、4−1BBおよび/またはCD28の機能ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを有する、請求項159に記載の免疫細胞または幹細胞。
  165. 前記CARポリペプチドは、配列番号3077〜配列番号3083のアミノ酸配列を有する、請求項159に記載の免疫細胞または幹細胞。
  166. 前記免疫エフェクター細胞は、任意に、免疫エフェクター細胞を発生可能なヒトT細胞、ヒトNKT細胞、または合成T細胞、あるいは幹細胞であり、前記T細胞は、ジアシルグリセロールキナーゼ(DGK)および/またはイカロス欠損および/またはBrd4欠損である、請求項152〜154のいずれか一項に記載の免疫細胞または幹細胞。
  167. 請求項152記載の免疫細胞またはエフェクター細胞の母集団であって、複数の異なるSIRポリペプチドを有する、免疫細胞またはエフェクター細胞の母集団。
  168. 前記複数の異なるSIRポリペプチドは、異なる配列を有するが同じ標的抗原に結合する、請求項167に記載の免疫細胞またはエフェクター細胞の母集団。
  169. 前記細胞の母集団は、特定の病型に存在する異なる抗原を標的とするSIRポリペプチドを有する、請求項167に記載の免疫細胞またはエフェクター細胞の母集団。
  170. SIR発現免疫エフェクター細胞を作製する方法であって、前記SIRポリペプチドが発現する条件下で、免疫エフェクター細胞、あるいは免疫エフェクター細胞を発生可能な造血器幹細胞または前駆細胞へ、請求項104記載の少なくとも1つのベクターまたは請求項1記載の少なくとも1つの組換えポリヌクレオチドを導入する工程を含む、方法。
  171. a)免疫エフェクター細胞の母集団を提供する工程と、
    b)前記母集団から制限T細胞を除去する工程であって、それにより制限T枯渇細胞を提供する工程と、
    を更に有し、
    工程a)およびb)は、前記ベクターまたは前記SIRをコードする組み換えポリヌクレオチドを前記母集団に導入する前に実行される、
    請求項170に記載の方法。
  172. 前記制限T細胞は、抗CD25抗体または抗GITR抗体を用いて、前記細胞母集団から除去される、請求項171に記載の方法。
  173. a)免疫エフェクター細胞の母集団を提供する工程と、
    b)前記母集団からP−糖タンパク質(P−gpまたはPgp、MDR1、ABCB1、CD243)陽性細胞を濃縮する工程であって、それによりP−糖タンパク質(P−gpまたはPgp、MDR1、ABCB1、CD243)濃縮細胞の母集団を提供する工程と、
    を更に有し、
    工程a)およびb)は、前記ベクターまたは前記SIRをコードする組み換えポリヌクレオチドを導入する前または後に実行される、請求項170に記載の方法。
  174. P−糖タンパク質陽性細胞は、
    i)P−糖タンパク質に特異的な工程のカクテルの1つ以上を用いる免疫選別と、
    ii)P−糖タンパク質がポンプとして活性であると言う条件下で、P−糖タンパク質の基質である蛍光染料の1つ以上、テトラメチルローダミンメチルエステル(TMRM)、アドリアマイシン、およびアクチノマイシンDを用いて染色し、前記染料で染色されにくい細胞を濃縮することと、
    iii)P−糖タンパク質の基質である光毒性化合物、例えば、TH9402、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸メチルエステル塩酸塩、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸エチルエステル塩酸塩、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸オクチルエステル塩酸塩、2−(4,5−ジブロモ−6−アミノ−3−イミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸n−ブチルエステル塩酸塩、2−(6−エチルアミノ−3−エチルイミノ−3H−キサンテン−9−イル)安息香酸n−ブチルエステル塩酸塩、またはその誘導体、またはそれらの組み合わせの任意の1つ以上に耐性な細胞の選別と、
    iv)P−糖タンパク質の基質である細胞毒性化合物、例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、タキソール、パクリタキセル、ミトキサントロン、エトポシド、アドリアマイシン、ダウノルビシン、およびアクチノマイシンDに対する耐性の細胞の選別と、
    から成る群から選択される方法の任意の1つ以上を用いて濃縮される、請求項173に記載の方法。
  175. RNA組換え細胞の母集団を発生させる方法であって、
    インビトロ転写RNA(複数も可)または合成RNA(複数も可)を細胞または細胞の母集団に導入する工程を有し、前記RNA(複数も可)は請求項1記載の組換えポリヌクレオチド(複数も可)を有する、
    方法。
  176. 被験者に抗病性免疫を提供する方法であって、
    請求項152〜154のいずれか一項記載の免疫エフェクター細胞を発生可能な有効量の免疫エフェクター細胞または幹細胞を前記被験者に投与する工程を有し、前記細胞は、免疫エフェクター細胞を発生可能な自己T細胞、同種T細胞、自己NKT細胞、同種NKT細胞、自己または同種造血器幹細胞、または自己または同種iPSCである
    方法。
  177. 前記同種T細胞、あるいは同種NKT細胞または造血器幹細胞またはiPSCは、機能性TCRまたは機能性HLAの発現を欠如している、あるいは斯かる発現が少ない、請求項176に記載の方法。
  178. 病気関連抗原の発現に関連した病気を有する被験者の治療において、あるいは病気関連抗原の発現に関連した病気のリスクが増大している被験者の病気の予防において、免疫エフェクター細胞の効果を増大させる作用物質と併用して使用されるための、1つ以上の合成免疫受容体(SIR)を有する免疫エフェクター細胞を発生可能な免疫エフェクター細胞または幹細胞を有する組成物であって、
    (i)前記SIR分子は、病気関連抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインに任意のリンカーを通して結合する1つ以上のT細胞受容体定常鎖を有しており、前記病気関連抗原は、CD5、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Ab1)(bcr−ab1)から成る癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリン型A受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、
    HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択され、
    (ii)前記免疫細胞の効果を増大させるための作用物質が、
    −プロテインホスファターゼ阻害剤と、
    −キナーゼ阻害剤(例えば、P13K/AKT阻害剤、mTOR阻害剤、LCK阻害剤、またはBTK阻害剤)と、
    −サイトカインと、
    −免疫抑制分子の阻害剤と、
    −TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる作用物質と、
    −SIR修飾細胞の増殖および維持を増大させる作用物質と、
    −ケモカインと、
    −SIRの発現を増大させる作用物質と、
    −SIRの発現または活性の調整を可能にする作用物質と、
    −SIR修飾細胞の生存および/または維持の制御を可能にする作用物質と、
    −SIR修飾細胞の副作用を制御する作用物質と、
    −Brd4阻害剤と、
    −病気の部位へ治療薬(例えばsHVEM)または予防薬を送達する作用物質と、
    −SIRが標的とする抗原の発現を増大させる作用物質と、
    −アデノシンA2a受容体アンタゴニストと、
    の1つ以上から選択される
    組成物。
  179. 被験者における病気関連抗原の発現に関連する病気を治療または予防する方法であって、
    免疫細胞の効果を増大させる作用物質との併用で、合成免疫受容体(SIR)分子を有する有効量の免疫エフェクター細胞を前記被験者へ投与する工程を有し、
    (i)前記SIR分子は、病気関連抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインに任意のリンカーを通して結合する1つ以上のT細胞受容体定常鎖を有しており、前記病気関連抗原は、CD5、CD19;CD123;CD22;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α;受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Ab1)(bcr−ab1)から成る癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリン型A受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);葉酸受容体β;腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、ALK TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、CSPG4−HMW−MAA、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、VEGFR2/KDR、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択され、
    (ii)前記免疫細胞の効果を増大させるための作用物質が、
    −プロテインホスファターゼ阻害剤と、
    −キナーゼ阻害剤(例えば、P13K/AKT阻害剤、mTOR阻害剤、LCK阻害剤、またはBTK阻害剤)と、
    −サイトカインと、
    −免疫抑制分子の阻害剤と、
    −TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる作用物質と、
    −SIR修飾細胞の増殖および維持を増大させる作用物質と、
    −ケモカインと、
    −SIRの発現を増大させる作用物質と、
    −SIRの発現または活性の調整を可能にする作用物質と、
    −SIR修飾細胞の生存および/または維持の制御を可能にする作用物質と、
    −SIR修飾細胞の副作用を制御する作用物質と、
    −Brd4阻害剤と、
    −病気の部位へ治療薬(例えばsHVEM)または予防薬を送達する作用物質と、
    −SIRが標的とする抗原の発現を増大させる作用物質と、
    −アデノシンA2a受容体アンタゴニストと、
    の1つ以上から選択され、それにより前記被験者を治療する、あるいは前記被験者の病気を予防する、
    方法。
  180. 被験者における病気関連抗原の発現に関連する病気を治療または予防する方法であって、
    合成免疫受容体(SIR)分子を含む有効量の免疫エフェクター細胞を前記被験者へ投与する工程を有し、
    (i)前記SIR分子は、病気関連抗原に結合する1つ以上の抗原結合ドメインに任意のリンカーを通して結合する1つ以上のT細胞受容体定常鎖を有しており、前記病気関連抗原は、CD5、CD19;CD123;CD22;CD23;CD30;CD171;CS−1(CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319、および19A24とも呼ばれる);C型レクチン様分子1(CLL−1またはCLECL1);CD33;上皮増殖因子受容体バリアントIII(EGFRviii);ガングリオシドG2(GD2);ガングリオシドGD3(aNeu5Ac(2−8)aNeu5Ac(2−3)bDGalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);TNF受容体ファミリーメンバーB細胞成熟(BCMA);Tn抗原((Tn Ag)または(GalNAcα―Ser/Thr);前立腺特異的膜抗原(PSMA);受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1);FMS様チロシンキナーゼ3(FLT3);腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72);CD38;CD44v6;急性白血病またはリンパ腫で発現するが造血前駆細胞では発現しないグリコシル化CD43エピトープ、非造血器癌で発現するグリコシル化CD43エピトープ;癌胎児性抗原(CEA);上皮細胞接着分子(EPCAM);B7H3(CD276);KIT(CD117);インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL−13Ra2またはCD213A2);メソテリン;インターロイキン11受容体α(IL−11Ra);前立腺幹細胞抗原(PSCA);プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21);血管内皮増殖因子受容体2(VEGFR2);ルイス(Y)抗原;CD24;血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGFR―β);ステージ特異的胎児抗原4(SSEA−4);CD20;葉酸受容体α(FRaまたはFR1);葉酸受容体β(FRb);受容体チロシンプロテインキナーゼERBB2(Her2/neu);ムチン1、細胞表面関連(MUC1);上皮細胞増殖因子受容体(EGFR);神経細胞接着分子(NCAM);プロスターゼ;前立腺酸性フォスファターゼ(PAP);伸長因子2変異(ELF2M);エフリンB2;線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP);インスリン様増殖因子1受容体(IGF−1受容体)、炭酸脱水酵素IX(CAIX);プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、β型9(LMP2);糖タンパク質100(gp100);易切断領域(BCR)およびアベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Ab1)(bcr−ab1)から成る癌遺伝子融合タンパク質;チロシナーゼ;エフリン型A受容体2(EphA2);フコシルGM1;シアリルルイス接着分子(sLe);ガングリオシドGM3(aNeu5Ac(2−3)bClalp(1−4)bDGlcp(1−1)Cer);トランスグルタミナーゼ5(TGS5);高分子量黒色腫関連抗原(HMWMAA);O−アセチル―GD2ガングリオシド(OAcGD2);腫瘍内皮マーカー1(TEM1/CD248);腫瘍内皮マーカー7関連(TEM7R);クローディン6(CLDN6);甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR);Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD(GPRC5D);染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61);CD97;CD179a;未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);ポリシアル酸;胎盤特異的1(PLAC1);グロボHグリコセラミドの六糖部分(GloboH);乳腺分化抗原(NY−BR−1);ウロプラキン2(UPK2);A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1);アドレナリン受容体β3(ADRB3)、パネキシン3(PANX3);Gタンパク質共役受容体20(GPR20)、リンパ球抗原6コンプレックス遺伝子座K9(LY6K)、嗅覚受容体51E2(OR51E2);TCRγ代替リーディングフレームタンパク質(TARP);ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1);癌/精巣抗原1(NY−ES0−1);癌/精巣抗原2(LAGE−1a);黒色腫関連抗原1(MAGE−A1);染色体12pに位置するETS転座バリアント遺伝子6(ETV6−AML);精子タンパク質17(SPA17);X抗原ファミリーメンバー1A(XAGE1);アンジオポエチン結合細胞表面受容体2(Tie2);黒色腫癌精巣抗原1(MAD−CT−1);黒色腫癌精巣抗原2(MAD−CT−2);Fos関連抗原1;腫瘍タンパク質p53(p53);p53変異体;プロステイン;サバイビン;テロメラーゼ;前立腺癌腫抗原1(PCT A−1またはガレクチン8)、T細胞によって認識される黒色腫抗原1(MelanAまたはMARTI);ラット肉腫(Ras)変異体;ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);肉腫転座切断点;アポトーシスの黒色腫阻害物質(ML−IAP);ERG(膜貫通型プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子);NアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼV(NA17);ペアードボックスタンパク質Pax−3(PAX3);アンドロゲン受容体;サイクリンB1;v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子の神経芽細胞腫由来のホモログ(MYCN);RasホモログファミリーメンバーC(RhoC);チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP−2);チトクロームP4501B1(CYP1B1);CCCTC結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(BORISすなわちBrother of the Regulator of Imprinted Sites)、T細胞によって認識される扁平上皮癌抗原3(SART3);ペアードボックスタンパク質Pax−5(PAX5);プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1);リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK);Aキナーゼアンカータンパク質4(AKAP−4);滑膜肉腫、X切断点2(SSX2);糖化最終産物の受容体(RAGE−1);腎臓ユビキタス1(RU1);腎臓ユビキタス2(RU2);レグマイン;ヒト乳頭腫ウイルスE6(HPV E6);ヒト乳頭腫ウイルスE7(HPV E7);腸由来カルボキシルエステラーゼ;熱ショックタンパク質70−2変異体(mut hsp 70−2);CD79a;CD79b;CD72;白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1):IgA受容体のFc断片(FCARまたはCD89);白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーAメンバー2(LILRA2);CD300分子様ファミリーメンバーf(CD300LF);C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A);骨髄間質細胞抗原2(BST2);EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2);リンパ球抗原75(LY75);グリピカン3(GPC3);Fc受容体様5(FCRL5);および免疫グロブリンλ様ポリペプチド1(IGLL1)、MPL、ビオチン、c−MYCエピトープタグ、CD34、LAMP1 TROP2、GFRalpha4、CDH17、CDH6、NYBR1、CDH19、CD200R、Slea(CA19.9;シアリルルイス抗原)フコシルGM1、PTK7、gpNMB、CDH1−CD324、DLL3、CD276/B7H3、IL11Ra、IL13Ra2、CD179b−IGL11、TCRγδ、NKG2D、CD32(FCGR2A)、Timl−/HVCR1、CSF2RA(GM−CSFRα)、TGFβR2、ルイスAg、TCRβ鎖、TCRβ2鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、FITC、黄体化ホルモン受容体(LHR)、卵胞刺激ホルモン受容体(FSHR)、絨毛性性腺刺激ホルモン受容体(CGHR)、CCR4、SLAMF6、SLAMF4、HIV1エンベロープ糖タンパク質、HTLV1−Tax、CMVpp65、EBV−EBNA3c、KSHV K8.1、KSHV−gH、インフルエンザAヘマグルチニン(HA)、GAD、PDL1、グアニリルシクラーゼC(GCC)、KSHV−K8.1タンパク質、KSHV−gHタンパク質、デスモグレイン3(Dsg3)に対する自己抗体、デスモグレイン1(Dsg1)に対する自己抗体、HLA、HLA―A、HLA―A2、HLA―B、HLA―C、HLA―DP、HLA−DM、HLA−DOA、HLA−DOB,HLA―DQ、HLA―DR、HLA―G、IGE、CD99、RAS G12V、組織因子1(TF1)、AFP、GPRC5D、クローディン18.2(CLD18A2またはCLDN18A.2)、P糖タンパク質、STEAP1、LIV1、NECTIN−4、CRIPTO、GPA33、BST1/CD157、低コンダクタンス塩素イオンチャネル、およびTNT抗体によって認識される抗原から成る群から選択され、
    (ii)前記SIR分子の抗原結合ドメインは、前記抗原結合ドメインを誘導した抗体よりも少なくとも5倍少ない結合親和性を有する、
    方法。
  181. 前記病気関連抗原の発現に関連する病気は、増殖症、前癌状態、癌、および前記病気関連の発現に関連する非癌関連適応症から成る群から選択される、請求項178〜180のいずれか一項に記載の使用または方法。
  182. 前記癌は、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性白血病、急性リンパ性白血病(ALL)、B細胞急性リンパ性白血病(B−ALL)、T細胞急性リンパ性白血病(T−ALL)、慢性骨髄性白血病(CML)、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセルリンパ腫、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性症状、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、および前白血病の1つ以上から選択される血液癌である、請求項183に記載の使用または方法。
  183. 前記癌は、結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝臓癌、肺非小細胞癌、小腸癌、食道癌、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭または首の癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門領域の癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頚癌、膣癌、外陰部の癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部肉腫、尿道癌、陰茎癌、小児の充実性腫瘍、膀胱癌、腎臓または尿管の癌、腎盂癌、中枢神経(CNS)の腫瘍、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹グリオーマ、垂体腺腫、カポジ肉腫、メルケル細胞癌、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、環境誘発癌、前記癌の組み合わせ、および前記癌の転移巣から成る群から選択される、請求項183に記載の使用または方法。
  184. 前記病気は、ウイルス感染に関連しており、限定されないが、HIV1、HIV2、HTLV1、エプスタインバーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、BKウイルス、ヒトヘルペスウイルス6型、ヒトヘルペスウイルス8型、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、鳥インフルエンザウイルス、MERSおよびSARSコロナウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ライノウイルス、エンテロウイルス、デング熱ウイルス、ウェストナイルウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、ラッサ熱ウイルス、ジカウイルス、RSV、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、ライノウイルス、水痘ウイルス1型および2型、水痘帯状疱疹ウイルス、HIV−1、HTLV1、肝炎ウイルス、エンテロウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、ニパおよびリフトバレー熱ウイルス、日本脳炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルスあるいは結核菌感染に関連したウイルス、異型マイコバクテリア種、ニューモシスチスジロベシ、トキソプラズマ症、リケッチャー、ノカルディア、アスペルギルス、ムコール、およびカンジダを含む、請求項183に記載の使用または方法。
  185. 前記病気は免疫病または変性疾患であり、限定されないが、真正糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ炎、尋常性天疱瘡、強直性脊椎炎、橋本甲状腺炎、SLE、サルコイドーシス、強皮症、混合性結合組織症、移植片対宿主病、およびアルツハイマー病を含む、請求項183に記載の使用または方法。
  186. (i)前記プロテインホスファターゼ阻害剤はSHP−1阻害剤および/またはSHP−2阻害剤であり、
    (ii)前記キナーゼ阻害剤は、CDK4阻害剤、CDK4/6阻害剤、mTOR阻害剤、MNK阻害剤、および重複P13K/mTOR阻害剤のうち1つ以上から選択され、
    (iii)前記免疫抑制因子を阻害する作用物質は、前記抑制分子の発現を阻害する、抗体または抗体断片、阻害性核酸、クラスター化された、等間隔にスペーサーが入った、短い回文型のリピート(CRISPR)、TALエフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)を含み、
    (iv)前記TREG細胞のレベルまたは活性を減少させる作用物質は、シクロホスファミド、抗GITR抗体、CD25枯渇、またはそれらの組み合わせから選択され、および/または、
    (v)前記Brd4阻害剤は、米国特許第20140256706A1号記載のJQ1、MS417、OTXO15、LY303511、およびBrd4阻害剤、あるいはそれらの誘導体から選択される、
    請求項178〜180または182〜184のいずれかに記載の使用または方法。
  187. 前記免疫抑制剤は、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、 CEACAM−3、およびCEACAM−5から成る群から選択される、請求項178〜180または182〜184のいずれかに記載の使用または方法。
  188. 前記抑制分子を阻害する作用物質は、抑制分子またはその断片を含む第一ポリペプチドと、細胞へ陽性シグナルを提供する第二ポリペプチドとを有し、前記第一および第二ポリペプチドは、前記SIR含有免疫細胞上で発現し、(i)前記第一ポリペプチドは、PD1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRβ、CEACAM−1、 CEACAM−3、およびCEACAM−5、またはその断片、および/または前記第二ポリペプチドは、第一シグナル伝達ドメインおよび/または共刺激シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを有する、請求項178〜180または182〜184のいずれかに記載の使用または方法。
  189. 前記第一シグナル伝達ドメインはCD3ζの機能性ドメインを有し、および/または前記共刺激シグナル伝達ドメインは、41BB、CD27、およびCD28から選択されるタンパク質の機能性ドメインを有する、請求項188に記載の使用または方法。
  190. 前記サイトカインは、IL−15および/またはIL−21から選択される、請求項178〜180または182〜184のいずれかに記載の使用または方法。
  191. 前記SIR分子(複数も可)を含む前記免疫エフェクター細胞と、前記免疫エフェクター細胞の効果を増大させる作用物質とは、実質的に同時に、または連続的に投与される、請求項178〜180または182〜184のいずれかに記載の使用または方法。
  192. 前記SIR分子は、GITRを標的とする分子、および/またはGITR機能を調節する分子と併用して投与される、請求項191に記載の使用または方法。
  193. 前記GITRを標的とする分子および/またはGITR機能を調節する分子は、前記SIR発現細胞または細胞母集団の前に、あるいはアフェレシスの前に投与される、請求項192に記載の使用または方法。
  194. 前記被験者はヒトである、請求項178〜180または182〜184のいずれかの使用または方法。
  195. 組成物であって、
    請求項1記載の少なくとも1つのポリヌクレオチドと、請求項111記載のSIRポリペプチド分子と、請求項104記載のベクターまたは請求項152〜153のいずれか一項記載の細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを有する、
    組成物。
  196. キットであって、
    請求項1記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド、請求項111記載のSIRポリペプチド分子、請求項104記載のベクターまたは請求項152〜153のいずれか一項記載の細胞、および/または請求項144記載の組成物を有する、
    キット。
  197. 組換えポリヌクレオチドであって、
    配列番号900〜2264、配列番号4531〜6013、配列番号7519〜8160、配列番号8803〜9230、配列番号9659〜9856、配列番号10474〜12041、配列番号15786〜16011、配列番号16240〜16465、配列番号16694〜16926、配列番号17162〜配列番号17394、配列番号17864〜17979、配列番号18321〜18322、配列番号18242〜18259、配列番号18280〜18588、配列番号18899、および配列番号18915〜18916、および配列番号19248〜19246から成る群から選択される配列を有するか、あるいは配列番号900〜2264、配列番号4531〜6013、配列番号7519〜8160、配列番号8803〜9230、配列番号9659〜9856、配列番号10474〜12041、配列番号15786〜16011、配列番号16240〜16465、配列番号16694〜16926、配列番号17162〜配列番号17394、配列番号17864〜17979、配列番号18321〜18322、配列番号18242〜18259、配列番号18280〜18588、配列番号18899、および配列番号18915〜18916、および配列番号19248〜19246のうちいずれか1つに記載の合成免疫受容体をコードするヌクレオチド配列に少なくとも75%同一の配列を有する、合成免疫受容体をコードする、
    組換えポリヌクレオチド。
  198. アミノ酸配列であって、
    配列番号3135〜4498、配列番号6044〜7518、配列番号8161〜8802、配列番号9231〜9658、配列番号9873〜10070、配列番号12431〜13998、配列番号16013〜16238、配列番号16467〜16692、配列番号16928〜17160、配列番号17396〜17628、配列番号17981〜18096、配列番号18239〜18240、配列番号18261〜18278、配列番号18590〜18898、配列番号18900、および配列番号18919〜18920、および配列番号19248〜19246から成る群から選択される合成免疫受容体ポリペプチドをコードするアミノ酸配列、あるいは配列番号3135〜4498、配列番号6044〜7518、配列番号8161〜8802、配列番号9231〜9658、配列番号9873〜10070、配列番号12431〜13998、配列番号16013〜16238、配列番号16467〜16692、配列番号16928〜17160、配列番号17396〜17628、配列番号17981〜18096、配列番号18239〜18240、配列番号18261〜18278、配列番号18590〜18898、配列番号18900、および配列番号18919〜18920、および配列番号19248〜19246のいずれか1つに記載の前記合成免疫受容体ポリペプチドをコードするアミノ酸配列に少なくとも75%同一の配列である
    アミノ酸配列。
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