JP2015523854A5 - - Google Patents
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Description
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
配列5’X−Y−Zを有する一本鎖オリゴヌクレオチドであって、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、SMN遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的である、一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目2)
前記オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目1に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目3)
前記オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目1に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目4)
前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目1〜3のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目5)
前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目1〜3のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目6)
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目1〜5のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目7)
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、項目7に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目8)
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目1〜7のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目9)
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目1〜9のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目10)
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目1〜9のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目11)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目10に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目12)
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目13)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目14)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴ
ヌクレオチド。
(項目15)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目16)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目17)
前記オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目13〜16のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目18)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目19)
前記オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目19に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目20)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの前記5’及び3’末端の各々で、少なくとも1個のLNAヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目1〜8のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目21)
少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目22)
全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、項目21に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目23)
前記オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、項目1〜22のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目24)
前記オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、項目1〜22のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目25)
前記5’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、項目1〜24のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目26)
SMN遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な相補性の領域を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、以下:
a)5’X−Y−Zの配列であって、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Xは、前記ヌクレオチドの5’末端に固定されており、Yは、ミクロRNAのヒトシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、配列;
b)3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列;
c)ヌクレオチドの全ての配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の5’末端の上流50キロベースから前記オフターゲット遺伝子の3’
末端の下流50キロベースの間にある、同等長さの配列;
d)少なくとも2つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するRNAをコードするPRC2関連領域と相補的な配列;及び/又は
e)60%を超えるG−C含有率を有する配列
の少なくとも1つを有する、一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目27)
前記オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜50ヌクレオチドである、項目26に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目28)
項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドと、担体とを含む組成物。
(項目29)
緩衝液中に項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物。
(項目30)
前記オリゴヌクレオチドが、前記担体に結合している、項目29に記載の組成物。
(項目31)
前記担体が、ペプチドである、項目30に記載の組成物。
(項目32)
前記担体が、ステロイドである、項目30に記載の組成物。
(項目33)
項目28〜32のいずれか1項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
(項目34)
項目28〜33のいずれか1項に記載の組成物を収納する容器を含むキット。
(項目35)
1細胞におけるSMN1又はSMN2の発現を増大する方法であって、項目1〜28のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記細胞送達することを含む方法。
(項目36)
前記細胞への前記一本鎖オリゴヌクレオチドの送達が、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞におけるSMN1又はSMN2の発現のレベルより少なくとも50%高い、SMN1又はSMN2の発現のレベルをもたらす、項目35に記載の方法。
(項目37)
1被験者におけるSMN1又はSMN2のレベルを増大する方法であって、項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
(項目38)
1被験者におけるSMN1又はSMN2のレベル低下に関連する状態を治療する方法であって、項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
(項目39)
前記状態が、脊髄性筋萎縮症である、項目38に記載の方法。
(項目40)
1細胞におけるSMNタンパク質の発現を増大する方法であって、以下:
前記細胞においてエキソン7を含むSMN2の成熟mRNAの発現を増大するのに十分な量で、SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを前記細胞に送達することを含む方法。
(項目41)
前記スプライス制御配列が、SMN2のエキソンに常在する、項目40に記載の方法
。
(項目42)
前記エキソンが、エキソン7又はエキソン8である、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目40に記載の方法。
(項目44)
前記イントロン−エキソン接合部が、イントロン6/エキソン7接合部又はイントロン7/エキソン8接合部である、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロンに常在する、項目40に記載の方法。
(項目46)
前記イントロンが、イントロン6又はイントロン7である、項目45に記載の方法。
(項目47)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目40〜46のいずれか1項に記載の方法。
(項目48)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目40〜47のいずれか1項に記載の方法。
(項目49)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目40〜47のいずれか1項に記載の方法。
(項目50)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目40〜49のいずれか1項に記載の方法。
(項目51)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目40〜50のいずれか1項に記載の方法。
(項目52)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを同時に前記細胞に送達する、項目40〜51のいずれか1項に記載の方法。
(項目53)
前記細胞が被験者において存在し、前記細胞に送達する前記ステップが、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを共製剤として前記被験者に送達することを含む、項目40〜52のいずれか1項に記載の方法。
(項目54)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合している、項目40〜53のいずれか1項に記載の方法。
(項目55)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチド、ペプチド、低pH不安定性結合、又はジスルフィド結合を含む、項目54に記載の方法。
(項目56)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記オリゴヌクレオチドが、1〜10個のチミジン又はウリジンを含む、項目54又は55に記載の方法。
(項目57)
前記リンカーが、前記第1及び第2一本鎖オリゴヌクレオチドに比して、哺乳動物の抽
出物中で切断を受けやすい、項目54〜56のいずれか1項に記載の方法。
(項目58)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合していない、項目40〜53のいずれか1項に記載の方法。
(項目59)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドと前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、個別に前記細胞に送達される、項目40〜51及び項目58のいずれか1項に記載の方法。
(項目60)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目40〜59のいずれか1項に記載の方法。
(項目61)
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、項目60に記載の方法。
(項目62)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目40〜61のいずれか1項に記載の方法。
(項目63)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目40〜62のいずれか1項に記載の方法。
(項目64)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目40〜62のいずれか1項に記載の方法。
(項目65)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目64に記載の方法。
(項目66)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目67)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目68)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目69)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目70)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目71)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目67〜70のいずれか1項に記載
の方法。
(項目72)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目73)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの5’及び3’末端の各々で、少なくとも1個のLNAヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目75)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目40〜74のいずれか1項に記載の方法。
(項目76)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目75に記載の方法。
(項目77)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、項目40〜76のいずれか1項に記載の方法。
(項目78)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、項目40〜76のいずれか1項に記載の方法。
(項目79)
ビオチン部分が、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’又は3’ヌクレオチドに結合している、項目40〜78のいずれか1項に記載の方法。
(項目80)
被験者における脊髄性筋萎縮症を治療する方法であって、以下:
前記被験者においてSMN2タンパク質の発現を増大するのに十分な量で、SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを前記被験者に送達すること
を含む方法。
(項目81)
SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを含む組成物。
(項目82)
前記スプライス制御配列が、SMN2のエキソンに常在する、項目81に記載の組成物。
(項目83)
前記エキソンが、エキソン7又はエキソン8である、項目82に記載の組成物。
(項目84)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目81に記載の組成物。
(項目85)
前記イントロン−エキソン接合部が、前記イントロン6/エキソン7接合部又は前記イントロン7/エキソン8接合部である、項目84に記載の組成物。
(項目86)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロンに常在する、項目81に記載の組成物。
(項目87)
前記イントロンが、イントロン6又はイントロン7である、項目86に記載の組成物。
(項目88)
前記スプライス制御配列が、少なくとも1つのhnRNAP結合配列を含む、項目81〜87のいずれか1項に記載の組成物。
(項目89)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目81〜88のいずれか1項に記載の方法。
(項目90)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目81〜89のいずれか1項に記載の組成物。
(項目91)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目81〜90のいずれか1項に記載の組成物。
(項目92)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目81〜91のいずれか1項に記載の組成物。
(項目93)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列の前記ヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目81〜92のいずれか1項に記載の組成物。
(項目94)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合している、項目81〜93のいずれか1項に記載の組成物。
(項目95)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチド、ペプチド、低pH不安定性結合、又はジスルフィド結合を含む、項目94に記載の組成物。
(項目96)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記オリゴヌクレオチドが、1〜10個のチミジン又はウリジンを含む、項目94又は95に記載の組成物。
(項目97)
前記リンカーが、第1及び第2一本鎖オリゴヌクレオチドに比して、哺乳動物の抽出物中で切断を受けやすい、項目94〜96のいずれか1項に記載の組成物。
(項目98)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合していない、項目81〜93のいずれか1項に記載の組成物。
(項目99)
さらに担体を含む、項目81〜98のいずれか1項に記載の組成物。
(項目100)
前記担体が、薬学的に許容される担体である、項目99に記載の組成物。
(項目101)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目81〜100のいずれか1項に記載の組成物。
(項目102)
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、項目101に記載の組成物。
(項目103)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目104)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目81〜103のいずれか1項に記載の組成物。
(項目105)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目81〜103のいずれか1項に記載の組成物。
(項目106)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目105に記載の組成物。
(項目107)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目108)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目109)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目110)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目111)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目112)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目108〜111のいずれか1項に記載の組成物。
(項目113)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目114)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目113に記載の組成物。
(項目115)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの5’及び3’末端の各々で、少なくとも1個のLNAヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目116)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目81〜115のいずれか1項に記載の組成物。
(項目117)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目115又は116に記載の組成物。
(項目118)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、項目81〜117のいずれか1項に記載の組成物。
(項目119)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、項目81〜118のいずれか1項に記載の組成物。
(項目120)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’又は3’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、項目81〜119のいずれか1項に記載の組成物。
(項目121)
一般式A−B−Cを含む化合物であって、
ここで、Aは、1遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドであり、Bは、リンカーであり、Cは、前記遺伝子のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドである、化合物。
(項目122)
Bが、オリゴヌクレオチド、ペプチド、低pH不安定結合、又はジスルフィド結合を含む、項目121に記載の化合物。
(項目123)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のエキソン内に常在する、項目121又は122に記載の化合物。
(項目124)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目121又は122に記載の化合物。
(項目125)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロン内に常在する、項目121又は122に記載の化合物。
(項目126)
前記スプライス制御配列が、少なくとも1つのhnRNAP結合配列を含む、項目121〜125のいずれか1項に記載の化合物。
(項目127)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体のスプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のエキソンの封入が起こる、項目121〜126のいずれか1項に記載の化合物。
(項目128)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体のスプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のイントロン又はエキソンの排除が起こる、項目121〜126のいずれか1項に記載の化合物。
(項目129)
前記遺伝子が、SMN2である、項目121〜128のいずれか1項に記載の化合物。
(項目130)
前記スプライス制御配列が、イントロン6、イントロン7、エキソン7、エキソン8又はイントロン7とエキソン8の接合部に常在する、項目129に記載の化合物。
(項目131)
Aが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目121〜130のいずれか1項に記載の化合物。
(項目132)
Aが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目121〜131のいずれか1項に記載の化合物。
(項目133)
Aが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目121〜132のいずれか1項に記載の化合物。
(項目134)
Aが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目121〜133のいずれか1項に記載の化合物。
(項目135)
Aが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目121〜134のいずれか1項に記載の化合物。
(項目136)
Bが、1〜10個のチミジン又はウリジンを含むオリゴヌクレオチドである、項目121〜151のいずれか1項に記載の化合物。
(項目137)
Bが、A及びCに比して、哺乳動物の抽出物中で切断を受けやすい、項目121〜136のいずれか1項に記載の化合物。
(項目138)
前記化合物の少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目121〜137のいずれか1項に記載の化合物。
(項目139)
前記化合物の少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目121〜138のいずれか1項に記載の化合物。
(項目140)
前記化合物の各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目121〜139のいずれか1項に記載の化合物。
(項目141)
前記化合物が、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌ
クレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目121〜140のいずれか1項に記載の化合物。
(項目142)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目141に記載の化合物。
(項目143)
1遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドを収容する第1容器と;
前記遺伝子のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドを収容する第2容器と
を含むキット。
(項目144)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のエキソンに常在する、項目143に記載のキット。
(項目145)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目143に記載のキット。
(項目146)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロンに常在する、項目145に記載のキット。
(項目147)
前記スプライス制御配列が、少なくとも1つのhnRNAP結合配列を含む、項目143〜146のいずれか1項に記載のキット。
(項目148)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体の前記スプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のエキソンの封入が起こる、項目143〜147のいずれか1項に記載のキット。
(項目149)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体の前記スプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のイントロン又はエキソンの排除が起こる、項目143〜149のいずれか1項に記載のキット。
(項目150)
前記遺伝子が、SMN2である、項目143〜149のいずれか1項に記載のキット。
(項目151)
前記スプライス制御配列が、イントロン6、イントロン7、エキソン7、エキソン8又はイントロン7とエキソン8の接合部に常在する、項目150に記載のキット。
(項目152)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目143〜151のいずれか1項に記載のキット。
(項目153)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目143〜152のいずれか1項に記載のキット。
(項目154)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目143〜153のいずれか1項に記載のキット。
(項目155)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目143〜154のいずれか1項に記載のキット。
(項目156)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目143〜155のいずれか1項に記載のキット。
(項目157)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目143〜156のいずれか1項に記載のキット。
(項目158)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目143〜157のいずれか1項に記載のキット。
(項目159)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目143〜158のいずれか1項に記載のキット。
(項目160)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目143〜159のいずれか1項に記載のキット。
(項目161)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目160に記載のキット。
本明細書に開示する本発明の態様は、細胞における特定の遺伝子の発現を上方制御する上で有用な方法及び組成物を提供する。ある実施形態において、1遺伝子のPRC2関連領域をターゲティングし、これによりその遺伝子の上方制御を引き起こす一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。また、本明細書において、遺伝子の特定のスプライス変異体の発現を選択的に誘導するのに有用な方法及び関連一本鎖オリゴヌクレオチドも提供される。ある実施形態では、上記方法は、1細胞においてスプライス変異体によりコードされる特定のタンパク質アイソフォームのレベルを制御する上で有用である。ある実施形態では、上記方法は、疾患を治療するのに十分なレベルまでタンパク質の発現を誘導する上で有用である。
(項目1)
配列5’X−Y−Zを有する一本鎖オリゴヌクレオチドであって、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、SMN遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的である、一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目2)
前記オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目1に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目3)
前記オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目1に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目4)
前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目1〜3のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目5)
前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目1〜3のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目6)
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目1〜5のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目7)
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、項目7に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目8)
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目1〜7のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目9)
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目1〜9のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目10)
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目1〜9のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目11)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目10に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目12)
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目13)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目14)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴ
ヌクレオチド。
(項目15)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目16)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目17)
前記オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目13〜16のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目18)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目19)
前記オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目19に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目20)
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの前記5’及び3’末端の各々で、少なくとも1個のLNAヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目1〜8のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目21)
少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目22)
全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、項目21に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目23)
前記オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、項目1〜22のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目24)
前記オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、項目1〜22のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目25)
前記5’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、項目1〜24のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目26)
SMN遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な相補性の領域を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、以下:
a)5’X−Y−Zの配列であって、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Xは、前記ヌクレオチドの5’末端に固定されており、Yは、ミクロRNAのヒトシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、配列;
b)3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列;
c)ヌクレオチドの全ての配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の5’末端の上流50キロベースから前記オフターゲット遺伝子の3’
末端の下流50キロベースの間にある、同等長さの配列;
d)少なくとも2つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するRNAをコードするPRC2関連領域と相補的な配列;及び/又は
e)60%を超えるG−C含有率を有する配列
の少なくとも1つを有する、一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目27)
前記オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜50ヌクレオチドである、項目26に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
(項目28)
項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドと、担体とを含む組成物。
(項目29)
緩衝液中に項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物。
(項目30)
前記オリゴヌクレオチドが、前記担体に結合している、項目29に記載の組成物。
(項目31)
前記担体が、ペプチドである、項目30に記載の組成物。
(項目32)
前記担体が、ステロイドである、項目30に記載の組成物。
(項目33)
項目28〜32のいずれか1項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
(項目34)
項目28〜33のいずれか1項に記載の組成物を収納する容器を含むキット。
(項目35)
1細胞におけるSMN1又はSMN2の発現を増大する方法であって、項目1〜28のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記細胞送達することを含む方法。
(項目36)
前記細胞への前記一本鎖オリゴヌクレオチドの送達が、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞におけるSMN1又はSMN2の発現のレベルより少なくとも50%高い、SMN1又はSMN2の発現のレベルをもたらす、項目35に記載の方法。
(項目37)
1被験者におけるSMN1又はSMN2のレベルを増大する方法であって、項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
(項目38)
1被験者におけるSMN1又はSMN2のレベル低下に関連する状態を治療する方法であって、項目1〜27のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
(項目39)
前記状態が、脊髄性筋萎縮症である、項目38に記載の方法。
(項目40)
1細胞におけるSMNタンパク質の発現を増大する方法であって、以下:
前記細胞においてエキソン7を含むSMN2の成熟mRNAの発現を増大するのに十分な量で、SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを前記細胞に送達することを含む方法。
(項目41)
前記スプライス制御配列が、SMN2のエキソンに常在する、項目40に記載の方法
。
(項目42)
前記エキソンが、エキソン7又はエキソン8である、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目40に記載の方法。
(項目44)
前記イントロン−エキソン接合部が、イントロン6/エキソン7接合部又はイントロン7/エキソン8接合部である、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロンに常在する、項目40に記載の方法。
(項目46)
前記イントロンが、イントロン6又はイントロン7である、項目45に記載の方法。
(項目47)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目40〜46のいずれか1項に記載の方法。
(項目48)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目40〜47のいずれか1項に記載の方法。
(項目49)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目40〜47のいずれか1項に記載の方法。
(項目50)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目40〜49のいずれか1項に記載の方法。
(項目51)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目40〜50のいずれか1項に記載の方法。
(項目52)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを同時に前記細胞に送達する、項目40〜51のいずれか1項に記載の方法。
(項目53)
前記細胞が被験者において存在し、前記細胞に送達する前記ステップが、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを共製剤として前記被験者に送達することを含む、項目40〜52のいずれか1項に記載の方法。
(項目54)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合している、項目40〜53のいずれか1項に記載の方法。
(項目55)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチド、ペプチド、低pH不安定性結合、又はジスルフィド結合を含む、項目54に記載の方法。
(項目56)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記オリゴヌクレオチドが、1〜10個のチミジン又はウリジンを含む、項目54又は55に記載の方法。
(項目57)
前記リンカーが、前記第1及び第2一本鎖オリゴヌクレオチドに比して、哺乳動物の抽
出物中で切断を受けやすい、項目54〜56のいずれか1項に記載の方法。
(項目58)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合していない、項目40〜53のいずれか1項に記載の方法。
(項目59)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドと前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、個別に前記細胞に送達される、項目40〜51及び項目58のいずれか1項に記載の方法。
(項目60)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目40〜59のいずれか1項に記載の方法。
(項目61)
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、項目60に記載の方法。
(項目62)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目40〜61のいずれか1項に記載の方法。
(項目63)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目40〜62のいずれか1項に記載の方法。
(項目64)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目40〜62のいずれか1項に記載の方法。
(項目65)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目64に記載の方法。
(項目66)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目67)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目68)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目69)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目70)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目71)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目67〜70のいずれか1項に記載
の方法。
(項目72)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目73)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの5’及び3’末端の各々で、少なくとも1個のLNAヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目40〜60のいずれか1項に記載の方法。
(項目75)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目40〜74のいずれか1項に記載の方法。
(項目76)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目75に記載の方法。
(項目77)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、項目40〜76のいずれか1項に記載の方法。
(項目78)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、項目40〜76のいずれか1項に記載の方法。
(項目79)
ビオチン部分が、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’又は3’ヌクレオチドに結合している、項目40〜78のいずれか1項に記載の方法。
(項目80)
被験者における脊髄性筋萎縮症を治療する方法であって、以下:
前記被験者においてSMN2タンパク質の発現を増大するのに十分な量で、SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを前記被験者に送達すること
を含む方法。
(項目81)
SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを含む組成物。
(項目82)
前記スプライス制御配列が、SMN2のエキソンに常在する、項目81に記載の組成物。
(項目83)
前記エキソンが、エキソン7又はエキソン8である、項目82に記載の組成物。
(項目84)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目81に記載の組成物。
(項目85)
前記イントロン−エキソン接合部が、前記イントロン6/エキソン7接合部又は前記イントロン7/エキソン8接合部である、項目84に記載の組成物。
(項目86)
前記スプライス制御配列が、SMN2のイントロンに常在する、項目81に記載の組成物。
(項目87)
前記イントロンが、イントロン6又はイントロン7である、項目86に記載の組成物。
(項目88)
前記スプライス制御配列が、少なくとも1つのhnRNAP結合配列を含む、項目81〜87のいずれか1項に記載の組成物。
(項目89)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目81〜88のいずれか1項に記載の方法。
(項目90)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目81〜89のいずれか1項に記載の組成物。
(項目91)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目81〜90のいずれか1項に記載の組成物。
(項目92)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目81〜91のいずれか1項に記載の組成物。
(項目93)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列の前記ヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目81〜92のいずれか1項に記載の組成物。
(項目94)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合している、項目81〜93のいずれか1項に記載の組成物。
(項目95)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチド、ペプチド、低pH不安定性結合、又はジスルフィド結合を含む、項目94に記載の組成物。
(項目96)
前記リンカーが、オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記オリゴヌクレオチドが、1〜10個のチミジン又はウリジンを含む、項目94又は95に記載の組成物。
(項目97)
前記リンカーが、第1及び第2一本鎖オリゴヌクレオチドに比して、哺乳動物の抽出物中で切断を受けやすい、項目94〜96のいずれか1項に記載の組成物。
(項目98)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合していない、項目81〜93のいずれか1項に記載の組成物。
(項目99)
さらに担体を含む、項目81〜98のいずれか1項に記載の組成物。
(項目100)
前記担体が、薬学的に許容される担体である、項目99に記載の組成物。
(項目101)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目81〜100のいずれか1項に記載の組成物。
(項目102)
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、項目101に記載の組成物。
(項目103)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目104)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目81〜103のいずれか1項に記載の組成物。
(項目105)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目81〜103のいずれか1項に記載の組成物。
(項目106)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目105に記載の組成物。
(項目107)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目108)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目109)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目110)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目111)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目112)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目108〜111のいずれか1項に記載の組成物。
(項目113)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目114)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドである、項目113に記載の組成物。
(項目115)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの5’及び3’末端の各々で、少なくとも1個のLNAヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目81〜101のいずれか1項に記載の組成物。
(項目116)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目81〜115のいずれか1項に記載の組成物。
(項目117)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目115又は116に記載の組成物。
(項目118)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、項目81〜117のいずれか1項に記載の組成物。
(項目119)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、項目81〜118のいずれか1項に記載の組成物。
(項目120)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの前記5’又は3’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、項目81〜119のいずれか1項に記載の組成物。
(項目121)
一般式A−B−Cを含む化合物であって、
ここで、Aは、1遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドであり、Bは、リンカーであり、Cは、前記遺伝子のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドである、化合物。
(項目122)
Bが、オリゴヌクレオチド、ペプチド、低pH不安定結合、又はジスルフィド結合を含む、項目121に記載の化合物。
(項目123)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のエキソン内に常在する、項目121又は122に記載の化合物。
(項目124)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目121又は122に記載の化合物。
(項目125)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロン内に常在する、項目121又は122に記載の化合物。
(項目126)
前記スプライス制御配列が、少なくとも1つのhnRNAP結合配列を含む、項目121〜125のいずれか1項に記載の化合物。
(項目127)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体のスプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のエキソンの封入が起こる、項目121〜126のいずれか1項に記載の化合物。
(項目128)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体のスプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のイントロン又はエキソンの排除が起こる、項目121〜126のいずれか1項に記載の化合物。
(項目129)
前記遺伝子が、SMN2である、項目121〜128のいずれか1項に記載の化合物。
(項目130)
前記スプライス制御配列が、イントロン6、イントロン7、エキソン7、エキソン8又はイントロン7とエキソン8の接合部に常在する、項目129に記載の化合物。
(項目131)
Aが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目121〜130のいずれか1項に記載の化合物。
(項目132)
Aが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目121〜131のいずれか1項に記載の化合物。
(項目133)
Aが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目121〜132のいずれか1項に記載の化合物。
(項目134)
Aが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目121〜133のいずれか1項に記載の化合物。
(項目135)
Aが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目121〜134のいずれか1項に記載の化合物。
(項目136)
Bが、1〜10個のチミジン又はウリジンを含むオリゴヌクレオチドである、項目121〜151のいずれか1項に記載の化合物。
(項目137)
Bが、A及びCに比して、哺乳動物の抽出物中で切断を受けやすい、項目121〜136のいずれか1項に記載の化合物。
(項目138)
前記化合物の少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目121〜137のいずれか1項に記載の化合物。
(項目139)
前記化合物の少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目121〜138のいずれか1項に記載の化合物。
(項目140)
前記化合物の各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目121〜139のいずれか1項に記載の化合物。
(項目141)
前記化合物が、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌ
クレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目121〜140のいずれか1項に記載の化合物。
(項目142)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目141に記載の化合物。
(項目143)
1遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドを収容する第1容器と;
前記遺伝子のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドを収容する第2容器と
を含むキット。
(項目144)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のエキソンに常在する、項目143に記載のキット。
(項目145)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロン−エキソン接合部を横断する、項目143に記載のキット。
(項目146)
前記スプライス制御配列が、前記遺伝子のイントロンに常在する、項目145に記載のキット。
(項目147)
前記スプライス制御配列が、少なくとも1つのhnRNAP結合配列を含む、項目143〜146のいずれか1項に記載のキット。
(項目148)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体の前記スプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のエキソンの封入が起こる、項目143〜147のいずれか1項に記載のキット。
(項目149)
Cの前記配列を有するオリゴヌクレオチドと、1細胞における前記mRNA前駆体の前記スプライス制御配列とのハイブリダイゼーションにより、前記細胞における前記mRNA前駆体のプロセシングから生じる成熟mRNAでの特定のイントロン又はエキソンの排除が起こる、項目143〜149のいずれか1項に記載のキット。
(項目150)
前記遺伝子が、SMN2である、項目143〜149のいずれか1項に記載のキット。
(項目151)
前記スプライス制御配列が、イントロン6、イントロン7、エキソン7、エキソン8又はイントロン7とエキソン8の接合部に常在する、項目150に記載のキット。
(項目152)
前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、項目143〜151のいずれか1項に記載のキット。
(項目153)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目143〜152のいずれか1項に記載のキット。
(項目154)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目143〜153のいずれか1項に記載のキット。
(項目155)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜30ヌクレオチドである、項目143〜154のいずれか1項に記載のキット。
(項目156)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目143〜155のいずれか1項に記載のキット。
(項目157)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目143〜156のいずれか1項に記載のキット。
(項目158)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目143〜157のいずれか1項に記載のキット。
(項目159)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、項目143〜158のいずれか1項に記載のキット。
(項目160)
前記第1一本鎖オリゴヌクレオチド又は第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含む、項目143〜159のいずれか1項に記載のキット。
(項目161)
前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドである、項目160に記載のキット。
本明細書に開示する本発明の態様は、細胞における特定の遺伝子の発現を上方制御する上で有用な方法及び組成物を提供する。ある実施形態において、1遺伝子のPRC2関連領域をターゲティングし、これによりその遺伝子の上方制御を引き起こす一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。また、本明細書において、遺伝子の特定のスプライス変異体の発現を選択的に誘導するのに有用な方法及び関連一本鎖オリゴヌクレオチドも提供される。ある実施形態では、上記方法は、1細胞においてスプライス変異体によりコードされる特定のタンパク質アイソフォームのレベルを制御する上で有用である。ある実施形態では、上記方法は、疾患を治療するのに十分なレベルまでタンパク質の発現を誘導する上で有用である。
Claims (19)
- 配列5’X−Y−Zを有する一本鎖オリゴヌクレオチドであって、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Yは、ヒトミクロRNAのシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、SMN遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的である、一本鎖オリゴヌクレオチド。
- (a)前記オリゴヌクレオチドが、4個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まず、任意選択で、前記オリゴヌクレオチドが、3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない;及び/あるいは
(b)前記オリゴヌクレオチドが、
i.長さ8〜30ヌクレオチドであるか、又は
ii.長さ8〜10ヌクレオチドであり、前記PRC2関連領域の相補的配列のヌクレオチドの1、2、又は3個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、請求項1に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。 - 前記オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体であり、任意選択で、
前記少なくとも1個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、1〜5℃の範囲のオリゴヌクレオチドのTmの増加をもたらす、請求項1又は2に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。 - (a)前記オリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチドが、2’O−メチルを含み、任意選択で、(b)前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、2’O−メチルを含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
- (a)前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のリボヌクレオチド、少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも1個の架橋ヌクレオチドを含み、任意選択で、前記架橋ヌクレオチドが、LNAヌクレオチド、cEtヌクレオチド又はENA修飾ヌクレオチドであるか;あるいは、
(b)前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドを含み、前記デオキシリボヌクレオチドの5’及び3’末端の各々には、少なくとも1個のLNAヌクレオチドがフランキングされている、請求項1〜3又は4(a)のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。 - (a)前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、LNAヌクレオチドであるか;あるいは
(b)前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、
(i)デオキシリボヌクレオチドと2’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含むか;
(ii)デオキシリボヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含むか;
(iii)デオキシリボヌクレオチドとENAヌクレオチド類似体を交互に含むか;
(iv)デオキシリボヌクレオチドとLNAヌクレオチドを交互に含むか;又は
(v)LNAヌクレオチドと2’−O−メチルヌクレオチドを交互に含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。 - 前記オリゴヌクレオチドの5’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチド又はLNAヌクレオチドである、請求項6(b)に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
- 少なくとも2個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含み、任意選択で、全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
- (a)前記オリゴヌクレオチドの3’位のヌクレオチドが、3’ヒドロキシル基を有する、
(b)前記オリゴヌクレオチドの3’位のヌクレオチドが、3’チオホスフェートを有する、及び/又は
(c)前記オリゴヌクレオチドが、5’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、請求項1〜8のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。 - SMN遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な相補性の領域を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、以下:
(a)5’X−Y−Zの配列であって、ここで、Xは、任意のヌクレオチドであり、Xは、前記オリゴヌクレオチドの5’末端に固定されており、Yは、ミクロRNAのヒトシード配列ではない、長さ6ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Zは、長さ1〜23ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、配列;
(b)3個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列;
(c)ヌクレオチドの全ての配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の5’末端の上流50キロベースから前記オフターゲット遺伝子の3’末端の下流50キロベースの間にある、同等長さの配列;
(d)少なくとも2つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するRNAをコードするPRC2関連領域と相補的な配列;及び/又は
(e)60%を超えるG−C含有率を有する配列
の少なくとも1つを有し、任意選択で、(a)〜(e)のうちのいずれかにおいて、前記オリゴヌクレオチドが、配列5’X−Y−Zを有し、前記オリゴヌクレオチドが、長さ8〜50ヌクレオチドである、一本鎖オリゴヌクレオチド。 - 請求項1〜10のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドと、担体とを含む組成物であって、任意選択で、
(a)前記組成物が、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物である、
(b)前記組成物が、緩衝液中に前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含む、及び/又は
(c)前記オリゴヌクレオチドが、前記担体に結合しており、任意選択で、前記担体が、ペプチド又はステロイドである、
組成物。 - 請求項11に記載の組成物を収納する容器を含むキット。
- 1細胞におけるSMN1又はSMN2の発現を増大するための組成物であって、請求項1〜10のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記細胞への前記組成物の送達が、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞におけるSMN1又はSMN2の発現のレベルより少なくとも50%高い、SMN1又はSMN2の発現のレベルをもたらす、組成物。
- 1被験者におけるSMN1又はSMN2のレベルを増大するための組成物であって、請求項1〜10のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含む、組成物。
- 1被験者におけるSMN1又はSMN2のレベル低下に関連する状態を治療するための組成物であって、請求項1〜10のいずれか1項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記状態が、脊髄性筋萎縮症である、組成物。
- 1細胞におけるSMNタンパク質の発現を増大するための組合せ物であって、以下:
前記細胞においてエキソン7を含むSMN2の成熟mRNAの発現を増大するのに十分な量で、SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを含み、任意選択で、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合している、組合せ物。 - 被験者における脊髄性筋萎縮症を治療するための組合せ物であって、以下:
SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを含み、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドおよび前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドが、前記被験者においてSMNタンパク質の発現を増大するのに十分な量で前記被験者に投与されるものであることを特徴とする、組合せ物。 - SMN2のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な第1一本鎖オリゴヌクレオチドと、SMN2のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な第2一本鎖オリゴヌクレオチドとを含む組成物であって、任意選択で、前記第1一本鎖オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第2一本鎖オリゴヌクレオチドと共有結合している、組成物。
- 一般式A−B−Cを含む化合物であって、
ここで、Aは、1遺伝子のPRC2関連領域の少なくとも8個の連続したヌクレオチドと相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドであり、Bは、リンカーであり、Cは、前記遺伝子のmRNA前駆体のスプライス制御配列と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドであり、任意選択で、前記遺伝子はSMN2である、化合物。
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