JP5078904B2 - 多標的干渉rnaならびにそれらの使用および設計方法 - Google Patents
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Description
本出願は、それぞれ2005年11月21日出願の米国仮出願第60/738,441号および2005年11月21日出願の同第60/738,640号明細書(そっくりそのまま引用することにより本明細書に組み込まれる)の利益を主張する。
くの疾患は存在論的に無関係の遺伝子産物間の複雑な相互作用を伴う。複数の推定の標的が単一の疾患について同定され得る。これらの標的を1つずつ阻害することが治療的に価値があることを確認するための試みは期待はずれであった。事実、治療的有効性を得ることは、おそらく大部分のシグナル伝達経路の複数のレベルの冗長性のため、極めて困難であることが判明しつつある。例えば、癌、2型糖尿病およびアテローム硬化症のような多くの障害は複数の生化学的異常を特徴とする。加えて、数種の推定の標的は高められた突然変異率にさらされることがあり、それによりいずれかのこうした標的に対する干渉RNAの効果を無効にする。
異なる遺伝子構成(以下、「異なる遺伝子の情況」ということもある)で1種若しくはそれ以上の予め選択された標的RNA分子に存在する複数の結合配列に対する特異性をもつ干渉RNA分子が今や設計かつ製造され、そして標的配列の発現を低下させるのに使用される。
5’−p−XSY−3’
式中、pは独立に存在若しくは非存在である末端リン酸基よりなり;式中、Sは異なる遺伝子の情況で1種若しくはそれ以上の予め選択された標的RNA分子に存在する最低2種の結合配列のそれぞれの第一の部分に少なくとも部分的に相補的である約5ないし約20ヌクレオチドの長さの第一のヌクレオチド配列よりなり;式中、Xは非存在であるか若しくは第二のヌクレオチド配列よりなり;式中、Yは非存在であるか若しくは第三のヌクレオチド配列よりなるが、但しXおよびYは同時に非存在でなく;式中、XSYはそれらと
の安定な相互作用を可能にするように前記結合配列のそれぞれに少なくとも部分的に相補的である、
のガイド鎖を含んでなる多標的干渉RNA分子に関する。好ましくは、Sは、最低2種の結合配列のそれぞれの第一の部分に完全に相補的であり、そしてまた好ましくは、最低2種の結合配列のそれぞれの第一の部分はシード配列である。Xは1若しくは2ヌクレオチドよりなり、また、Yは、独立に、結合配列のそれぞれの第二の部分に少なくとも部分的に相補的であり得、前記第二の部分は結合配列の前記第一の部分の5’端に隣接しかつこれと結合されている。また好ましくは、Sは約8ないし約15ヌクレオチドの長さのものである。XSYは、好ましくは約17ないし約25ヌクレオチドの長さのものである。好ましくは、本発明の多標的干渉RNA分子は、パッセンジャー鎖とガイド鎖の間の安定な二重鎖の形成を可能にするようにガイド配列に少なくとも部分的に相補的であるパッセンジャー鎖をさらに含んでなり、また、これらのRNA分子は、好ましくは1個若しくはそれ以上の末端オーバーハングを包含し、そしてこれらのオーバーハングは好ましくは1ないし5ヌクレオチドの間のものである。好ましくは、パッセンジャー鎖およびガイド鎖は相互に完全に相補的である。本発明の多標的干渉RNA分子が、異なる遺伝子の情況で1種、若しくはあるいは最低2種の予め選択された標的RNA分子に存在する結合配列を標的とすることが可能である。好ましくは、予め選択された標的RNA分子の最低1種は非コードRNA分子である。あるいは、予め選択された標的RNA分子の最低1種はメッセンジャーRNA分子であり得、そして、好ましくは、該予め選択された標的RNA分子の1種若しくはそれ以上が疾患若しくは障害に関与する。好ましくは疾患はヒト疾患である。また好ましくは、本発明の多標的干渉RNA分子中で、結合配列の最低1種がメッセンジャーRNA分子の3’非翻訳領域(3’UTR)に存在する。
UAUGUGGGUGGG(配列番号1)、UGUUUUG(配列番号2)、ACCCCGUCUCU(配列番号5)、AGCUGCA(配列番号7)、AAACAAUGGAAUG(配列番号8)、GGUAGGUGGGUGGG(配列番号10)、CUGCUUGAU(配列番号12)、UCCUUUCCA(配列番号13)、UUUUUCUUU(配列番号14)、UUCUGAUGUUU(配列番号15)、UCUUCCUCUAU(配列番号16)、UGGUAGCUGAA(配列番号17)、CUUUGGUUCCU(配列番号18)、CUACUAAUGCU(配列番号19)、UCCUGCUUGAU(配列番号20)、AUUCUUUAGUU(配列番号21)、CCAUCUUCCUG(配列番号22)、CCUCCAAUUCC(配列番号23)、CUAAUACUGUA(配列番号24)、UUCUGUUAGUG(配列番号25)、GCUGCUUGAUG(配列番号26)、ACAUUGUACUG(配列番号27)、UGAUAUUUCUC(配列番号28)、AACAGCAGUUG(配列番号29)、GUGCUGAUAUU(配列番号30)、CCCAUCUCCAC(配列番号31)、UAUUGGUAUUA(配列番号32)、CAAAUUGUUCU(配列番号33)、UACUAUUAAAC(配列番号34)、GCCUAUCAUAU(配列番号58)、UGGUGCCUGCU(配列番号59)、AAUUAAUAUGGC(配列番号60)、CCCUCUGGGCU(配列番号61)、UUCUUCCUCAU(配列番号62)、UAUUUAUACAGA(配列番号63)、CACCAAAAUUC(配列番号64)、UGAGUNNGAACAUU(配列番号72)(式中Nはいずれかの塩基であり)、CUCCAGG(配列番号74)、UCAGUGGG(配列番号76)、UCCUCACAGGG(配列番号78)、GUGCUCAUGGUG(配列番号79)、CCUGGAGCCCUG(配列番号80)、UCUCAGCUCCAC(配列番号81)、ACCCUCGCACC(配列番号86)、GUGUUGAAG(配列番号88)、UUCCACAAC(配列番号90)、UCCACUGUC(配列番号92)、CAGAAUAG(配列番号93)、AACUCUCUA(配列番号94)およびCGUGAAGAC(配列番号98)
よりなる群から選択されるヌクレオチド配列より本質的になる。
多様な刊行物、論文および特許が背景におよび本明細を通して引用若しくは記述され;これらの参考文献のそれぞれはそっくりそのまま引用することにより本明細書に組み込まれる。本明細に包含された文書、行為、物質、装置、物品などの論考は、本発明の情況を提供するという目的上である。こうした論考は、これらの事柄のいずれか若しくは全部が、開示若しくは特許請求されるいずれかの発明に関して従来技術の部分を形成することの承認ではない。
bp=塩基対
cDNA=相補DNA
CODEMIR=コンピュータ設計多標的干渉RNA(COmputationally−DEsigned,Multi−targeting Interfering RNA)
kb=キロベース、1000塩基対
kDa=キロダルトン;1000ダルトン
mRNA=メッセンジャーRNA
miRNA=ミクロRNA
ncRNA=非コードRNA
nt=ヌクレオチド
PAGE=ポリアクリルアミドゲル電気泳動
PCR=ポリメラーゼ連鎖反応
RISC=RNA干渉サイレンシング複合体
RNAi=RNA干渉
SDS=ドデシル硫酸ナトリウム
siRNA=低分子干渉RNA
shRNA=低分子ヘアピン型RNA
SNP=一塩基多形
UTR=非翻訳領域
VIROMIR=ウイルス標的を優先的に標的とする多標的干渉RNA
の方法を使用して行い得る(例えば、Turnerら、1987、Cold Spring Harb Symp Quant Biol.52:123−33;Frierら、1986、Proc.Nat.Acad.Sci.USA 83:9373−9377;Turnerら、1987、J.Am.Chem.Soc.109:2783−3785を参照されたい)。
それ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該技術分野において、同一性は、場合によっては、こうした配列の列間の一致により決定されるところのポリペプチド若しくはポリヌクレオチド配列間の配列の関係性の程度もまた意味している。2種のアミノ酸配列若しくは2種の核酸の同一性若しくは類似性パーセントを決定するため、配列を至適の比較の目的上整列する(例えば、第二のアミノ若しくは核酸配列との至適のアライメントのため、第一のアミノ酸若しくは核酸配列の配列中にギャップを導入し得る)。対応するアミノ酸位置若しくはヌクレオチド位置のアミノ酸残基若しくはヌクレオチドをその後比較する。第一の配列中の1位置が、第二の配列中の対応する位置と同一若しくは類似のアミノ酸残基若しくはヌクレオチドにより占有される場合には、該分子はその位置で同一若しくは類似である。2配列間の同一性若しくは類似性パーセントは、該配列により共有される同一若しくは類似の位置の数の関数である(すなわち、同一性%=同一の位置の数/位置の総数(例えば重なる位置)×100)。一態様において、該2配列は同一長さである。
のアライメントを行う。至適のアライメントは一致の数を最大にするようにギャップを挿入することにより見出される。
他の用語に同等であること意味している。
子に制限される必要はないが、しかし、上述されたもののような1種若しくはそれ以上の修飾リボヌクレオチドおよび非ヌクレオチドを有するものをさらに包含する。
5’−p−XSY−3’(式I)
のガイド鎖を含んでなる多標的干渉RNA分子を提供する。
5’UAUGUGGGUGGG(配列番号1)3’、UGUUUUG(配列番号2)、ACCCCGUCUCU(配列番号5)、AGCUGCA(配列番号7)、AAACAAUGGAAUG(配列番号8)、GGUAGGUGGGUGGG(配列番号10)、CUGCUUGAU(配列番号12)、UCCUUUCCA(配列番号13)、UUUUUCUUU(配列番号14)、UUCUGAUGUUU(配列番号15)、UCUUCCUCUAU(配列番号16)、UGGUAGCUGAA(配列番号17)、CUUUGGUUCCU(配列番号18)、CUACUAAUGCU(配列番号19)、UCCUGCUUGAU(配列番号20)、AUUCUUUAGUU(配列番号21)、CCAUCUUCCUG(配列番号22)、CCUCCAAUUCC(配列番号23)、CUAAUACUGUA(配列番号24)、UUCUGUUAGUG(配列番号25)、GCUGCUUGA
UG(配列番号26)、ACAUUGUACUG(配列番号27)、UGAUAUUUCUC(配列番号28)、AACAGCAGUUG(配列番号29)、GUGCUGAUAUU(配列番号30)、CCCAUCUCCAC(配列番号31)、UAUUGGUAUUA(配列番号32)、CAAAUUGUUCU(配列番号33)、UACUAUUAAAC(配列番号34)、GCCUAUCAUAU(配列番号58)、UGGUGCCUGCU(配列番号59)、AAUUAAUAUGGC(配列番号60)、CCCUCUGGGCU(配列番号61)、UUCUUCCUCAU(配列番号62)、UAUUUAUACAGA(配列番号63)、CACCAAAAUUC(配列番号64)、UGAGUNNGAACAUU(配列番号72)(式中Nはいずれかの塩基であり)、CUCCAGG(配列番号74)、UCAGUGGG(配列番号76)、UCCUCACAGGG(配列番号78)、GUGCUCAUGGUG(配列番号79)、CCUGGAGCCCUG(配列番号80)、UCUCAGCUCCAC(配列番号81)、ACCCUCGCACC(配列番号86)、GUGUUGAAG(配列番号88)、UUCCACAAC(配列番号90)、UCCACUGUC(配列番号92)、CAGAAUAG(配列番号93)、AACUCUCUA(配列番号94)およびCGUGAAGAC(配列番号98)
よりなる群から選択されるヌクレオチド配列より本質的になる。
UAUGUGGGUGGG(配列番号1)、UCCUCACAGGG(配列番号78)、GUGUUGAAG(配列番号88)、UUCCACAAC(配列番号90)、AACUCUCUA(配列番号94)およびCGUGAAGAC(配列番号98)
よりなる群から選択される配列のいずれか内に含有される6個若しくはそれ以上の連続する塩基のヌクレオチド配列より本質的になる。
満の相補的領域を有するというこの局面は、例えば異なる結合配列間に何らかのコンセンサスの領域を提供することにより、ある態様においてとりわけ有用である。
パク質、シグナル伝達タンパク質、細胞骨格タンパク質、トランスポーター、酵素、ホルモン若しくは抗原をコードする。であるから、細胞中のタンパク質標的の潜在的範囲は制限されないが、しかしながら、当業者は、ある種の標的が特定の疾患状態若しくは過程で価値があることがよりありそうであることを認識するであろう。加えて、当業者は、病原体(例えばウイルス)から発する標的RNA分子が、コーディングであれ調節であれ、本明細書に提供される多標的RNAおよび方法で有用であることを認識するであろう。
でなる領域で二本鎖である。好ましくは、該多標的干渉RNAは、1発現系でのICAM−1、VEGF−AおよびIGF−1のいずれかの組合せの発現を減少させる。別の態様において、1発現系で、該多標的干渉RNA分子は、配列AGAGACGGGGU(配列番号6)を含んでなる最低1種の標的RNA分子の発現を減少させる。より好ましくは、それらは2種若しくはそれ以上のRNA上の複数の部位を標的とする。
AAA(配列番号37)、AAACAUCAGAA(配列番号38)、AUAGAGGAAGA(配列番号39)、UUCAGCUACCA(配列番号40)、AGGAACCAAAG(配列番号41)、AGCAUUAGUAG(配列番号42)、AUCAAGCAGGA(配列番号43)、AACUAAAGAAU(配列番号44)、CAGGAAGAUGG(配列番号45)、GGAAUUGGAGG(配列番号46)、UACAGUAUUAG(配列番号47)、CACUAACAGAA(配列番号48)、CAUCAAGCAGC(配列番号49)、CAGUACAAUGU(配列番号50)、GAGAAAUAUCA(配列番号51)、CAACUGCUGUU(配列番号52)、AAUAUCAGCAC(配列番号53)、GUGGAGAUGGG(配列番号54)、UAAUACCAAUA(配列番号55)、AGAACAAUUUG(配列番号56)若しくはGUUUAAUAGUA(配列番号57)を含んでなる最低1種の標的RNA分子の発現を減少させる。より好ましくは、それらは2種若しくはそれ以上のRNA上の複数の部位を標的とする。
節する。こうした発現系での、配列CCCACUGA(配列番号77)を含んでなる最低1種の標的RNA分子の発現を調節する多標的干渉RNA分子もまた好ましい。より好ましくは、それらは2種若しくはそれ以上のRNA上の複数の部位を標的とする。
以上の標的配列に存在する長さnの配列を同定することによる、標的分子の配列の視覚的若しくはコンピュータの検査により設計し得る。あるいは、予め選択された長さnの全部の可能な配列を、所定の長さまでの各ヌクレオチド位置に可能な各順列(4n)、およびその後標的配列中のそれらの存在について検査することによって生成し得る。
階f)ないしh)を反復することを含みうる。なお他の態様において、該方法は、特定のシードおよび隣接配列の周囲を基礎とする異なるコンセンサス標的配列を選択することを含みうる。当業者は、上の多様な組合せもまた予見されることを認識するであろう。
それが標的RNAの一部分、例えば標的RNA結合配列中に出現することができることがより少なくありそうである。シード配列長さが短いほど、それが期待されるであろうとおりより頻繁に出現することができる。好ましくは、下述されるとおり候補シードの好ましい配列を見出すのに反復過程を使用する。従って、nの特定の値を使用して長さnの候補シードを同定した後に、別の値(例えばn+1、n−1)を使用することができ、そして該過程を反復して長さn+1、n−1などの候補シード配列を同定し得る。一態様において、標的配列の第一の走査は、いずれのシード長さ(例えばn=9)で開始することもでき、そして、検索のその後の回は、(例えば以前の走査で戻されたシードの数に基づき)シード長さを増大若しくは減少のいずれもすることができる。当業者は、該シードの長さを減少させる際に候補シードの数が増大することができることを認識するであろう。
ゲノム中4回:5/155単離物
ゲノム中3回:68/155単離物
ゲノム中2回:50/155単離物
ゲノム中1回:31/155単離物
ゲノム中0回:1/155単離物
ータアルゴリズムを使用して、該配列が最低2標的間で異なる位置の対形成ヌクレオチドの全部の可能な順列を評価し得る。これは、標的がシードを超えて何らかの同一性を有するがしかし眼によるアライメントが困難と判明している場合にとりわけ有用である。この方法は、コンセンサス標的配列、若しくは、あるいは、候補多標的干渉RNAのアンチセンス鎖を直接決定するのに使用し得る。アンチセンス鎖を直接設計する場合、アルゴリズムは、ゆらぎ(G:U、U:G)、他の非正準対(例えばA:C、C:A)およびますます大きい負のペナルティ項を伴う残存する不適正をそれぞれ評価する。これらのペナルティ項を、多標的干渉RNA内のそれらの位置について調節し、3’末端に配置されるものはより低いわずかなペナルティを受ける。ペナルティは、複数の連続する不適正若しくはゆらぎの存在下でもまた調節する。全標的について最低の総計ペナルティスコアをもつ提案された多標的干渉RNAを将来の評価に優先する。
silicoで目的の標的配列に対し各推定のSYをハイブリダイズすることである。
1)用語の定義
a.負荷バイアス:各候補ガイド鎖中のA若しくはUを「1」として、およびG若しくはCを「2」として点数を付ける:
i.A−U/G−Cスコアを、下表の適切な換算係数により乗算する
ii.位置1〜5の残基の積を総和する。
iii.位置nないしn−4の位置の残基の積を総和する。
iv.(iii)の合計を(ii)の合計により除算する
T1(mfe*r−5’)*T2(mfe*r−5’)*....Tn(mfe*r−5’)
c.最大活性スコア:各標的T1....Tnについて、標的に完全に相補的であるガイド鎖の結合のmfeおよびガイド鎖の長さ(例えば、下に示されるところの21塩基)の積を計算する。これらのスコアの積が最大活性スコアである。
T1(mfe*21)*T2(mfe*21)*....Tn(mfe*21)
d.相対活性スコア:標的の最大活性スコアにより除算した干渉RNAの活性スコア。
2)シード配列の相補物で出発して、シードの相補物のnの長さ、例えば21塩基までの伸長の全部の可能な順列を生成し、従って推定のガイド鎖の完全な一覧を創製する
3)RNAhybridを使用して、該シード配列を含有する全部の標的配列に対する全部の推定のガイド鎖の結合パターンおよび最小自由エネルギーを決定する
4)a.5若しくはそれ以上のG残基の連続する一続きが存在する
b.負荷バイアスが<1.2である
場合に全部の推定のガイド鎖を廃棄する
5)それらの相対活性スコアにより、残存する推定ガイド鎖を等級付けし、そしてそれらの相対活性スコアに基づき、残存する推定ガイド鎖配列の一覧から、多標的干渉RNA配列の長さnのガイド鎖配列を選択する。
ガイド鎖中のA若しくはUを「1」、およびG若しくはCを「2」と評価する:
i.A−U/G−Cスコアを下の表Aの適切な換算係数により乗算し;
ii.位置1〜5の残基の積を総和し;
iii.位置n−4ないしn(存在する場合はオーバーハングを除く)の残基の積を総和し;
iv.(iii)の合計を(ii)の合計により除算し;および
v.ガイド鎖について1.2以上のスコアはその鎖のありそうな好都合な負荷を示す
である。
ス標的配列を走査すること、および目的の非標的トランスクリプトームに対する許容できないオフターゲット効果を有することが予測されるいかなる配列も除外することもまた、コンセンサス標的配列の数を減少させる有用な方法であり、そして前述のいずれも該方法に一段階として追加しうる。これは、例えばBLASTソフトウェアを使用して類似の配列について検索することにより実施する。代替のしかし必ずしも同等でない一手順は、例えばRNAhybrid若しくは同等のソフトウェアを使用するトランスクリプトームに対するコンセンサス標的配列の相補物のin silicoハイブリダイゼーションを包含する。実務において、特異的な設計した多標的干渉RNA、例えばCODEMIR、VIROMIRなどを、予見されないがしかし問題のオフターゲット効果による細胞傷害性について慣例にスクリーニングすることが良識的である。
ホスホEIFなど)の分析を、処理した細胞で実施し得る。
manual、Cold Spring Harbor Press、ニューヨーク州プレインビュー、およびAsubel F Mら(1989)Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、ニューヨーク州ニューヨークに記述されている。本発明の製薬学的組成物の適する投与経路は、例えば、経口、直腸、経粘膜若しくは腸投与;筋肉内、静脈内および皮下注入を包含する非経口送達を包含しうる。
NAは、本発明のベクターから発現させ得る低分子ヘアピン型RNA分子であり得る。本発明はさらに、本発明の多標的干渉RNA分子および許容できる担体を含んでなる製薬学的組成物を提供する。特定の態様において、該製薬学的組成物は、本発明の多標的干渉RNA分子のベクターを含んでなる。
単離物のゲノム中の複数の部位を標的とする多標的干渉RNA分子はときに「VIROMIR」と本明細書で称される。ウイルスゲノム中の反復配列要素を標的とすることはウイルス治療の魅力的な一アプローチである。こうしたマルチターゲッティングは、複数の同時の突然変異を必要とするとみられる耐性クローンの出現に対する困難な障害を創製することが推定される。また、ある範囲のウイルス単離物全体の配列変異の包括を最大とするように複数の部位を選ぶことができる。既知の単離物の大多数若しくはなお全体のような単離物の予め選択された比率に存在する要素をコンピュータで同定して、それにより最大の治療的有益性を確実にし得る。あるいは、最大の実際の若しくは予測される臨床的重要性の単離物を優先的に標的とし得る。該設計過程は、治療的化合物の開発、製造、および究極的には投与もまた容易にし得る。ウイルス性疾患の病因に関与する経路の1種若しくはそれ以上の宿主タンパク質または他の中間体の付加的なターゲッティングもまた設計し得る。細菌感染症および病原体により引き起こされるいずれかの他の疾患を類似のアプローチにより標的とし得る。
プ変異体を予防するために、単一の標的RNA分子に対する複数のヒットの生成に向けることができる。同一転写物内の(例えばRNAウイルスでの)複数の部位のターゲッティングは、ウイルス増殖の阻害に対する相乗効果もまた生じうる。さらに、標的RNA分子との部分的相補性のみを必要とする機構(1種若しくは複数)を使用することは、単一点突然変異により耐性を発生させる可能性を低下させ得る。
DRの治療に適するCODEMIRを探索した。該疾患状態では、VEGF−AおよびICAM−1が血液−網膜関門の完全性の喪失の駆動体であるようであり、この喪失は例えば糖尿病性黄斑浮腫(血管新生およびDRへの序章)につながる。従って、VEGF−AおよびICAM−1をCODEMIRの設計の標的として選択した。こうしたCODEMIRはまた、単核細胞浸潤および血管新生を特徴とする乾癬および他の状態の処置に対する治療目的のものでもあった。
表1−2:多標的干渉RNA、例えばVEGF−AおよびICAM−1を標的とするCODEMIRの設計のための例示的シード配列およびコンセンサス標的配列(全部5’から3’)。*1,2これらのコンセンサス標的配列を使用してそれぞれCODEMIR1およびCODEMIR2を設計した。
細胞および培養:培養物中のRPE(網膜色素上皮)細胞を使用して、上述されるとおり設計した抗血管新生CODEMIRをスクリーニングした。ヒト細胞株APRE−19を使用した。ARPE−19細胞を、10%ウシ胎児血清および10mMグルタミンを補
充したダルベッコ変法イーグル培地(DMEM)中で増殖させた。目的の分泌型タンパク質のELISA検出、若しくはin situ細胞表面抗原免疫染色のため、ARPE細胞をウェルあたり4×103細胞で96ウェル組織培養プレートに播種した。FACS分析のためには、ARPE−19細胞をウェルあたり2.5×104細胞で24ウェル組織培養プレートに播種した。細胞は、20pmolのCODEMIR RNA二重鎖若しくは対照siRNAあたり1μlのリポフェクタミンの比でリポフェクタミン(InVitrogen)を使用して、播種24時間後にトランスフェクトした。大部分の研究で、培地をトランスフェクション24時間後に交換し、その時点で、デフェロキサミン(130μM)若しくはIL−1β(1ng/ml)をそれぞれVEGF−AおよびICAM−1実験に添加した。実験は三重で実施しかつ最低2回反復した。
mRNA発現に関して評価した。比較対照すなわちsiVEGF(VEGF中の異なる部位を標的とする比較対照siRNA)およびsiCONTROL(非ターゲッティング対照siRNA)、そして最後にDNAを含有しないサンプル(水対照)を一緒に分析した。VAICすなわちCODEMIR−1の標的結合配列に完全に相補的であるように設計した多標的干渉RNAもまた検査した。2回のRT−PCR反応をARPE−19細胞から調製したRNAのサンプルで実施した。具体的には、ARPE−19細胞を、Lipofectamine 2000および40nMのそれぞれのRNA処理でトランスフェクトし、24時間インキュベートし、その後、RNAの収集および抽出前に130μMデフェロキサミンで追加の24時間処理した。一反応で、PCR産物は、VEGFのオープンリーディングフレーム(ORF)の一部からの266ntのPCRアンプリコンであった。第二の反応で、増幅されたアンプリコン(243nt)はVEGFの3’UTRに位置を突き止められる。負荷について制御するため、GAPDH「ハウスキーピング」転写物のPCR増幅もまた測定した。GAPDHバンドの相対強度は全処理レーンで等しかった。双方のVEGFアンプリコンは、CODEMIR−1若しくはsiVAICいずれかでトランスフェクトしたARPE−19細胞について強度が有意に低下された。比較siVEGF対照は、ORFアンプリコンについて視覚的に低下された強度を有したが、しか
し3’UTRアンプリコンについては有しなかった。全体として、これらの結果は、CODEMIR−1が実質的mRNA分解を誘導した一方、CODEMIR−2がより少ないVEGF mRNA分解をもたらしたことを示す。本発明の局面を操作のいずれかの特定の論理に制限することなく、CODEMIR−1が、RISC切断部位に隣接する中央の塩基対を包含するVEGF mRNA標的に対する比較的高程度の相補性を有する一方、CODEMIR2はVEGF標的mRNAと中央の不適正を有することが、少なくとも注目に値する。従って、所定の標的RNA配列に対する完全未満の相補性をもつCODEMIRは、例えば、調節の付加的な手段として、若しくは標的の翻訳を抑制することのような他の機構に対する一代替としてのRISCプロセシングによるmRNA分解を誘導しうる。
CODEMIR−1を、本明細書に提供される方法(例えば実施例1を参照されたい)に従って、VEGF−AおよびICAM−1双方の標的のマルチターゲッティングのため設計した後、CODEMIR−1が天然に存在するヒトミクロRNA、miR−299と何らかの相同性を有することが示された。
糖尿病性網膜症より複雑な血管新生表現型が進行癌および加齢性黄斑変性で見出される。加齢性黄斑変性(AMD)では、網膜色素上皮(RPE)層の中および下の部分的に貪食されたレムナントの蓄積が、RPE細胞による血管新生性のサイトカイン若しくはケモカイン(例えばVEGF−A、IL−8、MCP−1)の産生に至る細胞ストレスを引き起こすと現在考えられている。RPE細胞の膜表面上で発現される付加的なタンパク質がこの過程をさらに駆動しうる(例えばICAM−1)。全体として、AMDに関与する血管新生因子は、VEGF−A、VEGF−B、IGF−1、MCP−1、IL−8、ICAM−1、bFGFおよびPIGFを包含する。事実、組合せで作用する血管新生促進性サイトカインのこの数の多さは、進行癌で見られる血管新生に類似である。CODEMIRにより包括し得る血管新生因子の数を増大させるため、VEGF−A、ICAM−1およびIGF−1についてEnsemblデータベース由来の完全なmRNA転写物(表1−1を参照されたい)を、前に概説されたところの適するシードの検索で使用した。全3種の転写物に存在する11bpよりなるシードを同定した(表3−1)。コンセンサス標的配列は上述されたとおり派生させた(表3−1)。これらの部位を標的とするCODEMIRのガイド鎖配列を決定し、そして、該3標的配列へのこれらのCODEMIRの予測される結合を、RNAhybridソフトウェアを使用して評価した。3’シード領域は4個の連続するG塩基を含有するため、負荷バイアスは好都合であることがありそうでない。表3−2に示されるとおり、ガイド鎖の5’端の高い二重鎖結合エネルギーは、パッセンジャー鎖の改変により不適正塩基対形成の賢明な導入により低下させ得る。
CODEMIRは2型糖尿病のような複雑な代謝性疾患の処置にもまた適しうる。この疾患の処置のための2種の潜在的遺伝子標的はグルコース−6−ホスファターゼおよびInppl1である。完全な転写物の配列を共通の候補シードの存在について検査した。この場合は、14nt同一のシード(CCCACCCACCTACC)(配列番号212)を同定した(表4−1の一番上)。候補CODEMIRをその後、表4−1に示されるコンセンサス標的部位の中間体を介して設計した。
CODEMIRは、腫瘍表現型をより十分に制御するために、複数の無関係の癌遺伝子を標的とするようにもまた応用し得る。例として、β−カテニン、K−RasおよびEGFRの不適切な活性化が多くの進行結腸直腸腺腫で見出されている。これら3遺伝子の同時ターゲッティングをCODEMIRで探索した。全3種の遺伝子の完全長転写物を候補シードの検索で使用した。K−rasの場合、双方の代替転写物(aおよびb)を包含した。13bpのシード(CAUUCCAAUUGUUU)(配列番号9)が見出され、そして適切な候補CODEMIRを同定した。数種の代替CODEMIRコンセンサス標的配列を表5−1に列挙する。
CODEMIRのアプローチは、慢性の形態の疾患で変異されることがありそうである目的のタンパク質を標的とするのに使用し得る。突然変異は、薬剤耐性の形態がしばしば進化する癌およびウイルス性疾患でとりわけ優勢でありうる。本実施例では、VIROMIRをヒト免疫不全ウイルス(HIV)の複数の部位を標的とするよう設計した。こうしたVIROMIRの効果を克服するためのいくつかの部位での同時の突然変異に対する要件は、耐性のウイルスクローン若しくは擬似種の出現に対する高い遺伝子の障害物を提供することがありそうである。HIV I血清型B(GenBank受託K03455)のHXB2株のゲノムを目的の主配列として使用し、そして、1以上の場所に存在するシードを見出すためのこの応用で、別の場所に詳述される生物情報学的方法を用いて検査した。GAG、ENV、POL、TAT、VIF、VPR、VPUおよびNEF遺伝子のいずれかの完全な配列を含有する、2005年8月1日時点のLANLデータベース中の全HIV IクレードB単離物をこれらの分析で使用した。
く低い存在率を伴うものを本考慮から除去した。本実施例の目的上、それらの特定の遺伝子の情況での望ましくなく低い存在率は、クレードB単離物の<50%と定義した。
いくつかの場合には、目的の標的の最低1種に対応する複数の転写物バリアントを包含することが有益でありうる。例えば、プレセニリン−1、およびBACE−1の4種のバリアントアイソフォームの下方制御は、アルツハイマー病の処置に治療上有利であり得る
。この場合、5種の対応する配列の検査が、
ATATGATAGGC(配列番号331)、AGCAGGCACCA(配列番号66)、GCCATATTAATT(配列番号332)、AGCCCAGAGGG(配列番号68)、ATGAGGAAGAA(配列番号333)、TCTGTATAAATA(配列番号334)およびGAATTTTGGTG(配列番号335)を包含する11および12bp同一の数種の候補シードを生じる。これらから、適切な二次的特徴(鎖負荷バイアス、継続的部分的同一性、配列の複雑さなど)を有するものが、アルツハイマー病の処置で有用なCODEMIRの設計のためとりわけ興味深いとみられる。
シードの長さは、いくつかの場合に、必須のマルチターゲッティングが発生することを可能にするために短縮されうる。しかしながら、これらの場合に、これらの短いシードの選択を、同定されるシード近くに並置されたさらに同一の領域を有するものに制限することが望ましい。例えば、VEGF−AおよびbFGFのターゲッティングは、AATGTTCCCACTCA(VEGF−A)(配列番号336)およびAATGTTCAGACTCA(bFGF)(配列番号337)に結合することが予測されるとみられるCODEMIRガイド鎖の設計により達成し得る。この例では、このさらなる同一の領域が短いACTCA(配列番号338)シードを補償しうる。
とみられる。例えば、2標的が同一のシードを共有するがしかし第三の標的が第一のシード位置に不適正を有する状況で、第三の標的に対するこの不適正にもかかわらず活性を維持することは、CODEMIR活性のレパートリーを高める。この位置の柔軟性は、活性にまた影響しうる鎖負荷バイアスを調節するという目標をもつCODEMIRガイド鎖の5’末端の修飾もまた可能にする。標的とのガイド鎖の5’不適正を伴うCODEMIRの有効性をCODEMIR 13ないし15で検討した(表8−2)。図6に示されるこれらの結果は、単一不適正をもつCODEMIRが標的に対する活性を保持することを示す。
M−1、PIGFおよびIGF−1のいずれかの組合せの発現を変えるためのRNA分子の例において、シードCCUGGAG(配列番号75)に対する相補配列はCUCCAGG(配列番号74)を含んでなる。
感染性疾患の場合、CODEMIRは、感染性病原体のゲノムおよび該疾患の1種若しくはそれ以上の重要な宿主「駆動体」双方を標的とするのにもまた利用し得る。例えば、TNF−αは、C型肝炎ウイルス感染およびその続発症において主要な疾患関連因子と考えられる。HCVのゲノムおよびTNF−α mRNA配列の分析を使用して、CCCTGTGAGGA(配列番号351)、CACCATGAGCAC(配列番号352)、CAGGGCTCCAGG(配列番号353)およびGTGGAGCTGAGA(配列番号354)よりなるシードを同定した。
1.第一のシード、CCCTGTGAGGA(配列番号351)は遺伝子型1a/1b単離物の155種の入手可能な配列で高度に保存され(92%)、そして、従って治療的観点から魅力的な標的配列であることが見出された。
されるシードを使用して設計したCC015が、K−rasおよびより小さい程度までVEGFを抑制することが可能であったことを見出した。CODEMIR−1で実施したわれわれの実験と一致して、しかしながら、3個の不適正塩基の上流のガイド鎖のシード結合領域を有することが、Bcl−2の抑制に至ることを期待し得なかったことが明らかとなった。同様に、この標的に関してのCC016〜18のシード結合領域の位置決めは至適に及ばなかった。しかしながら、Bcl−2を測定することでの技術的問題は、われわれがBcl−2に対する可能な影響を除外し得ないことを意味している。癌のCODEMIR、CC015は、HCT−116およびSW480細胞で細胞死を誘導するがしかし非癌細胞株ARPE−19で誘導しないことが見出された(データは示されない)。CC015はソフトアガーでのコロニー形成もまた顕著に阻害した。表10−2はHCT116およびSW480細胞でのCC015の影響を要約する。
われわれはタンパク質標的をコードするmRNAを標的とすることに関する多くの実施例を上に提示するとは言え、該概念は非コードRNAに等しく適用可能である。癌および他の疾患において、MALAT−1、BIC、PCGEM1、DD3およびBC200のような非コードRNAが、より攻撃的な進行およびより悪い患者転帰と関連することが示されている。これらの数種若しくは全部に共通なシードを標的とすることをCODEMIRの設計で考慮し得る。(例えばミクロRNA、プレおよびプリミクロRNA、snoRNAなどのような)他の非コードRNAを等しく考慮し得る。
93)である。
肺線維症は、頻繁に、肺傷害(煙の吸入、肺炎、外傷など)の続発症として観察される。それは、進行性かつほぼ普遍的に致死性である特発性肺線維症における既知の原因なしに発生もまたする。病因論に関係なく、トランスフォーミング増殖因子β(TGFβ)系が肺線維症の主要なシグナル伝達経路であるようであるとは言え、結合組織増殖因子(CTGF)、IL−8およびMCP−1のような他の因子もまたある役割を演じることがありそうである。TGFb、IL−8およびMCP−1を標的とするCODEMIRを探索した。これらのmRNAの3’UTRを他の実施例で記述されるとおりにこの検索で使用した。IL−8およびTGFbに共通の1種のシードがCUUCAACAC(配列番号89)と同定された。2種のコンセンサス標的配列を、これら2標的の整列したmRNA配列から眼により設計した。表12−1に示されるとおり、該2標的の相補性のバイアスをPF007およびPF008について逆転させた。すなわち、コンセンサス標的配列は、1つの場合にIL−8により類似に作成し(PH007)、および第二のものでTGF−βにより類似であった(PF008)。本発明の多標的干渉RNAの設計のこの局面は、1種若しくはそれ以上の標的RNAに対する多標的干渉RNAの活性の滴定を可能にすることが当業者により見られるであろう。この例において、PF007およびPF008は、40nMのdsRNAおよびリポフェクタミンを用いるトランスフェクション48時間後にELISAによりアッセイされる場合に、A549細胞によるTGFb分泌の約50%低下を伴い、TGFbに対する類似の活性を有した。対照的にIL−8分泌はPF008およびPF007でそれぞれ80%および35%抑制された。従って、これら2種のCODEMIRは肺線維症の処置に潜在的に有用であることが期待されるとみられる。それらは鎖負荷を増大させるようにもまたさらに改良し得る。ガイド鎖の5’末端の塩基がGであることを考えれば、パッセンジャー鎖で使用される対応する塩基は、より弱いゆらぎ塩基対形成を提供するようにUであった。しかしながら、当業者は、限定されるものでないがガイド鎖の3’端への付加的なC若しくはG、ガイド鎖の5’端への付加的なA若しくはU、または双方の包含を挙げることができる付加的な改変を予見し得ることを理解するとみられる。対応するパッセンジャー鎖でこれらを一致させることは、それらの機能的活性に対するいかなる有害な影響も必ずしも伴わずに負荷バイアスをさらに向上させるとみられる。
LANLデータベースから入手可能な155種のクレード1aおよび1bのHCVゲノム配列の最低1種に最低2回存在する全部の可能な6、7、8、9、10、11および12merのシードを生成した。
シード長さ シード数
6 4012
7 10683
8 11352
9 5942
10 2267
11 725
12 236
のように分類する。
ゲノム中4回:5/155単離物
ゲノム中3回:68/155単離物
ゲノム中2回:50/155単離物
ゲノム中1回:31/155単離物
の戦略を考案するのに使用した。
スコア=(XSY配列のmfe×連続する相補性の長さ×100)/(その遺伝子の情況での完全に相補的な配列のmfe×21)
に従って、相対結合スコアを生成した。
列は:
dsRNAはin vivoで制限された安定性を有するため、安定性および活性を改良するために多標的干渉RNAを化学修飾することが望ましいことがあることが当業者により十分に理解される。多標的干渉RNAに対するいかなる化学修飾も本発明の範囲内にある。制限しない一例として、われわれはCODEMIR−1(AM001としてもまた知られる)の情況内での2’−F修飾ヌクレオチドの使用を考慮した。修飾CODEMIRの安定性を検討するため、Oligreen若しくはSybr Green 1いずれかの蛍光色素を使用して、10%ヒト血清中でCODEMIRの分解を評価した。これら、とりわけSybr Green 1はdsNRAに貪るように結合して高められた蛍光を生じる。従って、10%ヒト血清若しくは他の生物学的溶液中でのdsRNAのインキュベーションの間の蛍光のモニタリングは、安定性の容易なモニター方法を生じる。産生される分解の生成物の存在をさらに解明するため、CODEMIR−1および化学修飾アナログ(一方若しくは双方の鎖をすべてのCおよびU位置で2’−F修飾した)を10%血清中で30分間インキュベートしそしてPAGEにより分離した。未修飾二重鎖RNAは実質的な分解を表し、そしておそらく完全に不活性であった。対照的に、双方の鎖を2’−フルオロ修飾した二重鎖RNAは分解を全く表さず、蛍光アッセイで観察された結果に良好に対応する(データは示されない)。単一の鎖のみを修飾した2種の二重鎖は、二重鎖(おそらく完全長の修飾鎖と部分的に分解された未修飾鎖の間のハイブリッド)に不完全に分解されるようであった。この分解生成物は大きく低下された活性を有することがありそうであるとみられるため、蛍光アッセイで分解を示さない構築物のみが最大活性を保持するとみられることを推論することが合理的と思われる。
CODEMIR−1は、化学的および配列の改変の影響を試験する原型配列であった。このCODEMIRは、湿性形態のAMDならびに黄斑浮腫および糖尿病性網膜症の処置にとりわけ有用でありうる。これは、分泌型VEGF−Aがこれらの疾患の全部で主要な役割を演じているからである(Witmerら(2003)Prog Retin Eye Res、22、1−29)とは言え、ICAM−1の過剰発現は、とりわけ糖尿病性
網膜症および黄斑浮腫の初期の開始事象でありうる(Funatsuら、(2005)Ophthalmology、112、806−16;Joussenら(2002)Am
J Pathol、160、501−9;Luら(1999)Invest Ophthalmol Vis Sci、40、1808−12)。われわれは、CODEMIR−1が、ヒト網膜上皮細胞(ARPE−19細胞株)によるVEGF−AおよびICAM−1双方の産生を抑制する能力を示したことを示した。網膜色素上皮細胞は、これらの眼血管新生疾患におけるこれらのタンパク質の産生への主要な寄与体である(Matsuokaら、(2004)Br J Ophthalmol、88、809−15、Yehら(2004)、Invest Ophthalmol Vis Sci、45、2368−73)。RPE細胞は眼の外来核酸の主取り込み部位でもまたあり、そしてこれら2つの理由から、抗血管新生CODEMIRの評価の適切な細胞モデルである。2種のオリゴヌクレオチド薬物のin vivo活性は、培養物中のRPE細胞に対するそれらの活性と相関し(Garrettら(2001)J Gene Med、3、373−83;Rakoczyら(1996)、Antisense Nucleic Acid Drug Dev、6、207−13)、この細胞培養物モデルの価値を示す。この細胞株の一利点は、眼のRPE層を模倣し(Dunnら、(1996)、Exp Eye Res、62、155−69)かつ長期間研究し得る分極した単層をそれが形成することである。この特性を使用して、ARPE−19単層の上清の反復サンプリングによりVEGF分泌を評価した(ICAM−1は細胞の収集を必要とするため、この同一の方法でそれは研究し得ない)。VEGF分泌はCODEMIR−1の単回投与後最短9日間抑制された(図16)。これは、CODEMIR−1が眼でのVEGF産生の永続的阻害を生じさせることが期待されることを示す。
シード結合がCODEMIR活性に不可欠であったことを検証するために、CODEMIR−1に基づくがしかし標的に対する不適正をシード領域にもつ多数のRNA二重鎖を設計かつ試験した。これらを、BLASTを使用してヒトトランスクリプトームと整列し、そして最低の予測されるオフターゲットsiRNA活性をもつ3種の配列を選んだ(CODEMIR 122〜124)。これらはそれぞれ位置4、4+6および4+6+8の不適正を特徴とする(表16−1)。これらのCODEMIRのそれぞれを、ARPE−19細胞中のVEGFおよびICAMに対する活性について評価した(図19)。位置4の不適正はVEGFおよびICAM−1双方に対するわずかに損なわれた活性を表した一方、4および6若しくは4+6+8の不適正はVEGF抑制を大きく低下しかつICAM−1抑制を無効にし、シード結合がCODEMIR活性に重要であることを示す。
ガイド鎖の3’尾部の組成が異なるCODEMIR−1の付加的な32種のバリアントのRNAi効力を分析した。VEGFおよびICAM−1標的部位のコンセンサス配列を生成した(ガイド鎖と標的部位の間のゆらぎ塩基対形成を可能にする。すなわち、GがAに同等であることおよびUがCに同等であることを可能にする;図20)。双方の転写物を標的とする32種(25)の可能な3’尾部を表すCODEMIRを設計した(表17−1)。これらのCODEMIRのそれぞれの40nMで処理したARPE−19細胞は、約50%から約90%までの範囲にわたるVEGF抑制を示した(図21)。ガイド鎖の位置13にVEGF mRNAに対する相補性をもつ(すなわち標的に相補的な14個の連続する塩基を有する)CODEMIRは、位置13に不適正をもつもの(標的に相補的な連続する12塩基)より実質的により有効であり;おそらく位置13の不適正がVEGF mRNAのRISCに媒介される切断を損なうためである。
mRNAに対する相補性をほとんど有しない、合成ミクロRNA二重鎖(本明細書でCODEMIR−84と命名されるhsa−mir−299)でのARPE−19細胞のトランスフェクション(表17−1)もまた、VEGF発現を約40%阻害した。VEGF抑制のこのレベルは、VEGF mRNAのCODEMIR−1のシード部位に対する完全な相補性を伴い結合するほぼいかなる低分子RNAによっても誘導される翻訳抑制を表すようである。40%以上のVEGF抑制を表したCODEMIRのうち、活性と、相補性の程度(不適正の数と逆相関)および相補的シード領域の長さの双方の間に強い相関が存在した(図22)。12塩基の相補的シードをもつCODEMIRは、単一不適正(位置13の)のみを伴ってさえ約70%の抑制のみを生じた。対照的に、14塩基の相補的シードをもつCODEMIRは強い抑制(約85%)を生じたが、しかしこれらのCODEMIRの活性は3’尾部の残部中の不適正により損なわれた。17塩基の相補的シード領域をもつCODEMIRの全部が高度に活性であり、3’尾部中の不適正は活性に対する影響をほとんど有しなかった。17塩基より長い相補的シードをもつCODEMIRは、いずれかの他の因子とよりも鎖負荷とより緊密に相関するように思われた活性を有した。
106)−表17−3)を、VEGFおよびICAM−1発現を抑制する能力について試験した(図27)。興味深いことに、これらのそれぞれはCODEMIR−1(位置15にA:A不適正を有する)に比較して実質的に低下された活性を表した。これは、対称的不適正(ループ)が非対称不適正より良好に許容されることができ、そして潜在的に有用な設計原理であることを示唆する。
CODEMIR−1の32種のバリアントのVEGF抑制活性の系統的分析から獲得されたデータ(上)は、標的に対する5’相補性の長さ、ならびに標的に対する全体的相補
性が、とりわけガイド鎖のハイブリダイゼーションがRISCに媒介される切断を支援する場合に、CODEMIR活性の決定的に重要な決定子であることを示した。これらの因子、ならびにRISC中の活性鎖の負荷に関係する因子は、今日まで解明された最も重要なCODEMIR設計基準である。しかしながら、これらの因子は、活性のCODEMIRのin silico同定に決定的に重要である、活性および不活性のシード部位の間の識別を可能にしない。所定のシード部位でのCODEMIR活性の活性に影響することが期待されうる因子のいくつかは:i)mRNAの標的部位での二次構造、ii)標的部位の最後の位置のアデノシン(すなわちガイド鎖の最初の位置のウラシル−天然に存在するミクロRNAはこの対形成に対する好みを有する)、およびiii)標的mRNA中のシード部位の数(すなわち標的中のガイド鎖結合部位の数)である。これらの因子を評価するため、特徴:1)自由な標的二次構造、最初のAなしかつ単一部位のみ(CODEMIR 108〜110)、ii)自由な標的二次構造、最初の1個のAおよび単一部位のみ(CODEMIR 111〜113)、iii)自由でない標的二次構造、最初の1個のAおよび単一部位のみ(CODEMIR 114〜116)、ならびにiv)自由でない標的二次構造、最初の1個のAおよび2部位(CODEMIR 117〜119)を有したシード部位をもつ12種のCODEMIRを設計した(表18−1)。これらのCODEMIRのガイド鎖上の異なる3’尾部から生じる複雑な状態を排除するため、好都合な鎖負荷の特徴を有しかつVEGFの翻訳抑制を支援するCODEMIR−84からの配列(miR−299)を使用して、均一な3’尾部を組み込んだ(上および図4を参照されたい)。これらのCODEMIRのそれぞれを、ARPE−19細胞でのVEGF抑制活性についてアッセイした(図28)。しかしながら、これらのCODEMIRのいくつかは無関係の対照に関して有意の活性を有したという事実にもかかわらず、検討中のシードの特徴に関して認識可能な傾向は観察されなかった。
HIV VIROMIRの例で示されたとおり、CODEMIRが低分子ヘアピン型RNA(shRNA)として発現されうることをさらに確認するため、shRNA CODEMIRをCODEMIR−1に基づき設計した。このヘアピンは、ヘアピンの自由(非
ループ)末端にCODEMIR−1の21ヌクレオチドのコアを包含するよう設計した(図29)。該ヘアピンをプラスミドベクターにクローン化し、そしてH1プロモーターから発現させた。ARPE−19細胞を96ウェルプレートに播種し(4000細胞/ウェル)、そして24時間後に200ngのプラスミドDNAでトランスフェクトした。VEGFおよびICAM−1を48時間後にそれぞれELISAおよびFACSにより評価した。該ヘアピンは、長さを一致させたヘアピン対照に関してVEGFおよびICAM−1抑制活性を示し(図30);発現された低分子ヘアピン型CODEMIRの応用可能性を示す。
ショウジョウバエからの細胞ライセートを使用する実験は、二重鎖の末端の2ヌクレオチドの3’オーバーハングがRNAサイレンシングに至適であることを同定した。しかしながら、哺乳動物細胞でのいくつかの実験で、「平滑端」二重鎖がかなり活性であることが見出され、そして、FBSを含有する培地中で増大された安定性を有した(Czaudernaら(2003)、Nucleic Acids Res、31、2705−16)。
CODEMIR−1および本発明の他の多標的RNAの活性は、当業者に既知の多様な前臨床モデルで試験し得る。制限しない一例として、CODEMIR−1を未熟児網膜症
モデルで試験し得る。このモデルは眼血管新生の分野で研究している者に公知であり、そして目的の疾患(AMD、糖尿病性網膜症など)に対し活性の薬物の開発のためのいくつかのモデルの1つとして広範に使用されている。該試験は、処置群に等しく分割された適する数のマウス若しくはラットの新生仔より構成し得る。処置群はベヒクルのような陰性対照、無関係な若しくはスクランブル配列対照およびCODEMIR−1を包含する多数の多標的RNAを包含し得る。既知の競合体として、VEGF若しくは他の検証された血管新生標的に対するsiRNAを包含することもまた考慮し得る。
よび28日後)に安楽死させ得、そして、眼を慣習的組織病理学により検査し得る。病変の数および重症度の低下が、本発明の活性オリゴヌクレオチドにより処理したサンプルで見られることが期待される。
Claims (13)
- 式(I):
5’−p−XSY−3’
式中、pは独立に存在若しくは非存在である末端リン酸基よりなり;
式中、Sは異なる遺伝子構成で1種若しくはそれ以上の予め選択された標的RNA分子に存在する最低2種の結合配列のそれぞれの第一の部分に少なくとも部分的に相補的である少なくとも5個のヌクレオチドの長さの第一のヌクレオチド配列よりなり、ここでSがUAUGUGGGUGGG(配列番号1)から実質的に成る核酸配列を含んでなり;
式中、Xは非存在であるか若しくは第二のヌクレオチド配列よりなり;
式中、Yは非存在であるか若しくは第三のヌクレオチド配列よりなるが、但しXおよびYは同時に非存在でなく;
式中、XSYは、それらとの安定な相互作用を可能にするように前記結合配列のそれぞれに少なくとも部分的に相補的である、
のガイド鎖を含んでなる多標的干渉RNA分子であって、
ここで多標的干渉RNA分子が、
5’UAUGUGGGUGGGUGAGUCUAA3’(配列番号100)
3’UUAUACACCCACCCACUCAGA5’(配列番号101)
から実質的に成る、上記多標的干渉RNA分子。 - Sが最低2種の結合配列のそれぞれの第一の部分に完全に相補的である、請求項1に記載の多標的干渉RNA分子。
- 最低2種の結合配列のそれぞれの第一の部分がシード配列である、請求項1若しくは請求項2に記載の多標的干渉RNA分子。
- Yが、結合配列のそれぞれの第二の部分に少なくとも部分的に相補的であり、前記第二の部分が、該結合配列の前記第一の部分の5’端に隣接しかつそれと結合されている、請求項1ないし3のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- Sが8ないし15ヌクレオチドの長さのものである、請求項1ないし4のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- パッセンジャー鎖とガイド鎖の間の安定な二重鎖の形成を可能にするようにガイド鎖に少なくとも部分的に相補的であるパッセンジャー鎖をさらに含んでなる、請求項1ないし5のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- パッセンジャー鎖およびガイド鎖が相互に完全に相補的である、請求項6に記載の多標的干渉RNA分子。
- 1個若しくはそれ以上の末端オーバーハングを含んでなる、請求項1ないし7のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- オーバーハングが1ないし5ヌクレオチドよりなる、請求項8に記載の多標的干渉RNA分子。
- 結合配列が、異なる遺伝子構成で1種の予め選択された標的RNA分子に存在する、請求項1ないし9のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- 結合配列が、異なる遺伝子構成で最低2種の予め選択された標的RNA分子に存在する、請求項1ないし9のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- 予め選択された標的RNA分子の最低1種が非コードRNA分子である、請求項1ないし11のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
- 予め選択された標的RNA分子の最低1種がメッセンジャーRNA分子である、請求項1ないし12のいずれか1つに記載の多標的干渉RNA分子。
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US20120071539A1 (en) * | 2006-12-12 | 2012-03-22 | Emory University | Compounds and methods for modulating the silencing of a polynucleotide of interest |
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US20100112687A1 (en) * | 2007-03-02 | 2010-05-06 | Mdrna, Inc. | Nucleic acid compounds for inhibiting erbb family gene expression and uses thereof |
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US20080311040A1 (en) * | 2007-03-06 | 2008-12-18 | Flagship Ventures | METHODS AND COMPOSITIONS FOR IMPROVED THERAPEUTIC EFFECTS WITH siRNA |
WO2008137862A2 (en) | 2007-05-03 | 2008-11-13 | Rosetta Inpharmatics Llc | Methods of using mir34 as a biomarker for tp53 functional status |
EP2160191A4 (en) * | 2007-05-15 | 2011-06-29 | Johnson & Johnson Res Pty Ltd | SUPPRESSION OF VIRUSES INVOLVED IN A DISEASE OR RESPIRATORY INFECTION |
US20100022618A1 (en) | 2007-09-05 | 2010-01-28 | Dong Liang | Long interfering nucleic acid duplexes targeting multiple RNA targets |
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GB2468477A (en) * | 2009-03-02 | 2010-09-15 | Mina Therapeutics Ltd | Double stranded RNA molecule comprising siRNA and miRNA precursors |
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US20130023578A1 (en) * | 2009-12-31 | 2013-01-24 | Samyang Biopharmaceuticals Corporation | siRNA for inhibition of c-Met expression and anticancer composition containing the same |
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DK2794880T3 (en) * | 2011-12-22 | 2018-07-23 | Ionis Pharmaceuticals Inc | METHOD OF MODULATING METASTASE-ASSOCIATED-IN-LONG-ADENOCARCINOM TRANSCRIPT-1- (MALATE-1) EXPRESSION |
US9212363B2 (en) * | 2012-05-11 | 2015-12-15 | City Of Hope | RNAI molecules with non-watson crick pairing based on artificial mutation consensus sequences to counter escape mutations |
US10837014B2 (en) | 2012-05-16 | 2020-11-17 | Translate Bio Ma, Inc. | Compositions and methods for modulating SMN gene family expression |
AU2013262699A1 (en) | 2012-05-16 | 2015-01-22 | Rana Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for modulating ATP2A2 expression |
SG11201407486PA (en) | 2012-05-16 | 2014-12-30 | Rana Therapeutics Inc | Compositions and methods for modulating utrn expression |
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EP2850188A4 (en) | 2012-05-16 | 2016-01-20 | Rana Therapeutics Inc | COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODULATING THE EXPRESSION OF THE MULTIGENIC FAMILY OF HEMOGLOBIN |
US10059941B2 (en) | 2012-05-16 | 2018-08-28 | Translate Bio Ma, Inc. | Compositions and methods for modulating SMN gene family expression |
US10240162B2 (en) | 2012-05-24 | 2019-03-26 | A.B. Seeds Ltd. | Compositions and methods for silencing gene expression |
US9163235B2 (en) | 2012-06-21 | 2015-10-20 | MiRagen Therapeutics, Inc. | Inhibitors of the miR-15 family of micro-RNAs |
EP2895200B1 (en) | 2012-09-14 | 2019-11-06 | Translate Bio MA, Inc. | Multimeric oligonucleotide compounds |
US10683505B2 (en) | 2013-01-01 | 2020-06-16 | Monsanto Technology Llc | Methods of introducing dsRNA to plant seeds for modulating gene expression |
WO2014107763A1 (en) * | 2013-01-08 | 2014-07-17 | Benitec Biopharma Limited | Age-related macular degeneration treatment |
EP3604535A3 (en) | 2013-03-13 | 2020-04-22 | Monsanto Technology LLC | Methods and compositions for weed control |
BR112015022797A2 (pt) | 2013-03-13 | 2017-11-07 | Monsanto Technology Llc | método para controle de ervas daninhas, composição herbicida, cassete de expressão microbiano e método de produção de polinucleotídeo |
US10568328B2 (en) | 2013-03-15 | 2020-02-25 | Monsanto Technology Llc | Methods and compositions for weed control |
WO2015010026A2 (en) | 2013-07-19 | 2015-01-22 | Monsanto Technology Llc | Compositions and methods for controlling leptinotarsa |
EP3052632A4 (en) | 2013-10-04 | 2017-03-29 | Rana Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for treating amyotrophic lateral sclerosis |
AR098295A1 (es) | 2013-11-04 | 2016-05-26 | Monsanto Technology Llc | Composiciones y métodos para controlar infestaciones de plagas y parásitos de los artrópodos |
UA119253C2 (uk) | 2013-12-10 | 2019-05-27 | Біолоджикс, Інк. | Спосіб боротьби із вірусом у кліща varroa та у бджіл |
EP3116303B1 (en) | 2014-01-15 | 2020-07-22 | Monsanto Technology LLC | Methods and compositions for weed control using epsps polynucleotides |
WO2015148580A2 (en) * | 2014-03-25 | 2015-10-01 | Arcturus Therapeutics, Inc. | Una oligomers having reduced off-target effects in gene silencing |
JP6771387B2 (ja) | 2014-03-25 | 2020-10-21 | アークトゥラス・セラピューティクス・インコーポレイテッドArcturus Therapeutics,Inc. | 遺伝子サイレンシング用トランスサイレチン対立遺伝子選択的unaオリゴマー |
US9856475B2 (en) | 2014-03-25 | 2018-01-02 | Arcturus Therapeutics, Inc. | Formulations for treating amyloidosis |
EP3420809A1 (en) | 2014-04-01 | 2019-01-02 | Monsanto Technology LLC | Compositions and methods for controlling insect pests |
AU2015280252A1 (en) * | 2014-06-23 | 2017-01-12 | Monsanto Technology Llc | Compositions and methods for regulating gene expression via RNA interference |
EP3161138A4 (en) | 2014-06-25 | 2017-12-06 | Monsanto Technology LLC | Methods and compositions for delivering nucleic acids to plant cells and regulating gene expression |
AR101348A1 (es) | 2014-07-29 | 2016-12-14 | Monsanto Technology Llc | Composiciones y métodos para el control de pestes por insectos |
JP6726105B2 (ja) | 2014-12-15 | 2020-07-22 | 株式会社ボナック | TGF−β1発現抑制のための一本鎖核酸分子 |
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US10519447B2 (en) | 2015-04-01 | 2019-12-31 | Arcturus Therapeutics, Inc. | Therapeutic UNA oligomers and uses thereof |
CN107750125A (zh) | 2015-06-02 | 2018-03-02 | 孟山都技术有限公司 | 用于将多核苷酸递送至植物中的组合物和方法 |
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WO2017015671A1 (en) | 2015-07-23 | 2017-01-26 | Arcturus Therapeutics, Inc. | Compositions for treating amyloidosis |
US10556019B2 (en) * | 2015-08-21 | 2020-02-11 | Universitätsklinikum Jena | Human microRNAs for treatment of malignant tumours |
MX2019012986A (es) * | 2017-05-01 | 2020-08-06 | Donald Danforth Plant Science Center | Enfoque con arni para la protección de cultivos contra plagas. |
CN113544271A (zh) | 2019-02-27 | 2021-10-22 | Ionis制药公司 | Malat1表达的调节剂 |
CN117813380A (zh) * | 2021-06-23 | 2024-04-02 | 维萨梅布有限公司 | 用于调节诸基因表达的组合物和方法 |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050048529A1 (en) * | 2002-02-20 | 2005-03-03 | Sirna Therapeutics, Inc. | RNA interference mediated inhibition of intercellular adhesion molecule (ICAM) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA) |
AU2004266311B2 (en) * | 2001-05-18 | 2009-07-23 | Sirna Therapeutics, Inc. | RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA) |
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