JP2006514602A - 細胞侵入ペプチド - Google Patents

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Abstract

本発明は新規の細胞侵入ペプチド(CPP)を予測または設計し、検出し、および/または証明する方法、および前記CPPの使用法および/または細胞エフェクタの細胞内取り込みを改善するための前記CPPと公知CPPとの新規の組み合わせ使用にも関係する。さらに、本発明は細胞エフェクタ活性を模する、および/または細胞エフェクタ活性を阻害する新規の細胞侵入ペプチド(CPP)を予測または設計し、検出し、および/または証明するための方法にも関係する。本発明はさらに、前記CPPを使用して医学的障害を治療および/または予防し、または前記CPPを使用する医学的障害を治療する医薬組成物の製造にも関係する。

Description

本発明は新規の細胞侵入ペプチド(CPP)を予測または設計し、検出し、および/または証明する方法、および前記CPPの使用法および/または細胞エフェクタの細胞内取り込みを改善するために前記CPPと公知のCPPとの新規の組み合わせ使用にも関係する。さらに、本発明は細胞エフェクタ活性を模する、および/または細胞エフェクタ活性を阻害する新規の細胞侵入ペプチド(CPP)を予測または設計し、検出し、および/または証明するための方法にも関係する。本発明はさらに、前記CPPを使用して医学的障害を治療および/または予防し、または前記CPPを使用して医学的障害を治療する医薬組成物を製造することにも関係する。
種々の細胞エフェクタを細胞内に送達する多数の技術が開発されている。これらの技術の大部分はエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションのように侵襲的である。リポソーム被包化や受容体依存性エンドサイトーシス(細胞内取り込み)が比較的おだやかな方法であるが、それらは残念ながら重大な欠点、特に低い送達収率を示す。
細胞生物学における確立された視点から、親水性生体高分子の細胞インターナリゼーションは典型的エンドサイトーシス経路によってのみ実現し得ることが示されている。しかし過去10年間に数種のペプチドが見かけ上エネルギー非依存性経路によって真核細胞の細胞膜を通過して移動することが証明された。これらのペプチドは細胞侵入ペプチド(CPPs)と定義され、それらの分子量の数倍大きい分子量を有する生体高分子の細胞内送達のために上首尾に使用されている。(リンドグレン(M.Lindgren)ら、2000、細胞侵入ペプチド(Cell−penetrating peptides);TIPS、21巻、p.99−103)
これらの細胞侵入ペプチドを使用する細胞送達は従来の方法にまさる幾つかの利点を有する。それは非侵襲的、エネルギー非依存性であり、広範囲の細胞型において有効であり、全ての細胞に適用できる。さらに、幾つかの種類のCPPsでは細胞インターナリゼーションが37℃でも4℃でも同様に起こり、飽和することがないことが判明した。また大部分の場合に、そのインターナリゼーションはキラル受容体蛋白質を必要としないようにみえる。なぜならば光学異性的差別が認められないからである。
最近まで、細胞膜を破壊せずに親水性生体高分子を生体細胞の細胞質−および核コンパートメントに運搬することは遥かに遠くの目標であるように見えた。ポリペプチド類およびオリゴペプチド類は、生体膜透過性が低く、比較的速やかに分解するために、治療的価値は制限されると一般的に考えられていた。これは生医学的研究並びに製薬工業の両方において一つの障害である。
非常に重要な仕事であるとはいえ、さらにより困難なことは、親水性生体高分子を血液脳障壁を通過して送達することである。この関門を越えるために幾つかの方法が推奨された。にもかかわらずそれら全てに、その効果がある分子サブセットに限定されるとか、それらの収率が低すぎるなどの制限がある。しかし最近の報告は、CPPsが生体高分子を血液−脳障壁を通って運搬し得ることを示唆している。
エフェクタ類の所望の送達のためのもう一つの重要な領域は、核内輸入である。その際シグナル配列がある正電荷を担った(塩基性)残基を含まなければならないことは一般に知られている(モロイアヌ(Moroianu J.)J.Cell Biochem 1999)。このような帯電アミノ酸は細胞膜転位のためにも必要であるようにみえる。
今日では、細胞侵入ペプチド、CPPsの送達は知られている。数種のペプチドが見かけ上エネルギー非依存性経路によって真核細胞の細胞膜を経て転位することが証明された。こうして細胞侵入ペプチドは、ペプチド、蛋白質、オリゴヌクレオチド、アンチセンス分子など薬物学的に興味深い物質類の送達ベクターとして、並びに研究ツールとして使用できるかも知れない。
CPPsの中で特に興味深いのは、低い溶解(lytic)活性を有するペプチド類である。トロジャン・ペプチドとしても知られているこれら転位ペプチド(デロッシ(D.Derossi)ら、Trends Cell Biol.8(1998)p.84−87)は、インビボおよびインビトロの両方において、親水性生体分子および薬剤を細胞の細胞質−および核コンパートメントに送達するためのベクターとして利用された(リンドグレン(M.Lindgren)ら、Trends Pharmacol. Sci.21巻(2000)p.99−103)。それ自体の分子量の何倍も大きい分子量を有するポリペプチドおよびオリゴペプチドなどのカーゴと共有結合した場合でもこれらペプチドは転位することができる。
有用な運搬ペプチドの例は、ある種の転写因子のホメオドメインから誘導される配列、並びにシグナル配列をベースとしたいわゆるTat−誘導ペプチド類である。ホメオドメインから誘導された転位ペプチドの最初のものはpAntpと記載されるペネトラチンであった。これはドロソフィラのアンテナペディナ・ホメオドメイン蛋白質からの第三α−ヘリックス(残基43−58)の16残基に対応する配列を有する(デロッシら、J.Biol.Chem.269巻(1994)p.10444−10450;プロキアンツ(A.Prochiantz)、Ann.NY Acad.Sci.886巻(1999)p.172−179を参照されたい)。pAntpペプチドはその膜転位特性を保有し、そのため普遍的細胞内送達ベクターであると提唱されてきた(デロッシら、Trends Cell Biol.8巻(1998)p.84−87)。
純粋に合成されたペプチド、またはキメラ−ペプチドも文献に参照されるように(デロッシら、Trends Cell Biol.8巻(1998)p.84−87;リンドグレンら、Trends Pharmacol.Sci.21巻(2000)p.99−103)設計された。
非天然ペプチドなどのトランスポータンは、それ自体は3kDペプチドに過ぎないのに、約150kDaの分子量を有する抗体分子を細胞膜を経て送達することができる。トランスポータンおよびペネトラチンは非天然DNA類似体、PNA(ペプチド核酸)を培養細胞の細胞質および核内に送達することが証明された(プーガ(Pooga)ら、1998、Nature Biotech.)。
驚いたことに、疎水性部分に結合した際に細胞膜を通過して運搬できることが証明されたまた別の群のペプチドは、ペプドゥシンと呼ばれる修飾受容体、特にG蛋白質結合受容体である(WO0181408、クリオプロス(Kuliopulos)ら、を参照されたい)。7TM受容体の第三細胞内ループから誘導されるペプチドに疎水性部分を結合させると、前記キメラペプチド類の細胞内転位および受容体G−蛋白質シグナリングの完全アゴニストおよび/またはアンタゴニストの細胞内転位が起きることが発見された。これらペプドゥシンは膜侵入性、膜結合性キメラペプチドであり、活性をあらわすためにはそれらの同種受容体の存在を必要とし、受容体型に対して非常に選択的である。
驚くほどの運搬能力のために、CPPsは近年、科学的関心の的になったとはいえ、種々のCPPsの転位の最も基礎的なメカニズムはいまだに知られていない。例えば、転位を許す(エネルギー的に)ためには何らかの特別の二次構造、例えば同時に起きる一過性の膜不安定化などが誘導されなければならないのか否かはこの分野ではいまだに知られていない。しかしペプチド−膜相互作用の分子レベルでの詳細が転位プロセスのための基礎的重要事項であることは明らかである。
インターナリゼーションのメカニズムよび必要事項が両親媒性α−ヘリカルペプチドと脂質(二)層との相互作用に関して研究された。これらの研究結果のなかには、トリプトファンがペプチドのインターナリゼーションを起こすことを示唆するものが多い。しかし芳香族アミノ酸がCPP配列に優勢であるとはいえ、それらは細胞侵入に絶対に必要というわけではない。
細胞侵入能力とは別に、CPPs間に構造または挙動の相関関係はほとんど認められていない。したがって現在までCPPsは合理的方法では設計されず、偶然に発見されていた。しかしこれまでに公表されたCPPsの配列は唯一の共通的特徴として正の正味電荷を有し、これが所定のペプチド配列におけるCPP機能性を予測するための出発点となった。しかし正の正味電荷を有する配列が全て細胞侵入性ではあり得ないことは明らかであり、確実にCPPsを選択するためにはさらなる制限が必要であることが示唆される。
本発明は始めて、一揃いの新規の予測/選択クリテリアの適用によって特徴づけられる細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体を予測し、設計し、検出し、および/または証明するための新規の一般的原理を、任意に前記の発見されたCPPのインビトロおよび/またはインビボ細胞侵入能力の試験法と組み合わせて提供する。
本発明は、これまで疑いもなく非常に大きい困難を伴って、トライアルおよび誤差を繰り返しながら見いだされてきたCPP活性天然発生性ペプチドフラグメント類の、非常に効果的かつ正確な選択を容易にするだけでなく、そのような所望のCPPを新たに設計することを始めて全面的に可能にするものでもある。そのこと以上に、本発明は正しく予測された天然発生性CPPを、その細胞侵入効果を改善するようにまたはその細胞侵入能力を失うことなく第二の特殊な要求に合うように修飾することを始めて可能にするものである。
本発明は新規の予測/選択クリテリアの適用によって特徴づけられる細胞侵入ペプチド(CPP)および/またはその非ペプチド類似体を予測し、設計し、検出し、および/または証明するための方法に関係し、前記方法は任意に、前記発見されたCPPのインビトロおよび/またはインビボ細胞侵入能力の試験法と組み合わせられる。
したがって本発明の統一的局面は、細胞侵入アミノ酸フラグメントの確認法であって、前記配列のバルク特性値ZΣを評価することを含んでなる前記確認法に関係する。ZΣは少なくとも5個の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5は前記アミノ酸配列の残基のそれぞれの記述子値の平均値であり、下記の式で計算される

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子値であり、その際各残基の記述子値は記述子値スケールのZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応し、細胞侵入フラグメントは、実質的に個々の平均区間値、すなわちZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられる。
本発明の現在好ましい実施形態において、上記の選択クリテリアはさらに記述子区間を連続的に狭化するための3段階のシステムによって補強され、その際次の2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(例えばC、N、SおよびO)の数であり、hdbはアミノ酸の側鎖の受容水素結合の数をあらわす。
本発明はさらに、前記新規CPPの使用法および/または前記CPPに結合する細胞エフェクタの細胞内取り込みを改善するための公知のCPPの新規および改善された使用にも関係し、細胞エフェクタ活性自体を有する新規の細胞侵入ペプチド(CPP)を予測、検出、設計および/または証明するための方法にも関係する。さらに本発明は医学的障害を治療および/または予防するために、および/または医学的障害を治療する医薬組成物を製造するために前記CPPおよび/または改善された公知のCPPを使用することにも関係する。
本発明は始めて、新規の予測/選択クリテリアの使用によって特徴づけられる細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体を予測し、設計し、検出し、および/または証明するための新規の一般的原理を、任意に、新たなランダム配列または天然発生性蛋白質またはその非ペプチド類似体から誘導される前記発見されたCPPの細胞侵入能力をインビボおよび/またはインビトロで試験する方法と組み合わせて開示する。
細胞侵入ペプチド類の機能に対して有効なプレディクタの評価
大部分のペプチドの定量的構造活性関係(QSAR)の研究においては、一組の無次元値を用いてアミノ酸の物理的特徴の合成物をあらわす。典型的文献において、3数値、Z、ZおよびZがこの目的のために用いられる。最近、World and colleaguesはこの記述子セットに次の2つをさらに加えた:ZおよびZ;そして87の天然および非天然アミノ酸を網羅する記述子スケールを作成した(サンドバーグ(Sandberg,M.)、エリクソン(Eriksson,L.)、ジョンソン,J(Jonsson,J.)ショーストロム(Sj str m,M.)、およびワールド(World,S.);生物学的活性ペプチドの設計のために有効な新しい化学的記述子。87アミノ酸の多変数特徴づけ(New chemical descriptors relevant for the design of biologically active peptides.A multivariate characterization of 87 amino acids)、J.Med.Chem.41巻、2481(1998))。
本出願に記載される新規の方法は前記拡大QSAR記述子スケールを使用して任意の与えられた天然発生性ペプチドのCPP機能性を評価し、またはCPPを新たに設計することを含む。このように前記の新しい方法は、天然並びに非天然構造ブロックからなるCPPsの生成に速やかかつ確実な道をつけるものである。さらに、ここに開示される種々の物理的試験によるCPP取り込みの精密な定量は組織特異性のためのQSARモデルも可能にする。
Figure 2006514602
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表1Aに列挙した拡大記述子スケールを使用して、発明者らは4種類の公知の細胞侵入ペプチド(CPPs):トランスポータン、ペネトラチン、pVECおよびMAPについて、その配列のアミノ酸の総数を平均化した5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を組み立てた。
トレーニングセットから得られる下記の式で計算された、

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

前記アミノ酸配列中の残基類のそれぞれの記述子値の平均値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を表1Bに列挙する。
Figure 2006514602
結果として、発明者らは、ZΣバルク特性値に基づく細胞侵入アミノ酸フラグメントが、実質的に個々の平均区間数値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられることを確認できた。この際ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である。
したがって本発明は潜在的細胞侵入ペプチドを予測、検知および/または証明する最初の方法であって、蛋白質またはペプチドのアミノ酸配列を知り、少なくとも1つの候補フラグメントのアミノ酸配列を選択し、前記配列のバルク特性値ZΣを評価し、その際ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、その際ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は、式

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

で計算される、前記アミノ酸配列における残基類のそれぞれの記述子の数値の平均値であり、Zxresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子の数値であり、各残基の記述子の数値は表1Aに列挙したような記述子値スケールにおける記述子値Z、Z、Z、ZおよびZに対応し、ZΣバルク特性値に基づいて前記少なくとも1つの候補フラグメント(類)から細胞侵入フラグメントを確認することを含む前記方法を開示する。細胞侵入フラグメントは本発明においては実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられ、その際ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である。任意に前記確認されたペプチドまたは蛋白質および/または前記フラグメントの前記細胞侵入能力はインビトロおよび/またはインビボ法によってさらに証明される。
その上、細胞侵入活性をあらわすために所定のペプチドの必要な性質を始めて確認することによって、本発明は結果的に多数のCPPsを新たに設計することを可能にする;それらは必ずしも天然発生対応物をモデルにする必要はなく、その他の任意の所望パラメータを考慮して、例えばあるサイズ、所定のpH環境、体内における分解性、または所定の標的細胞/組織または器官に与える生物学的効果にしたがって設計できる。
本発明のまた別の現在好ましい実施形態において、上記の選択クリテリアはさらに、記述子区間を逐次的に狭くする三段階システムによって補強され、2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(C、N、SおよびO)であり、hdbはアミノ酸側鎖のための受け入れる水素結合の数をあらわす。
Figure 2006514602
補充された選択クリテリアはZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣBulkhaおよび正味水素結合授与(hdb)および平均hdb ZΣhdbを使用する。
Bulkhaはアミノ酸の側鎖の原子数として計算されるが、水素は数えない。例えばCH2CH2OH(セリン)ではBulkha=2*C+1*O=3である。前記アミノ酸配列中の残基類において、ZΣBulkhaはアミノ酸側鎖の、水素以外の原子数の平均値であり、式

ΣBulkha=(ZBulkhares1+ZBulkhares2・・・+ZBulkharesn)/n


で計算される。ZBulkharesyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれのBulkha値である。
hdbは側鎖の授与水素結合−受容水素結合として計算される。例えばN−−−Hは与え、C=Oは受容する。同じ組(セット)において水素結合の使用法は2つあり、総合(hdb)と平均(ZΣhdb)である。ZΣhdbは、前記アミノ酸配列中の残基類において、側鎖の授与水素結合−受容水素結合の数の平均値であり、下記の式によって計算される

Σhdb=(Zhdb res1+Zhdb res2・・・+Zhdb resn)/n
hdb resyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれのhdb値である。
前記三段階は記述子区間の逐次狭化を示す。これら段階のパフォーマンスは表11からわかる。つまり、段階が高ければ高いほど、予測されたCPPが“偽(false)"陽性である機会は低くなる。したがって段階3(2>)に入るアミノ酸配列は、その後in vitoまたはインビトロで試験した際、実質的に比較的高度な細胞侵入能力を表わすと期待される。
Figure 2006514602
陽性とはCPPトレーニングセットに対応し、陰性とは非機能的CPP類似体トレーニングセットに対応し、無関係(unrelated)とはホルモントレーニングセットに対応する。表12の“トレーニングセット"2を参照されたい。
Figure 2006514602
Figure 2006514602
Figure 2006514602
選択クリテリアの第一組について既述したように、ペプチドの数値は平均値である(ペプチド中のアミノ酸残基の数で割ったもの)。ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣBulkha、ZΣhdb
異なる段階の区間は:
3:好ましい:ZΣBulkha>3.1およびZΣBulkha<8.13、ZΣ1>−1.25およびZΣ1<3.52、ZΣ2>−3.9およびZΣ2<3.1、ZΣ3<−0.5およびZΣ3>−3.51、ZΣhdb>−0.115およびZΣhdb<5.1、およびhdb>0およびhdb<84。
2:より好ましい:ZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<5.9、ZΣ1>−1.25およびZΣ1<1.92、ZΣ2>−1.22およびZΣ2<1.29、ZΣ3<−0.5およびZΣ3>−1.94、ZΣhdb>0.28およびZΣhdb<2、およびhdb>5およびhdb<30。
1:最も好ましい:ZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<4.8、ZΣ1>−1.1およびZΣ1<1.92、ZΣ2>−1.1およびZΣ2<0、ZΣ3<−0.55およびZΣ3>−1.94、およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<1.57、およびhdb>7およびhdb<25。
思いがけなく発見された数種のCPPs、例えばトランスポータン、ペネトラチンおよびtatなどで証明されたように、元の配列を短縮しても活性CPPは与えられる。これは、以前に発見されたCPPsが運搬体“モータ"として作用する、より短い配列を含むことを示唆する。これを考慮すると、本発明の第二の局面は、あるペプチドまたはペプチドのより短いフラグメント、例えば公知CPPからのフラグメントなどの細胞侵入特性をチェックする方法であって、そのペプチドのアミノ酸配列を得る段階、前記配列のバルク特性値ZΣを評価する段階であって、その際ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は前記アミノ酸配列の残基のそれぞれの記述子値の平均値であり、下記の式で計算され

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子値であり、その際各残基の記述子値は表1Aに列挙される記述子値スケールのZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応する前記段階、および前記ペプチドの細胞侵入特性をそのZΣバルク特性値に基づいてチェックする段階であって、その際細胞侵入フラグメントは実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値によって特徴づけられ、ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である段階、前記確認された細胞侵入ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドを合成または分離する段階、および任意に、合成または分離されたペプチドの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボ法によって証明する段階を含んでなる方法に向けられる。ここで再び任意に、上記の選択クリテリアを記述子の区間を逐次狭くするための三段階システムによって補強することができ、その際上記のように2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(C、N、S、およびO)の数であり、hdbはアミノ酸の側鎖の受容水素結合の数を示す。
本発明には、細胞侵入ペプチドおよび機能的蛋白質模擬ペプチドを生産する次の諸段階を含んでなる方法も含まれる:実質的に、対象とする機能的蛋白質を選択し、前記選択された蛋白質のアミノ酸配列を決定し、前記蛋白質の細胞内部分に対応する少なくとも1つの候補フラグメントのアミノ酸配列を選択し、前記配列のバルク特性値ZΣを測定し、その際ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は前記アミノ酸配列の残基のそれぞれの記述子値の平均値であり、下記の式で計算され

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子の値であり、その際各残基の記述子の値は表1Aに列挙される記述子値スケールのZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応し、および前記少なくとも1つの候補フラグメント(類)からの細胞侵入フラグメントをそのZΣバルク特性値に基づいて確認し、その際細胞侵入フラグメントは、実質的に、ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられる。最後に、前記確認された細胞侵入ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドを合成または分離し、任意に、前記合成または分離されたペプチドの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボの方法によって証明する。また任意に、記述子の区間を逐次狭くするための三段階システムによって上記の選択クリテリアを補強することができ、上記のように次の2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(C、N、S、およびO)の数であり、hdbはアミノ酸の側鎖の受容水素結合の数を示す。
また別の好ましい実施形態において、本発明はCPPペプチドまたはフラグメントを新たに設計および生産することを含み、その際前記フラグメントが天然に発生するCPPに類似していてもよいし、および/または天然に発生する細胞エフェクタペプチドを模するように設計してもよく、または、主として所定の長さのランダムアミノ酸配列の予測細胞侵入能力を考慮して前記フラグメントを実質的にランダムに設計してもよく、その方法は前記配列のアミノ酸配列を設計し、前記配列のバルク特性値ZΣを評価する工程を含み、その際ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は前記アミノ酸配列の残基類のそれぞれの記述子値の平均値であり、下記の式で計算され

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子の値であり、各残基の前記記述子値は表1Aに列挙される記述子値スケールのZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応するものであり、前記ペプチドの細胞侵入特性をそのZΣバルク特性値に基づいてチェックし、その際細胞侵入フラグメントは実質的に、ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられ、さらに前記確認された細胞侵入ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドを合成または分離し、および任意に、合成または分離されたペプチドの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボの方法によって証明する諸工程を含む。また、任意に、記述子の区間を逐次狭くするための三段階システムによって上記の選択クリテリアを補強することができ、その際上記のように次の2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(C、N、S、およびO)の数であり、hdbはアミノ酸の側鎖のための受容水素結合の数を示す。
本発明のまた別の同様に好ましい実施形態は、人工的細胞侵入ペプチドおよび/または人工的細胞侵入ペプチドおよび機能的蛋白質模擬ペプチドの製法であって、少なくとも1種類の人工的ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントを設計し、前記人工的ペプチドまたはペプチドフラグメントのアミノ酸配列のバルク特性値ZΣを評価し、その際ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は前記アミノ酸配列の残基類のそれぞれの記述子値の平均値であり、下記の式で計算され

ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・+Zxresn)/n

xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子の値であり、各残基の前記記述子の値は表1Aに列挙される記述子値スケールのZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応するものであり、前記人工的ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントの細胞侵入特性をそのZΣバルク特性値に基づいてチェックし、その際細胞侵入フラグメントは、実質的に、ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値によって特徴づけられる諸工程を含む製法に関係する。この製法はさらに、細胞侵入性であることが確認されたアミノ酸配列を含む前記ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントを合成し、任意に、その合成されたペプチドおよび/またはペプチドフラグメントの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボの方法によって証明することも含む。また任意に、記述子の区間を逐次狭くするための三段階システムで上記の選択クリテリアを補強することができ、その際上記のように次の2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(C、N、S、およびO)の数であり、hdbはアミノ酸の側鎖の受容水素結合の数を示す。
本発明の範囲において、細胞侵入フラグメントは、最も好ましくはZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられる。本発明のまた別の実施形態において、前記個々の平均値は、ZΣ1<0.3、例えばZΣ1<0.21、ZΣ1<0.22、ZΣ1<0.23、ZΣ1<0.24、ZΣ1<0.25、ZΣ1<0.26、ZΣ1<0.27、ZΣ1<0.28、またはZΣ1<0.29;
Σ2<1.2、例えばZΣ2<1.11、ZΣ2<1.12、ZΣ2<1.13、ZΣ2<1.14、ZΣ2<1.15、ZΣ2<1.16、ZΣ2<1.17、ZΣ2<1.18、またはZΣ2<1.19;
Σ3<−0.39、例えばZΣ3<−0.4、ZΣ3<−0.41、ZΣ3<−0.42、ZΣ3<−0.43、ZΣ3<−0.45、ZΣ3<−0.46、ZΣ3<−0.47、ZΣ3<−0.48;
Σ4<0.43、例えばZΣ4<0.34、ZΣ4<0.35、ZΣ4<0.36、ZΣ4<0.37、ZΣ4<0.38、ZΣ4<0.39、ZΣ4<0.4、ZΣ4<0.41、またはZΣ4<0.42;
Σ5<1.05およびZΣ5>0.22、例えばZΣ5<1.04およびZΣ5>0.21、ZΣ5<1.03およびZΣ5>0.20、ZΣ5<1.02およびZΣ5>0.19、ZΣ5<1.01およびZΣ5>0.18、ZΣ5<1.00およびZΣ5>0.17、ZΣ5<0.99およびZΣ5>0.16、ZΣ5<0.98およびZΣ5>0.15、ZΣ5<0.97およびZΣ5>0.14、またはZΣ5<0.96およびZΣ5>0.13;
を含むことができる。
現在好ましい実施形態において、前記細胞侵入フラグメントはその他にまたはその代わりに、実質的に下記に示す個々の平均区間値からなる上記のような記述子値によって特徴づけられる:最も好ましくはZΣBulkha>3.1およびZΣBulkha<8.13、およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<3.52、ZΣ2>−3.9およびZΣ2<3.1、ZΣ3<−0.5およびZΣ3>−3.51、およびZΣhdb>−0.115およびZΣhdb<5.1、およびhdb>0およびhdb<84であり;またはZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<5.9、およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<1.92、およびZΣ2>−1.22およびZΣ2<1.29、およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−1.94、およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<2、およびhdb>5およびhdb<30であり、
最も好ましくは;ZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<4.8、およびZΣ1>−1.1およびZΣ1<1.92、およびZΣ2>−1.22およびZΣ2<0、およびZΣ3<−0.55およびZΣ3>−1.94、およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<1.57、およびhdb>7およびhdb<25である。
さらに、本発明の方法によって見いだされ、設計されおよび/または証明されたCPPの配列の任意の保存的変異体および本発明の方法によって見いだされ、設計されおよび/または証明されたCPPの任意の細胞膜侵入類似体は前記CPPとの機能的関連性によって、本発明の範囲内であると考えられる。
本発明の範囲において、ある配列の保存的変異体とは、異なる種の間で同じアミノ酸配列の変異体を比較した際に少なくとも70%、例えば75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%保存されているアミノ酸配列と定義される。ある変異体の保存程度は当業者には公知のように、そのPAM誘導によって計算でき(デイホフ(Dayhoff)、シュワルツ(Schwartz)およびオルカット(Orcutt)(1978)、Atlas Protein Seq.Struc.5巻:p.345−352)、またはヘニコフ(Henikoff)およびヘニコフ(1992)のProc.Natl.Acad.Sci.USA 89巻(22号):p.10915−9に記載されるようにブロック(Blocks)データベースから誘導される配列ブロックの比較に基づいて計算できる。
保存的置換は例えば下の表17によって行われる。第二欄の同じブロック中、およびより好ましくは第三欄の同じラインのアミノ酸が互いに置換される:
Figure 2006514602
このような置換は非天然アミノ酸によっても行われ;アルファ*およびアルファ−二置換*アミノ酸、N−アルキルアミノ酸*、乳酸*、天然アミノ酸のハリド誘導体、例えばトリフルオロチロシン*、p−Cl−フェニルアラニン*、p−Br−フェニルアラニン*、p−I−フェニルアラニン*など、L−アリル−グリシン*、β−アラニン*、L−a−アミノイソ酪酸*、L−g−アミノ酪酸、L−a−イソ酪酸、L−e−アミノカプロン酸#、7−アミノヘプタン酸*、L−メチオニンスルフォン#*、L−ノルロイシン*、L−ノルバリン*、p−ニトロ−L−フェニルアラニン*、L−ヒドロキシプロリン#、L−チオプロリン*、フェニルアラニン(Phe)のメチル誘導体、例えば4−メチル−Phe*、ペンタメチル−Phe*など、L−Phe(4−アミノ)#、L−Tyr(メチル)*、L−Phe(4−メチル−イソプロピル)*L−Tic(1、2、3、4−テトラヒドロイソキノリン−3−カルボン酸)*、L−ジアミノプロピオン酸#およびL−Phe(4−ベンジル)*。記号*はここでは誘導体の疎水性を示し、#は誘導体の親水性を示す。#*は両親媒性を示す。
変異体アミノ酸配列は配列の任意の2アミノ酸残基の間に挿入できる適切なスペーサ基を含むことができる。それらにはグリシンまたはb−アラニン残基のようなアミノ酸スペーサに加えて、メチル、エチルまたはプロピル基などのアルキル基が含まれる。その他の変異型には、当業者には公知のように、ペプトイド型の1個以上のアミノ酸残基の存在が含まれる。念のために、“ペプトイド型"とは、a−炭素置換基がα−炭素ではなく、むしろその残基の窒素原子上に存在する変異アミノ酸残基を指す用語である。ペプトイド型のペプチドの製法は当業者には公知である。例えばシモン(Simon RJ)ら、PNAS(1992)89巻(20号)、9367−9371ページおよびホーウエル(Horwell DC)、Trends Biotechnol.(1995)13巻(4号)、p.132−134を参照されたい。
本発明のペプチド類は実質的に分離された型である。ペプチドは、そのペプチドの意図する目的を妨害しない担体または希釈剤と混合することができ、それでも実質的に分離されていると見なされることは当然である。本発明のペプチドは実質的に精製した形でもよい;その場合、製剤中の蛋白質の90%以上、例えば95%、98%または99%が本発明のペプチドであるように、そのペプチドまたはそのペプチドのフラグメントが製剤中に含まれるのが普通である。
さらに、実質的に個々の平均区間値(ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12)からなるZΣバルク特性値を有することによって、または段階1、2、または3に適合することによって特徴づけられ、本発明の方法によって上記のように評価され、検出され、設計されおよび/または証明されたCPPのアミノ酸配列と少なくとも70%、例えば少なくとも72%、75%、77%、80%、82%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%一致する任意のアミノ酸配列も本発明の範囲内であると考えられる。
基準アミノ酸配列に例えば少なくとも95%一致するアミノ酸配列を有するポリペプチドとは、そのアミノ酸配列が、基準アミノ酸配列の100アミノ酸につき5までの点突然変異を含むことを除けば、基準配列に一致することを意味する。言い換えれば、基準アミノ酸配列に少なくとも95%一致するアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、基準アミノ酸配列の5%までのアミノ酸が欠失したり、その他のアミノ酸で置換されてもよく、または基準配列中の総アミノ酸の5%までの数のアミノ酸が基準配列に挿入されてもよい。基準配列のこれらの突然変異は基準アミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置、またはこれらの末端位置間の任意の位置に起こり、基準配列中のアミノ酸内に個々に、または基準配列内の連続基の1つ以上に点在することができる。
本発明において、同一性を確認するには局所アルゴリズムプログラムが最も適している。(スミス−ウォーターマン(Smith−Waterman))のような局所アルゴリズムプログラムはある配列における結果を第二配列における結果とを比較し、全体的最大類似スコアを与える結果の組み合わせおよびこれら結果の整合性を見いだす。内部ギャップは、もしあるならばペナルティを課す。局所アルゴリズム作業は、単一ドメインを有するか、または共通の1つの結合部位を有する2つのマルチドメイン蛋白質を比較するために適する。
同一性および類似性を決定する方法は一般に使用できるプログラムにコード(体系化)されている。2つの配列の同一性および類似性を決定する好ましいコンピュータプログラムの方法には、非制限的に、GCGプログラム・パッケージ(デヴェロー(Devereux,J)ら、Nucleic Acid Research 12巻(1号):387ページ(1984))、BLASTP、BLASTN、およびFASTA(Altschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215巻:p.403−410(1990))などがある。BLASTXプログラムはNCBIおよび他のソースから一般的に提供される(BLAST Manual、Altschul,S.F.ら、NCBI NLM NIH、ベセスダ、メリーランド、20894;アルトシュル(Altschul,S.F.)ら、J.Mol.Biol.215巻;p.403−410(1990))。各配列分析プログラムは既定のスコアリングマトリックスおよび既定のギャップ・ペナルティを有する。概して、分子生物学者は使用するソフトウエア・プログラムによって確立された既定値設定を使用すると予想される。
本発明に関連して、アミノ酸はアミノ(−NH)およびカルボキシル(−COOH)基を含む任意の有機化合物である。アミノ酸はL−型でもD−型でもよい。現在、mRNAのリボソーム翻訳中に蛋白質を合成する公知のコーデドα−アミノ酸が22種類ある。それに加えて、非常に多数の非コーデドアミノ酸が定常的にあらわれており、そのうちの56例が表1Aに示される。コーデドおよび非コーデドアミノ酸は、本発明に含まれるアミノ酸配列、ペプチドフラグメント類、ペプチド類、蛋白質類および/またはポリペプチド類の一部であることは当然である。
本発明に関連して、アミノ酸配列とはペプチドフラグメント、ペプチド、蛋白質またはポリペプチド中に精確に決められた順序で線状に配列するアミノ酸(コーデドおよび/または非コーデドアミノ酸を両方含む)である。
用語“非ペプチド類似体"は、本発明に関連して、少なくとも1つの非コーデドアミノ酸を含み、および/または主鎖修飾を有し、その結果ペプチド結合(すなわち1つのアミノ酸のカルボキシル基と他のアミノ酸のアミノ基との間に形成されるCO−NH結合)のないアミノ酸配列を生成する、任意のアミノ酸配列である。
さらに、本発明のアミノ酸配列はアミド化されていてもよく、遊離酸として生成してもよい。
異なる特性のリポータ基、例えばビオチンおよび種々のフルオロフォア類、例えばフルオレセイン、アミノ安息香酸およびローダミン類など、を予測CPPに結合させて、その細胞転位および効率を推定することができる。
本発明は新規のCCPおよび/または公知ではあるが改善されたCCPの細胞侵入能力を効率的に速く、確実に証明するための、および広範囲の種々のCCPsの細胞内取り込みをインビトロおよびインビボでスクリーニングするための方法を開示する。本発明は一実施形態において、細胞をペプチドおよび/またはペプチドフラグメントに曝露した後に前記ペプチドの前記細胞内への取り込み率をモニターすることによって、前記ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントの細胞侵入能力を証明する方法に関係する。特に適切な実施形態において、本発明は、CCPそれ自体を蛍光検出マーカーなどの追跡可能マーカーに結合させ、細胞内取り込みが起きた後に標的細胞を免疫組織学的に染色することによって前記マーカーが検出できるという方法に関係する。
これらの方法の例証的例は実施例10および実施例16に記載される。
したがって本発明の一つの局面は、広範囲の種々のCCPsの細胞内取り込みをインビトロでスクリーニングする方法であって、細胞をガラスカバースリップ上で、適切な、例えば50%密度にまで増殖させ、その後培地を変えて無血清にし、ビオチニル化ペプチド溶液を加えるという方法を含む。細胞をその後インキュベートし、洗い、固定し、そのペプチドを例えばアビジン−FITC、またはストレプトアビジン−TRITCで染色して可視化し、細胞の核を例えばヘキストで対染色する。蛍光顕微鏡で画像を生成し、評価するのが好ましい。
用語、ペプチドの“細胞侵入能力"とは、以後、細胞膜を経て真核細胞および/または原核細胞の細胞質および/または核コンパートメント、例えば細胞形質、核、リソソーム、小胞体、ゴルジ装置、ミトコンドリアおよび/または葉緑素、などに見かけ上エネルギー非依存的に転位する能力、と同意義に用いられる。追加的に、用語、ペプチドの“細胞侵入能力"は本発明のある局面においては、細胞貫通または膜貫通輸送と同意義にも用いられ、したがって、腸/頬系の上皮などの上皮膜、口腔、肺、直腸または鼻の粘膜、または哺乳動物の血液−脳障壁を通過する転位能力も表す。
本発明により細胞侵入能力をあらわす検出された、または新たに設計され、証明されたペプチドは、本発明に関連して“細胞侵入ペプチド(CPP)"と定義され、例えば、それ自体の分子量より数倍大きい分子量をもつポリペプチドおよび/またはオリゴヌクレオチドなどの生体高分子を細胞内に送達するために使用できる。
概して細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体を使用する細胞内送達は非侵襲的、エネルギー非依存的であり、広範囲の細胞型および/または非常に種々様々のカーゴにとって効率的であり、全ての細胞に適用でき、飽和せず、受容体非依存性である。
本出願に開示される方法によって見いだされるかまたは新たに設計され、および/または証明されたCPPsは親水性生体高分子を生体細胞および/または微生物の細胞質および核コンパートメントに、細胞膜を恒久的に破壊することなく輸送するのに有用であり、血液−脳障壁を介して親水性生体高分子を送達し、共役オリゴペプチドおよびオリゴヌクレオチドおよび薬剤類の細胞内輸送を可能にするために有用である。
こうして本発明に関連して、細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体が任意の薬物学的に興味深い物質、例えばペプチド、ポリペプチド、蛋白質、低分子物質、薬剤、モノヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アンチセンス分子、二本鎖並びに一本鎖DNA、RNAおよび/または任意の人工的または部分的人工的核酸、例えばPNA、の送達ベクターとして、並びに、タグやマーカーなど送達のための研究ツールとしておよび/または膜ポテンシャルおよび/または特性を変化させるための研究ツールとして使用できる。
したがって本発明によって見いだされまたは設計および/または生産されるCPPは親水性生体分子および/または薬剤を細胞および/または組織の細胞質および核コンパートメントに送達するためのベクターとしてインビボおよびインビトロの両方に用いられる。
CPP自体の分子量より何倍も大きい分子量を有する任意のペプチド、ポリペプチド、蛋白質、低分子物質、薬剤、ポリペプチドおよびオリゴペプチドを含むカーゴ(cargo)と共有結合した場合でも、CPPは転位することができる。
その上、CPPはそれ自体細胞内および/または細胞外エフェクタ活性を示し、細胞侵入機能的蛋白質模擬ペプチドとして働くことができ、または新たに設計され、新しい予想もできない機能をあらわすことがある。
天然に発生する細胞エフェクタから生成し、標的細胞に転位した後その本来のカウンターパートの生物学的活性を実質的に保持することが判明している多くの種々の分子類が技術的分野に存在する(クリオパルス(Kuliopulos)ら、WO0181408;またはコヴィク(Covic)ら、2002、PNAS 99巻などを参照されたい)。それにもかかわらず、これらの中でCPPでもあり同時に生物学的エフェクタでもあるものは一つもない。一般的に、短縮ペプチドが公知のCPPに、または疎水性部分に結合し、したがって種々の中間的合成工程および費用のかかる複雑な製法が必要である。
本発明に関連する細胞侵入性機能的蛋白質類似ペプチドはその本質的CPP能力のために、ホスト細胞に取り込まれ、ひとたびホスト細胞内に入ると、そのペプチドを発生した本来の蛋白質またはペプチドの活性を模する活性をあらわし、或いはそのペプチドの設計の目標となったすぐれた蛋白質またはペプチドの活性を模する活性をあらわす。そのため細胞侵入性機能的蛋白質様ペプチドは、それが由来する活性化機能的蛋白質と類似して、“それ自体がエフェクタ活性を有し、内部および/または外部シグナリング経路および/またはカスケードを活性化または不活性化するCPP"と定義される。したがってそれは細胞侵入能力も、エフェクタおよび/または機能的蛋白質模擬活性も有すると特徴づけられる。
細胞エフェクタは本明細書では細胞内および/または細胞外エフェクタであり、本発明に関連して、収縮、分泌、電気インパルス、または細胞内および/または細胞外シグナリング・カスケードの活性化または不活性化などの細胞効果を生み出す構造、または前記エフェクタによる刺激に応えてmRNAおよび/または蛋白質の細胞レベルのアップレギュレーションを誘発する構造と定義される。典型的エフェクタは本発明に関連して、代謝産物、アンタゴニスト、アゴニスト、受容体・リガンド、受容体結合蛋白質、活性化受容体、酵素インヒビタ、アクチベータ/インアクチベータおよび/またはスティミュレータ、キナーゼ、ホスファターゼ、エンハンサ、またはサイレンサ、転写因子、トランスポータおよび/またはトランスミッタ、ホルモン、チャンネル、イオン、プリオン、およびウィルス蛋白質からなる群から選択される。
本発明の方法によって見いだされ、証明される典型的CPPは非常に種々様々の蛋白質および/またはペプチドから誘導することもできるし、これらに似るように設計してもよい。一実施形態において、前記蛋白質および/またはペプチドは膜貫通蛋白質であり、また別の実施形態においてはそれは膜非結合性蛋白質でもよい。
したがって本発明の一つの局面は、転写因子から誘導された、本発明による方法によって見いだされ、証明された細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド、または転写因子、または少なくとも転写因子の機能的フラグメントに酷似するように設計された細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチドに関係する。
このため、本発明の好ましい実施形態は本発明による方法によって、そして上記のように見いだされ、証明される、配列番号18399−31839に含まれる任意のCPPに関係し、その際各CPPは天然に発生する転写因子から誘導される。
しかし現在のところ、本発明の方法によって見いだされ、証明されるCPPが膜関連性受容体または受容体アゴニストおよび/またはアンタゴニストのような、膜貫通蛋白質から誘導され、または前記膜貫通蛋白質に似るように設計されることが最も好ましい。細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチドはこの実施形態ではマクロファージ関連性受容体から誘導されるか、膜関連性受容体、または少なくとも膜関連性受容体のフラグメントに酷似するように設計されるのがより好ましい。
多くのG−蛋白質結合受容体で見いだされるように、それらの細胞内ループから誘導される幾つかの合成ペプチドは膜標本における受容体−G−蛋白質相互作用に影響を与える。例えば本発明の非常に好ましい実施形態において、前記細胞侵入機能的蛋白質模擬ペプチドは蛋白質ファミリに属するような哺乳動物受容体から誘導され、またはこれら哺乳動物受容体に似るように設計される。これら受容体はそれらの膜構造および機能に基づいて分類され、チャンネル受容体、チロシンキナーゼ受容体、グアニレートシクラーゼ受容体、セリン/スレオニンキナーゼ受容体、サイトカイン受容体、およびグアノシン三燐酸(GTP)結合蛋白質(G−蛋白質結合受容体類:GPCRs)を含む。
GPCRsは本発明に関連して、7個の膜貫通ドメイン、3個の細胞外ループ(e1、e2、e3)および4個の細胞内ループ(i1、i2、i3、i4)を有すると定義づけられる。細胞侵入性機能的蛋白質様ペプチドはこうして前記受容体の細胞内または細胞外ループのどちらかのループのフラグメントから誘導され、またはそれに似るのが好ましい。
さらにより好ましい実施形態において、前記細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチドはGLP−1受容体、AT1A受容体、CGRP受容体、およびドーパミンー2受容体からなる群から誘導されるか、この群に似るように設計される。
それにもかかわらず、細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチドはその他の任意の細胞エフェクタ、例えば酵素、チャンネル、ホルモン、転写因子、受容体アゴニストまたはアンタゴニスト、トランスポータ、またはリガンドなどから同様に誘導され、例えば類似の血小板活性化因子(PAF)、CGRP、甲状腺刺激ホルモン(TSH)、黄体ホルモン(LH)または卵胞刺激ホルモン(FSH)から誘導されることができ、またはこれらに似ていてもよい。
上記の一般的例は実施例13に記載されている。そこでは24のペプチドがAβ−産生に関係すると考えられる種々のセクレターゼから誘導されるペプチド・フラグメントに似るように合成される。本発明に特に含まれるペプチド配列は配列番号31840−31864として列挙され、セクレターゼ/APPのコンセンサス配列に結合する能力を含むペプチドであって天然発生性セクレターゼ結合と競合し、同時に細胞侵入性でもあるペプチドを産生する目的で、種々のセクレターゼから誘導される。
上記のように、CPPは受容体活性化リガンド、または受容体の内部ループまたは膜貫通ループから生成してもよいし、またはそれに似るように設計することができ、したがって内部活性化/抑制特性を有するが、単にカーゴを膜を経て運搬するだけでもよい。したがって本発明に関連して、CPPsは2つの群に分けられる:
a.機能的蛋白質模擬CPPs
b.カーゴ運搬CPPs
勿論、a)に属するCPPは大部分の場合カーゴ運搬も可能で、有用であることは当然である。
上記の新規の輸送ペプチドまたは、誘導されまたは類似のその他の任意の受容体は、普遍的運搬ペプチド、機能的蛋白質模擬CPPs、並びにカーゴ運搬CPPsであり、種々の細胞エフェクタ、例えばペプチド、蛋白質、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドのような、細胞内および/または細胞外代謝的およびシグナリングメカニズムの一般的修飾体を細胞内に送達するために、および/または抗生物質および/または抗ウィルス剤を細胞および微生物内に送達するために使用できる。
下記は本発明による方法で検出または設計され、証明された種々のCPPsを説明する。本出願に開示された種々の方法で始めて検出または設計され得る潜在的CPPsの規模の大きさを考えれば、本出願に示される特異的かつ新規のCPPsの選択および公知のCPPsの改良使用は例示的に過ぎず、決して完全に網羅するものでないことは当然である。
本出願による方法によって検出され、証明されたCPPsに関する実施例が実験の部に挙げられているが、これらも例証的であるに過ぎず、決して網羅するものではない。
本出願に記載される参考文献は組み込まれているものと考えられる。
受容体誘導CPPs:
本発明の好ましい一実施形態は、グルカゴン様ペプチド1受容体、GLP−1受容体、から誘導される新規の合成ペプチド:GOPを含む(実施例5に詳細に記載される)。新規のCPPはGLP−1受容体の作用の強力な模擬体として作用する、すなわちそれはラットおよびヒト膵島と共にインキュベートした際にインスリン放出を高める。さらに、このペプチドおよびその細胞膜侵入類似体は、細胞と共にインキュベートした際細胞内に局在し、GLP−1受容体蛋白質作用のアゴニストの模擬体として作用することができる。したがってそれらは非インスリン依存性真性糖尿病、NIDDMの治療、および概してI型およびII型糖尿病の両方の治療に有効な強力な潜在的候補となる。
したがって本発明の一つの特殊な局面は、アミノ酸配列IVIAKLKA(GOP)、この配列の保存的変異体およびその細胞侵入類似体を含む、または実質的にこれらからなるペプチド類からなる群から選択されるペプチドに向けられる。
ラットGLP−1受容体または前記受容体に似るように新たに設計された、GOP−6(これは完全に新しく設計された配列であり、全アミノ酸がD−型である)のようなまたはGOP−8(これは全アミノ酸がN−メチル化されている)のような、実施例5に記載されるペプチドGOPの細胞侵入類似体は表8に配列番号31865−31886として示され、例えばその他の哺乳動物種または同じ種の個々の変異体からの対応するペプチドでもよく、したがってそれらが細胞侵入特性/能力を有する限り、ペプチドGOPのアミノ酸配列に関してアミノ酸伸長、欠失または置換を有することができる。本発明の範囲内であるこの種類の細胞侵入ペプチドの代表的例はIVIAKLKANLMCKTCRLAK−アミド(M569)である。GOPの前記類似体の細胞侵入特性は当業者に公知の、または実施例2または16に説明されるような種々の標準的方法によって容易に試験することができる。
上記の新規の運搬ペプチド、またはその他の任意の誘導されたまたは類似させたCPPは、普遍的運搬ペプチド、機能的蛋白質模擬CPPs、並びにカーゴ運搬CPPsであり、種々の細胞エフェクタ、例えばペプチド、蛋白質、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドのような、細胞内および/または細胞外代謝的およびシグナリングメカニズムの一般的修飾体を細胞内に送達するために、および/または抗生物質および/または抗ウィルス剤を細胞および微生物内に送達するために使用できる。
本発明のその他の局面は薬剤、特に非インスリン依存性真性糖尿病におけるインスリン不全を治療するための薬剤として使用するための上に開示された本発明のCPPに向けられる。したがって、その他の任意の受容体誘導性CPPは前記CPPが由来する受容体に関係する任意の疾患または異常状態を治療する薬剤として使用できることはもちろんである。一般的にはこのような疾患はI型およびII型糖尿病などの代謝疾患、神経性疾患例えばアルツハイマー病、ハンチントン舞踏病、パーキンソン病、うつ病、不安など、発癌性疾患、潰瘍、薬物嗜癖および乱用症状、感染症、炎症、痛み、免疫学的疾患または免疫学的異常、例えば喘息およびアレルギー、免疫学的抑制、免疫学的過機能、または自己免疫病からなる群から選択される。
前記CPPがG蛋白質−結合受容体から誘導されまたはG蛋白質−結合受容体を模するように設計される現在好ましい実施形態において、前記CPPは、中毒性甲状腺過形成(突然変異甲状腺刺激ホルモン(TSH)受容体)、色素性網膜炎(突然変異ロドプシン)、性早熟症(突然変異黄体ホルモン(LH)受容体)、低カルシウム血症(突然変異Ca2+受容体)およびヤンセン骨幹端軟骨異形成症(突然変異副甲状腺ホルモンおよび副甲状腺ホルモン関連ペプチド(PTH/PTHrp)受容体)などを含む発癌性を有する疾患を治療するための医薬組成物の製造にも使用される。さらに、前記組成物はGPCRsの不活性化と関連する病変、例えば伴性腎性尿崩症(バソプレッシンV2受容体)、家族性グルココルチコイド欠乏症(副腎皮質ホルモン(ACTH)受容体)、出血性疾患(トロンボキサンA受容体)、男性仮性半陰陽(LH受容体)、家族性低カルシウム尿性高カルシウム血症、新生児副甲状腺機能亢進症(Ca2+受容体)またはヒルシュスプルング病(エンドテリンB受容体)などの、GPCRs不活性化に関係する病変の治療にも使用できる。
本発明のさらにまた別の局面は非インスリン依存型新生糖尿病の患者のインスリン欠乏を治療する方法であって、前記患者にインスリン放出を高める量の本発明によるペプチド、または本発明による医薬組成物を投与する段階を含む前記方法に向けられる。インスリン放出を高める量はメーカーからの指針および患者の反応を見て、主治医が決める。
本発明のさらに別の局面は、活性成分として本発明によるペプチドを薬物学的に容認されるビヒクルと共に含む医薬組成物、および患者のインスリン欠乏を治療および/または予防するための医薬組成物の製造における本発明によるペプチドの使用に向けられる。ビヒクルは所望投与経路に基づいて、製造者によって選択される。適切なビヒクルの例は、米国または英国薬局方に見い出される。
また別の非常に好ましい実施形態において、本発明は新規の血管収縮剤、より正確に言えばアンジオテンシン1A受容体の細胞内C−末端から誘導される合成ペプチドに関係する。そのペプチドは機能的模擬CPPであり、異なる起源の心臓冠状血管の収縮を促進する。
本発明に関係するCPPはAT1A受容体から誘導され、その受容体の第三および/または第二細胞内ループに含まれるC−末端尾部の少なくとも1つのフラグメントに対応するペプチドを含む。
アゴニスト活性化AT1Aを模する開示されたペプチドは、例えば慢性低血圧または片頭痛において血管収縮が要求される状態に有効な強力な薬剤として特に興味深い。
本発明は一実施形態において、ラットAT1A受容体のC−末端細胞内部分から誘導される合成ペプチドM511を含む。M511はヒトメラノーマ細胞系Bowesに転位することができる。M511およびビオチニル化M511の効果をブタ冠状動脈および静脈で試験し、ヒト臍血管でも試験した(実施例8に示す)。全ての場合に、ペプチド類は血管の収縮の引き金をひいた。M511ペプチドが対応する配列はAT1受容体・サブファミリ内に保存されるがAT2受容体との類似性は小さい(表2参照)。
Figure 2006514602
発明者らはAT1依存性シグナル形質導入に対するその選択性を証明しなかったとはいえ、彼らはそのペプチドがアゴニスト活性化AT1A受容体と同じ種類のG−蛋白質を特異的に活性化することを示している。スクランブルドM511(表3に見られる)を調製し、対照として試験したが、血管収縮には効果はなかった。
Figure 2006514602
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上に列挙したM511類似体の生物学的効果を確認するために、ブタ冠状動脈および静脈、並びにヒト臍血管で容易に試験できる(実施例8に例証される)。
新規のペプチドM511の特殊な性質は、例えばそれが非エンドサイトーシス・メカニズムによって細胞膜に侵入するのでなく、それが血管の持続的収縮を誘起し、この収縮がペプチド配列特異的であるということである。さらに、それはG−蛋白質と相互作用し、アゴニスト活性化AT1A受容体を模する。
こうして本発明の一つの局面は、アミノ酸配列FLGKKFKKYFLQLLK(=M511)を有するペプチド類からなる群から選択されるペプチドおよびそれらの細胞膜侵入類似体並びに非ペプチド膜侵入類似体に向けられる。
ペプチドM511の細胞侵入類似体(ラットAT1A受容体から誘導)は、その他の哺乳動物種または同じ種の個々の変異体、または非ペプチド類似体からの対応ペプチドでもよく、したがってペプチドM511のアミノ酸配列に関して、それらが細胞侵入特性を有する限り、アミノ酸伸長、欠失または置換を有することができる。
1A受容体から誘導される上記の合成ペプチドに類似の、もう一つの血管収縮剤が本発明の範囲に含まれ、発明者らによって設計および生産された。それはCGRP受容体ループiC4から誘導され、配列391−405(VQAILRRNWNQYKIQ)を有し、M630と命名された。配列番号31895を参照されたい。実施例17に示されるように、それは非エンドサイトーシス・メカニズムによって細胞膜に侵入し、ペプチド配列特異的様態で持続的血管収縮を引き起こす。
こうして本発明のもう一つの局面は本質的にアミノ酸配列VQAILRRNWNQYKIQ(=M630)を含むペプチド類からなる群から選択されたペプチド、およびその細胞膜侵入類似体に向けられる。それらはここに開示される選択クリテリアを使用して見いだすことができる。
ペプチドM630の細胞侵入類似体はその他の哺乳動物種または同じ種の個々の変異体、または非ペプチド類似体からの対応ペプチド類でよく、細胞侵入特性を示す限り、ペプチドM630のアミノ酸配列に関してアミノ酸伸長、欠失または置換を有することができる。
本発明の追加的実施形態において、上記のCPPはカーゴに結合する。カーゴはビオチンのようなマーカー分子でよい。
本発明のもう一つの局面は血管収縮剤として使用するための本発明のペプチド、および血管収縮を治療および/または予防するための医薬組成物の製造におけるその使用に関係する。
本発明のもう一つの局面は、活性成分としての本発明によるペプチドを、薬物学的に容認されるビヒクルと共に含む医薬組成物に向けられる。前記ビヒクルは製造者が所望投与経路によって選択する。適切なビヒクルの例は米国または欧州薬局方に見いだすことができる。
本発明のさらにもう一つの局面は個体の血管の収縮を誘起する方法であって、前記個体に本発明によるペプチドまたは本発明による医薬組成物の血管収縮量を投与する諸段階を含む方法に向けられる。
膜貫通蛋白質誘導CPP類:
別の、同様に好ましい実施形態において、本発明に関連するCPPはその他の任意の膜貫通ペプチドに由来することができ、受容体からの誘導に限られるものではない。例えば実施例6に開示されるように、本発明の一実施形態はマウスPrpC(1−28):MANLG YWLLA LFVTM WTDVG Lckkr PKP、ヒトPrpC(1−28:MANLG CWMLV LFVAT WSDLG LCKKR PKP)、またはウシPrpC(1−30):MVKSK IGSWI LVLFV AMWSD VGLCK KRPKPから誘導されるCPPに関係する。配列番号:31896−31899を参照されたい。
実施例7に開示されるように、アミロイド前駆体蛋白質(APP)およびプレゼニリン−1(PS−1)は細胞侵入配列を有し、したがって本発明に記載される方法によると、アミノ酸配列から誘導されるCPPのソースとして含まれる。配列番号:31900−31906を参照されたい。
検出された潜在的CPP類
本発明に関連して、細胞侵入ペプチド類はランダムペプチド配列および天然発生蛋白質の両方から誘導されるか、または新たに設計される。新たに設計されたCPPの典型的例は下の表18に与えられ、配列番号:31923−31940として示される。
Figure 2006514602
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さらに、天然発生性配列を修飾し、細胞侵入性にすることができ、またはその細胞侵入能力を最適化することができるのは当然である。
本発明の方法によって検出される細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体は8ないし50アミノ酸残基長のペプチド、例えば8ないし30アミノ酸残基長のペプチド、または14−30アミノ酸残基長のペプチド、または16ないし20アミノ酸残基長のペプチドから選択されるのが好ましい。
だが特殊な環境においては、本発明による方法によって検出される前記細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体は少なくとも2、3、4、5、6、または7アミノ酸からなる。
本発明の典型的実施形態において、細胞侵入ペプチドは12ないし50アミノ酸残基長のペプチドまたは配列番号:1−150として記載される添付の配列に列挙されるアミノ酸配列の一つのペプチド・フラグメントから選択される。
本発明のまた別の同様に好ましい実施形態において、細胞侵入ペプチドは配列番号:6234−7420として記載されている添付の配列に列挙されるアミノ酸配列の8アミノ酸残基長のペプチドまたはそのアミノ酸配列の一つのペプチド・フラグメントから選択される。
本発明のまた別の実施形態において、細胞侵入ペプチドは配列番号151−2684として、および配列番号7421−11649として記載されている添付の配列に列挙されるアミノ酸の12アミノ酸残基長のペプチド、またはそのアミノ酸配列の一つのペプチド・フラグメントから選択される。
さらに、本発明のその他の実施形態において、細胞侵入ペプチドは配列番号2685−6233、および配列番号:11650−18398として記載される添付の配列に列挙されるアミノ酸配列の16アミノ酸残基長のペプチドまたはそのアミノ酸配列の一つの、ペプチド・フラグメントから選択される。
カーゴ
既述のように、CPPはカーゴに結合し、前記カーゴを細胞、種々の細胞コンパートメント、組織または器官へ運ぶ担体として機能する。カーゴは薬物学的に興味深い物質、例えばペプチド、ポリペプチド、蛋白質、小分子物質、薬剤、モノヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アンチセンス分子、二本鎖並びに一本鎖DNA、RNAおよび/または任意の人工的または一部人工的核酸、例えばPNA、低分子量分子、糖類、プラスミド、抗生物質、細胞傷害剤および/または抗ウィルス剤などからなる群から選択される。さらに、カーゴの運搬は例えばタグ類およびマーカー類を送達するための研究ツール並びに膜電位および/膜特性を変えるための研究ツールとして有用であり、カーゴは例えばビオチンのようなマーカー分子でもよい。
カーゴを意図的に血液脳障壁を通過して運搬することに関連して、細胞内および細胞外物質類は同様に好ましいカーゴである。
任意のおよびそれぞれのカーゴを運搬するために全てのCPPが同様に適するとは限らないのは当然である。例えばTatおよびペネトラチンではDNAのような高度に負に帯電したカーゴを運搬するには適さないことが示された。例えば、あるカーゴを運搬するためのすぐれた最も適切なCPPの選択は、当業者によって予測され、証明されなければならない、そして特殊なカーゴおよび標的細胞/組織の性質に大きく依存する。
本発明の好ましい実施形態において、細胞侵入ペプチドは前記カーゴにS−S架橋によって結合する。当然、カーゴをCPPに結合するための非常に種々様々の結合法があり、CPP、カーゴおよび目的とする用途の性質に応じて個々に選択される。結合モードは共有および非共有結合(ビオチン−アビジン結合など)、エステル結合、およびアミド結合、抗体結合などからなる群から選択できる。
ある実施形態においては、不安定な結合が好ましく、ある実施形態においては安定な結合が重要である;例えば本発明によるCPPを医学的物質の運搬のために使用する際には、使用前に前記医薬組成物を保存しておく必要があるため、安定な結合が重要である。
上記の実施形態のための例証的例は実施例4、6、14および15に記載される。
実施例14において、メトトレキセート(MTX)とCPP担体との結合体が記載されている。MTXは細胞傷害性薬剤であり、それは悪性腫瘍の治療のために開発されたが、いまは乾癬のような自己免疫病の治療に使用されている。MTXは負に帯電した分子として体液中に存在するのが普通である。そのためそれが細胞膜を通過するには困難を伴う。
本発明によるカーゴの運搬のためにCPPを使用する一つの例証的例は、実質的に配列番号31907−31911に含まれるようなMTX−CPP結合体を含む。それらは例えば実施例14に記載されるような固相ペプチド合成法を用いて合成される。その特殊な例は下の表16に示される:
Figure 2006514602
CPPと共に細胞膜を通過して運ばれる分子のその他の例は実施例15に記載されており、そこではsiRNAの取り込みが実質的に改善される。
近年、小さい干渉RNA(siRNA)が、哺乳動物細胞における遺伝子発現を調節するそれらの高い感受性能力のために、注目を集めている。siRNAは、RNA誘導性サイレンシング複合体(RISC)の活性化によって相補的mRNAの特異的切断を引き起こす二本鎖RNAの短鎖(約21〜23bp)である。RNA誘導性サイレンシングが内因性メカニズムであるとはいえ、合成的に合成されたsiRNA類はインビトロでもインビボでも同じ効果を有することが証明された。
siRNAを使用する際の公知の問題は、細胞内取り込みの低収率である。細胞侵入ペプチド類(CPP)を合成的に合成したsiRNAに結合することによって、細胞内取り込みは有意に改善する。
本発明に含まれるカーゴ運搬のためにCPPを使用するもう一つの特殊な実施形態はトランスポータン10(Tp10)のようなCPPにジスルフィド・リンカーによって結合した、GALR−1 mRNAに対するsiRNAに関するものである。例えば、図36に示され、配列番号:31912に記載されている。
公知の細胞侵入法の改善
追加的に、本発明による方法によって発見されたCPPは公知の細胞侵入法、例えばトランスフェクション、マイクロインジェクション、形質導入またはエレクトロポレーションを含むインビボ遺伝子送達を改善するためにも使用できる。
過去40年間に、DNA送達、特に非ウィルス性経路によるDNA送達(すなわちトランスフェクション)は遺伝子の機能および調節を解明する強力な研究ツールとなった。非ウィルス性遺伝子送達系は概して、特に臨床試験により一般的に使用されるウィルス類に比較して、すぐれた安全性を示す。しかしそれらの比較的低い導入遺伝子効率が主な障害である(マ(Ma,H.)&ダイアモンド(Diamond,S.L.)、非ウィルス性遺伝子治療およびその送達系(Nonviral gene therapy and its delivery systems)、Curr Pharm Biotechmol 2巻、p.1−17(2001))。DNA送達効率は次の数工程に左右される:トランスフェクション複合体の細胞表面への吸着、細胞による取り込み、エンドソーム放出、核内転位および遺伝子の発現。
非ウィルス性トランスフェクション法
今日使用できる非ウィルス性トランスフェクション試薬は主として次の3つの仕方で作用する:細胞膜を介するプラスミドの取り込みを増加する;エンドソーム膜を不安定にする;そして核内取り込みを高める。主なトランスフェクション・プロトコルおよび試薬類には:1)燐酸カルシウム沈殿;2)DEAEデキストラン、ポリリシンおよびポリエチレンイミン(PEI)としてのカチオン性ポリマー(ガーネット(Garnett,M.C.)、カチオン性ポリマーを使用する遺伝子送達システム(Gene−delivery systems using cationic polymers)Crit Rev Ther Drug Carrier Syst 16巻、p.147−207(1999));3)マイクロインジェクションおよびエレクトロポレーション、DNAガンなどの物理的方法(ソミアリ(Somiari,S.)ら、エレクトロポレーションによる遺伝子送達の理論およびインビボ適用(Theory and in vivo application of electroporative gene delivery)。Mol Ther 2巻、p.178−87(2000));および4)カチオンおよびアニオン性リポソームのようなリポソームベクター類(リー(Lee,R.J.)&フアング(Huang,L.)遺伝子伝達のための脂質ベクター系(Lipidic vector systems for gene transfer)。Crit.Rev Ther Carrier Syst 14巻、p.173−206(1997))がある。これらの方法およびトランスフェクション試薬の多くはインビトロおよびエキソビボトランスフェクションではうまく使用されるが、インビボ遺伝子伝達には十分には適さない(マ(Ma,H.)&ダイアモンド(Diamond,S.L.)、非ウィルス性遺伝子治療およびその送達系(Nonviral gene therapy and its delivery systems)。Curr Pharm Biotechnol 2巻、p.1−17(2001)。概して高い送達効率を有する方法は細胞にとって有毒でもある。一つの例外はマイクロインジェクションである。これは有効に送達し、無毒性でもあるが、残念ながらまとめて使用することはできない(ルオ(Luo,D.)&ザルツマン(Saltzman,W.M.)、細胞表面におけるDNAの物理的濃度によるトランスフェクションの増加(Enhancement of transfection by physical concentration of DNA at the cell surface)。Nat Biotechnol 18巻、p.893−5)。DEAE−デキストランおよび燐酸カルシウム沈殿のような古い化学的試薬および方法は簡単で、有効であり、いまだに広く使用されているが、細胞傷害性があり、インビボ適用は難しい。リポフェクションは細胞特異的ターゲティングが不十分であり、DEAE−脂質複合体の構造はよく理解されていない。
細胞内へのDNAの導入のために好ましい方法は種々の化合物との複合体化である。このアプローチは形質転換剤の製造が容易であり、したがってDNA構成物および形質転換条件を速やかに改変することができる。複合体化剤の主な役割はDNA主鎖の燐酸基の負電荷の中和、および大きいDNA分子の濃縮である。異種DNAの送達のために使用される平均DNA分子は、製造中に細菌細胞にひろがるためには少なくも3000塩基対長でなければならない。哺乳動物細胞発現のための近代的プラスミドの多くは4500ないし5000bpであり、すなわち3,000,000以上の分子量を有する。負電荷を中和し、緻密な粒子に包まれた後、DNA分子はエンドサイトーシス経路を経て細胞内に取り込まれる。伝統的トランスフェクション法/作用物質類は、エンドサイトーシスに反応した分解経路活性化を阻止または中和することを試み、多くのやり方で改変されてきた。
燐酸カルシウム・トランスフェクション法はいまだに最も人気があり、広く使用されている。この人気の主な理由は費用が非常に安いことである。しかしこの方法は細胞型に極めて特異的であり、神経的一次細胞類を含む多くの細胞型に対して有毒である。DNAをリポソーム様構造に挿入するために多くの試みがなされた。その他の方法はDNAと、DNAに結合するポリマー分子との複合体化にかかっている。これら全てのアプローチに関係する主な問題は細胞毒性である。
ポリプレックス法
近年非常に目立つもう一つのアプローチは、ポリカチオンを有するDNAを濃縮するという原理に基づくトランスフェクション系の使用である。新しい命名法によると、この技術はポリプレックスと呼ばれる(フェルグナー(Felgner,P.L.)ら、合成遺伝子送達系のための命名法(Nomenclature for synthetic gene delivery systems)。Hum Gene Ther 8巻、p.511−2。(1997))。ポリプレックスは脂質ベースのベクター類より効果的で、大部分の場合毒性がより小さい(ゲブハルト(Gebhart,C.L.)&カバノフ(Kabanov,A.V.)遺伝子伝達物質としてのポリプレックスの評価(Evaluation of polyplexes as gene transfer agents)。J.Control.Release 73巻、p.401−16(2001))。最も安価で非常に有効で、最も広く使われるポリカチオンの一つはポリエチレンイミン(PEI)である(ブッシフ(Boussif,O.)ら、遺伝子およびオリゴヌクレオチドの培養細胞およびインビボ細胞への伝達のための有用なベクター:ポリエチレンイミン(A versatile vector for gene and oligonucleotide transfer into cells in culture and in vivo:polyethylenimine)。Proc Natl Acad Sci USA、92巻、p.7297−301(1995)。アブダラ(Abdallah,B.)ら、成哺乳動物脳へのインビボ遺伝子伝達のための強力な非ウィルス性ベクター:ポリエチレンイミン(A powerful nonviral for in vivo gene transfer into the adult mammalian brain:polyethylenimine)。Hum Gene Ther 7巻、p.1947−54(1996)、シャツレイン(Schatzlein,A.G.)癌遺伝子治療における非ウィルス性ベクター:原理および進歩。Anticancer Drugs 12巻、p.275−304(2001))。それは高い正味の正電荷を有するためdsDNAの負電荷を中和し、DNAを濃縮する。緻密なPEI/DNA小粒体は大抵はエンドサイトーシスによって細胞内に陥入する(レミ−クリステンセン(Remy−Kristensen,A.)クランメ(Clamme,J.P.)、ブロイミア(Vuilleumier,C.)、クーリ(Kuhry,J.G.)&メリー(Mely,Y.)ポリエチレンイミン/DNA複合体によるL929線維芽細胞のトランスフェクションにおけるエンドサイトーシスの役割(Role of endocitosis in the transfection of L929 fibroblasts by polyethylenimne/DNA complexes)。Biochem Biophys Acta 1514巻、p.21−32(2001))。これらの複合体はリソソーマル酵素によるDNA分解の阻止およびエンドサイト小胞からのDNA放出の増加によってもトランスフェクションを促進する(ゲブハルトおよカバノフ、2001)。しかし残念ながら、インビトロで上首尾に使用できる濃度では、これらのポリカチオンはまが毒性が強く、全身的インビボ使用することはできない。
本出願に記載されるアプローチは大きいDNA分子を細胞膜を通して運搬する原理的に新しい方法を開示する。細胞活性依存性エンドサイトーシスに依存する代わりに、カーゴ類を細胞内に運ぶ細胞侵入ペプチド(CPP)の能力を使用する、プラスミドの活性輸送を提案する。CPPsは運搬作用を行う一方、第二の成分が燐酸基を中和し、大きいDNA分子を濃縮する(パックする)。さらに燐酸化合物を遮蔽するパック剤は常にプロトン緩衝剤としての付加的機能を有する。プロトンの結合はリソソームを中和し、多くの分解経路の酵素を阻害する。また細胞上の活性輸送によって分解経路を回避すると、必要な燐酸中和/パッキング剤の量は劇的に減少し、そのためその毒性作用は低下する。
実施例9に記載されるように、本発明はこのように改善されたポリプレックス依存性遺伝子送達法にも関係する。この際細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド性類似体はリポータ遺伝子、またはポリエチレンアミンのようなトランスフェクション試薬のどちらかに結合する。いずれの場合もリポータ蛋白質、GFPおよびルシフェラーゼの発現の増加が認められる。
本研究において、発明者らは新しい遺伝子送達系を開発した。PEIおよびTP10またはYTA−2の効果を組み合わせることによって、PEIだけの場合より実質的に高いトランスフェクション率が得られた。このアプローチはTP10またはYTA−2をトランスフェクション試薬に架橋することであった。その後一般的トランスフェクションプロトコルのPEIをCPP修飾PEIに代えた。最適条件のもとでは、この結果はその他の系に比較して遺伝子送達を有意に改善することを予想させた。
Figure 2006514602
したがって、本発明は特に、a)核酸成分、b)ポリカチオン結合体、およびc)細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド性類似体、例えばYTA−2(配列番号:31913)など、を含む(非ウィルス性)細胞トランスフェクション用ベクターに関係し、そのベクターは同一トランスフェクション条件において成分a)およびb)だけ、またはa)およびc)だけを含むベクターに比較して、1細胞あたりの平均トランスフェクション率を少なくもファクター2、例えば少なくもファクター5、10または15だけ高めることができる。
インビボおよび/またはインビトロ細胞の一過性トランスフェクションおよび/または安定トランスフェクションにも、ヒト、齧歯類、ブタ、ウシからなる群から選択される細胞のような哺乳動物細胞のトランスフェクションにも、上記のベクターは使用できると想定される。
上記のベクターは一般的にはオリゴヌクレオチドおよび/またはポリヌクレオチドのようなDNAを含み、前記ポリカチオン結合体はポリエチレンイミン(PEI)、ポリオルニチン、ポリリシン、ポリアミン類、デンドリマー類、スペルミジン、DEAE−デキストラン、パトリシン、トランスフェリン−PEI、ポリエチレングリコシル化PEI、またはオリゴマー類である。
したがって、本発明はホスト組織の細胞に核酸をインビボトランスフェクトするための方法であって、ホスト組織の細胞および/または分離された細胞に核酸をトランスフェクトするために本発明によるベクターを、例えば実施例9に示すように導入することを含む方法にも関係する。
細胞選択CPPs
本発明のさらに別の実施形態において、ある細胞型/組織/器官に選択的に侵入し、またはある細胞型、組織型または器官型においてのみ活性化されるカーゴを運搬する細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体が提供される。
発明者は、種々の異なるCPPsが特異的細胞系、例えばヒトメラノーマ細胞系Bowsなどによって、有意に異なる効率、および有意に異なる取り込み速度、時には2倍も異なる速度でインターナライズされることを示す。これは、異なる効率で異なる細胞系および組織にインターナライズされるCPPsを定義する予備的条件である。そこで本発明の重要な実施形態は、選択的輸送が要求される細胞系、細胞類、組織類および/または器官類における細胞内取り込みのための天然のまたは新たに設計される全てのCPPsを試験することによって特徴づけられる選択性CPPs(selCPPs)の開発法である。他方では、ある標的細胞または標的細胞集団のために選択されたCPPsの細胞選択性を人工的に高める幾つかの特殊な方法が使用される。これは以下に詳細に記載される。
一例として、癌細胞は多くの細胞表面抗原および/または蛋白質を露出し、並びにある蛋白質類を分泌する。通常、腫瘍細胞は特異的な細胞表面マーカーを発現せず、むしろ一般的受容体/マーカーを過剰発現する。これらの過剰に発現されるマーカー類および/または細胞内および/または細胞外シグナルの過剰増幅によるシグナリングは細胞周期を通じた細胞機構の制御を喪失するメカニズムの一つであると考えられる。こうして本発明の特殊な実施形態において、過剰発現する細胞表面蛋白質および/または分泌蛋白質は、CPPアドレッシングのための標的として使用される。
本発明の一実施形態において、細胞選択CPP(selCPP)は、チャンネル受容体類、チロシンキナーゼ受容体類(例えばEGE、IGF)、グアニレートシクラーゼ受容体類、セリン/スレオニン・キナーゼ・受容体類、サイトカイン受容体類、グアノシン三燐酸(GTP)−結合蛋白質に結合した受容体(G−蛋白質結合受容体:GPCRs)、スフィンゴ糖脂質類、CD44、神経ペプチド受容体、例えばニューロテンシン受容体類、ガラニン、およびサブスタンスP受容体類からなる群から選択される細胞マーカーに対して生成した抗原/蛋白を含むことが予測される。
概して、細胞選択CPP(selCPP)は任意の種類の薬剤または医薬物質の、種々の特異的真核および/または原核細胞標的への標的化輸送に極めて重要であることは当然である。このようなカーゴの細胞選択輸送は、例えばウィルス、細菌または寄生虫感染症によって起きる疾患のような感染症の治療または予防のための使用が想定される。
標的細胞をインビボで見いだす前にCPPsの非特異的イターナリゼーションを避けるために、別の局面において本発明は酵素−プロドラッグ戦略の新しい変形体に関係する。その際selCPP結合物は、CPP類の細胞侵入−活性構造が、前記selCPPのペプチド部分の細胞/組織または器官特異的受容体/マーカーへの結合事象または標的細胞/組織または器官によって分泌されるプロテアーゼによる前記selCPP結合体の切断によって構造識別体からCPPを放出するまでは破壊されないように、設計される。
用語"酵素−プロドラッグ戦略/療法"は、アミノ酸または核酸プロドラッグ(それらは送達前または後に多かれ少なかれ組織、器官および/または細胞選択酵素類による活性化を要求する)の開発に焦点をおいたプロドラッグ送達の特異的アプローチを定義するために使用される。選択性の大きい差が先行技術に見いだされる。幾つかのプロドラッグでは標的組織/器官/細胞からの放出薬剤の速やかな除去が低選択性を説明し、またあるプロドラッグでは、非標的組織における切断、および細胞を経由する酵素部位への不十分な輸送が(低選択性の)主な原因であると考えられる。
特に、多くの抗癌剤は非常に有毒であり、そのためより効果的およびより毒性の少ないプロドラッグおよび/またはソフトドラッグが必要である。そのため典型的プロドラッグ/ソフトドラッグは活性化酵素のための効率的および選択的基質でなければならないし、好ましくは細胞周期の全段階において細胞を殺す強力な細胞傷害物質および/または細胞増殖抑制物質に代謝されなければならない。初期の抗代謝産物ベースのプロドラッグの多くは、細胞膜を経由する拡散能力が限られ、客観的効果を得るには細胞間の細隙結合に依存しなければならない極性の高い活性化型を提供した。しかし本発明に記載されるプロドラッグ類は良好な分布特性を有し、それらの活性種は翻訳細胞侵入性であり、それによって得られる客観的効果はその療法の効果を最大にすることができる。
本発明に関連して、用語“酵素−プロドラッグ戦略/療法"とは、その他に薬剤を送達する上記の方法であって、前記薬剤それ自体またはその運搬体CCPを非細胞侵入性にして、インビボ標的細胞を見つける前にCPPsの非特異的インターナリゼーションが起こるのを回避するようにし、その際前記selCPPのペプチド部分の細胞/組織または器官特異的受容体/マーカーへの結合事象、または前記selCPP−結合体の、標的細胞/組織又は器官によって分泌されるプロテアーゼによる前記selCPP結合体の切断によってのみ、構造的識別体からCPPが放出され、それが標的細胞に侵入できるという方法を説明するための用語である。
細胞型標的化CPPsはさらに受容体標的配列の部分との非結合分子間相互作用によって改変され得る。受容体に結合した後、そのCPPは受容体に置換され、CPPは陥入(インターナライズ)する。図1および図2を参照されたい。受容体インターナリゼーションはCPP転位に比べて比較的遅い。
本発明のまた別の同様に好ましい局面において、selCPPは細胞侵入性でないように特に選択されまたは設計された上記のものとは対照的である。厳密に言えば、このようなselCPPは“sel−non−CPP"と呼ぶべきである。その意図は、non−CPPは標的細胞内に放出されず、特異的細胞に結合した後に周囲の細胞外空間に放出される。本出願に記載される選択クリテリアは勿論、細胞侵入性でないペプチドの予測、証明、設計、および/または生産のためにも使用できる。前記non−CPPは本質的に下記に示す個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値をもたないことによって特徴づけられなければならない;すなわち最も好ましいZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<:ZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12である。本発明の別の実施形態において、それは、ZΣ1<0.3、例えばZΣ1<0.21、ZΣ1<0.22、ZΣ1<0.23、ZΣ1<0.24、ZΣ1<0.25、ZΣ1<0.26、ZΣ1<0.27、ZΣ1<0.28、またはZΣ1<0.29;
Σ2<1.2、例えばZΣ2<1.11、ZΣ2<1.12、ZΣ2<1.13、ZΣ2<1.14、ZΣ2<1.15、ZΣ2<1.16、ZΣ2<1.17、ZΣ2<1.18、またはZΣ2<1.19;
Σ3<−0.39、例えばZΣ3<−0.4、ZΣ3<−0.42、ZΣ3<−0.43、ZΣ3<−0.45、またはZΣ3<−0.46、ZΣ3<−0.47、またはZΣ3<−0.48;
Σ4<0.43、例えばZΣ4<0.34、ZΣ4<0.35、ZΣ4<0.36、ZΣ4<0.37、ZΣ4<0.38、ZΣ4<0.39、ZΣ4<0.4、ZΣ4<0.41、またはZΣ4<0.42;
Σ5<1.05およびZΣ5>0.22、例えばZΣ5<1.04およびZΣ5>0.21、ZΣ5<1.03およびZΣ5>0.20、ZΣ5<1.02およびZΣ5>0.19、ZΣ5<1.01およびZΣ5>0.18、ZΣ5<1.00およびZΣ5>0.17、ZΣ5<0.99およびZΣ5>0.16、ZΣ5<0.98およびZΣ5>0.15、ZΣ5<0.97およびZΣ5>0.14、またはZΣ5<0.96およびZΣ5>0.13;
を含む個々の平均値を有することはできない。
したがって本発明の特に好ましい実施形態は、a)標的細胞において特異的に過剰発現されるプロテアーゼのためのプロテアーゼ・コンセンサス部位、b)細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体、およびc)細胞増殖抑制物質および/または細胞傷害物質を含む、細胞増殖抑制物質および/または細胞傷害物質の細胞選択的送達系に関するものであり、前記細胞選択的送達系はその他に前記細胞侵入ペプチドの細胞侵入能力を抑制する不活性配列も含み、その配列は前記細胞選択的送達系によって前記標的細胞の近くに導入されると、前記標的細胞に特異的に過剰発現される前記プロテアーゼによって切断される。実施例12などを参照されたい。
上記の概念の典型的例は基質金属プロテアーゼ(MMPs)であり、それらはZn2+金属エンドペプチダーゼである。このファミリは結合したメンバーも分泌されたメンバーも両方共含み、それらは両方共細胞膜上または細胞外基質(ECM)に存在する蛋白質の分解を触媒する(スターンリヒト(M.D.Sternlicht)およびワーブ(Z.Werb)「基質金属プロテアーゼが細胞挙動を調節する仕方(How matrix metallo proteinases regulate cell behavior)」Annual Review of Cell and Developmental Biology、17巻:p.463−516、2001)。MMPsは多種多様の悪性腫瘍の侵襲性および転移性挙動に関連があり、これら酵素は一般的に種々の腫瘍に過剰発現される(スターンリヒトおよびワーブ「基質金属プロテアーゼが細胞挙動を調節する仕方」Annual Review of Cell and Developmental Biology、17巻:p.463−516;ロザノフ(D.V.Rozanov)ら、“膜1型金属プロテアーゼ(MT1−MMP、別名MMP−14)"Journal of Biological Chemistry(JBC)276巻:p.25705−14、2001年7月13日)。MMP−MT1のような膜型MMP(MT−MMP)は発癌に強く関係している。これらの酵素は侵襲性先端に局在する。可溶性MMPs1−3および9も腫瘍発生のアゴニストとして関係している(スミス(Smith,L.E.,パークス(Parks,K.K.),ハセガワ(K.K.Hasegawa,),イーストモンド(Eastmond D.A.)&グロソヴスキ(Grosovsky,A.J.)パラセントメトリック・ヘテロクロマチンの標的化破壊は染色体を不安定にする(Targeted breakage of paracentmetric heterochromatin induces chromasomal instability);Mutagenesis 13巻、p.435−43(1998))。
これに付随して、そして実施例4および12に明確に証明されたように、本発明は次の3つの基礎的機能に基づいてselCPPを設計する方法に関係する:1)MMP−2またはMMP−MT1による選択的切断(およびそれによる活性化)、2)ペプチド(CPPs)による細胞侵入、および3)それによって腫瘍細胞または腫瘍の血管新生に関係する内皮を既知の細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性薬剤によって死滅させること(図3、4、25および26を参照されたい)。
本発明はこうして表5または表6に含まれるアミノ酸配列から選択されるselCPP、および、表5または表6に列挙されるアミノ酸配列および細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性薬剤を含む、細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性薬剤の複合的細胞選択的送達系に関係する。配列番号:31913−31922を参照されたい。
Figure 2006514602
Figure 2006514602
したがって、本発明はa)標的細胞において特異的に過剰発現されるプロテアーゼのためのプロテアーゼ・コンセンサス部位を含む細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体およびc)細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性薬剤を含む、細胞増殖抑制および/または細胞傷害性薬剤の細胞選択的送達系にも関係し、前記細胞選択的送達系はその他に前記細胞侵入ペプチドの活性を抑制する不活性化配列を含み、この配列は前記細胞選択的送達系が前記標的細胞近くに導入されると標的細胞において特異的に過剰発現されるプロテアーゼによって切断される。
上記のような前記細胞選択的送達系の好ましい実施形態において、前記細胞選択的送達系に含まれる前記細胞侵入ペプチドは前記細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性薬剤の細胞内取り込みの平均速度を、aおよびc)の成分のみを含む細胞選択的送達系または前記細胞の成分c)だけの平均細胞内取り込み率に比較して、1細胞あたり少なくとも1.5のファクターだけ高める。
前記細胞選択的送達系の、また別の同様に好ましい実施形態において、前記細胞選択的送達系に含まれる前記細胞侵入ペプチドは、前記細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性薬剤の前記選択的細胞の1細胞あたりの平均取り込み率を、a)およびc)の線分だけを含む細胞選択的送達系の前記細胞への平均取り込み率、または前記細胞のc)成分だけの平均取り込み率に比較して少なくともファクター1.5、例えば少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、1000または10000だけ高める。
上記のような細胞選択的送達系のまた別の同様に好ましい実施形態において、前記過剰発現するプロテアーゼは、MMP−1、MMP−2、およびMMP−MT1からなる群から選択されるZn2+金属エンドペプチダーゼである。
もう一つの実施形態において、前記過剰発現するプロテアーゼは細菌表面プロテアーゼおよびウィルス酵素からなる群から選択される。
さらに、本発明の範囲には、CPPsを特殊の細胞および組織に標的化する方法、すなわちselCPPを設計および適用する方法も含まれる。適切なCPPはここでは、指示された細胞型または組織型に特異的な、特殊な表面マーカーで設計される。上記の方法は、予測/選択クリテリアによって設計されるかまたはその他の任意の方法によって見いだされた任意の適切なCPP配列から1つのCPPを選択し、適切な細胞表面受容体からのエピトープ(これに対して特異的モノクローナル抗体が作られ、このモノクローナル抗体はこの特定のエピトープを識別し、高い親和性を有する)としてペプチドX、またはアドレスを選択し、ポリペプチド類(Gly、Pro、GABA、Aha、など)または適切な有機物質のなかから、ペプチドX/抗体間およびCPP/細胞膜間の必要な相互作用が得られるようにリンカーを選ぶことによって特徴づけられる。
本出願には、特殊な細胞集団の細胞増殖を停止させるためのインビボおよびインビトロ法、および特殊な細胞集団の細胞増殖のインビボおよびインビトロ停止のためにここに記載の細胞選択的送達系の使用も含む。
ここに記載される細胞選択的送達系は哺乳動物における特殊な細胞集団の細胞増殖を停止させ、細胞増殖をコントロールできないという特徴を有する医学的障害、例えば腫瘍性異常または腫瘍疾患、または免疫学的および/または代謝機能亢進などに罹患した患者を治療するための医薬組成物の製造にも使用できることは勿論である。
本発明の全般的局面は、遺伝子治療のための医薬組成物の製造のために本発明に関連する細胞選択的送達系またはCPPの使用、および前記細胞選択的送達系またはCPPを含む医薬組成物の使用も含む。
本発明のその他の局面は、本発明による細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体、または細胞選択的送達系を含み、または本発明の任意の方法を実施することによって作られる組成物、および細胞内代謝的またはシグナリング・メカニズムを阻害するかまたは活性化する全般的調整物質であるペプチド、オリゴペプチドおよび蛋白質から選択される化合物に関係する。
本発明のさらにまた別の局面は、本発明による、または本発明の任意の方法を実行することによって作られる、細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体、または細胞選択的送達系を使用して薬剤を製造することに関係する。
本発明のもう一つの局面は薬剤の製造のために本発明による組成物を使用することに関する。
本発明の種々の局面および実施形態を以下の実施例によって説明する。本発明は特別に記載された詳細によって制限されるものではない。
略語
Aβ ベータ−アミロイド
AD アルツハイマー病
APP アミロイド前駆体蛋白質
AT1 アンジオテンシン・受容体AT1型
AT1A アンジオテンシン・受容体・サブタイプAT1A
AT1B アンジオテンシン・受容体・サブタイプAT1B
AT2 アンジオテンシン・受容体AT2型
BACE β−部位APP−切断酵素
Bio ビオチン、ビオチニル化
BSA ウシ血清アルブミン
CPP 細胞侵入ペプチド
CTF C−末端フラグメント
DCC N,N−ジシクロヘキシルカルボジイミド
DCM ジクロロメタン
DIEA ジイソプロピルエチルアミン
DMF ジメチルホルムアミド
DNP ジニトロフェニル
EOFAD 早発性アルツハイマー病
FITC 5−フルオレセイン・イソチオシアネート
Fmoc 9−フルオレニルメトキシカルボニル
GOP IVIAKLKA−アミド
GPCR G−蛋白質結合受容体
GTP グアノシン 5’−三燐酸
GTPase グアノシントリホスファターゼ
GTPγS グアノシンγ−S−5’−三燐酸
HKR ヘペス−クレプス−リンゲル
HOBt N−ヒドロキシベンゾトリアゾール
HPLC 高性能液体クロマトグラフィー
IDE インスリン分解酵素
LOAD 遅発性アルツハイマー病
MBHA 4−メチルベンズヒドリルアミン
NFT 神経原線維糸球
NICD ノッチ細胞内ドメイン
NMP N−メチルピロリドン
NTF N−末端フラグメント
PAF パラホルムアルデヒド
PBS 燐酸緩衝食塩液
PNA ペプチド核酸
PS プレセニリン
RNA リボ核酸
SAPP 分泌APP
TACE 腫瘍壊死因子アルファ変換酵素
t−Boc tert−ブトキシカルボニル
TBTU 2−(1H−ベンゾトリアゾールー1−イル)−1,1,3,3,−テトラメチルウロニウム・テトラフルオロ硼酸
TFA 三フッ化酢酸
TFA 三フッ化酢酸
TFMSA トリフルオロメタンスルホン酸
ペプチドの細胞侵入特性の予測
序文
大部分のペプチドの定量的構造活性関係(QSAR)の研究において、一組の無次元値を使用してアミノ酸の物理的特徴の組み合わせを説明する。典型的文献において、Z、ZおよびZの3数値がこの目的のために使用される。最近の研究はこの記述子セットをさらに、ZおよびZの2つ広げ、87の天然および非天然アミノ酸を網羅する記述子スケールを生成した。
方法
拡大された記述子スケール、バルク特性値ZΣ、を使用する。これは4種類の細胞侵入ペプチド(CPPs):トランスポータン、ペネトラチン、pVECおよびMAPで組み立てられ(トレーニングセット)、配列中のアミノ酸の総数で平均化したものである。ここでZ3値は主として極性をあらわし、最高の予測力を有する。多数の蛋白質およびランダム配列から、トレーニングセットから得られるバルク特性値ZΣ区間内に入る配列を探す。
使用した記述子区間は:ZΣ1<0.2およびZΣ2<1.1およびZΣ3<−0.49およびZΣ4<0.33およびZΣ5<0.95およびZΣ5>0.12である。
結果
ランダム−または天然蛋白質配列を検索すると、CPPsに相当する配列が集まってブロックとなってあらわれる。この挙動は“運搬モータ"、すなわちCPP特性を有する比較的短い配列が検索ウィンドウ内に存在することによる。GLP−1およびアンジオテンシン受容体類では、CPPに対応する配列は上に概略記載した方法によって正しく予測された。10,000アミノ酸長のランダム配列を検索すると、18アミノ酸のスライディングウィンドウの長さで平均32ブロックがヒットする。しかしヒット数はウィンドウの長さに依存する。その他のCPPsが対照として用いられる。上に概略記したクリテリアはCPPのTat/poly Argファミリを除いて、それら全てで真実であると考えられる。
Figure 2006514602
Figure 2006514602
ペプチド合成(特に他の記載がなければ、以下の諸実験の既定の方法が記載される)
ペプチドは固相ペプチド合成のt−Boc戦略を使用してペプチド合成器(アプライド・ビオシステムス431A型、USA)で0.1mmolスケールで段階的方法によって合成される。tert−ブチロキシカルボニルアミノ酸(バチェム、ブデンドルフ、スイス)をヒドロキシベンゾトリアゾール(HoBt)エステルとしてp−メチルベンジルヒドリルアミン(MBHA)樹脂(バチェム、ブデンドルフ、スイス)に結合させ、C−末端アミデート化ペプチドを得た。ビオチンを手動でN−末端に結合した;そのためには3倍過剰のHoBtおよびo−ベンゾトリアゾール−1−イル−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウム テトラフルオロ硼酸(TBTU)活性化ビオチン(ケミコン、ストックホルム、スイス)をDMF中でペプチジル樹脂に加えた。上記ペプチドを、最後にp−クレゾールの存在下でO℃、30分間、液体HFで樹脂から切り離した。このペプチドの純度は、分析ヌクレオシル120−3 C−18 PR−HPLCカラム(0.4×10cm)上のHPLCによって測定したところ、>98%であることが証明され、正確な分子量はプラズマ脱着質量分析(ビオイン20、アプライド・ビオシステムス、USA)またはMALDI−TOF(Vaager STR−E、アプライド・ビオシステムス、USA)を使用して、記載されるようにして得た(ランゲル(Langel,U.,)、ランド(Lamd,T.)&バルトファイ(Bartfai,T.)、ガラニン受容体およびサブスタンスP受容体に対するキメラペプチドリガンドの設計(Design of chimeric peptide ligands to galanin receptors and substanceP receptors)。Int J Pept Protein Res 39巻、p.516−22(1992))。
細胞培養(特に他の記載がなければ、下の実験の既定の方法を述べる)
ネズミ線維芽細胞C3H 10T1/2、マウス神経芽細胞腫N2A細胞およびCOS−7細胞を10cmペトリ皿中で、10%ウシ胎児血清(FCS)、2mM L−グルタミン、100U/mlペニシリンおよび0.1mg/mlストレプトマイシンを補充したダルベッコ改良イーグル培地(DMEM)中で37℃で5%CO2気流中で増殖させた。細胞を播種し、5日目ごとに再培養した。播種した際COS−7および10T1/2細胞をトリプシン化し、その一方、N2A細胞は培地をその細胞に加えて、機械的力で懸濁した。実験開始前に細胞を融合するまで増殖させ、その後播種し、培地で2倍に希釈し、その後24ウェルプレートに加えた(約60000細胞/ウェル)。
カーゴ送達効率の高処理量スクリーニング(HTS)
CPP−S−S−カーゴ構成物(カーゴは2−アミノ安息香酸フルオロフォアで標識化され、CPPは2−ニトロトリプシン消光剤で標識化されている)を使用することによって、還元性細胞内メジウムに起因するジスルフィド結合の細胞内分解、および目に見える蛍光の増加による前記構成物の細胞内取り込みを実時間でモニターすることができる。
懸濁細胞または付着細胞内のペプチド取り込みおよび流出の研究
細胞をトリプシン(インビトロゲン、スイス)で分離し、培養培地に溶解し、遠心分離した(1000×g、室温で10分間)。細胞を再懸濁し、計数し、その一部を300000細胞/チューブの割合で氷上のHKR中に取った。Abz−標識化ペプチドを懸濁細胞と共に、37℃の水浴中で振とうしながら15および30分間インキュベートした。取り込みまたは流出を停止するために、トリプシン溶液を3分間加えた。細胞を4℃で、100×g、10分間回転した。ペレットをHKR中に再懸濁して蛍光を検出し、または流出サンプルでは再び無ペプチドHKRと共にインキュベートした。蛍光をスペクトラマックス・ジェミニXS(モレキュラーデバイセス、カリフォルニア)上で320/420nmで読んだ。細胞内濃度をAbz標識化ペプチドの標準曲線から計算した。Caco−2細胞の平均細胞量を、クールター256チャンネライザー(クールター・エレクトロニックス社、カリフォルニア)を使用して測定した。その他に、同じアッセイの変法を使用した:細胞を24ウェルプレートに100000細胞/ウェルの密度で前日に播種した。細胞を5μMペプチド濃度で37℃で30分間インキュベートした。トリプシン処理し、洗浄し、塩酸中で溶解した。蛍光を懸濁アッセイについて記載したように測定した。
材料および方法
細胞
ヒトメラノーマ細胞Bowesを標準細胞培養法を使用してMEMに培養し、実験を行う前の日に24ウェルプレートに100000細胞/ウェルの密度で播種した。
結果および検討
Figure 2006514602
表20はペプチドが実際に細胞侵入ペプチドであることを証明するための好ましい方法から得たデータを示す:懸濁細胞または付着細胞におけるペプチド取り込みおよび流出研究(以下を参照されたい)。これまでに約50のペプチドをスクリーニングした。陰性対照では膜非侵入性糖ポリマーであるフルオレセイニル・デキストランを同じやり方で細胞に加える。デキストランの細胞溶解物に認められたパーセンテージは常に0.5%未満である。YTA−2ps、LRSW−1およびLRSW−3は新たに設計された人工ペプチドの例である。
配列の予測
10000アミノ酸長のランダムに作られた数種の配列を検索した。ヒット量はウィンドウの長さによって変動したが、総配列の約3%を保った。受容体配列に結合した約500のG蛋白質を検索し、可能性のある配列の約0.015%がCPPクリテリアに合うことが判明した。これはCPPsが自然に逆らって選択されることを示唆すると考えられる。 概略示したクリテリアは公表されたCPP配列の約95%を上首尾に予測した。
細胞選択的CPP
CPPsの組織特異性:
CPPsの細胞内取り込みは標的細胞の膜特性および膜電位に依存すると考えられるので、細胞特異的CPPsを得ることができる。上に概略示したクリテリアを使用して、ペプチドの、片寄りのあるライブラリーが作られる。このライブラリーについてその後、例えば上記の方法を用いて取り込み/カーゴ送達効率を試験した。つまり、CPP−S−S−カーゴ構成物(カーゴは2−アミノ安息香酸フルオロフォアで標識化され、CPPは3−ニトロチロシン消光剤で標識化されている)を使用することによって、ジスルフィド結合の細胞内分解を(実時間で)モニターできる。したがって構成物の細胞内取り込みおよびCPPのカーゴ送達効率を目に見える蛍光の増加によって測定することができる(図27)。この方法により陥入したペプチドと膜の外側に結合したペプチドとを識別する実験的に難しい工程を回避することができる。
基質金属プロテイナーゼー2(MMP−2)のYTA−2psの特異的切断の測定法;
上に、そして図27に示したように、発明者らは選択的CPP(YTA−2)のCPP部分が37℃でも4℃でも細胞に効率よく入ることができることを示した(データは示されず)。それに加えて“インアクチベータ"は細胞膜を介する転位に関してペプチドをより不活性にした。この方法の開発における次の工程は活性MMP−2によるYTA−2psの特異的切断をチェックすることである。それは蛍光/消光剤アッセイによって行われる。ここではMMP−2基質YTA−2psは切断で蛍光強度を高める。正しい切断は質量分析によってさらにチェックされる。
非インスリン依存性真性糖尿病におけるインスリン欠乏治療のための新しいエフェクタ模擬CPPによって例示される、機能的蛋白質模擬CPPの設計:
背景
GPCR−リガンド相互作用および諸疾患におけるそれらの模擬
7TMスパン・受容体とそれらそれぞれのG−蛋白質との相互作用は十分明らかにされており、特異的である。実際、これらの相互作用は特異的な十分明らかにされた蛋白質間のDNA/DNA相互作用に類似するものである。7TM受容体はG−蛋白質結合受容体(GPCR)であり、例えばそれらは、G−蛋白質結合を起こすと考えられている両親媒性α−ヘリカル・モチーフを露出する。GPCRの第三の細胞内ループ部分(ただし場合によっては他のループの部分も)がシグナリングに関係している。添付の略図である図7に、このような7TM受容体−G−蛋白質複合体が示される。GPCRの細胞内部分からの合成ペプチドはGPCRとG−蛋白質との相互作用を模することができる。すなわち細胞フラグメント系において証明されたように活性受容体シグナルを運搬する。
この実施例において、発明者らは、GPCRの前記細胞内部分の一つから誘導される新規のCPPは細胞侵入ペプチドとして作用すると共に、同時に細胞内の活性化受容体の機能を模する、例えば標的細胞内のGPCRとG−蛋白質との相互作用を模することができることを証明した。
非インスリン依存性真性糖尿病、NIDDM、およびグルカゴン様ペプチド1受容体、GLP−1R
非インスリン依存性真性糖尿病、NIDDM、は2型真性糖尿病、T2DMとしても知られ、複雑なホルモン異常およびインスリン抵抗が特徴である。NIDDMの治療はその疾患の複雑さ並びにその背後にあるメカニズムの理解不足のために難しい。NIDDMの幾つかの重要な細胞性および分子レベルのメカニズムはまだ明らかになっていないと考えられる。NIDDMのメカニズムの包括的知識の不足にもかかわらず、糖尿病研究の最近の成果は研究および治療のための幾つかの有望な標的を明らかにした。
現在、非インスリン依存性真性糖尿病、NIDDMはインスリンによるホルモン置換、インスリン放出剤、またはインスリン増感剤によって治療されている。しかしこれら治療のいずれも十分満足するようには血糖値をコントロールしない。糖依存性インスリン放出は、一部はG−蛋白質結合受容体グルカゴン様ペプチド1受容体、GLP−1Rの活性化によってコントロールされ、これは新しいNIDDM治療薬の有望な標的となる。GLP−1R、グルカゴン様ペプチド1のための理想的内因性アゴニストの存在がほぼ15年前から知られている。しかしこれまで、その薬物学的活用は、静脈内投与した際のそのペプチドの短い半減期のために、そして大部分の合成類似体のアゴニスト効率が喪失するために失敗であった。
発明者らはここに、GLP−1R受容体の細胞内ループ3(iC3)ペプチド類をベースにしたGLP−1Rアゴニスト模擬物質が、インスリン放出を開始するシグナリングにおけるアゴニスト占有受容体の活性状態を模することができることを証明した。
ラット膵島におけるインスリン放出を誘発する、GLP−1RiC3から誘導されるペプチドの設計および合成が明らかにされている。これらのアプローチはGLP−1によるインスリン放出の活性化の基礎にあるメカニズムの研究を著しく容易にし、インスリン放出を刺激する物質類の物理的ライブラリーを提供し、それによってNIDDM治療薬を開発するための強力な手掛かりとなる。
GLP−1受容体アゴニスト模擬物質としてのGLP−1Rフラグメント
GLP−1受容体の第三細胞内ループ、iC3、から誘導される合成ペプチドはGTPaseおよびアデニレートシクラーゼ(AC)をEC50=100nMで活性化する。iC3ペプチドは強力な酵素活性剤で、AC活性を6−ないし13倍に高めることがよくある。それに加えて、これらのペプチドはG−蛋白質へのシグナル変換におけるGLP−1受容体の複雑さを研究するためのツールとして役立つかも知れない。
短い12〜20アミノ酸長のiC3ペプチドはインビトロにおいてアゴニスト占有7TM受容体蛋白質類の相互作用を模する。これらペプチドはさらにトランスポータンのような細胞運搬体に結合することができ、インビボ研究でこれらの相互作用があらわれる細胞内部により効率的に侵入する。
結果の概要
発明者らは、配列IVIAKLKA−アミド(GOP)を有するグルカゴン様ペプチド−1受容体、GLP−1Rから誘導される新規のオクタペプチドを設計し、合成し、インスリン放出を試験した。このペプチドは親蛋白質であるGLP−1Rの作用を模する。GLP−1Rは膵島においてインスリン放出を開始し、その後GLP−1ペプチドホルモンを認識することが知られている7回膜貫通蛋白質である。このペプチドの類似体が、被験細胞の細胞膜を転位させ得る新規の細胞侵入ペプチド、CPPsである。これらのデータは所望蛋白質のアゴニスト類(それら自体が細胞侵入性である)を設計する新しい可能性を示すものである。
方法
ビオチン標識ペプチドの細胞侵入
血清を含む培地を無血清培地に交換し、ペプチド水溶液を直接その培地に加えて10μMの濃度にした。陰性対照を常に使用した。なぜならば生きている細胞は常に若干のビオチンを内部に有するからである。対照細胞にはペプチド溶液の代わりに純粋な水を加え、その他は他の全てと同様に処理した。細胞を5%CO2を加えた空気中で37℃または4℃で1時間インキュベートした。細胞をPBSで3回洗い、固定し、メタノールで−20℃で10分間浸透性にし、再びPBSで洗い、PBS中5%(w/v)無脂肪ミルク溶液中で1時間インキュベートして非特異的結合を減らした。ペプチド類を同じ溶液中で室温で1時間、0.1μMストレプトアビジン−FITCで染色することによって可視化した。細胞核をヘキスト33258(0.5μg/ml)で5分間DNA染色することによって可視化し、その後カバースリップをPBSで3回洗い、PBS中20%グリセロールに載せた。画像をツァイス・アクシオプラン(Zeiss Axioplan)2顕微鏡(カール・ツァイス社、ドイツ)によって得た。
インスリン放出
インスリン分泌に与えるペプチド類の影響を体重200〜250gの雄ウィスターラットの膵島で評価した。島をコラゲナーゼ消化によって無菌的に分離し、その後一晩37℃で、10%加熱不活性化ウシ胎児血清を補充したRPMI 1640培養培地で培養した。培養後、3つの島を1回分として、10mM Hepesおよび2mg/molウシ血清アルブミンを含むクレプス−リンゲル重炭酸塩緩衝液(pH7.4)各300μl中で、37℃で1時間インキュベートすることによってインスリン分泌を測定した。インキュベーションメジウムはペプチドを含むかまたは含まず、3.3または16.7mMグルコースを含んでいた。一実験シリーズにおいて、5×10Rin m5F細胞のバッチを、メジウムからグルコースを除いたこと以外は同様な条件下でインキュベートした。インキュベーションメジウムの部分をとり、インスリンのラジオイムノアッセイを行った。インスリン分泌はμUインスリン/島/hおよびμUインスリン/5×10細胞/hでそれぞれあらわされる。統計的有意性をスチュデントt−検定で評価し、p<0.05を有意とみなした。
結果および結論
GLP−1R配列から誘導される短いペプチドは、分離ラット膵島からのインスリン分泌を用量依存的、グルコース依存的に増加させ得る。さらにこのペプチドはラットに静脈注射した際、インスリン分泌を高め、血糖値を低下させる。
GLP−1Rループ誘導ペプチドの細胞侵入
図8において、GOP類似体M569の細胞侵入が説明される。発明者らは上記のGLP−1R誘導ペプチド類をその他に開発することができた。配列IVIAKLKAを含むこれら新世代のペプチドは、ラット膵島と共にインキュベートした際細胞侵入特性を有し、G−蛋白質を活性化し、インスリン放出を高めるという特徴を有する。GLP−1R誘導ペプチドM569は温度には無関係にヒトBowesメラノーマ細胞に侵入し、そのペプチドの同じ細胞内局在が4℃でも同様に記録される(図示されていない)。
インスリン放出
ペプチドGOPが存在しない場合、16.7mMグルコースは、3.3mMグルコースにおける基礎的放出に比較してインスリン放出をほぼ3倍刺激した(図1および図11)。GOP(10μM)は3.3mMグルコースにおけるインスリン放出を5倍(p<0.001)刺激し、16.7mMグルコースでは1および10μMGOPによる刺激は4倍である。
インスリン放出および血糖値に与えるGOP(M528)のインビボ効果
体重約250gの健康な雄ウィスターラットを一晩空腹状態にした。最初の血液サンプルを遠位尾静脈の切開によって得た後(0min)、GOP(M528、100nmol/kg;n=4)を腹腔内に注射し、その後さらにグルコース(1g/kg)を腹腔内注射した。対照ラット(n=4)には食塩液およびグルコースを注射した。10および30分後に尾静脈から別の血液サンプルを採取した。血糖値をグルコースオキシダーゼ法によって測定し、血漿インスリン値はラジオイムノアッセイによって測定した。
図10および図11からわかるように、血中インスリンおよび血糖濃度は注射前の全てのラットにおいて同様であった。10分後、血糖値インスリンはGOP−注射ラットでは対照ラット(p<0.05)および0分の同じ群のラット(p<0.01)に比較して有意に増加した(10図)。同時に、10分後、血糖値はGOP注射ラットでは対照ラットに比較して有意に低かった(p<0.02)(図11)。30分後、両方のラット群の間にインスリンおよび糖濃度に関して差はなかった。このデータはインスリンインビボ放出に対してこのペプチドが顕著だが一過性の効果を有することを示す。結論として、GOPファミリのGLP−1R誘導ペプチドは細胞膜に侵入し、それぞれのG−蛋白質と特異的に相互作用し、ラット膵島からのインスリン放出を増加させる。
Figure 2006514602
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GOP類似体シリーズは下記から選択される:
IVV−X−KLKA、IVI−X−KLKA、IV−X1−X−KLKA
上記においてX1はアミノ酸であり、Xはリンカーである。
プリオン蛋白質(PrpC)のN−末端配列に対応する新しいエフェクタ模擬CPPによって例示される非受容体機能的蛋白質模擬CPPの設計
背景
プリオン蛋白質(PrPC)のN−末端配列は細胞侵入ペプチド(CPPs)として機能することが判明している、構成されたシグナルペプチド−NLSキメラに非常に似ている(ヴィダル(Vidal,P)ら、主要両親媒性ベクターペプチド類と膜との相互作用。コンフォメーション的因果関係および細胞局所化に与える影響(Interactions of primary amphipathic vector peptides with membranes.Conformational consequences and influence on cellular localization.)。J Membr Biol 162巻、p.259−64(1998))。これら配列類似性に基づいて、発明者らは、非切断シグナル配列を有するマウスからのPrPC誘導配列もCPPとして活性であるという仮説を試験した。発明者らは、マウスPrPC(1−28)が実際にCPPであり、カーゴ−アビジンを細胞内に運ぶ能力を有することを標準蛍光アッセイ法を用いて見いだした。蒸留水中で、PrPC(1−28)ペプチドは1mMより高い濃度で強く凝集し、特徴的β構造を有する。これらの知見は、完全N末端を有するプリオン蛋白質が細胞に侵入する仕方およびその蛋白質のスクレイピー型への変換と関係するβ構造への二次的構造変換を理解するために重要な意味を有する。
下記のペプチド配列を比較した:
キメラCPP、すなわちHIV(1−17)のgp41からの疎水性配列+SV40大抗原T(18−24)からのNLS:MGLGL HLLVL AAALQ GAKKK RKVC(1)
マウスPrpC(1−28):MANLG YWLLA LFVTM WTDVG LCKKR PKP(2)
ヒトPrpC(1−28):MANLG CWMLV LFVAT WSDLG LCKKR PKP(3)
ウシPrPC(1−30):MVKSK IGSWI LVLFV AMWSD VGLCK KRPKP(4)
両方の配列型の一般的特徴は16−23残基の主として疎水性シグナルペプチド部分を有し、その後に高い正電荷をもつ約7残基のNLS部分が続くことである。
N末端にビオチンを付けたマウスPrpC(1−28)を合成し、その細胞侵入特性を研究した。このペプチドのインターナリゼーションを、実施例7に既述し、培養N2A細胞で行ったように、結合フルオレセインによってモニターした。細胞侵入特性を、そのペプチド自体で、およびアビジン蛋白質(65kD)の大きいカーゴを担うペプチドで研究した。行われたプロトコルはこれまでの実験に用いたものと同じであり(キルク(Kilk,K.)ら、Islet−1ホメオドメインの第三ヘリックスから誘導される新規ペプチドと複合体を形成したカーゴの細胞内インターナリゼーション。ペネトラチンペプチドとの比較(Cellular internalization of a cargo complex with a novel peptide derived from the third helix of the islet−1 homeodomain.Comparison with the penetratin peptide.)。Bioconjug Chem 12巻、p.911−6(2001)、マグゾーブ(Magzoub,M.,)、キルク、エリクソン(Eriksson,L.E.)ランゲル(Langel、U.)&グラスランド(Graslund,A)。リン脂質小胞の存在下における細胞侵入ペプチドの相互作用および構造誘導(Interaction and structure induction of cell−penetrating peptides in the presence of phospholipid vesicles)。Biochem Biophys Acta 1512巻、p.77−89(2001))、ラット転写因子Islet−1のホメオドメインから誘導されるpIslペプチド配列のCPP特性を明らかに示すものである(イノウエ,A.、タカハシ,M.、ハッタ,K.、ハッタ,Y.&オカモト,H.;ゼプラダニオ胚の神経分化中におけるislet−1の発達調節(Developmental regulation of islet−1 mRNA expression during neuronal differentiation in embryonic zebrafish)。Dev Dyn 199巻、p.1−11。(1994))。図12は、アビジンカーゴのない標本およびアビジンカーゴを有する標本の両方の、PrpC(1−28)のCPP効果および核周囲局在を明らかに示す蛍光顕微鏡画像を示す。
ペプチドの二次構造を、今度はビオチンの結合なしに、水溶液中および種々の膜模擬溶媒中で、CDおよびNMR分光法によってさらに研究した。図20Bは蒸留水中1mMペプチドのCDスペクトルを示す。これは明らかなβ構造が関与している典型的特徴を有する。塩を付加するとβ構造の関与は高まる(データは示されず)。平行して行われたH NMR実験はスペクトル分解の証拠を与えず、拡散を研究する試みは、NMR法によって測定できる大きさ以上の大きさのペプチド凝集体がサンプル中に形成されたことを示した。負に帯電したリン脂質小胞の存在下において、ペプチドのβ構造の関与はかなり高まった(図13)。図20CはSDSミセル中のペプチドの部分的NMR TOCSYスペクトルを示す。SDSミセルはペプチド凝集体を溶解し、よく分解された1H NMRが得られ、共鳴の原因が得られるようにする。ペプチド鎖に沿ったHαsの二次的化学的シフトはα−ヘリカル構造が誘導された明らかな証拠を与える。種々の溶媒中のペプチドのこのカメレオン様挙動はその他のCPPs、例えばペネトラチン(デロッシ(Derossi,D.)、ジョリオット(Joliot,A.H.)、チャセイング(Chassaing,G)&プロキアンツ(Prochianz,A.)、アンテナペディア(Antennapedia)ホメオドメインの第三ヘリックスは生物学的膜を通って転位する(The third helix of the Antennapedia homeodomain translocates through biological membranes);J.Biol.Chem.269巻、p.10444−10450(1994))およびpIsl(キルクら、islet−1 ホメオドメインの第三ヘリックスから誘導される新規のペプチドとカーゴとの複合体の細胞内インターナリゼーション。ペネトリン ペプチドとの比較(Cellular internalization of a cargo complex with a novel peptide derived from the third helix of the islet−1 homeodomain.Comparison with the penetratin peptide);Bioconjug Chem 12巻、p.911−6(2001))などからの観察を実質的に反映する。ただし水溶液中の凝集体およびβ構造の関与は、ペネトラチンおよびpIslに比べて、マウスPrpC(1−28)ではより顕著で、イオン強度により強く依存する。
アミロイド前駆体蛋白質(APP)およびプレセニリン−1(PS−1)に対応する新しいエフェクタ−模擬−CPPsによって例示される機能的蛋白質模擬CPPの設計
背景
アルツハイマー病は老人の痴呆の最も一般的な型であり、この病気がほとんど一世紀も前に発見されたにもかかわらず、治療法も正確な作用メカニズムも発見されていない。この病気の最も典型的な特徴はいわゆる老人斑と呼ばれる蛋白質凝集体である。これらの老人斑は主としてβ−アミロイドと呼ばれる、アミロイド前駆体蛋白質から誘導されるペプチドからなる。このβ−アミロイドペプチドはアミロイド前駆体蛋白質のプロセッシング中に作り出され、これにはプレセニリン−1およびプレセニリン−2と呼ばれる2種類の蛋白質が関係していると思われる。
概要
実施例はアミロイド前駆体蛋白質(APP)およびプレセニリン−1(PS−1)が細胞侵入配列と呼ばれる特殊なペプチド配列を有し、その配列が細胞膜を介して転位し、生体細胞によるインターナリゼーションを助けることを証明する。これは分泌されるAPPまたはその他の任意の神経保護ペプチドが細胞に陥入し、それによってその神経保護特性をあらわすメカニズムとして使用できる。
材料および方法
細胞アッセイ
細胞培養:
マウス神経芽細胞腫細胞、N2A、をグルタマックス−Iを含み、10%(v/v)ウシ胎児血清、ペニシリン(100U/ml)およびストレプトマイシン(100μg/ml)を補充したダルベッコ最小必須培地に培養した。
細胞インターナリゼーション・アッセイ:
インターナリゼーションのために用いる細胞を24ウェルプレートの丸いカバースリップ上に植え付けた。播種後1日目に細胞は半融合した。培地を無血清培地に取り替えた。フルオレセイン標識化ペプチドを最終濃度10μMになるまで加えた。37℃で60分間インキュベーション後、細胞をヘペス−クレプス−リンゲル−(HKR)緩衝液1mlで3回洗い、燐酸緩衝食塩溶液(PBS)中で3%パラホルムアルデヒド溶液で10分間固定した。細胞をその後HKR緩衝液1mlで3回洗い、カバースリップを載せ、顕微鏡検査のために密封した。
ペプチドの合成および精製
下記のペプチド類を合成し、フルオレセインに結合し、HPLC上で精製し、質量分析で分析した(ランゲル(Langel,U.)、ランド(Land,T.)&バルトファイ(Bartfai,T.)ガラニン受容体およびサブスタンスP受容体へのキメラペプチド・リガンド類の設計(Design of chimeric peptide ligands to galanin receptors and substanceP receptors);Int J Pept Protein Res)39巻、p.516−22(1992)に記載されている)。
Figure 2006514602
細胞インターナリゼーション・アッセイ
フルオレセイン標識ペプチドに関するインターナリゼーション・アッセイに使用する細胞型はN2Aマウス神経芽細胞腫細胞であった。この細胞系はアルツハイマー病の研究に関連して一般に用いられ、これらのインターナリゼーション・アッセイ(ここではアルツハイマー病に関係する蛋白質から誘導されるペプチドが研究された)のための良いモデル細胞系として役立つ。これらのインターナリゼーション・アッセイは37℃で行われた。したがってエンドサイトーシスによるインターナリゼーションは排除できる。
図21は10μM濃度におけるN2A細胞中のペプチドの細胞内局所化を示す。A)およびB)フルオレセイン標識化APP521−536で処理した細胞。C)フルオレセイン標識化APP725−740で処理した細胞。D)フルオレセインに結合したPS−197−109欠失類似体で処理した細胞。E)フルオレセイン標識化した公知のCPPペネトラチンで処理した細胞。F)未処理細胞。
インターナリゼーション実験は、蛋白質の細胞外部分から誘導されるAPP(521−536)が細胞侵入能力を有し(図14AおよびB)、核および膜の両方に局所化することを示す。これは分泌アミロイド前駆体蛋白質(sAPP)が陥入する推定的経路である。この事実は興味深い、なぜならばこのフラグメントはニューロンを低血糖性損傷およびグルタメート神経毒性から保護し、神経保護物質として作用することを示したからである。膜スパニング−および第一細胞外ループ部分から誘導されるプレセニリン−1(97−109)欠失類似体も細胞侵入能力を示した。しかしこのペプチドはほとんど細胞質に局所化されるが、細胞膜および核にも検出できる(図14D)。APP(725−740)はバックグラウンドに比較して増加した蛍光を示し、それは大部分が細胞質に存在するように見える。しかしこれは最初に記載したペプチドのようにはっきりとは見えず、最近の実験によりそれは4℃では陥入しないことが判明した。これは、認められた蛍光の軽度の増加はエンドサイトーシスによるものであることを示唆する。プレセニリン−1の第一細胞内ループから誘導されるペプチドであるプレセニリン−1(151−162)でも同一の蛍光増加が認められた(示されず)。APP(712−726)WTおよびAPP(712−726)V717F突然変異体に関するインターナリゼーション実験では、取り込みは全く示されなかった。この背後にある理由として、これらのペプチドは24ウェルプレートに加えられると直ぐに凝集体を形成することが考えられる。この凝集傾向は初期、特にHPLC精製のために粗生成物を溶解した際にも認められた。
アンジオテンシン1A受容体の細胞内C−末端から誘導される合成ペプチドに対応する新しいエフェクタ−模擬−CPPによって例示される機能的蛋白質模擬CPPの設計
実施例8は新規の血管収縮剤、より精確に述べれば、アンジオテンシン−1A受容体の細胞内C−末端から誘導される合成ペプチドを開示する。このペプチドは細胞侵入ペプチドであり、心臓冠状血管の収縮を促進する。
背景
アンジオテンシン受容体類は7回膜貫通G−蛋白質結合受容体ファミリのメンバーであり、哺乳動物における血圧および電解質バランス維持システムの重要な構成成分である。それらには2型が存在する:AT1(AT1AおよびAT1Bサブタイプからなる)およびAT2。それらのなかでAT1がアンジオテンシンIIの公知のほとんど全ての全身作用の媒介を引き受けているようにみえる。AT1受容体は種々の組織、例えば血管、子宮、膀胱、および幾つかの内分泌腺などの平滑筋の収縮に関係し、腎臓、肝臓および中枢神経系に広く分布している。AT1受容体のアンタゴニストは潜在的抗高血圧剤であり、幾つかの非ペプチド性アンタゴニスト、例えばロルサタンは臨床的使用に導入され、成功している。しかしAT1受容体の選択的アゴニストは現在は入手できない。アゴニスト類は、血管収縮を必要とする例えば慢性低血圧または片頭痛などの症状に有用な潜在的薬剤として興味深い。
方法および材料
細胞培養
Bowesメラノーマ細胞(アメリカ培養コレクション CRL−9607)を10%ウシ胎児血清、1%ペニシリン−ストレプトマイシン溶液、1%非必須アミノ酸および1%ピルビン酸ナトリウムを補充したグルタマックス含有最小必須培地(MEM、ライフ・テクノロジーズ、ストックホルム、スエーデン)に培養した。
細胞インターナリゼーション・アッセイ
インターナリゼーション実験のために使用する細胞を10000細胞/ウェルの密度で24ウェルプレートの丸いガラスカバースリップ上に播種した。1日後、それらが約50%の融合に達したとき、培地を無血清培地に取り替え、ビオチニル化ペプチドをその培地に直接加えた。37℃または4℃で60分間インキュベーション後、細胞をPBSで3回洗い、PBS中3%(w/v)パラホルムアルデヒド溶液で15分間固定した。ビオチン標識ペプチドを間接的に検出するために、固定した細胞をPBS中0.5%トリトンX−100で浸透性にし、非特異的結合部位をPBS中5%BSAでブロックした。処理細胞をストレプトアビジン−TRITC(モレキュラー・プローブス、オランダ、1:200)と共に室温で1時間インキュベートすることによってビオチン部分を可視化した。細胞核をヘキスト33258(0.5μg/ml、モレキュラー・プローブス、オランダ)で染色した。蛍光を、CCD(C4880、浜松フォトニックス、日本)を備え付けたツァイス・アキシオプラン(Zeiss Axioplan)2顕微鏡を使用して検査した。
組織の調製
切り取ったブタ心臓(260〜390g)を氷冷クレプス−ヘンスレット溶液(119mM NaCl、23.8mM NaHCO、3mM KCl、1.14mM NaHPO、1.63mM CaCl、および16.5mMグルコース)に入れて、地方の屠殺場から実験室に運んだ。左前下行冠状動脈および大心臓静脈を分離した。分離後直ちに各血管部分を収縮アッセイに使用し、その一方でその一部を膜調製のために液体窒素に冷凍保存した。幾つかの実験において、内皮を機械的に除去した血管を使用した。同じ方法をヒト臍血管の調製にも用いた;臍帯はオブステトリック・クリニク・オブ・リュブリャナ・クリニカル・センタ(Obstetric Clinic of Ljublijana Clinical Center)、スロベニヤ、から入手した。
血管収縮測定
既述のように測定を行った(20)。血管の環(5mm巾)を切り取り、クレプス−ヘンスレット溶液(37℃;pH=7.4)を満たした10ml組織チェンバに取り付けた。上記溶液は95%Oおよび5%COの混合物で酸素化された。最初に50mNの伸長を加え、平衡化した後30mM KClを加えて安定なアイソメトリック収縮を得た。内皮の存在はサブスタンスPで証明した。KClおよびサブスタンスPを洗い流した後、そしてシステムの平衡を回復した後、試験ペプチドを組織チェンバに加え、血管収縮を記録した。
Sf9細胞におけるG−蛋白質の過剰発現
Gsα、Giα1およびβ1γ2の遺伝子を宿すバキュロウィルス転移ベクターはハガ・タツヤ教授(東京大学、東京、日本)から寄贈された。pVL1392中のウシGsα(21)、pVL1392中のウシGiα1(22)およびpVL1393中のウシβ1γ2(23)のためのcDNAを、線状バキュロウィルスDNA(ファーミンゲン、サンジエゴ、カリフォルニア、USA)と共にトランスフェクトし、生成したウィルスストックを1ラウンドのプラーク精製にかけ、高力価ウィルスストックを生成した。発現操作において、懸濁培養液中の200万細胞/ml密度のSf9細胞に2:1比のα対βγを感染させた。感染後48時間目に細胞を採取し、PBS中で洗い、膜を調製するまで−70℃で保存した。
膜の調製
血管の冷凍片を機械によって粉末化した。その後、多少の改良を加えたマッケンジーのプロトコル(Mackenzie,F.R.、シグナル形質導入(Milligan,E.、編集)、オックスフォード大学出版、オックスフォード、ニューヨーク、東京(1992))によって膜を得た。それらは使用するまで、ロウリー法(ロウリー(Lowry,O.H.)、ローゼンブロー(Rosenbrough,n.Y.)、ファール(Farr,A.L.)&ランダル(Randall,R.J.)、J.Biol.Chem.193巻、p.265−275(1951))によって測定して1〜2mg/蛋白質/ml濃度で冷凍保存した。異なる型のG−蛋白質を過剰発現するSf9細胞から膜を調製する際にも同じ方法(組織の粉末化を除いて)を使用した;これらの膜標本の蛋白質濃度は0.2ないし0.4mg/mlであった。
GTPγS結合率
血管膜からのG−蛋白質への結合をマッケンジーが記載したように行った(マッケンジー;シグナル形質導入(Milligan,E.編集)、オックスフォード大学出版、オックスフォード、ニューヨーク、東京(1992))。つまり、膜(アッセイ混合物中の最終的蛋白質濃度は0.05mg/mlであった)を異なる濃度のペプチドの不在および存在下で、0.5nM[35S]GTPγSと共にTE緩衝液(10mMトリス−HCl、0.1mM EDTA)、pH7.5中で、13℃で3分間インキュベートした。未結合[35S]GTPγSは、反応混合物を真空下でミリポア社のGF/Cガラス線維フィルタによって急速濾過することによって除去された。フィルタに含まれる残った放射能をLKB1214ラックベータ(Rackbeta)液体シンチレーション・カウンタで測定した。膜標本を緩衝液に置き換えることによってブランク値を測定した。
GTPase活性の測定
この測定はカッセルおよびセリンガーの方法による放射能測定によって行われた(Cassel,D.&Selinger,Z.(1976)452巻(2号)、p.538−51(1976、マッケンジーによる改良を伴う)(Mackenzie,F.R.シグナル形質導入(Milligan,E.編集)オックスフォード大学出版、オックスフォード、ニューヨーク、東京(1992))。異なる型のG−蛋白質を過剰発現するSf9細胞から得られる希釈膜(アッセイ混合物中の最終的蛋白質濃度0.01mg/ml)に、ATP(1mM)、5’−アデニリルイミド二燐酸(1mM)、ウアバイン(1mM)、ホスホクレアチン(10mM)、クレアチンホスホ−キナーゼ(2.5単位/ml)、ジチオスレイトール(4mM)、MgCl(5mM)、NaCl(100mM)、および反応混合物の部分に50000〜100000cpmを与えるための痕跡量の[γ−32P]GTP(GTPの必要な総濃度0.5μMを得るための冷GTPの添加と共に)を含む氷冷反応混合物を加えた。インキュベーション・メジウムは標準TE緩衝液、pH7.5、であった。[γ−32P]GTPのバックグラウンド低親和性加水分解を100μM GTPの存在下で平行チューブ類をインキュベートすることによって測定した。膜溶液をアッセイ緩衝液に代えることによってブランク値を測定した。GTPase反応は反応混合物を30℃水浴に20分間移すことによって開始した。未反応GTPは20mM HPO中活性炭5%懸濁液によって除去した。得られた放射性燐酸化合物の放射能をパッカード3255液体シンチレーション・カウンタで測定した。
曲線フィッティングおよびその他の計算値並びに結果のグラフ提示がプリズム・コンピュータープログラムを用いて行われた(グラフパッド・ソフトウエア社(GraphPad Software Inc.)、USA)。
結果
ペプチドの細胞インターナリゼーション
ビオチニル化M511は間接的免疫蛍光によって判断して、4℃でも37℃でも生体細胞内に陥入した。このペプチドは温度とは無関係にBowesメラノーマ細胞に移動するから、取り込みの主なメカニズムはエンドサイトーシスではあり得ない。このペプチドは核に優先的に局所化されるが(図15A)、細胞質にも局在する。M511のスクランブルド類似体(やはりビオチニル化されている)はBowes細胞に陥入し、M511と同様な細胞内局所化および温度依存性を与えることが判明したが(図15B)、効率は若干低かった。よく研究されている細胞侵入ペプチドであるペネトラチン(12−14)を陽性対照として用いた(図15D)。
血管収縮
M511およびビオチニル化M511が血管の強力な収縮剤として作用することが認められた。図16の上方のパネルに見られるように、M511は16μM濃度でブタ左前下行冠状動脈の強い持続的収縮を促進する。収縮の強さはカリウムイオンの最大効果の約50%である、30mM Kの効果に匹敵する。より高濃度では、最大効果は、一般に到達し得る最大収縮効果と考えられる90mM KClの効果に近い。カリウムの収縮効果に対して、M511の効果はアッセイ溶液から収縮剤を洗っても停止させることはできなかった。さらに、M511の添加後、収縮が起きる前に、濃度に依って5ないし15分の時間的遅れがあった。結果から(図16真ん中のパネル)、M511の効果のためには血管内皮は必要でないことも判明した。図16でM511について示される定性的には同じだが、定量的にはより顕著な血管収縮が、ビオチン結合M511でも認められた(図には示されず)。M511およびビオチン標識M511によってあらわされるブタ左前下行冠状動脈の最大収縮力の濃度依存性が図17に示される。スクランブルドM511はM511と同じ環境下で収縮を全く起こさなかった(図16、下方のパネル)。
GTPγS結合
図17に示されるように、ブタ左前下行冠状動脈から得られた膜へのGTPγSの結合率はM511の存在下では用量依存的に増加し、それはビオチニル化M511の存在下ではさらにより顕著であった。500μMより高濃度のペプチド類の存在下で実験をすることができなかったため、効果の上方プラトーは得られなかった。この効果はM511に(ビオチニル化M511でも)配列特異的である、なぜならばスクランブルドペプチドは不活性であったからである。ブタ大冠状静脈およびヒト臍動脈から調製した膜でも原則として同じ結果が得られた(図は示されず)。
G−蛋白質の選択性
M511によって影響されるG−蛋白質の種類に焦点を当てるために、発明者らは異なる型のG−蛋白質を過剰発現するSf9細胞からの膜を使用し、これらの膜のGTPase活性をM511(100μM)の不在下および存在下で測定した。図17にまとめた結果はGおよびGの小さいが有意な活性化を示し、興味深いことにG11の軽度の阻害も示す;G−蛋白質のG型は影響を受けないようにみえる。これらの研究結果は、AT1A受容体がアデニルシクラーゼの抑制(G/Gの活性化)を介して、およびホスホイノシチド代謝の調節を介して、十中八、九、百日咳毒素不感受性G−蛋白質(GおよびG11)によって機能するという提唱に一致する。だが実際には、G11のM511による調節はこの種類のG−蛋白質の活性化によってではなく、むしろ抑制によって行われることが証明された。
Sar−Thr−アンジオテンシンIIの効果
これに加えて、発明者らは、アンジオテンシンIIアンタゴニストSar−Thr−アンジオテンシンIIがブタ左前下行冠状動脈に与えるアンジオテンシンIIの収縮効果を逆転させることができるが、M511によって誘発した血管収縮に影響することはできないことも証明した。これは、アンジオテンシンIIおよびM511が同じ収縮メカニズムによって作用するものではないことを強く示唆するものであり、M511がアンジオテンシン受容体を活性化せず、直接G−蛋白質に結合し、ホスホリパーゼCの活性化を誘起すると考えられるという知見を確認するものである。
さらに、血管収縮において十中、八、九、M511はアンジオテンシンIIより効果的である。なぜならばそれは30mM KClによって誘起されるものと比較して、約40%高い収縮力を引き起こし、他方アンジオテンシンの効果は30mM KClの効果とほぼ同じであったからである。1μMアンジオテンシンおよび100μM M511を用いて、図20に示すように両リガンドの最大効果を得た。
結論
M511はラットAT1A受容体の位置304−327に対応するペプチドである(表7)。図15が示すように、ビオチニル化M511は、十分研究された細胞侵入ペプチド、ペネトラチンと同様に、ヒトメラノーマ細胞系Bowesに侵入する。その上、ブタ動脈および静脈血管収縮によって得られた結果は、M511のインターナリゼーションを確認し、陥入したペプチドが天然受容体と競合し、そのシグナリング経路に影響を与えることを示唆する。興味深いことに、スクランブルド・ビオチニル化M511もBowes細胞に陥入するが、動脈または静脈血管の収縮を起こさない。筋肉収縮研究で認められた遅れ時間は、ペプチドの十分な量が細胞に侵入するために必要な時間として理解され、ペプチド濃度の増加により遅れ時間が短縮すること、並びにM511をアッセイ溶液から洗い流すことによって収縮を停止できないことは、その作用が細胞内作用であるためと考えられる。ブタ動脈および大心臓静脈およびヒト臍動脈においてM511が実質的に同じ効果をあらわすことは、この効果が静脈に限定されず、種々の組織の血管に対する一般的な性質であることを説明するものである。
AT1Aが7−膜貫通受容体のメンバーとして、Gαサブユニットと受容体の細胞内部分との相互作用によってG−蛋白質に結合することはよく知られている。GTPγS結合率の上昇(図18)は、M511によって誘発される血管収縮プロセスにG−蛋白質が関与していることを証明し、M511がAT1A受容体からのG−蛋白質には結合しないことを確認する。示されたこれらの結果は血管収縮に与えるこれらペプチドの効果とよく一致する(図16および17を参照されたい)。
いずれのG−蛋白質がM511の作用に関係しているかを解明するために、種々の型のG−蛋白質を過剰発現する膜におけるGTPase活性を測定した。G/Gの軽度の活性化、およびGに対する影響がないことが、これまでの研究とよく一致した。
発明者らはさらに、ホスホリパーゼCインヒビタU73122の使用によってM511作用のメカニズムを研究した。図26Aにみられるように、30μM濃度のU73122はブタ左前下行冠状動脈(真ん中のパネル)のトーヌスに影響を与えなかった。そして16μM濃度のM511を後(冠状動脈)に投与した後誘発される血管収縮も変化させなかった(上方のパネル)。しかしホスホリパーゼCインヒビタをM511投与の30分前に与えたときは、M511の効果を実質的に減少させた(50%以上)(下方のパネル)。これは、期待したように、M511による血管収縮がホスホイノシトール燐酸メカニズムによって媒介されることを示唆する。
もう一つの興味深い発見は、血管収縮に与えるペプチドの効果がビオチニル化によって増幅することである。それはGTPγS結合率に対するほとんど同じ効果によって証明できる(図18)。GTPγS結合率からは、M511上のN−末端ビオチンが、収縮に導く平行シグナリングカスケードを誘発せず、むしろG−蛋白質とペプチドとの相互作用を増幅することが明らかになる。
結論として、M511(より顕著なのはビオチニル化M511)は、GおよびG蛋白質からAT1A受容体を分離することによって、そして多分Gα蛋白質を阻害することによって、細胞内にうまく侵入する強力な血管収縮物質であるようにみえる。そのため、それは慢性低血圧および片頭痛にも効果のある興味深い候補薬剤である。血管収縮のためには比較的高濃度が必要であるということがその潜在的欠点であるが、自発的に細胞に陥入し、その作用が長期間持続することはその利点である。その他に、それはアンジオテンシン研究のために新しい可能性を与えた。
結果の概要
発明者らはアンジオテンシンおよびその受容体を介するシグナル形質導入を研究した。細胞侵入ペプチドの研究によって、彼らは細胞マクロファージに侵入し、アンジオテンシン受容体のAT1A型に類似のエキソビボ細胞内シグナリング・カスケードを誘発するペプチドを設計することに成功した。ラットAT1A受容体のフラグメント304−327に対応するペプチドM511は温度には無関係にBowes細胞内に陥入することが見いだされた。この観察は異なる起源の血管の収縮によって確認された。濃度依存性遅れ時間後の、ブタ冠状動脈血管およびその他の数種の起源からの血管の長期持続的収縮はこのペプチドの溶液に起因するとされた。この作用の原理を発見するために、そのペプチドの、GTPγS結合率およびGα−サブタイプ選択性に与える影響を測定した。その結果、M511ペプチドはアゴニスト活性化AT1A受容体と同じ選択性でG−蛋白質サブタイプと相互作用し、それらを活性化/抑制することが判明した。血管収縮のU73122によるダウンレギュレーションは、その他の経路がホスホイノシトール燐酸系を含み、ビオチン結合M511でも認められたようにM511によってホスホリパーゼCを刺激することを示唆する(図は示されず)。M511およびビオチン標識M511によってあらわれるブタ左前下行冠状動脈の最大収縮力の濃度依存性が図17に示される。M511と同じ環境下においてスクランブルドM511は収縮を全く起こさなかった(図16、下のパネル)。
PEIおよびTP10および/またはYTA−2の効果の組み合わせ
本研究において、発明者らは既に存在するPEIプロトコルに基づく新しい遺伝子送達系を開発した。PEIおよびTP10またはYTA−2の効果を組み合わせることによって、PEIだけで行うよりも実質的により高いトランスフェクション率が得られた。そのアプローチはTP10をトランスフェクション試薬に架橋させることであった。その後一般的トランスフェクション・プロトコルのPEIをCPP修飾PEIに代え、それ以上はプロトコルを変更しなかった。最適条件のもとで、結果はその他の系に比較して遺伝子送達の著しい改善を予測させる。
材料および方法
TP10およびYTA−2の合成および精製
上記ペプチド類をパーキン・エルマー/アプライド・ビオシステム社、431A型ペプチド合成器で、既述のプロトコルによるt−Boc戦略を用いて段階的に合成した(ランゲル、ランドら、1992)。システインまたはグルタミン酸を手動で結合させた。TP10配列は与えられている(プーガ(Pooga)、1998、FASEB.J)。システインまたはグルタミン酸を手動で結合した。TP10配列はプーガ、1998、FASEB.J.に与えられている。YTA−2配列は表5に与えられ、配列番号:31913として記載されている。あらかじめペプチド類をPEIに結合させ、それらを逆相HPLC(ギンコテク(Gynkotek))C18カラム上で、AcN/HO勾配で精製し、MALDI−TOF質量分析計(アプライド・ビオシステム社、VoyagerSTR型)を用いて分析した。得られた質量値は計算値と一致した。
PEI修飾
TP10またはYTA−2のPEIとの結合は2つの方法で行われた。第一の場合にはシステインをTP10のLys7側鎖、またはYTA−2のN−末端に結合した。PEI(1mg/ml、MW:60kDa、アルドリッヒ)を、種々のTP10/PEIモル比の際に必要な濃度の二官能価架橋剤スクシンイミジル トランス−4−(マレイミジルメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート(SMCC)で処理した。第二の場合には、グルタミン酸をTP10のN−末端に結合し、さらにBOP生成Hebtエステルを使用してPEI(MW:60:25kDa、シグマ)に共有結合させた。形成された複合体の理論的分子量はMALDI TOF質量分析によって確認された。
細胞培養
ネズミ線維芽細胞C3H 10T1/2、マウス神経芽細胞腫N2A細胞およびCOS−7細胞を10cmペトリ皿中で、10%ウシ胎児血清(FCS)、2mM L−グルタミン、100U/mlペニシリンおよび0.1mg/mlストレプトマイシンを補充したダルベッコ改良イーグル培地(DMEM)に増殖させた。細胞を播種し、5日目ごとに培養しなおした。播種したときにCOS−7および10T1/2細胞をトリプシン化し、その一方でN2A細胞を、それら細胞に培地を加えることによって機械的に懸濁した。実験開始前に、細胞を融合するまで増殖させ、その後播種し、培地で2倍に薄め、その後24ウェルプレートに加えた(約60000細胞/ウェル)。
プラスミドの増殖
pEGFP−N1、pEGFP−C2(両方共クロンテク社)、pGL3−プロモータベクター(プロメガ社)およびpRL−CMVベクター(プロメガ社)プラスミド類をメーカーの指示するプロトコルにしたがって複製コンピテント大腸菌(E.coli)に増殖させた。増殖したプラスミドをキアゲン・ミディプレプ(midiprep)(キアゲン社)を使用して精製し、アガロースゲル上に置き、プラスミドの純度および濃度を推定した。最後に濃度を各プラスミドでOD−分光器によって測定した
トランスフェクション
COS−7およびN2A細胞およびネズミ線維芽細胞C3H 10T1/2のトランスフェクション。PEI溶液を透析膜(MW−カットオフ15kDa)によって透析し、細胞に対して毒性のあるより小さいPEIフラグメントを除去した。その後TP10を上記のようにPEIに架橋させた。PEIおよび/またはCPP−PEIストック溶液(1mg/ml)を希釈し、各N/P比の実験のために同容量の溶液が使えるようにした。10μlのプラスミド(0.05μg/μl)および10μlのトランスフェクション試薬を、各実験時点に個別に96ウェルプレート中で混合した。混合物を室温で15分間インキュベートした。その間、前以て24時間培養した細胞の培地を新鮮培地に取り替えた(24ウェルプレート中、250μl/ウェル)。プラスミドおよびPEIのインキュベーションが終了した後、結合物の20μlを細胞に加えた。トランスフェクションは37℃で3時間行われ、その後培地を交換した。トランスフェクション効率をトランスフェクション後24時間または72時間に測定した。
蛍光顕微鏡検査
トランスフェクション後1〜3日目にGFP発現レベルを倒立蛍光顕微鏡(蛍光顕微鏡検査のために装備したツアイス・アキシオバート(Zeis Axiovert)200、またはRFL−1蛍光装置を備えたオリンパスIMT2倒立顕微鏡)によって検査した。
GFP定量
ネズミ線維芽細胞C3H 10T1/2中のGFPを定量するために、細胞を溶解し、溶解物を485nmで励起し、ラブシステムズ(Labsystems)のフルオロスキャン・アセント(Ascent)CFインスツルメント(ラブシステムズ、FI)を用いてUV放射を527nmで測定した。
ルシフェラーゼ・アッセイ
ウミシイタケまたはホタルのルシフェラーゼ遺伝子をトランスフェクトした細胞を、トランスフェクション後36時間目に、受動性溶解緩衝液(プロメガ)を使用して溶解した。サンプル類を一度、凍結−融解し、ルシフェラーゼ活性を同じ日または翌日に測定した。メーカーが推薦する二重ルシフェラーゼ・キットのプロトコルをビクター(ワラク、フィンランド)ルミノメータ上で行った。得られたルシフェラーゼ活性を総蛋白質濃度1mgあたりの活性に変換した。総蛋白質濃度の測定はブラドフォード法によって行われた。
ヒナドリ胚のインビボトランスフェクション
発生中のヒナドリ胚(3日)を有する卵を開け、SMV−lacZリポータ遺伝子を胚の神経管近くに注入した。48時間後に胚を取り出し、2%パラホルムアルデヒド、0.25%グルタールアルデヒド中で1〜2時間固定し、PBSTで洗い、染色溶液(9mlのスペルミジン、DMF中2%Xgal 1ml、0.5mlの165mg/ml K−フェリシアナイド、0.45mlの210mg/ml K−フェロシアナイド)で、青色が発現するまで(2時間)染色した。
結果
CPP−PEIおよびGFP
TP10−PEI並びにYTA−2−PEI構成物は非修飾PEIプロトコルに比較して、全ての被験濃度でかなり高レベルのGFPトランスフェクションを媒介した。最も有意な増加は、ウェルあたり1μg未満の濃度のTP10−PEIで得られた。より高濃度では修飾PEIおよび非修飾PEI間の差は有意であったとはいえ、さほど著しくはなかった。図21Aa、bおよびcは、それぞれウェルあたり0.25、0.5および1.0μg濃度の非修飾PEIの効果を示す。同じ図のd、eおよびfは同じ濃度のTP10修飾PEIに対応する。平行研究において、ネズミ線維芽細胞C3H 10T1/2をN2A細胞の代わりに用いた。GFP発現は所定実験条件下ではPEI単独の実験に比べて14倍以上まで測定された(PEI−TP0.4μg 対 DNA1.2μgの比)。蛍光顕微鏡検査ではeGFP発現細胞の数はPEI−TPをトランスフェクトしたサンプルにおいて有意に高かった。
TP10−PEIおよびルシフェラーゼ
最適条件下で、完全増殖培地において、TP10修飾PEI(TP10/PEIモル比5)はルシフェラーゼ・トランスフェクション効率の約100%の増加を媒介した(図21参照)。非最適条件下では有意な陽性効果は認められなかった。
図22は、非修飾ポリエチレンイミン(PEI)または化学的架橋PEIおよびシステイニルYTA2またはTP10ペプチドによるマウス神経芽細胞腫N2A細胞のトランスフェクションを示す。次の2種類の濃度のPEIまたはペプチジル−PEIを試験した:培地1mlあたり1または0.5μg。トランスフェクションを無血清増殖培地(DMEM)中で3時間行い、トランスフェクション後48時間目に写真をとった。YTA2およびTP10ペプチドの両方の適用においてトランスフェクションの改善が記録された。YTA2−PEIおよびPEI−TP10は、非修飾PEIに比べて2倍以上細胞にトランスフェクトされた。トランスフェクトされた細胞における発現レベルもより高かった。
TP10/PEIモル比
ポリカチオン分子1個あたりTP10分子1ないし100の範囲で4種類のTP10/PEI比について試験した。結果は、送達収率がこの比に依存することを示した。PEI1分子あたり5分子のTP10が最良の比であることがわかった。これに比20が続く。最適比は5ないし20であると考えられる。比1および100は最低効果を示した。
ヒナドリ胚のインビボトランスフェクション
SMV−lacZ単独、またはPEIと組み合わせたSMV−lacZを胚に適用した際、リポータ遺伝子の発現は認められなかった。SMV−lacZをPEI−TP10と複合体化すると、神経管領域にリポータ遺伝子が発現するのが特殊染色によって検出された。B−ガラクトシダーゼ染色は強く、神経管領域全域にわたって同じ強度で分布していた。
ヒト7TM受容体内のCPPの位置の走査
ヒト7TM受容体配列をswissprot/rrmblデータベースからダウンロードした。それら配列の指示された長さ(8、12および17aa長さ)のCPPsを検索した。この蛋白質におけるCPPの開始位置をその蛋白質の全長で割り、発生頻度に対してプロットした(CPPsの部分)。ここで17aaの大きさの検索ウィンドウが最大のヒットをもたらした。4つのピークが明らかに7TM受容体の4つの細胞内部分に対応し、最大のピークは第三の内部ループ(IC3)に対応する。CPPの機能は、7TM受容体の形態並びに提示されたG蛋白質活性部位の両方と十分相関するようにみえる。図23を参照されたい。
新しい選択クリテリア
三段階(three graded)システム
三段階は記述子区間の逐次的狭化をあらわす。これら段階のパフォーマンスは表10から明らかになる。第一に、段階が高ければ高いほど、それだけ予測CPPが“偽"の陽性である機会が低くなる。しかしCPPを見失う機会も高くなる。
新しい“記述子"
2つの追加的記述子が導入される:Bulkhaはアミノ酸の側鎖の非水素原子(C,N,SおよびO)であり、hdbはそのアミノ酸の側鎖の受容(accepting)水素結合の数である。
Figure 2006514602
補充された選択クリテリアはZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣBulkhaおよび正味水素結合授与(donation)および平均hdbを使用する。Bulkhaは水素以外の、アミノ酸の側鎖中の原子数として計算される。例えばCH2CH2OH(セリン)ではBulkha=2*C+1*O=3である。habは側鎖の授与水素結合−受容水素結合として計算される。例えばN−−−Hは与え、C=Oは受け入れる。
三段階は記述子区間の逐次的狭化をあらわす。それら段階のパフォーマンスが表11にみられる。
Figure 2006514602
positive(陽性)はCPPトレーニングセットに対応し、negative(陰性)は非機能性CPP類似体トレーニングセットに対応し、unrelated(関連のない)はホルモントレーニングセットに対応する。
Figure 2006514602
Figure 2006514602
Figure 2006514602
第一セットの選択クリテリアで既述したように、ペプチドに関する数値を平均する(ペプチド中のアミノ酸残基数によって割る)。ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣBulkha、ZΣhab
異なる段階の区間は:
3:好ましい:ZΣBulkha>3.1およびZΣBulkha<8.13およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<3.52およびZΣ2>−3.9およびZΣ2<3.1およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−3.51およびZΣhdb>−0.115およびZΣhdb<5.1およびhdb>0およびhdb<84
2:より好ましい:ZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<5.9およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<1.92およびZΣ2>−1.22およびZΣ2<1.29およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−1.94およびZΣhdb>0.285およびZΣhdb<2およびhdb>5およびhdb<30
1:最も好ましい:ZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<4.8およびZΣ1>−1.1およびZΣ1<1.92およびZΣ2>−1.1およびZΣ2>0およびZΣ3<−0.55およびZΣ3>−1.94およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<1.57およびhdb>7およびhdb<25
selCPP
序文
基質金属プロテアーゼ類(MMPs)はZn2+金属エンドペプチダーゼ類である。このファミリは膜結合メンバーおよび分泌メンバーの両方を含む。その両方共細胞質膜上または細胞外基質(ECM)内のどちらかに局在する蛋白質類の分解を触媒する(スターンリヒト−01)。
MMPsはECMを分解できるので、MMPsは細胞の移動、再形成および炎症性反応に影響を与える。しかしこれらの酵素は侵襲性および炎症性疾患、例えば癌、リウマチ性関節炎、多発性硬化症および細菌性髄膜炎などの基礎的原因にも関係する(レッパート−01)。
転移や血管新生などの侵襲性プロセスの一つの特徴は、通常は細胞移動に対する物理的障壁であるECMおよび基底膜の分解である。MMPsは種々様々の悪性腫瘍の侵襲性および転移性挙動に関連しており、これらの酵素は種々の腫瘍に過剰発現するのが普通である(スターンリヒト−01、ロザノフ−01)。異なるMMPsの数が腫瘍の進行につれて増加し(ヘキストラ−01)、ある種の腫瘍の侵襲力と相関関係にある(ホーンベック−01)ことが見いだされている。さらに、MMPsの発現はトランスジェニックマウスの転移腫瘍数と相関関係にある(ストレンリヒト−01)。
MMP−MT1のような膜型MMPs(MT−MMP)は発癌に密接に関係している。これらの酵素は侵襲先端に局在する。可溶性MMPs1−3および9も腫瘍発生のアゴニストとして関係している(ロザノフー01およびナベシマ−02)。MMP−MT1は血管形成中の内皮細胞の誘導および移動中にもアップレギュレートする(ガルヴェズ−01)。その上、MMP−MT1(またはMMP14とも呼ばれる)はその“シェダーゼ(shedase)"活性によるproMMP−2の活性化に関係し、それによって侵襲先端にMMP−2を放出する(ソンニ−02)。MMP−2は腫瘍血管新生に重要な役割を有するようにみえる(チェン−01)。
selCPPs
選択的CPPsの概念はMMPs酵素活性の組織特異性に基づく。
一アプローチはCPPをガラニンのような任意の受容体リガンドに結合することによって、エンドサイトーシス取り込みを用いてそのCPPの特異性および活性化を調べることである。
Figure 2006514602
Figure 2006514602
MMP活性化selCPP
典型的selCPP(図25)は3つの部分、すなわちトランスポータ(CPP)、特異的プロテアーゼ部位およびインアクチベータから作られる。インアクチベータはCPPを不活性化するために付加され、インアクチベータが切り離される前にはそれが細胞に入ることができないようにする。CPPはトキシン、例えば公知の非侵入性細胞増殖停止物質および/または細胞傷害物質を担う。諸配列の好ましい実施形態およびペプチド類の標識化については表13を参照されたい。
上記の概念は次の3つの基礎的機能に基づく:a)MMP−2またはMMP−MT1による選択的切断(およびそれによる活性化)、b)トキシンを担うペプチド(CPP)による細胞侵入およびそれによるc)近くの、好ましくは腫瘍細胞または、腫瘍血管新生に含まれる内皮の死滅(略図が図25に示される)。
上記の概念を証明する例証的例として、発明者らは選択的CPP(YTA−2)のCPP部分が37℃(図27及び28)および4℃(データは示されず)の両方において細胞に効率的に侵入できることを証明することに成功した。その上“インアクチベータ"(図26参照)は細胞膜を転位する際のペプチドをより不活性にする。MMP2によるYTA−2の正しい切断も質量分析によって確認されている(データは示されず)。細胞増殖停止物質および/または細胞傷害物質(MTX)のCPP−部分への付着および効率は実施例14を参照されたい。
MMP14(またはMMP−MT1)の切断のための新しい配列が4種類ある:LRSW1−3およびpenMMP14。後者はMMP14を発現する細胞(BowesおよびCaco−2)に取り込まれることが証明されている。図24を参照されたい。
それに加えて、67kDa蛋白質蛍光標識化ストレプトアビジンは、ビオチニル化YTA−2に結合したとき、陥入した(図39および40を参照)。これは、YTA−2が大きいカーゴ分子を細胞内に運搬できることを示す。
Figure 2006514602
Figure 2006514602
これまでに取り込みを試験した全てのselCPPを質量分析で確認する。さらに細胞培養培地および細胞溶解物中の安定性を測定する。さらに、これらのペプチドの選択性をインビトロ細胞アッセイで、例えばCPP部分の活性化のためのプロテアーゼを発現しない細胞と混合した選択的にプロテアーゼを発現する細胞で試験する(表14)。
分泌活性の調節によるAβ産生の変化
アミロイド前駆体蛋白質をセクレターゼと呼ばれるプロテアーゼによって少なくとも3カ所処理する。Aβ−フラグメントを生成する、アルツハイマー病における毒性の主因であると考えられるセクレターゼは、β−およびγ−セクレターゼである。これらのセクレターゼの調節は現在、アルツハイマー病の症状を軽減する目的の薬剤の開発のために最も興味深いアプローチである。
このアプローチはAD症状を直接抑制するようにみえるとはいえ、若干の注意が必要である。それは主として、セクレターゼ・プロセッシングにおいて作り出される他のフラグメント類、sAPP(分泌性APP)およびAICD(APP細胞内ドメイン)が、細胞の正しい機能のために必要なある種の活性を有するかどうかについてまだ若干の疑問があるからである。克服しなければならないもう一つの問題は、APPへの影響をノッチから分離できることである。ノッチはAPPと同様な様態でプロセッシングされるようにみえる。本発明の一実施形態において、この問題へのアプローチは、種々のセクレターゼから誘導されるペプチドフラグメントを合成し、セクレターゼ/APPにおけるコンセンサス配列に結合できる能力を含むペプチドを見いだし、同時に細胞侵入能力を有するセクレターゼ結合と競合させることを含む。前記アプローチは同じ配列にトランスポータおよびデアクチベータを導入し、それによってアルツハイマー病に対して効果の可能性のある薬剤を得ることである。
前記配列は、γ−セクレターゼ複合体における重要な構成成分である、プレゼニリン−1、ニカストリン、APH−1およびPEN−2から開始点(origin)を合成した。β−セクレターゼであると考えられる、BACEからの配列も合成される。
Figure 2006514602
方法
γ−セクレターゼ切断はルシフェラーゼ・リポータ・アッセイによってモニターされる(カールシュトレム(Karlstr m)ら、J Biol Chem 2002年5月1日;277巻(9号)p.6763−6)。ペプチドを曝露する時点は、これらのペプチドに関するこれまでのデータを調べることができなかったため、任意に選んだ。ペプチドを2回加え、その間に4時間インキュベーションした。インキュベーション後、細胞をPBSで洗い、溶解した。溶解後、ルシフェラーゼ活性および蛋白質濃度を測定した。結果は、ペプチドを加えなかった対照の%として示された。
いずれかのペプチドの存在によりあらわれるルミネセンスを図30に示す。ゼロより大きい結果は、対照に比較してAPPの切断が増加したことを示し、ゼロより小さいデータは反対のことを示す。2種類のペプチド投与法の間にも細胞系反応の間にも差が認められる。N293は時点に関係なく種々の程度に影響を受け、他方、C293細胞系は主としてより長い暴露時間によって影響を受ける。2種類のペプチドは互いに切断パターンを辿るように見えるが、結果は異なる。
細胞内薬剤送達の実施例:
メトトレキセートおよび細胞侵入ペプチド(MTX−CPP)の結合物
序文
メトトレキセート(MTX)は細胞傷害性薬剤であり、悪性腫瘍の治療のために開発されたものであるが、現在は乾癬のような自己免疫病の治療に使用されている。MTXは葉酸拮抗物質(式1)であり、葉酸トランスポータによって細胞に入る。MTXの標的は葉酸要求酵素である。
乾癬治療におけるMTXの使用は、全身投与時のその副作用によって抑制される。最も重大な副作用は肝毒性である。そこで、MTXの局所的投与組成物が非常に好ましい。
式1.MTXの構造
Figure 2006514602
生物学的液において、MTXは負電荷を有する分子として存在する。そのため、それは、葉酸トランスポータによってのみ細胞膜を通過することができる。本発明は先ず第一に、 1)容易に、かつ受容体/担体−非依存的に細胞内および皮膚内に侵入する
2)乾癬の顕著な特徴であるケラチノサイト過剰増殖を抑制する
3)不都合な副作用(ヒスタミン放出など)がない
MTX−CPP結合体を生成する手段を明らかにする。
MTX−CPP結合体は全て、固相ペプチド合成戦略を用いて合成される。これには次の2つの理由が考えられる:
1)MTX(CAS番号59−05−2)は2つの構造単位:4−デオキシ−4−アミノ−N10−メチルプテロイン酸(Apa、CAS番号19741−14−1)およびγ−グルタメートに分けることができる
2)MTXはそのγ−カルボキシル基上の置換に対して比較的非感受性である。
Figure 2006514602
表16に示すように、数種のMTX−CPP結合体が設計される。上記結合体のCPP部分は細胞内で分解すると予想される。
MTX−CPP結合物の固相合成
MTXはBoc化学作用の標準的切断条件のもとでは不安定であるため、Fmos−化学作用を使用した(フッ化水素、0℃、30分)。Fmos−Glu−OtBuとApaとの結合は標準カップリング法(HOBt/TBTU)を使用して行われた。結合物を試薬K(82.5%TFA:5%フェノール:5%チオアニソール:2.5%1,2−エタンジチオール)を用いて樹脂から切り離した。
細胞培養物
全ての細胞は37℃で5%CO2中で培養された。プラスチック実験器具はコーニング社(アクトン、MA)から入手した。ヒト新生児表皮ケラチノサイト(HEKn)、全ての増殖培地の成分および、その増殖のために必要なトリプシン化試薬はカスケード・バイオロジックス(商標)(ポートランド、オレゴン)から入手した。HEKn細胞を、ヒトケラチノサイト増殖補充キット(HKGS)およびペニシリン、ストレプトマイシンおよびアンフォテリシンBを補充したエピライフ(Epilife)(商標)培地に培養した。HEKn細胞を1週間に一度分割し、T75あたり300000細胞を播種した。増殖培地を1〜2日ごとに交換した。
Bowesヒトメラノーマ細胞をアメリカ培養コレクション(マナッサス、VA)から得た。Bowes細胞を、グルタマックス−I、非必須アミノ酸、ピルビン酸、ペニシリン、ストレプトマイシン(図には“MEM"として示される)および10%ウシ胎児血清(FBS)を補充したイーグル最小必須培地に培養した。Bowes細胞のための全ての培地成分はインビトロゲン・コーポレーション(ペイスリー、英国)からのものであった。トリプシン/EDTAはPAAラボラトリーズ社(リンツ、オーストリア)からのものであった。細胞を1週間に1回継代培養し、T75あたり200000細胞を播種した。生育性のアッセイでは、実験前日に、24ウェルプレートに1ウェルにつき50000細胞(300μl中)を播種した。
K562ヒト赤白血病細胞をアメリカ培養コレクション(マナッサス、VA)から入手した。K562細胞をグルタマックス−I、ペニシリン、ストレプトマイシン(図32〜図35には“RPMI"として示される)およびウシ胎児血清(7.5%)を補充したPRMI−1640培地に培養した。K562のための全ての培地成分はインビトロゲン・コーポレーション(ペイスリー、英国)から入手した。トリプシン/EDTAはPAAラボラトリーズ社(リンツ、オーストリア)からのものであった。細胞を2日目または3日目(そのとき細胞密度は1000000細胞/mlに達した)ごとに継代培養し、100000細胞/mlを播種した。生育性を試験するためには24ウェル−プレートに1ウェルにつき30000細胞/300μlを播種した。
細胞の生育性の測定
結合物のストック溶液(1mM)を滅菌水で調製し、MTXのストック溶液を10%DMSO水溶液で調製した。曝露のために、薬剤を曝露培地(無血清OPTIMEMまたはMEM中1%FBSまたはMEM中10%FBSまたはRPMI中7.5%FBS)で希釈し、所望濃度(Bowes細胞の場合)または10×最終濃度(K562細胞の場合)にした。1ウェルにつき、それぞれの曝露混合物300μl(Bowesの場合)または30μl(K562の場合)を使用した。Bowes細胞を使用するいくつかの実験で、曝露混合物を2時間後に除去し、あらかじめ温めた薬剤不含有曝露培地に代えた。1〜2日後、細胞の生育性をセルタイタ−グロ(CellTiter−Glo)(商標)ルミネセント細胞生育性アッセイ(プロメガ、マディソン、ウィスコンシン)を使用して試験した。プレートを室温で平衡化した(約30分間)。セルタイタ−グロ(商標)試薬300μlを各ウェルに付加し、10分間インキュベートした。300μlを白色ポリスチレン製フルオロヌンク(FluoroNunc)(商標)プレート(ヌンクA/S、ロスカイルド、デンマーク)に移し、ルミネセンスを二重走査ミクロプレート・スペクトロフルオロメータ(SPECTRAmax(商標)GEMINI XS、モレキュラー・デバイセス、サニーベイル、カリホルニア)で記録した。
結果
これまでに得られた結果は、CPPへのMTXの結合はCPPの細胞侵入性を破壊しないことを明らかに示した(図31にはApa−γGlu−Gly−Evo165がヒト上皮ケラチノサイトに侵入することが示される)。また発明者らは、CPPへのMTXの結合がMTXの毒性作用を破壊しないことも見いだした。MTXのγ−カルボキシル基はMTXのα−カルボキシル基よりもCPPへの結合に適していることに注目されたい(図32に見られるように、Apa−γGlu−Gly−pVECはApa−Glu−GlypVECより毒性が大きいことが証明されている)。さらに言えることは、これまでに試験された全ての結合物によって例示されるように、種々の異なるCPPsがMTX−CPP結合物において有用であることである:図32のApa−γGlu−Gly−pVEC、図34のApa−γGlu−Gly−Evo165および図34および図35のApa−γGlu−Gly−YTA2。
CPPを使用するsiRNA取り込みの改善
近年、小さい干渉RRNAが、哺乳動物細胞における遺伝子発現を調節する高い選択能力のために多くの注目を集めている。siRNAは、RNA誘導性サイレンシング複合体(RISC)の活性化によってそれらの相補的mRNAの特異的切断を誘起する二本鎖RNAの短い鎖(約20bp)である。RNA誘導性サイレンシングは内性メカニズムであるが、合成によって合成されたsiRNAはインビトロでもインビボでも同じ効果を有することが示された。
残念ながらsiRNAを使用する際の典型的問題は、細胞への取り込み収率が低いことである。本発明による細胞侵入ペプチド(CPP)を合成的に合成したsiRNAに結合することによって、発明者らはインビトロおよびインビボの両方で細胞内取り込みを改善することができた。
CPPトランスポータン10(Tp10)がジスルフィド−リンカーを介して結合しているガラニン受容体−1(GALR−1)mRNAに対して、siRNAが設計された。そのCPPの特性は、siRNAの細胞内取り込みを高め、それによってsiRNAを薬物学的使用により適したものにすることが判明した。図39に、その作用メカニズムの略図が与えられる。
材料および方法:
Bowese細胞を24ウェルプレートで一晩増殖させた(100000細胞/ウェル)。それら細胞を200μlの1μM蛍光標識ペプチド(pVEC)、または蛍光標識したsiRNA−ペプチド(図37による)で37℃で30分間処理した。細胞を3倍希釈の標準トリプシン/EDTAにさらし、外側細胞膜にくっついた全てのペプチドを除去した。細胞をその後0.1%トリトン−Xで溶解し、スペクトロマックス・ゲメニXS(Spectromax Gemeni XS)蛍光リーダを使用してペプチド/siRNAの取り込みを測定した。
結果:
図37からわかるように、結合していないsiRNAに比較して、CPP−結合DNA(siRNA)の取り込みには明らかな差が認められた。取り込みは細胞侵入ペプチドによる膜の破壊によるものではなかった。さらに、非結合のpVECおよびsiRNAの混合物は細胞内に陥入しなかった。
当業者には公知のように、siRNAは細胞内で低濃度(pMレベル以下)でも良い効率を有したから、この取り込みは標的mRNAのsiRNA媒介性分解を十分活性化する可能性があると考えられる。
生体活性細胞侵入ペプチドを特徴づける一般的方法
トランスウェル(商標)実験
ヒト結腸癌細胞系Caco−2(ATCC via LGC、スエーデン)を10%ウシ胎児血清、ピルビン酸ナトリウム1mM、非必須アミノ酸1×100、100U/mlペニシリンおよび100μg/mlストレプトマイシンを補充した、グルタマックス(インビトロゲン、スエーデン)を含むダルベッコ改良必須培地に、5%CO2を富化した空気中で37℃で増殖させた。
トランスウェル(商標)透明カップ(0.4μm孔、コーニング・コスタ、オランダ)にウシ血漿フィブロネクチン0.5μg/ml(インビトロゲン、スエーデン)を塗布した。100000 Caco−2細胞を12ウェル トランスウェル(商標)(1.13cm2フィルタ面積)の各カップに播種し、少なくとも10日間培養した。下方(1.5ml)および上方(0.5ml)チェンバ両方の培地を2〜3日ごとに交換した。細胞融合を位相差顕微鏡で検査し、ミリセル−ERS(ミリポア、スエーデン)で、交流を使用してTEERを測定した。細胞層侵入性の対照として、FITC標識デキストラン4,4kDa(シグマーアルドリッヒ、スエーデン)の通過を、10mM EGTA処理を行って、または行わずに測定した。ペプチド類の添加前、下方ウェルの培地をHEPES干渉クレプス−リンゲル溶液(HKR)に取り替えた。実験を開始する前に抵抗は600Ω/cmに達したので、500Ωを超える数値は高抵抗と考えられる。
燐酸緩衝食塩液(PBS)に溶解した10μM濃度のホルオロフォア標識ペプチドを上方トランスウェル(商標)チェンバに加えた。各時点に、150μlサンプルを下方チェンバから集め、蛍光をスペクトロマックス・ゲミニXS(モレキュラーデバイス、カリホルニア)を用いて320/420nm(Abz)および492/520nm(フルオレセイン)で測定した。
細胞侵入研究および蛍光顕微鏡
細胞を24−ウェルプレート中の丸いガラスカバースリップ(12mm、GTF、スエーデン)上に約50%融合するまで増殖させた。培地を無血清培地に代え、ビオチニル化ペプチド溶液を加えた。細胞を37℃または4℃で30分間インキュベートした。細胞をPBSで2回洗い、4%パラホルムアルデヒド溶液で室温で(暗所)15分間固定し、その後0.5%w/vトリトンX−100を含む30mM HEPES緩衝液中で氷上で3分間、浸透性にした。非特異的結合部位を3%(w/v)ウシ血清アルブミンを含むPBS中で4℃で一晩ブロックした。ペプチド類をアビジン−FITCまたはストレプトアビジン−TRITC(モレキュラー・プローブス、オランダ)で染めることによって可視化した。細胞核をヘキスト33258(0.5μg/ml)で5分間染色し、その後カバースリップをPBSで3回洗い、PBS中25%グリセロール中に固定する。画像をライカ(Leica)DM IRE2蛍光顕微鏡(ライカ・マイクロシステム、スエーデン)でとり、フォトショップ(PhotoShop)6.0ソフトウエア(アドーブシステムズ社(Adobe Systens)、カリホルニア)で処理した(図38〜図40などを参照されたい)。
懸濁細胞におけるペプチドの取り込みおよび流出の研究
細胞をトリプシン(インビトロゲン、スエーデン)で脱着し、培養培地に溶解し、遠心分離した(1000×g、10分間、室温)。細胞を再懸濁し、数え、氷上のHKR中に300000細胞/チューブづつ取り分けた。Abz標識化ペプチドを懸濁液中の細胞と一緒に37℃で15分間および30分間振とうしながらインキュベートした。取り込みまたは流出を停止するために、トリプシン溶液を3分間加えた。細胞を1000×gで4℃で10分間スピンダウンした。蛍光検出のためにペレットをHKRに再懸濁し、または流出サンプルで、無ペプチドHKRと共に再びインキュベートした。蛍光をスペクトロマックス・ゲミニXS(モレキュラーデバイス、カリホルニア)で320/420nmで読んだ。細胞内濃度をAbz−標識ペプチドの標準曲線から計算した。Caco−2細胞の平均細胞容量をクールター256チャネライザー(クールタ・エレクトロニックス社、カリホルニア)を使用して測定した。
質量分析により検出されるペプチドの分解/細胞内取り込み
35mm細胞培養皿における8%融合細胞を、種々の時点において、無血清培地に溶解した10μMペプチドで処理した。細胞をPBSで3回洗い、細胞を氷上で0.1%HClで15分間処理することによって細胞溶解物を調製した。溶解物を13000gで5分間遠心分離し、凍結した。充填する前に、それらのサンプルをC18 Zip Tipカラム(ミリポア、スエーデン)を用いて精製し、その後Voyager−DR STR装置で分析した(アプライド・ビオシステムズ、フラミンガム)。
膜侵害アッセイ
2−デオキシグルコース・アッセイ
細胞を12−ウェルプレートに播種し、播種の5日後に実験に使用した。先ず最初に、2−デオキシ−D−[1−3H]−グルコースの0.5μCiを無糖緩衝液中で各ウェル(アマーシャム・ファルマシア・ビオテク、英国)に加えた。37℃で20分間インキュベーション後、ペプチドを無血清培地に加え、最終濃度5、10および20μMにした。陽性対照として、細胞をPBS中1%トリトンX−100で処理した(漏出の上限を確認するため)。1、5、15および30分に、150μl培地サンプルを集め、エマルジファイアセーフ・シンチレーション・カクテル(パッカード、オランダ)を加え、放射能をパッカード3255液体シンチレーションカウンタで測定した。各ウェルからの相対的放射性流出を未処理細胞のパーセンテージとして計算した。
ラクテート・デヒドロゲナーゼ・アッセイ
ラクテート・デヒドロゲナーゼ漏出を、プロメガ社(プロメガ、マジソン、ウィスコンシン)のCycloTox−ONE(商標)ホメオゲナス・メンブラン・インテグリティ・(Homeogeneous Membrane Integrity)アッセイを用いて試験し、メーカーの説明書によってラクテート・デヒドロゲナーゼ活性を計算した。
ヒスタミン放出アッセイ
細胞培養
RBL−2H3細胞をアメリカ培養コレクション(マナッサス、ヴァージニア)から入手した。細胞を、グルタマックス−I、非必須アミノ酸、ピルビン酸ナトリウム、ペニシリン、ストレプトマイシンおよび加熱不活性化ウシ胎児血清(10%)を補充したイーグル最小必須培地に培養した。全培地成分はインビトロゲン・コーポレーション(ペイスリー、英国)から得た。トリプシン/EDTAはPAAラボラトリーズ社(リンツ、オーストリア)から得た。細胞を1週間に2回分割し、T75あたり約1.2百万個の細胞を播種した。ヒスタミン放出アッセイでは、実験の前日に、24ウェル−プレートに1ウェルごとに125000〜250000個の細胞(1ml中)を播種した。
次の溶液を使用した:アッセイ緩衝液(10mM HEPES、140mM NaCl、5mM KCl、0.6mM MgCl2、 1mM CaCl2、5.5mM グルコース、pH7.4)、1M NaOH、10mg/ml o−フタルジアルデヒド(OPT)−メタノール溶液、3M HClおよび0.1%トリトンX−100。全ての化学物質はシグマ−アルドリッヒ(セントルイス、マサチューセッツ)からのものである。1mMペプチド保存溶液を水で調製し、アッセイ緩衝液を使用してさらに希釈した。細胞をアッセイ緩衝液で2回洗い、その後ペプチドをアッセイ緩衝液300μlに所望濃度で加えた。総細胞ヒスタミンを測定するために、幾つかのウェルを0.1%トリトンX−100にさらした。37℃で20分間インキュベートした後、曝露培地を1.5mlポリプロピレンチューブに移し、短時間遠心分分離した(2分間、3000rpm)。
OPTを使用するヒスタミン測定
OPTはシグマ−アルドリッヒ社、セントルイス、ミズーリ州、から入手した。上澄液200μlを黒色未処理マイクロウエル−プレート(NUNC)に移し、40μlの1M NaOHおよび10μlのOPT溶液を加え、4分間振とうすることによってヒスタミンを測定した。反応を停止するために、20μlの3M HClを加えた。30秒後、蛍光強度を355nm励起フィルタおよび455nm発光フィルタを使用して測定した(SPEKTRAMAX(商標)GEMINI XS、モレキュラデバイス、サニーベイル、カリホルニア)。放出されたヒスタミンを総細胞ヒスタミンのパーセンテージとしてあらわした。
ELISAを使用するヒスタミン測定
ヒスタミン用のELISAキットはIBL社(ハンブルグ、ドイツ)から入手した。アッセイはメーカーの説明書にしたがって実施した。吸光度測定はASYS Hith社(ユーゲンドルフ、オーストリア)からのディジスキャン(Digiscan)・マイクロプレート・リーダーを使用して行った。
[35S]−GTPγS結合アッセイ
[35S]−GTPγS結合の初速度に与えるペプチドの影響を若干改良を加えたマッケンジーによるプロトコルにしたがって測定した。つまり、膜を50000〜70000cpmの[35S]−GTPγS(アマーシャム・ビオサイエンシス)と共にアッセイ緩衝液(10mMトリス−HCl、0.1mM EDTA、5mM MgCl2、150mM NaCl、1mM DTT、10μM GDP、pH7.5)中でインキュベートした。アッセイ混合物中における最終的蛋白質濃度、インキュベーション時間および温度を調節し、結合曲線の直線部分にウィンドウを与えるようにした。一般的には、それぞれの数値は1−2.5mg/ml、2〜5分、15または25℃であった。未結合[35S]−GTPγSを除去するために、0.9mlの氷冷TE緩衝液(10mMトリスーHCl、0.1mM EDTA、pH7.5)を加え、反応混合物を、少なくとも1時間TE緩衝液に予備浸漬した、結合樹脂のないガラス繊維フィルタ(ミリポア、APFA02500)を通して急速濾過した。それらのフィルタを3×5mlの氷冷TE−緩衝液で洗い、カウンティング・バイアルに移した。10mlのシンチレーション・カクテル(エマルジファイアーセイフパッカード)を各バイアルに加え、翌日放射能を計数した。
ブタ冠状動脈に与えるCGRPRループ(M630)の細胞内ループの影響:
CGRP受容体ループiC4、配列391−405(VQAILRRNWNQYKIQ)を合成し、At1ARループについて既述したように、血管で試験した。
ブタ冠状動脈をKClを用いて収縮させた。その動脈を洗浄によって弛緩した後、50μM M630を加えた。約10分後に収縮が始まり、添加後15〜20分以内に最大値に達した。洗浄は収縮を逆転させなかった。その効果は再現性があり、常に非常にはっきりと認められた。典型的実験の記録を図41に示す。10分間の遅れ時間は、M630が細胞に侵入するために必要な時間であった。M630は収縮した動脈には効果を示さなかった。
この実験のための方法
1.細胞培養
Rin m5F細胞を10%ウシ胎児血清、2mM L−グルタミン、100単位/mlペニシリン、100μg/mlストレプトマイシンを補充したRPMI−1640培地に単層培養として37℃で5%CO空気中で増殖させた。
Sf9細胞は、10%加熱活性化ウシ胎児血清、100単位/mlペニシリン、100μg/mlストレプトマイシンを補充したグレース(Grace)のインセクト培地に単層培養として28℃で5%CO空気中で維持した。
2.Sf9細胞におけるG−蛋白質の過剰発現
Sf9細胞に、ヘテロトリマーG−蛋白質(Gαs、Gαi1、Gαo、Gα11)の種々のαサブユニットを担う組換えバキュロウィルス・ベクターをβ1γ2と共に、若干改良したネスマン(Naessman)らの方法によって同時トランスフェクトした。つまり、約6×106細胞/75cmフラスコ に高力価組換えバキュロウィルス・ストック溶液を感染させた。28℃で60分間インキュベーションした後、ウィルスストックを除去し、新鮮培地を加え、細胞を28℃で3日間増殖させた。G−蛋白質の発現を11%SDS−PAGEによって分析した。それは対照の非トランスフェクト細胞とは異なり、G−蛋白質のβ−サブユニットおよびαサブユニットにそれぞれ対応する分子量36および40〜45kDaの強い蛋白質バンドを示した。過剰発現したG−蛋白質の各型(Gs、Gi1、Go、G11)を、それぞれのモノクローナル抗体を使用してさらにチェックした。過剰発現の収率は、トランスフェクト細胞および非トランスフェクト細胞から得られた膜に対する[35S]−GTPγS結合率の比較によって評価した。
3.細胞膜の調製
細胞膜を既述のように若干改良を加えたマッケンジーたらのプロトコル、1992、によって得た。単層細胞培養物を洗浄し、その後TE緩衝液(10mM トリス−HCl、0.1mM EDTA、pH7.5)に再懸濁した。脳膜の場合はウィスターラットを殺し、全脳を摘出し、スライスした。脳皮質を分離し、液体窒素中で速やかに凍結した。膜調製の直前に、組織を細かく切り刻んだ。材料(組織または細胞)をポリトロン型ホモジナイザー(ブラウン社(Braun AG)、ドイツ)でホモジナイズした。ホモジネートを500×gで15分間遠心分離し、上澄液をベックマン−L8 70M超遠心機(ベックマン・インスツルメント、USA)で40000×gで30分間遠心分離することによって膜を集めた。全操作は4℃未満の温度で行われた。膜調製物中の蛋白質濃度はローリーらの方法(1952)によって測定して1ないし2.5mg/mlであった。
M630の細胞内取り込みを前記のように試験し、その結果を図42に示す。
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単一膜貫通(A)または7回膜貫通(B)受容体との相互作用の適用によってselCPPを特定位置に入れる図式である。 細胞内に拘束されているselCPPが、特異的受容体による認識事象によってその拘束をゆるめられ、インターナリゼーションが起きる。 キメラselCPPの略図である。 非共有結合selCPP−AB複合体と、エピトープ配列を露出する選択された細胞とのインキュベーション。ペプチドXはABと細胞表面蛋白質のペプチドX配列との競合的相互作用に導く。 不活性化されたselCPPの例。LoVo細胞におけるYTA−2(A)とYTA−2ps(B)とのインターナリゼーションの比較。両方とも37℃でTRITCアビジンによって検出されるビオチニル化ペプチドである。 プロテアーゼ活性化selCPP、フルオロフォア/クェンチャー(消滅)システムによる検出の例。基質金属プロテイナーゼ−2のYTA−2psの特異的切断の確認法(MMP−2)。 受容体およびトリマーG−蛋白質に結合した7TM架橋(spannung)G−蛋白質の図式的構造。 37℃におけるBowse細胞におけるGOP(M569)の細胞内取り込み。細胞質および細胞膜の両方に局在しているのがわかる。 細胞侵入ペプチドGOPによるラット膵島におけるインキュベート放出の促進 GOP(100nmol/kg)およびグルコース(1g/kg)のi.p.注射後の健康ラットにおける血糖濃度 GOP(100nmol/kg)およびグルコース(1g/kg)のi.p.注射後の健康ラットにおける血漿インスリン濃度 Prpc−アビジン−FITCのインターナリゼーション。2.5μMと共にアビジン−FITCの100倍希釈物をBowseメラノーマ細胞と共に3時間インキュベートした。細胞膜および核膜が明らかに輪郭づけられる。 LoVo細胞(ヒト結腸癌)、37℃、における10μMペプチドの転位 10μM濃度のN2A細胞の細胞内インターナリゼーションAおよびB)蛍光に結合したAPP521−536で処理した細胞。C)フルオレセインに結合したAPP725−740で処理した細胞。D)蛍光に結合したPS−1 97−109欠失類似体で処理した細胞。E)蛍光に結合した公知のCPPペネトラチンで処理した細胞。 Bowseメラノーマ細胞中のビオチニル−M511(A)、ビオチニル−グクランブルM511(B)、天然バックグラウンド(C)およびペネトラチン(D)の局在。ペプチド濃度10μM、インキュベーション時間1時間(4℃)。染色には150nMストレプトアビジン−FITCを使用した。 ブタ左前下行冠状動脈の収縮に与えるM511(上および中のパネル)およびスクランブルドM511(下のパネル)の影響。上皮のないブタ左前下行冠状動脈の場合(上パネル)および完全な上皮のある場合(中および下パネル)。矢印の意味:1−30mM KCl投与;2−サブスタンスPの投与;3−洗浄;4−16μM M511またはスクランブルドM511の投与。 M511(■)およびビオチン結合M511(□)の濃度と、ブタ冠状動脈の最大に認められる相対的収縮との関係。90mM KClによて得られた収縮を100%とした。曲線はプリズムコンピューター・パッケージ(グラフパド・ソフトウエア社、USA)を使用する非線型回帰法により、変数勾配(Hill係数)を有するが底部(0%)と頂部(100%)は固定値である用量反応等式によって作成した。 ブタ左前下行冠状動脈から作成した膜へのGTPγS結合率に与えるM511(□−膜とペプチドとの予備的インキュベーションなし;−● 膜とペプチドとの25分間の予備的インキュベーション)、ビオチニル化M511(○−膜とペプチドとの予備的インキュベーションなし)、およびスクランブルドM511(×−膜とペプチドとの予備的インキュベーションなし)の影響。 M511によって誘発されたブタ左前下行冠状動脈の収縮に与えるホスホリパーゼCインヒビタU73122の影響。収縮力は任意の単位で与えられる。矢印の意味:1−30mM KClの投与;2−サブスタンスPの投与;3−洗浄;4−16μM M511の投与;5−30μM U73122の投与。 M511(上のグラフ)およびアンジオテンシンII(下のグラフ)によって誘発されるブタ左前下行冠状動脈の収縮に与えるSar−Thr−アンジオテンシンIIの影響。矢印の意味:1−−30mM KClの投与;2−−洗浄;3−−100μM M511の投与;4−−1μM アンジオテンシンIIの投与;5−−45μM Sar−Thr−アンジオテンシンIIの投与。 未修飾60kDa PEI(A、B、C)またはTP10修飾PEI(D、E、F)をトランスフェクトした3日後のN2A細胞におけるGFP発現。プラスミド濃度は各時点に0.5μg/ウェルで、M/P比は4(AおよびD)、8(BおよびE)または16(CおよびF)である。 ネズミ線維芽細胞C3H 10T1/2で測定したGFP活性。各場合のプラスミド濃度1.2μg/ウェル。トランスフェクションの24時間後に発現を測定した。B)バックグラウンドを対照として示されたルシフェラーゼ活性。プラスミド濃度0.5μg/ウェル。蛋白質発現はトランスフェクションの72時間後に測定した。 マウス神経芽細胞腫N2A細胞の、未修飾ポリエチレンイミン(PEI)、または化学的に架橋したPEIおよびシステイニルYTA2またはTP10ペプチドによるトランスフェクション。2種類の濃度のPEIまたはペプチジル−PEIを試験した:1または0.5μg/1ml培地。トランスフェクションは無血清増殖培地(DMEM)中で3時間行われ、トランスフェクションの48時間後に写真をとった。YTA2およびTP10ペプチド類の使用でトランスフェクションが改善することが記録された。YTA2−PEIおよびPEI−TP10は未修飾PEIより2倍も多くの細胞にトランスフェクトし、トランスフェクトされた細胞における発現レベルもより高い。 ヒト7Tm受容体内のCPPの位置の走査。ヒト7Tm受容体配列をswissprot/trmblデータベースからダウンロードした。その配列について指示された長さ(8、12および17aa長さ)のCPPを検索した。蛋白質中のCPPの開始位置をその蛋白質の全長で割り、発生頻度に対してプロットする(CPPsフラクション)。ここで検索ウィンドウ17aaが最大のヒットを生じた。4つのピークは明らかに7Tmの細胞内4部分に対応し、最大のピークはIC3に対応する。CPPの機能性が7Tmのトポロジー並びに提案されたG−蛋白質の活性化部位の両方とよく相関するようにみえることは注目される。 不活性化されたselCPPの別の例。Bowes(A)および(B)およびCaco−2(C)および(D)におけるPenMMP14の取り込み。左側はフルオレセイン標識化ペプチド(A)および(C)の取り込みで、左はクマリン標識(B)および(D)である。 組織−(腫瘍)選択的取り込み(b)に導く、任意の組織/器官/細胞特異的プロテアーゼを代表する基質金属プロテアーゼ(a)によるselCPP活性化の図式。 組織−(腫瘍)選択的取り込み(b)に導く、基質金属プロテアーゼ(a)によるselCPP活性化の図式。 ヒト結腸腺癌、LoVo細胞におけるビオチニル化YTA−2のインターナリゼーション.A)ストレプトアビジン−FITCで検出 B)ヘキストによる核染色を比較。 LoVo細胞におけるYTA−2ps(B)と比較したYTA−2(A)のインターナリゼーション。両方とも37℃でTRITC−アビジンによって検出された。C)およびD)はストレプトアビジンTRITCおよび核染色で検出されるCaco−2細胞中のYTA−2。 蛍光標識化ペプチド(F)の取り込み。図は加えたペプチドの取り込み%で示される。 ペプチド誘導性ルミネセンス。A、C:指示された濃度のPS−1(7)およびPS−1(11)の4×8時間の曝露を受けたN293およびC283細胞系。B、D:4時間ペプチド曝露後のN293およびC283細胞系。 培養ヒト上皮ケラチノサイトへのApa−γGlu−Gly−Evo165の侵入。免疫蛍光的検出。 Bowes細胞の生育性に与える種々のMTX−pVEC結合体の影響。10%FBS−MEM中で24時間曝露。 Bowes細胞の生育性に与えるApa−γGlu−Gly−Evo165の影響(アッセイにはCell−TiterGlo(商標)を使用)。 Bowes細胞の生育性に与えるMTX、Apa−γGlu−Gly−YTA2およびYTA2の影響(アッセイにはCell−TiterGlo(商標)を使用)。 K562細胞生育性に与えるMTX、Apa−γGlu−Gly−YTA2およびYTA2の影響。7.5%FBS−RPMIに2日間曝露。 ジスルフィド結合でTp10−PNAに結合したsiRNA。構成物および細胞内の理論的作用メカニズムの略図。 Bowes細胞への1μMペプチド−DNA構成物の取り込み、37℃、30分間、24ウェルプレート。 十分に研究されたCPPによる細胞侵入の例。生きているCaco−2細胞内への1μMフルオ−ペプチドのペプチドインターナリゼーション。 37℃およびT/Eにおけるフルオ−ストレプトアビジンのYTA−2による蛋白質インターナリゼーション。selCPPの送達特性を示す。 4℃およびT/Eによるフルオ−ストレプトアビジンのYTA−2による蛋白質インターナリゼーション。selCPPの送達特性および温度依存性を示す。 ブタ冠状動脈に与えるM630(50μM)の影響。矢印は下記の操作を示す:1−KClの適用;2−洗浄;3−50μM M630の適用。 共焦点性顕微鏡によって可視化された、フルオレセインに結合したM630のN2a細胞への細胞インターナリゼーション。細胞は最終的ペプチド濃度5μMで37℃1時間インキュベートされた。

Claims (76)

  1. 細胞侵入ペプチドまたは蛋白質および/またはペプチドまたは蛋白質の細胞侵入フラグメントを確認する方法であって、
    a)前記蛋白質またはペプチドのアミノ酸配列を得、
    b)少なくとも1つの候補フラグメントのアミノ酸配列を選択し、
    d)前記配列のバルク特性値ZΣを評価し、ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、
    前記ZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は前記アミノ酸配列における残基類のそれぞれの記述子値の平均値であり、下記の式で計算され

    ΣX=(Zxres1+Zrxes2・・・・+Zxresn)/n

    xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子値であり、各残基の記述子値は表1Aに記載される記述子値スケールにおけるZ;Z;Z;ZおよびZ記述子値に対応し、
    e)前記少なくとも1つの候補フラグメント(類)から、そのZΣバルク特性値に基づいて細胞侵入フラグメントを確認し、
    細胞侵入フラグメントは実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられ、ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12であり、
    f)任意にインビトロおよび/またはインビボ法によって前記確認されたペプチドまたは蛋白質および/または前記フラグメントの細胞侵入能力を証明する諸工程を含む方法。
  2. ペプチドの細胞侵入特性をチェックする方法であって、
    a)ペプチドのアミノ酸配列を得、
    d)前記配列のバルク特性値ZΣを評価し、ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、
    ここでZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は下記の式で計算される、前記アミノ酸配列中の残基類のそれぞれの記述子値の平均値であり

    ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・・+Zxresn)/n

    xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子値であり、各残基の記述子値は表1Aに記載される記述子値スケールにおけるZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応し、
    e)前記ペプチドの細胞侵入特性を、そのZΣバルク特性値に基づいてチェックし、細胞侵入フラグメントは実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられ、ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12であり、
    f)前記確認された細胞侵入ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドを合成または分離し、
    g)任意に、合成または分離されたペプチドの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボ法によって証明する
    諸工程を含む方法。
  3. 細胞侵入ペプチドおよび機能的蛋白質模擬ペプチドの製法であって、
    a)対象とする機能的蛋白質を選択し、
    b)前記選択された蛋白質のアミノ酸配列を得、
    c)前記蛋白質の細胞内部分に対応する少なくとも1つの候補フラグメントのアミノ酸配列を選択し、
    d)前記配列のバルク特性値ZΣを評価し、ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、
    Σ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は下記の式で計算される前記アミノ酸配列中の残基類のそれぞれの記述子値の平均値であり、

    ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・・+Zxresn)/n

    xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子値であり、各残基の記述子値は表1Aに記載される記述子値スケールにおけるZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応し、
    e)前記少なくとも1つの候補フラグメント(類)からそのZΣバルク特性値に基づいて細胞侵入フラグメントを確認し、
    細胞侵入フラグメントは実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられ、その際ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12であり、
    f)前記確認された細胞侵入ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドを合成または分離し、
    g)任意に、前記合成または分離されたペプチドの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボ法によって証明する
    諸工程を含む方法。
  4. 人工的細胞侵入ペプチドおよび/または人工的細胞侵入性および機能的蛋白質模擬ペプチドを新たに設計し、生産する方法であって、
    a)少なくとも1つの人工的ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントを設計し、 d)前記人工的ペプチドまたはペプチドフラグメントのアミノ酸配列のバルク特性値ZΣを評価し、ZΣは少なくとも5つの個々の平均区間値ZΣ1;ZΣ2;ZΣ3;ZΣ4およびZΣ5を含み、
    ここでZΣ1、ZΣ2、ZΣ3、ZΣ4およびZΣ5は下記の式で計算される前記アミノ酸配列中の残基類のそれぞれの記述子値の平均値であり

    ΣX=(Zxres1+Zxres2・・・・+Zxresn)/n

    xresyは選択された候補フラグメントに含まれるアミノ酸残基yのそれぞれの記述子値であり、各残基の記述子値は表1Aに記載される記述子値スケールにおけるZ、Z、Z、ZおよびZ記述子値に対応し、
    e)前記人工的ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントの細胞侵入特性をそのZΣバルク特性値に基づいてチェックし、
    細胞侵入フラグメントは実質的に個々の平均区間値からなるZΣバルク特性値を有することによって特徴づけられ、その際ZΣ1<0.2;ZΣ2<1.1;ZΣ3<−0.49;ZΣ4<0.33;およびZΣ5<1.1およびZΣ5>0.12であり、
    f)細胞侵入性であることが確認されたアミノ酸配列を含む前記ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントを合成し、および
    g)任意に、合成ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントの蛋白質模擬機能性および/または細胞侵入能力をインビトロおよび/またはインビボ法によって証明する
    諸工程を含む方法。
  5. 工程e)後の前記アミノ酸配列が追加的に
    h)実質的に個々の平均区間値、すなわちZΣBulkha>3.1およびZΣBulkha<8.13およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<3.52およびZΣ2>−3.9およびZΣ2<3.1およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−3.51およびZΣhdb>−0.115およびZΣhdb<5.1およびhdb>0およびhdb<84からなる特性値を有することに関して評価され、選択される
    請求項1ないし請求項4のいずれかの項に記載の方法。
  6. 工程e)後の前記アミノ酸配列が追加的に
    h)実質的に個々の平均区間値、すなわちZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<5.9およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<1.92およびZΣ2>−1.22およびZΣ2<1.29およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−1.94およびZΣhdb>0.28およびZΣhdb<2およびhdb>5およびhdb<30からなる特性値を有することに関して評価および選択される請求項1ないし請求項4のいずれかの項に記載の方法。
  7. 工程e)後の前記アミノ酸配列が追加的に
    h)実質的に個々の平均区間値、すなわちZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<4.8およびZΣ1>−1.1およびZΣ1<1.92およびZΣ2>−1.1およびZΣ2<0およびZΣ3<−0.55およびZΣ3>−1.94およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<1.57およびhdb>7およびhdb<25からなる特性値を有することに関して評価および選択される
    請求項1ないし請求項4のいずれかの項に記載の方法。
  8. 工程d)およびe)に代わって、
    h)実質的に個々の平均区間値、すなわちZΣBulkha>3.1およびZΣBulkha<8.13およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<3.52およびZΣ2>−3.9およびZΣ2<3.1およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−3.51およびZΣhdb>−0.115およびZΣhdb<5.1およびhdb>0およびhdb<84からなる特性値を有することに関してアミノ酸配列を評価し、選択する
    工程を含む請求項1ないし請求項4のいずれかの項に記載の方法。
  9. 工程d)およびe)に代わって
    h)実質的に、個々の平均区間値、すなわちZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<5.9およびZΣ1>−1.25およびZΣ1<1.92およびZΣ2>−1.22およびZΣ2<1.29およびZΣ3<−0.5およびZΣ3>−1.94およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<2およびhdb>5およびhdb<30からなる特性値を有することに関してアミノ酸配列を評価および選択する工程を含む
    請求項1ないし請求項4のいずれかの項に記載の方法。
  10. 工程d)およびe)に代わって、
    h)実質的に、個々の平均区間値、すなわちZΣBulkha>3.2およびZΣBulkha<4.8およびZΣ1>−1.1およびZΣ1<1.92およびZΣ2>−1.1およびZΣ2<0およびZΣ3<−0.55およびZΣ3>−1.94およびZΣhdb>−0.28およびZΣhdb<1.57およびhdb>7およびhdb<25からなる特性値を有することに関してアミノ酸配列を評価および選択する工程を含む
    請求項1ないし請求項4のいずれかの項に記載の方法。
  11. 前記蛋白質が膜貫通蛋白質である請求項1ないし請求項10のいずれかの項に記載の方法。
  12. 前記蛋白質がヒトPrpC、アミロイド前駆体蛋白質(APP)およびプレセニリン−1(PS−1)からなる群から選択される蛋白質である請求項11記載の方法。
  13. 前記蛋白質が哺乳動物受容体、例えばチロシンキナーゼ受容体のスーパーファミリに属する受容体、7TM受容体および/またはG−蛋白質結合受容体などである請求項11記載の方法。
  14. 前記蛋白質がGLP−1受容体、AT1A受容体、およびドーパミン−2受容体からなる群から選択される蛋白質である請求項13記載の方法。
  15. 前記ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントの細胞侵入能力を、前記ペプチドおよび/またはペプチドフラグメントに曝露した後の前記細胞への検出可能色素の取り込み率をモニターすることによって証明する先行請求項のいずれかの項に記載の方法。
  16. 前記色素がフルオレセインである請求項15記載の方法。
  17. 先行請求項のいずれかの項に記載の方法によって得られる細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  18. 実質的に、先行請求項のいずれかの項に記載の方法によって得られるペプチドからなる細胞侵入ペプチド。
  19. 細胞侵入能力を有する8ないし50アミノ酸残基長のペプチドまたはそのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  20. ペプチドが14ないし30アミノ酸残基長である請求項19記載の細胞侵入ペプチド。
  21. ペプチドが16ないし20アミノ酸残基長である請求項19記載の細胞侵入ペプチド。
  22. 配列番号:6234−7420に列挙されるアミノ酸配列の一つに対応する8アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  23. 配列番号:1−150に記載されるアミノ酸配列の一つに対応する12ないし50アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  24. 配列番号:151−2684に記載されるアミノ酸配列の一つに対応する12アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  25. 配列番号:7421−11649に記載されるアミノ酸配列の一つに対応する12アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  26. 配列番号:2685−6233に記載されるアミノ酸配列の一つに対応する16アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  27. 配列番号:11650−18398に記載されるアミノ酸配列の一つに対応する16アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  28. 転写因子から誘導され、または転写因子または転写因子の少なくとも機能的部分に酷似するように設計された細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド。
  29. 配列番号:18399−31839に記載されるアミノ酸配列の一つに対応する8−16アミノ酸残基長のペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  30. セクレターゼから誘導され、またはセクレターゼまたは少なくともセクレターゼの機能的部分に酷似するように設計された細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド。
  31. 配列番号:31840−31864に記載されるアミノ酸配列の一つに対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  32. GLP−1受容体から誘導されるかまたはGLP−1受容体または少なくともGLP−1受容体の機能的フラグメントに酷似するように設計される細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド。
  33. 配列番号:31865−31886に記載されるアミノ酸配列の一つに対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  34. CGRP受容体から誘導されるか、またはCGRP受容体または少なくともCGRP受容体の機能的フラグメントに酷似するように設計される細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド。
  35. 配列番号:31895に示されるアミノ酸配列に対応するペプチドまたはペプチドフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  36. AT2型受容体から誘導されるかまたはAT2型受容体または少なくともAT2型受容体の機能的フラグメントに酷似するように設計される細胞侵入機能的蛋白質模擬ペプチド。
  37. 配列番号:31887−31894に記載されるアミノ酸配列の一つに対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  38. PrpCから誘導されるか、またはPrpCまたは少なくともPrpCの機能的フラグメントに酷似するように設計される細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド。
  39. 配列番号:31896−31899に示されるアミノ酸配列の一つに対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  40. アミロイド前駆体蛋白質(APP)またはプレセニリン−1(PS−1)から誘導されるか、またはアミロイド前駆体蛋白質(APP)またはプレセニリン−1(PS−1)または少なくともアミロイド前駆体蛋白質(APP)またはプレセニリン−1(PS−1)の機能的フラグメントに酷似するように設計される細胞侵入性機能的蛋白質模擬ペプチド。
  41. 配列番号:31900−31906に列挙されるアミノ酸配列の一つに対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される細胞侵入ペプチド。
  42. 請求項19ないし請求項41のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドの機能的類似体。
  43. 請求項19ないし請求項41のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/または非ペプチド類似体に少なくとも75%は一致する細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  44. 請求項19ないし請求項41のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/または非ペプチド類似体を含む細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  45. アミノ酸配列IVIAKLKAおよび/またはその細胞膜侵入性機能的類似体を含むペプチド類からなる群から選択される、請求項19ないし請求項44のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  46. アミノ酸配列IVIAKLKANLMCKTCRLAKを含む、請求項45記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  47. ペプチドがカーゴに結合する、請求項19ないし請求項46のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  48. ペプチドがS−S架橋によってカーゴに結合する、請求項47に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  49. 前記カーゴが細胞エフェクタである請求項47または請求項48に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  50. 前記カーゴが薬物学的活性成分である請求項47ないし請求項49のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  51. 前記カーゴが小分子、ペプチド、蛋白質、砂糖、一本鎖および/または二本鎖オリゴヌクレオチド、プラスミド、抗生物質、細胞傷害性および/または抗ウィルス物質からなる群から選択される請求項47ないし請求項50のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  52. 前記カーゴがマーカー分子である請求項47ないし請求項51のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  53. 配列番号:31907−31922に記載されるアミノ酸配列の一つに対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される、請求項47ないし請求項51のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体。
  54. a)標的細胞中に特異的に過剰発現しおよび/または標的細胞によって特異的に分泌されるプロテアーゼのためのプロテアーゼ・コンセンンサス部位を含む細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および
    b)細胞増殖抑制性および/または細胞傷害性物質
    を含む細胞増殖抑制および/または細胞傷害性物質の細胞選択的送達系であって、
    前記細胞選択的送達系がその他に前記細胞侵入ペプチドの活性を抑制する不活性化配列を含み、それは前記細胞選択的送達系が前記標的細胞の近くに導入されると前記プロテアーゼによって切断される
    前記細胞選択的送達系。
  55. 細胞にトランスフェクトするベクターであって、そのベクターは
    a)核酸成分、
    b)ポリカチオン結合体、および
    c)細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体
    を含み、同一条件における細胞あたりの平均トランスフェクション率が、成分a)およびb)だけ、または成分a)およびc)だけを含むベクターに比較して少なくともファクタ2だけ増加する
    前記ベクター。
  56. 前記ベクターが細胞の一過性トランスフェクションおよび/または安定的トランスフェクションに使用される請求項55記載のベクター。
  57. 前記ベクターが細胞のインビボおよび/またはインビトロトランスフェクションに使用される請求項56記載のベクター。
  58. 前記ベクターが細胞の非ウィルス性トランスフェクションのために使用される請求項57記載のベクター。
  59. 前記ポリカチオン結合体がポリエチレンイミン(PEI)である請求項55ないし請求項58のいずれかの項に記載のベクター。
  60. 配列番号:31913に記載されるアミノ酸配列に対応するペプチドまたはペプチドのフラグメントから選択される請求項55ないし請求項59のいずれかの項に記載のベクター。
  61. 前記細胞侵入ペプチドが請求項22ないし請求項27、請求項29、請求項31、請求項33、請求項35、請求項37、請求項39、請求項41、請求項45、請求項46、請求項52、および請求項60のいずれかの項に記載のペプチドまたはペプチドのフラグメントである請求項55ないし請求項59のいずれかの項に記載のベクター。
  62. さらに細胞および/または細胞型および/または組織に特異的であるという特徴を有する請求項22ないし請求項27、請求項29、請求項31、請求項33、請求項35、請求項37、請求項39、請求項41、請求項45、請求項46、請求項52、請求項59および請求項55ないし請求項60のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  63. 前記細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクターが選択的に細胞表面蛋白質と相互作用し、前記細胞および/または細胞型および/または組織に特異的な細胞侵入を媒介する請求項62記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  64. 前記細胞表面蛋白質が前記特異的な細胞および/または細胞型および/または組織に過剰発現する、請求項63記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  65. 前記細胞表面蛋白質が受容体チロシンキナーゼ型受容体類、グリコスフィンゴリピド類、CD44、erbB2、erbB3、および神経ペプチド受容体類からなる群から選択される請求項63または請求項64記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  66. 前記ペプチドおよび/またはベクターが、過剰発現した細胞内および/または細胞外蛋白質と選択的に相互作用し、それによって細胞および/または細胞型および/または組織に特異的な細胞侵入を媒介する、請求項62記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  67. 前記過剰発現する蛋白質が細胞および/または細胞型および/または組織特異的受容体に対するアゴニストおよびアンタゴニストからなる群から選択される、請求項62記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  68. 前記過剰発現する蛋白質がプロテアーゼ類、プロテアーゼインヒビタ類およびプロテアーゼアクチベータ類からなる群から選択される請求項62または請求項63記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター。
  69. 医薬組成物の製造のために請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター、および/または請求項54記載の細胞選択的送達系の使用。
  70. 請求項69によって製造される医薬組成物。
  71. 遺伝子治療のために請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクターおよび/または細胞選択的送達系および/または医薬組成物の使用。
  72. 遺伝子治療のための医薬組成物を製造するために、請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクターおよび/または細胞選択的送達系の使用。
  73. 腸/頬系の上皮、口、肺、直腸または鼻の粘膜、または哺乳動物の血液脳障壁を介するなど、上皮膜を介する膜貫通輸送のための薬剤送達系を作るために請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクターおよび/または細胞選択的送達系の使用。
  74. 感染性疾患、I型糖尿病、II型糖尿病、アルツハイマー病、パーキンソン病、癌からなる群から選択される医学的障害を治療および/または予防するための医薬組成物の製造のために請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクターおよび/または医薬組成物および/またはドラッグ・デリバリー・システムの使用。
  75. 医学的障害にかかった患者の治療法であって、請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター、医薬組成物および/またはドラッグ・デリバリー・システムを、それらを必要とする患者に適用することを含む方法。
  76. I型およびII型糖尿病、アルツハイマー病、パーキンソン病、プリオン病、心臓血管病、感染性疾患、シグナル形質導入の混乱に起因する諸疾患、または癌からなる群から選択される医学的障害にかかった患者を治療する方法であって、請求項17ないし請求項68のいずれかの項に記載の細胞侵入ペプチドおよび/またはその非ペプチド類似体および/またはベクター、医薬組成物および/または薬剤送達系を、それらを必要とする患者に適用することを含む方法。
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