JP2004536162A5

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Publication number: JP2004536162A5
Application number: JP2002574322A
Authority: JP
Filing date: 2002-03-19
Publication date: 2006-01-12
Anticipated expiration: 2022-03-19

Claims

核酸テンプレートによる合成を実行する方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）（ｉ）第１のコドン配列を規定する第１のオリゴヌクレオチドに共有結合された第１の反応性単位を含むテンプレート、および（ｉｉ）該テンプレートの第１のコドン配列に相補的な第１のアンチコドン配列を規定する第２のオリゴヌクレオチドに会合する第２の反応性単位を含む移動単位を提供する工程；
（ｂ）該第１の反応性単位および該第２の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第１のコドン配列および該第１のアンチコドン配列をアニーリングする工程；および
（ｃ）該第１の反応性単位と該第２の反応性単位との間で反応を誘導して、反応生成物を生成する工程、
を包含する、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記第２の反応性単位が、前記第２のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記テンプレートが、第２の異なるコドン配列をさらに備える、方法。
請求項３に記載の方法であって、前記テンプレートの第２の異なるコドン配列にアニーリングし得る第２の移動単位を提供する工程をさらに包含する、方法。
請求項４に記載の方法であって、前記第１の移動単位および前記第２の移動単位が、工程（ｂ）において一緒に提供される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記テンプレートに会合する反応生成物を選択するさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項６に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
請求項６に記載の方法であって、前記テンプレートを増幅するさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項６に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程をさらに包含する、方法。
核酸テンプレートによる合成を実行する方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）（ｉ）第１のコドン配列を規定する第１のオリゴヌクレオチドに会合された第１の反応性単位を含む増幅可能テンプレート、および（ｉｉ）該第１のコドン配列に相補的なアンチコドン配列を規定する第２のオリゴヌクレオチドに会合する第２の反応性単位を含む第１の移動単位を提供する工程；
（ｂ）該第１の反応性単位および該第２の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該コドン配列および該アンチコドン配列をアニーリングする工程；
（ｃ）該第１の反応性単位と該第２の反応性単位との間で反応を誘導して、反応生成物を生成する工程；および
（ｄ）該テンプレートを増幅する工程、
を包含する、方法。
請求項１０に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項１０に記載の方法であって、工程（ａ）において、前記テンプレートが、第２の異なるコドン配列をさらに含む、方法。
請求項１２に記載の方法であって、工程（ａ）が、前記テンプレートの第２の異なるコドン配列にアニーリングし得る第２の移動単位を提供する工程をさらに包含する、方法。
請求項１３に記載の方法であって、前記第１の移動単位および前記第２の移動単位が、工程（ｂ）において一緒に提供される、方法。
請求項１０に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、前記第１のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項１０に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、前記第１のオリゴヌクレオチドに非共有結合される、方法。
請求項１６に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、前記第１のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする第３のオリゴヌクレオチドを介して、該第１のオリゴヌクレオチドに結合する、方法。
請求項１０に記載の方法であって、前記第２の反応性単位が、前記第２のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項１０に記載の方法であって、前記テンプレートが、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅される、方法。
請求項１０に記載の方法であって、前記テンプレートに会合する反応生成物を選択するさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項２０に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
請求項２０に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに非共有結合される、方法。
核酸テンプレートによる合成を実行する方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）（ｉ）第１のコドン配列および第２の異なるコドン配列を規定する第１のオリゴヌクレオチドに会合された第１の反応性単位を含むテンプレート、および（ｉｉ）該テンプレートの第１のコドン配列に相補的な第１のアンチコドンを規定する第２のオリゴヌクレオチドに会合する第２の反応性単位を含む第１の移動単位を提供する工程；
（ｂ）該第１の反応性単位および該第２の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第１のコドン配列および該第１のアンチコドン配列をアニーリングする工程；
（ｃ）該第１の反応性単位と該第２の反応性単位との間で反応を誘導して、反応生成物を生成する工程；および
（ｄ）該テンプレートに会合する反応生成物を選択する工程、
を包含する、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記テンプレートの第２の異なるコドン配列にアニーリングし得る第２のアンチコドンを含む第３のオリゴヌクレオチドを含む第２の移動単位を提供する工程をさらに包含する、方法。
請求項２４に記載の方法であって、前記第２の移動単位が、第３の反応性単位をさらに含む、方法。
請求項２５に記載の方法であって、工程（ｄ）の前に、以下の工程：
（ｅ）前記第２のアンチコドン配列を前記テンプレートの第２の異なるコドン配列にアニーリングする工程；および
（ｆ）前記第３の反応性単位と反応生成物との間で反応を誘導して、それによって、工程（ｄ）において選択される改変された反応生成物を生成する工程、
を包含する、方法。
請求項２６に記載の方法であって、工程（ｅ）が工程（ｃ）より先である、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、前記第１のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、前記第１のオリゴヌクレオチドに非共有結合される、方法。
請求項２９に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、前記第１のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを介して、該第１のオリゴヌクレオチドに非共有結合する、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記第２の反応性単位が、前記第２のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記テンプレートを増幅するさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項２３に記載の方法であって、前記第１の反応性単位が、複数の反応物と反応し得る骨格分子を備える、方法。
核酸テンプレートによる合成を実行する方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）（ｉ）第１のコドン配列および第２の異なるコドン配列を規定する第１のオリゴヌクレオチドに会合された骨格分子を含むテンプレートであって、該骨格分子が、改変のための複数の部位を含む、テンプレート、および（ｉｉ）該第１のコドン配列に相補的な第１のアンチコドンを規定する第２のオリゴヌクレオチドに共有結合する反応性単位を含む第１の移動単位を提供する工程；
（ｂ）該骨格分子および該反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第１のコドン配列および該第１のアンチコドン配列をアニーリングする工程；および
（ｃ）該反応性単位と該骨格分子との間で共有結合形成反応を誘導して、改変された骨格分子を生成する工程、
を包含する、方法。
請求項３６に記載の方法であって、前記骨格分子が、第１のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項３６に記載の方法であって、前記反応性単位が、前記第２のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
請求項３６に記載の方法であって、前記テンプレートの第２の異なるコドン配列にアニーリングし得る第２のアンチコドン配列を規定する第３のオリゴヌクレオチドと会合する反応性単位を含む第２の移動単位を提供する工程をさらに包含する、方法。
請求項３６に記載の方法であって、前記第２の移動単位の第２のアンチコドン配列を、前記テンプレートの第２の異なるコドン配列にアニーリングする工程をさらに包含する、方法。
請求項４０に記載の方法であって、前記改変骨格分子と前記第２の反応性単位との間で共有結合を誘導する工程をさらに包含する、方法。
請求項３６に記載の方法であって、前記テンプレートと会合する改変骨格分子を選択するさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項４２に記載の方法であって、前記改変骨格分子が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
請求項４２に記載の方法であって、前記テンプレートを増幅するさらなる工程をさらに包含する、方法。
請求項４２に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記改変骨格分子の同定を容易にする工程をさらに包含する、方法。
請求項４４に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記改変骨格分子の同定を容易にする工程をさらに包含する、方法。
請求項４０に記載の方法であって、前記第１の移動単位および前記第２の移動単位が、工程（ｂ）において一緒に提供される、方法。
請求項３６に記載の方法であって、前記骨格分子が、複数の反応物と反応し得る、方法。
単一の溶液において複数の反応生成物を作製する方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）対応する複数の第１のオリゴヌクレオチドに会合する複数の第１の反応性単位を含む複数のテンプレートを提供する工程であって、ここで、各第１のオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのコドン配列を規定する、工程；
（ｂ）対応する複数の第２のオリゴヌクレオチドに共有結合される複数の第２の反応性単位を含む複数の移動単位を提供する工程であって、ここで、該第２のオリゴヌクレオチドが、各々、コドン配列に相補的なアンチコドンを規定する、工程；
（ｃ）該第１の反応性単位および該第２の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、相補的なコドン配列およびアンチコドン配列をアニーリングする工程；および
（ｄ）リボソームの支援無しで、該反応性単位間に共有結合形成反応を誘導して、複数の異なる反応生成物を作製する工程、
を包含する、方法。
請求項４９に記載の方法であって、所望の特性を有する反応生成物を選択する工程をさらに包含する、方法。
請求項５０に記載の方法であって、少なくとも１つの反応生成物が、標的分子に結合する、方法。
請求項５１に記載の方法であって、前記標的分子がタンパク質である、方法。
請求項５１に記載の方法であって、前記標的分子が、固体支持体に固定されている、方法。
請求項４９に記載の方法であって、各々のテンプレートに会合する前記第１の反応性単位が、異なる、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記反応性単位の少なくとも１つが、その対応するオリゴヌクレオチドの末端領域に隣接して結合される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記反応性単位の各々が、その対応するオリゴヌクレオチドの末端領域に隣接して結合される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記テンプレートにおいて、前記コドンが、その反応性単位から少なくとも１０塩基離れて配置される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記テンプレートにおいて、前記コドンが、その反応性単位から少なくとも２０塩基離れて配置される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記オリゴヌクレオチドの１つが、互いにアニーリングしてヘアピンを生成する一対の相補的な配列をさらに含む、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記工程（ａ）において提供されるテンプレートが、前記第１の反応性単位を同定するオリゴヌクレオチド配列をさらに含む、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記移動単位の反応性単位が、前記第２のオリゴヌクレオチドに対するリンカーを介して連結される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記移動単位の第２のオリゴヌクレオチドに対するリンカーによって結合されたままである、方法。
請求項６１に記載の方法であって、前記移動単位が、切断された場合に、前記反応生成物上に原子を残さないリンカーを含む、方法。
請求項６１に記載の方法であって、前記移動単位が、切断された場合に、前記反応生成物上に原子を残すリンカーを含む、方法。
請求項６１に記載の方法であって、前記反応生成物が、反応生成物の形成の間または後で、前記第２のオリゴヌクレオチドから自動的に切断される、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記テンプレートが、ＤＮＡまたはＲＮＡである、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記テンプレートおよび前記移動単位の少なくとも１つが、表面上に固定されている、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記第１の反応性単位および前記第２の反応性単位が、前記オリゴヌクレオチドのアニーリングの際に自発的に反応する、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記第１の反応性単位および前記第２の反応性単位が、触媒への曝露の際に反応する、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記第１の反応性単位および前記第２の反応性単位が、水性溶媒中で反応して、反応生成物を生成する、方法。
請求項１に記載の方法であって、前記第１の反応性単位および前記第２の反応性単位が、有機溶媒中で反応して、反応生成物を生成する、方法。
リボソームの支援無しで、化学反応を誘導するインビトロの方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）（ｉ）第１のオリゴヌクレオチドに共有結合された第１の反応性単位、および（ｉｉ）該第１のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし得る第２のオリゴヌクレオチドに共有結合され、第２の反応性単位を示す配列を含む、第２の反応性単位を提供する工程；
（ｂ）該第１の反応性単位および該第２の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第１のコドン配列および該第１のアンチコドン配列をアニーリングする工程；および
（ｃ）該第１の反応性単位および該第２の反応性単位を反応性の近位にもってくるように該第１のオリゴヌクレオチドおよび該第２のオリゴヌクレオチドをアニーリングして、その結果、該反応性単位が、リボソームの支援無しで、互いに反応し、反応生成物を生成する、工程、
を包含する、方法。
請求項７２に記載の方法であって、前記第１のオリゴヌクレオチドが、前記第１の反応性単位を同定する配列を含む、方法。
請求項７２に記載の方法であって、前記第２の反応性単位を同定する配列が、コドン配列である、方法。
請求項７２に記載の方法であって、前記第２の反応性単位を同定する配列が、アンチコドン配列である、方法。
請求項７２に記載の方法であって、前記アニーリングされた第１のオリゴヌクレオチドおよび第２のオリゴヌクレオチドが、前記第２の反応性単位を同定する配列を含む複合体中に存在する、方法。
請求項７２に記載の方法であって、前記第２の反応性単位を同定する配列の配列を決定して、それによって、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程を包含する、方法。
請求項７２に記載の方法であって、前記反応生成物を選択するさらなる工程を包含する、方法。