JP2007504831A5 - - Google Patents

Claims (15)

1. 遺伝子発現プロファイルを決定する方法において、
   ａ）ＲＮＡ試料を提供するステップ；
   ｂ）逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｒｔＰＣＲ）によりＲＮＡ試料のメンバーサブセットを選択的に増幅し、かつＰＣＲ産物セットを生成するステップであって、ｒｔＰＣＲが、少なくとも１つの遺伝子特異的プライマ対を含む反応混合物で実施され、該遺伝子特異的プライマがさらに少なくとも１つの汎用プライミング配列を含むステップ；
   ｃ）複数の遺伝子発現産物に対応する核酸メンバーセットを含むアレイを提供するステップであって、前記セットの前記核酸メンバーが前記アレイ内の目立たない物理的場所に位置づけされ、前記セットの少なくとも１つのメンバーが前記ＰＣＲ産物セットのメンバーの少なくとも１つの部分に相補的であるステップ；
   ｄ）前記アレイの相補的メンバー核酸に対しメンバーＰＣＲ産物をハイブリッド形成するステップ；
   ｅ）前記アレイ内の目立たない物理的場所においてハイブリッド形成されたメンバーＰＣＲ産物を検出し、かくして遺伝子発現プロファイルを決定するステップ、
   を含んで成る方法。
2. 前記ＲＮＡ試料を提供するステップが、細胞培養又は患者からの組織試料からＲＮＡを得るステップを含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記ＲＮＡ試料を提供するステップがさらに対照ＲＮＡ配列を提供するステップを含む、請求項１に記載の方法。
4. 前記ＲＮＡ試料を増幅させるステップが、メンバーリボ核酸の全体的増幅又はメンバーリボ核酸のサブセットの選択的増幅を実施するステップを含む、請求項１に記載の方法。
5. 前記少なくとも１つの汎用プライミング配列を含む前記少なくとも１つのプライマがさらに検出可能な部分を含み、かくして検出可能なＰＣＲ産物セットを生成する、請求項１に記載の方法。
6. 前記汎用プライマが前記ＰＣＲ産物セットの生成に先立って又は前記ＰＣＲ産物セットを生成した後に標識される、請求項５に記載の方法。
7. 前記遺伝子特異的プライマがさらに少なくとも１つのバーコード配列を含む、請求項１に記載の方法。
8. 汎用プライミング配列を含む第１の遺伝子特異的プライマ対がさらに第１のバーコード配列を含み、汎用プライミング配列を含む第２の遺伝子特異的プライマ対がさらに第２のバーコード配列を含む、請求項７に記載の方法。
9. 前記ＲＮＡ試料を増幅させるステップがさらに、２つ以上のＰＣＲ産物対をプールするステップを含む、請求項１に記載の方法。
10. 前記アレイがマイクロアレイ、ドットブロットアレイ又は規則配列アレイを含む、請求項１に記載の方法。
11. 前記アレイを提供するステップが、核酸の２次元アレイ又は核酸の３次元アレイを提供するステップを含む、請求項１に記載の方法。
12. 前記ＲＮＡ試料を提供するステップが、第１の生物学的供給源からの第１のＲＮＡ試料及び第２の生物学的供給源からの第２のＲＮＡ試料を提供するステップを含み、前記アレイの相補的メンバー核酸に対しメンバーＰＣＲ産物をハイブリッド形成するステップが競合的ハイブリダイゼーションを実施するステップを含む、請求項１に記載の方法。
13. 前記第１のＲＮＡ試料、前記第２のＲＮＡ試料、又は前記第１及び第２のＲＮＡ試料の両方から生成されたメンバーＰＣＲ産物が標識される、請求項１２に記載の方法。
14. 汎用プライミング配列を含む少なくとも１つのプライマが蛍光標識を含み、前記ハイブリッド形成されたメンバーＰＣＲ産物を検出するステップが蛍光標識の強度を判定するステップを含む、請求項１に記載の方法。
15. 前記ハイブリッド形成されたメンバーＰＣＲ産物を検出するステップが、前記ハイブリッド形成されたメンバーＰＣＲ産物の相対的量を定量化するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。