JP4128453B2 - 新規分子機能の進化 - Google Patents
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Description
新たな機能を有する分子を作製するための古典的「化学アプローチ」は、薬物の発見から合成方法論まで、そして材料科学までの範囲にわたる適用において、前世紀をとおして広範に用いられている。このアプローチ(図1、黒色)では、研究者は、候補分子を合成または単離し、これらの候補を所望の特性についてアッセイし、未知の場合は活性化合物の構造を決定し、このアッセイおよび構造データに基づいて構造活性相関をまとめ、次いで改善された特性を保有するように設計された新世代の分子を合成する。コンビナトリアルケミストリーの方法(例えば、A.V.EliseevおよびJ.M.Lehn.Combinatorial Chemistry In Biology 1999,243,159−172;K.W.Kuntz,M.L.SnapperおよびA.H.Hoveyda.Current Opinion in Chemical Biology 1999,3,313−319;D.R.LiuおよびP.G.Schultz.Angew.Chem.Intl.Ed.Eng.1999,38,36を参照のこと)はこのアプローチのスループットを増大させてきたが、その基本的限界は変化していないままである。いくつかの要因は、分子機能を生じる化学的アプローチの有効性を制限している。第一に、新たな機能をもたらすを構造変化を正確に予測する能力は、しばしば、分子のわずかなコンホメーション再配置、不測の溶媒相互作用または結合事象もしくは反応事象の未知の立体化学的必要条件に起因して不充分である。構造活性相関より得られる複雑さは、頻繁に、合理的リガンド設計もしく触媒設計の成功(ハイスループット様式で行われる試みを含む)を制限する。第二に、候補のコレクションの各メンバーを、選択するのではなく、アッセイまたはスクリーニングする必要性は、各実験において探索され得る分子数を制限する。最終的に、合成分子を増幅する方法がないことは、特徴付け、スクリーニングおよび構造解明のために産生されなければならない物質の最少量を必要条件とする。その結果、ほぼ106より多くの異なる合成化合物のライブラリーを作製することは困難であり得る。
本願は、米国仮特許出願第60/277,081号(2001年3月19日出願;発明の名称「Nucleic Acids Directed Synthesis of Chemical Compounds」);同第60/277,094号(2001年3月19日出願、発明の名称「Approaches to Generating New Molecular Function」);および同第60/306,691号(2001年7月20日;発明の名称「Approaches to Generating New Molecular Function」)(これらの出願の各々の全内容は、本明細書中に参考として援用される)に対する米国特許法119(e)条のもとでの優先権を主張する。
核酸およびタンパク質以外のクラスの分子を増幅および進化させ得る必要性の認識は、本発明をもたらし、テンプレートによって指向される、分子の合成、増幅および進化のための方法および組成物を提供した。一般に、これらの方法は、進化可能なテンプレートを用いて、化合物または化合物のライブラリーの合成を導く(すなわち、テンプレートは実際に、化合物の合成をコードする)。核酸のようなテンプレートを用いてコードまたは合成されるライブラリーに基づいて、ライブラリーを増幅、進化およびスクリーニングするための方法が提供される。特に目的の特定の実施形態では、化合物は、核酸でもそのアナログでもなく、核酸にもそのアナログにも類似していない化合物である。特定の実施形態では、テンプレートにコードされるこれらのコンビナトリアルライブラリーの化合物は高分子であり、より好ましくは非天然の高分子(すなわち、天然のペプチド、タンパク質およびポリヌクレオチドを除く)である。他の実施形態では、これらの化合物は、低分子である。
用語抗体とは、天然であるか、または完全もしくは部分的に合成によって生成されたかによらず、免疫グロブリンをいう。特異的結合能力を保持するその全ての誘導体もまた、この用語に含まれる。この用語はまた、免疫グロブリン結合ドメインに相同であるかまたは大部分相同である結合ドメインを有する任意のタンパク質を包含する。これらのタンパク質は、天然の供給源から誘導され得るか、または部分的もしくは完全に合成によって生成され得る。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであり得る。抗体は、ヒトの以下のクラスのいずれかを含め、任意の免疫グロブリンクラスのメンバーであり得る:IgG、IgM、IgA、IgD、およびIgE。しかし、IgGクラスの誘導体は、本発明において好ましい。
上記に議論されるように、化学物質(限定されないが低分子および高分子を含む)が、生体高分子(例えば、ポリヌクレオチドおよびタンパク質)増幅し、そして進化し得るのと同じ方法で、成長および増幅し得ることが所望される。DNAテンプレート合成は、DNA配列における情報を合成的低分子へと翻訳する可能な手段を提供することが証明された。一般的に、1つの反応物に結合されるDNAテンプレートは、産物を得るために、相補的なDNA分子に結合される第2の反応基を補充され得る。DNAハイブリダイゼーションは、配列特異的であるので、DNAテンプレート反応の結果は、対応する反応産物への特定のDNA配列の翻訳である。図2に示されるように、相補的なオリゴヌクレオチド(T.Inoueら J.Am.Chem.Soc.1981,103,7666;L.Inouら J.Mol.Biol.1984,178,669−76)の配列特異的オリゴマー形成を触媒するような一本鎖核酸テンプレートの能力が、示された。この発見のすぐ後に、DNAテンプレートまたはRNAテンプレートが相補的なDNAまたはRNAの、モノヌクレオチド、ジヌクレオチド、トリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの重合を触媒し得ることが見出された(T.Inoueら J.Am.Chem.Soc.1981,103,7666;L.E.Orgelら Acc.Chem.Res.1995,28,109−118;H.Remboldら J.Mol.Evol.1994,38,205;L.Rodriguezら J.Mol.Evol.1991,33,477;C.B.Chenら J.Mol.Biol.1985,181,271)。DNAテンプレートまたはRNAテンプレートは、種々の非天然核酸アナログ(ペプチド核酸(C.Bohlerら Nature 1995,376,578)、ホスホロチオネート含有核酸(M.K.Herrleinら J.Am.Chem.Soc.1995,117,10151−10152)、ホスホロセレネート含有核酸(Y.Xuら J.Am.Chem.Soc.2000,122,9040−9041;Y.Xuら Nat.Biotechnol.2001,19,148−152)、およびホスホロアミデート含有核酸(A.Lutherら Nature 1998,396,245−8)核酸、非リボース核酸(M.Bolliら Chem.Biol.1997,4,309−20)およびリン酸結合がアミノエチル基(Y.Gatら Biopolymers 1998,48,19−28)で置き変えられたDNAアナログを含む)の形成を加速することを示した。核酸テンプレートはまた、ヌクレオチドアナログの間のアミンのアシル化を触媒し得る(R.K.Bruickら Chem.Biol.1996,3,49−56)。
上記に議論されるように、1つ以上のテンプレートが、本発明の方法において使用され、そして移動単位にハイブリダイズして化学物質の合成を指示する。当業者に理解されるように、任意のテンプレートは、本発明の方法および組成物に使用され得る。変異されそしてそれによって成長したテンプレートを使用して、本明細書中に記載されるような別の化学物質または化学物質のライブラリーの合成を導き得る。本明細書中により詳細に記載されるように、成長可能なテンプレートは、化学物質の合成をコードし、そして化学物質の合成履歴を後にデコードするために、化学物質を間接的に増幅するために、そして/または化学物質を進化する(すなわち、多様化、選択および増幅)ために使用され得る。特定の実施形態において、成長可能なテンプレートは、核酸である。本発明の特定の実施形態において、テンプレートは、核酸に基づく。
上記のように、本発明の方法において、アンチコドンおよび反応性単位を含む移動単位はまた提供される。本発明において使用されるアンチコドンは、核酸テンプレート内に存在するコドンに相補的であるように設計され、そしてその中で使用される核酸テンプレートおよびコドンを考慮して設計されるべきであることが理解される。例えば、テンプレートに使用される配列ならびにコドンの長さは、アンチコドンの設計において考慮する必要がある。テンプレートに使用されるコドンに相補的である任意の分子が、本発明の方法において使用され得る(例えば、ヌクレオチドまたは非天然ヌクレオチド)。特定の他の実施形態において、コドンは、自然界で見出される1つ以上の塩基(すなわち、チミジン、ウラシル、グアニジン、シトシン、アデニン)を含む。特定の他の実施形態において、アンチコドンは、塩基、糖および任意のリン酸基を有する通常自然界で見出される1つ以上のヌクレオチドを含む。なお他の実施形態において、塩基は、通常自然界で見出される糖−リン酸骨格(例えば、非天然ヌクレオチド)でない骨格に沿って延長される。
種々の化合物および/またはライブラリーが、本発明の方法を用いて調製され得ることが理解される。上記のように、特別な目的の特定の実施形態において、核酸でもそのアナログでもなく、それらに似てもいない化合物が、本発明の方法に従って合成される。
本発明の方法において、上述のような核酸テンプレートは、非天然の高分子、低分子、または任意の他の型の目的の分子の合成を指向するように提供される。一般に、複数の核酸テンプレートが提供され、ここで、提供される異なる配列の数の範囲は、2〜1015である。本発明の1つの実施形態において、複数の核酸テンプレートが提供され、好ましくは少なくとも100個の異なる核酸テンプレート、より好ましくは少なくとも10000個の異なる核酸テンプレート、そして最も好ましくは少なくとも1000000個の異なる核酸テンプレートが提供される。提供される各テンプレートは、特定の非天然の高分子または低分子の合成をコードするために使用される特有の核酸配列を含む。上述のように、テンプレートはまた、重合化が開始される第1級アミンのような機能性を有し得るか、または低分子骨格であり得る。特定の実施形態において、核酸テンプレートは、1つの「ポット(pot)」に提供される。特定の実施形態において、テンプレートは、水性媒体中に提供され、そしてこれに続く反応が、水性媒体中で実行される。
本発明の方法および組成物は、所望の特性を有する分子を生成するための新しい方法を提供する。このアプローチは、非常に強力な遺伝的方法と一緒になり、分子生物学者は、有機化学の柔軟性および力を数十年間利用してきた。遺伝的選択による非天然の高分子の調製、増幅および展開の能力は、活性、バイオアベイラビリティ、安定性、蛍光、感光、またはタンパク質および核酸中に見出される制限された1組の構築ブロックを用いて達成することが困難であるか、もしくは不可能である他の特性を保有する、新しいクラスの触媒を導き得る。同様に、変異および選択の反復する周期によって低分子を調製、増幅、および展開するために開発された新しいシステムは、より遅い従来の薬物送達方法によって単離されたものよりも優れた特性を有する新規リガンドまたは薬物の単離を導き得る(実施例7を参照のこと)。
本発明はまた、本発明の方法における使用のためのキットおよび組成物を提供する。このキットは、本発明の実施において有用な、任意の物品または組成物を備え得る。このキットは、テンプレート、アンチコドン、移動単位、モノマー単位、構築ブロック、反応物、低分子骨格、緩衝液、溶媒、酵素(例えば、熱安定ポリメラーゼ、逆転写酵素、リガーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ、クレノウフラグメント、ポリメラーゼ、アルカリホスファターゼ、ポリヌクレオチドキナーゼ)、リンカー、保護基、ポリヌクレオチド、ヌクレオシド、ヌクレオチド、塩、酸、塩基、固体支持体、または任意のこれらの組み合わせを備え得るが、これらに限定されない。
以下に示される代表的な実施例は、発明の例示を助けることを意図し、本発明の範囲を制限することを意図せず、またそのように解釈すべきでない。確かに、本明細書中に示され、そして記載されるものに加えて、本発明の種々の改変および多くのさらなるその実施形態は、この文書の全部の内容から当業者に理解され、この文書は、本明細書中で引用される科学文献および特許文献に従い、そしてこれらを参照する例を含む。引用された参照の内容が、当該分野の状態の例示を助けるために、本明細書中で参考として援用されることが、さらに理解される。
明瞭に、上述の低分子展開アプローチを実行するために、DNAテンプレート化合成の普遍性の確立が必要とされる。第1に、本発明は、このアプローチに対する普遍性を確立し、従ってDNAテンプレート化合成を用いた種々の化学的化合物の合成を可能にする。図6aに示されるように、液相DNAテンプレート化合成を支持する2つのDNA構成の能力を確立した。求電子マレイミド基を有するヘアピン(H)テンプレートおよびエンドオブヘリックス(E)テンプレートは、相補的DNAオリゴヌクレオチドに連結した1当量のチオール試薬と効果的に反応して、−25℃でチオエーテル生成物を生じた。DNAテンプレート化反応速度(κapp=約105M−1s−1)は、HおよびEの構造に類似していた一方で、その反応基の相対的な方向とは有意に異なっていた。反対に、配列不適合を含む試薬を用いた場合、または過剰のβ−メルカプトエタノールで予めクエンチされたテンプレートを用いた場合、生成物は観察されなかった(図6a)。故に、両方のテンプレートは、たとえ生じた産物の構造が、天然のDNA骨格の構造と著しく異なっていたとしても、マレイミドへのチオールの配列特異的DNAテンプレート化添加を支持する。反応条件(pH7.5、25℃、250mM NaCl、60nM テンプレートおよび試薬)下でテンプレートの分子間反応物は、ほとんどまたは全く観察されない。
(DNA合成) DNAオリゴヌクレオチドを、標準的なプロトコルを用いてPerSeptive Biosystems Expedite 8909 DNA合成機で合成し、そして逆相HPLCによって精製した。オリゴヌクレオチドを、分光光度的および変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)に続くエチジウムブロマイドまたはSYBR Green(Molecular Probes)を用いる染色およびStratagene Eagle Eye II濃度計を用いる定量化によって定量化した。ホスホルアミダイト(5’−NH2−dT基、5’テトラクロロフルオレセイン基、無塩基の骨格スペーサー基、C3骨格スペーサー基、9−結合ポリエチレングリコールスペーサー基、12−結合飽和炭化水素スペーサー基、および5’ビオチン基の合成を可能にする)は、Glen Researchから購入された。チオール連結オリゴヌクレオチド試薬を、C3ジスルフィドコントロールドポアガラス(Glen Research)上で合成した。
上記されるように、DNAテンプレート合成化学の一般性を、試験した(Liuら、J.Am.Chem.Soc.2001,123,6961を参照のこと)。詳細には、DNA様コンフォメーションへの反応性基の正確な整列化を必要とせずに、化学反応の適度な収集に関するDNAテンプレート合成の能力を実証した。実際に、DNAテンプレート合成の距離非依存性および配列の正確さは、1,000を越えるテンプレートのモデルライブラリを、対応するチオエステル生成物へと同時にワンポット変換させ、これらの1つを、タンパク質ストレプトアビジンへの結合についてインビトロでの選択によって濃縮し、そしてPCRによって増幅した。
官能化したテンプレートおよび試薬を、代表的には、5’−NH2末端化オリゴヌクレオチド(テンプレート1について)、5’−NH2−(CH2O)2末端化オリゴヌクレオチド(他の全てのテンプレートについて)または3’−OPO3−CH2CH(CH2OH)(CH2)4NH2末端化ヌクレオチド(全ての試薬について)を、0.2Mリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.2)中の適切なNHSエステル(DMF中20mg/mL溶液の0.1容量)と25℃で1時間、反応させることによって調製して、図13および図15に示される構造のテンプレートおよび試薬を提供した。アミノ酸連結試薬6〜9について、0.2Mリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.2)中の3’−OPO3CH2CH(CH2OH)(CH2)4NH2末端化オリゴヌクレオチドを、DMF中100mMビス[2−(スクシンイミジルオキシカルボニルオキシ)エチル]スルホン(BSOCOES,Pierce)溶液の0.1容量と25℃で10分間、続いて300mM NaOH中の300mMアミノ酸の0.3容量と25℃で30分間反応させた。
(例示的なリンカーの開発)
当業者に理解されるように、ゲル電気泳動による分析を容易にすることは、反応の進行の間、生成物に結合する試薬のDNA部分を除去するためにしばしば有用である。しかし、インビトロ選択に適当な合成小分子の対応するライブラリーへ、DNAのライブラリーを翻訳するためにDNAテンプレート合成を使用することは、試薬の反応性基をそれらの解読DNAオリゴヌクレオチドと結合する切断可能なリンカーの開発を必要とする。以下および本明細書中に記載されるように、3つの例示的な型のリンカーが、開発されてきた(図18を参照のこと)。1つの反応性基を有する試薬について、反応部分へ脱離基としてのDNAを位置決めすることが望ましい。この「自己切断可能な」リンカーの戦略下で、DNA反応性基の結合が、反応の自然な結果として切断される。しかし、このアプローチの1つの例として、蛍光Wittigホスホラン試薬(14、図19を参照しながら)を合成し、ここで解読DNAオリゴヌクレオチドは、アリールホスフィン基の1つに結合される(図19左を参照のこと)。アルデヒド結合テンプレートを用いたDNAテンプレートWittig反応は、蛍光基の、Wittig試薬からテンプレートへのほとんど定量的な移動および試薬のDNA部分からのアルケン生成物の同時の遊離が生じる。さらに、1つを超える反応性基を有する試薬は、2つのさらなるリンカー戦略の1つを介して、それらの解読DNAオリゴヌクレオチドに結合され得る。「スカーレス(scarless)」リンカー戦略において、1つの反応性基のDNAテンプレート反応の後、第2の反応性基を介して結合されるリンカーの切断が生じ、あとにさらなる化学官能基を残さずに生成物を生じる。例えば、解読DNAオリゴヌクレオチドにカルバモイルエチルスルホンリンカーを介して結合された一連のアミノ酸試薬を、合成した(図19、中央)。これらのアミノ酸試薬を使用するDNAテンプレートアミド結合形成の生成物を、水性アルカリ緩衝液で処理し、カルバモイル基の定量的な脱離および自発的な脱炭酸を行った。従って、このスカーレスリンカーの脱離の生成物は、完全に移行されたアミノ酸部分である。本発明のなお他の実施形態において、第3のリンカー戦略(「有用なスカー(scar)」)は、有用な化学基を誘導することが、リンカー切断の結果として有利であり得る戦略において使用され得る。特に、「有用なスカー」は、以後の工程において、官能化され得、リンカー切断後に残される。例えば、1,2−ジオールを介して解読DNAオリゴヌクレオチドへと連結されるアミノ酸試薬を、作製した。アミド結合生成に続いて、このリンカーを、NaIO4を用いた酸化によって定量的に切断し、有用なアルデヒド基を保持する生成物を得た(図19、右を参照のこと)。すぐ上に記載されるリンカーに加えて、種々のリンカーを使用し得る。例えば、図20に示されるように、チオエステルリンカーを、チオール末端化DNAとカルボン酸含有試薬とのカルボジイミド媒介性カップリングによって、生成し得、水性塩基で切断し得る。カルボキシレート基が、上記に記載されるDNAテンプレートアミド結合形成反応への入り口を提供するために、このリンカーは、切断されたとき、「有用なスカー」を遊離する(図20を参照のこと)。あるいは、チオエステルリンカーを、Ag(I)カチオンの存在下で、アミンアシル化反応の間、自己切断可能なリンカーとして使用し得る(Zhangら、J.Am.Chem.Soc.1999,121,3311−3320を参照のこと)。なぜならこの試薬のチオールDNA部分が、反応の自然の結果として遊離されるからである。pH11で酸化され除去され、ビニルスルホンを遊離し得るチオエステルリンカーが、「有用なスカー」リンカーとして使用され得ることは、理解される。本明細書中に示されるように、このビニルスルホン基は、続いてのDNAテンプレート反応の多くにおいて基質として作用する。
(有機溶媒中の例示的な反応:)
本明細書中に示されるように、種々のDNAテンプレート反応は、水性溶媒中で生じ得る。以下に考察されるように、DNAテンプレート反応が、有機溶媒中で生じ得、従って、DNAテンプレート合成の範囲を大いに拡大することもまた示されてきた。具体的には、DNAテンプレートおよびDNA試薬は、長鎖のテトラアルキルアンモニウムカチオンと複合体を形成し得(Jostら、Nucleic Acids Res.1989,17,2143;Mel’nikovら、Langmuir,1999,15,1923−1928を参照のこと)、CH2Cl2、CHCl3、DMFおよびMeOHを含む無水有機溶媒中の反応成分の定量的な溶解を可能にする。驚いたことに、DNAテンプレート合成が、実は、高い配列選択性を有する無水有機溶媒において生じ得ることが見出された。DNAテンプレートアミド形成反応(reacation)が、図2に示され、ここで、試薬およびテンプレートが、別々の容器中または前もってアニーリングされた後、水中のいずれかにおいて、ジメチルジドデシルアンモニウムカチオンと複合体を形成し、乾燥状態まで凍結乾燥され、CH2Cl2に溶解され、そして一緒に混合される。マッチした反応は、反応物を水溶液中で前もってアニーリングした場合およびこれらの反応物をCH2Cl2中で最初に混合した場合に、生成物を提供したが、ミスマッチの反応は、生成物を提供しなかった(図21を参照のこと)。無水DMF中でのDNAテンプレートアミド形成およびPd媒介性Heckカップリングもまた、配列特異的に進行した。明らかに、有機溶媒中での配列特異的DNAテンプレート合成のこれらの観察は、有機媒体中のテトラアルキルアンモニウム複合体化DNA中の少なくともいくつかの二次構造の存在を意味し、DNAレセプターおよびDNA触媒を、有機溶媒中での立体選択的結合特性および立体選択的触媒特性の方へ進化させることを可能にするはずである。具体的には、共役付加、付加環化、置換反応、およびPd媒介性カップリングを含む、水性媒体中で生じることが公知であるDNAテンプレート反応は、有機溶媒中でもまた実施され得る。特定の他の実施形態において、水中で実施することが非効率または不可能な有機溶媒中の反応が使用され得る。例えば、水中でのRu触媒オレフィン置換が、Grubbsおよびその共同研究者らによって報告されているのに対して(Lynnら、J.Am.Chem.Soc.1998,120,1627−1628;Lynnら、J.Am.Chem.Soc.2000,122,6601−6609;Mohrら、Organometallics 1996,15,4317−4325を参照のこと)、水性置換系は、極端に官能基感受性である。しかし、有機溶媒におけるRu触媒オレフィン置換の耐性官能基は、有意に、より強靭である。有機溶媒中で使用するためのいくつかの例示的な反応としては、基底状態の出発物質よりも極性ではない遷移状態を通って進行し得る、ニトロンとオレフィンとの間の1,3−双極子環状付加が挙げられるがこれに限定されない。
(例示的な化合物および化合物のライブラリーの合成:)
(A)ポリカルバメートライブラリーの合成:)
上記に記載される戦略の1つの実施形態は、増幅可能なポリカルバメートライブラリーの作製である。ライブラリーをコードするために使用される16の可能なジヌクレオチドのうち、1つは、開始コドンの機能を割り当てられ、そして1つは、終始コドンとして作用するよう割り当てられる。次いで、異なるモノマーに対して14までの残された各ジヌクレオチドを割り当てる、人工的な遺伝コードを作製する。幾何学的な理由のために、1つのモノマーは、実際に2つの側鎖を含むジカルバメートを含む。各モノマー中で、ジカルバメートは、フッ素を用いた処理の際に、ネイティブなDNAおよび遊離カルバメートを遊離するシリルエノールエーテルリンカーを介して、対応するジヌクレオチド(tRNAアンチコドンに類似)へと結合される。このジヌクレオチド部分は、活性化された5’−2−メチルイミダゾールホスフェートとして存在することが示され(Inoueら、J.Mol.Biol.162:201,1982;Remboldら、J.Mol.Evol.38:205,1994;Chenら、J.Mol.Biol.181:271,1985;Acevedoら、J.Mol.Biol.197:187,1987;Inoueら、J.Am.Chem.Soc.103:7666,1981;各々は、参考として本明細書中に援用される)、ヌクレオチドのテンプレート指向性オリゴマー化のための優れた脱離基として作用するが、この脱離基は、中性水性条件下または塩基性水性条件下で、比較的安定である(Schwartzら、Science 228:585,1985;参考として本明細書中に援用される)。ジカルバメート部分は、ビニルオキシカーボネート(vinyloxycarbonate)リンカーを介して結合された環状形態で存在する。ビニルカーボネート基は、中性水性条件下または塩基性水性条件下で、安定であることが示され(Olofsonら、Tetrahedron Lett.18:1563,1977;Olofsonら、Tetrahedron Lett.18:1567,1977;Olofsonら、Tetrahedron Lett.18:1571,1977;各々は、参考として本明細書中に援用される)、さらに、アミンの添加の際に、非常に高収率でカルバメートを提供することが示された(Olofsonら、Tetrahedron Lett.18:1563,1977;参考として本明細書中に援用される)。
モノマーを合成した後、DNA骨格(scaffold)上のモノマーのアセンブリおよび重合が、自発的に生じるはずである。市販入手可能で、生合成され(Davis Adv.Enzymol.16:287,1955;参考として本明細書中に援用される)、またはD−マンノースから簡単に合成することによる(Fleetら、J.Chem.Soc.,Perkins Trans.I 905,1984;Harveyら、Tetrahedron Lett.32:4111,1991;各々は、参考として本明細書中に援用される)、シキミ酸1は、モノマー合成のための便利な開始点として作用する。synヒドロキシル基を、p−メトキシベンジリデンとして保護し、残りのヒドロキシル基を、tert−ブチルジメチルシリルエーテルとして保護して、2を得る。次いで、保護されたシキミ酸のカルボキシレート部分は、LAH還元、得られるアルコールのトシル化、そしてさらにLAHを用いた還元によって完全に還元され、3を提供する。
別の実施形態において、増幅可能なペプチド核酸ライブラリーを作製する。Orgelおよびその共同研究者らは、ペプチド核酸(PNA)オリゴマーを、相補的DNAテンプレートまたは相補的RNAテンプレート上で効率的に重合し得ることを示した(Boehlerら、Nature 376:578,1995;Schmidtら、Nucl.Acids Res.25:4792,1997;各々は、参考として本明細書中に援用される)。この知見ならびにアミノ酸側鎖を保有するキラルなペプチド核酸の最近の合成および特徴付け(Haaimaら、Angew.Chem.Int.Ed.Engl.35:1939−1942,1996;Puschlら、Tetrahedron Lett.39:4707,1998;各々は、参考として本明細書中に援用される)は、高分子骨格および成長する核酸鎖を単一の構造に結合することを可能にする。この例において、各テンプレートは、5’アミノ基で終了するDNAヘアピンからなり;このような分子の固相合成および溶液合成は、以前に記載されている(Uhlmannら、Angew.Chem.Int.Ed.Engl.35:2632,1996;参考として本明細書中に援用される)。各伸長モノマーは、目的の官能基を含有する側鎖を有するPNAトリマー(またはもっと長い)からなる。人工的な遺伝コードは、各トリヌクレオチドを異なるセットの側鎖へと割り当てるために書かれる。カルボキシ末端からアミノ末端の方向での相補的DNAテンプレートに沿った、PNAダイマーのアセンブリ、活性化(例えば、カルボジイミドおよび適切な脱離基を用いる)、および重合は、非天然の高分子与える(図20)。ビオチン化されたN末端を有する「停止」モノマーを選択することは、伸長終結および全長高分子の精製の都合の良い方法を提供する。得られた高分子(これらをコードするDNAに共有結合された)は、選択、配列決定、または変異の準備ができている。
本発明のなお別の実施形態において、合成薬物の骨格を含む、増幅可能かつ進化可能な非天然非高分子性分子の調製において、革新的な方法を使用する。求核性基または求電子基のそれぞれは、単結合の連結によって接着される低分子骨格上か、またはコードするオリゴヌクレオチドテンプレートに対する通常の固体支持体を介して、マスクが外される。短い核酸配列に連結された求電子試薬または求核試薬は、対応するテンプレートにハイブリダイズされる。適切な試薬との配列特異的な反応が、近接触媒によって起こる(図29)。
分子進化は、進化する分子の構造中に増幅可能な情報担体の配列特異的な翻訳を必要とする。この要件により、直接的に進化する分子型が、2種(つまり、タンパク質および核酸)に限定される。なぜなら、これらのクラスの分子のみが核酸配列から翻訳され得るからである。一般的に上記のように、タンパク質および核酸以外に分子進化に対する有望なアプローチは、DNA配列を合成低分子に翻訳する方法として、DNAテンプレートの合成を使用する。DNAテンプレートの合成は、高い配列特異性を有し、かつDNA骨格の構造的模倣物を必要とはしない、広範な種々の強力な化学反応へと方向付け得る。しかし、このアプローチの、利用的に複雑なものの合成分子への適用は、DNAテンプレート反応の生成物がその後DNAテンプレートの変換を受けることを可能とする一般的な方法の開発を必要とする。第1のDNAテンプレート多段階低分子合成は、本明細書中で詳細に記載される。DNAテンプレート合成の反応範囲における最近の伸展を併せると、これらの知見は、合成低分子ライブラリーのインビトロ進化のための段階を設置する。
各々の反応工程、精製工程およびスルホンリンカー切断工程の進行の後に、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動を続けた。テンプレート(16)に連結した最終トリペプチドを、制限エンドヌクレアーゼEcoRIで消化し、そしてトリペプチドを含む消化フラグメントをMALDI質量分析によって特徴付けた。2nmol(約20μg)の出発材料より開始し、十分なトリペプチド生成物を生成して、106より多くのインビトロ選択およびPCR反応に対するテンプレートとして扱った(Kramerら、Current Protocols in Molecular Biology、第3巻(編者:F.M.Ausubel)、Wiely、1999、15.1頁)(推定で1/10,000の分子が残る選択)。出発材料テンプレートを無水酢酸でキャップした場合も、配列ミスマッチを含むコントロール試薬を相補的な試薬の代わりに使用した場合も、有効な生成物を全く生成しなかった(図39)。
本発明のなお別の実施形態において、核酸(例えば、DNA、RNA、これらの誘導体)は、重合化触媒に結合される。核酸が、複合体構造に折りたたまれ得るために、その核酸は成長する高分子鎖の重合化を指向するおよび/またはその重合化に影響を与えるために使用され得る。例えば、核酸は、重合化されるモノマー単位の選択、およびどのような重合化反応がおこるか(例えば、立体化学、立体規則性、活性)に影響し得る。この合成高分子は、分子量、密度、疎水性、立体規則性、立体選択性などのような特定の特性について選択され得、そしてその合成を指向する触媒の不可欠な部分を形成する核酸は、増幅され、そして進化され得る(図41)。リガンドの多様化、選択、および増幅の繰り返しサイクルは、所望の特性への、触媒および高分子の真の進化を可能にする。
上記の非天然ペプチドおよび二環式のライブラリは、種々の段階で特徴付けられる。各候補試薬は、その翻訳DNAオリゴヌクレオチドに結合体化され、次いでマッチテンプレートおよびミスマッチテンプレートでのモデル反応に供される。これらの反応物からの生成物を、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動によって分析し、反応効率を評価し、そして質量分析によって予測された生成物構造を裏付けた。一旦強固(robust)な試薬の完全なセットが同定されると、大スケールでの代表的な単一ライブラリの完全多段階DNAテンプレート合成が実施され、そして最終生成物が質量分析によって特徴付けられる。
それぞれの選択ラウンドの後に、活性なライブラリメンバーは、非天然ヌクレオチドを用いるPCRによって増幅され、所望の触媒についてライブラリを富化するために、さらなる選択ラウンドに供される。これらのライブラリは、それぞれの選択ラウンド前に多様化工程を導入することにより、真に進化される。ライブラリは、エラープローンPCRを使用する、ランダム変異誘発による(Caldwellら、PCR Methods Applic.1992、2、28−33)か、もしくは小さな非相同核酸フラグメントを組み換える、改変DNAシャッフリング方法を使用する組換えにより多様化される。エラープローンPCRは、本質的に通常のPCRよりも効率が低いので、エラープローンPCR多様化は、天然のdATP、dTTP、dCTPおよびdGTPのみと共に、そして化学的ハンドルまたはビオチン基を欠くプライマーを使用して行なわれる。次に、得られる変異化産物は、非天然ヌクレオチド、ビオチン化プライマー、およびアミノ終端プライマーまたはチオール終端プライマーを含む、標準PCR反応物を使用して、非天然核酸高分子へのPCR翻訳に供される。
数回の進化に供されたライブラリーは、混合された配列のプールまたは個々のライブラリーメンバーの両方として、目的の反応を触媒する能力について特徴付けられる。個々のメンバーを、DNAベクター中にPCR増幅した配列を連結すること、コンピテントな細菌細胞内に連結したベクターの希釈溶液を形質転換すること、および形質転換体の単一コロニーを選択することによって、進化したプールから取り出す。プールまたは個々の配列に関するアッセイを、単一の代謝回転形態と本質的に複数の代謝回転触媒性形態の両方において実行する。単一代謝回転アッセイについて、遊離のビオチン化基質の存在下で、基質に連結した結合形成触媒がそれ自体のビオチン化をもたらす速度を測定するか、またはビオチン化結合破壊触媒がそのビオチン基の欠損をもたらす速度を測定する。複数代謝回転アッセイを、低分子型の基質と共に進化した触媒をインキュベートし、そしてtlc、NMR、質量分析、HPLCまたは分光分析によって産物形成速度を分析することによって実施する。
Claims (70)
- 核酸テンプレートによる多工程合成を実行することによって化合物または化合物ライブラリーを生成するためのインビトロでの方法であって、該方法が、以下の工程:
(a)(i)第1のコドン配列および第2の異なるコドン配列を規定する第1のオリゴヌクレオチドに共有結合された第1の反応性単位を含むテンプレート、および(ii)該テンプレートの第1のコドン配列に相補的な第1のアンチコドン配列を規定する第2のオリゴヌクレオチドに会合した第2の反応性単位を含む第1の移動単位、および(iii)該テンプレートの第2の異なるコドン配列に相補的な第2のアンチコドン配列を規定する第3のオリゴヌクレオチドに会合した第3の反応性単位を含む第2の移動単位を提供する工程;
(b)該第1の反応性単位および該第2の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第1のコドン配列および該第1のアンチコドン配列をアニーリングし、それにより、該第1の反応性単位と該第2の反応性単位との間で反応を誘導して、リボソーム機構から独立して反応生成物を生成する工程、および
(c)該第2のコドン配列および該第2のアンチコドン配列をアニーリングし、それにより、リボソーム機構とは独立して該第3の反応性単位との反応を誘導する工程;
を包含し、
該化合物は、核酸ではなく、該化合物は、高分子、非天然高分子、低分子、大環状化合物、ペプチド、および触媒からなる群より選択される、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、前記第2の反応性単位が、前記第2のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記テンプレートに会合した反応生成物を選択するさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項3に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
- 請求項3に記載の方法であって、前記テンプレートを増幅するさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項3に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 核酸テンプレートによる合成を実行することによって化合物または化合物ライブラリーを生成するための方法であって、該方法が、以下の工程:
(a)(i)第1のコドン配列を規定する第1のオリゴヌクレオチドに会合された第1の反応性単位を含む増幅可能テンプレート、および(ii)該第1のコドン配列に相補的なアンチコドン配列を規定する第2のオリゴヌクレオチドに会合した第2の反応性単位を含む第1の移動単位を提供する工程;
(b)該第1の反応性単位および該第2の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該コドン配列および該アンチコドン配列をアニーリングし、それにより、該第1の反応性単位と該第2の反応性単位との間で反応を誘導して、リボソーム機構から独立して反応生成物を生成する工程;および
(c)該反応の後に、該テンプレートを増幅する工程、
を包含し、
該化合物は、核酸ではなく、該化合物は、高分子、非天然高分子、低分子、大環状化合物、ペプチド、および触媒からなる群より選択される、方法。 - 請求項7に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、工程(a)において、前記テンプレートが、第2の異なるコドン配列をさらに含む、方法。
- 請求項9に記載の方法であって、工程(a)が、前記テンプレートの第2の異なるコドン配列にアニーリングし得る第2の移動単位を提供する工程をさらに包含する、方法。
- 請求項10に記載の方法であって、前記第1の移動単位および前記第2の移動単位が、工程(b)において一緒に提供される、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、前記第1のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、前記第1のオリゴヌクレオチドに非共有結合される、方法。
- 請求項13に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、前記第1のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする第3のオリゴヌクレオチドを介して、該第1のオリゴヌクレオチドに結合される、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、前記第2の反応性単位が、前記第2のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、前記テンプレートが、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅される、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、前記テンプレートに会合した反応生成物を選択するさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項17に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
- 請求項17に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに非共有結合される、方法。
- 核酸テンプレートによる合成を実行することによって化合物または化合物ライブラリーを生成するための方法であって、該方法が、以下の工程:
(a)(i)第1のコドン配列および第2の異なるコドン配列を規定する第1のオリゴヌクレオチドに会合された第1の反応性単位を含むテンプレート、および(ii)該テンプレートの第1のコドン配列に相補的な第1のアンチコドン配列を規定する第2のオリゴヌクレオチドに会合した第2の反応性単位を含む第1の移動単位、および(iii)該テンプレートの第2の異なるコドン配列に相補的な第2のアンチコドン配列を規定する第3のオリゴヌクレオチドに会合した第3の反応単位を含む第2の移動単位を提供する工程;
(b)該第1の反応性単位および該第2の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第1のコドン配列および該第1のアンチコドン配列をアニーリングし、それにより、該第1の反応性単位と該第2の反応性単位との間で反応を誘導して、リボソーム機構から独立して反応生成物を生成する工程;
(c)該第2のコドン配列および該第2のアンチコドン配列をアニーリングし、それにより、リボソーム機構とは独立して該第3の反応単位との反応を誘導する工程;
(d)該テンプレートに会合した反応生成物を選択する工程、および
(e)該テンプレートの配列を決定し、それにより、該反応生成物の同定を容易にする工程;
を包含し、
該化合物は、核酸ではなく、該化合物は、高分子、非天然高分子、低分子、大環状化合物、ペプチド、および触媒からなる群より選択される、方法。 - 請求項20に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、前記第1のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
- 請求項20に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、前記第1のオリゴヌクレオチドに非共有結合される、方法。
- 請求項22に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、前記第1のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列を介して、該第1のオリゴヌクレオチドに非共有結合される、方法。
- 請求項20に記載の方法であって、前記第2の反応性単位が、前記第2のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
- 請求項20に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
- 請求項20に記載の方法であって、前記テンプレートを増幅するさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項20に記載の方法であって、前記第1の反応性単位が、複数の反応物と反応し得る骨格分子を備える、方法。
- 核酸テンプレートによる合成を実行することによって化合物または化合物ライブラリーを生成するための方法であって、該方法が、以下の工程:
(a)(i)第1のコドン配列および第2の異なるコドン配列を規定する第1のオリゴヌクレオチドに会合された骨格分子を含むテンプレートであって、該骨格分子が、改変のための複数の部位を含む、テンプレート、および(ii)該第1のコドン配列に相補的な第1のアンチコドン配列を規定する第2のオリゴヌクレオチドに共有結合した第1の反応性単位を含む第1の移動単位、および(iii)該テンプレートの第2の異なるコドン配列にアニーリングし得る第2のアンチコドン配列を規定する第3のオリゴヌクレオチドに会合した第3の反応性単位を含む第2の移動単位を提供する工程;
(b)該骨格分子および該反応性単位を反応性の近位にもってくるように、該第1のコドン配列および該第1のアンチコドン配列をアニーリングし、それにより、該反応性単位と該骨格分子との間で共有結合形成反応を誘導して、リボソーム機構から独立して、改変された骨格分子を生成する工程、
を包含し、
該化合物は、核酸ではなく、該化合物は、高分子、非天然高分子、低分子、大環状化合物、ペプチド、および触媒からなる群より選択される、方法。 - 請求項28に記載の方法であって、前記骨格分子が、前記第1のオリゴヌクレオチドに共有結合される、方法。
- 請求項28に記載の方法であって、前記第2の移動単位の第2のアンチコドン配列を、前記テンプレートの第2の異なるコドン配列にアニーリングする工程をさらに包含する、方法。
- 請求項30に記載の方法であって、前記改変骨格分子と前記第2の反応性単位との間で共有結合を誘導する工程をさらに包含する、方法。
- 請求項28に記載の方法であって、前記テンプレートと会合した改変骨格分子を選択するさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項32に記載の方法であって、前記改変骨格分子が、前記テンプレートに共有結合される、方法。
- 請求項32に記載の方法であって、前記テンプレートを増幅するさらなる工程をさらに包含する、方法。
- 請求項32に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記改変骨格分子の同定を容易にする工程をさらに包含する、方法。
- 請求項34に記載の方法であって、前記テンプレートの配列を決定して、前記改変骨格分子の同定を容易にする工程をさらに包含する、方法。
- 請求項30に記載の方法であって、前記第1の移動単位および前記第2の移動単位が、工程(b)において一緒に提供される、方法。
- 請求項28に記載の方法であって、前記骨格分子が、複数の反応物と反応し得る、方法。
- 単一の溶液において複数の化合物を作製する方法であって、該方法が、以下の工程:
(a)(i)対応する複数の第1のオリゴヌクレオチドに会合した複数の異なる第1の反応性単位を含む複数のテンプレートであって、ここで、各第1のオリゴヌクレオチドが、少なくとも1つのコドン配列を規定する、テンプレート;および(ii)対応する複数の第2のオリゴヌクレオチドに共有結合された複数の第2の反応性単位を含む複数の移動単位であって、ここで、該第2のオリゴヌクレオチドが、各々、コドン配列に相補的なアンチコドンを規定する、移動単位;を、単一の溶液において提供する工程;
(b)該第1の反応性単位および該第2の反応性単位を反応性の近位にもってくるように、相補的なコドン配列を有するオリゴヌクレオチドとアンチコドン配列を有するオリゴヌクレオチドとをアニーリングし、それにより、該第1と第2の反応性単位間に共有結合形成反応を誘導して、リボソーム機構から独立して、複数の異なる反応生成物を単一の溶液において作製する工程、
を包含し、
該化合物は、核酸ではなく、該化合物は、高分子、非天然高分子、低分子、大環状化合物、ペプチド、および触媒からなる群より選択される、方法。 - 請求項39に記載の方法であって、所望の特性を有する反応生成物を選択する工程をさらに包含する、方法。
- 請求項40に記載の方法であって、少なくとも1つの反応生成物が、標的分子に結合する、方法。
- 請求項41に記載の方法であって、前記標的分子がタンパク質である、方法。
- 請求項41に記載の方法であって、前記標的分子が、固体支持体に固定されている、方法。
- 請求項39に記載の方法であって、各々のテンプレートに会合した前記第1の反応性単位が、異なる、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記反応性単位の少なくとも1つが、その対応するオリゴヌクレオチドの末端領域に隣接して結合される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記反応性単位の各々が、その対応するオリゴヌクレオチドの末端領域に隣接して結合される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記テンプレートにおいて、前記コドンが、その反応性単位から少なくとも10塩基離れて配置される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記テンプレートにおいて、前記コドンが、その反応性単位から少なくとも20塩基離れて配置される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記オリゴヌクレオチドの1つが、互いにアニーリングしてヘアピンを生成する一対の相補的な配列をさらに含む、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記工程(a)において提供されるテンプレートが、前記第1の反応性単位を同定するオリゴヌクレオチド配列をさらに含む、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記第1の移動単位の第2の反応性単位が、前記第2のオリゴヌクレオチドに対してリンカーを介して連結される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記反応生成物が、前記第1の移動単位の第2のオリゴヌクレオチドに対してリンカーによって結合されたままである、方法。
- 請求項51に記載の方法であって、前記第1の移動単位が、切断された場合に前記反応生成物上に原子を残さないリンカーを含む、方法。
- 請求項51に記載の方法であって、前記第1の移動単位が、切断された場合に前記反応生成物上に原子を残すリンカーを含む、方法。
- 請求項51に記載の方法であって、前記反応生成物が、該反応生成物の形成の間または後で、前記第2のオリゴヌクレオチドから自動的に切断される、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記テンプレートが、DNAまたはRNAである、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記テンプレートと前記複数の移動単位とのうちの少なくとも1つが、表面上に固定されている、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記第1の反応性単位および前記第2の反応性単位が、前記オリゴヌクレオチドのアニーリングの際に自発的に反応する、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記第1の反応性単位および前記第2の反応性単位が、触媒への曝露の際に反応する、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記第1の反応性単位および前記第2の反応性単位が、水性溶媒中で反応して、反応生成物を生成する、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記第1の反応性単位および前記第2の反応性単位が、有機溶媒中で反応して、反応生成物を生成する、方法。
- リボソーム機構から独立して化学反応を誘導することによって化合物または化合物ライブラリーを生成するためのインビトロの方法であって、該方法が、以下の工程:
(a)(i)第1のオリゴヌクレオチドに共有結合された第1の反応性単位、および(ii)該第1のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし得る第2のオリゴヌクレオチドに共有結合され、第2の反応性単位を示す配列を含む、第2の反応性単位を提供する工程;
(b)該第1の反応性単位および該第2の反応性単位を反応性の近位にもってくるように該第1のオリゴヌクレオチドおよび該第2のオリゴヌクレオチドをアニーリングして、その結果、該第1および第2の反応性単位が、リボソーム機構から独立して、互いに反応し、反応生成物を生成する、工程、
を包含し、
該化合物は、核酸ではなく、該化合物は、高分子、非天然高分子、低分子、大環状化合物、ペプチド、および触媒からなる群より選択される、方法。 - 請求項62に記載の方法であって、前記第1のオリゴヌクレオチドが、前記第1の反応性単位を同定する配列を含む、方法。
- 請求項62に記載の方法であって、前記第2の反応性単位を同定する配列が、コドン配列である、方法。
- 請求項62に記載の方法であって、前記第2の反応性単位を同定する配列が、アンチコドン配列である、方法。
- 請求項62に記載の方法であって、前記アニーリングされた第1のオリゴヌクレオチドおよび第2のオリゴヌクレオチドが、前記第2の反応性単位を同定する配列を含む複合体中に存在する、方法。
- 請求項62に記載の方法であって、前記第2の反応性単位を同定する配列の配列を決定して、それによって、前記反応生成物の同定を容易にするさらなる工程を包含する、方法。
- 請求項62に記載の方法であって、前記反応生成物を選択するさらなる工程を包含する、方法。
- 請求項1、7、20、28、および62のうちのいずれか1項に記載の方法であって、前記化合物が大環状化合物である、方法。
- 請求項39に記載の方法であって、前記化合物が大環状化合物を含む、方法。
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US20090035824A1 (en) * | 2005-06-17 | 2009-02-05 | Liu David R | Nucleic acid-templated chemistry in organic solvents |
WO2007011722A2 (en) | 2005-07-15 | 2007-01-25 | President And Fellows Of Harvard College | Reaction discovery system |
US8026084B2 (en) | 2005-07-21 | 2011-09-27 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants |
DE602005003374T2 (de) * | 2005-10-17 | 2008-09-11 | Pls-Design Gmbh | Verfahren zur Bestimmung einer unbekannten PNS Seqenz und seine Verwendungen |
AU2006309096B2 (en) | 2005-10-28 | 2013-07-04 | Glaxosmithkline Llc | Methods for identifying compounds of interest using encoded libraries |
SI2336315T1 (sl) | 2005-12-01 | 2017-12-29 | Nuevolution A/S | Postopki encimskega kodiranja za učinkovito sintezo velikih knjižnic |
EP2021470A1 (en) | 2006-05-03 | 2009-02-11 | Vipergen APS | A method for preparing compounds by nucleic acid directed synthesis |
US9149473B2 (en) | 2006-09-14 | 2015-10-06 | Ibis Biosciences, Inc. | Targeted whole genome amplification method for identification of pathogens |
US20100159455A1 (en) * | 2006-09-18 | 2010-06-24 | Ensemble Discovery | Receptor family profiling |
AU2007314516A1 (en) * | 2006-09-28 | 2008-05-08 | Ensemble Discovery Corporation | Compositions and methods for biodetection by nucleic acid-templated chemistry |
WO2008104002A2 (en) | 2007-02-23 | 2008-08-28 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid forensic dna analysis |
US9598724B2 (en) | 2007-06-01 | 2017-03-21 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids |
US20100159446A1 (en) * | 2007-07-27 | 2010-06-24 | Haff Lawrence A | Detection Assays and Use Thereof |
US20130217588A1 (en) * | 2008-01-18 | 2013-08-22 | The Johns Hopkins University | Methods for Identifying Eubacteria |
EP2350031A2 (en) * | 2008-08-20 | 2011-08-03 | Ensemble Therapeutics Corporation | Macrocyclic compounds for inhibition of tumor necrosis factor alpha |
JP2012502911A (ja) * | 2008-09-14 | 2012-02-02 | インサイター インコーポレイテッド | ナノスケール分子合成 |
EP2344893B1 (en) | 2008-09-16 | 2014-10-15 | Ibis Biosciences, Inc. | Microplate handling systems and methods |
US8148163B2 (en) | 2008-09-16 | 2012-04-03 | Ibis Biosciences, Inc. | Sample processing units, systems, and related methods |
US8550694B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-10-08 | Ibis Biosciences, Inc. | Mixing cartridges, mixing stations, and related kits, systems, and methods |
EP2396803A4 (en) | 2009-02-12 | 2016-10-26 | Ibis Biosciences Inc | IONIZATION PROBE ASSEMBLIES |
MX2011008563A (es) * | 2009-02-13 | 2012-06-19 | Chem Inc X | Metodos de crear y analizar/seleccionar bibliotecas codificadas por adn. |
DK2446033T3 (da) | 2009-06-22 | 2014-01-27 | Univ Strasbourg | Fremgangsmåde til fremstilling af et addukt |
EP2454000A4 (en) | 2009-07-17 | 2016-08-10 | Ibis Biosciences Inc | SYSTEMS FOR IDENTIFYING BIOLOGICAL SUBSTANCES |
US8950604B2 (en) | 2009-07-17 | 2015-02-10 | Ibis Biosciences, Inc. | Lift and mount apparatus |
EP3225695A1 (en) | 2009-10-15 | 2017-10-04 | Ibis Biosciences, Inc. | Multiple displacement amplification |
ES2713873T3 (es) | 2010-04-16 | 2019-05-24 | Nuevolution As | Complejos bifuncionales y métodos para hacer y utilizar tales complejos |
DK3399035T3 (da) | 2010-09-27 | 2021-05-17 | Vipergen Aps | Fremgangsmåde til fremstilling af et beriget bibliotek |
JP6040227B2 (ja) | 2011-05-19 | 2016-12-07 | アジーナ バイオサイエンス, インコーポレイテッド | マルチプレックス核酸同定のための製品およびプロセス |
US10323236B2 (en) | 2011-07-22 | 2019-06-18 | President And Fellows Of Harvard College | Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity |
CA2848023C (en) | 2011-09-07 | 2022-03-15 | X-Chem, Inc. | Methods for tagging dna-encoded libraries |
EA201992285A1 (ru) | 2012-07-13 | 2020-05-31 | Икс-Чем, Инк. | Днк-кодированные библиотеки, содержащие связи кодирующих олигонуклеотидов, не доступные для считывания полимеразами |
CN105051270B (zh) | 2013-03-15 | 2019-05-07 | 代表亚利桑那大学的亚利桑那校董会 | 生物传感器微阵列构成和方法 |
US20150044192A1 (en) | 2013-08-09 | 2015-02-12 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease |
US9340800B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-05-17 | President And Fellows Of Harvard College | Extended DNA-sensing GRNAS |
GB201322692D0 (en) | 2013-12-20 | 2014-02-05 | Philochem Ag | Production of encoded chemical libraries |
AU2015298571B2 (en) | 2014-07-30 | 2020-09-03 | President And Fellows Of Harvard College | Cas9 proteins including ligand-dependent inteins |
US10040048B1 (en) | 2014-09-25 | 2018-08-07 | Synthego Corporation | Automated modular system and method for production of biopolymers |
WO2016074683A1 (en) | 2014-11-11 | 2016-05-19 | Lundorf Pedersen Materials Aps | Method for identification of molecules with desired characteristics |
JP6997623B2 (ja) * | 2014-12-12 | 2022-02-04 | エム. ウルフ、トッド | オリゴヌクレオチドを利用して細胞内の核酸を編集するための組成物および方法 |
CA2983224A1 (en) | 2015-04-24 | 2016-10-27 | Agena Bioscience, Inc. | Multiplexed method for the identification and quantitation of minor alleles and polymorphisms |
US12043852B2 (en) | 2015-10-23 | 2024-07-23 | President And Fellows Of Harvard College | Evolved Cas9 proteins for gene editing |
CN109312492B (zh) | 2016-06-16 | 2022-10-04 | 哈斯达克科学公司 | 寡核苷酸指导和记录的编码探针分子的组合合成 |
IL264565B2 (en) | 2016-08-03 | 2024-07-01 | Harvard College | Adenosine nuclear base editors and their uses |
US11661590B2 (en) | 2016-08-09 | 2023-05-30 | President And Fellows Of Harvard College | Programmable CAS9-recombinase fusion proteins and uses thereof |
US11542509B2 (en) | 2016-08-24 | 2023-01-03 | President And Fellows Of Harvard College | Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing |
WO2018081534A1 (en) | 2016-10-28 | 2018-05-03 | President And Fellows Of Harvard College | Assay for exo-site binding molecules |
US10745677B2 (en) | 2016-12-23 | 2020-08-18 | President And Fellows Of Harvard College | Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection |
WO2018165504A1 (en) | 2017-03-09 | 2018-09-13 | President And Fellows Of Harvard College | Suppression of pain by gene editing |
KR20190127797A (ko) | 2017-03-10 | 2019-11-13 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 | 시토신에서 구아닌으로의 염기 편집제 |
WO2018204420A1 (en) | 2017-05-02 | 2018-11-08 | Haystack Sciences Corporation | Molecules for verifying oligonucleotide directed combinatorial synthesis and methods of making and using the same |
WO2018209320A1 (en) | 2017-05-12 | 2018-11-15 | President And Fellows Of Harvard College | Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation |
US11732274B2 (en) | 2017-07-28 | 2023-08-22 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (PACE) |
US11319532B2 (en) | 2017-08-30 | 2022-05-03 | President And Fellows Of Harvard College | High efficiency base editors comprising Gam |
EP3681637A4 (en) * | 2017-09-11 | 2021-06-02 | Synthego Corporation | SYSTEM AND PROCEDURE FOR BIOPOLYMER SYNTHESIS |
JP2021500036A (ja) | 2017-10-16 | 2021-01-07 | ザ ブロード インスティテュート, インコーポレーテッドThe Broad Institute, Inc. | アデノシン塩基編集因子の使用 |
WO2019168654A2 (en) | 2018-02-09 | 2019-09-06 | President And Fellows Of Harvard College | Dna-templated macrocycle library |
US20220042079A1 (en) | 2018-12-20 | 2022-02-10 | Sergey N. Krylov | Binder Selection Using Capollary Electrophoresis |
AU2020211270A1 (en) | 2019-01-22 | 2021-07-15 | Vipergen Aps | A method for screening of an in vitro display library within a cell |
WO2020191153A2 (en) | 2019-03-19 | 2020-09-24 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions for editing nucleotide sequences |
GB2614813A (en) | 2020-05-08 | 2023-07-19 | Harvard College | Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence |
WO2023164224A1 (en) * | 2022-02-28 | 2023-08-31 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Functionalized nanoclusters and their use in treating bacterial infections |
Family Cites Families (89)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US277081A (en) | 1883-05-08 | Scalding napped hats and sizing or felting hat and other fabrics | ||
US4194550A (en) * | 1976-01-26 | 1980-03-25 | Insulating Shade (Limited Partnership) | Apparatus for insulating against conductive, convective and radiant heat transmission |
US4863857A (en) | 1985-03-01 | 1989-09-05 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Polypeptide complementary to peptides or proteins having an amino acid sequence or nucleotide coding sequence at least partially known |
US5506337A (en) | 1985-03-15 | 1996-04-09 | Antivirals Inc. | Morpholino-subunit combinatorial library and method |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4703034A (en) * | 1986-04-28 | 1987-10-27 | Merck & Co., Inc. | Novel cyclic tetrapeptide |
US5449602A (en) * | 1988-01-13 | 1995-09-12 | Amoco Corporation | Template-directed photoligation |
US5162218A (en) | 1988-11-18 | 1992-11-10 | The Regents Of The University Of California | Conjugated polypeptides and methods for their preparation |
US6680192B1 (en) | 1989-05-16 | 2004-01-20 | Scripps Research Institute | Method for producing polymers having a preselected activity |
US6291160B1 (en) | 1989-05-16 | 2001-09-18 | Scripps Research Institute | Method for producing polymers having a preselected activity |
US6291161B1 (en) | 1989-05-16 | 2001-09-18 | Scripps Research Institute | Method for tapping the immunological repertiore |
EP0494955B1 (en) | 1989-10-05 | 1998-07-15 | Optein, Inc. | Cell-free synthesis and isolation of novel genes and polypeptides |
US5660985A (en) | 1990-06-11 | 1997-08-26 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides |
US5637682A (en) * | 1990-06-11 | 1997-06-10 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High-affinity oligonucleotide ligands to the tachykinin substance P |
US5723289A (en) | 1990-06-11 | 1998-03-03 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Parallel selex |
WO1992002536A1 (en) | 1990-08-02 | 1992-02-20 | The Regents Of The University Of Colorado | Systematic polypeptide evolution by reverse translation |
US20020038000A1 (en) | 1990-08-02 | 2002-03-28 | Larry Gold | Systematic polypeptide evolution by reverse translation |
US5843701A (en) | 1990-08-02 | 1998-12-01 | Nexstar Pharmaceticals, Inc. | Systematic polypeptide evolution by reverse translation |
US6037120A (en) | 1995-10-12 | 2000-03-14 | Benner; Steven Albert | Recognition of oligonucleotides containing non-standard base pairs |
US6140496A (en) | 1990-10-09 | 2000-10-31 | Benner; Steven Albert | Precursors for deoxyribonucleotides containing non-standard nucleosides |
US5641625A (en) | 1992-05-22 | 1997-06-24 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Cleaving double-stranded DNA with peptide nucleic acids |
US5719262A (en) | 1993-11-22 | 1998-02-17 | Buchardt, Deceased; Ole | Peptide nucleic acids having amino acid side chains |
US5539082A (en) | 1993-04-26 | 1996-07-23 | Nielsen; Peter E. | Peptide nucleic acids |
US5574141A (en) | 1991-08-28 | 1996-11-12 | Boehringer Mannheim Gmbh | Functionalized carrier materials for the simultaneous synthesis and direct labeling of oligonucleotides as primers for template-dependent enzymatic nucleic acid syntheses |
DE69217497T2 (de) | 1991-09-18 | 1997-06-12 | Affymax Tech Nv | Verfahren zur synthese der verschiedenen sammlungen von oligomeren |
US5639603A (en) | 1991-09-18 | 1997-06-17 | Affymax Technologies N.V. | Synthesizing and screening molecular diversity |
US5270170A (en) | 1991-10-16 | 1993-12-14 | Affymax Technologies N.V. | Peptide library and screening method |
ATE241426T1 (de) | 1991-11-22 | 2003-06-15 | Affymetrix Inc A Delaware Corp | Verfahren zur herstellung von polymerarrays |
US5573905A (en) * | 1992-03-30 | 1996-11-12 | The Scripps Research Institute | Encoded combinatorial chemical libraries |
US5721099A (en) | 1992-10-01 | 1998-02-24 | Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
US5565324A (en) | 1992-10-01 | 1996-10-15 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
US6436635B1 (en) | 1992-11-06 | 2002-08-20 | Boston University | Solid phase sequencing of double-stranded nucleic acids |
CA2153387A1 (en) | 1993-01-07 | 1994-07-21 | Hubert Koester | Dna sequencing by mass spectrometry |
US6194144B1 (en) | 1993-01-07 | 2001-02-27 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry |
US5605798A (en) * | 1993-01-07 | 1997-02-25 | Sequenom, Inc. | DNA diagnostic based on mass spectrometry |
US6074823A (en) | 1993-03-19 | 2000-06-13 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
CA2158642A1 (en) | 1993-03-19 | 1994-09-29 | Hubert Koster | Dna sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
US5840485A (en) | 1993-05-27 | 1998-11-24 | Selectide Corporation | Topologically segregated, encoded solid phase libraries |
GB9315847D0 (en) * | 1993-07-30 | 1993-09-15 | Isis Innovation | Tag reagent and assay method |
US5922545A (en) | 1993-10-29 | 1999-07-13 | Affymax Technologies N.V. | In vitro peptide and antibody display libraries |
US5925517A (en) * | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
WO1995014106A2 (en) * | 1993-11-17 | 1995-05-26 | Id Biomedical Corporation | Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences |
US6127154A (en) | 1994-02-10 | 2000-10-03 | Mosbach; Klaus | Methods for direct synthesis of compounds having complementary structure to a desired molecular entity and use thereof |
US5605793A (en) | 1994-02-17 | 1997-02-25 | Affymax Technologies N.V. | Methods for in vitro recombination |
US20030099945A1 (en) | 1994-09-20 | 2003-05-29 | Invenux, Inc. | Parallel selex |
US6048698A (en) | 1994-09-20 | 2000-04-11 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Parallel SELEX™ |
US5597697A (en) | 1994-09-30 | 1997-01-28 | Diamond; Paul | Screening assay for inhibitors and activators of RNA and DNA-dependent nucleic acid polymerases |
GB9524630D0 (en) * | 1994-12-24 | 1996-01-31 | Zeneca Ltd | Chemical compounds |
US5559000A (en) | 1995-01-18 | 1996-09-24 | The Scripps Research Institute | Encoded reaction cassette |
DE19646372C1 (de) | 1995-11-11 | 1997-06-19 | Evotec Biosystems Gmbh | Genotyp und Phänotyp koppelnde Verbindung |
US5846839A (en) | 1995-12-22 | 1998-12-08 | Glaxo Group Limited | Methods for hard-tagging an encoded synthetic library |
US5888971A (en) * | 1996-02-20 | 1999-03-30 | Ortho Pharmaceutical Corporation, Inc. | Macrocyclic peptides useful in the treatment of thrombin related disorders |
CA2252048C (en) * | 1996-04-12 | 2008-03-11 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detection probes, kits and assays |
US5998140A (en) | 1996-07-31 | 1999-12-07 | The Scripps Research Institute | Complex formation between dsDNA and oligomer of cyclic heterocycles |
US6140053A (en) | 1996-11-06 | 2000-10-31 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
US5958703A (en) | 1996-12-03 | 1999-09-28 | Glaxo Group Limited | Use of modified tethers in screening compound libraries |
US6080826A (en) | 1997-01-06 | 2000-06-27 | California Institute Of Technology | Template-directed ring-closing metathesis and ring-opening metathesis polymerization of functionalized dienes |
JP2001509828A (ja) * | 1997-01-08 | 2001-07-24 | プロリゴ・エルエルシー | 高分子のバイオコンジュゲーション |
US6261804B1 (en) | 1997-01-21 | 2001-07-17 | The General Hospital Corporation | Selection of proteins using RNA-protein fusions |
IL131016A (en) | 1997-01-21 | 2004-12-15 | Gen Hospital Corp | Selection of proteins using RNA-protein blends |
US6969584B2 (en) | 1997-06-12 | 2005-11-29 | Rigel Pharmaceuticals, Inc. | Combinatorial enzymatic complexes |
US6607878B2 (en) | 1997-10-06 | 2003-08-19 | Stratagene | Collections of uniquely tagged molecules |
AU752220B2 (en) * | 1998-01-27 | 2002-09-12 | British Biocell International Limited | Modified nucleic acid probes and uses thereof |
US5945325A (en) * | 1998-04-20 | 1999-08-31 | California Institute Of Technology | Thermally stable para-nitrobenzyl esterases |
US6287765B1 (en) | 1998-05-20 | 2001-09-11 | Molecular Machines, Inc. | Methods for detecting and identifying single molecules |
US6175001B1 (en) | 1998-10-16 | 2001-01-16 | The Scripps Research Institute | Functionalized pyrimidine nucleosides and nucleotides and DNA's incorporating same |
US7479472B1 (en) * | 1998-10-19 | 2009-01-20 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | DNA-templated combinatorial library chemistry |
CA2403209A1 (en) * | 1999-04-08 | 2000-10-19 | Pavel V. Sergeev | Synthesis of biologically active compounds in cells |
CN1378598A (zh) * | 1999-08-12 | 2002-11-06 | 麦克西根股份有限公司 | 酶的演化和对组合和医药化学的用途 |
CA2382545C (en) * | 1999-08-27 | 2013-08-13 | Phylos, Inc. | Methods for encoding and sorting in vitro translated proteins |
US7306904B2 (en) * | 2000-02-18 | 2007-12-11 | Olink Ab | Methods and kits for proximity probing |
US6511809B2 (en) * | 2000-06-13 | 2003-01-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method for the detection of an analyte by means of a nucleic acid reporter |
PT1423400E (pt) | 2001-03-19 | 2006-12-29 | Harvard College | Evolução de nova função molecular |
WO2002102820A1 (en) | 2001-06-20 | 2002-12-27 | Nuevolution A/S | Nucleoside derivatives for library preparation |
US20030143561A1 (en) | 2001-06-20 | 2003-07-31 | Nuevolution A/S | Nucleoside derivatives for library preparation |
EP1905829B1 (en) * | 2001-06-20 | 2016-02-17 | Nuevolution A/S | Templated molecules and methods for using such molecules |
WO2004001042A2 (en) | 2002-06-20 | 2003-12-31 | Nuevolution A/S | Microarrays displaying encoded molecules |
EA006965B1 (ru) | 2002-03-08 | 2006-06-30 | Айдгенёссише Текнише Хохшуле Цюрих | Закодированные самособирающиеся химические библиотеки |
EP1487848A2 (en) | 2002-03-15 | 2004-12-22 | Nuevolution A/S | A building block forming a c=c double bond upon reaction |
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