ES2288037T3 - Secuencia de acido nucleico del serotipo 1 de adenovirus asociado, vectores y celulas huesped que las contienen. - Google Patents

Secuencia de acido nucleico del serotipo 1 de adenovirus asociado, vectores y celulas huesped que las contienen. Download PDF

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Abstract

Un virus recombinante que tiene una cápside de AAV-1 que comprende una proteína de AAV-1 seleccionada entre vp1 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido SEQ ID NeM. 13; vp2 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NeM. 15; vp3 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NeM. 17, y una molécula heteróloga que comprende una secuencia 5¿ de repetición terminal invertida (ITR) de AAV, un transgén, y una ITR 3¿ de AAV.

Description

Secuencia de ácido nucleico del serotipo 1 de adenovirus asociado, vectores y células huésped que las contienen.
Este trabajo ha sido soportado por el National Institute of Health, concesión núm. P30 DK47757-06 y PO1 HD32649-04. El gobierno de los Estados Unidos puede tener algunos derechos en esta invención.
Campo de la invención
La invención se refiere en general a virus recombinantes útiles para terapia genética. También se refiere a composiciones farmacéuticas, a células huésped recombinantes, a vectores y al uso de virus recombinantes en terapia genética.
Antecedentes de la invención
Los adenovirus asociados son pequeños virus de ADN de cadena simple que requieren un virus de ayuda para facilitar una replicación eficiente [K.L. Berns, Parvoviridae: los virus y su replicación, p.1007-1041, en F.N. Fields et al., Virología fundamental, 32 ed., vol. 2 (Lippencott-Raven Publishers, Filadelfia, PA) (1995)]. El genoma 4.7 kb de AAV está caracterizado por dos repeticiones terminales invertidas (ITR) y dos ventanas de lectura abiertas que codifican las proteínas Rep y las proteínas Cap, respectivamente. La ventana de lectura Rep codifica cuatro proteínas de peso molecular 78 kD, 68 kD, 22 kD y 40 kD. Estas proteínas funcionan especialmente en la regulación de la replicación del AAV y en la integración del AAV en los cromosomas de la célula huésped. La ventana de lectura Cap codifica tres proteínas estructurales de peso molecular 85 kD (VP1), 72 kD (VP2) y 61 kD (VP3) [Berns, citado anteriormente]. Más del 80% de la totalidad de proteínas en el virión de AAV, comprenden VP3. Las dos ITRs son los únicos elementos cis esenciales para la replicación, empaquetamiento e integración del AAV. Existen dos conformaciones de ITRs del AAV denominadas "flip" y "flop". Estas diferencias de conformación se originan a partir del modelo de replicación de adenovirus asociados que utilizan la ITR para iniciar y reiniciar la replicación [R.O. Synder et al., J. Virol 67-6096-6104 (1993); K.I. Berns, Revistas Microbiológicas, 54: 316-329 (1990)].
Se han encontrado AAVs en muchas especies animales, incluyendo los primates, los caninos, las aves de corral y los humanos [F.A. Murphy et al., "Clasificación y Nomenclatura de Virus: Sexto Informe del Comité Internacional sobre Taxonomía de Virus", Archivos de Virología, (Springer-Verlag, Viena) (1995)]. Adicionalmente a cinco AAVs de primates conocido (AAV-1 a AAV-5), el AAV-6, otro serotipo relacionado cercanamente con el AAV-2 y el AAV-1, ha sido también aislado [E.A. Rutledge et al., J. Virol. 72: 309-319 (1998)]. Entre todos los serotipos de AAV conocidos, el AAV-2 es quizás el serotipo que está mejor caracterizado. Por consiguiente, las secuencias completas para el AAV-3A, AAV-4 y AAV-6, han sido también determinadas [Rutledge, citado anteriormente; J.A. Chorini et al. J. Virol. 71: 6823-6833 (1997); S. Muramatsu et al., Virol., 221: 208-217 (1996)]. En general, los AAVs comparten una homología de más del 80% en la secuencia de nucleótido.
Un número de propiedades únicas hacen del AAV un vector prometedor para la terapia genética humana [Muzyczka, Tópicos Normales en Microbiología e Inmunología, 158: 97-129 (1992)]. A diferencia con otros vectores virales, los AAVs no se ha demostrado que estén asociados con alguna enfermedad humana conocida, y en general no se consideran patógenos. Un AAV de tipo salvaje es susceptible de integrarse en los cromosomas del huésped de una manera específica del lugar [R.M. Kotín et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87: 2211-2215 (1990) - R.J. Samulski, EMBO J., 10(12): 3941-3950 (1991)]. Los vectores de AVV recombinantes pueden integrarse en células cultivadas de tejido, en el cromosoma 19 si las proteínas rep se suministran en trans [C. Balague et al., J. Virol, 71: 3299-3306 (1997)]; R.T. Surosky et al., J. Virol, 71: 7951-7959 (1997)]. Los genomas integrados de AAV han demostrado permitir expresión de gen a largo plazo en un número de tejidos, incluyendo los músculos y el cerebro [K.J. Fisher, Nature Med., 3(3): 308-312 (1997); R.O. Snyder et al., Nature Genetics, 16: 270-276 (1997); X. Xiao et al., Experimental Neurology, 144: 113-124 (1997); Xiao, J. Virol, 70(11): 8098-8108 (1996)].
Se ha demostrado que el AAV-2 está presente en aproximadamente el 80-90% de la población humana. Los estudios anteriores demostraron que los anticuerpos neutralizantes para el AAV-2 son prevalentes [W.P. Parks et al., J. Virol, 2: 716-722 (1970)]. La presencia de tales anticuerpos puede reducir significativamente la utilidad de los vectores de AAV basados en AAV-2 a pesar de sus otros méritos. Lo que se necesita en el estado de la técnica son vectores caracterizados por las ventajas del AAV-2, incluyendo las descritas anteriormente, sin las desventajas, incluyendo la de presencia de anticuerpos neutralizantes.
Sumario de la invención
En un aspecto, la invención proporciona un virus recombinante que tiene una cápside de AAV-1 que comprende una proteína de AAV-1 seleccionada entre vp1 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 13, una vp2 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 15, una vp3 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 17, y una molécula heteróloga que comprende una secuencia de repetición terminal invertida (ITR) de AAV 5, un transgén, y una ITR de AAV 3.
\newpage
En otro aspecto, la invención proporciona una composición farmacéutica que comprende un virus recombinante y un portador farmacéuticamente aceptable.
Todavía en otro aspecto, la invención proporciona el uso de un virus recombinante para preparar un medicamento útil para transducir una célula muscular.
Todavía según otro aspecto, la invención proporciona una célula huésped recombinante transducida con un virus recombinante de la invención.
Todavía según otro aspecto, la invención proporciona un vector que codifica funciones auxiliares de AAV-1, comprendiendo dicha molécula una región de codificación rep de AAV y una región de codificación cap de AAV, en la que dicha región de codificación cap comprende al menos un miembro elegido en el grupo consistente en: a) vp1 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 2223 a 4431 de SEQ ID NÚM. 1; b) vp2 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 2634 a 4432 de SEQ ID NÚM. 1; y c) vp3 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 2829 a 4432 de SEQ ID NÚM. 1.
En otro aspecto, la invención proporciona el uso de un virión AAV que comprende: a) una cápside que comprende al menos una proteína de cápside codificada mediante un gen cap de AAV-1 que tiene al menos el 99% de identidad con el nt 2223 a 4431 de SEQ ID NÚM. 1; y b) una molécula de ADN que comprende un transgén bajo el control de secuencias regulatorias que dirigen su expresión a la preparación de un medicamento para el suministro de un transgén a una célula huésped.
Breve descripción de los dibujos
Las Figuras 1A - 1C ilustran el alineamiento de nucleótidos de AAV-1 [SEQ ID NÚM. 1], AAV-2 [SEQ ID NÚM. 18] y AAV-6 [SEQ ID NÚM. 19]. El alineamiento se hizo con MacVector 6.0. Las secuencias completas de AAV-1 se muestran en la línea superior. Los nucleótidos en los AAV-2 y AAV-6 idénticos a AAV-1, se han simbolizado mediante *.*, y las separaciones mediante *-*. En esta Figura se han marcado algunas de las características conservadas entre AAVs. Obsérvese que las ITRs 3' de AAV-1 y de AAV-6 se muestran con diferentes orientaciones.
La Figura 2 ilustra la estructura secundaria predicha de la ITR del AAV-1. Los nucleótidos en el AAV-2 y en el AAV-6, se muestran respectivamente en itálica y en negrita.
La Figura 3A ilustra una hipótesis de cómo el AAV-6 se puso de manifiesto a partir de la recombinación homóloga entre el AAV-1 y el AAV-2. Los elementos mayores de AAV-1 se han indicado de forma gráfica. Una región que está compartida entre AAV-1, AAV-2 y AAV-6, ha sido mostrada dentro de una caja con líneas onduladas.
La Figura 3B es una ilustración detallada de una región homóloga 71 bp entre AAV-1, AAV-2 y AAV-6. Los nucleótidos que difieren entre estos serotipos han sido indicados mediante flechas.
La Figura 4A es un diagrama de barras que ilustra niveles de expresión de antitripsina alfa 1 humana (\alpha1AT) en el suero a continuación del suministro de hAAT a través de los virus AAV-1 recombinante y AAV-2 recombinante.
La Figura 4B es un diagrama de barras que ilustra niveles de expresión de eritropletina (epo) en suero a continuación del suministro del gen epo a través de virus AAV-1 recombinante y AAV-2 recombinante.
La Figura 5A es un diagrama de barras que ilustra niveles de expresión de \alpha1AT en el hígado a continuación del suministro de aIAT según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 5B es un diagrama de barras que muestra los niveles de expresión de epo en el hígado a continuación del suministro de epo según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 5C es un diagrama de barras que de muestra los anticuerpos neutralizantes (NAB) dirigidos al AAV-1 a continuación del suministro de \alpha1AT o de epo al hígado, según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 5D es un diagrama de barras demostrativo de anticuerpos de neutralización (NAB) dirigidos al AAV-2 a continuación del suministro de \alpha1AT o de epo al hígado según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 6A es un diagrama de barras que ilustra niveles de expresión de \alpha1AT en el músculo a continuación del suministro de \alpha1AT según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 6B es un diagrama de barras demostrativo de los niveles de expresión de epo en el músculo a continuación del suministro de epo según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 6C es un diagrama de barras demostrativo de anticuerpos neutralizantes (NAB) dirigidos al AAV-1 a continuación del suministro de \alpha1AT o de epo al músculo según se describe en el Ejemplo 7.
La Figura 6D es un diagrama de barras demostrativo de anticuerpos neutralizantes (NAB) dirigidos al AAV-2 a continuación del suministro de \alpha1AT o de epo al músculo según se describe en el Ejemplo 7.
Descripción detallada de la invención
Según se utiliza a través de esta descripción y de las reivindicaciones, el término "que comprende" es inclusivo de otros componentes, elementos, entidades completas, etapas y similares.
I. Secuencias de ácido nucleico y de proteína del AAV-1
Las secuencias de ácido nucleico del AAV-1 de la invención incluyen las secuencias de ADN de SEQ ID NÚM. 1 (Figuras 1A - 1C), consistentes en nucleótidos 4718. Las secuencias de ácido nucleico del AAV-1 de la invención abarcan además la cadena que es complementaria con SEQ ID NÚM. 1, así como también las secuencias de ARN y de cADN correspondientes a SEQ ID NÚM. 1 y su cadena complementaria. También están incluidas en las secuencias de ácido nucleico de la invención las variantes naturales y las modificaciones diseñadas de SEQ ID NÚM. 1 y su cadena complementaria. Tales modificaciones incluyen, por ejemplo, etiquetas que son conocidas en el estado de la técnica, la metilación, y la sustitución de uno o más de los nucleótidos que se producen de forma natural por uno análogo.
También están incluidas en la invención las secuencias de ácido nucleico que son idénticas en al menos el 99% u homólogas a SEQ ID NÚM. 1. El término "identidad de secuencia en tanto por ciento" o "idéntico" en el contexto de la secuencias de ácido nucleico, se refiere a los residuos de las dos secuencias que son iguales cuando se alinean respecto a la máxima correspondencia. La longitud de comparación de identidad de secuencia puede extenderse a la longitud completa de la secuencia, o a un fragmento de al menos alrededor de nueve nucleótidos, habitualmente al menos alrededor de 20 - 24 nucleótidos, al menos alrededor de 28 - 32 nucleótidos, y preferentemente al menos alrededor de 36 o más nucleótidos. Existe un número de algoritmos diferentes conocidos en la técnica que pueden ser usados para medir identidad de secuencia de nucleótido. Por ejemplo, las secuencias de nucleótido pueden ser comparadas utilizando Fasta, un programa en GCG Versión 6.1. Fasta proporciona identidad de alineamientos y de secuencia en tanto por ciento de las regiones de mejor solapamiento entre las secuencias de consulta y de búsqueda (Pearson, 1980, incorporada aquí como referencia). Por ejemplo, el porcentaje de identidad de secuencia entre secuencias de ácido nucleico puede ser determinado con la utilización de Fasta con sus parámetros por defecto (un tamaño de palabra de 6 y un factor NOPAM para la matriz de registro) según se proporciona en CGC Versión 6.1, incorporado aquí como referencia.
El término "homología sustancial" o "similitud sustancial", cuando se refiere a un ácido nucleico o a un fragmento del mismo, indica que, cuando se alinea óptimamente con inserciones o supresiones nucleótidas apropiadas con otro ácido nucleico (o con su cadena complementaria), existe identidad de secuencia nucleótida en al menos el 99% de la secuencia.
También incluidos en la invención están los fragmentos de SEQ ID NÚM. 1, su cadena complementaria, el cADN y el ARN complementarios con los mismos. Los fragmentos adecuados son al menos de 15 nucleótidos de longitud, y abarcan fragmentos funcionales que son de interés biológico. Algunos de esos fragmentos pueden ser identificados mediante referencia a las Figuras 1A - 1C. Ejemplos de fragmentos funcionales particularmente deseables incluyen las secuencias de repetición terminal invertida (ITR) de AAV-1 de la invención. Al contrario que en las ITRs 145 nt de AAV-2, AAV-3 y AAV-4, se ha encontrado que las ITRs de AAV-1 consisten en solamente 143 nucleótidos, caracterizados incluso ventajosamente por la estructura de horquilla en forma de T que se cree que es la responsable de la capacidad de las ITRs del AAV-2 para dirigir la integración específica del lugar. El AAV-1 es único entre otros serotipos AAV, dado que las ITRs 5' y 3' son idénticas. Las secuencias de ITR de longitud completa 5', se proporcionan en los nucleótidos 1 - 143 de SEQ ID NÚM. 1 (Figura 1A), y las secuencias ITR de longitud completa 3' se proporcionan en nt 4576 - 4718 de SEQ ID NÚM. (Figura 1C). Un experto en la materia podrá utilizar fácilmente menos secuencias ITR 5' y/o 3' de longitud completa para diversos propósitos, y puede construir ITRs modificadas utilizando técnicas convencionales, por ejemplo como se describe para las ITRs del AAV-2 en Samulski et al., Cell 33: 135 - 143 (1983).
Otro fragmento funcional deseable del genoma del AAV-1 es el promotor P5 del AAV-1 que tiene secuencias únicas entre los promotores P5 de AAV, mientras que mantiene elementos y funciones reguladoras críticas. Este promotor se localiza dentro de nt 236 - 299 de SEQ ID NÚM. 1 (Figura 1A). Otros ejemplos de fragmentos funcionales de interés incluyen las secuencias en la unión del rep/cap, por ejemplo, las secuencias extensoras nt 2306 - 2223, así como también fragmentos más grandes que abarcan esta unión que puede comprender 50 nucleótidos a cualquier lado de esta unión. Todavía otros ejemplos de fragmentos funcionales incluyen las secuencias que codifican las proteínas rep. La rep 78 se localiza en la región de nt 334 - 2306 de la SEQ ID NÚM. 1; la rep 68 se localiza en la región de nt 334 - 2272, y contiene un extensor de intrón nt 1924 - 2220 de SEQ ID NÚM. 1. La rep 52 se localiza en la región de nt 1007 - 2304 de SEQ ID NÚM. 1; la rep 40 se localiza en la región de nt 1007 - 2272, y contiene un extensor de intrón nt 1924 - 2246 de SEQ ID NÚM. 1. También de interés son las secuencias que codifican las proteínas de cápside, VP1 [nt 2223 - 4431 de SEQ ID NÚM. 1], VP2 [nt 2634 - 4432 de SEQ ID NÚM. 1] y VP3 [nt 2829 de SEQ ID NÚM. 1]. Otros fragmentos de interés pueden incluir las secuencias P19 de AAV-1, las secuencias P40 de AAV-1, el sitio de enlace rep, y el sitio resoluto terminal (TRS).
La invención proporciona además las proteínas y los fragmentos de las mismas que son codificados por los ácidos nucleicos del AAV-1 según la invención. Las proteínas particularmente deseables incluyen las proteínas rep y cap, que son codificadas por las secuencias de nucleótido que se han identificado en lo que antecede. Estas proteínas incluyen rep 78 [SEQ ID NÚM. 5], rep 68 [SEQ ID Núm. 7], rep 52 [SEQ ID NÚM. 9], rep 40 [SEQ ID NÚM. 11], vp1 [SEQ ID NÚM. 13], vp2 [SEQ ID NÚM. 16], y vp3 [SEQ ID NÚM. 17], y fragmentos funcionales de las mismas, y aunque que se ha encontrado que las secuencias de las proteínas rep y cap están cercanamente relacionadas con las del AAV-6, existen diferencias en las secuencias de aminoácido (véase la Tabla 1 que sigue), así como también diferencias en el reconocimiento de estas proteínas por parte del sistema inmune. Sin embargo, un experto en la materia puede seleccionar fácilmente otras proteínas adecuadas o fragmentos de proteínas de interés biológico. Adecuadamente, tales fragmentos son de al menos 8 aminoácidos de longitud. Sin embargo, se pueden utilizar fácilmente fragmentos de otras longitudes deseadas. Tales fragmentos pueden ser producidos recombinantemente o mediante otros medios adecuados, por ejemplo mediante síntesis química.
Las secuencias, las proteínas y los fragmentos de la invención pueden ser producidos con los medios adecuados, incluyendo producción de recombinación, síntesis química, u otros medios sintéticos. Tales métodos de producción están dentro del conocimiento de los expertos en la materia, y no constituyen limitación para la presente invención.
II. Vectores virales
En otro aspecto, la presente invención proporciona vectores que utilizan las secuencias de AAV-1 de la invención, incluyendo fragmentos de las mismas, para el suministro de secuencias de gen heterólogas o de otro ácido nucleico, a una célula objetivo. Adecuadamente, estas secuencias heterólogas (es decir, un transgén) codifican una proteína o producto genético que es susceptible de ser expresado en la célula objetivo. Un transgén de este tipo puede ser construido en forma de "mini-gen". Tal "mini-gen" incluye secuencias heterólogas de gen y los otros elementos reguladores necesarios para transcribir el gen y expresar el producto de gen en la célula huésped. De ese modo, las secuencias de gen están enlazadas operativamente con los componentes reguladores de una manera que permite su transcripción. Tales componentes incluyen elementos reguladores convencionales necesarios para activar la expresión del transgén en una célula que contiene el vector viral. El mini-gen puede contener también un promotor seleccionado que esté enlazado al transgén y localizado, con otros elementos reguladores, dentro de las secuencias virales seleccionadas del vector recombinante.
La selección del promotor es un asunto rutinario y no constituye limitación alguna para la presente invención. Los promotores útiles pueden ser promotores constitutivos o promotores regulados (inducibles), que permitan el control del período de tiempo y de la cantidad del transgén que ha de ser expresado. Por ejemplo, los promotores deseables incluyen el promotor/ incrementador anterior inmediato del ciclomegalovirus (CMV) [véase, por ejemplo, Boshart et al., Cell, 41: 521 - 530] (1985), el promotor/ incrementador del virus de sarcoma de Rous LTR, y el promotor \beta-actin citoplásmico de pollo [T.A. Kost et al., Nucl. Acids Res., 11(23): 8287 (1983)]. Otros promotores deseables son también el promotor de albúmina y el promotor P5 de AAV. Opcionalmente, el promotor seleccionado se utiliza en conjunción con un incrementador heterólogo, por ejemplo, se puede utilizar el promotor de \beta-actin en conjunción con el incrementador CMV. Todavía otros promotores e incrementadores adecuados o deseables, pueden ser seleccionados por los expertos en la materia.
El mini-gen puede contener también, deseablemente, secuencias de ácido nucleico heterólogas respecto a las secuencias de vector viral que incluyen secuencias que proporcionan señales requeridas para una poliadenilación eficiente del transcriptor (poli-A o pA), e intrones con sitios de aceptadores y donantes de enlace funcional. Una secuencia de poli-A común que se emplea en los ejemplos de vectores de esta invención, es la derivada del papovavirus SV-40. La secuencia de poli-A se inserta generalmente en el mini-gen, corriente abajo de las secuencias de transgén y corriente arriba de las secuencias de vector viral. Una secuencia de intrón común se deriva también del SV-40, y se menciona como secuencia de intrón T de SV40. Un mini-gen de la presente invención puede contener también dicho intrón, localizado deseablemente entre la secuencia de promotor/ incrementador y el transgén. La selección de estos y de otros elementos de vector común, es convencional [véase, por ejemplo, Sambrook et al., "Clonación Molecular. Manual de Laboratorio", 24 edic., Cold Spring Harbor Laboratory, New York, (1989), y las referencias que se citan en el mismo], y muchas de tales secuencias se encuentran disponibles en fuentes comerciales e industriales, así como también en Genebank.
La selección del transgén no es una limitación de la presente invención. Se pueden seleccionar fácilmente transgenes adecuados entre los genes informadores deseables, los genes terapéuticos, y opcionalmente, los genes que codifican polipéptidos inmunogénicos. Ejemplos de genes informadores adecuados incluyen la \beta-galactosidasa (\beta-gal), un gen de fosfatasa alcalina, y proteína fluorescente verde (GFP). Ejemplos de genes terapéuticos incluyen citoquinas, factores de crecimiento, y factores de diferenciación, entre otros. El transgén puede ser seleccionado fácilmente por un experto en la materia. Véase, por ejemplo, el documento WO 98/09657, que identifica otros transgenes adecua-
dos.
Adecuadamente, los vectores de la invención contienen, en valor mínimo, casetes que consisten en fragmentos de las secuencias y proteínas del AAV-1. En una realización, un vector de la invención comprende un transgén seleccionado, que está flanqueado por una ITR 5' y una ITR 3', al menos una de las cuales es una ITR de AAV-1 de la invención. Adecuadamente, los vectores de la invención pueden contener un promotor P5 de AAV-1 de la invención. En otra realización, un plásmido o vector de la invención contiene secuencias rep de AAV-1. Todavía en otra realización, un plásmido o vector de la invención contiene al menos una de las proteínas cap de AAV-1 de la invención. Más adecuadamente, estos vectores derivados de AAV-1 están ensamblados en vectores virales, según se describe aquí.
A. Vectores Virales de AAV
En un aspecto, la presente invención proporciona un vector viral de AAV-1 recombinante producido con la utilización de las proteínas de cápside de AAV-1 de la invención. Los viriones de rAAV-1 empaquetados de la invención pueden contener, adicionalmente a un mini-gen seleccionado, otras secuencias de AAV-1, o pueden contener secuencias de otros serotipos de AAV.
Los métodos de generación de viriones de rAAV son bien conocidos, y la selección de un método adecuado no constituye ninguna limitación de la presente invención. Véase, por ejemplo, K. Fischer et al., J. Virol., 70: 520 - 532 (1993), y la Patente US núm. 5.478.745. En un método adecuado, se dota a una célula huésped seleccionada con la secuencia de AAV que codifica una proteína rep, con el gen que codifica la proteína cap de AAV, y con las secuencias para el empaquetamiento y el posterior suministro. Deseablemente, el método utiliza las secuencias que codifican las proteínas rep y/o cap de AAV-1 de la invención.
En una realización, los genes rep/cap y las secuencias para el suministro, son proporcionados mediante co-transfección de vectores que portan estos genes y secuencias. En una realización normalmente preferida, un plásmido cis (vector), un plásmido trans (vector) que contiene los genes rep y cap, y un plásmido que contiene los genes auxiliares de adenovirus, son co-transfectados a una línea celular adecuada, por ejemplo, la 293. Alternativamente, una o más de estas funciones pueden ser proporcionadas en trans por medio de vectores separados, o pueden ser encontradas en una línea celular de empaquetamiento diseñada adecuadamente.
Un ejemplo de plásmido cis contendrá, en el orden de 5' a 3', la ITR 5 de AAV, el transgén seleccionado, y la ITR 3' de AAV. En una realización deseable, al menos una de las ITRs de AAV es una ITR 143 nt de AAV. Sin embargo, las ITRs de serotipos de AAV pueden ser seleccionadas fácilmente. De forma adecuada, se utilizan ITRs de longitud completa. Sin embargo, un experto en la material puede preparar fácilmente ITRs de AAV modificadas utilizando técnicas convencionales. De manera similar, los métodos para construcción de tales plásmidos son bien conocidos por los expertos en la materia.
Un trans plásmido para su uso en la producción de la partícula virión del rAAV-1, puede ser preparado de acuerdo con técnicas conocidas. En una realización deseada, el plásmido contiene las proteínas rep y cap de AAV-1, o fragmentos funcionales del mismo. Alternativamente, las secuencias seleccionadas pueden ser de otro serotipo de AAV seleccionado.
Los plásmidos cis y trans pueden ser a continuación co-transfectados con un virus auxiliar de tipo salvaje (por ejemplo, Ad2, Ad5 o un virus de herpes), o más deseablemente, con una replicación - adenovirus imperfecto, en una célula huésped seleccionada. Alternativamente, estos plásmidos cis y trans pueden ser co-transfectados en una célula huésped seleccionada junto con un plásmido transfectado que proporcione las funciones auxiliares necesarias. La selección de una célula huésped adecuada está muy al alcance de los expertos en la materia, e incluye las células de los mamíferos tales como las células 293, y las células HeLa, entre otras.
Alternativamente, el plásmido cis y, opcionalmente el plásmido trans, pueden ser transfectados en una línea celular de empaquetamiento que proporcione el resto de las funciones auxiliares necesarias para la producción de un rAAV que contenga las secuencias de AAV-1 deseadas de la invención. Un ejemplo de línea celular de empaquetamiento, en la que se desea una cápside de AAV-2, es la B-50, la cual expresa de forma estable los genes rep y cap de AAV-2 bajo el control de un promotor P5 homólogo. Esta línea celular está caracterizada por la integración en el cromosoma celular de múltiples copias (al menos 5 copias) de casetes de gen P5-rep-cap en forma concatómera. Esta línea celular B-50 fue depositada en la American Type Culture Collection, 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110. 2209, el 18 de Septiembre de 1997, bajo el Núm. de Acceso CRL. 12401 conforme a las provisiones del Tratado de Budapest. Sin embargo, la presente invención no está limitada a la selección de la línea celular de empaquetamiento.
Ejemplos de vectores de transducción basados en proteínas de cápside de AAV-1, han sido probados tanto in vivo como in vitro, según se describe con mayor detalle en el Ejemplo 4. En estos estudios, se demostró que el vector AAV recombinante con un virión de AAV-1 puede transducir tanto hígado de ratón como músculo. Estos, y otros vectores de terapia genética a base de AAV-1 que pueden ser generados por los expertos en la materia, son beneficiosos para el suministro de gen a las células huésped y a los pacientes de terapia genética seleccionados, puesto que los anticuerpos de neutralización de AAV-1 presentes en una gran parte de la población humana muestran patrones diferentes respecto a otros serotipos de AAV y por lo tanto no neutralizan los viriones de AAV-1. Un experto en la materia puede preparar fácilmente otros vectores virales de rAAV que contengan proteínas de cápside de AAV-1 aquí proporcionadas con la utilización de una diversidad de técnicas conocidas por los expertos en la materia. Se pueden preparar, de forma similar, otros vectores virales de rAAV que contengan secuencias de AAV-1 y cápsides de AAV de otro serotipo.
B. Otros Vectores Virales
Un experto en la materia comprenderá fácilmente que las secuencias de AAV-1 de la invención pueden ser adaptados fácilmente para su uso en estos y en otros sistemas de vector viral para suministro genético in vitro, ex vivo o in vivo. Particularmente adecuadas para su uso en tales sistemas de vector viral son las secuencias ITR de AAV-1, la rep de AAV-1, la cap de AAV-1, y las secuencias de promotor P5 de AAV-1.
Por ejemplo, en una realización deseable, las secuencias ITR de AAV-1 de la invención pueden ser usadas en un casete de expresión que incluya la ITR 5' de AAV-1, una secuencia de ADN de no-AAV que sea de interés (por ejemplo, un mini-gen), y la ITR 3', y que carezca de rep/cap funcional. Tal casete conteniendo una ITR de AAV-1, puede estar localizado en un plásmido para su posterior transfección en una célula huésped deseada, tal como el plásmido cis que se ha descrito en lo que antecede. Este casete de expresión puede estar además provisto de una cápside de AAV de un serotipo seleccionado para permitir la infección de una célula, o ser transfectado establemente en una célula huésped deseada para el empaquetamiento de viriones de rAAV. Tal casete de expresión puede ser adaptado fácilmente para su uso en otros sistemas virales, incluyendo sistemas de adenovirus y sistemas de lentivirus. Los métodos de producción de vectores Ad/AAV son bien conocidos por los expertos en la materia. Un método deseable se encuentra descrito en el documento PCT/US 95/14018. Sin embargo, la presente invención no se limita a ningún método particular.
Otro aspecto de la presente invención consiste en las novedosas secuencias de promotor P5 de AAV-1 que se localizan en la región de extensión nt 236 - 299 de SEQ ID NÚM. 1. El promotor es útil en una diversidad de vectores virales para activar la expresión de un transgén deseado.
De forma similar, un experto en la materia puede seleccionar fácilmente otros fragmentos del genoma de AAV-1 de la invención para su uso en una diversidad de sistemas de vector. Tales sistemas de vector pueden incluir, por ejemplo, lentivirus, poxvirus, veccinia virus, y sistemas adenovirales, entre otros. La selección de estos sistemas de vector no es una limitación de la presente invención.
C. Células Huésped y Líneas Celulares de Empaquetamiento
Todavía de acuerdo con otro aspecto, la presente invención proporciona células huésped que pueden ser transfectadas transitoriamente con secuencias de ácido nucleico de AAV-1 de la invención para permitir la expresión de un transgén deseado o la producción de una partícula de rAAV. Por ejemplo, una célula huésped seleccionada puede ser transfectada con secuencias de promotor P5 de AAV-1 y/o con secuencias 5' ITR de AAV-1 utilizando técnicas convencionales. La provisión de funciones auxiliares de AAV a las líneas celulares transfectadas de la invención da como resultado un empaquetamiento del rAAV como partículas de rAAV infecciosas. Tales líneas celulares pueden ser producidas de acuerdo con técnicas conocidas [véase, por ejemplo, la Patente U.S. núm. 5.658.785], haciendo uso de las secuencias de AAV-1 de la invención.
Alternativamente, las células huésped de la invención pueden ser transfectadas de forma estable con un casete de expresión de rAAV de la invención, y con copias de genes rep y cap de AAV-1. Las líneas celulares paternas incluyen las líneas celulares de mamíferos, y puede ser deseable seleccionar células huésped entre células de mamíferos no símicos. Ejemplos de líneas celulares paternas adecuadas incluyen, sin limitación, células HeLa [ATCC CCL 2], A549 [ATCC Acceso Núm. CCL 185], KB [CCL 17], Detroit [por ejemplo, Detroit 510, CCL 72], y WI-38 [CCL 75]. Estas líneas celulares están todas disponibles en la American Type Culture Collection, 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110 2209 USA. Otras líneas celulares paternas adecuadas pueden ser obtenidas a partir de otras fuentes y pueden ser utilizadas para construir líneas celulares estables que contengan P5 y/o secuencias rep y cap de AAV según la invención.
Los vectores recombinantes generados según se ha descrito en lo que antecede, son útiles para el suministro del ADN de interés a las células.
III. Métodos de suministro de genes por medio de vectores derivados de AAV-1
En otro aspecto, la presente invención proporciona un procedimiento para el suministro de un transgén a un huésped, que incluye transfectar o infectar una célula huésped seleccionada con un vector viral recombinante generado con las secuencias de AAV-1 (o fragmentos funcionales del mismo) de la invención. Los métodos para el suministro son bien conocidos por los expertos en la materia, y no constituyen ninguna limitación de la presente invención.
En una realización deseable, la invención proporciona un procedimiento para el suministro mediato de AAV, de un transgén a un huésped. Este procedimiento incluye transfectar o infectar una célula huésped seleccionada con un vector viral recombinante que contenga un transgén seleccionado bajo el control de secuencias que dirigen la expresión del mismo, y proteínas de cápside de AAV-1.
Opcionalmente, se puede someter a ensayo una muestra del huésped durante la presencia de anticuerpos respecto a un serotipo de AAV seleccionado. Los expertos en la materia son conocedores de una diversidad de formatos de ensayo para detectar anticuerpos neutralizantes. La selección de tal ensayo no constituye una limitación de la presente invención. Véase, por ejemplo, Fischer et al., Nature Med., 3(3): 306 - 312 (Marzo de 1997), y W.C. Manning et al., Human Gene Therapy, 9:477 - 485 (1 de Marzo de 1998). Los resultados de este ensayo pueden ser utilizados para determinar que el vector de AAV que contenga proteínas de cápside de un serotipo particular, es el preferido para el suministro, por ejemplo, en virtud de la ausencia de anticuerpos neutralizantes específicos para ese serotipo de cápside.
En otro aspecto de este procedimiento, el suministro de vector de proteínas de cápside de AAV-1 puede preceder o seguir al suministro de un gen a través de un vector con una proteína de cápside de AAV de serotipo diferente. De ese modo, el suministro de gen a través de vectores rAAV, puede ser utilizado para repetir el suministro de gen a una célula huésped seleccionada. Deseablemente, los vectores de rAAV administrados posteriormente llevan el mismo transgén que el primer vector de rAAV, pero los vectores administrados posteriormente contienen proteínas de cápside de serotipos que difieren del primer vector. Por ejemplo, si un primer vector tiene proteínas de cápside de AAV-2, los vectores administrados con posterioridad pueden tener proteínas de cápside seleccionadas entre los otros serotipos, incluyendo AAV-1, AAV-3A, AAV-3B, AAV-4 y AAV-6.
De ese modo, un vector viral recombinante derivado de rAAV-1 de la invención, proporciona un vehículo eficaz de transferencia de gen que puede suministrar un transgén seleccionado a una célula huésped seleccionada in vivo o ex vivo incluso aunque el organismo tenga anticuerpos neutralizantes respecto a uno o más serotipos AAV. Estas composiciones son particularmente muy adecuadas para el suministro de genes con fines terapéuticos. Sin embargo, las composiciones de la invención pueden ser también útiles en inmunización. Además, las composiciones de la invención pueden ser utilizadas también en la producción de un producto genético deseado in vitro.
Los vectores recombinantes descritos en lo que antecede, pueden ser suministrados a células - huésped de acuerdo con métodos publicados. Un vector viral de AAV que lleve el transgén seleccionado, puede ser administrado a un paciente, con preferencia suspendido en una solución biológicamente compatible o en un vehículo de suministro farmacéuticamente aceptable. Un vehículo adecuado incluye solución salina estéril. Otras soluciones de inyección estériles isotónicas acuosas y no acuosas, y suspensiones estériles acuosas y no acuosas que los expertos en la materia conocen bien que constituyen portadores farmacéuticamente aceptables, pueden ser empleadas a los efectos mencionados.
Los vectores virales son administrados en cantidades suficientes para transfectar las células y proporcionar niveles suficientes de transferencia y expresión de gen, para proporcionar un beneficio terapéutico sin efectos adversos indebidos, o con efectos fisiológicos médicamente aceptables, que pueden ser determinados por los expertos en técnicas médicas. Las vías de administración convencionales y farmacéuticamente aceptables incluyen, aunque sin limitación, el suministro directo al hígado, la vía oral, intranasal, intravenosa, intramuscular, subcutánea, intradérmica, y otras vías paternas de administración. Las vías de administración pueden ser combinadas, si se desea.
Las dosificaciones del vector viral dependerán principalmente de factores tales como la condición que ha de ser tratada, la edad, el peso y las condiciones de salud del paciente, y pueden variar por tanto entre pacientes. Por ejemplo, una dosificación humana terapéuticamente efectiva del vector viral está comprendida en general en la gama de entre aproximadamente 1 ml y aproximadamente 100 ml de una solución que contenga concentraciones de entre aproximadamente 1 x 10^{9} hasta 1 x 10^{16} genomas de vector viral. Una dosificación humana preferida puede ser desde aproximadamente 1 x 10^{13} hasta 1 x 10^{16} genomas de AAV. La dosificación será ajustada para equilibrar el beneficio terapéutico frente a cualesquiera efectos colaterales y tales dosificaciones pueden variar dependiendo de la aplicación terapéutica en la que se emplee el vector recombinante. Los niveles de expresión del transgén pueden ser monitorizados para determinar la frecuencia de la dosificación que dé como resultado vectores virales, con preferencia vectores AAV que contengan el mini-gen. Opcionalmente, regímenes de dosificación similares a los descritos con fines terapéuticos, pueden ser utilizados a efectos de inmunización utilizando las composiciones de la invención. Para producción in vitro, se puede obtener una proteína deseada a partir de un cultivo deseado a continuación de la transfección de células huésped con un rAAV que contenga el gen que codifica la proteína deseada, y cultivando el cultivo celular bajo condiciones que permitan la expresión. La proteína expresada puede ser purificada a continuación y aislada, según se desee. Las técnicas adecuadas para transfección, cultivo celular, purificación y aislamiento, son bien conocidas por los expertos en la materia.
Los ejemplos que siguen ilustran varios aspectos y realizaciones de la invención.
Ejemplo 1 Generación de Clon Infeccioso de AAV-1
La forma de ADN replicada de AAV-1 fue extraída a partir de células 293 que fueron infectadas. por el AAV-1 y por el tipo 5 de adenovirus de tipo salvaje.
A. Cultivo Celular y Virus
Se suministraron células 293 libres de AAV y células 84-31 mediante el laboratorio de aplicaciones humanas de la Universidad de Pennsylvania. Estas células fueron cultivadas en Medio Eagle Modificado de Dulbecco con un 10% de suero bovino fetal (Hyclone), penicilina (100 unidades) y estreptomicina a 37ºC en un ambiente húmedo alimentado con un 5% de CO_{2}. La línea de células 84-31 expresa constitutivamente genes de adenovirus E1a, E1b, E4/ORF6, y ha sido descrita previamente [K.J. Fisher, J. Virol., 70: 520 - 532 (1996)]. La cepa de cultivo fue adquirida en American Type Culture Collection (ATOC, Manassas, VA). Los virus AAV fueron propagados en células 293 con Ad5 de tipo salvaje como virus auxiliar.
B. Generación de AAV Recombinante
Los virus AAV recombinantes fueron generados por transfección utilizando un procedimiento libre de adenovirus. De forma resumida, el plásmido cis (con la ITR de AAV), el plásmido trans (con el gen rep y el gen cap de AAV), y el plásmido auxiliar (pF\Delta13, con regiones esenciales del genoma de adenovirus), fueron co-transfectados simultáneamente en células 293, en una relación de 1:1:2 mediante precipitación de fosfato de calcio. El plásmido auxiliar pF\Delta13 tiene una supresión de 8 kb en la región E28 de adenovirus, y tiene supresiones en la mayor parte de los genes extinguidos. Este plásmido auxiliar fue generado por supresión del fragmento Rsrll del pFG140 (Microbix, Canadá). Típicamente, 50 \mug de ADN (cis:trans:pF\Delta13 en relaciones de 1:1:2, respectivamente), fueron transfectados en un disco de cultivo de tejido de 15 cm. Las células fueron cultivadas durante 96 horas post-transfección, sonicadas y tratadas con desoxicolato de sodio al 0,5% (37ºC durante 10 minutos). Los lisatos celulares fueron sometidos a continuación a dos rondas de un gradiente de CsCl. Las fracciones de pico que contenían vector AAV, fueron recogidas, estancadas y dializadas frente a PBS con anterioridad a ser inyectadas en animales. Para hacer el virus rAAV con el virión de AAV-1, se utilizó el pAV1H o el p5E18 (2/1) como plásmido trans para proporcionar la función rep y cap.
Para la generación de rAAV en base al AAV-2, se utilizó el p5E18 como plásmido trans puesto que mejoró considerablemente la producción de rAAV. Este plásmido, el p5E18 (2/2), expresa Rep y Cap del AAV-2, y contiene un promotor P5 recolocado en una posición 3' respecto al gen Cap, minimizando con ello la expresión de Rep 78 y de Rep 68. La estrategia fue descrita inicialmente por Li et al., J. Virol., 71: 5236 - 5243 (1997). El PSE 18(2/2) fue formado de la manera siguiente. El vector trans pMMMTV descrito previamente (es decir, el promotor de virus de tumor mamario de ratón sustituido por el promotor P5 en el vector basado en AAV-2), fue elaborado con SmaI y CiaI, rellenado con enzima Klenow, y a continuación recirculado con ligasa de ADN. La formación resultante fue elaborada con Xbal, rellenada y ligada al segmento BamHI-XbaI de extremo romo del pCR-p5 construido de la siguiente manera. El promotor P5 de AAV, fue amplificado mediante PCR y el fragmento amplificado fue clonado posteriormente en pCR2.1 (Invitrogen) para producir pCR-P5. El plásmido auxiliar pAV1H fue formado clonando el fragmento BfaI de pAAV-2 en pBluescript II-SK(+) en los sitios BoorV y SmaI. El fragmento 3.0-kb XbaI - KpnI del p5E18(2/2), el fragmento 2.3-kb XbaI - KpnI del pAV-1H, y el fragmento 1.7-kb KpnI del p5E18(2/2) fueron incorporados en un plásmido P5E18(2/1) separado, que contiene AAV-2 Rep, AAV-1 Cap, y el promotor P5 de AAV-2 localizado en 3' respecto al gen Cap. El plásmido p5E18(2/1) produjo cantidades entre 10 y 20 veces mayores que el vector pAV1H (es decir, 10^{12} genomas/ 50 placas de 15 cm^{2}).
C. Técnicas de ADN
La extracción de ADN se realizó según se ha descrito en la técnica con una modificación menor [R.J. Samulski et al., Cell, 33: 135 - 143 (1983)]. En particular, se utilizó solución Hirst sin SDS en vez de usar solución Hirt original que contiene SDS. La cantidad de SDS presente en la solución Hirst original fue añadida después de que las células habían sido completamente suspendidas. Para formar el clon infeccioso de AAV-1, el ADN Hirt de las células 293 infectadas del AAV-1, se reparó con enzima Klenow (New England Biolabs), para asegurar que los extremos eran romos. El ADN Hirt del AAV-1 tratado, fue elaborado a continuación con BamHI y clonado en tres vectores, respectivamente. El BamHI interno fue clonado en pBlueScript II-SK+ cortado con BamHI + EcoRV para obtener pAV1-BL y pAV-BR, respectivamente. Las secuencias de AAV en estos tres plásmidos fueron ensambladas posteriormente en el mismo vector para obtener el clon pAAV-1 infeccioso del AAV-1. El plásmido auxiliar para la generación de virus AAV-1 recombinante, fue formado mediante clonación del fragmente Bfa I de pAAV-1 en pBlueScript II-SK+ en el sitio EcoRV.
El análisis del ADN Hirt reveló tres bandas, un dímero a 9.4 kb, un monómero a 4.7 kb, y ADN de cadena simple a 1.7 kb, que se correlacionan con diferentes formas de replicación del AAV-1. La banda de monómero fue extirpada del gel y elaborada a continuación con BamHI. Esto dio como resultado tres fragmentos de 1.1 kb, 0.8 kb y 2.8 kb. Este patrón es conforme con la descripción de Bantel-schaal y zur Hausen, Virol., 134(1): 52 - 63 (1984). Los fragmentos de BamHI 1.1 kb y 2.8 kb fueron clonados en pBlueScript-KS(+) en el sitio BamHI y EcoRV. El fragmento interno 0.8 kb fue clonado en el sitio BamHI de pBlueScript-KS(+).
Estos tres fragmentos fueron sub-clonados después con la misma construcción para obtener un plásmido (pAAV-1) que contenía la secuencia de AAV-1 completa. El AAV-1 fue probado a continuación respecto a su capacidad de rescate a partir del esqueleto de plásmido y del virus infeccioso de empaquetamiento. El pAAV-1 fue transfectado a continuación en células 293 y suministrado con tipo adenovirus como auxiliar en MOI 10. El virus sobrenadante fue utilizado para reinfectar células 293.
Para análisis de mancha Southern, el ADN Hirt fue elaborado con DpnI para extraer el plásmido de soporte de bacterias, y se probó con el fragmento BamHI interno del AAV-1. La membrana fue lavada a continuación en condiciones de alta severidad, que incluían: dos veces durante 30 minutos con 2X SSC, 0,1% SDS a 65ºC, y dos veces durante 30 minutos con 0,1X SSC, 0,1% SDS a 65ºC. La membrana fue analizada a continuación tanto mediante imagen de fósforo como con auto-radiografía de rayos X. Los resultados confirmaron que el pAAV-1 es, en efecto, un clon infeccioso del serotipo 1 de AAV.
Ejemplo 2 Análisis de AAV-1
El genoma completo del AAV-1 fue determinado a continuación mediante secuenciamiento automático y se encontró que tenía 4718 nucleótidos de longitud (Figuras 1A - 1C). Para el secuenciamiento, se utilizó un secuenciador automático ABI 373 para determinar las secuencias para todos los plásmidos y fragmentos PCR relacionados con este estudio con la utilización de la química del color FS. Todas las secuencias fueron confirmadas mediante secuenciamiento tanto de más como de menos cadenas. Estas secuencias fueron también confirmadas por secuenciamiento de dos clones independientes de pAV-BM, pAV-BL y pAV-BR Puesto que la forma replicada del ADN de AAV-1 sirvió como plantilla para la determinación de secuencia, estas secuencias fueron también confirmadas por secuenciamiento de una serie de productos PCR utilizando cepas de cultivo de AAV-1 originales como plantilla.
Se encontró que la longitud del AAV-1 estaba dentro de la gama de otros serotipos: AAV-3 (4726 nucleótidos), AAV-4 (4774 nucleótidos), AAV-2 (4681 nucleótidos), y AAV-6 (4683 nucleótidos).
El genoma de AAV-1 mostró similitudes con otros serotipos de adenovirus asociados. Sobre todo, comparte una identidad de más del 80% con otros virus AAV conocidos según se ha determinado mediante el programa de ordenador Magalign que hace uso de regulaciones por defecto [DNASTAR, Madison, WI). Las características clave en el AAV-2 pueden ser encontradas también en el AAV-1. En primer lugar, el AAV-1 tiene el mismo tipo de repetición terminal invertida que es capaz de formar estructuras de horquilla en forma de T, a pesar de las diferencias en el nivel de nucleótido (Figuras 2 y 3). Las secuencias de las ITRs de la derecha y de las ITRs de la izquierda, son idénticas. La secuencia TR de AAV está subdividida en A, A', B, B', C, C', D y D' (Bern, citado anteriormente).
Estas secuencias ITR de AAV son también virtualmente las mismas que las encontradas en la ITR derecha del AAV-6, existiendo una diferencia de un nucleótido en cada una de las secuencias A y A', y el último nucleótido de la secuencia D. En segundo lugar, el motivo de enlace rep del AAV-2 [GCTCGCTCGCTCGCTG (SEQ ID NÚM. 20)], se conserva bien. Tal motivo puede ser encontrado también en la región de pre-integración de AAV-2 del cromosoma 19 humano. Finalmente, regiones de codificación estructural y no estructural, y elementos reguladores similares a los de otros serotipos de AAV, existen también en el genoma de AAV-1.
Aunque las características globales de las repeticiones terminales de AAV están muy conservadas, la longitud total de la repetición terminal de AAV muestra divergencia. La repetición terminal del AAV-1 consiste en 143 nucleótidos mientras que las de los AAV-2, AAV-3 y AAV-4 son de alrededor de 145 ó 146 nucleótidos. La región de bucle de la ITR de AAV-1 se asemeja más cercanamente que la de la AAV-4 debido a que utiliza también TCT en vez del TTT encontrado en el AAV-2 y en el AAV-3. La posibilidad de error de secuenciamiento fue eliminada con la utilización de digestión de enzima de restricción, puesto que estos tres nucleótidos son parte del sitio Saci (gagctc; nt 69-74 de SEQ ID NÚM. 1). La región promotora p5 del AAV-1 muestra más variaciones en las secuencias de nucleótido con otros serotipos de AAV. Sin embargo, mantiene aún los elementos reguladores críticos. Las dos copias de los sitios YY 1 [véanse las Figuras 1A - 1C] parecen estar reservadas en todos los serotipos AAV conocidos, que se ha demostrado que están involucrados en la regulación de la expresión de gen del AAV. En el AAV-4, existen 56 nucleótidos adicionales insertados entre YY1 y el sitio E-box/USF, mientras que en el AAV-1 existen 26 nucleótidos adicionales insertados con anterioridad en el sitio E-box/USF. El promotor p19, el promotor p40 y el poliA, pueden ser también identificados a partir del genoma de AAV-1 por analogía con serotipos AAV conocidos, que también son considerablemente conservados.
De ese modo, el análisis de repeticiones terminales de AAV de diversos serotipos mostró que la secuencia A y la A' están muy conservadas. Una de las razones puede ser el motivo de enlace Rep (GCTC)_{3}GCTG [SEQ ID NÚM. 20]. Estas secuencias parecen ser esenciales para la replicación del ADN del AAV y la integración específica del sitio. La misma secuencia ha demostrado también ser conservada en un genoma de mono [Samulski, comunicación personal]. Los 8 primeros nucleótidos de la secuencia D son también idénticos en todos los serotipos de AAV conocidos. Esto está de acuerdo con la observación del grupo Srivastava de que solamente los 10 primeros nucleótidos son esenciales para el empaquetamiento del AAV [X.S. Wang et al., J. Virol., 71: 3077 - 3082 (1997); X.S. Wang et al., J. Virol, 71: 1140 - 1146 (1997)]. La función del resto de las secuencias D sigue siendo todavía poco clara. Las mismas pueden ser relacionadas en alguna medida con sus especificidades de tejido. La variación de nucleótido en las secuencias B y C puede sugerir también que la estructura secundaria de las ITRs es más crítica para su función biológica, lo que ha sido demostrado en muchas publicaciones previas.
Ejemplo 3 Comparación de Secuencias de AAV-1
Las secuencias de nucleótido del AAV-1, obtenidas según se ha descrito en lo que antecede, fueron comparadas con secuencias de AAV conocidas, incluyendo la AAV-2, AAV-4 y AAV-6, utilizando ADN Star Megalign. Esta comparación puso de manifiesto una extensión de 71 nucleótidos idénticos compartidos por AAV-1, AAV-2 y AAV-6. Véanse las Figuras 1A - 1C.
Esta comparación sugirió además que el AAV-6 es un híbrido formado por recombinación homóloga de AAV-1 y de AAV-2. Véanse las Figuras 3A y 3B. Estos nucleótidos dividen el genoma AAV-6 en dos regiones. La mitad 5' del AAV-6 de 522 nucleótidos, es idéntica a la del AAV-2 salvo en 2 posiciones. La mitad 3' del AAV-6, incluye la mayor parte del gen rep, el gen cap completo y la ITR 3' es idéntica en un 98% al AAV-1.
Biológicamente, tal recombinación puede permitir que el AAV-1 adquiera la capacidad de transmitirse a través de la población humana. También es interesante observar que las ITRs del AAV-6 comprenden una ITR de AAV-1 y una ITR de AAV-2. El modelo de replicación de parvovirus defectuoso puede conservar esta disposición especial. Los estudios sobre la integración del AAV han mostrado que una mayoría de los integrantes de AAV portan supresiones en al menos una de las repeticiones terminales. Se ha demostrado que estas supresiones son susceptibles de ser reparadas mediante conversión de gen utilizando la otra repetición terminal intacta como plantilla. Por lo tanto, sería difícil mantener el AAV-6 como una población homogénea cuando se rescata una copia integrada de AAV-6 de las células huésped con infección de virus auxiliar. El AAV-6 con dos ITRs de AAV-2 idénticas o con dos ITRs de AAV-1 idénticas, serían las variantes dominantes. El AAV-6 con dos ITRs de AAV-1 ha sido observado por el grupo de Russell [Rutledge, citado en lo que antecede (1998)]. No existe, sin embargo, ningún informe sobre un AAV-6 con dos ITRs de AAV-2. La adquisición de promotor P5 de AAV-2 mediante AAV-6, puede haber explicado que el AAV-6 haya sido aislado con origen humano, mientras que el AAV-1 con el mismo virión no lo ha sido. La regulación de promotor P5 entre diferentes especies de AAV, puede ser diferente in vivo. Esta observación sugiere que las proteínas de cápside del AAV no fueron los únicos determinantes para la especificidad del tejido.
Aunque está claro que el AAV-6 es un híbrido de AAV-1 y AAV-2, el AAV-6 ha mostrado ya divergencia con cualquiera de los AAV-1 y AAV-2. Existen dos diferencias de nucleótido entre el AAV-6 y el AAV-2 en sus primeros 450 nucleótidos. Existe alrededor del 1% de diferencias entre el AAV-6 y el AAV-1 en cuanto a niveles de nucleótido desde los nucleótidos 522 hasta el extremo 3'. También existe una región absolutamente divergente (nucleótido 4486 - 4593) entre el AAV-6 y el AAV-1 (Figuras 1A - 1C). Esta región no codifica ninguna proteína conocida para los AAVs. Estas diferencias en cuanto a secuencias de nucleótidos pueden sugerir que el AAV-6 y el AAV-1 han experimentado alguna evolución desde que la recombinación tuvo lugar. Otra posible explicación consiste en que existen otras variantes de AAV-1 que no han sido todavía identificadas. Así, no existe ninguna evidencia para descartar ninguna posibilidad. Se desconoce aún si otros híbridos (AAV-2 a AAV-4, etc) han existido en la naturaleza.
La región de codificación del AAV-1 fue deducida por comparación con otros serotipos AAV conocidos. La Tabla 1 ilustra las diferencias de la región de codificación entre el AAV-1 y el AAV-6. Los residuos de aminoácido se deducen de acuerdo con AAV-2.
Con referencia a la posición de aminoácido del AAV-1, la Tabla 1 relaciona los aminoácidos de AAV-1 que han sido cambiados con los correspondientes del AAV-6. Los aminoácidos del AAV-1 se muestran a la izquierda de la flecha. Se puede hacer referencia a SEQ ID NÚM. 5 de la secuencia de aminoácido del rep 78 de AAV-1 y a SEQ ID NÚM. 13 para la secuencia de aminoácido VP1 de AAV-1.
TABLA 1
1
Ha sido sorprendente observar que la secuencia de la región de codificación del AAV-1 es casi idéntica a la del AAV-6 desde la posición 452 hasta el final de la región de codificación (99%). Los primeros 508 nucleótidos del AAV-6 se ha demostrado que son idénticos a los del AAV-2 [Rutledge, citado anteriormente (1998)]. Puesto que los componentes del genoma de AAV-6 parecían ser promotor de la ITR izquierda de AAV-2 - p5 de AAV-2 - región de codificación de AAV-1 - ITR derecha de AAV-1, se concluyó que el AAV-6 es un hibrido que se produce de forma natural entre el AAV-1 y el AAV-2.
Ejemplo 4 Vector de Terapia de Gen Basado en AAV-1
Los vectores de transferencia de gen recombinante basados en AAV-1 fueron construidos mediante los métodos descritos en el Ejemplo 1. Para producir un virus recombinante híbrido con el virión AAV-1 y la ITR de AAV-2, se utilizó el plásmido trans de AAV-1 (pAV1H) y el plásmido cis-lacZ de AAV-2 (con la ITR del AAV-2). Se utilizó la ITR del AAV-2 en este vector en vista de su conocida capacidad para dirigir la integración específica del sitio. También se construyó para su uso en este experimento el vector de AAV-1 que porta el gen marcador de proteína fluorescente verde (GFP) bajo el control del promotor anterior inmediato de CMV utilizando pAV1H como plásmido trans.
A. Células Huésped de Transfección de Virus rAAV-1 in Vitro
Células 84-31(que expresan adenovirus E1a, E1b) que expresan establemente E4/ORFS, fueron infectadas con rAAV-1 GFP o rAAV-lacZ. Se detectaron altos niveles de expresión de GFP y de lacZ en las células 84-31 cultivadas. Esto sugirió que el vector basado en rAAV-1 era muy similar a los vectores basados en AAV-2 en cuanto a capacidad de infectar y a niveles de expresión.
B. Células de Transfección de Virus rAAV-1 in Vivo
Se comprobó el rendimiento de vectores basados en AAV-1 in vivo. El fragmento EcoRI de paT85 (ATCC) que contiene el fragmento de cADN de \alpha1-antitripsina (\alpha1AT), fue truncado y clonado en PCR (Promega) en un sitio Smal par obtener PCR-\alpha1AT. El promotor CMV fue clonado en PCR-\alpha1AT en el sitio XbaI. El casete de expresión de Alb-\alpha1AT fue retirado mediante XhoI y CiaI y clonado en PAV1H en el sitio XbaI. El plásmido de vector fue utilizado para generar el virus AAV-1-CMV-\alpha1AT utilizado en el experimento que se describe a continuación.
Para blindar anticuerpos humanos frente al AAV, el virus AAV purificado fue disuelto con solución amortiguadora Ripa (10 mM Tris pH 8,2, 1% Triton X-100, 1% SDS, 0,15% M NaCl) y se separó en gel SDS-PAGE al 10%. El suero humano inactivado con calor, fue utilizado a una dilución de 1 a 1000 en este ensayo. Los virus rAAV-1 CMV-\alpha1AT fueron inyectados en ratones Rag-1 mediante inyección en la vena del rabo a distintas dosificaciones. Se midió la concentración de \alpha1-antitripsina humana en el suero de ratón utilizando ELISA. El anticuerpo de recubrimiento es \alpha1-antitripsina humana anti-humana de conejo (Sigma). La \alpha1-antitripsina anti-humana de cabra (Sigma) fue utilizada como anticuerpos de detección primaria. La sensibilidad de este ensayo va desde alrededor de 0,3 ng/m1 hasta 30 ng/ml. La expresión de la \alpha-antitripsina humana en la sangre del ratón pudo ser detectada a un nivel muy alentador. Este resultado se muestra en la Tabla 2.
TABLA 2
2
Los virus rAAV-1 CMV-lacZ fueron también inyectados en el músculo de ratones C57BL6 y se obtuvieron resultados similares. En conjunto, estos resultados sugirieron que el vector basado en AAV-1 podría ser apropiado para el suministro de genes tanto al hígado como al músculo.
Ejemplo 5 Anticuerpos neutralizantes Frente al AAV-1
Ensayos simples y cuantitativos en cuanto a anticuerpos de neutralización (NAB) respecto a AAV-1 y AAV-2, fueron desarrollados con vectores recombinantes. Se protegieron un total de 33 monos Rhesus y 77 sujetos humanos normales.
A. Primates No Humanos
Monos rhesus jóvenes capturados salvajes fueron adquiridos en Covance (Atice, Tex) y LABS de Virginia (Yemassee, SC) y mantenidos en cuarentena total. Los monos pesaban aproximadamente entre 3 y 4 kg. Los primates no humanos utilizados en el programa de investigación del Instituto para Terapia Genética Humana, han sido criados a propósito en los Estados Unidos procedentes de colonias cerradas libres de patógenos específicos. Todos los proveedores son comerciantes de clase A del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos. Los macacos rhesus no están, por lo tanto, infectados con patógenos símicos importantes, incluyendo agentes de la tuberculosis, lentivirus símicos importantes (virus de inmunodeficiencia símico y retrovirus símico), y herpevirus cercopitecine. Los animales están también libres de parásitos externos e internos. El excelente estado de salud de estos animales mejorados, minimizaron el potencial de variables extrañas. Para este estudio, el suero se obtuvo de los monos con anterioridad a la iniciación de cualquier protocolo.
Se analizaron los títulos NAB evaluando la capacidad del anticuerpo de suero para inhibir la transducción de virus informador que expresa proteína fluorescente verde (GFP) (AAV1-GFP o AAV2-GFP) en células 84-31. Diversas diluciones de anticuerpos incubadas con virus informador durante 1 hora a 37ºC fueron añadidas a cultivos de células confluentes al 90%. Las células fueron incubadas durante 48 horas y la expresión de proteína fluorescente verde fue medida mediante FluoroImaging (Molecular Dynamics). Los títulos NBA fueron calculados como la dilución más alta a la que el 50% de las células se mancharon de verde.
El análisis de NBA en monos rhesus demostró que el 61% de los animales probados dieron positivo respecto al AAV-1; una minoría (el 24%) tuvo NAB en el AAV-2. Alrededor de una tercera parte de los animales tenía anticuerpos respecto al AAV-1 pero no al AAV-2 (es decir, fueron mono-específicos para el AAV-1), mientras que ninguno de los animales dio positivo en cuanto a AAV-2 sin reaccionar con el AAV-1. Estos datos apoyan la hipótesis de que el AAV-1 es endémico en los monos rhesus. La presencia de verdaderas infecciones de AAV-2 en este grupo de primates no humanos, es menos clara, puesto que no se pudo determinar actividad neutralizante cruzada de respuesta del AAV-1 frente al AAV-2. Es interesante que exista una relación lineal entre el NAB de AAV-2 y el NAB de AAV-1 en animales que tenían ambos.
B. Humanos
Para estos ensayos de anticuerpos de neutralización, se incubaron muestras de suero humano a 56ºC durante 30 minutos para desactivar el complemento, y se diluyeron en DMEM. El virus (rAAV o rAd, con lacZ o con GFP), fue mezclado a continuación con cada dilución de suero (20X, 400X, 2000X, 4000X, etc), y se incubó durante 1 hora a 37ºC con anterioridad a ser aplicado a cultivos confluentes al 90% de células 84-31 (para AAV) o células Hela (para adenovirus) en placas de 98 cavidades. Después de 80 minutos de incubación en las condiciones de cultivo, se añadieron 100 \mul de medio adicional que contenía el 20% de FCS, para hacer que el medio de cultivo final tuviera el 10% FCS.
El resultado se ha resumido en la Tabla 3.
TABLA 3
3
Los anticuerpos de neutralización humana frente a estos tres virus, pareció no estar relacionada puesto que la existencia de anticuerpos de neutralización frente al AAV no es una indicación para los anticuerpos contra el adenovirus. Sin embargo, el AAV requiere adenovirus como virus auxiliar; en la mayor parte de los casos, los anticuerpos neutralizantes frente el AAV están correlacionados con la existencia de anticuerpos neutralizantes respecto al adenovirus. Entre las 77 muestras de suero humano protegidas, el 41% de las muestras pudo neutralizar la capacidad infecciosa del adenovirus recombinante basado en Ad5. Otras 15/77 (19%) de las muestras de suero pudieron neutralizar la transducción del rAAV-1 mientras que 20/77 (el 20%) de las muestras inhiben la transducción de rAAV-2 en 1 a 80 diluciones o más. Todas las muestras de suero positivas en cuanto a anticuerpos de neutralización para el AAV-1, son también positivas para el AAV-2. Sin embargo, existen cinco (el 6%) muestras positivas de rAAV-2 que fallaron en cuanto a neutralizar el rAAV-1. En muestras que son positivas para anticuerpos de neutralización, el título de anticuerpos varió también en las positivas. Los resultados para la protección del suero humano en cuanto a anticuerpos contra los AAVs llevaron a la conclusión de que el AAV-1 presenta el mismo epítome que el AAV-2 para interactuar con receptores celulares, puesto que los sueros humanos neutralizantes del AAV-1 pueden reducir también la capacidad infecciosa del AAV-2. Sin embargo, el perfil de anticuerpos neutralizantes para estos AAVs no es idéntico, existiendo receptores específicos adicionales para cada serotipo de AAV.
Ejemplo 6 Los Virus AAV Recombinantes Muestran Tropismo Tisular
Los vectores AAV-1 recombinantes de la invención y los vectores AAV-2 recombinantes [que contienen el gen que codifica la \alpha1-antitripsina humana (\alpha1AT) o murina eritropoletina (Epo) a partir de un promotor de \beta-actin incrementado de citomegalovirus (CB)], fueron evaluados por comparación directa con copias equivalentes de vectores AAV-2 que contenían los mismos genes vectoriales.
Los virus recombinantes con cápside de AAV-1, fueron construidos utilizando las técnicas del Ejemplo 1. Para hacer el rAAV con viriones de AAV-1, se utilizó el pAV1H o el p5E18 (2/1) como plásmido trans para proporcionar las funciones Rep y Cap. Para la generación del rAAV en base al AAV-2, se utilizó p5E 18(2/2) como plásmido trans, debido a que con ello se mejoraba considerablemente la producción de rAAV. [Los experimentos iniciales indicaron comportamientos similares in vivo de los vectores AAV-1 producidos con pAV1H y p5E 19 (2/1). Todos los estudios posteriores utilizaron vectores AAV-1 derivados del p5E 18(2/1) debido a que ello incrementaba la producción].
Cepas equivalentes de los vectores AAV-1 y AAV-2 fueron inyectadas intramuscularmente (5 x 10^{10} genomas) o en el hígado a través de circulación portal (1 x 10^{11} genomas) en ratones inmunodeficientes, y los animales (cuatro grupos) fueron analizados en el día 30 en cuanto a expresión de transgén. Véanse las Figuras 4A y 4B.
Los vectores AAV-2 produjeron constantemente entre 10 y 50 veces más eritropoletina de suero, o \alpha1-antitripsina, cuando se inyectaron en el hígado, en comparación con el músculo. (Sin embargo, los genes suministrados por el AAV-1 lograron niveles de expresión aceptables en el hígado). Este resultado fue muy diferente del correspondiente a los vectores AAV-1, con los que la expresión muscular fue equivalente a, o mayor que, la expresión del hígado. De hecho, el AAV-1 mejoró al AAV-2 en el músculo cuando se administraron títulos equivalentes basados en genomas.
Ejemplo 7 Suministro Genético mediante rAAV-1
Los ratones C57BL/6 (machos de 6 - 8 semanas de edad, Jackson Laboratories), fueron analizados en cuanto a transferencia genética mediata de AAV al hígado a continuación de la inyección intra-esplénica vectorial (es decir, con objetivo en el hígado). Un total de 10^{11} equivalentes de genoma o vector rAAV-1 o AAV-2, fueron inyectados en la circulación 100 \mul de solución salina amortiguada. El primer vector contenía, o bien cápside de AAV-1 o bien cápside de AAV-2, y expresó \alpha1AT bajo el control del promotor de \beta-actin de pollo (CB). El día 28 se analizaron los sueros en cuanto a anticuerpos frente al AAV-1 o al AAV-2, y se comprobaron los niveles de suero \alpha1AT. Los animales fueron inyectados con una formación de AAV-1 o de AAV-2 que expresa eritropoletina (Epo, también bajo el control del promotor CB). Un mes más tarde se analizaron los sueros respecto al nivel de suero de Epo. Se analizaron los grupos que siguen (Figuras 5A -5D).
En el Grupo 1, el vector 1 fue AAV-2 que expresa \alpha1AT y el vector 2 fue AAV-2 que expresa Epo. Los animales generaron anticuerpos contra el AAV-2 a continuación de la administración del primer vector, lo que evitó la administración del vector basado en AAV-2. No hubo evidencia de neutralización cruzada del anticuerpo con el AAV-1.
En el Grupo 2, el vector 1 fue AAV-1 que expresa \alpha1AT, mientras que el vector 2 fue AAV-1 que expresa Epo. La administración del primer vector dio como resultado una expresión significativa de \alpha1AT en un mes, asociada a anticuerpos de neutralización para el AAV-1. Los animales no fueron readministrados con éxito con la formación de AAV-1 que expresa Epo.
En el Grupo 3, se midió la efectividad de un vector AAV-2 que expresa Epo, inyectado en un animal sin afectación. Los animales fueron inyectados con PBS e inyectados con vector AAV-2 Epo el día 28, y se analizaron en cuanto a expresión Epo un mes más tarde. Se evaluaron los anticuerpos neutralizantes el día 28 sin que se esperara ver nada desde que recibieron el PBS con la primera inyección de vector. Esto demuestra que en los animales sin afectación el AAV-2 es muy eficiente en cuanto a transferencia del gen Epo como demostró el alto nivel de suero Epo un mes más tarde.
El Grupo 4 fue un experimento similar al del Grupo 3 en el que los animales recibieron originalmente PBS para el vector 1, y después el AAV-1 que expresó formación Epo 28 días después. En el momento de la inyección del vector, no existían obviamente anticuerpos respecto al AAV-1 ni al AAV-2. El vector a base de AAV-1 fue capaz de generar una expresión significativa de Epo cuando se midió un mes más tarde.
El Grupo 5 es un experimento de cruzamiento en el que el vector inicial es AAV-2 que expresa \alpha1AT, seguido de la formación de AAV-1 que expresa Epo. Los animales, según se esperaba, fueron infectados eficazmente con el vector AAV-2 que expresa \alpha1AT como se muestra mediante los altos niveles de la proteína en la sangre a los 28 días. Esto iba asociado a una cantidad significativa de anticuerpos neutralizantes respecto al AAV-2. De manera importante, los animales fueron administrados sucesivamente con AAV-1 a continuación del vector AAV-2 como se demuestra en virtud de la presencia de Epo en el suero a los 28 días después de la administración del segundo vector. En el momento de la administración del vector, existía un alto nivel de anticuerpos de neutralización de AAV-2, y una reacción de cruzamiento muy baja respecto al AAV-1. El nivel de Epo disminuyó ligeramente, debido probablemente a la pequeña cantidad de reactividad cruzada. El Grupo 6 fue el experimento opuesto al de cruzamiento, en el que el vector inicial estaba basado en AAV-1, mientras que el segundo experimento estuvo basado en AAV-2. El vector AAV-1 condujo a expresión de gen significativa de \alpha1AT, lo que también dio como resultado un alto nivel de anticuerpos de neutralización de AAV-1. Los animales fueron administrados muy eficientemente con AAV-2 a continuación del vector AAV-1 inicial, como evidenció el alto nivel de Epo.
Un experimento sustancialmente idéntico se realizó en el músculo, en el que se inyectaron 5 x 10^{10} genomas en la parte anterior de la tibia de ratones C57BL6 como modelo respecto a la terapia genética dirigida al músculo. Los resultados se han ilustrado en las Figuras 6A - 6D, y son esencialmente los mismos que para el hígado.
En resumen, este experimento demuestra la utilidad de usar un vector AAV-1 en pacientes que tienen anticuerpos preexistentes frente al AAV-2, o que habían recibido inicialmente un vector AAV-2 y necesitan una readministración.
Ejemplo 8 Construcción de ITRs de AAV-1 que Contienen Virus Recombinantes
Este ejemplo ilustra la construcción de vectores AAV recombinantes que contienen las ITRs de AAV-1 de la invención.
Un plásmido cis de AAV-1 se construye como sigue. Un fragmento 160 bp Xho-NruI de AAV-1, que contiene la ITR 5' del AAV-1, se obtiene a partir de pAV1-BL. El pAV1-BL ha sido generado según se describe en el Ejemplo 1. El fragmento Xho-NruI se clona después en un segundo plásmido pAV1-BL en el sitio XbaI, para dotar al plásmido con dos ITRs de AAV-1. El transgén deseado se clona a continuación en el pAV-1BL modificado en el sitio NruI y BamHI, que se localiza entre las secuencias ITR del AAV-1. El plásmido cis de AAV-1 resultante contiene ITRs de AAV-1 que flanquean al transgén y carece de rep y cap funcionales de AAV-1.
El AAV recombinante se produce mediante transfección simultánea de tres plásmidos en células 293. Éstos incluyen el plásmido cis de AAV-1 descrito en lo que antecede; un plásmido trans que proporciona funciones rep/cap de AAV y carece de ITRs de AAV; y un plásmido que proporciona funciones auxiliares de adenovirus. Las funciones rep y/o cap pueden ser proporcionadas en serotipo trans mediante AAV-1 o en otro serotipo AAV, dependiendo del perfil de inmunidad que se pretenda para el receptor. Alternativamente, las funciones rep y cap pueden ser proporcionadas en serotipo cis por el AAV-1 o en otro serotipo, dependiendo de nuevo del perfil de inmunidad del paciente.
En una contrafección típica, 50 \mug de ADN (cis:trans:auxiliar en una relación de 1:1:2, respectivamente), son transfectados en un disco de cultivo de tejido de 15 cm. Las células son cultivadas durante 96 horas post-transfección, sonicadas y tratadas con desoxicolato de sodio al 0,5% (37ºC durante 10 minutos). Los lisados celulares son sometidos después a 2-3 rondas de ultra-centrifugación en un gradiente de cesio. Se recogen fracciones de pico que contienen rAAV, se acumulan y se dializan frente al PBS. Una producción típica es del orden de 1 x 10^{3} genomas / 10^{9} células.
Utilizando este método, se preparó una construcción de virus recombinante que contiene las ITRs de AAV-1 que flanquean al transgén, con una cápside de AAV-1. Otra construcción de virus recombinante que contiene las ITRs del AAV-1 flanqueando al transgén, se prepara con una cápside de AAV-2.
<110> Wilson, James M.
\hskip1cm Xiao, Weldong
\hskip1cm The Trustees of the University of Pennsylvania
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Ácido Nucleico de Serotipo I de Adenovirus Asociado
\hskip1cm Secuencias, Vectores y Células Huésped que los Contienen
\vskip0.400000\baselineskip
<130> GNVPN.031PCT
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<140>
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<141>
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<150> 60/107,114
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 1998-11-05
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<160> 20
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<170> Patentin Ver. 2.0
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<210> 1
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<211> 4718
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<212> ADN
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (335) ... (2206)
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<220>
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<221> CDS
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<222> (2223) ... (4430)
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<400> 1
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4
5
6
7
8
9
10
11
12
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<210> 2
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<211> 623
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 2
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13
14
15
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<210> 3
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<211> 736
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 3
16
17
18
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<210> 4
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<211> 1872
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(1869)
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<400> 4
19
20
21
22
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<210> 5
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<211> 623
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 5
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23
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<210> 6
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<211> 1641
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(1638)
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<400> 6
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26
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28
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<210> 7
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<211> 546
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 7
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30
31
32
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<210> 8
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<211> 1200
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(1197)
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<400> 8
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33
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<210> 9
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<211> 399
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 9
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36
37
38
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<210> 10
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<211> 969
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(966)
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<220>
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<221> misc_feature
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<222> (943)..(944)
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<223> minor splice site
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<400> 10
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39
40
41
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<210> 11
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<211> 322
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 11
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42
43
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<210> 12
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<211> 2211
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(2208)
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<400> 12
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44
45
46
47
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<210> 13
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<211> 736
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 13
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49
50
51
52
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<210> 14
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<211> 1800
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(1797)
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<400> 14
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53
54
55
56
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<210> 15
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<211> 599
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 15
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57
58
59
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<210> 16
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<211> 1605
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<212> DNA
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<213> AAV-1
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<220>
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<221> CDS
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<222> (1)..(1602)
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<400> 16
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60
61
62
\hskip0.7cm63
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<210> 17
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<211> 534
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<212> PRT
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<213> AAV-1
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<400> 17
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64
65
66
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<210> 18
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<211> 4681
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<212> DNA
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<213> aav-2
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<400> 18
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67
68
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70
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<210> 19
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<211> 4683
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<212> DNA
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<213> aav-6
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<400> 19
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71
72
73
74
75
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<210> 20
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<211> 16
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<212> DNA
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<213> rep binding motif
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<400> 20
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\hskip-.1em\dddseqskip
gctcgctcgc tcgctg
\hfill
16

Claims (23)

1. Un virus recombinante que tiene una cápside de AAV-1 que comprende una proteína de AAV-1 seleccionada entre vp1 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido SEQ ID NÚM. 13; vp2 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 15; vp3 de AAV-1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 17, y una molécula heteróloga que comprende una secuencia 5' de repetición terminal invertida (ITR) de AAV, un transgén, y una ITR 3' de AAV.
2. El virus recombinante de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la proteína vp1 de AAV-1 está codificada por un ácido nucleico que tiene al menos un 99% de identidad con los nucleótidos 2223 a 4431 de SEQ ID NÚM. 1.
3. El virus recombinante de acuerdo con la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que la proteína vp2 de AAV-1 está codificada por un ácido nucleico que tiene al menos el 99% de identidad con los nucleótidos 2634 a 4431 de SEQ ID NÚM. 1.
4. El virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que la proteína vp3 de AAV-1 está codificada por un ácido nucleico que tiene al menos el 99% de identidad con los nucleótidos 2829 a 4431 de SEQ ID NÚM. 1.
5. El virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que la ITR 5' y la ITR 3' del AAV son el serotipo 2 de AAV.
6. El virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, que se caracteriza por un promotor regulable que dirige la expresión del transgén.
7. El virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que dicho transgén codificado es alfa-1-antitripsina o eritropoletina.
8. Una composición farmacéutica que comprende un virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 y un portador farmacéuticamente aceptable.
9. Uso de un virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, para preparar un medicamento útil para transducir una célula muscular.
10. Uso de un virus recombinante de acuerdo con la reivindicación 9, en el que dicha medicamento se formula para su administración intramuscular.
11. Uso de un virus recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, para la preparación de un medicamento útil para transducir una célula de hígado.
12. Uso de un virus recombinante de acuerdo con la reivindicación 11, en el que dicho medicamento se formula para su administración intravenosa.
13. Una célula huésped recombinante que comprende el virus recombinante de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7.
14. Una célula huésped recombinante transformada con una secuencia de ácido nucleico que expresa una o más proteínas rep de AAV-1 seleccionadas entre rep 78 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 5; rep 68 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 7; rep 52 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 9, y rep 40 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 11.
15. Una célula huésped recombinante transformada con una secuencia de ácido nucleico que expresa una o más proteínas cap de AAV-1 seleccionadas entre vp1 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 13; vp2 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 15, y vp3 que tiene la secuencia de aminoácido de SEQ ID NÚM. 17.
16. Una célula huésped recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 13 a 15, que comprende una secuencia de repetición terminal invertida (ITR) de AAV-1 seleccionada en el grupo consistente en:
(a) una ITR 5' que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 1 a 143 de SEQ ID NÚM. 1;
(b) una ITR 3' que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 4576 a 4718 de SEQ ID NÚM. 1, y
(c) una secuencia de ácido nucleico complementaria con (a) o (b).
17. La célula huésped recombinante de acuerdo con la reivindicación 16, en la que dicho vector comprende además una ITR 3' de AAV-1 y una ITR 5' de AAV-1.
18. La célula huésped recombinante de acuerdo con la reivindicación 16 ó 17, en la que dicho vector comprende además secuencias de adenovirus.
19. Un vector que codifica funciones auxiliares de AAV-1, comprendiendo dicha molécula una región de codificación rep de AAV y una región de codificación cap de AAV, en el que dicha región de codificación cap comprende al menos un miembro seleccionado en el grupo consistente en:
(a) vp1 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 2223 a 4431 de SEQ ID NÚM.
(b) vp2 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 2634 a 4432 de SEQ ID NÚM. 1, y
(c) vp3 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 2829 a 4432 de SEQ ID NÚM. 1.
20. Un vector que codifica funciones auxiliares de AAV-1, comprendiendo dicha molécula una región de codificación rep de AAV-1 y una región de codificación cap de AAV, en el que dicha región de codificación rep comprende una región de codificación rep de AAV que comprende al menos un miembro seleccionado en el grupo consistente en:
(a) rep 78 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 335 a 2304 de SEQ ID NÚM. 1;
(b) rep 68 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 335 a 2272 de SEQ ID NÚM. 1, o el cADN correspondiente a la misma;
(c) rep52 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 1007 a 2304 de SEQ ID NÚM. 1, y
(d) rep 40 que tiene la secuencia de ácido nucleico de nt 1007 a 2272 de SEQ ID NÚM. 1, o el cADN correspondiente a la misma.
21. Una célula huésped transducida con un vector recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 19 a 20.
22. Una célula huésped de acuerdo con las reivindicaciones 13 a 17 ó 21, transducida establemente con un promotor P5 de AAV-1 que tiene la secuencia de nt 236 a 299 de SEQ ID NÚM. 1.
23. Uso de un virión de AAV, que comprende:
(a) una cápside que comprende al menos una proteína de cápside codificada por un gen cap de AAV-1 que tiene al menos el 99% de identidad con los nucleótidos 2223 a 4431 de SEQ ID NÚM. 1, y
(b) una molécula de ADN que comprende un transgén bajo el control de secuencias reguladoras que dirigen su expresión para la preparación de un medicamento para el suministro de un transgén a una célula huésped.
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