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Die
vorliegende Erfindung betrifft bidirektionale Promotoren, die eine
effiziente und koordinierte Expression von mindestens zwei Genen
ermöglichen,
Gentransfervektoren, die diese Promotoren enthalten, Partikel, welche
die Vektoren in eine Zelle transduzieren, die Verwendung der Vektoren
für die
Einführung
und Expression mehrerer Gene in Zielzellen, auch für die Gentherapie
und für
die Herstellung von Medikamenten.
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STAND DER TECHNIK
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Für mehrere
Gentransfer- und -therapieanwendungen ist die Expression mehrerer
Transgene in denselben Zielzellen erforderlich1.
Genfunktionsstudien werden am besten durchgeführt, indem cDNAs gemeinsam
mit einem Markergen exprimiert werden; mit diesem Ansatz lassen
sich genetisch modifizierte Zellen identifizieren und in vitro und
in vivo nachverfolgen. Entsprechend lassen sich Gentherapieanwendungen
durch Reinigung von genkorrigierten Zellen vor der In-vivo-Verabreichung
verbessern, wobei man sich die koordinierte Expression selektierbarer
Marker zunutze macht. Genetisch modifizierte Zellen können ex
vivo oder in vivo amplifiziert werden, indem zusammen mit dem therapeutischen
Gen Wachstumsförderungs-
bzw. Wirkstoffresistenzgene eingeführt werden, wie kürzlich durch
MGMT-vermittelte Selektion transduzierter hämatopoietischer Stammzellen
(HSC) gezeigt worden ist2; mit diesem Ansatz
lässt sich
die Wirksamkeit der Gentherapie steigern und ihre Anwendung potenziell
auf ein breites Spektrum von Krankheiten ausdehnen3,4.
Umgekehrt können
genetisch modifizierte Zellen, die konditionell zytotoxische Gene
zusammen mit dem therapeutischen Gen exprimieren, in vivo eliminiert
werden, wenn unerwünschte
Ereignisse stattfinden; dieser Ansatz wird zur Kontrolle der Graft-versus-Rost-Krankheit
nach Infusion von Spender-T-Lympbhozyten zur Behandlung von Leukämie-Rezidiven
verwendet5; in Anbetracht des kürzlichen
Auftretens von Leukämie
in Verbindung mit Vektorintegration in einer erfolgreichen klinischen
Studie der Immunschwächekrankheit
X-SCID (X-linked Severe Combined Immunodeficiency) könnte er
auch eine wichtige Sicherheitsvorkehrung beim HSZ-Gentransfer darstellen6. Die koordinierte Expression von mehr als
einem Transgen ist essenziell, wenn die durch Gentransfer wiederherzustellende
Aktivität
von mehreren Untereinheiten abhängt,
die von verschiedenen Genen kodiert werden, oder die Synergie separater
Moleküle
verlangt. Beispielsweise erfordert die Rekonstitution des biosynthetischen
Dopaminsignalwegs in striatalen Neuronen bei Patienten mit Morbus
Parkinson die Koexpression von Tyrosinhydroxylase mit der GTP-Cyclohydrolase
I und/oder DOPA-Decarboxylase7; eine Gentherapie gegen
Krebs kann die Coexpression mehrerer Antigene und/oder Zytokine
in antigenpräsentierenen
Zellen für die
Immuntherapie und von zwei T-Zellrezeptorketten in T-Zellen erfordern,
die gentechnisch für
den adoptiven Transfer verändert
wurden8.
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Trotz
diesem hinreichend bekannten Bedarf war es eine signifikante Herausforderung
für die
Gentransfertechnologie, eine koordinierte, hochgradige Expression
mehrerer Transgene in der Mehrzahl der Zielzellen zu erreichen.
Zwei verschiedene Transgene wurden von zwei separaten Vektoren exprimiert;
dennoch wurde nur ein Bruchteil der Zielzellen von beiden Vektoren
transduziert, und es wurde eine heterogene Population von Zellen
erhalten, die entweder eines oder zwei Gene in verschiedenen Verhältnissen
exprimierten, was zuverlässige
Studien und/oder wirksame Anwendungen verhinderte. Alternativ wurden
mindestens zwei Transgene von verschiedenen Promotoren innerhalb
desselben Vektors exprimiert9; Dennoch verhinderten
unterschiedliche Gewebespezifität
und gegenseitige Interferenz zwischen Promotoren häufig eine
effiziente Koexpression in denselben Zielzellen10.
Differenzielles Splicing erzeugt mehrere Transkripte vom selben
Promotor aus, lässt
sich aber schwierig an das Einführen
mehrerer Transgene durch Viren anpassen11.
Mithilfe des selbst spaltenden Peptids des Maul-und-Klauenseuchevirus
2A sind chimäre
Polyproteine erzeugt worden, die eine kotranslationale Selbstprozessierung
in separate Komponenten durchführen12,13 die Anwendung dieser Technologie auf
multiplen Gentransfer war jedoch bislang begrenzt, weil sie ausgeklügelte Gentechnik
erfordert, beide Proteine auf dasselbe zelluläre Kompartiment begrenzt und
Sequenzänderungen
einführt,
welche die Aktivität,
Stabilität
und Immunogenität
des Proteins beeinflussen könnten.
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Der
am meisten zufrieden stellende Ansatz für multiplen Gentransfer bislang
beruhte auf der Verwendung interner Ribosomeneintrittsstellen (IRES)14. Diese Sequenzen, die in viralen und zellulären Transkripten identifiziert
wurden, kontrollieren die Translation auf mRNACap-unabhängige Weise
und erlauben die Translation des stromabwärts (downstream)liegenden Gens,
wenn sie zwischen zwei Genen in einer bizistronischen Boten-RNA
(Messenger-RNA) eingefügt
werden. Die Autoren testeten die Leistung verschiedener IRES im
Kontext selbst-inaktivierender (SIN) lentiviraler Vekoren (LV) und
fanden signifikante Einschränkungen
dieses Ansatzes.
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WO 02/064804 beschreibt
bidirektionale Komplexe mit Doppelpromotor, die die transkriptionale
Aktivität
von Transgenen bei Pflanzen wirksam verstärken.
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Die
bidirektionalen Promotoren der Erfindung weisen eine modifizierte
Verstärker(Enhancer)-Region mit
mindestens zwei Kernpromotoren auf jeder Seite des modifizierten
Verstärkers
(Enhancers) in divergenter Richtung auf. Die Anwendung betrifft
die Genexpression bei Pflanzen. Darüber hinaus erfordert der Ansatz
die Duplikation von tandem-ausgerichteten Verstärker(Enhancer)-Sequenzen in
einer modifizierten internen Region des Konstruktes, die von zwei
identischen bzw. homologen minimalen Promotoren je Seite verknüpft werden.
Die vorliegende Erfindung verlangt keine Duplikation von Verstärker(Enhancer)-
oder anderen Sequenzen in dem effizienten Promotor des bidirektionalen
Konstruktes und auch nicht, dass die Kernpromotoren auf beiden Seiten
davon eine Identität
von mindestens 30% aufweisen. Schließlich könnte die Tandemduplikation mit
dem Einführen
durch Retro-/Lentiviren nicht kompatibel sein.
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US 6,388,170 beschreibt
Pflanzenvektoren, die bidirektionale Promotoren aufweisen, welche
einen minimalen Promotor und einen allgemeinen Promotor aufweisen,
wobei der minimale Promotor funktionell mit dem allgemeinen Promotor
verknüpft
ist, sich in entgegen gesetzter Richtung zu dem allgemeinen Promotor und
5' von dem allgemeinen
Promotor befindet. Es sind Promotorsequenzen, die aus Pflanzen und
Pflanzen infizierenden Viren stammen, beschrieben und in Pflanzenzellen
bzw. Pflanzenteilen getestet worden. In Anbetracht der erheblichen
evolutionären
Distanz zwischen Pflanzen und Tieren lehrt
US 6,388,170 nicht, wie man Tierpromotoren
für die
Genexpression in Tieren und in Tierzellen mithilfe der verfügbaren Gentransferverfahren
gentechnisch verändert.
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WO 01/34825 beschreibt
Zelllinien, Plasmide und Vektoren, die für die Produktion von für die Gentherapie
geeigneten rekombinanten Viren, wie Adenoviren, geeignet sind. Die
Zelllinien, Plasmide und Vektoren umfassen induzierbare Promotoren,
wie beispielsweise bidirektionale Promotoren für die koordinierte Expression
bidirektional klonierter Gene. Es sind jedoch nur bidirektionale
Tet-regulierte Konstrukte beschrieben.
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Die
Autoren haben daher nach neuen Strategien gesucht, um Gentransfersysteme
wie beispielsweise LV, die eine effiziente Transduktion ex vivo
und eine direkte Verabreichung in vivo ermöglichen, in vollem Umfang zu
nutzen.
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BESCHREIBUNG DER ERFINDUNG
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Die
Autoren entwickelten ein neuartiges Vektordesign, bei dem synthetische
bidirektionale Promotoren die koordinierte Transkription von zwei
divergenten RNAs vermitteln. Die Autoren zeigen, dass LV, die bidirektionale
Promotoren tragen, zwei Transgene koordiniert in der überwiegenden
Mehrzahl der transduzierten Zellen exprimieren und damit die bizistronischen
Vektoren deutlich übertreffen.
Es wurde die effiziente Leistung der neuen bidirektionalen LV in
primären
hämatopoietischen
zellen, ex vivo und nach der Transplantation untersucht, und in
mehreren Geweben in vivo nach direktem Vektortransport oder Transgenese
etabliert. Die Erfindung überwindet
eine seit langem bestehende Hürde
auf der Suche nach verbesserten Werkzeugen zur Genexpression und
dürften
die Reichweite und Sicherheit der Gentherapie erweitern.
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Daher
ist eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung ein bidirektionaler
Promotor für
die Expression von mindestens zwei Kodierungssequenzen in entgegen
gesetzter Richtung in Tierzellen bereit, umfassend vom 5'-Ende zum 3'-Ende
- a) eine erste minimale Promotorsequenz, die aus dem Genom des
Cytomegalievirus (CMV) oder des Mausmammatumorvirus (MMTV) stammt;
- b) eine voll effiziente Promotorsequenz, die aus einem Tiergen
stammt;
wobei die beiden Promotorsequenzen eine koordinierte
Transkription der Kodierungssequenzen in entgegen gesetzter Richtung
steuern.
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Im
Geltungsbereich der vorliegenden Erfindung bedeutet eine voll effiziente
Promotorsequenz eine Sequenz, die eine effiziente Transkription
eines primären
Transkriptes steuert. Vorzugsweise umfasst sie eine Verstärker(Enhancer)-Region
und eine minimale Promotorsequenz, entweder getrennt oder überlappend. Mehr
bevorzugt stammt die voll effiziente Promotorsequenz von der Phosphoglyceratkinase
oder vom Ubiquitinpromotor.
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Eine
Aufgabe der Erfindung ist eine bidirektionale Expressionskassette,
die im Wesentlichen den bidirektionalen Promotor wie oben beschrieben,
stromabwärts
(downstream) von jedem Promotor positionierte, geeignete Insertionsstellen
und (downstream) von jeder Insertionsstelle positionierte Polyadenylierungsstellen aufweist.
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Vorzugsweise
weist die bidirektionale Expressionskassette des Weiteren mindestens
ein stromaufwärts
(upstream) von einer oder jeder Polyadenylierungsstelle positioniertes
posttranskriptionales regulatorisches Element auf. Mehr bevorzugt
weist die bidirektionale Expressionskassette des Weiteren mindestens eine
interne Ribosomeneintrittsstellen(IRES)-Sequenz auf, um mindestens
drei Gene zu exprimieren.
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Eine
Aufgabe der Erfindung ist ein Expressionskonstrukt, welches den
bidirektionalen Promotor wie oben beschrieben enthält.
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Eine
Aufgabe der Erfindung ist ein Expressionskonstrukt, welches die
bidirektionale Expressionskassette wie oben beschrieben enthält.
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Eine
Aufgabe der Erfindung ist ein Gentransferexpressionsvektor, welcher
das Expressionskonstrukt wie oben beschrieben enthält und des
Weiteren lentivirale oder retrovirale Sequenzen aufweist Eine Aufgabe der
Erfindung ist die Verwendung des Gentransferexpressionsvektors für die Herstellung
eines Einführungs- und
Expressionssystems mehrerer Gene in Tierzellen, vorzugsweise in
Tiergewebezellen in vivo, mehr bevorzugt in Gehirnneuronen.
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Eine
Aufgabe der Erfindung ist ein In-vitro-Verfahren für die koordinierte
Expression zweier exogener Kodierungssequenzen in einer Tierzelle,
umfassend die folgenden Schritte:
- a) Klonieren
der Kodierungssequenzen in den Gentransferexpressionsvektor nach
Anspruch 8, wobei jede Kodierungssequenz unter der Kontrolle von
einem der beiden Promotoren des bidirektionalen Promotors steht;
- b) Transformieren von Tierzellen mittels der Vektoren;
- c) Zulassen der Expression des Vektors.
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Vorzugsweise
handelt es sich bei der Tierzelle um eine menschliche Zelle, mehr
bevorzugt handelt es sich bei der menschlichen Zelle um eine retransplantierbare
menschliche Zelle, noch mehr bevorzugt handelt es sich bei der retransplantierbaren
menschlichen Zelle um eine hämatopoietische
Zelle.
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Alternativ
kann die Transformation von Gewebezellen in vivo durch direktes
Einführen
des Vektors durchgeführt
werden, beispielsweise in Gehirnneuronen.
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Eine
Aufgabe der Erfindung ist ein Verfahren zum Herstellen eines transgenen,
nicht menschlichen Organismus, das den Schritt des Transformierens
geeigneter Zellen mit dem Gentransferexpressionsvektor wie oben
beschrieben umfasst.
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Die
Vektoren der Erfindung können
vorteilhafterweise für
Genfunktions- und Zielvalidierungsstudien in vitro und in vivo;
Gentherapie; Expression mehrerer Gene in Tierzellen; Herstellung
von transgenen Tieren und schließlich zum Ausschalten (Knockout)
mehrerer Gene wie auch zur Herstellung von Medikamenten eingesetzt
werden.
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FIGURENLEGENDE
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Die
Erfindung wird nun unter Bezugnahme auf die folgenden Figuren beschrieben:
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1.
Gentransferleistung bizistronischer lentiviraler Vektoren. (a) Schema
der proviralen Vektorform. Eine bizistronische Expressionskassette,
die eine interne Ribosomeneintrittsstelle (IRES) enthielt, die entweder
vom Enzephalomyokarditisvirus (EMCV), mit der Wildtyp (wt)- oder
einer mutierten (mut) Translationsstartstelle, oder von der 5'-untranslatierten
NF-kB-Repressionsfaktor-mRNA (NRF) stammte, wurde vom Immediate
Early-Promotor des menschlichen Cytomegalievirus (CMV) oder dem
Promotor der Phosphoglyceratkinase (PGK) gesteuert. ΔU3, R und
U5, LTR-Regionen mit Deletion in U3; SD und SA, Splice-Donor und
-akzeptorstelle; ψ,
Verkapselungssignal, einschließlich
des 5'-Anteils des
gag-Gens (GA); RRE, Rev-Response-Element; cPPT, zentraler Polypurintrakt;
WPRE, Posttranskriptionales regulatorisches Element des Woodchuck-Hepatitisvirus.
(b) Southern-Blot-Analyse von HeLa-Zellen, transduziert mit den
angegebenen monozistronischen (CMV) oder bizistronischen Vektoren,
die Luciferase (Gen 1) und GFP (Gen 2) vom CMV-Promotor aus exprimieren,
mit einer Sonde für
die WPRE-Sequenz. Alle Vektoren integrierten mit DNA der erwarteten Länge. Die
Vektorkopienzahl wurde relativ zu einer Plasmidstandardkurve ermittelt
und verwendet, um Vektorstammlösungen
zu normalisieren und für
jeden Vektor in einem bestimmten Zielzelltyp in den in c-f gezeigten Experimenten
einen ähnlichen
Integrationsgrad sicherzustellen. (c–f) Luciferase- und GFP-Expression
in menschlichen HeLa-Zellen (c), Nabelschnurvenenendothelzellen
(HUVEC, d), periphere Blutlymphozyten (PBL, e) und aus Nabelschnurblut
stammende CD34+-Vorläufer
(f), 5–7
Tage zuvor mit einem monozistronischen (☐, CMV) oder dem
angegebenen bizistronischen CMV-Luciferase-GFP-Vektor transduziert.
Linke Spalte, Histogramme, welche die Luciferase-Nettoaktivität in Zellextrakten
darstellen, Mittelwert +/– Standardabweichung
(SD). Rechte Tafel, Dotblots, welche die GFP-Expression durch FACS-Analyse
darstellen; es ist die Häufigkeit
und mittlere Fluoreszenzintensität
(MFI, X) von GFP+-Zellen angegeben. Der
monozistronische Kontrollvektor exprimierte die Luciferase im Histogramm
(☐) und GFP im Dotblot am weitesten links (CMV) für jeden
Zelltyp. (g, h) FACS-Analyse der ΔNGFR-
und GFP-Expression in 293T-Zellen (g) und CD34+-Vorläufer (h),
transduziert durch einen EMCV-wt-IRES-Vektor, der ΔNGFR und
GFP vom PGK-Promotor aus exprimiert. Die Histogramme in Tafel (h)
zeigen die Verteilung der Expression von ΔNGFR in allen analysierten vitalen
Zellen (links) und der GFP-Expression in den ΔNGFR+-Zellen nach dem Gating
(M1) (rechts). Die gezeigten Experimente geben mindestens drei mit ähnlichen
Ergebnissen durchgeführte
Experimente wieder.
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2.
Gentransferleistung bidirektionaler lentiviraler Vektoren. (a) Schema
der proviralen Vektorform. Ein bidirektionaler Promotor, hergestellt
aus minimalen Kernpromotorelementen des humanen Cytomegalievirus
(mCMV), der stromaufwärts
(upstream) und in umgekehrter Richtung mit einem effizienten Promotor
verknüpft
war, der vom humanen Phosphoglyceratkinase(PGK)- oder Polyubiquitin-UBI-C-Gen
stammte, steuerte die divergente Transkription von zwei RNAs. CTE,
konstitutives Transportelement des Mason-Pfizer-Monkey-Virus; pA,
Polyadenylierungsstelle A des Simian-Virus-40. Weitere Vektormerkmale
befinden sich in der Legende zu 1. (b) Luciferase-Nettoaktivität und (c–e) GFP-Expression
in HeLa-Zellen, die 5–7
Tage zuvor mit LV transduziert worden sind, welche die angegebenen
bidirektionalen bzw. Expressionskontrollkassetten trugen. Die Häufigkeit
und MFI (X) von GFP+-Zellen in der FACS-Analyse sind in den Dotblots
rechts angegeben. Die Luciferaseaktivität wurde für die beiden markierten Vektoren
bestimmt (☐, ∎). (f–j) ΔNGFR- und GFP-Expression in
HeLa-Zellen, die 5–7
Tage zuvor mit seriellen 10-Fach-Verdünnungen von LV transduziert worden
sind, welche die angegebene Expressionskassette trugen. Die Häufigkeit
von ΔNGFR+
(oberer linker Bereich) und ΔNGFR/GFP-doppeltpositiven
(obere rechte Region) Zellen, mit dem entsprechenden MFI von ΔNGFR (Y)
und GFP (X), sind in den FACS-Dotblots angegeben. Die gezeigten
Experimente sind repräsentativ
für mindestens
drei durchgeführte
Experimente mit ähnlichen
Ergebnissen.
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3.
Vergleich der Leistung bidirektionaler und bizistronischer lentiviraler
Vektoren. Die ANGER- und GFP-Expression in 293T-Zellen, die 3 Wochen
zuvor mit seriellen 10-Fach-Verdünnungen
von LV transduziert wurden, welche die angezeigte Expressionskassette
trugen. Der Gesamtanteil von ΔLNGFR-exprimierenden
Zellen und von ΔLNGFR/GFP-doppeltpositiven
Zellen (in Klammern) ist über
den FACS-Dotblots angegeben. In jedem Blot ist die durchschnittliche
Anzahl an Vektorkopien je Zelle (CpC) angegeben, wobei die erwartete
Häufigkeit
transduzierter Zellen der Poisson-Verteilung unabhängiger Zufallsereignisse
entspricht. Wenngleich praktisch alle integrierten Vektoren ΔNGFR exprimierten,
waren der Expressionsgrad und die Fraktion transduzierter Zellen,
die GFP koexprimierten, viel höher
bei den zwei getesteten bidirektionalen Vektoren (MA1 und MA4) als
bei dem bizistronischen Vektor EMCV-wt-IRES.
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4.
Doppelgentransfer in hämatopoietische
Zellen durch bidirektionale Vektoren. (a–c) Humane CD34+-Nabelschnurvorläuferzellen
wurden mit dem GFP-ΔNGFR-Vektor
MA1 in Gegenwart früh
wirkender Zytokine wie beschrieben23 transduziert
und entweder nach 7-tägiger
Kultur im selben Medium (a) und nach weiteren 10 Tagen in Medium,
das die myeloide Differenzierung fördert (b), oder nach Aussäen in methylcellulosebasiertem
klonogenen Medium analysiert. Für
(a) und (b) ist ein Dotblot gezeigt, welches die ΔNGFR- und
die GFP-Expression in der FACS-Analyse zeigt, zusammen mit Histogrammen,
welche die Verteilung der Expression von ANGER in allen analysierten vitalen
Zellen (oben) und der GFP-Expression in den ΔNGFR+-Zellen nach dem Gating
(M1) (unten) zeigen. Es ist der prozentuale Anteil unreifer Vorläuferzellen, die
zum Analysezeitpunkt CD34 exprimieren, und der sich differenzierenden
Zellen, welche zum Analysezeitpunkt den myeloiden Marker CD31 exprimieren,
gezeigt. Für
(c) sind eine repräsentative
Licht- (links) und eine Fluoreszenzmikrographie (rechts) des angegebenen
Typs von CFC gezeigt. (d, e) Humane periphere Blutlymphozyten wurden
entweder nach 2-tätiger
Aktivierung mit Anti-CD3- und
Anti-CD28-Antikörpern
(d) oder nach 4-tägiger
Behandlung mit Interleukin-7 wie beschrieben24 transduziert
und hinsichtlich der ΔNGFR-
und der GFP-Expression wie oben beschrieben analysiert. (f, g) Gereinigte(lin-)murine
Knochenmarkvorläuferzellen wurden
ohne Zytokinstimulation wie beschrieben48 transduziert
und nach 7 Tagen in Flüssigkultur
hinsichtlich der ΔNGFR-
und der GFP-Expression analysiert (f) oder sofort in letal bestrahlte
syngene Empfänger
transplantiert. Die FACS-Analyse des peripheren Blutes einer repräsentativen
Maus 2 Monate nach der Transplantation ist in g gezeigt. Die gezeigten
Experimente sind repräsentativ
für mindestens
drei durchgeführte
Experimente mit ähnlichen
Ergebnissen. In d–f
sind Zellen gezeigt, die nach Transduktion niedrige Vektorkopienzahlen
aufwiesen, um eine strengere Leistungsanalyse durchzuführen.
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5 Doppelgentransfer
in vivo mithilfe bidirektionaler Vektoren. Ein hoher Titer von GFP-ΔNGFR-MA1-LV
wurde stereotaktisch in das Striatum adulter Mäuse injiziert. Zwei Monate
nach der Injektion wurden mit einem Kryostaten Gehirnschnitte angefertigt
und mit Immunfluoreszenz und Konfokalmikroskopie analysiert. Es
sind repräsentative
Bilder des injizierten Bereichs nach Immunfärbung auf ΔNGFR (rot), GFP (grün) und Färbung mit
TO-PRO3 auf Kern-DNA (blau) gezeigt. Von einzelnen optischen Schnitten wurden
sequenziell Fluoreszenzsignale erhalten, die einzeln und nach Fusion
(merge) gezeigt sind. Originalvergrößerung 200-Fach (Maßstabsbalken
= 120 μm).
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6 Doppelte
Transgenese mit einem bidirektionalen Vektor. Durch direkte Injektion
von GFP-ΔNGFR-MA1-LV
in den perivitellinen Raum von einzelligen Embryonen wurden wie
beschrieben19 transgene Mausstämme hergestellt,
und die angegebenen Gewebe wurden durch Immunfluoreszenz und Konfokalmikroskopie
auf Gefrierschnitten hinsichtlich der Expression von ANGER (rot)
und GFP (grün)
analysiert. Die Kerne wurden mit TO-PRO3 (blau) gefärbt. Von
einzelnen optischen Schnitten wurden sequenziell Fluoreszenzsignale
erhalten, die einzeln und nach Fusion (merge) gezeigt sind. Die
gezeigten Bilder stammen von einer F1-Maus, die zwei Vektorgenome
in die Keimbahn integriert aufwies. Ähnliche Bilder wurden von einer anderen
analysierten transgenen Maus erhalten, die eine ähnliche oder höhere Anzahl
an Vektorkopien aufwies. Originalvergrößerung 200-Fach (Milz, Lunge),
400-Fach (Herz, Niere, Gehirn, Leber), 630-Fach (Darm) (Maßstabsbalken
= 120 μm).
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7a Karte
des Plasmids, welches das lentivirale Vektorkonstrukt RRL-MA1-lucif/GFP
aufweist.
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7b Sequenz
des Plasmids, welches das lentivirale Vektorkonstrukt RRL-MA1-lucif/GFP
aufweist.
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8a Karte
des Plasmids, welches das lentivirale Vektorkonstrukt CCL-MA1-GFP/deltaLNGFR
aufweist.
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8b Sequenz
des Plasmids, welches das lentivirale Vektorkonstrukt CCL-MA1-GFP/deltaLNGFR aufweist.
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9a Karte
des Plasmids, welches das lentivirale Vektorkonstrukt RRL-MA2-lucif/GFP
aufweist.
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9b Sequenz
des Plasmids, welches das lentivirale Vektorkonstrukt RRL-MA2-lucif/GFP
aufweist.
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10a Karte des Plasmids, welches das lentivirale
Vektorkonstrukt CCL-MA3-GFP/deltaLNGFR aufweist.
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10b Sequenz des Plasmids, welches das lentivirale
Vektorkonstrukt CCL-MA3-GFP/deltaLNGFR aufweist.
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11a Karte des Plasmids, welches das lentivirale
Vektorkonstrukt CCL-MA4-GFP/deltaLNGFR aufweist.
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11b Sequenz des Plasmids, welches das lentivirale
Vektorkonstrukt CCL-MA4-GFP/deltaLNGFR aufweist.
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BEISPIEL 1
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MATERIAL UND VERFAHREN
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Plasmidkonstruktion
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Alle
Transfervektoren entstanden aus Plasmid pCCL.sin.cPPT.PGK.GFP.WPRE15 unter Verwendung der oben beschriebenen
Sequenzelemente: EMCV-IRES mit der stromabwärts (downstream) gelegenen
Genkodierungssequenz beginnend am 11. ATG der IRES (wt) oder mit
mutiertem 11. ATG der IRES zur Herstellung einer HindIII-Klonierungsstelle
und zur Ermöglichung
des Translationsstarts am stromabwärts (downstream) gelegenen
Transgen-ATG16 (EMCVmut), der NRF-IRES18, dem MPMV-CTE21,
einem minimalen CMV-Kernpromotor20, einem
1226-bp-Fragment des Ubiquitin-C-Promoters19.
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Konstruktion eines lentiviralen Vektors
mit bidirektionalen Promotoren
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Zur
Herstellung des lentiviralen Konstruktes RRL-MA1 wurde ein XhoI-XhoI-Fragment,
welches die SV40polyA.CTE.Luciferase.minhCMV-Elemente enthält (von
dem lentiviralen pRRL.sin.cPPT.SV4OpolyA.CTE.Luciferase.minhCMV.Tet07.minMMTV.eGFP
abstammend), in das lentivirale Vektorkonstrukt pRRL.sin.cPPT.hPGK.eGFP.Wpre
(Follenzi et al., 2000) kloniert, das mit demselben Enzym geschnitten
war, um RRL-MA1-lucif/GFP (pRRL.sin.cPPT.SV40po1uA.CTE.Luciferase.minhCMV.hPGK.eGFP.Wpre)
zu erhalten.
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Zur
Herstellung des lentiviralen Konstruktes CCL-MA1 wurden zwei Fragmente
in das lentivirale Konstrukt pRRL.sin.cPPT.hPGK.ΔLNGFRWpre kloniert, das zuerst
mit KpnI geschnitten wurde, die Enden stumpf gemacht wurden, und
dann mit XhoI geschnitten wurde, wobei das erste Fragment, welches
die minhCMV.eGFP-Elemente enthielt, von dem lentiviralen Konstrukt
pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferase.minMMTV.Tet07.minhCMV.eGFP
erhalten wurde, das mit KpnI geschnitten wurde, die Enden stumpf
gemacht wurden, und dann mit XhoI geschnitten wurde, und das zweite
von dem Konstrukt pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.tTA2.Wpre erhalten
wurde, das mit BamHI geschnitten wurde, die Enden stumpf gemacht
wurden, und anschließend
mit NotI geschnitten wurde. Das resultierende lentivirale Konstrukt pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferase.minMMTV.TetO7.m inhCMV.eGFP
wurde mit NotI und AvrII geschnitten, und das Fragment, welches
cPPT.SV40polyA.CTE.eGFP.minhCMV.hPGK.ΔLNGFRWpre enthielt, wurde in
das lentivirale Konstrukt pCCL.sin.cPPT.hPGK.eGFP.Wpre kloniert,
das mit denselben Enzymen geschnitten worden warn, um CCL-MA1-GFP/ΔLNGFR (pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.eGFP.minhCMV.hPGK.ΔLNGFRWpre)
zu erhalten.
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Zur
Herstellung des lentiviralen Konstruktes RRL-MA2 wurde ein HindIII-BamHI-Fragment,
welches die hPGK.Luciferase-Elemente enthält (von dem lentiviralen Vektorkonstrukt
pRRL.sin.cPPT.hPGK.Luciferase.IRES.Wpre abstammend), in das retrovirale
Konstrukt SF2-cLCM2G (erhalten von Rainer Loew, Universität Heidelberg,
Deutschland) kloniert, welches mit den selben Enzymen geschnitten
war, um das Konstrukt cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferase.hPGK.minMMTV.eGFP
zu erhalten. Dieses Konstrukt wurde zunächst mit SalI geschnitten,
die Enden stumpf gemacht und anschließend mit BamHI geschnitten,
und die Fragmente, welche die Luciferase.hPGK.minMMTV.eGFP-Elemente
enthielten, wurden in das lentivirale Vektorkonstrukt pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.tTA2.Wpre
kloniert, das auf die gleiche Art geschnitten war, um RRL-MA2-lucif/GFP (pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferase.hPGK.minMMTV.eGFP.Wpre)
zu erhalten.
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Zur
Herstellung des lentiviralen Konstruktes CCL-MA3 wurden zwei Fragmente
in pBLKS+ kloniert, der mit HindIII und XhoI geschnitten war, wobei
das erste Fragment, welches die CTE.SV40polyA-Elemente enthielt,
von dem lentiviralen Vektorkonstrukt pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.tTA2
stammte, das mit HindIII und XbaI geschnitten war, und das zweite
Fragment, welches die minMMTV.GFP-Elemente enthielt, von dem Konstrukt
cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferase.hPGK.minMMTV.eGFP stammte, das mit
XhoI und XbaI geschnitten war, um das Konstrukt pBLKS+minMMTV.GFP.CTE.SV40polyA
zu erhalten. Das resultierende Konstrukt wurde mit EcoRV und XhoI
geschnitten und das Fragment, welches minMMTV.GFP.CTE.SV40polyA
enthielt, wurde in das lentivirale Vektorkonstrukt pCCL.sin.cPPT.hPGK.ΔNGFR.Wpre
kloniert, das mit den selben Enzymen geschnitten war, um das endgültige lentivirale
Vektorkonstrukt CCL-MA3-GFP/ΔNGFR
(pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.GFP.minMMTV.hPGK.ΔNGFR.Wpre) zu erhalten.
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Zur
Herstellung des lentiviralen Konstruktes CCL-MA4 wurde das Fragment,
das von pHR'.UBI-C.eGFP,
geschnitten mit PacI, mit stumpf gemachten Enden und mit PstI geschnitten,
abstammte und die UBI-C-Promotorsequenz enthielt, in die Stelle
des PGK-Promotors in Konstrukt pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.GFP.minCMV.PGK.ΔNGFR, geschnitten
mit EcoRV und PstI, eingesetzt, um das endgültige lentivirale Vektorkonstrukt
CCL-MA4-GFP/ΔNGFR
(pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.GFP.minCMV.UBI-C.ΔNGFR.Wpre) zu erhalten. Die
Karten und die Nukleotidsequenzen der Konstrukte RRL-MA1-lucif/GFP,
CCL-MA1-GFP/ΔLNGFR,
RRL-MA2-lucif/GFP; CCL-MA3-GFP/ΔLNGFR;
CCL-MA4-GFP/ΔLNGFR sind
in 7a–11a bzw. 7b–11b gezeigt.
-
Vektorherstellung und -titration
-
VSV-pseudotypisierte
LV der dritten Generation wurden durch transiente 4-Plasmid-Kotransfektion
in 293T-Zellen hergestellt und wie beschrieben15 durch Ultrazentrifugation
gereinigt, mit der Modifikation, dass den Kulturen für die Vektorernte
1 mM Natriumbutyrat zugegeben wurde47. Durch
serielle Verdünnung
wurde ein Schätzwert
des Expressionstiters der GFP- oder /ΔLNGFR-Vektoren in HeLa-Zellen
erhalten. Vektorteilchen wurden durch HIV-1-gag-p24-Immunocapture
(NEN Life Science Products) gemessen. Die Vektorinfektiosität der Vektoren,
die GFP bzw. ΔNGFR
exprimierten, wurde als Verhältnis
zwischen Titer und Teilchen berechnet. Der Vektorexpressionstiter
im Überstand
der 293T-Zellen lag im Bereich von 0,7 bis 1 × 107 transduzierenden
EinheitenHeLa (TE)/ml bei dem monozistronischen
CMV- oder PGK-Vektor, von 3 bis 8 × 106 TE/ml bei
bizistronischen Vektoren und bidirektionalen Vektoren. Die Vektorinfektiosität lag im
Bereich von 0,5 bis 1 × 105 TE/ng p24 bei dem monozistronischen CMV-
oder PGK-Vektor und bei 2 bis 6 × 104 TE/ng
p24 bei bizistronischen Vektoren und bidirektionalen Vektoren.
-
Zellkulturen
-
Fortlaufende
Kulturen von HeLa- und 293-Zellen wurden in Iscove's Modified Dulbecco's medium (IMDM; Sigma,
Mailand, Italien) gehalten, das mit 10% fetalem Kälberserum
(FBS; Gibco, Invitrogen Corporation, GB) und einer Kombination von
Penicillin-Streptomycin und Glutamin ergänzt war. Es wurden Primärkulturen
humaner Nabelschnurvenenendothelzellen (HUVECs), peripheren Blutlymphozyten
und CD34+-Vorläuferzellen
aus Nabelschnurblut erhalten und wie beschrieben15 gehalten.
CD34+-Vorläuferzellen
wurden mit 5 × 10
TE/ml LV transduziert und mindestens 7 Tage lang in Gegenwart von
rekombinantem humanem Interleukin 6 (rhIL6, 20 ng/ml), rekombinantem
humanem Stammzellenfaktor (rhSCF, 100 ng/ml), rekombinantem humanem
FLT-3-Liganden (rhFLT-3-Ligand, 100 ng/ml), alle von PeproTech (Rocky
Hill, NJ, USA), und rekombinantem humanem Thrombopoietin (rhTPO,
20 ng/ml; Amgen, Thousand Oaks, CA, USA) wie beschrieben23 kultiviert. Zur Schaffung von Differenzierungsbedingungen
wurden die transduzierten Vorläuferzellen
10 Tage lang in Gegenwart von 50 ng/ml rhSCF, rekombinantem humanem
Granulozyten-Monozytenkolonie-stimulierendem Faktor (rhGM-CSF, 20
ng/ml), rekombinantem humanem Monozytenkolonie-stimulierenden Faktor (rhG-CSF,
20 ng/ml), alle von PeproTech, kultiviert. Für klonogene Assays wurden die
transduzierten Zellen in einer Dichte von 800 Zellen/ml in humanem
kompletten MethoCult-Medium (StemCell Technologies, Vancouver, CA,
USA) ausgesät
und 14 Tage später
mittels Licht- und Fluoreszenzmikroskopie ausgewertet.
-
Humane
periphere Blutlymphozyten wurden mit einem Ficoll-Gradienten gereinigt
und mit 0,5–5 × 10 TE/ml
Vektor entweder nach 2-tägiger
Aktivierung mit 30 ng/ml Anti-CD3-Antikörpern (Orthoclone, Mailand, Italien)
plus 1 μg/ml
Anti-CD28-Antikörper
(PharMingen, San Diego, CA, USA) oder nach 4-tägiger Behandlung mit 5 ng/ml Interleukin-7
(Boehringer Mannheim-Roche GmbH, Mannheim, Deutschland) wie beschrieben24 transduziert.
-
Die
Reinigung von abstammungslinienmarkernegativen Zellen aus dem Knochenmark
von C57BL/6-Mäusen
mit einer magnetischen Zelldepletionstechnik (StemCell Technologies,
Vancouver, CA, USA), Ex-vivo-Transduktion in serumfreiem StemSpan-Medium
(StemCell Technologies, Vancouver, CA, USA) mit 0,5–2 × 107 TE/ml Vektor und Transplantation in letal
bestrahlte syngene Empfänger
wurde wie beschrieben48 durchgeführt.
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Mäuse
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CD1-,
C57BL/6- und FVB-Mäuse
wurden von Charles Rivers Laboratories (Calco, Italien) erworben und
unter SPF-Bedingungen gehalten. Alle tierexperimentellen Verfahren
wurden nach Protokollen durchgeführt,
die vom institutionellen Tierhaltungs- und Tierverwendungsausschuss
des San Raffaele-Krankenhauses genehmigt waren.
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DNA-Analyse: Southern- und Echtzeit-PCR
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Die
Anzahl der Vektorkopien je Genom wurde mittels Echtzeit-PCR von
300 ng Vorlagen (Template)-DNA quantifiziert, die mit einem kommerziellen
Kit (Qiagen) extrahiert war, unter Verwendung eines Satzes von Primern
und Sonde, um das LV–Gerüst festzustellen:
LV-Vorwärtsprimer,
5'-TGAAAGCGAAAGGGAAACCA-3';
LV-Rückwärtsprimer,
5'-CCGTGCGCGCTTCAG-3';
LV-Sonde,
5'-(VIC)-CTCTCTCGACGCAGGACT-(TAMRA)-3'.
-
Die
Reaktionen wurden nach den Herstelleranleitungen durchgeführt und
mithilfe des Sequenzdetektionssystems ABI Prism 7700 (PE-Applied
Biosystem) analysiert. Für
die Southern-Blots wurden DNA aus transduzierten Zellen extrahiert,
mit Afl-II verdaut, um die Expressionskassette aus der integrierten
Vektor-DNA freizusetzen und mit einer WPRE-Sonde analysiert, um
Vektorsequenzen festzustellen. Die durchschnittliche Anzahl an integrierten
Vektorkopien wurde relativ zu einer Plasmidstandardkurve bestimmt.
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Diese
Zahlen wurden verwendet, um den Vektorintegrationstiter zu berechnen
und die Vektorstammlösungen
für alle
nachfolgenden Transduktionsexperimente zu normalisieren, um für jeden
getesteten Vektor einen ähnlichen
Integrationsgrad sicherzustellen.
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Experimentelles Design und stereotaktische
Injektion.
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Neun
Wochen alte C57BL/6-Mäuse
wurden mit einer intraperitonealen Injektion von 1,25% Tribromethanol
(SIGMA) anästhesiert,
in einen stereotaktische Rahmen (David Kopf Instruments, Tujunga,
CA, USA) platziert, und der Schädel
wurde mittels eines kleinen Einschnitts freigelegt. Zwei μl Vektorkonzentrat
(2 × 106 TE/ml) wurden mit einer Hamilton-Spritze
mit einer stumpfen 33G-Kanüle
(Hamilton, Reno, NV, USA) in einer Rate von 0,2 μl/Min in das Striatum der linken
Hemisphäre
(stereotaktische Koordinaten in mm ausgehend vom Bregma: AP = +0,74,
ML = –1,9
und DV = –3,5
von der Schädeloberfläche) injiziert.
Die Kanüle
wurde weitere 5 Minuten lang an Ort und Stelle belassen, bevor sie
langsam entfernt wurde.
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Transgenese
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Unter
Verwendung von LV wurden transgene Mäuse hergestellt, wie von Lois
et al. 19 beschrieben. In Kürze wurden
weibliche FVB-Mäuse
mit einer Kombination von Serum aus trächtigen Stuten und humanem chorionischem
Gonadotropin superovuliert. Durchschnittlich wurden jedem weiblichen
Tier zwischen 20 und 30 Embryonen entnommen und am selben Tag mit
10–100
pl 5 × 107 TE/ml LV-Stammlösung in den perivitellinen
Raum mikroinjiziert. Die manipulierten Embryonen wurden sofort in
den Eileiter scheinträchtiger CD1-Mäuse implantiert.
Die Jungen wurden hinsichtlich des Vorhandenseins der GFP-Sequenz
mittels PCR-Analyse wie beschrieben49 genotypisiert.
Positive Mäuse
wurden gezüchtet,
um die Keimbahntransmission des Transgens zu testen. Aus dem Schwanz
wurde DNA extrahiert und verwendet, um die Vektorkopienzahl mittels
Echtzeit-PCR in primär
transgenen (Founder-)Mäusen
und deren F1-Nachkommen quantifizieren.
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Durchflusszytometrie und Luciferaseassay
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Transduzierte
Zellen wurden vor der FACS-Analyse mindestens 4 Tage angezüchtet, um
eine GFP-Expression im Gleichgewichtszustand (Steady State) zu erreichen
und eine Pseudotransduktion auszuschließen. Vor der FACS-Analyse wurden
adhärente
Zellen mit 0,05%igem Trypsin-EDTA abgelöst, gewaschen und in phosphatgepufferter
Salzlösung
(PBS) fixiert, die 1% Paraformaldehyd (PAF) und 2% FBS enthielt.
Die in Suspension gewachsenen Zellen wurden gewaschen und in PBS,
das 2 μg/ml
Propidiumiodid (PI) (BD Bioscience PharMingen, San Diego, CA, USA)
und 2% FBS enthielt, resuspendiert. Für die Immunfärbung wurden
105 Zellen in PBS mit 5% Mausserum, 5% Humanserum,
2% FBS für
15 Min. bei 4°C
blockiert. Nach dem Blockieren wurden 10 μl R-Phycoerythrin(RPE)-konjugierte
Antikörper
(Anti-CD34 und Anti-CD13, Dako, Glostrup, Dänemark, und Anti-ΔLNGFR, BD
Bioscience PharMingen, San Diego, CA, USA) zugegeben und die Zellen
wurden für
30 Minuten bei 4°C
inkubiert, mit PI gefärbt
und mittels Dreifarben-Durchflusszytometrie analysiert. Für die Analyse
wurden nur vitale PI-negative Zellen verwendet. Die Luciferase wurde
in Zelllysaten getestet, die wie vom Hersteller beschrieben (Luciferase-Assay-System,
Promega) hergestellt wurden. RLU wurden mit einem Lumat LB9507 Luminometer
(Berthold) gemessen, nachdem die Zelllysate (normalisiert hinsichtlich
des Proteingehaltes mit dem BCA-Proteinassayreagenskit, Pierce)
mit Luciferasesubstrat (Promega) gemischt wurden.
-
Gewebeanalyse
-
Anästhesierte
Mäuse wurden
mit 0,9% NaCl und anschließend
mit 4% PAF in PBS perfundiert. Es wurden Gewebeproben entnommen,
für 48
Std. bei 4°C
in 20% Saccharose in PBS äquilibriert
und in Optimal-Cutting-Temperature-Verbindung (OCT) zum schnellen
Einfrieren eingebettet. Gefrierschnitte mit einer Dicke von 10 μm (bei transgenen
Mäusen)
und 20 μm
(bei stereotaktisch injizierten Mäusen) wurden in PAF nachfixiert und
bei –80°C eingefroren.
Die Schnitte wurden mit 5% Ziegenserum (Vector Laboratories) in
PBS, das 1% Rinderserumalbumin (BSA) und 0,1% Triton X-100 (PBS-T)
enthielt, blockiert und mit affinitätsgereinigtem Kaninchen-GFP-Antikörper (Molecular
Probes) und R-Phycoerythrin(RPE)-konjugiertem monoklonalem Anti-ΔLNGFR-Antikörper (BD
Bioscience PharMingen, San Diego, CA, USA) 1 Stunde lang inkubiert,
gewaschen und 1 Stunde lang mit AlexaFluor488-konjugiertem Ziege-Anti-Kaninchen-Antikörper (Molecular
Probes) in PBS-T und 1% BSA gefärbt.
Die Zellkerne wurden nach 1-stündiger
RNase-Behandlung mit TOPRO-3 (Molecular Probes) gefärbt. Die
Schnitte wurden auf Objektträgern
eingedeckelt und mit einem Dreifachlaser-Konfokalmikroskop (Radiance
2100; BioRad) analysiert. Es wurden die Fluoreszenzsignale einzelner
optischer Schnitte nacheinander erfasst und mit Photoshop 7.0 (Adobe)
analysiert.
-
Bizistronische LV
-
Um
mehr als ein Transgen von einem einzelnen Vektor aus zu exprimieren,
untersuchten die Autoren zunächst
die Leistung verschiedener IRES im Kontex selbst-inaktivierender
LV einer späten
Generation15. Sie verwendeten die starken
CMV- und PGK-Promotoren, um die Expression bizistronischer Transkripte
zu steuern, welche vom 5'-
zum 3'-Ende den
Luciferase-Reporter, eine IRES und den zellassoziierten GFP-Marker kodierten
(1a). Zwei IRES wurden aus dem Enzephalomyokarditisvirus
erhalten, d. h. ein Wildtyp (EMCVwt) und eine mutante (EMCVmut)
Form16,17, die sich in Bezug auf das ATG,
von dem aus die Translation stromabwärts (downstream) startet, unterscheiden.
Eine weitere IRES stammte aus der 5'-untranslatierten Sequenz der mRNA des
NF-kB-Transkriptionsrepressionsfaktors (NRF)18.
-
Sie
erzeugten VSV-pseudotypisierte Stammlösungen mit hohem Titer aller
bizistronischen und monozistronischen Kontrollvektoren und normalisierten sie
hinsichtlich der die Integration messenden transduzierenden Aktivität in HeLa-Zellen
mittels Southern-Blot (1b). Anschließend verglichen
sie die Genexpression in Zellen, die so transduziert worden waren,
dass gleiche Vektorkopienzahlen erhalten wurden (1c–f). Obgleich
die Luciferaseaktivität
in HeLa-Zellen, die mit dem CMV-Luciferasevektor transduziert worden
waren, und in Zellen, die mit dem am besten arbeitenden bizistronischen
Vektor transduziert worden waren, ähnlich war, exprimierte nur
ein kleiner Bruchteil der zuletzt genannten Zellen das IRES-abhängige GFP-Gen
mit einem 10-fach niedrigeren Expressionstiter im Vergleich zu Zellen,
die mit dem CMV-GFP-Kontrollvektor transduziert worden waren (1c). Darüber hinaus war die mittlere
Fluoreszenzintensität
(MFI) von GFP in Zellen, welche das Protein von der IRES aus exprimierten,
signifikant geringer als in Zellen, die es von der mRNACap aus
exprimierten. Anschließend
wurden bizistronische LV in primären
Humanzellen getestet, einschließlich
Endothelzellen aus der Nabelschnurvene, peripheren Blutlymphozyten
und hämatopoietischen
CD34+-Vorläuferzellen aus Nabelschnurblut
(HPC) (1d–f). Alle Zelltypen wurden
effizient transduziert, wie durch die Häufigkeit GFP-positiver Zellen
in Kulturen angezeigt wurde, welche mit dem CMV-GFP-Kontrollvektor transduziert worden
waren, aber die IRES-abhängige
GFP-Expression wurde nur in einem Bruchteil der mit bizistronischen Vektoren
transduzierten Zellen beobachtet. Die IRES-Aktivität variierte
umfangreich nach Zielzelltyp; nur die NRF-IRES erreichte eine feststellbare
Expression der stromabwärts
(downstream) liegenden Gene in Lymphozyten, während die EMCVwt-IRES in den
anderen Zelltypen am effizientesten war. Darüber hinaus verringerten alle
IRES die Expression von stromaufwärts (upstream) liegenden Genen,
in manchen Fällen
um mehr als eine logarithmische Größenordnung, im Vergleich zu
dem CMV-Luciferase-Kontrollvektor.
-
Sie
untersuchten auch IRES-basierte Vektoren durch Expression von zwei
zellassoziierten Markern, GFP und einer trunkierten Version des
niedrigaffinen NGF-Rezeptors (ΔLNGFR)
(1g, h). Unter HeLa-Zellen, die mit einer niedrigen
Dosis des am besten arbeitenden bizistronischen Vektors transduziert
worden waren, exprimierten nur die Zellen, die große Mengen
an ΔLNGFR
exprimierten, auch GFP, wobei durchschnittlich eine von vier ΔNGFR-positiven
Zellen GFP in feststellbarer Menge exprimierte (1g).
Entsprechend exprimierte nur ein kleiner Bruchteil transduzierter
CD34+-Vorläuferzellen, die ΔNGFR exprimierten,
auch GFP in feststellbarer Menge (1h).
Insgesamt zeigen diese Ergebnisse, dass IRES-basierte bizistronische
Vektoren keine koordinierte Expression von zwei Transgenen in den
meisten getesteten Zielzelltypen gewährleisteten und dass eine Transduktion
mehrerer Kopien bzw. die Selektion transduzierter Zellen hinsichtlich
der Expression stromabwärts
(downstream) gelegener Gene erforderlich war, um eine Population
zu erhalten, die in der Mehrzahl der Zellen beide Transgene exprimierte.
-
Bidirektionale LV
-
Zur Überwindung
der Einschränkungen
bizistronischer Vektoren untersuchten die Autoren ein neues Promotordesign
für die
koordinierte Transgenexpression. Sie verknüpften einen minimalen Kernpromotor stromaufwärts (upstream)
und in entgegen gesetzter Richtung mit einem effizienten Promotor.
Dieses Design wurde damit begründet,
dass stromaufwärts
(upstream) gelegene Elemente in dem effizienten Promotor, wenn auf
beiden Seiten von Kernpromotoren dicht flankiert, die transkriptionale
Aktivität
in beiden Richtungen steuern könnten.
Sollte eine solche bidirektionale Aktivierung stattfinden, würde die
Expression beider Transkripte koordiniert reguliert. Sie testeten
zwei ubiquitär
exprimierte Promotoren, für
die zuvor gezeigt worden war, dass sie eine robuste und effiziente
Transgenexpression in LV steuern; das oben erwähnte 516-bp-Fragment des humanen
Phosphoglyceratkinasepromotors (PGK)15 und
ein 1226-bp-Fragment des humanen Ubiquitin-C-Promotors (UBI-C)19. Sie verknüpften diese mit einem minimalen
Kernpromotor aus dem Cytomegalievirus (minCMV), der zuvor entwickelt
worden war, um die Initiation eukaryotischer Expression mit Tetracyclin (Tc)-abhängigen Operatoren
zu koppeln20. Sie flankierten den bidirektionalen
Promotor mit zwei Expressionskassetten, die für die LV-vermittelte Einführung von
Genen optimiert waren (2a). Die stromaufwärts (upstream)
gelegene Kassette – in
Antisense-Richtung relativ zum LTR des Vektors – umfasste das konstitutive Transportelement
(CTE) des Mason-Pfizer-Virus21 und eine
Polyadenylierungsstelle des Simian-Virus-40 (SV40). Die stromabwärts (downstream)
gelegene Kassette umfasste das posttranskriptionale regulatorische Element
des Woodchuck-Hepatitisvirus (WPRE)22 und
die SIN-HIV-1-LTR-Polyadenylierungsstelle.
-
Wie
oben für
bizistronische LV beschrieben, prüften sie den korrekten Transfer
und normalisierten die Transduktion jedes Vektors mittels Southern-Blot-Analyse
und Echtzeit-PCR transduzierter Zellen. Es wurden hohe Titer von
LV, die bidirektionale Expressionskassetten trugen, mit hoher Infektiosität produziert, ähnlich den
mit Standardvektoren (siehe Verfahren) erhaltenen. Das bidirektionale
Design verstärkte
die Transkription von dem stromaufwärts (upstream) gelegenen minimalen
Promotor aus signifikant, ohne die stromabwärts (downstream) gelegene Expression
von dem effizienten Promotor aus zu beeinflussen (2b–h). Beispielsweise
war die Luciferase-Expression vom minCMV-Promotor aus um mindestens
eine logarithmische Größenordnung
erhöht,
wenn er stromaufwärts
(upstream) mit dem PGK-Promotor fusioniert war (2b).
Bemerkenswerterweise erlaubte der bidirektionale PGK-Promotor die
Feststellung von GFP (bzw. ΔLNGFR,
nicht gezeigt) mit derselben Häufigkeit
und mit ähnlichem
Expressionsgrad in Zellen, die mit dem bidirektionalen Vektor transduziert
wurden und das Protein von jeder Seite des Promotors aus exprimieren
(2c, d), wie in Zellen, die mit dem
PGK-Kontrollvektor transduziert worden waren (2e).
Unter Verwendung von zwei zellassoziierten Markern ΔLNGFR und
GFP zeigten sie eine stabile, effiziente und koordinierte Expression
bidirektionaler LV, sowohl bei hoher als auch bei niedriger Kopienzahl
(2f). Bei hohem Vektoreintrag erreichten
sie eine hochgradige Expression beider Transgene in praktisch jeder
Zielzelle. Bei geringem Vektoreintrag, wenn die meisten transduzierten
Zellen eine provirale Kopie tragen, zeigten sie die Koexpression des
Transgens in praktisch jeder markierten Zelle, was anzeigt, dass
eine divergente Transkription von dem bidirektionalen Promotor aus
stattfindet. Unter beiden Umständen
wurde die Transgenexpression in Zellen, die zu einem frühen und
späten
Zeitpunkt nach der Transduktion analysiert wurden, in ähnlichem-Maß beibehalten
(nicht gezeigt und 3 unten). Transgen-exprimierende
Zellen neigten im Zweifarben-FACS-Plot zur Verteilung entlang einer
Diagonallinie, was darauf hindeutet, dass die Expression der beiden
Transgene koordiniert reguliert wird.
-
Erstaunlicherweise
beobachteten sie eine koordinierte bidirektionale Expression, wenngleich
mit signifikant geringerer Effizienz auf der stromaufwärts (upstream)
als auf der stromabwärts
(downstream) gelegenen Seite, wenn sie den alleinigen PGK-Promotor
im Kontext mit der von ihnen entwickelten bidirektionalen Expressionskassette
testeten (2g). Sie reproduzierten
dieses Ergebnis nach dem Vertauschen der Position der beiden Transgene
auf den beiden Seiten des PGK-Promotors (nicht gezeigt). Diese Ergebnisse
zeigen, dass die Transkriptionsaktivierungselemente in dem PGK-Promotor
intrinsisch in der Lage sind, eine divergente Transkription auszulösen und
stellen daher die hauptsächliche
Steuerungskraft für
die Doppelgenexpression in dem neuen LV dar, was eine koordinierte
Regulierung der Transkription auf beiden Seiten des bidirektionalen
Promotors sicherstellt. Hinzufügen
des minCMV-Kernpromotors, der an sich eine sehr niedrige Aktivität aufweist
(2h und 2b oben),
verstärkte
möglicherweise
die Transkription stromaufwärts
(upstream) von dem PGK-Promotor aufgrund der effizienteren Initiation
(vergleiche 2g und 2f).
Wenn sie PGK als steuernden Promotor in bidirektionalen Vektor mit
UBI-C vertauschten, reproduzierten sie die mit dem PGK-Promotor
beobachteten Ergebnisse (2i). Sie
stellten eine intrinsiche bidirektionale Aktivität des UBI-C-Promotors (2j) fest, die durch die Addition des minCMV-Promotors
stromaufwärts
(upstream) signifikant verstärkt
wurde.
-
Anschließend stellten
sie einen direkten Vergleich der Leistung bidirektionaler und bizistronischer
Vektoren in Bezug auf die Anzahl der integrierten Kopien, gemessen
durch Echtzeit-PCR, an (3). Durch Analyse von 293T-Zellen,
die mit steigenden Vektordosen transduziert waren, wiesen sie nach,
dass die überwiegende
Mehrzahl an integrierten bidirektionalen Vektoren auf Basis des
PGK (MA1)- oder UBI-C(MA4)-Promotors beide Transgene effizient exprimierte,
was den besten IRES-basierten bizistronischen Vektor deutlich übertraf.
-
Doppelgentransfer
ex vivo und in vivo Anschließend
untersuchten sie die Leistung des bidirektionalen LV MA1 in relevanteren
Zielen für
Gentherapieanwendungen und mit verschiedenen Einführungsstrategien. Sie
transduzierten humane Nabelschnur-HPC und PBL mit ΔLNGFR-GFP-MA1-LV
ex vivo nach den zuvor optimierten Protokollen23,24 (4).
Sowohl in Gegenwart früh
wirkender Zytokine (4a) als auch nach
Differenzierung in Flüssigkultur
(4b) oder im klonogenen Assay (4c, nur GFP) wurden beide Genprodukte von
einem großen
Anteil von als unreife Zellen beurteilten HPC koordiniert in hohem
Maß exprimiert.
Entsprechend erhielten sie eine koordinierte Expression von ΔLNGFR und
GFP in PBL, die unter Standardproliferationsbedingungen transduziert
worden waren, ausgelöst
durch CD3/CD28-Kostimulation (4d),
und bei nicht-proliferierenden Zellen, die nur mit IL-7 behandelt
worden waren, um die Eigenschaften der unbehandelten (naiven) Zellen
zu erhalten (4e). Sie führten ferner
Transplantationsstudien mit transduzierten murinen HPC durch, die
durch negative Selektion aus dem Knochenmark angereichert wurden,
um die stabile Expression beider Gene in den Nachkommen von langfristig
neu besiedelnden HSC zu beweisen (4f). In
den ex-vivo-transduzierten Zellen vor der Transplantation und in
den Leukozyten der Mäuse
mit langfristigem Einwachsen des Transplantats wurden ΔLNGFR und
GFP in ähnlichem
Maß koordiniert
exprimiert. Insgesamt validierten diese Ergebnisse den neuen LV
für effizienten
doppelten Gentransfer in primitiven, determinierten und differenzierten
hämatopoietischen
Zellen.
-
Sie
injizierten konzentrierten ΔLNGFR-GFP-MA1-LV
in das Striatum adulter Mäuse
und analysierten die Transgenexpression 4 Wochen nach der Injektion
durch Konfokalmikroskopie von Gehirnschnitten nach Immunfärbung auf
GFP und ΔLNGFR
(5). Sie beobachteten eine robuste Koexpression
beider Transgene in dem Gehirgewebe in der Umgebung der Injektionsstelle.
Wie zuvor nach striataler Injektion von VSV-pseudotypisiertem LV
angegeben25–27,
wies die überwiegende
Mehrzahl der Zellen, welche die Marker exprimierten, die typische
Morphologie striataler Neuronen auf. Der neue bidirektionale LV
ermöglichte
also einen effizienten Doppelgentransfer in vivo.
-
Doppelte Transgenese
-
Sie
untersuchten, ob der neue bidirektionale LV die Erzeugung doppelt
transgener Mauslinien ermöglicht.
Wie zuvor von Lois et al. beschrieben19,
mikroinjizierten sie den ΔNGFR-GFP-LV
in den perivitellinen Raum von einzelligen Embryonen und implantierten
diese in scheinträchtige
Weibchen. Wir erhielten transgene Mäuse mit einer hohem Häufigkeit,
wie durch Vorhandensein von Vektor-DNA (über 50% der Neugeborenen) bestimmt
wurde, und bewiesen die Vektorintegration in die Keimbahn durch
Kreuzen von Founder-Mäusen
und analysierten deren Nachkommen hinsichtlich des Vektor-DNA-Gehalts
und der Expression des Transgens (6). In den
beiden analysierten F1-Mäusen,
die 2 und 5 Vektorkopien im Genom tragen, fanden sie eine bemerkenswert
einheitliche Expression beider Transgene in praktisch jeder Zelle
der untersuchten Gewebe wie Gehirn, Leber, Milz, Darm, Herz, Skelettmuskel
und Niere. Auch im Knochenmark und im peripheren Blut derselben
Mäuse war
eine Vektorexpression hinreichend feststellbar, wenngleich in weniger
als 100% der Zellen und deutlicher für ΔNGER als für GFP (nicht gezeigt). Diese
Daten wiesen darauf hin, dass die Transgenese mittels eines bidirektionalen
LV ein schnelles und effizientes Verfahren ist, um eine robuste,
stabile und koordinierte Expression von zwei Transgenen in gentechnisch
veränderten
Mäusen
zu erhalten. Darüber
hinaus zeigen sie, dass der bidirektionale minCMV-PGK-Promotor,
den sie entwickelten, in der Mehrzahl der differenzierten Gewebe
der Maus eine Expression des doppelten Transgens steuert und die
Expression nach Vererbung über
die Keimbahn beibehält.
-
DISKUSSION
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Auf
der Suche nach Strategien, die einen effizienten Transfer zweier
Gene ermöglichen,
gab es zu Anfang erhebliche Beschränkungen in Bezug auf IRES-basierten
Ansätze.
Bei Testung im Kontext eines bizistronischen LV war die IRES-abhängige Genexpression
signifikant schwächer
als in Abhängigkeit
von der mRNACap und erforderte die Transduktion
mehrerer Kopien für
die Koexpression des stromabwärts
(downstream) gelegenen Gens in einem beträchtlichen Bruchteil der transduzierten
Zellen. Darüber
hinaus verringerten die IRES die Expression des stromaufwärts (upstream)
gelegenen Gens in dem Transkript und zeigten eine Aktivität mit signifikanter
zelltypabhängiger
Variation. Ähnliche
Einschränkungen
wurden berichtet, wenn IRES in andere Arten von Gentransfervektoren
integriert wurden14,28-32 Daher ist wahrscheinlich
eine Selektion hinsichtlich der Expression stromabwärts (downstream)
gelegener Genen erforderlich, wenn IRES verwendet werden, um eine
Koexpression in allen Zielzellen sicherzustellen. Selektionsprotokolle
sind zwar mit einigen Ex-vivo-Gentransfer- und -therapieanwendungen
kompatibel, könnten
aber die biologischen Eigenschaften genkorrigierter Zellen negativ
beeinflussen, insbesondere, wenn die Expression selektierbarer Marker
nicht effizient ist. Tatsächlich
können
eine längere
Kultur ex vivo und eine beschränkte
Größe oder
klonale Zusammensetzung der transduzierten Zellpopulation das Einwachsen
(Engraftment), das langfristige Überleben
und die Gewebeneubesiedelung nach der Transplantation reduzieren33. Noch wichtiger ist, dass die Ineffizienz
der IRES-abhängigen
Expression die meisten Anwendungen bizistronischer Vektoren beim
direkten Gentransfer in vivo verhindert. Die Autoren haben daher
neuartige Strategien untersucht, um Gentransfersysteme wie LV, welche
eine effiziente Transduktion ex vivo und eine direkte Verabreichung
in vivo ermöglichen39, umfassend zu nutzen.
-
Sie
haben ein neues Promotordesign basierend auf der Nebeneinanderstellung
von Kernpromotorelementen stromaufwärts (upstream) und in entgegen
gesetzter Richtung von einem effizienten Promotor entwickelt. Die
bidirektionale Anordnung steuerte eine divergente Transkription,
was darauf hinweist, dass stromaufwärts (upstream) gelegene Verstärker (Enhancer)/Promotorelemente
in dem effizienten Promotor die Transkription in einer richtungsabhängigen Weise
und gleichzeitig von beiden Seiten unterstützen können. Nach Einbau dieser Promotoren
in LV erzielten sie effizienten Transfer von zwei Genen und eine
koordinierte Expression in kontinuierlichen Zelllinien und primären Zellen
ex vivo. Da beide Transgene in der überwiegenden Mehrzahl transduzierter
Zellen exprimiert wurden, mussten die Zellen nicht selektiert werden,
um eine Koexpression der Transgene sicherzustellen. Die Autoren
zeigten nach direkter Injektion des bidirektionalen LV in das ZNS
die koordinierte Expression von zwei Transgenen in neuralen Zellen
in vivo. Darüber
hinaus erlaubte der bidirektionale LV eine robuste zweifache Transgenese,
was zu einer panzellulären
Expression beider Transgene in allen untersuchten Geweben führte. All
diese Ergebnisse konnten bislang mithilfe derzeit verfügbarer Technologien
nicht erzielt werden.
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Durch Überwachung
der transduzierten Zellen, die eine einzelne Vektorkopie tragen,
bewiesen die Autoren, dass von einem einzelnen bidirektionalen Promotor
aus eine divergente Transkription stattfand, dass die Expression
beider Transgene funktionell verknüpft und koordiniert reguliert
war und dass bidirektionale Promotoren in allen Typen von getesteten
Krebszellen einheitlich aktiv waren, ohne in einer Transkriptionsrichtung stumm
geschaltet oder zufällig
fixiert zu sein, selbst nach zellulärer Differenzierung. Obgleich
sie nicht kartierten, wie nahe sich die beiden entgegen gesetzten
Kernpromotoren sein müssen,
damit eine funktionelle Verknüpfung
gegeben ist, dürfte
zu erwarten sein, dass ein enges Nebeneinanderstellen des fusionierten
minimalen Kernpromotors mit einem der stromaufwärts (upstream) gelegenen Elemente
in dem effizienten Promotor erforderlich ist, wie es in natürlichen
Promotoren zwischen Kern- und Upstream-Elementen beobachtet wird. Sowohl
der in dieser Arbeit getestete PGK- als auch der getestete UBI-C-Promotor
steuerte die divergente Transkription, wenn sie mit einem minimalen
Kernpromotor in der entgegengesetzten Richtung fusioniert waren.
Bemerkenswerterweise wurde gezeigt, dass diese beiden Promotoren
intrinsisch in der Lage sind, trotz der geringeren Effizienz auf
der stromaufwärts
(upstream) gegenüber
der stromabwärts
(downstream) gelegenen Seite, eine divergente Transkription zu fördern, wenn
sie in die bidirektionale Expressionskassette eingebaut wurden,
die sie entwickelt haben. Diese überraschende
Beobachtung könnte
ein spezifisches Merkmal einer Klasse von ubiquitär exprimierten
Haushalts-Promotoren anzeigen, möglicherweise
in Zusammenhang mit ihrem Gehalt an CpG-Inseln (siehe unten und35-37). Es sollte allerdings nicht vergessen
werden, dass sowohl die Promotorplatzierung zwischen zwei effizienten
Expressionskassetten, die mit posttranskriptionalen regulatorischen
Elementen ausgestattet sind, welche die Translation verstärken, als
auch die LV-vermittelte Integration, von der gezeigt wurde, dass
sie vorzugsweise transkribierte Gene im Chromatin ansteuert, dazu
beitragen könnte,
latente transkriptionale Aktivität
aufzudecken. Obgleich die intrinsische bidirektionale Aktivität der getesteten
Haushalts-Promotoren ohne die Anordnung der in dieser Arbeit beschriebenen
Kernpromotorelementen stromaufwärts
(upstream) für
eine Nutzung an sich nicht ausreichend sein könnte, bildet sie die Basis
für die
koordinierte Regulierung der durch unsere neuen Vektoren erzielte
Expression von zwei Genen. Andererseits sollte die Neigung dieser
Promotoren zur Steuerung einer divergenten Transkription berücksichtigt werden,
wenn Vektoren gentechnisch hergestellt und transduzierte Zellen
oder Gewebe analysiert werden38, und könnte einen
möglichen
Mechanismus für
die häufig
beobachtete Interferenz zwischen nahe beieinander liegenden Promotoren
im selben Vektorkonstrukt liefern10,39.
Es ist möglich,
dass das hier beschriebene bidirektionale Design erfolgreich auf
gewebespezifische Promotoren angewandt werden kann, um eine koordinierte
Expression von zwei Transgenen in spezifischen Geweben zu erhalten.
Darüber
hinaus könnte
man durch Kombination bidirektionaler Promotoren mit bizistronischen
Iranskripten mehr als zwei Transgene in derselben Zelle exprimieren,
wenngleich mit den oben für
IRES-abhängige
Vektoren beschriebenen Einschränkungen. Induzierbare
bidirektionale Promotoren wurden ursprünglich in Tet-regulierten Expressionssystemen
entwickelt, indem ein minimaler Promotor auf beiden Seiten einer
Reihe von Tet-Operatorwiederholungen dupliziert wurde, um eine exogen
regulierte Expression von zwei Transgenen zu erhalten36,40,41.
Dieses Design wurde kürzlich
auf andere Systeme angewandt, die auch prokaryotische Verstärker(Enhancer)-Ememente
mit chimären
Transaktivatoren kombinieren, um die Genexpression zu regulieren42. Obgleich diese induzierbaren Expressionssysteme
leistungsstarke Hilfsmittel für
Genfunktionsstudien darstellen, sind sie von der Koexpression und
funktionellen Aktivität
von Proteintransaktivatoren abhängig
und bergen mehrere Herausforderungen, wenn sie auf die vektorbasierte
Einführung
und Applikationen in vivo angewandt werden. Kürzlich wurde ein konstitutiver
bidirektionaler Promotor in der Pflanzenbiotechnologie auf exogene
Genexpression getestet43. Unsere Ergebnisse
liefern die erste Beschreibung synthetischer bidirektionaler Promotoren,
welche die endogene Transkriptionsmaschinerie nutzen, wie sie in
den meisten Tierzelltypen zur Verfügung steht, um eine robuste
und konstitutive Expression zweier divergenter Transkripte zu steuern.
In der Natur sind bis vor kurzem wenige Fälle bidirektionaler Promotoren
dokumentiert. Bemerkenswerterweise wies ein vor kurzem durchgeführter Überblick über das
menschliche Genom auf eine Fülle
divergent transkribierter Genpaare hin, deren Transkriptionsstartstellen
weniger als 1 kb auseinander liegen44,45.
Es ist wahrscheinlich, dass viele der zwischen diesen Genpaaren
zu gefundenen Promotorelementen beide Gene regulieren46.
Die synthetischen bidirektionalen Promotoren, die sie entwickelt
haben, könnten
daher ein gut dargestelltes und evolutionär konserviertes Merkmal eukaryotischer
Transkription nachahmen, welches eine strukturelle Basis für ihre robuste
Leistung bildet. Die neuen lentiviralen Vektoren, die um diese bidirektionalen
Promotoren herumgebaut sind, dürften
die Reichweite und Sicherheit der Gentherapie, die Aussagekraft
der Genfunktions- und Zielvalidierungsstudien und die Anwendungen
der Transgenese bei Tieren voranbringen. Bei Anpassung an die Expression kurzer
interferierender RNA könnten
sie auch ein koordiniertes Ausschalten (Knockout) mehrerer Gene
ermöglichen.
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