ES2298745T3 - Promotores bidireccionales de sintesis y utilizacion de los mismos. - Google Patents

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Abstract

Promotor bidireccional para la expresión de al menos dos secuencias codificantes en dirección opuesta en células animales que comprende desde el extremo 5¿ hasta el extremo 3¿: a) una primera secuencia promotora mínima procedente de genomas de citomegalovirus (CMV) o de virus de tumor mamario de ratón (MMTV); b) una secuencia de promotor procedente de un gen animal que comprende una región potenciadora y una segunda secuencia de promotor mínimo; conduciendo las dos secuencias promotoras a una transcripción coordinada de las citadas secuencias codificantes en orientación opuesta.

Description

Promotores bidireccionales de síntesis y utilización de los mismos.
La presente invención se refiere a promotores bidireccionales que permiten una expresión eficaz y coordinada de dos o más genes, a vectores de transferencia génica que contienen a estos promotores, a partículas que transducen los citados vectores dentro de una célula, a la utilización de los citados vectores para la administración y la expresión de genes múltiples en células diana y también para la terapia génica y la fabricación de medicamentos.
Estado de la técnica
Para varias aplicaciones de transferencia y de terapia génica se requiere la expresión de transgenes múltiples dentro de las mismas células diana^{1}. La mejor forma de llevar a cabo los estudios de función génica es mediante la expresión de cADNs junto con un gen marcador; mediante este sistema, se pueden identificar y controlar in vitro e in vivo células modificadas genéticamente. De forma similar, las aplicaciones de la terapia génica se pueden mejorar mediante la purificación de células genéticamente corregidas antes de la administración in vivo, aprovechando la expresión coordinada de los marcadores selectivos. Las células modificadas genéticamente se pueden amplificar ex vivo o in vivo mediante la introducción de genes promotores del crecimiento o resistentes a fármacos junto con el gen terapéutico, tal como se mostró recientemente por medio de la selección mediante MGMT de Células Madre Hematopoyéticas transducidas (HSC)^{2}; utilizando este sistema, se puede aumentar la eficacia de la terapia génica y su aplicación se puede extender potencialmente a un amplio espectro de enfermedades^{3,4}.
Por el contrario, las células modificadas genéticamente que expresan condicionalmente genes citotóxicos, junto con el gen terapéutico, se pueden eliminar in vivo si tienen lugar eventos adversos; este sistema se utiliza para controlar la enfermedad del injerto contra el huésped después de la infusión de linfocitos T de un donante para tratar una recaída de la leucemia^{5}; este sistema también puede proporcionar una importante provisión de seguridad en la transferencia génica de HSC, dada la aparición reciente de leucemia relacionada con la integración del vector en un ensayo clínico con éxito de Inmunodeficiencia Combinada Grave ligada al cromosoma X^{6}. La expresión coordinada de más de un transgen es esencial cuando la actividad que se va a reconstituir mediante transferencia génica depende de múltiples subunidades codificadas por genes diferentes, o requiere la sinergia de moléculas separadas. Por ejemplo, la reconstitución de la ruta biosintética de la dopamina en las neuronas estriadas de pacientes con la enfermedad de Parkinson requiere la coexpresión de la tirosina hidroxilasa con GTP-ciclohidrolasa I y/o con DOPA decarboxilasa^{7}; la terapia génica del cáncer puede requerir la coexpresión de múltiples antígenos y/o citoquinas en células que presentan antígenos para inmunoterapia y la de dos cadenas de receptor de células T en células T diseñadas para la transferencia
adoptiva^{8}.
A pesar de dichas necesidades bien reconocidas, la obtención de un alto nivel de expresión, coordinado, de transgenes múltiples en la mayoría de las células diana ha sido un reto importante para la tecnología de transferencia génica. Mediante dos vectores diferentes se han expresado dos transgenes diferentes; sin embargo, solo una fracción de las células diana se transdujo por parte de ambos vectores y se obtuvo una población heterogénea de células que expresaban o uno o los dos genes en proporciones diferentes, impidiendo la realización de estudios fiables y/o de aplicaciones eficaces. De forma alternativa, se han expresado dos o más transgenes mediante promotores diferentes dentro del mismo vector^{9}; no obstante, la distinta especificidad tisular y la interferencia mutua entre los promotores impedía con frecuencia la coexpresión eficaz en las mismas células diana^{10}. El corte y empalme diferencial genera transcripciones múltiples del mismo promotor, aunque se ha probado que es difícil adaptarlo a la administración viral de transgenes múltiples^{11}. Se han generado poliproteínas quiméricas que se autoprocesan de forma cotranslacional en componentes separados utilizando el péptido de autocortado del Virus 2A de la Fiebre Aftosa^{12, 13}; no obstante, hasta ahora la aplicación de esta tecnología a la transferencia de genes múltiples ha estado limitada porque requiere una ingeniería sofisticada, restringe ambas proteínas al mismo compartimento celular e introduce cambios en la secuencia que pueden afectar a la actividad, a la estabilidad y a la inmunogenicidad de la proteína.
Hasta ahora el sistema más satisfactorio para la transferencia de genes múltiples se ha apoyado en la utilización de los sitios internos de entrada al ribosoma (IRESs)^{14}. Estas secuencias, identificadas en transcripciones virales y celulares, controlan la traducción de una forma independiente de la ^{ARNm}Cap y, cuando se insertan entre dos genes en un ARN mensajero bicistrónico, permiten la traducción del gen aguas abajo. Los autores pusieron a prueba el funcionamiento de diferentes IRESs en el contexto de vectores lentivirales (LVs) autoinactivantes (SIN) y descubrieron importantes limitaciones en este sistema.
El documento WO 02/064804 describe complejos de promotores duales bidireccionales que son eficaces para mejorar la actividad transcripcional de transgenes en plantas.
Los promotores bidireccionales de la invención incluyen una región potenciadora modificada con al menos dos promotores mínimos en cualquiera de los lados de la región potenciadora modificada situados en una orientación divergente. La solicitud se refiere a la expresión génica en plantas. Además, el sistema requiere la duplicación de secuencias del potenciador orientadas en tándem en una región interna modificada de la construcción, para unirse mediante dos promotores mínimos idénticos u homólogos en cualquiera de los dos lados. La presente invención no requiere la duplicación del potenciador ni ninguna otra secuencia en el promotor eficaz de la construcción bidireccional, ni se necesita que los promotores mínimos situados sobre cualquiera de los dos lados de la misma compartan al menos el 30% de la identidad. Por último, la duplicación en tándem puede ser incompatible con la administración retro/lentiviral.
El documento US 6.388.170 da a conocer vectores de plantas, que tienen promotores bidireccionales, que comprenden un promotor mínimo y un promotor común, en los que los citados promotores mínimos están unidos de forma operable al citado promotor común, en orientación opuesta al citado promotor común y en el extremo 5' al citado promotor común. Las secuencias promotoras procedentes de plantas y de virus que infectan plantas se demuestra que son dnd probadas en células de plantas o en partes de plantas.
Dada la considerable distancia evolutiva que existe entre animales y plantas, el documento US 6.388.170 no enseña como diseñar promotores animales para actividad bidireccional, ni los promotores bidireccionales pueden trabajar de forma eficaz en células animales. Además, el documento US 6.388.170 no enseña como diseñar promotores bidireccionales para la expresión génica en animales ni en células de animales utilizando los procedimientos de transferencia génica disponibles.
El documento WO 01/34825 da a conocer líneas celulares, plásmidos y vectores útiles para la producción de virus recombinantes tales como adenovirus, que son útiles en la terapia génica. Las líneas celulares, los plásmidos y los vectores comprenden promotores inducibles, tales como promotores bidireccionales para la expresión coordinada de genes clonados bidireccionalmente. No obstante, solo se dan a conocer construcciones bidireccionales reguladas mediante Tet.
Así, los autores exploraron nuevas estrategias para aprovechar al máximo los sistemas de transferencia génica, tales como LV, que permiten una transducción ex vivo eficaz y una administración in vivo directa.
Descripción de la invención
Los autores han desarrollado un nuevo diseño de vector en el que mediaron promotores bidireccionales de síntesis en la transcripción coordinada de dos ARNs divergentes. Los autores demuestran que los LVs que llevan promotores bidireccionales expresaron de forma coordinada dos transgenes en la inmensa mayoría de las células transducidas, superando claramente a los vectores bicistrónicos. Se determinó el funcionamiento eficaz de los nuevos LVs bidireccionales en células hematopoyéticas primarias, ensayadas ex vivo y después de transplante y en varios tejidos in vivo, después de la administración directa del vector o de transgénesis. La invención supera un antiguo obstáculo en la búsqueda de herramientas mejoradas para la expresión génica y se espera avanzar en el logro y en la seguridad de la terapia génica.
Por consiguiente, un objetivo de la presente invención es un promotor bidireccional para la expresión de al menos dos secuencias codificantes en dirección opuesta en células animales que comprende desde el extremo 5' hasta el extremo 3':
a) una primera secuencia promotora mínima procedente de genomas de citomegalovirus (CMV) o de virus de tumor mamario de ratón (MMTV);
b) una secuencia promotora completamente eficaz procedente de un gen animal;
conduciendo las dos secuencias promotoras a una transcripción coordinada de las citadas secuencias codificantes en orientación opuesta.
En el ámbito de la presente invención una secuencia promotora completamente eficaz significa una secuencia que conduce a una transcripción eficaz de la transcripción primaria. Preferentemente, ésta comprende una región potenciadora y una secuencia promotora mínima, diferenciada o solapada. Más preferentemente la secuencia promotora completamente eficaz procede de la fosfoglicerato quinasa o del promotor de la ubiquitina.
Es un objetivo de la invención un casete de expresión bidireccional que comprende esencialmente al promotor bidireccional tal como se describió anteriormente, sitios de inserción adecuados ubicados aguas abajo de cada promotor y sitios de poliadenilación ubicados aguas abajo de cada sitio de inserción.
Preferentemente el casete de expresión bidireccional comprende además al menos un elemento regulador post-transcripcional situado aguas arriba de uno o de cada sitio de poliadenilación. Más preferentemente el casete de expresión bidireccional comprende además al menos una secuencia de un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES) para expresar tres o más genes.
Es un objetivo de la invención una construcción de expresión que contiene el promotor bidireccional, tal como se describió anteriormente.
Es un objetivo de la invención una construcción de expresión que contiene el casete de expresión bidireccional, tal como se describió anteriormente.
\newpage
Es un objetivo de la invención un vector de expresión de transferencia génica que contiene la construcción de expresión tal como se describió anteriormente y que comprende además secuencias lentivirales o retrovirales.
Es un objetivo de la invención la utilización del vector de expresión de transferencia génica para la preparación de un sistema de administración y de expresión en células animales, preferentemente en células de tejido animal in vivo, más preferentemente neuronas cerebrales.
Es un objetivo de la invención un procedimiento in vitro para la expresión coordinada de dos secuencias codificantes exógenas dentro de una célula animal que comprende las siguientes etapas:
a) clonación de las citadas secuencias codificantes dentro del vector de expresión de transferencia génica, según la reivindicación 8, estando cada secuencia codificante bajo el control de uno de los dos promotores del promotor bidireccional;
b) transformación de células animales por medio de los citados vectores;
c) permitir la expresión del vector.
Preferentemente la célula animal es una célula humana, más preferentemente la célula humana es una célula humana retransplantable, incluso más preferentemente la célula humana retransplantable es una célula hematopoyética.
De forma alternativa, la transformación de células de tejidos in vivo se puede llevar a cabo mediante la administración directa del vector, tal como en neuronas cerebrales.
Es un objetivo de la invención un procedimiento para la generación de un organismo transgénico no humano que comprende la etapa de la transformación de células adecuadas por medio del vector de expresión de transferencia génica tal como se describió anteriormente.
Los vectores de la invención se pueden utilizar de forma ventajosa para estudios de función génica y de validación de dianas in vitro e in vivo; terapia génica; expresión de genes múltiples en células animales; generación de animales transgénicos y eventualmente para la destrucción de genes múltiples; y también para la fabricación de medicamentos.
Leyendas de las figuras
A continuación se describirá la invención haciendo referencia a las siguientes figuras:
Figura 1. Funcionamiento de la transferencia génica de vectores lentivirales bicistrónicos. (a) Esquema de la forma del vector proviral. Un casete bicistrónico de expresión que contiene un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES) procedente del virus de la encefalomiocarditis (EMCV), con el sitio de inicio de la traducción de tipo natural (wt) o de tipo mutado (mut), o procedente del factor represor de NF-kB (NRF) sin traducir del extremo 5' de ARNm se activó por medio del citomegalovirus (CMV) humano de expresión precoz o mediante el promotor de la fosfoglicerato quinasa (PGK). Regiones LTR \DeltaU3, R y U5, con deleción en U3; SD y SA, sitio de acoplamiento de donante y de aceptor; \Psi, señal de encapsidación que incluye la porción 5' del gen gag (GA); RRE, elemento Rev-respuesta; cPPT, fragmento central de polipurina; WPRE, elemento regulador post-transcripcional del virus de la hepatitis de la marmota. (b) Análisis de mediante la técnica de hibridación tipo Southern de células HeLa transducidas mediante los vectores monocistrónicos (CMV) o bicistrónicos indicados que expresaban luciferasa (gen 1) y GFP (gen 2) a partir del promotor de CMV, examinado para la secuencia del WPRE. Todos los vectores incorporaron la longitud esperada de ADN. La cantidad de copias del vector se determinó en relación con una curva estándar de plásmido y se utilizó para normalizar las poblaciones de vectores y para asegurar niveles de integración similares para cada vector en un tipo dado de célula diana en los experimentos mostrados en c-f. (c-f) Expresión de luciferasa y GFP en células HeLa humanas (c), células endoteliales de la vena umbilical (HUVEC, d), linfocitos de la sangre periférica (PBL, e) y progenitores CD34+ procedentes de la sangre del cordón umbilical (f) transducidos 5-7 días antes con un vector monocistrónico (\Box, CMV) o con el vector bicistrónico CMV-luciferasa-GFP que se indica. Columna de la izquierda, histogramas que representan la actividad neta de la luciferasa en extractos de células, media \pm SD. Panel derecho, gráficos de puntos que representan la expresión de GFP mediante análisis FACS, se indica la frecuencia y la intensidad media de la fluorescencia (MFI, X) de las células GFP+. El vector monocistrónico de control expresó luciferasa en el histograma (\Box) y GFP en el gráfico de puntos que está situado más a la izquierda (CMV) para cada tipo de célula. (g, h) Análisis FACS de la expresión de \DeltaNGFR y GFP en células 293T (g) y en progenitores CD34+ (h) transducidos mediante un vector EMCV wt IRES que expresa \DeltaNGFR y GFP a partir del promotor PGK. Los histogramas situados en el panel (h) muestran la distribución de la expresión de \DeltaNGFR en todas las células viables analizadas (izquierda) y la distribución de la expresión de GFP en la células controladas (M1) \DeltaNGFR+ (derecha). Los experimentos mostrados son representativos de al menos tres experimentos llevados a cabo con resultados similares.
Figura 2. Funcionamiento de la transferencia génica de vectores lentivirales bidireccionales. (a) Esquema de la forma del vector proviral. Un promotor bidireccional fabricado mediante elementos de promotor mínimo a partir de citomegalovirus (mCMV) humano unido aguas arriba y en orientación opuesta a un promotor eficaz, procedente de la fosfoglicerato quinasa (PGK) humana o del gen UBI-C de la poliubiquitina, se condujo a la transcripción divergente de dos ARNs. CTE, elemento de transporte constitutivo a partir del virus del mono Mason-Pfizer; pA, sitio A de poliadenilación del Virus Simio 40. Otras características del vector son tal como en la leyenda de la figura 1. (b) Actividad neta de la luciferasa y (c-e) expresión de GFP en células HeLa transducidas 5-7 días antes con LVs que llevaban los casetes de expresión bidireccional o de control que se indican. La frecuencia y la MFI (X) de las células GFP+ en el análisis FACS se indican a la derecha de los gráficos de puntos. La actividad de la luciferasa se determinó para los dos vectores marcados (\Box, \ding{110}). (f-j) Expresión de \DeltaNGFR y GFP en células HeLa transducidas 5-7 días antes con 10 diluciones en serie de LVs que llevaban el casete de expresión que se indica. Las frecuencias de las células \DeltaNGFR+ (región superior izquierda) y de las células doble positivo \DeltaNGFR/GFP (región superior derecha), con la MFI respectiva de \DeltaNGFR (Y) y de GFP (X), se indican en los gráficos de puntos FACS. Los experimentos mostrados son representativos de al menos tres experimentos llevados a cabo con resultados similares.
Figura 3. Comparación del funcionamiento de vectores bidireccionales y lentivirales bicistrónicos. Expresión de \DeltaNGFR y GFP en células 293T transducidas 3 semanas antes con 10 diluciones en serie de LVs que llevaban el casete de expresión que se indica. El porcentaje de células que expresan \DeltaLNGFR y el de células doble positivo \DeltaLNGFR/GFP (entre paréntesis) se indica encima de los gráficos de puntos FACS. En cada gráfico se indica la cantidad media de Copias del vector por Célula (CpC), con la frecuencia esperada de células transducidas expresada de acuerdo con la distribución de Poisson de sucesos independientes aleatorios. Aunque virtualmente todos los vectores integrados expresaron \DeltaNGFR, su nivel de expresión y la fracción de células transducidas que co-expresaban GFP fue mucho mayor para los dos vectores bidireccionales probados (MA1 y MA4) en comparación con el vector bicistrónico EMCV wt IRES.
Figura 4. Transferencia génica dual en células hematopoyéticas mediante vectores bidireccionales. (a-c) Se transdujeron progenitores CD34+ procedentes de sangre de cordón umbilical humano mediante el vector GFP-\DeltaNGFR MA1 en presencia de citoquinas de acción temprana tal como se describe^{23} y se analizaron después de 7 días de cultivo en el mismo medio (a) y después de 10 días adicionales en un medio promotor de la diferenciación mieloide (b), o después de la siembra en medio clonogénico basado en metilcelulosa. Para (a) y (b) se muestra un gráfico de puntos que muestra expresión de \DeltaNGFR y GFP mediante el análisis FACS, junto con histogramas que muestran la distribución de la expresión de \DeltaNGFR en todas las células viables analizadas (parte superior) y la distribución de la expresión de GFP en las células controladas (M1) \DeltaNGFR+ (parte inferior). Se indica el porcentaje de progenitores inmaduros que en el momento del análisis expresan CD34 y el porcentaje de células diferenciadas que expresan el marcador mieloide CD 13. Para (c), se muestran micrografías representativas ópticas (izquierda) y fluorescentes (derecha) del tipo de CFC que se indica. (d, e) Se transdujeron linfocitos de sangre periférica humana después de una activación de 2 días con anticuerpos anti-CD3 y anti-CD28 (d), o después de 4 días de tratamiento con interleucina-7, tal como se describe^{24}, (e), y se analizaron para determinar la expresión de \DeltaNGFR y GFP tal como se describió anteriormente. (f, g) Se transdujeron progenitores de médula ósea purificada (lin-) de roedor sin estimulación con citoquina tal como se describe^{48} y se analizó la expresión de \DeltaNGFR y GFP después de 7 días en un cultivo líquido (f), o se transplantaron de inmediato en recipientes singénicos irradiados letalmente. El análisis FACS de la sangre periférica de un ratón representativo 2 meses después del transplante se muestra en g. Los experimentos mostrados son representativos de tres experimentos llevados a cabo con resultados similares. Para un análisis del funcionamiento más riguroso, en d-f se muestran las células transducidas para cantidades bajas de copias del vector.
Figura 5. Transferencia génica dual in vivo mediante vectores bidireccionales. Se inyectaron estereotácticamente GFP-\DeltaNGFR MA1 LV con un resultado de titulación elevado en el cuerpo estriado de ratones adultos. Dos meses después de la inyección se obtuvieron secciones criostáticas cerebrales y se analizaron mediante microscopía de inmunofluorescencia y microscopía confocal. Se muestran fotografías representativas del área inyectada, después de la inmunotinción para \DeltaNGFR (rojo), GFP (verde) y de la tinción con TO-PRO3 para el ADN nuclear (azul). Las señales fluorescentes se adquirieron de forma secuencial a partir de secciones ópticas individuales y se muestran individualmente y después de la combinación (combinación). Aumento original 200X (barra de escala = 120 \mum).
Figura 6. Transgénesis dual mediante vector bidireccional. Se generaron líneas de ratones transgénicos mediante inyección directa de GFP-\DeltaNGFR MA1 LV en el interior del espacio perivitelino de embriones de una célula, tal como se describe^{19} y en los tejidos que se indican se analizó la expresión de \DeltaNGFR (rojo) y GFP (verde) mediante microscopía de inmunofluorescencia y microscopía confocal en secciones criostáticas. Los núcleos se tiñeron con TO-PRO3 (azul). Las señales fluorescentes se adquirieron de forma secuencial a partir de secciones ópticas individuales y se muestran individualmente y después de la combinación (combinación). Las fotografías mostradas se obtuvieron para un ratón F1 que llevaba genomas de dos vectores integrados dentro de la línea germinal. Se obtuvieron fotografías similares a partir de otros ratones transgénicos analizados que llevaban una cantidad similar o mayor de copias de vectores. Aumento original 200X (bazo, pulmón), 400X (corazón, riñón, cerebro, hígado), 630X (intestino) (barra de escala = 120 \mum).
Figura 7a. Mapa del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral RRL-MA1-lucif/GFP.
Figura 7b. Secuencia del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral RRL-MA1-lucif/GFP.
Figura 8a. Mapa del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA1-GFP/deltaLNGFR.
Figura 8b. Secuencia del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA1-GFP/deltaLNGFR.
Figura 9a. Mapa del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral RRL-MA2-lucif/GFP.
Figura 9b. Secuencia del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral RRL-MA2-lucif/GFP.
Figura 10a. Mapa del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA3-GFP/deltaLNGFR.
Figura 10b. Secuencia del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA3-GFP/
deltaLNGFR.
Figura 11a. Mapa del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA4-GFP/deltaLNGFR.
Figura 11b. Secuencia del plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA4-GFP/
deltaLNGFR.
Ejemplo 1 Materiales y procedimientos Construcción del plásmido
Todos los vectores de transferencia se construyeron a partir del plásmido pCCL.sin.cPPT.PGK.GFP.WPRE utilizando los siguientes elementos de secuencia descritos anteriormente: EMCV IRESs con la secuencia codificante de genes situada aguas abajo iniciándose en el 11º ATG de IRES (wt) o con el 11º ATG de IRES mutado para crear un sitio de clonación HindIII y permitir el inicio de la traducción en el transgen situado aguas abajo ATG(EMCVmut), NRF IRES, MPMV CTE^{21}, un promotor mínimo del CMV^{20}, un fragmento 1226 bp del promotor de la Ubiquitina-C.
Construcción del vector lentiviral con promotores bidireccionales
Para generar la construcción lentiviral RRL-MA1, se clonó un fragmento de XhoI-XhoI que contenía los elementos SV40polyA.CTE.Luciferasa.minhCMV (procedentes de la construcción lentiviral pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.
Luciferasa.minhCMV.TetO7.minMMTV.eGFP) en la construcción del vector lentiviral pRRL.sin.cPPT.hPGK.eGFP.
Wpre (Follenzi y otros, 2000) cortada con la misma enzima para obtener RRL-MA1-lucif/GFP (pRRL.sin.cPPT.
SV40polyA.CTE.Luciferasa.minhCMV.hPGK.eGFP.Wpre).
Para generar la construcción lentiviral CCL-MA1, se clonaron dos fragmentos en la construcción lentiviral
pRRL.sin.cPPT.hPGK.\DeltaLNGFRWpre cortada primero con KpnI, truncada y a continuación cortada con XhoI, el primer fragmento que contenía los elementos minhCMV.eGFP se obtuvo a partir de la construcción lentiviral pRRL.sin.
cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferasa.minMMTV.TetO7.minhCMV.eGFP cortada con KpnI, truncada y a continuación cortada con XhoI y el segundo derivado se obtuvo a partir de la construcción pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.tTA2.
Wpre cortada con BamHI, truncada y a continuación cortada con NotI. La construcción lentiviral resultante pRRL.sin.
cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferasa.minMMTV.TetO7.minhCMV.eGFP se cortó con NotI y con AvrII y el fragmento que contenía la construcción cPPT.SV40polyA.CTE.eGFP.minhCMV.hPGK.\DeltaLNGFRWpre se clonó en la construcción lentiviral pCCL.sin.cPPT.hPGK.eGFP.Wpre cortada con las mismas enzimas para obtener CCL-MA1-GFP/
\DeltaLNGFR (pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.eGFP.minhCMV.hPGK.\DeltaLNGFRWpre).
Para generar la construcción lentiviral RRL-MA2, se clonó un fragmento de HindIII-BamHI que contenía los elementos hFGK.Luciferasa (procedentes de la construcción del vector lentiviral pRRL.sin.cPPT.hPGK.Luciferasa.IRES.
Wpre) en la construcción retroviral SF2-cLCM2G (obtenida de Rainer Loew, Universidad de Heidelberg, FRG) cortada con las mismas enzimas para obtener la construcción cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferasa.hPGK.minMIVITV.eGFP. Esta construcción se cortó primero con SalI, se truncó y a continuación se cortó con BamHI y el fragmento que contenía los elementos Luciferasa.hPGK.minMMTV.eGFP se clonó en la construcción del vector lentiviral pRRL.sin.cPPT.
SV40polyA.CTE.tTA2.Wpre cortada de la misma forma, para obtener RRL-MA2-lucif/GFP (pRRL.sin.cPPT.
SV40polyA.CTE.Luciferasa.hPGK.minMMTV.eGFP.Wpre).
Para generar la construcción lentiviral CCL-MA3, se clonaron dos fragmentos en pBLKS+ cortado con HindIII y con XhoI, el primer fragmento que contenía los elementos CTE.SV40polyA se obtuvo a partir de la construcción del vector lentiviral pRRL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.tTA2 cortada con HindIII y con XbaI y el segundo fragmento que contenía los elementos minMMTV.GFP se obtuvo a partir de la construcción cPPT.SV40polyA.CTE.Luciferasa.
hPGK.minMMTV.eGFP cortada con XhoI y con XbaI para obtener la construcción pBLKS+ minMMTV.GFP.
CTE.SV40polyA. La construcción resultante se cortó con EcoRV y con XhoI y el fragmento que contenía minMMTV.
GFP.CTE.SV40polyA se clonó en la construcción del vector lentiviral pCCL.sin.cPPT.hPGK.\DeltaNGFR.Wpre cortada con las mismas enzimas, para obtener la construcción final del vector lentiviral CCL-MA3-GFP/\DeltaNGFR (pCCL.sin.
cPPT.SV40polyA.CTE.GFP.minMMTV.hPGK.\DeltaNGFR.Wpre).
Para generar la construcción lentiviral CCL-MA4 el fragmento procedente de pHR'.UBI-C.eGFP cortado con PacI, truncado y cortado con PstI, que contenía la secuencia promotora de la UBI-C, se insertó en el lugar del promotor PGK en la construcción pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.GFP.minCMV.PGK.\DeltaNGFR.Wpre cortada con EcoRV y con PstI para obtener la construcción final del vector lentiviral CCL-MA4-GFP/\DeltaNGFR (pCCL.sin.cPPT.SV40polyA.CTE.
GFP.minCMV.UBI-C. \DeltaNGFR.Wpre).
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Los mapas y las secuencias de nucleótidos de las construcciones RRL-MA1-lucif/GFP, CCL-MA1-GFP/\DeltaLNGFR, RRL-MA2-lucif/GFF; CCL-MA3-GFP/\DeltaLNGFR; CCL-MA4-GFP/\DeltaLNGFR se muestran, respectivamente, en las figuras 7a-11a y en las figuras 7b-11b.
Producción y titulación del vector
Se produjeron LV de tercera generación pseudotipificados con VSV mediante la cotransfección transitoria de 4 plásmidos en células 293T y se purificaron mediante ultracentrifugación tal como se describe^{15}, con la modificación de que para la recolección del vector se añadió Butirato de Na 1 mM a los cultivos^{47}. Los resultados de las titulaciones de la expresión de los vectores GFP o \DeltaLNGFR se estimaron en células HeLa mediante dilución límite. Las partículas del vector se midieron mediante inmunocaptura con el antígeno p24 de la región gag del HIV-1 (NEN Life Science Products). La infectividad del vector se calculó como la proporción entre el resultado de la titulación y el de las partículas medidas para el vector que expresa GFP o \DeltaNGFR. El resultado de la titulación de la expresión del vector en el sobrenadante de 293T varió entre 0,7 y 1 x 10^{7} Unidades de Transducción^{HeLa}(TU)/ml para el vector CMV o PGK monocistrónico, entre 3 y 8 x 10^{6} TU/ml para vectores bicistrónicos y para vectores bidireccionales. La infectividad del vector varió entre 0,5 y 1 x 10^{5} TU/ng de p24 para el vector CMV o PGK monocistrónico y entre 2 y 6 x 10^{4} TU/ng de p24 para los vectores bicistrónicos y bidireccionales.
Cultivos celulares
Se mantuvieron cultivos continuos de células HeLa y 293T en medio de Dulbecco modificado por Iscove (IMDM; Sigma, Milán, Italia) suplementados con suero bovino fetal al 10% (FBS; Gibco, Invitrogen Corporation, Reino Unido) y con una combinación de penicilina-estreptomicina y glutamina. Se obtuvieron cultivos primarios de células endoteliales de la vena umbilical humana (HCTVECs), linfocitos de la sangre periférica y progenitores CD34+ procedentes de sangre de cordón umbilical humano y se mantuvieron tal como se describe^{15}. Se transdujeron progenitores CD34+ con 5 x 10^{7} TU/ml de LV y se cultivaron durante al menos 7 días en presencia de interleucina 6 humana recombinante (rhIL6, 20 ng/ml), factor recombinante de célula madre humana (rhSCF, 100 ng/ml), ligando FLT-3 humano recombinante (ligando rhFLT-3, 100 ng/ml), procedentes todos de PeproTech (Rocky Hill, NJ) y trombopoyetina humana recombinante (rhTPO, 20 ng/ml; Amgen, Thousand Oaks, CA) tal como se describe^{23}. Para la diferenciación de las condiciones, se cultivaron progenitores transducidos durante 10 días en presencia de rhSCF, 50 ng/ml, factor estimulante de colonias de granulocitos monocitos humanos recombinantes (rhGM-CSF, 20 ng/ml) y factor estimulante de colonias de monocitos humanos recombinantes (rhG-CSF, 20 ng/ml), todos ellos procedentes de PeproTech. Para las pruebas clonogénicas, se recubrieron células transducidas con una densidad de 800 células/ml en medio MethoCult humano completo (StemCell Technologies, Vancouver, CA) y se sometieron a conteo mediante microscopía óptica y por fluorescencia 14 días después.
Se purificaron linfocitos de sangre periférica humana mediante gradiente de Ficoll y se transdujeron con 0,5-5 x 10^{7} TU/ml de vector después de 2 días de activación con 30 ng/ml de anticuerpos anti-CD3 (Orthoclone, Milán, Italia) mas 1 \mug/ml de anticuerpos anti-CD28 (PharMingen, San Diego, CA), o después de 4 días de tratamiento con 5 ng/ml de interleucina-7 (Boehringer Mannheim-Roche GmbH, Mannheim, Alemania), tal como se describe^{24}.
La purificación de la línea de células con marcador negativo de médula ósea de ratón C57BL/6 con una técnica magnética de agotamiento celular (StemCell Technologies, Vancouver, CA), la transducción ex vivo en medio StemSpan libre de suero (StemCell Technologies, Vancouver, CA) con 0,5-2 x 10^{7} TU/ml de vector y el transplante en recipientes singénicos irradiados letalmente se llevaron a cabo tal como se describe.
Ratones
Se adquirieron ratones CD1, C57BL/6 y FVB a Charles Rivers Laboratories (Calco, Italia) y se mantuvieron en condiciones SPF. Todos los procedimientos animales se llevaron a cabo de acuerdo con los protocolos aprobados por el Comité Institucional para el Cuidado y la Utilización de Animales del Hospital San Raffaele.
Análisis del ADN: Técnica de hibridación tipo Southern y PCR en tiempo real
Las copias del vector por genoma se cuantificaron mediante PCR en tiempo real a partir de 300 ng de cadena de ADN molde extraídos de células mediante un kit comercial (Qiagen), que utiliza un conjunto de cebadores y de sondas para detectar la columna vertebral del LV:
Cebador del LV hacia adelante, 5'-TGAAAGCGAAAGGGAAACCA-3';
Cebador del LV hacia atrás, 5'-CCGTGCGCGCTTCAG-3';
Sonda del LV, 5'-(VIC)-CTCTCTCGACGCAGGACT-(TAMRA)-3'.
Las reacciones se llevaron a cabo de acuerdo con las instrucciones del fabricante y se analizaron utilizando el sistema de detección de secuencias ABI Prism 7700 (PE-Applied Biosystem). Para la técnica de hibridación tipo Southern, se extrajo ADN de células transducidas, se digirió con Afl-II para liberar el casete de expresión del ADN del vector integrado y se analizó con una sonda WPRE para detectar las secuencias del vector. La cantidad media de copias integradas del vector se determinó en relación con una curva estándar de plásmido.
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Esas cantidades se utilizaron para calcular el resultado de la titulación de la integración del vector y normalizar las poblaciones de vectores para todos los experimentos posteriores de transducción, para asegurar niveles similares de integración para cada vector ensayado.
Diseño Experimental e Inyección Estereotáctica
Se anestesiaron ratones C57BL/6 de nueve semanas de edad con una inyección por vía intraperitoneal de Tribromoetanol al 1,25% (SIGMA), se situaron en un marco estereotáctico (David Kopf Instruments, Tujunga, CA) y mediante una pequeña incisión se expuso el cráneo. Se inyectaron dos \mul de concentrado de vector (2 x 10^{6} TU/\mul) mediante una jeringa Hamilton con una aguja de punta truncada 33G (Hamilton, Reno, NV) en el hemisferio izquierdo del cuerpo estriado (coordenadas estereotácticas en mm desde el bregma: AP=+0,74, ML=-1,9 y DV=-3,5 desde la superficie del cráneo) a una velocidad de 0,2 \mul/min. La aguja se dejó en su lugar durante 5 minutos más antes de retirarla lentamente.
Transgénesis
Se generaron ratones transgénicos utilizando LV tal como describieron Lois y otros^{19}. En síntesis, se sometieron a superovulación ratones FVB hembra con una combinación de suero de yegua preñada y gonadotropina coriónica humana. Por término medio se recogieron entre 20 y 30 embriones por cada hembra y en el mismo día se les microinyectaron a los embriones dentro del espacio perivitelino 10-100 pL de disolución de LV con una concentración de 5 x 10^{7} TU/ml. Los embriones manipulados se implantaron de inmediato dentro del oviducto de ratonas CD1 pseudopreñadas. Las crías se clasificaron según su genotipo por la presencia de la secuencia GFP mediante análisis PCR tal como se describe^{49}. Los ratones positivos se reprodujeron para poner a prueba la transmisión de la línea germinal del transgen. Se extrajo ADN de la cola y se utilizó para cuantificar el número de copias del vector mediante PCR en tiempo real en los ratones fundadores y en los ratones F1 descendientes.
Citometría de flujo y ensayo Luciferasa
Las células transducidas se cultivaron durante al menos 4 días antes de realizar el análisis FACS para que alcanzasen el estado estacionario de la expresión de GFP y para descartar la pseudotransducción. Antes del análisis FACS, se desprendieron células adherentes con una disolución de 0,05% tripsina-EDTA, se lavaron y se fijaron en solución salina tamponada con fosfato (PBS) que contenía paraformaldehído (PFA) al 1% y FBS al 2%. Células cultivadas en suspensión se lavaron y se pusieron de nuevo en suspensión en PBS que contenía 2 \mug/ml de yoduro de propidio (IP) (BD Bioscience PharMingen, San Diego, CA) y FBS al 2%. Para la inmunotinción, se bloquearon 10^{5} células en suero de ratón con PBS al 5%, suero humano al 5%, FBS al 2% durante 15 min a 4ºC. Después del bloqueo, se añadieron 10 \mul de anticuerpos (anti-CD34 y anti-CD13, Dako, Glostrup, Dinamarca y anti-\DeltaLNGFR, BD Bioscience PharMingen, San Diego, CA) conjugados con R-ficoeritrina (RPE) y las células se incubaron durante 30 min a 4ºC, se lavaron, se tiñeron con IP y se analizaron mediante citometría de flujo con analizador de tres colores. Para el análisis sólo se utilizaron células viables, IP negativas.
La luciferasa se ensayó en lisatos celulares preparados tal como describe el fabricante (sistema de ensayo de luciferasa, Promega). Las URL se midieron con un luminómetro Lumat LB9507 (Berthold) después de mezclar los lisatos celulares (normalizados para el contenido de proteína medido mediante el sistema BCA Protein Assay Reagent kit de Pierce) con Sustrato de Luciferasa (Promega).
Análisis del tejido
Ratones anestesiados se perfundieron con NaCl al 0,9% seguido de PFA al 4% en PBS. Se recogieron muestras de tejido, se equilibraron en sacarosa al 20% en PBS durante 48 h a 4ºC y se embebieron en un compuesto de temperatura de corte óptima (TCO) para un enfriamiento rápido. Se incorporaron en PFA secciones criostáticas con un espesor de 10 \mum (para ratones transgénicos) y de 20 \mum (para ratones inyectados en el marco estereotáctico) y se congelaron a -80ºC. Las secciones se bloquearon con suero de cabra al 5% (Vector Laboratories) en PBS que contenía albúmina de suero bovino (BSA) al 1% y Triton X-100 (PBS-T) al 0,1% y se incubaron con anticuerpos GFP de conejo purificados por afinidad (Molecular Probes) y con anticuerpos monoclonales \DeltaLNGFR conjugados con R-ficoeritrina (RPE) (BD Bioscience PharMingen, San Diego, CA) durante 1 h, se lavaron y se tiñeron con anticuerpos de cabra anti-conejo conjugados con AlexaFluor488 (Molecular Probes) en PBS-T y en BSA al 1% durante 1 h. Los núcleos celulares se tiñeron con TOPRO-3 después de 1 h de tratamiento con ARNasa (Molecular Probes). Las secciones se montaron y se analizaron mediante un microscopio láser confocal con tres fuentes de láser (Radiance 2100; BioRad). Se adquirieron de forma secuencial señales fluorescentes a partir de secciones ópticas individuales y se analizaron mediante PhotoShop 7.0 (Adobe).
Resultados LVs bicistrónicos
A efectos de expresar más de un transgen a partir de un vector individual, los autores evaluaron primero el funcionamiento de diferentes IRESs en el contexto de LVs autoinactivantes de última generación^{15}. Los autores utilizaron los promotores fuertes de CMV y de PGK para conducir a la expresión de transcripciones bicistrónicas que codifiquen, entre el extremo 5' y el extremo 3', el indicador de la luciferasa, un IRES y el marcador GFP asociado a las células (figura 1a). A partir del virus de la Encefalomiocarditis se obtuvieron dos IRESs; una forma natural (EMCVwt) y una forma mutante (EMCVmut), que se diferenciaban en el ATG desde el que se inició la traducción aguas abajo. A partir de la secuencia sin traducir del extremo 5' de ARNm del Factor Represor de la transcripción de NF-kB (NRF)^{18} se obtuvo otro IRES.
Los autores generaron poblaciones pseudotificadas con VSV con resultados de titulación elevados de todos los vectores bicistrónicos y monocistrónicos de control y las normalizaron para la medida de la actividad de transducción en células HeLa mediante la técnica de hibridación tipo Southern (figura 1b). A continuación compararon la expresión génica en células transducidas hasta cantidades iguales de copias del vector (figuras 1c-f). Aunque la actividad de la luciferasa fue similar en las células HeLa transducidas con el vector CMV-luciferasa y en células transducidas mediante el vector bicistrónico que tiene el mejor funcionamiento, solo una pequeña fracción de las últimas células expresaron el gen GFP dependiente del IRES, con una reducción de 10 veces en el resultado de la titulación de la expresión en comparación con células transducidas mediante el vector de control CMV-GFP (figura 1c). Además, la intensidad media de la fluorescencia (MFI) del GFP fue significativamente menor en las células que expresaban la proteína a partir de los IRESs que en las células que la expresaban a partir del ^{ARNm}Cap. A continuación los autores ensayaron LVs bicistrónicos en células primarias humanas, que incluían células endoteliales de la vena umbilical, linfocitos de la sangre periférica y progenitores CD34+ hematopoyéticos procedentes de sangre de cordón umbilical (HPC) (figura 1d-f). Todos los tipos de células se transdujeron de forma eficaz, tal como se indicó mediante la frecuencia de células positivas para GFP en cultivos transducidos mediante el vector de control CMV-GFP, aunque la expresión de GFP dependiente del IRES solo se observó en una fracción de las células transducidas mediante vectores bicistrónicos. La actividad del IRES varió ampliamente con el tipo de célula diana; el IRES del NRF fue el único que alcanzó una expresión génica en linfocitos detectable aguas abajo, mientras que el IRES del EMCVwt fue el más eficaz en los otros tipos de células. Además, todos los IRESs se redujeron, en algunos casos más de un log, aguas arriba de la expresión génica, en comparación con el vector de control CMV-luciferasa.
También evaluaron los vectores basados en IRES mediante la expresión de dos marcadores asociados a las células, GFP y una versión truncada del receptor NGF de baja afinidad (\DeltaLNGFR) (figura 1g, h). Entre las células HeLa transducidas por medio de una dosis baja del vector bicistrónico que mostró el mejor funcionamiento, solo las células que expresaban altos niveles de \DeltaLNGFR expresaban también GFP, con una media de una entre cuatro células positivas para \DeltaLNGFR que expresaban GFP hasta niveles detectables (figura 1g). De forma similar, solo una pequeña fracción de progenitores CD34+ transducidos que expresaban \DeltaNGFR expresaban también GFP hasta niveles detectables (figura 1h). En general, estos resultados indicaban que los vectores bicistrónicos basados en IRES fracasaron en asegurar la expresión coordinada de dos transgenes en la mayoría de las células diana ensayadas, e indicaban que para obtener una población que expresase ambos transgenes en la mayoría de las células se requerían la transducción de multi-copias o la selección de células transducidas para la expresión génica aguas abajo.
LVs bidireccionales
Para superar las limitaciones de los vectores bicistrónicos, los autores exploraron un nuevo diseño de promotor para la expresión coordinada de transgenes. Unieron un promotor mínimo aguas arriba, y en orientación opuesta, a un promotor eficaz. La razón fundamental de este diseño fue que los elementos situados aguas arriba en el promotor eficaz, cuando se encuentran flanqueados estrechamente por promotores mínimos a ambos lados, pueden conducir a actividad transcripcional en ambas direcciones. Si tuviese lugar dicha activación bidireccional, la expresión de ambas transcripciones se regularía de forma coordinada. Los autores ensayaron dos promotores expresados ubícuamente, que anteriormente habían mostrado que conducían a una expresión de transgenes robusta y eficaz en LV; el fragmento 516 bp mencionado anteriormente procedente del promotor de la fosfoglicerato quinasa (PGK) humana y un fragmento 1226 bp procedente del promotor de la ubiquitina C (UBI C)^{19} humana. Los unieron a un promotor mínimo procedente del citomegalovirus (minCMV) que se había desarrollado anteriormente para iniciar el acoplamiento de la transcripción eucariótica a operadores^{20} dependientes de la tetraciclina (Tc). Flanquearon el promotor bidireccional con dos casetes de expresión optimizados para la administración de genes mediada por LV (figura 2a). El casete situado aguas arriba -con orientación en sentido contrario en relación con el vector LTR- incluía al elemento de transporte constitutivo (CTE) del virus del mono Mason-Pfizer^{21} y un sitio de poliadenilación para el Virus Simio 40 (SV40). El casete situado aguas abajo incluía el elemento regulador post-transcripcional del virus de la hepatitis de la marmota (WPRE)^{22} y el sitio de poliadenilación SIN HIV-1 LTR.
Tal como se describió anteriormente para los LVs bicistrónicos, los autores verificaron la correcta transferencia y la transducción normalizada de cada vector por medio del análisis de la técnica de hibridación tipo Southern y mediante PCR en tiempo real de células transducidas. Se produjeron LVs que llevaban casetes de expresión bidireccional con resultados de titulación e infectividad elevados, similares a los obtenidos con los vectores estándar (véase Procedimientos). El diseño bidireccional mejoró de forma significativa la transcripción del promotor mínimo situado aguas abajo sin afectar a la expresión del promotor eficaz situado aguas arriba (figura 2b-h). La expresión de luciferasa a partir del promotor minCMV, por ejemplo, se incrementó en al menos un log cuando se fundió aguas arriba al promotor PGK (figura 2b). De forma notable, el promotor PGK bidireccional permitió la detección de GFP (o de \DeltaLNGFR, no mostrado) en la misma frecuencia y hasta niveles de expresión similares en células transducidas mediante el vector bidireccional y permitió la expresión de la proteína desde cualquiera de los lados del promotor (figura 2c, d), tal como en células transducidas mediante el vector PGK de control (figura 2e). Utilizando dos marcadores asociados a las células, \DeltaLNGFR y GFP, los autores evidenciaron la expresión estable, eficaz y coordinada de LVs bidireccionales, tanto con cantidades de copias de vectores altas como con cantidades bajas (figura 2f). Con una aportación alta de vectores, alcanzaban un alto nivel de expresión de ambos transgenes en virtualmente todas las células diana. Con una aportación baja de vectores, cuando la mayoría de las células transducidas portaban una copia proviral, evidenciaron la coexpresión de transgenes en virtualmente todas las células marcadas, lo que indicaba la existencia de transcripción divergente desde el promotor bidireccional. En ambas condiciones, la expresión de transgenes se mantuvo en niveles similares en las células analizadas en los momentos iniciales y finales después de la transcripción (no mostrado y parte inferior de la figura 3). Las células que expresaban transgenes tendían a distribuirse a lo largo de una línea diagonal en el gráfico FACS de dos colores, lo que indicaba que la expresión de los dos transgenes estaba regulada de forma coordinada.
De forma curiosa, los autores observaron la expresión bidireccional coordinada, aunque en un nivel de eficacia significativamente más bajo en el lado situado aguas arriba en comparación con el lado situado aguas abajo, cuando ensayaron solo el promotor PGK en el contexto del casete de expresión bidireccional que habían desarrollado (figura 2g). Reprodujeron este resultado después de intercambiar la posición de los dos transgenes en cada uno de los lados del promotor PGK (no mostrado). Estos resultados indicaban que los elementos que activaban la transcripción en el promotor PGK son intrínsecamente capaces de desencadenar la transcripción divergente y así proporcionar la fuerza impulsora principal para la expresión dual de genes en el nuevo LV, asegurando la regulación coordinada de la transcripción en ambos lados del promotor bidireccional. La adición del promotor mínimo minCMV, que de por sí tenía una actividad muy baja (figura 2h y parte superior de la figura 2b), mejoró la transcripción aguas arriba desde el promotor PGK posiblemente debido a un inicio más eficaz (compare la figura 2g y la 2f). Cuando los autores cambiaron el promotor conductor en vectores bidireccionales desde PGC hasta UBI-C, reprodujeron los resultados observados con el promotor PGK (figura 2i). Revelaron una actividad bidireccional intrínseca del promotor de la UBI-C (figura 2j) que se mejoraba de forma significativa mediante la adición aguas arriba del promotor minCMV.
A continuación los autores compararon directamente el funcionamiento de vectores bidireccionales y bicistrónicos en relación con la cantidad de copias integradas, tal como se mide mediante PCR en tiempo real (figura 3). Mediante el análisis de células 293T transducidas con dosis crecientes de vector, probaron que la inmensa mayoría de los vectores bidireccionales integrados basados en el promotor PGK (MA1) o en el UBI-C (MA4) expresaban de forma eficaz ambos transgenes, superando claramente al mejor vector bicistrónico basado en IRES.
Transferencia Génica Dual Ex Vivo e In Vivo
A continuación los autores evaluaron el funcionamiento del MA1 LV bidireccional en dianas más relevantes para las aplicaciones de la terapia génica y mediante distintas estrategias de administración. Transdujeron HPC y PBL de sangre de cordón umbilical humano con \DeltaLNGFR-GFP MA1 LV ex vivo, de acuerdo con los protocolos anteriormente optimizados^{23, 24} (figura 4). Ambos productos génicos se expresaron de forma coordinada hasta niveles elevados en una gran fracción de HPC marcados ambos como células inmaduras cultivadas en presencia de citoquinas de acción temprana (figura 4a) y después de la diferenciación en cultivo líquido (figura 4b) o de prueba clonogénica (figura 4c, solo GFP). De forma similar, obtuvieron la expresión coordinada de \DeltaLNGFR y GFP en PBL transducido en condiciones estándar de proliferación, iniciada mediante la co-estimulación con CD3/CD28 (figura 4d) y células no proliferantes, tratadas solo con IL-7 para mantener las propiedades de las células naïve (figura 4e). También llevaron a cabo estudios de transplantes con HPC de roedor transducida, enriquecida a partir de médula ósea mediante selección negativa, para probar la expresión transgénica dual y estable en la repoblación a largo plazo de HSC en la progenie (figura 4f). Los \DeltaLNGFR y GFP se expresaron de forma coordinada en niveles similares en las células transducidas ex vivo, antes del transplante y en los leucocitos de ratones injertados a largo plazo. En general, estos resultados validaron el nuevo LV para una transferencia génica dual muy competente en células hematopoyéticas primitivas, precursoras y diferenciadas.
Inyectaron \DeltaLNGFR-GFP MA1 LV concentrado en el cuerpo estriado de ratones adultos y determinaron la puntuación de la expresión de transgenes 4 semanas después de la inyección mediante microscopía confocal de secciones del cerebro inmunoteñidas para GFP y \DeltaLNGFR (figura 5). Observaron la coexpresión robusta de ambos transgenes en el tejido del cerebro que rodeaba el lugar de la inyección. Tal como se informó anteriormente después de la inyección de LV^{25-27} pseudotipificado con VSV en el cuerpo estriado, la inmensa mayoría de las células que expresaban los marcadores tenían la morfología típica de las neuronas estriadas. Así, el nuevo LV bidireccional permitió una transferencia génica dual eficaz in vivo.
Transgénesis Dual
Los autores evaluaron si el nuevo LV bidireccional permitía la generación de líneas duales de ratones transgénicos. Tal como describieron anteriormente Lois y otros^{19}, inyectaron el \DeltaNGFR-GFP LV dentro del espacio perivitelino de embriones de una célula única y los implantaron dentro de hembras pseudopreñadas. Se obtuvieron ratones transgénicos con una frecuencia elevada, tal como evaluamos mediante la presencia de ADN del vector (más del 50% de los neonatos), y probamos la integración del vector en la línea germinal por medio del cruce de algunos ratones fundadores y mediante el análisis del contenido de ADN del vector en su progenie y el análisis de la expresión de transgenes (figura 6). En los dos ratones F1 analizados, que llevaban las copias 2 y 5 del vector en el genoma, los autores encontraron una expresión notablemente coherente de ambos transgenes en virtualmente cada célula de los tejidos estudiados, que incluían cerebro, hígado, bazo, intestino, corazón, músculo esquelético y riñón. La expresión del vector también se detectó bien en la médula ósea y en la sangre periférica de los mismos ratones, aunque en menos del 100% de las células y más claramente para \DeltaNGFR que para GFP (no mostrado). Estos datos indicaban que la transgénesis bidireccional mediante el LV es un procedimiento rápido y eficaz para obtener la expresión robusta, estable y coordinada de dos transgenes en ratones diseñados genéticamente. Además, los autores evidenciaron que el promotor bidireccional minCMV-PGK que habían desarrollado controla la expresión dual de los transgenes en la mayoría de los tejidos diferenciados del ratón y mantiene la expresión después de la herencia a través de la línea germinal.
Discusión
En la búsqueda de estrategias que permitan una transferencia génica dual eficaz, los autores inicialmente se enfrentaron a las importantes limitaciones de los sistemas basados en IRES. Cuando se ensayó en el contexto de LV bicistrónico, la expresión génica dependiente de IRES era significativamente más baja que la que dependía del ^{ARNm}Cap y requería la transducción de multi-copias para la coexpresión del gen aguas abajo en una fracción grande de las células transducidas. Además, los IRESs reducían la expresión de los genes aguas arriba en la transcripción y mostraban una variación importante en su actividad que era dependiente del tipo de célula. Se han informado limitaciones similares cuando se incorporan IRESs dentro de otros tipos de vectores de transferencia génica^{14,28-32}. Así, es probable que se requiera la selección para la expresión génica aguas abajo cuando se utilice IRES para asegurar la coexpresión en todas las células diana. Aunque los protocolos de selección son compatibles con algunas transferencias génicas ex vivo y con algunas aplicaciones de la terapia génica, éstos pueden afectar de forma negativa a las propiedades biológicas de las células corregidas genéticamente, en particular cuando la expresión del marcador seleccionable es ineficaz. De hecho, el cultivo prolongado ex vivo y una composición de tamaño limitado o clonal de la población de células transducidas pueden reducir el injerto, la supervivencia a largo plazo y la repoblación del tejido después del transplante^{33}. De forma incluso más importante, la ineficacia de la expresión dependiente de IRES impide la mayoría de las aplicaciones de vectores bicistrónicos en la transferencia génica directa in vivo. Así, los autores exploraron nuevas estrategias para aprovechar al máximo los sistemas de transferencia génica, tales como LV, que permiten una transducción ex vivo eficaz y una administración in vivo directa^{34}.
Los autores han desarrollado un nuevo diseño de promotor basado en la yuxtaposición de elementos de promotor mínimo aguas arriba, y en orientación opuesta, a un promotor eficaz. El ensamblaje bidireccional condujo a la transcripción divergente, lo que indicaba que los elementos potenciadores/promotores situados aguas arriba dentro del promotor eficaz eran capaces de promover la transcripción de una forma independiente de la orientación y desde ambos lados de forma simultánea. Tras la incorporación de estos promotores dentro del LV, alcanzaron la transferencia génica dual eficaz y la expresión coordinada en líneas celulares continuas y en células primarias ex vivo. Debido a que en la inmensa mayoría de las células transducidas se expresaron ambos transgenes, los autores no necesitaron seleccionar células para asegurar la coexpresión de los transgenes. Tras la inyección directa del LV bidireccional dentro del SNC, los autores evidenciaron la expresión coordinada de dos transgenes en células neuronales in vivo. Además, el LV bidireccional permitió una transgénesis dual robusta, lo que condujo a la expresión de todas las células de ambos transgenes en todos los tejidos examinados. Todos estos resultados no se habían podido alcanzar hasta ahora utilizando las tecnologías disponibles en la actualidad.
Mediante el seguimiento de las células transducidas que portaban una copia individual del vector, los autores probaron que tenía lugar la transcripción divergente desde un promotor bidireccional individual, que la expresión de ambos transgenes estaba ligada funcionalmente y regulada de forma coordinada y probaron que los promotores bidireccionales eran activos de forma coherente en todos los tipos de células diana ensayados, sin ser silenciados o fijados de forma aleatoria en una dirección de la transcripción, incluso después de la diferenciación celular. Aunque no acotaron cuán cerca deben estar los dos promotores mínimos opuestos para que tenga lugar la unión funcional, los autores pueden prever que se pueda requerir la yuxtaposición íntima del promotor mínimo fusionado a alguno de los elementos situados aguas arriba en el promotor eficaz, tal como se observa en promotores naturales entre elementos mínimos y elementos situados aguas arriba. Tanto los promotores PGK como los UBI-C ensayados en este trabajo condujeron a transcripción divergente cuando se fusionaron a un promotor mínimo en la orientación opuesta. De forma curiosa, se evidenció que ambos promotores eran intrínsecamente capaces de promover la transcripción divergente, aunque con una eficacia más baja en el lado situado aguas arriba que en el lado situado aguas abajo, cuando se incorporaban dentro del casete de expresión bidireccional que habían desarrollado los autores. Esta sorprendente observación puede indicar una característica específica de un tipo de promotores de mantenimiento expresados ubícuamente, posiblemente relacionada con su contenido de islas CpG (véase a continuación y ^{35-37}). No obstante, los autores no deberían olvidar que tanto la ubicación del promotor entre dos casetes de expresión eficaces dotados con elementos reguladores post-transcripcionales que mejoran la traducción, como la integración mediada por LV, que se ha evidenciado que se centra preferentemente en genes transcritos diana en la cromatina, pueden contribuir a descifrar la actividad transcripcional latente. Aunque la actividad bidireccional intrínseca de los promotores de mantenimiento ensayados puede no ser lo suficientemente eficaz para su aprovechamiento de por sí, sin el ensamblaje de los elementos de promotor mínimo aguas arriba descrito en este trabajo, ésta proporciona la base para la regulación coordinada de la expresión dual de genes lograda por nuestros nuevos vectores. Por otra parte, se debería tener en cuenta la predisposición de estos promotores para conducir a la transcripción divergente cuando se diseñen vectores y cuando se analicen células o tejidos transducidos^{38} y pueden proporcionar un posible mecanismo para la interferencia observada con frecuencia entre promotores cercanos en la misma construcción de vector. Es posible que el diseño bidireccional aquí descrito se pueda aplicar con éxito en promotores específicos de tejidos para obtener la expresión coordinada de dos transgenes en tejidos específicos. Además, mediante la combinación de promotores bidireccionales con transcripciones bicistrónicas se pueden expresar más de dos transgenes dentro de la misma célula, aunque con las limitaciones descritas anteriormente para los vectores que dependen de IRES.
Los promotores bidireccionales inducibles se desarrollaron originalmente en sistemas de expresión regulados mediante Tet, por medio de la duplicación de un promotor mínimo en ambos lados de una serie de repeticiones del operador Tet, para obtener la expresión regulada de forma exógena de dos transgenes^{36, 40,41}. Este diseño se aplicó recientemente a otros sistemas que también combinan elementos potenciadores procarióticos con transactivadores quiméricos para regular la expresión génica^{42}. Aunque estos sistemas de expresión inducibles representan herramientas poderosas para los estudios de la función génica, dependen de la coexpresión y de la actividad funcional de transactivadores de proteínas y presentan varios desafíos cuando se aplican a la administración basada en vectores y a aplicaciones in vivo. Recientemente se ensayó un promotor bidireccional constitutivo para la expresión de genes exógenos en biotecnología vegetal^{43}. Los resultados de los inventores proporcionan la primera descripción de promotores bidireccionales de síntesis que aprovechan los sistemas transcripcionales endógenos disponibles para la mayoría de los tipos de células animales para conducir a una expresión robusta y constitutiva de dos transcripciones divergentes. De hecho, hasta hace poco se habían documentado pocos ejemplos de promotores bidireccionales. De forma curiosa, un informe reciente del genoma humano indicó una abundancia de pares de genes transcritos de forma divergente, cuyos sitios de inicio para la transcripción se encuentran separados por menos de 1 kb. Es probable que muchos de los elementos del promotor encontrados entre estos pares de genes puedan iniciar la transcripción en ambas direcciones y puedan contener elementos compartidos que regulen ambos genes^{46}. Así, los promotores bidireccionales de síntesis que han desarrollado pueden copiar una característica bien representada y evolutiva conservada de la transcripción eucariótica, lo que proporciona una base estructural para su robusto funcionamiento. Los nuevos vectores lentivirales construidos alrededor de estos promotores bidireccionales probablemente harán progresar el alcance y la seguridad de la terapia génica, el poder de la función génica y de los estudios de validación de dianas y las aplicaciones de la transgénesis animal. Si se adaptan para la expresión de ARN interferente pequeño, también pueden permitir la destrucción coordinada de genes múltiples.
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<120> VECTORES LENTIVIRALES QUE LLEVAN PROMOTORES BIDIRECCIONALES DE SÍNTESIS Y UTILIZACIONES DE LOS MISMOS
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<170> PatentIn versión 3.1
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<223> plásmido
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<222> (1)..(9613)
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<223> plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral RRL-MA1-lucif/GFP
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<223> plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA1-GFP/de ItaLNGFR
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<211> 9718
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<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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<223> plásmido
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<221> misc_feature
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<222> (1)...(9718)
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<223> plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral RRL-MA2-lucif/GFP
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<211> 9490
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<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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<223> plásmido
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<222> (1)..(9490)
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<223> plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA3-GFP/de ItaLNGFR
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<400> 7
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<210> 8
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<211> 10086
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<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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<223> plásmido
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<223> plásmido que contiene la construcción del vector lentiviral CCL-MA4-GFP/de ltaLNGFR
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<400> 8
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Claims (17)

1. Promotor bidireccional para la expresión de al menos dos secuencias codificantes en dirección opuesta en células animales que comprende desde el extremo 5' hasta el extremo 3':
a) una primera secuencia promotora mínima procedente de genomas de citomegalovirus (CMV) o de virus de tumor mamario de ratón (MMTV);
b) una secuencia de promotor procedente de un gen animal que comprende una región potenciadora y una segunda secuencia de promotor mínimo;
conduciendo las dos secuencias promotoras a una transcripción coordinada de las citadas secuencias codificantes en orientación opuesta.
2. Promotor bidireccional, según la reivindicación 1, en el que la secuencia completa del promotor eficaz procede de genes expresados ubícuamente que comprenden el gen de la fosfoglicerato quinasa o de la ubiquitina.
3. Casete de expresión bidireccional que comprende esencialmente el promotor bidireccional, según las reivindicaciones anteriores, sitios de inserción adecuados ubicados aguas abajo de cada promotor y sitios de poliadenilación ubicados aguas abajo de cada sitio de inserción.
4. Casete de expresión bidireccional, según la reivindicación 4, que comprende además al menos un elemento regulador post-transcripcional situado aguas arriba de uno o de cada sitio de poliadenilación.
5. Casete de expresión bidireccional, según la reivindicación 4 ó 5, que comprende además al menos una secuencia de un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES) para expresar tres o más genes.
6. Construcción de expresión que contiene el promotor bidireccional según la reivindicación 1 ó 2.
7. Construcción de expresión que contiene el casete de expresión bidireccional según las reivindicaciones 4-6.
8. Vector de transferencia génica que contiene la construcción de expresión, según las reivindicaciones 7 u 8, que comprende además secuencias lentivirales o retrovirales.
9. Utilización del vector de expresión de transferencia génica, según la reivindicación 8, para la preparación de un sistema de administración y de expresión en células animales.
10. Utilización del vector de expresión de transferencia génica, según la reivindicación 9, en el que las células animales son células de tejidos animales in vivo.
11. Utilización del vector de expresión de transferencia génica, según la reivindicación 10, en el que las células de tejidos animales comprenden neuronas cerebrales.
12. Procedimiento in vitro para la expresión coordinada de dos secuencias codificantes exógenas dentro de una célula animal que comprende las siguientes etapas:
a) clonación de las citadas secuencias codificantes dentro del vector de expresión de transferencia génica, según la reivindicación 8, estando cada secuencia codificante bajo el control de uno de los dos promotores del promotor bidireccional;
b) transformación de células animales por medio de los citados vectores;
c) permitir la expresión del vector.
13. Procedimiento in vitro para la expresión coordinada de dos secuencias codificantes exógenas, según la reivindicación 12, en el que la célula animal es una célula humana.
14. Procedimiento in vitro para la expresión coordinada de dos secuencias codificantes exógenas, según la reivindicación 13, en el que la célula humana es una célula humana retransplantable.
15. Procedimiento in vitro para la expresión coordinada de dos secuencias codificantes exógenas, según la reivindicación 14, en el que la célula humana retransplantable es una célula hematopoyética.
16. Procedimiento para la generación de un organismo transgénico no humano que comprende la etapa de la transformación de las células adecuadas con una construcción de expresión que contiene el casete bidireccional según las reivindicaciones 6 ó 7.
17. Procedimiento para la generación de un organismo transgénico no humano que comprende la etapa de la transformación de las células adecuadas por medio de un vector de expresión de transferencia génica según la reivin-
dicación 8.
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