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Die
vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Verfahren zum Falten
chemisch synthetisierter Polypeptide. Zusätzlich bezieht sich die Erfindung auf
ein Verfahren zum Herstellen biologischer aktiver Proteine.
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Im
Verlauf des letzten Jahrzehntes hat es eine Eskalation beim Bedarf
an synthetischen Proteinen nach der erfolgreichen chemischen Synthese von
vollständig
aktiver HIV-Protease
gegeben, einem 99-Reste-Enzym, das durch hoch optimierte Verfahren
der Festphasenpeptidsynthese (SPPS), basierend auf dem Standard
Boc/Bzl-Ansatz hergestellt wurde.
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Die
Synthese von kristallinem Ubichitin, einem kleinen Protein aus 76
Resten, 1994, hat weiterhin demonstriert, dass hochreine Proteine
durch SPPS basierend auf dem Fmoc/t-Bu-Protokoll synthetisiert werden
können,
einem Verfahren, das operational einfacher und chemisch weniger
kompliziert als die Boc/Bzl-Prozedur ist.
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Jetzt
im Jahr 2000 gibt es vielfältige
experimentelle Evidenz, dass Einzel-Domain-Proteine, die zwischen 60 und 100 Aminosäure-Reste
enthalten, rasch, zuverlässig
und ökonomisch
durch chemische Synthese, mit Hilfe eines Peptid-Synthetisierers,
in Mengen, die für
strukturelle und funktionale Studien hinreichend sind, produziert
werden können.
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Disulfid-Brücken enthaltende
Proteine, die durch chemische Synthese hergestellt werden, haben,
wenn einmal gefaltet, die gleichen Eigenschaften wie natürliche und
gentechnisch hergestellte Formen. Disulfid-Brücken von Proteinen bilden einzelne oder
mehrere zyklische intra- und/oder Interketten-Strukturen, die den
Molekülen
beachtliche Konformations-Beschränkungen
auferlegen, und somit entscheidend zur Stabilisierung der bioaktiven
Konformation beitragen.
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Gefaltete
Einzeldomainproteine bekannter Struktur können durch regioselektive Paarung
von Cystein-Resten hergestellt werden. Verschiedene Kombinationen
von Cystein-Schutzgruppen, die mit den üblicherweise verwendeten Schutzschemata kompatibel
sind, wurden entwickelt, die eine schrittweise und paarweise Deprotektion
und/oder Kooxidation von Cystein-Resten bei vollständiger Selektivität gestatten.
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Jedoch
ist eine Demonstration dafür,
wie anspruchsvoll die bei regioselektiver Paarung der Cystein-Reste
in mehrere Cystin-Reste enthaltenen Proteinen involvierte Chemie
ist, die kürzliche
Synthese eines insulin-artigen Peptids, menschlichem Relaxin. Die
Synthese des A-Kettenvorläufers
wurde unter Verwendung von SPPS-Verfahren, des Fmoc/t-Bu-Ansatzes
und eines P-Alkoxybenzyl-Alkohol-basierten Rests durchgeführt, während der B-Kettenvorläufer unter
Verwendung von PAM-Harz (4-Carboxyamidomethylbenzyl-Ester-Verknüpfung mit
polystyrol-basiertem Harz) nach dem Boc/Bzl-Ansatz hergestellt wurde.
Von den vier Cystein-Resten des A-Kettenvorläufers wurden zwei als S-Trt
(S-Triphenylmethyl)-Derivate geschützt, während die anderen S-Acm (S-Acetamidomethyl)
und S-Meb (S-p-methylbenzyl)-Schutz
hatten. Die zwei Cysteine des B-Kettenvorläufers wurden durch S-Acm und S-Meb-Schutzgruppen
geschützt.
Die intramolekulare S-S-Brücke
der A-Kette wurde zuerst durch Iodoxidation in AcOH erhalten. Dann
wurden die zwei Intermolekular-Disulfid-Brücken, die
die A- und B-Ketten verbinden, in zwei Schritten erhalten: Im ersten Schritt
wurde das freie Thiol des A-Kettenvorläufers, erhalten durch HF-Deblockierung der
S-Meb-Schutzgruppe, mit dem aktivieren Cys(Npys) (S-3-Nitro-2-Pyridin-Sulphenyl)-Rest
der B-Kette reagiert (gerichtete intermolekulare Heterodisulfid-Bildung) und
in einem zweiten Schritt wurde die verbleibende S-S-Brücke durch
kooxidative Entfernung der S-Acm-Gruppen mit Iod erhalten.
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SPPS-Protokolle
bieten die Möglichkeit, durch
chemische Synthese eine Vielzahl von Polypeptiden herzustellen,
die mit derselben Blockier-(Schutz-)Gruppe geschützte Cystein-Reste enthalten.
Wenn einmal die Schutzgruppen durch eine Anzahl von oxidierenden
Reagenzien entfernt sind, bilden sich die Disulfid-Bindungen direkt.
Polypeptide und/oder Proteine, die S-Trt oder S-Acm-geschützte Cysteine
enthalten, können
tatsächlich
bei Behandlung mit Iod, N-Iodsuccinimid und Zyanogeniodid unter
sorgfältig
kontrollierten Bedingungen von Lösungsmitteln,
pH und Reaktionszeit, welche die Modifikation von oxidations-sensitiven
Tyr, Met und Trp minimieren und die Überoxidation von Cystein-Thiolen
an den entsprechenden Sulfonsäuren
vermeiden, effizient gefaltet werden.
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Thallium
(III)-Trifluoracetat kann die obigen Oxidationsmittel ersetzen,
was manchmal bessere Ausbeuten an Disulfid-Bindungen erbringt. Die Hauptbeschränkungen
dieses Reagenz sind seine Toxizität, die Schwierigkeit, Thallium
aus dem Ziel-Polypeptid zu entfernen und die Notwendigkeit, Met-
und Trp-Reste vor
Oxidation zu schützen.
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Oxidations-Reagenzien,
die eine Mischung von Sulfoxid/Silyl-Verbindungen und Trifluoressigsäure enthalten,
sind erfolgreich für
die direkte Oxidation zu Disulfid-Bindungen von Polypeptid-Vorläufern, die
S-Acm, S-But, S-Meb und S-Mob (S-p-Methoxybenzyl)-Cystein-Reste enthalten,
verwendet worden. Die Notwendigkeit, den Trp-Indol-Ring mit Formyl
zu schützen,
um Chlorierung unter oxidierenden Bedingungen zu vermeiden, ist
jedoch die Hauptbeschränkung
dieser Mischung.
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Verfahren
für das
oxidative Falten linearer, synthetischer Polythiol-Vorläufer (reduzierter
Polypeptid-Formen) sind populärer
und werden häufiger eingesetzt.
Beim einfachsten Verfahren können
sich geeignete Disulfid-Bindungen in Anwesenheit von Luft oder anderen
milden Oxidierungsmitteln spontan bilden. Darüber hinaus wird eine Falten-
und Cystein-Paarung in Anwesenheit sowohl von reduzierten (RSH)
als auch oxidierten (R-S-S-R)-Formen einer niedermolekular-gewichtigen
Sulphydryl-Verbindung
erhalten.
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Bei
synthetischen Polypeptiden und kleinen Proteinen, die aus einer
einzelnen Domäne
bestehen, ist die thermodynamische Antriebskraft für die Faltung,
die aus einer Kombination von H-Bindung, Ionen-Paarung und hydrophoben
Effekten herrührt, offensichtlich
hinreichend maßgeblich,
um die nativen Isomere spontan in einer zufälligen Renaturierungs-Oxidation
zu erzeugen.
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Aus
Studien des oxidativen Faltens von multiplen Cystein-enthaltenden
kleinen Proteinen, wie Enzym-Inhibitoren, Toxinen oder Hormonen
sind nützliche
Informationen über
bestimmte strukturelle Motive, z. B. Cystein-stabilisierte α-Turns, Cystein-stabilisierte
Poly(Pro)-II Helixfaltung und Cystein-stabilisierte á-â-Strukturfaltung erhalten
worden, deren Stabilisierung die Hauptantriebskraft für die korrekte
Disulfid-Brückenbildung
selbst bei relativ kleinen Peptidmolekülen ist. Falls man der Auswahl von
Puffern, der Temperatur und von Zusätzen, die die sekundären Strukturmotive
stabilisieren, Aufmerksamkeit schenkt, können selbst vollständig korrekte
Faltungen von partiel gefalteten oder verwickelten (fehlgefalteten)
Protein in vitro erhalten werden.
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Es
sind eine Anzahl von Faltungsprotokollen für Polythiol-Polypeptid-Spezies
entworfen worden, um die inkorrekte intramolekulare Cystein-Paarung zu
vermindern, die zu nicht-nativen, fehlgefalteten Isomeren führt, und
soweit als möglich
zufällige
intermolekulare Disulfid-Bindungsausbildung zu vermeiden, welche
Aggregation und Präzipitation
fördern.
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Somit
wird die Luftoxidation allgemein bei einer hohen Verdünnung der
Vorläufer-Polythiolform (1 mg/ml
oder weniger) unter neutralen oder leicht alkalischen Bedingungen
durchgeführt. Üblicherweise
erfordert sie eine lange Dauer und erzeugt ein harmloses Nebenprodukt,
wie Wasser, in der Reaktion. Luftoxidationen sind jedoch schwierig
zu kontrollieren, da Spurenmengen von Metall-Ionen ihre Raten stark
beeinflussen. Wichtiger, basische und hydrophobe Vorläufer-Moleküle tendieren
dazu, aus der Lösung
an oder nahe ihres basischen oder neutralen isoelektrischen Punktes
während
des Faltungsprozesses zu aggregieren oder zu präzipitieren. Weiterhin akkumulieren
Nebenprodukte aufgrund der Oxidation von Met während der Faltung. Obwohl die
Anzahl von chemischen Vorgängen,
die zum Falten von Polythiol-Vorläufern notwendig
ist, auf ein Minimum reduziert ist, ergibt die vom molekularen Sauerstoff
in der Luft geförderte
Disulfid-Brückenausbildung
in vielen Fällen
niedrige Ausbeuten, und tritt manchmal gar nicht auf.
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DMSO
und Kaliumferricyanid sind ebenfalls als Oxidantien verwendet worden.
Kaliumferricyanid muss jedoch im Dunkeln verwendet werden und falls Met
und Trp in der Polypeptidkette vorhanden sind, akkumulieren Oxidations-Nebenprodukte
während der
Faltung. Die Verwendung von DMSO gibt oft bessere Ergebnisse aufgrund
der Tatsache, dass oxidative Faltungen unter sauren Bedingungen
bei einer effizienten Rate durchgeführt werden können, ohne schädliche Produkte
in der Reaktion. Das Verfahren ist besonders geeignet zum Falten
von basischen und hydrophoben Polypeptidvorläufern aufgrund der höheren Löslichkeits-Charakteristika
von Spezies, die Oxidation in sauren Puffern erfahren. Jedoch ist oft
von Problemen beim Entfernen von DMSO aus dem Endprodukt und Reduktion
der Selektivität
von Disulfid-Brückenbindung
berichtet worden. Darüber hinaus
kann ein Verfalten von Disulfid-Brücken, was zu verwickelten Isomeren
und Oligomerisierung führt,
nicht immer vermieden werden, selbst bei sorgfältiger Kontrolle der experimentellen
Bedingungen.
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Höhere Ausbeuten
an korrekter Cystein-Paarung und Faltung in kleinen Protein-Polythiol-Vorläufern werden
am häufigsten
durch die Verwendung von Redox-Puffern erhalten, wie etwa oxidiertem
(GSSG) und reduziertem (GSH)-Glutathion und Cystin/Cystein (Cys/Cys).
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Somit
werden während
der oxidativen Faltung von Ribonuclease A (R. R. Hantgan et al.,
Biochemistry 13, 613, 1974) der 49 Aminosäuren-Kerndomäne von Hirudin
(B. Chatrenet und J. Y. Chang J. Biol. Chem. 267, 3038, 1992) und
bovinem Pankreas-Trypsininhibitor
(BPTI) (T. E. Creighton Methods Enzymol. 131, 83, 1986), induziert
durch GSSG/GSH oder Cys/Cys freie Sulfhydrile und Disulfid-Gruppen konstant
während
des Faltungsprozesses gebildet und umgebildet. Die Gesamtraten und
Ausbeuten sind üblicherweise
besser als bei oxidativer Faltung in Luft, weil Thiol/Disulfid-Austausch,
der zwischen Thiolat-Zwischenstufen auftritt, das Umschaufeln nicht-nativen
Disulfids zum natürlichen
erleichtert. Bezüglich
der oxidativen Faltung in Luft ist eine hohe Verdünnung des
Polythiol-Vorläufers
notwendig, um Aggregation, Ausbildung von Oligomeren und Polymeren
zu vermeiden und die Ausbeuten der Zielprotein-Spezies zu maximieren.
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Während der
ersten Stufe des Faltens von Hirudin1–49 in
vitro schreitet die Faltung sequenziell und irreversibel von der
ungefalteten, reduzierten Form (Polythiol) zu equilibrierten Isomeren
fort, die ein und zwei Disulfid-Brücken enthalten, und zu equilibrierten
Spezies, die drei Disulfid-Bindungen (verwickelte Isomere) enthalten
(J. Y. Chang Biochem. 300, 643, 1994). Nahezu alle 75 möglichen
Protein-Spezies, einschließlich
der nativen, sind identifiziert worden: 15 Isomere mit einer S-S-Brücke, 45
Isomere mit zwei S-S-Brücken
und 15 Isomere mit 3 S-S-Brücken.
Während
der zweiten Faltungsstufe reorganisieren die verwickelten Spezies
sich durch Umlagern der nicht-nativen Disulfide, um die native Protein-Spezies
zu erreichen. Die Disulfid-Bildung
wird primär
durch oxidiertes Glutathion oder Cystin gefördert, während Disulfid-Umlagern einen
Thiol-Katalysator erfordert, z. B. reduziertes Glutathion oder Cystein
oder Mercaptoethanol.
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Die
Effektivität
von Thiol-Reagenzien beim Fördern
des Umschaufelns ist anscheinend in Beziehung stehend mit ihrem
Redox-Potential und jeder Katalysator zeigt eine optimale Konzentration.
Cystin/Cystein ist etwa zehnmal potenter als GSSG/GSH beim Prozess
der Akkumulierung von verwickelten Hirudinen. Dieser Unterschied
ist durch das relative Redox-Potential von GSSG/GSH(–0,24 V)
und Cys-Cys/Cys
(–0,22
V)-Systemen erklärt
worden. Durch Auswählen
einer Kombination von optimalen Bedingungen (Temperatur, Puffer,
Salze und Redox-Mischung) wurde der Faltungsprozess von Hirudin1–49 bis
zu dem Ausmaß beschleunigt,
dass es innerhalb von 15 Minuten zum Abschluss kam.
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Im
Allgemeinen sollte sich die native Konformation eines synthetischen
Proteins, das mehrere Disulfid-Bindungen enthält, unter optimalen Bedingungen
für das
Falten von Polythiol-Formen spontan ausbilden. In vielen Fällen jedoch
wird selbst bei optimierten Bedingungen durch die obigen Redox-Puffer
mediierte oxidative Faltungen eine beachtliche Menge an Nebenprodukten
und fehlgepassten Formen hergestellt. Dies ist insbesondere bei
Proteinen der Fall, die dazu tendieren, die native Konformation nur
auf der Oberfläche
von spezifischen Membranen oder unter Hilfe eines spezifischen molekularen
Chaperons auszubilden (S. Sakakibara Biopolymers, Peptide Science
51, 279, 1999).
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Weiterhin
sind trotz ihres weit verbreiteten Einsatzes die meisten oxidativen
Faltungen von Polythiol-Vorläufern,
die durch Luft oder die GSSG/GSH und Cystin/Cystein-Redox-Paare gefördert wurden, in
einer Versuchs- und Irrtumsweise durchgeführt worden, wie klar durch
Faltungsexperimente synthetischer Chemokine und Chemokin-Analoge gezeigt ist.
Während
sich native Chemokine und eine Anzahl ihrer Analoge leicht falten,
wobei die gefaltete Struktur durch zwei oder drei Disulfid-Brücken stabilisiert wird,
falten sich tatsächlich
verschiedene Analoge unter den gleichen Bedingungen wie die entsprechenden
nativen Moleküle
nicht gut, was zu partiell gefalteten Formen führt. Diese Beobachtungen repräsentieren
eine starke Indikation, dass Änderungen
an der Primärstruktur
der Polythiol-Vorläufer
negativ die Einführung
korrekter lokaler Faltungen (α-Turns,
Polyprolin-Helix-Motive etc.) in den zu faltenden Polypeptinketten
beeinträchtigen.
Daher ist die Leichtigkeit, viele Thiol-Vorläufer
zu falten, hauptsächlich
eine intrinsische Eigenschaft der Polypeptidkette, und weniger eine
Funktion des spezifischen Oxidationssystems, das auf die Moleküle wirkt.
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Eine
Verbesserung ausgewählter
Disulfid-Paarungen durch Zugabe von Alkoholen, Acetonitril und DMSO
zum Puffern bei niedriger Ionenstärke sind ebenfalls berichtet
worden. Diese Strategie involviert das Verstärken der Ausbildung von spezifischen
Disulfid-Bindungen durch Einstellen elektrostatischer Faktoren im
Medium, um die Gegenüberstellung
von entgegengesetzt geladenen Aminosäuren zu begünstigen, die an die ausgewählten Cystein-Reste
angrenzen.
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Enzyme
wie etwa Peptidyl-Disulfid-Isomerase (PDI) und Prolyl-Isomerase
(PPI) sind ebenfalls als Additive eingesetzt worden, um Disulfid-Austausch
zu katalysieren und zu modulieren. Die zum Falten von Hirudin in
vitro erforderliche Zeit kann von 10 Stunden auf 30 Sekunden abgekürzt werden,
falls PDI dem Umfaltungs-Puffer zugesetzt wird. In diesem Fall unterscheidet
sich die Effizienz der Faltung in vitro nicht-signifikant von der
in vivo beobachteten.
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Polythiol-Polypeptid-Vorläufer werden
direkt durch Polypeptid-Harz acidolytische Spaltung erhalten, wenn
die Cystein-Reste durch säure-labile
Gruppen, z. B. Trt, geschützt
sind. Alternativ und vorzugsweise werden Polypeptide, bei denen
alle Cysteine durch eine säureresistente
Gruppe, z. B. die Acetoamidomethyl-Gruppe (Acm) geschützt sind,
zuerst als S-Cystein-Derivate durch acidolytische Peptid-Harz-Spaltung isoliert
und dann wird die Acm-Gruppe durch Behandlung mit Hg(AcO)2 in Essigsäure eliminiert, gefolgt von
der Entfernung von Hg-Ionen durch Gel-Filtration in Anwesenheit
eines großen Überschusses
an Mercaptoethanol.
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In
beiden Fällen
jedoch sind verschiedene Nebenreaktionen berichtet worden, die an
Cystein- und Tryptophan-Resten auftreten. Der Indol-Ring von Tryptophan
kann durch Mercaptoethanol derivatisiert werden und Cystein ergibt
eine Anzahl von Nebenreaktionen, von denen die wichtigste eine Oxidation und
Alkylierung durch T-Butyl-Kationen
während
der acidolytischen Entfernung der Polypeptidkette aus dem Harz ist.
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Somit
existiert aufgrund der Nachteile der existierenden Methodologien
ein Bedarf für
effizientere und einfachere Prozesse zum Falten chemisch synthetisierter
Polypeptide und der Herstellung biologisch aktiver Proteine durch
chemische Synthese.
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Die
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist daher, einen effizienten,
simplen und raschen Prozess zum Falten von Polypeptiden und/oder
Proteinen bereitzustellen, bei dem unter anderem die Ausbildung
von fehlgepassten, Disulfid-Brücken
enthaltenden Isomeren minimiert wird, und die Verwendung von teuren
Disulfid-Umlagerungs-Reagenzien
wie etwa Glutathion oder Enzymen vermieden werden kann, und welches
Verfahren wiederholbar, robust und skalierbar ist. Diese und andere
Aufgaben werden für
Durchschnittsfachleute ersichtlich sein.
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Ein
Verfahren zum Herstellen von biologisch aktiven Proteinen wird bereitgestellt,
das umfasst:
- (a) chemisches Synthetisieren
eines Polypeptids, das zwei oder mehr S-ter-Butylthio-Cystein-Reste umfasst;
- (b) Behandeln des Polypeptids mit einem Reduktionsmittel in
einem Faltungspuffer mit einem vorgegebenen pH und Temperatur; und
- (c) Reinigen der erhaltenen gefalteten Proteine.
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Somit
ist gemäß der Erfindung
unerwarteterweise gefunden worden, dass S-t-Bu-derivatisierte Cysteine deprotektiert
werden können,
das heißt
ihre S-t-Bu-Einheit verlieren, während
Disulfid-Brücken mit
anderen Cysteinen ausgebildet werden, bei Inkubation in einem geeigneten
Faltungspuffer bei geeigneter Temperatur und pH. Gemäß der vorliegenden Erfindung
ist das Reduktionsmittel vorzugsweise freies Cystein. Ein Überschuss
an Cystein kann dem Puffer zugegeben werden (wie beispielsweise
in den Beispielen 1–5
illustriert) oder das Cystein kann von innerhalb des Polypeptids
abgeleitet sein (wie in Beispiel 6 illustriert).
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
des Verfahrens der Erfindung umfasst der Faltungspuffer ein oder
mehr chaotrope Salze, um das Polypeptid in Gleichgewichtsbedingungen
zu bringen, die das Auftreten einer natürlichen Faltung gestatten.
Dies kann beispielsweise durch Platzieren des Polypeptids und/oder
Proteins in voll-denaturierende Bedingungen, beispielsweise durch
Hochkonzentration der chaotropen Salze und dann Verdünnen der
chaotropen Salze auf eine niedrigere Konzentration zur Faltung erreicht
werden. Die chaotropen Salze werden vorzugsweise ausgewählt aus
der Gruppe, die aus Guanidium-Chlorid und Harnstoff besteht und
liegen vorzugsweise während
der Faltung in einer Konzentration von 0,1–1 M vor.
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Vorzugsweise
liegt die Temperatur des Faltungspuffers zwischen 25° und 40°C, bevorzugtererweise
zwischen 27° und
38°C, um
die Änderungen an
Peptid-Degradierung
zu verkleinern, während
sie natürlichen
Körpertemperaturen
entsprechen. Am bevorzugtesten ist die Temperatur während der
Faltung etwa 37°C.
Gemäß einer
anderen bevorzugten Ausführungsform
des Prozesses der Erfindung hat der Faltungspuffer einen leicht
alkalischen pH. Vorzugsweise liegt der pH zwischen 7 und 9, bevorzugtererweise
zwischen 7 und 8,5, um den Faltungsprozess zu fördern. Wie aus dem obigen ersichtlich
sein mag, hängt
die Proteinfaltung von einem komplexen Set von Interaktionen ab.
Die Reaktion mit Cystein tritt beispielsweise nicht bei saurem pH
auf und höhere
pH-Werte steigern das Risiko eines Abbaus des Polypeptids.
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Nach
Faltung kann das Zielprotein durch im Stand der Technik bekannte
Verfahren gereinigt werden, einschließlich Anionen- und Kationen-Austausch-Chromatographie,
hydrophober Interaktions-Chromatographie, Umkehrphasen-Chromatographie,
Affinitäts-Chromatographie,
hydrophile Interaktion/Kationenaustausch-Chromatographie (HILIC/CEC), Verdrängungs-Chromatographie
(DC, Displacement Chromatography) und Probenverdrängungs-Chromatographie
(SDM). Am bevorzugtesten werden (Umkehrphasen-)Hochleistungs-Chromatographie
bei der Eluierung wie auch Verdrängungs-Chromatographie
eingesetzt.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
des Prozesses zum Herstellen biologisch aktiver Proteine umfasst
der Prozess die Schritte:
- (a) Aufbauen von
S-t-Butyl-Thio-Cystein-Polypeptid auf einem unlöslichen Polymer-Trägermittel mittels
schrittweise Kettenverlängerung;
- (b) Abtrennen der S-t-Butyl-Thio-Cystein-Polypeptid-Kette vom
Träger
durch Acidolyse;
- (c) Reinigen des erhaltenen S-t-Butyl-Thio-Cystein-Polypeptids;
- (d) Falten des gereinigten S-t-Butyl-Thio-Cystein-Polypeptids
durch Behandeln der Polypeptide mit einem molaren Überschuss
von Cystein in einem Faltungspuffer, der ein chaotropes Salz, vorzugsweise
Guanidinium-Chlorid, umfasst und der einen alkalischen pH und eine
Temperatur von etwa 37°C
aufweist; und
- (e) Reinigen der erhaltenen gefalteten Proteine durch Umkehrphasen-Hochleistungs-Flüssigchromatographie.
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Bei
einer vorteilhaften Ausführungsform
des Prozesses der Erfindung ist der Polymer-Träger
ein Polyamid oder ein polystyrol-basiertes Harz, das mit dem säurelabilen
Hydroxymethylphenoxy-Essigsäure-Linker
funktionalisiert ist, da diese Träger geeigneterweise für vollautomatisierte
Peptid-Synthetisierer verwendet werden können und allgemein Synthese langer
Polypeptid-Ketten gestatten.
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Wie
oben erklärt,
basiert die vorliegende Erfindung auf der schrittweisen Festphasen-Assemblierung von
S-t-Butyl-Thio Cystein-Polypeptiden und der Erkenntnis, dass beachtliche
Mengen an nativen, biologisch aktiven Proteinen durch Unterwerfen
der Polypeptide einer Faltung in Anwesenheit eines Reduktionsmittels,
vorzugsweise Cystein, bei einem pH etwas über Neutralität und einer
Temperatur von etwa 37°C
hergestellt werden können.
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Es
ist überraschenderweise
gefunden wurden, dass die Herstellung von biologisch aktiven Proteinen
mit einem hohen molaren Überschuss
von Cystein in einer Prozedur erzielt wird, die die S-t-Butyl-Schutzgruppe
entfernt, während
sie eine Disulfid-Brückenausbildung
gestattet. Solche eine Prozedur ist einfacher und effizienter als
die im Stand der Technik für
die Faltung von Cystein enthaltenen Polypeptiden, die durch chemische
Synthese erhalten werden, beschriebene Prozeduren. Die Entfernung von
S-t-but tritt somit
im selben Schritt auf wie das Falten des Polypeptids.
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Alternativ
kann dasselbe gefaltete Material auch durch Verwenden einer Kombination
von S-t-Butyl-Thio-Cystein und mit geeigneten säurelabilen Gruppen an ausgewählten Positionen
der Polypeptid-Kette geschütztes
Cystein erhalten werden, um die Ausbildung der geeigneten Disulfid-Bindungen
ohne Extrazugabe eines Reduktionsmittels zum Faltungspuffer zu erzwingen.
In diesem Fall werden die säurelabilen
Gruppen entfernt, wenn das Peptid aus dem Harz bei saurem pH abgespalten
wird. Freie Cysteine werden somit erzeugt, die wiederum als ein intramolekulares "Reduktionsmittel" dienen, um eine S-t-Butyl-Entfernung
und Disulfid-Bildung zu gestatten (wie in Beispiel 6 illustriert).
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Die
Essenz der vorliegenden Erfindung basiert auf:
- – der raschen
Assemblierung von S-thio-t-butylierten Polypeptid-Ketten auf dem
Polymer-Träger;
- – cystein-katalysiertem
Thiol-Disulfid-Austausch der Derivate in leicht-alkalischen Bedingungen, was zu cysteinilierten
Polypeptiden führt,
welche die makromolekular oxidierten Formen (Protein-S-S-Cystein;
Polypeptid-S-S-Cystein) des klassischen Redox-Cystin/Cystein-Paars
sind;
- – der
Konzentration der oxidierten makromolekularen Form, die während des
Faltungsprozesses konstant niedrig bleibt, so dass intermolekularer Disulfid-Austausch
minimiert wird; und
- – einem
Mangel an Aggregation falsch gepaarter Zwischenformen aufgrund der
präferenziellen
und raschen Ausbildung von Formen mit korrekter Cystein-Paarung
(nativer Struktur).
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Gemäß dem Prozess
zum Falten von Polypeptiden der vorliegenden Erfindung werden beispielsweise
in einem ersten Schritt 10 mg S-t-Butyl-Derivat bei Raumtemperatur
in 1 ml eines Puffers, pH 8,0, der 6 M Guanidinium-Chlorid, 10 mM
Tris und 0,1 M Na2HPO4 umfasst,
gelöst
und die sich ergebende Lösung
wird bei Raumtemperatur für
etwa 20 Minuten gehalten. Im zweiten Schritt wird die Lösung zuerst
10-fach mit Wasser auf einen pH 7,2 verdünnt (0,6 M Guanidinium-Chlorid,
1,0 mM Tris, 10 mM Na2HPO4 und
Endkonzentration des Polypeptid-Derivats 1 mg/ml) und dann wird
ein starker molarer Überschuss
an Cystein (etwa 100-fach über
die Konzentration des Polypeptids oder Protein-Derivats) unter Rühren zugegeben.
Die Temperatur wird graduell auf 37°C erhöht und für etwa 24 Stunden konstant gehalten,
um das Auftreten des Faltens des Polypeptids zu gestatten.
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Der
Faltungsprozess der vorliegenden Erfindung führt zu einem hoch-homogenen
Produkt und ist mit nur kleinen Modifikationen auf jegliches Polypeptid
anwendbar, das durch festphasen-chemische Synthese als Cystein-Thio-t-Butyl-Derivat
hergestellt wird. Zusätzlich
haben die Prozesse gemäß der Erfindung
eine Anzahl von anderen Vorteilen gegenüber dem vorbekannten Prozess,
der Vorläufer-Polythiol-Formen
einsetzt, wie etwa
- – die Cystein-Reste der Kette
werden während der
acidolytischen Spaltung von Polypeptid-Harz nicht alkyliert;
- – sowohl Überoxidation
von Cystein zu Sulfonsäure
als auch Oxidation, die zu intermolekularer Disulfid-Brückenbildung
führt,
treten nicht auf;
- – das
Risiko einer Derivatisierung des Trp Indol-Rings durch Mercaptoethanol,
der notwendig ist, um kontaminierende Hg-Ionen zu eliminieren, die
sich aus der Acm-Deblockierung mit Hg(Aco)2 ergeben,
wird vermieden. Tatsächlich
modifiziert das Cystein-Thiolat in der Faltungsmischung der vorliegenden
Erfindung das Trp überhaupt
nicht;
- – Oxidations-senstive
Met, Trp und Tyr-Reste werden während
des Faltens nicht modifiziert;
- – die
Kosten der Produktion der endgültigen
gefalteten Produkte ist allgemein niedriger im Vergleich zu jenen,
die Polythiol-Polypeptide und Redox-Puffer einsetzen.
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Es
wird für
Fachleute ersichtlich sein, dass, obwohl Zielproteine allgemein
in hoher Ausbeute unter Verwendung des Verfahrens der vorliegenden
Erfindung hergestellt werden, in gewissen Fällen, z. B. im Falle von komplexen
Proteinen mit mehreren Disulfid-Bindungen eine gewisse Population
von Zwischenformen, die sich nicht komplett zu nativer Struktur
entwickelt haben (fehlgefaltete Spezies) in Lösung im Gleichgewicht bleiben
können.
Fehlgefaltete Spezies können
leicht von korrekt gefalteten Spezies durch RP-HPLC getrennt werden
und werden wieder den Faltungsbedingungen der vorliegenden Erfindung
unterworfen, um die Gesamtausbeute des Prozesses zu verbessern.
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Gemäß der Erfindung
bezieht sich der Ausdruck Polypeptid auf ein Polymer von Aminosäuren, die
durch Amid-Verknüpfungen
miteinander verbunden sind. Der Ausdruck Protein bezieht sich auf
eine Polypeptid-Spezies in ihrer dreidimensionalen Form, wie sie
in Zellen und biologischen Fluiden lebender Organismen vorkommt.
Proteine können
beispielsweise aus einzelnen gefalteten Polypeptid-Ketten bestehen
oder können
komplexe Strukturen sein, die aus mehreren gefalteten Polypeptid-Ketten
bestehen.
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Die
folgenden Beispiele und Figuren werden bereitgestellt, um die vorliegende
Erfindung zu illustrieren und sollen die Erfindung nicht über die
Beschränkungen
hinaus beschränken,
die in den Ansprüchen
dargestellt sind.
-
1 zeigt das HPLC-Profil vor S-t-Butyl-Entfernung
und Faltung von hu-I-309 (Beispiel 4).
-
2 zeigt das Ergebnis der Massenbestimmung
des Produktes von 1.
-
3 zeigt das HPLC-Profil von deprotektiertem,
gefaltetem hu-I-309 (Beispiel 4), was eine kürzere Rückhaltezeit demonstriert.
-
4 zeigt das Ergebnis der Massenbestimmung
des Produktes von 3.
-
5 zeigt das Ergebnis der Massenbestimmung
des in 3 gezeigten Produktes nach
Behandlung mit NEM. Keine Massenänderung
wird im Vergleich zu 4 beobachtet,
was die Abwesenheit freier -SH-Gruppen anzeigt.
-
6 ist eine Vergleichsgrafik zwischen der biologischen
Aktivität
von rekombinantem I-309 und dem synthetischen, gefalteten I-309
der vorliegenden Erfindung. Die biologische Aktivität wurde
durch Binden des Chemokins, das mit 125I
markiert war, an menschliche Lymphozyten bestimmt.
-
7 zeigt das analytische HPLC-Profil des Proteins
von Beispiel 5 nach Faltung.
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8 zeigt das präparative HPLC-Profil des gefalteten
Proteins von Beispiel 5.
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9 zeigt das Ergebnis der Massenbestimmung
des gereinigten Produkts von Beispiel 5, das das erwartete Molekulargewicht
zeigt.
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10 zeigt das HPLC-Profil des Polypeptids
von Beispiel 6 vor S-t-Butyl-Entfernung und Faltung.
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11 zeigt das Ergebnis der Massenbestimmung
des Polypeptids von 10 (M=H).
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12 zeigt das HPLC-Profil des Proteins von
Beispiel 6 nach Faltung, was eine kürzere Rückhaltezeit zeigt.
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13 zeigt das Ergebnis der Massenbestimmung
des Proteins von 12 (M=H), das das erwartete
Molekulargewicht zeigt.
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Beispiele
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Beispiel 1
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Synthese und Faltung von Cys10,11,34,50(S-t-Bu)-hu-TARC (Thymus- und
Aktivierungs-reguliertes
Chemokin).
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Das
71-Aminosäuren-Reste-Chemokin-Derivat
wurde auf ein 433-A-Peptid-Synthetisierer
(Perkin Elmer/ABI) unter Verwendung von Fmoc/t-Bu-Chemie und einem
mit den säurelabilen Hydroxymethylphenoxy-Essigsäure-Linker (Wang-Harz)
funktionalisiertem polystyrol-basierten Harz zusammengebaut, an
das Fmoc-Ser-(t-Bu) durch DMAP (4-Dimethylaminopyridin)-katalysierte Veresterung
angebracht war. Der Substitutionsgrad betrug 0,57 mmol/g. Die Synthese
wurde in einem 0,27 mmol/g Maßstab
unter Verwendung eines fünffachen Überschusses
von Fmoc-Aminosäuren
und DCI (N,N'-Diisopropylcarbodiimid)/HOBt
(1-Hydroxybenzotriazol) Aktivierungs-Reagenzien in DMF durchgeführt. Die
Kopplungszeit betrug etwa 60 Minuten unter spektrophotometrischer Überwachung der
Fmoc-Deprotektion.
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Die
vier Cystein-Thiole waren mit S-t-Butyl-Gruppen geschützt und
es wurde ein maximales Schutzschema für alle vier Seitenketten verwendet: Ser(t-Bu),
Thr(t-Bu), Tyr(t-Bu), Asp(0-t-bu), Glu(0-t-Bu), Lys(Boc), Trp(Boc),
Asn(Trt), Gln(Trt) und Arg(Pmc). Nach jeder Kopplung wurde eine
Verkappung mit Essigsäure-Anhydrid
und DIEA in DMF ausgeführt.
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Das
sich ergebende Polypeptid-Harz wurde bei Raumtemperatur mit einer
frisch hergestellten Mischung von TFA/Wasser/TIS (Triisopropylsilan)/Phenol
(78:5:12:5, v/v/v/w, 10 ml/g Harz) für 2,5 bis 3,0 Stunden behandelt.
Das abgespaltene Polypeptid-Derivat wurde durch direkte Filtration
der Spaltmischung in kaltem Methyl-t-Butyl-Ether (MTBE) präzipitiert
und das Präzipitat
durch Zentrifugation getrennt, zweimal mit Ether gewaschen und in
Luft getrocknet.
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Das
Rohprodukt wurde dann in verdünnter Essigsäure gelöst, lyophilisiert,
wieder in 50%-iger Essigsäure
gelöst
und auf eine Sephadex G-50-Säule
(70 × 25
cm) unter Verwendung von 50%-iger Essigsäure als mobiler Phase aufgebracht.
Die gesammelten Fraktionen wurden durch MALDI-TOF-Massenspektrometrie
analysiert und die das gewünschte Polypeptid-Derivat
(MW 8.436,9 Da) enthaltenden wurden zusammengeführt und nach Verdünnung mit Wasser
lyophylisiert.
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Die
zusammengeführten
Fraktionen wurden wieder in 50%-iger Essigsäure gelöst und weiterhin durch Beladen
auf eine 250 × 10
mm halb-präparative
Vydac C4-Säule gereinigt. Proben wurden
bei einer Flussrate von 3 ml/min mit einem linearen Gradienten von
20–80%
B in 60 Minuten eluiert, wobei B 0,1% TFA in Acetonitril und A 0,1%
TFA in Wasser waren. Die Detektion wurde bei 280 Nanometer vorgenommen
und nur die das Ziel-Polypeptid enthaltenen Fraktionen wurden zusammengeführt und
vor der Faltung lyophylisiert.
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Das
Falten des durch RP-HPLC gereinigten Chemokin-Derivates wurde ausgeführt durch
zuerst Auflösen
von 10 mg des Produktes in 1 mg 6 M GnHCl, 0,1 M Na2HPO4 und 10 mM Tris bei pH = 8,0 und Raumtemperatur.
Nach 20 Minuten wurde die Lösung
durch Zugabe von 10 ml Wasser auf die Endkonzentration von 0,6 M
GnHCl, 10 mM Na2HPO4,
1 mM Tris, pH = 7,2 und eine Peptid-Konzentration von 1 mg/ml verdünnt. Das
Falten wurde durch Zugabe von Cystein bei einer Konzentration von
etwa 20 mM (etwa 100-fache molarer Überschuss in Bezug auf die
Peptid-Konzentration)
und graduelles Steigern der Temperatur auf 37°C initiiert.
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Die
Faltungsreaktion, die bei der konstanten Temperatur von 37°C in Luft
auftritt, wurde durch RP-HPLC-Analyse von 25 Mikroliter-Aliquots
von Lösung,
die mit Essigsäure
säureabgeschwächt war, auf
einem Waters 2690-Trennmodul überwacht,
das mit einem Waters 996-Photodioden-Array-Detektor ausgerüstet war,
unter Verwendung einer Vydac C4-Analysesäule und
eines 20–60%
Acetonitril-Gradienten in 0,1% TFA/Wasser in 40 Minuten mit einer Flussrate
von 1,0 ml/min. 1 Mikroliter jedes HPLC-Peaks (entsprechend den
Faltungs-Zwischenstufen der Thiol-Disulfid-Austauschreaktionen) wurde gesammelt,
mit einem Mikroliter gesättigter
Lösung
von Sinapinsäure
in 1:2 Acetonitril/1% TFA in Wasser gemischt, unter Vakuum getrocknet
und durch MALDI-TOF Massenspektrometrie analysiert, unter Verwendung
eines Voyager-DE-Spektrometers (Perseptive Biosystem, Framingham,
MA), der mit einem Stickstofflaser ausgerüstet war. 78% des gefalteten
Polypeptids bildeten sich nach 24 Stunden. Der Peak, dessen Molekulargewicht
dem des gefalteten Produkts entsprach, wurde weiter durch Reaktion
mit N-Ethylmaleimid (NEM) überprüft, um die
Anwesenheit freier Thiol-Gruppen zu entdecken (+125 Da für jede SH).
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Die
biologische Aktivität
von durch diese Methodik der vorliegenden Erfindung erhaltenes hu-TARC
wurde gemäß dem Imai-Verfahren
durchgeführt
(T. Imai et al., J. Biol. Chem., 271, 21514, 1996).
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Humane
T-Zelllinien Hut 78, Hut 102 und Jurkat, wie auch frische Monozyten,
Neutrophile und Lymphozyten wurden hinsichtlich ihrer Migration über ein
Polycarbonat-Filter in Reaktion auf TARC untersucht. Es wurde keine
chemotaktische Reaktion bei Monozyten oder Neutrophilen hervorgerufen,
weder durch mit chemischer Synthese hergestelltes TARC noch durch
rekombinantes TARC. Bei den T-Zelllinien Hut 78 und Hut 102 induzierten
synthetisches TARC wie auch rekombinantes TARC die Migration mit
einer typischen glockenförmigen
Kurve mit einem Maximaleffekt bei 100 ng/ml.
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Beispiel 2
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Synthese und Faltung von Cys10,34,50(S-t-Bu)-hu-TARC und Cys11,34,50(S-t-Bu)-hu-TARC
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Die
Synthese, Reinigung und Faltung von Cys10,34,50(S-t-Bu)-hu-TARC
und Cys11,34,50(S-t-Bu)-hu-TARC-Derivaten
ist unter denselben Bedingungen durchgeführt worden die auch für Cys10,11,34,50(S-t-Bu)-hu-TARC (Beispiel 1)
verwendet wurden, wobei der einzige Unterschied war, dass die Trt-Protektion
bei Cys10 bzw. Cys11,
nachfolgend der Spaltung der Polypeptid-Vorläufer aus dem Harz entfernt
wurde. Die Ausbeuten an endgültigen
gefalteten Chemokinen betrug 80% bzw. 79%.
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Beispiel 3
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Synthese und Faltung von
Cys34,50(S-Bu)-hu-TARC
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Die
Synthese, Reinigung und Faltung von Cys34,50(S-Bu)-hu-TARC-Derivat
wurde unter denselben Bedingungen wie bei den Derivaten von Beispiel 1
und 2 durchgeführt,
außer
dass sowohl Cys10 als auch Cys11 durch
Trt geschützt
waren, das während der
abschließenden
Harz-Spaltung durch TFA entfernt wurde. Die Ausbeute am gefalteten
Produkt betrug etwa 75%.
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Beispiel 4
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Synthese und Faltung von Cys10,11,26,34,50,68(S-t-Bu)-I-309
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Die
Synthese von 6 (S-t-Bu)-geschützte
Cysteine enthaltendem hu-I-309 wurde in einem 0,12 mmol-Maßstab unter
denselben Bedingungen wie in Beispiel 1 unter Verwendung eines Fmoc-Lys(Boc) Wang-Harzes
(Substitutionsgrad 0,61 mmol/g) durchgeführt. Das sich ergebende Polypeptid-Harz wurde
wie für
Beispiel 1 beschrieben behandelt und das G50-gereinigte Material
wurde weiter durch Beladen auf eine 250 × 10 mm Vydac C18-Säule gereinigt
(wie in 1 und 2 gezeigt).
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Das
Falten des durch RP-HPLC gereinigten Chemokin-Derivates wurde durch
Auflösen
von 65 mg Produkt in 60 ml 10,6 M GuHCl, 10 mM NaHPO4 und
1 mM Tris bei pH 8,0 und Zugabe von Cystein bei einer Konzentration
von 100-fachem molarem Überschuss
in Bezug auf das Peptid durchgeführt.
Die Polypeptid-Lösung
wurde bei 37°C
für 4 Tage
stehengelassen. Nach Ansäuerung
mit TFA wurde das gefaltete Material durch RP-HPLC unter Verwendung
einer 250 × 10
mm Vydac C18-Säule (wie in 3 und 4 gezeigt) isoliert. Eine komplette Cystein-Paarung wurde
durch Massenspektrometrie nach Reaktion mit N-Ethylmaleimid (NEM) überprüft. Es wurde
kein Molekulargewichtsanstieg beobachtet, was die Abwesenheit freier
Thiol-Gruppen anzeigt, (wie in 5 gezeigt).
Die Ausbeute an endgültigem
gefalteten Chemokin war fast 25%. Das synthetische gefaltete hu-I-309
zeigte eine biologische Aktivität äquivalent zum
rekombinanten Protein (6).
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Eine
analytische Chromatographie wurde unter Verwendung der folgenden
Bedingungen durchgeführt:
Säule: C18
250 × 4,6
mm (Vydac#238TP54)
Mobile Phase: A = 100% H2O
0,1% TFA
B = 100% CH3CN 0,1% TFA
Gradient:
B %-Zusammensetzung ist auf dem Chromatogramm angegeben
Detektor:
214 Nanometer
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Beispiel 5
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Synthese und
Faltung von Plasmodium vivax C-terminalem Fragment
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Die
Synthese und Reinigung von Plasmodium vivax circumsporozoitem Protein
(PvCS) 303–372,
das 4 (S-t-Bu)-geschützte
Cysteine enthält, wurde
unter denselben Bedingungen wie in Beispiel 1 durchgeführt.
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Die
Faltung wurde unter Zugabe von 27 mg Peptid in 2,7 ml 6 M GuHCl
in 0,1 M Tris-Puffer,
pH 8,5 durchgeführt.
Die Lösung
wurde 10 Minuten lang gemischt. Dann wurden 13,5 ml 1 mM EDTA, 0,2
M NaCl gepuffert bei pH 8,8 in 0,2 M Tris-Puffer zugegeben. Schließlich wurden
10,8 ml 35 mM Cystein in 1 mM EDTA, 0,2 M NaCl, gepuffert bei pH
8,8 in 0,2 M Tris-Puffer, zugegeben. Die Reaktionsmischung wurde
auf 37°C
gebracht. Die Faltungsreaktion wurde auf einer Umkehrphasen-HPLC
bis zum Abschluss verfolgt (3–6
Stunden) (7A) und die Reaktion wurde
durch Abkühlen
für 5 Minuten
bei 4°C, gefolgt
von der Zugabe von 10% TFA bei 4°C
beendet, um eine Endkonzentration von 1% TFA (3 ml 10% TFA) zu erreichen.
Das Produkt wurde nachfolgend durch Umkehrphasen-HPLC (8) gereinigt und die Masse des Endproduktes
bestimmt (9). Die Ausbeute des oxidierten
Endproduktes betrug 70–80%.
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Es
wurde eine analytische Chromatographie unter Verwendung der folgenden
Bedingungen durchgeführt:
Säule: C4
250 × 4,6
mm (Vydac#214TP54)
Mobile Phase: A = 100% H2O
0,1% TFA
B = 100% CH3CN 0,1% TFA
Gradient:
B %-Zusammensetzung ist auf dem Chromatogramm angegeben
Detektor:
214 Nanometer
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Beispiel 6
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Synthese im Groß-Maßstab und
Faltung von Plasmodium falciparum C-terminalem Fragment
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Eine
Groß-Maßstabs-Synthese
und Reinigung von Plasmodium falciparum circumsporozoitem Protein
(PfCS 282–383),
das nur 2 (S-t-Bu)-geschützte
Cysteine von 4 enthielt, wurde unter denselben Bedingungen wie in
Beispiel 1 durchgeführt
(wie in den 10 und 11 gezeigt)
außer
wie nachfolgend.
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Die
Faltung wurde durch Auflösen
von 1,1 g partiell gereinigten Peptid in 1,0 L 0,1 M CH3COONH4, pH 8,0 ohne Zugabe freien Cysteins zum
Faltungspuffer durchgeführt.
Die Reaktionsmischung wurde bei 32°C über 18 Stunden gehalten. Das
Produkt wurde dann durch Umkehrphasen-HPLC gereinigt (12 und 13).
Die Ausbeute an oxidiertem Endprodukt betrug fast 37%.
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Es
wurde eine analytische Chromatographie unter Verwendung der folgenden
Bedingungen durchgeführt:
Säule: C18
250 × 4,6
mm (Vydac#238TP54)
Mobile Phase: A = 100% H2O
0,1% TFA
B = 100% CH3CN 0,1% TFA
Gradient:
B %-Zusammensetzung ist auf dem Chromatogramm angegeben
Detektor:
214 Nanometer