CN107531758B - 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法 - Google Patents

基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法 Download PDF

Info

Publication number
CN107531758B
CN107531758B CN201680016951.5A CN201680016951A CN107531758B CN 107531758 B CN107531758 B CN 107531758B CN 201680016951 A CN201680016951 A CN 201680016951A CN 107531758 B CN107531758 B CN 107531758B
Authority
CN
China
Prior art keywords
antibody
seq
isolated polypeptide
activatable antibody
amino acid
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201680016951.5A
Other languages
English (en)
Other versions
CN107531758A (zh
Inventor
S.J.摩尔
M.T.L.阮
D.R.霍斯特特
O.瓦西尔耶瓦
J.G.萨格特
J.A.特雷特
J.W.韦斯特
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Cytomx Therapeutics Inc
Original Assignee
Cytomx Therapeutics Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Cytomx Therapeutics Inc filed Critical Cytomx Therapeutics Inc
Priority to CN202210057237.8A priority Critical patent/CN114716513A/zh
Priority to CN202210057239.7A priority patent/CN114907446A/zh
Priority to CN202210057236.3A priority patent/CN114478704A/zh
Priority to CN202210057238.2A priority patent/CN114685611A/zh
Priority to CN202210057240.XA priority patent/CN114685661A/zh
Publication of CN107531758A publication Critical patent/CN107531758A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107531758B publication Critical patent/CN107531758B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • A61K38/05—Dipeptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6801—Drug-antibody or immunoglobulin conjugates defined by the pharmacologically or therapeutically active agent
    • A61K47/6803—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates
    • A61K47/6811—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates the drug being a protein or peptide, e.g. transferrin or bleomycin
    • A61K47/6817—Toxins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6835—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site
    • A61K47/6849—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site the antibody targeting a receptor, a cell surface antigen or a cell surface determinant
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6835—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site
    • A61K47/6851—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site the antibody targeting a determinant of a tumour cell
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K49/00—Preparations for testing in vivo
    • A61K49/001—Preparation for luminescence or biological staining
    • A61K49/0013—Luminescence
    • A61K49/0017—Fluorescence in vivo
    • A61K49/005—Fluorescence in vivo characterised by the carrier molecule carrying the fluorescent agent
    • A61K49/0058—Antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2863—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2896—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against molecules with a "CD"-designation, not provided for elsewhere
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/40—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against enzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A61K2039/507—Comprising a combination of two or more separate antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/51—Complete heavy chain or Fd fragment, i.e. VH + CH1
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/515—Complete light chain, i.e. VL + CL
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/90—Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • C07K2317/92—Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/50—Fusion polypeptide containing protease site
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/70—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction
    • C07K2319/74—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor

Abstract

本发明一般地涉及包括作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的至少第一可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)的多肽，涉及这些包括作为至少一种MM蛋白酶的底物的至少CM1和作为至少一种SP蛋白酶的底物的至少CM2的多肽的可活化抗体和其它更大分子，和涉及在各种治疗、诊断和预防适应症中制备和使用这些包括作为至少一种MM蛋白酶的底物的至少CM1和作为至少一种SP蛋白酶的底物的至少CM2的多肽的方法。

Description

基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用 方法
相关申请
本申请要求享有2015年1月20日提交的美国临时申请号62/105,490、2015年11月20日提交的美国临时申请号62/258,015和2016年1月14日提交的美国临时申请号62/278,713的权益，所述申请各自的内容全文通过引用并入本文。
序列表的并入
在2016年1月15日创建且大小为456 KB的命名为“CYTM037001WO_ST25”的文本文件的内容以其整体通过引用并入本文。
发明领域
本发明总体涉及包括作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的至少第一可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)的多肽，包括这些至少包括作为至少一种MM蛋白酶的底物的CM1和作为至少一种SP蛋白酶的底物的CM2的多肽的可活化抗体和其它更大分子，并涉及各种治疗、诊断和预防适应症中制备和使用这些至少包括作为至少一种MM蛋白酶的底物的CM1和作为至少一种SP蛋白酶的底物的CM2的多肽的方法。
发明背景
蛋白酶是通过切割氨基酸残基之间的肽键来降解蛋白的酶。蛋白酶天然存在于所有生物体中，并且涉及从简单降解至高度调节的途径的各种生理反应。已知一些蛋白酶基于蛋白内特定氨基酸序列的存在而破坏特定的肽键。
因此，需要鉴定蛋白酶的新底物并且在各种治疗、诊断和预防适应症中使用这些底物。
发明概述
本发明提供了包括作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的至少第一可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)的氨基酸序列。这些氨基酸序列在本文中统称为“CM1-CM2底物”。该术语不旨在传达关于作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的第一可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)的取向或其它结构排列的任何要求。因此，术语“CM1-CM2底物”涵盖具有如下的N-端至C-端的结构排列的CM1-CM2底物：CM1-CM2或CM2-CM1。术语“CM1-CM2底物”还涵盖其中CM1序列的至少一部分与CM2序列的至少一部分重叠的底物。
本文所述的CM1-CM2底物可用于各种治疗、诊断和预防性适应症中。例如，这些CM1-CM2底物可用于可活化抗体，其包括抗体或其抗原结合片段(AB)，其包括与AB的至少一个抗原或表位结合结构域连接的至少一个掩蔽部分(MM)，使得MM的偶联降低AB结合其靶标的能力。
在一些实施方案中，可活化抗体至少包括第一CM (CM1)和第二CM (CM2)。在一些实施方案中，CM1底物序列的至少部分与CM2序列的至少部分重叠。在一些实施方案中，CM1底物序列和CM2底物序列共有至少一个共同氨基酸残基。在一些实施方案中，CM1底物序列和CM2底物序列共有至少两个共同氨基酸残基。在一些实施方案中，CM1底物序列和CM2底物序列共有至少三个共同氨基酸残基。在一些实施方案中，CM1底物序列和CM2底物序列共有三个或更多个共同氨基酸残基。
在一些实施方案中，CM1和CM2是可操作连接在一起的分开的多肽。
在一些实施方案中，CM1和CM2是直接连接在一起的分开的多肽，即，一个底物的N-端与另一底物多肽的C-端直接连接。在一些实施方案中，CM1的N-端与CM2的C-端直接连接。在一些实施方案中，CM2的N-端与CM1的C-端直接连接。
在一些实施方案中，CM1和CM2是经由至少一个连接部分可操作连接在一起的分开的多肽。
在一些实施方案中，未切割状态下的可活化抗体中的第一可切割部分CM1和第二可切割部分CM2具有如下的从N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2-AB、AB-CM2-CM1-MM、MM-CM2-CM1-AB或AB-CM1-CM2-MM。
在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括掩蔽部分(MM)和CM1之间的连接肽(LP'')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')和CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')、CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。
在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM2和掩蔽部分(MM)之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')和CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')、CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。
在一些实施方案中，LP'是GG。在一些实施方案中，LP'是GGSGGS (SEQ ID NO:350)。
在一些实施方案中，CM1是至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物。MMP的实例包括MMP1；MMP2；MMP3；MMP7；MMP8；MMP9；MMP10；MMP11；MMP12；MMP13；MMP14；MMP15；MMP16；MMP17；MMP19；MMP20；MMP23；MMP24；MMP26；和MMP27。
在一些实施方案中，CM1是MMP2、MMP9、MMP14、MMP1、MMP3、MMP13、MMP17、MMP11和/或MMP19的底物。在一些实施方案中，CM1是MMP2的底物。在一些实施方案中，CM1是MMP9的底物。在一些实施方案中，CM1是MMP14的底物。在一些实施方案中，CM1是两种或更多种MMP的底物。在一些实施方案中，CM1是至少MMP9和MMP14的底物。在一些实施方案中，CM1是至少MMP2和MMP9的底物。在一些实施方案中，CM1是至少MMP2和MMP14的底物。在一些实施方案中，CM1是三种或更多种MMP的底物。在一些实施方案中，CM1是至少MMP2、MMP9和MMP14的底物。在一些实施方案中，CM1包含相同的MMP的两种或更多种底物。在一些实施方案中，CM1包含至少两种或更多种MMP2底物。在一些实施方案中，CM1包含至少两种或更多种MMP9底物。在一些实施方案中，CM1包含至少两种或更多种MMP14底物。
在一些实施方案中，CM1是MMP的底物且至少包括序列ISSGLLSS (SEQ ID NO:20)；QNQALRMA (SEQ ID NO:21)；AQNLLGMV (SEQ ID NO:351)；STFPFGMF (SEQ ID NO:352)；PVGYTSSL (SEQ ID NO:353)；DWLYWPGI (SEQ ID NO:354)；MIAPVAYR (SEQ ID NO:355)；RPSPMWAY (SEQ ID NO:356)；WATPRPMR (SEQ ID NO:357)；FRLLDWQW (SEQ ID NO:358)；LKAAPRWA (SEQ ID NO:359)；GPSHLVLT (SEQ ID NO:360)；LPGGLSPW (SEQ ID NO:361)；MGLFSEAG (SEQ ID NO:362)；SPLPLRVP (SEQ ID NO:363)；RMHLRSLG (SEQ ID NO:364)；LAAPLGLL (SEQ ID NO:365)；AVGLLAPP (SEQ ID NO:366)；LLAPSHRA (SEQ ID NO:367)；PAGLWLDP (SEQ ID NO:368)；ISSGLSS (SEQ ID NO:369)；ISSGL (SEQ ID NO:480)；ISSGLLS (SEQ ID NO:481)；ISSGLL (SEQ ID NO:482)；和/或VHMPLGFLGP (SEQ ID NO:411)。
在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列ISSGLLSS (SEQ ID NO:20)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列QNQALRMA (SEQ ID NO:21)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列AQNLLGMV (SEQ ID NO:351)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列STFPFGMF(SEQ ID NO:352)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列PVGYTSSL (SEQ ID NO:353)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列DWLYWPGI (SEQ ID NO:354)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列MIAPVAYR (SEQ ID NO:355)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列RPSPMWAY (SEQ ID NO:356)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列WATPRPMR (SEQ IDNO:357)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列FRLLDWQW (SEQ ID NO:358)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列LKAAPRWA (SEQ ID NO:359)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列GPSHLVLT (SEQ ID NO:360)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列LPGGLSPW(SEQ ID NO:361)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列MGLFSEAG (SEQ ID NO:362)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列SPLPLRVP (SEQ ID NO:363)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列RMHLRSLG (SEQ ID NO:364)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列LAAPLGLL (SEQ ID NO:365)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列AVGLLAPP (SEQ IDNO:366)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列LLAPSHRA (SEQ ID NO:367)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列PAGLWLDP (SEQ ID NO:368)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列ISSGLSS (SEQ ID NO:369)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列VHMPLGFLGP(SEQ ID NO:411)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列ISSGL (SEQ ID NO:480)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列ISSGLLS (SEQ ID NO:481)。在一些实施方案中，CM1包含氨基酸序列ISSGLL (SEQ ID NO:482)。
在一些实施方案中，CM2是至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物。在一些实施方案中，SP选自u-型纤溶酶原激活物(uPA，也称为尿激酶)、matriptase(本文也称为MT-SP1或MTSP1)及其组合。通过非限制性实例，切割本文所述的CM2的其它SP的实例包括活化蛋白C；组织蛋白酶A；组织蛋白酶G；糜蛋白酶；凝血因子蛋白酶，诸如例如FVIIa、FIXa、FXa、FXIa、FXIIa；弹性蛋白酶；颗粒酶B；Guanidinobenzoatase；HtrA1；人中性粒细胞弹性蛋白酶；乳铁蛋白；Marapsin；NS3/4A；PACE4；纤溶酶；PSA；tPA；凝血酶；类胰蛋白酶；II型跨膜丝氨酸蛋白酶(TTSP)，诸如例如DESC1、DPP-4、FAP、Hepsin、Matriptase-2、TMPRSS2、TMPRSS3和/或TMPRSS4。
例如，合适的CM2由至少一种丝氨酸蛋白酶切割且包括序列TGRGPSWV (SEQ IDNO:370)；SARGPSRW (SEQ ID NO:371)；TARGPSFK (SEQ ID NO:372)；LSGRSDNH (SEQ IDNO:18)；GGWHTGRN (SEQ ID NO:373)；HTGRSGAL (SEQ ID NO:374)；PLTGRSGG (SEQ ID NO:375)；AARGPAIH (SEQ ID NO:376)；RGPAFNPM (SEQ ID NO:377)；SSRGPAYL (SEQ ID NO:378)；RGPATPIM (SEQ ID NO:379)；RGPA (SEQ ID NO:380)；LSGRSGNH (SEQ ID NO:412)；TSTSGRSANPRG (SEQ ID NO:413)；TSGRSANP (SEQ ID NO:414)；SGRSANPRG (SEQ ID NO:468)；VAGRSMRP (SEQ ID NO:415)；LSGRSDDH (SEQ ID NO:547)；LSGRSDIH (SEQ ID NO:548)；LSGRSDQH (SEQ ID NO:549)；LSGRSDTH (SEQ ID NO:550)；LSGRSDYH (SEQ ID NO:551)；LSGRSDNP (SEQ ID NO:552)；LSGRSANP (SEQ ID NO:553)；LSGRSANI (SEQ ID NO:554)；和/或LSGRSDNI (SEQ ID NO:71)。
在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列TGRGPSWV (SEQ ID NO:370)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列SARGPSRW (SEQ ID NO:371)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列TARGPSFK (SEQ ID NO:372)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDNH(SEQ ID NO:18)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列GGWHTGRN (SEQ ID NO:373)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列HTGRSGAL (SEQ ID NO:374)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列PLTGRSGG (SEQ ID NO:375)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列AARGPAIH (SEQ ID NO:376)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列RGPAFNPM (SEQ IDNO:377)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列SSRGPAYL (SEQ ID NO:378)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列RGPATPIM (SEQ ID NO:379)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列RGPA (SEQ ID NO:380)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSGNH (SEQ IDNO:412)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列TSTSGRSANPRG (SEQ ID NO:413)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列SGRSANPRG (SEQ ID NO:468)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列TSGRSANP (SEQ ID NO:414)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列VAGRSMRP (SEQ ID NO:415)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDDH (SEQ IDNO:547)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDIH (SEQ ID NO:548)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDQH (SEQ ID NO:549)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDTH (SEQ ID NO:550)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDYH(SEQ ID NO:551)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDNP (SEQ ID NO:552)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSANP (SEQ ID NO:553)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSANI (SEQ ID NO:554)。在一些实施方案中，CM2包含氨基酸序列LSGRSDNI (SEQ ID NO:71)。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDNH (SEQ ID NO:1)；ISSGLLSSGGSGGSLSGRSDNH (SEQ ID NO:2)；AVGLLAPPGGTSTSGRSANPRG (SEQ ID NO:3)；TSTSGRSANPRGGGAVGLLAPP (SEQ ID NO:4)；VHMPLGFLGPGGTSTSGRSANPRG (SEQ ID NO:5)；TSTSGRSANPRGGGVHMPLGFLGP (SEQ ID NO:6)；AVGLLAPPGGLSGRSDNH (SEQ ID NO:7)；LSGRSDNHGGAVGLLAPP (SEQ ID NO:8)；VHMPLGFLGPGGLSGRSDNH (SEQ ID NO:9)；LSGRSDNHGGVHMPLGFLGP (SEQ ID NO:10)；LSGRSDNHGGSGGSISSGLLSS (SEQ ID NO:11)；LSGRSGNHGGSGGSISSGLLSS (SEQ ID NO:12)；ISSGLLSSGGSGGSLSGRSGNH (SEQ ID NO:13)；LSGRSDNHGGSGGSQNQALRMA (SEQ ID NO:14)；QNQALRMAGGSGGSLSGRSDNH (SEQ ID NO:15)；LSGRSGNHGGSGGSQNQALRMA (SEQ ID NO:16)；QNQALRMAGGSGGSLSGRSGNH (SEQ ID NO:17)；ISSGLLSGRSGNH (SEQ ID NO:22)；ISSGLLSGRSANPRG (SEQ ID NO:469)；AVGLLAPPTSGRSANPRG (SEQ ID NO:470)；AVGLLAPPSGRSANPRG (SEQ ID NO:471)；ISSGLLSGRSDDH (SEQ ID NO:483)；ISSGLLSGRSDIH (SEQ ID NO:484)；ISSGLLSGRSDQH(SEQ ID NO:485)；ISSGLLSGRSDTH (SEQ ID NO:486)；ISSGLLSGRSDYH (SEQ ID NO:487)；ISSGLLSGRSDNP (SEQ ID NO:488)；ISSGLLSGRSANP (SEQ ID NO:489)；ISSGLLSGRSANI(SEQ ID NO:490)；AVGLLAPPGGLSGRSDDH (SEQ ID NO:515)；AVGLLAPPGGLSGRSDIH (SEQ IDNO:516)；AVGLLAPPGGLSGRSDQH (SEQ ID NO:517)；AVGLLAPPGGLSGRSDTH (SEQ ID NO:518)；AVGLLAPPGGLSGRSDYH (SEQ ID NO:519)；AVGLLAPPGGLSGRSDNP (SEQ ID NO:520)；AVGLLAPPGGLSGRSANP (SEQ ID NO:521)；AVGLLAPPGGLSGRSANI (SEQ ID NO:522)；ISSGLLSGRSDNI (SEQ ID NO:555)；和/或AVGLLAPPGGLSGRSDNI (SEQ ID NO:557)。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDNH (SEQ ID NO:1)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSSGGSGGSLSGRSDNH (SEQ ID NO:2)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGTSTSGRSANPRG (SEQ ID NO:3)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列TSTSGRSANPRGGGAVGLLAPP (SEQ ID NO:4)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列VHMPLGFLGPGGTSTSGRSANPRG (SEQ ID NO:5)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列TSTSGRSANPRGGGVHMPLGFLGP (SEQ ID NO:6)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDNH (SEQ ID NO:7)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列LSGRSDNHGGAVGLLAPP (SEQ ID NO:8)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列VHMPLGFLGPGGLSGRSDNH (SEQ ID NO:9)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列LSGRSDNHGGVHMPLGFLGP (SEQ ID NO:10)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列LSGRSDNHGGSGGSISSGLLSS (SEQ ID NO:11)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列LSGRSGNHGGSGGSISSGLLSS (SEQ ID NO:12)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSSGGSGGSLSGRSGNH (SEQ ID NO:13)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列LSGRSDNHGGSGGSQNQALRMA (SEQ ID NO:14)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列QNQALRMAGGSGGSLSGRSDNH (SEQ ID NO:15)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列LSGRSGNHGGSGGSQNQALRMA (SEQ ID NO:16)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列QNQALRMAGGSGGSLSGRSGNH (SEQ ID NO:17)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSGNH (SEQ ID NO:22)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSANPRG (SEQ ID NO:469)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPTSGRSANPRG (SEQ ID NO:470)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPSGRSANPRG (SEQ ID NO:471)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDDH (SEQ ID NO:483)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDIH (SEQ ID NO:484)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDQH (SEQ ID NO:485)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDTH (SEQ ID NO:486)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDYH (SEQ ID NO:487)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDNP (SEQ ID NO:488)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSANP (SEQ ID NO:489)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSANI (SEQ ID NO:490)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDDH (SEQ ID NO:515)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDIH (SEQ ID NO:516)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDQH (SEQ ID NO:517)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDTH (SEQ ID NO:518)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDYH (SEQ ID NO:519)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDNP (SEQ ID NO:520)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSANP (SEQ ID NO:521)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSANI (SEQ ID NO:522)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列ISSGLLSGRSDNI (SEQ ID NO:555)。在一些实施方案中，CM1-CM2底物包括序列AVGLLAPPGGLSGRSDNI (SEQ ID NO:557)。
在一些实施方案中，未切割状态下的可活化抗体具有如下的从N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2-AB、AB-CM2-CM1-MM、MM-CM2-CM1-AB或AB-CM1-CM2-MM。
在一些实施方案中，可活化抗体包含第一连接肽(LP1)和第二连接肽(LP2)，且未切割状态下的抗体具有如下的从N-端至C-端的结构排列：MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB或AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM。在一些实施方案中，LP1和LP2各自是约1-20个氨基酸长的肽。在一些实施方案中，两个连接肽不需要彼此相同。
在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括掩蔽部分(MM)和CM1之间的连接肽(LP'')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')和CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')、CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。
在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM2和掩蔽部分(MM)之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')和CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')、CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。
在一些实施方案中，LP'是GG。在一些实施方案中，LP'是GGSGGS (SEQ ID NO:350)。
在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一种包含选自以下的氨基酸序列：(GS)n、(GGS)n、(GSGGS)n (SEQ ID NO:381)和(GGGS)n (SEQ ID NO:382)，其中n是至少1的整数。
在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一种包含选自以下的氨基酸序列：GGSG(SEQ ID NO:383)、GGSGG (SEQ ID NO:384)、GSGSG (SEQ ID NO:385)、GSGGG (SEQ ID NO:386)、GGGSG (SEQ ID NO:387)和GSSSG (SEQ ID NO:388)。
在一些实施方案中，LP1包含氨基酸序列GSSGGSGGSGGSG (SEQ ID NO:389)、GSSGGSGGSGG (SEQ ID NO:390)、GSSGGSGGSGGS (SEQ ID NO:391)、GSSGGSGGSGGSGGGS(SEQ ID NO:392)、GSSGGSGGSG (SEQ ID NO:393)或GSSGGSGGSGS (SEQ ID NO:394)。
在一些实施方案中，LP2包含氨基酸序列GSS、GGS、GGGS (SEQ ID NO:395)、GSSGT(SEQ ID NO:396)或GSSG (SEQ ID NO:397)。
在一些实施方案中，AB对于结合靶标具有约100nM或更低的解离常数。
在一些实施方案中，可活化抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)。在一些实施方案中，AB是全长抗体。在一些实施方案中，AB是免疫活性片段。在一些实施方案中，AB是抗原结合片段。在一些实施方案中，AB是单克隆抗体、结构域抗体、单链、Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scAb、dAb、单一结构域重链抗体或单一结构域轻链抗体。在一些实施方案中，这样的AB是小鼠、其它啮齿动物、嵌合、人源化或全人单克隆抗体。
在一些实施方案中，MMP蛋白酶与靶标在组织中共定位，且当抗体暴露于蛋白酶时，MMP蛋白酶切割抗体中的CM1。在一些实施方案中，SP蛋白酶与靶标在组织中共定位，且当抗体暴露于蛋白酶时，SP蛋白酶切割抗体中的CM2底物。在一些实施方案中，MMP蛋白酶和/或SP蛋白酶与靶标在组织中共定位，且当抗体暴露于蛋白酶时，MMP蛋白酶和/或SP蛋白酶切割抗体中的CM1-CM2底物。在一些实施方案中，MMP蛋白酶和SP蛋白酶与靶标在组织中共定位，且当抗体暴露于蛋白酶时，MMP蛋白酶和SP蛋白酶中的至少一种切割抗体中的CM1-CM2底物。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列和CM2底物序列各自独立地是最多达15个氨基酸长的多肽。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列是至少一种MMP的底物，且包含与任何多肽序列(例如，被相同的MMP蛋白酶自然切割的任何动物多肽序列)基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列是至少一种MMP的底物，且包含与被相同的MMP蛋白酶自然切割的任何哺乳动物多肽序列基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列是至少一种MMP的底物，且包含与被相同的MMP蛋白酶自然切割的任何人多肽序列基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列是至少一种MMP的底物，且包含与任何多肽序列(例如，被相同的MMP蛋白酶自然切割的任何动物多肽序列)具有不超过90%或更高同一性的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列是至少一种MMP的底物，且包含与被相同的MMP蛋白酶自然切割的任何哺乳动物多肽序列具有不超过90%或更高同一性的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM1底物序列是至少一种MMP的底物，且包含与被相同的MMP蛋白酶自然切割的任何人多肽序列具有不超过90%或更高同一性的多肽序列。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM2底物序列是至少一种SP的底物，且包含与任何多肽序列(例如，被相同的SP蛋白酶自然切割的任何动物多肽序列)基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM2底物序列是至少一种SP的底物，且包含与被相同的SP蛋白酶自然切割的任何哺乳动物多肽序列基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM2底物序列是至少一种SP的底物，且包含与被相同的SP蛋白酶自然切割的任何人多肽序列基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM2底物序列是至少一种SP的底物，且包含与任何多肽序列(例如，被相同的SP蛋白酶自然切割的任何动物多肽序列)具有不超过90%或更高同一性的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM2底物序列是至少一种SP的底物，且包含与被相同的SP蛋白酶自然切割的任何哺乳动物多肽序列具有不超过90%或更高同一性的多肽序列。在一些实施方案中，CM1-CM2底物的CM2底物序列是至少一种SP的底物，且包含与被相同的SP蛋白酶自然切割的任何人多肽序列具有不超过90%或更高同一性的多肽序列。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物包含选自以下的氨基酸序列：SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557。在一些实施方案中，可活化抗体含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，以及结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)和降低AB的抗原或表位结合结构域结合其靶标的能力的掩蔽部分(MM)。
在一些实施方案中，可活化抗体含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和包含本文公开的抗Jagged抗体的氨基酸序列的抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗体含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和具有包含氨基酸序列SEQ ID NO:162或SEQ ID NO:164的轻链和包含氨基酸序列SEQ ID NO:67或SEQID NO:163的重链的抗体。
在一些实施方案中，CM1-CM2包括在具有选自SEQ ID NO:420、422、424、426、428、430、432、434、436、439、477、479、507-514、539-546、561和562的轻链氨基酸序列和SEQ IDNO:67的重链氨基酸序列的可活化抗体中。
在一些实施方案中，CM1-CM2包括在具有选自SEQ ID NO:420、422、424、426、428、430、432、434、436、439、477、479、507-514、539-546、561和562的轻链氨基酸序列和SEQ IDNO:163的重链氨基酸序列的可活化抗体中。
在一些实施方案中，可活化抗体含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和包含本文公开的抗EGFR抗体的氨基酸序列的抗EGFR抗体。在一些实施方案中，可活化抗体含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和具有包含氨基酸序列SEQ ID NO:111的轻链和包含氨基酸序列SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109或SEQ IDNO:110的重链的抗体。
在一些实施方案中，CM1-CM2包括在具有选自SEQ ID NO:449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、472、474、499-506、531-538、559和560的轻链氨基酸序列和SEQ IDNO:108的重链氨基酸序列的可活化抗体中。
在一些实施方案中，CM1-CM2包括在具有选自SEQ ID NO:449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、472、474、499-506、531-538、559和560的轻链氨基酸序列和SEQ IDNO:109的重链氨基酸序列的可活化抗体中。
在一些实施方案中，CM1-CM2包括在具有选自SEQ ID NO:449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、472、474、499-506、531-538、559和560的轻链氨基酸序列和SEQ IDNO:110的重链氨基酸序列的可活化抗体中。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物也是至少一种额外蛋白酶的底物。
在一些实施方案中，至少一种额外蛋白酶是与切割CM1的MMP蛋白酶不同的MMP蛋白酶。在一些实施方案中，至少一种额外蛋白酶是选自以下的MMP蛋白酶：MMP1；MMP2；MMP3；MMP7；MMP8；MMP9；MMP10；MMP11；MMP12；MMP13；MMP14；MMP15；MMP16；MMP17；MMP19；MMP20；MMP23；MMP24；MMP26；和MMP27。
在一些实施方案中，至少一种额外蛋白酶是与切割CM2的SP蛋白酶不同的SP蛋白酶。在一些实施方案中，所述至少一种额外SP蛋白酶选自uPA；matriptase；活化蛋白C；组织蛋白酶A；组织蛋白酶G；糜蛋白酶；凝血因子蛋白酶，诸如例如FVIIa、FIXa、FXa、FXIa、FXIIa；弹性蛋白酶；颗粒酶B；Guanidinobenzoatase；HtrA1；人中性粒细胞弹性蛋白酶；乳铁蛋白；Marapsin；NS3/4A；PACE4；纤溶酶；PSA；tPA；凝血酶；类胰蛋白酶；II型跨膜丝氨酸蛋白酶(TTSP)，诸如例如DESC1、DPP-4、FAP、Hepsin、Matriptase-2、TMPRSS2、TMPRSS3和/或TMPRSS4。
在一些实施方案中，至少一种额外蛋白酶选自表6中所示的那些。
表 6：示例性蛋白酶和/或酶
Figure 943997DEST_PATH_IMAGE002
本发明还提供包括至少第一CM1和第二CM2且与试剂缀合的抗体。在一些实施方案中，第一CM1和第二CM2各自是不超过15个氨基酸长的多肽。在一些实施方案中，可活化抗体是缀合的可活化抗体，其未切割状态下具有如下的从N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2-AB-试剂、试剂-AB-CM2-CM1-MM、MM-CM2-CM1-AB-试剂或试剂-AB-CM1-CM2-MM。在一些实施方案中，可活化抗体是缀合的可活化抗体，其未切割状态下具有如下的从N-端至C-端的结构排列：试剂-MM-CM1-CM2-AB、AB-CM2-CM1-MM-试剂、试剂-MM-CM2-CM1-AB或AB-CM1-CM2-MM-试剂。在一些实施方案中，可活化抗体是缀合的可活化抗体，其未切割状态下具有如下的从N-端至C-端的结构排列：试剂-MM-CM1-CM2-AB-试剂、试剂-AB-CM2-CM1-MM-试剂、试剂-MM-CM2-CM1-AB-试剂或试剂-AB-CM1-CM2-MM-试剂。
在一些实施方案中，可活化抗体是缀合的可活化抗体，其包含掩蔽部分(MM)、第一连接肽(LP1)和第二连接肽(LP2)，且未切割状态下的抗体具有如下的从N-端至C-端的结构排列：MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB-试剂、试剂-AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB-试剂或试剂-AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM。在一些实施方案中，LP1和LP2各自是约1-20个氨基酸长的肽。在一些实施方案中，两个连接肽不需要彼此相同。
在一些实施方案中，可活化抗体是缀合的可活化抗体，其包含掩蔽部分(MM)、第一连接肽(LP1)和第二连接肽(LP2)，且未切割状态下的抗体具有如下的从N-端至C-端的结构排列：试剂-MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM-试剂、试剂-MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB或AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM-试剂。在一些实施方案中，LP1和LP2各自是约1-20个氨基酸长的肽。在一些实施方案中，两个连接肽不需要彼此相同。
在一些实施方案中，可活化抗体是缀合的可活化抗体，其包含掩蔽部分(MM)、第一连接肽(LP1)和第二连接肽(LP2)，且未切割状态下的抗体具有如下的从N-端至C-端的结构排列：试剂-MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB-试剂、试剂-AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM-试剂、试剂-MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB-试剂或试剂-AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM-试剂。在一些实施方案中，LP1和LP2各自是约1-20个氨基酸长的肽。在一些实施方案中，两个连接肽不需要彼此相同。
在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括掩蔽部分(MM)和CM1之间的连接肽(LP'')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')和CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括MM和CM1之间的连接肽(LP'')、CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和AB之间的连接肽(LP''')。
在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括CM2和掩蔽部分(MM)之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')和CM1和CM2之间的连接肽(LP')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。在一些实施方案中，缀合的可活化抗体包括AB和CM1之间的连接肽(LP'')、CM1和CM2之间的连接肽(LP')和CM2和MM之间的连接肽(LP''')。
在一些实施方案中，LP'是GG。在一些实施方案中，LP'是GGSGGS (SEQ ID NO:350)。
在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一种包含选自以下的氨基酸序列：(GS)n、(GGS)n、(GSGGS)n (SEQ ID NO:381)和(GGGS)n (SEQ ID NO:382)，其中n是至少1的整数。
在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一种包含选自以下的氨基酸序列：GGSG(SEQ ID NO:383)、GGSGG (SEQ ID NO:384)、GSGSG (SEQ ID NO:385)、GSGGG (SEQ ID NO:386)、GGGSG (SEQ ID NO:387)和GSSSG (SEQ ID NO:388)。
在一些实施方案中，LP1包含氨基酸序列GSSGGSGGSGGSG (SEQ ID NO:389)、GSSGGSGGSGG (SEQ ID NO:390)、GSSGGSGGSGGS (SEQ ID NO:391)、GSSGGSGGSGGSGGGS(SEQ ID NO:392)、GSSGGSGGSG (SEQ ID NO:393)或GSSGGSGGSGS (SEQ ID NO:394)。
在一些实施方案中，LP2包含氨基酸序列GSS、GGS、GGGS (SEQ ID NO:395)、GSSGT(SEQ ID NO:396)或GSSG (SEQ ID NO:397)。
在一些实施方案中，CM1-CM2底物连接或以其它方式附接至抗体。例如，CM1-CM2用于将一个或多个试剂连接至结合给定靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，使得当暴露于MMP和/或SP时CM1-CM2被切割，且从AB释放试剂。示例性靶标包括但不限于表1中所示的靶标。示例性AB包括但不限于表2中所示的抗体。
在一些实施方案中，AB对于结合靶标具有约100nM或更低的解离常数。
在一些实施方案中，抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，结合靶标的抗体或其免疫活性片段是单克隆抗体、结构域抗体、单链、Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scab、dAb、单一结构域重链抗体或单一结构域轻链抗体。在一些实施方案中，这样的结合靶标的抗体或其免疫活性片段是小鼠、其它啮齿动物、嵌合、人源化或全人单克隆抗体。
在一些实施方案中，MM与AB结合的解离常数不大于AB与靶标的解离常数。
在一些实施方案中，在切割状态下，MM不干扰AB结合靶标或不与AB竞争结合靶标。
在一些实施方案中，MM是约2-40个氨基酸长的多肽。例如，MM是最多达约40个氨基酸长的多肽。
在一些实施方案中，MM多肽序列与AB的任何天然结合配偶体的多肽序列不同。在一些实施方案中，MM多肽序列与AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。在一些实施方案中，MM多肽序列与AB的任何天然结合配偶体具有不多于40%、30%、25%、20%、15%或10%同一性。
在一些实施方案中，与AB或可活化抗体的AB缀合的试剂是治疗剂。在一些实施方案中，所述试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，所述试剂是毒素或其片段。如本文所用，毒素的片段是保留毒性活性的片段。在一些实施方案中，试剂经由可切割接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂经由包括至少一种CM1-CM2底物序列的接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂经由不可切割接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂是微管抑制剂。在一些实施方案中，试剂是核酸损伤剂，诸如DNA烷化剂或DNA嵌入剂，或其它DNA损伤剂。在一些实施方案中，试剂是选自表3中所列的试剂。在一些实施方案中，试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是美登木素生物碱或美登木素生物碱衍生物。在一些实施方案中，试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是加利车霉素（calicheamicin）或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬二聚体。
在一些实施方案中，试剂是抗炎剂。
在一些实施方案中，抗体和/或可活化抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，可检测部分是诊断剂。
在一些实施方案中，缀合的抗体和/或缀合的可活化抗体包括可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记包括成像剂、造影剂、酶、荧光标记、发色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在一些实施方案中，成像剂包含放射性同位素。在一些实施方案中，放射性同位素是铟或锝。在一些实施方案中，造影剂包含碘、钆或氧化铁。在一些实施方案中，酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在一些实施方案中，荧光标记包含黄色荧光蛋白(YFP)、青色荧光蛋白(CFP)、绿色荧光蛋白(GFP)、修饰的红色荧光蛋白(mRFP)、红色荧光蛋白tdimer2 (RFP tdimer2)、HCRED或铕衍生物。在一些实施方案中，发光标记包含N-甲基吖啶鎓(methylacrydium)衍生物。在一些实施方案中，标记包含AlexaFluor®标记，诸如Alex Fluor® 680或Alexa Fluor® 750。在一些实施方案中，基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或一种或多种半抗原。
在一些实施方案中，可活化抗体的抗体和/或AB天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中，AB可以进行工程改造以包括一个或多个二硫键。
在一些实施方案中，抗体和/或缀合的抗体是单特异性的。在一些实施方案中，抗体和/或缀合的抗体是多特异性的，本文中被称为多特异性抗体和/或缀合的多特异性抗体。在一些实施方案中，多特异性抗体和/或缀合的多特异性抗体是双特异性或三功能性的。在一些实施方案中，抗体和/或缀合的抗体被配制为前双特异性T-细胞接合者(前BITE)分子的一部分。在一些实施方案中，抗体和/或缀合的抗体被配制为前嵌合抗原受体(前CAR)修饰的T-细胞或其它工程改造的受体或其它免疫效应细胞、诸如CAR修饰的NK细胞的一部分。在一些实施方案中，可活化抗体和/或缀合的可活化抗体被配制为前嵌合抗原受体(CAR)修饰的T-细胞的一部分。在一些实施方案中，可活化抗体和/或缀合的可活化抗体被配制为前嵌合抗原受体(CAR)修饰的NK细胞的一部分。
在一些实施方案中，可活化抗体和/或缀合的可活化抗体是单特异性的。在一些实施方案中，可活化抗体和/或缀合的可活化抗体是多特异性的，在本文中被称为多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体。如本文所用，除非另有说明，术语诸如“可活化抗体”及其所有语法变体旨在涵盖但不限于其中可活化抗体是本发明的多特异性可活化抗体的实施方案。如本文所用，除非另有说明，术语诸如“缀合的可活化抗体”及其所有语法变体旨在涵盖但不限于其中缀合的可活化抗体是本发明的缀合的多特异性可活化抗体的实施方案。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体是双特异性或三功能性的。在一些实施方案中，可活化抗体和/或缀合的可活化抗体被配制为前双特异性T-细胞接合者(前BITE)分子的一部分。在一些实施方案中，可活化抗体和/或缀合的可活化抗体被配制为前嵌合抗原受体(前CAR)修饰的T-细胞或其它工程改造的受体的一部分。
在一些实施方案中，本文所述的抗体、抗体缀合物、可活化抗体、缀合的可活化抗体、多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体与一种或多种额外试剂或额外试剂的组合结合使用。合适的额外试剂包括用于预期应用、诸如例如癌症的当前药物和/或手术疗法。例如，可活化抗体、缀合的可活化抗体、多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体可以与额外化学治疗剂或抗肿瘤剂结合使用。
在一些实施方案中，可活化抗体是多特异性可活化抗体。本文提供的多特异性可活化抗体是这样的多特异性抗体，其识别两种或更多种不同的抗原或表位，且包括至少一个掩蔽部分(MM)，所述掩蔽部分与多特异性抗体的至少一个抗原或表位结合结构域连接，使得MM的偶联降低抗原或表位结合结构域结合其靶标的能力。在一些实施方案中，MM经由起至少一种MMP蛋白酶和至少一种SP蛋白酶的底物的作用的CM1-CM2底物与多特异性抗体的抗原或表位结合结构域偶联。本文提供的可活化多特异性抗体在循环中是稳定的，在预期的治疗和/或诊断部位处被活化，但在正常(即健康)组织中不被活化，并且当被活化时展现与相应的未修饰的多特异性抗体至少相当的与靶标的结合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合Jagged靶标，例如，Jagged 1和/或Jagged 2，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列和VH CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列、VH CDR2序列和VHCDR3序列中的至少一个选自至少包括氨基酸序列SYAMS (SEQ ID NO:398)的VH CDR1序列；至少包括氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG (SEQ ID NO:399)的VH CDR2序列；和至少包括氨基酸序列DIGGRSAFDY (SEQ ID NO:400)的VH CDR3序列，及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合Jagged靶标，例如，Jagged 1和/或Jagged 2，且含有VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VL CDR1序列、VL CDR2序列和VLCDR3序列中的至少一个选自至少包括氨基酸序列RASQSISSY (SEQ ID NO:401)的VL CDR1序列；至少包括氨基酸序列AASSLQS (SEQ ID NO:402)的VL CDR2序列；至少包括氨基酸序列QQTVVAPPL (SEQ ID NO:403)的VL CDR3序列，及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合Jagged靶标，例如，Jagged 1和/或Jagged 2，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列和VH CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列、VH CDR2序列和VHCDR3序列中的至少一个选自包括与氨基酸序列SYAMS (SEQ ID NO:398)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG (SEQ ID NO:399)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VH CDR2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY (SEQ ID NO:400)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VHCDR3序列，及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合Jagged靶标，例如，Jagged 1和/或Jagged 2，且含有VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VL CDR1序列、VL CDR2序列和VLCDR3序列中的至少一个选自包括与氨基酸序列RASQSISSY (SEQ ID NO:401)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS (SEQ ID NO:402)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL (SEQ ID NO:403)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VL CDR3序列，及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合Jagged靶标，例如，Jagged 1和/或Jagged 2，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列至少包括氨基酸序列SYAMS (SEQ ID NO:398)；VH CDR2序列至少包括氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG (SEQ ID NO:399)；VH CDR3序列至少包括氨基酸序列DIGGRSAFDY (SEQ ID NO:400)；VL CDR1序列至少包括氨基酸序列RASQSISSY (SEQ ID NO:401)；VL CDR2序列至少包括氨基酸序列AASSLQS (SEQ ID NO:402)；且VL CDR3序列至少包括氨基酸序列QQTVVAPPL (SEQ ID NO:403)。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合Jagged靶标，例如，Jagged 1和/或Jagged 2，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列包括与氨基酸序列SYAMS (SEQ ID NO:398)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VH CDR2序列包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG (SEQ ID NO:399)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VH CDR3序列包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY (SEQ ID NO:400)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VL CDR1序列包括与氨基酸序列RASQSISSY (SEQ ID NO:401)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VL CDR2序列包括与氨基酸序列AASSLQS (SEQ ID NO:402)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；且VLCDR3序列包括与氨基酸序列QQTVVAPPL (SEQ ID NO:403)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合表皮生长因子受体(EGFR)，且含有VH CDR1序列、VHCDR2序列和VH CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列、VH CDR2序列和VH CDR3序列的至少一个选自至少包括氨基酸序列NYGVH (SEQ ID NO:404)的VH CDR1序列；至少包括氨基酸序列VIWSGGNTDYNTPFTS (SEQ ID NO:405)的VH CDR2序列；至少包括氨基酸序列ALTYYDYEFAY(SEQ ID NO:406)的VH CDR3序列；及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合EGFR，且含有VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的至少一个选自至少包括氨基酸序列RASQSIGTNIH (SEQ ID NO:407)的VL CDR1序列；至少包括氨基酸序列KYASESIS (SEQID NO:408)的VL CDR2序列；和至少包括氨基酸序列QQNNNWPTT (SEQ ID NO:409)的VLCDR3序列，及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合EGFR，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列和VH CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列、VH CDR2序列和VH CDR3序列中的至少一个选自包括与氨基酸序列NYGVH (SEQ ID NO:404)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列VIWSGGNTDYNTPFTS (SEQ ID NO:405)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VH CDR2序列；包括与氨基酸序列ALTYYDYEFAY (SEQ ID NO:406)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VH CDR3序列；及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合EGFR，且含有VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列中的至少一个选自包括与氨基酸序列RASQSIGTNIH (SEQ ID NO:407)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列KYASESIS (SEQ ID NO:408)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQNNNWPTT (SEQ ID NO:409)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列的VL CDR3序列，及其组合。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合EGFR，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列至少包括氨基酸序列NYGVH (SEQ ID NO:404)；VH CDR2序列至少包括氨基酸序列VIWSGGNTDYNTPFTS (SEQ IDNO:405)；VH CDR3序列至少包括氨基酸序列ALTYYDYEFAY (SEQ ID NO:406)；VL CDR1序列至少包括氨基酸序列RASQSIGTNIH (SEQ ID NO:407)；VL CDR2序列至少包括氨基酸序列KYASESIS (SEQ ID NO:408)；且VL CDR3序列至少包括氨基酸序列QQNNNWPTT (SEQ ID NO:409)。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其特异性结合EGFR，且含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其中VH CDR1序列包括与氨基酸序列NYGVH (SEQ ID NO:404)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VH CDR2序列包括与氨基酸序列VIWSGGNTDYNTPFTS (SEQ ID NO:405)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VH CDR3序列包括与氨基酸序列ALTYYDYEFAY (SEQ ID NO:406)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VL CDR1序列包括与氨基酸序列RASQSIGTNIH (SEQ ID NO:407)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；VL CDR2序列包括与氨基酸序列KYASESIS (SEQ ID NO:408)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列；且VL CDR3序列包括与氨基酸序列QQNNNWPTT (SEQID NO:409)具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的序列。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，含有包含选自SEQ IDNO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和包含本文公开的抗Jagged抗体的氨基酸序列的抗Jagged抗体。在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和具有包含氨基酸序列SEQ ID NO:162或SEQ IDNO:164的轻链和包含氨基酸序列SEQ ID NO:67或SEQ ID NO:163的重链的抗体。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括SEQ ID NO:67的重链氨基酸序列和选自SEQ ID NO:420、422、424、426、428、430、432、434、436、439、477、479、507-514、539-546、561和562的轻链氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，含有包含选自SEQ IDNO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和包含本文公开的抗EGFR抗体的氨基酸序列的抗EGFR抗体。在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，含有包含选自SEQ ID NO:1-17、22、469-471、483-490、515-522、555和557的氨基酸序列的CM1-CM2底物，和具有包含氨基酸序列SEQ ID NO:111的轻链和包含氨基酸序列SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109或SEQ ID NO:110的重链的抗体。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括SEQ ID NO:108的重链氨基酸序列和选自SEQ ID NO:449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、472、474、499-506、531-538、559和560的轻链氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括与SEQ IDNO:67的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的重链氨基酸序列和与选自SEQ ID NO:420、422、424、426、428、430、432、434、436、439、477、479、507-514、539-546、561和562的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的轻链氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文提供的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体和/或缀合的多特异性可活化抗体，至少包括与SEQ IDNO:108的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的重链氨基酸序列和与选自SEQ ID NO:449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、472、474、499-506、531-538、559和560的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的轻链氨基酸序列。
在一些实施方案中，可活化抗体还包括与AB缀合的试剂。在一些实施方案中，试剂是治疗剂。在一些实施方案中，所述试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，所述试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，试剂经由接头与AB缀合。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，试剂是微管抑制剂。在一些实施方案中，试剂是核酸损伤剂，诸如DNA烷化剂或DNA嵌入剂，或其它DNA损伤剂。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，试剂经由包括至少一种CM1-CM2底物序列的接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂是选自表3中所列的试剂。在一些实施方案中，试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是美登木素生物碱或美登木素生物碱衍生物。在一些实施方案中，试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是加利车霉素或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬二聚体。
在一些实施方案中，试剂是抗炎剂。
在一些实施方案中，可活化抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，可检测部分是诊断剂。
在一些实施方案中，缀合的抗体包括可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记包括成像剂、造影剂、酶、荧光标记、发色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在一些实施方案中，成像剂包含放射性同位素。在一些实施方案中，放射性同位素是铟或锝。在一些实施方案中，造影剂包含碘、钆或氧化铁。在一些实施方案中，酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在一些实施方案中，荧光标记包含黄色荧光蛋白(YFP)、青色荧光蛋白(CFP)、绿色荧光蛋白(GFP)、修饰的红色荧光蛋白(mRFP)、红色荧光蛋白tdimer2 (RFP tdimer2)、HCRED或铕衍生物。在一些实施方案中，发光标记包含N-甲基吖啶鎓(methylacrydium)衍生物。在一些实施方案中，标记包含Alexa Fluor®标记，诸如AlexFluor® 680或Alexa Fluor® 750。在一些实施方案中，基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或一种或多种半抗原。
在一些实施方案中，可活化抗体还包括信号肽。在一些实施方案中，信号肽经由间隔区与可活化抗体缀合。在一些实施方案中，间隔区在信号肽不存在的情况下与可活化抗体缀合。在一些实施方案中，间隔区直接连接至可活化抗体的MM。在一些实施方案中，间隔区以间隔区-MM-CM1-CM2底物-AB的N-端至C-端的结构排列直接连接至可活化抗体的MM。直接连接至可活化抗体的MM的N-端的间隔区的实例是选自以下的氨基酸序列：QGQSGQ (SEQID NO:410)、GQSGQ (SEQ ID NO:416)、QSGQ (SEQ ID NO:417)、SGQ (SEQ ID NO:418)、GQ和Q。在一些实施方案中，间隔区至少包括氨基酸序列QGQSGQ (SEQ ID NO:410)。在一些实施方案中，间隔区至少包括氨基酸序列GQSGQ (SEQ ID NO:416)。在一些实施方案中，间隔区至少包括氨基酸序列QSGQ (SEQ ID NO:417)。在一些实施方案中，间隔区至少包括氨基酸序列SGQ (SEQ ID NO:418)。在一些实施方案中，间隔区至少包括氨基酸序列GQ。在一些实施方案中，间隔区至少包括氨基酸序列Q。
在一些实施方案中，可活化抗体的AB天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中，AB可以进行工程改造以包括一个或多个二硫键。
在一些实施方案中，可活化抗体的血清半衰期比相应的抗体的血清半衰期更长；例如，可活化抗体的pK比相应的抗体的pK更长。在一些实施方案中，可活化抗体的血清半衰期类似于相应的抗体的血清半衰期。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少15天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少12天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少11天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少10天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少9天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少8天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少7天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少6天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少5天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少4天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少3天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少2天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少24小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少20小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少18小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少16小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少14小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少12小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少10小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少8小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少6小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少4小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少3小时。
本发明还提供包括可活化抗体的组合物和方法，所述可活化抗体包括特异性结合给定靶标的抗体或抗体片段(AB)，其中AB与降低AB1结合其靶标的能力的掩蔽部分(MM)偶联。在一些实施方案中，可活化抗体还包括作为至少一种MMP和至少一种SP的底物的CM1-CM2底物。本文提供的组合物和方法使得能够将一种或多种试剂连接至AB中的一个或多个半胱氨酸残基，而不损害可活化抗体的活性(例如，掩蔽、活化或结合活性)。在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法使得能够将一种或多种试剂连接至AB中的一个或多个半胱氨酸残基，而不减少或以其它方式干扰MM内的一个或多个二硫键。本文提供的组合物和方法产生可活化抗体，其与一种或多种试剂，例如多种治疗剂、诊断剂和/或预防剂中的任一种缀合，例如，在一些实施方案中，没有任何试剂与可活化抗体的MM缀合。本文提供的组合物和方法产生缀合的可活化抗体，其中MM保留有效且有效地掩蔽未切割状态下的可活化抗体的AB的能力。本文提供的组合物和方法产生缀合的可活化抗体，其中可活化抗体在可切割CM1-CM2底物的MMP存在的情况下仍被活化，即切割。
可活化抗体具有试剂的至少一个缀合点，但在本文提供的方法和组合物中，少于所有可能的缀合点可用于与试剂缀合。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是涉及二硫键的硫原子。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是涉及链间二硫键的硫原子。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是涉及链间硫化物键的硫原子，但不是涉及链内二硫键的硫原子。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是半胱氨酸或含有硫原子的其它氨基酸残基的硫原子。这样的残基可以天然存在于抗体结构中，或者可以通过定点诱变、化学转化或错误并入非天然氨基酸而并入抗体中。
还提供了制备在AB中具有一个或多个链间二硫键和在MM中具有一个或多个链内二硫键的可活化抗体的缀合物的方法，并且提供与游离硫醇反应的药物。该方法通常包括用还原剂(诸如例如TCEP)部分还原可活化抗体中的链间二硫键；和将与游离巯基反应的药物与部分还原的可活化抗体缀合。如本文所用，术语部分还原是指其中可活化抗体与还原剂接触且少于所有二硫键，例如少于所有可能的缀合位点被减少的情况。在一些实施方案中，少于99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或少于5％的所有可能的缀合位点被还原。
在一些实施方案中，提供了将试剂例如药物还原和缀合至可活化抗体、导致试剂放置的选择性的方法。该方法通常包括用还原剂部分还原可活化抗体，使得可活化抗体的掩蔽部分或其它非AB部分中的任何缀合位点不被还原，并将该试剂缀合至AB中的链间硫醇。选择缀合位点以便允许试剂的期望放置，以允许在期望的位点发生缀合。还原剂例如为TCEP。通过鉴定产生其中MM保留有效和有效地掩蔽未切割状态下的可活化抗体的AB的能力的缀合的可活化抗体的条件来鉴定还原反应条件，诸如例如还原剂与可活化抗体的比率，温育时间，温育期间的温度，还原反应溶液的pH等。还原剂与可活化抗体的比率将根据可活化抗体而变化。在一些实施方案中，还原剂与可活化抗体的比率将范围为约20:1至1:1、约10:1至1:1、约9:1至1:1、约8:1至1:1、约7:1至1:1、约6:1至1:1、约5:1至1:1、约4:1至1:1、约3:1至1:1、约2:1至1:1、约20:1至1:1.5、约10:1至1:1.5、约9:1至1:1.5、约8:1至1:1.5、约7:1至1:1.5、约6:1至1:1.5、约5:1至1:1.5、约4:1至1:1.5、约3:1至1:1.5、约2:1至1:1.5、约1.5:1至1:1.5或约1:1至1:1.5。在一些实施方案中，比率在约5:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约5:1至1.5:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约4:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约4:1至1.5:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约8:1至约1:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约2.5:1至1:1的范围内。
在一些实施方案中，提供了还原可活化抗体的AB中的链间二硫键和将试剂(例如，含硫醇的试剂，诸如药物)缀合至所得链间硫醇以将试剂选择性定位在AB上的方法。该方法通常包括用还原剂部分还原AB以形成至少两个链间硫醇，而不在可活化抗体中形成所有可能的链间硫醇；和将所述试剂缀合至部分还原的AB的链间硫醇。例如，以还原剂:可活化抗体的期望比率将可活化抗体的AB在约37℃下部分还原约1小时。在一些实施方案中，还原剂与可活化抗体的比率将范围为约20:1至1:1、约10:1至1:1、约9:1至1:1、约8:1至1:1、约7:1至1:1、约6:1至1:1、约5:1至1:1、约4:1至1:1、约3:1至1:1、约2:1至1:1、约20:1至1:1.5、约10:1至1:1.5、约9:1至1:1.5、约8:1至1:1.5、约7:1至1:1.5、约6:1至1:1.5、约5:1至1:1.5、约4:1至1:1.5、约3:1至1:1.5、约2:1至1:1.5、约1.5:1至1:1.5或约1:1至1:1.5。在一些实施方案中，比率在约5:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约5:1至1.5:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约4:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约4:1至1.5:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约8:1至约1:1的范围内。在一些实施方案中，比率在约2.5:1至1:1的范围内。
含硫醇的试剂可以是例如半胱氨酸或N-乙酰半胱氨酸。还原剂可以是例如TCEP。在一些实施方案中，可以在缀合之前使用例如柱色谱、透析或渗滤纯化还原的可活化抗体。在一些实施方案中，在部分还原后和缀合之前不纯化还原的抗体。
本发明还提供了部分还原的可活化抗体，其中可活化抗体中的至少一个链间二硫键已用还原剂还原，而不干扰可活化抗体中的任何链内二硫键，其中可活化抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，抑制未切割状态下的可活化抗体的AB与靶标的结合的掩蔽部分(MM)，和与AB偶联的CM1-CM2底物，其中CM1-CM2底物是起至少一种MMP和一种SP的底物的作用的多肽。在一些实施方案中，MM经由CM1-CM2底物与AB偶联。在一些实施方案中，可活化抗体的一个或多个链内二硫键不被还原剂干扰。在一些实施方案中，可活化抗体内的MM的一个或多个链内二硫键不被还原剂干扰。在一些实施方案中，未切割状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM。在一些实施方案中，还原剂是TCEP。
本发明还提供了部分还原的可活化抗体，包括但不限于本发明的多特异性可活化抗体，其中可活化抗体中的至少一个链间二硫键已用还原剂还原，而不干扰或以其它方式损害可活化抗体的活性和/或效力，其中可活化抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，抑制未切割状态下的可活化抗体的AB与靶标的结合的掩蔽部分(MM)，和与AB偶联的CM1-CM2底物，且CM1-CM2底物是起蛋白酶的底物作用的多肽。通过非限制性实例，可活化抗体的活性和/或效力是可活化抗体的掩蔽活性、活化和/或活化的可活化抗体的结合活性。在一些实施方案中，可活化抗体的一个或多个链内二硫键不被还原剂干扰。在一些实施方案中，可活化抗体内的MM的一个或多个链内二硫键不被还原剂干扰。在一些实施方案中，未切割状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM。在一些实施方案中，还原剂是TCEP。
本发明还提供了缀合的可活化抗体，其包括与单甲基阿里他汀D (MMAD)有效负载连接的可活化抗体，其中可活化抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，抑制未切割状态下的可活化抗体的AB与靶标的结合的掩蔽部分(MM)，和与AB偶联的CM1-CM2底物，且其中CM1-CM2底物是起至少一种MMP蛋白酶和至少一种SP蛋白酶的底物的作用的多肽。
在一些实施方案中，可以使用几种用于将试剂附接至AB的方法中的任一种来缀合MMAD-缀合的可活化抗体：(a)附接至AB的碳水化合物部分，或(b)附接至AB的巯基，或(c)附接至AB的氨基，或(d)附接至AB的羧酸酯基团。
在一些实施方案中，MMAD有效负载经由接头与AB缀合。在一些实施方案中，MMAD有效负载经由接头与AB中的半胱氨酸缀合。在一些实施方案中，MMAD有效负载经由接头与AB中的赖氨酸缀合。在一些实施方案中，MMAD有效负载经由接头与AB中的另一残基(诸如本文公开的那些残基)缀合。在一些实施方案中，所述接头是含硫醇的接头。在一些实施方案中，所述接头是可切割接头。在一些实施方案中，所述接头是不可切割接头。在一些实施方案中，所述接头选自表5和6中所示的接头。在一些实施方案中，可活化抗体和MMAD有效载荷经由马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸接头连接。在一些实施方案中，可活化抗体和MMAD有效载荷经由马来酰亚胺PEG-缬氨酸-瓜氨酸接头连接。在一些实施方案中，可活化抗体和MMAD有效载荷经由马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头连接。在一些实施方案中，可活化抗体和MMAD有效载荷经由马来酰亚胺PEG-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头连接。在一些实施方案中，使用本文公开的部分还原和缀合技术将MMAD有效载荷与AB缀合。
本发明还提供了包括本文提供的CM1-CM2底物序列中的一种或多种的多肽和其它较大分子。作为非限制性实例，本文提供的CM1-CM2底物序列可用于前药组合物及其使用方法中。本文提供的这些CM1-CM2底物序列也可用于探针和其它检测剂及其使用方法中。例如，本文提供的CM1-CM2底物序列可以与荧光和其它猝灭剂结合使用以产生检测剂，诸如成像剂和/或其它诊断剂。本领域普通技术人员将理解本文提供的CM1-CM2底物序列可用于本领域使用可由至少一种MMP和至少一种SP切割的底物的任何组合物和/或方法中。
本发明还提供了编码本文所述的抗体和/或可活化抗体的分离的核酸分子，以及包括这些分离的核酸序列的载体。本发明提供了通过在导致表达抗体和/或可活化抗体的条件下培养细胞来产生抗体和/或可活化抗体的方法，其中所述细胞包含这样的载体。
本发明提供了通过如下制造本发明的结合给定靶标的缀合的抗体的方法：(a)在导致表达所述抗体的条件下培养包含编码所述抗体的核酸构建体的细胞，(i)其中所述抗体包括CM1-CM2底物，且(ii)其中所述CM1-CM2底物是起基质金属蛋白酶和丝氨酸蛋白酶的底物作用的多肽；(b)回收所述抗体；和(c)将回收的抗体与一种或多种额外试剂缀合。
本发明还提供了通过如下制造本发明的在活化状态下结合给定靶标的可活化抗体的方法：(a)在导致表达所述可活化抗体的条件下培养包含编码所述可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中可活化抗体包含掩蔽部分(MM)、CM1-CM2底物和特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，(i)其中CM1-CM2底物是起MMP和SP的底物的作用的多肽；且(ii)其中CM1-CM2底物位于可活化抗体中，使得在未切割状态下，MM干扰AB与靶标的特异性结合，且在切割状态下，MM不干扰AB特异性结合靶标或竞争AB特异性结合靶标；和(b)回收可活化抗体。
本发明还提供了通过如下制造本发明的在活化状态下结合给定靶标的缀合的可活化抗体的方法：(a)在导致表达所述可活化抗体的条件下培养包含编码所述可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中可活化抗体包含掩蔽部分(MM)、CM1-CM2底物和特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，(i)其中CM1-CM2底物是起MMP和SP的底物的作用的多肽；且(ii)其中CM1-CM2底物位于可活化抗体中，使得在未切割状态下，MM干扰AB与靶标的特异性结合，且在切割状态下，MM不干扰AB特异性结合靶标或竞争AB特异性结合靶标；(b)回收所述可活化抗体；和(c)将回收的抗体与一种或多种额外试剂缀合。
本发明提供了通过将治疗有效量的本文所述的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于有需要的受试者来在受试者中预防靶标相关的疾病、延迟靶标相关的疾病的进展、治疗靶标相关的疾病、减轻靶标相关的疾病的症状或以其它方式改善靶标相关的疾病的方法。
本发明提供了通过将治疗有效量的本文所述的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于有需要的受试者来在受试者中预防炎症和/或炎性病症、延迟炎症和/或炎性病症的进展、治疗炎症和/或炎性病症、减轻炎症和/或炎性病症的症状或以其它方式改善炎症和/或炎性病症的方法。本发明还提供了通过将治疗有效量的本文所述的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于有需要的受试者来在受试者中预防癌症、延迟癌症的进展、治疗癌症、减轻癌症的症状或以其它方式改善癌症的方法。本发明还提供了通过将治疗有效量的本文所述的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于有需要的受试者来在受试者中预防自身免疫学疾病、延迟自身免疫学疾病的进展、治疗自身免疫学疾病、减轻自身免疫学疾病的症状或以其它方式改善自身免疫学疾病的方法。
在这些方法和用途的任何实施方案中使用的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体可以在疾病的任何阶段施用。例如，这样的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体可以施用于患有任何阶段的癌症(从早期至转移)的患者。术语受试者和患者在本文可互换使用。
在一些实施方案中，所述受试者是哺乳动物，诸如人、非人灵长类动物、伴侣动物(例如，猫、狗、马)、家畜、耕畜或动物园动物。在一些实施方案中，所述受试者是啮齿动物。在一些实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，受试者是伴侣动物。在一些实施方案中，受试者是兽医护理的动物。
将缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体及其治疗制剂施用于患有或易患异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症的受试者。使用本领域已知的各种方法中的任一种鉴定患有或易患异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症的受试者。例如，使用各种临床和/或实验室测试(诸如身体检查和血液、尿液和/或粪便分析)中的任一种来鉴定患有癌症或其它肿瘤病况的受试者以评估健康状况。例如，使用各种临床和/或实验室测试(诸如身体检查和/或体液分析，例如血液、尿液和/或粪便分析)中的任一种来鉴定患有炎症和/或炎性病症的受试者，以评估健康状况。
如果实现各种实验室或临床目标中的任一种，则将缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于患有与异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症被认为是成功的。例如，如果与疾病或病症相关的症状中的一种或多种得到缓解、减少、抑制或不进展至进一步(即更差)状态，则将缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于患有与异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症被认为是成功的。如果疾病或病症进入缓解或不进展至进一步(即更差)状态，则将缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于患有与异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症被认为是成功的。
在一些实施方案中，本文所述的抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体与一种或多种额外试剂或额外试剂的组合结合使用。合适的额外试剂包括用于预期应用、诸如例如癌症的当前药物和/或手术疗法。例如，抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体可以与额外化学治疗剂或抗肿瘤剂结合使用。
在一些实施方案中，所述额外试剂是化学治疗剂，诸如选自多西他赛、紫杉醇、abraxane(即，白蛋白缀合的紫杉醇)、多柔比星、奥沙利铂、卡铂、顺铂、伊立替康和吉西他滨的化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述额外试剂是检查点抑制剂、激酶抑制剂、靶向肿瘤微环境中的抑制剂的试剂和/或T-细胞或NK激动剂。在一些实施方案中，所述额外试剂是单独或与其它额外试剂诸如化学治疗剂或抗肿瘤剂组合的放射疗法。在一些实施方案中，所述额外试剂是疫苗、肿瘤病毒和/或DC-活化剂，诸如，通过非限制性实例的方式，toll样受体(TLR)激动剂和/或α- CD40。在一些实施方案中，所述额外试剂是设计为经由ADCC或经由与毒素的直接缀合(例如，抗体药物缀合物(ADC))杀死肿瘤的肿瘤靶向抗体。
在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是选自CTLA-4、LAG-3、PD-1、PD-1、TIGIT、TIM-3、B7H4、BTLA和Vista的靶标的抑制剂。在一些实施方案中，所述激酶抑制剂选自B-RAFi、MEKi和Btk抑制剂，诸如依鲁替尼。在一些实施方案中，所述激酶抑制剂是克里唑替尼。在一些实施方案中，所述肿瘤微环境抑制剂选自IDO抑制剂、α-CSF1R抑制剂、α-CCR4抑制剂、TGF-β、骨髓衍生的抑制细胞或T调节细胞。在一些实施方案中，所述激动剂选自Ox40、GITR、CD137、ICOS、CD27和HVEM。
在一些实施方案中，所述抑制剂是CTLA-4抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是LAG-3抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是PD-1抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是PD-1抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是TIGIT抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是TIM-3抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是B7H4抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是Vista抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是B-RAFi抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是MEKi抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是Btk抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是依鲁替尼。在一些实施方案中，所述抑制剂是克里唑替尼。在一些实施方案中，所述抑制剂是IDO抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是α-CSF1R抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是α-CCR4抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是TGF-β。在一些实施方案中，所述抑制剂是骨髓衍生的抑制细胞。在一些实施方案中，所述抑制剂是T调节细胞。
在一些实施方案中，所述激动剂是Ox40。在一些实施方案中，所述激动剂是GITR。在一些实施方案中，所述激动剂是CD137。在一些实施方案中，所述激动剂是ICOS。在一些实施方案中，所述激动剂是CD27。在一些实施方案中，所述激动剂是HVEM。
在一些实施方案中，所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体在治疗期间和/或之后与一种或多种额外试剂组合施用，所述额外试剂诸如例如化学治疗剂、抗炎剂和/或免疫抑制剂。在一些实施方案中，将所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂配制于单一治疗组合物中，且同时施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。可选地，所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂彼此分开，例如，各自配制于分开的治疗组合物中，且同时施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂，或在治疗方案期间在不同的时间施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。例如，在施用额外试剂之前施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，在施用额外试剂之后施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，或以交替的方式施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。如本文所述，以单剂量或多剂量施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。
在一些实施方案中，同时施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。例如，所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂可以配制在单一组合物中或作为两种或更多种分开的组合物施用。在一些实施方案中，依次施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂，或者在治疗方案期间在不同的时间施用所述抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。
在一些实施方案中，在治疗期间和/或之后将所述缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体与一种或多种额外试剂组合施用，所述额外试剂诸如（通过非限制性实例的方式），抗炎剂、免疫抑制剂、化学治疗剂，诸如烷化剂、抗代谢物、抗微管剂、拓扑异构酶抑制剂、细胞毒性抗生素和/或任何其它核酸损伤剂。在一些实施方案中，所述额外试剂是紫杉烷，诸如紫杉醇(例如，Abraxane®)。在一些实施方案中，所述额外试剂是抗代谢物，诸如吉西他滨。在一些实施方案中，所述额外试剂是烷化剂，诸如基于铂的化学疗法，诸如卡铂或顺铂。在一些实施方案中，所述额外试剂是靶向试剂，诸如激酶抑制剂，例如索拉非尼或埃罗替尼。在一些实施方案中，所述额外试剂是靶向试剂，诸如另一种抗体，例如单克隆抗体(例如，贝伐单抗)，双特异性抗体或多特异性抗体。在一些实施方案中，所述额外试剂是蛋白酶体抑制剂，诸如硼替佐米或卡非佐贝。在一些实施方案中，所述额外试剂是免疫调节剂，诸如来那度胺（lenolidominde）或IL-2。在一些实施方案中，所述额外试剂是辐射剂。在一些实施方案中，所述额外试剂是本领域技术人员认为是护理标准的试剂。在一些实施方案中，所述额外试剂是本领域技术人员众所周知的化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述额外试剂是抗体、另一缀合的抗体、另一可活化抗体和/或另一缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，所述额外试剂是与第一缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体针对相同的靶标的抗体、另一缀合的抗体、另一可活化抗体和/或另一缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，所述额外试剂是针对与第一缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的靶标不同的靶标的抗体、另一缀合的抗体、另一可活化抗体和/或另一缀合的可活化抗体。
在一些实施方案中，同时施用所述缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂。例如，所述缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂可以配制在单一组合物中或作为两种或更多种分开的组合物施用。在一些实施方案中，依次施用所述缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和额外试剂，或者在治疗方案期间在不同的时间施用所述抗体和/或缀合的抗体和额外试剂。例如，在施用额外试剂之前施用所述抗体和/或缀合的抗体，在施用额外试剂之后施用所述抗体和/或缀合的抗体，或以交替的方式施用所述抗体和/或缀合的抗体和额外试剂。如本文所述，以单剂量或多剂量施用所述抗体和/或缀合的抗体和额外试剂。
本发明还提供了用于在各种诊断和/或预防适应症中使用缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的方法和试剂盒。
根据本发明的药物组合物可以包括本发明的抗体、缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体和载体。这些药物组合物可以包括在试剂盒诸如例如诊断试剂盒中。
附图简述
图1A和1B是描绘人Jagged 1结合ELISA测定的结果的一系列图，其表明抗Jagged抗体和掩蔽的且活化的可活化抗体的结合。含有(A) 2001和(B) 1001/LP'/0001底物的可活化抗体通过uPA(丝氨酸蛋白酶)、MMP14 (MMP)和uPA与MMP14组合活化。活化的可活化抗体显示与抗Jagged抗体等同的结合。
图2是描绘在单次5 mg/kg静脉内剂量之后的抗Jagged抗体和1001/LP'/0001和2001可活化抗体的人IgG血清浓度的图。抗Jagged抗体由于靶标介导的清除而迅速清除。相比之下，抗Jagged可活化抗体在循环中仍然被掩蔽。
图3是描绘相对于初始剂量后时间绘制的HCC1806肿瘤体积(组平均值±SEM n =8)的图。将组在研究的第1天和第8天给药。抗Jagged-SPDB-DM4抗体和抗Jagged 2001可活化抗体-SPDB-DM4组两者都显示肿瘤消退，而同种型-SPDB-DM4组未显示肿瘤生长抑制。
图4是描绘相对于初始剂量后时间绘制的初始体重百分比(组平均值 n = 8)的图。将组在研究的第1天和第8天给药。抗Jagged-SPDB-DM4 ADC治疗组中的动物显示显著的体重减轻，而PBS、同种型-SPDB-DM4 ADC和抗Jagged 2001可活化抗体-SPDB-DM4处理的动物显示没有显著的体重减轻。
图5是描绘在H292异种移植荷瘤小鼠中12.5 mg/kg这样的EGFR可活化抗体的剂量后8天内在血浆中测量的EGFR可活化抗体的体内活化的图。
图6是描绘在H292异种移植荷瘤小鼠中EGFR活化抗体的体内效力的图。
图7是描绘在H292异种移植肿瘤微环境中EGFR可活化抗体活化的原位评估的图。
图8A、8B、8C、8D、8E和8F是描绘用对照静脉内免疫球蛋白(IVIG，图8A)、抗EGFR抗体西妥昔单抗(图8B)、本文被称为抗EGFR 2001可活化抗体的抗EGFR可活化抗体(其包括SEQ ID NO:108的重链序列和SEQ ID NO:449的轻链序列)(图8C)；本文被称为抗EGFR 2003可活化抗体的抗EGFR可活化抗体(其包括SEQ ID NO:108的重链序列和SEQ ID NO:472的轻链序列)(图8D)；或本文被称为抗EGFR 2005可活化抗体的抗EGFR可活化抗体(其包括SEQID NO:108的重链序列和SEQ ID NO:474的轻链序列)(图8E)施用后各个时间点的nu/nu小鼠中H292异种移植肿瘤的肿瘤体积的一系列图。对于图8C和8D中所示的数据，每组由于体重减轻而损失一只动物。图8F是在单个图中绘制并比较图8A-8E中呈现的数据的图。
图9是描绘用同种型对照静脉内免疫球蛋白(IVIG)、20 mg/kg剂量的本文被称为4D11的抗Jagged抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:162的轻链序列)、10mg/kg剂量的4D11抗体、5 mg/kg剂量的4D11抗体、本文被称为抗Jagged 2001可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:420的轻链序列)、本文被称为抗Jagged 1004/LP'/0001可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:432的轻链序列)、本文被称为抗Jagged 2003可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:477的轻链序列)和本文被称为抗Jagged 2005可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:477的轻链序列)施用后如通过体重(BW)损失所测量的毒性的图。结果显示为在研究期间的各个时间点的相对体重(BW)变化百分比(％)。
图10是描绘用同种型对照静脉内免疫球蛋白(IVIG)、20 mg/kg剂量的本文被称为4D11的抗Jagged抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:162的轻链序列)、10mg/kg剂量的4D11抗体、5 mg/kg剂量的4D11抗体、本文被称为抗Jagged 2001可活化抗体(“2001”)的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:420的轻链序列)、本文被称为抗Jagged 1004/LP'/0001可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:432的轻链序列)和本文被称为抗Jagged 1004/LP'/0003可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ IDNO:424的轻链序列)施用后如通过体重(BW)损失所测量的毒性的图。结果显示为在研究期间的各个时间点的相对体重(BW)变化百分比(％)。
图11A、11B、11C、11D、11E、11F、11G和11H以及图12是描绘当并入本发明的可活化抗EGFR抗体时本发明的各种底物的效力的一系列图。通过在施用后的各个时间点测量肿瘤体积(TV mm3)来评估底物的效力。
图13是描绘用对照静脉注射免疫球蛋白(IVIG)、本发明的抗Jagged抗体和包括本发明的各种底物的本发明的可活化抗Jagged抗体施用后DBA/1小鼠中根据体重(BW)损失测量毒性的图。
图14是描绘在H292(空心箭头)和FaDu(实心箭头)共同植入的异种移植肿瘤模型中西妥昔单抗和含有串联底物的两个EGFR可活化抗体的FLIT-μCT成像数据的3D重构的图。
发明详述
本发明提供了包括作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的至少第一可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)的氨基酸序列。这些CM1-CM2底物可用于各种治疗、诊断和预防性适应症中。例如，这些CM1-CM2底物可用于可活化抗体，其包括抗体或其抗原结合片段(AB)，其包括与AB的至少一个抗原或表位结合结构域连接的至少一个掩蔽部分(MM)，使得MM的偶联降低AB结合其靶标的能力。
本文提供的实施例证明当在特定条件下暴露于至少一种MMP蛋白酶和/或至少一种SP蛋白酶时，这些CM1-CM2底物表现出许多所需切割特性。
本发明还提供了包括这些CM1-CM2底物中的一种或多种的抗体。例如，当将抗体与一种或多种额外试剂缀合以产生缀合的抗体时，这些CM1-CM2底物是有用的。这些CM1-CM2底物也可用于可活化抗体和/或可活化抗体缀合物中。
缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)。AB的靶标的示例性类别包括但不必限于细胞表面受体和分泌的结合蛋白(例如生长因子)、可溶性酶、结构蛋白(例如胶原、纤连蛋白)等。在一些实施方案中，缀合的抗体和/或可活化抗体具有结合细胞外靶标(通常为细胞外蛋白靶标)的AB。在一些实施方案中，缀合的抗体和/或可活化抗体被设计用于细胞摄取并且在细胞内可切换。
作为非限制性实例，AB是表1中所列的任一靶标的结合配偶体。
表1：示例性靶标
Figure 172722DEST_PATH_IMAGE003
Figure 952459DEST_PATH_IMAGE004
作为非限制性实例，AB是或衍生自表2中所列的抗体。
表2：示例性Ab来源
抗体商品名(抗体名) 靶标
Avastin™ (贝伐单抗) VEGF
Lucentis™ (雷珠单抗) VEGF
Erbitux™ (西妥昔单抗) EGFR
Vectibix™ (帕尼单抗) EGFR
Remicade™ (英夫利昔单抗) TNFα
Humira™ (阿达木单抗) TNFα
Tysabri™ (那他珠单抗) 整联蛋白α4
Simulect™ (巴利昔单抗) IL2R
Soliris™ (艾库组单抗) 补体C5
Raptiva™ (伊伐珠单抗) CD11a
Bexxar™ (托西莫单抗) CD20
Zevalin™ (替伊莫单抗) CD20
Rituxan™ (利妥昔单抗) CD20
奥瑞珠单抗(Ocrelizumab) CD20
Arzerra™ (奥法木单抗) CD20
Gazyva™ (Obinutuzumab) CD20
Zenapax™ (达珠单抗) CD25
Adcetris™ (brentuximab vedotin) CD30
Myelotarg™ (吉妥珠单抗) CD33
Mylotarg™ (吉妥珠单抗奥佐米星) CD33
Campath™ (阿仑单抗) CD52
ReoPro™ (阿昔单抗) 糖蛋白受体 IIb/IIIa
Xolair™ (奥马珠单抗) IgE
Herceptin™ (曲妥单抗) Her2
Kadcyla™ (曲妥单抗 emtansine) Her2
Synagis™ (帕利珠单抗) RSV的F蛋白
(易普利姆玛) CTLA-4
(替西木单抗(tremelimumab)) CTLA-4
Hu5c8 CD40L
(帕妥珠单抗) Her2-neu
(ertumaxomab) CD3/Her2-neu
Orencia™ (阿巴西普) CTLA-4
(他尼珠单抗(tanezumab)) NGF
(巴维昔单抗) 磷脂酰丝氨酸
(zalutumumab) EGFR
(mapatumumab) EGFR
(matuzumab) EGFR
(尼妥珠单抗) EGFR
ICR62 EGFR
mAb 528 EGFR
CH806 EGFR
MDX-447 EGFR/CD64
(依决洛单抗) EpCAM
RAV12 RAAG12
huJ591 PSMA
Enbrel™ (依那西普) TNF-R
Amevive™ (alefacept) 1-92-LFA-3
Antril™, Kineret™ (阿那白滞素) IL-1Ra
GC1008 TGFβ
Notch，例如，Notch 1
Jagged 1或Jagged 2
(阿德木单抗) EpCAM
(figitumumab) IGF1R
(tocilizumab) IL-6受体
Stelara™ (优特克单抗) IL-12/IL-23
Prolia™ (地舒单抗) RANKL
本发明的示例性缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体包括例如结合白介素6受体(IL-6R)且包括重链和轻链的抗体，所述抗体是或衍生自本文被称为“Av1”抗体的抗体，其结合白介素-6受体(IL-6R)。Av1重链和Av1轻链的氨基酸序列下面分别显示于SEQ ID NO:100和SEQ ID NO:101中。
Av1抗体重链氨基酸序列：
Figure 347668DEST_PATH_IMAGE005
Av1抗体轻链氨基酸序列：
Figure 224357DEST_PATH_IMAGE006
。
本发明的示例性可活化抗体和/或缀合的可活化抗体包括例如结合白介素6受体(IL-6R)且包括重链和轻链的抗体，所述抗体是或衍生自Av1抗体和掩蔽部分。本发明的示例性可活化抗体和/或缀合的可活化抗体包括附接至AV1轻链的N-端的氨基酸序列。这些N-端氨基酸序列包括，例如，YGSCSWNYVHIFMDC (SEQ ID NO:102)；QGDFDIPFPAHWVPIT (SEQID NO:103)；MGVPAGCVWNYAHIFMDC (SEQ ID NO:104)；QGQSGQYGSCSWNYVHIFMDC (SEQ IDNO:105); QGQSGQGDFDIPFPAHWVPIT (SEQ ID NO:106)；或QGQSGQMGVPAGCVWNYAHIFMDC(SEQ ID NO:107)。还应当理解，这样的氨基酸序列可以附接至AV1重链的N-端或AV1重链或轻链的C-端。
本发明的示例性可活化抗体包括，例如，结合表皮生长因子受体(EGFR)且包括重链和轻链的抗体，所述抗体是和/或衍生自选自以下的抗体：本文称为“c225v5”抗体的抗体(本文也称为C225v5抗体)、本文称为“c225v4”抗体的抗体(本文也称为C225v4抗体)和本文称为“c225v6”抗体的抗体(本文也称为C225v6抗体)，其各自结合EGFR。c225v5抗体、c225v4抗体和c225v6抗体共有相同的轻链序列，本文称为“c225轻链”。下面显示c225v5重链、c225v4抗体、c225v6抗体和c225轻链的氨基酸序列。
C225v5抗体重链氨基酸序列：
Figure 46820DEST_PATH_IMAGE007
C225v4抗体重链氨基酸序列：
Figure 313853DEST_PATH_IMAGE008
C225v6抗体重链氨基酸序列：
Figure 512753DEST_PATH_IMAGE009
C225抗体轻链氨基酸序列：
Figure 994681DEST_PATH_IMAGE010
。
本发明的示例性缀合抗体和/或可活化抗体包括例如这样的抗体，其结合Jagged靶标，例如Jagged-1、Jagged-2和/或Jagged-1和Jagged-2两者，并且包括可变重链区域和可变轻链区域的组合，所述可变重链区域和可变轻链区域是或衍生自下文所示的可变重链和可变轻链序列。
可变轻链氨基酸序列Lc4
Figure 988045DEST_PATH_IMAGE011
可变重链氨基酸序列Hc4
Figure 742374DEST_PATH_IMAGE012
可变轻链氨基酸序列Lc5
Figure 541703DEST_PATH_IMAGE013
可变重链氨基酸序列Hc5
Figure 65088DEST_PATH_IMAGE014
可变轻链氨基酸序列Lc7
Figure 494933DEST_PATH_IMAGE015
可变重链氨基酸序列Hc7
Figure 736558DEST_PATH_IMAGE016
可变轻链氨基酸序列Lc8
Figure 326196DEST_PATH_IMAGE017
可变重链氨基酸序列Hc8
Figure 969667DEST_PATH_IMAGE018
可变轻链氨基酸序列Lc13
Figure 304833DEST_PATH_IMAGE019
可变重链氨基酸序列Hc13
Figure 96072DEST_PATH_IMAGE020
Figure 174886DEST_PATH_IMAGE021
可变轻链氨基酸序列Lc16
Figure 672863DEST_PATH_IMAGE022
可变重链氨基酸序列Hc16
Figure 444510DEST_PATH_IMAGE023
可变轻链氨基酸序列Lc19
Figure 208198DEST_PATH_IMAGE024
可变重链氨基酸序列Hc19
Figure 90703DEST_PATH_IMAGE025
可变轻链氨基酸序列Lc21
Figure 505504DEST_PATH_IMAGE026
可变重链氨基酸序列Hc21
Figure 448053DEST_PATH_IMAGE027
可变轻链氨基酸序列Lc24
Figure 197572DEST_PATH_IMAGE028
可变重链氨基酸序列Hc24
Figure 618189DEST_PATH_IMAGE029
可变轻链氨基酸序列Lc26
Figure 90758DEST_PATH_IMAGE030
可变重链氨基酸序列Hc26
Figure 204208DEST_PATH_IMAGE031
可变轻链氨基酸序列Lc27
Figure 191755DEST_PATH_IMAGE032
可变重链氨基酸序列Hc27
Figure 416063DEST_PATH_IMAGE033
可变轻链氨基酸序列Lc28
Figure 477560DEST_PATH_IMAGE034
可变重链氨基酸序列Hc28
Figure 761911DEST_PATH_IMAGE035
可变轻链氨基酸序列Lc30
Figure 987487DEST_PATH_IMAGE036
可变重链氨基酸序列Hc30
Figure 15486DEST_PATH_IMAGE037
可变轻链氨基酸序列Lc31
Figure 197069DEST_PATH_IMAGE038
可变重链氨基酸序列Hc31
Figure 449058DEST_PATH_IMAGE039
可变轻链氨基酸序列Lc32
Figure 348881DEST_PATH_IMAGE040
可变重链氨基酸序列Hc32
Figure 914992DEST_PATH_IMAGE041
Figure 216660DEST_PATH_IMAGE042
可变轻链氨基酸序列Lc37
Figure 885889DEST_PATH_IMAGE043
可变重链氨基酸序列Hc37
Figure 273008DEST_PATH_IMAGE044
可变轻链氨基酸序列Lc39
Figure 642810DEST_PATH_IMAGE045
可变重链氨基酸序列Hc39
Figure 533405DEST_PATH_IMAGE046
可变轻链氨基酸序列Lc40
Figure 392777DEST_PATH_IMAGE047
重链氨基酸序列Hc40
Figure 1613DEST_PATH_IMAGE048
可变轻链氨基酸序列Lc47
Figure 175105DEST_PATH_IMAGE049
可变重链氨基酸序列Hc47
Figure 185786DEST_PATH_IMAGE050
可变4B2轻链
Figure 966792DEST_PATH_IMAGE051
可变4B2重链
Figure 62924DEST_PATH_IMAGE052
可变4D11轻链
Figure 774528DEST_PATH_IMAGE053
可变4D11重链
Figure 702033DEST_PATH_IMAGE054
可变4E7轻链
Figure 840890DEST_PATH_IMAGE055
可变4E7重链
Figure 424318DEST_PATH_IMAGE056
可变4E11轻链
Figure 674034DEST_PATH_IMAGE057
可变4E11重链
Figure 970892DEST_PATH_IMAGE058
可变6B7轻链
Figure 280650DEST_PATH_IMAGE059
可变6B7重链
Figure 351374DEST_PATH_IMAGE060
可变6F8轻链
Figure 467098DEST_PATH_IMAGE061
可变6F8重链
Figure 306878DEST_PATH_IMAGE062
。
本发明的示例性缀合抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体包括例如这样的抗体，其结合Jagged靶标，例如Jagged-1、Jagged-2和/或Jagged-1和Jagged-2两者，并且包括重链区域和轻链区域的组合，所述重链区域和轻链区域是或衍生自下文所示的重链和轻链序列。
4D11轻链序列:
Figure 787538DEST_PATH_IMAGE063
4D11重链序列：
Figure 79979DEST_PATH_IMAGE064
4D11v2重链序列
Figure 750126DEST_PATH_IMAGE065
4D11v2轻链序列
Figure 444412DEST_PATH_IMAGE066
。
本文提供的可活化抗体和可活化抗体组合物至少含有特异性结合靶标(例如，人靶标)的抗体或其抗体片段(在整个本发明中统称为AB)，其中AB被掩蔽部分(MM)修饰。
在一些实施方案中，选择掩蔽部分用于与特定抗体或抗体片段一起使用。例如，用于与结合EGFR的抗体一起使用的合适的掩蔽部分包括包含序列CISPRG (SEQ ID NO:165)的MM。通过非限制性实例的方式，MM可以包括序列诸如CISPRGC (SEQ ID NO:166)；CISPRGCG (SEQ ID NO:167)；CISPRGCPDGPYVMY (SEQ ID NO:168)；CISPRGCPDGPYVM (SEQID NO:169)，CISPRGCEPGTYVPT (SEQ ID NO:170)和CISPRGCPGQIWHPP (SEQ ID NO:171)。其它合适的掩蔽部分包括PCT公开号WO 2010/081173中公开的任何EGFR-特异性掩蔽物，诸如，通过非限制性实例的方式，GSHCLIPINMGAPSC (SEQ ID NO:172)；CISPRGCGGSSASQSGQGSHCLIPINMGAPSC (SEQ ID NO:173)；CNHHYFYTCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:174)；ADHVFWGSYGCISPRGCPG (SEQ ID NO:175)；CHHVYWGHCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:176)；CPHFTTTSCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:177)；CNHHYHYYCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:178)；CPHVSFGSCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:179)；CPYYTLSYCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:180)；CNHVYFGTCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:181)；CNHFTLTTCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:182)；CHHFTLTTCGCISPRGCPG (SEQ ID NO:183)；YNPCATPMCCISPRGCPG (SEQ ID NO:184)；CNHHYFYTCGCISPRGCG (SEQ ID NO:185)；CNHHYHYYCGCISPRGCG (SEQ ID NO:186)；CNHVYFGTCGCISPRGCG (SEQ ID NO:187)；CHHVYWGHCGCISPRGCG (SEQ ID NO:188)；CPHFTTTSCGCISPRGCG (SEQ ID NO:189)；CNHFTLTTCGCISPRGCG (SEQ ID NO:190)；CHHFTLTTCGCISPRGCG (SEQ ID NO:191)；CPYYTLSYCGCISPRGCG (SEQ ID NO:192)；CPHVSFGSCGCISPRGCG (SEQ ID NO:193)；ADHVFWGSYGCISPRGCG (SEQ ID NO:194)；YNPCATPMCCISPRGCG (SEQ ID NO:195)；CHHVYWGHCGCISPRGCG (SEQ ID NO:196)；C(N/P)H(H/V/F)(Y/T)(F/W/T/L)(Y/G/T/S)(T/S/Y/H)CGCISPRGCG (SEQ ID NO:197)；CISPRGCGQPIPSVK (SEQ ID NO:198)；CISPRGCTQPYHVSR (SEQ ID NO:199)；和/或CISPRGCNAVSGLGS (SEQ ID NO:200)。
与结合Jagged靶标、例如Jagged 1和/或Jagged 2的抗体一起使用的合适的掩蔽部分包括，通过非限制性实例的方式，掩蔽部分，其包括序列，诸如QGQSGQCNIWLVGGDCRGWQG(SEQ ID NO:201)；QGQSGQGQQQWCNIWINGGDCRGWNG (SEQ ID NO:202)；PWCMQRQDFLRCPQP(SEQ ID NO:203)；QLGLPAYMCTFECLR (SEQ ID NO:204)；CNLWVSGGDCGGLQG (SEQ ID NO:205)；SCSLWTSGSCLPHSP (SEQ ID NO:206)；YCLQLPHYMQAMCGR (SEQ ID NO:207)；CFLYSCTDVSYWNNT (SEQ ID NO:208)；PWCMQRQDYLRCPQP (SEQ ID NO:209)；CNLWISGGDCRGLAG (SEQ ID NO:210)；CNLWVSGGDCRGVQG (SEQ ID NO:211)；CNLWVSGGDCRGLRG (SEQ ID NO:212)；CNLWISGGDCRGLPG (SEQ ID NO:213)；CNLWVSGGDCRDAPW (SEQ ID NO:214)；CNLWVSGGDCRDLLG (SEQ ID NO:215)；CNLWVSGGDCRGLQG (SEQ ID NO:216)；CNLWLHGGDCRGWQG (SEQ ID NO:217)；CNIWLVGGDCRGWQG (SEQ ID NO:218)；CTTWFCGGDCGVMRG (SEQ ID NO:219)；CNIWGPSVDCGALLG (SEQ ID NO:220)；CNIWVNGGDCRSFEG (SEQ ID NO:221)；YCLNLPRYMQDMCWA (SEQ ID NO:222)；YCLALPHYMQADCAR (SEQ ID NO:223)；CFLYSCGDVSYWGSA (SEQ ID NO:224)；CYLYSCTDSAFWNNR (SEQ ID NO:225)；CYLYSCNDVSYWSNT (SEQ ID NO:226)；CFLYSCTDVSYW (SEQ ID NO:227)；CFLYSCTDVAYWNSA(SEQ ID NO:228)；CFLYSCTDVSYWGDT (SEQ ID NO:229)；CFLYSCTDVSYWGNS (SEQ ID NO:230)；CFLYSCTDVAYWNNT (SEQ ID NO:231)；CFLYSCGDVSYWGNPGLS (SEQ ID NO:232)；CFLYSCTDVAYWSGL (SEQ ID NO:233)；CYLYSCTDGSYWNST (SEQ ID NO:234)；CFLYSCSDVSYWGNI (SEQ ID NO:235)；CFLYSCTDVAYW (SEQ ID NO:236)；CFLYSCTDVSYWGST(SEQ ID NO:237)；CFLYSCTDVAYWGDT (SEQ ID NO:238)；GCNIWLNGGDCRGWVDPLQG (SEQ IDNO:239)；GCNIWLVGGDCRGWIGDTNG (SEQ ID NO:240)；GCNIWLVGGDCRGWIEDSNG (SEQ ID NO:241)；GCNIWANGGDCRGWIDNIDG (SEQ ID NO:242)；GCNIWLVGGDCRGWLGEAVG (SEQ ID NO:243)；GCNIWLVGGDCRGWLEEAVG (SEQ ID NO:244)；GGPALCNIWLNGGDCRGWSG (SEQ ID NO:245)；GAPVFCNIWLNGGDCRGWMG (SEQ ID NO:246)；GQQQWCNIWINGGDCRGWNG (SEQ ID NO:247)；GKSEFCNIWLNGGDCRGWIG (SEQ ID NO:248)；GTPGGCNIWANGGDCRGWEG (SEQ ID NO:249)；GASQYCNLWINGGDCRGWRG (SEQ ID NO:250)；GCNIWLVGGDCRPWVEGG (SEQ ID NO:251)；GCNIWAVGGDCRPFVDGG (SEQ ID NO:252)；GCNIWLNGGDCRAWVDTG (SEQ ID NO:253)；GCNIWIVGGDCRPFINDG (SEQ ID NO:254)；GCNIWLNGGDCRPVVFGG (SEQ ID NO:255)；GCNIWLSGGDCRMFMNEG (SEQ ID NO:256)；GCNIWVNGGDCRSFVYSG (SEQ ID NO:257)；GCNIWLNGGDCRGWEASG (SEQ ID NO:258)；GCNIWAHGGDCRGFIEPG (SEQ ID NO:259)；GCNIWLNGGDCRTFVASG (SEQ ID NO:260)；GCNIWAHGGDCRGFIEPG (SEQ ID NO:261)；GFLENCNIWLNGGDCRTG (SEQ ID NO:262)；GIYENCNIWLNGGDCRMG (SEQ ID NO:263)；和/或GIPDNCNIWINGGDCRYG (SEQ ID NO:264)。
与结合白介素6靶标、例如白介素6受体(IL-6R)的抗体一起使用的合适的掩蔽部分包括，通过非限制性实例的方式，掩蔽部分，其包括序列，诸如QGQSGQYGSCSWNYVHIFMDC(SEQ ID NO:265)；QGQSGQGDFDIPFPAHWVPIT (SEQ ID NO:266)；QGQSGQMGVPAGCVWNYAHIFMDC (SEQ ID NO:267)；YRSCNWNYVSIFLDC (SEQ ID NO:268)；PGAFDIPFPAHWVPNT (SEQ ID NO:269)；ESSCVWNYVHIYMDC (SEQ ID NO:270)；YPGCKWNYDRIFLDC (SEQ ID NO:271)；YRTCSWNYVGIFLDC (SEQ ID NO:272)；YGSCSWNYVHIFMDC (SEQ ID NO:273)；YGSCSWNYVHIFLDC (SEQ ID NO:274)；YGSCNWNYVHIFLDC (SEQ ID NO:275)；YTSCNWNYVHIFMDC (SEQ ID NO:276)；YPGCKWNYDRIFLDC (SEQ ID NO:277)；WRSCNWNYAHIFLDC (SEQ ID NO:278)；WSNCHWNYVHIFLDC (SEQ ID NO:279)；DRSCTWNYVRISYDC (SEQ ID NO:280)；SGSCKWDYVHIFLDC (SEQ ID NO:281)；SRSCIWNYAHIHLDC (SEQ ID NO:282)；SMSCYWQYERIFLDC (SEQ ID NO:283)；YRSCNWNYVSIFLDC (SEQ ID NO:284)；SGSCKWDYVHIFLDC (SEQ ID NO:285)；YKSCHWDYVHIFLDC (SEQ ID NO:286)；YGSCTWNYVHIFMEC (SEQ ID NO:287)；FSSCNWNYVHIFLDC (SEQ ID NO:288)；WRSCNWNYAHIFLDC (SEQ ID NO:289)；YGSCQWNYVHIFLDC (SEQ ID NO:290)；YRSCNWNYVHIFLDC (SEQ ID NO:291)；NMSCHWDYVHIFLDC (SEQ ID NO:292)；FGPCTWNYARISWDC (SEQ ID NO:293)；XXsCXWXYvhIfXdC (SEQ ID NO:294)；MGVPAGCVWNYAHIFMDC (SEQ ID NO:295)；RDTGGQCRWDYVHIFMDC (SEQ ID NO:296)；AGVPAGCTWNYVHIFMEC (SEQ ID NO:297)；VGVPNGCVWNYAHIFMEC (SEQ ID NO:298)；DGGPAGCSWNYVHIFMEC (SEQ ID NO:299)；AVGPAGCWWNYVHIFMEC (SEQ ID NO:300)；CTWNYVHIFMDCGEGEGP (SEQ ID NO:301)；GGVPEGCTWNYAHIFMEC (SEQ ID NO:302)；AEVPAGCWWNYVHIFMEC (SEQ ID NO:303)；AGVPAGCTWNYVHIFMEC (SEQ ID NO:304)；SGASGGCKWNYVHIFMDC (SEQ ID NO:305)；TPGCRWNYVHIFMECEAL (SEQ ID NO:306)；VGVPNGCVWNYAHIFMEC (SEQ ID NO:307)；PGAFDIPFPAHWVPNT (SEQ ID NO:308)；RGACDIPFPAHWIPNT (SEQ ID NO:309)；QGDFDIPFPAHWVPIT (SEQ ID NO:310)；XGafDIPFPAHWvPnT (SEQ ID NO:311)；RGDGNDSDIPFPAHWVPRT (SEQ ID NO:312)；SGVGRDRDIPFPAHWVPRT (SEQ ID NO:313)；WAGGNDCDIPFPAHWIPNT (SEQ ID NO:314)；WGDGMDVDIPFPAHWVPVT (SEQ ID NO:315)；AGSGNDSDIPFPAHWVPRT (SEQ ID NO:316)；ESRSGYADIPFPAHWVPRT (SEQ ID NO:317)；和/或RECGRCGDIPFPAHWVPRT (SEQ ID NO:318)。
当AB用MM修饰且在靶标存在的情况下时，与未用MM修饰的AB的特异性结合或亲本AB与靶标的特异性结合相比，AB与其靶标的特异性结合被降低或抑制。
用MM修饰的AB对靶标的Kd比未用MM修饰的AB或亲本AB对靶标的Kd高至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍或更高、或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。相反，用MM修饰的AB对靶标的结合亲和力比未用MM修饰的AB或亲本AB对靶标的结合亲和力低至少2、3、4、5、10、20、25、40、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍或更高、或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。
MM对AB的解离常数(Kd)通常大于AB对靶标的Kd。MM对AB的Kd可以比AB对靶标的Kd高至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、100,000、1,000,000或甚至10,000,000倍。相反，MM对AB的结合亲和力通常低于AB对靶标的结合亲和力。MM对AB的结合亲和力可以比AB对靶标的结合亲和力低至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、100,000、1,000,000或甚至10,000,000倍。
当AB用MM修饰且在靶标存在的情况下时，与未用MM修饰的AB的特异性结合或亲本AB与靶标的特异性结合相比，AB与其靶标的特异性结合被降低或抑制。当与未用MM修饰的AB与靶标的结合或亲本AB与靶标的结合相比时，当在体内或在体外测定法中测量时，当用MM修饰时的AB结合靶标的能力可以降低至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%和甚至100%持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更长。
MM抑制AB与靶标的结合。MM结合AB的抗原结合结构域且抑制AB与靶标的结合。MM可以空间抑制AB与靶标的结合。MM可以变构抑制AB与其靶标的结合。在这些实施方案中，与未经MM修饰的AB、亲本AB或未与MM偶联的AB与靶标的结合相比，当AB用MM修饰或与MM偶联且在靶标存在的情况下时，当在体内或在体外测定法中测量时，不存在AB与靶标的结合或基本上无AB与靶标的结合，或不多于0.001%、0.01%、0.1%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%或50%的AB与靶标的结合，持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更长。
当AB与MM偶联或被MM修饰时，MM“掩蔽”或降低或以其它方式抑制AB与靶标的特异性结合。当AB与MM偶联或被MM修饰时，这样的偶联或修饰可以实现降低或抑制AB特异性结合其靶标的能力的结构改变。
与MM偶联或用MM修饰的AB可以由下式代表(以从氨基(N)端区域至羧基(C)端区域的顺序)：
(MM)-(AB)
(AB)-(MM)
(MM)-L-(AB)
(AB)-L-(MM)
其中MM是掩蔽部分，AB是抗体或其抗体片段，且L是接头。在许多实施方案中，可期望将一个或多个接头，例如，柔性接头插入组合物中以提供柔性。
在某些实施方案中，MM不是AB的天然结合配偶体。在一些实施方案中，MM不含或基本上不含与AB的任何天然结合配偶体的同源性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%的相似性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于25%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于20%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于10%的同一性。
在一些实施方案中，可活化抗体包括通过MM修饰的AB，且还包括作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的至少一种可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)。这样的可活化抗体展现与AB的靶标的可活化/可变换结合。可活化抗体通常包括被掩蔽部分(MM)和CM1-CM2底物修饰或与掩蔽部分(MM)和CM1-CM2底物偶联的抗体或抗体片段(AB)。
可活化抗体的元件经排列，使得MM和CM1-CM2底物经放置，使得在切割(或者相对活性)状态下且在靶标存在的情况下，AB结合靶标，而在未切割(或者相对无活性)状态下在靶标存在的情况下，AB与其靶标的特异性结合被降低或抑制。AB与其靶标的特异性结合可以由于AB特异性结合其靶标的能力被MM抑制或掩蔽而降低。
用MM和CM1-CM2底物修饰的AB对靶标的Kd比未用MM和CM1-CM2底物修饰的AB或亲本AB对靶标的Kd大至少5、10、20、25、40、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍或更高、或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。相反，用MM和CM1-CM2底物修饰的AB对靶标的结合亲和力比未用MM和CM1-CM2底物修饰的AB或亲本AB对靶标的结合亲和力大至少2、3、4、5、10、20、25、40、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍或更高、或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000、100,000-10,000,000倍。
当AB用MM和CM1-CM2底物修饰且在靶标存在的情况下、但不在修饰剂(例如MMP和SP)存在的情况下时，与未用MM和CM1-CM2底物修饰的AB或亲本AB与靶标的特异性结合相比，AB与其靶标的特异性结合被降低或抑制。当与亲本AB与其靶标的结合或未用MM和CM1-CM2底物修饰的AB与其靶标的结合相比时，当在体内或在体外测定法中测量时，当用MM和CM1-CM2底物修饰时的AB结合靶标的能力可以降低至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%和甚至100%持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更长。
如本文所用，术语切割状态是指在CM1-CM2底物被至少一种基质金属蛋白酶和/或至少一种丝氨酸蛋白酶修饰(即切割)后可活化抗体的状况。如本文所用，术语未切割状态或完全未切割的是指在不存在CM1-CM2底物被MMP和/或SP切割的情况下可活化抗体的状况。如上所讨论，术语“可活化抗体”在本文用于指呈其未切割(天然)状态以及呈其切割状态的可活化抗体。其切割状态下的可活化抗体也在本文中称为活化的抗体和/或活化的可活化抗体。普通技术人员显而易见的是，在一些实施方案中，切割的可活化抗体可以由于蛋白酶对CM1-CM2底物的切割、导致至少MM的释放而缺乏MM。
可活化或可变换的意指可活化抗体当在抑制、掩蔽或未切割状态下(即，第一构象)时展现与靶标的第一结合水平，和在未抑制、未掩蔽和/或切割状态下(即，第二构象)与靶标的第二结合水平，其中第二靶标结合水平大于第一结合水平。通常，靶标对可活化抗体的AB的接近在能够切割CM1-CM2底物的切割剂存在的情况下比在这样的切割剂不存在的情况下更大。因此，当可活化抗体在未切割状态下时，AB被抑制免于靶标结合且可以被掩蔽免于靶标结合(即，第一构象使得AB不能结合靶标)，且在切割状态下，对于靶标结合，AB未被抑制或未被掩蔽。
选择可活化抗体的CM1-CM2底物和AB，使得AB代表给定靶标的结合部分，且CM1-CM2底物代表MMP和SP的底物，其中MMP和/或SP与靶标在受试者中的治疗部位或诊断部位处共定位。本文公开的可活化抗体特别可用于其中例如各自能够切割CM1-CM2底物中的位点的MMP和SP以比非治疗部位的组织(例如健康组织)相对更高的水平存在于治疗部位或诊断部位的含有靶标的组织中的情况。
在一些实施方案中，可活化抗体提供降低的毒性和/或不良副作用，如果AB未被掩蔽或以其它方式被抑制免于结合靶标，则所述毒性和/或不良副作用可以其它方式由在非治疗部位处的AB的结合导致。
通常，可活化抗体可以通过如下来设计：选择目标AB和构建可活化抗体的剩余部分，使得当构象上被限制时，MM提供AB的掩蔽或AB与其靶标的结合的降低。可以考虑结构设计标准以提供该功能特征。
提供了对在抑制构象相比于非抑制构象中的靶标结合展现所需动态范围的可变换表型的可活化抗体。动态范围通常是指(a)在第一组条件下参数的最大检测水平与(b)在第二组条件下该参数的最小检测值的比率。例如，在可活化抗体的背景下，动态范围是指(a)在能够切割可活化抗体的CM1-CM2底物的MMP和SP存在的情况下与可活化抗体结合的靶蛋白的最大检测水平与(b)在蛋白酶不存在的情况下与可活化抗体结合的靶蛋白的最小检测水平的比率。可活化抗体的动态范围可计算为可活化抗体切割剂(例如，酶)处理的解离常数与可活化抗体切割剂处理的解离常数的比率。可活化抗体的动态范围越大，可活化抗体的可变换表型越好。具有相对更高的动态范围值(例如，大于1)的可活化抗体展现更加期望的变换表型，使得在能够切割可活化抗体的CM1-CM2底物的切割剂(例如，酶)存在的情况下比在切割剂不存在的情况下，可活化抗体的靶蛋白结合在更大的程度上发生(例如，主要发生)。
可活化抗体可以各种结构构型提供。下文提供可活化抗体的示例性式。特别考虑，AB、MM和CM1-CM2底物的N-至C-端顺序可以在可活化抗体内反转。还特别考虑，CM和MM的氨基酸序列可以重叠，例如，使得CM1-CM2底物至少部分包含于MM内。
例如，可活化抗体可以由下式代表(以从氨基(N)端区域至羧基(C)端区域的顺序)：
(MM)-(CM1-CM2底物)-(AB)
(AB)-(CM1-CM2底物)-(MM)
其中MM是掩蔽部分，CM1-CM2底物是可切割部分，且AB是抗体或其片段。如上所示，术语“CM1-CM2底物”不旨在传达关于作为至少一种基质金属蛋白酶(MMP)的底物的第一可切割部分(CM1)和作为至少一种丝氨酸蛋白酶(SP)的底物的至少第二可切割部分(CM2)的取向或其它结构排列的任何要求。因此，术语“CM1-CM2底物”涵盖具有如下的N-端至C-端的结构排列的CM1-CM2底物：CM1-CM2或CM2-CM1。术语“CM1-CM2底物”还涵盖其中CM1序列的至少一部分与CM2序列的至少一部分重叠的底物。还应注意，尽管MM和CM1-CM2底物在上式中表示为不同的组分，但在本文公开的所有示例性实施方案(包括式)中，考虑MM和CM1-CM2底物的氨基酸序列可以重叠，例如，使得CM1-CM2底物完全或部分地包含于MM内。此外，上式提供额外氨基酸序列，其可以位于可活化抗体元件的N-端或C-端。
在某些实施方案中，MM不是AB的天然结合配偶体。在一些实施方案中，MM不含或基本上不含与AB的任何天然结合配偶体的同源性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%的相似性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于25%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于20%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于10%的同一性。
在许多实施方案中，可期望将一个或多个接头、例如柔性接头插入可活化抗体构建体，以在MM-CM1-CM2底物连接CM1-CM2底物-AB连接或两者中的一个或多个处提供柔性。例如，AB、MM和/或CM1-CM2底物可以不含足够数量的残基(例如，Gly、Ser、Asp、Asn，尤其是Gly和Ser，特别是Gly)以提供期望的柔性。因此，这样的可活化抗体构建体的可变换表型可以获益于引入一个或多个氨基酸以提供柔性接头。此外，如下所述，在作为构象受限的构建体提供可活化抗体的情况下，可以可操作插入柔性接头，以促进形成和维持未切割的可活化抗体的环状结构。
例如，在某些实施方案中，可活化抗体包含下式之一(其中下式代表以N-至C-端方向或C-至N-端方向的氨基酸序列)：
(MM)-L1-(CM1-CM2底物)-(AB)
(MM)-(CM1-CM2底物)-L2-(AB)
(MM)-L1-(CM1-CM2底物)-L2-(AB)
其中MM、CM1-CM2底物和AB如上文所定义；其中L1和L2各自独立地且任选地存在或不存在，是相同或不同的柔性接头，其包括至少1个柔性氨基酸(例如，Gly)。此外，上式提供额外氨基酸序列，其可以位于可活化抗体元件的N-端或C-端。实例包括但不限于靶向部分(例如，靶组织中存在的细胞的受体的配体)和血清半衰期延长部分(例如，结合血清蛋白诸如免疫球蛋白(例如，IgG)或血清白蛋白(例如，人血清白蛋白(HAS)的多肽)。
CM1-CM2底物被至少一种MMP以约0.001-1500 x 104 M-1S-1或至少0.001、0.005、0.01、0.05、0.1、0.5、1、2.5、5、7.5、10、15、20、25、50、75、100、125、150、200、250、500、750、1000、1250或1500 x 104 M-1S-1的速率特异性切割，且被至少一种SP以约0.001-1500 x 104M-1S-1或至少0.001、0.005、0.01、0.05、0.1、0.5、1、2.5、5、7.5、10、15、20、25、50、75、100、125、150、200、250、500、750、1000、1250或1500 x 104 M-1S-1的速率特异性切割。
对于酶的特异性切割，进行酶和CM1-CM2底物之间的接触。当包含与MM和CM1-CM2底物偶联的AB的可活化抗体在靶标和足够的酶活性存在的情况下时，CM1-CM2底物可以被切割。足够的酶活性可以是指酶与CM1-CM2底物进行接触并实现切割的能力。可以容易设想，酶可以在CM1-CM2底物的附近，但因为其它细胞因子或酶的蛋白修饰而不能切割。
适合用于本文所述的组合物的接头通常是提供修饰的AB或可活化抗体的柔性以促进AB与靶标的结合的抑制的接头。这样的接头通常被称为柔性接头。合适的接头可以容易地选择，且可以具有任何合适的不同长度，诸如1个氨基酸(例如，Gly)至20个氨基酸、2个氨基酸至15个氨基酸、3个氨基酸至12个氨基酸，包括4个氨基酸至10个氨基酸、5个氨基酸至9个氨基酸、6个氨基酸至8个氨基酸或7个氨基酸至8个氨基酸，且可以是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸长。
示例性柔性接头包括甘氨酸聚合物(G)n、甘氨酸-丝氨酸聚合物(包括例如，(GS)n、(GSGGS)n (SEQ ID NO:381)和(GGGS)n (SEQ ID NO:382)，其中n是至少1的整数)、甘氨酸-丙氨酸聚合物、丙氨酸-丝氨酸聚合物和本领域已知的其它柔性接头。甘氨酸和甘氨酸-丝氨酸聚合物相对无结构，因此可能能够充当各组分之间的中性系链。甘氨酸获得比甚至丙氨酸显著更多的phi-psi空间，且比具有更长侧链的残基受到少得多的限制(参见Scheraga, Rev. Computational Chem.11173-142 (1992))。示例性柔性接头包括但不限于Gly-Gly-Ser-Gly (SEQ ID NO:383), Gly-Gly-Ser-Gly-Gly (SEQ ID NO:384, Gly-Ser-Gly-Ser-Gly (SEQ ID NO:385), Gly-Ser-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO:386), Gly-Gly-Gly-Ser-Gly (SEQ ID NO:387), Gly-Ser-Ser-Ser-Gly (SEQ ID NO:388)等。普通技术人员将认识到，可活化抗体的设计可以包括全部或部分柔性的接头，使得接头可以包括柔性接头以及赋予较少柔性结构的一个或多个部分，以提供期望的可活化抗体结构。
在一些实施方案中，本文所述的可活化抗体还包括与可活化抗体缀合的试剂。在一些实施方案中，缀合的试剂是治疗剂，诸如抗炎剂和/或抗肿瘤剂。在这样的实施方案中，试剂与可活化抗体的碳水化合物部分缀合，例如，在一些实施方案中，其中碳水化合物部分位于可活化抗体中的抗体或抗原结合片段的抗原结合区域之外。在一些实施方案中，试剂与可活化抗体中的抗体或抗原结合片段的巯基缀合。
在一些实施方案中，试剂是细胞毒性剂诸如毒素(例如，细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素，或其片段)或放射性同位素(即，放射性缀合物)。
在一些实施方案中，试剂是可检测部分，诸如例如标记或其它标记物。例如，试剂是或包括放射性标记的氨基酸，可以通过标记的抗生物素蛋白检测的一种或多种生物素部分(例如，可以通过光学或量热法检测的含有荧光标记物或酶促活性的链霉抗生物素蛋白)，一种或多种放射性同位素或放射性核素，一种或多种荧光标记，一种或多种酶促标记和/或一种或多种化学发光剂。在一些实施方案中，可检测部分通过间隔区分子连接。
本发明还涉及包含与细胞毒性剂诸如毒素(例如，细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素，或其片段)或放射性同位素(即，放射性缀合物)缀合的抗体的免疫缀合物。合适的细胞毒性剂包括例如多拉司他汀和其衍生物(例如，阿里他汀E、AFP、MMAF、MMAE、MMAD、DMAF、DMAE)。例如，试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)或单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是选自表3中所列的试剂。在一些实施方案中，试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是美登木素生物碱或美登木素生物碱衍生物。在一些实施方案中，试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是加利车霉素或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬二聚体。
在一些实施方案中，试剂使用马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸接头或马来酰亚胺PEG-缬氨酸-瓜氨酸接头连接至AB。在一些实施方案中，试剂使用马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸接头连接至AB。在一些实施方案中，试剂使用马来酰亚胺PEG-缬氨酸-瓜氨酸接头连接至AB。在一些实施方案中，试剂是使用马来酰亚胺PEG-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头连接至AB的单甲基阿里他汀D (MMAD)，且该接头有效载荷构建体在本文中称为“vc-MMAD”。在一些实施方案中，试剂是使用马来酰亚胺PEG-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头连接至AB的单甲基阿里他汀E (MMAE)，且该接头有效载荷构建体在本文中称为“vc-MMAE”。下面显示vc-MMAD和vc-MMAE的结构：
vc-MMAD:
Figure 95974DEST_PATH_IMAGE067
vc-MMAE:
Figure 141290DEST_PATH_IMAGE068
。
可使用的酶活性毒素和其片段包括白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自绿脓假单胞菌)、蓖麻毒素A链、相思豆毒素A链、朔莲根毒素A链、α-帚曲霉素、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素蛋白、美洲商陆(Phytolaca Americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制剂、麻疯树毒蛋白、巴豆毒素、肥阜草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒素、mitogellin、局限曲菌素、酚霉素、依诺霉素和单端孢霉烯类(tricothecenes)。各种放射性核素可用于制备放射性缀合的抗体。实例包括212Bi、131I、131In、90Y和186Re。
抗体和细胞毒性剂的缀合物使用各种双官能蛋白偶联剂制备，所述双官能蛋白偶联剂诸如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二巯基)丙酸盐(SPDP)、亚氨基硫杂环戊烷(thiolane) (IT)、亚氨酸酯的双官能衍生物(诸如二甲基己二酰亚胺酸酯HCL)、活性酯(诸如二琥珀酰亚胺基辛二酸酯)、醛类(诸如戊二醛)、双-叠氮基化合物(诸如双(对叠氮基苯甲酰基)己二胺)、双-重氮盐衍生物(诸如双-(对重氮基苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯类(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。例如，蓖麻毒素免疫毒素可如Vitetta等人, Science 238: 1098 (1987)中所述制备。碳-14-标记的1-异硫氰酸根合苄基-3-甲基二乙烯三胺五乙酸(MX-DTPA)是将放射性核素(radionucleotide)与抗体缀合的示例性螯合剂。(参见WO94/11026)。
表3列举了可用于本文所述的公开内容的一些示例性的药物，但其绝不意指为详尽的列表。
表3：用于缀合的示例性药物
Figure 598816DEST_PATH_IMAGE070
Figure 147609DEST_PATH_IMAGE072
Figure 235651DEST_PATH_IMAGE074
本领域普通技术人员将认识到，很多可能的部分可与本发明的抗体偶联。(参见例如“Conjugate Vaccines”, Contributions to Microbiology and Immunology, J. M.Cruse和R. E. Lewis, Jr (编辑), Carger Press, New York, (1989)，其完整内容通过引用并入本文)。
偶联可通过结合两个分子的任何化学反应进行，只要抗体和另一部分保持它们各自的活性。该键可包括许多化学机制，例如共价结合、亲和力结合、嵌入、配位结合和络合。然而在一些实施方案中，结合是共价结合。共价结合可通过现有侧链的直接缩合或通过并入外部的桥接分子实现。许多二价或多价连接剂可用于将蛋白分子，诸如本发明的抗体，与其它分子偶联。例如，代表性的偶联剂可包括有机化合物，诸如硫代酸酯、碳二亚胺、琥珀酰亚胺酯、二异氰酸酯、戊二醛、重氮苯和六亚甲基二胺。该列表不意欲穷尽本领域已知的各种类别的偶联剂，而是较常见偶联剂的例示。(参见Killen和Lindstrom, Jour. Immun.133:1335-2549 (1984); Jansen等人, Immunological Reviews 62:185-216 (1982);和Vitetta等人, Science 238:1098 (1987)。
在一些实施方案中，除了本文提供的组合物和方法以外，缀合的可活化抗体还可通过插入或以其它方式包括在可活化抗体序列中的修饰的氨基酸序列，经修饰用于位点特异性缀合。这些修饰的氨基酸序列经设计以允许在缀合的可活化抗体内受控的放置和/或给药缀合的试剂。例如，可活化抗体可经工程改造以在轻链和重链的位置上包括半胱氨酸取代，其提供反应性巯基和不负面影响蛋白折叠和装配，也不改变抗原结合。在一些实施方案中，可活化抗体可经工程改造以在可活化抗体内包括或以其它方式引入一个或多个非天然氨基酸残基，以提供用于缀合的合适位点。在一些实施方案中，可活化抗体可经工程改造以在可活化抗体序列内包括或以其它方式经酶促引入可活化肽序列。
合适的接头描述于文献中(参见例如Ramakrishnan, S.等人, Cancer Res. 44:201-208 (1984)，描述使用MBS (M-马来酰亚胺基苯甲酰基-N-羟基琥珀酰亚胺酯)。也参见美国专利号5,030,719，描述使用通过寡肽接头与抗体偶联的卤代乙酰基酰肼衍生物。在一些实施方案中，合适的接头包括：(i) EDC (1-乙基-3-(3-二甲基氨基-丙基)碳化二亚胺盐酸盐；(ii) SMPT (4-琥珀酰亚胺基氧基羰基-α-甲基-α-(2-吡啶基-二巯基)-甲苯(PierceChem. Co., 目录号(21558G)；(iii) SPDP (琥珀酰亚胺基-6 [3-(2-吡啶基二巯基)丙酰胺基]己酸酯(Pierce Chem. Co., 目录号21651G)；(iv) 磺基-LC-SPDP (磺基琥珀酰亚胺基6 [3-(2-吡啶基二巯基)-丙酰胺]己酸酯(Pierce Chem. Co. 目录号2165-G)；和(v)与EDC缀合的磺基-NHS (N-羟基磺基-琥珀酸亚胺: Pierce Chem. Co., 目录号24510)。额外的接头包括但不限于SMCC、磺基-SMCC、SPDB或磺基-SPDB。
上述接头含有具有不同属性的元件，因此产生具有不同物理化学性质的缀合物。例如，羧酸烷酯的磺基-NHS酯比芳族羧酸酯的磺基-NHS酯更稳定。含有NHS-酯的接头比磺基-NOS酯更难溶解。此外，接头SMPT含有空间阻碍的二硫键，且可形成具有增加的稳定性的缀合物。二硫键通常比其它键更不稳定，因为二硫键被体外切割，导致较少的可获得缀合物。具体地，磺基-NHS可以增强碳二亚胺接头的稳定性。当与磺基-NHS结合使用时，碳二亚胺偶联物(诸如EDC)形成比单独的碳二亚胺偶联反应更耐受水解的酯。
在一些实施方案中，接头是可切割的。在一些实施方案中，接头是不可切割的。在一些实施方案中，存在两个或更多个接头。所述两个或更多个接头全都相同，即，是可切割的或不可切割的，或所述两个或更多个接头是不同的，即，至少一个可切割且至少一个不可切割。
本发明利用几种方法来将试剂连接至Ab：(a) 连接至AB的碳水化合物部分，或(b)连接至AB的巯基，或(c) 连接至AB的氨基，或(d) 连接至AB的羧酸基团。根据本发明，AB可通过具有至少两个反应性基团的中间体接头共价连接至试剂，一个基团与AB反应和一个基团与所述试剂反应。可包括任何相容的有机化合物的接头可经选择使得与AB (或试剂)的反应不会不利地影响AB的反应性和选择性。此外，连接接头至试剂，可能不破坏试剂的活性。对于与氧化的抗体或氧化的抗体片段反应，合适的接头包括含有胺的那些，所述胺选自伯胺、仲胺、肼、酰肼、羟胺、苯肼、氨基脲和氨基硫脲基团。这样的反应性官能团可作为接头结构的部分存在，或可通过不含这样的基团的接头的合适化学修饰引入。
根据本发明，用于连接至还原的AB的合适的接头包括具有能够与还原抗体或片段的巯基反应的某些反应性基团的那些。这样的反应性基团包括但不限于：反应性卤代烷基(包括例如，卤代乙酰基)、对汞基苯甲酸基团和能够Michael-型加成反应的基团(包括例如，马来酰亚胺和Mitra和Lawton, 1979, J. Amer. Chem. Soc. 101: 3097-3110描述的类型的基团)。
根据本发明，用于连接至非氧化也非还原的Ab的合适的接头包括具有能够与存在于Ab的未经修饰的赖氨酸残基中的伯氨基反应的某些官能团的那些。这样的反应性基团包括但不限于NHS羧酸或碳酸酯、磺基-NHS羧酸或碳酸酯、4-硝基苯基羧酸或碳酸酯、五氟苯基羧酸或碳酸酯、酰基咪唑、异氰酸酯和异硫氰酸酯。
根据本发明，用于连接至非氧化也非还原的Ab的合适的接头包括具有能够与存在于Ab的天冬氨酸或谷氨酸残基中的羧酸基团反应的某些官能团的那些，所述羧酸基团已被合适的试剂活化。合适的活化试剂包括EDC (具有或不具有加入的NHS或磺基-NHS)和用于羧酰胺形成的其它脱水剂。这些实例中，存在于合适的接头中的官能团包括伯胺和仲胺、肼、羟胺和酰肼。
所述试剂可在接头与AB连接之前或之后与接头连接。在某些应用中，首先产生AB-接头中间体可能是需要的，其中接头不包含相关的试剂。根据具体的应用，特定的试剂可然后与接头共价连接。在一些实施方案中，AB首先与MM、CM1-CM2底物和相关的接头连接，且然后与用于缀合目的的接头连接。
分支接头：在特定的实施方案中，利用具有多个试剂连接位点的分支接头。对于多位点接头，与AB的单一共价连接将产生能够在多个位点上结合试剂的AB-接头中间体。所述位点可以是醛基团或巯基或试剂可连接的任何化学位点。
在一些实施方案中，通过在AB的多个位点上连接单一位点接头，可获得较高的特异活性(或较高的试剂:AB比)。通过两种方法的任一种，该多个位点可引入AB中。第一，可在同一AB上产生多个醛基团和/或巯基。第二，可连接AB的醛或巯基与具有用于随后连接接头的多个功能位点的"分支接头"。分支接头或多位点接头的功能位点可以是醛基团或巯基，或可以是接头可连接的任何化学位点。还更高的特异活性可通过组合这两种方法获得，即在AB的数个位点上连接多位点接头。
可切割的接头：在本发明的一个实施方案中，可使用易于被补体系统的酶(诸如但不限于尿激酶、组织纤溶酶原激活物、类胰蛋白酶、纤溶酶或具有蛋白水解活性的另一种酶)切割的肽接头。根据本发明的一种方法，试剂经由对补体切割敏感的接头连接。抗体选自可活化补体的类别。因此，抗体-试剂缀合物活化补体级联且在靶标位点上释放试剂。根据本发明的另一种方法，试剂经由易于被具有蛋白水解活性的酶(例如尿激酶、组织纤溶酶原激活物、纤溶酶或类胰蛋白酶)切割的接头连接。这些可切割的接头可用于缀合的可活化抗体，其包括胞外毒素，例如通过非限制性实例的方式的表3中所示的任何胞外毒素。
可切割的接头序列的非限制性实例提供于表4中。
表4：用于缀合的示例性接头序列
Figure 817198DEST_PATH_IMAGE075
Figure 16098DEST_PATH_IMAGE076
此外，试剂可经由二硫键(例如半胱氨酸分子上的二硫键)与AB连接。因为许多肿瘤天然释放高水平的谷胱甘肽(还原剂)，所以这可还原二硫键，随后在递送位点上释放试剂。在某些具体的实施方案中，修饰CM1-CM2底物的还原剂也将修饰缀合的可活化抗体的接头。
间隔区和可切割的元件：在一些实施方案中，以使得优化试剂和可活化抗体的AB之间的间隔的方式构建接头可能是必需的。这可通过使用以下通式结构的接头实现：
W – (CH2)n – Q
其中
W是--NH--CH2--或--CH2--；
Q是氨基酸、肽；且
n是0-20的整数。
在一些实施方案中，接头可包含间隔区元件和可切割的元件。间隔区元件用于定位可切割的元件远离AB的核心，使得可切割的元件更易接近负责切割的酶。上述的某些分支接头可用作间隔区元件。
在整个讨论中，应理解接头与试剂(或间隔区元件与可切割的元件、或可切割的元件与试剂)的连接不需要是特定的连接或反应模式。提供具有合适的稳定性和生物相容性的产物的任何反应都是可接受的。
血清补体和接头选择：根据本发明的一种方法，当需要试剂释放时，使用作为可活化补体的类型的抗体的AB。所得缀合物同时保留结合抗原和活化补体级联的能力。因此，根据本发明的该实施方案，试剂连接可切割的接头或可切割的元件的一个末端，且接头基团的另一末端与AB上的特定位点连接。例如，如果试剂具有羟基或氨基，其可与肽、氨基酸或其它合适选择的接头的羧基末端分别经由酯或酰胺键连接。例如，这样的试剂可与接头肽经由碳二亚胺反应连接。如果试剂含有会干涉接头连接的官能团，这些干涉官能团可在连接之前被封闭且在产物缀合物或中间体制备后解封闭。接头的相对或氨基端然后直接或在进一步修饰后用于结合能够活化补体的AB。
接头(或接头的间隔区元件)可具有任何需要的长度，其一个末端可与可活化抗体的AB的特定位点共价连接。接头或间隔区元件的另一末端可与氨基酸或肽接头连接。
因此，当这些缀合物在补体的存在下结合抗原时，连接试剂与接头的酰胺或酯键将被切割，导致释放呈其活性形式的试剂。这些缀合物当施用于受试者时，将在靶标位点上实现试剂的递送和释放，且对于药剂、抗生素、抗代谢物、抗增殖药等(如在表3中(但不限于此)提供的那些)的体内递送特别有效。
用于无补体活化下的释放的接头：在靶向递送的又一种应用中，无补体活化的试剂释放是需要的，因为补体级联的活化将最终溶解靶细胞。因此，当试剂的递送和释放应在不杀死靶细胞的情况下实现时该方法是有用的。这是当需要递送细胞介质诸如激素、酶、皮质类固醇、神经递质、基因或酶至靶细胞时的目标。这些缀合物可通过将试剂与不能活化补体的AB经由接头连接制备，所述接头对通过血清蛋白酶的切割轻度敏感。当将该缀合物施用于个体时，抗原-抗体复合物将快速形成，而试剂的切割将缓慢发生，因此导致在靶标位点上释放化合物。
生物化学交叉接头：在一些实施方案中，使用某些生物化学交叉接头，可活化抗体可与一种或多种治疗剂缀合。交叉连接试剂形成分子桥，其将两个不同分子的官能团系在一起。为了以逐步方式连接两个不同的蛋白，可使用杂-双官能交叉-接头，其排除不需要的均聚物形成。
还可使用通过溶酶体蛋白酶可切割的肽基接头，例如Val-Cit、Val-Ala或其它二肽。此外，可使用在溶酶体的低pH环境中可切割的酸不稳定性接头，例如：双-唾液酸醚。其它合适的接头包括组织蛋白酶不稳定性底物，特别是在酸性pH下显示最佳功能的那些。
示例性的杂-双官能交叉-接头在表5中提及。
表5：示例性的杂-双官能交叉接头
Figure 419398DEST_PATH_IMAGE077
Figure 678341DEST_PATH_IMAGE078
不可切割的接头或直接连接：在本发明的一些实施方案中，缀合物可经设计，使得所述试剂被递送至靶标而不释放。这可通过将试剂与AB直接或经由不可切割的接头连接实现。
这些不可切割的接头可包括氨基酸、肽、D-氨基酸或可经修饰以包括可随后用于通过本文所述的方法连接AB的官能团的其它有机化合物。这样的有机接头的通式可以是
W – (CH2)n – Q
其中
W是--NH--CH2--或--CH2--；
Q是氨基酸、肽；且
n是0-20的整数。
不可切割的缀合物：在一些实施方案中，化合物可与不活化补体的AB连接。当使用不能补体活化的AB时，该连接可使用对活化的补体的切割敏感的接头或使用对活化的补体的切割不敏感的接头来实现。
本文公开的抗体还可被配制为免疫脂质体。含有抗体的脂质体通过本领域已知的方法制备，诸如Epstein等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688 (1985); Hwang等人, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 77: 4030 (1980);和美国专利号4,485,045和4,544,545中描述的方法。具有提高的循环时间的脂质体公开于美国专利号5,013,556。
特别有用的脂质体可用包含磷脂酰胆碱、胆固醇和PEG-衍生的磷脂酰乙醇胺(PEG-PE)的脂质组合物通过反相蒸发方法产生。脂质体通过限定孔径的滤器挤出，以得到具有所需直径的脂质体。本发明的抗体的Fab’片段可按Martin等人, J. Biol. Chem.,257: 286-288 (1982)中所述，经由二硫化物交换反应与脂质体缀合。
定义：
除非另外定义，与本发明结合使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。术语“一个/种(a)”实体或“一个/种(an)”实体是指该实体中的一个/种或多个/种。例如，化合物是指一种或多种化合物。因此，术语“一个/种(a)”、“一个/种(an)”、“一个/种或多个/种”和“至少一个/种”可以互换使用。此外，除非上下文另外要求，单数术语应包括复数且复数术语应包括单数。通常，与本文描述的细胞和组织培养、分子生物学和蛋白和寡核苷酸或多核苷酸化学和杂交结合使用的命名法及其技术是本领域众所周知和通常使用的那些。标准技术用于重组DNA、寡核苷酸合成和组织培养和转化(例如，电穿孔、脂转染)。酶促反应和纯化技术根据制造商的说明书或本领域通常实践或本文所述进行。前述技术和程序通常根据本领域众所周知的常规方法和如本说明书各处中引用和讨论的各种通用和较特定的参考文献中所述进行。参见例如，Sambrook等人Molecular Cloning: ALaboratory Manual (第2版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold SpringHarbor, N.Y. (1989))。与本文描述的分析化学、合成有机化学和医用和药用化学结合使用的命名法及其实验室程序和技术是本领域众所周知和通常使用的那些。标准技术用于化学合成、化学分析、药物制备、配制和递送，和治疗患者。
如根据本发明所用，除非另外说明，以下术语应理解具有以下含义：
如本文所用，术语“抗体”是指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白(Ig)分子的免疫活性部分，即，含有特异性结合抗原(与其免疫反应)的抗原结合位点的分子。“特异性结合”或“与…免疫反应”或“免疫特异性结合”意指抗体与所需抗原的一个或多个抗原决定簇反应和不与其它多肽反应或以低得多的亲和力结合(Kd > 10-6)。抗体包括但不限于多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、结构域抗体、单链、Fab和F(ab')2片段、scFv和Fab表达文库。
基础抗体结构单位已知包含四聚体。各四聚体由两个相同的多肽链对构成，每一对具有一个“轻”链(约25 kDa)和一个“重”链(约50-70 kDa)。各链的氨基末端部分包括约100-110或更多个氨基酸的可变区，其主要负责抗原识别。各链的羧基末端部分限定了恒定区，其主要负责效应子功能。通常，获得自人的抗体分子涉及类别IgG、IgM、IgA、IgE和IgD中的任一类别，它们彼此不同之处在于分子中存在的重链的性质。某些类别还具有亚类，诸如IgG1、IgG2和其它。此外，在人中，轻链可以是κ链或λ链。
如本文所用的术语“单克隆抗体” (mAb)或“单克隆抗体组合物”，是指仅含有一个分子种类的抗体分子的抗体分子群，所述抗体分子由独特的轻链基因产物和独特的重链基因产物组成。具体而言，单克隆抗体的互补决定区(CDR)在所述群的所有分子中相同。MAb含有能够与抗原的特定表位起免疫反应的抗原结合位点，特征在于对抗原有独特的结合亲和力。
术语“抗原结合位点”或“结合部分”是指免疫球蛋白分子的一部分，其涉及抗原结合。抗原结合位点由重(“H”)和轻(“L”)链的N-端可变(“V”)区的氨基酸残基形成。在重链和轻链的V区内的三个高度不同的区段，被称为“超变区”，间插在称为“框架区”或“FR”的较保守的侧翼区段之间。因此，术语“FR”是指天然存在于免疫球蛋白的超变区之间并与其邻近的氨基酸序列。在抗体分子中，轻链的三个超变区和重链的三个超变区在三维空间中彼此相对排列，以形成抗原结合表面。抗原结合表面与结合的抗原的三维表面互补，重链和轻链各自的三个超变区被称为“互补决定区”或“CDR”。氨基酸在各结构域中的分配根据KabatSequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes ofHealth, Bethesda, Md. (1987和1991))或Chothia & Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917(1987), Chothia等人Nature 342:878-883 (1989)中的定义来进行。
如本文所用，术语“表位”包括能够特异性结合免疫球蛋白、scFv或T-细胞受体的任何蛋白决定簇。术语“表位”包括能够特异性结合免疫球蛋白或T-细胞受体的任何蛋白决定簇。表位决定簇通常由分子例如氨基酸或糖侧链的化学活性表面簇(groupings)组成，和通常具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。例如，抗体可以针对多肽的N-端或C-端肽产生。当解离常数是≤ 1 µM；在一些实施方案中≤ 100 nM和在一些实施方案中≤ 10nM时，认为抗体特异性结合抗原。
如本文所用，术语“特异性结合”、“免疫结合”和“免疫结合性质”是指在免疫球蛋白分子和免疫球蛋白对其具有特异性的抗原之间形成的类型的非共价相互作用。免疫结合相互作用的强度或亲和力可表示为相互作用的解离常数(Kd)，其中Kd越小表示亲和力越大。选择的多肽的免疫结合性质可使用本领域众所周知的方法定量测定。一个这样的方法要求测定抗原结合位点/抗原复合物形成和解离的速率，其中这些速率取决于复合物配偶体的浓度、相互作用的亲和力和在两个方向上同等影响速率的几何参数。因此，“结合速率常数”(Kon)和“解离速率常数” (Koff)可通过计算浓度和缔合和解离的实际速率来测定。(参见Nature 361:186-87 (1993))。Koff /Kon之比使得能够消除与亲和力不相关的所有参数，且等于解离常数Kd。(一般参见Davies等人 (1990) Annual Rev Biochem 59:439-473)。当结合常数(Kd)是≤1 μM，在一些实施方案中≤ 100 nM，在一些实施方案中≤ 10 nM和在一些实施方案中≤ 100 pM至约1 pM时，认为本发明的抗体特异性结合靶标，如通过测定法诸如放射配体结合测定法或本领域技术人员已知的类似测定法所测量。
如本文所用的术语“分离的多核苷酸”应意指基因组、cDNA或合成来源的多核苷酸，或其一些组合，根据其来源，“分离的多核苷酸” (1)不缔合“分离的多核苷酸”天然存在于其中的多核苷酸的全部或一部分，(2)与天然不与其连接的多核苷酸可操作连接，或(3)不作为较大序列的一部分天然存在。根据本发明的多核苷酸包括编码本文所示的重链免疫球蛋白分子的核酸分子，和编码本文所示的轻链免疫球蛋白分子的核酸分子。
本文提及的术语“分离的蛋白”意指cDNA、重组RNA或合成来源的蛋白或其一些组合，根据其来源或衍生源，“分离的蛋白” (1)不缔合天然存在的蛋白，(2)不含相同来源的其它蛋白，例如，不含鼠蛋白，(3)通过不同物种的细胞表达，或(4)不天然存在。
本文作为通称使用的术语“多肽”是指具有多肽序列的天然蛋白、片段或类似物。因此，天然蛋白片段和类似物是多肽上位概念(genus)的下位概念(species)。根据本发明的多肽包含本文所示的重链免疫球蛋白分子和本文所示的轻链免疫球蛋白分子，以及由包含重链免疫球蛋白分子与轻链免疫球蛋白分子诸如κ轻链免疫球蛋白分子的组合(和反之亦然)形成的抗体分子以及其片段和类似物。
如本文所用的术语“天然存在的”在应用于物体时是指物体可天然存在的事实。例如，存在于生物体(包括病毒)中的、可自天然来源分离的和未在实验室中经人为有意修饰或以其它方式修饰的多肽或多核苷酸序列是天然存在的。
如本文所用的术语“可操作连接”是指所述组分的位置处于允许它们以其预期方式起作用的关系中。与编码序列“可操作连接”的控制序列以使得编码序列的表达在与控制序列相容的条件下实现的方式连接。
如本文所用的术语“控制序列”是指实现与它们连接的编码序列的表达和加工所必需的多核苷酸序列。这样的控制序列的性质取决于宿主生物体而不同，在原核生物中这样的控制序列通常包括启动子、核糖体结合位点和转录终止序列，在真核生物中通常这样的控制序列包括启动子和转录终止序列。术语“控制序列”意欲最少包括其存在是表达和加工所必需的所有元件，和还可包括其存在是有利的其它元件，例如前导序列和融合物配偶体序列。本文提及的术语“多核苷酸”意指至少10个碱基长的核苷酸，为核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸或任一类型的核苷酸的修饰形式。该术语包括单链和双链形式的DNA。
本文提及的术语寡核苷酸包括通过天然存在的和非天然存在的寡核苷酸键(linkage)连接在一起的天然存在的和修饰的核苷酸。寡核苷酸是通常包含长度200个或更少的碱基的多核苷酸子集。在一些实施方案中，寡核苷酸是10-60个碱基长，且在一些实施方案中12、13、14、15、16、17、18、19或20-40个碱基长。寡核苷酸通常是单链的，例如对于探针，但寡核苷酸也可以是双链的，例如用于构建基因突变体。本发明的寡核苷酸为有义或反义寡核苷酸。
本文提及的术语“天然存在的核苷酸”包括脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸。本文提及的术语“修饰的核苷酸”包括具有修饰的或取代的糖基团等的核苷酸。本文提及的术语“寡核苷酸键”包括寡核苷酸键，诸如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、苯胺基硫代磷酸酯(phosphoroanilothioate)、苯胺磷酸酯(phosphoraniladate)、氨基磷酸酯(phosphoronmidate)等。参见例如，LaPlanche等人Nucl. Acids Res. 14:9081(1986); Stec等人 J. Am. Chem. Soc. 106:6077 (1984), Stein等人Nucl. Acids Res.16:3209 (1988), Zon等人Anti Cancer Drug Design 6:539 (1991); Zon等人Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach,第87-108页(F. Eckstein编辑, Oxford University Press, Oxford England (1991)); Stec等人美国专利号5,151,510; Uhlmann和Peyman Chemical Reviews 90:543 (1990)。如果需要，寡核苷酸可包括用于检测的标记。
如本文所用，20种常规氨基酸和其缩写按常规使用。参见Immunology - ASynthesis (第2版, E.S. Golub和D.R. Gren编辑, Sinauer Associates, Sunderland7Mass. (1991))。20种常规氨基酸的立体异构体(例如，D-氨基酸)、非天然氨基酸例如α-,α-二取代的氨基酸、N-烷基氨基酸、乳酸和其它非常规氨基酸也可以是本发明的多肽的合适的组分。非常规氨基酸的实例包括：4羟基脯氨酸、γ-羧基谷氨酸、ε-N,N,N-三甲基赖氨酸、ε-N-乙酰基赖氨酸、O-磷酸丝氨酸、N-乙酰基丝氨酸、N-甲酰基甲硫氨酸、3-甲基组氨酸、5-羟基赖氨酸、σ-N-甲基精氨酸和其它类似的氨基酸和亚氨基酸(例如，4-羟基脯氨酸)。在本文使用的多肽符号中，根据标准用法和惯例，左手方向是氨基末端方向和右手方向是羧基末端方向。
类似地，除非另外说明，单链多核苷酸序列的左手末端是5'端，双链多核苷酸序列的左手方向被称为5'方向。新生RNA转录物的5'至3'加入方向被称为转录方向，DNA链上具有与RNA相同的序列和在RNA转录物的5'末端的5'处的序列区被称为“上游序列”，DNA链上具有与RNA相同的序列和在RNA转录物的3'末端的3'处的序列区被称为“下游序列”。
应用于多肽时，术语“基本同一性”意指，两个肽序列当诸如通过程序GAP或BESTFIT使用默认的空位权重最佳比对时，共有至少80%的序列同一性，在一些实施方案中，至少90%的序列同一性，在一些实施方案中至少95%的序列同一性，和在一些实施方案中至少99%的序列同一性。
在一些实施方案中，不相同的残基位置因保守氨基酸取代而不同。
如本文所讨论，抗体或免疫球蛋白分子的氨基酸序列的较少变化预期包括在本发明中，条件是氨基酸序列中的所述变化保持至少75%，在一些实施方案中至少80%、90%、95%，和在一些实施方案中99%。具体而言，预期保守氨基酸替换。保守替换是在其侧链上相关的氨基酸家族中发生的那些。遗传编码氨基酸通常分为以下家族：(1)酸性氨基酸是天冬氨酸、谷氨酸；(2)碱性氨基酸是赖氨酸、精氨酸、组氨酸；(3)非极性氨基酸是丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸；和(4)不带电荷的极性氨基酸是甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸。亲水氨基酸包括精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸、组氨酸、赖氨酸、丝氨酸和苏氨酸。疏水氨基酸包括丙氨酸、半胱氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、色氨酸、酪氨酸和缬氨酸。氨基酸的其它家族包括(i)丝氨酸和苏氨酸，其为脂肪族羟基家族；(ii)天冬酰胺和谷氨酰胺，其为含有酰胺的家族；(iii)丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸，其为脂肪族的家族；和(iv)苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸，其为芳香族的家族。例如，可合理预期单独替换亮氨酸为异亮氨酸或缬氨酸、天冬氨酸为谷氨酸、苏氨酸为丝氨酸或类似替换氨基酸为结构相关的氨基酸，不将对所得分子的结合或性质具有主要影响，尤其是如果所述替换不涉及框架位点内的氨基酸。氨基酸变化是否产生功能肽可通过测定多肽衍生物的特定活性而容易地确定。本文详细描述了测定法。抗体或免疫球蛋白分子的片段或类似物可通过本领域普通技术人员容易地制备。合适的片段或类似物的氨基末端和羧基末端出现在功能结构域的边界附近。结构和功能结构域可通过将核苷酸和/或氨基酸序列数据与公开的或专有的序列数据库比较来鉴定。在一些实施方案中，计算机比较方法用于鉴定出现在具有已知结构和/或功能的其它蛋白中的序列基序或预测的蛋白构象结构域。鉴定折叠成已知三维结构的蛋白序列的方法是已知的。Bowie等人Science 253:164 (1991)。因此，前述实例证实，本领域技术人员可识别可用于定义根据本发明的结构和功能结构域的序列基序和结构构象。
合适的氨基酸取代为以下那些氨基酸取代，其：(1)降低对蛋白水解的敏感性，(2)降低对氧化的敏感性，(3)改变形成蛋白复合物的结合亲和力，(4)改变结合亲和力，和(5)赋予或修改这样的类似物的其它物理化学或功能性质。类似物可包括具有并非天然存在的肽序列的序列的各种突变型蛋白。例如，可在天然存在的序列中，例如在形成分子间接触的结构域外的多肽部分中进行单一或多个氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。保守氨基酸取代不应基本上改变亲本序列的结构特征(例如，替换氨基酸不应倾向于中断在亲本序列中出现的螺旋，或破坏亲本序列所特有的其它类型的二级结构)。本领域公认的多肽二级和三级结构的实例描述于Proteins, Structures and Molecular Principles (Creighton编辑, W. H. Freeman and Company, New York (1984)); Introduction to ProteinStructure (C. Branden和J. Tooze编辑, Garland Publishing, New York, N.Y.(1991));和Thornton等人Nature 354:105 (1991)。
如本文所用的术语“多肽片段”是指具有氨基末端和/或羧基末端缺失和/或一个或多个内部缺失的多肽，但其中剩余的氨基酸序列与从例如全长cDNA序列中推论的天然存在的序列的相应的位置相同。片段通常为至少5、6、8或10个氨基酸长，在一些实施方案中至少14个氨基酸长，在一些实施方案中至少20个氨基酸长，通常至少50个氨基酸长，和在一些实施方案中至少70个氨基酸长。如本文所用的术语“类似物”是指由至少25个氨基酸的区段构成的多肽，所述区段与推论的氨基酸序列的一部分具有基本同一性和在合适的结合条件下与靶标特异结合。通常，多肽类似物包含相对于天然存在的序列的保守氨基酸取代(或添加或缺失)。类似物通常为至少20个氨基酸长，在一些实施方案中至少50个氨基酸长或更长，和通常可长至全长的天然存在的多肽。
术语“试剂”在本文用于表示化合物、化合物的混合物、生物大分子或自生物材料制备的提取物。
如本文所用，术语“标记”或“标记的”是指并入可检测标记物，例如，通过并入放射性标记的氨基酸或与可通过标记的抗生物素蛋白(例如，含有可通过光学或量热方法检测的荧光标记或酶活性的链霉抗生物素蛋白)检测的生物素基部分的多肽连接。在某些情况下，标记或标记物也可以是治疗性的。标记多肽和糖蛋白的各种方法是本领域已知的和可被使用。用于多肽的标记的实例包括但不限于以下：放射性同位素或放射性核素(例如，3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)、荧光标记(例如，FITC、若丹明、镧系元素磷光体)、酶标记(例如，辣根过氧化物酶、p-半乳糖苷酶、萤光素酶、碱性磷酸酶)、化学发光、生物素基团、被第二报告分子识别的预定的多肽表位(例如，亮氨酸拉链对序列、第二抗体的结合位点、金属结合结构域、表位标签)。在一些实施方案中，标记通过各种长度的间隔区臂连接以减少潜在的空间位阻。如本文所用的术语“药物或药品”是指当适当施用于患者时能够诱导所需的治疗效果的化合物或组合物。
本文的其它化学术语根据本领域的常规用法使用，如由The McGraw-HillDictionary of Chemical Terms (Parker, S.编辑, McGraw-Hill, San Francisco(1985))所举例。
如本文所用，“基本上纯的”意指对象种类是存在的主要种类(即，在摩尔基础上它比组合物中的任何其它个别种类更丰富)，并且在一些实施方案中，基本上纯化的部分是其中对象种类占存在的所有大分子种类的至少约50% (在摩尔基础上)的组合物。
通常，基本上纯的组合物将包含组合物中存在的超过约80%的所有大分子种类，在一些实施方案中，超过约85%、90%、95%和99%。在一些实施方案中，对象种类纯化至基本均质(通过常规检测方法在组合物中不能检测到污染物种类)，其中组合物基本上由单一大分子种类组成。
术语患者包括人和兽医受试者。
本发明的可活化抗体特异性结合给定靶标，例如人靶蛋白。本发明中还包括与本文所述的可活化抗体结合相同表位的可活化抗体。
本领域技术人员将认识到，可能在没有过度实验的情况下通过确定单克隆抗体(例如，鼠单克隆或人源化抗体)是否阻止本文所述的方法中使用的单克隆抗体结合靶标来确定前者是否与后者具有相同的特异性。如果所测试的单克隆抗体与本发明的单克隆抗体竞争，如通过本发明的单克隆抗体的结合降低所示，则两种单克隆抗体结合相同或紧密相关的表位。用于确定单克隆抗体是否具有本发明的单克隆抗体的特异性的方法是将本发明的单克隆抗体与靶标预温育，然后添加待测试的单克隆抗体，以确定所测试的单克隆抗体在其结合靶标的能力方面是否被抑制。如果所测试的单克隆抗体被抑制，则很可能地，其具有与本发明的单克隆抗体相同或功能等同的表位特异性。
多特异性可活化抗体
本发明还提供多特异性可活化抗体。本文提供的多特异性可活化抗体是这样的多特异性抗体，其识别两种或更多种不同的抗原或表位，且包括至少一个掩蔽部分(MM)，所述掩蔽部分与多特异性抗体的至少一个抗原或表位结合结构域连接，使得MM的偶联降低抗原或表位结合结构域结合其靶标的能力。在一些实施方案中，MM经由起至少一种MMP蛋白酶和至少一种SP的底物的作用的CM1-CM2底物与多特异性抗体的抗原或表位结合结构域偶联。本文提供的可活化多特异性抗体在循环中是稳定的，在预期的治疗和/或诊断部位处被活化，但在正常(即健康)组织中不被活化，并且当被活化时展现与相应的未修饰的多特异性抗体至少相当的与靶标的结合。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体经设计以接合免疫效应细胞，在本文中也称为免疫效应细胞接合多特异性可活化抗体。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体经设计以接合白细胞，在本文中也称为白细胞接合多特异性可活化抗体。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体经设计以接合T-细胞，在本文中也称为T-细胞接合多特异性可活化抗体。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体接合白细胞(诸如T-细胞、天然杀伤(NK)细胞、骨髓单核细胞、巨噬细胞和/或另一种免疫效应细胞)上的表面抗原。在一些实施方案中，免疫效应细胞是白细胞。在一些实施方案中，免疫效应细胞是T-细胞。在一些实施方案中，免疫效应细胞是NK细胞。在一些实施方案中，免疫效应细胞是单核细胞，诸如骨髓单核细胞。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体经设计以与多于一种靶标和/或多于一种表位结合或以其它方式相互作用，在本文中也称为多抗原靶向可活化抗体。如本文所用，术语“靶标”和“抗原”可互换使用。
在一些实施方案中，本发明的免疫效应细胞接合多特异性可活化抗体包括靶向抗体或其抗原结合片段和免疫效应细胞接合抗体或其抗原结合部分，其中靶向抗体或其抗原结合片段和/或免疫效应细胞接合抗体或或其抗原结合部分中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，免疫效应细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一免疫效应细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力。在一些实施方案中，靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，免疫效应细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一免疫效应细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力，且靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，非免疫效应细胞接合抗体是癌症靶向抗体。在一些实施方案中，非免疫细胞效应抗体是IgG。在一些实施方案中，非免疫效应细胞接合抗体是scFv。在一些实施方案中，靶向抗体(例如，非免疫细胞效应抗体)是IgG且免疫效应细胞接合抗体是scFv。在一些实施方案中，免疫效应细胞是白细胞。在一些实施方案中，免疫效应细胞是T-细胞。在一些实施方案中，免疫效应细胞是NK细胞。在一些实施方案中，免疫效应细胞是骨髓单核细胞。
在一些实施方案中，本发明的T-细胞接合多特异性可活化抗体包括靶向抗体或其抗原结合片段和T-细胞接合抗体或其抗原结合部分，其中靶向抗体或其抗原结合片段和/或T-细胞接合抗体或或其抗原结合部分中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，T-细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一T-细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力。在一些实施方案中，靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，T-细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一T-细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力，且靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括癌症靶向抗体或其抗原结合片段和T-细胞接合抗体或其抗原结合部分，其中癌症靶向抗体或其抗原结合片段和/或T-细胞接合抗体或或其抗原结合部分中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，T-细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一T-细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力。在一些实施方案中，癌症靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关靶标的能力。在一些实施方案中，T-细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一T-细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力，且癌症靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关的靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关的靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段和T-细胞接合scFv，其中癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段和/或T细胞接合抗体或或其抗原结合部分中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，T细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一T细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力。在一些实施方案中，癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关靶标的能力。在一些实施方案中，T-细胞接合抗体或其抗原结合片段包括结合第一T-细胞接合靶标的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合第一靶标的能力，且癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关的靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关的靶标的能力。
在免疫效应细胞接合多特异性可活化抗体的一些实施方案中，一种抗原通常是存在于肿瘤细胞或与疾病相关的其它细胞类型的表面上的抗原，诸如但不限于表1中所列的任何靶标，诸如但不限于EGFR、erbB2、EpCAM、Jagged、PD-L1、B7H3或CD71(转铁蛋白受体)，且另一种抗原通常是存在于T-细胞、天然杀伤(NK)细胞、骨髓单核细胞、巨噬细胞和/或其它免疫效应细胞的表面上的刺激或抑制受体，诸如，但不限于B7-H4、BTLA、CD3、CD4、CD8、CD16a、CD25、CD27、CD28、CD32、CD56、CD137、CTLA-4、GITR、HVEM、ICOS、LAG3、NKG2D、OX40、PD-1、TIGIT、TIM3或VISTA。在一些实施方案中，抗原是存在于T细胞或NK细胞的表面上的刺激性受体；这样的刺激性受体的实例包括，但不限于CD3、CD27、CD28、CD137 (也称为4-1BB)、GITR、HVEM、ICOS、NKG2D和OX40。在一些实施方案中，抗原是存在于T细胞的表面上的抑制性受体；这样的抑制性受体的实例包括，但不限于BTLA、CTLA-4、LAG3、PD-1、TIGIT、TIM3和NK-表达的KIRs。赋予对T-细胞表面抗原特异性的抗体结构域还可以被配体或配体结构域取代，所述配体或配体结构域结合T细胞受体、NK细胞受体、巨噬细胞受体和/或其它免疫效应细胞受体，诸如例如但不限于B7-1、B7-2、B7H3、PD-L1、PD-L2或TNFSF9。
本发明的一个实施方案是在癌症微环境中可活化的多特异性可活化抗体，并且包括针对肿瘤靶标的抗体(例如IgG或scFv)以及针对在活化的T细胞或NK细胞的表面上表达的共刺激受体的激动剂抗体(例如IgG或scFv)，其中癌靶标抗体和/或激动剂抗体中的至少一种被掩蔽。共刺激受体的实例包括但不限于CD27、CD137、GITR、HVEM、NKG2D和OX40。在该实施方案中，多特异性可活化抗体，一旦通过肿瘤相关蛋白酶活化，将以肿瘤依赖性方式有效地交联和活化T细胞或NK细胞表达的共刺激受体，以增强T细胞的经由其内源性T细胞抗原或NK活化受体响应于任何肿瘤抗原的活性。这些T细胞或NK细胞共刺激受体的活化依赖性质将聚焦针对肿瘤特异性T细胞的活化的多特异性可活化抗体的活性，而不活化所有T细胞，其与其抗原特异性无关。在一个实施方案中，多特异性可活化抗体的至少共刺激受体抗体被掩蔽以防止可存在于组织中、但其活性通过缺乏共受体接合而受限的自身反应性T细胞的活化，所述组织也表达多特异性可活化抗体中的肿瘤靶向抗体识别的抗原。
本发明的一个实施方案是多特异性可活化抗体，其在特征在于T细胞过度刺激的疾病(例如但不限于自身免疫性疾病或炎性疾病微环境)中可活化。这样的多特异性可活化抗体包括针对包含在自身免疫性或炎症性疾病中由T细胞靶向的组织中表达的表面抗原的抗体(例如IgG或scFv)，以及针对在T细胞或NK细胞的表面上表达的抑制性受体的抗体(例如IgG或scFv)，其中所述疾病组织靶标抗体和/或T细胞抑制性受体抗体中的至少一种被掩蔽。抑制性受体的实例包括，但不限于BTLA、CTLA-4、LAG3、PD-1、TIGIT、TIM3和NK-表达的KIRs。在自身免疫性疾病中由T细胞靶向的组织抗原的实例包括但不限于在多发性硬化中的髓鞘或神经细胞上表达的表面抗原或在1型糖尿病中的胰岛细胞上表达的表面抗原。在该实施方案中，当在自身免疫攻击或炎症下位于组织中时，多特异性可活化抗体被活化并共同接合T细胞或NK细胞抑制受体，以抑制经由其内源性TCR或活化受体响应于任何疾病组织靶向抗原的自身反应性T细胞的活性。在一个实施方案中，至少一种或多种抗体被掩蔽以防止抑制其中靶抗原也可表达的非疾病组织中的T细胞应答。
在一些实施方案中，T细胞接合多特异性可活化抗体包括抗CD3ε (CD3ε，本文中也称为CD3e和CD3) scFv和靶向抗体或其抗原结合片段，其中抗CD3ε scFv和/或靶向抗体或其抗原结合片段中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，CD3ε scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力。在一些实施方案中，靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，CD3ε scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力，且靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括抗CD3ε scFv和癌症靶向抗体或其抗原结合片段，其中抗CD3ε scFv和/或癌症靶向抗体或其抗原结合片段中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，CD3ε scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力。在一些实施方案中，癌症靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关靶标的能力。在一些实施方案中，CD3ε scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力，且癌症靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关的靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关的靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括抗CD3ε scFv和癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段，其中抗CD3ε scFv和/或癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，CD3ε scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力。在一些实施方案中，癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关靶标的能力。在一些实施方案中，CD3ε scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力，且癌症靶向抗体IgG或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关的靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关的靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括衍生自OKT3的抗CD3epsilon (CD3ε) scFv，其中靶向抗体或其抗原结合片段和/或OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力。在一些实施方案中，靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力，且靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv和癌症靶向抗体或其抗原结合片段，其中OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv和/或癌症靶向抗体或其抗原结合片段中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力。在一些实施方案中，癌症靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关靶标的能力。在一些实施方案中，OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力，且癌症靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关的靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关的靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv和癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段，其中OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv和/或癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力。在一些实施方案中，癌症靶向IgG抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关靶标的能力。在一些实施方案中，OKT3 scFv或OKT3-衍生的scFv包括结合CD3ε的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CD3ε的能力，且癌症靶向抗体IgG或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二癌症相关的靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二癌症相关的靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括抗CTLA-4 scFv，其中靶向抗体或其抗原结合片段和/或抗CTLA-4 scFv中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，抗CTLA-4 scFv包括结合CTLA-4的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CTLA-4的能力。在一些实施方案中，靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，抗CTLA-4 scFv包括结合CTLA-4的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CTLA-4的能力，且靶向抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。
在一些实施方案中，T-细胞接合多特异性可活化抗体包括抗CTLA-4 scFv和靶向IgG抗体或其抗原结合片段，其中抗CTLA-4 scFv和/或靶向IgG抗体或其抗原结合片段中的至少一种被掩蔽。在一些实施方案中，抗CTLA-4 scFv包括结合CTLA-4的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CTLA-4的能力。在一些实施方案中，靶向IgG抗体或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。在一些实施方案中，抗CTLA-4 scFv包括结合CTLA-4的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)，其中AB1与掩蔽部分(MM1)连接，使得MM1的偶联降低AB1结合CTLA-4的能力，且靶向抗体IgG或其抗原结合片段包括第二抗体或其片段，其包括第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其结合第二靶标，其中AB2与掩蔽部分(MM2)连接，使得MM2的偶联降低AB2结合第二靶标的能力。
在一些实施方案中，多抗原靶向抗体和/或多抗原靶向可活化抗体至少包括结合第一靶标和/或第一表位的第一抗体或其抗原结合片段和结合第二靶标和/或第二表位的第二抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，多抗原靶向抗体和/或多抗原靶向可活化抗体结合两个或更多个不同的靶标。在一些实施方案中，多抗原靶向抗体和/或多抗原靶向可活化抗体结合相同靶标上的两个或更多个不同的表位。在一些实施方案中，多抗原靶向抗体和/或多抗原靶向可活化抗体结合两个或更多个不同的靶标和相同靶标上的两个或更多个不同的表位的组合。
在一些实施方案中，包含IgG的多特异性可活化抗体具有被掩蔽的IgG可变结构域。在一些实施方案中，包含scFv的多特异性可活化抗体具有被掩蔽的scFv结构域。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体具有IgG可变结构域和scFv结构域两者，其中IgG可变结构域中的至少一个与掩蔽部分偶联。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体具有IgG可变结构域和scFv结构域两者，其中scFv结构域中的至少一个与掩蔽部分偶联。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体具有IgG可变结构域和scFv结构域两者，其中IgG可变结构域中的至少一个与掩蔽部分偶联，且scFv结构域中的至少一个与掩蔽部分偶联。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体具有IgG可变结构域和scFv结构域两者，其中IgG可变结构域和scFv结构域中的每个与其自身的掩蔽部分偶联。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体的一个抗体结构域具有对靶抗原的特异性，且另一个抗体结构域具有对T-细胞表面抗原的特异性。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体的一个抗体结构域具有对靶抗原的特异性，且另一个抗体结构域具有对另一个靶抗原的特异性。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体的一个抗体结构域具有对靶抗原的一个表位的特异性，且另一个抗体结构域具有对靶抗原的另一个表位的特异性。
在多特异性可活化抗体中，scFv可以与IgG可活化抗体的重链的羧基末端、与IgG可活化抗体的轻链的羧基末端、或与IgG可活化抗体的重链和轻链两者的羧基末端融合。在多特异性可活化抗体中，scFv可以与IgG可活化抗体的重链的氨基末端、与IgG可活化抗体的轻链的氨基末端、或与IgG可活化抗体的重链和轻链两者的氨基末端融合。在多特异性可活化抗体中，scFv可以与IgG可活化抗体的一个或多个羧基末端和一个或多个氨基末端的任何组合融合。在一些实施方案中，与CM1-CM2底物连接的掩蔽部分(MM)连接至IgG的抗原结合结构域并使之掩蔽。在一些实施方案中，与CM1-CM2底物连接的掩蔽部分(MM)连接至至少一个scFv的抗原结合结构域并使之掩蔽。在一些实施方案中，与CM1-CM2底物连接的掩蔽部分(MM)连接至IgG的抗原结合结构域并使之掩蔽，且与CM1-CM2底物连接的掩蔽部分(MM)连接至至少一个scFv的抗原结合结构域并使之掩蔽。
本发明提供了多特异性可活化抗体结构的实例，其包括但不限于以下：(VL-CL)2:(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VH*-L3-VL*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2；(VL-CL)2:(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VL*-L3-VH*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2；(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL-CL)2:(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VH*-L3-VL*)2；(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL-CL)2:(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VL*-L3-VH*)2；(VL-CL)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL-CL)2:(VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL-CL)2:(VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2:(VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2:(VH-CH1-CH2-CH3)2；(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL*-L3-VH*-L4-VL-CL)2:(VH-CH1-CH2-CH3)2；(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VH*-L3-VL*-L4-VL-CL)2:(VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*)2:(MM-L1-CM1-CM2底物-L2-VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VH*-L3-VL*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (VL*-L3-VH*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2；或(VL-CL-L4-VL*-L3-VH*-L2-CM1-CM2底物-L1-MM)2: (VH*-L3-VL*-L4-VH-CH1-CH2-CH3)2，其中: VL和VH代表IgG中包含的具有第一特异性的轻链和重链可变结构域；VL*和VH*代表scFv中包含的具有第二特异性的可变结构域；L1是连接掩蔽部分(MM)和CM1-CM2底物的接头肽；L2是连接CM1-CM2底物和抗体的接头肽；L3是连接scFv的可变结构域的接头肽；L4是连接具有第一特异性的抗体与具有第二特异性的抗体的接头肽；CL是轻链恒定结构域；且CH1、CH2、CH3是重链恒定结构域。第一和第二特异性可以针对任何抗原或表位。
在T细胞接合多特异性可活化抗体的一些实施方案中，一种抗原通常是存在于肿瘤细胞或与疾病相关的其它细胞类型的表面上的抗原，诸如但不限于表1中所列的任何靶标，诸如但不限于EGFR、erbB2、EpCAM、Jagged、PD-L1、B7H3或CD71(转铁蛋白受体)，且另一种抗原通常是存在于T-细胞、天然杀伤(NK)细胞、骨髓单核细胞、巨噬细胞和/或其它免疫效应细胞的表面上的刺激(本文中也称为活化)或抑制受体，诸如，但不限于B7-H4、BTLA、CD3、CD4、CD8、CD16a、CD25、CD27、CD28、CD32、CD56、CD137(也称为TNFRSF9)、CTLA-4、GITR、HVEM、ICOS、LAG3、NKG2D、OX40、PD-1、TIGIT、TIM3或VISTA。赋予对T-细胞表面抗原特异性的抗体结构域还可以被配体或配体结构域取代，所述配体或配体结构域结合T细胞受体、NK细胞受体、巨噬细胞受体和/或其它免疫效应细胞受体，诸如例如但不限于B7-1、B7-2、B7H3、PD-L1、PD-L2或TNFSF9。在多抗原靶向可活化抗体的一些实施方案中，一种抗原选自表1中所列的靶标，且另一种抗原选自表1中所列的靶标。
在一些实施方案中，靶向抗体是抗EGFR抗体。在一些实施方案中，靶向抗体是C225v5，其特异性结合EGFR。在一些实施方案中，靶向抗体是C225，其特异性结合EGFR。在一些实施方案中，靶向抗体是C225v4，其特异性结合EGFR。在一些实施方案中，靶向抗体是C225v6，其特异性结合EGFR。在一些实施方案中，靶向抗体是抗Jagged抗体。在一些实施方案中，靶向抗体是4D11，其特异性结合人和小鼠Jagged 1和Jagged 2。在一些实施方案中，靶向抗体是4D11v2，其特异性结合人和小鼠Jagged 1和Jagged 2。
在一些实施方案中，靶向抗体可呈可活化抗体的形式。在一些实施方案中，scFv可呈Pro-scFv的形式(参见例如WO 2009/025846、WO 2010/081173)。
在一些实施方案中，scFv对于结合CD3ε是特异性的，并且是或衍生自结合CD3ε的抗体或其片段，例如CH2527、FN18、H2C、OKT3、2C11、UCHT1或V9。在一些实施方案中，scFv对于结合CTLA-4(本文也称为CTLA和CTLA4)是特异性的。
在一些实施方案中，抗CTLA-4 scFv包括以下氨基酸序列：
Figure 494987DEST_PATH_IMAGE079
。
在一些实施方案中，抗CTLA-4 scFv包括与SEQ ID NO:347的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，抗CD3ε scFv包括以下氨基酸序列：
Figure 231999DEST_PATH_IMAGE080
。
在一些实施方案中，抗CD3ε scFv包括与SEQ ID NO:349的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，scFv对于结合一种或多种T细胞、一种或多种NK细胞和/或一种或多种巨噬细胞是特异性的。在一些实施方案中，scFv对于结合选自以下的靶标是特异性的：B7-H4、BTLA、CD3、CD4、CD8、CD16a、CD25、CD27、CD28、CD32、CD56、CD137、CTLA-4、GITR、HVEM、ICOS、LAG3、NKG2D、OX40、PD-1、TIGIT、TIM3或VISTA。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体还包括与AB缀合的试剂。在一些实施方案中，试剂是治疗剂。在一些实施方案中，试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，试剂经由接头与多特异性可活化抗体缀合。在一些实施方案中，试剂经由可切割接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂经由包括至少一种CM1-CM2底物序列的接头与AB缀合。在一些实施方案中，接头是不可切割接头。在一些实施方案中，试剂是微管抑制剂。在一些实施方案中，试剂是核酸损伤剂，诸如DNA烷化剂或DNA嵌入剂，或其它DNA损伤剂。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，试剂是选自表4中所列的试剂。在一些实施方案中，试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是美登木素生物碱或美登木素生物碱衍生物。在一些实施方案中，试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是加利车霉素或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬二聚体。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，所述可检测部分是诊断剂。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体可以进行工程改造以包括一个或多个二硫键。
本发明还提供了编码本文所述的多特异性可活化抗体的分离的核酸分子，以及包括这些分离的核酸序列的载体。本发明提供了通过在导致表达可活化抗体的条件下培养细胞来产生多特异性可活化抗体的方法，其中所述细胞包含这样的核酸分子。在一些实施方案中，所述细胞包含这样的载体。
本发明还提供了通过以下制备本发明的多特异性可活化抗体的方法：(a)在导致表达多特异性可活化抗体的条件下培养包含编码多特异性可活化抗体的核酸构建体的细胞，和(b)回收多特异性可活化抗体。
本发明还提供了多特异性可活化抗体和/或多特异性可活化抗体组合物，其至少包括特异性结合第一靶标或第一表位的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)和结合第二靶标或第二表位的第二抗体或其抗原结合片段(AB2)，其中至少AB1与掩蔽部分(MM1)偶联或以其它方式连接，使得MM1的偶联降低AB1结合其靶标的能力。在一些实施方案中，MM1经由MMP和SP的CM1-CM2底物与AB1偶联，其中MMP和SP中的至少一种与AB1的靶标在受试者中的治疗部位或诊断部位处共定位。本文提供的多特异性可活化抗体在循环中是稳定的，在预期的治疗和/或诊断部位处被活化，但在正常(即健康)组织中不被活化，并且当被活化时展现与相应的未修饰的多特异性抗体至少相当的与AB1的靶标的结合。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体包含在MM1和CM1-CM2底物之间的连接肽。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体包含在CM1-CM2底物和AB1之间的连接肽。
在一些实施方案中，可活化抗体包含第一连接肽(LP1)和第二连接肽(LP2)，且未切割状态下的多特异性可活化抗体的至少一部分具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM1-LP1-CM1-CM2底物-LP2-AB1或AB1-LP2-CM1-CM2底物-LP1-MM1。在一些实施方案中，两个连接肽不需要彼此相同。
在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一种包括选自(GS)n、(GGS)n, (GSGGS)n(SEQ ID NO:381)和(GGGS)n (SEQ ID NO:382)的氨基酸序列，其中n是至少1的整数。在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一种包括选自以下的氨基酸序列：GGSG (SEQ ID NO:383)、GGSGG (SEQ ID NO:384)、GSGSG (SEQ ID NO:385)、GSGGG (SEQ ID NO:386)、GGGSG(SEQ ID NO:387)和GSSSG (SEQ ID NO:388)。
在一些实施方案中，可活化抗体包括CM1和CM2之间的连接肽(LP')。
在一些实施方案中，可活化抗体包含第一连接肽(LP1)、第二连接肽(LP2)和CM1和CM2之间的连接肽(LP')，且未切割状态下的多特异性可活化抗体的至少一部分具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM1-LP1-CM1-CM2底物-LP2-AB1或AB1-LP2-CM1-CM2底物-LP1-MM1，在一些实施方案中，连接肽不需要彼此相同。
在一些实施方案中，LP'是GG。在一些实施方案中，LP' is GGSGGS (SEQ ID NO:350)。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体至少包括特异性结合第一靶标或第一表位的第一抗体或其抗原结合片段(AB1)和特异性结合第二靶标或第二表位的第二抗体或其抗原结合片段(AB2)。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个AB独立地选自单克隆抗体、结构域抗体、单链、Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scAb、dAb、单一结构域重链抗体和单一结构域轻链抗体。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个AB是啮齿动物(例如，小鼠或大鼠)、嵌合、人源化或全人单克隆抗体。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个AB对于与其相应的靶标或表位的结合具有约100 nM或更低的解离常数。
在一些实施方案中，MM1与其相应的AB的结合的解离常数大于AB与其相应的靶标或表位的结合的解离常数。
在一些实施方案中，MM1与其相应的AB的结合的解离常数不大于AB与其相应的靶标或表位的结合的解离常数。
在一些实施方案中，当多特异性可活化抗体在切割状态下时，MM1不干扰其相应的AB结合相应的靶标或表位或不与其相应的AB竞争结合相应的靶标或表位。
在一些实施方案中，MM1是约2-40个氨基酸长的多肽。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM是不超过40个氨基酸长的多肽。
在一些实施方案中，MM1的多肽序列不同于相应的AB的靶标的序列。
在一些实施方案中，MM1的多肽序列与相应的AB的任何天然的结合配偶体具有不超过50%同一性。在一些实施方案中，MM1的多肽序列与相应的AB的任何天然的结合配偶体具有不超过25%同一性。在一些实施方案中，MM1的多肽序列与相应的AB的任何天然的结合配偶体具有不超过10%同一性。
在一些实施方案中，MM1的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少20倍。
在一些实施方案中，MM1的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少40倍。
在一些实施方案中，MM1的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少100倍。
在一些实施方案中，MM1的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少1000倍。
在一些实施方案中，MM1的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM1偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少10,000倍。
在一些实施方案中，MM1是选自本文公开的MM的氨基酸序列。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体至少包括：第二掩蔽部分(MM2)，其当所述多特异性可活化抗体在未切割状态下时抑制AB2与其靶标的结合；和与AB2偶联的额外可切割部分(CM')，其中CM'是起第二蛋白酶的底物的作用的CM1-CM2底物或多肽。在一些实施方案中，CM'是不超过15个氨基酸长的多肽。在一些实施方案中，CM'是CM1-CM2底物，其中CM1-CM2底物中的CM1和CM2各自独立地不超过15个氨基酸的长度。
在一些实施方案中，MMP蛋白酶、SP蛋白酶和/或第二蛋白酶与第二靶标或表位在组织中共定位，且其中当多特异性可活化抗体暴露于MMP蛋白酶、SP蛋白酶和/或第二蛋白酶时MMP蛋白酶、SP蛋白酶和/或第二蛋白酶切割多特异性可活化抗体中的CM'。在一些实施方案中，MMP蛋白酶、SP蛋白酶和/或第二蛋白酶与第一靶标或表位和第二靶标或表位在组织中共定位。在一些实施方案中，MMP蛋白酶、SP蛋白酶和/或第二蛋白酶是相同的MMP蛋白酶和相同的SP蛋白酶。在一些实施方案中，MMP蛋白酶、SP蛋白酶和/或第二蛋白酶不是相同的MMP蛋白酶且不是相同的SP蛋白酶。在一些实施方案中，CM1-CM2底物和CM'是相同的MMP蛋白酶和相同的SP蛋白酶的不同的底物。在一些实施方案中，切割CM'的蛋白酶选自表6中所示的那些。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体(例如，MM1和至少MM2)中的MM各自与其相应的AB的结合的解离常数大于AB与其相应的靶标或表位的结合的解离常数。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的MM各自与其相应的AB的结合的解离常数不大于AB与其相应的靶标或表位的结合的解离常数。
在一些实施方案中，当多特异性可活化抗体在切割状态下时，多特异性可活化抗体中的每个MM不干扰其相应的AB结合相应的靶标或表位或不与其相应的AB竞争结合相应的靶标或表位。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM是约2-40个氨基酸长的多肽。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM是不超过40个氨基酸长的多肽。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM的多肽序列不同于相应的AB的靶标的多肽序列。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM的多肽序列与相应的AB的任何天然的结合配偶体具有不超过50%同一性。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM的多肽序列与相应的AB的任何天然的结合配偶体具有不超过25%同一性。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体中的每个MM的多肽序列与相应的AB的任何天然的结合配偶体具有不超过10%同一性。
在一些实施方案中，每个MM的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少20倍。
在一些实施方案中，每个MM的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少40倍。
在一些实施方案中，每个MM的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少100倍。
在一些实施方案中，每个MM的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少1000倍。
在一些实施方案中，每个MM的偶联降低相应的AB结合其靶标或表位的能力，使得当与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的解离常数(Kd)是当不与MM偶联时AB对其相应的靶标或表位的Kd的至少10,000倍。
在一些实施方案中，MM各自是选自本文公开的MM的氨基酸序列。
在一些实施方案中，切割CM1-CM2底物序列的蛋白酶与多特异性可活化抗体中的AB1的靶标在组织中共定位，且当多特异性可活化抗体暴露于蛋白酶时MMP蛋白酶和/或SP蛋白酶(即，MMP蛋白酶和SP蛋白酶中的至少一种)切割多特异性可活化抗体中的CM1-CM2底物。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体包括多于一种CM1-CM2底物序列，且切割至少一种CM1-CM2底物序列的MMP蛋白酶和/或SP蛋白酶与多特异性可活化抗体中的AB区域的至少一种的靶标在组织中共定位，且当多特异性可活化抗体暴露于蛋白酶时MMP蛋白酶和/或SP蛋白酶切割多特异性可活化抗体中的CM1-CM2底物。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少2倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少3倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少4倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少5倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少10倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少20倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少40倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少50倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少100倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
在一些实施方案中，每个CM1-CM2底物位于多特异性可活化抗体中，使得在未切割状态下，多特异性可活化抗体与AB区域之一的靶标的结合被降低至解离常数是未修饰的AB与其靶标的结合的解离常数的至少200倍，而当在切割状态下，AB结合其靶标。
本发明还提供了包括多特异性可活化抗体的组合物和方法，所述多特异性可活化抗体至少包括特异性结合靶标的第一抗体或抗体片段(AB1)和第二抗体或抗体片段(AB2)，其中多特异性可活化抗体中的至少第一AB与降低AB1结合其靶标的能力的掩蔽部分(MM1)偶联。在一些实施方案中，每个AB与降低其相应的AB对每个靶标的能力的MM偶联。例如，在双特异性可活化抗体实施方案中，AB1与降低AB1结合其靶标的能力的第一掩蔽部分(MM1)偶联，且AB2与降低AB2结合其靶标的能力的第二掩蔽部分(MM2)偶联。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体包含多于两个AB区域；在这样的实施方案中，对于多特异性可活化抗体中的每个AB，AB1与降低AB1结合其靶标的能力的第一掩蔽部分(MM1)偶联，AB2与降低AB2结合其靶标的能力的第二掩蔽部分(MM2)偶联，AB3与降低AB3结合其靶标的能力的第三掩蔽部分(MM3)偶联等等。
在一些实施方案中，多特异性可活化抗体还包括作为MMP蛋白酶和SP蛋白酶的底物的至少一种CM1-CM2底物，其中CM1-CM2底物连接MM与AB。例如，在一些实施方案中，多特异性可活化抗体至少包括特异性结合靶标的第一抗体或抗体片段(AB1)和第二抗体或抗体片段(AB2)，其中多特异性可活化抗体中的至少第一AB经由第一CM1-CM2底物与降低AB1结合其靶标的能力的掩蔽部分(MM1)偶联。在一些双特异性可活化抗体实施方案中，AB1经由第一CM1-CM2底物与MM1偶联，且AB2经由第二CM1-CM2底物与降低AB2结合其靶标的能力的第二掩蔽部分(MM2)偶联。在一些实施方案中，多特异性可活化抗体包含多于两个AB区域；在这些实施方案的一些中，对于多特异性可活化抗体中的每个AB，AB1经由第一CM1-CM2底物与MM1偶联，AB2经由第二CM1-CM2底物与MM2偶联，且AB3经由第三CM1-CM2底物与降低AB3结合其靶标的能力的第三掩蔽部分(MM3)偶联等等。
具有非结合空间部分或非结合空间部分的结合配偶体的可活化抗体
本发明还提供了包括非结合空间部分(NB)或非结合空间部分的结合配偶体(BP)的可活化抗体，其中BP招募或以其它方式将NB吸引至可活化抗体。本文提供的可活化抗体包括例如包括非结合立体部分(NB)、CM1-CM2底物和结合靶标的抗体或抗体片段(AB)的可活化抗体；包括非结合空间部分的结合配偶体(BP)、CM1-CM2底物和AB的可活化抗体；和包含已经招募NB的BP、CM1-CM2底物和结合靶标的AB的可活化抗体。其中NB与可活化抗体的CM1-CM2底物和AB共价连接或通过与可活化抗体的CM1-CM2底物和AB共价连接的BP相互作用而缔合的可活化抗体在本文中称为“含有NB的可活化抗体”。可活化或可变换的意指可活化抗体当可活化抗体在抑制、掩蔽或未切割状态下(即，第一构象)时展现与靶标的第一结合水平，且当可活化抗体在未抑制、未掩蔽和/或切割状态下(即，第二构象，即，活化的抗体)时展现与靶标的第二结合水平，其中第二靶标结合水平大于第一靶标结合水平。与常规抗体治疗剂相比，可活化抗体组合物可以展现增加的生物利用度和更有利的生物分布。
在一些实施方案中，可活化抗体提供降低的毒性和/或不良副作用，如果AB未被掩蔽或以其它方式被抑制免于结合非治疗部位和/或非诊断部位，则所述毒性和/或不良副作用可以其它方式由在这样的部位处的结合导致。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分(NB)；CM1-CM2底物；和特异性结合靶标的抗体或抗体片段(AB)，其中NB是不特异性结合AB的多肽；CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的多肽；CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合；且NB不抑制酶对CM1-CM2底物的切割。如本文和全文所用，术语多肽是指包括至少两个氨基酸残基的多肽，包括较大多肽、全长蛋白及其片段，且术语多肽不限于单链多肽，并且可以包括多单体，例如，多链、多肽。在多肽具有较短长度(例如，总共小于50个氨基酸)的情况下，术语肽和多肽在本文中可互换使用，并且在多肽具有较长长度(例如，50个氨基酸或更多)的情况下，术语多肽和蛋白在本文中可互换使用。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分(NB)；CM1-CM2底物；和特异性结合靶标的抗体或抗体片段(AB)，其中(i)NB包括不特异性结合AB的多肽；(ii) CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的最长达50个氨基酸长度的多肽；(iii)CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合；且(iv)NB不抑制酶对CM1-CM2底物的切割。例如，CM1-CM2底物的CM1底物序列和CM2底物序列各自独立地具有最多达15个氨基酸的长度。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分(NB)；CM1-CM2底物；和特异性结合靶标的抗体或抗体片段(AB)，其中(i)NB包括不特异性结合AB的多肽；(ii)CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的多肽；(iii)CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合；(iv)NB不抑制酶对CM1-CM2底物的切割；且(v)未切割状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：NB-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-NB。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分(NB)；CM1-CM2底物；和特异性结合靶标的抗体或抗体片段(AB)，其中(i)NB包括不特异性结合AB的多肽；(ii)CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的多肽；(iii)CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合，且其中与切割的AB结合靶标的能力相比，切割的可活化抗体中的NB使AB结合靶标的能力降低至少50%、例如至少60%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%、至少100%；且(iv)NB不抑制酶对CM1-CM2底物的切割。例如使用如本文所述的测定法或体外靶标置换测定法，例如PCT公开号WO 2009/025846和WO 2010/081173中描述的测定法，确定AB结合靶标的能力的降低。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分(NB)的结合配偶体；CM1-CM2底物；和特异性结合靶标的抗体或抗体片段(AB)，其中BP是当暴露于NB时结合其的多肽；NB不特异性结合AB；CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的多肽；CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下在NB寸智能的情况下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合且BP不干扰AB与靶标的结合；且NB和BP不抑制酶对CM1-CM2底物的切割。在该实施方案的一些实施方案中，可活化抗体的BP与NB任选地结合。在一个实施方案中，NB在体内由可活化抗体的BP招募。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体被配制成组合物。在这些实施方案中的一些中，组合物还包括NB，其中NB与包括BP、CM1-CM2底物和AB的可活化抗体共同配制。在该实施方案的一些实施方案中，BP选自白蛋白结合肽、纤维蛋白原结合肽、纤连蛋白结合肽、血红蛋白结合肽、转铁蛋白结合肽、免疫球蛋白结构域结合肽和其它血清蛋白结合肽。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，NB是可溶性球状蛋白。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，NB是在血流中循环的蛋白。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，NB选自白蛋白、纤维蛋白原、纤连蛋白、血红蛋白、转铁蛋白、免疫球蛋白结构域和其它血清蛋白。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，CM1-CM2底物是包括蛋白酶的底物(S)的多肽。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，蛋白酶与靶标在组织中共定位，且当可活化抗体暴露于蛋白酶时，蛋白酶切割可活化抗体中的CM1-CM2底物。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，CM1-CM2底物是最多达50个氨基酸长的多肽。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，CM1-CM2底物是包括长达15个氨基酸的长度、例如3个氨基酸长、4个氨基酸长、5个氨基酸长、6个氨基酸长、7个氨基酸长、8个氨基酸长、9个氨基酸长、10个氨基酸长、11个氨基酸长、12个氨基酸长、13个氨基酸长、14个氨基酸长或15个氨基酸长的底物的多肽。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，未切割状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：NB-CM1-CM2底物-AB、AB-CM1-CM2底物-NB、BP-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-BP。在其中可活化抗体包括BP且可活化抗体在相应的NB存在下的实施方案中，未切割状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：NB:BP-CM1-CM2-AB、NB:BP-CM2-CM1-AB、AB-CM1-CM2-BP:NB 或AB-CM2-CM1-BP:NB，其中“:”代表NB和BP之间的相互作用，例如结合。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体包括特异性结合给定靶标的抗体或其抗原结合片段，并且是单克隆抗体、结构域抗体、单链、Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scab、dAb、单一结构域重链抗体或单一结构域轻链抗体。在一些实施方案中，这样的结合靶标的抗体或其免疫活性片段是小鼠、其它啮齿动物、嵌合、人源化或全人单克隆抗体。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体包括包含本文呈现的氨基酸序列的可变重链区和包含本文呈现的氨基酸序列的可变轻链区的组合。在一些实施方案中，在一些实施方案中，可活化抗体包括包含与本文呈现的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的氨基酸序列的可变重链区和包含与本文呈现的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的氨基酸序列的可变轻链区的组合。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体还包括与AB缀合的试剂。在一些实施方案中，试剂是治疗剂。在一些实施方案中，试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，试剂经由接头与AB缀合。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，试剂经由不可切割接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂是选自表3中所列的试剂。在一些实施方案中，试剂是微管抑制剂。在一些实施方案中，试剂是核酸损伤剂，诸如DNA烷化剂或DNA嵌入剂，或其它DNA损伤剂。在一些实施方案中，试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀E(MMAE)。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是美登木素生物碱或美登木素生物碱衍生物。在一些实施方案中，试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是加利车霉素或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬二聚体。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，可检测部分是诊断剂。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体还包括间隔区。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体还包括信号肽。在一些实施方案中，信号肽经由间隔区与可活化抗体缀合。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，间隔区直接连接至可活化抗体的MM。
在一些实施方案中，可活化抗体的血清半衰期比相应的抗体的血清半衰期更长；例如，可活化抗体的pK比相应的抗体的pK更长。在一些实施方案中，可活化抗体的血清半衰期类似于相应的抗体的血清半衰期。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少15天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少12天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少11天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少10天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少9天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少8天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少7天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少6天。在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少5天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少4天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少3天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少2天。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少24小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少20小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少18小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少16小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少14小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少12小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少10小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少8小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少6小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少4小时。在一些实施方案中，当施用于生物体时，可活化抗体的血清半衰期是至少3小时。
本发明还提供了编码任何这些可活化抗体的分离的核酸分子，以及包括这些分离的核酸序列的载体。本发明提供了通过在导致表达可活化抗体的条件下培养细胞来产生可活化抗体的方法，其中所述细胞包含这样的核酸序列。在一些实施方案中，所述细胞包含这样的载体。
含有NB的可活化抗体对靶标的解离常数(Kd)大于AB当其不与NB或NB:BP缔合时对靶标的Kd。含有NB的可活化抗体对靶标的解离常数(Kd)大于亲本AB对靶标的Kd。例如，与AB当其不与NB或NB:BP缔合时对靶标的Kd或亲本AB对靶标的Kd相比，含有NB的可活化抗体对靶标的Kd大至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000 or greater、or between 5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。相反，含有NB的可活化抗体对靶标的结合亲和力低于AB当其不与NB或NB:BP缔合时对靶标的结合亲和力或低于亲本AB对靶标的结合亲和力。例如，与AB当其不与NB或NB:BP缔合时对靶标的结合亲和力或亲本AB对靶标的结合亲和力相比，含有NB的可活化抗体对靶标的结合亲和力低至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000 or greater、or between 5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。
当含有NB的可活化抗体在靶标存在下时，与AB当其不与NB或NB:BP缔合时与靶标的特异性结合相比，AB与靶标的特异性结合被降低或抑制。当含有NB的可活化抗体在靶标存在下时，与亲本AB与靶标的特异性结合相比，AB与靶标的特异性结合被降低或抑制。当与未与NB或NB:BP缔合的AB与靶标的结合或亲本AB与靶标的结合相比时，当在体内和/或在体外测量时，含有NB的可活化抗体结合靶标的能力降低，例如降低至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或甚至100%持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更长。
当含有NB的可活化抗体在靶标存在下、但在修饰剂(例如蛋白酶或其它酶)不存在下时，与AB当其不与NB或NB:BP缔合时与靶标的特异性结合相比，AB与靶标的特异性结合被降低或抑制。当含有NB的可活化抗体在靶标存在下、但在修饰剂(例如蛋白酶、其它酶、还原剂或光)不存在下时，与亲本AB与靶标的特异性结合相比，AB与靶标的特异性结合被降低或抑制。当与未与NB或NB:BP缔合的AB与靶标的结合或亲本AB与靶标的结合相比时，当在体内和/或在体外测量时，含有NB的可活化抗体结合靶标的能力降低，例如降低至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或甚至100%持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更长。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体包括与AB缀合以产生可活化抗体缀合物的试剂。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，试剂是治疗剂。在一些实施方案中，试剂是诊断剂。在一些实施方案中，试剂是可检测标记物。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，试剂是抗肿瘤剂。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，试剂是毒素或其片段。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，试剂经由接头与AB缀合。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，试剂经由不可切割接头与AB缀合。在一些实施方案中，试剂是微管抑制剂。在一些实施方案中，试剂是核酸损伤剂，诸如DNA烷化剂或DNA嵌入剂，或其它DNA损伤剂。在一些实施方案中，试剂是选自表3中所列的试剂。在一些实施方案中，试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是阿里他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)。在一些实施方案中，试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。在一些实施方案中，试剂是美登木素生物碱或美登木素生物碱衍生物。在一些实施方案中，试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是加利车霉素或其衍生物。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬。在一些实施方案中，试剂是吡咯并苯并二氮杂䓬二聚体。
在这些可活化抗体实施方案中任一个的一些实例中，可活化抗体是双重靶标结合可活化抗体。这样的双重靶标结合可活化抗体含有可以结合相同或不同靶标的两个Ab。在具体实施方案中，双重靶向可活化抗体含有双特异性抗体或抗体片段。
双重靶标结合可活化抗体被设计为具有可被切割剂切割的CM1-CM2底物，所述切割剂与能够结合可活化抗体的AB的靶标中的一者或两者共定位于靶组织中。具有多于一个针对相同或不同靶标的AB的双重靶标结合可活化抗体可以被设计为具有多于一个CM1-CM2底物，其中第一CM1-CM2底物可被第一靶组织中的切割剂切割，且其中第二CM1-CM2底物可被第二靶组织中的切割剂切割，其中靶标中的一种或多种结合可活化抗体的AB。在一个实施方案中，第一和第二靶组织在空间上分离，例如在生物体中的不同部位。在一个实施方案中，第一和第二靶组织是时间上分离的相同组织，例如在两个不同时间点的相同组织，例如第一时间点是当组织是早期肿瘤时，且第二时间点是当组织是晚期肿瘤时。
本发明还提供了编码本文所述的可活化抗体的核酸分子。本发明还提供了包含这些核酸的载体。本文所述的可活化抗体通过在导致可活化抗体表达的条件下培养细胞来产生，其中所述细胞包括这些核酸分子或载体。
本发明还提供了制备可活化抗体的方法。在一个实施方案中，所述方法包括以下步骤：(a)在导致表达所述可活化抗体的条件下培养包括编码所述可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包括(i)非结合立体部分(NB)；(ii) CM1-CM2底物；和(iii)特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，其中(1) NB不特异性结合AB；(2) CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的多肽；(3) CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合；且(4) NB不抑制酶对CM1-CM2底物的切割；且(b)回收可活化抗体。
在一些实施方案中，所述方法包括以下步骤：(a)在导致表达所述可活化抗体的条件下培养包括编码所述可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包括(i)非结合立体部分(NB)的结合配偶体(BP)；(ii) CM1-CM2底物；和(iii)特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，其中(1) NB不特异性结合AB；(2) CM1-CM2底物是包括酶的底物(S)的多肽；(3) CM1-CM2底物被定位，使得在未切割状态下在NB寸智能的情况下，NB干扰AB与靶标的结合，且在切割状态下，NB不干扰AB与靶标的结合且BP不干扰AB与靶标的结合；且(4) NB和BP不抑制酶对CM1-CM2底物的切割；且(b)回收可活化抗体。在该实施方案的一些实施方案中，可活化抗体的BP与NB结合。
可活化抗体和缀合的可活化抗体的用途
应理解，本发明的治疗实体的施用将与合适的载体、赋形剂和并入制剂中以提供改进的转移、递送、耐受性等的其它试剂一起施用。大多数合适的制剂可见于所有制药化学家已知的药典：Remington's Pharmaceutical Sciences (第15版, Mack PublishingCompany, Easton, PA (1975))，特别是其中Blaug, Seymour的第87章。这些制剂包括例如，粉剂、糊剂、软膏剂、凝胶剂、蜡、油、脂质、含脂质(阳离子或阴离子)的囊泡(诸如Lipofectin™)、DNA缀合物、无水吸收糊剂、水包油和油包水乳剂、乳剂聚乙二醇(各种分子量的聚乙二醇)、半固体凝胶和含有聚乙二醇的半固体混合物。任何前述的混合物可适合于本发明的治疗和疗法，条件是制剂中的活性成分未被制剂失活和制剂与施用途径在生理学上是相容和耐受的。对于与制药化学家众所周知的制剂、赋形剂和载体相关的其它信息，还参见Baldrick P. “Pharmaceutical excipient development: the need forpreclinical guidance” Regul. Toxicol Pharmacol. 32(2):210-8 (2000)；Wang W.“Lyophilization and development of solid protein pharmaceuticals” Int. J.Pharm. 203(1-2):1-60 (2000)；Charman WN “Lipids, lipophilic drugs, and oraldrug delivery-some emerging concepts” J Pharm Sci.89(8):967-78 (2000)；Powell等人“Compendium of excipients for parenteral formulations” PDA J Pharm SciTechnol. 52:238-311 (1998)和其中的引文。
包括缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的本发明的治疗制剂用于预防、治疗或以其它方式改善与异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症。例如，包括缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的本发明的治疗制剂用于治疗或改善炎症、炎性病症、自身免疫疾病和/或癌症或其它肿瘤病况。在一些实施方案中，癌症是其中表达靶标的实体肿瘤或血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，癌症是其中表达靶标的实体肿瘤。在一些实施方案中，癌症是其中表达靶标的血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，靶标在薄壁组织上(例如，在癌症中，通常实施器官或组织的功能的器官或组织的部分)表达。在一些实施方案中，靶标在细胞、组织或器官上表达。在一些实施方案中，靶标在基质(即，细胞、组织或器官的结缔支持构架)上表达。在一些实施方案中，靶标在成骨细胞上表达。在一些实施方案中，靶标在内皮(血管系统)上表达。在一些实施方案中，靶标在癌干细胞上表达。在一些实施方案中，缀合可活化抗体的试剂是微管抑制剂。在一些实施方案中，缀合可活化抗体的试剂是核酸损伤剂。
与用于诊断或治疗与靶标表达和/或活性(诸如例如异常的靶标表达和/或活性)相关的疾病或病症的任何已知方法相关地确定预防、改善或治疗的有效性。在受试者中延长受试者的存活或以其它方式延迟与靶标表达和/或活性(例如异常的靶标表达和/或活性)相关的疾病或病症的进展表明缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体赋予临床益处。
缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体可以以药物组合物的形式施用。制备这样的组合物中涉及的原理和考量以及组分选择的指导提供于例如Remington：TheScience and Practice Of Pharmacy第19版(Alfonso R. Gennaro,等人编辑) Mack Pub.Co., Easton, Pa. : 1995；Drug Absorption Enhancement : Concepts,Possibilities, Limitations, and Trends, Harwood Academic Publishers,Langhorne, Pa., 1994；和Peptide and Protein Drug Delivery (Advances InParenteral Sciences, Vol. 4), 1991, M. Dekker, New York。
在其中使用抗体片段的一些实施方案中，选择特异性结合靶标蛋白的结合结构域的最小片段。例如，根据抗体的可变区序列，可设计保留结合靶标蛋白序列的能力的肽分子。这样的肽可经化学合成和/或通过重组DNA技术产生。(参见例如，Marasco等人, Proc.Natl. Acad. Sci. USA, 90: 7889-7893 (1993))。所述制剂还可含有所治疗的特定适应症所必需的超过一种活性化合物，例如，在一些实施方案中，具有补充活性的那些，它们不会不利地彼此影响。在一些实施方案中或另外，组合物可包含提高其功能的试剂，诸如例如细胞毒性剂、细胞因子、化学治疗剂或生长抑制剂。这样的分子以对预期目的有效的量合适地组合存在。
活性成分也可被包封在微囊中，所述微囊在胶体药物递送系统(例如脂质体、白蛋白微球、微乳剂、纳米粒和纳米囊)或大乳剂中例如通过凝聚技术或通过界面聚合(例如分别为羟甲基纤维素或明胶-微囊和聚-(异丁烯酸甲酯)微囊)制备。
待用于体内施用的制剂必须是无菌的。这通过无菌滤膜过滤容易实现。
可制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的实例包括含有抗体的固体疏水聚合物的半透性基质，所述基质呈成型物的形式，例如，膜或微囊。持续释放基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如聚(2-羟乙基-异丁烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚交酯(美国专利号3,773,919)、L-谷氨酸和γ乙基-L-谷氨酸酯的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯酯、可降解的乳酸-羟乙酸共聚物诸如LUPRON DEPOT TM (由乳酸-羟乙酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球)和聚-D-(-)-3-羟基丁酸。尽管聚合物诸如乙烯-乙酸乙烯酯和乳酸-羟乙酸能够释放分子超过100天，但某些水凝胶释放蛋白较短的时间。
在一些实施方案中，缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体含有可检测标记。使用完整抗体或其片段(例如Fab、scFv或F(ab)2)。对于探针或抗体，术语“标记的”意欲包括通过偶联(即物理连接)可检测的物质与探针或抗体直接标记探针或抗体，以及通过与直接标记的另一试剂的反应性间接标记探针或抗体。间接标记的实例包括使用荧光标记的第二抗体检测第一抗体，和用生物素末端标记DNA探针使得其可用荧光标记的链霉亲和素检测。术语“生物样品”意欲包括自受试者分离的组织、细胞和生物流体，以及在受试者内存在的组织、细胞和流体。因此，血液和血液级分或组分(包括血清、血浆或淋巴)包括在术语“生物样品”的用法内。即，本发明的检测方法可用于体外以及体内检测生物样品中的分析物mRNA、蛋白或基因组DNA。例如，用于检测分析物mRNA的体外技术包括Northern杂交和原位杂交。用于检测分析物蛋白的体外技术包括酶联免疫吸附测定法(ELISA)、Western印迹、免疫沉淀、免疫化学染色和免疫荧光。用于检测分析物基因组DNA的体外技术包括Southern杂交。用于进行免疫测定的程序描述于例如“ELISA: Theory and Practice:Methods in Molecular Biology”, Vol. 42, J. R. Crowther (编辑) Human Press,Totowa, NJ, 1995；“Immunoassay”, E. Diamandis和T. Christopoulus, AcademicPress, Inc., San Diego, CA, 1996；和“Practice and Theory of EnzymeImmunoassays”, P. Tijssen, Elsevier Science Publishers, Amsterdam, 1985。此外，用于检测分析物蛋白的体内技术包括将标记的抗分析物蛋白抗体引入受试者。例如，抗体可用放射性标记物进行标记，在受试者中所述标记物的存在和位置可通过标准成像技术检测。
本发明的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体还可用于各种诊断性和预防性制剂。在一个实施方案中，将缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于处于发生一种或多种前述病症的风险的患者。患者或器官对一种或多种前述病症的素因可使用基因型、血清学或生物化学标记物确定。
在一个实施方案中，将缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于诊断患有与一种或多种前述病症相关的临床适应症的人个体。在诊断后，施用缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体以减轻或逆转临床适应症的影响。
本发明的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体还可用于检测患者样品中的靶标且因此可用作诊断剂。例如，本发明的抗体和/或可活化抗体及其缀合版本用于体外测定法，例如，ELISA，以检测患者样品中的一种或多种靶标水平。
在一个实施方案中，本发明的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体固定在固体支持物(例如，微量滴定板的孔)上。固定的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体用作测试样品中可存在的任何靶标的捕获抗体。将固定的抗体与患者样品接触之前，将固体支持物清洗，和用封闭试剂诸如乳蛋白或白蛋白处理以防止分析物的非特异性吸附。
随后，将孔用疑似含有抗原的测试样品或用含有标准量的抗原的溶液处理。此样品是例如来自疑似具有被认为是病理诊断的循环抗原水平的受试者的血清样品。在洗去测试样品或标准品后，固体支持物用可检测标记的第二抗体处理。标记的第二抗体用作检测抗体。测量可检测标记的水平，测试样品中靶抗原的浓度通过与自标准样品产生的标准曲线相比较来测定。
应理解，基于在体外诊断测定法中使用本发明的抗体和其缀合版本获得的结果，可能基于靶抗原的表达水平将受试者的疾病分期。对于给定的疾病，从诊断为处于疾病进展中的各种阶段和/或处于疾病的治疗处理中的各个点的受试者获取血液样品。使用对进展或治疗的各阶段提供统计学显著结果的一组样品，指定可被认为是各阶段的特征的抗原的浓度范围。
缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体还可用于诊断和/或成像方法。在一些实施方案中，这样的方法为体外方法。在一些实施方案中，这样的方法为体内方法。在一些实施方案中，这样的方法为原位方法。在一些实施方案中，这样的方法为离体方法。例如，具有酶促可切割的CM1-CM2底物的可活化抗体可用于检测能够切割CM1-CM2底物的酶的存在或不存在。这样的可活化抗体可用于诊断，其可包括通过在给定宿主生物体的给定细胞或组织中测量的活化的抗体(即，由可活化抗体的切割所产生的抗体)的累积，体内检测(例如定性或定量)酶活性(或者在一些实施方案中，还原电位增加的环境，诸如其可提供二硫键的还原)。活化的抗体的这样的累积不仅表明所述组织表达酶活性(或增加的还原电位，取决于CM1-CM2底物的性质)，而且还表明所述组织表达活化的抗体结合的靶标。
例如，可选择CM1-CM2底物为在肿瘤部位处、在病毒或细菌感染部位处、在生物学限制的部位处(诸如在脓肿中、在器官中等)等存在的基质金属蛋白酶(MMP)和丝氨酸蛋白酶(SP)的蛋白酶底物。AB可以是结合靶抗原的AB。使用如本文公开的方法，或当适当时，本领域技术人员熟悉的方法，可检测的标记(例如荧光标记或放射性标记或放射性示踪剂)可与AB或抗体和/或可活化抗体的其它区域缀合。合适的可检测的标记在上述筛选方法的文中进行讨论，且其它具体的实例在下文提供。使用对疾病状态的蛋白或肽特异性的AB以及在目标疾病组织中其活性升高的MMP，可活化抗体将表现出相对于其中CM1-CM2底物特异性的酶不以可检测的水平存在或以比在疾病组织中低的水平存在或无活性(例如，呈酶原形式或与抑制剂复合)的组织，对疾病组织的结合率增加。因为小的蛋白和肽从血液中通过肾过滤系统快速清除，且因为对CM1-CM2底物特异性的酶不以可检测的水平存在(或在非疾病组织中以较低水平存在或以无活性构象存在)，在疾病组织中活化的多特异性抗体的累积相对于非疾病组织提高。
在另一个实例中，可活化抗体可用于检测样品中切割剂的存在或不存在。例如，在可活化抗体含有对酶切割敏感的CM1-CM2底物的情况下，可活化抗体可用于检测(定性地或定量地)样品中酶的存在。在另一个实例中，在可活化抗体含有对还原剂切割敏感的CM1-CM2底物的情况下，可活化抗体可用于检测(定性地或定量地)样品中还原条件的存在。为了便于在这些方法中分析，可活化抗体可经可检测标记，且可结合至支持物(例如，固体支持物，诸如载片或珠粒)。可检测的标记可置于在切割后不释放的可活化抗体的部分上，例如可检测的标记可以是直到发生切割时才可检测的猝灭的荧光标记或其它标记。测定法可如下进行：例如通过使固定的可检测标记的可活化抗体与疑似含有酶和/或还原剂的样品接触足以发生切割的一段时间，然后洗涤以除去过量的样品和污染物。然后通过在与样品接触之前可活化抗体的可检测信号的变化，例如由于样品中的切割剂切割可活化抗体导致的可检测信号的存在和/或增加，评价在样品中切割剂(例如酶或还原剂)的存在或不存在。
这样的检测方法可适合于还提供当切割时能够结合可活化抗体的AB的靶标的存在或不存在的检测。因此，所述测定法可适合于评价切割剂的存在或不存在和目标靶标的存在或不存在。切割剂的存在或不存在可通过上述可活化抗体的可检测的标记的存在和/或增加来检测，且靶标的存在或不存在可通过检测靶标-AB复合物，例如通过使用可检测标记的抗靶标抗体来检测。
可活化抗体还可用于原位成像以验证可活化抗体活化(例如通过蛋白酶切割)和与特定靶标的结合。原位成像是能够在生物样品诸如细胞培养物或组织切片中定位蛋白水解活性和靶标的技术。使用该技术，可能基于可检测的标记(例如荧光标记)的存在证实与给定靶标的结合和蛋白水解活性两者。
这些技术可用于源自疾病部位(例如肿瘤组织)或健康组织的任何冷冻细胞或组织。这些技术还可用于新鲜细胞或组织样品。
在这些技术中，可活化抗体用可检测的标记进行标记。可检测的标记可以是荧光染料(例如荧光团、异硫氰酸荧光素(FITC)、异硫氰酸若丹明(TRITC)、Alexa Fluor®标记)、近红外(NIR)染料(例如Qdot®纳米晶体)、胶体金属、半抗原、放射性标记物、生物素和放大试剂例如链霉亲和素或酶(诸如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)。
已与标记的可活化抗体温育的样品中标记的检测表明，样品含有靶标和含有对可活化抗体的CM1-CM2底物特异性的基质金属蛋白酶(MMP)和一种丝氨酸蛋白酶(SP)。在一些实施方案中，MMP的存在可使用广谱蛋白酶抑制剂诸如本文描述的那些和/或通过使用对蛋白酶特异性的试剂(例如抗体诸如A11，其对蛋白酶基质蛋白酶(MT-SP1)特异性并抑制基质蛋白酶的蛋白水解活性；参见例如，公开于2010年11月11日的国际公开号WO 2010/129609来证实。使用广谱蛋白酶抑制剂诸如本文描述的那些和/或通过使用更有选择性的抑制剂的相同方法可用于鉴定对可活化抗体的CM1-CM2底物特异性的MMP和SP。在一些实施方案中，靶标的存在可使用对靶标特异性的试剂(例如另一种抗体)来证实，或可检测的标记可与未标记的靶标竞争。在一些实施方案中，未标记的可活化抗体可用于通过标记的第二抗体或更复杂的检测系统进行的检测。
类似的技术也可用于体内成像，其中在受试者(例如哺乳动物，包括人类)中荧光信号的检测表明疾病部位包含靶标和包含对可活化抗体的CM1-CM2底物特异性的MMP和SP。
这些技术还可用于试剂盒和/或用作试剂以基于可活化抗体中的蛋白酶特异性CM1-CM2底物在各种细胞、组织和生物体中检测、鉴定或表征蛋白酶活性。
本发明提供了在各种诊断和/或预防适应症中使用抗体和/或可活化抗体的方法。例如，本发明提供了通过如下检测受试者或样品中切割剂和目标靶标的存在或不存在的方法：(i)使受试者或样品与可活化抗体接触，其中可活化抗体包含掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合目标靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割的非活化状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；且(b)其中在未切割的非活化状态下，MM干扰AB与靶标的特异性结合，且在切割的活化状态下，MM不干扰AB特异性结合靶标或不与AB1竞争特异性结合靶标；和(ii)测量受试者或样品中的活化的可活化抗体的水平，其中受试者或样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂和靶标存在于受试者或样品中，且其中受试者或样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂、靶标或切割剂和靶标两者不存在和/或不充分地存在于受试者或样品中。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了通过如下检测受试者或样品中切割剂的存在或不存在的方法：(i)在目标靶标(例如靶标)存在的情况下使受试者或样品与可活化抗体接触，其中可活化抗体包含掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合目标靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割的非活化状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；且(b)其中在未切割的非活化状态下，MM干扰AB与靶标的特异性结合，且在切割的活化状态下，MM不干扰AB特异性结合靶标或不与AB1竞争特异性结合靶标；和(ii)测量受试者或样品中的活化的可活化抗体的水平，其中受试者或样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂存在于受试者或样品中，且其中受试者或样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂不存在和/或不充分地存在于受试者或样品中。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测受试者或样品中切割剂和靶标的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少可活化抗体，所述可活化抗体包含掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合目标靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割的非活化状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；且(b)其中在未切割的非活化状态下，MM干扰AB与靶标的特异性结合，且在切割的活化状态下，MM不干扰AB特异性结合靶标或不与AB竞争特异性结合靶标；和(ii)测量受试者或样品中的活化的可活化抗体的水平，其中受试者或样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂存在于受试者或样品中，且其中受试者或样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂不存在和/或不充分地存在于受试者或样品中。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了通过如下检测受试者或样品中切割剂的存在或不存在的方法：(i)使受试者或样品与可活化抗体接触，其中可活化抗体包含掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物、特异性结合靶标的抗原结合结构域(AB)和可检测标记，其中未切割的非活化状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；其中在未切割的非活化状态下，MM干扰AB与靶标的特异性结合，且在切割的活化状态下，MM不干扰AB特异性结合靶标或不与AB1竞争特异性结合靶标；且其中可检测标记位于可活化抗体的部分上，其在切割CM1-CM2底物后释放；和(ii)测量受试者或样品中的可检测标记的水平，其中受试者或样品中的可检测标记的可检测水平表明切割剂不存在和/或不充分地存在于受试者或样品中，且其中受试者或样品中的可检测标记的不可检测水平表明切割剂存在于受试者或样品中。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测受试者或样品中切割剂和靶标的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少用于使受试者或生物样品接触的本文所述的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体(缀合治疗剂的可活化抗体)以及用于检测受试者或生物样品中的活化的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的水平的装置，其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂和靶标存在于受试者或生物样品中，且其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂、靶标或切割剂和靶标两者不存在和/或不充分地存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的靶标结合和/或蛋白酶切割。
本发明还提供了通过如下检测受试者或样品中切割剂的存在或不存在的方法：(i)在靶标存在的情况下使受试者或生物样品与可活化抗体接触，且(ii)测量受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的水平，其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂存在于受试者或生物样品中，且其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂不以可检测水平存在和/或不充分地以可检测水平存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的蛋白酶切割。这样的可活化抗体包括掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割(即非活化)状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；且(b)其中未切割状态下的可活化抗体的MM干扰AB与靶标的特异性结合，且其中切割(即活化)状态下的可活化抗体的MM不干扰AB特异性结合靶标或竞争AB特异性结合靶标。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可检测标记与掩蔽部分连接。在一些实施方案中，可检测标记与蛋白酶切割位点N-端的可切割部分。在一些实施方案中，AB的单一抗原结合位点被掩蔽。在其中本发明的抗体具有至少两个抗原结合位点的一些实施方案中，至少一个抗原结合位点被掩蔽且至少一个抗原结合位点未被掩蔽。在一些实施方案中，所有抗原结合位点都被掩蔽。在一些实施方案中，测量步骤包括使用包含可检测标记的二级试剂。
本发明还提供了用于检测受试者或样品中切割剂和靶标的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少本文所述的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体，其用于使受试者或生物样品与可活化抗体在靶标存在的情况下接触以及测量受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的水平，其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂存在于受试者或生物样品中，且其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂不以可检测水平存在和/或不充分地以可检测水平存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的蛋白酶切割。这样的可活化抗体包括掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割(即非活化)状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；且(b)其中未切割状态下的可活化抗体的MM干扰AB与靶标的特异性结合，且其中切割(即活化)状态下的可活化抗体的MM不干扰AB特异性结合靶标或竞争AB特异性结合靶标。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可检测标记与掩蔽部分连接。在一些实施方案中，可检测标记与蛋白酶切割位点N-端的可切割部分。在一些实施方案中，AB的单一抗原结合位点被掩蔽。在其中本发明的抗体具有至少两个抗原结合位点的一些实施方案中，至少一个抗原结合位点被掩蔽且至少一个抗原结合位点未被掩蔽。在一些实施方案中，所有抗原结合位点都被掩蔽。在一些实施方案中，测量步骤包括使用包含可检测标记的二级试剂。
本发明还提供了用于检测受试者或样品中切割剂的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少用于使受试者或生物样品接触的本文所述的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体以及用于检测受试者或生物样品中的活化的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的水平的装置，其中可活化抗体包括位于可活化抗体的部分上的可检测标记，所述可检测标记在切割CM1-CM2底物后释放，其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂不存在和/或不充分地存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的靶标结合和/或蛋白酶切割，且其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的不可检测水平表明切割剂以可检测水平存在于受试者或生物样品中。
本发明提供了通过如下检测受试者或样品中切割剂和靶标的存在或不存在的方法：(i)使受试者或生物样品与可活化抗体接触，其中可活化抗体包括位于可活化抗体的部分上的可检测标记，所述可检测标记在切割CM1-CM2底物后释放，且(ii)测量受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的水平，其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂、靶标或切割剂和靶标两者不存在和/或不充分地存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的靶标结合和/或蛋白酶切割，且其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的降低的可检测水平表明切割剂和靶标存在于受试者或生物样品中。可检测标记的降低水平为，例如，降低约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%。这样的可活化抗体包括掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割(即非活化)状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；且(b)其中未切割状态下的可活化抗体的MM干扰AB与靶标的特异性结合，且其中切割(即活化)状态下的可活化抗体的MM不干扰AB特异性结合靶标或竞争AB特异性结合靶标。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测受试者或样品中切割剂和靶标的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少用于使受试者或生物样品接触的本文所述的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体以及用于检测受试者或生物样品中的活化的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的水平的装置，其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的可检测水平表明切割剂、靶标或切割剂和靶标两者不存在和/或不充分地存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的靶标结合和/或蛋白酶切割，且其中受试者或生物样品中的活化的可活化抗体的降低的可检测水平表明切割剂和靶标存在于受试者或生物样品中。可检测标记的降低水平为，例如，降低约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%。
本发明还提供了通过如下检测受试者或样品中切割剂的存在或不存在的方法：(i)使受试者或生物样品与可活化抗体接触，其中可活化抗体包括位于可活化抗体的部分上的可检测标记，所述可检测标记在切割CM1-CM2底物后释放；且(ii)测量受试者或生物样品中的可检测标记的水平，其中受试者或生物样品中的可检测标记的可检测水平表明切割剂不以可检测水平存在和/或不充分地以可检测水平存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的蛋白酶切割，且其中受试者或生物样品中的可检测标记的降低的可检测水平表明切割剂存在于受试者或生物样品中。可检测标记的降低水平为，例如，降低约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%。这样的可活化抗体包括掩蔽部分(MM)、被切割剂切割的CM1-CM2底物和特异性结合靶标的抗原结合结构域或其片段(AB)，其中未切割(即非活化)状态下的可活化抗体具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2底物-AB或AB-CM1-CM2底物-MM；(a)其中MM是抑制AB与靶标的结合的肽，且其中MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；且(b)其中未切割状态下的可活化抗体的MM干扰AB与靶标的特异性结合，且其中切割(即活化)状态下的可活化抗体的MM不干扰AB特异性结合靶标或竞争AB特异性结合靶标。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测受试者或样品中目标切割剂的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少用于使受试者或生物样品接触的本文所述的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体以及用于检测受试者或生物样品中的活化的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的水平的装置，其中可活化抗体包括位于可活化抗体的部分上的可检测标记，所述可检测标记在切割CM1-CM2底物后释放，其中受试者或生物样品中的可检测标记的可检测水平表明切割剂、靶标或切割剂和靶标两者不存在和/或不充分地存在于受试者或生物样品中，使得在受试者或生物样品中不能检测到可活化抗体的靶标结合和/或蛋白酶切割，且其中受试者或生物样品中的可检测标记的降低的可检测水平表明切割剂和靶标存在于受试者或生物样品中。可检测标记的降低水平为，例如，降低约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗体包括可检测标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可检测标记包括成像剂、造影剂、酶、荧光标记、发色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，成像剂包含放射性同位素。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，放射性同位素是铟或锝。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，造影剂包含碘、钆或氧化铁。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，荧光标记包含黄色荧光蛋白(YFP)、青色荧光蛋白(CFP)、绿色荧光蛋白(GFP)、修饰的红色荧光蛋白(mRFP)、红色荧光蛋白tdimer2 (RFP tdimer2)、HCRED或铕衍生物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，发光标记包含N-甲基吖啶鎓(methylacrydium)衍生物。在这些方法的一些实施方案中，标记包含Alexa Fluor®标记，诸如Alex Fluor® 680或Alexa Fluor® 750。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或一种或多种半抗原。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，所述受试者是非人哺乳动物，诸如非人灵长类动物、伴侣动物(例如，猫、狗、马)、家畜、耕畜或动物园动物。在一些实施方案中，所述受试者是啮齿动物。
在这些方法的一些实施方案中，所述方法是体内方法。在这些方法的一些实施方案中，所述方法是原位方法。在这些方法的一些实施方案中，所述方法是离体方法。在这些方法的一些实施方案中，所述方法是体外方法。
在一些实施方案中，原位成像和/或体内成像可在鉴定哪些患者来治疗的方法中使用。例如，在原位成像中，使用可活化抗体来筛选患者样品，以鉴定在适当位置(例如在肿瘤部位)具有适当蛋白酶和靶标的那些患者。
在一些实施方案中，原位成像用于鉴定或以其它方式精选适合于用本发明的可活化抗体治疗的患者群体。例如，对于靶标(例如靶标)和切割所测试的可活化抗体的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶两者测试阳性(例如，将活化的抗体累积于疾病部位)的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。同样，对于靶标(例如靶标)和切割使用这些方法所测试的可活化抗体中的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶中任一者或两者测试阴性的患者可能被鉴定为另一种形式的疗法的合适候选者。在一些实施方案中，就第一可活化抗体而言测试阴性的这样的患者可以用包含不同的CM1-CM2底物的其它可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体)。在一些实施方案中，然后向患者施用治疗有效量的患者对于其测试阳性的缀合的可活化抗体。
在一些实施方案中，体内成像用于鉴定或以其它方式精选适合于用本发明的可活化抗体治疗的患者群体。例如，对于靶标(例如靶标)和切割所测试的可活化抗体的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶两者测试阳性(例如，将活化的抗体累积于疾病部位)的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。同样，测试阴性的患者可能被鉴定为另一种形式的疗法的合适候选者。在一些实施方案中，就第一可活化抗体而言测试阴性的这样的患者可以用包含不同的CM1-CM2底物的其它可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体)。在一些实施方案中，然后向患者施用治疗有效量的患者对于其测试阳性的缀合的可活化抗体。
在方法和试剂盒的一些实施方案中，所述方法或试剂盒用于鉴定或以其它方式精选适合于用本发明的可活化抗体治疗的患者群体。例如，对于靶标(例如靶标)和切割这些方法中所测试的可活化抗体的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶两者测试阳性的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。同样，对于靶标(例如靶标)和切割使用这些方法所测试的可活化抗体中的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶两者测试阴性的患者可能被鉴定为另一种形式的疗法的合适候选者。在一些实施方案中，这样的患者可以用其它可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体)。在一些实施方案中，对于靶标(例如靶标)中任一者测试阴性的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。在一些实施方案中，对于靶标(例如靶标)中任一者测试阴性的患者被鉴定为不是用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。在一些实施方案中，这样的患者可以用其它可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体)。在一些实施方案中，可活化抗体是与治疗剂缀合的可活化抗体。在一些实施方案中，可活化抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量受试者或样品中的可活化抗体的水平使用特异性结合可活化抗体的第二试剂来实现，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，第二试剂是包含可检测标记的抗体。
在一些实施方案中，方法或试剂盒用于鉴定或以其它方式精选适合于用本发明的抗靶标可活化抗体和/或缀合的可活化抗体(例如，缀合治疗剂的可活化抗体)治疗、随后通过将该可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于有需要的受试者来治疗的患者群体。例如，对于靶标(例如靶标)和切割这些方法中所测试的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体的CM1-CM2底物的蛋白酶两者测试阳性的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的抗体和/或这样的缀合的可活化抗体治疗的合适的候选者，且然后向所述患者施用治疗有效量的所测试的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体。同样，对于靶标(例如靶标)和切割使用这些方法所测试的可活化抗体中的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶中任一者或两者测试阴性的患者可能被鉴定为另一种形式的疗法的合适候选者。在一些实施方案中，这样的患者可以用其它抗体和/或缀合的可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的抗体和/或缀合的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体)。在一些实施方案中，然后向患者施用治疗有效量的患者对于其测试阳性的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，MM是具有约4至40个氨基酸的长度的肽。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗体包含接头肽，其中接头肽位于MM和CM1-CM2底物之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗体包含接头肽，其中接头肽位于AB和CM1-CM2底物之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗体包含第一接头肽(L1)和第二接头肽(L2)，其中第一接头肽位于MM和CM1-CM2底物之间，且第二接头肽位于AB和CM1-CM2底物之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2各自是约1-20个氨基酸长的肽，且其中L1和L2各自不需要是相同的接头。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，LP1和LP2中的一种或两者包含甘氨酸-丝氨酸聚合物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，LP1和LP2中的至少一种包含选自(GS)n、(GSGGS)n (SEQ ID NO:381)和(GGGS)n (SEQ ID NO:382)的氨基酸序列，其中n是至少1的整数。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，LP1和LP2中的至少一种包含具有式(GGS)n的氨基酸序列，其中n是至少1的整数。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一种包含选自以下的氨基酸序列：Gly-Gly-Ser-Gly (SEQ ID NO:383)、Gly-Gly-Ser-Gly-Gly (SEQ ID NO:384)、Gly-Ser-Gly-Ser-Gly (SEQ ID NO:385)、Gly-Ser-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO:386)、Gly-Gly-Gly-Ser-Gly (SEQ ID NO:387)和Gly-Ser-Ser-Ser-Gly (SEQ ID NO:388)。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，AB包含选自本文呈现的交叉反应性抗体序列的抗体或抗体片段序列。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，AB包含Fab片段、scFv或单链抗体(scAb)。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，切割剂是与靶标在受试者或样品中共定位的蛋白酶，且CM1-CM2底物是起蛋白酶的底物作用的多肽，其中当可活化抗体暴露于蛋白酶时，蛋白酶切割可活化抗体中的CM1-CM2底物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM1-CM2底物中的CM1底物序列和CM2底物序列各自独立地是最多达15个氨基酸长的多肽。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM1-CM2底物与AB的N-端偶联。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM1-CM2底物与AB的C-端偶联。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM1-CM2底物与AB的VL链的N-端偶联。
本发明的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体用于诊断和预防制剂中。在一个实施方案中，将可活化抗体施用于处于发展上述炎症、炎性病症、癌症或其它病症中的一种或多种的风险中的患者。
可以使用基因型、血清学或生物化学标记物来确定患者或器官对一种或多种前述疾病的倾向。
在一些实施方案中，将可活化抗体和/或缀合的可活化抗体施用于诊断患有与一种或多种前述病症相关的临床适应症的人个体。在诊断后，施用可活化抗体和/或缀合的可活化抗体以减轻或逆转临床适应症的影响。
本发明的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体还可用于检测患者样品中的靶标且因此可用作诊断剂。例如，本发明的可活化抗体和/或缀合的可活化抗体用于体外测定法，例如，ELISA，以检测患者样品中的靶标水平。
在一个实施方案中，本发明的可活化抗体固定在固体支持物(例如，微量滴定板的孔)上。固定的可活化抗体用作测试样品中可存在的任何靶标的捕获抗体。将固定的抗体与患者样品接触之前，将固体支持物清洗，和用封闭试剂诸如乳蛋白或白蛋白处理以防止分析物的非特异性吸附。
随后，将孔用疑似含有抗原的测试样品或用含有标准量的抗原的溶液处理。此样品是例如来自疑似具有被认为是病理诊断的循环抗原水平的受试者的血清样品。在洗去测试样品或标准品后，固体支持物用可检测标记的第二抗体处理。标记的第二抗体用作检测抗体。测量可检测标记的水平，测试样品中靶抗原的浓度通过与自标准样品产生的标准曲线相比较来测定。
应理解，基于在体外诊断测定法中使用本发明的抗体获得的结果，可能基于靶抗原的表达水平将受试者的疾病分期。对于给定的疾病，从诊断为处于疾病进展中的各种阶段和/或处于疾病的治疗处理中的各个点的受试者获取血液样品。使用对进展或治疗的各阶段提供统计学显著结果的一组样品，指定可被认为是各阶段的特征的抗原的浓度范围。
可活化抗体和/或缀合的可活化抗体还可用于诊断和/或成像方法。在一些实施方案中，这样的方法为体外方法。在一些实施方案中，这样的方法为体内方法。在一些实施方案中，这样的方法为原位方法。在一些实施方案中，这样的方法为离体方法。例如，具有酶促可切割的CM1-CM2底物的可活化抗体可用于检测能够切割CM1-CM2底物的酶的存在或不存在。这样的可活化抗体可用于诊断，其可包括通过在给定宿主生物体的给定细胞或组织中测量的活化抗体(即，由可活化抗体的切割所产生的抗体)的累积，体内检测(例如定性或定量)酶活性(或者在一些实施方案中，还原电位增加的环境，诸如其可提供二硫键的还原)。活化的抗体的这样的累积不仅表明所述组织表达酶活性(或增加的还原电位，取决于CM1-CM2底物的性质)，而且还表明所述组织表达活化的抗体结合的靶标。
例如，可选择CM1-CM2底物为在肿瘤部位处、在病毒或细菌感染部位处、在生物学限制的部位处(诸如在脓肿中、在器官中等)等存在的蛋白酶的蛋白酶底物。AB可以是结合靶抗原的AB。使用本领域技术人员熟悉的方法，可检测的标记(例如荧光标记或放射性标记或放射性示踪剂)可与AB或可活化抗体的其它区域缀合。合适的可检测的标记在上述筛选方法的文中进行讨论，且其它具体的实例在下文提供。使用对疾病状态的蛋白或肽特异性的AB以及在目标疾病组织中其活性升高的蛋白酶，可活化抗体将表现出相对于其中CM1-CM2底物特异性的酶不以可检测的水平存在或以比在疾病组织中低的水平存在或无活性(例如，呈酶原形式或与抑制剂复合)的组织，对疾病组织的结合率增加。因为小的蛋白和肽从血液中通过肾过滤系统快速清除，且因为对CM1-CM2底物特异性的酶不以可检测的水平存在(或在非疾病组织中以较低水平存在或以无活性构象存在)，在疾病组织中活化的抗体的累积相对于非疾病组织提高。
在另一个实例中，可活化抗体可用于检测样品中切割剂的存在或不存在。例如，在可活化抗体含有对酶切割敏感的CM1-CM2底物的情况下，可活化抗体可用于检测(定性地或定量地)样品中酶的存在。在另一个实例中，在可活化抗体含有对还原剂切割敏感的CM1-CM2底物的情况下，可活化抗体可用于检测(定性地或定量地)样品中还原条件的存在。为了便于在这些方法中分析，可活化抗体可经可检测标记，且可结合至支持物(例如，固体支持物，诸如载片或珠粒)。可检测的标记可置于在切割后不释放的可活化抗体的部分上，例如可检测的标记可以是直到发生切割时才可检测的猝灭的荧光标记或其它标记。测定法可如下进行：例如通过使固定的可检测标记的可活化抗体与疑似含有酶和/或还原剂的样品接触足以发生切割的一段时间，然后洗涤以除去过量的样品和污染物。然后通过在与样品接触之前可活化抗体的可检测信号的变化，例如由于样品中的切割剂切割可活化抗体导致的可检测信号的存在和/或增加，评价在样品中切割剂(例如酶或还原剂)的存在或不存在。
这样的检测方法可适合于还提供当切割时能够结合可活化抗体的AB的靶标的存在或不存在的检测。因此，所述测定法可适合于评价切割剂的存在或不存在和目标靶标的存在或不存在。切割剂的存在或不存在可通过上述可活化抗体的可检测的标记的存在和/或增加来检测，且靶标的存在或不存在可通过检测靶标-AB复合物，例如通过使用可检测标记的抗靶标抗体来检测。
可活化抗体还可用于原位成像以验证可活化抗体活化(例如通过蛋白酶切割)和与特定靶标的结合。原位成像是能够在生物样品诸如细胞培养物或组织切片中定位蛋白水解活性和靶标的技术。使用该技术，可能基于可检测的标记(例如荧光标记)的存在证实与给定靶标的结合和蛋白水解活性两者。
这些技术可用于源自疾病部位(例如肿瘤组织)或健康组织的任何冷冻细胞或组织。这些技术还可用于新鲜细胞或组织样品。
在这些技术中，可活化抗体用可检测的标记进行标记。可检测的标记可以是荧光染料(例如异硫氰酸荧光素(FITC)、异硫氰酸若丹明(TRITC))、近红外(NIR)染料(例如Qdot®纳米晶体)、胶体金属、半抗原、放射性标记物、生物素和放大试剂例如链霉亲和素或酶(诸如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)。
已与标记的可活化抗体温育的样品中标记的检测表明，样品含有靶标和含有对可活化抗体的CM1-CM2底物特异性的蛋白酶。在一些实施方案中，蛋白酶的存在可使用广谱蛋白酶抑制剂诸如本文描述的那些和/或通过使用对蛋白酶特异性的试剂(例如抗体诸如A11，其对蛋白酶基质蛋白酶(MT-SP1)特异性并抑制基质蛋白酶的蛋白水解活性；参见例如，公开于2010年11月11日的国际公开号WO 2010/129609)来证实。使用广谱蛋白酶抑制剂诸如本文描述的那些和/或通过使用更有选择性的抑制剂的相同方法可用于鉴定对可活化抗体的CM1-CM2底物特异性的一种蛋白酶或一类蛋白酶。在一些实施方案中，靶标的存在可使用对靶标特异性的试剂(例如，另一种抗体)来证实，或可检测的标记可与未标记的靶标竞争。在一些实施方案中，未标记的可活化抗体可用于通过标记的第二抗体或更复杂的检测系统进行的检测。
类似的技术也可用于体内成像，其中在受试者(例如哺乳动物，包括人类)中荧光信号的检测表明疾病部位包含靶标和包含对可活化抗体的CM1-CM2底物特异性的蛋白酶。
这些技术还可用于试剂盒和/或用作试剂以基于多特异性可活化抗体中的蛋白酶特异性CM1-CM2底物在各种细胞、组织和生物体中检测、鉴定或表征蛋白酶活性。
在一些实施方案中，原位成像和/或体内成像可用于鉴定那些患者来治疗的方法。例如，在原位成像中，使用可活化抗体来筛选患者样品，以鉴定在适当位置(例如在肿瘤部位)具有适当蛋白酶和靶标的那些患者。
在一些实施方案中，原位成像用于鉴定或以其它方式精选适合于用本发明的可活化抗体治疗的患者群体。例如，对于靶标和切割所测试的可活化抗体的可切割部分(CM1-CM2底物)中的底物的蛋白酶两者测试阳性(例如，将活化的抗体累积于疾病部位)的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。同样，对于靶标和切割使用这些方法所测试的可活化抗体中的CM1-CM2底物中的底物的蛋白酶中任一者或两者测试阴性的患者被鉴定为另一种形式的疗法(即，不适合于用所测试的可活化抗体治疗)的合适候选者。在一些实施方案中，就第一可活化抗体而言测试阴性的这样的患者可以用包含不同的CM的其它可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体)。
在一些实施方案中，体内成像用于鉴定或以其它方式精选适合于用本发明的可活化抗体治疗的患者群体。例如，对于靶标和切割所测试的可活化抗体的可切割部分(CM1-CM2底物)中的底物的蛋白酶两者测试阳性(例如，将活化的抗体累积于疾病部位)的患者被鉴定为用包含这样的CM1-CM2底物的这样的可活化抗体治疗的合适的候选者。同样，测试阴性的患者被鉴定为另一种形式的疗法(即，不适合于用所测试的可活化抗体治疗)的合适候选者。在一些实施方案中，就第一可活化抗体而言测试阴性的这样的患者可以用包含不同的CM的其它可活化抗体进行测试，直至鉴定出用于治疗的合适的可活化抗体(例如，包含在疾病部位处被患者切割的CM1-CM2底物的可活化抗体)。
药物组合物
本发明的缀合的抗体、可活化抗体和/或缀合的可活化抗体(在本文中也称为“活性化合物”)和其衍生物、片段、类似物和同源物，可并入适合于给药的药物组合物中。如本文所用，术语“药学上可接受的载体”意图包括与药物施用相容的任何和所有的溶剂、分散介质、包衣料、抗细菌和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等。合适的载体描述于最新版的Remington’s Pharmaceutical Sciences，其为本领域的标准参考科教书，其通过引用并入本文。这样的载体或稀释剂的合适的实例包括但不限于水、盐水、林格溶液、葡萄糖溶液和5%人血清白蛋白。也可使用脂质体和非水媒介物诸如固定油。用于药物活性物质的这样的介质和试剂的使用是本领域众所周知的。除非任何常规介质或试剂与活性化合物不相容，考虑其在组合物中的使用。
本发明的药物组合物经配制以与其预期施用途径相容。施用途径的实例包括胃肠外，例如静脉内、皮内、皮下、经口(例如吸入)、经皮(即局部)、经粘膜和直肠施用。用于胃肠外、皮内或皮下施用的溶液或混悬液可包括以下组分：无菌稀释剂诸如注射用水、盐水溶液、固定油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它合成溶剂、抗细菌剂诸如苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂诸如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂诸如乙二胺四乙酸(EDTA)；缓冲剂诸如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐，和用于调节张力的试剂诸如氯化钠或葡萄糖。可用酸或碱诸如盐酸或氢氧化钠调节pH。可将胃肠外制剂包封在用玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。
适合于可注射使用的药物组合物包括无菌水性溶液(在水溶性的情况下)或分散体和用于临时制备无菌可注射溶液或分散体的无菌粉剂。对于静脉内施用，合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM (BASF, Parsippany, N.J.)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。在所有情况下，组合物都必须是无菌的，且应该是流动的至存在容易可注射性的程度。在制备和储存的条件下其必须是稳定的，且必须针对微生物诸如细菌和真菌的污染作用而防腐。载体可以是溶剂或分散介质，其含有例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)和其合适的混合物。可保持合适的流动性，例如通过使用包衣料诸如卵磷脂，在分散体的情况下通过保持所需的粒度和通过使用表面活性剂。预防微生物作用可通过各种抗细菌和抗真菌剂例如对羟基苯甲酸酯类、氯丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞等实现。在一些实施方案中，期望的是在组合物中包括等渗剂例如糖、多元醇诸如甘露醇、山梨醇、氯化钠。可注射组合物的延长吸收可通过在组合物中包括延长吸收的试剂例如单硬脂酸铝和明胶产生。
无菌可注射溶液可通过将所需量的活性化合物并入含有上文列举的成分之一或成分的组合(根据需要)的合适的溶剂中，随后无菌过滤而制备。通常，分散体通过将活性化合物并入含有基础分散介质和来自上文列举的那些的所需的其它成分的无菌媒介物制备。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉剂的情况下，制备方法为真空干燥和冷冻干燥，其自它们之前的无菌过滤溶液产生活性成分加任何其它所需成分的粉末。
口服组合物通常包括惰性稀释剂或可食用载体。它们可包封在明胶胶囊中或压制成片剂。为了口服治疗施用的目的，活性化合物可掺有赋形剂和以片剂、锭剂或胶囊剂的形式使用。口服组合物还可使用液体载体制备，用作漱口剂，其中液体载体中的化合物经口施用，并漱口和吐出或咽下。可包括药学上相容的粘合剂和/或辅助材料作为组合物的一部分。片剂、丸剂、胶囊剂、锭剂等可含有任何以下成分或具有类似性质的化合物：粘合剂诸如微晶纤维素、西黄蓍胶或明胶；赋形剂诸如淀粉或乳糖；崩解剂诸如藻酸、Primogel或玉米淀粉；润滑剂诸如硬脂酸镁或Sterotes；助流剂诸如胶态二氧化硅；甜味剂诸如蔗糖或糖精；或矫味剂诸如薄荷、水杨酸甲酯或橙味调料。
对于通过吸入施用，化合物以气溶胶喷雾剂的形式从含有合适的抛射剂例如气体诸如二氧化碳的加压容器或分配器，或喷雾器递送。
全身性施用还可通过经粘膜或经皮方式进行。对于经粘膜或经皮施用，适合于待渗透屏障的渗透剂用于制剂中。这样的渗透剂通常是本领域已知的，和对于经粘膜施用，包括例如去污剂、胆汁盐和夫西地酸衍生物。经粘膜施用可通过使用经鼻喷雾剂或栓剂实现。对于经皮施用，将活性化合物配制成本领域通常已知的软膏剂、油膏剂、凝胶剂或霜剂。
化合物还可以用于直肠递送的栓剂(例如，用常规栓剂基料诸如可可脂和其它甘油酯)或滞留灌肠剂的形式制备。
在一个实施方案中，活性化合物用将保护化合物免于快速从身体清除的载体制备，诸如控制释放制剂，包括植入体和微囊递送系统。可使用可生物降解的生物相容性聚合物，诸如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备这样的制剂的方法对本领域技术人员而言是显而易见的。所述材料还可市售获得自Alza Corporation和Nova Pharmaceuticals, Inc。脂质体混悬液(包括具有针对病毒抗原的单克隆抗体的靶向感染细胞的脂质体)也可用作药学上可接受的载体。这些可根据本领域技术人员已知的方法制备，例如如美国专利号4,522,811中所述。
为了易于施用和剂量均匀，特别有利的是以剂量单位形式配制口服或胃肠外组合物。如本文所用的剂量单位形式是指作为单元剂量适合于待治疗的受试者的物理离散单位；各单位含有经计算以产生所需治疗效果的预定量的活性化合物以及所需药用载体。本发明的剂量单位形式的规格由活性化合物的独特性质和待实现的特定治疗效果以及配制此活性化合物用于治疗个体的本领域固有的限制来支配，并直接依赖于它们。
所述药物组合物以及用于施用的说明书可包括在容器、包或分配器中。
本发明将在以下实施例中进一步描述，所述实施例不限制权利要求中描述的本发明的范围。
实施例
实施例1. 基质金属蛋白酶(MMP)和丝氨酸蛋白酶(SP)可切割的抗Jagged可活化抗体
本实施例表明结合Jagged靶标(例如Jagged 1和/或Jagged 2)的可活化抗体的生成和评估，其中可活化抗体在至少一种基质金属蛋白酶(MMP)和至少一种丝氨酸蛋白酶存在的情况下被活化。
本文所述的研究使用以下底物序列，其中LP'是CM1和CM2之间的连接肽。对于CM1-CM2底物1001/LP'/0001，LP'是GGSGGS (SEQ ID NO:350)，且对于下表中的所有其它CM1-CM2，LP'是GG：
Figure 755384DEST_PATH_IMAGE081
如下进行抗Jagged可活化抗体轻链的构建。
如下所述将CM1-CM2底物并入Jagged可活化抗体载体(描述于PCT公开号WO2013/192550中)。使用标准分子生物学技术，使用编码CM1-CM2底物的正向(F)引物(参见表A)和反向(R)引物CX1198来扩增Jagged可活化抗体的底物和VL结构域，并随后使用XhoI和BsiWI限制性位点克隆入可活化抗体载体。所得载体编码以下抗Jagged可活化抗体轻链。
表A：用于构建CM1-CM2表达载体的引物
Figure 185229DEST_PATH_IMAGE082
Figure 974324DEST_PATH_IMAGE083
具有间隔区序列的抗Jagged 2001可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 515027DEST_PATH_IMAGE084
Figure 158498DEST_PATH_IMAGE085
氨基酸序列
Figure 555981DEST_PATH_IMAGE086
抗Jagged 2001可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 284903DEST_PATH_IMAGE087
氨基酸序列
Figure 363717DEST_PATH_IMAGE088
具有间隔区序列的抗Jagged可活化抗体1001/LP'/0001 Lc
核苷酸序列
Figure 173279DEST_PATH_IMAGE089
氨基酸序列
Figure 679347DEST_PATH_IMAGE090
抗Jagged可活化抗体1001/LP'/0001 Lc
核苷酸序列
Figure 895565DEST_PATH_IMAGE091
氨基酸序列
Figure 778070DEST_PATH_IMAGE092
具有间隔区序列的抗Jagged 1004/LP'/0003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 192871DEST_PATH_IMAGE093
Figure 135419DEST_PATH_IMAGE094
氨基酸序列
Figure 573354DEST_PATH_IMAGE095
抗Jagged 1004/LP'/0003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 993971DEST_PATH_IMAGE096
氨基酸序列
Figure 279590DEST_PATH_IMAGE097
具有间隔区序列的抗Jagged 0003/LP'/1004可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 127460DEST_PATH_IMAGE098
氨基酸序列
Figure 52691DEST_PATH_IMAGE099
抗Jagged 0003/LP'/1004可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 339315DEST_PATH_IMAGE100
氨基酸序列
Figure 666392DEST_PATH_IMAGE101
具有间隔区序列的抗Jagged 1003/LP'/0003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 950742DEST_PATH_IMAGE102
Figure 363269DEST_PATH_IMAGE103
氨基酸序列
Figure 457781DEST_PATH_IMAGE104
抗Jagged 1003/LP'/0003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 639364DEST_PATH_IMAGE105
氨基酸序列
Figure 94616DEST_PATH_IMAGE106
具有间隔区序列的抗Jagged 0003/LP'/1003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 994439DEST_PATH_IMAGE107
氨基酸序列
Figure 622866DEST_PATH_IMAGE108
抗Jagged 0003/LP'/1003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 658955DEST_PATH_IMAGE109
氨基酸序列
Figure 285109DEST_PATH_IMAGE110
具有间隔区序列的抗Jagged 1004/LP'/0001可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 672228DEST_PATH_IMAGE111
Figure 589499DEST_PATH_IMAGE112
氨基酸序列
Figure 745674DEST_PATH_IMAGE113
抗Jagged 1004/LP'/0001可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 542729DEST_PATH_IMAGE114
氨基酸序列
Figure 151565DEST_PATH_IMAGE115
具有间隔区序列的抗Jagged 0001/LP'/1004可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 387374DEST_PATH_IMAGE116
氨基酸序列
Figure 398055DEST_PATH_IMAGE117
抗Jagged 0001/LP'/1004可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 366011DEST_PATH_IMAGE118
氨基酸序列
Figure 773728DEST_PATH_IMAGE119
具有间隔区序列的抗Jagged 1003/LP'/0001可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 219753DEST_PATH_IMAGE120
Figure 350520DEST_PATH_IMAGE121
氨基酸序列
Figure 489377DEST_PATH_IMAGE122
抗Jagged 1003/LP'/0001可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 135122DEST_PATH_IMAGE123
氨基酸序列
Figure 384838DEST_PATH_IMAGE124
Figure 370111DEST_PATH_IMAGE125
具有间隔区序列的抗Jagged 0001/LP'/1003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 679870DEST_PATH_IMAGE126
氨基酸序列
Figure 563643DEST_PATH_IMAGE127
抗Jagged 0001/LP'/1003可活化抗体Lc
核苷酸序列
Figure 617050DEST_PATH_IMAGE128
Figure 456830DEST_PATH_IMAGE129
氨基酸序列
Figure 937490DEST_PATH_IMAGE130
抗Jagged可活化抗体Hc
Figure 292248DEST_PATH_IMAGE131
。
如下评估抗Jagged CM1-CM2可活化抗体体外结合和活化。
抗Jagged可活化抗体由瞬时转染的HEK-293细胞表达，并通过蛋白A色谱法从培养上清液中纯化。为了验证抗Jagged CM1-CM2可活化抗体可以被MMP和丝氨酸蛋白酶两者活化，将纯化的可活化抗体用uPA和/或MMP14消化，随后通过ELISA评估其结合人Jagged 1-Fc的能力。在4℃下在Hank氏平衡盐溶液pH 7.4 (HBSS) (Teknova #H8057)中以1微克/ml用人Jag1-Fc (R&D #1277-JG-050)将ELISA平板(Greiner Bio-One #655061)包被过夜；如本文所用，微克也通过ug和μg表示。在室温(RT)下，在HBSS中用2％脱脂奶粉(NFDM)将平板封闭1小时。除去封闭，并将抗Jagged抗体4D11、抗Jagged CM1-CM2可活化抗体或消化的可活化抗体在2% NFDM/HBSS中添加至指定浓度中，并在室温下温育1小时。将ELISA平板用过量HBSS, 0.05% TWEEN (HBSS-T)洗涤3次，然后添加在2% NFDM/HBSS中稀释至1:30,000的小鼠抗人IgG，F’Ab(2)特异性，HRP缀合(Jackson ImmunoResearch #209-035-097)。随后将ELISA平板用HBSS-T洗涤3次，并使用1步TMB底物(Pierce/Thermo Fisher #NC0140927)显色。在OD450读取平板，并使用Prism软件绘图。
图1表明抗Jagged CM1-CM2可活化抗体(a)在通过uPA或MMP14切割之前被有效地掩蔽，并(b)显示等效于当被uPA或MMP14或uPA和MMP14的组合切割时的抗体的结合。
如下在非荷瘤裸鼠中评估含有CM1-CM2底物药代动力学的抗Jagged可活化抗体。
作为掩蔽物和底物的稳定性的替代物，在非荷瘤小鼠中，将含有CM1-CM2底物2001和1001/LP'/0001的抗Jagged可活化抗体的药代动力学与非Jagged抗体的药代动力学进行比较。由于在正常组织中Jagged 1/2的结合，小鼠/人交叉反应性抗Jagged抗体在小鼠中显示快速清除。如果抗Jagged CM1-CM2可活化抗体在循环中保持掩蔽(稳定)，则可活化抗体应当避免靶标介导的清除并显示延长的血清半衰期。
如下评估抗Jagged抗体和可活化抗体的血浆药代动力学。如表B中所示，每组由2个5只小鼠的组群组成。向小鼠给予一个静脉内剂量的5 mg/kg所示化合物。在异氟烷麻醉下，通过眼眶后途径，在剂量后24小时、96小时和10天从组群1收集肝素锂化血浆，同时在48小时、7天和14天从组群2收集血浆。使用人IgG夹心ELISA检测总血浆人IgG水平。简言之，在4℃下将ELISA平板(Costar 3590 Fisher Scientific 目录号07-200-35)用1 ug/ml的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中的AffiniPure山羊抗人IgG F(ab’)2片段特异性, (JacksonImmunoResearch 目录号109-006-097)包被过夜。将平板在室温(RT)下用Superblock(ScyTek Laboratories 目录号AAA500)封闭1小时。去除封闭物，并将标准品(测试物品)和测试样品(血浆样品)的适当稀释物添加至平板并在室温下温育1小时。将ELISA平板用过量PBS, 0.05% TWEEN (PBS-T)洗涤3次-097)，然后添加稀释至1:25,000的AffiniPure山羊抗人IgG F(ab’)2片段特异性辣根过氧化物酶(HRP) ( Jackson ImmunoResearch 目录号109-035-097)。随后按照制造商方案将ELISA平板用PBS-T洗涤3次，并使用1步TMB底物(Pierce/Thermo Fisher #NC0140927)显色。通过将测试样品值与标准曲线进行比较来计算血清人IgG水平。使用稀疏取样的非区室分析(Phoenix WinNonlin v6.3)计算药代动力学参数。
如图2中所示，抗Jagged抗体被快速清除，并且到第10天时低于测定的检测限值。相反，抗Jagged CM1-CM2可活化抗体1001/LP'/0001和2001显示显著延长的半衰期，表明可活化抗体保持稳定并且在循环中被良好掩蔽。
表B. 抗Jagged CM1-CM2可活化抗体2001和1001/LP'/0001的药代动力学分析的组和给药。
Figure 149345DEST_PATH_IMAGE132
如下进行含有抗Jagged CM1-CM2底物的可活化抗体药物缀合物的安全性和效力的体内评估。
在人乳腺癌细胞系HCC1806异种移植肿瘤模型中评估含有抗Jagged CM1-CM2底物的2001可活化抗体药物缀合物(其包含经由SPDB接头与美登木素生物碱DM4(参见例如US7,276,497)缀合的抗Jagged 2001可活化抗体)的效力。在对数期生长期间收获HCC1806细胞，并以5 x 107个细胞/ml的浓度重悬浮于PBS中的50% Matrigel (BD Biosciences)中。将小鼠在右侧腹部中皮下注射5 x 106个细胞，并使其生长至100-150 mm3的平均体积。将小鼠随机化并给药，如表C中所示。在研究持续时间每周两次测量肿瘤体积和体重，并分别获得效力和安全性的量度。
图3显示PBS、同种型-SPDB-DM4、抗Jagged-SPDB-DM4药物缀合物(ADC)和抗Jagged2001可活化抗体药物缀合物处理的动物的组平均肿瘤体积±平均值的标准偏差(SEM)。对照组(PBS或同种型-SPDB-DM4)都未显示肿瘤生长抑制，而抗Jagged ADC和抗Jagged 2001可活化抗体药物缀合物组都显示肿瘤消退。用抗Jagged ADC处理的动物显示如通过重量损失所测量的显著的副作用，如图4中所示。然而，用抗Jagged 2001可活化抗体药物缀合物处理的动物没有显示重量损失(也显示于图4中)，表明抗Jagged CM1-CM2可活化抗体药物缀合物的活性定位至肿瘤。
表 C：HCC1806研究的组和剂量时间表
Figure 843632DEST_PATH_IMAGE133
实施例2. 基质金属蛋白酶(MMP)和丝氨酸蛋白酶(SP)可切割的抗EGFR可活化抗体
本实施例表明结合表皮生长因子受体(EGFR)的可活化抗体的生成和评估，其中可活化抗体在至少一种基质金属蛋白酶(MMP)和至少一种丝氨酸蛋白酶存在的情况下被活化。
使用与实施例1中用于生成可活化抗Jagged抗体的方法相似的方法生成本实施例中使用的可活化抗EGFR抗体。
本文所述的研究使用以下底物序列，其中LP'是CM1和CM2之间的连接肽。对于下表中的所有CM1-CM2底物，LP'是GGSGGS (SEQ ID NO:350)：
Figure 809707DEST_PATH_IMAGE134
Figure 855024DEST_PATH_IMAGE135
抗EGFR重链(Hc)：
核苷酸序列：
Figure 250233DEST_PATH_IMAGE136
Figure 799026DEST_PATH_IMAGE137
氨基酸序列：
Figure 949385DEST_PATH_IMAGE138
抗EGFR轻链：
核苷酸序列：
Figure 216418DEST_PATH_IMAGE139
Figure 149739DEST_PATH_IMAGE140
氨基酸序列：
Figure 818618DEST_PATH_IMAGE141
具有间隔区序列的抗EGFR 0001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 625031DEST_PATH_IMAGE142
氨基酸序列：
Figure 113781DEST_PATH_IMAGE143
抗EGFR 0001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 116372DEST_PATH_IMAGE144
氨基酸序列：
Figure 639757DEST_PATH_IMAGE145
具有间隔区序列的EGFR 0002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 131918DEST_PATH_IMAGE146
氨基酸序列：
Figure 373544DEST_PATH_IMAGE147
抗EGFR 0002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 914247DEST_PATH_IMAGE148
Figure 603723DEST_PATH_IMAGE149
氨基酸序列：
Figure 204468DEST_PATH_IMAGE150
具有间隔区序列的抗EGFR 1001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 667811DEST_PATH_IMAGE151
氨基酸序列：
Figure 12204DEST_PATH_IMAGE152
抗EGFR 1001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 572499DEST_PATH_IMAGE153
氨基酸序列：
Figure 78566DEST_PATH_IMAGE154
具有间隔区序列的抗EGFR 1002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 294784DEST_PATH_IMAGE155
氨基酸序列：
Figure 177289DEST_PATH_IMAGE156
抗EGFR 1002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 342823DEST_PATH_IMAGE157
Figure 19792DEST_PATH_IMAGE158
氨基酸序列：
Figure 457726DEST_PATH_IMAGE159
具有间隔区序列的抗EGFR 2001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 143923DEST_PATH_IMAGE160
氨基酸序列：
Figure 147651DEST_PATH_IMAGE161
抗EGFR 2001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 261100DEST_PATH_IMAGE162
氨基酸序列：
Figure 186331DEST_PATH_IMAGE163
具有间隔区序列的抗EGFR 2002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 410639DEST_PATH_IMAGE164
氨基酸序列：
Figure 311949DEST_PATH_IMAGE165
抗EGFR 2002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 596300DEST_PATH_IMAGE166
Figure 743247DEST_PATH_IMAGE167
氨基酸序列：
Figure 771246DEST_PATH_IMAGE168
具有间隔区序列的抗EGFR 0001/LP'/1001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 15146DEST_PATH_IMAGE169
氨基酸序列：
Figure 470398DEST_PATH_IMAGE170
抗EGFR 0001/LP'/1001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 370221DEST_PATH_IMAGE171
氨基酸序列：
Figure 936331DEST_PATH_IMAGE172
具有间隔区序列的抗EGFR 1001/LP'/0001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 519890DEST_PATH_IMAGE173
氨基酸序列：
Figure 146044DEST_PATH_IMAGE174
抗EGFR 1001/LP'/0001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 267584DEST_PATH_IMAGE175
Figure 637385DEST_PATH_IMAGE176
氨基酸序列：
Figure 121456DEST_PATH_IMAGE177
具有间隔区序列的抗EGFR 0002/LP'/1001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 918511DEST_PATH_IMAGE178
氨基酸序列：
Figure 527347DEST_PATH_IMAGE179
抗EGFR 0002/LP'/1001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 435260DEST_PATH_IMAGE180
氨基酸序列：
Figure 491946DEST_PATH_IMAGE181
具有间隔区序列的抗EGFR 1001/LP'/0002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 459902DEST_PATH_IMAGE182
氨基酸序列：
Figure 556034DEST_PATH_IMAGE183
抗EGFR 1001/LP'/0002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 267638DEST_PATH_IMAGE184
Figure 726302DEST_PATH_IMAGE185
氨基酸序列：
Figure 865159DEST_PATH_IMAGE186
具有间隔区序列的抗EGFR 0001/LP'/1002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 183008DEST_PATH_IMAGE187
氨基酸序列：
Figure 698303DEST_PATH_IMAGE188
抗EGFR 0001/LP'/1002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 496626DEST_PATH_IMAGE189
氨基酸序列：
Figure 806384DEST_PATH_IMAGE190
具有间隔区序列的抗EGFR 1002/LP'/0001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 611529DEST_PATH_IMAGE191
氨基酸序列：
Figure 461673DEST_PATH_IMAGE192
抗EGFR 1002/LP'/0001可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 301454DEST_PATH_IMAGE193
Figure 782113DEST_PATH_IMAGE194
氨基酸序列：
Figure 340134DEST_PATH_IMAGE195
具有间隔区序列的抗EGFR 0002/LP'/1002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 511745DEST_PATH_IMAGE196
氨基酸序列：
Figure 471611DEST_PATH_IMAGE197
抗EGFR 0002/LP'/1002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 123172DEST_PATH_IMAGE198
氨基酸序列：
Figure 902910DEST_PATH_IMAGE199
具有间隔区序列的抗EGFR 1002/LP'/0002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 94857DEST_PATH_IMAGE200
氨基酸序列：
Figure 909229DEST_PATH_IMAGE201
抗EGFR 1002/LP'/0002可活化抗体轻链：
核苷酸序列：
Figure 731691DEST_PATH_IMAGE202
Figure 811774DEST_PATH_IMAGE203
氨基酸序列：
Figure 10674DEST_PATH_IMAGE204
。
在本文所述的研究中使用以下材料。
试剂和菌株：不经修改地使用人u-PA (Research & Diagnostics Systems,Inc.)。不经修改地使用人matriptase (Research & Diagnostics Systems, Inc.)。人MMP14 (Research & Diagnostics Systems, Inc.)按照提供的方案被活化且不经修改地使用。使用MMP14缓冲液HCM (50 mM HEPES (pH 6.8), 10 mM CaCl2, 0.5 mM MgCl2)。使用u-PA和Matriptase缓冲液TBST (50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.05% Tween20, pH7.4)。
使用以下方法来评估可活化抗体中的体外底物活性。
底物蛋白水解：如下确定可活化抗体中的底物被u-PA、matriptase和/或MMP14切割的能力。在PBS pH7.2中在蛋白酶存在或不存在的情况下，将样品在37℃下温育过夜16-24小时。制备蛋白酶消化物以维持9:1的可活化抗体:蛋白酶比率。通过毛细管电泳、ELISA或SDS-PAGE证实蛋白水解。
底物切割动力学(k cat /K m )：如下确定含有底物的EGFR可活化抗体2001、2002、0001/LP'/1001或1001/LP'/0001被matriptase和/或MMP14切割的能力。在TBST, 50 mMTris-HCl, 150 mM NaCl, 0.05% Tween20, pH 7.4中进行Matriptase蛋白酶消化。在HCM,50 mM HEPES (pH 6.8), 10 mM CaCl2, 0.5 mM MgCl2中进行MMP14蛋白酶消化。将不同浓度的活性位点滴定的matriptase或MMP14与固定的可活化抗体浓度组合以维持至少50的底物:蛋白酶比率。将包含这些底物的样品在37℃下温育至多24小时。为了终止反应，将5μl消化物加入7μl含有20mM 2-巯基乙醇的HT蛋白Express样品缓冲液(Caliper LifeSciences)中，在95℃下持续10分钟。热变性后，加入32 μl ddH2O，并按照制造商的说明书在LabChipGXII上分析样品。LabChip GXII软件用于定量轻链峰面积。通过将轻链峰面积插入以下方程来计算产物转化：切割的LC/(切割的LC +未切割的LC)，LC =轻链峰面积。用以下方程测定kcat/Km值。
Figure 679553DEST_PATH_IMAGE205
其中C是产物转化率，t是时间，且p是蛋白酶浓度(M)，其假定底物浓度低于Km且蛋白酶浓度过量。
可以使用以下方法来评估本文所述的可活化抗体的体内底物稳定性。
本部分描述了当将实施方案的底物并入EGFR可活化抗体并注射入小鼠时评估其体内稳定性的实验方法。
三只裸鼠(Crl:NU-Foxn1nu)在第0天以12.5 mg/kg接受含有2001、2002、0001/LP'/1001、1001/LP'/0001、1001/LP'/0002、0001/LP'/1002或0002/LP'/1002底物的每种EGFR可活化抗体的单一IP剂量。在第4天(剂量后~96小时)将小鼠通过CO2窒息进行安乐死，并且立即收集血液作为血浆-EDTA并储存在-80℃。
通过使用磁珠的抗人IgG免疫沉淀从血浆纯化EGFR可活化抗体。如kcat/Km部分中所述，通过毛细管电泳制备洗脱的EGFR可活化抗体用于分析。简言之，将5μl洗脱的IgG加入7μl含有2-巯基乙醇的蛋白Express样品缓冲液中。循环稳定性的定量方法与产品转化的定量相同。
使用以下方法来评估可活化抗体的体内效力。
本部分描述了用于评估包含matriptase-可切割底物、MMP14-可切割底物或实施方案的底物(即可通过matriptase和MMP14切割的底物)的EGFR可活化抗体在体内有效的实验方法。在第0天以12.5 mg/kg将包含可通过matriptase和/或MMP14中的任一者或两者切割的0001、0002、1001、2001、2002、0001/LP'/1001或1001/LP'/0001的底物序列的七种EGFR可活化抗体腹膜内(i.p.)施用于携带H292异种移植肿瘤的(肺癌)小鼠。在第8天(剂量后~192小时)，将小鼠进行眼眶后采血。立即收集血液作为血浆-EDTA并储存在-80℃。通过使用磁珠的抗人IgG免疫沉淀从血浆纯化EGFR可活化抗体。通过毛细管电泳制备洗脱的EGFR可活化抗体用于分析。简言之，将5μl洗脱的IgG加入7μl含有2-巯基乙醇的蛋白Express样品缓冲液中。循环稳定性的定量与产品转化的定量相同。
在第8天，含有matriptase-可切割底物或MMP14-可切割底物(0001、0002或1001)的三种EGFR可活化抗体表明范围为14％至15％的平均百分比(％)活化值，且含有实施方案的底物(2001、2002、0001/LP'/1001或1001/LP'/0001)、即被matriptase和MMP14可切割的底物的四种EGFR可活化抗体表明28％至33％的平均％活化值。平均％活化被计算为((测试组的乘积转化总和)*100%)/(测试组中的动物数)。
含有0001、0002、1001、2001、2002、0001/LP'/1001或1001/LP'/0001的底物序列的所有七种EGFR可活化抗体还含有包含氨基酸序列CISPRGCPDGPYVMY (SEQ ID NO:168)的掩蔽部分和包含轻链(SEQ ID NO:111)和重链(SEQ ID NO:108)的抗EGFR抗体C225v5抗体。可活化抗体的轻链的构型是掩蔽部分 - 底物 - C225v5的轻链。
在第21天，含有matriptase-可切割底物或MMP14-可切割底物(0001、0002或1001)的三种EGFR可活化抗体表明范围为41％至57％的肿瘤生长抑制，如通过平均百分比(％)抑制所测量，且含有实施方案的底物(2001、2002、0001/LP'/1001或1001/LP'/0001)、即被matriptase和MMP14可切割的底物的四种EGFR可活化抗体表明范围为77％至80％的肿瘤生长抑制，如通过平均％抑制所测量。平均％抑制被计算为(平均值(C) - 平均值(C0)) -(平均值(T) - 平均值(T0))/(平均值(C) - 平均值(C0))* 100%，其中T是目前测试组值，T0是目前测试组初始值，C是对照组值，且C0是对照组初始值。在该研究中，EGFR抗体西妥昔单抗在第21天表明86％抑制。
实施例3. 抗EGFR可活化抗体的原位成像
本实施例描述了未标记的抗EGFR可活化抗体的原位成像的用途。使用特异性结合可活化抗体的AB部分的二抗检测切割和结合。
如下进行未标记的抗EGFR可活化抗体3954-2001-C225v5在H292肺癌肿瘤组织上的活化和结合的原位成像：将冷冻的组织切片放置在载玻片上。将含有未标记的抗EGFR可活化抗体的溶液施加在组织上，并且例如在室温(约22-24℃)下在含有150 mM NaCl、10 µMZnCl2、2 mM CaCl2和0.005% Tween 20；浓度为约1 µg/ml的可活化抗体的10 mM Hepes缓冲液pH 7.4的温育缓冲液中温育1小时。可以通过例如改变溶液的pH(例如在约pH7至约pH8.5的范围内)、温育的温度(例如，在约20℃至约40℃的范围内，例如室温或37℃)、温育时间(例如，在约15分钟至约150分钟的范围内)和/或可活化抗体浓度(例如，在约0.05μg/ml至约10μg/ml的范围内)来调节这种温育的条件以有利于组织切片中的切割剂。然后将组织充分洗涤以除去未结合的材料。使用用AlexaFluor-647标记的二级抗人IgG抗体检测组织上活化的抗体的存在。可以针对检测试剂和检测方式(例如，荧光标记的)调整该检测的条件。例如，使用荧光标签时，将组织提交至荧光显微镜。如图6中所示，抗EGFR可活化抗体3954-2001-C225v5表明强度和模式与亲本抗EGFR抗体相当的染色。通过用广谱抑制剂混合物组III (539134, EMD Millipore, Billerica, MA)和50 mM EDTA的1:100稀释度预处理组织来显著抑制抗EGFR可活化抗体3954-2001-C225v5的荧光信号。
实施例4. 额外基质金属蛋白酶(MMP)和丝氨酸蛋白酶(SP)可活化抗体
本实施例证明在至少一种基质金属蛋白酶(MMP)和至少一种丝氨酸蛋白酶存在的情况下活化的额外底物序列的生成和评估。
本文所述的研究使用以下底物序列：
Figure 672917DEST_PATH_IMAGE206
如上述实施例2中所述测定底物2001、1004/LP'/0001、1004/LP'/0003、2003、2004或2005被人matriptase和/或人uPA切割的能力。
与底物2001相比，底物2003表明matriptase的切割动力学的大约50倍增加，并且与底物1004/LP'/0001相比，底物2005表明matriptase的切割动力学的大约50倍增加。
与2001和1004/LP'/0001相比，底物2003和2005也分别表明uPA动力学的约3-至4倍范围内的适度增加。发现底物2003和2005也在小鼠uPA存在的情况下被切割。
将底物2003、2004和2005并入以下可活化抗体中：
抗EGFR重链：
氨基酸序列：
Figure 676513DEST_PATH_IMAGE207
抗EGFR轻链：
氨基酸序列：
Figure 679105DEST_PATH_IMAGE208
抗EGFR 2003可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 264807DEST_PATH_IMAGE209
具有间隔区序列的抗EGFR 2003可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 429072DEST_PATH_IMAGE210
抗EGFR 2005可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 244931DEST_PATH_IMAGE211
具有间隔区序列的抗EGFR 2005可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 785634DEST_PATH_IMAGE212
。
上面显示的所有抗EGFR可活化抗体中使用的底物被人matriptase、人uPA、人基质金属蛋白酶14 (MMP14)和人基质金属蛋白酶9 (MMP9)切割。
该部分描述了在nu/nu小鼠中使用H292异种移植肿瘤在H292肿瘤效力研究中评估上面显示的各种抗EGFR可活化抗体。H292肿瘤效力研究描述于实施例2中，并且还描述于PCT公开号WO 2013/163631中。
在本研究中，使用对照静脉注射免疫球蛋白(IVIG)、抗EGFR抗体西妥昔单抗、本文被称为抗EGFR 2001可活化抗体的抗EGFR可活化抗体(其包括SEQ ID NO:108的重链序列和SEQ ID NO:449的轻链序列)；本文被称为抗EGFR 2003可活化抗体的抗EGFR可活化抗体(其包括SEQ ID NO:108的重链序列和SEQ ID NO:472的轻链序列)；或本文被称为抗EGFR 2005可活化抗体的抗EGFR可活化抗体(其包括SEQ ID NO:108的重链序列和SEQ ID NO:474的轻链序列)如下表中所示将小鼠分组和给药：
Figure 163526DEST_PATH_IMAGE213
通过在施用后的各个时间点测量肿瘤体积(TV mm3)来评估上面显示的抗EGFR抗体中使用的底物的效力。该研究的结果显示于图8A-8F中。
该部分描述了使用就图4中所示的数据而言与实施例2中描述的那些类似的方法在毒理学研究中评估各种抗Jagged可活化抗体。
在本研究中，在用对照静脉内免疫球蛋白(IVIG)、20 mg/kg剂量的本文被称为4D11的抗Jagged抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:162的轻链序列)、10mg/kg剂量的4D11抗体、5 mg/kg剂量的4D11抗体、本文被称为抗Jagged 2001可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:420的轻链序列)、本文被称为抗Jagged 1004/LP'/0001可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:432的轻链序列)、本文被称为抗Jagged 1004/LP'/0003可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:424的轻链序列)、本文被称为抗Jagged 2003可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:477的轻链序列，如下文所示)和本文被称为抗Jagged 2005可活化抗体的抗Jagged可活化抗体(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:479的轻链序列，如下文所示)施用后，根据DBA/1小鼠的体重(BW)损失测量毒性。
具有间隔区序列的抗Jagged 2003可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 764271DEST_PATH_IMAGE214
抗Jagged 2003可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 24351DEST_PATH_IMAGE215
具有间隔区序列的抗Jagged 2005可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 368745DEST_PATH_IMAGE216
抗Jagged 2005可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 601143DEST_PATH_IMAGE217
Figure 185840DEST_PATH_IMAGE218
。
在图9中所示的研究中，如下表中所示将小鼠分组和给药：
Figure 448062DEST_PATH_IMAGE219
结果在图9中显示为在研究期间的各个时间点的相对体重(BW)变化百分比(％)。
结果在图10中显示为在研究期间的各个时间点的相对体重(BW)变化百分比(％)。
如图8A-8F、图9和图10中所示，包括本发明的可切割底物的可活化抗体是安全和有效的。具体而言，2003底物已经证明与2001底物相当的效力和与IVIG相当的安全性，并且2005底物已经证明与亲本相当的效力和与低4倍给药的亲本相当的安全性。
实施例5. 额外基质金属蛋白酶(MMP)和丝氨酸蛋白酶(SP)可活化抗体
本实施例证明在至少一种基质金属蛋白酶(MMP)和至少一种丝氨酸蛋白酶存在的情况下活化的额外底物序列的生成和评估。
本文所述的研究使用以下底物序列：
Figure 330568DEST_PATH_IMAGE220
Figure 683052DEST_PATH_IMAGE221
本领域普通技术人员将理解，本文呈现的核苷酸序列是示例性的，并且技术人员也可以使用其它密码子组合和/或简并核苷酸序列来表达相同的肽序列。
将底物2006-2014和底物3006-3014并入以下可活化抗体中：
抗EGFR重链：
氨基酸序列：
Figure 940114DEST_PATH_IMAGE222
抗EGFR轻链：
氨基酸序列：
Figure 378049DEST_PATH_IMAGE223
抗EGFR 2006可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 64245DEST_PATH_IMAGE224
抗EGFR 2007可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 271235DEST_PATH_IMAGE225
抗EGFR 2008可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 447002DEST_PATH_IMAGE226
抗EGFR 2009可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 372232DEST_PATH_IMAGE227
抗EGFR 2010可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 596540DEST_PATH_IMAGE228
Figure 923617DEST_PATH_IMAGE229
抗EGFR 2011可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 755437DEST_PATH_IMAGE230
抗EGFR 2012可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 167964DEST_PATH_IMAGE231
抗EGFR 2013可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 195963DEST_PATH_IMAGE232
抗EGFR 2014可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 377546DEST_PATH_IMAGE233
Figure 895115DEST_PATH_IMAGE234
抗EGFR 3006可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 529358DEST_PATH_IMAGE235
抗EGFR 3007可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 95469DEST_PATH_IMAGE236
抗EGFR 3008可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 397137DEST_PATH_IMAGE237
抗EGFR 3009可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 334875DEST_PATH_IMAGE238
抗EGFR 3010可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 456415DEST_PATH_IMAGE239
抗EGFR 3011可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 826216DEST_PATH_IMAGE240
抗EGFR 3012可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 44708DEST_PATH_IMAGE241
抗EGFR 3013可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 841763DEST_PATH_IMAGE242
抗EGFR 3014可活化抗体轻链：
氨基酸序列：
Figure 263648DEST_PATH_IMAGE243
。
含有底物2006 (SEQ ID NO:483)、底物2007 (SEQ ID NO:484)、底物2008 (SEQID NO:485)、底物2009 (SEQ ID NO:486)、底物2010 (SEQ ID NO:487)、底物2011 (SEQ IDNO:488)、底物2012 (SEQ ID NO:489)、底物2013 (SEQ ID NO:490), 2014 (SEQ ID NO:555)、底物3006 (SEQ ID NO:515)、底物3007 (SEQ ID NO:516)、底物3008 (SEQ ID NO:517)、底物3009 (SEQ ID NO:518)、底物3010 (SEQ ID NO:519)、底物3011 (SEQ ID NO:520)、底物3012 (SEQ ID NO:521)、底物3013 (SEQ ID NO:522)或底物3014 (SEQ ID NO:557)的底物序列的所有十八种EGFR可活化抗体也含有包含氨基酸序列CISPRGCPDGPYVMY(SEQ ID NO:168)的掩蔽部分和包含轻链(SEQ ID NO:111)和重链(SEQ ID NO:108)的抗EGFR抗体C225v5抗体。可活化抗体的轻链的构型是掩蔽部分 - 底物 - C225v5的轻链。
使用与本文所述的技术相似的技术通过人matriptase对包含底物2001、2006-2010和2012的抗EGFR可活化抗体的切割表现出范围为6E+02至2E+04的k cat /K m 值的范围。使用与本文所述的技术相似的技术通过人基质金属蛋白酶14 (MMP14)对包含底物2001、2006-2010、2012和2013的抗EGFR可活化抗体的切割表现出范围为1E+04至5E+04的k cat /K m 值的范围。在体内，使用与本文所述的技术相似的技术，这些抗体在正常和荷瘤小鼠中也表现出相当的4天稳定性。
该部分描述了在nu/nu小鼠中使用H292异种移植肿瘤在H292肿瘤效力研究中评估上面显示的各种抗EGFR可活化抗体。H292肿瘤效力研究描述于实施例2中，并且还描述于PCT公开号WO 2013/163631中，其各自的内容通过引用全文并入本文。
在本研究中，使用对照PBS、可活化抗体(其包括SEQ ID NO:108的重链序列和SEQID NO:111的轻链序列)；抗EGFR C225v5-3954-2001可活化抗体、抗EGFR C225v5-3954-2006可活化抗体、抗EGFR C225v5-3954-2007可活化抗体等如下表中所示将小鼠分组和给药，如下表中所示：
组 计数 处理 剂量 (mg/kg) 时间表
1 8 IVIG 9 单一剂量
2 8 C225v5-3954-2001 9 单一剂量
3 8 C225v5-3954-2007 9 单一剂量
4 8 C225v5-3954-2006 9 单一剂量
5 8 C225v5-3954-2008 9 单一剂量
6 8 C225v5-3954-2009 9 单一剂量
7 8 C225v5-3954-2010 9 单一剂量
8 8 C225v5-3954-2012 9 单一剂量
9 8 C225v5-3954-2013 9 单一剂量
通过在施用后的各个时间点测量肿瘤体积(TV mm3)来评估上面显示的抗EGFR抗体中使用的底物的效力。该研究的结果显示于图11A-11H和12中。
该部分描述了使用就图4中所示的数据而言与实施例2中描述的那些类似的方法在毒理学研究中评估各种抗Jagged可活化抗体。
在本研究中，20 mg/kg剂量抗Jagged抗体指的是本文的4D11(其包括SEQ ID NO:67的重链序列和SEQ ID NO:162的轻链序列)，10 mg/kg剂量的4D11抗体，5 mg/kg剂量的4D11抗体，抗Jagged可活化抗体指的是本文的抗Jagged 2006可活化抗体(其包括SEQ IDNO:67的重链序列和SEQ ID NO:507-514的轻链序列如下所示)。
抗Jagged 2006可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 604850DEST_PATH_IMAGE244
抗Jagged 2007可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 428580DEST_PATH_IMAGE245
抗Jagged 2008可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 458853DEST_PATH_IMAGE246
抗Jagged 2009可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 554985DEST_PATH_IMAGE247
抗Jagged 2010可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 578174DEST_PATH_IMAGE248
抗Jagged 2011可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 443362DEST_PATH_IMAGE249
抗Jagged 2012可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 582219DEST_PATH_IMAGE250
抗Jagged 2013可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 165647DEST_PATH_IMAGE251
抗Jagged 2014可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 743259DEST_PATH_IMAGE252
抗Jagged 3006可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 462953DEST_PATH_IMAGE253
抗Jagged 3007可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 772712DEST_PATH_IMAGE254
抗Jagged 3008可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 843436DEST_PATH_IMAGE255
抗Jagged 3009可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 709892DEST_PATH_IMAGE256
抗Jagged 3010可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 549672DEST_PATH_IMAGE257
抗Jagged 3011可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 30332DEST_PATH_IMAGE258
抗Jagged 3012可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure DEST_PATH_IMAGE259
抗Jagged 3013可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure 650669DEST_PATH_IMAGE260
抗Jagged 3014可活化抗体Lc
氨基酸序列
Figure DEST_PATH_IMAGE261
。
含有底物2006 (SEQ ID NO:483)、底物2007 (SEQ ID NO:484)、底物2008 (SEQID NO:485)、底物2009 (SEQ ID NO:486)、底物2010 (SEQ ID NO:487)、底物2011 (SEQ IDNO:488)、底物2012 (SEQ ID NO:489)、底物2013 (SEQ ID NO:490), 2014 (SEQ ID NO:555)；底物3006 (SEQ ID NO:515)；底物3007 (SEQ ID NO:516)；底物3008 (SEQ ID NO:517)；底物3009 (SEQ ID NO:518)；底物3010 (SEQ ID NO:519)；底物3011 (SEQ ID NO:520)；底物3012 (SEQ ID NO:521)；底物3013 (SEQ ID NO:522)；或底物3014 (SEQ ID NO:557)的底物序列的所有十八种抗Jagged可活化抗体也含有包含氨基酸序列的掩蔽部分和包含轻链(SEQ ID NO:162)和重链(SEQ ID NO:67)的抗Jagged抗体4D11抗体。可活化抗体的轻链的构型是掩蔽部分 - 底物 - 4D11的轻链。
在本研究中，如下表中所示将小鼠分组和给药：
组 计数 处理 剂量 (mg/kg) 时间表
A 3 IVIG 20 单一剂量
B 4 4D11 5 单一剂量
C 4 4D11 10 单一剂量
D 4 4D11 20 单一剂量
E 4 4D11-5342-2001 20 单一剂量
F 3 4D11-5342-2006 20 单一剂量
G 3 4D11-5342-2007 20 单一剂量
H 3 4D11-5342-2008 20 单一剂量
I 3 4D11-5342-2009 20 单一剂量
J 3 4D11-5342-2010 20 单一剂量
K 3 4D11-5342-2012 20 单一剂量
L 3 4D11-5342-2013 20 单一剂量
结果在图13中显示为在研究期间的各个时间点的相对体重(BW)变化百分比(％)。
如图11A-11H、图12和图13中所示，包括本发明的可切割底物的可活化抗体是安全和有效的。
实施例6. 体内成像
将7至9周龄的雌性无胸腺nu/nu (Charles River Laboratories)小鼠皮下接种5× 106个NCI-H292(左后肋)和FaDu细胞(右后肋)。将NCI-H292细胞(ATCC)和FaDu细胞(ATCC)分别与Matrigel 1:1悬浮于无血清培养基中，或悬浮于不含Matrigel的无血清培养基中。一旦肿瘤变得可测量，每周进行两次临床观察、体重和数字卡尺肿瘤体积测量。肿瘤体积用公式(ab^2)/2计算，其中a是两个垂直直径中较长者，且b是两个垂直直径中的较小者。肿瘤体积为250–500 mm3的H292和FaDu异种移植荷瘤小鼠通过肿瘤大小分为3组，每组n=3。向动物腹膜内注射15 mg/kg的AlexaFluor 750 (AF750)-缀合的西妥昔单抗(西妥昔单抗-AF750)或含有2001和1004/LP'/0001底物的可活化抗体(Pb2001-AF750和Pb1004/LP'/0001-SF750)。用IVIS Spectrum/CT成像系统(Caliper Life Sciences, PE)获得计算机断层(CT)扫描与随后的荧光图像。分别在745nm和800nm的激发和发射波长处在涵盖目标区域的多个透照位置处获取一系列荧光表面辐射图(图14)。用Living Image软件4.2 (CaliperLife Sciences)进行光学和μCT图像的三维重建及其共同配准。获得的成像数据表明可活化抗体在两种异种移植肿瘤中的积累，其中荧光信号类似于西妥昔单抗亲本抗体。
其它实施方案
尽管本发明已经结合其详述进行描述，但前述描述旨在说明而不是限制本发明的范围，所述本发明的范围由所附权利要求的范围所定义。其它方面、优点和修改在以下的范围之内。
Figure IDA0001643894330000011
Figure IDA0001643894330000021
Figure IDA0001643894330000031
Figure IDA0001643894330000041
Figure IDA0001643894330000051
Figure IDA0001643894330000061
Figure IDA0001643894330000071
Figure IDA0001643894330000081
Figure IDA0001643894330000091
Figure IDA0001643894330000101
Figure IDA0001643894330000111
Figure IDA0001643894330000121
Figure IDA0001643894330000131
Figure IDA0001643894330000141
Figure IDA0001643894330000151
Figure IDA0001643894330000161
Figure IDA0001643894330000171
Figure IDA0001643894330000181
Figure IDA0001643894330000191
Figure IDA0001643894330000201
Figure IDA0001643894330000211
Figure IDA0001643894330000221
Figure IDA0001643894330000231
Figure IDA0001643894330000241
Figure IDA0001643894330000251
Figure IDA0001643894330000261
Figure IDA0001643894330000271
Figure IDA0001643894330000281
Figure IDA0001643894330000291
Figure IDA0001643894330000301
Figure IDA0001643894330000311
Figure IDA0001643894330000321
Figure IDA0001643894330000331
Figure IDA0001643894330000341
Figure IDA0001643894330000351
Figure IDA0001643894330000361
Figure IDA0001643894330000371
Figure IDA0001643894330000381
Figure IDA0001643894330000391
Figure IDA0001643894330000401
Figure IDA0001643894330000411
Figure IDA0001643894330000421
Figure IDA0001643894330000431
Figure IDA0001643894330000441
Figure IDA0001643894330000451
Figure IDA0001643894330000461
Figure IDA0001643894330000471
Figure IDA0001643894330000481
Figure IDA0001643894330000491
Figure IDA0001643894330000501
Figure IDA0001643894330000511
Figure IDA0001643894330000521
Figure IDA0001643894330000531
Figure IDA0001643894330000541
Figure IDA0001643894330000551
Figure IDA0001643894330000561
Figure IDA0001643894330000571
Figure IDA0001643894330000581
Figure IDA0001643894330000591
Figure IDA0001643894330000601
Figure IDA0001643894330000611
Figure IDA0001643894330000621
Figure IDA0001643894330000631
Figure IDA0001643894330000641
Figure IDA0001643894330000651
Figure IDA0001643894330000661
Figure IDA0001643894330000671
Figure IDA0001643894330000681
Figure IDA0001643894330000691
Figure IDA0001643894330000701
Figure IDA0001643894330000711
Figure IDA0001643894330000721
Figure IDA0001643894330000731
Figure IDA0001643894330000741
Figure IDA0001643894330000751
Figure IDA0001643894330000761
Figure IDA0001643894330000771
Figure IDA0001643894330000781
Figure IDA0001643894330000791
Figure IDA0001643894330000801
Figure IDA0001643894330000811
Figure IDA0001643894330000821
Figure IDA0001643894330000831
Figure IDA0001643894330000841
Figure IDA0001643894330000851
Figure IDA0001643894330000861
Figure IDA0001643894330000871
Figure IDA0001643894330000881
Figure IDA0001643894330000891
Figure IDA0001643894330000901
Figure IDA0001643894330000911
Figure IDA0001643894330000921
Figure IDA0001643894330000931
Figure IDA0001643894330000941
Figure IDA0001643894330000951
Figure IDA0001643894330000961
Figure IDA0001643894330000971
Figure IDA0001643894330000981
Figure IDA0001643894330000991
Figure IDA0001643894330001001
Figure IDA0001643894330001011
Figure IDA0001643894330001021
Figure IDA0001643894330001031
Figure IDA0001643894330001041
Figure IDA0001643894330001051
Figure IDA0001643894330001061
Figure IDA0001643894330001071
Figure IDA0001643894330001081
Figure IDA0001643894330001091
Figure IDA0001643894330001101
Figure IDA0001643894330001111
Figure IDA0001643894330001121
Figure IDA0001643894330001131
Figure IDA0001643894330001141
Figure IDA0001643894330001151
Figure IDA0001643894330001161
Figure IDA0001643894330001171
Figure IDA0001643894330001181
Figure IDA0001643894330001191
Figure IDA0001643894330001201
Figure IDA0001643894330001211
Figure IDA0001643894330001221
Figure IDA0001643894330001231
Figure IDA0001643894330001241
Figure IDA0001643894330001251
Figure IDA0001643894330001261
Figure IDA0001643894330001271
Figure IDA0001643894330001281
Figure IDA0001643894330001291
Figure IDA0001643894330001301
Figure IDA0001643894330001311
Figure IDA0001643894330001321
Figure IDA0001643894330001331
Figure IDA0001643894330001341
Figure IDA0001643894330001351
Figure IDA0001643894330001361
Figure IDA0001643894330001371
Figure IDA0001643894330001381
Figure IDA0001643894330001391
Figure IDA0001643894330001401
Figure IDA0001643894330001411
Figure IDA0001643894330001421
Figure IDA0001643894330001431
Figure IDA0001643894330001441
Figure IDA0001643894330001451
Figure IDA0001643894330001461
Figure IDA0001643894330001471
Figure IDA0001643894330001481
Figure IDA0001643894330001491
Figure IDA0001643894330001501
Figure IDA0001643894330001511
Figure IDA0001643894330001521
Figure IDA0001643894330001531
Figure IDA0001643894330001541
Figure IDA0001643894330001551
Figure IDA0001643894330001561
Figure IDA0001643894330001571
Figure IDA0001643894330001581
Figure IDA0001643894330001591
Figure IDA0001643894330001601
Figure IDA0001643894330001611
Figure IDA0001643894330001621
Figure IDA0001643894330001631
Figure IDA0001643894330001641
Figure IDA0001643894330001651
Figure IDA0001643894330001661
Figure IDA0001643894330001671
Figure IDA0001643894330001681
Figure IDA0001643894330001691
Figure IDA0001643894330001701
Figure IDA0001643894330001711
Figure IDA0001643894330001721
Figure IDA0001643894330001731
Figure IDA0001643894330001741
Figure IDA0001643894330001751
Figure IDA0001643894330001761
Figure IDA0001643894330001771
Figure IDA0001643894330001781
Figure IDA0001643894330001791
Figure IDA0001643894330001801
Figure IDA0001643894330001811
Figure IDA0001643894330001821
Figure IDA0001643894330001831
Figure IDA0001643894330001841
Figure IDA0001643894330001851
Figure IDA0001643894330001861
Figure IDA0001643894330001871
Figure IDA0001643894330001881
Figure IDA0001643894330001891
Figure IDA0001643894330001901
Figure IDA0001643894330001911
Figure IDA0001643894330001921
Figure IDA0001643894330001931
Figure IDA0001643894330001941
Figure IDA0001643894330001951
Figure IDA0001643894330001961
Figure IDA0001643894330001971
Figure IDA0001643894330001981
Figure IDA0001643894330001991
Figure IDA0001643894330002001
Figure IDA0001643894330002011
Figure IDA0001643894330002021
Figure IDA0001643894330002031
Figure IDA0001643894330002041
Figure IDA0001643894330002051
Figure IDA0001643894330002061
Figure IDA0001643894330002071
Figure IDA0001643894330002081
Figure IDA0001643894330002091
Figure IDA0001643894330002101
Figure IDA0001643894330002111
Figure IDA0001643894330002121
Figure IDA0001643894330002131
Figure IDA0001643894330002141
Figure IDA0001643894330002151
Figure IDA0001643894330002161
Figure IDA0001643894330002171
Figure IDA0001643894330002181
Figure IDA0001643894330002191
Figure IDA0001643894330002201
Figure IDA0001643894330002211
Figure IDA0001643894330002221
Figure IDA0001643894330002231
Figure IDA0001643894330002241
Figure IDA0001643894330002251
Figure IDA0001643894330002261
Figure IDA0001643894330002271
Figure IDA0001643894330002281
Figure IDA0001643894330002291
Figure IDA0001643894330002301
Figure IDA0001643894330002311
Figure IDA0001643894330002321
Figure IDA0001643894330002331
Figure IDA0001643894330002341
Figure IDA0001643894330002351
Figure IDA0001643894330002361
Figure IDA0001643894330002371
Figure IDA0001643894330002381
Figure IDA0001643894330002391
Figure IDA0001643894330002401
Figure IDA0001643894330002411
Figure IDA0001643894330002421
Figure IDA0001643894330002431
Figure IDA0001643894330002441
Figure IDA0001643894330002451
Figure IDA0001643894330002461
Figure IDA0001643894330002471
Figure IDA0001643894330002481
Figure IDA0001643894330002491
Figure IDA0001643894330002501
Figure IDA0001643894330002511
Figure IDA0001643894330002521
Figure IDA0001643894330002531
Figure IDA0001643894330002541
Figure IDA0001643894330002551
Figure IDA0001643894330002561
Figure IDA0001643894330002571
Figure IDA0001643894330002581
Figure IDA0001643894330002591
Figure IDA0001643894330002601
Figure IDA0001643894330002611
Figure IDA0001643894330002621
Figure IDA0001643894330002631
Figure IDA0001643894330002641
Figure IDA0001643894330002651
Figure IDA0001643894330002661
Figure IDA0001643894330002671
Figure IDA0001643894330002681
Figure IDA0001643894330002691
Figure IDA0001643894330002701
Figure IDA0001643894330002711
Figure IDA0001643894330002721
Figure IDA0001643894330002731
Figure IDA0001643894330002741
Figure IDA0001643894330002751
Figure IDA0001643894330002761
Figure IDA0001643894330002771
Figure IDA0001643894330002781
Figure IDA0001643894330002791
Figure IDA0001643894330002801
Figure IDA0001643894330002811
Figure IDA0001643894330002821
Figure IDA0001643894330002831
Figure IDA0001643894330002841
Figure IDA0001643894330002851
Figure IDA0001643894330002861
Figure IDA0001643894330002871
Figure IDA0001643894330002881
Figure IDA0001643894330002891
Figure IDA0001643894330002901
Figure IDA0001643894330002911
Figure IDA0001643894330002921
Figure IDA0001643894330002931
Figure IDA0001643894330002941
Figure IDA0001643894330002951
Figure IDA0001643894330002961
Figure IDA0001643894330002971
Figure IDA0001643894330002981
Figure IDA0001643894330002991
Figure IDA0001643894330003001
Figure IDA0001643894330003011
Figure IDA0001643894330003021
Figure IDA0001643894330003031
Figure IDA0001643894330003041
Figure IDA0001643894330003051
Figure IDA0001643894330003061
Figure IDA0001643894330003071
Figure IDA0001643894330003081
Figure IDA0001643894330003091
Figure IDA0001643894330003101
Figure IDA0001643894330003111
Figure IDA0001643894330003121
Figure IDA0001643894330003131
Figure IDA0001643894330003141
Figure IDA0001643894330003151
Figure IDA0001643894330003161
Figure IDA0001643894330003171
Figure IDA0001643894330003181
Figure IDA0001643894330003191
Figure IDA0001643894330003201
Figure IDA0001643894330003211
Figure IDA0001643894330003221
Figure IDA0001643894330003231
Figure IDA0001643894330003241

Claims (58)

1.一种包含CM1-CM2底物的分离的多肽，所述CM1-CM2底物包含作为至少一种基质金属蛋白酶MMP的底物的至少第一可切割部分CM1和作为至少一种丝氨酸蛋白酶SP的底物的至少第二可切割部分CM2，其中所述CM1-CM2底物包含选自SEQ ID NO:1、7、555和557的氨基酸序列。
2.权利要求1的分离的多肽，其中所述MMP是MMP2、MMP9或MMP14。
3.权利要求1或权利要求2的分离的多肽，其中所述SP是uPA或matriptase。
4.一种分离的多肽，其包含抗体或其抗原结合片段AB，以及作为至少一种基质金属蛋白酶MMP的底物的至少第一可切割部分CM1和作为至少一种丝氨酸蛋白酶SP的底物的至少第二可切割部分CM2，其中所述CM1-CM2底物包含选自SEQ ID NO:1、7、555和557的氨基酸序列。
5.权利要求4的分离的多肽，其中所述MMP、SP或MMP和SP两者与靶标共同定位于组织中。
6.权利要求4的分离的多肽，其中其抗原结合片段选自Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scAb、dAb、单结构域重链抗体和单结构域轻链抗体。
7.权利要求4的分离的多肽，其中所述AB与所述CM1连接。
8.权利要求7的分离的多肽，其中所述AB与所述CM1直接连接。
9.权利要求7的分离的多肽，其中所述AB经由连接肽与所述CM1连接。
10.权利要求4的分离的多肽，其中所述AB与CM2连接。
11.权利要求10的分离的多肽，其中所述AB与CM2直接连接。
12.权利要求10的分离的多肽，其中所述AB经由连接肽与所述CM1连接。
13.权利要求4的分离的多肽，其中所述MMP是MMP2、MMP9或MMP14。
14.权利要求4的分离的多肽，其中所述SP是uPA或matriptase。
15.权利要求4的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含掩蔽部分MM。
16.权利要求15的分离的多肽，其中所述MM与AB结合的解离常数大于AB与靶标结合的解离常数。
17.权利要求15的分离的多肽，其中所述MM是不超过40个氨基酸长的多肽。
18.权利要求15的分离的多肽，其中所述MM与所述CM1连接，使得未切割状态下的分离的多肽包含如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM1-CM2-AB或AB-CM2-CM1-MM。
19.权利要求18的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含所述MM和所述CM1之间的连接肽。
20.权利要求18的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含CM2和所述AB之间的连接肽。
21.权利要求15的分离的多肽，其中所述MM与CM2连接，使得未切割状态下的分离的多肽包含如下的N-端至C-端的结构排列：MM-CM2-CM1-AB或AB-CM1-CM2-MM。
22.权利要求21的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含所述MM和CM2之间的连接肽。
23.权利要求21的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含CM1和所述AB之间的连接肽。
24.权利要求15的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含第一连接肽LP1和第二连接肽LP2，且其中未切割状态下的分离的多肽具有如下的N-端至C-端的结构排列：MM-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM-LP1-CM2-CM1-LP2-AB或AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM。
25.权利要求24的分离的多肽，其中两个连接肽不需要彼此相同。
26.权利要求24的分离的多肽，其中LP1和LP2各自是1-20个氨基酸长的肽。
27.权利要求15的分离的多肽，其中所述MM的氨基酸序列不同于靶标的氨基酸序列，并且与所述AB的天然结合配偶体的氨基酸序列具有不超过10％同一性。
28.权利要求15的分离的多肽，其中在切割状态下，所述MM不干扰AB结合靶标或不与AB竞争结合靶标。
29.权利要求4的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含选自SEQ ID NO:420、432、561和562的轻链氨基酸序列和包含SEQ ID NO:67的重链氨基酸序列。
30.权利要求4的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含选自SEQ ID NO:449、559和560的轻链氨基酸序列和包含SEQ ID NO:108的重链氨基酸序列。
31.权利要求4的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含选自SEQ ID NO:420、432、561和562的氨基酸序列。
32.权利要求4的分离的多肽，其中所述分离的多肽包含选自SEQ ID NO:449、559和560的氨基酸序列。
33.权利要求15的分离的多肽，其中所述MMP是MMP2、MMP9或MMP14。
34.权利要求15的分离的多肽，其中所述SP是uPA或matriptase。
35.一种缀合的可活化抗体，其包含与试剂缀合的如权利要求15中所述的分离的多肽。
36.权利要求35的缀合的可活化抗体，其中所述试剂经由接头与所述AB缀合。
37.权利要求36的缀合的可活化抗体，其中所述接头是可切割接头。
38.权利要求36的缀合的可活化抗体，其中所述接头是不可切割接头。
39.权利要求35的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是毒素或其片段。
40.权利要求35的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是微管抑制剂。
41.权利要求35的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是核酸损伤剂。
42.权利要求39的缀合的可活化抗体，其中所述试剂选自多拉司他汀或其衍生物、阿里他汀或其衍生物、美登木素或其衍生物、倍癌霉素或其衍生物和加利车霉素或其衍生物。
43.权利要求42的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是阿里他汀E或其衍生物。
44.权利要求42的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是单甲基阿里他汀E (MMAE)。
45.权利要求42的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是单甲基阿里他汀D (MMAD)。
46.权利要求42的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是选自DM1和DM4的美登木素。
47.权利要求35的缀合的可活化抗体，其中所述试剂是可检测部分。
48.权利要求47的缀合的可活化抗体，其中所述可检测部分是诊断剂。
49.一种药物组合物，其包含如权利要求4-34中任一项中所述的分离的多肽和载体。
50.权利要求49的药物组合物，其包含额外试剂。
51.权利要求50的药物组合物，其中所述额外试剂是治疗剂。
52.一种分离的核酸分子，其编码如权利要求1-34中任一项中所述的分离的多肽。
53.一种载体，其包含权利要求52的分离的核酸分子。
54.一种通过在导致如权利要求1-34中任一项中所述的分离的多肽表达的条件下培养细胞来产生抗体或可活化抗体的方法，其中所述细胞包含权利要求52的核酸分子。
55.一种制造可活化抗体的方法，所述可活化抗体在活化状态下结合靶标，所述方法包括：
(a) 培养包含编码如权利要求15-34中任一项中所述的分离的多肽的核酸构建体的细胞；和
(b) 回收所述可活化抗体。
56.如权利要求4-34中任一项中所述的分离的多肽、如权利要求35-48中任一项中所述的缀合的可活化抗体或如权利要求49-51中任一项中所述的药物组合物在制备药物中的用途，所述药物用于治疗、缓解病症或疾病的症状或延缓病症或疾病的进展，其包括向有需要的受试者施用治疗有效量的如权利要求4-34中任一项中所述的分离的多肽、如权利要求35-48中任一项中所述的缀合的可活化抗体或如权利要求49-51中任一项中所述的药物组合物，
其中所述病症或疾病是癌症。
57.权利要求56的用途，其中所述方法包括向所述受试者施用额外试剂。
58.权利要求57的用途，其中所述额外试剂是治疗剂。
CN201680016951.5A 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法 Active CN107531758B (zh)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210057237.8A CN114716513A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057239.7A CN114907446A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057236.3A CN114478704A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057238.2A CN114685611A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057240.XA CN114685661A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562105490P 2015-01-20 2015-01-20
US62/105490 2015-01-20
US201562258015P 2015-11-20 2015-11-20
US62/258015 2015-11-20
US201662278713P 2016-01-14 2016-01-14
US62/278713 2016-01-14
PCT/US2016/014132 WO2016118629A1 (en) 2015-01-20 2016-01-20 Matrix metalloprotease-cleavable and serine protease cleavable substrates and methods of use thereof

Related Child Applications (5)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210057236.3A Division CN114478704A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057238.2A Division CN114685611A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057240.XA Division CN114685661A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057237.8A Division CN114716513A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057239.7A Division CN114907446A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107531758A CN107531758A (zh) 2018-01-02
CN107531758B true CN107531758B (zh) 2022-02-11

Family

ID=55358121

Family Applications (6)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210057237.8A Pending CN114716513A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057239.7A Pending CN114907446A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057236.3A Pending CN114478704A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN201680016951.5A Active CN107531758B (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057240.XA Pending CN114685661A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057238.2A Pending CN114685611A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法

Family Applications Before (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210057237.8A Pending CN114716513A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057239.7A Pending CN114907446A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057236.3A Pending CN114478704A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法

Family Applications After (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210057240.XA Pending CN114685661A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
CN202210057238.2A Pending CN114685611A (zh) 2015-01-20 2016-01-20 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法

Country Status (21)

Country Link
US (5) US11046759B2 (zh)
EP (2) EP3247393B1 (zh)
JP (2) JP6996981B2 (zh)
KR (1) KR20170108052A (zh)
CN (6) CN114716513A (zh)
AU (2) AU2016209403A1 (zh)
BR (1) BR112017015468A2 (zh)
CA (1) CA2974087A1 (zh)
DK (1) DK3247393T3 (zh)
EA (1) EA201791647A1 (zh)
ES (1) ES2919879T3 (zh)
HK (1) HK1247131A1 (zh)
HR (1) HRP20220631T8 (zh)
HU (1) HUE058974T2 (zh)
IL (2) IL300408A (zh)
MA (1) MA41374A (zh)
PL (1) PL3247393T3 (zh)
PT (1) PT3247393T (zh)
RS (1) RS63276B1 (zh)
SG (2) SG11201705901PA (zh)
WO (1) WO2016118629A1 (zh)

Families Citing this family (72)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP4032538A3 (en) 2009-03-02 2022-10-26 Massachusetts Institute of Technology Methods and products for in vivo enzyme profiling
CA2915412A1 (en) * 2012-06-14 2013-12-19 Therapix Biosciences Ltd. Humanized antibodies to cluster of differentiation 3 (cd3)
JP6847660B2 (ja) 2013-06-07 2021-03-24 マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー リガンドをコードする合成バイオマーカーのアフィニティベースの検出
WO2015013671A1 (en) 2013-07-25 2015-01-29 Cytomx Therapeutics, Inc. Multispecific antibodies, multispecific activatable antibodies and methods of using the same
AU2014324884B2 (en) 2013-09-25 2020-03-26 Cytomx Therapeutics, Inc Matrix metalloproteinase substrates and other cleavable moieties and methods of use thereof
WO2015116933A2 (en) 2014-01-31 2015-08-06 Cytomx Therapeutics, Inc. Matriptase and u-plasminogen activator substrates and other cleavable moieties and methods of use thereof
BR112017001579A2 (pt) 2014-07-25 2017-11-21 Cytomx Therapeutics Inc anticorpos anti-cd3, anticorpos anti-cd3 ativáveis, anticorpos anti-cd3 multiespecíficos, anticorpos anti-cd3 ativáveis multiespecíficos e métodos de uso dos mesmos
MA41374A (fr) 2015-01-20 2017-11-28 Cytomx Therapeutics Inc Substrats clivables par métalloprotéase matricielle et clivables par sérine protéase et procédés d'utilisation de ceux-ci
WO2016182064A1 (ja) 2015-05-13 2016-11-17 中外製薬株式会社 多重抗原結合分子融合体、医薬組成物、線状エピトープの同定方法、および多重抗原結合分子融合体の製造方法
WO2017040344A2 (en) 2015-08-28 2017-03-09 Amunix Operating Inc. Chimeric polypeptide assembly and methods of making and using the same
EP3440013A4 (en) 2016-04-08 2021-03-17 Massachusetts Institute of Technology METHOD FOR SPECIFIC PROFILING OF PROTEASE ACTIVITY ON LYMPH NODES
CA3022928A1 (en) 2016-05-05 2017-11-09 Massachusetts Institute Of Technology Methods and uses for remotely triggered protease activity measurements
BR112019008223A2 (pt) 2016-11-03 2019-07-16 Bristol-Myers Squibb Company anticorpos anti-ctla-4 ativáveis e usos dos mesmos
KR102533814B1 (ko) 2016-11-28 2023-05-19 추가이 세이야쿠 가부시키가이샤 리간드 결합 활성을 조정 가능한 리간드 결합 분자
EP3546574A4 (en) 2016-11-28 2020-09-09 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha ANTIGEN AND POLYPEPTIDE BINDING AREA INCLUDING A TRANSPORT SECTION
AU2017371225A1 (en) 2016-12-09 2019-05-16 Seagen Inc. Bivalent antibodies masked by coiled coils
EP3598866A1 (en) * 2016-12-29 2020-01-29 Development Center for Biotechnology Klk6-mediated cns-specific antibody prodrug activation
CA3059358A1 (en) 2017-04-07 2018-10-11 Massachusetts Institute Of Technology Methods to spatially profile protease activity in tissue and sections
EP3619235A1 (en) 2017-04-11 2020-03-11 Inhibrx, Inc. Multispecific polypeptide constructs having constrained cd3 binding and methods of using the same
JP2020530554A (ja) * 2017-07-20 2020-10-22 シートムエックス セラピューティクス，インコーポレイテッド 活性化抗体の特性を定性的および／または定量的に分析する方法およびその使用
CN111278461A (zh) 2017-08-16 2020-06-12 百时美施贵宝公司 可前药化抗体、其前药以及使用和制备方法
US11472889B2 (en) 2017-10-14 2022-10-18 Cytomx Therapeutics, Inc. Antibodies, activatable antibodies, bispecific antibodies, and bispecific activatable antibodies and methods of use thereof
CA3083259A1 (en) 2017-11-28 2019-06-06 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Polypeptide including antigen-binding domain and carrying section
JP7266532B2 (ja) 2017-11-28 2023-04-28 中外製薬株式会社 リガンド結合活性が調整可能なリガンド結合分子
US11054428B2 (en) 2018-03-05 2021-07-06 Massachusetts Institute Of Technology Inhalable nanosensors with volatile reporters and uses thereof
EP3762420A1 (en) * 2018-03-09 2021-01-13 CytomX Therapeutics, Inc. Activatable cd147 antibodies and methods of making and use thereof
WO2019183218A1 (en) 2018-03-20 2019-09-26 Cytomx Therapeutics, Inc. Systems and methods for quantitative pharmacological modeling of activatable antibody species in mammalian subjects
TW202014436A (zh) 2018-05-02 2020-04-16 美商Ｃｙｔｏｍｘ生物製藥公司 抗體、可活化之抗體、雙特異性抗體、及雙特異性可活化之抗體及使用彼之方法
JP2021523741A (ja) 2018-05-14 2021-09-09 ウェアウルフ セラピューティクス， インコーポレイテッド 活性化可能なインターロイキン１２ポリペプチド及びその使用方法
CA3100007A1 (en) 2018-05-14 2019-11-21 Werewolf Therapeutics, Inc. Activatable interleukin-2 polypeptides and methods of use thereof
US20210253672A1 (en) 2018-05-30 2021-08-19 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Ligand-binding molecule containing single domain antibody
US20200048350A1 (en) 2018-07-24 2020-02-13 Inhibrx, Inc. Multispecific polypeptide constructs containing a constrained cd3 binding domain and a receptor binding region and methods of using the same
MX2021003543A (es) 2018-09-27 2021-06-23 Xilio Dev Inc Polipeptidos de citocinas enmascaradas.
WO2020076970A1 (en) 2018-10-11 2020-04-16 Inhibrx, Inc. B7h3 single domain antibodies and therapeutic compositions thereof
US20210380679A1 (en) 2018-10-11 2021-12-09 Inhibrx, Inc. Dll3 single domain antibodies and therapeutic compositions thereof
WO2020077257A1 (en) 2018-10-11 2020-04-16 Inhibrx, Inc. Pd-1 single domain antibodies and therapeutic compositions thereof
US20210340273A1 (en) 2018-10-11 2021-11-04 Inhlbrx, inc. 5t4 single domain antibodies and therapeutic compositions thereof
WO2020118109A2 (en) * 2018-12-06 2020-06-11 Cytomx Therapeutics, Inc. Matrix metalloprotease-cleavable and serine or cysteine protease-cleavable substrates and methods of use thereof
US11835522B2 (en) 2019-01-17 2023-12-05 Massachusetts Institute Of Technology Sensors for detecting and imaging of cancer metastasis
CN113631194A (zh) 2019-03-21 2021-11-09 伊缪诺金公司 制备细胞结合剂-药物缀合物的方法
FI3958977T3 (fi) 2019-04-26 2023-12-12 Immunogen Inc Kamptotesiinijohdannaisia
SG11202112541RA (en) 2019-05-14 2021-12-30 Werewolf Therapeutics Inc Separation moieties and methods and use thereof
KR20220017430A (ko) 2019-06-05 2022-02-11 추가이 세이야쿠 가부시키가이샤 항체 절단 부위 결합 분자
CN114423499A (zh) * 2019-06-06 2022-04-29 佳努克斯治疗公司 与肿瘤激活的t细胞衔接子相关的组合物和方法
WO2020251878A1 (en) 2019-06-11 2020-12-17 Bristol-Myers Squibb Company Anti-ctla4 antibody prodruggable (probody) at a cdr position
KR102386849B1 (ko) * 2019-10-14 2022-04-13 포항공과대학교 산학협력단 면역치료를 위한 환경 반응형 접착성 항체전달체 및 이의 제조방법
IL294879A (en) 2020-01-29 2022-09-01 Inhibrx Inc Monodomain antibodies of cd28 and their multivalent and multispecific constructs
KR20230024252A (ko) * 2020-03-23 2023-02-20 자임워크스 비씨 인코포레이티드 차폐된 il12 융합 단백질 및 이의 사용 방법
WO2021207657A1 (en) 2020-04-09 2021-10-14 Cytomx Therapeutics, Inc. Compositions containing activatable antibodies
IL297225A (en) 2020-04-10 2022-12-01 Cytomx Therapeutics Inc Activatable cytokine constructs and related compositions and methods
US11512113B2 (en) 2020-08-11 2022-11-29 Janux Therapeutics, Inc. Cleavable linker compositions and methods
KR20230135575A (ko) 2020-12-09 2023-09-25 재눅스 테라퓨틱스 인크. Psma 및 이펙터 세포 항원을 표적화하는 종양 활성화항체와 관련된 조성물 및 방법
US20220227832A1 (en) 2020-12-21 2022-07-21 Allogene Therapeutics, Inc. Protease-activating cd45-gate car
TW202304958A (zh) 2021-03-16 2023-02-01 美商Ｃｙｔｏｍｘ生物製藥公司 經遮蔽之可活化之細胞介素構築體及相關之組成物及方法
WO2023034825A1 (en) 2021-08-30 2023-03-09 Cytomx Therapeutics, Inc. Method for determining protease activity in a biological sample
WO2023060188A1 (en) 2021-10-08 2023-04-13 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable cytokine constructs and combination methods
CA3233663A1 (en) 2021-10-08 2023-04-13 Na CAI Activatable cytokine constructs and related compositions and methods
US20230174995A1 (en) 2021-10-15 2023-06-08 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable polypeptide complex
AU2022365116A1 (en) 2021-10-15 2024-05-02 Amgen Inc. Activatable polypeptide complex
WO2023064955A1 (en) 2021-10-15 2023-04-20 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable anti-cd3, anti-egfr, heteromultimeric bispecific polypeptide complex
US20240116997A1 (en) 2022-02-23 2024-04-11 Bright Peak Therapeutics Ag Activatable il-18 polypeptides
WO2023172654A2 (en) * 2022-03-09 2023-09-14 Glympse Bio, Inc. Method of protease detection
WO2023183888A1 (en) 2022-03-23 2023-09-28 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable antigen-binding protein constructs and uses of the same
WO2023183923A1 (en) 2022-03-25 2023-09-28 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable dual-anchored masked molecules and methods of use thereof
WO2023192606A2 (en) 2022-04-01 2023-10-05 Cytomx Therapeutics, Inc. Cd3-binding proteins and methods of use thereof
WO2023192973A1 (en) 2022-04-01 2023-10-05 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable multispecific molecules and methods of use thereof
WO2023222580A1 (en) 2022-05-16 2023-11-23 Byondis B.V. Novel masked antibodies
WO2024030845A1 (en) 2022-08-01 2024-02-08 Cytomx Therapeutics, Inc. Protease-cleavable moieties and methods of use thereof
WO2024030858A1 (en) 2022-08-01 2024-02-08 Cytomx Therapeutics, Inc. Protease-cleavable substrates and methods of use thereof
WO2024030850A1 (en) 2022-08-01 2024-02-08 Cytomx Therapeutics, Inc. Protease-cleavable substrates and methods of use thereof
WO2024030847A1 (en) 2022-08-01 2024-02-08 Cytomx Therapeutics, Inc. Protease-cleavable moieties and methods of use thereof
WO2024030843A1 (en) 2022-08-01 2024-02-08 Cytomx Therapeutics, Inc. Protease-cleavable moieties and methods of use thereof

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014052462A2 (en) * 2012-09-25 2014-04-03 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable antibodies that bind interleukin-6 receptor and methods of use thereof
WO2014107599A2 (en) * 2013-01-04 2014-07-10 Cytomx Therapeutics, Inc. Compositions and methods for detecting protease activity in biological systems

Family Cites Families (76)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3773919A (en) 1969-10-23 1973-11-20 Du Pont Polylactide-drug mixtures
US4485045A (en) 1981-07-06 1984-11-27 Research Corporation Synthetic phosphatidyl cholines useful in forming liposomes
US4522811A (en) 1982-07-08 1985-06-11 Syntex (U.S.A.) Inc. Serial injection of muramyldipeptides and liposomes enhances the anti-infective activity of muramyldipeptides
US4544545A (en) 1983-06-20 1985-10-01 Trustees University Of Massachusetts Liposomes containing modified cholesterol for organ targeting
WO1988001513A1 (en) 1986-08-28 1988-03-10 Teijin Limited Cytocidal antibody complex and process for its preparation
US5013556A (en) 1989-10-20 1991-05-07 Liposome Technology, Inc. Liposomes with enhanced circulation time
US5151510A (en) 1990-04-20 1992-09-29 Applied Biosystems, Inc. Method of synethesizing sulfurized oligonucleotide analogs
EP0752248B1 (en) 1992-11-13 2000-09-27 Idec Pharmaceuticals Corporation Therapeutic application of chimeric and radiolabeled antibodies to human B lymphocyte restricted differentiation antigen for treatment of B cell lymphoma
AU2764497A (en) 1996-05-10 1997-12-05 Danisco A/S Alpha-glucuronidases of aspergillus, production thereof and their uses
AUPO930697A0 (en) 1997-09-19 1997-10-09 Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research, The Catalytic antibodies and a method of producing same
US6551795B1 (en) 1998-02-18 2003-04-22 Genome Therapeutics Corporation Nucleic acid and amino acid sequences relating to pseudomonas aeruginosa for diagnostics and therapeutics
EP1078051B1 (en) 1998-05-13 2007-12-12 Domantis Limited Phage-display system for the selection of correctly folded proteins
WO2001059064A2 (en) 2000-01-31 2001-08-16 Human Genome Sciences, Inc. Nucleic acids, proteins, and antibodies
US20110131679A2 (en) 2000-04-19 2011-06-02 Thomas La Rosa Rice Nucleic Acid Molecules and Other Molecules Associated with Plants and Uses Thereof for Plant Improvement
WO2001091798A2 (en) 2000-06-01 2001-12-06 Universite Catholique De Louvain Tumor activated prodrug compounds
EP1328632A2 (en) 2000-08-04 2003-07-23 Eli Lilly And Company C1q-related factor, homologous polypeptides and therapeutic uses thereof
US7465790B2 (en) 2000-10-09 2008-12-16 Isis Innovation, Inc. Therapeutic antibodies
ATE513563T1 (de) 2000-10-09 2011-07-15 Isis Innovation Therapeutische und toleranz-induzierende antikörper
AU2002230630A1 (en) 2000-11-08 2002-05-21 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Methods for determining protease cleavage site motifs
NZ527971A (en) * 2001-03-27 2006-03-31 Dendreon Corp Nucleic acid molecules encoding a transmembrane serine protease 9, the encoded polypeptides and methods based thereon
AU2002315525A1 (en) * 2001-07-03 2003-01-21 Dendreon San Diego Llc Nucleic acid molecules encoding a transmembrane serine protease 20, the encoded polypeptides and methods based thereon
US7439319B2 (en) 2001-09-14 2008-10-21 Burnham Institute For Medical Research Selective substrates for matrix metalloproteinases
WO2003038083A1 (en) 2001-10-29 2003-05-08 Bayer Healthcare Ag Regulation of human type i adenylate cyclase
JP2006503545A (ja) * 2002-02-14 2006-02-02 ラター， ウィリアム ジェイ． 処置される宿主における切断についてのキメラ分子
US20040109855A1 (en) 2002-07-23 2004-06-10 Herman Waldmann Therapeutic antibodies with reduced side effect
AU2003265866A1 (en) 2002-09-03 2004-03-29 Vit Lauermann Targeted release
US20080166375A1 (en) * 2003-05-06 2008-07-10 The Government Of The United States Of America, As Rep. By The Secretary Of Health And Human Service Activation of Recombinant Diphtheria Toxin Fusion Proteins by Specific Proteases Highly Expressed on the Surface of Tumor Cells
US7276497B2 (en) 2003-05-20 2007-10-02 Immunogen Inc. Cytotoxic agents comprising new maytansinoids
US9079936B2 (en) 2003-07-01 2015-07-14 University Of Maryland, Baltimore Derivatives of APF and methods of use
US7947289B2 (en) * 2004-02-09 2011-05-24 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Multimeric protein toxins to target cells having multiple identifying characteristics
GB0417430D0 (en) 2004-08-05 2004-09-08 Uc3 A novel HPV vaccine comprising peptides from host cell proteins
AU2006235276A1 (en) 2005-04-07 2006-10-19 Novartis Vaccines And Diagnostics Inc. CACNA1E in cancer diagnosis, detection and treatment
EP1919931A4 (en) 2005-08-31 2010-01-20 Univ California CELLULAR LIBRARIES OF PEPTIDE SEQUENCES (CLIPS) AND METHODS OF USE THEREOF
JP2009529522A (ja) 2006-03-10 2009-08-20 ディアト 酵素で切断可能なリンカーを介して抗体に複合された抗癌剤
EP2061814B1 (en) 2006-10-27 2012-06-06 Genentech, Inc. Antibodies and immunoconjugates and uses therefor
TWI412367B (zh) * 2006-12-28 2013-10-21 Medarex Llc 化學鏈接劑與可裂解基質以及其之綴合物
MX2009013137A (es) * 2007-06-06 2010-04-30 Domantis Ltd Metodos para seleccionar polipeptidos resistentes a la proteasa.
GB0724331D0 (en) * 2007-12-13 2008-01-23 Domantis Ltd Compositions for pulmonary delivery
MX2009012968A (es) * 2007-06-06 2010-04-01 Domantis Ltd Polipeptidos, dominios variables de anticuerpo y antagonistas.
CA3128656A1 (en) 2007-08-22 2009-02-26 The Regents Of The University Of California Activatable binding polypeptides and methods of identification and use thereof
GB0819287D0 (en) 2008-10-22 2008-11-26 Univ Bradford Compounds
US8895702B2 (en) 2008-12-08 2014-11-25 City Of Hope Development of masked therapeutic antibodies to limit off-target effects; application to anti-EGFR antibodies
EP2385955B1 (en) 2009-01-12 2020-08-12 CytomX Therapeutics, Inc. Modified antibody compositions, methods of making and using thereof
WO2010088691A2 (en) 2009-02-02 2010-08-05 Washington State University Compositions and methods for treating or preventing conditions and diseases associated with mannheimia haemolytica
CN102348715B (zh) * 2009-02-03 2017-12-08 阿穆尼克斯运营公司 延伸重组多肽和包含该延伸重组多肽的组合物
AU2010215761B2 (en) * 2009-02-23 2017-04-06 Cytomx Therapeutics, Inc Proproteins and methods of use thereof
CA2761310C (en) 2009-05-07 2017-02-28 Charles S. Craik Antibodies and methods of use thereof
US20120157824A1 (en) 2009-09-02 2012-06-21 Nanoscale Corporation Mri and optical assays for proteases
US8524220B1 (en) 2010-02-09 2013-09-03 David Gordon Bermudes Protease inhibitor: protease sensitivity expression system composition and methods improving the therapeutic activity and specificity of proteins delivered by bacteria
US20110214205A1 (en) 2010-02-26 2011-09-01 Monsanto Technology Llc. Isolated Novel Nucleic Acid and Protein Molecules from Foxtail Millet and Methods of Using Those Molecules to Generate Transgenic Plants with Enhanced Agronomic Traits
ES2600463T3 (es) 2010-05-20 2017-02-09 Allergan, Inc. Toxinas clostridiales degradables
PL391627A1 (pl) * 2010-06-25 2012-01-02 Adamed Spółka Z Ograniczoną Odpowiedzialnością Przeciwnowotworowe białko fuzyjne
WO2012025525A1 (en) * 2010-08-24 2012-03-01 Roche Glycart Ag Activatable bispecific antibodies
US20160151505A1 (en) 2011-05-16 2016-06-02 Koninklijke Philips N.V. Bio-orthogonal drug activation
US8846042B2 (en) * 2011-05-16 2014-09-30 Fabion Pharmaceuticals, Inc. Multi-specific FAB fusion proteins and methods of use
MX356433B (es) * 2011-06-28 2018-05-29 Inhibrx Lp Polipéptidos de fusión con domino de proteína ácida del suero, y métodos de uso de los mismos.
JP2015516813A (ja) 2012-04-27 2015-06-18 シトムクス セラピューティクス，インコーポレイティド 上皮成長因子受容体を結合する活性化可能抗体及びその使用方法
US9856314B2 (en) 2012-06-22 2018-01-02 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable antibodies having non-binding steric moieties and methods of using the same
CN104661677A (zh) 2012-06-22 2015-05-27 西托姆克斯治疗公司 抗Jagged 1/Jagged 2交叉反应抗体、可活化的抗Jagged抗体及其使用方法
WO2014026136A2 (en) 2012-08-10 2014-02-13 Cytomx Therapeutics, Inc. Protease-resistant systems for polypeptide display and methods of making and using thereof
WO2014176284A1 (en) 2013-04-22 2014-10-30 Avelas Biosciences, Inc. Selective drug delivery compositions and methods of use
WO2014193973A2 (en) * 2013-05-28 2014-12-04 Dcb-Usa Llc Antibody locker for the inactivation of protein drug
KR20160018579A (ko) * 2013-06-04 2016-02-17 싸이톰스 테라퓨틱스, 인크. 활성화가능 항체를 접합하기 위한 조성물 및 방법
AU2014324884B2 (en) 2013-09-25 2020-03-26 Cytomx Therapeutics, Inc Matrix metalloproteinase substrates and other cleavable moieties and methods of use thereof
WO2015116933A2 (en) 2014-01-31 2015-08-06 Cytomx Therapeutics, Inc. Matriptase and u-plasminogen activator substrates and other cleavable moieties and methods of use thereof
BR112017001579A2 (pt) * 2014-07-25 2017-11-21 Cytomx Therapeutics Inc anticorpos anti-cd3, anticorpos anti-cd3 ativáveis, anticorpos anti-cd3 multiespecíficos, anticorpos anti-cd3 ativáveis multiespecíficos e métodos de uso dos mesmos
MA41374A (fr) 2015-01-20 2017-11-28 Cytomx Therapeutics Inc Substrats clivables par métalloprotéase matricielle et clivables par sérine protéase et procédés d'utilisation de ceux-ci
CA2978942A1 (en) 2015-03-13 2016-09-22 Cytomx Therapeutics, Inc. Anti-pdl1 antibodies, activatable anti-pdl1 antibodies, and methods of use thereof
WO2016179335A1 (en) 2015-05-04 2016-11-10 Cytomx Therapeutics, Inc. Anti-itga3 antibodies, activatable anti-itga3 antibodies, and methods of use thereof
BR112017023862A2 (pt) * 2015-05-04 2018-07-17 Cytomx Therapeutics Inc anticorpos anti-cd71, anticorpos anti-cd71 ativáveis, e métodos de uso destes
EA201792414A1 (ru) 2015-05-04 2018-06-29 Сайтомкс Терапьютикс, Инк. Антитела против cd166, активируемые антитела против cd166 и способы их применения
EP3322732A2 (en) 2015-07-13 2018-05-23 Cytomx Therapeutics Inc. Anti-pd-1 antibodies, activatable anti-pd-1 antibodies, and methods of use thereof
BR112019008223A2 (pt) 2016-11-03 2019-07-16 Bristol-Myers Squibb Company anticorpos anti-ctla-4 ativáveis e usos dos mesmos
EP3592775A1 (en) 2017-03-09 2020-01-15 CytomX Therapeutics, Inc. Cd147 antibodies, activatable cd147 antibodies, and methods of making and use thereof
WO2018222949A1 (en) 2017-06-01 2018-12-06 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable anti-pdl1 antibodies, and methods of use thereof
WO2020118109A2 (en) 2018-12-06 2020-06-11 Cytomx Therapeutics, Inc. Matrix metalloprotease-cleavable and serine or cysteine protease-cleavable substrates and methods of use thereof

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014052462A2 (en) * 2012-09-25 2014-04-03 Cytomx Therapeutics, Inc. Activatable antibodies that bind interleukin-6 receptor and methods of use thereof
WO2014107599A2 (en) * 2013-01-04 2014-07-10 Cytomx Therapeutics, Inc. Compositions and methods for detecting protease activity in biological systems

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Intermolecular complementation achieves high-specificity tumor targeting by anthrax toxin;Liu Shihui et al;《Nature Biotechnology》;20050601;725-730 *
Jeannette Gerspach et al.Target-selective activation of a TNF prodrug by urokinase-type plasminogen activator(uPA) mediated proteolytic processing at the cell surface.《Cancer Immunology Immunotherapy》.2006,1590-1600. *
Target-selective activation of a TNF prodrug by urokinase-type plasminogen activator(uPA) mediated proteolytic processing at the cell surface;Jeannette Gerspach et al;《Cancer Immunology Immunotherapy》;20060425;1590-1600 *

Also Published As

Publication number Publication date
EP4079323A1 (en) 2022-10-26
US20220380453A9 (en) 2022-12-01
EP3247393B1 (en) 2022-03-09
EP3247393A1 (en) 2017-11-29
US11046759B2 (en) 2021-06-29
US20230021301A9 (en) 2023-01-19
HRP20220631T8 (hr) 2022-07-08
US11548944B2 (en) 2023-01-10
US20210347886A1 (en) 2021-11-11
PT3247393T (pt) 2022-07-01
US20230212283A1 (en) 2023-07-06
CN114907446A (zh) 2022-08-16
EA201791647A1 (ru) 2018-04-30
US20190241652A9 (en) 2019-08-08
BR112017015468A2 (pt) 2018-06-05
KR20170108052A (ko) 2017-09-26
CN114716513A (zh) 2022-07-08
RS63276B1 (sr) 2022-06-30
WO2016118629A1 (en) 2016-07-28
SG10201913901QA (en) 2020-03-30
CN114478704A (zh) 2022-05-13
IL253599A0 (en) 2017-09-28
US20160289324A1 (en) 2016-10-06
IL253599B2 (en) 2023-07-01
ES2919879T3 (es) 2022-07-28
CN114685661A (zh) 2022-07-01
US11472875B1 (en) 2022-10-18
IL253599B1 (en) 2023-03-01
US11548943B2 (en) 2023-01-10
MA41374A (fr) 2017-11-28
PL3247393T3 (pl) 2022-06-27
AU2021257963A1 (en) 2021-11-25
HK1247131A1 (zh) 2018-09-21
CA2974087A1 (en) 2016-07-28
SG11201705901PA (en) 2017-08-30
HRP20220631T1 (hr) 2022-06-24
CN107531758A (zh) 2018-01-02
US20210355208A1 (en) 2021-11-18
AU2016209403A1 (en) 2017-08-03
CN114685611A (zh) 2022-07-01
HUE058974T2 (hu) 2022-10-28
IL300408A (en) 2023-04-01
JP2018504925A (ja) 2018-02-22
JP2022046569A (ja) 2022-03-23
DK3247393T3 (da) 2022-05-23
JP6996981B2 (ja) 2022-03-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107531758B (zh) 基质金属蛋白酶可切割且丝氨酸蛋白酶可切割底物及其使用方法
US11814410B2 (en) Matrix metalloproteinase substrates and other cleavable moieties and methods of use thereof
CN107849133B (zh) 抗cd166抗体、可活化抗cd166抗体及其使用方法
US20200377602A1 (en) Matrix metalloprotease-cleavable and serine or cysteine protease-cleavable substrates and methods of use thereof
EA042544B1 (ru) Расщепляемые матриксными металлопротеиназами и расщепляемые сериновыми протеиназами вещества и способы их использования

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant