CN103906758A - 配糖体化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法及核酸的制造方法 - Google Patents

配糖体化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法及核酸的制造方法 Download PDF

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Abstract

本发明提供一种配糖体化合物，其可低成本进行制造且能提供可以高收率且高纯度制造核酸的亚磷酰胺。即，下述化学式(1)所示的配糖体化合物：前述化学式(1)中，B为具有核酸碱基骨架的原子团，任选地具有保护基团；R1及R2分别为氢原子或保护基团，或者，也可成为一体而形成下述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示的原子团：各R1a为氢原子或者直链或支化的烷基等；L1为未取代或被烷基取代的亚乙基；R3为下述化学式(R3)所示的基团：前述化学式(R3)中，n为正整数，[D1]为吸电子基团。

Description

配糖体化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法及核酸的制造方法
技术领域
本发明为关于一种配糖体(glycoside)化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法以及核酸的制造方法。
背景技术
作为DNA、RNA等核酸的制造(合成)方法，举例来说，可使用亚磷酰胺(Phosphoramidite)法等。利用亚磷酰胺法的核酸合成原料可使用核苷的亚磷酰胺(以下，有时仅称为“亚磷酰胺”)。前述亚磷酰胺的2’-位保护基团可使用多种保护基团，诸如TBDMS(叔丁基二甲基甲硅烷基[tert-butyldimethyl silyl])基团、TOM(三异丙基甲硅烷氧基甲基[triisopropylsilyloxy methyl])基团、ACE(双(2-乙酰氧基乙氧基)甲基[bis(2-acetoxy ethoxy)methyl])基团等。例如，就TOM-亚酰胺(amidite)而言，已载于下述非专利文献1等。
先行技术文献
非专利文献
非专利文献1
http://www.glenresearch.com/Technical/TB_RNA_TOM_Deprotection.pdf(2011年(平成23年)8月18日检索)
发明内容
发明要解决的问题
然而，TOM-亚酰胺、ACE-亚酰胺等的常规亚磷酰胺因其高制造成本而难以用作医药品等的合成原料。此外，TBDMS-亚酰胺在以偶联(缩合)反应合成核酸时，会有核酸收率及纯度不高的情况。
于此，本发明的目的在于提供一种配糖体化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法，其可提供一种亚磷酰胺，该亚磷酰胺可以低成本制造且可以高收率及高纯度制造核酸。进一步而言，本发明的目的在于提供一种使用前述亚磷酰胺的核酸制造方法，其可以高收率及高纯度制造核酸。
用于解决问题的方案
为了达成前述目的，本发明的配糖体化合物为下述化学式(1)所示的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐。
Figure BDA0000495504610000021
前述化学式(1)中，B为具有核酸碱基骨架的原子团，并任选地具有保护基团；
R1及R2分别为氢原子或保护基团；
或者，R1与R2也可成为一体而形成下述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子团；
Figure BDA0000495504610000022
各R1a分别为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且可相同也可相异；
R3为下述化学式(R3)所示的基团：
Figure BDA0000495504610000031
前述化学式(R3)中，L1为亚乙基(-CH2CH2-)，但除键合到相对于[D1]的α位的1个氢原子以外，其它氢原子任选地被直链或支化的烷基取代；
n为正整数；和
[D1]为吸电子基团。
本发明的第1硫醚制造方法为制造下述化学式(103)所示硫醚的方法，其为使下述化学式(101a)及(101b)所示硫醇或硫代烷氧化物(thioalkoxide)与下述化学式(102)所示卤化物进行偶联反应，而制出下述化学式(103)所示的硫醚。
Figure BDA0000495504610000032
前述化学式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分别为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基(cyclylalkyl)、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异；
前述化学式(101a)及(101b)中，M1及M2分别为氢原子或金属，且可相同也可相异；
前述化学式(102)及(103)中，n为正整数；和
前述化学式(102)中，X1及X2分别为卤素，且可相同也可相异。
本发明的第2硫醚制造方法为制造下述化学式(103)所示硫醚的方法，其为使下述化学式(103b)所示硫醚与下述化学式(104)所示醇在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应，而制出下述化学式(103)所示的硫醚。
Figure BDA0000495504610000041
前述化学式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分别为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异；
前述化学式(103b)及(103)中，n为2以上的整数。
本发明的醚为下述化学式(106)所示的醚、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或者其盐。
Figure BDA0000495504610000042
前述化学式(106)中，R4为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基；
n为正整数；
L1为亚乙基(-CH2CH2-)，但除键合到相对于[D1]的α位的1个氢原子以外，其它氢原子任选地被直链或支化的烷基取代；和
[D1]为吸电子基团。
本发明的醚的制造方法为制造前述本发明的醚的方法，其为使下述化学式(103)所示硫醚与下述化学式(105)所示醇在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应，而制出前述本发明的醚。
Figure BDA0000495504610000051
前述化学式(103)及(105)中，R4与前述化学式(106)中的定义相同，R5为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可与R4相同或相异；
前述化学式(103)中，n与前述化学式(106)中的定义相同；和
前述化学式(105)中，L1及[D1]与前述化学式(106)中的定义相同。
本发明的配糖体化合物的制造方法为前述本发明的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐的制造方法，包含：偶联步骤，其为使下述化学式(107)所示配糖体化合物与下述化学式(106)所示的醚在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应，以制造下述化学式(1a)所示的配糖体化合物；且，下述化学式(1a)所示配糖体化合物为前述化学式(1)中R1及R2成为一体而形成前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子团的配糖体化合物。
前述化学式(107)及(1a)中，L2为前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示的原子团，B与前述化学式(1)中的定义相同；
前述化学式(106)中，R4为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基；
前述化学式(106)及(1a)中，L1、n及[D1]与前述化学式(1)中的定义相同。
本发明的核酸制造方法为含有下述化学式(I)所示结构的核酸的制造方法，其特征在于包含：缩合步骤，其为使前述化学式(1)所示的配糖体化合物为下述化学式(2)所示的配糖体化合物的本发明配糖体化合物进行缩合反应。
Figure BDA0000495504610000071
前述化学式(I)中，B与前述化学式(1)中的定义相同；
R100为氢原子或羟基；
各B可相同也可相异，且各R100可相同也可相异；
m为正整数。
前述化学式(2)中，
B、R1及R3与前述化学式(1)中的定义相同，条件是R1为保护基团；
R2a及R2b分别为氢原子或任意的取代基，且可相同也可相异；
或者，R2a及R2b也可与它们所键合的氮原子成为一体而形成非芳香环，前述非芳香环任选地具有除前述氮原子以外的氮原子、氧原子或硫原子，且任选地具有取代基；和
R2c为氢原子、吸电子基团或任意的取代基，且可任选地被吸电子基团[D2]取代。
发明的效果
若根据本发明的配糖体化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法，则可提供一种可以低成本制造并可高收率且高纯度制造核酸的亚磷酰胺。此外，若按照本发明的核酸制造方法，则可使用前述亚磷酰胺而高收率且高纯度地制造核酸。
附图说明
图1为实施例6所制得的核酸(纯化前)的HPLC图表。
图2为实施例6所制得的核酸(纯化后)的HPLC图表。
图3为实施例6所制得的核酸(纯化后)的质谱图。
具体实施方式
以下，就本发明举例予以详细说明。但本发明并不受到下述说明所局限。
本说明书使用的用语只要未特别提及，即可以该技术领域一般使用的意义来使用。
若根据本发明，举例来说，可获得下述[1]～[5]中的1种或多种效果。但这些效果仅供例示而不局限本发明。
[1]前述化学式(1)所示的本发明配糖体化合物中，前述化学式(2)所示的配糖体化合物(亚磷酰胺)可适于用作核酸的合成原料。前述化学式(2)所示配糖体化合物(亚磷酰胺)与TOM-亚酰胺和ACE-亚酰胺等相较下，吸电子基团[D1]离磷酸基更远，[D1]与磷酸基的相互作用较弱。因此，配糖体化合物(2)较TOM-亚酰胺和ACE-亚酰胺等的常规亚酰胺更易合成，可在高纯度下制得。
[2]由于本发明的配糖体化合物与常规的ACE-亚酰胺和TOM-亚酰胺等相较下可以低成本制造，而适用于医药原料等。
[3]为本发明配糖体化合物的合成中间产物的前述化学式(103)所示硫醚及前述化学式(106)所示的醚通过前述本发明的制造方法进行制造从而可低成本制造。因此，更低成本地制得本发明的配糖体化合物。
[4]特别地，前述化学式(103)所示硫醚作为医药品(不限于本发明的配糖体化合物)的合成中间产物甚为有用。若根据本发明的前述第1及第2硫醚制造方法，则可较常规技术更高收率且低成本地合成出前述化学式(103)所示硫醚。
[5]本发明的核酸制造方法通过使用前述化学式(2)所示的本发明配糖体化合物(亚磷酰胺)，可高纯度且高收率地制造核酸。具体来说，例如也可在与DNA合成并驾齐驱的纯度下进行RNA合成。此外，虽然理由尚未明朗化，但举例来说，可以想见的是，与ACE-亚酰胺和TOM-亚酰胺等相较下缩合反应(偶联反应)时的位阻较少而导致缩合反应(偶联反应)效率提升等。此外，前述化学式(2)所示的本发明配糖体化合物也容易进行伴随缩合反应(偶联反应)的脱保护反应。
1.配糖体化合物
本发明的配糖体化合物如前述，为下述化学式(1)所示配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或者其盐。
Figure BDA0000495504610000091
前述化学式(1)中，B为具有核酸碱基骨架的原子团，且任选地具有保护基团；
R1及R2分别为氢原子或保护基团；
或者，R1与R2也可成为一体而形成下述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子团；
Figure BDA0000495504610000101
各R1a分别为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且可相同也可相异；
R3为下述化学式(R3)所示的基团：
Figure BDA0000495504610000102
前述化学式(R3)中，L1为亚乙基(-CH2CH2-)，但除键合到相对于[D1]的α位的1个氢原子以外，其它氢原子任选地被直链或支化的烷基取代；
n为正整数；
[D1]为吸电子基团。注意，“键合到相对于[D1]的α位”意指：键合到与[D1]所键合的碳原子相同的碳原子。
前述化学式(1)中，吸电子基团[D1]优选为氰基、硝基、烷磺酰基、卤素、芳磺酰基、三卤甲基或三烷氨基。前述三卤甲基可列举如三氯甲基或三氟甲基等。此外，前述化学式(1)中，L1中的前述直链或支化的烷基例如可为碳数1～12的直链或支化的烷基。L1特别优选为未取代的亚乙基(-CH2CH2-)。此外，前述化学式(1)中，n并未特别受限，但举例来说在1～30的范围，且优选在1～20的范围。
前述化学式(1)中，R1如前述为氢原子或保护基团。保护基团R1并未特别受限，但举例来说，为下述化学式(R1A)、(R1B)、(R1C)及(R1D)中任一者所表示的取代基。
Figure BDA0000495504610000111
前述化学式(R1A)中，R11～R13分别为直链或支化的烷氧基、直链或支化的烷基或者不存在，且可相同也可相异；
R11～R13各自存在时，可为1个或者多个，且有多个时可相同也可相异；
前述化学式(R1B)中，R14～R16分别为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且可相同也可相异；
前述化学式(R1C)中，R17～R19分别为氢原子，卤素，烃基，直链或支化的烷基，直链或支化的烯基，直链或支化的炔基，直链或支化的卤烷基，芳基，杂芳基，直链或支化的芳烷基，环烷基，环烯基，直链或支化的环烷基烷基，直链或支化的环基烷基，直链或支化的羟烷基，直链或支化的烷氧基烷基，直链或支化的氨烷基，直链或支化的杂环基烯基，直链或支化的杂环基烷基，直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，甲硅氧基烷基(silyloxyalkylgroup)，单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者单烷基甲硅氧基烷基、二烷基甲硅氧基烷基或三烷基甲硅氧基烷基，且可相同也可相异；
前述化学式(R1D)中，R20～R22分别为氢原子或者直链或支化的烷基，且可相同也可相异。
前述化学式(R1A)中，R11～R13优选分别为碳数1～12的直链或支化的烷氧基、碳数1～12的直链或支化的烷基或者不存在，且可相同也可相异。R11～R13如前述，各自存在时可为1个也可为多个，且有多个时可相同也可相异。前述化学式(R1B)中，R14～R16优选分别为氢原子、碳数1～12的直链或支化的烷基或者碳数1～12的直链或支化的烷基，且可相同也可相异。前述化学式(R1C)中，R17～R19优选分别为氢原子，卤素，碳数1～12的直链或支化的烷基，碳数2～12的直链或支化的烯基，碳数2～12的直链或支化的炔基，碳数1～12的直链或支化的卤烷基，碳数5～24的芳基，碳数5～24的杂芳基，碳数6～30的直链或支化的芳烷基，碳数3～24的环烷基，碳数3～24的环烯基，碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基，碳数4～30的直链或支化的环基烷基，碳数1～12的直链或支化的羟烷基，碳数1～12的直链或支化的烷氧基烷基，碳数1～12的直链或支化的氨烷基，碳数5～30的直链或支化的杂环基烯基，碳数4～30的直链或支化的杂环基烷基，碳数6～30的直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，碳数1～12的甲硅氧基烷基，烷基碳数1～12的单烷甲硅烷基、二烷甲硅烷基或三烷甲硅烷基，或者被烷基碳数1～12的单烷基甲硅烷氧基、二烷基甲硅烷氧基或三烷基甲硅烷氧基取代的碳数1～12的烷基，且可相同也可相异。前述化学式(R1D)中，R20～R22优选分别为氢原子或碳数1～12的直链或支化的烷基，且可相同也可相异。
本发明的配糖体化合物中，前述化学式(R1A)所示的取代基优选为下述化学式(R1A2)所示的取代基。
Figure BDA0000495504610000131
前述化学式(R1A2)中，R11～R13分别为氢原子、直链或支化的烷氧基、或者直链或支化的烷基，且可相同也可相异。
前述化学式(R1A2)中，R11～R13更优选分别为氢原子、碳数1～12的直链或支化的烷氧基或者碳数1～12的直链或支化的烷基，且可相同也可相异。
本发明的配糖体化合物中，前述化学式(1)中，R1更优选为氢原子或者下述化学式(R1Aa)、(R1Ba)、(R1Ca)、(R1Cb)或(R1Da)所示的取代基。
Figure BDA0000495504610000141
此外，本发明的配糖体化合物中的前述化学式(R1R2A)及(R1R2B)中，各R1a如前述，分别为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且可相同也可相异。前述直链或支化的烷基更优选为碳数1～12的直链或支化的烷基。前述直链或支化的烷氧基更优选为碳数1～12的直链或支化的烷氧基。
本发明的配糖体化合物中，前述化学式(1)所示配糖体化合物优选为下述化学式(2)所示的配糖体化合物。
Figure BDA0000495504610000151
前述化学式(2)中，B、R1及R3与前述化学式(1)中的定义相同，条件是R1为保护基团，R2a及R2b分别为氢原子或任意的取代基，且可相同也可相异；
或者，R2a及R2b也可与它们所键合的氮原子成为一体而形成非芳香环，前述非芳香环任选地具有除前述氮原子以外的氮原子、氧原子或硫原子，且任选地具有取代基；
R2c为氢原子、吸电子基团或任意的取代基，且可任选地被吸电子基团[D2]取代。
前述化学式(2)中，R2a及R2b分别为氢原子，卤素，烃基，直链或支化的烷基，直链或支化的烯基，直链或支化的炔基，直链或支化的卤烷基，芳基，杂芳基，直链或支化的芳烷基，环烷基，环烯基，直链或支化的环烷基烷基，直链或支化的环基烷基，直链或支化的羟烷基，直链或支化的烷氧基烷基，直链或支化的氨烷基，直链或支化的杂环基烯基，直链或支化的杂环基烷基，直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，甲硅氧基烷基，单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者单烷基甲硅氧基烷基、二烷基甲硅氧基烷基或三烷基甲硅氧基烷基，且优选任选地进一步被或未被吸电子基团取代。此外，R2a及R2b也可与它们所键合的氮原子成为一体而形成5或6元的非芳香环，其中前述非芳香环可具有或不具有除前述氮原子以外的氮原子、氧原子或硫原子，也可进一步具有或不具有取代基。
前述化学式(2)中，R2a及R2b更优选分别为氢原子，卤素，碳数1～12的直链或支化的烷基，碳数2～12的直链或支化的烯基，碳数2～12的直链或支化的炔基，碳数1～12的直链或支化的卤烷基，碳数5～24的芳基，碳数5～24的杂芳基，碳数6～30的直链或支化的芳烷基，碳数3～24的环烷基，碳数3～24的环烯基，碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基，碳数4～30的直链或支化的环基烷基，碳数1～12的直链或支化的羟烷基，碳数2～12的直链或支化的烷氧基烷基，碳数1～12的直链或支化的氨烷基，碳数5～30的直链或支化的杂环基烯基，碳数4～30的直链或支化的杂环基烷基，碳数6～30的直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，碳数1～12的甲硅氧基烷基，烷基碳数1～12的单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者被烷基碳数1～12的单烷基甲硅烷氧基、二烷基甲硅烷氧基或三烷基甲硅烷氧基取代的碳数1～12的烷基，且可进一步被或未被吸电子基团取代。此外，R2a及R2b也可与它们所键合的氮原子成为一体而形成5或6元的非芳香环。前述非芳香环可具有或不具有除前述氮原子以外的氮原子、氧原子或硫原子，且可进一步具有或不具有取代基。
前述化学式(2)中，R2a及R2b更优选分别为甲基、乙基、异丙基或叔丁基，或者R2a及R2b与它们所键合的氮原子成为一体而形成哌啶基、吗啉基、吡咯烷基、硫代吗啉基或其它的含氮脂环基。更具体举例来说，前述化学式(2)中，-NR2aR2b更优选为二异丙基氨基、二乙基氨基、乙基甲基氨基、吡咯烷基(特别是吡咯烷-1-基)、哌啶基(特别是哌啶-1-基)、吗啉基(特别是吗啉-1-基)、硫代吗啉基(特别是硫代吗啉-1-基)或者芳氨基。
前述化学式(2)中，R2c优选为氢原子，卤素，烃基，直链或支化的烷基，直链或支化的烯基，直链或支化的炔基，直链或支化的卤烷基，芳基，杂芳基，直链或支化的芳烷基，环烷基，环烯基，直链或支化的环烷基烷基，直链或支化的环基烷基，直链或支化的羟烷基，直链或支化的烷氧基烷基，直链或支化的氨烷基，直链或支化的杂环基烯基，直链或支化的杂环基烷基，直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，甲硅氧基烷基，单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者单烷基甲硅氧基烷基、二烷基甲硅氧基烷基或三烷基甲硅氧基烷基，且进一步优选可被或未被吸电子基团[D2]取代。
前述化学式(2)中，R2c为氢原子，卤素，碳数1～12的直链或支化的烷基，碳数2～12的直链或支化的烯基，碳数2～12的直链或支化的炔基，碳数1～12的直链或支化的卤烷基，碳数5～24的芳基，碳数5～24的杂芳基，碳数6～30的直链或支化的芳烷基，碳数3～24的环烷基，碳数3～24的环烯基，碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基，碳数4～30的直链或支化的环基烷基，碳数1～12的直链或支化的羟烷基，碳数2～12的直链或支化的烷氧基烷基，碳数1～12的直链或支化的氨烷基，碳数6～30的直链或支化的杂环基烯基，碳数4～30的直链或支化的杂环基烷基，碳数6～30的直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，碳数1～12的甲硅氧基烷基，烷基碳数1～12的单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，被烷基碳数1～12的单烷基甲硅烷氧基、二烷基甲硅烷氧基或三烷基甲硅烷氧基取代的碳数1～12的烷基，且更优选进一步可被或未被吸电子基团[D2]取代。
前述化学式(2)中，R2c更优选为被吸电子基团[D2]取代的直链或支化的烷基。前述化学式(2)中，R2c更优选为被吸电子基团[D2]取代的碳数1至12的直链或支化的烷基。
前述化学式(2)中，就R2c而言，前述吸电子基团[D2]优选为氰基、硝基、烷磺酰基、卤素、芳磺酰基、三卤甲基或三烷氨基。前述三卤甲基可列举如三氯甲基或三氟甲基等。
前述化学式(2)中，R2c特别优选为烯基或乙炔基，或者与[D2]共同形成被吸电子基团[D2]取代的氰乙基。
本发明的配糖体化合物中，前述化学式(1)所示的配糖体化合物更优选为下述化学式(3)所示的配糖体化合物。
Figure BDA0000495504610000181
前述化学式(3)中，B及n为与前述化学式(1)中的定义相同，DMTr为4,4’-二甲氧基(三苯基甲基)。
本发明的配糖体化合物中，前述化学式(1)中，B的核酸碱基并未特别受限，但优选为具有天然核酸碱基骨架的原子团。前述天然核酸碱基可具有也可不具有保护基团。前述天然核酸碱基更优选为腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶或其它含氮芳香环。前述化学式(1)中，B更优选在腺嘌呤9位的氮、胞嘧啶1位的氮、鸟嘌呤9位的氮、尿嘧啶1位的氮或胸腺嘧啶1位的氮处与前述化学式(1)中的D-核糖骨架键合。此外，B的核酸碱基也可为被任意的取代基取代的核酸碱基(例如，前述的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶及胸腺嘧啶等的核酸碱基)，也可未被取代。前述取代基可列举如卤素、酰基、烷基、芳烷基、烷氧基、烷氧基烷基、羟基、氨基、单烷氨基、二烷氨基、羧基、氰基及硝基等。所述取代基可为0个、1个或多个(例如2～3个)，且在有多个时，可为单一种类或为多种类。
此外，B为如前述，可具有或不具有保护基团。例如，B的前述核酸碱基在环外具有氨基(氨基取代基)时(例如前述核酸碱基为腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶等时)，前述氨基也可受到保护基团保护。前述氨基的保护基团并未特别受限，例如也可与已知的核酸化学所用的保护基团等相同。前述氨基的保护基团可例举如酰基。前述酰基可举例如苯甲酰基、4-甲氧基苯甲酰基、乙酰基、丙酰基、丁酰基、异丁酰基、苯基乙酰基、苯氧基乙酰基、4-叔丁基苯氧基乙酰基和4-异丙基苯氧基乙酰基等。此外，除酰基以外，还可举例如(二甲氨基)亚甲基等。
本发明的配糖体化合物中，前述化学式(1)所示的配糖体化合物更优选为下述化学式(1AAc)、(1CAc)、(1GPac)或(1U)所示的配糖体化合物。
Figure BDA0000495504610000191
Figure BDA0000495504610000201
Figure BDA0000495504610000211
前述化学式(1AAc)、(1CAc)、(1GPac)及(1U)中，n与前述化学式(1)中的定义相同。
前述化学式(1)中，从合成的容易性等观点来看，特别优选n＝1。
此外，诸如本发明的配糖体化合物和醚等的由本发明所提供的新颖化合物(以下，有时仅称为“本发明的化合物”)存有对映异构体、互变异构体或立体异构体(例如：几何异构体、构象异构体及光学异构体)等的异构体时，所有异构体均含括在本发明的化合物中。例如，表示本发明的配糖体化合物的化学式(前述化学式(1)、(2)及(3)等)为以配糖体的糖骨架为D-核糖的型态来描绘表示，但也可为其对映异构体(即L-核糖)。此外，本发明的化合物在可能形成盐的情况下，其盐也含括在本发明的化合物内。前述本发明的化合物的盐可为酸加成盐，也可为碱加成盐。再者，形成前述酸加成盐的酸可为无机酸也可为有机酸，形成前述碱加成盐的碱可为无机碱也可为有机碱。前述无机酸并未特别受限，但可举例如硫酸、磷酸、氢氟酸、盐酸、氢溴酸、氢碘酸、次氟酸、次氯酸、次溴酸、次碘酸、亚氟酸(fluorous acid)、亚氯酸、亚溴酸、亚碘酸、氟酸(fluorine acid)、氯酸、溴酸、碘酸、过氟酸、过氯酸、过溴酸及过碘酸等。前述有机酸并未特别受限，但可举例如对甲苯磺酸、甲磺酸、草酸、对溴苯磺酸、碳酸、琥珀酸、柠檬酸、苯甲酸及乙酸等。前述无机碱并未特别受限，但可举例如氢氧化铵、碱金属氢氧化物、碱土金属氢氧化物、碳酸盐及碳酸氢盐等，更具体来说，则可举例如氢氧化钠、氢氧化钾、碳酸钾、碳酸钠、碳酸氢钠、碳酸氢钾、氢氧化钙及碳酸钙等。前述有机碱也未特别受限，但可举例如乙醇胺、三乙胺及三(羟甲基)氨基甲烷等。所述盐的制造方法也未特别受限，举例来说，可以通过下述方法进行制造：利用已知方法使诸如前述的酸或碱适当附加到前述电子供体-受体连结分子等。此外，取代基等存有异构体时可为任何异构体，例如：在“萘基”的情况下，可为1-萘基也可为2-萘基；在“丙基”的情况下，可为正丙基也可为异丙基。
于本发明中，举例来说，“烷基”包含直链状或支化的烷基。前述烷基的碳数并未特别受限，举例来说为1～30，且优选为1～12、1～6或1～4。前述烷基可举例如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基和叔丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十一烷基、十二烷基、十三烷基、十四烷基、十五烷基、十六烷基、十七烷基、十八烷基、十九烷基及二十烷基等。且优选举例如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、异戊基、新戊基、正己基及异己基等。在结构中含有烷基的基团(烷氨基、烷氧基等)或衍生自烷基的基团(卤烷基、羟烷基、氨烷基、烷酰基等)也同样适用。
于本发明中，举例来说，“烯基”包含直链状或支化的的烯基。前述烯基可举例如前述烷基中具有1个或多个双键。前述烯基的碳数并未特别受限，举例来说与前述烷基相同，且优选为2～12或2～8。前述烯基举例如乙烯基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-丁烯基、2-丁烯基、3-丁烯基、1,3-丁二烯基及3-甲基-2-丁烯基等。
于本发明中，举例来说，“炔基”包含直链状或支化的的炔基。前述炔基可举例如前述烷基中具有1个或多个三键等。前述炔基的碳数并未特别受限，例如与前述烷基相同，且优选为2～12或2～8。前述炔基可举例如乙炔基、丙炔基及丁炔基等。举例来说，前述炔基也可更具有1个或多个双键。
于本发明中，举例来说，“芳基”包含单环芳香族烃基及多环芳香族烃基。前述单环芳香族烃基可举例如苯基等。前述多环芳香族烃基可举例如1-萘基、2-萘基、1-蒽基、2-蒽基、9-蒽基、1-菲基、2-菲基、3-菲基、4-菲基及9-菲基等。优选举例如苯基、1-萘基及2-萘基等的萘基等。
于本发明中，举例来说，“杂芳基”包含单环芳香族杂环基及稠合芳香族杂环基。前述杂芳基可举例如呋喃基(例如：2-呋喃基、3-呋喃基)、噻吩基(例如：2-噻吩基、3-噻吩基)、吡咯基(例如：1-吡咯基、2-吡咯基、3-吡咯基)、咪唑基(例如：1-咪唑基、2-咪唑基、4-咪唑基)、吡唑基(例如：1-吡唑基、3-吡唑基、4-吡唑基)、三唑基(例如：1,2,4-三唑-1-基、1,2,4-三唑-3-基、1,2,4-三唑-4-基)、四唑基(例如：1-四唑基、2-四唑基、5-四唑基)、噁唑基(例如：2-噁唑基、4-噁唑基、5-噁唑基)、异噁唑基(例如：3-异噁唑基、4-异噁唑基、5-异噁唑基)、噻唑基(例如：2-噻唑基、4-噻唑基、5-噻唑基)、噻二唑基、异噻唑基(例如：3-异噻唑基、4-异噻唑基、5-异噻唑基)、吡啶基(例如：2-吡啶基、3-吡啶基、4-吡啶基)、哒嗪基(例如：3-哒嗪基、4-哒嗪基)、嘧啶基(例如：2-嘧啶基、4-嘧啶基、5-嘧啶基)、呋咕基(furazanyl)(例如：3-呋咕基)、吡嗪基(例如：2-吡嗪基)、噁二唑基(例如：1,3,4-噁二唑-2-基)、苯并呋喃基(例如：2-苯并[b]呋喃基、3-苯并[b]呋喃基、4-苯并[b]呋喃基、5-苯并[b]呋喃基、6-苯并[b]呋喃基、7-苯并[b]呋喃基)、苯并噻吩基(例如：2-苯并[b]噻吩基、3-苯并[b]噻吩基、4-苯并[b]噻吩基、5-苯并[b]噻吩基、6-苯并[b]噻吩基、7-苯并[b]噻吩基)、苯并咪唑基(例如：1-苯并咪唑基、2-苯并咪唑基、4-苯并咪唑基、5-苯并咪唑基)、二苯并呋喃基、苯并噁唑基、苯并噻唑基、喹喔啉基(例如：2-喹喔啉基、5-喹喔啉基、6-喹喔啉基)、噌啉基(例如：3-噌啉基、4-噌啉基、5-噌啉基、6-噌啉基、7-噌啉基、8-噌啉基)、喹唑啉基(例如：2-喹唑啉基、4-喹唑啉基、5-喹唑啉基、6-喹唑啉基、7-喹唑啉基、8-喹唑啉基)、喹啉基(例如：2-喹啉基、3-喹啉基、4-喹啉基、5-喹啉基、6-喹啉基、7-喹啉基、8-喹啉基)、酞嗪基(例如：1-酞嗪基、5-酞嗪基、6-酞嗪基)、异喹啉基(例如：1-异喹啉基、3-异喹啉基、4-异喹啉基、5-异喹啉基、6-异喹啉基、7-异喹啉基、8-异喹啉基)、嘌呤基(puryl)、喋啶基(例如：2-喋啶基、4-喋啶基、6-喋啶基、7-喋啶基)、咔唑基、菲啶基、吖啶基(例如：1-吖啶基、2-吖啶基、3-吖啶基、4-吖啶基、9-吖啶基)、吲哚基(例如：1-吲哚基、2-吲哚基、3-吲哚基、4-吲哚基、5-吲哚基、6-吲哚基、7-吲哚基)、异吲哚基、吩嗪基(例如：1-吩嗪基、2-吩嗪基)或吩噻嗪基(例如：1-吩噻嗪基、2-吩噻嗪基、3-吩噻嗪基、4-吩噻嗪基)等。
于本发明中，举例来说，“环烷基”为环状饱和烃基，碳数并未特别受限，但举例来说为3～24或3～15。前述环烷基可举例如环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、环辛基、桥环烃基(bridged cyclic hydrocarbon group)及螺环烃基等，且优选为环丙基、环丁基、环戊基、环己基及桥环烃基等。
于本发明中，“桥环烃基”可举例如双环[2.1.0]戊基、双环[2.2.1]庚基、双环[2.2.2]辛基及双环[3.2.1]辛基、三环[2.2.1.0]庚基、双环[3.3.1]壬烷、1-金刚烷基或2-金刚烷基等。
于本发明中，“螺环烃基”可举例如螺[3.4]辛基等。
于本发明中，举例来说，“环烯基”包含环状不饱和脂肪族烃基，碳数则例如为3～24或3～7。前述的基团可举例如环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环己烯基及环庚烯基等，且优选为环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基及环己烯基等。举例来说，前述环烯基包含环中具有不饱和键的桥环烃基及螺环烃基。
于本发明中，“芳烷基”可举例如苄基、2-苯乙基及萘基甲基等，“环烷基烷基”或“环基烷基”则可举例如环己基甲基或金刚烷基甲基等，“羟烷基”则可举例如羟甲基或2-羟乙基等。
于本发明中，举例来说，“烷氧基”包含前述烷基-O-基，可举例如甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基及正丁氧基等，“烷氧基烷基”可举例如甲氧基甲基等，“氨烷基”可举例如2-氨基乙基等。
于本发明中，“环基”为任意的环状原子团，且优选为非芳香族的饱和或不饱和环状取代基。其碳数并未特别受限，但例如为3～24。
于本发明中，“杂环基”可举例如1-吡咯啉基、2-吡咯啉基、3-吡咯啉基、1-吡咯烷基、2-吡咯烷基、3-吡咯烷基、吡咯烷酮、1-咪唑啉基、2-咪唑啉基、4-咪唑啉基、1-咪唑烷基、2-咪唑烷基、4-咪唑烷基、咪唑烷酮、1-吡唑啉基、3-吡唑啉基、4-吡唑啉基、1-吡唑烷基、3-吡唑烷基、4-吡唑烷基、哌啶酮、哌啶子基、2-哌啶基、3-哌啶基、4-哌啶基、1-哌嗪基、2-哌嗪基、哌嗪酮、2-吗啉基、3-吗啉基、吗啉代、四氢吡喃基或四氢呋喃基等。
于本发明中，“杂环基烷基”可举例如哌啶基甲基、哌嗪基甲基等，“杂环基烯基”可举例如2-哌啶基乙烯基等，“杂芳烷基”可举例如吡啶基甲基及喹啉-3-基甲基等。
于本发明中，“甲硅烷基”包含式R3Si-所示的基团，其中R可独立选自前述烷基、芳基及环烷基，可举例如三甲基甲硅烷基及叔丁基二甲基甲硅烷基等，“甲硅烷氧基”可举例如三甲基甲硅烷氧基等，“甲硅氧基烷基”则可举例如三甲基甲硅烷氧基甲基等。
于本发明中，“亚烷基”可举例如亚甲基、亚乙基或亚丙基等。
于本发明中，“酰基”并未特别受限，但可举例如甲酰基、乙酰基、丙酰基、异丁酰基、戊酰基、异戊酰基、三甲基乙酰基、己酰基、环己酰基、苯甲酰基和乙氧羰基等。就结构中含有酰基的基团(酰氧基、烷酰氧基等)而言也同样适用。此外，本发明中，酰基的碳数包含羰基的碳，举例来说，碳数1的烷酰基(酰基)为指甲酰基。
于本发明中，“卤素”为指任意的卤元素，可举例如氟、氯、溴或碘。
于本发明中，“全氟烷基”并未特别受限，但可举例如衍生自碳数1～30的直链或支化的烷基的全氟烷基。前述“全氟烷基”可更具体举例如衍生自甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基及叔丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十一烷基、十二烷基、十三烷基、十四烷基、十五烷基、十六烷基、十七烷基、十八烷基、十九烷基及二十烷基等基团的全氟烷基。就结构中含有全氟烷基的基团(全氟烷磺酰基、全氟酰基等)而言也同样适用。
于本发明中，前述各种基团任选地被取代。前述取代基可举例如羟基、羧基、卤素、卤化烷基(例如：CF3、CH2CF3、CH2CCl3)、硝基、亚硝基、氰基、烷基(例如：甲基、乙基、异丙基、叔丁基)、烯基(例如：乙烯基)、炔基(例如：乙炔基)、环烷基(例如：环丙基、金刚烷基)、环烷基烷基(例如：环己基甲基、金刚烷基甲基)、环烯基(例如：环丙烯基)、芳基(例如：苯基、萘基)、芳烷基(例如：苄基、苯乙基)、杂芳基(例如：吡啶基、呋喃基)、杂芳烷基(例如：吡啶基甲基)、杂环基(例如：哌啶基)、杂环基烷基(例如：吗啉甲基)、烷氧基(例如：甲氧基、乙氧基、丙氧基、丁氧基)、卤化烷氧基(例如：OCF3)、烯氧基(例如：乙烯氧基、烯丙氧基)、芳氧基(例如：苯氧基)、烷氧羰基(例如：甲氧羰基、乙氧羰基、叔丁氧羰基)、芳烷氧基(例如：苄氧基)、氨基[烷氨基(例如：甲氨基、乙氨基、二甲氨基)、酰基氨基(例如：乙酰氨基、苯甲酰氨基)、芳烷氨基(例如：苄氨基、三苯甲基氨基)、羟氨基]、烷氨基烷基(例如：二乙氨基甲基)、氨磺酰基以及氧代(oxo)等。
此外，于本发明中，前述各种基团为杂环或含有杂环时，“碳数”还包含构成前述杂环的杂原子数。
2.硫醚的制造方法
于本发明中，第1硫醚制造方法如前所述，为一种制造下述化学式(103)所示硫醚的方法，其为使下述化学式(101a)及(101b)所示硫醇或硫代烷氧化物与下述化学式(102)所示卤化物进行偶联反应，以制造下述化学式(103)所示硫醚。
前述化学式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分别为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异；
前述化学式(101a)及(101b)中，M1及M2分别为氢原子或金属，且可相同也可相异；
前述化学式(102)及(103)中，n为正整数；
前述化学式(102)中，X1及X2分别为卤素，且可相同也可相异。
举例来说，前述化学式(103)所示的硫醚化合物可用作医药品合成的有用中间产物。在常规的合成法中，硫醚化合物(103)仅能以低收率制得。然而，本发明人找出可高效率将其合成的方法，终至于发明出本发明的第1及第2硫醚制造方法。若根据本发明的硫醚制造方法，举例来说，可如后述实施例1所示，以相对于卤化物(102)为70％以上的高收率制得硫醚化合物(103)。
前述化学式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分别为碳数1～12的直链或支化的烷基、碳数2～12的直链或支化的烯基、碳数2～12的直链或支化的炔基、碳数5～24的芳基、碳数6～30的直链或支化的芳烷基、碳数3～24的环烷基、碳数3～24的环烯基、碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基、碳数4～30的直链或支化的环基烷基、或碳数2～30的直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异。另外，前述化学式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5特别优选为甲基。
M1及M2也未特别受限，但可举例如氢原子、碱金属、碱土金属及过渡金属等，且优选为氢原子、钠、钾、钙、镁、铝、锌、铁、铜、钇或铋。M1及M2为金属时，其价数任意。另外，M1及M2的原子数在前述化学式(101a)及(101b)中与硫醇的分子数以1:1表示，但并不限于此。举例来说，M1或M2为x价(x为正整数)的金属离子，M1或M2的原子数相对于前述化学式(101a)或(101b)中的硫醇分子数可为1/x。此外，(101a)及(101b)所示的硫代烷氧化物也可各自相异，但若相同则(103)的合成简便，较为理想。
前述化学式(102)中，n未特别受限，但例如为1～30，且优选为1～20。
前述化学式(101a)及(101b)所示的硫代烷氧化物与前述化学式(102)所示卤化物的偶联反应条件并未特别受限。前述偶联反应的反应溶剂并未特别受限，但可举例如：丙酮和甲乙酮等的酮类；二乙醚、THF(四氢呋喃)和二噁烷等的醚类；和乙腈等的腈类等。前述偶联反应的反应时间并未特别受限，举例来说为30分钟～4小时，且优选为30分钟～2小时，更优选为30分钟～1小时。前述偶联反应的反应温度并未特别受限，但举例来说为15～40℃，且优选为15～37℃，更优选为20～37℃。前述化学式(101a)及(101b)所示硫代烷氧化物的浓度与前述化学式(102)所示卤化物的浓度也未特别受限，可适当设定。前述化学式(101a)及(101b)所示的硫代烷氧化物与前述化学式(102)所示卤化物的物质量比也未特别受限，例如可以是化学计量混合比，也可为其它的任意比。前述化学式(101a)及(101b)所示硫代烷氧化物的摩尔数相对于前述化学式(102)所示卤化物的摩尔数举例来说为1～10倍，且优选为2～7倍，更优选为3～5倍。举例来说，前述偶联反应的反应条件可参考已知的硫代烷氧化物与卤化物的偶联反应等的条件来适当设定，也可参考后述的实施例1来设定。已知反应的参考文献可列举如后述实施例1所记载的参考文献等。
前述偶联反应可列举如下述流程1-2的反应。下述流程1-2的上段反应与后述实施例1的反应相同。
Figure BDA0000495504610000281
前述化学式(102)所示卤化物的制造方法也未特别受限。举例来说，若可能取得前述卤化物的市售品等，也可将其直接使用。例如，前述流程1-2中的化合物(102-2)已由Aurora Fine Chemicals LLC公司(美国)作市售。举例来说，前述化合物(102-2)也可依照Head,Frank S.H.,Journal of the ChemicalSociety,Feb.,1012-15,1965的方法合成。此外，举例来说，也可以氢卤酸等将低聚甲醛水解来制造前述化学式(102)所示卤化物。前述水解反应的反应溶剂并未特别受限，但举例来说优选为水。此外，举例而言，也可进一步对浓厚的前述氢卤酸水溶液加入卤化磺酸等，在体系中进行前述水解反应。前述水解反应时间并未特别受限，例如为1～24小时，且优选为1～12小时，更优选为2～6小时。前述水解反应温度并未特别受限，但例如为-20～35℃，且优选为-10～30℃，更优选为-5～25℃。各反应物质的浓度、物质量比等也未特别受限，可适当予以设定。前述水解反应的反应条件举例来说可参考已知低聚甲醛水解反应等的条件来适当设定，也可参考后述实施例1来设定。例如，前述流程1-2的化合物(102-1)与后述实施例1的化合物(1002)为同一化合物，可依照实施例1来制造。已知反应的参考文献可举例如后述实施例1所记载的参考文献等。
其次，本发明的第2硫醚制造方法如前述般为一种制造下述化学式(103)所示硫醚的方法，其为使下述化学式(103b)所示硫醚与下述化学式(104)所示的醇在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应，以制造下述化学式(103)所示硫醚。
Figure BDA0000495504610000291
前述化学式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分别为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异；
前述化学式(103b)及(103)中，n为2以上的整数。
前述化学式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分别为碳数1～12的直链或支化的烷基、碳数2～12的直链或支化的烯基、碳数2～12的直链或支化的炔基、碳数5～24的芳基、碳数6～30的直链或支化的芳烷基、碳数3～24的环烷基、碳数3～24的环烯基、碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基、碳数4～30的直链或支化的环基烷基、或是碳数6～30的直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异。前述化学式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6特别优选为甲基。
本发明的第2硫醚制造方法中，前述卤化剂并未特别受限，但优选为选自于由N-氯琥珀酰亚胺、N-溴琥珀酰亚胺、N-碘琥珀酰亚胺、碘、溴及氯所构成群组中的至少一种。另外，前述路易斯酸也未特别受限，但优选为选自于由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其盐所构成群组中的至少一种。前述路易斯酸特别优选为三氟甲磺酸的银盐。此外，本发明的第2硫醚制造方法中，优选使前述偶联反应在分子筛共存下进行。
本发明的第2硫醚制造方法中，前述化学式(103b)所示硫醚与前述化学式(104)所示的醇的偶联反应条件并未特别受限。前述偶联反应的反应溶剂虽未特别受限，但可举例如：丙酮、甲乙酮及苯乙酮等的酮类；二乙醚、THF(四氢呋喃)及二噁烷等的醚类；和乙腈等的腈类等。前述偶联反应的反应时间并未特别受限，但举例来说为1～12小时，且优选为1～8小时，更优选为1～4小时。前述偶联反应的反应温度并未特别受限，举例来说优选为-75～0℃，且优选为-60～-10℃，更优选为-50～-40℃。前述化学式(103b)所示硫醚及前述化学式(104)所示的醇的浓度也未特别受限，可适当予以设定。前述化学式(103b)所示硫醚及前述化学式(104)所示的醇的物质量比也未特别受限，举例来说，可为化学计量混合比，也可为其它任意的比。其它反应物质的使用量也未特别受限。前述化学式(103b)所示硫醚的摩尔数相对于前述化学式(104)所示的醇的摩尔数举例来说为0.5～2倍，且优选为0.5～1倍，更优选为0.5倍。前述卤化剂的摩尔数相对于前述化学式(104)所示的醇的摩尔数举例来说为1～2倍，且优选为1～1.5倍，更优选为1.2倍。前述路易斯酸的摩尔数相对于前述化学式(104)所示的醇的摩尔数举例来说优选为0.005～0.05倍，且优选为0.01～0.025倍，更优选为0.015倍。分子筛的使用量虽未特别受限，但相对于前述各反应物质优选过剩使用。前述偶联反应的反应条件举例来说也可参考已知的硫醚与醇的偶联反应等条件来予以适当设定。已知的硫醚与醇的偶联反应的参考文献可举例如Eur.Pat.Appl.(1995),EP639577A1。
本发明的第2硫醚制造方法中，前述硫醚与醇的偶联反应例可举例如下述流程2-2所示反应。可如此依序使硫醚的链长延伸。另外，下述流程2-2中，“NIS”表示N-碘琥珀酰亚胺，“TfOAg”表示三氟甲磺酸的银盐，“MS”表示分子筛。举例来说，化合物(105-1)可参考Synthetic Communications,16(13),1607-10；1986等来进行合成，也可取得市售品。
Figure BDA0000495504610000311
3.醚
接着，如前所述，本发明的醚为下述化学式(106)所示的醚、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐。
Figure BDA0000495504610000312
前述化学式(106)中，R4为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基；
n为正整数；
L1为亚乙基(-CH2CH2-)，但除键合到相对于[D1]的α位的1个氢原子以外，其它氢原子任选地被直链或支化的烷基取代；
[D1]为吸电子基团。
前述化学式(106)中，R4优选为碳数1～12的直链或支化的烷基、碳数2～12的直链或支化的烯基、碳数2～12的直链或支化的炔基、碳数5～24的芳基、碳数6～30的直链或支化的芳烷基、碳数3～24的环烷基、碳数3～24的环烯基、碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基、碳数4～30的直链或支化的环基烷基、或是碳数2～30的直链或支化的烷氧基烷基。前述化学式(106)中，R4特别优选为甲基。
前述化学式(106)中，就L1而言，举例来说，前述直链或支化的烷基也可为碳数1～12的直链或支化的烷基。L1特别优选为未取代的亚乙基(-CH2CH2-)。前述化学式(106)中，[D1]优选为氰基、硝基、烷磺酰基、卤素、硝基、芳磺酰基、三卤甲基或三烷氨基。前述三卤甲基可举例如三氯甲基及三氟甲基等。前述化学式(106)中，n并未特别受限，但举例来说为1～30的范围，且优选为1～20的范围。
前述化学式(106)所示的本发明的醚优选作为前述本发明的配糖体化合物的合成中间产物。然而，本发明的醚不局限于此，也可用于任何用途。
4.醚的制造方法
前述化学式(106)所示本发明的醚的制造方法并未特别受限，但优选为前述本发明的醚的制造方法。如前所述，本发明的醚的制造方法为一种制造前述化学式(106)所示本发明的醚的方法，其为使下述化学式(103)所示硫醚与下述化学式(105)所示的醇在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应，而制出前述化学式(106)所示的本发明的醚。
Figure BDA0000495504610000331
前述化学式(103)及(105)中，R4与前述化学式(106)中的定义相同；R5为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可与R4相同也可相异；
前述化学式(103)中，n与前述化学式(106)中的定义相同；
前述化学式(105)中，L1及[D1]与前述化学式(106)中的定义相同。
前述化学式(103)中，R5为碳数1～12的直链或支化的烷基、碳数2～12的直链或支化的烯基、碳数2～12的直链或支化的炔基、碳数5～24的芳基、碳数6～30的直链或支化的芳烷基、碳数3～24的环烷基、碳数3～24的环烯基、碳数4～30的直链或支化的环烷基烷基、碳数4～30的直链或支化的环基烷基、或碳数2～30的直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异。前述化学式(103)中，R5特别优选为甲基。
本发明的醚的制造方法中，前述卤化剂并未特别受限，但优选为选自于由N-氯琥珀酰亚胺、N-溴琥珀酰亚胺、N-碘琥珀酰亚胺、碘、溴及氯所构成群组中的至少一种。前述路易斯酸也未特别受限，但优选为选自于由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其盐所构成群组中的至少一种。前述路易斯酸特别优选为三氟甲磺酸的银盐。此外，本发明的第2硫醚制造方法中，优选使前述偶联反应在分子筛共存下进行。
本发明的醚的制造方法中，前述化学式(103)所示硫醚与前述化学式(105)所示的醇的偶联反应条件并未特别受限。前述偶联反应的反应溶剂虽未特别受限，但可举例如：丙酮、甲乙酮及苯乙酮等酮类；二乙醚、THF(四氢呋喃)及二噁烷等醚类；和乙腈等的腈类。前述偶联反应的反应时间并未特别受限，但举例来说为1～12小时，且优选为1～8小时，更优选为1～4小时。前述偶联反应的反应温度并未特别受限，但举例来说为-75～0℃，且优选为-60～-10℃，更优选为-50～-40℃。前述化学式(103)所示硫醚及前述化学式(105)所示的醇的浓度也未特别受限，可适当予以设定。前述化学式(103)所示硫醚与前述化学式(105)所示的醇的物质量比也未特别受限，举例来说可为化学计量混合比，也可为其它任意的比。另外，其它反应物质的使用量也未特别受限。前述化学式(103)所示硫醚的摩尔数相对于前述化学式(105)所示的醇的摩尔数可举例如0.5～2倍，且优选为0.5～1倍，更优选为0.5倍。前述卤化剂的摩尔数相对于前述化学式(105)所示的醇的摩尔数例如为1～2倍，且优选为1～1.5倍，更优选为1.2倍。前述路易斯酸的摩尔数相对于前述化学式(105)所示的醇的摩尔数例如为0.005～0.05倍，且优选为0.01～0.025倍，更优选为0.015倍。分子筛的使用量未特别受限，但相对于前述各反应物质优选过剩使用。前述偶联反应的反应条件举例来说可参考已知的硫醚与醇的偶联反应等的条件而予以适当设定，也可参照后述实施例1的条件来适当设定。已知的硫醚与醇的偶联反应的参考文献可举例如Eur.Pat.Appl.(1995),EP639577A1。
此外，本发明的醚的制造方法中，前述化学式(103)所示硫醚的制造方法并未特别受限，但以前述本发明的第1或第2硫醚制造方法为优选。也即，前述化学式(106)所示本发明的醚的制造方法更优选包含：利用前述本发明的第1或第2硫醚制造方法来制造前述化学式(103)所示硫醚的步骤。
5.配糖体化合物的制造方法
本发明的配糖体化合物的制造方法并未特别受限，例如，可参考已知的配糖体(ACE-亚酰胺等)的制造方法来适当进行。举例来说，也可参考CurrentProtocols in Nucleic Acid Chemistry,unit2.16.1-2.16.31(2009).所记载的制造方法。
本发明的配糖体举例来说优选利用前述本发明的制造方法(配糖体化合物的制造方法)来制造。前述本发明的制造方法(配糖体化合物的制造方法)为如前述，其包含使下述化学式(107)所示的配糖体化合物与下述化学式(106)所示的醚在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应来制造下述化学式(1a)所示配糖体化合物的偶联步骤，且下述化学式(1a)所示配糖体化合物为前述化学式(1)中的R1与R2成为一体而形成前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子团的配糖体化合物。
Figure BDA0000495504610000351
前述化学式(107)及(1a)中，L2为前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示的原子团，B与前述化学式(1)中的定义相同；
前述化学式(106)中，R4为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基；
前述化学式(106)及(1a)中，L1、n及[D1]为与前述化学式(1)中的定义相同。
前述化学式(107)所示配糖体的取得方法并未特别受限。例如，可取得市售品，也可利用已知方法制造。前述偶联反应(前述流程4)中，前述卤化剂并未特别受限，但优选为选自于由N-氯琥珀酰亚胺、N-溴琥珀酰亚胺、N-碘琥珀酰亚胺、碘、溴及氯所构成群组中的至少一种。另外，前述路易斯酸也未特别受限，但优选为选自于由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其盐所构成群组中的至少一种。前述路易斯酸特别优选为三氟甲磺酸或其盐。
本发明的配糖体化合物的制造方法中，前述化学式(107)所示配糖体化合物与前述化学式(106)所示的醚的偶联反应条件并未特别受限。前述偶联反应的反应溶剂并未特别受限，但可举例如：丙酮、甲乙酮及苯乙酮等酮类；二乙醚、THF(四氢呋喃)及二噁烷等醚类；和乙腈等的腈类等。前述偶联反应的反应时间并未特别受限，但可举例如1～12小时，且优选为1～8小时，更优选为1～4小时。前述偶联反应的反应温度并未特别受限，可举例如-75～0℃，且优选为-60～-10℃，更优选为-50～-40℃。前述化学式(107)所示配糖体化合物及前述化学式(106)所示的醚的浓度也未特别受限，可适当予以设定。前述化学式(107)所示配糖体化合物与前述化学式(106)所示的醚的物质量比也未特别受限，例如可为化学计量混合比，也可为其它任意的比。另外，其它反应物质的使用量也未特别受限。前述化学式(107)所示配糖体化合物的摩尔数相对于前述化学式(106)所示的醚的摩尔数可举例如1～5倍，且优选为1～3倍，更优选为1～1.5倍。前述卤化剂的摩尔数相对于前述化学式(106)所示的醚的摩尔数可举例如1～3倍，且优选1～2倍，更优选为1～1.5倍。前述路易斯酸的摩尔数相对于前述化学式(106)所示的醚的摩尔数可举例如0.005～0.05倍，且优选为0.01～0.025倍，更优选为0.015倍。前述偶联反应的反应条件举例来说可如前所述，参照已知的配糖体化合物的亚酰胺合成等条件来予以适当设定，也可参考后述实施例2至5中任一者的条件来适当设定。
本发明的配糖体化合物的制造方法优选更含有：脱保护步骤，其为使前述原子团L2从前述化学式(1a)所示的配糖体化合物脱保护，以制造下述化学式(1b)所示的配糖体化合物。于此情况下，下述化学式(1b)所示配糖体化合物为前述化学式(1)中R1及R2为氢原子的配糖体化合物。
Figure BDA0000495504610000371
于前述化学式(1b)中，B、L1、n及[D1]与前述化学式(1)中的定义相同。
于前述脱保护步骤中，脱保护反应的条件并未特别受限，但举例来说可使用已知的脱保护剂。前述脱保护剂并未特别受限，但可举例如氟化氢吡啶、氟化氢三乙胺、氟化铵、氢氟酸、氟化四丁基铵等。前述脱保护反应的反应溶剂并未特别受限，但可举例如：丙酮等的酮类；二乙醚及THF(四氢呋喃)等的醚类；或者甲醇及乙醇等醇类；和乙腈等的腈类等。前述脱保护反应的反应时间并未特别受限，但可举例如30分钟～24小时，且以2～12小时为优选，更优选为2～4小时。前述脱保护反应的反应温度并未特别受限，但可举例如0～100℃，且以20～60℃为优选，更优选为20～50℃。前述化学式(1a)所示配糖体化合物及前述脱保护剂的浓度也未特别受限，可适当予以设定。前述化学式(1a)所示配糖体化合物与前述脱保护剂的物质量比也未特别受限，例如可为化学计量混合比，也可为其它任意的比。另外，其它反应物质的使用量也未特别受限。前述脱保护剂的摩尔数相对于前述化学式(1a)所示配糖体化合物的摩尔数可举例如0.1～20倍，且以0.2～10倍为优选，更优选为1～5倍。前述脱保护反应的反应条件举例来说可参考已知的配糖体中类似的脱保护反应等的条件来适当设定，也可参照后述实施例2至5中任一者的条件来适当设设定。
本发明的配糖体化合物的制造方法更优选包含：保护基团导入步骤，其为对前述化学式(1b)导入保护基团R1及R2，以制造下述化学式(1c)所示的配糖体化合物。此时，下述化学式(1c)所示的配糖体化合物为前述化学式(1)所示的配糖体化合物，但R1及R2为除氢原子、前述化学式(R1R2A)及(R1R2B)以外的基团的情况。
Figure BDA0000495504610000381
前述化学式(1c)中，R1及R2为前述化学式(1)中除氢原子、前述化学式(R1R2A)及(R1R2B)以外的R1及R2；B、L1、n及[D1]与前述化学式(1)中的定义相同。
前述保护基团导入步骤的反应条件未特别受限，举例来说也可参考已知的配糖体化合物的类似反应等来适当设定。前述保护基团导入步骤中，例如，前述R1及R2可同时(在同一步骤中)导入，也可在导入R1后再附加R2，尚可在导入R2后导入R1。举例来说，优选在导入R1后导入R2。保护基团R1及R2并未特别受限，但可举例如前所述。
保护基团R1的导入反应中，保护基团导入剂仅需依R1来适当选择即可。反应溶剂虽未特别受限，但可举例如吡啶等的极性溶剂、乙腈等的腈类、四氢呋喃等的醚类等。反应时间未特别受限，但可举例如30分钟～24小时，且优选为2～12小时，更优选为2～4小时。反应温度虽未特别受限，但可举例如0～100℃，且以10～60℃为佳，更优选为20～30℃。所用配糖体化合物及保护基团导入剂的浓度也未特别受限，可适当予以设定。前述配糖体化合物与前述保护基团导入剂的物质量比也未特别受限，举例来说可为化学计量混合比，也可为其它任意的比。另外，其它反应物质的使用量也未特别受限。前述保护基团导入剂的摩尔数相对于前述配糖体化合物的摩尔数举例来说为1～100倍，且以1～20倍为优选，更优选为1～5倍。保护基团R1的导入反应的反应条件举例来说可参考已知的配糖体化合物的类似反应的条件来适当设定，也可参照后述实施例2至5中任一者的条件来适当设定。
保护基团R2的导入反应中，保护基团导入剂仅需依R2适当选择即可。反应溶剂虽未特别限定，但可举例如乙腈等的腈类、四氢呋喃等醚类及二氯甲烷等卤化溶剂等。反应时间并未特别受限，但举例来说为30分钟～24小时，且优选1～12小时，更优选4～6小时。反应温度并未特别受限，但举例来说为-80～30℃，且优选为-70～0℃，更优选为-50～-40℃。所用配糖体化合物及保护基团导入剂的浓度也未特别受限，可适当设定。前述配糖体化合物与前述保护基团导入剂的物质量比也未特别受限，例如可为化学计量混合比，也可为其它任意的比。另外，其它反应物质的使用量也未特别受限。前述保护基团导入剂的摩尔数相对于前述配糖体化合物的摩尔数举例来说为1～20倍，且优选为1～5倍，更优选为1～1.5倍。保护基团R2的导入反应的反应条件举例来说可参考已知的配糖体化合物的类似反应条件来适当设定，也可参考如后述实施例2或3的条件来适当设定。
另外，前述各反应步骤中，反应生成物的纯化方法也未特别受限，可参考已知方法等来适当进行。
此外，本发明的配糖体化合物的制造方法中，前述化学式(106)所示的醚更优选以前述本发明的醚的制造方法来制造。另外，其中间产物的硫醚(103)更优选以前述本发明的第1或第2硫醚制造方法来制造。借此，可以更佳的收率制得本发明的配糖体化合物。
6.核酸制造方法
本发明的核酸制造方法如前所述，为含有下述化学式(I)所示结构的核酸的制造方法，其特征在于包含使本发明的配糖体化合物进行缩合反应的缩合步骤，且前述化学式(1)所示配糖体化合物为下述化学式(2)所示的配糖体化合物。
Figure BDA0000495504610000401
前述化学式(I)中，B与前述化学式(1)、(2)或(3)中的定义相同，R100为氢原子或羟基；
各B可相同也可相异，且各R100可相同也可相异；
m为正整数。
本发明的核酸制造方法的反应条件并未特别受限，举例来说可与一般的亚磷酰胺法等同样地进行。举例来说，本发明的核酸制造方法也可使用一般的核酸自动合成装置等来制造(合成)。即，前述化学式(2)所示本发明的配糖体化合物可用作自动核酸合成装置用的亚酰胺。本发明的核酸制造方法通过使用前述化学式(2)所示本发明的配糖体化合物而可高纯度且高收率地制造核酸。具体举例来说，也可在等同DNA合成程度的纯度下来合成RNA。其理由虽未明朗，但举例来说，可以想见的是，与TBDMS-亚酰胺、TOM-亚酰胺、ACE-亚酰胺等相较下缩合反应(偶联反应)时的位阻较少而导致缩合反应(偶联反应)效率提升等。此外，前述化学式(2)所示的本发明配糖体化合物也容易进行伴随缩合反应(偶联反应)的脱保护反应。
本发明的核酸制造方法中，举例来说，含有前述化学式(I)所示结构的核酸为下述化学式(II)所示的核酸：
前述化学式(II)中，B、R100及m与前述化学式(I)中的定义相同，各B可相同也可相异，且各R100可相同也可相异，Z为氢原子或磷酸基；并且
该制造方法也可含有下述步骤A1～A6。
[步骤A1]
使酸作用于下述化学式(201)所示配糖体化合物而使5’位的羟基脱保护，进而制造下述化学式(202)所示的配糖体化合物的步骤。
Figure BDA0000495504610000421
前述化学式(201)及(202)中，m及B与前述化学式(II)中的定义相同；
R1及R2c与前述化学式(2)中的定义相同；
各R200分别表示氢原子、酰氧基或下述化学式(203)所示取代基，且可相同也可相异；
T为氢原子、酰氧基或下述化学式(203)或(204)所示的取代基；
E为酰基或下述化学式(204)所示的取代基；
E及T中的至少之一为下述化学式(204)所示的取代基；
Figure BDA0000495504610000431
前述化学式(203)中，[D1]、L1及n与前述化学式(2)中的定义相同；
Figure BDA0000495504610000432
前述化学式(204)中，L3为连接子(linker)，[S]为固相载体；
Q为单键或下述化学式(205)所示的取代基；
Figure BDA0000495504610000433
前述化学式(205)中，R2c与前述化学式(2)中的定义相同。
前述化学式(201)及(202)中，E的前述酰基可举例如乙酰基、丙酰基、丁酰基、异丁酰基、苯甲酰基、4-甲氧基苯甲酰基、苯基乙酰基、苯氧乙酰基、4-叔丁基苯氧乙酰基、4-异丙基苯氧乙酰基等。T及R200的前述酰氧基中的酰基也相同。
前述化学式(204)中，前述L3(连接子)可举例如：从3-氨丙基、长链(longchain)烷氨(LCAA)基及2-(2-羟乙基磺酰基)乙醇中的任一者衍生而成的基团；以及琥珀酰基等。前述[S](固相载体)则可举例如：可控孔径玻璃(controlledpore glass；CPG)、草酰基化-可控孔径玻璃(参照Alul等,Nucleic AcidsResearch,Vol.19,1527(1991)等)、TentaGel支持体-氨基聚乙二醇衍生物化支持体(参照Wright等,Tetrahedron Letters,Vol.34,3373(1993)等)、多孔聚苯乙烯与二乙烯基苯的共聚物等。
前述化学式(201)及(202)中，T优选为前述化学式(203)所示的取代基，且E优选为下述化学式(204-1)或(204-2)所示的化合物。
Figure BDA0000495504610000441
前述化学式(204-1)及(204-2)中，LCAA及CPG与前述化学式(204)中的定义相同。前述化学式(204-2)中，[D2]与前述化学式(2)中的定义相同。
使用于本步骤A1的前述酸并未特别受限，但可举例如卤化羧酸等。前述卤化羧酸可举例如三氟乙酸、二氯乙酸和三氯乙酸等。举例来说，也可使前述酸溶解于适当的溶剂后再作使用。该溶液的浓度并未特别受限，但举例来说为1～5重量％。前述溶剂也未特别受限，但可举例如二氯甲烷等的卤化溶剂、乙腈等的腈类及水等，且可单独使用也可并用多种。本步骤A1的反应温度并未特别受限，但优选为20℃～50℃。反应时间也未特别受限，可视使用的酸种类及反应温度等而异，但可举例如1分钟～1小时。另外，前述酸的使用量(摩尔数)也未特别受限，但相对于前述配糖体化合物(201)中的糖(或碱)的摩尔数可举例如1～100倍，且优选1～10倍。
[步骤A2]
使核酸单体化合物在活化剂存在下与前述步骤A1中制得的配糖体化合物(202)进行缩合，以制造下述化学式(206)所示配糖体化合物的步骤。
Figure BDA0000495504610000451
前述化学式(206)中，B、E、m、R1、R200、T及R2c与前述化学式(201)中的定义相同，且各B、各R200以及各R2c分别可相同也可相异。
于本步骤A2中，前述“核酸单体化合物”可举例如前述化学式(2)所示本发明的配糖体化合物。虽然前述“核酸单体化合物”也可使用其它的配糖体化合物，但从反应效率、目的生成物的收率、目的生成物的纯度等观点来看，优选使用前述化学式(2)所示的配糖体化合物。此外，也可将前述化学式(2)所示的配糖体化合物与其它配糖体化合物一起使用。前述“其它配糖体化合物”可举例如前述化学式(2)中将R3改成H(氢原子)或OH(羟基)的配糖体化合物。在本发明的核酸制造方法中，最低限度是使用1分子以上的前述化学式(2)所示本发明的配糖体化合物来制造核酸。此外，如后所述，也可将步骤A1～A4重复施行适当次数以使本步骤A2中的缩合反应重复多次。可借此使目的核酸(配糖体化合物(I)或(II))的链长成为所需(预定)链长。本发明的核酸制造方法中，优选使前述化学式(2)所示本发明的配糖体化合物进行多分子聚合(缩聚)。借此，举例来说，可进行RNA(即前述化学式(I)或(II)中，R100全为羟基的核酸)的合成(制造)。可选地，为了合成DNA(前述化学式(I)或(II)中，R100全为羟基的核酸)，举例来说，也可使前述化学式(2)所示本发明的配糖体化合物进行多分子聚合(缩聚)，再从所合成出的RNA利用逆转录来进行DNA合成。为了合成出前述化学式(I)或(II)中含有为氢的R100及为羟基的R100的核酸，举例来说，也可使前述化学式(2)所示的配糖体化合物与前述化学式(2)中将R3改成H(氢原子)的配糖体化合物进行缩合反应。
于本步骤A2中，前述活化剂并未特别受限，举例来说可与已知核酸合成所用的活化剂相同。前述活化剂可举例如1H-四唑、5-乙基硫代四唑、4,5-二氯咪唑、4,5-二氰基咪唑、苯并三唑三氟甲磺酸盐(benzotriazole triflate)、咪唑三氟甲磺酸盐、三氟甲磺酸吡啶鎓盐(pyridinium triflate)、N,N-二异丙基乙基胺和2,4,6-可力丁/N-甲基咪唑等。
本步骤A2中，反应溶剂并未特别受限，但可举例如：乙腈等的腈类、四氢呋喃、二噁烷等的醚类等。所述溶剂可单独使用也可并用多种。反应温度也未特别受限，但优选为20℃～50℃。另外，反应时间也未特别受限，可视使用的活化剂种类、反应温度等而异，但可举例如1分钟～1小时。前述核酸单体化合物的使用量(摩尔数)并未特别受限，但相对于前述配糖体化合物(202)中的糖(或碱)的摩尔数，可举例如1～100倍，且优选为1～10倍。前述活化剂的使用量也相同。
[步骤A3]
将前述步骤A2中未反应的前述配糖体化合物(202)的5’位羟基加帽(capping)的步骤。
Figure BDA0000495504610000471
前述化学式(207)中，R300为甲基或苯氧甲基；
B、E、m、R200、T及R2c与前述化学式(5)中的定义相同。
在本步骤A3中，使加帽剂对前述步骤A2结束时未反应的5’位羟基反应而予以保护。前述加帽剂并未特别受限，但可举例如乙酸酐、苯氧乙酸酐等。举例来说，前述加帽剂也可制成溶液使用。前述溶液的溶剂并未特别受限，但可举例如吡啶、二氯甲烷、乙腈、四氢呋喃及它们的混合溶剂等。前述溶液的浓度也未特别受限，但可举例如0.05～1M。此外，在本步骤A3中，举例来说也可并用4-二甲氨基吡啶、N-甲基咪唑等的适当的反应促进剂。反应温度虽未特别受限，但以20℃～50℃为优选。另外，反应时间并未特别受限，可视使用的加帽剂的种类及反应温度等而异，但可举例如1～30分钟。前述加帽剂的使用量(摩尔数)未特别受限，但相对于前述配糖体化合物(202)中的糖(或碱)的摩尔数，可举例如1～100倍，且优选为1～10倍。前述活化剂的使用量也相同。前述反应促进剂的使用量也相同。
[步骤A4]
使氧化剂作用于前述步骤A2中制造的配糖体化合物(206)，而使前述化学式(206)中的亚磷酸基转换成磷酸基的步骤。
Figure BDA0000495504610000491
前述化学式(208)中，B、E、m、R1、R200、T、及R2c与前述化学式(206)中的定义相同。
本步骤A4中的前述氧化剂并未特别受限，可举例如碘、过氧化物(例如叔丁基过氧化氢)等。前述氧化剂也可制成溶液使用。前述溶液的溶剂并未特别受限，可举例如吡啶、四氢呋喃、水、乙酸、二氯甲烷及它们的混合溶剂等。举例来说，前述溶液可使用：使碘溶解于水、吡啶及四氢呋喃的混合溶剂而成的溶液；使碘溶解于吡啶与乙酸的混合溶剂而成的溶液；使过氧化物溶解于二氯甲烷而成的溶液等。前述溶剂的浓度也未特别受限，举例来说为0.05～2M。反应温度未特别受限，但优选为20℃～50℃。另外，反应时间未特别受限，可视使用的氧化剂种类、反应温度等而异，举例来说为1～30分钟。前述氧化剂的使用量(摩尔数)虽未特别受限，但相对于前述配糖体化合物(206)中的糖(或碱)的摩尔数，可举例如1～100倍，且优选为1～10倍。
在本步骤A4后且在进行后续步骤A5前，也可回到步骤A1。通过如此重复进行适当次数的步骤A1～A4，可使目的核酸(配糖体化合物(208))的链长成为所需(预定)链长。
[步骤A5]
从前述固相载体切出前述步骤A4制得的配糖体化合物(208)，使各核酸碱基部位及各2’位羟基脱保护的步骤。
Figure BDA0000495504610000511
前述化学式(209)中，B、m、R1及R200与前述化学式(208)中的定义相同；
R100及Z与前述化学式(II)中的定义相同。
本步骤A5中，可对载有前述核酸(208)的固相载体添加切出剂，来进行将前述配糖体化合物(208)(即预定链长的核酸)从固相载体切出的步骤(切出步骤)。前述切出剂并未特别受限，但可举例如浓氨水及甲基胺等，且可单独使用也可并用2种以上。举例来说，也可使前述切出剂通过溶解于溶剂来使用。前述溶剂并未特别受限，但可举例如水、甲醇、乙醇、异丙醇、乙腈、四氢呋喃或它们的混合溶剂等，且特别优选乙醇。前述溶液的浓度也未特别受限，举例来说，可制成使前述溶液中的氢氧化铵浓度为20～30重量。前述氢氧化铵的浓度优选为25～30重量％，更优选为28～30重量％。前述切出剂的使用量(摩尔数)并未特别受限，但相对于前述配糖体化合物(208)中的糖(或碱)的摩尔数，可举例如1～100倍，且优选为1～10倍。前述活化剂的使用量也相同。前述切出步骤的反应温度并未特别受限，举例来说为15℃～75℃，且优选为15℃～50℃，较优选为15℃～30℃，更优选为18℃～25℃，且以20℃～25℃尤佳。反应时间未特别受限，可视使用的氧化剂种类及反应温度等而异，举例来说为1～24小时。
本步骤A5的前述2’位羟基的脱保护步骤中，脱保护剂并未特别受限，但可举例如卤化四烷基铵，更具体则可举例如氟化四丁基铵。前述脱保护步骤中使用的溶剂并未特别限定，可举例如四氢呋喃、N-甲基吡咯烷酮、N,N-二甲基甲酰胺、二甲亚砜及它们的混合溶剂等。此外，举例来说，前述脱保护步骤中所产生的丙烯腈等的副生成物也可借烷基胺、硫醇或它们的混合物来捕捉。前述烷基胺可举例如具有碳数1～10的直链状烷基的烷基胺。前述硫醇可举例如具有碳数1～10的直链状烷基的烷基硫醇。前述脱保护步骤的反应时间及反应温度并未特别受限，但优选分别为30分钟～50小时及10～70℃。前述脱保护剂的使用量相对于前述配糖体化合物(202)中的糖(或碱)的摩尔数，举例来说为10～1000倍，且优选为50～200倍。前述捕捉剂的使用量也相同。另外，从前述脱保护步骤的反应混合物中分离纯化出目的生成物的配糖体化合物(209)的方法并未特别限定，可使用常规的纯化方法。前述纯化方法可举例如过滤、洗脱、浓缩、中和、离心、层析法(硅胶柱、薄层、逆相ODS、离子交换、凝胶过滤)、渗析及超滤等，且可单独使用也可并用多种。
[步骤A6]
将前述步骤A5所制得的化合物(209)中的5’位羟基的保护基团予以去除的步骤。
Figure BDA0000495504610000531
本步骤A6所使用的前述酸并未特别受限，但可举例如卤化羧酸和羧酸等。前述卤化羧酸或羧酸可举例如三氟乙酸、二氯乙酸、三氯乙酸及乙酸等。举例来说，也可使前述酸溶解于适当的溶剂后使用。该溶液的浓度虽未特别受限，但可举例如10～70重量％。前述溶剂也未特别受限，可举例如二氯甲烷、乙腈、氯仿、乙醇、水、pH2～5的缓冲液及它们的混合溶剂等。前述缓冲液可举例如乙酸缓冲液。本步骤A6的反应温度未特别受限，但优选10℃～60℃。反应时间也未特别受限，可视使用的酸种类及反应温度等而异，举例来说为1分钟～30分钟。前述酸的使用量(摩尔数)未特别受限，相对于前述配糖体化合物(209)中的糖(或碱)的摩尔数，举例来说为1～200倍，且优选为1～20倍。
另也可依需要而使为前述步骤A6的目的生成物的前述化合物(II)进行分离纯化。举例来说，“分离”包括单离(isolation)。分离纯化方法并未特别受限，可举例如抽提、浓缩、中和、过滤、离心、逆相柱层析法、离子交换柱层析法、凝胶过滤柱层析法、高效液相层析法、渗析、超滤等，可单独使用也可并用多种。
本步骤A5与前述步骤A6的顺序也可前后调换。即，可在前述步骤A4后，使前述步骤A6先于前述步骤A5进行，之后再进行前述步骤A5。
本发明的核酸制造方法所制造的核酸的用途并未特别受限，举例来说，可用于与已知核酸相同的用途。由于前述核酸可通过本发明的核酸制造方法来低成本且高纯度地制造，因此其用途甚为广泛，举例来说，适于医药品制造等的用途。
以下通过实施例等来详细说明本发明，但本发明并不受它们的局限。
[实施例]
[实施例1：EMM化试剂(1004)的合成]
依照下述流程E1，合成出EMM化试剂(1004)。“EMM”为“氰基乙氧基甲氧基甲基(cyanoethoxymethoxy methyl)”的略称(以下相同)。
Figure BDA0000495504610000551
[[1]双(氯甲基)醚(1002)的合成]
于-5～0℃下将低聚甲醛(1001)(100g,3.33mol)与浓盐酸(70mL,0.83mol)的混合物搅拌30分钟。耗费4小时将氯磺酸(190mL,2.86mol)滴入该反应混合物。更于-5～0℃下将其搅拌3小时后，进一步于室温下搅拌过夜。使用分液漏斗(partitioning funnel)分离该反应混合液的上层，再以冰水洗净。将洗净后的反应混合液加入装有冰的三角烧瓶，于冰浴中冷却。一边激烈搅拌该溶液，一边缓缓加入40％氢氧化钠水溶液至水层呈强碱(pH11)。以分液漏斗分离所得的生成物，于冰浴中加入碳酸钾与氢氧化钾并将其干燥。以过滤去除干燥剂，制得无色油状物的目的化合物(1002)(158g,收率83％)。此外，该合成中的操作参考了Saul R.Buc,Org.Synth.,Coll.Vol.4,p.101(1963)；Vol.36,p.1(1956)。以下显示化合物(1002)的机器分析值。
化合物(1002)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：5.55(4H,s).
[[2]双(甲基硫代甲基)醚(1003)的合成]
将甲基硫代钠·4.5水合物(330g,2.17mol)加入双(氯甲基)醚(1002)(50g,0.43mol)的丙酮(720mL)溶液中，于室温下激烈搅拌1小时。以硅藻土过滤反应溶液后减压浓缩滤液。添加二氯甲烷，该混合物以饱和碳酸氢钠水溶液洗净3次，再以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠干燥有机层，再减压浓缩。减压蒸馏(70～84℃,20～22mmHg(2.7～2.9kPa))粗生成物，制得无色油状物的目的化合物(1003)(43.7g,收率74％)。该合成方法为将Eur.Pat.Appl.(1994),EP604910A1所记载的合成方法进一步改良而使目的化合物的收率(前述文献中记载收率为48％)更为提高的合成方法。以下显示化合物(1003)的机器分析值。
化合物(1003)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：4.77(4H,s),2.16(6H,s).
[[3]EMM化试剂(1004)的合成]
使双(甲基硫代甲基)醚(1003)(10.0g,72mmol)于氩气环境下溶解于四氢呋喃(100mL)中。于该溶液中加入氰基乙醇(2.6g,36mmol)及10g的分子筛4A，搅拌10分钟。对该混合物进一步添加N-碘琥珀酰亚胺(9.8g,43mmol)并使其溶解，冷却至0℃。冷却后，添加三氟甲磺酸银(0.28g,1.1mmol)并搅拌1小时。搅拌后添加乙酸乙酯，依序以饱和硫代硫酸钠水溶液、饱和碳酸氢钠水溶液及饱和氯化钠水溶液洗净该混合物。之后分离有机层，以无水硫酸钠干燥后，减压浓缩。以二氧化硅凝胶柱层析法(己烷：乙酸乙酯＝4:1)纯化其粗生成物，获得无色油状物的目的化合物(1004)(3.4g,收率58％)。以下显示化合物(1004)的机器分析值。
化合物(1004)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：4.86(2H,s),4.73(2H,s),3.80(2H,t,J＝6.3Hz),2.64(2H,t,J＝6.3Hz),2.18(3H,s).
GC-MS(EI+)：m/z161[M]+、84[CH2O(CH2)2CN]+、61[CH3SCH2]+、54[(CH2)2CN]+
[实施例2：尿苷EMM-亚酰胺(1009)的合成]
依照下述流程E2，合成出尿苷EMM-亚酰胺(1009)。
Figure BDA0000495504610000571
[[1]3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1006)的合成]
于氩气环境下，使3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)尿苷(1005)(0.50g,1.0mmol)溶解于四氢呋喃(5mL)后，更添加EMM化试剂(1004)(0.26g,1.6mmol)搅拌。使其冷却至-45℃后，添加三氟甲磺酸(0.24g,1.6mmol)搅拌10分钟。搅拌后，添加N-碘琥珀酰亚胺(0.36g,1.6mmol)，更搅拌5小时。反应结束后添加三乙胺并猝灭反应。更添加乙酸乙酯，该混合物以饱和硫代硫酸钠水溶液洗净2次，接着以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠干燥其有机层后，减压浓缩。对残渣添加乙酸乙酯，以饱和硫代硫酸钠水溶液、饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠干燥其有机层后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(乙酸乙酯：己烷＝1:1)纯化所得粗生成物，制得目的化合物(1006)(0.51g,收率83％)。以下显示化合物(1006)的机器分析值。
化合物(1006)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.41(1H,s),7.90(1H,d,J＝7.8Hz),5.72(1H,s),5.67(1H,d,J＝8.3Hz),5.15-5.08(2H,m),4.98(1H,d,J＝6.8Hz),4.84(1H,d,J＝4.4Hz),4.26-4.11(4H,m),4.04-3.97(2H,m),3.90-3.78(1H,m),2.70-2.65(2H,m),1.11-0.94(28H,m).
[[2]2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1007)的合成]
使3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1006)(3.8g,6.3mmol)溶解于四氢呋喃(15mL)后，更添加氟化氢吡啶(1.6g,16mmol)，于室温下搅拌过夜。滤取所得沉淀物，减压干燥而获得1.6g的前述沉淀物。另一方面，对残余的滤液添加甲苯，倾析并去除上清液。对去除上清液后的液体添加二异丙基醚，倾析并去除上清液，反复此操作直至获得结晶。接着滤取所得沉淀物(结晶)，减压干燥而获得0.5g的前述沉淀物(结晶)。将前述各沉淀物合计而获得目的化合物(1007)(2.1g,收率92％)。以下显示化合物(1007)的机器分析值。
化合物(1007)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：10.23(1H,br.s),7.90(1H,d,J＝7.8Hz),5.84(1H,d,J＝2.9Hz),5.59(1H,d,J＝8.3Hz),5.09(1H,d,J＝7.0Hz),4.98(1H,d,J＝6.7Hz),4.87(2H,s),4.25-4.22(3H,m),3.99(1H,s),3.83-3.69(5H,m),2.70-2.61(2H,m).
[[3]5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1008)的合成]
以吡啶共沸蒸馏2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1007)(2.1g,6.0mmol)，再以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。之后，添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯(2.6g,7.2mmol)和吡啶(10mL)，搅拌2小时。搅拌后，添加二氯甲烷，该混合物以饱和碳酸氢钠水溶液洗净2次，接着以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠干燥该有机层后，减压浓缩。再以硅胶柱层析法(丙酮:己烷＝3:7，含0.05％吡啶→二氯甲烷：甲醇＝9:1，含0.05％吡啶)纯化所得粗生成物，获得目的化合物(1008)(3.8g,收率96％)。以下显示化合物(1008)的机器分析值。
化合物(1008)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.62(1H,br.s),7.99(1H,d,J＝7.8Hz),7.40-7.25(9H,m),6.90-6.84(4H,m),5.96(1H,d,J＝2.0Hz),5.28(1H,d,J＝8.3Hz),5.18(1H,d,J＝6.8Hz),5.03(1H,d,J＝7.3Hz),4.87(2H,d,J＝7.3Hz),4.48(1H,q,J＝5.4Hz),4.29(1H,dd,J＝5.1,2.2Hz),4.11-4.07(1H,m),3.87(2H,t,J＝6.0Hz),3.84(6H,s),3.55(2H,dd,J＝9.0,2.2Hz),2.76(1H,d,J＝7.8Hz),2.65(2H,t,J＝6.6Hz).
[[4]5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二异丙基亚磷酰胺)(1009)的合成]
以吡啶共沸蒸馏5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1008)(3.7g,5.6mmol)，并以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。更于氩气环境下添加四唑二异丙基铵(diisopropylammonium tetrazolide)(1.2g,6.8mmol)与乙腈(10mL)。对该反应溶液添加已溶解于乙腈(20mL)的2-氰基乙基-N,N,N’,N’-四异丙基亚磷酰二胺(2.0g,6.8mmol)，于45℃下搅拌2小时。更添加二氯甲烷，该混合物以饱和碳酸氢钠水溶液、饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠使经洗净的有机层干燥后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(丙酮：己烷＝1:1，含0.05％吡啶)纯化所得粗生成物，获得目的化合物(1009)(4.3g,收率89％)。以下显示化合物(1009)的机器分析值。
化合物(1009)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：153.5,151.9.
MS(FAB+)：m/z882[M+Na]+
[实施例3：胞苷EMM-亚酰胺(1014)的合成]
依照下述流程E3，合成出胞苷EMM-亚酰胺(1014)。
Figure BDA0000495504610000601
[[1]N4-乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1011)的合成]
以甲苯共沸蒸馏N4-乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)胞苷(1010)(3.0g,5.7mmol)，再以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。使如此获得的混合物于氩气环境下溶解于四氢呋喃(30mL)，添加EMM化试剂(1004)(2.8g,18mmol)并搅拌。使其混合液冷却至-45℃后，添加三氟甲磺酸(1.3g,8.8mmol)并搅拌10分钟。更添加N-碘琥珀酰亚胺(2.0g,9.0mmol)搅拌5小时。反应结束后，添加三乙胺并猝灭反应。更添加乙酸乙酯，该混合物以饱和硫代硫酸钠水溶液洗净2次，再以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠使经洗净的有机层干燥后，减压浓缩。对所得残渣添加乙酸乙酯后，各以饱和硫代硫酸钠水溶液、饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠使经洗净的有机层干燥后，减压浓缩而获得目的化合物(1011)(5.3g,粗生成物)。以下显示化合物(1011)的机器分析值。
化合物(1011)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：9.17(1H,s),8.30(1H,d,J＝7.2Hz),7.41(1H,d,J＝7.8Hz),5.79(1H,s),5.18(1H,d,J＝6.8Hz),5.03(d,1H,J＝7.4Hz),4.29(1H,d,J＝13.7Hz),4.23-4.10(5H,m),4.03-3.96(2H,m),3.87-3.75(1H,m),2.76-2.65(2H,m),2.24(3H,s),1.11-0.89(28H,m).
[[2]N4-乙酰基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1012)的合成]
使N4-乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1011)(5.2g,8.1mmol)于氩气环境下溶解于四氢呋喃(30mL)。对其溶液添加三乙胺三氟化氢(1.6g,9.7mmol)，于45℃下搅拌1小时。搅拌后放冷至室温，滤取析出的沉淀物。以四氢呋喃将其洗净后予以减压干燥，制得目的化合物(1012)(1.5g,收率68％)。以下显示化合物(1012)的机器分析值。
化合物(1012)：
1H-NMR(400MHz,D2O)δ：8.24(1H,d,J＝7.3Hz),7.24(1H,d,J＝7.8Hz),5.92(1H,d,J＝2.4Hz),5.02(1H,d,J＝6.8Hz),4.89(1H,d,J＝6.8Hz),4.79-4.74(2H,m),4.29(1H,dd,J＝4.9,2.9Hz),4.17(1H,t,J＝6.3Hz),4.09-4.05(1.0H,m),3.90-3.85(1H,m),3.77-3.70(3H,m),2.67(2H,t,J＝6.1Hz),2.12(3H,s).
[[3]N4-乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1013)的合成]
以吡啶共沸蒸馏N4-乙酰基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1012)(0.70g,1.8mmol)，并以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。更添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯(0.91g,2.7mmol)及吡啶(10mL)，搅拌4小时。反应结束后，添加甲醇并减压浓缩后，对残渣添加二氯甲烷。使其以饱和碳酸氢钠水溶液洗净2次及以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠使洗净的有机层干燥后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(乙酸乙酯：丙酮：己烷＝1:1:1，含0.05％吡啶→1:1:0，含0.05％吡啶)纯化所得粗生成物，而制得目的化合物(1013)(1.1g,收率87％)。以下显示化合物(1013)的机器分析值。
化合物(1013)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.61(1H,br.s),8.49(1H,d,J＝7.8Hz),7.42-7.26(9H,m),7.09(1H,d,J＝7.3Hz),6.88-6.86(4H,m),5.94(1H,s),5.35(1H,d,J＝6.8Hz),5.11(1H,d,J＝6.8Hz),4.92(1H,d,J＝7.3Hz),4.87(1H,d,J＝7.3Hz),4.49-4.40(1H,m),4.29(1H,d,J＝4.9Hz),4.15-4.08(1H,m),3.86(t,2H,J＝6.2Hz),3.82(s,6H),3.63(dd,1H,J＝10.6,2.6Hz),3.55(dd,1H,J＝10.6,2.6Hz),2.64(2H,t,J＝6.3Hz),2.56(d,1H,J＝8.8Hz),2.21(3H,s).
[[4]N4-乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二异丙基亚磷酰胺)(1014)的合成]
以乙腈共沸蒸馏N4-乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1013)(1.0g,1.4mmol)，并以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。更于氩气环境下添加四唑二异丙基铵(0.27g,1.6mmol)与乙腈(4mL)。对该反应溶液添加已溶解于乙腈(1.5mL)的2-氰基乙基-N,N,N’,N’-四异丙基亚磷酰二胺(0.63g,2.1mmol)，并于45℃下搅拌3小时。搅拌后添加二氯甲烷，该混合物以饱和碳酸氢钠水溶液、饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠使已洗净的有机层干燥后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(丙酮：己烷：乙酸异丙酯＝1:2:1，含0.1％三乙胺→丙酮：己烷：乙酸乙酯＝1:1:1，含0.1％三乙胺)纯化所得粗生成物，制得目的化合物(1014)(0.9g,收率71％)。以下显示化合物(1014)的机器分析值。
化合物(1014)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：153.6,151.5.
MS(FAB+)：m/z923[M+Na]+
[实施例4：腺苷EMM-亚酰胺(1019)的合成]
依照下述流程E4，合成出腺苷EMM-亚酰胺(1019)。
Figure BDA0000495504610000631
[[1]N6-乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1016)的合成]
对N6-乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)腺苷(1015)(3.0g,5.4mmol)添加甲苯，再以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次，利用共沸蒸馏去除水分。使如此获得的混合物于氩气环境下溶解于四氢呋喃(30mL)，添加EMM化试剂(1004)(2.6g,16mmol)并搅拌。使其冷却至-45℃后，添加三氟甲磺酸(2.4g,16mmol)并搅拌10分钟。搅拌后，添加N-碘琥珀酰亚胺(3.7g,16mmol)，搅拌5小时。反应结束后，添加三乙胺并猝灭反应。更添加乙酸乙酯，该混合物以饱和硫代硫酸钠水溶液、饱和碳酸氢钠水溶液各洗净2次，接着以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠干燥其有机层后，减压浓缩。对残渣添加乙酸乙酯，该混合物再以饱和硫代硫酸钠水溶液及饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠干燥其有机层后，减压浓缩而获得目的化合物(1016)(8.6g,粗生成物)。以下显示化合物(1016)的机器分析值。
[0149]化合物(1016)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.68(1H,s),8.66(1H,s),8.33(1H,s),6.12(1H,s),5.08(1H,d,J＝7.0Hz),4.91-4.80(3H,m),4.67(1H,d,J＝7.8Hz),4.52(1H,d,J＝4.3Hz),4.25(1H,d,J＝13.0Hz),4.17(1H,d,J＝9.4Hz),4.09-4.02(2H,m),3.89-3.80(1H,m),2.67(2H,m),2.63(3H,s),1.11-0.98(28H,m).
[[2]N6-乙酰基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1017)的合成]
使N6-乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1016)(8.2g,13mmol)于氩气环境下溶解于四氢呋喃(40mL)。对该溶液添加三乙胺三氟化氢(2.4g,15mmol)，于45℃下搅拌2小时。将其放冷至室温，滤取析出的沉淀物。以四氢呋喃洗净该沉淀物后，减压干燥，仅由初晶(primary crystal)取得目的化合物(1017)(1.2g,收率52％)。以下显示化合物(1017)的机器分析值。
化合物(1017)：
1H-NMR(400MHz,DMSO-d6)δ：10.71(1H,s),8.71(1H,s),8.66(1H,s),6.17(1H,d,J＝5.8Hz),5.41(1H,d,J＝5.4Hz),5.20(2H,m),4.80-4.73(3H,m),4.65-4.60(2H,m),4.37-4.33(1H,m),4.00-4.01(1H,m),3.73-3.64(1H,m),3.61-3.51(2H,m),2.79-2.64(2H,m),2.22(3H,s).
[[3]N6-乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1018)的合成]
以吡啶共沸蒸馏N6-乙酰基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1017)(1.0g,2.4mmol)，并以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。之后，添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯(0.96g,2.8mmol)及吡啶(10mL)，搅拌3小时。反应结束后，添加甲醇并减压浓缩，对残渣添加二氯甲烷。将所得溶液以饱和碳酸氢钠水溶液洗净2次，再以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠干燥其有机层后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(丙酮：己烷：乙酸乙酯＝1:2:2，含0.05％吡啶→1:1:1，含0.05％吡啶)纯化所得粗生成物，获得目的化合物(1018)(1.3g,收率76％)。以下显示化合物(1018)的机器分析值。
化合物(1018)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.62-8.58(2H,m),8.17(1H,s),7.46-7.39(2H,m),7.37-7.20(7H,m),6.87-6.79(4H,m),6.20(1H,d,J＝4.9Hz),5.03-4.75(3H,m),4.52(1H,s),4.30-4.23(1H,m),4.12(2H,d,J＝7.3Hz),3.79(6H,s),3.79-3.69(2H,m),3.52-3.44(2H,m),2.61(3H,s),2.58(1H,d,J＝5.5Hz),2.51(2H,t,J＝5.9Hz).
[[4]N6-乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二异丙基亚磷酰胺)(1019)的合成]
以吡啶共沸蒸馏N6-乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1018)(1.0g,1.4mmol)，并以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。更于氩气环境下添加四唑二异丙基铵(0.31g,1.8mmol)与乙腈(3mL)。于该反应溶液中加入已溶解于乙腈(1mL)的2-氰基乙基-N,N,N’,N’-四异丙基亚磷酰二胺(0.54g,1.8mmol)，于40℃下搅拌4小时。更添加二氯甲烷，以饱和碳酸氢钠水溶液、饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠使已洗净的有机层干燥后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(丙酮：己烷：乙酸乙酯＝2:2:1，含0.1％三乙胺)纯化所得粗生成物，获得目的化合物(1019)(1.1g,收率73％)。以下显示化合物(1019)的机器分析值。
化合物(1019)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：152.7,152.6.
MS(FAB+)：m/z947[M+Na]+、925[M+H]+
[实施例5：鸟苷EMM-亚酰胺(1024)的合成]
依照下述流程E5，合成出鸟苷EMM-亚酰胺(1024)。
Figure BDA0000495504610000661
[[1]N2-苯氧乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷(1021)的合成]
使N2-苯氧乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)鸟苷(1020)(3.5g,5.3mmol)溶解于四氢呋喃，添加甲苯后以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次，利用共沸蒸馏去除水分。使如此获得的混合物于氩气环境下溶解于四氢呋喃(30mL)，添加EMM化试剂(1004)(2.6g,16mmol)并搅拌。使其冷却到-45℃后，添加三氟甲磺酸(2.4g,16mmol)，搅拌10分钟。之后，添加N-碘琥珀酰亚胺(3.6g,16mmol)，更搅拌5小时。反应结束后，添加三乙胺并猝灭反应。接着，添加乙酸乙酯，以饱和硫代硫酸钠水溶液、饱和碳酸氢钠水溶液各洗净2次，接着以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠使已洗净的有机层干燥后，减压浓缩。对所得残渣添加乙酸乙酯，以饱和硫代硫酸钠水溶液及饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠干燥该有机层后，减压浓缩而获得目的化合物(1021)(8.2g,粗生成物)。以下显示化合物(1021)的机器分析值。
化合物(1021)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：11.79(1H,s),9.11(1H,s),8.04(1H,s),7.41-7.34(2H,m),7.13-6.97(3H,m),5.94(1H,s),5.08,4.97(2H,2d,J＝7.2Hz),4.87-4.67(2H,m),4.51-4.46(1H,dd,J＝9.3,4.9Hz),4.33-4.24(2H,m),4.15(1H,d,J＝9.3Hz),4.02(1H,dd,J＝13.2,2.4Hz),3.77-3.71(2H,m),2.76-2.53(2H,m),1.11-0.94(28H,m).
[[2]N2-苯氧乙酰基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷(1022)的合成]
使N2-苯氧乙酰基-3’,5’-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷(1021)(8.0g,10mmol)于氩气环境下溶解于四氢呋喃(40mL)。添加三乙胺三氟化氢(2.0g,12mmol)，于35℃下搅拌2小时。对滤液添加甲苯并进行倾析。接着添加二乙醚并进行倾析。反复该操作直至获得结晶。滤取沉淀物并减压干燥，仅从初晶取得目的化合物(1022)(0.90g,收率38％)。以下显示化合物(1022)的机器分析值。
化合物(1022)：
1H-NMR(400MHz,DMSO-d6)δ：11.78(2H,br.s),8.32(1H,s),7.41-7.31(2H,m),7.07-6.98(3H,m),6.00(1H,d,J＝5.8Hz),5.37(1H,s),5.18(1H,s),4.88(2H,s),4.85-4.78(2H,m),4.72-4.59(3H,m),4.34(1H,m),4.00(1H,m),3.75-3.56(3H,m),2.79-2.69(2H,m).
[[3]N2-苯氧乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷(1023)的合成]
以吡啶共沸蒸馏N2-苯氧乙酰基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷(1022)(0.70g,1.3mmol)，以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。使如此所得的混合物在氩气环境下溶解于吡啶(7mL)与四氢呋喃(7mL)，添加分子筛4A并搅拌10分钟。之后，添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯(0.54g,1.6mmol)，更搅拌4小时。反应结束后，添加二氯甲烷，以饱和碳酸氢钠水溶液洗净2次，再以饱和氯化钠水溶液洗净1次。以无水硫酸钠使经洗净的有机层干燥后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(二氯甲烷：乙腈：甲醇＝300:100:8，含0.05％吡啶)纯化所得粗生成物，制得目的化合物(1023)(0.80g,收率73％)。以下显示化合物(1023)的机器分析值。
化合物(1023)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：11.82(1H,s),8.63(1H,s),7.84(1H,s),7.43-7.21(9H,m),6.86-6.82(4H,m),6.06(1H,d,J＝5.9Hz),4.95(1H,t,J＝5.7Hz),4.78(2H,m),4.67-4.63(2H,m),4.50-4.45(1H,m),4.30-4.26(1H,m),3.81(6H,s),3.79-3.67(2H,m),3.44(2H,dd,J＝10.6,3.7Hz),2.91(1H,s),2.64-2.56(2H,m),1.66(3H,s).
[[4]5N2-苯氧乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二异丙基亚磷酰胺)(1024)的合成]
以吡啶共沸蒸馏N2-苯氧基乙酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鸟苷(1023)(0.70g,0.84mmol)，并以真空泵馏除溶剂。进行该操作3次。于氩气环境下，对如此所得的混合物添加四唑二异丙基铵(0.16g,0.92mmol)与乙腈(2mL)。于其反应溶液中加入已溶解于乙腈(1mL)的2-氰基乙基-N,N,N’,N’-四异丙基亚磷酰二胺(0.51g,1.7mmol)，并于40℃下搅拌5小时。搅拌后，添加二氯甲烷，以饱和碳酸氢钠水溶液、饱和氯化钠水溶液各洗净1次。以无水硫酸钠使经洗净的有机层干燥后，减压浓缩。以硅胶柱层析法(乙酸乙酯：乙腈＝40：1，含0.1％三乙胺)纯化所得粗生成物，获得目的化合物(1024)(0.56g,收率65％)。以下显示化合物(1024)的机器分析值。
化合物(1024)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：152.7,152.6.
MS(FAB+)：m/z1055[M+Na]+、1033[M+H]+
[实施例6：使用尿苷EMM-亚酰胺(1009)合成尿苷40-链节(mer)(U40mer)]
使用实施例2合成的尿苷EMM-亚酰胺(1009)及核酸自动合成机(Expedite8909DNA/RNA合成仪：Applied Biosystems社的商品名)，合成出下述序列编号1的序列所示的尿苷40链节。
5’-UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU-3’(序列编号1)
本实施例的尿苷40-链节合成过程中，固相载体使用已借连接子键合有2’-O-叔丁基二甲基甲硅烷基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)尿苷的CPG固相载体。再者，核酸单体化合物使用5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二异丙基亚磷酰胺)即尿苷EMM-亚酰胺(1009)，缩合剂使用5-苄基巯基-1H-四唑，氧化剂使用碘溶液，加帽溶液则使用苯氧基乙酸溶液与N-甲基咪唑溶液。在此条件下，使前述核酸单体化合物缩合39次后，在固相上使5’端的羟基脱保护，使用浓氨水-乙醇混合液(3：1)，于40℃下耗费4小时从CPG固相载体切出及使各磷酸部位脱保护。使如此制得的反应混合物减压下浓缩后，于30℃下在含有0.67％硝基甲烷的1M氟化四丁基铵的DMSO溶液中使其反应4小时，使2’位羟基脱保护。对如此制得的溶液添加乙醇，使其发生沉淀，使该沉淀溶解于注射用水，即获得含目的化合物(尿苷40-链节)的水溶液。
将上述获得的尿苷40-链节的HPLC分析结果示于图1。如图所示，由于获得了几乎单一的尖峰，暗示了已获得高纯度的目的40-链节。基于图1的峰强度所算出的尿苷40-链节的纯度如图所示，为74.64％(质量比)。此外，将利用HPLC将主峰部分分离纯化后再次以HPLC进行分析的结果示于图2。如图所示，由于不纯物的峰强度较图1更为减低，暗示了目的的40-链节纯度变得更高。基于图2的峰强度所算出的尿苷40链节的纯度如图所示，为99.61％(质量比)。此外，将该反应混合物的质谱分析结果(质谱图)显示于图3。如图所示，观测到分子量12184.52的分子离子峰。由于该分子量与目的的尿苷40-链节(U40mer)的分子量计算值12184.66显示出良好的一致性，而确认获得了目的的尿苷40-链节(U40mer)。
另外，尿苷40-链节(U40mer)的HPLC分析使用株式会社岛津制作所的机器(HPLC系统)来测定，质谱分析则以Waters社的机器SYNAPT G2(商品名)进行。再者，使用胞苷EMM-亚酰胺(1CAc)(或(1014))、腺苷EMM-亚酰胺(1AAc)或鸟苷EMM-亚酰胺(1GPac)的寡聚物合成也可与尿苷40-链节(U40mer)的合成相同地进行。
[实施例7：使用4种EMM-亚酰胺的RNA合成]
使用实施例2合成的尿苷EMM-亚酰胺(1009)、实施例3合成的胞苷EMM-亚酰胺(1014)、实施例4合成的腺苷EMM-亚酰胺(1019)及实施例5合成的鸟苷EMM-亚酰胺(1024)共4种EMM-亚酰胺，合成出各自以下述序列编号2～4表示的RNA。
5’-AUACUAUUCGACACGCGAAGUUCCCCACACCGGAACUUCGCGUGUCGAAUAGUAUUCUUCGG-3’(序列编号2)
5’-AGCAGCUGUACAUUGACUUUAGCCCCACACCGGCUAAAGUCAAUGUACAGCUGCUUCUUCGG-3’(序列编号3)
5’-CUUCGCGUGUCGAAUAGUAUU-3’(序列编号4)
本实施例的合成中，除了核酸单体化合物使用尿苷EMM-亚酰胺(1009)、胞苷EMM-亚酰胺(1014)、腺苷EMM-亚酰胺(1019)及鸟苷EMM-亚酰胺(1024)共4种的EMM-亚酰胺以外，与实施例6同样地进行。更具体来说，则是使前述4种EMM-亚酰胺依照序列编号2～4中的任一者，使其从3’端侧朝向5’端侧依序缩合预定次数(序列编号2及3的合成为61次，序列编号4的合成为20次)来取代尿苷EMM-亚酰胺(1009)的39次缩合。除此以外的条件则与实施例6完全相同。
将通过上述合成出的序列编号2～4的RNA分别以HPLC进行分析，结果无论何者均获得几乎单一的尖锐尖峰。此现象暗示了，目的物的序列编号2～4的RNA均为以高纯度制得。将前述HPLC的分析结果更详尽地显示如下。
基于前述HPLC的峰强度比算出上述合成出的序列编号2的RNA纯度，结果为84.27％(质量比)。此数值意味着使EMM-亚酰胺缩合反应61次的合成收率。即，1次缩合反应的合成收率为约99.72％(质量比)的高收率。此外，若以反应混合物的质谱分析来看，则观测到分子量19756.13的分子离子峰。该分子量与序列编号2所示RNA的分子量计算值(19755.71)显示出良好的一致性。借此得以确认已获得目的物的序列编号2的RNA。再者，将前述HPLC的主要峰部分予以分离纯化后，再次以HPLC进行分析。结果，不纯物的峰强度更为降低，此暗示了目的物的序列编号2的RNA已变得更高纯度。基于前述主要峰分离纯化后的峰强度比所算出的序列编号2的RNA纯度为96.47％(质量比)。
此外，依据前述HPLC的峰强度比，算出上述合成出的序列编号3的RNA纯度，结果为79.65％(质量比)。此数值意味着使EMM-亚酰胺缩合反应61次的合成收率。即，1次缩合反应的合成收率为约99.63％(质量比)的高收率。若以该反应混合物的质谱分析来看，则观测到分子量19755.70的分子离子峰。该分子量与序列编号3所示RNA的分子量计算值(19755.71)显示出良好的一致性。借此而得以确认已获得目的物的序列编号3的RNA。再者，将前述HPLC的主要峰部分予以分离纯化后，再次以HPLC进行分析。结果，不纯物的峰强度更为降低。依据前述主要峰分离纯化后的峰强度比而算出的序列编号3的RNA纯度为95.37％(质量比)，较前述主要峰分离纯化前更为高纯度。
再者，依据前述HPLC的峰强度算出上述合成的序列编号4的RNA纯度，结果为86.67％(质量比)的高纯度。若更以该反应混合物的质谱分析来看，则观测到分子量6650.69的分子离子峰。该分子量与序列编号4所示RNA的分子量计算值(6650.94)显示出良好的一致性。借此得以确认已获得目的物的序列编号4的RNA。更将主要峰部分以HPLC予以分离纯化，可借此更高纯度地制得序列编号4的RNA。
如同上述，依据本实施例，已确认可使用对应多种碱基的多种EMM-亚酰胺而合成出任意序列的RNA。此外，用于HPLC及MS的测定机器则与实施例6相同。
以上为参照实施方案来说明本发明，但本发明并非局限在上述实施方案。本发明的构成及详细内容可施加本领域普通技术人员在本发明的技术范畴(scope)内所能理解的各种变更。
本申请主张以日本专利申请2011-184196号(2011年8月25日提出申请)作为基础的优先权，并于此纳入其全部的揭示内容。
产业上的可利用性
如上述说明，若依照本发明的配糖体化合物、硫醚的制造方法、醚、醚的制造方法、配糖体化合物的制造方法，其可提供一种可以低成本地进行制造并可高收率且高纯度制造核酸的亚磷酰胺。此外，如依照本发明的核酸制造方法，则可使用前述亚磷酰胺而高收率且高纯度地制造核酸。本发明所制造的前述硫醚、醚、配糖体化合物或核酸的用途未特别受限，可使用在广泛的用途上。依据本发明，举例来说，由于可低成本、高纯度且高收率地制造它们，它们可适于用作医药品或其合成中间产物。
Figure IDA0000495504690000011
Figure IDA0000495504690000021

Claims (38)

1.一种下述化学式(1)所示的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐：
Figure FDA0000495504600000011
前述化学式(1)中，
B为具有核酸碱基骨架的原子团，并任选地具有保护基团；
R1及R2分别为氢原子或保护基团；
或者，R1与R2也可成为一体而形成下述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示的原子团：
Figure FDA0000495504600000012
各R1a各自为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且可相同也可相异；
R3为下述化学式(R3)所示的基团：
Figure FDA0000495504600000013
前述化学式(R3)中，
L1为亚乙基(-CH2CH2-)，其中，除键合到相对于[D1]的α位的1个氢原子以外，其它氢原子任选地被直链或支化的烷基取代；
n为正整数；和
[D1]为吸电子基团。
2.根据权利要求1所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，[D1]为氰基、硝基、烷磺酰基、卤素、芳磺酰基、三卤甲基或三烷氨基。
3.根据权利要求1或2所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，L1为未取代的亚乙基(-CH2CH2-)。
4.根据权利要求1至3任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，n在1～30的范围内。
5.根据权利要求1至4任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，R1为氢原子或下述化学式(R1A)、(R1B)、(R1C)及(R1D)中任一者所示的取代基：
Figure FDA0000495504600000031
前述化学式(R1A)中，
R11～R13分别为直链或支化的烷氧基、直链或支化的烷基或不存在，且可互为相同或相异；
R11～R13存在时，分别可为1个或多个，有多个时可彼此相同或相异；
前述化学式(R1B)中，
R14～R16分别为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且彼此可相同或相异；
前述化学式(R1C)中，
R17～R19分别为氢原子，卤素，烃基，直链或支化的烷基，直链或支化的烯基，直链或支化的炔基，直链或支化的卤烷基，芳基，杂芳基，直链或支化的芳烷基，环烷基，环烯基，直链或支化的环烷基烷基，直链或支化的环基烷基，直链或支化的羟烷基，直链或支化的烷氧基烷基，直链或支化的氨烷基，直链或支化的杂环基烯基，直链或支化的杂环基烷基，直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，甲硅氧基烷基，单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者单烷基甲硅氧基烷基、二烷基甲硅氧基烷基或三烷基甲硅氧基烷基，且可相同或相异；
前述化学式(R1D)中，
R20～R22分别为氢原子或者直链或支化的烷基，且可相同或相异。
6.根据权利要求1至4任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，R1为氢原子或下述化学式(R1Aa)、(R1Ba)、(R1Ca)、(R1Cb)或(R1Da)所示的取代基：
Figure FDA0000495504600000041
7.根据权利要求1至4任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，R1及R2成为一体而形成前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示的原子团；
并且，前述化学式(R1R2A)及(R1R2B)中，各R1a分别为氢原子、直链或支化的烷基、或者直链或支化的烷氧基，且可相同或相异。
8.根据权利要求1至6任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)所示的配糖体化合物为下述化学式(2)所示的配糖体化合物：
前述化学式(2)中，
B、R1及R3与前述化学式(1)中的定义相同；
条件是R1为保护基团；
R2a及R2b分别为氢原子或任意的取代基，且可相同或相异；
或者，R2a及R2b任选地与它们所键合的氮原子成为一体而形成非芳香环，前述非芳香环任选地具有除前述氮原子以外的氮原子、氧原子或硫原子，并任选地具有取代基；和
R2c为氢原子、吸电子基团或任意取代基，也可任选地被吸电子基团[D2]取代。
9.根据权利要求8所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(2)中，R2a及R2b分别为氢原子，卤素，烃基，直链或支化的烷基，直链或支化的烯基，直链或支化的炔基，直链或支化的卤烷基，芳基，杂芳基，直链或支化的芳烷基，环烷基，环烯基，直链或支化的环烷基烷基，直链或支化的环基烷基，直链或支化的羟烷基，直链或支化的烷氧基烷基，直链或支化的氨烷基，直链或支化的杂环基烯基，直链或支化的杂环基烷基，直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，甲硅氧基烷基，单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者单烷基甲硅氧基烷基、二烷基甲硅氧基烷基或三烷基甲硅氧基烷基，且可任选地进一步被或未被吸电子基团取代；
或者，R2a及R2b也可与它们所键合的氮原子成为一体而形成5或6元的非芳香环，其中前述非芳香环可具有或不具有除前述氮原子以外的氮原子、氧原子或硫原子，也可进一步具有或不具有取代基。
10.根据权利要求8所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(2)中，R2a及R2b分别为甲基、乙基、异丙基或叔丁基，或者R2a及R2b与它们所键合的氮原子成为一体而形成哌啶基、吗啉基、吡咯烷基、硫代吗啉基或其它含氮脂环基团。
11.根据权利要求8至10任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(2)中，R2c为氢原子，卤素，烃基，直链或支化的烷基，直链或支化的烯基，直链或支化的炔基，直链或支化的卤烷基，芳基，杂芳基，直链或支化的芳烷基，环烷基，环烯基，直链或支化的环烷基烷基，直链或支化的环基烷基，直链或支化的羟烷基，直链或支化的烷氧基烷基，直链或支化的氨烷基，直链或支化的杂环基烯基，直链或支化的杂环基烷基，直链或支化的杂芳烷基，甲硅烷基，甲硅氧基烷基，单烷基甲硅烷基、二烷基甲硅烷基或三烷基甲硅烷基，或者单烷基甲硅氧基烷基、二烷基甲硅氧基烷基或三烷基甲硅氧基烷基，且进一步优选可被或未被吸电子基团[D2]取代。
12.根据权利要求8至10任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(2)中，R2c为被吸电子基团[D2]取代的直链或支化的烷基。
13.根据权利要求8至12任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(2)中，R2c中的前述吸电子基团[D2]为氰基、硝基、烷磺酰基、卤素、芳磺酰基、三卤甲基或三烷氨基。
14.根据权利要求8至12任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(2)中，R2c特别优选烯基或乙炔基，或者与[D2]共同形成被吸电子基团[D2]取代的氰乙基。
15.根据权利要求1至6及8至14任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)所示的配糖体化合物为下述化学式(3)所示的配糖体化合物：
Figure FDA0000495504600000071
前述化学式(3)中，B及n与前述化学式(1)中的定义相同，且DMTr为4,4’-二甲氧基(三苯基甲基)。
16.根据权利要求1所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)所示的配糖体化合物为下述化学式(1AAc)、(1CAc)、(1GPac)或(1U)所示的配糖体化合物：
Figure FDA0000495504600000081
Figure FDA0000495504600000091
前述化学式(1AAc)、(1CAc)、(1GPac)及(1U)中，n与前述化学式(1)中的定义相同。
17.根据权利要求1至16任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐，其中前述化学式(1)中，n＝1。
18.一种下述化学式(103)所示硫醚的制造方法，其包括使下述化学式(101a)及(101b)所示硫醇或硫代烷氧化物与下述化学式(102)所示卤化物进行偶联反应，从而得到所述硫醚：
Figure FDA0000495504600000101
前述化学式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分别为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，可相同也可相异；
前述化学式(101a)及(101b)中，M1及M2分别为氢原子或金属，可相同也可相异；
前述化学式(102)及(103)中，n为正整数；和
前述化学式(102)中，X1及X2分别为卤素，可相同也可相异。
19.根据权利要求18所述的制造方法，其中前述化学式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分别为甲基。
20.一种下述化学式(103)所示硫醚的制造方法，其包括使下述化学式(103b)所示硫醚与下述化学式(104)所示醇在卤化剂及路易斯酸的存在下进行偶联反应：
Figure FDA0000495504600000102
前述化学式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分别为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可相同也可相异；
前述化学式(103b)及(103)中，n为2以上的整数。
21.根据权利要求20所述的制造方法，其中前述化学式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分别为甲基。
22.根据权利要求20或21所述的制造方法，其中前述卤化剂为选自于由N-氯琥珀酰亚胺、N-溴琥珀酰亚胺、N-碘琥珀酰亚胺、碘、溴及氯所构成群组中的至少一种物质。
23.根据权利要求20至22任一项所述的制造方法，其中前述路易斯酸为选自于由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其盐所构成群组中的至少一种物质。
24.根据权利要求20至22任一项所述的制造方法，其中前述路易斯酸为三氟甲磺酸的银盐。
25.根据权利要求20至24任一项所述的制造方法，其中前述偶联反应于分子筛共存下进行。
26.一种由下述化学式(106)所示的醚、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐：
Figure FDA0000495504600000111
前述化学式(106)中，
R4为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基；
n为正整数；
L1为亚乙基(-CH2CH2-)，其中，除键合到相对于[D1]的α位的1个氢原子以外，其它氢原子任选地被直链或支化的烷基取代；和
[D1]为吸电子基团。
27.一种根据权利要求26所述的醚的制造方法，其包括使下述化学式(103)所示硫醚与下述化学式(105)所示的醇在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应：
前述化学式(103)及(105)中，R4与前述化学式(106)中的定义相同，R5为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基，且可与R4相同也可相异；
前述化学式(103)中，n与前述化学式(106)中的定义相同；
前述化学式(105)中，L1及[D1]与前述化学式(106)中的定义相同。
28.根据权利要求27所述的制造方法，其中前述卤化剂为选自于由N-氯琥珀酰亚胺、N-溴琥珀酰亚胺、N-碘琥珀酰亚胺、碘、溴及氯所构成群组中的至少一种物质。
29.根据权利要求27或28所述的制造方法，其中前述路易斯酸为选自于由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其盐所构成群组中的至少一种物质。
30.根据权利要求27或28所述的制造方法，其中前述路易斯酸为三氟甲磺酸的银盐。
31.根据权利要求27至30任一项所述的制造方法，其中前述偶联反应于分子筛共存下进行。
32.根据权利要求27至31任一项所述的制造方法，其进一步包含：利用根据权利要求18至25任一项所述的制造方法来制造前述化学式(103)所示硫醚的步骤。
33.一种根据权利要求1至17任一项所述的配糖体化合物、其对映异构体、互变异构体、立体异构体或其盐的制造方法，其包含：
偶联步骤，其为使下述化学式(107)所示配糖体化合物与下述化学式(106)所示的醚在卤化剂及路易斯酸存在下进行偶联反应，以制造下述化学式(1a)所示的配糖体化合物；
其中，下述化学式(1a)所示的配糖体化合物为前述化学式(1)中R1及R2成为一体而形成前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子团的配糖体化合物：
Figure FDA0000495504600000131
前述化学式(107)及(1a)中，L2为前述化学式(R1R2A)或(R1R2B)所示的原子团，B与前述化学式(1)中的定义相同；
前述化学式(106)中，R4为烃基、直链或支化的烷基、直链或支化的烯基、直链或支化的炔基、芳基、直链或支化的芳烷基、环烷基、环烯基、直链或支化的环烷基烷基、直链或支化的环基烷基、或者直链或支化的烷氧基烷基；和
前述化学式(106)及(1a)中，L1、n及[D1]与前述化学式(1)中的定义相同。
34.根据权利要求33所述的制造方法，其进一步包含：
脱保护步骤，其为使前述原子团L2从前述化学式(1a)所示配糖体化合物脱保护，而制出下述化学式(1b)所示配糖体化合物；
下述化学式(1b)所示配糖体化合物为前述化学式(1)中R1及R2为氢原子的配糖体化合物：
Figure FDA0000495504600000141
前述化学式(1b)中，B、L1、n及[D1]与前述化学式(1)中的定义相同。
35.根据权利要求34所述的制造方法，其进一步包含：
保护基团导入步骤，其为于前述化学式(1b)中导入保护基团R1及R2而制出下述化学式(1c)所示配糖体化合物；
下述化学式(1c)所示的配糖体化合物为前述化学式(1)中R1及R2为除以氢原子、前述化学式(R1R2A)及(R1R2B)以外的基团表示的配糖体化合物：
Figure FDA0000495504600000142
前述化学式(1c)中，R1及R2为前述化学式(1)中的R1及R2，但氢原子、前述化学式(R1R2A)及(R1R2B)除外；B、L1、n及[D1]与前述化学式(1)中的定义相同。
36.一种含有下述化学式(I)所示结构的核酸的制造方法，其特征在于包含：
缩合步骤，其为使根据权利要求8至17任一项所述的配糖体化合物进行缩合反应；
Figure FDA0000495504600000151
前述化学式(I)中，B与前述化学式(1)、(2)或(3)中的定义相同，R100为氢原子或羟基，各B可相同也可相异，各R100可相同也可相异，m为正整数。
37.根据权利要求36所述的制造方法，其中前述化学式(I)中，各R100为羟基。
38.根据权利要求36所述的制造方法，其中前述化学式(I)中的各R100为氢原子，且该制造方法进一步包含：
逆转录步骤，其为通过逆转录而从前述缩合步骤所制得的核酸制出前述化学式(I)所示的核酸。
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