TWI586684B - Preparation of thioethers - Google Patents

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Description

硫醚之製造方法
本發明係關於一種硫醚之製造方法。
背景技術
作為DNA、RNA等核酸之製造(合成)方法，舉例來說，可使用亞磷醯胺法等。利用亞磷醯胺法之核酸合成原料可使用核苷之亞磷醯胺(以下，有時僅稱為「亞磷醯胺」)。前述亞磷醯胺之2’-位保護基可使用多數保護基，諸如TBDMS基(第三丁基二甲基矽基[tert-butyldimethyl silyl])、TOM基(三異丙基矽氧基甲基[triisopropylsilyloxy methyl])、ACE基(雙(2-乙醯氧基乙氧基)甲基[bis(2-acetoxy ethoxy)methyl])等。例如，就TOM-amidite而言，已載於下述非專利文獻1等。
先行技術文獻 非專利文獻
非專利文獻1
http：//www.glenresearch.com/Technical/TB_RNA_TOM_Deprotection.pdf(2011年(平成23年)8月18日檢索)
發明概要
然而，TOM-amidite、ACE-amidite等之習知亞磷醯胺因其高製造成本而難以用作醫藥品等之合成原料。此外，TBDMS-amidite在以偶合(縮合)反應合成核酸時，會有核酸收率及純度不高的情況。
於此，本發明之目的在於提供一種配糖體化合物、硫醚之製造方法、醚、醚之製造方法、配糖體化合物之製造方法，其可提供一種亞磷醯胺，該亞磷醯胺可以低成本製造且可以高收率及高純度製造核酸。進一步而言，本發明之目的在於提供一種使用前述亞磷醯胺之核酸製造方法，其可以高收率及高純度製造核酸。
為了達成前述目的，本發明之配糖體化合物係下述化學式(1)所示之配糖體化合物、其鏡像異構物、互變異構物、立體異構物或是其等之鹽。
前述化學式(1)中，B為具有核鹼基骨架之原子團，可具有保護基亦可不具有保護基；R1及R2分別為氫原子或保護基；或者，R1與R2亦可成為一體而形成下述化學式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子團；
各R1a分別為氫原子、直鏈或分枝狀烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基，且可相同亦可互異；R3為下述化學式(R3)所示之基：
前述化學式(R3)中，L1為伸乙基(-CH2CH2-)，但除了對[D1]結合在α位之1個氫原子以外，其他氫原子可經直鏈或分枝狀烷基取代，亦可未經取代； N為正整數；[D1]為電子吸引基。
本發明之第1硫醚製造方法係製造下述化學式(103)所示硫醚之方法，其係使下述化學式(101a)及(101b)所示硫醇或硫代烷氧化物與下述化學式(102)所示鹵化物進行偶合反應，而製出下述化學式(103)所示之硫醚者。
前述化學式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分別為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相同亦可互異；前述化學式(101a)及(101b)中，M1及M2分別為氫原子或金屬，且可相同亦可互異；前述化學式(102)及(103)中，n為正整數；前述化學式(102)中，X1及X2分別為鹵素，且可相同亦可互異。
本發明之第2硫醚製造方法係製造下述化 學式(103)所示硫醚之方法，其係使下述化學式(103b)所示硫醚與下述化學式(104)所示醇類在鹵化劑及路易士酸存在下進行偶合反應，而製出下述化學式(103)所示之硫醚者。
前述化學式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分別為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相同亦可互異；前述化學式(103b)及(103)中，n為2以上之整數。
本發明之醚係下述化學式(106)所示之醚、其鏡像異構物、互變異構物、立體異構物或是其等之鹽。
前述化學式(106)中，R4為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基；n為正整數；L1為伸乙基(-CH2CH2-)，但除了對[D1]結合在α位之1個氫原子以外，其他氫原子可經直鏈或分枝狀烷基取代，亦可非經取代；[D1]為電子吸引基。
本發明之醚之製造方法係製造前述本發明之醚之方法，其係使下述化學式(103)所示硫醚與下述化學式(105)所示醇類在鹵化劑及路易士酸存在下進行偶合反應，而製出前述本發明之醚者。
前述化學式(103)及(105)中，R4與前述化學式(106)相同，R5為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可與R4相同或互異；前述化學式(103)中，n與前述化學式(106)相同；前述化學式(105)中，L1及[D1]與前述化學式(106)相同。
本發明之配糖體化合物之製造方法係前述本發明之配糖體化合物、其鏡像異構物、互變異構物、立體異構物或其等之鹽的製造方法，包含：偶合步驟，其係使下述化學式(107)所示配糖體化合物與下述化學式(106)所示之醚在鹵化劑及路易士酸存在下進行偶合反應，以製造下述化學式(1a)所示之配糖體化合物；且，下述化學式(1a)所示配糖體化合物係前述化學式(1)中R1及R2成為一體而 形成前述化學式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子團的配糖體化合物。
前述化學式(107)及(1a)中，L2為前述化學式(R1R2A)或(R1R2B)所示之原子團，B與前述化學式(1)相同；前述化學式(106)中，R4為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基；前述化學式(106)及(1a)中，L1、n及[D1]與前述化學式(1)相同。
本發明之核酸製造方法係含有下述化學式(I)所示結構之核酸的製造方法，其特徵在於包含：縮合步 驟，其係使前述化學式(1)所示之配糖體化合物為下述化學式(2)所示之配糖體化合物的本發明配糖體化合物進行縮合反應者。
前述化學式(I)中，B與前述化學式(1)相同；R100為氫原子或羥基；各B可相同亦可互異，且各R100可相同亦可互異；m為正整數。
前述化學式(2)中、B、R1及R3與前述化學式(1)相同，但R1為保護基；R2a及R2b分別為氫原子或任意之取代基，且可相同亦可互異；或者，R2a及R2b亦可與其等所結合之氮原子成為一體而形成非芳香環，前述非芳香環可具有或不具有前述氮原子以外之氮原子、氧原子或硫原子，且可更具有或不具有取代基；R2c為氫原子、電子吸引基或任意之取代基，且可更經或未經電子吸引基[D2]取代。
若依本發明之配糖體化合物、硫醚之製造方法、醚、醚之製造方法、配糖體化合物之製造方法，則可提供一種可以低成本製造並可高收率且高純度製造核酸之亞磷醯胺。此外，若按照本發明之核酸製造方法，則可使用前述亞磷醯胺而高收率且高純度地製造核酸。
圖1為實施例6所製得之核酸(純化前)的HPLC圖表。
圖2為實施例6所製得之核酸(純化後)的HPLC圖表。
圖3為實施例6所製得之核酸(純化後)之質譜圖。
用以實施發明之形態
以下，就本發明舉例予以詳細說明。但本 發明並不受到下述說明所侷限。
本說明書使用之用語只要未特別提及，即可以該技術領域一般使用之意義來使用。
若依本發明，舉例來說，可獲得下述[1]~[5]中之1種或多種效果。但此等效果僅供例示而不侷限本發明。
[1]前述化學式(1)所示之本發明配糖體化合物中，前述化學式(2)所示之配糖體化合物(亞磷醯胺)可適於用作核酸之合成原料。此一前述化學式(2)所示配糖體化合物(亞磷醯胺)與TOM-amidite或ACE-amidite相較下，電子吸引基[D1]離磷酸基更遠，[D1]與磷酸基之相互作用較弱。因此，配糖體化合物(2)較TOM-amidite或ACE-amidite等之習知amidite更易合成，可在高純度下製得。
[2]由於本發明之配糖體化合物與習知之ACE-amidite、TOM-amidite等相較下可以低成本製造，而適用於醫藥原料等。
[3]本發明配糖體化合物之合成中間產物的前述化學式(103)所示硫醚及前述化學式(106)所示之醚可以前述本發明之製造方法進行製造，因此可低成本製造。藉此，更低成本地製得本發明之配糖體化合物。
[4]特別是，前述化學式(103)所示硫醚作為醫藥品(不限於本發明之配糖體化合物)之合成中間產物甚為有用。若依本發明之前述第1及第2硫醚製造方法，則可較習知技術更高收率且低成本地合成出前述化學式(103)所示硫醚。
[5]本發明之核酸製造方法藉由使用前述化學式(2)所示之本發明配糖體化合物(亞磷醯胺)，可高純度且高收率地製造核酸。具體來說，例如亦可在與DNA合成並駕齊驅之純度下進行RNA合成。此外，雖然理由尚未明朗化，但舉例來說，可以想見的是，與ACE-amidite、TOM-amidite等相較下縮合反應(偶合反應)時之立體障礙較少而導致縮合反應(偶合反應)效率提升等。此外，前述化學式(2)所示之本發明配糖體化合物亦容易進行伴隨縮合反應(偶合反應)之脫保護反應。
1.配糖體化合物
本發明之配糖體化合物如前述，係下述化學式(1)所示配糖體化合物、其鏡像異構物、互變異構物、立體異構物或是其等之鹽。
前述化學式(1)中，B為具有核鹼基骨架之原子團，且可具有保護基亦可不具有保護基；R1及R2分別為氫原子或保護基；或者，R1與R2亦可成為一體而形成下述化學式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子團；
各R1a分別為氫原子、直鏈或分枝狀烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基，且可相同亦可互異；R3為下述化學式(R3)所示之基：
前述化學式(R3)中，L1為伸乙基(-CH2CH2-)，但除了對[D1]結合在α位之1個氫原子以外，其他氫原子可經直鏈或分枝狀烷基取代，亦可未經取代；n為正整數；[D1]為電子吸引基。此外，「對[D1]結合在α位」意指：結合到與[D1]所結合之碳原子相同的碳原子。
前述化學式(1)中，電子吸引基[D1]宜為氰基、硝基、烷磺醯基、鹵素、硝基、芳磺醯基、三鹵甲基或三烷基胺基。前述三鹵甲基可列舉如三氯甲基及三氟甲 基等。此外，前述化學式(1)中，L1中之前述直鏈或分枝狀烷基例如亦可為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基。又，L1尤宜為無取代之伸乙基(-CH2CH2-)。此外，前述化學式(1)中，n並未特別受限，但舉例來說係於1~30之範圍，且宜為1~20之範圍。
前述化學式(1)中，R1如前述為氫原子或保護基。保護基R1並未特別受限，但舉例來說，為下述化學式(R1A)、(R1B)、(R1C)及(R1D)中任一者所表示之取代基。
前述化學式(R1A)中，R11~R13分別為直鏈或分枝狀烷氧基、直鏈或分枝狀烷基或者不存在，且可相同亦可互異；R11~R13各自存在時，可為1個或是多數個，且有多數個時可相同亦可互異；前述化學式(R1B)中，R14~R16分別為氫原子、直鏈或分枝狀烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基，且可相同亦可互異；前述化學式(R1C)中，R17~R19分別為氫原子、鹵素、直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、直鏈或分枝狀鹵烷基、芳基、雜芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基、直鏈或分枝狀羥烷基、直鏈或分枝狀烷氧基烷基、直鏈或分枝狀胺烷基、直鏈或分枝狀雜環基烯基、直鏈或分枝狀雜環基烷基、直鏈或分枝狀雜芳烷基、矽基、矽氧基烷基、單、二或三烷基矽基、或是單、二或三烷基矽氧基烷基，且可相同亦可互異；前述化學式(R1D)中，R20~R22分別為氫原子或是直鏈或分枝狀烷基，且可相同亦可互異。
前述化學式(R1A)中，R11~R13宜分別為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷氧基、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基或是不存在，且可相同亦可互異。R11~R13如前述，各自存在時可為1個亦可為多數個，且有多數個時可相同亦可互異。又，前述化學式(R1B)中，R14~R16宜分別為氫原子、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基或是碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基，且可相同亦可互異。前述化學式(R1C)中，R17~R19 宜分別為氫原子、鹵素、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝狀炔基、碳數1~12之直鏈或分枝狀鹵烷基、碳數5~24之芳基、碳數5~24之雜芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環基烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀羥烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷氧基烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀胺烷基、碳數5~30之直鏈或分枝狀雜環基烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀雜環基烷基、碳數6~30之直鏈或分枝狀雜芳烷基、矽基、碳數1~12之矽氧基烷基、烷基碳數1~12之單、二或三烷矽基或是經烷基碳數1~12之單、二或三烷基矽氧基取代的碳數1~12之烷基，且可相同亦可相異。前述化學式(R1D)中，R20~R22宜分別為氫原子或碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基，且可相同亦可互異。
本發明之配糖體化合物中，前述化學式(R1A)所示之取代基宜為下述化學式(R1A2)所示之取代基。
前述化學式(R1A2)中，R11~R13分別為氫原子、直鏈或分枝狀烷氧基或是直鏈或分枝狀烷基，且可相同亦可互異。
前述化學式(R1A2)中，R11~R13宜分別為氫原子、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷氧基或是碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基，且可相同亦可互異。
本發明之配糖體化合物中，前述化學式(1)中，R1更宜為氫原子或是下述化學式(R1Aa)、(R1Ba)、(R1Ca)、(R1Cb)或(R1Da)所示之取代基。
此外，本發明之配糖體化合物中之前述化 學式(R1R2A)及(R1R2B)中，各R1a如前述，分別為氫原子、直鏈或分枝狀烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基，且可相同亦可互異。前述直鏈或分枝狀烷基更宜為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基。前述直鏈或分枝狀烷氧基更宜為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷氧基。
本發明之配糖體化合物中，前述化學式(1)所示配糖體化合物宜為下述化學式(2)所示之配糖體化合物。
前述化學式(2)中，B、R1及R3與前述化學式(1)相同，但R1為保護基，R2a及R2b分別為氫原子或任意之取代基，且可相同亦可互異；或者，R2a及R2b亦可與其等所結合之氮原子成為一體而形成非芳香環，前述非芳香環可具有或不具有前述氮原子以外之氮原子、氧原子或硫原子，且可更具有或不具有取代基；R2c為氫原子、電子吸引基或任意之取代基，且可更經 或未經電子吸引基[D2]取代。
前述化學式(2)中，R2a及R2b宜分別為氫原子、鹵素、直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、直鏈或分枝狀鹵烷基、芳基、雜芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基、直鏈或分枝狀羥烷基、直鏈或分枝狀烷氧基烷基、直鏈或分枝狀胺烷基、直鏈或分枝狀雜環基烯基、直鏈或分枝狀雜環基烷基、直鏈或分枝狀雜芳烷基、矽基、矽氧基烷基、單、二或三烷基矽基或是單、二或三烷基矽氧基烷基，且可更經或未經電子吸引基取代。此外，R2a及R2b亦可與其等所結合之氮原子成為一體而形成5~6員環之非芳香環，前述非芳香環可具有或不具有前述氮原子以外之氮原子、氧原子或硫原子，亦可更具有或不具有取代基。
前述化學式(2)中，R2a及R2b更宜分別為氫原子、鹵素、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝狀炔基、碳數1~12之直鏈或分枝狀鹵烷基、碳數5~24之芳基、碳數5~24之雜芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環基烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀羥烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烷氧基烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀胺烷基、碳數5~30之直鏈或分枝狀雜環基烯基、碳數4~30之直鏈或分 枝狀雜環基烷基、碳數6~30之直鏈或分枝狀雜芳烷基、矽基、碳數1~12之矽氧基烷基、烷基碳數1~12之單、二或三烷基矽基或是經烷基碳數1~12之單、二或三烷基矽氧基取代之碳數1~12烷基，且可更經或未經電子吸引基取代。此外，R2a及R2b亦可與其等所結合之氮原子成為一體而形成5~6員環之非芳香環。前述非芳香環可具有或不具有前述氮原子以外之氮原子、氧原子或硫原子，且可更具有或不具有取代基。
前述化學式(2)中，R2a及R2b更宜分別為甲基、乙基、異丙基或第三丁基，或是R2a及R2b與其等所結合之氮原子成為一體而形成哌啶基、啉基、吡咯啶基、硫代啉基或其他的含氮脂環基。更具體舉例來說，前述化學式(2)中，-NR2aR2b更宜為二異丙基胺基、二乙基胺基、乙基甲基胺基、吡咯啶基(特別是吡咯啶-1-基)、哌啶基(特別是哌啶-1-基)、啉基(N-morpholino)(特別是啉-1-基)、硫代啉基(特別是硫代啉-1-基)或是芳胺基。
前述化學式(2)中，R2c宜為氫原子、鹵素、直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、直鏈或分枝狀鹵烷基、芳基、雜芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基、直鏈或分枝狀羥烷基、直鏈或分枝狀烷氧基烷基、直鏈或分枝狀胺烷基、直鏈或分枝狀雜環基烯基、直鏈或分枝狀雜環基烷基、直鏈或分枝狀雜芳烷基、矽基、矽氧基烷基、單、二或三烷基矽基或是單、二 或三烷基矽氧基烷基，且可更經或未經電子吸引基[D2]取代。
前述化學式(2)中，R2c更宜為氫原子、鹵素、碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝炔基、碳數1~12之直鏈或分枝狀鹵烷基、碳數5~24之芳基、碳數5~24之雜芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環基烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀羥烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烷氧基烷基、碳數1~12之直鏈或分枝狀胺烷基、碳數6~30之直鏈或分枝狀雜環基烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀雜環基烷基、碳數6~30之直鏈或分枝狀雜芳烷基、矽基、碳數1~12之矽氧基烷基、烷基碳數1~12之單、二或三烷基矽基、經烷基或碳數1~12之單、二或三烷基矽氧基取代之碳數1~12烷基，且可更經或未經電子吸引基[D2]取代。
前述化學式(2)中，R2c宜為經電子吸引基[D2]取代之直鏈或分枝狀烷基。前述化學式(2)中，R2c更宜為經電子吸引基[D2]取代之碳數1至12的直鏈或分枝狀烷基。
前述化學式(2)中，就R2c而言，前述電子吸引基[D2]宜為氰基、硝基、烷磺醯基、鹵素、芳磺醯基、三鹵甲基或三烷基胺基。前述三鹵甲基可列舉如三氯甲基及三氟甲基等。
前述化學式(2)中，R2c尤宜為烯基或乙炔基，或者是經電子吸引基[D2]取代而與[D2]共同形成氰乙基。
本發明之配糖體化合物中，前述化學式(1)所示之配糖體化合物更宜為下述化學式(3)所示之配糖體化合物。
前述化學式(3)中，B及n係與前述化學式(1)相同，DMTr為4,4’-二甲氧基(三苯基甲基)。
本發明之配糖體化合物中，前述化學式(1)中，B之核鹼基並未特別受限，但宜為具有天然核鹼基骨架之原子團。前述天然核鹼基可具有亦可不具有保護基。前述天然核鹼基更宜為腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶或其他含氮芳香環。前述化學式(1)中，B更宜為腺嘌呤9位之氮、胞嘧啶1位之氮、鳥嘌呤9位之氮、尿嘧啶1位之氮或胸腺嘧啶1位之氮且與前述化學式(1)中之D-核糖骨架結合。此外，B之核鹼基亦可為經任意之取代 基取代的核鹼基(例如，前述之腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、尿嘧啶及胸腺嘧啶等之核鹼基)，亦可未經取代。前述取代基可列舉如鹵素、醯基、烷基、芳烷基、烷氧基、烷氧基烷基、羥基、胺基、單烷基胺基、二烷基胺基、羧基、氰基及硝基等。該等取代基可為0個、1個或多數個(例如2~3個)，且在有多數個時，可為單一種類或為多種類。
此外，B係如前述，可具有或不具有保護基。例如，B之前述核鹼基在環外具有胺基(胺基取代基)時(例如前述核鹼基為腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶等時)，前述胺基亦可受到保護基保護。前述胺基之保護基並未特別受限，例如亦可與習知之核酸化學所用的保護基等相同。前述胺基之保護基可例舉如醯基。前述醯基可舉例如苯甲醯基、4-甲氧基苯甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、異丁醯基、苯基乙醯基、苯氧基乙醯基、4-第三丁基苯氧基乙醯基、4-異丙基苯氧基乙醯基等。此外，醯基以外還可舉例如(二甲基胺基)亞甲基等。
本發明之配糖體化合物中，前述化學式(1)所示之配糖體化合物更宜為下述化學式(1AAc)、(1CAc)、(1GPac)或(1U)所示之配糖體化合物。
前述化學式(1AAc)、(1CAc)、(1GPac)及(1U)中，n與前述化學式(1)相同。
前述化學式(1)中，從合成之容易性等觀點來看，尤宜n=1。
此外，本發明之配糖體化合物或醚等，由本發明所提供的新穎化合物(以下，有時僅稱為「本發明之化合物」)存有鏡像異構物、互變異構物或立體異構物(例如：幾何異構物、構形異構物及光學異構物)等之異構物時，任何異構物均含括在本發明之化合物中。例如，表示本發明之配糖體化合物的化學式(前述化學式(1)、(2)及(3)等)係以配糖體之糖骨架為D-核糖的型態來描繪表示，但亦可為其鏡像異構物(即L-核糖)。此外，本發明之化合物在可能形成鹽的情況下，其鹽亦含括在本發明之化合物內。前述本發明之化合物的鹽可為酸加成鹽，亦可為鹼加成鹽。再者，形成前述酸加成鹽之酸可為無機酸亦可為有機酸，形成前述鹼加成鹽之鹼可為無機鹼亦可為有機鹼。前述無機酸並未特別受限，但可舉例如硫酸、磷酸、氟化氫酸、鹽酸、溴化氫酸、碘化氫酸、次氟酸、次氯酸、次溴酸、次碘酸、亞氟酸、亞氯酸、亞溴酸、亞碘酸、氟酸、氯酸、溴酸、碘酸、過氟酸、過氯酸、過溴酸及過碘酸等。前述有機酸並未特別受限，但可舉例如對甲苯磺酸、甲磺酸、草酸、對溴苯磺酸、碳酸、琥珀酸、檸檬酸、苯甲酸及乙酸等。前述無機鹼並未特別受限，但可舉例如氫氧化銨、鹼金屬氫氧化物、鹼土族金屬氫氧化物、碳酸鹽及碳酸氫鹽等，更具體來說，則可舉例如氫氧化鈉、氫氧化鉀、碳酸鉀、碳酸鈉、碳酸氫鈉、碳酸氫鉀、氫氧化鈣及碳酸 鈣等。前述有機鹼亦未特別受限，但可舉例如乙醇胺、三乙胺及參(羥甲基)胺基甲烷等。該等鹽之製造方法亦未特別受限，舉例來說，可以下述方法進行製造：利用習知方法使諸如前述之酸或鹼適當附加到前述電子予體-受體連結分子等。此外，取代基等存有異構物時可為任何異構物，例如：在「萘基」的情況下，可為1-萘基亦可為2-萘基；在「丙基」的情況下，可為正丙基亦可為異丙基。
於本發明中，舉例來說，「烷基」包含直鏈狀或分枝狀烷基。前述烷基之碳數並未特別受限，舉例來說為1~30，且宜為1~12、1~6或1~4。前述烷基可舉例如甲基、乙基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、第二丁基第三丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十一烷基、十二烷基、十三烷基、十四烷基、十五烷基、十六烷基、十七烷基、十八烷基、十九烷基及二十烷基等。且宜舉例如甲基、乙基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、第二丁基、第三丁基、正戊基、異戊基、新戊基、正己基及異己基等。在結構中含有烷基之基團(烷胺基、烷氧基等)或衍生自烷基之基團(鹵烷基、羥烷基、胺烷基、烷醯基等)亦是相同。
於本發明中，舉例來說，「烯基」包含直鏈狀或分枝狀之烯基。前述烯基可舉例如前述烷基中具有1個或多數個雙鍵者。前述烯基之碳數並未特別受限，舉例來說與前述烷基相同，且宜為2~12或2~8。前述烯基舉例如乙烯基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-丁烯基、2-丁烯基、3- 丁烯基、1,3-丁二烯基及3-甲基-2-丁烯基等。
於本發明中，舉例來說，「炔基」包含直鏈狀或分枝狀之炔基。前述炔基可舉例如前述烷基中具有1個或多數個參鍵者等。前述炔基之碳數並未特別受限，例如與前述烷基相同，且宜為2~12或2~8。前述炔基可舉例如乙炔基、丙炔基及丁炔基等。舉例來說，前述炔基亦可更具有1個或多數個雙鍵。
於本發明中，舉例來說，「芳基」包含單環芳香族羥基及多環芳香族羥基。前述單環芳香族羥基可舉例如苯基等。前述多環芳香族羥基可舉例如1-萘基、2-萘基、1-蒽基、2-蒽基、9-蒽基、1-菲基、2-菲基、3-菲基、4-菲基及9-菲基等。宜舉例如苯基、1-萘基及2-萘基等之萘基等。
於本發明中，舉例來說，「雜芳基」包含單環芳香族雜環基及縮合芳香族雜環基。前述雜芳基可舉例如呋喃基(例如：2-呋喃基、3-呋喃基)、噻吩基(例如：2-噻吩基、3-噻吩基)、吡咯基(例如：1-吡咯基、2-吡咯基、3-吡咯基)、咪唑基(例如：1-咪唑基、2-咪唑基、4-咪唑基)、吡唑基(例如：1-吡唑基、3-吡唑基、4-吡唑基)、三唑基(例如：1,2,4-三唑-1-基、1,2,4-三唑-3-基、1,2,4-三唑-4-基)、四唑基(例如：1-四唑基、2-四唑基、5-四唑基)、唑基(例如：2- 唑基、4- 唑基、5- 唑基)、異 唑基(例如：3-異 唑基、4-異 唑基、5-異 唑基)、噻唑基(例如：2-噻唑基、4-噻唑基、5-噻唑基)、噻二唑基、異噻唑基(例 如：3-異噻唑基、4-異噻唑基、5-異噻唑基)、吡啶基(例如：2-吡啶基、3-吡啶基、4-吡啶基)、嗒基(例如：3-嗒基、4-嗒基)、嘧啶基(例如：2-嘧啶基、4-嘧啶基、5-嘧啶基)、呋呫基(例如：3-呋呫基)、吡基(例如：2-吡基)、二唑基(例如：1,3,4- 二唑-2-基)、苯并呋喃基(例如：2-苯并[b]呋喃基、3-苯并[b]呋喃基、4-苯并[b]呋喃基、5-苯并[b]呋喃基、6-苯并[b]呋喃基、7-苯并[b]呋喃基)、苯并噻吩基(例如：2-苯并[b]噻吩基、3-苯并[b]噻吩基、4-苯并[b]噻吩基、5-苯并[b]噻吩基、6-苯并[b]噻吩基、7-苯并[b]噻吩基)、苯并咪唑基(例如：1-苯并咪唑基、2-苯并咪唑基、4-苯并咪唑基、5-苯并咪唑基)、二苯并呋喃基、苯并 唑基、苯并噻唑基、喹 啉基(例如：2-喹 啉基、5-喹 啉基、6-喹 啉基)、邤啉基(例如：3-邤啉基、4-邤啉基、5-邤啉基、6-邤啉基、7-邤啉基、8-邤啉基)、喹唑啉基(例如：2-喹唑啉基、4-喹唑啉基、5-喹唑啉基、6-喹唑啉基、7-喹唑啉基、8-喹唑啉基)、喹啉基(例如：2-喹啉基、3-喹啉基、4-喹啉基、5-喹啉基、6-喹啉基、7-喹啉基、8-喹啉基)、呔基(例如：1-呔基、5-呔基、6-呔基)、異喹啉基(例如：1-異喹啉基、3-異喹啉基、4-異喹啉基、5-異喹啉基、6-異喹啉基、7-異喹啉基、8-異喹啉基)、嘌呤基、喋啶基(例如：2-喋啶基、4-喋啶基、6-喋啶基、7-喋啶基)、咔唑基、啡啶基、吖啶基(例如：1-吖啶基、2-吖啶基、3-吖啶基、4-吖啶基、9-吖啶基)、吲哚基(例如：1-吲哚基、2-吲哚基、3-吲哚基、4-吲哚基、5-吲哚基、6-吲哚基、7- 吲哚基)、異吲哚基、啡基(例如：1-啡基、2-啡基)或啡噻基(例如：1-啡噻基、2-啡噻基、3-啡噻基、4-啡噻基)等。
於本發明中，舉例來說，「環烷基」為環狀飽和羥基，碳數並未特別受限，但舉例來說為3~24或3~15。前述環烷基可舉例如環丙基、環丁基、環戊基、環己基、環戊基、環辛基、架橋環羥基及螺羥基等，且宜為環丙基、環丁基、環戊基、環己基及架橋環羥基等。
於本發明中，「架橋環羥基」可舉例如雙環[2.1.0]戊基、雙環[2.2.1]庚基、雙環[2.2.2]辛基及雙環[3.2.1]辛基、三環[2.2.1.0]庚基、雙環[3.3.1]壬烷、1-金剛烷基及2-金剛烷基等。
於本發明中，「螺羥基」可舉例如螺[3.4]辛基等。
於本發明中，舉例來說，「環烯基」包含環狀不飽和脂肪族羥基，碳數則例如為3~24或3~7。前述之基可舉例如環丙烯基、環丁烯基、環戊烯基、環己烯基及環庚烯基等，且宜為環丙烯基、環丁烯基、環戊烯基及環己烯基等。舉例來說，前述環烯基包含環中具有不飽和鍵之架橋環羥基及螺羥基。
於本發明中，「芳烷基」可舉例如苄基、2-苯乙基及伸萘基甲基等，「環烷基烷基」或「環基烷基」則可舉例如環己基甲基、金剛烷基甲基等，「羥烷基」則可舉例如羥甲基及2-羥乙基等。
於本發明中，舉例來說，「烷氧基」包含前述烷基-O-基，可舉例如甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基及正丁氧基等，「烷氧基烷基」可舉例如甲氧基甲基等，「胺烷基」可舉例如2-胺基乙基等。
於本發明中，「環基」為任意之環狀原子團，且宜為非芳香族之飽和或不飽和環狀取代基。其碳數並未特別受限，但例如為3~24。
於本發明中，「雜環基」可舉例如1-吡咯啉基、2-吡咯啉基、3-吡咯啉基、1-吡咯啶基、2-吡咯啶基、3-吡咯啶基、吡咯啶酮、1-咪唑啉基、2-咪唑啉基、4-咪唑啉基、1-咪唑啶基、2-咪唑啶基、4-咪唑啶基、咪唑啶酮、1-吡唑啉基、3-吡唑啉基、4-吡唑啉基、1-吡唑啶基、3-吡唑啶基、4-吡唑啶基、哌啶酮、N-六氫吡啶基、2-哌啶基、3-哌啶基、4-哌啶基、1-六氫吡基、2-六氫吡基、哌酮、2-啉基、3-啉基、啉基、四氫哌喃基及四氫呋喃基等。
於本發明中，「雜環基烷基」可舉例如哌啶基甲基、六氫吡基甲基等，「雜環基烯基」可舉例如2-哌啶基乙烯基等，「雜芳烷基」可舉例如吡啶基甲基及喹啉-3-基甲基等。
於本發明中，「矽基」包含式R3Si-所示之基，R可獨立選自前述烷基、芳基及環烷基，可舉例如三甲基矽基及第三丁基二甲基矽基等，「矽氧基」可舉例如三甲基矽氧基等，「矽氧基烷基」則可舉例如三甲基矽氧基甲 基等。
於本發明中，「伸烷基」可舉例如亞甲基、伸乙基及伸丙基等。
於本發明中，「醯基」並未特別受限，但可舉例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、異丁醯基、戊醯基、異戊醯基、三甲基乙醯基、己醯基、環己醯基、苯甲醯基、乙氧羰基等。就結構中含有醯基之基(醯氧基、烷醯氧基等)而言亦是相同。此外，本發明中，醯基之碳數包含羰基之碳，舉例來說，碳數1之烷醯基(醯基)係指甲醯基。
於本發明中，「鹵素」係指任意之鹵元素，可舉例如氟、氯、溴及碘。
於本發明中，「全氟烷基」並未特別受限，但可舉例如衍生自碳數1~30之直鏈或分枝狀烷基的全氟烷基。前述「全氟烷基」可更具體舉例如衍生自甲基、乙基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、第二丁基及第三丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十一烷基、十二烷基、十三烷基、十四烷基、十五烷基、十六烷基、十七烷基、十八烷基、十九烷基及二十烷基等基之全氟烷基。就結構中含有全氟烷基之基(全氟烷磺醯基、全氟醯基等)而言亦是相同。
於本發明中，前述各種基亦可經取代。前述取代基可舉例如羥基、羧基、鹵素、鹵化烷基(例如：CF3、CH2CF3、CH2CCl3)、硝基、亞硝基、氰基、烷基(例如：甲基、乙基、異丙基、第三丁基)、烯基(例如：乙烯基)、炔 基(例如：乙炔基)、環烷基(例如：環丙基、金剛烷基)、環烷基烷基(例如：環己基甲基、金剛烷基甲基)、環烯基(例如：環丙烯基)、芳基(例如：苯基、萘基)、芳烷基(例如：苄基、苯乙基)、雜芳基(例如：吡啶基、呋喃基)、雜芳基烷基(例如：吡啶基甲基)、雜環基(例如：哌啶基)、雜環基烷基(例如：啉甲基)、烷氧基(例如：甲氧基、乙氧基、丙氧基、丁氧基)、鹵化烷氧基(例如：OCF3)、烯氧基(例如：乙烯氧基、烯丙氧基)、芳氧基(例如：苯氧基)、烷氧羰基(例如：甲氧羰基、乙氧羰基、第三丁氧羰基)、芳烷氧基(例如：苄氧基)、胺基[烷胺基(例如：甲基胺基、乙基胺基、二甲基胺基)、醯基胺基(例如：乙醯基胺基、苯甲醯基胺基)、芳烷基胺基(例如：苄基胺基、三苯甲基胺基)、羥胺基]、烷基胺基烷基(例如：二乙基胺基甲基)、胺磺醯基以及側氧基等。
此外，於本發明中，前述各種基為雜環或含有雜環時，「碳數」包含了構成前述雜環之雜原子數。
2.硫醚之製造方法
於本發明中，第1硫醚製造方法如前所述，為一種製造下述化學式(103)所示硫醚之方法，其係使下述化學式(101a)及(101b)所示硫醇或硫代烷氧化物與下述化學式(102)所示鹵化物進行偶合反應，以製造下述化學式(103)所示硫醚。
前述化學式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分別為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相同亦可互異；前述化學式(101a)及(101b)中，M1及M2分別為氫原子或金屬，且可相同亦可互異；前述化學式(102)及(103)中，n為正整數；前述化學式(102)中，X1及X2分別為鹵素，且可相同亦可互異。
舉例來說，前述化學式(103)所示之硫醚化合物可用作醫藥品合成之有用中間產物。在習知之合成法中，硫醚化合物(103)僅能以低收率製得。然而，本案發明人找出可高效率將其合成之方法，終至於發明出本發明之第1及第2硫醚製造方法。若依本發明之硫醚製造方法，舉例來說，可如後述實施例1般，以相對於鹵化物(102)為70%以上之高收率製得硫醚化合物(103)。
前述化學式(101a)、(101b)及(103)中，R4及 R5宜分別為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝狀炔基、碳數5~24之芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環基烷基或碳數2~30之直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相同亦可互異。又，前述化學式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5尤宜分別為甲基。
M1及M2亦未特別受限，但可舉例如氫原子、鹼金屬、鹼土族金屬及過渡金屬等，且宜為氫原子、鈉、鉀、鈣、鎂、鋁、鋅、鐵、銅、釔或鉍。另，M1及M2為金屬時，其價數任意。又，M1及M2之原子數在前述化學式(101a)及(101b)中亦是與硫醇之分子數以1：1表示，但並不限於此。舉例來說，M1或M2為x價(x為正整數)之金屬離子，M1或M2之原子數相對於前述化學式(101a)或(101b)中之硫醇分子數亦可為1/x。此外，(101a)及(101b)所示之硫代烷氧化物亦可各自互異，但若相同則(103)之合成簡便，較為理想。
前述化學式(102)中，n未特別受限，但例如為1~30，且宜為1~20。
前述化學式(101a)及(101b)所示之硫代烷氧化物與前述化學式(102)所示鹵化物之偶合反應條件並未特別受限。前述偶合反應之反應溶劑並未特別受限，但可舉例如：丙酮、甲基乙基酮等之酮類；二乙醚、THF(四氫 呋喃)、二 烷等之醚類；或是乙腈等之腈類等。前述偶合反應之反應時間並未特別受限，舉例來說為30分鐘~4小時，且宜為30分鐘~2小時，更宜為30分鐘~1小時。前述偶合反應之反應溫度並未特別受限，但舉例來說為15~40℃，且宜為15~37℃，更宜為20~37℃。前述化學式(101a)及(101b)所示硫代烷氧化物之濃度與前述化學式(102)所示鹵化物之濃度亦未特別受限，可適當設定。前述化學式(101a)及(101b)所示之硫代烷氧化物與前述化學式(102)所示鹵化物之物質量比亦未特別受限，例如可以是化學計量比，亦可為其他之任意比。前述化學式(101a)及(101b)所示硫代烷氧化物之莫耳數相對於前述化學式(102)所示鹵化物之莫耳數舉例來說為1~10倍，且宜為2~7倍，更宜為3~5倍。舉例來說，前述偶合反應之反應條件可參考習知之硫代烷氧化物與鹵化物之偶合反應等的條件來適當設定，亦可參考後述之實施例1來設定。習知反應之參考文獻可列舉如後述實施例1所記載的參考文獻等。
前述偶合反應之例可列舉如下述流程1-2之反應。下述流程1-2之上段反應與後述實施例1之反應相同。
前述化學式(102)所示鹵化物之製造方法亦未特別受限。舉例來說，若可能取得前述鹵化物之市售品等，亦可將其直接使用。例如，前述流程1-2中之化合物(102-2)已由Aurora Fine Chemicals LLC公司(美國)作市售。舉例來說，前述化合物(102-2)亦可依照Head,Frank S.H.,Journal of the Chemical Society,Feb.,1012-15,1965之方法合成。此外，舉例來說，亦可以鹵化氫酸等將三聚甲醛(paraformaldehyde)水解來製造前述化學式(102)所示鹵化物。前述水解反應之反應溶劑並未特別受限，但舉例來說宜為水。此外，舉例而言，亦可進一步對濃厚之前述鹵化氫酸水溶液加入鹵化磺酸等，在其反應系統中進行前述水解反應。前述水解反應時間並未特別受限，例如為1~24小時，且宜為1~12小時，更宜為2~6小時。前述水解反應溫度並未特別受限，但例如為-20~35℃，且宜為-10~30℃,更宜為-5~25℃。各反應物質之濃度、物質量比等亦未特別受限，可適當予以設定。前述水解反應之反應條件舉例來說可參考習知三聚甲醛水解反應等之條件來適當設定，亦 可參考後述實施例1來設定。例如，前述流程1-2之化合物(102-1)與後述實施例1之化合物(1002)為同一化合物，可依照實施例1來製造。習知反應之參考文獻可舉例如後述實施例1所記載之參考文獻等。
其次，本發明之第2硫醚製造方法如前述般係一種製造下述化學式(103)所示硫醚之方法，其係使下述化學式(103b)所示硫醚與下述化學式(104)所示之醇在鹵化劑及路易士存在下進行偶合反應，以製造下述化學式(103)所示硫醚者。
前述化學式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6分別為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相同亦可相異；前述化學式(103b)及(103)中，n為2以上之整數。
前述化學式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6宜分別為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝狀炔基、碳數5~24之芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環基烷基或是碳數6~30之直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相同亦可互異。前述化學式(103b)、(104)及(103)中，R4、R5及R6尤宜分別為甲基。
本發明之第2硫醚製造方法中，前述鹵化劑並未特別受限，但宜係選自於由N-氯琥珀醯亞胺、N-溴琥珀醯亞胺、N-碘琥珀醯亞胺、碘、溴及氯所構成群組中之至少一種。前述路易士酸亦未特別受限，但宜係選自於由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其等之鹽所構成群組中之至少一種。前述路易士酸尤宜為三氟甲磺酸之銀鹽。此外，本發明之第2硫醚製造方法中，宜使前述偶合反應在分子篩共存下進行。
本發明之第2硫醚製造方法中，前述化學式(103b)所示硫醚與前述化學式(104)所示之醇的偶合反應條件並未特別受限。前述偶合反應之反應溶劑雖未特別受限，但可舉例如：丙酮、甲乙酮及苯乙酮等之酮類；二乙醚、THF(四氫呋喃)及二 烷等之醚類；或是乙腈等之腈類等。前述偶合反應之反應時間並未特別受限，但舉例來說為1~12小時，且宜為1~8小時，更宜為1~4小時。前述偶 合反應之反應溫度並未特別受限，舉例來說宜為-75~0℃，且宜為-60~-10℃，更宜為-50~-40℃。前述化學式(103b)所示硫醚及前述化學式(104)所示之醇的濃度亦未特別受限，可適當予以設定。前述化學式(103b)所示硫醚及前述化學式(104)所示之醇的物質量比亦未特別受限，舉例來說，可為化學計量比，亦可為其他任意之比。其他反應物質之使用量亦未特別受限。前述化學式(103b)所示硫醚之莫耳數相對於前述化學式(104)所示之醇的莫耳數舉例來說為0.5~2倍，且宜為0.5~1倍，更宜為0.5倍。前述鹵化劑之莫耳數相對於前述化學式(104)所示之醇的莫耳數舉例來說為1~2倍，且宜為1~1.5倍，更宜為1.2倍。前述路易士酸之莫耳數相對於前述化學式(104)所示之醇的莫耳數舉例來說宜為0.005~0.05倍，且宜為0.01~0.025倍，更宜為0.015倍。分子篩之使用量雖未特別受限，但相對於前述各反應物質宜過剩使用。前述偶合反應之反應條件舉例來說亦可參考習知之硫醚與醇的偶合反應等條件來予以適當設定。習知之硫醚與醇的偶合反應之參考文獻可舉例如Eur.Pat.Appl.(1995),EP 639577 A1。
本發明之第2硫醚製造方法中，前述硫醚與醇之偶合反應例可舉例如下述流程2-2所示反應。可如此依序使硫醚之鏈長逐漸延伸。另外，下述流程2-2中，「NIS」表示N-碘琥珀醯亞胺，「TfOAg」表示三氟甲磺酸之銀鹽，「MS」表示分子篩。舉例來說，化合物(105-1)可參考Synthetic Communications,16(13),1607-10；1986等來進行 合成，亦可取得市售品。
3.醚
接著，如前所述，本發明之醚係下述化學式(106)所示之醚、其鏡像異構物、互變異構物、立體異構物或其等之鹽。
前述化學式(106)中，R4為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基；n為正整數；L1為伸乙基(-CH2CH2-)，但除了對[D1]結合在α位之1個氫原子以外，其他氫原子可經直鏈或分枝狀烷基取代， 亦可未經取代；[D1]為電子吸引基。
前述化學式(106)中，R4宜為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝狀炔基、碳數5~24之芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環基烷基或是碳數2~30之直鏈或分枝狀烷氧基烷基。前述化學式(106)中，R4尤宜為甲基。
前述化學式(106)中，就L1而言，舉例來說，前述直鏈或分枝狀烷基亦可為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基。此外，L1尤宜為無取代之伸乙基(-CH2CH2-)。又，前述化學式(106)中，[D1]宜為氰基、硝基、烷磺醯基、鹵素、硝基、芳磺醯基、三鹵甲基或三烷基胺基。前述三鹵甲基可舉例如三氯甲基及三氟甲基等。此外，前述化學式(106)中，n並未特別受限，但舉例來說係1~30之範圍，且宜為1~20之範圍。
前述化學式(106)所示之本發明之醚宜作為前述本發明之配糖體化合物的合成中間產物。但，本發明之醚不侷限於此，亦可用於任何用途。
4.醚之製造方法
前述化學式(106)所示本發明之醚的製造方法並未特別受限，但宜為前述本發明之醚的製造方法。如前所述，本發明之醚的製造方法係一種製造前述化學式(106)所示 本發明之醚的方法，其係使下述化學式(103)所示硫醚與下述化學式(105)所示之醇在鹵化劑及路易士酸存在下進行偶合反應，而製出前述化學式(106)所示之本發明之醚者。
前述化學式(103)及(105)中，R4與前述化學式(106)相同；R5為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可與R4相同亦可互異；前述化學式(103)中，n與前述化學式(106)相同；前述化學式(105)中，L1及[D1]與前述化學式(106)相同。
前述化學式(103)中，R5宜為碳數1~12之直鏈或分枝狀烷基、碳數2~12之直鏈或分枝狀烯基、碳數2~12之直鏈或分枝狀炔基、碳數5~24之芳基、碳數6~30之直鏈或分枝狀芳烷基、碳數3~24之環烷基、碳數3~24之環烯基、碳數4~30之直鏈或分枝狀環烷基烷基、碳數 4~30之直鏈或分枝狀環基烷基或碳數2~30之直鏈或分枝狀烷氧基烷基，且可相異亦可互異。前述化學式(103)中，R5尤宜為甲基。
本發明之醚的製造方法中，前述鹵化劑並未特別受限，但宜係選自於由N-氯琥珀醯亞胺、N-溴琥珀醯亞胺、N-碘琥珀醯亞胺、碘、溴及氯所構成群組中之至少一種。前述路易士酸亦未特別受限，但宜係選自於由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其等之鹽所構成群組中之至少一種。前述路易士酸尤宜為三氟甲磺酸之銀鹽。此外，本發明之第2硫醚製造方法中，宜使前述偶合反應在分子篩共存下進行。
本發明之醚的製造方法中，前述化學式(103)所示硫醚與前述化學式(105)所示之醇的偶合反應條件並未特別受限。前述偶合反應之反應溶劑雖未特別受限，但可舉例如：丙酮、甲乙基酮及苯乙酮等酮類；二乙醚、THF(四氫呋喃)及二 烷等醚類；或是乙腈等。前述偶合反應之反應時間並未特別受限，但舉例來說為1~12小時，且宜為1~8小時，更宜為1~4小時。前述偶合反應之反應溫度並未特別受限，但舉例來說為-75~0℃，且宜為-60~-10℃，更宜為-50~-40℃。前述化學式(103)所示硫醚及前述化學式(105)所示之醇的濃度亦未特別受限，可適當予以設定。前述化學式(103)所示硫醚與前述化學式(105)所示之醇的物質量比亦未特別受限，舉例來說可為化學計量比，亦可為其他任意之比。其他反應物質之使用量亦未特別受 限。前述化學式(103)所示硫醚之莫耳數相對於前述化學式(105)所示之醇的莫耳數可舉例如0.5~2倍，且宜為0.5~1倍，更宜為0.5倍。前述鹵化劑之莫耳數相對於前述化學式(105)所示之醇的莫耳數例如為1~2倍，且宜為1~1.5倍，更宜為1.2倍。前述路易士酸之莫耳數相對於前述化學式(105)所示之醇的莫耳數例如為0.005~0.05倍，且宜為0.01~0.025倍，更宜為0.015倍。分子篩之使用量未特別受限，但相對於前述各反應物質宜過剩使用。前述偶合反應之反應條件舉例來說可參考習知硫醚與醇之偶合反應等的條件而予以適當設定，亦可參照後述實施例1之條件來適當設定。習知之硫醚與醇之偶合反應的參考文獻可舉例如Eur.Pat.Appl.(1995),EP 639577 A1。
此外，本發明之醚的製造方法中，前述化學式(103)所示硫醚之製造方法並未特別受限，但以前述本發明之第1或第2硫醚製造方法為宜。亦即，前述化學式(106)所示本發明之醚的製造方法更宜包含：利用前述本發明之第1或第2硫醚製造方法來製造前述化學式(103)所示硫醚的步驟。
5.配糖體化合物之製造方法
本發明之配糖體化合物的製造方法並未特別受限，例如，可參考習知配糖體(ACE-amidite等)之製造方法來適當進行。舉例來說，亦可參考Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,unit 2.16.1-2.16.31(2009).所記載之製造方法。
本發明之配糖體舉例來說宜利用前述本發 明之製造方法(配糖體化合物之製造方法)來製造。前述本發明之製造方法(配糖體化合物之製造方法)係如前述，其包含使下述化學式(107)所示之配糖體化合物與下述化學式(106)所示之醚在鹵化劑及路易士酸存在下進行偶合反應來製造下述化學式(1a)所示配糖體化合物的耦合步驟，且下述化學式(1a)所示配糖體化合物係前述化學式(1)中之R1與R2成為一體而形成前述化學式(R1R2A)或(R1R2B)所示原子團的配糖體化合物。
前述化學式(107)及(1a)中，L2為前述化學式(R1R2A)或(R1R2B)所示之原子團，B與前述化學式(1)相同；前述化學式(106)中，R4為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳 烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基；前述化學式(106)及(1a)中，L1、n及[D1]係與前述化學式(1)相同。
前述化學式(107)所示配糖體之取得方法並未特別受限。例如，可取得市售品，亦可利用習知方法製造。前述偶合反應(前述流程4)中，前述鹵化劑並未特別受限，但宜係選自於由N-氯琥珀醯亞胺、N-溴琥珀醯亞胺、N-碘琥珀醯亞胺、碘、溴及氯所構成群組中之至少一種。前述路易士酸亦未特別受限，但宜係選自於由全氟烷基羧酸、全氟烷基磺酸、烷基磺酸及其等之鹽所構成群組中之至少一種。前述路易士酸尤宜為三氟甲磺酸或其鹽。
本發明之配糖體化合物之製造方法中，前述化學式(107)所示配糖體化合物與前述化學式(106)所示之醚的偶合反應條件並未特別受限。前述偶合反應之反應溶劑並未特別受限，但可舉例如：丙酮、甲乙酮及苯乙酮等酮類；二乙醚、THF(四氫呋喃)及二 烷等醚類；或是乙腈等之腈類等。前述偶合反應之反應時間並未特別受限，但可舉例如1~12小時，且宜為1~8小時，更宜為1~4小時。前述偶合反應之反應溫度並未特別受限，可舉例如-75~0℃，且宜為-60~-10℃，更宜為-50~-40℃。前述化學式(107)所示配糖體化合物及前述化學式(106)所示之醚的濃度亦未特別受限，可適當予以設定。前述化學式(107)所示配糖體化合物與前述化學式(106)所示之醚的物質量比亦未特 別受限，例如可為化學計量比，亦可為其他任意之比。其他反應物質之使用量亦未特別受限。前述化學式(107)所示配糖體化合物之莫耳數相對於前述化學式(106)所示之醚的莫耳數可舉例如1~5倍，且宜為1~3倍，更宜為1~1.5倍。前述鹵化劑之莫耳數相對於前述化學式(106)所示之醚的莫耳數可舉例如1~3倍，且宜1~2倍，更宜為1~1.5倍。前述路易士酸之莫耳數相對於前述化學式(106)所示之醚的莫耳數可舉例如0.005~0.05倍，且宜為0.01~0.025倍，更宜為0.015倍。前述偶合反應之反應條件舉例來說可如前所述，參照習知配糖體化合物之amidite合成等條件來予以適當設定，亦可參考後述實施例2至5中任一者之條件來適當設定。
本發明之配糖體化合物之製造方法宜更含有：脫保護步驟，其係使前述原子團L2從前述化學式(1a)所示之配糖體化合物脫保護，以製造下述化學式(1b)所示之配糖體化合物。於此情況下，下述化學式(1b)所示配糖體化合物為前述化學式(1)中R1及R2為氫原子的配糖體化合物。
於前述化學式(1b)中，B、L1、n及[D1]與前述化學式(1)相同。
於前述脫保護步驟中，脫保護反應之條件並未特別受限，但舉例來說可使用習知之脫保護劑。前述脫保護劑並未特別受限，但可舉例如氟化氫吡啶、氟化氫三乙胺、氟化銨、氟化氫酸、氟化四丁基銨等。前述脫保護反應之反應溶劑並未特別受限，但可舉例如：丙酮等之酮類；二乙醚及THF(四氫呋喃)等之醚類；或者甲醇、乙醇、乙腈等。前述脫保護反應之反應時間並未特別受限，但可舉例如30分鐘~24小時，且以2~12小時為宜，更宜為2~4小時。前述脫保護反應之反應溫度並未特別受限，但可舉例如0~100℃，且以20~60℃為宜，更宜為20~50℃。前述化學式(1a)所示配糖體化合物及前述脫保護劑之濃度亦未特別受限，可適當予以設定。前述化學式(1a)所示配糖體化合物與前述脫保護劑之物質量比亦未特別受限，例如可為化學計量論，亦可為其他任意之比。其他反應物質之使用量亦未特別受限。前述脫保護劑之莫耳數相對於前 述化學式(1a)所示配糖體化合物之莫耳數可舉例如0.1~20倍，且以0.2~10倍為宜，更宜為1~5倍。前述脫保護反應之反應條件舉例來說可參考習知配糖體中類似之脫保護反應等的條件來適當設定，亦可參照後述實施例2至5中任一者之條件來適當設設定。
本發明之配糖體化合物之製造方法更宜包含：保護基導入步驟，其係對前述化學式(1b)導入保護基R1及R2，以製造下述化學式(1c)所示之配糖體化合物。此時，下述化學式(1c)所示之配糖體化合物係前述化學式(1)所示之配糖體化合物，但R1及R2為氫原子、前述化學式(R1R2A)及(R1R2B)的情況除外。
前述化學式(1c)中，R1及R2係前述化學式(1)之R1及R2中氫原子、前述化學式(R1R2A)及(R1R2B)以外者；B、L1、n及[D1]與前述化學式(1)相同。
前述保護基導入步驟之反應條件未特別受限，舉例來說亦可參考習知配糖體化合物之類似反應等來適當設定。前述保護基導入步驟中，例如，前述R1及R2 可同時(在同一步驟中)導入，亦可在導入R1後再附加R2，尚可在導入R2後導入R1。舉例來說，宜在導入R1後導入R2。保護基R1及R2並未特別受限，但可舉例如前述者。
保護基R1之導入反應中，保護基導入劑僅需依R1來適當選擇即可。反應溶劑雖未特別受限，但可舉例如吡啶等之極性溶劑，或是乙腈等之腈類、四氫呋喃等之醚類等。反應時間未特別受限，但可舉例如30分鐘~24小時，且宜為2~12小時，更宜為2~4小時。反應溫度雖未特別受限，但可舉例如0~100℃，且以10~60℃為佳，更宜為20~30℃。所用配糖體化合物及保護基導入劑之濃度亦未特別受限，可適當予以設定。前述配糖體化合物與前述保護基導入劑之物質量比亦未特別受限，舉例來說可為化學計量比，亦可為其他任意之比。其他反應物質之使用量亦未特別受限。前述保護基導入劑之莫耳數相對於前述配糖體化合物之莫耳數舉例來說為1~100倍，且以1~20倍為宜，更宜為1~5倍。保護基R1之導入反應的反應條件舉例來說可參考習知配糖體之類似反應的條件來適當設定，亦可參照後述實施例2至5中任一者之條件來適當設定。
保護基R2之導入反應中，保護基導入劑僅需依R2適當選擇即可。反應溶劑雖未特別限定，但可舉例如乙腈等之腈類或四氫呋喃、二氯甲烷等。反應時間並未特別受限，但舉例來說為30分鐘~24小時，且宜1~12小時，更宜4~6小時。反應溫度並未特別受限，但舉例來說為-80~30℃，且宜為-70~0℃，更宜為-50~-40℃。所用配糖 體化合物及保護基導入劑之濃度亦未特別受限，可適當設定。前述配糖體化合物與前述保護基導入劑之物質量比亦未特別受限，例如可為化學計量比，亦可為其他任意之比。其他反應物質之使用量亦未特別受限。前述保護基導入劑之莫耳數相對於前述配糖體化合物之莫耳數舉例來說為1~20倍，且宜為1~5倍，更宜為1~1.5倍。保護基R2之導入反應的反應條件舉例來說可參考習知配糖體之類似反應條件來適當設定，亦可參考如後述實施例2或3之條件來適當設定。
前述各反應步驟中，反應生成物之純化方法亦未特別受限，可參考習知方法等來適當進行。
此外，本發明之配糖體化合物之製造方法中，前述化學式(106)所示之醚更宜以前述本發明之醚之製造方法來製造。又，其中間產物之硫醚(103)更宜以前述本發明之第1或第2硫醚製造方法來製造。藉此，可以更佳之收率製得本發明之配糖體化合物。
6.核酸製造方法
本發明之核酸製造方法如前所述，係含有下述化學式(I)所示結構之核酸的製造方法，其特徵在於包含使本發明之配糖體化合物進行縮合反應之縮合步驟，且前述化學式(1)所示配糖體化合物係下述化學式(2)所示之配糖體化合物。
前述化學式(I)中，B與前述化學式(1)、(2)或(3)相同，R100為氫原子或羥基；各B可相同亦可互異，且各R100可相同亦可互異；m為正整數。
本發明之核酸製造方法之反應條件並未特別受限，舉例來說可與一般之亞磷醯胺法等同樣地進行。舉例來說，本發明之核酸製造方法亦可使用一般之核酸自 動合成裝置等來製造(合成)。亦即，前述化學式(2)所示本發明之配糖體化合物可用作自動核酸合成用之amidite。本發明之核酸製造方法藉由使用前述化學式(2)所示本發明之配糖體化合物而可高純度且高收率地製造核酸。具體舉例來說，亦可在等同DNA合成程度之純度下合成RNA合成。其理由雖未明朗，但舉例來說，可以想見的是，與TBDMS-amidite、TOM-amidite、ACE-amidite等相較下縮合反應(偶合反應)時之立體障礙較少而導致縮合反應(偶合反應)效率提升等。此外，前述化學式(2)所示之本發明配糖體化合物亦容易進行伴隨縮合反應(偶合反應)之脫保護反應。
本發明之核酸製造方法中，舉例來說，含有前述化學式(I)所示結構之核酸為下述化學式(II)所示之核酸：
前述化學式(II)中，B、R100及m與前述化學式(I)相同，各B可相同亦可互異，且各R100可相同亦可互異，Z為氫原子或磷酸基；並且本發明之核酸製造方法亦可為含有下述步驟A1~A6之製造方法。
[步驟A1]
使酸作用於下述化學式(201)所示配糖體化合物而使5’位之羥基脫保護，進而製造下述化學式(202)所示之配糖體化合物的步驟。
前述化學式(201)及(202)中，m及B與前述化學式(II)相同；R1及R2c與前述化學式(2)相同；各R200分別表示氫原子、醯氧基或下述化學式(203)所 示取代基，且可相同亦可互異；T為氫原子、醯氧基或是下述化學式(203)或(204)所示之取代基；E為醯基或是下述化學式(204)所示之取代基；E及T中之至少一者為下述化學式(204)所示之取代基：
前述化學式(203)中，[D1]、L1及n與前述化學式(2)相同；
前述化學式(204)中，L3為連接子(linker)，[S]為固相載體；Q為單鍵或下述化學式(205)所示之取代基；
前述化學式(205)中，R2c與前述化學式(2)相同。
前述化學式(201)及(202)中，E之前述醯基可舉例如乙醯基、丙醯基、丁醯基、異丁醯基、苯甲醯基、4-甲氧基苯甲醯基、苯基乙醯基、苯氧乙醯基、4-第三丁基苯氧乙醯基、4-異丙基苯氧乙醯基等。T及R200之前述醯氧基中之醯基亦同。
前述化學式(204)中，前述L3(連接子)可舉例如：從3-胺基丙基、長鏈(long chain)烷基胺基(LCAA)及2-(2-羥乙基磺醯基)乙醇中之任一者衍生而成的基團；以及琥珀醯基等。前述[S](固相載體)則可舉例如：可控孔徑玻璃(controlled pore glass；CPG)、草醯基化-可控孔徑玻璃(參照Alul et al.,Nucleic Acids Research,Vol.19,1527(1991)等)、TentaGel載體-胺基聚乙二醇衍生物化支持體(參照Wrightet al.,Tetrahedron Letters,Vol.34,3373(1993)等)、多孔質聚苯乙烯與二乙烯基苯之共聚物等。
前述化學式(201)及(202)中，T宜為前述化學式(203)所示之取代基，且E宜為下述化學式(204-1)或 (204-2)所示之化合物。
前述化學式(204-1)及(204-2)中，LCAA及CPG與前述化學式(204)相同。前述化學式(204-2)中，[D2]與前述化學式(2)相同。
使用於本步驟A1之前述酸並未特別受限，但可舉例如鹵化羧酸等。前述鹵化羧酸可舉例如三氟乙酸、二氯乙酸、三氯乙酸等。舉例來說，亦可使前述酸溶解於適當之溶劑後再作使用。該溶液之濃度並未特別受限，但舉例來說為1~5重量%。前述溶劑亦未特別受限，但可舉例如二氯甲烷等之鹵化溶劑、乙腈等之腈類及水等，且可單獨使用亦可併用多種。本步驟A1之反應溫度並未特別受限，但宜為20℃~50℃。反應時間亦未特別受限，可視使用之酸種類及反應溫度等而異，但可舉例如1分鐘~1小時。前述酸之使用量(莫耳數)亦未特別受限，但相對於前述配糖體化合物(201)中之糖(或鹼)之莫耳數可舉 例如1~100倍，且宜1~10倍。
[步驟A2]
使核酸單體化合物在活性化劑存在下與前述步驟A1中製得之配糖體化合物(202)進行縮合，以製造下述化學式(206)所示配糖體化合物的步驟。
前述化學式(206)中，B、E、m、R1、R200、T及R2c與 前述化學式(201)相同，且各B、各R200以及各R2c分別可相同亦可互異。
於本步驟A2中，前述「核酸單體化合物」可舉例如前述化學式(2)所示本發明之配糖體化合物。雖然前述「核酸單體化合物」亦可使用其他之配糖體化合物，但從反應效率、目的生成物之收率、目的生成物之純度等觀點來看，仍以使用前述化學式(2)所示之配糖體化合物為佳。此外，亦可將前述化學式(2)所示之配糖體化合物與其他配糖體化合物一起使用。前述「其他配糖體化合物」可舉例如前述化學式(2)中將R3改成H(氫原子)或OH(羥基)之配糖體化合物。在本發明之核酸製造方法中，最低限度是使用1分子以上之前述化學式(2)所示本發明之配糖體化合物來製造核酸。此外，如後所述，亦可將步驟A1~A4重複施行適當次數以使本步驟A2中之縮合反應重複多數次。可藉此使目的核酸(配糖體化合物(I)或(II))之鏈長成為所需(預定)鏈長。本發明之核酸製造方法中，宜使前述化學式(2)所示本發明之配糖體化合物進行多分子聚合(聚縮合)。藉此，舉例來說，可進行RNA(即前述化學式(I)或(II)中，R100全為羥基之核酸)之合成(製造)。又，為了合成DNA(前述化學式(I)或(II)中，R100全為氫原子之核酸)，舉例來說，亦可使前述化學式(2)所示本發明之配糖體化合物進行多分子聚合(聚縮合)，再從所合成出之RNA利用逆轉錄來進行DNA合成。化學式(I)或(II)中，作為R100，為了合成出含有氫及羥基兩者之核酸，舉例來說，亦可使前述 化學式(2)所示之配糖體化合物與前述化學式(2)中將R3改成H(氫原子)之配糖體化合物進行縮合反應。
於本步驟A2中，前述活性化劑並未特別受限，舉例來說可與習知核酸合成所用之活性化劑相同。前述活性化劑可舉例如1H-四唑、5-乙基硫代四唑、4,5-二氯咪唑、4,5-二氰基咪唑、苯并三唑三氟甲磺酸鹽(benzotriazole triflate)、咪唑三氟甲磺酸鹽、三氟甲磺酸吡啶鎓鹽(pyridinium triflate)、N,N-二異丙基乙基胺、2,4,6-柯林鹼/N-甲基咪唑等。
本步驟A2中，反應溶劑並未特別受限，但可舉例如：乙腈等之腈類、四氫呋喃、二 烷等之醚類等。該等溶劑可為單一種類，亦可併用多種。反應溫度亦未特別受限，但宜為20℃~50℃。反應時間亦未特別受限，可視使用之活性化劑種類、反應溫度等而異，但可舉例如1分鐘~1小時。前述核酸單體化合物之使用量(莫耳數)並未特別受限，但相對於前述化合物(202)中之糖(或鹼)的莫耳數，可舉例如1~100倍，且宜為1~10倍。前述活性化劑之使用量亦同。
[步驟A3]
將前述步驟A2中未反應之前述配糖體化合物(202)的5’位羥基加帽(capping)的步驟。
前述化學式(207)中，R300為甲基或苯氧甲基；B、E、m、R200、T及R2c與前述化學式(5)相同。
在本步驟A3中，使加帽劑對前述步驟A2結束時未反應之5’位羥基反應而予以保護。前述加帽劑並未特別受限，但可舉例如乙酸酐、苯氧乙酸酐等。舉例來說，前述加帽劑亦可製成溶液使用。前述溶液之溶劑並 未特別受限，但可舉例如吡啶、二氯甲烷、乙腈、四氫呋喃及其等之混合溶劑等。前述溶液之濃度亦未特別受限，但可舉例如0.05~1M。此外，在本步驟A3中，舉例來說亦可併用4-二甲基胺基吡啶、N-甲基咪唑等之適當的反應促進劑。反應溫度雖未特別受限，但以20℃~50℃為宜。反應時間並未特別受限，可視使用之加帽劑的種類及反應溫度等而異，但可舉例如1~30分鐘。前述脫帽劑之使用量(莫耳數)未特別受限，但相對於前述化合物(202)中之糖(或鹼)的莫耳數，可舉例如1~100倍，且宜為1~10倍。前述活性化劑之使用量亦同。前述反應促進劑之使用量亦同。
[步驟A4]
使氧化劑作用於前述步驟A2中製造之配糖體化合物(206)，而使前述化學式(206)中之亞磷酸基轉換成磷酸基的步驟。
前述化學式(208)中，B、E、m、R1、R200、T、及R2c與前述化學式(206)相同。
本步驟A4中之前述氧化劑並未特別受限，可舉例如碘、過氧化物(例如氫過氧化第三丁基)等。前述 氧化劑亦可製成溶液使用。前述溶液之溶劑並未特別受限，可舉例如吡啶、四氫呋喃、水、乙酸、二氯甲烷及其等之混合溶劑等。舉例來說，前述溶液可使用：使碘溶解於水、吡啶及四氫呋喃之混合溶劑而成的溶液；使碘溶解於吡啶與乙酸之混合溶劑而成的溶液；使過氧化物溶解於二氯甲烷而成的溶液等。前述溶劑之濃度亦未特別受限，舉例來說為0.05~2M。反應溫度未特別受限，但宜為20℃~50℃。反應時間未特別受限，可視使用之氧化劑種類、反應溫度等而異，舉例來說為1~30分鐘。前述氧化劑之使用量(莫耳數)雖未特別受限，但相對於前述化合物(206)中之糖(或鹼)的莫耳數，可舉例如1~100倍，且宜為1~10倍。
此外，在本步驟A4後且在進行後續步驟A5前，亦可回到步驟A1。藉由如此重複進行適當次數之步驟A1~A4，可使目的核酸(配糖體化合物(208))之鏈長成為所欲(預定)鏈長。
[步驟A5]
從前述固相載體切出前述步驟A4製得之配糖體化合物(208)，使各核鹼基部位及各2’位羥基脫保護之步驟。
前述化學式(209)中，B、m、R1及R200與前述化學式(208)相同；R100及Z與前述化學式(II)相同。
本步驟A5中，可對載持有前述核酸(208)之固相載體添加切出劑，來進行將前述配糖體化合物 (208)(即預定鏈長之核酸)從固相載體切出的步驟(切出步驟)。前述切出劑並未特別受限，但可舉例如濃氨水及甲基胺等，且可使用單種亦可併用2種以上。舉例來說，亦可使前述切出劑溶解於溶劑後使用。前述溶劑並未特別受限，但可舉例如水、甲醇、乙醇、異丙基醇、乙腈、四氫呋喃或其等之混合溶劑等，且以乙醇尤佳。前述溶液之濃度亦未特別受限，舉例來說，可製成使前述溶液中之氫氧化銨濃度為20~30重量%。前述氫氧化銨之濃度宜為25~30重量%，更宜為28~30重量%。前述切出劑之使用量(莫耳數)並未特別受限，但相對於前述化合物(208)中之糖(或鹼)的莫耳數，可舉例如1~100倍，且宜為1~10倍。前述活性化劑之使用量亦相同。前述切出步驟之反應溫度並未特別受限，舉例來說為15℃~75℃，且宜為15℃~50℃，較宜為15℃~30℃，更宜為18℃~25℃，且以20℃~25℃尤佳。反應時間未特別受限，可視使用之氧化劑種類及反應溫度等而異，舉例來說為1~24小時。
本步驟A5之前述2’位羥基的脫保護步驟中，脫保護劑並未特別受限，但可舉例如鹵化四烷基銨，更具體則可舉例如氟化四丁基銨。前述脫保護步驟中使用的溶劑並未特別限定，可舉例如四氫呋喃、N-甲基吡咯啶酮、N,N-二甲基甲醯胺、二甲亞碸及其等之混合溶劑等。此外，舉例來說，前述脫保護步驟中所產生的丙烯腈等之副生成物亦可藉烷基胺、硫醇或其等之混合物來捕捉。前述烷基胺可舉例如具有碳數1~10之直鏈狀烷基的烷基 胺。前述硫醇可舉例如具有碳數1~10之直鏈狀烷基的烷基硫醇。前述脫保護步驟之反應時間及反應溫度並未特別受限，但宜分別為30分鐘~50小時及10~70℃。前述脫保護劑之使用量相對於前述化合物(202)中之糖(或鹼)的莫耳數，舉例來說為10~1000倍，且宜為50~200倍。前述捕捉劑之使用量亦同。又，從前述脫保護步驟之反應混合物中分離純化出目的生成物之配糖體化合物(209)的方法並未特別限定，可使用定法之純化方法。前述純化方法可舉例如過濾、溶出、濃縮、中和、離心分離、層析法(二氧化矽凝膠管柱、薄相、逆相ODS、離子交換、凝膠過濾)、透析及超過濾等，且可單獨使用亦可併用多種。
[步驟A6]
將前述步驟A5所製得之化合物(209)中之5’位羥基的保護基予以去除的步驟。
本步驟A6所使用之前述酸並未特別受限，但可舉例如鹵化羧酸或羧酸等。前述鹵化羧酸或羧酸可舉例如三氟乙酸、二氯乙酸、三氯乙酸及乙酸等。舉例來說，亦可使前述酸溶解於適當之溶劑後使用。該溶液之濃度雖未特別受限，但可舉例如10~70重量%。前述溶劑亦未特 別受限，可舉例如二氯甲烷、乙腈、氯仿、乙醇、水、pH2~5之緩衝液及其等之混合溶劑等。前述緩衝液可舉例如乙酸緩衝液。本步驟A6之反應溫度未特別受限，但以10℃~60℃為宜。反應時間亦未特別受限，可視使用之酸種類及反應溫度等而異，舉例來說為1分鐘~30分鐘。前述酸之使用量(莫耳數)未特別受限，相對於前述配糖體化合物(209)中之糖(或鹼)的莫耳數，舉例來說為1~200倍，且宜為1~20倍。
另亦可依需要而使前述步驟A6之目的生成物的前述化合物(II)進行分離純化。舉例來說，「分離」包括單離。分離純化方法並未特別受限，可舉例如抽提、濃縮、中和、過濾、離心分離、逆相管柱層析法、離子交換管柱層析法、凝膠過濾管柱層析法、高速液體層析法、透析、超過濾等，可單獨使用亦可併用多種。
另外，本步驟A5與前述步驟A6之順序亦可前後調換。亦即，可在前述步驟A4後，使前述步驟A6先於前述步驟A5進行，之後再進行前述步驟A5。
本發明之核酸製造方法所製造之核酸的用途並未特別受限，舉例來說，可用於與習知核酸相同之用途。由於前述核酸可藉由本發明之核酸製造方法來製造，而可低成本且高純度地進行製造，因此其用途甚為廣泛，舉例來說，適於醫藥品製造等之用途。
以下藉由實施例等來詳細說明本發明，但本發明並不受其等之侷限。
[實施例]
[實施例1：EMM化試劑(1004)之合成]
依照下述流程E1，合成出EMM化試劑(1004)。另，「EMM」為「氰基乙氧基甲氧基甲基(cyanoethoxymethoxy methyl)」之略稱(以下相同)。
[[1]雙(氯甲基)醚(1002)之合成]
於-5~0℃下將三聚甲醛(1001)(100g,3.33mol)與濃鹽酸(70mL,0.83mol)之混合物攪拌30分鐘。耗費4小時將氯磺酸(190mL,2.86mol)滴定加入該反應混合物。更於-5~0℃下將其攪拌3小時後，進一步於室溫下攪拌一整夜。使用分液漏斗分離該反應混合液之上層，再以冰水洗淨。將洗淨後之反應混合液加入裝有冰之三角燒瓶，於冰浴中冷卻。一邊激烈攪拌該溶液，一邊緩緩加入40%氫氧化鈉水溶液至水層呈強鹼(pH11)。以分液漏斗分離所得之生成物，於冰浴中加入碳酸鉀與氫氧化鉀並其乾燥。以過濾去除乾燥劑，製得無色油狀物之目的化合物(1002)(158g，收率83%)。此外，該合成中之操作係參考Saul R.Buc,Org.Synth., Coll.Vol.4,p.101(1963)；Vol.36,p.1(1956).。以下顯示化合物(1002)之機器分析值。
化合物(1002)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：5.55(4H,s).
[[2]雙(甲基硫代甲基)醚(1003)之合成]
將甲基硫代鈉‧4.5水合物(330g,2.17mol)加入雙(氯甲基)醚(1002)(50g,0.43mol)之丙酮(720mL)溶液中，於室溫下激烈攪拌1小時。以矽藻土過濾反應溶液後減壓濃縮濾液。添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨3次，再以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥有機層，再減壓濃縮。減壓蒸餾(70~84℃,20~22mmHg(2.7~2.9kPa))粗生成物，製得無色油狀物之目的化合物(1003)(43.7g，收率74%)。此外，該合成方法係將Eur.Pat.Appl.(1994),EP604910A1所記載之合成方法進一步改良而使目的化合物之收率(前述文獻中記載收率為48%)更為提高的合成方法。以下顯示化合物(1003)之機器分析值。
化合物(1003)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：4.77(4H,s),2.16(6H,s).
[[3]EMM化試劑(1004)之合成]
使雙(甲基硫代甲基)醚(1003)(10.0g,72mmol)於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(100mL)。於該溶液中加入氰基乙醇(2.6g,36mmol)及10g之分子篩4A，攪拌10分鐘。對該混合物進一步添加N-碘琥珀醯亞胺(9.8g,43mmol)並使其溶解，冷卻至0℃。冷卻後，更添加三氟甲磺酸銀(0.28g, 1.1mmol)並攪拌1小時。攪拌後添加乙酸乙酯，依序以飽和硫代硫酸鈉水溶液、飽和碳酸氫鈉水溶液及飽和氯化鈉水溶液洗淨。之後分取有機層，以無水硫酸鈉乾燥後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(己烷：乙酸乙酯=4：1)純化其粗生成物，獲得無色油狀物質之目的化合物(1004)(3.4g，收率58%)。以下顯示化合物(1004)之機器分析值。
化合物(1004)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：4.86(2H,s),4.73(2H,s),3.80(2H,t,J=6.3Hz),2.64(2H,t,J=6.3Hz),2.18(3H,s).GC-MS(EI+)：m/z 161[M]+、84[CH2O(CH2)2CN]+、61[CH3SCH2]+、54[(CH2)2CN]+
[實施例2：尿苷EMM-amidite(1009)之合成]依照下述流程E2，合成出尿苷EMM-amidite(1009)。
[[1]3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1006)之合成]
於氬氣環境下，使3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)尿苷(1005)(0.50g,1.0mmol)溶解於四氫呋喃(5mL)後，更添加EMM化試劑(1004)(0.26g,1.6mmol)攪拌。使其冷卻至-45℃後，添加三氟甲磺酸(0.24g,1.6mmol)攪拌10分鐘。攪拌後，添加N-碘琥珀醯亞胺(0.36g,1.6mmol)，更攪拌5小時。反應結束後添加三乙胺並驟冷。更添加乙酸乙酯，以飽和硫代硫酸鈉水溶液洗淨2次，接著以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥其有機層後，減壓濃縮之。對殘渣添加乙酸乙酯，以飽和硫代硫酸鈉水溶 液、飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥其有機層後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(乙酸乙酯：己烷=1：1)純化所得粗生成物，製得目的化合物(1006)(0.51g，收率83%)。以下顯示化合物(1006)之機器分析值。
化合物(1006)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.41(1H,s),7.90(1H,d,J=7.8Hz),5.72(1H,s),5.67(1H,d,J=8.3Hz),5.15-5.08(2H,m),4.98(1H,d,J=6.8Hz),4.84(1H,d,J=4.4Hz),4.26-4.11(4H,m),4.04-3.97(2H,m),3.90-3.78(1H,m),2.70-2.65(2H,m),1.11-0.94(28H,m).
[[2]2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1007)之合成]
使3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1006)(3.8g,6.3mmol)溶解於四氫呋喃(15mL)後，更添加氟化氫吡啶(1.6g,16mmol)，於室溫下攪拌一整夜。濾取所得沉澱物，減壓乾燥而獲得1.6g之前述沉澱物。另一方面，對殘餘之濾液添加甲苯，傾析並去除上清液。對去除上清液後之液體添加二異丙基醚，傾析並去除上清液，反覆此一操作直至獲得結晶。接著濾取所得沉澱物(結晶)，減壓乾燥而獲得0.5g之前述沉澱物(結晶)。將前述各沉澱物合計而獲得目的化合物(1007)(2.1g，收率92%)。以下顯示化合物(1007)之機器分析值。
化合物(1007)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：10.23(1H,br.s),7.90(1H,d,J=7.8Hz),5.84(1H,d,J=2.9Hz),5.59(1H,d,J=8.3Hz),5.09(1H,d,J=7.0Hz),4.98(1H,d,J=6.7Hz),4.87(2H,s),4.25-4.22(3H,m),3.99(1H,s),3.83-3.69(5H,m),2.70-2.61(2H,m).
[[3]5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1008)之合成]
以吡啶共沸2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1007)(2.1g,6.0mmol)，再以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。之後，添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯化物(2.6g,7.2mmol)後添加吡啶(10mL)，攪拌2小時。攪拌後，添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨2次，接著以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥該有機層後，減壓濃縮之。再以二氧化矽凝膠管柱層析法(丙酮：己烷=3：7，含0.05%吡啶→二氯甲烷：甲醇=9：1，含0.05%吡啶)純化所得粗生成物，獲得目的化合物(1008)(3.8g，收率96%)。以下顯示化合物(1008)之機器分析值。
化合物(1008)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.62(1H,br.s),7.99(1H,d,J=7.8Hz),7.40-7.25(9H,m),6.90-6.84(4H,m),5.96(1H,d,J=2.0Hz),5.28(1H,d,J=8.3Hz),5.18(1H,d,J=6.8Hz),5.03(1H,d,J=7.3Hz),4.87(2H,d,J=7.3Hz),4.48(1H,q,J=5.4Hz),4.29(1H,dd,J=5.1,2.2Hz),4.11-4.07(1H,m), 3.87(2H,t,J=6.0Hz),3.84(6H,s),3.55(2H,dd,J=9.0,2.2Hz),2.76(1H,d,J=7.8Hz),2.65(2H,t,J=6.6Hz).
[[4]5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二異丙基亞磷醯胺)(1009)之合成]
以吡啶共沸5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷(1008)(3.7g,5.6mmol)，並以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。更於氬氣環境下添加四唑化二異丙基銨(1.2g,6.8mmol)與乙腈(10mL)。對該反應溶液添加已溶解於乙腈(20mL)之2-氰基乙基-N,N,N’,N’-tetraisopropylphosphorodiamidite(2.0g,6.8mmol)，於45℃下攪拌2小時。更添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液、飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉使經洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(丙酮：己烷=1：1，含0.05%吡啶)純化所得粗生成物，獲得目的化合物(1009)(4.3g，收率89%)。以下顯示化合物(1009)之機器分析值。
化合物(1009)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：153.5,151.9.MS(FAB+)：m/z 882[M+Na]+
[實施例3：胞苷EMM-amidite(1014)之合成]
依照下述流程E3，合成出胞苷EMM-amidite(1014)。
[[1]N4-乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1011)之合成]
以甲苯共沸N4-乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)胞苷(1010)(3.0g,5.7mmol)，再以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。使如此獲得之混合物於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(30mL)，添加EMM化試劑(1004)(2.8g,18mmol)並攪拌。使其混合液冷卻至-45℃後，添加三氟甲磺酸(1.3g,8.8mmol)並攪拌10分鐘。更添加N-碘琥珀醯亞 胺(2.0g,9.0mmol)攪拌5小時。反應結束後，添加三乙胺並驟冷。更添加乙酸乙酯，以飽和硫代硫酸鈉水溶液洗淨2次，再以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉使經洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。對所得殘渣添加乙酸乙酯後，各以飽和硫代硫酸鈉水溶液、飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉使經洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮而獲得目的化合物(1011)(5.3g，粗生成物)。以下顯示化合物(1011)之機器分析值。
化合物(1011)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：9.17(1H,s),8.30(1H,d,J=7.2Hz),7.41(1H,d,J=7.8Hz),5.79(1H,s),5.18(1H,d,J=6.8Hz),5.03(d,1H,J=7.4Hz),4.29(1H,d,J=13.7Hz),4.23-4.10(5H,m),4.03-3.96(2H,m),3.87-3.75(1H,m),2.76-2.65(2H,m),2.24(3H,s),1.11-0.89(28H,m).
[[2]N4-乙醯基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1012)之合成]
使N4-乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1011)(5.2g,8.1mmol)於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(30mL)。對其溶液添加三乙胺三氟化氫(1.6g,9.7mmol)，於45℃下攪拌1小時。攪拌後放冷至室溫，濾取析出之沉澱物。以四氫呋喃將其洗淨後予以減壓乾燥，製得目的化合物(1012)(1.5g，收率68%)。以下顯示化合物(1012)之機器分析值。
化合物(1012)： 1H-NMR(400MHz,D2O)δ：8.24(1H,d,J=7.3Hz),7.24(1H,d,J=7.8Hz),5.92(1H,d,J=2.4Hz),5.02(1H,d,J=6.8Hz),4.89(1H,d,J=6.8Hz),4.79-4.74(2H,m),4.29(1H,dd,J=4.9,2.9Hz),4.17(1H,t,J=6.3Hz),4.09-4.05(1.0H,m),3.90-3.85(1H,m),3.77-3.70(3H,m),2.67(2H,t,J=6.1Hz),2.12(3H,s).
[[3]N4-乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1013)之合成]
以吡啶共沸N4-乙醯基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1012)(0.70g,1.8mmol)，並以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。更添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯化物(0.91g,2.7mmol)及吡啶(10mL)，攪拌4小時。反應結束後，添加甲醇並減壓濃縮後，對殘渣添加二氯甲烷。使其以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨2次及以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉使洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮。以二氧化矽凝膠管柱層析法(乙酸乙酯：丙酮：己烷=1：1：1，含0.05%吡啶→1：1：0，含0.05%吡啶)純化所得粗生成物，而製得目的化合物(1013)(1.1g，收率87%)。以下顯示化合物(1013)之機器分析值。
化合物(1013)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.61(1H,br.s),8.49(1H,d,J=7.8Hz),7.42-7.26(9H,m),7.09(1H,d,J=7.3Hz),6.88-6.86(4H,m),5.94(1H,s),5.35(1H,d,J=6.8Hz), 5.11(1H,d,J=6.8Hz),4.92(1H,d,J=7.3Hz),4.87(1H,d,J=7.3Hz),4.49-4.40(1H,m),4.29(1H,d,J=4.9Hz),4.15-4.08(1H,m),3.86(t,2H,J=6.2Hz),3.82(s,6H),3.63(dd,1H,J=10.6,2.6Hz),3.55(dd,1H,J=10.6,2.6Hz),2.64(2H,t,J=6.3Hz),2.56(d,1H,J=8.8Hz),2.21(3H,s).
[[4]N4-乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二異丙基亞磷醯胺)(1014)之合成]
以乙腈共沸N4-乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)胞苷(1013)(1.0g,1.4mmol)，並以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。更於氬氣環境下添加四唑化二異丙基銨(0.27g,1.6mmol)與乙腈(4mL)。對該反應溶液添加已溶解於乙腈(1.5mL)之2-氰基乙基-N,N,N’,N’-tetraisopropylphosphorodiamidite(0.63g,2.1mmol)，並於45℃下攪拌3小時。攪拌後添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液、飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉使已洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(丙酮：己烷：乙酸異丙基=1：2：1，含0.1%三乙胺→丙酮：己烷：乙酸乙酯=1：1：1，含0.1%三乙胺)純化所得粗生成物，製得目的化合物(1014)(0.9g，收率71%)。以下顯示化合物(1014)之機器分析值。
化合物(1014)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：153.6,151.5. MS(FAB+)：m/z 923[M+Na]+
[實施例4：腺苷EMM-amidite(1019)之合成]
依照下述流程E4，合成出腺苷EMM-amidite(1019)。
[[1]N6-乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1016)之合成]
對N6-乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)腺苷(1015)(3.0g,5.4mmol)添加甲苯，再以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次，利用共沸去除水分。使如此獲得之混合物於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(30mL)，添加EMM化 試劑(1004)(2.6g,16mmol)並攪拌。使其冷卻至-45℃後，添加三氟甲磺酸(2.4g,16mmol)並攪拌10分鐘。攪拌後，添加N-碘琥珀醯亞胺(3.7g,16mmol)，攪拌5小時。反應結束後，添加三乙胺並驟冷。更添加乙酸乙酯，以飽和硫代硫酸鈉水溶液、飽和碳酸氫鈉水溶液各洗淨2次，接著以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥其有機層後，減壓濃縮之。對殘渣添加乙酸乙酯，再以飽和硫代硫酸鈉水溶液及飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥其有機層後，減壓濃縮而獲得目的化合物(1016)(8.6g，粗生成物)。以下顯示化合物(1016)之機器分析值。
化合物(1016)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.68(1H,s),8.66(1H,s),8.33(1H,s),6.12(1H,s),5.08(1H,d,J=7.0Hz),4.91-4.80(3H,m),4.67(1H,d,J=7.8Hz),4.52(1H,d,J=4.3Hz),4.25(1H,d,J=13.0Hz),4.17(1H,d,J=9.4Hz),4.09-4.02(2H,m),3.89-3.80(1H,m),2.67(2H,m),2.63(3H,s),1.11-0.98(28H,m).
[[2]N6-乙醯基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1017)之合成]
使N6-乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1016)(8.2g,13mmol)於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(40mL)。對該溶液添加三乙胺三氟化氫(2.4g,15mmol)，於45℃下攪拌2小時。 將其放冷至室溫，濾取析出之沉澱物。以四氫呋喃洗淨該沉澱物後，減壓乾燥，僅由初級晶體取得目的化合物(1017)(1.2g，收率52%)。以下顯示化合物(1017)之機器分析值。
化合物(1017)：
1H-NMR(400MHz,DMSO-d6)δ：10.71(1H,s),8.71(1H,s),8.66(1H,s),6.17(1H,d,J=5.8Hz),5.41(1H,d,J=5.4Hz),5.20(2H,m),4.80-4.73(3H,m),4.65-4.60(2H,m),4.37-4.33(1H,m),4.00-4.01(1H,m),3.73-3.64(1H,m),3.61-3.51(2H,m),2.79-2.64(2H,m),2.22(3H,s).
[[3]N6-乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1018)之合成]
以吡啶共沸N6-乙醯基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1017)(1.0g,2.4mmol)，並以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。之後，添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯化物(0.96g,2.8mmol)及吡啶(10mL)，攪拌3小時。反應結束後，添加甲醇並減壓濃縮，對殘渣添加二氯甲烷。將所得溶液以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨2次，再以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥其有機層後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(丙酮：己烷：乙酸乙酯=1：2：2，含0.05%吡啶→1：1：1，含0.05%吡啶)純化所得粗生成物，獲得目的化合物(1018)(1.3g，收率76%)。以下顯示化合物(1018)之機器分析值。
化合物(1018)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：8.62-8.58(2H,m),8.17(1H,s),7.46-7.39(2H,m),7.37-7.20(7H,m),6.87-6.79(4H,m),6.20(1H,d,J=4.9Hz),5.03-4.75(3H,m),4.52(1H,s),4.30-4.23(1H,m),4.12(2H,d,J=7.3Hz),3.79(6H,s),3.79-3.69(2H,m),3.52-3.44(2H,m),2.61(3H,s),2.58(1H,d,J=5.5Hz),2.51(2H,t,J=5.9Hz).
[[4]N6-乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二異丙基亞磷醯胺)(1019)之合成]
以吡啶共沸N6-乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)腺苷(1018)(1.0g,1.4mmol)，並以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。更於氬氣環境下添加四唑化二異丙基銨(0.31g,1.8mmol)與乙腈(3mL)。於該反應溶液中加入已溶解於乙腈(1mL)之2-氰基乙基-N,N,N’,N’-tetraisopropylphosphorodiamidite(0.54g,1.8mmol)，於40℃下攪拌4小時。更添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液、飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉使已洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(丙酮：己烷：乙酸乙酯=2：2：1，含0.1%三乙胺)純化所得粗生成物，獲得目的化合物(1019)(1.1g，收率73%)。以下顯示化合物(1019)之機器分析值。
化合物(1019)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：152.7,152.6.
MS(FAB+)：m/z 947[M+Na]+、925[M+H]+
[實施例5：鳥苷EMM-amidite(1024)之合成]
依照下述流程E5，合成出鳥苷EMM-amidite(1024)。
[[1]N2-苯氧乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷(1021)之合成]
使N2-苯氧乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)鳥苷(1020)(3.5g,5.3mmol)溶解於四氫呋喃，添加甲苯後以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次，利用共沸去除水分。使如此獲得之混合物於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(30mL)，添加EMM化試劑(1004)(2.6g,16mmol)並攪拌。使 其冷卻到-45℃後，添加三氟甲磺酸(2.4g,16mmol)，攪拌10分鐘。之後，添加N-碘琥珀醯亞胺(3.6g,16mmol)，更攪拌5小時。反應結束後，添加三乙胺並驟冷。接著，添加乙酸乙酯，以飽和硫代硫酸鈉水溶液、飽和碳酸氫鈉水溶液各洗淨2次，接著以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉使已洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。對所得殘渣添加乙酸乙酯，以飽和硫代硫酸鈉水溶液及飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉乾燥該有機層後，減壓濃縮而獲得目的化合物(1021)(8.2g，粗生成物)。以下顯示化合物(1021)之機器分析值。
化合物(1021)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：11.79(1H,s),9.11(1H,s),8.04(1H,s),7.41-7.34(2H,m),7.13-6.97(3H,m),5.94(1H,s),5.08,4.97(2H,2d,J=7.2Hz),4.87-4.67(2H,m),4.51-4.46(1H,dd,J=9.3,4.9Hz),4.33-4.24(2H,m),4.15(1H,d,J=9.3Hz),4.02(1H,dd,J=13.2,2.4Hz),3.77-3.71(2H,m),2.76-2.53(2H,m),1.11-0.94(28H,m).
[[2]N2-苯氧乙醯基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷(1022)之合成]
使N2-苯氧乙醯基-3’,5’-O-(四異丙基二矽氧烷-1,3-二基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷(1021)(8.0g,10mmol)於氬氣環境下溶解於四氫呋喃(40mL)。添加三乙胺三氟化氫(2.0g,12mmol)，於35℃下攪拌2小時。對濾液添加甲苯並進行傾析。接著添加二乙醚並進行傾析。反覆該 操作直至獲得結晶。濾取沉澱物並減壓乾燥，僅從初級結晶取得目的化合物(1022)(0.90g，收率38%)。以下顯示化合物(1022)之機器分析值。
化合物(1022)：
1H-NMR(400MHz,DMSO-d6)δ：11.78(2H,br.s),8.32(1H,s),7.41-7.31(2H,m),7.07-6.98(3H,m),6.00(1H,d,J=5.8Hz),5.37(1H,s),5.18(1H,s),4.88(2H,s),4.85-4.78(2H,m),4.72-4.59(3H,m),4.34(1H,m),4.00(1H,m),3.75-3.56(3H,m),2.79-2.69(2H,m).
[[3]N2-苯氧乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷(1023)之合成]
以吡啶共沸N2-苯氧乙醯基-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷(1022)(0.70g,1.3mmol)，以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。使如此所得之混合物在氬氣環境下溶解於吡啶(7mL)與四氫呋喃(7mL)，添加分子篩4A並攪拌10分鐘。之後，添加4,4’-二甲氧基三苯甲基氯化物(0.54g,1.6mmol)，更攪拌4小時。反應結束後，添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨2次，再以飽和氯化鈉水溶液洗淨1次。以無水硫酸鈉使經洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(二氯甲烷：乙腈：甲醇=300：100：8，含0.05%吡啶)純化所得粗生成物，製得目的化合物(1023)(0.80g，收率73%)。以下顯示化合物(1023)之機器分析值。
化合物(1023)：
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ：11.82(1H,s),8.63(1H,s),7.84(1H,s),7.43-7.21(9H,m),6.86-6.82(4H,m),6.06(1H,d,J=5.9Hz),4.95(1H,t,J=5.7Hz),4.78(2H,m),4.67-4.63(2H,m),4.50-4.45(1H,m),4.30-4.26(1H,m),3.81(6H,s),3.79-3.67(2H,m),3.44(2H,dd,J=10.6,3.7Hz),2.91(1H,s),2.64-2.56(2H,m),1.66(3H,s).
[[4]5N2-苯氧乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二異丙基亞磷醯胺)(1024)之合成]
以吡啶共沸N2-苯氧基乙醯基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)鳥苷(1023)(0.70g,0.84mmol)，並以真空泵餾除溶劑。進行該操作3次。於氬氣環境下，對如此所得之混合物添加四唑化二異丙基銨(0.16g,0.92mmol)與乙腈(2mL)。於其反應溶液中加入已溶解於乙腈(1mL)之2-氰基乙基-N,N,N’,N’-tetraisopropyl phosphorodiamidite(0.51g,1.7mmol)，並於40℃下攪拌5小時。攪拌後，添加二氯甲烷，以飽和碳酸氫鈉水溶液、飽和氯化鈉水溶液各洗淨1次。以無水硫酸鈉使經洗淨之有機層乾燥後，減壓濃縮之。以二氧化矽凝膠管柱層析法(乙酸乙酯：乙腈=40：1，含0.1%三乙胺)純化所得粗生成物，獲得目的化合物(1024)(0.56g，收率65%)。以下顯示化合物(1024)之機器分析值。
化合物(1024)：
31P-NMR(162MHz,CDCl3)δ：152.7,152.6.
MS(FAB+)：m/z 1055[M+Na]+、1033[M+H]+
[實施例6：使用尿苷EMM-amidite(1009)合成尿苷40量體(U40mer)]
使用實施例2合成之尿苷EMM-amidite(1009)及核酸自動合成機(Expedite 8909 DNA/RNA synthesizer：Applied Biosystems社之商品名)，合成出下述序列編號1之序列所示之尿苷40量體。
5’-UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU-3’(序列編號1)
本實施例之尿苷40量體合成過程中，固相載體使用已藉連接子結合有2’-O-第三丁基二甲基矽基-5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)尿苷之CPG固相載體。再者，核酸單體化合物使用5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-(2-氰基乙氧基甲氧基甲基)尿苷3’-O-(2-氰基乙基N,N-二異丙基亞磷醯胺)即尿苷EMM-amidite(1009)，縮合劑使用5-苄基巰基-1H-四唑，氧化劑使用碘溶液，加帽溶液則使用苯氧基乙酸溶液與N-甲基咪唑溶液。在此條件下，使前述核酸單體化合物縮合39次後，在固相上使5’端之羥基脫保護，使用濃氨水-乙醇混合液(3：1)，於40℃下耗費4小時從CPG固相載體切出及使各磷酸部位脫保護。使如此製得之反應混合物減壓下濃縮後，於30℃下在含有0.67%硝基甲烷之1M氟化四丁基銨的DMSO溶液中使其反應4小時，使2’位羥基脫保護。 對如此製得之溶液添加乙醇，使其發生沉澱，使該沉澱溶解於注射用水，即獲得含目的化合物(尿苷40量體)之水溶液。
茲將上述獲得之尿苷40量體的HPLC分析結果示於圖1。如圖所示，由於獲得了大致單一之銳利尖峰，暗示了已獲得高純度之目的40量體。基於圖1之尖峰強度所算出之尿苷40量體的純度係如同圖所示，為74.64%(質量比)。此外，將利用HPLC將主峰部分分離純化後再次以HPLC進行分析的結果示於圖2。如圖所示，由於雜質之尖峰強度較圖1更為減低，暗示了目的之40量體純度變得更高。基於圖2之尖峰強度所算出之尿苷40量體的純度係如同圖所示，為99.61%(質量比)。此外，將該反應混合物之質量分析結果(質譜圖)顯示於圖3。如圖所示，觀測到分子量12184.52之分子離子尖峰。由於該分子量與目的之尿苷40量體(U40mer)之分子量計算值12184.66顯示出良好的一致性，而確認獲得了目的之尿苷40量體(U40mer)。
另外，尿苷40量體(U40mer)之HPLC分析係使用株式會社島津製作所之機器(HPLC系統)來測定，質量分析則以Waters社之機器SYNAPT G2(商品名)進行。再者，使用胞苷EMM-amidite(1CAc)(或(1014))、腺苷EMM-amidite(1AAc)或鳥苷EMM-amidite(1GPac)之寡聚物合成亦可與尿苷40量體(U40mer)之合成相同地進行。
[實施例7：使用4種EMM-amidite之RNA 合成]
使用實施例2合成之尿苷EMM-amidite(1009)、實施例3合成之胞苷EMM-amidite(1014)、實施例4合成之腺苷EMM-amidite(1019)及實施例5合成之鳥苷EMM-amidite(1024)共4種EMM-amidite，合成出各自以下述序列編號2~4表示的RNA。
5’-AUACUAUUCGACACGCGAAGUUCCCCACACCGGAACUUCGCGUGUCGAAUAGUAUUCUUCGG-3’(序列編號2)
5’-AGCAGCUGUACAUUGACUUUAGCCCCACACCGGCUAAAGUCAAUGUACAGCUGCUUCUUCGG-3’(序列編號3)
5’-CUUCGCGUGUCGAAUAGUAUU-3’(序列編號4)
本實施例之合成中，除了核酸單體化合物使用尿苷EMM-amidite(1009)、胞苷EMM-amidite(1014)、腺苷EMM-amidite(1019)及鳥苷EMM-amidite(1024)共4種之EMM-amidite以外，與實施例6同樣地進行。更具體來說，則是使前述4種EMM-amidite依照序列編號2~4中之任一者，使其從3’端側朝向5’端側依序縮合預定次數(序列編號2及3的合成為61次，序列編號4之合成為20次)來取代尿苷EMM-amidite(1009)之39次縮合。除此以外的條件則與實施例6完全相同。
將藉由上述合成出之序列編號2~4的RNA分別以HPLC進行分析，結果無論何者均獲得大致單一之尖銳尖峰。此現象暗示了，目的物之序列編號2~4之RNA均係以高純度製得。茲將前述HPLC之分析結果更詳盡地 顯示如下。
基於前述HPLC之尖峰強度比算出上述合成出之序列編號2的RNA純度，結果為84.27%(質量比)。此一數值意味著使EMM-amidite縮合反應61次之合成收率。亦即，1次縮合反應之合成收率為約99.72%(質量比)之高收率。此外，若以反應混合物之質量分析來看，則觀測到分子量19756.13之分子離子尖峰。該分子量與序列編號2所示RNA之分子量計算值(19755.71)顯示出良好的一致性。藉此得以確認已獲得目的物之序列編號2的RNA。再者，將前述HPLC之主要尖峰部分予以分離純化後，再次以HPLC進行分析。結果，不純物之尖峰強度更為降低，此暗示了目的物之序列編號2的RNA已變得更高純度。基於前述主要尖峰分離純化後之尖峰強度比所算出之序列編號2之RNA純度為96.47%(質量比)。
此外，依據前述HPLC之尖峰強度比，算出上述合成出之序列編號3的RNA純度，結果為79.65%(質量比)。此一數值意味著使EMM-amidite縮合反應61次的合成收率。亦即，1次縮合反應之合成收率為約99.63%(質量比)之高收率。若以該反應混合物之質量分析來看，則觀測到分子量19755.70之分子離子尖峰。該分子量與序列編號3所示RNA之分子量計算值(19755.71)顯示出良好之一致性。藉此而得以確認已獲得目的物之序列編號3的RNA。再者，將前述HPLC之主要尖峰部分予以分離純化後，再次以HPLC進行分析。結果，不純物之尖峰強度更 為降低。依據前述主要尖峰分離純化後之尖峰強度比而算出之序列編號3的RNA純度為95.37%(質量比)，較前述主要尖峰分離純化前更為高純度。
再者，依據前述HPLC之尖峰強度算出上述合成之序列編號4之RNA純度，結果為86.67%(質量比)之高純度。若更以該反應混合物之質量分析來看，則觀測到分子量6650.69之分子離子尖峰。該分子量與序列編號4所示RNA之分子量計算值(6650.94)顯示出良好之一致性。藉此得以確認已獲得目的物之序列編號4之RNA。更將主要尖峰部分以HPLC予以分離純化，可藉此更高純度地製得序列編號4之RNA。
如同上述，依據本實施例，已確認可使用對應多種鹼基之多種EMM-amidite而合成出任意序列之RNA。此外，用於HPLC及MS之測定機器則與實施例6相同。
以上係參照實施形態來說明本案發明，但本案發明並非侷限在上述實施形態。本案發明之技術構成及詳細內容當可施加業界人士在本案發明之技術範疇(scope)內所能理解的各種變更。
本申請案主張以日本專利申請案特願2011-184196號(2011年8月25日提出申請)作為基礎之優先權，並於此納入其全部之揭示內容。
產業上之可利用性
如上述說明，若依照本發明之配糖體化合 物、硫醚之製造方法、醚、醚之製造方法、配糖體化合物之製造方法，可以低成本地進行製造，且可提供一種可高收率且高純度製造核酸之亞磷醯胺。此外，如依照本發明之核酸製造方法，則可使用前述亞磷醯胺而高收率且高純度地製造核酸。本發明所製造之前述硫醚、醚、配糖體化合物或核酸的用途未特別受限，可使用在廣泛之用途上。依據本發明，舉例來說，由於可低成本、高純度且高收率地製造其等，其等可適於用作醫藥品或其合成中間產物。
圖式簡單說明
圖1為實施例6所製得之核酸(純化前)的HPLC圖表。
圖2為實施例6所製得之核酸(純化後)的HPLC圖表。
圖3為實施例6所製得之核酸(純化後)之質譜圖。
<110> 伯納克股份有限公司
<120> 硫醚之製造方法
<130> TF12013TW
<150> JP2011-184196
<151> 2011-08-25
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 40
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 聚尿苷
<400> 1
<210> 2
<211> 62
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 核酸分子
<400> 2
<210> 3
<211> 62
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 核酸分子
<400> 3
<210> 4
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 核酸分子
<400> 4
由於本案的圖為試驗數據，並非本案的代表圖。故本案無指定代表圖。

Claims (2)

  1. 一種製造下述化學式(103)所示硫醚之方法，係使下述化學式(101a)及(101b)所示硫醇或硫代烷氧化物(thioalkoxide)與下述化學式(102)所示鹵化物進行偶合反應者： 前述化學式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分別為直鏈或分枝狀烷基、直鏈或分枝狀烯基、直鏈或分枝狀炔基、芳基、直鏈或分枝狀芳烷基、環烷基、環烯基、直鏈或分枝狀環烷基烷基、直鏈或分枝狀環基烷基或是直鏈或分枝狀烷氧基烷基，可相同亦可互異；前述化學式(101a)及(101b)中，M1及M2分別為氫原子或金屬，可相同亦可互異；前述化學式(102)及(103)中，n為正整數；前述化學式(102)中，X1及X2分別為鹵素，可相同亦可互異。
  2. 如申請專利範圍第1項所述之製造方法，其中前述化學式(101a)、(101b)及(103)中，R4及R5分別為甲基。
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Families Citing this family (37)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105384668B (zh) * 2014-08-29 2018-10-09 住友化学株式会社 用于制备醚化合物的方法
WO2016159374A1 (ja) * 2015-04-02 2016-10-06 株式会社ボナック 配糖体化合物の製造方法
MX2018008086A (es) 2015-12-29 2018-11-12 Univ Hokkaido Nat Univ Corp Molecula de acido nucleico monocatenario que inhibe la expresion del gen de prorrenina o el gen del receptor de prorrenina y uso de la misma.
US10308672B2 (en) 2016-04-26 2019-06-04 Sumitomo Chemical Company, Limited Method for producing monomer for single-stranded nucleic acid molecule
WO2018070543A1 (ja) 2016-10-14 2018-04-19 株式会社ボナック 新規な配糖体化合物及びその製造方法
WO2018182008A1 (ja) 2017-03-31 2018-10-04 株式会社ボナック 遺伝子発現制御機能を有する環状型核酸分子
EA202090393A1 (ru) 2017-07-28 2020-05-20 Кёрин Фармасьютикал Ко., Лтд. Терапевтическое средство от фиброза
TWI830718B (zh) 2018-02-09 2024-02-01 日商住友化學股份有限公司 核酸分子之製造方法
JP6817493B2 (ja) 2018-03-30 2021-01-20 住友化学株式会社 一本鎖ｒｎａの製造方法
JP6631751B1 (ja) 2018-03-30 2020-01-15 東レ株式会社 ヘアピン型一本鎖ｒｎａ分子の製造方法
JP7280248B2 (ja) * 2018-04-24 2023-05-23 住友化学株式会社 アミダイト化合物及び該化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法
EP3848381A4 (en) 2018-09-07 2022-05-11 Sumitomo Chemical Company Limited METHOD OF PREPARING A GLYCOSIDE COMPOUND
EP3915567A4 (en) 2019-01-25 2022-09-21 Kyorin Pharmaceutical Co., Ltd. THERAPEUTIC AGAINST FIBROSIS
WO2020202952A1 (ja) 2019-03-29 2020-10-08 住友化学株式会社 無機多孔質担体、及びこれを用いた核酸の製造方法
WO2020202953A1 (ja) 2019-03-29 2020-10-08 住友化学株式会社 無機多孔質担体、及びこれを用いた核酸の製造方法
WO2020202951A1 (ja) 2019-03-29 2020-10-08 住友化学株式会社 無機多孔質担体、及びこれを用いた核酸の製造方法
EP3950126A4 (en) 2019-03-29 2023-11-01 Sumitomo Chemical Company Limited INORGANIC POROUS SUPPORT AND METHOD FOR PRODUCING NUCLEIC ACIDS THEREFROM
JPWO2020202949A1 (zh) 2019-03-29 2020-10-08
EP4043476A4 (en) * 2019-10-08 2023-11-01 Sumitomo Chemical Company, Limited METHOD FOR PRODUCING A GLYCOSIDE COMPOUND
JPWO2021070494A1 (zh) 2019-10-11 2021-04-15
KR20220086589A (ko) 2019-10-23 2022-06-23 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법
KR20220133878A (ko) * 2020-01-29 2022-10-05 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 핵산 올리고머의 제조 방법
US20230095584A1 (en) * 2020-01-29 2023-03-30 Sumitomo Chemical Company, Limited Process of preparing nucleic acid oligomer
US20230167152A1 (en) 2020-03-27 2023-06-01 Sumitomo Chemical Company, Limited Method for producing nucleic acid oligomer
KR20220167300A (ko) 2020-04-14 2022-12-20 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 핵산 올리고머의 제조 방법
EP4137501A4 (en) 2020-04-14 2024-05-22 Sumitomo Chemical Company, Limited COMPOSITION WITH NUCLEIC ACID OLIGOMER
US20230256425A1 (en) 2020-05-13 2023-08-17 Sumitomo Chemical Company, Limited Inorganic porous substrate, inorganic porous support, and nucleic acid production method
WO2022009959A1 (ja) 2020-07-09 2022-01-13 住友化学株式会社 核酸オリゴマーの製造方法
US20230357767A1 (en) 2020-08-25 2023-11-09 Bonac Corporation Novel nucleic acid molecule inhibiting expression of target gene
WO2022064908A1 (ja) 2020-09-24 2022-03-31 住友化学株式会社 核酸オリゴマーの製造方法
EP4271695A2 (en) * 2020-12-31 2023-11-08 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified nucleoside based oligonucleotide prodrugs
WO2023282120A1 (ja) 2021-07-06 2023-01-12 住友化学株式会社 核酸オリゴマーを含む組成物
KR20240082343A (ko) 2021-09-28 2024-06-10 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 정제 디클로로아세트산의 제조 방법
CN118317970A (zh) 2021-11-29 2024-07-09 兆维生物科技公司 2'乙酰基-酯保护的核苷的合成
WO2023182274A1 (ja) * 2022-03-23 2023-09-28 住友化学株式会社 核酸オリゴマーの製造方法
WO2024019137A1 (ja) * 2022-07-22 2024-01-25 住友化学株式会社 オリゴヌクレオチドの製造方法
WO2024024766A1 (ja) * 2022-07-25 2024-02-01 東レ株式会社 アルキルハライド、それを用いたアルキル化剤及びヌクレオシド誘導体の製造方法

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1184219C (zh) * 1992-12-24 2005-01-12 布里斯托尔-米尔斯·斯奎布公司 紫杉烷的甲硫基甲氧基醚衍生物

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2129288C (en) 1993-08-17 2000-05-16 Jerzy Golik Phosphonooxymethyl esters of taxane derivatives
US5955600A (en) * 1996-12-27 1999-09-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Method for the synthesis of nucleotide or oligonucleotide phosphoramidites
US6610842B1 (en) 1999-05-06 2003-08-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Processes for the synthesis of oligomers using phosphoramidite compositions
WO2005085271A1 (ja) * 2004-03-04 2005-09-15 Japan Science And Technology Agency ２ ‘水酸基を修飾された新規人工ｒｎａ
BRPI0514644A (pt) 2004-08-26 2008-06-17 Nippon Shinyaku Co Ltd composto fosforamidita, composto ácido ribonucléico, e método para produzir oligo-rna
JP4797156B2 (ja) * 2005-03-09 2011-10-19 国立大学法人東京工業大学 リボヌクレオシドの２’水酸基の脱保護方法
JP2008174524A (ja) * 2007-01-22 2008-07-31 Nippon Shinyaku Co Ltd リボ核酸化合物の製造方法

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1184219C (zh) * 1992-12-24 2005-01-12 布里斯托尔-米尔斯·斯奎布公司 紫杉烷的甲硫基甲氧基醚衍生物

Also Published As

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MX370398B (es) 2019-12-11
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KR101761103B1 (ko) 2017-07-25
US20160176810A1 (en) 2016-06-23
EP3098230A1 (en) 2016-11-30
EP2749565A1 (en) 2014-07-02
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JP2014055147A (ja) 2014-03-27
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BR112014004313A2 (pt) 2017-03-28
CN103906758A (zh) 2014-07-02
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