KR20220086589A - 배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법 - Google Patents

배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법 Download PDF

Info

Publication number
KR20220086589A
KR20220086589A KR1020227014538A KR20227014538A KR20220086589A KR 20220086589 A KR20220086589 A KR 20220086589A KR 1020227014538 A KR1020227014538 A KR 1020227014538A KR 20227014538 A KR20227014538 A KR 20227014538A KR 20220086589 A KR20220086589 A KR 20220086589A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
group
formula
compound
amidite
hydrogen atom
Prior art date
Application number
KR1020227014538A
Other languages
English (en)
Inventor
이쿠야 오시로
다츠야 사이토
히데키 이하라
Original Assignee
스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 filed Critical 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤
Publication of KR20220086589A publication Critical patent/KR20220086589A/ko

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C315/00—Preparation of sulfones; Preparation of sulfoxides
    • C07C315/04—Preparation of sulfones; Preparation of sulfoxides by reactions not involving the formation of sulfone or sulfoxide groups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C317/00—Sulfones; Sulfoxides
    • C07C317/16—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton
    • C07C317/18—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton with sulfone or sulfoxide groups bound to acyclic carbon atoms of the carbon skeleton
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C317/00—Sulfones; Sulfoxides
    • C07C317/16—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton
    • C07C317/22—Sulfones; Sulfoxides having sulfone or sulfoxide groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton with sulfone or sulfoxide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings of the carbon skeleton
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C319/00—Preparation of thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides
    • C07C319/14—Preparation of thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides of sulfides
    • C07C319/20—Preparation of thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides of sulfides by reactions not involving the formation of sulfide groups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C323/00—Thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides substituted by halogen, oxygen or nitrogen atoms, or by sulfur atoms not being part of thio groups
    • C07C323/10—Thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides substituted by halogen, oxygen or nitrogen atoms, or by sulfur atoms not being part of thio groups containing thio groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton
    • C07C323/11—Thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides substituted by halogen, oxygen or nitrogen atoms, or by sulfur atoms not being part of thio groups containing thio groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton having the sulfur atoms of the thio groups bound to acyclic carbon atoms of the carbon skeleton
    • C07C323/12—Thiols, sulfides, hydropolysulfides or polysulfides substituted by halogen, oxygen or nitrogen atoms, or by sulfur atoms not being part of thio groups containing thio groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton having the sulfur atoms of the thio groups bound to acyclic carbon atoms of the carbon skeleton the carbon skeleton being acyclic and saturated
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/067—Pyrimidine radicals with ribosyl as the saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H23/00—Compounds containing boron, silicon, or a metal, e.g. chelates, vitamin B12
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/12—Type of nucleic acid catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2330/00—Production
    • C12N2330/30—Production chemically synthesised
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

본 발명은, 폴리올리고뉴클레오티드의 수율 및 순도의 향상을 가능하게 하는 아미다이트 화합물, 그 중간체가 되는 배당체 화합물, 및 그 아미다이트 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법을 제공한다. 본 발명은 또, 폴리올리고뉴클레오티드의 수율 및 순도의 향상이 가능해지는 식 (1) 의 아미다이트 화합물 및 식 (10) 의 배당체 화합물 (식 (10) 및 (1) 중, Ba, Ra, Rb, Rc, G1, G2, 및 G3 은 명세서 중에 정의하는 바와 같고, 그리고, R 은, 하기 식으로 나타낸다), 및 그 아미다이트 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법을 제공한다.

Description

배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법
본 특허출원은, 일본 특허출원 2019-192899호 (2019년 10월 23일 출원) 에 기초하는 파리 조약 상의 우선권 및 이익을 주장하는 것이며, 여기에 인용함으로써, 상기 출원에 기재된 내용의 전체가 본 명세서 중에 도입되는 것으로 한다.
본 발명은, 배당체 화합물, 그 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은, 상기 배당체 화합물의 중간체 화합물 및 그 중간체 화합물의 제조 방법에 관한 것이다.
RNA 는, RNA 프로브, 안티센스 RNA, 리보자임, siRNA, 압타머 등으로서 이용 가능하고, 유용한 소재이다.
RNA 는 고상 합성법 등에 의해 합성 가능하고, 고상 합성법에서는 뉴클레오시드의 포스포아미다이트 (이하,「아미다이트」라고 칭한다) 가 원료로서 사용된다. 이와 같은 아미다이트의 2' 위치의 수산기의 보호기로는, 예를 들어, TBDMS (t-부틸디메틸실릴), TOM (트리이소프로필실릴옥시메틸), ACE (비스(2-아세톡시에톡시)메틸) 등이 알려져 있다. 또한 아미다이트의 2' 위치의 수산기의 보호기로서, 특허문헌 1 ∼ 4 가 개시하는 보호기가 보고되어 있지만, 이들 보호기를 갖는 아미다이트를 사용하는 RNA 의 합성 방법은, 얻어지는 RNA 의 수율이나 순도의 점에서 반드시 만족스러운 것은 아니다.
일본 특허공보 제5157168호 일본 특허공보 제5554881호 국제 공개 제2007-064291호 국제 공개 제2013-027843호
본 발명은, 폴리뉴클레오티드의 수율 및 순도의 향상이 가능해지는 아미다이트 화합물, 및 그 아미다이트 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다. 또한 본 발명은, 상기 아미다이트 화합물의 중간체가 되는 배당체 화합물, 및 상기 배당체 화합물의 중간체 에테르 화합물의 제조 방법도 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명자들은, 상기 목적을 달성하고자 예의 연구를 거듭한 결과, 아미다이트의 2' 위치의 수산기의 보호기로서, 이하의 기를 사용함으로써 고순도에서의 RNA 의 합성이 가능해진다는 지견을 얻었다.
[화학식 1]
Figure pct00001
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 는 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다. 그리고,
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.)
본 발명은, 이들 지견에 기초하여, 더욱 검토를 거듭하여 완성된 것이며, 이하의 배당체 화합물, 그 아미다이트 화합물, 및 그 아미다이트 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법, 그리고 그 배당체 화합물의 중간체로서의 에테르 화합물, 및 그 에테르 화합물의 제조 방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 이하의 항에 기재하는 실시양태를 포함하지만, 이들로 한정되는 것은 아니다.
항 1. 식 (1) 로 나타내는 아미다이트 화합물 (이하,「본 발명의 아미다이트 화합물」이라고 호칭한다).
[화학식 2]
Figure pct00002
(식 중, R 은, 식 :
[화학식 3]
Figure pct00003
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 는 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.) 으로 나타내는 기를 나타내고,
Ba 는, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
G1 및 G2 는 동일 또는 상이하며, 수산기의 보호기를 나타내고, 그리고,
G3 은 동일 또는 상이하며, 알킬기를 나타낸다.)
항 2. Ra 가 메틸기이며, 그리고, Rb 가 수소 원자인, 항 1 에 기재된 아미다이트 화합물.
항 3. Ra, Rb 가 함께 메틸기인, 항 1 에 기재된 아미다이트 화합물.
항 4. G1 이 이하의 기인, 항 1 ∼ 3 의 어느 하나에 기재된 아미다이트 화합물.
[화학식 4]
Figure pct00004
(식 중, R1, R2 및 R3 은 동일 또는 상이하며, 수소 또는 알콕시기를 나타낸다.)
항 5. G2 가 이하의 기인, 항 1 ∼ 4 의 어느 하나에 기재된 아미다이트 화합물.
[화학식 5]
Figure pct00005
항 6. G3 이 이소프로필기인, 항 1 ∼ 5 의 어느 하나에 기재된 아미다이트 화합물.
항 7. Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 항 1 ∼ 6 의 어느 하나에 기재된 아미다이트 화합물.
항 8. 항 1 ∼ 7 의 어느 하나에 기재된 아미다이트 화합물을 고상 합성 반응에 제공하는 공정을 포함하는, 식 (2) :
[화학식 6]
Figure pct00006
(식 중, Ba 는 동일 또는 상이하며, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
X 는, 산소 원자 또는 황 원자를 나타내고, 그리고,
m 은, 양의 정수를 나타낸다.) 로 나타내는 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물의 제조 방법.
항 9. 식 (2) 의 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물이, 상기 아미다이트 화합물을 사용하는 고상 합성 반응으로 생성되는, 식 (3) :
[화학식 7]
Figure pct00007
(식 중, Ba 는 동일 또는 상이하며, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
X 는, 산소 원자 또는 황 원자를 나타내고, 그리고,
R 은 동일 또는 상이하며, 식 :
[화학식 8]
Figure pct00008
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다. 그리고,
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.)
로 나타내는 기를 나타낸다)
으로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물에, 테트라알킬암모늄플루오라이드를 반응시키는 공정에서 생성된 화합물인, 항 8 에 기재된 제조 방법.
항 10. Ra 가 메틸기이며, 그리고 Rb 가 수소 원자인, 항 9 에 기재된 제조 방법.
항 11. 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물.
[화학식 9]
Figure pct00009
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 혹은 벤질기를 나타내고, Rd 는 C1 ∼ C10 알킬 또는 페닐기를 나타낸다.)
항 12. Ra 가 메틸기이며, Rb 가 수소 원자이며, 그리고 Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 항 11 에 기재된 에테르 화합물.
항 13. 공정 a : 할로겐화제 및 산 존재하, 용매 중에서, 식 :
[화학식 10]
Figure pct00010
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다. 그리고,
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.)
으로 나타내는 2-하이드록시알킬술폰과 식 (12) :
[화학식 11]
Figure pct00011
(식 중, Rd 는, 상기 항 11 에 정의한 바와 같다.)
으로 나타내는 비스티오에테르 화합물을 반응시키는 공정,
을 포함하는, 식 (4)
[화학식 12]
Figure pct00012
(식 중, Ra, Rb, Rc 및 Rd 는 상기 정의한 바와 같다.)
로 나타내는 에테르 화합물의 제조 방법.
항 14. Ra 가 메틸기 또는 에틸기이며, Rb 가 수소 원자이며, 그리고 Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 항 13 에 기재된 제조 방법.
항 15. Ra 가 메틸기이며, Rb 가 수소 원자이며, 그리고 Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 항 13 에 기재된 제조 방법.
항 16. 식 (7) :
[화학식 13]
Figure pct00013
(식 중, Ba 는, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 화합물을 나타내고, 그리고, G4 는, 수산기의 보호기를 나타낸다.)
로 나타내는 화합물을, 할로겐화제의 존재하, 식 (4) :
[화학식 14]
Figure pct00014
(식 중, Ra, Rb, Rc 및 Rd 는, 상기 항 11 에 정의한 바와 같다.)
로 나타내는 화합물과 반응시키는 것을 특징으로 하는, 식 (8) :
[화학식 15]
Figure pct00015
(식 중, Ba, Ra, Rb, 및 Rc 는, 상기 정의한 바와 같으며, 그리고, G4 는, 수산기의 보호기를 나타낸다.)
로 나타내는 화합물의 제조 방법.
항 17. 식 (8) 의 화합물을 추가로 탈보호하여, 식 (9) :
[화학식 16]
Figure pct00016
(식 중, Ba, Ra, Rb 및 Rc 는, 상기 항 16 에 정의한 바와 같다.)
로 나타내는 화합물을 얻는 공정,
식 (9) 의 화합물의 5' 의 수산기를 선택적으로 보호하고, 식 (10) :
[화학식 17]
Figure pct00017
(식 중, Ba, Ra, Rb, Rc 및 G1 은, 상기 항 17 에 정의한 바와 같다.)
으로 나타내는 화합물을 얻는 공정,
식 (10) 의 화합물을, 식 (11) :
[화학식 18]
Figure pct00018
(식 중, G2 는 수산기의 보호기를 나타내고, G3 은 동일 또는 상이하며 알킬기를 나타낸다.)
로 나타내는 포스포로디아미다이트와 반응시키는 공정,
을 포함하는, 항 1 에 기재된 식 (1) 의 화합물의 제조 방법.
항 18. G4 는, G4-1 또는 G4-2 구조를 갖는, 항 17 에 기재된 제조 방법.
[화학식 19]
Figure pct00019
항 19. 식 (8) :
[화학식 20]
Figure pct00020
(식 중, Ba, Ra, Rb, Rc, G4 는, 상기 항 16 에 정의한 바와 같다)
로 나타내는 화합물.
항 20. 식 (9) :
[화학식 21]
Figure pct00021
(식 중, Ba, Ra, Rb 및 Rc 는, 상기 항 16 에 정의한 바와 같다.)
로 나타내는 화합물.
항 21. 식 (10) :
[화학식 22]
Figure pct00022
(식 중, Ba, Ra, Rb, Rc 및 G1 은, 상기 항 17 에 정의한 바와 같다.)
으로 나타내는 화합물 (이하,「본 발명의 배당체 화합물」이라고 호칭한다).
항 22. 상기 식 (1) 의 아미다이트 화합물의 RNA 의 제조에 있어서의 사용.
본 발명의 배당체 화합물을 사용함으로써, 아미다이트 화합물을 얻을 수 있고, 결과적으로, 고상 합성법에 있어서 RNA 의 수율 및 순도의 향상이 가능해진다.
이하, 본 발명에 대해 상세하게 설명한다.
또한, 본 명세서에 있어서「포함하는 (comprise) 」이란,「본질적으로 으로 이루어지는 (essentially consist of) 」라는 의미와「만으로 이루어지는 (consist of) 」이라는 의미도 포함한다.
본 발명의 아미다이트 화합물은, 식 (1) 로 나타내는 것을 특징으로 한다.
[화학식 23]
Figure pct00023
(식 중, R 은,
[화학식 24]
Figure pct00024
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 는 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.) 를 나타내고,
Ba 는, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
G1 및 G2 는 동일 또는 상이하며, 수산기의 보호기를 나타내고, 그리고,
G3 은 동일 또는 상이하며, 알킬기를 나타낸다.)
Ba 에 있어서의 핵산염기는, 특별히 한정되지 않는다. 당해 핵산염기로는, 아데닌, 사이토신, 구아닌, 우라실, 티민, 5-메틸사이토신, 슈도우라실, 1-메틸슈도우라실 등을 들 수 있다. 또, 핵산염기는, 치환기에 의해 치환되어 있어도 된다. 그러한 치환기로는, 예를 들어, 할로겐 원자, 아실기, 알킬기, 아릴알킬기, 알콕시기, 알콕시알킬기, 시아노알킬기, 하이드록시기, 하이드록시메틸기, 아실옥시메틸기, 아미노기, 모노알킬아미노기, 디알킬아미노기, 카르복실기, 시아노기, 및 니트로기 등, 그리고 그들 2 종류 이상의 치환기의 조합을 들 수 있다.
핵산염기가 고리 외에 아미노기를 갖는 경우, 당해 아미노기의 보호기로는, 특별히 한정되지 않고, 공지된 핵산 화학에서 사용되는 보호기를 사용할 수 있고, 그러한 보호기로는, 예를 들어, 메틸기, 벤조일기, 4-메톡시벤조일기, 아세틸기, 프로피오닐기, 부티릴기, 이소부티릴기, 페닐아세틸기, 페녹시아세틸기, 4-tert-부틸페녹시아세틸기, 4-이소프로필페녹시아세틸기, 및 (디메틸아미노)메틸렌기 등, 그리고 그들 2 종류 이상의 보호기의 조합을 들 수 있다.
Ba 는, 보다 구체적으로는 하기 식
[화학식 25]
Figure pct00025
(식 중,
R4 는 수소 원자, 메틸기, 페녹시아세틸기, 4-tert-부틸페녹시아세틸기, 4-이소프로필페녹시아세틸기, 페닐아세틸기, 아세틸기 또는 벤조일기를 나타내고,
R5 는 수소 원자, 아세틸기, 이소부티릴기 또는 벤조일기를 나타내고,
R6 은 수소 원자, 페녹시아세틸기, 4-tert-부틸페녹시아세틸기, 4-이소프로필페녹시아세틸기, 페닐아세틸기, 아세틸기 또는 이소부티릴기를 나타내고,
R7 은 2-시아노에틸기를 나타내고,
R8 은 수소 원자, 메틸기, 벤조일기, 4-메톡시벤조일기 또는 4-메틸벤조일기를 나타내고,
R9 는 디메틸아미노메틸렌기를 나타낸다.)
의 어느 것으로 나타내는 기를 나타낸다.
G1 로는, 보호기로서 기능할 수 있는 것이면 특별한 제한 없이 사용할 수 있고, 아미다이트 화합물로 사용되는 공지된 보호기를 널리 사용할 수 있다.
G1 로는, 바람직하게는, 이하의 기이다.
[화학식 26]
Figure pct00026
(식 중, R1, R2 및 R3 은 동일 또는 상이하며 수소 또는 알콕시기를 나타낸다.)
R1, R2 및 R3 은, 1 개가 수소이며, 나머지 2 개가 알콕시기인 것이 바람직하고, 알콕시기로는 메톡시기가 특히 바람직하다.
G2 로는, 보호기로서 기능할 수 있는 것이면 특별한 제한 없이 사용할 수 있고, 아미다이트 화합물로 사용되는 공지된 보호기를 널리 사용할 수 있다. G2 로는, 예를 들어, 수소 원자, 알킬기, 알케닐기, 알키닐기, 시클로알킬기, 할로알킬기, 아릴기, 헤테로아릴기, 아릴알킬기, 시클로알케닐기, 시클로알킬알킬기, 시크릴알킬기, 하이드록시알킬기, 아미노알킬기, 알콕시알킬기, 헤테로시크릴알케닐기, 헤테로시크릴알킬기, 헤테로아릴알킬기, 실릴기, 실릴옥시알킬기, 모노, 디 또는 트리알킬실릴기, 모노, 디 또는 트리알킬실릴옥시알킬기 등을 들 수 있고, 이들은 1 개 이상의 전자 구인기로 치환되어 있어도 된다.
G2 로는, 바람직하게는, 전자 구인기로 치환된 알킬기이다. 당해 전자 구인기로는, 예를 들어, 시아노기, 니트로기, 알킬술포닐기, 할로겐, 아릴술포닐기, 트리할로메틸기, 트리알킬아미노기 등을 들 수 있고, 바람직하게는 시아노기이다.
G2 로는, 특히 바람직하게는, 이하의 기이다.
[화학식 27]
Figure pct00027
G3 은, 2 개의 G3 이 서로 결합하여 고리형 구조를 형성하고 있어도 된다. G3 으로는, 양방이 이소프로필기인 것이 바람직하다.
알킬기는, 직사슬형 또는 분기 사슬형 중 어느 것이어도 되고, 바람직하게는 탄소수 1 ∼ 12 의 알킬기, 보다 바람직하게는 탄소수 1 ∼ 6 의 알킬기이다. 알킬기로는, 예를 들어, 메틸, 에틸, n-프로빌, 이소프로필, n-부틸, 이소부틸, tert-부틸, n-펜틸, 이소펜틸, 및 헥실을 들 수 있다. 여기서의 알킬기에는, 알콕시기 등의 알킬 부분도 포함된다.
Ra 는, 바람직하게는 메틸이다. n 은, 바람직하게는 1 ∼ 4 의 정수, 보다 바람직하게는 1 ∼ 3 의 정수, 더욱 바람직하게는 1 또는 2, 특히 바람직하게는 1 이다.
또, 본 발명의 아미다이트 화합물은, 프리의 상태 또는 염의 상태로 사용할 수 있다. 본 발명의 아미다이트 화합물의 염으로는, 특별히 제한되지 않고, 예를 들어, 나트륨염, 마그네슘염, 칼륨염, 칼슘염, 알루미늄염 등의 무기염기와의 염 ; 메틸아민, 에틸아민, 에탄올아민 등의 유기 염기와의 염 ; 리신, 오르니틴, 아르기닌 등의 염기성 아미노산과의 염 및 암모늄염을 들 수 있다. 당해 염은, 산 부가염이어도 되고, 이러한 염으로는, 구체적으로는, 염산, 브롬화수소산, 요오드화수소산, 황산, 질산, 인산 등의 광산 ; 포름산, 아세트산, 프로피온산, 옥살산, 말론산, 말산, 타르타르산, 푸마르산, 숙신산, 락트산, 말레산, 시트르산, 메탄술폰산, 트리플루오로메탄술폰산, 에탄술폰산 등의 유기산 ; 및, 아스파르트산, 글루타민산 등의 산성 아미노산과의 산 부가염을 들 수 있다. 본 발명의 아미다이트 화합물에는, 염, 수화물, 용매화물, 결정 다형 등도 포함된다.
본 발명의 아미다이트 화합물은, 일본 특허공보 제5157168호, 일본 특허공보 제5554881호 등에 기재된 공지된 방법이나, 후술하는 실시예에 기재된 방법에 준해 또는 필요에 따라 이들 방법에 적절히 변경을 가한 방법에 의해 제조할 수 있다.
또, 본 발명의 아미다이트 화합물의 구체예로는, 실시예에 기재된 하기에 나타내는 화합물을 들 수 있다.
[화학식 28]
Figure pct00028
본 발명은, 하기 식 (10) 으로 나타내는 배당체 화합물을 포함한다.
[화학식 29]
Figure pct00029
(식 중, 각 기의 정의는, 상기한 바와 같다.)
또, 본 발명의 배당체 화합물의 구체예로는, 실시예에 기재된 하기에 나타내는 화합물을 들 수 있다.
[화학식 30]
Figure pct00030
본 발명에는, 식 (10) 으로 나타내는 배당체 화합물의 제조 중간체 화합물도 포함된다. 그러한 중간체 화합물로는, 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물을 들 수 있다.
[화학식 31]
Figure pct00031
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
Rc 는, 수소 원자, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 혹은 벤질기를 나타내고, Rd 는 C1 ∼ C10 알킬 또는 페닐기를 나타낸다.)
식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물은, 하기 반응식으로 나타내는 바와 같이, 식 (12) 로 나타내는 비스티오에테르 화합물 (예를 들어 비스(알킬티오메틸)에테르 또는 비스(페닐티오메틸)에테르) 와 3-하이드록시-3-알킬프로판술폰을, 할로겐화제 및 산 존재하, 용매 중에서 반응시킴으로써 제조할 수 있다.
[화학식 32]
Figure pct00032
식 (12) 의 비스티오에테르 화합물은, 예를 들어 하기 식에 나타내는 바와 같이, 비스클로로메틸에테르 또는 비스(아릴옥시메틸)에테르와 대응하는 알킬메르캅탄 또는 페닐메르캅탄을 반응시킴으로써 얻을 수 있다. 비스(아릴옥시메틸)에테르로는 예를 들어, 비스(2,4,6-트리클로로페닐옥시메틸)에테르를 들 수 있다.
[화학식 33]
Figure pct00033
또, 식 (12) 의 비스티오에테르 화합물은, 공지된 제조 방법 (예를 들어, 일본 특허공보 6459852호에 기재된 방법) 에 따라서 제조할 수도 있다.
식 (4) 의 에테르 화합물의 일례인 식 (6) 의 화합물을 제조하는 공정 a 에 대해, 설명한다.
공정 a 에 대해, 이하 설명한다.
할로겐화제로는, 예를 들어, N-클로로숙신이미드, N-브로모숙신이미드, N-요오드숙신이미드 등의 N-할로겐화숙신이미드, 1,3-디요오드-5,5-디메틸히단토인 등의 N-할로겐화히단토인, 및 염소, 브롬, 요오드 등의 할로겐 등, 그리고 이들의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 본 발명에 있어서는, N-할로겐화숙신이미드가 바람직하게 사용되고, N-요오드숙신이미드가 더욱 바람직하게 사용된다.
산은, 특별히 한정되지 않지만, 예를 들어, 퍼플루오로알킬카르복실산 및 그 염, 퍼플루오로알킬술폰산 및 그 염, 그리고 알킬술폰산 및 그 염, 그리고 이들의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 염으로는, 예를 들어, 구리염 및 은염을 들 수 있다. 산으로는, 구체적으로는, 메탄술폰산, 파라톨루엔술폰산, 캄파술폰산, 트리플루오로메탄술폰산, 및 트리플루오로메탄술폰산은 등, 그리고 이들의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 본 발명에 있어서는, 트리플루오로메탄술폰산이 바람직하게 사용된다.
용매로는, 예를 들어, 테트라하이드로푸란, 2-메틸테트라하이드로푸란, 시클로펜틸메틸에테르, 디옥산, 디클로로메탄, 및 톨루엔 등, 그리고 이들의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 본 발명에 있어서는, 테트라하이드로푸란이 바람직하게 사용된다.
식 (5) 의 2-하이드록시알킬술폰의 양은, 식 (12) 의 비스티오에테르 화합물에 대해, 통상 0.5 ∼ 2.0 당량이며, 바람직하게는 0.8 ∼ 1.5 당량이다. 할로겐화제의 양은, 식 (12) 의 화합물에 대해, 통상 0.5 ∼ 2 당량이며, 바람직하게는 0.7 ∼ 1.2 당량이다. 산의 양은, 식 (12) 의 화합물에 대해, 통상 0.001 ∼ 2.0 당량이며, 바람직하게는 0.01 ∼ 0.1 당량이다.
본 반응의 반응 온도는, 통상 -80 ℃ ∼ 0 ℃ 이며, 바람직하게는 -50 ℃ ∼ -30 ℃ 이다. 본 반응의 반응 시간은, 통상 1 ∼ 24 시간이며, 바람직하게는 2 ∼ 6 시간이다.
반응의 종료는 예를 들어, 반응 매스의 일부를 샘플링하여, GC, TLC, LC 등의 분석법에 의해 확인할 수 있다. 반응 종료 후에는, 반응 매스에 트리에틸아민 등의 염기를 더해 반응을 정지시켜도 된다. 반응 매스를 물에 따라 첨가하고, 유기 용매 추출, 세정, 농축 등의 통상적인 후처리 조작에 제공함으로써, 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물을 포함하는 잔류물을 얻을 수 있다. 당해 잔류물을, 증류나 칼럼 크로마토그래피 등의 정제 조작에 제공함으로써, 고순도의 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물을 얻을 수 있다.
상기 양태에 있어서, 바람직한 화합물로서 식 (6) :
[화학식 34]
Figure pct00034
(식 중, Ra 는, 메틸기 또는 에틸기이며, Rb 는, 수소 원자이며, Rc 는 페닐기 또는 톨릴기이다. 보다 바람직하게는, Ra 는, 메틸기이며, Rb 는, 수소 원자이며, Rc 는 톨릴기이다.)
본 발명의 아미다이트 화합물은, 고상 합성법에 있어서 RNA 를 제조하기 위한 재료로서 사용할 수 있다. 본 발명의 아미다이트 화합물을 고상 합성법에 있어서 사용함으로써, 높은 순도로 RNA 를 제조하는 것이 가능해진다.
본 발명의 하기 식 (2) 로 나타내는 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물의 제조 방법은, 상기 아미다이트 화합물을 사용하여 고상 합성 반응을 실시하는 공정을 포함하는 것을 특징으로 한다.
[화학식 35]
Figure pct00035
(식 중, Ba 는 동일 또는 상이하며 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
X 는 산소 원자 또는 황 원자를 나타내고, 그리고,
m 은 양의 정수를 나타낸다.)
또, 본 발명의 제조 방법은, 식 (3) 으로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물을 테트라알킬암모늄플루오라이드에 의해 처리하여 식 (2) 로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물을 얻는 공정을 포함할 수도 있다.
[화학식 36]
Figure pct00036
(식 중, Ba 는 동일 또는 상이하며 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
X 는 산소 원자 또는 황 원자를 나타내고, 그리고,
R 은 동일 또는 상이하며, 식 :
[화학식 37]
Figure pct00037
(식 중,
Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 는 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.)
식 (2) 및 (3) 의 Ba 및 m 은, 식 (1) 의 것과 동일하다.
m 은, 특별히 제한되지 않고, 바람직하게는 2 ∼ 300 의 정수이다.
본 발명에 있어서「폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물」이란, 적어도 1 개의 RNA 를 포함하는 화합물로서, 바람직하게는 RNA 만으로 이루어지는 화합물을 의미한다.
고상 합성 반응은, 포스포아미다이트법 등의 공지된 방법 (예를 들어, 일본 특허공보 제5157168호 및 일본 특허공보 제5554881호에 기재된 방법) 에 따라 실시할 수 있다. 또, 시판되고 있는 핵산의 자동 합성 장치 등을 사용하여 실시할 수 있다.
식 (2) 로 나타내는 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물의 제조 방법은, 구체적으로는, (A) 고상 담체에 담지한 제 1 아미다이트 화합물의 5' 위치의 수산기 (예를 들어, 식 (1) 의 G1) 를 탈보호하는 공정, (B) 공정 (A) 에서 생성된 탈보호한 아미다이트 화합물을 제 2 아미다이트 화합물과 축합시키는 공정, (C) 공정 (B) 에 있어서의 미반응의 화합물의 5' 위치의 수산기를 캐핑하는 임의의 공정, (D) (B) 혹은 (C) 에서 생성된 축합물의 아인산기를 인산기 또는 티오인산기로 변환하는 공정, (E) 공정 (D) 에서 얻어진 화합물을 고상 담체로부터 잘라내어, 2' 위치 및 핵산염기의 수산기를 탈보호하는 공정, (F) 5' 위치의 수산기를 탈보호하는 공정 등의 공정을 포함한다. (A) ∼ (D) 의 공정을 반복함으로써, 원하는 사슬 길이의 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물 (예를 들어, 식 (3) 의 화합물) 을 제조할 수 있다.
식 (3) 으로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물을, 바람직하게는 테트라알킬암모늄플루오라이드에 의해 처리함으로써, 2' 위치의 보호기가 탈리되고, 식 (2) 로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물을 제조할 수 있다. 당해 반응의 반응 조건 (반응 온도, 반응 시간, 시약의 양 등) 은 공지된 방법에 따른 조건을 채용할 수 있다.
본 발명의 제조 방법으로 얻어진 식 (2) 로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물은, 필요에 따라 단리 및 정제를 할 수 있다. 통상, RNA 를 침전, 추출 및 정제하는 방법을 사용함으로써, 단리할 수 있다. 구체적으로는, 반응 후의 용액에 에탄올, 이소프로필알코올 등의 RNA 에 대해 용해성이 낮은 용매를 더함으로써 RNA 를 침전시키는 방법이나, 페놀/클로로포름/이소아밀알코올 (예를 들어, 페놀/클로로포름/이소아밀알코올 = 25/24/1) 의 용액을 반응 용액에 더해, RNA 를 수층으로 추출시키는 방법이 채용된다. 그 후, 역상 칼럼 크로마토그래피, 음이온 교환 칼럼 크로마토그래피, 어피니티 칼럼 크로마토그래피 등의 공지된 고속 액체 크로마토그래피 (HPLC) 의 수법 등에 의해 단리, 정제할 수 있다.
본 발명의 제조 방법에 의해, 종래부터 고순도로 RNA 를 제조하는 것이 가능해진다.
식 (1) 로 나타내는 본 발명의 아미다이트 화합물, 식 (10) 의 본 발명의 배당체 화합물, 및 식 (4) 로 나타내는 본 발명의 중간체 에테르 화합물의 제조에 있어서의 반응 조건은 특별히 한정되지 않는다. 식 (4) 로 나타내는 중간체 에테르 화합물은 플로 리액터를 사용하여 합성할 수도 있다.
본 발명의 아미다이트 화합물에 포함되는 불순물을 삭감할 목적으로, 팔라듐 등의 천이 금속 촉매 존재하, 수소에 의한 환원 공정 혹은 마그네슘 등에 의한 환원 공정을 추가할 수도 있다.
식 (5) 로 나타내는 2-하이드록시알킬술폰은, 하기 문헌 1 ∼ 문헌 6 을 참고로, 하기 제조 루트에 의해서도 합성할 수 있다.
문헌 1 CHINESE JOURNAL OF CHEMISTRY 2003, 21, 917
문헌 2 SYNTHESIS 2012, 44, 3623
문헌 3 Chem. Commun., 2005, 5904
문헌 4 New J. Chem., 2009, 33, 972 (빵 효모)
문헌 4 Adv. Synth. Catal. 2013, 355, 2860 (NaBH4 환원)
문헌 4 WO 2017/223414 Al (접촉 수소 첨가)
문헌 5 Tetrahedron Asy㎜etry 2005, 16, 2157
문헌 6 일본 특허공보 6448867호 (mCPBA)
문헌 6 Tetrahedron 2001, 57, 2469 (과산화수소, 텅스텐)
[화학식 38]
Figure pct00038
식 (1) 의 화합물은, 하기 스킴 1 의 공정 1, 2, 3 및 4 에 의해, 식 (7) 의 화합물로부터 제조할 수 있다.
식 (7) 의 화합물에 있어서, Ba 는, 상기와 동일한 의미를 나타내고, G4 는, 전형적으로는, 하기 G4-1 또는 G4-2 구조를 갖는다.
[화학식 39]
Figure pct00039
이들 화합물은, 시판품을 구입할 수도 있고, 예를 들어, Tetrahedron Letters, 2005, 46, 2961 에 기재된 방법에 의해 제조할 수도 있다.
공정 1 (에테르화 공정)
에테르화 공정은, 식 (7) 의 화합물을 식 (4) 의 화합물과 반응시켜 실시된다. 이 반응은, 통상, 할로겐화제를 첨가하여 실시된다. 이 공정에 있어서 사용하는 할로겐화제는, 특별히 한정되지 않지만, N-클로로숙신이미드, N-브로모숙신이미드, N-요오드숙신이미드, 요오드, 1,3-디요오드-5,5'-디메틸히단토인, 브롬 및 염소로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 하나인 것이 바람직하다.
이 공정에 있어서는, 산을 첨가하는 것도 가능하고, 사용하는 산은 특별히 한정되지 않지만, 퍼플루오로알킬카르복실산, 퍼플루오로알킬술폰산, 알킬술폰산 및 그들의 염으로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 하나인 것이 바람직하다.
이 공정에 있어서 사용하는 반응 용매는, 특별히 한정되지 않지만, 예를 들어, 디에틸에테르, THF (테트라하이드로푸란), 2-메틸테트라하이드로푸란, 테트라하이드로피란, 4-메틸테트라하이드로피란, 디메톡시에탄, 디글라임, 시클로펜틸메틸에테르, 디옥산 등의 에테르, 또는 아세토니트릴 등의 니트릴, 톨루엔, 클로로 벤젠, 디클로로벤젠 등의 방향족 탄화수소, 디클로로메탄 등, 그리고 이들 용매의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 바람직한 용매로는, 디에틸에테르, THF (테트라하이드로푸란), 2-메틸테트라하이드로푸란, 테트라하이드로피란, 4-메틸테트라하이드로피란, 디메톡시에탄, 디글라임, 시클로펜틸메틸에테르, 디옥산 등의 에테르를 들 수 있다.
이 공정에 있어서 반응 시간은, 특별히 한정되지 않지만, 예를 들어, 10 분 ∼ 12 시간, 바람직하게는 10 분 ∼ 6 시간이다.
이 공정에 있어서 반응 온도는, 특별히 한정되지 않지만, 예를 들어 -80 ∼ 30 ℃, 바람직하게는, -60 ∼ 10 ℃ 이다.
이 공정에 있어서 상기 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물의 농도도, 특별히 한정되지 않고, 적절히 설정 가능하다.
이 공정에 있어서 상기 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물의 몰수는, 식 (7) 로 나타내는 화합물의 몰수에 대해, 예를 들어 0.5 ∼ 2 배, 바람직하게는 0.8 ∼ 1.5 배이다.
이 공정에 있어서 상기 할로겐화제의 몰수는, 식 (7) 로 나타내는 화합물의 몰수에 대해, 예를 들어 0.5 ∼ 10 배, 바람직하게는 0.8 ∼ 6 배이다.
공정 2 (탈보호 공정)
상기 공정 1 에서 얻어진 식 (8) 의 화합물은, 탈보호 반응에 제공하여 식 (9) 의 화합물로 변환된다. 탈보호 공정은, 공지된 방법으로 실시할 수 있지만, 전형적으로는, 용매 중, 불화수소/트리에틸아민, 불화수소/피리딘, 또는 트리에틸아민 3 불화 수소산염을 작용시켜, 탈보호할 수 있다.
공정 3 (5' 수산기의 보호 공정)
상기 공정에서 얻어진 식 (9) 의 화합물은, 보호 공정에 제공되고, 보호기의 도입은, 공지된 방법으로 실시할 수 있지만, 전형적으로는, 피리딘 중, 화합물 (9) 에 4,4'-디메톡시트리틸클로라이드를 반응시켜 보호기가 도입되어 화합물 (10) 이 제조된다.
공정 4 (아미다이트화 공정)
이 공정은 상기 공정에서 얻어진 식 (10) 의 배당체 화합물에, 식 (11) 의 화합물을 반응시킴으로써 실시된다. 전형적으로는, 디이소프로필암모늄테트라졸리드의 존재하, 식 (11) 의 화합물로서 2-시아노에틸-N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포로디아미다이트를 반응시켜 실시된다. 아미다이트화는, 일본 특허공보 제5554881호의 실시예 2 ∼ 5 에 기재된 방법에 준해 실시할 수 있다.
[화학식 40]
Figure pct00040
이상 설명한 바와 같이, 식 (7), (8), (9) 및 (10) 의 화합물은, 식 (1) 의 아미다이트 화합물의 제조에 사용할 수 있다.
실시예
이하, 본 발명을 더욱 상세하게 설명하기 위해 실시예를 든다. 그러나, 본 발명은 이들 실시예 등에 전혀 한정되는 것은 아니다.
본 명세서 중, 이하의 약호를 사용한다.
TPM = (1-(4-메틸벤젠술포닐)프로판-2-일)옥시)메톡시)메틸기, ; A = 아데닌, G = 구아닌, C = 사이토신, U = 우라실.
TPM 아미다이트 U 의 제조
제조예 1
1) TPM 화제 (TPMR) 의 제조
[화학식 41]
Figure pct00041
비스(메틸티오메틸)에테르 (5.9 g, 0.043 mol) 를 무수 테트라하이드로푸란 (THF) (60 mL) 에 용해하고, 몰레큘러 시브 4A (5.9 g) 를 더해, 혼합물을 10 분간 교반하였다. 혼합물을 -50 ℃ 까지 냉각 후, N-요오드숙신이미드 (NIS) (11.5 g, 1.19 eq.), 이어서 트리플루오로메탄술폰산 (TfOH) (0.11 mL, 0.030 eq.) 을 첨가하였다. 그 혼합물에 1-(4-메틸벤젠술포닐)프로판-2-올 (10 g, 1.09 eq.) (ENAMINE Ltd. 사 제조) 의 아세토니트릴 (20 mL) 용액을 적하하고, 혼합물을 -50 ∼ -45 ℃ 에서 4 시간 교반하였다. 반응액에 트리에틸아민 (4.0 mL) 을 적하 후, -30 ∼ -20 ℃ 까지 승온하고, 이어서 미리 빙욕에서 5 ∼ 10 ℃ 로 냉각한 티오황산나트륨 5 수화물 (17.1 g), 탄산수소나트륨 (6.0 g), 및 물 (130 mL) 로 이루어지는 용액에, 상기 반응액을 더하였다. 혼합물에 아세트산에틸 (42 mL) 을 더해, 10 ∼ 15 ℃ 에서 30 분간 교반 후, 혼합액을 셀라이트 (5.9 g) 로 여과하였다. 여과액을 분액 후, 유기층을 20 ％ 식염수 (24 mL) 로 세정하였다. 유기층을 무수황산마그네슘 (3 g) 을 사용하여 건조 후, 감압하에서 용매를 증류 제거하였다 (배스 온도 40 ℃). 잔류물을 실리카 겔 크로마토그래피에 의해 정제하고 (헥산/아세트산에틸 = 3/1, 실리카 겔 207 mL), 황색 유상물을 3.1 g 얻었다.
GC/FID 로 순도 분석을 실시한 결과, 순도는 91 ％ 였다.
재차 실리카 겔 크로마토그래피에 의한 정제를 실시하여 (헥산/아세트산에틸 = 8/1, 실리카 겔 150 mL), 순도 98.2 ％ 의 TPMR 3.1 g 및 순도 97.8 ％ 의 TPMR 1.5 g 을 얻었다. 이후의 반응에는 양자를 혼합하여 사용하였다.
Figure pct00042
제조예 2
2) TPM-U-2 의 제조
[화학식 42]
Figure pct00043
U-1 (3.3 g, 6.78 mmol) 에 무수 톨루엔 (16.5 mL, 5 vol/wt) 을 더해, 혼합물을 3 vol/wt 까지 감압 농축 후, 추가로 무수 톨루엔 (6.6 mL, 2.0 vol/wt) 을 더해, 혼합물을 3 vol/wt 까지 감압 농축하였다. 무수 테트라하이드로푸란 (6.6 mL, 2.0 vol/wt) 을 더해, 혼합물을 -55 ℃ 부근까지 냉각 후, 거기에 PMMR (3.09 g, 10.17 mmol, 1.5 eq.) 을 적하하고, THF 2 mL 로 씻어냈다. 혼합물에, NIS (2.06 g, 9.15 mmol, 1.35 eq.) 를 첨가하고, -55 ∼ -45 ℃ 에서 TfOH (0.72 mL, 8.14 mmol, 1.2 eq.) 를 적하하였다. 혼합물을 -55 ∼ -45 ℃ 에서 1 시간 교반 후, 빙욕을 사용하여 냉각한 티오황산나트륨 5 수화물 (3.3 g), 탄산수소나트륨 (1.12 g), 물 (22 mL) 및 톨루엔으로 이루어지는 혼합액에, 그 반응액을 따라 첨가하였다. 혼합물을 빙욕하에서 30 분간 교반 후, 분액을 실시하였다. 유기층에 티오황산나트륨 5 수화물 (1.65 g) 과 탄산수소나트륨 (0.6 g) 과 물 (11 mL) 로 이루어지는 용액을 더해, 혼합물을 실온에서 15 분간 교반 후, 분액하였다. 유기층을 황산나트륨 (1 g) 으로 건조 후, 감압하, 농축 건고시켰다. 잔류물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (헥산/아세트산에틸 = 3/1, 실리카 겔 250 mL) 에 의해 정제하고, 무색 징명 (澄明) 유리상 고체의 TPM-U-2 (5.3 g) 를 얻었다.
제조예 3
3) TPM-U-3 의 제조
[화학식 43]
Figure pct00044
TPM-U-2 (5.3 g, 7.13 mmol) 를 아세톤 (10 mL) 에 용해 후, 트리에틸아민 3 불화수소산염 (1.3 mL, 7.84 mmol) 을 첨가하고, 혼합물을 실온에서 2 시간 교반하였다. 반응액에 메틸tert-부틸에테르 (MTBE) (53 mL) 를 더해, 혼합물을 30 분간 교반 후, 데칸테이션으로 MTBE 층을 제거하였다. 이 조작을 3 회 반복한 후, 잔류물을 감압 건고시켜, 백색 아모르퍼스상의 TPM-U-3 (3.5 g) 을 얻었다.
제조예 4
4) TPM-U-4 의 제조
[화학식 44]
Figure pct00045
TPM-U-3 (3.5 g, 7.00 mmol) 에 피리딘 (10.5 mL, 3 vol/wt) 을 더해, 공비 탈수를 2 회 실시한 후, 피리딘 (7.0 mL, 2 vol/wt), 톨루엔 (17.5 mL, 5 vol/wt) 및 아세토니트릴 (7.0 mL, 2 vol/wt) 을 더해, 혼합물을 0 ℃ 부근까지 냉각하였다. 거기에 4,4'-디메톡시트리틸클로라이드 (2.85 g, 8.40 mmol, 1.2 eq.) 를 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 6 시간 교반 후, 메탄올 (1.75 mL. 0.5 vol/wt) 을 첨가하고, 혼합물을 10 분간 교반하였다. 탄산수소나트륨 (0.53 g) 과 물 (10.5 mL) 로 이루어지는 용액을 더해, 혼합물을 15 분 교반하고, 분액을 실시하였다 (본 조작을 추가로 1 회 반복하였다). 유기층에 염화나트륨 (1.05 g) 과 물 (10.5 mL) 로 이루어지는 용액을 더해, 혼합물을 15 분 교반 후, 분액을 실시하였다. 유기층을 황산나트륨 (1 g) 으로 건조 후, 감압 농축을 실시하였다. 잔류물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피로 정제하여 (헥산/아세트산에틸 = 1/1 ∼ 아세트산에틸만, 실리카 겔 280 mL), 백색 아모르퍼스상의 TPM-U-4 를 3.8 g (수율 : 67 ％) 얻었다.
제조예 5
5) TPM-U-5 (TPM 아미다이트 U) 의 제조
[화학식 45]
Figure pct00046
TPM-U-4 (4.7 g, 5.85 mmol) 를 무수 아세토니트릴 (47 mL, 10 vol/wt) 에 용해 후, 디이소프로필암모늄테트라졸리드 (1.10 g, 6.56 mmol, 1.12 eq.) 와 몰레큘러 시브 4A (0.94 g, 0.2 wt/wt) 를 더해, 혼합물을 실온에서 30 분간 교반하였다. 이 용액에 2-시아노에틸-N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포로디아미다이트 (Phos reagent) (2.65 g, 8.78 mmol, 1.5 eq.) 를 첨가하고, 혼합물을 배스 온도 45 ℃ 에서 1.5 시간 교반하였다. 혼합물을 실온까지 방랭 후, 여과하고, 여과액을 감압 농축하였다. 잔류물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피로 정제하여 (헥산/아세톤 = 2/1 ＋ 5 ％ 피리딘, 실리카 겔 380 mL), 백색 고체의 TPM 아미다이트 U 를 4.75 g 얻었다.
Figure pct00047
핵산의 제조예
상기 제조예 5 에서 제작한 TPM 아미다이트 U 를 사용하여, 하기 서열 번호 1 의 서열로 나타내는 우리딘 50 량체를 합성하였다.
5'-UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU-3' (서열 번호 1)
(식 중, U 는 우리딘모노인산나트륨염을 의미한다)
핵산 합성기로서 NTS M-4MX-E (닛폰 테크노 서비스 주식회사 제조) 를 사용하여 3' 측으로부터 5' 측으로 향해 고상 합성하였다. 합성에는 고상 담체로서 다공질 유리를 사용하고, 디블로킹 용액으로서 고순도 트리클로로아세트산톨루엔 용액을 사용하고, 축합제로서 5-벤질메르캅토-1H-테트라졸을 사용하고, 산화제로서 요오드 용액을 사용하고, 캐핑 용액으로서 페녹시아세트산 용액과 N-메틸이미다졸 용액을 사용하여 실시했다.
고상 합성 후의 올리고뉴클레오티드 미정제 생성물의 순도의 측정은, HPLC 에 의해 실시했다. 미정제 생성물을 HPLC (파장 260 ㎚, 칼럼 ACQUITYUPLC Oligonucleotide BEH C18, 2.1 ㎜ × 100 ㎜) 에 의해 각 성분으로 분리하고, 얻어진 크로마토그램의 총면적치에 있어서의 주생성물의 면적치로부터 올리고뉴클레오티드의 순도를 산출하였다.
(본 발명의 핵산의 제조예)
제조예 6
실시예 5 에서 조제한 TPM 아미다이트 U 를 사용하여 우리딘 50 량체 (분자량 15246.53) 를 합성한 결과, 0.173 μmol 당 OD260 은 37.21 OD 이며, 순도는 53.5 ％ 였다. OD260 의 값으로부터, 1 μmol 당 수량은 8603 μg/ μmol 로 산출되었다.
결과를 하기 표 1 에 나타낸다.
(OD260 이란 1 mL 용액 (pH = 7.5) 에 있어서의 10 ㎜ 광로 길이당 UV260 ㎚ 의 흡광도이다. 일반적으로 RNA 에서는 1 OD = 40 μg 인 것이 알려져 있기 때문에, 흡광도부터 RNA 의 생성량을 산출할 수 있다.)
(핵산의 비교 제조예)
비교예 1
일본 특허 제5554881호의 실시예 2 에 기재되어 있는 우리딘 EMM 아미다이트를 사용하여, 제조예 6 에 기재된 방법과 동일하게 고상 합성을 실시하고, 우리딘 50 량체를 제조한 결과, 0.228 μmol 당 OD260 은 41.41 OD 이며, 순도는 44.1 ％ 였다. OD260 의 값으로부터, 1 μmol 당 수량은 7264 μg/ μmol 로 산출되었다.
결과를 하기 표 1 에 나타낸다.
Figure pct00048
이상의 표 1 에 나타내는 바와 같이, 본 발명에서 제조한 아미다이트를 사용한 경우에는, 우리딘 50 량체의 순도가 양호한 결과를 얻을 수 있다.
본 발명은, 아미다이트의 2' 위치의 수산기의 보호기로서 유용한 술폰기 함유 에테르 화합물, 그 술폰기 함유 에테르부를 갖는 아미다이트 화합물을 제공한다. 본 발명의 아미다이트 화합물은, 고순도의 올리고 핵산의 합성에 적합하다.
서열표 프리 텍스트
서열표의 서열 번호 1 은, 우리딘 50 량체의 염기 서열을 나타낸다.
SEQUENCE LISTING <110> SUMITOMO CHEMICAL COMPANY LIMITED <120> GLUCOSIDE COMPOUND, AMIDITE COMPOUND AND METHOD FOR PRODUCING POLYNUCLEOTIDE USING THE SAMES <130> S44227WO01 <150> JP 2019-192899 <151> 2019-10-23 <160> 1 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 50 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> uridine 50-mer <400> 1 uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu 50

Claims (22)

  1. 식 (1) 로 나타내는 아미다이트 화합물.
    Figure pct00049

    (식 중, R 은, 식 :
    Figure pct00050

    (식 중,
    Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 는 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
    Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸 기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.) 로 나타내는 기를 나타내고,
    Ba 는, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
    G1 및 G2 는 동일 또는 상이하며, 수산기의 보호기를 나타내고, 그리고,
    G3 은 동일 또는 상이하며, 알킬기를 나타낸다.)
  2. 제 1 항에 있어서,
    Ra 가 메틸기이며, 그리고, Rb 가 수소 원자인, 아미다이트 화합물.
  3. 제 1 항에 있어서,
    Ra, Rb 가 함께 메틸기인, 아미다이트 화합물.
  4. 제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 있어서,
    G1 이 이하의 기인, 아미다이트 화합물.
    Figure pct00051

    (식 중, R1, R2 및 R3 은 동일 또는 상이하며, 수소 또는 알콕시기를 나타낸다.)
  5. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서,
    G2 가 이하의 기인, 아미다이트 화합물.
    Figure pct00052
  6. 제 1 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항에 있어서,
    G3 이 이소프로필기인, 아미다이트 화합물.
  7. 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항에 있어서,
    Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 아미다이트 화합물.
  8. 제 1 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 기재된 아미다이트 화합물을 고상 합성 반응에 제공하는 공정을 포함하는, 식 (2) :
    Figure pct00053

    (식 중, Ba 는 동일 또는 상이하며, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
    X 는, 산소 원자 또는 황 원자를 나타내고, 그리고,
    m 은, 양의 정수를 나타낸다.) 로 나타내는 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물의 제조 방법.
  9. 제 8 항에 있어서,
    식 (2) 의 폴리뉴클레오티드 골격을 함유하는 화합물이, 상기 아미다이트 화합물을 사용하는 고상 합성 반응으로 생성되는, 식 (3) :
    Figure pct00054

    (식 중, Ba 는 동일 또는 상이하며, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 기를 나타내고,
    X 는, 산소 원자 또는 황 원자를 나타내고, 그리고,
    R 은 동일 또는 상이하며, 식 :
    Figure pct00055

    (식 중,
    Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단 Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
    Rc 는, 수소 원자, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.)
    로 나타내는 기를 나타낸다)
    으로 나타내는 올리고뉴클레오티드 골격을 갖는 화합물에, 테트라알킬암모늄플루오라이드를 반응시키는, 제조 방법.
  10. 제 9 항에 있어서,
    Ra 가 메틸기이며, 그리고 Rb 가 수소 원자인, 제조 방법.
  11. 식 (4) 로 나타내는 에테르 화합물.
    Figure pct00056

    (식 중,
    Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단, Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
    Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 혹은 벤질기를 나타내고, Rd 는 C1 ∼ C10 알킬 또는 페닐기를 나타낸다.)
  12. 제 11 항에 있어서,
    Ra 가 메틸기이며, Rb 가 수소 원자이며, 그리고 Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 에테르 화합물.
  13. 공정 a : 할로겐화제 및 산 존재하, 용매 중에서, 식 (5) :
    Figure pct00057

    (식 중,
    Ra 및 Rb 는 동일 또는 상이하며, 메틸기, 에틸기 또는 수소 원자를 나타낸다. 단, Ra 및 Rb 가 동시에 수소 원자를 나타내는 경우는 없다.
    Rc 는, 할로겐 원자, 메틸기, 니트로기, 메톡시기, 혹은 트리플루오로메틸기로 치환되어도 되는 페닐기, C1 ∼ C10 알킬기 또는 벤질기를 나타낸다.)
    로 나타내는 2-하이드록시알킬술폰과, 식 (12) :
    Figure pct00058

    (식 중, Rd 는, 상기 제 11 항에 정의한 바와 같다.)
    로 나타내는 비스티오에테르 화합물을 반응시키는 공정,
    을 포함하는, 식 (4)
    Figure pct00059

    (식 중, Ra, Rb, Rc 및 Rd 는 상기 정의한 바와 같다.)
    로 나타내는 에테르 화합물의 제조 방법.
  14. 제 13 항에 있어서,
    Ra 가 메틸기 또는 에틸기이며, Rb 가 수소 원자이며, 그리고 Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 제조 방법.
  15. 제 13 항에 있어서,
    Ra 가 메틸기이며, Rb 가 수소 원자이며, 그리고 Rc 가 페닐기 또는 톨릴기인, 제조 방법.
  16. 식 (7) :
    Figure pct00060

    (식 중, Ba 는, 보호되어 있어도 되는 핵산염기 골격을 갖는 화합물을 나타내고, 그리고, G4 는, 수산기의 보호기를 나타낸다.)
    로 나타내는 화합물을, 할로겐화제의 존재하, 식 (4) :
    Figure pct00061

    (식 중, Ra, Rb, Rc 및 Rd 는, 상기 제 11 항에 정의한 바와 같다.)
    로 나타내는 화합물과 반응시키는 것을 특징으로 하는, 식 (8) :
    Figure pct00062

    (식 중, Ba, Ra, Rb, 및 Rc 는, 상기 정의한 바와 같으며, 그리고, G4 는, 수산기의 보호기를 나타낸다.)
    로 나타내는 화합물의 제조 방법.
  17. 식 (8) 의 화합물을 추가로 탈보호하여, 식 (9) :
    Figure pct00063

    (식 중, Ba, Ra, Rb 및 Rc 는, 상기 제 16 항에 정의한 바와 같다.)
    로 나타내는 화합물을 얻는 공정,
    식 (9) 의 화합물의 5' 의 수산기를 선택적으로 보호하여, 식 (10) :
    Figure pct00064

    (식 중, Ba, Ra, Rb 및 Rc 는, 상기 정의한 바와 같으며, 그리고 G1 은, 수산기의 보호기를 나타낸다.)
    으로 나타내는 화합물을 얻는 공정,
    식 (10) 의 화합물을, 식 (11) :
    Figure pct00065

    (식 중, G2 는 수산기의 보호기를 나타내고, G3 은 동일 또는 상이하며 알킬기를 나타낸다.)
    로 나타내는 포스포로디아미다이트와 반응시키는 공정
    을 포함하는, 제 1 항에 기재된 식 (1) 의 화합물의 제조 방법.
  18. 제 16 항에 있어서,
    G4 는, G4-1 또는 G4-2 구조를 갖는, 제조 방법.
    Figure pct00066
  19. 식 (8) :
    Figure pct00067

    (식 중, Ba, Ra, Rb, Rc, G4 는, 상기 제 16 항에 정의한 바와 같다)
    로 나타내는 화합물.
  20. 식 (9) :
    Figure pct00068

    (식 중, Ba, Ra, Rb 및 Rc 는, 제 16 항에 정의한 바와 같다.)
    로 나타내는 화합물.
  21. 식 (10) :
    Figure pct00069

    (식 중, Ba, Ra, Rb, Rc 및 G1 은, 제 17 항에 정의한 바와 같다.)
    으로 나타내는 화합물.
  22. 상기 식 (1) 의 아미다이트 화합물의 RNA 의 제조에 있어서의 사용.
KR1020227014538A 2019-10-23 2020-08-28 배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법 KR20220086589A (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2019192899 2019-10-23
JPJP-P-2019-192899 2019-10-23
PCT/JP2020/032593 WO2021079617A1 (ja) 2019-10-23 2020-08-28 配糖体化合物、アミダイト化合物、およびこれら化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20220086589A true KR20220086589A (ko) 2022-06-23

Family

ID=75620471

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020227014538A KR20220086589A (ko) 2019-10-23 2020-08-28 배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20230024003A1 (ko)
EP (1) EP4049996A4 (ko)
JP (1) JPWO2021079617A1 (ko)
KR (1) KR20220086589A (ko)
CN (1) CN114599664A (ko)
WO (1) WO2021079617A1 (ko)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2024024766A1 (ja) * 2022-07-25 2024-02-01 東レ株式会社 アルキルハライド、それを用いたアルキル化剤及びヌクレオシド誘導体の製造方法

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5554881Y2 (ko) 1977-02-03 1980-12-19
WO2007064291A1 (en) 2005-11-30 2007-06-07 Jyoti Chattopadhyaya Method and compounds for rna synthesis
WO2013027843A1 (ja) 2011-08-25 2013-02-28 株式会社ボナック 配糖体化合物、チオエーテルの製造方法、エーテル、エーテルの製造方法、配糖体化合物の製造方法、核酸の製造方法
JP5157168B2 (ja) 2004-08-26 2013-03-06 日本新薬株式会社 ホスホロアミダイト化合物及びオリゴｒｎａの製法

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS57118715A (en) 1981-01-19 1982-07-23 Kubota Ltd Structure of sensor float of rice transplanter
JPS59106654A (ja) 1982-12-08 1984-06-20 日本碍子株式会社 建築用パネル
US10377788B2 (en) * 2015-04-02 2019-08-13 Bonac Corporation Method for producing glycoside compounds
US10138248B2 (en) 2016-06-24 2018-11-27 Incyte Corporation Substituted imidazo[2,1-f][1,2,4]triazines, substituted imidazo[1,2-a]pyridines, substituted imidazo[1,2-b]pyridazines and substituted imidazo[1,2-a]pyrazines as PI3K-γ inhibitors
JP7280248B2 (ja) * 2018-04-24 2023-05-23 住友化学株式会社 アミダイト化合物及び該化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法
KR101943268B1 (ko) 2018-04-26 2019-01-28 캐논 톡키 가부시키가이샤 진공 시스템, 기판 반송 시스템, 전자 디바이스의 제조 장치 및 전자 디바이스의 제조 방법

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5554881Y2 (ko) 1977-02-03 1980-12-19
JP5157168B2 (ja) 2004-08-26 2013-03-06 日本新薬株式会社 ホスホロアミダイト化合物及びオリゴｒｎａの製法
WO2007064291A1 (en) 2005-11-30 2007-06-07 Jyoti Chattopadhyaya Method and compounds for rna synthesis
WO2013027843A1 (ja) 2011-08-25 2013-02-28 株式会社ボナック 配糖体化合物、チオエーテルの製造方法、エーテル、エーテルの製造方法、配糖体化合物の製造方法、核酸の製造方法

Also Published As

Publication number Publication date
EP4049996A4 (en) 2024-03-27
US20230024003A1 (en) 2023-01-26
EP4049996A1 (en) 2022-08-31
JPWO2021079617A1 (ko) 2021-04-29
CN114599664A (zh) 2022-06-07
WO2021079617A1 (ja) 2021-04-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7280248B2 (ja) アミダイト化合物及び該化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法
JP2020523381A (ja) ３’−デオキシアデノシン−５’−ｏ−［フェニル（ベンジルオシキ−ｌ−アラニニル）］ホスフェート（ｎｕｃ−７７３８）の合成
EP3778619A1 (en) Segment for oligonucleotide synthesis, production method for same, and oligonucleotide synthesis method using same
CN108341828B (zh) 用于制备艾日布林的方法及其中间体
KR20220086589A (ko) 배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법
JP4802712B2 (ja) リボ核酸化合物及びオリゴ核酸化合物の液相合成法
WO2019131719A1 (ja) 高脂溶性ホスホラミダイトの製造
EP2053054B1 (en) Method for introducing nucleic-acid-protecting group
KR101259648B1 (ko) 2′,2′-디플루오로뉴클레오시드 및 중간체의 새로운 제조방법
JP7423533B2 (ja) 配糖体化合物の製造方法
JP6429264B2 (ja) ボラノホスフェート化合物、及び核酸オリゴマー
WO2022255469A1 (ja) ホスホロチオエート及びボラノホスフェートを含むキメラ型核酸オリゴマー、及びその製造方法
JP6767457B2 (ja) シクロペンタ［ｂ］ナフタレノール誘導体及びその中間体の製造方法
JP7075681B2 (ja) 立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法
KR20220079832A (ko) 핵산 올리고머의 제조 방법
PL221806B1 (pl) Sposób wprowadzania acetalowych i acetaloestrowych grup ochronnych oraz związki do realizacji tego sposobu
JPWO2010079813A1 (ja) イノシン誘導体の製造方法