JP7075681B2 - 立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法 - Google Patents
立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP7075681B2 JP7075681B2 JP2020517080A JP2020517080A JP7075681B2 JP 7075681 B2 JP7075681 B2 JP 7075681B2 JP 2020517080 A JP2020517080 A JP 2020517080A JP 2020517080 A JP2020517080 A JP 2020517080A JP 7075681 B2 JP7075681 B2 JP 7075681B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- group
- substituted
- protecting group
- independently
- formula
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
- C07H1/02—Phosphorylation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B2200/00—Indexing scheme relating to specific properties of organic compounds
- C07B2200/07—Optical isomers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
本発明の第1の態様は、下記式(I):
(a)下記式(II):
(b)前記式(IV)の構造を有する化合物を、下記式(V):
(c)前記式(I)においてn=1~4の場合、前記式(VI)の構造を有する化合物の5´-水酸基の脱保護反応を行って得られた化合物と、前記式(IV)の構造を有する化合物とを反応させ、続けて硫化反応を行う工程を1~4回行う工程と、
(d)前記(b)または(c)工程で得られた化合物の3´-水酸基の保護基OR10の脱保護反応を行った後に、R11P{N(R12)2}2の構造を有する三価リン化合物と反応させ、前記式(I)の構造を有するセグメントを調製する工程と、を含む。
本実施形態における立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントは、下記式(I):
前記式(I)中、Bは、独立して、保護基によって保護された、または未保護ヌクレオシド塩基であり;R1は、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基、置換または未置換のヘテロアリール基であり;R2が酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基であるとき、R3が-P(R11){N(R12)2}である、または、R2が-P(R11){N(R12)2}であるとき、R3が酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基であり;R4,R5は、独立して、H、アルキル、アルケニル、置換または未置換の芳香族基、置換または未置換のヘテロアリール基、-CH2-置換または未置換アリール、-CH2-置換シリルであり;R6,R7,R8,R9は、独立して、H、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基であり;R11は、独立して、OCH2CH2CN、SCH2CH2CN、OCH2CH=CH2、OCH3であり;R12は、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基であり;Xは、独立して、H、アルキル、O-アルキル、N-アルキル、ハロゲンであり;Yは、独立して、H、NHR13、ハロゲン、CN、CF3またはアシル系保護基、エーテル系保護基、シリル系保護基で保護された水酸基であるか、または、または、前記Xとの間でX-Y結合を形成し;R13は、独立して、H、アルキル、カルバメート、アミド基、置換シリルであり;Zは、独立して、OまたはSであり;nは、0以上4以下の整数である。
なお、上記式(II)で表される化合物のR2をアシル、アルキルオキシカルボニル、アルキル、アセタール、またはシリル系保護基、上記式(V)で表される化合物のR6を酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基とすることで、光学活性5´-ホスホロアミダイトを合成することが可能である。
(ステップ1:光学活性リン酸化剤の合成)
この化合物をジクロロメタン(50mL)に溶かして0℃に冷やし、ジクロロ酢酸(8.3mL,13g,100mmol)/ジクロロメタン(50mL)溶液を加え、反応を開始した。反応混合物がトリチルカチオンの遊離を示す赤色に呈色するのを確認したのち、反応混合物を直接、酢酸エチル-メタノールを溶出溶媒とするカラムクロマトグラフィーに供し、目的物3を得た。(1.3g,4.0mmol,80%yield),ESI-MS:340.9[(M+Na)+]
(オリゴヌクレオチド合成)
オリゴヌクレオチド固相合成装置において、本実施形態で得られる光学活性ホスホロアミダイトを用い、立体制御されたオリゴヌクレオチドを合成する。装置の標準プロトコールにしたがって縮合反応、キャッピング反応、必要に応じて酸化または硫化反応を行った後、固相担体を取り出し、得られたオリゴヌクレオチドを固相担体から切り出し、濃アンモニア水を用いて脱保護を行う。
Claims (9)
- 下記式(I):
Bは、独立して、保護基によって保護された、または未保護ヌクレオシド塩基であり;
R1は、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基、置換または未置換のヘテロアリール基であり;
R2が酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基であるとき、R3が-P(R11){N(R12)2}である、または、R2が-P(R11){N(R12)2}であるとき、R3が酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基であり;
R4,R5は、独立して、H、アルキル、アルケニル、置換または未置換の芳香族基、置換または未置換のヘテロアリール基、-CH2-置換または未置換アリール、-CH2-置換シリルであり;
R6,R7,R8,R9は、独立して、H、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基であり;
R11は、独立して、OCH2CH2CN、SCH2CH2CN、OCH2CH=CH2、OCH3であり;
R12は、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基であり;
Xは、独立して、H、アルキル、O-アルキル、N-アルキル、ハロゲンであり;
Yは、独立して、H、NHR13、ハロゲン、CN、CF3またはアシル系保護基、エーテル系保護基、シリル系保護基で保護された水酸基であるか、または、または、前記Xとの間でX-Y結合を形成し;
R13は、独立して、H、アルキル、カルバメート、アミド基、置換シリルであり;
Zは、独立して、OまたはSであり;
nは、0以上4以下の整数である)
で表される、立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメント。 - 前記式(I)において、前記Bが保護基によって保護されたヌクレオシドであるとき、該保護基がアシル系保護基である、請求項1に記載の立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメント。
- 前記式(I)において、
前記R1が、アルキルオキシ、メチル、トリフルオロメチル、フェニル、またはフェニルアセチル基であり、
前記XがHであり、
前記YがHまたはt-ブチルジメチルシリル基で保護された水酸基であり、
前記ZがOであり、
前記R3がイソプロピル基である、請求項1に記載の立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメント。 - 下記式(I):
Bは、独立して、保護基によって保護された、または未保護ヌクレオシド塩基であり;
R1は、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基、置換または未置換のヘテロアリール基であり;
R2が酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基であるとき、R3が-P(R11){N(R12)2}である、または、R2が-P(R11){N(R12)2}であるとき、R3が酸性条件下で除去可能な保護基またはシリル系保護基であり;
R4,R5は、独立して、H、アルキル、アルケニル、置換または未置換の芳香族基、置換または未置換のヘテロアリール基、-CH2-置換または未置換アリール、-CH2-置換シリルであり;R6,R7,R8,R9は、独立して、H、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基であり;
R11は、独立して、OCH2CH2CN、SCH2CH2CN、OCH2CH=CH2、OCH3であり;
R12は、置換または未置換の脂肪族基、置換または未置換の芳香族基であり;
Xは、独立して、H、アルキル、O-アルキル、N-アルキル、ハロゲンであり;
Yは、独立して、H、NHR13、ハロゲン、CN、CF3またはアシル系保護基、エーテル系保護基、シリル系保護基で保護された水酸基であるか、または、または、前記Xとの間でX-Y結合を形成し;
R13は、独立して、H、アルキル、カルバメート、アミド基、置換シリルであり;
Zは、独立して、OまたはSであり;
nは、0以上4以下の整数である)
で表される、立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントの製造方法であって、
(a)下記式(II):
(b)前記式(IV)の構造を有する化合物を、下記式(V):
(c)前記式(I)においてn=1~4の場合、前記式(VI)の構造を有する化合物の5´-水酸基の脱保護反応を行って得られた化合物と、前記式(IV)の構造を有する化合物とを反応させ、続けて硫化反応を行う工程を1~4回行う工程と、
(d)前記(b)または(c)工程で得られた化合物の3´-水酸基の保護基OR10の脱保護反応を行った後に、R11P{N(R12)2}2の構造を有する三価リン化合物と反応させ、前記式(I)の構造を有するセグメントを調製する工程と、を含む製造方法。 - 前記式(I)において、前記Bが保護基で保護されたヌクレオシドであるとき、該保護基がアシル系保護基である、請求項4に記載の製造方法。
- 前記式(I)において、
前記R1が、アルキルオキシ、メチル、トリフルオロメチル、フェニル、またはフェニルアセチル基であり、
前記XがHであり、
前記YがHまたはt-ブチルジメチルシリル基で保護された水酸基であり、
前記R3がイソプロピル基である、請求項4に記載の製造方法。 - 請求項1に記載の式(I)で表される立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法であって、
(a)前記式(I)で表される光学活性セグメントのアミダイト部分と、ヌクレオシドまたはヌクレオチドの水酸基との縮合工程と、
(b)前記縮合工程でヌクレオシドまたはヌクレオチドと縮合された前記オリゴヌクレオチド合成用セグメントの末端保護基の脱保護工程と、を含む合成方法。 - 溶液中で前記各工程を行う、請求項7に記載の合成方法。
- 固相担体上で前記各工程を行う、請求項7に記載の合成方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2018088911 | 2018-05-02 | ||
JP2018088911 | 2018-05-02 | ||
PCT/JP2019/018307 WO2019212063A1 (ja) | 2018-05-02 | 2019-05-07 | 立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2019212063A1 JPWO2019212063A1 (ja) | 2021-07-29 |
JP7075681B2 true JP7075681B2 (ja) | 2022-05-26 |
Family
ID=68386041
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020517080A Active JP7075681B2 (ja) | 2018-05-02 | 2019-05-07 | 立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20210317158A1 (ja) |
EP (1) | EP3778616A4 (ja) |
JP (1) | JP7075681B2 (ja) |
CN (1) | CN114269764A (ja) |
WO (1) | WO2019212063A1 (ja) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012024776A1 (en) | 2010-08-23 | 2012-03-01 | The Royal Institution For The Advancement Of Learning/Mcgill University | Block synthesis of oligoribonucleotides |
WO2017111137A1 (ja) | 2015-12-22 | 2017-06-29 | 味の素株式会社 | オリゴヌクレオチドの製造方法 |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0638089B2 (en) * | 1992-04-15 | 2008-03-05 | The Johns Hopkins University | Synthesis of diverse and useful collections of oligonucleotides |
US6294664B1 (en) * | 1993-07-29 | 2001-09-25 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Synthesis of oligonucleotides |
US8859755B2 (en) | 2010-03-05 | 2014-10-14 | Chiralgen, Ltd. | Method for preparing ribonucleoside phosphorothioate |
JP7075680B2 (ja) * | 2018-05-02 | 2022-05-26 | 株式会社ナティアス | オリゴヌクレオチド合成用セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いたオリゴヌクレオチドの合成方法 |
EP3960749A4 (en) * | 2019-05-21 | 2023-02-22 | Natias Inc. | MULTIFLUORINE BLOCKERS FOR OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS AND METHODS OF OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS USING THE SAME |
-
2019
- 2019-05-07 US US17/051,936 patent/US20210317158A1/en active Pending
- 2019-05-07 EP EP19796157.6A patent/EP3778616A4/en active Pending
- 2019-05-07 WO PCT/JP2019/018307 patent/WO2019212063A1/ja active Application Filing
- 2019-05-07 JP JP2020517080A patent/JP7075681B2/ja active Active
- 2019-05-07 CN CN201980029516.XA patent/CN114269764A/zh active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012024776A1 (en) | 2010-08-23 | 2012-03-01 | The Royal Institution For The Advancement Of Learning/Mcgill University | Block synthesis of oligoribonucleotides |
WO2017111137A1 (ja) | 2015-12-22 | 2017-06-29 | 味の素株式会社 | オリゴヌクレオチドの製造方法 |
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
GUO,M. et al,Solid-phase stereoselective synthesis of 2'-O-methyl-oligo-ribonucleoside phosphorothioates using nu,Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,1998年,Vol.8, No.18,pp.2539-2544 |
HYODO,M. et al,Utility of azolium triflates as promoters for the condensation of a nucleoside phosphoramidite and a,European Journal of Organic Chemistry,2005年,No.24,pp.5216-5223 |
NUKAGA,Y. et al,Stereocontrolled Solid-Phase Synthesis of Phosphate/Phosphorothioate (PO/PS) Chimeric Oligodeoxyribo,Journal of Organic Chemistry,2016年,Vol.81, No.7,pp.2753-2762 |
OKA,N. et al,Solid-Phase Synthesis of Stereoregular Oligodeoxyribonucleoside Phosphorothioates Using Bicyclic Oxa,Journal of the American Chemical Society,2008年,Vol.130, No.47,pp.16031-16037 |
OKA,N. et al,Stereocontrolled synthesis of dinucleoside phosphorothioates using a fluorous tag,Journal of Fluorine Chemistry,2013年,Vol.150,pp.85-91 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JPWO2019212063A1 (ja) | 2021-07-29 |
WO2019212063A1 (ja) | 2019-11-07 |
EP3778616A4 (en) | 2021-06-16 |
EP3778616A1 (en) | 2021-02-17 |
US20210317158A1 (en) | 2021-10-14 |
CN114269764A (zh) | 2022-04-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5143872B2 (ja) | ホスホネートヌクレオシド誘導体 | |
JP3207915B2 (ja) | オリゴヌクレオチドとオリゴヌクレオチド類似体の固相合成のための方法と化合物 | |
JP5364380B2 (ja) | ポリヌクレオチド標識試薬 | |
JP7075680B2 (ja) | オリゴヌクレオチド合成用セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いたオリゴヌクレオチドの合成方法 | |
JP7484951B2 (ja) | オリゴヌクレオチドの製造方法 | |
JP6770553B2 (ja) | アルコキシフェニル誘導体、ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、オリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、置換基除去方法 | |
JPH0411555B2 (ja) | ||
JP2003238586A (ja) | 立体規則性の高いジヌクレオシドホスホロチオエートの製造法 | |
FI111265B (fi) | Menetelmä lääkeaineina käyttökelpoisten modifioitujen oligodeoksiribonukleotidien valmistamiseksi ja niiden välituotteita | |
WO2020235658A1 (ja) | オリゴヌクレオチド合成に用いるマルチフルオラスブロックマーおよびこれを用いたオリゴヌクレオチド合成方法 | |
KR20030081303A (ko) | 올리고뉴클레오티드 합성용 신톤 | |
JP7075681B2 (ja) | 立体制御オリゴヌクレオチド合成用光学活性セグメントおよびその製造方法、ならびにそれを用いた立体制御オリゴヌクレオチドの合成方法 | |
JP7371829B2 (ja) | 重合性化合物、化合物、及び、ボラノホスフェートオリゴマーの製造方法 | |
JPS59502025A (ja) | オリゴヌクレオシドホスホネ−トの製造法 | |
US6486313B1 (en) | Oligonucleotides having alkylphosphonate linkages and methods for their preparation | |
Wang et al. | Stereoselective Synthesis of a Cyano Alkylphosphonate by Intramolecular Rearrangement | |
CN106467565A (zh) | 一种脱氧核糖寡核苷酸及其制备方法 | |
WO2022194924A1 (en) | Chiral synthons for the synthesis of chiral phosphorothioates | |
JP2020203902A (ja) | アルコキシフェニル誘導体、ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、オリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、置換基除去方法 | |
JPWO2005085271A1 (ja) | 2‘水酸基を修飾された新規人工rna | |
JPH04112894A (ja) | ホスフィン化合物及びこれを用いるオリゴヌクレオチドの合成方法 | |
JP2002069093A (ja) | チミングリコールの構築ブロック及びそれを有するdna |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20201030 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20201030 |
|
AA64 | Notification of invalidation of claim of internal priority (with term) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A241764 Effective date: 20210216 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210312 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20211019 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20211216 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220218 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20220419 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20220509 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7075681 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |