CN102373230A - 某种梭菌d-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种从梭菌(Clostridium cellulolyticum)中分离的编码D-塔格糖3-差向异构酶(DTE)的核苷酸序列及其应用。该酶的核苷酸序列如SEQ ID No:1所示,所编码的氨基酸序列如SEQ ID No:2所示。本发明包括编码DTE酶的核苷酸序列与表达载体连接而成的进行功能性表达的重组表达载体,以及含有本发明重组表达载体的大肠杆菌细胞及其后代细胞。用上述的核苷酸序列或多肽序列或含有本发明重组表达载体的大肠杆菌细胞及其后代细胞生产D-阿洛酮糖的方法。
Description
【技术领域】:本发明属于生物技术领域和遗传工程领域,涉及从一种梭菌(Clostridiumcellulolyticum)中克隆D-塔格糖3-差向异构酶(DTE)基因的核苷酸序列及其应用。将该基因与不同表达载体连接,转入到细菌、酵母、植物或动物中,利用其编码的DTE生产D-阿洛酮糖的方法和应用。
【背景技术】:近年来发现了一类低热量、具有多生物学功能的单糖及其衍生物,由于在自然界中存在量极少,学术界把它们称为稀少糖(Rare Sugar)。随着人们对这类糖的逐步了解,以阿洛酮糖与塔格糖为核心的功能性稀少糖研究得到迅速的发展。研究表明,阿洛酮糖的甜味类似于蔗糖,易溶于水,不参加体内代谢,无热量;同时还具有许多独特的生理学功能。例如,使用D-阿洛酮糖代替蔗糖等传统甜味剂开发生产的牛乳布丁,具有更高的自由基清除和还原能力(Y.Sun,etal,2006,Biosci.Biotech.Biochem.,70:2859-2867)。因此,阿洛酮糖等稀少糖可以作为特殊人群理想的蔗糖替代品,在食品、保健品及医药品领域有着十分重要的应用价值。
目前,生产稀少糖的技术主要包括化学合成法、提取法和生物转化法。但稀少糖在自然界中的含量极低,提取法明显不适宜稀少糖的大规模生产;化学合成法不仅成本高、产量低,而且会产生比较严重的环境污染。生物转化法可以利用自然界中广泛存在的单糖或富含某些单糖的加工副产物为原料,不仅成本较低,而且转化效率要远远高于前两种方法,是规模化制备功能性稀少糖的重要技术手段。
日本的研究学者Izumofi于2002年建立了稀少糖的生物转化生产策略,即Izumoring方法,该方法中利用酮糖差相异构酶(ketose epimerase)、醛糖异构酶(aldose isomerases)和多元醇脱氢酶(poly dehydrogenase)进行所有单糖及糖醇之间的相互转化,从而利用廉价的原料制备各种稀少糖(K.Izomuri,2006,J.Biotechnol.,124:717-722)。Izumoring策略提示给我们D-阿洛酮糖的生物转化方法,即利用食品工业中加工副产物淀粉为原料经过现有成熟工艺获得D-果糖,再通过D-塔格糖-3-差相异构酶(D-tagatose 3-epimerase,DTE)的作用获得D-阿洛酮糖。该方法利用自然界中广泛存在的廉价原料生产阿洛酮糖,大幅降低了成本,为D-阿洛酮糖的工业化大规模生产奠定了理论基础。
日本香川大学稀有糖研究中心首次发现了DTE酶。该小组在研究假单胞菌Pseudomonascichorii ST-24的D-山梨糖酵解过程中,发现了一种新型的酶,该酶的最适底物为D-塔格糖,遂将其命名为D-塔格糖-3-差相异构酶。该酶能够催化己酮糖之间的差相异构反应,如D-塔格糖和D-山梨糖,D-果糖和D-阿洛酮糖之间的相互转化(K.Izomuri,et al,1993,Biosci.Biotech.Biochem.,57:1037-1039)。研究人员分离纯化了该酶,对其N-末端氨基酸序列进行了质谱测序,进而获得了该酶的基因序列。随后,韩国希杰第一制糖株式会社的Oh等人从根癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens ATCC 33970)中克隆得到了新型的DTE基因,并在大肠杆菌中进行了异源表达(H.J.Kim,et al,2006,Appl.Environ.Microbiol.,72:981-985)。通过对酶动力学以及酶活性质的研究发现,该酶的最适底物并不是D-塔格糖,而是D-阿洛酮糖,于是将该酶的名称改为D-阿洛酮糖-3-差相异构酶(DPE)。该研究发现已于2006年申请了国际专利。我国江南大学的Zhang等人从鱼塘淤泥中分离纯化得到的类球红细菌(Rhodobacter sphaeroides SK001)中克隆得到了DTE的基因,并对重组DTE的性质进行了进一步的研究(L.Zhang,et al,2009,Biotechnol.Lett.,31:857-862)。但到目前为止,有专利或文献报道的DTE基因只有以上三种,发现新型的DTE基因将是D-阿洛酮糖生物转化法生产的关键。
【发明内容】:本发明的目的之一是提供从梭菌Clostridium cellulolyticum中分离的编码D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列。
本发明的目的之二是提供该核苷酸序列所编码的D-塔格糖3-差向异构酶多肽。
本发明的目的之三是提供含有该基因核苷酸序列与异源调节序列连接,进行功能性表达的重组表达载体。
本发明的目的之四是提供含有该基因核苷酸序列或该基因核苷酸序列与异源调节序列连接的重组表达载体转化或转导的宿主细胞及其后代。
本发明的目的之五是提供一种用含有该基因核苷酸序列或该基因核苷酸序列与异源调节序列连接的重组表达载体转化或转导的宿主细胞及其后代细胞或该核苷酸序列所编码的D-塔格糖3-差向异构酶多肽制备D-阿洛酮糖的方法。
本发明第一方面提供的是如SEQ ID No:1所示的核苷酸序列。
本发明提供了一种新的分离的核苷酸序列——即编码梭菌Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列,它是由SEQ ID No:1所示的核苷酸序列组成的,其特征是:该序列长为882bp(碱基)。
分离的D-塔格糖3-差向异构酶基因的核苷酸序列,它选自下组的一种核苷酸序列:(1)编码SEQ ID No:2氨基酸序列的活性多肽的核苷酸序列;(2)与核苷酸序列(1)互补的核苷酸序列。准确地,该核苷酸序列是SEQ ID No:1所示的核苷酸序列。
本发明还提供了编码SEQ ID No:2所示的氨基酸序列的活性多肽的核苷酸序列,具体地,本发明的核苷酸序列是SEQ ID No:1的核苷酸序列。
本发明的核苷酸序列可以是DNA形式或是RNA形式。DNA形式包括cDNA、基因组DNA或人工合成的DNA。DNA可以是单链的或是双链的。DNA可以是编码链或非编码链。编码成熟多肽的编码区序列可以与SEQ ID No:2所示的编码区序列相同或是简并的变异体。
本发明的第二方面,提供分离的上述核苷酸序列所编码的多肽,该多肽是SEQ ID No:2氨基酸序列的多肽。
本发明提供了一种新的多肽序列——某种梭菌(Clostridium cellulolyticum)D-塔格糖3-差向异构酶的氨基酸序列,它是由SEQ ID No:2所示的氨基酸序列组成。本发明的多肽可以是重组多肽、天然多肽、合成多肽,优选重组多肽。本发明的多肽可以是天然纯化的产物,或是化学合成的产物,或使用重组技术从原核或真核宿主(例如,细菌、酵母、高等植物、昆虫和哺乳动物)细胞中产生。
编码SEQ ID No:2活性多肽的核苷酸序列包括:只有成熟多肽的编码序列;成熟多肽的编码序列和各种附加编码序列;成熟多肽的编码序列(和任选的附加编码序列)以及非编码序列。
本发明的第三、第四方面,提供了含有上述基因核苷酸序列的重组表达载体,以及被上述核苷酸序列或重组表达载体转化或转导的宿主细胞及其后代细胞。这些宿主细胞包括细菌、酵母、高等植物、昆虫或哺乳动物细胞。
本发明也涉及含有编码梭菌Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列和外源性调节序列元件结合进行功能性表达的重组表达载体。能够影响基因表达产物的序列元件包括有复制起始点、启动子、标记基因和翻译调控元件。
可用本领域的技术人员熟知的方法来构建含编码Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列和合适的转录/翻译调控元件的表达载体。这些方法包括体外重组DNA技术、DNA合成技术、体内重组技术等(Sambroook,et al.,Molecular Cloning,a Laboratory Manual,ColdSpring Harbor Laboratory,New York,1989)。所述的编码该梭菌DTE酶的核苷酸序列可有效连接到表达载体的恰当启动子上,以指导mRNA合成。这些启动子的代表性例子有:大肠杆菌的lac或trp启动子;λ噬菌体的PL启动子:真核启动子包括CMV早期启动子、HSV胸苷激酶启动子、早期和晚期SV40启动子、反转录病毒的LTRs和其它一些已知的可控制基因在原核细胞或真核细胞或其病毒中表达的启动子。表达载体还包括翻译起始用的核糖体结合位点和转录终止子等。在载体中插入增强子序列将会使其在高等真核细胞中的转录得到增强。增强子是DNA表达的顺式作用因子,通常大约有10-300bp,作用于启动子以增强基因的转录。如腺病毒增强子。
本发明还涉及用含有本发明编码Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列的重组表达载体或直接用编码Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列经基因工程产生的宿主细胞。本发明中,编码Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列或含有该核苷酸序列的重组表达载体可转化或转导入宿主细胞,以构成含有该核苷酸序列或重组表达载体的基因工程化宿主细胞。宿主细胞的代表性例子有:大肠杆菌;真菌细胞如酵母;植物细胞如油菜、烟草、大豆;昆虫细胞如果蝇S2或Sf9;动物细胞如CHO、COS或Bowes黑素瘤细胞等。
用本发明所述的核苷酸序列或含有核苷酸序列的重组表达载体转化宿主细胞可用本领域的技术人员熟知的方法进行。当宿主为原核生物如大肠杆菌时,能吸收DNA的感受态细胞可在指数生长期收集菌体,用CaCl2法处理,所用的步骤在本领域是众所周知的。也可用MgCl2,电穿孔等方法进行。当宿主是真核生物,可选用DNA转染法、显微注射、电穿孔、脂质体包装等方法。
本发明的第五方面,提供了一种用含有该基因的核苷酸序列、或该基因核苷酸序列与异源调节序列连接的重组表达载体转化或转导的宿主细胞及其后代细胞、或用该核苷酸序列所编码的DTE多肽制备D-阿洛酮糖的方法。
该方法是这样实现的,根据宿主细胞,用本领域技术人员所共知的方法生长或培养。比如微生物细胞通常是在0-100℃,优选10-60℃,同时还要氧气。培养基中含有碳源,如葡萄糖;氮源,通常是有机氮的形式,如酵母提取物、氨基酸;盐,如硫酸铵,微量元素,如铁、镁盐;如果需要的话还有维生素。在此期间培养基的pH可以保持固定的值,就是说,在培养期间进行控制或不控制。培养可以分批培养、半不连续培养或连续培养形式进行。在培养之后,收集细胞,破碎或直接使用。将D-果糖与SEQ ID No:2或含有SEQ ID No:2的细胞一起培养,即可将D-果糖转化为D-阿洛酮糖。
本发明还涉及用上述方法制备D-阿洛酮糖,以及将其应用于生产人类食品、动物饲料、化妆品或药品用途。
本发明的其他方面由于本文技术的公开,对本领域的技术人员而言是显而易见的。
本发明所涉及的技术术语的含义:
“分离的”是指物质从其原始环境中分离出来(如果是天然的物质,原始环境即是天然环境)。例如,活体细胞内的天然状态下的核苷酸序列和多肽是没有分离纯化的,但同样的核苷酸序列或多肽如从天然状态中与同存在的其它物质中分开,则为分离纯化的。
“分离的核苷酸序列”是指基本上不含天然与其相关的其它蛋白、脂类、糖类或其它物质。本领域的技术人员能用标准的DNA纯化技术纯化的。
“编码Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶的核苷酸序列”是指包括编码Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶多肽的核苷酸序列和包括附加编码和/或非编码的核苷酸序列。
“载体”指本领域熟知的细菌质粒、噬菌体、酵母质粒、植物细胞病毒、哺乳动物细胞病毒如腺病毒、逆转录病毒或其它载体。
“宿主细胞”指原核细胞,如细菌细胞;或是低等真核细胞,如酵母细胞;或是高等真核细胞,如哺乳动物细胞。
【本发明的优点和积极效果】:
本发明获得了Clostridium cellulolyticum D-塔格糖3-差向异构酶基因,并将其克隆表达于大肠杆菌细胞中。该酶可以将廉价的D-果糖转化为D-阿洛酮糖,这对通过基因重组和表达技术的大规模工业化生产十分有利,有很强的竞争力。
【附图说明】:
图1是本发明中来源于梭菌的DTE酶与其他几种已知DTE的同源性比对图。
图2显示所构建的大肠杆菌重组表达载体pET21DTE。
图3A显示D-果糖、D-阿洛酮糖标准物的高效液相色谱图(Psi=D-阿洛酮糖,Fru=D-果糖)。
图3B是含重组质粒pET21DTE的转基因大肠杆菌的细胞破碎上清液与D-果糖50℃反应1h后的高效液相色谱图。
图3C是含重组质粒pET21DTE的转基因大肠杆菌的细胞破碎上清液与D-阿洛酮糖50℃反应1h后的高效液相色谱图。
【具体实施方式】:
下面结合具体的实施例进一步阐述本发明。应理解这些实施例仅用于说明本发明而不是限制本发明的范围。
实施例1.从梭菌Clostridium cellulolyticum中分离DTE的核苷酸序列
将目前已经发现的DTE酶的氨基酸序列利用NCBI网站的BLAST程序进行同源性搜索,发现来源于梭菌Clostridium cellulolyticum H10推测为木糖异构酶的氨基酸序列与根癌农杆菌Agrobacterium tumefaciens ATCC 33970中DPE的相似性最大。我们推测该基因具有将D-果糖转化为D-阿洛酮糖的能力,是潜在的DTE基因。按照该基因在Genbank中的核苷酸序列进行全基因合成,并在该基因的上下游分别加入Nde I和Sal I酶切位点,以方便后续的表达载体构建。全基因合成工作由金思特科技有限公司完成,合成好的基金连接到pUC57载体上,命名为pUC57-DTE。
该梭菌潜在的DTE酶与其他几种已知DTE的同源性比对如图1所示。其中:
PCDTE:为来源于假单胞菌Pseudomonas cichorii的DTE;
ATDPE:为来源于根癌农杆菌Agrobacterium tumefaciens的DPE;
CCDTE:为本发明的来源于梭菌Clostridium cellulolyticum的DTE。
CCDTE与ATDPE的相似性最高,为60%,与PCDTE的相似性为41%。这说明本发明的新的核苷酸序列所编码的酶很可能具有将D-果糖转化为D-阿洛酮糖的能力。
实施例2.大肠杆菌重组表达载体的构建
将pUC57-DTE和pET-21a(Novagen公司)分别用Nde I和SalI进行双酶切,回收酶切后相应片段,并用T4连接酶在4℃冰箱中过夜连接。连接产物转化大肠杆菌DH5α,通过质粒提取和PCR筛选阳性克隆,并进行测序鉴定。质粒构建结果见附图2,所构建的含有该梭菌DTE基因的大肠杆菌质粒命名为pET21DTE。
实施例3.重组表达载体转化大肠杆菌细胞
取1μg上例中的重组质粒pET21DTE转化到用CaCl2法处理的大肠杆菌Rosetta gami(DE3)细胞中,在含氨苄青霉素、氯霉素和卡那霉素(终浓度分别为50μg/ml、34μg/ml和15μg/ml)的LB固体培养基上培养过夜。
实施例4:生产DTE酶的工程菌的诱导表达
挑取上例中在含氨苄青霉素、氯霉素和卡那霉素(终浓度分别为50μg/ml、34μg/ml和15μg/ml)的LB培养基平板上出现的阳性转化子,接种于3ml含氨苄青霉素、氯霉素和卡那霉素(终浓度分别为100μg/ml、34μg/ml和15μg/ml)的LB培养基,37℃,200rpm过夜培养,以1%的接种量接入50ml以上LB培养基中,37℃,200rpm继续培养4-5h;待培养物O.D.=0.6-0.8左右时,加入IPTG,使其终浓度为0.5mmol/L,20℃,50rpm过夜培养(在此条件下几乎没有包涵体的生成)。5000rpm离心收集菌体,用去离子水洗涤三次,用2ml无菌水重悬菌体,超声破碎,5000rpm离心收集上清液,即为粗酶液。取0.5ml粗酶液分别与0.5ml 1%的D-果糖溶液和D-阿洛酮糖水溶液于50℃反应1h(充分反应),然后100℃处理1h灭活酶的活性。用0.45mm的微孔滤膜过滤,滤液做高效液相分析。
实施例5:高效液相色谱分析
按如下条件进行:
仪器为安捷伦高效液相色谱仪1200,分析柱:安捷伦Zorbax糖分析柱,流动相:75%乙腈,流速:1ml/min,柱温:30℃,检测器:示差折光检测器。以Sigma公司生产的D-果糖和D-阿洛酮糖纯品为标准品,将上例得到的样品进行分析,上样量为5μl。
色谱分析结果见附图3,显示D-果糖和D-阿洛酮糖标准物(图3A)、DTE粗酶液与D-果糖(图3B)和D-阿洛酮糖(图3C)50℃反应1h后的高效液相色谱图。通过与D-果糖和D-阿洛酮糖标准品的保留时间进行比较鉴别出各个峰。图4B中保留时间为4.799min对应的峰为DTE催化D-果糖产生的D-阿洛酮糖,图4C中保留时间为5.706min对应的峰为DTE催化D-阿洛酮糖产生的D-果糖。由此可见,本发明中分离得到的DTE酶可以催化D-果糖和D-阿洛酮糖之间的差向异构反应,该反应的平衡向着生成D-果糖的方向进行,反应达到平衡时D-果糖和D-阿洛酮糖的浓度比例约为3∶1。
使用本发明中发现的新型DTE酶可以实现D-阿洛酮糖的生物转化法生产,该酶促反应利用较廉价的D-果糖作为底物,成本较低,有很大的优势。
Claims (9)
1.梭菌(Clostridium cellulolyticum)的D-塔格糖3-差向异构酶(DTE)的核苷酸序列,其特征是SEQ ID No:1所示的核苷酸序列。
2.按照权利要求1所述的核苷酸序列,其特征在于所述的核苷酸序列是选自下组:
(a)编码SEQ ID No:2所示的氨基酸序列多肽的核苷酸序列;
(b)与核苷酸序列(a)互补的核苷酸序列;
3.一种多肽,其特征是SEQ ID No:2所示的氨基酸序列的多肽。
4.一种重组表达载体,其特征在于它是由权利要求1所述的核苷酸序列与质粒或病毒所构建的重组表达载体。
5.按照权利要求4所述的重组表达载体,其特征在于它是pET21DTE。
6.一种基因工程化的宿主细胞,其特征在于它是选自于下列一种宿主细胞:
(a)它是用权利要求1所述的核苷酸序列转化或转导的宿主细胞及其后代细胞;
(b)它是用权利要求5所述的重组表达载体转化或转导的宿主细胞及其后代细胞。
7.按照权利要求6所述的宿主细胞,其特征在于所述的宿主细胞是细菌细胞、真菌细胞、植物细胞或动物细胞,或这些宿主细胞的后代。
8.按照权利要求6所述的宿主细胞,其特征在于所述的宿主细胞是大肠杆菌细胞。
9.权利要求1所述的核苷酸序列、权利要求3所述的氨基酸序列和权利要求4所述的重组表达载体应用于D-阿洛酮糖的生产。
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