CN101142481A

CN101142481A - 一种检测猪肉质性状及胴体性状的方法

Info

Publication number: CN101142481A
Application number: CN200580049090.2A
Authority: CN
Inventors: 李奎; 赵书红; 朱正茂
Original assignee: LI KUI ZHAO SHUHONG
Current assignee: LI KUI ZHAO SHUHONG
Priority date: 2005-01-18
Filing date: 2005-01-18
Publication date: 2008-03-12
Anticipated expiration: 2025-01-18
Also published as: WO2006076825A1; CN101142481B

Abstract

本发明公开了一种检测猪肉质性状及胴体性状的方法。本发明所提供的检测猪肉质性状及胴体性状的方法，是用由具有序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2的核苷酸序列组成的一对引物对待测猪的基因组DNA进行PCR扩增，然后对PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中SEQ ID NO：3的5′端第177位碱基为A还是G。

Description

一种检测猪肉质性状及胴体性状的方法技术领域

本发明涉及一种检测猪肉质性状及胴体性状的方法。

背景技术

中国是养猪大国，也是猪种资源最丰富的国家，很早就开始将野猪驯化为家猪。经过长期选择，形成了许多各具特色的地方品种，仅《中国猪品种记》（张仲葛主编，中国地方猪品种志，上海科技出版社， 1986 )记载的就有 48个。与国外的商品猪相比，中国地方品种具有许多突出的优点：肉质好，产仔数高，抗逆性好和适应性强等，但却有着两个共同的缺点：瘦肉率低和增重慢。因此，增加胴体痩肉率和提高生长速度一直是我国家猪的遗传改良工作的主要目标。

胴体性状主要包括以下两个方面：一方面是胴体各组分的度量值，如背膘厚度、眼肌面积、胴体长、小肠长度以及各种内脏重等；另一方面是各组成的重量百分比，如屠宰率、腿臀比率、腿臀肉骨率、板油率和内脂率等。

肉质是一个综合性状，它包括一系列的评价指标。关于肉质的定义在各个国家有所差异，广泛接受的是 H₀fm_arm (1994)的定义，即肉质应考虑感官属性（性状）、技术因素、营养价值、卫生和毒性或食品的安全性等方面。在猪的育种中，度量肉质性状的主要指标包括以下内容： PH值（ρΗ1、 pH2 ) 、系水力（失水率、滴水损失、贮存损失、熟肉率）、肌内脂肪含量、嫩度（剪切力）、大理石紋、肉色、肌纤维直径等。

许多胴体性状属于数量性状，由多基因控制、并存在主基因（major gene) 效应。由于胴体性状表现晚且不便活体测量，采用常规育种方法对其进行选择周期长，收效慢。分子生物学技术的发展，使人们可以在 DNA水平寻找控制胴体性状的主基因或与其紧密连锁的分子标记，在育种过程中用于标记辅助选择 (marker assisted selection, MAS) , 以便提高选择进展，更好地改善胴体品质，满足人们的需要，同时获得较大的经济效益。

目前，通过候选基因法，已经找到了一些影响猪的胴体品质的基因。位于猪 12号染色体上的生长激素基因（Growth Hormon, G )是神经分泌内生长轴中调控动物生长发育的核心基因，其产物生长激素具有调节新陈代谢、促进生长发育等作用，是与猪的生长和胴体性状相关的主要候选基因，中外学者对它的基因型与生产性状的关系进行了广泛的研究。 Knorr等（ Knorr C， Moser G， Muller E， Geldermann H. Associations of GH gene variants with performance traits in F2 generations of European wild boar, Pietrain and Meishan pigs. Anim Genet, 1997, 28 : 124- 128. )发现梅山猪与皮特兰猪杂交的 F2代群体中，不同的 ^基因型与 8个胴体性状显著相关。李加琪等（李加琪，陈赞谋，刘德武，刘小红，孙宝丽，凌飞，张豪，陈瑶生 . IFG-1 基因对长白 X蓝塘猪资源群生产性能的遗传效应分析。遗传学报，

2003, 30 (9)： 835-839 )发现在长白 X蓝塘猪构建的资源群体中类胰岛素生长因子 1 (Insulin -like growth factor I，不同基因型对断奶后日增重、骨率、胴体瘦肉量和皮脂率等性状有显著影响。刘桂兰等（刘桂兰，蒋思文，熊远著，郑嵘，屈彦纯. IGF2基因 PCR- RFLP多态性与脂肪沉积相关性状的关联分析。遗传学报， 2003， 30 (12) : 1107-1112) 分析了类胰岛素生长因子 2 (Insulin -like growth factor II， Ji)基因第 8内含子两个 l酶切位点的多态性在大白猪 X梅山猪构成的 F2代中的多态性分布情况，发现 B 位点基因型的个体显著比 B²B²基因型的个体背膘薄 18. 28 % (P<0. 01 ) ，瘦肉率高 8. 71 % (P<0. 01 )。垂体转录因子（Pituitan transcription factor Ι, ΡΙΤΙ ) 是生长激素、催乳素和促甲状腺素重要的调节因子， ¥11等（ Yu TP, Tuggle CK, Schmitz CB， Rothschild MF. Association of PIT1 polymorphisms with growth and carcass traits in pigs. J Anim Sci, 1995， 73 : 1282-1288) 曾报道尸 777与平均背膘厚存在显著相关，近年来 1(11171等（ Kuryl J， Pierzchala M. Association of POUIFI/Rsal genotypes with carcass traits in pigs. J Appl Genet, 2001, 42 : 309 - 316· )和 Brunsch等（ Brunsch C， Sternstein I， Reinecke P， Bieniek J. Analysis of associations of PIT1 genotypes with growth, meat quality and carcass composition traits in pigs. J Appl Genet, 2002， 43 : 85- 91)分别在不同的资源家系中检测到尸与数种胴体性状相关。其它与胴体性状相关的候选基因还包括生长激素释放素 i GHRH)、瘦素 eptiii、生长素（ 6½re '/?)、肌细胞生成素 Myogenin 、生长激素抑制素（somatostatin, 5 、黑素皮质激素受体 4 (Melanocortin-4, MC4R)和生长素受体（growth hormone receptor, GHR) (Xia, et al.， 2003)、 MSTN( Jiang YL, Li N， Plastow G, Liu ZL, Hu XX, Wu CX. Identification of three SNPs in the porcine myostatin gene (MSTN) . Anim Biotechnol, 2002, 13 : 173- 178)等基因。位于 18号染色体上的瘦素基因 epth 被认为是与生长、胴体性状相关的一个基因 ( Sasaki S, Clutter AC, Pomp D. Assignment of the porcine obese (leptin) gene to chromosome 18 by linkage analysis of a new PCR - based polymorphism. Mamm Genome, 1996， 7 : 471-472) , 但 Jiang等 (Jiang ZH， Gibson JP. Genetic polymorphisms in the leptin gene and their association with fatness in four pig breeds. Mamm Genome, 1999， 10 : 191- 193)的研究却没有发现明显的关联。位于猪 9 号染色体上的肌细胞生成素 Myogenin)是基因家族的成员，主要功能是调节成肌细胞分化为肌纤维。 Te Pas等（ Te Pas MF, Soumillion A, Harders FL, Verburg FJ, van den Bosch TJ, Galesloot P, Meuwissen TH. Influences of myogenin genotypes on birth weight, growth rate, carcass weight, backfat thickness, and lean weight of pigs. Anim Sci, 1999， 77 : 2352- 2356. )在两个大白猪群中检测了该基因的多态性，分析发现不同基因型的个体在出生重、生长速度和痩肉量等性状上有显著差异。对两个选择系肌肉的基因家族成员 mRNA表达水平比较发现 F-系（选择生长速度）中 myogenin, myf-5, MyoDl的 mRNA表达水平比 L一系（选择痩肉率）高，在 F - 系中，背膘厚与成肌细胞的表达成负相关（Te Pas MF， Verburg FJ, Gerritsen CL, de Greef KH. Messenger ribonucleic acid expression of the MyoD gene family in muscle tissue at slaughter in relation to selection for porcine growth rate. JAnim Sci, 2000， 78 : 69— 77)。 Kim等（ Kim KS， Larsen N, Short T， Plastow G， Rothschild MF. A missense variant of the porcine melanocortin-4 receptor (MC4R) gene is associated with fatness, growth and feed intake traits. Mamm Genome, 2000, 11 : 131 - 135)在 5个猪商品系中检测到基因遗传变异与背膘厚显著相关。刘桂兰等（刘桂兰，蒋思文，熊远著，郑嵘，屈彦纯.猪资源家系 MC4R基因扫描及其与脂肪性状的相关分析。遗传学报， 2002, 29 (6) : 497-501 )对大白 X梅山的 F2代 174个体检测发现基因多态性与猪胸腰椎间膘厚（Ρ〈0. 05 )、臀部膘厚 (Ρ<0. 02)、平均背膘厚 (Ρ<0. 04)、眼肌宽度 (Ρ〈0. 003)、眼肌面积 (Ρ〈0. 05)、皮率 (Ρ〈0. 02) 呈显著相关。

采用基因组扫描法，研究者们还定位了一些影响胴体性状的数量性状位点（QTL)。影响背膘厚的主基因被定位于第 2和 7号染色体上（de Koning DJ, Janss LL, Rat t ink AP， van Oers PA, de Vries BJ, Groenen MA, van der Poel JJ, et al. Detection of quantitative trait loci for backfat thickness and intramuscular fat content in pigs (Sus scrofa) . Genetics, 1999， 152 : 1679-1690)。 Paszek等（ Paszek AA， Wilkie PJ， Flickinger GH, Miller LM, Louis CF, Rohrer GA, Alexander LJ, Beattie CW, Schook LB. Interval mapping of carcass and meat quality traits in a divergent swine cross. Anim Biotechnol, 2001, 12 : 155- 165)利用 119个分子标记对 116 个 F2个体的胴体和肉质性状进行分析后发现在猪 12号染色体上存在影响胴体长、第 10肋骨背膘厚、平均背膘厚、板油率、眼肌面积和肌内脂肪含量等多个性状的 QTL。最近， Clop等（Clop A， Ovilo C, Perez- Enciso M， Cercos A, Tomas A, Fernandez A, Coll A, et al. Detection of QTL affecting fatty acid composition in the pig. Ma腦 Genome, 2003, 14 : 650- 656)对伊比利亚猪与长白猪构建的 F2进行基因组扫描，发现 12号染色体上存在影响不饱和脂肪酸 (亚麻酸)含量的 QTL。 Yue (Yue G, Schroffel JR， Moser G， Bartenschlager H, Reiner G， Geldermann H. Linkage and QTL mapping for Sus scrofa chromosome 12. Journal of Animal Breeding and Genetics, 2003. 120 : 95-102)等以野猪、梅山猪和皮特兰构成的三个 F2群体为研究对象，在 12号染色体上发现了数个影响 13- 14肋骨间的背膘厚、瘦肉切割率等性状的 QTL。据统计，除了 SSC16和 SSC17外，猪的所有染色体上均发现了影响背膘厚的 QTL (Bidanel JP, Rothschild MF. Current status of quantitative trait locus mapping in pigs, pig news and information, 2002, 23 : 39N-53N)。

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP) , 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA序列多态性。 SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换 (transition) 或颠换 (transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的 SNP并不包括后两种情况。这种变异可能是转换 (C→T，在其互补链上则为 G-A) , 也可能是颠换 (C→A， G→T, C-G, A→T)。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的 SNP约占 2/3，其它几种变异的发生几率相似。

SNP检测方法常釆用一些已有的成熟技术，如 DNA测序、限制性酶切片段长度多态性 (RFLP)、单链构象多态性 (SSCP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交 (AS0)等，也采用根据 DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交、寡聚核苷酸特异的连接、 DNA芯片以及 TaqMan系统等。但不管哪一种方法，首先必须进行靶序列的扩增，然后才能进行其它检测。

发明公开

本发明的目的是提供一种检测猪肉质性状及胴体性状的方法。

本发明所提供的检测猪肉质性状及胴体性状的方法，是用由具有序列表中 SEQ ID No _: 1和 SEQ ID Na: 2的核苷酸序列组成的一对引物对待测猪的基因组 DNA进行 PCR扩增，然后对 PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5' 端第 177位碱基为 A还是 G。

如果 PCR扩增产物的单核苷酸多态性检测结果是自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5' 端第 177位碱基，即自序列表中序列 4的 5 ' 端第 512位碱基为 G时，其纯合体的基因型为 GG; 自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5 ' 端第 177位碱基，即自序列表中序列 4的 5 ' 端第 512位碱基为 A时，其纯合体的基因型为 AA; 它们的杂合体基因型为 AG。

其中， GG基因型个体的平均背膘厚度极显著地高于 AG基因型和 AA 基因型的个体， GG基因型猪的眼肌面积极显著地低于 AG基因型和 AA基因型的个体。在失水率和 pH性状中，该等位基因不同等位基因型与性别有较强的互作效应，其中在不同等位基因中，公猪的失水率和 pH性状变化不显著，而不同等位基因基因型的母猪个体之间变化很显著，表现为 G 等位基因纯合的母猪个体失水率稍高于 A等位基因纯合的母猪个体，而且杂合子母猪的失水率显著的高于杂合子公猪的失水率。而在 pH值性状中，不同性别的纯合个体的 pH值之间差异不显著，而在杂合体中，母猪的 pH值显著的低于公猪的 pH值，表明 G等位基因体现的是显性效应。

所述单核苷酸多态性检测可采用 DNA测序、限制性酶切片段长度多态性 (RFLP)、单链构象多态性 (SSCP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交 (AS0)、根据 DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交、寡聚核苷酸特异的连接、 DNA芯片以及 TaqMan系统等进行检测。

本发明的第二个目的是提供一种猪肉质性状及胴体性状相关基因。

本发明所提供的猪肉质性状及胴体性状相关基因，名称为 7^7，具有由序列表中序列 4的核苷酸序列组成的核苷酸片段。

含有本发明的猪肉质性状及胴体性状相关基因的载体、细胞系及宿主菌均属于本发明的保护范围。

附图说明

图 la为 Sfi I A和 Sfi I B接头序列

图 lb为 pBluescript II SK (-)的物理图谱

图 2为猪血液基因组 DNA的 PCR扩增产物电泳图谱

图 3为 PCR扩增产物的测序峰图

实施发明的最佳方式

实施例 1、 MVTFI的获得

利用 Clontech公司的 SMART cDNA Library Construction Kit和改造的 pBluescript II SK克隆载体（pBluescript II SK的改造载体，具体为将 pBluescript II SK (-) 的 EcoR I和 Not I之间的序列改造为 Sfi I A和 Sfi I B接头序列，利用 Sfi I A和 Sfi I B酶切后可定向插入 cDNA片断（Sfil A →Sfi I B) 。 Sfi I A和 Sfi I B接头序列和 pBluescript II SK (-)的物理图谱分别如图 la和图 lb所示），用猪胚胎发育第 55天的骨骼肌组织的 mRNA，按照常规方法构建了全长 cDNA文库。通过对文库克隆子的测序获得了大量的在骨骼肌组织中表达的基因。

利用比较功能基因组学原理和方法，利用 BLAST在 NCBI的数据库中进行比对没有发现在人鼠以及其它物种存在同源基因，仅在牛物种中存在同源 EST, 它具有由序列表中 SEQ ID Na_: 4的核苷酸序列（cDNA)组成的核苷酸片段，将该基因命名为猪》基因。应用 cDNA macroarray分析发现该基因在不同的发育阶段具有差异表达，应用 Northern 杂交试验验证了该基因是一个在不同发育时期差异表达的基因。

根据猪 cDNA序列设计一对引物：

5， - GCGAGAAGCACCAGCCAGAA -3， (PrimerL)，

5， - TCAAGGCGGGAGTGAAGCAG _3， (PrimerR)

以 RH克隆板 ( INRA - Minnesota porcine radiation hybrid panel , ImpRH)中的猪 X仓鼠杂种体细胞的 DNA (购自法国农业科学院， Laboratoire de Genet ique Cellulaire, INRA)为模板进行 PCR扩增。扩增条件为： 95。C 变性 3min; 94°C变性 20s， 65°C退火 30s， 72°C 延伸 30 s， 35个循环。最后在 72°C延伸 3min。其中的反应体系组成如表 1所示。

表 1. PCR的反应体系

总体 ddH₂0 10 X Buffer lOmM/L lOmM/L lOmM/L 5υ/ μ 1 模板 DNA 积 C含 Mg PrimerL PrimerR dNTP Taq聚合酶

0 μ 1 5. 75 μ 1 1 μ 1 0. 75 μ 1 0. 75 μ 1 0. 5 μ 1 0. 25 μ 1 1 μ 1 (20 ng) 扩增片段经 2%的琼脂糖凝胶电泳进行 PCR扩增片段分型。其中，阳性结果的为 1，阴性结果的为 0。结果为：

001000001010110000100100001000000101100000011000100000000011100000 1110 100000001001101000111101000001100001000101000000, 将该结果提交至 Ij IMpRH数据统计分析服务器

( http： //www. toulouse. inra. f r/l gc/p i g/RH/IMpRH. html / ) 上进行分析，得到如表 2的结果：

表 2. PCR扩增片段分型的分析结果

基因存留率(％)染色体连锁的标记断裂频率 RH 图距 LOD值

MNTF1 29 7 SSC12B09 0.6 0.92 3.47

经过生物信息学分析和同源性比较，在人基因组、小鼠基因组等物种的组中没有发现该基因的同源基因或者同源序列。

实施例 2、 MNTF1的部分 DNA序列的单核苷酸多态性的检测 1、引物设计 .

用由具有序列表中序列 4核苷酸序列的 cDNA序列为信息探针，获得猪 MNTF1的 UniGene编号 Ssc. 6303。利用 DNAStar分析工具分析在该基因的外显子区域中的突变位点。根据上述 cDNA序列以及分析获得的突变位点信息设计扩增引物。序列如下：

5' - GCGAGAAGCACCAGCCAGAA -3，（正向）（序列 1 )，

5， - TCAAGGCGGGAGTGAAGCAG -3' (反向）（序列 2 )

2、 PCR扩增及其产物的纯化、克隆和测序

分别以 129头猪（30头通城猪， 39头大白猪， 30头长白猪， 15头大长通和 15头长大通三元杂交群体）血液基因组的总 DNA为模板进行 PCR扩增。其中，反应体系： 10 X缓冲液 2 μ 1 , Mg²⁺ ( 15niMol/L) 2 μ 1，每种引物 0. 2 μ mol/L, ΙΟΟμιηοΙ/L dNTP混合物， 1. 5U Tag DNA聚合酶，模板 DNA 20ng。其中， 10 X缓冲液来自于 TaKaRa Taq试剂盒（TaKaRa公司， Code No.： DR100A) 反应程序：95°C预变性 5min; 94°C变性 30s， 65°C退火 30 s， 72°C延伸 30s，34 个循环， 72°C延伸 5min下进行 PCR扩增。 PCR扩增产物进行 2 %琼脂糖凝胶电泳，电泳结果如图 2所示，表明获得的 PCR产物大小约为 333bp， 1-5泳道分别为通城猪，大白猪，长白猪，大长通和长大通三元杂交群体猪血液基因组的总 DNA的 PCR扩增产物， M泳道为 DNA分子量标记（100— 1000 bp ladder) 。然后按照如下方法进行 PCR产物的纯化、克隆和测序：

( l ) PCR产物的纯化：在紫外灯下从琼脂糖凝胶上切下含目的片段的凝胶，放入 1. 5 ml Ependorff管中，于 70 °C温育至凝胶完全融化，然后用 PCR 产物纯化试剂盒（Promega)纯化 PCR产物，按照试剂盒说明书操作，具体步骤是在每 300 μ ΐ 融化的凝胶中加入 1 ml树脂（Resin) ，混匀 20 s，将 Resin/DNA混合物装入注射器，使浆液通过微柱（Minicolumn)挤出。再在注射器中加入 80%的异丙醇 2 ml ，轻推活塞使异丙醇通过 Minicolumn挤出，取下 Minicolumn装入 1. 5 ml Ependorff管中， 10， 000g离心 2 min以干燥 Resin, 将 Minicolumn装入另一个干净的 1. 5 ml Ependorff管中，加入 30-50 μ ΐ无菌水，静置 Imin, 10, 000g离心 20s，以洗脱 DNA存于 Ependorff 管中。

( 2 )连接反应：将纯化的 PCR产物与 pGEM- T easy载体连接，连接反应总体积是 5 μ1，其中包括 2.5 μΐ 2Χ缓冲液， 0.5 μΐ的 Τ载体， 1.5 μΐ 的纯化 PCR产物， 0.5 μ 1 的 T₄ DNA连接酶，置 16°C水浴过夜。

(3)感受态细胞的制备：从 37°C培养了 16- 20 h的新鲜平板上挑取一个 DH5a 单菌落接种于 2ml LB中，于 37°C振荡培养 3h，转接 1 ml菌液于含有 30 ml LB的瓶中，继续在 37°C振荡培养约 4h，待 OD600达到 0.3- 0.4时将瓶从摇床取出置冰浴冷却 10-15min，然后将菌液转入离心管中于 4Ό 4，000g离心 10 min 以收集细胞，将离心管倒置以弃净培养液，用 10 ml冰预冷的 0.1 mol/L 的 CaCl₂重悬沉淀，冰浴 30 min, 重复 4°C 4， 000g离心 10 min一次，用 4 ml冰预冷的 0.1 mol/L的 CaCl₂重悬沉淀，置 4Ό保存备用。

(4)转化：无菌状态下取 100-120 μ 1感受态细胞于 1.5 ml Ependorff 管中，将 5 μΐ的连接产物加入混匀，在冰上放置 30 min， 42°C 热激 90 s，其间不要摇动 Ependorff管，取出后冰浴 3-4 min, 加入 400 μ 1无抗生素的 LB液体培养基， 37°C振荡培养 45 min。取 100 μ 1涂布于已提前 4 h涂布了 IPTG( Isopropylthio-β -D-galactoside, 异丙基硫代一 -D—半乳糖苷）和 X- gal的琼脂平板上， 37°C平放 1 h后倒置培养。

(5)质粒的小量制备：挑取平板上的单菌落，接种于 2-3ml LB中， 37 V 300r/min培养过夜。用 1.5ml EP管 12000r/min离心数秒收集菌体。每管加入 100 μ 1用冰预冷的溶液 I (50 mM葡萄糖， 25mM Tris- HC1 (pH8.0)， 10mM EDTA(pH8.0) )，涡旋振荡至菌体充分悬浮。加入新配制的溶液 II [0.2M NaOH, l%SDS]200 l, 快速颠倒混匀，冰浴 5min，然后加入预冷的溶液 III (5M乙酸钾，冰乙酸 11.5ml， H20 28.5ml ) 150μ 1, 混匀后冰浴 5min， 12000r/min 离心 5rain，将上清转至另一 EP管中，加入苯酚：氯仿：异戊醇 500μ1，涡旋振荡，离心后小心吸取上层水相，加入 2倍体积的无水乙醇， - 2CTC沉淀 30min, 12000r/min离心 5rain，沉淀用 70%乙醇洗涤 2次，抽干，加入含有 RNA酶的 TE 20 μ 1。

(6)重组质粒的酶切鉴定：取 3μ1质粒 DNA与双蒸水混匀，使其总体积为 10 μ 1, 加入 5U限制性内酶 EcoRl及 1 μ 1相应的 10X限制性内切酶反应缓冲液，轻弹管壁混匀并离心，置 37°C水浴 1- 2小时，取 2- 3μ1反应液于琼脂糖凝胶电泳检测，得到酶切结果与预计完全相同的目的重组质粒。 ( 7 )测序：重组质粒釆用双脱氧末端终止法在 DNA自动测序仪上进行测序，序列测定由上海博亚生物技术有限公司完成。测序结果表明该 PCR产物的长度为 333bp,自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5 ' 端第 177位碱基，即自序列表中序列 4的 5 ' 端第 512位碱基处存在 G、 A两个等位基因（图 3 ) 。图 3 中，箭头所指的是多态位点。

实施例 3、检测猪背膘厚度，眼肌面积，失水率和 pH值

以 62头纯繁通城猪、 22头纯繁长白猪、 24头长白 (大白 X通城）早和 21头大白 (长白 X通城）早三元杂交组合猪，共 129个个体为实验对象进行性状关联分析，具体方法如下：

1、按照实施例 2中步骤 2的方法，分别以上述 129头猪的猪血液基因组的总 DNA为模板，在引物 5' - GCGAGAAGCACCAGCCAGAA -3' (序列 1)和 5' - TCAAGGCGGGAGTGAAGCAG -3' (序列 2)的引导下进行 PCR扩增，对扩增产物进行测序。如测序结果表明自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5 ' 端第 177位碱基，即自序列表中序列 4的 5 ' 端第 512位碱基为 G时，其纯合体的基因型为 GG; 自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5 ' 端第 177位碱基，即自序列表中序列 4的 5 ' 端第 512位碱基为 A时，其纯合体的基因型为 AA; 它们的杂合体基因型为 AG。

2、用如下最小二乘模型分析（屠宰体重，胴体重，屠宰率，瘦肉重，脂肪重，骨重，平均膘厚，眼肌面积）和肉质性状（肌间脂肪含量， pH值，失水率，大理石纹评分，肉色，滴水损失）：

_Ylj= μ + GENOTYPEi + GR0UPj+ GENOTYPEi X GR0UPj+ ε _u,

其中， yi」是性状观察值，为总体均数， GENOTYPEi为基因型效应， GROUPj 为不同杂交组合的效应， GENOTYPEi X GROUP j为这两者的互作效应， ε "为随机误差，假定服从 Ν (0， σ ²)分布。

结果表明在所检测的群体中， GG基因型的个体有 89个， ΑΑ基因型有 9 个个体， ΤΤ基因型有 31个个体。不同基因型之间性状的性状显著差异的结果 (最小二乘均数和标准误分析）如表 3、表 4、表 5所示，其它性状在不同的基因型之间没有显著的差异。表 3表明， GG基因型的平均背膘厚度均极显著地高于 AG基因型和 ΑΑ基因型的猪（P〈0. 01 ) 。相反， GG基因型猪的眼肌面积均极显著地低于 AG基因型和 AA基因型的猪（P〈0. 01 ) 。说明 G等位基因是影响背膘厚的增效基因，而 A等位基因是影响眼肌面积的增效基因。表 3.不同基因型与背膘厚性状和眼肌面积性状的关联分析

注： **表示在 0.01水平上差异极显著。表 4表明该等位基因不同等位基因型与性别有较强的互作效应， G等位基因纯合的母猪个体失水率稍高于 G等位基因纯合的公猪个体。两者差异不显著，同样 A等位基因纯合的不同性别的个体的失水率之间差异不显著，但 G 等位基因纯合个体的失水率大于 A等位基因纯合个体的失水率，而在杂合个体中，母猪的失水率显著的高于公猪的失水率。表 4.不同基因型与失水率的关联分析

注： *表示在 0.05水平上差异显著。表 5表明在 pH值性状中，不同性别的纯合个体的 pH值之间差异不显著，但 G等位基因的纯合个体的 pH值低于 A等位基因纯合个体的 pH值，而在杂合体中，母猪的 pH值显著低于公猪的 _PH值，表明 G等位基因体现的是显性效应。表 5.不同基因型与 pH值的关联分析

注： *表示在 0.05水平上差异极显著。

工业应用

本发明的检测猪肉质性状及胴体性状的方法可用于检测猪背膘厚度，眼肌面积，失水率和 pH值，将在猪的育种中发挥重要作用。

Claims

权利要求

1、检测猪肉质性状及胴体性状的方法，是用由具有序列表中 SEQ ID Ns: 1和 SEQ ID No _: 2的核苷酸序列组成的一对引物对待测猪的基因组 DNA进行 PCR扩增，然后对 PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中 SEQ ID NO: 3的 5 ' 端第 177位碱基为 A还是 G。

2、猪肉质性状及胴体性状相关基因，具有由序列表中序列 4的核苷酸序列组成的核苷酸片段。

3、含有权利要求 2所述的猪肉质性状及胴体性状相关基因的载体。

4、含有权利要求 2所述的猪肉质性状及胴体性状相关基因的细胞系。

5、含有权利要求 2所述的猪肉质性状及胴体性状相关基因的宿主菌。