CN102080081A - 与母猪产仔数相关的snp标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了与母猪产仔数相关的SNP标记及其应用。本发明SNP分子标记位于GDF2的G+701C和T+4578C位点。本发明通过设计引物，获得的2个序列分别位于猪的GDF2基因的1、2号外显子上，其中在Ensemble数据库收录的GDF2基因(ENSSSCG00000010375）序列第701bp处存在有1个G701→C701的碱基突变并且导致了氨基酸的改变（Ala-114-Pro），在4578bp处存在有1个T4578→4578C的碱基突变为同义突变，使用RFLP-PCR的方法来研究该位点的多态性。本发明为猪分子标记辅助选择提供了一种新标记。

Description

与母猪产仔数相关的SNP标记及其应用

技术领域

本发明涉及动物遗传育种领域，具体涉及与母猪产仔数相关的SNP标记及其应用。

背景技术

我国是世界第一养猪大国和猪肉消费大国，养猪业在我国畜牧业中占有举足轻重的地位，养猪业占畜牧业主值的35%左右，是畜牧业收入的主要来源。

繁殖性状作为一个重要的经济性状，直接影响着养猪业的经济效益。传统数量遗传学在指导家畜育种中起到了重要的作用，但是繁殖性状遗传力低、性状表现晚、而且是限性遗传，通过常规选择难以有所进展。若要进一步提高猪的繁殖性能，必须对其遗传机理有更为深入的了解。因而，应用分子标记的现代育种技术对于提高猪的繁殖性能是先进有效的办法。现代分子生物技术特别是分子标记辅助选择技术的出现，为显著改良该类性状提供了一条新的途径。猪基因组研究进展为猪繁殖性状的遗传基础提供可能。候选基因法和QTL（Quantitative trait locus, QTL）定位被广泛运用于猪繁殖性能的研究上。

GDF2（growth differentiation factor 2）基因也叫BMP-9，是一组属于转化生长因子(transforming growth factor β，TGF-β)超家族的多肽蛋白，在脊椎动物和无脊椎动物的骨骼发育及器官形成中具有重要作用，并且调节多种类型细胞的生长和分化。BMP对未分化的间充质细胞具有较强的定向分化为成骨细胞的能力，并能高效诱导骨和软骨组织的发生。在哺乳类、两栖类和昆虫类的胚胎发生、个体形成、非对称器官的发育过程、造血及免疫和炎症反应中都具有一定的作用。BMPs及其受体不仅能诱导成骨，而且在胚胎发育、生殖、神经、造血组织等的形成和分化中都起重要作用。BMP广泛作用于卵巢生殖细胞，包括各级卵母细胞、颗粒细胞、卵泡及黄体。近来研究证明BMP对卵泡发育调节是通过旁分泌进行的。BMPs在某些哺乳动物卵巢卵泡发生过程起重要作用，具有调控颗粒细胞增殖和细胞分化的作用，也对卵母细胞发育有作用。近几年来，随着基因工程技术的广泛应用，BMP在胚胎发育及生殖方面的研究日益受到关注。GDF2基因目前的研究非常少。迄今为止，尚未将猪GDF2基因做为猪繁殖性状的分子标记。

发明内容

本发明的目的在于根据现有技术的不足，提供一种与母猪产仔数相关的SNP标记。

本发明另一目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物。

本发明还有一个目的在于提供上述SNP标记的应用。

本发明上述目的通过以下技术方案予以实现：

与母猪产仔数相关的SNP标记，在GDF2基因（ENSSSCG00000010375）的1号外显子701bp处有一个G/C碱基突变并导致了氨基酸的改变（Ala-114-Pro），在GDF2基因的2号外显子4578bp处有一个T/C的碱基突变为同义突变。

通过RFLP-PCR研究上述SNP标记的多态性，具体步骤如下：

（1）从被检测猪群猪耳样本中提取猪基因组DNA；

（2）根据据Ensemble数据库收录的GDF2基因(ENSSSCG00000010375）序列，根据序列设计引物扩增出待测SNP所在的核苷酸片段，利用RFLP-PCR的方法进行基因分型。RFLP-PCR分型的原理是通过PCR扩增一段DNA片段，然后再选择适当的限制性内切酶，消化PCR产物，经电泳可得到有特异性的电泳谱带，从而达到鉴定不同基因型的目的。

（3）据分型所到的结果，利用SAS软件进行关联分析。

上述PCR扩增中，所用到的引物序列如SEQ ID NO:1~4所示。

本发明与母猪产仔数相关的SNP标记可用于筛选猪繁殖性状分子标记。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

本发明通过获得与母猪产仔数相关的SNP标记，可以用于筛选猪繁殖性状分子标记，在养殖产业中具有潜在的应用前景。

附图说明

图1为RFLP-PCR研究与母猪产仔数相关的SNP标记的多态性的流程图；

图2为G+701C位点（左）及其MvaI酶切电泳检测结果（右）；

图3为T+4578C位点（左）及其RsaI酶切电泳检测结果（右）。

具体实施方式

以下结合实施例来进一步解释本发明，但实施例并不对本发明做任何形式的限定。

实施例1 

1、猪耳组织样的采集和DNA的提取：

样品均来源于华农温氏畜牧股份有限公司腰古猪场大白母猪。

基因组DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法：

（1）取耳组织样约50mg,剪碎，加入200 μL置于细胞裂解液，100μL10×TE混合，加2μL蛋白酶K，置于55℃水浴过夜；

（2）消化完全后（过夜），加入300μL氯仿混合，上下摇动混匀10~15 min（动作轻柔以保证DNA的完整性）；

（3）将混合液离心10,000 rpm，2min,然后取上清液约200 μL置于1.5mL的新离心管中

（4）在离心管中加入250μL沉淀液，混匀，室温放置2min后，10,000 rpm离心2min；

（5）倒掉上清液，立即加入1.2M的NaCl 50μL，轻轻振荡到DNA完全溶解，加入2.0μL的Rnase A,然后置于55℃水浴锅中5-10min；

（6）加入150μL冰无水乙醇（-20℃），10,000 rpm离心2min；

（7）倒掉乙醇，加入300μL75%乙醇清洗，10,000 rpm离心2min；

（8）倒掉75%乙醇，风干至无酒精味，加入50μL10×TE，37℃水浴溶解DNA；4℃保存备用，若长期保存，应存放于-20℃冰箱。

2、目的片段的获得及RFLP-PCR分型

（1）扩增含SNP位点的核苷酸片段

据Ensemble数据库收录的GDF2基因(ENSSSCG00000010375）序列，根据表1中的序列设计引物扩增出待测SNP所在的核苷酸片段

（2）针对2个不同的SNP位点选择适当的内切酶，进行RFLP-PCR

G+701C位点和T+4578C位点分别用MvaI和RsaI内切酶进行RFLP-PCR。如图2和图3所示，G+701C位点分为3种基因型：GG:320/121/59, CC:238/82/121/59以及GC:320/238/82/121/59；T+4578C位点的3种基因型分别为 TT:901/199,TC: 901/698/203/199以及CC:698/203/199。

3、基因型判定及关联分析

根据RFLP-PCR的结果判定该位点在检测群体中的基因型。

实施例2 

对猪GDF2基因G+701C位点和T+4578C位点不同基因型与猪繁殖性状进行关联分析的检测应用。猪GDF2基因G+701C位点和T+4578C位点分析结果如 表1所示。

表1   SNP位点在大白猪群体中的基因型频率及等位基因频率

由表1可以看出G+701C位点，在大白猪群体中，GG纯合型远远高于CC型及GC型，G等位基因为优势基因。T+4578C位点，在大白猪中CC>TC>TT，C等位基因的分布频率也远远大于T等位基因的频率。

表2猪GDF2基因G+701C位点和T+4578C位点与猪繁殖性状进行关联分析

备注：1：最小二乘均值±标准误；表中相同字母表示差异不显著，不同小写字母表示差异显著，*表示显著相关（P＜0.05）。

由表2可以得到基因型间对猪第五胎产仔数和平均产仔数的影响达到了显著水平（P＜0.05）。发生在701bp的SNP与此大白猪群体第五胎产仔数有显著相关（P<0.05）。,GC型比GG型多产仔1.28头,与平均产仔数也显著相关（P<0.05），CC型比GG型平均产仔数多1.64头，比GC型多产仔0.7头,GC型比GG型0.94头。T+4578C位点的SNP与此大白猪群体第五胎产仔数有显著相关（P<0.05），TT型比CC型多产仔1.99头。与平均产仔数也呈现显著相关（P<0.05）。TT型比CC型产仔数多1.56头。

                        SEQUENCELISTING

 

<110> 华南农业大学

 

<120> 与母猪产仔数相关的SNP标记及其应用

 

<130> 

 

<160> 4    

 

<170> PatentInversion3.2

 

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

 

<400> 1

gacggcgggtgggtgagagc                                                20

 

 

<210> 2

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

 

<400> 2

ccggatgggctgactctaccttc                                            23

 

 

<210> 3

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

 

<400> 3

tgcccatgactgtgtatttgc                                              21

 

 

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

 

<400> 4

gccattgagagggtgagcag                                                20

 

 

Claims (3)

1.与母猪产仔数相关的SNP标记，其特征在于所述标记在GDF2基因的1号外显子701bp处有一个G/C突变，在GDF2基因的2号外显子4578bp处有一个T/C突变。

2.根据权利要求1所述的与母猪产仔数相关的SNP标记，其特征在于用于检测SNP标记的引物如SEQ ID NO:1~4所示。

3.权利要求1所述与母猪产仔数相关的SNP标记在猪繁殖性状分子标记的筛选中的应用。

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