CN101072587A - 抗－cd154抗体 - Google Patents

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Abstract

本发明提供肽及其片段，和含有所述肽及其片段的抗体，或其片段，其中所述肽与野生型5c8抗体相比包含至少一个氨基酸取代。本发明也提供在受试体中治疗与CD154相关的疾病或病症的组合物和方法。

Description

抗-CD154抗体
交叉引用的相关申请
本申请要求2004年7月26日提交的美国临时申请的序列号60/591,337的优先权，该申请全部内容通过引用并入本文。
技术领域
本发明部分地涉及抗-CD154抗体(anti-CD154 antibody)和其片段，所述的抗-CD154抗体和其片段在轻链和重链之一的或两者的可变区包含至少一个取代的氨基酸，并且涉及包含所述抗体或其片段的组合物，及使用该抗体或其片段的方法。
背景技术
体液的和细胞-介导的免疫性的产生通过激活的辅助性T细胞与抗原呈递细胞(antigen-presenting cells)(“APCs”)和效应T细胞的相互作用来配合。激活辅助性T细胞不仅依赖于抗原-特异性T-细胞受体(“TCR”)与其相关肽-MHC配体的相互作用，而且需要通过许多细胞粘着和共刺激分子(costimulatorymolecules)来配位结合(coordinate binding)和激活(Salazar-Fontana等，Curr.Opin.Hemat.，2001，8，5)。
关键的共刺激分子是CD154(也称为CD40配体、CD40L、gp39、T-BAM、T-细胞激活分子、TRAP)，其为以激活依赖性、时间上受限(temporally-restricted)的方式在CD4+T细胞的表面上表达的II型跨膜蛋白。CD154也在激活之后在CD8+T细胞、嗜碱性粒细胞(basophils)、肥大细胞(mast cells)、嗜酸性粒细胞(eosinophils)、天然杀伤细胞(natural killer cells)、B细胞、巨噬细胞、树突细胞和血小板的亚型上表达。CD154反受体(counter-receptor)CD40是I型膜蛋白，其在许多细胞型，包括APCs的表面上普遍地组成型表达(Foy等，Ann.Rev.Immunol.，1996，14，591)。
由CD154通过CD40的信号传导启动一连串导致带CD40受体的细胞(CD40 receptor-bearing cells)的激活和最佳的CD4+T细胞引发(priming)的事件。更具体地，CD154和CD40之间的相互作用促进B细胞分化成分泌抗体的细胞和记忆B细胞(Burkly，In Adv.Exp.Med.Bio.，Vol.489.，D.M.Monroe，U.Hedner，M.R.Hoffman，C.Negrier，G.F.Savidge，和G.C.I.White，eds.Kluwer Academic/Plenum Publishers，2001，p.135)。此外，CD154-CD40相互作用通过巨噬细胞和树突细胞的激活及天然杀伤细胞和细胞毒T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocytes)的产生来促进细胞-介导的免疫性(Burkly，见上文)。
已显示CD40-CD154相互作用在几种实验性诱导的自身免疫疾病中是重要的，所述自身免疫疾病如胶原-诱导的关节炎、实验性变应性脑脊髓炎(experimental allergic encephalomyelitis)(“EAE”)、卵巢炎(oophoritis)、大肠炎(colitis)、药物-诱导的狼疮肾炎(drug-induced lupus nephritis)。具体地，已显示所有这些模型中的疾病诱导可用CD154拮抗剂在抗原施用时进行阻断(block)(Burkly，见上文)。
使用抗-CD154拮抗剂来阻断疾病也已经见于自发性自身免疫疾病(spontaneous autoimmune disease)，包括胰岛素依赖性糖尿病(insulin-dependentdiabetes)和狼疮肾炎的动物模型中，以及移植物抗宿主病(graft-vs-hostdisease)、移植物、肺纤维化和动脉粥样硬化(atherosclerosis)疾病模型中(Burkly，见上文)。
虽然已证实糖基化的抗-CD154抗体用于预防和治疗几种与免疫应答有关的疾病是有用的，但是在一些受试者中，由于血栓栓子的(thromboembolitic)活性，使用它们的治疗有时是复杂的。虽然此副作用的机理是未知的，但其可能涉及血小板上的FcgRIIa和CD154通过抗-CD154抗体的连接(colligation)，或其聚集，这导致不适宜的血小板激活(platelet activation)。与其它Fcγ受体和补体的结合也可增强此效应。因此，不结合效应受体的抗-CD154抗体的形式用于治疗用途可能更安全和/或更有效。
抗-CD154抗体抑制免疫功能的机理可比简单结合CD154以阻断与CD40的相互作用更加复杂，并且实际上可包括通过效应物途径的贡献(contributions)。例如，抗体-抗原结合通过结合于Fcγ受体或补体成分的Fc区可诱导激活的T细胞的缺失。可替换地，抗体与CD154的结合可通过在带Fcγ受体的细胞上形成抗体的细胞表面支架来增强。此外，可通过Fcγ受体结合相互作用来促使抗体接近其作用位点。
CD154在调控体液的和细胞-介导的两种免疫应答的功能中的关键作用已经引起使用此途径的抑制剂用于治疗性免疫调节(therapeuticimmunomodulation)的巨大兴趣(美国专利No.5,474,771)。因而，已显示抗-CD154抗体在多种免疫应答模型中对其它治疗蛋白或基因治疗，变应原(allergens)、自身免疫(autoimmunity)和移植是有益的(美国专利No.5,474,771；Burkly，见上文)。
因此，仍然需要不引起强免疫反应但强烈地与其抗原结合的抗体，和鉴定所述抗体，尤其是改进的CD154抗体的方法。
发明内容
本发明提供包含与SEQ ID NO：3具有至少80％同一性的氨基酸序列的肽，或其片段，其中位于第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位各个位置的氨基酸，独立地为任何天然存在的氨基酸或任何非天然存在的氨基酸，其中所述肽不是由SEQ ID NO：1组成，而且其中所述片段包含第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位中的至少一个位置，而且当与野生型5c8重链复合时，所述肽或其片段可连接于CD154。
在一些实施方案中，第24位氨基酸选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，和Lys；第26位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu；第27位氨基酸选自Gln，Asn，Cys，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys；第28位氨基酸选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第30位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys；第31位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Arg，和Lys；第32位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Arg，Ala，Ile，Leu，和Lys；第33位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，Ala，Val，和Lys；第34位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys；第35位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，和Tyr；第36位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，Ala，Leu，和Glu；第38位氨基酸选自His，Asn，Cys，Gln，Gly，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys；第54位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu；第57位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；第58位氨基酸选自Leu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，和Glu；第59位氨基酸选自Glu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，和Asp；第60位氨基酸选自Ser，Asp，和Glu；第93位氨基酸选自Gln，Asn，Cys，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys；第95位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；第96位氨基酸选自Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys；第97位氨基酸选自Glu和Asp；第98位氨基酸选自Ile，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Ala，Leu，Pro，Val，和Glu；第100位氨基酸选自Pro，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；和第101位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu。
在一些实施方案中，第26位氨基酸选自Ser和Asp；第27位氨基酸选自Gln和Glu；第28位氨基酸选自Arg和Glu；第31位氨基酸选自Ser，Ala，His，Asn，Thr，Val，和Trp；第32位氨基酸选自Ser，Ala，Phe，Ile，Leu，Met，和Trp；第33位氨基酸选自Thr，Ala，Phe，Met，Val，Trp，Asp，Arg，Tyr，和Gln；第34位氨基酸选自Tyr，Ala，Asp，Glu，Phe，Ile，Lys，Leu，Met，Arg，Val，和Trp；第36位氨基酸选自Tyr，Ala，Phe，Leu，和Trp；第54位氨基酸选自Tyr和Glu；第96位氨基酸选自Trp，Asp，Glu，His，Arg，Ser，和Thr；和第98位氨基酸选自Ile，Ala，Phe，His，Leu，Met，Asn，Pro，Gln，Ser，Thr，Val，Trp，和Tyr。
在一些实施方案中，第26位氨基酸选自Ser，Asp和Glu；第27位氨基酸选自Gln，Asp，和Glu；第31位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，Thr，和Tyr；第32位氨基酸选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；第33位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，和Tyr；第98位氨基酸选自Ile，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第28位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Val；第33位氨基酸选自Asp和Arg；和第54位氨基酸是Glu。
在一些实施方案中，第31位氨基酸选自His和Asn；第32位氨基酸选自Trp和Phe；第33位氨基酸选自Trp，Tyr，和Gln；第36位氨基酸选自Leu和Trp；第96位氨基酸是His；和第98位氨基酸选自Phe和Gln。
在一些实施方案中，第26位氨基酸选自Ser和Asp；第27位氨基酸选自Gln和Glu；第31位氨基酸选自Ser和Asn；第32位氨基酸选自Ser和Phe；第33位氨基酸选自Thr，Gln，和Tyr；第98位氨基酸选自Ile和Gln；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Gln；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第31位氨基酸是Asn；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位和第3 1位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第32位氨基酸是Phe；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位和第33位氨基酸是Gln；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第33位氨基酸是Tyr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位和第98位氨基酸是Gln；第33位氨基酸是Thr；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Asn；第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Ser；第32位氨基酸是Phe；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Gln；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Tyr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Gln；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位和第36位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位和第33位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；第31位氨基酸是Val；和第100位氨基酸是Pro。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；第33位氨基酸是Asp；和第100位氨基酸是Pro。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位和第36位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第54位、第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第33位和第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
本发明也提供包含与SEQ ID NO：6具有至少80％同一性的氨基酸序列的肽，或其片段，其中位于第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位各个位置的氨基酸，独立地为任何天然存在的氨基酸或任何非天然存在的氨基酸，其中所述肽不是由SEQ ID NO：4组成，而且其中所述片段包含第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位中的至少一个位置，而且当与野生型5c8轻链复合时，所述肽或其片段可连接于CD154。
在一些实施方案中，第28位氨基酸选自Ile，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp和Trp；第30位氨基酸选自Thr，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第31位氨基酸选自Ser，Arg，His，Lys，Gln，和Trp；第32位氨基酸选自Tyr，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第33位氨基酸选自Tyr，Asp，Glu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第35位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，和Glu；第50位氨基酸选自Glu和Asp；第52位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Ala，Leu，Val，和Lys；第53位氨基酸选自Pro，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；第54位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Arg，Lys，和Glu；第55位氨基酸选自Asn，Glu，Lys，Gln，Ser，Thr，Met，和Val；第57位氨基酸选自Asp，Glu，Phe，和Leu；第58位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第59位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu；第60位氨基酸选自Phe，Asp，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Ser，Thr，Trp，Tyr，Glu，Arg，Lys，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第61位氨基酸选自Asn，Asp，和Glu；第62位氨基酸选自Glu和Asp；第63位氨基酸选自Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Glu，Asp，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第64位氨基酸选自Phe，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第65位氨基酸选自Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第66位氨基酸选自Ser，Asp，和Glu；第99位氨基酸选自Ser，Asp，Glu，和Ala；第100位氨基酸选自Asp和Glu；第101位氨基酸选自Gly，Phe，和Leu；第102位氨基酸选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，和Lys；第103位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Lys，Arg，和Val；第104位氨基酸选自Asp和Glu；第105位氨基酸选自Met，Asp，Glu，Arg，His，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，Phe，Ser，Thr，Trp，和Tyr；第106位氨基酸选自Asp和Glu；和第107位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val。
在一些实施方案中，第28位氨基酸选自Ile，His，Asn，Gln，Ser，Thr，和Glu；第30位氨基酸选自Thr，His，Asn，Gln，Ser，Tyr，和Arg；第31位氨基酸选自Ser，Gln，和Trp；第33位氨基酸选自Tyr，Ala，Pro，Ser，Thr，Val，和Trp；第52位氨基酸选自Asn，Ala，Phe，His，Leu，Met，Ser，Thr，Val，和Trp；第54位氨基酸选自Ser，Glu，His，Lys，Asn，Gln，Arg，Thr，Trp，Tyr，和Phe；第55位氨基酸选自Asn，Glu，Lys，Gln，Ser，Thr，Met，和Val；第57位氨基酸选自Asp，Phe，和Leu；第59位氨基酸选自Asn，Ala，Phe，Leu，Met，Pro，Val，Trp，Asp，和Tyr；第99位氨基酸选自Ser和Ala；第101位氨基酸选自Gly，Phe，和Leu；和第103位氨基酸选自Asn，Ala，Asp，Glu，Phe，His，Ile，Lys，Met，Arg，Ser，Thr，Val，和Tyr。
在一些实施方案中，第31位和第54位氨基酸，独立地，选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；第57位氨基酸选自Asp，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；第101位氨基酸选自Gly，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；第103位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，第31位氨基酸选自Ser，Trp，和Gln；第54位氨基酸选自Ser，Phe，和Gln；第57位氨基酸选自Asp，Leu，和Phe；第101位氨基酸选自Gly，Leu，和Phe；第103位氨基酸选自Asn和Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，第28位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Phe；第54位氨基酸是Thr；和第59位氨基酸选自Asp和Leu。
在一些实施方案中，第30位氨基酸选自His和Arg；第31位氨基酸选自Gln和Trp；第33位氨基酸选自Trp，Val，和Pro；第52位氨基酸选自Met和Trp；第54位氨基酸选自Asn，Phe，和Gln；第55位氨基酸选自Met，Lys，和Val；第57位氨基酸选自Phe和Leu；第59位氨基酸选自Phe和Tyr；第101位氨基酸选自Phe和Leu；和第103位氨基酸选自His和Tyr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Trp；第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Gln；第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Ser；第54位氨基酸是Phe；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Ser；第54位氨基酸是Gln；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Phe；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Leu；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Phe；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Leu；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第33位、第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第59位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第59位氨基酸是Leu；和第105位氨基酸是Met。
本发明也提供组合物，其包含本文公开的任一种肽。
本发明也提供核酸分子，其编码本文公开的任一种肽。
本发明也提供载体，其包含本文公开的任一种核酸分子。
本发明也提供组合物，其包含本文公开的任一种核酸分子或载体。
本发明也提供宿主细胞，其包含本文公开的任一种核酸分子或载体。
本发明也提供抗体或其片段，其包含本文公开的任一种肽，其中抗体或其片段可连接于人CD154。
在一些实施方案中，抗体片段选自单链抗体(scFv)、F(ab’)2片段、Fab片段，和Fd片段。
在一些实施方案中，抗体或其片段用可检测的标记物，如选自放射性同位素、酶、荧光染料、胶体金、染料和生物素的标记物标记。
在一些实施方案中，抗体或其片段结合于治疗剂，如选自放射性同位素、毒素、类毒素和化学治疗剂的一种治疗剂；或结合于珠子。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含至少一种高分子量聚合物，如选自聚乙烯亚胺(polyethyleneimine)和聚赖氨酸(polylysine)中的一种。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含至少一个选自PEG酰化的(PEGylated)和糖基化的(glycosylated)氨基酸。
本发明也提供组合物，其包含本文公开的任一种抗体或其片段。
本发明也提供试剂盒，其包含本文公开的任一种抗体或其片段。
本发明也提供治疗或预防与CD154有关的人疾病或病症(disorder)的方法，其包括对人施用治疗上或预防上有效量的权利要求55至77中任一项的抗体或其片段，或权利要求53的组合物，以使与CD154有关的人疾病或病症得到减轻或预防。
在一些实施方案中，所述人疾病或病症是炎症，如选自与如下疾病有关的一种炎症：关节炎(arthritis)、接触性皮炎(contact dermatitis)、hyper-IgE综合征、炎性肠病、变应性哮喘和特发性炎性疾病(idiopathic inflammatorydisease)。
在一些实施方案中，关节炎选自类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis)、非类风湿性炎性关节炎(non-rheumatoid inflammatory arthritis)、与莱姆病(Lymedisease)有关的关节炎和炎性骨关节炎(inflammatory osteoarthritis)。
在一些实施方案中，特发性炎性疾病(idiopathic inflammatory disease)选自银屑病(psoriasis)和系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus)。
在一些实施方案中，疾病或病症选自重症肌无力(Myasthenia gravis)、格雷夫斯病(Graves’disease)、特发性血小板减少性紫癜(idiopathicthrombocytopenia purpura)、溶血性贫血(hemolytic anemia)、糖尿病(diabetesmellitus)、克隆氏病(Crohn’s disease)、多发性硬化(multiple sclerosis)和药物引起的自身免疫疾病(drug-induced autoimmune diseases)。
在一些实施方案中，病症是移植器官受试者的排异反应，所述移植的器官如选自移植的心、肾、肝、皮肤、胰腺胰岛细胞和骨髓中的一种。
在一些实施方案中，所述病症选自受试者中的移植物抗宿主病(graft-vs-host disease)、变应性应答(allergic responses)、自身免疫应答和纤维化，如肺纤维化或纤维化疾病。
在一些实施方案中，肺纤维化选自成人型呼吸窘迫综合征继发的肺纤维化(pulmonary fibrosis secondary to adult respiratory distress syndrome)、药物引起的肺纤维化(drug-induced pulmonary fibrosis)、特发性肺纤维化(idiopathicpulmonary fibrosis)，或超敏感性肺炎(hypersensitivity pneumonitis)；而且其中所述的纤维化疾病选自丙型肝炎(Hepatitis-C)、乙型肝炎(Hepatitis-B)、肝硬化(cirrhosis)、毒素损害继发的肝硬化(cirrhosis of the liver secondary to a toxicinsult)、药物继发的肝硬化(cirrhosis of the liver secondary to drugs)、病毒感染继发的肝硬化(cirrhosis of the liver secondary to a viral infection)和自身免疫性疾病继发的肝硬化(cirrhosis of the liver secondary to an autoimmune disease)。
在一些实施方案中，自身免疫应答选自源于Reiter’综合征(Reiter’syndrome)、脊椎关节炎(spondyloarthritis)、莱姆病、HIV感染(HIV infection)、梅毒(syphilis)和结核病(tuberculosis)中的一种。
在一些实施方案中，疾病或病症是胃肠疾病，如选自食道运动功能障碍(esophageal dysmotility)、炎性肠病和硬皮病(scleroderma)中的一种；或是血管疾病，其中血管疾病选自动脉粥样硬化(atherosclerosis)和再灌注损伤(reperfusion injury)。
在一些实施方案中，疾病或病症是T细胞肿瘤癌，如选自T细胞白血病(T cell leukemia)和淋巴瘤(lymphoma)中的一种。
本发明也提供肽和其片段，用于治疗与CD154有关的人疾病或病症和用于制备治疗与CD154有关的人疾病或病症的药物。
实施方案的描述
本发明提供肽，尤其是轻链和重链可变区，及其片段，和包含它们的抗体及其片段，其中肽与野生型5c8抗体相比包含至少一个氨基酸取代。
本文中使用的术语“抗体”，包括单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)、嵌合抗体(chimeric antibody)、CDR移植抗体(CDR-grafted antibody)、人源化的(humanized)抗体、人抗体等等，及其片段。
本文中使用的短语“抗体片段”等，包括例如，抗体轻链(VL)、抗体重链(VH)、单链抗体(scFv)、F(ab’)2片段、Fab片段、Fab’片段、Fd片段、Fv片段和单域抗体(single domain antibody)片段(DAb)。
本文中使用的术语“CDR”，包括互补性决定区(complementaritydetermining regions)，如通过，例如Kabat，Chothia，或MacCallum等描述，(参见，例如，Kabat等，In“Sequences of Proteins of Immunological Interest，”U.S.Department of Health and Human Services，1983；Chothia等，J.Mol.Biol.，1987，196，901-917；和MacCallum等，J.Mol.Biol.，1996，262，732-745)。
通常包括如上述引用的每篇文献所述的CDRs的氨基酸残基位置列在下面用于比较。
CDR定义
           Kabat    Chothia  MacCallum  5c8
VH CDR1    31-35    26-32    30-35      26-35
VH CDR2    50-65    53-55    47-58      50-66
VH CDR3    95-102   96-101   93-101     99-107
VL CDR1    24-34    26-32    30-36      24-38
VL CDR2    50-56    50-52    46-55      54-60
VL CDR3    89-97   91-96 89-96    93-101
本文中使用的短语“构架区”，包括CDRs之间以及分隔CDRs的抗体序列。因此，可变区框架的长度为约100至120个氨基酸，但意图只涉及CDRs之外的那些氨基酸。对于重链可变区的具体实例和对于如由Kabat等定义的CDRs，构架区1对应于包括氨基酸1至30的可变区的区域；2区对应于包括氨基酸36至49的可变区的区域；3区对应于包括氨基酸66至94的可变区的区域，和4区对应于从氨基酸103至可变区末尾的可变区的区域。轻链的构架区类似地被各个轻链可变区CDRs分隔。类似地，使用Chothia等或McCallum等的CDRs定义，构架区边界被如上所述的各个CDR末端分隔。
本文中使用的短语“可变区”，包括抗体的氨基末端部分，所述抗体赋予结合在分子上的抗原并且其不是恒定区。该术语意图包括功能片段，例如，抗原-结合片段，其保持全部可变区的一些或所有结合功能。
短语“5c8抗体”指结合CD154的抗体并且在美国专利No.5,474,771中被要求和描述。hu5c8 mAb杂交瘤(hyridoma)可由ATCC(HB10916)获得。5c8抗体的轻链和重链可变区的野生型氨基酸序列分别列于SEQ ID NO：1和SEQID NO：4。
在一个方面，本发明提供5c8抗体衍生物，其在轻链的可变区包括至少一个氨基酸取代。野生型5c8轻链可变区列于SEQ ID NO：1(氨基酸序列)。本发明提供包含野生型5c8轻链可变区的肽，其中进行至少一个氨基酸取代(即，所述肽不包含SEQ ID NO：1)。轻链肽可包括整个轻链，包括恒定区和可变区，或可仅包含可变区。轻链肽也可包含全部可变区和恒定区的一部分，其可从整个恒定区少一个氨基酸到只有恒定区的一个氨基酸的范围变动，或在其任何范围内。可替换地，轻链肽可包含与任何不相关的肽序列融合的可变区，由此形成融合蛋白。
在一些实施方案中，轻链肽在野生型5c8抗体轻链可变区(参见SEQ IDNO：1)的如下任何位置中包含至少一个氨基酸取代：选自第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位或其任何子集。上述包含这些位置的肽列于SEQ ID NO：3(氨基酸序列)，所述位置可包含氨基酸取代。这些轻链肽也可包含至少2，至少3，至少4，至少5，至少6，至少7，至少8，至少9，至少10，至少11，至少12，至少13，至少14，至少15，至少16，至少17，至少18，至少19，至少20，至少21，至少22，或至少23个氨基酸取代，或在24个位置中每个位置的取代。
在一些实施方案中，轻链肽在第26，27，31，32，33，和98位中的任一个位置，或其任何子集包含至少一个氨基酸取代。上述包含这些位置的肽列于SEQID NO：3(氨基酸序列)，所述位置可包含氨基酸取代，其中第24，28，30，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，100，和101位是野生型氨基酸。这些肽也可包含至少2，至少3，至少4，或至少5个氨基酸取代，或在6个位置中每个位置的取代。
在每个上述位置(即，第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位)取代的氨基酸，每个可独立地为任何天然存在的氨基酸或任何非天然存在的氨基酸。因此，具体的轻链肽可包含一个或多个天然存在的氨基酸的氨基酸取代和/或一个或多个非天然存在的氨基酸的氨基酸取代。
单独的氨基酸取代选自下列中的任一种：1)具有非极性侧链的氨基酸组，例如，Ala，Cys，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val；2)具有负电性侧链的氨基酸组，例如，Asp，Glu；3)具有正电性侧链的氨基酸组，例如，Arg，His，Lys；和4)具有不带电极性侧链的氨基酸组，例如，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，将Cys，Gly，Met和Phe加入该组。
天然存在的氨基酸包括，例如，丙氨酸(Ala)，精氨酸(Arg)，天冬酰胺(Asn)，天冬氨酸(Asp)，半胱氨酸(Cys)，谷氨酰胺(Gln)，谷氨酸(Glu)，甘氨酸(Gly)，组氨酸(His)，异亮氨酸(Ile)，亮氨酸(Leu)，赖氨酸(Lys)，甲硫氨酸(Met)，苯丙氨酸(Phe)，脯氨酸(Pro)，丝氨酸(Ser)，苏氨酸(Thr)，色氨酸(Trp)，酪氨酸(Tyr)，和缬氨酸(Val)。
非天然存在的氨基酸包括，例如，正亮氨酸(norleucine)，omithine，正缬氨酸(norvaline)，高丝氨酸(homoserine)，和其它氨基酸残基类似物，如Ellman等，Meth.Enzym.，1991，202，301-336中描述的那些。为了产生所述的非天然存在的氨基酸残基，可使用Noren等，Science，1989，244，182和Ellman等，见上文的方法。简单地，这些方法包括用非天然存在的氨基酸残基化学激活抑制子tRNA然后体外转录并翻译RNA。
在一些实施方案中，轻链肽包含氨基酸序列，其与SEQ ID NO：3的相对应的区具有至少70％，至少75％，至少80％，至少85％，至少90％，或至少95％同一性。因此，例如，在第26和27位包含两个氨基酸取代的轻链肽仍可在所述肽的其它地方具有附加的取代(即，在SEQ ID NO：3中除了表示“Xaa”之外的位置)，只要所述肽至少在所述的同一性百分比之内。因此，本文考虑具有附加的氨基酸取代或氨基酸插入或缺失的肽。可以理解，当确定包含轻链恒定区部分的肽的百分比同一性时，对于百分比同一性来说只考虑可变区(即，恒定区部分不包括在百分比同一性中)。
片段可包含至少8，至少10，至少15，至少20，至少25，至少30，至少35，至少40，至少45，至少50，至少55，至少60，至少65，至少70，至少75，至少80，至少85，至少90，至少95，至少100，或至少105个氨基酸，最多110个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位，或其任意子集中的至少一个，参考SEQ ID NO：3。在一些实施方案中，片段包含一个或多个任何上述轻链氨基酸取代。
本文所述的轻链肽和其片段保持它们结合CD154的能力。即，用本文所述的肽或片段替换5c8抗体相应的野生型氨基酸将仍允许所得的抗体结合人CD154。例如，用本文所述的肽或片段的相应的氨基酸替换全部野生型5c8轻链可变区氨基酸或其一部分将产生保持结合人CD154能力的抗体。
在一些实施方案中，轻链可在所示位置用如下类型的氨基酸取代：R24(负性，正性，极性，非极性)；S26(负性，极性，非极性)；Q27(正性，负性，极性)；R28(负性，极性，非极性)；S30(正性，负性，极性)；S31(正性，极性，非极性)；S32(正性，极性，非极性)；T33(正性，负性，极性，非极性)；Y34(正性，负性，极性，非极性)；S35(极性)；Y36(极性，非极性，负性)；H38(正性，负性，极性，非极性)；Y54(负性，极性，非极性)；N57(负性，极性)；L58(负性，极性)；E59(负性，极性)；S60(负性)；Q93(正性，负性，极性，非极性)；S95(负性，极性)；W96(负性，正性，极性)；E97(负性)；I98(负性，极性，非极性)；P100(负性，极性)；和T101(负性，极性，非极性)。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第24位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，和Lys，或其任意子集。第24位氨基酸也可优选为Arg。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第26位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu，或其任意子集。可替换地，第26位氨基酸优选为Ser或Asp。第26位氨基酸也可优选为Ser，Asp或Glu；或优选为Ser或Asp。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第27位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Gln，Asn，Cys，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys，或其任意子集。可替换地，第27位氨基酸优选为Gln或Glu。第27位氨基酸也可优选为Gln，Asp，或Glu；或优选为Gln或Glu。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第28位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。可替换地，第28位氨基酸优选为Arg或Glu。第28位氨基酸可优选为Arg。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第30位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys，或其任意子集。第30位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第31位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Arg，和Lys，或其任意子集。可替换地，第31位氨基酸选自Ser，Ala，His，Asn，Thr，Val，和Trp。第31位氨基酸也选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，Thr，和Tyr；或优选为Ser或Asn。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第32位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Arg，Ala，Ile，Leu，和Lys，或其任意子集。可替换地，第32位氨基酸选自Ser，Ala，Phe，Ile，Leu，Met，和Trp。第32位氨基酸也选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；或优选为Ser或Phe。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第33位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，Ala，Val，和Lys，或其任意子集。可替换地，第33位氨基酸选自Thr，Ala，Phe，Met，Val，Trp，Asp，Arg，Tyr，和Gln。第33位氨基酸也选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，和Tyr；或优选为Thr，Gln，或Tyr。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第34位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys，或其任意子集。可替换地，第34位氨基酸选自Tyr，Ala，Asp，Glu，Phe，Ile，Lys，Leu，Met，Arg，Val，和Trp。第34位氨基酸也可优选为Tyr。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第35位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，和Tyr，或其任意子集。第35位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第36位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，Ala，Leu，和Glu，或其任意子集。可替换地，第36位氨基酸选自Tyr，Ala，Phe，Leu，和Trp。第36位氨基酸也可优选为Tyr。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第38位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自His，Asn，Cys，Gln，Gly，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys，或其任意子集。第38位氨基酸也可优选为His。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第54位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu，或其任意子集。可替换地，第54位氨基酸优选为Tyr或Glu。第54位氨基酸也可优选为Tyr。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第57位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu，或其任意子集。第57位氨基酸也可优选为Asn。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第58位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Leu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，和Glu，或其任意子集。第58位氨基酸也可优选为Leu。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第59位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Glu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，和Asp，或其任意子集。第59位氨基酸也可优选为Glu。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第60位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asp，和Glu，或其任意子集。第60位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第93位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Gln，Asn，Cys，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys，或其任意子集。第93位氨基酸也可优选为Gln。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第95位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu，或其任意子集。第95位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第96位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys，或其任意子集。可替换地，第96位氨基酸选自Trp，Asp，Glu，His，Arg，Ser，和Thr。第96位氨基酸也可优选为Trp。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第97位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)是Glu或Asp，或其任意子集。第97位氨基酸也可优选为Glu。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第98位氨基酸(参考SEQ ID NO：3)选自Ile，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Ala，Leu，Pro，Val，和Glu，或其任意子集。可替换地，第98位氨基酸选自Ile，Ala，Phe，His，Leu，Met，Asn，Pro，Gln，Ser，Thr，Val，Trp，和Tyr。第98位氨基酸选自Ile，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；或优选为Ile或Gln。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第100位氨基酸(参考SEQ IDNO：3)选自Pro，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu，或其任意子集。第100位氨基酸也可优选为Pro。
在一些实施方案中，轻链肽或其片段的第101位氨基酸(参考SEQ IDNO：3)选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu，或其任意子集。第101位氨基酸也可优选为Thr。
在一些实施方案中，第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第28位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Val；第33位氨基酸是Asp或Arg；和第54位氨基酸是Glu。
在一些实施方案中，第3 1位氨基酸是His或Asn；第32位氨基酸是Trp或Phe；第33位氨基酸是Trp，Tyr，或Gln；第36位氨基酸是Leu或Trp；第96位氨基酸是His；和第98位氨基酸是Phe或Gln。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Gln；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此突变体在本文中称为突变体#6。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此突变体在本文中称为突变体#7。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此突变体在本文中称为突变体#14。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位和第36位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。此突变体在本文中称为突变体#3。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位和第33位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。此突变体在本文中称为突变体#5。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；第31位氨基酸是Val；和第100位氨基酸是Pro。此突变体在本文中称为突变体#8。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第3 1位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；第33位氨基酸是Asp；和第100位氨基酸是Pro。此突变体在本文中称为突变体#9。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位和第36位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第54位、第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。此突变体在本文中称为突变体#10。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第33位和第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此突变体在本文中称为突变体#15。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Gln；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第31位氨基酸是Asn；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位和第31位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第32位氨基酸是Phe；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位和第33位氨基酸是Gln；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第3 1位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第33位氨基酸是Tyr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位和第98位氨基酸是Gln；第33位氨基酸是Thr；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Asn；第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此肽在本文中也称为“S26D/Q27E/S31N”肽。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Ser；第32位氨基酸是Phe；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此肽在本文中也称为“S26D/Q27E/S32F”肽。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Gln；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此肽在本文中也称为“S26D/Q27E/T33Q”肽。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Tyr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此肽在本文中也称为“S26D/Q27E/T33Y”肽。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Gln；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。此肽在本文中也称为“S26D/Q27E/I98Q”肽。
在另一个方面中，本发明提供5c8抗体衍生物，其在重链可变区中包含至少一个氨基酸取代。野生型5c8重链可变区列于SEQ ID NO：4(氨基酸序列)。本发明提供包含野生型5c8重链可变区的肽，其中进行至少一个氨基酸取代(即，所述肽不包含SEQ ID NO：4)。重链肽可包含整个重链，其包括恒定区(CH1和/或CH2和/或CH3)和可变区，或可仅包含可变区。重链肽也可包含整个可变区和恒定区的一部分，其可从整个恒定区少一个氨基酸到只有恒定区的一个氨基酸的范围变动，或在其任何范围内。可替换地，重链肽可包含与任何不相关的肽序列融合的可变区，由此形成融合蛋白。
在一些实施方案中，重链肽在野生型5c8抗体重链可变区(参见SEQ IDNO：4)的如下任何位置中包含至少一个氨基酸取代：选自第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位，或其任意子集。上述包含这些位置的肽列于SEQ IDNO：6(氨基酸序列)，所述这些位置可包含氨基酸取代。这些重链肽也可包含至少2，至少3，至少4，至少5，至少6，至少7，至少8，至少9，至少10，至少11，至少12，至少13，至少14，至少15，至少16，至少17，至少18，至少19，至少20，至少21，至少22，至少23，至少24，至少25，至少26，至少27，至少28，或至少29个氨基酸取代，或在30个位置中的每个位置的氨基酸取代。
在一些实施方案中，重链肽在第31，54，57，101，和103位中的任一个位置，或其任何子集包含至少一个氨基酸取代。上述包含这些位置的肽列于SEQ IDNO：6(氨基酸序列)，所述位置可包含氨基酸取代，其中第28，30，32，33，35，50，52，53，55，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，102，104，105，106，和107位是野生型氨基酸。这些肽也可包含至少2，至少3，至少4，至少5，至少6，至少7，至少8，至少9，至少10，至少11，至少12，至少13，至少14，至少15，至少16，至少17，至少18，至少19，至少20，至少21，至少22，至少23，或至少24个氨基酸取代，或在25个位置中每个位置的取代。
在每个上述位置(即，第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位)取代的氨基酸，每个可独立地为任何天然存在的氨基酸或任何非天然存在的氨基酸。因此，具体的重链肽可包含一个或多个天然存在的氨基酸的氨基酸取代和/或一个或多个非天然存在的氨基酸的氨基酸取代。
在一些实施方案中，重链肽包含氨基酸序列，其与SEQ ID NO：6具有至少70％，至少75％，至少80％，至少85％，至少90％，或至少95％同一性。因此，例如，在第31位包含氨基酸取代的重链肽仍可在所述肽的其它地方具有附加的取代(即，在SEQ ID NO：6中除了表示“Xaa”之外的位置)，只要所述肽至少在所述的同一性百分比之内。因此，本文考虑具有附加的氨基酸取代或氨基酸插入或缺失的肽。可以理解，当确定包含重链恒定区部分的肽的百分比同一性时，对于百分比同一性来说只考虑可变区(即，恒定区部分不包括在百分比同一性中)。
在一些实施方案中，提供了重链肽的片段，所述的重链肽包含与SEQ IDNO：6的相应区域具有至少70％，至少75％，至少80％，至少85％，至少90％，或至少95％同一性的氨基酸序列。
片段可包含至少8，至少10，至少15，至少20，至少25，至少30，至少35，至少40，至少45，至少50，至少55，至少60，至少65，至少70，至少75，至少80，至少85，至少90，至少95，至少100，至少105，至少110，或至少115个氨基酸，最多117个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位，或其任意子集中的至少一个，参考SEQ ID NO：6。在一些实施方案中，片段包含一个或多个任何上述重链氨基酸取代。
本文所述的重链肽和其片段保持它们结合CD154的能力。即，用本文所述的肽或片段替换5c8抗体相应的野生型氨基酸将仍允许所得的抗体结合人CD154。例如，用本文所述的肽或片段的相应的氨基酸替换全部野生型5c8重链可变区氨基酸或其一部分将产生保持结合人CD154能力的抗体。在一些实施方案中，本文所述的抗体可接触比野生型5c8抗体少一个或多个残基的CD154。
在一些实施方案中，重链可在所示位置用如下类型的氨基酸取代：I28(正性，负性，极性)；T30(正性，负性，极性，非极性)；S31(正性，极性)；Y32(正性，负性，极性，非极性)；Y33(正性，负性，极性，非极性)；Y35(极性)；E50(负性)；N52(极性，非极性)；P53(负性，极性)；S54(正性，负性，极性)；N55(负性，极性，非极性)；D57(负性，非极性)；T58(极性，非极性)；N59(负性，极性，非极性)；F60(负性，正性，极性，非极性)；N61(负性)；E62(负性)；K63(负性，正性，极性，非极性)；F64(负性，极性，非极性)；K65(负性，正性，极性，非极性)；S66(负性)；S99(负性，非极性)；D100(负性)；G101(非极性)；R102(正性，极性)；N103(负性，正性，极性，非极性)；D104(负性)；M105(负性，极性，正性)；D106(负性)；和S 107(负性，极性，非极性)。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第28位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Ile，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，和Trp，或其任意子集。可替换地，第28位氨基酸选自Ile，His，Asn，Gln，Ser，Thr，和Glu。第28位氨基酸也可优选为Ile。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第30位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Thr，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。可替换地，第30位氨基酸选自Thr，His，Asn，Gln，Ser，Tyr，和Arg。第30位氨基酸也可优选为Thr。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第31位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Ser，Arg，His，Lys，Gln，和Trp，或其任意子集。可替换地，第31位氨基酸优选为Ser，Gln，或Trp。第31位氨基酸选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；或优选为Ser，Trp，或Gln。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第32位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Tyr，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第32位氨基酸也可优选为Tyr。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第33位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Tyr，Asp，Glu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。可替换地，第33位氨基酸选自Tyr，Ala，Pro，Ser，Thr，Val，和Trp。第33位氨基酸也可优选为Tyr。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第35位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，和Glu，或其任意子集。第35位氨基酸也可优选为Tyr。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第50位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)为Glu或Asp，或其任意子集。第50位氨基酸也可优选为Glu。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第52位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Ala，Leu，Val，和Lys，或其任意子集。可替换地，第52位氨基酸选自Asn，Ala，Phe，His，Leu，Met，Ser，Thr，Val，和Trp。第52位氨基酸也可优选为Asn。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第53位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Pro，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu，或其任意子集。第53位氨基酸也可优选为Pro。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第54位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Arg，Lys，和Glu，或其任意子集。可替换地，第54位氨基酸选自Ser，Glu，His，Lys，Asn，Gln，Arg，Thr，Trp，Tyr，和Phe。第54位氨基酸也选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；或优选Ser，Phe，或Gln。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第55位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Asn，Glu，Lys，Gln，Ser，Thr，Met，和Val，或其任意子集。可替换地，第55位氨基酸选自Asn，Glu，Lys，Gln，Ser，Thr，Met，和Val。第55位氨基酸也可优选为Asn。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第57位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Asp，Glu，Phe，和Leu，或其任意子集。可替换地，第57位氨基酸优选为Asp，Phe，或Leu。第57位氨基酸选自Asp，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；或优选为Asp，Leu，或Phe。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第58位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第58位氨基酸也可优选为Thr。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第59位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu，或其任意子集。可替换地，第59位氨基酸选自Asn，Ala，Phe，Leu，Met，Pro，Val，Trp，Asp，和Tyr。第59位氨基酸也可优选为Asn。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第60位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Phe，Asp，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，Lys，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第60位氨基酸也可优选为Phe。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第61位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)为Asn，Asp，或Glu，或其任意子集。第61位氨基酸也可优选为Asn。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第62位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)为Glu或Asp，或其任意子集。第62位氨基酸也可优选为Glu。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第63位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Glu，Asp，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第63位氨基酸也可优选为Lys。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第64位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Phe，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第64位氨基酸也可优选为Phe。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第65位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)选自Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第65位氨基酸也可优选为Lys。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第66位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)为Ser，Asp，或Glu，或其任意子集。第66位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第99位氨基酸(参考SEQ ID NO：6)为Ser，Asp，Glu，或Ala，或其任意子集。可替换地，第99位氨基酸优选为Ser或Ala。第99位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第100位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)为Asp或Glu，或其任意子集。第100位氨基酸也可优选为Asp。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第101位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)为Gly，Phe，或Leu，或其任意子集。可替换地，第101位氨基酸优选为Gly，Phe，或Leu。第101位氨基酸选自Gly，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；或优选为Gly，Leu，或Phe。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第102位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，和Lys，或其任意子集。第102位氨基酸也可优选为Arg。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第103位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Lys，Arg，和Val，或其任意子集。可替换地，第103位氨基酸选自Asn，Ala，Asp，Glu，Phe，His，Ile，Lys，Met，Arg，Ser，Thr，Val，和Tyr。第103位氨基酸也选自Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；或优选Asn或Tyr。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第104位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)为Asp或Glu，或其任意子集。第104位氨基酸也可优选为Asp。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第105位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)选自Met，Asp，Glu，Arg，His，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，Phe，Ser，Thr，Trp，和Tyr，或其任意子集。第105位氨基酸也可优选为Met。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第106位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)为Asp或Glu，或其任意子集。第106位氨基酸也可优选为Asp。
在一些实施方案中，重链肽或其片段的第107位氨基酸(参考SEQ IDNO：6)选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val，或其任意子集。第107位氨基酸也可优选为Ser。
在一些实施方案中，第28位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Phe；第54位氨基酸是Thr；和第59位氨基酸是Asp或Leu。
在一些实施方案中，第30位氨基酸是His或Arg；第31位氨基酸是Gln或Trp；第33位氨基酸是Trp，Val，或Pro；第52位氨基酸是Met或Trp；第54位氨基酸是Asn，Phe，或Gln；第55位氨基酸是Met，Lys，或Val；第57位氨基酸是Phe或Leu；第59位氨基酸是Phe或Tyr；第101位氨基酸是Phe或Leu；和第103位氨基酸是His或Tyr。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；和第105位氨基酸是Met。此突变体在本文中称为突变#1。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。此突变体在本文中称为突变#2。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。此突变体在本文中称为突变#4。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第33位、第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。此突变体在本文中称为突变#11。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第59位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。此突变体在本文中称为突变#12。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第59位氨基酸是Leu；和第105位氨基酸是Met。此突变体在本文中称为突变#13。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Trp；第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Gln；第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Ser；第54位氨基酸是Phe；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Ser；第54位氨基酸是Gln；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Phe；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Leu；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Phe；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Leu；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
在一些实施方案中，肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
相对于此序列的同一性或相似性在本文中定义为，在比对序列并引入缺口(gap)(如果需要的话)以达到最大百分比序列同一性之后，修饰序列中与野生型5c8抗体残基同一的氨基酸残基(即，相同残基)的百分比。通常，不认为可变区外的抗体序列中N-末端、C-末端或内部的延伸、缺失或插入会影响序列同一性或相似性。抗体可在其一个或多个超可变区之中或附近包含一个或多个氨基酸改变。可通过，例如，Gap程序(Wisconsin序列分析包，用于Unix的第8版，Genetics Computer Group，University Research Park，Madison WI)，使用默认设置来测定百分比序列同一性，其使用Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.，1981，2，482-489)。
本发明也提供核酸分子，其编码本文所述的任何肽或其片段。编码SEQID NO：3的肽的核酸分子列于SEQ ID NO：2。编码SEQ ID NO：6的肽的核酸分子列于SEQ ID NO：5。具有本文所公开的肽的氨基酸序列的本领域技术人员可设计和制备编码所述肽的核酸分子。
本发明也提供包含任何核酸分子的载体，所述的核酸分子编码本文所述的任何肽或其片段。本领域的技术人员容易熟悉大量载体，其中许多是商业上可得到的。
本发明也提供宿主细胞，其包含本文公开的任何核酸分子或载体。可使用宿主细胞，例如，来表达肽和抗体或其片段。所述肽和抗体或其片段也可在细胞体内表达。被转化(例如，转染)以产生肽和抗体或其片段的宿主细胞可为无限增殖化(immortalised)哺乳动物细胞系，如淋巴来源的那些细胞系(例如，骨髓瘤(myeloma)、杂交瘤(hybridoma)、三源杂交瘤(trioma)或细胞杂交瘤(quadroma)细胞系)。宿主细胞也可包括正常的淋巴细胞，如B-细胞，其已通过用病毒(例如，爱泼斯坦-巴尔病毒(Epstein-Barr virus))转化而被无限增殖化。
一些无限增殖化的淋巴细胞系，如骨髓瘤细胞系，在它们的正常状态，分泌分离的Ig轻链或重链。如果用表达本发明方法制备的突变抗体或其片段的载体转化所述细胞系，可不需要进行所述方法的剩余步骤，只要正常分泌的链与由先前制备的载体所编码的Ig链的可变区互补。然而，如果无限增殖化的细胞系不分泌或不分泌互补链，则有必要将编码适当的互补链或其片段的载体引入所述细胞。
在其中无限增殖化的细胞系分泌互补的轻链或重链的情况中，例如，可通过用所述载体转化合适的细菌细胞然后将该细菌细胞与无限增殖化的细胞系(例如，通过原生质球融合(spheroplast fusion))来融合从而产生转化的细胞系。可替换地，可通过电穿孔将DNA直接导入无限增殖化的细胞系中。
在本发明的一些实施方案中，宿主细胞包括，但不限于：细菌细胞，如大肠杆菌(E.coli)、新月柄杆菌(Caulobacter crescentus)、链霉菌属(Streptomyces)的菌种和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)；酵母细胞，如酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)、巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)、Picha methanolica；昆虫细胞系，如来自Spodoptera frugiperda的那些(例如，Sf9和Sf21细胞系，和expresSFTM细胞(Protein Sciences Corp.，Meriden，CT，USA))、果蝇(Drosophila)S2细胞和HighFive细胞中的Trichoplusia(InVitrogen，Carlsbad，CA，USA)；和哺乳动物细胞，如COS1和COS7细胞、中国仓鼠卵巢(Chinese hamster ovary)(CHO)细胞、NS0骨髓瘤细胞、NIH 3T3细胞、293细胞、HEPG2细胞、HeLa细胞、L细胞、HeLa、MDCK、HEK293、WI38、鼠ES细胞系(例如，来自菌株129/SV、C57/BL6、DBA-1、129/SVJ)、K562、Jurkat细胞和BW5147。其它有用的哺乳动物细胞系是熟知的并可容易地从美国典型培养物保藏中心(AmericanType Culture Collection)(“ATCC”)(Manassas，VA，USA)和国立通用医学科学研究院(the National Institute of General Medical Sciences)(NIGMS)位于Coriell细胞保藏所的人类遗传细胞保藏所(Human Genetic Cell Repository atthe Coriell Cell Repositories)(Camden，NJ，USA)。这些细胞型仅仅是代表性的而不意味完全的列表。
所述肽或抗体和其片段可在原核细胞和真核细胞中产生。因此，本发明也提供表达本发明的抗体的细胞，包括杂交瘤细胞、B细胞、浆细胞，以及重组修饰以表达本发明的抗体的宿主细胞。
在其它考虑当中，其中一些如上所述，可选择宿主细胞菌株以预期的方式加工其表达的肽或抗体或其片段的能力。多肽的翻译后修饰(post-translational modifications)包括，但不限于糖基化、乙酰化(acetylation)、羧化、磷酸化、脂肪化(lipidation)和酰化(acylation)，而且本发明的一个方面是提供具有一个或多个这些翻译后修饰的抗体或其片段。
本发明也提供包含本文所述任何肽的抗体或其片段，其中抗体或其片段可连接于人CD154。在一些实施方案中，抗体或其片段包含本文所述的任何轻链肽或其片段。在另一些实施方案中，抗体或其片段包含本文所述的任何重链肽或其片段。在又一些实施方案中，抗体或其片段包含本文所述的任何重链肽或其片段和本文所述的任何轻链肽或其片段。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#14的肽，和第二肽，其为突变体#1的肽。所述复合突变体(composite mutant)在本文中称为突变体#16。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其为突变体#2的肽。所述复合突变体在本文中称为突变体#17。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其为突变体#1的肽。所述复合突变体在本文中称为突变体#18。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#14的肽，和第二肽，其为突变体#4的肽。所述复合突变体在本文中称为突变体#19。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其为突变体#4的肽。所述复合突变体在本文中称为突变体#20。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#14的肽，和第二肽，其为突变体#2的肽。所述复合突变体在本文中称为突变体#23。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#14的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#21。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#22。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#14的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#24。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#25。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#26。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#15的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#27。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含第一肽，其为突变体#14的肽，和第二肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。所述复合突变体在本文中称为突变体#28。
抗体是大约MW 150 kD的糖蛋白，其通过响应体内存在的外源分子的脊椎动物的免疫系统的体液臂(humoral arm)产生。功能抗体或抗体衍生物能识别其特异性抗原并与其特异性抗原在体外或在体内结合，并可启动与抗体-结合有关的任何后续作用，包括例如，直接细胞毒性(direct cytotoxicity)、补体依赖性细胞毒性(complement-dependent cytotoxicity)(“CDC”)、抗体-依赖性细胞毒性(“ADCC”)，和抗体生产。
一旦与抗原结合，抗体激活免疫系统的许多效应系统(effector system)中的一个或多个，所述的效应系统有助于感染性微生物或其它含有抗原的实体，例如，癌细胞的中和、破坏和消除。
本文公开的抗体和其片段与野生型5c8抗体相比具有增加的或减少的亲和性(affinity)、亲合力(avidity)和/或特异性(specificity)。在一些实施方案中，本文公开的抗体和其片段与野生型5c8抗体相比具有增加的亲和性、亲合力和/或特异性。亲和性、亲合力和/或特异性可以以多种方式测量。通常，且与其中定义或者测定亲和性的精确方式无关，本发明的方法改进抗体亲和性，此时所述方法产生在其临床应用的各个方面比制备它的抗体更优越的一种(或多种)抗体(例如，当修饰的抗体可以以较低剂量或较低频率、或者通过比制备它的一种(或多种)抗体更方便的施用途径来施用时，认为本发明的方法是有效或成功的)。
本领域的那些普通技术人员将认识到，测定亲和性不总是像看单一的底线图(bottom-line figure)一样简单。由于抗体具有两个臂，它们的表观亲和性(apparent affinity)通常比可变区和抗原之间的固有亲和性(intrinsic affinity)大得多。可使用scFv或Fab片段测定固有亲和性。
在一些实施方案中，抗体片段是单链抗体(scFv)，F(ab’)2片段，Fab片段，Fab’片段，或Fd片段，或其结合抗原的片段。单链抗体由通过单蛋白链中的蛋白间隔区连接的可变区组成。在另一些实施方案中，抗体片段包括异侧抗体复合物(heteromeric antibody complex)和抗体融合体，如双特异性抗体、半二聚抗体(hemidimeric antibody)，和多价抗体(如四价抗体)。半二聚抗体由Fc部分和一个Fab部分组成。
在一些实施方案中，抗体或其片段也可包括含有一个或多个免疫球蛋白轻链和/或重链，如这些链的单体和同源或异源多聚体(例如，二聚体或三聚体)的蛋白，其中这些链可选地为通过二硫键连接的或以其它方式交联的。这些抗体或其片段可连接于一个或多个抗原。
本文公开的抗体片段保持它们结合CD154的能力。例如，对于能够结合CD154的5c8的片段，包含本文公开的任何突变的对应片段也能够结合CD154。存在于与5c8接触的CD154上的氨基酸包括：V126，I127，S128，E129，A130，S131，S132，K133，T134，Q139，W140，A141，E142，K143，G144，Y145，Y146，T147，M148，S149，N150，N151，V153，T154，L155，E156，N157，G158，K159，T176，F177，C178，S179，N180，E182，A183，S184，R200，F201，E202，R203，I204，L205，A209，A215，K216，P217，C218，G219，Q220，Q221，D243，P244，S245，Q246，V247，S248，H249，G250，T251，G252，F253，和T254。在一些实施方案中，在CD154的这些残基中的一些或全部与本文所述的突变体相互作用。在一些实施方案中，本文所述的突变体可接触的CD154残基比野生型抗体少一个或多个。
在一些实施方案中，用可检测的标记物标记抗体或其片段。可检测的标记物包括，但不限于放射性同位素(如P32和S35)、酶(如辣根过氧物酶、氯霉素乙酰转移酶(CAT)、β-半乳糖苷酶(β-gal)等等)、荧光染料、生色团、胶体金、染料和生物素。标记的抗体或其片段可用于在各种细胞或组织类型中进行诊断步骤(许多诊断试验依赖于蛋白抗原(如PSA)的检测)。对于显影步骤，在体外或在体内，通过本文描述的方法产生的改变的抗体可用附加的试剂，如NMR造影剂(contrasting agent)、X-ray造影剂或量子点(quantum dot)来标记。用于将可检测的试剂与多肽，包括抗体或其片段连接的方法是本领域公知的。也可将抗体连接到不可溶的支持物(如珠子、玻璃或塑料片(plastic slide)等)。
在一些实施方案中，将抗体或其片段与治疗剂结合，所述治疗剂包括，但不限于放射性同位素(如111In或90Y)、毒素(如破伤风类毒素(tetanus toxoid)或篦麻毒素(ricin))、类毒素和化学治疗试剂(参见，美国专利No.6,307,026)。
在一些实施方案中，抗体或其片段通过与显影剂结合来修饰。显影剂包括，例如，用于简单分离或检测的标记部分(如生物素、荧光部分、放射性部分、组氨酸标记或其它肽标记)。
施用时，抗体常常被快速地从循环中清除并因此可引出相对短暂的(short-lived)药理学活性。因此，可需要频繁注射相对大剂量的抗体以维持抗体治疗的治疗效果。
在一些实施方案中，可修饰抗体或其片段(如通过与其它部分连接)以在体内增加抗体的完整性和寿命。例如，可修饰所述抗体或其片段以包括能够增加稳定性的大部分，由此延长抗体的血清半衰期(serum half-life)。
在一些实施方案中，抗体或其片段包含至少一种高分子量聚合物(poymer)，其包括，但不限于聚乙烯亚胺(polyethyleneimine)和聚赖氨酸。在另一些实施方案中，通过来共价连接水溶性高分子(polymer)来修饰所述抗体或其片段，所述水溶性高分子如聚乙二醇、聚乙二醇和聚丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮或聚脯氨酸，已知它们全部在静脉内注射后的血液中显示比相应的未修饰的蛋白质基本上更长的半衰期(Abuchowski等，In：“Enzymes as Drugs”，1981；Holcenberg等，Ed.，1981，Wiley-Interscience，New York，NY，367-383；Anderson，Human Gene Therapy.Science，1992，256，808-813；Newmark等，J.Appl.Biochem.，1982，4，185-189；和Katre等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1987，84，1487-1491)。
在一些实施方案中，抗体或其片段在至少一个氨基酸位置是PEG酰化的(PEGylated)或糖基化的或者被其它合适的水溶性聚合物修饰，所述的水溶性聚合物包括，但不限于PEG、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚1，3二氧戊环(poly 1，3 dioxolane)、聚1，3，6三噁烷(poly 1，3，6 trioxane)、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)和葡聚糖或聚(n乙烯基吡咯烷酮)PEG(poly(n vinyl pyrrolidone)PEG)、丙二醇均聚物(propropylene glycol homopolymer)、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物(polypropylene oxide/ethylene oxide co polymer)、聚氧乙烯多元醇(polyoxyethylated polyol)(例如，甘油)、聚乙烯醇，和其混合物。
聚合物可为任何合适的分子量，并且可为分枝的或未分枝的。
对于PEG，合适的平均分子量为大约2kDa-大约100kDa。这提供操作和制造中的简易性。本技术领域中的那些技术人员将理解的是，在PEG的制备中，一些分子的重量将比确定的分子量更大，一些则更小。因此，通常将分子量规定为“平均分子量”。依据预期的治疗情况(例如，所希望的缓释的持续时间；对于生物活性的效果(如果有的话)；操作的简便性；抗原性的程度或缺乏和PEG的其它已知的对于治疗性蛋白的效果)，可使用其它分子量(大小)。在不同的实施方案中，所述分子量为大约2kDa、大约5kDa、大约10kDa、大约15kDa、大约20kDa、大约25kDa、大约30kDa、大约40kDa或大约100kDa。在一些实施方案中，每个PEG链的平均分子量为大约20kDa。在另一些实施方案中，所述平均分子量为大约10kDa。
如此连接的聚合物分子的数目可变化，且本领域的技术人员将能够确定功能的效果。可以进行单-衍生化，或可用相同或不同的化学部分(例如，聚合物，如不同重量的PEG)提供二-、三-、四-衍生化或衍生化的组合。聚合物分子对于蛋白(或多肽)的分子的比例将随所述反应混合物中它们的浓度而变化。通常，可通过因素，如预期的衍生化程度(例如，单、二-、三-，等)，所选择的聚合物的分子量，所述聚合物是分枝的还是未分枝的，以及反应条件来确定最佳比例(根据没有过量的未反应蛋白或聚合物的反应效率)。
考虑到对于蛋白的功能区域或抗原区域的影响，应将PEG分子(或其它化学部分)连接于蛋白。有许多本领域的技术人员可利用的连接方法。参见，例如，EP 0 401384(将PEG偶合于G CSF)；Malik等，Exp.Hematol.，1992，20，1028-1035(报道使用tresyl chloride的GM CSF的PEG酰化)。
例如，PEG可通过氨基酸残基经由反应性基团，如自由氨基或羧基共价结合(PEG酰化)。所述具有自由氨基的氨基酸残基包括赖氨酸残基和氨基-末端氨基酸残基。具有自由羧基的那些包括天冬氨酸残基、谷氨酸残基和C末端氨基酸残基。巯基也可用作连接PEG分子的反应性基团。为治疗目的，连接可位于氨基，例如，位于N末端或赖氨酸基团。可以具体地预期氨基-末端化学修饰的蛋白。
使用PEG作为本组合物的例证(illustration)，可由多种PEG分子(根据分子量、分枝(branching)，等)，反应混合物中PEG分子与蛋白(或肽)分子的比例，待进行的PEG酰化反应的类型，和获得所选择的氨基-末端PEG酰化的蛋白的方法中选择。获得氨基-末端PEG酰化的制剂的方法(即，如果需要的话，从其它单PEG酰化部分中分离此部分)可为通过从PEG酰化的蛋白分子群中纯化氨基-末端PEG酰化的材料。选择性的氨基-末端化学修饰可通过利用不同类型伯氨基(赖氨酸对氨基-末端)的不同反应性的还原性烷基化来完成，所述的伯氨基可用于在特定蛋白中衍生化。在适当的反应条件下，用含有羰基的聚合物实现蛋白在氨基-末端的基本上选择性的衍生化。例如，可通过在这样的pH进行反应来选择性地PEG酰化蛋白的氨基-末端，所述pH允许利用赖氨酸残基的epsilon(ε)氨基的pKa与蛋白氨基-末端残基的alpha(α)氨基的pKa之间的差别。通过所述的选择性衍生化，水溶性聚合物与蛋白的连接受到控制：与聚合物的结合主要发生在蛋白的氨基末端而且不发生其它反应性基团，如赖氨酸侧链氨基的明显修饰。
使用还原性烷基化，水溶性聚合物可为上述的类型，并应具有用于与蛋白偶联的单反应性醛。可使用含有单反应性醛的PEG丙醛。
抗体修饰也可增加蛋白在水溶液中的可溶性，消除聚集，增强蛋白的物理和化学稳定性，并极大地减少了蛋白的免疫原性和抗原性。结果，可通过更低频地或以比未修饰蛋白更低的剂量施用所述聚合物-蛋白加合物来实现所需的体内生物活性。
术语“嵌合抗体”用于描述包含免疫球蛋白分子的至少抗原-结合部分的蛋白，所述的免疫球蛋白分子通过，例如，肽键或肽接头，连接于异源蛋白或其肽。“异源”蛋白可为非-免疫球蛋白或不同种类、类别或亚类的免疫球蛋白的一部分。
有许多制备所述抗体的方法。例如，可制备包含启动子的表达载体，所述启动子可操作地连接于编码至少VH或VL的DNA序列和编码异源蛋白(或其肽(所述的肽为足够的长度以使它可被识别为非-免疫球蛋白分子(例如，与免疫球蛋白不具有基本的序列同一性的肽)))的序列。如果必需或需要，可制备包含启动子的第二表达载体，所述启动子可操作地连接于编码互补的可变区(例如，其中所述亲代表达载体编码VH，第二表达载体编码VL和反过来)的DNA序列。然后可用一种或两种表达载体转化细胞系(例如，无限增殖化哺乳动物细胞系)并在允许表达嵌合可变区或嵌合抗体的条件下培养(参见，例如，国际专利申请No.PCT/GB85/00392)。此方法可用于表达本发明的修饰的抗体，包含全长的重链和轻链的抗体，或其片段(例如，本文所述的Fab、F(ab’)2或scFv片段)。所述方法不局限于嵌合抗体的表达。
虽然天然存在的抗体源自单一种类，但是工程抗体和抗体片段可源自一种以上人的，例如，嵌合抗体。目前，已经产生小鼠(鼠)/人嵌合抗体和鼠科/非-人灵长类抗体，虽然其它种类的组合是可能的。
在一些实施方案中，抗体或其片段为嵌合抗体。通常，嵌合抗体包括重链和/或轻链可变区，其包括一个物种(通常为小鼠)融合于另一个物种(通常为人)恒定区的互补决定区(“CDR”)和框架残基。这些嵌合的小鼠/人抗体分别包含大约75％人和25％小鼠的氨基酸序列。所述人序列代表抗体的恒定区，而小鼠序列代表抗体的可变区(并由此包含抗原-结合位点)。
使用所述嵌合体的原理是保持小鼠抗体的抗原特异性而减少小鼠抗体的免疫原性(小鼠抗体将在除小鼠外的物种中产生对于它的免疫应答)并由此能够在人治疗中采用嵌合体。
在又一个实施方案中，抗体或其片段包括嵌合抗体，所述嵌合抗体包含来自一个抗体的构架区和来自另一个抗体的CDR区。在另一些实施方案中，抗体或其片段包括嵌合抗体，所述嵌合抗体包含来自不同人抗体的CDR区。在另一些实施方案中，所述抗体或其片段包括嵌合抗体，所述嵌合抗体包括来自至少两个不同的人抗体的CDR区。
制备上述所有的嵌合抗体的方法对于本领域的技术人员来说是熟知的(美国专利No.5,807,715；Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1984，81，6851-5；Sharon等，Nature，1984，309，364-7；和Takeda等，Nature，1985 314，452-4)。
在又一个实施方案中，抗体或其片段，也包括灵长类化的(primatized)、人源化的(humanized)和完全(fully)人抗体。灵长类化的和人源化的抗体通常包括来自移植入非-人灵长类或人抗体V区框架的鼠抗体的重链和/或轻链CDR，通常还包含人恒定区(Riechmann等，Nature，1988，332，323-7；Co等，Nature，1991，351，501-2；和美国专利Nos.6,054,297，5,821,337，5,770,196，5,766,886，5,821,123，5,869,619，6,180,377，6,013,256，5,693,761，和6,180,370)。
人源化抗体是通过重组DNA技术产生的抗体，其中抗原结合所不需要的人免疫球蛋白轻链或重链的一些或全部氨基酸(例如，恒定区和可变区的构架区)用于取代来自同源、非人抗体轻链或重链的相应的氨基酸。作为实例，对于给定抗原的鼠抗体的人源化型式在其重链和轻链上具有1)人抗体的恒定区；2)来自人抗体可变区的构架区；和3)来自鼠抗体的CDR。当需要时，可将人构架区中的一个或多个残基变为鼠抗体中处于相应位置的残基，以保持人源化抗体对于抗原的结合亲和性。此变化有时称为“回复突变(backmutation)”。人源化的抗体与嵌合人抗体相比通常较不可能在人体内引起免疫应答，因为前者含有明显较少的非-人组分。制备人源化的抗体的方法对于抗体领域的技术人员来说是熟知的(欧洲专利No.239400；Jones等，Nature，1986，321，522-525；Riechmann等，Nature，1988，332，323-327；Verhoeyen等，Science，1988，239，1534-1536；Queen等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，1989，86，10029；Orlandi等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1989，86，3833；和美国专利No.6,180,370)。
在一些实施方案中，通过将鼠(或其它非-人)CDR移植到人抗体上来产生人源化的抗体。更具体地，这可如下得到：1)从杂交瘤中分离编码重链和轻链可变区的cDNA；2)通过测序确定可变区的DNA序列，其包括CDR；3)通过定点突变将编码CDR的DNA转移到人抗体重链或轻链可变区编码序列的相应区域；和4)加入所需的同种型(例如，CH的1和CL的k)的人恒定区基因区段。最后，人源化的重链和轻链基因在哺乳动物宿主细胞(例如，CHO或NS0细胞)中共表达以产生可溶的人源化抗体。
有时，CDR到人框架的直接转移导致所得抗体的抗原-结合亲和性的损失。这是因为在一些同源抗体中，构架区内的一些氨基酸与CDR相互作用并由此影响抗体的总抗原结合亲和性。在所述情况下，关键的是在受体抗体构架区中引入“回复突变(back mutation)”以保持同源抗体的抗原-结合亲和性。进行回复突变的通常方法是本领域的技术人员所熟知的(Queen等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，1989，86，10029；和Co等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，1991，88，2869-2873；PCT专利申请WO 90/07861；和Tempest，Biotechnology，1991，9，266-271)。
在一些实施方案中，抗体或其片段是完全人抗-CD154抗体。可使用体外-预处理的(in vitro-primed)人脾细胞(Boerner等，J.Immunol.，1991，147，86-95)或噬菌体-展示的抗体文库(美国专利No.6,300,064)来制备完全人抗体。可替换地，可通过全部克隆(repertoire cloning)(Persson等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，1991，88，2432-2436；和Huang等，J.Immunol.方法，1991，141，227-236)来制备完全人抗体。此外，美国专利No.5,798,230描述了由人B细胞制备人单克隆抗体，其中产生人抗体的B细胞通过用Epstein-Barr病毒或其衍生物感染而无限增殖化，所述Epstein-Barr病毒或其衍生物表达无限增殖化所需的蛋白Epstein-Barr病毒核抗原2(“EBNA2”)。随后关闭EBNA2功能，这使得抗体生产增加。
产生完全人抗体的其它方法包括非-人动物的用途，所述动物具有失活的内源Ig基因座并且对于未-重排的人抗体重链和轻链基因是转基因的。可将所述转基因动物用活化的T细胞或D1.1蛋白免疫(美国专利Nos.5,474,771；6,331,433；和6,455,044)且杂交瘤可产生自由此得到的B细胞。这些方法的细节在本领域中描述。参见，例如有关含有人Ig小基因座(miniloci)的转基因小鼠的多种GenPharm/Medarex(Palo Alto，CA)出版物/专利，其包括美国专利No.5,789,650；与XENOMOUSE小鼠有关的多种Abgenix(Fremont，CA)出版物/专利，其包括美国专利Nos.6,075,181，6,150,584和6,162,963；Green等，Nature Genetics，1994，7，13-21；Mendez等，Nature Genetics，1997，15，146-56；和涉及“transomic”小鼠的多种Kirin(日本)出版物/专利，其包括欧洲专利843961和Tomizuka等，Nature Genetics，1997 Jun；16(2)：133-43。
一旦决定抗体(例如，CDR-移植的或以其它方式修饰的或“人源化的”抗体)的序列，可通过分子生物学领域中熟知的技术来制备抗体。更具体地，可使用重组DNA技术以通过用核酸序列(例如，编码所需蛋白产物(例如，修饰的重链或轻链；其可变区，或它的其它抗原-结合片段)的DNA序列)转化宿主细胞来产生范围宽广的多肽。
更具体地，可如上所述实施制备方法用于嵌合抗体。可通过寡核苷酸合成来制备编码例如，改变的可变区的DNA序列。可变区可为包括人受体分子的FR和供体例如，鼠科CDR的可变区，在一个或多个残基(例如，CDR之内的残基)已被修饰以促进抗原结合之前或之后。这通过确定受体抗体的构架区序列和至少供体抗体的CDR序列来促进。可替换地，可通过引物定向的寡核苷酸定点诱变来制备编码改变的可变区的DNA序列。此技术包括将编码所需突变的寡核苷酸与包含突变点的DNA单链杂交并使用单链作为寡核苷酸延伸的模板以制备含有突变的链。此技术，以各种形式，由例如，Zoller和Smith(Nuc.Acids Res.，1982，10，6487-6500)，Norris等(Nuc.Acids Res.，1983，11，5103-5112)，Zoller和Smith(DNA，1984，3，479-488)，和Kramer等(Nuc.Acids Res.，1982，10，6475-6485)描述。
将突变导入序列的其它方法也是公知的并可用于产生本文所述的改变的抗体(参见，例如，Carter等，Nuc.Acids Res.，1985，13，4431-4443)。可通过寡核苷酸合成来制备或利用合适的限制酶由编码供体抗体可变区的DNA分离用于定点诱变的寡核苷酸。
在又一个实施方案中，可通过无细胞翻译(cell free translation)来制备抗体或其片段。可替换地，可包含抗体-表达细胞的生物反应器中制备抗体或其片段，以促进大规模生产。
在一些实施方案中，可在转基因哺乳动物如山羊、牛(cow)或绵羊中产生抗体或其片段，所述转基因哺乳动物在奶中表达抗体，从而促进抗体的大规模生产(美国专利No.5,827,690；和Pollock等，J.Immunol.Meth.，1999，231，147-57)。
本发明也提供组合物，其包含本文所述的任何一个或多个肽或其片段，任何一个或多个核酸分子或载体，或任何一个或多个抗体或其片段。组合物包括，例如，药物组合物。
在预防应用中，将药物组合物或药剂以足够消除或减少危险的量施用于患有病症的受试者，减轻严重程度，或延迟病症的开始，其包括病症的生物化学的、组织的和/或行为的症状，在病症发展过程中出现的其并发症和中间病理表型(intermediate pathological phenotype)。在治疗应用中，将组合物或药剂施用于怀疑或已经罹患所述病症的受试者，其施用量足够治愈，或至少部分抑制病症(生物化学的、组织的和/或行为的)症状，包括病症发展中的其并发症和中间病理表型。
本发明的药物组合物可包括本文公开的可药用的载体中的至少一种抗体或其片段。“可药用的载体”指药物制备物的至少一种组分，其通常用于活性成分的施用。因而，载体可包含本领域使用的任何药物赋形剂和任何形式的用于给药的运载物(vehicle)。载体包括，但不限于磷酸盐缓冲的盐水、生理盐水、水、柠檬酸(citrate)/蔗糖/Tween配制物和乳剂，例如，油/水乳剂。
组合物可包括活性治疗剂和多种其它的可药用组分。参见Remington’sPharmaceutical Science(15th ed.，Mack Publishing Company，Easton，Pennsylvania(1980))。所需的形式依赖于施用和治疗应用的预期模式。组合物依赖于所需的剂型也可包括可药用的无毒的载体或稀释剂，其被定义为通常用来配制用于动物或人施用的药物组合物的运输物。选择稀释剂以影响组合的生物活性。所述稀释剂的实例包括，但不限于蒸馏水、生理磷酸盐缓冲的盐水、林格氏溶液(Ringer’s solutions)、葡萄糖溶液(dextrose solution)和汉克氏溶液(Hank’s solution)。此外，药物组合物或制剂也可包括其它载体、佐剂或无毒的、非治疗的、非免疫原性的稳定剂等。用于口服的组合物的固体剂型可包含合适的载体或赋形剂，如玉米淀粉、明胶、乳糖、阿拉伯树胶(acacia)、蔗糖、微晶纤维素、高岭土、甘露醇、磷酸二钙(dicalcium phosphate)、碳酸钙、氯化钠或海藻酸(alginic acid)。可用的崩解剂(disintegrator)包括，而不限于，微晶纤维素、玉米淀粉、羟基乙酸淀粉钠(sodium starch glycolate)和海藻酸。可以使用的片剂粘合剂包括阿拉伯树胶、甲基纤维素、羧甲基纤维素钠、聚乙烯吡咯烷酮(PovidoneTM)、羟丙基甲基纤维素、蔗糖、淀粉和乙基纤维素。可以使用的润滑剂包括硬脂酸镁、硬脂酸、硅酮油(silicone fluid)、滑石、蜡、油和硅胶(colloidal silica)。附加的赋形剂包括，例如，着色剂、味道-掩蔽剂(taste-masking agent)、溶解助剂(solubility aid)、悬浮剂、压缩剂(compressingagent)、肠衣(enteric coating)、持续释放助剂(sustained release aid)等。
抗体可以以长效注射(depot injection)或植入制剂(implant preparation)的形式施用，其可以以如此的方式配制以允许活性成分的持续释放。代表性组合物包含5mg/ml的抗体或其片段，其配制在由50mM L-组氨酸和150mMNaCl组成，用HCl调节到pH 6.0的含水缓冲液中。用于单克隆抗体的合适配制物缓冲液的另一实例包含20mM柠檬酸钠、pH 6.0、10％蔗糖和0.1％Tween 80。
在一些实施方案中，在水或其它含水运输物中制备的用于口服的药物组合物的液体剂型可包含多种悬浮剂如甲基纤维素、海藻酸盐(alginate)、黄蓍胶(tragacanth)、果胶、藻胶钠(kelgin)、角叉菜胶(carrageenan)、阿拉伯树胶、聚乙烯吡咯烷酮和聚乙烯醇。本发明的药物组合物的液体剂型也可包括，连同活性化合物，润湿剂、甜味剂、着色剂和调味剂的溶液、乳剂、糖浆(syrup)和酏剂(elixir)。可通过常规方法制备药物组合物的各种液体和粉末制剂用于吸入待治疗的哺乳动物的肺。
在一些实施方案中，用于注射的药物组合物的液体剂型可包括多种载体如植物油(vegetable oil)、二甲基乙酰胺、二甲基甲酰胺、乳酸乙酯、碳酸乙酯、豆蔻酸异丙酯(isopropyl myristate)、乙醇、多元醇例如，甘油、丙二醇，液体聚乙二醇等。在一些实施方案中，组合物包括柠檬酸盐/蔗糖/tween载体。为了静脉内注射，组合物的水溶形式可通过滴注法(drip method)施用，由此注入含有抗真菌剂和生理可接受的赋形剂的药物剂型。生理可接受的赋形剂可包括，例如，5％葡萄糖、0.9％盐水、林格氏溶液(Ringer’s solution)或其它合适的赋形剂。组合物的合适的不可溶形式可制备并施用为水基或可药用油基中的悬浮液，所述可药用油基如长链脂肪酸的酯，如油酸乙酯。
组合物可为，例如，可注射的溶液、水性悬浮液或溶液、非-水性悬浮液或溶液、固体和液体口服剂型、药膏(salves)、凝胶(gel)、软膏剂(ointment)、皮内贴剂(intradermal patch)、乳膏(cream)、洗剂(lotion)、片剂(tablet)、胶囊剂(capsule)、持续释放剂型等。在一些实施方案中，对于局部应用，药物组合物可配制在合适的软膏剂。在一些实施方案中，局部半-固体软膏剂剂型通常包含载体，如药物乳膏基中浓度为大约1至20％，或5至10％的活性成分。用于局部使用的组合物的剂型的一些实例包括，但不限于含有活性成分和多种支持物和运输物的滴剂(drop)、酊剂(tincture)、洗剂、乳膏、溶液和软膏剂。
通常，将组合物制备为可注射的液体溶液或悬浮液；也可在注射前制备适用于液体运输物中的溶液或悬浮液的固体形式。也可将制剂在脂质体或微粒，如多乳酸化合物(polylactide)、聚乙醇酸交酯(polyglycolide)或用于增强佐剂效果的共聚物中乳化或装入胶囊(参见Langer，Science，1990，249，1527和Hanes，Advanced Drug Delivery Reviews，1997，28，97)。也可制备无菌可注射制剂例如，无菌可注射的水性或油性悬浮液。此悬浮液可根据本领域已知的技术使用合适的分散剂、润湿剂和悬浮剂来配制。在一些实施方案中，药物组合物可在微囊化设备中递送以减少或防止宿主对于蛋白的免疫反应。
本发明的组合物用于治疗病症的有效剂量依据许多不同的因素而变化，所述因素包括施用方法(means of administration)、靶位点(target site)、受试者的生理状态、受试者是人还是动物、施用的其它药物和治疗是预防性的或治疗性的。通常受试者是人，但也可治疗非-人哺乳动物包括转基因哺乳动物。
对于以抗体进行被动免疫，剂量从大约0.0001至100mg/kg，从大约0.01至/和200mg/kg，或大约0.01至20mg/kg的宿主体重变化。例如，剂量可为1mg/kg体重或10mg/kg体重或在1至10mg/kg的范围内，或至少1mg/kg。可将所述剂量每天、隔天(on alternative days)、每周或根据通过经验分析确定的任何其它时间表施用于受试者。代表性的治疗需要多剂量长期，例如至少六个月施用。附加的代表性治疗方案需要每两周施用一次或每月一次或每3至6个月一次。代表性的剂量日程表包括1至10mg/kg或15mg/kg连续每天施用，30mg/kg隔天施用或60mg/kg每周施用。在一些实施方案中，将具有不同的结合特异性的两个或更多个抗体或其片段同时施用，在所述情况下，每种抗体的施用剂量落入指定的范围内。
通常将抗体在多种情况下施用。单次剂量之间的间隔可为每周、每月或每年。在一些实施方案中，调节剂量以获得1至1000mg/ml的血浆抗体浓度而在一些方法中为25至300μg/ml。可替换地，可将抗体作为持续释放的剂型施用，在所述情况下，要求更低频率的施用。依据受试者中抗体的半衰期来变化剂量和频率。通常，人抗体显示最长的半衰期，然后依递减次序是人源化的抗体、嵌合抗体和非人抗体。
施用的剂量和频率可根据治疗是预防性的还是治疗性的而变化。在预防性应用中，将包含所述抗体或其组合的组合物施用于并非处于疾病状态的受试者以增强该受试者的抵抗力。所述的量被定义为“预防有效剂量”。在此用途中，准确的量又依赖于受试者的健康状况和全身免疫性(general immunity)，但通常为0.1至25mg每剂的范围内，尤其是0.5至2.5mg每剂。相对低的剂量以长期相对不频繁的间隔施用。一些受试者在它们的有生之年持续接受治疗。
在治疗性应用中，有时要求在相对短的间隔施用相对高的剂量(例如，大约1至200mg的抗体每剂，而5至25mg的剂量是更通常使用的)直到疾病的进程被减轻或终止，并可能直到受试者显示疾病症状的部分或完全改善。其后，可对患者施用预防性方案。
在一些实施方案中，可将抗体或其片段，或包含它们的组合物通过静脉内、皮下、腹膜内、肌内、髓内、心室内、硬膜内(intraepidurally)、动脉内(intraarterially)、淋巴管内(intravascularly)、关节内(intraarticularly)、滑膜内(intrasynovially)、胸骨内(intrasternally)、鞘内(intrathecally)、肝内(intrahepatically)、脊柱内(intraspinally)、瘤内(intratumorly)、颅内(intracranially)、肠内(enteral)、肺内(intrapulmonary)、跨粘膜(transmucosal)、子宫内(intrauterine)、舌下(sublingual)注射，或通过使用标准方法在炎症或肿瘤的位点局部地施用于受试者。可替换地，抗体或其片段，或包含它们的组合物可通过包括口、鼻、眼、直肠或局部的途径施用于受试者。蛋白药物的最通常的施用途径是血管内(intravascular)、皮下(subcutaneous)或肌内(intramuscular)，尽管其它途径可为有效的。在一些实施方案中，施用抗体作为持续释放组合物或设备(device)，如MedipadTM设备。也可将蛋白药物通过呼吸道施用，例如，使用干粉吸入设备(inhalation device)、雾化器(nebulizer)或定量吸入剂(metered dose inhaler)。
在一些实施方案中，可通过持续释放给药，通过如长效注射手术过程中直接应用的可侵蚀的移植体(erodible implant)或通过将输注泵(infusion pump)或生物相容的持续释放移植体植入受试者的方式将抗体或其片段施用于受试者。可替换地，可通过可注射的长效施用途径将抗体或其片段施用于受试者，如通过使用1-，3-，或6-个月长效可注射的或生物可降解的材料和方法，或通过将含有抗体、抗体衍生物或药物组合物的透皮贴剂(transdermal patch)施加于受试者的皮肤，并使该贴剂与受试者的皮肤接触通常1至5小时每贴。
可选地，可将组合物与其它试剂组合来施用，所述其它试剂在免疫病症的治疗中是至少部分有效的。在一些实施方案中，药物组合物还包含免疫抑制或免疫调节化合物。例如，所述免疫抑制或免疫调节化合物可如下中的一种：阻断通过CD28的T细胞共刺激信号传导(costimulatory signaling)的试剂；阻断神经钙蛋白(calcineurin)信号传导的试剂；皮质类固醇(corticosteroid)、抗-增殖剂(anti-proliferative agent)和特异性结合于在免疫细胞表面表达的蛋白质的抗体，所述免疫细胞包括，但不限于，CD45、CD2、IL2R、CD4、CD8和RANK FcR、B7、CTLA4、TNF、LTβ和VLA-4。此外，在一些实施方案中，免疫抑制或免疫调节化合物是他克莫司(tacrolimus)、西罗莫司(sirolimus)、麦考酚酸莫酯(mycophenolate mofetil)、mizorubine、脱氧精胍菌素(deoxyspergualin)、布喹那钠(brequinar sodium)、来氟米特(1eflunomide)、雷帕霉素(rapamycin)或azaspirane。
本发明也提供包含本文所述的任何抗体或其片段的试剂盒。所述试剂盒可包括，例如，容器、包(package)或分配器(dispenser)连同用于施用或使用的标签和说明书。
本发明也提供治疗或预防与CD154相关的人疾病或病症的方法。在一些实施方案中，方法包括对人施用治疗有效量或预防有效量的本文所述的任何抗体或其片段，或包含它们的组合物，以使与CD154相关的人疾病或病症得到消除或预防。为了本发明的目的，“施用”表示本领域技术人员已知的施用抗体、抗体片段或组合物的任何标准方法，而且不应局限于本文提供的实例。
在一些实施方案中，被治疗的受试者已被预先诊断为患有适于本文公开的治疗的疾病或病症。所述受试者将，因此，已被诊断为需要治疗。可替换地，所述治疗可意图治疗具体的疾病或病症，但也同时治疗另一种未诊断的病症。
可使用标准方法监测患有疾病或病症的受试者的治疗。一些方法需要在施用一定剂量的试剂之前测定例如，受试者中抗体水平或分布的基线值(baseline value)，并将此值与的治疗后的分布或水平的值进行比较。将显著的增加例如，大于相同样品的重复测定中实验误差的典型极限(typical margin)，表示为比所述水平或分布值测定的平均值大一个标准偏差以上，其显示阳性的(positive)治疗结果(即，试剂的施用获得所需的应答)。如果免疫应答的值不显著变化或减少，则指示阴性的(negative)治疗结果。
在另一些实施方案中，测定水平或分布的控制值如平均和标准偏差用于控制种群。通常控制种群中的个体未接受先前的治疗。然后在施用治疗剂后将在受试者中测定的水平或分布值与控制值进行比较。相对于控制值的显著增加，如比平均值大一个标准偏差以上，显示阳性或足够的治疗结果。缺少显著增加或降低显示阴性或不足的治疗结果。当所述水平相对于控制值增加时，通常继续施用治疗剂。如前所述，得到相对于控制值的平稳状态(plateau)是可停止施加治疗或减少施加治疗的剂量和/或频率的指标。
在另一些实施方案中，水平或分布的控制值，如平均值和标准偏差，由个体的控制种群测定，所述个体已经过用治疗剂的治疗，而且其水平或分布响应治疗已达到稳定水平。将受试者中水平或分布测定值与控制值进行比较。如果受试者中测定的水平不是显著不同，如比控制值大一个标准偏差以上，可将治疗停止。如果受试者中的水平显著低于控制值时，则保证试剂的持续施用。如果受试者中的水平持续低于控制值，那么可显示治疗中的变化。
在另一些实施方案中，监测目前未接受治疗但已经过前期治疗的受试者的抗体水平或分布以确定是否需要恢复治疗。可将受试者中测定的水平或分布与前期治疗后受试者中先前得到的值进行比较。相对于先前测量的显著减少是可继续治疗的指标，所述显著减少例如大于相同样品的重复测定中误差的典型极限，。可替换地，可将受试者中的测定值与经过治疗过程后在受试者群体中测定的控制值(平均值加标准偏差)进行比较。可替换地，可将受试者中的测定值与保持无疾病症状的预防性治疗的受试者群体，或与显示疾病特征改善的治疗性治疗的受试者群体中的控制值进行比较。在所有这些情况中，相对于控制水平的显著减少，如多于标准偏差，是治疗应在受试者中继续的指标。
施用之后的抗体分布通常显示指数衰减之后抗体浓度的紧临的峰值。无需更多的剂量，所述衰减依据所施用抗体的半衰期在几天至几月的时间之内达到预治疗(pretreatment)水平。例如一些人抗体的半衰期为20天的等级(order)。
在一些方法中，在施用之前进行受试者中抗体对于给定抗原的基线测定，其后很快继续第二次测定以检测峰值抗体水平，并在间隔进行一个或多个其它测定以监测抗体水平的衰减。当抗体的水平已下降到基线或比基线低峰值的预定百分数(predetermined percentage of the peak less baseline)，如50％，25％或10％时，施加更多剂量的抗体。在一些实施方案中，将低于背景的峰值或随后测定的水平(peak or subsequent measured levels less background)与先前测定的参比水平进行比较以在其它受试者中构建有益的预防性或治疗性的治疗方案。如果测定的抗体水平明显小于参比水平，如小于由治疗受益的受试者群体中的参比值的平均值减一个标准偏差时，指示施用附加剂量的抗体。
附加的实施方案包括在治疗的过程中由研究者或医生监测任何本领域-可识别的通常依赖的生理性症状，如身体的(physical)或心理的症状，以诊断或监测病症。
在一些实施方案中，本文公开的抗体或其片段，或包含它们的药物组合物能够在受试者中抑制免疫反应。将抗体、抗体衍生物或药物组合物以有效抑制量施用于受试者。抗体、抗体衍生物，如CD154-结合片段，或药物组合物的“有效抑制量”是在其施用的受试者中有效抑制CD154-CD40相互作用的任何量。定义“抑制量”的方法是本领域的那些技术人员熟知的并取决于如下因素，其包括，但不限于，参与的受试者类型、受试者的大小和递送的治疗剂。
在具体的实施方案中，抗-CD154抗体、抗体衍生物或包含抗体或抗体衍生物的药物组合物能够结合于CD154分子。在又一个实施方案中，抗-CD154抗体、抗体衍生物或包含抗体或抗体衍生物的药物组合物能够通过抑制CD154-CD40相互作用来抑制免疫反应。
在一些实施方案中，抗-CD154抗体、抗体衍生物或包含抗体或抗体衍生物的药物组合物能够抑制炎症。为了本发明的目的，炎症应答的特征在于由于具有水肿(edema)的毛细管膨胀(capillary dilation)和吞噬性白细胞的迁移而引起的发红(redness)、肿胀(swelling)、发热和疼痛。炎症应答的一些实施例包括，但不限于关节炎、接触性皮炎、hyper-IgE综合征、炎性肠病、变应性哮喘和特发性炎性疾病。关节炎的一些实例包括，但不限于类风湿性关节炎、非类风湿性炎性关节炎、与莱姆病有关的关节炎和炎性骨关节炎。特发性炎性疾病的一些实例包括，但不限于银屑病和系统性红斑狼疮。可使用本文公开的化合物和/或组合物治疗的附加的疾病、病症和病包括，但不限于动脉粥样硬化、重症肌无力、格雷夫斯病、特发性血小板减少性紫癜、溶血性贫血、糖尿病、克隆氏病、多发性硬化和药物引起的自身免疫疾病，如药物引起的狼疮。
在一些实施方案中，可将化合物和组合物用于抑制移植器官受试者的排异反应，所述的移植器官例如，移植的心、肾、肝、皮肤、胰岛细胞或骨髓。在另一些实施方案中，可将所述化合物和组合物用于抑制移植物抗宿主病，变应性应答如枯草热或对青霉素或其它药物的变态反应，受试者中的自身免疫应答，所述受试者遭受源自感染性疾病的自身免疫应答，或在受试者中抑制纤维化。纤维化的实例包括，但不限于肺纤维化或纤维化疾病。肺纤维化的实例包括，但不限于成人型呼吸窘迫综合征继发的肺纤维化、药物引起的肺纤维化、特发性肺纤维化，或超敏感性肺炎。纤维化疾病的实例包括，但不限于丙型肝炎、乙型肝炎、肝硬化、毒素损害继发的肝硬化、药物继发的肝硬化、病毒感染继发的肝硬化和自身免疫性疾病继发的肝硬化。
在一些实施方案中，化合物和组合物可抑制受试者中的自身免疫应答，所述受试者遭受源自如下疾病的自身免疫应答，例如，Reiter’综合征、脊椎关节炎、莱姆病、HIV感染、梅毒或结核病。
在一些实施方案中，化合物和组合物可抑制胃肠疾病，例如，食道运动功能障碍、炎性肠病和硬皮病。可替换地，所述化合物和组合物可抑制血管疾病，例如，动脉粥样硬化和再灌注损伤。
在一些实施方案中，化合物和组合物可抑制受试者中T细胞肿瘤细胞的增殖，所述受试者遭受T细胞癌症，例如，T细胞白血病和淋巴瘤。可替换地，所述化合物和组合物可抑制受试者的T细胞被HTLV I病毒的病毒感染。
在一些实施方案中，可将化合物和组合物用于成像受试者中的肿瘤细胞或赘生性细胞(neoplastic cell)，其表达被hu5c8特异性识别的蛋白。用于成像受试者中的肿瘤细胞或赘生性细胞的一种方法包含：在允许在肿瘤细胞或赘生性细胞的表面上的抗体或抗体片段和蛋白之间形成复合物的条件下对受试者施用有效量的抗体或其片段，或包含它们的组合物，并将形成的任何抗体/蛋白复合物或抗体片段/复合物成像，由此来成像受试者中的任何肿瘤细胞或赘生性细胞。
在一些实施方案中，可将化合物和组合物用于检测肿瘤细胞或赘生性细胞在受试者中的存在，所述细胞表达被hu5c8特异性识别的蛋白。用于检测肿瘤细胞或赘生性细胞在受试者中存在的一种方法包含：在允许在抗体或抗体片段和蛋白之间形成复合物的条件下对受试者施用有效量的抗体或抗体片段，或包含它们的组合物，从受试者清除任何未结合的显象剂(imaging agent)，并检测形成的任何抗体/蛋白复合物或抗体片段/复合物的存在，所述复合物的存在显示肿瘤细胞或赘生性细胞在受试者中的存在。
可将抗体或其片段和包含它们的组合物作为单一剂量施用以用于某些适应证(indication)，如防止对于抗原的免疫反应，其中受试者短期暴露于所述抗原，如在治疗的单日(single day of treatment)施用的外源抗原。所述疗法的实例可包括共同施用本发明的抗体或抗体衍生物连同治疗剂，例如抗原药物、变应原或血产品，或基因疗法载体。在将抗原长期，如以可控免疫反应的形式给予移植的组织或给予长期施用的抗原药物的适应症中，将本发明的抗体、抗体衍生物或药物组合物在间隔施用，所述间隔和医学上指示的时间一样长，其范围从几天或几周到受试者的一生。
在一些实施方案中，可通过上述方法治疗的受试者是动物，如哺乳动物，包括但不限于人、非-人灵长类、啮齿动物(rodents)(包括大鼠、小鼠、仓鼠(hamster)和豚鼠(guinea pig))、牛(cow)、马(horse)、绵羊(sheep)、山羊(goat)、猪(pig)、狗(dog)和猫(cat)。在最多的情况下，所述哺乳动物是人。
本发明也提供任何本文所述的肽或其片段，或抗体或其片段用于治疗与CD154有关的人疾病或病症的用途。
本发明也提供任何本文所述的肽或其片段，或抗体或其片段在制备用于治疗与CD154有关的人疾病或病症的药物中的用途。
基于如下的实施例，本文公开的实施方案可得到更好的理解。然而，本领域的技术人员将容易理解，如在其后本发明的实施方案中更充分描述的具体方法和讨论结果仅仅是说明性的。
遍及本申请，在括号中引用了许多出版物和参考文献。这些出版物和参考文献的公开通过参考以它们的全文并入本申请，以更充分地描述本发明所属的技术领域的状态。所述的材料、方法和实施例仅仅是说明性的，而不意图成为限制性的。
列出本领域的那些技术人员公知的重组DNA技术的一般原理的标准参考文献包括Ausubel等，Current Protocols In Molecular Biology，John Wiley&Sons，New York(1998和Supplements to 2001)；Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，2d Ed.，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Plainview，New York(1989)；Kaufman等，Eds.，Handbook Of Molecular和Cellular方法InBiology和Medicine，CRC Press，Boca Raton(1995)；McPherson，Ed.，DirectedMutagenesis：A Practical Approach，IRL Press，Oxford(1991)。
列出本领域的那些技术人员公知的免疫学一般原理的标准参考文献包括：Harlow和Lane，抗体：A Laboratory Manual，2d Ed.，Cold Spring HarborLaboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y.(1999)；和Roitt等，Immunology，3dEd.，Mosby-Year Book Europe Limited，London(1993)。列出本领域的那些技术人员公知的医学生理学和药理学一般原理的标准参考文献包括：Fauci等，Eds.，Harrison’s Principles Of Internal Medicine，14th Ed.，McGraw-Hill Companies，Inc.(1998)。
实施例
贯穿实施例，使用如下材料和方法，除非另外说明。如下实施例说明本发明的方法和产品。分子生物学领域中通常遇到的对于本领域的那些技术人员来说显而易见的所述条件和参数的合适修饰和改进在本发明的精神和范围之内。
除非另外指明，本发明的实施通常采用化学、分子生物学、重组DNA技术、免疫学(特别是，例如，抗体技术)的常规技术和电泳中的标准技术。参见，例如，Sambrook，Fritsch和Maniatis，Molecular Cloning：Cold Spring HarborLaboratory Press(1989)；Antibody Engineering Protocols(Methods in MolecularBiology)，510，Paul，S.，Humana Pr(1996)；Antibody Engineering：A PracticalApproach(Practical Approach Series，169)，McCafferty，Ed.，Irl Pr(1996)；Antibody：A Laboratory Manual，Harlow等，C.S.H.L.Press，Pub.(1999)；和Current Protocols in Molecular Biology，eds.Ausubel等，John Wiley&Sons(1992).
实施例1：抗体设计
本文描述的方法用于获得优化的抗体(或其抗原-结合片段)，尽管也可没有限制地使用本领域的技术人员已知的其它方法。基于计算分析，可以鉴定任何给定抗体中的位置，在所述位置优化的抗体-抗原复合物中的电荷分布与原始的抗体-抗原复合物的电荷分布之间存在差别(差别越大，就越显著)。电荷分布中的这种差别也与当抗体与溶剂中的抗原结合时抗体的结合自由能的变化相关。然后可改变位于所述位置的氨基酸残基使得原始抗体中的静电力更加接近(或在可替换的实施方案中，更加偏离)优化的抗体中的静电力，由此当抗体与溶剂中的抗原结合时调节抗体的结合自由能。根据如本文所述和如国际公开Serial No.PCT/US04/24200(其通过引用它的全部并入本文)所述的一套专用的(discrete)标准或规则导入对抗体的变化。
1.修饰抗体以改进功能的规则
如下应用修饰抗体的规则。为了调节抗体的抗原-结合亲和性，例如，以改进或恢复这种结合，首先获得基础(basic)序列和/或结构数据。然后将静电电荷优化技术应用于建议改进亲和性的突变体。通常，首先将静电电荷优化以确定次优选(sub-optimal)用于结合的一个(或多个)CDR残基的一个(或多个)位置(Lee等，J.Chem.Phys.，1997，106，8681-8690；Kangas等，J.Chem.Phys.，1998，109，7522-7545)。然后，将一个或多个CDR突变(即，修饰)进行进一步的计算分析。然后基于这些计算，根据本发明的规则确定具有一个或多个修饰的修饰抗体的亚类的结合亲和性。
使用连续静电模型，在抗体的CDR中氨基酸的每个侧链上进行静电电荷优化。电荷优化给出原子中心的电荷但不总能得到实际的一个或多个突变。因此，以多个约束条件进行一轮电荷优化，施加的约束条件表示在目标位置的天然的侧链特性。例如，进行侧链净电荷为-1，0，和+1的优化，其附加的约束条件为原子的电荷不超过特定值，例如，0.85电子电荷单位。然后根据优化中观察的静电结合自由能的潜在增加来确定候选氨基酸侧链位置和在这些位置的残基修饰。
计算从天然残基到完全不带电荷的侧链电子等排体(sidechain isostere)结合自由能差(binding free energy difference)(以kcal/mol表示)，所述侧链电子等排体，如具有相同形状但在原子上不带电荷或带部分电荷的残基。负数表示结合亲和性的预计的增加。使用其中侧链净电荷为+1，0，或-1的优化的电荷分布来计算结合自由能差。
在那些结合自由能差是有利的(ΔG＜-0.25 kcal/mol)且与从天然残基到完全不带电荷的侧链电子等排体，如具有相同形状但在原子上不带电荷或带部分电荷的残基的转变有关的情况下，选择来自具有非极性侧链的氨基酸组，例如，Ala，Cys，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val的修饰。
当可以以侧链中优化的电荷分布得到的结合自由能差和侧链净电荷为-1是有利的(ΔG＜-0.25 kcal/mol)时，选择来自具有带负电荷的侧链的氨基酸组，例如，Asp，Glu的修饰。
类似地，当可以以侧链中优化的电荷分布得到的结合自由能差和侧链净电荷为+1是有利的(ΔG＜-0.25 kcal/mol)时，选择来自具有带正电荷的侧链的氨基酸组，例如，Arg，His，Lys的修饰。
最后，在可以以侧链中优化的电荷分布得到的结合自由能差和侧链净电荷为0是有利的(ΔG＜-0.25 kcal/mol)的情况下，选择来自具有不带电荷的极性侧链的氨基酸组，例如，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，其中加上Cys，Gly，Met和Phe的修饰。
如本文所述，在硅片中(in silico)构建设计的修饰的抗体并重新计算结合能。使用60度的二面角增量，通过在CHARMM中进行旋转异构体二面角扫描以确定对于每个侧链来说最理想的位置，从而构建修饰的侧链。然后使用Poisson-Boltzmann静电能和范德瓦尔斯能(van der Waals energy)及嵌入表面积的附加项来计算野生型(亲代)和突变体(修饰的)复合物的结合能。
然后，根据需要重新评估这些计算修饰计算的结果，例如，在随后的在硅片中或由附加的实验结构/功能数据得知的方法反复迭代之后。
所述规则允许进行一些预测，其可分类如下：
1)在相互作用界面的修饰，所述相互作用界面包括抗体上的残基，所述抗体在结合时变为部分嵌入的(partially buried)(通过与抗原形成氢键来改进相互作用)；
2)抗体上极性残基的修饰，所述抗体在结合时变为嵌入的并由此付出去溶剂化罚分(desolvation penalty)但不与抗原形成任何直接的静电相互作用(通常通过对疏水残基用与野生型残基相似的形状进行修饰，或者通过添加可形成有利的静电相互作用的残基来进行改进)；和
3)抗体上的表面残基的修饰，所述抗体位于不互补潜能的区域。认为这些修饰改进抗体和抗原之间的远距离静电相互作用，而不扰动位于结合界面的嵌合作用(packing interaction)。
第一种修饰通过检验基本物理/化学因素(consideration)来确定，因为这些残基基本上与抗原的不饱和氢配偶体形成氢键。不同于其它方法，本发明的规则允许令人惊奇地残基修饰，其中去溶剂化的代价允许超过有益的相互作用能。
第二种修饰代表又一组修饰，因为获得的能量主要是保持非极性相互作用的同时消除不利的去溶剂化的结果。
第三种修饰涉及远距离相互作用，其显示亲和性显著增加的潜力。这些类型的修饰是特别令人感兴趣的，因为它们不与抗原形成直接接触，并且因此，在抗体-抗原界面引起灵敏的相互作用(delicate interaction)的较小扰动。
因此，当根据规则确定一个(或多个)候选氨基酸位置的预期的侧链化学性质时，则将一个(或多个)残基位置修饰或改变，例如，通过取代、插入、或缺失，如本文进一步所述。
除了抗体修饰的上述规则之外，应注意的是一些判定，例如，溶剂效果可为最优电荷分布的初始(及后续)计算的因素。
2.获得抗体或其抗原-结合片段
针对产生非-天然存在的抗体(或其抗原-结合片段)的本发明的方法可以，但不必需通过获得抗体开始。本文中可将该抗体称为“亲代”抗体或有时称为“第一”抗体，而且它可被用于获得信息，所述信息将允许修饰或改变抗体内(如，亲代抗体内)或修饰的或改变的抗体内的一个或多个氨基酸残基，所述修饰的或改变的抗体具有类似于亲代抗体的序列，或包含亲代抗体的序列的部分。如本文所述，例如，通过标准的基因工程技术用修饰抗体的一个(或多个)相应的CDR替换亲代抗体的一个或多个CDR(或其部分)以完成所谓的CDR移植(graft)或移植(transplant)。因此，所述方法以哺乳动物单克隆或多克隆抗体(例如，鼠科或灵长类)、嵌合的、CDR-移植的、人源化的或人抗体开始。
亲代抗体是从本领域公知的来源获得的或根据本领域公知的技术产生的。例如，亲代抗体为CDR-移植的或人源化的抗体，其具有源自另一个来源或物种，例如鼠科的CDR区。
本发明的亲代抗体或任何修饰的抗体也可为单克隆抗体的形式。产生单克隆抗体的方法是本领域已知的(参见，例如，Kohler和Milstein，Nature，1975，256，495-497)，以及用于将编码免疫球蛋白的DNA稳定导入骨髓瘤细胞的技术(参见，例如，Oi等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1983，80，825-829；Neuberger，EMBO J.，1983，2，1373-1378；和Ochi等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1983，80，6351-6355)。这些技术，其包括体外诱变和DNA转染，其允许构造重组免疫球蛋白；这些技术可用于产生本发明的方法中使用的亲代和修饰的抗体或用于产生由那些方法得到的修饰的抗体。可替换地，亲代抗体可由商业供应者得到。抗体片段(scFvs和Fabs)也可在大肠杆菌(E.coli)中产生(产生方法和细胞宿主在下面描述)。
本发明的亲代抗体或任何修饰的抗体可为IgA，IgD，IgE，IgG，或IgM类的抗体。
如上所述，可将本发明的方法应用于不仅限于四聚的抗体(例如，具有G类免疫球蛋白(IgG)结构的抗体)。例如，修饰抗体的方法也可用任何抗体的抗原-结合片段进行。所述片段可重组地产生和制造、合成，或通过用蛋白水解酶消化抗体来产生。例如，所述片段可为Fab片段；用木瓜蛋白酶的消化在连接两个重链的链间(如VH-VH)二硫键之前的区域使抗体破裂。这导致形成包含轻链和重链的VH和CH1区的两个同一的片段。可替换地，所述片段可为F(ab’)2片段。这些片段可通过用在链间二硫键之后切割重链的胃蛋白酶消化抗体来产生，并导致含有两个抗原-结合位点的片段。又一个替换方案是使用“单链”抗体。单-链Fv(scFv)片段可以以多种方式构建。例如，可将VH的C-末端连接到VL的N-末端。通常，将接头(例如，(GGGGS)4)置于VH和VL之间。然而，可连接的链的顺序可为反向的，且可以包括促进检测和纯化的标记(tag)(例如，Myc-，His-，或FLAG-标记)(标记，例如这些可附加于本发明的任何抗体或抗体片段；它们的应用不限于scFv)。因此，并且如下所述，标记的抗体在本发明的范围内。在可替换的实施方案中，用于本文所述方法中的抗体或通过那些方法产生的抗体，可为重链二聚体或轻链二聚体。更进一步，可使用抗体轻链或重链，或其部分，例如，单区抗体(single domain antibody)(DAb)。
由于本发明的方法可为重复的，亲代抗体可不是天然存在的抗体。由于修饰抗体的方法可以根据需要重复多次，起始抗体(starting antibody)(或其抗原-结合片段)可为完全非-人的，或为含有人FR和非-人(例如，鼠科)CDR的抗体。即，“亲代”抗体可为CDR-移植的抗体，其进行本发明的方法以改进抗体，如亲和性成熟抗体的亲和性。如前所述，可唯一地将亲和性改进到与天然存在的人抗体(FR-供体)对于其抗原的亲和性大约相同(或不明显更差)的程度。因此，“亲代”抗体可代之为通过一个或多个较早轮次的修饰产生的抗体，其包括含有多于一个物种的序列(例如，人FR和非-人CDR)的抗体。本发明的方法涵盖包括来自非-人(例如，鼠科)抗体的一个或多个CDR和人抗体FR的“亲代”抗体的用途。可替换地，该亲代抗体可为完全人类的。
当然，当所述结构可以得到时，可用该结构开始计算分析(而不是再次产生它)。
3.通过抗体-抗原结构数据得知的本发明的方法
已知蛋白折叠成三维结构，所示三维结构由其氨基酸的序列和其中提供给定蛋白(或含有蛋白的复合物)的溶剂来规定。蛋白的三维结构影响其生物活性和稳定性，而且该结构可以多种方式测定或预测。通常，经验方法使用物理生化分析(physical biochemical analysis)。可替换地，可使用具有已知三维结构一个或多个同源蛋白(或蛋白复合物)的三维结构建模来预测三级结构。X-射线晶体学(X-ray crystallography)可能是测定蛋白结构的最佳的已知方法(因此，可使用术语“晶体结构”代替术语“结构”)，但也可使用圆二色性(circulardichroism)、光散射(light scattering)，或通过测定辐射能的吸收和发射来进行估计。其它有用的技术包括中子衍射(neutron diffraction)和核磁共振(nuclearmagnetic resonance)(NMR)。所有这些方法是本领域的普通技术人员所公知的，而且它们已在标准教科书(参见，例如，Physical Chemistry，4th Ed.，W.J.Moore，Prentiss-Hall，N.J.，1972，或Physical Biochemistry，K.E.Van Holde，Prentiss-Hall，N.J.，1971))和许多出版物中充分地描述。可实施这些技术中的任一种以测定抗体或含有抗体-抗原的复合物的结构，然后可根据本发明的方法对其进行分析并且，例如，用于得知本发明的方法的一个或多个步骤。
类似地，可将这些和同样的方法用于获得与抗体片段结合的抗原的结构，其包括由例如，单链抗体、Fab片段等组成的片段。形成抗体、抗体片段或scFv-抗原复合物的晶体的方法已由例如，van den Elsen等(Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1999，96，13679-13684报道，其通过引用清楚地并入本文)。
4.计算分析
本发明的方法的实施中使用的基本计算公式(basic computationalformulae)在例如，美国专利No.6,230,102中提供，其内容通过本申请中的引用以其全部并入本文。
如上所述，抗体是根据抗体和与其结合的抗原之间的静电力的计算分析结果，优选根据本文所述的本发明的离散的标准或规则而改变的(或“修饰的”)。计算分析允许预测抗体中最优点电荷分布，而在计算机中表现电荷分布的一种方式是一组多极(multipoles)。可替换地，电荷分布可由位于抗体的原子的位置的一组点电荷(point charge)来表示。一旦确定电荷分布(优选地，最优的电荷分布)，可修饰抗体以匹配，或更好地匹配那种电荷分布。
可通过美国专利No.6,230,102中所述的实施计算的应用计算方法来介导(mediate)计算分析。在此改写计算机程序以考虑抗原-抗体结合的真实世界环境(real world context)(且不同于其它方法，本发明的此方法考虑，例如，溶剂、长距离静电学和溶剂中抗体与其抗原之间结合中的介电效应(dielectriceffect))。将本方法用于鉴定对抗体结构的修饰，所述修饰将实现“成熟”抗体上的电荷分布，所述分布使对于成熟抗体和其抗原之间的结合自由能的静电贡献(相对于未修饰的(“起始”或“亲代”)抗体)最小化。与通常一样，执行本文所述操作的计算机系统(或设备)(在美国专利No.6,230,102中更详细描述)将包括向用户显示信息的输出设备(例如，CRT显示器、LCD、打印机、通讯设备如调制解调器、音频输出等)。此外，实施所述方法的说明，部分或全部地，可被赋予适用于电子设备的介质以用于实施此说明。因此，本发明的方法可修正为包含软件(例如，计算机-可读的说明书)和硬件(例如，计算机、机器人学和芯片)的高通量方法。应用计算机的方法不限于具体的计算机平台、具体的处理器或具体的高-水平程序设计语言。
有用的方法在，例如，美国专利No.6,230,102中列出，而更具体的说明在，例如，Lee和Tidor(J.Chem.Phys.，1997，106，8681-8690)中提供，其中每篇通过引用清楚地并入本文。
5.基于结构的计算设计方法
改进抗体对于其抗原的亲和性的代表性方法是通过使用基于结构的计算设计方法。一种所述的方法称为使用终端消除算法(dead-end eliminationalgorithm)的侧链重组合(sidechain repacking)(参见例如，Lasters等，ProteinEng.，8，815-22；Looger等，J.Mol Biol.，307，429-45；Dahiyat等，Protein Sci.，5，895-903)。在所述计算中，抗体残基同时根据计算突变为任何20种天然存在的氨基酸并通过计算评价所得突变体的亲和性。可通过突变体的计算稳定性将计算产生的突变体的列表分类，以产生将在实验中表达的变体的列表。在计算中，允许蛋白主链非常小或没有柔性，这确保将设计的突变体预测为稳定的具有给定的CDR构象。因此，计算分析允许预测抗体突变，所述抗体突变将增强抗体与其抗原的亲和性。
6.抗体和其抗原结合片段的产生
抗体，例如嵌合抗体、人源化抗体、单克隆抗体和单链抗体的选择、克隆和制备是在本领域中充分描述的。此外，先前已描述了hu5c8 mAb的人源化(分别参见，Lederman S等，J Exp Med.1992 Apr 1；175(4)：1091-101和Karpusas M et al，Structure(Camb).2001 Apr 4；9(4)：321-9)。此抗体可由ATCC(PTA-4931)获得。5c8抗体在NS0骨髓瘤细胞中稳定表达并通过蛋白A和凝胶过滤色谱纯化。SDS-PAGE和分析凝胶过滤色谱显示，蛋白形成预期的二硫化物连接的四聚体。本发明的单链抗体通常在大肠杆菌中表达并使用标准技术免疫纯化。
7.5c8 Fab生产
通过双顺反子(bicistronic)质粒pBEF064表达5c8 Fab。第一个顺反子含有编码118氨基酸重链可变区的5c8重链的354个核苷酸，所述重链可变区其后在框中为306个核苷酸，其编码人IgG1恒定区的前102个氨基酸和编码6组氨酸标记的18个核苷酸。第二个核糖体进入位点(ribosome entry site)位于重链顺反子末端的7个核苷酸之后。第二个顺反子包含编码111氨基酸5c8轻链可变区的333个核苷酸，所述轻链可变区其后在框中为编码107氨基酸轻链恒定区的321个核苷酸。表达在大肠杆菌中实施并由ara-BAD启动子驱动，并且通过OmpA(重链)和PhoA(轻链)周质定位信号(periplasmiclocalization signal)将重链和轻链定向于周质空间(periplasmic space)。所述周质定位信号在周质输出过程中从蛋白切割。
8.结合试验
通常使用KinExATM试剂盒来进行结合试验。此试验通过将抗体(或抗原结合片段)的稀释溶液通过试剂盒中提供的柱子来实施，而且一些抗体(或其抗原结合片段)与珠粒上的抗原进行相互作用。然后用与荧光染料Cy5结合的第二抗-人IgG重链和轻链抗体检测抗体(或片段)(Jackson ImmunoResearchLaboratories，Inc.，West Grove，PA)。设定抗体(或片段)的浓度以使来自荧光染料的信号与蛋白浓度成比例。为了获得相互作用的溶液相亲和性，将抗体(或片段)与可溶性抗原的稀释系列混合。允许这些蛋白(抗体和抗原)在室温温育3小时或在4℃过夜培育的过程中达到平衡。将混合物流过含有抗原的柱子，并且信号与保留在溶液中的未结合抗体(或抗体片段)的量成比例。将得到的数据绘制在线性-对数标度的图上并通过非-线性回归拟合到二次曲线，这给出KD的值。
9.结合试验5c8-CD154
进行基于ELISA的竞争性结合试验。将抗c-myc mAb以PBS中的10μg/mL在室温(RT)涂覆在NUNC Maxisorb板上2小时。制备未标记的5c8 Fab(突变体或野生型)的系列稀释物并与等体积的固定浓度(30ng/ml)的生物素-标记的5c8 Fab竞争物混合，并加至所述板。在室温培育2小时后，洗涤板并用抗生蛋白链菌素-HRP检测结合的生物素-标记的5c8 Fab竞争物。由四参数曲线拟合得到结合亲和性。
实施例2：抗体
1.产生抗体
hu5c8 mAb的选择、克隆和人源化先前已被描述。分别参见Lederman S等，J Exp Med.1992 Apr 1；175(4)：1091-101和Karpusas M等，Structure(Camb).2001 Apr 4；9(4)：321-9。hu5c8 mAb杂交瘤(hyridoma)可从ATCC(HB10916)获得。
2.CD154结合试验
在可从ATCC(CRL-10915)得到的huCD154+D1.1细胞上进行基于FACS的竞争性结合试验。0.1mg/ml生物素酰化的hu5c8 mAb和细胞表面CD154结合与hu5c8 mAb或其他抗体的滴定竞争。用抗生蛋白链菌素-藻红蛋白(streptavidin-phycoerytherin)(PE)检测细胞-结合的生物素酰化的hu5c8 mAb(BD-PharMingen San Diego，CA，USA)。由四参数曲线拟合的IC50值来推断相对结合亲和性。
3.CD154-FcγR桥连试验
使用基于抗体能力的试验以形成抗原和含FcγR的细胞(FcγR bearing cell)之间的“桥”来测定FcγR结合亲和性(见下文)。通过用PBS中的1mg/ml重组可溶性人CD154在4℃过夜涂覆96-孔Maxisorb ELISA板(Nalge-NuncRochester，NY，USA)(Biogen，Karpusas M等Structure.1995 Dec 15；3(12)：1426)，然后用PBS中的1％BSA进行封闭(block)来进行FcγRI(CD64)桥连试验。然后在37℃将抗体的滴定结合到CD154 30分钟，洗涤板，并测定荧光标记的U937(CD64+)细胞的结合。U937细胞生长在含10％FBS、10mM HEPES、L-谷氨酰胺和青霉素/链霉素，份额(split)1∶2的RPMI培养基中，并在试验前用1000单位/ml的IFNγ活化一天以增加FcγRI表达。
使用在96-孔组织培养平板(Corning Life Sciences Acton，MA，USA)中生长的单层的表达CD154的中国仓鼠卵巢(Chinese Hamster Ovary)(CHO)细胞(Biogen)来进行FcγRIII(CD16)桥连试验，并测定用CD16(Dana Farber Institute，Boston，MA，USA的赠与)转染的荧光标记的Jurkat细胞的mAb-依赖性结合。将CHO-CD154+细胞以1×105个细胞/ml接种到96-孔板并在含10％透析的FBS、100nM氨甲喋呤、L-谷氨酰胺和青霉素/链霉素(所有试剂来自Gibco-BRL Rockville，MD，USA)的αMEM中生长至汇合(confluency)。将在含10％FBS、400mg/ml遗传霉素、10mM HEPES、丙酮酸钠、L-谷氨酰胺和青霉素/链霉素(所有试剂来自Gibco-BRL)的RPMI中生长的CD16+Jurkat细胞，在进行试验之前分流(split)1∶2一天。
在FcγRI和FcγRIII受体的试验中，将含Fc受体的细胞用2′，7′-二-(2-羧乙基)-5-(和-6)-羧基荧光素乙酰氧甲基酯(2′，7′-bis-(2-carboxyethyl)-5-(and-6)-carboxyfluorescein acetoxymethyl ester)(B CECF-AM)(Molecular ProbesEugene，OR，USA)在37℃标记20分钟。洗涤以去除过量的BCECF-AM之后，将1×105标记的细胞在试验中在37℃培育30分钟。通过洗涤几次来去除未结合的FcγR+细胞并在Cytofluor 2350荧光微板阅读器(Millipore CorporationBedford，MA，USA)上以485nm的激励波长(excitation wavelength)和530nm的发射波长(emission wavelength)阅读板。
实施例3：改进抗-CD154抗体的抗原-结合亲和性
在此实施例中，描述了改进抗体对于治疗性相关抗原靶物的结合亲和性的方法。
通过亲和突变在小鼠中产生对于人CD154的抗体(参见，例如，Yamada等，Transplantation，2002，73，S36-9；Schonbeck等，Cell.Mol.Life Sci.，2001，58，4-43；Kirk等，Philos.Trans.R.Soc.Lond.B.Sci.，2001，356，691-702；Fiumara等，Br.J.Haematol.，2001，113，265-74；和Biancone等，Int.J.Mol.Med.，1999，3，343-53)，所述的人CD154为涉及介导免疫应答的TNF蛋白家族的成员。由所述研究产生5c8单克隆抗体并进行测定以抑制由CD154介导的病理过程。
在增加亲和性5c8/CD154相互作用的工作中，将静电电荷优化技术应用于两-极方法(two-level procedure)中抗体-抗原复合物的晶体结构，以产生亲和性改进的突变体。首先，将静电电荷优化用于测定一个(或多个)CDR残基的位置，所述残基对于结合是次优的(sub-optimal)(Lee和Tidor，J.Chem.Phys.，1997，106，8681-8690；Kangas和Tidor，J.Chem.Phys.，1998，109，7522-7545)。第二，确定一组CDR突变用于进一步的计算分析。基于这些计算，通过计算测定23个具有单突变(即，23个“单突变体”)的修饰抗体的结合亲和性。可预测，单突变体中的8个在静电能方面及在包括范德瓦尔斯能量项和溶剂可接近的表面积项的全部能量函数(full energy function)上可比野生型抗体更有利。这些项与静电力无关，但计算它们以确保设计的突变不接触其他残基并且不会显著减少嵌入表面积的量；在复合配制物中增加嵌入的表面积通常是有益的。(参见下表的“全部能量”栏)。
基于电荷优化的结果，确定突变用于计算分析(检测了最优电荷分布和比目前的残基更接近最优的设计突变；此过程通过检验(inspection)完成)。电荷优化给出在原子中心的电荷但得不到真实的突变。以施加的代表天然侧链特征的各种限制条件来进行一轮电荷优化。例如，进行优化以使侧链净电荷为-1、0和+1，其附加的限制条件为原子的电荷不超过0.85电子电荷单位的绝对值。
使用添加氢的标准方法以程序CHARMM(Accelrys，Inc.，San Diego，CA)来制备CD154/5c8复合物(PDB编码：1I9R)的晶体结构。将N-乙酰胺和N-甲基酰胺贴剂分别应用于N末端和C-末端。使用连续体静电模型(continuumelectrostatics model)，在ACQ2抗体的CDRs中氨基酸的每个侧链上进行静电电荷优化。然后基于在优化中观察的静电结合能的潜在增益(potential gain)确定适当的侧链突变。通过在CHARMM中使用60度的二面角增量进行旋转异构体二面角扫描以确定每个侧链的最理想的位置从而构建侧链。然后使用泊松-玻尔兹曼(Poisson-Boltzmann)静电能和范德瓦尔斯能及嵌入表面积的附加项来计算野生型和突变体复合物的结合能。
将与人源化中和抗体(5c8)的Fab片段复合的CD40配体的晶体结构在6.50的pH解至3.1。由于CD154天然为三聚体，在复合物中有三个5c8 Fab分子和5个CD154分子。它们在复合物中形成三个独立的CD154/5c8界面。将锌(ZN)原子结合到每个5c8 Fab并且将其包括到计算中。对于三个界面独立地进行计算并利用被认为对于所有三个位点比野生型更有利的氨基酸取代。
下表显示对于所有三个5c8分子的5c8轻链中的CDR可变环(variableloop)1得到的优化结果。Mut(突变能)栏对应于由天然残基变为完全不带电荷的侧链电子等排体的结合自由能差(以kcal/mol表示)，所述电子等排体即，具有相同形状但在原子上无电荷或具有部分电荷的残基。负数表示预计的结合亲和性的增加。Opt-1栏对应于可由侧链中的最优电荷分布和-1的侧链净电荷得到的结合自由能差。Opt0和Opt1栏对应于具有最优电荷、净电荷分别为0和+1的结合自由能差。基于这些结果和结构的目测，设计能够利用这些结合自由能改进的突变。例如，从SER 31到VAL的突变，其为不带电荷的电子等排体，在突变能中使用了预测的-1.23至-0.98kcal/mol。对于突变具有-1的静电荷的侧链，突变GLN 27到GLU使用-1.21至-0.88kcal/mol预测的最大自由能增益。
表1-对于5c8 CDR轻链可变环1得到的优化结果
链残基     Mut  Opt-1   Opt0   Opt1
  1L  24ARG1L  26SER1L  27GLN1L  28ARG1L  30SER1L  31SER1L  32SER1L  33THR1L  34TYR1L  35SER1L  36TYR1L  38HSD2L  24ARG2L  26SER2L  27GLN2L  28ARG2L  30SER2L  31SER2L  32SER2L  33THR2L  34TYR2L  35SER2L  36TYR2L  38HSD3L  24ARG3L  26SER3L  27GLN3L  28ARG3L  30SER3L  31SER3L  32SER3L  33THR3L  34TYR3L  35SER  -0.11-0.060.210.11-0.01-1.231.45-0.02-0.25-0.020.01-0.15-0.46-0.290.26-0.590.08-0.980.740.00-0.090.090.10-0.23-0.35-0.270.11-0.300.03-1.060.820.200.090.06 0.17-0.59-1.21-0.96-0.143.880.91-0.66-1.000.00-0.95-0.48-1.04-1.60-0.88-0.94-0.384.042.31-0.65-0.620.02-1.70-1.20-0.34-1.23-1.07-0.850.024.021.18-0.32-0.80-0.05 -0.11-0.06-0.95-0.71-0.42-2.16-0.65-0.41-1.10-0.11-1.31-0.70-0.46-0.79-0.41-0.46-0.55-1.89-0.86-0.38-0.480.09-1.24-1.17-0.35-0.53-0.71-0.30-0.29-2.03-0.85-0.15-0.74-0.10 -0.370.57-0.26-0.40-0.47-0.42-0.670.07-0.800.041.74-0.620.130.190.350.08-0.42-0.54-0.870.09-0.120.182.37-0.79-0.350.27-0.080.15-0.36-0.90-1.050.29-0.38-0.02
 3L  36TYR3L  38HSD 0.04-0.20     -0.99-0.46     -1.30-0.76     1.66-0.72
如上所述，在硅片中构建设计的突变体并重新计算结合能。这些计算突变计算的结果显示在下面。数字代表从野生型到突变体的结合亲和性的变化(负值表示突变体是更有利的)。给出了5c8的所有三个链的能量。
表2-对于5c8 CDRs的计算突变计算
    链突变体1H TYR33PHE1H ASN59ASP1H ASN59LEU1L SER26ASP1L GLN27GLU1L SER31VAL1L THR33ASP1L TYR54GLU2H TYR33PHE2H ASN59ASP2H ASN59LEU2L SER26ASP2L GLN27GLU2L SER31VAL2L THR33ASP2L TYR54GLU3H TYR33PHE3H ASN59ASP3H ASN59LEU3L SER26ASP3L GLN27GLU3L SER31VAL3L THR33ASP3L TYR54GLU   全部能量(Full Energy)0.197-0.995-1.294-0.703-0.5148.154-0.219-0.9990.623-0.218-1.116-1.333-0.6589.293-0.430-1.0120.145-0.837-1.179-0.540-0.4978.129-0.337-1.123 静电学-2.741-2.548-2.517-0.712-0.357-1.739-0.916-0.729-2.726-2.885-3.067-1.627-0.395-0.832-1.359-1.030-1.979-2.267-2.271-0.565-0.342-1.284-0.676-0.825
如结果所示，成功地执行上述计算方法以预测亲和性增强的侧链突变。
通过检验解出第一种类型的突变，由于这些残基基本上与抗原的不饱和氢配偶体形成氢键。令人惊奇地，去溶剂化的的代价在大多数情况中看起来超过有益的相互作用能。第二种类型的突变代表较少直觉的(less intuitive)突变型或突变组，因为得到的能量主要是在保持非-极性相互作用的同时消除不利的去溶剂化的结果。第三个突变型涉及长-距离相互作用，其显示亲和性的显著增益的潜力。这些类型的突变是特别令人感兴趣的，因为它们不与抗原直接接触并，因此，在抗体-抗原界面引起灵敏相互作用的较小扰动。
根据如上所述获得的计算数据，产生5c8的突变体(Fab片段)，并在上述基于ELISA的竞争性结合试验和KinExATM试验中将它们对于CD154的亲和性与野生型5c8 Fab的亲和性进行比较。一些突变体的选择的结果在下表中显示。当已进行亲和性试验时，结果显示亲和性相对于原始的5c8 Fab(野生型)亲和性成倍变化。大于1.0的数字表示增加的亲和性，小于1.0的数字表示减少的亲和性。
表3-5c8改变的Fab抗体片段的观测的亲和性变化
重链突变 轻链突变 对于野生型改进的ELISA倍数 KinExaKd(pM) 突变体#
(野生型)  (野生型)  1.0  264
T30H  -  2.3  307  1
Y33W  -  7.0  169  2
-  Y36W  420  3
S54N  -  2.0  298  4
-  T33W  5.0  158  5
-  S26D  2.6  142  6
-  Q27E  6.3  81  7
-  S31V  0.02  8
-  T33D  0.22  9
-  Y54E  0.06  10
Y33F  -  0.05  11
N59D  -  0.13  12
N59L  -  0.01  13
 -  S26D/Q27E  5.6  41  14
 -  S26D/Q27E/T33W  3.8  44  15
 T30H  S26D/Q27E  5.8  70  16
 Y33W  S26D/Q27E/T33W  5.9  23  17
 T30H  S26D/Q27E/T33W  5.4  54  18
 S54N  S26D/Q27E  65  19
 S54N  S26D/Q27E/T33W  44  20
 T30H/Y33W/S54N  S26D/Q27E  101  21
 T30H/Y33W/S54N  S26D/Q27E/T33W  55  22
 Y33W  S26D/Q27E  5.2  53  23
 T30H/Y33W  S26D/Q27E  8.0  52  24
 T30H/Y33W  S26D/Q27E/T33W  5.6  12  25
 T30H/S54N  S26D/Q27E/T33W  63  26
 Y33W/S54N  S26D/Q27E/T33W  52  27
 Y33W/S54N  S26D/Q27E  77  28
分析与5c8抗体的CDRs中50个氨基酸上的理想电荷分布的偏差，得到五个突变体的预测，所述五个突变体与野生型相比将具有对于CD154更高的亲和性：Asn59Asp，Asn59Leu，Ser26Asp，Gln27Glu和Tyr54Glu。构建这些突变体并通过竞争性ELISA表征。也将改进亲和性的突变体S26D和Q27E组合到双突变体中，所述双突变体与野生型5c8 Fab相比具有高9-倍(9-foldhigher)的亲和性。
将侧链重组合算法应用于5c8的CDRs。对于30个CDR残基，计算分析了1040个序列并选择了14个单突变体和双突变体用于后续实验。一些突变体显示比野生型5c8 Fab更高的亲和性。将侧链重组合突变体进一步与更高亲和性的静电突变体组合。组合5点突变与野生型相比具有高25-倍的亲和性。此外，在细胞中，显示较好地抑制ICAM上调(CD40-CD154相互作用的生物学结果)，其可与由全长5c8抗体显示的封闭相比较。两种方法都获得突变体预测中40％的总命中率(overall hit rate)。
进行T细胞-依赖性B细胞活化试验。在D1.1：Ramos共培养物中测定了T细胞-依赖性B细胞活化的抑制。B细胞上的CD40通过CD154的衔接(engagement)导致B细胞活化和上调ICAM-1(CD54)。抗-CD154 mAbs和Fabs通过破坏CD40-CD154相互作用来抑制B细胞活化。简单地，将抗-CD154 Fab的滴定加入1∶4比例的D1.1：Ramos细胞并培育过夜。进行双色FACS染色(CD20FITC/CD54APC)，其允许定量Ramos细胞上的ICAM-1上调。结果显示于表4中。
表4：在T细胞-依赖性B细胞活化试验中观测到的能力
重链突变 轻链突变 IC50(ug/ml)
(野生型) (野生型)  1.215
-  S26D/Q27E  0.287
Y33W  S26D/Q27E/T33W  0.131
T30H/Y33W  S26D/Q27E/T33W  0.165
同等物
对于本领域的技术人员来说，采用不多于常规的实验时，有很多本文描述的发明的具体实施方案的同等物。意图将所述同等物包含在如下权利要求中。
由上述说明，除了本文所述的那些修饰之外，本发明的多种修饰对于本领域的那些技术人员来说是显而易见的。这些修饰也意图落入所附权利要求的范围内。本申请中引用的每篇文献(包括，但不限于，期刊文章、美国和非-美国专利、专利申请公开、国际专利申请公开、基因库登录号等等)通过引用全部并入本文。
序列表
<110>比奥根艾迪克MA公司(BIOGEN IDEC)
<120>抗-CD154抗体
<130>BGID0001-500WO(P0604)
<150>US 60/591,337
<151>2004-07-26
<160>6
<170>PatentIn Ver.2.1
<210>1
<211>111
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述：野生型5c8轻链可变区
<400>1
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val Ser Pro
  1               5                  10                  15
Gly Glu Arg Ala Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Arg Val Ser
                 20                  25                  30
Ser Ser Thr Tyr Ser Tyr Met His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly
                 35                  40                  45
Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Lys Tyr Ala Ser Asn Leu Glu Ser
                 50                  55                  60
Gly Val Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe
                 65                  70                  75
Thr Leu Thr Ile Ser Ser Val Glu Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr
                 80                  85                  90
Tyr Cys Gln His Ser Trp Glu Ile Pro Pro Thr Phe Gly Gly Gly
                 95                 100                 105
Thr Lys Leu Glu Ile Lys
                110
<210>2
<211>333
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述：突变体5c8轻链可变区
<220>
<221>misc_feature
<222>(70)..(72)，(76)..(84)，(88)..(108)，(112)..(114)，(160)..(162)，(169)..(180)，
(277)..(279)，(283)..(294)，(298)..(303)
<223>n为任意核苷酸
<400>2
gac atc gtt ctc aca cag tct cct gct acc tta tct gta tct ccg  45
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val Ser Pro
  1               5                  10                  15
gga gag agg gcc acc atc tca tgc nnn gcc nnn nnn nnn gtc nnn   90
Gly Glu Arg Ala Thr Ile Ser Cys Xaa Ala Xaa Xaa Xaa Val Xaa
                 20                  25                  30
nnn nnn nnn nnn nnn nnn atg nnn tgg tac caa cag aaa cca gga  135
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Met Xaa Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly
                 35                  40                  45
cag cca ccc aaa ctc ctc atc aag nnn gca tcc nnn nnn nnn nnn  180
Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Lys Xaa Ala Ser Xaa Xaa Xaa Xaa
                 50                  55                  60
ggg gtc cct gcc agg ttc agt ggc agt ggg tot ggg act gac ttc  225
Gly Val Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe
                 65                  70                  75
acc ctc acc atc tct tct gtg gag ccg gag gat ttt gca aca tat  270
Thr Leu Thr Ile Ser Ser Val Glu Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr
                 80                  85                  90
tac tgt nnn cac nnn nnn nnn nnn cct nnn nnn ttc ggt cga ggg  315
Tyr Cys Xaa His Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Xaa Phe Gly Gly Gly
                 95                 100                 105
acc aag ctc gag att aag                                      333
Thr Lys Leu Glu Ile Lys
                110
<210>3
<21l>111
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述：突变体5c8轻链可变区
<220>
<221>misc_feature
<222>(24)..(24)，(26)..(28)，(30)..(36)，(38)..(38)，(54)..(54)，(57)..(60)，(93)..(93)，
(95)..(98)，(100)..(101)
<223>Xaa是任何天然存在或非天然存在的氨基酸
<400>3
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val Ser Pro
  1               5                  10                  15
Gly Glu Arg Ala Thr Ile Ser Cys Xaa Ala Xaa Xaa Xaa Val Xaa
                 20                  25                  30
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Met Xaa Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly
                 35                  40                  45
Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Lys Xaa Ala Ser Xaa Xaa Xaa Xaa
                 50                  55                  60
Gly Val Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe
                 65                  70                  75
Thr Leu Thr Ile Ser Ser Val Glu Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr
                 80                  85                  90
Tyr Cys Xaa His Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Xaa Phe Gly Gly Gly
                 95                 100                 105
Thr Lys Leu Glu Ile Lys
                110
<210>4
<211>118
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述：野生型5c8重链可变区
<400>4
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Val Lys Pro Gly
  1               5                  10                  15
Ala Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ile Phe Thr
                 20                  25                  30
Ser Tyr Tyr Met Tyr Trp Val Lys Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu
                 35                  40                  45
Glu Trp Ile Gly Glu Ile Asn Pro Ser Asn Gly Asp Thr Asn Phe
                 50                  55                  60
Asn Glu Lys Phe Lys Ser Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Lys Ser
                 65                  70                  75
Ala Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp
                 80                  85                  90
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Arg Ser Asp Gly Arg Asn Asp Met
                 95                 100                 105
Asp Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
                 110                115
<210>5
<211>354
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述：mutant 5c8重链可变区
<220>
<221>misc_feature
<222>(82)..(84)，(88)..(99)，(103)..(105)，(148)..(150)，(154)..(165)，(169)..(198)，
(295)..(321)
<223>n为任意核苷酸
<400>5
cag gtt cag ctg gtg cag tca ggg gct gaa gtg gtg aag cct ggg   45
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Val Lys Pro Gly
  1               5                  10                  15
gct tca gtg aag ttg tcc tgc aag gct tot ggc tac nnn ttc nnn   90
Ala Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Xaa Phe Xaa
                 20                  25                  30
nnn nnn nnn atg nnn tgg gtg aag cag gcg ccc gga caa ggc ctt  135
Xaa Xaa Xaa Met Xaa Trp Val Lys Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu
                 35                  40                  45
gag tgg att gga nnn att nnn nnn nnn nnn ggt nnn nnn nnn nnn  180
Glu Trp Ile Gly Xaa Ile Xaa Xaa Xaa Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Xaa
                 50                  55                  60
nnn nnn nnn nnn nnn nnn aag gcc aca ctg act gta gac aaa tcc  225
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Lys Ser
                 65                  70                  75
gcc agc aca gca tac atg gag ctc agc agc ctg acg tct gag gac  270
Ala Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp
                 80                  85                  90
act gcg gtc tat tac tgt aca aga nnn nnn nnn nnn nnn nnn nnn  315
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Arg Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
                 95                 100                 105
nnn nnn tgg ggc caa ggg acc ctg gtc acc gtc tcc tca          354
Xaa Xaa Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
                 110                115
<210>6
<211>118
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述：mutant 5c8重链可变区
<220>
<221>misc_feature
<222>(28)..(28)，(30)..(33)，(35)..(35)，(50)..(50)，(52)..(55)，(57)..(66)，(99)..(107)
<223>Xaa是任何天然存在或非天然存在的氨基酸
<400>6
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Val Lys Pro Gly
  1               5                  10                  15
Ala Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Xaa Phe Xaa
                 20                  25                  30
Xaa Xaa Xaa Met Xaa Trp Val Lys Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu
                 35                  40                  45
Glu Trp Ile Gly Xaa Ile Xaa Xaa Xaa Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Xaa
                 50                  55                  60
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Lys Ser
                 65                  70                  75
Ala Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp
                 80                  85                  90
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Arg Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
                 95                 100                 105
Xaa Xaa Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
                 110                115

Claims (97)

1.包含与SEQ ID NO：3具有至少80％同一性的氨基酸序列的肽，或其片段，其中位于第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位各个位置的氨基酸，独立地为任何天然存在的氨基酸或任何非天然存在的氨基酸，其中所述肽不是由SEQ ID NO：1组成，而且其中所述片段包含第24，26，27，28，30，31，32，33，34，35，36，38，54，57，58，59，60，93，95，96，97，98，100，和101位中的至少一个位置，而且当与野生型5c8重链复合时，所述肽或其片段可连接于CD154。
2.权利要求1的肽，其中所述第24位氨基酸选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，和Lys；第26位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu；第27位氨基酸选自Gln，Asn，Cys，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys；第28位氨基酸选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第30位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys；第31位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Arg，和Lys；第32位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Arg，Ala，Ile，Leu，和Lys；第33位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Asp，Glu，Arg，Ala，Val，和Lys；第34位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys；第35位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，和Tyr；第36位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，Ala，Leu，和Glu；第38位氨基酸选自His，Asn，Cys，Gln，Gly，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys；第54位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu；第57位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；第58位氨基酸选自Leu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，和Glu；第59位氨基酸选自Glu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，和Asp；第60位氨基酸选自Ser，Asp，和Glu；第93位氨基酸选自Gln，Asn，Cys，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，Glu，Arg，和Lys；第95位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；第96位氨基酸选自Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Tyr，Asp，Glu，Arg，和Lys；第97位氨基酸选自Glu和Asp；第98位氨基酸选自Ile，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Ala，Leu，Pro，Val，和Glu；第100位氨基酸选自Pro，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；和第101位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu。
3.权利要求2的肽，其中所述第26位氨基酸选自Ser和Asp；第27位氨基酸选自Gln和Glu；第28位氨基酸选自Arg和Glu；第31位氨基酸选自Ser，Ala，His，Asn，Thr，Val，和Trp；第32位氨基酸选自Ser，Ala，Phe，Ile，Leu，Met，和Trp；第33位氨基酸选自Thr，Ala，Phe，Met，Val，Trp，Asp，Arg，Tyr，和Gln；第34位氨基酸选自Tyr，Ala，Asp，Glu，Phe，Ile，Lys，Leu，Met，Arg，Val，和Trp；第36位氨基酸选自Tyr，Ala，Phe，Leu，和Trp；第54位氨基酸选自Tyr和Glu；第96位氨基酸选自Trp，Asp，Glu，His，Arg，Ser，和Thr；和第98位氨基酸选自Ile，Ala，Phe，His，Leu，Met，Asn，Pro，Gln，Ser，Thr，Val，Trp，和Tyr。
4.权利要求1的肽，其中所述第26位氨基酸选自Ser，Asp和Glu；第27位氨基酸选自Gln，Asp，和Glu；第31位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，Thr，和Tyr；第32位氨基酸选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；第33位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，和Tyr；第98位氨基酸选自Ile，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
5.权利要求1的肽，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第28位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Val；第33位氨基酸选自Asp和Arg；和第54位氨基酸是Glu。
6.权利要求1的肽，其中所述第31位氨基酸选自His和Asn；第32位氨基酸选自Trp和Phe；第33位氨基酸选自Trp，Tyr，和Gln；第36位氨基酸选自Leu和Trp；第96位氨基酸是His；和第98位氨基酸选自Phe和Gln。
7.权利要求1的肽，其中所述第26位氨基酸选自Ser和Asp；第27位氨基酸选自Gln和Glu；第31位氨基酸选自Ser和Asn；第32位氨基酸选自Ser和Phe；第33位氨基酸选自Thr，Gln，和Tyr；第98位氨基酸选自Ile和Gln；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
8.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Gln；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
9.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
10.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第31位氨基酸是Asn；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
11.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位和第31位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第32位氨基酸是Phe；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
12.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位和第33位氨基酸是Gln；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
13.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位氨基酸是Gln；第33位氨基酸是Tyr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
14.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位、第31位和第32位氨基酸是Ser；第27位和第98位氨基酸是Gln；第33位氨基酸是Thr；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
15.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
16.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Asn；第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
17.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位氨基酸是Ser；第32位氨基酸是Phe；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
18.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Gln；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
19.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Tyr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
20.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第33位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Gln；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
21.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位和第36位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
22.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位和第33位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
23.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Try；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Typ；第31位氨基酸是Val；和第100位氨基酸是Pro。
24.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；第33位氨基酸是Asp；和第100位氨基酸是Pro。
25.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位和第36位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第54位、第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
26.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第27位和第93位氨基酸是Gln；第26位、第31位、第32位、第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第33位和第101位氨基酸是Thr；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第96位氨基酸是Trp；和第100位氨基酸是Pro。
27.权利要求1的肽，其包含SEQ ID NO：3，其中所述第26位氨基酸是Asp；第27位氨基酸是Glu；第31位和第32位氨基酸是Ser；第98位氨基酸是Ile；第24位和第28位氨基酸是Arg；第30位、第35位、第60位和第95位氨基酸是Ser；第34位、第36位和第54位氨基酸是Tyr；第38位氨基酸是His；第57位氨基酸是Asn；第58位氨基酸是Leu；第59位和第97位氨基酸是Glu；第93位氨基酸是Gln；第33位和第96位氨基酸是Trp；第100位氨基酸是Pro；和第101位氨基酸是Thr。
28.包含与SEQ ID NO：6具有至少80％同一性的氨基酸序列的肽，或其片段，其中位于第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位各个位置的氨基酸，独立地为任何天然存在的氨基酸或任何非天然存在的氨基酸，其中所述肽不是由SEQ ID NO：4组成，而且其中所述片段包含第28，30，31，32，33，35，50，52，53，54，55，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，99，100，101，102，103，104，105，106，和107位中的至少一个位置，而且当与野生型5c8轻链复合时，所述肽或其片段可连接于CD154。
29.权利要求28的肽，其中所述第28位氨基酸选自Ile，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp和Trp；第30位氨基酸选自Thr，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第31位氨基酸选自Ser，Arg，His，Lys，Gln，和Trp；第32位氨基酸选自Tyr，Asp，Glu，Arg，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第33位氨基酸选自Tyr，Asp，Glu，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第35位氨基酸选自Tyr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp Asp，和Glu；第50位氨基酸选自Glu和Asp；第52位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Ala，Leu，Val，和Lys；第53位氨基酸选自Pro，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，和Glu；第54位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Arg，Lys，和Glu；第55位氨基酸选自Asn，Glu，Lys，Gln，Ser，Thr，Met，和Val；第57位氨基酸选自Asp，Glu，Phe，和Leu；第58位氨基酸选自Thr，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第59位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Ala，Ile，Leu，Pro，Val，Asp，和Glu；第60位氨基酸选自Phe，Asp，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Ser，Thr，Trp，Tyr，Glu，Arg，Lys，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第61位氨基酸选自Asn，Asp，和Glu；第62位氨基酸选自Glu和Asp；第63位氨基酸选自Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Arg，Glu，Asp，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第64位氨基酸选自Phe，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第65位氨基酸选自Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，tyr，Arg，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val；第66位氨基酸选自Ser，Asp，和Glu；第99位氨基酸选自Ser，Asp，Glu，和Ala；第100位氨基酸选自Asp和Glu；第101位氨基酸选自Gly，Phe，和Leu；第102位氨基酸选自Arg，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，和Lys；第103位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Ser，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Lys，Arg，和Val；第104位氨基酸选自Asp和Glu；第105位氨基酸选自Met，Asp，Glu，Arg，His，Lys，Asn，Cys，Gln，Gly，Phe，Ser，Thr，Trp，和Tyr；第106位氨基酸选自Asp和Glu；和第107位氨基酸选自Ser，Asn，Cys，Gln，Gly，His，Met，Phe，Thr，Trp，Tyr，Asp，Glu，Ala，Ile，Leu，Pro，和Val。
30.权利要求29的肽，其中所述第28位氨基酸选自Ile，His，Asn，Gln，Ser，Thr，和Glu；第30位氨基酸选自Thr，His，Asn，Gln，Ser，Tyr，和Arg；第31位氨基酸选自Ser，Gln，和Trp；第33位氨基酸选自Tyr，Ala，Pro，Ser，Thr，Val，和Trp；第52位氨基酸选自Asn，Ala，Phe，His，Leu，Met，Ser，Thr，Val，和Trp；第54位氨基酸选自Ser，Glu，His，Lys，Asn，Gln，Arg，Thr，Trp，Tyr，和Phe；第55位氨基酸选自Asn，Glu，Lys，Gln，Ser，Thr，Met，和Val；第57位氨基酸选自Asp，Phe，和Leu；第59位氨基酸选自Asn，Ala，Phe，Leu，Met，Pro，Val，Trp，Asp，和Tyr；第99位氨基酸选自Ser和Ala；第101位氨基酸选自Gly，Phe，和Leu；和第103位氨基酸选自Asn，Ala，Asp，Glu，Phe，His，Ile，Lys，Met，Arg，Ser，Thr，Val，和Tyr。
31.权利要求28的肽，其中所述第31位和第54位氨基酸，独立地，选自Ser，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，Trp，Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；第57位氨基酸选自Asp，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；第101位氨基酸选自Gly，Ala，Ile，Leu，Met，Phe，Pro，Val，和Trp；第103位氨基酸选自Asn，Cys，Gln，Gly，Ser，Thr，和Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
32.权利要求31的肽，其中所述第31位氨基酸选自Ser，Trp，和Gln；第54位氨基酸选自Ser，Phe，和Gln；第57位氨基酸选自Asp，Leu，和Phe；第101位氨基酸选自Gly，Leu，和Phe；第103位氨基酸选自Asn和Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
33.权利要求28的肽，其中所述第28位氨基酸是Glu；第33位氨基酸是Phe；第54位氨基酸是Thr；和第59位氨基酸选自Asp和Leu。
34.权利要求28的肽，其中所述第30位氨基酸选自His和Arg；第31位氨基酸选自Gln和Trp；第33位氨基酸选自Trp，Val，和Pro；第52位氨基酸选自Met和Trp；第54位氨基酸选自Asn，Phe，和Gln；第55位氨基酸选自Met，Lys，和Val；第57位氨基酸选自Phe和Leu；第59位氨基酸选自Phe和Tyr；第101位氨基酸选自Phe和Leu；和第103位氨基酸选自His和Tyr。
35.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Trp；第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
36.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Gln；第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
37.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Ser；第54位氨基酸是Phe；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
38.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位氨基酸是Ser；第54位氨基酸是Gln；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
39.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Phe；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、104位和106位的氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
40.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Leu；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
41.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Phe；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
42.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Leu；第103位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
43.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位和第54位氨基酸是Ser；第57位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位氨基酸是Tyr；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
44.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；和第105位氨基酸是Met。
45.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
46.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
47.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第33位、第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
48.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第59位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；和第105位氨基酸是Met。
49.权利要求28的肽，其包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第59位氨基酸是Leu；和第105位氨基酸是Met。
50.组合物，其包含权利要求1至49中任一项的肽。
51.核酸分子，其编码权利要求1至49中任一项的肽。
52.载体，其包含权利要求51的核酸分子。
53.组合物，其包含权利要求51的核酸分子或权利要求52的载体。
54.宿主细胞，其包含权利要求51的核酸分子或权利要求52的载体。
55.抗体或其片段，其包含权利要求1至49中任一项的肽，其中抗体或其片段可连接于人CD154。
56.权利要求42的抗体或其片段，其包含权利要求1至27中任一项的第一肽和权利要求28至49中任一项的第二肽。
57.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求15的肽，和所述第二肽是权利要求44的肽。
58.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽是权利要求45的肽。
59.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽是权利要求44的肽。
60.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求15的肽，和所述第二肽是权利要求46的肽。
61.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽是权利要求46的肽。
62.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求15的肽，和所述第二肽是权利要求45的肽。
63.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求15的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
64.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
65.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求15的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
66.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第54位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
67.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第58位氨基酸是Thr；第32位、第33位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第30位氨基酸是His；和第105位氨基酸是Met。
68.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求27的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
69.权利要求56的抗体或其片段，其中所述第一肽是权利要求15的肽，和所述第二肽包含SEQ ID NO：6，其中所述第31位、第66位、第99位和第107位氨基酸是Ser；第57位、第100位、第104位和第106位氨基酸是Asp；第101位氨基酸是Gly；第103位、第52位、第54位、第55位、第59位和第61位氨基酸是Asn；第28位氨基酸是Ile；第30位和第58位氨基酸是Thr；第32位和第35位氨基酸是Tyr；第50位和第62位氨基酸是Glu；第53位氨基酸是Pro；第60位和第64位氨基酸是Phe；第63位和第65位氨基酸是Lys；第102位氨基酸是Arg；第33位氨基酸是Trp；和第105位氨基酸是Met。
70.权利要求55的抗体片段，其选自单链抗体(scFv)、F(ab’)2片段、Fab片段，和Fd片段。
71.权利要求55的抗体或其片段，其用可检测的标记物标记。
72.权利要求71的抗体，其中所述可检测的标记物选自放射性同位素、酶、荧光染料、胶体金、染料和生物素。
73.权利要求55的抗体或其片段，其结合于治疗剂或珠子。
74.权利要求73的抗体，或其片段，其中所述治疗剂选自放射性同位素、毒素、类毒素和化学治疗剂。
75.权利要求55至74中任一项的抗体，或其片段，其包含至少一种高分子量聚合物。
76.权利要求75的抗体，或其片段，其中所述聚合物选自聚乙烯亚胺和聚赖氨酸。
77.权利要求55的抗体，或其片段，其中至少一个氨基酸选自PEG酰化的和糖基化的氨基酸。
78.组合物，其包含权利要求55至77中任一项的抗体。
79.试剂盒，其包含权利要求55至77中任一项的抗体。
80.治疗或预防与CD154有关的人疾病或病症的方法，其包括对人施用治疗上或预防上有效量的权利要求55至77中任一项的抗体或其片段，或权利要求53的组合物，以使与CD154有关的人疾病或病症得到减轻或预防。
81.权利要求80的方法，其中所述人疾病或病症是炎症。
82.权利要求81的方法，其中所述炎症选自与如下疾病有关的炎症：关节炎、接触性皮炎、hyper-IgE综合症、炎性肠病、变应性哮喘和特发性炎性疾病。
83.权利要求82的方法，其中所述关节炎选自类风湿性关节炎、非类风湿性炎性关节炎、与莱姆病有关的关节炎和炎性骨关节炎。
84.权利要求82的方法，其中所述特发性炎性疾病选自银屑病和系统性红斑狼疮。
85.权利要求82的方法，其中所述疾病或病症选自重症肌无力、格雷夫斯病、特发性血小板减少性紫癜、溶血性贫血、糖尿病、克隆氏病、多发性硬化和药物引起的免疫疾病。
86.权利要求82的方法，其中所述病症是移植器官受试者的排异反应。
87.权利要求86的方法，其中所述移植的器官选自移植的心、肾、肝、皮肤、胰腺胰岛细胞和骨髓。
88.权利要求82的方法，其中所述病症选自受试者中的移植物抗宿主病、变应性应答、自身免疫应答和纤维化。
89.权利要求88的方法，其中所述纤维化选自肺纤维化和纤维化疾病。
90.权利要求的方法89，其中所述肺纤维化选自成人型呼吸窘迫综合症继发的肺纤维化、药物引起的肺纤维化、特发性肺纤维化，或超敏感性肺炎，而且其中所述的纤维化疾病是丙型肝炎、乙型肝炎、肝硬化、毒素损害继发的肝硬化、药物继发的肝硬化、病毒感染继发的肝硬化和自身免疫性疾病继发的肝硬化。
91.权利要求的方法88，其中所述自身免疫应答源于选自Reiter’综合症、脊椎关节炎、莱姆病、HIV感染、梅毒和结核病中的一种。
92.权利要求的方法82，其中所述疾病或病症选自胃肠疾病和血管疾病。
93.权利要求的方法92，其中所述胃肠疾病选自食道运动功能障碍、炎性肠病和硬皮病；和其中血管疾病选自动脉粥样硬化和再灌注损伤。
94.权利要求的方法82，其中所述疾病或病症是T细胞肿瘤癌。
95.权利要求的方法94，其中所述T细胞癌选自T细胞白血病和淋巴瘤。
96.权利要求1至49中任一项的肽或其片段，或权利要求55至77中任一项的抗体或其片段，其用于治疗与CD154有关的人疾病或病症。
97.权利要求1至49中任一项的肽或其片段，或权利要求55至77中任一项的抗体或其片段在制备用于治疗与CD154有关的人疾病或病症的药物中的用途。
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