BR112020004351A2 - moléculas de ácido nucleico artificial - Google Patents

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Andreas Thess
Moritz Thran
Frédéric Chevessier-Tünnesen
Marion PÖNISCH
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Abstract

A presente invenção refere-se a moléculas de ácido nucleico artificial compreendendo novas combinações de elementos da região não trasladada 5' e 3' (UTR). As moléculas de ácido nucleico da invenção são preferivelmente caracterizadas por eficácias de expressão aumentadas de regiões de codificação ligadas de maneira operável aos ditos elementos da UTR. Os ácidos nucleicos artificiais podem ser utilizados para tratamento ou profilaxia de várias doenças. A invenção fornece ainda composições (farmacêuticas), vacinas e kits compreendendo ditas moléculas de ácido nucleico artificial. Além disso, métodos in vitro para a preparação de moléculas de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção são fornecidos.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "MOLÉ- CULAS DE ÁCIDO NUCLEICO ARTIFICIAL".
[0001] Até esta data, os ácidos nucleicos terapêuticos na forma de DNA desnudo, vetores de DNA viral ou bacteriano são explorados pa- ra uma variedade de propósitos. A terapia de genes busca tratar doen- ças transferindo um ou mais ácidos nucleicos terapêuticos para as cé- lulas de um paciente (terapia de adição de genes) ou corrigindo um gene defeituoso (terapia de substituição gênica), por exemplo, pela edição de genes. Essa transferência de tecnologia tem a promessa de fornecer terapias duradouras para doenças que não são curáveis - ou apenas temporariamente - com opções de tratamento convencionais, e até de fornecer tratamentos para doenças previamente classificadas como intratáveis. As estratégias de terapia de genes atualmente dis- poníveis são tipicamente baseadas na liberação de genes in vivo para células ou tecidos alvo pós-mitóticos ou na liberação de genes ex vivo em células autólogas seguidas pela transferência adotiva de volta ao paciente (Kumar et al. Mol Ther Methods Clin Dev. 2016; 3: 16034). Durante algum tempo, a terapia de genes clínica foi caracterizada por alguns resultados encorajadores, mas também por vários contratem- pos. O método preferido de liberação de genes, em termos de compo- sição definida e reprodutibilidade de fabricação, envolveria DNA des- nudo fornecido em um veículo adequado, tal como partículas sintéti- cas, por exemplo, utilizando lipídios ou polímeros. No entanto, esses métodos ainda não alcançaram captação eficiente e expressão gênica sustentada in vivo. Assim, os ensaios de terapia de substituição gênica que demonstraram algum benefício clínico, basearam-se em vetores virais para a liberação de genes. Entre os vários sistemas de vetores baseados em vírus, os vetores de DNA de vírus adeno-associado (AAV) são mais comumente utilizados para a liberação in vivo de ge- nes. O uso de vetores retrovirais (derivados do y-retroviral ou do lenti-
vírus), que são capazes de integrar-se no genoma das células alvo, é um pouco dificultado por questões de segurança e ética. As preocupa- ções com a terapia com gene retroviral são baseadas na possível ge- ração de retrovírus competentes de replicação durante a produção do vetor, mobilização do vetor por retrovírus endógenos no genoma, mu- tagênese insercional que leva ao câncer, alteração da linha germinati- va e disseminação de novos vírus de pacientes com terapia de genes. Embora os vetores baseados em AAV geralmente não se integrem ao genoma do paciente e, assim, evitem muitos desses riscos em poten- cial, as preocupações remanescentes emanam de eventos de integra- ção específicos do sítio ocasionalmente observados, do derramamento de vetores de pacientes tratados e dos possíveis efeitos adversos pro- vocados por respostas imunes às proteínas estruturais virais.
[0002] A imunoterapia é o segundo campo importante de aplicação de ácidos nucleicos terapêuticos. Em particular, as vacinas de DNA que codificam antígenos tumorais foram avaliadas para imunoterapia contra o câncer. Em princípio, aproveitar a imunidade adaptativa do próprio paciente para combater as células cancerígenas parece atra- ente. As vacinas baseadas em DNA com base em vetores de DNA não virais geralmente podem ser facilmente projetadas e produzidas rapi- damente em grandes quantidades. Esses vetores de DNA são está- veis e podem ser facilmente armazenados e transportados. Ao contrá- rio das vacinas bacterianas ou virais atenuadas, não há risco de infec- ção patogênica ou indução de uma resposta imune antiviral. O DNA desnudo não se espalha facilmente de célula para célula in vivo. Os APCs não absorvem facilmente antígenos expressos e ativam respos- tas imunológicas satisfatórias (Yang et al. Hum Vaccin Immunother. 2014 Nov; 10(11): 3153-3164). Por outro lado, a captação limitada e consequente transcrição limitada de antígenos pelas células transfec- tadas é a principal desvantagem das vacinas não virais baseadas em
DNA. De fato, a vacinação antitumoral com DNAs que codificam antí- genos tumorais obteve algum sucesso em experimentos de proteção contra imunização, e vários tipos de vacinas anticâncer foram projeta- dos, fabricados e testados pré-clinicamente. No entanto, a eficácia na indução de uma resposta imune mensurável e na extensão da sobre- vida geral dos pacientes tem sido modesta em ensaios clínicos.
[0003] A administração por eletroporação ou liberação mediada por vírus resolve a questão, mas abre novos problemas. No caso de eletroporação, a disponibilidade de dispositivos clinicamente aprova- dos e a conformidade dos pacientes limitaram seu uso na clínica. No caso de liberação mediada por vírus, os problemas estão principal- mente relacionados aos perigos potenciais associados à administração de vírus vivos, juntamente com a presença de anticorpos neutralizan- tes antivirais em pacientes (Lollini et al. Vaccines. 2015 Jun; 3(2): 467- 489).
[0004] Desde seu desenvolvimento inicial, as tecnologias de vaci- na e terapia de genes baseadas em ácidos nucleicos percorreram um longo caminho. Infelizmente, quando aplicadas a indivíduos humanos, a captação e a transcrição inadequadas apenas alcançaram sucesso clínico limitado devido à expressão insuficiente de genes ou antígenos. A liberação inadequada de proteínas terapêuticas (no caso de terapia de genes) ou da imunogenicidade (no caso de imunoterapia) ainda são o maior desafio para o uso prático de DNA terapêuticos. Li and Petro- vsky Expert Rev Vaccines. 2016; 15(3): 313-329. Embora a terapêuti- ca baseada em RNA supere muitas das deficiências dos DNAs tera- pêuticos, ainda há espaço para melhoras no que diz respeito às eficá- cias de expressão atualmente observadas para os RNAs terapêuticos disponíveis. Assim, estratégias efetivas urgentes que ajudem a au- mentar a potência terapêutica dos ácidos nucleicos são urgentemente necessárias. É um objetivo da presente invenção cumprir com as ne-
cessidades apresentadas acima.
[0005] Embora a presente invenção seja descrita com detalhes abaixo, deve ficar entendido que esta invenção não está limitada às metodologias, protocolos e reagentes particulares aqui descritos, pois estes podem variar. Também deve ficar entendido que a terminologia aqui utilizada não se destina a limitar o escopo da presente invenção que será limitado apenas pelas reivindicações anexas. A menos que definido de outra forma, todos os termos técnicos e científicos utiliza- dos nesta invenção possuem os mesmos significados que são comu- mente entendidos por uma pessoa de habilidade prática na técnica.
[0006] No que se segue, os elementos da presente invenção serão descritos. Esses elementos são listados com modalidades específicas, no entanto, deve-se entender que eles podem ser combinados de qualquer maneira e em qualquer número para criar modalidades adici- onais. Os exemplos descritos de maneira diversa e modalidades prefe- ridas não devem ser interpretados para limitar a presente invenção apenas nas modalidades explicitamente descritas. Esta descrição de- ve ser entendida para apoiar e abranger as modalidades que combi- nam as modalidades explicitamente descritas com qualquer número dos elementos divulgados e/ou preferenciais. Além disso, quaisquer permutações e combinações de todos os elementos descritos neste pedido devem ser consideradas divulgadas pela descrição do presente pedido, a não ser que o contexto indique de outra maneira.
[0007] Ao longo deste relatório descritivo e das reivindicações que seguem, a menos que o contexto exija de outra forma, o termo "com- preender" e variações como "compreende" e "compreendendo" serão entendidas como implicando a inclusão de um membro, número inteiro ou etapa, mas não a exclusão de qualquer outro membro, número in- teiro ou etapa não declarado. O termo "consistir em" é uma modalida- de particular do termo "compreender", em que qualquer outro membro,
número inteiro ou etapa não declarado é excluído. No contexto da pre- sente invenção, o termo "compreender" abrange o termo "consistir em". O termo "compreendendo" abrange assim "incluindo" assim como "consistindo", por exemplo, uma composição "compreendendo" X pode consistir exclusivamente em X ou pode incluir algo adicional, por exemplo, X + Y.
[0008] Os termos "um" e "uma" e "o" "a" e referência semelhante utilizados no contexto de descrever a invenção (especialmente no con- texto das reivindicações) devem ser interpretados para abranger tanto o singular quanto o plural, a menos que indicado de outra forma nesta invenção ou claramente contradito pelo contexto. A recitação de faixas de valores nesta invenção destina-se apenas a servir como um méto- do abreviado de se referir individualmente a cada valor separado den- tro da faixa. A não ser que indicado de outra maneira nesta invenção, cada valor individual é incorporado no relatório descritivo como se fos- se aqui recitado individualmente. Nenhuma linguagem no relatório descritivo deve ser interpretada como indicando qualquer elemento não reivindicado essencial para a prática da invenção.
[0009] A palavra "substancialmente" não exclui "completamente", por exemplo, uma composição que é "substancialmente livre" de Y po- de ser completamente livre de Y. Onde necessário, a palavra "subs- tancialmente" pode ser omitida da definição da invenção.
[0010] O termo "cerca de" em relação a um valor numérico x signi- fica x + 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9% ou 10%.
[0011] Na presente invenção, se não indicado de outra forma, dife- rentes características de alternativas e modalidades podem ser combi- nadas entre si.
[0012] Em consideração à clareza e legibilidade, são fornecidas as seguintes definições. Qualquer característica técnica mencionada para essas definições pode ser lida em toda e qualquer modalidade da in-
venção. Definições e explicações adicionais podem ser fornecidas es- pecificamente no contexto dessas modalidades. Definições
[0013] Molécula de ácido nucleico artificial: Uma molécula de ácido nucleico artificial pode tipicamente ser entendida como uma molécula de ácido nucleico, por exemplo, um DNA ou RNA, que não ocorre na- turalmente. Por outras palavras, uma molécula de ácido nucleico artifi- cial pode ser entendida como uma molécula de ácido nucleico não na- tural. Essa molécula de ácido nucleico pode ser não natural devido à sua sequência individual (que não ocorre naturalmente) e/ou devido a outras modificações, por exemplo, modificações estruturais de nucleo- tídeos, que não são de ocorrência natural. Uma molécula de ácido nu- cleico artificial pode ser uma molécula de DNA, uma molécula de RNA ou uma molécula híbrida compreendendo partes de DNA e RNA. Tipi- camente, moléculas de ácido nucleico artificial podem ser projetadas e/ou geradas por métodos de engenharia genética para corresponder a uma sequência artificial desejada de nucleotídeos (sequência heteró- loga). Neste contexto, uma sequência artificial é geralmente uma se- quência que pode não ser de ocorrência natural, isto é, difere da se- quência do tipo selvagem por pelo menos um nucleotídeo. O termo "tipo selvagem" pode ser entendido como uma sequência que ocorre na natureza. Além disso, o termo "molécula artificial de ácido nucleico" não se restringe ao significado de "uma única molécula", mas é, tipi- camente, entendido como compreendendo um conjunto de moléculas idênticas. Consequentemente, pode estar relacionado a uma plurali- dade de moléculas idênticas contidas em uma alíquota.
[0014] DNA: DNA é a abreviação usual do ácido desoxirribonuclei- co. É uma molécula de ácido nucleico, isto é, um polímero que consis- te em nucleotídeos. Esses nucleotídeos são geralmente monóxidos de desóxi-adenosina-monofosfato, desóxi-timidina-monofosfato, desóxi-
guanosina-monofosfato e desóxi-citidina-monofosfato que são eles mesmos compostos de uma componente de açúcar (desoxirribose), um componente de base e um componente de fosfato e polimerizam através de uma estrutura de cadeia principal característica. A estrutura de cadeia principal é, tipicamente, formada por ligações de fosfodiéster entre o componente de açúcar do nucleotídeo, isto é, desoxirribose, de um primeiro e um componente de fosfato de um segundo, monômero adjacente. A ordem específica dos monômeros, isto é, a ordem das bases ligadas à cadeia principal de açúcar/fosfato, é chamada de se- quência de DNA. O DNA pode ser de fita simples ou fita dupla. Na forma de fita dupla, os nucleotídeos da primeira fita tipicamente hibri- dam com os nucleotídeos da segunda fita, por exemplo, por corres- pondência de base A/T e correspondência de base G/C.
[0015] Sequência heteróloga: Duas sequências são tipicamente compreendidas como 'heterólogas' se não forem deriváveis do mesmo gene. Ou seja, embora as sequências heterólogas possam ser deriva- das do mesmo organismo, elas naturalmente (na natureza) não ocor- rem na mesma molécula de ácido nucleico, como no mesmo mRNA.
[0016] Sítio de clonagem: Um sítio de clonagem é tipicamente en- tendido como um segmento de uma molécula de ácido nucleico, que é adequado para inserção de uma sequência de ácido nucleico, por exemplo, uma sequência de ácido nucleico compreendendo uma es- trutura de leitura aberta. A inserção pode ser realizada por qualquer método biológico molecular conhecido a uma pessoa versada na téc- nica, por exemplo, através de restrição e ligação. Um sítio de clona- gem compreende tipicamente um ou mais sítios de reconhecimento de enzimas de restrição (sítios de restrição). Estes um ou mais sítios de restrição podem ser reconhecidos por enzimas de restrição que clivam o DNA nesses sítios. Um sítio de clonagem que compreende mais de um sítio de restrição também pode ser denominado um sítio de múlti-
plas clonagens (MCS) ou um poli-articulador.
[0017] Molécula de ácido nucleico: Uma molécula de ácido nuclei- co é uma molécula que compreende, de preferência, que consiste, ácido nucleico. O termo molécula de ácido nucleico refere-se preferi- velmente às moléculas de DNA ou RNA. É preferivelmente utilizado sinônimo com o termo "polinucleotídeo". De preferência, uma molécula de ácido nucleico é um polímero que compreende ou consiste em mo- nômeros de nucleotídeos, que são ligados covalentemente entre si por ligações de fosfodiéster de uma cadeia principal de açúcar/fosfato. O termo "molécula de ácido nucleico" também abrange moléculas de ácido nucleico modificadas, tais como moléculas de DNA ou RNA mo- dificadas com base, modificadas com açúcar ou modificadas com a cadeia principal, etc.
[0018] Estrutura de leitura aberta: Uma estrutura de leitura aberta (ORF) no contexto da invenção pode tipicamente ser uma sequência de vários tripletos de nucleotídeo, que podem ser trasladados em um peptídeo ou proteína. Uma estrutura de leitura aberta contém preferi- velmente um códon de início, isto é, uma combinação de três nucleotí- deos subsequentes que codificam geralmente o aminoácido metionina (ATG), na sua extremidade 5' e na região subsequente, que geralmen- te apresenta um comprimento que é um múltiplo de 3 nucleotídeos. Uma ORF é preferivelmente terminada por um códon de parada (por exemplo, TAA, TAG, TGA). Tipicamente, este é o único códon de pa- rada da estrutura de leitura aberta. Assim, uma estrutura de leitura aberta no contexto da presente invenção é de preferência uma se- quência de nucleotídeo, que consiste em vários nucleotídeos que po- dem ser divididos por três, que começa com um códon de início (por exemplo, ATG) e que de preferência termina com um códon de parada (por exemplo, TAA, TGA ou TAG). A estrutura de leitura aberta pode ser isolada ou pode ser incorporada em uma sequência mais longa de ácido nucleico, por exemplo, em um vetor ou em um mRNA. Uma es- trutura de leitura aberta também pode ser denominada "sequência de codificação (proteína)" ou, de preferência, "sequência de codificação".
[0019] Peptídeo: Um peptídeo ou polipeptídeo é tipicamente um polímero de monômeros de aminoácido, ligados por ligações peptídi- cas. Tipicamente contém menos de 50 unidades de monômero. No entanto, o termo peptídeo não é uma negação para moléculas com mais de 50 unidades de monômero. Peptídeos longos também são chamados de polipeptídeos, tendo tipicamente entre 50 e 600 unida- des monoméricas.
[0020] Proteína: Uma proteína compreende tipicamente um ou mais peptídeos ou polipeptídeos. Uma proteína é tipicamente dobrada na forma tridimensional, o que pode ser necessário para a proteína exercer sua função biológica.
[0021] Sítio de restrição: Um sítio de restrição, também denomina- do sítio de reconhecimento de enzimas de restrição, é uma sequência nucleotídeo reconhecida por uma enzima de restrição. Um sítio de res- trição é tipicamente uma sequência de nucleotídeo curta de preferên- cia palindrômica, por exemplo, uma sequência compreendendo de 4 a 8 nucleotídeos. Um sítio de restrição é de preferência especificamente reconhecido por uma enzima de restrição. A enzima de restrição tipi- camente cliva uma sequência de nucleotídeo compreendendo um sítio de restrição neste local. Em uma sequência de nucleotídeo de filamen- to duplo, tal como uma sequência de DNA de fita dupla, a enzima de restrição tipicamente corta ambos os filamentos da sequência de nu- cleotídeo.
[0022] RNA, mRNA: RNA é a abreviação usual do ácido ribonu- cleico. É uma molécula de ácido nucleico, isto é, um polímero que consiste em nucleotídeos. Esses nucleotídeos são geralmente monô- meros de adenosina-monofosfato, uridina-monofosfato, guanosina-
monofosfato e citidina-monofosfato que são conectados entre si ao longo da assim chamada cadeia principal. A cadeia principal é formada por ligações de fosfodiéster entre o açúcar, isto é, ribose, de um pri- meiro e um componente de fosfato de um segundo, monômero adja- cente. A sucessão específica dos monômeros é chamada sequência de RNA. Geralmente, o RNA pode ser obtido pela transcrição de uma sequência de DNA, por exemplo, dentro de uma célula. Nas células eucarióticas, a transcrição é tipicamente executada dentro do núcleo ou das mitocôndrias. /n vivo, a transcrição do DNA geralmente resulta no assim chamado RNA prematuro que deve ser processado no assim chamado RNA mensageiro, geralmente abreviado como mMRNA. Pro- cessamento do RNA prematuro, por exemplo, em organismos eucarió- ticos, compreende uma variedade de diferentes modificações pós- transcricionais, tais como junção, capeamento 5', poliadenilação, ex- portação do núcleo ou mitocôndrias e similares. A soma desses pro- cessos também é chamada de maturação do RNA. O RNA mensagei- ro maduro geralmente fornece a sequência de nucleotídeo que pode ser trasladada em uma sequência de aminoácido de um peptídeo ou proteína em particular. Tipicamente, um mRNA maduro compreende uma 5'-cap, 5-UTR, uma estrutura de leitura aberta, 3-UTR e uma se- quência poli(A). Com exceção do RNA mensageiro, existem vários ti- pos de RNA não codificadores que podem estar envolvidos na regula- ção da transcrição e/ou translação.
[0023] Sequência de uma molécula de ácido nucleico: A sequência de uma molécula de ácido nucleico é tipicamente entendida de ser a ordem particular e individual, isto é, a sucessão de seus nucleotídeos. A sequência de uma proteína ou peptídeo é tipicamente entendida de ser a ordem, isto é, a sucessão de seus aminoácidos.
[0024] Identidade da sequência: Duas ou mais sequências são idênticas se apresentarem o mesmo comprimento e ordem de nucleo-
tídeos ou aminoácidos.
A porcentagem de identidade descreve tipica- mente a extensão em que duas sequências são idênticas, isto é, des- creve tipicamente a porcentagem de nucleotídeos que correspondem em sua posição de sequência com nucleotídeos idênticos de uma se- quência de referência.
Para determinação do grau de identidade (% de identidade), as sequências a serem comparadas são tipicamente con- sideradas de apresentar o mesmo comprimento, isto é, o comprimento da sequência mais longa das sequências a serem comparadas.
Isto significa que uma primeira sequência que consiste em 8 nucleotídeos é 80% idêntica a uma segunda sequência que consiste em 10 nucleo- tídeos que compreendem a primeira sequência.
Em outras palavras, no contexto da presente invenção, a identidade das sequências refere- se preferivelmente à porcentagem de nucleotídeos ou aminoácidos de uma sequência que possui a mesma posição em duas ou mais se- quências com o mesmo comprimento.
Especificamente, a "% de iden- tidade" de duas sequências de aminoácido ou duas sequências de ácido nucleico pode ser determinada alinhando as sequências para propósitos de comparação ideal (por exemplo, podem ser introduzidos espaços em ambas as sequências para melhor o alinhamento com a outra sequência) e comparando os aminoácidos ou nucleotídeos nas posições correspondentes.
Os espaços são geralmente considerados como posições não idênticas, independentemente de sua posição real em um alinhamento.
O "melhor alinhamento" é tipicamente um alinha- mento de duas sequências que resulta na maior porcentagem de iden- tidade.
A porcentagem de identidade é determinada pelo número de nucleotídeos idênticos nas sequências a serem comparadas (isto é, % de identidade = ft de posições idênticas/tt total de posições x 100). À determinação da identidade percentual entre duas sequências pode ser executada utilizando um algoritmo matemático conhecido por aqueles de habilidade na técnica.
[0025] Molécula de ácido nucleico estabilizada: Uma molécula de ácido nucleico estabilizada é uma molécula de ácido nucleico, de pre- ferência uma molécula de DNA ou RNA que é modificada de tal forma que é mais estável à desintegração ou degradação, por exemplo, atra- vés de fatores ambientais ou digestão enzimática, tal como por uma degradação de exo- ou endonuclease, do que a molécula de ácido nu- cleico sem a modificação. De preferência, uma molécula de ácido nu- cleico estabilizada no contexto da presente invenção é estabilizada em uma célula, tal como uma célula procariótica ou eucariótica, de prefe- rência em uma célula de mamífero, tal como uma célula humana. O efeito de estabilização também pode ser exercido fora das células, por exemplo, em uma solução tampão etc., por exemplo, em um processo de fabricação de uma composição farmacêutica compreendendo a mo- lécula de ácido nucleico estabilizada.
[0026] Transfecção: O termo "transfecção" refere-se à introdução de moléculas de ácido nucleico, tais como moléculas de DNA ou RNA (por exemplo, mRNA), nas células, preferivelmente nas células euca- rióticas. No contexto da presente invenção, o termo "transfecção" abrange qualquer método conhecido pela pessoa versada para a in- trodução de moléculas de ácido nucleico nas células, preferivelmente nas células eucarióticas, tais como nas células de mamíferos. Tais mé- todos abrangem, por exemplo, eletroporação, lipofecção, por exemplo, com base em lipídios catiônicos e/ou lipossomas, precipitação com fosfato de cálcio, transfecção com base em nanopartículas, transfec- ção com base em vírus ou transfecção com base em polímeros catiô- nicos, tais como DEAE-dextrano ou polietilenimina etc. Preferivelmen- te, a introdução não é viral.
[0027] Vetor: O termo "vetor" refere-se a uma molécula de ácido nucleico, de preferência a uma molécula artificial de ácido nucleico. Um vetor no contexto da presente invenção é adequado para incorpo-
rar ou abrigar uma sequência de ácido nucleico desejada, tal como uma sequência de ácido nucleico que compreende uma estrutura de leitura aberta. Tais vetores podem ser vetores de armazenamento, ve- tores de expressão, vetores de clonagem, vetores de transferência etc. Um vetor de armazenamento é um vetor que permite o armazenamen- to conveniente de uma molécula de ácido nucleico, por exemplo, de uma molécula de mRNA. Assim, o vetor pode compreender uma se- quência que corresponde, por exemplo, a uma sequência de MRNA desejada ou a uma parte dela, tal como uma sequência que corres- ponde à sequência de codificação e à 3-UTR de um mRNA. Um vetor de expressão pode ser utilizado para a produção de produtos de ex- pressão, tais como RNA, por exemplo, mRNA, ou peptídeos, polipeptí- deos ou proteínas. Por exemplo, um vetor de expressão pode compre- ender sequências necessárias para a transcrição de um trecho de se- quência do vetor, tal como uma sequência promotora, por exemplo, uma sequência promotora de RNA polimerase. Um vetor de clonagem é tipicamente um vetor que contém um sítio de clonagem, que pode ser utilizado para incorporar sequências de ácido nucleico no vetor. Um vetor de clonagem pode ser, por exemplo, um vetor plasmídeo ou um vetor bacteriófago. Um vetor de transferência pode ser um vetor que é adequado para transferir moléculas de ácido nucleico para célu- las ou organismos, por exemplo, vetores virais. Um vetor no contexto da presente invenção pode ser, por exemplo, um vetor de RNA ou um vetor de DNA. De preferência, um vetor é uma molécula de DNA. De preferência, um vetor no sentido do presente pedido compreende um sítio de clonagem, um marcador de seleção, tal como um fator de re- sistência a antibióticos, e uma sequência adequada para a multiplica- ção do vetor, tal como uma origem de replicação.
[0028] Veículo: Um veículo é tipicamente entendido de ser um ma- terial adequado para armazenar, transportar e/ou administrar um com-
posto, tal como um composto farmaceuticamente ativo. Por exemplo, pode ser um líquido fisiologicamente aceitável, adequado para arma- zenar, transportar e/ou administrar um composto farmaceuticamente ativo.
[0029] Na natureza, o controle preciso da expressão gênica é vital para se ajustar rapidamente aos estímulos ambientais que alteram o status fisiológico da célula, como estresse celular ou infecção. Os pro- gramas de expressão gênica sofrem regulação constante e são forte- mente regulados por elementos reguladores de múltiplas camadas que atuam em cis e trans. Para um controle tão preciso, a maquinaria celu- lar desenvolveu reguladores em vários estágios da transcrição até a translação da expressão gênica de ajuste fino. Isso inclui modificações estruturais e químicas do DNA cromossômico, regulação transcricio- nal, controle pós-transcricional do RNA mensageiro (mMRNA), que varia a eficiência da translação e a rotatividade de proteínas. Esses meca- nismos em conjunto determinam o controle espaço-temporal dos ge- nes. O RNA mensageiro é composto por uma região codificadora de proteínas e por regiões não trasladadas 5' e 3 (UTRs). A UTR 3' é va- riável na sequência e tamanho; ela se estende entre o códon de para- da e a cauda poli(A). É importante ressaltar que a sequência de UTR 3' abriga vários motivos regulatórios que determinam a rotatividade, estabilidade e localização do mMRNA e, portanto, governa muitos as- pectos da regulação gênica pós-transcricional (Schwerk and Savan. J Immunol. 2015 Oct 1; 195(7): 2963-2971). Em aplicações de terapia de genes e imunoterapia, a regulação estrita da expressão do trans- gene é de suma importância para a segurança e eficácia terapêuticas. Os transgenes precisam ser expressos em limiares ideais nos lugares certos. No entanto, a capacidade de controlar o nível de expressão do transgene, a fim de fornecer um equilíbrio entre a eficácia terapêutica e a toxicidade inespecífica, ainda permanece um grande desafio das atuais aplicações de terapia de genes e imunoterapia. Os presentes inventores surpreendentemente descobriram que certas combinações de regiões não trasladadas 5' e 3' (UTRs) atuam em conjunto para me- lhorar sinergicamente a expressão de sequências de ácido nucleico ligadas de maneira operável. As moléculas de ácido nucleico artificial que abrigam as combinações inventivas de UTR permitem vantajosa- mente a expressão rápida e transitória de grandes quantidades de (po- liipeptídeos ou proteínas liberadas para propósitos de terapia de ge- nes ou imunoterapia. Além disso, a nova terapêutica à base de ácido nucleico divulgada nesta invenção oferece de preferência vantagens adicionais sobre as opções de tratamento atualmente disponíveis, in- cluindo o risco reduzido de mutagênese de inserção e uma maior efi- cácia da liberação e absorção não viral. Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais aqui fornecidos são particularmente úteis para vá- rias aplicações terapêuticas in vivo, incluindo, por exemplo, terapia de genes, imunoterapia contra câncer ou vacinação contra agentes infec- Ciosos.
[0030] Consequentemente, em um primeiro aspecto, a presente invenção refere-se assim a uma molécula de ácido nucleico artificial compreendendo pelo menos um elemento da região não trasladada 5' (5' UTR) derivado de uma 5' UTR de um gene selecionado do grupo que consiste em HSD17B4, ASAH1, ATP5SA1, MP68, NDUFA4, NO- SIP, RPL31, SLC7A3, TUBB4B e UBQLN32; pelo menos um elemento da região não trasladada 3' (3' UTR) derivado de uma 3' UTR de um gene selecionado do grupo que consiste em PSMB3, CASP1, COX6B1, GNAS, NDUFA1 e RPS9; e opcionalmente pelo menos uma região de codificação ligada de maneira operável à dita 3' UTR e à dita 5' UTR.
[0031] O termo "UTR" refere-se a uma "região não trasladada" lo- calizada a montante (5') e/ou a jusante (3') de uma região de codifica-
ção de uma molécula de ácido nucleico, conforme aqui descrito, desse modo tipicamente flanqueando dita região de codificação.
Consequen- temente, o termo "UTR" geralmente abrange 3 regiões não trasladadas ("3'-UTRs") e 5 regiões não trasladadas ("5-UTRs"). As UTRs podem tipicamente compreender ou consistir em sequências de ácido nuclei- co que não são trasladadas em proteínas.
Tipicamente, as UTRs com- preendem "elementos reguladores". O termo "elemento regulador" re- fere-se às sequências de ácido nucleico tendo atividade reguladora de genes, capacidade de afetar a expressão, em particular transcrição ou translação, de uma sequência de ácido nucleico transcritível ligada de maneira operável (em cis ou trans). O termo inclui promotores, intensi- ficadores, sítios de entrada ribossômica interna (IRES), íntrons, líde- res, sinais de término da transcrição, tais como sinais de poliadenila- ção e sequências poli-U e outros elementos de controle de expressão.
Os elementos reguladores podem atuar constitutivamente ou de ma- neira específica no tempo e/ou na célula.
Opcionalmente, os elemen- tos reguladores podem exercer sua função através da interação (por exemplo, recrutamento e ligação) de proteínas reguladoras capazes de modular (induzir, intensificar, reduzir, revogar ou impedir) a expres- são, em particular a transcrição de um gene.As UTRs são de preferên- cia "ligadas de maneira operável", isto é, colocadas em uma conexão funcional, a uma região de codificação, preferivelmente de uma manei- ra que lhes permita controlar (isto é, modular ou regular, de preferên- cia intensificar) a expressão da referida sequência de codificação.
Uma "UTR" de preferência compreende ou consiste em uma sequên- cia de ácido nucleico, que é derivada da UTR (de ocorrência natural, do tipo selvagem) de um gene, de preferência um gene como aqui exemplificado.
O termo "elemento da UTR", conforme utilizado nesta invenção, refere-se tipicamente à sequência de ácido nucleico que cor- responde à subsequência mais curta da UTR do gene de origem (UTR
"de origem"). Nesse contexto, o termo "correspondente a" significa que o elemento da UTR pode compreender ou consistir na sequência de RNA transcrita a partir do gene do qual a UTR "de origem" é derivada (isto é, igual à sequência de RNA utilizada para definir a dita UTR "de origem") ou a respectiva sequência de DNA (incluindo a fita de senso e antissenso, madura e imatura) equivalente à dita sequência de RNA, ou uma mistura disso.
[0032] Quando se refere a um elemento da UTR "derivado da" UTR de um determinado gene, o elemento da UTR pode ser derivado de qualquer homólogo, variante ou fragmento de ocorrência natural de dito gene. Isto é, quando se refere a um elemento da UTR "derivado de" um gene HSD17BA, o respectivo elemento da UTR pode consistir em uma sequência de ácido nucleico que corresponde a uma subse- quência mais curta da UTR do gene HSD17B4 "de origem" ou em qualquer homólogo, variante ou fragmento de HSD17B4 (em particu- lar, incluindo homólogos, variantes ou fragmentos de HSD17BA, inclu- indo variações na região UTR em comparação com o gene HSD17B4 "de origem").
[0033] O termo "derivado de" como utilizado em todo o presente relatório descritivo no contexto de um ácido nucleico artificial, isto é, para um ácido nucleico artificial "derivado de" (outro) ácido nucleico artificial, também significa que o ácido nucleico (artificial), que é deri- vado de (outro) ácido nucleico artificial, compartilha, por exemplo, pelo menos 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 294%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com o ácido nucleico do qual é derivado. À pessoa versada está ciente de que a identidade da sequência é tipi- camente calculada para os mesmos tipos de ácidos nucleicos, isto é, para sequências de DNA ou para sequências de RNA. Assim, fica en- tendido, se um DNA for "derivado" de um RNA ou se um RNA for "de-
rivado" de um DNA, em uma primeira etapa, a sequência de RNA é convertida na sequência de DNA correspondente (em particular substi- tuindo as uracilas (U) por timidinas (T) ao longo da sequência) ou vice- versa, a sequência de DNA é convertida na sequência de RNA corres- pondente (em particular substituindo T por U em toda a sequência). Depois disso, a identidade da sequência das sequências de DNA ou a identidade da sequência das sequências de RNA é determinada. De preferência, um ácido nucleico "derivado de" um ácido nucleico tam- bém se refere ao ácido nucleico, que é modificado em comparação com o ácido nucleico do qual é derivado, por exemplo, a fim de au- mentar ainda mais a estabilidade do RNA e/ou prolongar e/ou aumen- tar a produção de proteínas. No contexto de sequências de aminoáci- do (por exemplo, peptídeos ou proteínas antigênicas), o termo "deriva- do de" significa que a sequência de aminoácido, que é derivada da (outra) sequência de aminoácido, compartilha, por exemplo, pelo me- nos 60%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de aminoácido da qual é derivada.
[0034] O termo "homólogo" no contexto de genes (ou sequências de ácido nucleico deles derivados ou compreendidos pelo referido ge- ne, como uma UTR) refere-se a um gene (ou sequências de ácido nu- cleico dele derivadas ou compreendidas pelo referido gene) relaciona- do a um segundo gene (ou tal sequência de ácido nucleico) através da descendência de uma sequência de DNA ancestral comum. O termo "homólogo" inclui genes separados pelo evento de especiação ("ortó- logo") e genes separados pelo evento de duplicação genética ("para- log").
[0035] O termo "variante" no contexto de sequências de ácido nu- cleico de genes refere-se às variantes de sequências de ácido nuclei-
co, isto é, sequências de ácido nucleico ou genes compreendendo uma sequência de ácido nucleico que difere em pelo menos um ácido nucleico de uma sequência de ácido nucleico núcleo de referência ("de origem") de um ácido nucleico ou gene de referência (ou "de origem"). Os ácidos nucleicos ou genes variantes podem assim preferivelmente compreender, na sua sequência de ácido nucleico, pelo menos uma mutação, substituição, inserção ou deleção em comparação com a respectiva sequência de referência. De preferência, o termo "variante", conforme utilizado nesta invenção, inclui variantes de ocorrência natu- ral e variantes manipuladas de sequências de ácido nucleico ou ge- nes. Portanto, uma "variante" como aqui definida pode ser derivada, isolada, relacionada, baseada ou homóloga à sequência de ácido nu- cleico de referência. "Variantes" podem preferivelmente ter uma identi- dade de sequência de pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, de preferência de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivel- mente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, a uma sequência de ácido nucleico da respectiva sequência de ácido nuclei- co ou gene de ocorrência natural (tipo selvagem), ou um homólogo, fragmento ou derivado deste.
[0036] Além disso, o termo "variante" como utilizado em toda o presente relatório descritivo no contexto de proteínas ou peptídeos, será reconhecido e compreendido pela pessoa de habilidade prática na técnica, e é, por exemplo, destinado a se referir a uma proteína ou variante peptídica que possui uma sequência de aminoácido que difere da sequência original em uma ou mais mutações, tais como um ou mais aminoácidos substituídos, inseridos e/ou excluídos. De preferên- cia, estes fragmentos e/ou variantes possuem a mesma função bioló-
gica ou atividade específica em comparação com a proteína nativa completa, por exemplo, sua propriedade antigênica específica. "Vari- antes" de proteínas ou peptídeos, conforme definido neste documento, podem compreender substituições de aminoácido conservadoras em comparação com sua sequência nativa, isto é, fisiológica não submeti- da à mutação.
Essas sequências de aminoácido, assim como as suas sequências de nucleotídeo codificadoras, caem em particular no termo variantes, como aqui definido.
Substituições nas quais os aminoácidos, originários da mesma classe, são trocados entre si são chamados de substituições conservadoras.
Em particular, estes são aminoácidos que possuem cadeias laterais alifáticas, cadeias laterais carregadas positiva ou negativamente, grupos aromáticos nas cadeias laterais ou aminoácidos, cujas cadeias laterais podem entrar em pontes de hidro- gênio, por exemplo, cadeias laterais com função hidroxila.
Isso signifi- ca que, por exemplo, um aminoácido tendo uma cadeia lateral polar é substituído por outro aminoácido que possui uma cadeia lateral igual- mente polar ou, por exemplo, um aminoácido caracterizado por uma cadeia lateral hidrofóbica é substituído por outro aminoácido que pos- sui uma cadeia lateral igualmente hidrofóbica (por exemplo, serina (treonina) por treonina (serina) ou leucina (isoleucina) por isoleucina (leucina)). Inserções e substituições são possíveis, em particular, nas posições de sequência que não provocam modificações na estrutura tridimensional ou não afetam a região de ligação.
Modificações em uma estrutura tridimensional por inserção ou deleção podem ser facil- mente determinadas, por exemplo, utilizando espectros de CD (espec- tros de dicroísmo circular). Uma "variante" de uma proteína ou peptí- deo pode ter pelo menos 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% ou 99% de identidade de aminoácidos ao longo de um trecho de pelo me- nos 10, 20, 30, 50, 75 ou 100 aminoácidos dessa proteína ou peptí- deo.
De preferência, uma variante de uma proteína compreende uma variante funcional da proteína, o que significa que a variante exerce o mesmo efeito ou funcionalidade ou pelo menos 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% ou 95% do efeito ou funcionalidade como a proteína da qual é derivada.
[0037] O termo "fragmento" no contexto de sequências de ácido nucleico ou genes refere-se a uma subsequência contínua da sequên- cia de ácido nucleico ou gene de referência completa (ou "de origem"). Em outras palavras, um "fragmento" pode ser tipicamente uma parte mais curta de uma sequência de ácido nucleico ou gene completo. Consequentemente, um fragmento, tipicamente, consiste em uma se- quência que é idêntica ao trecho correspondente dentro da sequência de ácido nucleico ou gene completo. O termo inclui fragmentos de ocorrência natural, assim como fragmentos manipulados. Um fragmen- to preferido de uma sequência no contexto da presente invenção con- siste em um trecho contínuo de ácidos nucleicos que corresponde a um trecho contínuo de entidades no ácido nucleico ou gene do qual o fragmento é derivado, o que representa pelo menos 20%, preferivel- mente pelo menos 30%, mais preferivelmente pelo menos 40%, mais preferivelmente pelo menos 50%, ainda mais preferivelmente pelo me- nos 60%, ainda mais preferivelmente pelo menos 70% e o mais prefe- rível pelo menos 80% do total (isto é, comprimento total) da sequência de ácido nucleico ou gene do qual o fragmento é derivado. Uma iden- tidade de sequência indicada em relação a um fragmento refere-se de preferência a toda a sequência de ácido nucleico ou gene. De prefe- rência, um "fragmento" pode compreender uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, de prefe- rência de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 85%, ainda mais preferi-
velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, a uma sequência de ácido nucleico ou gene de refe- rência do qual é derivado.
[0038] Os elementos da UTR são preferivelmente "funcionais", isto é, capazes de provocar o mesmo efeito biológico desejado que as UTRs originais das quais eles derivam, isto é, em particular de modu- lar, controlar ou regular (induzir, intensificar, reduzir, revogar ou impe- dir, de preferência induzir ou intensificar) a expressão de uma sequên- cia de codificação ligada de maneira operável. O termo "expressão", conforme aqui utilizado, geralmente inclui todas as etapas da biossín- tese de proteínas, inter alia, transcrição, processamento de mRNA e translação. Os elementos da UTR, em particular os elementos da 3'- UTR e SUTR nas combinações aqui especificadas, podem, por exem- plo (normalmente por meio da ação das regiões reguladoras compre- endidas pelos referidos elementos da UTR) regular a poliadenilação, o início da translação, a eficiência da translação, a localização e/ou es- tabilidade do ácido nucleico compreendendo os ditos elementos da UTR.
[0039] Moléculas de ácido nucleico artificial da invenção vantajo- samente compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR e pelo menos um elemento da 3' UTR, cada um derivado de um gene seleci- onado dos grupos aqui divulgados. Os elementos da 5' UTR adequa- dos são preferivelmente selecionados de elementos da 5-UTR deriva- dos de uma 5' UTR de um gene selecionado do grupo que consiste em HSD17B4, ASAH1, ATPSA1, MP68, NDUFA4, NOSIP, RPL31, SLC7A3, TUBB4B e UBQLN?, de preferência como aqui definido. Os elementos da 3' UTR adequados são preferivelmente selecionados a partir de elementos da 3' UTR derivados de uma 3' UTR de um gene selecionado do grupo que consiste em PSMB3, CASP1, COX6B1, GNAS, NDUFA1 e RPS9, de preferência como aqui definido. Além disso, as moléculas de ácido nucleico artificial da invenção podem op- cionalmente compreender pelo menos uma região de codificação liga- da de maneira operável a dito elemento da 3' UTR e a dito elemento da 5' UTR. De preferência, as moléculas de ácido nucleico artificial da invenção podem, portanto, compreender, em uma direção 5'-3', um elemento da 5-UTR como aqui definido, ligado de maneira operável a uma região de codificação (cds) que codifica um (poli)peptídeo ou pro- teína de interessem e um elemento da 3' UTR, ligado de maneira ope- rável à dita região de codificação: 5-UTR — cds — 3 UTR .
[0040] Tipicamente, os elementos da 5'- e/ou 3-UTR das molécu- las de ácido nucleico artificial da invenção podem ser "heterólogos" para pelo menos uma sequência de codificação. O termo "heterólogo" é utilizado nesta invenção para se referir a uma sequência de ácido nucleico que é tipicamente derivada de uma espécie diferente de uma sequência de ácido nucleico de referência. Uma "sequência heterólo- ga" pode, portanto, ser derivada de um gene que é de uma origem di- ferente em comparação com uma sequência de referência e pode tipi- camente diferir, em sua sequência de ácido nucleico, da sequência de referência e/ou pode codificar um produto genético diferente. UTRs 5' UTR
[0041] O ácido nucleico artificial aqui descrito compreende pelo menos um elemento da 5'-UTR derivado de uma 5' UTR de um gene como aqui indicado, ou um homólogo, variante, fragmento ou derivado deste.
[0042] O termo "5-UTR" refere-se a uma parte de uma molécula de ácido nucleico, localizada 5' (isto é, "a montante") de uma estrutura de leitura aberta e que não é trasladada em proteína. No contexto da presente invenção, uma 5'-UTR começa com o sítio inicial de transcri-
ção e termina com um nucleotídeo antes do códon inicial da estrutura de leitura aberta. A 5-UTR pode compreender elementos para regular a expressão do gene, também chamados de "elementos reguladores". Tais elementos reguladores podem ser, por exemplo, sítios de ligação ribossômica. A 5-UTR pode ser modificada após a transcrição, por exemplo, pela adição de um 5'-Cap. Assim, as 5-UTRs podem, de pre- ferência, corresponder à sequência de um ácido nucleico, em particu- lar um mMRNA maduro, localizado entre a 5'-Cap e o códon de início, e mais especificamente a uma sequência que se estende a partir de um nucleotídeo localizado 3' até 5'-Cap, preferivelmente do nucleotídeo localizado imediatamente 3' até 5'-Cap, para um nucleotídeo localizado 5' até o códon de início da sequência de codificação da proteína (sítio de início da transcrição), preferivelmente para o nucleotídeo localizado imediatamente 5' até o códon de início da sequência de codificação da proteína (sítio de início da transcrição). O nucleotídeo localizado ime- diatamente 3' até 5-Cap de um mRNA maduro tipicamente correspon- de ao sítio de início da transcrição. As 5' UTRs tipicamente possuem um comprimento de menos do que 500, 400, 300, 250 ou menos do que 200 nucleotídeos. Em algumas modalidades, seu comprimento pode estar na faixa de pelo menos 10, 20, 30 ou 40, de preferência até 100 ou 150 nucleotídeos.
[0043] Preferivelmente, o pelo menos um elemento da 5' UTR compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico deriva- da da 5' UTR de um gene cordado, preferivelmente um gene de verte- brado, mais preferivelmente um gene de mamífero, mais preferivel- mente um gene de mamífero, o mais preferível um gene humano ou de uma variante da 3' UTR de um gene de cordado, de preferência um gene de vertebrado, mais preferivelmente um gene de mamífero, o mais preferível um gene humano.
[0044] Alguns dos elementos da 5' UTR especificados nesta in-
venção podem ser derivados da 5' UTR de um gene TOP ou de um homólogo, variante ou fragmento deste. Os "genes TOP" são tipica- mente caracterizados pela presença de um trato de oligo pirimidina 5' terminal (TOP) e, além disso, normalmente por uma regulação da translação associada ao crescimento. No entanto, os genes TOP com uma regulação translacional específica do tecido também são conhe- cidos. O MRNA que contém um 5'TOP é frequentemente chamado de mMRNA TOP. Consequentemente, os genes que fornecem esses RNAs mensageiros são chamados de genes TOP. As sequências TOP fo- ram, por exemplo, observados em genes e mRNAs que codificam fato- res de alongamento de peptídeos e proteínas ribossômicas. O trato de oligo pirimidina 5'terminal ("5'TOP" ou "TOP") é tipicamente um trecho de nucleotídeos de pirimidina localizados na região terminal 5' de uma molécula de ácido nucleico, tal como a região terminal 5' de certas mo- léculas de mRNA ou a região terminal 5' de uma entidade funcional, por exemplo, a região transcrita, de certos genes. A 5' UTR de um ge- ne TOP corresponde à sequência de uma 5' UTR de um mRNA madu- ro derivado de um gene TOP, que preferivelmente se estende do nu- cleotídeo localizado 3' até a 5-CAP para o nucleotídeo localizado 5' até o códon de início. A sequência TOP começa tipicamente com uma citidina, que geralmente corresponde ao sítio de início da transcrição, e é seguida por um trecho de geralmente cerca de 3 a 30 nucleotídeos de pirimidina. O trecho de pirimidina e, assim, o 5'TOP termina um nu- cleotídeo 5' para o primeiro nucleotídeo de purina localizado a jusante do TOP.
[0045] Uma 5' UTR de um gene TOP normalmente não compre- ende nenhum códon de início, de preferência nenhum AUGs a mon- tante (uAUGs) ou estruturas de leitura abertas a montante (uUORFs). Nela, AUGs a montante e estruturas de leitura abertas a montante são tipicamente entendidas como AUGs e estruturas de leitura abertas que ocorrem 5' do códon de início (AUG) da estrutura de leitura aberta que devem ser trasladadas.
As SUTRs dos genes TOP geralmente são bastante curtas.
Os comprimentos de 5'UTRs dos genes TOP podem variar entre 20 nucleotídeos e 500 nucleotídeos e são tipicamente infe- riores a cerca de 200 nucleotídeos, preferivelmente inferiores a cerca de 150 nucleotídeos, mais preferivelmente inferiores a cerca de 100 nucleotídeos.
Por exemplo, um TOP pode compreender 3, 4, 5, 6,7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou até mais nucleotídeos.
Como aqui utilizado, o termo "mo- tivo TOP" refere-se a uma sequência de ácido nucleico que corres- ponde a um 5'TOP como definido acima.
Assim, um "motivo TOP" é preferivelmente um trecho de nucleotídeo de pirimidina tendo um com- primento de 3 a 30 nucleotídeos.
De preferência, o motivo TOP consis- te em pelo menos 3, preferivelmente pelo menos 4, mais preferivel- mente pelo menos 6, mais preferivelmente pelo menos 7 e o mais pre- ferível pelo menos 8 nucleotídeos de pirimidina, em que o trecho de nucleotídeos de pirimidina começa preferivelmente na sua extremida- de 5' com um nucleotídeo de citosina.
Nos genes TOP e nos mRNAs TOP, o "motivo TOP" inicia preferivelmente na extremidade 5' com o sítio de início da transcrição e termina com um nucleotídeo 5' no pri- meiro resíduo de purina no referido gene ou mMRNA.
Um "motivo TOP" está localizado, de preferência, na extremidade 5' de uma sequência, que representa uma 5' UTR, ou na extremidade 5' de uma sequência, que codifica para uma 5' UTR.
Assim, preferivelmente, um trecho de 3 ou mais nucleotídeos de pirimidina é chamado de "motivo TOP" se es- se trecho estiver localizado na extremidade 5' de uma respectiva se- quência, tal como a molécula de ácido nucleico artificial, o elemento da 5' UTR da molécula de ácido nucleico artificial ou a sequência de ácido nucleico que é derivada da 5' UTR de um gene TOP como aqui des- crito.
Em outras palavras, um trecho de 3 ou mais nucleotídeos de pi-
rimidina, que não está localizado na extremidade 5' de uma 5' UTR ou um, elemento da 5' UTR, mas em qualquer lugar dentro de uma 5' UTR ou um elemento da 5' UTR, é preferivelmente não referido como "motivo TOP".
[0046] Em uma modalidade, a extremidade 5' de um mRNA é "gggaga".
[0047] Os elementos da 5' UTR derivados das 5'UTRs dos genes TOP exemplificados nesta invenção podem preferivelmente não ter um motivo TOP ou um 5'TOP, conforme definido acima. Assim, a sequên- cia de ácido nucleico do elemento da 5' UTR, que é derivada de uma 5' UTR de um gene TOP, pode terminar na sua extremidade 3' com um nucleotídeo localizado na posição 1, 2, 3, 4, 5, 6,7, 8, 90u 10 a montante do códon de início (por exemplo, A(U/T)G) do gene ou MRNA que é derivado. Assim, o elemento da 5' UTR não compreende nenhuma parte da sequência de codificação da proteína. Assim, prefe- rivelmente, a única parte de codificação de aminoácido do ácido nu- cleico artificial é fornecida pela sequência de codificação.
[0048] Elementos particulares de 5-UTR previstos de acordo com a presente invenção são descritos com detalhes abaixo. Elementos da 5' UTR derivados de HSD17B4
[0049] Os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5' UTR derivado de uma 5' UTR de um gene que codifica uma 17-beta-hidroxiesteroide desidrogenase 4, ou um homólogo, variante, fragmento ou derivado desta, preferivel- mente sem o motivo 5'TOP.
[0050] Tais elementos da 5' UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 5' UTR de um gene da 17-beta-hidroxiesteroide desidrogenase 4 (também chamada de enzima multifuncional peroxissomal tipo 2), de preferência de um vertebrado, mais preferivelmente gene de 17-beta-
hidroxiesteroide desidrogenase 4 (HSD17B4) de mamífero, preferivel- mente ser humano, ou um homólogo, variante, fragmento ou derivado deste, em que de preferência o elemento da 5' UTR não compreende o 5'TOP do dito gene. O dito gene pode, de preferência, codificar uma proteína 17-beta-hidroxiesteroide desidrogenase 4 que corresponde à 17-beta-hidroxiesteroide desidrogenase humana 4 (UniProt Ref. No. Q9BPX1, versão de entrada %139 de 30 de agosto de 2017), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0051] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR deri- vado de um gene HSD17B4, em particular derivado da 5' UTR de dito gene HSD17BA, preferivelmente em que dito elemento da SUTR com- preende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 1 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de se- quência com uma sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 1, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 2, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma se- quência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo me- nos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com uma se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 2. Elementos de 5' UTR derivados de ASAH1
[0052] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR derivado de uma 5'UTR de um gene que codifica ácido ceramidase (ASAH1), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0053] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene de ácido ceramidase (ASAH1), preferivelmente um vertebrado, mais preferivelmente mamífero, o mais preferível gene de ácido ceramidase (ASAH1) de ser humano, ou seu homólogo, varian- te, fragmento ou derivado. Dito gene preferivelmente codifica uma pro- teína ácido ceramidase que corresponde à ácido ceramidase humana (UniProt Ref. No. Q13510, versão de entrada tH177 de 7 de junho de 2017), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0054] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR deri- vado de um gene ASAH1, em particular derivado da 5' UTR de dito gene de ASAH1, preferivelmente em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 3 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de se-
quência com uma sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 3, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 4, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma se- quência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo me- nos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com uma se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 4. Elementos de 5' UTR derivados de ATP5A1
[0055] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma S'UTR de um gene que codifica a subunidade alfa ATP da sintase mi- tocondrial (ATPSA1), ou seu homólogo, variante, fragmento ou deriva- do, em que dito elemento da 5' UTR preferivelmente carece do motivo 5'TOP.
[0056] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene da subunidade alfa ATP da sintase mitocondrial (ATP5A1), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero e o mais preferível um gene da subunidade alfa ATP da sin- tase mitocondrial (ATPSA1) ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em que o elemento da 5'UTR preferivelmente não compreende o 5'TOP de dito gene. Dito gene pode preferivelmen- te codificar uma proteína da subunidade alfa ATP da sintase mitocon- drial que corresponde à ácido subunidade alfa ATP da sintase mito- condrial de ser humano (UniProt Ref. No. P25705, versão de entrada
H208 de 30 de agosto de 2017), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0057] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR derivado de um gene ATP5A1, em particular derivado da 5' UTR de dito gene ATPB5A1, preferivelmente em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 5, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 6, ou seu homólogo, varian- te, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA ten- do, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 294%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 6. Elementos da 5' UTR derivados de MP68
[0058] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma
S'UTR de um gene que codifica MP68, ou seu homólogo, variante, fra- gmento ou derivado.
[0059] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene proteolipídeo mitocondrial (MP68) de 6,8 kDa, pre- ferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero e o mais preferível um gene proteolipídeo mitocondrial (MP68) de 6,8 kDa de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína de proteolipídeo mitocondrial (MP68) de 6,8 kDa que corresponde ao proteolipídeo mi- tocondrial (MP68) de 6,8 kDa de ser humano (UniProt Ref. No. P56378, versão de entrada %127 de 15 de fevereiro de 2017), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0060] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR deri- vado de um gene MP68, em particular derivado da 5' UTR de dito ge- ne MP68, preferivelmente em que dito elemento da SUTR compreen- de ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 7 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 7, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 8, ou seu homólogo, varian- te, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA ten-
do, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 294%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 8. Elementos de 5' UTR derivados de NDUFA4
[0061] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma S'UTR de um gene que codifica uma subunidade citocromo c oxidase (NDUFAJ4), ou seu homólogo, fragmento ou variante.
[0062] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene da subunidade de citocromo c oxidase (NDUFA4), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da subunidade de citocromo c oxidase (NDUFA4) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína da subunidade de citocromo c oxidase (NDUFA4) que corresponde a uma proteína da subunidade de citocromo c oxidase (NDUFA4) de ser hu- mano (UniProt Ref. No. O00483, versão de entrada ft149 de 30 de agosto de 2017).
[0063] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR deri- vado de um gene NDUFAA4, em que dito elemento da SUTR compre- ende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 9 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência,
pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 9, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 10, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 10. Elementos da 5' UTR derivados de NOSIP
[0064] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5UTR que é derivado de uma 5UTR de um gene que codifica uma proteína de interação com óxido nítrico sin- tase (NOSIP), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0065] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene da proteína de interação com óxido nítrico sintase (NOSIP), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da proteína de interação com óxido nítrico sintase (NOSIP), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína de inte-
ração com óxido nítrico sintase (NOSIP) que corresponde a uma proteína de interação com óxido nítrico sintase (NOSIP) de ser humano (UniProt Ref. No. Q9Y314, versão de entrada f1130 de 7 Junho de 2017).
[0066] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR derivado de um NOSIP gene, em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 11 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 11, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 12, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 12. Elementos da 5' UTR derivados de RPL31
[0067] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma
S'UTR de um gene que codifica uma proteína ribossômica 60S L31, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em que dito elemento da 5' UTR preferivelmente carece do motivo 5'TOP.
[0068] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene da proteína ribossômica 60S L31, preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferí- vel um gene da proteína ribossômica 60S L31 de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em que o elemento da S'UTR preferivelmente não compreende o 5'TOP de dito gene. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína ribossômica 60S L31 que corresponde a uma proteína ribossômica 60S L31 de ser hu- mano (UniProt Ref. No. P62899, versão de entrada 4138 de 30 de agosto de 2017).
[0069] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR deri- vado de um gene RPL31, em que dito elemento da 5 UTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 13 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 13, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 14, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 14. Elementos da 5' UTR derivados de SLC7A3
[0070] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma SUTR de um gene que codifica uma proteína de transportador de aminoácidos catiônicos 3 (família de veículos de soluto de 7 membros 3, SLC7A3), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0071] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da SUTR de um gene de transportador de aminoácidos catiônicos 3 (SLC7A3), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene de transportador de aminoácidos catiônicos 3 (SLC7A3) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fra- gmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína de transportador de aminoácidos catiônicos 3 (SLC7A3) que corresponde a uma proteína de transportador de aminoácidos catiôni- cos 3 (SLC7A3) de ser humano (UniProt Ref. No. Q8WY07, versão de entrada ft139 de 30 Agosto de 2017).
[0072] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR deri- vado de um gene SLC7A3, em que dito elemento da SUTR compre- ende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 15 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particu-
lar uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 15, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 16, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 16.
Elementos da 5' UTR derivados de TUBB4B
[0073] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma S'UTR de um gene que codifica uma proteína da cadeia beta-4B da tubulina (TUBB4B), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0074] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene da cadeia beta-4B da tubulina (TUBB4B), preferi- velmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da cadeia beta-4B da tubulina (TUBB4B) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína de cadeia beta-4B da tubulina (TUBB4B) que corresponde a uma proteína de cadeia be- ta-4B da tubulina (TUBB4B) de ser humano (UniProt Ref. No. Q8WY07, versão de entrada 142 de 30 Agosto de 2017).
[0075] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR derivado de um gene da tubulin beta-4B chain (TUBB4B), em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 17 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivel- mente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de iden- tidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 17, ou em que dito elemento da 5 UTR compreen- de ou consiste em uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 18, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em parti- cular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferên- cia, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferi- velmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferí- vel de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 18. Elementos da 5' UTR derivados de UBQLN2
[0076] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR que é derivado de uma 5'UTR de um gene que codifica uma proteína de ubiquilina-2 (UBQLN2), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0077] Tais elementos da 5'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da S'UTR de um gene de ubiquilina-2 (UBQLN2), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene de ubiquilina-2 (UBQLN2) de ser humano, ou seu homólogo, va- riante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína de ubiquilina-2 (UBQLN2) que corresponde a uma prote- ína de ubiquilina-2 (UBQLN2) de ser humano (UniProt Ref. No. Q9UHDS, versão de entrada X151 de 30 Agosto de 2017).
[0078] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 5'UTR derivado de um gene de ubiquilina-2 (UBQLN2), em que dito elemento da S'UTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 19 ou seu homólogo, variante, fragmento ou deri- vado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 19, ou em que dito elemento da 5 UTR compreende ou consis- te em uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 20, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma se- quência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo me- nos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%,
87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 20. 3' UTR
[0079] O ácido nucleico artificial aqui descrito compreende ainda pelo menos um elemento da 3'-UTR derivado de uma 3 'UTR de um gene como aqui definido, ou um homólogo, variante ou fragmento de dito gene. O termo "3-UTR" refere-se a uma parte de uma molécula de ácido nucleico, que está localizada 3' (isto é, "a jusante") de uma estru- tura de leitura aberta e que não é trasladada em proteína. No contexto da presente invenção, uma 3'-UTR corresponde a uma sequência que está localizada entre o códon de parada da sequência de codificação de proteínas, de preferência imediatamente 3' até o códon de parada da sequência de codificação de proteína, e a sequência poli(A) da mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[0080] Preferivelmente, o pelo menos um elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico deriva- da da 3UTR de um gene cordado, de preferência um gene de verte- brado, mais preferivelmente um gene de murino, ainda mais preferi- velmente um gene de mamífero, o mais preferível um gene humano, ou de um variante da 3UTR de um gene cordado, preferivelmente um gene de vertebrado, mais preferivelmente um gene de murino, ainda mais preferivelmente um gene de mamífero, o mais preferível um gene humano. Elementos da 3-UTR derivados de PSMB3
[0081] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 3'UTR que é derivado de uma
3'UTR de um gene que codifica uma proteína da subunidade proteas- soma beta tipo 3 (PSMB3), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0082] Tais elementos da 3'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 3'UTR de um gene da subunidade proteassoma beta tipo 3 (PSMB3), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da subunidade proteassoma beta tipo 3 (PSMB3) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína da subunidade proteassoma beta tipo 3 (PSMB3) que corresponde a uma proteína da subunidade proteassoma beta tipo 3 (PSMB3) de ser hu- mano (UniProt Ref. No. P49720, versão de entrada ft183 de 30 Agosto de 2017).
[0083] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 3'UTR derivado de um gene PSMB3, em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 23 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 23, ou em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 24, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 24. Elementos da 3-UTR derivados de CASP1
[0084] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 3'UTR que é derivado de uma 3'UTR de um gene que codifica uma proteína Caspase-1 (CASP1), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0085] Tais elementos da 3'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 3'UTR de um gene da Caspase-1 (CASP1), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da Caspase-1 (CASP1) de ser humano, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado.
[0086] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 3'UTR deri- vado de um gene CASP1, em que dito elemento da 3UTR compreen- de ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 25 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particu- lar uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 25, ou em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 26, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 26. Elementos da 3-UTR derivados de COX6B1
[0087] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 3'UTR que é derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1 que codifica uma proteína da subunidade do citocromo c oxidase 6B1 (COX6B1), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0088] Tais elementos da 3'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 3UTR de um gene da subunidade do citocromo c oxidase 6B1 (COX6B1), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da subunidade do citocromo c oxidase 6B1 (COX6B1) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína da subunidade do citocromo c oxidase 6B1 (COX6B1) que corresponde a uma proteína da subunidade do citocromo c oxidase 6B1 (COX6B1) de ser humano (UniProt Ref. No. P14854, versão de entrada tt166 de 30 Agosto de 2017).
[0089] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 3'UTR deri- vado de um gene COX6B1, em que dito elemento da 3UTR compre- ende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 27 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particu- lar uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 27, ou em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 28, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 28. Elementos da 3-UTR derivados de GNAS
[0090] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 3'UTR derivado de uma 3'UTR de um gene que codifica uma proteína de isoformas curtas da subunidade de proteína de ligação ao nucleotídeo guanina G(s) (GNAS), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0091] Tais elementos da 3'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 3'UTR de um gene de isoformas curtas da subunidade de proteína de ligação ao nucleotídeo guanina G(s) (GNAS), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene de proteína de isoformas curtas da subunidade de proteína de ligação ao nucleotídeo guanina G(s) (GNAS) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode de prefe- rência codificar uma proteína de isoformas curtas da subunidade de proteína de ligação ao nucleotídeo guanina G(s) (GNAS) que corres- ponde a uma proteína de isoformas curtas da subunidade de proteína de ligação ao nucleotídeo guanina G(s) (GNAS) de ser humano (Uni- Prot Ref. No. P63092, versão de entrada ft153 de 30 Agosto de 2017).
[0092] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 3' UTR derivado de um gene GNAS, em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 29 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 29, ou em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 30, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%,
20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 30. Elementos da 3-UTR derivados de NDUFA1
[0093] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 3'UTR que é derivado de uma 3'UTR de um gene que codifica uma proteína da subunidade alfa complexa 1 da NADH desidrogenase [ubiquinona] 1 (NDUFA1), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0094] Tais elementos da 3'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 3'UTR de um gene da subunidade alfa complexa 1 da NADH desidro- genase [ubiquinona] 1 (NDUFA1), preferivelmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da su- bunidade alfa complexa 1 da NADH desidrogenase [ubiquinona] 1 (NDUFA1) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína da subunidade alfa complexa 1 da NADH desidrogenase [ubiquinona] 1 (NDUFA1) que corresponde a uma proteína da subunidade alfa com- plexa 1 da NADH desidrogenase [ubiquinona] 1 (NDUFA1) de ser hu- mano (UniProt Ref. No. 015239, versão de entrada %152 de 30 Agosto de 2017).
[0095] Em conformidade, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção podem compreender um elemento da 3'UTR derivado de um gene NDUFA1, em que dito elemento da 3 UTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 31 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a se- quência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 31, ou em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 32, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 32. 3'-UTRs derivadas de RPS9
[0096] Ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção po- dem compreender um elemento da 3'UTR que compreende ou consis- te em uma sequência de ácido nucleico, que é derivado de uma 3UTR de um gene que codifica uma proteína ribossômica 40S S9 (RPS9), ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado.
[0097] Tais elementos da 3'UTR preferivelmente compreendem ou consistem em uma sequência de ácido nucleico que é derivada da 3'UTR de um gene da proteína ribossômica 40S S9 (RPS9), preferi- velmente de um vertebrado, mais preferivelmente um mamífero, o mais preferível um gene da proteína ribossômica 40S S9 (RPS9) de ser humano, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado. Dito gene pode preferivelmente codificar uma proteína ribossômica 40S S9 (RPS9) que corresponde a uma proteína ribossômica 40S S9 (RPS9) (UniProt Ref. No. P46781, versão de entrada %179 de 30 Agosto de 2017).
[0098] Consequentemente, os ácidos nucleicos artificiais de acor- do com a invenção podem compreender um elemento da 3'UTR deri- vado de um gene RPS9, em que dito elemento da 3UTR compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 33 ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmen- te de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 33, ou em que dito elemento da SUTR compreende ou consiste em uma sequên- cia de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 34, ou seu homólogo, vari- ante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com a sequência de áci- do nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 34.
Combinações de UTR
[0099] De preferência, o pelo menos um elemento da 5 UTRe o pelo menos um elemento da 3' UTR atuam sinergicamente para modu- lar, mais preferivelmente induzir ou intensificar, a expressão da pelo menos uma sequência de codificação ligada de maneira operável aos ditos elementos da UTR. É aqui previsto o uso de cada elemento da 5'- e 3-UTR aqui exemplificado em qualquer combinação concebível.
[00100] As combinações preferidas dos elementos da 5'- e 3-UTR estão listadas na tabela 1 abaixo. Tabela 1: Combinações de UTR elemento da 5º UTR elemento da 3' UTR ame o lama no e e a) Pod e am Pes e er a) Pd e es po e e e Fo e a BP e e a E e am a pq e er a) Er ps e elemento da 5º UTR elemento da 3' UTR derivado de derivado de ame To lama no derivado de derivado de [9 ae a a
[00101] Especialmente as seguintes combinações de UTR são pre- feridas: SUTR: ASAH1 + 3'UTR: CASP1; SUTR: ASAH1 + 3'UTR: COX6B1; SUTR: ASAH1 + 3'UTR: Gnas; SUTR: ASAH1 + 3'UTR: Ndufa1.1; SUTR: ASAH1 + 3UTR: PSMB3; SUTR: ASAH1 + 3'UTR: RPS9; SUTR: ATPSA1 + 3UTR: CASP1; SUTR: ATP5SA1 + 3'UTR: COX6B1; SUTR: ATPSA1 + 3UTR: Gnas; SUTR: ATPSA1 + 3'UTR: Ndufa1.1; S"UTR: ATPSA1 + 3UTR: PSMB3; SUTR: ATP5A1 + 3'UTR: RPS9; SUTR: HSD17B4 + 3UTR: CASP1; SUTR: HSD17B4 + 3'UTR: COX6B1; S'UTR: HSD17B4 + 3'UTR: Ndufa1.1; SUTR: HSD17B4 + 3'UTR: PSMB3; SUTR: HSD17B4 + 3'UTR: RPS9; SUTR: Mp68 + 3'UTR: CASP1; SUTR: Mp68 + 3'UTR: COX6B1; SUTR: Mp68 + 3'UTR: Gnas; S"UTR: Mp68 + 3'UTR: Ndufa1.1; SUTR: Mp68 + 3'UTR: PSMB3; 5SUTR: Mp68 + 3'UTR: RPS9; SUTR: Ndufa4 + 3'UTR: CASP1; SUTR: Ndufa4 + 3UTR: COX6B1; SUTR: Ndufa4 + 3'UTR: Gnas; 5'UTR: Ndufa4 + 3UTR: Ndufa1.1; SUTR: Ndufa4 + 3'UTR: PSMB3; 5SUTR: Ndufa4 + 3'UTR: RPS9; SUTR: Nosip + 3'UTR: CASP1; SUTR: Nosip + 3UTR: COX6B1; SUTR: Nosip + 3'UTR: Gnas; 5UTR: Nosip + 3UTR: Ndufa1.1; SUTR: Nosip + 3'UTR: PSMB3; 5"'UTR: Nosip + 3UTR: RPS9; SUTR: Rpl31 + 3UTR: CASP1; S'UTR: Rpl31 + 3UTR: COX6B1; S'UTR: Rpl31 + 3UTR: Gnas; SUTR: RpI31 + 3'UTR: Ndufa1.1; SUTR: Rpl31 + 3UTR: PSMB3; S'UTR: RpI31 + 3UTR: RPS9; SUTR: Slc7a3 + 3UTR: CASP1; S'UTR: Slc7a3 + 3UTR: COX6B1; S'UTR: Slc7a3 + 3UTR: Ndufa1.1; SUTR: Slc7a3 +
3'UTR: PSMB3; SUTR: Slc7a3 + 3UTR: RPS9; SUTR: TUBB4B + 3'UTR: CASP1; SUTR: TUBB4B + 3'UTR: COX6B1; SUTR: TUBB4B + 3'UTR: Gnas; SUTR: TUBB4B + 3'UTR: Ndufa1.1; SUTR: TUBB4B + 3'UTR: PSMB3; SUTR: TUBB4B + 3'UTR: RPS9; SUTR: Ubaln2 + 3'UTR: CASP1; SUTR: Ubgln2 + 3UTR: COX6B1; SUTR: Ubgln2 + 3'UTR: Gnas; SUTR: Ubgln2 + 3UTR: Ndufa1.1; SUTR: Ubgln2 + 3'UTR: PSMB3; e SUTR: Ubgln2 + 3UTR: RPS9, preferivelmente a combinação de UTR 5'UTR: HSD17B4 + 3'UTR: Gnas, mais preferi- velmente a combinação de UTR 5'UTR: Slc7a3 + 3'UTR: Gnas.
[00102] Cada um dos elementos da UTR definidos na tabela 1 por referência a uma SEQ ID NO específica pode incluir variantes ou fra- gmentos da sequência de ácido nucleico definida pela dita SEQ ID NO específica, apresentando pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96% , 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivel- mente de pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de iden- tidade de sequência com a respectiva sequência de ácido nucleico de- finida por referência com a sua SEQ ID NO específica. Cada uma das sequências identificadas na tabela 1 por referência à sua SEQ ID NO específica também pode ser definida por sua sequência de DNA cor- respondente, como aqui indicado. Cada uma das sequências identifi- cadas na tabela 1 por referência à sua SEQ ID NO específica pode ser modificada (opcionalmente de forma independente uma da outra) con- forme descrito abaixo.
[00103] Os ácidos nucleicos artificiais preferidos de acordo com a invenção podem compreender: a-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres-
pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou a-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou a-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou a-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou a-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou b-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene UBQLN?2, ou de uma sequência de RNA corres-
pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou b-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ASAH1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou b-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou b-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou b-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou c-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres-
pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou c-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou c-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou c-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou c-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon-
dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou d-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene TUBBA4B, ou de uma sequência de RNA corres-
pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou e-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-6. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon-
dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou f-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou f-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou f3 pelomenos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou f-4 pelomenos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou f-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon-
dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou g-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou g-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou g-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou g-4 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou g-5 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon-
dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-1 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-2 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-3 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-4º pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-5 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon-
dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou i-1/ pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou i-2 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene Ndufa4.1, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante.
[00104] Os ácidos nucleicos artificiais particularmente preferidos podem compreender uma combinação de UTRs de acordo com a-1, a- 2, a-3, a-4 ou a-5, de preferência de acordo com a-1.
[00105] Surpreendentemente, foi descoberto que certas combina- ções de regiões não trasladadas 5' e 3' (UTRs), conforme divulgadas nesta invenção, atuam em conjunto para intensificar sinergicamente a expressão de sequências de ácido nucleico ligadas de maneira operá- vel. O teste para a sinergia das combinações de UTR é rotina para uma pessoa versados na técnica, fe. um teste de sinergia pode ser executado pela expressão de Luciferase após a transfecção de MRNA para provar que os efeitos da sinergia estão presentes, isto é, mais do que um efeito aditivo. Expressão no fígado
[00106] Qualquer uma das combinações de UTR aqui divulgadas está prevista para modular, de preferência induzir e, mais preferivel- mente intensificar, a expressão de uma sequência de codificação liga- da de maneira operável (cds). Sem desejar ser limitado pela teoria es- pecífica, algumas das combinações de UTR aqui divulgadas podem ser particularmente úteis quando utilizadas em conexão com as se- quências de codificação específicas e/ou quando utilizadas em cone- xão com células ou tecidos alvo específicos.
[00107] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção pode compreender elementos da UTR de acordo com a-2 (NDUFA4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); c-1 (NDUFAA4 / RPS9); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); e-3 (MP68 / RPS9); e-4 ( NOSIP / RPS9); a-4 ( NOSIP / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); e-5 (ATP5A1 / RPS9); d-4 (HSD17B4 / NUDFA1); b-5 ( NOSIP / COX6B1); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); b-1 (UBQLN2 / RPS9); b-2 (ASAH1 / RPS9); b-4 (HSD17B4 / CASP1); e-6 (ATPSA1 / COX6B1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); g-5 (RPL31 / CASP1); h-1 (RPL31 / COX6B1); e/ou c-5 (ATP5A1 / PSMB3) como definido acima. Tais moléculas de ácido nu- cleico artificial podem ser particularmente úteis para a expressão de um (poli-)peptídeo codificado ou proteína de interesse no fígado. Con- sequentemente, essas moléculas de ácido nucleico artificial são parti- cularmente previstas para administração sistêmica, em particular ad- ministração ou injeção intravenosa, intraperitoneal, intramuscular ou intratraqueal e, opcionalmente, em combinação com os elementos de direcionamento hepático nesta invenção (como debatido abaixo). Além disso, sem desejar implicar qualquer limitação específica, as combina- ções de UTR mencionadas acima podem ser particularmente úteis pa- ra ácidos nucleicos artificiais que codificam, em pelo menos uma regi- ão codificadora, um (poli-)peptídeo ou proteína terapêutica, um (po- lijpeptídeo ou proteína antigênico ou alérgico como aqui divulgado, por exemplo, uma proteína útil no tratamento de uma doença selecionada do grupo que consiste em doenças genéticas, alergias, doenças au- toimunes, doenças infecciosas, neoplasias, câncer e doenças relacio- nadas ao tumor, doenças inflamatórias, doenças do sangue órgãos formadores de sangue, doenças endócrinas, nutricionais e metabóli- cas, doenças do sistema nervoso, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respiratório, doenças do sistema digestivo, doen- ças da pele e tecido subcutâneo, doenças do sistema músculo- esquelético e tecido conjuntivo e doenças do sistema geniturinário, in- dependentemente de serem herdadas ou adquiridas, e suas combina- ções.
Derme, epiderme e expressão subcutânea
[00108] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção pode compreender elementos da UTR de acordo com a-1 (HSD17B4 / PSMB3); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); a-5 (MP68 / PSMB3); d-1 (RPL31 / PSMB3); a-2 (NDUFA4 / PSMB3); h-1 (RPL31 / COX6B1); b-1 (UBQLN2 / RPS9); a- 4 (NOSIP / PSMB3); c-5 (ATPSA1 / PSMB3); b-5 (NOSIP / COX6B1); d-4 (HSD17B4 / NDUFA1); i-1 (SLC7A3 / RPS9); f-3 (HSD17B4 / COX6B1); b-4 (HSD17B4 / CASP1); g-5 (RPL31 / CASP1); c-2 (NOSIP / NDUFA1); e-4 (NOSIP / RPS9); c-4 (NDUFA4 / NDUFA1); e/ou d-5 (SLC7A3 / NDUFA1) como definido acima. Tais moléculas de ácido nucleico artificial podem ser particularmente úteis para a expressão de um (poli)peptídeo codificado ou proteína de interesse na pele. Em con- formidade, essas moléculas de ácido nucleico artificial são particular- mente consideradas para administração intradérmica, em particular injeção tópica, transdérmica, intradérmica, administração ou injeção subcutânea ou epicutânea nesta invenção. Além disso, sem desejar implicar qualquer limitação particular, as combinações de UTR menci- onadas acima podem ser particularmente úteis para ácidos nucleicos artificiais que codificam, em pelo menos uma região codificadora, um
(poli-)peptídeo ou proteína terapêutica, um (poli)peptídeo ou proteína antígênico ou alérgico, como aqui divulgado, por exemplo, uma proteí- na útil no tratamento de uma doença selecionada do grupo que consis- te em doenças genéticas, alergias, doenças autoimunes, doenças in- fecciosas, neoplasias, câncer e doenças relacionadas ao tumor, doen- ças inflamatórias, doenças do sangue e órgãos formadores de sangue, doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas, doenças do sistema nervoso, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respira- tório, doenças do sistema digestivo, doenças da pele e tecido subcu- tâneo, doenças do sistema músculo-esquelético e tecido conjuntivo e doenças do sistema geniturinário, independentemente de serem her- dadas ou adquiridas, e suas combinações.
Expressão no músculo
[00109] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção pode compreender elementos da UTR de acordo com a-4 (NOSIP / PSMB3); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); d-3 (SLC7A3 / GNAS); a-2 (NDUFA4 / PSMB3); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); d-5 (SLC7A3 / NDUFAI); i-1 (SLC7A3 / RPS9); d-1 (RPL31 / PSMB3); d-4 (HSD1I7B4 / NDUFAI); b-3 (HSD17B4 / RPS9); f-3 (HSD17B4 / COX6B1); f-4 (HSD17B4 / GNAS); h-5 (SLC7A3 / COX6B1); g-4 (NOSIP / CASP1); c-3 (NDUFM / COX6B1); b-1 (UBQLN2 / RPS9); c-5 (ATPSA1 / PSMB3); h-4 (SLC7A3 / CASP1); h-2 (RPL31 / GNAS); e-1 (TUBB4B / RPS9); f-2 (ATP5A1 / NDUFA1); c-2 (NOSIP / NDUFA1); b-5 (NOSIP / COX6B1); e/ou e-4 (NOSIP / RPS9) como definido acima. Tais moléculas de áci- do nucleico artificial podem ser particularmente úteis para a expressão de um (poli-)peptídeo codificado ou proteína de interesse no músculo esquelético, músculo liso ou músculo cardíaco. Por conseguinte, essas moléculas de ácido nucleico artificial são particularmente consideradas para administração intramuscular, mais preferivelmente injeção intra-
muscular ou injeção intracardíaca, nesta invenção. Além disso, sem desejar implicar qualquer limitação específica, as combinações de UTR mencionadas acima podem ser particularmente úteis para ácidos nucleicos artificiais que codificam, em pelo menos uma região codifi- cadora, um (poli-)peptídeo ou proteína terapêutico, um (poli)peptídeo ou proteína antígênico ou alérgico, como aqui divulgado, por exemplo, uma proteína útil no tratamento de uma doença selecionada do grupo que consiste em doenças genéticas, alergias, doenças autoimunes, doenças infecciosas, neoplasias, câncer e doenças relacionadas ao tumor, doenças inflamatórias, doenças do sangue e órgãos formado- res de sangue, doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas, doen- ças do sistema nervoso, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respiratório, doenças do sistema digestivo, doenças da pele e tecido subcutâneo, doenças do sistema músculo-esquelético e tecido conjuntivo e doenças do aparelho geniturinário, independentemente de serem herdadas ou adquiridas, e suas e combinações.
Expressão em células tumorais e cancerígenas
[00110] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção pode compreender elementos da UTR de acordo com e-1 (TUBB4B / RPS9); b-2 (ASAH1 / RPS9); c-3 (NDUFA4 / COX6B1); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); c-4 (NDUFA4 / NDU- FA1); b-4 (HSD17B4 / CASP1); d-2 (ATPSA1 / CASP1); b-5 (NOSIP / COX6B1); a-2 (NDUFA4 / PSMB3); b-1 (UBQLN / RPS9); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); f-4 (HSD17B4 / GNAS); c-2 (NOSIP / NDUFAI); b-3 (HSD1I7B4 / RPS9); c-5 (ATPSA1 / PSMB3); a-4 (NOSIP / PSMB3); d-5 (SLC7A3 / NDUFA1); ou f-3 (HSD17B4 / COX6B1) como definido acima. Tais moléculas de ácido nucleico artificial podem ser particularmente úteis para a expressão de um (poli)peptídeo ou proteí- na de interesse em um tumor ou célula cancerígena, incluindo carci- noma, sarcoma, linfoma, leucemia, tumor de células germinativas ou células de blastoma. Consequentemente, essas moléculas de ácido nucleico artificial são particularmente consideradas para administração ou injeção intratumoral, intramuscular, subcutânea, intravenosa, intra- dérmica, intraperitoneal, intrapleural, intraóssea nesta invenção. Além disso, sem desejar implicar qualquer limitação particular, as combina- ções de UTR mencionadas acima podem ser particularmente úteis pa- ra ácidos nucleicos artificiais que codificam, em pelo menos uma regi- ão codificadora, um (poli-)peptídeo ou proteína terapêutico, um (po- lijpeptídeo ou proteína antígênico ou alérgico como aqui divulgado, por exemplo, uma proteína útil no tratamento de uma doença selecionada do grupo que consiste em uma doença de câncer ou tumor.
Expressão em células renais
[00111] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção pode compreender elementos da UTR de acordo com b-2 (ASAH1 / RPS9); c-1 (NDUFA4 / RPS9.1); e-3 (MP68 / RPS9); c-4 (NDUFA4 / NDUFA1); c-2 (NOSIP / NDUFA1); h-2 (RPL31 / CASP1); d-2 (ATPSA1 / CASP1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); a-2 (NDUFAA4 / PSMB3); f-4 (HSD17B4 / GNAS); d-3 (SLC7A3 / GNAS); g- 1 (MP68 / NDUFA1); c-3 (NDUFA4 / COX6B1); e-5 (ATP5SA1 / RPS9); h-3 (RPL31 / NDUFA1); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); g-4 (NOSIP / CASP1); b-1 (UABLN / RPS9); d-4 (HSD17B4/ NDUFA1); ou e-2 (RPL31 / RPS9) como definido acima. Tais molécu- las de ácido nucleico artificial podem ser particularmente úteis para a expressão de um (poli-)peptídeo ou proteína de interesse nas células renais. Em conformidade, essas moléculas de ácido nucleico artificial são particularmente consideradas para administração sistêmica, em particular administração ou injeção intravenosa, intraperitoneal, intra- muscular ou intratraqueal e, opcionalmente, em combinação com os elementos de direcionamento renal nesta invenção. Além disso, sem desejar implicar qualquer limitação específica, as combinações de UTR mencionadas acima podem ser particularmente úteis para ácidos nu- cleicos artificiais que codificam, em pelo menos uma região codificado- ra, um (poli-)peptídeo ou proteína terapêutico, um (poli)peptídeo ou proteína antígênico ou alérgico como aqui divulgado, por exemplo, uma proteína útil no tratamento de uma doença selecionada do grupo que consiste em doenças genéticas, alergias, doenças autoimunes, doenças infecciosas, neoplasias, câncer e doenças relacionadas a tu- mores, doenças inflamatórias, doenças do sangue e de órgãos forma- dores de sangue, doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas, do- enças do sistema nervoso, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respiratório, doenças do sistema digestivo, doenças da pe- le e tecido subcutâneo, doenças do sistema músculo-esquelético e te- cido conjuntivo e doenças do sistema geniturinário, independentemen- te se forem herdadas ou adquiridas e suas combinações.
[00112] Em vista do acima exposto, moléculas de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção podem ser definidas como indicado acima, em que - dito elemento da SUTR derivado de um gene HSD17B4 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 1 ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 1, ou um fragmento ou uma variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 2, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 2, ou um fragmento ou uma va- riante desta; - dito elemento da SUTR derivado de um gene ASAH1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 3 ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 3, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 4, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 4, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene ATP5A1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 5, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 5, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 6, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 6, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene MP68 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 7, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 7, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID
NO: 8, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 8, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene NDUFA4 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 9, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 9, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 10, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 10, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene NOSIP compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 11, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 11, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 12, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 12, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene RPL31 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 13, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 13, ou um fragmento ou variante desta; uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 14, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo me- nos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de iden- tidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 14, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene SLC7A3 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 15, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 15, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 16, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 16, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene TUBB4B compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 17, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 17, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 18, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre-
ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 18, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da SUTR derivado de um gene UBQLN2 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 19, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 19, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 20, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 20, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da 3UTR derivado de um gene PSMB3 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 23, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 23, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 24, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 24, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da 3UTR derivado de um gene CASP1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a
SEQ ID NO: 25, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 25, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 26, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 26, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da 3UTR derivado de um gene COX6B1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 27, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 27, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 28, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 28, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da 3UTR derivado de um gene GNAS compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 29, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 29, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 30, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre-
ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 30, ou um fragmento ou uma variante desta; - dito elemento da 3UTR derivado de um gene NDUFA1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 31, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 31, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 32, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 32, ou um fragmento ou uma variante desta; e/ou - dito elemento da 3UTR derivado de um gene RPS9 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 33, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 33, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 34, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 34, ou um fragmento ou uma variante desta.
Região de codificação
[00113] O ácido nucleico artificial de acordo com a invenção com-
preende pelo menos uma região de codificação ou sequência de codi- ficação ligada de maneira operável a - e tipicamente flanqueada por - pelo menos um elemento da 3-UTR e pelo menos um elemento da 5'- UTR conforme aqui definido. Os termos "sequência de codificação" ou "cds" e "região de codificação" são utilizados aqui de modo trocável para se referir a um segmento ou parte de um ácido nucleico que codi- fica um produto (gene) de interesse. Os produtos gênicos são produtos da expressão gênica e incluem (poli)peptídeos e ácidos nucleicos, tais como RNAs que codificam proteínas (tais como mMRNAs) e RNAs que não codificam proteínas (tais como tRNAs, rRNAs, microRNAs, siR- NAs) . Tipicamente, a pelo menos uma região de codificação da molé- cula de ácido nucleico artificial da invenção pode codificar pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína, daqui em diante referido como "(po- lijpeptídeo ou proteína de interesse". As regiões de codificação podem tipicamente ser compostas por éxons delimitados por um códon de iní- cio (tal como AUG) na sua extremidade 5' e um códon de parada (tal como UAG, UAA ou UGA) na sua extremidade 3'. Nas moléculas de ácido nucleico artificial da invenção, a região de codificação é delimi- tada por pelo menos um elemento da 5-UTR e pelo menos um ele- mento da 3'-UTR, conforme aqui definido.
[00114] Os (polipeptídeos ou proteínas de interesse geralmente incluem qualquer (poli)peptídeo ou proteína que pode ser codificado pela sequência de ácido nucleico de pelo menos uma região de codifi- cação e pode ser expressa sob condições adequadas para produzir um (poli)peptídeo ou produto proteico. Nesse contexto, o termo "funci- onal" significa "capaz de exercer uma função biológica desejada" e/ou "que apresenta uma propriedade biológica desejada". Os (po- liipeptídeos ou proteínas de interesse podem ter várias funções e in- cluem, por exemplo, anticorpos, enzimas, proteínas de sinalização, receptores, ligantes receptores, hormônios peptídicos, proteínas de transporte, proteínas estruturais, neurotransmissores, fatores regula- dores de crescimento, proteínas séricas, veículos, fármacos, imuno- moduladores, oncogenes, supressores de tumor, toxinas, antígenos de tumores e outros. Essas proteínas podem ser pós-translacionais modi- ficadas para serem proteínas, glicoproteínas, lipoproteínas, fosfoprote- íÍnas, etc. Além disso, a invenção prevê qualquer um dos (poli) peptí- deos ou proteínas divulgados em sua forma natural (do tipo selvagem), assim como variantes, fragmentos e derivados. Os (poli) peptídeos e proteínas codificados podem ter efeitos diferentes. Sem se limitar a isso, as regiões de codificação que codificam (poli)peptídeos terapêu- ticos, antigênicos e alergênicos são aqui particularmente contempla- das. (Poli)peptídeos ou proteínas terapêuticos
[00115] A pelo menos uma região de codificação da molécula de ácido nucleico artificial da invenção pode codificar pelo menos um "(poli)peptídeo ou proteína terapêutico". O termo "(poli)peptídeo ou proteína terapêutico" refere-se a um (poli)peptídeo ou proteína capaz de mediar um efeito de diagnóstico, profilático ou terapêutico desejá- vel, resultando preferivelmente na detecção, prevenção, melhora e/ou cura de uma doença.
[00116] De preferência, as moléculas de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção podem compreender pelo menos uma região de codificação que codificam uma proteína terapêutica que substitui uma proteína ausente, deficiente ou submetida à mutação; uma prote- ína terapêutica benéfica para o tratamento de doenças herdadas ou adquiridas; doenças infecciosas ou neoplasias, por exemplo, doenças cancerígenas ou tumorais; uma proteína terapêutica adjuvante ou imunoestimulante; um anticorpo terapêutico ou um fragmento de anti- corpo, variante ou derivado de anticorpo; um hormônio peptídico; um agente de edição de genes; um inibidor do ponto de verificação imune;
um receptor de células T, ou um fragmento, variante ou derivado do receptor de células T; e/ou uma enzima.
[00117] Os "(polipeptídeos ou proteínas terapêuticos que substitu- em uma proteína ausente, deficiente ou submetida à mutação" podem ser selecionados a partir de qualquer (poli)peptídeo ou proteína que apresenta as propriedades biológicas desejadas e/ou capazes de exercer a função biológica desejada de um proteína tipo selvagem, cuja ausência, deficiência ou mutação provoca doença. Aqui, "ausen- te" significa que a expressão da proteína a partir do seu gene codifica- dor é impedida ou abolida, tipicamente a ponto da proteína não ser detectável no seu sítio alvo (isto é, compartimento celular, tipo de célu- la, tecido ou órgão) no corpo do indivíduo afetado. A expressão de pro- teína pode ser afetada em vários níveis, e a "ausência" ou "falta de produção" de uma proteína no corpo de um paciente afetado pode ser devido às mutações no gene codificador, por exemplo, alterações epi- genéticas ou mutações de sequência, sua estrutura de leitura aberta ou seus elementos reguladores (por exemplo, mutações ou elimina- ções sem sentido que levam ao impedimento ou revogação da trans- crição gênica), processamento defeituoso de mRNA (por exemplo, junção de mRNA com defeito, maturação ou exportação do núcleo), deficiências de translação de proteína ou erros no processo de dobra- gem, translocação (isto é, falha na inserção correta da via secretora) ou transporte (isto é, falha na inserção correta da via de exportação destinada) de proteínas. Uma "deficiência" de proteína, isto é, quanti- dade reduzida de proteína detectável no sítio alvo (isto é, comparti- mento celular, tipo de célula, tecido ou órgão) no corpo do indivíduo afetado, pode ser provocada pelos mesmos mecanismos responsáveis pela completa falta de expressão de proteínas como exemplificado acima. No entanto, os defeitos que levam a uma "deficiência" de prote- Ína nem sempre podem impedir ou abolir completamente a expressão de proteína do gene afetado, mas levam a níveis de expressão reduzi- dos (por exemplo, nos casos em que um alelo é afetado e o outro fun- ciona normalmente). O termo "submetido à mutação" abrange tanto as variantes da sequência de aminoácidos quanto as diferenças na modi- ficação pós-translacional das proteínas. Os "mutantes" de proteínas podem normalmente não ser funcionais ou mal funcionais e podem apresentar propriedades ou perfis aberrantes de dobragem, transloca- ção ou transporte.
[00118] Os (polijpeptídeos ou proteínas terapêuticos "benéficos pa- ra o tratamento de doenças herdadas ou adquiridas, tais como doen- ças infecciosas ou neoplasias, por exemplo, doenças cancerígenas ou tumorais, doenças do sangue e de órgãos formadores de sangue, do- enças endócrinas, nutricionais e metabólicas, doenças do sistema ner- voso, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respirató- rio, doenças do sistema digestivo, doenças da pele e tecido subcutâ- neo, doenças do sistema músculo-esquelético e tecido conjuntivo e doenças do sistema geniturinário, independentemente de serem her- dadas ou adquiridas" incluem qualquer (poli)peptídeo ou proteína cuja expressão seja capaz de prevenir, melhorar ou curar uma doença he- reditária ou doenças adquiridas. Tais (poli)peptídeos ou proteínas po- dem, em princípio, exercer sua função terapêutica exercendo qualquer ação ou função biológica adequada. Em algumas modalidades, tais (poli)peptídeos ou proteínas podem preferivelmente não atuar substi- tuindo uma proteína ausente, deficiente ou submetida à mutação e/ou induzindo uma resposta imune ou alergênica. Por exemplo, os (po- lipeptídeos ou proteínas benéficos para o tratamento de doenças her- dadas ou adquiridas, tais como doenças infecciosas ou neoplasias, podem incluir proteínas terapêuticas particularmente preferidas, que são, inter alia, benéficas no tratamento de distúrbios metabólicos ou endócrinos adquiridos ou herdados selecionados de (em parênteses a doença particular para a qual a proteína terapêutica é utilizada no tra- tamento): esfingomielinase ácida (doença de Niemann-Pick), adipotí- deo (obesidade), agalsidase-beta (galactosidase humana A) (doença de Fabry; impede o acúmulo de lipídios que podem levar a complica- ções renais e cardiovasculares), Alglucosidase (doença de Pompe (doença de armazenamento de glicogênio tipo |l)), alfa-galactosidase A (alfa-GAL A, Agalsidase alfa) (doença de Fabry), alfa-glucosidase (doença de armazenamento de glicogênio (GSD), Morbus Pompe), alfa-L-iduronidase (mucopolissacaridoses (MPS), síndrome de Hurler, síndrome de Scheie), alfa-N-acetilglucosaminidase (síndrome de San- filippo), anfiregulina (câncer, distúrbio metabólico), angiopoietina ((Ang1, Ang2, Ang3, Ang4, ANGPTL2, ANGPTL3, ANGPTLA4, ANG- PTL5, ANGPTL6, ANGPTL7) (angiogenesis, stabilize vessels), (angio- gênese, vasos estabilizadores), Betacelulina (distúrbio metabólico), Beta-glucuronidase (síndrome de Sly), proteína morfogenética óssea BMPs (BMP1, BMP2, BMP3, BMP4, BMP5, BMP6, BMP7, BMP8a, BMP8b, BMP10, BMP15) (efeito regenerativo, condições relacionadas com os ossos, doença renal crônica (DRC)), proteína CLN6 (doença CLNG6 - infantil tardio atípico), variante de início tardio, juvenis preco- ces, Lipofuscinoses Ceroides Neuronais (NCL)), Fator de crescimento epidérmico (EGF) (cicatrização de feridas, regulação do crescimento celular, proliferação e diferenciação), Epígeno (distúrbio metabólico), Epiregulina (distúrbio metabólico), Fator de Crescimento de Fibroblas- tos (FGF, FGF-1, FGF-2, FGF-3, FGF-4, FGF-5, FGF-6, FGF-7, FGF- 8, FGF-9, FGF-10, FGF-11, FGF-12, FGF-13, FGF-14, FGF-16, FGF- 17, FGF-17, FGF-18, FGF-19, FGF-20, FGF-21, FGF-22, FGF-23) (ci- catrização de feridas, angiogênese, distúrbios endócrinos, regenera- ção de tecidos), galsulfase (mucopolissacaridose VI), grelina (síndro- me do intestino irritável (IBS), obesidade, síndrome de Prader-Willi, diabetes melito tipo 1I), glicocerebrosidase (doença de Gaucher), GM-
CSF (efeito regenerativo, produção de glóbulos brancos, câncer), fator de crescimento semelhante ao EGF de ligação à heparina (HB-EGF) (cicatrização de feridas, hipertrofia cardíaca e desenvolvimento e fun- ção do coração), fator de crescimento de hepatócitos HGF (efeito re- generativo, cicatrização de feridas) Hepcidina (distúrbios do metabo- lismo do ferro, beta-talassemia), albumina humana (diminuição da pro- dução de albumina (hipoproteinemia), aumento da perda de albumina (síndrome nefrótica), hipovolemia, hiperbilirrubinemia), idursulfase (idu- ronato-2-sulfatase) (mucopolissacaridose Il (síndrome de Hunter)), In- tegrinas alfaVbeta3, alfaVbeta5 e alfa5beta1 (macromoléculas e pro- teinases da matriz de ligação, angiogênese), luduronato sulfatase (síndrome de Hunter), Laronidase (formas Hurler e Hurler-Scheie de mucopolissacaridose |), N-acetilgalactosamina-4-sulfatase (rhASB; galsulfase, Arilsulfatase A (ARSA), Arilsulfatase B (ARSB)) (deficiência de arilsulfatase B, síndrome de Maroteaux-Lamy, mucopolissacaridose VI), N-acetilglucosamina-6-sulfatase (síndrome de Sanfilippo), fator de crescimento nervoso (NGF, Fator Neurotrópico Derivado do Cérebro (BDNF)), Neurotrofina-3 (NT-3) e Neurotrofina 4/5 (NT-4/5) (efeito re- generativo, doenças cardiovasculares, aterosclerose coronariana, obe- sidade, diabetes tipo 2, síndrome metabólica, síndromes coronárias agudas, demência, depressão, esquizofrenia, autismo, síndrome de Rett, anorexia nervosa, bulimia nervosa, cicatrização de feridas, úlce- ras de pele, úlceras de córnea, doença de Alzheimer), neuregulina (NRG1, NRG2, NRG3, NRG4) (distúrbio metabólico, esquizofrenia), neuropilina (NRP- 1, NRP-2) (angiogênese, orientação dos axônios, sobrevivência celular, migração), Obestatina (síndrome do intestino irritável (IBS), obesidade, síndrome de Prader-Willi, diabetes melito tipo 11), fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF (PDFF-A, PDGF-B, PDGF-C, PDGF-D)) (efeito regenerativo, cicatrização de feri- das, distúrbio na angiogênese, arteriosclerose, fibrose, câncer), recep-
tores TGF beta (endoglina, receptor de TGF-beta 1, receptor de TGF- beta 2, receptor de TGF-beta 3) (fibrose renal, doença renal, diabetes, enfim doença renal em fase terminal (ESRD), angiogênese), Trombo- poietina (THPO) (fator de crescimento e desenvolvimento de megaca- riócitos (MGDF)) (distúrbios de plaquetas, plaquetas para doação, re- cuperação da contagem de plaquetas após quimioterapia mielossu- pressora), fator de crescimento transformador (TGF (TGF-a, TGF-beta) (TGFbeta1, TGFbeta2 e TGFbeta3))) (efeito regenerativo, cicatrização de feridas, imunidade, câncer, doenças cardíacas, diabetes, síndrome de Marfan, síndrome de Loeys-Dietz), VEGF (VEGF-A, VEGF-B, VEGF-C, VEGF -D, VEGF-E, VEGF-F e PIGF) (efeito regenerativo, angiogênese, cicatrização de feridas, câncer, permeabilidade), Nesiri- tide (insuficiência cardíaca congestiva descompensada aguda), tripsi- na (úlcera de decúbito, úlcera varicosa, debridamento de escara, ferida deiscente, queimaduras solares, íleo mecônio), hormônio adrenocorti- cotrófico (ACTH) ("doença de Addison, Carcinoma de pequenas célu- las, Adrenoleucodistrofia, Hiperplasia adrenal congênita, Síndrome de Cushing, Síndrome de Nelson, Espasmos infantis), Peptídeo atrial- natriurético (ANP) (distúrbios endócrinos), Colecistocinina (diversa), Gastrina (hipogastrinemia), Leptina (Diabetes, hipertrigliceridemia) obesidade), oxitocina (estimular a amamentação, não progressão do parto), somatostatina (tratamento sintomático da síndrome carcinoide, sangramento agudo das varizes e acromegalia, doenças policísticas do fígado e rim, acromegalia e sintomas provocados por tumores neu- roendócrinos), vasopressina (hormônio antidiurético) (diabetes insípi- do), calcitonina (osteoporose pós-menopáusica, hipercalcemia, doença de Paget, metástases ósseas, dor no membro fantasma, estenose es- pinal), exenatide (diabetes tipo 2 resistente ao tratamento com met- formina e uma sulfonilureia), hormônio do crescimento (GH), somato- tropina (Falha no crescimento devido à deficiência de GH ou insufici-
ência renal crônica, síndrome de Prader-Willi, síndrome de Turner, en- fraquecimento por AIDS ou caquexia com terapia antiviral), Insulina (Diabetes melito, cetoacidose diabética, hipercaliemia), fator de cres- cimento semelhante à insulina 1 IGF-1 (falha no crescimento de crian- ças com deleção do gene do GH ou deficiência primária grave de IGF1, doença neurodegenerativa, doenças cardiovasculares, insufici- ência cardíaca) , Mecasermin rinfabate, análogo de IGF-1 (falha do crescimento em crianças com deleção do gene do GH ou deficiência primária grave de IGF1, doença neurodegenerativa, doenças cardio- vasculares, insuficiência cardíaca), Mecasermin, análogo de IGF-1 (fa- lha do crescimento em crianças com deleção do gene do GH ou grave deficiência primária de IGF1, doença neurodegenerativa, doenças car- diovasculares, insuficiência cardíaca), Pegvisomant (Acromegalia), Pramlintide (Diabetes melito, em combinação com insulina), Teripara- tide (resíduos de hormônio da paratireoide humano 1 a 34) (osteopo- rose grave), Becaplermin (aditivo para debridamento para úlceras dia- béticas), Dibotermin-alfa (proteína morfogenética óssea 2) (cirurgia de fusão espinhal, reparo de lesão óssea), acetato de histrelina (hormônio liberador de gonadotrofina; GnNRH) (puberdade precoce), Octreotide (acromegalia, alívio sintomático do adenoma secretor de VIP e tumo- res carcinoides metastáticos) e palifermin (fator de crescimento de queratinócitos; KGF) (grave mucosite oral em pacientes submetidos a quimioterapia, cicatrização de feridas) ou isoforma, homólogo, frag- mento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00119] Entende-se que estas e outras proteínas são terapêuticas, uma vez que se destinam a tratar o indivíduo mediante a substituição da sua produção endógena defeituosa de uma proteína funcional em quantidades suficientes.
[00120] Consequentemente, essas proteínas terapêuticas são tipi- camente mamíferas, em particular proteínas humanas.
[00121] Para o tratamento de distúrbios do sangue adquiridos ou herdados, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respi- ratório, doenças de câncer ou tumor, doenças infecciosas ou imunode- ficiências, as seguintes proteínas terapêuticas podem ser usadas (en- tre parênteses é a doença particular para a qual um uso da proteína terapêutica é indicada para o tratamento): Alteplase (ativador do plas- minogênio tecidual; tPA) (embolia pulmonar, infarto do miocárdio, aci- dente vascular cerebral isquêmico agudo, oclusão dos dispositivos de acesso venoso central), Anistreplase (trombólise), Antitrombina Ill (AT- I1) ( Deficiência hereditária de AT-IIl, tromboembolismo), Bivalirudin (reduzir o risco de coagulação sanguínea na angioplastia coronária e trombocitopenia induzida por heparina), Darbepoetina alfa (tratamento da anemia em pacientes com insuficiência renal crônica) (+/- diálise)), Drotrecogin-alfa (proteína C ativada) (sepse grave com alto risco de morte), Eritropoietina, Epoetina-alfa, Eritropoetina, Ertropoetina (Ane- emia de doença crônica, mielodisplasia, anemia por insuficiência renal ou quimioterapia, preparação pré-operatória), Fator IX (hemofilia B), Fator Villa (hemorragia em pacientes com hemofilia A ou B e inibidores do fator VIII ou fator IX), Fator VIII (Hemofilia A), Lepirudin (tromboci- topenia induzida por heparina), concentrado de proteína C (trombose venosa, Purpura fulminans), Reteplase (deleção muteína de tPA) (con- trole do infarto agudo do miocárdio, melhora da função ventricular), Estreptocuinase (infarto agudo do miocárdio em evolução transmural, embolia pulmonar, trombose venosa profunda, trombose arterial ou embolia, oclusão de cânula arteriovenosa), Tenecteplase (infarto agu- do do miocárdio), Urocinase (embolia pulmonar), Angiostatina (cân- cer), imunotoxina anti-CD22 (leucemia mieloide aguda de recaída CD33+), Denileukin diftitox (linfoma cutâneo de células T (CTCL)), imunocianina (câncer de bexiga e próstata), MPS (metalopanstimulina) (câncer), Aflibercept (não pequeno) câncer de pulmão de não peque-
nas células (NSCLC), câncer colorretal metastático (mMCRC), câncer de próstata metastático refratário a hormônios, degeneração macular úmida), Endostatina (câncer, doenças inflamatórias como artrite reu- matoide, assim como doença de Crohn, retinopatia diabética, psoríase e endometriose), Colagenase (debridamento de úlceras dérmicas crô- nicas e áreas gravemente queimadas, contratura de Dupuytren, doen- ça de Peyronie), desoxirribonuclease | humana, dornase (fibrose císti- ca; diminui infecções do trato respiratório em pacientes selecionados com FVC maior do que 40% do previsto), Hialuronidase (utilizada co- mo adjuvante para aumentar a absorção e dispersão de fármacos inje- tados, particularmente anestésicos em cirurgia oftálmica e certos agentes de formação de imagem), papaína (debridamento do tecido necrótico) ou liquefação da degradação em lesões agudas e crônicas, tais como úlceras por pressão, úlceras varicosas e diabéticas, quei- maduras, feridas pós-operatórias, feridas com cisto pilonidal, carbún- culos e outras feridas), L-Asparaginase (leucemia linfocítica aguda, que requer asparagina exógena para proliferação), Peg-asparaginase (leucemia linfocítica aguda, que requer asparagina exógena para proli- feração), Rasburicase (pacientes pediátricos com leucemia, linfoma e tumores sólidos que são submetidos à terapia anticâncer que pode provocar síndrome de lise tumoral), gonadotrofina coriônica humana (HCG) (Reprodução assistida), Hormônio folículo-estimulante humano (FSH) (reprodução assistida), Lutropin-alfa (Infertilidade com deficiên- cia de hormônio luteinizante), Prolactina (Hipoprolactinemia, deficiên- cia de prolactina sérica, disfunção ovariana em mulheres, ansiedade, disfunção erétil arteriogênica, ejaculação precoce, oligozoospermia, astenospermia, hipofunção de vesículas seminais, hipoandrogenismo em homens), inibidor da alfa-1-proteinase (deficiência congênita de antitripsina), lactase (gases, inchaço, câãibras e diarreia devido à inca- pacidade de digerir a lactose), enzimas pancreáticas (lipase, amilase,
protease) (fibrose cística, pancreatite crônica, insuficiência pancreáti- ca, cirurgia de ponte safena gástrico pós-Billroth Il, obstrução do ducto pancreático, esteatorreia, má digestão, gases, inchaço), Adenosina desaminase (pegademase bovina, PEG-ADA) (doença grave da imu- nodeficiência combinada devido à deficiência de adenosina desami- nase), Abatacept (artrite reumatoide (especialmente quando refratária à inibição do TNFa)), Alefacept (psoríase em placas), Anakinra (artrite reumatoide), Etanercept (artrite reumatoide, artrite reumatoide juvenil de curso poliarticular, artrite psoriática, espondilite anquilosante, psorí- ase em placas, espondilite anquilosante), antagonista do receptor da interleucina-1 (IL-1), Anakinra (inflamação e degradação da cartilagem associada com a artrite reumatoide), Thymulin (doença neurodegene- rativa, reumatismo, anorexia nervosa), antagonista do TNF-alfa (dis- túrbios autoimunes tais como artrite reumatoide, espondilite anquilo- sante, doença de Crohn, psoríase, hidradenite supurativa, asma refra- tária), Enfuvirtide (infecção pelo HIV-1) e Thymosin alfa1 (hepatite B e C ) ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00122] Outros (poli)peptídeos ou proteínas terapêuticos podem ser selecionados de: OATL3, OFC3, OPA3, OPD2, 4-1BBL, 574, 6Ckine, 707-AP, 9D7, A2M, AA, AAAS, AACT, AASS, ABAT, ABCA1, ABCAA, ABCB1, ABCB11, ABCB2, ABCB4, ABCB7, ABCC2, ABCC6, ABCCB8, ABCD1, ABCD3, ABCG5, ABCG8, ABL1, ABO, ABR ACAA1, ACACA, ACADL, ACADM, ACADS, ACADVL, ACAT1, ACCPN, ACE, ACHE, ACHM3, ACHM1, ACLS, ACPI, ACTA1I, ACTC, ACTNA4, ACVRLI, AD2, ADA, ADAMTS13, ADAMTS2, ADFN, ADH1B, ADHIC, ADLDH3A2, ADRB2, ADRB3, ADSL, AEZ, AFA, AFD1, AFP, AGA, AGL, AGMX2, AGPS, AGS1, AGT, AGTR1, AGXT, AHO2, AHCY, AHDS, AHHR, AHSG, AIC, AIED, AIH2, AIH3, AIM-2, AIPL1, AIRE, AK1, ALAD, ALAS2, ALB, HPG1, ALDH2, ALDH3A2, ALDHA4A1,
ALDH5A1, ALDH1A1, ALDOA, ALDOB, ALMS1, ALPL, ALPP, ALS?2, ALX4, AMACR, AMBP, AMCD, AMCD1, AMCN, AMELX, AMELY, AMGL, AMH, AMHR2, AMPD3, AMPD1, AMT, ANC, ANCR, ANK1, ANOP1, AOM, APOAA4, APOC2, APOC3, AP3B1, APC, aPKC, APOA?, APOA1, APOB, APOC3, APOC2, APOE, APOH, APP, APRT, APS1, AQP2, AR, ARAF1, ARG1, ARHGEF12, ARMET, ARSA, ARSB, ARSC2, ARSE, ART-4, ARTC1/m, ARTS, ARVD1, ARX, AS, ASAH, ASAT, ASD1, ASL, ASMD, ASMT, ASNS, ASPA, ASS, ASSP?2, ASSP5, ASSP6, AT3, ATD, ATHS, ATM, ATP2A1, ATP2A2, ATP2C1, ATP6B1, ATP7A, ATP7B, ATP8B1, ATPSK2, ATRX, ATXN1, ATXN2, ATXN3, AUTS1, AVMD, AVP, AVPR2, AVSD1, AXIN1, AXIN2, AZF2, B2M, B4GALT7, B7H4, BAGE, BAGE-1, BAX, BBS2, BBS3, BBSA4, BCA225, BCAA, BCH, BCHE, BCKDHA, BCKDHB, BCL10, BCL?2, BCL3, BCL5, BCL6, BCPM, BCR, BCR/ABL, BDC, BDE, BDMF, BDMR, BEST1, beta-Catenina/m, BF, BFHD, BFIC, BFLS, BFSP?2, BGLAP,BGN, BHD, BHR1, BING-4, BIRC5, BJS, BLM, BLMH, BLNK, BMPR2, BPGM, BRAF, BRCA1, BRCA1/m, BRCA2, BRCA2/m, BRCD2, BRCD1, BRDT, BSCL, BSCL2, BTAA, BTD, BTK, BUB1, BWS, BZX, COL2A1, COL6A1, C1NH, C1QA, C1QB, C1Q6G, C1S, C2, C3, C4A, C4B, C5, C6, C7, C70rf2, CSA, C8B, C9, CA125, CAI15-3/CA 27-29, CA1I195, CA19-9, CA72-4, CA2, CA242, CASO, CABYR, CACD, CACNAZD1, CACNA1A, CACNATF, CACNA1IS, CACNB2, CACNBA, CAGE, CA1, CALB3, CALCA, CALCR, CALM, CALR, CAM43, CA- MEL, CAP-1, CAPN3, CARD15, CASP-5/m, CASP-8, CASP-8/m, CASR, CAT, CATM, CAV3, CB1, CBBM, CBS, CCA1, CCAL2, CCAL1, CCAT, CCL-1, CCL-11, CCL-12, CCL-13, CCL-14, CCL-15, CCL-16, CCL-17, CCL-18, CCL-19, CCL-2, CCL-20, CCL-21, CCL-22, CCL-23, CCL-24, CCL-25, CCL-27, CCL-3, CCL-4, CCL-5, CCL-7, CCL-8, CCM1, CCNB1, COND1, CCO, CCR2, CCOR5, CCT, CCV, CCZS, CD1, CD19, CD20, CD22, CD25, CD27, CD27L, cD3, CD30, CD30, CD30L,
CD33, CD36, CD3E, CD3G, CD3Z, CD4, CD40, CD40L, CD44, CD44v, CD44v6, CD52, CD55, CD56, CD59, CD80, CD86, CDAN1, CDAN2, CDAN3, CDC27, CDC27/m, CDC2L1, CDH1, CDKA4, CDK4/m, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2A/m, CDKN1A, CDKN1C, CDL1, CDPD1, CDR1, CEA, CEACAM1, CEACAM5, CECR, CECR9, CEPA, CETP, CFNS, CFTR, CGF1, CHAC, CHED2, CHED1, CHEK2, CHM, CHML, CHR39C, CHRNA4, CHRNA1, CHRNB1, CHRNE, CHS, CHS1, CHST6, CHX10, CIAS1, CIDX, CKN1, CLA2, CLA3, CLA1, CLCA?2, CLCN1, CLCN5, CLCNKB, CLDN16, CLP, CLN2, CLN3, CLNA4, CLN5, CLN6, CLN8, C1QA, C1QB, C1QG, C1IR, CLS, CMCWTD, CMDJ, CMD1A, CMD1B, CMH2, MH3, CMH6, CMKBR2, CMKBR5, CML28, CML66, CMM, CMT2B, CMT2D, CMT4A, CMT1A, CMTX2, CMTX3, C- MYC, CNA1, CND, CNGA3, CNGA1, CNGB3, CNSN, CNTF, COA- 1/m, COCH, COD2, COD1, COH1, COL10A, COL2A2, COL11A?2, COL1I7A1, COLIA1, COL1A2, COL2A1, COLSA1, COL4A3, COL4AA4, COL4A5, COL4A6, COLSA1, COL5A2, COL6A1, COL6A2, COL6A3, COL7A1, COL8A2, COL9AZ, COL9AS, COL11A1, COL1IA2Z, COL2Z23A1, COL1A1, COLO, COMP, COMT, CORD5, CORD1, COX10, COX-2, CP, CPB2, CPO, CPP, CPS1, CPT2, CPT1IA, CPX, CRAT, CRB1, CRBM, CREBBP, CRH, CRHBP, CRS, CRV, CRX, CRYAB, CRYBA1, CRYBB2, CRYGA, CRYGC, CRYGD, CSA, CSE, CSFIR, CSF2RA, CSF2RB, CSF3R, CSFIR, CST3, CSTB, CT, CT7, CT-9/BRD6, CTAA1, CTACK, CTEN, CTH, CTHM, CTLA4, CTM, CTNNB1, CTNS, CTPA, CTSB, CTSC, CTSK, CTSL, CTS1, CUBN, CVD1, CX3CL1, CXCL1, CXCL10, CXCL11, CXCL12, CXCL13, CXCL16, CXCL2, CXCL3, CXCL4, CXCL5, CXCL6, CXCL7, CXCL8, CXCL9, CYBS5, CYBA, CYBB, CYBB5, , CYFRA 21-1, CYLD, CYLD1, CYMD, CYP11B1, CYP11B2, CYP17, CYP17A1, CYP19, CYP19A1, CYP1A?2, CYP1B1, CYP21A2, CYP27A1, CYP27B1, CYP2A6, CYPZ2C, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D, CYP2D6, CYP2D7P1, CYP3A4,
CYP7B1, CYPB1, CYP11B1, CYP1A1, CYP1B1, CYRAA, D40,DADI, DAM, DAM-10/MAGE-B1, DAM-6/MAGE-B2, DAX1, DAZ, DBA, DBH, DBI, DBT, DCC, DC-CK1, DCK, DCR, DCX, DDB 1, DDB2, DDIT3, DDU, DECR1, DEK-CAN, DEM, DES, DF,DFN2, DFN4, DFNG6, DFNAA4, DFNA5, DFNB5, DGCR, DHCR7, DHFR, DHOF, DHS, DIAS, DIAPH2, DIAPH1, DIH1, DIO1, DISCI, DKC1, DLAT, DLD, DLL3, DLX3, DMBT1, DMD, DM1, DMPK, DMWD, DNAI1I, DNASE1, DNMT3B, DPEP1, DPYD, DPYS, DRD2, DRD4, DRPLA, DSCR1, DSG1, DSP, DSPP, DSS, DTDP2, DTR, DURS1, DWS, DYS, DYSF, DYT2, DYT3, DYTA4, DYT2, DYT1, DYX1, EBAF, EBM, EBNA, EBP, EBR3, EBS1, ECA1, ECB2, ECE1, ECGF1, ECT, ED2, EDA4, EDA, EDAR, ECA1, EDN3, EDNRB, EEC1, EEF1A1L14, EEGV1, EFEMP1, EFTUD2/m, EGFR, EGFR/Her1, EGI, EGR2, EIF2AK3, elF4G, EKV, El IS, ELA2, ELF2, ELF2M, ELK1, ELN, ELONG, EMD, EML1, EMM- PRIN, EMX2, ENA-78, ENAM, END3, ENG, ENO1, ENPP1, ENUR?2, ENUR1, EOS, EP300, EPB41, EPB42, EPCAM, EPD, EphA1, EphA?2, EphA3, EphrinA2, EphrinA3, EPHX1, EPM2A, EPO,EPOR, EPX, ERBB2, ERCC2 ERCC3,ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERVR, ESR1, ET- FA, ETFB, ETFDH, ETM1, ETV6-AML1, ETV1, EVC, EVR2, EVRI1, EWSR1, EXT2, EXT3, EXT1, EYA1, EYCL2, EYCL3, EYCL1, EZH2, F10, F11, F12, F13A1, F13B, F2, F5, FSF8D, F7, F8, F8C, F9, FABP?2, FACL6, FAH, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCF, FasL,FBN2, FBN1, FBP1, FOCG3RA,FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCHL, FCMD, FCP1, FDPSL5, FECH, FEO, FEOM1, FES, FGA, FGB, FGD1, FGF2, FGF23, FGF5, FGFR2, FGFR3, FGFR1, FGG, FGS1, FH, FIC1, FIH, F2, FKBP6, FLNA, FLT4, FMO3,FMO4, FMR2, FMR1, FN, FN1/m, FOXC1, FOXE1, FOXL2, FOXO1A, FPDMM, FPF, Fra-1, FRAXF, FRDA, FSHB, FSHMD1A, FSHR, FTH1, FTHL17, FTL, FTZF1, FUCA1, FUT2, FUT6, FUT1, FY, G250, G250/CAIX, G6PC, G6PD, G6PT1, G6PT2, GAA, GABRA3, GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3,
GAGE-4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE-7b, GAGE-8, GALC, GALE, GALK1, GALNS, GALT, GAMT, GAN, GAST, GASTRIN17, GATA3, GATA, GBA, GBE, GC, GCDH, GCGR, GCH1, GCK, GCP-2, GCS1, G-CSF, GCSH, GCSL, GCY, GDEP,GDF5, GDI, GDNF, GDXY, GFAP, GFND, GGCX, GGT1, GH2, GH1, GHR, GHRHR, GHS, GIF, GINGF, GIP, GJA3, GJA8, GJB2, GJB3, GJB6, GJB1, GK, GLA, GLB, GLB1, GLC3B, GLC1B, GLC1C, GLDC, GLI3, GLP1, GLRA1, GLUD1, GM1 (fuc-GM1), GM2A, GM-CSF, GMPR, GNAI2, GNAS, GNAT1, GNB3, GNE, GNPTA, GNRH, GNRH1, GNRHR, GNS, GnT-V, gp100, GP1BA, GP1BB, GP9, GPC3, GPD2, GPDS1, GPI, GP1BA, GPN1LW, GPNMB/m, GPSC, GPX1, GRHPR, GRK1, GROa, GRORB, GROy, GRPR, GSE, GSM1, GSN, GSR, GSS, GTD, GTS, GUCATA, GUCY2D, GULOP, GUSB, GUSM, GUST, GYPA, GYPC, GYS1, GYS2, HOKPP2, HOMG2, HADHA, HADHB, HAGE, HAGH, HAL, HAST-2, HB 1, HBA2, HBA1, HBB, HBBP1, HBD, HBE1, HBG?2, HBG1, HBHR, HBP1, HBQ1, HBZ, HBZP, HCA, HCC-1, HCC-A, HCF2, HCG, HCL2, HCL1, HOR, HCVS, HD, HPN, HER2, HER2/NEU, HER3, HERV-K-MEL, HESX1, HEXA, HEXB, HF1, HFE, HF1, HGD, HHC2, HHC3, HHG, HK1 HLA-A, HLA-A*0201-R170Il, HLA-A11/m, HLA-A2/m, HLA-DPB1 HLA-DRA, HLCS, HLXB9, HMBS, HMGA?, HMGCL, HMI, HMN2, HMOX1, HMS1 HMW-MAA, HND, HNE, HNF4A, HOAC, HOMEOBOX NKX 3.1, HOM-TES-14/SCP-1, HOM-TES-85, HOXA1 HOXD13, HP, HPC1, HPD, HPE2, HPE1, HPFH, HPFH?2, HPRT1, HPS1, HPT, HPV-E6, HPV-E7, HR, HRAS, HRD, HRG, HRPT2, HRPT1, HRX, HSD11B2, HSD17B3, HSD17B4, HSD3B2, HSD3B3, HSN1, HSP70-2M, HSPG2, HST-2, HTC2, HTC1, hTERT, HTN3, HTR2C, HVBS6, HVBS1, HVEC, HV1S, HYAL1, HYR, 1-309, IAB, IBGC1, IBM2, ICAM1, ICAM3, iCE, ICHQ, ICR5, ICR1, ICS 1, IDDM2, IDDM1, IDS, IDUA, IF, IFNa/b, IFNGR1, IGAD1, IGER, IGF- 1R, IGF2R, IGF1, IGH, IGHC, IGHG2, IGHG1, IGHM, IGHR, IGKC,
IHG1, IHH, IKBKG, IL1, IL-1 RA, IL10, IL-11, I1L12, IL12RB1, I1L13, IL- 13Ralfa2, I1L-15, I1L-16, I1L-17, I1L18, IL-1a, IL-1alfa, IL-1b, IL-1beta, ILIRAPL1, IL2, I1L24, IL-2R, IL2RA, IL2RG, I1L3, ILBRA,ILA, ILAR,ILAR, IL-5, IL6, IL-7, IL7R, IL-8, IL-9, receptor de laminina imaturo, IMMP2L, INDX, INFGR1, INFGR2, INFalfa, IFNbeta, INFgama, INS, INSR, INVS, 1P-10, IP2, IPF1, IP1, IRF6, IRS1, ISCW, ITGA2, ITGAZB, ITGA6, ITGA7, ITGB2, ITGB3, ITGBA, ITIH1, ITM2B, IV, IVD, JAG1, JAK3, JBS, JBTS1, JMS, JPD, KAL1, KAL2, KALI, KLK2, KLKA4, KCNA1, KCNE2, KCNE1, KCNH2, KOCNJ1I, KOCNJ2, KOCNJ1I, KONQ?2, KCNQ3, KCNQ4, KCNQ1, KCOS, KERA, KFM, KFS, KFSD, KHK, ki-67, KIAAOO20, KIAAO205, KIAAO205/m, KIFIB, KIT, KK-LC-1, KLK3, KLKB1, KM-HN-1, KMS, KNG, KNO, K-RAS/m, KRAS2, KREV1, KRT1, KRT10, KRT12, KRT13, KRT14, KRT14L1, KRT14L2, KRT14L3,KRT16, KRT16L1, KRT16L2, KRT17, KRT18, KRT2A, KRT3, KRT4, KRT5, KRT6 A, KRT6B, KRT9, KRTHB1, KRTHBG6, KRT1, KSA, KSS, KWE, KYNU, LOHI19CR1, LICAM, LAGE, LAGE-1, LALL, LAMA2, LAMA3, LAMB3, LAMB1, LAMC2, LAMP2, LAP, LCAS5, LCAT, LCCS, LCCS 1, LCFS2, LCS1, LOCT, LDHA, LDHB, LDHC, LDLR, LDLR/FUT, LEP, LEWISY, LGCR, LGGF-PBP, LGI1, LGMD2H, LGMD1A, LGMD1B, LHB, LHCGR, LHON, LHRH, LHX3, LIF, LIG1, LIMM, LIMP2, LIPA, LIPA, LIPB, LIPC, LIVIN, LA6CAM, LMAN1, LMNA, LMX1B, LOLR, LOR, LOX, LPA, LPL, LPP, LOT4, LRP5, LRS 1, LSFC, LT-beta , LTBP2, LTCA4S, LYL1, XCL1, LYZ, M344, MAS5O, MAA, MADH4, MAFD2, MAFD1, MAGE, MAGE-A1, MAGE-AÍ1O, MAGE-A12, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-AS9, MAGEB1, MAGE-B10, MAGE-B16, MAGE-B17, MAGE-B2, MAGE-B3, MAGE-B4, MAGE-B5, MAGE-B6, MAGE-C1, MAGE-C2, MAGE-C3, MAGE-D1, MAGE-D2, MAGE-D4, MAGE-E1, MAGE-E2, MAGE- F1,MAGE-H1, MAGEL2, MGB1, MGB2, MAN2A1, MAN2B1, MANBA, MANBB, MAOA, MAOB, MAPHK8IP1, MAPT, MART-1, MART-2,
MART2/m, MAT1A, MBL2, MBP, MBS1, MC1R, MC2R, MC4R, MCC, MCCC2, MCCC1, MCDR1, MCF2, MCKD, MCL1, MC1IR, MCOLN1, MCOP, MCOR, MCP-1, MCP-2, MCP-3, MCP-4, MCPH2, MCPH1, MCS, M-CSF, MDB, MDCR, MDM2, MDRV, MDS 1, ME1, ME1/m, ME2, ME20, ME3, MEAX, MEB, MEC CCL-28, MECP2, MEFV, ME- LANA, MELAS, MEN1 MSLN, MET, MF4, MG50, MG50/PXDN, MGAT2, MGAT5, MGC1 MGCR, MGCT, MGI, MGP, MHC2TA, MHS2, MHS4, MIC2, MIC5, MIDI, MIF, MIP, MIP-5/HCC-2, MITF, MJD, MKI67, MKKS, MKS1, MLH1, MLL, MLLT2, MLLT3, MLLT7, MLLTA, MLS, MLYCD, MMA1a, MMP 11, MMVP1, MN/CA IX-Antígeno, MNG1, MN1, MOC31, MOCS2, MOCS1, MOG, MORC, MOS, MOV18, MPD1, MPE, MPFD, MPI, MPIF-1, MPL, MPO, MPS3C, MPZ, MRE11A, MROS, MRP1, MRP2, MRP3, MRSD, MRX14, MRX2, MRX20, MRX3, MRX40, MRXA, MRX1, MS, MS4A2, MSD, MSH2, MSH3, MSHG6, MSS, MSSE, MSX2, MSX1, MTATP6, MTCO3, MTCO1, MTCYB, MTHFR, MTM1, MTMR2, MTND2, MTND4, MTND5, MTND6, MTND1, MTP, MTR, MTRNR2, MTRNR1, MTRR,MTTE, MTTG, MTTI, MTTK, MTTL2, MTTL1, MTTN, MTTP, MTTS1, MUC1,MUC2, MUCA, MUCS5AC, MUM-1, MUM-1/m, MUM-2, MUM-2/m, MUM-3, MUM-3/m, MUT, mutante p21 ras, MUTYH, MVK, MX2, MXI1, MYOSA, MYB, MYBPC3, MYC, MYCL2, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYMY, MYO15A, MYO1G, MYO5A, MYO7A, MYOC, Miosina/m, MYP?2, MYP1, NABSB8-A, N-acetilglicosaminiltransferase-V, NAGA, NAGLU, NAMSD, NAPB, NAT2, NAT, NBIA1, NBS1, NCAM, NCF2, NCF1, NDN , NDP, NDUFS4, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV?2, NEB, NEFH, NEM1, Neo-PAP, neo-PAP/m, NEU1, NEUROD1, NF2, NF1, NFYC/m, NGEP, NHS, NKS1, NKX2E, NM, NME1, NMP22, NMTC, NODAL, NOG, NOS3, NOTCH3, NOTCH1, NP, NPC2, NPC1, NPHL?, NPHP1, NPHS2, NPHS1, NPM/ALK, NPPA, NQO1, NR2E3, NR3C1, NR3C2, NRAS, NRAS/m, NRL, NROB1, NRTN, NSE, NSX, NTRK1,
NUMA1, NXF2, NY-CO1, NY-ESO1, NY-ESO-B, NY-LU-12, ALDOA, NYS2, NYS4, NY-SAR-35, NYS1, NYX, OA3, OA1, OAP, OASD, OAT, OCA1, OCA2, OCD1, OCRL, OCRL1, OCT, ODDD, ODT1, OFC1, OFD1, OGDH, OGT, OGT/m, OPA2, OPA1, OPD1, OPEM, OPG, OPN, OPN1LW, OPN1MW, OPN1SW, OPPG, OPTB1, TTD, ORM1, ORP1, OS-9, OS-9/m, OSM LIF, OTC, OTOF, OTSC1, OXCTI1, OYTES1, P15, P190 MINOR BCR-ABL, P2RY12, P3, P16, P40, P4HB, P-501, P53, P53/m, P97, PABPN1, PAFAH1B1, PAFAH1P1, PAGE, PAGE-5, PAH, PAI-1, PAI-2, PAK3, PAP, PAPPA, PARK2, PART-1, PATE, PAX2, PAX3, PAX6, PAX7, PAX8, PAX9, PBCA, PBCRA1, PBT, PBX1, PBXP1, PC, PCBD, PCCA, PCCB, PCK2, PCK1, PCLD, PCOS1, PCSK1, PDB1, PDCN, PDE6A, PDE6B, PDEF, PDGFB, PDGFR, PDGFRL, PDHA1, PDR, PDX1, PECAM1, PEE1, PEOS, PEPD, PEX10, PEX12, PEX13, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PEX1, PF4, PFBI, PFC, PFKFB1, PFKM, PGAM2, PGD, PGK1, PGK1P1, PGL2, PGR, PGS, PHAZ2A, PHB, PHEX, PHGDH, PHKA2, PHKA1, PHKB, PHKG2, PHP, PHYH, PI, PI3, PIGA, PIM1-KINASE, PINI, PIPSK1B, PITX2, PITX3, PKD2, PKD3, PKD1, PKDTS, PKHD1, PKLR, PKP1, PKU1, PLA2G2A, PLAZG7, PLAT, PLEC1, PLG, PLI, PLOD, PLP1, PMEL17, PML, PML/RARalfa, PMM2, PMP22, PMS2, PMS, PNKD, PNLIP, POF1, POLA, POLH, POMC, PON2, PON1, PORC, POTE, POU1F1, POU3F4, POU4F3, POU1F1, PPAC, PPARG, PPCD, PPGB, PPH1, PPKB, PPMX, PPOX, PPP1IR3A, PPP2R2B, PPT1, PRAME, PRB, PRB3, PRCA1, PRCC, PRD, PRDX5/m, PRF1, PRGA, PRKAR1A, PRKCA, PRKDC, PRKWNKA4, PRNP, PROC, PRODH, PROM1, PROP1, PROS1, PRST, PRP8, PRPF31, PRPF8, PRPH2, PRPS2, PRPS1, PRS, PRSS7, PRSS1, PRTN3, PRX, PSA, PSAP, PSCA, PSEN2, PSEN1, PSG1, PSGR, PSM, PSMA, PSORS1, PTC, PTCH, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTGS1, PTH, PTHR1, PTLAH, PTOS1, PTPN12, PTPNI |, PTPRK, PTPRK/m, PTS, PUJO, PVR,
PVRL1, PWCR, PXE, PXMP3, PXR1, PYGL, PYGM, QDPR, RAB27A, RAD54B, RAD54L, RAG2, RAGE, RAGE-1, RAG1, RAP1, RARA, RA- SA1, RBAF600/m, RB1, RBP4, RBP4, RBS, RCA1I, RCAS1, RCOCP?2, RCD1, RCV1, RDH5, RDPA, RDS, RECQL2, RECQL3, RECQLA, REG1A, REHOBE, REN, RENBP, RENS1, RET, RFX5, RFXANK, RFXAP, RGR, RHAG, RHAMM/CD168, RHD, RHO, Rip-1, RLBP1, RLN2, RLN1, RLS, RMD1, RMRP, ROM1, ROR2, RP, RP1, RP14, RP17, RP2, RP6, RP9, RPD1, RPE65, RPGR, RPGRIP1, RP1, RP10, RPS19, RPS2, RPS4X, RPS4Y, RPS6KA3, RRAS2, RS1, RSN, RSS, RU1, RU2, RUNX2, RUNXI, RWS, RYR1, S-100, SAA1, SACS, SAG, SAGE, SALL1, SARDH, SART1, SART2 , SART3, SAS, SAX1, SCA?2, SCA4, SCA5, SCA7, SCA8, SCA1I, SCC, SCCD, SCF, SCLC1, SCN1A, SCN1IB, SCN4A, SCN5A, SCNN1A, SCNN1B, SCNNI1G, SCO2, SCP1, SCZD2, SCZD3, SCZD4, SCZD6, SCZD1, SDF- 1alfa/beta, SDHA, SDHD, SDYS, SEDL, SERPENA7T, SERPINAS, SERPINA6, SERPINA1, SERPINC1, SERPIND1, SERPINE1, SER- PINF2, SERPING1, SERPINI, SFTPA1, SFTPB, SFTPC, SFTPD, SGCA, SGCB, SGCD, SGCE, SGM1, SGSH, SGY-1, SH2D1A, SHBG, SHFM2, SHFM3, SHFM1, SHH, SHOX, SI, SIAL, SIALYL LEWISX , SIASD, S11, SIM1, SIRT2/m, SIX3, SJS1, SKP2, SLC10A2, SLC12A1, SLC12A3, SLC1I7A5, SLC19A2, SLC22A1L, SLC22A5, SLC25A13, SLC25A15, SLC25A20, SLC25A4, SLC25A5, SLC25A6, SLC26A?2, SLC26A3, SLC26A4, SLC2A1, SLC2A2, SLC2A4, SLC3A1, SLC4A1, SLC4A4, SLC5A1, SLC5AS5, SLC6A2, SLC6A3, SLC6A4, SLC7A7, SLC7A9, SLC11A1, SLOS, SMA, SMAD1, SMAL, SMARCB1, SMAX2, SMCR, SMCY, SM1, SMN2, SMN1, SMPD1, SNCA, SNRPN, SOD?2, SOD3, SOD1, SOS1, SOST, SOX9, SOX10, Sp17, SPANXC, SPG23, SPG3A, SPG4, SPG5A, SPG5B, SPG6, SPG7, SPINK1, SPINK5, SPPK, SPPM, SPSMA, SPTA1, SPTB, SPTLC1, SRC, SRD5A?2, SRPX, SRS, SRY, RhCG, SSTR2, SSX1, SSX2 (HOM-MEL-40/SSX2),
SSX4, ST8, STAMP-1, STAR, STARP1, STATH, STEAP, STK2, STK11, STn/ KLH, STO, STOM, STS, SUOX, SURF1, SURVIVIN-2B, SYCP1, SYM1, SYN1, SYNS1, SYP, SYT/SSX, SYT-SSX-1, SYT- SSX-2, TA-90, TAAL6, TACSTD1, TACSTD2, TAG72, TAF7L, TAF1, TAGE, TAG-72, TALI, TAM, TAP2, TAP1, TAPVR1, TARC, TARP, TAT, TAZ, TBP, TBX22, TBX3, TBX5, TBXAZ2R, TBXAS1, TCAP, TCF2, TCF1, TCIRG1, TCL2, TCL4, TCLIA, TON2, TCOF1, TCR, TCRA, TDD, TDFA, TDRD1, TECK, TECTA, TEK, TEL/AML1, TE- LAB1, TEX15, TF, TFAP2B, TFE3, TFR2, TG, TGFalfa, TGFbeta, TGFbetal, T]GFbeta1, T]GFbetaR2, TGFbetaRE, TGFgama, TGFbeta- RII, TGIF, TGM-4, TGM1, TH, THAS, THBD, THC, THC2, THM, THPO, THRA, THRB, TIMM8A, TIMP2, TIMP3, TIMP1, TITF1, TKCR, TKT, TLP, TLR1, TLR10, TLR2, TLR3, TLR4, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLX1, TMASF1, TMA4SF2, TMC1, TMD, TMIP, TNDM, TNF, TNFRSF11A, TNFRSF1A, TNFRSF6, TNFSF5, TNFSF6, TNFal- fa, TNFbeta, TNNI3, TNNT2, TOC, TOP2A, TOP1, TP53, TP63, TPA, TPBG, TPI, TPI/m, TPI1, TPM3, TPM1, TPMT, TPO, TPS, TPTA, TRA, TRAG3, TRAPPC2, TRC8, TREH, TRG, TRH, TRIM32, TRIM37, TRP1, TRP2, TRP-2/6b, TRP-2/INT2, Trp-p8, TRPS1, TS, TSC?2, TSC3, TSC1, TSG101, TSHB, TSHR, TSP-180, TST, TTGAZB, TTN, TTPA, TTR, TU M2-PK, TULP1, TWIST, TYH, TYR, TYROBP, TYROBP, TYRP1, TYS, UBEZ2A, UBE3A, UBE1, UCHL1, UFS, UGT1A, ULR, UMPK, UMPS, UOX, UPA, UQCRC1, UROS5, UROD, UPK1B, UROS, USH2A, USH3A, USH1A, USH1C, USP9Y, UV24, VBCH, VCF, VDI, VDR, VEGF, VEGFR-2, VEGFR-1, VEGFR-2/FLK-1, VHL, VIM, VMD2, VMD1, VMGLOM, VNEZ, VNF, VP, VRNI, VWF, VWS, WAS, WBS2, WFS2, WFS1, WHCR, WHN, WISP3, WMS, WRN, WS2A, WS2B, WSN, WSS, WT2, WT3, WT1, WTS, WWS, XAGE, XDH, XIC, XIST, XK, XM, XPA, XPC, XRCC9, XS, ZAP7O, ZFHX1B, ZFX, ZFY, ZIC2, ZIC3, ZNF145, ZNF261, ZNF35, ZNFA41,
ZNF6, ZNF198 e ZWS1, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, vari- ante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00123] Outros (poli)peptídeos ou proteínas terapêuticos adicionais podem ser selecionados a partir de fatores apoptóticos ou proteínas relacionadas com a apoptose, incluindo AIF, Apaf, por exemplo, Apaf- 1, Apaf-2, Apaf-3, oder APO-2 (L), APO-3 (L), Apopain, Bad, Bak, Bax, Bcl-2, Becl- x[L], Bel-x[s], bik, CAD, Calpain, Caspase, por exemplo, Caspase-1, Caspase-2, Caspase-3, Caspase-4, Caspase-5, Caspase- 6, Caspase-7, Caspase-8, Caspase-9, Caspase-10, Caspase-1 1, ced- 3, ced-9, c-Jun, c-Myc, crm A, citocromo C, CdR1, DcR1, DD, DED, DISC, DNA-PKcIS], DR3, DR4, DR5, FADD/MORT-1, FAK, Fas (Fas- ligante CD95/fas (receptor)), FLICE/MACH, FLIP, fodrin, fos, G-Actina, Gas-2, gelsolina, granzima A/B, ICAD, ICE, JNK, lamina A/B, MAP, MCL-1, Mdm-2, MEKK-1, MORT-1, NEDD, NF-[kappa]B, NuMa, p53, PAK- 2, PARP, perforina, PITSLRE, PKCdelta, pRb, presenilina, prl- CE, RAIDD, Ras, RIP, esfingomielinase, timidincinase da herpes sim- plex, TRADD, TRAF2, TRAIL-R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, transglutami- nase, etc., ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou deriva- do de qualquer uma dessas proteínas.
[00124] Um (poli)ipeptídeo ou proteína "adjuvante" geralmente signi- fica qualquer (poli) peptídeo ou proteína capaz de modificar o efeito de outros agentes, tipicamente outros agentes ativos que são administra- dos simultaneamente. De preferência, (poli)peptídeos ou proteínas "adjuvantes ou imunoestimulantes" são capazes de potencializar ou modular uma resposta imune desejada a um antígeno (de preferência coadministrado). Em particular, um (poli)peptídeo ou proteína "adju- vante ou imunoestimulador" pode atuar para acelerar, prolongar ou intensificar as respostas imunes quando utilizado em combinação com antígenos específicos. Para esse fim, (poli)peptídeos ou proteínas "ad- juvantes ou imunoestimulantes" podem sustentar a administração e a liberação de antígenos coadministrados, intensificar as propriedades imunoestimuladoras (específicas do antígeno) dos antígenos coadmi- nistrados e/ou iniciar ou aumentar uma resposta imune do sistema imune inato, isto é, uma resposta imune inespecífica.
Exemplos de "(poli)peptídeos ou proteínas adjuvantes ou imunoestimulantes" previs- tos na presente invenção incluem proteínas de mamíferos, em particu- lar proteínas adjuvantes humanas, que tipicamente compreendem qualquer proteína ou peptídeo humano, capaz de provocar uma res- posta imune inata (em um mamífero), por exemplo, como uma reação da ligação de um ligante TLR exógeno a um TLR.
Mais preferivelmen- te, as proteínas adjuvantes humanas são selecionadas do grupo que consiste em proteínas que são componentes e ligantes das redes de sinalização dos receptores de reconhecimento de padrões, incluindo TLR, NLR e RLH, incluindo TLR1, TLR2, TLR3, TLRA4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR1IO, TLR11; NOD1, NOD2, NOD3, NODA4, NOD5, NALP1, NALP2, NALP3, NALP4, NALPS5, NALP6, NALPSG, NALP7, NALP7, NALP8, NALP9, NALP1O, NALP11, NALP12, NALP13, NALP14,1 IPAF, NAIP, CIITA, RIG-l, MDAS e LGP2, os transdutores de sinal da sinalização de TLR, incluindo proteínas adap- tadoras, incluindo, por exemplo, Trif e Cardif; componentes da sinali- zação Small-GTPases (RhoA, Ras, Rac1, Cdc42, Rab etc.), compo- nentes da sinalização PIP (PI3K, Src-Cinases, etc.), componentes da sinalização dependente de MyD88 (MyD88, IRAK1, IRAK2, IRAKA, TIRAP, TRAF6 etc.), componentes da sinalização independente de MyD88 (TICAM1, TICAM2, TRAF6, TBK1, IRF3, TAK1, IRAK1 etc.); as cinases ativadas incluindo, por exemplo, Akt, MEKK1, MKK1, MKK3, MKK4, MKK6, MKK7, ERK1, ERK2, GSK3, PKC cinases, PKD cina- ses, GSK3 cinases, JNK, p38MAPK, TAK1, IKK e TAK1; os fatores de transcrição ativados, incluindo, por exemplo, NF-kappaB, c-Fos, c-Jun, c-Myc, CREB, AP-1, EIlk-1, ATF2, IRF-3, IRF-7 ou uma isoforma, ho-
mólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas pro- teínas.
[00125] Os (poliipeptídeos, proteínas adjuvantes (de preferência mamíferos) ou proteínas podem ainda ser selecionados a partir do grupo que consiste em proteínas de choque térmico, tais como HSP10, HSP60, HSP65, HSP70, HSP75 e HSP90, gp96, fibrinogênio, domínio A extra de repetição Typlll de fibronectina; ou componentes do sistema de complemento, incluindo C1g, MBL, C1r, C1is, C2b, Bb, D, MASP-1, MASP-2, C4b, C3b, C5a, C3a, C4a, C5b, C6, C7, C8, C9, CR1, CR2, CR3, CR4, C1gR, C1INH, C4bp, MCP, DAF, H, |, Pe CD59, ou genes alvo induzidos, incluindo, por exemplo, Beta- Defensina, proteínas da superfície celular; ou proteínas adjuvantes humanas, incluindo trif, ligante flt-3, Gp96 ou fibronectina, etc., ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00126] Os (polipeptídeos ou proteínas adjuvantes (preferivelmente mamíferos) ou proteínas podem ainda ser selecionados do grupo que consiste em citocinas que induzem ou aumentam uma resposta imune inata, incluindo IL-1 alfa, IL1 beta, IL-2, IL-6, IL-7, I1L-8, IL-9, 11-12, IL- 13, I1L-15, I1L-16, I1L-17, 11-18, 11-21, 11-23, TNFalfa, IFNalfa, IFNbeta, IFNgama, GM-CSF, G-CSF, M-CSF; quimiocinas incluindo IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1alfa, RANTES, Eotaxina, CCL21; citocinas que são liber- tadas de macrófagos, incluindo IL-1, IL-6, IL-8, I1L-12 e TNF-alfa; IL- 1R1 e |L-1 alfa, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00127] O termo "anticorpo" (Ab), conforme utilizado nesta inven- ção, inclui anticorpos monoclonais, anticorpos policlonais, anticorpos mono e multiespecíficos (por exemplo, anticorpos biespecíficos) e fra- gmentos, variantes e derivados de anticorpos, contanto que apresen- tem a função biológica desejada, que é tipicamente a capacidade de se ligar especificamente a um alvo. O termo "ligação específica", con- forme aqui utilizado, significa que o anticorpo se liga mais facilmente ao seu alvo pretendido do que a um alvo diferente e não específico. Em outras palavras, o anticorpo "se liga especificamente" ou apresenta "especificidade de ligação" ao seu alvo se preferivelmente ligar ou re- conhecer o alvo mesmo na presença de não alvos mensuráveis por um ensaio quantificável (tal como Ensaios de ligação a ligantes radioa- tivos, ELISA, técnicas baseadas em fluorescência (por exemplo, pola- rização de fluorescência (FP), transferência de energia de ressonância de fluorescência (FRET)) ou ressonância plásmon de superfície). Um anticorpo que "se liga especificamente" ao seu alvo pode ou não apre- sentaram reatividade cruzada com os alvos (homólogos) derivados de diferentes espécies.
[00128] O anticorpo básico de ocorrência natural é uma glicoproteí- na heterotetramérica composta por duas cadeias leves (L) idênticas e duas cadeias pesadas (H) idênticas. Alguns anticorpos podem conter cadeias polipeptídicas adicionais, tais como a cadeia J nos anticorpos IgM e IgA. Cada cadeia L está ligada a uma cadeia H por uma ligação de dissulfeto covalente, enquanto que as duas cadeias H são ligadas entre si por uma ou mais ligações de dissulfeto, dependendo do isótipo da cadeia H. Cada cadeia H e L também compreende pontes de dis- sulfeto intracadeias. Cada cadeia H compreende um domínio variável N-terminal (V4), seguido por três domínios constantes (Cr) para cada uma das cadeias a e y e quatro domínios Cn para os isótipos pe £€. Cada cadeia L possui no N-terminal, um domínio variável (V.) seguido por um domínio constante na sua outra extremidade. O V, está alinha- do com o Vx e o Cr está alinhado com o primeiro domínio constante da cadeia pesada (Cr1). Acredita-se que os resíduos particulares de ami- noácidos formam uma interface entre os domínios variáveis de cadeia leve e de cadeia pesada.
[00129] A cadeia L de qualquer espécie de vertebrado pode ser atribuída a um dos dois tipos claramente distintos, chamados kappa e lambda, com base nas sequências de aminoácido de seus domínios constantes. Dependendo da sequência de aminoácido do domínio constante de suas cadeias pesadas (Cr), as imunoglobulinas podem ser atribuídas a diferentes classes ou isótipos. Existem cinco classes de imunoglobulinas: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, tendo cadeias pesadas designadas a, 8, e, y e u, respectivamente. As classes y e yu são ainda divididas em subclasses com base em diferenças relativamente pe- quenas na sequência e na função de Cn, por exemplo, os seres huma- nos expressam as seguintes subclasses: I9G1, IgG2, I9gG3, IgG4, IgA1 e IgA2.
[00130] O emparelhamento de um Vr e VL juntos forma um único sítio de ligação ao antígeno. O termo "variável" refere-se ao fato de que certos segmentos dos domínios variáveis diferem extensivamente na sequência entre os anticorpos. O domínio V medeia a ligação ao antígeno e define a especificidade de um anticorpo específico para seu antígeno específico. No entanto, a variabilidade não é distribuída igualmente em todo o intervalo dos domínios variáveis. Em vez disso, as regiões V consistem em trechos relativamente invariantes chama- dos regiões estruturais (FRs) de cerca de 15 a 30 resíduos de aminoá- cido separados por regiões mais curtas de extrema variabilidade de- nominadas "regiões hipervariáveis", também denominadas "regiões determinantes da complementaridade" (CDRs), cada uma aproxima- damente de 9 a 12 resíduos de aminoácido de comprimento. Os domí- nios variáveis das cadeias pesada e leve nativas compreendem quatro FRs, adotando amplamente uma configuração de lâmina B, conectada por três regiões hipervariáveis, que formam laços que se conectam e, em alguns casos, formando parte da estrutura da lâmina B. As regiões hipervariáveis em cada cadeia são mantidas juntas pelas FRs e, com as regiões hipervariáveis da outra cadeia, contribuem para a formação do sítio de ligação ao antígeno dos anticorpos. Os domínios constan- tes não estão envolvidos diretamente na ligação de um anticorpo a um antígeno, mas apresentam várias funções efetoras, tais como a parti- cipação da citotoxicidade celular dependente de anticorpo (ADCC). O termo "região hipervariável" (também conhecida como "regiões deter- minantes da complementaridade" ou CDRs), quando utilizado nesta invenção, refere-se aos resíduos de aminoácido de um anticorpo que estão (geralmente três ou quatro regiões curtas de extrema variabili- dade da sequência) dentro do domínio da região V de uma imunoglo- bulina que forma o sítio de ligação ao antígeno e são os principais de- terminantes da especificidade da ligação ao antígeno. Os resíduos de CDR podem ser identificados com base na variabilidade de sequência de espécies cruzadas ou em estudos cristalográficos de complexos antígeno-anticorpo.
[00131] O termo "anticorpo" como aqui utilizado, refere-se preferi- velmente às moléculas de imunoglobulina, ou variantes, fragmentos ou derivados, que são capazes de se ligar especificamente a um epitopo alvo por meio de pelo menos uma região determinante de complemen- taridade. O termo inclui anticorpos mono- e policlonais, anticorpos mo- no, bi e multiespecíficos, anticorpos de qualquer isótipo, incluindo anti- corpos IgM, IgD, IgG, IgA e IgE e anticorpos obtidos por qualquer meio, incluindo anticorpos de ocorrência natural, anticorpos gerados por imunização em um organismo hospedeiro, anticorpos que foram isolados e identificados a partir de anticorpos de ocorrência natural ou anticorpos gerados por imunização em um organismo hospedeiro e produzidos de forma recombinante por métodos biomoleculares co- nhecidos na técnica, assim como anticorpos quiméricos, anticorpos humanos, anticorpos humanizados, intracorpos, isto é, anticorpos ex- pressos nas células e opcionalmente localizados em compartimentos celulares específicos, assim como variantes, fragmentos e derivados de qualquer um desses anticorpos.
[00132] O termo "anticorpo monoclonal" (mab) conforme aqui utili- zado, refere-se a um anticorpo obtido a partir de uma população de anticorpos substancialmente homogêneos, isto é, os anticorpos indivi- duais que compreendem a população são idênticos, exceto por possí- veis mutações de ocorrência natural que podem estar presentes em pequenas quantidades. Os anticorpos monoclonais são altamente es- pecíficos, sendo direcionados contra um único sítio antigênico. Além disso, em contraste com as preparações de anticorpos "policlonais" que incluem diferentes anticorpos direcionados contra diferentes epi- topos, cada anticorpo monoclonal é direcionado contra um único epi- topo no antígeno. Além de sua especificidade, os anticorpos monoclo- nais são vantajosos, pois podem ser sintetizados não contaminados por outros anticorpos. O adjetivo "monoclonal" não deve ser interpre- tado como requerendo a produção do anticorpo por qualquer método específico. Por exemplo, os anticorpos monoclonais úteis na presente invenção podem ser preparados pela metodologia de hibridoma descri- ta pela primeira vez por Kohler et al., Nature 256: 495 (1975), ou po- dem ser produzidos utilizando métodos de DNA recombinante em cé- lulas animais ou vegetais bacterianas ou eucarióticas (ver, por exem- plo, Pat. U.S. No. 4.816.567). Os "anticorpos monoclonais" também podem ser isolados de bibliotecas de anticorpos fagos utilizando as técnicas descritas em Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991) e Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1991), por exemplo.
[00133] Os anticorpos monoclonais incluem anticorpos "quiméricos" nos quais uma parte da cadeia pesada e/ou leve é idêntica ou homó- loga às sequências correspondentes em anticorpos derivados de uma espécie específica ou pertencentes a uma classe ou subclasse de an- ticorpo específica, enquanto o restante da cadeia é idêntico ou homó-
logo às sequências correspondentes em anticorpos derivados de outra espécie ou pertencentes à outra classe ou subclasse de anticorpos. Anticorpos quiméricos incluem, por exemplo, anticorpos "humaniza- dos" compreendendo sequências de ligação a antígeno de domínio variável (parcial ou totalmente) derivadas de um animal não humano, por exemplo, um camundongo ou um primata não humano (por exem- plo, Macaco do Velho Mundo, Macaco, etc.) e sequências de regiões constantes humanas, que são de preferência capazes de efetivamente mediar as funções efetoras de Fc e/ou apresentam imunogenicidade reduzida quando introduzidas no corpo humano. Os anticorpos "huma- nizados" podem ser preparados criando um anticorpo "quimérico" (Fab não humano enxertado em Fc humano) como uma etapa inicial e mu- tação seletiva dos aminoácidos (não CDR) na parte Fab da molécula. Alternativamente, os anticorpos "humanizados" podem ser obtidos di- retamente mediante o enxerto de segmentos de codificação CDR "do- adores" apropriados derivados de um animal não humano em uma ma- triz "aceitante" de anticorpos humanos e, opcionalmente, mutação de aminoácidos (não CDR) para ligação otimizada.
[00134] Uma "variante de anticorpo" ou "mutante de anticorpo" refe- re-se a um anticorpo que compreende ou consiste em uma sequência de aminoácido em que um ou mais dos resíduos de aminoácido foram modificados em comparação com um anticorpo de referência ou "de origem". Tais variantes de anticorpos podem apresentar, em ordem crescente de preferência, pelo menos cerca de 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, de preferência pelo menos cerca de 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, mais preferivelmente pelo menos cerca de 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, o mais preferível pelo menos cerca de 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência para um anticorpo de referência ou "de origem", ou para sua cadeia leve ou pe- sada. Mutações de aminoácido concebíveis incluem eliminações, in-
serções ou alterações de um ou mais resíduos de aminoácido. As mu- tações podem estar localizadas na região constante ou na região de ligação ao antígeno (por exemplo, região hipervariável ou variável). As mutações de aminoácido conservadoras, que alteram um aminoácido em um aminoácido diferente com propriedades bioquímicas semelhan- tes (por exemplo, carga, hidrofobicidade e tamanho), podem ser prefe- ridas.
[00135] Um "fragmento de anticorpo" compreende uma parte de um anticorpo intacto (isto é, um anticorpo compreendendo um sítio de li- gação ao antígeno, assim como um Cr e pelo menos os domínios de cadeia pesada, CH1, CH2 e Crx3), preferivelmente a ligação ao antígeno e/ou a região variável do anticorpo intacto. Exemplos de fragmentos de anticorpo incluem fragmentos Fab, Fab', F(ab')2 e Fv; diacorpos; anti- corpos lineares, anticorpos de cadeia única e anticorpos bi- ou multi- específicos compreendendo esses fragmentos de anticorpo.
[00136] A digestão de anticorpos por papaína produziu dois frag- mentos idênticos de ligação ao antígeno, chamados fragmentos "Fab" (fragmento, ligação ao antígeno) e um fragmento residual "Fc" (frag- mento, cristalizável). O fragmento Fab consiste em uma cadeia L intei- ra, juntamente com o domínio da região variável de cadeia H (Vu) e o primeiro domínio constante de uma cadeia pesada (Cr1). Cada frag- mento Fab é monovalente em relação à ligação ao antígeno, isto é, possui um único sítio de ligação ao antígeno. O tratamento com pepsi- na de um anticorpo produz um único fragmento F(ab'), grande que cor- responde aproximadamente a dois fragmentos Fab ligados a dissulfeto tendo atividade de ligação a antígeno diferente e ainda é capaz de re- ticular o antígeno e um fragmento de pFc'. O fragmento F(ab'), pode ser dividido em dois fragmentos Fab'. Os fragmentos Fab 'diferem dos fragmentos Fab por terem alguns resíduos adicionais no terminal car- bóxi do domínio Cr1, incluindo uma ou mais cisteínas da região de do-
bradiça do anticorpo. Fab'-SH é a designação nesta invenção para Fab' na qual os resíduos de cisteína dos domínios constantes possu- em um grupo de tiol livre. Os fragmentos de anticorpo F(ab')2z foram originalmente produzidos como pares de fragmentos Fab' que possu- em cisteínas articuladas entre eles. Outros fragmentos de anticorpo e seus fragmentos químicos também são conhecidos. O fragmento de anticorpo Fab/c ou Fabc não possui uma região Fab. Os fragmentos Fd correspondem à parte de cadeia pesada do Fab e contêm um do- mínio constante C-terminal (Ch1) e variável N-terminal (Vr).
[00137] O fragmento Fc compreende as componentes carbóxi- terminais de ambas as cadeias H mantidas juntas por dissulfetos. As funções efetoras dos anticorpos são determinadas por sequências na região Fc, região que também é reconhecida pelos receptores Fc (FcR) encontrados em certos tipos de células.
[00138] "Fv"éo fragmento de anticorpo mínimo que contém um sí- tio completo de ligação ao antígeno. Este fragmento consiste em um dímero de um domínio de região variável de cadeia pesada e de ca- deia leve em associação estreita e não covalente. A partir da dobra- gem desses dois domínios emanam seis alças calibradas hipervariá- veis (3 alças calibradas, cada uma das cadeias H e L) que contribuem com os resíduos de aminoácido para a ligação ao antígeno e conferem especificidade à ligação ao antígeno no anticorpo. No entanto, mesmo um único domínio variável (ou metade de um Fv compreendendo ape- nas três CDRs específicas para um antígeno) possui a capacidade de reconhecer e se ligar ao antígeno, embora com uma afinidade mais baixa do que todo o sítio de ligação.
[00139] "Fv de cadeia única" também abreviado como "sFv" ou "scFv" são fragmentos de anticorpo que compreendem os domínios de anticorpo VH e VL conectados a uma única cadeia polipeptídica. De preferência, o polipeptídeo sFv compreende ainda um ligante polipep-
tídico entre os domínios VH e VL que permite ao sFv formar a estrutu- ra desejada para a ligação ao antígeno.
[00140] O termo "diacorpos" (também conhecido como fragmentos variáveis divalentes (ou bivalentes) de cadeia única, "di-scFvs", "bi- scFvs") refere-se aos fragmentos de anticorpos preparados pela liga- ção de dois fragmentos de scFv (ver o parágrafo anterior), tipicamente com ligantes curtos (cerca de 5 a 10 resíduos) entre os domínios Vx e Vr, de tal modo que a correspondência intercadeia, mas não intraca- deia, dos domínios V é alcançada. Outra possibilidade é construir uma única cadeia peptídica com duas regiões Vn e duas regiões V. ("scFv em tandem). Os fragmentos bivalentes resultantes possuem dois sítios de ligação ao antígeno. Da mesma forma, podem ser produzidos trí- meros scFv trivalentes (também chamados de "triacorpos" ou "tricor- pos") e tetrâmeros scFv tetravalentes ("tetracorpos"). Anticorpos ou fragmentos de anticorpo di ou multivalentes podem ser monoespecifi- cos, isto é, cada sítio de ligação ao antígeno pode ser direcionado con- tra o mesmo alvo. Tais anticorpos monoespecíficos ou multivalentes ou fragmentos de anticorpos preferivelmente apresentam altas afinida- des de ligação. Alternativamente, os sítios de ligação ao antígeno de anticorpos ou fragmentos de anticorpos di ou multivalentes podem ser direcionados contra diferentes alvos, formando anticorpos ou fragmen- tos de anticorpos bi ou multiespecíficos.
[00141] “Anticorpos bi ou multiespecíficos ou fragmentos de anti- corpo" compreendem mais de uma região de ligação ao antígeno es- pecífica, cada uma capaz de se ligar especificamente a um alvo dife- rente. "Anticorpos biespecíficos" são tipicamente heterodímeros de dois fragmentos scFv "cruzados" nos quais os domínios Vu e Vi dos dois anticorpos estão presentes em diferentes cadeias de polipeptídeo. Anticorpos bi ou multiespecíficos podem atuar como moléculas adap- tadoras entre um efetor e um alvo respectivo, recrutando assim efeto-
res (por exemplo, toxinas, fármacos e citocinas ou células efetoras tais como CTL, células NK, macrófagos e granulócitos) para um antígeno de interesse, tipicamente expresso por uma célula alvo, tal como uma célula cancerígena.
Assim, "anticorpos bi ou multiespecíficos" preferi- velmente levam as moléculas ou células efetoras e o alvo desejado em estreita proximidade e/ou atuam como mediador de uma interação en- tre efetor e alvo.
Os di-scFvs em tandem biespecíficos, conhecidos como empregadores de células T biespecíficos (construções de anti- corpos BiTE), são um exemplo de anticorpos bivalentes e biespeciífi- cos no contexto da presente invenção.
A estrutura e as propriedades dos anticorpos são bem conhecidas na técnica e descritas, inter alia, em Janeway's Immunobiology, 9" ed. (rev.), Kenneth Murphy and Ca- sey Weaver (eds), Taylor & Francis Ltd. 2008. O termo "imunoglobuli- na" (lg) é utilizado de modo trocável com "anticorpo" nesta invenção.
Anticorpos exemplares podem ser selecionados do grupo que consiste em AAB-003; Abagovomab; Abciximab; Abituzumab; Abrilumab; Acto- xumab; Adalimumab; Aducanumab; Afasevikumab; Aflibercept; Afutuzu- ab; Afutuzumab; Alacizumab pegol; Alemtuzumab; Alirocumab; ALX- 0061; Amatuximab; Anetumab ravtansine; Anifrolumab; Anrukinzumab; Apolizumab; Apomab; Aquaporumab; Arcitumomab 99tc; Ascrinvacu- mab; Aselizuab; Atezolizumab; Atinumab; Atlizuab; Aurograb; Avelumab; Bapineuzumab; Basiliximab; Bavituximab; Begelomab; Benralizumab; Betalutin; Bevacituzuab; Bevacizumab 154-ácido aspártico; Bevaci- zumab 154-substituição; Bevacizumab 180-serina; Bevacizumab 180 -substituição; Bevacizumab beta; Bevacizumab; Bevacizumab-rhu MADb-VEGF; Bezlotoxumab; Bimagrumab; Bimekizumab; Bleselumab; Blinatumomab; Blinatumumab; Blontuvetmab; Blosozumab; Bococizu- mab; Brentuximab vedotin; Briakinumab; Brodalumab; Brolucizumab; Brontictuzumab; BTT-1023; Burosumab; Canakinumab; Cantuzumab; Cantuzumab mertansine; Cantuzumab ravtansine; Caplacizumab;
Carlumab; Cergutuzumab amunaleucina; Certolizumab pegol; Cetu- ximab; Citatuzumab bogatox; Cixutumumab; Clazakizumab; Cli- vatuzumab tetraxetan; Codrituzumab; Coltuximab ravtansine; Cona- tumumab CV; Conatumumab; Concizumab; Crenezumab; Crotedu- mab; Dacetuzumab; Dacliximab; Daclizumab; Dalotuzumab; Dapiroli- zumab pegol; Daratumumab; Dectrekumab; Demcizumab; Denin- tuzumab mafodotinn —Denosumab; Depatuxizumab; Depatuxizu- mab mafodotin; Dinutuximab beta; Dinutuximab; Diridavumab; Doma- grozumab; Drozituab; Drozitumab; Duligotumab; Duligotuzumab; Dupi- lumab; Durvalumab; Dusigitumab; Ecromeximab; Eculizumab; Efalizu- mab; Efungumab; Eldelumab; Elgemtumab; Elotuzumab; Emactuzu- mab; Emibetuzumab; Emicizumab; Enavatuzumab; Enfortumab; Enfor- tumab vedotin; Enoblituzumab; Enokizumab; Enoticumab; Ensituxi- mab; Entolimod; Epratuzumab; Eptacog beta; Erlizuab; Etaracizumab; Etrolizuab; Etrolizumab; Evinacumab; Evolocumab; Exbivirumab; Far- letuzumab; Fasinumab; Fezakinumab; FG-3019; Fibatuzumab; Ficlatu- zumab; Figitumumab; Firivumab; Flanvotumab; Fletikumab; Fontolizu- mab; Foralumab; Foravirumab; Fresolimumab; Fulranumab; Futuxi- mab; Galcanezumab; Galiximab; Ganitumab; Gantenerumab; Gem- tuzumab; Gemtuzumab ozogamicina; Gevokizumab; Girentuximab; Glembatumumab; Goilixiao; Guselkumab; HuMab-001; HuMab-005; HuMab-006; HuMab-019; HuMab-021; HuMab-025; HuMab-027; Hu- Mab-032; HuMab-033; HuMab-035; HuMab-036; HuMab-041; HuMab- 044; HuMab-049; HuMab-050; HuMab-054; HuMab-055; HuMab-059; HuMab-060; HuMab-067; HuMab-072; HuMab-084; HuMab-091; Hu- Mab-093; HuMab-098; HuMab-100; HuMab-106; HuMab 10F8; Hu- Mab-111; HuMab-123; HuMab-124; HuMab-125; HuMab-127; HuMab- 129; HuMab-132; HuMab-143; HuMab-150; HuMab-152; HuMab-153; HuMab-159; HuMab-160; HuMab-162; HuMab-163; HuMab-166; Hu- Mab-167; HuMab-169; HuMab-7D8; huMAb-anti-MSP10.1; huMAb-
anti-MSP10.2; HUMAB-Clone 18; HUMAB-Clone 22; HuMab-L612; HuMab LC5002-002; HuMab LC5002-003; HuMab LC5002-005; HuMab LC5002-007; HuMab LC5002-018; Ibalizumab; Ibritumomab tiuxetan; lIcrucumab; Idarucizumab; Igatuzuab; IGF-IR HUMAB-1A; IGF-IR HUMAB-23; IGF-IR HUMAB-8; IMAb1; Imalumab; Imgatuzu- mab; Inclacumab; Indatuximab ravtansine; Indusatumab vedotin; Ine- bilizumab; Insulin peglispro; Interferon beta-1b; Intetumumab; lodi- ne (1241) Girentuximab; lodine (1311) Derlotuxiab biotin; lodine (1311) Derlotuximab biotina; Ipilimumab; Iratumumab; Isatuximab; lto- lizumab; Ixekizumab; Labetuzumab govitecan; Lambrolizumab; Lam- palizumab; Lanadelumab; Landogrozumab; Laprituximab emtansine; Lealesoab; Lebrikizumab; Lenercept chain1; Lenzilumab; Lerdelimu- mab; Lexatumumab; Libivirumab; Lifastuzumab; Lifastuzumab vedotin; Ligelizumab; Lilotomab; Lintuzumab; Lirilumab; Lodelcizumab; Loki- vetmab; Lorvotuzumab mertansine; Lpathomab; Lucatumumab; Luli- zumab pegol; Lumiliximab; Lumretuzumab; Lutetium (177Lu) liloto- mab satetraxetan; Margetuximab; Marzeptacog alfa; Matuzumab; Mavrilimumab; MDX-1303; Mepolizumab; Metelimumab; Milatuzumab; Mirvetuximab; Modotuximab; Mogamulizumab; Monalizumab; Mota- vizumab; Moxetumomab pasudotox; Muromonab-CD3; Namilumab; Naptumomab estafenatox; Narnatumab; Natalizumab; Navicixizumab; Navivumab; Ndimab-varB; Necitumumab; Neliximab; Nemolizumab; Nesvacumab; Neuradiab; Nimotuzumab; Nivolumab; Obiltoxaximab; Obinutuzumab; Ocaratuzumab; Ocrelizumab; Ofatumumab; Olaratu- mab; Olizuab; Olokizumab; Omalizumab; Onartuzumab; Ontuxizumab; Opicinumab; Oportuzumab monatox; Oreptacog alfa; Orticumab; Ote- lixizumab; Otlertuzumab; Oxelumab; Ozanezumab; Ozoralizumab; Pa- livizumab; Pamrevlumab; Panitumumab; Pankoab; PankoMab; Pa- nobacumab; Parsatuzumab; Pascolizumab; Pasotuxizumab; Patecli- zumab; Patritumab; Pembrolizumab; Perakizumab; Pertuzuab; Per-
tuzumab; Pexelizumab h5g1.1-scFv; Pexelizumab; PF-05082566; PF- 05082568; Pidilizumab; Pinatuzumab vedotin; Placulumab; Plozalizu- mab; Pogalizumab; Polatuzumab vedotin; Ponezumab; Pritoxaximab; Pritumumab; Quilizumab; Racotumomab; Radretumab; Rafivirumab; Ralpancizumab; Ramucirumab; Ranibiziuab; Ranibizumab; Refanezu- mab; REGN2810; rnuMab HER2(9CI); rhnuMab HER2; rhuMAb-VEGF; Rilotumumab; Rinucumab; Risankizumab; Rituximab; Rivabazu- mab pegol; Robatumumab; Roledumab; Romosozumab; Rontalizuab; Rontalizumab; Rovalpituzumab tesirina; Rovelizumab; Ruplizumab; Sacituzumab govitecan; Samalizumab; Sarilumab; Satumomab pen- detide; Secukinumab; Seribantumab; Setoxaximab; Sifalimumab; Siltu- ximab; Simtuzumab; Sirukumab; Sofituzumab vedotin; Solanezumab; Solitomab; Sonepcizumab; Stamulumab; Suptavumab; Suvizumab; Tabalumab; Tacatuzuab; Tadocizumab; Talizumab; Tamtuvetmab; Ta- nezumab; Tarextumab; Tefibazumab; Tenatumomab; Teneliximab; Te- plizumab; Teprotumumab; Tesidolumab; Tezepelumab; ThioMAb- ChMA79b-HC(A118C); ThioMab-hu10A8.vI-HC(A118C); ThioMab- hu10A8.v1-HC(V205C); ThioMab-hu10A8.v1I-LC(A118C); ThioMab- hu10A8.v1-LC(V205C); ThioMAb-huMA79b.v17-HC(A118C); ThioMAb- huMA?Z9b.v18-HC(A118C); ThioMAb-huMA79b.v28-HC(A118C); Thi- OMAb-huMAZ79b.v28-LC(V205C); Ticiliuab; Tigatuzumab; Tildrakizu- mab; Tisotumab vedotin; Tocilizumab; Tosatoxumab; Tositumomab; Tovetumab; Tralokinumab; Trastuzuab; Trastuzumab emtansine; Trastuzumab; TRC-105; Tregalizumab; Tremelimumab; Trevogrumab; Tucotuzumab celmoleukin; Ublituximab; Ulocuplumab; Urelumab; Ur- toxazumab; Ustekinumab; — Vadastuximab talirine; Vandortuzu- mab vedotin; Vantictumab; Vanucizumab; Varlilumab; Vatelizumab; Vedolizumab; Veltuzumab; Vesencumab; Visilizumab; Volociximab; Vorsetuzumab; Vorsetuzumab mafodotin; Yttrium (90Y) clivatuzu- mab tetraxetan; Yttrium Y 90 epratuzumab tetraxetan; Yttrium Y
—90 epratuzumab; Zalutumumab; Zanolimumab; Zatuximab; Andecali- ximab; Aprutumab; Azintuxizumab; Brazikumab; Cabiralizumab; Cam- relizumab; Cosfroviximab; Crizanlizumab; Dezamizumab; Duvortu- xizumab; Elezanumab; Emapalumab; Eptinezumab; Erenumab; Fre- manezumab; Frunevetmab; Gatipotuzumab; Gedivumab; Gemetuzu- mab; Gilvetmab; Ifabotuzumab; Lacnotuzumab; Larcaviximab; Lenda- lizumab; Lesofavumab; Letolizumab; Losatuxizumab; Lupartumab; Lu- tikizumab; Oleclumab; Porgaviximab; Prezalumab; Ranevetmab; Rem- tolumab; Rosmantuzumab; Rozanolixizumab; Sapelizumab; Selicrelu- mab; Suvratoxumab; Tavolixizumab; Telisotuzumab; Telisotuzu- mab vedotin; Timigutuzumab; Timolumab; Tomuzotuximab; Trastuzu- mab duocarmazine; Varisacumab; Vunakizumab; Xentuzumab; antir- rábica SO57; antirrábica SOJB; antirrábica SOJA; antirrábica; anti- RSV 5ITB; anti-alfa-toxin 4U6V; anti-lsdB 5D1Q; anti-lsdB 5D1X; anti-lsdB 5D1Z; anti-HIV b12; anti-HIV 2G12; anti-HIV 4E10; anti- HIV VRCO1; anti-HIV PG9; anti-HIV VRCO7; anti-HIV 3BNC117; an- ti-HIV 10-1074; anti-HIV PGT121; anti-HIV PGDM1400; anti-HIV N6; anti-HIV 10E8; anti-HIV 12A12; anti-HIV 12A21; anti-HIV 35022; an- ti-HIV 3BC176; anti-HIV 3BNC55; anti-HIV 3BNC60; anti-HIV 447- 52D; anti-HIV 5H/1-BMV-D5; anti-HIV 8ANC195; anti-HIV cap256- 176-723043/600049/531926/504134; anti-HIV CAP256-VRC26.01/ VRC26.02/VRC26.03/VRC26.04/VRC26.05/VRC26.06/ VRC26.07/ VRC26.08/VRC26.09/VRC26.10/VRC26.11/VRC26.12/VRC26.11/VRC
26.12/VRC26.UCA; anti-HIV cap256-206-252885/249183/220956/ 220629/200599/186347/186226/179686/173707/173339/172689/1627 44/146057/139519/136316/116098/115862/107018/098644/098135/09 6276/092794/086817/086446/086180/083708/079556/078657/075802/ 069097/067758/057019/055385/053187/053139/050350/046207/0433 89/042555/029720/028848/027652/024075/008748/008530; anti-HIV cap256-119-186229/183891/183631/182676/180772/180508/180260/
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PGT143/PGT144/PGT145/PGT151/PGT152/VRC-CH30/VRC-CH31/ VRC-CH32/VRC-CH33/VRC-CH34/VRC-PGO4/VRC-PGO04b/VRC-PG20/ VRCO2/VRCO3/VRC23/SCCK/SAWN/3QEG/IN0X/SQEH/2B1H/8STNM/ 3UJJ/B3UJI/ 20SC/3MLZ/3MLX/3MLW/3MLV/3MLU/SMLT/SGO1/4XCY/ 4YBL/ARAN/4R4B/3JUY/4KG5anti-HIV-1/V3/CD4bs/V2/C38-VRC18.02/ 44-VRC13.02/45; anti-HIV 059-188169/183739/182376/182199/ 169202/155645/151619/146503/136098/ 105516/095709/069468/ 060026/053668/052864/050968/046422/045120/039932/038595/0350 82/029204/025235/015192/007060/006953/005953/003725/002618/00 1522/000731/000634; anti-HIV 206-314431; anti-HIV 206-247594; anti-HIV 206-116890; anti-HIV 206-072383; anti-HIV 206-037527; anti-HIV 206-009095; anti-HIV 176-503620; anti-HIV 176-478726; anti-HIV 176-245056; anti-HIV 176-164413; anti-HIV 176-094308; anti-HIV 176-065321; anti-HIV 038-221120; anti-HIV 038-197677; anti-HIV 038-196765; anti-HIV 038-186200; anti-HIV 038-126170; anti-HIV 038-108545; anti-HIV 038-107263; anti-HIV 038-104530; anti-HIV 038-099169; anti-HIV 038-075067; anti-HIV 038-072368; anti-HIV 038-068503; anti-HIV 038-068016; anti-HIV 038-063958; anti-HIV 038-033733; anti-HIV 038-030557; anti-HIV 038-024298; anti-HIV 038-011154; anti-HIV 5CIN; anti-HIV 5CIL; anti-HIV 5CIP; anti-HIV 4JKP; anti-HIV 3TNN; anti-HIV 3BQU; anti-HIV IgG; anti- HIV 4P9M; anti-HIV 4P9H; anti-HIV Ig; anti-HIV; anti-influenza; anti- influenza Apo; anti-influenza-A; e anti-OX40, ou um homólogo, frag- mento, variante ou derivado de qualquer um desses anticorpos.
[00142] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam anticorpos preferidos podem de preferência compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma se- quência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NO: 1 a 61734 ou respectivamente Tabela 3, Tabela 4, Tabela 5, Ta- bela 6 ou Tabela 9, conforme descrito no pedido de patente internaci-
onal POCT/EP2017/060226, em particular uma sequência de ácido nu- cleico sendo idêntica ou tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 97%, 98% ou 99%, de preferência pelo menos 80%, a essas sequências ou a um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências de RNA. Nesse contexto, a divulgação da POCT/EP2017/060226 também é aqui incorporada por referência. A pessoa versada na técnica sabe que também outras sequências de mMRNA (redundantes) podem codificar as proteínas como mostrado na referência acima, portanto, as se- quências de mRNA não estão limitadas a elas.
[00143] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam proteínas terapêuticas preferidas podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NO, como mostrado nas SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 345916 ou respectivamente a Tabela | conforme descrito no pedido de patente US 15/585.561, em particular uma sequência de ácido nuclei- co que é idêntica ou com uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 97%, 98% ou 99%, de preferência pelo menos 80%, a essas sequências ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências de RNA. Neste con- texto, a divulgação do Pedido U.S. No.15/585.561 também é aqui in- corporada por referência. A pessoa versada na técnica sabe que tam- bém outras sequências de mRNA (redundantes) podem codificar as proteínas como mostrado na referência acima, portanto, as sequências de mRNA não estão limitadas a elas.
[00144] Outras moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam proteínas terapêuticas preferidas podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NO, como mostrado nas SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 345916 ou respectivamente, a Tabela | conforme descrito no pedido de patente internacional POCT/EP2017/060692, em particular uma se- quência de ácido nucleico sendo idêntica ou tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80%, com essas sequências ou um fragmento ou variante de qualquer uma des- sas sequências de RNA. Neste contexto, a divulgação do pedido de patente internacional POT/EP2017/060692 também é aqui incorporada por referência. A pessoa versada na técnica sabe que também outras sequências de mRNA (redundantes) podem codificar as proteínas co- mo mostrado na referência acima, portanto, as sequências de MRNA não estão limitadas a elas.
[00145] O termo "hormônio peptídico" refere-se a uma classe de peptídeos ou proteínas que possuem funções endócrinas em animais vivos. Tipicamente, os hormônios peptídicos exercem suas funções ligando-se aos receptores na superfície das células alvo e transmitindo sinais através de segundos mensageiros intracelulares. Os hormônios peptídicos exemplares incluem Adiponectina, isto é, Acrp30; Hormônio adrenocorticotrópica (ou corticotropina), isto é, ACTH; Amilina (ou poli- peptídeo amiloide das ilhotas), isto é, IAPP; Angiotensinogênio e angi- otensina, isto é, AGT; Hormônio anti-Múllerian (ou fator ou hormônio inibidor de Múllerian), isto é, AMH; Hormônio antidiurética (ou vaso- pressina, arginina vasopressina), isto é, ADH; Peptídeo atrial- natriurético (ou atriopeptina), isto é, ANP; Peptídeo natriurético cere- bral, isto é, BNP; Calcitonina, isto é, CT; Colecistocinina, isto é, CCK; Hormônio de liberação de corticotropina, isto é, CRH; Cortistatina, isto é, CORT; Endotelina, isto é; Encefalina, isto é; Eritropoietina, isto é, EPO; Hormônio de estimulação do folículo, isto é, FSH; Galanina, isto é, GAL; Polipeptídeo inibidor gástrico, isto é, GIP; Gastrina, isto é, GAS; Grelina, isto é; Glucagon, isto é, GCG; Peptídeo-1 semelhante a glucagon, isto é, GLP1; Hormônio de liberação de gonadotrofina, isto é, GNRH; Hormônio do crescimento, isto é, GH ou hGH; Hormônio de liberação do hormônio do crescimento, isto é, GHRH; Guanilina, isto é, GN; Hepcidina, isto é, HAMP; Gonadotrofina coriônica humana, isto é, hCG; Lactógeno da placenta humana, isto é, HPL; Inibina, isto é; Insu- lina, isto é, INS; Factor de crescimento semelhante à insulina (ou so- matomedina), isto é, IGF; Leptina, isto é, LEP; Lipotropina, isto é, LPH; Hormônio luteinizante, isto é, LH; Hormônio de estimulação de mela- nócitos, isto é, MSH ou a-MSH; Motilina, isto é, MLN; Orexina, isto é; Osteocalcina, isto é, OCN; Ocitocina, isto é, OXT; Polipeptídeo pan- creático, isto é, hormônio da paratireoide, isto é, PTH; Peptídeo de ati- vação da adenilato ciclase da hipófise, isto é, PACAP; Prolactina, isto é, PRL; Hormônio de liberação de prolactina, isto é, PRH; Relaxina, isto é, RLN; Renina, isto é; Secretina, isto é, SCT; Somatostatina, isto é, SRIF; Trombopoietina, isto é, TPO; Hormônio de estimulação da tiroide (ou tirotropina), isto é, TSH; Hormônio de liberação da tirotropi- na, isto é, TRH; Uroguanilina, isto é, UGN; ou peptídeo intestinal vaso- ativo, isto é, VIP, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00146] O termo "agente de edição de genes" refere-se a (po- lijpeptídeos ou proteínas que são capazes de modificar (isto é, alterar, induzir, aumentar, reduzir, suprimir, abolir ou impedir) a expressão de um gene. A expressão gênica pode ser modificada em vários níveis. Os agentes de edição de genes podem tipicamente atuar (a) introdu- zindo ou removendo modificações epigenéticas, (b) alterando a se- quência de genes, por exemplo, mediante a introdução, exclusão ou alteração dos resíduos de ácido nucleico na sequência de ácido nu- cleico de um gene de interesse, (c) modificando a função biológica de elementos reguladores ligados de maneira operável ao gene de inte- resse, (d) modificando a transcrição, processamento, emenda, matu- ração ou exportação de mRNA no citoplasma, (e) modificando a trans- lação de mMRNA, (f) modificando as modificações pós-translacionais, (9) modificando aa translocação ou exportação de proteínas. Em um sentido mais restrito, o termo "agente de edição de genes" pode se referir a (poli)peptídeos ou proteínas direcionadas ao genoma de uma célula para modificar a expressão gênica, de preferência exercendo funções (a) - (d), mais preferivelmente (a) - (c). O termo "agente de edição de genes", como aqui utilizado, inclui preferivelmente agentes de edição de genes que clivam ou alteram o DNA alvo para induzir mutação (por exemplo, por meio do reparo direcionado homólogo ou união de extremidade não homóloga), mas também inclui agentes de edição de genes que podem reduzir a expressão na ausência de cliva- gem do alvo (por exemplo, agentes de edição de genes que são fundi- dos ou conjugados com moduladores de expressão, como repressores transcricionais ou modificadores epigenéticos que podem reduzir a ex- pressão gênica). Os agentes específicos de edição de genes incluem: ativadores da transcrição, repressores da transcrição, recombinases, nucleases, proteínas de ligação ao DNA ou suas combinações.
[00147] A presente invenção também se refere aos ácidos nuclei- cos artificiais, em particular RNAs, que codificam proteínas associadas à CRISPR e composições (farmacêuticas) e kits de partes que as compreendem. Os ditos ácidos nucleicos artificiais, em particular RNAs, composições (farmacêuticas) e kits são, inter alia, previstos pa- ra uso em medicina, por exemplo, em terapia de genes e, em particu- lar, no tratamento e/ou profilaxia de doenças passíveis de tratamento com proteínas associadas à CRISPR, por exemplo, através da edição de genes, substituição gênica, neutralização ou modulação da expres- são de genes alvo de interesse.
[00148] O termo "proteína associada à CRISPR" refere-se às endo- nucleases guiadas por RNA que fazem parte de um sistema CRISPR (Repetições Palindrômicas Curtas Intercaladas Regularmente em Clu- ster) (e seus homólogos, variantes, fragmentos ou derivados), que é utilizado pelos procariontes para conferir imunidade adaptativa contra elementos estranhos de DNA. As proteínas associadas à CRISPR in- cluem, sem limitação, Cas9, Cpf1 (Cas12), C2c1, C2c3, C2c2, Cas13, CasX e CasY. Como utilizado nesta invenção, o termo "proteína asso- ciada à CRISPR" inclui proteínas do tipo selvagem, assim como homó- logos, variantes, fragmentos e derivados. Portanto, quando se refere às moléculas de ácido nucleico artificial que codificam Cas9, Cpf1 (Cas12), C2c1, C2c3 e C2c2, Cas13, CasX e CasY, ditas moléculas de ácido nucleico artificial podem codificar as respectivas proteínas do tipo selvagem, ou seus homólogos, variantes, fragmentos e derivados.
[00149] De preferência, o pelo menos um elemento da 5 UTRe o pelo menos um elemento da 3'UTR atuam sinergicamente para au- mentar a expressão de pelo menos uma sequência de codificação |i- gada de maneira operável às ditas UTRs. Está previsto nesta invenção utilizar as 5-UTRs e 3-UTRs recitadas em qualquer combinação útil. Outras modalidades particularmente preferidas da invenção compre- endem a combinação de CDS de escolha, isto é, uma CDS seleciona- da do grupo que consiste em Cas9, Cpf1, CasX, CasY e Cas13 com uma combinação de UTR selecionada do grupo de HSD17B4 / Gnas.1; Slc7a3.1 / Gnas.1; ATPSA1 / CASP.1; Ndufa4.1 / PSMB3.1; HSD17B4 / PSMB3.1; RPL32var / albumin7; 3214 / albumin7; HSD17B4 / CASP1.1; Slc7a3.1 / CASP1.1; Sic7a3.1 / PSMB3.1; No- sip.1/ PSMB3.1; Ndufa4.1 / RPS9.1; HSD17B4 / RPS9.1; ATPSA1 / Gnas.1; Ndufa4.1 / COX6B1.1; Ndufa4.1 / Gnas.1; Ndufa4.1 / Ndu-
fa1.1; Nosip.1 / Ndufa1.1; Rpl31.1 / Gnas.1; TUBB4B.1 / RPS9.1; e Ubgln2.1/ RPS9.1.
[00150] O termo "inibidor do ponto de verificação imune" refere-se a qualquer (poli)peptídeo ou proteína capaz de inibir (isto é, interferir com bloqueio, neutralização, redução, supressão, abolição, preven- ção) a atividade biológica de uma proteína do ponto de verificação imune. As proteínas do ponto de verificação imune tipicamente regu- lam a ativação ou função das células T e são bem conhecidas na téc- nica. As proteínas do ponto de verificação imune incluem, sem limita- ção, CTLA-4, PD-1, VISTA, B7-H2, B7-H3, PD-L1 (B7-H1, CD274), B7-H4, B7-H6, 2B4, ICOS, HVEM, PD-L2 (B7-DC, CD273), CD2, CD27, CD28, CD30, CD40, CD70, CD80, CD86, CD137, CD160, CD226, CD276, CD160, gp49B, PIR-B, receptores da família KIR, TIM- 1, TIM-3, TIM-4, LAG-3, BTLA, SIRPalfa (CD47), CD48, 2B4 (CD244), B7.1, B7.2, ILT-2, ILT-4, TIGIT, A2aR, DR3, IDOL, IDO2, LAIR-2, LIGHT, MARCO (receptor de macrófagos com estrutura de colágena), PS (fosfatidilserina), OX-40, SLAM, TIGHT, VISTA e/ou VTCN1. Agen- tes exemplares úteis para inibir as proteínas do ponto de verificação imune incluem anticorpos (e fragmentos, variantes ou derivados de anticorpos), peptídeos, ligantes naturais (e fragmentos, variantes ou derivados de ligantes), proteínas de fusão que podem se ligar direta- mente para (e assim inativar ou inibir) inativar ou inibir indiretamente as proteínas do ponto de verificação imune, por exemplo, ligação, ina- tivação e/ou inibição de seus receptores ou moléculas de sinalização a jusante para bloquear a interação entre uma ou mais proteínas do pon- to de verificação imune e seus receptores naturais e/ou para impedir a sinalização inibidora mediada pela ligação das referidas proteínas do ponto de verificação imune e seus receptores naturais. Inibidores do ponto de verificação imune exemplares incluem A2AR; B7-H3, isto é, cD276; B7-HA4, isto é, VTON1; BTLA; CTLA-A4; IDO, isto é, Indoleamina
2,3-dioxigenase; KIR, isto é, Receptor do tipo imunoglobulina de célu- las exterminadoras; LAG3, isto é, Gene-3 de Ativação de Linfócitos; PD-1, isto é, receptor de Morte Programada 1 (PD-1); PD-L1, TIM-3, isto é, domínio de imunoglobulina de células T e domínio de mucina 3; VISTA (proteína) isto é, supressor de lg do domínio V da ativação de células T; GITR, isto é, gene relacionado à família TNFR induzido por glicocorticoide; moléculas estimuladoras do ponto de verificação, isto é, CD27, CD40, CD122, OX40, GITR e CD137 ou moléculas estimula- doras do ponto de verificação pertencentes à superfamília B7-CD28, isto é, CD28 e ICOS, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00151] O termo "receptor de célula T" ou "TCR" refere-se a um re- ceptor de proteína específico da célula T que é composto por um hete- rodímero de cadeias variáveis alfa (a) e beta (B) ligadas a dissulfeto ou gama e delta (y/5), formando opcionalmente um complexo com domí- nios para sinalização (co-)estimuladora adicional, tal como as cadeias CD3-zeta (6) invariantes e/ou FcR, CD27, CD28, 4-1BB (CD137), DAP10 e/ou OX40. O termo "receptor de células T" inclui variantes (manipuladas), fragmentos e derivados desses TCRs de ocorrência natural, incluindo receptores de antígeno quiméricos (CARs). O termo "receptor de antígeno quimérico (CAR)" geralmente se refere a proteí- nas de fusão manipuladas que compreendem domínios de ligação fundidos a um domínio de sinalização intracelular capaz de ativar célu- las T. Tipicamente, os CARs são construções polipeptídicas quiméri- cas compreendendo pelo menos um domínio de ligação ao antígeno extracelular, um domínio transmembranar e um domínio de sinalização citoplasmático (também aqui referido como "um domínio de sinalização intracelular") compreendendo um domínio de sinalização funcional de- rivado de uma molécula (co)estimuladora, tal como a cadeia CD3-zeta, FcR, CD27, CD28, 4-1BB (CD137), DAP10 e/ou OX40. O domínio de ligação ao antígeno extracelular pode tipicamente ser derivado de um anticorpo monoclonal ou seu fragmento, variante ou derivado. Em as- pectos particulares, os CARs compreendem fusões de fragmentos va- riáveis de cadeia única (scFv) derivados de anticorpos monoclonais, fundidos à transmembrana CD3-zeta e ao endodomínio intracelular.
[00152] — Moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codi- ficam as sequências preferidas para o tratamento de doenças de tu- mores ou câncer podem, de preferência, compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NO: 1 a 10071, preferivelmente SEQ ID NO: 1, 3, 5, 6, 389 ou 399, ou respectivamen- te Tabelas 1 a 12 ou Tabelas 14 a 17, conforme descrito no pedido de patente internacional WO2016170176A1, em particular uma sequência de ácido nucleico sendo idêntica ou com uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, de preferência pelo menos 80%, com essas sequências ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências de RNA. Neste contexto, a divulgação do documento WO2016170176A1 também é aqui incorporada por referência. A pessoa versada na técni- ca sabe que também outras sequências de mRNA (redundantes) po- dem codificar as proteínas, conforme mostrado na referência acima, portanto, as sequências de mRNA não estão limitadas a elas.
[00153] —Moléculas de ácido nucleico artificial adicionais da invenção que codificam as sequências preferidas para o tratamento de doenças de tumores ou câncer podem, de preferência, compreender uma regi- ão de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NO SEQ ID NO, como mostrado nos pedidos de patente internacional WO2009046974, WO2015024666, WO2009046739, WO2015024664,
WO2003051401, WO2012089338, WO2013120627, WO2014127917, WOZ2016170176 ou WO2015135558, em particular, uma sequência de ácido nucleico sendo idêntica ou com uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 70%, 70%, 70%, 70% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97% , 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80%, com essas sequências ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas se- quências de RNA. Neste contexto, a divulgação das WO2009046974, WO2015024666, WO2009046739, WO2015024664, WO2003051401, WO2012089338, WO2013120627, WO2014127917, WO2016170176 ou WO2015135558 também é aqui incorporada por referência. A pes- Soa versada na técnica sabe que também outras sequências de MRNA (redundantes) podem codificar as proteínas, como mostrado na refe- rência acima, portanto, as sequências de mRNA não estão limitadas a elas.
[00154] O termo "enzima" é bem conhecido na técnica e refere-se a catalisadores de (poli)peptídeo e proteína de reações químicas. As en- zimas incluem enzima inteira intacta ou fragmentos, variantes ou seus derivados. Enzimas exemplares incluem oxidorredutases, transfera- ses, hidrolases, liases, isomerases e ligases.
[00155] Os fragmentos, variantes e derivados das proteínas tera- pêuticas acima mencionadas também são considerados como (po- liipeptídeos ou proteínas de interesse, contanto que sejam preferivel- mente funcionais e, portanto, capazes de mediar o efeito ou função biológica desejada. (Poli)peptídeos ou proteínas antigênicos
[00156] A pelomenos uma região de codificação da molécula de ácido nucleico artificial da invenção pode codificar pelo menos um "(poli)peptídeo ou proteína antigênico". O termo "(poli)peptídeo ou pro- teína antigênico" ou, de maneira sucinta, "antígeno", geralmente se refere a qualquer (poli)peptídeo ou proteína capaz, sob condições apropriadas, de interagir com/ser reconhecido por componentes do sistema imunológico (tais como anticorpos ou células imunes através de seus receptores de antígeno, por exemplo, receptores de células B (BCRs) ou receptores de células T (TCRs)), e preferivelmente capazes de provocar uma resposta imune (adaptativa). O termo "componentes do sistema imunológico" refere-se preferivelmente às células imunes, receptores de células imunes e anticorpos do sistema imune adaptati- vo. O "peptídeo ou proteína antigênico" preferivelmente interage com/é reconhecido pelos componentes do sistema imunológico por meio de seus "epitopos" ou "determinantes antigênicos".
[00157] O termo "epitopo" ou "determinante antigênico" refere-se a uma parte ou fragmento de um peptídeo ou proteína antigênico que é reconhecido pelo sistema imunológico. O referido fragmento pode tipi- camente compreender de cerca de 5 a cerca de 20 ou até mais ami- noácidos. Os epitopos podem ser "conformacionais" (ou "descontí- nuos"), isto é, compostos por sequências descontínuas dos aminoáci- dos do peptídeo ou proteína antigênico dos quais são derivados, mas reunidos na estrutura tridimensional de, por exemplo, um complexo MHC, ou "linear", isto é, consiste em uma sequência contínua de ami- noácidos dos peptídeos ou proteínas antigênicos dos quais são deri- vados. O termo "epitopo" geralmente abrange "epitopos de células T" (reconhecidos pelas células T por meio de seus receptores de células T) e "epitopos de células B" (reconhecidos por células B por meio de seus receptores de células B). "Epitopos de células B" estão tipica- mente localizados na superfície externa de antígenos de proteínas ou peptídeos (nativos), conforme aqui definido, e podem preferivelmente compreender ou consistir em 5 a 15 aminoácidos, mais preferivelmen- te entre 5 a 12 aminoácidos, ainda mais preferivelmente entre 6 a 9 aminoácidos. "Epitopos de células T" são tipicamente reconhecidos por células T na forma ligada ao MHC-I ou MHC-II, isto é, como um complexo formado por um fragmento de proteína ou peptídico antigê- nico compreendendo o epitopo e uma molécula de superfície MHC-I ou MHC-II . "Epitopos de células T" podem tipicamente ter um compri- mento de cerca de 6 a cerca de 20 ou até mais aminoácidos, epitopos de células T apresentados por moléculas de MHC classe | podem pre- ferivelmente ter um comprimento de cerca de 8 a cerca de 10 aminoá- cidos, por exemplo 8, 9 ou 10 (ou mesmo 11 ou 12 aminoácidos). Os epitopos de células T apresentados pelas moléculas de MHC classe |! podem preferivelmente ter um comprimento de cerca de 13 ou mais aminoácidos, por exemplo, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ou até mais aminoácidos. No contexto da presente invenção, o termo "epitopo" po- de, em particular, se referir a epitopos de células T.
[00158] Assim, o termo "(poli)peptídeo ou proteína antigênico" refe- re-se a um (poli)peptídeo compreendendo, consistindo ou sendo capaz de fornecer pelo menos um epitopo (funcional). As moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção podem codificar (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos completos, ou preferivelmente seus fragmen- tos. Os ditos fragmentos podem compreender ou consistir ou ser ca- pazes de fornecer epitopos (funcionais) dos referidos (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos. Um epitopo "funcional" refere-se a um epito- po capaz de induzir uma resposta imune adaptativa desejada em um indivíduo.
[00159] — Moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam, em sua pelo menos uma região codificadora, pelo menos um (po- lijpeptídeo ou proteína antigênico, podem entrar nas células alvo (por exemplo, células apresentadoras de antígeno profissionais (APCs), em que o pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína antigênico é expres- so, processado e apresentado às células imunes (por exemplo, células T) em uma molécula de MHC, resultando preferivelmente em uma res-
posta imune específica ao antígeno (por exemplo, imunidade mediada por células ou formação de anticorpos). Alternativamente, as molécu- las de ácido nucleico (RNA) que codificam, em sua pelo menos uma região codificadora, pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína antigê- nico, podem entrar nas células alvo (por exemplo, células musculares, células dérmicas) onde pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína anti- gênico é expresso e, por exemplo, secretado pela célula alvo para o ambiente extracelular, onde encontra células do sistema imunológico (por exemplo, células B, macrófagos) e, de preferência, induz uma resposta imune específica do antígeno (por exemplo, formação de an- ticorpos).
[00160] Ao se referir a uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) que codifica "pelo menos um peptídeo ou proteína antigênico" nesta invenção, é previsto que a dita molécula de ácido nucleico artifi- cial (RNA) possa codificar um ou mais (poli)peptídeos ou proteínas an- tigênicos de comprimento total, ou um ou mais fragmentos, em particu- lar um epitopo (funcional), do referido (poli)peptídeo ou proteína anti- gênico. Os (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos de comprimento total (s), ou seus fragmentos, de preferência compreendem, consistem ou são capazes de fornecer pelo menos um epitopo (funcional), isto é, o ditos (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos ou seus fragmentos, de preferência compreendem ou consistem em um epitopo nativo (de preferência reconhecido pelas células B) ou são capazes de ser pro- cessados e apresentados por uma molécula MHC-I ou MHC-Il para fornecer um epitopo ligado ao MHC (preferivelmente reconhecido pe- las células T).
[00161] A escolha de (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos es- pecíficos geralmente depende da doença a ser tratada ou prevenida. Em geral, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), pode codificar qualquer (poli)peptídeo ou proteína antigênico associado a uma doen-
ça passível de tratamento, induzindo uma resposta imune contra o re- ferido antígeno (por exemplo, câncer, infecções).
[00162] De preferência, as moléculas de ácido nucleico artificial de acordo com a invenção podem compreender pelo menos uma região de codificação que codifica um antígeno tumoral, um antígeno patogê- nico, um autoantígeno, um aloantígeno ou um antígeno alergênico.
[00163] O termo "antígeno tumoral" refere-se aos (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos derivados ou associados a um tumor (de prefe- rência maligno) ou a uma doença de câncer. Como usado nesta in- venção, os termos "câncer" e "tumor" são utilizados de modo trocável para se referir a uma neoplasia caracterizada pela proliferação des- controlada e geralmente rápida de células que tendem a invadir o teci- do circundante e a metastizar para locais distantes do corpo. O termo abrange neoplasias benignas e malignas. A malignidade nos cânceres é tipicamente caracterizada por anaplasia, invasividade e metástase; enquanto que as malignidades benignas tipicamente não possuem ne- nhuma dessas propriedades. Os termos "câncer" e "tumor", em parti- cular, referem-se às neoplasias caracterizadas pelo crescimento do tumor, mas também a cânceres do sangue e do sistema linfático. Um "antígeno tumoral" é tipicamente derivado de uma célula tumoral/can- cerígena, preferivelmente uma célula tumoral/cancerígena de mamiífe- ros, e pode estar localizado na superfície da célula tumoral derivada de um mamífero, de preferência um tumor humano, tal como um tumor sistêmico ou sólido. "Antígenos tumorais" geralmente incluem antíge- nos específicos de tumores (TSAs) e antígenos associados a tumores (TAAs). Os TSAs resultam tipicamente de uma mutação específica do tumor e são expressos especificamente por células tumorais. Os TAAs, que são mais comuns, geralmente são apresentados por célu- las tanto tumorais quanto "normais" (saudáveis, não tumorais).
[00164] A proteína ou polipeptídeo pode compreender ou consistir em um antígeno tumoral, um fragmento, variante ou derivado de um antígeno tumoral.
Tais moléculas de ácido nucleico são particularmen- te úteis para propósitos terapêuticos, particularmente vacinação gené- tica.
De preferência, o antígeno tumoral pode ser selecionado do grupo que compreende um antígeno específico para melanócitos, um antíge- no de câncer de testículo ou um antígeno específico para tumor, prefe- rivelmente um antígeno CT-X, um antígeno CT não X, um parceiro de ligação para um antígeno CT-X ou um parceiro de ligação para um an- tígeno CT não X ou um antígeno específico para um tumor, mais pre- ferivelmente um antígeno CT-X, um parceiro de ligação para um antí- geno CT não X ou um antígeno específico para um tumor ou um frag- mento, variante ou derivado do referido antígeno tumoral; e em que cada uma das sequências de ácido nucleico codifica um peptídeo ou proteína diferente; e em que pelo menos uma das sequências de ácido nucleico codifica 5T4, 707-AP, 9D7, AFP, AlbzZIP HPG1, alfa-5-beta- 1 -integrina, —alfa-5-beta-6-integrina, —alfa-actinina-4/m, —alfa-metilacil- coenzyme A racemase, A T-4, ARTC1/m, B7H4, BAGE-1, BCL-?2, bcr/abl, beta-catenina/m, BING-4, BRCAI/m, BRCA2/m, CA 1 5-3/CA 27-29, CA 19-9, CA72-4, CA1I25, calreticulina, CAMEL, CASP-8/m, catepsina B, catepsina L, CD19, CD20, CD22, CD25, CDE30, CD33, CDA4, CD52, CD55, CD56, CD80, CDC27/m, CDK4/m, CDKN2A/m, CEA, CLCA2, CML28, CML66, COA-1/m, proteína tipo coactosina, co- lagem XXIII, COX-2, CT-9/BRD6, Cten, ciclina B1, ciclina D1, cyp-B, CYPB1, DAM-10, DAM-6, DEK-CAN, EFTUD2/m, EGFR, ELF2/m, EMMPRIN, EpCam, EphA2, EphA3, ErbB3, ETV6-AML1, EzH2, FGF- 5, FN, Frau-1, G250, GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3, GAGE-4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE7b, GAGE-8, GDEP, GnT-V, gp100, GPC3, GPNMB/m, HAGE, HAST-2, hepsina, Her2/neu, HERV-K-MEL, HLA- A*0201 - R1 71, HLA-A1 1/m, HLA-A2/m, HNE, homeobox NKX3.1, HOM-TES-14/SCP-1, HOM-TES- 85, HPV-E6, HPV-E7, HSP70-2M,
HST-2, hTERT, iCE, IGF-1 R, IL-13Ra2, IL-2R, IL-5, receptor imaturo de laminina, kallikrein-2, Kkallikrein-4, i67, KIAAO205, KIAAO205/m, KK- LC- 1, K-Ras/m, LAGE-A1, LDLR-FUT, MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE- A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE- B1, MAGE-B2, MAGE-B3, MAGE-B4, MAGE-B5, MAGE-B6, MAGE- B10, MAGE-B1 6, MAGE-B1 7, MAGE-C1, MAGE-C2, MAGE-C3, MAGE- D1, MAGE-D2, MAGE-D4, MAGE-E1, MAGE-E2, MAGE-F1, MAGE-H |, MAGEL2, mamaglobina A, MART-1/melan-A, MART-2, MART-2/m, proteína da matriz 22, MC1 R, M-CSF, ME 1/m, mesoteli- na, MG50/PXDN, MMP1 1, MN/CA IX-antígeno, MRP-3, MUC-1, MUC- 2, MUM-1/m, MUM-2/m, MUM-3/m, miosina classe I/Im, NA88-A, N- acetilgl ucosamina transferase- V, Neo-PAP, Neo-PAP/m, NFYC/m, NGEP, NMP22, NPM/ALK, N-Ras/m, NSE, NY-ESO-1, NY-ESO-B, OA1, OFA-iILRP, OGT, OGT/m, OS-9, OS- 9/m, osteocalcina, osteo- pontina, pi 5, p190 bcr-abl secundário, p53, p53/m, PAGE-4, PAI-1, PAI-2, PAP, PART-1, PATE, PDEF, Pim-1 -Cinase, Pin-1, Pml/PARalfa, POTE, PRAME, PRDX5/m, prosteína, proteinase-3, PSA, PSCA, PSGR, PSM, PSMA, PTPRK/m, RAGE-1, RBAF600/m, RHAMM/CD1 68, RU1, RU2, S-100, SAGE, SART-1, SART-2, SART- 3, SCC, SIRT2/m, Sp1 7, SSX-1, SSX-2/HOM-MEL-40, SSX-, STAMP-1, STEAP-1, survivina, survivina-2B, SYT-SSX-1, SYT-SSX-2, TA-90, TAG-72, TARP, TEL-AML1, TGFbeta, TGFbetaRIl, TGM-4, TPI/m, TRAG- 3, TRG, TRP-1, TRP-2/6b, TRP/INT2, TRP-p8, tyrosi- nase, UPA, VEGFR1, VEGFR-2/FLK-1, WT1 e um idiotipo de imuno- globulina de uma célula sanguínea linfoide ou um idiotipo de receptor de célula T de uma célula sanguínea linfoide, ou um fragmento, varian- te ou derivado homólogo de qualquer um desses antígenos tumorais; de um modo preferido survivina ou seu homólogo, um antígeno da fa- mília MAGE ou seu parceiro de ligação ou fragmento, variante ou deri- vado do dito antígeno tumoral.
[00165] — Particularmente preferidos neste contexto são os antígenos tumorais NY-ESO-1, 5T4, MAGE-C1, MAGE-C2, Survivina, Muc-1, PSA, PSMA, PSCA, STEAP e PAP, ou homólogos, fragmentos, vari- antes ou derivados de qualquer um desses antígenos tumorais.
[001668] O termo "antígeno patogênico" refere-se aos (poli)peptí- deos ou proteínas antigênicos derivados ou associados com patóge- nos, isto é, vírus, micro-organismos ou outras substâncias que provo- cam infecção e tipicamente doenças, incluindo, além de vírus, bacté- rias, protozoários ou fungos. Em particular, esses "antígenos patogêni- cos" podem ser capazes de provocar uma resposta imune em um indi- víduo, preferivelmente um indivíduo mamífero, mais preferivelmente um ser humano. Tipicamente, antígenos patogênicos podem ser antí- genos de superfície, por exemplo, (poli)peptídeos ou proteínas (ou fra- gmentos de proteínas, por exemplo, a parte externa de um antígeno de superfície) localizados na superfície do patógeno (por exemplo, seu capsídeo, membrana plasmática ou parede celular).
[00167] —“Consequentemente, em algumas modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode codificar em pelo me- nos uma região codificadora pelo menos um antígeno patogênico se- lecionado de um antígeno bacteriano, viral, fúngico ou protozoário. O (poli)peptídeo ou proteína codificado pode consistir ou compreender um antígeno patogênico ou um fragmento, variante ou derivado deste.
[00168] —Antígenos patogênicos podem preferivelmente ser selecio- nados dos antígenos derivados dos patógenos Acinetobacter bauman- nii, gênero Anaplasma, Anaplasma phagocytophilum, Ancylostoma braziliense, Ancylostoma duodenale, Arcanobacterium haemolyticum, Ascaris lumbricoides, gênero Aspergillus, Astroviridae, gênero Babes- ia, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bartonella henselae, vírus BK, Blastocystis hominis, Blastomyces dermatitidis, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, gênero Borrelia, Borrelia spp, Brucella genus,
Brugia malayi, família Bunyaviridae, Burkholderia cepacia e outras es- pécies Burkholderia Burkholderia mallei, Burkholderia pseudomallei, família Caliciviridae, gênero Campylobacter, Candida albicans, Candi- da spp, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, Chlamy- dophila psittaci, CJD príon, Clonorchis sinensis, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium perfringens, Clostridium spp, Clostridium tetani, Coccidioides spp, coronavírus, Corynebacterium diphtheriae, Coxiella burnetii, vírus da febre hemor- rágica Crimean-Congo, Cryptococcus neoformans, gênero Cryptospo- ridium, Citomegalovírus (CMV), vírus da Dengue (DEN-1, DEN-?2, DEN-3 e DEN+), Dientamoeba fragilis, Ebolavírus (EBOV), gênero Echinococcus, Ehrlichia chaffeensis, Ehrlichia ewingii, gênero Ehrli- chia, Entamoeba histolytica, gênero Enterococcus, gênero Enterovirus, Enterovírus, principalmente vírus Coxsackie A e Enterovírus 71 (EV71), Epidermophyton spp, Epstei n-Barr Virus (EBV), Escherichia coli 01 57:H7, 01 1 1 e O1 04:H4, Fasciola hepatica e Fasciola giganti- ca, FFI príon, superfamília Filarioidea, Flavivírus, Francisella tularen- sis, gênero Fusobacterium, Geotrichum candidum, Giardia intestinalis, Gnathostoma spp, GSS príon, vírus Guanarito, Haemophilus ducreyi, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Henipavirus (Henclra vi- rus Nipah virus), Vírus da Hepatite A, Vírus da Hepatite B (HBV), Vírus da Hepatite C (HCV), Vírus da Hepatite D, Vírus da Hepatite E, vírus do Herpes simples 1 e 2 (HSV-1 e HSV-2), Histoplasma capsulatum, HIV (vírus da imunodeficiência humana), Hortaea werneckii, bocavírus humano (HBoV), herpesvírus humano 6 (HHV-6) e herpesvírus huma- no 7 (HHV-7), metapneumovírus humano (hMPV), papillomavírus hu- mano (HPV), vírus da parainfluenza humano (HPIV), vírus da encefali- te Japonesa, vírus JC, vírus Junin, Kingella kingae, Klebsiella granu- lomatis, Kuru príon, vírus Lassa, Legionella pneumophila, gênero Leishmania, gênero Leptospira, Listeria monocytogenes, vírus Lym-
phocytic choriomeningitis (LCMV), vírus Machupo, Malassezia spp, vírus Marburg, vírus Measles, Metagonimus yokagawai, Microsporidia phylum, vírus Molluscum contagiosum (MCV), vírus Mumps, Mycobac- terium leprae e Mycobacterium lepromatosis, Mycobacterium tubercu- losis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Naegleria fowleri, Necator americanus, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria menin- gitidis, Nocardia asteroides, Nocardia spp, Onchocerca volvulus, Ori- entia tsutsugamushi, família Orthomyxoviridae (Influenza), Paracocci- dioides brasiliensis, Paragonimus spp, Paragonimus westermani, Par- vovirus B19, gênero Pasteurella, gênero Plasmodium, Pneumocystis jirovecii, Poliovirus, vírus da Raiva, vírus sincicial respiratório (RSV), Rinovírus, rinovírus, Rickettsia akari, gênero Rickettsia, Rickettsia prowazekii, Rickettsia rickettsii, Rickettsia typhi, vírus da febre do Vale Rift, Rotavírus, vírus da rubéola, vírus Sabia, gênero Salmonella, Sar- coptes scabiei, SARS coronavírus, gênero Schistosoma, gênero Shi- gella, vírus Sin Nombre, Hantavirus, Sporothrix schenckii, gênero Sta- phylococcus, gênero Staphylococcus, Streptococcus agalactiae, Strep- tococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Strongyloides sterco- ralis, gênero Taenia, Taenia solium, vírus da encefalite Tick-borne (TBEV), Toxocara canis ou Toxocara cati, Toxoplasma gondii, Trepo- nema pallidum, Trichinella spiralis, Trichomonas vaginalis, Tricho- phyton spp, Trichuris trichiura, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Ureaplasma urealyticum, Vírus varicela zoster (VZV), Vírus vari- cela zoster (VZV), Varíola principal ou Varíola secundária, vCJD príon, vírus da encefalite equina venezuelana, Vibrio cholerae, vírus West Nile, Vírus da encefalite equina ocidental, Wuchereria bancrofti, vírus da febre amarela, Yersinia enterocolitica, Yersinia pestis, e Yersinia pseudotuberculosis, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00169] Outros antígenos patogênicos preferidos podem ser deriva-
dos do vírus da Influenza, vírus sincicial respiratório (RSV), vírus do Herpes simples (HSV), vírus do papiloma humano (HPV), vírus da imunodeficiência humana (HIV), Plasmodium, Staphylococcus aureus, vírus da dengue, Chlamydia trachomatis, Citomegalovírus (CMV), vírus da Hepatite B (HBV), Mycobacterium tuberculosis, vírus da raiva e ví- rus da febre amarela, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00170] Outros antígenos patogênicos preferidos podem ser deriva- dos de Agrobacterium tumefaciens, Ajellomyces dermatitidis ATCC 60636, Alphapapillomavirus 10, Andes orthohantavirus, Andes virus CHI-7913, Aspergillus terreus NIH2624, Vírus da hepatite E aviária, Babesia microti, Bacillus anthracis, Bacteria, Betacoronavirus England 1, Blattella germanica, Bordetella pertussis, Vírus da doença de Borna cepa Giessen He/80, Borrelia burgdorferi B31, Borrelia burgdorferi CA12, Borrelia burgdorferi N40, Borrelia burgdorferi ZS7, Borrelia gari- nii IP90, Borrelia hermsii, Borreliella afzelii, Borreliella burgdorferi, Bor- reliella garinii, Bos taurus, Brucella melitensis, Brugia malayi, Bundi- bugyo ebolavirus, Burkholderia pseudomallei, Burkholderia pseudomal- lei K96243, Campylobacter jejuni, Campylobacter upsaliensis, Candida albicans, Cavia porcellus, Vírus Chikungunya, Vírus Chikungunya MY/08/065, Vírus Chikungunya Singapore/11/2008, Vírus Chikungunya cepa LR2006 OPY1 IMT/Reunion Island/2006, Vírus Chikungunya ce- pa S27-African prototype, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia tracho- matis, Chlamydia trachomatis Serovar D, Chlamydiae, Clostridioides difficile, Clostridium difficile BI / NAP1/ 027, Clostridium tetani, vírus Convict Creek 107, Corynebacterium diphtheriae, vírus da varíola bo- vina (Brighton Red) White-pock, Coxsackievirus A16, Coxsackievirus A9, Coxsackievirus B1, Coxsackievirus B2, Coxsackievirus B3, Cox- sackievirus B4, febre hemorrágica Crimean-Congo ortonairovírus, Cryptosporidium parvum, vírus da dengue, vírus da dengue 1, vírus da dengue 1 Nauru/West Pac/1974, vírus da dengue 1 PVP159, vírus da dengue 1 Singapore/S275/1990, vírus da dengue 2, Vírus da dengue 2 D2/SG/05K4155DK1/2005, Vírus da dengue 2 Jamaica/1409/1983, Vírus da dengue 2 Puerto Rico/PR159-S1/1969, Vírus da dengue 2 cepa 43, Vírus da dengue 2 Thailand/16681/84, Vírus da dengue 2 Thailand/NGS-C/1944, Vírus da dengue 3, Vírus da dengue 4, Vírus da dengue 4 Dominica/814669/1981, Vírus da dengue 4 Thai- land/0348/1991, Vírus da dengue tipo 1 Hawaii, vírus Ebola - Mayinga, Zaire, 1976, Ebolavirus, Echinococcus granulosus, Echinococcus mul- tilocularis, Echovirus E11, Echovirus E9, Ehrlichia canis str.
Jake, Ehr- lichia chaffeensis, Ehrlichia chaffeensis str.
Arkansas, Entamoeba his- tolytica, Entamoeba histolytica YS-27, Enterococcus faecium, Enterovi- rus A, Enterovirus A71, Enterovirus C, Escherichia coli, Fasciola gigan- tica, Fasciola hepatica, Four Corners hantavirus, Francisella tularensis, Francisella tularensis subsp. holarctica LVS, Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4, Gambierdiscus toxicus, GB virus C, Glos- sina morsitans morsitans, Gnathostoma binucleatum, Gp160, subtipo H1N1, subtipo HSN1, Haemophilus influenzae NTHi 1128, Haemophi- lus influenzae Serotype B, Haemophilus influenzae Subtype 1H, Han- taan orthohantavirus, Hantaan virus 76-118, HBV genotype D, Helico- bacter pylori, Helicobacter pylori 26695, Heligmosomoides polygyrus, vírus da Hepatite B, vírus da Hepatite B adr4, vírus da Hepatite B aywliFrance/Tiollais/1979, vírus da Hepatite B genótipo D, vírus da He- patite B subtipo adr, vírus da Hepatite B subtipo adw, vírus da Hepatite B subtipo adw2, vírus da Hepatite B subtipo adyw, vírus da Hepatite B subtipo AYR, vírus da Hepatite B subtipo ayw, vírus da Hepatite C, ví- rus da Hepatite C (isolado 1), vírus da Hepatite C (isolado BK), vírus da Hepatite C (isolado Con1), vírus da Hepatite C (isolado Glasgow), vírus da Hepatite C (isolado H), vírus da Hepatite C (isolado H77), ví- rus da Hepatite C (isolado HC-G9), vírus da Hepatite C (isolado HCV-
K3a/650), vírus da Hepatite C (isolado Japanese), vírus da Hepatite C (isolado JKO049), vírus da Hepatite C (isolado NZL1), vírus da Hepatite C (isolado Taiwan), vírus da Hepatite C genótipo 1, vírus da Hepatite C genótipo 2, vírus da Hepatite C genótipo 3, vírus da Hepatite C genóti- po 4, vírus da Hepatite C genótipo 5, vírus da Hepatite C genótipo 6, vírus da Hepatite C HCT18, vírus da Hepatite C HOV-KF, vírus da He- patite C isolado HC-J1, vírus da Hepatite C isolado HC-J6, vírus da Hepatite C isolado HC-J8, vírus da Hepatite C JFH-1, vírus da Hepatite C subtipo 1a, vírus da Hepatite C subtipo 1a Chiron Corp., vírus da Hepatite C subtipo 1b, vírus da Hepatite C subtipo 1b AD78, vírus da Hepatite C subtipo 1b isolado BE-11, vírus da Hepatite C subtipo 1b JK1, vírus da Hepatite C subtipo 2a, vírus da Hepatite C subtipo 2b, vírus da Hepatite C subtipo 3a, vírus da Hepatite C subtipo 5a, vírus da Hepatite C subtipo 6a, Vírus da hepatite delta, Vírus da hepatite delta TW2667, vírus da Hepatite E, vírus da Hepatite E (cepa Burma), vírus da Hepatite E (cepa México), vírus da Hepatite E SAR-55, vírus da Hepatite E tipo 3 Kernow-C1, vírus da Hepatite E tipo 4 JAK-Sai, He- patovírus A, vírus da hepatite B Heron, vírus do Herpes simples (tipo 1 / cepa 17), Herpesviridae, HIV-1 CRFO01 AE, grupo HIV-1 O, HIV-1 M:A, HIV-1 M:B, HIV-1 M:B 89.6, HIV-1 M:B HXB2R, HIV-1 M:B MN, HIV-1 M:C, HIV-1 M:CRFO01 AE, HIV-1 M:G, HIV-1 O ANT70, adeno- vírus Humano 11, adenovírus Humano 2, adenovírus Humano 40, adenovírus Humano 5, alfaherpesvírus Humano 1, alfaherpesvírus Humano 2, alfaherpesvírus Humano 3, betaherpesvírus Humano 5, betaherpesvírus Humano 6B, bocavírus Humano 1, bocavírus Humano 2, bocavírus Humano 3, coronavírus Humano 229E, coronavírus Hu- mano OC43, retrovírus endógeno Humano, retrovírus endógeno Hu- mano H, retrovírus endógeno Humano K, enterovírus Humano 71 Subgenogrupo C4, gamaherpesvírus Humano 4, gamaherpesvírus Humano 8, vírus da hepatite A Humano Hu/Australia/HM175/1976,
herpesvírus Humano 1 cepa KOS, herpesvírus Humano 2 cepa 333, herpesvírus Humano 2 cepa HGB52, herpesvírus Humano 3 H-551, herpesvírus Humano 3 cepa Oka vacina, herpesvírus Humano 4 cepa B95-8, herpesvírus Humano 4 tipo 1, herpesvírus Humano 4 tipo 2, herpesvírus Humano 5 cepa AD169, herpesvírus Humano 5 cepa Towne, herpesvírus Humano 6 (cepa Uganda-1102), herpesvírus Hu- mano 7 cepa Jl, Vírus da imunodeficiência humana 1, Vírus da imuno- deficiência humana 2, Vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (isola- do YU2), Vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (JRCSF ISOLADO), Vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (NEW YORK-5 ISOLADO), Vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (SF162 ISOLADO), Vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (SF33 ISOLADO), Vírus da imunodefi- ciência humana tipo 1 BH10, metapneumovírus humano, ortopneumo- vírus humano, papilomavírus humano, papilomavírus humano tipo 11, papilomavírus humano tipo 16, papilomavírus humano tipo 18, papilo- mavírus humano tipo 18, papilomavírus humano tipo 29, papilomavírus humano tipo 31, papilomavírus humano tipo 31, papilomavírus humano tipo 31, papilomavírus humano tipo 33, papilomavírus humano tipo 35, papilomavírus humano tipo 39, papilomavírus humano tipo 44, papilo- mavírus humano tipo 45, papilomavírus humano tipo 51, papilomavírus humano tipo 52, papilomavírus humano tipo 58, papilomavírus humano tipo 59, papilomavírus humano tipo 59, papilomavírus humano tipo 6, papilomavírus humano tipo 6 tipo 68, papilomavírus humano tipo 6b, papilomavírus humano tipo 73, vírus da parainfluenza humana 3 (cepa NIH 47885), parechovírus humano 1, parvovírus humano 4, parvovírus humano B19, poliovírus humano 1, poliovírus humano 1 Mahoney, po- liovírus humano 3, poliovírus humano 1, vírus sincicial respiratório hu- mano (cepa RSB1734), vírus sincicial respiratório humano (cepa RSB6190), vírus sincicial respiratório humano (cepa RSB6256), vírus sincicial respiratório humano (cepa RSB642), vírus sincicial respiratório humano (subgrupo B / cepa 18537), vírus sincicial respiratório humano A, cepa longa do vírus sincicial respiratório humano A, vírus sincicial respiratório humano A?2, vírus sincicial respiratório humano S2, respi- rovírus humano 3, rinovírus humano A89, rotavírus humano A, vírus linfotrófico de células T humanas tipo 1 (isolado do Caribe), vírus linfo- trófico de células T humanas tipo 1 (isolado MT-2), vírus linfotrófico de células T humanas tipo 1 (cepa ATK), vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 (isolado africano), vírus linfotrópico T humano 1, vírus linfotrópico T humano 2, vírus da Influenza A, vírus da Influenza À (A/Anhui/1/2005(H5N1)), vírus da Influenza A (A/Anhui/PA-1/2013 (H7N9)), vírus da Influenza A (A/Argentina/3779/94(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Auckland/1/2009(H1N1)), vírus da Influenza A (A/Bar- headed Goose/Qinghai/61/05(H5N1)), vírus da Influenza A (A/Brevig Mission/1/1918(H1IN1)), vírus da Influenza A (A/California/04/2009 (H1IN1)), vírus da Influenza A (A/California/07/2009(H1N1)), vírus da Influenza A (A/California/08/2009(HIN1)), vírus da Influenza A (A/California/10/1978(H1N1)), vírus da Influenza A (A/Christchurch/2/ 1988(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Cordoba/3278/96(H3N2)), vírus da Influenza A (A/France/75/97(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Fujian/411/2002(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Hong Kong/01/ 2009(H1N1)), vírus da Influenza A (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Indonesia/CDC699/2006(H5N1)), vírus da Influenza A (A/Iran/1/1957(H2N2)), vírus da Influenza A (A/Memphis/13/1978 (H1N1)), vírus da Influenza A (A/Memphis/4/1980(H3N2)), vírus da In- fluenza A (A/Nanchang/58/1993(H3N2)), vírus da Influenza A (A/New York/232/2004(H3N2)), vírus da Influenza A (A/New York/15/94 (H3N2)), vírus da Influenza A (A/New York/17/94(H3N2)), vírus da In- fluenza A (A/Ohio/3/95(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Otago/5/2005 (H1IN1)), vírus da Influenza A (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)), vírus da Influenza A (A/Shangdong/5/94(H3N2)), vírus da Influenza A
(A/Solomon Islands/3/2006 (Egg passage)(H1N1)), vírus da Influenza À (A/South Carolina/1/1918(H1N1)), vírus da Influenza A (A/swine/Hong Kong/126/1982(H3N2)), vírus da Influenza A (A/swine/lowa/15/1930 (H1N1)), vírus da Influenza A (A/Sydney/05/97-like(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Texas/1/1977(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Udorn/ 307/1972(H3N2)), vírus da Influenza A (A/Uruguay/716/2007(H3N2)), vírus da Influenza A (A/USSR/26/1985(H3N2)), vírus da Influenza À (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)), vírus da Influenza A (A/Vietnam/1194/ 2004(H5N1)), vírus da Influenza A (A/Wellington/75/2006(H1N1)), vírus da Influenza A (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)), vírus da Influenza À (AWuhan/359/1995(H3N2)), vírus da Influenza A (STRAIN A/EQUINE/ NEW MARKET/76), vírus da Influenza B, vírus da encefalite Japonesa, vírus da encefalite Japonesa cepa Nakayama, vírus da encefalite Ja- ponesa Vellore P20778, JC polyomavirus, Junin mammarenavirus, Klebsiella pneumoniae, Kumlinge virus, Lake Victoria marburgvirus - Popp, Lassa mammarenavirus, Lassa virus Josiah, Leishmania, Leishmania aethiopica, Leishmania braziliensis, Leishmania brazilien- sis MHOM/BR/75/M2904, Leishmania chagasi, Leishmania donovani, Leishmania infantum, Leishmania major, Leishmania major cepa Frie- dlin, Leishmania panamensis, Leishmania pifanoi, Leptospira interro- gans, Leptospira interrogans serovar Australis, Leptospira interrogans serovar Copenhageni, Leptospira interrogans serovar Copenhageni str.
Fiocruz L1-130, Leptospira interrogans serovar Lai, Leptospira interro- gans serovar Lai str.
HY-1, Leptospira interrogans serovar Pomona, Little cherry virus 1, Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus, Measles morbillivirus, cepa do vírus do sarampo Edmonston, Merkel cell polyomavirus, Mobala mammarenavirus, Modified Vaccinia Ankara virus, Moraxella catarrhalis O35E, Mupapillomavirus 1, Mus musculus, Mycobacterium, Mycobacterium abscessus, Mycobacterium avium, Mycobacterium avium serovar 8, Mycobacterium avium subsp. paratu-
berculosis, Mycobacterium bovis AN5, Mycobacterium bovis BCG, Mycobacterium bovis BCG str.
Pasteur 1173P2, Mycobacterium fortui- tum subsp. fortuitum, Mycobacterium gilvum, Mycobacterium intracellu- lare, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium leprae, Mycobacterium leprae TN, Mycobacterium marinum, Mycobacterium neoaurum, Myco- bacterium phlei, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium tuberculo- sis, Mycobacterium tuberculosis CDC1551, Mycobacterium tuberculo- sis H37Ra, Mycobacterium tuberculosis H37Rv, Mycobacterium ulce- rans, Mycoplasma pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae FH, Myco- plasma pneumoniae M129, Necator americanus, Neisseria gonor- rhoeae, Neisseria meningitidis serogroup B H44/76, Nipah henipavirus, Norovirus genogroup 2 Camberwell 1890, Onchocerca volvulus, Orien- tia tsutsugamushi, Oryctolagus cuniculus, Pan troglodytes, Paracocci- dioides brasiliensis, Paracoccidioides brasiliensis B339, Plasmodium falciparum, Plasmodium falciparum 3D7, Plasmodium falciparum 7G8, Plasmodium falciparum FC27/Papua New Guinea, Plasmodium falci- parum FCR-3/Gambia, Plasmodium falciparum isolado WELLCOME, Plasmodium falciparum K1, Plasmodium falciparum LE5, Plasmodium falciparum Mad20/Papua New Guinea, Plasmodium falciparum NF54, Plasmodium falciparum Palo Alto/Uganda, Plasmodium falciparum RO- 33, Plasmodium reichenowi, Plasmodium vivax, Plasmodium vivax NK, Plasmodium vivax Sal-1, Plasmodium vivax strain Belem, Plasmodium vivax-like sp., Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas gingivalis 381, Porphyromonas gingivalis OMZ 409, Prevotella sp. oral taxon 472 str.
FO295, Pseudomonas aeruginosa, Puumala orthohantavirus, Puu- mala virus (cepa Umea/hu), Puumala virus sotkamo/v-2969/81, Pythium insidiosum, Ravn virus - Ravn, Kenya, 1987, Respiratory syncytial virus, Rhodococcus fascians, Rhodococcus hoagii, vírus da Rubéola, vírus da Rubéola cepa M33, vírus da Rubéola cepa Therien, vacina contra o vírus da Rubéola cepa RA27/3, Saccharomyces cere-
visiae, Saimiriine gammaherpesvirus 2, Salmonella enterica subsp. en- terica serovar Typhi, Salmonella 'group A', Salmonella 'group D', Sal- monella sp. 'grupo B', Sapporo rat virus, SARS coronavirus, SARS co- ronavirus BJO1, SARS coronavirus TJF, SARS coronavirus Tor2, SARS coronavirus Urbani, Schistosoma, Schistosoma japonicum, Schistosoma mansoni, Schistosoma mansoni Puerto Rico, Sin Nombre orthohantavirus, Sindbis virus, Staphylococcus aureus, Staphylococcus aureus subsp. aureus COL, Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSAZ252?, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus mu- tans MT 8148, Streptococcus oralis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pyogenes serotype MZ24, Streptococcus pyogenes serotype M3 D58, Streptococcus pyogenes serotype M5, Streptococcus pyogenes serotype M6, Streptococcus sp. 'grupo A', Taenia crassiceps, Taenia saginata, Taenia solium, vírus da encefalite Tick-borne, Toxocara canis, Toxoplasma gondii, Toxoplasma gondii ME49, Toxoplasma gondii RH, Toxoplasma gondii tipo |, Toxo- plasma gondii tipo Il, Toxoplasma gondii tipo 11l, Toxoplasma gondii VEG, Treponema pallidum, Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols, Trichomonas vaginalis, Triticum aestivum, Trypanosoma bru- cei brucei, Trypanosoma brucei gambiense, Trypanosoma cruzi, Trypanosoma cruzi Dm28c, Trypanosoma cruzi strain CL Brener, Vac- cinia virus, vírus da estomatite vesicular, Vibrio cholerae, vírus West Nile, vírus West Nile NY-99, Wuchereria bancrofti, vírus da febre ama- rela 17D/Tiantan, Yersinia enterocolitica, Zaire ebolavirus, vírus da Zika, ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00171] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam os antígenos patogênicos preferidos derivados da influenza podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs como mostrado na Fig. 1, Fig. 2, Fig. 3 ou Fig. 4 ou respectivamente Tabela 1, Tabela 2, Tabela 3 ou Tabela 4 do pedido de patente internacional PCT/EP2017/ 060663, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas se- quências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da PCT/EP2017/060663 é aqui incorporada por referência.
[00172] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam outros antígenos patogênicos preferidos derivados da influ- enza podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs como mostrado na Fig. 20, Fig. 21, Fig. 22, ou Fig. 23 ou respectivamente Tabela 1, Tabela 2, Tabela 3 ou Tabela 4 do pedido de patente internacional PCT/EP2017/064066, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da POCT/EP2017/064066 é aqui incorporada por referência.
[00173] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam antígenos patogênicos preferidos derivados do vírus da raiva podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 24 ou SEQ ID NO: 25 do pedido de patente internacional WO 2015/024665 A1, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, pre- ferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da WO 2015/024665 A1 é aqui incorpo- rada por referência.
[00174] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam outros antígenos patogênicos preferidos derivados do vírus da raiva podem preferivelmente compreender uma região de codifica- ção que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 24 ou Tabela 5 do pedido de patente internacional POT/EP2017/064066, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, pre- ferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da POCT/EP2017/064066is aqui incorpo- rada por referência.
[00175] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam os antígenos patogênicos preferidos derivados de RSV po- dem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 31 a 35 do pedido de pa- tente internacional WO 2015/024668 A2, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, pre-
ferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da WO 2015/024668 A2 é aqui incorpo- rada por referência.
[00176] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam antígenos patogênicos preferidos derivados de Ebola ou Marburgvirus podem preferivelmente compreender uma região de co- dificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 20 a 233 do pedido de patente internacional WO 2016/097065 A1, ou um fragmen- to ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas se- quências. Neste contexto, a divulgação da WO 2016/097065 A1 é aqui incorporada por referência.
[00177] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam antígenos patogênicos preferidos derivados do vírus da Zika podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 11759 ou Tabela 1, Tabela 1A, Tabela 2, Tabela 2A, Tabela 3, Tabela 3A, Tabela 4, Tabe- la 4A, Tabela 5, Tabela 5A, Tabela 6, Tabela 6A, Tabela 7, Tabela 8, ou Tabela 14 do pedido de patente internacional WO 2017/140905 A1, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80% com qual- quer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da WO
2017/140905 A1 é aqui incorporada por referência.
[00178] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam os antígenos patogênicos preferidos derivados de Norovirus podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 39746 ou Tabela 1 do pedido de patente internacional POT/EP2017/060673, ou um fragmen- to ou variante de qualquer uma dessas sequências, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de sequência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas se- quências. Neste contexto, a divulgação da POCT/EP2017/060673 é aqui incorporada por referência.
[00179] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção que codificam os antígenos patogênicos preferidos derivados de Rotavirus podem preferivelmente compreender uma região de codificação que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 3593 ou Tabelas 1 a do pedido de patente internacional WO 2017/081110 A1, ou um fragmento ou variante de qualquer uma dessas sequências, em parti- cular uma sequência de ácido nucleico tendo uma identidade de se- quência de pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente pelo menos 80% com qualquer uma dessas sequências. Neste contexto, a divulgação da WO 2017/081110 A1 é aqui incorporada por referência.
[00180] O termo "autoantígeno" refere-se a um "próprio" antígeno endógeno que - apesar de ser um constituinte normal do corpo - induz uma reação autoimune no hospedeiro. No contexto da presente inven-
ção, os autoantígenos são preferivelmente de origem humana.
A pro- visão de uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) que codifica um (poli)peptídeo ou proteína antigênico derivada de um autoantígeno pode, por exemplo, ser utilizada para induzir tolerância imunológica em relação ao dito autoantígeno.
Os autoantígenos exemplares no contex- to da presente invenção incluem, sem limitação, autoantígeno derivado ou selecionado de 60 kDa de chaperonina 2, lipoproteína LpqH, antí- geno de melanoma reconhecido pelas células T 1, sequência A relaci- onada ao polipeptídeo MHC de classe |, proteína original, poliproteína estrutural Tirosinase, Proteína proteolipídica da mielina, Antígeno nu- clear 1 de Epstein-Barr, Glicoproteína do envelope GP350, Poliproteí- na do genoma, Cadeia do colágeno alfa-1 (II), Proteína do núcleo Aggrecan, Receptor do hormônio estimulador de melanócitos, Subuni- dade alfa do receptor de acetilcolina, Proteína de choque térmico de 60 kDa mitocondrial, histona H4, miosina-11, glutamato descarboxilase 2, chaperonina de 60 kDa, proteína semelhante a PgqC, timosina beta- 10, proteína básica de mielina, antígeno nuclear Epstein-Barr 4, prote- ína melanocítica PMEL, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, DQ cadeia beta 1, proteína latente da membrana 2, integrina beta-3, nucleoproteína, proteína ribossômica 60S L10, proteína BOLF1, prote- ína ribossômica acídica 60S P2, proteína latente da membrana 1, co- lágeno de cadeia alfa-2 (VI), Exodeoxirribonuclease V, Gama, proteína transativadora BZLF1, S-arrestina, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa A-3, proteína CT 579, matriz 3, glicoproteína B do envelope, zinco dependente de ATP metaloprotease FtsH, ribo- nucleoproteína nuclear pequena U1 70 kDa, antígeno CD48, cadeia beta da tubulina, Actina citoplasmática 1, antígeno nuclear Epstein- Barr 3, proteína 1 de interação com a família NEDDA, proteína ribos- sômica 60 L28, proteína ribossômica 60 L28, proteína imediata 2 do início da doença, insulina, isoforma 2, Queratina, citoesquelético tipo |!
3, proteína da matriz 1, histona H2A.Z, homólogo do fator de exporta- ção de mRNA ICP27, pequenas proteínas nucleares associadas a ri- bonucleoproteínas B e B', proteína periplásmica rica em cisteína gran- de OmcB, Smoothelin, ribonucleoproteína nuclear pequena Sm D1, Subunidade épsilon do receptor de acetilcolina, fosfatase da família de repetição de invasina, cadeia alfa-cristalina B, antígeno de histocom- patibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-13, antígeno de histo- compatibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-4, componente do resíduo de diidrolipolisina acetiltransferase do complexo de piruvato desidrogenase, mitocondrial, queratina, citoesquelético tipo | 18, antí- geno nuclear Epstein-Barr 6, proteína Tax-1, Vimentina, queratina, ci- toesqueleto tipo | 16, queratina, citoesqueleto tipo | 10, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, Cadeia alfa B-27, tireoglobulina, subunidade gama de receptores de acetilcolina, proteína Chaperona DnakK, proteína U24, cadeia alfa de Na(+)-27, translocação da subuni- dade de NADH-quinona redutase A, fosfoproteína 65 kDa, provável subunidade de ligação a ATP Clp protease dependente da ATP, pro- vável proteína de membrana externa PmpC, proteína de choque térmi- co 70 kDa 1B, hemaglutinina, toxina tetânica, enolase, proteína 1 con- tendo domínios de homologia associada a Rãs e pleckstrin, queratina, citoesqueleto tipo 11 7, miosina-9, proteína Hc1 semelhante a histona H1, glicoproteína do envelope gp160, Subunidade beta da urease, Re- ceptor 1 do polipeptídeo intestinal vasoativo, Homólogo da interleuci- na-10 viral, Histona H3.3, Subunidade de proteina de replicação A 32 kDa, provável proteína da membrana externa PmpD, Insulina-2, L- dopacromo tautomerase, queratina, citoesqueleto tipo | 9, Glicoproteí- na H do envelope, subunidade catalítica da DNA polimerase, Beta-2- glicoproteína 1, Glicoproteína do envelope gp62, Albumina do soro, Proteína principal de ligação ao DNA, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa A-2, Mieloblastina, membro da família do domínio | de anquirina POTE, Proteína E7, proteína de efluxo previsto, ativador de replicação e transcrição, poliproteína Gag-Pro-Pol, proteí- na do capsídeo VP26, proteína principal do capsídeo, regulador de apoptose BHRF1, antígeno nuclear Epstein-Barr 2, antígeno de histo- compatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-7, Calreticulina, fragmento Gama-secretase C-terminal 59, insulina, glicose-6-fosfatase 2, polipep- tídeo amiloide das ilhotas, fosfatase N2 da tirosina-proteína do tipo re- ceptor, N semelhante à tirosina-proteína fosfatase do tipo receptor, au- to-antígeno 1 da célula da ilhota, Bos d 6, Glutamato descarboxilase 1, proteína ribossômica 60S L29, proteína ribossômica 28S S31, mito- condrial, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |l, cadeia beta DRB1-16, cadeia de colágeno alfa-3(IV), glicose-6-fosfatase, glicose-6- fosfatase 3, cadeia de colágeno alfa-5(IV), proteína Nef, proteína ací- dica fibrilar glial, fibrilina-1, tenascina, estromelisina-1, colagenase in- tersticial, subunidade catalítica Calpain-2, proteoglicana 4 de sulfato de condroitina, cadeia beta de fibrinogênio, proteína chaperona Dnal, Proteína 1 do tipo quitinase-3, metaloproteinase da matriz 16, DNA topoisomerase 1, proteína 1 relacionada à folistatina, região C da ca- deia gama-1 lg, região C da cadeia gama-3 lg, cadeia alfa-2 (XI) do colágeno, Desmogleína-3, cadeia alfa de fibrinogênio, Filaggrin, região V da cadeia beta do receptor de células T CTL-L17, região C da ca- deia beta-1 do receptor de células T, região VI da cadeia pesada Ig EU, cadeia alfa-1(IV) do colágeno, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa Cw-7, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-35, antígeno de histocompatibilidade HLA clas- se |, cadeia alfa B-38, proteína do grupo de alta mobilidade B2, região V-ll da cadeia pesada Ig ARH-77, Antígeno de histocompatibilidade HLA classe |l, cadeia DR beta 4, região C de cadeia kappa lg, alfa- enolase, proteína da transmembrana associada a lisossoma 5, antíge- no de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-52, ribonucleo-
proteínas nucleares heterogêneas A2/B1, região V da cadeia beta do receptor de células T YT35, região C da cadeia gama-4 lg, região C da cadeia do receptor beta-2 da célula T, membro da subfamília B homó- loga DnaJ 2, membro da subfamília A homóloga DnaJ 1, região V-IV de cadeia kappa lg Len, região V-ll de cadeia pesada lg, região V-IV de cadeia kappa lg B17, nucleotídeo 2',3'-cíclico 3'-fosfodiesterase, região V-ll de cadeia pesada Ig MCE, região V-lll de cadeia kappa Ig HIC, região V-ll de cadeia pesada Ig COR, glicoproteína de oligoden- drócitos da mielina, região V-ll de cadeia kappa Ig RPMI 6410, região V-lIl de cadeia kappa lg GM607, Polipeptídeo 5 do tipo lambda de imu- noglobulina, região V-ll da cadeia pesada de Ig WAH, Biotina - proteí- na ligase, glicoproteína oligodendrócito-mielina, Transaldolase, proteí- na associada ao complexo DNA helicase/primase, Interferon beta, pro- teína básica de oligodendrócito associada à mielina, glicoproteína as- sociada à mielina, glicoproteína de fusão FO, proteína de mielina PO, região V-ll da cadeia lambda Ig MGC, DNA primase, Proteína menor do capsídeo L2, proteína da mielina P2, proteína de mielina periférica 22, proteína de ligação ao retinol 3, membro da subfamília butirofilina 1 A1, nuclease alcalina, Claudin-11, N-acetilmuramoil-L-alanina amidase CwlIH, GTPase Der, Possível transposase, transportador ABC, proteí- na de ligação ao ATP, putativa, cadeia colágeno alfa-2 (IV), Calpasta- tina, região V-Ill da cadeia kappa Ig SIE, E3 ubiquitina-proteína ligase TRIM68, Receptor de glutamato ionotrópico, NMDA 2A, cadeia alfa Spectrin, não eritrocítica 1, proteína Lupus La, subunidade do sub- componente C1q do complemento A, ribonucleoproteína A pequena U1 nuclear pequena, ribonucleoproteína nuclear de U1 pequena, 60 kDa SS-A/ribonucleoproteína Ro, Proteína de reparo do DNA XRCCA4, proteína centromérica A semelhante a histona H3, histona H1.4, se- quência endógena putativa relacionada ao HTLV-1, antígeno de histo- compatibilidade HLA classe Il, cadeia DRB1-3, Antígeno de histocom-
patibilidade HLA classe 1l, cadeia beta DRB1-1, pequena ribonucleo- proteína nuclear Sm D3, membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral 6, fosfomannomutase/fosfoglucomutase, subuni- dade terminase tripartida UL15, Subunidade proteassoma beta tipo 3, Antígeno nuclear de célula proliferativa, Proteína da cápside interna sigma-2, Histona H2B tipo 1, E3 ubiquitina-proteína ligase TRIM21, subunidade de RNA polimerase || direcionada ao DNA RPB1, proteína complementar de reparação por raios X 6, U1 pequena ribonucleopro- teína nuclear C, Caspase-8, proteína ribossômica 608 L7, receptor de 5-hidroxitriptamina 4, pequena proteína associada à ribonucleoproteí- na nuclear N, Exportin-1, proteína ribossômica acídica 60S PO, Poli- peptídeo pesado de neurofilamento, env putativo, região C da cadeia alfa do receptor de células T, região V da cadeia alfa do receptor de células T CTL-L17, fator sigma da RNA polimerase SigA, ribonucleo- proteína nuclear pequena Sm D2, Cadeia iota de imunoglobulina, regi- ão VWV-lll da cadeia Ig kappa, Histona H2B tipo 1-F/J/L, proteína B1 do grupo de alta mobilidade, proteína complementar de reparação de raio X 5, receptor de acetilcolina muscarínico M3, Fator principal de trans- crição viral ICP4, subunidade alfa-1A do canal de cálcio tipo P/Q de- pendente de tensão, proteína de choque térmico HSP 90-beta, to- poisomerase 2-beta do DNA, histona H3.1, superfamília do ligante do fator de necrose tumoral 6, Fosfo-N-acetilmuramoil-pentapeptídeo- transferase, subunidade alfa da hemoglobina, apolipoproteína E, antí- geno CD99, subunidade beta da ATP sintase, mitocondrial, subunida- de delta do receptor de acetilcolina, membro da família Acyl-CoA desi- drogenase 10, motivo KN e proteína contendo domínio de repetição de anquirina 3, proteína contendo domínio de SAM e SH3 1, fator de alongamento 1-alfa 1, proteína nuclear de ligação a GTP Ran, miosi- na-7, proteína semelhante a Sal 1, proteína de ligação a IgGFc, E3 ubiquitina-proteína ligase SIAH1, proteína tipo Muscleblind 2, anexina
A1, homólogo de proteína PET117, mitocondrial, caseína ubíqua nu- clear e substrato de cinase dependente de ciclina 1, regulador pleio- trópico 1, subunidade subcomplexa de NADH desidrogenase alfa [subbominona] 1, subunidade alfa da proteína G(o) de ligação a nucle- otídeos de guanina, proteína associada ao microtúbulo 1B, L-serina desidratase/L-treonina desaminase, proteína J do centrômero, proteína dos domínios de repetição de SH3 e múltiplas anquinas 3, fumarato hidratase, mitocondrial, Cofilina-1, proteína ativadora da Rhno GTPase 9, fosfatidato citidilitransferase 1, polipeptídeo leve de neurofilamento, Calsyntenin-1, componente da GPI transamidase PIG-T, Perilipina-3, homólogo da proteína unc-13 D, proteína contendo repetição de WD40 SMUA1, polipeptídeo médio de neurofilamento, Proteína S100-B, Car- boxipeptidase E, Neurexins-2-beta, proteína desacetilase sirtuin-2 de- pendente de NAD, proteína contendo motivo tripartido 40, Neurexina- 1-beta, Anexina A11, Subunidade beta da hemoglobina, Gliceraldeído- 3-fosfato desidrogenase, proteína de ligação a nucleotídeo da tríade de histidina 3, subunidade da ATP sintase e, mitocondrial, proteína de choque térmico 10 kDa, mitocondrial, antígeno celular tumoral p53, receptor tipo imunoglobulina associado a leucócitos 1, cadeia tubulina alfa-1B, fator de união, rico em prolina e glutamina, receptor olfativo 10A4, histona H2B tipo 2-F, Calmodulin, proteína de ligação ao RNA Raly, proteína de interação com fosfoinositida-3-cinase 1, alfa-2- macroglobulina, glicogênio fosforilase, forma cerebral, subunidade do complexo THO 4, Proteína associada à diferenciação de neuroblastos AHNAK, Fosfoserina aminotransferase, Transportador/veículo de fola- to mitocondrial, Protease específica de Sentrin 3, Fator NUBP2 do conjunto de aglomerados Fe-S citosólico, Histona desacetilase 7, su- bunidade reguladora 55 kDa da proteína serina/treonina fosfatase 2A isoforma alfa B, subunidade reguladora da proteína serina/treonina fosfatase 2A subunidade alfa B", Gelsolin, fator de crescimento seme-
lhante à insulina Il, proteína de junção estreita ZO-1, proteína de inte- ração Hsc70, regulador do transporte de íons contendo o domínio FXYD 6, subunidade complexa AP-1 mu-1, Sintenina-1, proteína ferro- enxofre NADH desidrogenase [ubiquinona] 7, mitocondrial, receptor de lipoproteína de baixa densidade, fator de transcrição do domínio LIM LMOA4, cadeia beta de espectrina, não eritrocítica 1, membro da sub- família A do cassete de ligação a ATP 2, subunidade 1 da NADH desi- drogenase [ubiquinona] C2, proteína semelhante a SPARC 1, subuni- dade alfa de flavoproteína de transferência de elétrons, mitocondrial, glutamato desidrogenase 1, mitocondrial, Complexina-2, Proteína- serina O-palmitoleoliltransferase porcupine, proteína contendo domínio de plexina 2, semelhante a treonina sintase 2, Testican-2, receptor C- X-C da quimiocina tipo 1, proteína de ativação de araquidonato 5- lipoxigenase, neuroguidina, ácido graxo 2-hidroxilase, fator nuclear 1 tipo X, proteína semelhante a LanC 1, glutamina sintetase, glicoproteí- na da membrana associada ao lisossoma 1, apolipoproteína A-l, alfa- aducina, subunidade beta-3 da proteína G(1)/G(S)/G(T) de ligação a nucleotídeo de guanina, proteína integral da membrana GPR137B, Ubiquilina-1, Aldose redutase, cadeia leve Clathrin B, subunidade F de ATPase de prótons do tipo V, Apolipoproteína D, proteína ribossômica 408 SA, fator de transcrição 1 associado à Bcl-2, fosfatidato citidilil- transferase 2, fator de acoplamento de ATP sintase 6, mitocondrial, Receptor tirosina-proteína cinase erbB-2, semelhante a proteína asso- ciada aos microtúbulos de Echinoderm 5, proteína de ligação a fosfati- diletanolamina 1, proteína de interação dependente da caixa de Myc 1, proteína de transferência de fosfatidilinositol associada com a mem- brana 1, Proteína ribossômica 40S S29, proteína acídica pequena, proteína de ligação à galectina-3, ácido graxo sintase, proteína con- tendo repetição de IAP baculoviral 5, Septina-2, subunidade regulado- ra de proteína-cinase tipo Il-alfa dependente de cAMP, Reelin, Proteí-
na semelhante ao facilitador da apoptose Bcl-2 14, proteína contendo domínio da nuclease estafilocócica 1, proteína do domínio de ligação Metil-CpG 2, proteína associada ao domínio de transformação/trans- crição, fator de transcrição HES-1, proteína do transporte de proteína Sec23B, Paralemmin-2, quimiocina com motivo C-C 15, Subunidade alfa-1 da ATPase transportadora de sódio/potássio, Stathmin, seme- lhante a ribonucleoproteína nuclear heterogênea L, modulador nodal 3, proteína de ligação a GTP induzida por interferon Mx2, Integrina alfa- D, proteína semelhante à proteína relacionada com o receptor da lipo- proteína de baixa densidade 5, fator inibidor da migração de macrófa- gos, cadeia leve da ferritina, proteína 2 relacionada à diidropirimidi- nase, glicoproteína M6-b da membrana neuronal, membro da subfamí- lia do cassete de ligação a ATP 5, proteína associada ao sinaptosso- ma 25, Fator de crescimento semelhante à insulina |, proteína conten- do domínio de repetição de anquirina 29, homólogo da proteína spins- ter 3, Peflin, Contactin-1, glicoproteína associada à microfibrila 3, fator von Wilebrand, pequena ribonucleoproteína nuclear G, subunidade beta-1 do receptor de interleucina-12, Epóxido hidrolase 1, subunidade do complexo citocromo b-c1 10, monoglicerídeo lipase, serotransferri- na, alfa-sinucleína, dipeptidase inespecífica citosólica, transgelina-2, testina, ligante de tirosina cinase relacionada a Fms 3, Noelin-2, prote- ína serina/treonina cinase DCLK1, Interferon alfa-2, subunidade beta do receptor de acetilcolina, Histona H2A tipo 1, receptor adrenérgico Beta-2, Putrescine aminotransferase, Interferon alfa-1/13, Proteína NEDD1, membro da subfamília homóloga DnaJ 1, cadeia beta-6 da tubulina, proteína cromossômica não histona HMG-17, poliproteína, componente do exossomo 10, ligante do receptor 3 de ativação da ci- totoxicidade natural 1, poliproteína Gag, proteína de transporte de ânions da faixa 3, protease, histidina-tRNA ligase, citoplasmático, ca- deia de colágeno alfa-1 (XVII), Envoplakin, Histone H2B tipo 1-C/E/F/
G/l, Diaminopimelato descarboxilase, Histona H2B tipo 2-E, Citocromo P450 2D6, Componente da succiniltransferase do resíduo de diidroli- polillisina do complexo de 2-oxoglutarato desidrogenase, Histona H2B tipo 1-H, Tireoide peroxidase, Proteína da transmembrana rica em pro- lina 2, Periplakin, Integrina alfa-6, Distonina, Desmoplakin, Histona H2B tipo 1-J, Histona H2B tipo 1-B, 6,7-dimetil- 8-ribitilumazina sin- tase, Receptor de tireotropina, Integrina alfa-llb, glicoproteína 210 da membrana de poros nucleares, Proteína U2, proteína DST, Plectina, proteína SII0397, Bos d 10, proteína da cápside externa VP4, ácido 5,6-diidroxiindol-2-carboxílico oxidase, O-fosfoseril-tRNA (Sec) selênio transferase, subunidade proteolítica da Clp protease dependente de ATP, proteína do gene 3 de ativação de linfócitos, fosfoproteína 85, proteína L1, actina, músculo esquelético alfa, diidrolipoil desidroge- nase, componente succiniltransferase do resíduo de diidrolipoillisina do complexo 2-oxoglutarato desidrogenase, mitocondrial, carboxilesteara- se do fígado 1, resíduo de dicarboxilesterase 1 complexo desidroge- nase, componente de acetiltransferase do resíduo de diidrolipolisina do complexo piruvato desidrogenase, componente de proteína X da pi- ruvato desidrogenase, mitocondrial, diidrolipoamida acetiltransferase, dissulfeto de proteína-isomerase A3, Flotillin-2, beta-galactosidase, proteína TSHR, componente de lipoamida aciltransferase do complexo de ácido alfa-ceto de cadeia ramificada desidrogenase, mitocondrial, autoantígeno nuclear Sp-100, Desmoglein-1, receptor de glucagon, glicoproteína da membrana US8, cotransportador de sódio/iodeto, ORF?2, proteína do capsídeo, proteína não caracterizada LF3, formimi- doiltransferase-ciclodesaminase, proteína de fator de ligação do cap- sídeo do núcleo, fator de neurovirulência ICP34.5, provável proteína de ligação ao RNA, enzima de clivagem da cadeia lateral do colesterol, mitocondrial, Histone H1.0, proteína cromossômica não histona HMG- 14, Histone H5, proteína ribossômica acídica 60S P1, subunidade alfa do componente de piruvato desidrogenase E1, forma somática mito- condrial, Leiomodin-1, proteína não caracterizada RP382, proteína não caracterizada U95, proteína de montagem pilus PilB (tipo 4), 2- succinilbenzoato-CoA ligase, proteína TAZ, Tafazzin, sistema putativo de fosfotransferase específico da lactose (PTS), componente IIBC, Claudin-17, proteína do material pericentriolar 1, proteína de translo- cação de proteínas Yop L, subunidade alfa-1 de Laminin, desintegrina A e metaloproteinase com motivos de trombospondina 13, queratina, citoesquelético tipo | 14, fator VIII! de coagulação, queratina, citoesque- leto tipo | 17, neutrófilo defensina 1, região C da cadeia alfa-1 lg, prote- ína do domínio RING associada ao BRCA1 1, proteína do gene 6A contendo repetição de trinucleotídeo, trombopoietina, proteína de liga- ção ao plasminogênio PgbA, esteroide 17-alfa-hidroxilase/17,20 liase, RNA nucleolar helicase 2, histona H2B tipo 1-N , 21-hidroxilase este- roide, UreB, receptor do hormônio de concentração de melanina 1, po- lipeptídeo do grupo sanguíneo Rh(CE), antígeno de histocompatibili- dade HLA classe Il, cadeia DP beta 1, cadeia alfa da glicoproteína pla- quetária lb, receptor de acetilcolina muscarínica M1, glicoproteína da cápside externa VP7, fibronectina, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-8, AhpC, proteína associada ao citoesque- leto 5, sucrase-isomaltase, intestinal, receptor 2 do leucotrieno B4, glu- tationa peroxidase 2, cadeia de colágeno alfa-1 (VII), proteína tipo 1 de montagem do nucleossomo 1, alanina-tRNA ligase citoplasmático, re- ceptor do sensor de cálcio extracelular, autoantígeno B do centrômero principal, proteína denedilase de grande tegumento, polipeptídeo do grupo sanguíneo Rh(D), Kininogen-1, Peroxiredoxin-2, Ezrin, replica- ção de DNA e proteína de reparo RecF, Keratin, citoesqueleto tipo |! 6C, fator de ativação, Serpin B5, Proteína de choque térmico beta-1, Proteína-arginina deiminase tipo 4, cadeia ATPase alfa de transporte de potássio 1, subunidade ATPase beta de transporte de potássio,
proteína da caixa Forkhead E3, subunidade do complexo de Conden- sin-2 D3, Myotonin-proteína cinase, transportador de zinco 8, transpor- tador ABCr, proteína de ligaço ao substrato, putativo, Aquaporin-4, proteína da camada intermediária de cartilagem 1, antígeno de histo- compatibilidade HLA classe Il, cadeia DR beta 5, ribonucleoproteína nuclear pequena F, Ribonucleoproteína nuclear pequena E, região V-V de cadeia Ig kappa L7, cadeia pesada Ig Mem5, região V-lll de cadeia pesada Ig J606, subunidade delta de hemoglobina, cadeia alfa-1(XV) do colágeno, proteína regulada por glicose 78 kDa, proteína ribossô- mica 60S L22, glicoproteína 1, Malate dehydrogenase alfa-1-ácido, mitocondrial, proteína ribossômica 60S L8, serina protease HTRA?2, mitocondrial, proteína ribossômica 60S L23a, Complemento C3, ca- deia alfa-1(Xll) do colágeno, Angiotensinogênio, Proteína S100-A9, Annexin A2, Alfa-actinina-4, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia DQ alfa 1, Apolipoproteína A-IV, Actina, músculo liso aórtico, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia DP alfa 1, Creatina cinase tipo B, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia DR beta 3, Histona H1x, proteína da ribonucleoproteína nu- clear heterogênea tipo U 2, proteína do núcleo de sulfato proteoglicano heparano específico da membrana basal, Cadherin-5, proteína ribos- sômica 40S S13, Alfa-1-antitripsina, Multimerin-2, proteína do centrô- mero F, proteína ribossômica 40S S18, proteína ribossômica 408 S25, cofator NHE-RF1 do regulador de troca Na(+)/H(+), Actina, citoplásmi- co 2, subunidade de hemoglobina gama-1, subunidade de hemoglobi- na gama-2, homólogo de proteína NipSnap 3A, Cathepsin D, 1- fosfatidilinositol 4,5-bisfosfato fosfodiesterase épsilon-1, proteína ri- bossômica 40S S17, Apolipoproteína B-100, Histona H2B tipo 1-K, ca- deia alfa-1(1) do colágeno, cadeia alfa-2(1) do colágeno, 3-hidroxiacil- CoA desidrogenase tipo-2, proteína ribossômica 60S L27, Histona H1.2, Nidogen-2, Cadherin-1, proteína ribossômica 60S L27a, antíge-
no de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia DR alfa, Dipeptidil peptidase 1, proteína ribossômica de Ubiquitina-40S S27a, Citrato sin- tase, mitocondrial, proteína de ligação de Tax1 1, Mieloperoxidase, proteína contendo o domínio de Plexin 1, Glicogênio sintase, [Piruvato desidrogenase [transferência de acetila]]-fosfatase 1, mitocondrial, pro- teína induzida por Phorbol-12-miristato-13-acetato 1, Peroxiredoxin-5, mitocondrial, proteína 14-3-3 zeta/delta, subunidade de ATP sintase d, mitocondrial, Vitronectina, proteína de ligação a lipopolissacaríideo, região V-lll de cadeia pesada Ig GAL, Proteína CREG1, proteína ri- bossômica 60S L6, Stabilin-1, inibidor de plasma protease C1, região V-lIll de cadeia Ig kappa VG, cadeia pesada do inibidor de Inter-alfa- tripsina H4, Alfa-1B-glicoproteína, ácido fosfatase tipo 5 resistente a tartarato, Sulfidril oxidase 1, componente do complemento C6, Glico- gênio fosforilase, forma muscular, proteína semelhante rica em ácido glutâmico de ligação ao domínio SH3 3, proteína transformante RhoA, Albumina, isoforma CRA k, subunidade ATPase G WV-tipo próton 1, Flavina redutase (NADPH), proteína cognata de choque térmico 71 kDa, Lipoproteína lipase, Plasminogênio, Annexin, Syntaxin-7, glico- proteína da transmembrana NMB, cadeia A do fator XIll de coagula- ção, Apolipoproteína A-ll, N-acetilglucosamina-6-sulfatase, subunidade B do subcomponente de complemento C1qg, Proteína S100-A10, glico- proteína associada a microfibrila 4, colagenase 72 kDa tipo IV, cadeia alfa-1(XI) do colágeno, Cathepsin B, Palmitoil-proteína tioesterase 1, Macrosialin, Histona H1.1, Histona H1.5, Fibromodulina, Trombospon- dina-1, inibidor de dissociação de Rho GDP 2, Alfa-galactosidase A, Superóxido dismutase [Cu-Zn], antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa E, Fosfatidilcolina-esterol aciltransferase, Legu- main, receptor Il-c da imunoglobulina gama Fc de baixa afinidade, Fru- tose-bisfosfato aldolase A, subunidade 8A da citocromo c oxidase, mi- tocondrial, Piruvato cinase PKM, Endoglin, Target de Nesh-SH3, su-
bunidade 5A da citocromo c oxidase, mitocondrial, proteína da matriz extracelular tipo fibulina EGF 2, proteína de secreção epididimal E1, Catepsina S, Annexin A5, fator inflamatório de aloexerto 1, Decorin, subcomponente do complemento C1s, receptor lIl-b da região Fc de imunoglobulina gama de baixa afinidade, glicoproteína alfa 2 rica em leucina, lisossoma alfa-glucosidase, Disintegrina e proteína 9 contendo o domínio de metaloproteinase, Transtiretina, Malato dehydrogenase, citoplásmico, Filamin-A, proteína de resposta do receptor de ácido re- tinoico 1, glicoproteína da superfície de células T CDA4, Procolágeno- lisine,2-0xoglutarato 5-dioxigenase 1, cadeia de fibrinogênio gama, ca- deia alfa-2(V) do colágeno, Cystatin-B, proteína protetora lisossômica, Granulins, cadeia alfa-1(XIV) do colágeno, proteína C-reativa, Beta- 1,4-galactosiltransferase 1, proteína relacionada com o receptor de lipoproteína de baixa densidade, região V-lll de cadeia pesada Ig 23, Fosfoglicerato cinase 1, Alfa-2-antiplasmina, V-set e proteína contendo domínio de imunoglobulina 4, provável serina carboxipeptidase CPVL, NEDDB8, ativador de Ganglioside GM2, Clusterin, Alfa-2-HS-glicopro- teína, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia B-37 alfa, Adenosina deaminase CECR1, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia DRB1-11 beta, antígeno de diferenciação de monóci- tos CD14, integral membrane proteína da membrana integral da faixa de eritrócitos 7, Profilin-1, E3 ubiquitina-proteína ligase TRIM9, proteí- na contendo o motivo tripartido 67, fator associado ao receptor de TNF 1, cadeia alfa-cristalina A, ponto de verificação mitótica serina/tre- onina-proteína cinase BUB1, Fator associado à proteína de ligação ao TATA 2N, Ciclina-F, proteína do centrômero C, regulador de apoptose Bcl-2, subunidade beta de 2-oxoisovalerato desidrogenase, mitocon- drial, Coilin, Nucleoplasmina-3, proteína Homeobox Hox-A1, Seri- na/treonina-proteína cinase Chk1, proteína de ponto de verificação mi- tótico BUB3, Deoxirribonuclease-1, rRNA 2'-O-metiltransferase fibrilla-
rina, Histona H1.3, subunidade de RNA polimerase Ill direcionada ao DNA RPC1, subunidade de RNA polimerase Ill direcionada ao DNA RPC2, proteína associada ao centrômero E, proteína tipo Kinesin KIF11, proteína tipo Histona H4 G, Tirosina 3-monooxigenase, trans- portador ABC, proteína de ligação permease/ATP, fator de início da translação IF-1, Proteína FAN, receptor de Reticulon-4, antígeno de diferenciação nuclear de células mieloides, Glicose-6-fosfato isomera- se, receptor Fc de imunoglobulina gama | de alta afinidade, Triptofano 5-hidroxilase 1, Triptofano 5-hidroxilase 2, receptor secretor da fosfoli- pase A2, Aquaporin TIP4-1, Histona H2B tipo F-S, Histona H2AX, His- tona H2A tipo 1-C, canal retificador de potássio interno sensível ao ATP 10, pVIl, proteína hipotética TTV27 gp4, proteína hipotética TTV25 gp2, receptor adrenérgico Alfa-1D, receptor adrenérgico Alfa- 1B, proteína de acondicionamento 3, proteína hipotética TTV14 gp2, homólogo do componente de processoma de subunidade pequena KRR1, Bestrophin-4, receptor adrenérgico Alfa-2C, proteína ORF3 nã caracterizada, receptor beta do ácido retinoico, receptor alfa do ácido retinoico, Proteína do linfoma 3 de células B, carboidrato sulfotransfe- rase 8, Harmonin, receptor de peptídeo de liberação de prolactina, re- ceptor de esfingosina 1-fosfato, proteína contendo domínio de ligação à Acil-CoA 5, ORF1, proteína hipotética TTMV3 gp2, subunidade translocase da membrana interna de importação mitocondrial Tim17-B, proteína hipotética TTV2 gp2, ausente na proteína melanoma 1, prote- ína hipotética TTV28 gp1, proteína hipotética TTV26 gp2, proteína hipotética TTV4 gp2, proteína hipotética TTV28 gp4, Fator neurotrófi- co derivado de astrócito mesencefálico, proteína hipotética TTMV7 gp2, proteína hipotética TTVI9 gp2, pORF1, nucleoproteína tipo pré-histona, proteína hipotética TTV8 gp4, proteína hipotética TTV16 gp2, proteína hipotética TTVI5 gp2, proteína ORF2/4, P2X purinoceptor 2, glicoproteína d membrana E3 CR1-beta, receptor de
D(2) dopamina, receptor tipo Toll 9, proteína de transferência de fosfa- tidilcolina, fator de transcrição HIVEP2, provável peptidilarginina desi- minase, proteína ribossômica 608 L9, integrina beta-4, queratina, cito- esqueleto tipo || 1, cromogranina-A, histona H3.1t, subunidade alfa-1D do canal de cálcio tipo L dependente de tensão, proteína de choque térmico de 70 kDa tipo 1, relacionada ao transportador ABC, UDP-N- acetilglucosamina pirofosforilase, proteína GREB1, aldo/ceto redutase, componente do complexo TOM (translocase da membrana externa), proteína do domínio da subunidade de excinuclease ABC C, fosfoe- nolpiruvato carboxilase, arilacetamida deacetilase tipo 4, cadeia pesa- da de dineína 10, axonemal, Uracil-DNA glicosilase putativa, proteína de germinação de esporos PE, axonemal, Uracil-DNA glicosilase Puta- tiva, proteína de germinação de esporos PE, Teneurin-1, desidroge- nase putativa, proteína da biossíntese de polissacarídeos, VCBS, pro- teína permease do sistema de transporte de glutamato/aspartato GItK, Noggin, Sclerostin, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, ca- deia A-30 alfa, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia A- 69 alfa, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia B-15 al- fa, receptor ionotrópico de glutamato, NMDA 1, NarH, proteína ribos- sômica 40S S21, Ceruloplasmin, 3-hidróxi-3-metilglutaril-coenzima A redutase, proteína ribossômica 60S L30, cadeia gama do antígeno de histocompatibilidade HLA classe 1l, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia Cw-6 alfa, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia Cw-16 alfa, lisossoma alfa-manosidase, proteína de choque térmico HSP 90-alfa, Histona H3.2, Histona H2A.J, subunidade alfa-1G do canal de cálcio tipo T dependente da tensão, Syncytin-1, peptídeo antimicrobiano Cathelicidin, cadeia beta-3 de tubulina, proteí- na Stress-70, mitocondrial, provável enzima de ramificação 1,4-alfa- glucano Rv3031, proteína de ligação a elementos sensível a nuclease 1, proteína relacionada ao fator H do complemento 1, Glutaredoxin-1,
Gama-enolase, receptor alfa do fator de crescimento derivado de pla- quetas, cadeia alfa-1(VIll) do colágeno, Matriz metaloproteinase-25, fator regulador de interferon 5, subunidade de citocromo c oxidase 7C, mitocondrial, Proteína de 70 kDa relacionada ao choque térmico 2, proteína rica em cisteína 1, flavoproteína NADH desidrogenase [ubi- quinona] 2, mitocondrial, Glutationa S-transferase P, antígeno de his- tocompatibidade HLA classe |, cadeia A-68 alfa, antígeno de histo- compatibilidade HLA classe Il, cadeia DM beta, Frutose-bisfosfato al- dolase C, Beta-2-microglobulina, subunidade de citocromo c oxidase 5B, mitocondrial, proteína de 70 kDa de choque térmico 13, proteína ATP sintase 8, proteína ribossômica 60S L13a, enzima da família de TRNA nucleotidiltransferase, glutamate sintase dependente de ferre- doxina 2, fosfatase alcalina, isozima não específica do tecido, membro da família SLAM 5, proteína de fenda homóloga 3, proteína induzida pelo fator beta de crescimento transformante ig-h3, proteína de ligação a manose C, subunidade catalítica Calpain-1, Actina, músculo liso ga- ma-entérico, creatina cinase tipo M, Proteína THEMG6, Histona-lisina N- metiltransferase ASH1L, Proteína contendo domínio C2 dependente de cálcio 4A, Proteína contendo domínio de associação Ras 10, Molé- cula de aderência celular de hepatócitos, proteína tipo ADAMTS 5, an- tígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia de DRB1-15 beta, Anoctamin-2, Fosfoglicerato mutase 1, Para a proteína do sistema de secreção porV (Pg27, IptO), Beta-enolase, antígeno do receptor A, 3- oxoarcil-[acil-veículo-proteína] sintase 2, proteína de choque térmico HSP 90-beta 2 putativa, Radixin, cadeia beta-1 da tubulina, Proteína associada à classificação vacuolar de proteínas 26A, Serina/treonina- proteína fosfatase 5, Catalase, Transcetolase, Proteína S100-A1, Alfa- centractina, cadeia beta-4A de tubulina, Beta-centractina, provável fos- foglicerato mutase 4, proteína tipo beta-actina 2, cadeia beta-4B de tubulina, Fosfoglicerato mutase 2, Alfa-internexina, cadeia beta-2A de tubulina, proteína relacionada com a diidropirimidinase 3, proteína de choque térmico HSP 90-beta-3 putativa, Frutose-bisfosfato aldolase B, Proteína P, Endoplasmina, subunidade O de ATP sintase, mitocondri- al, proteína 70 kDa de choque térmico 6, gliceraldeído-3-fosfate desi- drogenase, específico do testículo, Subunidade alfa-2 associada ao polipeptídeo nascence, anidrase carbônica 2, Annexin A6, E3 ubiquiti- na-proteína ligase RNF13, fator de crescimento derivado de mieloide, substrato do tipo não receptor da tirosina-proteína fosfatase 1, subuni- dade gama-1 de laminina, Trichohyalin, Thrombospondin-2, Siaload- hesin, GTPase membro da família IMAP 1, cadeia alfa da proteína de ligação C4b, proteína do canal seletivo de ânion dependente de tensão 1, Hemopexina, Complemento C5, FYVE, RhoGEF e proteína conten- do o domínio de PH 2, Haptoglobina, citocromo P450 1B1, Titin, prote- ína do gene 2 superexpressa por mieloma, proteína de ligação do in- tensificador de adipócito 1, proteína-glutamina gama-glutamiltrans- ferase 2, Proteína Trim21, proteína tipo ADAMTS 3, N-alfa-acetil- transferase 16, subunidade auxiliar de NatA, fator de crescimento transformante beta-1, Elastina, Proteína dissulfeto-isomerase A5, Plas- tin-2, membro da subfamília B do receptor tipo imunoglobulina leucoci- tária 1, receptor de histamina H2, fator de alongamento 2, Caveolin-1, região de cadeia C lg gama-2, proteína de repetição rica em leucina da superfamília de imunoglobulina, proteína ribossômica 408 S9, subuni- dade alfa-1 de prolil 4-hidroxilase, proteína do compartimento interme- diário do retículo endoplasmático-Golgi 1, Tetranectina, Serina pro- tease HTRA1, ribonucleoproteína nuclear heterogênea A1, proteína tipo Phosducin 3, região V-VI da cadeia lambda de Ig EB4, proteína contendo domínio da fibronectina tipo Ill, queratina, citoesqueleto tipo Il epidérmico 2, cadeia pesada de ferritina, Proteína de ligação à caixa Y 3, Complemento C4-B, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia Cw-15 alfa, antígeno de histocompatibidade HLA classe |,
cadeia B-42 alfa, cadeia alfa-1(V) do colágeno, antígeno de histocom- patibidade HLA classe |, cadeia B-73 alfa, proteína a membrana inte- gral 2B, glicoproteína da membrana associada ao lisossomo 3, Prote- oglicano 4, Proteína ribossômica S6 cinase alfa-6, inibidor da metalo- proteinase 2, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |l, cadeia DRB1-12 beta, Canal retificador de potássio interno sensível ao ATP 15, proteína de ligação à vitamina D, Osteopontina, proteína de intera- ção terminal deoxinucleotidiltransferase 2, receptor olfativo 5K4, cinase de cadeia leve da miosina 2, músculo esquelético/cardíaco, proteína de ligação ao octâmero que não contém domínio POU, Ubiquilina-2, antígeno de histocompatibidade HLA classe |, cadeia B-51 alfa, antí- geno de histocompatibidade H13 secundário, Glycophorin-C, proteína catiônica eosinófila, subunidade do complexo SWI/SNF SMARCC?, receptor de macrófago manose 1, homólogo de ligase RtcB de junção de tRNAs, Reticulocalbin-2, ribonucleoproteína nuclear heterogênea L, proteína ribossômica 40S S30, cadeia alfa-3(VI) do colágeno, matriz metaloproteinase-14, Antitrombina-lll, proteína ribossômica 60S L10a, proteína de ligação a retinol 4, ribonucleoproteína nuclear heterogênea R, Litostatina-1-alfa, Ret dedo tipo proteína 2, Zinco-alfa-2-glicopro- teína, Carboxipeptidase Q, antígeno de histocompatibidade HLA clas- se |, cadeia B-56 alfa, Chondroadherin, proteína rica em cisteína 2, Prosaposin, componente do complemento C9, Apolipoproteína C-ll, Protocaderina-16, membro da subfamília B do receptor semelhante à imunoglobulina leucocitária 4, Galactocinase, fator do complementoH, proteína não caracterizada YELO14C, glicerofosfocolina fosfodiestera- se GPCPD1, Proteína semelhante ao microtúbulo de Echinoderm 6, ou uma isoforma, homologo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
[00181] O termo "aloantígeno" (também conhecido como "antígeno alogênico" ou "isoantígeno") refere-se a um antígeno existente em formas alternativas (alélicas) em uma espécie e, portanto, pode induzir aloimunidade (ou isoimunidade) em membros da mesma espécie, por exemplo, após transfusão de sangue, transplante de tecidos ou órgãos Ou, às vezes, gravidez. Antígenos alogênicos típicos incluem antíge- nos de histocompatibilidade e antígenos de grupos sanguíneos. No contexto da presente invenção, aloantígenos são preferivelmente de origem humana. Moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codi- ficam (poli) peptídeos ou proteínas antigênicos derivados de aloantí- genos podem, por exemplo, ser utilizados para induzir tolerância imu- nológica em relação ao dito aloantígeno.
[00182] Exemplos de antígenos alogênicos no contexto da presente invenção incluem, sem limitação, antígenos alogênicos derivados ou selecionados do precursor UDP-glucuronosiltransferase 2B17, antíge- no MHC classe | HLA-A2, precursor do fator de coagulação VIII, fator de coagulação VIII, precursor da trombopoietina (fator estimulante de colônia de megacariócitos) (ligante de oncogene do vírus da leucemia mieloproliferativa) (ligante C-mpl) (ML) (fator de crescimento e desen- volvimento de megacariócitos) (MGDF), integrina beta-3, histocompa- tibilidade (menor) HA-1, SMCY, timosina beta-4, Cromossomo Y, His- tona desmetilase UTY, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |l, cadeia beta DP (W2), isoforma 1 de desmetilase 5D específica de lisi- na, miosina-lg, provável hidrolase de ubiquitina carboxil-terminal FAF- Y, pró-catepsina H, DRB1, variante MHC DR beta DRw13, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-15, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |l, precursor da cadeia beta DRB1-1, forma variante HMSD da proteína menor de histocompatibilidade, HLA-DR3, cadeia B, Proteína de Histocompatibilidade Humana Classe Il Hla-Dr1i (Dra, Drb1 0101) (Domínio Extracelular) Complexada com Peptídeo Endógeno, MHC classe |l HLA-DRB1, MHC classe | HLA-A, antígeno leucocitário humano B, ativador da proteína RAS tipo-3, ano-
ctamina-9, RNA helicase DDX dependente de ATP DDX3Y, Protoca- derina-11 ligada a Y, KIAAOO20, região variável da cadeia leve do anti- corpo específico para a forma glicoproteína Illa da leucina-33 das pla- quetas, caixa morta, isoforma Y, isoforma 2 de helicase de RNA de- pendente de ATP DDX3X isoforma 2, Proteína HLA-DRB1, integrina beta 3 truncada, glicoproteína llla, glicoproteína 1lb da membrana pla- quetária, anidrase carbônica 1, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, precursor da cadeia alfa A-11, antígeno HLA-A11 A11.2, antí- geno de histocompatibilidade HLA classe |, A-68 cadeia alfa, MHC HLA-B51, antígeno MHC classe | HLA-A3O0, antígeno de histocompati- bilidade HLA classe |, variante precursora da cadeia alfa A-1, antígeno de histocompatibilidade HLA classe | B-57, antígeno MHC classe |, an- tígeno MHC classe Il, MHC Glicoproteína de superfície celular HLA- DR-beta, glicoproteína de cadeia beta DR7, MHC DR-beta, antígeno linfocitário, colágeno tipo V alfa 1, pré-proteína da cadeia de colágeno alfa-2(V), isoforma da proteína do corpo nuclear sp110 d, integrina alfa 2b (glicoproteína llb das plaquetas do complexo Ilb/llla, antígeno CD41) , isoforma CRA c, proteína ribossômica 408 SA4, isoforma Y 1, proteína não caracterizada KIAA1I551, fator VIII, UDP-glucuronosil- transferase 2B17, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, ca- deia alfa A-2, trombopoietina, proteína menor de histocompatibilidade HA-1, desmetilase específica de lisina 5D, antígeno de histocompatibi- lidade HLA classe Il, cadeia DP beta 1, miosina-lg não convencional, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-13, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-1, antígeno de histocompatibilidade HLA classe Il, cadeia DRB1-3, antí- geno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-46, homólogo de Pumilio 3, RNA helicase dependente de ATP DDX3X, Integrina alfa- Ilb, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa A-11, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-51, antí-
geno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa A-30, antígeno de histocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa A-1, antígeno de his- tocompatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-57, antígeno de histo- compatibilidade HLA classe |, cadeia alfa B-40, antígeno de histocom- patibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-7, antígeno de histocom- patibilidade HLA classe Il, cadeia beta DRB1-12, cadeia alfa-1 de co- lágeno (V), cadeia alfa-2 do colágeno (V), proteína do corpo nuclear Sp110 ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas.
(Poli)peptídeos ou proteínas alergênicos
[00183] A pelomenos uma região de codificação da molécula de ácido nucleico artificial da invenção pode codificar pelo menos um "(poli)peptídeo ou proteína alergênico". O termo "(poli)peptídeo ou pro- teína alergênico" ou "alergênio" refere-se a (poli)peptídeos ou proteí- nas capazes de induzir uma reação alérgica, isto é, uma reação imu- nológica patológica caracterizada por uma reatividade corporal altera- da (tal como hipersensibilidade), após a exposição a um indivíduo. Ti- picamente, os "alergênios" estão implicados na "atopia", isto é, rea- ções imunológicas adversas envolvendo imunoglobulina E (IgE). O termo "alergênio" significa tipicamente uma substância (aqui: um (po- liipeptídeo ou proteína) que está envolvida na atopia e induz anticor- pos IgE. Os alergênios típicos aqui previstos incluem alergênios pro- teicos derivados de Crustacea, alergênios derivados de insetos, alergênios de mamíferos, alergênios derivados de moluscos, alergê- nios vegetais e alergênios fúngicos.
[00184] “Exemplos de alergênios no contexto da presente invenção incluem, sem limitação, alergênios derivados ou selecionados de Al- lergen Pen n 18, Nome do Antígeno, alergênio Ara h 2.01, antígeno de melanoma reconhecido pelas células T 1, precursor inespecífico da proteína de transferência lipídica (LTP) (alergênio Mal d 3), ovalbumi-
na, parvalbumina beta, precursor de alergênio ao pólen Lol p VA, pre- cursor de alergênio ao pólen Phl p 5b, pru 1 p, alergênio ao pólen Phl p 5a, precursor do alergênio Der p 1, precursor do alergênio de pólen KBG 60, alergênio principal Tur c1 - Turbo cornutus, precursor de alergênio do grupo de ácaro 2 Lep d 2, precursor Lep D 2, alergênio principal de látex Hev b 5, alergênio principal Cor a 1.0401, precursor do alergênio principal de pólen Art v 1, alergênio principal de pólen Bet v 1 -A, precursor da beta-lactoglobulina, precursor do inibidor da alfa- amilase 0,28 (CI!Il) (WMAI-1), alergênio do grupo V Phl p 5.0203, pre- cursor da poligalacturonase, alergênio ao pólen Phl pl, alergênio der f 2, provável precursor da proteína de transferência de lipídio não espe- cífico 2, precursor de alergênio de veneno 5, precursor de alergênio ao pólen Phl p 1, alergênio do grupo V, cadeia A, estrutura cristalina do alergênio do pólen de ligação ao cálcio Phl P 7 (Polcalcin) em 1,75 Angstroem, alergênio Tri r 2, precursor de proteínas relacionadas à patogênese, precursor de Globin CTT-III, alergênio principal Alt a 1, precursor da proteína de armazenamento de sementes de globulina 13S 3 (proteína do tipo legumina 3) (alergênio Fag e 1), tropomiosina Lit v 1, proteína do fator de alongamento da borracha, precursor dos ovomucoides, proteína de pequenas partículas de borracha, Mag3, alergênio Ara h 1, precursor do clone P41B, precursor da proteína 1 de armazenamento de sementes de globulina 13 (proteína do tipo legu- mina 1), precursor de alergênio do pólen Lol p 1, precursor de alergê- nio do pólen principal Jun a 1, precursor básico da proteína Sugi, profi- lina, precursor de Globin CTT-IV, serina protease alcalina, Glicina, precursor da conglutina-7, proteína 28 1, precursor de Globin CTT-VI, precursor da ribonuclease mitogilina, alergênio principal do pólen Cyn d 1, receptor de hormônio estimulador de melanócitos, provável pre- cursor da protiol protease P34, proteína semelhante à vicilina, precur- sor de alergênio principal Equ c 1, alergênio principal Bet v 1, precur-
sor de alergênio principal Can f 1, Bd 30K (proteína de semente em maturação de 34 kDa), alergênio principal de pólen, precursor de alergênio principal de pólen hol | 1, precursor de Kappa-caseína, alergênio principal Dau c 1/1, proteína SAM22 induzida pelo estresse, alergênio principal Api g 1, precursor da glicinina G2, alergênio Arah3/Arah4, alergênio Der f 1, precursor da peptidase 1 (alergênio do grupo ácaro 1 Eur m 1) (alergênio Eur m |), precursor de Oryzin, case- ína alfa S1, precursor de alergênio principal do pólen Cha o 1, proteína de transferência lipídica inespecífica 1, colágeno tipo |, alfa 2, Der P 1, precursor da peptidase 1 (alergênio principal do ácaro Der p 1) (alergênio Der p |), alergênio de pólen Bet v 1, precursor da fosfolipase A2, alergênio do grupo dos ácaros Der p 2, alergênio Mag, precursor principal de proteínas urinárias, precursor principal da cadeia polipep- tídica de alergênio | 2, precursor da cadeia 2 do polipeptídeo alérgico |, alergênio Pen a 1, fag e 1, precursor de albumina no soro, alergênio de pólen Amb a 3, inibidor putativo de alfa-amilase 0,28, proteína de armazenamento de sementes de albumina, precursor da proteína de armazenamento de sementes ricas em enxofre 28 (Allergen Ber e 1), proteína SSP2 de armazenamento de sementes, precursor Pro-hevein, alergênio de pólen, precursor de alergênio Der p 2, precursor 28 de proteína 1 de armazenamento de sementes, prohevein, albumina 2s, alergênio | principal, cadeia polipeptídica 1, precursor da cadeia 1 do polipeptídeo alergênico | principal, precursor Cry j IB, precurso de alergênio do grupo de ácaro 2 Der f 2, precursor da beta-caseína, pre- cursor do alergênio Lep D2, alergênio Cry j 2 (alergênio do pólen), pro- teína KIAA1I224, proteína hidrofóbica das sementes, precursor do alergênio Bos d 2, alergênio Il, precursor de alergênio do grupo dos ácaros 2 Der p 2, alergênio de ácaro Blo t 5, precursor da peptidase 1 (alergênio fecal de ácaro principal Der f 1) (alergênio Der f |), Par j, Can |, alergênio do pólen Lol p 2-A (Lol p II-A), Paramiosina, precursor da alfa-S2-caseína, provável tiol protease P34, beta-lactoglobulina, alergênio principal Phl p 5, Cadeia A, estrutura da eritrocruorina em diferentes estados do ligante refinado em resolução de 1,4 Angstroms, Globin CTT-VIII, precursor de alergênio principal Asp f 2, tropomiosina, proteína do núcleo [vírus da hepatite BJ], proteína de armazenamento de ômega gliadina, alfa/beta-gliadina AV, proteína de alergênio do grupo 14, precursor de alergênio de pólen Amb a 1.1, precursor de gli- cinina G1, precursor alergênico de pólen Amb a 2, precursor Cry j 1, alergênio Ziz m 1, precursor da proteína estrutural da parede celular rica em glicina 1,8, precursor da pectato liase putativa 17, pectato li- ase, precursor de pectato liase, provável precursor de pectato liase 18, beta-lactoglobulina do alergênio principal, alergênio principal Mal d 1, precursor de alfa-S1-caseína, proteína de armazenamento de semen- tes 28 1, proteína transmembranar plectrovírus spv1-r8a2b orf 14, alergênio 1/a, alergênio Cr-PI, provável proteína inespecífica de trans- ferência de lipídios 1, alergênio de Cr-PIl, antígeno de melanoma gp100, precursor de alfa-lactalbumina, Cadeia A, subestrutura anôma- la de alfa-lactalbumina, precursor de Pilosulin-1 (alergênio principal Myr p 1) (Myr p 1), alergênio de pólen Lol p 3 (Lol p Ill), lipocalina 1 (pré-albumina lacrimal), alergênio de pólen principal Cup a 1, precursor da proteína Pmel 17 de melanócitos, principal alergênio de pó domés- tico, proteína 1 de transferência lipídica inespecífica (LTP 1) (alergênio principal Pru d 3), proteína 1 de transferência lipídica inespecífica 1 (LTP 1) (alergênio principal Pru ar 3), alergênio de pólen Lol p 1, alfa- gliadina, Cr-PII, albumina, alfa-S1-caseína, alergênio principal |, mitogi- lina de ribonuclease, beta-caseína, alergênio reconhecido UA3, proteí- na 1 de armazenamento de sementes 28 rica em enxofre, produto de proteína não nomeado, Poligalacturonase, alergênio principal Pru av 1, alergênio Der p 1, alergênio liase, alergênio principal de pólen Bet v 1- F / |, precursor de gama-gliadina, receptor de 5-hidroxitriptamina 2C
(5-HT-2C) (receptor de serotonina 2C) (5-HT2C) (5-HTR2C) (SHT-1C), ômega-5 gliadina, Enolase 1 (2-fosfoglicerato desidratase) (2-fosfo-D- glicerato hidroliase), provável proteína inespecífica de transferência de lipídio, alergênio Sin a 1, glutenina, precursor da subunidade de baixo peso molecular, principal alergênio de amendoim Ara H 1, mal d 3, su- bunidade do fator de iniciação da translação eucariótico 3 D, proteína 2 relacionada à tirosinase, proteína de interação com PC4 e SFRS1, isoforma 1 semelhante a RAD51 1, peptídeo antimicrobiano 2, subuni- dade proteassoma tipo alfa 3, polipeptídeo pesado de neurofilamento (NF-H) (proteína tripleto H de neurofilamento) (proteína do neurofila- mento 200 kDa), superóxido dismutase, principal alergênio do pólen Cor a isoformas 5 a 6, 11 e 16, alergênio de cereja PRUA1, precursor do alergênio Asp f 4, cadeia A, estrutura terciária do principal alergênio de ácaro da poeira doméstica Der P 2, Nmr, Estruturas 10, proteína de ligação ao RNA NOB1, precursor da epimerase de Dermatan-sulfato, antígeno do carcinoma de células escamosas reconhecido por células T 3, precursor da peptidil-prolil cis-trans isomerase B, provável glicosi- dase crf1, cadeia A, Birch Pollen Profilin, Profilin-1, precursor da ave- nina (clone pAv122) - aveia, gama 3 avenina, proteína imunorreativa celíaca 2, CIP-2, prolamina 2 (N-terminal), avenina gama-3 - aveia desnuda pequena (fragmento), principal alergênio de pólen Ole e 1, citocromo P450 3A1, proteína Ole e 1, proteína Ole e 1.0102, Der f 2, chaperonina tipo GroEL, principal alergênio Arah1, superóxido dismu- tase de manganês, proteína beta-1,3-glucanase, alergênio Ara h 1, principal precursor de alergênio Alt a 1, alergênio Bla g 4, variante de alergênio Per a 4 1, Lyc e 2.0101, pectato liase 2, alergênio, proteína hipotética, provável pectato liase P59, alergênio do pólen Amb a 1,4, Patatin-2-Kuras 1, proteína de ligação ao cálcio, proteína de armaze- namento de sementes de vicilina, principal proteína alergênica Mal fa, proteína pel, pectato liase relacionada ao amadurecimento, alergênio de pectato liase/Amb, Bet v 4, Polcalcin Bet v 4, alergênio de ácaro Der f 6, alergênio Alt a 2, metaloproteinase elastinolítica extracelular, proteína do tipo pectato liase, pectato liase E, Profilin-2, alergênio de- veneno 5, Cucumisina, peroxiroxina putativa, precursor da pectato |i- ase putativa, albumina no soro, inibidor de alergênio de pólen Phl p 11, inibidor da serina (ou cisteína) proteinase, clade B (ovalbumina), membro 3, precursor do alergênio Bla g 4 (Bla g IV), alergênio Pen n 13, hialuronidase A, homólogo de pectato liase, alergênio putativo Cup a 1, principal alergênio de pólen jun v 1, alergênio putativo jun 1, alergênio de pólen Amb a 1,2, provável pectato liase 13, proteína P8, citocromo c, glucano endo-1,3-beta-glucosidase, isoforma vacuolar básica, globulina 13S, beta-1,3-glucanase, beta-1,3-glucanase, Glute- nina, precursor da subunidade DX5 de alto peso molecular, Glutenina HMW do tipo X, Glutenina, subunidade de alto peso molecular DX5, subunidade de glutenina de alto peso molecular 1Dx2.1, subunidade de glutenina de alto peso molecular, proteína 118 semelhante a globu- lina, proteína de armazenamento de sementes, alfa-L-Fucp-(1->3)- [alfa-D-Manp-(1->6)-[beta-D-Xylp-(1->2)]-beta-D-Manp-(1->4)-beta-D-
GIcpNAc-(1->4)]-D-GIcpNAc, beta caseína B, precursor inespecífico da proteína de transferência lipídica tipo 1, Fas AMA, precursor da Cas- pase-8, glicoproteína do antígeno H, antígeno H gl, proteína de choque térmico HSP 90-beta, diidrolipoamida S-acetiltransferase (componente E2 do complexo de piruvato desidrogenase), isoforma CRA a, precur- sor do alergênio do grupo V Phl p 5.0103, precursor do alergênio do Ph! p6, alergênio do grupo V Phl p 5, precursor do principal alergênio de pólen phl p 4, alergênio do pólen Phl p V, alergênio de Phl 3, pre- cursor de alergênio de pólen Phl pl, Cadeia A, Estrutura cristalina de Phl P1, um principal alergênio de pólen de grama Timothy, alergênio de pólen Phl p4, Profilin-3, Profilin-2/4, alergênio de pólen Phl p2, fra- gmento de ligação de IgE Phl p6, Phlp5, Cadeia N, Estrutura Cristalina de Phl P 6, um principal alergênio de pólen de grama Timothy co- cristalizado com zinco, precursor de alergênio do grupo V Phl p
5.0206, proteína alergênica, principal alergênio de Ani s 1, alergênio Ana o 2, proteína tipo ENSP, alergênio BW 16KkDa, colágeno alfa2 (I), colágeno a2(l), colágeno alfa 1 tipo 2, Cyn d 1, principal alergênio de pólen Aln g 1 (alergênio Aln g 1), alergênio Len c 1.0101, galactomana- no, protease aspártica Bla g 2, desidrogenase do álcool, precursor da proteína de transferência lipídica, precursor de alfa/beta gliadina, alergênio Der f 7, polipeptídeo alergênico Der p 7, proteína de transfe- rência lipídica inespecífica, cadeia polipeptídica alergênio | principal 1, cadeia 1 do principal polipeptídeo alergênico |, precursor da prunina 1, precursor da prunina 2, proteína 118 legumina, precursor do alergêni- co Ara h 7, precursor da proteína vicilina, alergênio Arah6, parvalbumi- na tipo 2, parvalbumina tipo 1, caseína kappa, proteína ribossômica de biogênese LAS1L, Pen c 1, proteína SchS21, hialuronidase B inativa, proteína Mup1, fator inibidor da migração de macrófagos, subunidade 3 do fator de iniciação da translação eucariótica 2, precursor do recep- tor de vírus CR2/CD21/C3d/Epstein-Barr, DNA topoisomerase 2-alfa, alergênio de pólen Cyn d 23, principal alergênio de Bla g 1,02, proteína alergênica de pectina metilesterase, isoforma principal de Pha a 5, pro- teína de armazenamento de sementes de albumina 28, aldeído desi- drogenase (NAD+), alergênio de pólen Poa p 5, alergênio variante Bla g 1.02, parcial, principal alergênio de pólen Lol p 5b, alergênio Bla g
6.0301, proteína dissulfeto isomerase, manitol desidrogenase putativa, alergênio de pólen Lol p 4, protease aspártica pep1, enolase, proteína de ligação a IgE, alergênio secundário Alt a 5, alergênio HDM, cadeia A, estrutura cristalina de uma proteína de fusão Mbp-Der P 7, alergê- nio Bla g 6.0201, alergênio principal Bla g 1.0101, alfa-amilase, alergênio secundário, proteína ribossômica P2, metaloprotease (MEP), serina protease autofágica Alp2, proteína tipo isoflavona redutase alergênica Bet v 6.0102, cadeia A, estrutura cristalina do complexo de anticorpos e o alergênio Bla G 2, alergênio secundário, tioredoxina TrxA, enolase, alergênio Cla h 6, glutationa-S-transferase, chaperone molecular e alergênio Mod-E/Hsp90/Hsp1, principal alergênio Asp F2, alergênio de ácaro Der p 3, cadeia B, estrutura cristalina de Aspergillus Fumigatus Mnsod, Glutationa S-transferase (classe GST sigma) (prin- cipal alergênio de Bla g 5), alergênio secundário Cla h 7, proteína des- conhecida, cerato-platanina alérgica Asp F13, alergênio art v 2, Polcal- cin Alnh g 4, principal alergênio e citotoxina AspF1, alergênio de pólen Que a isoforma 1, serina protease semelhante à tripsina, alergênio do grupo 6 de ácaro Der p 6, alergênio Asp F7, proteína da parede celular PhiA, 60 kDa alergênio Der f 18p, hsp70, alergênio de pólen Sal k 3, proteína ribossômica acídica P2, Cadeia B, estrutura cristalina da ma- nitol desidrogenase dependente de Nadp de Cladosporium Herbarum., precursor de alergênio Art v 3.0301, proteína ribossômica 60S L3, alergênio Der p 20, alergênio de pólen Sal k 1, alergênio Per a 6, alergênio semelhante a gelsolina Der f 16, cadeia A, caracterização estrutural da forma tetramérica dos principais Alergênio de gato Fel D 1, glutationa S-transferase, alergênio Fel d 4, principal alergênio de pólen Dac g 4, alergênio do grupo | Ant o | (Forma 1), pólen, alergênio Bla g 6.0101, cistatina, alergênio de ácaro Der p 5, alergênio Fra 1, alergênio Asp F4, principal proteína semelhante a antígeno, precursor do alergênio PR5 Cup s 3.1, proteína de choque térmico, precursor de alergênio, precursor de arginina esterase, alergênio de pólen Sal k 4, proteína ribossômica acídicas 60S P1, alergênio de pólen Jun 4, Pol- calcin Cyn d 7, alergênio de pólen do grupo |, peptidil-prolil cis- transisomerase/ciclofilina, putativa, profilina 2, alergênio de pólen Cyn d 15, alergênio Der 13, Can f 2, proteína tipo peroxissômica, peptidil- prolil isomerase (ciclofilina), antígeno MHC classe |l, proteína BETVA, principal alergênio de pólen Pla | 1, peptidase, alergênio MPAS3, princi-
pal alergênio de pólen de banana, Pla | 1.0103, principal alergênio de Bla g 1.0101, parcial, alergênio de pólen Amb p 5a, alergênio Der f 16, alergênio de pólen Dac g 2, fragmento C-terminal de proteína de liga- ção a IgE (148 AA), alergênio de pólen Dac g 3, PPlase, rAsp f 9, alergênio de ácaro Der p 7, tioredoxina, hidrolase, principal alergênio de pólen Pha a 1, alergênio der p 13, cadeia B, estrutura de raios X de Der P 2, o principal alergênio de ácaro da poeira doméstica, oleosina 3, peptidil-prolil cis-transisomerase, cadeia A, estrutura cristalina de um principal alergênio de ácaro da poeira doméstica, Derf 2, cadeia A, estrutura cristalina dos principais alergênios, Bla G 4 de baratas, prote- ína tipo Amb a 1, subunidade de glutenina LMW do tipo D, Glutationa S-transferase 2, precursor da isoforma isoalergênico 4 acídico Cyn d 1, precursor de proteínas de armazenamento de sementes de albumina, isoforma tirosina 3-monooxigenase b, N-glicoproteína, oxidoredutase BG60 ligada ao FAD, alergênio Blo t 21, Ubiquitina D, Nucleoporina Nup37, proteína de ligação ao octâmero contendo o domínio não POU, fator de alongamento da transcrição SPT5, principal alergênio Mal d 1 (proteína Ypr10), Serpin-Z2B, precursor de alergênio Pas n 1, arginina cinase, cadeia leve da miosina alergênica Lit v 3, proteína sarcoplas- mática de ligação ao cálcio, subunidade alfa da beta conglicinina, pru- nina, alergênio Cry j 2, Plexin-A4, proteína inespecífica de transferên- cia de lipídios, precursor da subunidade de glutenina de baixo peso molecular, gama-gliadina, amigo do GATA-1, proteína do tumor de Wilms, enzima de conjugação de ubiquitina E2 C, ácidos graxos sin- tase, histona H4, frutose-bifosfato aldolase A, oxidorredutase, lacto- globulina beta, região constante de cadeia pesada da imunoglobulina gama 3, precursor Phlp5, precursor de ácaros, proteína 70 de choque térmico, principal alergênio de cadeia 2 do polipeptídeo |, proteína pre- cursora da alfa-lactalbumina, alergênio de pólen de 30 kDa, precursor do alergênio do grupo 5, precursor de alergênio do grupo 1 Dac g 1,01,
proteína não caracterizada, proteína desconhecida da proteína da grama Timothy, kappa-caseína, alfa-S1 caseína, proteína da família SXP/RAL-2, precursor da lipocalina-1, alfa purotionina, principal alergênio Bet v 1.01A, proteína P2, Osmotin, principal alergênio de amendoim Ara H 2, alergênio Der f 3, conglutina, alergênio Ara h 6, catelicidina peptídeo antimicrobiano, colinesterase, alergênio Per a 2, proteína 3B regulada por andrógeno da glândula submanxilar, quitinase parcial, precursor de alergênio Can f 4, precursor do alergênio da vari- ante Can f 4, subunidade alfa-2 do complexo associado ao polipeptí- deo nascence, Polcalcin Phl p 7 (alergênio de pólen de ligação ao cál- cio Phl p 7) (P7), alergênio Der p Il, principal alergênio Ara h1, alergê- nio Ara h 2.02, proteína de ligação a ácidos graxos, receptor de gluta- mato, subunidade ASB4 da glicinina, profilina isoalérgeno 2, alergênio de pólen Amb p 5b, proteína de ligação ao cálcio isoalérgeno 2, prote- ína de ligação ao cálcio isoalérgeno 1, protease de cisteína, profilina isoalérgeno 1, precursor homólogo da erva de santiago Art v 1, Amb p 5, homólogo da erva de Santiago da Art v 1 (isoforma 1), parcial, antí- geno E, precursor putativo de pectato liase, parcial, alergênio do pólen Amb a 5, alergênio Amb p V, subunidade 6 da hemocianina, principal alergênio de pólen Cha o 2, tricohialina, aspartil endopeptidase, NCRA10, alergênio bla g 8, vitelogenina, NCRA3, NCRAA, precursor da isoforma 2 de alergênio Bla g 3, parcial, NCRA2, NOCRA13, NCRAB8, NCRA1, Bla g 11, receptor para proteína cinase ativada tipo C, NCRA5, NCRA14, triosefosfato isomerase, NCRA1I2, NCRA7, NCRA11, tripsina, triosefosfato isomerase, parcial, NCRAG6, proteína estrutural, NCRA15, NCRA9, NCRA16, alergênio Der f 4, alergênio Der 5, alergênio Phl p6, alergênio Der gal Gal 2, Derp 19830, glicosil- ceramidase, carboxipeptidase, alergênio Der 8, parcial, frutose bifosfa- to aldolase, ATP sintase, alergênio Der a Alt 10, glutamina sintetase, Derp c23425, miosina, alergênio Der 8, LytFM, alergênio Der 11, seri-
na protease, glutationa transferase mu, triosefosfato isomerase, prote- Íína semelhante a proteína ubiquinol-citocromo c redutase, ferritina, isomerase, filamina C, Der p 5 Mag44, parcial, veneno, proteína espe- cífica do músculo, alergênio Der f 5.02, Mag44, Derp c21462, proteína de alergênio do grupo 18, Derf c9409, precursor da albumina 28 do tipo napina 1, precursor da albumina 28 do tipo napina 3, albumina 2S do tipo napina 3, proteína CJP-6 semelhante à isoflavona redutase, proteína CJP-6 semelhante à isoflavona redutase, Pectato liase 1, alergênio Cry j 2, parcial, principal alergênio Dau c 1, Filamin-C, putati- vo, precursor de globulina 118 de alergênio Pis v 5.0101, precursor de glicoproteína Pis v 5, 48 kDa, viciliha ou um homólogo, fragmento, va- riante ou derivado de qualquer um desses alergênios. Proteínas repórteres
[00185] A pelo menos uma região de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode codificar pelo menos um "(poli)peptídeo ou proteína repórter ".
[00186] O termo "(poli)peptídeo ou proteína repórter" refere-se a um (poli)peptídeo ou proteína que é expressa a partir de um gene repórter. Os (poli)peptídeos ou proteínas repórter são tipicamente heterólogos ao sistema de expressão utilizado. A sua presença e/ou funcionalidade pode ser de preferência facilmente detectada, visualizada e/ou medida (por exemplo, por fluorescência, espectroscopia, luminometria, etc.).
[00187] Os (polipeptídeos ou proteínas repórter exemplares inclu- em beta-galactosidase (codificada pelo gene bacteriano lacZ); lucife- rase; cloranfenil acetiltransferase (CAT); GUS (beta-glucuronidase); fosfatase alcalina; proteína fluorescente verde (GFP) e suas variantes e derivados, tais como proteínas verdes fluorescentes intensificadas (eGFP), CFP, YFP, GFP+; fosfatase alcalina ou fosfatase alcalina se- gregada; peroxidase, beta-xilosidase; XylE (catecol dioxigenase); TreA (trealase); Discosoma sp. proteína fluorescente vermelha (dsRED) e suas variantes e derivados, tais como mCherry; HcRed; AmCyan; ZsGreen; ZsYellow; AsRed; e outras proteínas bioluminescentes e flu- orescentes. O termo "luciferase" refere-se a uma classe de enzimas oxidativas que são capazes de produzir bioluminescência. Muitas luci- ferases são conhecidas na técnica, por exemplo, luciferase de vaga- lume (por exemplo, do vaga-lume Photinus pyralis), luciferase Renilla (Renilla reniformis), luciferase Metridia (MetLuc, derivada do copépode marinho Metridia longa), luciferase Aequorea, luciferase Dinoflagellate ou luciferase Gaussia (Gluc) ou uma isoforma, homólogo, fragmento, variante ou derivado de qualquer uma dessas proteínas. Domínios, marcadores, ligantes, sequências ou elementos adicionais
[00188] A pelomenos uma região codificadora da molécula de áci- do nucleico artificial da invenção pode codificar, de preferência além do pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, outros do- mínios, marcadores, ligantes, sequências ou elementos de (po- lijpeptídeos. Prevê-se que as sequências de ácido nucleico que codifi- cam os referidos domínios, marcadores, ligantes, sequências ou ele- mentos adicionais estejam ligadas de maneira operável na estrutura à região que codifica o (poli)peptídeo ou proteína de interesse, de modo que a expressão da sequência de codificação produz preferivelmente um produto de fusão (ou: derivado) do (poli)peptídeo ou proteína de interesse acoplado aos domínios, marcadores, ligantes, sequências ou elementos adicionais.
[00189] Por exemplo, as sequências de ácido nucleico que codifi- cam outros domínios, marcadores, ligantes, sequências ou elementos de (poli)peptídeos estão de preferência enquadradas com a sequência de ácido nucleico que codifica o (poli)peptídeo ou proteína de interes- se. O uso de códons pode ser adaptado ao hospedeiro previsto para expressar a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção.
[00190] De preferência, a pelo menos uma região de codificação da molécula de ácido nucleico artificial da invenção pode codificar ainda mais pelo menos um (a) domínio efetor; (b) marcador de peptídeo ou proteína; (c) sinal ou sequência de localização; (d) sinal de localização nuclear (NLS); (e) peptídeo de sinal; (f) ligante peptídico; (g) peptídeo sinal secretor (SSP), (h) elemento de multimerização incluindo elemen- tos de dimerização, trimerização, tetramerização ou oligomerização; (i) elemento formador de partículas semelhantes a vírus (VLP); (j) ele- mento da transmembrana; (k) elemento de direcionamento de células dendríticas; (1) elemento adjuvante imunológico; (m) elemento que promove a apresentação do antígeno; (n) peptídeo 2A; (o) elemento que prolonga a meia-vida da proteína; e/ou (p) elemento para modifi- cação pós-translação (por exemplo, glicosilação). Domínios efetores
[00191] O termo "domínio efetor" refere-se a (poli)peptídeos ou do- mínios de proteína que conferem funções efetoras biológicas, tipica- mente interagindo com um alvo, por exemplo, atividade enzimática, ligação ao alvo (por exemplo, ligante, receptor, proteína, ácido nuclei- co, hormônio, pequena molécula orgânica do neurotransmissor), transdução de sinal, imunoestimulação e semelhantes.
[00192] Os domínios efetores podem ser adequadamente (adicio- nalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam qualquer (poli)peptídeo ou proteína de interesse, con- forme divulgado nesta invenção. Os domínios efetores fundidos ou in- seridos em (poli)peptídeos ou proteínas de interesse podem vantajo- samente conferir uma função ou atividade biológica adicional ao dito (poli)peptídeo ou proteína. Quando codificado em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, os domínios efetores podem ser colocados no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de interesse ou suas combinações. Diferentes domínios efetores podem ser combinados. No nível de ácido nucleico, a se-
quência de codificação para esse domínio efetor é tipicamente coloca- da na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 3' na, 5' na ou dentro da sequência de codificação do (poli)peptídeo ou proteína de interesse, ou suas combinações. Marcador de peptídeo ou proteína
[00193] "Marcadores de peptídeo ou proteína" são sequências cur- tas de aminoácido introduzidas em (poli)peptídeos ou proteínas de in- teresse para conferir uma funcionalidade ou propriedade biológica de- sejada. Tipicamente, os "marcadores peptídicos" podem ser utilizados para detecção, purificação, separação ou adição de certas proprieda- des ou funcionalidades biológicas desejadas.
[00194] Os marcadores de peptídeo ou proteína podem, portanto, ser implantados para diferentes propósitos. Quase todos os marcado- res peptídicos podem ser utilizados para permitir a detecção de um (poli)peptídeo ou proteína de interesse por Western blot, ELISA, ChIP, imunocitoquímica, imunoistoquímica e medição de fluorescência. A maioria dos marcadores de proteína ou peptídeo pode ser utilizada para purificação de (poli)peptídeos ou proteínas de interesse. Alguns marcadores podem ser explorados para estender a meia-vida da pro- teína biológica ou aumentar a solubilidade de (poli)peptídeos e proteí- nas de interesse, ou ajudar a localizar um (poli)peptídeo ou proteína em um compartimento celular.
[00195] Os marcadores de proteína ou peptídeo podem ser ade- quadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nu- cleico artificial (RNA) que codificam qualquer (poli)peptídeo ou proteí- na de interesse, conforme aqui divulgado. Os marcadores de proteína ou peptídeo fundidos ou inseridos em (poli)peptídeos ou proteínas de interesse podem vantajosamente permitir, por exemplo, a detecção, purificação ou separação do referido (poli)peptídeo ou proteína. Quan- do codificado em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, os marcadores de proteína ou peptídeo podem ser coloca- dos no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de interesse, ou suas combinações. Diferentes marcadores de proteí- nas ou peptídeos podem ser combinados. Os marcadores de proteína ou peptídeo podem ser repetidos e, por exemplo, expressos em tan- dem ou tripleto. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para esses marcadores de proteína ou peptídeo é tipicamente coloca- da na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 3' na, 5' na ou dentro da sequência de codificação do (poli)peptídeo ou proteína de interesse ou suas combinações.
[00196] Os marcadores de proteína e peptídeo podem ser classifi- cados com base em sua função (primária). Os marcadores de proteína e peptídeo exemplares previstos no contexto da presente invenção incluem, sem limitação, marcadores selecionados dos seguintes gru- pos. Os marcadores de afinidade permitem a purificação de (po- lijpeptídeos ou proteínas de interesse e incluem, sem limitação, prote- ína de ligação à quitina (CBP), proteína de ligação à maltose (MBP), marcador Strep, glutationa-S-transferase (GST) e marcadores poli(His) tipicamente compreendendo seis resíduos de histidina em tandem que formam uma estrutura de ligação ao níquel. Os marcadores de solubi- lização auxiliam no dobramento adequado e evitam a precipitação de (poli)peptídeos ou proteínas de interesse e incluem tioredoxina (TRX) e poli(NANP). Os marcadores MBP e GST também podem ser utiliza- dos como marcadores de solubilização. Os marcadores de cromato- grafia alteram as propriedades cromatográficas de proteínas ou (po- lipeptídeos de interesse e permitem sua separação por técnicas cro- matográficas. Tipicamente, os marcadores de cromatografia consistem em aminoácidos polianiônicos, como o marcador FLAG (que pode tipi- camente compreender a sequência de aminoácido N-DYKDDDDK-C (SEQ ID NO: 378). Os marcadores epitópicos são sequências peptídi-
cas curtas capazes de se ligar a anticorpos de alta afinidade, por exemplo, no Western blotting, imunofluorescência ou imunoprecipita- ção, mas também podem ser utilizados para purificação de (po- liipeptídeos ou proteínas de interesse.
Os marcadores epitópicos po- dem ser derivados de antígenos patogênicos, tais como vírus, e inclu- em, sem limitação, marcadores V5 (que normalmente podem conter uma sequência curta de aminoácidos GKPIPNPLLGLDST derivada das proteínas P/V do paramixovírus SV5), marcadores Myc (que nor- malmente podem conter um segmento de 10 aminoácidos do proto- oncogene humano Myc (EQKLISEEDL (SEQ ID NO: 379), marcadores HA (que podem tipicamente compreender um segmento curto YPYDVPDYA (SEQ ID NO: 380) da proteína de hemaglutinina da gripe humana) e marcadores NE.
Os marcadores de fluorescência como GFP e suas variantes e derivados (por exemplo, mfGFP, EGFP) po- dem ser utilizado para a detecção de (poli)peptídeos ou proteínas (por leitura visual direta ou por ligação a anticorpos anti-GFP) ou como re- pórteres.
Marcadores de proteína podem permitir a modificação enzi- mática específica (tal como biotinilação pela biotina ligase) ou modifi- cação química (tal como reação com FIASH-EDT2 para geração de imagens por fluorescência). Os marcadores como tioredoxina, po- Ii(NANP), podem aumentar a solubilidade da proteína, enquanto outras podem ajudar a localizar uma proteína alvo em um compartimento ce- lular desejado.
Outros marcadores incluem o marcador ABDz1, adeni- lato cinase (marcador AK), peptídeo de ligação à calmodulina, CusF, Fh8, HaloTag, peptídeo de ligação à heparina (marcador HB), cetoste- roide isomerase (KSI), Inntag, PA(NZ-1), marcador Poli-Arg, marcador Poli-Lys, marcador S e SUMO.
Os marcadores de peptídeo ou proteí- na podem ser combinados ou repetidos.
Após a purificação, os marca- dores de proteína ou peptídeo podem às vezes ser removidos por pro- teólise específica (por exemplo, por protease de TEV, trombina, fator
Xa ou enteropeptidase). Sinal ou sequência de localização nuclear (NLS)
[00197] Um "sinal de localização nuclear" ou "sequência de locali- zação nuclear" (NLS) é uma sequência de aminoácido capaz de dire- cionar um (poli)peptídeo ou proteína de interesse para o núcleo - em outras palavras, um sinal de localização nuclear "marcadores" de (po- liipeptídeo ou proteína de interesse para importação nuclear. Geral- mente, as proteínas ganham entrada no núcleo através do envelope nuclear. O envoltório nuclear consiste em membranas concêntricas, a membrana externa e a interna. As membranas internas e externas se conectam em vários sítios, formando canais entre o citoplasma e o nu- cleoplasma. Esses canais são ocupados por complexos de poros nu- cleares (NPCs), estruturas multiproteínas complexas que atuam como mediador do transporte através da membrana nuclear.
[00198] Os sinais de localização nuclear podem ser adequadamen- te (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artifi- cial (RNA) que codificam qualquer (poli)peptídeo ou proteína de inte- resse, conforme divulgado nesta invenção. Os sinais de localização nuclear fundidos ou inseridos em (poli)peptídeos ou proteínas de inte- resse podem vantajosamente promover a ligação à importina (também conhecida como carioferina) e/ou importação nuclear do referido (po- liipeptídeo ou proteína. Sem desejar estar vinculado a uma teoria es- pecífica, a NLS pode ser particularmente útil quando fundido ou inseri- do em (poli)peptídeos ou proteínas terapêuticos que se destinam ao direcionamento nuclear, por exemplo, agentes de edição de genes, indutores ou repressores da transcrição. No entanto, uma NLS pode ser codificada com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína aqui igualmente divulgado. Quando codificados em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, esses sinais de localização nuclear podem ser colocados no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do
(poli)peptídeo ou proteína de interesse ou suas combinações. Tam- bém está previsto que a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) possa codificar duas ou mais NLS fundidas/inseridas no (poli)peptídeo ou proteína codificada de interesse. No nível de ácido nucleico, a se- quência de codificação para esse sinal de localização nuclear é tipi- camente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 3' na ou 5' na ou dentro da sequência de codificação do (poli)peptídeo ou proteína de interesse ou suas combinações.
[00199] Tipicamente, uma "NLS" pode compreender ou consistir em uma ou mais sequências curtas de lisinas ou argininas carregadas po- sitivamente, que são de preferência expostas na superfície da proteí- na. Uma variedade de sequências NLS é conhecida na técnica. Se- quências NLS exemplares que podem ser selecionadas para uso com a presente invenção incluem, sem limitação, o que se segue. O sinal de transporte melhor caracterizado é a NLS clássica (cCNLS) para im- portação de proteínas nucleares, que consiste em um trecho (mono- partido) ou dois trechos (bipartido) de aminoácidos básicos. Tipica- mente, o motivo monopartido é caracterizado por um conjunto de resí- duos básicos precedidos por um resíduo de quebra de hélice. Da mesma forma, o motivo bipartido consiste em dois grupos de resíduos básicos separados por 9 a 12 resíduos. As cNLSs monopartidas são exemplificadas pelo antígeno T grande SV40 NLS (PEPKKKRRV132 (SEQ ID NO: 381) e as cNLSs bipartidas são exemplificadas pela nu- cleoplasmina NLS (**KRPAATKKAGQAKKKK7º (SEQ ID NO: 382). Os resíduos consecutivos ad lisina N-terminal da NLS monopartida são referidos como P1, P2, etc. A cNLS monopartida tipicamente re- quer uma lisina na posição P1, seguida de resíduos básicos nas posi- ções P2 e P4 para produzir uma sequência de consenso livre de K(KR)X(K/R) (SEQ ID NO: 384) (Lange et al. J Biol Chem. 2007 Feb 23; 282(8): 5101-5105).
Peptídeo de sinal
[00200] O termo "peptídeo de sinal" (às vezes chamado de peptí- deo de sinal secretor ou SSP, sequência de sinal, sequência líder ou peptídeo líder) refere-se a um peptídeo tipicamente curto (geralmente com 16 a 30 aminoácidos) que geralmente está presente no N-terminal de proteínas recém-sintetizadas destinadas à via secretora. Essas pro- teínas incluem aquelas que residem dentro de certas organelas (retí- culo endoplasmático, golgi ou endossomas), secretadas pela célula ou inseridas na maioria das membranas celulares. Nas células eucarióti- cas, os peptídeos de sinal são tipicamente clivados da cadeia polipep- tídica nascence imediatamente após a sua translocação para a mem- brana do retículo endoplasmático. A translocação ocorre cotranslacio- nalmente e depende de um complexo citoplasmático de proteína-RNA (partícula de reconhecimento de sinal, SRP). O dobramento de proteí- nas e certas modificações pós-translacionais (por exemplo, glicosila- ção) ocorrem tipicamente dentro do ER. Subsequentemente, a proteí- na é tipicamente transportada para as vesículas de Golgi e secretada.
[00201] Os peptídeos de sinal podem ser adequadamente (adicio- nalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam qualquer (poli)peptídeo ou proteína de interesse, como aqui divulgado. Os peptídeos de sinal fundidos ou inseridos em (po- lijpeptídeos ou proteínas de interesse podem vantajosamente atuar como mediador do transporte do referido (poli)peptídeo ou proteína de interesse para um compartimento celular definido, por exemplo, a su- perfície celular, o retículo endoplasmático (ER) ou o compartimento endossômico-lisossômico. De preferência, os peptídeos de sinal po- dem ser introduzidos no (poli)peptídeo ou proteína de interesse para promover a secreção dos referidos (poli)peptídeos ou proteínas. Em particular, no caso de ácidos nucleicos artificiais que codificam (po- liipeptídeos ou proteínas antigênicos serem fundidos a um peptídeo sinal, a secreção adequada pode auxiliar no desencadeamento de uma resposta imune contra o referido antígeno, pois sua liberação e distribuição imitam de preferência uma infecção viral que ocorre natu- ralmente e garante que as células apresentadoras de antígenos (APCs) profissionais sejam expostas aos antígenos codificados. No entanto, os peptídeos de sinal podem ser utilmente combinados com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína aqui divulgado. Quando codi- ficados em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interes- se, esses peptídeos de sinal podem ser colocados no N-terminal, C- terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de interesse, prefe- rivelmente no seu N-terminal. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para esse peptídeo de sinal é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' ou 3' ou dentro da sequência de codificação para o (poli)peptídeo ou proteína de interes- se ou suas combinações, preferivelmente 3' à dita sequência de codifi- cação.
[00202] Os peptídeos de sinal podem tipicamente apresentar uma estrutura tripartida, que consiste em uma região central hidrofóbica flanqueada por uma região n e c. Tipicamente, a região n possui de um a cinco aminoácidos de comprimento e compreende principalmen- te aminoácidos carregados positivamente. A região c, que está locali- zada entre a região central hidrofóbica e o local de clivagem da pepti- dase de sinal, consiste tipicamente em três a sete aminoácidos pola- res, mas principalmente não carregados. Um padrão específico de aminoácidos (em conformidade com a assim chamada "regra (3,1)") é encontrado próximo ao sítio da clivagem: os resíduos de aminoácido nas posições 3 e 1 (em relação ao sítio da clivagem) são tipicamente pequenos e neutros.
[00203] Os peptídeos de sinal exemplares previstos no contexto da presente invenção incluem, sem se limitar a eles, sequências de sinal de moléculas de MHC clássicas ou não clássicas (por exemplo, se- quências de sinal de moléculas de MHC | e Il, por exemplo, da molé- cula de MHC classe | HLA-A*0201), sequências de sinal de citocinas ou imunoglobulinas, sequências de sinal da cadeia invariante de imu- noglobulinas ou anticorpos, sequências de sinal de Lamp1, Tapasin, Erp57, Calretikulin, Calnexin, PLAT, EPO ou albumina e outras proteí- nas associadas à membrana ou proteínas associadas com o retículo endoplasmático (ER) ou compartimento endossômico-lisossômico. Mais preferencialmente, as sequências de sinais podem ser derivadas de HLA-A2 (humana), PLAT (humana), SEPO (humana), ALB (huma- na) ALB, IgE-líder (humana), CD5 (humana), IL2 (humana), CTRB2 (humana), I9gG-HC (humana), Ig-HC (humana), Ig-LC, GpLuc (huma- na), Igkappa (humana) ou um fragmento ou variante de qualquer uma das proteínas mencionadas acima, em particular HLA-A2, HsPLAT, sHsEPO, HsALB, HsPLAT(aa1-21),) HsPLAT(aa1-22), IgE-líder, HsCD5(aa1-24), HslL2(aa1-20), HSCTRB2(aa1-18), IgG-HC(aa1-19), Ig-HC(aa1-19), Ig-LC(aa1-19), GpLuc(1-17) ou Mmlgkappa.
[00204] Os peptídeos de sinal e as sequências de ácido nucleico particulares que os codificam previstos para uso na presente invenção são, entre outros, divulgados na WO 2017/081082 A2, que é aqui in- corporada por referência na sua totalidade. Ligantes peptídicos
[00205] Um "ligante peptídico" ou "espaçador" é uma sequência curta de aminoácidos que une domínios, porções ou partes de (po- liipeptídeos ou proteínas de interesse, conforme divulgado nesta in- venção, por exemplo, proteínas de múltiplos domínios ou proteínas de fusão. Os (poli)peptídeos ou proteínas, ou seus domínios, porções ou partes são preferivelmente funcionais, isto é, cumprem uma função biológica específica.
[00206] Os ligantes peptídicos podem ser adequadamente (adicio-
nalmente) codificados por moléculas artificiais de ácido nucleico (RNA) que codificam qualquer (poli)peptídeo ou proteína de interesse, con- forme aqui divulgado. Os ligantes peptídicos podem ser inseridos em (poli)peptídeos ou proteínas de interesse que podem, com vantagem, garantir a dobragem, flexibilidade e função apropriadas dos (po- liipeptídeos ou proteínas de interesse, ou seus domínios, porções ou partes. Quando codificados em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, esses peptídeos de sinal são tipicamente colo- cados entre os ditos (poli)peptídeos ou proteínas, ou seus domínios, porções ou partes. No nível de ácido nucleico, a sequência de codifi- cação para esse ligante peptídico é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' na, 3' na ou dentro da se- quência de codificação que codifica os (poli)peptídeos ou proteínas, seus domínios, porções ou partes.
[00207] Os ligantes peptídicos são tipicamente curtos (compreen- dendo de 1 a 150 aminoácidos, de preferência de 1 a 50 aminoácidos, mais preferivelmente de 1 a 20 aminoácidos) e podem preferivelmente ser compostos por aminoácidos pequenos, não polares (por exemplo, Gly) ou polares (por exemplo, Ser ou Thr). Os ligantes peptídicos são geralmente conhecidos na técnica e podem ser classificados em três tipos: ligantes flexíveis, ligantes rígidos e ligantes cliváveis. Os ligantes flexíveis são geralmente aplicados quando os (poli)peptídeos ou prote- íÍnas unidos, ou seus domínios, porções ou partes, requerem um certo grau de movimento, flexibilidade e/ou interação. Os ligantes flexíveis geralmente são ricos em aminoácidos pequenos, não polares (por exemplo, Gly) ou polares (por exemplo, Ser ou Thr) para fornecer boa flexibilidade e solubilidade, além de apoiar a mobilidade dos (po- lijpeptídeos ou proteínas, ou seus domínios, porções ou partes. As se- quências dos ramos de ligação flexíveis exemplares contêm tipicamen- te cerca de 4 a cerca de 10 resíduos de glicina. A incorporação de Ser ou Thr pode manter a estabilidade do ligante em soluções aquosas através da formação de ligações de hidrogênio com moléculas de água e, portanto, reduz as interações desfavoráveis entre o ligante e as componentes de proteina.
[00208] Os ligantes flexíveis mais comumente utilizados possuem sequências que consistem principalmente em trechos de resíduos Gly e Ser (ligante "GS"). Por exemplo, o ligante pode ter a seguinte se- quência: GS, GSG, SGG, SG, GGS, SGS, GSS e SSG. A mesma se- quência pode ser repetida várias vezes (por exemplo, duas, três, qua- tro, cinco ou seis vezes) para criar um ligante mais longo. Também é concebível introduzir um único resíduo de aminoácido como S ou G como um ligante peptídico. Um exemplo do ligante flexível mais utili- zado possui a sequência de (G-G-G-G-S), (SEQ ID NO: 383). Median- te o ajuste do número de cópias "n", o comprimento deste ligante GS pode ser otimizado para obter a separação e/ou flexibilidade apropria- da dos (poli)peptídeos ou proteínas unidos, ou seus domínios, porções ou partes, ou para manter as interações entre domínios necessárias. Além dos ligantes GS, muitos outros ligantes flexíveis são conhecidos na técnica. Esses ligantes flexíveis também são ricos em aminoácidos pequenos ou polares, tais como Gly e Ser, mas podem conter aminoá- cidos adicionais, tais como Thr e Ala, para manter a flexibilidade, as- sim como aminoácidos polares, tais como Lys e Glu, para melhorar a solubilidade. Os ligantes rígidos podem ser empregados para garantir a separação dos (poli)peptídeos ou proteínas unidos, ou seus domí- nios, porções ou partes e reduzir a interferência ou impedimento esté- rico. Os ligantes cliváveis, por outro lado, podem ser introduzidos para liberar (poli)peptídeos ou proteínas funcionais livres, ou seus domínios, porções ou partes in vivo. Por exemplo, os ligantes cliváveis podem ser Arg-Arg ou Lys-Lys que são sensíveis à clivagem com uma enzima tal como catepsina ou tripsina. Os ligantes peptídicos podem ou não ser não imunogênicos (isto é, capazes de desencadear uma resposta imune). Chen et al. Adv Drug Deliv Rev. 2013 Oct 15; 65(10): 1357- 1369 revisa os ligantes peptídicos mais comumente utilizados e suas aplicações, e é aqui incorporado por referência na sua totalidade. Os ligantes peptídicos particulares de interesse e as sequências de ácido nucleico que os codificam são divulgados, entre outros, nas WO 2017/081082 A2, — WO 2017/WO 2002/014478 A2, — WO 2001/ 008636 A2, WO 2013/171505 A2, WO 2008/017517 A1 e WO 1997/ 047648 A1, que também são incorporadas por referência na sua totali- dade.
Elemento de multimerização
[00209] O termo "elemento de multimerização" ou "domínio de mul- timerização" refere-se aos (poli)peptídeos ou proteínas capazes de induzir ou promover a multimerização de (poli)peptídeos ou proteínas de interesse. O termo inclui elementos de oligomerização, elementos de tetramerização, elementos de trimerização ou elementos de dimeri- zação.
[00210] Os elementos de multimerização podem, por exemplo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (poli)peptídeos ou proteínas an- tigênicos. Os elementos de multimerização inseridos ou fundidos com (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos de interesse podem vantajo- samente atuar como mediador da formação de complexos de antíge- nos multiméricos ou nanopartículas antigênicas, que são de preferên- cia capazes de induzir, promover ou potencializar respostas imunes ao dito antígeno. Desse modo, os elementos de multimerização podem ser utilizados para imitar uma infecção "natural" com um patógeno (por exemplo, vírus) apresentando uma pluralidade de antígenos adjacen- tes entre si (por exemplo, antígeno de hemaglutinina (HA) do vírus da influenza). No entanto, os elementos de multimerização podem ser úteis em combinação com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína de interesse. Quando codificado em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, esse elemento de multimerização pode ser colocado no seu N-Terminal, ou no seu C-Terminal, ou em ambos. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para esse elemen- to de multimerização é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' ou 3' na sequência de codificação para O (poli)peptídeo ou proteína de interesse.
[00211] “Quando utilizado em combinação com um polipeptídeo ou proteína de interesse no contexto da presente invenção, esse elemen- to de multimerização pode ser colocado no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de interesse. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para esse elemento de multimeri- zação é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' ou 3' na sequência de codificação do polipeptídeo ou proteína de interesse.
[00212] Elementos de dimerização exemplares podem ser selecio- nados de, por exemplo, elementos/domínios de dimerização de proteí- nas de choque térmico, domínios Fc de imunoglobulina e zíperes de leucina (domínios de dimerização da classe de zíper de leucina da re- gião básica de fatores de transcrição). Elementos de trimerização e tetramerização exemplares podem ser selecionados de, por exemplo, zíperes de leucina manipulados (peptídeo de bobina enrolada helicoi- dal projetado que adota um estado trimérico paralelo), domínio de do- bras de fibritina dos enterobactérias fago T4, GCN4pll, CON4-pLI e p53. Os elementos de oligomerização exemplares podem ser selecio- nados de, por exemplo, ferritina, tensoativo D, domínios de oligomeri- zação de fosfoproteínas de paramixovírus, domínios de oligomeriza- ção da proteína de ligação ao inibidor de C4 (C4bp), domínio de oli- gomerização do fator de infectividade viral (Vif), domínio do motivo alfa estéril (SAM) e domínio do tipo D do fator de von Wilebrand.
[00213] A ferritina forma oligômeros e é uma proteína altamente conservada encontrada em todos os animais, bactérias e plantas. À ferritina é uma proteína que forma espontaneamente nanopartículas de 24 subunidades idênticas. As construções de fusão ferritina- antígeno potencialmente formam agregados oligoméricos ou "aglome- rados" de antígenos que podem melhorar a resposta imune. A proteína tensoativa D (SPD) é uma glicoproteína hidrófila que se monta espon- taneamente para formar oligômeros. Uma construção de fusão SPD- antígeno pode formar agregados oligoméricos ou "aglomerados" de antígenos que podem melhorar a resposta imune. A fosfoproteína dos paramixovírus (vírus de RNA com sentido negativo) funciona como um transativador transcricional da polimerase viral. A oligomerização da fosfoproteína é crítica para a replicação do genoma viral. As constru- ções de fusão fosfoproteína-antígeno podem formar agregados oligo- méricos ou "aglomerados" de antígenos que podem melhorar a res- posta imune. A proteína de ligação a C4 do inibidor de complemento (C4bp) também pode ser utilizada como um parceiro de fusão para gerar agregados de antígenos oligoméricos. O domínio C-terminal de C4bp (57 resíduos de aminoácidos em seres humanos e 54 resíduos de aminoácidos em camundongos) é necessário e suficiente para a oligomerização de C4bp ou outros polipeptídeos fundidos a ele. As construções de fusão C4bp-antígeno podem formar agregados oligo- méricos ou "aglomerados" de antígenos que podem melhorar a res- posta imune. Demonstrou-se que o domínio de multimerização do fator de infectividade viral (Vif) forma oligômeros in vitro e in vivo. A oligo- merização de Vif envolve um mapeamento de sequência entre os resí- duos 151 a 164 no domínio C-terminal, o motivo 161 PPLP 164 (para HIV-1 humano, TPKKIKPPLP). As construções de fusão Vif-antígeno podem formar agregados oligoméricos ou "aglomerados" de antígenos que podem melhorar a resposta imune.
[00214] O domínio de motivo alfa estéril (SAM) é um módulo de in- teração proteica presente em uma ampla variedade de proteínas en- volvidas em muitos processos biológicos. O domínio SAM que se es- palha por cerca de 70 resíduos é encontrado em diversos organismos eucarióticos. Demonstrou-se que os domínios SAM homo e hetero- oligomerizam, formando múltiplas arquiteturas oligoméricas de auto- associação. As construções de fusão SAM-antígeno podem formar agregados oligoméricos ou "aglomerados" de antígenos que podem melhorar a resposta imune. O fator de von Willebrand (vWWF) contém vários domínios do tipo D: D1 e D2 estão presentes no propeptídeo N- terminal, enquanto os demais domínios D são necessários para a oli- gomerização. O domínio de vuWF é encontrado em várias proteínas plasmáticas: fatores complementares B, C2, C3 e CRA4; as integrinas (domínios |); colágeno tipos VI, VII, XIl e XIV; e outras proteínas extra- celulares. Uma construção de fusão de vWF-antígeno pode formar agregados oligoméricos ou "aglomerados" de antígenos que podem melhorar a resposta imune.
[00215] Elementos de multimerização particulares e sequências de ácido nucleico que os codificam previstos para uso na presente inven- ção são, inter alia, divulgados na WO 2017/081082 A2, que é aqui in- corporada por referência na sua totalidade. Elemento de formação de partículas semelhantes a vírus
[00216] O termo "elemento de formação de partículas semelhantes a vírus" ou "elemento de formação de VLP" refere-se a (poli)peptídeos ou proteínas capazes de se agrupar em partículas semelhantes a vírus não replicativas e/ou não infecciosas que se assemelham estrutural- mente a uma partícula de vírus. As VLPs são essencialmente despro- vidas de genoma viral infeccioso e/ou replicativo ou função do geno- ma. Normalmente, uma VLP não possui todos ou parte dos componen-
tes replicativos e infecciosos do genoma viral.
[00217] Os elementos de formação de VLP são tipicamente proteí- nas estruturais virais ou fágicas (isto é, proteínas do envoltório ou pro- teínas do capsídeo) que preferivelmente compreendem apresentações repetitivas de alta densidade de antígenos que formam epitopos con- formacionais que podem provocar fortes respostas imunes adaptati- vas.
[00218] Os elementos de formação de VLP podem, por exemplo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (poli)peptídeos ou proteí- nas antigênicos, mas podem, no entanto, ser igualmente combinados de maneira útil com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína de inte- resse. Os elementos de formação de VLP inseridos ou fundidos com (poli)peptídeos ou proteínas de interesse podem, por exemplo, ser uti- lizados para promover ou melhorar o agrupamento de antígenos e a imunogenicidade de um (poli)peptídeo ou proteína antigênica de inte- resse. Quando codificado em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, esse elemento de formação de VLP pode ser colocado no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteínas de interesse. No nível de ácido nucleico, a sequência de co- dificação para esse elemento de formação de VLP é tipicamente colo- cada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' na, 3' na ou dentro da sequência de codificação do (poli)peptídeo ou proteína de interesse.
[00219] “Exemplos de elementos de formação de VLP podem ser derivados de bacteriófagos de RNA, bacteriófagos, vírus da hepatite B (HBV), de preferência sua proteína capsídica ou proteína do envoltó- rio, vírus do sarampo, vírus Sindbis, rotavírus, vírus da febre aftosa, vírus Norwalk, Alfavírus, retrovírus, preferivelmente sua proteína GAG, retrotransposon Ty, de preferência a proteína pi, papiloma vírus huma-
no, vírus do Polyoma, vírus do mosáico do tabaco, vírus do rebanho, vírus do mosaico do feijão fradinho (CPMV), vírus da matriz clorótica do feijão fradinho (CCMV) ou Sobemovirus. Os elementos de forma- ção de VLP particulares e sequências de ácido nucleico que os codifi- cam previstos para uso na presente invenção são, inter alia, divulga- dos na WO 2017/081082 A2, que é aqui incorporada por referência na sua totalidade.
Elementos da transmembrana
[00220] "Elementos da transmembrana" ou "elementos polipeptídi- cos de abrangência da membrana" (também referidos como "domínios transmembranares" ou "TM") estão presentes em proteínas que são integradas ou ancoradas nas membranas plasmáticas celulares. Os elementos da transmembrana compreendem assim de preferência ou consistem em uma sequência de resíduos de aminoácidos capazes de se estender e, desse modo, ancorar preferivelmente um (poli)peptídeo ou proteína fundida em uma membrana fosfolipídica. Um elemento da transmembrana pode compreender pelo menos cerca de 15 resíduos de aminoácido, preferivelmente pelo menos 18, 20, 22, 24, 25, 30, 35 ou 40 resíduos de aminoácidos. Os elementos da transmembrana típi- cos possuem cerca de 20 + 5 aminoácidos de comprimento. Os resí- duos de aminoácidos que constituem o elemento da transmembrana são de preferência selecionados de aminoácidos não polares, princi- palmente hidrofóbicos. De preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% ou mais dos aminoácidos de um elemento da trans- membrana podem ser hidrofóbicos, por exemplo, leucinas, isoleucinas, tirosinas ou triptofanos. Os elementos da transmembrana podem inclu- ir, em particular, uma série de resíduos conservados de serina, treoni- na e tirosina. Elementos da transmembrana típicos são elementos da transmembrana alfa-helicoidais. Os elementos da transmembrana po- dem compreender hélices alfa hidrofóbicas únicas ou estruturas de barril beta; embora as hélices alfa hidrofóbicas geralmente estão pre- sentes nas proteínas presentes nas proteínas ancoradas na membra- na (por exemplo, sete receptores do domínio transmembranar), as es- truturas do barril beta estão frequentemente presentes nas proteínas que geram poros ou canais.
[00221] Os elementos da transmembrana podem, por exemplo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (poli)peptídeos ou proteínas an- tigênicos, mas podem, no entanto, ser combinados de maneira útil com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína de interesse igualmente. Os elementos de TM fundidos ou inseridos em (poli)peptídeos ou pro- teínas de interesse podem ancorar vantajosamente dito (poli)peptídeo ou proteína na membrana plasmática da célula. No caso de (po- lijpeptídeos ou proteínas antigênicos, essa ancoragem pode promover o agrupamento de antígenos, resultando preferivelmente em respostas imunes intensificadas. No entanto, os elementos de MT podem ser combinados com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína. Quando codificado em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de inte- resse, esse elemento da transmembrana pode ser colocado no N- terminal, C-terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de inte- resse. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para es- se elemento transmembranar é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' na, 3' ou dentro da sequência de codificação para o (poli)peptídeo ou proteína de interesse.
[00222] Elementos da transmembrana exemplares podem ser sele- cionados a partir do domínio transmembranar da Hemaglutinina (HA) do vírus da gripe, Env do HIV-1, EIAV (vírus da anemia infecciosa dos equinos), MLV (vírus da leucemia murina), vírus do tumor da mama de camundongo, proteína G do VSV (vírus da estomatite vesicular), vírus da raiva ou um elemento da transmembrana de um receptor de sete domínios transmembranares. Elementos da transmembrana particulares e sequências de ácido nucleico que os codificam previstos para uso na presente invenção são, inter alia, divulgados na WO 2017/081082 A2, que é aqui incorporada por referência na sua totalidade. Elementos de direcionamento de células dendríticas
[00223] O termo "elemento de direcionamento de células dendríti- cas" refere-se a um (poli)peptídeo ou proteína capaz de direcionar pa- ra células dendríticas (CD). As células dendríticas (DCs), as células apresentadoras de antígeno mais potentes (APCs), ligam a resposta imune inata à resposta imune adaptativa. Elas ligam e internalizam pa- tógenos/antígenos e apresentam fragmentos do antígeno em sua membrana (por meio de moléculas MHC) para estimular as respostas das células T contra esses patógenos/antígenos.
[00224] Os elementos direcionadores de células dendríticas podem, por exemplo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (po- liipeptídeos ou proteínas antigênicos, para direcionar antígenos para DCs, a fim de estimular e induzir respostas imunes efetivas. No entan- to, os elementos de direcionamento de células dendríticas podem ser úteis em combinação com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína de interesse. Quando utilizado em combinação com um polipeptídeo ou proteína de interesse no contexto da presente invenção, esse elemen- to alvo de célula dendrítica pode ser colocado no N-terminal, C- terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de interesse. No ní- vel de ácido nucleico, a sequência de codificação para esse elemento celular dendrítico é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mes- ma estrutura de leitura), 5' ou 3' na sequência de codificação do (po- lijpeptídeo ou proteína de interesse.
[00225] Os elementos de direcionamento de células dendríticas in- cluem (poli)peptídeos e proteínas (por exemplo, fragmentos de anti-
corpos, ligantes receptores) de preferência capazes de interagir ou se ligar a receptores da superfície de DC, tais como lectinas do tipo C (receptores de manose (por exemplo, MR1, DEC-205) (CD205)), CD206, DC-SIGN (CD209), Clec9a, DCIR, Lox-1, MGL, MGL-?2, Clec12A, Dectin-1, Dectin-2, langerina (CD207)), receptores de elimi- nação, receptores F4/80 (EMR1), DC-STAMP, receptores para a parte Fc de anticorpos (receptores Fc), receptores do tipo Toll (por exemplo, TLR?2, 5, 7, 8, 9) e receptores de complemento (por exemplo, CR1, CR2).
[00226] Exemplos de elementos de direcionamento de células den- dríticas podem ser selecionados de anticorpos anti-DC-SIGN, frag- mentos de cadeia única específicos de CD1.1 c (scFv), fragmentos de cadeia única específicos de DEC205 (scFv), PD-1 solúvel, ligante XCL1 de quimiocina (motivo C), ligante CD40, IgG1 humana, IgG2a de murino, antiCelec 9A, antiMHCII scFv. Elementos particulares de dire- cionamento de células dendríticas e sequências de ácido nucleico que os codificam previstos para uso na presente invenção são, inter alia, divulgados na WO 2017/081082 A2, assim como em Apostolopoulos et al. J Drug Deliv. 2013; 2013:869718 e Kastenmúller et al. Nat Rev Immunol. 2014 Oct;14(10):705-11, todos os quais são incorporados por referência na sua totalidade nesta invenção. Elemento adjuvante imunológico
[00227] O termo "elementos adjuvantes imunológicos", ou "elemen- tos adjuvantes", refere-se a (poli)peptídeos ou proteínas que intensifi- cam a resposta imune, por exemplo, mediante a ativação de uma res- posta de perigo (por exemplo, moléculas de padrão molecular associ- adas a danos (DAMPs)), ativação do sistema de complemento (por exemplo, peptídeos/proteínas envolvidos na via clássica do comple- mento, a via alternativa do complemento e a via de lectina) ou ativação uma resposta imune inata (por exemplo, moléculas de padrão molecu-
lar associadas a patógenos, PAMP's).
[00228] Os elementos adjuvantes imunológicos podem, por exem- plo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (poli)peptídeos ou pro- teínas antigênicos, para intensificar as respostas imunes aos antíge- nos codificados. No entanto, os elementos adjuvantes imunológicos podem ser utilmente combinados com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína de interesse igualmente. Quando utilizados em combinação com um polipeptídeo ou proteína de interesse no contexto da presente invenção, elementos adjuvantes imunológicos podem ser colocados no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do (poli)peptídeo ou proteína de in- teresse. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para esse elemento adjuvante imunológico é tipicamente colocada na estru- tura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' n, 3' na ou dentro da se- quência de codificação do (poli)peptídeo ou proteína de interesse.
[00229] “Elementos adjuvantes imunológicos exemplares podem ser selecionados de proteínas de choque térmico (por exemplo, HSP60, HSP70, gp96), flagelina FIiC, proteínas da caixa do grupo 1 de alta mobilidade (por exemplo, HMGN1), domínio extra A da fibronectina (EDA), fragmentos de proteína C3 (por exemplo C3d), transferrina, B- defensina ou qualquer outro ligante do receptor de peptídeo/proteína PAMP- (PRs), DAMP ou elemento que ativa o sistema de complemen- to. Elementos adjuvantes imunológicos particulares e sequências de ácido nucleico que os codificam previstos para uso na presente inven- ção são, inter alia, divulgados na WO 2017/081082 A2, que é aqui in- corporada por referência na sua totalidade. Elementos que promovem a apresentação de antígenos
[00230] O termo "elemento que promove a apresentação de antíge- no" refere-se a (poli)peptídeos ou proteínas que são capazes de atuar como mediador da promoção da entrada na via lisossômica/prote-
assômica ou exossômica e/ou carregar e apresentação de (po- liipeptídeos ou proteínas processados nas moléculas de complexo de histocompatibilidade principal (MHC) (MHC-I ou MHC-II) e apresenta- ção na forma ligada ao MHC na superfície celular.
[00231] Os elementos que promovem a apresentação de antígeno podem, por exemplo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (po- lijpeptídeos ou proteínas antigênicos, para intensificar o processamen- to e a apresentação de MHC dos antígenos codificados. No entanto, os elementos que promovem a apresentação do antígeno podem ser úteis em combinação com qualquer outro (poli)peptídeo ou proteína de interesse. Quando utilizados em combinação com um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, os elementos que promovem a apresentação do antígeno podem ser colocados no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do referido (poli)peptídeo ou proteína de interesse, ou suas combina- ções. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para es- ses elementos que promovem a apresentação de antígeno é tipica- mente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitura), 5' na, 3' na ou dentro da sequência de codificação do (poli)peptídeo ou proteína de interesse.
[00232] “Elementos exemplares que promovem a apresentação de antígeno podem ser selecionados da cadeia invariante (li) de MHC, sinal de direcionamento de lisossomo da cadeia invariante (li), sinal de classificação da proteína de membrana associada ao lisossoma LAMP-1, proteína de membrana integral lisossomal-ll (LIMP-II) e domí- nio C1C2 Lactadherina. Elementos particulares que promovem a apre- sentação de antígenos e sequências de ácido nucleico que os codifi- cam previstos para uso na presente invenção são, inter alia, divulga- dos na WO 2017/081082 A2, que é aqui incorporado por referência na sua totalidade.
Peptídeos 2A
[00233] Os "peptídeos 2A virais" (também chamados de peptídeos "autoclivagem") são (poli)peptídeos ou proteínas que permitem a ex- pressão de várias proteínas a partir de uma única estrutura de leitura aberta. Os termos "peptídeo 2A" e "elemento 2A" são utilizados aqui de modo trocável. O mecanismo pela sequência 2A para gerar duas proteínas a partir de um transcrito é através da omissão de ribossoma - uma ligação peptídica normal é prejudicada em 2A, resultando em dois fragmentos de proteína descontínuos de um evento de translação.
[00234] Os peptídeos 2A podem, por exemplo, ser adequadamente (adicionalmente) codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (poli)peptídeos ou proteínas que requerem cliva- gem. Por exemplo, os peptídeos 2A podem ser inseridos em fusões de polipeptídeos entre dois ou mais (poli)peptídeos antigênicos, ou entre uma proteína de interesse e um peptídeo de sinal. A sequência de co- dificação para esse peptídeo 2A está tipicamente localizada entre as sequências de codificação de (poli)peptídeo ou proteína. A autocliva- gem do peptídeo 2A produz de preferência pelo menos um (po- liipeptídeo ou proteína de interesse (por exemplo, uma proteína de in- teresse sem seu peptídeo sinal ou dois (poli)peptídeos ou proteínas antigênicos de interesse). Os peptídeos 2A também podem ser ade- quadamente codificados por moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam (poli)peptídeos ou proteínas de múltiplas cadeias de interesse, tais como anticorpos. Tais moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) podem compreender, por exemplo, duas sequências de codificação que codificam duas cadeias de anticorpos separadas por uma sequência de ácido nucleico que codifica um peptídeo 2A.
[00235] “Quando utilizados em combinação com um polipeptídeo ou proteína de interesse no contexto da presente invenção, os peptídeos 2A podem ser colocados no N-terminal, C-terminal e/ou dentro do (po-
lijpeptídeo ou proteína de interesse ou suas combinações. No nível de ácido nucleico, a sequência de codificação para esse peptídeo 2A é tipicamente colocada na estrutura (isto é, na mesma estrutura de leitu- ra), 5' na, 3' na ou dentro da sequência de codificação do (po- lijpeptídeo ou proteína de interesse.
[00236] Os peptídeos 2A exemplares podem ser derivados de vírus da febre aftosa, de vírus da rinite A equina, vírus de Thosea asigna, teschovirus-1 porcino. Peptídeos 2A particulares e sequências de áci- do nucleico que os codificam previstos para uso na presente invenção são, inter alia, divulgados na WO 2017/081082 A2, que é aqui incorpo- rada por referência na sua totalidade. Isoformas, homólogos, variantes, fragmentos e derivados
[00237] Cada um dos (poli)jpeptídeos e proteínas de interesse e, onde aplicável, cada marcador, sequência, ligante, elemento ou domí- nio adicional divulgado nesta invenção, também inclui isoformas, ho- mólogos, variantes, fragmentos e seus derivados. Assim, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção podem codificar em pelo menos uma região de codificação, pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína terapêutica, antigênica ou alergênica e, opcionalmente, pelo menos um marcador, sequência, ligante, elemento ou domínio como aqui divulgado, ou sua isoforma, homólogo, variante, fragmento ou de- rivado. Tais isoformas, homólogos, variantes, fragmentos e derivados são preferivelmente funcionais, isto é, apresentam as mesmas propri- edades biológicas desejadas e/ou capazes de exercer a mesma fun- ção biológica desejada que o respectivo (poli)peptídeo, proteína, mar- cador, sequência, ligante, elemento ou domínio. Por exemplo, isofor- mas, homólogos, variantes, fragmentos e derivados de (poli)peptídeos ou proteínas terapêuticos são de preferência capazes de atuar como mediador do efeito terapêutico desejado. Isoformas, homólogos, vari- antes, fragmentos e derivados de (poli)peptídeos ou proteínas antigê-
nicos ou alergênicos são preferivelmente capazes de atuar como me- diador do efeito antigênico ou alergênico desejado, isto é, mais preferi- velmente de induzir uma resposta imune ou resposta alergênica.
[00238] O termo "isoforma" refere-se a variantes de modificação pós-translacional (PTM) de (poli)peptídeos, proteínas ou sequências de aminoácidos conforme divulgados nesta invenção. As PTMs podem resultar em modificações covalentes ou não covalentes de uma dada proteína. Modificações pós-translacionais comuns incluem glicosila- ção, fosforilação, ubiquitinilação, S-nitrosilação, metilação, N-acetila- ção, lipidação, formação de ligações de dissulfeto, sulfatação, acila- ção, desaminação, etc. PTMs diferentes podem resultar, por exemplo, em diferentes químicas, atividades, localizações, interações ou con- formações.
[00239] O termo "homólogo" abrange "ortólogos" e "paralogs". "Or- tólogos" são (poli)peptídeos ou proteínas ou sequências de aminoáci- dos codificados por genes de diferentes espécies que evoluíram de um gene ancestral comum por especiação. "Paralogs" são genes produzi- dos através da duplicação de genes dentro de um genoma.
[00240] O termo "variante" no contexto de (poli)peptídeos, proteínas ou sequências de aminoácido refere-se a "variantes de sequência (aminoácidos)", isto é, (polipeptídeos, proteínas ou sequências de aminoácido com pelo menos uma mutação de aminoácido em compa- ração com uma sequência de aminoácido de referência (ou "de ori- gem"). As mutações de aminoácido incluem substituições, inserções ou deleções de aminoácidos. O termo (aminoácido) "substituição" po- de se referir a substituições de aminoácido conservadoras ou não con- servadoras. Em algumas modalidades, pode ser preferível que uma "variante" compreenda essencialmente substituições de aminoácido conservadoras, em que os aminoácidos, originários da mesma classe, sejam trocados um pelo outro. Em particular, estes são aminoácidos tendo cadeias laterais alifáticas, cadeias laterais carregadas positiva ou negativamente, grupos aromáticos nas cadeias laterais ou aminoá- cidos, cujas cadeias laterais podem formar pontes de hidrogênio, por exemplo, cadeias laterais com função hidroxila. Por constituição con- servadora, por exemplo, um aminoácido com uma cadeia lateral polar pode ser substituído por outro aminoácido com uma cadeia lateral po- lar correspondente ou, por exemplo, um aminoácido caracterizado por uma cadeia lateral hidrofóbica pode ser substituído por outro aminoá- cido com uma cadeia lateral hidrofóbica correspondente (por exemplo, serina (treonina) por treonina (serina) ou leucina (isoleucina) por iso- leucina (leucina)).
[00241] De preferência, o termo "variante", conforme utilizado nesta invenção, inclui variantes de ocorrência natural, tais como prepeptí- deos, preproproteínas, proproteínas, que foram submetidas ao proces- samento proteolítico pós-translação (isso pode envolver a remoção da metionina N-terminal, peptídeo de sinal e/ou a conversão de uma pro- teína inativa ou não funcional em uma proteína ativa ou funcional), va- riantes de transcrição, assim como (poli)peptídeos, proteínas e se- quências de aminoácido mutantes de ocorrência natural manipulados. Os termos "variantes de transcrição" ou "variantes de união" se refe- rem a variantes de (poli)peptídeos, proteínas ou sequências de amino- ácido produzidas a partir de RNAs mensageiros que são inicialmente transcritos do mesmo gene, mas são subsequentemente submetidos a emendas alternativas (ou diferenciais), onde éxons específicos de um gene podem ser incluídos ou excluídos do RNA mensageiro final pro- cessado (mMRNA). Uma "variante" como aqui definida pode ser deriva- da, isolada, relacionada, com base em ou homóloga à sequência de (poli)peptídeo, proteína ou aminoácido de referência. Uma sequência de "variante" (poli)peptídeo, proteína ou aminoácido pode preferivel- mente ter uma identidade de sequência de pelo menos 5%, 10%, 20%,
30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, de preferência pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, com uma sequência de aminoácido da respectiva sequência de (poli)peptídeo, proteína ou aminoácido de referência.
[00242] O termo "fragmento" no contexto de (poli)peptídeos, proteí- nas ou sequências de aminoácido refere-se a (poli)peptídeos, proteí- nas ou sequências de aminoácido que consistem em uma subsequên- cia contínua da sequência de aminoácido completa de um (po- lipeptídeo, proteínas ou sequências de aminoácidos de referência (ou "de origem"). O "fragmento" é, em relação à sua sequência de amino- ácido, N-terminal, C-terminal e/ou intrasequencialmente truncado em comparação com a sequência de aminoácido de referência. Esse trun- camento pode ocorrer no nível de aminoácido ou no nível de ácido nu- cleico, respectivamente. Em outras palavras, um "fragmento" pode tipi- camente consistir em uma porção mais curta de uma sequência de aminoácido completa e, portanto, de preferência consiste em uma se- quência de aminoácido que é idêntica ao trecho correspondente dentro de uma sequência de aminoácido de referência completa. O termo in- clui fragmentos que ocorrem naturalmente (tais como fragmentos re- sultantes de atividade de protease in vivo de ocorrência natural), assim como fragmentos manipulados. Os fragmentos podem ser derivados de (poli)peptídeos, proteínas ou sequências de aminoácido de ocor- rência natural como aqui divulgado, ou de suas isoformas, homólogos ou variantes.
[00243] “Um "fragmento" pode compreender pelo menos 5 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 10 resíduos de aminoácido con- tíguos, pelo menos 15 resíduos de aminoácidos contíguo, pelo menos resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 25 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 40 contíguos resíduos de aminoá- cido, pelo menos 50 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 60 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 70 resíduos de amino- ácido contíguos, pelo menos 80 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 90 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 100 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 125 resíduos de ami- noácido contíguos, pelo menos 150 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 175 resíduos de aminoácido contíguos, pelo menos 200 resíduos de aminoácido contíguos ou pelo menos 250 resíduos de aminoácido contíguos das respectivas sequências de aminoácido de referência.
[00244] Pode ser preferível que os "fragmentos" consistam em um trecho contínuo de aminoácidos correspondente a um trecho contínuo de aminoácidos na sequência de aminoácido de referência, em que o fragmento corresponde a pelo menos 20%, preferivelmente pelo me- nos 30%, mais preferivelmente pelo menos 40%, mais preferivelmente pelo menos 50%, ainda mais preferivelmente pelo menos 60%, ainda mais preferivelmente pelo menos 70% e o mais preferível pelo menos 80% da sequência de aminoácido de referência total (isto é, compri- mento total). Uma identidade de sequência indicada em relação a um "fragmento" pode preferivelmente se referir à sequência de aminoácido de referência completa. Um "fragmento" de (poli)peptídeo, proteína ou sequência de aminoácido pode preferivelmente ter uma identidade de sequência de aminoácido de pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, de preferência de pelo me- nos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais prefe- rivelmente de pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%,
com a sequência de aminoácido de referência.
[00245] O termo "derivado" no contexto de (poli)peptídeos, proteí- nas ou sequências de aminoácido refere-se às modificações de um (poli-)peptídeo, proteína ou sequência de aminoácido de referência ou "de origem", incluindo ou carecendo de uma propriedade ou funciona- lidade biológica adicional. Por exemplo, os "derivados" de (po- liipeptídeo ou proteína podem ser modificados através da introdução ou remoção de domínios que conferem uma funcionalidade biológica particular, tal como a capacidade de ligação a um alvo (adicional) ou uma atividade enzimática. Outras modificações podem modular as propriedades farmacocinéticas/farmacodinâmicas, tais como estabili- dade, meia-vida biológica, biodisponibilidade, absorção; distribuição e/ou depuração reduzida. Os "derivados" podem ser preparados atra- vés da introdução ou exclusão de sequências de aminoácido pós- translacionais ou em um nível de sequência de ácido nucleico (cf. utili- zando técnicas padrão de engenharia genética (cf. Sambrook J et al., 2012 (4th ed.), Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York). Um "derivado" po- de ser derivado de, isto é, corresponder a um (poli)peptídeo do tipo selvagem de comprimento total modificado, sequência de proteína ou aminoácido, ou sua isoforma, homólogo, fragmento ou variante. O termo "derivados" inclui ainda (poli)peptídeos, proteínas ou sequências de aminoácido que são quimicamente modificados ou modificáveis após a translação, por exemplo, por PEGuilação ou PASilação.
[00246] De acordo com algumas modalidades, é particularmente preferível que se, além do (poli)peptídeo ou proteína de interesse, um outro (poli)peptídeo ou proteína seja codificado por pelo menos uma sequência de codificação conforme aqui definido - o peptídeo codifica- do ou proteína preferivelmente não é nenhuma proteína histona, ne- nhuma proteína repórter (por exemplo, Luciferase, GFP e suas varian-
tes (tais como eGFP, RFP ou BFP) e/ou nenhuma proteína de marca- dor ou de seleção, incluindo alfa-globina, galactocinase e Xantina: Guanina fosforibosil transferase (GPT), hipoxantina-guanina fosforibo- siltransferase (HGPRT), beta-galactosidase, galactocinase, fosfatase alcalina, fosfatase alcalina embrionária (SEAP) secretada ou um gene de resistência (tal como um gene de resistência contra neomicina, pu- romicina, higromicina e zeocina). Nas modalidades preferidas, a molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA), não codifica um gene repórter ou um gene marcador. Nas modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), não codifica luciferase. Em outras mo- dalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), não codifica GFP ou uma variante desta. Sequências de ácido nucleico
[00247] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode codificar qualquer (poli)peptídeo ou proteína desejada aqui divul- gado. Especificamente, dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode compreender pelo menos uma região de codificação que codifica um (poli)peptídeo ou proteína que compreende ou consiste em uma sequência de aminoácido de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 42-45, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, de preferência tendo uma sequência de aminoácido que possui, em or- dem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 96%, 97%, 98%, ou 99% de identidade de sequência com a sequência de aminoácido de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 42-45, ou uma variante ou fragmento de qualquer uma dessas sequências.
[00248] —“Consequentemente, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode preferivelmente compreender ou consistir em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 46-49; ou uma sequência de ácido nucleico que possui,
em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com qualquer uma das referidas sequências de ácido nucleico.
[00249] A presente invenção prevê a combinação benéfica de regi- ões de codificação que codificam (poli)peptídeos ou proteínas de inte- resse ligadas de maneira operável a elementos UTR como aqui defini- do, a fim de aumentar preferivelmente a expressão das referidas prote- ínas codificadas. De preferência, ditos ácidos nucleicos artificiais po- dem assim compreender ou consistir em uma sequência de ácido nu- cleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 50-368, ou sua variante (funcional), fragmento ou derivado, em particular a sequência de ácido nucleico que possui, em ordem crescente de preferência, pe- lo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% , 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, de preferência de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97% de identidade de sequência para qualquer uma dessas sequências. Moléculas de ácido nucleico e RNAs
[00250] Os termos "ácido nucleico", "molécula de ácido nucleico" ou "molécula de ácido nucleico artificial" significa qualquer molécula de DNA ou RNA e é utilizado como sinônimo de polinucleotídeo. Onde como sempre aqui, referência é feita a um ácido nucleico ou sequência de ácido nucleico que codifica uma proteína e/ou peptídeo específico, dita sequência de ácido nucleico ou ácido nucleico, respectivamente, de preferência também compreende sequências reguladoras que per- mitem um hospedeiro adequado, por exemplo, um ser humano, sua expressão, isto é, transcrição e/ou translação da sequência de ácido nucleico que codifica a proteína ou peptídeo específico.
[00251] A molécula de ácido nucleico artificial da invenção pode ser um DNA ou preferivelmente um RNA. Será entendido que o termo "RNA!" refere-se a moléculas de ácido ribonucleico caracterizadas pela sucessão específica de seus nucleotídeos unidos para formar as refe- ridas moléculas (isto é, sua sequência de RNA). O termo "RNA" pode, portanto, ser utilizado para se referir a moléculas de RNA ou sequên- cias de RNA, como será facilmente entendido pela pessoa versada no respectivo contexto. Por exemplo, o termo "RNA" conforme utilizado no contexto da invenção, refere-se preferivelmente a uma molécula de RNA (dita molécula sendo caracterizada, inter alia, por sua sequência de RNA particular). No contexto das modificações de sequência divul- gadas nesta invenção, o termo "RNA" será entendido como relaciona- do às sequências de RNA (modificadas), mas tipicamente também in- clui as moléculas de RNA resultantes (que são modificadas em relação à sua sequência de RNA). Nas modalidades preferidas, o RNA pode ser um mMRNA, um RNA viral, um RNA autorreplicante ou um RNA re- plicon, preferivelmente um mRNA. RNAs mono-, bi- ou multicistrônicos
[00252] Nas modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser mono-, bi- ou multicistrônica. RNAs bi ou multicistrônicos tipicamente compreendem dois (bicistrôni- cos) ou mais (multicistrônicos) estruturas de leitura abertas (ORF).
[00253] Uma estrutura de leitura aberta neste contexto é uma se- quência de códons que é trasladável em um peptídeo ou proteína. As sequências de codificação em uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) bi- ou multicistrônico podem o codificar ou, preferivelmente, (po- liipeptídeos ou proteínas distintos de interesse. Nesse contexto, (po- liipeptídeos ou proteínas "distintos" significa (poli)peptídeos ou proteí- nas sendo codificados por genes diferentes, tendo uma sequência de aminoácido diferente, apresentando propriedades bioquímicas ou bio-
lógicas diferentes, tendo diferentes funções biológicas e/ou sendo de- rivados de diferentes espécies. Em outras palavras, as sequências co- dificadoras que codificam dois ou mais (poli)peptídeos ou proteínas "distintos" podem, por exemplo, codificar: (a) proteína A e proteína B, em que A e B são derivados do gene A' e B', respectivamente, ou (b) proteína humana A e proteína de camundongo A, ou (c) proteína A e proteína A', em que a proteína A' é uma variante, fragmento ou deriva- do de A e, opcionalmente, apresenta uma sequência de aminoácido diferente e/ou diferentes propriedades bioquímicas ou biológicas em comparação com A.
[00254] —Moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) bi ou mesmo multicistrônico, podem codificar, por exemplo, dois ou mais, isto é, pelo menos dois, três, quatro, cinco, seis ou mais (poli)peptídeos ou proteí- nas de interesse (preferivelmente distintos).
[00255] Em algumas modalidades, as sequências de codificação que codificam dois ou mais (poli)peptídeos ou proteínas de interesse (preferivelmente distintos) podem ser separadas na molécula de ácido nucleico artificial (RNA) bi- ou multicistrônica por pelo menos uma se- quência IRES (sítio de entrada ribossômico interno). O termo "IRES" (sítio de entrada ribossômico interno) refere-se a uma sequência de RNA que permite o início da translação. Um IRES pode funcionar co- mo um único sítio de ligação ao ribossomo, mas também pode servir para fornecer uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) bi- ou mesmo multicistrônica que codifica vários (poli)peptídeos ou proteínas (de preferência distintos) de interesse (ou seus homólogos, variantes, fragmentos ou derivados), que devem ser trasladados pelos ribosso- mos independentemente um do outro. Exemplos de sequências IRES, que podem ser utilizadas de acordo com a invenção, são aquelas deri- vadas de picornavírus (por exemplo, FMDV), pestivírus (CFFV), polio- vírus (PV), vírus de encefalomiocardite (ECMV), vírus da febre aftosa
(FMDV), vírus da hepatite C (HCV), vírus da peste suína clássica (CSFV), vírus do leucoma de camundongo (MLV), vírus da imunodefi- ciência de símio (SIV) ou vírus da paralisia da cigarra (CrPV).
[00256] “De acordo com outras modalidades, a pelo menos uma se- quência de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode codificar pelo menos dois, três, quatro, cinco, seis, sete, oito e mais, de preferência distintos, (poli)peptídeos ou proteínas de interesse ligados ou sem uma sequência ligante de aminoácido, em que dita sequência de ligante pode compreender ligantes rígidos, li- gantes flexíveis, ligantes cliváveis (por exemplo, peptídeos de autocli- vagem) ou uma combinação dos mesmos.
[00257] De preferência, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) compreende um comprimento de cerca de 50 a cerca de 20.000 ou 100 a cerca de 20.000 nucleotídeos, preferivelmente de cerca de 250 a cerca de 20.000 nucleotídeos, mais preferivelmente de cerca de 500 a cerca de 10000, ainda mais preferivelmente de cerca de 500 a cerca de 5000.
[00258] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ainda ser de fita simples ou fita dupla. Quando fornecida como um RNA ou DNA de fita dupla, a molécula de ácido nucleico artificial compreende preferivelmente um senso e uma fita antissenso corres- pondente. Modificações de ácido nucleico
[00259] As moléculas de ácido nucleico artificial, preferivelmente RNAs, da invenção, podem ser fornecidas na forma de ácidos nuclei- cos modificados. Modificações adequadas de ácido nucleico previstas no contexto da presente invenção são descritas abaixo.
[00260] De acordo com as modalidades preferidas, a pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser "modificada", isto é, compreende pelo menos uma modificação con-
forme aqui definido. A dita modificação pode, de preferência, ser uma modificação de sequência ou uma modificação de nucleobase (quími- ca) como aqui descrita. Uma "modificação" como aqui definida preferi- velmente leva a uma estabilização da referida molécula de ácido nu- cleico artificial (RNA). Mais preferivelmente, a invenção fornece assim uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) "estabilizada". De acordo com as modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode, portanto, ser fornecida como uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) "estabilizada", em particular MRNA, isto é, que é essencialmente resistente à degradação in vivo (por exemplo, por uma exo- ou endo-nuclease). Modificações de nucleobase
[00261] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção podem ser modificadas em seus nucleotídeos, mais especificamente na ca- deia principal de fosfato, no componente de açúcar ou nas nucleoba- ses. Em outras palavras, a presente invenção prevê que uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) "modificado" possa conter análo- gos/modificações de nucleotídeo/nucleosídeo (nucleotídeos ou nu- cleosídeos modificados), por exemplo, modificações da cadeia princi- pal, modificações do açúcar ou modificações da nucleobase. Modificações na cadeia principal do fosfato
[00262] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção podem compreender modificações na cadeia principal, isto é, nucleotídeos que são modificados na cadeia principal de fosfato. O termo "modifica- ção da cadeia principal" refere-se às modificações químicas da cadeia principal de fosfato dos nucleotídeos, que podem estabilizar a molécu- la de ácido nucleico modificada na cadeia principal. Uma "modificação da cadeia principal" é, portanto, entendida como uma modificação, na qual os fosfatos da cadeia principal dos nucleotídeos contidos na refe- rida molécula de ácido nucleico artificial (RNA) são quimicamente mo-
dificados.
[00263] Os grupos de fosfato da cadeia principal podem ser modifi- cados substituindo um ou mais átomos de oxigênio por um substituinte diferente. Além disso, os nucleotídeos modificados podem incluir a substituição completa de uma fração de fosfato não modificada por um fosfato modificado, como aqui descrito.
[00264] “Exemplos de grupos de fosfato modificados incluem, mas não são limitados a estes, fosforotioato, fosforosselenatos, borano fos- fatos, ésteres de borano fosfato, hidrogenofosfonatos, fosforamidatos, fosfonatos de alquila ou arila e fosfotriésteres. Os fosforoditioatos pos- suem ambos os oxigênios de não ligação substituídos pelo enxofre. O ligante de fosfato também pode ser modificado pela substituição de um oxigênio de ligação por nitrogênio (fosforamamidatos ligado com pon- te), enxofre (fosforotioatos ligados com ponte) e carbono (metileno- fosfonatos ligados com ponte).
[00265] De preferência, as moléculas de ácido nucleico artificial "modificadas pela cadeia principal", preferiveimente RNAs, podem compreender cadeias principais modificadas com fosforotioato, em que preferivelmente pelo menos um dos oxigênios de fosfato contidos na cadeia principal do fosfato é substituído por um átomo de enxofre. Ou- tras modificações adequadas da cadeia principal de fosfato incluem a incorporação de análogos de fosfato não iônicos, tais como, por exemplo, fosfonatos de alquila e arila, nos quais o oxigênio de fosfona- to carregado é substituído por um grupo alquila ou arila, ou fosfodiés- ters e alquilfosfotriésteres, nos quais o resíduo de oxigênio carregado está presente na forma alquilada. Tais modificações na cadeia princi- pal incluem tipicamente, sem limitação, modificações do grupo que consiste em metilfosfonatos, fosforamidatos e fosforotioatos (por exemplo, citidina-5'-O-(1-tiofosfato)).
Modificações de açúcar:
[00266] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção podem compreender modificações de açúcar, isto é, nucleotídeos que são modificados em seu componente de açúcar. O termo "modificação de açúcar" refere-se às modificações químicas do componente de açúcar dos nucleotídeos. Uma "modificação de açúcar" é, portanto, entendida como uma modificação química do açúcar dos nucleotídeos da molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00267] — Por exemplo, o grupo hidroxila 2' (OH) pode ser modificado ou substituído por um número de substituintes "óxi" ou "desóxi" dife- rentes. Exemplos de modificações no grupo 2' hidroxila "oxi" incluem, mas não são limitados a estes, alcóxi ou arilóxi (-OR, por exemplo, R = H, alquila, cicloalquila, arila, aralquila, heteroarila ou açúcar); polietile- noglicóis (PEG), O(CH2CH20)nCH2CH2OR; ácidos nucleicos "bloque- ados" (LNA) nos quais a 2' hidroxila está ligada, por exemplo, por uma ponte de metileno, ao 4' carbono do mesmo açúcar ribose; e grupos de amino (-O-amino, em que o grupo de amino, por exemplo, NRR, pode ser alquilamino, dialquilamino, heterociclila, arilamino, diarilamino, he- teroarilamino ou dieteroarilamino, etileno diamina, poliamino) ou ami- noalcóxi.
[00268] As modificações "desóxi" incluem hidrogênio, amino (por exemplo, NH>z; alquilamino, dialquilamino, heterociclila, arilamino, diari- lamino, heteroarilamino, dieteroarilamino ou aminoácido); ou o grupo de amino pode ser ligado ao açúcar através de um ligante, em que o ligante compreende um ou mais dos átomos C, Ne O.
[00269] Os componentes de açúcar modificados podem conter um ou mais carbonos que possuem a configuração estereoquímica oposta em comparação com a configuração estereoquímica do carbono cor- respondente em ribose. Assim, uma molécula de ácido nucleico artifi- cial (RNA) modificada por açúcar, pode incluir nucleotídeos contendo,
por exemplo, arabinose como o açúcar. Modificações da Nucleobase:
[00270] As moléculas de ácido nucleico artificial da invenção podem compreender modificações da nucleobase, isto é, nucleotídeos que são modificados no seu componente da nucleobase. O termo "modifi- cação da nucleobase" refere-se às modificações químicas da fração de nucleobase dos nucleotídeos. Uma "modificação da nucleobase" é, portanto, entendida como uma modificação química da nucleobase dos nucleotídeos da molécula de ácido nucleico artificial (RNA). Os nucleotídeos ou nucleosídeos adequados que são modificados em seu componente de nucleobase (também referidos como "análogo de nu- cleosídeo" ou "análogos de nucleotídeo") podem aumentar vantajosa- mente a estabilidade da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e/ou melhorar a expressão de um (poli)peptídeo ou proteína codificada por sua pelo menos uma região de codificação.
[00271] Exemplos de nucleobases encontradas no RNA incluem, mas não são limitados a estes, adenina, guanina, citosina e uracila. Por exemplo, os nucleotídeos aqui descritos podem ser quimicamente modificados na face do entalhe principal. Em algumas modalidades, as principais modificações químicas do entalhe podem incluir um grupo de amino, um grupo de tiol, um grupo alquila ou um grupo halo.
[00272] “Quando se refere às "modificações de nucleosídeo preferi- das (análogos de nucleosídeo)" abaixo, os respectivos nucleotídeos modificados (análogos de nucleotídeo) são igualmente previstos e vi- ce-versa.
[00273] Em algumas modalidades, os análogos/modificações de nucleotídeo são selecionados a partir das modificações da nucleoba- se, que são preferivelmente selecionadas de 2-amino-6-cloropurinarri- bosídeo-5'"-trifosfato, 2-Aminopurina-ribosídeo-5'-trifosfato; 2-aminoa- denosina-5'"-trifosfato, 2'-Amino-2'-deoxicitidina-trifosfato, 2-tiocitidina-
B5'-trifosfato, 2-tiouridina-5'-trifosfato, 2'-Fluorotimidina-5'-trifosfato, 2-O0- Metil-inosina-B5'-trifosfato 4-tiouridina-5'-trifosfato, 5-aminoalilcitidina-5'- trifosfato, 5-aminoaliluridina-5'-trifosfato, 5-bromocitidina-5'-trifosfato, 5- bromouridina-5'-trifosfato, 5-Bromo-2'-deoxicitidina-5'-trifosfato, 5-Bro- mo-2'-deoxiuridina-5'-trifosfato, 5-iodocitidina-5'-trifosfato, 5-lodo-2"- deoxicitidina-5'-trifosfato, 5-iodouridina-5'-trifosfato, 5-lodo-2'-deoxiu- ridina-5'-trifosfato, 5-metilcitidina-5'-trifosfato, 5-metiluridina-5'-trifos- fato, 5-Propinil-2'-deoxicitidina-5S'-trifosfato, 5-Propinil-2'-deoxiuridina-5'- trifosfato, 6-azacitidina-5'-trifosfato, 6-azauridina-5'-trifosfato, 6-cloro- purinarribosídeo-S5'"-trifosfato, 7-deazaadenosina-5'"-trifosfato, 7-deaza- guanosina-5'"-trifosfato, 8-azaadenosina-5'"-trifosfato, 8-azidoadenosina- B5'-trifosfato, benzimidazol-ribosídeo-5'"-trifosfato, N1-metiladenosina-5'- trifosfato, N1-metilguanosina-S5'"-trifosfato, N6-metiladenosina-5S'-trifos- fato, O6-metilguanosina-5S'-trifosfato, pseudouridina-5'-trifosfato, ou pu- romicin-5'-trifosfato, xantosina-5'"-trifosfato. Preferência particular é da- da aos nucleotídeos para modificações de base selecionadas do grupo de nucleotídeos modificados pela base que consistem em 5-metilciti- dina-S'-trifosfato, 7-deazaguanosina-5'"-trifosfato, 5-bromocitidina-5'-tri- fosfato e pseudouridina-5'"-trifosfato.
[00274] Em algumas modalidades, os nucleosídeos modificados incluem piridin-4-ona ribonucleosídeo, 5-aza-uridina, 2-tio-5-aza-uri- dina, 2-tiouridina, 4-tio-pseudouridina, 2-tio-pseudouridina, 5-hidroxiu- ridina, 3-metiluridina, 5-carboximetil-uridina, 1-carboximetil-pseudouri- dina, 5-propinil-uridina, 1-propinil-pseudouridina, 5-taurinometiluridina, 1-taurinometil-pseudouridina, 5-taurinometil-2-tio-uridina, 1-taurinome- til-4-tio-uridina, 5-metil-uridina, 1-metil-pseudouridina, 4-tio-1-metil- pseudouridina, 2-tio-1-metil-pseudouridina, 1-metil-1-deaza-pseudouri- dina, 2-tio-1-metil-1-deaza-pseudouridina, diidrouridina, diidropseudou- ridina, 2-tio-diidrouridina, 2-tio-diidropseudouridina, 2-metoxiuridina, 2- metóxi-4-tio-uridina, 4-metóxi-pseudouridina, e 4-metóxi-2-tio-pseu-
douridina.
[00275] Em algumas modalidades, os nucleosídeos modificados incluem 5-aza-citidina, pseudoisocitidina, 3-metil-citidina, N4-acetilci- tidina, 5-formilcitidina, N4-metilcitidina, 5-hidroximetilcitidina, 1-metil- pseudoisocitidina, pirrolo-citidina, pirrolo-pseudoisocitidina, 2-tio-citidi- na, 2-tio-5-metil-citidina, 4-tio-pseudoisocitidina, 4-tio-1-metil-pseudoi- socitidina, 4-tio-1-metil- 1-deaza-pseudoisocitidina, 1-metil-1-deaza-pseu- doisocitidina, zebularina, 5-aza-zebularina, 5-metil-zebularina, 5-aza-2- tio-zebularina, 2-tio-zebularina, 2-metóxi-citidina, 2-metóxi-5-metil- citidina, 4-metóxi-pseudoisocitidina, e 4-metóxi-1-metil-pseudoiso- citidina.
[00276] Em outras modalidades, os nucleosídeos modificados in- cluem 2-aminopurina, 2,6-diaminopurina, 7-deaza-adenina, 7-deaza-8- aza-adenina, 7-deaza-2-aminopurina, 7-deaza-8-aza-2-aminopurina, 7- deaza-2,6-diaminopurina, 7-deaza-8-aza-2,6-diaminopurina, 1-metila- denosina, N6-metiladenosina, N6-isopenteniladenosina, N6-(cis-hidro- xiisopentenil)adenosina, 2-metiltio-N6-(cis-hidroxiisopentenil) adenosi- na, N6-glicinilcarbamoiladenosina, N6-treonilcarbamoiladenosina, 2- metiltio-N6-treonil! carbamoiladenosina, N6,N6-dimetiladenosina, 7- metiladenina, 2-metiltio-adenina e 2-metóxi-adenina.
[00277] Em outras modalidades, os nucleosídeos modificados in- cluem inosina, 1-metil-inosina, wiosina, wibutosina, 7-deaza-guano- sina, 7-deaza-8-aza-guanosina, 6-tio-guanosina, 6-tio-7-deaza-guano- sina, 6-tio-7-deaza-8-aza-guanosina, 7-metil-guanosina, 6-tio-7-metil- guanosina, 7-metilinosina, 6-metóxi-guanosina, 1-metilguanosina, N2- metilguanosina, N2,N2-dimetilguanosina, 8-o0xo-guanosina, 7-metil-8- oxo-guanosina, 1-metil-6-tio-guanosina, N2-metil-6-tio-guanosina e N2 ,N2-dimetil-6-tio-guanosina.
[00278] Em algumas modalidades, o nucleotídeo pode ser modifi- cado na face do entalhe principal e pode incluir a substituição do hi-
drogênio no C-5 da uracila por um grupo metila ou um grupo halo. Nas modalidades específicas, um nucleosídeo modificado é 5'-O-(1-tiofos- fato)-adenosina, 5'-O-(1-tiofosfato)-citidina, 5'-O-(1-tiofosfato)-guanosi- na, 5'-O-(1-tiofosfato)-uridina ou 5'-O-(1-tiofosfato)-pseudouridina.
[00279] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial modificado (RNA) da invenção pode compreender modifica- ções de nucleosídeos selecionadas de 6-aza-citidina, 2-tio-citidina, a- tio-citidina, Pseudo-iso-citidina, 5-aminoalil-uridina, 5-iodo-uridina, N1- metil-pseudouridina, 5,6-diidrouridina, a-tio-uridina, 4-tio-uridina, 6-aza- uridina, 5-hidróxi-uridina, deóxi-timidina, 5-metil-uridina, Pirrolo-citidina, inosina, a-tio-guanosina, G-metil-gquanosina, 5-metil-citdine, 8-0x0- guanosina, 7-deaza-guanosina, N1i-metil-adenosina, 2-amino-6-Cloro- purina, N6-metil-2-amino-purina, Pseudo-iso-citidina, 6-Cloro-purina, N6-metil-adenosina, a-tio-adenosina, 8-azido-adenosina, 7-deaza- adenosina.
[00280] Em algumas modalidades, uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) modificada (ou qualquer outro ácido nucleico, em parti- cular RNA, como aqui definido) não compreende nenhuma das modifi- cações químicas como aqui descritas. Tais ácidos nucleicos artificiais modificados podem, no entanto, compreender uma modificação lipídi- ca ou uma modificação de sequência como descrito abaixo. Modificações lipídicas
[00281] De acordo com outras modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNAs) da invenção podem conter pelo menos uma modificação lipídica.
[00282] Tal molécula de ácido nucleico artificial "modificada por lipí- dios" (RNA) da invenção tipicamente compreende (i) uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA), como aqui definido, (ii) pelo menos um ligante covalentemente ligado à dita molécula de ácido nucleico artifi- cial (RNA), (iii) pelo menos um lipídio covalentemente ligado ao res-
pectivo ligante.
[00283] —Alternativamente, a molécula de ácido nucleico artificial "modificada por lipídios" (RNA), pode compreender pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e pelo menos um lipídio (bi- funcional) ligado covalentemente (sem um ligante) à dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00284] —Alternativamente, a molécula de ácido nucleico artificial "modificada por lipídios" (RNA) pode compreender (i) uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA), (ii) pelo menos um ligante covalente- mente ligado à dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e (iii) pelo menos um lipídio covalentemente ligado ao respectivo ligante, e ainda (iv) pelo menos um lipídio (bifuncional) ligado covalentemente (sem um ligante) à dita molécula artificial de ácido nucleico (RNA).
[00285] Neste contexto, é particularmente preferível que a modifica- ção lipídica esteja presente nas extremidades terminais de uma molé- cula de ácido nucleico artificial linear (RNA). Modificações de sequência
[00286] De acordo com as modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA, preferivelmente mRNA) da invenção, é "modificada na sequência", isto é, compreende pelo menos uma modi- ficação de sequência como descrito abaixo. Sem desejar ser limitado a uma teoria específica, essas modificações de sequência podem au- mentar a estabilidade e/ou intensificar a expressão das moléculas de ácido nucleico artificial (RNAs) da invenção. Modificação do teor de G/C
[00287] De acordo com as modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), mais preferivelmente mRNA, da inven- ção, pode ser modificada e, portanto, estabilizada, através da modifi- cação de seu teor de guanosina/citosina (G/C), preferivelmente atra- vés da modificação do teor de G/C da pelo menos uma sequência de codificação. Em outras palavras, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode preferivelmente ser modificada por G/C, isto é, de prefe- rência compreende a sequência (codificação) de G/C modificada.
[00288] Uma sequência de ácido nucleico (RNA) "modificada por G/C" tipicamente se refere a um ácido nucleico (RNA) que compreen- de uma sequência de ácido nucleico (RNA) que se baseia em uma se- quência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem modificada e com- preende uma alteração de número de nucleotídeos de guanosina e/ou citosina em comparação com a dita sequência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem. Esse número alterado de nucleotídeos de G/C pode ser gerado mediante a substituição de códons contendo nu- cleotídeos adenosina ou timidina por códons "sinônimos" contendo nu- cleotídeos guanosina ou citosina. Em conformidade, as substituições de códons preferivelmente não alteram os resíduos de aminoácido co- dificados, mas alteram exclusivamente o teor de G/C do ácido nucleico (RNA).
[00289] Em uma modalidade particularmente preferida da presente invenção, o teor de G/C da sequência de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção é modificado, particular- mente aumentado, em comparação com o teor de G/C da sequência de codificação da tipo selvagem respectivo, isto é, ácido nucleico não modificado (RNA). A sequência de aminoácido codificada pela molécu- la de ácido nucleico artificial da invenção (RNA) não é preferivelmente modificada em comparação com a sequência de aminoácido codifica- da pelo respectivo ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem.
[00290] A provisão de moléculas de ácido nucleico (RNAs) "modifi- cadas na G/C" é baseada na descoberta de que as sequências de áci- do nucleico (RNA) tendo um teor aumentado de G (guanosina)/C (cito- sina) são geralmente mais estáveis do que as sequências de ácido nucleico (RNA) tendo um teor aumentado de A (adenosina)/U (uracila).
[00291] “De acordo com a invenção, os códons da molécula de áci- do nucleico artificial da invenção (RNA) são, portanto, variados em comparação com o respectivo ácido nucleico do tipo selvagem (RNA), mantendo a sequência de aminoácido trasladada, de tal modo ela in- clui uma quantidade aumentada de nucleotídeos de G/C.
[00292] No que diz respeito ao fato de que vários códons codificam um mesmo aminoácido (a chamada degeneração do código genético), os códons mais favoráveis para a estabilidade podem ser determina- dos (assim chamado uso alternativo de códons). Dependendo do ami- noácido a ser codificado pela molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, existem várias possibilidades para modificar sua sequência de ácido nucleico, em comparação com a sequência do tipo selvagem. No caso de aminoácidos, que são codificados por códons, que contêm exclusivamente nucleotídeos de G ou C, não é necessária nenhuma modificação do códon.
[00293] Assim, os códons para Pro (CCC ou CCG), Arg (CGC ou CGG), Ala (GCC ou GCG) e Gly (GGC ou GGG) não necessitam de modificação, uma vez que nenhuma A ou U está presente. Por outro lado, os códons que contêm nucleotídeos de A e/ou U podem ser mo- dificados através da substituição de outros códons, que codificam os mesmos aminoácidos, mas não contêm A e/ou U. Exemplos deles são: os códons para Pro podem ser modificados a partir de CCU ou CCA para CCC ou CCG; os códons para Arg podem ser modificados de CGU ou CGA ou AGA ou AGG para CGC ou CGG; os códons para Ala podem ser modificados de GCU ou GCA para GCC ou GCG; os có- dons para Gly podem ser modificados de GGU ou GGA para GGC ou GGG. Em outros casos, embora os nucleotídeos de A ou U não pos- sam ser eliminados dos códons, é contudo possível diminuir o teor de A e U utilizando códons que contêm um teor mais baixo de nucleotí- deos de A e/ou U. Exemplos destes são: os códons para Phe podem ser modificados de UUU para UUC; os códons para Leu podem ser modificados de UUA, UUG, CUU ou CUA para CUC ou CUG; os có- dons para Ser podem ser modificados de UCU ou UCA ou AGU para UCC, UCG ou AGC; o códon para Tyr pode ser modificado de UAU para UAC; o códon para Cys pode ser modificado de UGU para UGC; o códon para His pode ser modificado de CAU para CAC; o códon pa- ra Glh pode ser modificado de CAA para CAG; os códons para lle po- dem ser modificados de AUU ou AUA para AUC; os códons para Thr podem ser modificados de ACU ou ACA para ACC ou ACG; o códon para Asn pode ser modificado de AAU para AAC; o códon para Lys pode ser modificado de AAA para AAG; os códons para Val podem ser modificados de GUU ou GUA para GUC ou GUG; o códon para Asp pode ser modificado de GAU para GAC; o códon para Glu pode ser modificado de GAA para GAG; o códon de parada UAA pode ser modi- ficado para UAG ou UGA.
No caso dos códons para Met (AUG) e Trp (UGG), por outro lado, não há possibilidade de modificação de se- quência.
As substituições listadas acima podem ser utilizadas individu- almente ou em todas as combinações possíveis para aumentar o teor de G/C da sequência de ácido nucleico artificial da invenção, preferi- velmente sequência de RNA (ou qualquer outra sequência de ácido nucleico conforme aqui definida) em comparação com sua sequência de ácido nucleico do tipo selvagem particular (isto é, a sequência ori- ginal). Assim, por exemplo, todos os códons para Thr que ocorrem na sequência do tipo selvagem podem ser modificados para ACC (ou ACG). De preferência, no entanto, por exemplo, combinações das possibilidades de substituição acima são utilizadas:
substituição de todos os códons que codificam Thr na se- quência original (RNA do tipo selvagem) para ACC (ou ACG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Ser para UCC (ou UCG ou AGC); substituição de todos os có-
dons que codificam Ile na sequência original de AUC e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Lys para AAG e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Tyr para UAC; substituição de todos os códons que codificam Val na sequência original de GUC (ou GUG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Glu para GAG e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Ala para GCC (ou GCG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Arg para CGC (ou CGG); substituição de todos os códons que codificam Val na sequência original de GUC (ou GUG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Glu para GAG e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Ala para GCC (ou GCG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Gly para GGC (ou GGG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Asn para AAC; substituição de todos os códons que codificam Val na sequência original de GUC (ou GUG) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Phe para UUC e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Cys para UGC e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Leu para CUG (ou CUC) e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Gln para CAG e substituição de todos os códons que originalmente codifi- cam Pro para CCC (ou CCG); etc.
[00294] De preferência, o teor de G/C da sequência de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser aumentado em pelo menos 7%, mais preferivelmente em pelo menos 15%, particularmente preferível em pelo menos 20%, em comparação com o teor de G/C da sequência de codificação do ácido nucleico do tipo selvagem (RNA) que codifica para o mesmo (poli)peptídeo ou pro- teína de interesse.
[00295] “De acordo com modalidades preferidas, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, mais preferivelmente pelo menos 70%, ainda mais preferivelmente pelo menos 80% e o mais preferível pelo menos 90%, 95% ou mesmo 100% dos códons substituíveis na região que codifica um (poli)peptídeo ou proteína de interesse ou toda a sequência da sequência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem pode ser substituída, aumentando assim o teor de G/C da sequência "G/C modificada" resultante.
[00296] Nesse contexto, é particularmente preferível aumentar o teor de G/C da molécula de ácido nucleico artificial (RNA), preferivel- mente de sua pelo menos uma sequência de codificação, para o má- ximo (isto é, 100% dos códons substituíveis) em comparação com a sequência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem. Substituição de códons raros
[00297] Outra modificação preferida da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) baseia-se na constatação de que a eficiência da trans- lação também é determinada por uma frequência diferente na ocorrên- cia de tRNAs nas células. Assim, se os chamados "códons raros" esti- verem presentes na molécula de ácido nucleico artificial (RNA) em maior extensão, a sequência correspondente de ácido nucleico modifi- cado (RNA) será trasladada com menos eficácia do que uma sequên-
cia de ácido nucleico (RNA) compreendendo códons codificadores pa- ra tRNAs relativamente "frequentes".
[00298] Em algumas modalidades preferidas, nas moléculas de áci- do nucleico artificial modificadas (RNAs) da invenção, a região de codi- ficação é assim modificada em comparação com a região de codifica- ção do ácido nucleico de tipo selvagem (RNA) correspondente, de tal modo que pelo menos um códon da sequência do tipo selvagem, que codifica um tRNA que é relativamente raro na célula, é trocado por um códon, o qual codifica um tRNA que é relativamente frequente na célu- la e carrega o mesmo aminoácido que o tRNA relativamente raro.
[00299] Deste modo, as sequências da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção são modificadas de tal modo que os có- dons para os quais tRNAs de ocorrência frequente estão disponíveis são inseridos.
[00300] — Assim, todos os códons da sequência de ácido nucleico do tipo selvagem (RNA), que codificam um tRNA relativamente raro na célula, podem, em cada caso, ser trocados por um códon, que codifica um tRNA que é relativamente frequente na célula e que, em cada ca- So, carrega o mesmo aminoácido que o tRNA relativamente raro. À frequência de tRNAs específicos na célula é bem conhecida paar a pessoa versada; cf. por exemplo. Akashi, Curr. Opin. Genet. Dev. 2001, 11(6): 660-666. Os códons que recrutam o tRNA mais frequente para um dado aminoácido (por exemplo, Gly) na célula (humana) são particularmente preferidos.
[00301] De acordo com a invenção, é particularmente preferível combinar uma G/C modificada (preferivelmente aumentada, mais pre- ferivelmente maximizada) com o uso de códons "frequentes" como descrito acima, sem modificar a sequência de aminoácido codificada pela sequência de codificação da referida molécula de ácido nucleico artificial (RNA). Tais modificações "combinadas" resultam de preferên-
cia em uma maior eficácia de translação e estabilização da molécula de ácido nucleico artificial modificada resultante (RNA).
[00302] As moléculas de ácido nucleico artificial modificadas (RNAs) que apresentam as modificações de sequência descritas nesta inven- ção (por exemplo, teor aumentado de G/C e troca de tRNAs) podem ser fornecidas com a ajuda de programas de computador conforme explicado na WO 02/098443, cujo conteúdo de divulgação é incluído em seu escopo completo na presente invenção. Utilizando este pro- grama de computador, a sequência nucleotídica de qualquer ácido nu- cleico desejado, em particular o RNA, pode ser modificada in silico pa- ra obter moléculas de ácido nucleico artificial modificadas (RNAs) com uma sequência de ácido nucleico (RNA) que apresenta um teor máxi- mo de G/C em combinação com códons que recrutam tRNAs frequen- tes, enquanto codifica a mesma sequência de aminoácido (não modifi- cada) como uma respectiva sequência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem.
[00303] Alternativamente, também é possível modificar o teor de G/C ou o uso do códon individualmente, em comparação com uma se- quência de referência. O código fonte no Visual Basic 6.0 (ambiente de desenvolvimento utilizado: Microsoft Visual Studio Enterprise 6.0 com Servicepack 3) também é descrito na WO 02/098443. Modificação do teor de A/U
[00304] De acordo com outras modalidades preferidas, o teor de A/U no sítio de ligação ao ribossomo ou próximo a ele da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção é aumentado em compara- ção com o teor de A/U no sítio de ligação ao ribossomo ou próximo ao sítio de um respectivo ácido nucleico do tipo selvagem (RNA). Aumen- tar o teor de A/U ao redor do sítio de ligação do ribossomo pode, de preferência, aumentar a eficácia da ligação ao ribossomo. A ligação eficaz do ribossomo ao sítio de ligação do ribossomo (sequência de
Kozak) facilita preferivelmente a translação eficiente da molécula de ácido nucleico artificial (RNA). Modificações de DSE
[00305] De acordo com outras modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode ser modificada em relação a elementos de sequência potencialmente desestabilizadores. Particu- larmente, a sequência de codificação e/ou a região não trasladada 5' e/ou 3' de dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode ser modificada em comparação com o respectivo ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem, removendo quaisquer elementos de sequência deses- tabilizadores (DSEs), enquanto a sequência de aminoácido codificada da molécula de ácido nucleico artificial modificada (RNA) preferivel- mente não está sendo modificada em comparação com seu respectivo ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem.
[00306] Os RNAs eucarióticos podem compreender elementos de sequência desestabilizantes (DSE), que podem desenhar proteínas de sinal que atuam como mediador da degradação enzimática da molécu- la de ácido nucleico (RNA) in vivo. Os DSEs exemplares incluem se- quências ricas em AU (AURES), que ocorrem nas 3-UTRs de nume- rosos RNAs instáveis (Caput et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83: 1670 to 1674). Também incluídos pelo termo estão os motivos de sequência, que são reconhecidos por possíveis endonucleases, por exemplo, a sequência GAACAAG, que está contida no segmento de 3'-UTR do gene que codifica o receptor de transferrina (Binder et al., EMBO J. 1994, 13: 1969 to 1980).
[00307] “Mediante a remoção ou remoção substancial desses DSEs da sequência de ácido nucleico da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, em particular de sua região de codificação e/ou de seus elementos da 3'- e/ou 5-UTR, a molécula de ácido nucleico artifi- cial (RNA) é preferivelmente estabilizada.
[00308] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode, portanto, ser modificada em comparação com um respectivo ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem, de modo que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) seja desprovida de elementos de se- quência desestabilizantes (DSEs). Sequências adaptadas ao uso de códons humanos:
[00309] “Uma outra modificação preferida da molécula de ácido nu- cleico artificial (RNA) da invenção baseia-se na constatação de que os códons que codificam o mesmo aminoácido ocorrem tipicamente em frequências diferentes.
[00310] De acordo com outras modalidades preferidas, na molécula de ácido nucleico artificial modificada (RNA), a sequência de codifica- ção é modificada em comparação com a região correspondente do respectivo ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem, de modo que a fre- quência dos códons que codificam o mesmo aminoácido corresponde à frequência natural desse códon de acordo com o uso do códon hu- mano, como, por exemplo, mostrado na Tabela 2.
[00311] Por exemplo, a sequência de codificação de uma molécula de ácido nucleico do tipo selvagem (RNA) pode ser adaptada de ma- neira que o códon "GCC" (para Ala) seja utilizado com uma frequência de 0,40, o códon "GCT" (para Ala) seja utilizado com uma frequência de 0,28, o códon "GCA" (para Ala) seja utilizado com uma frequência de 0,22 e o códon "GCG" (para Ala) seja utilizado com uma frequência de 0,10 etc. (consulte a Tabela 2). Tabela 2: Tabela de uso de códons humanos
E o rs E os o ese oe As E e o ns om os ee er o as soe o RR
Fe me em as *: códon mais frequente Sequências otimizadas por códon:
[00312] Como descrito acima, nas modalidades preferidas da pre- sente invenção, todos os códons da sequência de ácido nucleico do tipo selvagem que codificam um tRNA relativamente raro podem ser trocados por um códon que codifica um tRNA relativamente frequente que transporta o mesmo aminoácido que o RNAt raro.
[00313] É particularmente preferível que os códons mais frequentes sejam utilizados para cada aminoácido codificado (ver a Tabela 2, os códons mais frequentes são marcados com asteriscos). Um tal proce- dimento de otimização aumenta o índice de adaptação do códon (CAI) e, finalmente, maximiza o CAI. No contexto da invenção, as sequên- cias de ácido nucleico (RNA) com CAI aumentado ou maximizado são tipicamente referidas como sequências "otimizadas por códon" e/ou "de CAI aumentado" e/ou de ácido nucleico "maximizado" (RNA). De acordo com modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) da invenção compreende pelo menos uma sequência de codificação, em que a sequência de codificação é "otimizada por có- don" como aqui descrito. Mais preferivelmente, o índice de adaptação de códon (CAI) da pelo menos uma sequência de codificação pode ser pelo menos 0,5, pelo menos 0,8, pelo menos 0,9 ou pelo menos 0,95. Mais preferivelmente, o índice de adaptação de códon (CAI) da pelo menos uma sequência de codificação pode ser 1.
[00314] Por exemplo, a sequência de codificação de uma molécula de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem pode ser adaptada de uma maneira que o códon (humano) mais frequente seja sempre utilizado para cada aminoácido codificado, por exemplo, "GCC" para Ala ou "TGC" para Cys. Sequências otimizadas para C:
[00315] De acordo com as modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) é modificada através da alteração, de preferência aumento, do teor de citosina (C) de sua sequência de áci- do nucleico (RNA), em particular em sua pelo menos uma sequência de codificação.
[00316] Nas modalidades preferidas, o teor de C da sequência de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção é modificado, de preferência aumentado, em comparação com o con- teúdo C da sequência de codificação do respectivo ácido nucleico do tipo selvagem (não modificado) (RNA). A sequência de aminoácido codificada através do pelo menos uma sequência de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção não é preferi- velmente modificada em comparação com a sequência de aminoácido codificada pelo respectivo ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem.
[00317] Nas modalidades preferidas, dita molécula de ácido nuclei- co artificial modificada (RNA) pode ser modificada de modo que pelo menos 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% ou 80% ou pelo menos 90% do teor máximo de ciosina teoricamente possível ou mesmo um teor máximo de citosina seja alcançado.
[00318] Em outras modalidades preferidas, pelo menos 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% ou mesmo 100% dos códons da sequência de ácido nucleico do tipo selvagem (RNA), que são "oti- mizáveis em teor de citosina" são substituídos por códons tendo um teor de citosina mais elevado do que aqueles presentes na sequência do tipo selvagem.
[00319] Em outras modalidades preferidas, alguns dos códons da sequência de codificação do tipo selvagem podem ser adicionalmente modificados de modo que um códon para um tRNA relativamente raro na célula seja trocado por um códon por um tRNA relativamente fre- quente na célula, contanto que o códon substituído para um tRNA rela- tivamente frequente carrega o mesmo aminoácido que o tRNA relati- vamente raro do códon do tipo selvagem original. De preferência, to- dos os códons de um tRNA relativamente raro podem ser substituídos por um códon de um tRNA relativamente frequente na célula, exceto os códons que codificam aminoácidos, que são codificados exclusiva- mente por códons que não contêm citosina ou exceto para glutamina (Gln), que é codificada por dois códons, cada um contendo o mesmo número de citosinas.
[00320] Em outras modalidades preferidas da presente invenção, a molécula de ácido nucleico artificial modificada (RNA) pode ser modifi- cada de modo que pelo menos 80%, ou pelo menos 90% do teor má- ximo de citosina teoricamente possível ou até mesmo um teor máximo de citosina seja alcançado por meio de códons, que codificam tRNAs relativamente frequentes na célula, em que a sequência de aminoáci- do codificada por pelo menos uma região de codificação permanece inalterada.
[00321] “Devido à degenerescência natural do código genético, mais de um códon pode codificar um aminoácido particular. Consequente- mente, 18 em cada 20 aminoácidos de ocorrência natural são codifi- cados por mais de um códon (com Tryp e Met sendo uma exceção), por exemplo, através de 2 códons (por exemplo, Cys, Asp, Glu), atra- vés de três códons (por exemplo, Ile), através de 4 códons (por exem- plo, Al, Gly, Pro) ou através de 6 códons (por exemplo, Leu, Arg, Ser). No entanto, nem todos os códons que codificam o mesmo aminoácido são utilizados com a mesma frequência sob condições in vivo. Depen- dendo de cada organismo, é estabelecido um perfil típico de uso de códons.
[00322] O termo "códon com teor de citosina otimizável" refere-se aos códons, os quais apresentam um menor teor de citosinas do que outros códons que codificam o mesmo aminoácido. Em conformidade, qualquer códon do tipo selvagem, que pode ser substituído por outro códon que codifique o mesmo aminoácido e que apresenta um número maior de citosinas dentro desse códon, é considerado otimizado por citosina (C-otimizável). Qualquer substituição desse tipo de códon do tipo selvagem otimizável por C pelo códon específico de C-otimizado dentro de uma sequência de codificação do tipo selvagem aumenta seu teor geral de C e reflete uma sequência de ácido nucleico (RNA) modificado enriquecido por C.
[00323] “De acordo com algumas modalidades preferidas, a molécu- la de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, e em particular sua pelo menos uma sequência de codificação, compreende ou consiste em uma sequência maximizada em C contendo códons otimizados em C para todos os códons potencialmente otimizáveis em C. Consequen- temente, 100% ou todos os códons otimizáveis em C teoricamente substituíveis podem ser preferivelmente substituídos por códons otimi- zados em C ao longo de todo o comprimento da sequência de codifi- cação.
[00324] Nesse contexto, códons otimizáveis em teor de citosina são códons, os quais contêm um número menor de citosinas do que outros códons que codificam o mesmo aminoácido.
[00325] “Qualquer um dos códons GCG, GCA, GCU codifica o ami- noácido Ala, que pode ser trocado pelo códon GCC que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon UGU que codifica Cys pode ser trocado pelo códon UGC que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon GAU que codifica Asp pode ser trocado pelo códon
GAC que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon UUU que codifica Phe pode ser trocado pelo códon UUC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons GGG, GGA, GGU que codifica Gly pode ser trocado pelo códon GGC que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon CAU que codifica His pode ser trocado pelo códon CAC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons AUA, AUU que código lle pode ser trocado pelo códon AUC, e/ou qualquer um dos códons UUG, UUA, CUG, CUA, CUU que codifica Leu pode ser trocado pelo códon CUC que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon AAU que codifica Asn pode ser trocado pelo códon AAC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons CCG, CCA, CCU que codifica Pro pode ser trocado pelo códon CCC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons AGG, AGA, CGG, CGA, CGU que codifica para Arg pode ser trocado pelo códon CGC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons AGU, AGC, UCG, UCA, UCU que codifica Ser pode ser trocado pelo códon UCC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons ACG, ACA, ACU que codifica Thr pode ser trocado pelo códon ACC que codifica o mesmo aminoácido e/ou qualquer um dos códons GUG, GUA, GUU que codifica Val pode ser trocado pelo códon GUC que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon UAU que codifica Tyr pode ser trocado pelo códon UAC que codifica o mesmo aminoácido.
[00326] Em qualquer um dos casos acima, o número de citosinas é aumentado em 1 por códon trocado. A troca de todos os códons não otimizados em C (correspondendo aos códons otimizáveis em C) da sequência de codificação resulta em uma sequência de codificação "maximizada em C". No contexto da invenção, pelo menos 70%, prefe- rivelmente pelo menos 80%, mais preferivelmente pelo menos 90%, dos códons não otimizados em C dentro de pelo menos uma sequên- cia de codificação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção podem ser substituídos por códons "otimizados em C".
[00327] Pode ser preferível que para alguns aminoácidos a porcen- tagem de códons otimizados em C substituídos por códons otimizados em C seja menor do que 70%, enquanto que para outros aminoácidos a porcentagem de códons substituídos possa ser maior do que 70% para atender à porcentagem geral de otimização em C de pelo menos 70% de todos os códons de tipo selvagem otimizáveis em C da se- quência de codificação.
[00328] De preferência, em uma molécula de ácido nucleico (RNA) artificial "otimizado em C", pelo menos 50% dos códons do tipo selva- gem otimizáveis em C para qualquer aminoácido determinado podem ser substituídos por códons "otimizados em C", por exemplo, qualquer molécula de ácido nucleico (RNA) enriquecida de C modificada contém preferivelmente pelo menos 50% de códons otimizados em C nas po- sições de códons de tipo selvagem otimizáveis em C que codificam qualquer um dos aminoácidos acima mencionados Ala, Cys, Asp, Phe, Gly, His, Ile, Leu, Asn, Pro, Arg, Ser, Thr, Val e Tyr, de preferência pe- lo menos 60%.
[00329] Nesse contexto, os códons que codificam aminoácidos, que não são otimizáveis pelo teor de citosina e que são, no entanto, codifi-
cados por pelo menos dois códons, podem ser utilizados sem qualquer processo de seleção adicional. No entanto, o códon da sequência do tipo selvagem que codifica um tRNA relativamente raro na célula, por exemplo, uma célula humana, pode ser trocada por um códon que co- difica um tRNA relativamente frequente na célula, em que ambos codi- ficam o mesmo aminoácido.
[00330] Consequentemente, o códon relativamente raro GAA que codifica Glu pode ser trocado pelo códon relativamente frequente GAG que codifica o mesmo aminoácido e/ou o códon AAA relativamente raro que codifica Lys pode ser trocado pelo códon frequente relativo AAG que codifica para o mesmo aminoácido e/ou o códon CAA relativamente raro que codifica GIn pode ser trocado pelo códon frequente relativo CAG que codifica o mesmo ami- noácido.
[00331] Nesse contexto, os aminoácidos Met (AUG) e Trp (UGG), que são codificados por apenas um códon cada, permanecem inalte- rados. Os códons de parada não são otimizados pelo teor de citosina; no entanto, os códons de parada relativamente raros âmbar, ocre (UAA, UAG) podem ser trocados pelo códon de parada relativamente frequente opala (UGA).
[00332] As substituições isoladas listadas acima podem ser utiliza- das individualmente, assim como em todas as combinações possíveis, a fim de otimizar o teor de citosina da molécula de ácido nucleico artifi- cial modificada (RNA), em comparação com uma respectiva sequência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem.
[00333] Em conformidade, a pelo menos uma sequência de codifi- cação como aqui definida pode ser modificada em comparação com a sequência de codificação da respectiva sequência de ácido nucleico (RNA) do tipo selvagem, de modo que os códons sejam trocados por códons otimizados em C compreendendo citosinas adicionais e codifi- cando o mesmo aminoácido, isto é, a sequência de aminoácido codifi- cada não é preferivelmente modificada em comparação com a se- quência de aminoácido do tipo selvagem codificada.
[00334] De acordo com as modalidades particularmente preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreende (além do elemento da 5' UTR e 3' UTR aqui especificado) pelo menos uma sequência de codificação conforme aqui definido, em que (a) o teor de G/C da pelo menos uma sequência de codificação de dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) é aumentada em comparação com o teor de G/C da sequência de codificação do ácido nucleico do tipo selvagem (RNA) correspondente e/ou (b) em que o teor de C da pelo menos uma sequência de codificação da referida molécula de ácido nucleico artificial (RNA) é aumentado em comparação com o te- or de C da sequência de codificação do ácido nucleico do tipo selva- gem (RNA) correspondente e/ou (c) em que os códons na pelo menos uma sequência de codificação da dita molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) é adaptada ao uso de códon humano, em que o índice de adaptação do códon (CAI) é preferivelmente aumentado ou maximiza- do na pelo menos uma sequência de codificação de dita molécula áci- do nucleico artificial (RNA), e em que a sequência de aminoácido codi- ficada pela dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) não é prefe- rivelmente modificada em comparação com a sequência de aminoáci- do codificada pelo ácido nucleico do tipo selvagem (RNA) correspon- dente. Sequências de ácido nucleico modificadas
[00335] As modificações de sequência indicadas acima podem, em geral, ser aplicadas a qualquer uma das sequências de ácido nucleico (RNA) aqui descritas e são particularmente consideradas para serem aplicadas nas sequências de codificação que compreendem ou consis-
tem em sequências de ácido nucleico que codificam (poli)peptídeos ou proteínas de interesse conforme aqui definido. As modificações (inclu- indo modificações químicas, modificações lipídicas e modificações de sequência) podem, se adequadas ou necessárias, ser combinadas en- tre si em qualquer combinação, contanto que as modificações combi- nadas não interfiram entre si e, de preferência, contanto que o (po- liipeptídeo ou proteína codificado de interesse seja preferivelmente funcional, isto é, apresente uma propriedade biológica desejada ou exerça uma função biológica desejada.
[00336] Consequentemente, nas modalidades preferidas, as molé- culas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos uma sequência de codificação que codifica um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, em que dita sequência de codificação foi modificada como descrito acima.
[00337] Portanto, em algumas modalidades preferidas, as molécu- las de ac nucleico artificial (RNA) de acordo com a invenção compre- endem pelo menos um elemento da 5' UTR como aqui definido, pelo menos um elemento da 3' UTR como aqui definido e uma sequência de codificação que codifica um (poli)peptídeo ou proteína de interesse, em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 50-368 ou um variante, fragmento ou derivado de qualquer uma de ditas sequências, em particular uma sequência de ácido nu- cleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, pre- ferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma des-
sas sequências. 5' Cap
[00338] De acordo com outras modalidades preferidas da invenção, um molécula de ácido nucleico artificial (RNA) modificada, é modifica- da pela adição de um assim chamado "5'-Cap", que pode preferivel- mente estabilizar dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00339] Um"5-Cap" é uma entidade, tipicamente uma entidade de nucleotídeo modificada, que geralmente "limita" a extremidade 5' de um mRNA maduro. Uma tampa 5' pode tipicamente ser formada por um nucleotídeo modificado, particularmente por um derivado de um nucleotídeo de guanina. De preferência, o 5'-cap está ligado ao termi- nal 5' por meio de uma ligação 5'-5"'-trifosfato. Um 5'-cap pode ser meti- lado, por exemplo, m7GpppN, em que N é o nucleotídeo terminal 5' do ácido nucleico que transporta o 5'-cap, tipicamente a extremidade 5' de um mRNA. m7GpppN é a estrutura de 5'-cap, que ocorre naturalmente no mRNA transcrito pela polimerase |l e, portanto, preferivelmente não é considerada uma "modificação" compreendida em um mRNA modifi- cado neste contexto. Em conformidade, uma molécula de ácido nuclei- co artificial (RNA) "modificado" (ou qualquer outro ácido nucleico, em particular RNA, como aqui definido) pode compreender um m7GpppN como 5'-cap, mas adicionalmente dita molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) modificada (ou outro ácido nucleico) tipicamente compre- ende pelo menos uma modificação adicional, como aqui definido.
[00340] “Outros exemplos de estruturas 5'cap incluem glicerila, resí- duo desóxi abásico invertido (componente), 4', 5' nucleotídeo de meti- leno, 1-(beta-D-eritrofuranosil) nucleotídeo, 4'-tio nucleotídeo, nucleotí- deo carbocíclico, nucleotídeo de 1,5-anidroexitol, nucleotídeos L, nu- cleotídeo alfa, nucleotídeo de base modificada, nucleotídeo treo- pentofuranosil, nucleotídeo acíclico 3',4'-seco, nucleotídeo acíclico de 3 ,4-diidroxibutila, nucleotídeo acíclico de 3,5-diidroxipentia, componen-
te nucleotídico 3'-3'-invertido, componente abásico 3'-3'-invertido, parte nucleotídico 3'-2'-invertido, componente abásico 3'-2'-invertido, fosfato 1,4-butanodiol, fosfato de 1,4-butanodiol, 3 -fosforamidato, hexilfosfato, aminoexil fosfato, 3'-fosfato, 3'fosforotioato, fosforoditioato, ou compo- nente de metilfosfonato de ligação com ponte ou não ligação com pon- te. Essas estruturas de 5'-cap modificadas são consideradas pelo me- nos uma modificação neste contexto.
[00341] Estruturas 5'-cap modificadas particularmente preferidas são cap1 (metilação da ribose do nucleotídeo adjacente de m7G), cap2 (metilação adicional da ribose do 2º nucleotídeo a jusante do m7G), cap3 (metilação adicional da ribose do 3º nucleotídeo a jusante do m7G), cap4 (metilação da ribose do 4º nucleotídeo a jusante do m7G), ARCA (análogo cap antirreverso), ARCA modificado (por exem- plo, ARCA modificado com fosfotioato), inosina, Ni-metil-guanosina, 2'-fluoro-guanosina, 7-deaza-guanosina, 8-oxo-guanosina, 2-amino- guanosina, LNA-guanosina e 2-azido-guanosina.
[00342] De acordo com as modalidades preferidas, o ácido nucleico artificial compreende um grupo metila na posição 2'-O da posição ribo- se-2'-O do primeiro nucleotídeo adjacente à estrutura de cap na ex- tremidade 5' do RNA (cap-1) Tipicamente, a metilação pode ser execu- tada pela ação de Cap 2'-O-Metiltransferase, utilizando ácidos nuclei- cos artificiais capeados com m7GpppN (preferivelmente RNA) como substrato e S-adenosilmetionina (SAM) como um doador de metila pa- ra metilar o RNA capeado (cap-0) resultando na estrutura cap-1. A es- trutura cap-1 foi relatada de intensificar a eficiência da translação de MRNA e, portanto, pode ajudar a melhorar a eficácia de expressão do ácido nucleico artificial da invenção, preferivelmente RNA, aqui des- crito. Poli(A)
[00343] De acordo com outras modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode conter uma se- quência de poli(A).
[00344] O termo "sequência de poli(A)", também chamada "cauda poli(A)" ou "cauda 3'-poli(A)" significa uma sequência de nucleotídeos de adenosina, por exemplo, de até cerca de 400 nucleotídeos de ade- nosina, por exemplo, de cerca de 20 a cerca de 400, preferivelmente de cerca de 50 a cerca de 400, mais preferivelmente de cerca de 50 a cerca de 300, ainda mais preferivelmente de cerca de 50 a cerca de 250, mais preferivelmente de cerca de 60 a cerca de 250 nucleotídeos de adenosina. Como aqui utilizado, uma "sequência poli(A)" também pode compreender cerca de 10 a 200 nucleotídeos de adenosina, pre- ferivelmente cerca de 10 a 100 nucleotídeos de adenosina, mais prefe- rivelmente cerca de 40 a 80 nucleotídeos de adenosina ou ainda mais preferivelmente cerca de 50 a 70 nucleotídeos de adenosina. Uma "sequência poli(A)" está tipicamente localizada na extremidade 3' de um RNA, em particular um mRNA.
[00345] —Consequentemente, em outras modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode conter em seu terminal 3' uma cauda poli(A) de tipicamente cerca de 10 a 200 nucleotídeos de adenosina, preferivelmente cerca de 10 a 100 nucleo- tídeos de adenosina, mais de preferência cerca de 40 a 80 nucleotí- deos de adenosina ou ainda mais preferivelmente cerca de 50 a 70 nucleotídeos de adenosina.
[00346] A sequência de poli(A) na molécula de ácido nucleico artifi- cial (RNA) pode preferivelmente originar-se de um modelo de DNA através da transcrição de RNA in vitro. Alternativamente, a sequência de poli(A) também pode ser obtida in vitro por métodos comuns de sín- tese química sem ser necessariamente transcrita a partir de um mode- lo de DNA.
[00347] Além do mais, "sequências de poli(A)" ou "caudas poli(A)"
podem ser geradas através da poliadenilação enzimática da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) utilizando kits de poliadenilação dis- poníveis comercialmente e protocolos correspondentes conhecidos na técnica. A poliadenilação é tipicamente entendida de ser a adição de uma sequência de poli(A) a uma molécula de ácido nucleico (RNA), por exemplo, a um mRNA prematuro. A poliadenilação pode ser indu- zida pelo chamado sinal de poliadenilação. Este sinal está de prefe- rência localizado dentro de um trecho de nucleotídeos na extremidade 3' da sequência de ácido nucleico (RNA) a ser poliadenilada. Um sinal de poliadenilação compreende tipicamente um hexâmero que consiste em nucleotídeos de adenina e uracila/timina, preferivelmente a se- quência de hexâmero AAUAAA. Outras sequências, preferivelmente sequências de hexâmero, também são concebíveis. A poliadenilação pode, por exemplo, ocorrer durante o processamento de um pré- RNAm (também chamado de RNAm prematuro). Tipicamente, a matu- ração do RNA (do pré-mRNA ao mRNA maduro) compreende uma etapa de poliadenilação.
[00348] Em conformidade, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode compreender um sinal de poliadenilação que transmite a poliadenilação a um RNA (transcrito) por fatores proteicos específicos (por exemplo, fator de especificidade de clivagem e polia- denilação (CPSF), fator de estimulação de clivagem (CstF), clivagem fatores | e II (CF | e CF II), poli(A) polimerase (PAP)).
[00349] Neste contexto, um sinal de poliadenilação de consenso é preferível compreendendo a sequência de consenso de NN(U/T)ANA. Em um aspecto particularmente preferido, o sinal de poliadenilação compreende uma das seguintes sequências: AA(U/T)AMA ou A(U/T)(U/T)AAA (em que a uridina está geralmente presente no RNA e a timidina está geralmente presente no DNA).
Poli(C)
[00350] — De acordo com algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode conter uma cauda poli(C) no terminal 3' de tipicamente cerca de 10 a 200 nucleotídeos de citosina, preferivel- mente cerca de 10 a 100 nucleotídeos de citosina, mais preferivelmente cerca de 20 a 70 nucleotídeos de citosina ou ainda mais preferivelmente cerca de 20 a 60 ou mesmo de 10 a 40 nucleotídeos de citosina. Alça penducular de histona (histona SL ou HSL)
[00351] “De acordo com algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode compreender uma sequência/estrutura de alça penducular de histona. Tais sequências de alça penducular de histona são preferivelmente selecionadas a partir de sequências de alça penducular de histona como divulgado na WO 2012/019780, cuja divulgação é aqui incorporada por referência.
[00352] “Uma sequência de alça penducular de histona, adequada para ser utilizada na presente invenção, é preferivelmente selecionada dentre pelo menos uma das seguintes fórmulas (1) ou (II): Fórmula (1) (sequência de alça penducular sem elementos limítrofes do pendúculo): [No-2GN3-5] [No-a(U/T)No-4] [N3-sCNo-2] To o] o A Nom —— pendúculo 1 laço pendúculo 2 Fórmula (Il) (sequência alça penducular com elementos limítrofes do pendúculo): Ni1-6 [No-2GN3-5] [No-4(U/T)No-4] [N3-5CNo-2] Ni-6 AO Ás r— o elemento pendúculo 1 laço pendúculo 2 elemento limítrofe do limítrofe do pendúculo 2. pendúculo 1 em que:
elementos limítrofes de pendúculo1 ou pendúculo2 N1-6 é uma sequência consecutiva de 1 a 6, de preferência de 2 a 6, mais preferivelmente de 2 a 5, ainda mais preferivelmente de 3 a 5, mais preferivelmente de 4 a 5 ou 5 N, em que cada N é independen- temente de outro selecionado de um nucleotídeo selecionado de A, U, T,GeC, ou seu análogo de nucleotídeo;
pendúculo1 [No-2GN3-s]
é complementar reverso ou complementar parcialmente re- verso com o elemento pendúculo2, e é uma sequência consecutiva entre 5 a 7 nucleotídeos;
em que No.2 é uma sequência consecutiva de 0 a 2, preferi- velmente de O a 1, mais preferivelmente de 1 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, Ge C ou seu análogo de nucleotídeo;
em que N3.5 é uma sequência consecutiva de 3 a 5, preferi- velmente de 4 a 5, mais preferivelmente de 4 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, Ge C ou seu análogo de nucleotídeo, e em que G é guanosina ou seu análogo e pode ser opcio- nalmente substituído por uma citidina ou seu análogo, contanto que seu nucleotídeo complementar citidina no pendúculo2 seja substituído por guanosina;
sequência de alça [No-4(U/T)No-1]
está localizada entre os elementos pendúculo1 e pendúcu- lo2 e é uma sequência consecutiva de 3 a 5 nucleotídeos, mais prefe- rivelmente de 4 nucleotídeos;
em que cada No. é independente de uma outra sequência consecutiva de O a 4, preferivelmente de 1 a 3, mais preferivelmente de 1 a 2 N, em que cada N é independentemente de outro selecionado de um nucleotídeo selecionado de A, U, T, G e C ou seu análogo de nucleotídeo; e em que U/T representa uridina ou opcionalmente timidina;
pendúculo2 [N3-5CNo.2]
é complementar reverso ou complementar parcialmente re- verso com o elemento pendúculo1 e é uma sequência consecutiva en- tre 5 a 7 nucleotídeos;
em que N3.5 é uma sequência consecutiva de 3 a 5, preferi- velmente de 4 a 5, mais preferivelmente de 4 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, Ge C ou seu análogo de nucleotídeo;
em que No.2 é uma sequência consecutiva de 0 a 2, preferi- velmente de O a 1, mais preferivelmente de 1 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, G ou C ou seu análogo de nucleotídeo; e em que C é citidina ou seu análogo, e pode ser opcional- mente substituído por uma guanosina ou seu análogo, contanto que seu nucleosídeo guanosina complementar no pendúculo1 seja substi- tuído por citidina; em que o pendúculo1 e o pendúculo2 são capazes de pareamento de bases entre si formando uma sequência complementar reversa, em que o pareamento de bases pode ocorrer entre o pendúculo1 e o pen- dúculo2, por exemplo, através do pareamento de bases Watson-Crick dos nucleotídeos A e U/T ou G e C ou através do pareamento de ba- ses não Watson-Crick, por exemplo, pareamento de bases de oscila- ção, pareamento de bases reverso de Watson-Crick, pareamento de bases de Hoogsteen, pareamento de bases de Hoogsteen reverso ou são capazes de pareamento de bases entre si formando uma sequên- cia complementar parcialmente reversa, em que um pareamento de base incompleto pode ocorrer entre o pendúculo1 e o pendúculo2, na base de que uma ou mais bases em um pendúculo não possuem uma base complementar na sequência complementar inversa do outro pen- dúculo.
[00353] De acordo com outras modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode compreender pelo menos uma sequência de alça penducular de estireno de acordo com pelo menos uma das seguintes fórmulas específicas (la) ou (lla): fórmula (la) (sequência de alça penducular sem elementos limítrofes do pendúculo): [No-1GN3-5] [N1-3(U/T)No-2] [N3-5CNo-1] Den aeee Mn Pç io! pendúculo 1 alça pendúculo 2 fórmula (lla) (sequência de alça penducular com elementos limítrofes do pendúculo): N2-5 [No-1GN3-5] [N1-3(U/T)No-2] [N3-5CNo-1] Na2-5 o AZ o A] DA elemento — pendúculo 1 pendúculo 2 — elemento limítrofe do aa limítrofe do pendúculo 1 pendúculo 2 em que: N, C, G, T e U são como definidos acima.
[00354] De acordo com outras modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode compreender pelo menos uma sequência de alça penducular de histona de acordo com pelo menos uma das seguintes fórmulas específicas (Ib) ou (Ilb): fórmula (lb) (sequência de alça penducular sem elementos limítrofes do pendúculo): [N1GN4] [N2(U/T)N1] [NCN1] pu Au A og— pendúculo 1 alça pendúculo 2 fórmula (IIb) (sequência de alça penducular com elementos limítrofes do pendúculo): Na-5 [N1GN4] [N2(U/DN1] [N4CN1] Nas O Mg Qu— TA elemento = pendúculo 1 alça pendúculo2 — elemento limítrofe do limítrofe do pendúculo 1 pendúculo 2 em que: N, C, G, Te U são como definidos acima.
[00355] Uma sequência de alça penducular de histona particular- mente preferida é a sequência CAMAGGCTCTTTTCAGAGCCACCA (SEQ ID NO: 37) ou mais preferivelmente a sequência de RNA corres- pondente CAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCA (SEQ ID NO: 38). Construções
[00356] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, que compreende pelo menos um elemento da 5' UTR, pelo menos um elemento da 3' UTR e, opcionalmente, pelo menos uma sequência de codificação conforme aqui definida, pode opcionalmente ainda com- preender pelo menos uma alça penducular de histona, sequência po- Ii(A) e/ou poli(C). Os elementos podem nela ocorrer em qualquer or- dem de 5' a 3' ao longo da sequência da molécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00357] Além disso, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode compreender outros elementos, como aqui descrito, como uma sequência estabilizante conforme aqui definida (por exem- plo, derivada da UTR de um gene de globina), sequências IRES, etc. Cada um dos elementos também pode ser repetido na molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pelo menos uma vez (parti- cularmente em construções di ou multicistrônicas), por exemplo, duas ou mais. Como um exemplo, os elementos individuais podem estar presentes na molécula de ácido nucleico artificial (RNA), preferivel- mente RNA, da invenção na seguinte ordem:
sequência de codificação 5'- sequência de alça penducular- poli(A)/(C) de histona-3'; ou sequência de codificação 5'-sequência de poli(A)/(C)-alça penducular de histona-3'; ou sequência de codificação 5'-alça penducular de histona- sinal de poliadenilação-3'; ou sequência de codificação 5'-sinal de poliadenilação-alça penducular de histona-3'; ou sequência de codificação 5'-alça penducular de histona- alça penducular de histona-sequência poli(A)/(C)-3'; ou sequência de codificação 5'-alça penducular de histona- alça penducular de histona-sinal de poliadenilação-3'; ou sequência de codificação 5'-sequência de estabilização- sequência poli(A)/(C)-alça penducular de histona-3'; ou sequência de codificação 5'-sequência de estabilização- sequência poli(AY/(C)-sequência poli(A)/(C)-alça penducular de histo- na-3'; etc.
[00358] De acordo com outras modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode, opcionalmente, ainda com- preender pelo menos um dos seguintes elementos estruturais: uma estrutura de histona-alça penducular, preferivelmente uma histona-alça penducular em sua região não trasladada 3'; uma estrutura de 5'-cap; uma cauda poli-A; e/ou uma sequência poli(C).
[00359] “Especificamente, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção podem compreender, de preferência na direção 5' a 3', os seguintes elementos: a) uma estrutura 5-CAP, de preferência m7GpppN ou Cap1 b) um elemento 5-UTR, que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico, que é derivada de uma 5-UTR co- mo aqui definido, de preferência compreendendo uma sequência de ácido nucleico que corresponde à sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 1-22 ou seu homólogo, fragmento ou vari- ante; c) pelo menos uma sequência de codificação como aqui definido; d) um elemento 3'-UTR, que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico, que é derivada de uma 3'-UTR co- mo aqui definido, preferiveimente compreendendo uma sequência de ácido nucleico que corresponde à sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 23-36, ou seu homólogo, fragmento ou va- riante, e) opcionalmente, uma cauda poli(A), preferivelmente con- sistindo em 10 a 1000, 10 a 500, 10 a 300 10 a 200, 10 a 100, 40 a 80 ou 50 a 70 nucleotídeos de adenosina, f) opcionalmente, uma cauda poli (C), preferivelmente con- sistindo em 10 a 200, 10 a 100, 20 a 70, 20 a 60 ou 10 a 40 nucleotí- deos de citosina, e g) opcionalmente, uma alça penducular de histona.
[00360] As construções de ácidos nucleicos artificiais preferidas são examinadas com detalhes abaixo.
elemento da 5' UTR derivado de HSD17B4 e elemento da 3' UTR deri- vado de PSMB3:
[00361] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene HSD17BA, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qual-
quer uma das SEQ ID NOs: 54-60, ou seu homólogo, variante, frag- mento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma des- sas sequências.
elemento da 5' UTR derivado de NDUFA4 e elemento da 3' UTR deri- vado de PSMB3:
[00362] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene NDUFAA4, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 188-193, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de SLC7A3 e elemento da 3' UTR deri- vado de PSMB3:
[00363] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene SLC7A3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 313-319, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de NOSIP e elemento da 3' UTR deriva- do de PSMB3:
[00364] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma SUTR de um gene NOSIP, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 229-235, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de NOSIP e elemento da 3' UTR deriva- do de GNAS:
[00365] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma SUTR de um gene NOSIP, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 250-256, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de MP68 e elemento da 3' UTR derivado de PSMB3:
[00366] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene MP68, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um ele- mento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 145-151, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de MP68 e elemento da 3' UTR derivado de CASP1:
[00367] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene MP68, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um ele- mento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 152-158, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de MP68 e elemento da 3' UTR derivado de GNAS:
[00368] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene MP68, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um ele- mento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 166-172, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de UBQLN?2 e elemento da 3' UTR deri- vado de RPS9:
[00369] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene UBQLN?2, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 362-368, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de ASAH1 e elemento da 3' UTR deriva- do de RPS9:
[00370] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ASAH1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 96-102, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de HSD17B4 e elemento da 3' UTR deri- vado de RPS9:
[00371] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene HSD17BA, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 89-95, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de HSD17B4 e elemento da 3' UTR deri- vado de CASP1:
[00372] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene HSD17BA, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qual- quer uma das SEQ ID NOs: 61-67, ou seu homólogo, variante, frag- mento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma des- sas sequências.
elemento da 5' UTR derivado de NOSIP e elemento da 3' UTR deriva- do de COX6B1:
[00373] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma SUTR de um gene NOSIP, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID Nos: 243-249, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de NDUFA4 e elemento da 3' UTR deri- vado de RPS9:
[00374] Em algumas modalidades preferidas, os ácidos nucleicos artificiais de acordo com a invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene NDUFAA4, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado, em que dito ácido nu- cleico artificial compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 222-228, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma se- quência de ácido nucleico em tendo, em ordem crescente de preferên- cia, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferi- velmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferí- vel de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequências. elemento da 5' UTR derivado de NOSIP e elemento da 3' UTR deriva-
do de NDUFA1:
[00375] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma SUTR de um gene NOSIP, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 257-263, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de NDUFA4 e elemento da 3' UTR deri- vado de COX6B1:
[00376] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene NDUFAA4, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 201-207, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais prefe- rivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identi- dade de sequência com qualquer uma dessas sequências. elemento da 5' UTR derivado de NDUFA4 e elemento da 3' UTR deri- vado de NDUFA1:
[00377] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene NDUFAA4, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 215-221, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequências. elemento da 5' UTR derivado de ATP5A1 e elemento da 3' UTR deri- vado de CASP1:
[00378] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ATP5A1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 110-116, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequências. elemento da 5' UTR derivado de SLC7A3 e elemento da 3' UTR deri- vado de GNAS:
[00379] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene SLC7A3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 334-340, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de HSD17B4 e elemento da 3' UTR deri- vado de NDUFA1:
[00380] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene HSD17BA, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qual- quer uma das SEQ ID NOs: 82-88, ou seu homólogo, variante, frag- mento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma des- sas sequências. elemento da 5' UTR derivado de SLC7A3 e elemento da 3' UTR deri- vado de NDUFA1:
[00381] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene SLC7A3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 341-347, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de SLC7A3 e elemento da 3' UTR deri- vado de RPS9:
[00382] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene SLC7A3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 348-354, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de TUBB4B e elemento da 3' UTR deri- vado de RPS9:
[00383] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene TUBBA4B, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 355-361, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de RPL31 e elemento da 3' UTR deriva- do de RPS9:
[00384] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene RPL31, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 306-312, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de MP68 e elemento da 3' UTR derivado de RPS9:
[00385] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene MP68, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um ele- mento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 180-187, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de NOSIP e elemento da 3' UTR deriva- do de RPS9:
[00386] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma SUTR de um gene NOSIP, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 264-270, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de ATP5A1 e elemento da 3' UTR deri- vado de RPS9:
[00387] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ATP5A1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 138-144, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de ATP5A1 e elemento da 3' UTR deri- vado de COX6B1:
[00388] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ATP5A1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 117-123, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de ATP5A1 e elemento da 3' UTR deri- vado de GNAS1:
[00389] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ATP5A1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 124-130, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de ATP5A1 e elemento da 3' UTR deri- vado de NDUFA1:
[00390] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ATP5A1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 131-137, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de ATP5A1 e elemento da 3' UTR deri- vado de PSMB3:
[00391] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene ATP5A1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 103-109, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de HSD17B4 e elemento da 3' UTR deri- vado de COX6B1:
[00392] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene HSD17BA, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COXG6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qual- quer uma das SEQ ID NOs: 68-74, ou seu homólogo, variante, frag- mento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma des- sas sequências. elemento da 5' UTR derivado de HSD17B4 e elemento da 3' UTR deri- vado de GNAS1:
[00393] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene HSD17BA, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qual- quer uma das SEQ ID NOs: 75-81, ou seu homólogo, variante, frag- mento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferi- velmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferi- velmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma des- sas sequências.
elemento da 5' UTR derivado de MP68 e elemento da 3' UTR derivado de COX6B1:
[00394] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene MP68, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um ele- mento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 159-165, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de MP68 e elemento da 3' UTR derivado de NDUFA1:
[00395] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene MP68, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um ele- mento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou con- siste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 173-179, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de NDUFA4 e elemento da 3' UTR deri- vado de CASP1:
[00396] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene NDUFAA4, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 194-200, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de NDUFA4 e elemento da 3' UTR deri- vado de GNAS1:
[00397] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene NDUFAA4, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 208-214, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de NOSIP e elemento da 3' UTR deriva- do de CASP1:
[00398] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma SUTR de um gene NOSIP, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 236-242, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de RPL31 e elemento da 3' UTR deriva- do de CASP1:
[00399] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene RPL31, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 278-284, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de RPL31 e elemento da 3' UTR deriva- do de COX6B1:
[00400] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene RPL31, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 285-291, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de RPL31 e elemento da 3' UTR deriva- do de GNAS1:
[00401] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene RPL31, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 292-298, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de RPL31 e elemento da 3' UTR deriva- do de NDUFA1:
[00402] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene RPL31, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 299-305, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias.
elemento da 5' UTR derivado de SLC7A3 e elemento da 3' UTR deri- vado de CASP1:
[00403] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene SLC7A3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 320-326, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%,
92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de SLC7A3 e elemento da 3' UTR deri- vado de COX6B1:
[00404] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5'UTR de um gene SLC7A3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 327-333, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. elemento da 5' UTR derivado de RPL31 e elemento da 3' UTR deriva- do de PSMB3:
[00405] Em algumas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção compreendem pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma 5 UTR de um gene RPL31, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de seu homólogo, fragmento, variante ou derivado; em que dita molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) preferivelmente compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 271-277, ou seu homólogo, variante, fragmento ou derivado, em particular uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%, preferivelmente de pelo menos 70%, mais preferivelmente de pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 85%, ainda mais preferivelmente de pelo menos 90% e o mais preferível de pelo menos 95% ou mesmo 97%, de identidade de sequência com qualquer uma dessas sequên- cias. Complexação
[00406] Nas modalidades preferidas, pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser fornecida em uma forma complexada, isto é, complexada ou associada a um ou mais compostos (poli)catiônicos, preferiveimente com polímeros (po- li)catiônicos, peptídeos ou proteínas (poli)catiônicos, por exemplo, pro- tamina, polissacarídeos (poli)catiônicos e/ou lipídios (poli)catiônicos. Nesse contexto, os termos "complexado" ou "associado" se referem à combinação essencialmente estável de pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) com um ou mais dos compostos menci- onados acima em complexos ou conjuntos maiores, tipicamente sem ligação covalente. Lipídios
[00407] De acordo com as modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção é complexada ou associada com lipídios (em particular lipídios catiônicos e/ou neutros) para formar um ou mais lipossomas, lipoplexos, nanopartículas lipídicas ou nanoli- possomos.
[00408] Portanto, em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser fornecida na forma de uma formulação à base de lipídios, em particular na forma de liposso- mas, lipoplexos e/ou nanopartículas lipídicas compreendendo o referi- da molécula de ácido nucleico artificial (RNA). Nanopartículas lipídicas
[00409] “De acordo com algumas modalidades preferidas, a molécu- la de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção é complexada ou as- sociada com lipídios (em particular lipídios catiônicos e/ou neutros) pa- ra formar uma ou mais nanopartículas lipídicas.
[00410] De preferência, as nanopartículas lipídicas (LNPs) podem compreender: (a) pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, (b) um lipídio catiônico, (c) um agente redutor de agregação (tal como polietileno glicol (PEG) lipídico ou lipídio modifi- cado por PEG), (d) opcionalmente um lipídio não catiônico (tal como um lipídio neutro) e (e) opcionalmente, um esterol.
[00411] Em algumas modalidades, as LNPs podem compreender, além de pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, (i) pelo menos um lipídio catiônico; (ii) um lipídio neutro; (iii) um esterol, por exemplo, colesterol; e (iv) um lipídio de PEG, em uma relação molar de cerca de 20 a 60% de lipídio catiônico: 5 a 25% de lipídio neutro: 25 a 55% de esterol; 0,5 a 15% de lipídio de PEG.
[00412] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser formulada em um lipidóide de aminoálcool. Os lipidóides de aminoálcool, que podem ser utilizados na presente invenção, podem ser preparados pelos métodos descritos na Patente U.S. No. 8.450.298, aqui incorporada por referência na sua totalidade. (1) Lipídios catiônicos
[00413] As LNPs podem incluir qualquer lipídio catiônico adequado para formar uma nanopartícula lipídica. De preferência, o lipídio catiô- nico carrega uma carga positiva líquida ao redor do pH fisiológico.
[00414] O lipídio catiônico pode ser um amino lipídio. Como aqui utilizado, o termo "amino lipídio" deve incluir aqueles lipídios que pos- suem uma ou duas cadeias de ácidos graxos ou alquil graxos e um grupo seperior amino (incluindo um grupo alquilamino ou dialquilami- no) que pode ser protonado para formar um lipídio catiônico no pH fisi- ológico.
[00415] O lipídio catiônico pode ser, por exemplo, cloreto de N,N- dioleil-N,N-dimetilamônio (DODAC), brometo de N N-distearil-N,N-di- metilamônio (DDAB), cloreto de 1,2- dioleoiltrimetil amônio propano (DOTAP) (também conhecido como cloreto de N-(2,3-dioleoilóxi) pro- pil)-N,N N-trimetilamônio e sal de cloreto de 1,2-Dioleilóxi-3-trimetilami- nopropano), cloreto de N-(1-(2,3- dioleilóxi)propil)-N,N N-trimetilamônio (DOTMA), N ,N-dimetil-2,3-dioleilóxi)propilamina (DODMA), 1,2-DiLino- leilóxi-N, N-dimetilaminopropano (DLInDMA), 1,2-Dilinolenilóxi-N, N-di- metilaminopropano (DLenDMA), 1,2-diilinolenilóxi-N N-dimetilamino- propano (y-DLenDMA), 1,2-Dilinoleilcarbamoilóxi-3- dimetilaminopro- pano (DLin-C-DAP), 1,2-Dilinoleióxi-3-(dimetilamino)acetoxipropano (DLin-DAC), 1,2-Dilinoleióxi-3-morfolinopropano (DLin-MA), 1,2-Dili- noleoil-3- dimetilaminopropano (DLinDAP), 1,2-Dilinoleiltio-3-dimetila- minopropano (DLin-S- DMA), 1-Linoleoil-2-linoleilóxi-3-dimetilamino- propano (DLin-2-DMAP), sal de cloreto de 1,2- Dilinoleilóxi-3-trimetila- minopropano (DLin-TMA.CI), sal de cloreto de 1,2-Dilinoleoil-3- trimeti- laminopropano (DLin-TAP.CI), 1,2-Dilinoleilóxi-3-(N- metilpiperazino) propano (DLin-MPZ), ou 3-(N,N-Dilinoleilamino)-l,2-propanodiol (DLi-
nAP), 3-(N,N-Dioleilamino)-1,2-propanodio (DOAP), 1,2-Dilinoleiloxo-3- (2-NN- dimetilamino)etoxipropano (DLin-EG-DMA), 2,2-Dilinoleil-4- dimetilaminometil-[1,3]-dioxolano (DLin-K-DMA) ou seus análogos, (3aR,5s,6aS)-N N-dimetil-2,2-di((9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienil) tetrai- dro-3aH-ciclopenta[d][1,3]dioxol-5-amina, — (62,97,282,31Z)-heptatria- conta-6,9,28,31-tetraen-19-il-4-dimetilamino)butanoato (MC3), 1,1'-(2- (4-(2-((2-(bis(2-hidroxidodecil)amino)etil) (2-hidroxidodecil)amino)etil) piperazin-1-il)etilazanodiil)didodecan-2-0l (C12-200), 2,2-dilinoleil-4-(2- dimetilaminoetil)-[1,3]-dioxolano (DLin-K-C2-DMA), 2,2-dilinoleil-4-di- metilaminometil-[1,3]-dioxolano (DLin-K-DMA), (62,97Z,287Z,31Z)-hepta- triaconta-6,9,28,31-tetraen-19-il-4-(dimetilamino)butanoato (DLin-M- C3-DMA), 3-((62,97Z,287Z,31Z)-heptatriaconta-6,9,28,3-1-tetraen-19- ilóxi)-N N-dimetilpropan-1-amina (MC3 Eter), 4-((62,97,287,31 Z)- heptatriaconta-6,9,28,31-tetraen-19-ilóxi)-N, N-dimetilbutan-1-amina (MC4 Eter), ou qualquer combinação dos anteriores.
[00416] Outros lipídios catiônicos adequados incluem, mas não são limitados a estes, brometo de N N-distearil-N N-dimetilamônio (DDAB), 3P-(N-(N' N'-dimetilaminoetano)-carbamoil)colesterol (DC-Chol), trifluo- roacetato de N-(1I-(2,3-dioleilóxi)propil)-N-2-(esperminacarboxamido) etil)-N,N-dimetilamônio (DOSPA), dioctadecilamidoglicil carboxiesper- mina (DOGS), |1,2-dileoil-sn-3-fosfoetanolamina (DOPE), 1,2-dioleoil-3- dimetilamônio propano (DODAP), brometo de N-(1,2-dimiristiloxiprop-3- il)-N, N-dimetil-N-hidroxietil amônio (DMRIE), e 2,2-Dilinoleil-4- dimeti- laminoetil-[1,3]-dioxolano (XKTC). Adicionalmente, podem ser utilizadas preparações comerciais de lipídios catiônicos, tais como, por exemplo, LIPOFECTIN (incluindo DOTMA e DOPE, disponível da GIBCO/BRL) e LIPOFECTAMINE (compreendendo DOSPA e DOPE, disponível da GIBCO/BRL).
[00417] Outros lipídios catiônicos adequados são divulgados nas Publicações Internacionais Nos. WO 09/086558, WO 09/127060, WO
10/048536, WO 10/054406, WO 10/088537, WO 10/129709, e WO 2011/153493; Publicações de Patente U.S. Nos. 2011/0256175, 2012/0128760 e 2012/0027803; Patentes U.S. Nos. 8.158.601; e Love et al., PNAS, 107(5), 1864-69, 2010.
[00418] Outros aminoácidos lipídicos adequados incluem aqueles que possuem grupos alternativos de ácidos graxos e outros grupos de dialquilamino, incluindo aqueles em que os substituintes de alquila são diferentes (por exemplo, N-etil-N-metilamino- e N-propil-N-etilamino-). Em geral, aminoácidos lipídicos com cadeias de acila menos satura- das são mais facilmente dimensionados, particularmente quando os complexos devem ser dimensionados abaixo de cerca de 0,3 mícrons, para fins de esterilização por filtro. Os lipídios de amino contendo áci- dos graxos insaturados com comprimentos de cadeia de carbono na faixa de C14 a C22 podem ser utilizados. Outras matrizes também po- dem ser utilizados para separar o grupo de amino e a parte de ácidos graxos ou alquil graxos do lipídio de amino.
[00419] Em uma outra modalidade preferida, a LNP compreende o lipídio catiônico com a fórmula (III) de acordo com o pedido de patente PCT/EP2017/064066. Neste contexto, a divulgação da PCT EP2017/ 064066 também é incorporada aqui por referência.
[00420] Em algumas modalidades, os lipídios de amino ou catiôni- cos possuem pelo menos um grupo protonável ou desprotonável, de tal modo que o lipídio é carregado positivamente em um pH nol ou abaixo do pH fisiológico (por exemplo, pH 7,4) e neutro em um segun- do pH, preferivelmente no ou acima do pH fisiológico. Obviamente, fi- cará entendido que a adição ou remoção de prótons em função do pH é um processo de equilíbrio e que a referência a um lipídio carregado ou neutro se refere à natureza das espécies predominantes e não exi- ge que todo o lipídio esteja presente na forma carregada ou neutra. Os lipídios que possuem mais de um grupo protonável ou desprotonável,
ou que são zwitteriônicos, não são excluídos do uso na invenção.
[00421] Em algumas modalidades, os lipídios protonáveis possuem um pKa do grupo protonável na faixa de cerca de 4 a cerca de 11, por exemplo, um pKa de cerca de 5 a cerca de 7.
[00422] As LNPs podem incluir dois ou mais lipídios catiônicos. Os lipídios catiônicos podem ser selecionados para contribuir com diferen- tes propriedades vantajosas. Por exemplo, os lipídios catiônicos que diferem em propriedades como amina pKa, estabilidade química, meia-vida em circulação, meia-vida em tecido, acumulação líquida em tecido ou toxicidade podem ser utilizados na LNP. Em particular, os lipídios catiônicos podem ser selecionados de modo que as proprieda- des da LNP misturada sejam mais desejáveis do que as propriedades de uma LNP isolada de lipídios individuais.
[00423] Em algumas modalidades, o lipídio catiônico está presente em uma relação de cerca de 20% em mol a cerca de 70 ou 75% em mol ou de cerca de 45 a cerca de 65% em mol ou cerca de 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65 ou cerca de 70% em mol do lipídio total pre- sente na LNP. Em outras modalidades, as LNPs compreendem de cerca de 25% a cerca de 75% em uma base molar de lipídio catiônico, por exemplo, de cerca de 20 a cerca de 70%, de cerca de 35 a cerca de 65%, de cerca de 45 a cerca de 65%, ao redor de 60%, ao redor de 50% ou ao redor de 40% em uma base molar (com base em 100% de moles totais de lipídio na nanopartícula lipídica). Em algumas modali- dades, a relação de lipídio catiônico para ácido nucleico é de cerca de 3 a cerca de 15, tal como de cerca de 5 a cerca de 13 ou de cerca de 7 a cerca de 11.
[00424] Em algumas modalidades, o lipossoma pode ter uma rela- ção molar de átomos de nitrogênio no lipídio catiônico e fosfatos no RNA (relação N:P) entre 1:1 e 20:1, conforme descrito na Publicação Internacional No. WO 2013/006825 A1, aqui incorporada por referên-
cia na sua totalidade. Em outras modalidades, o lipossoma pode ter uma relação N:P maior do que 20:1 ou menor do que 1:1. ii) Lipídios neutros e não catiônicos
[00425] O "lipídio não catiônico" pode ser um lipídio neutro, um lipí- dio aniônico ou um lipídio anfipático.
[00426] Os lipídios neutros podem ser qualquer um de um número de espécies lipídicas que existem sob uma forma zwitteriônica não car- regada ou neutra em pH fisiológico. Tais lipídios incluem, por exemplo, diacilfosfatidilcolina, diacilfosfatidiletanolamina, ceramida, esfingomieli- na, diidrossfingomielina, cefalina e cerebrosídeos. A seleção de lipí- dios neutros para uso nas LNPs aqui descritas é geralmente guiada pela consideração de, por exemplo, tamanho da LNP e estabilidade da LNP na corrente sanguínea. De preferência, o lipídio neutro pode ser um lipídio com dois grupos de acila (por exemplo, diacilfosfatidilcolina e diacilfosfatidiletanolamina).
[00427] Em algumas modalidades, os lipídios neutros contêm áci- dos graxos saturados com comprimentos de cadeia de carbono na fai- xa de Cio à C2xo. Em outras modalidades, lipídios neutros com ácidos graxos mono ou diinsaturados com comprimentos de cadeia de carbo- no na faixa de Cio a Cao são utilizados. Além disso, lipídios neutros com misturas de cadeias de ácidos graxos saturados e insaturados podem ser utilizados.
[00428] Os lipídios neutros adequados incluem, mas não são limita- dos a estes, distearoilfosfatidilcolina (DSPC), dioleoilfosfatidilcolina (DOPC), dipalmitoilfosfatidilcolina (DPPC), dioleoilfosfatidilglicerol (DOPG), dipalmitoilfosfatidilglicerol (DPPG), dioleoilfosfatidiletanolami- na (DOPE), palmitoiloleoilfosfatidilcolina (POPC), palmitoiloleoilfosfati- diletanolamina (POPE), dioleoilfosfatidiletanolamina 4-(N-maleimido- metil)-cicloexano-1-carboxilato (DOPE-mal), dipalmitoil fosfatidil etano- lamina (DPPE), dimiristoilfosfoetanolamina (DMPE), dimiristoil fosfati-
dilcolina (DMPC), distearoil-fosfatidil-etanolamina (DSPE), SM, 16-0- monometil PE, 16-O-dimetil PE, 18-1-trans-PE, 1-estearoil-2-oleoil- fosfatidietanolamina (SOPE), colesterol, ou uma mistura destes. Os lipídios aniônicos adequados para uso nas LNPs incluem, mas não são limitados a estes, fosfatidilglicerol, cardiolipina, diacilfosfatidilserina, ácido diacilfosfatídico, N-dodecanoil fosfatidiletanoloamina, N-succinil fosfatidi- letanolamina, N-glutaril fosfatidiletanolamina, lisilfosfatidilglicerol, e ou- tros grupos de modificação aniônica unidos aos lipídios neutros.
[00429] "“Lipídio anfipático" significa qualquer material adequado, em que a parte hidrofóbica de um material lipídico se orienta para uma fase hidrofóbica, enquanto que a parte hidrófila se orienta para a fase aquosa. Tais compostos incluem, mas não são limitados a estes, fos- folípidos, aminolípidos e esfingolípidos. Os fosfolipidos representativos incluem esfingomielina, fosfatidilcolina, fosfatidiletanolamina, fosfatidil- serina, fosfatidilinositol, ácido fosfatídico, palmitoiloleoil fosfatdilcolina, lisofosfatidilcolina, lisofosfatidiletanolamina, dipalmitoilfosfatidilcolina, dioleoilfosfatidilcolina, distearoilfosfatidilcolina ou dilinoleoilfosfatidilco- lina. Outros compostos sem fósforo, tais como esfingolípidos, famílias de glicosfingolípidos, diacilgliceróis e beta-aciloxiácidos, também po- dem ser utilizados.
[00430] Em algumas modalidades, o lipídio não catiônico pode estar presente em uma relação de cerca de 5% em mol a cerca de 90% em mol, cerca de 5% em mol a cerca de 10% em mol, cerca de 5, 10,15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85 ou cerca de 90% em mol do lipídio total presente na LNP.
[00431] Em algumas modalidades, as LNPs compreendem de cerca de 0% a cerca de 15 ou 45% em uma base molar de lipídio neutro, por exemplo, de cerca de 3 a cerca de 12% ou de cerca de 5 a cerca de 10%. Por exemplo, as LNPs podem incluir ao redor de 15%, ao redor de 10%, ao redor de 7,5% ou ao redor de 7,1% de lipídios neutros em uma base molar (com base em 100% do total de moles de lipídios na LNP). iji) Esteróis
[00432] O esterol pode preferivelmente ser colesterol.
[00433] O esterol pode estar presente em uma relação de cerca de 10% molar a cerca de 60% molar ou cerca de 25% molar a cerca de 40% molar da LNP. Em algumas modalidades, o esterol está presente em uma relação de cerca de 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 ou cerca de 60% em mol do lipídio total presente na LNP. Em outras mo- dalidades, as LNPs compreendem de cerca de 5% a cerca de 50% em uma base molar do esterol, por exemplo, cerca de 15% a cerca de 45%, cerca de 20% a cerca de 40%, ao redor de 48%, ao redor de 40%, ao redor de 38,5%, ao redor de 35%, ao redor de 34,4%, ao re- dor de 31,5% ou ao redor de 31% em uma base molar (com base em 100% em mol total de lipídio na LNP). (iv) Agentes redutores de agregação
[00434] O agente redutor de agregação pode ser um lipídio capaz de reduzir a agregação.
[00435] “Exemplos de tais lipídios incluem, mas não são limitados a estes, lipídios modificados com polietileno glicol (PEG), monossialo- gangliosídeo Gml e oligômeros de poliamida (PAO) tais como aqueles descritos na Patente U.S. No. 6.320.017, que é incorporada por refe- rência na sua totalidade. Outros compostos com componentes de bar- reira não carregada, hidrófila, estérica que impedem a agregação du- rante a formulação, como PEG, Gml ou ATTA, também podem ser acoplados a lipídios. Os lipídios ATTA são descritos, por exemplo, na Patente U.S. No. 6.320.017, e os conjugados de PEG-lipídio são des- critos, por exemplo, nas Patentes U.S. Nos. 5.820.873, 5.534.499 e
5.885.613, cada uma das quais é incorporada por referência na sua totalidade.
[00436] O agente redutor de agregação pode ser, por exemplo, se- lecionado a partir de um lipídio de polietileno glicol (PEG), incluindo, sem limitação, um PEG-diacilglicerol (DAG), um PEG-dialquilglicerol, um PEG-dialquiloxipropil (DAA), um PEG-fosfolíbido, uma PEG- ceramida (Cer) ou uma mistura destes (tal como PEG-Cerl4 ou PEG- Cer20). O conjugado PEG-DAA pode ser, por exemplo, um PEG- dilauriloxipropila (C12), um PEG-dimiristiloxipropila (C14), um PEG- dipalmitiloxipropila (C16) ou um PEG-disteariloxipropila (C18). Outros lipídios peguilados incluem, mas não estão limitados a estes, polietile- no glicol-didimiristoil glicerol (C14-PEG ou PEG-C14, em que o PEG possui um peso molecular médio de 2000 Da) (PEG-DMG); (R)-2,3- bis(octadecilóxi)propil-1-(metoxipol(etilenoglico|)2000)propilcarbamato) (PEG-DSG); PEG-carbamoil-1,2-dimiristiloxipropilamina, em que PEG possui um peso molecular médio de 2000 Da (PEG-cDMA); N- Acetilgalactosamina-((R)-2,3-bis(octadecilóxi)propil-1- (metoxipoli(etilenoglicol)2000)propilcarbamato)) (GalNAc-PEG-DSG); mPEG (mw2000)-diastearoilfosfatidil-etanolamina (PEG-DSPE); e po- lietileno glicol-dipalmitoilglicerol (PEG-DPG).
[00437] Em algumas modalidades, o agente redutor de agregação é PEG-DMG. Em outras modalidades, o agente redutor de agregação é PEG-c-DMA.
[00438] Em outras modalidades preferidas, a LNP compreende al- ternativas de lipídio-PEG, é menos PEG e/ou compreende lipídios de substituição de fosfatidilcolina (PC) (por exemplo, ácido oleico ou seus análogos).
[00439] Em outras modalidades preferidas, a LNP compreende o agente redutor de agregação com a fórmula (IV) de acordo com o pe- dido de patente POT/EP2017/064066. Composição de LNP
[00440] A composição de LNPs pode ser influenciada, inter alia, pe-
la seleção do componente lipídico catiônico, pelo grau de saturação lipídica catiônica, pela natureza da PEGuilação, pela relação de todos os componentes e pelos parâmetros biofísicos, tais como seu tama- nho. Em um exemplo de Semple et al. (Semple et al. Nature Biotech. 2010 28: 172-176; aqui incorporado por referência na sua totalidade), a composição de LNP era composta por 57,1% de lipídios catiônicos, 7,1% de dipalmitoilfosfatidilcolina, 34,3% de colesterol e 1,4% de PEG- cCc-DMA (Basha et al. Mol Ther. 2011 19:2186-2200; aqui incorporado por referência na sua totalidade).
[00441] Em algumas modalidades, as LNPs podem compreender de cerca de 35 a cerca de 45% de lipídios catiônicos, de cerca de 40% a cerca de 50% de lipídios catiônicos, de cerca de 50% a cerca de 60% de lipídios catiônicos e/ou de cerca de 55% a cerca de 65% de lipídios catiônicos. Em algumas modalidades, a relação de lipídio para ácido nucleico pode variar de cerca de 5:1 a cerca de 20:1, de cerca de 10:1 a cerca de 25:1, de cerca de 15:1 a cerca de 30:1 e/ou pelo menos 30:1.
[00442] O peso molecular médio do componente de PEG nos lipí- dios modificados por PEG pode variar de cerca de 500 a cerca de
8.000 Daltons (por exemplo, de cerca de 1.000 a cerca de 4.000 Dal- tons). Em uma modalidade preferida, o peso molecular médio do com- ponente de PEG é ao redor de 2.000 Daltons.
[00443] A concentração do agente redutor de agregação pode vari- ar de cerca de 0,1 a cerca de 15% em mol, por 100% em mol total de lipídio na LNP. Em algumas modalidades, as LNPs incluem menos do que cerca de 3, 2 ou 1 por cento em moles de lipídio de PEG ou modi- ficado por PEG, com base no total de moles de lipídio na LNP. Em ou- tras modalidades, as LNPs compreendem de cerca de 0,1% a cerca de 20% de lipídio modificado por PEG em uma base molar, por exem- plo, cerca de 0,5 a cerca de 10%, cerca de 0,5 a cerca de 5%, cerca de 0,5% a cerca de 5%, ao redor de 10%, ao redor de 5%, ao redor de 3,5%, ao redor de 1,5%, ao redor de 0,5% ou ao redor de 0,3% em uma base molar (com base em 100% em mol total de lipídios na LNP).
[00444] Diferentes LNPs com relações molares variáveis de lipídio catiônico, lipídio não catiônico (ou neutro), esterol (por exemplo, coles- terol) e agente redutor de agregação (tal como um lipídio modificado por PEG) em uma base molar (com base no total de moles de lipídio nas nanopartículas lipídicas), como representado na Tabela 3 abaixo. Nas modalidades preferidas, a formulação de nanopartículas lipídicas da invenção consiste essencialmente de uma mistura lipídica em rela- ções molares de cerca de 20 a 70% de lipídio catiônico: 5 a 45% de lipídio neutro: 20 a 55% de colesterol, 0,5 a 15% de lipídio modificado por PEG, mais preferivelmente em relações molares de cerca de 20 a 60% de lipídio catiônico: 5 a 25% de lipídio neutro: 25 a 55% de coles- terol: 0,5 a 15% de lipídio modificado por PEG.
Tabela 3: Formulações à base de lipídio H Relação molar de Lipídios | EEE EEErarEaEm a aaa ae sermena Lipídio Não Catiônico Agente Redutor da Agregação (por exemplo, PEG- Lipídio Catiônico Estero! meneame uma e fa SS SS CSS 1 de cerca de 35% a | de cerca de 3% a cerca | de cerca de 15% a cerca | de cerca de 0,1% a cerca de 10% (preferivelmente de | etaim fara fa EraDmAcMMdEMO 2 de cerca de 20% a | de cerca de 5% a cerca | de cerca de 20% a cerca | de cerca de 0,1% a cerca de 10% (preferivelmente de Cera Ca RrsomacMÁtMO cerca de 65% de 10% de 45% 8 4 de cerca de 20% a | de cerca de 5% a cerca | de cerca de 25% a cerca | de cerca de 0,1% a cerca de 5% (preferivelmente de MM ECC a o ao redor de 40% ao redor de 10% de cerca de 25% a cerca | ao redor de 10% np as ss se aee ss se ae E a a O aa
[00445] Em algumas modalidades, as LNPs podem ocorrer como lipossomas ou lipoplexos, conforme descrito com mais detalhes abai- xo.
Tamanho da LNP
[00446] Em algumas modalidades, as LNPs possuem um tamanho médio de diâmetro de cerca de 50 nm a cerca de 300 nm, tal como de cerca de 50 nm a cerca de 250 nm, por exemplo, de cerca de 50 nm a cerca de 200 nm.
[00447] Em algumas modalidades, as LNPs menores podem ser utilizadas. Tais partículas podem compreender um diâmetro abaixo de 0,1 um até 100 nm, tal como, mas não limitado a estes, menor do que 0,1 um, menor do que 1,0 um, menor do que 5 um, menor do que 10 um, menor do que 15 um, menor do que 20 um, menor do que 25 um, menor do que 30 um, menor do que 35 um, menor do que 40 um, me- nor do que 50 um, menor do que 55 um, menor do que 60 um, menor do que 65 um, menor do que 70 um, menor do que 75 um, menor do que 80 um, menor do que 85 um, menor do que 90 um, menor do que 95 um, menor do que 100 um, menor do que 125 um, menor do que 150 um, menor do que 175 um, menor do que 200 um, menor do que 225 um, menor do que 250 um, menor do que 275 um, menor do que 300 um, menor do que 325 um, menor do que 350 um, menor do que 375 um, menor do que 400 um, menor do que 425 um, menor do que 450 um, menor do que 475 um, menor do que 500 um, menor do que 525 um, menor do que 550 um, menor do que 575 um, menor do que 600 um, menor do que 625 um, menor do que 650 um, menor do que 675 um, menor do que 700 um, menor do que 725 um, menor do que 750 um, menor do que 775 um, menor do que 800 um, menor do que 825 um, menor do que 850 um, menor do que 875 um, menor do que 900 um, menor do que 925 um, menor do que 950 um, menor do que 975 um, Em outra modalidade, os ácidos nucleicos podem ser libera-
dos utilizando LNPs menores que podem compreender um diâmetro de cerca de 1 nm a cerca de 100 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 10 nm, cerca de 1 nm a cerca de 20 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 30 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 40 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 50 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 60 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 70 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 80 nm, de cerca de 1 nm a cerca de 90 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 100 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 10 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 20 nm, de cerca de nm a cerca de 30 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 40 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 50 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 60 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 70 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 80 nm, de cerca de 5 nm a cerca de 90 nm, de cerca 10 a cerca de 50 nM, de cerca de 20 a cerca de 50 nm, de cerca de 30 a cerca de 50 nm, de cerca de 40 a cerca de 50 nm, de cerca de 20 a cerca de 60 nm, de cerca de 30 a cerca de 60 nm, de cerca de 40 a cerca de 60 nm, de cerca de 20 a cerca de 70 nm, de cerca de 30 a cerca de 70 nm, de cerca de 40 a cerca de 70 nm, de cerca de 50 a cerca de 70 nm, de cerca de 60 a cerca de 70 nm, de cerca de 20 a cerca de 80 nm, de cerca de 30 a cerca de 80 nm, de cerca de 40 a cerca de 80 nm, de cerca de 50 a cerca de 80 nm, de cerca de 60 a cerca de 80 nm, de cerca de 20 a cerca de 90 nm, de cerca de 30 a cerca de 90 nm, de cerca de 40 a cerca de 90 nm, de cerca de 50 a cerca de 90 nm, de cerca de 60 a cerca de 90 nm e/ou de cerca de 70 a cerca de 90 nm.
[00448] Em algumas modalidades, a LNP possui um diâmetro maior do que 100 nm, maior do que 150 nm, maior do que 200 nm, maior do que 250 nm, maior do que 300 nm, maior do que 350 nm, maior do que 400 nm, maior do que 450 nm, maior do que 500 nm, maior do que 550 nm, maior do que 600 nm, maior do que 650 nm, maior do que 700 nm, maior do que 750 nm, maior do que 800 nm, maior do que 850 nm, maior do que 900 nm, maior do que 950 nm ou maior do que 1000 nm.
[00449] Em outras modalidades, as LNPs possuem uma distribui- ção de tamanho de partícula de modo único (isto é, elas não são bi ou polimodais).
Outros componentes
[00450] As LNPs podem ainda compreender um ou mais lipídios e/ou outros componentes além daqueles mencionados acima.
[00451] — Outros lipídios podem ser incluídos nas composições de lipossomas para uma variedade de propósitos, tais como para impedir a oxidação lipídica ou para ligar ligantes sobre a superfície do lipos- soma. Qualquer um de vários lipídios pode estar presente nas LNP's, incluindo lipídios anfipáticos, neutros, catiônicos e aniônicos. Tais lipí- dios podem ser utilizados isoladamente ou em combinação.
[00452] — Componentes adicionais que podem estar presentes em uma LNP incluem componentes estabilizantes de bicamada, tais como oligêômeros de poliamida (ver, por exemplo, a Patente U.S. No.
6.320.017, que é incorporada por referência na sua totalidade), peptí- deos, proteínas e detergentes.
Lipossomas
[00453] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção são formuladas como lipossomas.
[00454] Os lipossomas baseados em lipídios catiônicos são capa- zes de complexar com ácidos nucleicos carregados negativamente (por exemplo, RNAs) por meio de interações eletrostáticas, resultando em complexos que oferecem biocompatibilidade, baixa toxicidade e a possibilidade de produção em grande escala necessária para aplica- ções clínicas in vivo. Os lipossomas podem fundir-se com a membrana plasmática para captação; uma vez dentro da célula, os lipossomas são processados pela via endocítica e o ácido nucleico é então libera- do do endossoma/veículo para o citoplasma. Os lipossomas há muito são vistos como veículos de administração de medicamentos devido à sua superior biocompatibilidade, supondo que os lipossomas são basi- camente análogos das membranas biológicas e podem ser preparados a partir de fosfolipídios naturais e sintéticos (Int JNanomedicine. 2014; 9: 1833-1843).
[00455] Os lipossomas podem tipicamente consistir em uma bica- mada lipídica que pode ser composta de (fosfo)lipídios catiônicos, aniônicos ou neutros e colesterol, que encerra um núcleo aquoso. Tan- to a bicamada lipídica quanto o espaço aquoso podem incorporar compostos hidrofóbicos ou hidrófilos, respectivamente. Os lipossomas podem ter uma ou mais membranas lipídicas. Os lipossomas podem ser de camada única, denominados unilamelares, ou de múltiplas ca- madas, denominados multilamelares.
[00456] As características e o comportamento dos lipossomas in vivo podem ser modificados pela adição de um revestimento de polí- mero hidrófilo, por exemplo, polietileno glicol (PEG), à superfície do lipossoma para conferir estabilização estérica. Além disso, os liposso- mas podem ser utilizados para direcionamento específico através da ligação de ligantes (por exemplo, anticorpos, peptídeos e carboidratos) à sua superfície ou à extremidade terminal das cadeias de PEG liga- das (Front Pharmacol. 2015 Dec 1;6:286).
[00457] Os lipossomas podem tipicamente se apresentar como ve- sículas esféricas e podem variar em tamanho de 20 nm a alguns mí- Ccrons.
[00458] Os lipossomas podem ter tamanhos diferentes tais como, mas não são limitados a estes, uma vesícula multilamelar (MLV) que pode ter centenas de nanômetros de diâmetro e pode conter uma série de bicamadas concêntricas separadas por compartimentos aquosos estreitos, uma pequena vesícula unicelular (SUV) que pode ter menos de 50 nm de diâmetro e uma grande vesícula unilamelar (LUV) que pode ter entre 50 e 500 nm de diâmetro. O projeto de lipossomas pode incluir, mas não está limitado a estes, opsoninas ou ligantes, a fim de melhorar a ligação de lipossomas aos tecidos não saudáveis ou para ativar eventos tais como, mas não limitado a estes, endocitose. Os |i- possomas podem conter um pH baixo ou elevado, a fim de melhorar a liberação das formulações farmacêuticas.
[00459] Como um exemplo não limitativo, lipossomas tais como ve- sículas de membrana sintética podem ser preparados pelos métodos, mecanismos e dispositivos descritos nas Publicações de Patente US Nos. US20130177638, US20130177637, US20130177636, US2013 0177635, US20130177634, US20130177633, US20130183375, US 20130183375, US20130183373, US20130183375, US20130183373, cujos conteúdos de cada um são aqui incorporados por referência na sua totalidade. Pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser encapsulada pelo lipossoma e/ou pode estar contida em um núcleo aquoso que pode então ser encapsulado pelo lipossoma (ver Pub. Internacionais Nos. WO2012031046, WO 2012031043, WO2012030901 e WO2012030901 e WO2012006378 e Publicações de Patente US Nos. US20130189351, US20130195969 e US20130202684; cujos conteúdos de cada um são aqui incorporados por referência na sua totalidade).
[00460] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser formulada em lipossomas tais como, mas não limitados a estes, lipossomos DiLa2 (Marina Biotech, Bothell, WA), SMARTICLESO (Marina Biotech, Bothell, WA), liposso- mas neutros à base de DOPC (|1,2-dioleoil-sn-glicero-3-fosfocololina) (por exemplo, liberação de siRNA para câncer de ovário (Landen et al. Cancer Biology & Therapy 2006 5(12)1708-1713); aqui incorporado por referência na sua totalidade) e lipossomas revestidos com hialuro- nano (Quiet Therapeutics, Israel).
Lipoplexos
[00461] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção são formuladas como lipoplexos, isto é, bicamadas lipídicas catiônicas intercaladas entre as camadas de ácido nucleico.
[00462] —Lipídios catiônicos, tais como DOTAP, (1,2-dioleoil-3-trime- tilamônio-propano) e DOTMA (N-[1-(2,3-dioleoilóxi)propil]-N,N N-trime- til-metil sulfato de amônuio) podem formar complexos ou lipoplexos com ácidos nucleicos negativamente carregados para formar nanopar- tículas por interação eletrostática, proporcionando alta eficiência de transfecção in vitro. Nanolipossomas
[00463] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção são formuladas como nanolipossomas à base de lipídios neutros, tais como nanolipossomas à base de 1,2- dioleoil-sn-glicero-3-fosfatidilcolina (DOPC) (Adv Drug Deliv Rev. 2014 Fev; 66: 110-116.). Emulsões
[00464] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção são formuladas como emulsões. Em outra modalidade, as referidas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) são formuladas em uma emulsão catiônica de óleo em água onde a partícula de emulsão compreende um núcleo de óleo e um lipídio ca- tiônico que pode interagir com os ácidos nucleicos que ancoram a mo- lécula na partícula de emulsão (ver Pub. Internacional No. WO2012 006380; aqui incorporado por referência na sua totalidade). Em algu- mas modalidades, ditas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) são formuladas em uma emulsão de água em óleo compreendendo uma fase hidrofóbica contínua na qual a fase hidrófila é dispersa. Co- mo um exemplo não limitativo, a emulsão pode ser feita pelos métodos descritos na Publicação Internacional No. WO201087791, cujo conte- údo é aqui incorporado por referência na sua totalidade. Compostos (poli)catiônicos e veículos
[00465] Nas modalidades preferidas, as moléculas de ácido nuclei- co artificial (RNA) da invenção são complexadas ou associadas a um composto catiônico ou policatiônico ("composto (poli)catiônico") e/ou um veículo polimérico.
[00466] O termo "composto (poli)catiônico" tipicamente se refere a uma molécula carregada, que é positivamente carregada (cátion) em um valor de pH tipicamente de 1 a 9, preferivelmente em um valor de pH de ou abaixo de 9 (por exemplo, de 5 a 9), de ou abaixo de 8 (por exemplo, de 5 a 8), de ou abaixo de 7 (por exemplo, de 5 a 7), mais preferivelmente em um pH fisiológico, por exemplo de 7,3 a 7,4.
[00467] Em conformidade, um "composto (poli)catiônico" pode ser qualquer composto ou polímero carregado positivamente, preferivel- mente um peptídeo ou proteína catiônico, que é carregado positiva- mente sob condições fisiológicas, particularmente sob condições fisio- lógicas in vivo. Um "peptídeo ou proteína (poli)catiônico" pode conter pelo menos um aminoácido positivamente carregado ou mais de um aminoácido positivamente carregado, por exemplo, selecionado de Arg, His, Lys ou Orn. Aminoácidos, peptídeos e proteínas (poli)catiônicos
[00468] Os compostos (poli)catiônicos que são agentes particular- mente preferidos para complexação ou associação de moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção incluem protamina, nucleo- lina, espermina ou espermidina, ou outros peptídeos ou proteínas ca- tiônicos, tais como poli-L-lisina (PLL), poliarginina, polipeptídeos bási- cos, peptídeos de penetração celular (CPPs), incluindo peptídeos de ligação ao HIV, HIV-1 Tat (HIV), peptídeos derivados de Tat, Penetra- tin, peptídeos derivados de VP22 ou análogos, HSV VP22 (Herpes simples), MAP, KALA ou domínios de transdução de proteínas (PTDs), PpT620, peptídeos ricos em prolina, peptídeos ricos em arginina, pep- tídeos ricos em lisina, peptídeos MPG, Pep-1, L-oligôêômeros, peptídeos de calcitonina, peptídeos derivados de Antennapedia (particularmente de Drosophila antennapedia), pAntp, plsl, FGF, Lactoferrina, Transpor- tan, Buforin-2, Bac7 15-24, SynB, SynB(1), pVEC, peptídeos derivados de hCT, SAP ou histonas.
[00469] —Preferivelmente, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção pode ser complexada com um ou mais (poli)cáti- ons, preferivelmente com protamina ou oligofectamina (debatido abai- xo), mais preferivelmente com protamina.
[00470] Outras proteínas ou peptídeos (poli)catiônicos preferidos podem ser selecionados das seguintes proteínas ou peptídeos de acordo com a seguinte fórmula (Ill): (Arg)(Lis)m;(His)n;(Orn)o;(Xaa)x, (fórmula (I11)) em que l +m +n+o+x=8-15el,m,nouoindependentemente um do outro podem ser qualquer número selecionado de 0, 1, 2,3,4,5,6, 7, 8 9, 10, 11, 12, 13, 14 ou 15, contanto que o teor total de Arg, Lys, His e Orn represente pelo menos 50% de todos os aminoácidos do oligopeptídeo; e Xaa pode ser qualquer aminoácido selecionado de aminoácidos nativos (= de ocorrência natural) ou não nativos, exceto Arg, Lys, His ou Orn; e x pode ser qualquer número selecionado de O, 1,2, 3 ou 4, contanto que o teor total de Xaa não exceda 50% de todos os aminoácidos do oligopeptídeo. Os peptídeos catiônicos particular- mente preferidos neste contexto são, por exemplo, Argz7, Args, Args, H3R9, RoH3a, HaRaH3, YSSRaSSY, (RKH)a, Y(RKH)2R, etc. Neste con- texto, a divulgação da WO 2009/030481 é aqui incorporada por refe- rência. Polissacarídeos (poli)catiônicos
[00471] Outros compostos (poli)catiônicos preferidos para comple-
xação ou associação com moléculas de ácido nucleico (RNA) artificial da invenção incluem polissacarídeos (poli)catiônicos, por exemplo, qui- tosana, polibreno, polímeros catiônicos, por exemplo, polietilenoimina (PEI). Lipídios (poli)catiônicos
[00472] Outros compostos (poli)catiônicos preferidos para comple- xação ou associação com moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção incluem lipídios (poli)catiônicos, por exemplo, DOTMA: cloreto de [1-(2,3-sioleilóxi)propil)]-N,N, N-trimetilamônio, DMRIE, di- C14-amidina, DOTIM, SAINT, DC-Chol, BGTC, CTAP, DOPC, DODAP, DOPE: Dioleil fosfatidiletanol-amina, DOSPA, DODAB, DOIC, DMEPC, DOGS: Dioctadecilamidoglicilespermina, DIMRI: brometo de dimiristo- oxipropil dimetil hidroxietil amônio, DOTAP: dioleoilóxi-3-(trimetilamô- nio)propano, DC-6-14: cloreto de O,O-ditetradecanoil-N-(alfa-trimetila- mônioacetil)dietanolamina, CLIP1: cloreto de rac-[(2,3-dioctadeciloxi- propil)(2-hidroxietil)]-dimetilamônio, CLIP6: rac-[2(2,3-diexadeciloxipro- pil-oximetilóxi)etil]trimetilamônio, CLIP9: rac-[2(2,3-diexadeciloxipropil- oxisuccinilóxi)etil]-trimetilamônio, ou oligofectamina. Polímeros (poli)catiônicos
[00473] “Outros compostos (poli)catiônicos preferidos para comple- xação ou associação com moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção incluem polímeros (poli)catiônicos, por exemplo, poliami- noácidos modificados, tais como polímeros de beta-aminoácido ou po- liamidas reversas, etc., polietilenos modificados, tais como PVP (po- lilbrometo de N-etil-4-vinilpiridínio)), etc., acrilatos modificados, tais como pDMAEMA (poli(metacrilato de dimetilaminoetila)), etc., amido- aminas modificadas, tais como pAMAM (poli(amidoamina)), etc., poli- betaaminoéster modificado (PBAE), tal como polímeros de 1,4 butano- diol diacrilato-co-5-amino-1-pentanol modificados com extremidade de diamina etc., dendrímeros, tais como dendrímeros de polipropilamina ou dendrímeros à base de pAMAM, etc., poliiminas, tais como PEI: po- lifetilenoimina), poli(propilenoimina), etc., polialilamina, polímeros à base da cadeia principal de açúcar, tais como polímeros à base de ci- clodextrina, polímeros à base de dextrano, quitosana, etc., polímeros à base da cadeia principal de silano, tais como copolímeros PMOXA- PDMS, etc. ou polímeros em bloco que consistem em uma combina- ção de um ou mais blocos catiônicos (por exemplo, selecionados a partir de um polímero catiônico como mencionado acima) e de um ou mais blocos hidrófilos ou hidrofóbicos (por exemplo, polietileno glicol). Veículos poliméricos
[00474] De acordo com as modalidades preferidas, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção podem ser complexadas ou associadas a um veículo polimérico.
[00475] Um "veículo polimérico" utilizado de acordo com a invenção pode ser um veículo polimérico formado por componentes catiônicos reticulados com dissulfeto. Os componentes catiônicos reticulados com dissulfeto podem ser iguais ou diferentes entre si. O veículo poli- mérico também pode conter outros componentes.
[00476] Pode ser particularmente preferido que o veículo polimérico utilizado de acordo com a presente invenção compreenda misturas de peptídeos, proteínas ou polímeros catiônicos e, opcionalmente, com- ponentes adicionais como aqui definido, que são reticulados por liga- ções de dissulfeto como aqui descrito. Neste contexto, a divulgação da WO 2012/013326 é aqui incorporada por referência.
[00477] Nesse contexto, os componentes catiônicos, que formam a base do veículo polimérico através da reticulação com dissulfeto, são tipicamente selecionados de qualquer peptídeo, proteína ou polímero (poli)catiônico adequado para esse propósito, particularmente qualquer peptídeo, proteína ou polímero (poli)catiônico capaz de complexar, e assim preferivelmente condensar, a molécula de ácido nucleico artifici-
al (RNA) da invenção. O peptídeo, proteína ou polímero (poli)catiônico pode preferivelmente ser uma molécula linear, no entanto, peptídeos, proteínas ou polímeros (poli)catiônicos ramificados também podem ser utilizados.
[00478] Cada proteína, peptídeo ou polímero (poli)catiônico de reti- culação de dissulfeto do veículo polimérico, que pode ser utilizado pa- ra complexar as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), contém tipicamente pelo menos um componente de -SH, mais preferivelmente pelo menos um resíduo de cisteína ou qualquer outro grupo químico que apresenta um componente de -SH, capaz de formar uma ligação de dissulfeto após a condensação com pelo menos uma proteína, pep- tídeo ou polímero (poli)catiônico como componente catiônico do veícu- lo polimérico como aqui mencionado.
[00479] Como definido acima, o veículo polimérico, que pode ser utilizado para complexar a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, pode ser formado por componentes catiônicos (ou polica- tiônicos) reticulados com dissulfeto. Preferivelmente, esses peptídeos, proteínas ou polímeros (poli)catiônicos do veículo polimérico, que compreendem ou são adicionalmente modificados para compreender pelo menos um componente de -SH, são selecionados de proteínas, peptídeos e polímeros como aqui definidos.
[00480] Em algumas modalidades, o veículo polimérico pode ser selecionado a partir de uma molécula de veículo polimérico de acordo com a fórmula (IV): L-P1-S-[S-P2-S]1-S-P?-L fórmula (IV) em que, P' e P3 são diferentes ou idênticos entre si e representam uma cadeia polimérica hidrofílica linear ou ramificada, cada P' e Pº apresentando pelo menos um componente de -SH, capaz de formar uma ligação dissulfeto após a condensação com o componente P?, ou alternativamente com (AA), (AA)«., ou [(AA)]: se esses componentes forem utilizados como um ligante entre P* e P? ou Pº? e P?) e/ou com outros componentes (por exemplo, (AA), (AA)x, [[AA)]: ou L), a cadeia polimérica hidrófila linear ou ramificada selecionada independentemen- te entre si de polietileno glicol (PEG), poli-N-(2-hidroxipropil) metacri- lamida, poli-2-(metacriloilóxi)etil fosforilcolinas, poli(hidroxialquil L- asparagina), poli(2- (metacrililóxi)etil fosforilcolina), amido de hidroxieti- la ou poli(hidroxialquil L-glutamina), em que a cadeia polimérica hidrófi- la apresenta um peso molecular de cerca de 1 kDa a cerca de 100 kDa, preferivelmente de cerca de 2 kDa a cerca de 25 kDa; ou mais preferivelmente de cerca de 2 kDa a cerca de 10 kDa, por exemplo, de cerca de 5 kDa a cerca de 25 kDa ou 5 kDa a cerca de 10 kDa;
P? é um peptídeo ou proteína (poli)catiônico, por exemplo, como definido acima para o veículo polimérico formado por componen- tes catiônicos reticulados com dissulfeto, e preferivelmente tendo um comprimento de cerca de 3 a cerca de 100 aminoácidos, mais preferi- velmente tendo um comprimento de cerca de 3 a cerca de 50 aminoá- cidos, ainda mais preferivelmente tendo um comprimento de cerca de 3 a cerca de 25 aminoácidos, por exemplo, um comprimento de ao re- dor de 3 a 10, 5 a 15, 10 a 20 ou 15 a 25 aminoácidos, mais preferi- velmente um comprimento de cerca de 5 a cerca de 20 e ainda mais preferivelmente um comprimento de cerca de 10 a cerca de 20; ou é um polímero (poli)catiônico, por exemplo, como definido acima para o veículo polimérico formado por componentes catiônicos reticulados com dissulfeto, tendo tipicamente um peso molecular de cerca de 0,5 kDa a cerca de 30 kDa, incluindo um peso molecular de cerca de 1 kDa a cerca de 20 kDa, ainda mais preferivelmente de cer- ca de 1,5 kDa a cerca de 10 kDa, ou tendo um peso molecular de cer- ca de 0,5 kDa a cerca de 100 kDa, incluindo um peso molecular de cerca de 10 kDa a cerca de 50 kDa, ainda mais preferivelmente de cerca de 10 kDa a cerca de 30 kDa;
cada P? apresentando pelo menos dois componentes de - SH, capazes de formar uma ligação de dissulfeto após a condensação com outros componentes P? ou componentes P'* e/ou Pº? ou alternati- vamente com outros componentes (por exemplo (AA), (AA). ou [(AA)x]);
-S-S- é uma ligação de dissulfeto (reversível) (os parênte- ses são omitidos para melhor legibilidade), em que S preferivelmente representa enxofre ou um componente de transporte de -SH, que for- mou uma ligação de dissulfeto (reversível). A ligação dissulfeto (rever- sível) é preferivelmente formada pela condensação de componentes de -SH dos componentes P'* e P?, P? e P?, ou P? e P?, ou opcionalmen- te de outros componentes, conforme aqui definido (por exemplo, L, (AA), (AA), [[AA)]z, etc); o componente de -SH pode fazer parte da estrutura desses componentes ou adicionado por uma modificação como definido abaixo;
L é um ligante opcional, que pode estar presente ou não, e pode ser selecionado independentemente um do outro de RGD, Trans- ferrina, Folato, um peptídeo de sinal ou sequência de sinal, um sinal ou sequência de localização, um sinal ou sequência de localização nu- clear (NLS) , um anticorpo, um peptídeo de penetração celular (por exemplo, TAT ou KALA), um ligante de um receptor (por exemplo, ci- tocinas, hormônios, fatores de crescimento etc.), moléculas pequenas (por exemplo, carboidratos como manose ou galactose ou ligantes sin- téticos), agonistas de pequenas moléculas, inibidores ou antagonistas de receptores (por exemplo, análogos peptidomiméticos de RGD) ou qualquer outra proteína conforme aqui definido, etc.;
n é um número inteiro, tipicamente selecionado de uma fai- xa de cerca de 1 a 50, de preferência de uma faixa de cerca de 1, 2 ou 3 a 30, mais preferivelmente de uma faixa de cerca de 1,2,3,4 ou5a
25, ou uma faixa de cerca de 1, 2, 3, 4 ou 5 a 20, ou uma faixa de cer- ca de 1,2, 3, 4 ou 5 a 15, ou uma faixa de cerca de 1,2,3,4 ou5a 10, incluindo, por exemplo, uma faixa de cerca de 4 a 9,4 a 10,3 a 20, 4 a 20, 5a 20 ou 10 a 20 ou uma faixa de cerca de 3 a 15,4 a 15,5a ou 10 a 15 ou uma faixa de cerca de 6 a 11 ou 7 a 10. Mais preferi- velmente, n está em uma faixa de cerca de 1, 2, 3, 4 ou 5 a 10, mais preferivelmente em uma faixa de cerca de 1, 2, 3, ou 4 a 9, em uma faixa de cerca de 1, 2, 3 ou 4 a 8, ou em uma faixa de cerca de 1, 2 ou 3a.
[00481] Neste contexto, a divulgação da WO 2011/026641 é incor- porada aqui por referência. Cada um dos polímeros hidrófilos P? e Pº apresenta tipicamente pelo menos um componente de -SH, em que o pelo menos um componente de -SH é capaz de formar uma ligação de dissulfeto após a reação com o componente P? ou com o componente (AA) ou (AA)x, se utilizado como ligante entre P* e P? ou Pº? e P? con- forme definido abaixo e, opcionalmente, com um componente adicio- nal, por exemplo L e/ou (AA) ou (AA)., por exemplo, se dois ou mais componentes de -SH estiverem contidos. As seguintes subformulas "P1-S-S-P?" e "P?2-S-S-Pº" dentro da fórmula genérica (IV) acima (os parênteses são omiítidos para melhor legibilidade), em que qualquer um de S, P' e P? é como aqui definido, tipicamente representa uma situação, em que um componente de SH dos polímeros hidrófilos P' e P3 foi condensado com um componente de -SH do componente P? da fórmula genérica (IV) acima, em que ambos os enxofres desses com- ponentes de -SH formam uma ligação de dissulfeto -—S-S- como aqui definido na fórmula (IV). Estes componentes de -SH são tipicamente fornecidos por cada um dos polímeros hidrófilos P* e P3, por exemplo, por meio de uma cisteína interna ou qualquer outro aminoácido (modi- ficado) ou composto que transporta um componente de -SH. Conse- quentemente, as subfórmulas "P!-S-S-P?" e "P?-S-S-P?" também po-
dem ser escritas como "P!-Cis-Cis-P?" e "P?-Cis-Cis-P?", se o compo- nente de -SH for fornecido por uma cisteína, em que o termo Cys-Cys representa duas cisteínas acopladas por meio da ligação de dissulfeto, não por meio da ligação peptídica.
Nesse caso, o termo "-S-S-" nessas fórmulas também pode ser escrito como "-S-Cys", como "-Cys-S" ou como "-Cys-Cys-". Nesse contexto, o termo "-Cys-Cys-" não represen- ta uma ligação peptídica, mas uma ligação de duas cisteínas através de seus componentes de -SH para formar uma ligação de dissulfeto.
Em conformidade, o termo "-Cys-Cys-" também pode ser entendido de uma forma geral como "-(Cys-S)-(S-Cys)-", em que neste caso especí- fico S indica o enxofre do componente de -SH da cisteína.
Da mesma forma, os termos "-S-Cys" e "-Cys-S" indicam uma ligação de dissulfe- to entre um componente contendo -SH e uma cisteína, que também pode ser escrita como "-S-(S-Cys)" e "-(Cys-S)-S". Alternativamente, os polímeros hidrófilos P* e P? podem ser modificados com uma com- ponente de -SH, preferivelmente por meio de uma reação química com um composto que carrega uma componente de -SH, de modo que ca- da um dos polímeros hidrófilos P* e P? possua pelo menos um desses componentes de -SH.
Um tal composto que carrega uma componente de -SH pode ser, por exemplo, uma cisteína (adicional) ou qualquer outro aminoácido (modificado), que carrega um componente de -SH.
Um tal composto pode também ser qualquer composto ou componente não amino, que contenha ou permita introduzir uma componente de - SH nos polímeros hidrófilos P? e P3, conforme aqui definido.
Tais com- postos não amino podem ser ligados aos polímeros hidrófilos P'? e P? da fórmula (IV) do veículo polimérico de acordo com a presente inven- ção através de reações químicas ou ligação de compostos, por exem- plo, através da ligação de um ácido 3-tio propiônico ou tioimolano, através da formação de amida (por exemplo, ácidos carboxílicos, áci- dos sulfônicos, aminas, etc), através da adição de Michael (por exem-
plo, componentes de maleinimida, carbonilas a,B-insaturadas, etc.), por química "click" (por exemplo, azidas ou alquinas), através da meta- tese de alqueno/alquina (por exemplo, alquenos ou alquinas), imina ou formação de hidrozona (aldeídos ou cetonas, hidrazinas, hidroxilami- nas, aminas), reações de complexação (avidina, biotina, proteína G) ou componentes que permitem reações de substituição do tipo Sn (por exemplo, halogenoalcanos, tióis, álcoois, aminas, hidrazinas, hidrazi- das, ésteres de ácido sulfônico, sais de oxifosfônio) ou outros compo- nentes químicos que podem ser utilizados na fixação de outros com- ponentes. Um derivado de PEG particularmente preferido neste con- texto é o alfa-metoxi-ômega-mercapto poli(etileno glicol). Em cada ca- so, o componente de SH, por exemplo, de uma cisteína ou de qual- quer outro aminoácido ou composto (modificado), pode estar presente nas extremidades terminais ou internamente em qualquer posição dos polímeros hidrófilos P? e P?. Como aqui definido, cada um dos políme- ros hidrófilos P* e P3 apresenta tipicamente pelo menos um compo- nente de -SH de preferência em uma extremidade terminal, mas tam- bém pode conter dois ou mais componentes de -SH, que podem ser utilizados para conectar adicionalmente outros componentes conforme definido nesta invenção, de preferência outros peptídeos ou proteínas funcionais, por exemplo, um ligante, um componente de aminoácido (AA) ou (AA)x, anticorpos, peptídeos de penetração celular ou peptí- deos potenciadores (por exemplo, TAT, KALA), etc.
Relação de peso e relação de N/P
[00482] Em algumas modalidades da invenção, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) está associada ou complexada com um com- posto (poli)catiônico ou um veículo polimérico, opcionalmente em uma relação de peso selecionada a partir de uma faixa de cerca de 6:1 (p/p) a cerca de 0,25: 1 (p/p), mais preferivelmente de cerca de 5:1 (p/p) a cerca de 0,5:1 (p/p), ainda mais preferivelmente de cerca de 4:1
(p/p) a cerca de 1:1 (p/p) ou de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 1:1 (p/p) e, o mais de preferência, uma relação de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 2:1 (p/p) de ácido nucleico para composto (poli)catiônico e/ou veículo polimérico; ou opcionalmente em uma relação de nitrogênio/fosfato (N/P) de ácido nucleico (RNA) para composto (poli)catiônico e/ou veí- culo polimérico na faixa de cerca de 0,1 a 10, preferivelmente na faixa de cerca de 0,3 a 4 ou 0,3 a 1, e o mais preferível em uma faixa de cerca de 0,5 a 1 ou 0,7 a 1, e ainda o mais preferível em uma faixa de cerca de 0,3 a 0,9 ou 0,5 a 0,9. Mais preferivelmente, a relação N/P de pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) para um ou mais policátions está na faixa de cerca de 0,1 a 10, incluindo uma faixa de cerca de 0,3 a 4, de cerca de 0,5 a 2, de cerca de 0,7 a2e de cerca de 0,7 a 1,5.
[00483] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção também pode ser associada a um veículo, agente de transfecção ou complexação para aumentar a eficiência da transfecção da referida molécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00484] Neste contexto, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode de preferência ser complexada pelo menos parcialmente com um composto (poli)catiônico e/ou um veículo polimérico, preferi- velmente proteínas ou peptídeos catiônicos. Neste contexto, a divulga- ção das WO 2010/037539 e WO 2012/113513 é aqui incorporada por referência. "Parcialmente" significa que apenas uma parte de dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) é complexada com um com- posto (poli)catiônico e/ou veículo polimérico, enquanto que o restante da dita molécula de ácido nucleico artificial (RNA) está presente na forma (livre) não complexa.
[00485] De preferência, a relação molar da molécula de ácido nu- cleico artificial (RNA) complexado para a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) livre pode ser selecionada a partir de uma relação mo-
lar de cerca de 0,001:1 a cerca de 1:0,001, incluindo uma relação de cerca de 1:1 Mais preferivelmente, a relação de molécula de ácido nu- cleico artificial (RNA) complexada para molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) livre pode ser selecionada de uma faixa de cerca de 5:1 (p/p) a cerca de 1:10 (p/p), mais preferivelmente de uma faixa de cerca de 4:1 (p/p) a cerca de 1:8 (p/p), ainda mais preferivelmente de uma faixa de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 1:5 (p/p) ou 1: 3 (p/p) e o mais preferível de uma relação ao redor de 1:1 (p/p).
[00486] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) complexada da invenção é preferivelmente preparada de acordo com uma primeira etapa mediante a complexação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) com um composto (poli)catiônico e/ou com um veículo poliméri- co, de preferência como aqui definido, em uma relação específica para formar um complexo estável. Nesse contexto, é altamente preferível que nenhum composto (poli)catiônico ou veículo polimérico livre ou apenas uma quantidade insignificante pequena deste permaneça na fração da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) complexada após complexar dito molécula de ácido nucleico artificial (RNA). Consequen- temente, a relação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e do composto (poli)catiônico e/ou do veículo polimérico na fração da molé- cula de ácido nucleico artificial (RNA) complexada é tipicamente sele- cionada em uma faixa de modo que a molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) seja totalmente complexada e nenhum composto (po- licatiônico ou veículo polimérico livre ou apenas uma quantidade des- prezivelmente pequena permaneça na referida fração.
[00487] De preferência, a relação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) para o composto (poli)catiônico e/ou o veículo poliméri- co, de preferência como aqui definido, é selecionada de uma faixa de cerca de 6:1 (p/p) a cerca de 0,25:1 (p/p), mais preferivelmente de cer- ca de 5:1 (p/p) a cerca de 0,5:1 (p/p), ainda mais preferivelmente de cerca de 4:1 (p/p) a cerca de 1:1 (p/p) ou de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 1:1 (p/p) e, o mais preferível, uma relação de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 2: 1 (p/p).
[00488] & Alternativamente, a relação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) para o composto (poli)catiônico e/ou o veículo poliméri- co também pode ser calculada com base na relação de nitrogê- nio/fosfato (relação N/P) de todo o complexo. No contexto da presente invenção, uma relação N/P está preferivelmente na faixa de cerca de 0,1 a 10, preferivelmente na faixa de cerca de 0,3 a 4 e o mais preferí- vel na faixa de cerca de 0,5 a 2 ou 0,7 a 2 em relação a relação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) para o composto (po- licatiônico e/ou veículo polimérico, preferivelmente como aqui defini- do, no complexo e o mais preferível em uma faixa de cerca de 0,7 a 1,5, 0,5 a 1 ou 0,7 a 1, e ainda mais preferivelmente em uma faixa de cerca de 0,3 a 0,9 ou 0,5 a 0,9, de preferência contanto que o compos- to (poli)icatiônico no complexo seja uma proteína ou peptídeo (po- li)catiônico e/ou o veículo polimérico como definido acima.
[00489] Em outras modalidades, a molécula de ácido nucleico artifi- cial (RNA) é fornecida e utilizada na forma livre ou desnuda, sem estar associada a qualquer outro veículo, agente de transfecção ou comple- xação. Liberação direcionada
[00490] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção (ou composições (farmacêuticas) ou kits que as compreende) são adaptadas para liberação direcionada a ór- gãos, tecidos ou células de interesse. A "liberação direcionada" nor- malmente envolve o uso de elementos de direcionamento que melho- ram especificamente a translocação da molécula de ácido nucleico ar- tificial (RNA) para tecidos ou células específicos.
[00491] Tais elementos de direcionamento (proteicos) podem ser codificados pela molécula de ácido nucleico artificial (RNA), preferi- velmente na estrutura com a sequência de codificação que codifica a proteína terapêutica, antigênica, alergênica ou repórter desejada, de modo que dita proteína seja expressa como uma proteína de fusão compreendendo o referido elemento de direcionamento proteico. Al- ternativamente, dito elemento de direcionamento (proteico ou não pro- teico) pode estar presente, formar parte ou estar associado a compos- tos (poli)catiônicos ou veículos que complexam as referidas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) e/ou podem ser reenviados, formar parte ou estar associados a lipídios que envolvem ou complexam as referidas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) como liposso- mas, nanopartículas lipídicas, lipoplexos e similares.
[00492] Um "alvo" é um órgão, tecido ou célula específico para o qual a captação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e, de preferência, a expressão do (poli)peptídeo codificado ou proteína de interesse se destina. "Captação" significa a translocação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) do compartimento extracelular para o intracelular. Isso pode envolver processos mediados por receptores, fusão com membranas celulares, endocitose, potocitose, pinocitose ou outros mecanismos de translocação. A molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) pode ser absorvida isoladamente ou como parte de um complexo.
[00493] “Como um exemplo não limitativo, compostos (poli)catiôni- cos, veículos, lipossomas ou nanopartículas lipídicas associadas ou complexando as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) da inven- ção podem ser dotados de elementos ou funcionalidades de direcio- namento. Adicional ou alternativamente, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode codificar (poli)peptídeos ou proteínas transportan- do, preferivelmente por meio de ligações covalentes, elementos de di- recionamento. Os elementos de direcionamento podem ser seleciona-
dos a partir de proteínas (por exemplo, glicoproteínas ou peptídeos, por exemplo, moléculas com uma afinidade específica para um co- ligante ou anticorpos, por exemplo, um anticorpo que se liga a um tipo de célula especificado, tal como uma célula epitelial, queratinócitos ou semelhantes), hormônios e receptores de hormônio, espécies não peptídicas, tais como lipídios, lectinas, carboidratos, vitaminas, cofato- res, lactose multivalente, galactose multivalente, N-acetil-galactosa- mina, N-acetil-galactosamina, N-acetil-galactosamina, N-acetil-guluco- samina, manose multivalente, fucose multivalente ou aptâmeros e qualquer ligante capaz de direcionar uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) para um local de interesse, tal como um órgão, tecido ou célula.
[00494] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), ou composições (kits farmacêuticos) as compreenden- do, são adaptadas para direcionar ao fígado. Essas moléculas de áci- do nucleico artificial (RNA) ou composições ou kits (farmacêuticos) po- dem ser particularmente adequados para tratamento, prevenção, profi- laxia pós-exposição ou atenuação de uma doença selecionada do gru- po que consiste em doenças genéticas, alergias, doenças autoimunes, doenças infecciosas, neoplasias, câncer e doenças relacionadas a tu- mores, doenças inflamatórias, doenças do sangue e de órgãos forma- dores de sangue, doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas, do- enças do sistema nervoso, doenças herdadas, doenças do sistema circulatório, doenças do sistema respiratório, doenças do sistema di- gestivo, doenças da pele e tecido subcutâneo, doenças do sistema músculo-esquelético e tecido conjuntivo e doenças do sistema genitou- rinário independentemente se forem herdadas ou adquiridas e suas combinações. Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nu- cleico artificial (RNA) adaptadas para o direcionamento hepático com- preendem elementos da UTR de acordo com a-2 (NDUFA4 / PSMB3);
a-5 (MP68 / PSMB3); c-1 (NDUFA4 / RPS9); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); e-3 (MP68 / RPS9); e-4 ( NOSIP / RPS9); a-4 ( NOSIP / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); e-5 (ATPSA1 / RPS9); d-4 (HSD17B4 / NUDFA1); b-5 ( NOSIP / COX6B1); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); b-1 (UBQLN2 / RPS9); b- 2 (ASAH1 / RPS9); b-4 (HSD17B4 / CASP1); e-6 (ATPSA1 / COX6B1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); g-5 (RPL31 / CASP1); h-1 (RPL31 / COX6B1); e/ou c-5 (ATPSA1 / PSMB3) como definido acima. Essas moléculas ou partículas de ácido nucleico artificial (RNA) compreendendo essas mo- léculas de RNA podem, por exemplo, compreender elementos de dire- cionamento ou modificações selecionados do grupo que consiste em galactose ou lactose (direcionado ao receptor de asialoglicoproteína); apolipoproteína E; manose; fucose; hialurano; manose-6-fosfato; lac- tose; manose; Vitamina A; galactosamina, GalNac e anticorpos ou fra- gmentos que direcionam a sinafofisina, como descrito por Poelstra et al. (J Control Release 161:188—197, 2012) ou Mishra et al. (Biomed Res Int. 2013:382184, 2013).
[00495] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), ou composições (kits farmacêuticos) as compreenden- do, são adaptadas para o direcionamento na pele. Em algumas moda- lidades, essas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) compreen- dem elementos da UTR de acordo com a-2 (NDUFA4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); c-1 (NDUFA4 / RPS9); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); e-3 (MP68 / RPS9); e-4 ( NOSIP / RPS9); a-4 ( NOSIP / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); e-5 (ATPSA1 / RPS9); d-4 (HSD17B4 / NUDFA1); b-5 ( NOSIP / COX6B1); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); b-1 (UBQLN2 / RPS9); b- 2 (ASAH1 / RPS9); b-4 (HSD17B4 / CASP1); e-6 (ATPSA1 / COX6B1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); g-5 (RPL31 / CASP1); h-1 (RPL31 / COX6B1); e/ou c-5 (ATPSA1 / PSMB3) como definido acima. Tais moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) ou partículas compreendendo essas mo- léculas de RNA podem, por exemplo, compreender elementos de dire-
cionamento como descrito mais abaixo.
[00496] Em algumas modalidades, as moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), ou composições (kits farmacêuticos) as compreenden- do, são adaptadas para o direcionamento no músculo. Em algumas modalidades, essas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) com- preendem elementos da UTR de acordo com a-2 (NDUFA4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); c-1 (NDUFA4 / RPS9); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); e-3 (MP68 / RPS9); e-4 ( NOSIP / RPS9); a-4 ( NOSIP / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); e-5 (ATPSA1 / RPS9); d-4 (HSD17B4 / NUDFA1); b-5 ( NOSIP / COX6B1); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); b-1 (UBQLN2 / RPS9); b- 2 (ASAH1 / RPS9); b-4 (HSD17B4 / CASP1); e-6 (ATPS5A1 / COX6B1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); g-5 (RPL31 / CASP1); h-1 (RPL31 / COX6B1); e/ou c-5 (ATPSA1 / PSMB3) como definido acima. Tais moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) ou partículas compreendendo essas mo- léculas de RNA podem, por exemplo, compreender elementos de dire- cionamento como descrito mais abaixo.
[00497] Elementos de direcionamento adequados para uso em co- nexão com a presente invenção incluem: lectinas, glicoproteínas, lipí- dios e proteínas, por exemplo, anticorpos. Em particular, os elementos de direcionamento podem ser selecionados de uma tireotropina, mela- notropina, lectina, glicoproteína, proteína tensoativa A, carboidrato de mucina, lactose multivalente, galactose multivalente, N-acetil- galactosamina, N-acetil-gulucosamina multivalente manose, fucose multivalente, poliamida glicosilada, galactose multivalente, transferrina, bisfosfonato, poliglutamato, poliaspartato, um lipídio, colesterol, um esteróide, ácido biliar, folato, vitamina B12, biotina, um peptídeo RGD, um peptídeo RGD mimético ou um aptâmero.
[00498] Outros elementos de direcionamento podem ser seleciona- dos de proteínas, por exemplo, glicoproteínas ou peptídeos, por exemplo, moléculas que possuem uma afinidade específica para um co-ligante, ou anticorpos, por exemplo, capazes de se ligar a um tipo de célula especificado, tal como célula hepática, tumoral, do músculo, da pele ou renal. Outros elementos de direcionamento podem ser se- lecionados a partir de hormônios e receptores de hormônio. Outros elementos de direcionamento podem ser selecionados de lipídios, lec- tinas, carboidratos, vitaminas, cofatores, lactose multivalente, galacto- se multivalente, N-acetil-galactosamina, manose multivalente de N- acetil-gulucosamina, fucose multivalente ou aptâmeros. Os elementos de direcionamento podem se ligar a qualquer ligante adequado seleci- onado de, por exemplo, um lipopolissacarídeo ou um ativador da p38 MAP cinase.
[00499] — Outros elementos de direcionamento podem ser seleciona- dos de ligantes capazes de direcionar um receptor específico. Os exemplos incluem, sem limitação, folato, GalNAc, galactose, manose, manose-6P, apatâmeros, ligantes receptores da integrina, ligantes re- ceptores de quimiocina, transferrina, biotina, ligantes receptores de serotonina, PSMA, endotelina, GCPII, somatostatina, (KKEEE)3K, |li- gantes de LDL e HDL. Outros elementos de direcionamento podem ser selecionados a partir de aptâmeros. O aptâmero pode ser não modifi- cado ou pode ter qualquer combinação de modificações aqui divulga- das. Composição (farmacêutica) e vacinas
[00500] Em um outro aspecto, a presente invenção fornece uma composição compreendendo a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, e preferivelmente pelo menos um veículo e/ou ex- cipiente farmaceuticamente aceitável. De acordo com as modalidades preferidas, a composição é fornecida como uma composição farma- cêutica. De acordo com outras modalidades preferidas, a composição (farmacêutica) pode ser fornecida como uma vacina. Uma "vacina" é tipicamente entendida como um material profilático ou terapêutico que fornece pelo menos um antígeno, preferivelmente um peptídeo ou pro- teína antigênico. "Fornecer pelo menos antígeno" significa, por exem- plo, que a vacina compreende o antígeno ou que a vacina compreende uma molécula que, por exemplo, codifica o antígeno. Em conformida- de, é particularmente contemplado nesta invenção que a vacina da invenção compreende pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) que codifica pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína antigênico, conforme aqui definido, que pode, por exemplo, ser deriva- do de um antígeno tumoral, um antígeno bacteriano, viral, fúngico ou protozoário, um autoantígeno, um alergênio ou um antígeno alogênico e, de preferência, induz uma resposta imune ao respectivo antígeno quando ele é expresso e apresentado ao sistema imunológico. No en- tanto, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) que codificam peptí- deos (poli)peptídeos ou proteínas não antigênicos de interesse tam- bém podem ser utilizadas na vacina da invenção.
[00501] A composição (farmacêutica) ou vacina da invenção com- preende preferivelmente pelo menos uma, preferivelmente uma plura- lidade de pelo menos duas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), como aqui descrito. A dita pluralidade de pelo menos duas mo- léculas de ácido nucleico artificial (RNA) pode ser monocistrônica, bi- cistrônica ou multicistrônica, como aqui descrito. Cada uma das molé- culas de ácido nucleico artificial (RNA) na composição (farmacêutica) ou vacina pode codificar pelo menos um ou uma pluralidade de pelo menos dois (poli)peptídeos ou proteínas (idênticos ou diferentes) (po- de interesse. As moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) podem ser fornecidas na composição (farmacêutica) ou vacina na forma "complexada" ou "livre", como descrito acima, ou uma mistura das mesmas. A composição (farmacêutica) ou vacina pode ainda compre- ender pelo menos um agente ativo adicional útil para o tratamento da doença ou condição que está sujeita à terapia com a molécula de áci-
do nucleico artificial (RNA), ou composição (farmacêutica) ou vacina compreendendo a mesma. Excipientes e veículos farmaceuticamente aceitáveis
[00502] De preferência, a composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com a invenção compreende pelo menos um veículo e/ou exci- piente farmaceuticamente aceitável. O termo "farmaceuticamente acei- tável" refere-se a um composto ou agente que é compatível com um ou mais agentes ativos (aqui: molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e agente ativo opcionalmente adicional) e não interfere e/ou substancialmente reduz o seu efeito farmacêutico. Os veículos e exci- pientes farmaceuticamente aceitáveis possuem preferivelmente pureza suficientemente elevada e toxicidade suficientemente baixa para torná- los adequados para administração a um indivíduo a ser tratado. Excipientes
[00503] Os excipientes farmaceuticamente aceitáveis podem apre- sentaram diferentes funções funcionais e incluem, sem limitação, dilu- entes, cargas, agentes de volume, veículos, desintegrantes, ligantes, lubrificantes, deslizantes, revestimentos, solventes e cossolventes, agentes tampão, conservantes, adjuvantes, antioxidantes, agentes umectantes, antiespumantes, espessantes, adoçantes, aromatizantes e umectantes.
[00504] “Paraas composições (farmacêuticas) na forma líquida, veí- culos e excipientes farmaceuticamente aceitáveis úteis incluem solven- tes, diluentes ou veículos como água (isenta de pirogênio), soluções salinas (isotônicas) tais como solução salina tamponada com fosfato ou citrato, óleos fixos, óleos vegetais, tais como, por exemplo, óleo de amendoim, óleo de semente de algodão, óleo de gergelim, azeite, óleo de milho, etanol, polióis (por exemplo, glicerol, propileno glicol, polieti- leno glicol e semelhantes); lecitina; tensoativos; conservantes tais co- mo álcool benzílico, parabenos, clorobutanol, fenol, ácido ascórbico,
timerosal e semelhantes; agentes isotônicos tais como açúcares, poli- álcoois tais como manitol, sorbitol ou cloreto de sódio; monoestearato de alumínio ou gelatina; antioxidantes tais como ácido ascórbico ou bissulfito de sódio; agentes quelantes tais como ácido etilenodiamino- tetracético (EDTA); tampões como acetatos, citratos ou fosfatos e agentes para o ajuste da tonicidade como cloreto de sódio ou dextro- se. O pH pode ser ajustado com ácidos ou bases, tais como ácido clo- rídrico ou hidróxido de sódio. Os tampões podem ser hipertônicos, iso- tônicos ou hipotônicos com referência ao meio de referência especiífi- co, isto é, o tampão pode ter um teor de sal mais elevado, idêntico ou mais baixo com referência ao meio de referência específico, em que preferivelmente essas concentrações dos sais mencionados acima podem ser utilizadas, as quais não levam a danos nas células devido à osmose ou outros efeitos de concentração. Os meios de referência são, por exemplo, líquidos que ocorrem em métodos "in vivo", tais co- mo sangue, linfa, líquidos citosólicos ou outros líquidos corporais, ou, por exemplo, líquidos, os quais podem ser utilizados como meio de referência em métodos "in vitro", tais como tampões ou líquidos co- muns. Tais tampões ou líquidos comuns são conhecidos por uma pes- Soa versada.
[00505] A solução de Ringer ou a solução de Ringer-Lactato são particularmente preferidas como veículo líquido.
[00506] Para composições (farmacêuticas) na forma (semi)sólida, veículos e excipientes farmaceuticamente aceitáveis úteis incluem |i- gantes tais como celulose microcristalina, goma tragacanta ou gelati- na; amido ou lactose; açúcares, tais como, por exemplo, lactose, glico- se e sacarose; amidos, tais como, por exemplo, amido de milho ou amido de batata; celulose e seus derivados, tais como, por exemplo, carboximetilcelulose de sódio, etilcelulose, acetato de celulose; desin- tegrantes tais como ácido algínico; lubrificantes tais como estearato de magnésio; agentes deslizantes tais como ácido esteárico, estearato de magnésio; sulfato de cálcio, dióxido de silício coloidal e similares; agentes edulcorantes tais como sacarose ou sacarina; e/ou agentes aromatizantes, tais como hortelã-pimenta, salicilato de metila ou aroma de laranja. Formulações
[00507] Os veículos e excipientes farmaceuticamente aceitáveis adequados podem ser tipicamente escolhidos com base na formulação desejada da composição (farmacêutica).
[00508] “Composições líquidas (farmacêuticas) administradas por meio de injeção e, em particular, por meio de injeção i.v., devem ser estéreis e estáveis nas condições de fabricação e armazenamento. Tais composições são tipicamente formuladas como soluções aquosas aceitáveis por via parenteral que são livres de pirogênio, possuem pH adequado, são isotônicas e mantêm a estabilidade dos ingredientes ativos. Os veículos e excipientes farmaceuticamente aceitáveis particularmente úteis para composições líquidas (farmacêuticas) de acordo com a invenção incluem água, tipicamente água livre de piro- gênio; solução salina isotônica ou soluções tamponadas (aquosas), por exemplo, soluções tamponadas de fosfato, citrato etc. Particular- mente para injeção das composições (farmacêuticas) da invenção, po- de ser utilizada água ou preferivelmente um tampão, mais preferivel- mente um tampão aquoso, contendo um sal de sódio, preferivelmente pelo menos 50 mM de um sal de sódio, um sal de cálcio, de preferên- cia pelo menos 0,01 mM de um sal de cálcio e, opcionalmente, um sal de potássio, de preferência pelo menos 3 mM de um sal de potássio.
[00509] De acordo com as modalidades preferidas, os sais de só- dio, cálcio e, opcionalmente, potássio podem ocorrer na forma de seus halogenetos, por exemplo, cloretos, iodetos ou brometos, na forma de seus hidróxidos, carbonatos, carbonatos de hidrogênio ou sulfatos, etc.
Sem estar limitado a isso, exemplos de sais de sódio incluem, por exemplo, NaCl, Nal, NaBr, Na2CO3, NaHCO;3, Na2SO., exemplos dos sais de potássio opcionais incluem, por exemplo, KCI, KI, KBr, K2CO;, KHCO;3, K2SO., e exemplos de sais de cálcio incluem, por exemplo, CaCl2, Cala, CaBr2a, CaCO3, CaSOa, Ca(OH)2. Além disso, os ânions orgânicos dos cátions acima mencionados podem estar contidos no tampão.
[00510] De acordo com as modalidades preferidas, o tampão ade- quado para propósitos de injeção como definido acima, pode conter sais selecionados de cloreto de sódio (NaCl), cloreto de cálcio (CaCl2) e opcionalmente cloreto de potássio (KCl), em que outros ânions po- dem estar presentes além dos cloretos. O CaCl2 também pode ser substituído por outro sal como o KCI. Tipicamente, os sais no tampão de injeção estão presentes em uma concentração de pelo menos 50 mM de cloreto de sódio (NaCl), de pelo menos 3 mM de cloreto de po- tássio (KCl) e de pelo menos 0,01 mM de cloreto de cálcio (CaCl2). O tampão de injeção pode ser hipertônico, isotônico ou hipotônico com referência ao meio de referência específico, isto é, o tampão pode ter um teor de sal mais elevado, idêntico ou mais baixo com referência ao meio de referência específico, em que preferivelmente essas concen- trações dos sais mencionados anteriormente podem ser utilizadas, que não levam a danos nas células devido à osmose ou outros efeitos de concentração. Os meios de referência são, por exemplo, em métodos "in vivo" que ocorrem líquidos tais como sangue, linfa, líquidos citosóli- cos ou outros líquidos corporais, ou, por exemplo, líquidos, os quais podem ser utilizados como meio de referência nos métodos "in vitro", tais como tampões comuns ou líquidos.
[00511] Tais tampões ou líquidos comuns são conhecidos de uma pessoa versada. A solução de Ringer-lactato é particularmente preferi- da como uma base líquida.
[00512] As composições (farmacêuticas) para administração tópica podem ser formuladas como cremes, unguentos, géis, pastas ou pós, utilizando líquidos ou excipientes ou veículos líquidos e/ou (se- mi)sólidos, como aqui descrito. As composições (farmacêuticas) para administração oral podem ser formuladas como comprimidos, cápsu- las, líquidos, pós ou em um formato de liberação controlada, utilizando líquidos ou excipientes ou veículos líquidos e/ou (semi)sólidos como aqui descrito.
[00513] “De acordo com algumas modalidades preferidas, a compo- sição (farmacêutica) ou vacina da invenção é administrada por via pa- renteral, em particular por meio de injeção intradérmica ou intramuscu- lar, por via oral, por via nasal, por via pulmonar, por inalação, por via tópica, por via retal, por via bucal, por via vaginal ou por meio de um reservatório implantado, e é fornecida em formulações líquidas ou liofi- lizadas para administração parenteral como debatido em outra parte desta invenção. As formulações parenterais são tipicamente armaze- nadas em frascos, bolsas intravenosas, ampolas, cartuchos ou serin- gas pré-carregadas e podem ser administradas como injeções, inalan- tes ou aerossóis, as injeções sendo preferidas.
[00514] De acordo com as modalidades preferidas, as composições (farmacêuticas) ou a vacina da invenção podem compreender molécu- las de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção complexadas com lipídios, preferivelmente na forma de nanopartículas lipídicas, liposso- mas, lipoplexos ou emulsões, como aqui descrito.
[00515] De acordo com outras modalidades preferidas, a composi- ção (farmacêutica) ou vacina é fornecida na forma liofilizada. De prefe- rência, a composição ou vacina liofilizada (farmacêutica) é reconstituí- da em um tampão adequado, vantajosamente baseado em um veículo aquoso, antes da administração, por exemplo, solução de Ringer- Lactato, que é preferível, solução de Ringer, uma solução tampão de fosfato. Em algumas modalidades, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção contém pelo menos duas, três, quatro, cinco, seis ou mais moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) diferentes, con- forme aqui definidas, que podem ser fornecidas separadamente na forma liofilizada (opcionalmente em conjunto com pelo menos um adi- tivo adicional) e que podem ser reconstituídas separadamente em um tampão adequado (tal como solução de Ringer-Lactato) antes de seu uso, de modo a permitir a administração individual de cada uma das referidas moléculas de ácido nucleico artificial (RNA). Adjuvantes
[00516] De acordo com modalidades preferidas, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção pode ainda compreender pelo menos um adjuvante.
[00517] Um "adjuvante" ou "componente adjuvante" no sentido mais amplo é tipicamente um agente farmacológico e/ou imunológico que pode modificar, por exemplo, intensificar, o efeito de outros agentes ativos, por exemplo, agentes terapêuticos ou vacinas. Nesse contexto, um "adjuvante" pode ser entendido como qualquer composto, que é adequado para sustentar a administração e a distribuição da composi- ção da invenção (farmacêutica). Especificamente, um adjuvante pode preferivelmente intensificar as propriedades imunoestimulantes da composição (farmacêutica) ou vacina à qual é adicionado. Além disso, esses adjuvantes podem, sem estar limitado a eles, iniciar ou aumen- tar uma resposta imune do sistema imune inato, isto é, uma resposta imune inespecífica.
[00518] Os "adjuvantes" tipicamente não provocam uma resposta imune adaptativa. Na medida do possível, os "adjuvantes" não se qua- lificam como antígenos. Em outras palavras, quando administrada, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção tipicamente inicia uma resposta imune adaptativa devido a um peptídeo ou proteína an-
tigênico, que é codificado por pelo menos uma sequência de codifica- ção da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) contida na referida composição (farmacêutica) ou vacina. Além disso, um adjuvante pre- sente na composição (farmacêutica) ou vacina pode gerar uma res- posta imune inata (de suporte).
[00519] —Adjuvantes adequados podem ser selecionados a partir de qualquer adjuvante conhecido de uma pessoa versada e adequado para o presente caso, isto é, sustentar a indução de uma resposta imune em um mamífero e incluir, sem limitação, TOM, MDP, dipeptí- deo de muramila, plurônicos, solução de alúmen, hidróxido de alumí- nio, ADJUMER'Y (polifosfazeno); gel de fosfato de alumínio; glucanos de algas; algamulina; gel de hidróxido de alumínio (alúmen); gel de hidróxido de alumínio altamente adsorvente de proteínas; gel de hidró- xido de alumínio de baixa viscosidade; AF ou SPT (emulsão de esqua- lano (5%), Tween 80 (0,2%), Pluronic L121 (1,25%), solução salina tamponada com fosfato, pH 7,4); AVRIDINETY (propanodiamina); BAY R10057Y (hidroacetato de (N-(2-deóxi-2-L-leucilamino-b-D-glucopirano- sil)- N-octadecil-dodecanoil-amida); CALCITRIOL'Y (1-alfa,25-diidróxi- vitamin D3); gel de fosfato de cálcio; CAP'Y (nanopartículas de fosfato de cálcio); holotoxina da cólera, proteína de fusão de toxina da da có- lera-A1-proteína-A-D-fragmento, sub-unidade B da toxina da cólera; CRL 1005 (copolímero de bloco P1205); lipossomas contendo citocina; DDA (brometo de dimetildioctadecilamônio); DHEA (deidroepiandroste- rona); DMPC (dimiristoilfosfatidilcolina); DMPG (dimiristoilfosfatidilglice- rol); complexo de DOC/alúmen (sal de sódio de ácido deoxicólico); ad- juvante completo de Freund; adjuvante incompleto de Freund; gama inulina; adjuvante Gerbu (mistura de: i) N-acetilglucosaminil-(P1-4)-N- acetilmuramil-L-alanil-D-glutamina (GMDP), ii) cloreto de dimetildiocta- decilamônio (DDA), iii) complexo de sal de zinco-L-prolina (ZnPro-8); GM-CSF); GMDP (N-acetilglucosaminil-(b1-4)-N-acetilmuramil-L-alanil-
D-isoglutamina); imiquimod (1-(2-metipropil)-1H-imidazo[4,5- clquinolina-4-amina); ImmTher"Y (dipalmitato de N-acetilglucosaminil- N-acetilmuramil-L-Ala-D-isoGlu-L-Ala-glicerol);) DRVs (imunoliposso- mas preparados de vesículas de desidratação-reidratação); interferon- gama; interleucina-1 beta; interleucina-2; interleucina-7; interleucina-12; ISCOMSTY; ISCOPREP 7,0,3."Y; lipossomas; LOXORIBINETY (7-alil-8- oxoguanosina); adjuvante LT oral (enterotoxina-protoxina lábil); micro- esferas e micropartículas de qualquer composição; MF59TY: (emulsão de esqualeno-água); MONTANIDE ISA 517Y (adjuvante de Freund in- completo purificado); MONTANIDE ISA 7207Y (adjuvante de óleo me- tabolizável); MPL'M (3-Q-desacil-4"-monofosforil lipídio A); MTP-PE e lipossomas MTP-PE ((N-acetil-L-alanil-D-isoglutaminil-L-alanina-2-(1,2- dipalmitoil-sn-glicero-3-(hidroxifosforilóxi))-etilamida, sal de monossó- dio); MURAMETIDE'Y (Nac-Mur-L-Ala-D-GIn-OCH3); MURAPALMITI- NEM e —D-MURAPALMITINEI!M —(Nac-Mur-L-Thr-D-isoGln-sn- gliceroldipalmitoíla)) NAGO (neuraminidase-galactose oxidase); na- noesferas ou nanopartículas de qualquer composição; NISVs (vesícu- las de tensoativo não iônico); PLEURANTY (B-glucano); PLGA, PGA e PLA (homo e copolímeros de ácido láctico e ácido glicólico; microesfe- ras/nanoesferas); PLURONIC L121TM; PMMA (metacrilato de polimeti- la)) PODDS'Y (microesferas proteinóides); derivados de polietileno carbamato; poli-rA: poli-rU (complexo de ácido poliadenílico-ácido po- liuridílico); polissorbato 80 (Tween 80); proteína cocleada (Avanti Polar Lipids, Inc., Alabaster, AL); STIMULONTY (QS-21); Quil-A (saponina Quil-A); S-28463 (4-amino-otec-dimetil-2-etoximetil-1H-imidazo[4,5 clquinoline-1-etanol); SAF-17Y ("formulação adjuvante Syntex"); Sendai proteolipossomas e matrizes lipídicas contendo Sendai; Span-85 (trio- leato de sorbitano); Specol (emulsão de Marcol 52, Span 85 e Tween 85); esqualeno ou RobaneO (2,6,10,15,19,23-hexametiltetracosan e 2,6,10,15,19,23-hexametil-2,6,10,14,18,22-tetracosaexano); estearilti-
rosina (cloridreto de octadeciltirosina); TheramidO (N-acetilglucosa- minil-N-acetilmuramil-L-Ala-D-isoGlu-L-Ala-dipalmitoxipropilamida); Theronil-MDP (Termurtide!Y ou [thr 1)-MDP; N-acetilmuramil-L-treonil- D-isoglutamina); partículas Ti (Ti-VLPs ou partículas semelhantes a vírus); lipossomas Walter-Reed (lipossomas contendo lipídio A adsor- vido em hidróxido de alumínio), e lipopeptídeos, incluindo Pam3Cys, em particular sais de alumínio, tais como Adju-phos, Alhydrogel, Rehy- dragel; emulsions, incluindo CFA, SAF, IFA, MF59, Provax, TiterMax, Montanide, Vaxfectin; copolimers, incluindo Optivax (CRL1005), L121, Poloxamer4010), etc.; lipossomas, incluindo Stealth, cocleados, inclu- indo BIORAL; adjuvantes derivados de planta, incluindo QS21, Quil A, Iscomatrix, ISCOM; adjuvantes adequados para a coestimulação inclu- indo Tomatine, biopolímeros, incluindo PLG, PMM, Inulina; adjuvantes derivados de micróbio, incluindo Romurtide, DETOX, MPL, CWS, Mannose, sequências de ácido nucleico CpG, CpG7909, ligantes de TLR 1-10 humano, ligantes de TLR 1-13 de murino, ISS-1018, 1C31, Imidazoquinolinas, Ampligen, Ribi529, IMOxine, IRIVs, VLPs, toxina da cólera, toxina lábil ao calor, Pam3Cis, Flagellin, âncora de GPI, LNFPIII/Lewis X, peptídeos antimicrobianos, UC-1V150, proteína de fusão RSV, cdiGMP; e adjuvantes adequados como antagonistas in- cluindo CGRP neuropeptídeo.
[00520] Os adjuvantes adequados também podem ser selecionados de compostos (poli)catiônicos, como aqui descritos, como agentes de complexação (consultar a seção por cabeçalho em "compostos (po- li)catiônicos e veículos"), em particular os peptídeos ou proteínas (po- liicatiônicos, polissacarídeos (poli)catiônicos, lipídios (poli)catiônicos ou veículos poliméricos aqui descritos. A associação ou complexação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da composição (farma- cêutica) ou vacina com esses compostos ou veículos (poli) catiônicos pode preferivelmente fornecer propriedades adjuvantes e conferir um efeito estabilizante.
[00521] A relação da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pa- ra o composto (poli)catiônico no componente adjuvante pode ser cal- culada com base na relação de nitrogênio/fosfato (relação N/P) de to- do o complexo, isto é, a relação de átomos carregados positivamente (nitrogênio) do composto (poli)catiônico para os átomos de fosfato car- regados negativamente da molécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00522] No que se segue, ao se referir a "RNA", entender-se-á que a respectiva divulgação é aplicável a outras moléculas de ácido nuclei- co artificial, mutatis mutandis.
[00523] Por exemplo, 1 ug de RNA pode conter cerca de 3 nmol de resíduos de fosfato, contanto que o dito RNA apresente uma distribui- ção estatística de bases. Além disso, 1 ug de peptídeo normalmente contém cerca de x nmol de resíduos de nitrogênio, dependendo do pe- so molecular e do número de aminoácidos básicos. Quando exem- plarmente calculado para (Arg)9 (peso molecular 1424 g/mol, 9 átomos de nitrogênio), 1 ug (Arg)9 contém cerca de 700 pmol (Arg)9 e, portanto, 700 x 9 = 6300 pmol de aminoácidos básicos = 6,3 nmol de átomos de nitrogênio. Para uma relação de massa de cerca de 1:1 RNA/(Arg)9, uma relação N/P de cerca de 2 pode ser calculada. Quando exem- plarmente calculado para a protamina (peso molecular de 4250 g/mol, 21 átomos de nitrogênio, quando a protamina do salmão é utilizada) com uma relação de massa de cerca de 2:1 com 2 ug de RNA, 6 nmol de fosfato deve ser calculado para o RNA; 1 ug de protamina contém cerca de 235 pmol de moléculas de protamina e, portanto, 235 x 21 = 4935 pmol de átomos de nitrogênio básico = 4,9 nmol de átomos de nitrogênio. Para uma relação de massa de cerca de 2:1 RNA/protami- na, uma relação N/P de cerca de 0,81 pode ser calculada. Para uma relação de massa de cerca de 8:1 RNA/protamina, pode ser calculada uma relação de N/P de cerca de 0,2. No contexto da presente inven-
ção, uma relação N/P está preferivelmente na faixa de cerca de 0,1 a 10, preferivelmente na faixa de cerca de 0,3 a 4 e o mais preferível na faixa de cerca de 0,5 a 2 ou 0,7 a 2 quanto à relação de RNA:peptídeo no complexo e mais preferivelmente na faixa de cerca de 0,7 a 1,5.
[00524] A composição (farmacêutica) ou vacina da presente inven- ção pode ser obtida em duas etapas separadas, a fim de obter tanto um efeito imunoestimulador eficiente quanto uma translação eficiente da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) compreendida pela refe- rida composição ou vacina (farmacêutica).
[00525] Em uma primeira etapa, um RNA é complexado com um composto (poli)catiônico em uma relação específica para formar um complexo estável ("complexado (RNA")). Nesse contexto, é importante que nenhum composto (poli)catiônico livre ou apenas uma pequena quantidade desprezível permaneça na fração do RNA complexado. Assim, a relação entre o RNA e o composto (poli)catiônico é tipica- mente selecionada em uma faixa em que o RNA é totalmente comple- xado e nenhum composto (poli)catiônico livre ou apenas uma quanti- dade desprezivelmente pequena permaneça na composição. De prefe- rência, a relação do RNA para o composto (poli)catiônico é seleciona- da a partir de uma faixa de cerca de 6:1 (p/p) a cerca de 0,25:1 (p/p), mais preferivelmente de cerca de 5:1 (p/p) a cerca de 0,5:1 (p/p), ainda mais preferivelmente de cerca de 4:1 (p/p) a cerca de 1:1 (p/p) ou de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 1:1 (p/p), e o mais preferível uma relação de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 2:1 (p/p).
[00526] Em uma segunda etapa, um RNA é adicionado ao RNA complexado para obter a composição (farmacêutica) ou vacina da in- venção. Nele, dito RNA adicionado está presente como RNA livre, pre- feriveimente como mRNA livre, que não é complexado por outros compostos. Antes da adição, o RNA livre não é complexado e, de pre- ferência, não sofrerá nenhuma reação de complexação detectável ou significativa após a adição ao RNA complexado. Isto é devido à forte ligação do composto (poli)catiônico ao RNA complexado. Por outras palavras, quando o RNA livre é adicionado ao RNA complexado, de preferência não está presente nenhum composto (poli)catiônico livre ou substancialmente livre, o que poderia formar um complexo com o referido RNA livre. Consequentemente, o RNA livre da composição ou vacina (farmacêutica) da invenção pode ser eficientemente transcrito in vivo.
[00527] Pode ser preferível que o RNA livre possa ser idêntico ou diferente do RNA complexado, dependendo dos requisitos específicos da terapia. Ainda mais preferivelmente, o RNA livre, que está compre- endido na composição (farmacêutica) ou vacina, é idêntico ao RNA de codificação de epitopo complexo, em outras palavras, a combinação, composição (farmacêutica) ou vacina compreende um RNA idêntico na forma tanto livre quanto complexa.
[00528] “Nas modalidades particularmente preferidas, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção compreende assim o RNA como aqui definido, em que dito RNA está presente na referida composição (farmacêutica) ou vacina parcialmente como RNA livre e parcialmente como RNA complexado. De preferência, o RNA como aqui definido, preferivelmente um mMRNA, é complexado como descrito acima e o mesmo (mM)RNA é então adicionado na forma de RNA livre, em que preferivelmente o composto que é utilizado para complexar o RNA não está presente na forma livre na composição no momento da adição do RNA livre.
[00529] A relação do RNA complexado e do RNA livre pode ser se- lecionada dependendo dos requisitos específicos de uma terapia parti- cular. Tipicamente, a relação do RNA complexado e do RNA livre é selecionada de modo que uma estimulação significativa do sistema imunológico inato seja provocada devido à presença do RNA comple-
xado. Paralelamente, a relação é selecionada de modo que uma quan- tidade significativa do RNA que codifica o epitopo livre possa ser for- necida in vivo, levando a uma translação e concentração eficientes da proteína de fusão antigênica expressa in vivo. Preferivelmente, a rela- ção do RNA complexado para o RNA livre na composição (farmacêuti- ca) ou vacina da invenção é selecionada de uma faixa de cerca de 5:1 (p/p) a cerca de 1:10 (p/p), mais preferivelmente de uma faixa de cerca de 4:1 (p/p) a cerca de 1:8 (p/p), ainda mais preferivelmente de uma faixa de cerca de 3:1 (p/p) a cerca de 1:5 (p/p) ou 1:3 (p/p), e mais pre- ferivelmente ao redor de 1:1 (p/p).
[00530] — Adicional ou alternativamente, a relação do RNA complexa- do e do RNA livre pode ser calculada com base na relação de nitrogê- nio/fosfato (relação N/P) de todo o complexo de RNA. No contexto da presente invenção, uma relação N/P está preferivelmente na faixa de cerca de 0,1 a 10, preferivelmente na faixa de cerca de 0,3 a 4 e mais preferivelmente na faixa de cerca de 0,5 a 2 ou 0,7 a 2 com respeito à relação de RNA:peptídeo no complexo, e o mais preferível na faixa de cerca de 0,7 a 1,5.
[00531] — Adicional ou alternativamente, a relação do RNA complexa- do e do RNA livre também pode ser selecionada com base na relação molar de ambos os RNAs entre si. Tipicamente, a relação molar do RNA complexado para o RNA livre pode ser selecionada de modo que a relação molar seja suficiente para as definições acima (p/p) e/ou N/P. Mais preferivelmente, a relação molar do RNA complexado para o RNA livre pode ser selecionada, por exemplo, a partir de uma relação molar de cerca de 0,001:1, 0,01:1, 0,1:1, 0,2:1, 0,3:1, 0,4:1, 0,5:1, 0,6:1, 0,7:1, 0,8:1, 0,9:1, 1:1, 1:0,9, 1:0,8, 1:0,7, 1:0,6, 1:0,5, 1:0,4, 1:0,3, 1:0,2, 1:0,1, 1:0,01, 1:0,001, etc. ou de qualquer faixa formada por quaisquer dois dos valores acima, por exemplo, uma faixa selecio- nado de cerca de 0,001:1 a 1:0,001, incluindo uma faixa de cerca de
0,01:1 a 1:0,001, 0,1:1 a 1:0,001, 0,2:1 a 1:0,001, 0,3:1 a 1:0,001, 0,4:1 a 1:0,001, 0,5:1 a 1:0,001, 0,6:1 a 1:0,001, 0,7:1 a 1:0,001, 0,8:1 a 1:0,001, 0,9:1 a 1:0,001, 1:1 a 1:0,001, 1:0,9 a 1:0,001, 1:08 a 1:0,001, 1:0,7 a 1:0,001, 1:0,6 a 1:0,001, 1:0,5 a 1:0,001, 1:04 a 1:0,001, 1:0,3 a 1:0,001, 1:0,2 a 1:0,001, 1:0,1 a 1:0,001, 1:0,01 a 1:0,001, ou uma faixa de cerca de 0,01:1 a 1:0,01, 0,1:1 a 1:0,01, 0,2:1 a 1:0,01, 0,3:1 a 1:0,01, 0,4:1 a 1:0,01, 0,5:1 a 1:0,01, 0,6:1 a 1:0,01, 0,7:1 a 1:0,01, 0,8:1 a 1:0,01, 0,9:1 a 1:0,01, 1:1 a 1:0,01, 1:0,9 a 1:0,01, 1:0,8 a 1:0,01, 1:0,7 a 1:0,01, 1:0,6 a 1:0,01, 1:0,5 a 1:0,01, 1:0,4 a 1:0,01, 1:0,3 a 1:0,01, 1:0,2 a 1:0,01, 1:0,1 a 1:0,01, 1:0,01 a 1:0,01, ou incluindo uma faixa de cerca de 0,001:1 a 1:0,01, 0,001:1 a 1:0,1, 0,001:1 a 1:0,2, 0,001:1 a 1:0,3, 0,001:1 a 1:0,4, 0,001:1 a 1:0,5, 0,001:1 a 1:0,6, 0,001:1 a 1:0,7, 0,001:1 a 1:0,8, 0,001:1 a 1:0,9, 0,001:1 a 1:1, 0,001 a 0,9:1, 0,001 a 0,8:1, 0,001 a 0,7:1, 0,001 a 0,6:1, 0,001 a 0,5:1, 0,001 a 0,4:1, 0,001 a 0,3:1, 0,001 a 0,2:1, 0,001 a 0,1:1, ou uma faixa de cerca de 0,01:1 a 1:0,01, 0,01:1 a 1:01, 0,01:1 a 1:0,2, 0,01:1 a 1:0,3, 0,01:1 a 1:0,4, 0,01:1 a 1:0,5, 0,01:1 a 1:0,6, 0,01:1 a 1:0,7, 0,01:1 a 1:0,8, 0,01:1 a 1:0,9, 0,01:1 a 1:1, 0,001 a 0,9:1, 0,001 a 0,8:1, 0,001 a 0,7:1, 0,001 a 0,6:1, 0,001 a 0,5:1, 0,001 a 0,4:1, 0,001 a 0,3:1, 0,001 a 0,2:1, 0,001 a 0,1:1, etc.
[00532] Ainda mais preferivelmente, a relação molar do RNA com- plexado para o RNA livre pode ser selecionada, por exemplo, de uma faixa de cerca de 0,01:1 a 1:0,01. Mais preferivelmente, a relação mo- lar do RNA complexado para o RNA livre pode ser selecionada, por exemplo, a partir de uma relação molar de cerca de 1:1. Qualquer uma das definições acima em relação à (p/p) e/ou relação N/P também po- de ser aplicada.
[00533] De acordo com modalidades preferidas, a composição (farmacêutica) ou vacina compreende outro ácido nucleico, de prefe- rência como um adjuvante.
[00534] Em conformidade, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção compreende ainda um ácido nucleico de não codificação, preferivelmente RNA, selecionado do grupo que consiste em pequeno RNA interferente (siRNA), RNA antisenso (asRNA), RNA circular (cir- cCcRNA), ribozimas, aptâmeros, riboswitches, RNA imunoestimulador (iSRNA), RNA de transferência (tRNA), RNA ribossômico (rRNA), RNA nuclear pequeno (snRNA), RNA nucleolar pequeno (snoRNA), mi- CroRNA (miRNA) e RNA de interação com Piwi (piRNA).
[00535] — No contexto da presente invenção, ácidos nucleicos de não codificação, preferivelmente RNAs, de interesse particular incluem áci- dos nucleicos "imunoestimuladores" ou "is", preferivelmente RNAs. Os ácidos nucleicos ou RNA "imunoestimuladores" ou "is" são tipicamente empregados como adjuvantes na composição (farmacêutica) ou vaci- na de acordo com a invenção.
[00536] De acordo com uma modalidade particularmente preferida, o ácido nucleico adjuvante compreende um ácido nucleico da seguinte fórmula (VI) ou (VII): GIXmGn (fórmula (VI)) em que: G é um nucleotídeo compreendendo guanina, uracila ou um análogo de guanina ou uracila; X é um nucleotídeo compreendendo guanina, uracila, ade- nina, timina, citosina ou seu análogo; L é um número inteiro de 1 a 40, em que quando | = 1 G é um nucleotídeo compreendendo guanina ou seu análogo; quando | > 1 pelo menos 50% dos nucleotídeos compreen- dem guanina ou seu análogo; m é um número inteiro e é pelo menos 3;
em que quando m = 3, X é um nucleotídeo compreendendo uracila ou seu análogo,
quando m > 3, ocorrem pelo menos 3 nucleotídeos sucessi- vos compreendendo uracilas ou análogos de uracila;
n é um número inteiro de 1 a 40, em que quando n = 1, G é um nucleotídeo que compreende guani- na ou seu análogo,
quando n > 1, pelo menos 50% dos nucleotídeos compre- endem guanina ou seu análogo;
CXmCn (fórmula (VII))
em que:
C é um nucleotídeo que compreende citosina, uracila ou um análogo de citosina ou uracila;
X é um nucleotídeo que compreende guanina, uracila, ade- nina, timina, citosina ou seu análogo;
| é um número inteiro de 1 a 40, em que quando | = 1, C é um nucleotídeo compreendendo citosina ou seu análogo,
quando | > 1, pelo menos 50% dos nucleotídeos compreen- dem citosina ou seu análogo;
m é um número inteiro e é pelo menos 3; em que quando m = 3, X compreende uracila ou seu análogo,
quando m > 3, pelo menos 3 nucleotídeos sucessivos com- preendem uracilas ou análogos de uracila ocorrem;
n é um número inteiro de 1 a 40, em que quando n = 1, C é um nucleotídeo que compreende citosina ou seu análogo, quando n > 1, pelo menos 50% dos nucleotídeos compre- endem citosina ou seu análogo.
[00537] Os ácidos nucleicos de fórmula (VI) ou (VII), que podem ser utilizados como isRNA podem ser moléculas de ácido nucleico relati- vamente curtas com um comprimento típico de aproximadamente 5 a 100 (mas também podem ser maiores do que 100 nucleotídeos para modalidades específicas, por exemplo, até 200 nucleotídeos), de 5 a 90 ou de 5 a 80 nucleotídeos, preferivelmente um comprimento de aproximadamente 5 a 70, mais preferivelmente um comprimento de aproximadamente 8 a 60 e, mais preferivelmente, um comprimento de aproximadamente 15 a 60 nucleotídeos, mais preferivelmente de 20 a 60, o mais preferivel de 30 a 60 nucleotídeos. Se o RNA de codifica- ção do epitopo (ou qualquer outro ácido nucleico, em particular o RNA, como aqui divulgado) possui um comprimento máximo de, por exem- plo, 100 nucleotídeos, m será tipicamente < 98.
[00538] O número de nucleotídeos "G" no ácido nucleico da fórmula (VI) é determinado por | ou n. l e n, independentemente um do outro, são ambos um número inteiro de 1 a 40, em que quando loun=1Gé um nucleotídeo compreendendo guanina ou seu análogo e quando | ou n > 1 pelo menos 50% dos nucleotídeos compreendem guanina ou seu análogo.
[00539] — Por exemplo, sem implicar qualquer limitação, quando | ou n = 4 Gl ou Gn pode ser, por exemplo, um GUGU, GGUU, UGUG, UUGG, GUUG, GGGU, GGUG, GUGG, UGGG ou GGGG, etc.; quan- do | ou n = 5 GI ou Gn pode ser, por exemplo, um GGGUU, GGUGU, GUGGU, UGGGU, UGGUG, UGUGG, UUGGG, GUGUG, GGGGU, GGGUG, GGUGG, GUGGG, UGGGG ou GGGGG, etc.
[00540] Um nucleotídeo adjacente a Xm no ácido nucleico de fór-
mula (VI) preferivelmente não compreende uracila.
[00541] Da mesma forma, o número de nucleotídeos "C" no ácido nucleico da fórmula (VII) é determinado por | ou n. l e n, independen- temente um do outro, são ambos um número inteiro de 1 a 40, em que quando | ou n = 1 C é um nucleotídeo compreendendo citosina ou seu análogo e quando | ou n > 1 pelo menos 50% dos nucleotídeos com- preendem citosina ou seu análogo.
[00542] — Por exemplo, sem implicar qualquer limitação, quando | ou n = 4, Cl ou Cn pode ser, por exemplo, um CUCU, CCUU, UCUC, UUCC, CUUC, CCCU, CCUC, CUCC, UCCOC ou CCCC, etc.; quando | ou n = 5 Cl ou Cn pode ser, por exemplo, um CCCUU, CCUCU, CUC- CU, UCCCU, UCCUC, UCUCC, UVUCCOC, CUCUC, CCCCU, CCCUC, CCOUCC, CUCCC, UCCOCC ou CCCCC, etc.
[00543] “Um nucleotídeo adjacente a Xm no ácido nucleico de fór- mula (VII) preferivelmente não compreende uracila. De preferência, para a fórmula (VI), quando | ou n > 1, pelo menos 60%, 70%, 80%, 90% ou mesmo 100% dos nucleotídeos compreendem guanina ou seu análogo, como definido acima.
[00544] Os nucleotídeos remanescentes para 100% (quando nucle- otídeos compreendendo guanina constituem menos de 100% dos nu- cleotídeos) nas sequências flanqueadoras G1 e/ou Gn são uridina ou seu análogo, conforme definido anteriormente. Também preferivelmen- te, l e n, independentemente um do outro, são ambos um número intei- ro de 2 a 30, mais preferivelmente um número inteiro de 2 a 20 e ainda mais preferivelmente um número inteiro de 2 a 15. O limite inferior de | ou n pode ser variado se necessário e é pelo menos 1, preferivelmente pelo menos 2, mais preferivelmente pelo menos 3, 4, 5, 6,7, 8, 92 ou
10. Esta definição se aplica correspondentemente à fórmula (VII).
[00545] — De acordo com uma outra modalidade preferida, o isRNA, como aqui descrito consiste em ou compreende um ácido nucleico de fórmula (VII!) ou (IX): (NuGIXmGnNy)a (fórmula (VIII) em que:
G é um nucleotídeo compreendendo guanina, uracila ou um análogo de guanina ou uracila, preferivelmente compreendendo gua- nina ou seu análogo;
X é um nucleotídeo compreendendo guanina, uracila, ade- nina, timina, citosina ou seu análogo, preferivelmente compreendendo uracila ou seu análogo;
N é uma sequência de ácido nucleico com um comprimento de cerca de 4 a 50, preferivelmente de cerca de 4 a 40, mais preferi- velmente de cerca de 4 a 30 ou 4 a 20 ácidos nucleicos, cada N sendo independentemente selecionado de um nucleotídeo compreendendo guanina, uracila, adenina, timina, citosina ou um seu análogo;
a é um número inteiro de 1 a 20, preferivelmente de 1 a 15, mais preferivelmente de 1 a 10;
| é um número inteiro de 1 a 40, em que quando | = 1, G é um nucleotídeo compreendendo guanina ou seu análogo,
quando | > 1, pelo menos 50% destes nucleotídeos com- preendem guanina ou seu análogo;
m é um número inteiro e é pelo menos 3; em que quando m = 3, X é um nucleotídeo compreendendo uracila ou seu análogo, e quando m > 3, pelo menos 3 nucleotídeos sucessivos com- preendendo uracilas ou análogos dos uracilas ocorrem;
n é um número inteiro de 1 a 40,
em que quando n = 1, G é um nucleotídeo compreendendo guanina ou seu análogo,
quando n > 1, pelo menos 50% desses nucleotídeos com-
preendem guanina ou seu análogo;
u,v pode ser independentemente um do outro um núme- ro inteiro de O a 50, de preferência em que quando u = O, v2 1, ou quando v= O0,u=>21; em que a molécula de ácido nucleico de fórmula (VIII) possui um com- primento de pelo menos 50 nucleotídeos, preferivelmente de pelo me- nos 100 nucleotídeos, mais preferivelmente de pelo menos 150 nucle- otídeos, ainda mais preferivelmente de pelo menos 200 nucleotídeos e o mais preferível de pelo menos 250 nucleotídeos,
(NUCIXmCnNy)a (fórmula (IX)) em que:
C é um nucleotídeo compreendendo citosina, uracila ou um análogo de citosina ou uracila, preferivelmente citosina ou seu aná- logo;
X é um nucleotídeo compreendendo guanina, uracila, adenina, timina, citosina ou seu análogo, preferivelmente compreen- dendo uracila ou seu análogo;
N é cada um uma sequência de ácido nucleico que possui independente um do outro um comprimento de cerca de 4 a 50, prefe- rivelmente de cerca de 4 a 40, mais preferivelmente de cerca de 4 a 30 ou 4 a 20 ácidos nucleicos, sendo cada N independentemente selecio- nado de um nucleotídeo guanina, uracila, adenina, timina, citosina ou um seu análogo;
a é um número inteiro de 1 a 20, preferivelmente de 1 a 15, mais preferivelmente de 1 a 10;
| é um número inteiro de 1 a 40, em que quando | = 1, C é um nucleotídeo compreendendo citosina ou seu análogo,
quando | > 1, pelo menos 50% destes nucleotídeos com- preendem citosina ou seu análogo;
m é um número inteiro e é pelo menos 3; em que quando m = 3, X é um nucleotídeo compreendendo uracila ou seu análogo, quando m > 3, pelo menos 3 nucleotídeos sucessivos com- preendendo uracilas ou análogos do uracila ocorrem; n é um número inteiro de 1 a 40, em que quando n = 1, C é um nucleotídeo compreendendo citosina ou seu análogo, quando n > 1, pelo menos 50% desses nucleotídeos com- preendem citosina ou seu análogo, u,v pode ser independentemente um do outro um núme- ro inteiro de 0 a 50, de preferência em que quando u = O, v 2 1, ou quando v = 0,u>21; em que a molécula de ácido nucleico de fórmula (IX) de acordo com a invenção possui um comprimento de pelo menos 50 nu- cleotídeos, preferivelmente de pelo menos 100 nucleotídeos, mais pre- ferivelmente de pelo menos 150 nucleotídeos, ainda mais preferivel- mente de pelo menos 200 nucleotídeos e o mais preferível de pelo menos 250 nucleotídeos.
[00546] Para a fórmula (IX), qualquer uma das definições dadas acima para os elementos N (isto é, Nu e Ny) e X (Xm), particularmente a estrutura central como definida acima, assim como para os números inteiros a, |, m, n, u e v, aplicam-se de maneira semelhante aos ele- mentos da fórmula (V) correspondentemente, em que na fórmula (IX) a estrutura central é definida por CIXmCn. A definição dos elementos limí- trofes Nu e Nv é idêntica às definições dadas acima para Nu e Nv.
[00547] Em particular, no contexto das fórmulas (VI) a (IX) acima, um "nucleotídeo" é entendido como uma molécula que compreende ou preferivelmente consiste em uma base nitrogenada (preferivelmente selecionada de adenina (A), citosina (C), guanina (G) ), timina (T) ou uracila (U), um açúcar pentose (ribose ou desoxirribose) e pelo menos um grupo de fosfato. "Nucleosídeos" consistem em uma nucleobase e um açúcar pentose (isto é, podem ser chamados de "nucleotídeos sem grupos de fosfato"). Assim, um "nucleotídeo" compreendendo uma ba- se específica (A, C, G, T ou U) também compreende preferivelmente o respectivo nucleosídeo (adenosina, citidina, guanosina, timidina ou uridina, respectivamente) além de um (dois, três ou mais) grupos de fosfato.
[00548] Isto é, o termo "nucleotídeos" inclui monofosfatos de nu- cleosídeo (AMP, CMP, GMP, TMP e UMP), difosfatos de nucleosídeo (ADP, CDP, PIB, TDP e UDP), trifosfatos de nucleosídeos (ATP, CTP, GTP, TTP e UTP). No contexto das fórmulas (VI) a (IX) acima, os mo- nofosfatos de nucleosídeo são particularmente preferidos. A expressão "um nucleotídeo compreendendo (...) ou seu análogo" refere-se a nu- cleotídeos modificados compreendendo uma cadeia principal modifi- cada (fosfato), açúcar de pentose ou nucleobases. Neste contexto, as modificações das nucleobases são particularmente preferidas. A título de exemplo, quando se refere "a um nucleotídeo compreendendo gua- nina, uracila, adenina, timina, citosina ou seu análogo", o termo "seu análogo" refere-se ao nucleotídeo e às nucleobases citadas, preferi- velmente às nucleobases citadas.
[00549] “Nas modalidades preferidas, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção compreende pelo menos um RNA imunoestimu- lador que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nuclei- co de acordo com a fórmula (VI) (GIXmGrn), fórmula (VII) (CXmCn), fór- mula (VII!) (NuGIXmGrNy)a, e/ou fórmula (IX) (Nu.CIXmCnNy)a). Nas mo- dalidades particularmente preferidas, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção compreende pelo menos um RNA imunoestimula- dor que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer SEQ ID NO, como mostrado nas WO2008 014979, WO2009030481, WO2009095226 ou WO2015149944.
[00550] Nas modalidades particularmente preferidas, a composição (farmacêutica) ou vacina da invenção compreende um complexo de carga de veículo polimérico, formado por um veículo polimérico, prefe- rivelmente compreendendo peptídeos catiônicos reticulados com dis- sulfeto, preferivelmente Cys-Arg12 e/ou Cys-Argi2-Cys, e pelo menos um isRNA, preferivelmente compreendendo ou consistindo em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer SEQ ID NO, co- mo mostrado nas WO2008014979, WO2009030481, WO2009095226 ou WO2015149944.
[00551] A composição (farmacêutica) ou vacina da invenção pode conter adicionalmente uma ou mais substâncias auxiliares, a fim de aumentar sua imunogenicidade ou capacidade imunoestimuladora, se desejável. Uma ação sinérgica do complexo de carga do veículo poli- mérico da invenção, como aqui definido, e de uma substância auxiliar, que pode estar opcionalmente contida na composição (farmacêutica) ou vacina da invenção como aqui definida, é de preferência assim al- cançada. Dependendo dos vários tipos de substâncias auxiliares, vá- rios mecanismos podem ser levados em consideração a esse respeito. Por exemplo, compostos que permitem a maturação de células dendrí- ticas (DCs), por exemplo, lipopolissacarídeos, TNF-alfa ou ligante CDA40, formam uma primeira classe de substâncias auxiliares adequa- das. Em geral, é possível utilizar como substância auxiliar qualquer agente que influencie o sistema imunológico na forma de um "sinal de perigo" (LPS, GP96 etc.) ou citocinas, tal como GM-CFS, que permi- tem uma resposta imune à ser intesificada e/ou influenciada de manei- ra direcionada. Substâncias auxiliares particularmente preferidas são citocinas, tais como monocinas, linfocinas, interleucinas ou quimioci- nas, que promovem ainda mais a resposta imune inata, tal como IL-1,
IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, 11-10, 11-12, 11-13, 11-14, IL- 15, IL-16, I1L-17, 11-18, I1L-19, 11-20, 11-21, 11-22, 11-23, 11-24, 11-25, IL- 26, 11-27, 11-28, 11-29, 11-30, 11-31, 11-32, 11-33, INF-alfa, IFN-beta, INF-gama, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, LT-beta ou TNF-alfa, fatores do crescimento, tais como hGH.
[00552] A composição (farmacêutica) ou vacina da invenção pode conter adicionalmente qualquer outro composto, que é conhecido por ser imunoestimulante devido à sua afinidade de ligação (como ligan- tes) aos receptores humanos tipo Toll TLR1, TLR2, TLR3, TLRA, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR1O, ou devido à sua afinidade de ligação (como ligantes) aos receptores tipo Toll de murino TLRI1, TLR2, TLR3, TLRA4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR1IO, TLR11, TLR12 ou TLR13.
[00553] A composição (farmacêutica) ou vacina da invenção pode conter adicionalmente ácidos nucleicos de CpG, em particular CpG- RNA ou CpG-DNA. Um CpG-RNA ou CpG-DNA pode ser um CpG- DNA de fita simples (SS CpG-DNA), um CpG-DNA de fita dupla (dsD- NA), um CpG-RNA de fita simples (ss CpG-RNA) ou um RNA CpG de fita dupla (ds CpG-RNA). O ácido nucleico de CpG está preferivelmen- te na forma de CpG-RNA, mais preferivelmente na forma de CPG-RNA de fita simples (ss CPG-RNA). O ácido nucleico de CpG contém, de preferência, pelo menos uma ou mais sequências de citosina/guanina dinucleotídeo (mitogênicas) (motivos de CpG). De acordo com uma primeira alternativa preferida, pelo menos um motivo de CpG contido nestas sequências, isto é, a C (citosina) e a G (guanina) do motivo de CpG, é não metilado. Todas as outras citosinas ou guaninas opcio- nalmente contidas nestas sequências podem ser metiladas ou não me- tiladas. De acordo com uma alternativa preferida adicional, no entanto, a C (citosina) e a G (guanina) do motivo de CpG também podem estar presentes na forma metilada.
Kit
[00554] Em um aspecto adicional, a presente invenção refere-se a um kit ou kit de partes compreendendo a molécula de ácido nucleico artificial (RNA) e/ou a composição (farmacêutica) ou vacina da inven- ção.
[00555] No kit ou kit de partes da invenção, a pelo menos uma mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA) na forma liofilizada ou líquida, opcionalmente junto com um ou mais veículos, excipientes ou outros agentes farmaceuticamente aceitáveis conforme descrito acima no contexto da composição farmacêutica.
[00556] —Opcionalmente, o kit ou kit de partes da invenção pode compreender pelo menos um agente adicional, como aqui definido no contexto da composição farmacêutica, agentes antimicrobianos, inibi- dores de RNAse, agentes solubilizantes ou similares.
[00557] O kitde partes pode ser um Kit de duas ou mais partes e tipicamente compreende seus componentes em recipientes adequa- dos. Por exemplo, cada recipiente pode estar na forma de frascos, gar- rafas, garafas de pressão, frascos de vidro, luvas seladas, envoltórios ou bolsas, tubos ou embalagens tipo blister ou qualquer outra forma adequada, contanto que o recipiente seja configurado para impedir a mistura prematura de componentes. Cada um dos diferentes compo- nentes pode ser fornecido separadamente, ou alguns dos diferentes componentes podem ser fornecidos juntos (isto é, no mesmo recipien- te).
[00558] “Um recipiente também pode ser um compartimento ou uma câmara dentro de um frasco, um tubo, um frasco de vidro ou um envol- tório ou uma luva, ou uma embalagem tipo blister ou uma garrafa, con- tanto que os conteúdos de um compartimento não sejam capazes de se associar fisicamente com os conteúdos de outro compartimento an- tes de sua mistura deliberada por um farmacêutico ou médico.
[00559] O kitde partes pode, além disso, conter instruções técnicas com informações sobre a administração e dosagem de qualquer um de seus componentes. Uso médico e tratamento
[00560] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) ou a composi- ção (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção pode ser utilizado para propósitos médicos humanos e também para veterinários, preferivel- mente para propósitos médicos humanos.
[00561] — De acordo com um aspecto adicional, a invenção refere-se assim à molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (far- macêutica) ou vacina ou kit da invenção para uso como medicamento.
[00562] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção pode ser utilizado para tra- tamento de doenças genéticas, câncer, doenças autoimunes, doenças inflamatórias e doenças infecciosas, ou outras doenças ou condições.
[00563] De acordo com um aspecto adicional, a invenção desse modo se refere à molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composi- ção (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção para uso em um mé- todo de tratamento de doenças genéticas, câncer, doenças autoimu- nes, doenças inflamatórias, e doenças infecciosas ou outras doenças ou condições.
[00564] A "terapia de genes" preferivelmente envolve a modulação (isto é, restauração, aprimoramento, diminuição ou inibição) da ex- pressão gênica em um indivíduo, a fim de alcançar um efeito terapêu- tico. Para este fim, a terapia de genes tipicamente abrange a introdu- ção de ácidos nucleicos nas células. O termo geralmente se refere à manipulação de um genoma para fins terapêuticos e inclui o uso de tecnologias de edição de genoma para correção de mutações que pro- vocam doenças, a adição de genes terapêuticos ao genoma, a remo- ção de genes deletérios ou sequências de genoma e a modulação da expressão gênica. A terapia de genes pode envolver transformação in vivo ou ex vivo das células hospedeiras.
[00565] O termo "tratamento" ou "tratando" de uma doença inclui a prevenção ou proteção contra a doença (isto é, fazendo com que os sintomas clínicos não se desenvolvam); inibição da doença (interrom- per ou suprimir o desenvolvimento de sintomas clínicos); e/ou aliviar a doença (isto é, provocar a regressão dos sintomas clínicos). Como se- rá observado, nem sempre é possível distinguir entre "prevenir" e "su- primir" uma doença ou distúrbio, uma vez que o evento ou eventos in- dutivos definitivos podem ser desconhecidos ou latentes. Consequen- temente, o termo "profilaxia" será entendido de constituir um tipo de "tratamento" que engloba tanto a "prevenção" quanto a "supressão". O termo "tratamento" inclui assim a "profilaxia".
[00566] O termo "pessoa", "paciente" ou "indivíduo", conforme utili- zado nesta invenção, geralmente inclui seres humanos e animais não humanos e, de preferência, mamíferos (por exemplo, primatas não humanos, incluindo saguis, micos, macaco-aranha, macaco-coruja, macaco vervet, macaco esquilo e babuínos, macacos, chimpanzés, orangotangos, gorilas; vacas; cavalos; ovelhas; porcos; galinha; gatos; cães; camundongos; ratos; coelhos; porquinhos-da-índia; etc.), inclu- indo animais quiméricos e transgênicos e modelos de doença. No con- texto da presente invenção, o termo "indivíduo" refere-se preferivel- mente a um primata não humano ou ser humano, mais preferivelmente um ser humano.
[00567] Em conformidade, a presente invenção fornece ainda mé- todos de tratamento de uma doença como aqui divulgado, mediante a administração a um indivíduo com sua necessidade de uma quantida- de farmaceuticamente eficaz da molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit. Tais métodos po- dem compreender uma primeira etapa opcional de preparação da mo-
lécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, composição (far- macêutica) ou vacina ou kit, e uma segunda etapa, compreendendo a administração (uma quantidade farmaceuticamente eficaz) do referido ácido nucleico artificial (RNA) molécula, composição (farmacêutica) ou vacina ou kit a um paciente/indivíduo com sua necessidade. Vias de administração
[00568] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, a composição (farmacêutica) ou vacina ou kit pode ser administrada, por exemplo, sistêmica ou localmente.
[00569] As vias para administração sistêmica em geral incluem, por exemplo, vias de administração transdérmicas, orais, parenterais, in- cluindo injeções subcutâneas, intravenosas, intramusculares, intra- arterial, intradérmica e intraperitoneal e/ou intranasais.
[00570] As vias para administração local em geral incluem, por exemplo, vias de administração tópica, mas também injeções intra- dérmicas, transdérmicas, subcutâneas ou intramusculares ou injeções intralesionais, intratumorais, intracranianas, intrapulmonais, intracardi- ais e sublinguais.
[00571] —Nocaso onde mais do que uma molécula diferente de ácido nucleico artificial (RNA) deve ser administrada, diferentes vias de ad- ministração para cada uma de ditas moléculas de ácido nucleico artifi- cial (RNA) diferentes podem ser utilizadas.
[00572] De acordo com as modalidades preferidas, a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit é administrada por uma via parenteral, preferivelmente por vias in- tradérmicas, subcutâneas ou intramusculares. De preferência, dita mo- lécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit pode ser administrada por injeção, por exemplo, injeção subcutânea, intramuscular ou intradérmica, que pode ser injeção sem agulha e/ou com agulha. Consequentemente, nas modalidades prefe-
ridas, o uso médico e/ou método de tratamento de acordo com a pre- sente invenção envolve a administração da referida molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit através da injeção subcutânea, intramuscular ou intradérmica, preferi- velmente por injeção intramuscular ou intradérmica, mais preferivel- mente por injeção intradérmica. Tal injeção pode ser realizada utilizan- do injeção convencional de agulha ou injeção de jato (sem agulha), preferivelmente utilizando injeção de jato (sem agulha). Regime de administração
[00573] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção pode ser administrada a um indivíduo com sua necessidade várias vezes ao dia, diariamente, todos os dias, semanalmente ou mensalmente; e pode ser administra- da sequencial ou simultaneamente.
[00574] No caso em que diferentes moléculas de ácido nucleico ar- tificial (RNA) são administradas, ou a composição (farmacêutica) ou vacina ou kit compreende vários componentes, por exemplo, diferen- tes moléculas de ácido nucleico artificial (RNA) e, opcionalmente, agentes ativos adicionais, conforme aqui descrito, cada componente pode ser administrado simultaneamente (ao mesmo tempo através das mesmas ou diferentes vias de administração) ou separadamente (em diferentes momentos através das mesmas ou de diferentes vias de administração). Um tal esquema de administração sequencial também é chamado de administração "escalonada pelo tempo". A administra- ção escalonada pelo tempo pode significar que uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção é administrada por exemplo, an- tes, simultânea ou subsequente a uma molécula de ácido nucleico arti- ficial (RNA) diferente da invenção, ou qualquer outro agente ativo adi- cional. Dose
[00575] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção pode preferivelmente ser administrada em uma quantidade segura e terapeuticamente eficaz.
[00576] “Como aqui utilizado, "quantidade segura e (terapeuticamen- te) eficaz" significa uma quantidade dos agentes ativos que é suficien- te para provocar uma resposta biológica ou medicinal desejada em um tecido, sistema, animal ou ser humano que está sendo procurada. Uma quantidade segura e terapeuticamente eficaz é preferivelmente suficiente para induzir uma modificação positiva da doença a ser trata- da, isto é, para aliviar os sintomas da doença a ser tratada, reduzir a progressão da doença ou prevenir a profilaxia dos sintomas da doen- ça. Ao mesmo tempo, no entanto, uma "quantidade segura e terapeu- ticamente eficaz" é preferivelmente pequena o suficiente para evitar efeitos colaterais graves, isto é, para permitir uma conexão sensata entre vantagem e risco.
[00577] Uma "quantidade segura e (terapeuticamente) eficaz" tam- bém variará em conexão com a condição particular a ser tratada e também com a idade, condição física, peso corporal, sexo e dieta do paciente a ser tratado, a gravidade da condição, a duração do trata- mento, a natureza da terapia acompanhante, do veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável particular utilizado, o regime de tratamen- to e fatores semelhantes.
[00578] Uma "quantidade segura e (terapeuticamente) eficaz" da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) pode, além disso, ser sele- cionada dependendo do tipo de molécula de ácido nucleico artificial (RNA), por exemplo, RNA monocistrônico, bi ou mesmo multicistrôni- co, uma vez que um RNA bi ou mesmo multicistrônico pode levar a uma expressão significativamente mais elevada do (poli)peptídeo ou proteína codificado de interesse com uma quantidade igual de um RNA monocistrônico.
[00579] A eficácia terapêutica e a toxicidade da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, composição (farmacêutica) ou vacina ou kit podem ser determinadas por procedimentos farmacêuti- cos padrão em culturas de células ou animais experimentais, por exemplo, para determinar a LD50 (a dose letal para 50% da popula- ção) e a ED50 (a dose terapeuticamente eficaz em 50% da popula- ção). Modelos animais exemplares adequados para determinar uma "quantidade segura e (terapeuticamente) eficaz de moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composições (farmacêuticas) ou kits divulga- dos nesta invenção incluem, sem implicar qualquer limitação, coelho, ovelha, camundongo, rato, cachorro e modelos de primatas não hu- manos. A relação da dose entre os efeitos tóxicos e terapêuticos é o índice terapêutico e pode ser expressa como a relação de LD50/ED50. Moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composições (farmacêuti- cas) ou kits que apresentam grandes índices terapêuticos são geral- mente preferidos. Os dados obtidos nos ensaios de cultura de células e estudos em animais podem ser utilizados na formulação de uma fai- xa de dosagem para uso em seres humanos. A dosagem de tais com- postos encontra-se preferivelmente dentro de uma faixa de concentra- ções circulantes que incluem a ED50 com pouca ou nenhuma toxici- dade.
[00580] Por exemplo, doses terapeuticamente eficazes da molécula de ácido nucleico artificial (RNA) da invenção, composição (farmacêu- tica) ou vacina ou kit aqui descritos podem variar de cerca de 0,001 mg a 10 mg, preferivelmente de cerca de 0,01 mg a 5 mg, mais prefe- rivelmente de cerca de 0,1 mg a 2 mg por unidade de dosagem ou de cerca de 0,01 nmol a 1 mmol por unidade de dosagem, em particular de 1 nmol a 1 mmol por unidade de dosagem, preferivelmente de 1 upmol a 1 mmol por unidade de dosagem. Também está previsto que a dose terapeuticamente eficaz da molécula de ácido nucleico artificial
(RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção possa variar (por kg de peso corporal) de cerca de 0,01 mg/kg a 10 g/Kkg, pre- ferivelmente de cerca de 0,05 mg/kg a 5 g/Kkg, mais preferivelmente de cerca de 0,1 mg/kg a 2,5 g/Kkg. Doenças genéticas
[00581] Nas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit são utiliza- das para tratamento ou profilaxia de doenças genéticas.
[00582] Como aqui utilizado, o termo "doença genética" inclui qual- quer doença, distúrbio ou condição provocada, caracterizada ou rela- cionada a anormalidades (isto é, desvios do estado tipo selvagem, saudável e não sintomático) no genoma. Tais anormalidades podem incluir uma alteração no número de cópias cromossômicas (por exem- plo, aneuploidia) ou uma parte destas (por exemplo, eliminações, du- plicações, amplificações); ou uma alteração na estrutura cromossômi- ca (por exemplo, translocações, mutações pontuais). A anomalia dos genomas pode ser hereditária (recessiva ou dominante) ou não heredi- tária. As anomalias genômicas podem estar presentes em algumas células de um organismo ou em todas as células desse organismo e incluem anormalidades autossômicas, ligadas ao X, ligadas ao Y e mi- tocondriais.
[00583] Além disso, a presente invenção permite tratar todas as do- enças, doenças hereditárias ou doenças genéticas como mencionado na WO 2012/013326 A1, que é aqui incorporada por referência na sua totalidade. Câncer
[00584] Nas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit são utiliza- das para tratamento ou profilaxia do câncer.
[00585] — Como utilizado nesta invenção, o termo "câncer" refere-se a uma neoplasia caracterizada pela proliferação descontrolada e geral- mente rápida de células que tendem a invadir o tecido circundante e a metastizar para locais distantes do corpo. O termo abrange neoplasias benignas e malignas. A malignidade nos cânceres é tipicamente carac- terizada por anaplasia, invasividade e metástase; enquanto que as malignidades benignas normalmente não possuem nenhuma dessas propriedades. Os termos incluem neoplasias caracterizadas pelo cres- cimento de tumores, assim como cânceres de sangue e sistema linfá- tico.
[00586] Em algumas modalidades, moléculas de ácido nucleico arti- ficial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit de acordo com a invenção podem ser utilizadas como um medicamento, em par- ticular para o tratamento de doenças de tumores ou câncer. Neste contexto, o tratamento envolve preferivelmente aplicação intratumoral, especialmente por injeção intratumoral. Consequentemente, as molé- culas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit de acordo com a invenção podem ser utilizadas para a preparação de um medicamento para o tratamento de doenças tumo- rais ou cancerígenas, dito medicamento sendo particularmente ade- quado para aplicação intratumoral (administração) para tratamento de doenças tumorais ou cancerígenas.
[00587] De preferência, as doenças tumorais e cancerígenas, como aqui mencionado, são selecionadas de doenças tumorais ou cancerí- genas que incluem, de preferência, por exemplo, Leucemia linfoblásti- ca aguda, Leucemia mielóide aguda, Carcinoma adrenocortical, Cân- cer relacionado à AIDS, Linfoma relacionado à AIDS, Câncer anal, Câncer de apêndice, Astrocitoma, Carcinoma basocelular, Câncer do ducto biliar, Câncer de bexiga, Câncer ósseo, Osteossarcoma/Histi- ocitoma fibroso maligno, glioma do tronco cerebral, Tumor cerebral, astrocitoma cerebelar, astrocitoma cerebral/glioma maligno, ependi-
moma, meduloblastoma, tumores neuroectodérmicos primitivos supra- tentorial, via visual e glioma hipotalâmico, Câncer de mama, adeno- mas/carcinoides brônquicos, linfoma de Burkitt, tumor carcinóide de infância, tumor carcinóide gastrointestinal, carcinoma do sistema ner- voso central tumor carcinoide primário desconhecido, primário, linfo- ma, astrocitoma cerebral da infância, astrocitoma cerebral da infân- cia/glioma maligno, câncer do colo do útero, câncer na infância, leu- cemia linfocítica crônica, leucemia mielóide crônica, distúrbios mielo- proliferativos crônicos, câncer de cólon, linfoma cutâneo de células T, pequeno tumor de células redondas desmoplástico, câncer do endo- métrio, Ependimoma, Câncer de esôfago, Sarcoma de Ewing na famí- lia de tumores Ewing, Tumor de células germinativas extracranianas na infância, Tumor de células germinativas extragonadal, Câncer de ducto biliar extra-hepático, Melanoma intraocular, Retinoblastoma, Câncer de vesícula biliar, Câncer gástrico (estômago), Tumor carcinói- de gastrointestinal, tumor de estroma gastrointestinal (GIST), tumor de células germinativas extracranianas, extragonadais ou ovarianas, tu- mor trofoblástico gestacional, glioma do tronco cerebral, astrocitoma cerebral infantil, via visual infantil e glioma hipotalâmico, carcinóide gástrico, leucemia de células pilosas, câncer de cabeça e pescoço, Câncer cardíaco, câncer hepatocelular (fígado), linfoma de Hodgkin, câncer hipofaríngeo, glioma hipotalâmico e da via visual da infância, melanoma intraocular, carcinoma de células das ilhotas (pâncreas en- dócrino), sarcoma de Kaposi, câncer de rim (câncer de células renais), câncer de laringe, leucemias, Leucemia linfoblástica aguda, Leucemia mielóide aguda, Leucemia linfocítica crônica, Leucemia mielóide crôni- ca, leucemia de células pilosas, câncer de lábio e cavidade oral, lipos- sarcoma, câncer de fígado, câncer de pulmão de células não peque- nas, câncer de pulmão de células pequenas, linfomas, linfoma relacio- nado à AIDS, linfoma de Burkitt, linfoma cutâneo de células T, linfoma de Hodgkin, linfomas não Hodgkin, Linfoma do Sistema Nervoso Cen- tral Primário, Macroglobulinemia de Waldenstrôm, Histiocitoma fibroso maligno dos ossos/osteossarcoma, Meduloblastoma infantil, Melano- ma, Melanoma intraocular (olho), Carcinoma de células de Merkel, Mesotelioma maligno do adulto, Mesotelioma da infância, Câncer de pescoço escamoso metastático com primário oculto, câncer de boca, síndrome da neoplasia endócrina múltipla na infância, mieloma múlti- plo/neoplasia de células plasmáticas, micose fungóide, síndromes mi- elodisplásicas, doenças mielodisplásicas/mieloproliferativas, leucemia mielóide crônica, Leucemia Mielóide Aguda do Adulto, Leucemia Mie- lóide Aguda na Infância, Mieloma Múltiplo (Câncer da Medula Óssea), Distúrbios mieloproliferativos cronicos, Câncer de cavidade nasal e seio paranasal, Carcinoma nasofaríngeo, Neuroblastoma, Câncer bu- cal, Câncer orofaríngeo, Osteossarcoma/histiocitoma fibroso maligno dos ossos, Câncer de ovário, Câncer epitelial de ovário (Tumor epiteli- al-estromal de superfície), Tumor de células germinativas no ovário, Tumor de células germinativas no ovário, Câncer de pâncreas, Câncer de pâncreas de células da ilhota, câncer de seio paranasal e cavidade nasal, Câncer de paratireóide, Câncer de pênis, Câncer de faringe, Feocromocitoma, Astrocitoma pineal, Germinoma pineal, Pineoboblas- toma da infância e tumores neuroectodérmicos primitivos supratentori- ais, Adenoma pituitário, neoplasia de células plasmáticas/mieloma múltiplo, Blastoma pleuropulmonar, Linfoma primário do sistema ner- voso central, Câncer de próstata, Câncer retal, Carcinoma de células renais (câncer renal), Câncer da pelve renal e uréter, Retinoblastoma, Rabdomiossarcoma infantil, Câncer de glândula salivar, Sarcoma da família Ewing de tumores, Sarcoma de Kaposi, sarcoma de tecidos moles, sarcoma uterino, síndrome de Sézary, Câncer de pele (não me- lanoma), Câncer de pele (melanoma), Carcinoma de células de Mer- kel, Câncer de intestino delgado, Carcinoma de células escamosas,
Câncer de pescoço escamoso com oculto primário, Tumor neuroecto- dérmico primitivo supratentorial da infância, Câncer testicular, Câncer de garganta, Timoma infantil, Timoma e carcinoma tímico, câncer de tireóide, câncer de tireóide infantil, câncer de células de transição da pelve renal e do uréter, tumor trofoblástico gestacional, câncer de ure- tra, câncer endometrial do útero, sarcoma uterino, câncer de vagina, Via visual da infância e glioma hipotalâmico, câncer de vulva, macro- globulinemia de Waldenstrôm e tumor de Wilms na infância (câncer de rim).
[00588] — Além disso, a presente invenção permite tratar todas as doen- ças ou doenças cancerígenas como mencionado nas WO 2012/013326 A1 ou WO 2017/109134 A1, que são aqui incorporadas por referência na sua totalidade. Doenças infecciosas
[00589] Nas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit são utiliza- das para tratamento ou profilaxia de doenças infecciosas.
[00590] O termo "infecção" ou "doença infecciosa" refere-se à inva- são e multiplicação de microrganismos tais como bactérias, vírus e pa- rasitas que normalmente não estão presentes no corpo. Uma infecção pode não provocar sintomas e ser subclínica, ou pode provocar sinto- mas e ser clinicamente aparente. Uma infecção pode permanecer lo- calizada ou pode se espalhar pelo sangue ou sistema linfático para se tornar sistêmica. As doenças infecciosas, neste contexto, incluem pre- ferivelmente doenças infecciosas virais, bacterianas, fúngicas ou pro- tozoológicas.
[00591] Em particular, doenças infecciosas podem ser selecionadas de infecções por Acinetobacter, doença do sono na África (tripanos- somíase africana), AIDS (síndrome da imunodeficiência adquirida), amebíase, anasmosmose, antraz, apendicite, infecções por Arcano-
bacterium haemolyticum, febre hemorrágica Argentina, ascaridíase, aspergilose, infecções por astrovírus, Pé de atleta, Babesiose, Infec- ções por Bacillus cereus, Meningite bacteriana, Pneumonia bacteriana, Vaginose bacteriana (BV), Infecções por bacteróides, Balantidíase, Infecções por Baylisascaris, Bilharziose, Infecções por vírus BK, Black piedra, Infecções por Blastocystis hominis, Blastomicose, febre hemor- rágica Boliviana, infecções por Borrelia (Borreliose), Botulismo (e botu- lismo infantil), tênia bovina, febre hemorrágica brasileira, Brucelose, infecções por Burkholderia, úlcera de Buruli, infecções por Calicivírus (Norovírus e Sapovírus), Campilobacteriose, Candidíase (Candidose), infecções por tênia canina, doença por arranhadura do gato, Doença de Chagas (American trypanosomiasis), Cancróide, Varicela, Infec- ções por Clamídia, Infecções por Chlamydia trachomatis, Infecções por Chlamydophila pneumoniae, Cólera, Cromoblastomicose, Bubo climático, Clonorciase, Infecções por Clostridium difficile, Coccidioido- micose, Resfriado, Febre do carrapato do Colorado (CTF); resfriado comum (rinofaringite viral; Coriza aguda), Condyloma acuminata, Con- juntivite, doença de Creutzfeldt-Jakob (DCJ), Febre hemorrágica da Crimeia-Congo (CCHF), Criptococose, Criptosporidiose, Larva migrans cutânea (CLM), Leishmaniose Cutânea, Infecções por Ciclosporíase, Cisticercose, Citomegalovírus, febre da dengue, Dermatofitose, Dien- tamomebíase, Difteria, Difilobotriase, Donavanosis, Dracunculiase, Meningoencefalite do início do verão (FSME), Febre hemorrágica do Ebola, Equinococose, Erliquiose, Enterobiose (infecções por lombriga), infecções por enterococo, infecções por enterovírus, Tifo epidêmico, Epiglotite, Mononucleose infecciosa do vírus Epstein-Barr, Eritema in- feccioso (Quinta doença), Exantema subitum, Fasciolopsíase, Fascio- lose, Insônia familiar fatal (FFI), Quinta doença, Filariose, Intoxicação por peixes (Ciguatera), tênia de peixe, gripe, envenenamento alimentar por Clostridium perfringens, tênia da raposa, infecções de ameba de vida livre, infecções por Fusobacterium, gangrena gasosa, geotricose, síndrome de Gerstmann-Straussler-Scheinker (GSS), giardíase, glân- dulas, gnatostomíase, gonorreia, granuloma inguinal (Donovanosis) Infecções estreptocócicas do grupo A, Infecções estreptocócicas do grupo A, infecções por Haemophilus influenzae, febre aftosa (HFMD), Síndrome Pulmonar por Hantavírus (HPS), infecções por Helicobacter pylori, síndrome Hemolítico-Urêmica (HUS), febre hemorrágica com síndrome renal (HFRS), infecções por Henipavírus, Hepatite A, Hepati- te B, Hepatite C, Hepatite D, Hepatite E, Herpes simplex, Herpes sim- plex tipo |, Herpes simplex tipo Il, Herpes zoster, Histoplasmose, Ver- rugas ocas, infecções por tênia, infecções por bocavírus humano, erli- quiose ewingii humana, anaplasmose granulocítica humana (HGA), infecções por metapneumovírus humano, erliquiose monocítica huma- na, infecções por papilomavírus humano (HPV), infecções por vírus da parainfluenza humana, hymenolepíase, influenza, isosporíase, encefa- lite japonesa, doença de Kawasaki, queratite, infecções por Kingella kingae, Kuru, lamblíase (giardíase), febre de Lassa, legionelose (do- ença dos legionários, febre Pontiac), Leishmaniose, hanseníase, lep- tospirose, piolhos, listeriose, borreliose de Lyme, doença de Lyme, fila- riase linfática (Elefantíase). coriomeningite linfocítica, Malária, febre hemorrágica de Marburg (MHF), vírus de Marburg, sarampo, melioido- se (doença de Whitmore), meningite, doença meningocócica, metago- nimíase, microsporidiose, tênia em miniatura, aborto espontâneo (in- flamação da próstata), molusco contagioso (MC), Mononucleose, ca- xumba, tifo de murino (tifo endêmico), micetoma, Mycoplasma hominis, pneumonia por micoplasma, miíase, dermatite por banhador/fralda, conjuntivite neonatal (Ophthalmia neonatorum), sepse neonatal (corio- amnionite), nocardiose, Noma, infecções por vírus Norwalk, oncocer- cose (cegueira do rio), osteomielite, otite média, paracoccididomicose (blastomicose na América do Sul), Paragonimiase, Paratifo, Pasteure-
lose, Pediculosis capitis (piolhos), Pediculosis corporis (Piolhos corpo- rais), Pediculose pubis (Piolhos pubianos, Piolhos de caranguejo), Do- ença inflamatória pélvica (DIP), coqueluche (tosse convulsa), febre glandular de Pfeiffer, Praga, Infecções pneumocócicas, Pneumocystis pneumonia (PCP), Pneumonia, Polio (claudicação infantil), Poliomieli- te, tênia de porcino, Infecções Prevotella, Meningoencefalite amebiana primária (PAM), Leucoencefalopatia multifocal progressiva, Pseudo- croup, Psittacosis, febre Q, febre de coelho, raiva, febre de mordida de rato, síndrome de Reiter, infecções por vírus sincicial respiratório (RSV), rinosporidiose, infecções por rinovírus, infecções por Rickettsi- al, Rickettsialpox, febre do Vale do Rift (RVF), febre maculosa (RMSF), infecções por rotavírus, rubéola, Salmonella paratyphus, Salmonella typhus, salmonelose, SARS (Síndrome Respiratória Aguda Grave), sarna, escarlatina, esquistossomose (Bilharziose), tifo por fricção, Sepse, Shigellosis (disenteria bacilar), herpes-zóster, Varíola, cancro venéreo mole, Esporotricose, Intoxicação por alimentos estafilocóci- cos, Infecções estafilocócicas, Estrongiloidíase, Sífilis, Teníase, Téta- no, Febre de três dias, Encefalite transmitida por carrapatos, Tinea barbae (coceira de Barber), Tinea capitis (Micose do couro cabeludo), Tinea corporis (Micose do corpo), Tinea cruris (coceira de atleta), Ti- nea manuum (Micose da mão), Tinea nigra, Tinea pedis (pé de atleta), Tinea unguium (Onicomicose), Tinea versicolor (Pitiríase versicolor), Toxocaríase (Larva Migrans Ocular (OLM) e Larva Migrans Visceral (VLM)), Toxoplasmose, Triquinelose, Tricomoníase, Tricuríase (infec- ções por minhoca), Tripper, Tripanossomíase (doença do sono), Do- ença de Tsutsugamushi, Tuberculose, Tularemia, Tifo, Febre do tifo, Infecções por Ureaplasma urealyticum, Vaginite (colpite), Doença vari- ante de Creutzfeldt-Jakob (vCJD, nvCJD), encefalite equina venezue- lana, febre hemorrágica venezuelana, pneumonia viral, Leishmaniose Visceral, verrugas, Febre do Nilo, encefalite equina ocidental, piedra branca (Tinea blanca), tosse convulsa, manchas de fungos de levedu- ra, febre amarela, infecções por Yersinia pseudotuberculosis, yersini- ose e zigomicose.
[00592] “Outras doenças infecciosas incluem infecções provocadas por Acinetobacter baumannii, Anaplasma genus, Anaplasma phago- cytophilum, Ancylostoma braziliense, Ancylostoma duodenale, Arca- nobacterium haemolyticum, Ascaris lumbricoides, Aspergillus genus, Astroviridae, Babesia genus, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Barto- nella henselae, vírus BKs, Blastocystis hominis, Blastomyces dermati- tidis, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Borrelia genus, Borrelia spp, Brucella genus, Brugia malayi, Bunyaviridae family, Burkholderia cepacia e outras espécies Burkholderia, Burkholderia mallei, Burkhol- deria pseudomaliei, Caliciviridae family, Campylobacter genus, Candi- da albicans, Candida spp, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci, CJD príon, Clonorchis sinensis, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium perfringens, Clostridium spp, Clostridium tetani, Coccidioi- des spp, coronaviruses, Corynebacterium diphtheriae, Coxiella burne- til, vírus da febre hemorrágica da Crimeia-Congo, Cryptococcus neo- formans, Cryptosporidium genus, Citomegalovírus, vírus da Dengue (DEN-1, DEN-2, DEN-3 e DEN), Dientamoeba fragilis, Ebolavírus (EBOV), Echinococcus genus, Ehrlichia chaffeensis, Ehrlichia ewingii, Ehrlichia genus, Entamoeba histolytica, Enterococcus genus, Enterovi- rus genus, Enteroviruses, principalmente vírus Coxsackie A e Enteroví- rus 71 (EV71), Epidermophyton spp, vírus Epstein-Barr (EBV), Esche- richia coli 0157:H7, 0111 ed O104:H4, Fasciola hepatica e Fasciola gigantica, FFI príon, superfamília Filarioidea, Flavivírus, Francisella tularensis, Fusobacterium genus, Geotrichum candidum, Giardia intes- tinalis, Gnathostoma spp, GSS príon, vírus Guanarito, Haemophilus ducreyi, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Henipavirus
(Hendra virus Nipah virus), vírus da Hepatite A, vírus da Hepatite B, vírus da Hepatite C, vírus da Hepatite D, vírus da Hepatite E, vírus da Herpes simplex 1 e 2 (HSV-1 e HSV-2), Histoplasma capsulatum, HIV (vírus da imunodeficiência humana), Hortaea werneckii, bocavírus hu- mano (HBoV), herpesvírus humano 6 (HHV-6) e Herpesvírus humano 7 (HHV-7), metapneumovírus humano (hMPV), papilomavírus humano (HPV), vírus da parainfluenza humana (HPIV), vírus da encefalite ja- ponesa, vírus JC, vírus Junin, Kingella kingae, Klebsiella granulomatis, Kuru príon, vírus Lassa, Legionella pneumophila, Leishmania genus, Leptospira genus, Listeria monocytogenes, vírus da coriomeningite lin- focítica (LCMV), vírus Machupo, Malassezia spp, vírus Marburg, vírus do sarampo, Metagonimus yokagawai, Microsporidia phylum, vírus Molluscum contagiosum (MCV), vírus da caxumba, Mycobacterium le- prae e Mycobacterium lepromatosis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Naegleria fowleri, Necator americanus, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Nocardia asteroides, Nocardia spp, Onchocerca volvulus, Orientia tsutsugamushi, família Orthomyxoviridae, Paracoccidioides brasilien- sis, Paragonimus spp, Paragonimus westermani, Parvovirus B19, Pas- teurella genus, Plasmodium genus, Pneumocystis jirovecii, vírus da pólio, vírus da raiva, vírus sincicial respiratórioda (RSV), Rhinovirus, rhinoviruses, Rickettsia akari, Rickettsia genus, Rickettsia prowazekii, Rickettsia rickettsii, Rickettsia typhi, vírus da febre do vale Rift, Rotaví- rus, vírus da rubéola, vírus Sabia, Salmonella genus, Sarcoptes scabi- ei, SARS coronavirus, Schistosoma genus, Shigella genus, Sin Nom- bre virus, Hantavirus, Sporothrix schenckii, Staphylococcus genus, Staphylococcus genus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneu- moniae, Streptococcus pyogenes, Strongyloides stercoralis, Taenia genus, Taenia solium, vírus da encefalite transmitida por carrapatos (TBEV), Toxocara canis ou Toxocara cati, Toxoplasma gondii, Trepo-
nema pallidum, Trichinella spiralis, Trichomonas vaginalis, Tricho- phyton spp, Trichuris trichiura, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Ureaplasma urealyticum, Vírus varicela zoster (VZV), Vírus vari- cela zoster (VZV), Varíola principal ou Varíola secundária, vCJD príon, vírus da encefalite equina venezuelana, Vibrio cholerae, Vírus do Nilo Ocidental, vírus da encefalite equina ocidental, Wuchereria bancrofti, vírus da febre amarela, Yersinia enterocolitica, Yersinia pestis, e Yer- sinia pseudotuberculosis.
Nesse contexto, uma doença infecciosa, pre- ferivelmente uma doença infecciosa viral, bacteriana ou protozoária, é tipicamente selecionada de influenza, malária, SARS, febre amarela, AIDS, doença de Lyme, leishmaniose, antraz, meningite, doenças in- fecciosas virais tais como AIDS, Condyloma acuminata, verrugas ocas, febre da dengue, febre de três dias, vírus Ebola, resfriado, meningoen- cefalite do início de verão (FSME), gripe, herpes zóster, hepatite, her- pes simples tipo |, herpes simples tipo Il, Herpes zóster, influenza, en- cefalite japonesa, febre de Lassa, vírus de Marburg, sarampo, febre aftosa, mononucleose, caxumba, infecção pelo vírus Norwalk, febre glandular de Pfeiffer, varíola, poliomielite (claudicação infantil), pseu- docroupe, quinta doença, raiva, verrugas, febre do Nilo Ocidental, vari- cela, vírus citomegálico (CMV), doenças infecciosas bacterianas tais como aborto (inflamação da próstata), antraz, apendicite, borreliose, botulismo, Camphylobacter, Chlamydia trachomatis (inflamação da uretra, conjuntivite), cólera, difteria, donavanose, epiglotite, febre do tifo, gangrena gasosa, gonorreia, febre do coelho, Heliobacter pylori, tosse convulsa, bubo climático, osteomielite, doença do legionário, hanseníase, listeriose, pneumonia, meningite, meningite bacteriana, antraz, otite media, Myicoplasma hominis, sepse neonatal (Corioamni- onite), noma, paratifo, peste, síndrome de Reiter, febre maculosa, Salmonella paratyphus, Salmonella typhus, escarlatina, sífilis, tétano, tripper, doença tsutsugamushi, tuberculose, tifo, vaginite (colite), can-
cro venéreo mole, e doenças infecciosas provocadas por parasitas, protozoários ou fungos, tais como amebíase, bilharziose, doença de Chagas, Echinococcus, tênia de peixe, intoxicação por peixes (Cigua- tera), tênia de raposa, pé de atleta, tênia canina, candidose, manchas de fungos, sarna, Leishmaniose cutânea, lamblíase (giardíase), pio- lhos, malária, microscopia, oncocercose (cegueira dos rios), doenças fúngicas, tênia bovina, esquistossomose, tênia dos porcos, toxoplas- mose, tricomoníase, tripanossomíase (doença do sono), leishmaniose visceral, dermatite de banhador/fralda ou tênia em miniatura. Doenças autoimunes
[00593] Nas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit são utiliza- dos para tratamento ou profilaxia de doenças autoimunes.
[00594] O termo "doença autoimune" refere-se a qualquer doença, distúrbio ou condição em um indivíduo caracterizado por lesão celular, de tecido e/ou órgão provocada por uma reação imunológica do indiví- duo a suas próprias células, tecidos e/ou órgãos. Normalmente, "do- enças autoimunes" resultam ou são agravadas pela produção de anti- corpos que são reativos com autoantígenos, isto é, antígenos expres- sos por células saudáveis do corpo.
[00595] As doenças autoimunes podem ser amplamente divididas em distúrbios autoimunes sistêmicos e específicos de órgãos ou loca- lizadas, dependendo das principais características clínico-patológicas de cada doença. As doenças autoimunes podem ser divididas em ca- tegorias de síndromes sistêmicas, incluindo, mas não limitado, a lúpus eritematoso sistêmico (LES), síndrome de Sjógren, esclerodermia, ar- trite reumatóide e polimiosite ou síndromes locais que podem ser en- docrinológicas (diabetes tipo | (diabetes melito tipo 1), tireoidite de Hashimoto, doença de Addison etc.), dermatológica (pênfigo vulgar), hematológica (anemia hemolítica autoimune), neural (esclerose múlti-
pla) ou pode envolver praticamente qualquer massa circunscrita de tecido corporal. As doenças autoimunes no contexto da presente in- venção podem ser selecionadas do grupo que consiste em doenças autoimunes do tipo | ou doenças autoimunes do tipo |l ou doenças au- toimunes do tipo Ill ou doenças autoimunes do tipo IV, tais como, por exemplo, esclerose múltipla (MS), artrite reumatóide, diabetes, diabe- tes tipo | (Diabetes melito tipo 1), poliartrite crônica, doença de Base- dow, formas autoimunes de hepatite crônica, colite ulcerosa, doenças alérgicas tipo |, doenças alérgicas tipo Il, doenças alérgicas tipo II, doenças alérgicas tipo IV, fibromialgia, queda de cabelo, doença de Bechterew, doença de Crohn, miastenia grave, neurodermite, polimial- gia reumática, esclerose sistêmica progressiva (PSS), síndrome de Reiter, artrite reumática, psoríase, vasculite e diabetes tipo Il. Doenças inflamatórias
[00596] Nas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit são utiliza- dos para tratamento ou profilaxia de doenças inflamatórias.
[00597] O termo "doença inflamatória" refere-se a qualquer doença, distúrbio ou condição em um indivíduo caracterizado, provocado, re- sultante ou acompanhado por inflamação, preferivelmente inflamação crônica. Os distúrbios autoimunes podem ou não estar associados à inflamação. Além disso, a inflamação pode ou não ser provocada por um distúrbio autoimune. Assim, certos distúrbios podem ser caracteri- zados como distúrbios autoimunes e inflamatórios.
[00598] As doenças inflamatórias exemplares no contexto da pre- sente invenção incluem, sem limitação, artrite reumatóide, doença de Crohn, retinopatia diabética, psoríase, endometriose, doença Alzhei- mer, espondilite anquilosante, artrite (osteoartrite, artrite reumatóide (RA), artrite psoriática), asma, aterosclerose, colite, dermatite, diverti- culite, fibromialgia, hepatite, síndrome do intestino irritável (IBS), lúpus eritematoso sistêmico (SLE), nefrite, doença de Parkinson e colite ul- cerativa. Alergias
[00599] Nas modalidades preferidas, moléculas de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit são utiliza- das para tratamento ou profilaxia de alergias.
[00600] O termo "alergia" ou "hipersensibilidade alérgica" refere-se a qualquer doença, distúrbio ou condição provocada ou caracterizada por uma reação de hipersensibilidade iniciada por mecanismos imuno- lógicos em resposta a uma substância (alergênio), geralmente em um indivíduo geneticamente predisposto (atopia). A alergia pode ser me- diada por anticorpos ou células. Na maioria dos pacientes, o anticorpo normalmente responsável por uma reação alérgica pertence ao isótipo IgE (alergia mediada por IgE, alergia tipo 1). Na alergia não mediada por IgE, o anticorpo pode pertencer ao isótipo IgG. As alergias podem ser classificadas de acordo com a fonte do antígeno que evoca a rea- ção hipersensível. No contexto da presente invenção, as alergias po- dem ser selecionadas de (a) alergia alimentar, (b) alergia a fármacos, (c) alergia ao pó doméstico, (d) alergia ao veneno ou mordida de inse- to e (e) alergia ao pólen. Alternativamente, as alergias podem ser clas- sificadas com base nos principais sintomas da reação hipersensível. No contexto da presente invenção, alergias podem ser selecionadas do grupo de (a) asma, (b) rinite, (c) conjuntivite, (d) rinoconjutivite, (e) dermatite, (f) urticária e (g) anafilaxia. Terapia combinada
[00601] A molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção também pode ser utilizada na terapia de combinação. Qualquer outra terapia útil para tratar ou prevenir as doenças e distúrbios aqui definidos pode ser combinada com os usos e métodos aqui divulgados.
[00602] Por exemplo, o indivíduo que recebe a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção pode ser um paciente com câncer, preferivelmente como aqui definido, ou uma condição relacionada, recebendo quimioterapia (por exemplo, quimioterapia de primeira linha ou segunda linha), radio- terapia, quimiorradiação (combinação de quimioterapia e radioterapia), inibidores de tirosina cinase (por exemplo, inibidores de tirosina cinase EGFR), terapia de anticorpos e/ou moléculas inibidoras e/ou estimula- doras do ponto de verificação (por exemplo, inibidores de CTLA4), ou um paciente que alcançou resposta parcial ou doença estável após ter recebido um ou mais dos tratamentos especificados acima. Ou, o indi- víduo que recebe a molécula de ácido nucleico artificial (RNA), com- posição (farmacêutica) ou vacina ou kit da invenção pode ser um paci- ente com uma doença infecciosa, de preferência como aqui definida, recebendo terapia antibiótica, antifúngica ou antiviral.
[00603] Em um outro aspecto, a presente invenção desse modo também se relaciona ao uso da molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit de partes da inven- ção para sustentar outra terapia de câncer, uma doença infecciosa ou qualquer outra doença passível de tratamento com a referida molécula de ácido nucleico artificial, composição (farmacêutica) ou vacina ou kit.
[00604] A administração da molécula de ácido nucleico artificial (RNA), composição (farmacêutica) ou vacina ou kit de partes da inven- ção pode ser executada antes, simultânea e/ou subsequentemente à administração de outro terapêutico ou sujeição do paciente a outra te- rapia que seja útil para o tratamento da doença ou condição particular a ser tratada. Métodos in vitro
[00605] Em outros aspectos, a presente invenção fornece métodos in vitro úteis que permitem determinar e preparar combinações ade-
quadas de UTR de moléculas de ácido nucleico artificial as compreen- dendo, preferivelmente capazes de aumentar a eficiência de expres- são de uma sequência de codificação ligada de maneira operável.
[00606] Assim, a presente invenção fornece um método para au- mentar a eficácia de expressão de uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA) compreendendo pelo menos uma região de codificação que codifica um (poli)peptídeo ou proteína, de preferência conforme divulgado nesta invenção, dito método compreendendo (a) a associa- ção da referida região de codificação com pelo menos um elemento de UTR 5' derivado de uma 5' UTR de um gene selecionado a partir do grupo que consiste em HSD17B4, ASAH1, ATPS5A1, MP68, NDUFAA, NOSIP, RPL31, SLC7A3, TUBB4B e UBQLN?, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; (b) a associação de dita região de codificação com pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3' UTR de um gene selecionado a partir do grupo que consiste em PSMB3, CASP1, COX6B1, GNAS, NDUFA1 e RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólo- go, fragmento ou variante; e (c) obtenção de uma molécula de ácido nucleico artificial (RNA).
[00607] Em um aspecto adicional, a presente invenção fornece um método para identificar uma combinação de 5' UTR e 3' UTR capaz de aumentar a eficiência da expressão em um tecido desejado ou em uma célula derivada do tecido desejado, compreendendo: a) gerar uma biblioteca de moléculas de ácido nucleico artificial ("construções de teste"), cada uma compreendendo uma "ORF repórter" que codifica um polinucleotídeo repórter detectável, de preferência luciferase ou eGFP selecionada, ligada de maneira operável a uma das 5' UTRs e/ou uma das 3' UTRs, conforme definido na reivindicação 3; b) forne- cer uma molécula de ácido nucleico artificial compreendendo dita "ORF repórter" ligada de maneira operável às 5' e 3' UTRs de referên-
cia, preferivelmente RPL32 e ALB7 como uma "construção de referên- cia"; c) introduzir ditas construções de teste e ditas construções de re- ferência no tecido ou célula desejado sob condições adequadas, per- mitindo a sua expressão; d) detectar e quantificar a expressão do refe- rido polipeptídeo a partir da "ORF repórter" das construções de teste e da construção de referência; e) comparar a expressão de polipeptídeo das construções de teste e construções de referência; em que as construções de teste caracterizadas por uma expressão aumentada de polipeptídeo em comparação com a construção de referência são iden- tificadas como sendo capazes de aumentar a eficiência de expressão no tecido ou célula desejado.
DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[00608] Figura 1: Perfis médios de expressão de (poli)peptídeos e proteínas selecionados de interesse das construções de RNA compre- endendo combinações de UTR da invenção.
[00609] Figura 2: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável às regiões de codificação que codificam diferentes (poli)peptídeos ou proteínas de interesse e uma sequência A64 poli(A) seguida por N5 como 3' UTR.
[00610] Figura 3: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo alça penducular de poliC e histona, além de combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à regi- ão de codificação que codifica diferentes (poli)peptídeos ou proteínas de interesse em diferentes linhagens celulares.
[00611] Figura 4: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica a eritropoietina (EPO) em diferentes linhagens celulares.
[00612] Figura 5: Perfis médios de expressão de construções de
RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica diferentes (po- lijpeptídeos ou proteínas de interesse em fibroblastos diplóides huma- nos (HDF).
[00613] Figura 6: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica a construção de antígeno da proteína de interesse em diferentes linhagens celulares.
[00614] Figura 7: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica diferentes (po- lijpeptídeos ou proteínas de interesse nas células HeLa.
[00615] Figura 8: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica diferentes (po- lijpeptídeos ou proteínas de interesse nas células HepG2.
[00616] Figura 9: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica diferentes (po- lijpeptídeos ou proteínas de interesse nas células HSKMC.
[00617] Figura 10: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica a glicoproteína do vírus da raiva (RAVG) em diferentes linhagens celulares.
[00618] Figura 11: Perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica diferentes (po- liipeptídeos ou proteínas de interesse nas células HEK293T.
EXEMPLOS
[00619] “No que se segue, exemplos particulares que ilustram várias modalidades e aspectos da invenção são apresentados. No entanto, a presente invenção não deve ser limitada no escopo pelas modalidades específicas aqui descritas. As seguintes preparações e exemplos são fornecidos para permitir que aqueles versados na técnica entendam e pratiquem mais claramente a presente invenção. A presente invenção, no entanto, não é limitada no escopo pelas modalidades exemplifica- da, que são destinadas como ilustrações dos aspectos únicos da in- venção, e métodos que são funcionalmente equivalentes estão dentro do escopo da invenção. De fato, várias modificações da invenção, além daquelas aqui descritas, serão facilmente evidentes para aqueles versados na técnica a partir da descrição anterior, figuras anexas e exemplos abaixo. Todas essas modificações enquadram-se no escopo das reivindicações anexas. Exemplo 1: Aumento da expressão de RAV-G através do uso de com- binações específicas de UTR
[00620] As células foram semeadas em placas de 96 cavidades com aro preto e fundo óptico claro (Nunc Microplate; Thermo Fisher). As células HeLa ou HDF foram semeadas 24 horas antes da transfec- ção em um meio celular completo compatível (10.000 células em 200 ul/cavidade). As HSKkMC foram semeadas 48 horas antes da transfec- ção em Meio de Diferenciação contendo 2% de soro de cavalo (Gibco) para induzir a diferenciação (48.000 células em 200 ul/cavidade). As células foram mantidas a 37ºC, 5% de CO».
[00621] No dia da transfecção, o meio completo em HeLa ou HDF foi substituído por meio Opti-MEM isento de soro (Thermo Fisher). O meio na HSKMC foi trocado por meio de diferenciação completo novo.
[00622] Cada RNA foi complexado com Lipofectamine2000 em uma relação de 1/1,5 (p/v) (HeLa & HDF) ou Lipofectamine3000 na relação de 1/2,5 (p/v) (HSKkMC) durante 20 minutos em Opti-MEM.
[00623] Os mRNAs lipocomplexados foram então adicionados às células para transfecção com 100 ng de RNA (HeLa & HDF) ou 70 ng de RNA (HSKMC) por cavidade em um volume total de 200 ul.
[00624] — 90 minutos após o início da transfecção, 150 ul/cavidade de solução de transfecção em HeLa ou HDF foram trocados por 150 upl/cavidade de meio completo. As células foram ainda mantidas a 37ºC, 5% de CO,» antes de executar o In-cell-Western.
[00625] 24,48 ou72 horas após o início da transfecção, a expres- são de RAV-G foi quantificada por In-Cell-Western utilizando um anti- corpo primário direcionado contra um marcador E (IgG policlonal de coelho; Bethyl), seguido por um anticorpo secundário acoplado a IRDye (IgG anticoelho de cabra IRDye 800CW; LI-COR). Todas as etapas do In-Cell-Western foram executadas na temperatura ambiente.
[00626] Em primeiro lugar, as células foram lavadas uma vez com PBS e fixadas com 3,7% de formaldeído em PBS durante 20 minutos. Após lavagem uma vez em PBS, as células foram permeabilizadas com Triton X-100 a 0,1% em PBS durante 10 minutos. Após lavagem 3 vezes com Tween 20 a 0,1% em PBS, as células foram bloqueadas durante 30 minutos com tampão de bloqueio Odyssey (PBS) (LI-COR).
[00627] Em seguida, as células foram incubadas durante 90 minutos com anticorpo primário (diluído 1:1000 em tampão de bloqueio Odyssey (PBS)). As células foram então lavadas 3 vezes (Tween/PBS).
[00628] —Subsequentemente, as células foram incubadas com uma mistura de anticorpo secundário e Cell-Tag 700 Stain (LI-COR) (diluído 1:200 e 1:1000, respectivamente, em tampão de bloqueio Odyssey (PBS)) durante uma hora no escuro.
[00629] Após lavagem 4 vezes (Tween/PBS), o PBS foi adicionado às células e as placas escaneadas utilizando um sistema de formação de imagem Odyssey& CLx (LI-COR).
[00630] A fluorescência (800 nm) foi quantificada utilizando o Image Studio Lite Software e os resultados comparados com a expressão de uma construção de referência contendo a combinação RPL32/ALB7- UTR definida como 100%. As sequências de 5-UTRs derivadas de RPL32 são mostradas na SEQ ID NO: 21 (DNA) e 22 (RNA). As se- quências de 3'-UTRs derivadas de ALB7 são mostradas na SEQ ID NO: 35 (DNA) e 36 (RNA).
[00631] Os perfis médios de expressão das construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica a glicoproteína do vírus da raiva (RAVG) em diferentes linhagens celulares são mostrados na Figura 10.
[00632] “Como evidente, foi possível aumentar significativamente a expressão utilizando as combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação.
[00633] Resultados mais detalhados sobre o uso de diferentes se- quências de mRNA 3', isto é, AG4NS5 (isto é, uma sequência de poli(A) com 64A seguida por N5) e C30-HSL como uma sequência 3' (isto é, uma sequência poli(C) tendo 30C seguida por uma alça penducular de histona; histona SL ou HSL como descrito acima) são mostrados na Tabela 4A-| mais abaixo. O lado esquerdo da Tabela 4A-| mostra re- sultados para A64N5, o lado direito mostra resultados para C30-HSL. A Figura 10, como descrito acima, é o valor médio das duas experiên- cias. Como em todos os exemplos, a combinação de UTR RPL32 / ALB7.1 foi normalizada para 100%. Tabela 4A-l: resultados detalhados para RAV-G que carrega as se- quências de extremidade 3' de AG4N5 ou C30-HSL
Co
[00634] As sequências que foram utilizadas neste exemplo são mostradas na Tabela 4A-Il.
Tabela 4A-ll: sequências utilizadas no exemplo 1 BR RSDITSL RAVOISO) CONST ABECSORRATS
E RE SBIS RAVOISOLEOREBTZA RE RSDITSa RAVOISCL RSS ASECSOARATSE
E STS RATO RPA o ASAE RAFOGGO RPSOABEOROTRANSE
Exemplo 2: Aumento da expressão de HsEpo e Ppluc utilizando com- binações específicas de UTR
[00635] As células foram semeadas em placas de 96 cavidades. HDF e HepG2 (10.000 células em 200 ul/cavidade) foram semeados 24 horas antes da transfecção em um meio celular completo compatí- vel. HSKkMC (48.000 células em 200 ul/cavidade) foram semeadas 48 horas antes da transfecção em Meio de Diferenciação contendo 2% de soro de cavalo (Gibco) para induzir a diferenciação. As células foram mantidas a 37ºC, 5% de CO».
[00636] No dia da transfecção, o meio completo (HDF e HepG2) foi substituído por meio Opti-MEM isento de soro (Thermo Fisher). O meio em HSKMC foi trocado por meio de diferenciação completo novo.
[00637] “Cada RNA foi complexado com Lipofectamine2000 em uma relação de 1/1,5 (p/v) (HDF e HepG2) ou Lipofectamine3000 em uma relação de 1/2,5 (p/v) (HSKkMC) durante 20 minutos em Opti-MEM.
[00638] Os mRNAs lipocomplexados foram então adicionados às células para transfecção com 100 ng por cavidade em um volume total de 200 ul.
[00639] — 90 minutos após o início da transfecção, 150 ul/cavidade de solução de transfecção em HDF e HepG2 foram trocados por 150 upl/cavidade de meio completo. As células foram ainda mantidas a 37ºC, 5% de CO,» antes da execução de In-cell-Western. HsEPO:
[00640] 24 horas após o início da transfecção, a expressão de HsEpo foi medida em sobrenadantes celulares utilizando um kit ELISA comercialmente disponível (RNDsystems, Cat. DEPO0O) e um leitora de placas Hidex Chameleon. PPluc:
[00641] 24 horas após o início da transfecção, a expressão de Ppluc foi medida em lisados celulares. As células foram submetidas à lise adicionando 100 ul de 1x tampão de lise passivo (Promega, Cat. E1941) durante pelo menos 15 minutos. As células submetidas à lise foram incubadas a -80ºC durante pelo menos 1 hora. As células sub- metidas à lise foram descongeladas e 20 uL foram adicionados às pla- cas de ensaio brancas LIA (Greiner Cat. 655075). As placas foram in- troduzidas em uma leitora de placas Hidex Chameleon com dispositivo de injeção para substrato contendo suco de besouro para luciferase de vaga-lume. Por cavidade, 100 ul de suco de besouro foram adiciona- dos. A luminescência de Ppluc foi medida pel leitora de placas Hidex Chameleon.
[00642] Os resultados foram comparados com a expressão de uma construção de referência contendo a combinação RPL32/ALB7-UTR definida como 100%. As sequências de 5'-UTRs derivadas de RPL32 são mostradas na SEQ ID NO: 21 (DNA) e 22 (RNA). As sequências de 3-UTRs derivados de ALB7 são mostradas na SEQ ID NO: 35 (DNA) e 36 (RNA).
[00643] Os perfis médios de expressão de construções de RNA compreendendo combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação que codifica EPO em diferentes |i- nhagens celulares são mostrados na Figura 4.
[00644] “Como evidente, foi possível aumentar significativamente a expressão mediante o uso das combinações de UTR da invenção liga- das de maneira operável à região de codificação.
[00645] “Resultados mais detalhados para EPO com relação ao uso de diferentes sequências de mMRNA 3', isto é, AG4NS5 (isto é, uma se- quência poli(A) com 64A seguida por N5) e C30-HSL como uma se- quência 3' (isto é, uma sequência poli(C) tendo 30C seguido por um alça penducular de Histona; histona SL ou HSL como descrito acima) são mostrados na Tabela 4B-| abaixo. O lado esquerdo da Tabela 4B-| mostra resultados para A64N5, o lado direito mostra resultados para
C30-HSL. A Figura 4, como descrito acima, é o valor médio das duas experiências. Como em todos os exemplos, a combinação de UTR RPL32 / ALB7.1 foi normalizada para 100%.
Tabela 4B-l: resultados detalhados para EPO que carrega sequências de extremidade 3' de AG4N5 ou C30-HSL o PsmTCASDTA
Ce
[00646] As sequências que foram utilizadas neste exemplo são mostradas na Tabela 4B-lIl.
Tabela 4B-ll: sequências utilizadas no exemplo 2
&
$ o TASATIHSEPO GO RPSEUABERTATBE o TASRTEASEPOGOLAPSEA
:
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É
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RA RSBL PRB EASPLA é o lRsomeL PRB ar A RA lNSomeL PAGO NAVETAREONOARSE
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Exemplo 3: Aumento da expressão da proteína de interesse (POI) utili- zando combinações específicas de UTR
[00647] Células HeLa, HDF e HSKM foram analisadas por meio de western blotting na célula:
[00648] As células foram semeadas em placas de 96 cavidades com aro preto e fundo óptico claro (Nunc Microplate; Thermo Fisher). As células HeLa ou HDF (10.000 células em 200 ul/cavidade) foram semeadas 24 horas antes da transfecção em um meio celular comple- to compatível. HSKkMC (48.000 células em 200 ul/cavidade) foram se- meadas 48 horas antes da transfecção em Meio de Diferenciação con- tendo 2% de soro de cavalo (Gibco) para induzir diferenciação. As cé- lulas foram mantidas a 37ºC, 5% de CO».
[00649] “No dia da transfecção, o meio completo em HeLa ou HDF foi substituído por meio Opti-MEM isento de soro (Thermo Fisher). O meio em HSkMC foi trocado por meio de diferenciação completo novo.
[00650] Cada RNA foi complexado com Lipofectamine2000 na rela- ção de 1/1,5 (p/v) (HeLa & HDF) ou Lipofectamine3000 na relação de 1/2,5 (p/v) (HSKMC) durante 20 minutos em Opti-MEM.
[00651] Os mRNAs lipocomplexados foram então adicionados às células para transfecção com 200 ng de RNA (HeLa & HDF) ou 100 ng de RNA (HSKMC) por cavidade em um volume total de 150 ul.
[00652] — 90 minutos após o início da transfecção, 100 ul/cavidade de solução de transfecção em HeLa ou HDF foram trocados por 100 upl/cavidade de meio completo. As células foram ainda mantidas a 37ºC, 5% de CO,» antes da execução de In-cell-Western.
[00653] 36 horas após o início da transfecção, a expressão de POI foi quantificada por In-Cell-Western utilizando um anticorpo primário direcionado contra POI (antiPOl monoclonal de camundongo; Santa Cruz), seguido por um anticorpo secundário acoplado a IRDye (IgG anticoelho de cabra IRDye 800CW; LI-COR). Todas as etapas do In-
Cell-Western foram executadas na temperatura ambiente.
[00654] Em primeiro lugar, as células foram lavadas uma vez com PBS e fixadas com formaldeído a 3,7% em PBS durante 10 minutos. Após lavagem uma vez em PBS, as células foram permeabilizadas com tampão Perm/Wash (BD) durante 30 minutos. As células foram bloqueadas durante 30 minutos com uma mistura de tampão de blo- queio Odyssey (PBS) (LI-COR) e tampão Perm/Wash (BD) (1:1).
[00655] “Em seguida, as células foram incubadas durante 150 minu- tos com anticorpo primário (diluído 1:200 em tampão Perm/Wash (BD)). As células foram então lavadas 3 vezes (tampão Perm/Wash (BD)).
[00656] —Subsequentemente, as células foram incubadas com uma mistura de anticorpo secundário e Cell-Tag 700 Stain (LI-COR) (diluído 1:200 e 1:1000, respectivamente, em tampão Perm/Wash (BD)) duran- te uma hora no escuro.
[00657] — Após lavagem 4 vezes (tampão Perm/Wash (BD)), PBS foi adicionado às células e as placas escaneadas utilizando um sistema de formação de imagem Odyssey CLx (LI-COR).
[00658] A fluorescência (800 nm) foi quantificada utilizando o Image Studio Lite Software e os resultados comparados com a expressão de uma construção de referência contendo a combinação de UTR RPL32 / ALB7 definida como 100%. As sequências de 5-UTRs derivadas de RPL32 são mostradas na SEQ ID NO: 21 (DNA) e 22 (RNA). As se- quências de 3'-UTRs derivadas de ALB7 são mostradas na SEQ ID NO: 35 (DNA) e 36 (RNA).
[00659] As células Sol8 foram analisadas através de análises de rotina FACS.
[00660] As células foram semeadas em placas TC Plate de 24 cavi- dades padrão F (Sarstedt). As células Sol8 (40.000 células em 1000 ul/cavidade) foram semeadas 24 horas antes da transfecção em um meio celular completo compatível. As células foram mantidas a 37ºC, 5% de CO,».
[00661] No dia da transfecção, o meio completo foi substituído com meio Opti-MEM isento de soro (Thermo Fisher).
[00662] Cada RNA foi complexado com Lipofectamine2000 na pro- porção de 1/1,5 (p/v) durante 20 minutos em Opti-MEM.
[00663] Os mRNAs lipocomplexados foram então adicionados às células para transfecção com 500 ng de RNA (por cavidade em um volume total de 1500 ul).
[00664] 190 minutos após o início da transfecção; a solução total de transfecção (1500 ul) nas células Sol8 foi trocada por 2000 ul/cavidade de meio completo. As células foram ainda mantidas a 37ºC, 5% de CO,» antes de executar a análise FACS.
[00665] 36 horas após o início da transfecção, a expressão de pri foi quantificada por análise FACS utilizando um anticorpo primário di- recionado contra POI (anti-POl monoclional de camundongo; Santa Cruz), seguido por um anticorpo secundário acoplado a APC (IgG de anticamundongo de cabra APC; Biolegend). Todas as etapas da análi- se FACS foram executadas na temperatura ambiente ou a 4ºC.
[00666] Em primeiro lugar, as células foram separadas (Tris HCI 40 MM, pH 7,5 150 mM NaCl, EDTA 1 mM em H2O; 5 min na temperatura ambiente), lavadas uma vez com PBS. Após lavagem em PBS, a colo- ração intracelular foi executada através do uso de anticorpo direciona- do contra POI. Portanto, as células foram incubadas em primeiro lugar com Cytofix/Cytoperm (BD) durante 30 minutos a 4ºC. Depois, as célu- las foram lavadas em tampão Perm/Wash (0,5% de BSA e 0,1% de saponina em PBS) durante 3 minutos. A seguir, as células foram incu- badas com anticorpo primário (diluído 1:200 em tampão Perm/Wash) durante 30 min a 4ºC.
[00667] Após lavagem nas células em tampão Perm/Wash (BD), as células foram incubadas com o anticorpo secundário (diluído 1:500 em tampão Perm/Wash) durante 30 minutos a 4ºC.
[00668] As células foram então lavadas (tampão Perm/Wash (BD)), colocadas novamente em suspensão em 100 ul de tampão PFEA (PBS + 2% FCS + 2 mM EDTA + 0,01% NaN3) e analisadas mediante o uso de BD FACS Canto |l.
[00669] A coloração Live/Dead foi executada com corante reativo fluorescente Aqua (Invitrogen).
[00670] Aintensidade média de fluorescência foi medida e os resul- tados comparados com a expressão de uma construção de referência contendo a combinação de UTR RPL32 / ALB7-UTR ajustada para 100%. As sequências de 5'-UTRs derivadas de RPL32 são mostradas na SEQ ID NO: 21 (DNA) e 22 (RNA). As sequências de 3-UTRs deri- vados de ALB7 são mostradas na SEQ ID NO: 35 (DNA) e 36 (RNA).
[00671] Como evidente, foi possível aumentar significativamente a expressão através do uso das combinações UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação. Exemplo 4: Aumento da construção de anticorpo de cadeia única de expressão de interesse mediante o uso de combinações específicas de UTR
[00672] As células foram semeadas em placas de 96 cavidades com aro preto e fundo óptico claro (Nunc Microplate; Thermo Fisher). As células HeLa (10.000 células em 200 ul/cavidade) foram semeadas 24 horas antes da transfecção em um meio celular completo compatí- vel. As células foram mantidas a 37ºC, 5% de CO;,.
[00673] No dia da transfecção, o meio completo em HeLa ou HDF foi substituído por meio Opti-MEM isento de soro (Thermo Fisher). O meio em HSkMC foi trocado por meio de diferenciação completo novo.
[00674] 1 /4ugde construção de anticorpo de cadeia única do MRNA interesse [c = 0,1 g/I] foi complexado com Lipofectamine2000. Parte dos complexos de transfecção foi então diluída 5 vezes e parte foi dilu- ída 10 vezes (dose média). 500 ng de construção de anticorpo de ca- deia única de interesse foram então transfectados para as células. 24 horas após a transfecção, as células foram inspecionadas através do microscópio. O sobrenadante foi tomado e quantificado em um ensaio Anticorpo-ELISA / anti-Fc-ELISA utilizando o anticorpo de revestimento Goat Anti-Human IgG (SouthernBiotech) e o anticorpo de detecção Goat Anti-Human IgG Biotin (Dianova).
[00675] “Como evidente, foi possível aumentar significativamente a expressão utilizando as combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação.
[00676] Uma visão geral das sequências que foram utilizadas neste exemplo é mostrada na Tabela 4D abaixo, em que a sequência da construção de anticorpo não divulgada de interesse do Exemplo 4 consiste em 496 aminoácidos e a CDS consiste em 1491 ácidos nu- cleicos, enquanto que a construção de antígeno de interesse do Exemplo 5 (Tabela 4D) consiste em 553 aminoácidos e a CDS consis- te em 1662 ácidos nucleicos. Uma pessoa versada na técnica é capaz de derivar uma sequência correspondente da divulgação da Tabela 4D para o Exemplo 4. Exemplo 5: Aumento da construção de antígeno da expressão de inte- resse mediante o uso de combinações específicas de UTR
[00677] As células HEK293T foram analisadas por FACS. As célu- las 293T foram semeadas em uma densidade de 200.000 célu- las/cavidade (200.000 células/2 ml) numa placa de 6 cavidades. Cada RNA foi complexado com Lipofectamine2000 na relação de 1/1,5 (p/v) durante 20 minutos em Opti-MEM. Os mRNAs lipocomplexados foram então adicionados às células para transfecção com 2 ug de RNA por cavidade em um volume total de 500 ul. 4 h após o início da transfec- ção, a solução de transfecção foi trocada por 2000 ul/cavidade de meio completo. As células foram ainda mantidas a 37ºC, 5% de CO, antes de executar a análise FACS. As sequências que foram utilizadas neste exemplo são mostradas na Tabela 4D.
Tabela 4D: sequências usadas para proteína de interesse do exemplo 5 exemplo 5 [do ra nsormes PorPsMBS ASACANTÁAnASL — | do DP combinação de UTR Nosip POI COX6B1 A64-C30-histonaSL Nosip POI Gnas A64-C30-histonaSL Nosip. POI Ndufa1 A64-C30-histonaSL Nosip POI RPS9 A64-C30-histonaSL Rpl31 POI PSMB3 AG64-C30-histonaSL Rpl31 POI CASP1 A64-C30-histonaSL Rpl31 POI COX6B1 A64-C30-histonaSL Rpl31 POI Gnas A64-C30-histonaSL Rpl31 POI Ndufa1 A64-C30-histonaSL Rpl31 POI RPS9 A64-C30-histonaSL Slc7a3 POI PSMB3 A64-C30-histonaSL Slc7a3 POI CASP1. A64-C30-histonaSL Slc7a3 POI COX6B1 A64-C30-histonaSL Slc7a3 POI Gnas A64-C30-histonaSL Slc7a3 POI Ndufa1 A64-C30-histonaSL Slc7a3 POI RPS9 A64-C30-histonaSL TUBB4B POI RPS9 AG64-C30-histonaSL Ubqgin2 POI RPS9 A64-C30-histonaSL RPL32 POI ALB7 A64-C30-histonaSL
[00678] 24 horas após a transfecção, a expressão do antígeno de interesse foi quantificada por análise FACS utilizando procedimentos padrão. Resumidamente, as células foram separadas (Tris HCI 40 mM, pH 7,5 150 mM NaCl, EDTA 1 mM em H20; 5 min na RT), lavadas com PBS e coradas na superfície com um anticorpo de camundongo contra o antígeno. As células foram colocadas novamente em suspensão em 100 pl de tampão PFEA (PBS + 2% FCS + 2 mM EDTA + 0,01% NaN3) e analisadas utilizando um BD FACS Canto Il. A coloração Live/ Dead foi executada com corante reativo fluorescente Aqua (Invitrogen).
[00679] Os resultados da expressão de proteína de RNAs compre- endendo as combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável às sequências de codificação que codificam várias proteínas de interesse são mostrados na Fig. 1-11.
[00680] “Como evidente, foi possível aumentar significativa e siner- gicamente a expressão através do uso das combinações de UTR da invenção ligadas de maneira operável à região de codificação. Exemplo 6: Teste com relação à sinergia de combinações de UTR pela expressão de luciferase após transfecção de MRNA
[00681] Os fibroblastos dérmicos humanos (HDF) foram semeados 24 horas antes da transfecção em um meio celular completo compatí- vel em placas de 96 cavidades (10.000 células em 200 ul/cavidade). No dia da transfecção, o meio completo foi substituído por um meio OPpti-MEM isento de soro (Thermo Fisher).
[00682] Cada RNA foi complexado com Lipofectamine2000 na pro- porção de 1/1,5 (p/v). Os mRNAs lipocomplexados foram então adicio- nados às células para transfecção com 25 ng por cavidade em um vo- lume total de 200 ul. 90 minutos após o início da transfecção, 150 ul/cavidade de solução de transfecção em HDF foram trocados por 150 ul/cavidade de meio completo. As células foram ainda mantidas a 37ºC, 5% de CO». As sequências que foram utilizadas neste exemplo correspondem às sequências mostradas no exemplo 2, com ou sem 5' UTR ou respectivamente 3' UTR ou com 5' e 3' UTRs.
[00683] Em um primeiro conjunto de experiências, a expressão de Ppluc foi medida em lisados celulares após 6 horas após o início da transfecção. Outros conjuntos de experiências foram seguidos após 24,48 ou 72 horas após o início da transfecção.
[00684] As células foram submetidas à lise através da adição de 100 ul de 1x tampão passivo de lise (Promega, Cat. E1941) durante pelo menos 15 minutos. As células submetidas à lise foram incubadas a -80ºC durante pelo menos 1 hora. As células submetidas à lise foram descongeladas e 20 uL foram adicionados às placas de ensaio bran- cas LIA (Greiner Cat. 655075).
[00685] A atividade da luciferase foi medida como unidades de luz relativa (RLU) em uma leitora de placas (Berthold Technologies TriS- tar2 LB 942).
[00686] As placas foram introduzidas na leitora de placas com dis- positivo de injeção para suco de besouro (PJK GmbH) contendo subs- trato para luciferase de vaga-lume. Por cavidade, 50 ul de suco de be- souro foram adicionados.
[00687] Nos vários momentos, o efeito das várias combinações de UTR foi então determinado: * o aumento da expressão pela 5-UTR; * o aumento da expressão pela 3-UTR; * o aumento da expressão pela combinação de 5-UTR e 3”- UTR em uma molécula de mRNA.
[00688] “Logo depois, o aumento real por combinações de 5-UTR e 3'-UTR foi dividido pelo aumento previsto se 5' e 3-UTRs estivessem atuando de maneira aditiva para calcular o nível de sinergia. Valores de > 1 indicam sinergia, isto é, mais do que efeito aditivo.
[00689] Os resultados dessas experiências são mostrados nas ta- belas 4, 5, 6 e 7, isto é, expressão de Ppluc após 6, 24, 48 ou 72 horas do início da transfecção. Tabela 4: Expressão de Ppluc em lisados celulares após 6 horas após o início da transfecção. Os sinais de mais e menos nas colunas 2a 5 mostram o resultado na presença ou na ausência das respectivas 5'- UTR ou 3-UTR -/- +/- -/+ +/+ Tabela 5: Expressão de Ppluc em lisados celulares após 24 horas após o início da transfecção. Os sinais de mais e menos nas colunas 2 a 5 mostram o resultado na presença ou na ausência das respectivas
5'-UTR ou 3-UTR
5'/3-UTR]5/3-UTR]|57/3-UTR]5/3-UTR combinação de UTR ame Same see ATA Nível de sinergia
-/- +/- -/+ +/+ ASAH1 / CASP1 149542 |484451 |212570 |600505 ASAH1/COX6B1 |149542 106921 [532920 HSD17B4/CASP1 |149542 [406947 |212570 [674820 HSD17B4 / COX6B1 | 149542 106921 [407179 HSD17B4/RPS9 —|149542 138388,5 [490861 Ndufa4/COX6B1 |149542 |/274520 106921 [365047 Ndufa4 / Ndufa1 149542 |274520 90965 [484980 Nosip / RPS9 149542 [406780,5|138388,5|632710 Slc7a3/COX6B1 [149542 |329237 |106921 |472606 Slc7a3 / Ndufa1 149542 |329237 90965 [414179 Slc7a3/ PSMB3 149542 |329237 |167562,5|404766 Slc7a3/ RPS9 149542 |329237 |138388,5 399851 Tabela 6: Expressão de Ppluc em lisados celulares após 48 horas após o início da transfecção.
Os sinais de mais e menos nas colunas 2 a 5 mostram o resultado na presença ou na ausência das respectivas 5'-UTR ou 3-UTR
5'/3-UTR[57/3-UTR | 5/3-UTR][5/3-UTR combinação de UTR SAE NEN RAIA Nível de sinergia
-/- +/- -/+ +/+ ASAH1 /Ndufat 54975 |170288,5|35595 [213333 ASAH1 /RPS9 170288,5 [60014,5 [209830 ATP5A1/Ndufa1 54075 [217186 |35595 289947 HSD17B4 / Ndufa1 165220,5 [35595 — 299354 Ndufad4 / CASP1 120018 [98627 [198338 Ndufad4 / PSMB3 120018 [82027 [252222 Ndufa4 / RPS9 120018 [60014,5 |186654 Nosip / PSMB3 149163 82027 [240696 Rpl31 / CASP1 121611 o8627 [258646 Rpl31 / RPS9 121611 |60014,5 [200615 Slc7a3/ CASP1 162686 [08627 [267008 Tabela 7: Expressão de Ppluc em lisados celulares após 72 horas após o início da transfecção.
Os sinais de mais e menos nas colunas 2 a 5 mostram o resultado na presença ou na ausência das respectivas 5'-UTR ou 3-UTR -/- +/- -/+ +/+
[00690] Como evidente, foi claramente possível provar os efeitos sinérgicos das combinações de UTR pela expressão da luciferase.

Claims (54)

REIVINDICAÇÕES
1. Molécula de ácido nucleico artificial, caracterizada pelo fato de que compreende a. pelo menos um elemento da região não trasladada 5' (5' UTR) derivado de uma 5' UTR de um gene selecionado do grupo que consiste em HSD17B4, ASAH1, ATPSA1, MP68, NDUFA4, NOSIP, RPL31, SLC7A3, TUBB4B e UBQLN?2; b. pelo menos um elemento da região não trasladada 3' (3' UTR) derivado de uma 3' UTR de um gene selecionado do grupo que consiste em PSMB3, CASP1, COX6B1, GNAS, NDUFA1 e RPS9; e opcionalmente c. pelo menos uma região de codificação ligada de maneira operável a dita 5' UTR e dita 3' UTR.
2. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a rei- vindicação 1, caracterizada pelo fato de que dita 5' UTR e/ou dita 3' UTR é heteróloga à dita região de codificação.
3. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qual- quer a reivindicação 1 ou 2, caracterizada pelo fato de que cada uma das ditas UTRs compreende a sequência de DNA de ocorrência natu- ral e seus homólogos, variantes, fragmentos e sequências de RNA correspondentes.
4. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qual- quer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizada pelo fato de que compreende a-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou a-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou a-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou a-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou a-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou b-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene UBQLN?2, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou b-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ASAH1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou b-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou b-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou b-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou c-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou c-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou c-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou c-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou c-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene PSMB3, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou d-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou d-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene TUBBA4B, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou e-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou e-6. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou f-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou f-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene ATP5A1, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou f.3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou f-4. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene HSD17B4, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou f-5. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou g-1. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene MP68, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou g-2. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou g-3. pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NDUFAA, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante; ou g-4 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene NOSIP, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou g-5 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-1 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-2 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene GNAS, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-3 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene RPL31, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene NDUFA1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-4º pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou h-5 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene COX6B1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou i-1/ pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene SLC7A3, ou de uma sequência de RNA correspon- dente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemen- to da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene RPS9, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou vari- ante; ou i-2 pelo menos um elemento da 5' UTR derivado de uma S'UTR de um gene Ndufa4.1, ou de uma sequência de RNA corres- pondente, seu homólogo, fragmento ou variante e pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3'UTR de um gene CASP1, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólogo, fragmento ou variante.
5. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a rei- vindicação 4, caracterizada pelo fato de que compreende elementos da UTR de acordo com a-1, a-2, a-3, a-4 ou a-5, de preferência de acordo com a-1.
6. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a rei- vindicação 4, caracterizada pelo fato de que compreende elementos da UTR de acordo com a-2 (NDUFA4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); c-1 (NDUFA4 / RPS9); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); e-3 (MP68 / RPS9); e-4 ( NOSIP / RPS9); a-4 ( NOSIP / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); e-5 (ATP5A1 / RPS9); d-4 (HSD17B4 / NUDFA1); b-5 ( NOSIP / COX6B1); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); b-1 (UBQLN2 / RPS9); b-2 (ASAH1 / RPS9); b-4 (HSD17B4 / CASP1); e-6 (ATPSA1 / COX6B1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); g-5 (RPL31 / CASP1); h-1 (RPL31 / COX6B1); e/ou c-5 (ATP5A1 / PSMB3).
7. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a rei- vindicação 4, caracterizada pelo fato de que compreende elementos da UTR de acordo com a-1 (HSD17B4 / PSMB3); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); e-2 (RPL31 / RPS9); a-5 (MP68 / PSMB3); d-1 (RPL31 /
PSMB3); a-2 (NDUFA4 / PSMB3); h-1 (RPL31 / COX6B1); b-1 (UBQLN2 / RPS9); a-4 (NOSIP / PSMB3); c-5 (ATP5A1 / PSMB3); b-5 (NOSIP / COX6B1); d-4 (HSD17B4 / NDUFA1); i-1 (SLC7A3 / RPS9); i-2 (Ndufa4.1 / CASP1); f-3 (HSD17B4 / COX6B1); b-4 (HSD17B4 / CASP1); g-5 (RPL31 / CASP1); c-2 (NOSIP / NDUFA1); e-4 (NOSIP / RPS9); c-4 (NDUFA4 / NDUFA1); e/ou d-5 (SLC7A3 / NDUFAI).
8. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a rei- vindicação 4, caracterizada pelo fato de que compreende elementos da UTR de acordo com a-4 (NOSIP / PSMB3); a-1 (HSD17B4 / PSMB3); a-5 (MP68 / PSMB3); d-3 (SLC7A3 / GNAS); a-2 (NDUFAA4 / PSMB3); a-3 (SLC7A3 / PSMB3); d-5 (SLC7A3 / NDUFAI); i-1 (SLC7A3 / RPS9); d-1 (RPL31 / PSMB3); d-4 (HSD17B4 / NDUFAI1); b-3 (HSD17B4 / RPS9); f-3 (HSD17B4 / COX6B1); f-4 (HSD1I7BA4 / GNAS); h-5 (SLC7A3 / COX6B1); g-4 (NOSIP / CASP1); c-3 (NDUFA4 / COX6B1); b-1 (UBQLN2 / RPS9); c-5 (ATPSA1 / PSMB3); h-4 (SLC7A3 / CASP1); h-2 (RPL31 / GNAS); e-1 (TUBB4B / RPS9); f-2 (ATP5A1 / NDUFA1); c-2 (NOSIP / NDUFA1); b-5 (NOSIP / COX6B1); e/ou e-4 (NOSIP / RPS9.1).
9. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qual- quer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizada pelo fato de que -dito elemento da SUTR derivado de um gene HSD17B4 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 1 ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 1, ou um fragmento ou uma variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 2, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 2, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene ASAH1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 3 ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 3, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 4, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 4, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene ATP5A1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 5, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 5, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 6, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 6, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
-dito elemento da 5 UTR derivado de um gene MP68 com- preende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 7, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%,
97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 7, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 8, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 8, ou um fragmento ou uma va- riante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene NDUFA4 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 9, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 9, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 10, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 10, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da S5UTR derivado de um gene NOSIP compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 11, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 11, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 12, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 12, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene RPL31 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 13, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 13, ou um fragmento ou variante desta; uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 14, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de prefe- rência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nuclei- co de acordo com a SEQ ID NO: 14, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene SLC7A3 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 15, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 15, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 16, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 16, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene TUBB4B compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 17, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%,
97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 17, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 18, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 18, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da SUTR derivado de um gene UBQLN2 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 19, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 19, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 20, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 20, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da 3UTR derivado de um gene PSMB3 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 23, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 23, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 24, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 24, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da 3UTR derivado de um gene CASP1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 25, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 25, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 26, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 26, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da 3UTR derivado de um gene COX6B1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 27, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 27, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 28, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 28, ou um fragmento ou uma variante desta;
- dito elemento da 3'UTR derivado de um gene GNAS com- preende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 29, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%,
97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 29, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 30, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 30, ou um fragmento ou uma variante desta;
-dito elemento da 3UTR derivado de um gene NDUFA1 compreende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 31, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 31, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 32, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 32, ou um fragmento ou uma variante desta; e/ou
-dito elemento da 3'UTR derivado de um gene RPS9 com- preende ou consiste em uma sequência de DNA de acordo com a SEQ ID NO: 33, ou uma sequência de DNA tendo, em ordem crescen- te de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 33, ou um fragmento ou variante desta; ou uma sequência de RNA de acordo com a SEQ ID NO: 34, ou uma sequência de RNA tendo, em ordem crescente de pre- ferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 34, ou um fragmento ou uma variante desta.
10. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizada pelo fato de que dita região de codificação está localizada entre dita 5 'UTR e dita 3' UTR, de preferência a jusante de dita 5 'UTR e a montante de dita 3' UTR.
11. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizada pelo fato de que pelo menos uma região de codificação codifica pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína de interesse selecionado opcionalmente de um (poli)peptídeo ou proteína antigênico, (poli)jpeptídeo ou proteína alergênico, um (poli)peptídeo ou proteína terapêutico, um anticorpo ou um fragmento, variante ou derivado de dito (poli)peptídeo ou proteína de interesse.
12. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a reivindicação 11, caracterizada pelo fato de que dito pelo menos um (poli)peptídeo ou proteína antigênico é selecionado de um antígeno tumoral, um antígeno patogênico, um autoantígeno, um aloantígeno ou um antígeno alergênico.
13. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a reivindicação 12, caracterizada pelo fato de que dito pelo menos um antígeno patogênico é selecionado de um antígeno bacteriano, viral, fúngico ou protozoário.
14. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com a reivindicação 11, caracterizada pelo fato de que dito (poli)peptídeo ou proteína terapêutico é selecionado de -um (poli)peptídeo ou proteína terapêutico que substitui uma proteína ausente, deficiente ou submetida à mutação; - um (poli)peptídeo ou proteína terapêutico benéfico para o tratamento de doenças herdadas ou adquiridas, doenças infecciosas ou neoplasias (por exemplo, doenças por câncer ou tumor); -um (poli)peptídeo ou proteína terapêutico adjuvante ou imunoestimulante; - um anticorpo terapêutico; - um hormônio peptídico; - um agente de edição de genes; - um inibidor do ponto de verificação imune; - um receptor de células T; - uma enzima; e/ou - uma variante, fragmento ou derivado de qualquer um dos referidos (poli)peptídeos ou proteínas terapêuticos.
15. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 10 a 14, caracterizada pelo fato de que dita pelo menos uma região de codificação ainda codifica (a) pelo menos um domínio efetor; (b) pelo menos um marcador de peptídeo ou proteína; (c) pelo menos um sinal ou sequência de localização; (d) pelo menos um sinal de localização nuclear (NLS); (e) pelo menos um peptídeo sinal; e/ou (f) pelo menos um ligante peptídico; (g) um peptídeo sinal secretor (SSP), (h) um elemento de multimerização incluindo elementos de dimerização, trimerização, tetramerização ou oligomerização; (1) um elemento formador de partículas semelhantes a vírus (VLP); () um elemento da transmembrana; (k) um elemento de direcionamento de células dendríti- cas; (1) um elemento adjuvante imunológico;
(m) um elemento que promove a apresentação do antí- geno; (n) um peptídeo 2A; (o) um elemento que prolonga a meia-vida da proteína; e/ou (p) um elemento para modificação pós-translação (por exemplo, glicosilação).
em que a molécula de ácido nucleico artificial compreende ainda opcionalmente pelo menos um sítio de entrada ribossômico in- terno (IRES) e/ou pelo menos um sítio de ligação ao miRNA.
16. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 15, caracterizada pelo fato de que dita pelo menos uma região de codificação codifica um (po- lijpeptídeo ou proteína que compreende ou consiste em uma sequên- cia de aminoácido de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 41- 45, ou uma sequência de aminoácidos tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com a sequência de aminoácidos de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 42-45, ou uma variante ou fragmento de qualquer uma dessas sequências.
17. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 15, caracterizada pelo fato de que a pelo menos uma região de codificação de dita molécula de ácido nucleico artificial compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 46-49; ou uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de prefe- rência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com qualquer uma das referidas sequências de ácido nucleico.
18. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizada pelo fato de que dita molécula de ácido nucleico artificial compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico de acordo com qualquer uma das SEQ ID NOs: 50-368, ou uma sequência de ácido nucleico tendo, em ordem crescente de preferência, pelo menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência com qualquer uma das referidas sequências de ácidos nucleicos.
19. Molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 17, caracterizada pelo fato de que dita molécula de ácido nucleico artificial é um RNA.
20. RNA de acordo com a reivindicação 19, caracterizado pelo fato de que o RNA é mono-, bi- ou multicistrônico.
21. RNA de acordo com a reivindicação 19 ou 20, caracteri- zado pelo fato de que o RNA é um mRNA, um RNA viral, RNA autor- replicante ou um RNA replicon.
22. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 21, caracterizado pelo fato de que dito ácido nucleico artificial é um ácido nucleico modificado, preferivelmente um ácido nucleico estabilizado, ou em que o ácido nu- cleico artificial compreende pelo menos um de nucleotídeo modificado ou não natural, modificação da cadeia principal, modificação do açúcar ou modificação da base.
23. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 22, caracterizado pelo fato de que -o teor de G/C de pelo menos uma região de codificação do ácido nucleico artificial é aumentado em comparação com o teor de G/C da sequência de codificação correspondente do ácido nucleico artificial do tipo selvagem correspondente e/ou em que -o teor de C da pelo menos uma região de codificação do ácido nucleico artificial é aumentado em comparação com o teor de C da sequência de codificação correspondente do ácido nucleico artificial do tipo selvagem correspondente e/ou em que -os códons na pelo menos uma região de codificação do ácido nucleico artificial são adaptados ao uso de códons humanos, em que o índice de adaptação de códons (CAI) é preferivelmente aumen- tado ou maximizado na pelo menos uma sequência de codificação do ácido nucleico artificial, - em que a sequência de aminoácido codificada pelo ácido nucleico artificial não está preferivelmente sendo modificada em com- paração com a sequência de aminoácido codificada pelo ácido nuclei- co artificial do tipo selvagem correspondente.
24. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 23, caracterizado pelo fato de que compreende uma estrutura 5'-CAP, preferivelmente m7GpppN ou Cap1.
25. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 24, caracterizado pelo fato de que compreende pelo menos uma alça penducular de histona.
26. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com a reivindicação 25, caracterizado pelo fato de que a pelo menos uma alça penducular de histona compreende uma sequência de ácido nucleico de acordo com as seguintes fórmulas (1) ou (Il): Fórmula (1) (sequência de alça penducular sem elementos limítrofes do pendúculo): [No-2GN3-5] [No-a4(U/T)No-a] [N3-5CNo-2] Mo Co] 7] pendúculo 1 laço pendúculo 2 Fórmula (Il) (sequência alça penducular com elementos limítrofes do pendúculo): Ni1-6 [No-2GN3-5] [No-4(U/T)No-4] [N3-5CNo-2] Ni-6 Co AA NO a Sm A A elemento pendúculo 1 laço pendúculo 2 elemento limítrofe do limítrofe do pendúculo 2. pendúculo 1 em que:
elementos limítrofes de pendúculo1 ou pendúculo2 N1-6 é uma sequência consecutiva de 1 a 6, de preferência de 2 a 6, mais preferivelmente de 2 a 5, ainda mais preferivelmente de 3 a 5, mais preferivelmente de 4 a 5 ou 5 N, em que cada N é independen- temente de outro selecionado de um nucleotídeo selecionado de A, U, T,GeC, ou seu análogo de nucleotídeo;
pendúculo1 [No-2GN3-s]
é complementar reverso ou complementar parcialmente re- verso com o elemento pendúculo2, e é uma sequência consecutiva entre 5 a 7 nucleotídeos;
em que No.2 é uma sequência consecutiva de 0 a 2, preferi- velmente de O a 1, mais preferivelmente de 1 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, Ge C ou seu análogo de nucleotídeo;
em que N3.5 é uma sequência consecutiva de 3 a 5, preferi- velmente de 4 a 5, mais preferivelmente de 4 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, Ge C ou seu análogo de nucleotídeo, e em que G é guanosina ou seu análogo e pode ser opcio- nalmente substituído por uma citidina ou seu análogo, contanto que seu nucleotídeo complementar citidina no pendúculo2 seja substituído por guanosina;
sequência de alça [No-4(U/T)No-1]
está localizada entre os elementos pendúculo1 e pendúcu- lo2 e é uma sequência consecutiva de 3 a 5 nucleotídeos, mais prefe- rivelmente de 4 nucleotídeos;
em que cada No. é independente de uma outra sequência consecutiva de O a 4, preferivelmente de 1 a 3, mais preferivelmente de 1 a 2 N, em que cada N é independentemente de outro selecionado de um nucleotídeo selecionado de A, U, T, G e C ou seu análogo de nucleotídeo; e em que U/T representa uridina ou opcionalmente timidina;
pendúculo2 [N3-5CNo.2]
é complementar reverso ou complementar parcialmente re- verso com o elemento pendúculo1 e é uma sequência consecutiva en- tre 5 a 7 nucleotídeos;
em que N3.5 é uma sequência consecutiva de 3 a 5, preferi- velmente de 4 a 5, mais preferivelmente de 4 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, Ge C ou seu análogo de nucleotídeo;
em que No.2 é uma sequência consecutiva de 0 a 2, preferi- velmente de O a 1, mais preferivelmente de 1 N, em que cada N é in- dependentemente de outro selecionado de um nucleotídeo seleciona- do de A, U, T, G ou C ou seu análogo de nucleotídeo; e em que C é citidina ou seu análogo, e pode ser opcional- mente substituído por uma guanosina ou seu análogo, contanto que seu nucleosídeo guanosina complementar no pendúculo1 seja substi- tuído por citidina; em que o pendúculo1 e o pendúculo2 são capazes de pareamento de bases entre si formando uma sequência complementar reversa, em que o pareamento de bases pode ocorrer entre o pendúculo1 e o pen- dúculo2, ou formando uma sequência complementar parcialmente re-
versa, em que um pareamento de base incompleto pode ocorrer entre o pendúculo1 e o pendúculo2.
27. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com a reivindicação 25 ou 26, caracterizado pelo fato de que pelo me- nos uma alça penducular de histona compreende uma sequência de ácido nucleico de acordo com as seguintes fórmulas (la) ou (lla): fórmula (la) (sequência de alça penducular sem elementos limítrofes do pendúculo): [No-1GN3-5] [N1-3(U/T)No-2] [N3-5CNo-1] Ss mm— A A pendúculo 1 alça pendúculo 2 fórmula (lla) (sequência de alça penducular com elementos limítrofes do pendúculo): N2-5 [No-1GN3-5] [N1-3(U/T)No-2] [N3-5CNo-1] N2-5 AA É] O elemento — pendúculo 1 pendúculo 2 — elemento limítrofe do alça limítrofe do pendúculo 1 pendúculo 2
28. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 27, caracterizado pelo fato de que opcionalmente compreende uma sequência poli(A), preferenci- almente compreendendo 10 a 200, 10 a 100, 40 a 80 ou 50 a 70 nu- cleotídeos de adenosina.
29. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 28, caracterizado pelo fato de que opcionalmente compreende uma sequência poli(C), de prefe- rência compreendendo 10 a 200, 10 a 100, 20 a 70, 20 a 60 ou 10 a 40 nucleotídeos de citosina.
30. Ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 29, caracterizado pelo fato de que compreende, de preferência na direção de 5' a 3', os seguintes elementos: a) uma estrutura 5-CAP, de preferência m/GpppN ou Cap1; b) um elemento 5-UTR, que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico, que é derivada de uma 5-UTR de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, de preferência compreendendo uma sequência de ácido nucleico que corresponde à sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 1-22 ou seu homólogo, fragmento ou variante; c) pelo menos uma sequência de codificação de acordo com qualquer uma das reivindicações 10 a 18; d) um elemento 3'-UTR, que compreende ou consiste em uma sequência de ácido nucleico, que é derivada de uma 3-UTR de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, preferivelmente compreendendo uma sequência de ácido nucleico que corresponde à sequência de ácido nucleico de acordo com a SEQ ID NO: 23-36, ou seu homólogo, fragmento ou variante, e) opcionalmente, uma cauda poli(A), preferivelmente con- sistindo em 10 a 1000, 10 a 500, 10 a 300, 10 a 200, 10 a 100, 40 a 80 ou 50 a 70 nucleotídeos de adenosina, f) opcionalmente, uma cauda poli (C), preferivelmente con- sistindo em 10 a 200, 10 a 100, 20 a 70, 20 a 60 ou 10 a 40 nucleotí- deos de citosina, e g) opcionalmente, uma alça penducular de histona.
31. Composição, caracterizada pelo fato de que compreen- de pelo menos uma ou uma pluralidade de moléculas de ácido nuclei- co artificial, preferencialmente RNA(s), de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 30, e um veículo e/ou excipiente farmaceutica-
mente aceitável.
32. Composição de acordo com a reivindicação 31, caracte- rizada pelo fato de que pelo menos duas da dita pluralidade de molé- culas artificiais de ácido nucleico cada uma (a) compreende a mesma ou uma combinação diferente de elementos da UTR de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9 e/ou (b) codifica um peptídeo ou proteína diferente, opcionalmente selecionado de um peptídeo ou proteína de acordo com qualquer uma das reivindicações 11 a 17.
33. Composição de acordo com a reivindicação 31 ou 32, caracterizada pelo fato de que é para uso como um medicamento, op- cionalmente para uso como uma vacina.
34. Composição (farmacêutica) de acordo com a reivindica- ção 33, que preferivelmente compreende pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial compreendendo uma combinação de UTR co- mo definida na reivindicação 6, caracterizada pelo fato de que dita composição (farmacêutica) e/ou dita molécula de ácido nucleico artifi- cial são adaptadas para a liberação direcionada ao fígado.
35. Composição (farmacêutica) de acordo com a reivindica- ção 33, de preferência compreendendo pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial que compreende uma combinação de UTR co- mo definida na reivindicação 7, caracterizada pelo fato de que dita composição (farmacêutica) e/ou dita molécula de ácido nucleico artifi- cial são adaptadas para a administração subcutânea, intracutânea, intradérmica, tópica ou transdérmica.
36. Composição (farmacêutica) de acordo com a reivindica- ção 33, de preferência compreendendo pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial que compreende uma combinação de UTR co- mo definida na reivindicação 8, caracterizada pelo fato de que dita composição (farmacêutica) e/ou dita molécula de ácido nucleico artifi- cial são adaptadas para a administração intramuscular.
37. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das reivindicações 31 a 36, caracterizada pelo fato de que a molécula de ácido nucleico artificial, preferivelmente RNA, é complexada com um ou mais compostos catiônicos ou policatiônicos, preferivelmente com polímeros catiônicos ou policatiônicos, peptídeos catiônicos ou policatiônicos ou proteínas, por exemplo, protamina, po- lissacarídeos catiônicos ou policatiônicos e/ou lipídios catiônicos ou policatiônicos ou veículos poliméricos.
38. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com a reivindicação 37, caracterizada pelo fato de que a relação N/P da mo- lécula de ácido nucleico artificial, preferiveimente RNA, para um ou mais peptídeos ou proteínas catiônicos ou policatiônicos está na faixa de cerca de 0,1 a 10, incluindo uma faixa de cerca de 0,3 a 4, de cerca de 0,5 a 2, de cerca de 0,7 a 2 e de cerca de 0,7 a 1,5.
39. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das reivindicações 31 a 38, caracterizada pelo fato de que a molécula de ácido nucleico artificial, preferivelmente RNA, é complexada com um ou mais lipídios, formando assim nanopartículas lipídicas, lipoplexos e/ou de preferência lipossomas.
40. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das reivindicações 31 a 39, caracterizada pelo fato de que ainda compreende pelo menos um agente ativo adicional e/ou pe- lo menos um adjuvante.
41. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das reivindicações 31 a 40, caracterizada pelo fato de ainda compreende um RNA de não de codificação selecionado do grupo que consiste em pequeno RNA interferente (siRNA), RNA anti- senso (asRNA), RNA circular (circRNA), ribozimas, aptâmeros, "ribos- witches", RNA imunoestimulante (iSsRNA), RNA de transferência (tRNA), RNA ribossômico (r>RNA), RNA nuclear pequeno (snRNA), RNA nucle-
olar pequeno (snoRNA), microRNA (miRNA) e RNA de interação com Piwi (piRNA).
42. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com a reivindicação 41, caracterizada pelo fato de que o RNA imunoestimu- lante (isSRNA) compreende pelo menos uma sequência de RNA de acordo com a fórmula (Ill) (GXmGn), fórmula (IV) (CIXmCrn), fórmula (V) (NuGIXmGnNy)a e/ou fórmula (VI) (NuCiXmCrNy)a.
43. Composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com a reivindicação 41 ou 42, caracterizada pelo fato de que compreende um complexo de carga de veículo polimérico, formado por um veículo po- limérico, preferivelmente compreendendo peptídeos catiônicos reticu- lados com dissulfeto, de preferência Cys-Arg12 e/ou Cys-Arg12-Cys, e um isRNA.
44. Kit, de preferência kit de partes, caracterizado pelo fato de que compreende a molécula de ácido nucleico artificial, preferivel- mente RNA, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 30 ou a composição (farmacêutica) ou vacina como definida em qualquer uma das reivindicações 31 a 43, e opcionalmente um veículo líquido e/ou opcionalmente instruções técnicas com informações sobre a ad- ministração e dosagem da molécula de ácido nucleico artificial ou da composição (farmacêutica) ou vacina.
45. Kit de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pe- lo fato de que o kit contém como uma parte a solução de Ringer- Lactato.
46. Molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 30, a com- posição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das reivindicações 31 a 43, ou kit de acordo com a reivindicação 44 ou 45, caracterizada pelo fato de que é para uso como um medicamento.
47. Molécula de ácido nucleico artificial, de preferência
RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 30, compo- sição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das rei- vindicações 31 a 43, ou kit de acordo com a reivindicação 44 ou 45, caracterizada pelo fato de que é para uso no tratamento de doenças genéticas, câncer, doenças infecciosas, doenças inflamatórias, doen- ças (auto)imunes, alergias e/ou para uso na terapia de genes e/ou imunomodulação.
48. Molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, composição (farmacêutica) ou vacina ou kit para uso de acordo com a reivindicação 47, caracterizada pelo fato de que dito uso com- preende (a) administrar a um paciente com sua necessidade dita mo- lécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, dita composição (farmacêutica) ou dito kit.
49. Molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 6 a 30, compo- sição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das rei- vindicações 31 a 43, ou kit de acordo com a reivindicação 44 ou 45, dita composição (farmacêutica) ou kit compreendendo pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 6 a 30, caracterizada pelo fato de que é para uso em um método de aumento da eficácia de expressão da referida molé- cula de ácido nucleico artificial em tecido hepático, células hepáticas ou linhagens de células hepáticas.
50. Molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 7 a 30, compo- sição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das rei- vindicações 31 a 43, ou kit de acordo com a reivindicação 44 ou 45, dita composição (farmacêutica) ou kit compreendendo pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 7 a 30, caracterizada pelo fato de que é para uso em um método de aumento da eficácia de expressão da referida molé- cula de ácido nucleico artificial no tecido da pele, células da pele ou linhagens celulares da pele.
51. Molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 30, compo- sição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das rei- vindicações 31 a 43, ou kit de acordo com a reivindicação 44 ou 45, dita composição (farmacêutica) ou kit compreendendo pelo menos uma molécula de ácido nucleico artificial de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 30, caracterizada pelo fato de que é para uso em um método de aumento da eficácia de expressão da referida molé- cula de ácido nucleico artificial no tecido muscular, células musculares ou linhagens celulares musculares.
52. Método de tratamento ou prevenção de um distúrbio opcionalmente selecionado de doenças genéticas, câncer, doenças infecciosas, doenças inflamatórias, doenças (auto)imunes, alergias e/ou para uso em terapia de genes e/ou imunomodulação, caracteri- zado pelo fato de que dito método compreende administrar a um indi- víduo com sua necessitado uma quantidade eficaz da molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, como definida em qual- quer uma das reivindicações 1 a 30, a composição (farmacêutica) ou vacina de acordo com qualquer uma das reivindicações 31 a 43, ou o kit de acordo com a reivindicação 44 ou 45.
53. Método para aumentar a eficácia de expressão de uma molécula de ácido nucleico artificial, de preferência RNA, compreen- dendo pelo menos uma região de codificação que codifica uma proteí- na ou peptídeo preferivelmente de acordo com qualquer uma das rei- vindicações 11 a 16, dito método caracterizado pelo fato de que com- preende (a) a associação da referida região de codificação com pelo menos um elemento da UTR 5' derivado de uma 5' UTR de um gene selecionado a partir do grupo que consiste em HSD17B4, ASAH1, ATP5A1, MP68, NDUFA4, NOSIP, RPL31, SLC7A3, TUBB4B e UBOQLN?2, ou de uma sequência de RNA correspondente, seu homólo- go, fragmento ou variante; (b) a associação de dita região de codificação com pelo menos um elemento da 3' UTR derivado de uma 3' UTR de um gene selecionado a partir do grupo que consiste em PSMB3, CASP1, COXG6B1, GNAS, NDUFA1 e RPS9, ou de uma sequência de RNA cor- respondente, seu homólogo, fragmento ou variante; e (c) a obtenção de uma molécula de ácido nucleico artificial, preferencialmente RNA, como definida em qualquer uma das reivindi- cações 1 a 30.
54. Método para identificar uma combinação de 5 'UTR e 3' UTR capaz de aumentar a eficiência de expressão em um tecido dese- jado ou em uma célula derivada do tecido desejado, caracterizado pelo fato de que compreende: a) gerar uma biblioteca de moléculas de ácido nucleico arti- ficial ("construções de teste"), cada uma compreendendo uma "ORF repórter" que codifica um polinucleotídeo repórter detectável, de prefe- rência luciferase ou eGFP selecionada, ligada de maneira operável a uma das 5' UTRs e/ou uma das 3' UTRs, de acordo com a reivindica- ção 3; b) fornecer uma molécula de ácido nucleico artificial com- preendendo dita "ORF repórter" ligada de maneira operável às 5' e 3' UTRs de referência, preferivelmente RPL32 e ALB7 como uma "cons- trução de referência"; c) introduzir ditas construções de teste e ditas construções de referência no tecido ou célula desejado sob condições adequadas, permitindo a sua expressão;
d) detectar e quantificar a expressão do referido polipeptí- deo a partir da "ORF repórter" das construções de teste e da constru- ção de referência;
e) comparar a expressão de polipeptídeo das construções de teste e construções de referência;
em que as construções de teste caracterizadas por uma expressão aumentada de polipeptídeo em comparação com a constru- ção de referência são identificadas como sendo capazes de aumentar a eficiência de expressão no tecido ou célula desejado.
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