WO2007026896A1 - 腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 - Google Patents

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seq
polynucleotide
gene
fragment
renal cancer
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PCT/JP2006/317380
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English (en)
French (fr)
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Satoko Kozono
Hideo Akiyama
Akira Myomoto
Yoshinori Tanaka
Giman Jung
Hitoshi Nobumasa
Osamu Nomura
Osamu Ogawa
Eijiro Nakamura
Gozoh Tsujimoto
Original Assignee
Toray Industries, Inc.
Kyoto University
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Definitions

  • composition and method for renal cancer diagnosis and prognosis prediction of renal cancer patients Composition and method for renal cancer diagnosis and prognosis prediction of renal cancer patients
  • the present invention is a determination (diagnosis) composition useful for predicting prognosis of a subject and useful for predicting or detecting metastasis of Z or renal cancer, and prognosis of a subject using the composition. And a method for predicting or detecting Z or renal cancer metastasis, a prognosis for a subject using the composition, and a kit for predicting Z or renal cancer metastasis.
  • the kidney is an important urinary organ that plays a role in excreting in-vivo waste products by filtering blood to produce urine. It is also an important endocrine organ that produces hormones such as angiotensin that controls blood pressure and erythropoietin, which is an erythropoietic factor.
  • the tumors that occur in the kidney include renal cell cancer that occurs in adults, Wilms tumor that occurs in children, and sarcomas as rare tumors. Called kidney cancer.
  • the incidence of kidney cancer in Japan is about 2.5 per 100,000 population, with a male-female ratio of 2-3: 1, which tends to be more common among men.
  • the second most common cancer is prostate cancer and bladder cancer.
  • Renal cancer rarely has some subjective symptoms when the maximum diameter of the tumor is 5 cm or less, and is often detected by CT scan at the time of screening. Larger tumors include hematuria, abdominal masses, and pain. Systemic symptoms may include fever, weight loss, anemia, and rarely endocrine factors may cause erythrocytosis, hypertension, hypercalcemia, and the like. On the other hand, the spread of renal cancer into the inferior vena cava may cause vein angulation or testicular varices in the abdominal body surface. About kidney cancer Twenty percent are found from lung and bone metastases. Renal cancer is prone to metastasis to other organs where the tumor tends to spread in the veins.
  • VHL tumor suppressor gene
  • the main treatment for renal cancer is surgical therapy. Regardless of stage, removal of the kidney or partial removal of the kidney is the most common where it can be removed, and surgical removal of the kidney may be considered even if there is metastasis.
  • Non-surgical methods include arterial embolization of the renal arteries, which may be performed prior to surgery when removal is not possible or when large tumors are removed.
  • Patent Document 1 discloses a method using a difference in gene expression.
  • MMP2 non-patent document 3
  • PDE8B protein
  • FLOT1 pattern 3
  • CD5 non-patent document 5
  • ECM1 pattern 1
  • the literature 4 is also known, it cannot be said that the specificity is relatively high, and clinical use of a method for examining renal cancer, which is highly sensitive only by the expression level thereof, has not been carried out.
  • tumor-related markers for cancer including kidney cancer MCM3AP (Patent Document 5), KRT19 (Patent Document 6), SLK4 (Patent Document 7), C5
  • P1 Patent Document 8
  • FGF2 Non-Patent Document 6
  • MMP14 Non-Patent Document 7
  • ERBB2 Non-Patent Document 8
  • Patent Document 1 International Publication No. 2005Z024603 Pamphlet
  • Patent Document 2 International Publication No. 2004Z042077 Pamphlet
  • Patent Document 3 International Publication No. 2004Z048933 Pamphlet
  • Patent Document 4 U.S. Pat.No. 6,303,765
  • Patent Document 5 Special Table 2005-520536
  • Patent Document 6 Special Table 2005-507997
  • Patent Document 7 International Publication No. 2002Z06339 Pamphlet
  • Patent Document 8 Special Table 2004-518402
  • Non-patent literature l Latif, F. et al., Science, 1993, 260, p. 1317-1320
  • Non-patent literature 2 Maxwell, P. et al., Nature, 1999, 399, p. 271-275
  • Non-Patent Document 3 Lein, M. et al., International Journal of Cancer, 2000, Vol. 85, p. 801-804
  • Non-Patent Document 4 Nakatsuji, T., Clinical and Experimental Medicine, 2003, II, p. 192-196
  • Non-Patent Document 5 Nagase, Y. et al., Journal of Japanese Urological Association, 1991, No. 82, p. 178 1-1789
  • Non-Patent Document 6 Miyake, H. et al., 1996, Cancer Research, Vol. 56, p. 2440-2445
  • Non-Patent Document 7 Kitagawa, Y. et al., 1999, Journal of Urology, No. 162, p. 9 05-909
  • Non-Patent Document 8 Freeman, M. R. et al., 1989, Cancer Research, 49th, p. 6 221 -6225
  • kidney cancer expression gene markers predict well-known force metastasis
  • diagnostic markers and markers that can predict prognosis.
  • Existing markers are poor in specificity and Z or sensitivity and are not generally used clinically due to the lack of established efficient detection methods for biological samples.
  • the kidney cancer marker is highly desired.
  • An object of the present invention is to provide a disease determination composition, kit or DNA chip useful for diagnosis of renal cancer, diagnosis of renal cancer metastasis (or prognosis), and treatment of renal cancer.
  • Another object of the present invention is to provide a method for detecting, determining or predicting the presence or metastasis of renal cancer using the above composition, kit or DNA chip.
  • the prognosis of a renal cancer patient is observed, and gene expression or protein expression in a renal cancer cell derived from a renal cancer patient with a good prognosis and a renal cancer cell derived from a renal cancer patient with a poor prognosis, or A method for comparing the amount of cellular metabolites, etc. by some means, a gene contained in a body fluid of a tissue containing renal cancer cells derived from a patient with a good prognosis or a tissue containing renal cancer cells derived from a patient with a poor prognosis,
  • One example is a method for measuring the amount of protein, metabolite, or the like.
  • the present inventors analyzed the gene expression of a renal cancer tissue derived from a renal cancer patient with a good prognosis and a renal cancer tissue derived from a renal cancer patient with a poor prognosis using a DNA array. It was analyzed. In addition, the effect of gene expression levels measured by DNA array on changes in the survival rate over time after surgery in each patient group is used as an index. Kidney cancer tissue from patients with good prognosis and those with poor prognosis Thus, the present invention was completed by selecting a kidney cancer tissue and a gene capable of discriminating the presence or absence of metastasis of Z or kidney cancer.
  • the present invention has the following features.
  • nucleotide sequence having the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases;
  • a polynucleotide comprising a nucleotide sequence complementary to the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases
  • polypeptide comprising an amino acid sequence encoded by the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 1-10, 12-20, 22-47, or SEQ ID NO: 101-110, 112-120, 122-147
  • a composition for detecting, determining or predicting in vitro the presence or metastasis of renal cancer in a subject comprising one or more probes for which force is also selected.
  • composition according to (1), wherein the presence of renal cancer can be detected, determined or predicted by the probes of Group II (g) and (h).
  • composition according to (1) wherein the polynucleotide is DNA or RNA.
  • the fragment in the group I is a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases
  • the fragment in group I is SEQ ID NO: 51 to 60, 62 to 70, 72 to 97.
  • the composition according to (1) which is a polynucleotide comprising a base sequence represented by any of 97, or a polynucleotide comprising a base sequence complementary to the sequence of the polynucleotide.
  • the fragment in the group I is a polynucleotide comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 51-60, 62-70, 72-97, or a base sequence complementary thereto The composition according to (1).
  • a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50, a polynucleotide having a complementary sequence ability thereof, a polynucleotide thereof, and Polynucleotides that hybridize under stringent conditions, or they
  • the composition according to (1) further comprising, as a probe, one or more polynucleotides selected from fragments containing 15 or more consecutive bases of the polynucleotide.
  • composition according to (8), wherein the fragment is a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases.
  • the polynucleotide comprising a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 61, 71, 98: LOO in the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 11, 21, 48 to 50, or
  • the composition according to (8) which is a polynucleotide comprising a base sequence complementary to the sequence of the polynucleotide.
  • composition according to (8), wherein the fragment is a polynucleotide comprising a nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 61, 71, 98-: LOO, or a complementary nucleotide sequence thereto. object.
  • composition according to (1), (12), (13) or (14), comprising an epitope having a fragment strength of at least 7 amino acids.
  • composition according to (1) comprising a combination of two or more probes selected from the group I or group II (£), (g), (h) force.
  • the probe is a polynucleotide having a base sequence ability represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 10, 11, 12 to 20, 21, 22 to 47, and 48 to 50, and a complementary thereof
  • the polynucleotide according to (18) or (19) which is a polynucleotide having a sequence ability, a polynucleotide that is hybridized under stringent conditions with the polynucleotide, or a polynucleotide that includes 15 or more consecutive bases thereof. Kit.
  • kit according to any one of (18) to (20), which is a polynucleotide comprising a base sequence represented by 100 or a base sequence complementary thereto.
  • an antibody that specifically binds to at least one of the polypeptides represented by SEQ ID NOs: 111, 121, and 148 to 150, variants thereof, or fragments thereof The kit according to (18), further comprising a fragment thereof or a chemically modified derivative thereof.
  • an antibody that specifically binds to at least one of the polypeptides represented by SEQ ID NOs: 152, 154, and 191 and variants or fragments thereof
  • the presence or abundance or expression level of one or more renal cancer-related target nucleic acids in a biological sample derived from a subject is determined according to group I and / or group II (£) defined in (1) above.
  • a method for detecting, determining or predicting the presence or transition of renal cancer in vitro comprising measuring in vitro using a probe selected from (g) and (h).
  • the measurement by the immunological method may be performed using the antibody of Group II (£), (g) or (h), a fragment thereof, Or the method according to (36), which is carried out using a chemically modified derivative thereof.
  • the expression level of the target nucleic acid in a renal cancer cell biological sample derived from a subject was determined using the expression level of the target nucleic acid in a renal cancer cell derived from a population with a poor prognosis.
  • the target nucleic acid can be detected by a polynucleotide, a variant or a fragment thereof contained in the composition, kit or DNA chip, and the expression level of the target nucleic acid derived from a subject has a good prognosis.
  • Patient population expression level and Z or poor prognosis patient population expression level If there is a change in power, respectively, determine that subject has poor prognosis or subject has good prognosis, and has Z or renal cancer metastasis Or a positive ij 'self method that determines that there is no metastasis of kidney cancer.
  • a first step of measuring the expression level of the target nucleic acid obtained in the first step ;
  • the second step of creating a discriminant (support vector machine) with the current level of measurement as a teacher, the expression level of the target nucleic acid in the biological sample derived from the renal cancer of the subject in vitro as in the first step Based on the results obtained by substituting the measured value of the expression level of the target nucleic acid obtained in the third step into the discriminant obtained in the third step and the second step to be measured.
  • Predicting the prognosis of the subject and determining that the Z or renal cancer from the subject is a renal cancer from a patient with metastasis or from a patient without metastasis The method according to (41) or (42), wherein the target nucleic acid is detectable by a polynucleotide, a variant thereof or a fragment thereof contained in the composition, kit or DNA chip. .
  • probe refers to a specific gene or a polypeptide encoded by a kidney-related marker for detecting, determining or predicting the presence or metastasis of renal cancer.
  • a kidney-related marker for detecting, determining or predicting the presence or metastasis of renal cancer.
  • a nucleic acid, antibody or equivalent thereof capable of binding to a class.
  • polynucleotide is used as a nuclear acid including RNA and DNA!
  • the DNA includes any of cDNA, genomic DNA, and synthetic DNA.
  • the RNA includes all of total RNA, mRNA, rRNA, and synthetic RNA.
  • the polynucleotide is used interchangeably with the nucleic acid.
  • cDNA includes the full-length DNA strand of a sequence complementary to RNA generated by gene expression and a DNA fragment having a partial sequence ability.
  • cDNA is RNA-type, RT-PCR (reverse transcriptase-polymerase using poly-T primer) S chain reaction).
  • the term “gene” refers not only to double-stranded DNA, but also to each of the positive strand (or sense strand) or complementary strand (or antisense strand) constituting it. Used to encompass single-stranded DNA. The length is not particularly limited. Therefore, in the present specification, unless otherwise specified, “gene” refers to double-stranded DNA including human genomic DNA, single-stranded DNA including cDNA (positive strand), and one having a sequence complementary to the positive strand. Strand DNA complement) and any of these fragments.
  • the “gene” is not only a “gene” represented by a specific base sequence (or SEQ ID NO), but also a protein having a biological function equivalent to a protein encoded by these, for example, a homolog (ie, homolog), Included are “genes” that encode variants, such as splice noriants, and derivatives. Specifically, as a “gene” encoding a powerful homologue, mutant or derivative, a specific base of any one of the above-mentioned SEQ ID NOs: 1 to 50 shown under stringent conditions is used. Examples thereof include “genes” having a base sequence that hybridizes with a complementary sequence.
  • a homologue of a human-derived protein ie, a homolog
  • a gene encoding the same can be exemplified by a protein or gene of another biological species corresponding to the protein or the human gene encoding the same.
  • Protein or gene homologation can be determined by I PJ using HomoioGene (http://www.ncDi.nlm.nih.gov/homoloGene/).
  • HomoioGene http://www.ncDi.nlm.nih.gov/homoloGene/
  • a specific human amino acid or nucleotide sequence is represented by the BLAST program (Karlm, 3 ⁇ 4., Et al., Proceedings of the National Academic Sciences U.3 ⁇ 4.A., 1993, No. 90, p.
  • BLAST programs include BLASTN (gene) and BLASTX (protein).
  • BLASTN gene
  • BLASTX protein
  • UniGeneClusterlD obtained by entering the registration number from the above BLAST search into UniGene (http: ⁇ www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/) (number indicated by H s.) Enter HomoioGene.
  • a gene homologue corresponding to a human gene a gene of another species can be selected.
  • the FASTA program http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta—e.html
  • the "gene” may include, for example, an expression control region, a coding region, an exon, or an intron, without questioning whether the functional region is different.
  • transcript refers to messenger RNA (mRNA) synthesized with a DNA sequence of a gene as a cage.
  • RNA polymerase binds to a site called a promoter upstream of the gene, and ribonucleotide is bound to the 3 'end so that it is complementary to the DNA base sequence, and messenger RNA is synthesized in a rectangular shape.
  • This messenger RNA includes not only the gene itself, but also the entire sequence from the expression control region, coding region, exon or intron to the end of the polyA sequence, including the transcription initiation point.
  • translation product refers to a protein synthesized based on information obtained by messenger RNA synthesized by transcription, regardless of whether or not the RNA is subjected to modification such as splicing.
  • ribosomes and messenger RNA are first bound, and then amino acids are linked according to the base sequence of messenger RNA to synthesize proteins.
  • a "primer” refers to a continuous polynucleotide that specifically recognizes and amplifies RNA produced by gene expression or a polynucleotide derived therefrom, and Z or complementary thereto. Polynucleotides.
  • the complementary polynucleotide (complementary strand, reverse strand) is a full-length sequence of a polynucleotide consisting of a base sequence defined by SEQ ID NOs, or a partial sequence thereof (here, for the sake of convenience, this is a normal sequence).
  • This refers to a polynucleotide that is in a base-complementary relationship based on base pair relationships such as A: T (U) and G: C.
  • a strong complementary strand is not limited to the case where a complete complementary sequence is formed with the target positive strand base sequence, but has a complementary relationship that allows hybridization with the target positive strand under stringent conditions. There is a little.
  • stringent conditions refers to the case in which a probe is less than other sequences. Conditions that hybridize to the target sequence to a greater extent detectable (eg, at least twice background). Stringent conditions are sequence-dependent and depend on the environment in which the hybridization is performed. By controlling the stringency of hybridization and Z or wash conditions, target sequences that are 100% complementary to the probe can be identified.
  • variant means, in the case of a nucleic acid, a natural variant, homologue, or genetic code caused by polymorphism, mutation, alternative splicing during transcription, and the like.
  • nucleic acid that is hybridized under stringent conditions as defined above with a variant showing the above-mentioned% identity, or with a polynucleotide or oligonucleotide containing the nucleotide sequence or a partial sequence thereof, whereas it is a protein or peptide.
  • a variant comprising a deletion, substitution, addition or insertion of one or more, preferably one or several amino acids in the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 101 to 197 or a partial sequence thereof, or About 80% or more, about 85% or more, preferably about 90% or more, more preferably about 95% or more, about 97% or more, about 98% or more, or about 99% or more with the amino acid sequence or a partial sequence thereof. It means a variant showing% identity.
  • “several” means an integer of about 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 or 2 or less.
  • % identity can be determined by introducing a gap using the aforementioned BLAST or FASTA protein or gene search system (Karlin, S. et al., 1993, Proceedings of the National Academic Sciences U. 3 ⁇ 4.A., 90, p. 5873-5877; Altschul, SF et al., 1990, Journal of Molecular Biology, 215, p. 403-410; Pearson, WR et al., 1988, Proceed ings of the National Academic Sciences USA, Vol. 85, p.2444--2448
  • derivative refers to a label derivative derived from a fluorophore or the like, a modified nucleotide (for example, an alkyl such as halogen or methyl, an alkoxy such as methoxy, a group such as thio or carboxymethyl).
  • a modified nucleotide for example, an alkyl such as halogen or methyl, an alkoxy such as methoxy, a group such as thio or carboxymethyl.
  • proteins including antibodies
  • a labeled derivative with a label such as an enzyme, a fluorophore or a radioisotope, or a derivative containing chemical modifications such as acetylation, acylation, alkylation, phosphorylation, sulfation, glycosylation.
  • diagnosis (or detection or determination) composition and “disease determination composition” are used to predict the prognosis of a renal cancer patient and to affect Z or renal cancer. Direct or indirect to diagnose the presence, extent of disease, presence or absence of metastasis of kidney cancer, presence or absence of improvement, and degree of improvement, and to screen for candidate substances useful for prevention, improvement or treatment of kidney cancer
  • the composition that is used in a typical way. This composition comprises nucleotides, oligonucleotides and polynucleotides capable of specifically recognizing and binding to genes whose expression is varied in vivo, particularly in kidney tissue, in relation to the onset of kidney cancer, and the gene.
  • composition means a composition comprising a single probe in accordance with the present invention, or a mixture of two or more different probes, wherein the composition is a solid (eg, lyophilized). Etc.) and solutions (eg, aqueous solutions, buffer solutions, etc.).
  • the composition can contain additives such as stabilizers and preservatives as long as they do not affect the analysis.
  • the "biological sample” to be detected and diagnosed means that the expression of the target gene of the present invention changes with the occurrence of renal cancer or the amount of the target polypeptide of the present invention is normal control.
  • Biological samples include, for example, kidney thread and tissue, surrounding lymph nodes, forceful tissues such as other organs suspected of metastasis, cells derived from those tissues, and body fluids such as blood.
  • “specifically binds” means that an antibody or a fragment thereof forms an antigen-antibody complex only with the target polypeptide of the present invention, a variant or a fragment thereof, Peptidic or polypeptide substance means that the complex is not substantially formed.
  • substantially means that non-specific complex formation can occur to a lesser extent.
  • epitope refers to a partial amino acid region (antigenic determinant) having antigenicity or immunogenicity in the target polypeptide of the present invention, a variant thereof or a fragment thereof. Epitopes usually have at least 5 amino acids, preferably at least 7 amino acids, more preferably at least 10 amino acids.
  • prognosis represents a survival probability represented by a survival curve plotted by the Kaplan-Meier method (for example, BMJ (1998) 317: 1572).
  • Patients with good prognosis classify renal cancer patients according to some clinical information, plot the survival curve for each using the Kaplan-Meier method, and test the difference using some statistical method.
  • a group with a high survival rate with a large difference (p ⁇ 0. 05) is shown.
  • patients with “poor prognosis” classify patients with renal cancer according to some clinical information, plot survival curves for each using the Kaplan-Meier method, and test the difference using some statistical method.
  • the group with a low survival rate is shown with a significant difference (P ⁇ 0.05). Because the presence or absence of cancer metastasis is one of the factors affecting a patient's prognosis, the prognostic prediction correlates in part with the prediction of cancer metastasis.
  • PABPN1 gene refers to the Poly (A) —Binding Protein, shown by a specific base sequence (SEQ ID NO: 1), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. Includes genes that encode Nuclear 1 gene (DNA), its homologues, mutants, and derivatives. Specifically, it includes a force S such as PABPN1 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000100836) described in SEQ ID NO: 1 and other species homologues.
  • PABPN1 gene can be obtained, for example, by the method described in Brais, B. et al., 1998, Nature genetics, VIII, p. 164-167. It is not known that variation in the expression of the PABPN1 gene is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • PINK1 gene refers to SEQ ID NO: Unless otherwise specified, it includes a gene (DNA) encoding a PTEN Induced Putativ e Kinase 1 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 2), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the PINK1 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000180056) described in SEQ ID NO: 2 and other species homologues are included.
  • the PINK1 gene can be obtained by the method described in, for example, Unoki, M. et al., 2001, Oncogene, 20th, p. 44 57-4465. It is known that fluctuations in PINK1 gene expression can be an indicator of metastasis of renal cancer.
  • the term "TFF2 gene” or “TFF2" t is a Trefoil Factor 2 gene (DNA NA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 3) unless otherwise specified by a SEQ ID NO. ), Its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA).
  • TFF2 gene Ensembl Gene ID, ENSGO 0000160181
  • the TFF2 gene can be obtained, for example, by the method described in Tomasetto, C. et al., 1990, EMBO Journal, Vol. 9, p. 407-414. It is well known that fluctuations in the expression of the TFF2 gene are an indicator of renal cancer metastasis.
  • EIF3S9 gene or "EIF3S9” is the Eukaryotic Transition Initiation Factor 3 Subunit 9 represented by the specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 4), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding genes (DNA), homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the EIF3S 9 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000106263) described in SEQ ID NO: 4 and other species homologues are included. The EIF3S9 gene can be obtained, for example, by the method described in Methot, N. et al., 1997, Journal of Biological Chemistry, Section 272, p. 1110-1116. It is not known that EIF3S9 gene expression fluctuation is an indicator of renal cancer metastasis.
  • MAX gene refers to the MAX protein gene (DNA) represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 5), unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the MAX gene described in SEQ ID NO: 5 (Ensembl Gene ID, ENSG000 00125952) and other species homologues are included. The MAX gene can be obtained by the method described, for example, in Wagner, A. et al., 1992, Proceedings of the National Academic sciences U. SA, 89, p. 3111-3115. It is well known that changes in the expression of the MAX gene can be an indicator of metastasis of renal cancer.
  • MLL4 gene or "MLL4" t is a Trithomx Homolog 2 gene represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 6) unless otherwise specified by SEQ ID NO: Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants and derivatives, and the like.
  • SEQ ID NO: 6 Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants and derivatives, and the like.
  • the MLL4 gene Ensembl Gene ID, E NSG00000105663 described in SEQ ID NO: 6 and other species homologues are included.
  • the MLL4 gene can be obtained, for example, by the method described in Nagase, T. et al., 1997, DNA Research, Section 4, p. 141-150. It is known that fluctuations in the expression of the MLL4 gene can be an indicator of metastasis of renal cancer.
  • CACNB2 gene or “CACNB2” is not specified by a sequence number! As long as it is not specified by a specific base sequence (SEQ ID NO: 7), the dihydropyridine-sensitive L-type, Calcium Channel Beta—2 Includes subunits (DNA) that encode subunits (DNA), their homologues, mutants, and derivatives. Specifically, the CACNB2 gene (Ensembl Gene ID, ENSGOO 000165995) described in SEQ ID NO: 7 and other species homologues are included. The CACNB2 gene can be obtained, for example, by the method described in Rosenfeld, M. et al., 1993, Annals of Neurology., Vol. 33, p. 113-120. It is well known that changes in CACNB2 gene expression can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • ZMYND11 gene or "ZMYND11” is not specified by a sequence number! As long as it is indicated by the specific base sequence (SEQ ID NO: 8), Adenovirus 5 El A-Binding It includes a gene (DNA) encoding a protein gene (DNA), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the ZMYND11 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000015171) described in SEQ ID NO: 8, and other species homologues are included. The ZMYND11 gene can be obtained, for example, by the method described in Hateboer, G. et al., 1995, E MBO Journal, Vol. 14, p. 3159-3169. wear. It is not known that changes in the expression of the ZMYND11 gene can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • BAT2 gene or "BAT2" t, unless otherwise specified by SEQ ID NO: Adenovirus 5 El A-Binding shown by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 9) It includes the gene (DNA) encoding the protein gene (DNA), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the BAT2 gene (Ensebl Gene ID, ENSG00000111960) described in SEQ ID NO: 9 and other species homologues are included. The BAT2 gene can be obtained by the method described in Banerji, J. et al., 1990, Proceedings of the National Academic Sciences USA, A. 87, p. 2374-2378. It is not known that fluctuations in the expression of the BAT2 gene can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • NRBP gene or "NRBP” t, unless otherwise specified by a SEQ ID NO, refer to the Nuclear Receptor Binding Protein gene (SEQ ID NO: 10) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 10). DNA), and genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the NRBP gene (Enseblbl Gene ID, ENSG00000115216) described in SEQ ID NO: 10 and other species homologues are included. The NRBP gene can be obtained, for example, by the method described in Hooper, JD., Et al., 2000, Genomics, Vol. 66, p. 113-118. It is known that NRBP gene expression fluctuation is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • MCM3AP gene or “MCM3AP” is an 80 KDa MCM3-Associated Protein gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 11) unless otherwise specified by a SEQ ID NO. And a gene (DNA) encoding the homologue, mutant and derivative thereof.
  • SEQ ID NO: 11 a specific nucleotide sequence
  • DNA DNA
  • ENSG00000160294 a gene encoding the homologue, mutant and derivative thereof.
  • the MCM3AP gene can be obtained, for example, by the method described in Takei, Y. et al., 1998, Journal of Biological Chemistry, Section 273, p. 22177-22180.
  • the term "COL4Al gene” or “COL4Al” refers to the Collagen Alpha 1 (IV) Chain gene represented by the specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 12) unless otherwise specified by the SEQ ID NO: DNA), and genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof.
  • the COL4A1 gene (En sembl Gene ID, ENSG00000139825) described in SEQ ID NO: 12 and other species homologues are included.
  • the COL4A1 gene can be obtained, for example, by the method described in Solomon, E. et al., 1985 Proceedings of the National Academic Sciences USA, Vol. 82, p. 3330-3334. It is known that changes in the expression of the COL4A1 gene are an indicator of metastasis of renal cancer.
  • MKNK1 gene is a MAP Kinase-Inte racting Serine / Threonine Kinase represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 13), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. Including genes (DNA) encoding one gene (DNA), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the MKNK1 gene (Ensembl Gene ID, .ENSG00000079277) described in SEQ ID NO: 13 and other species homologues are included. The MKNK1 gene can be obtained, for example, by the method described in Fukunaga, R. et al., 1997, EMBO Journal, Vol. 16, p. 1921-1933. It is not known that changes in the expression of the MKNK1 gene can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • BBC3 gene is a BCL2 Binding Component 3 gene (SEQ ID NO: 14) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 14) unless otherwise specified by the SEQ ID NO: DNA), its homologues, variants and derivatives, etc. (DNA).
  • SEQ ID NO: 14 BCL2 Binding Component 3 gene
  • the BBC3 gene Ensembl Gene ID, ENSG00000105327 described in SEQ ID NO: 14 and other species homologues are included.
  • the BBC3 gene can be obtained, for example, by the method described in Yu, J. et al., 2001, Molecular Cell, Section 7, p. 673-682. It is known that changes in the expression of the BBC3 gene are an indicator of renal cancer metastasis.
  • FLJ10359 gene refers to a protein BAP28 represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 15) unless otherwise specified by a SEQ ID NO; It includes genes (DNA) encoding genes (DNA), their homologues, mutants and derivatives. Specifically, the FIJ10359 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000119285) described in SEQ ID NO: 15 and other species homologues are included.
  • DPT gene refers to the Dermatopontin gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 16) and its homologous unless otherwise specified by SEQ ID NO: Gene (DNA) encoding the body, mutant and derivative. Specifically, the DPT gene (Ensembl Gene ID, ENSGOO 000143196) described in SEQ ID NO: 16 and other species homologues are included.
  • the DPT gene can be obtained, for example, by the method described in Superti-Fruga, A. et al., 1993, Genomics, Vol. 17, p. 463-467. It is not known that changes in the expression of the DPT gene can be an indicator of metastasis of renal cancer.
  • C10orf76 gene refers to a gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 17), its homologue, unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding mutants and derivatives. Specifically, the ClOorf 76 gene (Ensembl Gene ID, ENSGOO 000120029) described in SEQ ID NO: 17 and other species homologues are included.
  • DIA1 gene refers to the NADH—Cytochrome B5 Reductase gene (DNA) represented by the specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 18) unless otherwise specified by the SEQ ID NO: And the gene (DNA) encoding its homologues, variants and derivatives.
  • the DIA1 gene Ensem bl Gene ID, ENSG00000100243 described in SEQ ID NO: 18 and other species homologues are included.
  • the DIA1 gene can be obtained by the method described in, for example, Du, M. et al., 1997, Biochemical Biophysical Research Communication, 235, p. 779-783. It is not known that changes in the expression of the DIA1 gene can be an indicator of metastasis of renal cancer.
  • PBK gene or "PBK” t is a T-LAK Cell-Originated Protein indicated by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 19) unless otherwise specified by a SEQ ID NO.
  • the PBK gene Ensebl Gene ID, ENSG00000168078) described in SEQ ID NO: 19 and other species homologues are included.
  • the PBK gene can be obtained, for example, by the method described in Gaudet, S. et al., 2000, Proceedings of the National al Academic Sciences USA, Vol. 97, p. 5167-5172. It is not known that fluctuations in the expression of the PBK gene can be used as an indicator of renal cancer metastasis.
  • PRKD2 gene or “PRKD2” means the protein Kinase C, represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 20), unless otherwise specified by SEQ ID NO:
  • PRKD2 gene encoding the D2 Type gene (DNA), its homologues, mutants and derivatives.
  • the PRKD2 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000105287) described in SEQ ID NO: 20 and other species homologues are included.
  • the PRKD2 gene can be obtained by the method described in, for example, Sturany, S. et al., 2001, Journal of Biological Chemistry, 276, p. 3310-3318. It is known that PRKD2 gene expression change is an indicator of renal cancer metastasis.
  • KRT19 gene refers to the Keratin, Type I Cyt skeletal 19 gene represented by the specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 21), unless otherwise specified by SEQ ID NO: DNA) and its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA).
  • SEQ ID NO: 21 specific nucleotide sequence
  • DNA DNA
  • the KRT19 gene En sembl Gene ID, ENSG00000171345
  • the KRT19 gene can be obtained, for example, by the method described in Bader, B. et al., 1986, EMBO Journal, Section 5, p. 1865-1875. It has not been proved that the variation in the expression of the KRT19 gene is an indicator of renal cancer as estimated in Special Table 2005-507997.
  • FLJ23436 gene refers to a gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 22), its homologue, unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding mutants and derivatives. Specifically, the FLJ23436 gene (Ensembl Gene ID, ENSGOO 000169957) described in SEQ ID NO: 22 and other species homologues are included. FLJ23436 gene is an example For example, Beausoleil, SA et al., 2004, Proceedings of the National Academic Sciences USA, No. 101, p. 12130-12135. Fluctuation in the expression of the FLJ23436 gene is not known to be an indicator of renal cancer metastasis.
  • NPHS2 gene or "NPHS2” means a Podocin gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 23), its homologue, unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding mutants and derivatives. Specifically, the NPHS2 gene (Ensembl Gene ID, ENSGOO 000116218) described in SEQ ID NO: 23 and other species homologues are included. The NPHS2 gene can be obtained, for example, by the method described in Kestila, M. et al., 1998, Molecular Cell, Section 1, p. 575-582. It is well known that NPHS2 gene expression fluctuation is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • C3orfl4 gene or “C3orfl4" means a gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 24), its homologue, It includes the HT021 gene (DNA) encoding variants and derivatives. Specifically, the C3orf 14 gene (Ensembl Gene ID, ENSG 00000114405) described in SEQ ID NO: 24 and other species homologues are included.
  • AGTR2 gene or "AGTR2" t, as used herein, is a Type-2 Angiotensin II Receptor gene represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 25) unless otherwise specified by SEQ ID NO: Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the AGTR2 gene described in SEQ ID NO: 25 (Ensembl Gene ID, ENSG00000180772) and other species homologues are included. The AGTR2 gene can be obtained, for example, by the method described in Koike, G. et al., 1994, Biochemical Biophysical Research Communication, 203, p. 1842-1850. It is not known that variation in the expression of the AGTR2 gene is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • HTR1F gene or "HTR1F” is not specified by SEQ ID NO !, as long as it is represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 26). 5 Hydroxytryptami ne IF Receptor gene (DNA), its homologues, mutants and derivatives (DNA) encoding the gene. Specifically, the HTR1F gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000179097) described in SEQ ID NO: 26 and other species homologues are included. The HTR1F gene can be obtained, for example, by the method described in Lovenberg, TW et al., 1993, Proceeding of the National Academic Sciences USA, No. 90, p. 2184-2188. It is known that changes in the expression of the HTR1F gene are an indicator of metastasis of renal cancer.
  • KIF3B gene or "KIF3B” means a Kinesin—Like Protein KIF3B gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 27), unless otherwise specified by a SEQ ID NO: It includes genes (DNA) that encode homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the KIF3B gene (Ensemb 1 Gene ID, ENSG00000101350) described in SEQ ID NO: 27 and other species homologues are included. The KIF3B gene can be obtained, for example, by the method described in Nagase, T. et al., 1997, DNA Research, IV, p. 141-150. It is known that expression variation of the KIF3B gene is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • DCN gene means the Decorin gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 28), its homologue, It includes genes (DNA) encoding mutants and derivatives. Specifically, the DCN gene (Ensembl Gene ID, ENSG0000001 1465) described in SEQ ID NO: 28 and other species homologues are included.
  • the DCN gene can be obtained, for example, by the method described in Daniels on, K. G., et al., 1993, Genomics, Vol. 15, p. 146-160. It is not known that fluctuations in the expression of the DCN gene are an indicator of renal cancer metastasis.
  • STK22C gene refers to the Testis-Specific Serine / Threonine Kinase 22C represented by the specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 29), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding genes (DNA), their homologues, mutants and derivatives. Specifically, the STK22C gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000162526) described in SEQ ID NO: 29 and other organisms Species homologs and the like are included. The STK22C gene can be obtained, for example, by the method described in Visconti, PE et al., 2001, Genomics, Vol. 77, p.163-170. STK22C gene expression variation is not known to be an indicator of renal cancer metastasis
  • DKFZp566C0424 gene or “DKFZp566C0424” means Putative MAPK Activating Protein PM20 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 30), unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the DKFZp566C0424 gene (ENSG00000055070) described in SEQ ID NO: 30 and other species homologues are included. The DKFZp566C0424 gene can be obtained by, for example, the method described in Visconti, P. E., et al., 2001, Genomics, pp. 77-170-170. It is well known that DKFZp566C0424 gene expression change is an indicator of renal cancer metastasis.
  • CNR1 gene refers to the Cannabinoid Receptor 1 gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 31), unless otherwise specified by SEQ ID NO: Includes Cannabinoid Receptor 1 gene (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives. Specifically, the CNR 1 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000118432) described in SEQ ID NO: 31 and other species homologues are included. The CNR1 gene can be obtained, for example, by the method described in Matsuda, LA, et al., 1990, Nature, 346, p. 561-564. It is not known that changes in the expression of the CNR1 gene can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • HOMER3 gene refers to HOMER, Neuronal Immediate Early Gene, 3 genes represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 32) unless otherwise specified by SEQ ID NO: Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants, and derivatives.
  • SEQ ID NO: 32 Gene (DNA) encoding (DNA)
  • the HOMER3 gene Ensembl Gene ID, ENSG000000511278 described in SEQ ID NO: 32 and other species homologues are included.
  • the HOMER3 gene can be obtained, for example, by the method described in Xiao, B. et al., 2001, Neuron, XVII, p. 707-716.
  • HO It is not known that changes in the expression of the MER3 gene can be an indicator of metastasis of renal cancer.
  • GPR2 gene or “GPR2” mean the CC Chemokine Recep tor Type 10 gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 33), unless otherwise specified by SEQ ID NO: ), Its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA). Specifically, the GPR2 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000177032) described in SEQ ID NO: 33 and other species homologues are included. The GPR2 gene can be obtained, for example, by the method described in Marchese, A. et al., 1994, Genomics, Vol. 23, p. 609-618. GPR2 gene expression variation is known to be an indicator of renal cancer metastasis.
  • FLJ12442 gene refers to the gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 34), its homologue, unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding mutants and derivatives. Specifically, the FLJ12442 gene (Ensembl Gene ID, ENSGOO 000168268) described in SEQ ID NO: 34 and other species homologues are included.
  • the FLJ12442 gene can be obtained, for example, by the method described in Ota, T. et al., 2004, Nature Genetics, Vol. 36, p. 40-45. It is well known that fluctuations in the expression of the FLJ12442 gene are an indicator of renal cancer metastasis.
  • XLKD1 gene or "XLKD1” means an Extracellular Link Domain Containing 1 gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 35), unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the 1031 gene described in SEQ ID NO: 35 (Ensembl Gene ID, ENSG00000133800) and other species homologues are included.
  • the XLKD1 gene can be obtained, for example, by the method described in Banerji, S. et al., 1999, Journal of Cellular Biology, No. 144, p. 1789-801. It is not known that variation in the expression of the XLKD1 gene is an indicator of renal cancer metastasis.
  • CASKIN2 gene refers to the CASK— Interacti represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 36) unless otherwise specified by a SEQ ID NO. Including ng Protein 2 gene (DNA), its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA). Specifically, the force S is included such as CASKIN2 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000177303) described in SEQ ID NO: 36 and other species homologues.
  • the CASKIN2 gene can be obtained, for example, by the method described in Strausberg, RL et al., 2002, Proceedings of the National Academic Sciences USA, No. 99, p. 16899-16903. It is well known that the expression change of CASKIN2 gene is an indicator of renal cancer metastasis.
  • the term "COL5A2 gene” or "COL5A2” means the Collagen Alpha 2 (V) Chain gene (SEQ ID NO: 37) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 37) unless otherwise specified by the SEQ ID NO: DNA), and its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA) are included.
  • the COL5A2 gene (Ensebl gene ID, ENSG00000179877) described in SEQ ID NO: 37 and other species homologues are included.
  • the COL5A2 gene can be obtained, for example, by the method described in Burgeson, R. E. et al., 2002, Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A., 73, p. 2579-2583. It is known that changes in the expression of the COL5A2 gene are an indicator of metastasis of renal cancer.
  • BRD3 gene or "BRD3" used in the present specification is the Bromodomain—Containing Protein 3 gene (DNA) represented by the specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 38) unless specified by the SEQ ID NO. ), And genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof.
  • the BRD3 gene Ensembl Gene ID, ENSG00000169925
  • the BRD3 gene can be obtained, for example, by the method described in Nomura, N. L. et al., 1994, DNA Research, Section 1, p. 223-229. It is known that expression variation of BRD3 gene is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • ATP6V0A4 gene or "ATP6V0A4" are the ATPase, H + Transporting, Lysosomal shown by the specific base sequence (SEQ ID NO: 39) unless otherwise specified by SEQ ID NO: Includes VO Subunit A ISOFORM 4 gene (DNA) and its homologues, variants and derivatives. Ingredients Physically, the eight-choice described in SEQ ID NO: 39? 6 ⁇ 0 8 genes 11561111) 1 Gene ID, ENS G00000105929) and other species homologues are included.
  • the ATP6V0A4 gene can be obtained by the method described in, for example, Smith, AN et al., 2000, Nature Genetics, Vol. 26, p. 71-75. It is well known that changes in the expression of the ATP6V0A4 gene can be an indicator of metastasis of kidney cancer.
  • PRODH2 gene or "PRODH2” means the Nephrin gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 40), its homologue, unless otherwise specified by SEQ ID NO: And genes (DNA) encoding mutants and derivatives. Specifically, the PRODH2 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000161270) described in SEQ ID NO: 40 and other species homologues are included.
  • the PRODH2 gene can be obtained, for example, by the method described in Chakravarti, A. et al., 2002, Proceedings of the National Academic Sciences U.S.A., 99, p. 4755-4756. Changes in the expression of the PRODH2 gene are not known to be an indicator of renal cancer metastasis.
  • EPHB2 gene refers to the Ephrin Type—B Receptor 2 gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 41) unless otherwise specified by SEQ ID NO: ), Homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 41 specific nucleotide sequence
  • ENSG00000133216 the EPHB2 gene described in SEQ ID NO: 41 and other species homologues are included.
  • the EPHB2 gene can be obtained, for example, by the method described in Chan, J. et al., 1991, Oncogene IV, p. 1057-1061. It is well known that fluctuations in the expression of the EPHB2 gene can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • LYAR gene or "LYAR” used in the present specification, unless otherwise specified by SEQ ID NO: Hypothetical Protein FLJ20425 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 42), It includes genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the LYAR gene (Ensebl gene ID, ENSG00000145220) described in SEQ ID NO: 42 and other species homologues are included. The LYAR gene is, for example, Su, L. et al., 1993, Genes Development, No. 7, p. 735-748. It is well known that LYAR gene expression change is an indicator of metastasis of renal cancer.
  • COX6B gene refers to the Cytochrome C Oxidase Polypeptide VIB gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 43) unless otherwise specified by SEQ ID NO: And a gene (DNA) encoding the homologue, mutant and derivative thereof.
  • the COX6B gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000126267) described in SEQ ID NO: 43 and other species homologues are included.
  • the COX6B gene can be obtained, for example, by the method described in Taanman, J-W. Et al., 1989, Nucleic Acids Research, Vol. 17, p. 1766. It is known that changes in COX6B gene expression can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • PRH1 gene refers to the Salivary Acidic Proline-Rich Phosphoprotein 1Z2 gene (SEQ ID NO: 44) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 44) unless otherwise specified. DNA) and its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA). Specifically, the PRH 1 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000176621) described in SEQ ID NO: 44 and other species homologues are included. The PRH1 gene can be obtained, for example, by the method described in Oppenheim, F. G. et al., 1971, Biochemistry, Vol. 10, p. 4233-4238. It is not known that changes in the expression of the PRH1 gene are an indicator of renal cancer metastasis.
  • LAPTM5 gene or "LAPTM5" t ⁇ ⁇ term is a Lysosomal-Associated Multitransmembrane Protein gene (SEQ ID NO: 45) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 45), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. DNA) and its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA).
  • SEQ ID NO: 45 Lysosomal-Associated Multitransmembrane Protein gene
  • DNA DNA
  • the LAPTM5 gene Ensembl Gene ID, ENSG00000162511
  • the LAPTM5 gene can be obtained, for example, by the method described in Adra, CN et al., 1996, Genomics, Vol. 35, p. 328-337.
  • RPS6KA4 gene refers to the Ribosomal Protein S6 Kinase, 90KDA, Polypeptide 4 represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 46) unless otherwise specified by the SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding genes (DNA), homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the RPS6KA4 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000162302) described in SEQ ID NO: 46 and other species homologues are included.
  • the RPS6KA4 gene can be obtained, for example, by the method described in Pierrat, B. et al., 1998, Journal of Biological Chemistry, 273, p. 29661-29671. It is known that fluctuations in RPS6KA4 gene expression can be an indicator of renal cancer metastasis.
  • GCC2 gene refers to the GRIP and Coiled- Coil Domain Containing 2 indicated by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 47) unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) that code genes (DNA), their homologues, mutants and derivatives. Specifically, the force S is included such as GCC2 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000144055) described in SEQ ID NO: 47 and other species homologues.
  • the GCC2 gene can be obtained, for example, by the method described in Eichmuller, S. et al., 2001, Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A., 98th, p. 629-634. GCC2 gene expression fluctuation is known to be an indicator of renal cancer metastasis.
  • FGF2 gene is the Heparin—Binding Growth Factor 2 gene (SEQ ID NO: 48), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. DNA), and genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof.
  • FGF2 gene Ensebl Gene ID, ENSG00000138685
  • the FGF2 gene can be obtained by the method described in, for example, Abraham, J. et al., 1986, Science, 233, p. 545-548. Miyake, H. et al., 1996, Cancer Research, Vol. 56, p. 2440-2445, is known to be that FGF2 gene expression fluctuation is an indicator of renal cancer metastasis.
  • MMP14 gene refers to SEQ ID NO: Unless otherwise specified, includes the gene (DNA) encoding the matrix metalloproteinase-14 gene (DNA) represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 49), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the MMP14 gene (Ensebl gene ID, ENSG00000157227) described in SEQ ID NO: 49 and other species homologues are included.
  • the MMP14 gene can be obtained, for example, by the method described in Sato, H. et al., 1994, Nature, 370, p. 61-65. It is known that changes in the expression of the MMP14 gene serve as an indicator of renal cancer metastasis, as shown in Kitagawa, Y. et al., 1999, Journal of Urology, No. 162, p. 905-909.
  • ERBB2 gene refers to the Receptor Protein-Tyrosine Kinase ERBB-2 gene represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 50) unless otherwise specified by SEQ ID NO: Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the ERB B2 gene (Ensembl Gene ID, ENSG00000141736) described in SEQ ID NO: 50 and other species homologues are included.
  • the ERBB2 gene can be obtained, for example, by the method described in Yang-Feng, T. L., et al., 1985, Genetic Cell Genetics, 40th, p. 784. It is well known that fluctuations in the expression of the ERBB2 gene are an indicator of metastasis of renal cancer, as shown by Freeman, MR, et al., 1989, Cancer Research, 49th, p. 6221-6225.
  • the present invention relates to a diagnosis and detection, determination or prediction of metastasis of kidney cancer, presence of kidney cancer, and a disease determination thread useful for treatment of kidney cancer, and kidney cancer using the thread and composition. And provides a method for diagnosing, detecting, determining or predicting renal cancer metastasis, which enables the presence of renal cancer to be specific, highly predictive and rapid for renal cancer metastasis. In addition, it has a special effect of providing a simple detection, determination or prediction method.
  • kidney cancer in a biological sample such as blood of a renal cancer patient.
  • a biological sample such as blood of a renal cancer patient.
  • kidney cancer since it is rarely or not found in healthy individuals, it is possible to easily detect kidney cancer, for example, in blood by simply using the presence or amount of the marker as an indicator. It also has an operational effect.
  • the present invention provides a useful diagnosis for prognosis management of renal cancer patients by combining the probe for detecting renal cancer of the present invention and the probe for detecting metastasis of renal cancer. enable.
  • FIG. 2 Predictive ratio of patients with good prognosis when the polynucleotides of SEQ ID NOs: 1 to 19 and 48 corresponding to the genes listed in Table 1 are used as a DNA chip, and SEQ ID NOs: 20 to 47, Shows the prognosis rate of patients with poor prognosis when 49 and 50 polynucleotides are combined and used as DNA chips.
  • the vertical axis represents the probability (predicted rate) that a patient with good prognosis derived from a poor Z prognosis can be predicted, and the horizontal axis represents the total number of genes required for prediction of a patient with good prognosis from Z.
  • the solid line shows the predicted probability of the patient with a good prognosis, and the broken line shows the predicted probability of the patient with a bad prognosis!
  • the target nucleic acid for determining the presence of a renal cancer metastasis-related marker includes, for example, human genes containing the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 50 (that is, PABPN1, PINK1, TFF2, EIF3S9, MAX, MLL4, CACNB2, ZMYND11, BAT2, NRBP, MCM3AP, COL4Al, MKNK1, BBC3, FLJIO 359, DPT, C10orf76, DIA1, PBK, PRKD2, KRT19, FLJ23436, NPHS2, C3orf 14, AGTR2, HTR1F ⁇ KIF3B, DCN, STK22C, DKFZp566C0424, CNR1, HOMER3, GPR
  • a preferred target nucleic acid is a human gene comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 50, a transcription product or cDNA thereof, and more preferably the transcription product or cDNA.
  • the above-mentioned genes that are the target for predicting the prognosis of renal cancer patients and the target of predicting Z or renal metastasis are more likely to be associated with renal cancer tissues derived from patients with poor prognosis than those derived from patients with good prognosis.
  • the expression level of the gene is significantly fluctuated (ie, increased or decreased).
  • Table 1 summarizes the Ensemble Gene ID and GenBank registration number of each gene. The gene group shown consists of genes that identify renal cancer tissue from patients with good prognosis and genes that identify kidney cancer tissue from patients with poor prognosis.
  • the first target nucleic acid is the PABPN1 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the second target nucleic acid is the PINK1 gene, their homologs, their transcripts or cDN
  • the third target nucleic acid is the TFF2 gene, their homologs, their transcripts or cDN
  • the fourth target nucleic acid is the EIF3S9 gene, their homologs, their transcripts or cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the fifth target nucleic acid is a MAX gene, a homologue thereof, a transcription product thereof, or cDN
  • the sixth target nucleic acid is the MLL4 gene, their homologs, their transcripts or cDN
  • the seventh target nucleic acid is the CACNB2 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the eighth target nucleic acid is a ZMYND11 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a mutant or derivative thereof.
  • the ninth target nucleic acid is the BAT2 gene, their homologs, their transcripts or cDN
  • the tenth target nucleic acid is the NRBP gene, their homologs, their transcripts or cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the eleventh target nucleic acid is the MCM3AP gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the twelfth target nucleic acid is the COL4A1 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the thirteenth target nucleic acid is the MKNK1 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 14th target nucleic acid is the BBC3 gene, their homologs, their transcripts or cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the fifteenth target nucleic acid is the FLJ10359 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 16th target nucleic acid is a DPT gene, a homologue thereof, a transcript thereof, or a cDN
  • the seventeenth target nucleic acid is the C10orf76 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a mutant or derivative thereof.
  • the 18th target nucleic acid is a DIA1 gene, a homologue thereof, a transcript thereof, or a cDN
  • the 19th target nucleic acid is a PBK gene, a homologue thereof, a transcription product thereof, or cDN
  • the 20th target nucleic acid is the PRKD2 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 21st target nucleic acid is the KRT19 gene, their homologs, their transcripts or cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the 22nd target nucleic acid is the FLJ23436 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 23rd target nucleic acid is the NPHS2 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 24th target nucleic acid is the C3orfl4 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 25th target nucleic acid is the AGTR2 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 26th target nucleic acid is the HTR1F gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 27th target nucleic acid is the KIF3B gene, their homologs, their transcripts or cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the 28th target nucleic acid is a DCN gene, a homologue thereof, a transcription product thereof, or cDN
  • the 29th target nucleic acid is a STK22C gene, a homologue thereof, a transcription product thereof, or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the thirtieth target nucleic acid is the DKFZp566C0424 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 31st target nucleic acid is a CNR1 gene, a homologue thereof, a transcript thereof or a cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the thirty-second target nucleic acid is the HOMER3 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a mutant or derivative thereof.
  • the 33rd target nucleic acid is the GPR2 gene, their homologs, their transcripts or cD
  • the thirty-fourth target nucleic acid is the FLJ12442 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a mutant or derivative thereof.
  • the 35th target nucleic acid is the XLKD1 gene, a homologue thereof, a transcription product thereof, or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the thirty-sixth target nucleic acid is the CASKIN2 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 37th target nucleic acid is a COL5A2 gene, a homologue thereof, a transcription product thereof, or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 38th target nucleic acid is a BRD3 gene, a homologue thereof, a transcript thereof, or a cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the 39th target nucleic acid is the ATP6V0A4 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 40th target nucleic acid is a PRODH2 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 41st target nucleic acid is the EPHB2 gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 42nd target nucleic acid is a LYAR gene, a homologue thereof, a transcript thereof, or a cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the 43rd target nucleic acid is the COX6B gene, their homologs, their transcripts or c
  • DNA or a variant or derivative thereof.
  • the 44th target nucleic acid is a PRH1 gene, a homologue thereof, a transcript thereof, or a cD
  • NA or a variant or derivative thereof.
  • the 45th target nucleic acid is the LAPTM5 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a mutant or derivative thereof.
  • the 46th target nucleic acid is the RPS6KA4 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof
  • the 47th target nucleic acid is the GCC2 gene, their homologues, their transcripts or cDNA, or their variants or derivatives.
  • the 48th target nucleic acid is the FGF2 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 49th target nucleic acid is the MMP14 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 50th target nucleic acid is the ERBB2 gene, a homologue thereof, a transcript or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • composition or kit of the present invention to detect, determine or predict the presence and metastasis of renal cancer, for the prediction of renal cancer patient prognosis, and to determine the presence or absence of renal cancer metastatic cells
  • Target polypeptides for renal cancer-related markers include PABPN1, PINK1, TFF2, EIF3S9, MAX, MLL4, CACNB2, ZMYND11, BAT2, NRBP, MCM3AP, COL4Al, MKNK1, BBC 3, FLJ10359, DPT, C10orf76, DIA1, PBK, PRKD2, KRT19, FLJ23436, NPHS2, C3orfl4, AGTR2, HTR1F, KIF3B, DCN, STK22C, DKFZp566C0424, CNR1, H OMER3, GPR2, FLJ12442, XLKD1, CASKIN2, B, COL5A4, RD Polypeptides encoded by LYAR, COX6B, PRH1, LAPTM5, RPS
  • the above polypeptides that are targets for renal cancer metastasis prediction and Z or renal cancer patient prognosis are all derived from patients with good prognosis as well as the corresponding gene and the expression level of the transcript.
  • the expression level of renal cancer tissues from patients with poorer prognosis is significantly changed (ie, increased or decreased)! / Levels of the polypeptide significantly change (ie, increase or decrease) in patients with poor prognosis compared to patients with good prognosis Characterized by what you do.
  • Another renal cancer-related target polypeptide as a renal cancer marker for detecting renal cancer in vitro using the composition or kit of the present invention is SEQ ID NO: 151-197, preferably SEQ ID NO: 151, 153. 155-160, a polypeptide comprising the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 161-190, a variant thereof or a fragment thereof.
  • any of the above-mentioned target polypeptides for detecting renal cancer is suitable for a subject suffering from renal cancer in a renal cancer patient as compared to a normal person in level of the polypeptide in a biological sample such as blood.
  • ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ is characterized by being significantly or exceptionally high.
  • a probe for detecting, determining or predicting the presence and / or metastasis of renal cancer, or for predicting the postoperative prognosis of a subject comprises the following group I and / or Group II:
  • nucleotide sequence having the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases;
  • a polynucleotide comprising a nucleotide sequence complementary to the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases
  • a polynucleotide comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, and
  • polypeptide comprising an amino acid sequence encoded by the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, or SEQ ID NOs: 101-110, 112-120, 122-147
  • a polypeptide comprising the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 151, 153, 155 to 160, a variant thereof, a certain ⁇ is an antibody that specifically binds to at least one of these fragments, a fragment thereof, or a chemistry thereof Modified derivatives, and
  • Each of the probes described above is capable of binding to one of the renal cancer-related markers described in Sections 1.1 to 1.3 above, and detects, determines, or detects the presence or metastasis of renal cancer. Can be used to predict. For example, the presence or metastasis of renal cancer can be detected, determined or predicted by the probes of Group I and Group (f). In addition, the presence of renal cancer can be detected, determined or predicted by the probes of Group II (g) and (h) above.
  • the nucleic acid probe includes DNA or RNA
  • the antibody probe is a polyclonal antibody, a monoclonal antibody, an antibody fragment thereof, a synthetic antibody, a recombinant antibody, a multispecific antibody, Including single chain antibodies.
  • composition or kit of the present invention to detect, determine or predict the presence and metastasis of renal cancer, for the prediction of renal cancer patient prognosis, and to determine the presence or absence of renal cancer metastatic cells
  • the nucleic acid composition for the preparation comprises one or more probes described in group I in Section 2 above, and is a human-derived PABPN1, PINK1, TFF2 as a target nucleic acid for predicting renal cancer prognosis or renal cancer metastasis.
  • the expression level of the above target nucleic acid is significantly changed in renal cancer tissues derived from patients with poor prognosis compared to those derived from patients with good prognosis (ie, increased or increased). descend. Therefore, the composition of the present invention is used to measure and compare the target nucleic acid expression levels in renal cancer tissues derived from patients with good prognosis and those with poor prognosis. It can be used effectively.
  • the composition usable in the present invention comprises a polynucleotide group comprising the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 50 in a living tissue of a patient suffering from renal cancer, and a complementary polynucleotide group thereof, the base A polynucleotide group that is hybridized under stringent conditions and a complementary DNA group that is complementary to the sequence, and a polynucleotide that includes 15 or more consecutive bases in the base sequence of the polynucleotide group Nucleotide group power Contains a combination of one or more selected polynucleotides.
  • the composition of the present invention may comprise the following one or more polynucleotides or fragments thereof.
  • a polynucleotide group consisting of the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 50, variants thereof, or fragments thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group consisting of the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47, variants thereof, or fragments containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50.
  • the polynucleotide fragments of (1) to (14) described above may be, for example, in the base sequence of each polynucleotide, for example, the continuous 15 to the total number of bases, 15 to 5000 bases, 15 to 4500 bases, 15 to 4000 bases, 15-3500 bases, 15-3000 bases, 15-2500 bases, 15-2000 bases, 15-1500 bases, 15-: LOOO bases, 15-900 bases, 15-800 bases, 15-700 bases, 15 ⁇ 600 bases, 15-500 bases, 15-400 bases, 15-300 bases, 15-250 bases, 15-200 bases, 15-150 bases, 15-140 bases, 15-130 bases, 15-120 bases, 1 5 ⁇ : L 10 base, 15 ⁇ : LOO base, 15-90 base, 15-80 base, 15-70 base, 15-60 base, 15-50 base, 15-40 base, 15-30 base or 15- 25 bases: 25 to the total number of bases, 25 to: LOOO bases, 25 to 900 bases, 25 to 800 bases, 25 to 700 bases, 25
  • the fragments of the polynucleotide comprising the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47 are SEQ ID NOs: 51 to 60, 62 to 70, It is preferable to include the base sequence represented by 97 or a complementary sequence thereof, or a partial sequence of 15 or more consecutive bases thereof.
  • composition of the present invention includes, for example, the following polynucleotides.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising a base sequence represented by LOO and comprising 60 or more consecutive bases.
  • polynucleotides or fragments thereof used in the present invention may be either DNA or RNA!
  • the polynucleotide constituting the composition of the present invention comprises DNA recombination technology, PCR method, DNA / RNA can be prepared using general techniques such as a method using an automatic synthesizer.
  • DNA recombination techniques and PCR methods are described, for example, by Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Willey & Sons, US (1993); Sambrook et al., Molecular Cloning A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor or Laboratory Press, US (1989) can be used.
  • the polynucleotide constituting the composition of the present invention can be chemically synthesized using an automatic DNA synthesizer.
  • an automatic DNA synthesizer In general, the phosphoramidite method is used for this synthesis, and single-stranded DNA of up to about 100 bases can be automatically synthesized by this method.
  • DNA automatic synthesizers are commercially available from, for example, Polygen, ABI, Applied BioSystems, and the like.
  • the polynucleotide of the present invention can also be produced by a cDNA cloning method.
  • Biological tissue force such as kidney tissue in which the above gene that is the target is expressed in the present invention
  • a cDNA library The target cDNA clone can be obtained from this library by screening such as hybridization screening, expression screening, and antibody screening.
  • cDNA clones can be amplified by PCR.
  • the probe or primer is based on the nucleotide sequence shown in SEQ ID NOs: 1 to 50: Medium strength can also be selected and synthesized.
  • composition of the present invention can contain an antibody, fragment thereof, or chemically modified derivative described in Group II of Section 2 as a probe for renal cancer diagnosis.
  • Such a composition is useful for detecting, determining or predicting in vitro the presence and / or metastasis of renal cancer in a subject with renal cancer.
  • the prediction of metastasis can lead to the prediction of good and bad prognosis after the operation of the subject.
  • a first example of the antibody composition of the present invention has the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 101 to 110, 112 to 120, 122 to 147 described in Group II (f) above.
  • a composition comprising one or more antibodies to a polypeptide comprising it, a fragment thereof, or a chemically modified derivative thereof.
  • composition of the present invention includes one or a plurality of antibodies, fragments thereof or fragments thereof against the polypeptide comprising the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 111, 121, 148 to 150, variants thereof or fragments thereof. Chemically modified derivatives can further be included. The combined use of these antibodies can increase the accuracy for prognosis prediction.
  • a second example of the antibody composition of the present invention includes SEQ ID NOs: 151 to 160, 191 and SEQ ID NOs: 161 to 190, 192 described in Group II (g) and (h), respectively.
  • a composition comprising one or more antibodies to a polypeptide comprising the amino acid sequence represented by -197, a fragment thereof, or a chemically modified derivative thereof.
  • polypeptides can be obtained by DNA recombination techniques. For example, by incorporating the cDNA clone obtained as described above into an expression vector and culturing a prokaryotic or eukaryotic host cell transformed or transfected with the vector, the cell or culture supernatant can also be obtained. Obtainable. Vectors and expression systems are available from Novagen, Takara Shuzo, Daiichi Kagaku, Qiagen, Stratagene, Promega, Roche Diagnosmcs, Invitrogen, Genetics Institute, Amersham Bioscience, and others.
  • host cells include prokaryotic cells such as bacteria (eg, E. coli, Bacillus subtilis), yeast (eg, Saccharomyces cerevisiae), insect cells (eg, Sf cells), mammalian cells (eg, COS, CHO, BHK). Etc. can be used.
  • prokaryotic cells such as bacteria (eg, E. coli, Bacillus subtilis), yeast (eg, Saccharomyces cerevisiae), insect cells (eg, Sf cells), mammalian cells (eg, COS, CHO, BHK). Etc. can be used.
  • the vector may contain regulatory elements such as promoters, enhancers, polyadenylation signals, ribosome binding sites, replication origins, terminators, selectable markers, and the like.
  • regulatory elements such as promoters, enhancers, polyadenylation signals, ribosome binding sites, replication origins, terminators, selectable markers, and the like.
  • a fusion peptide in which a labeled peptide is attached to the C-terminus or N-terminus of the polypeptide may be used.
  • Representative labeling peptides include histidine repeats of 6 to: L0 residue, FLAG, myc peptide, GFP polypeptide, etc. Labeling peptides are not limited to these.
  • the DNA recombination technique is described in Sambrook, J. & Russel, D. (above).
  • examples of the purification method include ultrafiltration, salting out, gel filtration, ion exchange chromatography and the like.
  • HP A method combining LC, hydrophobic chromatography, isoelectric point chromatography, etc. may be used.
  • a labeled peptide such as histidine repeat, FLAG, myc, or GFP
  • An expression vector that facilitates isolation and purification may be constructed. In particular, if an expression vector is constructed so that it is expressed in the form of a fusion polypeptide of a polypeptide and a labeled peptide, and the polypeptide is prepared by genetic engineering, isolation and purification are easy.
  • the variant of the polypeptide of the present invention is a deletion of one or more, preferably one or several amino acids in the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 101 to 197 or a partial sequence thereof. About 80% or more, about 85% or more, preferably about 90% or more, more preferably about 95% or more, about 97% or more with a mutant containing a deletion, substitution, addition or insertion, or the amino acid sequence or a partial sequence thereof This is a variant that exhibits a% identity of about 98% or more and about 99% or more.
  • Such mutants include, for example, natural mutants such as homologues of mammalian species different from humans, human polymorphic mutations, and mutants based on splice mutations.
  • the polypeptide or variant fragment of the present invention contains at least 5, at least 7, at least 10, at least 15, preferably at least 20, and at least 20 amino acid sequences of the polypeptide. It also has a force of 25, more preferably at least 30, at least 40, and at least 50 consecutive amino acid residues and retains one or more epitopes. Such a fragment is capable of immunospecifically binding to the antibody of the present invention or a fragment thereof. It is also expected that the above polypeptide is present after being cleaved and fragmented by an enzyme such as proteaase peptidase existing in the living body.
  • the antibody that recognizes the polypeptide thus obtained can specifically bind to the polypeptide via the antigen-binding site of the antibody.
  • a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NOs: 101 to 197 or a fragment thereof, a mutant polypeptide or a fusion polypeptide thereof, and the like are used as immunogens for producing antibodies that are immunoreactive with each other. It can be used as
  • polypeptides, fragments, variants, fusion polypeptides, etc. contain antigenic determinants or epitopes that elicit antibody formation, but these antigenic determinants or epitopes May be a straight chain or a higher order structure (intermittent).
  • the antigenic determinant or epitope can be identified by any epitope analysis method known in the art, for example, phage display method, reverse immunogenetics method and the like.
  • Antibodies of all embodiments are induced by the polypeptides of the present invention. If all or part of the polypeptide or epitope has been isolated, deviations between polyclonal and monoclonal antibodies can be prepared using conventional techniques. Methods for that purpose include, for example, the method described in Kennet et al. (Supervised), Monoclonal Antibodies, Hybridomas: A New Dimension in Biological Analyzes, Pienum Press, New York, 1980.
  • Polyclonal antibodies are obtained by immunizing animals such as birds (for example, -birds) and mammals (for example, rabbits, goats, horses, hidges, mice, etc.) with the polypeptides of the present invention. Can be produced.
  • the antibody of interest can be purified from the blood of the immunized animal by an appropriate combination of techniques such as ammonium sulfate fractionation, ion exchange chromatography and chromatography, and affinity chromatography.
  • the monoclonal antibody can be obtained by a technique including producing a hybridoma cell line producing a monoclonal antibody specific for each polypeptide in a mouse by a conventional technique.
  • One method for producing such a hybridoma cell line is to immunize an animal with the enzyme polypeptide of the invention, collect spleen cells from the immunized animal, fuse the spleen cells to a myeloma cell line, Thereby identifying a hybridoma cell line that produces a hybridoma cell and produces a monoclonal antibody that binds to the enzyme.
  • Monoclonal antibodies can be recovered by conventional techniques.
  • the antibody of the present invention is not particularly limited as long as it specifically binds to the target polypeptide of the present invention or a fragment thereof.
  • a monoclonal antibody that can be used as either a monoclonal antibody or a polyclonal antibody is used. It is preferable to do this.
  • Other antibodies include recombinant antibodies, synthases, multispecific antibodies (eg, bispecific antibodies), single chain antibodies, antibody fragments, and the like. Examples of such antibodies are Fab, F (ab '), scFv, Fv, dsF
  • the globulin type of the antibody of the present invention is not particularly limited as long as it has the above characteristics, and may be any of IgG, IgM, IgA, IgE, and IgD. [0255] ⁇ Production of monoclonal antibody>
  • An immunogen comprising the target polypeptide is administered to a mammal such as a rat, a mouse (eg, BalbZc of an inbred mouse), a rabbit, and the like.
  • a single dose of the immunogen may be about 50 to 200 g per force animal that is appropriately determined according to the type of immunized animal, the route of administration, and the like.
  • Immunization is performed mainly by injecting an immunogen subcutaneously or intraperitoneally. Further, the immunization interval is not particularly limited, and after the initial immunization, booster immunization is performed at intervals of several days to several weeks, preferably at intervals of 1 to 4 weeks, 2 to: LO times, preferably 3 to 4 times.
  • the antibody titer in the serum of the immunized animal is repeatedly measured by the ELISA (Linked Immuno Sor bent Assay) method.
  • the immunogen is administered intravenously or intraperitoneally.
  • the final immunization is given.
  • antibody-producing cells are collected 2 to 5 days, preferably 3 days after the last immunization day. Examples of antibody-producing cells include spleen cells, lymph node cells, peripheral blood cells, etc., but spleen cells or local lymph node cells are preferred.
  • a hybridoma cell line producing a monoclonal antibody specific for each target polypeptide is prepared.
  • Such hyperpridoma can be produced and identified by conventional techniques.
  • One method for producing such a hybridoma cell line is to immunize the animal with the protein of the present invention, collect spleen cells from the immunized animal mouse, and fuse the spleen cells to the myeloma cell line. Identifying hyperlipidoma cell lines that produce hyperpridoma cells and thereby produce monoclonal antibodies that bind to the enzyme.
  • a myeloma cell line to be fused with antibody-producing cells a cell line generally available for animals such as mice can be used.
  • the cell line used has drug selectivity and cannot survive in the HAT selection medium (including hypoxanthine, aminopterin, and thymine) in an unfused state, but only in a state fused with antibody-producing cells. What has the property which can be performed is preferable.
  • the cell line is preferably derived from an animal of the same species as the immunized animal. Specific examples of myeloma cell lines include the hypoxanthine 'guanine' phosphoribosyl 'transferase (HGPRT) deficient cell line derived from BALBZc mice, P3X63— Ag. 8 strain (ATCC TIB9).
  • the myeloma cell line is fused with antibody-producing cells.
  • Cell fusion is performed by mixing antibody-producing cells and myeloma cell lines in a ratio of 1: 1 to 20: 1 in animal cell culture media such as serum-free DMEM and RPMI-1640 media.
  • the fusion reaction is performed in the presence of an accelerator.
  • an accelerator As a cell fusion promoter, polyethylene glycol having an average molecular weight of 1500 to 4000 daltons can be used at a concentration of about 10 to 80%.
  • an adjuvant such as dimethyl sulfoxide may be used in combination in order to increase the fusion efficiency.
  • antibody-producing cells and myeloma cell lines can be fused using a commercially available cell fusion device utilizing electrical stimulation (for example, electoral position).
  • the target hyperidoma is selected from the cells after cell fusion treatment.
  • the cell suspension is appropriately diluted with, for example, RPMI-1640 medium containing urine fetal serum, and then plated on a microtiter plate at about 2 million cells / well, and a selective medium is added to each well.
  • the culture is carried out with the selective medium changed.
  • the culture temperature is 20 to 40 ° C, preferably about 37 ° C.
  • HAT medium containing hypoxanthine 'aminopterin' thymidine to produce cells capable of producing antibodies and myeloma cell lines. Only the hyperpridoma can be selectively cultured and propagated. As a result, cells that grow from about 14 days after the start of culture in the selective medium can be obtained as hybridomas.
  • Hypridoma screening is not particularly limited as long as it is in accordance with a normal method. For example, a portion of culture supernatant contained in wells grown as a hyperidoma is collected, and enzyme immunoassay (EIA: Enzyme Immuno Assay and EL IS A), radioimmunoassay (RIA: Radio Immuno Assay), etc. Can be done. Cloning of the fused cells is performed by limiting dilution or the like, and finally, a hyperidoma that is a monoclonal antibody producing cell is established. As will be described later, the ibridoma of the present invention is stable in culture in a basic medium such as RPMI-1640 and DMEM, and produces and secretes a monoclonal antibody that specifically reacts with the target polypeptide. Ah
  • Monoclonal antibodies can be recovered by conventional techniques. That is, as a method for collecting an isolated nopridoma-powered monoclonal antibody, a normal cell culture method or ascites formation method can be employed. In cell culture, Neubridoma is cultured in animal cell culture media such as RPMI-1640 medium, MEM medium, or serum-free medium containing 10% ushi fetal serum under normal culture conditions (eg, 37 ° C, 5% CO concentration). ) For 2-10 days
  • the antibody collection method requires antibody purification, use ammonium sulfate salting-out, ion exchange chromatography, affinity chromatography, gel filtration chromatography, etc.
  • a purified monoclonal antibody can be obtained by appropriately selecting known methods or combining them.
  • polyclonal antibodies When preparing polyclonal antibodies, immunize animals such as rabbits in the same manner as described above, and use enzyme immunoassay (EIA and ELISA), radioimmunoassay (RIA), etc. 6 to 60 days after the last immunization. The antibody titer is measured, and blood is collected on the day when the maximum antibody titer is shown to obtain antiserum. Thereafter, the reactivity of the polyclonal antibody in the antiserum is measured by ELISA or the like.
  • EIA and ELISA enzyme immunoassay
  • RIA radioimmunoassay
  • the antibody or fragment thereof of the present invention may be a chemically modified derivative.
  • label ⁇ derivatives labeled with enzymes, fluorophores, radioisotopes, etc. or chemically modified derivatives such as acetylated, acylated, alkylated, phosphorylated, sulfated, glycosyl derivatized derivatives, etc. Can do.
  • Labeling substances include peroxidase (POD), alphophosphatase, 13 galactosidase, urease, catalase, gnorecosoxidase, lactate dehydrogenase, amylase or piotin avidin in the case of enzyme immunoassay.
  • POD peroxidase
  • alphophosphatase 13 galactosidase
  • urease catalase
  • gnorecosoxidase lactate dehydrogenase
  • amylase or piotin avidin in the case of enzyme immunoassay.
  • an enzyme such as a complex is fluorescein isothiocyanate, tetramethyl loader Fluorescent substances or fluorophores such as min isothiocyanate, substituted rhodamine isothiocyanate, dichlorotriazine isothiocyanate, Alexa or AlexaFluoro, and in the case of radioimmunoassay tritium, iodine ( 131 ⁇ , 125 ⁇ , 123 ⁇ , 121 ⁇ ), Lynn ( 32 P), Yi (
  • the luminescent immunoassay method uses luminescent molecules, luminescent substances, bioluminescent substances such as NADH-, FMNH2, luciferase system, luminol hydrogen peroxide POD system, atalydium ester system or dioxetane compound system. it can.
  • an avidin piotine system or a streptavidin piotine system can be used.
  • biotin can be bound to the antibody of the present invention or a fragment thereof.
  • the labeling substance and antibody can be bound by a known method such as the dartal aldehyde method, maleimide method, pyridyl disulfide method or periodate method, and in the case of a radioimmunoassay method.
  • a known method such as the chloramine T method or the Bolton-Nouter method can be used.
  • the present invention also detects in vitro the presence of renal cancer or the prediction of metastasis or prognosis of renal cancer comprising one or more of the polynucleotides, variants and / or fragments thereof described in Group I of Section 2 above.
  • a kit for determining or predicting is provided.
  • the kit of the present invention may contain a nucleic acid probe from Group I as described below. Each of these probes can be contained alone or in combination in a suitable container.
  • the kit of the present invention comprises a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47, a polynucleotide comprising the complementary sequence thereof, a polynucleotide thereof, and the like. It may contain at least one polynucleotide, or a fragment thereof, that is hybridized under stringent conditions.
  • the kit of the present invention further comprises a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50, a polynucleotide comprising the complementary sequence thereof, a polynucleotide and a polynucleotide thereof. It may contain at least one polynucleotide or a fragment of the polynucleotide that is hybridized under stringent conditions.
  • the polynucleotide fragment that can be included in the kit of the present invention is, for example, one or more DNAs selected from the following groups (1) to (5):
  • DNA comprising 15 or more consecutive bases in the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 11, 12 to 20, 21, 22 to 47, 48 to 50 or its complementary sequence .
  • polynucleotide force SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-4
  • the kit of the present invention comprises, in addition to the above-mentioned polynucleotide, a polynucleotide having the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50, and a complementary sequence thereof. And polynucleotides that are hybridized under stringent conditions with these polynucleotides, or fragments containing 15 or more consecutive bases thereof.
  • the fragment may be a polynucleotide comprising 15 or more, preferably 60 or more consecutive bases.
  • the fragment has SEQ ID NOs: 1-10, 11, 12-20, 21, 22 In the base sequence represented by any one of -47 and 48-50, SEQ ID NOS: 51-6
  • the fragment is SEQ ID NO: 51-60, 61, 62-70, 71,
  • the fragment is SEQ ID NO: 51-60, 61, 62-70, 71,
  • the fragment is SEQ ID NO: 51-60, 61, 62-70, 71,
  • polynucleotides comprising the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2, or their complementary sequences, polynucleotides that are stringent under conditions that are stringent with these polynucleotides, and / or A fragment thereof, a polynucleotide comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 1 to 3 or a complementary sequence thereof, a polynucleotide that is hybridized under stringent conditions with these polynucleotides, and / or a fragment thereof, SEQ ID NOs: 1-4 A polynucleotide comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 1 to 5, a polynucleotide comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 1 to 5, or a fragment thereof, and / or a fragment thereof.
  • the kit of the present invention comprises two or more to the whole of a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 51 to 97, 98 to 100, or a complementary sequence thereof. Can be included.
  • polynucleotides and / or fragments thereof comprising the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 19 and 48 or complementary sequences thereof (or which can also be used).
  • a specific example of another combination is a polynucleotide and / or a fragment thereof comprising the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 20 to 47, 49 and 50 or complementary sequences thereof (or which is also effective).
  • the size of the above-mentioned polynucleotide fragment is, for example, the number of consecutive bases in the base sequence of each polynucleotide, 15 to the total number of bases, 15 to 5000 bases, 15 to 4 500 bases, 15 ⁇ 4000 bases, 15-3500 bases, 15-3000 bases, 15-2500 bases, 15-2000 bases, 15-1500 bases, 15-: LOOO bases, 15-900 bases, 15-800 bases, 15-700 bases 15-600 bases, 15-500 bases, 15-400 bases, 15-300 bases, 15-250 bases, 15-200 bases, 15-150 bases, 15-140 bases, 15-130 bases, 15-120 bases Base, 15-: L 10 base, 15-: LOO base, 15-90 base, 15-80 base, 15-70 base, 15-60 base, 15-50 base, 15-40 base, 15-30 base Or 15 to 25 bases; 25 to the total number of bases in the sequence, 25 to: LOOO bases, 25 to 900 bases, 25 to 800 bases, 25
  • the kit of the present invention includes, in addition to the above-described polynucleotide of the present invention, a mutant or a fragment thereof, known detection that enables detection of renal cancer or prediction of metastasis or prognosis of renal cancer. Or future-found polynucleotides may be included.
  • the present invention also provides one or more of the antibodies, fragments or chemically modified derivatives thereof described in Group II of Section 2 above, the antibodies, fragments thereof or chemically modified derivatives thereof described in Section 3.2 above.
  • a kit is provided for detecting, determining or predicting in vitro the presence of renal cancer, or metastasis or prognosis of renal cancer.
  • the kit of the present invention may contain an antibody from group II (f), (g) and (h), a fragment thereof, or a chemically modified derivative probe thereof as described below. Each of these probes can be contained alone or in combination in a suitable container.
  • the first example is PABPN1, PINK1, TFF2, EIF3S9, MAX, MLL4, CACNB2, ZMYND11, BAT2, NRB P, MCM3AP ⁇ COL4Al, MKNK1, for predicting renal cancer prognosis or as a marker for renal cancer metastasis.
  • the probe included in the kit is at least a polypeptide comprising the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 101-110, 112-120, 122-147, a variant thereof, or a fragment thereof.
  • This kit may further contain an antibody against a polypeptide containing the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 111, 121, 148 to 150, a fragment thereof, or a chemically modified derivative thereof. Combined use can increase the accuracy of predicting metastasis or prognosis after surgery.
  • the second example is represented by SEQ ID NOs: 151, 153, 155 to 160 and SEQ ID NOs: 161 to 190 described in the above groups II (g) and (h), respectively, as the best gamma kidney gamma.
  • This kit may further contain an antibody against a polypeptide containing the amino acid sequence represented by self-sequence numbers 152, 154, 191, 192 to 197, a fragment thereof, or a chemically modified derivative thereof. It can.
  • the combined use can improve the accuracy for detecting renal cancer.
  • kits of the present invention may be present individually or in the form of a mixture, or may be bound to a solid support or in a free form.
  • the kit of the present invention contains a labeled secondary antibody, a carrier, a washing buffer, a sample diluent, an enzyme substrate, a reaction stop solution, a purified marker (target) polypeptide as a standard substance, instructions for use, and the like. be able to.
  • DNA chip The present invention further includes the same polynucleotides, variants, fragments thereof, alone or in combination as included in the compositions and Z or kits of the invention as described in Sections 3 and 4 above. And preferably in combination to provide a DNA chip for detection of renal cancer or prognosis or prediction of metastasis of kidney cancer.
  • Examples of the substrate of the DNA chip include a slide glass, a silicon chip, a polymer chip, and a nylon membrane that are not particularly limited as long as the DNA can be solid-phased. These substrates may be subjected to a surface treatment such as introduction of a functional group such as a poly-L-lysine-coated N-amino group or a carboxyl group.
  • the solid phase immobilization method is not particularly limited as long as it is a commonly used method.
  • a high-density dispenser for example, different gene solutions are placed in each well of a plate having a large number of wells, and these solutions are picked up by pins (needles) and sequentially spotted on the substrate. By doing.
  • genes are ejected from nozzles, and the genes are arranged and arranged at high speed on the substrate.
  • DNA synthesis on the substrate the base bound on the substrate is protected with a functional group that can be eliminated by light, and by using a mask, light is applied only to the base at a specific site to desorb the functional group. Thereafter, the step of adding a base to the reaction solution and coupling with the base on the substrate is repeated.
  • Polynucleotides that can be immobilized are all the polynucleotides of the present invention described above.
  • such polynucleotides can include one or more of the following polynucleotides or fragments thereof.
  • a polynucleotide group consisting of the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 50, variants thereof, or fragments thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1-10, 12-20, 22-47 Group, variants thereof, or fragments thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, 22 to 47, a variant thereof, or a fragment thereof comprising 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47.
  • a polynucleotide group comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 11, 21, 48 to 50, a variant thereof, or a fragment thereof comprising 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50.
  • SEQ ID NOS: 11, 21, and 48-50 Each of the base sequences represented by DNA and a polynucleotide group that is allowed to hybridize under stringent conditions, or 15 or more consecutive bases. Including those fragments.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, and 22 to 47, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 11, 21, 48 to 50, or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases.
  • the kit of the present invention comprises SEQ ID NOs: 51-60, 61, 62-70, 7
  • the polynucleotide to be immobilized may be any of genomic DNA, cDNA, RNA, synthetic DNA, and synthetic RNA, or may be single-stranded or double-stranded.
  • DNA that can detect and measure the expression level of the target gene examples include Affymetrix Gene Chip Human Genome U133 Plus 2.0 Array ⁇ Whole Human genome oligo microarray from Agilent, IntelliGene (registered trademark) HS Human Expression CHIP from Takafuno, polymethylmeta Examples thereof include a DNA chip substrate manufactured by Talirate (Japanese Patent Laid-Open No. 2004-264289).
  • a method of immobilizing a previously prepared probe on a solid surface can be used.
  • a polynucleotide into which a functional group has been introduced is synthesized, and oligonucleotides or polynucleotides are spotted on the surface of the surface-treated solid support, and covalently bonded.
  • a polynucleotide is covalently bound to a surface-treated solid support through a spacer or a crosslinker.
  • a method is also known in which polyacrylamide gel fragments are aligned on a glass surface and a synthetic polynucleotide is covalently bound thereto (.: Ershov et al., Proceedings of the J Academic Sciences u. SA, 1996, 94th). ⁇ , p. 4913).
  • a micro / J, electrode array was prepared on a silica microarray, and a permeation layer of agarose containing streptavidin was provided on the electrode as a reaction site.
  • the present invention uses the composition, kit, DNA chip of the present invention, or a combination of them to determine the expression level of a target nucleic acid in a biological sample of renal cancer cells derived from a subject, and the population of patients with renal cancer with a poor prognosis.
  • a target nucleic acid in a biological sample of renal cancer cells derived from a subject, and the population of patients with renal cancer with a poor prognosis.
  • the target nucleic acid is contained in the composition, kit or DNA chip.
  • a patient whose expression level of the target nucleic acid derived from a subject is detectable by the expression level and z or poor prognosis of a population with good prognosis. If there is a change in the expression level power of the population, it is determined that the subject has a poor prognosis, or that the subject has a good prognosis, and that z or renal cancer has metastasized, or no renal cancer has metastasized. The method is provided.
  • the present invention also provides use of the composition, kit or DNA chip of the present invention for in vitro detection of renal cancer cells expected to metastasize in a specimen sample derived from a subject.
  • composition, kit or DNA chip contains the polynucleotide of the present invention, a variant thereof or a fragment thereof alone or in any possible combination as described above. used.
  • the polynucleotide, the variant or the polynucleotide contained in the composition, kit or DNA chip of the present invention can be used as a primer or as a detection probe (searcher).
  • a primer those having a base length of usually 15 to 50 bases, preferably 15 to 30 bases, more preferably 18 to 25 bases can be exemplified.
  • a detection probe for example, a force having a base length of 15 bases to the entire sequence, preferably 25 to: LOOO bases, more preferably 25 to LOO bases can be exemplified. Limited to this range Not.
  • Polynucleotides, variants thereof or fragments thereof contained in the composition or kit of the present invention include Northern blotting, RT-PCR, in situ hybridization, Southern hybridization, and the like. It can be used as a primer or a probe in accordance with a conventional method by a known method for specifically detecting a specific gene. Depending on the type of detection method used, the sample to be measured can be a part of or all of the subject's kidney tissue or biological tissue suspected of having renal cancer cells collected by biopsy or surgery. It collect
  • the expression level of a nucleic acid such as the gene of the present invention, RNA, cDNA and the like in living tissue can be detected using a DNA chip (including a DNA macroarray)! / Can be quantified.
  • the composition or kit of the present invention can be used as a probe for a DNA array (for example, a 25-nucleotide polynucleotide probe is used in the Human Genome U133 Plus 2.0 Array of Affymetrix). ).
  • a DNA array is hybridized with labeled DNA or RNA prepared based on RNA collected from the strength of living tissue, and the complex of the probe and labeled DNA or RNA formed by the hybridization is used.
  • the presence or absence of expression of a gene related to renal cancer metastasis and Z or renal cancer patient prognosis prediction according to the present invention in the living tissue, or the expression level (expression level) ) can be evaluated.
  • the ability to preferably use a DNA chip it is possible to evaluate the presence / absence or the expression level of a plurality of genes simultaneously for one biological sample.
  • the composition, kit or DNA chip of the present invention is useful for predicting prognosis of renal cancer patients and / or predicting, determining or detecting metastasis (diagnosing the presence or absence of disease and the degree of disease).
  • renal cancer patient prognosis prediction and / or metastasis prediction using the composition, kit or DNA chip is detected by the diagnostic composition based on the biological tissue in which the subject's renal cancer cells are present. This can be done by measuring the expression level of the gene to be expressed. In this case, the gene expression level is expressed in both living tissue in which there are renal cancer cells derived from patients with good prognosis and in those in which renal cancer cells derived from patients with poor prognosis are present.
  • PABPN1 gene has an expression-induced decrease in Z in renal cancer derived from patients with poor prognosis. Therefore, the expression increased in the renal gangs and tissues of subjects with poor prognosis. If the difference is significant when tested against the expression level, the subject is suspected of having metastasized renal cancer and is predicted to have a poor prognosis.
  • the method for detecting renal cancer (cells) using the composition, kit or DNA chip of the present invention comprises a biological tissue extracted by a force or a technique for collecting a part or all of a biological tissue of a subject with a biopsy or the like.
  • the gene contained therein is recovered from the polynucleotide of the present invention.
  • Creetide group strength Predicted renal cancer metastasis, presence / absence of metastasis by detecting using one or more selected polynucleotide (s), its mutants or fragments thereof, and measuring its gene expression level And predicting the prognosis of patients with Z or renal cancer.
  • the method for predicting renal cancer metastasis according to the present invention includes detecting, determining or diagnosing the presence / absence or extent of improvement of the disease when a therapeutic agent is administered for the improvement of the disease in, for example, a renal cancer patient. You can also
  • the method of the present invention includes, for example, the following steps (a), (b) and (c):
  • Examples of the biological sample used in the method of the present invention include a sample prepared from a biological tissue of a subject, such as a renal tissue and its surrounding tissues, and a tissue suspected of metastasis of renal cancer. .
  • the RNA-containing sample prepared by the tissue force or a sample containing a polynucleotide further prepared therefrom was removed by the force of collecting a part or all of the subject's living tissue with a biopsy or the like, or by surgery. It can be recovered from living tissue and prepared from it by conventional methods.
  • the subject refers to mammals such as, but not limited to, humans, monkeys, mice, rats and the like, preferably humans.
  • the process can be changed according to the type of biological sample used as a measurement target.
  • renal cancer cells
  • RNA prepared from a biological sample of a subject or a complementary polynucleotide (cDNA) transcribed therefrom is used as the polynucleotide of the present invention, kit or DNA chip.
  • hybridization methods include Northern blotting, Southern blotting, quantitative RT-PCR, DNA chip analysis, in situ hybridization, Southern hybridization, etc. Can be used.
  • the diagnostic composition of the present invention (complement chain) is labeled with a radioisotope ( 32 P, 33 P, 35 s, etc.), a fluorescent substance, etc., and this is converted into a nylon membrane according to a conventional method.
  • the formed diagnostic composition (DNA) and RNA duplex are labeled with the diagnostic composition (radioisotope or fluorescent substance).
  • Signal derived from a radiation detector (BAS-180 011, Fuji Photo Film Co., Ltd. can be exemplified) or a fluorescence detector (STORM860, Amersham Bioscience, etc. can be exemplified). It can be illustrated.
  • the diagnostic composition of the present invention is prepared so that cDNA can be prepared from RNA derived from the biological tissue of a subject according to a conventional method, and the region of each target gene can be amplified using this as a saddle type.
  • a pair of primers consisting of the positive and negative strands that bind to the above cDNA
  • a method for detecting double-stranded DNA can be exemplified.
  • the above-mentioned PCR is preliminarily labeled with a radioisotope or a fluorescent substance, and then performed using a primer.
  • the PCR product is electrophoresed on an agarose gel, and the ethimubu Detection method by staining double-stranded DNA with romide, etc., and transferring the produced double-stranded DNA to a nylon membrane or the like according to a conventional method and detecting it by hybridizing it with a probe as a probe Can take the way.
  • a DNA chip in which the above-described diagnostic composition of the present invention is attached to a substrate as a DNA probe is used.
  • a gene group on a substrate is generally called a DNA chip and a DNA array, and a DNA array includes a DNA macroarray and a DNA microarray. / If included, this shall include the DNA array.
  • Hybridization conditions are not limited !, but, for example, 30 ° C-50 ° C, 3-4 X SS C, 0.1-0.5% SDS for 1-24 hours Hybridization, more preferably at 40 ° C. to 45 ° C., in 3.4 X SSC, 0.3% SDS for 1 to 24 hours, and subsequent washing.
  • washing conditions include conditions such as continuous washing at room temperature with a solution containing 233 and 0.1% SDS, and a 1 X SSC solution and a 0.2 X SSC solution.
  • 1 X SSC is an aqueous solution (pH 7.2) containing 150 mM sodium chloride and 15 mM sodium citrate.
  • complementary strand maintain a hybridized state with the target positive strand even when washed under strong conditions.
  • a complementary strand includes a strand having a base sequence ability that is completely complementary to the target base sequence of the target positive strand, and a base sequence having at least 80% homology with the strand. Can be displayed as a column.
  • Examples of stringent hybridization conditions when PCR is performed using the polynucleotide fragment of the composition or kit of the present invention as a primer include, for example, lOmMT ris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCL, PCR buffer with a composition of 1 to 2 mM MgCl
  • Tm 2 X (number of adenine residues + number of thymine residues) +4 X (number of guanine residues + number of cytosine residues), etc.
  • stringent conditions see Sambrook, J. & Russel, D., Molecular Cloning, A LABOR ATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Issued on January 15, 2001, described in No. 1 7.42-7.45, No. 2 8.89-8.17, etc., and can be used in the present invention.
  • the present invention also provides the use of one or more probes of the above-mentioned groups I and Z or II, or a composition, kit, DNA chip, or a combination thereof of the present invention in a specimen sample derived from a subject.
  • Support vector machine SVM that measures the expression level of target nucleic acid or gene in the kidney and uses the expression level of gene in renal cancer tissue from patients with good prognosis and kidney cancer tissue from patients with poor prognosis as a teacher (training sample)
  • the present invention provides a method for predicting the prognosis of a renal cancer patient, and a method for determining whether Z or a specimen sample does not contain a renal cancer cell that is expected to metastasize and whether or not it contains Z.
  • the method of the present invention uses a composition, kit, DNA chip, or a combination thereof of the present invention to produce a tissue containing renal cancer cells derived from a patient with a good prognosis or a prognosis.
  • the second step of creating a discriminant (support vector machine) using the measured value of the expression level of the target nucleic acid obtained in the process as a teacher, the expression level of the target nucleic acid in the specimen sample derived from the subject's living body Substitute the measured value of the expression level of the target acetic acid obtained in the third step into the discriminant obtained in the third step, the second step, which is measured in vitro as in the first step, and Discriminant ability Based on the obtained results, prognosis of renal cancer patients Measure and / or determine that the specimen sample does not contain kidney cancer cells that are expected to metastasize! /, And / or that it contains kidney cancer cells that are expected to metastasize.
  • the target nucleic acid is detectable by a polynucleotide, variant or fragment thereof contained in the composition, kit or DNA chip.
  • the method of the present invention includes, for example, the following steps (a), (b) and (c):
  • Tissue containing renal cancer cells derived from patients with good prognosis or renal cancer from patients with poor prognosis Measuring the expression level of a target gene in a biological sample that is known to be a tissue containing cells using a diagnostic (detection) composition, kit or DNA chip according to the present invention
  • SVM was created to solve a two-class classification problem in 1995 in the framework of statistical learning theory by AT & T V. Vapni ⁇ , he Nature of Statistical Leaning Theory, Springer, 1995. It is a proposed learning machine. SVM can deal with nonlinear problems by combining forces, which are linear identifiers, as described below. For the different classes of training samples, among the many hyperplanes that identify them, the test plane that is newly given can be obtained by using the hyperplane that minimizes the minimum distance between the hyperplane and the training sample as the discrimination plane. It is possible to identify the class most accurately.
  • SVM cannot handle only linear problems, but as a method to deal with essentially nonlinear problems, nonlinear transformation of feature vectors to higher dimensions and linear identification in that space The method is known. This is equivalent to using a nonlinear model in the original space. Force When mapping to a higher dimension, a huge amount of calculation is required, and the generalization ability decreases.
  • the discriminant function depends only on the inner product of the input pattern. If the inner product can be calculated, an optimal discriminant function can be constructed. An expression in which the inner product of two elements in a non-linearly mapped space is expressed only by the input in the original space is called the kernel, and it is actually mapped while mapping to a higher dimension.
  • the optimal discriminant function that is, the discriminant, can be constructed only by the kernel calculation (see “Statistics Frontier 6 Statistics of Recognition and Learning” p. 107-138). Hideo Aso, Koji Tsuda, Noboru Murata, Iwanami Shoten, Tokyo, Japan, 2003 (April 11, issued).
  • training sample x is (+, -) in the classification, the kidney cancer cells from the prognosis good patient belongs to either including tissue or poor prognosis from patients with renal cancer tissue To do.
  • the discriminant function is for example:
  • this training sample is “expressed gene (gene x, x,... X,... X;) obtained from kidney cancer tissue strength derived from a patient with good prognosis from kidney cancer” A set corresponding to each of the above-mentioned patients, and the expression gene (gene X, X
  • methods for extracting genes that differ between the two groups include t-test, which is a parametric analysis that detects the difference between the mean values, and Mann- Whitney U test, which is a nonparametric analysis. Can be used.
  • Kaplan—Meie There are methods such as analyzing the survival curve plot by the r method using the Log-rank test or the Wilcoxon test. The method of treating survival curves as regression models and analyzing them with Cox proportional hazards models is particularly useful for estimating whether a variable is related to survival.
  • the Cox proportional hazards model shows how well various variables describe the regression model for multiple survival curves plotted by Kaplan-Meier for a group of patients divided in a category. .
  • one or a plurality of the above-mentioned polynucleotides based on SEQ ID NOs: 1 to 10, 12 to 20, 22 to 47 as described above, and a sequence number as described above Using any combination from one or more polynucleotides based on 11, 21, 48 to 50, and expressing renal cancer cells from patients with a significantly good prognosis in which the expression levels of the above 50 target genes are all significantly higher
  • These 50 genes are indexed on the basis of the fact that expression varies in tissues containing renal cancer cells derived from patients with poor prognosis and in tissues containing renal cancer cells derived from patients with poor prognosis. 85% or more, 89% or more, 90% or more, preferably 92% or more, more preferably 93% or more. % Or more, more preferably 94% This can be done with the above probability (Fig. 2).
  • the present invention further relates to polypeptides encoded by the 50 genes (ie, corresponding to SEQ ID NOs: 1 to 50) or fragments thereof (for example, SEQ ID NO: 51 to: corresponding to L00).
  • a tissue containing renal cancer cells derived from a patient with good prognosis and a patient with poor prognosis using one or a plurality of antibodies or fragments thereof against the polypeptide having amino acid sequence ability represented by SEQ ID NOs: 101 to 150 Predicting the prognosis of renal cancer, including measuring in vitro the expression level of the polypeptide or the level or abundance of the polypeptide in blood, including tissues derived from kidney cancer cells Or a method for detecting, determining or predicting metastasis of renal cancer.
  • the present invention also relates to a polypeptide encoded by the 47 additional polypeptides (ie, corresponding to SEQ ID NOs: 151 to 160, 191, SEQ ID NOs: 161 to 190, 192 to 197) or fragments thereof.
  • the polypeptide is expressed between renal cancer tissue and non-cancerous tissue.
  • a method for detecting, determining or predicting renal cancer which comprises measuring the current amount or the level (or abundance) of the polypeptide in blood in vitro.
  • the above measurement can be performed by an immunological method.
  • immunological methods include enzyme immunoassay (ELISA, EIA), fluorescence immunoassay, radioimmunoassay (RIA), luminescence immunoassay, immunoturbidimetric method, latex agglutination, latex Examples include turbidimetry, hemagglutination, particle agglutination, or Western plotting.
  • the antibody of the present invention is immobilized, or the components in the sample are immobilized and their immunological reaction is performed. It can be performed.
  • solid phase carrier examples include polystyrene, polycarbonate, polybutyltoluene, polypropylene, polyethylene, polychlorinated butyl, nylon, polymetatalylate, latex, gelatin, fagarose, cellulose, sepharose, glass, metal, ceramics or magnetic substance. It is possible to use insoluble carriers in the form of beads, microplates, test tubes, sticks or test pieces (test strips) made of the same material.
  • the solid phase can be formed by binding the solid phase carrier and the antibody or sample component of the present invention according to a known method such as a physical adsorption method, a chemical binding method, or a combination thereof.
  • the reaction in order to easily detect a reaction between the antibody of the present invention and a target polypeptide in a sample, the reaction is directly detected by labeling the antibody of the present invention. Or indirectly by using a labeled secondary antibody.
  • the detection method of the present invention it is preferable to use the latter indirect detection (for example, sandwich method) from the viewpoint of sensitivity.
  • the labeling substance in the case of enzyme immunoassay, peroxidase (POD), Al force phosphatase, 13 galactosidase, urease, catalase, gnorecosoxidase, lactate dehydrogenase, amylase or piotin avidin
  • POD peroxidase
  • the complex is fluorescein isothiocyanate, tetramethylrhodamine isothiocyanate, substituted rhodamine isothiocyanate, dichlorotriazine isothiocyanate.
  • Fluorescent substances or fluorophores such as Lithium, Alexa or AlexaFluoro, and in the case of radioimmunoassay, tritium, iodine ( 131 ⁇ , 125 ⁇ , 123 ⁇ , 121 ⁇ ), phosphorus ( 32 P, 33 P), Iou (35 s)
  • radioactive isotopes such as metals (for example, 68 Ga, 67 Ga, 68 Ge, 54 Mn, “Mo,” TC, 133 Xe, etc.) can be used.
  • metals for example, 68 Ga, 67 Ga, 68 Ge, 54 Mn, “Mo,” TC, 133 Xe, etc.
  • NADH-, FMNH2-, luciferase system, luminol hydrogen peroxide POD system, atalydium ester system or dioxetane compound system can be used for the luminescence immunoassay.
  • an avidin-piotin system or a streptavidin-piotin system can also be used, and in this case, for example, it can be bound to the antibody of the present invention or a fragment thereof.
  • the labeling substance and the antibody can be bound by a known method such as the dartal aldehyde method, the maleimide method, the pyridyl disulfide method or the periodic acid method.
  • a known method such as the dartal aldehyde method, the maleimide method, the pyridyl disulfide method or the periodic acid method.
  • known methods such as the chloramine T method and the Bolton notter method can be used.
  • the measurement can be performed by a known method (Current protocols in Protein Sciences, 1995, John Wiley & Sons Inc., Current protocols in Immunology, 2001, John Wiley & Sons Inc.).
  • the components in the sample are immobilized and brought into contact with the labeled antibody of the present invention to form a complex of the marker polypeptide and the antibody of the present invention.
  • the Unbound labeled antibody can be washed and separated, and the amount of target polypeptide in the sample can be measured from the amount of bound labeled antibody or the amount of unbound labeled antibody.
  • the antibody of the present invention is reacted with a sample (primary reaction), and further a labeled secondary antibody is reacted (secondary reaction).
  • the primary reaction and the secondary reaction may be performed in the reverse order, may be performed simultaneously, or may be performed at different times.
  • the immobilized target polypeptide forms a complex of the antibody labeled secondary antibody of the present invention, or the immobilized antibody of the present invention target polypeptide-labeled secondary antibody complex.
  • the unbound labeled secondary antibody is washed and separated, and the amount of the target polypeptide in the sample can be measured from the amount of the bound labeled secondary antibody or the amount of the unbound labeled secondary antibody.
  • a substrate is reacted with a labeled enzyme under the optimum conditions.
  • the amount of the reaction product is measured by an optical method or the like.
  • fluorescence immunoassay the fluorescence intensity by the fluorescent substance label is measured
  • radioimmunoassay the amount of radioactivity by the radioactive substance label is measured.
  • luminescence immunoassay measure the amount of luminescence by the luminescence reaction system.
  • immune complex aggregates such as immunoturbidimetric method, latex agglutination reaction, latex turbidimetric method, erythrocyte agglutination reaction or particle agglutination reaction are generated, and transmitted light and scattered light are optically transmitted.
  • a phosphate buffer solution, glycine buffer solution, Tris buffer solution or Good buffer solution can be used as a solvent, and polyethylene glycol, etc.
  • reaction accelerators and nonspecific reaction inhibitors may be included in the reaction system.
  • the antibody or fragment is a polyclonal antibody, monoclonal antibody, synthetic antibody, recombinant antibody, multispecific antibody (including bispecific antibody), single chain antibody, Fab fragment, F (ab ')
  • Polyclonal antibodies can be prepared as specific antibodies by the so-called absorption method involving binding of purified polypeptide to a bound affinity column.
  • the measurement is carried out by contacting an antibody or fragment labeled with a conventional enzyme or fluorophore with a tissue section or a homogenized tissue or body fluid (for example, blood, serum, plasma, urine, etc.), an antigen-antibody complex Can be qualitatively or quantitatively measured.
  • the detection can be performed by, for example, a method for measuring the presence and level of the target polypeptide by immunoelectron microscopy, a method for measuring the level of the target polypeptide by a conventional method such as ELISA or fluorescent antibody method, and the like.
  • the expression of the target polypeptide is decreased in tissues containing renal cancer cells derived from patients with good prognosis that can only detect renal cancer or in kidney cancer tissues derived from patients with poor prognosis!
  • the level of the polypeptide in the blood is significantly different in subjects suffering from renal cancer from patients with poor prognosis compared to subjects suffering from kidney cancer from patients with good prognosis It can be determined that there is a poor prognosis, and metastasis of Z or renal cancer. In other words, if the expression level or level of the polypeptide changes significantly compared to the normal value, it is diagnosed as renal cancer, or has a poor prognosis and Z or metastasis Determined to have renal cancer.
  • “significant” means statistically significant.
  • Tissues from 31 Japanese renal cancer patients who obtained informed consent were obtained at the time of surgical removal of the renal cancer.
  • the excised tissue pieces were immediately frozen after being judged to be renal cancer tissue macroscopically and Z or histopathologically and stored in liquid nitrogen.
  • Affymetrix GeneChip TM Human Genome U133 A
  • a DNA chip prepared according to the method described in this specification were used.
  • a method for producing a DNA chip is described below.
  • genes were narrowed down using Affymetrix GeneChip TM.
  • GeneC The hip operation was performed based on the procedures specified by the company, such as Complete GeneChip Instrument System.
  • Complete GeneChip Instrument System As a result of analysis using Complete GeneChip TM, we extracted a total of 8961 genes that might change expression due to renal cancer and genes that could serve as experimental controls.
  • the extracted 8961 genes were synthesized with high sequence specificity and selected 60 to 70 residues of the site sequence so as not to cause sequence duplication.
  • a spotter GMS417arrayer, Affymetrix
  • Typelamino modified oligo DN A fixed coat (Matsunami Glass Industrial Co., Ltd., Japan) in a humidity environment of 50-60% Spotted.
  • 1 ⁇ g of the labeled cDNA was dissolved in an antisense oligo cocktail (QIAGEN), applied to a DNA chip with Gap force bar glass (Matsunami Glass Industrial Co., Ltd.), and hybridized at 42 ° C for 16 hours. After the hybridization, the DNA chip was washed with 2 ⁇ SSCZ0.1% SDS, 1 ⁇ SSC, 0.2 ⁇ SSC.
  • the DNA chip hybridized by the method described above was scanned using an Agilent microarray scanner (Agilent), images were acquired, and the fluorescence intensity was numerically calculated. Thirty's child-like processing was performed with reference to "Statistical analysis of gene expression mic roarray dataj Chapman & Hall / CRC by Speed T.” and "A beginner's guide Microarray gene expression data analysisj Blackwell publishing" by Causton HC et al. In other words, the data obtained with the image analysis ability after hybridization is taken, and the logarithm of each is taken, smoothed by global normalization and LOWESS (locally weighed scatterplot smoother), and then scaled by MAD. Numerical correction was performed.
  • the Cox proportional hazards model method was used to examine the prognosis of patient groups divided by the presence or absence of metastasis for each expressed gene, that is, the effect on the survival curve model, and the significance of the fitness between the gene expression level and the survival curve. The sex was examined. As a result, using the postoperative survival curve as an index, it was possible to obtain 321 expressed genes that were significantly advantageous for survival and 164 expressed genes that were disadvantageous (Table 1 above). Thus, these genes can be used to detect the prognosis of renal cancer patients and the presence or absence of Z or renal cancer metastasis.
  • probes of the present invention may also be used in patients with renal cancer. It can be used as well for later predictions.
  • EDTA-added plasma components were obtained from five Japanese 50-70-year-old renal cancer patients in the normal state before and after one month of renal cancer removal surgery.
  • Plasma was filtered through a filter with a pore size of 0.22 ⁇ m to remove contaminants, and the protein concentration was adjusted to 50 mgZmL.
  • This plasma was further diluted to 12.5 mgZmL of 25 mM ammonium bicarbonate solution (pH 8.0), and molecular weight fractionation was performed with a hollow fiber filter (Toray, Japan).
  • the fractionated plasma sample (total volume 1.8 mL, containing up to 250 / zg protein) is separated into 7 fractions by ProteomeLab® PF2D System (Beckman Coulter) reverse phase chromatography and lyophilized Thereafter, the sample was redissolved in 100 ml of 25111 ⁇ 1 ammonium bicarbonate solution (pH 8.0).
  • This sample was digested with trypsin at 1/50 the amount of protein at 37 ° C. for 2 to 3 hours to obtain a peptide.
  • the peptides in each fraction were further fractionated into four fractions using an ion exchange column (KYA Technologies, Japan).
  • proteins in which expression was not detected after surgery, and expression was detected in 4 or more of 6 patients before surgery are polypeptides represented by SEQ ID NOs: 151 160 191 shown in Table 2 above, and were found to be useful in the detection of renal cancer as so-called renal gamma.
  • the frequency of expression in each patient is shown in Table 2.
  • Expression (indicated by +) was detected in 4 or more of 6 patients before undergoing surgery for nephrectomy (Table 4)
  • renal cancer can be detected by measuring at least one of the above-described polypeptides, for example, using the specific antibody for the presence or amount of the polypeptide.
  • Plasma components with EDTA added were obtained from 7 Japanese patients with renal cancer in their 50s and 70s in the normal state before and 1 month after the removal of the renal cancer.
  • Plasma was filtered through a pore size 0.22 ⁇ m filter to remove contaminants, and the protein concentration was adjusted to 50 mgZmL. This plasma was further diluted to 12.5 mgZmL of 25 mM ammonium bicarbonate solution (pH 8.0), and molecular weight fractionation was performed with a hollow fiber filter (Toray, Japan).
  • fractionated plasma sample total volume 1.8 mL, containing up to 250 / zg protein
  • fractionated plasma sample total volume 1.8 mL, containing up to 250 / zg protein
  • ProteomeLab® PF2D System Beckman Coulter reverse phase chromatography and lyophilized Later, it was redissolved in 100 i u L of 25 mM ammonium bicarbonate solution (pH 8.0).
  • This sample was digested with trypsin at 1/50 the amount of protein at 37 ° C. for 2 to 3 hours to obtain a peptide.
  • the peptides in each fraction were further fractionated into four fractions using an ion exchange column (KYA Technologies, Japan).
  • each of these fractions was further fractionated on a reversed-phase column (KYA Technologies), and the eluted peptide was analyzed using an online-coupled mass spectrometer Q—TOF Ultima (Micromass). Measured in survey scan mode. The measurement data was analyzed using MASCOT (Matrix Science), a protein identification software, to comprehensively identify proteins. As a result, about 3500 proteins with MASCOT score of 40 or more (number of identified peptides 2 or more) were identified from the plasma components before and after surgery.
  • renal cancer is determined by measuring at least one, preferably at least 3-5, of the above-described polypeptides, for example using its specific antibody, for the presence or amount of the polypeptide. Can be detected.
  • a thread it is possible to provide a thread, a composition, a kit, a DNA chip, and a method for detecting kidney cancer having excellent specificity and sensitivity, diagnosis, metastasis prediction and Z or renal cancer patient prognosis. Is particularly useful in the pharmaceutical and pharmaceutical industries.

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Abstract

本発明は、予後が悪い患者由来の腎ガン細胞において、予後が良い患者由来の腎ガン細胞に比較して発現レベルの変動が認められるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片からなる群から選択される１もしくは複数のポリヌクレオチド、あるいは、そのような発現レベルの変動が認められるポリペプチド、その変異体またはその断片と特異的に結合する抗体またはその断片を含む、腎ガンの検出・診断、腎ガンの転移診断および／または腎ガンの予後予測のための組成物、キットまたはＤＮＡチップ、ならびにそれらの使用に関する。

Description

腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 技術分野
[oooi] 本発明は、被験者の予後の予測に有用な、および Zまたは腎ガンの転移の予測もし くは検出に有用な判定 (診断)用組成物、該組成物を利用した、被験者の予後の予 測もしくは判定方法、および Zまたは腎ガンの転移の予測もしくは検出方法、並びに 該組成物を利用した、被験者の予後予測、および Zまたは腎ガン転移予測用キット に関する。
背景技術
[0002] 腎臓は血液をろ過して尿を生成することにより生体内の老廃物を体外に排泄する役 割を持つ、重要な泌尿器系器官である。また同時に血圧をコントロールするアンギオ テンシン、赤血球造血因子であるエリスロポエチンなどのホルモンを産生する重要な 内分泌器官でもある。
[0003] 腎臓に発生する腫瘍には、成人に発生する腎細胞ガンと小児に発生するウィルムス 腫瘍、まれな腫瘍として肉腫があるが、以後最も発生率が高い悪性腫瘍である腎細 胞ガンを腎ガンと呼ぶ。 日本国での腎ガンの発生頻度は人口 10万人あたり 2. 5人 程度であり、男女比は 2〜3 : 1で男性に多い傾向がある。泌尿器科系悪性腫瘍の中 では、前立腺ガン、膀胱ガンに次いで多い腫瘍であるとされる。
[0004] 腎ガンの危険因子としては遺伝学的要因も知られているが、一般的には喫煙、過度 の脂肪摂取などを挙げることができる。また長期に透析を受けて 、る患者にぉ 、て該 腫瘍の発生率が高 、ことも知られて 、る。
[0005] 腎ガンでは腫瘍の最大径が 5cm以下の場合に何らかの自覚症状があることはまれ であり、検診時の CTスキャンなどによって発見されることが多い。サイズの大きい腫 瘍では血尿、腹部腫瘤、疼痛などがみられる。また全身的症状として発熱、体重減少 、貧血などをきたすことがあり、まれに内分泌因子によって赤血球増多症や高血圧、 高カルシウム血症などが引きおこされることがある。一方で腎ガンの下大静脈内への 進展によって腹部体表の静脈の怒張や精巣静脈瘤が起こることがある。腎ガンの約 2割は、肺や骨転移から発見される。腎ガンでは静脈の中に腫瘍が広がる傾向が強 ぐ他の臓器への転移を生じ易い。
[0006] 腎ガンの検査法としては超音波検査、 CT検査、血管造影検査などの方法があるが、 特異的な生化学マーカーは知られておらず、機器を利用した検診が必要となる。
[0007] また腎ガンはさらに病理学的にいくつかの分類が可能である力 そのうちの 90%を 占める淡明細胞型腎ガンの発生原因は、ガン抑制遺伝子である VHL (von-Hippe 1-Lindau)遺伝子の欠損であることが知られて ヽる（非特許文献 1)。 VHL遺伝子 の欠損は HIF— a ZVHF会合の障害を介して低酸素誘導遺伝子群の転写活性ィ匕 をもたらし (非特許文献 2)、 VEGF、 TGF βなどの遺伝子発現増強が起こる事が知 られている。
[0008] 腎ガンの治療の主体は外科療法である。病期にかかわらず、摘出できる場合は腎臓 の摘出、あるいは腎臓を部分的に摘出することが最も一般的であり、仮に転移があつ ても、腎臓の外科的摘出が考慮される場合がある。外科療法以外の方法としては、 腎動脈の動脈塞栓術があり、この方法は摘出が不可能な場合や、大きな腫瘍を摘出 する場合に手術に先立ち施行されることがある。
[0009] 最近の画像診断技術の発展により腎ガンは非常に小さいサイズであっても早期で発 見されるようになり、初期ガンでの治療では 90%以上が治癒する。しかし、 5cm以上 の大きな腫瘍や転移のある腫瘍の治療成績は劣る（腎細胞ガン全体の 5年生存率は 約 50〜60%)ため、腫瘍の有無や転移の有無をハイスループットに検査 '診断し、か つ予後を予測し、治療方針を策定することが重要である。
[0010] ヒト腎ガンの検出または診断については、遺伝子発現の差を利用する方法が特許 文献 1に開示されて 、る。またヒト腎ガンにぉ 、て増加することが知られて 、るタンパ ク質としては、細胞外基質を分解することによってガン細胞の運動性を増加させると 考えられる MMP2 (非特許文献 3)、腎障害において発現が増加することが知られて V、る TNFRSF7 (非特許文献 4)のほか、 PDE8B (特許文献 2)、 FLOT1 (特許文献 3)、 CD5 (非特許文献 5)、 ECM1 (特許文献 4)なども知られて 、るが、相対的に特 異性が高!、とは言えず、これらの発現量のみによる感受性が高い腎ガンの検査方法 の臨床的利用は行われていない。さらにまた、腎ガンを含む癌の腫瘍関連マーカー として、 MCM3AP (特許文献 5)、 KRT19 (特許文献 6)、 SLK4 (特許文献 7)、 C5
P1 (特許文献 8)、 FGF2 (非特許文献 6)、 MMP14 (非特許文献 7)、 ERBB2 (非特 許文献 8)などが推定されて ヽる。
特許文献 1：国際公開第 2005Z024603号パンフレット
特許文献 2：国際公開第 2004Z042077号パンフレット
特許文献 3：国際公開第 2004Z048933号パンフレット
特許文献 4:米国特許第 6303765号明細書
特許文献 5：特表 2005 - 520536
特許文献 6：特表 2005 - 507997
特許文献 7：国際公開第 2002Z06339号パンフレット
特許文献 8：特表 2004 - 518402
非特許文献 l :Latif, F.ら、 Science, 1993年、第 260卷、 p. 1317- 1320 非特許文献 2 : Maxwell, P.ら、 Nature, 1999年、第 399卷、 p. 271 - 275 非特許文献 3 :Lein, M.ら、 International Journal of Cancer、 2000年、第 85 卷、 p. 801 -804
非特許文献 4:Nakatsuji, T.、 Clinical and Experimental Medicine, 2003 年、第 2卷、 p. 192- 196
非特許文献 5 :Nagase, Y.ら、 日本泌尿器科学会雑誌、 1991年、第 82卷、 p. 178 1 - 1789
非特許文献 6 : Miyake, H.ら、 1996年、 Cancer Research,第 56卷、 p. 2440 - 2445
非特許文献 7 :Kitagawa, Y.ら、 1999年、 Journal of Urology、第 162卷、 p. 9 05 - 909
非特許文献 8 : Freeman, M. R.ら、 1989年、 Cancer Research,第 49卷、 p. 6 221 -6225
発明の開示
発明が解決しょうとする課題
上述のように、腎ガンの発現遺伝子マーカーはよく知られている力 転移を予測する ことができる診断マーカーおよび予後を予測するマーカーについてはわずかに知ら れて 、るにすぎな!、。既存のマーカーは特異性および Zまたは感受性に乏し 、こと や、生体試料力ものその効率的な検出方法が確立していないことから一般に臨床上 の利用は行われておらず、より特異性および感受性が高 、腎ガンマーカーが切望さ れている。
[0012] もし有効な複数の腎ガンマ一力一が発見されるならば、腎ガン治療および転移腎ガ ン治療に大きな進歩力 Sもたらされることが予想される。特に転移腎ガン患者の多くは 予後不良である力 診断時に転移の有無を知ることによってより強力な治療を実施す ることが可能となり、予後が改善できると期待される。
[0013] 本発明は、腎ガンの診断、腎ガン転移 (または、予後）の診断、および腎ガンの治 療に有用な疾患判定用組成物、キットまたは DNAチップを提供することを目的とす る。
[0014] 本発明はまた、上記組成物、キットまたは DNAチップを用いて腎ガンの存在または 転移を検出、判定あるいは予測するための方法を提供することを目的とする。
課題を解決するための手段
[0015] マーカー探索の方法としては、腎ガン患者の予後を観察し、予後良の腎ガン患者 由来の腎ガン細胞と予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン細胞における遺伝子発現 やタンパク質発現、または細胞の代謝産物などの量を何らかの手段によって比較す る方法や、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来 の腎ガン細胞を含む組織の体液中に含まれる遺伝子、タンパク質、代謝産物などの 量を測定する方法が挙げられる。
[0016] DNAアレイを用いた発現遺伝子量解析は、近年、このようなマーカー探索の手法と して特に汎用されている。 DNAアレイには数百力 数万種の遺伝子に対応した塩基 配列を利用したプローブが固定されている。被検試料を DNAアレイに添加すること によって試料中の遺伝子がプローブと結合し、この結合量を何らかの手段によって測 定することにより、被検試料中の遺伝子量を知ることができる。 DNAアレイ上に固定 化するプローブに対応した遺伝子の選択は自由であり、また被検試料に予後良、お よび予後不良の患者由来の腎ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較す ることによって腎ガン転移、および zまたは腎ガン患者予後予測マーカーとなりうる遺 伝子群を推定することが可能である。
[0017] 上記の課題を解決するために、本発明者らは、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組 織および予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織の遺伝子発現を DNAアレイによ つて解析した。さらに DNAアレイによって測定された遺伝子発現量の、各患者群の 手術後からの経時的な生存率変化に対する影響を指標として予後良の腎ガン患者 由来の腎ガン組織および予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織、および Zまた は腎ガンの転移の有無を判別することができる遺伝子を選択し、本発明を完成させ た。
[0018] 発明の概要
本発明は、以下の特徴を有する。
[0019] (1) 下記の I群および/または II群：
I群：
(a)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列力 なるポリヌクレオチ ド、その変異体、または 15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
(c)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列か らなるポリヌクレオチド、その変異体、または 15以上の連続した塩基を含むその断片
(d)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列を 含むポリヌクレオチド、および
(e)前記（a)〜（d)の!、ずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリ ダイズするポリヌクレオチド、または 15以上の連続した塩基を含むその断片、 力もなるポリヌクレオチド、
Π群：
(f)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列によってコードされるアミ ノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号 101〜110、 112〜120、 122〜147 で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片 の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、 (g)配列番号 151、 153、 155〜160で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、 それらの変異体、ある ヽはそれらの断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、 その断片あるいはその化学修飾誘導体、および
(h)配列番号 161〜190で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異 体、あるいはそれらの断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片ある いはその化学修飾誘導体、
力 なる抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
力も選択される 1または 2以上のプローブを含んでなる、被験者における腎ガンの存 在または転移をインビトロで検出、判定または予測するための組成物。
[0020] (2)前記 I群および Π群 (f)の各プローブによって腎ガンの存在または転移を検出、判 定または予測することができる、（1)に記載の組成物。
[0021] (3)前記 II群 (g)、（h)の各プローブによって腎ガンの存在を検出、判定または予測す ることができる、（1)に記載の組成物。
[0022] (4)前記ポリヌクレオチドが DNAまたは RNAである、（1)に記載の組成物。
[0023] (5)前記 I群における断片が、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、 (
1)に記載の組成物。
[0024] (6)前記 I群における断片が、配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47のいずれかで表さ れる塩基配列において、それぞれ配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97のいずれ力 で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補 的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（1)に記載の組成物。
[0025] (7)前記 I群における断片が、配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97のいずれかで表 される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、 (1 )に記載の組成物。
[0026] (8)前記 I群のプローブに加えて、配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列か らなるポリヌクレオチド、その相補的配列力もなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレ ォチドとストリンジェントな条件下でハイブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれら のポリヌクレオチドの 15以上の連続した塩基を含む断片から選択される 1または 2以 上のポリヌクレオチドをプローブとしてさらに含む、（1)に記載の組成物。
[0027] (9)前記断片が、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、（8)に記載の 組成物。
[0028] (10)前記断片が、配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列において、配列番 号 61、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌク レオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（8)に記載の組成 物。
[0029] (11)前記断片が、配列番号 61、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列、またはこれに相 補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（8)に記載の組成物。
[0030] (12)前記 II群（f)のプローブに加えて、配列番号 111、 121、 148〜150で表されるポ リペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、そ の断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、（1)に記載の組成物。
[0031] (13)前記 II群（g)のプローブに加えて、配列番号 152、 154、 191で表されるアミノ酸 配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結 合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、（1)に記載の組成物
[0032] (14)前記 II群（h)のプローブに加えて、配列番号 192〜 197で表されるアミノ酸配列 を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合す る抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、（1)に記載の組成物。
[0033] (15)前記ポリペプチドまたは変異体の断片力 少なくとも 7個のアミノ酸力 なるェピ トープを含む、（1)、（12)、（13)または (14)に記載の組成物。
[0034] (16)前記抗体が、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体 、多重特異性抗体または単鎖抗体である、請求項 (1)、（12)、（13)または (14)に記載の 組成物。
[0035] (17)前記 I群または II群 (£)、（g)、（h)力 選択される 2以上のプローブを組み合わせて 含む、（1)に記載の組成物。
[0036] (18)上記 (1)に定義される I群または II群 (£)、（g)、（h)力 選択される 1または 2以上の プローブを含む、被験者における腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定 または予測するためのキット。
[0037] (19)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列力 なるポリヌクレオチド、その 相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条 件下でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの 15以上 の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、（18)に記載のキット。
[0038] (20)前記プローブが、配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22〜47、 48〜50のいず れかで表される塩基配列力 なるポリヌクレオチド、その相補的配列力 なるポリヌク レオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ工ントな条件下でノ、イブリダィズするポ リヌクレオチド、またはそれらの 15以上の連続した塩基を含む断片である、（18)または (19)に記載のキット。
[0039] (21)前記 I群における断片力 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、 (18)〜(20)の!、ずれかに記載のキット。
[0040] (22)前記 I群における断片力 配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22〜47、 48〜5 0の 、ずれかで表される塩基配列にお 、て、 60以上の連続した塩基を含むポリヌク レオチド中にそれぞれ配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOの V、ずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配 列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（18)〜(20)の 、ずれかに記載 のキット。
[0041] (23)前記 I群における断片力 配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜
100の 、ずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリ ヌクレオチドである、（18)〜(20)のいずれかに記載のキット。
[0042] (24)前記 I群における断片力 配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜
100の!、ずれかで表される塩基配列力もなるポリヌクレオチドである、（18)〜(20)の!ヽ ずれかに記載のキット。
[0043] (25)配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの 2以上力 全部を含む、（18)に記載 のキット。 [0044] (26)前記 II群（f)のプローブに加えて、配列番号 111、 121、 148〜150で表されるポ リペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、そ の断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、（18)に記載のキット。
[0045] (27)前記 II群（g)のプローブに加えて、配列番号 152、 154、 191で表されるポリぺプ チド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断 片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、（18)に記載のキット。
[0046] (28)前記 II群（h)のプローブに加えて、配列番号 192〜 197で表されるポリペプチド、 その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片また はその化学修飾誘導体をさらに含む、（18)に記載のキット。
[0047] (29)前記プローブが、単独でまたは組み合わせて異なる容器に包装されている、 (18) に記載のキット。
[0048] (30)上記 (1)に定義される I群 (a)〜(e)力 選択される 1または 2以上のプローブを含む
、被験者における腎ガンの存在または転移のいずれかをインビトロで検出、判定また は予測するための DNAチップ。
[0049] (31)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変 異体および/またはその断片をさらに含む、（30)に記載の DNAチップ。
[0050] (32)配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの 2以上〜全部を含む、（30)に記載の
DNAチップ。
[0051] (33)被験者由来の生体試料中の 1または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または 存在量もしくは発現量を、上記 (1)に定義される I群および/または II群 (£)、（g)、（h)から 選択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在または転 移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
[0052] (34)前記測定を DNAチップを用いて行う、（33)に記載の方法。
[0053] (35)前記腎ガンの存在または転移の検出、判定または予測を、対照試料からの変化 を指標にして決定する、（33)に記載の方法。
[0054] (36)前記測定を免疫学的方法によって行う、（33)に記載の方法。
[0055] (37)前記免疫学的方法による測定が、前記 II群 (£)、（g)または (h)の抗体、その断片、ま たはその化学修飾誘導体を用いて行われる、（36)に記載の方法。
[0056] (38)前記抗体、その断片、またはその化学修飾誘導体が標識されている、（37)に記載 の方法。
[0057] (39)前記生体試料が腎由来の組織または細胞、血液、血漿、血清、あるいは尿であ る、（33)に記載の方法。
[0058] (40)被験者由来の生体試料中の 1または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または 量もしくは発現量を、上記 (1)に記載の組成物、上記 (18)に記載のキット、または上記（ 30)に記載の DNAチップを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在ま たは転移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
[0059] (41)上記 (1)に定義される I群力も選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、 上記 (1)に記載の組成物、上記 (18)に記載のキット、または上記 (30)に記載の DNAチ ップを用いて、被験者由来の腎ガン細胞生体試料における標的核酸の発現レベル を、予後不良の腎ガン患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レべ ルおよび Zまたは予後良の患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現 レベルと比較することによって被験者の予後、ならびに Zあるいは腎ガンの転移の有 無をインビトロで予測する方法であって、該標的核酸が該組成物、キットまたは DNA チップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能な ものであり、かつ被験者由来の該標的核酸の発現レベルが、予後良の腎ガン患者母 集団の発現レベルおよび Zまたは予後不良の患者母集団の発現レベル力 変化が 認められる場合それぞれ、被験者の予後が悪いまたは被験者の予後が良いと決定 する、ならびに Zあるいは腎ガンの転移が有るまたは腎ガンの転移が無いと決定す る、肯 ij '己方法。
[0060] (42)DNAチップを用いる (41)に記載の方法。
[0061] (43)上記 (1)に定義される I群力も選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、 上記 (1)に記載の組成物、上記 (18)に記載のキット、または上記 (30)に記載の DNAチ ップを用いて、予後不良の患者由来の腎ガン細胞および/または予後良の患者由来 の腎ガン細胞であることが既知である複数の生体試料中における標的核酸の発現レ ベルをインビトロで測定する第 1の工程、前記第 1の工程で得られた該標的核酸の発 現レベルの測定値を教師とした判別式 (サポートベクターマシーン)を作成する第 2の 工程、被験者の腎ガン由来の生体試料中における該標的核酸の発現レベルを第 1 の工程と同様にインビトロで測定する第 3の工程、前記第 2の工程で得られた判別式 に第 3の工程で得られた該標的核酸の発現レベルの測定値を代入し、該判別式力 得られた結果に基づいて、被験者の予後を予測する、および Zまたは被験者由来の 腎ガンが、転移が有る患者由来の腎ガンである、または転移が無い患者由来の腎ガ ンであると決定する、第 4の工程を含む、ここで、該標的核酸が該組成物、キットまた は DNAチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出 可能なものである、（41)または (42)に記載の方法。
[0062] (44)上記 (1)に定義される I群および/または II群力 選択されるプローブ、あるいは、 該プローブを含む、上記 (1)に記載の組成物、上記 (18)に記載のキット、または上記 (3 0)に記載の DN Aチップの、被験者由来の生体試料中の腎ガンの存在または転移を インビトロで検出、判定または予測するための使用。
[0063]
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
[0064] 本明細書において「プローブ」とは、腎ガンの存在または転移を検出、判定あるい は予測するための、腎関連マーカーである特定の遺伝子類またはそれらによってコ ードされるポリペプチド類と結合可能な核酸、抗体またはそれらの均等物を指す。
[0065] ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質などの略 号による表示は、当技術分野における慣用の意味および表示に従うものとする。
[0066] 本明細書にぉ 、て「ポリヌクレオチド」とは、 RNAおよび DNAの!、ずれも包含する核 酸として用いられる。なお、上記 DNAには、 cDNA、ゲノム DNA、および合成 DNA のいずれもが含まれる。また上記 RNAには、 totalRNA、 mRNA、 rRNA、および合 成 RNAのいずれもが含まれる。また、本明細書では、ポリヌクレオチドは核酸と互換 的に使用される。
[0067] 本明細書にぉ 、て「cDNA」とは、遺伝子の発現によって生じた RNAに相補的な配 列の DNA鎖全長、およびその部分配列力 なる DNA断片、を包含する。 cDNAは 、 RNAを铸型にして、ポリ Tプライマーを用いる RT—PCR (逆転写酵素一ポリメラー ゼ連鎖反応)によって合成されうる。
[0068] 本明細書にぉ 、て「遺伝子」とは、 2本鎖 DNAのみならず、それを構成する正鎖 (ま たはセンス鎖)または相補鎖 (またはアンチセンス鎖)などの各 1本鎖 DNAを包含す ることを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。従 つて、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノム DNAを含む 2 本鎖 DNA、 cDNAを含む 1本鎖 DNA (正鎖）、該正鎖と相補的な配列を有する 1本 鎖 DNA湘補鎖）、およびこれらの断片のいずれも含む。また該「遺伝子」は特定の 塩基配列 (または配列番号)で示される「遺伝子」だけではなぐこれらによってコード されるタンパク質と生物学的機能が同等であるタンパク質、例えば同族体 (すなわち 、ホモログ）、スプライスノリアントなどの変異体、および誘導体をコードする「遺伝子」 が包含される。力かる同族体、変異体または誘導体をコードする「遺伝子」としては、 具体的には、後に記載したストリンジェントな条件下で、上記の配列番号 1〜50で示 される 、ずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダィズする塩基配列を有する「 遺伝子」を挙げることができる。
[0069] 例えばヒト由来のタンパク質の同族体 (すなわち、ホモログ)またはそれをコードする 遺伝子としては、当該タンパク質またはそれをコードするヒト遺伝子に対応する他生 物種のタンパク質または遺伝子が例示でき、これらのタンパク質または遺伝子ホモ口 グは、 HomoioGene (http://www.ncDi.nlm.nih.gov/homoloGene/)により I PJ 定することができる。具体的には特定のヒトアミノ酸または塩基配列を BLASTプログ フム (Karlm, ¾.ら、 Proceedings of the National Academic Sciences U.¾.A .、 1993年、第 90卷、 p.5873— 5877, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAS T/)にかけて一致する（Scoreが最も高ぐ E— valueが 0でかつ Identifyが 100%を 示す）配列の登録番号（accession number)を取得することができる。 BLASTプロ グラムとしては、 BLASTN (遺伝子）、 BLASTX (タンパク質)などが知られている。例 えば、遺伝子検索の場合、上記 BLAST検索からの登録番号を UniGene (http：〃 www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/)に入力して得られた UniGeneClusterlD (H s.で示す番号）を HomoioGeneに入力する。結果として得られた他生物種遺伝子と ヒト遺伝子との遺伝子ホモログの相関を示したリストから、特定の塩基配列で示される ヒト遺伝子に対応する遺伝子ホモログとして、他生物種の遺伝子を選抜することがで きる。またこの方法において、 BLASTプログラムの代わりに FASTAプログラム（http ://www.ddbj. nig. ac. jp/ search/ fasta— e. html)を ffil、l よ ヽ。
[0070] なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなぐ例えば発現制御領域、コード 領域、ェキソンまたはイントロンを含むことができる。
[0071] 本明細書において「転写産物」とは、遺伝子の DNA配列を铸型にして合成されたメ ッセンジャー RNA(mRNA)のことをいう。 RNAポリメラーゼが遺伝子の上流にある プロモーターと呼ばれる部位に結合し、 DNAの塩基配列に相補的になるように 3'末 端にリボヌクレオチドを結合させて 、く形でメッセンジャー RNAが合成される。このメ ッセンジャー RNAには遺伝子そのもののみならず、発現制御領域、コード領域、ェ キソンまたはイントロンをはじめとする転写開始点力 ポリ A配列の末端にいたるまで の全配列が含まれる。
[0072] 本明細書において「翻訳産物」とは、転写によって合成されたメッセンジャー RNAが 、スプライシングなどの修飾を受ける/受けないにかかわらず、その情報を元に合成さ れたタンパク質を示す。メッセンジャー RNAの翻訳過程においては、まずリボソーム とメッセンジャー RNAが結合し、次にメッセンジャー RNAの塩基配列に従ってァミノ 酸がつながつていき、タンパク質が合成される。
[0073] 本明細書にぉ 、て「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じた RNAまたはそれ に由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅する、連続するポリヌクレオチド および Zまたはそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
[0074] ここで相補的なポリヌクレオチド (相補鎖、逆鎖)とは、配列番号によって定義される塩 基配列からなるポリヌクレオチドの全長配列、またはその部分配列、（ここでは便宜上 、これを正鎖と呼ぶ）に対して A:T(U)、 G : Cといった塩基対関係に基づいて、塩基 的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、力かる相補鎖は、対象 とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖 とストリンジェントな条件でハイブリダィズできる程度の相補関係を有するものであって ちょい。
[0075] 本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、プローブが他の配列に対するよりも 、検出可能により大きな程度 (例えばバックグラウンドよりも少なくとも 2倍)で、その標 的配列に対してハイブリダィズする条件を 、う。ストリンジェントな条件は配列依存性 であり、ハイブリダィゼーシヨンが行われる環境によって異なる。ハイブリダィゼーショ ンおよび Zまたは洗浄条件のストリンジエンシーを制御することにより、プローブに対 して 100%相補的である標的配列が同定され得る。
[0076] 本明細書にぉ 、て「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異、転写時の選択 的スプライシングなどに起因した天然の変異体、同族体、あるいは遺伝暗号の縮重 に基づく変異体、あるいは配列番号 1〜50で表される塩基配列またはその部分配列 において 1以上、好ましくは 1もしくは数個、の塩基の欠失、置換、付加または挿入を 含む変異体、あるいは該塩基配列またはその部分配列と約 80%以上、約 85%以上 、好ましくは約 90%以上、より好ましくは約 95%以上、約 97%以上、約 98%以上、も しくは約 99%以上の％同一性を示す変異体、あるいは該塩基配列またはその部分 配列を含むポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドと上記定義のストリンジェントな 条件でノ、イブリダィズする核酸を意味し、一方、タンパク質またはペプチドの場合、配 列番号 101〜197で表されるアミノ酸配列またはその部分配列において 1以上、好ま しくは 1もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加または挿入を含む変異体、ある いは該アミノ酸配列またはその部分配列と約 80%以上、約 85%以上、好ましくは約 90%以上、より好ましくは約 95%以上、約 97%以上、約 98%以上、もしくは約 99% 以上の％同一性を示す変異体を意味する。
[0077] 本明細書において「数個」とは、約 10、 9、 8、 7、 6、 5、 4、 3または 2個以下の整数を 意味する。
[0078] 本明細書において「％同一性」は、上記の BLASTや FASTAによるタンパク質また は遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、決定することができる (Karli n, S.ら、 1993年、 Proceedings of the National Academic Sciences U. ¾. A.、第 90卷、 p.5873- 5877 ;Altschul, S. F.ら、 1990年、 Journal of Molec ular Biology,第 215卷、 p. 403 -410 ; Pearson, W. R.ら、 1988年、 Proceed ings of the National Academic Sciences U. S. A.、第 85卷、 p.2444- 2448
) o [0079] 本明細書において「誘導体」とは、核酸の場合、蛍光団などによるラベルイ匕誘導体 、修飾ヌクレオチド (例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシなどのアルコキ シ、チォ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチドおよび塩基の再構成、二重 結合の飽和、脱ァミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチドな ど)を含む誘導体など、一方、タンパク質 (抗体を含む)の場合、酵素、蛍光団、放射性 同位元素などのラベルによるラベル化誘導体、あるいはァセチル化、ァシル化、アル キル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化などの化学修飾を含む誘導体を意味する。
[0080] 本明細書にぉ 、て「診断 (または検出または判定)用組成物」や「疾患判定用組成物 」とは、腎ガン患者の予後を予測するため、および Zまたは腎ガンの罹患の有無、罹 患の程度、腎ガンの転移の有無、もしくは改善の有無や改善の程度の診断に、また 腎ガンの予防、改善または治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接 または間接的に利用される組成物を 、う。この組成物には腎ガンの罹患に関連して 生体内、特に腎組織において発現が変動する遺伝子を特異的に認識し、また結合 することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチド、および該遺 伝子の翻訳産物であるタンパク質を検出することができる抗体などが含まれる。これ らのヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドは、上記性質に基づいて 生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして 、また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用 することができる。本明細書において使用される「組成物」は、本発明に関わる単一 のプローブ、または 2つ以上の異なるプローブの混合物、を含む組成物を意味し、該 組成物は、固体 (例えば凍結乾燥物など）、溶液 (例えば水溶液、緩衝溶液など)を 含む任意の形態をとることができる。また、該組成物は、必要に応じて、分析に影響 を与えないという条件で、安定剤、防腐剤などの添加剤を含有することができる。
[0081] 本明細書において検出 ·診断対象となる「生体試料」とは、腎ガンの発生にともない 本発明の標的遺伝子が発現変化する、あるいは本発明の標的ポリペプチドの量が正 常対照と比べて変化する、生体力も採取された試料 (または検体)をいう。生体試料 には、例えば腎糸且織、その周辺のリンパ節、転移が疑われる他臓器など力ゝらの組織、 それらの組織に由来する細胞、ならびに血液などの体液などが含まれる。 [0082] 本明細書において「特異的に結合する」とは、抗体またはその断片が、本発明の標 的ポリペプチド、その変異体またはその断片とのみ抗原-抗体複合体を形成し、他の ペプチド性またはポリペプチド性物質とは該複合体を実質的に形成しないことを意味 する。ここで、「実質的に」とは、程度は小さいが非特異的な複合体形成が起こり得る ことを意味する。
[0083] 本明細書において「ェピトープ」とは、本発明の標的ポリペプチド、その変異体または その断片において、抗原性または免疫原性を有する部分アミノ酸領域 (抗原決定基） 指す。ェピトープは通常、少なくとも 5アミノ酸、好ましくは少なくとも 7アミノ酸、より好 ましくは少なくとも 10アミノ酸力 なる。
[0084] 本明細書において「予後」とは Kaplan— Meier法 (例えば BMJ (1998) 317 : 1572 )でプロットした生存曲線で示される生存確率を表す。また「予後が良い」患者群とは、 なんらかの臨床情報により腎ガン患者を分類し、それぞれについて生存曲線を Kapl an— Meier法でプロットした上で、その差をなんらかの統計的手法によって検定し、 有意な差 (p< 0. 05)をもって生存率が高いとされた群を示す。同様に「予後が悪い 」患者群とは、なんらかの臨床情報により腎ガン患者を分類し、それぞれについて生 存曲線を Kaplan— Meier法でプロットした上で、その差をなんらかの統計的手法に よって検定し、有意な差 (P< 0. 05)をもって生存率が低いとされた群を示す。癌の 転移の有無は、患者の予後に影響を及ぼす要素の 1つであるため、予後の予測は、 一部には、癌の転移の予測と相関する。
[0085] 本明細書で使用される「PABPN1遺伝子」または「PABPN1」という用語は、配列番 号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 1)で示される Poly(A)— Binding Pr otein, Nuclear 1遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコー ドする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 1に記載の PABPN1遺伝 子（Ensembl Gene ID, ENSG00000100836)やその他生物種ホモログなど力 S 包含される。 PABPN1遺伝子は、例えば Brais, B.ら、 1998年、 Nature genetic s、第 18卷、 p. 164— 167に記載される方法によって得ることができる。 PABPN1遺 伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
[0086] 本明細書で使用される「PINK1遺伝子」または「PINK1」という用語は、配列番号で 指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 2)で示される PTEN Induced Putativ e Kinase 1遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする 遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 2に記載の PINK1遺伝子 (Ens embl Gene ID, ENSG00000180056)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 PINK1遺伝子は、例えば Unoki, M.ら、 2001年、 Oncogene,第 20卷、 p. 44 57— 4465に記載される方法によって得ることができる。 PINK1遺伝子の発現変動 が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0087] 本明細書で使用される「TFF2遺伝子」または「TFF2」 t 、う用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 3)で示される Trefoil Factor 2遺伝子（D NA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含す る。具体的には、配列番号 3に記載の TFF2遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGO 0000160181)やその他生物種ホモログなどが包含される。 TFF2遺伝子は、例え ば Tomasetto, C.ら、 1990年、 EMBO Journal,第 9卷、 p. 407— 414に記載さ れる方法によって得ることができる。 TFF2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標 となることは知られて ヽな 、。
[0088] 本明細書で使用される「EIF3S9遺伝子」または「EIF3S9」という用語は、配列番号 で指定しな 、限り、特定塩基配列（配列番号 4)で示される Eukaryotic Translatio n Initiation Factor 3 Subunit 9遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および 誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 4に記載 の EIF3S 9遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000106263)やその他生物種 ホモログなどが包含される。 EIF3S9遺伝子は、例えば Methot, N.ら、 1997年、 Jo urnal of Biological Chemistry、第 272卷、 p. 1110— 1116に記載される方法 によって得ることができる。 EIF3S9遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となる ことは知られていない。
[0089] 本明細書で使用される「MAX遺伝子」または「MAX」と 、う用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 5)で示される MAX Protein遺伝子（DNA )、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。 具体的には、配列番号 5に記載の MAX遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG000 00125952)やその他生物種ホモログなどが包含される。 MAX遺伝子は、例えば W agner, A.ら、 1992年、 Proceedings of the National Academic sciences U . S. A.、第 89卷、 p. 3111— 3115に記載される方法によって得ること力 Sできる。 M AX遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られて ヽな 、。
[0090] 本明細書で使用される「MLL4遺伝子」または「MLL4」 t 、う用語は、配列番号で指 定しな 、限り、特定塩基配列（配列番号 6)で示される Trithomx Homolog 2遺伝 子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包 含する。具体的には、配列番号 6に記載の MLL4遺伝子（Ensembl Gene ID, E NSG00000105663)やその他生物種ホモログなどが包含される。 MLL4遺伝子は 、例えば Nagase, T.ら、 1997年、 DNA Research,第 4卷、 p. 141— 150に記 載される方法によって得ることができる。 MLL4遺伝子の発現変動が腎ガンの転移 の指標となることは知られて 、な 、。
[0091] 本明細書で使用される「CACNB2遺伝子」または「CACNB2」という用語は、配列 番号で指定しな!ヽ限り、特定塩基配列（配列番号 7)で示される Dihydropyridine— Sensitive L— Type, Calcium Channel Beta— 2 Subunit¾fe子 (DNA) 、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具 体的には、配列番号 7に記載の CACNB2遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGOO 000165995)やその他生物種ホモログなどが包含される。 CACNB2遺伝子は、例 えば Rosenfeld, M.ら、 1993年、 Annals of Neurology.、第 33卷、 p. 113— 120に記載される方法によって得ることができる。 CACNB2遺伝子の発現変動が腎 ガンの転移の指標となることは知られて ヽな 、。
[0092] 本明細書で使用される「ZMYND11遺伝子」または「ZMYND11」という用語は、配 列番号で指定しな!、限り、特定塩基配列（配列番号 8)で示される Adenovirus 5 El A- Binding Protein遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体など をコードする遺伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 8に記載の ZMYN D 11遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000015171)やその他生物種ホモ口 グなどが包含される。 ZMYND11遺伝子は、例えば Hateboer, G.ら、 1995年、 E MBO Journal、第 14卷、 p. 3159— 3169に記載される方法によって得ることがで きる。 ZMYND11遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られてい ない。
[0093] 本明細書で使用される「BAT2遺伝子」または「BAT2」 t 、う用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 9)で示される Adenovirus 5 El A- Bind ing Protein遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする 遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 9に記載の BAT2遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000111960)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 BAT2遺伝子は、 f列えば Banerji, J.ら、 1990年、 Proceedings of the Natio nal Academic Sciences U. S. A.、第 87卷、 p. 2374— 2378に記載される方 法〖こよって得ることができる。 BAT2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となる ことは知られていない。
[0094] 本明細書で使用される「NRBP遺伝子」または「NRBP」 t 、う用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 10)で示される Nuclear Receptor Bindi ng Protein遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺 伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 10に記載の NRBP遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000115216)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 NRBP遺伝子は、例えば Hooper, J. D. .ら、 2000年、 Genomics,第 66卷、 p . 113— 118に記載される方法によって得ることができる。 NRBP遺伝子の発現変動 が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0095] 本明細書で使用される「MCM3AP遺伝子」または「MCM3AP」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 11)で示される 80 KDa MCM3 -Associated Protein遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などを コードする遺伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 11に記載の MCM3A P遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000160294)やその他生物種ホモログ などが包含される。 MCM3AP遺伝子は、例えば Takei, Y.ら、 1998年、 Journal of Biological Chemistry、第 273卷、 p. 22177— 22180に記載される方法によ つて得ることができる。 MCM3AP遺伝子の発現変動が腎ガンの指標となることは、 特表 2005 - 520536のな力で推定されて!、るが、立証はされて!ヽな!、。 [0096] 本明細書で使用される「COL4Al遺伝子」または「COL4Al」という用語は、配列番 号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 12)で示される Collagen Alpha 1( IV) Chain遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺 伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 12に記載の COL4A1遺伝子 (En sembl Gene ID, ENSG00000139825)やその他生物種ホモログなどが包含さ れる。 COL4A1遺伝子は、例えば Solomon, E.ら、 1985年 Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.、第 82卷、 p. 3330— 3334に記載さ れる方法によって得ることができる。 COL4A1遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の 指標となることは知られて 、な 、。
[0097] 本明細書で使用される「MKNK1遺伝子」または「MKNK1」という用語は、配列番 号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 13)で示される MAP Kinase -Inte racting Serine/Threonine Kinase 1遺伝子（DNA)、その同族体、変異体お よび誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 13 に記載の MKNK1遺伝子（Ensembl Gene ID, . ENSG00000079277)やそ の他生物種ホモログなどが包含される。 MKNK1遺伝子は、例えば Fukunaga, R. ら、 1997年、 EMBO Journal、第 16卷、 p. 1921— 1933【こ記載される方法【こよつ て得ることができる。 MKNK1遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは 知られていない。
[0098] 本明細書で使用される「BBC3遺伝子」または「BBC3」 t 、う用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 14)で示される BCL2 Binding Compone nt 3遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (D NA)を包含する。具体的には、配列番号 14に記載の BBC3遺伝子（Ensembl Gen e ID, ENSG00000105327)やその他生物種ホモログなどが包含される。 BBC3 遺伝子は、例えば Yu, J.ら、 2001年、 Molecular Cell,第 7卷、 p. 673— 682に 記載される方法によって得ることができる。 BBC3遺伝子の発現変動が腎ガンの転移 の指標となることは知られて 、な 、。
[0099] 本明細書で使用される「FLJ10359遺伝子」または「FLJ10359」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 15)で示される Protein BAP28; 遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA) を包含する。具体的には、配列番号 15に記載の FIJ10359遺伝子（Ensembl Gen e ID, ENSG00000119285)やその他生物種ホモログなどが包含される。
[0100] 本明細書で使用される「DPT遺伝子」または「DPT」と 、う用語は、配列番号で指定 しない限り、特定塩基配列（配列番号 16)で示される Dermatopontin遺伝子（DNA )、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。 具体的には、配列番号 16に記載の DPT遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGOO 000143196)やその他生物種ホモログなどが包含される。 DPT遺伝子は、例えば S uperti-Fruga, A.ら、 1993年、 Genomics,第 17卷、 p. 463— 467に記載され る方法によって得ることができる。 DPT遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標と なることは知られていない。
[0101] 本明細書で使用される「C10orf76遺伝子」または「C10orf76」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列 (配列番号 17)で示される遺伝子 (DNA)、そ の同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体 的には、配列番号 17に記載の ClOorf 76遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGOO 000120029)やその他生物種ホモログなどが包含される。
[0102] 本明細書で使用される「DIA1遺伝子」または「DIA1」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 18)で示される NADH— Cytochrome B5 Reductase遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺 伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 18に記載の DIA1遺伝子 (Ensem bl Gene ID, ENSG00000100243)やその他生物種ホモログなどが包含される。 DIA1遺伝子は、例えば Du, M.ら、 1997年、 Biochemical Biophysical Resea rch Communication、第 235卷、 p. 779— 783に記載される方法によって得るこ とができる。 DIA1遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られてい ない。
[0103] 本明細書で使用される「PBK遺伝子」または「PBK」 t 、う用語は、配列番号で指定 しない限り、特定塩基配列（配列番号 19)で示される T—LAK Cell -Originated P rotein Kinase遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする 遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 19に記載の PBK遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000168078)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 PBK遺伝子は、例えば Gaudet, S.ら、 2000年、 Proceedings of the Nation al Academic Sciences U. S. A.、第 97卷、 p. 5167— 5172に記載される方法 によって得ることができる。 PBK遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となること は知られていない。
[0104] 本明細書で使用される「PRKD2遺伝子」または「PRKD2」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 20)で示される Protein Kinase C,
D2 Type遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺 伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 20に記載の PRKD2遺伝子 (Ens embl Gene ID, ENSG00000105287)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 PRKD2遺伝子は、例えば Sturany, S.ら、 2001年、 Journal of Biological Chemistry,第 276卷、 p. 3310— 3318に記載される方法によって得ることができ る。 PRKD2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0105] 本明細書で使用される「KRT19遺伝子」または「KRT19」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 21)で示される Keratin, Type I Cyt ◦skeletal 19遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする 遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 21に記載の KRT19遺伝子 (En sembl Gene ID, ENSG00000171345)やその他生物種ホモログなどが包含さ れる。 KRT19遺伝子は、例えば Bader, B.ら、 1986年、 EMBO Journal,第 5卷 、 p. 1865— 1875に記載される方法によって得ることができる。 KRT19遺伝子の発 現変動が腎ガンの指標となることは、特表 2005— 507997のなかで推定されている 力 立証はされていない。
[0106] 本明細書で使用される「FLJ23436遺伝子」または「FLJ23436」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列 (配列番号 22)で示される遺伝子 (DNA)、そ の同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体 的には、配列番号 22に記載の FLJ23436遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGOO 000169957)やその他生物種ホモログなどが包含される。 FLJ23436遺伝子は、例 えば Beausoleil, S. A.ら、 2004年、 Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.、第 101卷、 p. 12130— 12135【こ記載される方法【こよって得 ることができる。 FLJ23436遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知 られていない。
[0107] 本明細書で使用される「NPHS2遺伝子」または「NPHS2」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 23)で示される Podocin遺伝子 (DNA) 、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具 体的には、配列番号 23に記載の NPHS2遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGOO 000116218)やその他生物種ホモログなどが包含される。 NPHS2遺伝子は、例え ば Kestila, M.ら、 1998年、 Molecular Cell,第 1卷、 p. 575— 582に記載され る方法によって得ることができる。 NPHS2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標 となることは知られて ヽな 、。
[0108] 本明細書で使用される「C3orfl4遺伝子」または「C3orfl4」という用語は、配列番 号で指定しない限り、特定塩基配列 (配列番号 24)で示される遺伝子 (DNA)、その 同族体、変異体および誘導体などをコードする HT021遺伝子 (DNA)を包含する。 具体的には、配列番号 24に記載の C3orf 14遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG 00000114405)やその他生物種ホモログなどが包含される。
[0109] 本明細書で使用される「AGTR2遺伝子」または「AGTR2」 t 、う用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 25)で示される Type— 2 Angiotensi n II Receptor遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードす る遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 25に記載の AGTR2遺伝子（ Ensembl Gene ID, ENSG00000180772)やその他生物種ホモログなどが包含 される。 AGTR2遺伝子は、例えば Koike, G.ら、 1994年、 Biochemical Biophy sical Research Communication、第 203卷、 p. 1842— 1850に記載される方 法によって得ることができる。 AGTR2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標とな ることは知られていない。
[0110] 本明細書で使用される「： HTR1F遺伝子」または「HTR1F」という用語は、配列番号 で指定しな!、限り、特定塩基配列（配列番号 26)で示される 5 Hydroxytryptami ne IF Receptor遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコード する遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 26に記載の HTR1F遺伝子 (Ensembl Gene ID, ENSG00000179097)やその他生物種ホモログなどが包 含される。 HTR1F遺伝子は、例えば Lovenberg, T. W.ら、 1993年、 Proceeding s of the National Academic Sciences U. S. A.、第 90卷、 p. 2184— 2188 に記載される方法によって得ることができる。 HTR1F遺伝子の発現変動が腎ガンの 転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0111] 本明細書で使用される「KIF3B遺伝子」または「KIF3B」という用語は、配列番号で 指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 27)で示される Kinesin— Like Protein KIF3B遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝 子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 27に記載の KIF3B遺伝子 (Ensemb 1 Gene ID, ENSG00000101350)やその他生物種ホモログなどが包含される。 KIF3B遺伝子は、例えば Nagase, T.ら、 1997年、 DNA Research,第 4卷、 p. 141— 150に記載される方法によって得ることができる。 KIF3B遺伝子の発現変動 が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0112] 本明細書で使用される「DCN遺伝子」または「DCN」という用語は、配列番号で指定 しない限り、特定塩基配列（配列番号 28)で示される Decorin遺伝子 (DNA)、その 同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的 には、配列番号 28に記載の DCN遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG0000001 1465)やその他生物種ホモログなどが包含される。 DCN遺伝子は、例えば Daniels on, K. G.ら、 1993年、 Genomics,第 15卷、 p. 146— 160に記載される方法によ つて得ることができる。 DCN遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知 られていない。
[0113] 本明細書で使用される「STK22C遺伝子」または「STK22C」という用語は、配列番 号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 29)で示される Testis— Specific S erine/Threonine Kinase 22C遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘 導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 29に記載 の STK22C遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000162526)やその他生物 種ホモログなどが包含される。 STK22C遺伝子は、例えば Visconti, P. E.ら、 200 1年、 Genomics、第 77卷、 p. 163— 170に記載される方法によって得ることができ る。 STK22C遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない
[0114] 本明細書で使用される「DKFZp566C0424遺伝子」または「DKFZp566C0424」 という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列 (配列番号 30)で示される Putative MAPK Activating Protein PM20遺伝子（DNA)、その同族体、 変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配 列番号 30に記載の DKFZp566C0424遺伝子 (ENSG00000055070)やその他 生物種ホモログなどが包含される。 DKFZp566C0424遺伝子は、例えば Visconti , P. E.ら、 2001年、 Genomics,第 77卷、 p. 163— 170【こ記載される方法【こよつ て得ることができる。 DKFZp566C0424遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標 となることは知られて ヽな 、。
[0115] 本明細書で使用される「CNR1遺伝子」または「CNR1」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 31)で示される Cannabinoid Receptor 1 遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする Cannabinoid Receptor 1遺伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 31に記載の CNR 1遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000118432)やその他生物種ホモログ などが包含される。 CNR1遺伝子は、例えば Matsuda, L. A.ら、 1990年、 Nature 、第 346卷、 p. 561— 564に記載される方法によって得ることができる。 CNR1遺伝 子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
[0116] 本明細書で使用される「HOMER3遺伝子」または「HOMER3」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 32)で示される HOMER, Neuro nal Immediate Early Gene, 3遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘 導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 32に記載 の HOMER3遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000051128)やその他生物 種ホモログなどが包含される。 HOMER3遺伝子は、例えば Xiao, B.ら、 2001年、 Neuron,第 21卷、 p. 707— 716に記載される方法によって得ることができる。 HO MER3遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
[0117] 本明細書で使用される「GPR2遺伝子」または「GPR2」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 33)で示される C C Chemokine Recep tor Type 10遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする 遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 33に記載の GPR2遺伝子 (Ens embl Gene ID, ENSG00000177032)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 GPR2遺伝子は、例えば Marchese, A.ら、 1994年、 Genomics,第 23卷、 p. 609— 618に記載される方法によって得ることができる。 GPR2遺伝子の発現変動が 腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0118] 本明細書で使用される「FLJ12442遺伝子」または「FLJ12442」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列 (配列番号 34)で示される遺伝子 (DNA)、そ の同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体 的には、配列番号 34に記載の FLJ12442遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSGOO 000168268)やその他生物種ホモログなどが包含される。 FLJ12442遺伝子は、例 えば Ota, T.ら、 2004年、 Nature Genetics,第 36卷、 p. 40— 45に記載される 方法によって得ることができる。 FLJ12442遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指 標となることは知られて ヽな 、。
[0119] 本明細書で使用される「XLKD1遺伝子」または「XLKD1」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 35)で示される Extracellular Link Domain Containing 1遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などを コードする遺伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 35に記載の 1031 遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000133800)やその他生物種ホモログな どが包含される。 XLKD1遺伝子は、例えば Banerji, S.ら、 1999年、 Journal of Cellular Biology、第 144卷、 p. 1789— 801に記載される方法によって得ることが できる。 XLKD1遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な い。
[0120] 本明細書で使用される「CASKIN2遺伝子」または「CASKIN2」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 36)で示される CASK— Interacti ng Protein 2遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードす る遺伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 36に記載の CASKIN2遺伝 子（Ensembl Gene ID, ENSG00000177303)やその他生物種ホモログなど力 S 包含される。 CASKIN2遺伝子は、例えば Strausberg, R. L.ら、 2002年、 Proce e dings of the National Academic Sciences U. S. A.、第 99卷、 p. 16899 - 16903に記載される方法によって得ることができる。 CASKIN2遺伝子の発現変 動が腎ガンの転移の指標となることは知られて ヽな 、。
[0121] 本明細書で使用される「COL5A2遺伝子」または「COL5A2」という用語は、配列番 号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 37)で示される Collagen Alpha 2( V) Chain遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝 子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 37に記載の COL5A2遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000179877)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 COL5A2遺伝子は、例えば Burgeson, R. E.ら、 2002年、 Proceedings of t he National Academic Sciences U. S. A.、第 73卷、 p. 2579— 2583に記載 される方法によって得ることができる。 COL5A2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移 の指標となることは知られて 、な 、。
[0122] 本明細書で使用される「BRD3遺伝子」または「BRD3」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 38)で示される Bromodomain—Containi ng Protein 3遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードす る遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 38に記載の BRD3遺伝子 (E nsembl Gene ID, ENSG00000169925)やその他生物種ホモログなどが包含さ れる。 BRD3遺伝子は、例えば Nomura, N. L.ら、 1994年、 DNA Research,第 1卷、 p. 223— 229に記載される方法によって得ることができる。 BRD3遺伝子の発 現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0123] 本明細書で使用される「ATP6V0A4遺伝子」または「ATP6V0A4」と!、う用語は、 配列番号で指定しない限り、特定塩基配列 (配列番号 39)で示される ATPase, H + Transporting, Lysosomal VO Subunit A ISOFORM 4遺伝子（DNA)、 その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具 体的には、配列番号 39に記載の八丁？6¥0八4遺伝子 11561111)1 Gene ID, ENS G00000105929)やその他生物種ホモログなどが包含される。 ATP6V0A4遺伝 子は、例えば Smith, A. N.ら、 2000年、 Nature Genetics,第 26卷、 p. 71— 7 5に記載される方法によって得ることができる。 ATP6V0A4遺伝子の発現変動が腎 ガンの転移の指標となることは知られて ヽな 、。
[0124] 本明細書で使用される「PRODH2遺伝子」または「PRODH2」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 40)で示される Nephrin遺伝子 (D NA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含す る。具体的には、配列番号 40に記載の PRODH2遺伝子（Ensembl Gene ID, E NSG00000161270)やその他生物種ホモログなどが包含される。 PRODH2遺伝 子は、例えば Chakravarti, A.ら、 2002年、 Proceedings of the National Aca demic Sciences U. S. A.、第 99卷、 p. 4755— 4756【こ記載される方法【こよって 得ることができる。 PRODH2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは 知られていない。
[0125] 本明細書で使用される「EPHB2遺伝子」または「EPHB2」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 41)で示される Ephrin Type— B Re ceptor 2遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝 子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 41に記載の EPHB2遺伝子 (Ensem bl Gene ID, ENSG00000133216)やその他生物種ホモログなどが包含される。 EPHB2遺伝子は、例えば Chan, J.ら、 1991年、 Oncogeneゝ第 6卷、 p. 1057— 1061に記載される方法によって得ることができる。 EPHB2遺伝子の発現変動が腎 ガンの転移の指標となることは知られて ヽな 、。
[0126] 本明細書で使用される「LYAR遺伝子」または「LYAR」と 、う用語は、配列番号で 指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 42)で示される Hypothetical Protein FLJ20425遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺 伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 42に記載の LYAR遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000145220)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 LYAR遺伝子は、例えば Su, L.ら、 1993年、 Genes Development,第 7卷、 p. 735— 748に記載される方法によって得ることができる。 LYAR遺伝子の発現変 動が腎ガンの転移の指標となることは知られて ヽな 、。
[0127] 本明細書で使用される「COX6B遺伝子」または「COX6B」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 43)で示される Cytochrome C Oxid ase Polypeptide VIB遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などを コードする遺伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 43に記載の COX6B 遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000126267)やその他生物種ホモログな どが包含される。 COX6B遺伝子は、例えば Taanman, J— W.ら、 1989年、 Nuclei c Acids Research,第 17卷、 p. 1766に記載される方法によって得ることができる 。 COX6B遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0128] 本明細書で使用される「PRH1遺伝子」または「PRH1」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 44)で示される Salivary Acidic Proline - Rich Phosphoprotein 1Z2遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体な どをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 44に記載の PRH 1遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000176621)やその他生物種ホモログ などが包含される。 PRH1遺伝子は、例えば Oppenheim, F. G.ら、 1971年、 Bioc hemistry,第 10卷、 p. 4233— 4238に記載される方法によって得ることができる。 PRH1遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
[0129] 本明細書で使用される「LAPTM5遺伝子」または「LAPTM5」 t ヽぅ用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 45)で示される Lysosomal— Asso ciated Multitransmembrane Protein遺伝子（DNA)、その同族体、変異体およ び誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 45〖こ 記載の LAPTM5遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000162511)やその他 生物種ホモログなどが包含される。 LAPTM5遺伝子は、例えば Adra, C. N.ら、 1 996年、 Genomics,第 35卷、 p. 328— 337に記載される方法によって得ることがで きる。 LAPTM5遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていな V、が、腎ガンのマーカーとなりうることは推定されて!、る (国際公開 WO2005Z2460 3)。 [0130] 本明細書で使用される「RPS6KA4遺伝子」または「RPS6KA4」という用語は、配列 番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 46)で示される Ribosomal Protei n S6 Kinase, 90KDA, Polypeptide 4遺伝子（DNA)、その同族体、変異体お よび誘導体などをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 46 に記載の RPS6KA4遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000162302)やそ の他生物種ホモログなどが包含される。 RPS6KA4遺伝子は、例えば Pierrat, B.ら 、 1998年、 Journal of Biological Chemistry、第 273卷、 p. 29661— 29671 に記載される方法によって得ることができる。 RPS6KA4遺伝子の発現変動が腎ガ ンの転移の指標となることは知られて 、な 、。
[0131] 本明細書で使用される「GCC2遺伝子」または「GCC2」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 47)で示される GRIP and Coiled— Coil D omain Containing 2遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコ ードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 47に記載の GCC2遺伝 子（Ensembl Gene ID, ENSG00000144055)やその他生物種ホモログなど力 S 包含される。 GCC2遺伝子は、例えば Eichmuller, S.ら、 2001年、 Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.、第 98卷、 p. 629— 634に記 載される方法によって得ることができる。 GCC2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の 指標となることは知られて 、な 、。
[0132] 本明細書で使用される「FGF2遺伝子」または「FGF2」という用語は、配列番号で指 定しない限り、特定塩基配列（配列番号 48)で示される Heparin— Binding Growt h Factor 2遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺 伝子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 48に記載の FGF2遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000138685)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 FGF2遺伝子は、例えば Abraham, J.ら、 1986年、 Science,第 233卷、 p. 54 5— 548に記載される方法によって得ることができる。 FGF2遺伝子の発現変動が腎 ガンの転移の指標となることは Miyake, H.ら、 1996年、 Cancer Research,第 5 6卷、 p. 2440— 2445【こ示されるよう【こ公知である。
[0133] 本明細書で使用される「MMP14遺伝子」または「MMP14」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 49)で示される Matrix Metalloprotei nase— 14遺伝子 (DNA)、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝 子（DNA)を包含する。具体的には、配列番号 49に記載の MMP14遺伝子 (Ense mbl Gene ID, ENSG00000157227)やその他生物種ホモログなどが包含され る。 MMP14遺伝子は、例えば Sato, H.ら、 1994年、 Nature,第 370卷、 p. 61— 65に記載される方法によって得ることができる。 MMP14遺伝子の発現変動が腎ガ ンの転移の指標となることは Kitagawa, Y.ら、 1999年、 Journal of Urology、第 162卷、 p. 905— 909などに示されるように公知である。
[0134] 本明細書で使用される「ERBB2遺伝子」または「ERBB2」という用語は、配列番号 で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号 50)で示される Receptor Protein— T yrosine Kinase ERBB— 2遺伝子（DNA)、その同族体、変異体および誘導体な どをコードする遺伝子 (DNA)を包含する。具体的には、配列番号 50に記載の ERB B2遺伝子（Ensembl Gene ID, ENSG00000141736)やその他生物種ホモログ などが包含される。 ERBB2遺伝子は、例えば Yang— Feng, T. L.ら、 1985年、 Ci togenetic Cell Genetics,第 40卷、 p. 784に記載される方法によって得ることが できる。 ERBB2遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは Freeman, M . R.ら、 1989年、 Cancer Research,第 49卷、 p. 6221— 6225【こ示されるよう【こ 公知である。
[0135] 本明細書中に記載されるその他の遺伝子またはポリペプチドについては、下記の 詳細な説明のなかで適宜説明する。
[0136] 発明の効果
本発明は、腎ガンの存在ゃ腎ガンの転移の診断、検出、判定または予測、および腎 ガンの治療に有用な疾患判定用糸且成物、並びに、該糸且成物を用いた腎ガンおよび 腎ガン転移を診断、検出、判定または予測するための方法を提供するものであり、こ れによって、腎ガンの存在ゃ腎ガンの転移に対して特異的かつ高予測率の、および 迅速でかつ簡便な、検出、判定または予測方法を提供するという格別の作用効果を 有する。
[0137] また、本発明の腎ガンマ一力一のなかには、腎ガン患者の血液などの生体試料中に も見出されるものもあるが、それは健常人にはほとんどまたは全く見出されないため、 単に上記マーカーの存在または量を指標にすることによって、例えば血液において 、容易に腎ガンを検出することができるという作用効果をも有する。
[0138] 本発明は、本発明の腎ガンを検出するプローブと腎ガンの転移を検出するプロ一 ブとを組み合わせることによって腎ガン患者の予後の管理のために有益な診断を行 うことを可能にする。
図面の簡単な説明
[0139] [図 1]手術時に腎臓以外への転移が診断されな力つた患者群 (M = 0)と転移が診断 された患者群（M= 1)それぞれの Kaplan— Meier法による生存曲線を示す。縦軸 は生存率を示し、横軸は手術後の年数 (年)を示す。 5年生存率は、 M = 0で 96%、 M= lで 13%であった。
[図 2]表 1に記載の遺伝子に対応する、配列番号 1〜19、 48のポリヌクレオチドを組 み合わせて DNAチップとして用いた場合の予後良の患者予測率および、配列番号 20〜47、 49、 50のポリヌクレオチドを組み合わせて DNAチップとして用いた場合の 予後不良の患者予測率を示す。縦軸は予後良の患者由来 Z予後不良の患者を予 測できる確率 (予測率)、横軸は予後良の患者由来 Z予後不良の患者の予測に必要 な遺伝子の合計数をそれぞれ示す。実線は予後が良い患者の予測確率、破線は予 後が悪!、患者の予測確率を示す。
発明を実施するための最良の形態
[0140] 以下に本発明をさらに具体的に説明する
1· 暨ガン閗速マーカー
1. 1 ガン斷車ネ票 酴
本発明の組成物、キットまたは DNAチップを使用して腎ガンの存在および転移を検 出、判定または予測するための、腎ガン患者予後予測のための、ならびに腎ガン転 移細胞の存在または不存在を判定するための、腎ガン転移関連マーカーとしての標 的核酸には、例えば、配列番号 1〜50で表される塩基配列を含むヒト遺伝子 (すなわ ち、それぞれ、 PABPN1、 PINK1、 TFF2、 EIF3S9、 MAX, MLL4、 CACNB2、 ZMYND11、 BAT2、 NRBP、 MCM3AP、 COL4Al、 MKNK1、 BBC3、 FLJIO 359、 DPT、 C10orf76、 DIA1、 PBK、 PRKD2、 KRT19、 FLJ23436、 NPHS2 、 C3orf 14、 AGTR2、 HTR1Fゝ KIF3B、 DCN、 STK22C、 DKFZp566C0424 、 CNR1、 HOMER3、 GPR2、 FLJ12442、 XLKD1, CASKIN2、 COL5A2、 BR D3、 ATP6V0A4、 PRODH2、 EPHB2、 LYAR、 COX6B、 PRH1、 LAPTM5、 RPS6KA4、 GCC2、 FGF2、 MMP14および ERBB2)、それらの同族体、それらの 転写産物または cDNA、あるいはそれらの変異体または誘導体が含まれる。ここで、 遺伝子、同族体、転写産物、 cDNA、変異体および誘導体は、上記定義のとおりで ある。好ましい標的核酸は、配列番号 1〜50で表される塩基配列を含むヒト遺伝子、 それらの転写産物または cDNA、より好ましくは該転写産物または cDNAである。 本発明において腎ガン患者予後予測の標的および Zまたは腎ガン転移予測の標的 となる上記遺伝子はいずれも、予後良の患者由来の腎ガン組織に比べて予後不良 の患者由来の腎ガン組織にぉ 、て該遺伝子の発現レベルが有意に変動（すなわち 、増加または低下）しているものである。表 1に、各遺伝子の Ensemble Gene ID および GenBank登録番号をまとめて示す。表示の遺伝子群は、予後良の患者由来 の腎ガン組織を識別する遺伝子、予後不良の患者由来の腎ガン組織を識別する遺 伝子からなる。
[表 1]
配列 Ensemble GenBank 配列 Ensemble GenBank
遣伝子名 伝子名 番号 Gene ID 登録番号 番号 Gene ID 登録番号 遺
ENSGOOOOOIO ENSG0000017
1 一 004643 PABPN1 26 M_000866 HTR1F
0336 9097
ENSGOOOOOIS ENSGOOOOOIO
2 N — 032棚 PINK1 27 TL004798 KIF3B
0056 1350
ENSG0000016 ENSGOOOOOOl
3 NM_005423 TFF2 28 _133506 DCN
0181 1465
ENSGOOOOOIO ENSG0000016
4 L003751 EIF3S9 29 N _052841 STK22C , 6263 2526
ENSG0000012 ENSG0000005 D FZp566C0
5 L002382 MAX 30 BX640985
5952 5070 424
ENSGOOOOOIO ENSGOOOOOil
一 014727 MLL1 31 NM_016083 CN 1 5663 8432
ENSG0000016 ENSG0000005
7 L000724 CACNB2 32 _004S38 HOMRR3 5995 1128
ENSGOOOOOOl ENSG0000017
8 NM_006624 ZMY D11 33 NM_016602 GPR2
5171 7032
ENSGOOOOOil ENSG000001B
9 BAT2 34 NM_022908 FLJ12442 1960 8268
ENSGOOOOOil ENSG0000Q13
10 NM„013392 NRBP 35 NM_ 06691 XLKD1 5216 3800
ENSGOOOOOIS ENSG0000017
11 _003906 MCM3AP 36 NM_0207G3 CASRIN2 0 94 7303
ENSG0000013 ENSG0000017
12 丽— 001845 C0L4A1 37 NM_000393 COL5A2 9825 9877
ENSG0000007 BNSG0000016
13 匪— 003684 MK K1 38 M_007371 BRD3
9277 B925
Figure imgf000037_0001
[0143] 第 1の標的核酸は、 PABPN1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0144] 第 2の標的核酸は、 PINK1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0145] 第 3の標的核酸は、 TFF2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0146] 第 4の標的核酸は、 EIF3S9遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0147] 第 5の標的核酸は、 MAX遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。 [0148] 第 6の標的核酸は、 MLL4遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0149] 第 7の標的核酸は、 CACNB2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0150] 第 8の標的核酸は、 ZMYND11遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0151] 第 9の標的核酸は、 BAT2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0152] 第 10の標的核酸は、 NRBP遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0153] 第 11の標的核酸は、 MCM3AP遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0154] 第 12の標的核酸は、 COL4A1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0155] 第 13の標的核酸は、 MKNK1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0156] 第 14の標的核酸は、 BBC3遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0157] 第 15の標的核酸は、 FLJ10359遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0158] 第 16の標的核酸は、 DPT遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0159] 第 17の標的核酸は、 C10orf76遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0160] 第 18の標的核酸は、 DIA1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0161] 第 19の標的核酸は、 PBK遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である 第 20の標的核酸は、 PRKD2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0162] 第 21の標的核酸は、 KRT19遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0163] 第 22の標的核酸は、 FLJ23436遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0164] 第 23の標的核酸は、 NPHS2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0165] 第 24の標的核酸は、 C3orfl4遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0166] 第 25の標的核酸は、 AGTR2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0167] 第 26の標的核酸は、 HTR1F遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0168] 第 27の標的核酸は、 KIF3B遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0169] 第 28の標的核酸は、 DCN遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDN
A、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0170] 第 29の標的核酸は、 STK22C遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0171] 第 30の標的核酸は、 DKFZp566C0424遺伝子、それらの同族体、それらの転写 産物または cDNA、ある 、はそれらの変異体または誘導体である。
[0172] 第 31の標的核酸は、 CNR1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0173] 第 32の標的核酸は、 HOMER3遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0174] 第 33の標的核酸は、 GPR2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。 [0175] 第 34の標的核酸は、 FLJ12442遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0176] 第 35の標的核酸は、 XLKD1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0177] 第 36の標的核酸は、 CASKIN2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0178] 第 37の標的核酸は、 COL5A2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0179] 第 38の標的核酸は、 BRD3遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0180] 第 39の標的核酸は、 ATP6V0A4遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物また は cDNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0181] 第 40の標的核酸は、 PRODH2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0182] 第 41の標的核酸は、 EPHB2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0183] 第 42の標的核酸は、 LYAR遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0184] 第 43の標的核酸は、 COX6B遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c
DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0185] 第 44の標的核酸は、 PRH1遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD
NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0186] 第 45の標的核酸は、 LAPTM5遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cDNA、ある ヽはそれらの変異体または誘導体である。
[0187] 第 46の標的核酸は、 RPS6KA4遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物また は cDNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である
第 47の標的核酸は、 GCC2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。 [0188] 第 48の標的核酸は、 FGF2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0189] 第 49の標的核酸は、 MMP14遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または c DNA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0190] 第 50の標的核酸は、 ERBB2遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物または cD NA、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
[0191] 1. 2 腎ガン関連標的ポリペプチド（ 1)
本発明の組成物またはキットを使用して腎ガンの存在および転移を検出、判定また は予測するための、腎ガン患者予後予測のための、ならびに腎ガン転移細胞の存在 または不存在を判定するための、腎ガン関連マーカーとしての標的ポリペプチドには 、 PABPN1、 PINK1、 TFF2、 EIF3S9、 MAX, MLL4、 CACNB2、 ZMYND11 、 BAT2、 NRBP、 MCM3AP、 COL4Al、 MKNK1、 BBC 3, FLJ10359、 DPT、 C10orf76、 DIA1、 PBK、 PRKD2、 KRT19、 FLJ23436、 NPHS2、 C3orfl4、 AGTR2、 HTR1F、 KIF3B、 DCN、 STK22C、 DKFZp566C0424、 CNR1、 H OMER3、 GPR2、 FLJ12442、 XLKD1, CASKIN2、 COL5A2、 BRD3、 ATP6 V0A4、 PRODH2、 EPHB2、 LYAR、 COX6B、 PRH1、 LAPTM5、 RPS6KA4 、 GCC2、 FGF2、 MMP14および ERBB2遺伝子によってコードされるポリペプチド 、例えば、配列番号 101〜150で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチド、それ らの同族体、あるいはそれらの変異体または誘導体が含まれる。ここで、ポリペプチド 、同族体、変異体および誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的ポリぺプ チドは、配列番号 101〜110、 112〜120、 122〜 147で表されるアミノ酸配列を含 むヒトポリペプチドである。
[0192] 本発明において腎ガン転移予測および Zまたは腎ガン患者予後予測の標的となる 上記ポリペプチドはいずれも、対応する遺伝子およびその転写産物の発現量と同様 に、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織に比べて予後不良の腎ガン患者由来の 腎ガン組織にぉ 、てその発現量が有意に変化 (すなわち、増加または低下）して!/、る ものであること、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベル力 予後良の腎ガン患者 に比べて予後不良の腎ガン患者において有意に変化 (すなわち、増加または低下） すること〖こよって特徴付けられる。
[0193] 1. 3 腎ガン関連標的ポリペプチド（2)
本発明の組成物またはキットを使用して腎ガンをインビトロで検出するための腎ガン マーカーとしての別の腎ガン関連標的ポリペプチドは、配列番号 151〜197、好まし くは配列番号 151、 153、 155〜160、配列番号 161〜190で表わされるアミノ酸配 列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片である。
[0194] 本発明の配列番号 151〜160、 191、配列番号 161〜190、 192〜197のポリぺプ チドを、その遺伝子名およびタンパク質番号 (GenBank登録名および登録番号）、な らびにそれらの特性とともに、それぞれ下記の表 2、表 3に示す。これらのポリべプチ ドは、腎ガン患者血漿中に特異的に検出され、健常者の血漿には検出されないか、 または検出できるレベルにな力つた。
[表 2]
Figure imgf000043_0001
[表 3]
Figure imgf000044_0001
Figure imgf000045_0001
Figure imgf000046_0001
[0197] 本発明において腎ガン検出のための上記標的ポリペプチドはいずれも、腎ガン患者 において、血液などの生体試料中の該ポリペプチドのレベル力 健常人と比べて腎 ガンに罹患した被験者にぉ 、て有意にまたは格別に高 、ことによって特徴付けられ る。
[0198] 2.腎ガン診断用プローブ
本発明によれば、腎ガンの存在および/または転移を検出、判定または予測するた めの、あるいは被験者の術後の予後を予測するための、プローブは、下記の I群およ び/または II群：
I群：
(a)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列力 なるポリヌクレオチ ド、その変異体、または 15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
(c)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列か らなるポリヌクレオチド、その変異体、または 15以上の連続した塩基を含むその断片 (d)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列を 含むポリヌクレオチド、および
(e)前記（a)〜（d)の!、ずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリ ダイズするポリヌクレオチド、または 15以上の連続した塩基を含むその断片、 力もなるポリヌクレオチド、
Π群：
(f)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列によってコードされるアミ ノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号 101〜110、 112〜120、 122〜147 で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片 の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
(g)配列番号 151、 153、 155〜160で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、 それらの変異体、ある ヽはそれらの断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、 その断片あるいはその化学修飾誘導体、および
(h)配列番号 161〜190で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異 体、あるいはそれらの断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片ある いはその化学修飾誘導体、
力 なる抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
から選択される。
[0199] 上記のプローブは、いずれも上記 1. 1節から 1. 3節に記載された腎ガン関連マーカ 一のいずれかと結合可能なものであり、腎ガンの存在または転移を検出、判定または 予測するために使用可能である。例えば、上記 I群および Π群 (f)の各プローブによつ て腎ガンの存在または転移を検出、判定または予測することができる。また、上記 II 群 (g)、（h)の各プローブによって腎ガンの存在を検出、判定または予測することがで きる。
[0200] 本発明にお!/、て、核酸プローブは DNAまたは RNAを含み、一方、抗体プローブは ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、それらの抗体断片、合成抗体、組換え抗 体、多重特異的抗体、単鎖抗体などを含む。
[0201] 本発明者らは、今回、上記 I群および Zまたは Π群に示したプローブが腎ガンの存 在および/または転移の検出、判定または予測に使用できることを初めて見出した。
[0202] 3. ガン診 j ^および/または ガンチ チ測もしくは転移チ沏 1)¾且
3. 1 核麵
本発明の組成物またはキットを使用して腎ガンの存在および転移を検出、判定また は予測するための、腎ガン患者予後予測のための、ならびに腎ガン転移細胞の存在 または不存在を判定するための核酸組成物は、上記 2節の I群に記載した 1または 2 以上のプローブを含み、腎ガン予後予測用または腎ガン転移予測用標的核酸として の、ヒト由来の、 PABPN1、 PINK1、 TFF2、 EIF3S9、 MAX, MLL4、 CACNB2 、 ZMYND11、 BAT2、 NRBP、 MCM3AP、 COL4Al、 MKNK1、 BBC3、 FIJI 0359、 DPT、 C10orf76、 DIA1、 PBK、 PRKD2、 KRT19、 FLJ23436, NPHS 2、 C3orf 14、 AGTR2、 HTR1F、 KIF3B、 DCN、 STK22C、 DKFZp566C042 4、 CNR1、 HOMER3、 GPR2、 FLJ12442、 XLKD1, CASKIN2、 COL5A2、 B RD3、 ATP6V0A4、 PRODH2、 EPHB2、 LYAR、 COX6B、 PRH1、 LAPTM5 、 RPS6KA4、 GCC2、 FGF2、 MMP14および ERBB2遺伝子、それらの同族体、 それらの転写産物または cDNA、あるいはそれらの変異体または誘導体の存在、発 現レベルまたは存在量を定性的および/または定量的に測定することを可能にする。
[0203] 上記の標的核酸は、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織に比べて予後不良の腎 ガン患者由来の腎ガン組織にぉ 、てその発現レベルが有意に変化 (すなわち、増加 または低下)する。それゆえ、本発明の組成物は、予後良の腎ガン患者由来の腎ガ ン組織と予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織について標的核酸の発現レベル を測定し、それらを比較するために有効に使用することができる。
[0204] 本発明で使用可能な組成物は、腎ガンに罹患した患者の生体組織において配列番 号 1〜50で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群およびその相補的ポリヌクレ ォチド群、該塩基配列に相補的な塩基配列力 なる DNAとストリンジ ントな条件で それぞれノヽイブリダィズするポリヌクレオチド群およびその相補的ポリヌクレオチド群、 ならびにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において 15以上の連続した塩基を 含むポリヌクレオチド群力 選ばれた 1または複数のポリヌクレオチドの組み合わせを 含む。 [0205] 具体的には、本発明の組成物は、以下の 1または複数のポリヌクレオチドまたはそ の断片を含むことができる。
[0206] (1)配列番号 1〜50で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異 体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0207] (2)配列番号 1〜50で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
[0208] (3)配列番号 1〜 10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列からなるポリヌクレオチ ド群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0209] (4)配列番号 1〜 10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド 群。
[0210] (5)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列 力もなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含む それらの断片。
[0211] (6)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列を 含むポリヌクレオチド群。
[0212] (7)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列の各々と相補的な塩基 配列からなる DNAとストリンジェントな条件でハイブリダィズするポリヌクレオチド群、 または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0213] (8)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列の各々力 なる DNAと ストリンジェントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド群、または 15以上の連続 した塩基を含むそれらの断片。
[0214] (9)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列力もなるポリヌクレオチド群、それ らの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0215] (10)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
[0216] (11)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列に相補的な塩基配列力もなる ポリヌクレオチド群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの 断片。
[0217] (12)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポ リヌクレオチド群。 [0218] (13)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列か らなる DNAとストリンジェントな条件でハイブリダィズするポリヌクレオチド群、または 1
5以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0219] (14)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列の各々力 なる DNAとストリンジ ェントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド群、または 15以上の連続した塩基 を含むそれらの断片。
[0220] 上記（1)〜(14)のポリヌクレオチドの断片は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において 、例えば、連続する 15〜配列の全塩基数、 15〜5000塩基、 15〜4500塩基、 15〜 4000塩基、 15〜3500塩基、 15〜3000塩基、 15〜2500塩基、 15〜2000塩基、 15〜1500塩基、 15〜： LOOO塩基、 15〜900塩基、 15〜800塩基、 15〜700塩基 、 15〜600塩基、 15〜500塩基、 15〜400塩基、 15〜300塩基、 15〜250塩基、 15〜200塩基、 15〜150塩基、 15〜140塩基、 15〜130塩基、 15〜120塩基、 1 5〜： L 10塩基、 15〜： LOO塩基、 15〜90塩基、 15〜80塩基、 15〜70塩基、 15〜60 塩基、 15〜50塩基、 15〜40塩基、 15〜30塩基または 15〜25塩基； 25〜配列の 全塩基数、 25〜： LOOO塩基、 25〜900塩基、 25〜800塩基、 25〜700塩基、 25〜 600塩基、 25〜500塩基、 25〜400塩基、 25〜300塩基、 25〜250塩基、 25〜2 00塩基、 25〜150塩基、 25〜140塩基、 25〜130塩基、 25〜120塩基、 25~11 0塩基、 25〜： L00塩基、 25〜90塩基、 25〜80塩基、 25〜70塩基、 25〜60塩基、 25〜50塩基または 25〜40塩基； 50〜配列の全塩基数、 50〜： L000塩基、 50〜90 0塩基、 50〜800塩基、 50〜700塩基、 50〜600塩基、 50〜500塩基、 50〜400 塩基、 50〜300塩基、 50〜250塩基、 50〜200塩基、 50〜150塩基、 50〜140塩 基、 50〜130塩基、 50〜120塩基、 50〜： L 10塩基、 50〜： L00塩基、 50〜90塩基、 50〜80塩基、 50〜70塩基または 50〜60塩基； 60〜配列の全塩基数、 60〜： L000 塩基、 60〜900塩基、 60〜800塩基、 60〜700塩基、 60〜600塩基、 60〜500塩 基、 60〜400塩基、 60〜300塩基、 60〜250塩基、 60〜200塩基、 60〜150塩基 、 60〜140塩基、 60〜130塩基、 60〜120塩基、 60〜： L 10塩基、 60〜： L00塩基、 60〜90塩基、 60〜80塩基または 60〜70塩基などの範囲の塩基数を含むことがで きるが、これらに限定されないものとする。 [0221] 本発明の実施形態により、配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列 を含むポリヌクレオチドの断片はそれぞれ、配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97で 表される塩基配列またはその相補的配列、あるいはそれらの連続する 15塩基以上の 部分配列、を含むことが好ましい。
[0222] 本発明の組成物には、例えば以下のポリヌクレオチドが包含される。
[0223] (1)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列またはその相補的配列 の各々において、 15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0224] (2)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列またはその相補的配列 の各々において、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0225] (3)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列またはその相補的配列の各々に おいて、 15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0226] (4)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列またはその相補的配列の各々に お!、て、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0227] (5)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列において、それぞれ配 列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97で表される塩基配列を含み、かつ 60以上の連続 した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0228] (6)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な配列におい て、それぞれ配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97で表される塩基配列に相補的な 配列を含み、かつ 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0229] (7)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列において、それぞれ配列番号 61
、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列を含み、かつ 60以上の連続した塩基を含むポリ ヌクレオチド。
[0230] (8)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列に相補的な配列において、それ ぞれ配列番号 61、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0231] 本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類またはその断片類は 、ずれも DNAでも よ!ヽし RNAでもよ!/ゝ
[0232] 本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、 DNA組換え技術、 PCR法、 DNA /RNA自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
[0233] DNA組換え技術および PCR法は、例えば Ausubelら， Current Protocols i n Molecular Biology, John Willey & Sons, US (1993)； Sambroo kら, Molecular Cloning A Laboratory Manual, Cold Spring Harb or Laboratory Press, US (1989)などに記載される技術を使用することがで きる。
[0234] ヒト由来の、 PABPN1、 PINK1、 TFF2、 EIF3S9、 MAX, MLL4、 CACNB2、 Z MYND11、 BAT2、 NRBP、 MCM3AP、 COL4Al、 MKNK1、 BBC3、 FLJ103 59、 DPT、 C10orf76、 DIA1、 PBK、 PRKD2、 KRT19、 FLJ23436、 NPHS2、 C3orf 14、 AGTR2、 HTR1F、 KIF3B、 DCN、 STK22C、 DKFZp566C0424、 CNR1、 HOMER3、 GPR2、 FLJ12442、 XLKD1, CASKIN2、 COL5A2、 BR D3、 ATP6V0A4、 PRODH2、 EPHB2、 LYAR、 COX6B、 PRH1、 LAPTM5、 RPS6KA4、 GCC2、 FGF2、 MMP14および ERBB2は公知であり、その取得方法 も知られている。このため、これらの遺伝子をクローユングすることによって、本発明の 組成物としてのポリヌクレオチドを作製することができる。
[0235] 本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、 DNA自動合成装置を用いて化学 的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この 方法によって約 100塩基までの一本鎖 DNAを自動合成することができる。 DNA自 動合成装置は、例えば Polygen社、 ABI社、 Applied BioSystems社などから巿販 されている。
[0236] あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、 cDNAクローユング法によって作製すること もできる。本発明において標的である上記遺伝子が発現される腎組織などの生体組 織力 抽出した total RNAをオリゴ dTセルロースカラムで処理して得られるポリ A ( + )RNAから RT— PCR法によって cDNAライブラリーを作製し、このライブラリーか らハイブリダィゼーシヨンスクリーニング、発現スクリーニング、抗体スクリーニングなど のスクリーニングによって目的の cDNAクローンを得ることができる。必要に応じて、 c DNAクローンを PCR法によって増幅することもできる。プローブまたはプライマーは 、配列番号 1〜50に示される塩基配列に基づいて 15〜： L00塩基の連続する配列の 中力も選択し、合成しうる。 cDNAクローユング技術は、例えば Sambrook, J. & Rus sel, D. 著、 Molecular Cloning, A LABORATORY MANUAL, Cold Sprin g Harbor Laboratory Press, 2001年 1月 15日発行、の第 1卷 7. 42〜7. 45、第 2卷 8. 9〜8. 17に記載されている。
[0237] 3. 2 抗体組成物
本発明の組成物は、腎ガン診断用プローブとして、上記 2節の II群に記載される抗 体、その断片または化学修飾誘導体を含むことができる。このような組成物は、腎ガ ンをもつ被験者における腎ガンの存在および/または転移をインビトロで検出、判定 または予測するために有用である。ここで、転移の予測は、被験者の術後の予後の 良、不良の予測に導くことができる。
[0238] (A)本発明の抗体組成物の第 1の例は、上記 II群 (f)に記載される配列番号 101〜1 10、 112〜120、 122〜 147で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対する 1ま たは複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体を含む組成物である。
[0239] 本発明の組成物には、配列番号 111、 121、 148〜 150で表されるアミノ酸配列を含 むポリペプチド、その変異体またはその断片に対する 1または複数の抗体、その断片 またはそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。これらの抗体の併用によ つて、予後予測のための精度を高めることができる。
[0240] すなわち、本発明により、腎ガン予後予測用または腎ガン転移マーカーとしての、 P ABPN1、 PINK1、 TFF2、 EIF3S9、 MAX, MLL4、 CACNB2、 ZMYND11、 B AT2、 NRBP、 MCM3AP、 COL4Al、 MKNK1、 BBC3、 FLJ10359、 DPT、 CI 0orf76、 DIA1、 PBK、 PRKD2、 KRT19、 FLJ23436, NPHS2、 C3orfl4、 AG TR2、 HTR1F、 KIF3B、 DCN、 STK22C、 DKFZp566C0424、 CNR1、 HOM ER3、 GPR2、 FLJ12442、 XLKD1, CASKIN2、 COL5A2、 BRD3、 ATP6V0 A4、 PRODH2、 EPHB2、 LYAR、 COX6B、 PRH1、 LAPTM5、 RPS6KA4、 G CC2、 FGF2、 MMP14および ERBB2遺伝子によってコードされるポリペプチド、そ れらの同族体、あるいはそれらの変異体または誘導体を検出するために、これらのポ リペプチドに対する抗体を 1または複数、好ましくは 2以上、組み合わせて用いること ができる。 [0241] (B)本発明の抗体組成物の第 2の例は、上記 II群 (g)、（h)にそれぞれ記載される配 列番号 151〜160、 191、配列番号 161〜190、 192〜197で表されるアミノ酸配列 を含むポリペプチドに対する 1または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修 飾誘導体を含む組成物である。
[0242] 上記のポリペプチドは、表 1、表 2および表 3に記載の遺伝子によってコードされて いる。各遺伝子の塩基配列は、 NCBIホームページにアクセスすることよって、表に 示される遺伝子名から容易に入手可能である。
[0243] これらのポリペプチドは、 DNA組換え技術によって得ることができる。例えば、上記 のようにして得られた cDNAクローンを発現ベクターに組み込み、該ベクターによつ て形質転換またはトランスフエクシヨンされた原核または真核宿主細胞を培養すること によって該細胞または培養上清力も得ることができる。ベクターおよび発現系は Nov agen社、宝酒造、第一化学薬品、 Qiagen社、 Stratagene社、 Promega社、 Roch e Diagnosmcs社、 Invitrogen社、 Genetics Institute社、 Amersham Biosci ence社などから入手可能である。
[0244] 宿主細胞としては、細菌などの原核細胞 (例えば大腸菌、枯草菌）、酵母 (例えばサ ッカロマイセス.セレビシァェ）、昆虫細胞 (例えば Sf細胞）、哺乳動物細胞 (例えば C OS、 CHO、 BHK)などを用いることができる。
[0245] ベクターには、該ポリペプチドをコードする DNAの他に、調節エレメント、例えばプロ モーター、ェンハンサー、ポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位、複製開始 点、ターミネータ一、選択マーカーなどを含むことができる。またポリペプチドの精製 を容易にするために標識ペプチドをポリペプチドの C末端または N末端につけた融 合ポリペプチドとしてもよい。代表的な標識ペプチドには、 6〜： L0残基のヒスチジンリ ピート、 FLAG, mycペプチド、 GFPポリペプチドなどが挙げられる力 標識べプチ ドはこれらにかぎられるものではない。また DN A組換え技術については、 Sambrook , J. & Russel, D. (上記）に記載されている。
[0246] 標識ペプチドを付けずに本発明に係るポリペプチドを生産した場合には、その精製 法として例えば限外ろ過、塩析、ゲルろ過、イオン交換クロマトグラフィーなどによる 方法を挙げることができる。またこれに加えて、ァフィユティークロマトグラフィー、 HP LC、疎水性クロマトグラフィー、等電点クロマトグラフィーなどを組み合わせる方法で もよい。一方、当該タンパクにヒスチジンリピート、 FLAG, myc、 GFPといった標識べ プチドを付けている場合には、一般に用いられるそれぞれの標識ペプチドに適した ァフィユティークロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。単離'精製が容易 となるような発現ベクターを構築するとよい。特にポリペプチドと標識ペプチドとの融 合ポリペプチドの形態で発現するように発現ベクターを構築し、遺伝子工学的に当該 ポリペプチドを調製すれば、単離'精製も容易である。
[0247] 本発明における上記ポリペプチドの変異体は、上記定義のとおり、配列番号 101〜 197で表されるアミノ酸配列またはその部分配列おいて 1以上、好ましくは 1もしくは 数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加または挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸 配列またはその部分配列と約 80%以上、約 85%以上、好ましくは約 90%以上、より 好ましくは約 95%以上、約 97%以上、約 98%以上、約 99%以上の％同一性を示 す変異体である。このような変異体には、例えば、ヒトと異なる哺乳動物種のホモログ 、ヒトの多型性変異ゃスプライス変異に基づく変異体などの天然変異体が含まれる。
[0248] 本発明における上記ポリペプチドまたは変異体の断片は、該ポリペプチドのァミノ 酸配列の少なくとも 5個、少なくとも 7個、少なくとも 10個、少なくとも 15個、好ましくは 少なくとち 20個、少なくとち 25個、より好ましくは少なくとち 30個、少なくとち 40個、少 なくとも 50個の連続するアミノ酸残基力もなり、 1個または複数のェピトープを保持す る。このような断片は、本発明の抗体またはその断片と免疫特異的に結合することが できるものである。上記ポリペプチドは、生体内に存在するプロテア一ゼゃぺプチダ ーゼなどの酵素によって切断され断片化されて存在することも予想される。
[0249] このようにして得られたポリペプチドを認識する抗体は、抗体の抗原結合部位を介し て、該ポリペプチドに特異的に結合し得る。具体的には、配列番号 101〜197のアミ ノ酸配列を含むポリペプチドまたはその断片、その変異体ポリペプチドまたは融合ポ リペプチドなどを、それぞれに免疫反応性である抗体を産生するための免疫原として 使用することが可能である。
[0250] より具体的には、ポリペプチド、断片、変異体、融合ポリペプチドなどは、抗体形成を 引き出す抗原決定基またはェピトープを含むが、これら抗原決定基またはェピトープ は、直鎖でもよいし、より高次構造 (断続的)でもよい。なお、該抗原決定基またはェ ピトープは、当該技術分野に知られるあらゆるェピトープ解析法、例えばファージジ スプレイ法、リバースィムノジェネティックス法などによって同定できる。
[0251] 本発明のポリペプチドによってあらゆる態様の抗体が誘導される。該ポリペプチドの 全部もしくは一部またはェピトープが単離されていれば、慣用的技術を用いてポリク ローナル抗体およびモノクローナル抗体の 、ずれも調製可能である。そのための方 法には例えば、 Kennetら（監修）， Monoclonal Antibodies, Hybridomas： A New Dimension in Biological Analyses, Pie num Press, New York , 1980に挙げられた方法がある。
[0252] ポリクローナル抗体は、鳥類 (例えば、 -ヮトリなど)、哺乳動物 (例えば、ゥサギ、ャギ、 ゥマ、ヒッジ、ネズミなど)などの動物に本発明に係るポリペプチドを免疫することによ つて作製することができる。目的の抗体は、免疫された動物の血液から、硫安分画、 イオン交換クロマとグラフィー、ァフィ-ティークロマトグラフィーなどの手法を適宜組 み合わせて精製することができる。
[0253] モノクローナル抗体は、各ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハ イブリドーマ細胞株を、慣用技術によってマウスにおいて産生することを含む手法に よって得ることができる。こうしたノヽイブリドーマ細胞株を産生するための 1つの方法は 、動物を本発明の酵素ポリペプチドで免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取 し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイプリドーマ細胞を生成し 、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するノ、イブリドーマ細胞株を同 定することを含む。モノクローナル抗体は、慣用技術によって回収可能である。
[0254] 本発明の抗体としては、本発明の標的ポリペプチドまたはその断片と特異的に結合 するものであれば特に限定されず、モノクローナル抗体でもポリクローナル抗体でも 使用することができる力 モノクローナル抗体を使用するのが好ましい。別の抗体に は、組換え抗体、合成酵素、多重特異的抗体 (例えば二重特異的抗体)、単鎖抗体 、抗体断片などが含まれる。そのような抗体の例は、 Fab、 F (ab' ) 、 scFv、 Fv、 dsF
2
Vなどである。また、本発明の抗体のグロブリンタイプは、上記特徴を有するものであ る限り特に限定されるものではなぐ IgG、 IgM、 IgA、 IgE、 IgDのいずれでもよい。 [0255] <モノクローナル抗体の作製 >
(1)免疫および抗体産生細胞の採取
標的ポリペプチドからなる免疫原を、哺乳動物、例えばラット、マウス（例えば近交系 マウスの BalbZc)、ゥサギなどに投与する。免疫原の 1回の投与量は、免疫動物の 種類、投与経路などにより適宜決定されるものである力 動物 1匹当たり約 50〜200 gでよい。免疫は主として皮下、腹腔内に免疫原を注入することにより行われる。ま た、免疫の間隔は特に限定されず、初回免疫後、数日から数週間間隔で、好ましく は 1〜4週間間隔で、 2〜： LO回、好ましくは 3〜4回追加免疫を行う。初回免疫の後、 免疫動物の血清中の抗体価の測定を ELIS A (Enzyme— Linked Immuno Sor bent Assay)法などにより繰り返し行い、抗体価がプラトーに達したときは、免疫原 を静脈内または腹腔内に注射し、最終免疫とする。そして、最終免疫の日から 2〜5 日後、好ましくは 3日後に、抗体産生細胞を採取する。抗体産生細胞としては、脾臓 細胞、リンパ節細胞、末梢血細胞等が挙げられるが、脾臓細胞または局所リンパ節 細胞が好ましい。
[0256] (2)細胞融合
各標的ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイプリドーマ細胞株 を作製する。こうしたハイプリドーマは、慣用的技術によって産生し、そして同定する ことが可能である。こうしたノ、イブリドーマ細胞株を産生するための 1つの方法は、動 物を本発明のタンパク質で免疫し、免疫された動物カゝら脾臓細胞を採取し、該脾臓 細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイプリドーマ細胞を生成し、そして該 酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイプリドーマ細胞株を同定すること を含む。抗体産生細胞と融合させる骨髄腫細胞株としては、マウスなどの動物の一 般に入手可能な株化細胞を使用することができる。使用する細胞株としては、薬剤選 択性を有し、未融合の状態では HAT選択培地 (ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミ ンを含む)で生存できず、抗体産生細胞と融合した状態でのみ生存できる性質を有 するものが好ましい。また株化細胞は、免疫動物と同種系の動物に由来するものが 好ましい。骨髄腫細胞株の具体例としては、 BALBZcマウス由来のヒポキサンチン' グァニン 'ホスホリボシル 'トランスフェラーゼ（HGPRT)欠損細胞株である P3X63— Ag. 8株 (ATCC TIB9)などが挙げられる。
[0257] 次に、上記骨髄腫細胞株と抗体産生細胞とを細胞融合させる。細胞融合は、血清を 含まない DMEM、 RPMI— 1640培地などの動物細胞培養用培地中で、抗体産生 細胞と骨髄腫細胞株とを約 1 : 1〜 20 : 1の割合で混合し、細胞融合促進剤の存在下 にて融合反応を行う。細胞融合促進剤として、平均分子量 1500〜4000ダルトンの ポリエチレングリコール等を約 10〜80%の濃度で使用することができる。また場合に よっては、融合効率を高めるために、ジメチルスルホキシドなどの補助剤を併用しても よい。さらに、電気刺激 (例えばエレクト口ポレーシヨン)を利用した市販の細胞融合装 置を用いて抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを融合させることもできる。
[0258] (3)ハイプリドーマの選別およびクロー-ング
細胞融合処理後の細胞から目的とするハイプリドーマを選別する。その方法として、 細胞懸濁液を、例えばゥシ胎児血清含有 RPMI— 1640培地などで適当に希釈後、 マイクロタイタープレート上に 200万個/ゥエル程度まき、各ゥエルに選択培地を加え 、以後適当に選択培地を交換して培養を行う。培養温度は、 20〜40°C、好ましくは 約 37°Cである。ミエローマ細胞が HGPRT欠損株またはチミジンキナーゼ欠損株の ものである場合には、ヒポキサンチン'アミノプテリン'チミジンを含む選択培地 (HAT 培地)を用いることにより、抗体産生能を有する細胞と骨髄腫細胞株のハイプリドーマ のみを選択的に培養し、増殖させることができる。その結果、選択培地で培養開始後 、約 14日前後から生育してくる細胞をハイブリドーマとして得ることができる。
[0259] 次に、増殖してきたハイプリドーマの培養上清中に、目的とする抗体が存在するか否 かをスクリーニングする。ハイプリドーマのスクリーニングは、通常の方法に従えばよく 、特に限定されない。例えば、ハイプリドーマとして生育したゥエルに含まれる培養上 清の一部を採取し、酵素免疫測定法（EIA: Enzyme Immuno Assay、および EL IS A)、放射免疫測定法 (RIA: Radio Immuno Assay)等によって行うことができ る。融合細胞のクローユングは、限界希釈法等により行い、最終的にモノクローナル 抗体産生細胞であるハイプリドーマを榭立する。本発明のノ、イブリドーマは、後述す るように、 RPMI— 1640、 DMEM等の基本培地中での培養において安定であり、 標的ポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体を産生、分泌するものであ る。
[0260] (4)抗体の回収
モノクローナル抗体は、慣用的技術によって回収可能である。すなわち榭立したノヽィ プリドーマ力 モノクローナル抗体を採取する方法として、通常の細胞培養法または 腹水形成法等を採用することができる。細胞培養法においては、ノヽイブリドーマを 10 %ゥシ胎児血清含有 RPMI— 1640培地、 MEM培地または無血清培地等の動物 細胞培養培地中で、通常の培養条件 (例えば 37°C、 5%CO濃度)で 2〜10日間培
2
養し、その培養上清力 抗体を取得する。腹水形成法の場合は、ミエローマ細胞由 来の哺乳動物と同種系動物の腹腔内にハイプリドーマを約 1000万個投与し、ハイ プリドーマを大量に増殖させる。そして、 1〜2週間後に腹水または血清を採取する。
[0261] 上記抗体の採取方法にお!、て、抗体の精製が必要とされる場合は、硫安塩析法、ィ オン交換クロマトグラフィー、ァフィユティークロマトグラフィー、ゲルろ過クロマトグラフ ィーなどの公知の方法を適宜に選択して、またはこれらを組み合わせることにより、精 製されたモノクローナル抗体を得ることができる。
[0262] <ポリクローナル抗体の作製 >
ポリクローナル抗体を作製する場合は、前記と同様にゥサギ等の動物を免疫し、最終 の免疫日から 6〜60日後に、酵素免疫測定法 (EIAおよび ELISA)、放射免疫測定 法 (RIA)等で抗体価を測定し、最大の抗体価を示した日に採血し、抗血清を得る。 その後は、抗血清中のポリクローナル抗体の反応性を ELISA法などで測定する。
[0263] <化学修飾誘導体 >
本発明の抗体またはその断片は、化学修飾された誘導体であってもよい。例えば、 酵素、蛍光団、放射性同位元素などのラベルによる標識ィ匕誘導体、あるいはァセチ ル化、ァシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシルイ匕誘導体、などの化学修 飾誘導体を挙げることができる。
[0264] 標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルォキシダーゼ (POD)、アル力 リホスファターゼ、 13 ガラクトシダーゼ、ゥレアーゼ、カタラーゼ、グノレコースォキシ ダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミラーゼまたはピオチン アビジン複合体等の酵素を、 蛍光免疫測定法の場合には、フルォレセインイソチオシァネート、テトラメチルローダ ミンイソチオシァネート、置換ローダミンイソチオシァネート、ジクロロトリアジンイソチォ シァネート、 Alexaまたは AlexaFluoro等の蛍光性物質もしくは蛍光団を、そして放 射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素 (131ι, 125ι, 123ι, 121ι)、リン (32P)、ィォゥ（
35S)、金属類 (例えば68 Ga, 67Ga, 68Ge, 54Mn, "Mo, "TC, 133Xeなど)等の放射 性同位元素を用いることができる。また、発光免疫測定法は、 NADH—、 FMNH2 一、ルシフェラーゼ系、ルミノール 過酸化水素 POD系、アタリジ-ゥムエステル 系またはジォキセタンィ匕合物系等の発光性分子、発光物質、生物発光物質を用いる ことができる。
[0265] また、必要に応じて、アビジン ピオチン系またはストレプトアビジン ピオチン系を 利用することも可能であり、この場合、本発明の抗体またはその断片に例えばビォチ ンを結合することもできる。標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合に はダルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフイド法または過ヨウ素酸法等 の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミン T法、ボルトンノヽンター法等 の公知の方法を用いることができる。
[0266] 4. 暨ガン診断用あ び/または暨ガン予後予沏 Iもしくは転移予沏 I用キット
4. 1 核酸キット
本発明はまた、上記 2節の I群に記載されるポリヌクレオチド、その変異体および/また はその断片の 1つまたは複数を含む腎ガンの存在または腎ガンの転移もしくは予後 予測をインビトロで検出、判定または予測するためのキットを提供する。
[0267] 本発明のキットには、以下に記載するような I群からの核酸プローブを含有させること ができる。これらのプローブの各々は単独でまたは組み合わせて適当な容器に収納 されうる。
[0268] すなわち、本発明のキットは、配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配 列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌク レオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれら のポリヌクレオチドの断片を少なくとも 1つ含むことができる。
[0269] 本発明のキットにはさらに、配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列を含むポ リヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとス トリンジェントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレ ォチドの断片を少なくとも 1つ含むことができる。
[0270] 本発明のキットに含むことができるポリヌクレオチド断片は、例えば下記の（1)〜（5) 力 なる群より選択される 1以上の DNAである：
(1)配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22〜47、 48〜50で表される塩基配列また はその相補的配列にお 、て、 15以上の連続した塩基を含む DNA。
[0271] (2)配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22〜47、 48〜50で表される塩基配列また はその相補的配列にぉ 、て、 60以上の連続した塩基を含む DNA。
[0272] (3)配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22〜47、 48〜50で表される塩基配列また はその相補的配列において、それぞれ配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜
97、 98〜： LOOで表される塩基配列またはその相補的配列を含み、かつ 60以上の連 続した塩基を含む DNA。
[0273] (4)配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列 力 なる DNA。
[0274] (5)配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列 に相補的な塩基配列を含む DNA。
[0275] 好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチド力 配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜4
7の 、ずれかで表される塩基配列力 なるポリヌクレオチド、その相補的配列力 なる ポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブリダィズす るポリヌクレオチド、またはそれらの 15以上の連続した塩基を含む断片である。
[0276] 別の好ましい実施形態では、本発明のキットは、上記のポリヌクレオチドにカ卩えて、配 列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列力 なるポリヌクレオチド、その相補的 配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、 イブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれらの 15以上の連続した塩基を含む断片 をさらに含むことができる。
[0277] 好ましい実施形態では、前記断片は、 15以上、好ましくは 60以上の連続した塩基を 含むポリヌクレオチドであることができる。
[0278] 別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22 〜47、 48〜50のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号 51〜6
0、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： L00の!ヽずれ力で表される塩基酉己歹 IJを含み、 かつ 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配 列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
[0279] 別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、
72〜97、 98〜： LOOのいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
[0280] 別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、
72〜97、 98〜： LOOのいずれかで表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリ ヌクレオチドである。
[0281] 別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、
72〜97、 98〜： LOOのいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
[0282] 上記の組み合わせの具体例は、配列番号 1および 2の塩基配列またはその相補的 配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ工ントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜3の塩基配列ま たはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェ ントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜4の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレ ォチドとストリンジェントな条件でハイブリダィズするポリヌクレオチド、および/または その断片、配列番号 1〜5の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド 、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチ ド、および/またはその断片、配列番号 1〜6の塩基配列またはその相補的配列を含 むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ントな条件でノ、イブリダィズ するポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜7の塩基配列またはそ の相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条 件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜8の 塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとスト リンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配 列番号 1〜9の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリ ヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、および/ま たはその断片、配列番号 1〜： LOの塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレ ォチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ工ントな条件でノ、イブリダィズするポリヌク レオチド、またはその断片、配列番号 1〜11の塩基配列またはその相補的配列を含 むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ントな条件でノ、イブリダィズ するポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜12の塩基配列またはそ の相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条 件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜13 の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチド とストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断 片、配列番号 1〜14の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、そ れらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、 および/またはその断片、配列番号 1〜15の塩基配列またはその相補的配列を含む ポリヌクレオチドおよび/またはその断片、配列番号 1〜16の塩基配列またはその相 補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件で ハイブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜17の塩 基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドおよび/またはその断片、配列 番号 1〜18の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリ ヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド、および/ま たはその断片、配列番号 1〜19の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレ ォチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ工ントな条件でノ、イブリダィズするポリヌク レオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜20の塩基配列またはその相補的 配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ工ントな条件でノ、ィ ブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜21の塩基配 列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリン ジェントな条件でハイブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片配列番 号 1〜22の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜23の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜24の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜25の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜26の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜27の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜28の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜29の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜30の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜31の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜32の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜33の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜34の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜35の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜36の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜37の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜38の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜39の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜40の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜41の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜42の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜43の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜44の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜45の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜46の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片、配列番号 1〜47の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオ チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジヱントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレ ォチド、および/またはその断片、配列番号 1〜48の塩基配列またはその相補的配 列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でノ、イブ リダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号 1〜49の塩基配列 またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ ヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番 号 1〜50の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌ クレオチドとストリンジヱントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、および/また はその断片である。
[0283] 別のより好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号 51〜97、 98〜1 00で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの 2以上〜全 部を含むことができる。
[0284] 別の組み合わせの具体例は、配列番号 1〜19、 48の塩基配列またはその相補的配 列を含む (または、力もなる）ポリヌクレオドぉよび/またはその断片である。
[0285] さらに別の組み合わせの具体例は、配列番号 20〜47、 49および 50の塩基配列ま たはその相補的配列を含む (または、力もなる）ポリヌクレオドぉよび/またはその断片 である。
[0286] 本発明において、上記のポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩 基配列において、例えば、連続する 15〜配列の全塩基数、 15〜5000塩基、 15〜4 500塩基、 15〜4000塩基、 15〜3500塩基、 15〜3000塩基、 15〜2500塩基、 1 5〜2000塩基、 15〜1500塩基、 15〜： LOOO塩基、 15〜900塩基、 15〜800塩基 、 15〜700塩基、 15〜600塩基、 15〜500塩基、 15〜400塩基、 15〜300塩基、 15〜250塩基、 15〜200塩基、 15〜150塩基、 15〜140塩基、 15〜130塩基、 1 5〜120塩基、 15〜： L 10塩基、 15〜： LOO塩基、 15〜90塩基、 15〜80塩基、 15〜7 0塩基、 15〜60塩基、 15〜50塩基、 15〜40塩基、 15〜30塩基または 15〜25塩 基； 25〜配列の全塩基数、 25〜： LOOO塩基、 25〜900塩基、 25〜800塩基、 25〜 700塩基、 25〜600塩基、 25〜500塩基、 25〜400塩基、 25〜300塩基、 25〜2 50塩基、 25〜200塩基、 25〜150塩基、 25〜140塩基、 25〜130塩基、 25〜12 0塩基、 25〜： L 10塩基、 25〜： LOO塩基、 25〜90塩基、 25〜80塩基、 25〜70塩基 、 25〜60塩基、 25〜50塩基または 25〜40塩基； 50〜配列の全塩基数、 50〜： L00 0塩基、 50〜900塩基、 50〜800塩基、 50〜700塩基、 50〜600塩基、 50〜500 塩基、 50〜400塩基、 50〜300塩基、 50〜250塩基、 50〜200塩基、 50〜150塩 基、 50〜140塩基、 50〜130塩基、 50〜120塩基、 50〜： L 10塩基、 50〜： L00塩基 、 50〜90塩基、 50〜80塩基、 50〜70塩基または 50〜60塩基； 60〜配列の全塩 基数、 60〜： L000塩基、 60〜900塩基、 60〜800塩基、 60〜700塩基、 60〜600 塩基、 60〜500塩基、 60〜400塩基、 60〜300塩基、 60〜250塩基、 60〜200塩 基、 60〜150塩基、 60〜140塩基、 60〜130塩基、 60〜120塩基、 60〜： L 10塩基 、 60〜： L00塩基、 60〜90塩基、 60〜80塩基または 60〜70塩基などの範囲の塩基 数である。
[0287] 本発明のキットを構成する上記の組み合わせは、あくまでも例示であり、他の種々 の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
[0288] 本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド、その変異体また はその断片に加えて、腎ガンの検出または腎ガンの転移予測もしくは予後予測を可 能とする既知のまたは将来見出されるポリヌクレオチドも包含させることができる。
[0289] 4. 2 杭体キット
本発明はまた、上記 2節の II群に記載される抗体、その断片またはその化学修飾誘 導体、上記 3. 2節に記載される抗体、その断片またはその化学修飾誘導体のうち 1 つまたは複数を含む腎ガンの存在または腎ガンの転移もしくは予後予測をインビトロ で検出、判定または予測するためのキットを提供する。
[0290] 本発明のキットには、以下に記載するような II群 (f)、（g)および (h)からの抗体、そ の断片またはその化学修飾誘導体プローブを含有させることができる。これらのプロ ーブの各々は単独でまたは組み合わせて適当な容器に収納されうる。
[0291] プローブの糸且み合わせの例は以下のとおりである。
[0292] 第 1の例は、腎ガン予後予測用または腎ガン転移マーカーとしての、 PABPN1、 PI NK1、 TFF2、 EIF3S9、 MAX, MLL4、 CACNB2、 ZMYND11、 BAT2、 NRB P、 MCM3APゝ COL4Al、 MKNK1、 BBC3、 FLJ10359、 DPT、 C10orf76、 DI Al、 PBK、 PRKD2、 KRT19、 FLJ23436、 NPHS2、 C3orfl4、 AGTR2、 HTR 1F、 KIF3B、 DCN、 STK22C、 DKFZp566C0424、 CNR1、 HOMER3、 GPR2 、 FLJ12442、 XLKD1, CASKIN2、 COL5A2、 BRD3、 ATP6V0A4、 PRODH 2、 EPHB2、 LYAR、 COX6B、 PRH1、 LAPTM5、 RPS6KA4、 GCC2、 FGF2、 MMP14および ERBB2遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、 あるいはそれらの変異体または誘導体を検出するために、これらのポリペプチド、そ の変異体またはその断片に対する抗体を 1または複数、好ましくは 2以上、組み合わ せて含む。
[0293] 具体的には、キットに含まれるプローブは、配列番号 101〜110、 112〜120、 122 〜 147で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれら の断片の少なくとも 1つと特異的に結合する 1または複数の抗体、その断片、または それらの化学修飾誘導体である。
[0294] このキットには、さらに配列番号 111、 121、 148〜 150で表されるアミノ酸配列を含 むポリペプチドに対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体を含ませる ことができる。併用により、転移の予測または術後予後の予測のための精度を高める ことができる。
[0295] 第 2の例は、腎ガンマ一力一としての、上記 II群 (g)、（h)それぞれに記載される配列 番号 151、 153、 155〜160、配列番号 161〜190で表されるアミノ酸配列を含むポ リペプチドに対する 1または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体 である。
[0296] このキットには、さらに酉己列番号 152、 154、 191、 192〜 197で表されるアミノ酸酉己列 を含むポリペプチドに対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体を含ま せることができる。併用により、腎ガン検出のための精度を高めることができる。
[0297] 本発明のキットに含まれる抗体は、個別にまたは混合物の形態で存在し得るし、ある いは固相担体に結合されていてもよいしまたは遊離の形態でもよい。さらに本発明の キットは、標識二次抗体、担体、洗浄バッファー、試料希釈液、酵素基質、反応停止 液、精製された標準物質としてのマーカー (標的)ポリペプチド、使用説明書、等を含 むことができる。
[0298] 5. DNAチ プ 本発明はさらに、上記の 3節および 4節に記載されるような、本発明の組成物および Zまたはキットに含まれるものと同じたポリヌクレオチド、その変異体、その断片を単 独でまたは組み合わせて、好ましくは組み合わせて、腎ガンの検出または腎ガンの 予後予測もしくは転移予測のための DNAチップを提供する。
[0299] DNAチップの基板としては、 DNAを固相化できるものであれば特に制限はなぐス ライドガラス、シリコン製チップ、ポリマー製チップおよびナイロンメンブレンなどを例示 することができる。またこれらの基板にはポリ Lリジンコートゃァミノ基、カルボキシル基 などの官能基導入などの表面処理がされて 、てもよ 、。
[0300] また固相化法については一般に用いられる方法であれば特に制限はなぐスポッタ 一またはアレイヤーと呼ばれる高密度分注機を用いて DNAをスポットする方法や、ノ ズルより微少な液滴を圧電素子などにより噴射する装置 (インクジェット）を用いて DN Aを基板に吹き付ける方法、または基板上で順次ヌクレオチド合成を行う方法を例示 することができる。高密度分注機を用いる場合には、例えば多数のゥエルを持つプレ ートのおのおののゥエルに異なった遺伝子溶液を入れておき、この溶液をピン (針） で取り上げて基板上に順番にスポットすることによる。インクジェット法では、ノズルより 遺伝子を噴射し，基板上に高速度で遺伝子を整列配置することによる。基板上での DNA合成は、基板上に結合した塩基を光によって脱離する官能基で保護し、マスク を用いることにより特定部位の塩基だけに光を当て、官能基を脱離させる。その後、 塩基を反応液に加えて、基板上の塩基とカップリングさせる工程を繰り返すことによつ て行われる。
[0301] 固相化されうるポリヌクレオチドは、上で説明した本発明の全てのポリヌクレオチドで ある。
[0302] 例えば、そのようなポリヌクレオチドは、以下の 1または複数のポリヌクレオチドまたは その断片を含むことができる。
[0303] (1)配列番号 1〜50で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異 体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0304] (2)配列番号 1〜50で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
[0305] (3)配列番号 1〜 10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列からなるポリヌクレオチ ド群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0306] (4)配列番号 1〜 10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド 群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0307] (5)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列 力もなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含む それらの断片。
[0308] (6)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列を 含むポリヌクレオチド群。
[0309] (7)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列の各々と相補的な塩基 配列からなる DNAとストリンジェントな条件でハイブリダィズするポリヌクレオチド群、 または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0310] (8)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列の各々力 なる DNAと ストリンジェントな条件でノヽイブリダィズするポリヌクレオチド群、または 15以上の連続 した塩基を含むそれらの断片。
[0311] (9)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列力もなるポリヌクレオチド群、それ らの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0312] (10)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それ らの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0313] (11)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列に相補的な塩基配列力もなる ポリヌクレオチド群、それらの変異体、または 15以上の連続した塩基を含むそれらの 断片。
[0314] (12)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポ リヌクレオチド群。
[0315] (13)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列か らなる DNAとストリンジヱントな条件でハイブリダィズするポリヌクレオチド群、または 1 5以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
[0316] (14)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列の各々力 なる DNAとストリンジ ェントな条件でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド群、または 15以上の連続した塩基 を含むそれらの断片。
[0317] (15)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列またはその相補的配 列の各々において、 15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0318] (16)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列またはその相補的配 列の各々において、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0319] (17)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列またはその相補的配列の各々 にお 、て、 15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0320] (18)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列またはその相補的配列の各々 にお 、て、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0321] (19)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列において、それぞれ配 列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97で表される塩基配列を含み、かつ 60以上の連続 した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0322] (20)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な配列にお いて、それぞれ配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97で表される塩基配列に相補的 な配列を含み、かつ 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0323] (21)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列において、それぞれ配列番号 6
1、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列を含み、かつ 60以上の連続した塩基を含むポ リヌクレ才チド。
[0324] (22)配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列に相補的な配列において、それ ぞれ配列番号 61、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ
60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
[0325] 好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 7
1、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレ ォチドの 2以上力も全部を含むことができる。
[0326] 本発明において、固相化されるポリヌクレオチドは、ゲノム DNA、 cDNA、 RNA、合 成 DNA、合成 RNAのいずれでもよいし、あるいは 1本鎖でもよいしまたは 2本鎖でも よい。
[0327] 標的遺伝子、 RNAまたは cDNAの発現レベルを検出、測定することができる DNA チップの例としては、 Affymetrix社の Gene Chip Human Genome U133 Plus 2. 0 Array ^ Agilent社の Whole human genome oligo microarray、タカフノィ ォ社の IntelliGene (登録商標） HS Human Expression CHIP,凹凸構造を持つ ポリメチルメタタリレート製 DNAチップ基板 (特開 2004— 264289)などを挙げること ができる。
[0328] DNAマイクロアレイの作製について、例えば予め調製したプローブを固相表面に固 定化する方法を使用することができる。予め調製したポリヌクレオチドプローブを固相 表面に固定ィ匕する方法では、官能基を導入したポリヌクレオチドを合成し、表面処理 した固相担体表面にオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを点着し、共有結合さ せる（例えば、 J. B. Lamtureら、 Nucleic. Acids. Research, 1994年、第 22卷、 p. 2121— 2125、 Z. Guoら、 Nucleic. Acids. Research, 1994年、第 22卷、 p. 5456— 5465)。ポリヌクレオチドは、一般的には、表面処理した固相担体にスぺー サ-やクロスリンカ一を介して共有結合される。ガラス表面にポリアクリルアミドゲルの 微小片を整列させ、そこに合成ポリヌクレオチドを共有結合させる方法も知られてい る ( . ： ershovら、 Proceedings of the J ational Academic sciences u . S. A.、 1996年、第 94卷、 p. 4913)。また、シリカマイクロアレイ上に微 /J、電極のァレ ィを作製し、電極上にはストレプトアビジンを含むァガロースの浸透層を設けて反応 部位とし、この部位をプラスに荷電させることでピオチンィ匕ポリクレオチドを固定し、部 位の荷電を制御することで、高速で厳密なノ、イブリダィゼーシヨンを可能にする方法 も知られている (R. G. Sosnowskiら、 Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.、 1997年、第 94卷、 p. 1119—1123)。
[0329] 6.醫ガンの存在の檢出 '判定法および/または醫ガンの予後もしくは転移予測法
本発明は、本発明の組成物、キット、 DNAチップ、またはそれらの糸且み合わせを用 いて、被験者由来の腎ガン細胞生体試料における標的核酸の発現レベルを、予後 不良の腎ガン患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルおよび Zまたは予後良の患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルと 比較することによって被験者の予後および Zまたは腎ガンの転移の有無をインビトロ で予測する方法であって、該標的核酸が該組成物、キットまたは DNAチップに含ま れるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものであり、か つ被験者由来の該標的核酸の発現レベルが、予後良の腎ガン患者母集団の発現レ ベルおよび zまたは予後不良の患者母集団の発現レベル力 変化が認められる場 合それぞれ、被験者の予後が悪い、または被験者の予後が良いと決定する、ならび に zあるいは腎ガンの転移が有る、または腎ガンの転移が無いと決定する前記方法 を提供する。
[0330] 本発明はまた、本発明の組成物、キットまたは DNAチップの、被験者由来の検体試 料中の転移が予想される腎ガン細胞のインビトロ検出のための使用を提供する。
[0331] 本発明の上記方法において、組成物、キットまたは DNAチップは、上で説明したよう な、本発明のポリヌクレオチド、その変異体またはその断片を単独であるいはあらゆる 可能な組み合わせで含むものが使用される。
[0332] 本発明の腎ガン転移の予測、検出または (遺伝子)診断、および Zまたは腎ガン患 者予後予測において、本発明の組成物、キットまたは DNAチップに含まれるポリヌク レオチド、その変異体またはその断片は、プライマーとしてまたは検出プローブ (探索 子）として用いることができる。プライマーとして用いる場合には、通常 15〜50塩基、 好ましくは 15〜30塩基、より好ましくは 18〜25塩基の塩基長を有するものが例示で きる。また検出プローブとして用いる場合には、例えば 15塩基〜全配列の塩基数、 好ましくは 25〜： LOOO塩基、より好ましくは 25〜： LOO塩基の塩基長を有するものが例 示できる力 この範囲に限定されない。
[0333] 本発明の組成物またはキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断 片は、ノーザンブロット法、 RT—PCR法、 in situハイブリダィゼーシヨン法、サザン ハイブリダ一ゼーシヨンなどの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法にぉ ヽ て、定法に従ってプライマーまたはプローブとして利用することができる。測定対象試 料としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験者の腎組織または腎ガン細胞 の存在が疑われる生体組織の一部または全部をバイオプシーなどで採取するカゝ、も しくは手術によって摘出した生体組織から回収する。さらにそこから常法に従って調 製した total RNAを用いてもよいし、さらに該 RNAをもとにして調製される、 cDNA、 ポリ A ( + ) RNAを含む各種のポリヌクレオチドを用いてもよ!、。 [0334] あるいは、生体組織における本発明の遺伝子、 RNA、 cDNAなどの核酸の発現量 は、 DNAチップ（DNAマクロアレイを含む）を用いて検出ある！/、は定量することがで きる。この場合、本発明の組成物またはキットは DNAアレイのプローブとして使用す ることができる（例えば、ァフィメトリックス社の Human Genome U133 Plus 2. 0 Arrayでは 25塩基の長さのポリヌクレオチドプローブが用いられる）。かかる DNA アレイを生体組織力ゝら採取した RNAをもとに調製される標識 DNAまたは RNAとハイ ブリダィズさせ、該ノ、イブリダィズによって形成された上記プローブと標識 DNAまた は RNAとの複合体を、該標識 DNAまたは RNAの標識を指標として検出することに より、生体組織中での、本発明による腎ガン転移および Zまたは腎ガン患者予後予 測関連遺伝子の発現の有無、または発現レベル (発現量)を評価することができる。 本発明の方法では、 DN Aチップを好ましく使用できる力 これは、ひとつの生体試料 について同時に複数遺伝子の発現の有無または発現レベルの評価が可能である。
[0335] 本発明の組成物、キットまたは DNAチップは、腎ガン患者予後予測および/または 転移の予測、判定または検出（罹患の有無や罹患の程度の診断)のために有用であ る。具体的には、該組成物、キットまたは DNAチップを使用した腎ガン患者予後予 測および/または転移予測は、被験者の腎ガン細胞の存在する生体組織にっ 、て該 診断用組成物で検出される遺伝子の発現レベルを測定することによって行うことがで きる。この場合、遺伝子発現レベルには、発現の有無だけではなぐ予後良の患者由 来の腎ガン細胞の存在する生体組織と予後不良の患者由来の腎ガン細胞の存在す る生体組織の両者ともに発現がある場合でも、両者間の発現量を比較した時の差が 検定上有意 (P値 < 0. 05)である場合が含まれる。例えば PABPN1遺伝子は予後 不良の患者由来の腎ガンで発現誘導 Z減少を示すので、予後不良の被験者の腎ガ ン糸且織では発現増加 Z減少しており、該発現量と正常糸且織の発現量と比べて検定を 行った時に、その差が有意であれば、被験者について腎ガンの転移が疑われ、また 予後不良と予測される。
[0336] 本発明の組成物、キットまたは DNAチップを利用した腎ガン (細胞）の検出方法は、 被験者の生体組織の一部または全部をバイオプシーなどで採取する力 もしくは手 術によって摘出した生体組織から回収し、そこに含まれる遺伝子を、本発明のポリヌ クレオチド群力 選ばれた単数または複数のポリヌクレオチド、その変異体またはそ の断片を用いて検出し、その遺伝子発現量を測定することにより、腎ガンの転移の予 測、転移の有無またはその程度を診断すること、および Zまたは腎ガン患者の予後 を予測することを含む。また本発明の腎ガン転移の予測方法は、例えば腎ガン患者 にお 、て、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における該疾患の改善の 有無またはその程度を検出、判定または診断することもできる。
[0337] 本発明の方法は、例えば以下の（a)、 (b)および (c)の工程：
(a)被験者由来の検体試料を、本発明の組成物、キットまたは DNAチップのポリヌク レオチドと接触させる工程、
(b)生体試料中の標的核酸の発現レベルを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして 用いて測定する工程、
(c) (b)の結果をもとに、腎ガン患者の予後を予測する工程、および Zまたは、該検 体試料中の転移が予想される腎ガン (細胞)の存在または不存在を判定する工程、 を含むことができる。
[0338] 本発明方法で用いられる生体試料としては、被験者の生体組織、例えば腎組織およ びその周辺組織、腎ガンの転移が疑われる組織など、カゝら調製される試料を挙げる ことができる。具体的には該組織力 調製される RNA含有試料、あるいはそれからさ らに調製されるポリヌクレオチドを含む試料は、被験者の生体組織の一部または全部 をバイオプシーなどで採取する力 もしくは手術によって摘出した生体組織から回収 し、そこから常法に従って調製することができる。
[0339] ここで被験者とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなどを指し 、好ましくはヒトである。
[0340] 本発明の方法は、測定対象として用いる生体試料の種類に応じて工程を変更するこ とがでさる。
[0341] 測定対象物として RNAを利用する場合、腎ガン (細胞）の検出は、例えば下記のェ 程 (a)、 (b)および (c) :
(a)被験者の生体試料カゝら調製された RNAまたはそれから転写された相補的ポリヌ クレオチド（cDNA)を、本発明の糸且成物、キットまたは DNAチップのポリヌクレオチド と結合させる工程、
(b)該ポリヌクレオチドに結合した生体試料由来の RNAまたは該 RNAから転写され た相補的ポリヌクレオチドを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する 工程、
(c)上記 (b)の測定結果に基づいて、予後不良の患者由来の腎ガン (細胞）の存在 または不存在を判定する工程、
を含むことができる。
[0342] 本発明によって転移の有る腎ガン (細胞)を検出、判定または診断するために、例え ば種々のハイブリダィゼーシヨン法を使用することができる。力ようなハイブリダィゼー シヨン法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロット法、定量 RT— PCR法、 DN Aチップ解析法、 in situノヽイブリダィゼーシヨン法、サザンハイブリダィゼーシヨン法 、などを使用することができる。
[0343] ノーザンプロット法を利用する場合は、本発明の診断用組成物をプローブとして用い ることによって、 RNA中の各遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定する ことができる。具体的には、本発明の診断用組成物湘補鎖)を放射性同位元素 (32P 、 33P、 35sなど)や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレ ンなどにトランスファーした被検者の生体組織由来の RNAとハイブリダィズさせたの ち、形成された診断用組成物（DNA)と RNAとの二重鎖を診断用組成物の標識物（ 放射性同位元素または蛍光物質）に由来するシグナルを放射線検出器 (BAS-180 011、富士写真フィルム株式会社、などを例示できる）または蛍光検出器 (STORM8 60、 Amersham Bioscience社、などを例示できる）で検出、測定する方法を例示 することができる。
[0344] 定量 RT— PCR法を利用する場合には、本発明の上記診断用組成物をプライマーと して用いることによって、 RNA中の遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測 定することができる。具体的には、被検者の生体組織由来の RNAから常法にしたが つて cDNAを調製して、これを铸型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように 、本発明の診断用組成物カゝら調製した 1対のプライマー（上記 cDNAに結合する正 鎖と逆鎖からなる）を cDNAとハイブリダィズさせて常法により PCR法を行い、得られ た二本鎖 DNAを検出する方法を例示することができる。なお、二本鎖 DNAの検出 法としては、上記 PCRをあら力じめ放射性同位元素や蛍光物質で標識してぉ 、たプ ライマーを用いて行う方法、 PCR産物をァガロースゲルで電気泳動し、ェチジゥムブ ロマイドなどで二本鎖 DNAを染色して検出する方法、産生された二本鎖 DNAを常 法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせて標識した診断用組成物 をプローブとしてこれとハイブリダィズさせて検出する方法をとることができる。
[0345] DNAアレイ解析を利用する場合は、本発明の上記診断用組成物を DNAプローブ（ 一本鎖または二本鎖）として基板に貼り付けた DNAチップを用いる。遺伝子群を基 板に固相化したものには、一般に DNAチップおよび DNAアレイという名称があり、 D NAアレイには DNAマクロアレイと DNAマイクロアレイが包含される力 本明細書で は DNAチップと!/、つた場合、該 DN Aアレイを含むものとする。
[0346] ハイブリダィゼーシヨン条件は、限定されな!、が、例えば 30°C〜50°Cで、 3〜4 X SS C、0. 1〜0. 5% SDS中で 1〜24時間のハイブリダィゼーシヨン、より好ましくは 40 °C〜45°Cで、 3. 4 X SSC、 0. 3%SDS中で 1〜24時間のハイブリダィゼーシヨン、 そしてその後の洗浄を含む。洗浄条件としては、例えば、 2 33じと0. 1%SDSを含 む溶液、および 1 X SSC溶液、 0. 2 X SSC溶液による室温での連続した洗浄などの 条件を挙げることができる。ここで、 1 X SSCは、 150mM塩化ナトリウムおよび 15m Mクェン酸ナトリウムを含む水溶液 (pH7. 2)である。相補鎖は力かる条件で洗浄し ても対象とする正鎖とハイブリダィズ状態を維持するものであることが望まし 、。具体 的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にあ る塩基配列力 なる鎖、並びに該鎖と少なくとも 80%の相同性を有する塩基配列か らなる鎖を ί列示することができる。
[0347] 本発明の組成物またはキットのポリヌクレオチド断片をプライマーとして PCRを実施 する際のストリンジェントなハイブリダィゼーシヨン条件の例としては、例えば lOmMT ris— HCl (pH8. 3)、 50mMKCL、 l〜2mM MgClなどの組成の PCRバッファ
2
一を用い、当該プライマーの配列から計算された Tm— 5〜10°Cにおいて 15秒から 1分程度処理することなどが挙げられる。カゝかる Tmの計算方法として Tm= 2 X (アデ ニン残基数 +チミン残基数) +4 X (グァニン残基数 +シトシン残基数)などが挙げられる [0348] これらのハイブリダィゼーシヨンにおける「ストリンジェントな条件」の他の例について は、例えば Sambrook, J. & Russel, D. 著、 Molecular Cloning, A LABOR ATORY MANUALゝ Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001年 1月 15 日発行、の第 1卷 7. 42〜7. 45、第 2卷 8. 9〜8. 17などに記載されており、本発明 において利用できる。
[0349] 本発明はまた、上記 I群および Zまたは II群の 1または複数のプローブ、あるいは本発 明の組成物、キット、 DNAチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、被験者由来 の検体試料中の標的核酸または遺伝子の発現量を測定し、予後良の患者由来の腎 ガン組織と予後不良の患者由来の腎ガン組織の遺伝子発現量を教師（訓練サンプ ル）としたサポートベクターマシーン（SVM)を判別式として、腎ガン患者の予後を予 測する方法、ならびに Zあるいは検体試料中に転移が予想される腎ガン細胞が含ま れないことおよび Zまたは含まれることを判定する方法を提供する。
[0350] 本発明の実施形態により、本発明の方法は、本発明の組成物、キット、 DNAチップ、 またはそれらの組み合わせを用いて、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織 または、予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生 体試料中の標的核酸の発現量 (発現レベルともいう）をインビトロで測定する第 1のェ 程、前記第 1の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（ サポートベクターマシーン)を作成する第 2の工程、被験者の生体由来の検体試料 中の該標的核酸の発現量を第 1の工程と同様にインビトロで測定する第 3の工程、前 記第 2の工程で得られた判別式に第 3の工程で得られた該標的酢酸の発現量の測 定値を代入し、該判別式力 得られた結果に基づいて、腎ガン患者の予後を予測す るおよび/または検体試料中に転移が予想される腎ガン細胞が含まれな!/、こと、お よび/または転移が予想される腎ガン細胞が含まれることを判定する、第 4の工程を 含み、ここで、該標的核酸が該組成物、キットまたは DNAチップに含まれるポリヌクレ ォチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものである。
[0351] あるいは、本発明の方法は、例えば下記の工程 (a)、 （b)および (c) :
(a)予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎ガ ン細胞を含む組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を、本発 明による診断 (検出）用組成物、キットまたは DNAチップを用いて測定する工程、
(b) (a)で測定された発現量の測定値を、下記の数 1〜数 5の式に代入して、 SVMと 呼ばれる判別式を作成する工程、
(c)被験者由来の検体試料中の該標的遺伝子の発現量を、本発明による診断 (検出 )用組成物、キットまたは DNAチップを用いて測定し、（b)で作成した判別式にそれ らを代入して、得られた結果に基づいて腎ガン患者の予後を予測する、および Zま たは該検体試料中に転移がある腎ガン細胞が含まれるかどうか、を判定する工程、 を含むことができる。
[0352] SVMとは 2クラスの分類問題を解くためにつくられた 1995年に AT&Tの V. Vapni 丄、 he Nature of Statistical Leaning Theory、 Springer、 1995年発丁) によって統計的学習理論の枠組みで提案された学習機械である。 SVMは線形の識 別器である力 後述するカーネルを組み合わせることによって非線形問題を扱うこと ができる。異なるクラスの訓練サンプルについて、それらを識別する多数の超平面の うち、その超平面と訓練サンプルとの最小距離が最大となる超平面を識別面とするこ とにより、新たに与えられるテストサンプルがどのクラスに属するかを最も正確に識別 することができる。
[0353] SVMでは線形問題のみし力扱うことができな 、が、本質的に非線形な問題に対応 するための方法として、特徴ベクトルを高次元へ非線形変換し、その空間で線形の 識別を行う方法が知られている。こうすれば、元の空間で非線形モデルを用いている のと等価となる。し力 高次元への写像を行うと膨大な計算量が必要となり、汎化能 力も減少する。 SVMでは識別関数が入力パターンの内積のみに依存した形になつ ており、内積が計算できれば最適な識別関数を構成することが可能である。非線形 に写像した空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表 現されるような式のことをカーネルと呼び、高次元に写像しながら、実際には写像され た空間での特徴の計算を避けてカーネルの計算のみで最適な識別関数、すなわち 判別式を構成することができる (「統計科学のフロンティア 6 ノターン認識と学習の統 計学」 p. 107-138、麻生英榭、津田宏治、村田昇著、岩波書店、東京、日本国、 2003 年 4月 11日発行)。
[0354] 本発明の方法で使用可能な判別式の算出例を以下に示す。
[0355] SVMを決めるためには予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不 良の患者由来の腎ガン組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量 を教師（訓練サンプル)として用意し、以下の手順によって識別関数の定数を決定す ることがでさる。
[0356] 訓練サンプル x;は（+、 -)でクラス分けされる、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含 む組織または予後不良の患者由来の腎ガン組織のいずれかに属しているとする。こ れらの訓練サンプルが超平面によって線形分離できるとき、識別関数は例えば次式 となる。
[数 1]
Figure imgf000080_0001
[0357] (ここで、 Wは重み係数、 bはバイアス定数、 Xはサンプルの変数を表す。 )
ただし、この関数には制約条件：
[数 2] 少'〖(i r, + δ)≥1 - ί,
, ≥ 0, '· = 1, · · ·，"
[0358] (ここで、 Τは内積、 yはサンプルのクラス、 ζはスラック変数を表す。 )
があるため、 Lagurangeの未定乗数法を用いることにより Lagurange乗数 oを用い た以下の最適化問題に帰着する。
[数 3]
Figure imgf000080_0002
[数 4] 0≤α,≤0, ^ ,γ, = 0
[0360] (ここで、 Cは実験により決定される制限条件パラメーターを表す。 )
この問題を解くと最終的に、
[数 5]
h — (wrx^ +wTxs)
[0361] が得られ、識別関数を一義的に得ることができる。この関数に新たに与えられる検体 試料 (転移がある腎ガン細胞を含むかどうか未知の組織の発現遺伝子量）につ ヽて の Xを代入することによって、 f (x)をクラス分け (すなわち、 +または一)することができ 、検体試料がどちらのクラス (すなわち、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織 群または予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織群）に属するかを識別する。
[0362] 以上に示すように、未知試料のクラス分けを行うための SVMによる判定式の作成に は 2群の教師（訓練サンプル）が必要となる。この訓練サンプルは例えば今回の発明 の場合、「予後良の患者由来の腎ガン患者由来の腎ガン組織力 得られた発現遺伝 子 (遺伝子 x , x , . . x , . . . x；)」の各患者に対応したセット、および「予後不良の 患者由来の腎ガン患者由来の腎ガン組織力 得られた発現遺伝子 (遺伝子 X , X
1 2
, . . X, . . . X；)」の各患者に対応したセット、の 2群である。これらのセットについて それぞれ測定される発現遺伝子数 (n)は実験のデザインによって様々ではあるが、 個々の遺伝子については、どのような実験においても 2群間で大きく差がある場合と 、比較的差が少ない、あるいは差がない場合が観察される。 SVMによる判別式の精 度を上げるためには、訓練サンプルとなる 2群に、明確な差があることが条件となるた め、遺伝子セットの中から 2群間で発現量に差がある遺伝子のみを抽出して利用する ことが必要である。
[0363] このように、 2群間で差がある遺伝子を抽出する方法としては、平均値の差を検出す るパラメトリック解析である t—検定、ノンパラメトリック解析である Mann— Whitneyの U検定などを利用できる。または生存分析法を利用する方法として、 Kaplan— Meie r法による生存曲線のプロットを Log— rank検定や Wilcoxon検定で解析する方法な どがある。また生存曲線を回帰モデルとして取り扱い、 Cox比例ハザードモデルで解 析する方法は、ある変数が生存に関係して 、るかどうかを推測するために特に有用 である。すなわち Cox比例ハザードモデルは、あるカテゴリーで分割した患者群につ いて Kaplan— Meier法によりプロットした複数の生存曲線に対して、様々な変数が どれだけよく回帰モデルを説明するかを示すものである。
[0364] また本発明の方法において、例えば、上に記載したような配列番号 1〜10、 12〜20 、 22〜47に基づく 1または複数の上記ポリヌクレオチドおよび上に記載したような配 列番号 11、 21、 48〜50に基づく 1または複数のポリヌクレオチドからの任意の組み 合わせを用いて、かつ上記の 50種の標的遺伝子の発現量がすべて有意に予後良 の患者由来の腎ガン細胞を含む組織と予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組 織間で異なり、予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織において発現が変動 していることを指標にして、これら 50種の遺伝子について発現量を測定することによ り、腎ガン患者の予後予測、および Zまたは腎ガンの転移の見分けを 85%以上、 89 %以上、 90%以上、好ましくは 92%以上、より好ましくは 93%以上、さらに好ましくは 94%以上の確率で行うことができる（図 2)。
[0365] 本発明はさらに、上記 50種の遺伝子 (すなわち、配列番号 1〜50に相当する）また はその断片（例えば、配列番号 51〜： L00に相当する）によってコードされるポリぺプ チド、例えば配列番号 101〜150で表されるアミノ酸配列力もなるポリペプチド、に対 する 1または複数の抗体またはその断片を用いて、予後良の患者由来の腎ガン細胞 を含む組織と予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織間での該ポリペプチド の発現量、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベルほたは存在量)、をインビトロで 測定することを含む、腎ガンの予後を予測する、あるいは腎ガンの転移を検出、判定 または予測する方法を提供する。
[0366] 本発明はまた、上記のさらに 47種のポリペプチド（すなわち、配列番号 151〜160、 191、配列番号 161〜190、 192〜197に相当する）またはその断片によってコード されるポリペプチドに対する 1または複数、例えば 2以上、 3以上、 5以上から全部、の 抗体またはその断片を用いて、腎ガン組織と非ガン組織間での該ポリペプチドの発 現量、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベル (または存在量)、をインビトロで測定 することを含む、腎ガンの検出、判定または予測する方法を提供する。
[0367] 具体的には、上記の測定は、免疫学的方法によって行うことができる。
[0368] 免疫学的測定法として例えば、酵素免疫測定法 (ELISA、 EIA)、蛍光免疫測定法 、放射免疫測定法 (RIA)、発光免疫測定法、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテ ックス比濁法、赤血球凝集反応、粒子凝集反応またはウェスタンプロット法が挙げら れる。
[0369] 上記の方法において、標識を用いた免疫測定法により実施する場合には、本発明の 抗体を固相化するか、または試料中の成分を固相化して、それらの免疫学的反応を 行うことができる。
[0370] 固相担体としては、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリビュルトルエン、ポリプロピレ ン、ポリエチレン、ポリ塩化ビュル、ナイロン、ポリメタタリレート、ラテックス、ゼラチン、 ァガロース、セルロース、セファロース、ガラス、金属、セラミックスまたは磁性体等の 材質よりなるビーズ、マイクロプレート、試験管、スティックまたは試験片 (テストストリツ プ)等の形状の不溶性担体を用いることができる。
[0371] 固相化は、固相担体と本発明の抗体または試料成分とを物理的吸着法、化学的結 合法またはこれらの併用等の公知の方法に従って結合させることにより行うことができ る。
[0372] さらにまた、本発明においては、本発明の抗体と、試料中の標的ポリペプチドとの反 応を容易に検出するために、本発明の抗体を標識することにより該反応を直接検出 するか、または標識二次抗体を用いることにより間接的に検出する。本発明の検出方 法においては、感度の点で、後者の間接的検出（例えばサンドイッチ法など）を利 用することが好ましい。
[0373] 標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルォキシダーゼ (POD)、アル力 リホスファターゼ、 13 ガラクトシダーゼ、ゥレアーゼ、カタラーゼ、グノレコースォキシ ダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミラーゼまたはピオチン アビジン複合体等を、蛍光免 疫測定法の場合には、フルォレセインイソチオシァネート、テトラメチルローダミンイソ チオシァネート、置換ローダミンイソチオシァネート、ジクロロトリアジンイソチオシァネ ート、 Alexaまたは AlexaFluoro等の蛍光物質もしくは蛍光団を、そして放射免疫測 定法の場合にはトリチウム、ヨウ素 (131ι, 125ι, 123ι, 121ι)、リン (32P, 33P)、ィォゥ (35s)
、金属類 (例えば68 Ga, 67Ga, 68Ge, 54Mn, "Mo, "TC, 133Xeなど)等の放射性同 位元素を用いることができる。また、発光免疫測定法は、 NADH―、 FMNH2—、ル シフェラーゼ系、ルミノール 過酸化水素 POD系、アタリジ-ゥムエステル系また はジォキセタンィ匕合物系等を用いることができる。
[0374] また、必要に応じて、アビジン一ピオチン系またはストレプトアビジン一ピオチン系 を利用することも可能であり、この場合、本発明の抗体またはその断片に例えばピオ チンを結合することもできる。
[0375] 標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはダルタルアルデヒド法、 マレイミド法、ピリジルジスルフイド法または過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免 疫測定法の場合にはクロラミン T法、ボルトンノヽンター法等の公知の方法を用いること ができる。測定の操作法は、公知の方法（Current protocols in Protein Scie nces、 1995年、 John Wiley & Sons Inc.、 Current protocols in Immu nology、 2001年、 John Wiley & Sons Inc. )により行うことができる。例えば、 本発明の抗体を直接標識する場合には、試料中の成分を固相化し、標識した本発 明の抗体と接触させて、マーカーポリペプチドと本発明の抗体との複合体を形成させ る。そして未結合の標識抗体を洗浄分離して、結合標識抗体量または未結合標識抗 体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
[0376] また、例えば標識二次抗体を用いる場合には、本発明の抗体と試料とを反応させ (一 次反応)、さらに標識二次抗体を反応させる（二次反応)。一次反応と二次反応は逆 の順序で行ってもよいし、同時に行ってもよいし、または時間をずらして行ってもよい 。一次反応および二次反応により、固相化した標的ポリペプチド一本発明の抗体 標識二次抗体の複合体、または固相化した本発明の抗体 標的ポリペプチドー標 識二次抗体の複合体が形成する。そして未結合の標識二次抗体を洗浄分離して、 結合標識二次抗体量または未結合標識二次抗体量より試料中の標的ポリペプチド の量を測定することができる。
[0377] 具体的には、酵素免疫測定法の場合は標識酵素にその至適条件下で基質を反応さ せ、その反応生成物の量を光学的方法等により測定する。蛍光免疫測定法の場合 には蛍光物質標識による蛍光強度を、放射免疫定法の場合には放射性物質標識に よる放射能量を測定する。発光免疫測定法の場合は発光反応系による発光量を測 定する。
[0378] 本発明の方法では、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝 集反応または粒子凝集反応等の免疫複合体凝集物の生成を、その透過光や散乱 光を光学的方法により測るか、目視的に測る測定法により実施する場合には、溶媒と してリン酸緩衝液、グリシン緩衝液、トリス緩衝液またはグッド緩衝液等を用いることが でき、更にポリエチレングリコール等の反応促進剤や非特異的反応抑制剤を反応系 に含ませてもよい。
[0379] 上記抗体または断片は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換 え抗体、多重特異性抗体 (二重特異性抗体を含む)、単鎖抗体、 Fab断片、 F (ab' )
2 断片などを含む。ポリクローナル抗体は、精製ポリペプチドを結合した親和性カラム に結合させることを含む、いわゆる吸収法によって、特異的抗体として調製することが できる。
[0380] 測定は、慣用の酵素または蛍光団で標識した抗体または断片と、組織切片またはホ モゲナイズした組織あるいは体液 (例えば血液、血清、血漿、尿など）とを接触させる 工程、抗原 抗体複合体を定性的にまたは定量的に測定する工程を含むことができ る。検出は、例えば免疫電顕により標的ポリペプチドの存在とレベルを測定する方法 、 ELISAや蛍光抗体法などの慣用法によって標的ポリペプチドのレベルを測定する 方法などによって行うことができ、これによつて、腎ガンを検出することができるだけで なぐ予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎 ガン組織にぉ 、て標的ポリペプチドの発現量が減少して!/、る場合、ある 、は血液中 の該ポリペプチドのレベルが予後良の患者由来の腎ガンに罹患した被験者と比べて 予後不良の患者由来の腎ガンに罹患した被験者において有意に変動している場合 、予後不良、および Zまたは腎ガンの転移があると決定することができる。言い換え れば、前記ポリペプチドの発現量またはレベル力 正常値と比較して有意に変化して いる場合、腎ガンであると診断する、あるいは、予後不良および Zまたは転移のある 腎ガンであると決定する。ここで、有意にとは、統計学的に有意であることを意味する 実施例
[0381] 本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明の範囲は、 この実施例によって制限されないものとする。
[0382] <実施例 1 >
( 1 )実験者の臨床病理学的所見
インフォームドコンセントを得た 31名の日本人の腎ガン患者から、腎ガン摘出手術時 に組織を得た。摘出された組織片につ!ヽて肉眼的および Zまたは病理組織学的に 腎ガン組織であることを判断してただちに凍結し、液体窒素中で保存した。
[0383] (2) totalRNA抽出と cDNAの調製
試料として腎ガン患者の腎組織における腎ガン病変部の組織を用いた。それぞれの 組織力、ら、 Trizol reagent (Invitrogen社）を用いて、同社推奨のプロトコールにより totalRNAを調製した。
[0384] 上述の方法で得られた totalRNA 1 μ gにつ!/、て、 oligo (dT)プライマーおよびラン ダムノナマーを併用し、 CyScribe First-Strand cDNA Labeling Kit (GEヘルス ケア社、 日本国）を用いてメーカー推奨のプロトコールで逆転写反応を行った。腎ガ ン組織由来の totalRNAには Cy3— dUTP (GEヘルスケア社）を、リファレンス total RNA(Stratagene社）には Cy5— dUTP (GEヘルスケア社）を添カロして、メーカー 推奨のプロトコールで逆転写反応時に cDNAの標識を行った。標識された cDNAは QIA quick PCR purification Kit (QIAGEN社）で精製してからハイブリダィズに 用いた。
[0385] (3)オリゴ DNAマイクロアレイの作製
オリゴ DNAマイクロアレイとしては Affymetrix社 GeneChip™ (Human Genome U133 A)および本明細書中で述べる方法に従って作製した DNAチップを使用した
[0386] DNAチップの作製方法を以下に示す。最初に搭載するオリゴ DNAの種類を決定す るために、 Affymetrix社 GeneChip™を用いて遺伝子の絞込みを行った。 GeneC hip の操作については、 Complete GeneChip Instrument Systemなどの同 社の定める手順に基づいて実施した。 Complete GeneChip™を用いた解析の結 果、腎ガンによって発現変動が起こる可能性がある遺伝子および実験対照となりうる 遺伝子を計 8961種抽出した。
[0387] 抽出した 8961種の遺伝子について、配列の重複をおこさないように配列特異性が 高!、部位の配列 60〜70残基をそれぞれ選択して合成した。 4倍に希釈した Solutio n I (タカラバイオ社、 日本国）に 30 μ Μとなるように溶解した、配列番号 21〜40のォ リゴ DNAを含む、 8961種の 60または 70merからなる合成オリゴ DNAを、 MATSU NAMI'DNAマイクロアレイ用コートグラス DMSO対応 Typelァミノ修飾オリゴ DN A固定コート（松浪硝子工業株式会社、 日本国）上にスポッター（GMS417arrayer , Affymetrix社）を用いて湿度環境 50〜60%でスポットした。
[0388] (4)ハイブリダィゼーシヨン
標識した cDNA 1 μ gをアンチセンスオリゴカクテル（QIAGEN社）に溶解し、 Gap力 バーグラス (松浪硝子工業社)を載せた DNAチップにアプライし、 42°Cで 16時間ハ イブリダィズを行った。ハイブリダィズ終了後、 DNAチップを 2 X SSCZ0. 1%SDS 、 1 X SSC、 0. 2 X SSCで j噴次洗净した。
[0389] (5)遺伝子発現量の測定
上述の方法によりハイブリダィゼーシヨンを行った DNAチップを Agilentマイクロアレ ィスキャナー (Agilent社)を用いてスキャンし、画像を取得して蛍光強度を数値ィ匕し た。統 3十'子的処理は Speed T.著「Statistical analysis of gene expression mic roarray dataj Chapman & Hall/CRC、および Causton H. C.ら著「A beginner ' s guide Microarray gene expression data analysisj Blackwell publishingを 参考にして行った。すなわちハイブリダィズ後の画像解析力も得られたデータにつ!ヽ て、それぞれの対数値をとり、 global normalizationをと LOWESS (locally weigh ted scatterplot smoother)による平滑化を行い、 MADによるスケーリング処理に よって数値補正を行った。
[0390] (6)予測スコアリングシステム
ここで全例の患者にっ 、て種々の臨床情報を検討して生存分析を行 ヽ、臨床情報 の違いによる生存年数の差がみられるかどうかについて検討した。そのひとつの例と して、手術時に腎臓以外への転移が診断された患者群と転移が診断されなカゝつた患 者群に分割し、それぞれの群について生存分析を行い、 Kaplan— Meier法によつ てグラフ化を行った (図 1)。このとき、手術時に腎臓以外への転移が診断された患者 群と転移が診断されな力つた患者群では、生存曲線に Log— rank法による検定で有 意な差 (p< 0. 05)が見られた。このことは両患者群の予後が異なり、転移が診断さ れた患者では予後が比較的悪ぐ診断されな力つた患者では予後が良いことを示す 。そこでさらに Cox比例ハザードモデル法により、各発現遺伝子について転移の有 無で区分けした患者群の予後、すなわち生存曲線のモデルへの影響を検討し、遺 伝子発現量と生存曲線の適合度の有意性を検討した。この結果、術後の生存曲線 を指標として、生存に有意に有利な発現遺伝子 321種、不利な発現遺伝子 164種を 得ることができた (上記表 1)。そこでこれらの遺伝子を利用して、腎ガン患者の予後、 および Zまたは腎ガンの転移の有無を検出できる。
[0391] これらの遺伝子を用いて、 Genomic Profiler (三井情報開発、 日本国）に搭載した SVMを用いる判別式を作成した。この判別式によって、全 31例のデータについてデ ータの予測を行った。すべての検体を対象として解析を行い、手術後 5年の時点での 生存を指標として、予後良の患者由来の腎ガン病変部と予後不良の患者由来の腎 ガン病変部の比較で、生存に有利に寄与すると考えられる上位の発現遺伝子データ を用いて解析した場合、配列番号 1〜19および 48のポリヌクレオチドを用いて測定し た遺伝子発現を検討することにより、 96%以上の確率で予後良の患者を予測した（ 図 2)。
[0392] また一方で、すべての検体を対象として解析を行い、手術後 5年の時点での生存を 指標として、予後良の患者由来の腎ガン病変部と予後不良の患者由来の腎ガン病 変部の比較で、生存に不利に寄与すると考えられる上位の発現遺伝子データを用い て解析した場合、配列番号 20〜47、 49および 50のポリヌクレオチドを用いて測定し た遺伝子発現を検討することにより、 87%以上の確率で予後不良の患者を予測した (図 2)。
[0393] なお、上で使用したプローブ以外の本発明の他のプローブもまた、腎ガン患者の予 後の予測のために同様に使用可能である。
[0394] 上記の予後の判定においては、これら 2つの、予後良の患者由来の腎ガン組織を識 別する SVMと予後不良の患者由来の腎ガン組織を識別する SVMを同時に 1つの 被検組織の遺伝子発現量に対してあてはめ、解析を行うことができた。
[0395] その結果、ある被検組織について 2つの識別式が同時に予後良の患者由来の腎ガ ン組織あるという結果をもたらした場合、または 2つの識別式が同時に予後不良の患 者由来の腎ガン組織であると 、う結果をもたらした場合、それぞれの診断の確度は 従来の 1つの識別式によって診断する方法よりも有意に高いという結果を得た。
[0396] <実施例 2>
(1)健常人および腎ガン患者血漿のタンパク質同定
日本人の 50〜70歳代の腎ガン患者 5名より、腎ガン摘出手術前、および腎ガン摘 出手術 1ヶ月後の健常状態にぉ ヽて EDTA添加の血漿成分をそれぞれ得た。
[0397] 血漿をポアサイズ 0. 22 μ mのフィルターでろ過して夾雑物質を取り除き、タンパク 質濃度 50mgZmLとなるように調整した。この血漿をさらに 25mM重炭酸アンモ-ゥ ム溶液 (pH8. 0) 12. 5mgZmLに希釈し、中空糸フィルター（東レ、 日本国）によつ て分子量分画を行った。分画後の血漿サンプル (全量 1. 8mL、最大 250 /z gのタン パク質を含む）を ProteomeLab (登録商標) PF2D System (Beckman Coulter 社)逆相クロマトグラフィーで 7分画に分離し、凍結乾燥後、 100 しの25111\1重炭酸 アンモ-ゥム溶液（pH8. 0)に再溶解した。このサンプルをタンパク質の 50分の 1量 のトリプシンで 37°C、 2〜3時間消化し、ペプチド化した。各分画のペプチドをさらに イオン交換カラム (KYAテクノロジーズ、 日本国）によって 4分画ィ匕した。
[0398] その各々の分画を、逆相カラム (KYAテクノロジーズ)でさらに分画し、溶出されてき たペプチドについて、オンラインで連結された質量分析計 Q— TOF Ultima (Micr omass社)を用いて、サーベイスキャンモードで測定した。その測定データを、タンパ ク質同定ソフトウエアである MASCOT (Matrix Science)を用 、て解析することに より、網羅的にタンパク質同定を行った。その結果、手術前、手術後いずれの血漿成 分からも、 MASCOTスコア 40以上（同定ペプチド数 2個以上）の約 3500種類のタン ノ ク質が同定された。 [0399] (2)腎ガン患者の腎ガン摘出手術前および手術後の血漿のタンパク質発現比較 上記実施例 2 (1)で同定された血漿タンパク質について、腎ガン摘出手術前および 手術後間で比較を行った。手術後に発現が検出されず、手術前に 6名中 4名以上で 発現が検出されたタンパク質を見出した。これらのタンパク質は、上記表 2に示した配 列番号 151 160 191で表されるポリペプチドであり、所謂腎ガンマ一力一として 腎ガンの検出において有用であることが判明した。各患者においての発現頻度を表 2に示した。腎ガン摘出手術を受ける前の患者において発現（+で示す）が 6名中 4 名以上で検出されて 、る（表 4)
[0400] したがって、上記のポリペプチドの少なくとも 1つを、例えばその特異抗体を用いて、 該ポリペプチドの存在または量について、測定することによって、腎ガンを検出するこ とがでさる。
4]
Figure imgf000090_0001
〈実施例 3>
(1)健常人および腎ガン患者血漿のタンパク質同定
日本人の 50 70歳代の腎ガン患者 7名より、腎ガン摘出手術前、および腎ガン摘 出手術 1ヶ月後の健常状態にぉ ヽて EDTA添加の血漿成分をそれぞれ得た。 [0402] 血漿をポアサイズ 0. 22 μ mのフィルターでろ過して夾雑物質を取り除き、タンパク 質濃度 50mgZmLとなるように調整した。この血漿をさらに 25mM重炭酸アンモ-ゥ ム溶液 (pH8. 0) 12. 5mgZmLに希釈し、中空糸フィルター（東レ、 日本国）によつ て分子量分画を行った。分画後の血漿サンプル (全量 1. 8mL、最大 250 /z gのタン パク質を含む）を ProteomeLab (登録商標) PF2D System (Beckman Coulter 社)逆相クロマトグラフィーで 7分画に分離し、凍結乾燥後、 100 iu Lの25mM重炭酸 アンモ-ゥム溶液（pH8. 0)に再溶解した。このサンプルをタンパク質の 50分の 1量 のトリプシンで 37°C、 2〜3時間消化し、ペプチド化した。各分画のペプチドをさらに イオン交換カラム (KYAテクノロジーズ、 日本国）によって 4分画ィ匕した。
[0403] その各々の分画を、逆相カラム (KYAテクノロジーズ)でさらに分画し、溶出されてき たペプチドについて、オンラインで連結された質量分析計 Q— TOF Ultima (Micr omass社)を用いて、サーベイスキャンモードで測定した。その測定データを、タンパ ク質同定ソフトウエアである MASCOT (Matrix Science)を用 、て解析することに より、網羅的にタンパク質同定を行った。その結果、手術前、手術後いずれの血漿成 分からも、 MASCOTスコア 40以上（同定ペプチド数 2個以上）の約 3500種類のタン ノ ク質が同定された。
[0404] (2)腎ガン患者の腎ガン摘出手術前および手術後の血漿のタンパク質発現比較 上記実施例 3 (1)で同定された血漿タンパク質について、腎ガン摘出手術前および 手術後間で比較を行った。手術後に発現が検出されず、手術前に 7名中 3名以上で 発現が検出されたタンパク質を見出した。これらのタンパク質は、上記表 1に示した配 列番号 161〜182、 192、 193で表されるポリペプチドであり、所謂腎ガンマ一力一と して腎ガンの検出において有用であることが判明した。各患者においての発現頻度 を表 5に示した。腎ガン摘出手術を受ける前の患者において、上記タンパク質の発現 (+で示す)が 7名中 3名以上で検出された。
[0405] したがって、上記のポリペプチドの少なくとも 1つ、好ましくは少なくとも 3〜5つ、を、 例えばその特異抗体を用いて、該ポリペプチドの存在または量について、測定するこ とによって、腎ガンを検出することができる。
[表 5]
Figure imgf000092_0001
(3)腎ガン患者の腎ガン摘出手術前および手術後の血漿のタンパク質発現比較 上記（1)で同定された血漿タンパク質について、 7名の患者個別に腎ガン摘出手術 前および手術後間で比較を行った。各個人において手術後に発現が検出されず、 手術前に発現が検出された、同一人比較における腎ガン特異的タンパク質が見出さ れた。このうち、 7名の患者中 5名において共通に見出されたタンパク質を表 6に示す 。これらのタンパク質は、上記表 6に示した配列番号 183〜190、 194〜197で表さ れるポリペプチドであり、所謂腎ガンマ一力一として腎ガンの検出において有用であ ることが判明した。
[表 6]
Figure imgf000093_0001
産業上の利用可能性
本発明により、特異性、感受性に優れた腎ガンの検出'診断、転移予測および Zまた は腎ガン患者予後予測のための糸且成物、キット、 DNAチップ、および方法を提供す ることができるため、特に製薬および医薬産業において有用である。

Claims

請求の範囲
下記の I群および/または II群：
I群：
(a)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列力もなるポリヌクレオチ ド、その変異体、または 15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
(c)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列か らなるポリヌクレオチド、その変異体、または 15以上の連続した塩基を含むその断片
(d)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列に相補的な塩基配列を 含むポリヌクレオチド、および
(e)前記（a)〜（d)の!、ずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリ ダイズするポリヌクレオチド、または 15以上の連続した塩基を含むその断片、 力もなるポリヌクレオチド、
Π群：
(f)配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47で表される塩基配列によってコードされるアミ ノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号 101〜110、 112〜120、 122〜147 で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片 の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
(g)配列番号 151、 153、 155〜160で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、 それらの変異体、ある ヽはそれらの断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、 その断片あるいはその化学修飾誘導体、および
(h)配列番号 161〜190で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異 体、あるいはそれらの断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片ある いはその化学修飾誘導体、
からなる抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
力も選択される 1または 2以上のプローブを含んでなる、被験者における腎ガンの存 在または転移をインビトロで検出、判定または予測するための組成物。
[2] 前記 I群および Π群 (f)の各プローブによって腎ガンの存在または転移を検出、判定 または予測することができる、請求項 1に記載の組成物。
[3] 前記 II群 (g)、（h)の各プローブによって腎ガンの存在を検出、判定または予測する ことができる、請求項 1に記載の組成物。
[4] 前記ポリヌクレオチドが DNAまたは RNAである、請求項 1に記載の組成物。
[5] 前記 I群における断片が、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請 求項 1に記載の組成物。
[6] 前記 I群における断片力 配列番号 1〜10、 12〜20、 22〜47のいずれかで表され る塩基配列において、それぞれ配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97のいずれ力で 表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的 な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項 1に記載の組成物。
[7] 前記 I群における断片力 配列番号 51〜60、 62〜70、 72〜97のいずれかで表さ れる塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請 求項 1に記載の組成物。
[8] 前記 I群のプローブにカ卩えて、配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列から なるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオ チドとストリンジヱントな条件下でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれらの ポリヌクレオチドの 15以上の連続した塩基を含む断片力も選択される 1または 2以上 のポリヌクレオチドをプローブとしてさらに含む、請求項 1に記載の組成物。
[9] 前記断片が、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項 8に記 載の組成物。
[10] 前記断片が、配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列において、配列番号 6 1、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオ チドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項 8に記載の組 成物。
[11] 前記断片が、配列番号 61、 71、 98〜： LOOで表される塩基配列、またはこれに相補 的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項 8に記載の組成物。
[12] 前記 II群 (f)のプローブに加えて、配列番号 111、 121、 148〜150で表されるポリべ プチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その 断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項 1に記載の組成物。
[13] 前記 II群（g)のプローブに加えて、配列番号 152、 154、 191で表されるアミノ酸配列 を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合す る抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項 1に記載の組成 物。
[14] 前記 II群 (h)のプローブに加えて、配列番号 192〜 197で表されるアミノ酸配列を含 むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗 体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項 1に記載の組成物。
[15] 前記ポリペプチドまたは変異体の断片が、少なくとも 7個のアミノ酸力 なるェピトー プを含む、請求項 1に記載の組成物。
[16] 前記抗体が、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、 多重特異性抗体または単鎖抗体である、請求項 1に記載の組成物。
[17] 前記 I群または II群 (£)、（g)、（h)力 選択される 2以上のプローブを組み合わせて含 む、請求項 1に記載の組成物。
[18] 請求項 1に定義される I群または II群 (£)、（g)、（h)力 選択される 1または 2以上のプロ ーブを含む、被験者における腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定また は予測するためのキット。
[19] 配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補 的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下 でノ、イブリダィズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの 15以上の連 続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、請求項 18に記載のキット。
[20] 前記プローブが、配列番号 1〜10、 11、 12〜20、
21、 22〜47、 48〜50のいずれ かで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列力 なるポリヌクレ ォチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジ工ントな条件下でノ、イブリダィズするポリ ヌクレオチド、またはそれらの 15以上の連続した塩基を含む断片である、請求項 18 に記載のキット。 [21] 前記 I群における断片が、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請 求項 18に記載のキット。
[22] 前記 I群における断片が、配列番号 1〜10、 11、 12〜20、 21、 22〜47、 48〜50の V、ずれかで表される塩基配列にお 、て、 60以上の連続した塩基を含むポリヌクレオ チド中【こそれぞれ酉己歹 U番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOの!ヽず れかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に 相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項 18に記載のキット。
[23] 前記 I群における断片力 酉己歹 IJ番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜1 00の 、ずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌ クレオチドである、請求項 18に記載のキット。
[24] 前記 I群における断片力 酉己歹 IJ番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜1 00のいずれかで表される塩基配列力もなるポリヌクレオチドである、請求項 18に記載 のキット。
[25] 配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列ま たはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの 2以上力も全部を含む、請求項 18に 記載のキット。
[26] 前記 II群 (f)のプローブに加えて、配列番号 111、 121、 148〜150で表されるポリべ プチド、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その 断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項 18に記載のキット。
[27] 前記 II群（g)のプローブに加えて、配列番号 152、 154、 191で表されるポリペプチド 、その変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片ま たはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項 18に記載のキット。
[28] 前記 II群 (h)のプローブにカ卩えて、配列番号 192〜197で表されるポリペプチド、そ の変異体またはその断片の少なくとも 1つと特異的に結合する抗体、その断片または その化学修飾誘導体をさらに含む、請求項 18に記載のキット。
[29] 前記プローブが、単独でまたは組み合わせて異なる容器に包装されている、請求 項 18に記載のキット。
[30] 請求項 1に定義される I群 (a)〜( 力 選択される 1または 2以上のプローブを含む、 被験者における腎ガンの存在または転移の 、ずれかをインビトロで検出、判定または 予測するための DNAチップ。
[31] 配列番号 11、 21、 48〜50で表される塩基配列力 なるポリヌクレオチド、その変異 体および/またはその断片をさらに含む、請求項 30に記載の DNAチップ。
[32] 配列番号 51〜60、 61、 62〜70、 71、 72〜97、 98〜： LOOで表される塩基配列ま たはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの 2以上〜全部を含む、請求項 30に記 載の DNAチップ。
[33] 被験者由来の生体試料中の 1または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または存 在量もしくは発現量を、請求項 1に定義される I群および/または Π群 (£)、（g)、（h)から選 択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在または転移 をインビトロで検出、判定または予測する方法。
[34] 前記測定を DNAチップを用いて行う、請求項 33に記載の方法。
[35] 前記腎ガンの存在または転移の検出、判定または予測を、対照試料力もの変化を 指標にして決定する、請求項 33に記載の方法。
[36] 前記測定を免疫学的方法によって行う、請求項 33に記載の方法。
[37] 前記免疫学的方法による測定が、前記 II群 (£)、（g)または (h)の抗体、その断片、また はその化学修飾誘導体を用いて行われる、請求項 36に記載の方法。
[38] 前記抗体、その断片、またはその化学修飾誘導体が標識されている、請求項 37に 記載の方法。
[39] 前記生体試料が腎由来の組織または細胞、血液、血漿、血清、あるいは尿である、 請求項 33に記載の方法。
[40] 被験者由来の生体試料中の 1または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または量 もしくは発現量を、請求項 1に記載の組成物、請求項 18に記載のキット、または請求 項 30に記載の DNAチップを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在 または転移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
[41] 請求項 1に定義される I群力 選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、請 求項 1に記載の組成物、請求項 18に記載のキット、または請求項 30に記載の DNA チップを用いて、被験者由来の腎ガン細胞生体試料における標的核酸の発現レべ ルを、予後不良の腎ガン患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レ ベルおよび zまたは予後良の患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発 現レベルと比較することによって被験者の予後、ならびに zあるいは腎ガンの転移の 有無をインビトロで予測する方法であって、該標的核酸が該組成物、キットまたは DN Aチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能 なものであり、かつ被験者由来の該標的核酸の発現レベルが、予後良の腎ガン患者 母集団の発現レベルおよび Zまたは予後不良の患者母集団の発現レベル力 変化 が認められる場合それぞれ、被験者の予後が悪いまたは被験者の予後が良いと決 定する、ならびに Zあるいは腎ガンの転移が有るまたは腎ガンの転移が無いと決定 する、前記方法。
[42] DNAチップを用いる請求項 41に記載の方法。
[43] 請求項 1に定義される I群力 選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、請 求項 1に記載の組成物、請求項 18に記載のキット、または請求項 30に記載の DNA チップを用 V、て、予後不良の患者由来の腎ガン細胞および/または予後良の患者由 来の腎ガン細胞であることが既知である複数の生体試料中における標的核酸の発現 レベルをインビトロで測定する第 1の工程、前記第 1の工程で得られた該標的核酸の 発現レベルの測定値を教師とした判別式 (サポートベクターマシーン)を作成する第 2 の工程、被験者の腎ガン由来の生体試料中における該標的核酸の発現レベルを第 1の工程と同様にインビトロで測定する第 3の工程、前記第 2の工程で得られた判別 式に第 3の工程で得られた該標的核酸の発現レベルの測定値を代入し、該判別式 力 得られた結果に基づいて、被験者の予後を予測する、および Zまたは被験者由 来の腎ガンが、転移が有る患者由来の腎ガンである、または転移が無い患者由来の 腎ガンであると決定する、第 4の工程を含む、ここで、該標的核酸が該組成物、キット または DNAチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって 検出可能なものである、請求項 41に記載の方法。
[44] 請求項 1に定義される I群および/または II群力 選択されるプローブ、ある 、は、該 プローブを含む、請求項 1に記載の組成物、請求項 18に記載のキット、または請求 項 30に記載の DN Aチップの、被験者由来の生体試料中の腎ガンの存在または転 移をインビトロで検出、判定または予測するための使用。
PCT/JP2006/317380 2005-09-02 2006-09-01 腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 WO2007026896A1 (ja)

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KR1020087007949A KR101446626B1 (ko) 2005-09-02 2006-09-01 신장암 진단, 신장암 환자 예후 예측을 위한 조성물 및 방법
US11/991,297 US20100152055A1 (en) 2005-09-02 2006-09-01 Composition and method for diagnosing kidney cancer and for predicting prognosis for kidney cancer patient
CA002621070A CA2621070A1 (en) 2005-09-02 2006-09-01 Composition and method for diagnosing kidney cancer and estimating kidney cancer patient's prognosis
EP06821799A EP1930426A4 (en) 2005-09-02 2006-09-01 COMPOSITION AND METHOD FOR DIAGNOSIS OF KIDNEY CANCER AND EVALUATION OF VITAL PROGNOSIS OF A PATIENT WITH KIDNEY CANCER
JP2007533368A JP5435529B2 (ja) 2005-09-02 2006-09-01 腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法

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Cited By (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009135463A1 (de) * 2008-05-05 2009-11-12 Otto-Von-Guericke Universität Magdeburg Medizinische Fakultät Verfahren zum nachweis des vorkommens von nierensteinen und/oder entzündungen der ableitenden harnwege
JP2010525822A (ja) * 2007-05-01 2010-07-29 ユニバーシティ オブ マイアミ 新規に進行中の心不全における個人のリスク評価のためのトランスクリプトームのバイオマーカー
WO2012147800A1 (ja) * 2011-04-25 2012-11-01 東レ株式会社 乳ガン患者のトラスツズマブに対する治療感受性予測用組成物及び方法
JP2013516195A (ja) * 2010-01-11 2013-05-13 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
JP2013523186A (ja) * 2010-04-13 2013-06-17 ザ トラスティース オブ コロンビア ユニバーシティ イン ザ シティ オブ ニューヨーク 多癌侵襲関連機構に基づくバイオマーカー
JP2016086678A (ja) * 2014-10-30 2016-05-23 公立大学法人福島県立医科大学 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法
US10181008B2 (en) 2013-05-30 2019-01-15 Genomic Health, Inc. Gene expression profile algorithm for calculating a recurrence score for a patient with kidney cancer
JP2019525903A (ja) * 2016-06-14 2019-09-12 エントス ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 転移性癌の診断及び治療の方法
CN111373056A (zh) * 2017-11-07 2020-07-03 高丽大学校产学协力团 基于过表达gcc2基因或蛋白的外泌体的用于诊断肺癌或预测预后的标志物组合物
CN113785200A (zh) * 2019-04-03 2021-12-10 高丽大学校产学协力团 基于过表达tuba1c蛋白的外泌体的诊断癌症或预测预后的标志物组合物
US11591655B2 (en) 2009-06-02 2023-02-28 University Of Miami Diagnostic transcriptomic biomarkers in inflammatory cardiomyopathies
US12000832B2 (en) 2017-11-07 2024-06-04 Korea University Research And Business Foundation Marker composition for diagnosing or predicting prognosis of lung cancer based on exosome overexpressing GCC2 gene or protein

Families Citing this family (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20120041274A1 (en) 2010-01-07 2012-02-16 Myriad Genetics, Incorporated Cancer biomarkers
WO2010107443A1 (en) 2009-03-20 2010-09-23 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Renal cell carcinoma biomarkers
US20120053253A1 (en) 2010-07-07 2012-03-01 Myriad Genetics, Incorporated Gene signatures for cancer prognosis
EP2602621A1 (en) * 2011-12-08 2013-06-12 Julius-Maximilians-Universität Würzburg LASP-1, a novel urinary marker for transitional cell carcinoma detection
CA2891653A1 (en) 2012-11-16 2014-05-22 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
KR101540319B1 (ko) 2013-10-01 2015-07-30 한국생명공학연구원 cyb5R3 유전자 또는 단백질을 유효성분으로 포함하는 암 예방 및 치료용 약학적 조성물
EP3077549A4 (en) * 2013-12-04 2017-07-19 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for renal cancer prognosis
CA2947624A1 (en) 2014-05-13 2015-11-19 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
WO2018027178A1 (en) * 2016-08-05 2018-02-08 Emory University Detecting mutations in circulating cell free dna to diagnose renal cell carcinoma
US11243206B2 (en) 2016-09-28 2022-02-08 The Catholic University Of Korea Industry-Academic Cooperation Foundation Gender-specific markers for diagnosing prognosis and determining treatment strategy for renal cancer patients
WO2019090284A1 (en) * 2017-11-06 2019-05-09 Mayo Foundation For Medical Education And Research Methods and materials for identifying and treating cancers having elevated levels of phosphorylated ubiquitin
KR102084658B1 (ko) * 2018-06-27 2020-03-05 가톨릭대학교 산학협력단 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 전이 특이적 마커
KR102507489B1 (ko) * 2020-12-24 2023-03-08 가톨릭대학교 산학협력단 진단 분류 장치 및 방법
CN114540490B (zh) * 2021-06-24 2024-01-19 山西高等创新研究院 Lcdr作为预防和/或治疗癌症的药物的治疗靶点中的应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2002096943A1 (en) * 2001-05-25 2002-12-05 Asahi Kasei Kabushiki Kaisha Stat6-activating genes
JP2004531713A (ja) * 2001-04-03 2004-10-14 メルク　パテント　ゲゼルシャフト　ミット　ベシュレンクテル　ハフトング 腎細胞癌の腫瘍マーカー

Family Cites Families (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6232443B1 (en) * 1997-04-08 2001-05-15 University Of Pittsburgh Renal nuclear matrix proteins, polynucleotide sequences encoding them, and their use
US5872234A (en) 1997-06-27 1999-02-16 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Human extracellular matrix proteins
US6882990B1 (en) * 1999-05-01 2005-04-19 Biowulf Technologies, Llc Methods of identifying biological patterns using multiple data sets
US20080050393A1 (en) * 1998-12-03 2008-02-28 Tang Y Tom Novel nucleic acids and polypeptides
EP1328630A2 (en) 2000-04-14 2003-07-23 Incyte Genomics, Inc. Secreted proteins
WO2002006339A2 (en) 2000-07-03 2002-01-24 Curagen Corporation Proteins and nucleic acids encoding same
US20030165878A1 (en) 2000-12-22 2003-09-04 Morris David W. Novel compositions and methods in cancer associated with altered expression of MCM3AP
US20030092616A1 (en) * 2001-05-25 2003-05-15 Akio Matsuda STAT6 activation gene
JP2005507997A (ja) 2001-10-26 2005-03-24 イムニベスト・コーポレイション 同一試料についての包括的核酸および形態学的特徴のマルチパラメーター分析
AU2002351828A1 (en) * 2001-11-05 2003-05-19 Deutsches Krebsforschungszentrum Novel genetic markers for leukemias
JP4229647B2 (ja) * 2002-07-02 2009-02-25 伊知朗 竹政 大腸癌の肝転移を予測するための遺伝子セット
CA2501131A1 (en) * 2002-10-04 2004-04-22 Van Andel Research Institute Molecular sub-classification of kidney tumors and the discovery of new diagnostic markers
WO2004042077A2 (en) 2002-11-08 2004-05-21 Bayer Healthcare Ag Diagnostics and therapeutics for diseases associated with human phosphodiesterase 8b (pde8b)
US7611839B2 (en) 2002-11-21 2009-11-03 Wyeth Methods for diagnosing RCC and other solid tumors
JP4244788B2 (ja) 2002-11-22 2009-03-25 東レ株式会社 選択結合性物質が固定化された基材
ES2297953B1 (es) * 2003-06-30 2009-10-21 Progenika Biopharma, S.A. Metodos in vitro para la deteccion de un carcinoma, determinacion de su estadio o severidad y para la determinacion de su desarrollo.
WO2005024603A2 (en) 2003-09-10 2005-03-17 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Methods for detecting, diagnosing and treating human renal cell carcinoma
US20050282168A1 (en) * 2003-09-29 2005-12-22 Wyeth Cell surface molecules as markers and therapeutic agents against kidney cancers
GB0323226D0 (en) * 2003-10-03 2003-11-05 Ncc Technology Ventures Pte Lt Materials and methods relating to breast cancer diagnosis
GB0323225D0 (en) * 2003-10-03 2003-11-05 Ncc Technology Ventures Pte Lt Materials and methods relating to breast cancer classification
JP2007515155A (ja) * 2003-10-16 2007-06-14 ノバルティス アクチエンゲゼルシャフト 異なって発現される冠動脈疾患関連遺伝子
US20050186577A1 (en) * 2004-02-20 2005-08-25 Yixin Wang Breast cancer prognostics
MX2007010001A (es) * 2005-02-18 2007-09-27 Wyeth Corp Marcadores farmacogenomicos para el pronostico de tumores solidos.
US20060216722A1 (en) * 2005-03-25 2006-09-28 Christer Betsholtz Glomerular expression profiling
US20070099251A1 (en) * 2005-10-17 2007-05-03 Institute For Systems Biology Tissue-and serum-derived glycoproteins and methods of their use

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004531713A (ja) * 2001-04-03 2004-10-14 メルク　パテント　ゲゼルシャフト　ミット　ベシュレンクテル　ハフトング 腎細胞癌の腫瘍マーカー
WO2002096943A1 (en) * 2001-05-25 2002-12-05 Asahi Kasei Kabushiki Kaisha Stat6-activating genes

Non-Patent Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AWAKURA Y. ET AL.: "DNA Chip o Mochiita Tanmei Jinsaibogan ni Okeru Yogo Marker no Tansaku", THE 94TH ANNUAL MEETING OF THE JAPANESE UROLOGICAL ASSOCIATION, vol. 163, no. 231, 10 March 2006 (2006-03-10), pages APP-017, XP003010010 *
AWAKURA Y. ET AL.: "DNA Chip o Mochiita Tanmei Jinsaibogan ni Okeru Yogo Yosoku Marker no Tansaku", NIHON GAN GAKKAI GAKUJUTSU SOKAI KIJI, 64TH, 15 August 2005 (2005-08-15), pages 394 - 395, PP2-0951, XP003010005 *
LAM J.S. ET AL.: "Tissue array-based predictions of pathobiology, prognosis, and response to treatment for renal cell carcinoma therapy", CLIN. CANCER RES., vol. 10, no. 18, PART 2, 15 September 2004 (2004-09-15), pages 6304S - 6309S, XP003008800 *
MIYATA Y. ET AL.: "Jinsaibogan Kanja ni Okeru acute-phase reactants, BFP Oyobi IAP ni Tsuite no Rinshoteki Kento", THE JAPANESE JOURNAL OF UROLOGY, vol. 189, no. 237, 20 February 2001 (2001-02-20), pages MP-39, XP003010009 *
See also references of EP1930426A4 *
SHIOI K. ET AL.: "Tanmei Saibo Jingan ni Okeru Fibronectin Hatsugen to Rinsho Byori.Yogo tono Kankei", THE JAPANESE CANCER ASSOCIATION SOKAI KIJI, 63RD, 25 August 2004 (2004-08-25), pages 361 - 362, P-1060, XP003010006 *
SHIOI K. ET AL.: "Tanmei Saibo Jingan ni Okeru VCAM1 no Hatsugen to Rinsho Byori.Yogo tono Kankei", NIHON GAN GAKKAI GAKUJUTSU SOKAI KIJI, 64TH, 15 August 2005 (2005-08-15), pages 395, PP2-0953, XP003010007 *
YAO M. ET AL.: "Idenshi Hatsugen Kaiseki ni Motozuku Tanmei Saibo Jingan no Yogo Yosoku Model no Kochiku", NIHON GAN GAKKAI GAKUJUTSU SOKAI KIJI, 64TH, 15 August 2005 (2005-08-15), pages 291, PA2-0655, XP003010004 *
YAO M. ET AL.: "Jinsaibogan deno ADFP Hatsugen to Rinsho Byori.Yogo tono Kankei", THE JAPANESE CANCER ASSOCIATION SOKAI KIJI, 63RD, 25 August 2004 (2004-08-25), pages 360,P-1053, XP003010008 *

Cited By (27)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010525822A (ja) * 2007-05-01 2010-07-29 ユニバーシティ オブ マイアミ 新規に進行中の心不全における個人のリスク評価のためのトランスクリプトームのバイオマーカー
WO2009135463A1 (de) * 2008-05-05 2009-11-12 Otto-Von-Guericke Universität Magdeburg Medizinische Fakultät Verfahren zum nachweis des vorkommens von nierensteinen und/oder entzündungen der ableitenden harnwege
US20110117583A1 (en) * 2008-05-05 2011-05-19 Werner Hoffmann Method for detecting the existence of renal calculi and/or inflammation of the excretory urinary tracts
US11591655B2 (en) 2009-06-02 2023-02-28 University Of Miami Diagnostic transcriptomic biomarkers in inflammatory cardiomyopathies
JP7385630B2 (ja) 2010-01-11 2023-11-22 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
JP2013516195A (ja) * 2010-01-11 2013-05-13 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
US11776664B2 (en) 2010-01-11 2023-10-03 Genomic Health, Inc. Method to use gene expression to determine likelihood of clinical outcome of renal cancer
JP2016174600A (ja) * 2010-01-11 2016-10-06 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
JP7307602B2 (ja) 2010-01-11 2023-07-12 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
US9551034B2 (en) 2010-01-11 2017-01-24 Genomic Health, Inc. Method to use gene expression to determine likelihood of clinical outcome of renal cancer
JP2017148059A (ja) * 2010-01-11 2017-08-31 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
US10892038B2 (en) 2010-01-11 2021-01-12 Genomic Health, Inc. Method to use gene expression to determine likelihood of clinical outcome of renal cancer
JP2021177761A (ja) * 2010-01-11 2021-11-18 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
JP2019162150A (ja) * 2010-01-11 2019-09-26 ジェノミック ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法
JP2013523186A (ja) * 2010-04-13 2013-06-17 ザ トラスティース オブ コロンビア ユニバーシティ イン ザ シティ オブ ニューヨーク 多癌侵襲関連機構に基づくバイオマーカー
CN103492566A (zh) * 2011-04-25 2014-01-01 东丽株式会社 乳癌患者对曲妥珠单抗的治疗敏感性预测用组合物和方法
JP6026408B2 (ja) * 2011-04-25 2016-11-16 東レ株式会社 乳ガン患者のトラスツズマブに対する治療感受性予測用組成物及び方法
WO2012147800A1 (ja) * 2011-04-25 2012-11-01 東レ株式会社 乳ガン患者のトラスツズマブに対する治療感受性予測用組成物及び方法
US11551782B2 (en) 2013-05-30 2023-01-10 Genomic Health, Inc. Gene expression profile algorithm for calculating a recurrence score for a patient with kidney cancer
US10181008B2 (en) 2013-05-30 2019-01-15 Genomic Health, Inc. Gene expression profile algorithm for calculating a recurrence score for a patient with kidney cancer
JP2016086678A (ja) * 2014-10-30 2016-05-23 公立大学法人福島県立医科大学 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法
JP2019525903A (ja) * 2016-06-14 2019-09-12 エントス ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 転移性癌の診断及び治療の方法
JP7306829B2 (ja) 2016-06-14 2023-07-11 エントス ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 転移性癌の診断及び治療の方法
CN111373056A (zh) * 2017-11-07 2020-07-03 高丽大学校产学协力团 基于过表达gcc2基因或蛋白的外泌体的用于诊断肺癌或预测预后的标志物组合物
JP2021501897A (ja) * 2017-11-07 2021-01-21 高麗大学校産学協力団Ｋｏｒｅａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ａｎｄ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｇｃｃ２遺伝子又はタンパク質を過発現するエクソソーム基盤肺癌診断又は予後予測用マーカー組成物
US12000832B2 (en) 2017-11-07 2024-06-04 Korea University Research And Business Foundation Marker composition for diagnosing or predicting prognosis of lung cancer based on exosome overexpressing GCC2 gene or protein
CN113785200A (zh) * 2019-04-03 2021-12-10 高丽大学校产学协力团 基于过表达tuba1c蛋白的外泌体的诊断癌症或预测预后的标志物组合物

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