JP2016086678A - 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法 - Google Patents
腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2016086678A JP2016086678A JP2014221914A JP2014221914A JP2016086678A JP 2016086678 A JP2016086678 A JP 2016086678A JP 2014221914 A JP2014221914 A JP 2014221914A JP 2014221914 A JP2014221914 A JP 2014221914A JP 2016086678 A JP2016086678 A JP 2016086678A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- expression level
- gene
- malignancy
- family
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Landscapes
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
[1]腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)及びグリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)及び形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子のうち、少なくとも2種の遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)及びクロソ(KL)配列番号23)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子のうち、少なくとも5種の遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、インテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、コンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)、膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子のうち、少なくとも10種の遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、第1の分子マーカーセットであるインテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、及びコンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも4種の遺伝子の発現レベル又は発現量、並びに第2の分子マーカーセットである膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも5種の遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い、及び/又は前記第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して低い場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、第1の分子マーカーセットであるインテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、及びコンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも4種の遺伝子の発現レベル又は発現量、並びに第2の分子マーカーセットである膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも5種の遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、前記第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。
本発明は、腎細胞がん患者の予後(悪性度)を予測することを目指す。腎細胞がんには主に、淡明細胞型腎細胞がん、乳頭状腎細胞がん、嫌色素型腎細胞がん、集合管がん、及び「未分類」の5つのタイプがある。本発明では、特に、患者数が多く必要度が高い淡明細胞型腎細胞がんの悪性度の判別又は予後不良の予測を目的とする。ここで、淡明細胞型腎細胞がんは、顕微鏡で観察すると、淡明細胞型腎細胞がんを構成する個々の細胞は極めて淡い色又は透明に見え、腎細胞がんの最も一般的な形態である。腎細胞がん患者の約80%がこれに類するがんである。また、腎細胞がん患者の平均5年生存率は、ステージIで96%、ステージIIで82%、ステージIIIで64%、及びステージIVで23%と推定されている。このように、ステージIIIからステージIVに移行した場合、その患者の生存率が顕著に下がるため、遅くともステージIIIにおいて、悪性度を適切かつ正確に評価し、良好な予後を得るための治療方針を決定することが必須となる。なお、本発明により、腎がんの判別又は予測の対象となる動物は、ヒトであることが好ましいが、イヌ、ネコ、ウサギ、マウス、ラット、モルモット等のヒト以外の哺乳類でもよい。
本発明者らは、淡明細胞型腎細胞がんの51サンプルを対象とし、約32,000遺伝子を対象としてDNAマイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析を行い、得られた遺伝子の発現レベルのデータに基づいて、階層的クラスター解析を行ったところ、腎がんの悪性度に関連する35種の遺伝子を見出した。これらの35種の遺伝子は、後述するように、2つのグループに分けることができる(実施例1及び2参照)。より具体的には、それらの遺伝子名をGenBank登録番号とともに記載すると、以下の11種の遺伝子(第1の分子マーカーセット):
(i)被検対象における遺伝子の発現レベルが対照試料における発現レベルの2倍以上又は2分の1以下であること;及び
(ii)腎がんの悪性度との相関性が高いこと
が挙げられる。
(1)第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い;
(2)第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して低い;及び
(3)第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い
を意味する。一方、本明細書において使用するとき、腎がんの「悪性度が低い」又は「予後良好」という場合は、以下の態様のいずれか1つ又はそれらの組み合わせ:
(1)第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が高いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して低い;
(2)第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が高いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い;及び/又は
(3)第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して低い
を意味する。
腎がんの悪性度を判別又は予測するための本発明のマイクロアレイは、腎がんの悪性度に応じて発現レベル又は発現量が変化する第1の分子マーカーセットのうちの少なくとも4種及び第2の分子マーカーセットのうちの少なくとも5種の遺伝子に対応する核酸(例えば、DNA等)又はその断片がそれぞれ支持体上の定められた領域に固定化されたマイクロアレイである。各々の遺伝子が、支持体上において予め定められた位置に固定化されているため、検出されたシグナルの位置からこのシグナルがどの遺伝子の核酸又はその断片に由来するのかを容易に知ることができる。本発明のマイクロアレイに用いる支持体は、ハイブリダイゼーションに使用可能なものであれば特に限定はなく、通常、スライドガラス、シリコンチップ、ニトロセルロース又はナイロンの膜等が使用される。さらに好ましくは、非多孔性で、表面が滑らかな構造を有する材質であればよく、特に限定はないが、例えばスライドガラス等のガラスが好適に使用できる。支持体の表面は、共有結合又は非共有結合により、例えば、一本鎖DNAを固定化できるものであればいずれでもよく、支持体の表面に親水性又は疎水性の官能基を有しているものが好適に使用でき、特に限定はないが、例えば、水酸基、アミノ基、チオール基、アルデヒド基、カルボキシル基、アシル基等を有しているものが好適に使用できる。これらの官能基は、支持体自体の表面特性として存在していてもよいが、表面処理によって導入されてもよい。このような表面処理物としては、例えば、ガラスをアミノアルキルシラン等の市販のシランカップリング剤で処理したものや、ポリリジンやポリエチレンイミン等のポリ陽イオンで処理したもの等が挙げられる。
本発明の腎がんの悪性度を判別又は予測するためのキットとしては、(1)腎がんの悪性度に応じて発現レベル又は発現量が変化する、第1の分子マーカーセットのうちの少なくとも4種及び第2の分子マーカーセットのうちの少なくとも5種の遺伝子から発現されるmRNA又はその断片を検出するためのプライマー及び/又はプローブを含むキット、又は(2)腎がんの悪性度に応じて発現レベル又は発現量の変化する少なくとも上記遺伝子にコードされたポリペプチド又はその断片に対する抗体又はその断片を含むキットが挙げられる。また、本発明のキットは、腎がんにおけるがん細胞を検出するためにも使用することができる。
(1)総RNAの抽出
2008年から2012年にかけて、福島県立医科大学病院及び関連病院において外科的に切除された淡明細胞型腎細胞がん(ccRCC)臨床検体51症例(病期I/II/III/IV:29/4/6/12)、及び非病変部位組織検体32症例を対象として、マイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析を行った。全ての症例はインフォームドコンセント及び文書による同意がなされ、また本研究における検体を用いた実験プロトコールの全ては倫理委員会の承認を受けている。手術による切除後、がん病変部又は非病変部(正常腎組織)の一部をメスで切り取り、液体窒素中で急速凍結した。凍結組織はRNA抽出時まで、液体窒素タンクないし−80℃のディープフリーザー内で保存された。より具体的には、上記検体から組織を採取し、各組織を破砕後、ISOGEN(株式会社ニッポンジーン社)を加えてホモジナイズし、少量のクロロホルムを入れ、2300×gで25分間遠心分離させた。上清を採取し、採取量と等量のイソプロパノールを加え、15分以上室温でインキュベートした後、2300×gで25分間遠心して、ペレットに回収した。次に、エタノール沈殿(70%)により総RNAを得た。Poly(A)pureキット(Ambion社)を用いて、mRNAを精製した。なお、腎がん症例群における臨床病理学的因子の詳細を表3に記載する。TNM分類に関しては、American Joint Committee on Cancerの基準に従った。
(a)ステージI〜IV
ステージIは、腫瘍が腎臓内に留まっている状態である。
ステージIIは、腫瘍の大きさが7cmを超えているが、腎臓内に留まっている状態である。
ステージIIIは、原発腫瘍は腎臓から周囲の脂肪組織に浸潤しているが、ゲロタ筋膜内に留まっている状態である。
ステージIVは、近隣臓器へのがんの浸潤が見られ、遠隔転移も見られる。
(b)T(腎がんの広がり)
T1aは、腫瘍の直径が4cm以下の状態である。
T1bは、腫瘍の直径が4〜7cm以下の状態である。
T2は、腫瘍が7cm以上の状態である。
T3aは、がんが周辺脂肪組織に広がっている状態である。
T3bは、がんがさらに広がっているが、肝静脈までは達していない状態である。
T3cは、がんが心房まで達している状態である。
T4は、がんが肝臓、膵臓、腸管などに浸潤している状態である。
(c)N(リンパ節転移)
N0は、所属リンパ節転移がない状態である。
N1は、所属リンパ節転移が1箇所である状態である。
N2は、所属リンパ節転移が2箇所以上である状態である。
(d)M(遠隔転移の有無)
M0は、遠隔転移が見られない状態である。
M1は、遠隔転移が見られる状態である。
(e)V(静脈侵襲の有無)
0は、静脈侵襲が見られない状態である。
1は、静脈侵襲が見られる状態である。
(f)グレード(分化度、悪性度、質の悪さ)
グレード1は、高分化がん、低悪性度、進行が遅い、比較的予後が良好である状態である。
グレード2は、中分化がんであり、グレード1と3の間の状態である。
グレード3は、低分化又は未分化がん、高悪性度、非常に進行が早い、予後が不良である状態である。
上記で調製したmRNAを鋳型として、標識cDNAを以下の通りにして得た。簡単には、該mRNA 2.0μgを核酸標識/ハイブリダイゼーション試薬(マイクロダイアグノスティック社)、逆転写酵素であるSuperScript II(登録商標:ライフテクノロジーズ)(インビトロジェン社)、Cyanine5−dUTP(Perkin Elmer社)を用い、標識cDNAを作製した。一方、対照としてヒト共通レファレンスRNA(マイクロダイアグノスティック社)を使用した。ヒト共通レファレンスRNAに対しては核酸標識/ハイブリダイゼーション試薬(マイクロダイアグノスティック社)、逆転写酵素であるSuperScript II(インビトロジェン社)、Cyanine3−dUTP)(Perkin Elmer社)を用い、標識cDNAを作製した。なお、ヒト共通レファレンスRNAは、22種類の細胞株(A431細胞、A549細胞、AKI細胞、HBL−100細胞、HeLa細胞、HepG2細胞、HL60細胞、IMR−32細胞、Jurkat細胞、K562細胞、KP4細胞、MKN7細胞、NK−92細胞、Raji細胞、RD細胞、Saos−2細胞、SK−N−MC細胞、SW−13細胞、T24細胞、U251細胞、U937細胞、Y79細胞)からそれぞれ調製したmRNAを等量ずつ混合したものを使用した。
上記標識cDNA、すなわち、Cyanine5−dUTPで標識した検体及びCyanine3−dUTPで標識したヒト共通レファレンスRNAを同一試験管内で混合した後、Micropure EZ(ミリポア社)及びMicrocon YM30(登録商標:ミリポア)(ミリポア社)により精製した。最終的には核酸標識/ハイブリダイゼーション試薬(マイクロダイアグノスティック社)に付属のハイブリダイゼーションバッファー及び純水を用いて15μlに調製した。
マイクロアレイは、ヒト遺伝子断片ライブラリー(約32,000遺伝子)(マイクロダイアグノスティック社)を用い、Schena,M.ら(Science,270,467−470(1995))の方法に準じて作製した。これらの遺伝子を超微量分注装置(マイクロダイアグノスティック社)により、HAコートされたスライドガラス(松浪硝子工業社)にスポットし、次に、気相恒温器(三洋電機バイオメディカ社)内にて80℃で1時間静置し、さらにUVクロスリンカー(Hoefer社、UVC500)を用いてUV照射(120mJ)した。その後、特開2004−233105に記載の方法に従ってマイクロアレイを後処理し、所望のDNAマイクロアレイを作製した。
上記(3)で調製した標識プローブを熱変性(99℃、5分間)後、上記(4)で調製したマイクロアレイ上に滴下し、ハイブリダイゼーションカセット(マイクロダイアグノスティック社)に格納した。このハイブリダイゼーションカセットを気相恒温器(三洋電機バイオメディカ社)内で42℃で20時間静置した状態で保温した。次に、ハイブリダイゼーションカセットからスライドガラスを取り出し、核酸標識/ハイブリダイゼーション試薬(マイクロダイアグノスティック社)付属のハイブリダイゼーション洗浄溶液を用い、同社推奨のプロトコールに従ってスライドガラスを洗浄した。
洗浄したスライドガラスをGenePix4000B(Axon Instrument社)上でスキャンして蛍光を測定し、このスキャナーに付属の解析ソフトウェアGenePixPro(Axon Instrument社)を用いて光学的に評価し、蛍光強度をヒト共通レファレンスとの相対比(log2比)で表した。
腎がん組織と正常腎組織の間で発現レベルに有意な差がある遺伝子を抽出することを目的として、両者の2群比較によるt検定を行った。両者間のt検定でP値が0.0001未満かつ両者の平均値の差が4倍以上ある遺伝子を抽出した(280遺伝子)。さらに、この280遺伝子の発現パターンを用いて階層的クラスター解析(コンピュータプログラムExpression View Pro[マイクロダイアグノスティック社]を使用)を行ったところ、図1に示すように、大きくは、正常腎組織(32サンプル)(灰色のバー)と腎がん組織(51サンプル)(白のバーと黒のバー)の2つのクラスターに分けることができた。そこで、臨床病理データと照らし合わせると、腎がん組織の黒のバーの群の中には、ステージIVを中心とした悪性度が高い(アグレッシブな)腎がん症例が集まり、白のバーの群には悪性度が低い(ノンアグレッシブな)腎がん症例が集まっていることが判明した。
腎がん症例における遺伝子発現パターンに基づいて、高い悪性度と関連した遺伝子群と低い悪性度の関連した遺伝子群とをより明確に分けることを目的として、腎がん症例の51サンプルについて、実施例1と同様に、さらに遺伝子発現解析を行った。より具体的には、280遺伝子の中から、悪性度の高い(アグレッシブな)腎がん(黒のバーの群)と悪性度の低い(ノンアグレッシブな)腎がんとの間で再度t検定による2群比較を行い、腎がんの悪性度に関連する遺伝子を絞り込んだ。両者間のt検定でP値が0.001未満かつ両者の発現レベルの平均値の差が2倍以上ある遺伝子を抽出した結果、35遺伝子(上記表1及び表2)を抽出することができた。さらに、これらの35遺伝子の発現パターンを用いて階層的クラスター解析を行ったところ、悪性度が高い(アグレッシブな)腎がん(16症例)と悪性度が低い(ノンアグレッシブな)腎がん(35症例)の両者を明確に区別できることが分かった(図2)。
上記の35遺伝子の中から、それらの発現レベルまたは発現量が腎がんの悪性度に関係してさらに有意に差のある10遺伝子、すなわち、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)及びクロソ(KL)(配列番号23)を選択して、これらの10遺伝子の発現パターンを用いて階層的クラスター解析を行ったところ、悪性度が高い(アグレッシブな)腎がんと悪性度が低い(ノンアグレッシブな)腎がんの両者を区別できることが分かった(図3)。
上記の10遺伝子の中から、それらの発現レベルまたは発現量が腎がんの悪性度に関係してさらに有意に差のある3遺伝子、すなわち、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)を選択して、これらの3遺伝子の発現パターンを用いて階層的クラスター解析を行ったところ、悪性度が高い(アグレッシブな)腎がんと悪性度が低い(ノンアグレッシブな)腎がんの両者を区別できることが分かった(図4)。
上記の3遺伝子の中から、それらの発現レベルまたは発現量が腎がんの悪性度に関係してさらに有意に差のある2遺伝子、すなわち、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)を選択して、これらの2遺伝子の発現パターンを用いて階層的クラスター解析を行ったところ、悪性度が高い(アグレッシブな)腎がんと悪性度が低い(ノンアグレッシブな)腎がんの両者を区別できることが分かった(図5)。
上記の35遺伝子を用いた遺伝子発現プロファイルをもとにしたクラスター分析により分けられた2つの群(図2)、すなわち、腎がんの予後良好群と予後不良群に関してカプランマイヤー法により経時的な累積生存率を求めた。図6に示すように、予後不良群と分類された群については、経時的に累積生存率が減少している。一方、予後良好群と分類された群では、累積生存率の減少は見られなかった。これらについてログランク検定を行うと、両者間ではp<0.001となり、有意差が確認された。
Claims (14)
- 腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)及びグリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。 - 腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)及び形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子のうち、少なくとも2種の遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。 - 腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)及びクロソ(KL)(配列番号23)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子のうち、少なくとも5種の遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。 - 腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、インテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、コンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)、膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする各遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記遺伝子のうち、少なくとも10種の遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して2倍以上又は2分の1以下である場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。 - 腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、第1の分子マーカーセットであるインテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、及びコンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも4種の遺伝子の発現レベル又は発現量、並びに第2の分子マーカーセットである膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも5種の遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い、及び/又は前記第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、悪性度が低いと推定される対照における同一の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して低い場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。 - 腎がんの悪性度を判別する方法であって、
(a)被検対象から腎がん組織を採取し;
(b)上記(a)の組織において、第1の分子マーカーセットであるインテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、及びコンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも4種の遺伝子の発現レベル又は発現量、並びに第2の分子マーカーセットである膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする各遺伝子からなる群から選択される少なくとも5種の遺伝子の発現レベル又は発現量を測定し;
(c)前記第1の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量が、前記第2の分子マーカーセットの遺伝子の発現レベル又は発現量と比較して高い場合には、被検対象の腎がんの悪性度が高いと判定する
ことを含む方法。 - 前記遺伝子の発現レベル又は発現量が、該遺伝子より転写されるmRNA量又は該遺伝子にコードされたポリペプチド量から測定される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記mRNA量が、ハイブリダイゼーション法又は核酸増幅法により測定される、請求項7に記載の方法。
- 前記ハイブリダイゼーション法において、発現レベル又は発現量を測定する対象となる遺伝子に対応する核酸又はその断片が支持体上の各々定められた領域に固定化されたマイクロアレイを使用する、請求項8に記載の方法。
- 前記核酸増幅法が、RT−PCR法である、請求項8に記載の方法。
- 前記遺伝子の発現レベル又は発現量が、該遺伝子より転写されてmRNAの逆転写反応により得られるcDNA量から次世代シーケンサーを用いて測定される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記遺伝子にコードされたポリペプチド量が、該ポリペプチド又はその断片に対する抗体を用いて測定される、請求項7に記載の方法。
- 第1の分子マーカーセットであるインテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、及びコンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)をコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも4種の遺伝子に対応する核酸若しくはその断片、及び/又は第2の分子マーカーセットである膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも5種の遺伝子に対応する核酸若しくはその断片の各々が、支持体上の定められた領域に固定化されている、腎がんの悪性度を判別するためのマイクロアレイ。
- 第1の分子マーカーセットであるインテグリン−アルファM(ITGAM)(配列番号1)、インスリン様増殖因子結合タンパク質3(IGFBP3)(配列番号2)、トランスグルタミナーゼ2(TGM2)(配列番号3)、AHNAK核タンパク質2(AHNAK2)(配列番号4)、プロコラーゲン−リジン 2−オキソグルタレート 5−ジオキシゲナーゼ2(PLOD2)(配列番号5)、形質転換増殖因子β誘導型68kDa(TGFBI)(配列番号6)、セルピンペプチダーゼ阻害剤クレードEメンバー1(SERPINE1)(配列番号7)、ADPリボシル化因子様4C(ARL4C)(配列番号8)、ルミカン(LUM)(配列番号9)、ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)(配列番号10)、及びコンプリーメントコンポーネント1 sサブコンポーネント(C1S)(配列番号11)をコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも4種の遺伝子から発現されるmRNA若しくはその断片を検出するためのプローブ、及び/又は第2の分子マーカーセットである膜メタロエンドペプチダーゼ転写産物バリアント1(MME)(配列番号12)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ6ファミリーメンバーA1(ALDH6A1)(配列番号13)、アセチルCoAアセチルトランスフェラーゼ1(ACAT1)(配列番号14)、ポドカリキシン様(PODXL)(配列番号15)、メチオニンスルホキシドレダクターゼA(MSRA)(配列番号16)、尿細管間質性腎炎抗原(TINAG)(配列番号17)、膜貫通タンパク質174(TMEM174)(配列番号18)、アグマチンウレオヒドロラーゼ(アグマチナーゼ)(AGMAT)(配列番号19)、プロテアーゼセリン8(PRSS8)(配列番号20)、ドーパ脱炭酸酵素(芳香族L−アミノ酸脱炭酸酵素)(DDC)(配列番号21)、グリシン−N−アシルトランスフェラーゼ様1(GLYATL1)(配列番号22)、クロソ(KL)(配列番号23)、溶質輸送体ファミリー7(糖タンパク質関連アミノ酸トランスポーター軽鎖、bo+システム)メンバー9(SLC7A9)(配列番号24)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)(配列番号25)、ミオイノシトールオキシゲナーゼ(MIOX)(配列番号26)、溶質輸送体ファミリー16メンバー9(モノカルボン酸トランスポーター9)(SLC16A9)(配列番号27)、C型レクチンドメインファミリー3メンバーB(CLEC3B)(配列番号28)、シトクロームP450ファミリー4サブファミリーAポリペプチド11(CYP4A11)(配列番号29)、ブチロベタイン(ガンマ)2−オキソグルタレートジオキシゲナーゼ(ガンマ−ブチロベタインヒドロキシラーゼ)1(BBOX1)(配列番号30)、アクアポリン1(コルトン血液群)(AQP1)(配列番号31)、内向き整流カリウムチャネルサブファミリーJメンバー15(KCNJ15)(配列番号32)、ペリリピン2(PLIN2)(配列番号33)、フルクトース二リン酸アルドラーゼB(ALDOB)(配列番号34)、及び中鎖アシルCoAシンテターゼファミリーメンバー2A(ACSM2A)(配列番号35)をコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも5種の遺伝子から発現されるmRNA若しくはその断片を検出するためのプローブ、あるいは上記遺伝子にコードされたポリペプチド若しくはその断片に対する抗体又はその断片を含む、腎がんの悪性度を判別するためのキット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2014221914A JP6638128B2 (ja) | 2014-10-30 | 2014-10-30 | 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2014221914A JP6638128B2 (ja) | 2014-10-30 | 2014-10-30 | 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016086678A true JP2016086678A (ja) | 2016-05-23 |
JP6638128B2 JP6638128B2 (ja) | 2020-01-29 |
Family
ID=56015399
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014221914A Active JP6638128B2 (ja) | 2014-10-30 | 2014-10-30 | 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6638128B2 (ja) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2018040320A1 (zh) * | 2016-08-31 | 2018-03-08 | 广东华美众源生物科技有限公司 | 一种人果糖二磷酸醛缩酶b基因检测方法及试剂盒 |
WO2018079689A1 (ja) | 2016-10-28 | 2018-05-03 | 公益財団法人がん研究会 | バイオマーカー、疾患関連遺伝子の探索方法、及び腎がんマーカー |
WO2019208052A1 (ja) | 2018-04-25 | 2019-10-31 | 特定非営利活動法人North East Japan Study Group | プログラム、情報処理方法および情報処理装置 |
WO2021232616A1 (zh) * | 2020-05-21 | 2021-11-25 | 深圳太力生物技术有限责任公司 | 目标细胞株的筛选方法、系统、服务器及存储介质 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20060088823A1 (en) * | 2001-03-29 | 2006-04-27 | Brian Haab | Microarray gene expression profiling in clear cell renal cell carcinoma : prognosis and drug target identification |
WO2006124022A1 (en) * | 2005-05-13 | 2006-11-23 | Vanandel Research Institute | Microarray gene expression profiling in subtypes of clear cell renal cell carcinoma |
WO2007026896A1 (ja) * | 2005-09-02 | 2007-03-08 | Toray Industries, Inc. | 腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 |
JP2009502112A (ja) * | 2005-07-28 | 2009-01-29 | オンコセラピー・サイエンス株式会社 | 腎細胞癌を診断および処置するための方法 |
JP2013512000A (ja) * | 2009-12-01 | 2013-04-11 | コンペンディア バイオサイエンス, インコーポレイテッド | 癌の分類 |
JP2013516195A (ja) * | 2010-01-11 | 2013-05-13 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法 |
-
2014
- 2014-10-30 JP JP2014221914A patent/JP6638128B2/ja active Active
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20060088823A1 (en) * | 2001-03-29 | 2006-04-27 | Brian Haab | Microarray gene expression profiling in clear cell renal cell carcinoma : prognosis and drug target identification |
WO2006124022A1 (en) * | 2005-05-13 | 2006-11-23 | Vanandel Research Institute | Microarray gene expression profiling in subtypes of clear cell renal cell carcinoma |
JP2009502112A (ja) * | 2005-07-28 | 2009-01-29 | オンコセラピー・サイエンス株式会社 | 腎細胞癌を診断および処置するための方法 |
WO2007026896A1 (ja) * | 2005-09-02 | 2007-03-08 | Toray Industries, Inc. | 腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 |
JP2013512000A (ja) * | 2009-12-01 | 2013-04-11 | コンペンディア バイオサイエンス, インコーポレイテッド | 癌の分類 |
JP2013516195A (ja) * | 2010-01-11 | 2013-05-13 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現を用いて腎癌の臨床的結果の見込みを判定する方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
PLOS MED., 2006, 3(1), E13, JPN6015007156, ISSN: 0003991892 * |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2018040320A1 (zh) * | 2016-08-31 | 2018-03-08 | 广东华美众源生物科技有限公司 | 一种人果糖二磷酸醛缩酶b基因检测方法及试剂盒 |
WO2018079689A1 (ja) | 2016-10-28 | 2018-05-03 | 公益財団法人がん研究会 | バイオマーカー、疾患関連遺伝子の探索方法、及び腎がんマーカー |
WO2019208052A1 (ja) | 2018-04-25 | 2019-10-31 | 特定非営利活動法人North East Japan Study Group | プログラム、情報処理方法および情報処理装置 |
WO2021232616A1 (zh) * | 2020-05-21 | 2021-11-25 | 深圳太力生物技术有限责任公司 | 目标细胞株的筛选方法、系统、服务器及存储介质 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP6638128B2 (ja) | 2020-01-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN107326066B (zh) | 用于膀胱癌检测的尿标记物 | |
JP6062399B2 (ja) | 癌の検出のための尿遺伝子発現比 | |
ES2608322T3 (es) | Procedimiento para predecir la respuesta a la quimioterapia en un paciente que padece o está en riesgo de desarrollar cáncer de mama recurrente | |
US20110177971A1 (en) | Method for diagnosing the stage of a thyroid tumor | |
ES2316932T3 (es) | Pronostico de cancer colorectal. | |
BR112017025430B1 (pt) | Método, uso de um produto, produto de programa de computador e sistema | |
JP6638128B2 (ja) | 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法 | |
JP2002515591A (ja) | 結腸癌を診断し、モニターし、そして病期決定する新規方法 | |
CN110229899B (zh) | 用于结直肠癌早期诊断或预后预测的血浆标记物组合 | |
JP6611411B2 (ja) | 膵臓がんの検出キット及び検出方法 | |
KR102061891B1 (ko) | 폐암 질환의 진단용 마커 | |
KR20090052670A (ko) | 간세포암 진단용 조성물, 이를 이용한 간세포암 진단 키트및 항암제의 스크리닝 방법 | |
JP2007082433A (ja) | 悪性脳腫瘍マーカー遺伝子およびその用途 | |
JP2020072705A (ja) | 膀胱癌を検出するための尿マーカー | |
AU2020200168A1 (en) | Urine markers for detection of bladder cancer | |
AU2015200982A1 (en) | Urine markers for detection of bladder cancer | |
JP2007185127A (ja) | 中枢神経系原発悪性リンパ腫マーカーおよびその用途 | |
JPWO2020032228A1 (ja) | 前立腺がんの検出のためのキット、デバイス及び方法 | |
JP7037807B2 (ja) | 食肉目動物の癌検出方法 | |
RU2537263C2 (ru) | Способ скрининга и мониторинга онкологических заболеваний и набор для его осуществления (варианты) | |
JP6103866B2 (ja) | 大腸ガン検出方法、診断用キット及びdnaチップ | |
JP2006166789A (ja) | 癌の新規診断方法 | |
KR102133432B1 (ko) | 폐암 질환의 진단용 마커 | |
US20220064235A1 (en) | Urine Markers and Methods for Detection of Bladder Cancer and Treatment Thereof | |
JP2004248508A (ja) | 膀胱癌に対する分子マーカーとしてのhurp遺伝子 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20171027 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20171101 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20181023 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20181225 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190221 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190312 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190510 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20191029 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20191126 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6638128 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |