KR20090052670A

KR20090052670A - 간세포암 진단용 조성물, 이를 이용한 간세포암 진단 키트및 항암제의 스크리닝 방법

Info

Publication number: KR20090052670A
Application number: KR1020070119289A
Authority: KR
Inventors: 김대곤; 유경란
Original assignee: 전북대학교산학협력단
Priority date: 2007-11-21
Filing date: 2007-11-21
Publication date: 2009-05-26

Abstract

본 발명은 인체의 간내 간세포암(Hepatocellular Carcinoma, HCC)의 조기발견 및 진행에 관련된 유전자 발현 프로필에 관한 것으로, 특히 간세포암 초기 및 진행단계에 따라 상향 또는 하향 발현되는 유전자를 진단 마커로 이용하여 간세포암을 진단하고, 상기 유전자의 발현수준에 따라 적절한 항암제를 스크리닝하는 방법을 제공한다.

간세포암, 진단마커, 조기진단, 진행성 간암, 유전자 발현

Description

간세포암 진단용 조성물, 이를 이용한 간세포암 진단 키트 및 항암제의 스크리닝 방법 {A composition for diagnosis of Hepatocellular cancer, a diagnosing kit comprising the same, and a method for screening an anticancer agent}

본 발명은 비간암조직과 간세포암조직 간의 또는 비간암조직과 간세포암조직 내부 유전자 발현 프로필을 분석하고 이를 바탕으로 간암의 전구질환인 간경화와 고분화 간암, 고분화간암과 저분화 간암조직간의 유전자 발현 프로필을 비교하여 간세포암을 조기진단하거나 간세포암 진행에 대한 진단용 조성물, 진단키트 및 이를 이용하여 간세포암을 진단하는 방법 및 간세포암에 대한 항암제 스크리닝 방법에 관한 것이다.

종양 마커를 이용한 암 진단 검사에는 여러가지가 있으나 대부분 항체를 이용한 혈액 검사에 의하며, 일부에서는 조직 추출액, 소변, 대변 등을 이용하여 검사하는 방법도 있다. 종양 마커는 암이 발생하는 장소에 따라 다양하고, 사람에게 생기는 암 모두를 찾아낼 수 있는 종양 마커는 없으며, 적당한 종양 마커가 없는 암도 많아, 보다 나은 종양 표지자 진단법을 만들기 위해 단클론항체, 레이저광선, 방사성동위원소, 화학발광, 자동분석장치 등을 사용한 연구가 진행되고 있다.

종양 마커 중에는 체내의 특정 암 세포만이 만들 수 있는 화학적 물질로 그 이상치가 확인되면 바로 특정 장기의 암을 진단할 수 있는 것이 있다. 이런 관계를 「장기특이성이 높다」라고 한다. 이러한 부류의 종양 마커에는 전립선과 전립선암 관련항원(PSA), 태반, 배세포와 융모성 생식선자극호르몬(hCG), 신경내분비세포와 신경특이 에놀라아제(NSE), 내분비선과 각종 호르몬, 신경종양과 카테콜아민(VMA), 간세포, 배세포와 알파태아단백(AFP) 등이 있다. 그러나 대부분의 종양 마커는 여러 장기에서 만들어지기 때문에 특정 마커의 값이 높아도 어느 곳에서 생긴 암인지 결정하기가 어렵다. 예를 들면, CEA나 CA19-9와 같은 종양 마커는 위, 대장, 췌장, 폐 등 여러 장기의 암 세포에서 만들어진다. 따라서 그 마커가 혈청 중에 다량으로 존재한다 해도 그것만으로는 어디에서 생긴 암인지를 알 수 없다.

그러함에도 불구하고, 암은 조기진단이 중요하고 대부분의 암이 특이적인 자각증상이 없다는 특성 때문에, 종양 마커에 의한 암검진은 유용하며, 종양 마커의 종류는 암의 종류에 따라 매우 다양하다. 또한 하나의 검사로 모든 암을 찾아낼 수 있는 종양 마커는 없으며 타당한 종양 마커가 없는 암도 많으므로, 보다 나은 종양 마커를 찾기 위한 연구가 계속 진행되고 있다.

간세포암은 간에서 발생하는 원발성 간암을 의미하며, 다른 부위에서 생겨서 간으로 전이된 암은 간세포암이 아니다. 이것은 전체 간암의 90％ 이상을 차지한다. 이 암은 치료를 하더라도 환자의 40∼80％는 재발한다. 대부분 다시 간에 재발하지만, 폐와 림프절, 복강을 둘러싸고 있는 안쪽 벽과 종격동에서 나타날 수도 있다. 남성과 여성 환자의 비율은 5 대 1 정도이고, 대부분 중년 이후에 발생한다.

원인은 B형간염 바이러스와 C형간염 바이러스, 알코올성 간질병, 대사성 만성 간질병, 독성물질 등이다. 특히 국내에서는 이 질병 환자의 65∼80％는 B형간염 항원 보균자로 알려져 있다.

간세포암은 초기에는 증세가 나타나지 않고, 증세가 나타난 경우 이미 많이 진행된 것이다. 증세는 주로 피로감, 복부통증이나 때로 팽만감과 식욕부진이 나타난다. 특징적인 증세는 명치에서 응어리가 느껴지는 것으로 상당히 진행된 상태에서 나타난다. 만약 복강 안에서 간세포암이 터진 경우에는 갑작스러운 복부통증 및 팽만, 저혈압이나 쇼크 등이 일어난다.

이 질병 환자는 간세포암이 진행하여 사망하기도 하지만 동반하고 있는 간경화증 때문에 사망하는 경우도 있으므로 간세포암의 진행을 막는 동시에 간경화증의 진행을 방지하는 치료를 시행하여야 한다. 조기에 암을 발견하여 수술을 시행하면 완전히 치료할 수 있다. 그러나 암이 많이 진행한 경우, 간기능 상태가 나쁜 경우, 신체 다른 부위로 이미 전이한 경우에는 수술을 할 수 없어 경피적에탄올주입법과 경도자동맥화학색전술, 고주파전기소작치료 등을 시행한다.

간세포암은 예후가 나쁜 질병이기 때문에 예방과 조기발견이 중요하다. 이를 위해서는 B형 간염 백신을 접종하고, 만성간염 또는 간경화증을 가진 환자의 경우에는 3∼6개월에 1번씩 검진을 한다.

최근에 p53, β-catenin, Axin1과 같은 종양억제 유전자 (tumor suppressor gene) 또는 종양성 유전자(oncogene)의 변이(mutation)가 종양 조직에서 발견되었고 이들이 간암발생에 관여할 것이라는 보고가 있지만, 이들 유전자 변이 빈도가 매우 낮아 이러한 유전자 변형으로 간암 발생 또는 발병의 인과관계를 설명하기는 부족하다. 따라서 간암의 원인과 진행에 대한 분자 생물학적 기전은 아직도 연구해야 할 과제로 남아있다.

우리나라 간세포암종의 경우 대부분 선행적으로 간경화와 더불어 진행되기 때문에 간경화를 동반한 간조직의 경우 간암 전구병변이라 할 수 있는 비종양성 재생성 결절(nonneoplastic regenerating nodule)과 악성 간세포암종(malignant hepatocellular carcinoma)의 중간 단계를 포함하고 있을 것으로 알려져 있다. 이러한 결절병변을 이형성 결절(dysplastic nodule)이라고 하며, 그 정도에 따라 저등급(low grade dysplastic nodule) 또는 고등급(high grade dysplastic nodule) 이형성 결절로 세분할 수 있다. 고등급 이형성 결절은 경우에 따라 조직내 미세한 간세포 암종이 관찰됨에 따라 간세포암종의 전암단계로 여겨지고 있다. 그러나 간암의 전구병변에 대한 구분에서도 병리학자들에 따라 조직 형태학적 차이를 구분하여 초기 간세포암(early hepatocelluar carcinoma), 인시투 암종(carcinoma in situ) 등으로 나누기도 하지만, 간암의 전암단계에 대해서는 아직도 논란의 여지가 있으며, 따라서 이러한 전암단계로부터 간세포암종 발달과정을 설명할 수 있는 분자기작에 대해서는 밝혀지지 않고 있다. 간세포암종은 조직병리학적으로 에드몬슨등급(Edmoson grade) 방법에 따라 모두 4등급으로 나눌 수 있다. 주목할 점은 이러한 종양 세포의 분화 정도와 종양 크기가 형태학적인 변화를 잘 반영하고 있으며 이러한 사실은 간암의 정도가 단계별로 진행한다는 사실을 의미하지만, 여기에 대한 분자 생물학적 기전은 아직까지 밝혀지지 않고 있다.

최근 소개된 DNA 마이크로어레이(microarray) 기법은 유전자의 발현 정도를 대단위로 포괄적으로 검색 가능하게 하였으며 종양학 연구에 많이 활용되는 최신 유전체학 기법 중에 하나이다. 이미 몇 몇 연구자들이 이러한 기법을 통하여 간암의 분자 발현양상을 이용하여 간암 발생에 대한 설명을 시도하였지만, 초기 간암발생에 대한 포괄적 유전자 발현에 대한 연구는 시도된 바 없다. 더 나아가, 간암 발생 및 진행에 관련된 간암 발달 단계별 대단위 유전자군이 조사된 바는 없으며, 이러한 조사는 초기 간암 발생과정을 이해하는데 매우 중요한 정보를 제공할 수 있을 것이다.

간세포암의 대표적인 분자마커인 AFP는 간세포가 형질전환되어 암세포로 전환되었을 때 비정상적으로 생성되는 당단백으로, 원발성 간암, 간염, 간경변과 태아성암 등의 발견과 치료경과 관찰에 이용된다. 대개 태아의 간이나 난황막에서 주로 만들어져 13주째에 최고치를 보이다가 이후에는 급격히 농도가 낮아져 정상의 성인에게서는 극히 낮은 농도(정상의 경우 7-10ng/mL 이하)로만 존재하나, 혈액 내부의 AFP 수준의 증가는 심각한 종양세포의 증가를 의미할 수 있으며, 특히 간(liver)세포와 관련된 종양 환자의 70% 이상에서 AFP의 수치 증가가 확인되어, 일반적으로 혈액 1ml당 AFP 7~15 ng 이하를 음성이라고 판정한다.

간암의 경우, 간암과 동시에 합병하는 일이 많은 간염, 간경변에서도 종양 마커 AFP가 만들어지기도 하며 양은 500ng/mL 정도까지는 상승한다고 알려져 있고, 산부인과 질환에서 임신부의 혈중 및 양수 중 AFP 증가는 무뇌아, 척추파열, 수두증 등 선천성 이상의 지표로 활용되기도 한다. AFP는 특히 조기 간암에서 저감도와 저특이성을 보이며 간경변이나 만성간염의 악화시에도 각각 증가한다. 따라서 몇가지의 새로운 바이오 마커 DCP(Des-gamma carboxyprothrombin)라고도 명명되는 PIVKA-II(prothrombin induced by vitamin K absence-II), AFP-L3(lens cularis agglutinin-reactive), GPC3(glypican-3) 등에 대하여 현재 조기간암을 진단할 수 있는지에 관한 연구가 이루어지고 있으며, 조기간암의 진단율을 효과적으로 증가시킬 수 있는 추가적 마커가 필요한 실정이다.

이에 본 발명자들은 간세포암의 조기 발견과 간세포암의 진행에 관련된 분자마커를 찾기 위하여 전암단계인 간경변 세분류 유전자와 고분화 간세포암(에드몬슨 1/2단계, GI/II) 세분류 유전자의 발현 양상과 고분화 간세포암(에드몬슨 1/2단계, GI/II) 세분류 유전자와 저분화 간세포암(에드몬슨 3/4, GIII/IV) 세분류 유전자간의 발현 양상을 분석하였다. 분석 결과, 간세포암의 진단과 진행을 모니터링할 수 있는 새로운 분자마커가 되는 유전자를 확인하고 본 발명을 완성하게 되었다.

따라서, 본 발명은 비간암조직과 간암조직에서 차별화 발현되는 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자의 단백질 수준을 측정하는 물질을 포함하는 간세포암 조기진단용 조성물을 제공하는 것을 그 목적으로 한다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물에 GⅠ/Ⅱ 간세포암 조직과 G Ⅲ/Ⅳ 간세포암 조직에서 차별화 발현되는 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자의 단백질 수준을 측정하는 물질을 추가로 포함하는 간세포암 진행단계 진단용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 간세포암 진단용 조성물을 포함하는 간세포암 진단키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 간세포암 진단용 조성물 또는 이를 포함하는 진단키트를 이용한 간세포암의 진단방법 및/또는 간세포암의 진행단계 측정방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 비간암조직과 간암조직에서 차별화 발현되는 유전자 또는 GⅠ/Ⅱ 간세포암 조직과 G Ⅲ/Ⅳ 간세포암 조직에서 차별화 발현되는 유전 자 재조합 벡터의 도입에 의한 세포를 이용하여 간세포암의 항암제 스크리닝 방법을 제공하는 것이다.

본 발명은 비간암조직과 간암조직에서 차별화 발현되는 유전자 또는 GⅠ/Ⅱ 간세포암 조직과 G Ⅲ/Ⅳ 간세포암 조직에서 차별화 발현되는 유전자인 간세포암 진단마커에 관한 것이다.

본 발명에서, "진단"은 병리 상태를 확인하는 것을 의미한다. 본 발명의 목적상, 진단은 간세포암 진단 마커의 발현 유부를 확인하여 간세포암의 발병 여부를 확인하는 것이다.

본 발명에서,“진단용 마커, 진단하기 위한 마커 또는 진단 마커(diagnosis marker)”란 간세포암 세포를 정상 세포와 구분하여 진단할 수 있는 물질을 의미하고, 정상 세포에 비하여 간세포암을 가진 세포에서 증가 또는 감소를 보이는 폴리펩타이드 또는 핵산(예: mRNA 등), 지질 , 당지질, 당단백질, 당(단당류, 이당류, 올리고당류 등) 등과 같은 유기 생체 분자 등을 포함한다.

본원 발명자들은 간 특이적 유전자 ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1, H3F3A, DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1, SEPP1 등의 발현양상을 분석하여 비간암조직에 비해 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자 ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1 및 H3F3A 와, 비간암조직에 비해 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자 DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1 및 SEPP1를 간세포암 진단용 마커로서 발굴하였다. 또한, 간경변(LC)에 비해 고분화간세포암 GI/II에서 상향 발현되는 G22P1, PSMD4, HSPCB, ATP1B1 및 THBS1와, 간경변(LC)에 비해 고분화 간세포암 GI/II에서 하향 발현되는 DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS, DCN 및 ALDH2, 그리고 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자 TALDO, INSIG1, PCK2, HGD, ARHB 및 IGFBP2와, GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자 TMSB10, ANXA5, S100A6, TMSB4X, GADD45G 및 MAGED2 등의 유전자와 단백질을 간암 진단 마커 및 간암진행 진단 마커로서 제공한다.

본 발명에서는 정상군, 간경변군, GⅠ/Ⅱ 간세포암군 및 GⅢ/Ⅳ 간세포암군 의 조직에서 각 유전자의 mRNA의 발현증가와 단백질 수준이 증가하는 것을 확인하여 상기 유전자를 간암 진단 마커 및 간암 진행단계 진단 마커로 사용할 수 있음을 보인다.

따라서, 본 발명의 첫 번째 양태에서는, 상기 유전자의 단백질 또는 이를 암호화하는 유전자의 mRNA 수준을 측정할 수 있는 물질을 포함하는 간세포암 진단용 조성물 및 간세포암 진행단계 진단용 조성물을 제공한다. 구체적으로, 상기 간세포암 진단용 조성물은 간특이적 유전자 중 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자 ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1 및 H3F3A 와, 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자 DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1 및 SEPP1으로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하는 물질을 포함하는 간세포암 진단용 조성물이다.

본 발명의 또 다른 양태에서는, 간세포암으로 진단된 환자의 경우, 간세포암의 초기에서부터 진행단계를 측정할 수 있는 물질을 포함하는 조성물을 더 제공한다.

상기 조성물은 간경변(LC)에 비해 고분화간세포암 GI/II에서 하향 발현되는 DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS, DCN 및 ALDH2, 또는 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자 TALDO, INSIG1, PCK2, HGD, ARHB 및 IGFBP2로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자 군에서 선택되는 하나 이상 유전자의 단백질 수준을 측정하는 물질을 포함하며, 이 조성물은 단독으로 사용되어 간경변으로 진단받은 환자의 조기 간세포암을 진단하기 위해 사용될 수 있거나, 또는 본 발명의 첫 번째 양태에 따른 상기 간세포암 진단용 조성물과 함께 제공되어 간세포암의 조기진단에 이용될 수도 있다.

또한, GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자 TALDO, INSIG1, PCK2, HGD, ARHB 및 IGFBP2 또는 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자 TMSB10, ANXA5, S100A6, TMSB4X, GADD45G 및 MAGED2로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자의 단백질 수준을 측정하는 물질을 포함하며, 이 조성물은 단독으로 사용되어 간세포암으로 진단받은 환자의 간세포암 진행단계를 진단하기 위해 사용될 수 있거나, 또는 본 발명의 첫 번째 양태에 따른 상기 간세포암 진단용 조성물과 함께 제공되어 간세포암의 진단과 동시에 간세포암의 진행 단계를 진단하도록 할 수도 있다.

본 발명에서, 상기 유전자의 단백질 또는 이를 암호화하는 유전자의 수준을 측정할 수 있는 물질을 포함하는 간세포암 진단용 조성물이란 상기 유전자에 특이적인 프라이머 쌍 또는 프로브를 포함하며, 상기 유전자에 특이적인 프라이머 쌍 또는 프로브를 이용하여 상기 유전자의 발현을 mRNA수준에서 효과적으로 검출할 수 있다. 당업자는 알려진 유전자의 특정 영역을 특이적으로 증폭하는 프라이머 또는 프로브를 디자인할 수 있다.

본 발명에서 "프라이머"란, 짧은 자유 3’ 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로, 상보적인 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형 성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약(DNA 중합효소 또는 역전사효소) 및 상이한 4 가지 NTP(nucleoside triphospate)의 존재 하에 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명의 프라이머는 각 간세포암 진단 유전자들에 특이적인 프라이머로, 바람직하게 7 내지 50 개의 뉴클레오타이드 서열을 가진 센스 및 안티센스 핵산 서열로 구성될 수 있다. 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 또한, 본 발명의 프라이머 핵산 서열은 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, 32P), 형광성 분자, 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다. 본 발명에서 프라이머 쌍은 표적 유전자 서열을 인지하는 정방향 및 역방향의 프라이머로 이루어진 모든 조합의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료 내에 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성을 부여할 수 있다. 본 발명에서 용어, “비특이적 증폭”이란 표적 서열 이외의 핵산 서열에 프라이머가 하이브리드 되어, 프라이머 연장의 기질로서 작용함으로써 일어나는 표적 서열 이외의 핵산 증폭을 지칭하는 말이다.

본 발명에서 “프로브”란, mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며, 라벨링되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.

본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.

표적 유전자 서열이 밝혀진 경우, 당해 분야의 평균적 기술자는 기존의 데이터베이스를 토대로 표적 유전자 내 서열간의 혼성화 정도 등의 변수를 고려하여, 특이성 및 민감성이 높은 다양한 프라이머 쌍의 조합을 쉽게 결정할 수 있다.

본 발명에서 유전자의 단백질 수준을 측정할 수 있는 물질로는 각 유전자의 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체 등의 “항체”를 모두 포함한다. 상기한 바와 같이 간암 진단 마커 단백질이 규명되었으므로 이를 이용하여 항체를 생성하는 것은 당해 기술분야의 일반적 기술자가 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조할 수 있다.

다클론 항체는 상기 유전자의 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산할 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소, 개 등의 임의의 동물 종 숙주로부터 제조가능하다. 단일클론 항체는 당업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법((hybridoma method)(Kohler 및 Milstein (1976) European Jounral of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991) 기술을 이용하여 제조될 수 있다. 또한, 본 발명의 항체는 2 개의 전체 길이의 경쇄 및 2 개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며, Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 있다.

본 발명의 또 다른 양태에서는, 전술한 유전자의 단백질 또는 이를 암호화하 는 유전자의 mRNA 수준을 측정할 수 있는 물질을 포함하는 간세포암 진단용 및/또는 간세포암 진행단계 진단용 조성물을 포함하는 간암 진단키트를 제공한다.

본 발명의 진단 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치로 구성된다.

바람직하게는, RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 진단마커 검출용 키트에 관한 것이다. RC-PCR 키트는, 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클로에타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.

본 발명의 진단 키트는 또한, 바람직하게, DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 진단마커 검출용 키트에 관한 것이다. DNA 칩 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판을 포함하고, 기판은 정량구조 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.

본 발명은 또한 상기 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하는 제재를 포 함하는 진단 키트일 수 있으며, 이 때 상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 바람직하게 상기 단백질에 특이적인 항체이다. 따라서, 바람직하게, 상기 단백질 수준을 측정하는 제제를 포함하는 본 발명에 따른 진단 키트는 ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단 마커 검출용 키트일 수 있다. 상기 ELISA 키트는 “항원-항체 복합체”를 형성한 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면 표지된 2차 항체, 발색단(chromopores), 효소(예:항체와 접합) 및 그의 기질을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다.

본 발명에서 용어 "항원-항체 복합체"란 간세포암 진단 마커 단백질과 이에 특이적인 항체의 결합물을 의미하고, 항원-항체 복합체의 형성량은 검출 라벨(detection label)의 시그널의 크기를 통해서 정량적으로 측정할 수 있다. 이러한 검출 라벨은 효소, 형광물, 리간드, 발광물, 미소입자(microparticle), 레독스 분자 및 방사선 동위원소로 이루어진 그룹 중에서 선택할 수 있으며, 반드시 이로 제한되는 것은 아니다. 단백질 수준을 측정하기 위한 분석방법으로는 웨스턴 블롯, ELISA, 방사선면역분석, 방사선 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법, 보체 고정분석법, FACS, 단백질 칩 등이 있으나, 이로 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 양태에서는 전술한 유전자의 발현수준을 특정하여 간세포 암을 진단하는 방법 및 나아가 간세포암의 진행단계를 예측하는 방법을 제공한다. 구체적으로, 상기 방법은 생물학적 시료로부터 본 발명에 따른 특정 간세포암 진단 마커 유전자의 발현 수준 또는 단백질 수준을 측정하는 방법을 포함할 수 있다. 생물학적 시료로부터 특정 유전자의 mRNA 또는 단백질을 분리하는 기술은 당업자에게 잘 알려진 공지의 공정을 이용하여 수행할 수 있다.

본 발명에서 "생물학적 시료"란 간세포암 발생에 의해 전술한 유전자들의 발현 수준이 차이나는 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨와 같은 시료를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.

mRNA 수준을 측정하기 위한 분석 방법으로는 RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR , 실시간 RT-PCR, RNase 보호 분석법, 노던 블롯팅, DNA 칩 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다. 상기 검출 방법들을 통하여, 대조구에서의 mRNA 발현량과 간세포암 환자 또는 간세포암 의심환자에서의 mRNA 발현량을 확인할 수 있고, mRNA로의 유의한 발현량 정도를 대조구와 비교함으로써 간세포암의 이환여부를 예측할 수 있다.

단백질의 수준을 측정하기 위한 방법은 본 발명에 따른 간세포암 진단 마커 단백질과 그에 특이적인 항체 간의 "항원-항체 복합체" 형성량을 측정하는 방법을 포함할 수 있으며, 그 외에 웨스턴 블롯, ELISA, 방사선면역분석, 방사선 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법, 보체 고정분석법, FACS, 단백질 칩 등이 있으며, 이로 제한되는 것은 아니다.

상기 검출 방법들을 통하여, 정상 대조군에서는 유전자 발현 수준을 간세포암 의심 환자에서는 유전자 발현 수준과 비교함으로써 간세포암 실제 암 환자여부를 진단할 수 있고, 간세포암의 진행단계 또는 예후를 예측할 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태에서는 전술한 유전자를 포함하는 재조합 발현벡터를 도입한 세포주에 항암제 후보물질을 처리하여 처리된 세포와 대조구의 mRNA 또는 단백질 수준을 비교하여 간세포암의 항암제를 스크리닝하는 방법을 제공한다,

본 발명에서 “재조합 벡터”란 적당한 숙주세포에서 목적 단백질 또는 목적 RNA을 발현할 수 있는 벡터로서, 유전자 삽입물이 발현되도록 작동가능하게 연결된 필수적인 조절요소를 포함하는 유전자 작제물을 말한다. 본 발명에서 “작동가능하게 연결된(operably linked)"는 일반적인 기능을 수행하도록 핵산 발현조절 서열과 목적하는 단백질 또는 RNA를 코딩하는 핵산 서열이 기능적으로 연결(functional linkage)되어 있는 것을 말한다. 예를 들어 프로모터와 단백질 또는 RNA를 코딩하는 핵산 서열이 작동가능하게 연결되어 코딩하는 핵산 서열의 발현에 영향을 미칠 수 있다. 재조합 벡터와의 작동적 연결은 당해 기술 분야에서 잘 알려진 유전자 재조합 기술을 이용하여 제조할 수 있으며, 부위-특이적 DNA 절단 및 연결은 당해 기 술 분야에서 일반적으로 알려진 효소 등을 사용한다.

본 발명의 벡터는 플라스미드 벡터, 코즈미드 벡터, 박테리오파이지 벡터 및 바이러스 벡터 등을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 적합한 발현 벡터는 프로모터, 오퍼레이터, 개시코돈, 종결코돈, 폴리아데닐화 시그널 및 인핸서 같은 발현 조절 엘리먼트 외에도 막 표적화 또는 분비를 위한 시그널 서열 또는 리더 서열을 포함하며 목적에 따라 다양하게 제조될 수 있다. 벡터의 프로모터는 구성적 또는 유도성일 수 있다. 또한 발현벡터는 벡터를 함유하는 숙주 세포를 선택하기 위한 선택 마커를 포함하고, 복제 가능한 발현벡터인 경우 복제 기원을 포함한다.

시그널 서열에는 숙주가 에쉐리키아속균인 경우에는 PhoA 시그널 서열, OmpA 시그널 서열 등이, 숙주가 바실러스속균인 경우에는 α-아밀라아제 시그널 서열, 서브틸리신 시그널 서열 등이, 숙주가 효모인 경우에는 MFα 시그널 서열, SUC2 시그널 서열 등이, 숙주가 동물세포인 경우에는 인슐린 시그널서열, α-인터페론 시그널 서열, 항체 분자 시그널 서열 등을 이용할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서는 상기 재조합 벡터로 형질 전환된 형질전환체는 간세포암 세포주로 형질전환하는 핵산을 유기체 세포, 조직 또는 기관에 도입하는 어떤 방법도 포함되며, 당 분야에서 공지된 바와 같이 숙주세포에 따라 적합한 표준 기술을 선택하여 수행할 수 있다. 이런 방법에는 전기충격유전자전달법(electroporation), 원형질 융합, 인산 칼슘(Cacl2), 침전, 실리콘 카바이드 섬유를 이용한 교반, 아그로박테리아 매개 형질전환, PEG, 덱스트란 설페이트, 리포펙타민 등이 포함되나 이로 제한되지 않는다.

숙주세포에 따라 단백질의 발현량과 수식 등이 다르게 나타나므로, 목적에 가장 적합한 숙주세포를 선택하여 사용하면 된다. 숙주세포로는 에스케리치아 콜라이(Escherichia coli), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 슈도모나스(Pseudomonas), 프로메테우스 미라빌리스(Prometeus mirabilis) 또는 스타필로코구스(Staphylococcus)와 같은 원핵 숙주 세포가 있으나 이로 제한되는 것은 아니다. 또한 진균(예를 들어, 아르페르길러스(Aspergillis), 쉬조사카로마세스(Schizosaccharomyces), 뉴로스포라 크라사(Neurospora crassa)) 등과 같은 하등 진핵세포, 곤충 세포, 식물 세포, 포유동물 등을 포함하는 고등 진핵생물 유래의 세포를 숙주세포로 사용할 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태로서, 본 발명은 전술한 유전자의 단백질이 상향 발현 또는 하향 발현되는 세포를 배양하고, 발현억제 또는 발현증가 후보물질을 세포에 처리한 뒤, 후보 물질을 처리하지 않은 대조구 세포에서의 간세포암 진단 마커(단백질, mRNA)의 발현 정도와 비교하여 간세포암 관련 단백질 발현을 저해하거나 증가시키는 항암제를 스크리닝하는 방법을 제공한다.

스크리닝에는 바람직하게는, 간세포암 진단 마커의 mRNA 발현정도를 프라이머 또는 프로브를 이용하는 방법이 이용될 수 있으며, 그 중에서도 RT-PCR이 바람직히다. 대조구와 비교하여 진단 마커의 발현을 감소시키거나 증가시키는 항암제를 선별하여 간세포암 치료에 사용할 수 있다.

본 발명의 바람직한 실시예에서는 본 발명에 따른 간세포암 진단 마커의 검출을 위한 cDNA 마이크로어레이(14K)를 21세기 프론티어 인간유전체기능연구센터(KRIBB, 대전, 한국)에 의뢰하여 제작하였다. 상기 14K 어레이 슬라이드는 8159 개의 염기서열이 확인된 유전자와 세포유지 유전자를 포함하고 있다. 수퍼스크립트Ⅱ 역전사 효소를 이용하여 올리고(dt) 시발 중합작용에 의해 각 암에서 RNA 100㎍ 에 형광표지 cDNA를 제조하였다. 반응은 50μl를 최종 용적으로 하여 수행하였으며, 형광핵산염기 Cy5-dUTP 와 Cy3-dUTP(Amersham사, 미국)를 0.2mM 농도로 사용하였고, 대조 RNA로는 6개의 다른 정상 간조직으로부터 전량 RNA를 사용하였다. 대조 및 실험샘플로부터 정제되고 농축된 형광표지 cDNA 제작은 표준화된 방법으로 시행하였다.

본 발명의 구체적인 실시예에서 형광이미지 제작 및 이미지분석은 레이저 공초점 현미경 스캔 시스템인 스캔어레이 4000XL(ScanArray 4000XL, GSI Lumonics사, 미국)을 이용하여 마이크로어레이 슬라이드 위에 고정된 Cy5 또는 Cy3 에 의해 형광강도를 결정하였다. Cy3 및 Cy5의 주 형광이미지는 각각 스캔하고 이미지 분석을 위해 저장하였으며, 실험 샘플은 적색채널강도로, 대조형광은 녹색채널로 또는 그 반대로 하여 임의적으로 칼라이미지를 만들었다. 마이크로어레이 슬라이드 위에 고정된 cDNA 타깃 신호는 ImaGene^TM 5.2C(BioDiscovery사, 미국)의 소프트프로그램을 이용하여 실험치와 대조치의 발현비율로 나타냈으며 각 스팟의 Cy5와 Cy3의 형광강도는 각 슬라이드의 모든 스팟이 같도록 중앙 Cy5 및 Cy3 강도를 순서적으로 적정화 하였다.

본 발명에서 노던 분석은 20㎍ 전체 비간암 또는 간세포암의 전 RNA를 포함하고 있는 샘플을 2.2% 포름알데히드와 50mM MOPS를 포함하고 있는 1% 아가로스 겔에 분획하고, 나일론 막으로 옮겼다. 나일론 막은 UV 크로스 링커(Stratagen, La Jolla, CA)를 이용하여 크로스 링크를 하였고, 무작위 프라이밍으로 α-³²P dCTP(3,000 Ci/mmol; NEN Life Science Products, Boston, MA)로 표지한 소화효소 절단된 cDNA 인서트로부터 생성된 각각의 cDNA 프로브와 각각 혼성화하였다. 블롯은 -70℃에서 x-ray 필름에 노출하였고 각 레인에 로드된 mRNA의 양을 확인하기 위한 18S cDNA 프로브를 이용하여 혼성화하였다.

본 발명에서 데이터 분석은 대조조직 사이의 각 cDNA의 강도치의 관계는 스캐터 플롯(scatter plot)에 의해 분석하고 직선관계는 로그공간에서 구하였다. 모든 ImagGene 파일은 한국생물정보센터의 간암데이터베이 스(http://excal.kobic.re.kr:8080/hcc)에 업로드 하였고, 국소 배경의 신호강도의 50% 미만 신호강도의 모든 스팟은 표지되어 제거되었다. 데이터는 바이오컨덕터(Bioconductor, http://www.bioconductor.org)의 R 팩키지(http://www.r-project.org)의 Iimma 프로그램에 의해 프린트 팁 로스(print tip loess) 표준화를 수행하였다. 각 조직에서 80% 이상의 발현치를 가지는 유전자를 분석하였으며, 계통적 클러스터 알고리즘은 TIGR 멀티 익스페리먼트 뷰어(TIGR Multi Experiment viewer) 버전 3.11 소프트웨어에 있는 유사성 측정과 완전연계 클러스터링으로 피어슨 비중심화 상관계 상수를 이용하여 적용하였다. 패키지에서의 10000 무작위 순열에 근거한 2 샘플 t-test를 차별화 발현 유전자의 통계학적 분석에 사용하였다. 바이오컨덕터 내 q<0.05 인 두 그룹간 평균 차이가 1.5 이상인 경우를 선택하였다.

본 발명에서 면역형광을 위하여 GFP-표지 ANAX2 발현 벡터나 공벡터가 도입된 세포를 커버슬립에서 4% 파라포름알데하이드로 고정하고 0.2% 트리톤 함유 인산완충액으로 투과성을 증가시켜 1% BSA로 블로킹하였다. 세포는 토끼 다클론 ANXA2 항체(H50; Santa Criz Biotechnology사)와 함께 4℃에서 하룻밤 배양하고 세척 후 TRIPC 중합 고양이 항마우스 면역 항체와 함께 배양하였다. 최종 세척 후 세포는 핵을 관찰하기 위하여 1㎍/ml Hoechst 33258 로 15분간 염색하고 4℃ PBS에서 50% 글리세롤로 고정하여 레이저 스캔 현미경 LCM510(Carlzess, 독일)으로 관찰하였다. 면역화학 염색 후 파라핀 매몰 조직절편을 4㎛ 두께로 잘라 포르말린에 고정하였으며, 탈수시킨 후 탈 파라핀 절편은 마이크로 웨이브 에피톱 유도법에 의해 처리하 였다. 일차항체를 투여하기 전에 내인성 과산화효소는 5% 과산화수소로 억제하고, 바이오틴을 BSA로 블로킹 시켰다. ANXA2 에 대한 일차항체(H50; Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA) 또는 CD34(ICO115, Santa cruz, CA)는 이차 바이오틴 부착 이차항체(the secondary biotinylated antibody)와 스트렙타비딘 과산화효소 결합체(Streptavidin-peroxidase conjugate)로 검출하였다. 이중면역염색은 ANXA2에 대해 HRP 중합 스트렙트아비딘 염색(horseradish perxidase(HRP) conjugated streptavidin staining)을 하고 과산화효소 활성도는 3-아미노-9-에틸 카바졸(3-amino-9-ethyl carbazole) 효소기질을 이용하여 확인하였다. CD34에 대해서는 스트렙트아비딘이 중합된 알카라인 포스파타아제(alkaline peroxidase, AP)를 사용하고 BCIP/NBT (bromochloroindoylphosphte/nitrobluetetrazolium)를 색소기질로 가하여 염색하였다.

이상에서 설명한 바와 같이 본 발명은 정상, 간경화와 같은 비간암조직과 간세포암조직의 간암진행단계별 유전자 발현 프로필을 비교하여 간세포암의 조기진단과 그 진행단계를 진단하는 진단용 조성물, 진단키트 및 이를 이용하여 간세포암을 진단하는 방법 및 간세포암에 대한 항암제 스크리닝 방법을 제공한다.

따라서, 본 발명의 간세포암의 진단과 진행을 모니터링 할 수 있는 마커로 사용될 수 있는 새로운 분자물은 간세포암의 진단과 예후 모니터링을 위한 마커로서 뿐만 아니라 효과적인 새로운 항암 치료전략을 위한 표적으로 사용될 수 있다.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것이므로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.

<실시예 1> 샘플조직의 준비.

본 연구는 기관윤리위원회(IRB)의 윤리적인 지침에 의하여 수행되었다. 환자들을 선택하여 B형 간염 바이러스(HBV)나 C형 간염 바이러스(HCV) 마커로 Cobra Core EIA 키트(Hoffmann-La Roche사, 스위스)를 하여 측정하였다. AFP(알파페토프로테인) 수준은 마이크로파티클-엔자임 이뮤노 에세이(Microparticle-Enzyme Immuno assay, Abbot사, 미국)를 이용하여 측정하였다. 간세포암을 가진 모든 40명의 환자는 근치적 간절제를 받았다. 서면 동의서를 얻었으며, 암조직과 대응하는 경변성 비간암을 절제된 간조직 샘플에서 획득하였으며 병리학자에 의해 조직적으로 간세포암과 비간암조직을 확인하였다.

각 환자의 간질환의 정도는 조직활성지표(HAI)에 의해 등급을 결정하였고 절제 후 조직은 멸균 PBS 에 세척하고 바로 RNA 분리시 까지 액체질소에 보관하였다. 전세포 RNA는 트리졸 키트(Tri-Zol kit, 미국)에 의해 추출하고 RNA 샘플의 보전은 젤 전기영동에 의해 확인되었다.

<실시예 2> 계통적 클러스터링에 의한 간세포암과 비간암조직의 분류.

cDNA 마이크로어레이를 이용하여 40예의 간세포암과 그에 상응하는 비간암조직을 6개 정상 간조직에 대하여 비교하였다.

20% 이하 탈락율과 SD 0.5 이상인 모든 유전자를 선택하였으며 모든 조직의 비검열 계통적 클러스터링 분석은 모든 유전자의 발현양상의 유사성에 근거 하였다(도 1a). 2조직 샘플을 제외한 모든 조직 샘플이 2개의 주요 그룹인 비암(non-tumor, NT) 조직과 암조직(tumor,T)으로 분리되었다. 네 종류의 현저한 유전자 클러스터가 계통적 클러스터 수지도에서 확인되었다. 클러스터Ⅱ(간세포암 클러스터)는 간세포암에서 선택적으로 발현하는 유전자를 포함하고, 클러스터Ⅳ(간 클러스터)는 비간암조직에서 선택적으로 발현하는 유전자를 포함한다. 이에 반해, 클러스터Ⅰ은 간세포암에서 이질적으로(heterogeneously) 발현하는 유전자로 구성되고, 클러스터Ⅲ는 비간암과 간세포암에서 다르게 발현하는 유전자를 포함하는데, 이는 비간암 조직과 간세포암 조직 내부의 유전자 발현 프로필에 이질성이 있음을 의미한다.

2개의 주요 샘플 클러스터에서, 하나는 간세포암 조직을 나타내고, 다른 하나는 비간암조직을 나타내는데, 이 두 군간에 q < 0.05 이며, 평균치가 1.5배 이상인 유전자를 선택하였다. 217개의 유전자 중 72개의 유전자가 비간암조직에 비하여 간세포암 조직에서 선택적으로 발현되었다.

비간암조직의 클러스터 데이터 분석은 비간암의 40 예에서 유전자 발현 양상 에 어느 정도의 이질성이 있는 2가지 서브클래스로 구별되었는데, 이는 비간암 조직간에도 유전자 발현 프로필에 이질성이 존재함을 의미한다. 이 클러스터와 임상적 데이터와의 연관성을 만성 간질환의 진행 정도를 반영하는 간 섬유화의 정도에 따라 분석하였다. 비간암조직의 클러스터링 데이터는 간경변(liver cirrhosis, LC)과 관련된 데이타 2개의 서브클래스를 보였다(도 1b). 클러스터 LC는 주로 간경변을 갖는 환자들의 샘플이나 전간경변인 중격섬유화(88%)를 포함하였다. 간세포암 클러스터링 데이터 분석 역시 2가지의 구분되는 서브클래스를 보이는데(도 1c), 이 두 서브클래스는 에드몬슨 정도, 즉, 에드몬슨 등급 Ⅰ과Ⅱ (클러스터 GⅠ/Ⅱ) 대(versus) 에드몬슨 등급 Ⅲ 과 Ⅳ (클러스터 GⅢ/Ⅳ)와 강하게 연관되어 있음을 확인하였다.

<실시예 3> 간경변 서브클래스에 비교하여 서브클래스 GⅠ/Ⅱ를 구분하는 유전자 발현프로필의 확인.

간경변 클러스터(LC)는 보다 많은 간경변의 정도에 따라 간경변과 중격섬유화(88%)를 포함한다. GⅠ/Ⅱ 클러스터는 암의 분화에 따라 에드몬슨 Ⅰ 및 Ⅱ 샘플(100%)을 포함한다. 전암 병변인 간경변과 조기 또는 고분화 간세포암 샘플에 차별화 발현되는 유전자는 간세포암의 발생에 대한 초기 진단마커 또는 간세포암 발생의 분자학적 표지가 될 수 있다. 비검열 계통적 클러스터링 분석에 의해 LC와 GⅠ/Ⅱ 서브클래스 사이 q<0.05 인 유전자를 선택하였다(도 2a). 간경변 샘플과 비교하여 186 개의 유전자 중 51개 유전자의 발현이 GⅠ/Ⅱ 간세포암에서 상향 조절 되고, 135 개의 유전자는 하향 조절되었다. 계통적 클러스터링 수지도로 유전자를 7군으로 나누었고(도 2b), 이 유전자들은 각 클러스터에 목록을 작성하였다(표 1).

표 1은 GI/Ⅱ 간세포암에서 간경변에 비해 차별화 발현되는 유전자 목록을 나타낸 것이다.

상기 표에서, 차별적으로 발현되는 유전자를 계통적으로 분석하기 위하여, R 패키지 내 10,000 개의 랜덤 치환에 근거한 두 개 시료의 t-테스트를 사용하였다. 두 그룹 사이에서 q 값이 0.05 미만이고 1.5 보다 큰 평균차이(mean difference)를 가지는 유전자들을 선택하였다.

클러스터 Ⅱ는 유전자의 발현이 서브클래스 GⅠ/Ⅱ에서 선택적으로 상향 조절 되고, 서브클래스 LC에서는 대부분이 하향 조절되었다.

클러스터 Ⅳ의 유전자는 GⅠ/Ⅱ 간세포암 조직에서 이질적으로 상향 조절되었다. 특히 흥미롭게도, 클러스터 Ⅱ는 CCT5, HSPCB, CCT3, HSPCA, DNAJBII, HSPB1 및 TAMM20 와 같은 다양한 분자 샤페론 유전자를 포함하는데, 이는 단백질 손상 스트레스가 간암 발생에 기여할 수 있음을 의미한다.

또한, 클러스터 Ⅱ는 항-전이 유전자 LASS2 뿐만 아니라 EFNA1, MDK, RBM17, FDPS 및 P8 를 포함하여 종양-관련 유전자를 포함하였다.

클러스터 Ⅰ, Ⅳ 및 Ⅵ는 서브클래스 LC에서 선택적으로 발현되며 서브클래스 간세포암 GⅠ/Ⅱ에서 하향 조절되는 유전자를 포함하였다.

종양 억제 유전자와 아폽토시스 관련 유전자(STAT1, IGFBP7, THY28, DDB1)및 주 조직적합 복합체 관련유전자(HLA-DRB3, HLADPA1, HLK-DRA)는 클러스터Ⅰ에서 하향 조절되었다. COPEB, DUSP6, IGFBP3, ZFP36, SOD2, DSCRI, ARHE 및 NPDC를 포함하여 다른 종양 억제 유전자는 클러스터 Ⅳ에서 관찰되었다. SMT1, UGP2, GRHPR, ALDH2 와 같은 간 특이적 유전자,C1R 면역글로불린 카파 경쇄, 면역글로불린 J 폴리펩타이드, 면역글로불린 알파 및 뮤폴리펩타이드에 대한 연결 단백질, IGJ, IGHGT, IGLJ3, IGL@, 항산화 LDL 면역글로불린 경쇄 Fab, nti-SARS S단백면역글로빈경쇄, IGLV, A2H, C1QB, IGHV32-D-JH-Calpha2 및 면역글로빈카파경연쇄 VKJ 를 포함하여 면역 시스템에 관련된 유전자 GATAM, ALDO, ASS, EPHX2C, ALDH2, ALAS1, ECHS1, HP, DHRS6, GOT1 또한 클러스터VI에서 하향 조절되었다.

<실시예 4> 간세포암 조직에서 서브클래스 GⅠ/Ⅱ와 비교하여 서브클래스 GⅢ/Ⅳ를 구분하는 유전자 발현프로필의 확인.

서브클래스 GⅠ/Ⅱ는 모두가 에드몬슨 등급 Ⅰ/Ⅱ 의 샘플을 포함(100%)하는 반면, 서브클래스 GⅢ/Ⅳ는 76.9% 정도의 에드몬슨 등급 Ⅲ/Ⅳ를 포함한다(표 2).

^aP=0.0133 vs GⅠ/Ⅱ

서브클래스와 환자의 생존률과는 유의한 관련이 있었다. GⅢ/Ⅳ의 생존기간의 중앙값은 15개월이었으며, GⅠ/Ⅱ는 60개월이었다. 카플란-메이어 생존 곡선(Kaplan-Meier survival curve)은 간세포암 GⅠ/Ⅱ환자보다 GⅢ/Ⅳ 환자가 더 생존율이 희박하다는 것을 보였다(P=0.0133)(도 3a).

혈청 AFP 치도 간세포암 환자의 생존과 관련이 있다. 즉, 높은 AFP치 생존율 악화와 관련이 있다고 하는데, 본 발명에서는 간세포암 환자의 임상적 지표 중에서 혈청 AFP>300ng/ml 인 환자에서 생존율과 유의한 관계가 없었다(P=0.2593)(도 3b). 서브클래스 Ⅲ/Ⅳ는 혼합(M)과 저분화형 클러스터(P)의 두 가지 주요 클러스터로 나뉘어졌다.

클러스터 GⅠ/Ⅱ(14예)와 비교하여 GⅢ/Ⅳ의 저분화 클러스터(14예)를 구별할 수 있는 유전자를 선정하여 검열 계통적 클러스터링 분석에 의해 LC와 GⅠ/Ⅱ 서브클래스 사이 q<0.05 인 유전자를 선택하였다(도 4a).

계통적 클러스링 수지도를 이용하여 5군의 유전자 그룹으로 구분이 되었고(도 4a), 각 클러스터에 속하는 유전자들은 하기 표 3 에 목록화하였다.

표 3은 GⅢ/Ⅳ 간세포암에서 GⅠ/Ⅱ 간세포암에 비해 차별화 발현되는 유전자를 나타낸 것이다.

간세포암 GⅠ/Ⅱ와 비교하여, 서브클래스 GⅢ/Ⅳ 의 저분화 클러스터에서 53개의 유전자 발현이 상향 조절되었고, 69개의 유전자 발현은 하향 조절되었다.

GIII/IV 서브클래스에는 두 개의 상향조절 클러스터(I 과 V)와 3개의 하향조절 클러스터( II, III, 및 IV)를 포함하고 있다.

클러스터 Ⅴ는 서브클래스 GⅢ/Ⅳ의 저분화 클러스터에서 발현이 상당히 상향 조절되고 서브클래스 GⅠ/Ⅱ에서 하향 조절되는 유전자를 포함하였다.

클러스터 Ⅰ은 다양한 전이 및 침습관련 유전자 S100A11, S100A6, RAC, RRS19IPI, TIMP2을 포함하는데, 이들은 간세포암 GⅠ/Ⅱ 에 비하여 GIII/IV 저분화 클러스터(P)에서 발현이 유의하게 상향 조절되었다. 클러스터 I은 역시 암관련 또는 암진행관련 유전자 LAPTM5, CD74, UBEIL, PRL1, DKK1, 및 LAMB1을 포함하였다. 전이 관련 유전자 S100A4와 암관련유전자 TMSB10 역시 클러스터 V에 포함되었다.

전립선암 진행에 관련된 LSM1, BRCA-하향 유전자 MAGED1 및 아폽토시스 관련 RIPK2유전자의 하향 조절이 클러스터 II에서 관찰되었다. 고분화 골육종암관련 PXMD2, 암관련 EMP1 역시 클러스터 II에서 하향 조절되었다. 클러스터 IV에는 간특이 유전자 RODH4, SHMT1, ALDH7A1, 등이 포함되었다.

< 실시예 5> 간세포암 관련 유전자 발현확인.

마이크로어레이 테이터의 신뢰성을 확인하고 발현 변화를 일으키는 유전자를 검색하는 전략을 강화하기 위해, 간세포암과 비간암조직에서 차별화 발현되는 560개의 유전자 중 무작위로 선정된 7개의 상향 조절 유전자와 양성 상향 대조군 UBD(diubiquitin)을 7개의 하향 조절 유전자와 함께, 14종의 간세포암 조직과 상응하는 비암조직 노던 블롯 분석을 이용하여 확인하였다(도 5a).

노던분석은 간세포암과 해당 비간암조직의 15쌍에 대하여 16가지 유전자를 검사하였다. 암조직과 비암조직의 20㎍ 분량의 2.2% 포름알데하이드와 50mM MOP를 포함하는 1% 아가로스젤에 분획하고 나일론 막에 전이하였다. 블롯은 임의시발법에 삽입 cDNA를 α-³²P dCTP로 표지하여 cDNA를 프로브로 하이브리제이션을 실시하였다. 하이브리제이션과 세척조건은 일반적인 방법으로 시행하였으며 블롯은 -70℃에서 X-ray에 노출시켰다. 나일론막은 스트립하고 다시 18s 프로브를 사용하여 하이브리제이션을 실시하고 대조부하로 사용하였다. 유전자 발현 수준은 정량화하였다.

비간암조직에 비해 간세포암조직에서 UBD 유전자는 15개 샘플 중 14예에서(93.3%)증가하였다. ANXA2는 조사된 간세포암의 15샘플 모두(100%)에서 선택적으로 과발현하였고, G22P1는 15샘플 중 14예(93.3%), PPIA는 15샘플 중에서 13예(86.7%), CANX는 15샘플 중 12예(80%), CXCL16은 15샘플 중 11예(73.3%)에서 과발현하였다. 이에 반해 DSCR1은 비간암 조직에 비하여 간세포암 조직 15샘플 모두(100%)에서 차별화되어 하향 발현하였고, ZFP36 은 15샘플 중 14예(93.3%), ROHB는 15샘플 중 12예(80%), GABARAPL1은 15샘플 중 12예(80%), PHLDA1은 15샘플 중 10예(66.6%), CA2는 15샘플 중 10예(66.6%)에서 하향 조절되었다(도 5a).

마이크로어레이 데이터를 더 검증하기 위하여 간세포암 GⅠ/Ⅱ 와 GⅢ/Ⅳ에서 다르게 발현되는 12 가지의 유전자를 무작위로 선택하여 3 정상간(N), 3간경변(LC), 4 GI/II 간세포암 및 4 GIII/IV 간세포암 샘플에서 노던 블롯 분석으로 mRNA 발현을 조사하였다(도 5b). 유전자 발현수준은 정량화하였으며 값은 평균 ± SD로 표시하였다. 간세포암에 과발현되는 GPC3 발현을 양성대조군으로서 이용하였다. GPC3는 정상세포와 간경변조직에 비하여 GI/II 간세포암에서 상당히 과발현됨을 관찰할 수 있었고, GI/II 간세포암보다 GIII/IV 간세포암에서 보다 발현수준이 높았다. G22P1, PSMD4, HSPCB, ATP1B1 및 THBS1은 정상간이나 간경변조직에 비해 GI/II 간세포암 조직에서 선택적으로 높게 발현되었다. 이에 반해 DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS,DCN 및 ALDH2 mRNA의 발현은 간경변에 비하여 GI/II 간세포암조직에 하향 조절되었다.

다음으로 GⅢ/Ⅳ와 GⅠ/Ⅱ 간세포암 조직에서 구별되는 유전자의 mRNA 전사를 검증하였다(도 5c).간특이적 유전자 INSIG1, PCK2, HGD 및 IGFBP2 유전자는 GI/II 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 조절되었고, TMSB10, ANXA5, S100A6 및 TMSB4X는 GIII/IV 조직에서 상향 조절되었다.

< 실시예 6> 간세포암 혈관신생 마커로서의 ANXA2 의 확인.

Hep 3B 세포 또는 239T 세포에 GFP-표지 인간 ANAX2 형광표지 발현벡터 또는 공벡터를 주입하고 면역형광법에 의해 ANAX2 항체 반응을 조사하여 일차 항체 ANAX2(H50)을 통해 ANAX2 특이적 면역반응을 검사하였다(도 6).

형광과 투과이미지의 비교로 분석한 두세포 모두에서 GFP-표지 ANXA2의 이소(異所 )발현(ectopic expression)은 세포질에 주로 위치한다는 것을 확인하였다. 녹색형광은 ANXA2 면역반응과 완전하게 중첩(overlapped)되었다. 또한, 내인성 ANXA2 는 공벡터가 주입된 세포 뿐만아니라 세포의 세포질에 위치하였다. ANXA2 mRNA가 모든 간세포암 조직의 암 진행 과정에서 상향조절되었기 때문에 단백질 수준과 조직학적 분포를 검사하였다.

다클론항체 H50을 이용하여 60 간세포암 샘플과 60 비간암 조직에서 파라핀 매몰 조직절편에서 ANXA2 발현을 분석하였다(표 4).

간경변을 동반하거나 그렇지 않은 만성감염에서 시누소이드의 내피세포의 <10% 의 초점 면역염색. 유의성은 카이-제곱 테스트(Chi-square test)나 2단의 피셔의 정확한 검증법(two-tailed Fisher's exact test)을 이용하여 측정하였다.P <.05 을 유의성있게 고려하였다.

⁺P<.0001 vs 비암간의 간세포

⁺⁺P<.0001 vs 비암간의 시누소이드 내피세포

양성염색은 시누소이드 내피세포의 간세포암 60예 중의 52예(86.7%)에서(도 7 D E F G H), 악성 간세포의 간세포암 60예 중의 30예(50%)에서 발견되었다(도 7 I J). 양성 ANXA2 면역반응성은 CD34 의 면역반응성과 일치하였고(도 7 D E F), 이 CD34는 간세포암의 신생혈관형성 마커이다. 따라서 이는 ANXA2가 간세포암의 혈관형성에 관련됨을 의미한다. 정상간세포를 포함한 60예의 비간암 조직의 간세포, 만성 간염 및 간경변을 동반한 만성간염에서는 ANXA2의 면역조직화학염색이 관찰되지 않았다(도 7 A B C). 만성간염의 시누소이드 내피세포는 ANXA2의 면역염색이 보이지 않았는데, 이는 매우 국소적으로 염색되는 CD34 면역염색의 결과와 유사하였다. ANXA2의 양성 면역염색은 항상 비간암조직의 문맥로에 있는 혈관내피세포와 담관상피세포에서 관찰되었다(도 7 A B C). ANXA2 염색은 세포질에 위치하고/하거나(도 7 H) 악성 간세포에서 세포막을 따라(도 7 I) 관찰되었다. 이에 반해 간내 전이된 대장암 환자의 조직은 ANXA2의 음성면역염색을 보여주고 있다(도 7 K). 담관세포암에서는 세포질에 과립상 ANX2 면역반응성을 보였다(도 7 L).

도 1a 는 40 예 간세포암과 40 예 비 간암조직을 비 검열 계통적 클러스터링으로 2 클래스(간세포암과 비 간암)로 분리한 데이터를 메트릭스 포맷으로 표현한 것이다. 상기 도에서 열은 각 조직을, 행은 각 유전자를 나타내며, TIGR 멀티-익스페리먼트 뷰어(Multi-Experiment Viewer) 프로그램에서 피어슨 비 중앙 상관계수와 완전연계 클러스터링을 이용하여 계통적 클러스터링을 모든 조직과 유전자에 적용하였다. 각 방의 적녹색은 고저 발현의 수준을 각각 나타내고 이는 눈금으로 표시되었다(log 전환눈금).

도 1b 는 비 간암조직을 비 검열 계통적 클러스터링으로 간경변과 비 간경변 서브클래스로 나눈 것을 보인다.

도 1c 는 간세포암조직을 비검열 계통적 클러스터링으로 GⅠ/Ⅱ 단계 및 GⅢ/Ⅳ 단계의 서브클래스로 나눈 것을 보인다.

도 2a 는 간경변(LC)과 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계 GⅠ/Ⅱ 사이 q<0.05 인 유전자들의 비겸열 계통적 클러스터를 나타내며,

도 2b 는 17 간경변 조직과 14 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계 GⅠ/Ⅱ 간세포암의 비검열 계통적 클러스터로 간경변과 간세포암 사이에서 차별화 발현되는 7가지 유전자 클러스터를 나타낸다.

도 3 은 간세포암 환자에서 전체 생존에 대한 카플란-메이어(Kplan-Meier) 곡선을 나타내는 것으로,

도 3a 는 간세포암 환자를 유전자 발현 프로필에 의해 나눈 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계 GⅠ/Ⅱ 와 GⅢ/Ⅳ 의 생존율 비교 곡선이며,

도 3b 는 간세포암 환자를 AFP치(>300ng/ml)에 따라 나눈 두 그룹의 생존율 비교 곡선이다.

도 4a 는 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계GⅠ/Ⅱ 및 GⅢ/Ⅳ(p) 사이 q<0.05 치를 갖는 유전자들의 계통적 클러스터이다.

도 4b 는 서브클래스 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계 GⅠ/Ⅱ와 비교하여 GⅢ/Ⅳ에서 차별화 발현되는 유전자의 계통적 클러스터 내 특이유전자 클러스터를 보인다.

도 5 에서는 마이크로 어레이 데이터로부터 동정된 유전자 발현 프로필에 대한 노던분석 결과를 보인다.

도 5a 는 비간암과 비교하여 간세포암에서 차별화되는 유전자의 mRNA의 발현 양상이다.

도 5b 는 간경변 조직과 비교하여 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계 GⅠ/Ⅱ 간세포암에서 차별화 발현되는 유전자의 mRNA의 발현 양상이다.

도 5c 는 에드몬슨 (Edmondson) 분화단계 GⅠ/Ⅱ 과 비교하여 GⅢ/Ⅳ에서 차별화 발현되는 유전자의 mRNA의 발현 양상이다.

도 6 은 ANXA2의 특이검출과 세포내 위치를 확인하기 위하여 배양된 Hep3B 세포주(상)와 293T 세포주(하)를 GFP 공벡터나 GFP 표지 ANXA2 발현 벡터를 도입하 여 면역반응성을 면역형광으로 검사한 결과를 보인다.

도 7 은 항 ANXA2 항체를 이용한 인간 간세포암 조직 절편의 면역화학염색결과를 보인다. A 는 정상간의 시누소이드 내피세포에서 ANXA2에 대한 음성면역반응과 중심정맥의 내피세포의 양성염색(100×),B 는 재생성(간경변) 결절 내 시누소이드 내피에서 ANXA2 음성면역반응과 간경변의 문맥로에 있는 혈관내피와 담관 상피의 양성 ANXA2 면역반응(100×). C 는 문맥로의 고배율 사진으로 비간암 문맥로의 혈관 내피와 담관 상피의 양성 ANXA2 면역반응(200×), D 는 GⅡ 간세포암 조직에서 시누소이드 내피세포의 양성 CD34 면역반응(200×), E 는 GⅠ 간세포암 조직에서 시누소이드 내피세포의 강한 ANXA2 양성면역반응(종양 내피세포에서 양성 CD34 염색과 유사)(200×), F 는 항-ANXA2(적색) 또는 항-CD34(자주색)의 동시 이중염색 결과이다(200×). ANXA2와 CD34의 면역반응은 GⅡ 간세포암에 같이 위치함을 보인다(200×), G 및 H에서는 GⅢ 및 GⅣ 간세포암 조직에서 각각 시누소이드 혈관 내피세포에서의 양성 ANXA2 의 면역반응성을 보이며(200×),I및 J에서는 악성 간세포의 세포질이나 세포막을 따라 관찰되는 이질적인 ANXA2 면역반응을 보인다(200×) K 에서는 간으로 전이된 대장암에서 ANXA2 에 대한 음성면역반응을 보인다(100×). L에서는담관세포암세포의 세포질에서 ANXA2에 대한 과립성 면역반을을 보인다(200×).

Claims

ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1, H3F3A, DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1 및 SEPP1으로 이루어진 유전자의 군에서 선택된 하나 이상 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자 군에서 선택된 하나 이상 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하는 물질을 포함하는 간세포암 진단용 조성물.
제1항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1 및 H3F3A은 비간암조직에 비해 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자인 조성물.
제1항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1 및 SEPP1는 비간암조직에 비해 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자인 조성물.
제1항에 있어서, G22P1, PSMD4, HSPCB, ATP1B1, THBS1, DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS, DCN, 및 ALDH2로 이루어진 유전자의 군에서 선택된 하나 이상 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자 군에서 선택된 하나 이상 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하는 물질을 더 포함함으로써, 간세포암의 초기 단계를 측정할 수 있는 조성물.
제4항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 G22P1, PSMD4, HSPCB, ATP1B1 및 THBS1은 간경변 조직에 비해 GI/II 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자인 조성물.
제4항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS, DCN 및 ALDH2은 간경변 조직에 비해 GI/II 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자인 조성물.
제1항 또는 제4항에 있어서, INSIG1, PCK2, HGD, IGFBP2, TMSB10, ANXA5, S100A6 및 TMSB4X로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하는 물질을 더 포함하는, 간세포암의 진행단계를 측정할 수 있는 조성물.
제7항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 INSIG1, PCK2, HGD, ARHB 및 IGFBP2는 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자인 조성물.
제7항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 TMSB10, ANXA5, S100A6 및 TMSB4X는 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자인 조성물.
제1항, 제4항 및 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 각 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질은 상기 각 유전자의 mRNA에 상보적인 센스 및 안티센스 프라이머인 조성물.
제1항, 제4항 및 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 각 유전자가 코딩하는 단백질의 수준을 측정하는 물질은 상기 각 유전자가 코딩하는 단백질을 특이적으로 인식하는 항체인 조성물.
제1항, 제4항 및 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 각 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질은 상기 각 유전자의 mRNA에 상보적인 프로브인 조성물.
제1항, 제4항 및 제7항중 어느 한 항에 따른 조성물을 포함하는 간세포암 진단키트.
(a) ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1, H3F3A, DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1 및 SEPP1으로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상 유전자가 도입된 세포를 배양하는 단계; (b) 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현 증가 또는 억제 후보 물질을 상기 세포에 처리하는 단계; 및 (c) 처리된 세포와 대조구의 상기 유전자의 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하는 간세포암 항암제의 스크리닝 방법.
제14항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 ANXA2, G22P1, PPIA, CANX, CXCL16, RNPS1 및 H3F3A은 비간암조직에 비해 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자이고, 상기 간세포암 항암제는 상기 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자의 발현억제 물질인 스크리닝 방법.
제14항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 DSCR1, ZFP36, ROHB, GABARAPL1, PHLDA1, CA2, PDLIM1 및 SEPP1는 비간암조직에 비해 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자이고, 상기 간세포암 항암제는 상기 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자의 발현증가 물질인 스크리닝 방법.
제14항에 있어서, (i) 상기 (a) 단계의 세포가 G22P1, PSMD4, HSPCB, ATP1B1, THBS1, DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS, DCN 및 ALDH2로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자를 더 포함하고; (ii) 상기 단계 (b)에서 단계 (i)의 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현증가 또는 억제 후보 물질을 상기 세포에 처리하는 단계를 더 포함하며; (iii) 단계 (c)에서 상기 처리된 세포와 대조 구의 상기 유전자의 발현 수준을 비교하는 단계를 더 포함함으로써, 간세포암의 진행단계에 따른 항암제를 스크리닝할 수 있는 것을 특징으로 하는 간세포암 항암제의 진단 방법.
제17항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 G22P1, PSMD4, HSPCB, ATP1B1 및 THBS1은 간경변 조직에 비해 GI/II 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자이고, 상기 간세포암 초기단계 항암제는 간경변 조직에 비해 GI/II간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자의 발현억제 물질인 스크리닝 방법.
제17항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 DUSP6, KPNA4, IGFBP3, FOS, DCN, 및 ALDH2 는 간경변 조직에 비해 GI/II간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자이고, 상기 간세포암 초기단계 항암제는 간경변 조직에 비해 GI/II 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자의 발현증가 물질인 스크리닝 방법.
제 4항 또는 제 17항에 있어서, (i) 상기 (a) 단계의 세포가 INSIG1, PCK2, HGD, IGFBP2, TMSB10, ANXA5, S100A6 및 TMSB4X로 이루어진 유전자의 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자를 포함하고; (ii) 상기 단계 (b)에서 단계 (i)의 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현증가 또는 억제 후보 물질을 상기 세포에 처리하는 단계를 더 포함하며; (iii) 단계 (c)에서 상기 처리된 세포와 대조구의 상기 유전자의 발현 수준을 더 비교하는 단계를 포함함으로써 간세포암의 진행 단계에 따른 항암제를 스크리닝할 수 있는 것을 특징으로 하는 간세포암 항암제의 스크리닝 방법.
제 20항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 INSUIG1, PCK2, HGD, 및 IGFBP2은 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자이고, 상기 간세포암 진행단계별 항암제는 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 하향 발현되는 유전자의 발현증가 물질인 스크리닝 방법.
제 20항에 있어서, 상기 유전자의 군을 구성하는 유전자 중 TMSB10, ANXA5, S100A6 및 TMSB4X은 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자이고, 상기 간세포암 진행단계별 항암제는 GI/II 간세포암 조직에 비해 GIII/IV 간세포암 조직에서 상향 발현되는 유전자의 발현억제 물질 스크리닝 방법.
제 14항, 제 17항 및 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 대조구와 처리시료의 유전자 발현 수준의 측정은 상기 유전자의 mRNA 수준을 RT-PCR을 통해 측정하는 것을 포함하는 스크리닝 방법.
제 14항, 제 17항 및 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 대조구와 처리시료의 유전자 발현 수준의 측정은 상기 유전자가 발현된 단백질의 수준을 노던블롯을 이용하여 측정하는 것을 포함하는 스크리닝 방법.
간세포암 초기단계부터 진행단계에 이르기까지 동양혈관내피세포에 발현되는 ANXA2 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 물질 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하는 물질을 포함하는 간세포암 혈관신생 진단용 조성물.
제 25항에 있어서 간세포암에서 초기단계부터 진행단계에 이르기까지 동양혈관내피세포에서 발현되는 ANXA2 유전자의 발현억제 물질의 스크리닝 방법.