JPWO2007026896A1 - 腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 - Google Patents

腎ガン診断、腎ガン患者予後予測のための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、予後が悪い患者由来の腎ガン細胞において、予後が良い患者由来の腎ガン細胞に比較して発現レベルの変動が認められるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片からなる群から選択される１もしくは複数のポリヌクレオチド、あるいは、そのような発現レベルの変動が認められるポリペプチド、その変異体またはその断片と特異的に結合する抗体またはその断片を含む、腎ガンの検出・診断、腎ガンの転移診断および／または腎ガンの予後予測のための組成物、キットまたはＤＮＡチップ、ならびにそれらの使用に関する。

Description

本発明は、被験者の予後の予測に有用な、および／または腎ガンの転移の予測もしくは検出に有用な判定（診断）用組成物、該組成物を利用した、被験者の予後の予測もしくは判定方法、および／または腎ガンの転移の予測もしくは検出方法、並びに該組成物を利用した、被験者の予後予測、および／または腎ガン転移予測用キットに関する。
腎臓は血液をろ過して尿を生成することにより生体内の老廃物を体外に排泄する役割を持つ、重要な泌尿器系器官である。また同時に血圧をコントロールするアンギオテンシン、赤血球造血因子であるエリスロポエチンなどのホルモンを産生する重要な内分泌器官でもある。
腎臓に発生する腫瘍には、成人に発生する腎細胞ガンと小児に発生するウィルムス腫瘍、まれな腫瘍として肉腫があるが、以後最も発生率が高い悪性腫瘍である腎細胞ガンを腎ガンと呼ぶ。日本国での腎ガンの発生頻度は人口１０万人あたり２．５人程度であり、男女比は２〜３：１で男性に多い傾向がある。泌尿器科系悪性腫瘍の中では、前立腺ガン、膀胱ガンに次いで多い腫瘍であるとされる。
腎ガンの危険因子としては遺伝学的要因も知られているが、一般的には喫煙、過度の脂肪摂取などを挙げることができる。また長期に透析を受けている患者において該腫瘍の発生率が高いことも知られている。
腎ガンでは腫瘍の最大径が５ｃｍ以下の場合に何らかの自覚症状があることはまれであり、検診時のＣＴスキャンなどによって発見されることが多い。サイズの大きい腫瘍では血尿、腹部腫瘤、疼痛などがみられる。また全身的症状として発熱、体重減少、貧血などをきたすことがあり、まれに内分泌因子によって赤血球増多症や高血圧、高カルシウム血症などが引きおこされることがある。一方で腎ガンの下大静脈内への進展によって腹部体表の静脈の怒張や精巣静脈瘤が起こることがある。腎ガンの約２割は、肺や骨転移から発見される。腎ガンでは静脈の中に腫瘍が広がる傾向が強く、他の臓器への転移を生じ易い。
腎ガンの検査法としては超音波検査、ＣＴ検査、血管造影検査などの方法があるが、特異的な生化学マーカーは知られておらず、機器を利用した検診が必要となる。
また腎ガンはさらに病理学的にいくつかの分類が可能であるが、そのうちの９０％を占める淡明細胞型腎ガンの発生原因は、ガン抑制遺伝子であるＶＨＬ（ｖｏｎ−Ｈｉｐｐｅｌ−Ｌｉｎｄａｕ）遺伝子の欠損であることが知られている（非特許文献１）。ＶＨＬ遺伝子の欠損はＨＩＦ−α／ＶＨＦ会合の障害を介して低酸素誘導遺伝子群の転写活性化をもたらし（非特許文献２）、ＶＥＧＦ、ＴＧＦβなどの遺伝子発現増強が起こる事が知られている。
腎ガンの治療の主体は外科療法である。病期にかかわらず、摘出できる場合は腎臓の摘出、あるいは腎臓を部分的に摘出することが最も一般的であり、仮に転移があっても、腎臓の外科的摘出が考慮される場合がある。外科療法以外の方法としては、腎動脈の動脈塞栓術があり、この方法は摘出が不可能な場合や、大きな腫瘍を摘出する場合に手術に先立ち施行されることがある。
最近の画像診断技術の発展により腎ガンは非常に小さいサイズであっても早期で発見されるようになり、初期ガンでの治療では９０％以上が治癒する。しかし、５ｃｍ以上の大きな腫瘍や転移のある腫瘍の治療成績は劣る（腎細胞ガン全体の５年生存率は約５０〜６０％）ため、腫瘍の有無や転移の有無をハイスループットに検査・診断し、かつ予後を予測し、治療方針を策定することが重要である。
ヒト腎ガンの検出または診断については、遺伝子発現の差を利用する方法が特許文献１に開示されている。またヒト腎ガンにおいて増加することが知られているタンパク質としては、細胞外基質を分解することによってガン細胞の運動性を増加させると考えられるＭＭＰ２（非特許文献３）、腎障害において発現が増加することが知られているＴＮＦＲＳＦ７（非特許文献４）のほか、ＰＤＥ８Ｂ（特許文献２）、ＦＬＯＴ１（特許文献３）、ＣＤ５（非特許文献５）、ＥＣＭ１（特許文献４）なども知られているが、相対的に特異性が高いとは言えず、これらの発現量のみによる感受性が高い腎ガンの検査方法の臨床的利用は行われていない。さらにまた、腎ガンを含む癌の腫瘍関連マーカーとして、ＭＣＭ３ＡＰ（特許文献５）、ＫＲＴ１９（特許文献６）、ＳＬＫ４（特許文献７）、Ｃ５Ｐ１（特許文献８）、ＦＧＦ２（非特許文献６）、ＭＭＰ１４（非特許文献７）、ＥＲＢＢ２（非特許文献８）などが推定されている。
国際公開第２００５／０２４６０３号パンフレット 国際公開第２００４／０４２０７７号パンフレット 国際公開第２００４／０４８９３３号パンフレット 米国特許第６３０３７６５号明細書 特表２００５−５２０５３６ 特表２００５−５０７９９７ 国際公開第２００２／０６３３９号パンフレット 特表２００４−５１８４０２ Ｌａｔｉｆ，Ｆ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、１９９３年、第２６０巻、ｐ．１３１７−１３２０ Ｍａｘｗｅｌｌ，Ｐ．ら、Ｎａｔｕｒｅ、１９９９年、第３９９巻、ｐ．２７１−２７５ Ｌｅｉｎ，Ｍ．ら、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、２０００年、第８５巻、ｐ．８０１−８０４ Ｎａｋａｔｓｕｊｉ，Ｔ．、Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、２００３年、第２巻、ｐ．１９２−１９６ Ｎａｇａｓｅ，Ｙ．ら、日本泌尿器科学会雑誌、１９９１年、第８２巻、ｐ．１７８１−１７８９ Ｍｉｙａｋｅ，Ｈ．ら、１９９６年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５６巻、ｐ．２４４０−２４４５ Ｋｉｔａｇａｗａ，Ｙ．ら、１９９９年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｕｒｏｌｏｇｙ、第１６２巻、ｐ．９０５−９０９ Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｍ．Ｒ．ら、１９８９年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第４９巻、ｐ．６２２１−６２２５
上述のように、腎ガンの発現遺伝子マーカーはよく知られているが、転移を予測することができる診断マーカーおよび予後を予測するマーカーについてはわずかに知られているにすぎない。既存のマーカーは特異性および／または感受性に乏しいことや、生体試料からのその効率的な検出方法が確立していないことから一般に臨床上の利用は行われておらず、より特異性および感受性が高い腎ガンマーカーが切望されている。
もし有効な複数の腎ガンマーカーが発見されるならば、腎ガン治療および転移腎ガン治療に大きな進歩がもたらされることが予想される。特に転移腎ガン患者の多くは予後不良であるが、診断時に転移の有無を知ることによってより強力な治療を実施することが可能となり、予後が改善できると期待される。
本発明は、腎ガンの診断、腎ガン転移（または、予後）の診断、および腎ガンの治療に有用な疾患判定用組成物、キットまたはＤＮＡチップを提供することを目的とする。
本発明はまた、上記組成物、キットまたはＤＮＡチップを用いて腎ガンの存在または転移を検出、判定あるいは予測するための方法を提供することを目的とする。
マーカー探索の方法としては、腎ガン患者の予後を観察し、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン細胞と予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン細胞における遺伝子発現やタンパク質発現、または細胞の代謝産物などの量を何らかの手段によって比較する方法や、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織の体液中に含まれる遺伝子、タンパク質、代謝産物などの量を測定する方法が挙げられる。
ＤＮＡアレイを用いた発現遺伝子量解析は、近年、このようなマーカー探索の手法として特に汎用されている。ＤＮＡアレイには数百から数万種の遺伝子に対応した塩基配列を利用したプローブが固定されている。被検試料をＤＮＡアレイに添加することによって試料中の遺伝子がプローブと結合し、この結合量を何らかの手段によって測定することにより、被検試料中の遺伝子量を知ることができる。ＤＮＡアレイ上に固定化するプローブに対応した遺伝子の選択は自由であり、また被検試料に予後良、および予後不良の患者由来の腎ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較することによって腎ガン転移、および／または腎ガン患者予後予測マーカーとなりうる遺伝子群を推定することが可能である。
上記の課題を解決するために、本発明者らは、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織および予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織の遺伝子発現をＤＮＡアレイによって解析した。さらにＤＮＡアレイによって測定された遺伝子発現量の、各患者群の手術後からの経時的な生存率変化に対する影響を指標として予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織および予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織、および／または腎ガンの転移の有無を判別することができる遺伝子を選択し、本発明を完成させた。
発明の概要
本発明は、以下の特徴を有する。
(1) 下記のＩ群および/またはＩＩ群：
Ｉ群：
（a）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（b）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（c）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（d）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、および
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
ＩＩ群：
（f）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号１０１〜１１０、１１２〜１２０、１２２〜１４７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
（g）配列番号１５１、１５３、１５５〜１６０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、および
（h）配列番号１６１〜１９０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
からなる抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
から選択される１または２以上のプローブを含んでなる、被験者における腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測するための組成物。
(2)前記Ｉ群およびＩＩ群（f）の各プローブによって腎ガンの存在または転移を検出、判定または予測することができる、(1)に記載の組成物。
(3)前記ＩＩ群（g）、（h）の各プローブによって腎ガンの存在を検出、判定または予測することができる、(1)に記載の組成物。
(4)前記ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである、(1)に記載の組成物。
(5)前記I群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、(1)に記載の組成物。
(6)前記I群における断片が、配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、(1)に記載の組成物。
(7)前記I群における断片が、配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、(1)に記載の組成物。
(8)前記Ｉ群のプローブに加えて、配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片から選択される１または２以上のポリヌクレオチドをプローブとしてさらに含む、(1)に記載の組成物。
(9)前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、(8)に記載の組成物。
(10)前記断片が、配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列において、配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、(8)に記載の組成物。
(11)前記断片が、配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列、またはこれに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、(8)に記載の組成物。
(12)前記ＩＩ群（f）のプローブに加えて、配列番号１１１、１２１、１４８〜１５０で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、(1)に記載の組成物。
(13)前記ＩＩ群（g）のプローブに加えて、配列番号１５２、１５４、１９１で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、(1)に記載の組成物。
(14)前記ＩＩ群（h）のプローブに加えて、配列番号１９２〜１９７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、(1)に記載の組成物。
(15)前記ポリペプチドまたは変異体の断片が、少なくとも７個のアミノ酸からなるエピトープを含む、(1)、(12)、(13)または(14)に記載の組成物。
(16)前記抗体が、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体または単鎖抗体である、請求項(1)、(12)、(13)または(14)に記載の組成物。
(17)前記Ｉ群またはＩＩ群(f)、(g)、(h)から選択される２以上のプローブを組み合わせて含む、(1)に記載の組成物。
(18)上記(1)に定義されるＩ群またはＩＩ群(f)、(g)、(h)から選択される１または２以上のプローブを含む、被験者における腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測するためのキット。
(19)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、(18)に記載のキット。
(20)前記プローブが、配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、(18)または(19)に記載のキット。
(21)前記I群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、(18)〜(20)のいずれかに記載のキット。
(22)前記Ｉ群における断片が、配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、(18)〜(20)のいずれかに記載のキット。
(23)前記Ｉ群における断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、(18)〜(20)のいずれかに記載のキット。
(24)前記Ｉ群における断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、(18)〜(20)のいずれかに記載のキット。
(25)配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上から全部を含む、(18)に記載のキット。
(26)前記ＩＩ群（f）のプローブに加えて、配列番号１１１、１２１、１４８〜１５０で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、(18)に記載のキット。
(27)前記ＩＩ群（g）のプローブに加えて、配列番号１５２、１５４、１９１で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、(18)に記載のキット。
(28)前記ＩＩ群（h）のプローブに加えて、配列番号１９２〜１９７で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、(18)に記載のキット。
(29)前記プローブが、単独でまたは組み合わせて異なる容器に包装されている、(18)に記載のキット。
(30)上記(1)に定義されるＩ群(a)〜(e)から選択される１または２以上のプローブを含む、被験者における腎ガンの存在または転移のいずれかをインビトロで検出、判定または予測するためのＤＮＡチップ。
(31)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片をさらに含む、(30)に記載のＤＮＡチップ。
(32)配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含む、(30)に記載のＤＮＡチップ。
(33)被験者由来の生体試料中の１または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または存在量もしくは発現量を、上記(1)に定義されるＩ群および/またはＩＩ群(f)、(g)、(h)から選択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
(34)前記測定をＤＮＡチップを用いて行う、(33)に記載の方法。
(35)前記腎ガンの存在または転移の検出、判定または予測を、対照試料からの変化を指標にして決定する、(33)に記載の方法。
(36)前記測定を免疫学的方法によって行う、(33)に記載の方法。
(37)前記免疫学的方法による測定が、前記ＩＩ群(f)、(g)または(h)の抗体、その断片、またはその化学修飾誘導体を用いて行われる、(36)に記載の方法。
(38)前記抗体、その断片、またはその化学修飾誘導体が標識されている、(37)に記載の方法。
(39)前記生体試料が腎由来の組織または細胞、血液、血漿、血清、あるいは尿である、(33)に記載の方法。
(40)被験者由来の生体試料中の１または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または量もしくは発現量を、上記(1)に記載の組成物、上記(18)に記載のキット、または上記(30)に記載のＤＮＡチップを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
(41)上記(1)に定義されるＩ群から選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、上記(1)に記載の組成物、上記(18)に記載のキット、または上記(30)に記載のＤＮＡチップを用いて、被験者由来の腎ガン細胞生体試料における標的核酸の発現レベルを、予後不良の腎ガン患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルおよび／または予後良の患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルと比較することによって被験者の予後、ならびに／あるいは腎ガンの転移の有無をインビトロで予測する方法であって、該標的核酸が該組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものであり、かつ被験者由来の該標的核酸の発現レベルが、予後良の腎ガン患者母集団の発現レベルおよび／または予後不良の患者母集団の発現レベルから変化が認められる場合それぞれ、被験者の予後が悪いまたは被験者の予後が良いと決定する、ならびに／あるいは腎ガンの転移が有るまたは腎ガンの転移が無いと決定する、前記方法。
(42)ＤＮＡチップを用いる(41)に記載の方法。
(43)上記(1)に定義されるＩ群から選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、上記(1)に記載の組成物、上記(18)に記載のキット、または上記(30)に記載のＤＮＡチップを用いて、予後不良の患者由来の腎ガン細胞および/または予後良の患者由来の腎ガン細胞であることが既知である複数の生体試料中における標的核酸の発現レベルをインビトロで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現レベルの測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の腎ガン由来の生体試料中における該標的核酸の発現レベルを第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現レベルの測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、被験者の予後を予測する、および／または被験者由来の腎ガンが、転移が有る患者由来の腎ガンである、または転移が無い患者由来の腎ガンであると決定する、第４の工程を含む、ここで、該標的核酸が該組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものである、(41)または(42)に記載の方法。
(44)上記(1)に定義されるＩ群および/またはＩＩ群から選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、上記(1)に記載の組成物、上記(18)に記載のキット、または上記(30)に記載のＤＮＡチップの、被験者由来の生体試料中の腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測するための使用。
定義
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
本明細書において「プローブ」とは、腎ガンの存在または転移を検出、判定あるいは予測するための、腎関連マーカーである特定の遺伝子類またはそれらによってコードされるポリペプチド類と結合可能な核酸、抗体またはそれらの均等物を指す。
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質などの略号による表示は、当技術分野における慣用の意味および表示に従うものとする。
本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、ＲＮＡおよびＤＮＡのいずれも包含する核酸として用いられる。なお、上記ＤＮＡには、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、および合成ＤＮＡのいずれもが含まれる。また上記ＲＮＡには、ｔｏｔａｌＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、および合成ＲＮＡのいずれもが含まれる。また、本明細書では、ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。
本明細書において「ｃＤＮＡ」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡに相補的な配列のＤＮＡ鎖全長、およびその部分配列からなるＤＮＡ断片、を包含する。ｃＤＮＡは、ＲＮＡを鋳型にして、ポリＴプライマーを用いるＲＴ−ＰＣＲ(逆転写酵素−ポリメラーゼ連鎖反応)によって合成されうる。
本明細書において「遺伝子」とは、２本鎖ＤＮＡのみならず、それを構成する正鎖（またはセンス鎖）または相補鎖（またはアンチセンス鎖）などの各１本鎖ＤＮＡを包含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。従って、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノムＤＮＡを含む２本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡを含む１本鎖ＤＮＡ（正鎖）、該正鎖と相補的な配列を有する１本鎖ＤＮＡ（相補鎖）、およびこれらの断片のいずれも含む。また該「遺伝子」は特定の塩基配列（または配列番号）で示される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるタンパク質と生物学的機能が同等であるタンパク質、例えば同族体（すなわち、ホモログ）、スプライスバリアントなどの変異体、および誘導体をコードする「遺伝子」が包含される。かかる同族体、変異体または誘導体をコードする「遺伝子」としては、具体的には、後に記載したストリンジェントな条件下で、上記の配列番号１〜５０で示されるいずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「遺伝子」を挙げることができる。
例えばヒト由来のタンパク質の同族体（すなわち、ホモログ）またはそれをコードする遺伝子としては、当該タンパク質またはそれをコードするヒト遺伝子に対応する他生物種のタンパク質または遺伝子が例示でき、これらのタンパク質または遺伝子ホモログは、ＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ｈｏｍｏｌｏＧｅｎｅ/）により同定することができる。具体的には特定のヒトアミノ酸または塩基配列をＢＬＡＳＴプログラム（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ.Ｓ.Ａ.、 １９９３年、第９０巻、ｐ.５８７３―５８７７、 ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＢＬＡＳＴ/）にかけて一致する（Ｓｃｏｒｅが最も高く、Ｅ−ｖａｌｕｅが０でかつＩｄｅｎｔｉｆｙが１００％を示す）配列の登録番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ）を取得することができる。ＢＬＡＳＴプログラムとしては、ＢＬＡＳＴＮ（遺伝子）、ＢＬＡＳＴＸ(タンパク質)などが知られている。例えば、遺伝子検索の場合、上記ＢＬＡＳＴ検索からの登録番号をＵｎｉＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＵｎｉＧｅｎｅ/）に入力して得られたＵｎｉＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒＩＤ（Ｈｓ．で示す番号）をＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅに入力する。結果として得られた他生物種遺伝子とヒト遺伝子との遺伝子ホモログの相関を示したリストから、特定の塩基配列で示されるヒト遺伝子に対応する遺伝子ホモログとして、他生物種の遺伝子を選抜することができる。またこの方法において、ＢＬＡＳＴプログラムの代わりにＦＡＳＴＡプログラム（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／ｓｅａｒｃｈ／ｆａｓｔａ−ｅ．ｈｔｍｌ）を用いてもよい。
なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなく、例えば発現制御領域、コード領域、エキソンまたはイントロンを含むことができる。
本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のＤＮＡ配列を鋳型にして合成されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）のことをいう。ＲＮＡポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位に結合し、ＤＮＡの塩基配列に相補的になるように３'末端にリボヌクレオチドを結合させていく形でメッセンジャーＲＮＡが合成される。このメッセンジャーＲＮＡには遺伝子そのもののみならず、発現制御領域、コード領域、エキソンまたはイントロンをはじめとする転写開始点からポリＡ配列の末端にいたるまでの全配列が含まれる。
本明細書において「翻訳産物」とは、転写によって合成されたメッセンジャーＲＮＡが、スプライシングなどの修飾を受ける/受けないにかかわらず、その情報を元に合成されたタンパク質を示す。メッセンジャーＲＮＡの翻訳過程においては、まずリボソームとメッセンジャーＲＮＡが結合し、次にメッセンジャーＲＮＡの塩基配列に従ってアミノ酸がつながっていき、タンパク質が合成される。
本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡまたはそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅する、連続するポリヌクレオチドおよび／またはそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
ここで相補的なポリヌクレオチド（相補鎖、逆鎖）とは、配列番号によって定義される塩基配列からなるポリヌクレオチドの全長配列、またはその部分配列、（ここでは便宜上、これを正鎖と呼ぶ）に対してＡ：Ｔ（Ｕ）、Ｇ：Ｃといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズできる程度の相補関係を有するものであってもよい。
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、プローブが他の配列に対するよりも、検出可能により大きな程度（例えばバックグラウンドよりも少なくとも２倍）で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によって異なる。ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄条件のストリンジェンシーを制御することにより、プローブに対して１００％相補的である標的配列が同定され得る。
本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異、転写時の選択的スプライシングなどに起因した天然の変異体、同族体、あるいは遺伝暗号の縮重に基づく変異体、あるいは配列番号１〜５０で表される塩基配列またはその部分配列において１以上、好ましくは１もしくは数個、の塩基の欠失、置換、付加または挿入を含む変異体、あるいは該塩基配列またはその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、好ましくは約９０％以上、より好ましくは約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、もしくは約９９％以上の％同一性を示す変異体、あるいは該塩基配列またはその部分配列を含むポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味し、一方、タンパク質またはペプチドの場合、配列番号１０１〜１９７で表されるアミノ酸配列またはその部分配列において１以上、好ましくは１もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加または挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸配列またはその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、好ましくは約９０％以上、より好ましくは約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、もしくは約９９％以上の％同一性を示す変異体を意味する。
本明細書において「数個」とは、約１０、９、８、７、６、５、４、３または２個以下の整数を意味する。
本明細書において「％同一性」は、上記のＢＬＡＳＴやＦＡＳＴＡによるタンパク質または遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、決定することができる（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、１９９３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９０巻、ｐ.５８７３-５８７７；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、１９９０年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、第２１５巻、ｐ．４０３−４１０；Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｗ．Ｒ．ら、１９８８年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８５巻、ｐ.２４４４-２４４８）。
本明細書において「誘導体」とは、核酸の場合、蛍光団などによるラベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシなどのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチドおよび塩基の再構成、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチドなど)を含む誘導体など、一方、タンパク質(抗体を含む)の場合、酵素、蛍光団、放射性同位元素などのラベルによるラベル化誘導体、あるいはアセチル化、アシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化などの化学修飾を含む誘導体を意味する。
本明細書において「診断（または検出または判定）用組成物」や「疾患判定用組成物」とは、腎ガン患者の予後を予測するため、および／または腎ガンの罹患の有無、罹患の程度、腎ガンの転移の有無、もしくは改善の有無や改善の程度の診断に、また腎ガンの予防、改善または治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接または間接的に利用される組成物をいう。この組成物には腎ガンの罹患に関連して生体内、特に腎組織において発現が変動する遺伝子を特異的に認識し、また結合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチド、および該遺伝子の翻訳産物であるタンパク質を検出することができる抗体などが含まれる。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドは、上記性質に基づいて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして、また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用することができる。本明細書において使用される「組成物」は、本発明に関わる単一のプローブ、または２つ以上の異なるプローブの混合物、を含む組成物を意味し、該組成物は、固体（例えば凍結乾燥物など）、溶液（例えば水溶液、緩衝溶液など）を含む任意の形態をとることができる。また、該組成物は、必要に応じて、分析に影響を与えないという条件で、安定剤、防腐剤などの添加剤を含有することができる。
本明細書において検出・診断対象となる「生体試料」とは、腎ガンの発生にともない本発明の標的遺伝子が発現変化する、あるいは本発明の標的ポリペプチドの量が正常対照と比べて変化する、生体から採取された試料（または検体）をいう。生体試料には、例えば腎組織、その周辺のリンパ節、転移が疑われる他臓器などからの組織、それらの組織に由来する細胞、ならびに血液などの体液などが含まれる。
本明細書において「特異的に結合する」とは、抗体またはその断片が、本発明の標的ポリペプチド、その変異体またはその断片とのみ抗原-抗体複合体を形成し、他のペプチド性またはポリペプチド性物質とは該複合体を実質的に形成しないことを意味する。ここで、「実質的に」とは、程度は小さいが非特異的な複合体形成が起こり得ることを意味する。
本明細書において「エピトープ」とは、本発明の標的ポリペプチド、その変異体またはその断片において、抗原性または免疫原性を有する部分アミノ酸領域（抗原決定基）指す。エピトープは通常、少なくとも５アミノ酸、好ましくは少なくとも７アミノ酸、より好ましくは少なくとも１０アミノ酸からなる。
本明細書において「予後」とはＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法(例えばＢＭＪ（１９９８） ３１７：１５７２)でプロットした生存曲線で示される生存確率を表す。また「予後が良い」患者群とは、なんらかの臨床情報により腎ガン患者を分類し、それぞれについて生存曲線をＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法でプロットした上で、その差をなんらかの統計的手法によって検定し、有意な差（ｐ＜０．０５）をもって生存率が高いとされた群を示す。同様に「予後が悪い」患者群とは、なんらかの臨床情報により腎ガン患者を分類し、それぞれについて生存曲線をＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法でプロットした上で、その差をなんらかの統計的手法によって検定し、有意な差（ｐ＜０．０５）をもって生存率が低いとされた群を示す。癌の転移の有無は、患者の予後に影響を及ぼす要素の１つであるため、予後の予測は、一部には、癌の転移の予測と相関する。
本明細書で使用される「ＰＡＢＰＮ１遺伝子」または「ＰＡＢＰＮ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１）で示されるＰｏｌｙ(Ａ)−Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ， Ｎｕｃｌｅａｒ 1遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１に記載のＰＡＢＰＮ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１００８３６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＡＢＰＮ１遺伝子は、例えばＢｒａｉｓ，Ｂ．ら、１９９８年、Ｎａｔｕｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１８巻、ｐ．１６４―１６７に記載される方法によって得ることができる。ＰＡＢＰＮ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＰＩＮＫ１遺伝子」または「ＰＩＮＫ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２）で示されるＰＴＥＮ Ｉｎｄｕｃｅｄ Ｐｕｔａｔｉｖｅ Ｋｉｎａｓｅ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２に記載のＰＩＮＫ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１８００５６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＩＮＫ１遺伝子は、例えばＵｎｏｋｉ，Ｍ．ら、２００１年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２０巻、ｐ．４４５７―４４６５に記載される方法によって得ることができる。ＰＩＮＫ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＴＦＦ２遺伝子」または「ＴＦＦ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３）で示されるＴｒｅｆｏｉｌ Ｆａｃｔｏｒ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３に記載のＴＦＦ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６０１８１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＦＦ２遺伝子は、例えばＴｏｍａｓｅｔｔｏ，Ｃ．ら、１９９０年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第９巻、ｐ．４０７−４１４に記載される方法によって得ることができる。ＴＦＦ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子」または「ＥＩＦ３Ｓ９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４）で示されるＥｕｋａｒｙｏｔｉｃ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ Ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ ３ Ｓｕｂｕｎｉｔ 9遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４に記載のＥＩＦ３Ｓ９遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１０６２６３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子は、例えばＭｅｔｈｏｔ，Ｎ．ら、１９９７年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７２巻、ｐ．１１１０−１１１６に記載される方法によって得ることができる。ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＭＡＸ遺伝子」または「ＭＡＸ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５）で示されるＭＡＸ Ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５に記載のＭＡＸ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１２５９５２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＡＸ遺伝子は、例えばＷａｇｎｅｒ，Ａ．ら、１９９２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８９巻、ｐ．３１１１−３１１５に記載される方法によって得ることができる。ＭＡＸ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＭＬＬ４遺伝子」または「ＭＬＬ４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６）で示されるＴｒｉｔｈｏｒａｘ Ｈｏｍｏｌｏｇ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６に記載のＭＬＬ４遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１０５６６３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＬＬ４遺伝子は、例えばＮａｇａｓｅ，Ｔ．ら、１９９７年、ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第４巻、ｐ．１４１−１５０に記載される方法によって得ることができる。ＭＬＬ４遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＣＡＣＮＢ２遺伝子」または「ＣＡＣＮＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号７）で示されるＤｉｈｙｄｒｏｐｙｒｉｄｉｎｅ−Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｌ−Ｔｙｐｅ， Ｃａｌｃｉｕｍ Ｃｈａｎｎｅｌ Ｂｅｔａ−２ Ｓｕｂｕｎｉｔ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号７に記載のＣＡＣＮＢ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６５９９５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＣＮＢ２遺伝子は、例えばＲｏｓｅｎｆｅｌｄ，Ｍ．ら、１９９３年、Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ．、第３３巻、ｐ．１１３−１２０に記載される方法によって得ることができる。ＣＡＣＮＢ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＺＭＹＮＤ１１遺伝子」または「ＺＭＹＮＤ１１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号８）で示されるＡｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ５ Ｅ１Ａ−Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号８に記載のＺＭＹＮＤ１１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ００００００１５１７１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＺＭＹＮＤ１１遺伝子は、例えばＨａｔｅｂｏｅｒ，Ｇ．ら、１９９５年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第１４巻、ｐ．３１５９−３１６９に記載される方法によって得ることができる。ＺＭＹＮＤ１１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＢＡＴ２遺伝子」または「ＢＡＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号９）で示されるＡｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ５ Ｅ１Ａ−Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号９に記載のＢＡＴ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１１１９６０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＢＡＴ２遺伝子は、例えばＢａｎｅｒｊｉ，Ｊ．ら、１９９０年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８７巻、ｐ．２３７４−２３７８に記載される方法によって得ることができる。ＢＡＴ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＮＲＢＰ遺伝子」または「ＮＲＢＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１０）で示されるＮｕｃｌｅａｒ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１０に記載のＮＲＢＰ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１１５２１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＲＢＰ遺伝子は、例えばＨｏｏｐｅｒ，Ｊ．Ｄ．．ら、２０００年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第６６巻、ｐ．１１３−１１８に記載される方法によって得ることができる。ＮＲＢＰ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＭＣＭ３ＡＰ遺伝子」または「ＭＣＭ３ＡＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１１）で示される８０ ＫＤａ ＭＣＭ３−Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１１に記載のＭＣＭ３ＡＰ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６０２９４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＣＭ３ＡＰ遺伝子は、例えばＴａｋｅｉ，Ｙ．ら、１９９８年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７３巻、ｐ．２２１７７−２２１８０に記載される方法によって得ることができる。ＭＣＭ３ＡＰ遺伝子の発現変動が腎ガンの指標となることは、特表２００５−５２０５３６のなかで推定されているが、立証はされていない。
本明細書で使用される「ＣＯＬ４Ａ１遺伝子」または「ＣＯＬ４Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１２）で示されるＣｏｌｌａｇｅｎ Ａｌｐｈａ １(ＩＶ) Ｃｈａｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１２に記載のＣＯＬ４Ａ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１３９８２５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＬ４Ａ１遺伝子は、例えばＳｏｌｏｍｏｎ，Ｅ．ら、１９８５年Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８２巻、ｐ．３３３０−３３３４に記載される方法によって得ることができる。ＣＯＬ４Ａ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＭＫＮＫ１遺伝子」または「ＭＫＮＫ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１３）で示されるＭＡＰ Ｋｉｎａｓｅ−Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ Ｓｅｒｉｎｅ／Ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ Ｋｉｎａｓｅ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１３に記載のＭＫＮＫ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ， ． ＥＮＳＧ００００００７９２７７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＫＮＫ１遺伝子は、例えばＦｕｋｕｎａｇａ，Ｒ．ら、１９９７年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第１６巻、ｐ．１９２１−１９３３に記載される方法によって得ることができる。ＭＫＮＫ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＢＢＣ３遺伝子」または「ＢＢＣ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４）で示されるＢＣＬ２ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４に記載のＢＢＣ３遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１０５３２７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＢＢＣ３遺伝子は、例えばＹｕ，Ｊ．ら、２００１年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ、第７巻、ｐ．６７３−６８２に記載される方法によって得ることができる。ＢＢＣ３遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＦＬＪ１０３５９遺伝子」または「ＦＬＪ１０３５９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５）で示されるＰｒｏｔｅｉｎ ＢＡＰ２８;遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５に記載のＦＬＪ１０３５９遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１１９２８５）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＤＰＴ遺伝子」または「ＤＰＴ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１６）で示されるＤｅｒｍａｔｏｐｏｎｔｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１６に記載のＤＰＴ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ， ＥＮＳＧ０００００１４３１９６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＰＴ遺伝子は、例えばＳｕｐｅｒｔｉ−Ｆｒｕｇａ，Ａ．ら、１９９３年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１７巻、ｐ．４６３−４６７に記載される方法によって得ることができる。ＤＰＴ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「Ｃ１０ｏｒｆ７６遺伝子」または「Ｃ１０ｏｒｆ７６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１７）で示される遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１７に記載のＣ１０ｏｒｆ７６遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１２００２９）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＤＩＡ１遺伝子」または「ＤＩＡ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１８）で示されるＮＡＤＨ−Ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ Ｂ５ Ｒｅｄｕｃｔａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１８に記載のＤＩＡ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１００２４３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＩＡ１遺伝子は、例えばＤｕ，Ｍ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ、第２３５巻、ｐ．７７９−７８３に記載される方法によって得ることができる。ＤＩＡ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＰＢＫ遺伝子」または「ＰＢＫ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１９）で示されるＴ−ＬＡＫ Ｃｅｌｌ−Ｏｒｉｇｉｎａｔｅｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｋｉｎａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１９に記載のＰＢＫ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６８０７８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＢＫ遺伝子は、例えばＧａｕｄｅｔ，Ｓ．ら、２０００年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９７巻、ｐ．５１６７−５１７２に記載される方法によって得ることができる。ＰＢＫ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＰＲＫＤ２遺伝子」または「ＰＲＫＤ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２０）で示されるＰｒｏｔｅｉｎ Ｋｉｎａｓｅ Ｃ， Ｄ２ Ｔｙｐｅ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２０に記載のＰＲＫＤ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１０５２８７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＫＤ２遺伝子は、例えばＳｔｕｒａｎｙ，Ｓ．ら、２００１年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７６巻、ｐ．３３１０−３３１８に記載される方法によって得ることができる。ＰＲＫＤ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＫＲＴ１９遺伝子」または「ＫＲＴ１９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２１）で示されるＫｅｒａｔｉｎ，Ｔｙｐｅ Ｉ Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔａｌ １９遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２１に記載のＫＲＴ１９遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１７１３４５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＫＲＴ１９遺伝子は、例えばＢａｄｅｒ，Ｂ．ら、１９８６年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第５巻、ｐ．１８６５−１８７５に記載される方法によって得ることができる。ＫＲＴ１９遺伝子の発現変動が腎ガンの指標となることは、特表２００５−５０７９９７のなかで推定されているが、立証はされていない。
本明細書で使用される「ＦＬＪ２３４３６遺伝子」または「ＦＬＪ２３４３６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２２）で示される遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２２に記載のＦＬＪ２３４３６遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６９９５７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＬＪ２３４３６遺伝子は、例えばＢｅａｕｓｏｌｅｉｌ，Ｓ．Ａ．ら、２００４年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第１０１巻、ｐ．１２１３０−１２１３５に記載される方法によって得ることができる。ＦＬＪ２３４３６遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＮＰＨＳ２遺伝子」または「ＮＰＨＳ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２３）で示されるＰｏｄｏｃｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２３に記載のＮＰＨＳ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１１６２１８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＰＨＳ２遺伝子は、例えばＫｅｓｔｉｌａ，Ｍ．ら、１９９８年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ、第１巻、ｐ．５７５−５８２に記載される方法によって得ることができる。ＮＰＨＳ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「Ｃ３ｏｒｆ１４遺伝子」または「Ｃ３ｏｒｆ１４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２４）で示される遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードするＨＴ０２１遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２４に記載のＣ３ｏｒｆ１４遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１１４４０５）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＡＧＴＲ２遺伝子」または「ＡＧＴＲ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２５）で示されるＴｙｐｅ−２ Ａｎｇｉｏｔｅｎｓｉｎ ＩＩ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２５に記載のＡＧＴＲ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１８０７７２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＧＴＲ２遺伝子は、例えばＫｏｉｋｅ，Ｇ．ら、１９９４年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ、第２０３巻、ｐ．１８４２−１８５０に記載される方法によって得ることができる。ＡＧＴＲ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＨＴＲ１Ｆ遺伝子」または「ＨＴＲ１Ｆ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２６）で示される５−Ｈｙｄｒｏｘｙｔｒｙｐｔａｍｉｎｅ １Ｆ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２６に記載のＨＴＲ１Ｆ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１７９０９７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＴＲ１Ｆ遺伝子は、例えばＬｏｖｅｎｂｅｒｇ，Ｔ．Ｗ．ら、１９９３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９０巻、ｐ．２１８４−２１８８に記載される方法によって得ることができる。ＨＴＲ１Ｆ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＫＩＦ３Ｂ遺伝子」または「ＫＩＦ３Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２７）で示されるＫｉｎｅｓｉｎ−Ｌｉｋｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＫＩＦ３Ｂ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２７に記載のＫＩＦ３Ｂ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１０１３５０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＫＩＦ３Ｂ遺伝子は、例えばＮａｇａｓｅ，Ｔ．ら、１９９７年、ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第４巻、ｐ．１４１−１５０に記載される方法によって得ることができる。ＫＩＦ３Ｂ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＤＣＮ遺伝子」または「ＤＣＮ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２８）で示されるＤｅｃｏｒｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２８に記載のＤＣＮ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ００００００１１４６５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＣＮ遺伝子は、例えばＤａｎｉｅｌｓｏｎ，Ｋ．Ｇ．ら、１９９３年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１５巻、ｐ．１４６−１６０に記載される方法によって得ることができる。ＤＣＮ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＳＴＫ２２Ｃ遺伝子」または「ＳＴＫ２２Ｃ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２９）で示されるＴｅｓｔｉｓ−Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｓｅｒｉｎｅ／Ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ Ｋｉｎａｓｅ ２２Ｃ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２９に記載のＳＴＫ２２Ｃ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６２５２６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＴＫ２２Ｃ遺伝子は、例えばＶｉｓｃｏｎｔｉ，Ｐ．Ｅ．ら、２００１年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第７７巻、ｐ．１６３−１７０に記載される方法によって得ることができる。ＳＴＫ２２Ｃ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４遺伝子」または「ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３０）で示されるＰｕｔａｔｉｖｅ ＭＡＰＫ Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＰＭ２０遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３０に記載のＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４遺伝子（ＥＮＳＧ００００００５５０７０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４遺伝子は、例えばＶｉｓｃｏｎｔｉ，Ｐ．Ｅ．ら、２００１年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第７７巻、ｐ．１６３−１７０に記載される方法によって得ることができる。ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＣＮＲ１遺伝子」または「ＣＮＲ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３１）で示されるＣａｎｎａｂｉｎｏｉｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードするＣａｎｎａｂｉｎｏｉｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ １遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３１に記載のＣＮＲ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１１８４３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＮＲ１遺伝子は、例えばＭａｔｓｕｄａ，Ｌ．Ａ．ら、１９９０年、Ｎａｔｕｒｅ、第３４６巻、ｐ．５６１−５６４に記載される方法によって得ることができる。ＣＮＲ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＨＯＭＥＲ３遺伝子」または「ＨＯＭＥＲ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３２）で示されるＨＯＭＥＲ，Ｎｅｕｒｏｎａｌ Ｉｍｍｅｄｉａｔｅ Ｅａｒｌｙ Ｇｅｎｅ， ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３２に記載のＨＯＭＥＲ３遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ００００００５１１２８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＯＭＥＲ３遺伝子は、例えばＸｉａｏ，Ｂ．ら、２００１年、Ｎｅｕｒｏｎ、第２１巻、ｐ．７０７−７１６に記載される方法によって得ることができる。ＨＯＭＥＲ３遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＧＰＲ２遺伝子」または「ＧＰＲ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３３）で示されるＣ−Ｃ Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔｙｐｅ １０遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３３に記載のＧＰＲ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１７７０３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＰＲ２遺伝子は、例えばＭａｒｃｈｅｓｅ，Ａ．ら、１９９４年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第２３巻、ｐ．６０９−６１８に記載される方法によって得ることができる。ＧＰＲ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＦＬＪ１２４４２遺伝子」または「ＦＬＪ１２４４２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３４）で示される遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３４に記載のＦＬＪ１２４４２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６８２６８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＬＪ１２４４２遺伝子は、例えばＯｔａ，Ｔ．ら、２００４年、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第３６巻、ｐ．４０−４５に記載される方法によって得ることができる。ＦＬＪ１２４４２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＸＬＫＤ１遺伝子」または「ＸＬＫＤ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３５）で示されるＥｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ Ｌｉｎｋ Ｄｏｍａｉｎ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３５に記載のＸＬＫＤ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１３３８００）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＸＬＫＤ１遺伝子は、例えばＢａｎｅｒｊｉ，Ｓ．ら、１９９９年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、第１４４巻、ｐ．１７８９−８０１に記載される方法によって得ることができる。ＸＬＫＤ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＣＡＳＫＩＮ２遺伝子」または「ＣＡＳＫＩＮ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３６）で示されるＣＡＳＫ−Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３６に記載のＣＡＳＫＩＮ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１７７３０３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＳＫＩＮ２遺伝子は、例えばＳｔｒａｕｓｂｅｒｇ，Ｒ．Ｌ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９９巻、ｐ．１６８９９−１６９０３に記載される方法によって得ることができる。ＣＡＳＫＩＮ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＣＯＬ５Ａ２遺伝子」または「ＣＯＬ５Ａ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３７）で示されるＣｏｌｌａｇｅｎ Ａｌｐｈａ ２(Ｖ) Ｃｈａｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３７に記載のＣＯＬ５Ａ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１７９８７７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＬ５Ａ２遺伝子は、例えばＢｕｒｇｅｓｏｎ，Ｒ．Ｅ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第７３巻、ｐ．２５７９−２５８３に記載される方法によって得ることができる。ＣＯＬ５Ａ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＢＲＤ３遺伝子」または「ＢＲＤ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３８）で示されるＢｒｏｍｏｄｏｍａｉｎ−Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３８に記載のＢＲＤ３遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６９９２５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＢＲＤ３遺伝子は、例えばＮｏｍｕｒａ，Ｎ．Ｌ．ら、１９９４年、ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第１巻、ｐ．２２３−２２９に記載される方法によって得ることができる。ＢＲＤ３遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４遺伝子」または「ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３９）で示されるＡＴＰａｓｅ，Ｈ＋ Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｉｎｇ，Ｌｙｓｏｓｏｍａｌ Ｖ０ Ｓｕｂｕｎｉｔ Ａ ＩＳＯＦＯＲＭ ４遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３９に記載のＡＴＰ６Ｖ０Ａ４遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１０５９２９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４遺伝子は、例えばＳｍｉｔｈ，Ａ．Ｎ．ら、２０００年、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第２６巻、ｐ．７１−７５に記載される方法によって得ることができる。ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＰＲＯＤＨ２遺伝子」または「ＰＲＯＤＨ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４０）で示されるＮｅｐｈｒｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４０に記載のＰＲＯＤＨ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６１２７０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＯＤＨ２遺伝子は、例えばＣｈａｋｒａｖａｒｔｉ，Ａ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９９巻、ｐ．４７５５−４７５６に記載される方法によって得ることができる。ＰＲＯＤＨ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＥＰＨＢ２遺伝子」または「ＥＰＨＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４１）で示されるＥｐｈｒｉｎ Ｔｙｐｅ−Ｂ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４１に記載のＥＰＨＢ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１３３２１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＰＨＢ２遺伝子は、例えばＣｈａｎ，Ｊ．ら、１９９１年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第６巻、ｐ．１０５７−１０６１に記載される方法によって得ることができる。ＥＰＨＢ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＬＹＡＲ遺伝子」または「ＬＹＡＲ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４２）で示されるＨｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＦＬＪ２０４２５遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４２に記載のＬＹＡＲ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１４５２２０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＬＹＡＲ遺伝子は、例えばＳｕ，Ｌ．ら、１９９３年、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、第７巻、ｐ．７３５−７４８に記載される方法によって得ることができる。ＬＹＡＲ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＣＯＸ６Ｂ遺伝子」または「ＣＯＸ６Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４３）で示されるＣｙｔｏｃｈｒｏｍｅ Ｃ Ｏｘｉｄａｓｅ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ＶＩＢ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４３に記載のＣＯＸ６Ｂ遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１２６２６７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＸ６Ｂ遺伝子は、例えばＴａａｎｍａｎ，Ｊ−Ｗ．ら、１９８９年、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第１７巻、ｐ．１７６６に記載される方法によって得ることができる。ＣＯＸ６Ｂ遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＰＲＨ１遺伝子」または「ＰＲＨ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４４）で示されるＳａｌｉｖａｒｙ Ａｃｉｄｉｃ Ｐｒｏｌｉｎｅ−Ｒｉｃｈ Ｐｈｏｓｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ １／２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４４に記載のＰＲＨ１遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１７６６２１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＨ１遺伝子は、例えばＯｐｐｅｎｈｅｉｍ，Ｆ．Ｇ．ら、１９７１年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第１０巻、ｐ．４２３３−４２３８に記載される方法によって得ることができる。ＰＲＨ１遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＬＡＰＴＭ５遺伝子」または「ＬＡＰＴＭ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４５）で示されるＬｙｓｏｓｏｍａｌ−Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｍｕｌｔｉｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４５に記載のＬＡＰＴＭ５遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６２５１１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＬＡＰＴＭ５遺伝子は、例えばＡｄｒａ，Ｃ．Ｎ．ら、１９９６年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第３５巻、ｐ．３２８−３３７に記載される方法によって得ることができる。ＬＡＰＴＭ５遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていないが、腎ガンのマーカーとなりうることは推定されている(国際公開ＷＯ２００５／２４６０３)。
本明細書で使用される「ＲＰＳ６ＫＡ４遺伝子」または「ＲＰＳ６ＫＡ４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４６）で示されるＲｉｂｏｓｏｍａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓ６ Ｋｉｎａｓｅ， ９０ＫＤＡ， Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ４遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４６に記載のＲＰＳ６ＫＡ４遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１６２３０２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＰＳ６ＫＡ４遺伝子は、例えばＰｉｅｒｒａｔ，Ｂ．ら、１９９８年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７３巻、ｐ．２９６６１−２９６７１に記載される方法によって得ることができる。ＲＰＳ６ＫＡ４遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＧＣＣ２遺伝子」または「ＧＣＣ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４７）で示されるＧＲＩＰ ａｎｄ Ｃｏｉｌｅｄ―Ｃｏｉｌ Ｄｏｍａｉｎ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４７に記載のＧＣＣ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１４４０５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＣＣ２遺伝子は、例えばＥｉｃｈｍｕｌｌｅｒ，Ｓ．ら、２００１年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９８巻、ｐ．６２９−６３４に記載される方法によって得ることができる。ＧＣＣ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることは知られていない。
本明細書で使用される「ＦＧＦ２遺伝子」または「ＦＧＦ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４８）で示されるＨｅｐａｒｉｎ−Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４８に記載のＦＧＦ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１３８６８５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＧＦ２遺伝子は、例えばＡｂｒａｈａｍ，Ｊ．ら、１９８６年、Ｓｃｉｅｎｃｅ、第２３３巻、ｐ．５４５−５４８に記載される方法によって得ることができる。ＦＧＦ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることはＭｉｙａｋｅ，Ｈ．ら、１９９６年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５６巻、ｐ．２４４０−２４４５に示されるように公知である。
本明細書で使用される「ＭＭＰ１４遺伝子」または「ＭＭＰ１４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４９）で示されるＭａｔｒｉｘ Ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−１４遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４９に記載のＭＭＰ１４遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１５７２２７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＭＰ１４遺伝子は、例えばＳａｔｏ，Ｈ．ら、１９９４年、Ｎａｔｕｒｅ、第３７０巻、ｐ．６１−６５に記載される方法によって得ることができる。ＭＭＰ１４遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることはＫｉｔａｇａｗａ，Ｙ．ら、１９９９年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｕｒｏｌｏｇｙ、第１６２巻、ｐ．９０５−９０９などに示されるように公知である。
本明細書で使用される「ＥＲＢＢ２遺伝子」または「ＥＲＢＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５０）で示されるＲｅｃｅｐｔｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ−Ｔｙｒｏｓｉｎｅ Ｋｉｎａｓｅ ＥＲＢＢ−２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体および誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５０に記載のＥＲＢＢ２遺伝子（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｇｅｎｅ ＩＤ，ＥＮＳＧ０００００１４１７３６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＲＢＢ２遺伝子は、例えばＹａｎｇ−Ｆｅｎｇ，Ｔ．Ｌ．ら、１９８５年、Ｃｉｔｏｇｅｎｅｔｉｃ Ｃｅｌｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第４０巻、ｐ．７８４に記載される方法によって得ることができる。ＥＲＢＢ２遺伝子の発現変動が腎ガンの転移の指標となることはＦｒｅｅｍａｎ，Ｍ．Ｒ．ら、１９８９年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第４９巻、ｐ．６２２１−６２２５に示されるように公知である。
本明細書中に記載されるその他の遺伝子またはポリペプチドについては、下記の詳細な説明のなかで適宜説明する。
発明の効果
本発明は、腎ガンの存在や腎ガンの転移の診断、検出、判定または予測、および腎ガンの治療に有用な疾患判定用組成物、並びに、該組成物を用いた腎ガンおよび腎ガン転移を診断、検出、判定または予測するための方法を提供するものであり、これによって、腎ガンの存在や腎ガンの転移に対して特異的かつ高予測率の、および迅速でかつ簡便な、検出、判定または予測方法を提供するという格別の作用効果を有する。
また、本発明の腎ガンマーカーのなかには、腎ガン患者の血液などの生体試料中にも見出されるものもあるが、それは健常人にはほとんどまたは全く見出されないため、単に上記マーカーの存在または量を指標にすることによって、例えば血液において、容易に腎ガンを検出することができるという作用効果をも有する。
本発明は、本発明の腎ガンを検出するプローブと腎ガンの転移を検出するプローブとを組み合わせることによって腎ガン患者の予後の管理のために有益な診断を行うことを可能にする。
手術時に腎臓以外への転移が診断されなかった患者群（Ｍ＝０）と転移が診断された患者群（Ｍ＝１）それぞれのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法による生存曲線を示す。縦軸は生存率を示し、横軸は手術後の年数(年)を示す。５年生存率は、Ｍ＝０で９６％、Ｍ＝１で１３％であった。 表１に記載の遺伝子に対応する、配列番号１〜１９、４８のポリヌクレオチドを組み合わせてＤＮＡチップとして用いた場合の予後良の患者予測率および、配列番号２０〜４７、４９、５０のポリヌクレオチドを組み合わせてＤＮＡチップとして用いた場合の予後不良の患者予測率を示す。縦軸は予後良の患者由来／予後不良の患者を予測できる確率(予測率)、横軸は予後良の患者由来／予後不良の患者の予測に必要な遺伝子の合計数をそれぞれ示す。実線は予後が良い患者の予測確率、破線は予後が悪い患者の予測確率を示す。
以下に本発明をさらに具体的に説明する
１．腎ガン関連マーカー
１．１ 腎ガン関連標的核酸
本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップを使用して腎ガンの存在および転移を検出、判定または予測するための、腎ガン患者予後予測のための、ならびに腎ガン転移細胞の存在または不存在を判定するための、腎ガン転移関連マーカーとしての標的核酸には、例えば、配列番号１〜５０で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＰＡＢＰＮ１、ＰＩＮＫ１、ＴＦＦ２、ＥＩＦ３Ｓ９、ＭＡＸ、ＭＬＬ４、ＣＡＣＮＢ２、ＺＭＹＮＤ１１、ＢＡＴ２、ＮＲＢＰ、ＭＣＭ３ＡＰ、ＣＯＬ４Ａ１、ＭＫＮＫ１、ＢＢＣ３、ＦＬＪ１０３５９、ＤＰＴ、Ｃ１０ｏｒｆ７６、ＤＩＡ１、ＰＢＫ、ＰＲＫＤ２、ＫＲＴ１９、ＦＬＪ２３４３６、ＮＰＨＳ２、Ｃ３ｏｒｆ１４、ＡＧＴＲ２、ＨＴＲ１Ｆ、ＫＩＦ３Ｂ、ＤＣＮ、ＳＴＫ２２Ｃ、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４、ＣＮＲ１、ＨＯＭＥＲ３、ＧＰＲ２、ＦＬＪ１２４４２、ＸＬＫＤ１，ＣＡＳＫＩＮ２、ＣＯＬ５Ａ２、ＢＲＤ３、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＰＲＯＤＨ２、ＥＰＨＢ２、ＬＹＡＲ、ＣＯＸ６Ｂ、ＰＲＨ１、ＬＡＰＴＭ５、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＧＣＣ２、ＦＧＦ２、ＭＭＰ１４およびＥＲＢＢ２）、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、ｃＤＮＡ、変異体および誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的核酸は、配列番号１〜５０で表される塩基配列を含むヒト遺伝子、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、より好ましくは該転写産物またはｃＤＮＡである。
本発明において腎ガン患者予後予測の標的および／または腎ガン転移予測の標的となる上記遺伝子はいずれも、予後良の患者由来の腎ガン組織に比べて予後不良の患者由来の腎ガン組織において該遺伝子の発現レベルが有意に変動（すなわち、増加または低下）しているものである。表１に、各遺伝子のＥｎｓｅｍｂｌｅ Ｇｅｎｅ ＩＤおよびＧｅｎＢａｎｋ登録番号をまとめて示す。表示の遺伝子群は、予後良の患者由来の腎ガン組織を識別する遺伝子、予後不良の患者由来の腎ガン組織を識別する遺伝子からなる。
Figure 2007026896
Figure 2007026896
第１の標的核酸は、ＰＡＢＰＮ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２の標的核酸は、ＰＩＮＫ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３の標的核酸は、ＴＦＦ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４の標的核酸は、ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第５の標的核酸は、ＭＡＸ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第６の標的核酸は、ＭＬＬ４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第７の標的核酸は、ＣＡＣＮＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第８の標的核酸は、ＺＭＹＮＤ１１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第９の標的核酸は、ＢＡＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１０の標的核酸は、ＮＲＢＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１１の標的核酸は、ＭＣＭ３ＡＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１２の標的核酸は、ＣＯＬ４Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１３の標的核酸は、ＭＫＮＫ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１４の標的核酸は、ＢＢＣ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１５の標的核酸は、ＦＬＪ１０３５９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１６の標的核酸は、ＤＰＴ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１７の標的核酸は、Ｃ１０ｏｒｆ７６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１８の標的核酸は、ＤＩＡ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第１９の標的核酸は、ＰＢＫ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である
第２０の標的核酸は、ＰＲＫＤ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２１の標的核酸は、ＫＲＴ１９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２２の標的核酸は、ＦＬＪ２３４３６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２３の標的核酸は、ＮＰＨＳ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２４の標的核酸は、Ｃ３ｏｒｆ１４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２５の標的核酸は、ＡＧＴＲ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２６の標的核酸は、ＨＴＲ１Ｆ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２７の標的核酸は、ＫＩＦ３Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２８の標的核酸は、ＤＣＮ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第２９の標的核酸は、ＳＴＫ２２Ｃ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３０の標的核酸は、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３１の標的核酸は、ＣＮＲ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３２の標的核酸は、ＨＯＭＥＲ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３３の標的核酸は、ＧＰＲ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３４の標的核酸は、ＦＬＪ１２４４２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３５の標的核酸は、ＸＬＫＤ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３６の標的核酸は、ＣＡＳＫＩＮ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３７の標的核酸は、ＣＯＬ５Ａ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３８の標的核酸は、ＢＲＤ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第３９の標的核酸は、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４０の標的核酸は、ＰＲＯＤＨ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４１の標的核酸は、ＥＰＨＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４２の標的核酸は、ＬＹＡＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４３の標的核酸は、ＣＯＸ６Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４４の標的核酸は、ＰＲＨ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４５の標的核酸は、ＬＡＰＴＭ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４６の標的核酸は、ＲＰＳ６ＫＡ４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である
第４７の標的核酸は、ＧＣＣ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４８の標的核酸は、ＦＧＦ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第４９の標的核酸は、ＭＭＰ１４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
第５０の標的核酸は、ＥＲＢＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体である。
１．２ 腎ガン関連標的ポリペプチド（１）
本発明の組成物またはキットを使用して腎ガンの存在および転移を検出、判定または予測するための、腎ガン患者予後予測のための、ならびに腎ガン転移細胞の存在または不存在を判定するための、腎ガン関連マーカーとしての標的ポリペプチドには、ＰＡＢＰＮ１、ＰＩＮＫ１、ＴＦＦ２、ＥＩＦ３Ｓ９、ＭＡＸ、ＭＬＬ４、ＣＡＣＮＢ２、ＺＭＹＮＤ１１、ＢＡＴ２、ＮＲＢＰ、ＭＣＭ３ＡＰ、ＣＯＬ４Ａ１、ＭＫＮＫ１、ＢＢＣ３、ＦＬＪ１０３５９、ＤＰＴ、Ｃ１０ｏｒｆ７６、ＤＩＡ１、ＰＢＫ、ＰＲＫＤ２、ＫＲＴ１９、ＦＬＪ２３４３６、ＮＰＨＳ２、Ｃ３ｏｒｆ１４、ＡＧＴＲ２、ＨＴＲ１Ｆ、ＫＩＦ３Ｂ、ＤＣＮ、ＳＴＫ２２Ｃ、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４、ＣＮＲ１、ＨＯＭＥＲ３、ＧＰＲ２、ＦＬＪ１２４４２、ＸＬＫＤ１，ＣＡＳＫＩＮ２、ＣＯＬ５Ａ２、ＢＲＤ３、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＰＲＯＤＨ２、ＥＰＨＢ２、ＬＹＡＲ、ＣＯＸ６Ｂ、ＰＲＨ１、ＬＡＰＴＭ５、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＧＣＣ２、ＦＧＦ２、ＭＭＰ１４およびＥＲＢＢ２遺伝子によってコードされるポリペプチド、例えば、配列番号１０１〜１５０で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体または誘導体が含まれる。ここで、ポリペプチド、同族体、変異体および誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的ポリペプチドは、配列番号１０１〜１１０、１１２〜１２０、１２２〜１４７で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチドである。
本発明において腎ガン転移予測および／または腎ガン患者予後予測の標的となる上記ポリペプチドはいずれも、対応する遺伝子およびその転写産物の発現量と同様に、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織に比べて予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織においてその発現量が有意に変化（すなわち、増加または低下）しているものであること、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベルが、予後良の腎ガン患者に比べて予後不良の腎ガン患者において有意に変化（すなわち、増加または低下）することによって特徴付けられる。
１．３ 腎ガン関連標的ポリペプチド（２）
本発明の組成物またはキットを使用して腎ガンをインビトロで検出するための腎ガンマーカーとしての別の腎ガン関連標的ポリペプチドは、配列番号１５１〜１９７、好ましくは配列番号１５１、１５３、１５５〜１６０、配列番号１６１〜１９０で表わされるアミノ酸配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片である。
本発明の配列番号１５１〜１６０、１９１、配列番号１６１〜１９０、１９２〜１９７のポリペプチドを、その遺伝子名およびタンパク質番号（ＧｅｎＢａｎｋ登録名および登録番号）、ならびにそれらの特性とともに、それぞれ下記の表２、表３に示す。これらのポリペプチドは、腎ガン患者血漿中に特異的に検出され、健常者の血漿には検出されないか、または検出できるレベルになかった。
Figure 2007026896
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本発明において腎ガン検出のための上記標的ポリペプチドはいずれも、腎ガン患者において、血液などの生体試料中の該ポリペプチドのレベルが、健常人と比べて腎ガンに罹患した被験者において有意にまたは格別に高いことによって特徴付けられる。
２．腎ガン診断用プローブ
本発明によれば、腎ガンの存在および/または転移を検出、判定または予測するための、あるいは被験者の術後の予後を予測するための、プローブは、下記のＩ群および/またはＩＩ群：
Ｉ群：
（a）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（b）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（c）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（d）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、および
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
ＩＩ群：
（f）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号１０１〜１１０、１１２〜１２０、１２２〜１４７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
（g）配列番号１５１、１５３、１５５〜１６０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、および
（h）配列番号１６１〜１９０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
からなる抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
から選択される。
上記のプローブは、いずれも上記１．１節から１．３節に記載された腎ガン関連マーカーのいずれかと結合可能なものであり、腎ガンの存在または転移を検出、判定または予測するために使用可能である。例えば、上記Ｉ群およびＩＩ群（f）の各プローブによって腎ガンの存在または転移を検出、判定または予測することができる。また、上記ＩＩ群（g）、（h）の各プローブによって腎ガンの存在を検出、判定または予測することができる。
本発明において、核酸プローブはＤＮＡまたはＲＮＡを含み、一方、抗体プローブはポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、それらの抗体断片、合成抗体、組換え抗体、多重特異的抗体、単鎖抗体などを含む。
本発明者らは、今回、上記Ｉ群および／またはＩＩ群に示したプローブが腎ガンの存在および/または転移の検出、判定または予測に使用できることを初めて見出した。
３．腎ガン診断用および／または腎ガン予後予測もしくは転移予測用組成物
３．１ 核酸組成物
本発明の組成物またはキットを使用して腎ガンの存在および転移を検出、判定または予測するための、腎ガン患者予後予測のための、ならびに腎ガン転移細胞の存在または不存在を判定するための核酸組成物は、上記２節のI群に記載した１または２以上のプローブを含み、腎ガン予後予測用または腎ガン転移予測用標的核酸としての、ヒト由来の、ＰＡＢＰＮ１、ＰＩＮＫ１、ＴＦＦ２、ＥＩＦ３Ｓ９、ＭＡＸ、ＭＬＬ４、ＣＡＣＮＢ２、ＺＭＹＮＤ１１、ＢＡＴ２、ＮＲＢＰ、ＭＣＭ３ＡＰ、ＣＯＬ４Ａ１、ＭＫＮＫ１、ＢＢＣ３、ＦＬＪ１０３５９、ＤＰＴ、Ｃ１０ｏｒｆ７６、ＤＩＡ１、ＰＢＫ、ＰＲＫＤ２、ＫＲＴ１９、ＦＬＪ２３４３６、ＮＰＨＳ２、Ｃ３ｏｒｆ１４、ＡＧＴＲ２、ＨＴＲ１Ｆ、ＫＩＦ３Ｂ、ＤＣＮ、ＳＴＫ２２Ｃ、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４、ＣＮＲ１、ＨＯＭＥＲ３、ＧＰＲ２、ＦＬＪ１２４４２、ＸＬＫＤ１，ＣＡＳＫＩＮ２、ＣＯＬ５Ａ２、ＢＲＤ３、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＰＲＯＤＨ２、ＥＰＨＢ２、ＬＹＡＲ、ＣＯＸ６Ｂ、ＰＲＨ１、ＬＡＰＴＭ５、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＧＣＣ２、ＦＧＦ２、ＭＭＰ１４およびＥＲＢＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物またはｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体または誘導体の存在、発現レベルまたは存在量を定性的および/または定量的に測定することを可能にする。
上記の標的核酸は、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織に比べて予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織においてその発現レベルが有意に変化（すなわち、増加または低下）する。それゆえ、本発明の組成物は、予後良の腎ガン患者由来の腎ガン組織と予後不良の腎ガン患者由来の腎ガン組織について標的核酸の発現レベルを測定し、それらを比較するために有効に使用することができる。
本発明で使用可能な組成物は、腎ガンに罹患した患者の生体組織において配列番号１〜５０で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群およびその相補的ポリヌクレオチド群、該塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレオチド群およびその相補的ポリヌクレオチド群、ならびにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群から選ばれた１または複数のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。
具体的には、本発明の組成物は、以下の１または複数のポリヌクレオチドまたはその断片を含むことができる。
（１）配列番号１〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１〜５０で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（５）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１１）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
上記（１）〜(１４)のポリヌクレオチドの断片は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基または１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基または２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基または５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基または６０〜７０塩基などの範囲の塩基数を含むことができるが、これらに限定されないものとする。
本発明の実施形態により、配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの断片はそれぞれ、配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７で表される塩基配列またはその相補的配列、あるいはそれらの連続する１５塩基以上の部分配列、を含むことが好ましい。
本発明の組成物には、例えば以下のポリヌクレオチドが包含される。
(１)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(３)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(４)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(５)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(６)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(７)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列において、それぞれ配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(８)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類またはその断片類はいずれもＤＮＡでもよいしＲＮＡでもよい。
本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ組換え技術、ＰＣＲ法、ＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
ＤＮＡ組換え技術およびＰＣＲ法は、例えばＡｕｓｕｂｅｌら， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＵＳ （１９９３）； Ｓａｍｂｒｏｏｋら， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， ＵＳ （１９８９）などに記載される技術を使用することができる。
ヒト由来の、ＰＡＢＰＮ１、ＰＩＮＫ１、ＴＦＦ２、ＥＩＦ３Ｓ９、ＭＡＸ、ＭＬＬ４、ＣＡＣＮＢ２、ＺＭＹＮＤ１１、ＢＡＴ２、ＮＲＢＰ、ＭＣＭ３ＡＰ、ＣＯＬ４Ａ１、ＭＫＮＫ１、ＢＢＣ３、ＦＬＪ１０３５９、ＤＰＴ、Ｃ１０ｏｒｆ７６、ＤＩＡ１、ＰＢＫ、ＰＲＫＤ２、ＫＲＴ１９、ＦＬＪ２３４３６、ＮＰＨＳ２、Ｃ３ｏｒｆ１４、ＡＧＴＲ２、ＨＴＲ１Ｆ、ＫＩＦ３Ｂ、ＤＣＮ、ＳＴＫ２２Ｃ、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４、ＣＮＲ１、ＨＯＭＥＲ３、ＧＰＲ２、ＦＬＪ１２４４２、ＸＬＫＤ１，ＣＡＳＫＩＮ２、ＣＯＬ５Ａ２、ＢＲＤ３、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＰＲＯＤＨ２、ＥＰＨＢ２、ＬＹＡＲ、ＣＯＸ６Ｂ、ＰＲＨ１、ＬＡＰＴＭ５、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＧＣＣ２、ＦＧＦ２、ＭＭＰ１４およびＥＲＢＢ２は公知であり、その取得方法も知られている。このため、これらの遺伝子をクローニングすることによって、本発明の組成物としてのポリヌクレオチドを作製することができる。
本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ自動合成装置を用いて化学的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によって約１００塩基までの一本鎖ＤＮＡを自動合成することができる。ＤＮＡ自動合成装置は、例えばＰｏｌｙｇｅｎ社、ＡＢＩ社、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ社などから市販されている。
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡクローニング法によって作製することもできる。本発明において標的である上記遺伝子が発現される腎組織などの生体組織から抽出したｔｏｔａｌ ＲＮＡをオリゴｄＴセルロースカラムで処理して得られるポリＡ（＋）ＲＮＡからＲＴ−ＰＣＲ法によってｃＤＮＡライブラリーを作製し、このライブラリーからハイブリダイゼーションスクリーニング、発現スクリーニング、抗体スクリーニングなどのスクリーニングによって目的のｃＤＮＡクローンを得ることができる。必要に応じて、ｃＤＮＡクローンをＰＣＲ法によって増幅することもできる。プローブまたはプライマーは、配列番号１〜５０に示される塩基配列に基づいて１５〜１００塩基の連続する配列の中から選択し、合成しうる。ｃＤＮＡクローニング技術は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．& Ｒｕｓｓｅｌ，Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７に記載されている。
３．２ 抗体組成物
本発明の組成物は、腎ガン診断用プローブとして、上記２節のＩＩ群に記載される抗体、その断片または化学修飾誘導体を含むことができる。このような組成物は、腎ガンをもつ被験者における腎ガンの存在および/または転移をインビトロで検出、判定または予測するために有用である。ここで、転移の予測は、被験者の術後の予後の良、不良の予測に導くことができる。
（Ａ）本発明の抗体組成物の第１の例は、上記ＩＩ群（f）に記載される配列番号１０１〜１１０、１１２〜１２０、１２２〜１４７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体を含む組成物である。
本発明の組成物には、配列番号１１１、１２１、１４８〜１５０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片に対する１または複数の抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。これらの抗体の併用によって、予後予測のための精度を高めることができる。
すなわち、本発明により、腎ガン予後予測用または腎ガン転移マーカーとしての、ＰＡＢＰＮ１、ＰＩＮＫ１、ＴＦＦ２、ＥＩＦ３Ｓ９、ＭＡＸ、ＭＬＬ４、ＣＡＣＮＢ２、ＺＭＹＮＤ１１、ＢＡＴ２、ＮＲＢＰ、ＭＣＭ３ＡＰ、ＣＯＬ４Ａ１、ＭＫＮＫ１、ＢＢＣ３、ＦＬＪ１０３５９、ＤＰＴ、Ｃ１０ｏｒｆ７６、ＤＩＡ１、ＰＢＫ、ＰＲＫＤ２、ＫＲＴ１９、ＦＬＪ２３４３６、ＮＰＨＳ２、Ｃ３ｏｒｆ１４、ＡＧＴＲ２、ＨＴＲ１Ｆ、ＫＩＦ３Ｂ、ＤＣＮ、ＳＴＫ２２Ｃ、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４、ＣＮＲ１、ＨＯＭＥＲ３、ＧＰＲ２、ＦＬＪ１２４４２、ＸＬＫＤ１，ＣＡＳＫＩＮ２、ＣＯＬ５Ａ２、ＢＲＤ３、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＰＲＯＤＨ２、ＥＰＨＢ２、ＬＹＡＲ、ＣＯＸ６Ｂ、ＰＲＨ１、ＬＡＰＴＭ５、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＧＣＣ２、ＦＧＦ２、ＭＭＰ１４およびＥＲＢＢ２遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体または誘導体を検出するために、これらのポリペプチドに対する抗体を１または複数、好ましくは２以上、組み合わせて用いることができる。
（Ｂ)本発明の抗体組成物の第２の例は、上記ＩＩ群（g）、(h)にそれぞれ記載される配列番号１５１〜１６０、１９１、配列番号１６１〜１９０、１９２〜１９７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体を含む組成物である。
上記のポリペプチドは、表１、表２および表３に記載の遺伝子によってコードされている。各遺伝子の塩基配列は、ＮＣＢＩホームページにアクセスすることよって、表に示される遺伝子名から容易に入手可能である。
これらのポリペプチドは、ＤＮＡ組換え技術によって得ることができる。例えば、上記のようにして得られたｃＤＮＡクローンを発現ベクターに組み込み、該ベクターによって形質転換またはトランスフェクションされた原核または真核宿主細胞を培養することによって該細胞または培養上清から得ることができる。ベクターおよび発現系はＮｏｖａｇｅｎ社、宝酒造、第一化学薬品、Ｑｉａｇｅｎ社、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社、Ｐｒｏｍｅｇａ社、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｉｔｉｃｓ社、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ社、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社などから入手可能である。
宿主細胞としては、細菌などの原核細胞（例えば大腸菌、枯草菌）、酵母（例えばサッカロマイセス・セレビシアエ）、昆虫細胞（例えばＳｆ細胞）、哺乳動物細胞（例えばＣＯＳ、ＣＨＯ、ＢＨＫ）などを用いることができる。
ベクターには、該ポリペプチドをコードするＤＮＡの他に、調節エレメント、例えばプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位、複製開始点、ターミネーター、選択マーカーなどを含むことができる。またポリペプチドの精製を容易にするために標識ペプチドをポリペプチドのＣ末端またはＮ末端につけた融合ポリペプチドとしてもよい。代表的な標識ペプチドには、６〜１０残基のヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃペプチト゛、ＧＦＰポリペプチドなどが挙げられるが、標識ペプチドはこれらにかぎられるものではない。またＤＮＡ組換え技術については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ．＆ Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ．（上記）に記載されている。
標識ペプチドを付けずに本発明に係るポリペプチドを生産した場合には、その精製法として例えば限外ろ過、塩析、ゲルろ過、イオン交換クロマトグラフィーなどによる方法を挙げることができる。またこれに加えて、アフィニティークロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、疎水性クロマトグラフィー、等電点クロマトグラフィーなどを組み合わせる方法でもよい。一方、当該タンパクにヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃ、ＧＦＰといった標識ペプチドを付けている場合には、一般に用いられるそれぞれの標識ペプチドに適したアフィニティークロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。単離・精製が容易となるような発現ベクターを構築するとよい。特にポリペプチドと標識ペプチドとの融合ポリペプチドの形態で発現するように発現ベクターを構築し、遺伝子工学的に当該ポリペプチドを調製すれば、単離・精製も容易である。
本発明における上記ポリペプチドの変異体は、上記定義のとおり、配列番号１０１〜１９７で表されるアミノ酸配列またはその部分配列おいて１以上、好ましくは１もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加または挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸配列またはその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、好ましくは約９０％以上、より好ましくは約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体である。このような変異体には、例えば、ヒトと異なる哺乳動物種のホモログ、ヒトの多型性変異やスプライス変異に基づく変異体などの天然変異体が含まれる。
本発明における上記ポリペプチドまたは変異体の断片は、該ポリペプチドのアミノ酸配列の少なくとも５個、少なくとも７個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、好ましくは少なくとも２０個、少なくとも２５個、より好ましくは少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個の連続するアミノ酸残基からなり、１個または複数のエピトープを保持する。このような断片は、本発明の抗体またはその断片と免疫特異的に結合することができるものである。上記ポリペプチドは、生体内に存在するプロテアーゼやぺプチダーゼなどの酵素によって切断され断片化されて存在することも予想される。
このようにして得られたポリペプチドを認識する抗体は、抗体の抗原結合部位を介して、該ポリペプチドに特異的に結合し得る。具体的には、配列番号１０１〜１９７のアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはその断片、その変異体ポリペプチドまたは融合ポリペプチドなどを、それぞれに免疫反応性である抗体を産生するための免疫原として使用することが可能である。
より具体的には、ポリペプチド、断片、変異体、融合ポリペプチドなどは、抗体形成を引き出す抗原決定基またはエピトープを含むが、これら抗原決定基またはエピトープは、直鎖でもよいし、より高次構造（断続的）でもよい。なお、該抗原決定基またはエピトープは、当該技術分野に知られるあらゆるエピトープ解析法、例えばファージジスプレイ法、リバースイムノジェネティックス法などによって同定できる。
本発明のポリペプチドによってあらゆる態様の抗体が誘導される。該ポリペプチドの全部もしくは一部またはエピトープが単離されていれば、慣用的技術を用いてポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体のいずれも調製可能である。そのための方法には例えば、Ｋｅｎｎｅｔら（監修），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ： Ａ Ｎｅｗ Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｅｓ，Ｐｌｅ ｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８０に挙げられた方法がある。
ポリクローナル抗体は、鳥類(例えば、ニワトリなど)、哺乳動物(例えば、ウサギ、ヤギ、ウマ、ヒツジ、ネズミなど)などの動物に本発明に係るポリペプチドを免疫することによって作製することができる。目的の抗体は、免疫された動物の血液から、硫安分画、イオン交換クロマとグラフィー、アフィニティークロマトグラフィーなどの手法を適宜組み合わせて精製することができる。
モノクローナル抗体は、各ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を、慣用技術によってマウスにおいて産生することを含む手法によって得ることができる。こうしたハイブリドーマ細胞株を産生するための１つの方法は、動物を本発明の酵素ポリペプチドで免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイブリドーマ細胞を生成し、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定することを含む。モノクローナル抗体は、慣用技術によって回収可能である。
本発明の抗体としては、本発明の標的ポリペプチドまたはその断片と特異的に結合するものであれば特に限定されず、モノクローナル抗体でもポリクローナル抗体でも使用することができるが、モノクローナル抗体を使用するのが好ましい。別の抗体には、組換え抗体、合成酵素、多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、単鎖抗体、抗体断片などが含まれる。そのような抗体の例は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖなどである。また、本発明の抗体のグロブリンタイプは、上記特徴を有するものである限り特に限定されるものではなく、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤのいずれでもよい。
＜モノクローナル抗体の作製＞
（１）免疫および抗体産生細胞の採取
標的ポリペプチドからなる免疫原を、哺乳動物、例えばラット、マウス（例えば近交系マウスのＢａｌｂ／ｃ）、ウサギなどに投与する。免疫原の１回の投与量は、免疫動物の種類、投与経路などにより適宜決定されるものであるが、動物１匹当たり約５０〜２００μｇでよい。免疫は主として皮下、腹腔内に免疫原を注入することにより行われる。また、免疫の間隔は特に限定されず、初回免疫後、数日から数週間間隔で、好ましくは１〜４週間間隔で、２〜１０回、好ましくは３〜４回追加免疫を行う。初回免疫の後、免疫動物の血清中の抗体価の測定をＥＬＩＳＡ（Ｅｎｚｙｍｅ−Ｌｉｎｋｅｄ Ｉｍｍｕｎｏ Ｓｏｒｂｅｎｔ Ａｓｓａｙ）法などにより繰り返し行い、抗体価がプラトーに達したときは、免疫原を静脈内または腹腔内に注射し、最終免疫とする。そして、最終免疫の日から２〜５日後、好ましくは３日後に、抗体産生細胞を採取する。抗体産生細胞としては、脾臓細胞、リンパ節細胞、末梢血細胞等が挙げられるが、脾臓細胞または局所リンパ節細胞が好ましい。
（２）細胞融合
各標的ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を作製する。こうしたハイブリドーマは、慣用的技術によって産生し、そして同定することが可能である。こうしたハイブリドーマ細胞株を産生するための１つの方法は、動物を本発明のタンパク質で免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイブリドーマ細胞を生成し、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定することを含む。抗体産生細胞と融合させる骨髄腫細胞株としては、マウスなどの動物の一般に入手可能な株化細胞を使用することができる。使用する細胞株としては、薬剤選択性を有し、未融合の状態ではＨＡＴ選択培地（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミンを含む）で生存できず、抗体産生細胞と融合した状態でのみ生存できる性質を有するものが好ましい。また株化細胞は、免疫動物と同種系の動物に由来するものが好ましい。骨髄腫細胞株の具体例としては、ＢＡＬＢ／ｃマウス由来のヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシル・トランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ）欠損細胞株であるＰ３Ｘ６３−Ａｇ．８株（ＡＴＣＣ ＴＩＢ９）などが挙げられる。
次に、上記骨髄腫細胞株と抗体産生細胞とを細胞融合させる。細胞融合は、血清を含まないＤＭＥＭ、ＲＰＭＩ−１６４０培地などの動物細胞培養用培地中で、抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを約１：１〜 ２０：１の割合で混合し、細胞融合促進剤の存在下にて融合反応を行う。細胞融合促進剤として、平均分子量１５００〜４０００ダルトンのポリエチレングリコール等を約１０〜８０％の濃度で使用することができる。また場合によっては、融合効率を高めるために、ジメチルスルホキシドなどの補助剤を併用してもよい。さらに、電気刺激（例えばエレクトロポレーション）を利用した市販の細胞融合装置を用いて抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを融合させることもできる。
（３）ハイブリドーマの選別およびクローニング
細胞融合処理後の細胞から目的とするハイブリドーマを選別する。その方法として、細胞懸濁液を、例えばウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ−１６４０培地などで適当に希釈後、マイクロタイタープレート上に２００万個/ウエル程度まき、各ウエルに選択培地を加え、以後適当に選択培地を交換して培養を行う。培養温度は、２０〜４０℃ 、好ましくは約３７℃である。ミエローマ細胞がＨＧＰＲＴ欠損株またはチミジンキナーゼ欠損株のものである場合には、ヒポキサンチン・アミノプテリン・チミジンを含む選択培地（ＨＡＴ培地）を用いることにより、抗体産生能を有する細胞と骨髄腫細胞株のハイブリドーマのみを選択的に培養し、増殖させることができる。その結果、選択培地で培養開始後、約１４日前後から生育してくる細胞をハイブリドーマとして得ることができる。
次に、増殖してきたハイブリドーマの培養上清中に、目的とする抗体が存在するか否かをスクリーニングする。ハイブリドーマのスクリーニングは、通常の方法に従えばよく、特に限定されない。例えば、ハイブリドーマとして生育したウエルに含まれる培養上清の一部を採取し、酵素免疫測定法（ＥＩＡ：Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏ Ａｓｓａｙ、およびＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ：Ｒａｄｉｏ Ｉｍｍｕｎｏ Ａｓｓａｙ）等によって行うことができる。融合細胞のクローニングは、限界希釈法等により行い、最終的にモノクローナル抗体産生細胞であるハイブリドーマを樹立する。本発明のハイブリドーマは、後述するように、ＲＰＭＩ−１６４０、ＤＭＥＭ等の基本培地中での培養において安定であり、標的ポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体を産生、分泌するものである。
（４）抗体の回収
モノクローナル抗体は、慣用的技術によって回収可能である。すなわち樹立したハイブリドーマからモノクローナル抗体を採取する方法として、通常の細胞培養法または腹水形成法等を採用することができる。細胞培養法においては、ハイブリドーマを１０％ ウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ−１６４０培地、ＭＥＭ培地または無血清培地等の動物細胞培養培地中で、通常の培養条件（例えば３７℃、５％ＣＯ２濃度）で２〜１０日間培養し、その培養上清から抗体を取得する。腹水形成法の場合は、ミエローマ細胞由来の哺乳動物と同種系動物の腹腔内にハイブリドーマを約１０００万個投与し、ハイブリドーマを大量に増殖させる。そして、１〜２週間後に腹水または血清を採取する。
上記抗体の採取方法において、抗体の精製が必要とされる場合は、硫安塩析法、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ゲルろ過クロマトグラフィーなどの公知の方法を適宜に選択して、またはこれらを組み合わせることにより、精製されたモノクローナル抗体を得ることができる。
＜ポリクローナル抗体の作製＞
ポリクローナル抗体を作製する場合は、前記と同様にウサギ等の動物を免疫し、最終の免疫日から６〜６０日後に、酵素免疫測定法（ＥＩＡおよびＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）等で抗体価を測定し、最大の抗体価を示した日に採血し、抗血清を得る。その後は、抗血清中のポリクローナル抗体の反応性をＥＬＩＳＡ法などで測定する。
＜化学修飾誘導体＞
本発明の抗体またはその断片は、化学修飾された誘導体であってもよい。例えば、酵素、蛍光団、放射性同位元素などのラベルによる標識化誘導体、あるいはアセチル化、アシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化誘導体、などの化学修飾誘導体を挙げることができる。
標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）、アルカリホスファターゼ、β − ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコースオキシダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミラーゼまたはビオチン−アビジン複合体等の酵素を、蛍光免疫測定法の場合には、フルオレセインイソチオシアネート、テトラメチルローダミンイソチオシアネート、置換ローダミンイソチオシアネート、ジクロロトリアジンイソチオシアネート、ＡｌｅｘａまたはＡｌｅｘａＦｌｕｏｒｏ等の蛍光性物質もしくは蛍光団を、そして放射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素（１３１Ｉ，１２５Ｉ，１２３Ｉ，１２１Ｉ）、リン（３２Ｐ）、イオウ（３５Ｓ）、金属類（例えば６８Ｇａ，６７Ｇａ，６８Ｇｅ，５４Ｍｎ，９９Ｍｏ，９９Ｔｃ，１３３Ｘｅなど）等の放射性同位元素を用いることができる。また、発光免疫測定法は、ＮＡＤＨ−、ＦＭＮＨ２−、ルシフェラーゼ系、ルミノール−過酸化水素−ＰＯＤ系、アクリジニウムエステル系またはジオキセタン化合物系等の発光性分子、発光物質、生物発光物質を用いることができる。
また、必要に応じて、アビジン−ビオチン系またはストレプトアビジン−ビオチン系を利用することも可能であり、この場合、本発明の抗体またはその断片に例えばビオチンを結合することもできる。標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはグルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフィド法または過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミンＴ法、ボルトンハンター法等の公知の方法を用いることができる。
４．腎ガン診断用および／または腎ガン予後予測もしくは転移予測用キット
４．１ 核酸キット
本発明はまた、上記２節のI群に記載されるポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片の１つまたは複数を含む腎ガンの存在または腎ガンの転移もしくは予後予測をインビトロで検出、判定または予測するためのキットを提供する。
本発明のキットには、以下に記載するようなI群からの核酸プローブを含有させることができる。これらのプローブの各々は単独でまたは組み合わせて適当な容器に収納されうる。
すなわち、本発明のキットは、配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの断片を少なくとも１つ含むことができる。
本発明のキットにはさらに、配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの断片を少なくとも１つ含むことができる。
本発明のキットに含むことができるポリヌクレオチド断片は、例えば下記の（１）〜（５）からなる群より選択される１以上のＤＮＡである：
（１）配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（２）配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（３）配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（４）配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列からなるＤＮＡ。
（５）配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むＤＮＡ。
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である。
別の好ましい実施形態では、本発明のキットは、上記のポリヌクレオチドに加えて、配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片をさらに含むことができる。
好ましい実施形態では、前記断片は、１５以上、好ましくは６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
上記の組み合わせの具体例は、配列番号１および２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはその断片、配列番号１〜１１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドおよび/またはその断片、配列番号１〜１６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドおよび/またはその断片、配列番号１〜１８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜１９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片配列番号１〜２２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜５０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片である。
別のより好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号５１〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含むことができる。
別の組み合わせの具体例は、配列番号１〜１９、４８の塩基配列またはその相補的配列を含む（または、からなる）ポリヌクレオドおよび/またはその断片である。
さらに別の組み合わせの具体例は、配列番号２０〜４７、４９および５０の塩基配列またはその相補的配列を含む（または、からなる）ポリヌクレオドおよび/またはその断片である。
本発明において、上記のポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基または１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基または２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基または５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基または６０〜７０塩基などの範囲の塩基数である。
本発明のキットを構成する上記の組み合わせは、あくまでも例示であり、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片に加えて、腎ガンの検出または腎ガンの転移予測もしくは予後予測を可能とする既知のまたは将来見出されるポリヌクレオチドも包含させることができる。
４．２ 抗体キット
本発明はまた、上記２節のＩＩ群に記載される抗体、その断片またはその化学修飾誘導体、上記３．２節に記載される抗体、その断片またはその化学修飾誘導体のうち１つまたは複数を含む腎ガンの存在または腎ガンの転移もしくは予後予測をインビトロで検出、判定または予測するためのキットを提供する。
本発明のキットには、以下に記載するようなＩＩ群（f）、（g）および（h）からの抗体、その断片またはその化学修飾誘導体プローブを含有させることができる。これらのプローブの各々は単独でまたは組み合わせて適当な容器に収納されうる。
プローブの組み合わせの例は以下のとおりである。
第1の例は、腎ガン予後予測用または腎ガン転移マーカーとしての、ＰＡＢＰＮ１、ＰＩＮＫ１、ＴＦＦ２、ＥＩＦ３Ｓ９、ＭＡＸ、ＭＬＬ４、ＣＡＣＮＢ２、ＺＭＹＮＤ１１、ＢＡＴ２、ＮＲＢＰ、ＭＣＭ３ＡＰ、ＣＯＬ４Ａ１、ＭＫＮＫ１、ＢＢＣ３、ＦＬＪ１０３５９、ＤＰＴ、Ｃ１０ｏｒｆ７６、ＤＩＡ１、ＰＢＫ、ＰＲＫＤ２、ＫＲＴ１９、ＦＬＪ２３４３６、ＮＰＨＳ２、Ｃ３ｏｒｆ１４、ＡＧＴＲ２、ＨＴＲ１Ｆ、ＫＩＦ３Ｂ、ＤＣＮ、ＳＴＫ２２Ｃ、ＤＫＦＺｐ５６６Ｃ０４２４、ＣＮＲ１、ＨＯＭＥＲ３、ＧＰＲ２、ＦＬＪ１２４４２、ＸＬＫＤ１，ＣＡＳＫＩＮ２、ＣＯＬ５Ａ２、ＢＲＤ３、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＰＲＯＤＨ２、ＥＰＨＢ２、ＬＹＡＲ、ＣＯＸ６Ｂ、ＰＲＨ１、ＬＡＰＴＭ５、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＧＣＣ２、ＦＧＦ２、ＭＭＰ１４およびＥＲＢＢ２遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体または誘導体を検出するために、これらのポリペプチド、その変異体またはその断片に対する抗体を１または複数、好ましくは２以上、組み合わせて含む。
具体的には、キットに含まれるプローブは、配列番号１０１〜１１０、１１２〜１２０、１２２〜１４７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体である。
このキットには、さらに配列番号１１１、１２１、１４８〜１５０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体を含ませることができる。併用により、転移の予測または術後予後の予測のための精度を高めることができる。
第２の例は、腎ガンマーカーとしての、上記ＩＩ群（g）、(h)それぞれに記載される配列番号１５１、１５３、１５５〜１６０、配列番号１６１〜１９０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体である。
このキットには、さらに配列番号１５２、１５４、１９１、１９２〜１９７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体を含ませることができる。併用により、腎ガン検出のための精度を高めることができる。
本発明のキットに含まれる抗体は、個別にまたは混合物の形態で存在し得るし、あるいは固相担体に結合されていてもよいしまたは遊離の形態でもよい。さらに本発明のキットは、標識二次抗体、担体、洗浄バッファー、試料希釈液、酵素基質、反応停止液、精製された標準物質としてのマーカー(標的)ポリペプチド、使用説明書、等を含むことができる。
５．ＤＮＡチップ
本発明はさらに、上記の３節および４節に記載されるような、本発明の組成物および／またはキットに含まれるものと同じたポリヌクレオチド、その変異体、その断片を単独でまたは組み合わせて、好ましくは組み合わせて、腎ガンの検出または腎ガンの予後予測もしくは転移予測のためのＤＮＡチップを提供する。
ＤＮＡチップの基板としては、ＤＮＡを固相化できるものであれば特に制限はなく、スライドガラス、シリコン製チップ、ポリマー製チップおよびナイロンメンブレンなどを例示することができる。またこれらの基板にはポリＬリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官能基導入などの表面処理がされていてもよい。
また固相化法については一般に用いられる方法であれば特に制限はなく、スポッターまたはアレイヤーと呼ばれる高密度分注機を用いてＤＮＡをスポットする方法や、ノズルより微少な液滴を圧電素子などにより噴射する装置（インクジェット）を用いてＤＮＡを基板に吹き付ける方法、または基板上で順次ヌクレオチド合成を行う方法を例示することができる。高密度分注機を用いる場合には、例えば多数のウェルを持つプレートのおのおののウェルに異なった遺伝子溶液を入れておき、この溶液をピン（針）で取り上げて基板上に順番にスポットすることによる。インクジェット法では、ノズルより遺伝子を噴射し，基板上に高速度で遺伝子を整列配置することによる。基板上でのＤＮＡ合成は、基板上に結合した塩基を光によって脱離する官能基で保護し、マスクを用いることにより特定部位の塩基だけに光を当て、官能基を脱離させる。その後、塩基を反応液に加えて、基板上の塩基とカップリングさせる工程を繰り返すことによって行われる。
固相化されうるポリヌクレオチドは、上で説明した本発明の全てのポリヌクレオチドである。
例えば、そのようなポリヌクレオチドは、以下の１または複数のポリヌクレオチドまたはその断片を含むことができる。
（１）配列番号１〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１〜５０で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（５）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１１）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１５)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１６)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１７)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１８)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１９)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２０)配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２１)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列において、それぞれ配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２２)配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上から全部を含むことができる。
本発明において、固相化されるポリヌクレオチドは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、合成ＤＮＡ、合成ＲＮＡのいずれでもよいし、あるいは１本鎖でもよいしまたは２本鎖でもよい。
標的遺伝子、ＲＮＡまたはｃＤＮＡの発現レベルを検出、測定することができるＤＮＡチップの例としては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＧｅｎｅ Ｃｈｉｐ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ、Ａｇｉｌｅｎｔ社のＷｈｏｌｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｏｌｉｇｏ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、タカラバイオ社のＩｎｔｅｌｌｉＧｅｎｅ（登録商標）ＨＳ Ｈｕｍａｎ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ＣＨＩＰ、凹凸構造を持つポリメチルメタクリレート製ＤＮＡチップ基板（特開２００４−２６４２８９）などを挙げることができる。
ＤＮＡマイクロアレイの作製について、例えば予め調製したプローブを固相表面に固定化する方法を使用することができる。予め調製したポリヌクレオチドプローブを固相表面に固定化する方法では、官能基を導入したポリヌクレオチドを合成し、表面処理した固相担体表面にオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを点着し、共有結合させる（例えば、Ｊ．Ｂ．Ｌａｍｔｕｒｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．２１２１−２１２５、Ｚ．Ｇｕｏら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．５４５６−５４６５）。ポリヌクレオチドは、一般的には、表面処理した固相担体にスペーサ-やクロスリンカーを介して共有結合される。ガラス表面にポリアクリルアミドゲルの微小片を整列させ、そこに合成ポリヌクレオチドを共有結合させる方法も知られている（Ｇ．Ｙｅｒｓｈｏｖら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９６年、第９４巻、ｐ．４９１３）。また、シリカマイクロアレイ上に微小電極のアレイを作製し、電極上にはストレプトアビジンを含むアガロースの浸透層を設けて反応部位とし、この部位をプラスに荷電させることでビオチン化ポリクレオチドを固定し、部位の荷電を制御することで、高速で厳密なハイブリダイゼーションを可能にする方法も知られている（Ｒ．Ｇ．Ｓｏｓｎｏｗｓｋｉら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９７年、第９４巻、ｐ．１１１９―１１２３）。
６．腎ガンの存在の検出・判定法および／または腎ガンの予後もしくは転移予測法
本発明は、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の腎ガン細胞生体試料における標的核酸の発現レベルを、予後不良の腎ガン患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルおよび／または予後良の患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルと比較することによって被験者の予後および／または腎ガンの転移の有無をインビトロで予測する方法であって、該標的核酸が該組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものであり、かつ被験者由来の該標的核酸の発現レベルが、予後良の腎ガン患者母集団の発現レベルおよび／または予後不良の患者母集団の発現レベルから変化が認められる場合それぞれ、被験者の予後が悪い、または被験者の予後が良いと決定する、ならびに／あるいは腎ガンの転移が有る、または腎ガンの転移が無いと決定する前記方法を提供する。
本発明はまた、本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップの、被験者由来の検体試料中の転移が予想される腎ガン細胞のインビトロ検出のための使用を提供する。
本発明の上記方法において、組成物、キットまたはＤＮＡチップは、上で説明したような、本発明のポリヌクレオチド、その変異体またはその断片を単独であるいはあらゆる可能な組み合わせで含むものが使用される。
本発明の腎ガン転移の予測、検出または（遺伝子）診断、および／または腎ガン患者予後予測において、本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片は、プライマーとしてまたは検出プローブ（探索子）として用いることができる。プライマーとして用いる場合には、通常１５〜５０塩基、好ましくは１５〜３０塩基、より好ましくは１８〜２５塩基の塩基長を有するものが例示できる。また検出プローブとして用いる場合には、例えば１５塩基〜全配列の塩基数、好ましくは２５〜１０００塩基、より好ましくは２５〜１００塩基の塩基長を有するものが例示できるが、この範囲に限定されない。
本発明の組成物またはキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片は、ノーザンブロット法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダーゼーションなどの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法において、定法に従ってプライマーまたはプローブとして利用することができる。測定対象試料としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験者の腎組織または腎ガン細胞の存在が疑われる生体組織の一部または全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収する。さらにそこから常法に従って調製したｔｏｔａｌ ＲＮＡを用いてもよいし、さらに該ＲＮＡをもとにして調製される、ｃＤＮＡ、ポリＡ（＋）ＲＮＡを含む各種のポリヌクレオチドを用いてもよい。
あるいは、生体組織における本発明の遺伝子、ＲＮＡ、ｃＤＮＡなどの核酸の発現量は、ＤＮＡチップ（ＤＮＡマクロアレイを含む）を用いて検出あるいは定量することができる。この場合、本発明の組成物またはキットはＤＮＡアレイのプローブとして使用することができる（例えば、アフィメトリックス社のＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙでは２５塩基の長さのポリヌクレオチドプローブが用いられる）。かかるＤＮＡアレイを生体組織から採取したＲＮＡをもとに調製される標識ＤＮＡまたはＲＮＡとハイブリダイズさせ、該ハイブリダイズによって形成された上記プローブと標識ＤＮＡまたはＲＮＡとの複合体を、該標識ＤＮＡまたはＲＮＡの標識を指標として検出することにより、生体組織中での、本発明による腎ガン転移および／または腎ガン患者予後予測関連遺伝子の発現の有無、または発現レベル（発現量）を評価することができる。本発明の方法では、ＤＮＡチップを好ましく使用できるが、これは、ひとつの生体試料について同時に複数遺伝子の発現の有無または発現レベルの評価が可能である。
本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップは、腎ガン患者予後予測および/または転移の予測、判定または検出（罹患の有無や罹患の程度の診断）のために有用である。具体的には、該組成物、キットまたはＤＮＡチップを使用した腎ガン患者予後予測および/または転移予測は、被験者の腎ガン細胞の存在する生体組織について該診断用組成物で検出される遺伝子の発現レベルを測定することによって行うことができる。この場合、遺伝子発現レベルには、発現の有無だけではなく、予後良の患者由来の腎ガン細胞の存在する生体組織と予後不良の患者由来の腎ガン細胞の存在する生体組織の両者ともに発現がある場合でも、両者間の発現量を比較した時の差が検定上有意（ｐ値 ＜０．０５）である場合が含まれる。例えばＰＡＢＰＮ１遺伝子は予後不良の患者由来の腎ガンで発現誘導／減少を示すので、予後不良の被験者の腎ガン組織では発現増加／減少しており、該発現量と正常組織の発現量と比べて検定を行った時に、その差が有意であれば、被験者について腎ガンの転移が疑われ、また予後不良と予測される。
本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップを利用した腎ガン（細胞）の検出方法は、被験者の生体組織の一部または全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこに含まれる遺伝子を、本発明のポリヌクレオチド群から選ばれた単数または複数のポリヌクレオチド、その変異体またはその断片を用いて検出し、その遺伝子発現量を測定することにより、腎ガンの転移の予測、転移の有無またはその程度を診断すること、および／または腎ガン患者の予後を予測することを含む。また本発明の腎ガン転移の予測方法は、例えば腎ガン患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における該疾患の改善の有無またはその程度を検出、判定または診断することもできる。
本発明の方法は、例えば以下の（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の工程：
（ａ）被験者由来の検体試料を、本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップのポリヌクレオチドと接触させる工程、
（ｂ）生体試料中の標的核酸の発現レベルを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ）（ｂ）の結果をもとに、腎ガン患者の予後を予測する工程、および／または、該検体試料中の転移が予想される腎ガン（細胞）の存在または不存在を判定する工程、
を含むことができる。
本発明方法で用いられる生体試料としては、被験者の生体組織、例えば腎組織およびその周辺組織、腎ガンの転移が疑われる組織など、から調製される試料を挙げることができる。具体的には該組織から調製されるＲＮＡ含有試料、あるいはそれからさらに調製されるポリヌクレオチドを含む試料は、被験者の生体組織の一部または全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこから常法に従って調製することができる。
ここで被験者とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなどを指し、好ましくはヒトである。
本発明の方法は、測定対象として用いる生体試料の種類に応じて工程を変更することができる。
測定対象物としてＲＮＡを利用する場合、腎ガン（細胞）の検出は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）：
（ａ）被験者の生体試料から調製されたＲＮＡまたはそれから転写された相補的ポリヌクレオチド（ｃＤＮＡ）を、本発明の組成物、キットまたはＤＮＡチップのポリヌクレオチドと結合させる工程、
（ｂ） 該ポリヌクレオチドに結合した生体試料由来のＲＮＡまたは該ＲＮＡから転写された相補的ポリヌクレオチドを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ） 上記（ｂ）の測定結果に基づいて、予後不良の患者由来の腎ガン（細胞）の存在または不存在を判定する工程、
を含むことができる。
本発明によって転移の有る腎ガン（細胞）を検出、判定または診断するために、例えば種々のハイブリダイゼーション法を使用することができる。かようなハイブリダイゼーション法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロット法、定量ＲＴ−ＰＣＲ法、ＤＮＡチップ解析法、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法、などを使用することができる。
ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明の診断用組成物をプローブとして用いることによって、ＲＮＡ中の各遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、本発明の診断用組成物（相補鎖）を放射性同位元素（３２Ｐ、３３Ｐ、３５Ｓなど）や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーした被検者の生体組織由来のＲＮＡとハイブリダイズさせたのち、形成された診断用組成物（ＤＮＡ）とＲＮＡとの二重鎖を診断用組成物の標識物（放射性同位元素または蛍光物質）に由来するシグナルを放射線検出器（ＢＡＳ-１８００ＩＩ、富士写真フィルム株式会社、などを例示できる）または蛍光検出器（ＳＴＯＲＭ８６０、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社、などを例示できる）で検出、測定する方法を例示することができる。
定量ＲＴ―ＰＣＲ法を利用する場合には、本発明の上記診断用組成物をプライマーとして用いることによって、ＲＮＡ中の遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、被検者の生体組織由来のＲＮＡから常法にしたがってｃＤＮＡを調製して、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の診断用組成物から調製した１対のプライマー（上記ｃＤＮＡに結合する正鎖と逆鎖からなる）をｃＤＮＡとハイブリダイズさせて常法によりＰＣＲ法を行い、得られた二本鎖ＤＮＡを検出する方法を例示することができる。なお、二本鎖ＤＮＡの検出法としては、上記ＰＣＲをあらかじめ放射性同位元素や蛍光物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、ＰＣＲ産物をアガロースゲルで電気泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖ＤＮＡを染色して検出する方法、産生された二本鎖ＤＮＡを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせて標識した診断用組成物をプローブとしてこれとハイブリダイズさせて検出する方法をとることができる。
ＤＮＡアレイ解析を利用する場合は、本発明の上記診断用組成物をＤＮＡプローブ（一本鎖または二本鎖）として基板に貼り付けたＤＮＡチップを用いる。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般にＤＮＡチップおよびＤＮＡアレイという名称があり、ＤＮＡアレイにはＤＮＡマクロアレイとＤＮＡマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではＤＮＡチップといった場合、該ＤＮＡアレイを含むものとする。
ハイブリダイゼーション条件は、限定されないが、例えば３０℃〜５０℃で、３〜４×ＳＳＣ、０．１〜０．５％ ＳＤＳ中で１〜２４時間のハイブリダイゼーション、より好ましくは４０℃〜４５℃で、３．４×ＳＳＣ、０．３％ＳＤＳ中で１〜２４時間のハイブリダイゼーション、そしてその後の洗浄を含む。洗浄条件としては、例えば、２×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、および１×ＳＳＣ溶液、０．２×ＳＳＣ溶液による室温での連続した洗浄などの条件を挙げることができる。ここで、１×ＳＳＣは、１５０ｍＭ塩化ナトリウムおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウムを含む水溶液（ｐＨ７．２）である。相補鎖はかかる条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望ましい。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にある塩基配列からなる鎖、並びに該鎖と少なくとも８０％の相同性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
本発明の組成物またはキットのポリヌクレオチド断片をプライマーとしてＰＣＲを実施する際のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、例えば１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．３）、５０ｍＭＫＣＬ、１〜２ｍＭ ＭｇＣｌ２などの組成のＰＣＲバッファーを用い、当該プライマーの配列から計算されたＴｍ−５〜１０℃において１５秒から１分程度処理することなどが挙げられる。かかるＴｍの計算方法としてＴｍ＝２×(アデニン残基数+チミン残基数)＋４×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例については、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７などに記載されており、本発明において利用できる。
本発明はまた、上記I群および／またはII群の１または複数のプローブ、あるいは本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の検体試料中の標的核酸または遺伝子の発現量を測定し、予後良の患者由来の腎ガン組織と予後不良の患者由来の腎ガン組織の遺伝子発現量を教師（訓練サンプル）としたサポートベクターマシーン（ＳＶＭ）を判別式として、腎ガン患者の予後を予測する方法、ならびに／あるいは検体試料中に転移が予想される腎ガン細胞が含まれないことおよび／または含まれることを判定する方法を提供する。
本発明の実施形態により、本発明の方法は、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または、予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量（発現レベルともいう）をインビトロで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の生体由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的酢酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、腎ガン患者の予後を予測するおよび／または検体試料中に転移が予想される腎ガン細胞が含まれないこと、および／または転移が予想される腎ガン細胞が含まれることを判定する、第４の工程を含み、ここで、該標的核酸が該組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものである。
あるいは、本発明の方法は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）：
（ａ）予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を、本発明による診断（検出）用組成物、キットまたはＤＮＡチップを用いて測定する工程、
（ｂ）（ａ）で測定された発現量の測定値を、下記の数１〜数５の式に代入して、ＳＶＭと呼ばれる判別式を作成する工程、
（ｃ）被験者由来の検体試料中の該標的遺伝子の発現量を、本発明による診断（検出）用組成物、キットまたはＤＮＡチップを用いて測定し、（ｂ）で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて腎ガン患者の予後を予測する、および／または該検体試料中に転移がある腎ガン細胞が含まれるかどうか、を判定する工程、
を含むことができる。
ＳＶＭとは２クラスの分類問題を解くためにつくられた１９９５年にＡＴ＆ＴのＶ．Ｖａｐｎｉｋ（Ｔｈｅ Ｎａｔｕｒｅ ｏｆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｌｅａｎｉｎｇ Ｔｈｅｏｒｙ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ、１９９５年発行）によって統計的学習理論の枠組みで提案された学習機械である。ＳＶＭは線形の識別器であるが、後述するカーネルを組み合わせることによって非線形問題を扱うことができる。異なるクラスの訓練サンプルについて、それらを識別する多数の超平面のうち、その超平面と訓練サンプルとの最小距離が最大となる超平面を識別面とすることにより、新たに与えられるテストサンプルがどのクラスに属するかを最も正確に識別することができる。
ＳＶＭでは線形問題のみしか扱うことができないが、本質的に非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。こうすれば、元の空間で非線形モデルを用いているのと等価となる。しかし高次元への写像を行うと膨大な計算量が必要となり、汎化能力も減少する。ＳＶＭでは識別関数が入力パターンの内積のみに依存した形になっており、内積が計算できれば最適な識別関数を構成することが可能である。非線形に写像した空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式のことをカーネルと呼び、高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避けてカーネルの計算のみで最適な識別関数、すなわち判別式を構成することができる(「統計科学のフロンティア６ パターン認識と学習の統計学」p. 107-138、麻生英樹、津田宏治、村田昇著、岩波書店、東京、日本国、2003年４月11日発行)。
本発明の方法で使用可能な判別式の算出例を以下に示す。
ＳＶＭを決めるためには予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎ガン組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を教師（訓練サンプル）として用意し、以下の手順によって識別関数の定数を決定することができる。
訓練サンプルxiは（＋、−）でクラス分けされる、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎ガン組織のいずれかに属しているとする。これらの訓練サンプルが超平面によって線形分離できるとき、識別関数は例えば次式となる。
Figure 2007026896
（ここで、wは重み係数、bはバイアス定数、xはサンプルの変数を表す。）
ただし、この関数には制約条件：
Figure 2007026896
（ここで、Tは内積、yはサンプルのクラス、ζはスラック変数を表す。）
があるため、Ｌａｇｕｒａｎｇｅの未定乗数法を用いることによりＬａｇｕｒａｎｇｅ乗数αを用いた以下の最適化問題に帰着する。
Figure 2007026896
ここで、
Figure 2007026896
（ここで、Cは実験により決定される制限条件パラメーターを表す。）
この問題を解くと最終的に、
Figure 2007026896
が得られ、識別関数を一義的に得ることができる。この関数に新たに与えられる検体試料（転移がある腎ガン細胞を含むかどうか未知の組織の発現遺伝子量）についてのｘを代入することによって、ｆ（ｘ）をクラス分け（すなわち、＋または−）することができ、検体試料がどちらのクラス（すなわち、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織群または予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織群）に属するかを識別する。
以上に示すように、未知試料のクラス分けを行うためのＳＶＭによる判定式の作成には２群の教師（訓練サンプル）が必要となる。この訓練サンプルは例えば今回の発明の場合、「予後良の患者由来の腎ガン患者由来の腎ガン組織から得られた発現遺伝子（遺伝子 ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、および「予後不良の患者由来の腎ガン患者由来の腎ガン組織から得られた発現遺伝子（遺伝子 ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、の２群である。これらのセットについてそれぞれ測定される発現遺伝子数（ｎ）は実験のデザインによって様々ではあるが、個々の遺伝子については、どのような実験においても２群間で大きく差がある場合と、比較的差が少ない、あるいは差がない場合が観察される。ＳＶＭによる判別式の精度を上げるためには、訓練サンプルとなる２群に、明確な差があることが条件となるため、遺伝子セットの中から２群間で発現量に差がある遺伝子のみを抽出して利用することが必要である。
このように、２群間で差がある遺伝子を抽出する方法としては、平均値の差を検出するパラメトリック解析であるｔ−検定、ノンパラメトリック解析であるＭａｎｎ―ＷｈｉｔｎｅｙのＵ検定などを利用できる。または生存分析法を利用する方法として、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法による生存曲線のプロットをLｏｇ―ｒａｎｋ検定やＷｉｌｃｏｘｏｎ検定で解析する方法などがある。また生存曲線を回帰モデルとして取り扱い、Ｃｏｘ比例ハザードモデルで解析する方法は、ある変数が生存に関係しているかどうかを推測するために特に有用である。すなわちＣｏｘ比例ハザードモデルは、あるカテゴリーで分割した患者群についてＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法によりプロットした複数の生存曲線に対して、様々な変数がどれだけよく回帰モデルを説明するかを示すものである。
また本発明の方法において、例えば、上に記載したような配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７に基づく１または複数の上記ポリヌクレオチドおよび上に記載したような配列番号１１、２１、４８〜５０に基づく１または複数のポリヌクレオチドからの任意の組み合わせを用いて、かつ上記の５０種の標的遺伝子の発現量がすべて有意に予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織と予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織間で異なり、予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織において発現が変動していることを指標にして、これら５０種の遺伝子について発現量を測定することにより、腎ガン患者の予後予測、および／または腎ガンの転移の見分けを８５％以上、８９％以上、９０％以上、好ましくは９２％以上、より好ましくは９３％以上、さらに好ましくは９４％以上の確率で行うことができる（図２）。
本発明はさらに、上記５０種の遺伝子（すなわち、配列番号１〜５０に相当する）またはその断片（例えば、配列番号５１〜１００に相当する）によってコードされるポリペプチド、例えば配列番号１０１〜１５０で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に対する１または複数の抗体またはその断片を用いて、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織と予後不良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織間での該ポリペプチドの発現量、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベル(または存在量)、をインビトロで測定することを含む、腎ガンの予後を予測する、あるいは腎ガンの転移を検出、判定または予測する方法を提供する。
本発明はまた、上記のさらに４７種のポリペプチド（すなわち、配列番号１５１〜１６０、１９１、配列番号１６１〜１９０、１９２〜１９７に相当する）またはその断片によってコードされるポリペプチドに対する１または複数、例えば２以上、３以上、５以上から全部、の抗体またはその断片を用いて、腎ガン組織と非ガン組織間での該ポリペプチドの発現量、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベル(または存在量)、をインビトロで測定することを含む、腎ガンの検出、判定または予測する方法を提供する。
具体的には、上記の測定は、免疫学的方法によって行うことができる。
免疫学的測定法として例えば、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ、ＥＩＡ）、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、発光免疫測定法、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応、粒子凝集反応またはウェスタンブロット法が挙げられる。
上記の方法において、標識を用いた免疫測定法により実施する場合には、本発明の抗体を固相化するか、または試料中の成分を固相化して、それらの免疫学的反応を行うことができる。
固相担体としては、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリビニルトルエン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、ナイロン、ポリメタクリレート、ラテックス、ゼラチン、アガロース、セルロース、セファロース、ガラス、金属、セラミックスまたは磁性体等の材質よりなるビーズ、マイクロプレート、試験管、スティックまたは試験片（テストストリップ）等の形状の不溶性担体を用いることができる。
固相化は、固相担体と本発明の抗体または試料成分とを物理的吸着法、化学的結合法またはこれらの併用等の公知の方法に従って結合させることにより行うことができる。
さらにまた、本発明においては、本発明の抗体と、試料中の標的ポリペプチドとの反応を容易に検出するために、本発明の抗体を標識することにより該反応を直接検出するか、または標識二次抗体を用いることにより間接的に検出する。本発明の検出方法においては、感度の点で、後者の間接的検出（ 例えばサンドイッチ法など） を利用することが好ましい。
標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコースオキシダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミラーゼまたはビオチン−アビジン複合体等を、蛍光免疫測定法の場合には、フルオレセインイソチオシアネート、テトラメチルローダミンイソチオシアネート、置換ローダミンイソチオシアネート、ジクロロトリアジンイソチオシアネート、ＡｌｅｘａまたはＡｌｅｘａＦｌｕｏｒｏ等の蛍光物質もしくは蛍光団を、そして放射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素（１３１Ｉ，１２５Ｉ，１２３Ｉ，１２１Ｉ）、リン（３２Ｐ，３３Ｐ）、イオウ（３５Ｓ）、金属類（例えば６８Ｇａ，６７Ｇａ，６８Ｇｅ，５４Ｍｎ，９９Ｍｏ，９９Ｔｃ，１３３Ｘｅなど）等の放射性同位元素を用いることができる。また、発光免疫測定法は、ＮＡＤＨ−、ＦＭＮＨ２−、ルシフェラーゼ系、ルミノール−過酸化水素−ＰＯＤ系、アクリジニウムエステル系またはジオキセタン化合物系等を用いることができる。
また、必要に応じて、アビジン−ビオチン系またはストレプトアビジン−ビオチン系を利用することも可能であり、この場合、本発明の抗体またはその断片に例えばビオチンを結合することもできる。
標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはグルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフィド法または過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミンＴ法、ボルトンハンター法等の公知の方法を用いることができる。測定の操作法は、公知の方法（Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１９９５年、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．、Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２００１年、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．）により行うことができる。例えば、本発明の抗体を直接標識する場合には、試料中の成分を固相化し、標識した本発明の抗体と接触させて、マーカーポリペプチドと本発明の抗体との複合体を形成させる。そして未結合の標識抗体を洗浄分離して、結合標識抗体量または未結合標識抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
また、例えば標識二次抗体を用いる場合には、本発明の抗体と試料とを反応させ（一次反応）、さらに標識二次抗体を反応させる（二次反応）。一次反応と二次反応は逆の順序で行ってもよいし、同時に行ってもよいし、または時間をずらして行ってもよい。一次反応および二次反応により、固相化した標的ポリペプチド−本発明の抗体−標識二次抗体の複合体、または固相化した本発明の抗体−標的ポリペプチド−標識二次抗体の複合体が形成する。そして未結合の標識二次抗体を洗浄分離して、結合標識二次抗体量または未結合標識二次抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
具体的には、酵素免疫測定法の場合は標識酵素にその至適条件下で基質を反応させ、その反応生成物の量を光学的方法等により測定する。蛍光免疫測定法の場合には蛍光物質標識による蛍光強度を、放射免疫定法の場合には放射性物質標識による放射能量を測定する。発光免疫測定法の場合は発光反応系による発光量を測定する。
本発明の方法では、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応または粒子凝集反応等の免疫複合体凝集物の生成を、その透過光や散乱光を光学的方法により測るか、目視的に測る測定法により実施する場合には、溶媒としてリン酸緩衝液、グリシン緩衝液、トリス緩衝液またはグッド緩衝液等を用いることができ、更にポリエチレングリコール等の反応促進剤や非特異的反応抑制剤を反応系に含ませてもよい。
上記抗体または断片は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、単鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片などを含む。ポリクローナル抗体は、精製ポリペプチドを結合した親和性カラムに結合させることを含む、いわゆる吸収法によって、特異的抗体として調製することができる。
測定は、慣用の酵素または蛍光団で標識した抗体または断片と、組織切片またはホモゲナイズした組織あるいは体液（例えば血液、血清、血漿、尿など）とを接触させる工程、抗原−抗体複合体を定性的にまたは定量的に測定する工程を含むことができる。検出は、例えば免疫電顕により標的ポリペプチドの存在とレベルを測定する方法、ELISAや蛍光抗体法などの慣用法によって標的ポリペプチドのレベルを測定する方法などによって行うことができ、これによって、腎ガンを検出することができるだけでなく、予後良の患者由来の腎ガン細胞を含む組織または予後不良の患者由来の腎ガン組織において標的ポリペプチドの発現量が減少している場合、あるいは血液中の該ポリペプチドのレベルが予後良の患者由来の腎ガンに罹患した被験者と比べて予後不良の患者由来の腎ガンに罹患した被験者において有意に変動している場合、予後不良、および／または腎ガンの転移があると決定することができる。言い換えれば、前記ポリペプチドの発現量またはレベルが、正常値と比較して有意に変化している場合、腎ガンであると診断する、あるいは、予後不良および／または転移のある腎ガンであると決定する。ここで、有意にとは、統計学的に有意であることを意味する。
本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明の範囲は、この実施例によって制限されないものとする。
＜実施例１＞
（１）実験者の臨床病理学的所見
インフォームドコンセントを得た３１名の日本人の腎ガン患者から、腎ガン摘出手術時に組織を得た。摘出された組織片について肉眼的および／または病理組織学的に腎ガン組織であることを判断してただちに凍結し、液体窒素中で保存した。
（２）ｔｏｔａｌＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製
試料として腎ガン患者の腎組織における腎ガン病変部の組織を用いた。それぞれの組織から、Ｔｒｉｚｏｌ ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いて、同社推奨のプロトコールによりｔｏｔａｌＲＮＡを調製した。
上述の方法で得られたｔｏｔａｌＲＮＡ １μgについて、ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）プライマーおよびランダムノナマーを併用し、ＣｙＳｃｒｉｂｅ Ｆｉｒｓｔ-Ｓｔｒａｎｄ ｃＤＮＡ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社、日本国）を用いてメーカー推奨のプロトコールで逆転写反応を行った。腎ガン組織由来のｔｏｔａｌＲＮＡにはＣｙ３−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を、リファレンスｔｏｔａｌＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）にはＣｙ５−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を添加して、メーカー推奨のプロトコールで逆転写反応時にｃＤＮＡの標識を行った。標識されたｃＤＮＡはＱＩＡ ｑｕｉｃｋ ＰＣＲ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ社）で精製してからハイブリダイズに用いた。
（３）オリゴＤＮＡマイクロアレイの作製
オリゴＤＮＡマイクロアレイとしてはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭ（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ａ）および本明細書中で述べる方法に従って作製したＤＮＡチップを使用した。
ＤＮＡチップの作製方法を以下に示す。最初に搭載するオリゴＤＮＡの種類を決定するために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭを用いて遺伝子の絞込みを行った。ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭの操作については、Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍなどの同社の定める手順に基づいて実施した。Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭを用いた解析の結果、腎ガンによって発現変動が起こる可能性がある遺伝子および実験対照となりうる遺伝子を計８９６１種抽出した。
抽出した８９６１種の遺伝子について、配列の重複をおこさないように配列特異性が高い部位の配列６０〜７０残基をそれぞれ選択して合成した。４倍に希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ Ｉ（タカラバイオ社、日本国）に３０μＭとなるように溶解した、配列番号２１〜４０のオリゴＤＮＡを含む、８９６１種の６０または７０ｍｅｒからなる合成オリゴＤＮＡを、ＭＡＴＳＵＮＡＭＩ・ＤＮＡマイクロアレイ用コートグラスＤＭＳＯ対応 ＴｙｐｅＩアミノ修飾オリゴＤＮＡ固定コート（松浪硝子工業株式会社、日本国）上にスポッター（ＧＭＳ４１７ａｒｒａｙｅｒ，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を用いて湿度環境５０〜６０％でスポットした。
（４）ハイブリダイゼーション
標識したｃＤＮＡ １μｇをアンチセンスオリゴカクテル（ＱＩＡＧＥＮ社）に溶解し、Ｇａｐカバーグラス（松浪硝子工業社）を載せたＤＮＡチップにアプライし、４２℃で１６時間ハイブリダイズを行った。ハイブリダイズ終了後、ＤＮＡチップを２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ、１×ＳＳＣ、０．２×ＳＳＣで順次洗浄した。
（５）遺伝子発現量の測定
上述の方法によりハイブリダイゼーションを行ったＤＮＡチップをＡｇｉｌｅｎｔマイクロアレイスキャナー（Ａｇｉｌｅｎｔ社）を用いてスキャンし、画像を取得して蛍光強度を数値化した。統計学的処理はＳｐｅｅｄ Ｔ．著「Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ」Ｃｈａｐｍａｎ & Ｈａｌｌ/ＣＲＣ、およびＣａｕｓｔｏｎ Ｈ．Ｃ．ら著「Ａ ｂｅｇｉｎｎｅｒ’ｓ ｇｕｉｄｅ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇを参考にして行った。すなわちハイブリダイズ後の画像解析から得られたデータについて、それぞれの対数値をとり、ｇｌｏｂａｌ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎをとＬＯＷＥＳＳ（ｌｏｃａｌｌｙ ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｓｃａｔｔｅｒｐｌｏｔ ｓｍｏｏｔｈｅｒ）による平滑化を行い、ＭＡＤによるスケーリング処理によって数値補正を行った。
（６）予測スコアリングシステム
ここで全例の患者について種々の臨床情報を検討して生存分析を行い、臨床情報の違いによる生存年数の差がみられるかどうかについて検討した。そのひとつの例として、手術時に腎臓以外への転移が診断された患者群と転移が診断されなかった患者群に分割し、それぞれの群について生存分析を行い、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法によってグラフ化を行った（図１）。このとき、手術時に腎臓以外への転移が診断された患者群と転移が診断されなかった患者群では、生存曲線にＬｏｇ−ｒａｎｋ法による検定で有意な差（ｐ＜０．０５）が見られた。このことは両患者群の予後が異なり、転移が診断された患者では予後が比較的悪く、診断されなかった患者では予後が良いことを示す。そこでさらにＣｏｘ比例ハザードモデル法により、各発現遺伝子について転移の有無で区分けした患者群の予後、すなわち生存曲線のモデルへの影響を検討し、遺伝子発現量と生存曲線の適合度の有意性を検討した。この結果、術後の生存曲線を指標として、生存に有意に有利な発現遺伝子３２１種、不利な発現遺伝子１６４種を得ることができた（上記表１）。そこでこれらの遺伝子を利用して、腎ガン患者の予後、および／または腎ガンの転移の有無を検出できる。
これらの遺伝子を用いて、Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（三井情報開発、日本国）に搭載したＳＶＭを用いる判別式を作成した。この判別式によって、全３１例のデータについてデータの予測を行った。すべての検体を対象として解析を行い、手術後5年の時点での生存を指標として、予後良の患者由来の腎ガン病変部と予後不良の患者由来の腎ガン病変部の比較で、生存に有利に寄与すると考えられる上位の発現遺伝子データを用いて解析した場合、配列番号１〜１９および４８のポリヌクレオチドを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、９６％以上の確率で予後良の患者を予測した（図２）。
また一方で、すべての検体を対象として解析を行い、手術後5年の時点での生存を指標として、予後良の患者由来の腎ガン病変部と予後不良の患者由来の腎ガン病変部の比較で、生存に不利に寄与すると考えられる上位の発現遺伝子データを用いて解析した場合、配列番号２０〜４７、４９および５０のポリヌクレオチドを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、８７％以上の確率で予後不良の患者を予測した（図２）。
なお、上で使用したプローブ以外の本発明の他のプローブもまた、腎ガン患者の予後の予測のために同様に使用可能である。
上記の予後の判定においては、これら２つの、予後良の患者由来の腎ガン組織を識別するＳＶＭと予後不良の患者由来の腎ガン組織を識別するＳＶＭを同時に１つの被検組織の遺伝子発現量に対してあてはめ、解析を行うことができた。
その結果、ある被検組織について２つの識別式が同時に予後良の患者由来の腎ガン組織あるという結果をもたらした場合、または２つの識別式が同時に予後不良の患者由来の腎ガン組織であるという結果をもたらした場合、それぞれの診断の確度は従来の１つの識別式によって診断する方法よりも有意に高いという結果を得た。
＜実施例２＞
（１）健常人および腎ガン患者血漿のタンパク質同定
日本人の５０〜７０歳代の腎ガン患者５名より、腎ガン摘出手術前、および腎ガン摘出手術1ヶ月後の健常状態においてＥＤＴＡ添加の血漿成分をそれぞれ得た。
血漿をポアサイズ０．２２μｍのフィルターでろ過して夾雑物質を取り除き、タンパク質濃度５０ｍｇ／ｍＬとなるように調整した。この血漿をさらに２５ｍＭ重炭酸アンモニウム溶液（ｐH８．０）１２．５ｍｇ／ｍＬに希釈し、中空糸フィルター（東レ、日本国）によって分子量分画を行った。分画後の血漿サンプル（全量１．８ｍL、最大２５０μｇのタンパク質を含む）をＰｒｏｔｅｏｍｅＬａｂ(登録商標)ＰＦ２Ｄ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ社）逆相クロマトグラフィーで７分画に分離し、凍結乾燥後、１００μLの２５ｍM重炭酸アンモニウム溶液（ｐH８．０）に再溶解した。このサンプルをタンパク質の５０分の１量のトリプシンで３７℃、２〜３時間消化し、ペプチド化した。各分画のペプチドをさらにイオン交換カラム（ＫＹＡテクノロジーズ、日本国）によって４分画化した。
その各々の分画を、逆相カラム（ＫＹＡテクノロジーズ）でさらに分画し、溶出されてきたペプチドについて、オンラインで連結された質量分析計Ｑ−ＴＯＦ Ｕｌｔｉｍａ（Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ社）を用いて、サーベイスキャンモードで測定した。その測定データを、タンパク質同定ソフトウェアであるＭＡＳＣＯＴ（Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を用いて解析することにより、網羅的にタンパク質同定を行った。その結果、手術前、手術後いずれの血漿成分からも、ＭＡＳＣＯＴスコア４０以上（同定ペプチド数２個以上）の約３５００種類のタンパク質が同定された。
（２）腎ガン患者の腎ガン摘出手術前および手術後の血漿のタンパク質発現比較
上記実施例２（１）で同定された血漿タンパク質について、腎ガン摘出手術前および手術後間で比較を行った。手術後に発現が検出されず、手術前に６名中４名以上で発現が検出されたタンパク質を見出した。これらのタンパク質は、上記表２に示した配列番号１５１〜１６０、１９１で表されるポリペプチドであり、所謂腎ガンマーカーとして腎ガンの検出において有用であることが判明した。各患者においての発現頻度を表２に示した。腎ガン摘出手術を受ける前の患者において発現（＋で示す）が６名中４名以上で検出されている（表４）。
したがって、上記のポリペプチドの少なくとも１つを、例えばその特異抗体を用いて、該ポリペプチドの存在または量について、測定することによって、腎ガンを検出することができる。
Figure 2007026896
<実施例３>
（１）健常人および腎ガン患者血漿のタンパク質同定
日本人の５０〜７０歳代の腎ガン患者７名より、腎ガン摘出手術前、および腎ガン摘出手術1ヶ月後の健常状態においてＥＤＴＡ添加の血漿成分をそれぞれ得た。
血漿をポアサイズ０．２２μｍのフィルターでろ過して夾雑物質を取り除き、タンパク質濃度５０ｍｇ／ｍＬとなるように調整した。この血漿をさらに２５ｍＭ重炭酸アンモニウム溶液（ｐＨ８．０）１２．５ｍｇ／ｍＬに希釈し、中空糸フィルター（東レ、日本国）によって分子量分画を行った。分画後の血漿サンプル（全量１．８ｍL、最大２５０μｇのタンパク質を含む）をＰｒｏｔｅｏｍｅＬａｂ(登録商標)ＰＦ２Ｄ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ社）逆相クロマトグラフィーで７分画に分離し、凍結乾燥後、１００μＬの２５ｍＭ重炭酸アンモニウム溶液（ｐＨ８．０）に再溶解した。このサンプルをタンパク質の５０分の１量のトリプシンで３７℃、２〜３時間消化し、ペプチド化した。各分画のペプチドをさらにイオン交換カラム（ＫＹＡテクノロジーズ、日本国）によって４分画化した。
その各々の分画を、逆相カラム（ＫＹＡテクノロジーズ）でさらに分画し、溶出されてきたペプチドについて、オンラインで連結された質量分析計Ｑ−ＴＯＦ Ｕｌｔｉｍａ（Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ社）を用いて、サーベイスキャンモードで測定した。その測定データを、タンパク質同定ソフトウェアであるＭＡＳＣＯＴ（Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を用いて解析することにより、網羅的にタンパク質同定を行った。その結果、手術前、手術後いずれの血漿成分からも、ＭＡＳＣＯＴスコア４０以上（同定ペプチド数２個以上）の約３５００種類のタンパク質が同定された。
（２）腎ガン患者の腎ガン摘出手術前および手術後の血漿のタンパク質発現比較
上記実施例３（１）で同定された血漿タンパク質について、腎ガン摘出手術前および手術後間で比較を行った。手術後に発現が検出されず、手術前に７名中３名以上で発現が検出されたタンパク質を見出した。これらのタンパク質は、上記表１に示した配列番号１６１〜１８２、１９２、１９３で表されるポリペプチドであり、所謂腎ガンマーカーとして腎ガンの検出において有用であることが判明した。各患者においての発現頻度を表５に示した。腎ガン摘出手術を受ける前の患者において、上記タンパク質の発現（＋で示す）が７名中３名以上で検出された。
したがって、上記のポリペプチドの少なくとも１つ、好ましくは少なくとも３〜５つ、を、例えばその特異抗体を用いて、該ポリペプチドの存在または量について、測定することによって、腎ガンを検出することができる。
Figure 2007026896
（３）腎ガン患者の腎ガン摘出手術前および手術後の血漿のタンパク質発現比較
上記（１）で同定された血漿タンパク質について、７名の患者個別に腎ガン摘出手術前および手術後間で比較を行った。各個人において手術後に発現が検出されず、手術前に発現が検出された、同一人比較における腎ガン特異的タンパク質が見出された。このうち、７名の患者中５名において共通に見出されたタンパク質を表６に示す。これらのタンパク質は、上記表６に示した配列番号１８３〜１９０、１９４〜１９７で表されるポリペプチドであり、所謂腎ガンマーカーとして腎ガンの検出において有用であることが判明した。
Figure 2007026896
本発明により、特異性、感受性に優れた腎ガンの検出・診断、転移予測および／または腎ガン患者予後予測のための組成物、キット、ＤＮＡチップ、および方法を提供することができるため、特に製薬および医薬産業において有用である。

Claims (44)

  1. 下記のＩ群および/またはＩＩ群：
    Ｉ群：
    （a）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
    （b）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
    （c）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
    （d）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、および
    （e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
    からなるポリヌクレオチド、
    ＩＩ群：
    （f）配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７で表される塩基配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号１０１〜１１０、１１２〜１２０、１２２〜１４７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
    （g）配列番号１５１、１５３、１５５〜１６０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、および
    （h）配列番号１６１〜１９０で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、それらの変異体、あるいはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
    からなる抗体、その断片あるいはその化学修飾誘導体、
    から選択される１または２以上のプローブを含んでなる、被験者における腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測するための組成物。
  2. 前記Ｉ群およびＩＩ群（f）の各プローブによって腎ガンの存在または転移を検出、判定または予測することができる、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記ＩＩ群（g）、（h）の各プローブによって腎ガンの存在を検出、判定または予測することができる、請求項１に記載の組成物。
  4. 前記ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項１に記載の組成物。
  5. 前記I群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
  6. 前記I群における断片が、配列番号１〜１０、１２〜２０、２２〜４７のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
  7. 前記I群における断片が、配列番号５１〜６０、６２〜７０、７２〜９７のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
  8. 前記Ｉ群のプローブに加えて、配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片から選択される１または２以上のポリヌクレオチドをプローブとしてさらに含む、請求項１に記載の組成物。
  9. 前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項８に記載の組成物。
  10. 前記断片が、配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列において、配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項８に記載の組成物。
  11. 前記断片が、配列番号６１、７１、９８〜１００で表される塩基配列、またはこれに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項８に記載の組成物。
  12. 前記ＩＩ群（f）のプローブに加えて、配列番号１１１、１２１、１４８〜１５０で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
  13. 前記ＩＩ群（g）のプローブに加えて、配列番号１５２、１５４、１９１で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
  14. 前記ＩＩ群（h）のプローブに加えて、配列番号１９２〜１９７で表されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
  15. 前記ポリペプチドまたは変異体の断片が、少なくとも７個のアミノ酸からなるエピトープを含む、請求項１に記載の組成物。
  16. 前記抗体が、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体または単鎖抗体である、請求項１に記載の組成物。
  17. 前記Ｉ群またはＩＩ群(f)、(g)、(h)から選択される２以上のプローブを組み合わせて含む、請求項１に記載の組成物。
  18. 請求項１に定義されるＩ群またはＩＩ群(f)、(g)、(h)から選択される１または２以上のプローブを含む、被験者における腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測するためのキット。
  19. 配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、請求項１８に記載のキット。
  20. 前記プローブが、配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、請求項１８に記載のキット。
  21. 前記I群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１８に記載のキット。
  22. 前記Ｉ群における断片が、配列番号１〜１０、１１、１２〜２０、２１、２２〜４７、４８〜５０のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１８に記載のキット。
  23. 前記Ｉ群における断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１８に記載のキット。
  24. 前記Ｉ群における断片が、配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１８に記載のキット。
  25. 配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上から全部を含む、請求項１８に記載のキット。
  26. 前記ＩＩ群（f）のプローブに加えて、配列番号１１１、１２１、１４８〜１５０で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項１８に記載のキット。
  27. 前記ＩＩ群（g）のプローブに加えて、配列番号１５２、１５４、１９１で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項１８に記載のキット。
  28. 前記ＩＩ群（h）のプローブに加えて、配列番号１９２〜１９７で表されるポリペプチド、その変異体またはその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはその化学修飾誘導体をさらに含む、請求項１８に記載のキット。
  29. 前記プローブが、単独でまたは組み合わせて異なる容器に包装されている、請求項１８に記載のキット。
  30. 請求項１に定義されるＩ群(a)〜(e)から選択される１または２以上のプローブを含む、被験者における腎ガンの存在または転移のいずれかをインビトロで検出、判定または予測するためのＤＮＡチップ。
  31. 配列番号１１、２１、４８〜５０で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片をさらに含む、請求項３０に記載のＤＮＡチップ。
  32. 配列番号５１〜６０、６１、６２〜７０、７１、７２〜９７、９８〜１００で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含む、請求項３０に記載のＤＮＡチップ。
  33. 被験者由来の生体試料中の１または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または存在量もしくは発現量を、請求項１に定義されるＩ群および/またはＩＩ群(f)、(g)、(h)から選択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
  34. 前記測定をＤＮＡチップを用いて行う、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記腎ガンの存在または転移の検出、判定または予測を、対照試料からの変化を指標にして決定する、請求項３３に記載の方法。
  36. 前記測定を免疫学的方法によって行う、請求項３３に記載の方法。
  37. 前記免疫学的方法による測定が、前記ＩＩ群(f)、(g)または(h)の抗体、その断片、またはその化学修飾誘導体を用いて行われる、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記抗体、その断片、またはその化学修飾誘導体が標識されている、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記生体試料が腎由来の組織または細胞、血液、血漿、血清、あるいは尿である、請求項３３に記載の方法。
  40. 被験者由来の生体試料中の１または複数の腎ガン関連標的核酸の存在または量もしくは発現量を、請求項１に記載の組成物、請求項１８に記載のキット、または請求項３０に記載のＤＮＡチップを用いてインビトロで測定することを含む、腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測する方法。
  41. 請求項１に定義されるＩ群から選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、請求項１に記載の組成物、請求項１８に記載のキット、または請求項３０に記載のＤＮＡチップを用いて、被験者由来の腎ガン細胞生体試料における標的核酸の発現レベルを、予後不良の腎ガン患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルおよび／または予後良の患者母集団由来の腎ガン細胞における標的核酸の発現レベルと比較することによって被験者の予後、ならびに／あるいは腎ガンの転移の有無をインビトロで予測する方法であって、該標的核酸が該組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものであり、かつ被験者由来の該標的核酸の発現レベルが、予後良の腎ガン患者母集団の発現レベルおよび／または予後不良の患者母集団の発現レベルから変化が認められる場合それぞれ、被験者の予後が悪いまたは被験者の予後が良いと決定する、ならびに／あるいは腎ガンの転移が有るまたは腎ガンの転移が無いと決定する、前記方法。
  42. ＤＮＡチップを用いる請求項４１に記載の方法。
  43. 請求項１に定義されるＩ群から選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、請求項１に記載の組成物、請求項１８に記載のキット、または請求項３０に記載のＤＮＡチップを用いて、予後不良の患者由来の腎ガン細胞および/または予後良の患者由来の腎ガン細胞であることが既知である複数の生体試料中における標的核酸の発現レベルをインビトロで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現レベルの測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の腎ガン由来の生体試料中における該標的核酸の発現レベルを第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現レベルの測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、被験者の予後を予測する、および／または被験者由来の腎ガンが、転移が有る患者由来の腎ガンである、または転移が無い患者由来の腎ガンであると決定する、第４の工程を含む、ここで、該標的核酸が該組成物、キットまたはＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体またはその断片によって検出可能なものである、請求項４１に記載の方法。
  44. 請求項１に定義されるＩ群および/またはＩＩ群から選択されるプローブ、あるいは、該プローブを含む、請求項１に記載の組成物、請求項１８に記載のキット、または請求項３０に記載のＤＮＡチップの、被験者由来の生体試料中の腎ガンの存在または転移をインビトロで検出、判定または予測するための使用。
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