KR20100058421A - 신규 발병 심부전증에 대한 개별 위험 평가용 전사체 바이오마커 - Google Patents

신규 발병 심부전증에 대한 개별 위험 평가용 전사체 바이오마커 Download PDF

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조슈아 엠. 하레
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유니버시티 오브 마이애미
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Abstract

신규 심부전증의 예후용 전사체 바이오 마커는 신규 발병된 심부전증, 심장 질환, 심장 장애 및 관련 심장 증상의 예후를 예측하는데 있어서 임상학적으로 직접 응용이 가능하다. 본 접근방법은 심장 치료의 개별화(individualization)를 가능하게 하며, 심부전증이 나타난 첫 해에 환자가 순환 허탈(circulatory collapse)의 고위험 상태에 있는지를 확인하는데 도움을 준다.
심부전증, 전사체, 바이오마커, 개별화, 개별 위험 평가

Description

신규 발병 심부전증에 대한 개별 위험 평가용 전사체 바이오마커{Transcriptomic Biomarkers for Individual Risk Assessment in New Onset Heart Failure}
본 발명은 심장 질환 바이오마커, 신규 약물 치료 타깃, 조성물 및, 심장 질환 및 관련 질환을 예측, 진단 및 처리하는 방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는 본 발명은 심장질환 및 장애의 다양한 양태와 관련된 특이한 분자 표지(molecular signatures)를 기초로 한 방법 및 조성물에 관한 것이다.
심부전증 진단을 받은 환자들의 임상경과는 매우 다양하다. 환자 중 일부는 박출계수 수준으로 완전히 회복 또는 완쾌되는 반면에, 환자 중 다른 일부는 대상부전(cardiac decompensation)으로 확대되어 좌심실보조기구(LVAD)의 삽입 또는 심장이식을 필요로 하는 경우도 있다. 최초에 정확한 위험도 평가(Risk Assessment) 및 예후 예측을 통해 치료, 모니터링 및 환자 관리 대상으로 적절히 분배하는 것이 중요하다. 평균적인 기준을 기초로 한 예측 도구는 그 정확성에서 한계가 있다. 초기에 환자의 상태를 파악하면 환자 개인과 국가 모두에 실질적인 재정 절감 효과가 있다. 따라서 적절하면서도 초기에 치료할 수 있는 정확한 예후 평가가 필요한 실정이다.
요약
전사체 바이오마커는 생체분자를 포함하며, 심장 질환 및 그 장애의 예후 결과를 예측하는 것이 가능하도록 한다. 신규한 약물 타깃을 예후 및 확인하는 방법이 제공된다.
본 명세서에 개시된 전사체 바이오마커, 방법 및 분석(assay)은 포유동물 조직 또는 세포 시료 내에 전사체 바이오마커가 발현하는 지를 조사하는 것과 관련되며, 상기 하나 이상의 전사체 바이오마커의 발현은 예컨대 심근염, 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심장 및 심장혈관계 질환 및 그 장애의 예후 결과가 예측되는 것을 의미한다.
바람직한 구현예에서, 유전자 조성물은 다음의 유전자 또는 핵산 서열을 포함한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 검출은 심부전증의 우수한 임상 예후이며, 바이오마커는 예컨대 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심장 및 심혈관계 질환 및 장애의 예후 결과 예측 또는 진단이다.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100% 또는 그 이상 과-발현 (over-expressed) 된다.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 50% 과 발현된다.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 75% 과 발현된다.
다른 바람직한 구현예에서, 상기 적어도 10개의 유전자 서열은 한 환자의 개별 위험 평가에서 예컨대, 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심부전증, 심장 및 심혈관계 질환 및 장애의 발병에 대한 예후이다.
다른 바람직한 구현예에서, 복수의 유전자 서열은 한 환자의 개별 위험 평가에서 환자의 예컨대, 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심부전증, 심장 및 심혈관계 질환 및 장애의 발병에 대한 예후이다.
다른 바람직한 구현예에서, 심부전증 예후 예측용 바이오마커(TBB)는 다음의 핵산서열/생체분자를 포함한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서 바이오 마커는 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100% 또는 그 이상 과-발현 (over-expressed) 된다.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 50% 과-발현된다.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 75% 과 발현된다.
다름 바람직한 구현예에서, 항체 또는 앱타머는 다음의 유전자 서열 각각에 특이적이다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 바이오칩은 다음의 핵산서열을 포함한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
바람직한 일 구현예에서, 바이오칩은 적어도 10개의 핵산서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함한다.
바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자 표지를 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및, 특발성 심근병증(idiopathic cardiomyopathy) 및 심근염(myocarditis )을 식별하는 단계.
바람직한 구현예에서, 상기 바이오마커는 환자로부터 얻은 생물학적 시료로부터 핵산을 분리함으로써 확인된다.
바람직한 구현예에서, 핵산을 바이오 칩에 혼성화하고, 마이크로어레이 혼성화로부터 얻은 원 강도 값(raw intensity vlaues)을 표준화(normalized)하며, 유전자 발현의 표현형 특이성(phenotype specificity) 차이를 확인한다. 유전자 발현의 차이는 마이크로 어레이의 유의(significance) 분석을 통해 확인되고, 여기서 상기 유의는 q-값으로 정의되고, 다중 비교(multiple comparasion)는 보정된 p-값을 포함한다.
다른 바람직한 구현예에서, 상기 표현형 특이성(phenotype specificity)은 트레이닝 세트(training set) 내에 얻어진 데이터의 약 66%가 포함되도록 분류자(classifier)를 만들고, 얻어진 데이터의 33%가 포함된 테스트 세트(test set) 내에서 후속 검증(subsequent validation)을 하며, 배분(classification)을 위하여 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)을 한정함으로써 확인한다. 상기 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)은 훈련 세트 내에 약 10-분할 교차 검증(10-fold cross validation)을 밸런싱하는 것을 포함한다.
다른 바람직한 구현예에서, 심장 질환의 예후 결과 또는 심부전증으로부터 회복을 예측하는 방법은 다음 단계를 포함한다: 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 유전자 서열을 포함하는 조성물을 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 및, 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 심장 질환의 예후 결과 또는 심부전증으로부터의 회복을 예측하는 단계.
일 구현예에서, 상기 유전자 서열은 보통의 하나의 세포 또는 환자와 비교하여 적어도 약 5% 과-발현된다.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 다음의 유전자 서열을 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서, 분자 조성물은 다음의 유전자 서열을 포함한다:1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
바람직하게는 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 검출은 예컨대 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심부전증의 임상 진단 결과 및 예후의 예측 또는 심장 및 심혈관계 질환 및 장애의 진단이다.
바람직하게는, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100%, 200%, 300% 또는 그 이상이다.
다른 구현예에서, 적어도 9개의 유전자 서열이 한 환자의 개별 위험 평가에서 심부전의 임상 진단 결과 및 예후이다.
다른 바람직한 구현예에서, 복수의 유전자 서열이 한 환자의 개별 위험 평가에서 심부전증 발병에 대한 예후이다.
심부전증의 임상 진단 결과 및 예후 예측용 바이오마커(TBB)는 다음의 핵산서열/생체분자를 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
일 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 검출은 심부전증의 임상 진단 결과 예후의 예측이며, 예컨대, 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심장 및 심혈관계 질환 및 장애의 예후 결과의 예측 또는 진단이다.
바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100%, 200%, 300% 또는 그 이상 과-발현(over-expressed)된다.
다른 구현예에서, 바이오칩은 다음의 핵산서열을 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
일 구현예에서, 바이오칩은 적어도 10개의 핵산서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함한다.
다른 바람직한 구현예에서, 항체 또는 앱타머는 다음의 유전자 서열 각각에 특이적이다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 산정, 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자 표지를 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 특발성 심근병증(idiopathic cardiomyopathy) 및 심근염(myocarditis)을 식별하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서, 심장 질환의 예후 결과 또는 심부전증으로부터의 회복을 예측하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 유전자 서열을 포함하는 조성물을 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 심장질환 또는 심근염을 예측하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 다음의 유전자 서열을 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서 세포는 다음의 핵산 서열 또는 그 산물 중 하나 이상을 발현한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적).
다른 바람직한 구현예에서, 벡터는 다음의 핵산 산물 중 하나 이상을 발현한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 세포는 다음의 핵산 서열 또는 그 산물 중 하나 이상을 발현한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 벡터는 다음의 핵산서열중 하나 이상을 발현한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
본 발명의 다른 측면은 하기에 설명된다.
상세한 설명
본 발명은 심부전증, 심장 질환, 심근염, 및 다른 심장 장애에 매우 민감한 예후 바이오 마커로서 작용하는 분자 표지를 포함한다.
심부전증(HF)에서 예후를 예측하는데는 해결되지 않는 주요 난국이 존재한다. 몇몇 임상 실험이 시도된 바는 있으나, 생존율이 나쁜 환자와 생존률이 뛰어나 환자를 정확히 구별하지 못하고 있다. 심내막 생검(endomyocardial biopsy, EMB)으로부터 발생된 전사체 표지는 HF의 새로운 예후 바이오마커로 작용한다.
정의
본 발명에 따르면, 본 명세서에 사용된 하기의 용어들은 명확히 달리 언급되지 않는 한 다음의 의미를 갖는 것으로 정의된다.
본 명세서에 사용된 것처럼, "a", "an" 및 "the"에는 문맥에서 명확히 달리 나타내지 않는 한 복수의 대상을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 "분자 표지(molecular signature)" 또는 "표지(signature)" 또는 "바이오마커(biomarker)" 또는 "전사체 기초 바이오마커(transcriptomic based biomarker)"는 본 명세서 내에서 상호교환적으로 사용되며, 표 2 및 8에 나타난 모든 생체분자를 나타낸다. 보다 많은 생체분자가 발견됨에 따라, 새롭게 확인된 각각의 생체분자들은 하나 이상의 바이오마커 또는 분자 표지로 지정될 수 있다. 또, 각각의 생체분자들은 또 분자표지로 삭제, 재지정 또는 재분배될 수 있다.
용어 "생체분자(biomolecule)"는 DNA, RNA (mRNA, rRNA, tRNA 및 tmRNA), 뉴클레오티드, 뉴클레오시드, 폴리뉴클레오티드, 펩티드 및 이들의 조합을 의미한다.
본 명세서에 사용된 염기 "위치(position)"는 핵산 내에 주어진 염기 또는 뉴클레오티드 잔기의 위치를 의미한다.
본 명세서에서 사용된 용어 "어레이(array)"는 규칙적인 공간적 배열, 특히 고정된 생체분자의 배열을 의미한다.
본 명세서에서 사용된 용어 "지정가능 어레이(addressable array)"는 개별 성분들이 x 및 y 축에 정확하게 정의되어, 어레이 내의 특정 위치에 주어진 성분을 확인할 수 있음을 의미한다.
본 명세서에 사용된 용어 "프로브(probe)" 및 "생체분자 프로브(biomolecular probe)"는 상보적인 생체분자를 검출하기 위하여 사용되는 생체분자를 의미한다. 그 예로는 항체를 검출하는 항원, 상보적 올리고뉴클레오티드를 검출하는 올리고뉴클레오티드, 및 수용체를 검출하는 리간드를 포함한다. 상기 프로브는 바람직하게는 기판을 포함하는 미소전극(microelectrode)에 고정된다.
본 명세서에 사용된 용어 "바이오어레이(bioarray)", "바이오칩(biochip)" 및 "바이오칩 어레이(biochip array)"는 고형의 지지 기판 위에 어레이 된 미소전극 상에 고정된 생체분자의 규칙적인 공간적 배열을 의미한다. 바람직한 프로브 분자에는 앱타머, 핵산, 올리고뉴클레오티드, 펩티드, 항체 및 항원을 포함하며; 펩티드 및 단백질이 가장 바람직한 프로브 종이다. 당업계에 사용된 바이오칩은 생물학적 결합 쌍 그룹을 포함하는 생물학적 분자 어레이 또는 마이크로어레이, 바람직하게는 규칙적 어레이 및 가장 바람직하게는 규칙적, 지정가능 어레이(ordered, addressable arrays)를 포함하는 기판을 포괄하고 있다. 일반적으로, 상기 어레이는 올리고뉴클레오티드 어레이로, 생물학적 시료에 존재할 수 있거나, 존재하는 것으로 예측된 적어도 하나의 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 또 상기와 달리 바람직하게는, 단백질, 펩티드 또는 다른 작은 분자들이 상기 바이오칩에 어레이 되어 면역 분석을 수행하거나(이 경우 어레이 된 분자는 항체), 생물학적 수용체를 분석하는데(이 경우 어레이 된 분자는 수용체의 리간드, 작용제, 길항제) 사용될 수 있다.
제 1 시료의 유전자, 생체분자, 또는 바이오마커의 발현/양은 제 1 시료의 상기 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양이 제 2 시료 또는 보통 시료의 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양에 적어도 약 1배, 1.2배, 1.5배, 1.75배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배인 경우, 제 2 시료의 수준에 비하여 "보다 큰" 수준에 있다라고 한다. 발현 수준/양은 예컨대 mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 절편 및/또는 유전자 사본을 포함하는(그러나 이에 한정되는 것은 아님) 당업계에 공지된 적절한 기준을 기초로 정해질 수 있다. 발현 수준/양은 정성적으로 및/또는 정량적으로 정해질 수 있다.
용어 "조절하는(modulate)"은, 상기 언급된 활동, 예컨대, 증가된, 향상된, 개선된, 작용적인(작용제처럼 작동하는), 증진된, 감소된, 줄어든, 억압되어 차단된, 또는 길항적인(길항제처럼 작동하는) 활동을 의미한다. 조절(Modulation)을 통해 활동이 기준 값에 비하여 1-배, 2-배, 3-배, 5-배, 10-배, 100-배 등 이상으로 증가시킬 수 있다. 조절은 또한 그 활동이 기준 값에 비하여 감소될 수도 있다.
용어 "상보적인(complementary)"은 하나의 서열이 다른 것의 서열과 반대-방향으로 결합하는 경우 2개의 서열이 보완되는 것을 의미하는 것으로, 여기서 각 서열의 3'-말단이 다른 서열의 5'-말단과 결합되며, 한 서열의 A, T(U), G, 및 C 각각이 다른 서열의 T(U), A, C, 및 G과 정렬된다. 일반적으로, 뉴클레오티드의 상보적 서열은 한정된 서열에 대하여 적어도 80% 또는 90%, 바람직하게는 95%, 가장 바람직하게는 100%의 상보성을 갖는다. 바람직하게는 그 대립유전자 또는 변이체를 확인할 수 있다. 또 BLAST 프로그램이 상기 서열확인을 분석하는데 사용될 수도 있다.
폴리뉴클레오티드 서열을 의미하는 용어 "상보적인 서열(complementary sequence)"은 염기-쌍 규칙에 의한 다른 핵산 내 염기 서열과 관련된다. 보다 바람직하게는 상기 용어 또는 유사 용어는 뉴클레오티드 또는 핵산 간에 예컨대, 이중 가닥 DNA 분자의 2개의 가닥 간에 또는 시퀀싱 및 증폭될 단일 가닥 핵산 위의 프라이머 결합 사이트와 올리고뉴클레오티드 프라이머 간의 혼성화 또는 염기 쌍을 의미한다. 상보적 뉴클레오티드는 일반적으로 A 및 T (또는 A 및 U), 또는 C 및 G 이다. 2개의 단일 가닥 RNA 또는 DNA 분자들은 한 가닥의 뉴클레오티드가, 뉴클레오티드 첨가 또는 결손을 적절히 하여, 최적으로 정렬되고 비교함으로써 다른 가닥의 뉴클레오티드의 적어도 약 95%, 일반적으로 적어도 약 98%, 및 보다 바람직하게는 99% 내지 약 100% 쌍 지워질 때 실질적으로 상보적이다(substantially complementary)라고 말한다. 상보적 폴리뉴클레오티드 서열은 공지된 컴퓨터 알고리즘 및 소프트웨어, 예컨대 BLAST 프로그램을 포함한 다양한 접근을 사용함으로써 확인될 수 있다.
"대립유전자(allele)" 또는 "변이체(variant)"는 유전자의 다른 형태이다. 변이체는 핵산 서열 내의 적어도 하나의 돌연변이에 기인할 수 있으며, mRNAs 또는 폴리펩티드의 변화를 야기하여 그 구조 또는 기능이 변화될 수도 또는 변화되지 않을 수도 있다. 천연 유전자 또는 재조합 유전자는 대립유전자 형태가 없을 수도 있고, 하나 또는 여러 개의 대립유전자 형태를 가질 수 있다. 변이체를 야기하는 보통의 돌연변이 변화는 일반적으로 뉴클레이티드의 자연적 결손, 첨가, 또는 치환을 야기한다. 상기 유형의 변화 각각은 단독 또는 다른 것과 조합하여 발생되어 주어진 서열에서 1 번 이상 발생할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 용어 "앱타머(aptamer)" 또는 "선별 핵산 결합 종(selected nucleic acid binding species)"은 비-변형된 또는 화학적으로 변형된 RNA 또는 DNA를 포함한다. 선별 방법에는 친화 크로마토그래피 및 역전사(RT) 또는 중합효소 연쇄반응(PCR)에 의한 증폭 방법을 포함할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에서 사용된 용어 "신호 앱타머(signaling aptamer)"는 리포터 분자, 바람직하게는 형광 염료를 갖는 앱타머를 포함할 수 있으며, 이들은 뉴클레오티드와 결합한다. 앱타머 및 리간드의 상호작용 결과로 형상 변화가 일어나면, 상기 리포터 분자는 다른 신호, 바람직하게는 형광 강도 상의 변화를 야기하게 된다.
핵산 서열, 유전자 또는 폴리펩티드에 적용될 수 있는 본 명세서에서 사용된 용어 "절편(fragment) 또는 단편(segment)"은 보통 적어도 약 5개의 연속 핵산 염기(핵산 서열 또는 유전자 경우) 또는 아미노산(폴리펩티드 경우), 통상적으로는 적어도 약 10개의 연속 핵산 염기 또는 아미노산, 보다 통상적으로는 적어도 약 20개의 연속 핵산 염기 또는 아미노산, 일반적으로는 적어도 약 30개의 연속 핵산 염기 또는 아미노산, 바람직하게는 적어도 약 40개의 연속 핵산 염기 또는 아미노산, 보다 바람직하게는 적어도 약 50개의 연속 핵산 염기 또는 아미노산, 및 보다 더 바람직하게는 적어도 약 60 내지 80 또는 그 이상의 연속 핵산 염기 또는 아미노산 길이일 것이다. 본 명세서에서 사용된 "중복 절편(overlapping fragments)"은 핵산 또는 단백질의 아미노 말단에서 시작되고 핵산 또는 단백질의 카르복시 말단에서 종료되는 연속 핵산 서열 또는 펩티드 절편을 의미한다. 각각의 핵산 또는 펩티드 절편은 다음의 핵산 또는 펩티드 절편과 적어도 하나의 연속 핵산 또는 아미노산 서열 공통 지점, 보다 바람직하게는 적어도 약 3개의 연속 핵산 염기 또는 아미노산 공통 지점, 가장 바람직하게는 적어도 약 10개의 연속 핵산 염기 아미노산 공통 지점을 갖는다.
"생물학적 시료(biological sample)"는 고체 또는 체액 시료를 포함한다. 바람직하게는 상기 시료는 심장으로부터 얻어진다. 그러나 본 발명에서 사용된 생물학적 시료는 세포, 세포의 단백질 또는 막 추출물, 혈액 또는 부수액 또는 뇌수(예컨대, 뇌척수액)와 같은 생물학적 유체를 포함할 수 있다. 고체 생물학적 시료에는 중추신경계, 뼈, 가슴, 신장, 자궁경부, 자궁내막, 머리/목, 담낭, 귀밑샘, 전립샘, 뇌하수체, 근육, 식도, 위, 소장, 대장, 간, 비장, 췌장, 갑상선, 심장, 폐, 방광, 지방, 림프절, 자궁, 난소, 부신, 고환, 편도 및 흉선의 조직으로부터 얻은 시료를 포함하나 이에 한정되는 것은 아니다. "체액 시료"의 예로는 혈액, 혈청, 정액(serum), 전립선액, 정액(seminal fluid), 오줌, 침, 가래, 점액, 골수, 림프, 및 눈물을 포함하나 이에 한정되는 것은 아니다.
"시료(sample)"는 본 명세서에서 광범위한 의미로 사용된다. 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드, 펩티드, 항체 및 그 유사체를 포함하는 시료에는 체액; 세포 준비의 가용분획, 또는 세포가 성장하는 배지; 염색체, 기관, 또는 세포로부터 분리 또는 추출된 막; 게놈 DNA, RNA 또는 cDNA, 폴리펩티드, 또는 용액 내 또는 기질에 결합한 펩티드; 세포; 조직; 조직 프린트; 핑거 프린트, 피부 또는 모발; 및 그 유사체를 포함한다.
"진단(diagnostic)"은 병리학적 상태의 유무 또는 성질을 확인하는 것을 의미한다. 진단 방법들은 그 민감도(sensitivity) 및 특이성(specificity)에서 차이가 있다. 진단 분석(assay)의 "민감도"는 병에 걸린 개인이 양성 판정을 받을 퍼센트를 의미한다("진정 양성(true positives)" 백분율). 병에 걸린 개인이 상기 분석에 의해서 검출되지 않은 경우 "오류 음성(false negatives)"이다. 병에 걸리지 않고 상기 분석에서 음성 판정을 받은 자는 "진정 음성(true negatives)"이다. 진단 분석의 "특이성(specificity)"은 1에서 오류 양성률(false positive rate)을 뺌으로써 계산되며, 여기서 "오류 양성"률은 병에 걸리지 않은 자가 양성판정을 받을 비율로 정의된다. 하나의 특정 진단 방법이 상태의 명확한 진단을 제공할 수는 없으나, 상기 방법이 포지티브 지시(positive indication)를 제공하여 진단에 도움을 줄 수 있으면 충분하다.
용어 "검출하는(detecting)" 또는 "검출(detect)"은 전사체 바이오 마커 또는 상기 바이오마커를 포함하는 생체분자들의 조합, 및 그유사체의 유무를 분석(assaying), 정량화, 이미징 또는 성립을 포함하며, 또는 심부전증의 예후를 이미징, 규명, 성립, 또는 결정하기 위한 분석을 포함한다.
전사체 바이오마커/분자 표지
바람직한 구현예에서, 심부전증 결과를 예후 하기 위한 바이오마커는 다음을 포함한다: 다음의 유전자 서열을 포함하는 생체분자/핵산 서열: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 하나의 세포 또는 환자에게서 다음의 바이오마커(TBB)를 검출하는 것은 심근염의 진단이다: 다음을 포함하는 핵산 서열/생체분자: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C.elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물. 바람직하게는, 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 핵산서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자와 비교하여 적어도 약 1%, 1.2%, 2% 5%, 10%, 20% 사이의 수준에서 과-발현되고; 보다 바람직하게는 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 핵산서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자와 비교하여 약 50% 과발현되며; 보다 바람직하게는 하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 핵산서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자와 비교하여 약 75% 과발현된다.
다른 바람직한 구현예에서, 바이오마커는 다음의 핵산 서열을 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 바이오칩은 다음의 핵산 서열을 포함하는 분자 표지/바이오마커를 포함한다: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C.elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S.cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 바이오칩은 다음의 핵산 서열을 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 심부전증을 예후 하는 방법은 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자표지를 확인하는 단계: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C.elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S.cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계; 및 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서, 심부전증의 임상학적 결과 및 예후의 예측 방법은 다음의 바이오마커를 검출하는 것을 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
바람직한 구현예에서, 상기 표현형 특이성(phenotype specificity)은 트레이닝 세트(training set) 내에 얻어진 데이터의 약 66%가 포함되도록 분류자(classifier)를 만들고, 얻어진 데이터의 33%가 포함된 테스트 세트(test set) 내에서 후속 검증(subsequent validation)을 하며, 배분(classification)을 위하여 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)을 한정함으로써 확인한다.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자표지를 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C.elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S.cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess) 하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계를 포함한다.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 환자로부터 얻은 생물학적 시료에서 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자표지를 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서, 심부전증의 예후를 예측하는 것은 다음의 유전자 서열을 갖는 적어도 10개의 분자를 검출하는 것을 포함한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 심부전증의 예후를 예측하는 것은 다음의 유전자 서열을 갖는 적어도 9개의 분자를 검출하는 것을 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 바이오칩 조성물은 다음의 유전자 서열을 포함한다: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
일 구현예에서, 바이오칩은 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커로부터 선별된 적어도 10개의 생체분자를 포함한다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 바이오칩 조성물은 다음의 유전자 서열을 포함한다: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
바람직한 구현예에서, 바이오칩은 다음의 적어도 9개 분자를 포함한다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 신규 심부전증 발병, 심장 질환 또는 그 상태의 예후를 예측하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커를 확인하는 단계: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 및, 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계; 및 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계. 바람직한 방법의 일 예는 하기의 실시예에서 상세히 기술되어 있다.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커를 확인하는 단계: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오 마커: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계; 각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계.
다른 바람직한 구현예에서, 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커를 확인하는 단계: 다음이 유전자 서열을 포함하는 바이오마커: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
분자 표지 또는 전사체 바이오마커를 확인하기 위한 다른 방법 및 물질
마커로 핵산 및 단백질 검출: 바람직한 구현예에 따르면, 각각의 바이오마커는 하기의 실시예에서 상세히 기술된 방법을 기초로 칩 위에서 검출된다. 심장 장애 및 질환, 예컨대 심부전증, 심근염, 특발성 심근병증 및 그 유사를 갖는 심부전증 환자에게 우수한 예후 결과를 갖고 정확하게 예후 및 진단하기 위하여, 다른 방법들이 또한 당업계에 공지되어 있으며, 하나 이상의 방법을 이용할 수 있다.
본 명세서에서 개시된 방법 및 분석(assay)은 포유동물 조직 또는 세포 시료 내의 전사체 바이오마커의 발현을 조사하는 것과 관련된다. 여기서 상기 하나 이상의 전사체 바이오마커의 발현이 예컨대 심근염, 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사와 같은 심장 및 심장혈관계 질환 및 장애의 징후 산물의 조짐 또는 진단인지 여부를 결정하게 된다. 분자 표지 또는 전사체 바이오마커는 표 2에 확인된 생체분자를 포함한다. 보다 많은 생체분자가 발견됨에 따라, 새롭게 확인된 각각의 생체분자들은 하나 이상의 바이오마커 또는 분자 표지로 지정될 수 있다. 또, 각각의 생체분자들은 또 분자 표지로 삭제, 재지정 또는 재분배될 수 있다.
생체분자를 확인, 분석 방법 등의 바람직한 구현예는 하기의 실시예에 상세히 기술되어 있다.
마이크로어레이: 일반적으로, 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 시험 및 시료로부터 대조 mRNA 시료 및 대조 조직 시료들이 역 전사되고 표지 되어 cDNA 프로브가 생성된다. 이후 상기 프로브를 고체 지지체 위에 고정된 핵산 어레이와 혼성화시킨다. 상기 어레이는 어레이 각 멤버의 서열 및 위치가 알 수 있도록 형성되어 있다. 예를들어, 특징 질병 상태에서 발현될 잠재성을 갖는 선별된 유전자가 고체 지지체 위에 어레이 될 수 있다. 표지된 프로브가 특정 어레이 멤버가 혼성화된다는 것은 프로브가 얻어진 시료에서 상기 유전자가 발현되고 있음을 나타낸다. 질병 조직의 차별적 유전자 발현 분석은 유익한 정보를 제공할 수 있다. 마이크로어레이 기술은 핵산 혼성화 및 컴퓨터 기술을 이용하여 단일 실험을 통해 수천 개의 유전자의 mRNA 발현 프로파일을 측정할 수 있다(예컨대, 어레이 조작과 관련하여 2001년 10월 11일 공개된 WO 01/75166 참조; 미국 특허번호 제5,700,637호, 미국특허번호 제5,445,934호, 및 미국특허번호제 5,807,522호, Lockart, Nature Biotechnology, 14:1675-1680 (1996) 참조; Cheung, V. G. et al., Nature Genetics 21(Suppl):15-19 (1999) 참조). DNA 마이크로어레이는 유리 또는 다른 기판 위에 유전자 절편이 직접 합성되거나, 스포팅(spot)되어 있는 소형 어레이이다. 일반적으로 수천 개의 유전자가 단일 어레이에 나타나 있다. 통상적인 마이크로어레이 실험은 다음의 단계들을 포함한다: 1) 시료로부터 분리된 RNA로부터 형광 표지된 타깃을 준비하는 단계, 2) 상기 표지된 타깃을 마이크로어레이에 혼성화하는 단계, 3) 어레이를 세척, 염색, 및 스캐닝하는 단계, 4) 스캐닝된 이미지를 분석하는 단계 및 5) 유전자 발현 프로파일의 생성하는 단계. 현재까지 DNA 마이크로어레이의 주요 유형으로 하기의 2가지가 사용되고 있다: 올리고뉴클레오티드(일반적으로 25 내지 70 mer) 어레이 및 cDNAs로부터 제조된 PCR 산물을 포함하는 유전자 발현 어레이. 어레이를 형성함에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 표면 위에 미리 조작되고 스포팅 되거나, 표면 위에 직접 합성될 수 있다(인 시튜). Affymetrix GeneChipTM system이 상업적으로 구매가능한 마이크로어레이 시스템이며, 이는 유리 표면 위에 올리고뉴클레오티드를 직접적으로 합성하여 제작된 어레이를 포함한다.
프로브/유전자 어레이: 반도체-기초 포토리소그래피 및 고상화학합성기술(solid phase chemical synthesis technologies)을 조합하여 올리고뉴클레오티드(보통 25 mers)를 유리 웨이퍼(glass wafer) 위에 직접 합성한다. 각각의 어레이는 최대 400,000개의 다른 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 각각의 올리고뉴클레오티드는 수백만 카피 수로 존재한다. 올리고뉴클레오티드 프로브가 상기 어레이 위에서 알려진 위치에서 합성되어 있기 때문에, Affymetrix Microarray Suite 소프트웨어를 사용하면 혼성화 패턴 및 신호 강도로부터 유전자 확인 및 상대적인 발현 수준을 해석할 수 있다. 각각의 유전자는 일련의 다른 올리고뉴클레오티드 프로브를 통해 어레이 위에서 나타난다. 각각의 프로브 쌍은 완전 매치 올리고뉴클레오티드(perfect match oligonucleotide) 및 미스매치 올리고뉴클레오티드(mismatch oligonucleotide)를 구성한다. 완전 매치 프로브는 특정 유전자에 정확히 상보적인 서열을 갖게 되어 유전자의 발현을 측정하게 된다. 미스매치 프로브는 중심 염기 위치에 단일 염기가 치환되어 있어 타깃 유전자 전사체의 결합을 방해하는 점에서 완전 매치 프로브와 구별된다. 이는 완전 매치 올리고뉴클레오티드에 대한 측정 신호에 분포되어 있는 백그라운드 및 비특이적 혼성을 결정하는데 도움을 준다. Microarray Suite 프로그램은 완전 매치 프로브의 것으로부터 미스매치 프로브의 혼성화 강도를 뺌으로써 각각의 프로브 세트에 대한 완전 또는 특이적 강도 값을 결정하게 된다. 프로브는 Genbank 및 다른 뉴클레오티드 저장소에 있는 최신 정보를 기초로 선택된다. 서열은 유전자의 3' 말단의 독특한 영역을 인식하는 것으로 여겨진다. GeneChip Hybridization Oven ("회전식 기구" 오븐)이 한번에 최대 64 어레이를 혼성화하는데 사용된다. 플루이딕 스테이션(fluidics station )은 프로브 어레이를 세척 및 염색한다. 상기 기기는 완전 자동화 장치로 4개의 모듈을 포함하며, 각각의 모듈에는 하나의 프로브 어레이가 있다. 각각의 모듈은 미리 프로그래밍이 된 플루이딕 프로토콜을 사용하는 Microarray Suite 소프트웨어를 통해 독립적으로 제어된다. 스캐너는 프로브 어레이에 결합된 표지된 cRNA가 방출하는 형광 강도를 측정하는 공초점(confocal) 레이저 형광 스캐너이다. Microarray Suite 소프트웨어를 탑재한 컴퓨터 워크스테이션이 상기 플루이딕 스테이션 및 상기 스캐너를 제어한다. Microarray Suite 소프트웨어는 프로브 어레이에 대하여 미리 프로그래밍된 혼성화, 세척, 및 염색 프로토콜을 사용하여 최대 8개의 플루이딕 스테이션을 제어할 수 있다. 소프트웨어는 또한 적절한 알고리즘을 사용하여 혼성화 강도를 인지하고 각각의 유전자의 유무 소리로 전환할 수 있다. 마지막으로, 소프트웨어는 비교 분석을 통해 실험 간의 유전자 발현 변화를 검출하고 그 결과물을 .txt 파일 형식으로 전환하며, 이는 다른 소프트웨어 프로그램과 함께 추가로 데이터를 분석하는데 사용될 수 있다.
선별된 바이오마커의 발현은 또한 유전자 제거(gene deletion) 또는 유전자 증폭(gene amplification)을 조사함으로써 분석될 수도 있다. 유전자 제거 또는 증폭은 당업계에 공지된 다양한 프로토콜, 예를 들어, 종래의 서던 블로팅, mRNA 전사를 정량화하는 노던 블로팅(Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:5201-5205 (1980)), 닷 블로팅(DNA 분석), 또는 적절한 표지 프로브를 이용하는 인 시튜 혼성화(예, FISH), 세포유전학법(cytogenetic methods) 또는 적절한 표지 프로브를 이용하는 비교유전자복합법(comparative genomic hybridization, CGH) 중 어느 하나를 사용하여 측정될 수 있다.
폴리펩티드의 검출: 본 발명의 다른 구현예에 따르면, 마커에 상응하는 폴리펩티드가 검출된다. 본 발명의 폴리펩티드를 검출하기 위한 바람직한 제제(agent)로는 본 발명의 마커에 상응하는 폴리펩티드에 결합할 수 있는 항체 또는 앱타머이며, 바람직하게는 검출가능한 표지를 갖는 항체이다. 항체는 폴리클로날 항체, 또는 보다 바람직하게는 모노클로날 항체이다. 무손상(intact) 항체, 또는 그 절편(예컨대 Fab 또는 F(ab')2)이 사용될 수 있다. 프로브 또는 항체와 관련한 용어 "표지된(labeled)"은 검출가능 기질을 프로브 또는 항체에 커필링, 즉, 물리적으로 연결하여 프로브 또는 항체를 직접-표지하는 것뿐만 아니라, 직접-표지된 다른 반응물을 갖고 반응시켜 프로브 또는 항체에 간접적-표지하는 것 또한 의미한다. 간접적 표지의 예로는 형광-표지된 제 2차 항체를 사용하여 제 1 항체를 검출하는 방법 및 바이오틴으로 DNA 프로브를 말단-표지하여 형광-표지된 스트렙트아비딘으로 검출할 수 있도록 하는 방법을 포함한다.
각 개인으로부터의 단백질은 당업계에 기술을 가진자에게 공지된 기술들을 사용하여 분리가능하다. 사용가능한 분리방법에는 예컨대 상기 Harlow & Lane (1988)에 기술된 방법이 있을 수 있다. 시료 안에 사용하는 항체와 결합하는 단백질이 포함되어 있는지를 결정하는데 다양한 방식(format)들이 사용될 수 있다. 시료 내에 다양한 바이오마커의 발현은 당업계에 공지되어 있고, 기술을 가진 자에게 알려져 있는 수많은 방법론에 의해 분석될 수 있다. 상기 방법에는 면역조직화학법 및/또는 웨스턴 분석, 정량적 혈액 기초 분석(예컨대 혈청 ELISA)(이는 예컨대, 단백질 발현 수준을 조사하기 위함), 생화학효소활성분석, 인시튜혼성화법, 노던 분석 및/또는 mRNA의 PCR 분석뿐만 아니라, 유전자 및/또는 조직 어레이 분석을 통해 실시가능한 광범위의 다양한 분석을 포함하나 이에 한정되는 것은 아니다. 유전자 및 유전자 산물의 상태를 측정하기 위한 일반적인 프로토콜은 예컨대, Ausubel et al. eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Units 2 (Northern Blotting), 4 (Southern Blotting), 15 (Immunoblotting) 및 18 (PCR Analysis)에서 찾을 수 있다. 당업계에 기술을 가진자들은 세포가 본 발명의 마커를 발현하는지 여부 및 혈액 또는 다른 신체 조직 안에 특이적 폴리펩티드 발현 산물의 상대적 농도가 어느정도인지를 결정하는데 공지된 단백질/항체 검출 방법을 용이하게 사용할 수 있다.
상기의 대안 방법들의 경우, 시료는 항체-바이오마커 복합체가 형성하는데 충분한 조건하에서 상기 바이오마커를 특이적인 항체와 접촉시킨 후, 상기 복합체를 검출한다. 바이오마커의 존재는 혈장 또는 혈청을 포함한 다양한 범위의 조직 및 시료를 분석할 수 있는 웨스턴 블로팅 및 ELISA 방법 등의 수많은 방법을 통해 검출 가능하다. 상기의 분석 방법을 이용하는 광범위한 면역분석 기술들이 이용가능하며, 이는 예컨대 미국특허번호 제4,016,043, 제4,424,279호 및 제4,018,653호를 참조하라. 이에는 통상의 경쟁적인 결합 분석뿐만 아니라, 비-경쟁적 유형으로 단일-사이트(single-site) 및 이중-사이트(two-site) 또는 "샌드위치(sandwitch)" 분석을 포함한다. 또, 상기 분석법은 표지된 항체를 타깃 바이오마커에 직접 결합하는 것도 포함한다.
샌드위치 분석(sandwich assays)은 가장 유용하면서도 일반적으로 사용되는 분석법 중 하나이다. 샌드위치 분석 기술의 수많은 변형이 존재하고, 이 모두는 본 발명에 포함된다. 간단히, 통상적인 포워드 분석(forwad assay)의 경우, 비표지 된 항체가 고체 기판 위에 고정되고, 실험할 시료들이 상기 결합 분자와 접촉된다. 항체-항원 복합체를 형성하는데 충분한 기간 동안 인큐베이션을 한 후, 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 리포터 분자로 표지된, 항원에 특이적인 제 2 항체를 이후 첨가하고, 다른 복합체인 항체-항원-표지된 항체를 형성하는데 충분한 시간 동안 인큐베이션한다. 반응되지 않은 물질은 세척하여 제거하며, 항원의 존재는 리포터 분자가 발생하는 신호를 관찰함으로써 결정된다. 상기 결과는 눈에 보이는 신호를 단순히 관찰함으로써 정성화하거나, 알려진 바이오마커 양을 포함하는 대조 시료와 비교함으로써 정량화할 수 있다.
포워드 분석(forward assay )의 변형예로는 동시 분석(simultaneous assay)이 포함되며, 이 경우 시료 및 표지된 항체 모두가 동시에 결합된 항체에 첨가된다. 이러한 기술들에는 당업계에 기술을 가진자에게 공지된 것 이외에, 용이하게 실시할 수 있는 작은 변형예들이 포함된다. 일반적인 포워드 샌드위치 분석(forward sandwich assay)에서, 바이오마커에 특이성을 갖는 제 1 항체는 고체 표면에 공유결합 또는 수동결합된다. 상기 고체 표면은 일반적으로 유리 또는 폴리머이며, 가장 일반적으로 사용되는 폴리머에는 셀룰로오스, 폴리아크릴아미드, 나일론, 폴리스티렌, 폴리비닐 클로라이드 또는 폴리프로필렌이 있다. 고체 지지체는 튜브, 비드, 마이크로판 디스크 또는 다른 면역분석(immunoassay)을 수행하는데 적당한 표면 형태일 수 있다. 결합 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 일반적으로는 교차-연결(cross-linking) 공유 결합 또는 물리적인 흡수가 있다. 폴리머-항체 복합체는 실험 시료를 준비하는 동안 세척된다. 이후 실험할 시료의 분취물(aliquot)을 상기 고체상 복합체에 첨가하고 충분한 시간(예컨대 2-40 분 또는 보다 편리성을 원할 경우 오버나이트) 동안 및 적절한 환경(예컨대 상온 내지 40℃, 예컨대 25℃ 내지 32℃)하에서 인큐베이션하여 항체 내에 존재하는 서브유닛(subunit)이 결합하도록 한다. 인큐베이션 기간 이후, 항체 서브유닛(subunit) 고체 상을 세척 및 건조하고, 바이오마커의 일부분에 특이적인 제 2 항체와 인큐베이션한다. 제 2 항체를 제 2 항체가 분자 마커에 결합하였음을 나타내는데 사용되는 리포터 분자와 연결한다.
다른 하나의 방법에는 시료 안에 타깃 바이오마커를 고정화한 후, 고정화된 타깃을 특이적 항체에 노출하는 것을 포함한다(상기 항체는 리포터 분자로 표지 될 수도 표지 되지 않을 수도 있음). 타깃의 양 및 리포터 분자 신호 강도에 의존하여, 항체와 직접 표지함으로써 결합 타깃을 검출할 수 있다. 또, 제 1 항체에 특이적인 제 2 표지 항체를 타깃-제 1 항체 복합체에 노출시켜 타깃-제1 항체-제 2 항체 4 복합체를 형성할 수 있다. 상기 복합체는 리포터 분자가 방출하는 신호에 의해 검출된다. 본 명세서에서 사용된 "리포터 분자(reporter molecule)"는, 그 화학적 성질로 인해, 분석학적으로 확인가능한 신호를 제공하여 항원-결합 항체를 검출할 수 있도록 하는 분자를 의미한다. 이러한 유형의 분석에서 가장 일반적으로 사용되는 리포터 분자에는 분자(즉, 방사선 동위원소(radioisotopes)) 또는 화학발광 분자(chemiluminescent molecules)를 포함하는 효소, 형광포어(fluorophores) 또는 방사핵종(radionuclide)을 들 수 있다. 효소 면역분석의 경우, 효소는 일반적으로 글루타르알데하이드(glutaraldehyde) 또는 과요오드산염(periodate)을 통해 제 2 항체와 접합(conjugated)된다. 용이하게 인식가능하듯이, 그러나 당업계에 기술을 가진자가 용이하게 이용할 수 있는 접합방법들은 매우 다양하다. 일반적으로 사용되는 효소로는 호스래디시 페록시다아제(horseradish peroxidase), 클루코스 옥시다아제(glucose oxidase), 갈락토시다아제(alkaline phosphatase) 및 알칼라인 포스파타아제(alkaline phosphatase)를 포함한다. 특이적 효소와 함께 사용되는 기질로는 일반적으로는 상응하는 효소가 가수분해하자마자 검출가능한 색상 변화를 일으키는 물질로부터 선택된다. 적당한 효소의 예로는 알칼라인 포스파타아제 및 퍼옥시다아제를 포함한다. 또 상기 설명한 발색기질(chromogenic substrates) 보다는 형광 산물을 발생시킬 수 있는 형광기질을 사용하는 것도 가능하다. 이 모든 경우에, 효소-표지된 항체를 제 1 항체-분자 마커 복합체에 첨가하여 결합시키고, 이후 잔여 반응물을 세척하여 제거한다. 이후 적절한 기질을 포함하는 용액을 항체-항원-항체 복합체에 첨가한다. 상기 기질은 제 2 항체와 연결된 효소와 반응하여, 정성적인 시각 신호(visual signal)를 제공한다. 이는 보통 분광측정법(spectrophotometrically)으로 추가적으로 정량화하면 시료에 존재하는 바이오마커의 양이 나타난다. 또, 플루오레세인(fluorescein) 및 로다민(rhodamine)과 같은 형광 화합물은 그 결합 능력을 변화시킴 없이 항체에 화학적으로 커플링 될 수 있다. 특정 파장 빛으로 조사함으로써 활성화될 때, 형광색소(fluorochrome)-표지된 항체는 빛 에너지를 흡수하여 분자 내부를 흥분상태로 유도하고, 이후 광학 현미경으로 검출가능한 특정 색상의 빛을 방출한다. EIA처럼, 형광 표지 항체를 제 1 항체-분자 마커 복합체에 결합시킨다. 결합하지 않은 반응물을 세척하여 제거한 후, 남아있는 4차 복합체를 적절한 파장의 빛에 노출한다. 형광의 관찰을 통해 관심 대상의 분자 마커가 존재하고 있음을 알 수 있다. 면역형광법 및 EIA 기술 모두는 당업계에서 매우 잘 확립되어 있다. 그러나 방사선 동위원소, 발광분자와 같은 다른 리포터 분자들이 또한 사용될 수 있다. 본 발명의 방법들은 조직 또는 세포 시료 내의 mRNA의 존재 및/또는 발현을 측정하는 프로토콜을 추가로 포함하고 있다. 세포 내에서 mRNA를 측정하는 방법들은 공지되어 있으며, 그 예로는 상보적 DNA 프로브를 사용하는 혼성화 분석법(예컨대 표지된 리보프로브를 이용하는 인시튜 혼성화, 노던 블로팅 및 관련 기술 등) 및 다양한 핵산 증폭 분석법(RT-PCT 및 또 다른 증폭 유형 검출법(예, branched DNA, SISBA, TMA 및 그 유사법 등))을 포함한다.
일 구현예에 따르면, 마커에 상응하는 mRNA 수준은 생물학적 시료 내에서 당업계에 공지된 방법을 사용함으로써 인시튜(in situ) 및 인 비트로(in vitro) 방법을 통해 결정할 수 있다. 수많은 발현 검출 방법들이 분리된 RNA를 사용하고 있다. 인비트로 방법의 경우, mRNA의 분리에 사용하지 않는 RNA 분리 기술도 세포로부터 RNA를 정제하는데 이용할 수 있다. 예컨대 Ausubel et al., Ed., Curr. Prot. Mol. Biol., John Wiley & Sons, NY (1987-1999)를 참조하라. 또, 상당 수의 조직 시료들이 당업계에 기술을 가진 자에게 잘 알려진 기술, 예컨대 미국특허번호제 4,843,155호의 단일-단계 RNA 분리 방법을 사용하여 용이하게 처리될 수 있다. 분리된 mRNA는 혼성화 또는 증폭 분석에 사용될 수 있으며, 이는 서던 또는 노던 분석, PCR 분석 및 프로브 분석을 포함하나 이에 한정되는 것은 아니다. mRNA의 수준을 검출하는데 바람직한 하나의 진단 방법은 분리된 mRNA를 검출된 유전자가 코딩하는 mRNA와 혼성화될 수 있는 핵산분자(프로브)와 접촉하는 단계를 포함한다. 핵산 프로브로는 본 발명의 마커를 코딩하는 mRNA 또는 게놈 DNA에 엄격조건(stringent conditions) 하에서 특이적으로 결합하는데 충분한, 예컨대 전체-길이 cDNA, 또는 그 길이가 적어도 7, 15, 30, 50, 100, 250 또는 500 뉴클레오티드인 올리고뉴클레오티드와 같은 전체 길이 cDNA의 일부일 수 있다. 본 발명의 진단 분석에 사용하는데 적절한 다른 프로브가 본 명세서에 기술되어 있다. mRNA가 프로브와 혼성화된다는 것은 의문의 마커가 발현되고 있음을 나타내는 것이다.
하나의 방법의 경우, mRNA를 고체 표면 위에 고정하고, 프로브로 접촉한다. 그 예로는 분리된 mRNA를 아가로즈 겔 위에서 진행시킨 후, 겔로부터 mRNA를 막(예, 니트로셀룰로오스)에 이동시키는 것을 들 수 있다. 다른 방법의 경우, 프로브(들)를 고체 표면 위에 고정화하고, mRNA를 프로브와 접촉시키는 것을 들 수 있다. 그 예로는 Affymetrix 유전자 칩 어레이를 들 수 있다. 당업자들은 본 발명의 마커가 코딩하는 mRNA의 수준을 검출함에 있어서 공지의 mRNA 검출 방법들을 용이하게 선택할 수 있다.
본 발명의 경우 기술된 실시예에서 분자의 증폭이 필요하지 않았으나, 당업계에 기술을 가진 자들은 증폭 방법을 사용할 수 있다. 시료 내에서 본 발명의 마커에 상응하는 mRNA의 수준을 결정하기 위한 다른 하나의 방법들에는 예컨대 RT-PCR (Mullis, 미국특허번호 제4,683,202호 (1987)에 실험 구현예가 기술되어 있음); 리가아제 연쇄반응, 자가-부양 서열복제(self-sustained sequence replication)(Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 87, pp. 1874-1878 (1990)); 전사 증폭 시스템(Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 86, pp. 1173-1177 (1989)); Q-베타 중합효소(Lizardi et al., Biol. Technology, Vol. 6, p. 1197 (1988)); 롤링 서클 중합(미국특허번호 제5,854,033호(1988)); 또는 다른 핵산 증폭 방법의 공정에 의한 핵산 증폭 방법 및 이후 당업계에 기술을 가진자에게 공지된 기술을 이용하여 상기 증폭된 분자를 검출하는 것을 포함하다. 상기 개괄적 검출방법은 특히 매우 소량 존재하는 핵산 분자를 검출하는데 유용하다. 본 명세서에 사용 증폭 프라이머(amplification primers)는 유전자의 5' 또는 3' 영역에 어닐링(각각 양의 가닥 또는 음의 가닥 또는 그 반대)할 수 있어, 그 사이에 짧은 영역을 포함할 수 있는 한 쌍의 핵산 분자로 정의된다. 일반적으로, 증폭 프러이머는 약 10-30 뉴클레오티드 길이이며, 플랭크(flank) 영역은 약 50-200 뉴클레오티드 길이이다. 적절한 조건 하 및 적절한 반응물의 존재 하에, 상기 프라이머는 프라이머에 의해 플래킹된 뉴클레오티드 서열을 포함한 핵산 분자를 증폭한다.
인시튜(in situ) 방법의 경우, 검출에 앞서서 세포로부터 mRNA를 분리할 필요는 없다. 이 방법의 경우, 공지된 조직학적 방법을 이용하여 세포 또는 조직 시료를 준비/제조한다. 이후 시료를 지지체, 예컨대 유리 슬라이드 위에 고정화하고, 이후 마커를 코딩하는 mRNA와 혼성화할 수 있다.
마커의 절대 발현 수준을 기초로 결정하는 방법들의 대안으로써, 마커의 표준화된(normalized) 발현 수준을 기초로 결정하는 방법을 들 수 있다. 발현 수준은 마커의 절대 발현을 마커가 아닌 유전자, 예컨대 일정하게 발현되는 하우스키핑 유전자(housekeeping gene)의 발현과 비교함으로써, 마커의 절대적 발현 수준을 보정함으로써 표준화된다. 표준화를 위한 적절한 유전자로는 예컨대 액틴 유전자((actin genes) 또는 상피 세포-특이적 유전자(epithelial cell-specific genes)와 같은 하우스키핑 유전자를 포함한다. 이와 같은 표준화는 하나의 시료, 예컨대 한 환자 시료 내에서의 발현 수준을 다른 시료와 비교할 수 있게 하거나 또는 기원(sources)이 다른 곳으로부터 시료 간의 비교가 가능하도록 한다.
또, 발현 수준은 상대적 발현 수준(relative expression level)으로서 제공될 수 있다. 마커의 상대적인 발현 수준을 결정하는데 있어서, 마커의 발현 수준은 의문의 시료에 대한 발현 수준을 결정함에 앞서서, 10개 이상의 표준 시료를, 바람직하게는 50개 이상의 질병 생물학적 시료와 비교함으로써 결정된다. 다수 시료에서 분석된 유전자 각각의 평균적 발현 수준이 결정되고, 이는 마커에 대한 기준선(baseline) 발현 수준으로서 사용된다. 이후, 실험 시료에 대해 결정된 마커의 발현 수준(절대 발현 수준(absolute level of expression))을 상기 마커에 대해 얻어진 평균 발현 값으로 나눈다. 이는 상대 발현 수준을 나타낸다.
바람직하게는, 기준선(baseline) 결정에 사용된 시료는 다형성(polymorphism)을 갖지 않는 환자로부터 채취한 것이다. 세포 기원(source)의 선택은 사용되는 상대 발현 수준(relative expression level)에 의존한다. 평균 발현 점수로서, 보통 조직 내에 발견되는 발현을 이용하는 것은, 분석되는 마커의 특이성 여부(반대로 평균 세포 여부)를 확인하는데 도움을 준다. 또, 데이터가 보다 많이 축적될수록, 평균 발현 값은 수정됨으로써, 축적된 데이터를 기초로 보다 개선된 상대적 발현 값을 제공할 수 있다.
항체 및 앱타머
바람직한 구현예에 따르면, 항체 및 앱타머는 본 명세서에 기술된 바이오마커 각각의 성분에 특이적으로 결합한다.
앱타머 폴리뉴클레오티드는 일반적으로 단일-가닥 표준 인산에스테르 DNA(ssDNA)이다. 또 하기에 기술된 것처럼 폐쇄 DNA 유사체가 앱타머로 분류될 수 있다. 일반적으로 앱타머를 발굴하는 방법이 하기에 기술되어 있다:
동일한 서열인 "팔(arms)" 사이에 랜덤 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 합성한다. 상기 팔(arms)은 클로닝을 용이하게 하기 위한 제한효소부위(restriction sites)를 포함할 수 있고, 팔은 PCR 프라이머의 프라이밍 부위(priming site)로 기능할 수도 있다. 합성은 상업적인 기구들로부터 용이하게 수행될 수 있다.
타깃 단백질을 랜덤 폴리뉴클레오티드로 처리한다. 타깃 단백질은 용액 내에 존재할 수 있다. 이후 복합체는 고정되고, 항체 친화 컬럼을 사용하여 결합하지 않은 핵산으로부터 분리된다. 또, 타깃 단백질은 랜덤 폴리뉴클레오티드로 처리하기 전에 고정화될 것이다.
타깃 단백질-폴리펩티드 복합체는 비복합체 물질로부터 분리되고 이후 결합된 폴리뉴클레오티드는 타깃 단백질로부터 분리된다. 이후 상기 결합된 핵산은 특징지워질(characterized) 수 있으나, 보다 일반적으로는 예컨대 PCR에 의해 증폭되고, 상기 결합, 분리 및 증폭 단계들은 반복된다. 많은 예에서, 타깃 단백질로부터 핵산의 분리를 상당히 촉진할 수 있는 조건, 예컨대 고 염 농도 조건을 이후 단계 2의 결합 버퍼(buffer)에서 사용할 경우, 타깃 단백질에 상당히 고 친화적인 폴리뉴클레오티드를 확인할 수 있었다.
타깃 단백질에 대하여 고 친화성을 나타내는 핵산이 분리 및 특징져진다. 이는 일반적으로 팔(arms)에 첨가된 제한효소부위를 사용하는 핵산을 클로닝한 후 클로닝된 핵산을 시퀀싱 함으로써 이루어진다.
타깃 단백질에 대한 앱타머의 친화성은 일반적으로 나노몰(nanomolar) 범위에 있으나, 이는 피코몰(picomolar) 범위와 같이 낮을 수도 있다. 이는 KD으로 일반적으로 1 pM 내지 500 nM, 보다 일반적으로는 1 pM 내지 100 nM이다. 또 1 pM 내지 10 nM 범위의 KD 친화성을 갖는 앱타머가 유용하다.
앱타머 폴리뉴클레오티드는 상업상 구입가능한 핵산 합성기(synthesizer) 및 당업계에 공지된 방법을 사용하여 합성할 수 있다. 산물은 크기 선별(size selection) 또는 크로마토그래피법을 통해 정제될 수 있다.
앱타머 폴리뉴클레오티드는 일반적으로 약 10 내지 200 뉴클레오티드 길이, 보다 일반적으로는 약 10 내지 100 뉴클레오티드 길이, 보다 더 일반적으로는 약 10 내지 50 뉴클레오티드 길이, 보다 더욱 더 일반적으로는 약 10 내지 25 뉴클레오티드 길이이다. 바람직한 길이 범위는 약 10 내지 50 뉴클레오티드 길이이다.
앱타머 서열은 원하는 서열로서 선택될 수 있거나, 랜덤 또는 부분 랜덤 서열 집단이 만들어진 후, 인 비트로 상에서 어세이를 통해 원하는 타깃 단백질에 특이적으로 결합하는 것이 선택된다. 당업계에 공지된 일반적인 핵산-단백질 결합 분석 중 하나, 예컨대 프로브로 표지된 올리고뉴클레오티드 또는 표지된 단백질을 사용하는 "사우스웨스턴(Southwestern)" 블로팅을 사용할 수 있다. 또한, 단백질-핵산 결합의 형광 평광 분석(fluorescence polarization assay)의 경우 미국 특허번호제 5,445,935호를 참조하라.
앱타머 합성에 적절한 뉴클레오티드 및 그 용도, 및 단백질을 핵산에 공유 연결하기 위한 반응물들이 당업계에 공지된 것으로 판단된다.
원하는 앱타머-단백질 복합체는 예를들어, 본 발명의 앱타머-트롬빈 복합체는 표지 되어 진단제로서 특이적 단백질-결합제(예컨대 모노클로날 항체)와 상당히 동일한 방법으로 인 비트로 상에서 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명의 앱타머-단백질 복합체는 시료, 예컨대 혈액 시료 내에서 타깃 단백질의 양을 검출 및 정량화하여, 시료 내의 단백질 양과 관련된 질병 상태를 진단할 수 있도록 한다.
또 원하는 앱타머-타깃/바이트 분자 복합체(aptamer-target/bait molecular complex)가 진단 이미징(diagnostic imaging)에 사용될 수 있다. 이미징 사용의 경우, 상기 복합체는 표지 되어 신체 밖에서 이들을 검출할 수 있다. 일반적인 표지는 보통 짧은 반감기를 갖는 방사선 동위원소이다. 일반적인 이미징 방사선 동위원소로 예컨대 123I, 124I, 125I, 131I, 99mTC, 186Re, 188Re, 64Cu, 67Cu, 212Bi, 213Bi, 67Ga, 90Y, 111In, 18F, 3H, 14C, 35S 또는 32P가 사용될 수 있다. 핵자기공명(NMR) 이미징 개선제(enhancers), 예컨대 가돌리늄-153(gadolinium-153)가 NMR로 검출하는데 있어서 복합체를 표지하는데 사용될 수 있다. 폴리뉴클레오티드 또는 단백질 모이어티(moiety)를 표지하는 방법 및 반응물들이 당업계에 공지된 것으로 판단된다.
바람직한 구현예에서, 항체 또는 앱타머는 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커 각각의 유전자 서열에 특이적이다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
바람직한 구현예에서, 항체 또는 앱타머는 다음의 유전자 서열을 포함하는 바이오마커 각각의 유전자 서열에 대하여 특이적이다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
약물 발견
다른 바람직한 구현예에 따르면, 분자 표지는 심장혈관 질환 및 장애의 치료에 신규한 약물을 확인하는데 유용하다.
저분자: 저분자 실험 화합물 또는 후보 치료학적 화합물은 초기에는 유기 또는 무기 화학 라이브러리(library)의 멤버일 수 있다. 본 명세서에서 사용된 용어 "저분자(small molecules)"는 약 3,000 달톤 이하의 분자량을 갖는 작은 유기 분자 또는 작은 무기 분자를 의미한다. 저분자들은 자연산물 또는 조합 화학 라이브러리의 멤버일 수 있다. 한 세트의 다양한 분자들이 예컨대, 전하, 방향성(aromaticity), 수소결합, 유연성, 크기, 측쇄 길이, 소수성 및 견고함을 포함하는데 사용되어야 한다. 저분자를 합성하는데 적당한 조합 기술에는 당업계에 공지(예컨대 Obrecht 및 Villalgordo, Solid-Supported Combinatorial and Parallel Synthesis of Small-Molecular-Weight Compound Libraries, Pergamon-Elsevier Science Limited (1998)에 설명되어 있음)되어 있으며, 그 기술에는 "스플릿 및 풀(split and pool)" 또는 "병렬(parallel)" 합성기술, 고체-상 및 용액-상 기술(solid-phase and solution-phase techniques), 및 인코딩 기술(encoding techniques) 등이 포함되어 있다(예컨대, Czarnik, Curr. Opin. Chem. Bio., 1:60 (1997) 참조). 또, 수많은 작은 분자 라이브러리가 상업상 구입가능하다.
본 발명의 특정 스크리닝(screening) 응용은 약물 연구에 있어서 약제학적 화합물을 실험하는 것과 관련된다. 리더기(reader)는 일반적으로는 표준 교과서인 "In vitro Methods in Pharmaceutical Research", Academic Press, 1997, 및 미국특허번호제 5,030,015호에 언급되어 있다. 후보 약제학적 화합물의 활성을 측정하는 것은 일반적으로 후보 화합물을 투여하는 단계, 세포의 형태, 마커 표현형 및 발현 또는 세포의 대사 활동 및 화합물에 기인한 세포의 기능을 비처리 세포 또는 불활성 화합물로 처리된 세포와 비교하여 특정 변화를 결정하는 단계 및 이후 화합물의 효과를 관찰된 변화와 연관시키는 단계를 포함한다.
스크리닝은 예컨대 화합물이 특정 세포 유형에 약제학적 효과를 가지는 것으로 디자인됐거나, 다른 곳에 효과가 있도록 디자인된 화합물이 의도되지 않은 부작용을 가질 수 있기 때문에 수행될 수 있다. 2 이상의 약물이 약물-약물 결합 효능의 가능성을 검출하기 위하여, 함께 실험될 수 있다(세포들과 동시 또는 연속 반응시킴). 일부 응용의 경우, 화합물은 초기에는 잠재적인 독성에 대하여 스크리닝된다(Castell et al., pp. 375-410 in "In vitro Methods in Pharmaceutical Research," Academic Press, 1997). 세포독성은 우선 특정 마커, 수용체 또는 효소의 세포 생존능력, 생존, 행태, 및 발현 또는 방출 효과를 통해 결정될 수 있다. 염색체 DNA에 대한 약물 효과는 DNA 합성 또는 수선(repair)을 조사함으로써 결정될 수 있다. 세포 주기의 예정되지 않은 시간에 세포복제시 필요 이상의 [3H] 티미딘 또는 BrdU를 삽입하는 것은 약물 효과와 일치한다. 원치않은 효과로는 중기확산(metaphase spread)으로 결정되는 자매 염색체분체 교환(sister chromatid exchange)의 보기 드문 비율을 포함할 수 있다. 리더기와 관련하여 A. Vickers (PP 375-410 in "In vitro Methods in Pharmaceutical Research," Academic Press, 1997)에 보다 상세히 서술되어 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 후보 제제를 확인하는 방법은 다음의 단계를 포함한다: (a) 환자로부터 채취한 생물학적 시료를 후보 제제와 접촉하여, 본 명세서에 기술된 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준을 결정하는 단계; (b) 상기 후보 제제와 접촉되지 않은 생물학적 시료의 분취액의 바이오마커 또는 바이오마커들에 상응하는 발현 수준을 결정하는 단계; (c) 후보 제제와 접촉된 생물학적 시료의 분취액 내의 바이오마커 또는 바이오마커들의 발현 수준을 후보 제제와 접촉되지 않은 생물학적 시료의 분취액 내의 바이오마커 또는 바이오마커들의 발현 수준과 비교함으로써 후보 제제의 효과를 관찰하는 단계; 및 (d) 상기 관찰된 효과로부터 상기 제제를 확인하는 단계, 여기서 후보 제제와 접촉된 생물학적 시료의 분취액 내의 바이오마커 유전자 또는 바이오마커 유전자들의 조합의 발현 수준과 후보 제제와 접촉되지 않은 생물학적 시료의 분취액 내의 바이오마커 유전자 또는 바이오마커 유전자들 조합의 발현 수준 사이에서 적어도 10% 차이는 후보 제제의 효과를 나타낸다.
바람직한 구현예에서, 약물의 효과는 하기 실시예에서 상세히 기술된 것처럼, 우수한 예후와 관련된 분자 표지의 발현과 연관된다.
본 발명의 다른 구현예에서, 본 발명에 따른 방법을 통해 유도된 후보 제제(agent)가 제공된다.
본 발명의 다른 구현예에서, 본 발명에 따른 제제(agent)를 포함하는 약제학 제조방법이 제공된다.
본 발명의 다른 바람직한 구현예에서, 본 발명에 따라 약물을 제조하는 방법에는 (i) 대상에 약제학적으로 충분한 양만큼 제공할 수 있도록, 상기 단계 (c)에서 확인된 후보 제제 또는 유사체 또는 그 유도체를 합성하는 단계; 및/또는 (ii) 단계 (c)에서 확인된 후보 제제 또는 유사체 또는 그 유도체를 약제학적으로 허용가능한 담채와 결합시키는 단계를 포함한다.
벡터, 세포: 일부 구현예에 따르면, 벡터 및 세포 내에서 바이오마커를 포함하는 생체분자를 발현시키는 것이 바람직하다. 이와 같은 조합은 그 응용이 제한되지 않는다. 하나 이상의 생체분자를 발현하는 벡터 및 세포가 분석법(assay), 키트, 약물 발견, 진단, 예후 및 그 유사에 사용될 수 있다. 세포들은 전구세포(progenitor cell)로 골수로부터 분리된 줄기세포, 또는 예컨대 ATCC와 같은 다른 기원으로부터 얻어진 세포일 수 있다.
"골수 유도 전구세포(Bone marrow derived progenitor cell, BMDC)" 또는 "골수 유도 줄기세포"는 구조적으로 자기-재생 활성 수단을 갖는 원시 줄기세포(primitive stem cell)를 의미한다. 상기 정의에는 전능성(totipotent), 만능(pluripotent) 및 전구체(precursors) 줄기세포가 포함된다. "전구체 세포(precursor cell)"는 하나 이상의 성숙 세포로 분화 가능한 세포 분화 경로 상의 어떠한 세포일 수도 있다. 이와 같이, 용어 "전구체 세포 집단(precursor cell population)"은 하나 이상의 성숙 세포로 발생가능한 세포 집단을 의미한다. 전구체 세포 집단은 전능성 세포, 만능 세포, 및 제한된 줄기세포계 세포(즉, 예컨대 모든 조혈(hematopoietic)계열로 발생 또는 오직 적혈구(erythroid) 계열의 세포만으로 발생 가능한 세포)를 포함할 수 있다. 본 명세서에 사용된 용어 "전능성 세포(totipotent cell)"는 모든 계열의 세포로 발생가능한 세포를 의미한다. 유사하게, 용어 "전능성 세포 집단(totipotent population of cells)"은 모든 계열의 세포로 발생할 수 있는 세포 조성물을 의미한다. 또, 본 명세서에서 사용된 용어 "만능 세포(pluripotent cell)"는 다양한 계열(모든 계열로는 아님)으로 발생 가능하며, 적어도 모든 조혈 계열로 발생 가능한 세포를 의미한다(예, 림프구, 적혈구, 및 혈소판 계열). 골수 유도 줄기 세포는 잘-특징져진 2 유형의 줄기세포를 포함한다. 간엽 줄기세포(Mesenchymal stem cells, MSC)는 일반적으로 연골세포(chondrocytes) 및 골아세포(osteoblasts)를 형성한다. 조혈모 줄기 세포(HSC)는 중배엽 기원으로 일반적으로 혈관계 및 면역계 세포(예, 적혈구, 과립구/대식세포, 거핵구 세포 및 림프구 계열)로 성장한다. 또, 조혈모 줄기세포는 간(간세포, 담관 세포), 폐, 신장(예, 신세뇨관 상피세포 및 신장 신질), 위장관, 골격근섬유, CNS의 성상세포, 푸르킨예 뉴런, 심근 (예, 심근세포), 내피 및 피부 세포로 분화가능한 잠재성을 보여준다.
바람직한 구현예에서, 후보 약제학적 화합물을 확인하는 방법은 후보 약제학적 제제를 이용하여 다음으로부터 선택된 적어도 하나의 생체분자를 발현하는 세포를 배양하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 생체분자의 발현을 조절하는 후보 약제학적 제제들을 확인하는 단계 및 하나의 후보 약제학적 제제를 확인하는 단계를 포함한다. 바람직하게는 후보 약제학적 제제에는 유기 분자, 무기 분자, 백신, 항체, 핵산분자, 단백질, 펩티드 및 핵산 분자를 발현하는 벡터를 포함한다.
후보 약제학적 화합물을 확인하는 방법은 후보 약제학적 제제를 이용하여 다음으로부터 선택된 적어도 하나의 생체분자를 발현하는 세포를 배양하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물; 생체분자의 발현을 조절하는 후보 약제학적 제제들을 확인하는 단계 및 하나의 후보 약제학적 제제를 확인하는 단계를 포함한다. 바람직하게는 후보 약제학적 제제에는 유기 분자, 무기 분자, 백신, 항체, 핵산분자, 단백질, 펩티드 및 핵산 분자를 발현하는 벡터를 포함한다.
상기 화합물은 예컨대 심장 질병, 심장 장애 및 그 증상을 처리하기 위한 후보 치료학적 화합물로서 유용하다. 따라서, 본 명세서에는 예컨대 심근염, 관상동맥성 심장질환(coronary heart disease), 협심증(angina), 급성 관상동맥 증후군(acute coronary syndrome), 대동맥류 및 박리(aortic aneurysm and dissection), 부정맥(arrhythmias), 심근병증(cardiomyopathy), 선천심장병(congenital heart disease), 울혈성 심부전증 (congestive heart failure) 또는 만성 심부전증(chronic heart failure), 심장막염(pericarditis), 및 그 유사를 처리하기 위한 후보 약제학적 화합물을 스크리닝하는 방법들이 포함된다. 본 방법은 상기 화합물을 상기 증상을 갖는 모델에 투여하는 것을 포함한다. 예컨대 세포(인 비트로 상)를 상기 화합물과 접촉 또는 상기 화합물을 상기 증상의 동물 모델(예컨대 심장병 관련 증상을 갖는 동물 모델)에 투여하는 것을 들 수 있다. 이후 상기 모델은 후보 화합물의 모델의 임상학적 결과에 미치는 영향을 평가한 뒤, 상기 증상을 처리하기 위한 후보 약제학적 조성물로 고려될 수 있다. 상기 효과에는 임상학적으로 관련 효과인 고통 감소; 수명의 연장 등을 포함할 수 있다. 상기 효과는 거시범위 또는 미세범위에서 결정될 수 있다. 상기 방법을 통해 확인된 후보 처리 화합물은 예컨대 임상학적 시험 단계에서 인간에 투여함으로써 추가로 확인될 수 있다.
생체분자는 하나 이상의 벡터로부터 발현될 수 있다. "벡터(vector)"(때로 유전자 전달 또는 유전자 이송 "차량(vehicle)"으로 언급됨)는 숙주 세포에, 인 비트로(in vitro) 또는 인 비보(in vivo) 상에서 전달되는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 거대분자 또는 분자 복합체를 의미한다. 전달되는 폴리뉴클레오티드는 유전자 치료에서 관심의 코딩 서열을 포함할 수 있다. 벡터에는 폴리뉴클레오티드를 숙주 세포로 이동하는 것을 매개할 수 있는 예컨대, 바이러스성 벡터(아데노바이러스("Ad"), 아데노-연관 바이러스(AAV), 및 레트로바이러스 등), 리포좀 및 다른 지질-함유 복합체, 및 다른 거대분자 복합체를 포함한다. 또 벡터는 유전자 전달 및/또는 유전자 발현을 추가로 조절할 수 있거나, 타깃 세포에 이로운 특성을 제공할 수 있는 다른 성분 또는 기능을 포함할 수도 있다. 하기에 보다 상세히 설명 및 기술된 것처럼, 상기 다른 성분에는 예컨대, 세포의 결합 또는 표적화에 영향을 주는 성분(세포-유형 또는 조직-특이적 결합을 매개하는 성분들을 포함함); 세포의 벡터 핵산 흡수에 영향을 주는 성분; 흡수 후 세포 내의 폴리뉴클레오티드 배치(localization)에 영향을 주는 성분(핵 배치를 매개하는 제제 등); 및 폴리뉴클레오티드의 발현에 영향을 주는 성분을 포함한다. 또 상기 성분은 벡터에 의해 전달된 핵산을 흡수 및 발현한 세포를 검출 및 선별하는데 사용될 수 있는 검출가능하고 및/또는 선택가능한 마커를 포함할 수도 있다. 상기 성분들은 벡터의 천연 특징으로서 제공될 수 있거나 (결합 및 흡수를 매개하는 성분 또는 기능을 구비한 특정 바이러스성 벡터의 사용 등), 상기 기능을 제공하기 위하여 벡터를 변형할 수도 있다. 다른 벡터들에는 Chen 등이 기술한 것을 포함한다(BioTechniques, 34: 167-171 (2003). 상기와 같은 매우 다양한 벡터들이 당업계에 공지되어 있으며 이들은 일반적으로 이용가능하다.
키트
다른 바람직한 구현예에서, 다음의 하나 이상의 생체분자를 포함하는 키트가 제공된다: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
다른 바람직한 구현예에서, 다음의 하나 이상의 생체분자를 포함하는 키트가 제공된다: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
상기 기술되고 제안된 응용에서 사용 키트 또는 제품은 본 발명에 따라 제조된다. 상기 키트는 바이얼(vials), 튜브 및 유사체와 같은 하나 이상의 컨테이너 수단이 위치하도록 구역화된 캐리어 수단을 포함할 수 있다. 컨테이너 수단 각각은 본 발명에 사용되는 분리 요소 중 하나를 포함한다. 예를들어, 상기 컨테이너 수단의 하나로 표지된 프로브 또는 검출가능하도록 표지 될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 키트가 타깃 핵산을 검출하는데 핵산 혼성화 방법을 이용할 경우, 키트는 또한, 타깃 핵산 서열을 증폭하기 위한 뉴클레오티드를 포함하는 컨테이너 및/또는 리포터 분자(예, 효소표지, 형광표지, 또는 방사선동위원소 표지)에 결합된 바이오틴-결합 단백질(예, 아비딘 또는 스트렙트아비딘)과 같은 리포터-수단을 포함하는 컨테이너를 가질 수 있다.
본 발명의 키트는 통상적으로 상업성이 있고 사용자 관점에서 바람직한 물질을 포함하고 있는 상기 기술된 컨테이너 및 하나 이상의 다른 컨테이너를 포함할 수 있다. 상기 키트는 또한 버퍼, 희석제, 필터, 주삿바늘, 주사기 및 사용을 위한 사용설명서를 포함한다. 표지는 컨테이너 위에 부착되어, 조성물이 특정 치료 또는 비-치료에 사용됨을 나타낼 수 있다. 표지는 또 상기 기술된 것처럼 인 비보(in vivo) 또는 인비트로(in vitro)로의 사용에 대한 지침을 제공할 수 있다.
본 발명의 키트는 수많은 구현예를 갖는다. 통상적인 구현예는 컨테이너, 상기 컨테이너 위의 표지, 및 상기 컨테이너 내부에 포함된 조성물을 포함하는 키트이다; 여기서 상기 조성물은 분자 표지 각각의 생체분자에 결합하는 제 1 항체 및 적어도 한 종류의 포유동물 세포 내에 생체분자가 존재하는지를 측정하기 위한 항체를 사용하기 위한 설명서를 포함하고 있다. 키트에는 추가로 조직 시료의 준비하고, 항체 및 프로브를 동일한 부위의 조직 시료에 적용하도록 하는 설명서 및 물질 세트를 포함할 수 있다. 키트는 1차 및 2차 항체 모두를 포함할 수 있다(여기서 2차 항체는 예컨대, 효소 표지에 결합하여 있음).
다른 구현예는 컨테이너, 상기 컨테이너 위의 표지, 및 상기 컨테이너 내부에 포함된 조성물을 포함하는 키트이다; 여기서 상기 조성물은 엄격 조건(stringent conditions) 하에서 폴리뉴클레오티드의 상보에 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 컨테이너 위의 표지는 조성물이 적어도 한 종류의 포유동물 세포 내에 분자 표지의 존재가 존재하는지를 측정하는데 사용될 수 있다는 내용과 상기 폴리뉴클레오티드가 적어도 한 종류의 포유동물 세포 내에 생체분자 RNA 또는 DNA가 존재하는지를 측정하는데 사용될 수 있다는 내용이 나타나 있다.
상기 키트 내의 다른 선택적인 성분으로는 마이크로어레이, 하나 이상의 버퍼(예컨대 블록 버퍼(block buffer), 세척 버퍼(wash buffer), 기질 버퍼(substrate buffer) 등), 효소 표지, 에피토프 검색용액, 대조 시료(양성 대조 및/또는 음성대조), 대조 슬라이드(들) 등으로 화학적으로 변하는 기질 (예, 발색체(chromogen)) 등의 반응물을 포함한다.
발명 조성물 및 방법의 구현예들은 하기의 실시예에 설명되어 있다. 실시예들은 설명하기 위한 목적으로 제공된 것으로 발명 조성물 및 방법의 범위를 한정하기 위한 것은 아니다.
본 발명은 특히 첨부된 청구항을 강조한다. 본 발명의 상기의 이점 및 추가적 이점은 수반된 도면 및 이와 관련된 하기의 상세한 설명 부분을 참조함으로써 보다 용이하게 이해될 수 있다. 상기 도면들은 다음에 관한 것이다:
도 1은 추출된 총 RNA를 Agilent 2100 Bioanalyzer를 사용하여 분석한 스캔 사진이다. 마이크로어레이 혼성화에 앞서서 전체 시료에 대하여 무결점 및 순도를 실험하였다. 사진은 18S 및 28S RNA에 대응되는 밴드를 갖는 12개 시료의 겔을 보여준다. 좌측 라인에는 참조 마커를 포함하고 있다.
도 2는 마이크로어레이 예측 분석(Prediction Analysis of Microarrays ,PAM)를 이용하여 분류자(classifer)를 개발하기 위하여 사용되는 트레이닝 세트 (training set) 및 테스트 세트(test set)를 나타낸다. 불량한 예후(poor prognosis(PP), n=18)를 갖는 환자로부터 채취한 시료 모두를 생체저장소로부터 선별하였고(n=180), 우수한 예후(good prognosis(GP), n=25)를 갖은 환자로부터 채취한 시료는 케이스-제어 방식(case-control fashion)으로 선택하였다(PP 및 GP의 정의는 본문 참조). 분류자(classifer), 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)은 데이터의 2/3에서 개발하였고(GP의 경우 17개 시료; PP의 경우 12개 시료), 데이터의 남아있는 1/3(GP의 경우 8개의 시료; PP의 경우 6개의 시료)에서 후속검증을 하였다. TBB의 전체적인 실험 정확성은 트레이닝 세트 및 테스트 세트로 램덤하게 분할하여 된 50개로부터 계산하였다.
도 3은 특발성 확장성 심근병증(idiopathic dilated cardiomyopathy, IDCM)를 겪는 모든 환자(n=43)로부터 채취한 시료의 히트맵(heatmap)이다. 각각의 열은 환자 시료에 상응하고, 각각의 행은 유전자를 나타낸다. PP를 갖는 것으로 분류된 시료는 뚜렷한 클러스터(cluster)를 형성하였으며, 이는 적색의 직사각형 안에 형 광칠이 되어있다. 하향조절된 유전자는 적색으로 도시된 반면, 상향 조절된 유전자는 청색으로 표지되었다. 노란색은 오분류(misclassified sample)를 나타낸다.
도 4는 상기 예후 바이오마커의 관련된 경로를 보여주는 파이도표(pie chart)이다. GP환자에서 상향조절된 주요 경로는 전사(26%), 단백질 결합(15%), 이온 수송(13%) 및 신경근 발달(10%)을 포함한다.
도 5는 박출계수(Ejection fraction, EF)가 기준선(baseline)으로부터 종점까지 기능이 향상되고 있음을 보여주는 2개의 그래프이다: 특발성 심근병증과 관련된 모든 경우(n=43)에서, 본 발명자들은 기준선 및 종점에서 심장초음파 측정이 가능한 자(n=17)를 추가적으로 분석하였다. 시료는 TPP 예측을 기초로 GP 또는 PP로 분류하였다. GP로 분류된 환자는(n=11, 평균 팔로우-업(follow-up): 49.9±21 mo) EF가 향상되었으나(*P=0.0009), PP (n=6, 평균 팔로우-업(follow-up): 6.2±2.9 mo)의 경우 향상되지 않았다. 적색선은 하나의 오분류된 시료를 나타낸다. 오차 막대(error bars)는 SEM를 나타낸다.
도 6은 트레이닝 세트의 교차검증(cross validation)을 보여주는 그래프이다: 9개 유전자로 이루어진 세트를 시작으로 역치를 증가할 수록 2.1 한계점 이후에, 오분류 오차(misclassification error)가 일정하게 증가하였다.
도 7은 트레이팅 세트의 교차검증을 보여주는 그래프이다: 역치를 일정하게 증가하면 2.1 한계점 이후에, 오분류 오차가 일정하게 증가한다.
도 8은 9개의 유전자 표지를 사용한 히트맵이다: 본 히트맵은 평균 발현 수준에 의한 표준화를 이용하여 비감시 클러스터링 접근법(unsupervised clustering approach)을 통해 만들어졌다. 각각의 열은 시료를 나타내고, 각각의 행은 유전자를 나타낸다. Affymetrix의 ID가 우측에 열거되어 있다. 유전자 주석에 대한 추가적인 설명은 표 5를 참조하라. 적색은 유전자의 발현이 낮음을 나타내고, 청색은 유전자 발현 수준이 높음을 나타낸다. 불량한 예후를 갖는 환자로부터 채취한 3개의 시료가 잘못 그룹화되었다(원형으로 표시됨)
도 9는 43개의 유전자 표지를 사용한 히트맵을 보여준다. 본 히트맵은 도 9처럼 비감시 계층적 클러스터링 알고리즘을 사용하여 만들어진 것이다. 오직 하나의 시료가 잘못 분류되었다(BP-10). 흥미롭게도, 본 환자의 연역을 추가적으로 조사하자, 그가 사망하기 전 5년 이상 시점에서 최초로 심부전증 진단을 받았음을 확인하였다. 이는 그가 실제로는 장기간 생존한 자로 본 알고리즘이 정확하게 인지하고 있음을 나타내는 것이다. 본 연구에서, 그가 죽기 1년 전에 생검을 채취하였으므로, 그는 불량한 예후를 갖는 환자로 분류되었다.
도 10은 "9개의 유전자 분류자"의 최근접 수축 중심을 보여주는 그래프이다. 중심은 각각의 클래스 내의 각각의 유전자에 대한 평균 발현을 상기 유전자에 대한 클래스 내 표준 편차로 나눔으로써 PAM으로 계산하였다. 최근접 수축 중심 분류는 클래스 중심의 각각이 역치에 의해 전체 클래스에 대한 전체 중심을 향하도록 수축한다. 최근접 중심 분류는 새로운 시료의 유전자 발현 프로파일을 얻어, 이를 상기 클래스 중심 각각과 비교한다. 직사각형 거리상으로 그 중심이 가장 가까운 클래스가 새로운 시료에 대하여 예측된 클래스이다. 그래프의 각각의 선은 유전자를 나타낸다. 적색 중심은 그룹 1(불량한 예후)을 나타내며, 녹색 중심은 그룹 2(우수한 예후)를 나타낸다. 우수한 예후를 갖는 그룹 내에서 상향조절된, 1개를 제외한 모든 유전자는 불량한 임상 결과를 갖는 그룹 내에 하향조절되었다.
도 11은 "43개의 유전자 분류자"의 최근접 수축 중심을 나타낸다. 분류자는 43개로 확장한 후에, 불량한 예후를 갖는 그룹에서 제 2의 상향조절된 유전자가 나타났다.
실시예 1: 신규 발병된 심부전증 발병에 대한 개별 위험 평가용 전사체 바이오마커
최초의 정확한 위험 평가 및 예후 예측을 통해 치료, 모니터링 및 환자 관리 대상으로 적절히 분배하는 것이 중요하다. 본 연구의 전사체 기초 바이오마커(transcriptomic based biomarker, TBB)는 단일 심내막 생검(endomyocardial biopsy, EMB)에 기인한 것으로, 상당히 높은 정확성을 가지고 특발성 확장성 심근병증(idiopathic dilated cardiomyopathy, IDCM)를 겪고 있는 환자의 장기간 임상 결과를 예측할 수 있다.
재료 및 방법
약어: NYHA, 뉴욕심장학회분류(New York Heart Association classification); LVEF, 좌심실박출계수(left ventricular ejection fraction), LVIDD, 좌심실내경(left ventricular internal diastolic dimension); PAP, 폐동맥압(pulmonary artery pressure); PCWP, 폐모세혈관쐐기압(pulmonary capillary wedge pressure).
환자: 심근병증의 측정을 위해 1997년부터 2006년까지 존스 홉킨스 병원에 조회된 환자들로부터 EMB를 수집하였다(n=35012). 환자 결과를 기초로 한 임상 자료를 1997년을 시작으로 10년 동안 동시에 보유하였다. 모든 환자들에게 시료 수집 및 의약 차트 추출과 관련한 서지 동의서를 받았다. 이후 마이크로어레이 분석을 하기 위해, 이미 저술된 바에 따라 우심실 (right ventricular septum)으로부터 경정맥 EMP(Transvenous EMBs)를 얻었다(Felker GM, Thompson RE, Hare JM, et al. N Engl J Med 2000;342:1077-8). 있을 수 있는 질병 특이적 혼동 인자를 피하기 위하여, 단일 빈도의 IDCM 유형의 시료만을 선별하였다. 광범위한 조직학적 워크업(work-up) 이후 감지가능한 병리학적 증상이 IDCM에 나타나지 않는 것으로 진단된 경우는 배제하였다. 생존하고 있는 표현형 극단을 기초하여 케이스-제어 방식(case-control fashion)으로 180개의 IDCM 시료 저장소 안에서 생검을 선별하였다. 우수한 예후(good prognosis)를 갖는 그룹 (GP, n=25)은 초기에 심부전증 증상이 나타난 후, 적어도 5년 동안 재발하는 사건(events)이 없는 경우로 정의되었다; 불량한 예후(poor prognosis)를 갖는 그룹(BP, n=18)은 처음 2년 동안 한 번의 사건(events)이 있는 경우로 정의되었다. 사건(events)에는 사망(n=14), 좌심실 보조기구를 필요한 경우(n=2) 또는 심장 이식(n=2)을 포함하였다.
생검(biopsies)과정: EMBs를 액체 질소 내에 즉시 냉동하여 생체저장소에 저장하였다. MIAME 가이드라인(Minimum Information about a Microarray Experiment)을 따라 RNA를 분리하고 가공하는 모든 단계를 수행하였다. 조직 시료(평균 직경 -2mm)를 MM 301 Mixer Mill (Retsch, Cat.No. 85120)로 균질화하였다. 트리졸 반응물 및 Micro-to-Midi Total RNA Purification System (Invitrogen, Cat.No. 12183-018)을 함께 사용하여 총 RNA을 추출하였다(성공률: 97% 시료). Agilent 2100 Bioanalyzer를 이용하여 총 RNA의 농도 및 무결성(integrity)을 측정하였다. 총 RNA 시료는 변성 아가로즈 겔 전기연동을 한 결과 완전한 28S 및 18S 리보솜 RNA가 나타났고, 260/280 nm 흡수치는 허용범위인 1.8-2.1이었다. 평균적인 양인 586ng의 총 RNA를 분리하고, Ovation Biotin RNA Amplification 및 Labeling System (NuGen, Cat.No. 2300-12)을 사용하여 전처리하였다.
마이크로어레이 혼성화: 추가적인 증폭 단계 없이, 시료를 Affymetrix사의 Human Genome U133 Plus 2.0 Array 에 혼성화하였다. 마이크로어레이 실험한 결과 RNA 분리 및 마이크로어레이 혼성화가 'Affymetrix Guideline for Assessing Sample and Array Quality'에 명시된 품질관리 지침을 모두 만족하는 경우 성공적인 것으로 판단하였다. 모든 칩의 평균 백그라운드(background) 및 노이즈(noise)는 허용가능한 범위 내였으며, 혼성화 효율은 모든 시료에서 유사하였다.
통계학적 분석: 통계학적 계산을 위해 R 패키지로 수행된 Robust Multiarray Average (RMA)를 사용하여 마이크로어레이 혼성화에 기인한 원 강도치(Raw intensity values)를 표준화하였다(www. R-preject.com에서 이용가능함). 다음 단계에서, 마이크로어레이의 유의분석(Significance Analysis of Microarrays, SAM)을 사용하여 유전자 발현에서의 표현형 특이적인 차이를 확인하였다. SAM은 다중 비교(multiple comparisons)의 경우 q-값, 보정된 p-값을 사용하여 유의를 정의한 다(Storey J. Journal of the Royal Statistical Society 2007:64:479-498). TBB를 개발하기 위하여, 마이크로어레이 예측분석(Prediction Analysis of Microarrays, PAM)을 사용하여 하나의 트레이닝 세트(데이터의 2/3을 포함함, n=29)에 하나의 분류자(classifier)를 만들었고, 이후 테스트 세트 내(데이터의 1/3을 포함함, n=14)에 후속 검증(subsequent validation)을 하였다. 50개로 랜덤하게 나눈 후 전체적인 정확성을 측정하였다. 서브그룹(트레이닝 세트 및 테스트 세트)의 밸런싱된 기초 상태를 테스트하기 위하여, t-검정(t-test), 일원분산분석(one way ANOVA)을 이용하거나, 필요한 경우 순위를 정하기 위해 맨-휘트니 순위합 검정(Mann-Whitney Rank Sum Test) 및 크루스칼-월리스 일원분산분석(Kruskal-Wallis One Way ANOVA)을 이용하였다.
결과
기능이 개선된 환자를 순환허탈(circulatory collapse) 상태에 있어 심장 이식 또는 LVAD 부착이 필요한 환자를 구별하는데는 중요한 임상 과제가 남아있다.
환자 특징: 유전발현 상의 표현형 특이성 차이를 확인하고, 예후 TBB를 개발하기 위하여, 마이크로 어레이 기술을 이용하여 총 43개의 EMB를 분석하였다. 표 1은 전체 환자의 기초 상태가 나타나 있다. 트레이닝 그룹 및 테스트 그룹 내의 비균형 위험 요소로 인해 야기되었다는 편견을 배제하기 위하여, 임상 결과에 따라 4개의 서브그룹으로 나눈 후, PAM 분석에 사용하였다. 서브그룹간의 연령, 성별, 심실기능, 혈역학(hemodynamics) 또는 약물 치료상의 유의적인 차이는 없었다. IDCM을 갖는 총 집단은 평균 연령이 46±15세였으며, 남성이 다소 높게 나타났다(67%). 전체 서브그룹은 2.6±0.7의 발전된 NYHA 상태로, 23±13%의 급성 이상 박출계수(severely compromised ejection fraction(EF)), 6.1±1.5 cm의 LVIDD 및 15±9 mmHg의 폐모세혈관쐐기압(PCWP)를 가졌다.
[표 1]
Figure 112009074238614-PCT00001
마이크로 어레이: 평균 568±92ng의 총 RNA를 총 EMPs로부터 분리 한 후, Agilent 2100 Bioanalyzer를 사용하여 실험한 결과, 모든 시료에서 18S 및 28S RNA의 밴드에 상응하는 매우 높은 순도의 무결점성 RNA가 나타났다(도 1). 심부전증으로부터 회복된 환자의 경우 SAM으로 결정된 바에 따르면, 46개의 유의적으로 과발현된 유전자가 있었다(q<5%, FC>1.2, 표 1). 이러한 유전자 세트의 예측 값을 측정하기 위하여 PAM을 사용하였다. 유효성 실험을 하기 위하여, 환자들을 시료의 2/3 로 이루어진 트레이팅 세트(n=29) 및 시료의 1/3로 이루어진 테스트 세트(n=14)로 분배하였다(도 2). 이러한 접근방식으로 45개 유전자의 '최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)'을 만들어졌고, 그 결과 고 위험 환자 및 우수한 예후의 환자를 높은 정확성을 가지고 식별할 수 있었다.
[표 2] 우수한 예후 결과를 갖는 심부전증 환자의 유의적으로 과발현된 46개 유전자(q<5%, FC>1.2)
Figure 112009074238614-PCT00002
유의성(Validation): 바이오마커를 전체적으로 실시하도록, 트레이닝 세트 및 테스트 세트로 랜덤하게 50개를 나눈 결과, 74%(95% CI: 69%-79%)의 총 민감도 및 90%(95% CI: 87%-93%)의 총 특이성을 보였다. 양성 예측 값은 85%(95% CI: 80%-89%)인 반면에 음성 예측 값은 82% (95%CI: 78%-86%)이였다. 로그 승산비(log odds ratio)는 3.3이였다. 다양한 숙주 인자(host factors)의 효과를 측정하기 위하여, 연령(50세 이하), 박출계수(15% 이하)을 기준으로 43개의 IDCM 개체를 복수의 이원 층(two-way strata)으로 나눈 후, 심근수축제(intravenous inotropes)를 사용하여 예후 마커의 정확성이 기초 파라미터에 영향을 받는지를 실험하였다. 이후 각 층 내에 정확하게 분류된 개체의 비율을 결정함으로써 TBB의 민감도 및 특이성을 측정하였다. 특히, 예측 정확성은 50세 이상의 환자 및 15% 이상의 박출계수를 갖는 모든 환자의 경우 완벽하였다(민감도 및 특이성 :100%). 환자 중 심근수축제를 받은 환자는 없었다.
유클리드 거리(Euclidean distance)을 이용하여 히트맵(heatmap)에 분자표지를 나타내었다(도 3). 이처럼 독립적인 비감시 클러스터링(unsupervised clustering) 방법은 GP를 갖는 시료 및 BP를 갖는 시료를 상당히 명확히 식별함으로써 발견된 유전자 세트가 강건함(robustness)을 추가적으로 확인시켜주는 것이다. 관계된 주요 경로는 이온 수송 메카니즘(13%), 심근발생(10%), 단백질 결합(15%) 및 전사(26%)이였다( www.geneontology.org , 도 4).
좌-심실 기능의 회복 예측: 개선된 임상 결과는 종종 LV 기능의 회복과 관련된다. 따라서, GP 표지는 개선된 박출계수와 관련되어 있다라는 가설을 실험하였 다. 연구대상 시료(n=43) 중에서, 기준선(baseline) 및 팔로우업(follow-up) 모두에서 심장초음파술 데이터가 가능한 모든 대상을 선별한 후, 그 TBB에 따라서 GP 또는 PP를 특징져졌다(도 5). GP를 갖는 것으로 분류된 환자는 EF가 23±3%에서 42±5%(P=0.0009)로 실질적으로 향상된 반면에, PP 분자 표지를 갖는 환자는 기초선 및 팔로우업에서 각각 20±3% 내지 21±3%으로 침체된 EF가 계속되었다.
토의:
유전 정보의 가장 가치있는 응용 중 하나는 임상 예측이다. 발현 차이가 존재하는 유전자 패턴은 병인(disease etiology)을 예측할 수 있도록 하고, 또한 바이오마커를 개발하는데 사용된다. 이러한 접근법은 종양성 질환(neoplastic disease)에서 매우 성공을 거두었으며, 다른 다양한 질환 과정에서도 그 사용이 시작되고 있다. 여기서, 본 발명자들은 새로운 심부전증 발병을 겪고 있는 환자의 임상 결과를 예측할 수 있는 TBB를 동정하고자 노력하였다. 본 발명자들은 우수한 장기간 예후를 갖는 환자로부터 매우 불량한 괘적(trajectory)을 갖는 환자를 식별할 수 있는 매우 정확한 예후 바이오마커를 개발하였다. 본 연구의 중요성은 RNA를 추가적으로 증폭함 없이, 질환 초기 단계의 환자로부터 채취한 생검을 사용한 점이다. 본 접근방법이 기존의 연구와 비교하여 보다 정확하면서도 보다 대표적인 결과를 제공하는 2가지 주요 이유는 다음과 같다: 첫째, 본 발명자들은 질병 과정에서 활성화될 수 있는, 특이성이 없는 보상 변화(compensatory changes), 즉 "노이즈(noise)"가 없는 초기의 전사체 차이를 기록한 점이다. 둘째, 본 발명자들은 프라이머의 차별적인 결합 선호도로 인하여 발생할 수 있는 증폭 치우침을 회피할 수 있었다는 점이다.
본 연구는 신규의 유용한 임상 바이오마커를 제공하는 것 이외에, 심부전증의 불량한 결과와 관련될 수 있는 유전자 발현 상의 개인적 차이를 통찰할 수 있도록 한다. 가장 주목한 것으로, 본 발명자는 심부전증 관리에 있어서 해결되지 않는 필요성, 즉 환자의 예후를 정확하게 측정할 수 있는지에 주목하였다. 예후 수치에서 두드러진 바이오마커들이 존재하나, 이러한 마커들을 매우 다양한 결과를 보이는 환자들을 실질적으로 구별할 수는 없다. 초기에 거의 동일한 특성을 보여, 동일한 치료를 받은 환자들도 상당히 다른 예후를 갖을 수 있다. 일부 환자들은 평균 5년 내에 심장 기능이 완전하게 회복되지만, 다른 환자들은 처음 2년 내에는 순환허탈(circulatory collapse)를 겪게되어, 기계식 순환보조구 또는 심장 이식과 같은 적극적인 치료적 개입이 필요로하는 경우도 있다.
45개의 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)을 포함하는 개발된 TBB는 시료의 표현형을 매우 높은 특이성(90%)을 갖고 예측할 수 있어, 특히 하나의 배제 검사(rule out test)로 사용되고, 추가적으로는 현행 표준 위험 측정법으로도 사용 가능한 점에서 그 유용성을 제시하고 있다. 또, TBB의 결과는 이식 리스트에 우선순위 점수 측정표에 포함될 수 있다. 임상 결과 및 실험 수치,즉 TBB를 조합하면 환자 관리에 보다 우수한 가이드라인을 제시할 것임이 확실하다.
본 TBB가 50세 이상의 환자 또는 15%보다 높은 EF를 갖는 환자에서 완벽하게 예후 하였음은 주목할 만하다. 이와 관련하여, 미래에는 연령 및 기능에 특이적인 마커가 고려될 것이다. 미래의 연구는 새로운 HF 발병에 대한 정확한 임상 수치의 확인 이 요구된다. 또 본 데이터에는 심부전증을 겪는 환자의 회복에 영향을 주는 분자 성분을 강력하게 나타난다. 46개의 차별적으로 발현된 유전자 중(표 2), 모든 유전자가 심부전증으로부터 회복된 환자에서 과발현되었다. 상기 환자에서 상당히 과발현된 유전자는 RNA 또는 DNA 결합 기능을 가졌으며, 이러한 유전자로는 예컨대 DNA 복제, 유전자 전사, 세포 주기 진행 및 세포사멸에서 주요 역할을 하는 RBMS1 및 WDR 33가 있다. 주로 조절 기능을 갖는 다양한 유전자로 즉, SNRP70; 핵 전사 인자 ELF3, CHES1, 및 RERE; NSUN4, 메틸전이효소 활성을 갖는 유전자, 및 전사 인자 HIF3A가 확인되었다. HIF3A는 글루코스 수송체, 혈관내피세포 성장인자 및 HIF1A와 HIF2A와 유사한 조혈세포 성장인자(erythropoietin)의 유도자로 논의되었다.
유전자 CUGBP2, LUC7-유사 및 SEMA3B는 신경근 발달, 축삭돌기 유도(axon guidance) 및 심장 수축의 조절과 관련된다(www.geneontology.org/). 그 기능과 매우 관련된 것으로 세포 접착 및 세포골격 내의 기관들을 안정화시키는 연결자인 obscurin(오스큐린)-유사 1 유전자가 있으며, 이는 성인 심근세포의 사이원반(intercalated discs)에 위치하고 있다. obscurin(오스큐린)-유사 1 유전자는 근원섬유(myofibrils) 및 근세포(myocyte) 세포 조직의 에셈블리에 책임이 있는 다기능 단백질인 obscurin(오스큐린)과 유사한 기능을 갖는 것으로 추측된다. 근절(sarcomere) 및 근형질세망(sarcoplasmic reticulum)의 연결이외에 티틴(titin) 및 앵키린(ankyrin)을 상호연결함으로써 수축에 필요한 배열을 제공한다.
또 본 발명자는 2개의 텔로머라제 활성 및 DNA 수선에 주요 조절자인 2개의 재생 유전자인 Rad50 및 SMG6를 발견하였다. Rad50는 Mrel l/Rad50/Nbsl (MRN) 복 합체의 일부로서 인간 텔로미어 말단에 3' G-돌출부(overhang)을 삽입함으로써 t-루프를 발생하는 기능적 단위이다. 상기 t-루프는 염색체 말단이 손상된 DNA로부터 인식되는 것을 막고, 텔로머라제 주형 및 게놈 안정성 보존을 제공한다. 텔로머라제 활성의 증가는 우수한 예후를 갖는 환자의 심장내의 퇴행성 과정 및 노화에 대하여 보호 효과를 설명할 것이다. Rad50가 줄기 세포의 생존능력에 중요하기 때문에 회복이 우수한 이유는 세포 재생 능력이 증가하기 때문이라는 것을 예측할 수 있다. 본 예후 TBB 내의 여러 유전자(SNRP 70kDa, obscurin(오스큐린) 유사 1 및 RNA 결합 모티프)는 199개의 인간 LVAD 시료의 연구에서 상기 유전자가 회복에 관련되어 있음을 발견한 것과 일치하였다. HP로부터 회복되는 과정에서 유전자 과발현을 연구하였던 Lowes 등(N Engl J Med 2002 May 2;346(18):1357-65; Lowes BD, et al. J Heart Lung Transplant 2006 May;25(5):579-88)이 게재한 결과와 중복되지는 않았다. 이는 치료가 원인인 유전자 변화와 임상 결과를 예측할 수 있는 유전자 발현의 특성사이에 중요한 차이가 있음을 나타내는 것일 수 있다. 본 연구의 일부 기술적 특징이 상기 언급을 정당화한다. 가장 앞선 연구들이 심근병증(종종 이식의 경우)의 진척 단계에서 얻어진 심장 조직을 사용한 반면에, 본 발명자들은 심부전증 초기 표시 상태의 환자로부터 채취한 생검을 조사하였다. 따라서, 얻어진 바이오마커는 가능한 임상학적 응용과 매우 관련되며, 질병을 야기하는 전사체의 초기의 병리학적 변화를 나타낼 수 있어, 치료 타겟으로 가능성이 있다. 또, 본 발명자들은 매우 효율적인 RNA 가공 기술을 사용함으로써 추가적인 증폭없이 마이크로어레이 분석이 가능하도록 하였으며, 그 결과 프라이머의 다른 결합 선호도로 인 한 치우침 가능성을 피할 수 있도록 하여, 후기 임상 용용과 관련한 시간 및 비용을 절감하도로 하였다.
심내막 심근생검이 위험성이 매우 낮은 과정이지만, 전사체 바이오마커를 얻는데 다른 방법들이 개발될 수 있다. 영향을 받는 조직 및 순환 혈액 세포는 높은 퍼센트의 공통 유전자를 공유한다는 증거가 있다. 간단한 정맥 천자(venous puncture)를 통해 PBMCs가 용이 접근가능성이 있기 때문에 임상 응용에 있어서 상기 세포들은 매우 매력적이다.
요약컨대, 본 연구자들은 심부전증의 예후에 있어서, 직접 임상 응용에 잠재성을 갖는 단일 심내막 심근생검으로부터 얻은 신규한 전사체 바이오마커를 개발하였다. 이러한 접근은 심장 치료하는데 개별화를 개선하고 심부전증이 나타나는 첫 해에 순환 허탈(circulatory collapse)에 대한 높은 위험에 있는 환자를 확인하는데 도움이 될 것이다. 우수한 임상 결과를 갖는 환자에 있어서 TBB 내의 텔로머라제 활성을 포함하는 신경근 발달, 혈관성장 및 DNA 수선 메카니즘에 관련된 유전자는 회복의 이점과 관련된 생물학적 개연성을 제공한다.
실시예 2: 전사체 바이오마커를 이용한 심부전증의 임상 결과 및 예후를 예측하기 위한 전사체 바이오마커
상기 바이오마커(유전자 표지)를 확인하기 위하여, 임상 과정 초기에 심장 생검을 겪고 있는 환자로부터 심장 시료를 수집하였다. 이후 상기 시료를 환자의 결과가 결정되는 5-10년 동안 생체저장소에 저장하였다.
특발성 심근병증을 겪고 있는 환자로부터 얻은 심내막심근 생검(endomyocardial biopsy) 시료를 1997년부터 2004년까지 존스 홉킨스 병원에서 수집한 후, 액체 질소에 저장하였다. 특발성 심근병증을 겪는 환자로부터 채취한 생검 시료를 상기 생체저장소로부터 선택하였다-18명의 환자는 우수한 예후를 갖고 있으며, 12명의 환자는 불향한 예후를 갖고 있었다. 불량한 예후는 진단 후 최초 2년동안 사망 또는 개입(intervention), 즉 좌-심실 보조 장치 부착 또는 심장 이식이 된 경우로 정의되며, 우수한 예후는 진단 후 5년 이상 생존하여 사건이 없는 것으로 정의되었다. 모든 실험은 MIAME (마이크로 어레이에 대한 최소 정보) 가이드라인을 따랐다. 조직을 Retsch사의 MM301 장치를 사용하여 균질화하였고, Invitrogen의 Micro-to-Midi 총 RNA 정제 시스템을 사용하여 총 RNA를 분리하였다. 총 RNA의 마이크로어레이 분석은 Affymetrix 사의 Human Genome U133 Plus 2.0 어레이를 사용하여 수행하였다. 모든 시료의 경우, RNA 분리 및 마이크로어레이 혼성화는 'Affymetrix Guideline for Assessing Sample and Array Quality'에 명시된 품질관리 지침을 모두 만족하였다. R의 로버스트다중분석평균(Robust Multiarray Average, RMA)를 이용하여 마이크로어레이 칩의 원 발현치(Raw expression values)를 미리 측정하였다. 불량한 예후 또는 우수한 예후 중 하나의 클래스(class)를 예측하기 위한 전사체 바이오마커를 발굴하기 위하여, R에서 수행된 마이크로어레이 예측분석(Prediction Analysis of Microarrays, PAM)을 사용하였다. PAM은 분류 예측을 위한 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid) 방법이다. 우수한 예후를 갖는 환자로부터 얻은 13개의 샘플 서브세트 및 불량한 예후를 갖는 환자로부터 채취한 7개의 시료에서 분류자(clissifier)를 트레이닝 한 후 결과(감시된 클러스터링), 90%의 민감도 및 88%의 특이성을 갖는 예측된 임상 결과인 9개의 유전자 클러스터가 발견하였다(도 6, 도 10, 표3, 표5). 동일한 9개의 유전자(비감시된 클러스터링)를 사용하여 발현의 평균 수준으로 표준화된 히트맵을 만들었다(도 8). 각각의 행(row)은 9개의 유전자 중 하나를 나타내며, 각각의 열(column)은 환자 시료를 나타낸다. 적색 세포는 전체 환자의 평균 유전자 발현에 대하여 대상 환자에서 상대적으로 낮게 발현된 유전자를 나타내며, 이에 반해 청색 세포는 과발현된 유전자를 나타낸다. 상부의 계통수(dendrogram)는 유전자 발현 프로파일의 유사성을 기초로 시료를 그룹으로 분할한 비감시 계층적 클러스터링 알고리즘이다. "우수한 예후 시료(good prognosis sample)" 및 "불량한 예후 시료(poor prognosis sample)"는 2개의 주요 클러스터로 나누어진다. 그러나 3개의 시료는 상기 접근에서 오분류되었다(민감도: 75%, 특이성: 100%). 오분류된 경우는 모두는 우수한 예후로 잘못 분류되었던 불량한 예후 환자들이었다. 오분류 오차를 최소화하기 위하여 유전자의 수를 43개까지 증가하였고(도 6, 도 7), PAM에서의 분류자를 동일한 트레이팅 세트(n=20)상에 개발하였다(60%의 민감도 및 100%의 특이성이 다시 예측되었음). 그러나, 올바른 분류 예측에 있어서 개인 개연성(individual probabilities)은 표 5에 나타난 바와 같이 소폭 개선되었다. 43개의 유전자를 포함하는 히트맵을 사용하면, PAM를 사용한 것 보다 높은 정확성을 보여 총 30개 중 오직 하나의 시료만이 오분류되었다(92% 민감도 및 100% 특이성). 모든 접근에서 하나의 시료(BP-10)가 오분류되었으며, 이는 분리물(outliner)인 것으로 예상된다. 유전자 세트가 모든 시료에서 매우 정확하게 실행된다는 점은 바이오마커 표지 결과를 강화한다. 9개의 유전자 전사체 바이오마커로 기여하는 모든 유전자 중에서, 오직 한개의 유전자만이 불량한 예후를 갖는 그룹에서 매우 상향조절되었다. 43개의 유전자 세트는 불량한 예후를 갖는 그룹에서 상향조절된 비확인 전사체를 추가적으로 하나 포함하였다(도 11). 표 6 및 표 7는 장기 생존한 환자 그룹에서 과발현된 9개 및 43개의 유전자 표지를 포함하고 있다. 43개의 유전자 바이오마커는 예컨대 미오신 해비 폴리펩티트 7(Myosin heavy polypeptide 7) 처럼 예후 관련성이 있는 유전자을 포함하고 있다. 그 돌연변이는 심각한 심부전증, 특히 가족성 확장 심근병증과 관련되어 있음이 나타났다. 상기 분리물(outliner)은 상당한 수의 조사 시료에 대하여 분류자를 트레이닝으로써 감소가 가능하다. 나타난 바이오마커는 다른 그룹 예컨대, 시애틀 심부전증 지표(Seattle Heart Failure Index.)에서 제시된 전통적인 위험 인자 및 스킴(scheme)에 비하여 예후 정확성이 매우 높았다.
[표 3]
Figure 112009074238614-PCT00003
테스트 세트(n=10)의 예측 결과: 9개의 유전자 표지를 사용하였다(표 3). 시료 표지는 아래에서 5번째 행을 시작으로 정확한 분류 표지 및 예상 분류가 열거되어 있다. 불량한 예후(BP) 시료는 분류 1로, 우수한 예후(GP)는 분류 2로 지정하였다. 8개의 시료가 정확하게 분류되었다(73% 내지 99%의 개연성). 오직 2개의 시료가 오분류되었다(90% 이상의 개연성을 갖음). 예측 개연성을 마지막 2 라인의 각각의 분류에 열거하였다.
[표 4]
Figure 112009074238614-PCT00004
테스트 세트(n=10)의 예측결과: 43개의 유전자 표지(표 4). 표의 설명은 표 6과 동일하다. 정확한 분류 개연성이 다소 증가하였다.
[표 5]
Figure 112009074238614-PCT00005
표 5는 PAM의 결과를 보여준다: 9개의 유전자 표지 및 43개의 유전자 표지에서 실시하였다. BP로 표지된 각각의 시료는 불량한 예후를 갖는 환자로부터 기인한것이며, GP로 표지된 각각의 시료는 우수한 예후를 갖는 환자로부터 기인한 것이다. 개발된 분류자를 이용한 각각의 분류에 대한 예측 개연성은 각각의 행에 열거되어 있다. 정확한 분류 개연성은 유전자의 수가 증가함에 따라 증가하였다.
[표 6]
Figure 112009074238614-PCT00006
표 6은 전체적으로 적용된 알고리즘 수행의 개괄도이다. 사용된 각각의 방법 은 100%의 특이성을 갖는 불량한 예후 결과를 예측할 수 있다. 그러나, 비감시된 클러스터링(heatmap)은 특히 분자 표지상의 유전자의 수가 9개에서 43개로 증가할 경우, 일반적으로 보다 높은 민감도가 예측되었고, 잘 실시되었다.
[표 7]
Figure 112009074238614-PCT00007
표 7은 우수한 예후를 갖는 환자의 상향 조절된 8개의 유전자를 보여준다: 제 1 열에는 9개의 유전자 바이오마커 중 상향조절된 전사체 모두에 대한 Affymetrix의 ID를 포함되어 있다. 오직 1개의 유전자, 즉 무스카린 아세틸콜닌 수용체 M3만이 하향 조절되었다. 생물학적 기능에 대한 주석은 유전자 온톨로지 웹사이트(G0)에서 얻었다.
[표 8]
Figure 112009074238614-PCT00008
표 8: 우수한 예후를 갖는 환자에서의 41개 상향조절된 유전자: 43개의 유전 자 바이오마커 중 41개의 전사체가 우수한 임상 결과를 갖는 그룹 내에서 상향조절되었다. 오직 2개의 유전자-무스카린 아세틸콜닌 수용체 M3만이 상기 9개의 유전자 분자 표지에서와 같이 하향조절되었었다(전사체 기능은 알려지지 않았음).
다른 구현예
본 발명은 지금까지 상세한 설명과 연결하여 기술하였으나, 상기 실시예는 예시적인 것일 뿐, 본 발명의 범위를 한정하는 것은 아니다. 다른 양태, 이점 및 변형들이 하기의 청구항 범위 내에 있다.

Claims (51)

  1. 다음의 유전자 바이오마커: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at (작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 분자 조성물.
  2. 제 1항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 검출은 심부전증의 임상 예후의 예측인 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  3. 제 1항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전 자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100% 또는 그 이상 과-발현 (over-expressed)된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  4. 제 1항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 50% 과 발현된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  5. 제 1항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 75% 과 발현된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  6. 제 1항에 있어서,
    적어도 10개의 유전자 서열이 한 환자의 개별 위험 평가(individual risk assessment)에서 심부전증 발병에 대한 예후인 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  7. 제 1항에 있어서,
    복수의 유전자 서열이 한 환자의 개별 위험 평가(individual risk assessment)에서 심부전증 발병에 대한 예후인 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  8. 다음의 핵산서열/생체분자: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 심부전증 예후 예측용 바이오마커(TBB).
  9. 제 8항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100% 또는 그 이상 과-발현 (over-expressed)된 것을 특징으로 하는 바이오마커.
  10. 제 8항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 50% 과-발현된 것을 특징으로 하는 바이오마커.
  11. 제 8항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 75% 과 발현된 것을 특징으로 하는 바이오마커.
  12. 다음의 유전자 서열: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물 각각에 대하여 특이적인 항체 또는 앱타머.
  13. 다음의 핵산 서열: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용 체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 바이오칩.
  14. 제 13항에 있어서,
    상기 바이오칩은 적어도 10개의 핵산 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 바이오칩.
  15. 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자 표지를 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포 함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단 일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물;
    각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계;
    각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및,
    특발성 심근병증(idiopathic cardiomyopathy) 및 심근염(myocarditis )을 식별하는 단계를 포함하는 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법.
  16. 제 15항에 있어서,
    상기 바이오마커는 환자로부터 얻어진 생물학적 시료로부터 핵산을 분리함으로써 확인하는 것을 특징으로 하는 방법.
  17. 제 16항에 있어서,
    상기 핵산을 바이오 칩에 혼성화하고, 마이크로어레이 혼성화로부터 얻은 원 강도 값(raw intensity vlaues)을 표준화(normalized)하며, 유전자 발현의 표현형 특이성(phenotype specificity) 차이를 확인하는 것을 특징으로 하는 방법.
  18. 제 17항에 있어서,
    상기 유전자 발현의 차이는 마이크로어레이의 유의(significance) 분석을 통해 확인하고, 상기 유의는 q-값으로 정의되고, 다중 비교(multiple comparisions)는 보정된 p-값을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  19. 제 17항에 있어서,
    상기 표현형 특이성(phenotype specificity)은 트레이닝 세트(training set) 내에 얻어진 데이터의 약 66%가 포함되도록 분류자(classifier)를 만들고, 얻어진 데이터의 33%가 포함된 테스트 세트(test set) 내에서 후속 검증(subsequent validation)을 하며, 배분(classification)을 위하여 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)을 한정함으로써 확인하는 것을 특징으로 하는 방법.
  20. 제 19항에 있어서,
    상기 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)은 트레이닝 세트 내에 약 10-분할 교차 검증(10-fold cross validation)을 밸런싱하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  21. 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 유전자 서열을 포함하는 조성 물을 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용 체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물;
    각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계;
    각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및
    심장 질환의 예후 결과 또는 심부전증으로부터의 회복을 예측하는 단계를 포함하는 심장 질환의 예후 결과 또는 심부전증으로부터의 회복을 예측하는 방법.
  22. 제 21항에 있어서,
    상기 유전자 서열은 보통의 하나의 세포 또는 환자와 비교하여 적어도 약 20% 과-발현된 것을 특징으로 하는 방법.
  23. 다음의 유전자 서열을 확인하는 단계: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물;
    각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계;
    각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및
    고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계를 포함하는 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법.
  24. 다음의 유전자 서열: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 분자 조성물.
  25. 제 24항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 검출은 심부전증의 임상 진단 결과 및 예후의 예측인 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  26. 제 24항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100% 또는 그 이상 과-발현 (over-expressed)된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  27. 제 24항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에 서의 발현 수준과 비교하여 약 50% 과 발현된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  28. 제 24항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 75% 과 발현된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  29. 제 24항에 있어서,
    적어도 9개의 유전자 서열이 한 환자의 개별 위험 평가에서 심부전증에 대한 임상 진단 결과 및 예후의 예측인 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  30. 제 24항에 있어서,
    복수의 유전자 서열이 한 환자의 개별 위험 평가에서 심부전증의 발병에 대한 예후인 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  31. 다음의 핵산서열/생체분자: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 심부전증의 임상 진단 결과의 예측 및 예후용 바이오마커(TBB).
  32. 제 31항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 검출은 심부전증의 임상 진단 결과 및 예후의 예측인 것을 특징으로 하는 바이오마커.
  33. 제 31항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 적어도 1% 내지 100% 또는 그 이상 과-발현 (over-expressed)된 것을 특징으로 하는 바이오마커.
  34. 제 31항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에 서의 발현 수준과 비교하여 약 50% 과 발현된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  35. 제 31항에 있어서,
    하나의 세포 또는 환자 내에서 상기 유전자 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물의 발현 수준은 보통의 하나의 세포 또는 환자 내에서의 발현 수준과 비교하여 약 75% 과 발현된 것을 특징으로 하는 분자 조성물.
  36. 다음의 유전자 서열: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브 유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물 각각에 특이적인 항체 또는 앱타머.
  37. 다음의 핵산 서열: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26),
    상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 바이오칩.
  38. 제 37항에 있어서,
    상기 바이오칩은 적어도 10개의 핵산 서열, 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물을 포함하는 것을 특징으로 하는 바이오칩.
  39. 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 전사체 기초 바이오마커(TBB)를 포함하는 분자 표지를 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상 호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물;
    각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계;
    각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및
    특발성 심근병증(idiopathic cardiomyopathy) 및 심근염(myocarditis)을 식별하는 단계를 포함하는 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법.
  40. 제 39항에 있어서,
    상기 바이오마커는 환자로부터 얻어진 생물학적 시료로부터 핵산을 분리함으로써 확인하는 것을 특징으로 하는 방법.
  41. 제 40항에 있어서,
    상기 핵산을 바이오 칩에 혼성화하고, 마이크로어레이 혼성화로부터 얻은 원 강도 값(raw intensity vlaues)을 표준화(normalized)하며, 유전자 발현의 표현형 특이성(phenotype specificity) 차이를 확인하는 것을 특징으로 하는 방법.
  42. 제 41항에 있어서,
    상기 유전자 발현의 차이는 마이크로어레이의 유의(significance) 분석을 통해 확인하고, 상기 유의는 q-값으로 정의되고, 다중 비교(multiple comparisions)는 보정된 p-값을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  43. 제 42항에 있어서,
    상기 표현형 특이성(phenotype specificity)은 트레이닝 세트(training set) 내에 얻어진 데이터의 약 66%가 포함되도록 분류자(classifier)를 만들고, 얻어진 데이터의 33%가 포함된 테스트 세트(test set) 내에서 후속 검증(subsequent validation)을 하며, 배분(classification)을 위하여 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)을 한정함으로써 확인하는 것을 특징으로 하는 방법.
  44. 제 43항에 있어서,
    상기 표현형 특이성 최근접 수축 중심(nearest shrunken centroid)은 트레이닝 세트 내에 약 10-분할 교차 검증(10-fold cross validation)을 밸런싱하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  45. 환자로부터 채취한 생물학적 시료에서 다음의 유전자 서열을 포함하는 조성물을 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리 보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26), 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물;
    각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(propability of identification)을 산정(assess)하는 단계;
    각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및
    심장 질환 또는 및 심근염을 식별하는 단계를 포함하는 심장 질환의 예후 결과 또는 심부전증으로부터의 회복을 예측하는 방법.
  46. 제 45항에 있어서,
    상기 유전자 서열은 보통의 하나의 세포 또는 환자와 비교하여 적어도 약 20% 과-발현된 것을 특징으로 하는 방법.
  47. 다음의 유전자 서열을 확인하는 단계: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼 레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물;
    각각의 시료에서 각각의 성분 유전자(component gene)의 확인 가능성(probability of identification)을 산정하는 단계;
    각각을 하나의 클래스(class)로 배분하는 단계; 및
    고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 단계를 포함하는 고위험 심장질환 상태에 있는 환자 및 우수한 회복 예후를 갖는 환자를 확인 및 식별하는 방법.
  48. 다음의 핵산 서열 또는 그 유전자 산물 중 하나 이상을 발현하는 세포: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체 크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적).
  49. 다음의 핵산 산물의 하나 이상을 발현하는 벡터: 232669_at (저산소증 유동성 인자 3, 알파 서브유닛), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10), 243482_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 226210_s_at (모계 발현 3), 232159_at (상피세포 성장 인자 수용체 경로 기질 15-유사 1), 233026_s_at (PDZ 도메인 포함), 211996_s_at (KIAA0220-유사 단백질 가상 유전자 LOC 283846), 243774_at (뮤신 20, 세포 표면과 연관), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임), 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26), 244208_at (체크포인트 억제인자 1), 239984_at (나트륨 채널, 전압-개폐, 유형 VII, 알파), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 214869_at (아포리포단백질 L, 6), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복), 235887_at (Smg-6 유사체, 넌센스 매개 mRNA 분해 인자 (C. elegans)), 229957_at (막관통 단백질 91), 223546_x_at (LUC7L-유사 (S. cerevisiae)), 239567_at (Rho GTP아제 활성 단백질10), 242194_at (쿨린 4A), 1558525_at (가상 단백질 LOC283901), 227178_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열), 224260_at (CDNA 클론), 238643_at (신경아세포종, 종양발생 억제 1), 232253_at (RAD50 유사체 (S. cerevisiae)), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1), 233197_at (켈크-유사 9 (초파리)), 244512_at (XP_0010813421에 매우 유사한 전사 로커스), 233443_at (가 상 단백질 LOC389362), 231275_at (FLJ42875 단백질), 226419_s_at (가상 단백질 LOC64546), 201221_s_at 작은 핵 리보뉴클레오단백질 70kDa 폴리펩티드), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 패밀리 맴버 14), 226571_s_at (단백질 타이로산 포스파타아제 수용체 유형, S), 220728_at (EST), 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인), 213946_s_at obscurin(오스큐린)-유사 1, 티틴 이소폼 N2-B와 유사), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1), 223147_s_at (WD 반복 도메인 33), 213773_x_at (NOL/NOP2/Sun 도메인 패밀리, 맴버 5), 1560049_at CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2), 243974_at (CDNA 클론 IMAGE: 4821815), 201510_at E74-유사 인자 3 (ets 도메인 전사 인자, 상피 특이적) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
  50. 다음의 핵산 서열 또는 그 산물 중 하나 이상을 발현하는 세포: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
  51. 다음의 핵산 서열 중 하나 이상을 발현하는 벡터: 1558458_at (가상 LOC401320), 1560049_at (CUG 트리플렛 반복, RNA 결합 단백질 2, CUGBP2), 201394_s_at (RNA 결합 모티프 단백질 5, RBM5), 201655_s_at (헤파란 설페이트 프로테오글리칸 2(퍼레칸), HSPG2), 202379_s_at (자연 살해(natural killer)-종양 인지 서열, NKTR), 202808_at, 203071_at (sema 도메인, 면역글로불린 도메인 (Ig), 짧은 염기성 도메인, 분비, (세마포린) 3B, SEMA3B), 203748_x_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 203981_s_at (ATP-결합 카제트, 서브-패밀리 D (ALD), 맴버 4, ABCD4), 204737_s_at (미오신, 중쇄 6, 미오신, 중쇄 7, MYH6 /// MYH7), 204978_at (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린-풍부 16, SFRS16), 206209_s_at (탄산탈수효소 IV, CA4), 207541_s_at (엑소좀 성분 10, EXOSC10), 207798_s_at (아탁신 2-유사, ATXN2L), 208978_at (시스테인-풍부 단백질 2, CRIP2), 209354_at (종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리, 맴버 14 TNFRSF14), 210628_x_at (잠재성 전환성장인자 베타 결합 단백질 4, LTBP4), 211909_x_at (프로스타글라딘 E 수용체 3 (서브유형 EP3), PTGER3), 211996_at (KIAA0220-유사 단백질, 핵공복합체 (LOC23117), 212487_at (G 패치 도메인 포함 8, GPATCH8), 213946_s_at (obscurin(오스큐린)-유사 1,OBSL1), 214951_at (용질 캐리어 패밀리 26, 맴버 10, SLC26A10), 220219_s_at (루신 풍부 반복 함유 37A, LRRC37A), 221071_at, 221780_s_at (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩티드 27DDX27), 221806_s_at (SET 도메인 함유 5, SETD5), 221833_at (Lon 펩티다아제 2, 퍼옥시좀, LONP2), 223546_x_at (LUC7-유사 (S. cerevisiae), LUC7L), 224260_at (CDNA 클론 IMAGE:4478733), 225562_at (AS p21 단백질 활성인자 3, RASA3), 226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (클론 DKFZp762N156에 기인함), 227968_at (파킨슨병 7 도메인 포함 1, PDDC1), 228198_s_at (미토콘드리아 리보솜 단백질 S9, MRPS9), 229830_at (전사 로커스), 230683_at (CDNA: FLJ20892 fis, 클론 ADKA03430), 238185_at (RNA 결합 모티프, 단일 가닥 상호작용 단백질 1, RBMS1), 241597_at (아르기닌-글루탐산 디펩티드 (RE) 반복, RERE), 242551_at (염색체 18 오픈 리딩 프레임1, C18orf1), 244208_at (체크포인트 억제인자 1, CHES1), 244494_at (징크 핑거, DHHC-유형 함유 1, ZDHHC1), 및 244548_at (Rho GTP아제 활성 단백질26, ARHGAP26) 상보서열, 절편, 대립유전자, 변이체 및 그 유전자 산물.
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