CN107988373A - 用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、试剂盒与应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物，该生物标志物为DHHC3。本发明还公开了一种用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒，其至少包括针对DHHC3基因的特异性引物。本发明还公开了一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用。DHHC3在对免疫检查点阻断治疗有效的患者癌组织中含量增加，可以对患者是否适合使用该治疗方法进行初步确定。该标志物可以在癌症组织样本中进行检测，用以预测施用免疫检查点阻断治疗的临床效果。利用DHHC3生物标志物进行癌症免疫检查点阻断治疗效果的预测，有助于判断肿瘤患者是否能够从免疫检查点阻断疗法中获益，具有广阔的应用前景。

Description

用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、试剂盒与应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、试剂盒与应用。
背景技术
肿瘤免疫疗法是肿瘤治疗领域中最具前景的研究方向之一，其中免疫检查点阻断疗法取得了历史性的疗效，在一部分患者中达到了显著的抑制肿瘤生长和清除肿瘤的作用。这种疗法基于阻断PD-1/PD-L1免疫检查点通路的原理，采用PD-1或PD-L1的特异性抗体注射入肿瘤患者体内，使得肿瘤不再具备逃避免疫系统攻击的能力，从而促进机体清除肿瘤细胞。从2014年PD-1抗体被美国食品药品监督管理局批准用于治疗黑色素瘤以来，还有非小细胞型肺癌等其他肿瘤被列入适用范围。
由于只有一部分患者对免疫检查点阻断疗法比较敏感，所以选择适合该疗法的患者对于治疗的成败至关重要。目前比较常用的疗效预测因子包括PD-L1的表达量、错配基因修复缺失(MMR)、微卫星不稳定(MSI)、突变负荷等。首先，多项临床研究表明PD-L1表达量升高的肿瘤患者采用免疫检查点阻断疗法后获益更多。另外，如果在直肠癌中出现错配基因修复缺失(MMR)以及微卫星不稳定(MSI)的患者，使用PD-1/L1抑制剂的疗效更好。肿瘤突变负荷也是疗效相关的因素，通常检测到肿瘤突变负荷大于20即为高负荷状态，那么这一类患者接受PD-1/L1抑制剂会出现相对较好的疗效。
值得关注的是，上述预测免疫检查点阻断疗法效果的方法准确率仍然不理想，一些标志物例如突微卫星不稳定和变负荷的检测成本相对比较高。因此需要发准确率更高、使用更加简便、成本更低、更容易推广应用的标志物，以促进免疫检查点阻断疗法以及肿瘤免疫疗法的治疗效果。
棕榈酰化修饰蛋白质酰基转移酶3(DHHC3)是一种参与蛋白质翻译后修饰过程的酶，使蛋白质的半胱氨酸残基发生棕榈酰化修饰，并影响其与细胞膜的结合。近期研究提示DHHC3的底物可能包括整合素B4亚型(Integrinβ4)、神经软骨蛋白(neurochondrin)、突触小体相关蛋白(snap25)等，但是目前尚没有关于DHHC3参与PD-1/PD-L1免疫检查点信号通路的调控的报道，相应地也没有关于DHHC3可能用于预测癌症免疫检查点阻断疗法或其他肿瘤免疫疗法的效果的报道。
发明内容
有鉴于现有技术的上述缺陷，本发明提供了一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、一种用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒以及一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用。具体的技术方案如下：
本发明在第一方面提供了一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物，棕榈酰化修饰蛋白质酰基转移酶3，即DHHC3。
本发明在第二方面提供了一种用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒，其至少包括针对DHHC3基因的特异性引物。
在一个较优实施例中，上述针对DHHC3基因的特异性引物的上游引物如SEQ IDNO:1所示，下游引物如SEQ ID NO:2所示。
进一步地，上述试剂盒还包括用于标准化的内参肌动蛋白基因的引物。
在一个较优实施例中，上述内参肌动蛋白基因的引物的上游引物如SEQ ID NO:3所示，下游引物如SEQ ID NO:4所示。
本发明在第三方面提供了一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用，包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，测量受试者的肿瘤组织样品中DHHC3标志物的含量；
步骤2、将步骤1中的测量值与预设的界定值进行比较，若该测量值高于该界定值，则预测该免疫检查点阻断治疗有效。
优选地，上述应用采用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行，包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，对受试者的肿瘤组织样品进行RNA抽提和逆转录，采用定量聚合酶链反应分别扩增DHHC3基因和内参肌动蛋白基因，将产物定量和均一化后，进行数据分析；
步骤2、计算DHHC3基因的Ct值与内参肌动蛋白基因的Ct值之差△Ct，通过△Ct计算DHHC3的相对表达量为0.5^(△Ct)；
Ct值的含义是：每个反应管内的荧光信号到达设定的阈值时所经历的循环数；聚合酶链反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号，荧光阈值的缺省设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍；
步骤3、采用界定值(cut-off)进行分类的方法，将步骤2中的DHHC3的相对表达量与界定值进行比较，若DHHC3的相对表达量高于该界定值，则预测免疫检查点阻断治疗有效。
更优选地，上述界定值为0.01327(对应△Ct为6.24)，由前述步骤得出的DHHC3相对表达量高于0.01327的肿瘤患者，预测对免疫检查点阻断治疗有效；DHHC相对表达量低于0.01327的患者，预测对肿瘤免疫检查点阻断治疗效果不良。
本发明还提供了一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用，包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，测量受试者的肿瘤组织样品中DHHC3标志物的含量；
步骤2、将步骤1中的测量值与对应患者人群的测量中间值进行比较，若该测量值高于该测量中间值，则预测该免疫检查点阻断治疗有效。
优选地，上述应用采用逆转录定量聚合酶链反应进行，包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，对受试者的肿瘤组织样品进行RNA抽提和逆转录，采用定量聚合酶链反应分别扩增DHHC3基因和内参肌动蛋白基因，将产物定量和均一化后，进行数据分析；
步骤2、计算DHHC3基因的Ct值与内参肌动蛋白基因的Ct值之差△Ct，通过△Ct计算DHHC3的相对表达量为0.5^(△Ct)；
步骤3、采用群体测定值分布比较法，将步骤2中的DHHC3的相对表达量与对应患者人群的测量中间值进行比较，若DHHC3的相对表达量高于测量中间值，则预测免疫检查点阻断治疗有效，低于中间值的患者对肿瘤免疫检查点阻断治疗效果不良。
本发明提供的技术方案可应用患有实体肿瘤的癌症患者，包括黑色素瘤、肝癌、胃癌、结直肠癌、小细胞肺癌和胶质瘤患者。
本发明所采用的免疫检查点阻断疗法是基于阻断PD-1/PD-L1免疫检查点通路的治疗方法，主要采用PD-1的特异性抗体药物或PD-L1的特异性抗体药物。
本发明基于以往未认识到的事实，即癌症组织样本中DHHC3的表达量可以用于预测免疫检查点阻断治疗的效果。更具体地，本发明第一次指出单独使用癌症组织样本中DHHC3的相对含量可预测癌症免疫检查点阻断治疗的效果。基于以DHHC3生物标志物预测免疫检查点阻断治疗的效果所具有的优点包括准确率高、实施较为方便、成本较低，具有广阔的应用前景。
此外，检测仅需基本的RT-qPCR技术，操作相对简单，成本较低，具有检验科的医疗机构即可操作，适于普及和推广。利用DHHC3生物标志物进行癌症免疫检查点阻断治疗效果的预测，有助于判断肿瘤患者是否能够从免疫检查点阻断疗法中获益，因此具有广阔的应用前景。
应理解，在本发明范围内中，本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合，从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅，在此不再一一累述。所以凡是不脱离本发明所公开的原理下完成的等效或修改，都落入本发明保护的范围。
以下将结合附图对本发明作进一步说明，以充分说明本发明的目的、技术特征和技术效果。
附图说明
图1示出了实施例1的实验结果图：图1a显示癌细胞中利用不同的小干扰RNA(siRNA)敲低DHHC3的表达后，利用Western Blot和PD-L1特异性抗体检测到PD-L1蛋白质表达的显著下降；图1b显示RT-qPCR方法检测到DHHC3基因的表达被有效地敲低；图1c显示在癌细胞中过表达DHHC3后PD-L1的表达量显著升高；图1d为免疫共沉淀实验表明DHHC3和PD-L1蛋白质之间存在相互作用。
图2为实施例2的实验结果图：显示了RT-qPCR检测到的DHHC3含量在治疗效果不同的肿瘤组织内存在显著的差异；双侧t检验的显著性P值如图所示。
图3为实施例3的实验结果图：显示了利用DHHC3生物标志物的含量对肿瘤患者治疗的有效性预测的受试者工作特征曲线(ROC曲线)；曲线下面积、标准差和致信区间如图所示；虚线标记位置表示：当界定值为0.01327时，预测的敏感性为0.7143，特异性为0.7143。
图4为实施例4的实验结果图：DHHC3标志物对于黑色素瘤患者独立队列1的免疫检查点阻断治疗效果预测作用；图4a显示了RT-qPCR检测到的DHHC3含量在治疗效果不同的黑色素瘤组织内存在显著的差异；图4b显示了利用DHHC3生物标志物的含量对黑色素瘤患者治疗的有效性(治疗应答或治疗有效、疾病进展或治疗无效)预测的受试者工作特征曲线(ROC曲线)；曲线下面积、标准差和致信区间如图所示；图4c显示了DHHC3生物标志物的含量对结直肠癌患者治疗后的生存期进行分类和预测的效果；肿瘤组织内DHHC3含量升高的结直肠癌患者，在接受免疫检查点阻断治疗后生存期显著长于DHHC3含量降低的患者；统计检验结果如图所示。
图5为实施例5的实验结果图：DHHC3标志物对于黑色素瘤患者独立队列2的免疫检查点阻断治疗效果预测作用；图5a显示了RT-qPCR检测到的DHHC3含量在治疗效果不同的黑色素瘤组织内存在显著的差异；图5b显示了利用DHHC3生物标志物的含量对黑色素瘤患者治疗的有效性(治疗应答或治疗有效、疾病进展或治疗无效)预测的受试者工作特征曲线(ROC曲线)；曲线下面积、标准差和致信区间如图所示；图5c显示了DHHC3生物标志物的含量对结直肠癌患者治疗后的生存期进行分类和预测的效果；肿瘤组织内DHHC3含量升高的结直肠癌患者，在接受免疫检查点阻断治疗后生存期显著长于DHHC3含量降低的患者；统计检验结果如图所示。
具体实施方式
在描述本发明之前，应当理解本发明不限于所述的具体方法和实验条件，因为这类方法和条件可以变动。还应当理解本文所用的术语其目的仅在于描述具体实施方案，并且不意图是限制性的，本发明的范围将仅由所附的权利要求书限制。
实施例1
证明DHHC3对免疫检查点通路中的关键蛋白PD-L1具有显著的调控作用。在人类肿瘤细胞RKO、HCT116D中证实DHHC3对于PD-L1蛋白质的调控作用。由于PD-L1是免疫检查点通路的关键蛋功能白质，因此本实施例中的研究提示DHHC3对于免疫检查点PD-1/PD-L1通路的影响。
实验方法：利用针对DHHC3的特异性小干扰RNA(siRNA:序列如SEQ ID NO:5-7所示)分别对RKO细胞中的DHHC3表达进行干扰，同时采用随机序列的小干扰RNA作为阴性对照。在转染48小时后，收集细胞的裂解液并提取总蛋白，利用Western Blot免疫印迹方法和PD-L1特异性抗体，检测对PD-L1蛋白质表达的影响。同时利用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)验证DHHC3表达干扰的效果。此外，采用免疫共沉淀方法研究DHHC3蛋白质与PD-L1的相互作用。
实验结果：如图1a所示，肿瘤细胞内DHHC3的表达受到干扰后，PD-L1蛋白质的表达量显著下降。DHHC3的有效降低如图1b所示。过表达DHHC3后，PD-L1蛋白质的表达显著升高，如图1c所示。免疫共沉淀实验证实DHHC3与PD-L1存在相互作用。
实施例2
证明DHHC3的含量在免疫检查点阻断治疗有效的肿瘤患者含量显著升高。由于现有的免疫检查点阻断疗法的预测标志物(如PD-L1含量、微卫星不稳定性等)生物标志物在不同的肿瘤中具有通用性，所以在该类生物标志物研究中通常整合不同的肿瘤类型进行分析。
实验方法：整合的肿瘤患者队列包括来自仁济医院等单位的28例晚期实体肿瘤患者的组织标本(包括14例肺癌、6例黑色素瘤、2例肝癌、2例结直肠癌、2例食管癌、2例胶质瘤)，采用本发明内容所述的技术方案检测DHHC3的相对含量，并比较不同治疗效果的患者肿瘤组织中DHHC3含量的统计学差异。
实验结果：如图2所示，DHHC3的相对含量在免疫检查点阻断治疗有效的肿瘤组织中显著升高(P＝0.0023)。提示DHHC3的相对含量可能作为标志物用于预测肿瘤的免疫检查点阻断治疗效果。
实施例3
利用DHHC3标志物对肿瘤患者施用免疫检查点阻断治疗后的效果进行预测。针对上述肿瘤患者队列的标本进行RNA提取，采用本发明所述的技术方案测定DHHC3的相对含量，采用此标志物进行治疗效果的预测，高于界定值者预测为治疗有效，低于界定值预测为治疗无效。在不同的cut-off值(界定值)条件下，预测的特异性和敏感性对应生成受试者工作特征曲线(ROC曲线)，确定曲线下面积(AUC)，用以代表该预测方法的准确性。ROC曲线如图3所示，该曲线下面积AUC为0.8163，属于预测准确率较高的情况。当界定值为0.01327时，预测的敏感性为0.7143，特异性为0.7143。该条件为本发明所述的试剂盒所采用的预测界定值。
实施例4
利用一组独立数据(验证队列1)，验证DHHC3对肿瘤瘤患者接受免疫检查点阻断治疗效果的准确性。
实验方法：随着目前癌症基因组学数据的日益增加，可以从高通量的基因检测结果中提取DHHC3相对表达量数据，并进行患者接受免疫检查点阻断治疗效果的比较，验证其作为生物标志物的价值。本应用实例采取先前发表并可公开获取的高通量RNA测序结果(Riaz et al.,2017,Cell 171,934–949)，利用Bioconductor 3.2软件包从RNA测序数据中提取DHHC3的表达量数据，并进行全局标准化，从而得到29例可用于进一步分析的DHHC3在黑色素瘤组织中的相对含量信息，并对治疗有效和无效的患者中DHHC3表达量进行比较。进一步，利用DHHC3标志物预测治疗反应性。将DHHC3的相对表达量与该患者群体的中间值相比较，高于中间值的预测为对治疗有效，低于中间值者预测为对治疗无效。最后，比较DHHC3表达高于或低于中间值的患者在治疗后的生存期，对治疗的预后进行预测和分类。
实验结果：如图4a所示，在接受免疫检查点阻断疗法后有效的患者中，DHHC3的表达量显著高于治疗后无效的患者(P＝0.002)。表达升高的患者，接受免疫检查点阻断治疗后生存期显著长于DHHC3表达降低的患者(P＝0.009)，提示DHHC3表达升高的患者可以从免疫检查点阻断治疗中获益。如图4b所示，用DHHC3作为标志物预测肿瘤患者接受免疫检查点阻断治疗的效果，预测的特异性和敏感性对应生成受试者工作特征曲线(ROC曲线)下面积为0.8316。如图4c所示，用DHHC3的相对含量作为标志物对患者治疗后的生存期进行分类和预测，具有显著的预测效果，DHHC3含量升高的患者治疗后生存期显著高于DHHC3含量降低的患者，P＝0.009。
实施例5
利用另外一组独立数据(验证队列2)，验证DHHC3对肿瘤瘤患者接受免疫检查点阻断治疗效果的准确性。
实验方法：为了进一步验证DHHC3作为生物标志物预测肿瘤患者接受免疫检查点阻断治疗的效果，本应用实例从Gene Expression Omnibus数据库获取高通量RNA测序结果(GSE78220)，利用Bioconductor 3.2软件包从RNA测序数据中提取DHHC3的表达量数据，并进行全局标准化，从而得到22例可用于进一步分析的DHHC3在黑色素瘤组织中的相对含量信息，并对治疗有效和无效的患者中DHHC3表达量进行比较。进一步，利用DHHC3标志物预测治疗反应性。将DHHC3的相对表达量与该患者群体的中间值相比较，高于中间值的预测为对治疗有效，低于中间值者预测为对治疗无效。最后，比较DHHC3表达高于或低于中间值的患者在治疗后的生存期，对治疗的预后进行预测和分类。
实验结果：如图5a所示，在接受免疫检查点阻断疗法后有效的患者中，DHHC3的表达量显著高于治疗后无效的患者(P＝0.009)。如图4b所示，用DHHC3作为标志物预测肿瘤患者接受免疫检查点阻断治疗的效果，预测的特异性和敏感性对应生成受试者工作特征曲线(ROC曲线)下面积为0.8400。如图4c所示，用DHHC3的相对含量作为标志物对患者治疗后的生存期进行分类和预测，具有显著的预测效果，DHHC3含量升高的患者治疗后生存期显著高于DHHC3含量降低的患者，P＝0.037。提示DHHC3表达升高的患者可以从免疫检查点阻断治疗中获益。
通过以上实施例，发明人发现DHHC3在癌细胞中显著促进PD-L1蛋白质的表达量，并且DHHC3与PD-L1蛋白质发生直接结合，这提示DHHC3在肿瘤中的含量可能对PD-1/PD-L1免疫检查点信号通路具有影响。进一步地，通过分析28例晚期实体肿瘤中DHHC3的含量以及施用免疫检查点阻断疗法之后的效果，发现DHHC3在实体肿瘤组织中含量升高可以用于预测免疫检查点阻断疗法的有效性。利用另外的两组独立数据进行验证DHHC3标志物的准确性，证明DHHC3含量升高的肿瘤患者在施用免疫检查点阻断疗法后有效率更高、生存期更长。
本发明公开的检测方法通过提取肿瘤组织中的RNA进行逆转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测肿瘤组织中DHHC3的含量，并以该指标为基础进行肿瘤免疫检查点阻断治疗效果的预测。本发明具有预测准确、实施方便、成本较低的特点，具有广阔的应用前景。
以上详细描述了本发明的较佳具体实施例。应当理解，本领域的普通技术无需创造性劳动就可以根据本发明的构思作出诸多修改和变化。因此，凡本技术领域中技术人员依本发明的构思在现有技术的基础上通过逻辑分析、推理或者有限的实验可以得到的技术方案，皆应在由权利要求书所确定的保护范围内。
序列表
<110> 上海交通大学医学院附属仁济医院
<120> 用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、试剂盒与应用
<130> 2018
<160> 7
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 1
ccacttccga aacattgagc g 21
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 2
ccacagccgt cacggataaa 20
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 3
catgtacgtt gctatccagg c 21
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 4
ctccttaatg tcacgcacga t 21
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 5
cguucucaug aauguuuaat t 21
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 6
tgagacggga atagaacaat t 21
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 7
caucgcgaga guuuacaguu g 21

Claims (10)

1.一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物为DHHC3。
2.一种用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒至少包括针对DHHC3基因的特异性引物。
3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述针对DHHC3基因的特异性引物的上游引物如SEQIDNO:1所示，下游引物如SEQIDNO:2所示。
4.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括用于标准化的内参肌动蛋白基因的引物。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述内参肌动蛋白基因的引物的上游引物如SEQIDNO:3所示，下游引物如SEQIDNO:4所示。
6.一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用，其特征在于，所述应用包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，测量受试者的肿瘤组织样品中DHHC3标志物的含量；
步骤2、将步骤1中的测量值与预设的界定值进行比较，若所述测量值高于所述界定值，则预测所述免疫检查点阻断治疗有效。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述应用采用逆转录定量聚合酶链反应进行，包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，对所述受试者的所述肿瘤组织样品进行RNA抽提和逆转录，采用定量聚合酶链反应分别扩增DHHC3基因和内参肌动蛋白基因，将产物定量和均一化后，进行数据分析；
步骤2、计算所述DHHC3基因的Ct值与所述内参肌动蛋白基因的Ct值之差△Ct，通过△Ct计算DHHC3的相对表达量为0.5^(△Ct)；
步骤3、采用界定值进行分类的方法，将步骤2中的所述DHHC3的相对表达量与界定值进行比较，若所述DHHC3的相对表达量高于所述界定值，则预测所述免疫检查点阻断治疗有效。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述界定值为0.01327。
9.一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用，其特征在于，所述应用包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，测量受试者的肿瘤组织样品中DHHC3标志物的含量；
步骤2、将步骤1中的测量值与对应患者人群的测量中间值进行比较，若所述测量值高于所述测量中间值，则预测所述免疫检查点阻断治疗有效。
10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，所述应用采用逆转录定量聚合酶链反应进行，包括以下步骤：
步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，对所述受试者的所述肿瘤组织样品进行RNA抽提和逆转录，采用定量聚合酶链反应分别扩增DHHC3基因和内参肌动蛋白基因，将产物定量和均一化后，进行数据分析；
步骤2、计算所述DHHC3基因的Ct值与所述内参肌动蛋白基因的Ct值之差△Ct，通过△Ct计算DHHC3的相对表达量为0.5^(△Ct)；
步骤3、采用群体测定值分布比较法，将步骤2中的所述DHHC3的相对表达量与对应患者人群的测量中间值进行比较，若所述DHHC3的相对表达量高于所述测量中间值，则预测所述免疫检查点阻断治疗有效。
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Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109655624A (zh) * 2019-02-11 2019-04-19 臻和（北京）科技有限公司 一种用于预测癌症免疫治疗效果的标志物及其应用、试剂盒和试剂盒的制备方法
CN110055327A (zh) * 2019-03-26 2019-07-26 南通大学 用于预测癌症免疫治疗效果的内皮细胞标记物与试剂盒
CN110456042A (zh) * 2019-08-09 2019-11-15 臻悦生物科技江苏有限公司 血清学生物标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用、试剂盒或芯片及其制备方法
CN110564858A (zh) * 2019-10-29 2019-12-13 成都益安博生物技术有限公司 一种用于预测免疫检测点调节类药物疗效的rt-pcr试剂盒及其预测方法
CN111534585A (zh) * 2020-03-23 2020-08-14 至本医疗科技（上海）有限公司 一种非小细胞肺癌（nsclc）患者免疫疗法预后的方法
CN112639479A (zh) * 2018-08-29 2021-04-09 延世大学校产学协力团 提供关于对癌症免疫疗法的治疗反应的信息的方法和使用其的试剂盒
CN113166815A (zh) * 2019-02-22 2021-07-23 深圳华大生命科学研究院 肠道宏基因组在筛选pd-1抗体阻断剂疗效方面的用途
CN114085916A (zh) * 2021-04-07 2022-02-25 中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所） 用于预测免疫治疗疗效的肠道菌群标志物及其应用
CN114514584A (zh) * 2019-09-25 2022-05-17 皇家飞利浦有限公司 用于患者对治疗的免疫反应的预测工具

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008137586A1 (en) * 2007-05-01 2008-11-13 University Of Miami Transcriptomic biomarkers for individual risk assessment in new onset heart failure
WO2009138988A1 (en) * 2008-05-14 2009-11-19 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions for modulating the activity of cytoplasmic dynein and methods of using same
WO2016176761A1 (en) * 2015-05-01 2016-11-10 Immunovaccine Technologies Inc., Methods for potentiating an immune response using depot-forming and non-depot-forming vaccines
CN110713543A (zh) * 2018-07-11 2020-01-21 上海交通大学医学院附属仁济医院 一种抑制pd-l1棕榈酰化修饰和表达的多肽及其应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008137586A1 (en) * 2007-05-01 2008-11-13 University Of Miami Transcriptomic biomarkers for individual risk assessment in new onset heart failure
WO2009138988A1 (en) * 2008-05-14 2009-11-19 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions for modulating the activity of cytoplasmic dynein and methods of using same
WO2016176761A1 (en) * 2015-05-01 2016-11-10 Immunovaccine Technologies Inc., Methods for potentiating an immune response using depot-forming and non-depot-forming vaccines
CN110713543A (zh) * 2018-07-11 2020-01-21 上海交通大学医学院附属仁济医院 一种抑制pd-l1棕榈酰化修饰和表达的多肽及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHANDAN SHARMA等: "Protein Acyltransferase DHHC3 Regulates Breast Tumor Growth, Oxidative Stress, and Senescence", 《CANCER RES.》 *

Cited By (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112639479A (zh) * 2018-08-29 2021-04-09 延世大学校产学协力团 提供关于对癌症免疫疗法的治疗反应的信息的方法和使用其的试剂盒
CN109655624A (zh) * 2019-02-11 2019-04-19 臻和（北京）科技有限公司 一种用于预测癌症免疫治疗效果的标志物及其应用、试剂盒和试剂盒的制备方法
CN113166815A (zh) * 2019-02-22 2021-07-23 深圳华大生命科学研究院 肠道宏基因组在筛选pd-1抗体阻断剂疗效方面的用途
CN113166815B (zh) * 2019-02-22 2024-06-11 深圳华大生命科学研究院 肠道宏基因组在筛选pd-1抗体阻断剂疗效方面的用途
CN110055327A (zh) * 2019-03-26 2019-07-26 南通大学 用于预测癌症免疫治疗效果的内皮细胞标记物与试剂盒
CN110055327B (zh) * 2019-03-26 2023-03-10 南通大学 用于预测癌症免疫治疗效果的内皮细胞标记物与试剂盒
CN110456042A (zh) * 2019-08-09 2019-11-15 臻悦生物科技江苏有限公司 血清学生物标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用、试剂盒或芯片及其制备方法
CN114514584A (zh) * 2019-09-25 2022-05-17 皇家飞利浦有限公司 用于患者对治疗的免疫反应的预测工具
CN110564858A (zh) * 2019-10-29 2019-12-13 成都益安博生物技术有限公司 一种用于预测免疫检测点调节类药物疗效的rt-pcr试剂盒及其预测方法
CN111534585A (zh) * 2020-03-23 2020-08-14 至本医疗科技（上海）有限公司 一种非小细胞肺癌（nsclc）患者免疫疗法预后的方法
CN114085916A (zh) * 2021-04-07 2022-02-25 中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所） 用于预测免疫治疗疗效的肠道菌群标志物及其应用

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