JP5219029B2 - 食道ガン及び食道ガン転移診断のための組成物及び方法 - Google Patents

食道ガン及び食道ガン転移診断のための組成物及び方法 Download PDF

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Description

本発明は、食道ガン及び食道ガン転移の診断（すなわち、検出、判定又は予測）のための組成物、該組成物を利用した食道ガンの存在又は転移を検出、判定又は予測する方法、並びに該組成物を利用した食道ガン及び食道ガン転移診断用キットに関する。
食道は咽頭と胃の間をつなぐ管腔状の臓器であり、大部分は胸腔、一部は頸部と腹腔に存在する。胸腔の上部では気管と脊椎の間にあり、下部では心臓、大動脈と肺に囲まれている。食道は口から食べた食物を胃に送る働きをする。
日本人の２００１年のガンによる死亡率は１０万人中２３８．８人である。死亡原因の中で食道ガンが占める割合は年々増加しており、２００１年度には男性では全ガン死亡例の５．０％、女性では１．４％が食道ガンであった。食道ガンの発症年齢のピークは６０〜７０歳代にあり、男性に発症が多い。また喫煙、飲酒、熱い嗜好物などの環境要因が発生に密接に関連する。さらに食道壁内部や周辺は血管やリンパ管が豊富であるため、発生したガンの転移が多いことが知られている。
食道ガンの治療は進行度（日本食道疾患研究会編 臨床・病理 食道ガン取り扱い規約 １９９９年）や転移、全身状態を考慮して決定する。食道ガンの標準的な治療法は日本食道疾患研究会編「食道ガン治療ガイドライン」（２００２年）に示されている。現在最も一般的な療法は手術療法であり、ガンを含めた食道とリンパ節を含む周囲の組織を切除（リンパ節郭清）した上で、胃など他の臓器を用いて食道を再建する。ただし手術療法、特に広範囲のリンパ節郭清は患者に大きな負担を与え、手術後のＱＯＬ低下への配慮も必要である。粘膜内にとどまる早期のガンの場合には内視鏡的粘膜切除術が可能である場合がある。また根治療法、対症療法の両面から放射線照射が行われる場合がある。さらに手術療法や放射線療法と組み合わせて化学療法が行われる。化学療法では現在、５−ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌとｃｉｓｐｌａｔｉｎの併用療法が最も有効であると考えられている。
食道ガンは嚥下時の違和感、嚥下困難、胸骨後部痛や胸部違和感といった自覚症状を覚えた患者の受診によって発見されることが多い。しかしながらこれらの症状が発現するのは食道内でガンが成長した結果であり、自己所見による受診時に発見されるガンはすでに食道壁外進展や転移が起こっており予後不良であることが多い。したがって手術時には食道周辺のリンパ節拡清を行うことが多いが、この時転移の有無が予見できていれば、拡清の範囲を術前に正確に決定することや、拡清の範囲を限定し術後の患者のＱＯＬに貢献することが可能である。
食道ガンは食道造影検査及び内視鏡検査と生検組織検査にて診断が確定される。生検標本は内視鏡検査時や手術時に採取され、病理標本を作製した上で病理組織学的分類によって診断される。この時、内視鏡検査で得られた細胞の性質から食道外への転移の有無が予測できる、迅速で簡便な診断法の開発が求められている。
現在までに、食道ガン組織に特異的に含まれるマーカーを用いた分子生物学的診断方法が提案されている。この方法は迅速で客観的な結果をもたらし、迅速な診断の助けとなる。
これまでに食道ガンの臨床検査用マーカーとして血清中のタンパク質マーカーであるＳＣＣ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＥＡなどが活用されているほか、特許文献１、２に記載のタンパク質などが報告されている。しかしこれらのマーカーは感度、特異度が乏しく、もっとも感度が高いとされているＣＹＦＲＡ２１−１についても、その感度は３３．９％（非特許文献１）から４３．９％（非特許文献２）程度である。したがってこれらの血清中マーカー及びその組み合わせの検出によって食道ガン細胞の存在の有無が確定されるという段階には至っていないし、これらを用いて食道ガンの転移を診断することもできていない。
一方、被験者より採取された生検試料に食道ガン細胞が含まれているか否かを特異的に判断するための遺伝子を利用したマーカーとしては、染色体異常（例えば特許文献３，４参照）や遺伝子の後成的配列（例えば特許文献５）が開示されているほか、ＤＮＡチップによる網羅的遺伝子発現解析の結果が複数報告されている（例えば非特許文献３〜８参照）。さらに単独の遺伝子発現を指標としたマーカーとしては、特許文献６、非特許文献９、１０に示されるＳＰＲＲ３遺伝子（Ｓｍａｌｌ ｐｒｏｌｉｎｅ―ｒｉｃｈ ｐｒｏｔｅｉｎ ３）、非特許文献１１に示されるｆｇｆ３遺伝子、特許文献６、非特許文献１２に示されるＣＳＴＢ遺伝子（ｃｙｓｔａｔｉｎ Ｂ、ｌｉｖｅｒ ｔｈｉｏｌ ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）、特許文献７に示されるＵＣＰ２遺伝子（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ｕｎｃｏｕｐｌｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２）、特許文献６に示されるＵＰＫ１Ａ遺伝子（ｕｒｏｐｌａｋｉｎ １Ａ）、非特許文献１３に示されるＨＳＰＡ１Ｂ遺伝子（Ｈｅａｔ Ｓｈｏｃｋ ７０ｋＤａ Ｐｒｏｔｅｉｎ １）などが報告されている。
特開２００３-２５９８７２号公報 特表２０００-５１１５３６号公報 特開２００１-１７２００号公報 特開２００２-２７２４９７号公報 特表２００４-５０５６１２号公報 国際公開第２００３/０４２６６１号パンフレット 国際公開第２００３/０７６５９４号パンフレット Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｔ．ら、１９９８、Ｄｉｓｅａｓｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｓｏｐｈａｇｕｓ、第１１巻、ｐ．３５−３９ Ｋａｗａｇｕｃｈｉ，Ｈら、２０００、Ｃａｎｃｅｒ、第８９巻、ｐ．１４１３−１４１７ Ｌｕｏ, Ａ．ら、２００４年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２３巻、ｐ.１２９１-１２９９ Ｚｈｉ, Ｈ．ら、２００３年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第１０６巻、ｐ.３２７-３３３ Ｌｕ, Ｊ．ら、２００１年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第９１巻、ｐ.２８８-２９４ Ｋａｚｅｍｉ-Ｎｏｕｒｅｉｎｉ，Ｓ．ら、２００４年、Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ 、第１０巻、ｐ.１７１６-１７２１ Ｘｕ, Ｓ．Ｈ．ら、２００３年、Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ 、第９巻、ｐ.４１７-４２２ Ｓｕ, Ｈ．ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６３巻、ｐ.３８７２-３８７６ Ｃｈｅｎ, Ｂ.Ｓ. ら、２０００年、Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ、第２１巻、ｐ.２１４７-２１５０ Ａｂｒａｈａｍ, Ｊ.Ｍ.ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ Ｇｒｏｗｔｈ ＆ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ、第７巻、ｐ.８５５-８６０. Ｋｉｔａｇａｗａ, Ｙ．ら、１９９１年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５１巻、p.１５０４-１５０８ Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ,Ｔ．ら、１９９８年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第７９巻、ｐ.１７５-１７８ Ｋａｗａｎｉｓｈｉ，Ｋ．ら、１９９９年、Ｃａｎｃｅｒ、第８５巻、ｐ.１６４９-１６５７
しかしながら、上記の既存の指標は特異性及び／又は感受性に乏しいことや、生体試料からのその効率的な検出方法が確立していないことから一般に臨床上の利用は行われておらず、また患者の予後を決定する大きな要因である食道ガン転移の有無を診断マーカーを用いて検出することは、現在不可能と考えられる。そこで特異性及び感受性が高い食道ガン転移のマーカーが切望されている。
本発明は、食道ガンの診断、食道ガン転移の診断、及び食道ガンの治療に有用な疾患判定用組成物、キット又はＤＮＡチップを提供することを目的とする。
本発明はまた、上記組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて食道ガンの存在又は転移を検出、判定又予測するための方法を提供することを目的とする。
マーカー探索の方法としては、食道ガン細胞と非ガン細胞における遺伝子発現やタンパク質発現、又は細胞の代謝産物などの量を何らかの手段によって比較する方法や食道ガン患者と非ガン患者の体液中に含まれる遺伝子、タンパク質、代謝産物などの量を測定する方法、食道ガン細胞のうち、手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン細胞と手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン細胞における遺伝子発現やタンパク質発現、又は細胞の代謝産物などの量を何らかの手段によって比較する方法や転移性食道ガン患者と非転移性食道ガン患者の体液中に含まれる遺伝子、タンパク質、代謝産物などの量を測定する方法などが挙げられる。
ＤＮＡアレイを用いた発現遺伝子量解析は、近年、このようなマーカー探索の手法として特に汎用されている。ＤＮＡアレイには数百から数万種の遺伝子に対応した塩基配列を利用したプローブが固定されている。被検試料をＤＮＡアレイに添加することによって試料中の遺伝子がプローブと結合し、この結合量を何らかの手段によって測定することにより、被検試料中の遺伝子量を知ることができる。ＤＮＡアレイ上に固定化するプローブに対応した遺伝子の選択は自由であり、また被検試料に手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン細胞と手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較することによって食道転移ガンマーカーとなりうる遺伝子群を推定することが可能である。
上記の課題を解決するために、本発明者らは、食道ガン組織及び非ガン組織の遺伝子発現をＤＮＡアレイによって解析し、食道ガンの検出マーカーに使用可能な遺伝子を見出し、さらにそれらの遺伝子の発現量が、非ガン組織と比較して食道ガン組織において有意に変化していること、食道ガン患者と健常人の血漿において食道ガン患者に特異的に検出されるタンパク質マーカーが存在すること、さらにまた、手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン組織と手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン組織の遺伝子発現をＤＮＡアレイによって解析し、食道ガン転移の検出マーカーとして使用可能な遺伝子を見出し、それらの遺伝子の発現量が、手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン細胞に比較して手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン細胞において有意に変化していること、を見出し、本発明を完成させた。
１．発明の概要
本発明は、以下の特徴を有する。
（１）下記のＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群：
Ｉ群：
（a）配列番号１〜４６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（b）配列番号１〜４６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（c）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（d）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
ＩＩ群：
（f）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（g）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（h）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（i）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
（j）前記（f）〜（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
ＩＩＩ群：
（k）配列番号１〜４６で表される塩基配列によってコードされるポリペプチド、又は配列番号９５〜１４０で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、
（l）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列によってコードされるポリペプチド、或いは配列番号１８２〜１９５、１９７〜２０１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、及び
（m）配列番号２０２〜２３２で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、
からなる抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、
から選択される１又は２以上のプローブを含んでなる、被験者における食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するための組成物。
（２）前記Ｉ群及びＩＩＩ群（ｋ）の各プローブによって食道ガンの存在又は転移を検出、判定又は予測することができる、（１）に記載の組成物。
（３）前記ＩＩ群及びＩＩＩ群（ｌ）、（ｍ）の各プローブによって食道ガンの存在を検出、判定又は予測することができる、（１）に記載の組成物。
（４）前記ポリヌクレオチドがＤＮＡ又はＲＮＡである、（１）に記載の組成物。
（５）前記I群及びＩＩ群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、（１）に記載の組成物。
（６）前記I群及びＩＩ群における断片が、配列番号１〜４６、１４２〜１５５、１５７〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号４８〜９３、１６２〜１７５、１７７〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（１）に記載の組成物。
（７）前記I群及びＩＩ群における断片が、配列番号４８〜９３、１６２〜１７５、１７７〜１８１のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（１）に記載の組成物。
（８）前記Ｉ群のプローブに加えて、配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、（１）に記載の組成物。
（９）前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、（８）に記載の組成物。
（１０）前記断片が、配列番号４７で表される塩基配列において、配列番号９４で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（８）に記載の組成物。
（１１）前記断片が、配列番号９４で表される塩基配列、又はこれに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（８）に記載の組成物。
（１２）前記ＩＩ群のプローブに加えて、配列番号１５６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、請求項１に記載の組成物。
（１３）前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、（１２）に記載の組成物。
（１４）前記断片が、配列番号１５６で表される塩基配列において、配列番号１７６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（１２）に記載の組成物。
（１５）前記断片が、配列番号１７６で表される塩基配列、又はこれに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（１２）に記載の組成物。
（１６）前記ＩＩＩ群（ｍ）のプローブに加えて、配列番号２３３で表されるポリペプチド、その変異体又はその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片又はその化学修飾誘導体をさらに含む、（１）に記載の組成物。
（１７）前記ポリペプチド又は変異体の断片が、少なくとも７個のアミノ酸からなるエピトープを含む、（１）に記載の組成物。
（１８）前記抗体が、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体又は単鎖抗体である、（１）に記載の組成物。
（１９）前記Ｉ群及び/又はＩＩ群、或いはＩＩＩ群、から選択される２以上のプローブを、単独で又は組み合わせて含む、（１）に記載の組成物。
（２０）請求項１に定義されるＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群から選択される１又は２以上のプローブを含む、被験者における食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するためのキット。
（２１）配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、（２０）に記載のキット。
（２２）配列番号１５６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をプローブとしてさらに含む、（２０）に記載のキット。
（２３）前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜４６、４７のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、（２０）に記載のキット。
（２４）前記ポリヌクレオチドが、配列番号１４２〜１５５、１５６、１５７〜１６１のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片である、（２０）に記載のキット。
（２５）前記I群及びＩＩ群における断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、（２０）に記載のキット。
（２６）前記Ｉ群における断片が、配列番号１〜４６、４７のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号４８〜９３、９４のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（２０）に記載のキット。
（２７）前記ＩＩ群における断片が、配列番号１４２〜１５５、１５６、１５７〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１７５、１７６、１７７〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（２０）に記載のキット。
（２８）前記Ｉ群又はＩＩ群における断片が、配列番号４８〜９３、９４、１６２〜１７５、１７６、１７７〜１８１のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、（２０）に記載のキット。
（２９）前記Ｉ群又はＩＩ群における断片が、配列番号４８〜９３、９４、１６２〜１７５、１７６、１７７〜１８１のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、（２０）に記載のキット。
（３０）配列番号４８〜９３、９４で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上から全部を含む、（２０）に記載のキット。
（３１）配列番号１６２〜１７５、１７６、１７７〜１８１で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上から全部を含む、（２０）に記載のキット。
（３２）前記プローブが、単独でまたは組み合わせて異なる容器に包装されている、（２０）に記載のキット。
（３３）請求項１に定義されるＩ群及び/又はＩＩ群から選択される１又は２以上のプローブを含む、被験者における食道ガンの存在又は転移のいずれかをインビトロで検出、判定又は予測するためのＤＮＡチップ。
（３４）配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片をさらに含む、（３３）に記載のＤＮＡチップ。
（３５）配列番号１５６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片をさらに含む、（３３）に記載のＤＮＡチップ。
（３６）配列番号４８〜９３、９４で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含む、（３３）に記載のＤＮＡチップ。
（３７）配列番号１６２〜１７５、１７６、１７７〜１８１で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含む、（３３）に記載のＤＮＡチップ。
（３８）被験者由来の生体試料中の１又は複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は存在量若しくは発現量を、請求項１に定義されるＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群から選択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測する方法。
（３９）前記測定をＤＮＡチップを用いて行う、（３８）に記載の方法。
（４０）前記食道ガンの存在又は転移の検出、判定又は予測を、対照試料からの変化を指標にして決定する、（３８）に記載の方法。
（４１）前記測定を免疫学的方法によって行う、（３８）に記載の方法。
（４２）前記免疫学的方法による測定が、前記ＩＩＩ群の抗体、その断片、又はその化学修飾誘導体を用いて行われる、（４１）に記載の方法。
（４３）前記抗体、その断片、又はその化学修飾誘導体が標識されている、（４２）に記載の方法。
（４４）前記生体試料が食道由来の組織又は細胞、血液、血漿、血清、或いは尿である、（３８）に記載の方法。
（４５）被験者由来の生体試料中の１又は複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は量若しくは発現量を、（１）〜（１９）のいずれかに記載の組成物、（２０）〜（３２）のいずれかに記載のキット、又は（３３）〜（３７）のいずれかに記載のＤＮＡチップを用いてインビトロで測定することを含む、食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測する方法。
（４６）（１）に定義されるＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、（１）〜（１９）のいずれかに記載の組成物、（２０）〜（３２）のいずれかに記載のキット、又は（３３）〜（３７）のいずれかに記載のＤＮＡチップを用いて、転移を伴う（すなわち、転移性）食道ガン又は転移を伴わない（すなわち、非転移性）食道ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生体試料中の食道ガン関連標的核酸の発現量をインビトロで測定する第１の工程、該第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の生体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、該第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、生体試料中に転移を伴うガン細胞が含まれないこと及び／又は転移を伴わないガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、食道ガンの転移を検出、判定又は予測する方法。
（４７）（１）に定義されるＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、（１）〜（１９）のいずれかに記載の組成物、（２０）〜（３２）のいずれかに記載のキット、又は（３３）〜（３７）のいずれかに記載のＤＮＡチップを用いて、食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をインビトロで測定する第１の工程、該第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の生体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、該第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的酢酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、生体試料中にガン細胞が含まれること又はガン細胞が含まれないことを判定する第４の工程を含む、食道ガンを検出する方法。
（４８）（１）に定義されるＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、（１）〜（１９）のいずれかに記載の組成物、（２０）〜（３２）のいずれかに記載のキット、又は（３３）〜（３７）のいずれかに記載のＤＮＡチップの、被験者由来の生体試料中の食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するための使用方法。
２．定義
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
本明細書において「プローブ」とは、食道ガンの存在又は転移を検出、判定又は予測するための、食道ガン関連マーカーである特定の遺伝子類又はそれらをコードするポリペプチド類と結合可能な核酸、抗体又はそれらの均等物を指す。
本明細書中で特に断らない限り、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質など用語の意味及びそれらの略号による表示は、当技術分野における慣用の意味及び表示に従うものとする。
本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、ＲＮＡ及びＤＮＡのいずれも包含する核酸として用いられる。なお、上記ＤＮＡには、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、及び合成ＤＮＡのいずれもが含まれる。また上記ＲＮＡには、ｔｏｔａｌＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、及び合成ＲＮＡのいずれもが含まれる。また、本明細書では、ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。
本明細書において「ｃＤＮＡ」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡに相補的な配列のＤＮＡ鎖全長、及びその部分配列からなるＤＮＡ断片、を包含する。ｃＤＮＡは、ＲＮＡを鋳型にして、ポリＴプライマーを用いるＲＴ−ＰＣＲ(逆転写酵素−ポリメラーゼ連鎖反応)によって合成されうる。
本明細書において「遺伝子」とは、２本鎖ＤＮＡのみならず、それを構成する正鎖（又はセンス鎖）又は相補鎖（又はアンチセンス鎖）などの各１本鎖ＤＮＡを包含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。従って、本明細書において「遺伝子」は、特に断らない限り、ヒトゲノムＤＮＡを含む２本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡを含む１本鎖ＤＮＡ（正鎖）、該正鎖と相補的な配列を有する１本鎖ＤＮＡ（相補鎖）、及びこれらの断片のいずれも含む。また該「遺伝子」は特定の塩基配列（又は配列番号）で示される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるタンパク質と生物学的機能が同等であるタンパク質、例えば同族体（すなわち、ホモログ）、スプライスバリアントなどの変異体、及び誘導体をコードする「遺伝子」が包含される。かかる同族体、変異体又は誘導体をコードする「遺伝子」としては、具体的には、後に記載したストリンジェントな条件下で、上記の配列番号１〜４７、１４２〜１６１などで示されるいずれかの特定の塩基配列と相補的な配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「遺伝子」を挙げることができる。
例えばヒト由来のタンパク質の同族体（すなわち、ホモログ）又はそれをコードする遺伝子としては、当該タンパク質又はそれをコードするヒト遺伝子に対応する他生物種のタンパク質又は遺伝子が例示でき、これらのタンパク質又は遺伝子ホモログは、ＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ｈｏｍｏｌｏＧｅｎｅ/）により同定することができる。具体的には特定のヒトアミノ酸又は塩基配列をＢＬＡＳＴプログラム（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ.Ｓ.Ａ.、 １９９３年、第９０巻、ｐ.５８７３―５８７７、 ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＢＬＡＳＴ/）にかけて一致する（Ｓｃｏｒｅが最も高く、Ｅ−ｖａｌｕｅが０でかつＩｄｅｎｔｉｆｙが１００％を示す）配列の登録番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ）を取得することができる。ＢＬＡＳＴプログラムとしては、ＢＬＡＳＴＮ（遺伝子）、ＢＬＡＳＴＸ(タンパク質)などが知られている。例えば、遺伝子検索の場合、上記ＢＬＡＳＴ検索からの登録番号をＵｎｉＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＵｎｉＧｅｎｅ/）に入力して得られたＵｎｉＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒＩＤ（Ｈｓ．で示す番号）をＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅに入力する。結果として得られた他生物種遺伝子とヒト遺伝子との遺伝子ホモログの相関を示したリストから、特定の塩基配列で示されるヒト遺伝子に対応する遺伝子ホモログとして、他生物種の遺伝子を選抜することができる。またこの方法において、ＢＬＡＳＴプログラムの代わりにＦＡＳＴＡプログラム（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／ｓｅａｒｃｈ／ｆａｓｔａ−ｅ．ｈｔｍｌ）を用いてもよい。
なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなく、例えば発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンを含むことができる。
本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のＤＮＡ配列を鋳型にして合成されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）のことをいう。ＲＮＡポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位に結合し、ＤＮＡの塩基配列に相補的になるように３'末端にリボヌクレオチドを結合させていく形でメッセンジャーＲＮＡが合成される。このメッセンジャーＲＮＡには遺伝子そのもののみならず、発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンをはじめとする転写開始点からポリＡ配列の末端にいたるまでの全配列が含まれる。
本明細書において「翻訳産物」とは、転写によって合成されたメッセンジャーＲＮＡがスプライシングなどの修飾を受ける/受けないにかかわらず、その情報を元に合成されたタンパク質を示す。メッセンジャーＲＮＡの翻訳過程においては、まずリボソームとメッセンジャーＲＮＡが結合し、次にメッセンジャーＲＮＡの塩基配列に従ってアミノ酸がつながっていき、タンパク質が合成される。
本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡ又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅する、連続するポリヌクレオチド及び／又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
ここで相補的なポリヌクレオチド（相補鎖、逆鎖）とは、配列番号によって定義される塩基配列からなるポリヌクレオチドの全長配列、又はその部分配列、（ここでは便宜上、これを正鎖と呼ぶ）に対してＡ：Ｔ（Ｕ）、Ｇ：Ｃといった塩基対合に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件下でハイブリダイズできる程度の相補関係を有するものであってもよい。
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、プローブが他の配列に対するよりも、検出可能により大きな程度（例えば、バックグラウンドよりも少なくとも２倍）で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によって異なる。ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄条件のストリンジェンシーを制御することにより、プローブに対して１００％相補的である標的配列が同定され得る。
本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異、転写時の選択的スプライシングなどに起因した天然の変異体、あるいは遺伝暗号の縮重に基づく変異体、あるいは配列番号１〜４７、１４２〜１６１などで表される塩基配列又はその部分配列において１以上、好ましくは１もしくは数個、の塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該塩基配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体、あるいは該塩基配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味し、一方、タンパク質又はペプチドの場合、配列番号９５〜１４１、１８２〜２０１、２０２〜２３３などで表されるアミノ酸配列又はその部分配列おいて１以上、好ましくは１もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体を意味する。
本明細書において「数個」とは、約１０、９、８、７、６、５、４、３又は２個の整数を意味する。
本明細書において「％同一性」は、上記のＢＬＡＳＴやＦＡＳＴＡによるタンパク質又は遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して又は導入しないで、決定することができる（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、１９９３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９０巻、ｐ.５８７３-５８７７；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、１９９０年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、第２１５巻、ｐ．４０３−４１０；Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｗ．Ｒ．ら、１９８８年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８５巻、ｐ.２４４４-２４４８）。
本明細書において「誘導体」とは、核酸の場合、蛍光団などによるラベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシなどのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチドおよび塩基の再構成、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチドなど)を含む誘導体など、一方、タンパク質の場合、酵素、蛍光団、放射性同位元素などのラベルによるラベル化誘導体、或いはアセチル化、アシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化誘導体、などの化学修飾誘導体を意味する。
本明細書において、「診断用組成物」や「疾患判定用組成物」などの用語は、食道ガンの罹患や転移（もしくは転移の可能性）の有無、罹患の程度もしくは改善の有無や改善の程度を診断、検出、判定又は予測するために、或いは食道ガンの予防、改善又は治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接又は間接的に利用されるものをいう。これには食道ガンの罹患や転移に関連して生体内、特に食道組織において発現が変化又は変動する遺伝子を特異的に認識し、また結合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチド、および該遺伝子の翻訳産物であるタンパク質を検出することができる抗体などが包含される。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドは、上記性質に基づいて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして、又は生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用することができる。
本明細書において検出・診断対象となる「生体組織」とは、食道ガンの発生にともない本発明の遺伝子が発現変化する組織を指す。具体的には食道組織及びその周辺のリンパ節、また転移が疑われる他臓器などを指す。
本明細書において検出・診断対象となる「生体試料」とは、食道ガンの発生にともない出現する標的ポリペプチドを含有する、あるいはその含有が疑われる、生体から採取された試料をいう。
本明細書において「特異的に結合する」とは、抗体またはその断片が、本発明の標的ポリペプチド、その変異体またはその断片とのみ抗原-抗体複合体を形成し、他のペプチド性またはポリペプチド性物質とは該複合体を実質的に形成しないことを意味する。ここで、「実質的」とは、程度は小さいが非特異的な複合体形成が起こり得ることを意味する。
本明細書において「エピトープ」とは、本発明の標的ポリペプチド、その変異体またはその断片において、抗原性または免疫原性を有する部分アミノ酸領域（抗原決定基）を指す。エピトープは通常、少なくとも５アミノ酸、好ましくは少なくとも７アミノ酸、より好ましくは少なくとも１０アミノ酸からなる。
本明細書で使用される「ＡＸＬ遺伝子」又は「ＡＸＬ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１）で示されるＡＸＬ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔｙｒｏｓｉｎｅ Ｋｉｎａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１に記載のＡＸＬ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０２１９１３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＸＬ遺伝子はＯ’Ｂｒｙａｎ，Ｊ.Ｐ．ら、１９９１年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、第１１巻、ｐ.５０１６―５０３１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「Ｃ６ｏｒｆ５４遺伝子」又は「Ｃ６ｏｒｆ５４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２）で示されるＣｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ６ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ ５４遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２に記載のＣ６ｏｒｆ５４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１４３５４）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｃ６ｏｒｆ５４遺伝子は、Ｍｉｎａｇｕｃｈｉ，Ｔ.ら、１９９９年、ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ.第６巻、ｐ.１３１−１３６に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＺＢＴＢ１１遺伝子」又は「ＺＢＴＢ１１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３）で示されるｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ａｎｄ ＢＴＢ Ｄｏｍａｉｎ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １１遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３に記載のＺＢＴＢ１１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１４４１５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＺＢＴＢ１１遺伝子はＴａｎｇ，Ｃ.Ｍ.らによって１９９６年にクローニングされている。
本明細書で使用される「ＴＮＦＲＳＦ１４遺伝子」又は「ＴＮＦＲＳＦ１４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４）で示されるｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ Ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ, ｍｅｍｂｅｒ １４遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４に記載のＴＮＦＲＳＦ１４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００３８２０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＮＦＲＳＦ１４遺伝子はＭｏｎｔｇｏｍｅｒｙ，Ｒ.Ｉ.ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ、第８７巻、ｐ.４２７―４３６に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＮＳＵＮ５遺伝子」又は「ＮＳＵＮ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５）で示されるＮＯＬ１/ＮＯＰ２/Ｓｕｎ Ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ, ｍｅｍｂｅｒ ５遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５に記載のＮＳＵＮ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１８０４４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＳＵＮ５遺伝子はＤｏｌｌ，Ａ.ら、２００１年、Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第９５巻、ｐ.２０―２７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＳＰＥＮ遺伝子」又は「ＳＰＥＮ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６）で示されるｓｐｅｎ ｈｏｍｏｌｏｇ, ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６に記載のＳＰＥＮ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１５００１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＰＥＮ遺伝子はＮｅｗｂｅｒｒｙ，Ｅ.Ｐ.ら、１９９９年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第３８巻、ｐ.１０６７８―１０６９０に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＬＴＢＰ３遺伝子」又は「ＬＴＢＰ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号７）で示されるｌａｔｅｎｔ ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ Ｂｅｔａ ｂｉｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号７に記載のＬＴＢＰ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_ ０２１０７０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＰＥＮ遺伝子はＹｉｎ，Ｗ.ら、１９９５年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７０巻、ｐ.１０１４７―１０１６０に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＳＹＮＧＲ１遺伝子」又は「ＳＹＮＧＲ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号８）で示されるｓｙｎａｐｔｏｇｙｒｉｎ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号８に記載のＳＹＮＧＲ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００４７１１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＹＮＧＲ１遺伝子はＫｅｄｒａ，Ｄ.ら、１９９８年、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１０３巻、ｐ.１３１―１４１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＡＲＬ３遺伝子」又は「ＡＲＬ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号９）で示されるＡＤＰ―ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ-ｌｉｋｅ ３ 遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号９に記載のＡＲＬ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００４３１１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＹＮＧＲ１遺伝子はＣａｖｅｎａｇｈ，Ｍ．Ｍ．ら、１９９４年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２６９巻、ｐ.１８９３７―１８９４２に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＳＬＣ１３Ａ１遺伝子」又は「ＳＬＣ１３Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１０）で示されるｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ １３ (ｓｏｄｉｕｍ/ｓｕｌｆａｔｅ ｓｙｍｐｏｒｔｅｒｓ), ｍｅｍｂｅｒ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１０に記載のＳＬＣ１３Ａ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０２２４４４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ１３Ａ１遺伝子はＬｅｅ，Ａ．ら、２０００年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第７０巻、ｐ.３５４―３６３に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＲＡＬＧＤＳ遺伝子」又は「ＲＡＬＧＤＳ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１１）で示されるｒａｌ ｇｕａｎｉｎｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１１に記載のＲＡＬＧＤＳ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００６２６６やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＡＬＧＤＳ遺伝子はＡｌｂｒｉｇｈｔ，Ｃ．Ｆ.ら、１９９３年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第１２巻、ｐ.３３９−３４７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＡＤＤ３遺伝子」又は「ＡＤＤ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１２）で示されるａｄｄｕｃｉｎ ３ (ｇａｍｍａ)遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１２に記載のＡＤＤ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１９９０３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＡＤＤ３遺伝子はＫａｔａｇｉｒｉ，Ｔ．ら、１９９６年、Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第７４巻、ｐ.９０−９５に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子」又は「ＭＡＰ３Ｋ１２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１３）で示されるｍｉｔｏｇｅｎ―ａｃｔｉｖａｔｅｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ｋｉｎａｓｅ ｋｉｎａｓｅ １２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１３に記載のＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００６３０１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子はＲｅｄｄｙ，Ｕ．Ｒ．ら、１９９４年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ、第２０２巻、ｐ.６１３−６２０に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＡＶＰＩ１遺伝子」又は「ＡＶＰＩ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４）で示されるａｒｇｉｎｉｎｅ ｖａｓｏｐｒｅｓｓｉｎ―ｉｎｄｕｃｅｄ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４に記載のＡＶＰＩ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０２１７３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＶＰＩ１遺伝子はＮｉｃｏｄ，Ｍ．ら、２００２年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第２１巻、ｐ. ５１０９―５１１７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＧＩＭＡＰ６遺伝子」又は「ＧＩＭＡＰ６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５）で示されるＧＴＰａｓｅ, ＩＭＡＰ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ６遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５に記載のＧＩＭＡＰ６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０２４７１１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＩＭＡＰ６遺伝子はＳｔａｍｍ，Ｏ．ら、２００２年、Ｇｅｎｅ、第２８２巻、ｐ１５９―１６７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＦＬＪ１１２５９遺伝子」又は「ＦＬＪ１１２５９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１６）で示されるＦＬＪ１１２５９遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１６に記載のＦＬＪ１１２５９遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１８３７０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＬＪ１１２５９遺伝子はＯｔａ，Ｔ．ら、２００２年、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第３６巻、ｐ．４０―４５に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「Ｃ３ＡＲ１遺伝子」又は「Ｃ３ＡＲ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１７）で示されるｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ３Ｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号：１７に記載のＣ３ＡＲ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００４０５４）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｃ３ＡＲ１遺伝子はＡｍｅｓ，Ｒ．Ｓ．ら、１９９６年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７１巻、ｐ．２０２３１―２０２３４に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＣＧＦ２遺伝子」又は「ＰＣＧＦ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１８）で示されるｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１８に記載のＰＣＧＦ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００７１４４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＣＧＦ２遺伝子はＴａｇａｗａ，Ｍ．ら、１９９０年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２６５巻、ｐ．２００２１―２００２６に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＤＥ６Ｄ遺伝子」又は「ＰＤＥ６Ｄ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１９）で示されるｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒａｓｅ ６Ｄ, ｃＧＭＰ―Ｓｐｅｃｉｆｉｃ, ｒｏｄ, ｄｅｌｔａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１９に記載のＰＤＥ６Ｄ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００２６０１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＤＥ６Ｄ遺伝子はＦｌｏｒｉｏ，Ｓ．Ｋ．ら、１９９６年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７１巻、ｐ．２４０３６−２４０４７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＬＣＧ２遺伝子」又は「ＰＬＣＧ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２０）で示されるｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐａｓｅ Ｃ, ｇａｍｍａ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２０に記載のＰＬＣＧ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００２６６１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＬＣＧ２遺伝子はＫａｎｇ，Ｊ．Ｓ．ら、１９９６年、ＦＥＢＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ、第３９９巻、ｐ．１４−２０に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＧＰＲ１４８遺伝子」又は「ＧＰＲ１４８」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２１）で示されるｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ―ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １４８遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２１に記載のＧＰＲ１４８遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿２０７３６４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＰＲ１４８遺伝子はＶａｓｓｉｌａｔｉｓ，Ｄ．Ｋ．ら、２００３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ.、第１００巻、ｐ．４９０３−４９０８に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＡＲＦ６遺伝子」又は「ＡＲＦ６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２２）で示されるＡＤＰ―ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ ６遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２２に記載のＡＲＦ６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１６６３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＲＦ６遺伝子はＣａｖｅｎａｇｈ，Ｍ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７１巻、ｐ．２１７６７−２１７７４に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＮＩＳＣＨ遺伝子」又は「ＮＩＳＣＨ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２３）で示されるｎｉｓｃｈａｒｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２３に記載のＮＩＳＣＨ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００７１８４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＩＳＣＨ遺伝子はＩｖａｎｏｖ，Ｔ．Ｒ．ら、１９９８年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｕｔｏｎｏｍｉｃ Ｎｅｒｖｏｕｓ Ｓｙｓｔｅｍ、第７２巻、ｐ．９８―１１０に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＧＬＹＡＴ遺伝子」又は「ＧＬＹＡＴ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２４）で示されるｇｌｙｃｉｎｅ―Ｎ―ａｃｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２４に記載のＧＬＹＡＴ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５８３８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＬＹＡＴ遺伝子はＳｃｈａｃｈｔｅｒ，Ｄ．ら、１９７６年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２５１巻、ｐ．３３５２−３３５８に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＩＧＨＭ遺伝子」又は「ＩＧＨＭ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２５）で示されるＩｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｈｅａｖｙ ｃｏｎｓｔａｎｔ ｍｕ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２５に記載のＩＧＨＭ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＧ＿００１０１９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＩＧＨＭ遺伝子はＲａｖｅｔｃｈ，Ｊ．Ｖ．ら、１９８１年、Ｃｅｌｌ、第２７巻、ｐ．５８３―５９１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＦＢＸＯ３８遺伝子」又は「ＦＢＸＯ３８」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２６）で示されるＦ―ｂｏｘ Ｐｒｏｔｅｉｎ ３８遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２６に記載のＦＢＸＯ３８遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿２０５８３６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＢＸＯ３８遺伝子はＳｍａｌｄｏｎｅ，Ｓ．ら、２００４年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、第２４巻、ｐ．１０５８−１０６９に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＳＬＣ１２Ａ１遺伝子」又は「ＳＬＣ１２Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２７）で示されるｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ １２ (ｓｏｄｉｕｍ/ｐｏｔａｓｓｉｕｍ/ｃｈｌｏｒｉｄｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｓ), ｍｅｍｂｅｒ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２７に記載のＳＬＣ１２Ａ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００３３８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ１２Ａ１遺伝子はＳｉｍｏｎ，Ｄ． Ｂ．ら、１９９６年、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１３巻、ｐ．１８３−１８８に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＧＤＳ遺伝子」又は「ＰＧＤＳ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２８）で示されるｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ Ｄ２ ｓｙｎｔｈａｓｅ, ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２８に記載のＰＧＤＳ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１４４８５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＧＤＳ遺伝子はＫａｎａｏｋａ，Ｙ．ら、１９９７年、Ｃｅｌｌ、第９０巻、ｐ．１０８５−１０９５に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＣＤ４８遺伝子」又は「ＣＤ４８」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２９）で示されるＣＤ４８ ａｎｔｉｇｅｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２９に記載のＣＤ４８遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１７７８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＤ４８遺伝子はＳｔａｕｎｔｏｎ，Ｄ．Ｅ．ら、１９８７年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第６巻、ｐ．３６９５−３７０１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＩＭＰＡ２遺伝子」又は「ＩＭＰＡ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３０）で示されるｉｎｏｓｉｔｏｌ(ｍｙｏ)―１(ｏｒ ４)―ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３０に記載のＩＭＰＡ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１４２１４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＩＭＰＡ２遺伝子はＹｏｓｈｉｋａｗａ，Ｔ．ら、１９９７年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ、第２巻、ｐ．３９３−３９７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＨＳＰＡ６遺伝子」又は「ＨＳＰＡ６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３１）で示されるｈｅａｔ ｓｈｏｃｋ ７０ｋＤａ Ｐｒｏｔｅｉｎ ６ (ＨＳＰ７０Ｂ’)遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３１に記載のＨＳＰＡ６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００２１５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＳＰＡ６遺伝子はＶｏｅｌｌｍｙ，Ｒ．ら、１９８５年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ.、第８２巻、ｐ．４９４９−４９５３に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子」又は「ＥＩＦ３Ｓ９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３２）で示されるＥｕｋａｒｙｏｔｉｃ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ ３, Ｓｕｂｕｎｉｔ ９ ｅｔａ, １１６ｋＤａ 遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３２に記載のＥＩＦ３Ｓ９遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００３７５１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子はＭｅｔｈｏｔ，Ｎ．ら、１９９７年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７２巻、ｐ．１１１０―１１１６に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＺＮＦ６５９遺伝子」又は「ＺＮＦ６５９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３３）で示されるｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ ６５９遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３３に記載のＺＮＦ６５９遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０２４６９７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＺＮＦ６５９遺伝子は２０００年に、Ｓｕｇａｎｏ，Ｓ.らによってクローニングされている。
本明細書で使用される「ＲＡＢ６Ｃ遺伝子」又は「ＲＡＢ６Ｃ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３４）で示されるＲＡＢ６Ｃ, ｍｅｍｂｅｒ ＲＡＳ ｏｎｃｏｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３４に記載のＲＡＢ６Ｃ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０３２１４４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＡＢ６Ｃ遺伝子はＦｉｔｚｇｅｒａｌｄ，Ｍ．Ｌ．ら、１９９９年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ、第３４２巻、ｐ．３５３―３６０に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＮＯＬ１遺伝子」又は「ＮＯＬ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３５）で示されるｎｕｃｌｅｏｌａｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ １, １２０ｋＤａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３５に記載のＮＤＬ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６１７０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＯＬ１遺伝子はＦｒｅｅｍａｎ，Ｊ．Ｗ．ら、１９８８年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第４８巻、ｐ．１２４４―１２５１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＤＡＢ２遺伝子」又は「ＤＡＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３６）で示されるｄｉｓａｂｌｅｄ ｈｏｍｏｌｏｇ ２, ｍｉｔｏｇｅｎ―ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ Ｐｈｏｓｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３６に記載のＤＡＢ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１３４３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＡＢ２遺伝子はＭｏｋ，Ｓ．Ｃ．ら、１９９４年、Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ ｏｎｃｏｌｏｇｙ、第５２巻、ｐ．２４７−２５２に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＥＢＩ３遺伝子」又は「ＥＢＩ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３７）で示されるＥｐｓｔｅｉｎ―Ｂａｒｒ ｖｉｒｕｓ ｉｎｄｕｃｅｄ Ｇｅｎｅ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３７に記載のＥＢＩ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５７５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＢＩ３遺伝子はＤｅｖｅｒｇｎｅ，Ｏ．ら、１９９６年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｖｉｒｏｌｏｇｙ、第７０巻、ｐ．１１４３―１１５３に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＲＳＳ３遺伝子」又は「ＰＲＳＳ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３８）で示されるｐｒｏｔｅａｓｅ, Ｓｅｒｉｎｅ, ３ (ｍｅｓｏｔｒｙｐｓｉｎ)遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３８に記載のＰＲＳＳ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００２７７１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＳＳ３遺伝子はＲｏｂｉｎｓｏｎ，Ｍ．Ａ．ら、１９９３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ、第９０巻、ｐ．２４３３−２４３７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＧＬＢ１遺伝子」又は「ＧＬＢ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３９）で示されるｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ, Ｂｅｔａ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３９に記載のＧＬＢ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００４０４やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＬＢ１遺伝子はＳｈｏｗｓ，Ｔ．Ｂ．ら、１９７９年、Ｓｏｍａｔｉｃ Ｃｅｌｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第５巻、ｐ．１４７―１５８に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＳＡＭＳＮ１遺伝子」又は「ＳＡＭＳＮ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４０）で示されるＳＡＭ Ｄｏｍａｉｎ, ＳＨ３ Ｄｏｍａｉｎ ａｎｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｌｏｃａｌｉｓａｔｉｏｎ ｓｉｇｎａｌｓ, １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４０に記載のＳＡＭＳＮ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０２２１３６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＡＭＳＮ１遺伝子はＣｌａｕｄｉｏ，Ｊ．Ｏ．ら、２００１年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２０巻、ｐ．５３７３―５３７７に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＡＱＰ３遺伝子」又は「ＡＱＰ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４１）で示されるａｑｕａｐｏｒｉｎ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４１に記載のＡＱＰ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４９２５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＱＰ３遺伝子はＩｓｈｉｂａｓｈｉ,Ｋ．ら、１９９４年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ、第９１巻、ｐ．６２６９―６２７３に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＣＡＰＺＡ２遺伝子」又は「ＣＡＰＺＡ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４２）で示されるｃａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ (ａｃｔｉｎ ｆｉｌａｍｅｎｔ) ｍｕｓｃｌｅ Ｚ―ｌｉｎｅ, ａｌｐｈａ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４２に記載のＣＡＰＺＡ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６１３６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＰＺＡ２遺伝子はＢａｒｒｏｎ―Ｃａｓｅｌｌａ,Ｅ.Ａ.ら、１９９５年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７０巻、ｐ．２１４７２−２１４７９ に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子」又は「Ｂ４ＧＡＬＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４３）で示されるＵＤＰ―Ｇａｌ:ｂｅｔａＧｌｃＮＡｃ Ｂｅｔａ １,４― ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ, Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４３に記載のＢ４ＧＡＬＴ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００３７８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子はＡｌｍｅｉｄａ,Ｒ.ら、１９９７年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２７２巻、ｐ．３１９７９―３１９９１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子」又は「ＡＲＨＧＥＦ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４４）で示されるＲｈｏ ｇｕａｎｉｎｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｅｘｃｈａｎｇｅ Ｆａｃｔｏｒ (ＧＥＦ)遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４４に記載のＡＲＨＧＥＦ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１９５５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子はＴｈｉｅｓｅｎ,Ｓ.ら、２０００年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ、第２７３巻、ｐ．３６４―３６９に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＯＧＫ遺伝子」又は「ＰＯＧＫ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４５）で示されるｐｏｇｏ ｔｒａｎｓｐｏｓａｂｌｅ ｅｌｅｍｅｎｔ ｗｉｔｈ ＫＲＡＢ Ｄｏｍａｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４５に記載のＰＯＧＫ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＡＢ０４０９４６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＯＧＫ遺伝子Ｇｒｅｅｎｈａｌｆ,Ｗ.ら、１９９９年、Ｙｅａｓｔ、第１５巻、ｐ．１３０７―１３２１に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＰＲＡＦ１遺伝子」又は「ＰＲＡＦ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４６）で示されるｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ (ＲＮＡ) Ｉ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｆａｃｔｏｒ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４６に記載のＰＲＡＦ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０２２４９０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＡＦ１遺伝子はＨａｎａｄａ,Ｋ.ら、１９９６年、ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ、第１５巻、ｐ．２２１７−２２２６に記載される方法によって得ることができる。
本明細書で使用される「ＨＰＧＤ遺伝子」又は「ＨＰＧＤ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４７）で示されるｈｙｄｒｏｘｙｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ １５―(ＮＡＤ)遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４７に記載のＨＰＧＤ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００８６０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＰＧＤ遺伝子はＰｉｃｈａｕｄ, Ｆ.ら、１９９７年、Ｈｕｍａｎ ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第９９巻、ｐ．２７９−２８１に記載される方法によって得ることができる。ＨＰＧＤ遺伝子は食道ガン株化細胞の転移性亜株で発現が増加していることが、Ｋａｗａｍａｔａ,Ｈ.ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ、第９４巻、ｐ.６９９―７０６に示されている。
本明細書で使用される「ＧＡＬＮＳ遺伝子」又は「ＧＡＬＮＳ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４２）で示されるｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ （Ｎ-ａｃｅｔｙｌ）-６-ｓｕｌｆａｔｅ ｓｕｌｆａｔａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４２に記載のＧＡＬＮＳ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０００５１２）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ｆｇｆ３遺伝子」又は「ｆｇｆ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４３）で示されるｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４３に記載のｆｇｆ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００５２４７）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＣＭＫ２Ｂ遺伝子」又は「ＣＭＫ２Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４４）で示されるｃａｌｃｉｕｍ/ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ-ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ （ＣＡＭ ｋｉｎａｓｅ） ＩＩ ｂｅｔａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４４に記載のＣＭＫ２Ｂ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００１２２０）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＣＡＭＫＩＩＮａｌｐｈａ遺伝子」又は「ＣＡＭＫＩＩＮａｌｐｈａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４５）で示されるｃａｌｃｉｕｍ/ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ-ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ＩＩ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４５に記載のＣＡＭＫＩＩａｌｐｈａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１８５８４）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＰＳＡＲＬ遺伝子」又は「ＰＳＡＲＬ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４６）で示されるＰｒｅｓｅｎｉｌｉｎ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｒｈｏｍｂｏｉｄ−ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４６に記載のＰＳＡＲＬ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１８６２２）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＸＲＣＣ３遺伝子」又は「ＸＲＣＣ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４７）で示されるＸ−ｒａｙ ｒｅｐａｉｒ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｉｎｇ ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ ｒｅｐａｉｒ ｉｎ ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｃｅｌｌ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４７に記載のＸＲＣＣ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００５４３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。

本明細書で使用される「ＣＡＰＧ遺伝子」又は「ＣＡＰＧ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４８）で示されるｃａｐｐｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ （ａｃｔｉｎ ｆｉｌａｍｅｎｔ） ｇｅｌｓｏｌｉｎ-ｌｉｋｅ （ＣＡＰＧ）遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４８に記載のＣＡＰＧ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_ ００１７４７）やその他生物種ホモログなどが包含される。 本明細書で使用される「ＧＲＨＰＲ遺伝子」又は「ＧＲＨＰＲ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４９）で示されるｇｌｙｏｘｙｌａｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ/ｈｙｄｒｏｘｙｐｙｒｕｖａｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ 遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４９に記載のＧＲＨＰＲ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１２２０３）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＴＲＯＡＰ遺伝子」又は「ＴＲＯＡＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５０）で示されるｔｒｏｐｈｉｎｉｎ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ （ｔａｓｔｉｎ）遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５０に記載のＴＲＯＡＰ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００５４８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＲＲＭ２遺伝子」又は「ＲＲＭ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５１）で示されるｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ Ｍ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５１に記載のＲＲＭ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００１０３４）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＳＡＴＢ２遺伝子」又は「ＳＡＴＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５２）で示されるＳＡＴＢ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５２に記載のＳＡＴＢ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１５２６５）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「Ｃ１４ｏｒｆ１６２遺伝子」又は「Ｃ１４ｏｒｆ１６２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５３）で示されるｃｈｒｏｍｏｓｅｍｅ １４ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ １６２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５３に記載のＣ１４ｏｒｆ１６２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０２０１８１）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＳＥＰＴ６遺伝子」又は「ＳＥＰＴ６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５４）で示されるｓｅｐｔｉｎ ６遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５４に記載のＳＥＰＴ６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_１４５７９９）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「Ｍ６ＰＲ遺伝子」又は「Ｍ６ＰＲ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５５）で示されるｓｍａｌｌ ｍａｎｎｏｓｅ ６−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５５に記載のＭ６ＰＲ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００２３５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＳＰＲＲ３遺伝子」又は「ＳＰＲＲ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５６）で示されるｓｍａｌｌ ｐｒｏｌｉｎｅ-ｒｉｃｈ ｐｒｏｔｅｉｎ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５６に記載のＳＰＲＲ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００５４１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＥＭＬ１遺伝子」又は「ＥＭＬ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５７）で示されるＥｃｈｉｎｏｄｅｒｍ ｍｉｃｒｏｔｕｂｕｌｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｌｉｋｅ １遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５７に記載のＥＭＬ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００４４３４）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＹＰＥＬ５遺伝子」又は「ＹＰＥＬ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５８）で示されるｙｉｐｐｅｅ−ｌｉｋｅ ５（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５８に記載のＹＰＥＬ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_０１６０６１）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子」又は「ＥＩＦ４ＥＢＰ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５９）で示されるＥｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ４Ｅ-ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５９に記載のＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ_００４０９６）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子」又は「ＳＬＣ２Ａ１４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１６０）で示されるＳｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２（ｆａｃｉｌｉｔａｔｅｄ ｇｌｕｃｏｓｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ），ｍｅｍｂｅｒ １４遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１６０に記載のＳＬＣ２Ａ１４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０６０７６６）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本明細書で使用される「ＳＬＩＴ２遺伝子」又は「ＳＬＩＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１６１）で示されるＳＬＩＴ，Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ，ｈｏｍｏｌｏｇ，ｏｆ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１６１に記載のＳＬＩＴ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４７８７）やその他生物種ホモログなどが包含される。
本発明は、食道ガンや食道ガン転移の診断、検出、判定又は予測、及び食道ガンの治療に有用な疾患判定用組成物、並びに、該組成物を用いた食道ガン及び食道ガン転移を診断、検出、判定又は予測するための方法を提供するものであり、これによって、食道ガンや食道ガン転移に対して特異的かつ高予測率の、及び迅速でかつ簡便な、検出、判定又は予測方法を提供するという格別の作用効果を有する。
また、本発明の食道ガンマーカーのなかには、食道ガン患者の血液などの生体試料中にも見出されるものもあるが、それは健常人にはほとんどまたは全く見出されないため、単に上記マーカーの存在または量を指標にすることによって、例えば血液において、容易に食道ガンを検出することができるという作用効果をも有する。
表２に記載の遺伝子に対応する配列番号４８〜９４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の転移がある（すなわち、転移性）食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、検体中の転移がある食道ガン組織の存在を検出できる確率、横軸は、表に記載の配列番号において、順に増やした、転移がある食道ガン検出に必要な遺伝子の合計数をそれぞれ示す。 非ガン組織部の発現遺伝子についての発現量−発現強度連関図（Ｍ−Ａプロット、白菱形印：食道ガン検出用遺伝子、黒丸印：対照遺伝子）を示す。縦軸に示したＭ、すなわちＭｉｎｕｓは各遺伝子の対照と検体における測定値のログ値の差、横軸に示したＡ、すなわちＡｄｄはそれぞれの測定値のログ値の和を示す。 食道ガン組織部の発現遺伝子についての発現量−発現強度連関図（Ｍ−Ａプロット、白菱形印：食道ガン検出用遺伝子、黒丸印：対照遺伝子）を示す。縦軸に示したＭ、すなわちＭｉｎｕｓは各遺伝子の対照と検体における測定値のログ値の差、横軸に示したＡ、すなわちＡｄｄはそれぞれの測定値のログ値の和を示す。 表３に記載の遺伝子に対応する配列番号１６２〜１８１のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、検体中の食道ガン組織の存在を検出できる確率、横軸は、表３に記載の配列番号順に増やした食道ガン検出に必要な遺伝子の合計数をそれぞれ示す。 ＲＴ−ＰＣＲ法による、食道ガン組織におけるＣＡＭＫＩＩａｌｐｈａおよびＹＰＥＬ５遺伝子の発現量の減少を示す。ＧＡＰＤＨ：定常発現遺伝子グリセルアルデヒド−３−ホスフェートデヒドロゲナーゼ（ｇｌｙｃｅｒａｌｄｅｈｙｄｅ−３−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ）、−ＲＴ：Ｔａｑポリメラーゼ不添加による反応。
以下に本発明をさらに具体的に説明する
１．食道ガン関連マーカー
１．１ 食道ガン関連標的核酸（１）
本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを使用して食道ガンの存在及び転移を検出、判定又は予測するための食道ガン転移関連マーカーとしての標的核酸には、例えば、配列番号１〜４７で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＡＸＬ、Ｃ６ｏｒｆ５４、ＺＢＴＢ１１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＮＳＵＮ５、ＳＰＥＮ、ＬＴＢＰ３、ＳＹＮＧＲ１、ＡＲＬ３、ＳＬＣ１３Ａ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＡＤＤ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＡＶＰＩ１、ＧＩＭＡＰ６、ＦＬＪ１１２５９、Ｃ３ＡＲ１、ＰＣＧＦ２、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＣＧ２、ＧＰＲ１４８、ＡＲＦ６、ＮＩＳＣＨ、ＧＬＹＡＴ、ＩＧＨＭ、ＦＢＸＯ３８、ＳＬＣ１２Ａ１、ＰＧＤＳ、ＣＤ４８、ＩＭＰＡ２、ＨＳＰＡ６、ＥＩＦ３Ｓ９、ＺＮＦ６５９、ＲＡＢ６Ｃ、ＮＯＬ１、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＰＲＳＳ３、ＧＬＢ１、ＳＡＭＳＮ１、ＡＱＰ３、ＣＡＰＺＡ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＡＲＨＧＥＦ３、ＰＯＧＫ、ＰＲＡＦ１およびＨＰＧＤ）、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、ｃＤＮＡ、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的核酸は、配列番号１〜４７で表される塩基配列を含むヒト遺伝子、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、より好ましくは該転写産物又はｃＤＮＡである。
本発明において食道ガン転移の標的となる上記遺伝子はいずれも、手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン組織に比較して、手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン組織において発現レベルが有意に変化（すなわち、増加又は低下）しているものである。
第１の標的核酸は、ＡＸＬ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＸＬ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２の標的核酸は、Ｃ６ｏｒｆ５４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣ６ｏｒｆ５４遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３の標的核酸は、ＺＢＴＢ１１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＺＢＴＢ１１遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４の標的核酸は、ＴＮＦＲＳＦ１４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＴＮＦＲＳＦ１４遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第５の標的核酸は、ＮＳＵＮ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＳＵＮ５遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第６の標的核酸は、ＳＰＥＮ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＰＥＮ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第７の標的核酸は、ＬＴＢＰ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＬＴＢＰ３遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第８の標的核酸は、ＳＹＮＧＲ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＹＮＧＲ１遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第９の標的核酸は、ＡＲＬ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＲＬ３遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１０の標的核酸は、ＳＬＣ１３Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＣ１３Ａ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１１の標的核酸は、ＲＡＬＧＤＳ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＲＡＬＧＤＳ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１２の標的核酸は、ＡＤＤ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＤＤ３遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１３の標的核酸は、ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１４の標的核酸は、ＡＶＰＩ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＶＰＩ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１５の標的核酸は、ＧＩＭＡＰ６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＩＭＡＰ６遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１６の標的核酸は、ＦＬＪ１１２５９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＦＬＪ１１２５９遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１７の標的核酸は、Ｃ３ＡＲ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣ３ＡＲ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１８の標的核酸は、ＰＣＧＦ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＣＧＦ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１９の標的核酸は、ＰＤＥ６Ｄ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＤＥ６Ｄ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２０の標的核酸は、ＰＬＣＧ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＬＣＧ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２１の標的核酸は、ＧＰＲ１４８遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＰＲ１４８遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２２の標的核酸は、ＡＲＦ６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＲＦ６遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２３の標的核酸は、ＮＩＳＣＨ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＩＳＣＨ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２４の標的核酸は、ＧＬＹＡＴ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＬＹＡＴ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２５の標的核酸は、ＩＧＨＭ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＩＧＨＭ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２６の標的核酸は、ＦＢＯＸ３８遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＦＢＯＸ３８遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２７の標的核酸は、ＳＬＣ１２Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＣ１２Ａ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２８の標的核酸は、ＰＧＤＳ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＧＤＳ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２９の標的核酸は、ＣＤ４８遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＤ４８遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３０の標的核酸は、ＩＭＰＡ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＩＭＰＡ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３１の標的核酸は、ＨＳＰＡ６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＳＰＡ６遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３２の標的核酸は、ＥＩＦ３Ｓ９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＩＦ３Ｓ９遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３３の標的核酸は、ＺＮＦ６５９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＺＮＦ６５９遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３４の標的核酸は、ＲＡＢ６Ｃ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＲＡＢ６Ｃ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３５の標的核酸は、ＮＯＬ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＯＬ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３６の標的核酸は、ＤＡＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＤＡＢ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３７の標的核酸は、ＥＢＩ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＢＩ３遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３８の標的核酸は、ＰＲＳＳ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＲＳＳ３遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３９の標的核酸は、ＧＬＢ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＬＢ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４０の標的核酸は、ＳＡＭＳＮ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＡＭＳＮ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４１の標的核酸は、ＡＰＱ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＰＱ３遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４２の標的核酸は、ＣＡＰＺＡ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＡＰＺＡ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４３の標的核酸は、Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＢ４ＧＡＬＴ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４４の標的核酸は、ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＲＨＧＥＦ３遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４５の標的核酸は、ＰＯＧＫ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＯＧＫ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４６の標的核酸は、ＰＲＡＦ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＲＡＦ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４７の標的核酸は、ＨＰＧＤ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＨＰＧＤ遺伝子は食道ガン株化細胞の転移性亜株で発現が増加していることが、Ｋａｗａｍａｔａ,Ｈ.ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ、第９４巻、ｐ.６９９―７０６に示されている。
１．２ 食道ガン関連標的核酸（２）
本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを使用して食道ガン又は食道ガン細胞の存在を検出、判定又は予測するための食道ガン関連マーカーとしての標的核酸の別の例には、例えば、配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＧＡＬＮＳ， ｆｇｆ３， ＣＡＭＫ２Ｂ， ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ， ＰＳＡＲＬ， ＸＲＣＣ３， ＣＡＰＧ， ＧＲＨＰＲ， ＴＲＯＡＰ， ＲＲＭ２， ＳＡＴＢ２， Ｃ１４ｏｒｆ１６２， ＳＥＰＴ６， Ｍ６ＰＲ， ＳＰＲＲ３， ＥＭＬ１， ＹＰＥＬ５， ＥＩＦ４ＥＢＰ２， ＳＬＣ２Ａ１４及びＳＬＩＴ２）、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、ｃＤＮＡ、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的核酸は、配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むヒト遺伝子、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、より好ましくは該転写産物又はｃＤＮＡである。
本発明において食道ガンの標的となる上記遺伝子はいずれも、非ガン組織に比べて食道ガン組織において該遺伝子の発現レベルが有意に低下しているものである。
第１の標的核酸は、ＧＡＬＮＳ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＧＡＬＮＳ遺伝子は、Ｎ―アセチルガラクトサミン−６−硫酸スルファターゼの遺伝子である（Ｔｏｍａｔｓｕ，ｓ．ら、１９９１ 年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ、第１８１巻、ｐ．６７７-６８３）。この遺伝子の翻訳産物はライソゾーム内でグリコサミノグリカン、硫酸ケラタン、コンドロイチン６−硫酸などの代謝に関与しており、この遺伝子の欠損、欠失、変異は遺伝性ムコ多糖類症であるモルキオＡ症候群を引き起こすことが知られている（Ｆｕｋｕｄａ, Ｓ.ら、１９９２年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ、 第９０巻、ｐ.１０４９-１０５３など）。モルキオＡ症候群は、角膜混濁、大動脈弁閉鎖不全、硫酸ケラタンの尿中排泄や骨病変を主な症状とする。しかしながら、これまでにＧＡＬＮＳ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２の標的核酸は、ｆｇｆ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ｆｇｆ３遺伝子は、線維芽細胞成長因子ファミリーに属する遺伝子である（Ｂｒｏｏｋｅｓ，Ｓ.ら、１９８９年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第４巻、ｐ．４２９-４３６）。この遺伝子の翻訳産物は耳の形成に寄与していることが示唆されているほか、プロトオンコジーンとしてヒト食道ガン細胞を含む多くの種のヒト及びマウスのガン組織で増幅していることが見出されている（Ｋｉｔａｇａｗａ, Yら、１９９１年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５１巻、p.１５０４-１５０８）。しかしながら、これまでにｆｇｆ３遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第３の標的核酸は、ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子は、カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼＩＩβの遺伝子である（Ｔｏｍｂｅｓ，ｒ．Ｍ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ、第１３５５巻、ｐ．２８１-２９２）。この遺伝子の翻訳産物は様様な基質のセリン・スレオニン残基をリン酸化し、細胞周期の調節や中枢神経系の形成に寄与していることが示唆されている。肺小細胞ガン細胞においてＣＡＭＫ２Ｂの活性化が細胞周期の促進を起こすことが示唆されているが（Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｃ．Ｌ．ら、１９９６年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ、第５１巻、ｐ．７０７-７１５）、しかしながら、これまでにｃＭＡＫ２Ｂ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第４の標的核酸は、ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＣＡＭＫＩＩＮａｌｐｈａ遺伝子は、Ｃａｌｃｉｕｍ／ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ−Ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ＩＩの遺伝子である（Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ，Ｒ．Ｌ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９９巻、ｐ．１６８９９-１６９０３）。ＣａＭ−ｋｉｎａｓｅ ＩＩ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ａｌｐｈａ（ｒａｔ ＬＯＣ２８７００５）に強い相同性があり、ＬＯＣ２８７００５は脳に特異的なＣａｌｃｉｕｍ／ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ−Ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ＩＩの阻害タンパク質であることが知られている（Ｃｈａｎｇ．Ｂ．Ｈ．ら、２００１年、Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ、第１０２巻、ｐ．７６７-７７７）。しかしながら、これまでにＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第５の標的核酸は、ＰＳＡＲＬ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＰＳＡＲＬ遺伝子は、Ｐｒｅｓｅｎｉｌｉｎ-ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｒｈｏｍｂｏｉｄ−ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎの遺伝子である（Ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ，Ｌら、２００１年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ、第３巻、ｐ．１８１−１９０）。Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＰＳＡＲＬホモログであるＲｂｄ１の翻訳産物は、ミトコンドリア内膜に存在し、欠損によって呼吸不全を引き起こすことが知られている（ＭａｃＱｕｉｂｂａｎ，Ｇら、２００３年、Ｎａｔｕｒｅ、第４２３巻、ｐ．５３７-５４１）。しかしながらこれまでにＰＳＡＲＬ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第６の標的核酸は、ＸＲＣＣ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＸＲＣＣ３遺伝子は、Ｘ−ｒａｙ ｒｅｐａｉｒ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｉｎｇ ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ ｒｅｐａｉｒ ｉｎ ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｃｅｌｌ ３の遺伝子である（Ｔｅｂｂｅｓ，Ｒ．Ｓ．ら、１９９５年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９２巻、ｐ．６３５４-６３５８）。ＸＲＣＣ３遺伝子の翻訳産物は遺伝子障害の修復に関与し、ＸＲＣＣ３遺伝子の変異が乳癌（Ｋｕｓｃｈｅｌ，Ｂ．ら、２００２年、Ｈｕｍａｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１１巻、ｐ．１３９９−１４０７）及びメラノーマ（Ｗｉｎｓｅｙ，Ｌ．ら、２０００年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６０巻、ｐ．５６１２−５６１６）において有意に高いという報告がある。しかしながらこれまでにＸＲＣＣ３遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第７の標的核酸は、ＣＡＰＧ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＣＡＰＧ遺伝子は、ゲルゾリン／ビリンファミリーに属するアクチンキャッピングタンパク質の遺伝子である（Ｄａｂｉｒｉ，Ｇ．Ａ．ら、１９９２年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２６７巻、ｐ．１６５４５-１６５５２）。この遺伝子の翻訳産物は、アクチン線維の矢尻端に結合するが、アクチン線維の切断能はないとされる。マクロファージで最初に見出され、マクロファージ機能に関与している可能性が示唆されているが、これまでにＣＡＰＧ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第８の標的核酸は、ＧＲＨＰＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＧＲＨＰＲ遺伝子は、Ｇｌｙｏｘｙｌａｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ-ｈｙｄｒｏｘｙｐｙｒｕｖａｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅの遺伝子である（Ｒｕｍｓｂｙ，Ｇら，１９９９年、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ 、第１４４６巻、ｐ．３８３-３８８）。この遺伝子の翻訳産物はグリオキシレートをグリコレートに代謝するほか、ヒドロキシピルベートをＤ−グリセレートに可逆的に分解する。原発性２型高シュウ酸尿症の原因遺伝子であることが示唆されている（Ｃｒａｍｅｒ，Ｓ．Ｄ．ら、１９９９年、Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第８巻、ｐ.２０６３-２０６９）。しかしながら、これまでにＧＲＨＰＲ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第９の標的核酸は、ＴＲＯＡＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＴＲＯＡＰ遺伝子は、Ｔｒｏｐｈｉｎｉｎ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＴＡＳＴＩＮ）の遺伝子である（Ｆｕｋｕｄａ，Ｍ．Ｎ．ら、１９９５年、Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、第９巻、ｐ．１１９９-１２１０）。この遺伝子の翻訳産物はＴｒｏｐｈｉｎｉｎと共同で働き、子宮内膜細胞への胚の着床時に、細胞接着に寄与していることが示唆されている（Ｆｕｋｕｄａ，Ｍら、上記）。しかしながら、これまでにＴＲＯＡＰ遺伝子又はその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１０の標的核酸は、ＲＲＭ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＲＲＭ２遺伝子は、ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ Ｍ２ ｃｈａｉｎの遺伝子である（Ｙａｎｇ-Ｆｅｎｇ，Ｔ．Ｌ．ら、１９８７年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１巻、ｐ．７７-８６）。この遺伝子の翻訳産物は、リボヌクレオチドからデオキシリボヌクレオチドを産生する酵素のサブユニットであり、ＤＮＡ合成の律速酵素となっている。浸潤性の乳癌などで発現が亢進していることが示されており（Ｊｅｎｓｅｎ，Ｒ．Ａ．ら、１９９４年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， ＵＳＡ、第９１巻、ｐ．９５２７-９２６１など）、ヒドロキシウレアの抗ガン作用のターゲット分子としても知られている（Ｙｅｎ，Ｙ．ら、１９９４年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５４巻、ｐ．３６８６-３６９１）。またガン細胞株の抗ガン剤ゲムシタビンに対する耐性の発現に伴って発現量が増えていることが知られている（Ｇｏａｎ，Ｙ．Ｇ．ら、１９９９年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５９巻、ｐ．４２０４-４２０７など）。しかしながら、これまでにＲＲＭ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１１の標的核酸は、ＳＡＴＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＳＡＴＢ２遺伝子は、ＤＮＡ配列結合タンパク質の遺伝子である（Ｋｉｋｕｎｏ．Ｒ．ら、１９９９年、ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６巻、ｐ．１９７−２０５）。この遺伝子の翻訳産物は、プレＢ細胞のイムノグロブリン遺伝子ｎｕｃｌｅａｒ ｍａｔｒｉｘ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｒｅｇｉｏｎｓへの結合と発現調節が知られているが（Ｄｏｂｒｅｖａ，Ｇ．２００３年、Ｇｅｎｅｓ ＆ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、第１７巻、ｐ．３０４８-３０６１）、しかしながら、これまでにＳＡＴＢ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１２の標的核酸は、Ｃ１４ｏｒｆ１６２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
Ｃ１４ｏｒｆ１６２遺伝子は、ｃｈｒｏｍｏｓｅｍｅ １４ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ １６２の遺伝子である（Ｍａｏ， Ｙ．ら、２０００年 Ｇｅｎｂａｎｋ Ｄｉｒｅｃｔ ｓｕｂｍｉｓｓｉｏｎ）。Ｃ１４ｏｒｆ１６２遺伝子の機能は知られておらず、これまでにＣ１４ｏｒｆ１６２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１３の標的核酸は、ＳＥＰＴ６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＳＥＰＴ６遺伝子は、ｓｅｐｔｉｎファミリーに属する遺伝子である（Ｏｎｏ， Ｒ．ら、２００２年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６２巻、ｐ．３３３-３３７）。この遺伝子の翻訳産物は、ＡＴＰ−ＧＴＰ結合部位と核内移行を示唆する配列をもつ。また数種の変異体が存在していることが知られている。Ｓｅｐｔｉｎ６遺伝子は染色体転移によって急性骨髄性白血病患者においてＭＬＬ遺伝子と融合することが知られている（Ｏｎｏ, Ｒ.ら、上記）。しかしながら、これまでにＳＥＰＴＩＮ６遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１４の標的核酸は、Ｍ６ＰＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
Ｍ６ＰＲ遺伝子は、ｓｍａｌｌ ｍａｎｎｏｓｅ ６−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒの遺伝子である（Ｐｏｈｌｍａｎｎ，Ｒ．ら、１９８７年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８４巻、ｐ．５５７５−５５７９）。この遺伝子の翻訳産物は、ＩＧＦ−ＩＩの受容体として働き、絨毛ガン細胞でその発現を抑制することにより細胞増殖能が抑制されることが示されている（Ｏ'Ｇｏｒｍａｎ,Ｄ．Ｂ.ら、１９９９年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５９巻、ｐ．５６９２−５６９４）。しかしながら、これまでにＭ６ＰＲ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１５の標的核酸は、ＳＰＲＲ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＳＰＲＲ３遺伝子は前述したように、食道ガンのマーカーとなることが知られている（国際公開第２００３/０４２６６１パンフレット、Ｃｈｅｎ, Ｂ.Ｓ. ら、２０００年、Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ、第２１巻、ｐ.２１４７-２１５０、Ａｂｒａｈａｍ, Ｊ.Ｍ.ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ Ｇｒｏｗｔｈ ＆ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ、第７巻、ｐ.８５５-８６０）。
第１６の標的核酸は、ＥＭＬ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＥＭＬ１遺伝子は、Ｅｃｈｉｎｏｄｅｒｍ ｍｉｃｒｏｔｕｂｕｌｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｌｉｋｅ １の遺伝子である（Ｅｕｄｙ，Ｊ．Ｄ．ら、 １９９７年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第４３巻、ｐ．１０４−１０６）。ＥＭＬ１遺伝子の配列にはカルシウム結合モチーフやヒスチジン酸フォスファターゼ活性領域を推測させる配列が存在するが、これまでにＥＭＬ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１７の標的核酸は、ＹＰＥＬ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。

ＹＰＥＬ５遺伝子は、ｙｉｐｐｅｅ−ｌｉｋｅ ５（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）の遺伝子である（Ｒｏｘｓｔｒｏｍ―Ｌｉｎｄｑｕｉｓｔ，Ｋ．ら、２００１年、Ｉｎｓｅｃｔ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ、第１０巻、ｐ．７７−８６）。ＹＰＥＬ５の翻訳産物は、ｚｉｎｃ―ｂｉｎｄｉｎｇタンパク質ファミリーに属しているが、これまでにＹＰＥＬ５遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。 第１８の標的核酸は、ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子は、Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ４Ｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２の遺伝子である（Ｐａｕｓｅ，Ａ．ら、１９９４年、Ｎａｔｕｒｅ、第３７１巻、ｐ．７６２−７６７）。ＥＩＦ４ＥＢＰ２の翻訳産物は、遺伝子発現の開始制御タンパク質であり、遺伝子変異がいくつかのガンにおいて見出されているが（Ｔｓｕｋｉｙａｍａ−Ｋｏｈａｒａ，Ｋ．ら、１９９６年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第３８巻、ｐ．３５３−３６３）、これまでにＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第１９の標的核酸は、ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子は、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２（ｆａｃｉｌｉｔａｔｅｄ ｇｌｕｃｏｓｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ），ｍｅｍｂｅｒ １４の遺伝子である（Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ，Ｒ．Ｌ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９９巻、ｐ．１６８９９-１６９０３）。ＳＬＣ２Ａ１４の翻訳産物は、精巣に特異的に発現しているグルコーストランスポーターであるが（Ｗｕ，Ｘら、上記）、これまでにＳＬＣ２Ａ１４遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第２０の標的核酸は、ＳＬＩＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。
ＳＬＩＴ２遺伝子は、ＳＬＩＴ，Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ，ｈｏｍｏｌｏｇ ｏｆ ２の遺伝子である（Ｉｔｏｈ， Ａ．ら、１９９８年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６２巻、ｐ．１７５-１８６）。この遺伝子の翻訳産物は、分泌タンパク質であり、神経線維の伸長や白血球遊走を阻害することが知られている（Ｗｕ， Ｗ．ら、１９９９年、Ｎａｔｕｒｅ、第４００巻、ｐ．３３１-３３６）。しかしながら、これまでにＳＬＩＴ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
１．３ 食道ガン関連標的ポリペプチド（１）
本発明の組成物又はキットを使用して食道ガンの存在及び転移を検出、判定又は予測するための食道ガン転移関連マーカーとしての標的ポリペプチドには、例えば、配列番号１〜４７で表される塩基配列を含む上記ヒト遺伝子、すなわち、それぞれ、ＡＸＬ、Ｃ６ｏｒｆ５４、ＺＢＴＢ１１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＮＳＵＮ５、ＳＰＥＮ、ＬＴＢＰ３、ＳＹＮＧＲ１、ＡＲＬ３、ＳＬＣ１３Ａ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＡＤＤ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＡＶＰＩ１、ＧＩＭＡＰ６、ＦＬＪ１１２５９、Ｃ３ＡＲ１、ＰＣＧＦ２、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＣＧ２、ＧＰＲ１４８、ＡＲＦ６、ＮＩＳＣＨ、ＧＬＹＡＴ、ＩＧＨＭ、ＦＢＸＯ３８、ＳＬＣ１２Ａ１、ＰＧＤＳ、ＣＤ４８、ＩＭＰＡ２、ＨＳＰＡ６、ＥＩＦ３Ｓ９、ＺＮＦ６５９、ＲＡＢ６Ｃ、ＮＯＬ１、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＰＲＳＳ３、ＧＬＢ１、ＳＡＭＳＮ１、ＡＱＰ３、ＣＡＰＺＡ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＡＲＨＧＥＦ３、ＰＯＧＫ、ＰＲＡＦ１及びＨＰＧＤ遺伝子、によってコードされるポリペプチド、例えば、配列番号９５〜１４１で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、ポリペプチド、同族体、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的ポリペプチドは、配列番号９５〜１４１で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチドである。
本発明において食道ガン転移の標的となる上記ポリペプチドはいずれも、対応する遺伝子及びその転写産物の発現量と同様に、手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン組織に比較して、手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン組織において発現レベルが有意に変化（すなわち、増加又は低下）しているものであること、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが手術時にリンパ節転移がなかった被験者と比べて手術時にリンパ節転移があった被験者において有意に変化（すなわち、増加又は低下）することによって特徴付けられる。
１．４ 食道ガンの標的ポリペプチド（２）
本発明の組成物又はキットを使用して食道ガン又は食道ガン細胞の存在を検出、判定又は予測するための食道ガン関連マーカーとしての標的ポリペプチドには、上記ＧＡＬＮＳ， ｆｇｆ３， ＣＡＭＫ２Ｂ， ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ， ＰＳＡＲＬ， ＸＲＣＣ３， ＣＡＰＧ， ＧＲＨＰＲ， ＴＲＯＡＰ， ＲＲＭ２， ＳＡＴＢ２， Ｃ１４ｏｒｆ１６２， ＳＥＰＴ６， Ｍ６ＰＲ， ＳＰＲＲ３， ＥＭＬ１， ＹＰＥＬ５， ＥＩＦ４ＥＢＰ２， ＳＬＣ２Ａ１４及びＳＬＩＴ２遺伝子によってコードされるポリペプチド、例えば、配列番号１８２〜２０１で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、ポリペプチド、同族体、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的ポリペプチドは、配列番号１８２〜２０１で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチドである。
本発明において食道ガンの標的となる上記ポリペプチドはいずれも、対応する遺伝子及びその転写産物の発現量と同様に、非ガン組織に比べて食道ガン組織においてその発現量が有意に低下すること、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において有意に低下することによって特徴付けられる。
１．５ 食道ガン関連標的ポリペプチド（３）
本発明の組成物又はキットを使用して食道ガンをインビトロで検出するための別の食道ガンマーカーは、配列番号２０２〜２３３で表されるアミノ酸配列を有すポリペプチド、その変異体またはその断片である。
本発明の配列番号２０２〜２３３のポリペプチドを、その遺伝子名およびタンパク質番号（ジーンバンク登録名および登録番号）、ならびにそれらの特性とともに下記の表１に示す。これらのポリペプチドは、例えば食道ガン患者血漿中に特異的に検出され、健常者の血漿には検出されないか、または検出できるレベルにない。
Figure 0005219029
 本発明において食道ガン検出のための上記標的ポリペプチドはいずれも、食道ガン患者において、血液などの生体試料中の該ポリペプチドのレベルが、健常人と比べて食道ガンに罹患した被験者において有意にまたは格別に高いことによって特徴付けられる。
２．食道ガン診断用プローブ
本発明によれば、食道ガンの存在及び/又は転移を検出、判定又は予測するための、或いは被験者の術後の予後を予測するための、プローブは、下記のＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群：
Ｉ群：
（a）配列番号１〜４６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（b）配列番号１〜４６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（c）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（d）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
ＩＩ群：
（f）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（g）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
（h）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
（i）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
（j）前記（f）〜（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片、
からなるポリヌクレオチド、
ＩＩＩ群：
（k）配列番号１〜４６で表される塩基配列によってコードされるポリペプチド、又は配列番号９５〜１４０で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、
（l）配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列によってコードされるポリペプチド、或いは配列番号１８２〜１９５、１９７〜２０１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、及び
（m）配列番号２０２〜２３２で表されるポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、
からなる抗体、その断片或いはその化学修飾誘導体、
から選択される。
上記のプローブは、いずれも上記１．１節から１．５節に記載された食道ガン関連マーカーのいずれかと結合可能なものであり、食道ガンの存在又は転移を検出、判定又は予測するために使用可能である。例えば、上記Ｉ群及びＩＩＩ群（ｋ）の各プローブによって食道ガンの存在又は転移を検出、判定又は予測することができる。また、上記ＩＩ群及びＩＩＩ群（ｌ）、（ｍ）の各プローブによって食道ガンの存在を検出、判定又は予測することができる。
本発明において、核酸プローブはＤＮＡ又はＲＮＡを含み、一方、抗体プローブはポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、それらの抗体断片、合成抗体、組換え抗体、多重特異的抗体、単鎖抗体などを含む。
本発明者らは、今回、上記Ｉ群からＩＩＩ群に示したプローブが食道ガンの存在及び/又は転移の検出、判定又は予測に使用できることを初めて見出した。
３．食道ガン診断用組成物
３．１ 核酸組成物（１）
本発明において、食道ガンの存在及び/又は転移を検出、判定又は予測するための核酸組成物は、上記２節のＩ群に記載した１又は２以上のプローブを含み、食道ガン転移関連の標的核酸としての、ヒト由来のＡＸＬ、Ｃ６ｏｒｆ５４、ＺＢＴＢ１１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＮＳＵＮ５、ＳＰＥＮ、ＬＴＢＰ３、ＳＹＮＧＲ１、ＡＲＬ３、ＳＬＣ１３Ａ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＡＤＤ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＡＶＰＩ１、ＧＩＭＡＰ６、ＦＬＪ１１２５９、Ｃ３ＡＲ１、ＰＣＧＦ２、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＣＧ２、ＧＰＲ１４８、ＡＲＦ６、ＮＩＳＣＨ、ＧＬＹＡＴ、ＩＧＨＭ、ＦＢＸＯ３８、ＳＬＣ１２Ａ１、ＰＧＤＳ、ＣＤ４８、ＩＭＰＡ２、ＨＳＰＡ６、ＥＩＦ３Ｓ９、ＺＮＦ６５９、ＲＡＢ６Ｃ、ＮＯＬ１、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＰＲＳＳ３、ＧＬＢ１、ＳＡＭＳＮ１、ＡＱＰ３、ＣＡＰＺＡ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＡＲＨＧＥＦ３、ＰＯＧＫ、ＰＲＡＦ１及びＨＰＧＤ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、或いはそれらの変異体又は誘導体の存在、発現量又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
上記の標的核酸は、手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン組織に比較して、手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン組織においてその発現レベルが有意に変化（すなわち、増加又は低下）する。それゆえ、本発明の組成物は、手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン組織と手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン組織について標的核酸の発現レベルを測定し、それらを比較するために有効に使用することができる。
本発明で使用可能な組成物は、食道ガンに罹患した患者の生体組織において配列番号１〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、該塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、ならびにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群から選ばれた１又は複数のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。
具体的には、本発明の組成物は、以下の１又は複数のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
（１）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１〜４６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１〜４６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（５）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１〜４６で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１〜４６で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（１１）配列番号４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号４７で表される塩基配列と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４)配列番号４７で表される塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
上記（１）〜(１４)のポリヌクレオチドの断片は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基又は１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基又は２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基又は５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基又は６０〜７０塩基などの範囲の塩基数を含むことができるが、これらに限定されないものとする。
本発明の実施形態により、配列番号１〜４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの断片はそれぞれ、配列番号４８〜９４で表される塩基配列又はその相補的配列、あるいはそれらの連続する１５塩基以上の部分配列、を含むことが好ましい。
本発明の組成物には、例えば以下のポリヌクレオチドが包含される。
(１)配列番号１〜４６で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２)配列番号１〜４６で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(３)配列番号４７で表される塩基配列またはその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(４)配列番号４７で表される塩基配列またはその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(５)配列番号１〜４６で表される塩基配列において、それぞれ配列番号４８〜９３で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(６)配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号４８〜９３で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(７)配列番号４７で表される塩基配列において、配列番号９４で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(８)配列番号４７で表される塩基配列に相補的な配列において、配列番号９４で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもＤＮＡでもよいしＲＮＡでもよい。
本発明の組成物としてのポリヌクレオチドは、ＤＮＡ組換え技術、ＰＣＲ法、ＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
ＤＮＡ組換え技術及びＰＣＲ法は、例えばＡｕｓｕｂｅｌら， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＵＳ （１９９３）； Ｓａｍｂｒｏｏｋら， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， ＵＳ （１９８９）などに記載される技術を使用することができる。
ヒト由来の、ＡＸＬ、Ｃ６ｏｒｆ５４、ＺＢＴＢ１１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＮＳＵＮ５、ＳＰＥＮ、ＬＴＢＰ３、ＳＹＮＧＲ１、ＡＲＬ３、ＳＬＣ１３Ａ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＡＤＤ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＡＶＰＩ１、ＧＩＭＡＰ６、ＦＬＪ１１２５９、Ｃ３ＡＲ１、ＰＣＧＦ２、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＣＧ２、ＧＰＲ１４８、ＡＲＦ６、ＮＩＳＣＨ、ＧＬＹＡＴ、ＩＧＨＭ、ＦＢＸＯ３８、ＳＬＣ１２Ａ１、ＰＧＤＳ、ＣＤ４８、ＩＭＰＡ２、ＨＳＰＡ６、ＥＩＦ３Ｓ９、ＺＮＦ６５９、ＲＡＢ６Ｃ、ＮＯＬ１、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＰＲＳＳ３、ＧＬＢ１、ＳＡＭＳＮ１、ＡＱＰ３、ＣＡＰＺＡ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＡＲＨＧＥＦ３、ＰＯＧＫ、ＰＲＡＦ１およびＨＰＧＤ遺伝子は公知であり、前述のようにその取得方法も知られている。このため、これらの遺伝子をクローニングすることによって、本発明の組成物としてのポリヌクレオチドを作製することができる。
本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ自動合成装置を用いて化学的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によって約１００塩基までの一本鎖ＤＮＡを自動合成することができる。ＤＮＡ自動合成装置は、例えばＰｏｌｙｇｅｎ社、ＡＢＩ社、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ社などから市販されている。
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡクローニング法によって作製することもできる。本発明において標的である上記遺伝子が発現される食道組織などの生体組織から抽出したｔｏｔａｌ ＲＮＡをオリゴｄＴセルロースカラムで処理して得られるポリＡ（＋）ＲＮＡからＲＴ−ＰＣＲ法によってｃＤＮＡライブラリーを作製し、このライブラリーからハイブリダイゼーションスクリーニング、発現スクリーニング、抗体スクリーニングなどのスクリーニングによって目的のｃＤＮＡクローンを得ることができる。必要に応じて、ｃＤＮＡクローンをＰＣＲ法によって増幅することもできる。プローブ又はプライマーは、配列番号１〜４７に示される塩基配列に基づいて１５〜１００塩基の連続する配列の中から選択し、合成しうる。ｃＤＮＡクローニング技術は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．& Ｒｕｓｓｅｌ，Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７に記載されており、ポリヌクレオチドの作製のために利用しうる。
３．２ 核酸組成物（２）
本発明において、食道ガン又は食道ガン細胞の存在を検出、判定又は予測するための核酸組成物の別の例は、上記２節のＩＩ群に記載した１又は２以上のプローブを含み、食道ガン関連の標的核酸としての、ヒト由来のＧＡＬＮＳ， ｆｇｆ３， ＣＡＭＫ２Ｂ， ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ， ＰＳＡＲＬ， ＸＲＣＣ３， ＣＡＰＧ， ＧＲＨＰＲ， ＴＲＯＡＰ， ＲＲＭ２， ＳＡＴＢ２， Ｃ１４ｏｒｆ１６２， ＳＥＰＴ６， Ｍ６ＰＲ， ＳＰＲＲ３， ＥＭＬ１， ＹＰＥＬ５， ＥＩＦ４ＥＢＰ２， ＳＬＣ２Ａ１４及びＳＬＩＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体の存在、発現量又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
上記の標的核酸は、非ガン組織に比べて食道ガン組織においてその発現レベルが有意に低下する。それゆえ、本発明の組成物は、非ガン組織と食道ガン組織について標的核酸の発現レベルを測定し、それらを比較するために有効に使用することができる。
本発明で使用可能な組成物は、食道ガンに罹患した患者の生体組織において配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、該塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、ならびにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群から選ばれた１又は複数のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。
具体的には、本発明の組成物は、以下の１又は複数のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
（１）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（５）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１１）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４)配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１５）配列番号１５６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１６）配列番号１５６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（１７）配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１８）配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（１９）配列番号１５６で表される塩基配列と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(２０)配列番号１５６で表される塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
上記（１）〜(１４)のポリヌクレオチドの断片は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基又は１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基又は２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基又は５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基又は６０〜７０塩基などの範囲の塩基数を含むことができるが、これらに限定されないものとする。
本発明の実施形態により、配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの断片はそれぞれ、配列番号１６２〜１８１で表される塩基配列又はその相補的配列、あるいはそれらの連続する１５塩基以上の部分配列、を含むことが好ましい。
本発明の組成物には、例えば以下のポリヌクレオチドが包含される。
(１)配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２)配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(３)配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(４)配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(５)配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１７５で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
(６)配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列に相補的な配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１７５で表される塩基配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド。
(７)配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１７７〜１８１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
(８)配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１７７〜１８１で表される塩基配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド。
(９)配列番号１５６で表される塩基配列又はその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１０)配列番号１５６で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１１)配列番号１５６で表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中に配列番号１７６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
(１２)配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中に配列番号１７６で表される塩基配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド。
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもＤＮＡでもよいしＲＮＡでもよい。
本発明の組成物としてのポリヌクレオチドは、ＤＮＡ組換え技術、ＰＣＲ法、ＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
ＤＮＡ組換え技術及びＰＣＲ法は、例えばＡｕｓｕｂｅｌら， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＵＳ （１９９３）； Ｓａｍｂｒｏｏｋら， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， ＵＳ （１９８９）などに記載される技術を使用することができる。
ＧＡＬＮＳ， ｆｇｆ３， ＣＡＭＫ２Ｂ， ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ， ＰＳＡＲＬ， ＸＲＣＣ３， ＣＡＰＧ， ＧＲＨＰＲ， ＴＲＯＡＰ， ＲＲＭ２， ＳＡＴＢ２， Ｃ１４ｏｒｆ１６２， ＳＥＰＴ６， Ｍ６ＰＲ， ＳＰＲＲ３， ＥＭＬ１， ＹＰＥＬ５， ＥＩＦ４ＥＢＰ２， ＳＬＣ２Ａ１４及びＳＬＩＴ２遺伝子は公知であり、その取得方法も知られている。このため、これらの遺伝子をクローニングすることによって、本発明の組成物としてのポリヌクレオチドを作製することができる。
ＧＡＬＮＳ遺伝子は、例えばＴｏｍａｔｓｕ，Ｓ．ら、１９９１ 年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ、第１８１巻、ｐ．６７７-６８３に記載される方法によって得ることができる。
ｆｇｆ３遺伝子は、例えばＢｒｏｏｋｅｓ，Ｓ.ら、１９８９年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第４巻、ｐ．４２９-４３６に記載される方法によって得ることができる。
ＣＭＫ２Ｂ遺伝子は、例えばＴｏｍｂｅｓ，Ｒ．Ｍ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ、第１３５５巻、ｐ．２８１-２９２に記載される方法によって得ることができる。
ＣＡＭＫＩＩＮａｌｐｈａ遺伝子は、例えばＳｔｒａｕｓｂｅｒｇ，Ｒ．Ｌ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９９巻、ｐ．１６８９９-１６９０３に記載される方法によって得ることができる。
ＰＳＡＲＬ遺伝子は、例えばＰｅｌｌｅｇｒｉｎｉ，Ｌ．ら、２００１年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ、第３巻、ｐ．１８１−１９０に記載される方法によって得ることができる。
ＸＲＣＣ３遺伝子は、例えばＴｅｂｂｅｓ，Ｒ．Ｓ．ら、１９９５年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９２巻、ｐ．６３５４-６３５８に記載される方法によって得ることができる。

ＣＡＰＧ遺伝子は、例えばＤａｂｉｒｉ，Ｇ．Ａ．ら、１９９２年、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２６７巻、ｐ．１６５４５-１６５５２に記載される方法によって得ることができる。 ＧＲＨＰＲ遺伝子は、例えばＲｕｍｓｂｙ，Ｇ．ら，１９９９年、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ 、第１４４６巻、ｐ．３８３-３８８に記載される方法によって得ることができる。
ＴＲＯＡＰ遺伝子は、例えばＦｕｋｕｄａ，Ｍ．Ｎ．ら、１９９５年、Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、第９巻、ｐ．１１９９-１２１０に記載される方法によって得ることができる。
ＲＲＭ２遺伝子は、例えばＹａｎｇ-Ｆｅｎｇ，Ｔ．Ｌ．ら、１９８７年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１巻、ｐ．７７-８６に記載される方法によって得ることができる。
ＳＡＴＢ２遺伝子は、例えばＫｉｋｕｎｏ．Ｒ．ら、１９９９年、ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６巻、ｐ．１９７−２０５に記載される方法によって得ることができる。
Ｃ１４ｏｒｆ１６２は、例えばＭａｏ，Ｙ．ら、２０００年にクローニングを報告している。
ＳＥＰＴ６遺伝子は、例えばＯｎｏ，Ｒ．ら、２００２年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６２巻、ｐ．３３３-３３７に記載される方法によって得ることができる。
Ｍ６ＰＲ遺伝子は、例えばＰｏｈｌｍａｎｎ，Ｒ．ら、１９８７年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８４巻、ｐ．５５７５−５５７９に記載される方法によって得ることができる。
ＳＰＲＲ３遺伝子は、例えばＧｉｂｂｓ，Ｓ．ら、１９９３年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１６巻、ｐ．６３０−６３７に記載される方法によって得ることができる。
ＥＭＬ１遺伝子は、例えばＥｕｄｙ，Ｊ．Ｄ．ら、 １９９７年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第４３巻、ｐ．１０４−１０６に記載される方法によって得ることができる。
ＹＰＥＬ５遺伝子は、例えばＲｏｘｓｔｒｏｍ-Ｌｉｎｄｑｕｉｓｔ，Ｋ．ら、２００１年、Ｉｎｓｅｃｔ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ、第１０巻、ｐ．７７−８６に記載される方法によって得ることができる。
ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子は、例えばＰａｕｓｅ，Ａ．ら、１９９４年、Ｎａｔｕｒｅ、第３７１巻、ｐ．７６２−７６７に記載される方法によって得ることができる。
ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子は、例えばＳｔｒａｕｓｂｅｒｇ，Ｒ．Ｌ．ら、２００２年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９９巻、ｐ．１６８９９-１６９０３に記載される方法によって得ることができる。
ＳＬＩＴ２遺伝子は、例えばＩｔｏｈ， Ａ．ら、１９９８年、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６２巻、ｐ．１７５-１８６に記載される方法によって得ることができる。
本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ自動合成装置を用いて化学的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によって約１００塩基までの一本鎖ＤＮＡを自動合成することができる。ＤＮＡ自動合成装置は、例えばＰｏｌｙｇｅｎ社、ＡＢＩ社、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ社などから市販されている。
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡクローニング法によって作製することもできる。本発明において標的である上記遺伝子が発現される食道組織などの生体組織から抽出したｔｏｔａｌ ＲＮＡをオリゴｄＴセルロースカラムで処理して得られるポリＡ（＋）ＲＮＡからＲＴ−ＰＣＲ法によってｃＤＮＡライブラリーを作製し、このライブラリーからハイブリダイゼーションスクリーニング、発現スクリーニング、抗体スクリーニングなどのスクリーニングによって目的のｃＤＮＡクローンを得ることができる。必要に応じて、ｃＤＮＡクローンをＰＣＲ法によって増幅することもできる。プローブ又はプライマーは、配列番号１４２〜１６１に示される塩基配列に基づいて１５〜１００塩基の連続する配列の中から選択し、合成しうる。ｃＤＮＡクローニング技術は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．& Ｒｕｓｓｅｌ，Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７に記載されており、ポリヌクレオチドの作製のために利用しうる。
３．３ 抗体組成物
本発明の組成物は、食道ガン診断用プローブとして、上記２節のＩＩＩ群に記載される抗体、その断片又は化学修飾誘導体を含むことができる。このような組成物は、食道ガンをもつ被験者における食道ガンの存在及び/又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するために有用である。ここで、転移の予測は、被験者の術後の予後の良、不良の予測に導くことができる。
（Ａ）本発明の抗体組成物の第１の例は、上記ＩＩＩ群（ｋ）に記載される配列番号９５〜１４０で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変異体又はその断片に対する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体を含む組成物である。
本発明の組成物には、配列番号１４１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変異体又はその断片に対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。これらの抗体の併用によって、予後予測のための精度を高めることができる。
すなわち、本発明により、食道ガン転移マーカーとしての、上記ＡＸＬ、Ｃ６ｏｒｆ５４、ＺＢＴＢ１１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＮＳＵＮ５、ＳＰＥＮ、ＬＴＢＰ３、ＳＹＮＧＲ１、ＡＲＬ３、ＳＬＣ１３Ａ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＡＤＤ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＡＶＰＩ１、ＧＩＭＡＰ６、ＦＬＪ１１２５９、Ｃ３ＡＲ１、ＰＣＧＦ２、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＣＧ２、ＧＰＲ１４８、ＡＲＦ６、ＮＩＳＣＨ、ＧＬＹＡＴ、ＩＧＨＭ、ＦＢＸＯ３８、ＳＬＣ１２Ａ１、ＰＧＤＳ、ＣＤ４８、ＩＭＰＡ２、ＨＳＰＡ６、ＥＩＦ３Ｓ９、ＺＮＦ６５９、ＲＡＢ６Ｃ、ＮＯＬ１、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＰＲＳＳ３、ＧＬＢ１、ＳＡＭＳＮ１、ＡＱＰ３、ＣＡＰＺＡ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＡＲＨＧＥＦ３、ＰＯＧＫ、ＰＲＡＦ１およびＨＰＧＤ遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体を検出するために、これらのポリペプチド、その変異体又はその断片に対する抗体を１又は複数組み合わせて含む、食道ガンの存在及び/又は転移を検出、判定又は予測するための組成物を提供する。
（Ｂ）本発明の抗体組成物の第２の例は、上記ＩＩＩ群（ｌ）に記載される配列番号１８２〜１９５、１９７〜２０１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変異体又はその断片に対する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体を含む組成物である。
本発明の組成物には、配列番号１９６で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変異体又はその断片に対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。
すなわち、本発明により、食道ガンマーカーとしての、上記ＧＡＬＮＳ， ｆｇｆ３， ＣＡＭＫ２Ｂ， ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ， ＰＳＡＲＬ， ＸＲＣＣ３， ＣＡＰＧ， ＧＲＨＰＲ， ＴＲＯＡＰ， ＲＲＭ２， ＳＡＴＢ２， Ｃ１４ｏｒｆ１６２， ＳＥＰＴ６， Ｍ６ＰＲ， ＳＰＲＲ３， ＥＭＬ１， ＹＰＥＬ５， ＥＩＦ４ＥＢＰ２， ＳＬＣ２Ａ１４及びＳＬＩＴ２遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体を検出するために、これらのポリペプチド、その変異体又はその断片に対する抗体を１又は複数組み合わせて含む、食道ガンの存在を検出、判定又は予測するための組成物を提供する。
（Ｃ）本発明の抗体組成物の第３の例は、上記ＩＩＩ群（ｍ）に記載される配列番号２０２〜２３２で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変異体又はその断片に対する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体を含む、食道ガンをもつ被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するための組成物である。
本発明の組成物には、配列番号２３３で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変異体又はその断片の少なくとも１つと特異的に結合する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。
上記のポリペプチドは、上記の表１に記載の遺伝子によってコードされている。
これらのポリペプチドは、ＤＮＡ組換え技術によって得ることができる。例えば、上記のようにして得られたｃＤＮＡクローンを発現ベクターに組み込み、該ベクターによって形質転換又はトランスフェクションされた原核又は真核宿主細胞を培養することによって該細胞又は培養上清から得ることができる。ベクター及び発現系はＮｏｖａｇｅｎ社、宝酒造、第一化学薬品、Ｑｉａｇｅｎ社、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社、Ｐｒｏｍｅｇａ社、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｉｔｉｃｓ社、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ社、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社などから入手可能である。
宿主細胞としては、細菌などの原核細胞（例えば大腸菌、枯草菌）、酵母（例えばサッカロマイセス・セレビシアエ）、昆虫細胞（例えばSf細胞）、哺乳動物細胞（例えばＣＯＳ、ＣＨＯ、ＢＨＫ）などを用いることができる。
ベクターには、該ポリペプチドをコードするＤＮＡの他に、調節エレメント、例えばプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位、複製開始点、ターミネーター、選択マーカーなどを含むことができる。
またポリペプチドの精製を容易にするために標識ペプチドをポリペプチドのＣ末端またはＮ末端につけた融合ポリペプチドとしてもよい。代表的な標識ペプチドには、６〜１０残基のヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃぺプチト゛、ＧＦＰポリペプチドなどが挙げられるが、標識ペプチドはこれらにかぎられるものではない。またＤＮＡ組換え技術については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ．（上記）に記載されている。
標識ペプチドを付けずに本発明に係るポリペプチドを生産した場合には、その精製法として例えばイオン交換クロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。またこれに加えて、ゲルろ過や疎水性クロマトグラフィー、等電点クロマトグラフィーなどを組み合わせる方法でもよい。一方、当該タンパクにヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃ、ＧＦＰといった標識ペプチドを付けている場合には、一般に用いられるそれぞれの標識ペプチドに適したアフィニティークロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。単離・精製が容易となるような発現ベクターを構築するとよい。特にポリペプチドと標識ペプチドとの融合ポリペプチドの形態で発現するように発現ベクターを構築し、遺伝子工学的に当該ポリペプチドを調製すれば、単離・精製も容易である。
本発明における上記ポリペプチドの変異体は、上記定義のとおり、配列番号９５〜１４１、１８２〜２０１、２０２〜２３３で表されるアミノ酸配列又はその部分配列おいて１以上、好ましくは１もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、好ましくは約９０％以上、より好ましくは約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体である。このような変異体には、例えば、ヒトと異なる哺乳動物種のホモログ、ヒトの多型性変異やスプライス変異に基づく変異体などの天然変異体が含まれる。
本発明における上記ポリペプチド又は変異体の断片は、該ポリペプチドのアミノ酸配列の少なくとも５個、少なくとも７個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、好ましくは少なくとも２０個、少なくとも２５個、より好ましくは少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個の連続するアミノ酸残基からなり、１個または複数のエピトープを保持する。このような断片は、本発明の抗体またはその断片と免疫特異的に結合することができるものである。上記ポリペプチドは、生体内に存在するプロテアーゼやぺプチダーゼなどの酵素によって切断され断片化されて存在することも予想される。
このようにして得られたポリペプチドを認識する抗体は、抗体の抗原結合部位を介して、該ポリペプチドに特異的に結合し得る。具体的には、配列番号９５〜１４１、１８２〜２０１、２０２〜２３３のアミノ酸配列を有するポリペプチド又はその断片、その変異体ポリペプチド又は融合ポリペプチドなどを、それぞれに免疫反応性である抗体を産生するための免疫原として使用することが可能である。
より具体的には、ポリペプチド、断片、変異体、融合ポリペプチドなどは、抗体形成を引き出す抗原決定基またはエピトープを含むが、これら抗原決定基またはエピトープは、直鎖でもよいし、より高次構造（断続的）でもよい。なお、該抗原決定基またはエピトープは、当該技術分野に知られるあらゆるエピトープ解析法、例えばファージジスプレイ法、リバースイムノジェネティックス法など、によって同定できる。
本発明のポリペプチドによってあらゆる態様の抗体が誘導される。該ポリペプチドの全部若しくは一部又はエピトープが単離されていれば、慣用的技術を用いてポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体のいずれも調製可能である。方法には例えば、Ｋｅｎｎｅｔら（監修），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ： Ａ Ｎｅｗ Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｅｓ，Ｐｌｅ ｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８０に挙げられた方法がある。
ポリクローナル抗体は、鳥類(例えば、ニワトリなど)、哺乳動物(例えば、ウサギ、ヤギ、ウマ、ヒツジ、ネズミなど)などの動物に本発明に係るポリペプチドを免疫することによって作製することができる。目的の抗体は、免疫された動物の血液から、硫安分画、イオン交換クロマとグラフィー、アフィニティークロマトグラフィーなどの手法を適宜組み合わせて精製することができる。
モノクローナル抗体は、各ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を、慣用技術によってマウスにおいて産生することを含む手法によって得ることができる。こうしたハイブリドーマ細胞株を産生するための１つの方法は、動物を本発明の酵素ポリペプチドで免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイブリドーマ細胞を生成し、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定することを含む。モノクローナル抗体は、慣用技術によって回収可能である。
本発明の抗体としては、本発明の標的ポリペプチドまたはその断片と特異的に結合するものであれば特に限定されず、モノクローナル抗体でもポリクローナル抗体でも使用することができるが、モノクローナル抗体を使用するのが好ましい。別の抗体には、組換え抗体、合成酵素、多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、単鎖抗体、抗体断片などが含まれる。そのような抗体の例は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖなどである。また、本発明の抗体のグロブリンタイプ及びクラスは、上記特徴を有するものである限り特に限定されるものではなく、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２などのいずれでもよい。
＜モノクローナル抗体の作製＞
（１）免疫及び抗体産生細胞の採取
標的ポリペプチドからなる免疫原を、哺乳動物、例えばラット、マウス（例えば近交系マウスのＢａｌｂ／ｃ）、ウサギなどに投与する。免疫原の１回の投与量は、免疫動物の種類、投与経路などにより適宜決定されるものであるが、動物１匹当たり約５０〜２００μｇとされる。免疫は主として皮下、腹腔内に免疫原を注入することにより行われる。また、免疫の間隔は特に限定されず、初回免疫後、数日から数週間間隔で、好ましくは１〜４週間間隔で、２〜１０回、好ましくは３〜４回追加免疫を行う。初回免疫の後、免疫動物の血清中の抗体価の測定をＥＬＩＳＡ（Ｅｎｚｙｍｅ−Ｌｉｎｋｅｄ Ｉｍｍｕｎｏ Ｓｏｒｂｅｎｔ Ａｓｓａｙ）法などにより繰り返し行い、抗体価がプラトーに達したときは、免疫原を静脈内または腹腔内に注射し、最終免疫とする。そして、最終免疫の日から２〜５日後、好ましくは３日後に、抗体産生細胞を採取する。抗体産生細胞としては、脾臓細胞、リンパ節細胞、末梢血細胞等が挙げられるが、脾臓細胞または局所リンパ節細胞が好ましい。
（２）細胞融合
各標的ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を作製する。こうしたハイブリドーマは、慣用的技術によって産生し、そして同定することが可能である。こうしたハイブリドーマ細胞株を産生するための１つの方法は、動物を本発明のタンパク質で免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイブリドーマ細胞を生成し、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定することを含む。抗体産生細胞と融合させる骨髄腫細胞株としては、マウスなどの動物の一般に入手可能な株化細胞を使用することができる。使用する細胞株としては、薬剤選択性を有し、未融合の状態ではＨＡＴ選択培地（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミンを含む）で生存できず、抗体産生細胞と融合した状態でのみ生存できる性質を有するものが好ましい。また株化細胞は、免疫動物と同種系の動物に由来するものが好ましい。骨髄腫細胞株の具体例としては、ＢＡＬＢ／ｃマウス由来のヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシル・トランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ）欠損細胞株であるＰ３Ｘ６３−Ａｇ．８株（ＡＴＣＣ ＴＩＢ９）などが挙げられる。
次に、上記骨髄腫細胞株と抗体産生細胞とを細胞融合させる。細胞融合は、血清を含まないＤＭＥＭ、ＲＰＭＩ−１６４０培地などの動物細胞培養用培地中で、抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを約１：１〜 ２０：１の割合で混合し、細胞融合促進剤の存在下にて融合反応を行う。細胞融合促進剤として、平均分子量１５００〜４０００ダルトンのポリエチレングリコール等を約１０〜８０％の濃度で使用することができる。また場合によっては、融合効率を高めるために、ジメチルスルホキシドなどの補助剤を併用してもよい。さらに、電気刺激（例えばエレクトロポレーション）を利用した市販の細胞融合装置を用いて抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを融合させることもできる。
（３）ハイブリドーマの選別及びクローニング
細胞融合処理後の細胞から目的とするハイブリドーマを選別する。その方法として、細胞懸濁液を、例えばウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ−１６４０培地などで適当に希釈後、マイクロタイタープレート上に２００万個/ウェル程度まき、各ウェルに選択培地を加え、以後適当に選択培地を交換して培養を行う。培養温度は、２０〜４０℃ 、好ましくは約３７℃である。ミエローマ細胞がＨＧＰＲＴ欠損株またはチミジンキナーゼ欠損株のものである場合には、ヒポキサンチン・アミノプテリン・チミジンを含む選択培地（ＨＡＴ培地）を用いることにより、抗体産生能を有する細胞と骨髄腫細胞株のハイブリドーマのみを選択的に培養し、増殖させることができる。その結果、選択培地で培養開始後、約１４日前後から生育してくる細胞をハイブリドーマとして得ることができる。
次に、増殖してきたハイブリドーマの培養上清中に、目的とする抗体が存在するか否かをスクリーニングする。ハイブリドーマのスクリーニングは、通常の方法に従えばよく、特に限定されない。例えば、ハイブリドーマとして生育したウェルに含まれる培養上清の一部を採取し、酵素免疫測定法（ＥＩＡ：Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏ Ａｓｓａｙ、及びＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ：Ｒａｄｉｏ Ｉｍｍｕｎｏ Ａｓｓａｙ）等によって行うことができる。融合細胞のクローニングは、限界希釈法等により行い、最終的にモノクローナル抗体産生細胞であるハイブリドーマを樹立する。本発明のハイブリドーマは、後述するように、ＲＰＭＩ−１６４０、ＤＭＥＭ等の基本培地中での培養において安定であり、標的ポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体を産生、分泌するものである。
（４）抗体の回収
モノクローナル抗体は、慣用的技術によって回収可能である。すなわち樹立したハイブリドーマからモノクローナル抗体を採取する方法として、通常の細胞培養法または腹水形成法等を採用することができる。細胞培養法においては、ハイブリドーマを１０％ ウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ−１６４０培地、ＭＥＭ培地または無血清培地等の動物細胞培養培地中で、通常の培養条件（例えば３７℃、５％ＣＯ２濃度）で２〜１０日間培養し、その培養上清から抗体を取得する。腹水形成法の場合は、ミエローマ細胞由来の哺乳動物と同種系動物の腹腔内にハイブリドーマを約１０００万個投与し、ハイブリドーマを大量に増殖させる。そして、１〜２週間後に腹水または血清を採取する。
上記抗体の採取方法において、抗体の精製が必要とされる場合は、硫安塩析法、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ゲルクロマトグラフィーなどの公知の方法を適宜に選択して、またはこれらを組み合わせることにより、精製されたモノクローナル抗体を得ることができる。
＜ポリクローナル抗体の作製＞
ポリクローナル抗体を作製する場合は、前記と同様にウサギ等の動物を免疫し、最終の免疫日から６〜６０日後に、酵素免疫測定法（ＥＩＡ及びＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）等で抗体価を測定し、最大の抗体価を示した日に採血し、抗血清を得る。その後は、抗血清中のポリクローナル抗体の反応性をＥＬＩＳＡ法などで測定する。
＜化学修飾誘導体＞
本発明の抗体又はその断片は、化学修飾された誘導体であってもよい。例えば、酵素、蛍光団、放射性同位元素などのラベルによる標識化誘導体、或いはアセチル化、アシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化誘導体、などの化学修飾誘導体を挙げることができる。
標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコースオキシダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミラーゼまたはビオチン−アビジン複合体等の酵素を、蛍光免疫測定法の場合には、フルオレセインイソチオシアネート、テトラメチルローダミンイソチオシアネート、置換ローダミンイソチオシアネート、ジクロロトリアジンイソチオシアネート、ＡｌｅｘａまたはＡｌｅｘａＦｌｕｏｒｏ等の蛍光性物質もしくは蛍光団を、そして放射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素（１３１Ｉ，１２５Ｉ，１２３Ｉ，１２１Ｉ）、リン（３２Ｐ）、イオウ（３５Ｓ）、金属類（例えば６８Ｇａ，６７Ｇａ，６８Ｇｅ，５４Ｍｎ，９９Ｍｏ，９９Ｔｃ，１３３Ｘｅなど）等の放射性同位元素を用いることができる。また、発光免疫測定法は、ＮＡＤＨ−、ＦＭＮＨ２−、ルシフェラーゼ系、ルミノール−過酸化水素−ＰＯＤ系、アクリジニウムエステル系またはジオキセタン化合物系等の発光性分子、発光物質、生物発光物質を用いることができる。
また、必要に応じて、アビジン−ビオチン系またはストレプトアビジン−ビオチン系を利用することも可能であり、この場合、本発明の抗体またはその断片に例えばビオチンを結合することもできる。標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはグルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフィド法または過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミンＴ法、ボルトンハンター法等の公知の方法を用いることができる。
４．食道ガン診断用キット
４．１ 核酸キット
本発明はまた、上記２節のＩ群及びＩＩ群に記載されるポリヌクレオチド、上記３．１及び３．２節に記載されるポリヌクレオチド、それらの変異体及び/又はそれらの断片のうち１つ又は複数を含む食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するためのキットを提供する。
本発明のキットには、以下に記載するようなＩ群及びＩＩ群からの核酸プローブを含有させることができる。これらのプローブの各々は単独で又は組み合わせて適当な容器に収納されうる。
＜Ｉ群の核酸プローブ＞
本発明によれば、本発明のキットに含有するＩ群の核酸プローブは、食道ガンの存在及び/又は転移の検出、判定又は予測のために使用されうる。
本発明のキットは、配列番号１〜４６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を少なくとも１つ含むことができる。
本発明のキットは、さらに配列番号４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を少なくとも１つ含むことができる。
本発明のキットに含むことができるポリヌクレオチド断片は、例えば下記の（１）〜（５）からなる群より選択される１以上のＤＮＡである：
（１）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列又はその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（２）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（３）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列又はその相補的配列において、それぞれ配列番号４８〜９３、９４で表される塩基配列又はその相補的配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（４）配列番号４８〜９３、９４で表される塩基配列からなるＤＮＡ。
（５）配列番号４８〜９３、９４で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むＤＮＡ。
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜４６のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である。
別の好ましい実施形態では、本発明のキットは、上記のポリヌクレオチドに加えて、配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片をさらに含むことができる。
好ましい実施形態では、前記断片は、１５以上、好ましくは６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１〜４６、４７のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号４８〜９３、９４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号４８〜９３、９４のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号４８〜９３、９４のいずれかで表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号４８〜９３、９４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
上記の組み合わせの具体例は、配列番号１および２の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜３の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜４の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜５の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜６の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜７の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜８の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜９の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１０の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はその断片、配列番号１〜１１の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１２の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１３の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１４の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１５の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１６の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１７の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド及び/又はその断片、配列番号１〜１８の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜１９の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜２０の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１〜２１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片配列番号１〜２２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜２９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３８の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜３９の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４０の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４１の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４２の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４３の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４４の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４５の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４６の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片、配列番号１〜４７の塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはその断片である。
別のより好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号４８〜９３、９４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含むことができる。
＜ＩＩ群の核酸プローブ＞
本発明によれば、本発明のキットに含有するＩＩ群の核酸プローブは、食道ガンの存在の検出、判定又は予測のために使用されうる。
本発明のキットは、配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を少なくとも１つ含むことができる。
本発明のキットは、さらに配列番号１５６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を少なくとも１つ含むことができる。
本発明のキットに含むことができるポリヌクレオチド断片は、例えば下記の（１）〜（５）からなる群より選択される１以上のＤＮＡである：
（１）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（２）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（３）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１８１で表される塩基配列又はその相補的配列を含むＤＮＡ。
（４）配列番号１６２〜１８１で表される塩基配列からなるＤＮＡ。
（５）配列番号１６２〜１８１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むＤＮＡ。
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１４２〜１５５、１５７〜１６１のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片である。
別の好ましい実施形態では、本発明のキットは、上記のポリヌクレオチドに加えて、配列番号１５６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片をさらに含むことができる。
好ましい実施形態では、前記断片は、１５以上、好ましくは６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１４２〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片から選択される１又は複数のポリヌクレオチドを含む。
前記ポリヌクレオチドは、限定されないが、例えば、配列番号１４２〜１５５のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１７５のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドであることができる。
好ましい別の実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの１５以上の連続した塩基を含む断片から選択される１又は複数のポリヌクレオチドを含む。
前記ポリヌクレオチドは、限定されないが、例えば、配列番号１５７〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１７７〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
本発明のキットは、上記の２種類以上のポリヌクレオチドの任意の組み合わせを含むことができる。
そのような組み合わせの具体例は、配列番号１４２および１４３の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１４４の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１４５の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１４６の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１４７の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１４８の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１４９の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５０の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５１の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はその断片、配列番号１４２〜１５２の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５３の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５４の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５５の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５６の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５７の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５８の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１５９の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１６０の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片、配列番号１４２〜１６１の塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片である。
別のより好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号１６２〜１８１で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含むことができる。
別の組み合わせの具体例は、配列番号１６２〜１６５、１６７、１７１、１７３、１７４及び１７６の塩基配列又はその相補的配列を含む（又は、からなる）ポリヌクレオド及び/又はその断片である。
さらに別の組み合わせの具体例は、配列番号１６２〜１６６、１６８〜１７２及び１７５の塩基配列又はその相補的配列を含む（又は、からなる）ポリヌクレオド及び/又はその断片である。
本発明において、上記のＩ群、ＩＩ群のポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基又は１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基又は２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基又は５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基又は６０〜７０塩基などの範囲の塩基数である。
本発明のキットを構成する上記の組み合わせは、あくまでも例示であり、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片に加えて、食道ガンの検出を可能とする既知の又は将来見出されるポリヌクレオチドも包含させることができる。
４．２ 抗体キット
本発明はまた、上記２節のＩＩＩ群に記載される抗体、その断片又はその化学修飾誘導体、上記３．３節に記載される抗体、その断片又はその化学修飾誘導体のうち１つ又は複数を含む食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するためのキットを提供する。
本発明のキットには、以下に記載するようなＩＩＩ群（ｋ）、（ｌ）及び（ｍ）からの抗体、その断片又はその化学修飾誘導体プローブを含有させることができる。これらのプローブの各々は単独で又は組み合わせて適当な容器に収納されうる。
プローブの組み合わせの例は以下のとおりである。
第1の例は、食道ガン転移マーカーとしての、上記ＡＸＬ、Ｃ６ｏｒｆ５４、ＺＢＴＢ１１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＮＳＵＮ５、ＳＰＥＮ、ＬＴＢＰ３、ＳＹＮＧＲ１、ＡＲＬ３、ＳＬＣ１３Ａ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＡＤＤ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＡＶＰＩ１、ＧＩＭＡＰ６、ＦＬＪ１１２５９、Ｃ３ＡＲ１、ＰＣＧＦ２、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＣＧ２、ＧＰＲ１４８、ＡＲＦ６、ＮＩＳＣＨ、ＧＬＹＡＴ、ＩＧＨＭ、ＦＢＸＯ３８、ＳＬＣ１２Ａ１、ＰＧＤＳ、ＣＤ４８、ＩＭＰＡ２、ＨＳＰＡ６、ＥＩＦ３Ｓ９、ＺＮＦ６５９、ＲＡＢ６Ｃ、ＮＯＬ１、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＰＲＳＳ３、ＧＬＢ１、ＳＡＭＳＮ１、ＡＱＰ３、ＣＡＰＺＡ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＡＲＨＧＥＦ３、ＰＯＧＫ、ＰＲＡＦ１およびＨＰＧＤ遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体を検出するために、これらのポリペプチド、その変異体又はその断片に対する抗体を１又は複数組み合わせて含む。これらのプローブは、食道ガンの存在及び/又は転移の検出、判定又は予測のために使用しうる。特に、転移の予測は、食道ガン患者の術後予後の予測に導くことができる。
具体的には、キットに含まれるプローブは、配列番号９５〜１４０で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する１または複数の抗体、その断片、またはそれらの化学修飾誘導体である。
このキットには、さらに配列番号１４１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する抗体、その断片またはそれらの化学修飾誘導体を含ませることができる。併用により、転移の予測又は術後予後の予測のための精度を高めることができる。
第２の例は、食道ガンマーカーとしての、上記ＧＡＬＮＳ，ｆｇｆ３，ＣＡＭＫ２Ｂ，ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ，ＰＳＡＲＬ，ＸＲＣＣ３，ＣＡＰＧ，ＧＲＨＰＲ，ＴＲＯＡＰ，ＲＲＭ２，ＳＡＴＢ２，Ｃ１４ｏｒｆ１６２，ＳＥＰＴ６，Ｍ６ＰＲ，ＳＰＲＲ３，ＥＭＬ１，ＹＰＥＬ５，ＥＩＦ４ＥＢＰ２，ＳＬＣ２Ａ１４及びＳＬＩＴ２遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体を検出するために、これらのポリペプチド、その変異体又はその断片に対する抗体を１又は複数組み合わせて含む。これらのプローブは、食道ガンの存在の検出、判定又は予測のために使用しうる。
具体的には、キットに含まれるプローブは、配列番号１８２〜１９５、１９７〜２０１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する１または複数の抗体、その断片又はそれらの化学修飾誘導体である。
このキットにはさらに、配列番号１９６で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する抗体、その断片又はそれらの化学修飾誘導体を含ませることができる。
第３の例は、配列番号２０２〜２３２で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変異体、或いはそれらの断片の少なくとも１つと特異的に結合する１または複数の抗体、その断片又はその化学修飾誘導体である。
このキットにはさらに、配列番号２３３で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する抗体、その断片又はそれらの化学修飾誘導体を含ませることができる。
本発明のキットに含まれる抗体は、個別にまたは混合物の形態で存在し得るし、あるいは固相担体に結合されていてもよいしまたは遊離の形態でもよい。さらに本発明のキットは、標識二次抗体、担体、洗浄バッファー、試料希釈液、酵素基質、反応停止液、精製された標準物質としてのマーカー(標的)ポリペプチド、使用説明書、等を含むことができる。
５．ＤＮＡチップ
本発明はさらに、上記の３節及び/又は４節に記載されるような、本発明の組成物及び/又はキットに含まれるものと同じポリヌクレオチド、変異体又は断片を単独で又は組み合わせて、好ましくは組み合わせて、食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するためのＤＮＡチップを提供する。
ＤＮＡチップの基板としては、ＤＮＡを固相化できるものであれば特に制限はなく、スライドガラス、シリコン製チップ、ポリマー製チップ及びナイロンメンブレンなどを例示することができる。またこれらの基板にはポリＬリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官能基導入などの表面処理がされていてもよい。
また固相化法については一般に用いられる方法であれば特に制限はなく、スポッター又はアレイヤーと呼ばれる高密度分注機を用いてＤＮＡをスポットする方法や、ノズルより微少な液滴を圧電素子などにより噴射する装置（インクジェット）を用いてＤＮＡを基板に吹き付ける方法、又は基板上で順次ヌクレオチド合成を行う方法を例示することができる。高密度分注機を用いる場合には、例えば多数のウェルを持つプレートのおのおののウェルに異なった遺伝子溶液を入れておき、この溶液をピン（針）で取り上げて基板上に順番にスポットすることによる。インクジェット法では、ノズルより遺伝子を噴射し，基板上に高速度で遺伝子を整列配置することによる。基板上でのＤＮＡ合成は、基板上に結合した塩基を光によって脱離する官能基で保護し、マスクを用いることにより特定部位の塩基だけに光を当て、官能基を脱離させる。その後、塩基を反応液に加えて、基板上の塩基とカップリングさせる工程を繰り返すことによって行われる。
固相化されるポリヌクレオチドは、上記で説明した本発明のポリヌクレオチドである。
例えば、そのようなポリヌクレオチドは、以下の１又は複数のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
（１）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１〜４６、４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１〜４６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１〜４６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（５）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１〜４６で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１〜４６で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号４７で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１１）配列番号４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号４７で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号４７で表される塩基配列と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４)配列番号４７で表される塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１５)配列番号１〜４６で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１６)配列番号１〜４６で表される塩基配列またはその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１７)配列番号４７で表される塩基配列またはその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１８)配列番号４７で表される塩基配列またはその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１９)配列番号１〜４６で表される塩基配列において、それぞれ配列番号４８〜９３で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２０)配列番号１〜４６で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号４８〜９３で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２１)配列番号４７で表される塩基配列において、それぞれ配列番号９４で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２２)配列番号４７で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号９４で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
好ましい実施形態によれば、本発明のＤＮＡチップは、配列番号４８〜９４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上から全部を含むことができる。
さらに別の例において、ＤＮＡチップに結合しうるポリヌクレオチドは、以下の１又は複数のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
（１）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（５）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１１）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１４）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１５）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
（１６）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
（１７）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
（１８）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
（１９）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１７５で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（２０）配列番号１４２〜１５５で表される塩基配列に相補的な配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１７５で表される塩基配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド。
（２１）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１７７〜１８１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（２２）配列番号１５７〜１６１で表される塩基配列に相補的な配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１７７〜１８１で表される塩基配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド。
（２３）配列番号１５６で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２４）配列番号１５６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２５）配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２６）配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（２７）配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２８）配列番号１５６で表される塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２９）配列番号１５６で表される塩基配列又はその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
（３０）配列番号１５６で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
（３１）配列番号１５６で表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中に配列番号１７６で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド。
（３２）配列番号１５６で表される塩基配列に相補的な配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中に配列番号１７６で表される塩基配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド。
好ましい実施形態によれば、本発明のＤＮＡチップは、配列番号１６２〜１８１で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含むことができる。
本発明において、固相化されるポリヌクレオチドは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ａＲＮＡ）、合成ＤＮＡ、合成ＲＮＡのいずれでもよいし、あるいは一本鎖でもよいし又は二本鎖でもよい。
標的遺伝子、ＲＮＡ又はｃＤＮＡの発現レベルを検出、測定することができるＤＮＡチップの例としては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＧｅｎｅ Ｃｈｉｐ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ、Ａｇｉｌｅｎｔ社のＷｈｏｌｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｏｌｉｇｏ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、タカラバイオ社のＩｎｔｅｌｌｉＧｅｎｅ(R) ＨＳ Ｈｕｍａｎ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ＣＨＩＰ、凹凸構造を持つポリメチルメタクリレート製ＤＮＡチップ基板（日本国特開２００４−２６４２８９）などを挙げることができる。
ＤＮＡマイクロアレイの作製について、例えば予め調製したプローブを固相表面に固定化する方法を使用することができる。予め調製したポリヌクレオチドプローブを固相表面に固定化する方法では、官能基を導入したポリヌクレオチドを合成し、表面処理した固相担体表面にオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを点着し、共有結合させる（例えば、Ｊ．Ｂ．Ｌａｍｔｕｒｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．２１２１−２１２５、Ｚ．Ｇｕｏら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．５４５６−５４６５）。ポリヌクレオチドは、一般的には、表面処理した固相担体にスペーサ-やクロスリンカーを介して共有結合される。ガラス表面にポリアクリルアミドゲルの微小片を整列させ、そこに合成ポリヌクレオチドを共有結合させる方法も知られている（Ｇ．Ｙｅｒｓｈｏｖら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９６年、第９４巻、ｐ．４９１３）。また、シリカマイクロアレイ上に微小電極のアレイを作製し、電極上にはストレプトアビジンを含むアガロースの浸透層を設けて反応部位とし、この部位をプラスに荷電させることでビオチン化ポリクレオチドを固定し、部位の荷電を制御することで、高速で厳密なハイブリダイゼーションを可能にする方法も知られている（Ｒ．Ｇ．Ｓｏｓｎｏｗｓｋｉら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９７年、第９４巻、ｐ．１１１９―１１２３）。
６．食道ガンの存在又は転移の検出、判定又は予測法
本発明は、被験者由来の生体試料中の１又は複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は存在量若しくは発現量を、上で定義したＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群から選択される１又は複数のプローブ、或いは本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ又はそれらの組み合わせを用いて測定することを含む、食道ガンの存在及び/又は転移をインビトロで検出、判定又は予測する方法を提供する。
上記Ｉ群のポリヌクレオチド、並びにＩＩＩ群（ｋ）の抗体、その断片又はその化学修飾誘導体は、食道ガンの存在及び/又は転移の検出、判定又は予測のために使用することができる。
上記ＩＩ群のポリヌクレオチド、並びにＩＩＩ群（ｌ）、（ｍ）の抗体、その断片又はその化学修飾誘導体は、食道ガンの存在の検出、判定又は予測のために使用することができる。
本発明の方法においては、食道ガンの存在又は転移の検出、判定又は予測は、対照試料からの変化を指標にして決定することができる。
例えば、被験者由来の生体試料中に食道ガン細胞又は転移性食道ガン細胞が含まれるかどうかをインビトロで判定するために、それぞれ正常もしくは非ガンの食道組織又は術後転移がなかった患者由来の食道ガン組織に対して、生体試料中の細胞の標的核酸の発現量が変化（すなわち、増加又は低下）している場合、生体試料中に食道ガン細胞又は転移性食道ガン細胞が存在すると判定することができる。
本発明はまた、上で定義したＩ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群から選択される１又は複数のプローブの、或いは本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップの、被験者由来の生体試料中の食道ガンの存在又は転移をインビトロで検出、判定又は予測するための使用方法も提供する。
本発明の食道ガンの存在又は転移の検出、判定、予測又は（遺伝子）診断において、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる食道ガン診断用プローブは、プライマーとして又は検出プローブ（探索子）として用いることができる。プライマーとして用いる場合には、通常１５〜５０塩基、好ましくは１５〜３０塩基、より好ましくは１８〜２５塩基の塩基長を有するものが例示できる。また検出プローブとして用いる場合には、例えば１５塩基〜全配列の塩基数、好ましくは２５〜１０００塩基、より好ましくは２５〜１００塩基の塩基長を有するものが例示できるが、この範囲に限定されない。
本発明の組成物又はキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、ノーザンブロット法、サザンブロット法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法において、定法に従ってプライマー又はプローブとして利用することができる。測定対象試料としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験者の食道組織又は食道ガン細胞の存在が疑われる生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収する。さらにそこから常法に従って調製したｔｏｔａｌ ＲＮＡを用いてもよいし、さらに該ＲＮＡをもとにして調製される、ｃＤＮＡ、ポリＡ（＋）ＲＮＡを含む各種のポリヌクレオチドを用いてもよい。
あるいは、生体組織における本発明の遺伝子、ＲＮＡ、ｃＤＮＡなどの核酸の発現量は、ＤＮＡチップ（ＤＮＡマクロアレイを含む）を用いて検出あるいは定量することができる。この場合、本発明の組成物又はキットはＤＮＡアレイのプローブとして使用することができる（例えば、アフィメトリックス社のＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙでは２５塩基の長さのポリヌクレオチドプローブが用いられる）。かかるＤＮＡアレイを生体組織から採取したＲＮＡをもとに調製される標識ＤＮＡ又はＲＮＡとハイブリダイズさせ、該ハイブリダイズによって形成された上記プローブと標識ＤＮＡ又はＲＮＡとの複合体を、該標識ＤＮＡ又はＲＮＡの標識を指標として検出することにより、生体組織中での食道ガン関連遺伝子又は食道ガン転移関連遺伝子の発現の有無又は発現レベル（発現量）を評価することができる。本発明の方法では、ＤＮＡチップを好ましく使用できるが、これは、ひとつの生体試料について同時に複数遺伝子の発現の有無又は発現レベルの評価が可能である。
本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップは、食道ガンの存在又は転移の診断、すなわち検出、判定又は予測（例えば、罹患の有無や罹患の程度の診断）、のために有用である。具体的には、該組成物、キット又はＤＮＡチップを使用した食道ガンの存在又は転移の診断は、被験者の食道ガン細胞の存在する生体組織と、手術時にリンパ節転移がなかった患者由来の食道ガン組織及び／又は手術時にリンパ節転移があった患者由来の食道ガン組織との比較、或いは手術時にリンパ節転移がなかった患者及び／又は手術時にリンパ節転移があった患者由来の生体組織との比較を行い、該診断用組成物で検出される遺伝子の発現レベルの違い（又は、差）を判定することによって行うことができる。この場合、遺伝子発現レベルの違いには、発現の有無だけではなく、食道ガン細胞の存在する生体組織と正常組織の両者、或いは転移性食道ガン細胞の存在する生体組織と非転移性食道ガン細胞の存在する生体組織の両者、ともに発現がある場合でも、両者間の発現量を比較した時の差が検定上有意（ｐ値 ＜０．０５）である場合が含まれる。例えばＳＰＲＲ３遺伝子は食道ガンで発現の誘導／減少を示すので、被験者の食道ガン組織では発現／減少しており、該発現量と正常組織の発現量と比べて検定を行った時に、その差が有意であれば、被験者について食道ガンの罹患が疑われる。また、例えばＨＰＧＤ遺伝子は転移性食道ガンで発現誘導／減少を示すので、被験者の食道ガン組織では発現／減少しており、該発現量と非転移性食道ガン細胞の存在する生体組織の発現量と比べて検定を行った時に、その差が有意であれば、被験者について食道ガンの転移が疑われる。
本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを利用した食道ガン（細胞）又は転移性食道ガン（細胞）の検出方法は、被験者の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこに含まれる遺伝子を、本発明のポリヌクレオチドプローブ群から選ばれた単数又は複数のポリヌクレオチド、その変異体又はその断片を用いて検出し、その遺伝子発現量を測定することにより、食道ガンの罹患の有無又はその程度、或いは食道ガンの転移の有無又はその程度、を診断することを含む。また本発明の食道ガン又は食道ガン転移の検出方法は、例えば食道ガン患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における該疾患の改善の有無又はその程度を検出、判定又は予測することもできる。
本発明の方法は、例えば以下の（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）の工程：
（ａ）被験者由来の生体試料を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップのポリヌクレオチドと接触させる工程、
（ｂ）生体試料中の標的核酸の発現レベルを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ）（ｂ）の結果をもとに、該生体試料中の食道ガン（細胞）又は転移性食道ガン（細胞）の存在又は不存在を判定する工程、
を含むことができる。
本発明方法で用いられる生体試料としては、被験者の生体組織、例えば食道組織及びその周辺組織、食道ガンの転移が疑われる組織など、から調製される試料を挙げることができる。具体的には該組織から調製されるＲＮＡ含有試料、或いはそれからさらに調製されるポリヌクレオチドを含む試料は、被験者の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこから常法に従って調製することができる。
ここで被験者とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなどを指し、好ましくはヒトである。
本発明の方法は、測定対象として用いる生体試料の種類に応じて工程を変更することができる。
例えば、測定対象物としてＲＮＡを利用する場合、食道ガン（細胞）又は転移性食道ガン（細胞）の検出は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）：
（ａ）被験者の生体試料から調製されたＲＮＡ又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド（ｃＤＮＡ）を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップのポリヌクレオチドと結合させる工程、
（ｂ） 該ポリヌクレオチドに結合した生体試料由来のＲＮＡ又は該ＲＮＡから転写された相補的ポリヌクレオチドを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ） 上記（ｂ）の測定結果に基づいて、食道ガン（細胞）又は転移性食道ガン（細胞）の存在又は不存在を判定する工程、
を含むことができる。
本発明によって食道ガン（細胞）又は転移性食道ガン（細胞）を検出、判定又は診断するために、例えば種々のハイブリダイゼーション法を使用することができる。かようなハイブリダイゼーション法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロット法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ＤＮＡチップ解析法、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などを使用することができる。
ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明の組成物をプローブとして用いることによって、ＲＮＡ中の各遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、本発明の診断用組成物（相補鎖）を放射性同位元素（３２Ｐ、３３Ｐ、３５Ｓなど）や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーした被検者の生体組織由来のＲＮＡとハイブリダイズさせたのち、形成された診断用組成物（ＤＮＡ）とＲＮＡとの二重鎖を診断用組成物の標識物（放射性同位元素又は蛍光物質）に由来するシグナルを放射線検出器（ＢＡＳ-１８００ＩＩ、富士写真フィルム株式会社、などを例示できる）又は蛍光検出器（例えば、ＳＴＯＲＭ８６０、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社など）で検出、測定する方法を例示することができる。
定量ＲＴ―ＰＣＲ法を利用する場合には、本発明の上記診断用組成物をプライマーとして用いることによって、ＲＮＡ中の遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、被検者の生体組織由来のＲＮＡから常法にしたがってｃＤＮＡを調製して、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の組成物から調製した１対のプライマー（上記ｃＤＮＡに結合する正鎖と逆鎖からなる）をｃＤＮＡとハイブリダイズさせて常法によりＰＣＲ法を行い、得られた二本鎖ＤＮＡを検出する方法を例示することができる。なお、二本鎖ＤＮＡの検出法としては、上記ＰＣＲをあらかじめ放射性同位元素又は蛍光物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、ＰＣＲ産物をアガロースゲルで電気泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖ＤＮＡを染色して検出する方法、産生された二本鎖ＤＮＡを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせて標識した診断用組成物をプローブとしてこれとハイブリダイズさせて検出することを含む方法をとることができる。
ＤＮＡアレイ解析を利用する場合は、本発明の上記診断用組成物をＤＮＡプローブ（一本鎖又は二本鎖）として基板に貼り付けたＤＮＡチップを用いる。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般にＤＮＡチップ及びＤＮＡアレイという名称があり、ＤＮＡアレイにはＤＮＡマクロアレイとＤＮＡマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではＤＮＡチップといった場合、該ＤＮＡアレイを含むものとする。
ハイブリダイゼーション条件は、限定されないが、例えば３０℃〜５０℃で、３〜４×ＳＳＣ、０．１〜０．５％ ＳＤＳ中で１〜２４時間のハイブリダイゼーション、より好ましくは４０℃〜４５℃で、３．４×ＳＳＣ、０．３％ＳＤＳ中で１〜２４時間のハイブリダイゼーション、そしてその後の洗浄を含む。洗浄条件としては、例えば、２×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び１×ＳＳＣ溶液、０．２×ＳＳＣ溶液による室温での連続した洗浄などの条件を挙げることができる。ここで、１×ＳＳＣは、１５０ｍＭ塩化ナトリウムおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウムを含む水溶液（ｐＨ７．２）である。相補鎖はかかる条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望ましい。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にある塩基配列からなる鎖、並びに該鎖と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％の同一性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
本発明の組成物又はキットからのポリヌクレオチド断片をプライマーとしてＰＣＲを実施する際のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、例えば１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣＬ（ｐＨ８．３）、５０ｍＭＫＣＬ、１〜２ｍＭ ＭｇＣｌ２などの組成のＰＣＲバッファーを用い、当該プライマーの配列から計算されたＴｍ＋５〜１０℃において１５秒から１分程度処理することなどが挙げられる。かかるＴｍの計算方法としてＴｍ＝２×(アデニン残基数+チミン残基数)＋４×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例については、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７などに記載されており、本発明において利用できる。
本発明はまた、上記Ｉ群、ＩＩ群及び/又はＩＩＩ群の１又は複数のプローブ、或いは本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ又はそれらの組み合わせ、を用いて、被験者由来の生体試料中の標的核酸又は遺伝子の発現量を測定し、食道ガン組織と正常組織、或いは転移性食道ガン組織と非転移性食道ガン組織、の遺伝子発現量を教師（訓練サンプル）としたサポートベクターマシーン（ＳＶＭ）を判別式として、生体試料中に食道ガン細胞或いは転移性食道ガン細胞が含まれないこと及び／又は含まれることを判定する方法を提供する。
すなわち、本発明はさらに、上に定義されたＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて、転移を伴う食道ガン又は転移を伴わない食道ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生体試料中の食道ガン関連標的核酸の発現量をインビトロで測定する第１の工程、該第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の生体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、該第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、生体試料中に転移を伴うガン細胞が含まれないこと及び／又は転移を伴わないガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、食道ガンの転移を検出、判定又は予測する方法を提供する。
本発明はまた、上に定義されるＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて、食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をインビトロで測定する第１の工程、該第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の生体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、該第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、生体試料中にガン細胞が含まれること又はガン細胞が含まれないことを判定する第４の工程を含む、食道ガンを検出する方法を提供する。
或いは、本発明の方法は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）：
（ａ）食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の生体試料、或いは転移がある患者由来の食道ガン細胞を含む組織又は転移がない患者由来の食道ガン細胞組織であることが既知の生体試料、中の標的遺伝子の発現量を、本発明による組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて測定する工程、
（ｂ）（ａ）で測定された発現量の測定値を、下記の数１〜数５の式に代入して、ＳＶＭと呼ばれる判別式を作成する工程、
（ｃ）被験者由来の生体試料中の該標的遺伝子の発現量を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて測定し、（ｂ）で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて該生体試料中に食道ガン細胞又は転移性食道ガン細胞が含まれるかどうかを判定する工程、
を含むことができる。
ＳＶＭとは２クラスの分類問題を解くためにつくられた１９９５年にＡＴ＆ＴのＶ．Ｖａｐｎｉｋ（Ｔｈｅ Ｎａｔｕｒｅ ｏｆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｌｅａｎｉｎｇ Ｔｈｅｏｒｙ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ、１９９５年発行）によって統計的学習理論の枠組みで提案された学習機械である。ＳＶＭは線形の識別器であるが、後述するカーネルを組み合わせることによって非線形問題を扱うことができる。異なるクラスの訓練サンプルについて、それらを識別する多数の超平面のうち、その超平面と訓練サンプルとの最小距離が最大となる超平面を識別面とすることにより、新たに与えられるテストサンプルがどのクラスに属するかを最も正確に識別することができる。
ＳＶＭでは線形問題のみしか扱うことができないが、本質的に非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。こうすれば、元の空間で非線形モデルを用いているのと等価となる。しかし高次元への写像を行うと膨大な計算量が必要となり、汎化能力も減少する。ＳＶＭでは識別関数が入力パターンの内積のみに依存した形になっており、内積が計算できれば最適な識別関数を構成することが可能である。非線形に写像した空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式のことをカーネルと呼び、高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避けてカーネルの計算のみで最適な識別関数、すなわち判別式を構成することができる（例えば、麻生英樹ら著、統計科学のフロンテイア６「パターン認識と学習の統計学 新しい概念と手法」、岩波書店、東京、日本（２００４年））。
本発明の方法で使用可能な判別式の算出例を以下に示す。
ＳＶＭを決めるためには食道ガン細胞を含む組織または正常組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を教師（訓練サンプル）として用意し、以下の手順によって識別関数の定数を決定することができる。
訓練サンプルxiは（＋１、−１）でクラス分けされる、食道ガン細胞を含む組織群、または正常組織群のいずれかに属しているとする。これらの訓練サンプルが超平面によって線形分離できるとき、識別関数は例えば次式となる。
Figure 0005219029
 （ここで、wは重み係数、bはバイアス定数、xはサンプルの変数を表す。）
ただし、この関数には制約条件：
Figure 0005219029
 （ここで、Tは内積、yはサンプルのクラス、ζはスラック変数を表す。）
があるため、Ｌａｇｕｒａｎｇｅの未定乗数法を用いることによりＬａｇｕｒａｎｇｅ乗数αを用いた以下の最適化問題に帰着する。
Figure 0005219029
 ここで、
Figure 0005219029
 （ここで、Cは実験により決定される制限条件パラメーターを表す。）
この問題を解くと最終的に、
Figure 0005219029
 が得られ、識別関数を一義的に得ることができる。この関数に新たに与えられる生体試料（食道ガン細胞を含むかどうか不明である組織の発現遺伝子量）についてのｘを代入することによって、ｆ（ｘ）をクラス分け（すなわち、＋１又は−１）することができ、生体試料がどちらのクラス（すなわち、食道ガン細胞を含む組織群又は正常組織、或いは転移がある患者由来の食道ガン細胞を含む組織群又は転移がない患者由来の食道ガン組織）に属するかを識別する。
以上に示すように、未知試料のクラス分けを行うためのＳＶＭによる判定式の作成には２群の教師（訓練サンプル）が必要となる。この訓練サンプルは例えば本発明の場合、「転移のある食道ガン患者の食道ガン組織から得られた発現遺伝子（遺伝子 ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、および「転移のない食道ガン患者の食道ガン組織から得られた発現遺伝子（遺伝子 ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、の２群である。これらのセットについてそれぞれ測定される発現遺伝子数（ｎ）は実験のデザインによって様々ではあるが、個々の遺伝子については、どのような実験においても２群間で大きく差がある場合と、比較的差が少ない、あるいは差がない場合が観察される。ＳＶＭによる判別式の精度を上げるためには、訓練サンプルとなる２群に、明確な差があることが条件となるため、遺伝子セットの中から２群間で発現量に差がある遺伝子のみを抽出して利用することが必要である。
このように、２群間で差がある遺伝子を抽出する方法としては、平均値の差を検出するパラメトリック解析であるｔ−検定、ノンパラメトリック解析であるＭａｎｎ―ＷｈｉｔｎｅｙのＵ検定などを利用できる
本発明の方法において、例えば、上に記載したような配列番号１〜４６、４７に基づく１又は複数の上記ポリヌクレオチド、並びに/或いは、上に記載したような１〜４６、４７に基づく１又は複数のポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせを用いて、かつ上記の４７種の標的遺伝子の発現量がすべて有意に転移がある患者由来の食道ガン組織と転移がない患者由来の食道ガン組織間で異なり、転移がある患者由来の食道ガン組織において発現が増加／減少していることを指標にして、これら４７種の遺伝子について発現量を測定することにより、食道ガンの転移を７０％以上、８０％以上、好ましくは８４％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは８６％以上の確率で見分けることができる（図１）。
さらにまた、例えば、上に記載したような配列番号１４２〜１５６及び１６２〜１７６に基づく１又は複数の上記ポリヌクレオチド、並びに/或いは、上に記載したような配列番号１５７〜１６１及び１７７〜１８１に基づく１又は複数のポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせを用いて、かつ上記の２０種の標的遺伝子の発現量がすべて有意に食道ガン組織と非ガン組織間で異なり食道ガン組織において発現が減少していることを指標にして、これら２０種の遺伝子について発現量を測定することにより、食道ガン組織を８９％以上、９０％以上、好ましくは９２％以上、より好ましくは９３％以上、さらに好ましくは９４％以上の確率で見分けることができる（図４）。
本発明はさらに、上記４７種の遺伝子（例えば、配列番号１〜４７に相当する）又はその断片（例えば、配列番号４８〜９４に相当する）によってコードされるポリペプチド、例えば配列番号９５〜１４１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に対する１又は複数の抗体又はその断片を用いて、転移がある患者由来の食道ガン組織と転移がない患者由来の食道ガン組織間での該ポリペプチドの発現量、或いは血液中の該ポリペプチドのレベル(又は存在量)、をインビトロで測定することを含む、食道ガンの転移を検出、判定又は予測する方法を提供する。
本発明はまた、上記２０種の遺伝子（例えば、配列番号１４２〜１６１に相当する）又はその断片（例えば、配列番号１６２〜１８１に相当する）によってコードされるポリペプチド、例えば配列番号１８２〜２０１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に対する１又は複数の抗体又はその断片を用いて、食道ガン組織と非ガン組織間での該ポリペプチドの発現量、或いは血液中の該ポリペプチドのレベル(又は存在量)、をインビトロで測定することを含む、食道ガンの検出、判定又は予測する方法を提供する。
具体的には、上記の測定は、免疫学的方法によって行うことができる。
免疫学的測定法として例えば、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ、ＥＩＡ）、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、発光免疫測定法、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応、粒子凝集反応またはウェスタンブロット法が挙げられる。
上記の方法において、標識を用いた免疫測定法により実施する場合には、本発明の抗体を固相化するか、または試料中の成分を固相化して、それらの免疫学的反応を行うことができる。
固相担体としては、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリビニルトルエン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、ナイロン、ポリメタクリレート、ラテックス、ゼラチン、アガロース、セルロース、セファロース、ガラス、金属、セラミックスまたは磁性体等の材質よりなるビーズ、マイクロプレート、試験管、スティックまたは試験片等の形状の不溶性担体を用いることができる。
固相化は、固相担体と本発明の抗体または試料成分とを物理的吸着法、化学的結合法またはこれらの併用等の公知の方法に従って結合させることにより行うことができる。
さらにまた、本発明においては、本発明の抗体と、試料中の標的ポリペプチドとの反応を容易に検出するために、本発明の抗体を標識することにより該反応を直接検出するか、または標識二次抗体を用いることにより間接的に検出する。本発明の検出方法においては、感度の点で、後者の間接的検出（例えばサンドイッチ法など）を利用することが好ましい。
標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコースオキシダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミラーゼまたはビオチン−アビジン複合体等の酵素を、蛍光免疫測定法の場合には、フルオレセインイソチオシアネート、テトラメチルローダミンイソチオシアネート、置換ローダミンイソチオシアネート、ジクロロトリアジンイソチオシアネート、ＡｌｅｘａまたはＡｌｅｘａＦｌｕｏｒｏ等の蛍光性物質もしくは蛍光団を、そして放射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素（１３１Ｉ，１２５Ｉ，１２３Ｉ，１２１Ｉ）、リン（３２Ｐ）、イオウ（３５Ｓ）、金属類（例えば６８Ｇａ，６７Ｇａ，６８Ｇｅ，５４Ｍｎ，９９Ｍｏ，９９Ｔｃ，１３３Ｘｅなど）等の放射性同位元素を用いることができる。また、発光免疫測定法は、ＮＡＤＨ−、ＦＭＮＨ２−、ルシフェラーゼ系、ルミノール−過酸化水素−ＰＯＤ系、アクリジニウムエステル系またはジオキセタン化合物系等の発光性分子、発光物質、生物発光物質を用いることができる。
また、必要に応じて、アビジン−ビオチン系またはストレプトアビジン−ビオチン系を利用することも可能であり、この場合、本発明の抗体またはその断片に例えばビオチンを結合することもできる。
標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはグルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフィド法または過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミンＴ法、ボルトンハンター法等の公知の方法を用いることができる。測定の操作法は、公知の方法（Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１９９５年、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．、Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２００１年、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．）により行うことができる。例えば、本発明の抗体を直接標識する場合には、試料中の成分を固相化し、標識した本発明の抗体と接触させて、マーカーポリペプチドと本発明の抗体との複合体を形成させる。そして未結合の標識抗体を洗浄分離して、結合標識抗体量または未結合標識抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
また、例えば標識二次抗体を用いる場合には、本発明の抗体と試料とを反応させ（一次反応）、さらに標識二次抗体を反応させる（二次反応）。一次反応と二次反応は逆の順序で行ってもよいし、同時に行ってもよいし、または時間をずらして行ってもよい。一次反応及び二次反応により、固相化した標的ポリペプチド−本発明の抗体−標識二次抗体の複合体、または固相化した本発明の抗体−標的ポリペプチド−標識二次抗体の複合体が形成する。そして未結合の標識二次抗体を洗浄分離して、結合標識二次抗体量または未結合標識二次抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
具体的には、酵素免疫測定法の場合は標識酵素にその至適条件下で基質を反応させ、その反応生成物の量を光学的方法等により測定する。蛍光免疫測定法の場合には蛍光物質標識による蛍光強度を、放射免疫定法の場合には放射性物質標識による放射能量を測定する。発光免疫測定法の場合は発光反応系による発光量を測定する。
本発明の方法では、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応または粒子凝集反応等の免疫複合体凝集物の生成を、その透過光や散乱光を光学的方法により測るか、目視的に測る測定法により実施する場合には、溶媒としてリン酸緩衝液、グリシン緩衝液、トリス緩衝液またはグッド緩衝液等を用いることができ、更にポリエチレングリコール等の反応促進剤や非特異的反応抑制剤を反応系に含ませてもよい。
上記抗体又は断片は、例えばポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、単鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片などを含む。ポリクローナル抗体は、精製ポリペプチドを結合した親和性カラムに結合させることを含む、いわゆる吸収法によって、特異的抗体として調製することができる。
測定は、慣用の酵素又は蛍光団で標識した抗体又は断片と、組織切片又はホモゲナイズした組織とを接触させる工程、抗原−抗体複合体を定性的に又は定量的に測定する工程を含むことができる。検出は、例えば免疫電顕により標的ポリペプチドの存在とレベルを測定する方法、ELISAや蛍光抗体法などの慣用法によって標的ポリペプチドのレベルを測定する方法などによって行い、転移がない患者由来の食道ガン組織と比べて転移がある患者由来の食道ガン組織において標的ポリペプチドの発現量が増加又は低下（もしくは、減少）している場合、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが、転移がない食道ガン患者と比べて転移がある食道ガン患者において有意に増加又は低下している場合、食道ガン転移があると決定する。言い換えれば、前記ポリペプチドの発現量又はレベルが、転移のない患者由来の値と比較して有意に増加又は低下している場合、食道ガン転移があると決定する。或いは、上記の方法によって、非ガン組織と比べて食道ガン組織において標的ポリペプチドの発現量が減少している場合、又は血液中の該ポリペプチドのレベルが健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において有意に低下している場合、食道ガンであると決定する。言い換えれば、前記ポリペプチドの発現量又はレベルが、正常値と比較して有意に低下している場合、食道ガンであると決定する。ここで、有意にとは、統計学的に有意であることを意味する。
本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明の範囲は、これらの実施例によって制限されないものとする。
＜実施例１＞
１．実験者の臨床病理学的所見
インフォームドコンセントを得た１１９名の食道ガン患者から、食道ガン摘出手術時又は食道生検実施時に食道の摘出組織を得た。摘出された組織片について肉眼的及び／又は病理組織学的に食道ガン組織を判断し、食道ガン病変部と正常組織部を分けてただちに凍結し、液体窒素中で保存した。別途、周辺の所属リンパ節の採取を行い、食道ガン細胞の転移の有無を病理学的に診断した。
２．ｔｏｔａｌＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製
試料として食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織を用いた。おのおのの組織から、Ｔｒｉｚｏｌ ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いて、同社推奨のプロトコールによりｔｏｔａｌＲＮＡを調製した。
上述の方法で得られたｔｏｔａｌＲＮＡ １μgについて、ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）プライマー及びランダムノナマーを併用し、ＣｙＳｃｒｉｂｅ Ｆｉｒｓｔ-Ｓｔｒａｎｄ ｃＤＮＡ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社）を用いてメーカー推奨のプロトコールで逆転写反応を行った。食道ガン組織由来のｔｏｔａｌＲＮＡにはＣｙ３−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を、リファレンスｔｏｔａｌＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）にはＣｙ５−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を添加して、メーカー推奨のプロトコールで逆転写反応時にｃＤＮＡの標識を行った。標識されたｃＤＮＡはＱＩＡ ｑｕｉｃｋ ＰＣＲ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ社）で精製してからハイブリダイズに用いた。
３．オリゴＤＮＡマイクロアレイの作製
オリゴＤＮＡマイクロアレイとしてはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ＧｅｎｅＣｈｉｐTM（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ａ）及び本明細書中で述べる方法に従って作製したＤＮＡチップを使用した。
ＤＮＡチップの作製方法を以下に示す。最初に搭載するオリゴＤＮＡの種類を決定するために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ＧｅｎｅＣｈｉｐTMを用いて遺伝子の絞込みを行った。ＧｅｎｅＣｈｉｐTMの操作については、Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐTM Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍなどの同社の定める手順に基づいて実施した。Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐTMを用いた解析の結果、食道ガンによって発現変動が起こる可能性がある遺伝子及び実験対照となりうる遺伝子を計８９６１種抽出した。
抽出した８９６１種の遺伝子について、配列の重複をおこさないように配列特異性が高い部位の配列６０−７０残基をそれぞれ選択して合成した。４倍に希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ Ｉ（タカラバイオ社）に３０ ｍｉｃｒｏＭとなるように溶解した、配列番号２１−４０のオリゴＤＮＡを含む、８９６１種の６０又は７０ｍｅｒからなる合成オリゴＤＮＡを、ＭＡＴＳＵＮＡＭＩ・ＤＮＡマイクロアレイ用コートグラスＤＭＳＯ対応 ＴｙｐｅＩアミノ修飾オリゴＤＮＡ固定コート（松浪硝子工業株式会社）上にスポッター（ＧＭＳ４１７ａｒｒａｙｅｒ，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を用いて湿度環境５０−６０％でスポットした。
４．ハイブリダイゼーション
標識したｃＤＮＡ １μｇをアンチセンスオリゴカクテル（ＱＩＡＧＥＮ）に溶解し、Ｇａｐカバーグラス（松浪硝子工業）を載せたＤＮＡチップにアプライし、４２℃で１６時間ハイブリダイズを行った。ハイブリダイズ終了後、ＤＮＡチップを２ｘＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ、１ｘＳＳＣ、０．２ｘＳＳＣで順次洗浄した。
５．遺伝子発現量の測定
上述の方法によりハイブリダイゼーションを行ったＤＮＡチップをＡｇｉｌｅｎｔマイクロアレイスキャナー（Ａｇｉｌｅｎｔ社）を用いてスキャンし、画像を取得して蛍光強度を数値化した。統計学的処理はＳｐｅｅｄ Ｔ．著「Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ」Ｃｈａｐｍａｎ & Ｈａｌｌ/ＣＲＣ、及びＣａｕｓｔｏｎ Ｈ．Ｃ．ら著「Ａ ｂｅｇｉｎｎｅｒ’ｓ ｇｕｉｄｅ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇを参考にして行った。すなわちハイブリダイズ後の画像解析から得られたデータについて、それぞれの対数値をとり、ｇｌｏｂａｌ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎによる正規化とＬＯＷＥＳＳ（ｌｏｃａｌｌｙ ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｓｃａｔｔｅｒｐｌｏｔ ｓｍｏｏｔｈｅｒ）による平滑化を行い、ＭＡＤ によるスケーリング処理によってノーマライゼーション補正を行った。その結果、転移がある食道ガン病変部における発現量が、転移がない食道ガン病変部よりも多い／少ない遺伝子を見出すことができた。これらの遺伝子を食道ガン転移検出用遺伝子として利用することができると考えられる。
６．予測スコアリングシステム
５０例の患者から得た検体を教師として、Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（三井情報開発）に搭載したＳＶＭを用いる判別式を作成した。この判別式によって、ノーマライゼーションを行った全１１９例のデータについて、データの予測を行った。なおカーネルは、ｌｉｎｅａｒ ｋｅｒｎｅｌを用いた。また遺伝子は二群間（転移がある食道ガン病変部と転移がない食道ガン病変部）でのｔ検定のｐ値をもとに選別した。
すべての検体を対象として解析を行い、転移がある食道ガン病変部と転移がない食道ガン病変部の比較でｐ値が小さい順の一覧（転移がある食道ガン病変部と転移がない食道ガン病変部での遺伝子転写産物の発現量比較と統計値）を得、この一覧から上位から４７種の遺伝子を選んだ（表２）。
Figure 0005219029
 選ばれた４７種の遺伝子について、食道ガン組織を識別するためのＳＶＭによる判別マシーンを作成し、プローブとして配列番号４８〜９４のポリヌクレオチドを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、転移がある（すなわち、転移性）食道ガン病変部と転移がない（すなわち、非転移性）食道ガン病変部の判別式を作成したところ、用いる遺伝子の数に依存して確率が変動し、８６％以上の確率で転移がある食道ガン病変部と転移がない食道ガン病変部を判別することができた（図1）。
＜実施例２＞
・ 実験者の臨床病理学的所見
インフォームドコンセントを得た１１９名の食道ガン患者から、食道ガン摘出手術時又は食道生検実施時に食道の摘出組織を得た。摘出された組織片について肉眼的及び／又は病理組織学的に食道ガン組織を判断し、食道ガン病変部と正常組織部を分けてただちに凍結し、液体窒素中で保存した。
・ ｔｏｔａｌＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製
試料として食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織、及び同一食道組織における非ガン組織（正常組織）を用いた。おのおのの組織から、Ｔｒｉｚｏｌ ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いて、同社推奨のプロトコールによりｔｏｔａｌＲＮＡを調製した。
上述の方法で得られたｔｏｔａｌＲＮＡ １マイクログラム（ｍｉｃｒｏ ｇ）について、ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）プライマー及びランダムノナマーを併用し、ＣｙＳｃｒｉｂｅ Ｆｉｒｓｔ-Ｓｔｒａｎｄ ＣＤＮＡ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社）を用いてメーカー推奨のプロトコールで逆転写反応を行った。正常組織由来又は食道ガン組織由来のｔｏｔａｌＲＮＡにはＣｙ３−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を、リファレンスｔｏｔａｌＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）にはＣｙ５−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を添加して、メーカー推奨のプロトコールで逆転写反応時にｃＤＮＡの標識を行った。標識されたｃＤＮＡはＱＩＡ ｑｕｉｃｋ ＰＣＲ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ社）で精製してからハイブリダイズに用いた。
３．オリゴＤＮＡマイクロアレイの作製
オリゴＤＮＡマイクロアレイとしてはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ＧｅｎｅＣｈｉｐTM（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ａ）及び本明細書中で述べる方法に従って作製したＤＮＡチップを使用した。
ＤＮＡチップの作製方法を以下に示す。最初に搭載するオリゴＤＮＡの種類を決定するために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭを用いて遺伝子の絞込みを行った。ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭの操作については、Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍなどの同社の定める手順に基づいて実施した。Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐＴＭを用いた解析の結果、食道ガンによって発現変動が起こる可能性がある遺伝子及び実験対照となりうる遺伝子を計８９６１種抽出した。
抽出した８９６１種の遺伝子について、配列の重複をおこさないように配列特異性が高い部位の配列６０−７０残基をそれぞれ選択して合成した。４倍に希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ Ｉ（タカラバイオ社）に３０ ｍｉｃｒｏＭとなるように溶解した、配列番号１６２〜１８１のオリゴＤＮＡを含む、８９６１種の６０又は７０ｍｅｒからなる合成オリゴＤＮＡを、MATSUNAMI ＤＮＡマイクロアレイ用コートグラスＤＭＳＯ対応 ＴｙｐｅＩアミノ修飾オリゴＤＮＡ固定コート（松浪硝子工業株式会社）上にスポッター（ＧＭＳ４１７ａｒｒａｙｅｒ，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を用いて湿度環境５０−６０％でスポットした。
・ ハイブリダイゼーション
標識したｃＤＮＡ 1μgをアンチセンスオリゴカクテル（ＱＩＡＧＥＮ）に溶解し、Ｇａｐカバーグラス（松浪硝子工業）を載せたＤＮＡチップにアプライし、４２℃で１６時間ハイブリダイズを行った。ハイブリダイズ終了後、ＤＮＡチップを２ｘＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ、１ｘＳＳＣ、０．２ｘＳＳＣで順次洗浄した。
５．遺伝子発現量の測定
上述の方法によりハイブリダイゼーションを行ったＤＮＡチップをＡｇｉｌｅｎｔマイクロアレイスキャナー（Ａｇｉｌｅｎｔ社）を用いてスキャンし、画像を取得して蛍光強度を数値化した。統計学的処理はＳｐｅｅｄ Ｔ．著「Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ」Ｃｈａｐｍａｎ ＆ Ｈａｌｌ／ＣＲＣ，及びＣａｕｓｔｏｎ Ｈ．Ｃ．ら著「Ａ ｂｅｇｉｎｎｅｒ’ｓ ｇｕｉｄｅ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇを参考にして行った。すなわちハイブリダイズ後の画像解析から得られたデータについて、それぞれの対数値をとり、ｇｌｏｂａｌ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎによる正規化とＬＯＷＥＳＳ（ｌｏｃａｌｌｙ ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｓｃａｔｔｅｒｐｌｏｔ ｓｍｏｏｔｈｅｒ）による平滑化を行い、ＭＡＤ によるスケーリング処理によってノーマライゼーション補正を行った。その結果、非ガン組織部（図２）、食道ガン病変部（図３）に示すようなＭ−Ａプロットを得ることができた。この結果、食道ガン病変部における発現量が、非ガン組織部よりも少ない遺伝子を見出すことができた。これらの遺伝子を食道ガン検出用遺伝子として利用することができると考えられる。
６．予測スコアリングシステム
５０例の患者から得た検体を教師として、Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（三井情報開発）に搭載したＳＶＭを用いる判別式を作成した。この判別式によって、ノーマライゼーションを行った全１１９例のデータについて、データの予測を行った。なおカーネルは、ｌｉｎｅａｒ ｋｅｒｎｅｌを用いた。また遺伝子は二群間（食道ガン病変部と正常組織部）でのｔ検定のｐ値をもとに選別した。
すべての検体を対象として解析を行い、食道ガン病変部と非ガン組織部の比較でｐ値が小さい順の一覧（食道ガン病変部と非ガン組織部での遺伝子転写産物の発現量比較と統計値）を得、この一覧から上位から２０種の遺伝子を選んだ（表３）。
Figure 0005219029
 選ばれた２０種の遺伝子（図２及び図３では白菱形印で示される）について、食道ガン組織を識別するためのＳＶＭによる判別マシーンを作成し、プローブとして配列番号１６２〜１８１のポリヌクレオチドを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、食道ガン組織、非ガン組織の判別式を作成したところ、用いる遺伝子の数に依存して確率が変動し、８９％以上の確率で食道ガン病変部と非ガン組織部を判別することができた（図４）。
教師となる検体として、手術切片及び生検試料から得た食道ガン病変部、手術切片のみから得た非ガン組織部を用いて解析を行い、食道ガン病変部と非ガン組織部での発現量差についてｐ値の小さい順に遺伝子を選別し、非ガン組織を識別するためのＳＶＭによる判別マシーンを作成したところ、最適な組み合わせのプローブとして配列番号１６２〜１６５、１６７、１７１、１７３、１７４および１７６のポリヌクレオチドを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、９３％の確率で非ガン組織を識別した。
教師となる検体として、手術切片のみから得た食道ガン病変部、手術切片及び生検試料から得た非ガン組織部を用いて解析を行い、食道ガン病変部と非ガン組織部での発現量差についてｐ値の小さい順に遺伝子を選別し、食道ガン組織を識別するためのＳＶＭによる判別マシーンを作成したところ、最適な組み合わせのプローブとして配列番号１６２〜１６６、１６８〜１７２、１７５のポリヌクレオチドを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、９６％の確率で食道ガン組織を識別した。
これらの２つの非ガン組織部を識別するＳＶＭと食道ガン病変部を識別するＳＶＭを同時に１つの被検組織の遺伝子発現量に対してあてはめ、解析を行うことができた。
その結果、ある被検組織について２つの識別式が同時に非ガン組織部であるという結果をもたらした場合、又は２つの識別式が同時に食道ガン病変部であるという結果をもたらした場合、それぞれの診断の確度は従来の１つの識別式によって診断する方法よりも有意に高いという結果を得た。
＜実施例３＞
１．ＲＴ−ＰＣＲによる検出
試料として食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織、及び同一食道組織における非ガン組織（正常組織）を用い、おのおのの組織から、Ｔｒｉｚｏｌ ｒｅａｇｅｎｔ（インビトロジェン社）を用いて、同社推奨のプロトコールによりｔｏｔａｌＲＮＡを調製した。ＴｏｔａｌＲＮＡから、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩＴＭ ＦＩＲＳＴ−ＳＴＲＡＮＤ ＳＵＰＥＲ ＭＩＸを用いてｃＤＮＡを合成し、ｔｏｔａｌＲＮＡ２０ｎｇ相当のｃＤＮＡについてＴａＫａＲａ ＴａｑＴＭ （タカラバイオ社、京都、日本）を用いて増幅反応を行った。上記ＩＩ群に属するＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａおよびＹＰＥＬ５遺伝子を検出するために、各遺伝子配列（配列番号１４５および１５８）に対応する２０塩基からなるプライマー（タカラバイオ株式会社）を増幅反応に用いた。反応溶液の組成は提供されたプロトコールに従って調製した。反応条件として、最初に９５℃1分間処理した後、９５℃１５秒、５５℃３０秒、７２℃３０秒の組み合わせ条件処理を２３（ＧＡＰＤＨ）〜２６（ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａおよびＹＰＥＬ５）サイクル行い、最後に７２℃で７分間処理した。反応後の反応液を２% ａｇａｒｏｓｅ ｇｅｌで泳動し、各遺伝子の発現を確認した（図５）。
図５から明らかなように、ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａおよびＹＰＥＬ５は食道ガン病変部組織において正常組織より発現が減少していることが示された。
２．定量的ＲＴ−ＰＣＲ法による検出
試料として、１．ＲＴ−ＰＣＲにおける検出、と同様に作製したｃＤＮＡを用いた。定量的ＲＴ−ＰＣＲ法は、タカラバイオ社（京都、日本）のｗｅｂページより提供される情報（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔａｋａｒａ−ｂｉｏ．ｃｏ．ｊｐ／ｐｒｔ／ｇｕｉｄｅ．ｈｔｍ）に基づいて実施した。蛍光検出にはＳＹＢＲ ｐｒｅｍｉｘ ＥｘＴａｑ（タカラバイオ社）およびＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ７０００を用い、反応液の組成はＳＹＢＲ ｐｒｅｍｉｘ ＥｘＴａｑ のプロトコールに、反応条件はＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ７０００のプロトコールに準拠して、４５サイクルの増幅反応を行った。ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ（配列番号１４５）およびＧＡＰＤＨ遺伝子を検出するために、各遺伝子配列に対応する２０塩基からなるプライマー（タカラバイオ社）を増幅反応に用いた。定量ＰＣＲのための検量線を作成するにあたっては、ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａについては食道組織より調製したＰＣＲ断片を、定常発現遺伝子の一種であるＧＡＰＤＨ（ここで、定常発現遺伝子とは、ほとんどのヒト細胞・組織において発現量がほぼ一定である遺伝子であって、ハウスキーピングジーンとも呼ばれるものである。）についてはｈｕｍａｎ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）より合成したｃＤＮＡを、それぞれ任意の濃度に希釈して用いた。Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ１０ｎｇ相当のｃＤＮＡについてＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａとＧＡＰＤＨについて各組織で定量的ＰＣＲ法を実施し、ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ発現量のＧＡＰＤＨ発現量に対する比を算定した。
その結果、食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織のＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ／ＧＡＰＤＨ発現比は０．４１、正常組織のそれは３．１６となり、食道ガン病変部において、ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ発現量が低下していることが示された。
３．結果
ＲＴ−ＰＣＲによって、食道ガン組織におけるＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａ及びＹＰＥＬ５のｍＲＮＡの発現量を確認したところ、正常食道組織に比べ減少している傾向が示された。
また、定量的ＲＴ−ＰＣＲによって、ＣａＭＫＩＩＮａｌｐｈａのｍＲＮＡは食道ガン組織において正常食道組織に比べ約１／７．７に減少していることが示された。
４．半定量的ＲＴ−ＰＣＲ
半定量的ＲＴ−ＰＣＲはライトサイクラー（ロシュ・ダイアグノスティックス）を用いて行った。試料として食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織、及び同一食道組織における非ガン組織（正常組織）を用い、おのおのの組織から抽出したｔｏｔａｌＲＮＡから、ｆｉｒｓｔ ｓｔｒａｎｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社）を用いてｃＤＮＡを合成した。上記ＩＩ群に属するＸＲＣＣ３およびＲＲＭ２、また内因性コントロールとしてＧＡＰＤＨに対するプライマーについては、ｐｒｉｍｅｒ３（ｈｔｔｐ：／／ｆｒｏｄｏ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｉｍｅｒ３／ｐｒｉｍｅｒ３＿ｗｗｗ．ｃｇｉ）を用いて配列を決定した（ＸＲＣＣ３について５’−ＡＣＴＧＴＧＣＣＣＣＡＣＡＡＡＡＣＴＴＣ−３’（配列番号２３４）、５’−ＧＡＣＣＣＴＣＣＴＴＣＣＴＣＴＣＡＡＣＣ−３’（配列番号２３５）、ＲＲＭ２について５’−ＧＧＣＴＧＧＣＴＧＴＧＡＣＴＴＡＣＣＡＴ−３’（配列番号２３６）、５’−ＡＡＴＣＴＧＣＧＴＴＧＡＡＧＣＡＧＴＧＡ−３’（配列番号２３７）、ＧＡＰＤＨについて５’−ＴＧＧＴＡＴＣＧＴＧＧＡＡＧＧＡＣＴＣＡＴＧＣ−３’（配列番号２３８）、５’−ＡＴＧＣＣＡＧＴＧＡＧＣＴＴＣＣＣＧＴＴＣＡＧＣ−３’（配列番号２３９））とした。得られた２μＬのｃＤＮＡテンプレートについてプライマーを各５０ｐｍｏｌ、３ｍＭ ＭｇＣｌ２を２．４μＬ、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ＤＮＡ ＭＡＳＴＥＲ ＳＹＢＲ ＧｒｅｅｎＩ，１０ｘ ｃｏｎｃ（ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社）２μＬと混合し、ライトサイクラーを用いてＰＣＲ反応を行った。反応条件として、最初に９５℃で反応溶液を処理した後、９４℃１秒、アニール温度（ＸＲＣＣ３ ５８℃、ＲＲＭ２ ５３．１℃）５秒、７２℃１８秒の組み合わせ条件処理を４５サイクル行い、最後に０．２℃／秒の割合で９５℃まで加温してｍｅｌｔｉｎｇ ｃｕｒｖｅを確認した。すべての実験において試料を希釈することによってＧＡＰＤＨの発現量定量曲線を作成し、食道ガン病変部組織と正常組織においてＲＲＭ２およびＸＲＣＣ３の発現量を半定量した。
その結果、ＲＲＭ２についてはその発現量が、正常組織：食道ガン病変部の比が１：０．０６、ＸＲＣＣ３について１：０．１１に減少していた。
＜実施例４＞
１．健常人および食道ガン患者血漿のタンパク質同定
５０〜７０歳代の食道ガン患者１１名、および年齢を対応させた健常人８名より、ＥＤＴＡ添加の血漿成分をそれぞれ得た。健常人についてはランダムに４名分のプール血漿を作製し、解析に用いた。食道ガン患者の血漿は１例ずつ解析を行った。
血漿をポアサイズ０．２２μｍのフィルターでろ過して夾雑物質を取り除き、タンパク質濃度５０mg／mLとなるように調整した。この血漿をさらに２５ｍM重炭酸アンモニウム溶液（ｐH８．０）１２．５mg／mLに希釈し、中空糸フィルター（東レ）によって分子量分画を行った。分画後の血漿サンプル（全量１．８ｍL、最大２５０μｇのタンパク質を含む）をＰｒｏｔｅｏｍｅＬａｂ(登録商標)ＰＦ２Ｄ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ社）逆相クロマトグラフィーで７分画に分離し、凍結乾燥後、１００μLの２５ｍM重炭酸アンモニウム溶液（ｐH８．０）に再溶解した。このサンプルをタンパク質の５０分の１量のトリプシンで３７℃、２〜３時間消化し、ペプチド化した。各分画のペプチドをさらにイオン交換カラム（ＫＹＡテクノロジーズ）によって４分画化した。
その各々の分画を、逆相カラム（ＫＹＡテクノロジーズ）でさらに分画し、溶出されてきたペプチドについて、オンラインで連結された質量分析計Ｑ−ＴＯＦ Ｕｌｔｉｍａ（Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ社）を用いて、サーベイスキャンモードで測定した。その測定データを、タンパク質同定ソフトウェアであるＭＡＳＣＯＴ（Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を用いて解析することにより、網羅的にタンパク質同定を行った。その結果、健常人、食道ガン患者いずれの血漿成分からも、ＭＡＳＣＯＴスコア４０以上（同定ペプチド数２個以上）の約３５００種類のタンパク質が同定された。
２．健常人および食道ガン患者血漿のタンパク質発現比較
上記１で同定された血漿タンパク質について、健常人と食道ガン患者間で比較を行った。健常人で発現が検出されず、食道ガン患者において発現が検出されたタンパク質を見出した。これらのタンパク質は、上記表１に示した配列番号２０２〜２３３で表されるポリペプチドであり、所謂食道ガンマーカーとして食道ガンの検出において有用であることが判明した。各患者においての発現頻度を表４に示した。健常人４人を１群とした群については２群ともで検出されておらず（−で示す）、食道ガン患者では発現（＋で示す）が１１名中１０名以上で検出された。
Figure 0005219029
 したがって、上記のポリペプチドの少なくとも１つを、例えばその特異抗体を用いて、該ポリペプチドの存在または量について、測定することによって、食道ガンを検出することができる。
本発明により、少なくともフェーズＩの食道ガンや、少なくともリンパ節への食道ガン転移の検出、判定又は予測が可能となり、特異性、感受性に優れた食道ガン診断用組成物を提供することができるため、特に製薬及び医薬産業において有用である。
配列番号２３４ 人工配列の説明：プライマー
配列番号２３５ 人工配列の説明：プライマー
配列番号２３６ 人工配列の説明：プライマー
配列番号２３７ 人工配列の説明：プライマー
配列番号２３８ 人工配列の説明：プライマー
配列番号２３９ 人工配列の説明：プライマー

Claims (16)

  1. 下記のＩＩ群：
    ＩＩ群：
    （ｆ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
    （ｇ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
    （ｈ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、
    （ｉ）配列番号１４２〜１６１で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
    （ｊ）配列番号１４２〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、
    から選択される２以上のプローブを含んでなる、被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するための組成物。
  2. 前記ポリヌクレオチドがＤＮＡ又はＲＮＡである、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記ＩＩ群から選択されるプローブが、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１又は２に記載の組成物。
  4. 請求項１に定義されるＩＩ群から選択される２以上のプローブを含む、被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するためのキット。
  5. 前記ＩＩ群から選択されるプローブが、配列番号１４２〜１６１のいずれかで表される塩基配列において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド中にそれぞれ配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項４に記載のキット。
  6. 前記ＩＩ群から選択されるプローブが、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項４に記載のキット。
  7. 前記ＩＩ群から選択されるプローブが、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項４に記載のキット。
  8. 請求項１に定義されるＩＩ群から選択される２以上のプローブを含む、被験者における食道ガンの存在をインビトロで検出、判定又は予測するためのＤＮＡチップ。
  9. 前記ＩＩ群から選択されるプローブが、配列番号１６２〜１８１のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの２以上〜全部を含む、請求項８に記載のＤＮＡチップ。
  10. 被験者由来の生体試料中の複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は存在量若しくは発現量を、請求項１に定義されるＩＩ群から選択されるプローブを用いてインビトロで測定することを含む、食道ガンの存在をインビトロで検出又は予測することを補助する方法。
  11. 前記測定をＤＮＡチップを用いて行う、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記食道ガンの存在の検出又は予測を、対照試料からの変化を指標にして決定する、請求項１０又は１１に記載の方法。
  13. 前記生体試料が食道由来の組織又は細胞、血液、血漿、血清、或いは尿である、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載の方法。
  14. 被験者由来の生体試料中の複数の食道ガン関連標的核酸の存在又は量若しくは発現量を、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物、請求項４〜７のいずれか１項に記載のキット、又は請求項８もしくは９に記載のＤＮＡチップを用いてインビトロで測定することを含む、食道ガンの存在をインビトロで検出又は予測することを補助する方法。
  15. 請求項１に定義されるＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物、請求項４〜７のいずれか１項に記載のキット、又は請求項８もしくは９に記載のＤＮＡチップを用いて、食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をインビトロで測定する第１の工程、該第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の生体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にインビトロで測定する第３の工程、該第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、生体試料中にガン細胞が含まれること又はガン細胞が含まれないことを判定する第４の工程を含む、食道ガンを検出することを補助する方法。
  16. 請求項１に定義されるＩＩ群から選択されるプローブ、或いは、該プローブを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物、請求項４〜７のいずれか１項に記載のキット、又は請求項８もしくは９に記載のＤＮＡチップの、被験者由来の生体試料中の食道ガンの存在をインビトロで検出又は予測することを補助するための使用方法。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP5219029B2 (ja) * 2005-05-02 2013-06-26 東レ株式会社 食道ガン及び食道ガン転移診断のための組成物及び方法
EP2295602B1 (en) * 2005-07-27 2012-07-11 Oncotherapy Science, Inc. Method of prognosing cancers
EP1862803A1 (en) 2006-06-02 2007-12-05 Atlas Antibodies AB Use of protein SATB2 as a marker for colorectal cancer
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RU2010111120A (ru) * 2007-08-24 2011-09-27 Онкотерапи Сайенс, Инк. (Jp) Eb13, dlx5, nptx1 и cdkn3 в качестве генов-мишеней для терапии и диагностики рака легкого
ES2666206T3 (es) * 2007-10-02 2018-05-03 Universität Zu Köln Genes marcadores novedosos para linfocitos T reguladores de sangre humana
LT2245145T (lt) 2008-01-18 2017-04-10 Biomarin Pharmaceutical Inc. Aktyvių gausiai fosforilintų žmogaus lizosominės sulfatazės fermentų gamyba ir jų panaudojimas
US7722865B2 (en) 2008-01-18 2010-05-25 Biomarin Pharmaceutical Inc. Manufacture of active highly phosphorylated human lysosomal sulfatase enzymes and uses thereof
KR20110034602A (ko) * 2008-05-21 2011-04-05 도레이 카부시키가이샤 식도암 판정용 조성물 및 방법
CA2739140A1 (en) * 2008-10-01 2010-04-08 Noviogendix Research B.V. Molecular markers in prostate cancer
WO2010037181A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 The Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research Cell therapy and compositions therefor
EP2172477A1 (en) * 2008-10-06 2010-04-07 Atlas Antibodies AB Epitopes derived from SATB2 and uses thereof
EP2485761B1 (en) 2009-10-09 2019-02-27 Armagen, Inc. Methods and compositions for increasing iduronate 2-sulfatase activity in the cns
US9074192B2 (en) 2010-01-22 2015-07-07 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Inhibition of AXL signaling in anti-metastatic therapy
KR101951410B1 (ko) * 2010-01-22 2019-02-26 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 항-전이성 요법에서 ａｘｌ 신호전달의 저해
WO2012147800A1 (ja) * 2011-04-25 2012-11-01 東レ株式会社 乳ガン患者のトラスツズマブに対する治療感受性予測用組成物及び方法
US9879061B2 (en) 2011-12-15 2018-01-30 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Inhibition of AXL/GAS6 signaling in the treatment of liver fibrosis
KR102039311B1 (ko) * 2012-09-07 2019-11-04 주식회사 마크로젠 Ａｘｌ을 포함하는 융합 단백질 및 이를 포함하는 암 진단용 조성물
WO2014093690A1 (en) 2012-12-14 2014-06-19 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Modified axl peptides and their use in inhibition of axl signaling in anti-metastatic therapy
KR20160021970A (ko) 2014-08-18 2016-02-29 사회복지법인 삼성생명공익재단 식도암 예후 분석용 신규 바이오마커 및 그의 용도
CA2909669C (en) 2014-10-20 2023-12-12 Ruga Corporation Antiviral activity of gas6 inhibitor
CN108779496B (zh) * 2016-02-10 2022-07-05 公立大学法人福岛县立医科大学 罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的鉴别方法
KR20190039703A (ko) * 2016-07-05 2019-04-15 더 존스 홉킨스 유니버시티 Crispr/cas9-기반 조성물 및 망막 변성을 치료하기 위한 방법
CN106520925A (zh) * 2016-10-14 2017-03-22 浙江大学 一种用于检测食道癌的引物组及检测方法
CN107365848B (zh) * 2017-08-10 2020-04-10 北京交通大学 一种用于肝癌诊断、化疗与预后检测的分子标记物及试剂盒
CN107475379B (zh) * 2017-08-10 2020-06-02 北京交通大学 一种用于肿瘤诊断与预后检测的分子标志物及其检测引物和试剂盒
KR101973906B1 (ko) 2018-08-22 2019-04-29 성균관대학교산학협력단 V-atp6voc의 발현 또는 활성 억제제를 유효성분으로 포함하는, 식도암 예방 또는 치료용 약학적 조성물
EP3908611A4 (en) * 2019-01-08 2022-10-12 Armagen, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR INCREASING GALACTOSIDASE BETA-1 ACTIVITY IN THE CENTRAL NERVOUS SYSTEM (CNS)
CN114668846B (zh) * 2022-04-08 2023-05-02 南阳理工学院 去泛素化酶usp45在制备治疗食管癌药物中的应用
CN116359505A (zh) * 2023-04-12 2023-06-30 上海秤信生物科技有限公司 Ralgds截断蛋白在肺癌筛查中的应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003100422A1 (fr) * 2002-05-28 2003-12-04 Japan Genome Solutions, Inc. Procede de traitement de donnees de microreseau d'adn, systeme de traitement de donnees de microreseau d'adn, processeur de donnees de microreseau d'adn, programme et support d'enregistrement associes
WO2004112589A2 (en) * 2003-06-20 2004-12-29 Genenews, Inc. Method for the detection of gene transcripts in blood and uses thereof
WO2005014818A1 (ja) * 2003-08-08 2005-02-17 Perseus Proteomics Inc. 癌高発現遺伝子

Family Cites Families (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5990299A (en) * 1995-08-14 1999-11-23 Icn Pharmaceuticals, Inc. Control of CD44 gene expression for therapeutic use
JP2001017200A (ja) 1999-07-12 2001-01-23 Sumitomo Electric Ind Ltd 染色体異常の検出による食道癌のリンパ節転移の診断方法
CN1223677C (zh) * 1999-08-10 2005-10-19 中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所 一种食管癌相关基因
AU2001251034A1 (en) * 2000-03-31 2001-10-15 Gene Logic, Inc Gene expression profiles in esophageal tissue
WO2001075172A1 (en) 2000-03-31 2001-10-11 University Of Southern California Epigenetic sequences for esophageal adenocarcinoma
WO2001094629A2 (en) 2000-06-05 2001-12-13 Avalon Pharmaceuticals Cancer gene determination and therapeutic screening using signature gene sets
JP2002272497A (ja) 2001-03-15 2002-09-24 Venture Link Co Ltd 癌の診断方法、およびその診断用ベクター
US20030073105A1 (en) * 2001-05-31 2003-04-17 Lasek Amy K.W. Genes expressed in colon cancer
US20060194265A1 (en) 2001-10-23 2006-08-31 Morris David W Novel therapeutic targets in cancer
WO2003042661A2 (en) 2001-11-13 2003-05-22 Protein Design Labs, Inc. Methods of diagnosis of cancer, compositions and methods of screening for modulators of cancer
AU2003230616A1 (en) 2002-03-07 2003-09-22 The Johns Hopkins University Genomic screen for epigenetically silenced tumor suppressor genes
JP4244788B2 (ja) 2002-11-22 2009-03-25 東レ株式会社 選択結合性物質が固定化された基材
AU2003298786A1 (en) * 2002-11-26 2004-06-18 Protein Design Labs, Inc. Methods of detecting soft tissue sarcoma, compositions and methods of screening for soft tissue sarcoma modulators
CN1618985A (zh) * 2003-11-21 2005-05-25 中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所 一个新的食管癌标志基因rpl14及其用途
JP5219029B2 (ja) * 2005-05-02 2013-06-26 東レ株式会社 食道ガン及び食道ガン転移診断のための組成物及び方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003100422A1 (fr) * 2002-05-28 2003-12-04 Japan Genome Solutions, Inc. Procede de traitement de donnees de microreseau d'adn, systeme de traitement de donnees de microreseau d'adn, processeur de donnees de microreseau d'adn, programme et support d'enregistrement associes
WO2004112589A2 (en) * 2003-06-20 2004-12-29 Genenews, Inc. Method for the detection of gene transcripts in blood and uses thereof
WO2005014818A1 (ja) * 2003-08-08 2005-02-17 Perseus Proteomics Inc. 癌高発現遺伝子

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JPN6011059707; Ｃａｎｃｅｒ　ｒｅｓｅａｒｃｈ．　２００３，　Ｖｏｌ．６３，　Ｎｏ．１６，　ｐ．５１５９-５１６４ *
JPN6011059712; 嶋田裕、外１名: '日常診断の指針　食道癌における遺伝子研究の現況' 外科治療 Ｖｏｌ．９０，Ｎｏ．２, 20040201, ｐ．２１３-２１４ *
JPN6011059716; 三井情報開発、オリンパス　プロマーケティング、バイオインフォマティクス関連商品の販売提携を締結．　［ｏｎｌｉ *

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