TW200817680A - Method - Google Patents

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TW200817680A
TW200817680A TW096119645A TW96119645A TW200817680A TW 200817680 A TW200817680 A TW 200817680A TW 096119645 A TW096119645 A TW 096119645A TW 96119645 A TW96119645 A TW 96119645A TW 200817680 A TW200817680 A TW 200817680A
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James Scott Clark
Thierry Coche
Swann Romain Jean-Thomas Gaulis
Olivier Gruselle
Frederic Lehmann
Jamila Louahed
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Glaxosmithkline Biolog Sa
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Description

200817680 九、發明說明: 【發明所屬之技術領域】 本發明係關於基因表現圖譜;包含(例如)藉由分析由患 者衍化之樣品鑑別該等圖譜之核酸序列的微陣列;用於鑑 別该等圖譜之新穎診斷套組及方法。本發明進一步係關於 對例如以其基因表現圖譜表徵為反應者之癌症患者之特定 患者群體的治療,諸如對患有]^牦6表現性腫瘤之患者的治 療。本發明進一步包括誘發開始或最初指定為無反應者之 患者之反應者基因圖譜的方法。 【先前技術】 黑色素瘤為源自於表皮中之黑素細胞的腫瘤。患有遠處 癌轉移之惡性黑色素瘤(根據美國癌症分級聯合委員會 (American Joint Commission on Cancer (AJCC) elaSSification)定為階段IV)之患者具有一年之平均存活 期,長期存活率僅為5%。即使階段IV黑色素瘤之標準化 療具有僅8_25%之治療反應率,但對總存活率無影響。具 有局部癌轉移(階段III)之患者具有平均2至3年之存活期, 長期存活之機率極低,甚至在適當外科手術控制原發及局 部癌轉移之後(Balch等人,1992)。患有階段工至出黑色素 瘤之大多數患者係以手術方式移除其腫瘤,但該等患者仍 有復發之較大風險。因此仍需要預防黑色素瘤進展且改良 轉移性黑色素瘤之治療方法及對移除原發腫瘤之患者的輔 佐療法。 存在兩種類型之肺癌:非小細胞肺癌(NSCLC)及小細胞 121044.doc 200817680 肺癌(SCLC)。該等名稱僅描述於腫瘤中所見之細胞類型。 NSCLC包括鱗狀細胞癌、腺癌及大細胞癌且佔肺癌約 80/。。NSCLC難以治癒且可獲得之療法趨於實現盡可能延 長生命且減輕疾病症狀之目標。NSCLC為最常見類型之肺 癌且與不良後果相關聯(Gatzmeier等人,1994)。在所有 NSCLC患者中,僅約25%在診斷時患有局部疾病且仍順從 於外科切除術(根據AJCC分級定為階段ΙΒ、ΠΑ或πβ)。然 而超過5 0义之该專患者將在完成外科切除術後兩年内復 發。因此存在對該等患者提供更佳療法之需要。常規化療 係基於向患者投與毒性物質且(部分)依靠腫瘤/癌細胞主動 吸收毒性劑°該等毒性物質不利地影響患者之免疫系統, 使個體體質變弱且易受感染。 應瞭解並非所有患有癌症之患者皆對當前癌症療法有反 應。認為僅3〇%或更彡之患有癌症者將對任何所給療法有 反應。該等對療法無反應之癌症係稱為抵抗性。在許多情 況中’並無可f方法來確定該等患者是否將對療法有反 應。然而,向作為反應者與無反應者之患者(因為其無法 區分)投與療法為無效的資源利用且甚至更差地,可對患 者造成損害,因為(如所討論)許多癌症治療具有明顯副作 用,諸如嚴重免疫抑制、嘔吐及/或脫髮。認為在大多數 情況下患者係在不必要時或治療將不—定有效時接受治 療。 包括癌症/腫瘤細胞之細胞表現數以百計甚至數以千 之基因。 ° 121044.doc 200817680 近來已進行大量工作來幫助診斷及預後癌症患者,例如 鑑別彼等因其無疾病之轉移、復發或進展的風險而無需進 一步治療的患者。 WO 2006/12483 6鑑別在幾種致癌途徑中某些基因表現簽 名,藉此定義患者之預後及對靶向該等途徑之治療劑的敏 感性。特定致癌基因為:Myc、Ras、E2、S3、Src及β-索 烴素。 US 2006/0265138揭示一種產生遺傳圖譜之方法,其通 常係用於鑑別原發腫瘤以便可給予適當治療。 US 2006/0240441 及 US 2006/0252057 描述基於某些基因 之差異表現來診斷肺癌之方法。 US 2006/0234259係關於鑑別及使用某些與前列腺癌相 關之基因表現圖譜。 WO 2006/1 03442描述表現於雌激素受體(ER)陽性腫瘤之 子集中的基因表現圖譜,其係用作對某些激素療法(諸如 它莫西芬(tamoxifin)以及某些化療法)有反應之預測簽名。 WO 2006/093 5 07描述適用於表徵患有結腸直腸癌而具有 良好預後或不良預後之患者的基因圖譜,其中具有良好預 後之患者適合化療。 WO 2006/092610描述一種監控黑色素瘤進展之方法,其 係基於疾病之某些基因及新穎標記物(尤其TSBY1、CYBA 及MT2A)的差異表現。 WO 2005/049829描述可用於預測某些癌症對作為erbB受 體激酶抑制劑(諸如吉非替尼(gefitinib))之化療劑之敏感性 121044.doc 200817680 的單獨標記基因集合。 "亥等情況通常涉及基於用於癌症之鑑別及/或進展之生 物標記物的一或多種癌症之標記物。在某些情況下,該等 通徑係由所謂的致癌基因調節。使用上述技術進行診斷允 許鑑別及靶向彼等可能復發且/或罹患轉移之患者而進行 進一步治療。在其他情況中,鑑別與抵抗特定療法有關之 特定標記物。 基於抗原、肽、DNA及其類似物之新一代癌症療法當前 正由大ϊ機構進行研究。許多該等療法(通常稱為癌症免 疫療法)之策略係激發患者之免疫系統與癌症進行對抗。 因為預期採用該等療法之副作用與當前由經受癌症療法之 患者所迹遇之副作用相比係最少的,所以該等療法可能有 利。用於癌症免疫療法中之抗原可稱為ASCI,其為抗原特 異性癌症免疫治療劑。 在2〇世紀80年代初,Van Pel及Boon公開針對存在於腫 瘤細胞上之抗原之溶細胞性τ細胞的發現。此舉使首個腫 瘤特異性共用抗原得以表徵:黑色素瘤AGE-1(MAGE-1, 隨後更名為MAGE_A1)。接著鑑別大量具有相同表現模式 之基因:其係表現於諸如黑色素瘤、肺癌、膀胱癌、乳 癌頭邛及碩部癌症之廣泛多種腫瘤類型中。其並不表現 於:睾,外之正常細胞中。然而,於睾丸中之此表現通常
不V致抗原表現,此係由於該等生殖系細胞並不表現MHC I類分子。由其特有表現圖譜,對該等基因提出腫瘤華丸 (CT)基因之名稱。 121044.doc 200817680 MAGE抗原為由與黑色素瘤關聯之抗原基因(MAGE)家 族編碼之抗原。MAGE基因主要表現於黑色素瘤細胞(包括 惡性黑色素瘤)及包括NSCLC(非小細胞肺癌)、頭部及頸部 鱗狀細胞癌、膀胱移行細胞癌及食道癌之某些其他癌症細 胞上,但其除於睾丸及胎盤中外於正常組織中並不可偵測 (Gaugler等人,Human gene MAGE-3 codes for an antigen recognized on a melanoma by autologous cytolytic T lymphocytes. J Exp Med. 1994年 3 月 1 日,179(3):921-930 ; Weynants 等人,Expression of mage genes by non-small-cell lung carcinomas. Int. J Cancer. 1994 年 3 月 15 日, 56(6):826_829 ; Patard等人,Int J· Cancer. 64:60,1995)。 MAGE-A3表現於69%之黑色素瘤中(Gaugler,1994)且亦可 於 44% 之 NSCLC (Yoshimatsu 1988)、48% 之頭部及頸部鱗 狀細胞癌、34%之膀胱移行細胞癌、57%之食道癌、32% 之結腸癌及24%之乳癌(Van Pel等人,Genes coding for tumor antigens recognized by cytolytic T lymphocytes. Immunological Reviews,145,229-250,1995 ; Inoue 1995 ; Fujie 1997 ; Nishimura 1997)中偵測。表現MAGE蛋白之癌 症係稱為Mage相關腫瘤。 【發明内容】 在一態樣中,本發明提供一種於生物樣品中偵測基因簽 名之方法,該基因簽名指示出對免疫療法(諸如癌症免疫 療法)之反應者或無反應者。因此,本發明提供一種篩檢患 者以確定其是否適於例如以癌症免疫療法進行治療的方法。 121044.doc -10 - 200817680 在一態樣中,本發明提供一種包含一或多種能夠與一或 多種與該圖譜有關之免疫活化基因雜交的 核芽酸探針之診斷套組。 在一悲樣中,本發明提供一或多種用於鑑別該一或多種 與該圖譜有關之免疫活化基因的探針。 在一悲樣中,本發明提供一種適用於偵測該(該等)基因/ 圖暗之該等探針的微陣列。 , 在另一態樣中,本發明提供微陣列(包括已知微陣列)用 於鑑別該(該等)免疫基因/圖譜之用途。 在一態樣中,本發明提供PCR(或其他已知技術)用於鑑 別該等基因之一或多者之差異表現(諸如上調)的用途。 在一悲樣中,本發明提供一種在篩檢以鑑別患者作為對 5亥治療之反應者之後使用適當免疫療法治療患者的方法。 在另一態樣中,本發明提供一種對患者群增加免疫療法 功效之方法,其包含以下步驟:首先筛選具有一或多種免 疫基因/該圖譜之差異表現的群體且第二步驟為表徵患者 為反應者或無反應者。 在另一態樣中,本發明提供一種產生一系列指示出免疫 療法之反應者或無反應者之差異表現之免疫基因(亦即免 疫基因圖譜)的方法。 【實施方式】 在患者接受免疫療法(諸如Mage免疫療法)之前對患者之 f症/腫瘤所進行之分析確定,某些基因於對治療反應良 〜者中之表現與彼等不對免疫療法有反應之患者相比 121044.doc 200817680 存在差異。本發明者已發現預測患者對適當免疫療法之可 能反應的基因簽名/圖譜。更特定言<,本發明者已發現 預測在以Mage抗原特異性免疫療法治療之後存活率提高的 基因簽名。 因此本發明提供一種來自患者衍化樣品之基因圖譜,其 預測患者將為免疫療法(例如癌症免疫療法,諸如免 疫療法)之反應者(或無反應者)的可能性增加,其中該圖言普 包含至少一種免疫活化基因之差異表現。 本發明提供一種來自患者衍化樣品之基因圖譜,其預測 患者將為免疫療法(例如癌症免疫療法,諸如Mage免疫療 法)之反應者(或無反應者)的可能性增加,其中該圖譜包含 至少一種免疫活化基因之上調。 本發明提供一種與診斷或預後圖譜對照之預測圖譜。 不希望受理論約束,假設所鑑別之基因簽名實際上指示 免疫/發炎,諸如指定為反應者之患者的T細胞滲入/活化反 應,例如該簽名可表示T細胞活化標記物。認為該反應之 存在協助患者身體在投與免疫療法之後對抗疾病(諸如癌 症),藉此使患者對該免疫療法有更多反應。 因此本發明之簽名並不集中於尤其與相關疾病(例如癌 症,諸如致癌基因)之診斷及/或預後相關之標記物/基因 上,而實際上其預測患者是否將對適當免疫療法(諸如癌 症免疫療法)有反應。 認為本文中為癌症所鑑別之基因圖譜及鑑別該基因圖譜 之方法指示腫瘤之微環境。腫瘤之合適微環境似乎為患者 121044.doc -12- 200817680 是否對適當癌症免疫療法有反應之關鍵。 在本發明之上下文中,免疫療法意謂基於激發通常對抗 原之免疫反應的療法,其中該反應導致與其相關之疾病得 以治療、改善及/或其進展得以延緩。在此上下文中之治 療將通常不包括預防性治療。 本說明書之上下文中之癌症免疫療法意謂用於治療癌症 之免疫療法。在一態樣中,免疫療法係基於腫瘤睾丸抗 原,諸如Mage(以下詳細討論)。 本發明可用於鑑別有可能對適當免疫療法作出反應之癌 症患者,例如,諸如於具有MAGE表現性癌症之患者中患 有黑色素瘤、乳癌、膀胱癌、肺癌、NSCLC、頭部及頸部 癌、鱗狀細胞癌、結腸癌及食道癌之患者。在一實施例 中,本發明可用於該等癌症(尤其肺癌及黑色素瘤)之佐劑 (術後,例如康復)背景中。亦發現本發明適用於治療轉移 性背景下之癌症。因此,在第一態樣中,本發明提供一種 扣示患者(諸如癌症患者)為對適當免疫療法之治療之反應 者或無反應者的簽名,該簽名包含一或多種選自免疫活化/ 免疫反應/發炎反應基因之基因的差異表現,該等基因係 例如指示T細胞滲入/活化之基因組,諸如基因列表(或包 含或由彼等列於表卜^卜^卜似/或叫諸 如表1或2)中之基因組成的基因列表)。在本發明之上下文 中,差異表現意謂基因與其正常表現相比經上調或下調。 計算基因差異之統計法係討論如下。 免疫活化基因意欲意謂促進、提高或激發適當免疫反應 121044.doc -13- 200817680 之基因。在本文中免疫反應基因與免疫活化基因可互換使 分析由細胞(諸如癌症/腫瘤細胞)所表現之基因的重要技 術為DNA微陣列(亦稱為基因晶片技術),其中數以百計或 更夕棟針序列(堵如5 5,0 0 0個探針組)連接於玻璃表面上。 4 4探針序列通常所有為25基體或60基體且為來自已知基 因之序列。該等探針通常以一組丨丨個個別探針(探針組)排 列且以預先確定模式固定於玻璃表面上。一旦暴露於適當 生物樣品後’該等探針與特定基因之相關RNA或DNA雜 父。在洗滌之後’藉由適當方法”讀取”晶片且記錄諸如顏 色強度之數量。特定基因之差異表現與所記錄之量測值/ 強度成比例。該技術係詳細討論如下。 一旦已鑑別目標基因/圖譜,存在幾種量測基因是否有 差異表現之分析方法。該等分析技術包括即時聚合酶鏈反 應’亦稱為定量即時聚合酶鏈反應(QRT—PCR或q_pcr), 其係用以同時量化及放大存在於樣品中之給定DNA分子的 特異性部分。 該程序按照聚合酶鏈反應之一般模式,但在每輪放大之 後(即時’’狀況)量化DNA。兩種常見量化方法皆使用插入 雙股DNA之螢光染料及經改良當與互補〇ΝΑ雜交時發螢光 之DNA募核苷酸探針。即時聚合酶鏈反應之基本思想為: 特定cDNA(及由此imRNA)於樣品中之量越充足,其在放 大之重複週期中將越早得以偵測。存在各種使DNA放大接 著進行的系統且其通常涉及使用在即時放大期間併入新近 121044.doc -14 - 200817680 合成之DNA分子中的螢光染料。控制熱循環過程之即時聚 合酶鏈反應儀可隨㈣測螢光DNA之豐度及因此所給樣品 之放大進展。通常,隨時間進行的給定cDNA之放大依照 具有初始平坦期、接著為指數期之曲線形式。最終,當實 驗試劑用盡時,DNA合成減緩且指數曲線變平至平穩段。 或者,目標基因之mRNA或蛋白質產物可藉由北方墨點 (Northern Blot)分析法、西方墨點法Bi〇t)及/或免 疫組織化學法量測。
U 在一態樣中,於表現腫瘤睾丸抗原之患者樣品上執行鑑 別圖譜/簽名的分析。 若基因在視為反應者(或無反應者)之患者中始終上調或 始終下調,則該單個基因可用於#間值確定且假定兩組充 分分離時確定患者Μ為反應者或無反應者。 當例如藉由Q.PCR分析單個基因時,則基因表現可參考 保持恆定之基因(例如具有符號贿从、gapdh、皿C、 GUSMPGK1之基因)進行標準化。可藉由使由研究基因 獲得之值減去由怪定基因獲得之值來進行標準化。可藉由 繪製各患者之相關基因表現的量測值來確定閾值。該等反 應者及無反應者通常將在不同軸/焦點周圍叢集。間值可 於叢集之間的間隙中藉由傳統統計法或簡單緣製”最佳擬 合線”來確定兩組之間的中間範圍來確定。例如超出預定 義閾值之值可指定為反應者且例如低於預指定閾值之值可 指定為無反應者。 於鑑別反應者之基因圖 在一態樣中,本發明提供一種用 121044.doc 200817680 谱’其包含該等基因之一或多者,其中50、60、70、75、 80、85、90、95、99或100%之基因經上調。 該等列於表1、2、3、4、7、9、11、12及/或13(諸如表 1、2及/或3)中之基因通常於反應者中經上調。 對於較大樣品尺寸,可藉由使用2、3、4、5、6個(等) 來自表1、2、3、4、7、9、11、12及/或13(諸如表1或2)之 基因來進一步提高本發明之預測方法的穩定性。 此外,一旦簽名中包括至少兩種差異表現基因,則可使 用統计叢集方法區分反應者與無反應者。 統計叢集方法及該方法之軟體係討論如下。 一個用於量化基因之差異表現的參數為倍數變化,其為 比較兩種不同實驗條件下之基因mRNA表現量的量度。其 算術定義在研究者之間係不同的。然而,倍數變化越高, 相關基因之差異表現將越可能充分分離,藉此使其易於判 斷患者屬於何類型(反應者或無反應者)。 倍數變化可(例如)為至少10、至少15、至少2〇或3〇。 另一亦用以量化差異表現之參數為”p"值。認為p值越 低’則基因可能差異表現越多,該情況使P值成為適用於 本發明之圖譜的良好候選者。P值可例如包括〇·丨或更低, 諸如0.05或更低,尤其001或更低。如本文中所用,p值包 括經权正之’’P”值且/或亦包括未經校正之"P”值。 本發明提供一種偵測生物樣品中之基因簽名的方法,該 方法包含分析至少5種如表1中所列舉之基因的表現。 或者’一或多種基因可選自表1、2、3、4、7、9、11、 121044.doc •16- 200817680 12及/或13,諸如表1或2。 因此’在-_樣中,本發明提供—種鑑別癌症患者是否 將為免疫療法之反應者或無反應者的方法,該方法包含: 1 ·對包含由癌細胞或來自癌細胞之DNA或其片段之基因 所表現之mRNA或其片段的樣品分析—或多種指示τ細胞 滲入/活化之基因的差異表現,該等基因係(例如)選自包含 列於表卜
之基因或由列於表^、^、^、似/或叫諸 如表1或2)中之基因組成之群;及 2·基於步驟丨之結果表徵患者為反應者或無反應者。在 本發明之上下文中,反應者包括其中癌症/腫瘤未經根 除、減少或改善(混合型反應者或部分反應者)或完全穩定 使得疾病不再進展之個體。在其中癌症穩定之反應者中, I定期係使彳于與未接受治療之患者相比生活品質提高及/ 或患者預期壽命增加(例如疾病穩定超過6個月)。針對癌症 之部分臨床反應為其中腫瘤/癌症對治療有反應,例如, 其中該癌症減少30、40、50、60%或更多。 針對癌症之混合型臨床反應者係定義為其中某些腫瘤/ 癌症對治療有反應且其他保持不變或進展。 對癌症治療之反應者、部分反應者及混合型反應者的標 準定義係可利用的。除非由上下文顯見該等標準定義不適 用’否則將其應用於本文中。 如本文中所用,預測有利臨床反應或鑑別更有可能對療 法作出反應之受檢者的方法並不意謂具備1〇〇〇/。預測能 121044.doc -17 - 200817680 力’但表明具有某些特徵之受檢者比缺乏該等特徵之受檢 者更有可能經歷對指定療法之有利臨床反應。然而,如將 為沾習此項技術者所顯而易見的,經鑑別為更有可能經歷 有利臨床反應之某些個體可能仍然不能證明對治療之可量 測的臨床反應。類似地,某些預測為無反應者之個體可仍 然顯示對治療之有利臨床反應。
如本文中所用,對(例如)抗癌治療之”有利反應"(或,,有 利臨床反應")係指由熟習此項技術者所認可的表明腫瘤生 長速率與在替代性治療或缺乏治療時發生之腫瘤生長相比 降低的生物或物理反應。如本文中所用,”有利臨床反應,, 與治癒並非為同義,但包括部分反應、混合型反應或疾病 穩定。對療法之有利臨床反應可包括受檢者所經歷之症狀 減輕、預期或所達成之存活期增加、腫瘤生長速率降低、 腫瘤生長停止(疾病穩定)、轉移性病變之數量或質量消退 及/或總腫瘤質量消退(各自與在未應用療法或回應替代性 療法時將發生之情況相比)。
需要治療例如Mage表現性腫叙患者(其腫瘤細胞具有 文中所描述為"反應者"簽名之基因簽名)當以Mage特異 性免疫療法治療時與其腫瘤細胞展示本文中所述為"無反 應者"簽名之基因簽名的患者相比更有可能具有有利臨床 反應。 在本發明之上下文中’無反應者包括其症狀(亦即癌症/ 腫瘤)並未改善或穩定之個體。 視情況可參考"標準"或訓練集對作為反應者或無反應者 121044.doc -18- 200817680 之〜者進仃表徵。該標準可為已知為反應者或無反應者之 個體/患者的概況,或者可為數值。該等預確定標準可以 何口適开> 式提供’該形式係諸如印刷列表或圖表、計算 機軟體程式或其他媒體。 口 ^本說明書之上下文中,訓練集意欲指示其中臨床結果 可與基因圖譜相關連且可用於訓練適當統計模型/程式以 、子新樣叩t別反應者及/或無反應者的樣品組。表11 a、 11B且14含有與實例4中所述之41個探針組模型有關的訓練 集資訊。 在一態樣中,使用數學模型/演算法/統計方法來表徵患 者為反應者或無反應者。 在一態樣中,本發明提供一種基於一或多種免疫活化基 因(諸如5種或5種以上該等基因)之圖譜。 在一態樣中,本發明提供一種基於表1、2、3、4、7、 9、11、12及/或13 (諸如表1或2)之基因的圖譜。 在一態樣中,本發明提供一種基於489個探針(列於表4B 上)及/或約480個如列於表4中之基因的圖譜。 根據一態樣’本發明提供一種指示患有Mage表現性癌 症之患者在以Mage特異性免疫療法治療之後之存活改善的 基因簽名。至少 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、 24、25、26、27、28、29、30或31個來自表1中所揭示基 因之基因的該基因簽名係以與不對Mage抗原特異性癌症免 疫療法作出反應之MAGE表現性腫瘤患者之基因簽名相比 121044.doc -19- 200817680 的差異表現來表徵。 若患者實際上為反應者,則存活改善可能 免疫療法之反應的必然結果。 基因列表 在一態樣中,本發明係關於一或多種列 因。 表1 基因名稱 1.1 染色體6開放閱讀框架190 1.2 造血細胞特異性Ly η受質1 1.3 介白素2受體,γ(嚴重聯合免疫缺陷) 1.4 CD52抗原(CAMPATH_1 抗原)///CD52 抗原(CAMPATH-1抗原) 1.5 抗原(p50),綿羊紅細胞受體 ///CD2抗原(p50),綿羊紅細胞受體
1.6 泛素D 1.7 信號轉導子及轉錄活化因子4 1.8 顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶3 ;類胰蛋 白酶II)///顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶 3 ;類胰蛋白酶II) 1·9 CD3G抗原,γ多肽(丁丨丁3複合體) 1.10 G蛋白偶合受體171 1.11 蛋白激酶C,βΐ 121044.doc 為_所投與之 於表1中之基 Seq Id No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 -20- 200817680 1.12 主要組織相容性複合體,II類, 12
DRa///主要組織相容性複合體,II 類,DRa 1.13 主要組織相容性複合體,II類, 13
DQPI///主要組織相容性複合體,II 類,DQP1 1.14 乙醇脫氫酶IB(I類),β多肽 14 1.15 Τ細胞受體a恆定域///Τ細胞受體a恆定域 15 1.16 CD69抗原(p60,早期T細胞活化抗原) 16 1.17 蛋白激酶C,e 17 1.18 τ細胞受體β可變域19///T細胞受體β恆 18 定域1 1.19 Τ細胞受體a基因座///Τ細胞受體Α可 19 變域2///T細胞受體a可變域20///T細胞 受體a連接域17///T細胞受體a恆定域 1.20 T細胞受體γ恆定域2 20 1.21 Τ細胞受體β可變域21-1///Τ細胞受體β 21 可變域19///Τ細胞受體β可變域5-4///Τ 細胞受體β可變域3-1///Τ細胞受體β恆 定域1 1.22 Τ細胞受體a基因座 22 1.23 T細胞受體β可變域19///T細胞受體β可 23 變域19///Τ細胞受體β恆定域1///Τ細胞 受體β恒定域1 121044.doc -21 · 200817680 24 25 1.24 CD3D抗原,A多肽(TiT3複合體) 1.25 T細胞受體γ悝定域2///T細胞受體γ可 變域9///類似於Τ細胞受體γ鏈C區ΡΤ-γ-1/2///類似於Τ細胞受體γ鏈V區ΡΤ-γ-1/2前驅體///TCRY替代性閱讀框架蛋 白質 1.26 Pyrin及HIN域家族,成員1 26 1.27 T細胞受體相關跨膜接附蛋白1 27 1.28 SLAM家族成員7 28 1.29 染色體4開放閱讀框架7 29 1.30 主要組織相容性複合體,II類,DQal 30 1.31 轉錄基因座 31 1.32 兩性蛋白(僵人(Stiff-Man)症候群伴乳 癌128kDa自身抗原) 32 1.33 樹突狀細胞相關凝集素-1 33 在本說明書末尾之表1A給出以上基因之每一者的全部核 苷酸序列。 在一態樣中,本發明提供一種基於文獻中所鑑別且涉及 免疫滲入及活化之62個基因中之1或多者之差異表現的圖 譜。 在一態樣中,本發明提供一種基於列於表2中之基因的 圖譜。 121044.doc -22- 200817680 表2 : 基因符號 基因名稱 Seq Id No 2.1 HLA-DQA1 主要組織相容性複合 體,II類,DQal 30 2.2 TRBV3-1 T細胞受體β可變域3 -1 21 2.3 IL2RG 介白素2受體γ(嚴重聯 合免疫缺陷) 3 2.4 CD2 CD2抗原(ρ50),綿羊 紅細胞受體 5 2.5 GPR171 G蛋白偶合受體171 10 2.6 ADH1B 乙醇脫氫酶ΙΒ(Ι類),β 多肽 14 2.7 CD69 CD69抗原(p60,早期 T細胞活化抗原) 16 2.8 TRBV19 τ細胞受體β可變域19 18 2.9 TRAT1 Τ細胞受體相關跨膜接 附蛋白1 27 2.10 C4orf7 染色體4開放閱讀框架 7 蛋白激酶C,β1 29 2.11 PRKCB1 11 2.12 CD3D CD3D抗原,a多狀 (TiT3複合體) 24 2.13 UBD 泛素D 6 在一態樣中,本發明提供表3中之基因列表。
表3 基因符號 3.1 CD52 3.2 UBD 3.3 STAT4 3.4 GZMK 3.5 GPR171 3.6 PRKCQ 基因名稱 CD52分子///CD52分子
胺基丁酸(GABA)B受體1///泛 素D 信號轉導子及轉錄活化因子4 顆粒溶解酶尺(顆粒溶解酶3 ;類 胰蛋白酶II)///顆粒溶解酶K(顆 粒溶解酶3 ;類胰蛋白酶II) G蛋白偶合受體171 蛋白激酶C,Θ 121044.doc -23- 200817680 3.7 TRA@ III TRDV2 /// TRAV20 III TRAC 3.8 TRGC2 III TRGV2 III TRGV9 /// TARP /// LOC642083 3.9 TRBV21-1 ///TRBV19 /// TRBV5-4 III TRBV3-1 ///TRBC1
T細胞受體α基因座///丁細胞受體 △可變域2///T細胞受體a可變域 20///T細胞受體a恆定域 T細胞受體γ恆定域2///T細胞受 體γ可變域2///Τ細胞受體γ可變域 9///TCRY替代性閱讀框架蛋白質 ///推測蛋白質LOC642083 T細胞受體β可變域21-1///T細胞 受體β可變域19///Τ細胞受體β可 變域5-4///Τ細胞受體β可變域3-1 ///Τ細胞受體β恆定域1///類似於 Τ細胞受體β鏈ν區CTL-L17前驅 體 Τ細胞受體β可變域19///Τ細胞受 體β可變域19///Τ細胞受體β恆定 域1///Τ細胞受體β恆定域1 CD3d分子,A(CD3-TCR複合體) T細胞受體相關跨膜接附蛋白1 在一態樣中,本發明提供一種基於一或多種表4之基因 3.10 TRBV19///TRBC1 3.11 CD3D 3.12 TRAT1 的圖― 口曰
基因符號 基因名稱 FLJ20647 NA NAV1 神經元導航基因1 GPR171 G蛋白偶合受體171 CCL14 趨化因子(C-C基元)配位體14 CIS 補體成分1,s亞成分 CXCL2 趨化因子(C-X-C基元)配位體2 TRBV3-1 T細胞受體β可變域3-1 TRDV2 Τ細胞受體Α可變域2 RUFY3 含有RUN及FYVE之域3 DOCK8 細胞質分裂奉獻子8 GCH1 GTP環水解酶1(多巴反應性肌張 力障礙) CENTD3 矢車菊苷,A3 ACSL5 醯基輔酶A合成酶長鏈家族成員 5 121044.doc •24- 200817680 4.14 AMICA1 與CXADR抗原1相互作用之黏著 分子 4.15 IL2RG 介白素2受體,γ(嚴重聯合免疫 缺陷) 4.16 TNFAIP3 腫瘤壞死因子,α-誘導蛋白3 4.17 PSCDBP pleckstrin同源序列、Sec7及捲 曲螺旋域、結合蛋白 4.18 ESR1 雌激素受體1 4.19 TRBC1 T細胞受體β恒定域1 4.20 CD52 CD52抗原(CAMPATH-1抗原) 4.21 LOC442535 ΝΑ 4.22 TRBV19 Τ細胞受體β可變域19 4.23 IL7R 介白素7受體 4.24 TRAC Τ細胞受體α恆定域 4.25 NCF2 嗜中性白血球胞質因子 2(65kDa,慢性肉芽腫病,體染 色體2) 4.26 LOC92689 NA 4.27 GZMK c(”顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶3, 類胰蛋白酶II)") 4.28 NA NA(由探針23583 1_at鑑別之基 因) 4.29 RAB34 RAB34,RAS致癌基因家族成員 4.30 DPT 皮膚橋蛋白 4.31 PVT1 Pvtl致癌基因同系物,MYC活 化*因子(小鼠) 4.32 TRGC2 T細胞受體γ恆定域2 4.33 GIMAP5 GTP酶,IMAP家族成員5 4.34 CD52 CD52抗原(CAMPATH-1抗原) 4.35 CD3D CD3d抗原,A多肽(TiT3複合體) 4.36 TMEM132C 跨膜蛋白132C 4.37 NFKBIA κ輕鏈多肽基因增強子於B細胞 抑制因子中之核因子α 4.38 TRA@ Τ細胞受體α基因座 4.39 TRAT1 Τ細胞受體相關跨膜接附蛋白1 4.41 RAB34 RAB34,RAS致癌基因家族成員 4.42 CD69 CD69抗原(ρ60,早期Τ細胞活化 抗原) 4.43 DOCK8 細胞質分裂奉獻基因8 121044.doc -25- 200817680 4.45 IRF8 干擾素調節因子8 4.46 KLRB1 殺手細胞凝集素-樣受體亞族 B,成員1 4.47 ΝΑ NA 4.48 ITGA3 整合素α3(抗原CD49C,VLA-3 受體之α3亞單元) 4.49 MAP3K8 經有絲分裂原活化之蛋白激酶8 4.50 Clorfl62 染色體1開放閱讀框架162 4.51 UBD 泛素D 4.52 TRGV9 Τ細胞受體γ可變域9 4.54 ARHGAP9 p GTP酶活化蛋白9 4.55 TIFA ΝΑ 4.56 DPT 皮膚橋蛋白 4.57 NA ΝΑ(由探針1569942_at鑑別之基 因) 4.58 GIMAP4 GTP酶,IMAP家族成員4 4.59 HCLS1 造血細胞特異性Lyn受質1 4.60 PRKCH 蛋白激酶C,η 4.61 STAT4 信號轉導子及轉錄活化因子4 4.62 HLA-DQA1 主要組織相容性複合體,II類, DQal 4.63 ADRB2 細胞表面腎上腺素β-2-受體 4.64 NA ΝΑ 4.65 CTSW 組織蛋白酶W(淋巴球減少素 (lymphopain)) 4.66 MYH11 平滑肌肌凝無白,重鏈多肽11 4.67 GIMAP6 GTP酶,IMAP家族成員6 4.68 HLA-DQB1 主要組織相容性複合體,II類, DQP1 4.69 CD8A CD8抗原,α多肽(p32) 4.70 TNFAIP3 腫瘤壞死因子,α_誘導蛋白3 4.71 CP 血漿銅藍蛋白(鐵氧化酶) 4.72 SMOC2 SPARC相關模組鈣結合蛋白2 4.73 C20orf24 染色體20開放閱讀框架24 4.74 C16orf54 染色體16開放閱讀框架54 4.75 CD2 CD2抗原(p50),綿羊紅細胞受體 4.76 SLIT3 slit同系物3(果繩) 4.77 BAALC 細胞質腦部與急性白血病基因 4.78 TRIB3 tribbles同系物3(果繩) 4.79 LOC440160 NA 121044.doc -26- 200817680 4.80 C6orfl90 染色體6開放閱讀框架190 4.81 TAGAP T細胞活化GTP酶活化蛋白 4.82 FAM92A1 具有序列相似性之家族92,成 員A1 4.83 PSTPIP2 脯胺酸-絲胺酸_蘇胺酸磷酸酯酶 相互作用蛋白2 4.84 PTPRC 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,受體 類型,C 4.85 HLA-DRA 主要組織相容性複合體,II類, DRa 4.86 EFCAB2 EF-手臂鈣結合域2 4.87 TNFAIP8 腫瘤壞死因子,a-誘導蛋白8 4.88 SLIC1 NA 4.89 CD1C CDlc抗原 4.90 TRAF3IP3 TRAF3相互作用蛋白3 4.95 IGJ 免疫球蛋白J多肽,免疫球蛋白a 及mu多肽之連接子蛋白 4.96 PLEK pleckstrin 4.98 TMEM44 跨膜蛋白44 4.99 TRA@ T細胞受體a基因座 4.100 EBI2 Epstein-Barr病毒誘導基因2(淋 巴細胞特異性G蛋白-偶合受體) 4.101 SAMSN1 SAM域、SH3域及核定位信號基 因1 4.102 KIAA1794 KIAA1794 4.103 ALDH2 醛脫氫酶2家族(線粒體) 4.104 CDC42SE2 CDC42小效應因子2 4.105 GFRA1 GDNF家族受體αΐ 4.106 ITK IL2-誘導性Τ細胞激酶 4.107 HLA-DRA 主要組織相容性複合體,II類, DRa 4.108 GIMAP7 GTP酶,IMAP家族成員7 4.109 FLJ20273 NA 4.110 PTPN6 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,非受 體類型6 4.111 PTGER3 前列腺素E受體3(亞型EP3) 4.112 RAI2 視黃酸誘導型基因2 4.113 LGALS2 半乳糖苷結合的可溶性凝集素 2(半乳糖凝集素2) 4.114 HMOX1 血紅素加氧酶(解環)1 121044.doc -27- 200817680 4.115 ΝΑ NA(由探針227995_at鑑別之基 因) 4.116 ZNFN1A1 鋅指蛋白,亞族ΙΑ,l(Ikaros) 4.117 CSF2RB 低親和力群落刺激因子2受體 β(顆粒球巨噬細胞) 4.118 PCSK5 蛋白質前體轉化酶枯草桿菌蛋 白酶/kexin型5 4.119 CCDC69 含捲曲螺旋域69 4.120 CDC42SE2 CDC42小效應因子2 4.121 GZMA 顆粒溶解酶A(顆粒溶解酶1,細 胞毒素T-淋巴細胞相關之絲胺酸 酯酶3) 4.122 C3 補體成分3 4.124 C15orf48 染色體15開放閱讀框架48 4.125 RARRES3 視黃酸受體反應基因(他紮羅汀 (tazarotene)誘導型)3 4.126 LOC283537 NA 4.127 CXCL12 趨化因子(C-X-C基元)配位體 12(基質細胞衍生因子1) 4.129 NA NA(由探針組23 1882_at鑑別之 基因) 4.130 SOD2 線粒體超氧化物歧化酶2 4.131 CTSS 組織蛋白酶S 4.132 CTBP2 C末端結合蛋白2 4.133 BCL11B B細胞CLL/淋巴瘤11B(鋅指蛋 白) 4.134 CCL22 趨化因子(C-C基元)配位體22 4.135 ACSL5 醯基輔酶A合成酶長鏈家族成員5 4.136 DOC1 NA 4.137 SLC31A2 溶質載體家族31(銅轉運蛋白), 成員2 4.138 POPDC3 含有凸狀域之基因3 4.140 SQRDL 硫醚醌還原酶樣(酵母) 4.141 RASGEF1B RasGEF域家族,成員1B 4.142 FGL2 纖維蛋白原樣2 4.143 C10orfl28 染色體10開放閱讀框架128 4.144 IL10RA 介白素10受體α 4.145 EGFL6 多序列EGF樣域6 4.146 IL18 介白素18(干擾素γ誘導因子) 121044.doc -28- 200817680 4.147 4.148 4.149 4.150 4.151 4.152 4.153 4.154 4.155 4.156 4.157 4.158 4.159 4.160 4.161 4.162 4.163 4.164 4.165 4.166 4.167 4.168 4.169 4.170 4.171 4.173 4.174 4.175 4.176 4.177 4.178 4.179 ARHGAP30 p GTP酶活化蛋白30 PALMD 細胞結構調節蛋白胞内同功異 型物(palmdelphin) RASSF5 Ras相關(RalGDS/AF-6)域家族 GATA3 GATA結合蛋白3 DKFZP564O0823 NA BCL11B B細胞CLL/淋巴瘤11B(鋅指蛋 白) TXNIP 硫氧還蛋白相互作用蛋白 DTX4 deltex4同系物(果绳) DARC Duffy血型趨化因子受體 RNASE6 核糖核酸酶RNaseA家族,k6 CD86 CD86抗原(CD2 8抗原配位體2, B7-2抗原) ZFP36 鋅指蛋白36,C3H型同系物(小 鼠) BASP1 腦部富集之膜連接信號蛋白1 CKAP1 細胞骨架相關蛋白1 HCP5 HLA複合體P5 GRB14 生長因子受體結合蛋白14 GJA7 間隙連接蛋白a7,45kDa(連接 蛋白45) FLJ14054 NA VNN1 vanin 1 ADCY7 腺苷酸環化酶7 MS4A6A 跨膜4-域亞族A,成員6A CPA3 羧肽酶A3(肥大細胞) PIM1 pim-1致癌基因 CCL19 趨化因子(C-C基元)配位體19 SYK 脾臟酪胺酸激酶 SIT1 信號轉導閾值調節跨膜接附蛋 白1 NA NA(由探針組2288 12—at鑑別之 基因) NAP1L2 核小體組裝蛋白1-樣2 CCL13 趨化因子(C-C基元)配位體13 SLA Src樣接附蛋白 NOD3 NA PRKCH 蛋白激酶C,η 121044.doc -29- 200817680 4.180 4.181 4.182 4.183 4.184 4.185 4.186 4.187 4.189 4.190 4.191 4.192 4.193 4.194 4.195 4.196 4.197 4.198 4.199 4.200 4.201 4.202 4.203 4.204 4.205 4.206 4.207 4.208 4.209 4.210 4.211 4.212 TRD@ T細胞受體A基因座 BAALC 細胞質腦部與急性白血病基因 RP1-93H18.5 NA FLJ20701 NA SH3TC2 SH3域及三十四狀 (tetratricopeptide)重複序列 2 CCR2 趨化因子(C-C基元)受體2 CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 HLA-DPA1 主要組織相容性複合體,II類, DPal PECAM1 血小板/内皮細胞黏著分子 (CD31抗原) AMIG02 具有Ig樣域之黏著分子2 CCDC69 含捲曲螺旋之域69 CLEC7A C型凝集素域家族7,成員A P2RY14 G蛋白偶合之嘌呤能受體P2Y,14 PIK3AP1 磷酸肌醇-3-激酶接附蛋白1 ADH1B 乙醇脫氫酶IB(I類),β多肽 TOP1MT 線粒體拓撲異構酶(DNA)I CD276 CD276抗原 HLA-DQB1 主要組織相容性複合體,II類, DQP1 JAM2 連接黏著分子2 CIS 補體成分1,s亞成分 MS4A6A 跨膜4·域亞族A,成員6A TGFBR3 轉型生長因子β受體ΙΙΙ(β聚糖, 300kDa) ITGAL c(’’整合素,aL(抗原 CDllA(pl80)),淋巴細胞功能 相關抗原1,a多肽’’) IL1R1 介白素1受體,I型 MS4A6A 跨膜4-域亞族A,成員6A HLA-DRB1 主要組織相容性複合體,II類, DRpi GIMAP2 GTP酶,IMAP家族成員2 ZC3H12D 含鋅指CCCH-型基因12D PCDH9 原#5黏蛋白9 SLAMF7 SLAM家族成員7 MGC7036 NA RGS18 G蛋白信號轉導調節子18 121044.doc -30- 200817680 4.213 4.214 4.215 4.216 4.217 4.218 4.219 4.221 4.222 4.223 4.224 4.225 4.226 4.227 4.228 4.229 4.230 4.231 4.232 4.233 4.234 4.235 4.236 4.237 4.238 4.239 4.240 4.241 4.242 4.243 4.245 HLA-DQA1 主要組織相容性複合體,II類, DQal CD53 CD53抗原 MPEG1 ΝΑ SSBP4 單股DNA結合蛋白4 ΝΑ NA(由探針組231262_at鑑別之 基因) CDH19 鈣黏著蛋白19,2型 CTBP2 C末端結合蛋白2 FAM107B 具有序列相似性之家族107,成 員B IGKC 免疫球蛋白κ恆定域 ITGAM 整合素,αΜ(補體成分3受體3亞 單元) CKAP1 細胞骨架相關蛋白1 HLA-DRB1 主要組織相容性複合體,II類, DRP1 CDH19 鈣黏著蛋白19,2型 MGC16291 NA DDEF2 發育及分化增強因子2 TNFAIP2 腫瘤壞死因子,α誘導蛋白2 CXCL14 趨化因子(C-X-C基元)配位體14 CD209 CD209抗原 COL9A3 膠原蛋白,IX型,α3 ANKRD22 錨蛋白重複域22 NCKAP1L NCK相關蛋白1-樣 CMKOR1 趨化因子孤兒受體1 HLA-DRB5 主要組織相容性複合體,II類, DRp5 LCP1 淋巴細胞胞質蛋白1(L-網素) ADH1B 乙醇脫氫酶IB(I類),β多肽 CXXC5 CXXC指 5 GJA7 間隙連接蛋白,(x7,45kDa(連接 蛋白45) FGD2 含有FYVE、RhoGEF及PH域之2 MAN1A1 甘露糖苷酶α,1A類,成員1 C6orfll5 染色體16開放閱讀框架11 5 CXCL9 趨化因子(C-X-C基元)配位體9 121044.doc -31 - 200817680 4.247 NPR3 利尿鈉肽受體C/鳥苷酸環化酶 C(心房利尿鈉肽受體C) 4.248 FYB FYN結合蛋白(FYB-120/13 0) 4.249 VCAM1 血管細胞黏著分子1 4.250 FLI1 弗蘭德(Friend)白血病病毒整合 因子1 4.251 CXXC5 CXXC指 5 4.252 TRAM2 易位相關膜蛋白2 4.254 SHC4 SHC(含有Src同源2域)家族,成 員4 4.255 SLC9A9 溶質載體家族9(鈉/氫交換載體), 成員9 4.256 PTPRC 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,受體類 型,C 4.257 PTGER4 前列腺素E受體4(亞型EP4) 4.258 LILRB1 白血球免疫球蛋白樣受體,亞族 B(具有TM及ITIM域),成員1 4.259 PRDM1 含有PR域且具有ZNF域之基因1 4.261 ARHGAP15 p GTP酶活化蛋白15 4.262 SLC5A3 溶質載體家族5(肌醇轉運蛋白), 成員3 4.263 DOCK9 細胞質分裂奉獻基因9 4.264 GPSM1 G蛋白信號轉導調節子1(AGS3 樣’線蟲) 4.265 CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 4.266 GLIPR1 GLI發病機制相關基因1(神經膠 質瘤) 4.267 APOL3 脂蛋白元L,3 4.268 HLA-DMB 主要組織相容性複合體,II類, ϋΜβ 4.269 SYNP02 突足蛋白2 4.270 ΝΑ ΝΑ(由探針組22 1651 X at鑑別之 基因) 4.271 ΝΑ NA(由探針組23 1929_at鑑別之基 因) 4.272 RP1-93H18.5 NA 4.273 CASP1 卡斯蛋白酶1,細胞凋亡相關之 半胱胺酸肽酶(介白素1,β,轉 化酶) 121044.doc -32- 200817680
ϋ 4.274 PRKCQ 蛋白激酶C,Θ 4.275 IL1R2 介白素1受體,II型 4.276 CARD15 卡斯蛋白酶招募域家族,成員1 5 4.277 ARHGDIB p GDP解離抑制因子(GDI)p 4.278 HLA-DRB4 主要組織相容性複合體,II類, DRP4 4.279 SART2 由T細胞識別之鱗狀細胞癌抗原2 4.280 LSP1 淋巴細胞特異性蛋白1 4.281 AMPD3 單磷酸腺苷脫胺基酶(同功異型 物E) 4.282 SEMA4F sema域、免疫球蛋白域(Ig)、跨 膜域(TM)及短細胞質域(轴突導 向因子)4F 4.283 ISOC1 含有異水解酶(isochorismatase) 域1 4.285 HPS3 Hermansky-Pudlak症候君羊 3 4.288 HOXB7 同源盒B7 4.290 ZNFN1A1 辞指蛋白,亞族1A,l(Ikaros) 4.291 ARHGAP9 p GTP酶活化蛋白9 4.292 GAT A 2 GATA結合蛋白2 4.293 AP2B1 接附相關蛋白複合體2,βΐ亞單 元 組織蛋白酶C 4.294 CTSC 4.295 PLK2 polo樣激酶2(果绳) 4.296 CD4 CD4抗原(p55) 4.297 GGTA1 醣蛋白,α半乳糖基轉移酶1 4.298 GADD45B 生長停止及DNA損傷誘導性基因β 4.300 FLJ10847 ΝΑ 4.301 KIF21B 驅動蛋白家族成員21Β 4.302 CCND2 細胞週期蛋白D2 4.303 PRG1 蛋白聚糖1,分泌顆粒 4.304 SLC40A1 溶質載體家族40(鐵調節轉運蛋 白),成員1 4.307 CRIP1 半胱胺酸富集蛋白1(腸道) 4.308 LOC283070 ΝΑ 4.309 SIGLEC1 唾液酸結合Ig-樣凝集素1,唾液 酸黏附素 4.310 ZNF11B 鋅指蛋白11B 4.311 CXCR4 趨化因子(C-X-C基元)受體4 121044.doc -33- 200817680 4.312 HLA-DMA 主要組織相容性複合體,II類, DMa 4.313 MRC1 甘露糖受體C 1型 4.315 LM02 僅含LIM域之2(T細胞原癌基因樣 1) 4.315a DENND2D 含 DENN/MADD域之 2D 4.316 CCL18 趨化因子(C-C基元)配位體18(肺 及活化-調節) 4.317 P2RY13 G蛋白偶合之嘌呤能受體Ρ2Υ, 13 4.319 ANGPTL1 血管生成素樣1 4.320 NA ΝΑ(由探針組230391_at鑑別之基 因) 4.322 C8orf51 染色體8開放閱讀框架5 1 4.323 GIMAP8 GTP酶,IMAP家族成員8 4.324 NA NA(由探針組227780_s_at鑑別之 基因) 4.325 JAK2 Janus激酶2(蛋白質赂胺酸激酶) 4.326 TNFSF10 腫瘤壞死因子(配位體)超家族, 成員10 4.327 C1R 補體成分1,r亞成分 4.328 ACPL2 酸性磷酸酯酶樣2 4.329 TNFRSF19 腫瘤壞死因子受體超家族,成員 19 4.331 LRP12 低密度脂蛋白相關蛋白12 4.332 NA NA(由探針組15571 16_at鑑別之 基因) 4.334 PRKCB1 蛋白激酶C,β 1 4.335 IPOll 輸入蛋白11 4.336 DLGAP1 盤狀大(果蠅)同系物相關蛋白1 4.337 PRKAR2B cAMP依賴性調節型蛋白激酶, II型,β 4.338 MAP3K8 經有絲分裂原活化之蛋白激酶8 4.339 EVI2B 親嗜性病毒整合位點2Β 4.340 GBP1 干擾素可誘導之鳥皆酸結合蛋白 1 , 67kDa 4.341 CXCL10 趨化因子(C-X-C基元)配位體10 4.342 CAMK2N1 鈣/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶II抑 制因子1 121044.doc -34- 200817680 4.343 MED12L RNA聚合酶II轉錄介體,亞單元 12同系物(酵母)樣 4.344 ID2 DNA結合抑制因子2,顯性負性 螺旋-環-螺旋蛋白 4.345 CTBP2 C末端結合蛋白2 4.346 IGLJ3 免疫球蛋白λ連接子3 4.347 GBP4 鳥苦酸結合蛋白4 4.348 LOC439949 ΝΑ 4.349 FBX016 F-盒蛋白16 4.350 PRF1 穿孔素1(成孔蛋白質) 4.351 TRAM2 易位相關膜蛋白2 4.352 LYN v-yes-1 Yamaguchi肉瘤病毒相關 致癌基因同系物 4.353 CENTD1 矢車菊苷A1 4.355 FLJ20273 NA 4.356 TFEC 轉錄因子EC 4.357 PPP1R16B 蛋白質磷酸酯酶1,調節型(抑制 因子)亞單元16B 4.358 CD48 CD48抗原(B細胞膜蛋白) 4.359 HLA-DPB1 主要組織相容性複合體,II類, ΌΡβΙ 4.361 GTPBP5 GTP結合蛋白5(推定) 4.362 GBP5 鳥普酸結合蛋白5 4.363 MAP1B 微管相關蛋白1Β 4.364 EXTL3 外生骨疣(多發性)樣3 4.365 COROIA 冠蛋白,肌動蛋白結合蛋白,1Α 4.366 PDGFRL 血小板衍化生長因子受體樣 4.367 RP9 色素性視網膜炎基因9(顯性體染 色體) 4.368 RHOU ras同系物基因家族,成員U 4.369 MTAC2D1 含膜靶向(串聯)C2域1 4.370 CCL8 趨化因子(C-C基元)配位體8 4.371 CECR1 貓眼症候群染色體區,候選者1 4.373 SLC40A1 溶質載體家族40(鐵調節轉運蛋 白),成員1 4.374 ADCY6 腺苷酸環化酶6 4.375 CP 血漿銅藍蛋白(亞鐵氧化酶) 4.376 EDG1 内皮細胞分化,鞘脂G蛋白偶合 受體1 121044.doc -35- 200817680
4.377 RGS3 G蛋白信號轉導調節子3 4.379 ΝΑ ΝΑ(由探針組228339_at鑑別之基 因) 4.380 ABHD5 含自水解酶域5 4.381 MS4A7 跨膜4-域亞族A,成員7 4.382 PRKCH 蛋白激酶C,η 4.384 LOC286071 ΝΑ 4.385 BLNK Β細胞連接子 4.386 ΝΑ ΝΑ(由探針組242546_at鑑別之基 因) 4.387 PCDHGC3 原药黏蛋白γ亞族C,3 4.390 CAMSAP1L1 鈣調蛋白調節型血影蛋白相關蛋 白1-樣1 4.391 NPY1R 神經肽Υ受體Υ1 4.392 CD274 CD274抗原 4.393 PGM5 葡萄糖磷酸變位酶5 4.394 PLCG2 磷脂酶C,γ2(磷脂醯肌醇特異性) 4.395 TNFSF10 腫瘤壞死因子(配位體)超家族, 成員10 4.397 BTG2 BTG家族,成員2 4.398 LAMP3 溶酶體相關膜蛋白3 4.399 IGLC1 免疫球蛋白λ恆定域l(Meg標記 基因) 4.400 SIPA1L1 信號誘導性增殖相關基因1樣1 4.401 AIF1 同種異體移植發炎因子1 4.402 IGLC2 免疫球蛋白λ恒定域2(Kern-Oz-標記基因) 4.403 B2M β-2-微球蛋白 4.404 CLEC7A C型凝集素域家族7,成員A 4.405 MGC17330 ΝΑ 4.406 IGF1R 胰島素樣生長因子1受體 4.407 HIVEP1 人類免疫缺陷性病毒I型增強子 結合蛋白1 4.408 FKBP14 FK5 06結合蛋白 14,22 kDa 4.409 LAPTM5 溶酶體相關多跨膜蛋白5 4.410 ABI3BP ABI基因家族,成員3(NESH)結 合蛋白 4.411 HLA-E 主要組織相容性複合體,I類,E 4.412 ARL4C ADP-核糖基化因子-樣4C 121044.doc -36- 200817680 4.413 4.415 4.416 4.417 4.418 4.419 4.420 4.421 4.422 4.423 4.424 4.425 4.426 4.428 4.429 4.430 4.431 4.432 4.433 4.434 4.436 4.437 4.438 4.439 4.440 4.441 4.442 4.443 4.445 ASS 精胺玻拍酸合成酶 ITGB3 整合素,β3(血小板糖蛋白Ilia, 抗原CD61) SYK 脾臟酪胺酸激酶 RAC2 ras相關C3肉毒桿菌毒素受質2(p 家族,小GTP結合蛋白Rac2) ΝΑ ΝΑ(由探針組1557222_at鑑別之 基因) CD3G CD3g抗原,γ多肽(ΊΠΤ3複合體) IGF1 胰島素樣生長因子1(體介素C) ΝΑ ΝΑ(由探針組228858_at鑑別之 基因) CYB5A 細胞色素b5,A型(微粒體) TTC25 三十四肽重複域25 SLAMF6 SLAM家族成員6 ARHGAP21 p GTP酶活化*蛋白21 FLOT1 浮艦蛋白1 IBRDC2 含IBR域2 KIAA1794 KIAA1794 OLFML1 嗅覺介導素樣1 GMFG 神經膠質成熟因子γ TNFRSF1B 腫瘤壞死因子受體超家族,成 員1Β NA ΝΑ(由探針組2 17629_at鑑別之 基因) DEF6 於FDCP 6中差異表現基因同系 物(小鼠) MAP4K4 經有絲分裂原活化之蛋白激酶4 CMKOR1 趨化因子孤兒受體1 NA NA(由探針組156346l_at鑑別之 基因) CHKA 膽驗激酶α NA ΝΑ(由探針組226865_at鑑別之 基因) HS3ST3B1 硫酸乙醯肝素(葡糖胺)3_0_磺基 轉移酶3B1 CXorf9 染色體X開放閱讀框架9 EVI2A 親嗜性病毒整合位點2 A NFAM1 具有ITAM基元1之NFAT活化蛋白 121044.doc -37- 200817680
4.446 ΝΑ NA(由探針組242874—at鑑別之 基因) 4.447 ATP5J ATP合成酶,H+運載性線粒體 F0複合體,亞單元F6 4.450 CYLD 圓柱瘤病(頭巾狀瘤症候群) 4.451 GIMAP6 GTP酶,IMAP家族成員6 4.452 MFAP4 微原纖相關蛋白4 4.453 TUBB2B 微管蛋白,β2Β 4.454 NELL2 NEL樣2(雞) 4.455 ΝΑ ΝΑ 4.456 IL1RN 介白素1受體拮抗因子 4.458 SYK 脾臟酪胺酸激酶 4.459 ADAMDEC1 ADAM樣,癸蛋白1 4.460 AOC3 胺氧化酶,含銅蛋白3(血管黏著 蛋白1) 4.461 SAMHD1 SAM域及HD域1 4.463 SLC22A3 溶質載體家族22(神經元外單胺 轉運蛋白),成員3 4.465 IGLV3-25 免疫球蛋白λ可變域3-25 4.466 NA ΝΑ(由探針組1556185 a_at鑑別 之基因) 4.467 RAB11FIP1 RAB11家族相互作用蛋白1(1類) 4.468 PER2 週期同系物2(果蠅) 4.469 TTL 微管蛋白酪胺酸連接酶 4.470 SIAHBP1 NA 4.471 LAPTM5 溶酶體相關多跨膜蛋白5 4.472 FLJ22536 NA 4.473 RP6-213H19.1 NA 4.474 NA NA(由探針組235804 at鑑別之 基因) — 4.475 NCF4 嗜中性白血球胞質因子4,40 kDa 4.476 EPSTI1 上皮基質相互作用基因1(乳房) 4.477 LOC441212 NA 4.478 ANK3 錨蛋白3,郎氏結(錨蛋白G) 4.479 PCDH9 原妈黏蛋白9 4.480 C21orf86 染色體21開放閱讀框架86 4.481 DHRS9 脫氫酶/還原酶(SDR家族)成員9 4.482 ARHGAP25 p GTP酶活化蛋白25 4.483 TRAF4 TNF受體相關因子4 121044.doc 38 - 200817680
4.484 LST1 4.485 PALMD 4.486 TAPI 4.487 MSX2 4.488 SIRPG 白jk球特異性轉錄因子1 气,結構調節蛋白胞内同功異 型物 轉運蛋白1,ATP結合序列盒, 亞族 B(MDR/TAP) msh同源盒同系物2(果蠅) 4 Ϊ虎调卽蛋白γ 在本文所列之表中,所給基因可例如作為特異性基因或 作為基因叢集而列舉-次以上。上文表4係由列於下表4Α 中之探針組產生。通常存在多個用於各基因之探針組且因 此其中使用-個以上冑針組來鑑別特定基因,冑後該基因 於表4中出現一次以上。已試圖藉由為於表4中出現一次以 上之基因記分來移除重複。 在一態樣中,本發明提供一或多種在本文中之各種實施 例中選自表1、2、3、4、7、9、11、12及/或13(包括其組 合)之基因。在另一態樣中,本發明提供表1、2、3、4、 7、9、11、12或13或實際上其組合之所有基因。 在另一態樣中,本發明提供至少10〇/。之列於表丨、2、 3、4、7、9、11、12及/或13中之基因,例如至少4〇%、 50%、60%或70 %,諸如其80 %、90%或1〇〇%。一或多種基 因視 t月況包括 1-5、6-10、11-15、16-20、21-25、26-30、 31_35、36_40、41-45、46-50、51-55、56-60、61-65、66-70、71-75、76-80、81-85、86-90、91-95、96-100、101-105、106-110、111-115、116-120、121-125、126-130、 131-135、136-140、141-145、146-150、151-155、156· 160 、 161-165 、 166-170 、 171-175 、 176-180 、 181-185 、 121044.doc -39- 200817680 186-190、191-195、196-200、201-205、206-210、211-215 、 216-220 、 221-225 、 226-230 、 231-235 > 236-240 、 241-245 - 246-250、251-255、256-260、261-265 > 266-270 、 271-275 、 276-280 、 281-285 、 286-290 、 291-295 、 296-300、301-305、306-310、311-315、316-320、321-325 、 326-330 、 331-335 、 336-340 、 341-345 、 346-350 、 35 1-355、356-360、361-365、366-370、371-375、376-380 、 381-385 、 386-390 、 391-395 、 396-400 、 401-405 、 406-410、411-415、416-420、421-425、426-430、431-435 、 436-440 、 441-445 、 446-450 、 451-455 ' 456-460 、 461-465、466-470、471-475 ' 476-480及其組合。 在一或多個態樣中,本發明提供如下段落1至430中任一 者所述之一實施例。 1) 因此本發明可使用一或多種來自表4之基因。 2) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1之基 因,其中該基因具有符號FLJ20647,其視情況與一或多種 標記為如表4中所鑑別的4.2至4.488之基因組合。 3) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1或2之 基因,其中該基因具有NAV1,其視情況與一或多種標記 為如表4中所鑑別的4.3至4.488之基因組合。 4) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_3中 任一者之基因,其中該基因具有符號GPR171,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.4至4.488之基因組 合。 121044.doc -40- 200817680 5) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜4中 任者之基因,其中該基因具有符號CCL14,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的45至4 488之基因組合。 6) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨。中 任一者之基因,其中該基因具有符號CIS,其視情況與一 或多種標記為如表4中所鑑別的4.6至4,488之基因組合。 7) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落〖a中 任一者之基因,其中該基因具有符號CXCL2,其視情況與 或夕種軚圯為如表4中所鑑別的4 7至4 488之基因組合。 8) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-7中 任者之基因,其中該基因具有符號TRBV3-1,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·8至4·488之基因組 合0 9) 在另-態樣中’本發明使用一或多種根據段落卜8中 任者之基因,其中該基因具有符號TRDV2,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4.9至4.488之基因組合。 10) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_9中 任者之基因’发》Φ兮* I ΠΡ Θ ,、中邊基因具有符號RUF Y3,其視情況與 —或Θ種標記為如表4中所鑑別的4.10至4.488之基因組 合。 U)在另ϋ中’本發明使用-或多種根據段落1-10中 任者之基因,其中該基因具有符號DOCK8,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4.11至4.488之基因組 合。 121044.doc -41 - 200817680 )另匕、樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_丨i中 任者之基因,其中該基因具有符號GCHl,其視情況與 -或多種標記為如表4中所鑑別的“…觀基因組 合。 13) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落1-12 中任者之基因’其中該基因具有符號CENTD3,其視情 况與$多種標記為如表4中所鑑別的4. ^至4··之基因 組合。 14) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落 中4、者之基因’其中該基因具有符號ACSL5,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.14至4.488之基因組 合。 15) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落1_14 中任者之基因’其中該基因具有符號AMICA1,其視情 况”或夕種‘圮為如表4中所鑑別的4.15至4.488之基因 組合。 16) 在另癌、樣中’本發明使用一或多種根據段落H5 中任者之基因’其中該基因具有符號IL2RG,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的4· 16至4.488之基因組 合。 17) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落ι_μ 中任者之基因,其中該基因具有符號TNFAIP3,其視情 況與或夕種軚圮為如表4中所鑑別的4.17至4.488之基因 組合。 121044.doc -42- 200817680 18) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落η? 中任者之基因’其中該基因具有符號PSCDBP,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的418至4 488之基因 組合。 19) 在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落1_18 中任一者之基因’丨中該基因具有符號ESR1,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.19至4.488之基因組 合0 2〇)在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-19 中任者之基因,其中該基因具有符號TRBC丨,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.20至4·488之基因組 合0 21) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-20 中任者之基因’丨中該基因具有符號CD52,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 21至4 488之基因組 合0 22) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-21 中任一者之基因’其中該基因具有符號LOC442535,其視 十月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.22至4 488之基 因組合。 23) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-22 中任一者之基因,其中該基因具有符號TRBV19,其視情 况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 23至4·488之基因 組合。 121044.doc -43- 200817680 24) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任者之基因,其中該基因具有符號IL7R,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4 24至4·488之基因組 合。 25) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜以 中任一者之基因’纟中該基因具有符號TRAC,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 25至4 488之基因組 合0 26) 在另態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-25 中任一者之基因’丨中該基因具有符號NCF2,其視情況 與一或多種軚圮為如表4中所鑑別的4 26至4.488之基因組 合0 27) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_26 中任一者之基因,其中該基因具有符號LOC92689,其視 ί月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 27至4 488之基 因組合。 28) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1_27 中任一者之基因,其中該基因具有符號GZMK,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·28至4 488之基因组 29) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 中任者之基因,其中該基因係藉由探針組23 5 831鑑別, 八視丨月況與或多種標記為如表4中所鑑別的4.29至4.488 之基因組合。 121044.doc •44· 200817680 3〇)在另一態樣中,本發明使用—或多種根據段落i_29 中任-者之基因’其中該基因具有符號rab34,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的43()至4.488之基因組 合0 30在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落㈣ 中任一者之基因’纟中該基因具有符號DPT,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4 31至4 488之基因組 合。 32)在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜3 i 中任者之基因’其中該基因具有符號PVT1,其視情況 ^或夕種‘ 5己為如表4中所鑑別的4.32至4.488之基因組 合。 )在另忍樣中,本發明使用一或多種根據段落卜32 中任一者之基因’ #中該基因具有符號TRGC2,其視情況 ”或夕種‘ °己為如表4中所鑑別的4·33至4·488之基因組 合。 · 、 )在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落卜33 中任一者之基因, 、 八中该基因具有符號GIMAP5,其視情 況與《多種標記為如表4中所鑑別的4.34至4.488之基因 組合。 )在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜34 者之基因,其中該基因具有符號CD52,其視情況 與一或多種標記為如表4中賴別的(35至4.權之基因组 合。 121044.doc -45- 200817680 36) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_35 中任一者之基因,其中該基因具有符號CD3D,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.36至4 488之基因組 合。 37) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_36 中任一者之基因,其中該基因具有符號TMEM132C,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.3 7至4.488之基 因組合。 38) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_37 中任一者之基因,其中該基因具有符號NFKBIA,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·38至4.488之基因 組合。 39) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_38 中任一者之基因,其中該基因具有符號TRA@,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·39至4·488之基因組 合。 40) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_39 中任一者之基因,其中該基因具有符號TRAT1,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 41至4·488之基因組 合。 41) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^40 中任一者之基因,其中該基因具有符號RAB34,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 42至4·488之基因組 合0 121044.doc 46- 200817680 42) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜41 中任一者之基因,其中該基因具有符號CD69,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 43至4 488之基因組 合。 43) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜42 中任一者之基因,其中該基因具有符號DOCK8,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 44至4 488之基因組 合0 44) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜u 中任一者之基因’其中該基因具有符號IRF8,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4 46至4 488之基因組 合。 45) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落1-料 中任一者之基因’其中該基因具有符號KLRB1,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 47至4 488之基因組 合。 46) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-45 中任者之基因’其中該基因可藉由探針組號236280—at 別八視丨月况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.48 至4.488之基因組合。 47) 在另一態樣中’本發明使用—或多種根據段们七 中任一者之基因,其中該基因具有符號ITGA3,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 49至4 488之基因組 合0 121044.doc 47- 200817680 48) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨^? 中任一者之基因,其中該基因具有符號MAP3K8,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 5〇至4·488之基因 組合。 49) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任一者之基因,其中該基因具有符號Clorfl62,其視情 况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·51至4·488之基因 組合。 〆 5〇)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-49 中任一者之基因,其中該基因具有符號UBD,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4 52至4·488之基因組 合。 51) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_5〇 中任一者之基因,其中該基因具有符號TRGV9,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.54至4 488之基因組 合。 / 52) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落1-51 中任者之基因’其中該基因具有符號MAV4·,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的(54至4.之基因組 合。 53) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任者之基因’其中該基因具有符號ARHGAP9,其視 U况與或多種標記為如表4中所鑑別的4·55至4.似之基 因組合。 121044.doc -48- 200817680 )在另樣中,本發明使用_或多種根據段落卜53 中任-者之基因,其中該基因具有符號tifa,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4.56至4.488之基因組 合0 5)在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜54 中任者之基因’其中該基因可藉由探針號1569942—at鑑 別,、視^況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.58至 4·488之基因組合。 56) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落⑷ 中任者之基因’其中該基因具有符號GIMAP4,其視情 况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·59至4·488之基因 組合。 57) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-56 中任一者之基因’其中該基因具有符號HCLS1,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4_6〇至4.488之基因纽 58) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜57 中任一者之基因,其中該基因具有符號PRKCH,其視情況 與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.61至4.488之基因組 合0 59) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨-“ 中任一者之基因,其中該基因具有符號STAT4,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.62至4 488之基因組 合0 121044.doc -49- 200817680 6〇)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落i_59 中任一者之基因,其中該基因具有符號HLA-DQA1,其視 h況與一或多種標記為如表4中所4監別的4.63至4.488之基 因組合。 61) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 中任一者之基因,其中該基因具有符號ADRB2,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 64至4.488之基因組 合。 62) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜61 中任者之基因,其中該基因可藉由探針組號239237_at 4α別其視h况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.65 至4.488之基因組合。 63) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜a 中任一者之基因,其中該基因具有符號CTSW,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 66至4 488之基因組 合〇 64) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_63 中任一者之基因’其中該基因具有符號MYH11,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的⑽至々观之基因組 合0 65) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落w 中任者之基因’其中該基因具有符號GIMAP6,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4._.488之基因 組合。 121044.doc 50- 200817680 66) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-65 中任一者之基因,其中該基因具有符號HLA-DQB 1,其視 1*月況”或夕種標兄為如表4中所鑑別的4.69至4·488之基 因組合。 67) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_66 中任一者之基因,其中該基因具有符號CD8A,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 7〇至4·488之基因組 合0 68) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_67 中任一者之基因,其中該基因具有符號TNFAIP3,其視情 況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.71至4·488之基因 組合。 69) 在另態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_68 中任一者之基因,1中該基因具有符號CP,其視情況與一 或多種標記為如表4中所鑑別的4.72至4.488之基因組合。 70) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落up 中任一者之基因’其中該基因具有符號SMOC2,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·73至4 488之基因組 合0 71) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任者之基因’其中該基因具有符號C20orf24,其視情 况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.%至4·權之基因 組合。 72) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落μ 121044.doc -51 - 200817680 中任一者之基因,其中兮AfiEIS 士 甲°亥基因具有符號C16orf54,其視情 況與一或夕種標記為如表4 φ所你·如μ 衣4肀所鑑別的4·75至4.488之基因 組合。 73)在另-態樣中’本發明使用一或多種根據段落"2 中任一者之基因,其中該基因具有符號CD2,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4.76至4.488之基因組 合0 ρ 74)在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-73 中任者之基因’其中該基因具有符號SLIT3,其·視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 77至4 488之基因組 合0 75) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜74 中任一者之基因,其中該基因具有符號BAALC,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 78至4·488之基因組 合0 76) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-75 Τ任一者之基因,其中該基因具有符號TRIB3,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·79至4·488之基因組 合0 77) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-76 中任一者之基因,其中該基因具有符號LOC440160,其視 十月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.80至4.488之基 因組合。 78) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_77 121044.doc -52- 200817680 中任一者之基因’其中該基因具有符號C6orfl90,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的481至4 488之基因 組合。 79)在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落w 中任一者之基因,豆中兮装㈤目士外& /、甲这基因具有符號TAGAP,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.82至4·488之基因組 合〇 8〇)在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落“79 中任者之基因’其中該基因具有符號FAM92A1,其視情 況與-或多種標記為如表4中所㈣的4 83至4.488之基因 組合。 “)在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落"〇 中任者之基因,其中該基因具有符號PSTPIP2,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4· 84至4.488之基因 組合。 82) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜81 中任者之基因’其中該基因具有符號PTPRC,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·85至4·488之基因組 合。 83) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落I — ” 中任一者之基因,其中該基因具有符號HLA-DRA,其視 U况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.86至4.488之基 因組合。 84) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜83 121044.doc -53- 200817680 中任者之基因’其中該基因具有符號EFCAB2,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 87至4.488之基因 組合。 85) 在另&樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任者之基因,其中該基因具有符號TNFA㈣,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.88至4·488之基因 組合。 86) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落"5 中任一者之基因’ #中該基因具有符號SLIC1,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 89至4 488之基因組 合〇 87) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜⑼ 中任一者之基因’ #中該基因具有符號CD1C,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的49〇至4·488之基因組 合〇 叫在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜” 中任者之基因,其中該基因具有符號TRAF3IP3,其視 I*月况”或夕種私纪為如表4中所鑑別的4.91至4.488之基 因組合。 89)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜μ 中任者之基因’其中該基因具有符號IGJ,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的4 96至4 488之基因組 合。 9〇)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-89 121044.doc -54- 200817680 中任者之基因’其中該基因具有符號PLEK,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·98至4.488之基因組 合0 91) 在另-態樣中’本發明使用一或多種根據段落Μ。 中任者之基因’其中該基因具有符號ΤΜΕΜ44,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的41〇〇至4·488之基因 組合。 92) 在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_91 中任者之基因,其中該基因具有符號ΕΒΙ2,其視情況與 一或多種標記為如表4中所鑑別的41〇1至4 488之基因組 合0 93) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落I-” 中任者之基因’其中該基因具有符號SAMSN1,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的41〇2至4.488之基因 組合。 94) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-93 中任一者之基因,其中該基因具有符號ΚΙΑΑ1794,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的41〇3至4 488之基 因組合。 95) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜94 中任一者之基因’其中該基因具有符號ALDH2,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的41()4至4.488之基因組 合。 96) 在另悲、樣中,本發明使用—或多種根據段落1_95 121044.doc -55- 200817680 中4者之基因,其中該基因具有符號CDC42SE2,其視 清况與$夕種標記為如表4中所鑑別的4·工至4.彻之基 因組合。 )在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落卜96 中任者之基因,其中該基因具有符號GFRA1,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.1〇6至4.488之基因組 合0 98) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜97 中任者之基因’其中該基因具有符號ITK,其視情況與 或夕種标u己為如表4中所鑑別的41〇7至4·488之基因組 合0 99) 在另怨樣中,本發明使用—或多種根據段落卜% 中任者之基因,其中該基因具有符號GIMAP7,其視情 况與或夕種松圮為如表4中所鑑別的41〇9至4_488之基因 組合。 100) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜99 中任者之基因,其中該基因具有符號FLJ20273,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4ιι〇至4.488之基因 組合。 1〇1)在另—態樣巾,本發明使用-或多種根據段落1-100中任者之基因’其中該基因具有符號,其視 ί月况與i夕種標記為如表4中所鐘別的4111至4 488之基 因組合。 102)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 121044.doc -56· 200817680 〇1中任I之基因,其中該基因具有符號PTGER3,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的m2至4 488之基 因組合。 1〇3)在另-態樣中,本發日月使用_或多種根據段落卜 102中任者之基因,其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4ii3至4·488之基因 組合。 104) 在另&樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 103中任者之基因,其中該基因具有符號[以^2,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4ii4至I·之基 因組合。 105) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 104中任一者之基因’丨中該基因具有符號ΗΜΟΧ1,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4115至4 488之基 因組合。 106) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 105中任者之基因,其中該基因可藉由探針組號 227995一at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4 · 116至4 _ 4 8 8之基因組合。 107) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 106中任一者之基因,其中該基因具有符,其 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4117至4·488之 基因組合。 108) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 121044.doc -57- 200817680 107中任一者之基因’其中該基因具有符號csf2rb,其視 个月況與一或夕種標記為如表4中所鑑別的4118至4·488之基 因組合。 109) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-108中任一者之基因,其中該基因具有符號pcsK5,其視 十月況與一或夕種標記為如表4中所鑑別的4119至4 488之基 因組合。 110) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落U09 中任一者之基因,其中該基因具有符號CCDC69,其視情 /兄與一或夕種標記為如表4中所鑑別的412〇至4·488之基因 組合。 in)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜11〇 中任一者之基因,其中該基因具有符號CDC42SE2,其視 f月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4121至4 488之基 因組合。 112) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任一者之基因,其中該基因具有符號GZMA,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4122至4·488之基因組 合0 113) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_112 中任一者之基因,其中該基因具有符號C3,其視情況與一 或多種標記為如表4中所鑑別的4· 123至4.488之基因組合。 114) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_113 中任一者之基因,其中該基因具有符號C15orf48,其視情 121044.doc -58- 200817680 况與一或夕種標圮為如表4中所鑑別的4125至4·488之基因 組合。 115) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_114 中任一者之基因,其中該基因具有符號RARRES3,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4126至4 488之基因 組合。 116) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜工丄$ 中任一者之基因,其中該基因具有符號LOC283 537,其視 情况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4127至4·488之基 因組合。 117) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜116 中任一者之基因,其中該基因具有符號CXCL12,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4129至4·488之基因 組合。 118) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-117 中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號23 1882_at 鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的413〇 至4.488之基因組合。 119) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜丨丄8 中任一者之基因,其中該基因具有符號SOD2,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4131至4 488之基因組 合。 12〇)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_119 中任一者之基因’其中該基因具有符號CTSS,其視情況 121044.doc -59- 200817680 與-或多種標记為如表4中所鑑別的4132至4·488之基因組 合。 121) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 120中任纟之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.133至4.488之基 因組合。 122) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 121中任者之基因,其中該基因具有符號,其視 t月況與一或多種標記為如表4中戶斤鑑別的4.134至4•楊之基 因組合。 123) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 122中任一者之基因,其中該基因具有符號CCL22,其視 f月況與或夕種橾§己為如表4中所鑑別的4.135至4.488之基 因組合。 124) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 123中任一者之基因’其中該基因具有符號ACSL5,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4136至4 488之基 因組合。 125) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 124中任-者之基因’其中該基因具有符號D〇ci,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4137至4 488之基因 組合。 126) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 125中任一者之基因,其中該基因具有符號几⑺丨八二,其 121044.doc -60- 200817680 視It况與^1夕種標記為如表4中所鑑別的4 i38至4.488之 基因組合。 127) 在另恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 126中任|之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與一或多«記為如表4中所鑑別的4139至4 488之基 因組合。
128) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 127中任者之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4141至4.488之基 因組合。 129) 在另-態樣巾,本發明使用_或多種根據段落卜 128中任一者之基因,纟中該基因具有符號RASGEF1B, 八視It况/、或夕種標記為如表4中所鑑別的4·142至4.488 之基因組合。 130) 在另L樣中’本發明使用_或多種根據段落卜 129中任|之基因’其中該基因具有符號Μη,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4143至“Μ之基因 組合。 131)在另&樣中,本發明使用_或多種根據段落ι_ 130中任一者之基因,其中該基因具有符號C10orfl28,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的“Μ至“Μ之 基因組合。 13 2)在另一態樣中 131中任一者之基因, ’本發明使用一或多種根據段落^ 其中該基因具有符號IL1〇RA,其視 121044.doc •61- 200817680 f月况與或夕種標記為如表4中所鑑別的45至4 ·488之基 因組合。 133) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落 132中任一者之基因,丨中該基因具有符號egfl6,其視 ί月况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4146至4 488之基 因組合。 134) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 133中任一者之基因,其中該基因具有符號几“,其視情 况與或夕種& §己為如表4中所鑑別的4· 147至4.488之基因 組合。 135) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落1-134中任者之基因’其中該基因具有符號ARHGAP30, 其視h況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4148至4·488 之基因組合。 136) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 135中任一者之基因,其中該基因具有符號PALMD,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4149至4.488之基 因組合。 137) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 136中任一者之基因,其中該基因具有符號RASSF5,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的415〇至4•楊之基 因組合。 138) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 137中任一者之基因’其中該基因具有符號GATA3,其視 121044.doc -62- 200817680 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4151至4 488之基 因組合。 139) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-138中任一者之基因,其中該基因具有符號 DKFZP564O0823,其視情況與一或多種標記為如表4中所 鑑別的4.152至4.488之基因組合。 140) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 139中任一者之基因,其中該基因具有符號丁1犯1>,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4154至4·488之基 因組合。 141) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 140中任一者之基因,其中該基因具有符號DTX4,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4155至4.488之基因 組合。 142) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 141中任一者之基因,其中該基因具有符號1)八&^,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4156至4 488之基因 組合。 143) 在m樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 142中任一者之基因,其中該基因具有符其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.157至4 488之基 因組合。 144) 在另一態樣中’本發明使用—或多種根據段落^ 143中任-者之基因’其中該基因具有符號CD86,其視情 121044.doc -63 - 200817680 况與或夕種私圮為如表4中所鑑別的4· 158至4.488之基因 組合。 145) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落^ 144中任一者之基因,其中該基因具有符號ZFP36,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.159至4.488之基因 組合。
146) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 145中任|之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與—或多種標記為如表4中所鑑別的4.16G至4.488之基 因組合。 147) 在另-態樣中,本發日月使用―或多種根據段落卜 146中任之基因’其中該基因具有符號,其視 t月況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4i6i至4.488之基 因組合。 148) 在另恶樣中’本發明使用_或多種根據段落卜 中任者之基因,其中該基因具有符號HCP5,其視情 况,、或夕種私°己為如表4中所鑑別的4162至4·488之基因 組合。 149)在另一態樣中’本發明使用-或多種根據段落1-148中任者之基因’其中該基因具有符號⑽,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 163至4 488之基 因組合。 1 5 0)在另一態樣中 149中任一者之基因, ’本發明使用一或多種根據段落^ 其中該基因具有符號GJA7,其視情 121044.doc -64 - 200817680 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.i64至4 488之基因 組合。 151) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 150中任一者之基因,其中該基因具有符,其 視丨月況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.165至4.488之 基因組合。 152) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 151中任一者之基因’其中該基因具有符號vnni,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4166至4·488之基因 組合。 153) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 152中任一者之基因,其中該基因具有符號adcy7,其視 十月况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4· i 67至4·488之基 因組合。 154) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 153中任-者之基因’其中該基因具有符號ms4a6a,其視 个月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4168至4·488之基 因組合。 1 5 5)在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 154中任者之基因,其中該基因具有符號〇以3,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4169至4·488之基因 組合。 1 56)在另l樣中,本發明使用_或多種根據段落^ 155中任|之基因’其中該基因具有符號卩工⑷,其視情 121044.doc •65- 200817680 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的417〇至4 488之基因 組合。 157) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 156中任一者之基因,其中該基因具有符號CCL19,其視 十月况與一或夕種標圮為如表4中所鑑別的4171至4·488之基 因組合。 158) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落κ 157中任一者之基因,其中該基因具有符號SYK,其視情 況與一或多種私δ己為如表4中所鑑別的4172至4·488之基因 組合。 159) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 158中任一者之基因,其中該基因具有符號^丁丨,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4」74至4·488之基因 組合。 160) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 159中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 2288 12一at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4· 175至4.488之基因組合。 161) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落i _ 160中任一者之基因,其中該基因具有符號NAplL2,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.176至4.488之基 因組合。 162) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 161中任一者之基因,其中該基因具有符號CCL13,其視 121044.doc -66 - 200817680 情況與-或多種標記為如表4中所鐘別的4i77至4·彻之基 因組合。 & 163) 在另悲樣中’本發明使用一或多種根據段落ι_ 162中任一者之基因’ &中該基因具有符號SLA,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.178至4·488之基因 組合。 164) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 163中任者之基因,其中該基因具有符號n〇d3,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4179至“Μ之基因 組合。 165) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 164中任者之基因’其中該基因具有符號叹,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的Am.之基 因組合。 166) 在另悲樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 165中任者之基因,其中該基因具有符號,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.181至4.488之基因 組合。 167) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 166中任者之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4182至4.488之基 因組合。 168) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 167中任者之基因,其中該基因具有符號, ㈣67- 121044.doc 200817680 八視ί月况與或夕種標記為如表4中所鑑別的m3至4 488 之基因組合。 169)在另—態樣中,本發明使用-或多種根據段落i-中任者之基因’其中該基因具有符號FLJ20701,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4184至4彻之 基因組合。 7〇)在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 169中任—者之基因’其中該基因具有符號SH3TC2,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的(185至4.之基 因組合。 171) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 170中任—者之基因’其中該基因具有符號CCR2,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4· 186至4·楊之基因 組合。 172) 在另—態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-171中任|之基因,其中該基因具有符號π。,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4ι 87至4·楊之基因 組合。 173) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 172中任一者之基因,甘士 U 其中该基因具有符號HLA-DPA1,其 視f月況與 < 夕種標記為如表4中所鑑別的4· ^ Μ至4·彻之 基因組合。 174) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 173中任者之基因,其中該基因具有符號其 121044.doc -68 - 200817680 視情況與一或夕種標記為如表4中所鑑別的419〇至4·488之 基因組合。 175) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 174中任一者之基因,其中該基因具有符號amig〇2,其視 f月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·ΐ92至4.488之基 因組合。 176) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜
175中任-者之基因’其中該基因具有符號clec7a,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4193至4 488之基 因組合。 177) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 176中任纟之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4194至4 488之基 因組合。 178)在另憑樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 177中任一者之基因,並由 中該基因具有符號ρΙΚ3ΑΡ1,其 視情況與一或多種擇_么1+ 不η己為如表4中所鑑別的4.195至4.488之 基因組合。 179)在另—態樣中’本發明使用-或多種根據段落卜 中4者之基因,其中該基因具有符號ADH1B,其視 h况與-或多種標記為如表4中所鑑別的偏之基 因組合。 180)在另一態樣中 179中任一者之基因, ’本發明使用一或多種根據段落卜 其中該基因具有符號TOPIMT,其視 121044.doc -69- 200817680 f月況與《夕種才示c為如表4中所鑑別的4197至(彻之基 因組合。 18 1)在另一態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 180中任|之基因’其中該基因具有符號CD·,其視 f月況與A夕種才示吕己為如表4中所鑑別的4199至4·楊之基 因組合。 182) 在另-恶樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 181中任者之基因,其中該基因具有符號了趨2,其視情 況與mf標記為如表4中所鑑別的4_細至4488之基因 組合。 183) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 182中任一者之基因,其中該基因具有符號CIS,其視情況 與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·2〇2至4.488之基因組 合。 184) 在另—態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 183中任|之基因’其中該基因具有符號丁奸⑽3,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的42〇3至4·488之基 因組合。 185) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 184中任者之基因,其中該基因具有符號itgal,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的⑽至Am之基 因組合。 1 86)在另一態樣中,太蘇 本I明使用一或多種根據段落^ 185中任—者之基因,其中該基因具有符號IL1R1,其視情 121044.doc -70- 200817680 况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.206至4.488之基因 組合。 187) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-186中任者之基因’其中該基因具有符號HLA-DRB1, 八視f月况與或多種標記為如表4中所鑑別的4.207至4.488 之基因組合。 188) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 187中任—者之基因’其中該基因具有符GIMAP2,其視情 况與一或多種標s己為如表4中所鑑別的42〇8至4 488之基因 組合。 189) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 188中任一者之基因,其中該基因具有符其 視t月況與一或夕種標記為如表4中所鑑別的42〇9至4.488之 基因組合。 190) 在另恶樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 189中任-者之基因’彡中該基因具有符號卩⑶則,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的421〇至4 488之基 因組合。 191) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 190中任-者之基因,#中該基因具有符號slamf7,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4211至4 488之基 因組合。 192) 在m樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 191中任-者之基因’其中該基因具有符號mgc7〇36,其 121044.doc -71 - 200817680 視丨月況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.2 12至4.488之 基因組合。 193) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 192中任♦之基因’其中該基因具有符號8,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4214至4 488之基 因組合。 194) 在另-怨樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 193中任|之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的(215至4488之基因 組合。 195) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 194中任一者之基因,其中該基因具有符號MPEG1,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4216至4.488之基 因組合。 196) 在另-怨樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 195中任一者之基因,其中該基因具有符號“61>4,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·217至4·488之基 因組合。 間在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 196中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 23 1262-at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表*中所鑑 別的4.21 8至4.488之基因組合。 198)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 197中任一者之基因,其中該基因具有符號CDHi9,其視 121044.doc -72- 200817680 f月况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.219至4.488之基 因組合。 199) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-198中任者之基因,其中該基因具有符號CTBP2,其視 I*月况與或夕種標记為如表4中所鑑別的4.221至4·488之基 因組合。 200) 在另一怨樣中’本發明使用一或多種根據段落^ 199中任者之基因,其中該基因具有符號,其 視丨月況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.222至4.488之 基因組合。 201) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 200中任者之基因’其中該基因具有符,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 223至4.488之基因 組合。 202) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 201中任|之基因’其中該基因具有符號工⑺频,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·224至4·488之基 因組合。 203) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 202中任纟之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與_或多種標記為如表4中所鑑別的4.227至4.488之基 因組合。 204) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 2〇3中任—者之基因’其中該基因具有符號MGC16291,其 121044.doc -73- 200817680 視情況與-丨多種標記為如表4中所鑑別的4 228至4 488之 基因組合。 2〇5)在另’態樣中,本發明使用—或多種根據段落1· 204中任者之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 229至4 488之基 因組合。 206)在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 205中任者之基因,其中該基因具有符號TNFAIP2,其 :視情況與-❹種標記為如表4中所鑑別的4.23〇至4.488之 基因組合。 2〇7)在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-206中任|之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4231至4488之基 因組合。 208) 在另-態樣巾,本發明使用—或多種根據段落卜 (2〇7中任者之基因,其中該基因具有符號CD209,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 232至4 488之基 因組合。 209) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 208中任|之基因’其中該基因具有符號⑶[从3,其視 ^況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.233至4,488之基 因組合。 210) 在5態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 209中任者之基因,其中該基因具有符號,其 121044.doc -74- 200817680 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.234至4.488之 基因組合。 211) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落i—uo 中任一者之基因,其中該基因具有符號NCKAP1L·,其視 十月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·235至4·488之基 因組合。 212) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落ι_2ΐι 中任一者之基因,其中該基因具有符號CMKOR1,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.236至4.488之基因 組合。 213) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 212中任一者之基因,其中該基因具有符號HLA-DRB5, 其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.237至4488 之基因組合。 214) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 213中任一者之基因’其中該基因具有符號LCP1,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.239至4.488之基因 組合。 215) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 214中任|之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.謂至4 488之基 因組合。 2 16)在$ L樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 215中任一者之基因’其中該基因具有符號GJA7,其視情 121044.doc -75- 200817680 /兄與-或多種標記為如表4中所4 241至4.488之基因組合。 217) 在另&樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 216中任|之基因,其中該基因具有符號,其視情 況與一或多種標冗為如表4中所鑑別的4·242至4,488之基因 組合。 218) 在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 217中任者之基因,其中該基因具有符號乂⑽⑷,其 f 視晴況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.243至4.488之 基因組合。 219) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 218中任者之基因,其中該基因具有符號^〇也15,其 視It況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.245至4.488之 基因組合。 220) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 219中任者之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.247至4.488之基 % 因組合。 221) 在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 220中任-者之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·248至4 488之基因 組合。 222) 在另-態樣中’本發明使用__或多種根據段落卜 221中任-者之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.249至4.488之基因 121044.doc -76- 200817680 組合。 223) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 2中任者之基因’其中該基因具有符號VCAM1,其視 f月况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.250至4·488之基 因組合。 224) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 223中任者之基因,其中該基因具有符號pm,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4251至4.488之基因 組合。 225) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 224中任者之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 252至4 488之基 因組合。 226) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 225中任者之基因’其中該基因具有符號tram2,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.254至4.488之基 因組合。 227) 在另-態樣中’本發明使用_或多種根據段落卜 226中任-者之基因,其中該基因具有符號shc4,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 255至4 488之基因 組合。 228) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 227中任一者之基因,其中該基因具有符號SLC9A9,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的(256至4 488之基 121044.doc -77- 200817680 因組合。 229)在另-態樣中’本發明使用_或多種根據段落卜 228中任者之基因’其中該基因具有符號,其視 if況與或夕種;^ §己為如表4中所鑑別的4·257至4·權之基 因組合。 23 0)在3恶樣中,本發明㈣—或多種根據段落卜 229中任f之基因’其中該基因具有符號pTGER4,其視 , h況與或夕種軚汜為如表4中所鑑別的4_2 58至4.488之基 因組合。 231) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 230中任f之基因’其中該基因具有符號[化仙工,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 259至4 488之基 因組合。 232) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 231中任者之基因’其中該基因具有符號pRDMi,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·26ΐ至4·楊之基 因組合。 233) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 232中任者之基因,其中該基因具有符號八尺耶八川, 其視U況與&多種標記為如表4中所鑑別的4.262至4.488 之基因組合。 234) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 233中任者之基因,其中該基因具有符號slc5A3,其視 h況與或夕種仏己為如表4中所鑑別的4·263至4·488之基 121044.doc -78· 200817680 因組合。 235)在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 234中任者之基因’其中該基因具有符號η。。",其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 264至4 488之基 因組合。 23 6)在3 L樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 235中任者之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的(265至4.之基 因組合。 237) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 236中任纟之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·266至“Μ之基因 組合。 238) 在另-純巾,本發明使用_或多龍據段落卜 237中任者之基因,其中該基因具有符號卜其視 I*月況與Α夕種& ΰ己為如表4中所鑑別的4·267至4·488的基 因組合。 239) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 238中任—者之基因’纟中該基因具有符號APOL3,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.268至4.楊之基 因組合。 240) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 239中任—者之基因’其中該基因具有符號HLA-DMB,其 視f月況與或夕種標記為如表4中所鑑別的七㈣至#•彻之 121044.doc -79- 200817680 基因組合。 241) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 240中任—者之基因’其中該基因具有符號SYNP〇2,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·27〇至4·488之基 因組合。 242) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 241中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 221651_x—at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所 鑑別的4.271至4.488之基因組合。 243) 在另-悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 242中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 23 1929—at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4.273至4.488之基因組合。 244) 在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落 243中任一者之基因,其中該基因具有符號(3八讣1,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·274至4·488之基 因組合。 245) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落^ 244中任一者之基因,其中該基因具有符號pRKcQ,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.275至4·488之基 因組合。 246) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 245中任一者之基因,其中該基因具有符號化1&2,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 276至4·488之基因 121044.doc -80· 200817680 組合。 47)在另t樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 246中任一者之基因’其中該基因具有符號CARD15,其視 情況與一或多種標古? A 1 "為如表4中所鑑別的4.277至4.488之基 因組合。 248) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 中任者之基因,其中該基因具有符號ARHGDIB,其 視I*月况夕種;^己為如表4中所鑑別的4.至(彻之 基因組合。 249) 在另—態樣中,本發明使用—或多種根據段落1-248中任|之基因’其中該基因具有符號hla_drb4, 八視h况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.279至4.488 之基因組合。 250) 在$悲樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 249中任 < 之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·280至4.488之基 因組合。 251) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 250中任f之基因’其中該基因具有符號乙训,其視情 况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 281至4.488之基因 組合。 252)在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 25 1中任者之基因,其中該基因具有符號,其視 U況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.282至4.488之基 121044.doc -81 · 200817680 因組合。 )在另t樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 中^者之基因,其中該基因具有符號SEMA4F,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4•加至(彻之基 因組合。 254) 在#悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 中< 者之基因’其中該基因具有符號ISOC1,其視情 况…或夕種払°己為如表4中所鑑別的標記為4 285至4.488 之基因組合。 255) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 254中任;f之基因’其中該基因具有符號册μ,其視情 况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.288至“88之基因 組合。 25 6)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 255中任-者之基因,其中該基因具有符號Η〇χΒ7,其視 h況與-或多種標記為如表4中戶斤鑑別的4.29〇至4.488之基 因組合。 257) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-256中任一者之基因’其中該基因具有符號znfniai,其 視^況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·291至4488之 基因組合。 258) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 257中任一者之基因,其中該基因具有符號ARHGAp9,其 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.292至4.488之 121044.doc -82 - 200817680 基因組合。 259) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 258中任一者之基因’其中該基因具有符號GATA2,其視 f月况/、或夕種払5己為如表4中所鑑別的4.293至4.488之基 因組合。 260) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 259中任者之基因,其中該基因具有符號Ap2B1,其視 ^況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 294至4.488之基 因組合。 261) 在另-悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 260中任者之基因,其中該基因具有符號π%,其視情 況與一或多_記為如表4中所鐘別的4.295至4.488之基因 組合。 262) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 261中任者之基因,其中該基因具有符號孔,其視情 ,況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.296至4.488之基因 V 組合。 63)在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落1β> 262中任一者之基因,其中該基因具有符號CD4,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 297至4.488之基因 組合。 )在另L樣中’本發明使用一或多種根據段落^ 263中任♦之基因’其中該基因具有符號,其視 f月況與或夕種^己為如表4中所鑑別的4.謂至4·488之基 121044.doc -83- 200817680 因組合。 265) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 264中任者之基因’其中該基因具有符號gadd45b,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的43〇〇至(彻之 基因組合。 266) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 265中任者之基因,其中該基因具有符號FLJ1〇847,其 視U况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.301至4.488之 基因組合。 267) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 266中任者之基因,其中該基因具有符號KIF2ib,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的43〇2至4.488之基 因組合。 268) 在另-態樣中’本發明使用_或多種根據段落卜 267中任者之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的43〇3至4488之基 因紐合。 269) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 268中任|之基因’其中該基因具有符號⑴,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·3〇4至“Μ之基因 組合。 27〇)在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-269中任者之基因,其中該基因具有符號SLC4〇A1,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的43G7至4.似之 121044.doc -84 - 200817680 基因組合。 271) 在另一態、樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 270中任一者之基因,其中該基因具有符號CRIP1,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 3〇8至4 488之基因 組合。 272) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 271中任—者之基因,其中該基因具有符號LQC283070, 其視丨月况肖《多種標記為如表4中所鑑別的4·3〇9至4.488 之基因組合。 273) 在另一悲、樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 272中任者之基因,其中該基因具有符號,其 視If况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.3 10至4.488之 基因組合。 274) 在另悲樣中’本發明使用-或多種根據段落1-273中任者之基因,其中該基因具有符號抓川^,其視 f月况與A夕種;^己為如表4中所鑑別的4·川至之基 因組合。 275) 在另-悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 274中任者之基因’其中該基因具有符號a。以,其視 情況與—《多種標記為如表4中所鑑別的4.312至4.488之基 因組合。 276) 在#悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 275中任一者之基因,复由 八中該基因具有符號HLA-DMA,其 視情況與一或多種標印兔‘主 知°己為如表4中所鑑別的4·3 13至4.488之 121044.doc -85- 200817680 基因組合。 277)在另一態樣中,本發 276中任一者之基因,其中該 況與一或多種標記為如表4中 組合。 明使用一或多種根據段落^ 基因具有符號MRC 1,其視情 所鑑別的4.3 15至4.48 8之基因 278)在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 277中任者之基因,其中該基因具有符號復⑽,其視情
況與標記為如表4中所鑑別的4.315&至4 488之基 因組合。 279) 在#恶樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 278中任者之基因,其中該基因具有符號沉丽d犯,其 視U况與或夕種標記為如表4中所鑑別的斗⑽至4·彻之 基因組合。 280) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落 279中任之基因’其中該基因具有符號,其視 I*月况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.3 17至4.488之基 因組合。 281) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 280中任—者之基因’其中該基因具有符號P2RY13,其視 ί月况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4 319至4.488之基 因組合。 282) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 281中任者之基因,其中該基因具有符號anGPTLI,其 視U况與或多種標記為如表4中所鑑別的4·32〇至4.488之 121044.doc -86 - 200817680 基因組合。 283) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 282中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 230391 一 at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表*中所鑑 別的4.322至4·488之基因組合。 284) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 283中任一者之基因,其中該基因具有符號以⑽^,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.323至4 488之基 因組合。 285) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落^ 284中任—者之基因’其中該基因具有符號GIMAP8,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 324至4 488之基 因組合。 286) 在另-態樣中’本發明使用_或多種根據段落卜 285中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 2277880-S 一 at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所 鑑別的4.325至4.488之基因組合。 287) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 286中任一者之基因,其中該基因具有符號JAK2,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·326至4·488之基因 組合。 288) 在另-悲樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 287中任一者之基因,其中該基因具有符號tnfsfi〇,其 視丨月況與一或夕種標記為如表4中所鑑別的4 327至4 488之 121044.doc -87- 200817680 基因組合。 本發明使用一或多種根據段落^ 其中該基因具有符號C1R,其視情 289)在另一態樣中 288中任一者之基因, 況與一或多種標記為如表4φ带娘丨 衣4肀所鑑別的4.328至4.488之基因 組合。 290)在另-態樣巾,本發明使用—或多種根據段落卜 289中任纟之基因’其中該基因具有符號AcpL2,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.329至4·488之基 因組合。 291) 在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落卜 290中任者之基因’其中該基因具有符號tnfrsfi9,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鐘別的4 331至4.488之 基因組合。 292) 在# L樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 291中任纟之基因’其中該基因具有符號2,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.332至4 488之基 因組合。 293) 在另-態樣中,本發日m或多種根據段落卜 292中任者之基因,其中該基因可藉由探針組號 1557116_at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4.334至4.488之基因組合。 294) 在另—態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-293中任一者之基因,其中該基因具有符號pRKcBi,其視 十月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·335至之基 121044.doc -88- 200817680 因組合。 295) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 294中任一者之基因,其中該基因具有符號ιρ〇ι丄,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.336至4 488之基因 組合。 296) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 295中任一者之基因,其中該基因具有符號DLGApi,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·337至4·488之基 因組合。 297) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 296中任—者之基因’ #中該基因具有符號PRKAR2B,其 視f月况與或夕種軚圮為如表4中所鑑別的4.338至4.488之 基因組合。 298) 在$⑮樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 297中任-者之基因’其中該基因具有符號ΜΑρ3κ8,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 339至4 488之基 因組合。 299) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 298中任-者之基因’其中該基因具有符號mm,其視 h况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.3利至4.之基 因組合。 300) 在另怨樣中,本發明使用一或多種根據段落ι_ 2"中任—者之基因’其中該基因具有符號GBP1,其視情 況與一或多«記為如表4中賴別的4 341至4 488之基因 121044.doc •89· 200817680 組合。 301) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 300中任t之基因’其中該基因具有符號其視 ί月況與或夕種私5己為如表4中所鑑別的4.342至4.488之基 因組合。 302) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 301中任者之基因’其中該基因具有符號[A·⑽卜其 , 視U況與或夕種標記為如表4中所鑑別的(⑷至(彻之 基因組合。 303) 在另一憑樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 302中任;#之基因’其中該基因具有符號其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·344至4·488之基 因組合。 304) 在另一癌樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 3 03中任纟之基因’其中該基因具有符號⑽,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鐘別的4·345至4·488之基因组 % 合。 、 305) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 304中任;#之基因,其中該基因具有符號,其視 f月况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 346至4·488之基 因組合。 306) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 305中任者之基因,其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所㈣的4 347至4.488之基因 121044.doc 200817680 組合。 307)在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 306中任-者之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 348至4488之基因 組合。 3〇8)在另恐、樣中,本發明使用—或多種根據段落ΐ-ΒΟ? 中任 者之基因’其中該基因具有符號L〇C439949, 其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·349至4·488 之基因組合。 309)在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落工· 3 08中任-者之基因,其中該基因具有符號⑴6,其視 月況與或夕種標記為如表4中所鑑別的4.350至4·488之基 因組合。 3 10)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 3 09中任-者之基因,其中該基因具有符號,其視情 况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.351至4•彻之基因 組合。 311)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落u 中任者之基因’其中該基因具有符號TRAM2,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.352至4.488之基因組 合0 3 12)在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落丨_311 中任者之基因’其中該基因具有符號LYN,其視情況與 或夕種‘,己為如表4中所鑑別的4·353至4·488之基因組 l~21044.doc •91 - 200817680 合0 313)在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 312中任-者之基因’其中該基因具有符號⑽讀,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 355至4 488之基 因組合。 3U)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 313中任一者之基因’其中該基因具有符號FLJ20273,其
視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的(…至冬彻之 基因組合。 315) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 314中任者之基因,其中該基因具有符號π%,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·357至4·488的基因 組合。 316) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 315中任者之基因,其中該基因具有符號pppiR16B,其 視t月況與-或多種標記為如表4中所鑑別的(MS至4··之 基因組合。 3 17)在另&樣中’本發明使用一或多種根據段落ι_ 16中任者之基因,其中該基因具有符號CD48,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鐘別的4·359至4·488之基因 組合。 叫在另-態樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 中4者之基因’其中該基因具有符號HLA-DPB1,直 視情況與—或多種標記為如表4中所鐘別的4.361至4.488之 121044.doc -92- 200817680 基因組合。 19)在另心樣中,本發明使用一或多種根據段落i_ 318中任|之基因,其中該基因具有符號gtPbp5,其視 f月況與或夕種軚圮為如表4中所鑑別的4.362至4.488之基 因組合。 320)在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 319中任|之基因,其中該基因具有符號qbP5,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.363至4.488之基因 組合。 3川在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 320中任者之基因,其中該基因具有符號隐pm,其視 f月況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 364至4.488之基 因組合。 322) 在另L樣中’本發明使用一或多種根據段落1β 321中任纟之基因’其中該基因具有符,其視 H、i夕種;^己為如表4中所鑑別的4.365至4·權之基 因組合。 323) 在另—態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-322中任者之基因,其中該基因具有符號⑶⑽以,其 視If况與或夕種標記為如表4中所鑑別的4366至4·⑽之 基因組合。 324) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 323中任$之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.367至4.權之基 121044.doc -93 - 200817680 因組合。 325)在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落1_ 324中任|之基因’其中該基因具有符號,其視情況 與-或多難記為如表4中所鑑別的4·368至4·488之基因組 合0 326) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 325中任者之基因,其中該基因具有符號rh〇u,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.369至“Μ之基因 組合。 327) 在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 326中任纟之基因,其中該基因具有符號,其 視U況,、或夕種私圮為如表4中所鑑別的4·37〇至4 488之 基因組合。 328) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 327中任一者之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 371至4·488之基因 組合。 )在另^"樣中’本發明使用-或多種根據段落1· 328中任一者之基因,纟中該基因具有符號CECR1,其視 炀况與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·⑺至4·楊之基 因組合。 )在另悲樣中’本發明使用-或多種根據段落1_ 、中4者之基因,其中該基因具有符號SLC4〇a1,其 視f月况與-或多種標記為如表4中所鐘別的(PGA•彻之 121044.doc -94- 200817680 基因組合。 331)在另-態㈣,本發明使用—或多種根據段落卜 3 30中任者之基因,其中該基因具有符號刊,其視 1*月況與《夕種;^己為%表4中所鑑別的4.375至4·彻之基 因組合。 332)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 331中任-者之基因,#中該基因具有符號cp,其視情況 ί
與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 376至4 488之基因組 合0 333)在另一態樣中 本發明使用一或多種根據段落 332中任一者之基因,盆φ咕| /、中忒基因具有付號EDG1,其視情 況與一或多種標記為如表4 φ你^丨 q又衣4〒所鑑別的4.377至4·488之基因 組合。 ’本發明使用一或多種根據段落 其中該基因具有符號RGS3,其視情 334)在另一態樣中 333中任一者之基因, 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·379至4.488之基因 組合。 335)在另一態樣中,太私日你田 本I明使用一或多種根據段落 334中任一者之基因,盆由兮盆 中違基因可精由探針組號 2283 3 9 at鑑別,其視愔汉ώ ^ ^ ^ - ,、仇『月况與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4.380至4.488之基因組合。 336)在$ &樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 335中任一者之基因,其中該基因具有符號ABHD5,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.381至4.之基 121044.doc -95- 200817680 因組合。 337)在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 336中任者之基因’其中該基因具有符號⑽仏7,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.382至4.488的基 因組合。 33 8)在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 337中任|之基因,其中該基因具有符號其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 384至4 488之基 因組合。 339) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 338中任者之基因,其中該基因具有符號l〇C2 8 6071, /、視f月況/、或夕種標圮為如表4中所鑑別的4.385至4.488 之基因組合。 340) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 339中任一者之基因,其中該基因具有符號BLNκ,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 386至4 488之基因 組合。 341) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 340中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 242546一at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4.387至4.488之基因組合。 342) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 341中任一者之基因,其中該基因具有符號pcDHGC3,其 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 39〇至4 488之 121044.doc -96- 200817680 基因組合。 343) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-342中任一者之基因,其中該基因具有符號CAMSAP1L1, 其視h況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4391至4.488 之基因組合。 344) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-343中任一者之基因,其中該基因具有符號NpYiR,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 392至4 488之基 因組合。 345) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 344中任一者之基因,纟中該基因具有符號CD274,其視 I*月況與或夕種心5己為如表4中所鑑別的4.393至4.488之基 因組合。 346) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 345中任-者之基因’其中該基因具有符號PGM5,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 394至4 488之基因 組合。 347)在另一態樣中,太 本^明使用一或多種根據段落丄· 346中任者之基因’其中該基因具有符號,其視 隋況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.395至(彻之基 因組合。 )在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落! _ 347中任-者之基因’其中該基因具有符號了刪剛,其 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·397至4·488之 121044.doc -97- 200817680 基因組合。 349) 在5匕、樣中,本發明使用一或多種根據段落ι_ 48中任者之基因,其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 398至4.488之基因 組合。 350) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 349中任一者之基因,其中該基因具有符號LAMP3,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·399至4·488之基 因組合。 )在另L樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 350中任—者之基因,丨中該基因具有符號IGLC1,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的44〇〇至4 488之基 因組合。 352) 在另&樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 351中任—者之基因’其中該基因具有符號SIPA1L1,其視 f月況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.術至4.488之基 因組合。 353) 在# _樣中,本發明使用_或多種根據段落ι_ 352中任一者之基因,其中該基因具有符號AIF1,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.402至4·488之基因 組合。 )在另悲樣中,本發明使用—或多種根據段落1· 353中任者之基因’其中該基因具有符號IGLC2,其視 个月況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·彻至4.楊之基 121044.doc -98- 200817680 因組合。 355) 在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 3 54中任一者之基因’其中該基因具有符號b2m,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的44〇4至4 488之基因 組合。 356) 在另一態樣中,本發明使用-或多種根據段落1-355中任-者之基因’其中該基因具有符號,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的44〇5至4488之基 因組合。 357) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 356中任一者之基因’其中該基因具有符號MGC17330,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.楊至4 488之 基因組合。 358) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 357中任一者之基因,其中該基因具有符號IGF1R,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·術至4.488之基因 組合。 359) 在另-態樣中’本發明使用_或多種根據段落^ 358中任者之基因,其中該基因具有符號肥,其視 情況與—或多種標記為如表4中賴別的4•彻至4 488之基 因組合。 360) 在另一態樣中,本於 不^月使用一或多種根據段落^ 359中任一者之基因,其中該基因具有符號FKBP14,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.4〇9至4·488之基 121044.doc •99- 200817680 因組合。 361) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 360中任一者之基因,其中該基因具有符號[ΑρτΜ5,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·41〇至4·488之基 因組合。 362) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 361中任一者之基因,其中該基因具有符號ΑΒ13ΒΡ,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 411至4 488之基 因組合。 363) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 362中任一者之基因,其中該基因具有符號hla_e,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4412至4 488之基 因組合。 364) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 363中任一者之基因,其中該基因具有符號arl4c,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4413至4 488之基 因組合。 365) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 364中任一者之基因,其中該基因具有符號ass,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·415至4·488之基因 組合。 3 66)在另一怨樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 365中任一者之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4417至4.488之基 121044.doc -100- 200817680 因組合。 ’本發明使用一或多種根據段落1-其中該基因具有符號,其視情 367)在另一態樣中 366中任一者之基因, 況與一或多種標記為如表4 φ ^邪衣4 Τ所鑑別的4.417至4.488之基因 組合。 368)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 鳩中任一者之基因,丨中該基因具有符號RAC2,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4418至“Μ之基因 組合。 369) 在另悲樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 368中任者之基因’其中該基因可藉由探針組號 1557222一at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表*中所 鑑別的4.419至4.488之基因組合。 370) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 369中任—者之基因,其中該基因具有符號CD3G,其視情
況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.42〇至4.488之基因 組合。 371)在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落丄_ 370中任一者之基因,其中該基因具有符號以^丨,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 421至4 488之基因 組合。 372)在另愍樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 371中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 228858 一 at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 121044.doc • 101 · 200817680 別的4.422至4.488之基因組合。 373) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 372中任一者之基因,其中該基因具有符號CYB5A,其視 十月況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.423至4.488之基 因組合。 374) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-373中任一者之基因,其中該基因具有符號ttc25,其視 十月况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.424至4 488之基 因組合。 375) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-374中任-者之基因’丨中該基因具有符號slamf6,其視 f月况與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.425至4.488之基 因組合。 376) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落1-375中任|之基因,其中該基因具有符號, 其視U況肖丨多種標記為如表4中所鑑別的4·426至4彻 之基因組合。 377) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落^ 376中任者之基因,其中該基因具有符& FL〇T1,其視
It况與《夕種標記為如表4中所鑑別的4 428至4.488之基 因組合。 378) 在另一悲樣中,發明使用一或多種根據段落1-377 ’其中該基因具有符號IBRDC2,其視情 ' 或夕種軚°己為如表4中所鑑別的4.429至4.488之基因 121044.doc -102- 200817680 組合。 379) 在$ &樣中’本發明使用一或多種根據段落ι_ 378中任一者之基因’其中該基因具有符號KIAA1794,其 視情況與一或多種擇_么1生 不己為如表4中所鐘別的4.430至4.488之 基因組合。 380) 在5悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 379中任一者之基因’ #中該基因具有符號OLFML1,其視 情況與-或多種標|己為如表4中所鑑別的4 431至4.488之基 因組合。 381) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 380中任一者之基因,盆φ兮 八中該基因具有付號GMFG,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.432至“Μ之基因 組合。 382)在$ &樣中,本發明使用一或多種根據段落ι_ 381中任者之基因,其中該基因具有符號⑽,其 視情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 433至4·488: 基因組合。 本發明使用一或多種根據段落1- 3 8 3)在另一態樣中 382中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 217629_at鑑別,其視情況與—或多種標記為如表*中所鐘 別的4.434至4.488之基因組合。 384)在另—態樣中’本發明使用—或多種根據段落i_ 383中任—者之基因,其中該基因具有符號DEF6,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鐘別的4·436至4 488之基因 121044.doc -103 - 200817680 組合。 385) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落工一 384中任—者之基因’其中該基因具有符號MAP4K4,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 437至4 488之基 因組合。 386) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 385中任一者之基因,其中該基因具有符號CMKOR1,其 視[月况14或夕種標記為如表4中所鑑別的4.438至4.488之 基因組合。 387) 在另一態樣中’本發明使用一或多種根據段落】 386中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 1563461—at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所 鑑別的4.439至4·488之基因組合。 388) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 387中任一者之基因’其中該基因具有符號CHKA,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 44〇至4 488之基因 組合。 389) 在另-態樣中’本發明使用—或多種根據段落卜 388中任者之基因,其中該基因可藉由探針組號 226865一at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4.441至4.488之基因組合。 390) 在另-態樣巾,本發明使用—或多種根據段落卜 389中任一者之基因,其中該基因具有符號HS3ST3B1,其 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 442至4·488之 121044.doc •104- 200817680 基因組合。 391)在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 中任—者之基因’丨中該基因具有符號CXorf9,其視 情況與-《多種標記為如表4中所鑑別的4·443至4權之基 因組合。 392) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 391中任者之基因,其中該基因具有符號EVI2A,其視 f : 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4·445至4·488之基 因組合。 393) 在#悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 392中任一者之基因,丨中該基因具有符號NFAM1,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 446至4.488之基 因組合。 )在另U中,本發明使用_或多種根據段落卜 393中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 242874—at鑑別’其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4·447至4.488之基因組合。 )在另L樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 394中任一者之基因,其中該基因具有符號ATP5J,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的(“Ο至“Μ之基因 組合。 396)在3悲樣中,本發明使用—或多種根據段落ι_ 395中任一者之基因,其中該基因具有符號CYLD,笪視情 況與一或多種標記為如表4中所鐘別的(451至4 488之基因 121044.doc -105- 200817680 組合。 397) 在另悲樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 396中任|之基因,其中該基因具有符號,其視 情況與_或多種標記為如表4中所鑑別的4 452至4綱之基 因組合。 398) 在另恶樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 397中任者之基因,其中該基因具有符號ΜρΑρ4,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4.453至4·楊之基 因組合。 399) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 398中任一者之基因,其中該基因具有符號TUBB2B,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 454至4 488之基 因組合。 400) 在另I、樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 3"中任一者之基因,丨中該基因具有符號NELL2,其視 情況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 455至4.488之基 因組合。 40”在另-態樣中’本發明使用一或多種根據段落卜 400中任纟之基因,其中該基因可藉由探針組號 236583,鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所鑑 別的4.456至4.488之基因組合。 402)在3 &、樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 401中任一者之基因,其中該基因具有符號仄汛^^,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的的基 121044.doc -106 - 200817680 因組合。 403) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 402中任一者之基因,其中該基因具有符號^^八八^丨,其 視情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4459至4488之 基因組合。 404) 在另怨樣中’本發明使用一或多種根據段落l 403中任一者之基因,其中該基因具有符號adamdeci, 八視h况與或多種標記為如表4中所鑑別的4.460至4.488 之基因組合。 405) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 4〇4中任一者之基因,其中該基因具有符號AOC3,其視情 兄”或夕種私纪為如表4中所鑑別的4.461至4.488之基因 組合。 6) 在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 405中任_去夕^ 、 土因’其中該基因具有符號SAMHD1,其 凊况”或多種標記為如表4中所鑑別的4.463至4_488之 基因組合。 7) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落1_ 406中任_去夕其 、 土 ’其中該基因具有符號SLC22A3,其 月况”或多種標記為如表4中所鑑別的4崩至4·楊之 基因組合。 4 )在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落1_ .^ 者之基因,其中該基因具有符號IGLV3-25,其 兄,、或多種標記為如表4中所鑑別的4.466至4.488之 121044.doc -107- 200817680 基因組合。 409) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 408中任一者之基因,其中該基因可藉由探針組號 1556185 一 a一 at鑑別,其視情況與一或多種標記為如表4中所 鑑別的4.467至4.488之基因組合。 410) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 409中任一者之基因,其中該基因具有符$RABUFipi, 其視倘況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4·468至4·488 之基因組合。 411) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落 中任一者之基因,其中該基因具有符號PER2,其視情況 與一或多種標記為如表4中所鑑別的4 469至4 488之基因組 合。 4 12)在另一悲樣中,本發明使用一或多種根據段落^ 中任一者之基因,丨中該基因具有符號TTL,其視情況與 一或多種標記為如表4中戶斤鑑別的4.470至4.488之基因組 合0 )在另悲樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 、中任者之基因,其中該基因具有符號SIAHBP1,其 視f月況與《夕種標記為如表4中所鐘別的4.472至4.488之 基因組合。 )在另U中,本發明使用_或多種根據段落卜 413中任—者之基因,其中該基因具有符號FLm536,其 視況與#多種標記為如表4中所鑑別的“η至“μ之 121044.doc 200817680 基因組合。 415) 在另-態樣中,本發明使用—或多種根據段落卜 414中任-者之基因,…基因具有符號Rp6_ ,其視情況與—或多種標記為如表*中所鐘別的 4.474至4.488之基因組合。 416) 在另-態樣中,本發明使或多種根據段落卜 415中任一者之基因’其中該基因可藉由探針組號 235804_at鑑別’其視情況與一或多種標記為如表*中所鑑 別的4.475至4.488之基因組合。 417) 在另-態樣中,本發明使用_或多種根據段落卜 4 1 6中任一者之基因,盆Φ辞其目士 /*> m 八甲4基因具有符號NCF4,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4476至4488之基因 組合。 叫在另-態樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 中任者之基因’其中該基因具有符號EPSTI1,其視 情況與-或多種標$為如表4中所鑑別的4.477至4•彻之基 因組合。 419)在另—態樣中’本發明使用-或多種根據段落卜 418中任一者之基因’纟中該基因具有符號LOC441212, 其視情況與-或多種標記為如表4中㈣別的4 478至4 488 之基因組合。 )在另U羡中,本發明使用—或多種根據段落1· 419中任、者之基因,其中該基因具有符號ANK3,其視情 况與-或多種標記為如表4中所鑑別的“Μ至“Μ之基因 121044.doc 200817680 組合。 4 2 1)在另一態樣中,太义 本I明使用一或多種根據段落 420中任一者之基因,复由 中5亥基因具有符號PCDH9,其視 情況與一或多種標記兔主1上 為如表4中所鑑別的4.480至4.488之基 因組合。 422)在$ U中,本發明使用—或多種根據段落卜 、中4者之基因,其中該基因具有符號C21orf86,其 視情況與一或多種樟却么1生 ^ °己為如表4中所鑑別的4.481至4.488之 基因組合。 )在另&樣中’本發明使用—或多種根據段落1_ 中任者之基因,其中該基因具有符號DHRS9,其視 h况,、或夕種私圮為如表4中所鑑別的4·482至4.488之基 因組合。 424) 在另-態樣中,本發日月使用―或多種根據段落卜 423中任者之基因,其中該基因具有符號从HGAp25, 其視情況與-或多種標記為如表4中所鐘別的“η至4488 之基因組合。 425) 在另一恶樣中,本發明使用一或多種根據段落卜 424中任纟之基因,其中該基因具有符號,其視
It況”或夕種軚圮為如表4中所鑑別的4·484至4.488之基 因組合。 426)在另-錢中,本發明使用—或多種根據段落卜 425中任一者之基因’其中該基因具有符號,其視情 況與-或多種標記為如表4中所鑑別的4 485至4 488之基因 121044.doc 200817680 組合。 427) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-426中任一者之基因,其中該基因具有符號PALMD,其視 情況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.486至4.488之基 因組合。 428) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落ΙΑ〗?中任 一者之基因, 其中該基因具有符號TAP1 , 其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.487至4.488之基因 組合。 429) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-428中任一者之基因,其中該基因具有符號MSX2,其視情 況與一或多種標記為如表4中所鑑別的4.448之基因組合。 430) 在另一態樣中,本發明使用一或多種根據段落1-429中任一者之基因,其中該基因具有符號SIRPG。 在一態樣中,本發明使用列於表7中之基因。 表7 基因符號 CCL5
FASLG
GNLY
GZMB PRF1
IFNG
ICOS 121044.doc -111- 200817680 TBX21
CD8A
CD3E CXCL11 CXCL10 CXCR3 CD20 F0XP3
INDO CD45Ro
CD45R CD69 TRBV19 TRAT1 TRDV2 STAT4
PRKCQ
GMZK GPR171
UBD CD52
CD3D
IL7R IRF1 121044.doc -112 200817680 TLR7 在一態樣中,本發明使用一或多種選自表9之基因。 表9 基因符號 PRF1 IRF1
GZMB
GNLY
CD8A
PRKCQ FOXP3
IFNG CCL5 GPR171 TRBV19
CD3E TBX21
FASLG CXCL10
ICOS CXCR3 CXCL11 在一態樣中,本發明使用一或多種選自表11之基因。 121044.doc • 113 - 200817680 表11 基因符號 基因名稱 CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 UCHL1 泛素羧基末端酯酶L1(泛素巯醇酯酶) PVT1///LOC441378 Pvtl致癌基因同系物,MYC活化因 子(小鼠)///LOC441378 CDNA純系 IMAGE:4796388 CD52 CD52抗原(CAMPATH_1 抗原)///CD52 抗原(CAMPATH-1抗原) UBD 泛素D STAT4 信號轉導子及轉錄活化因子4 GZMK 顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶3 ;類胰蛋 白酶II)///顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶 3 ;類胰蛋白酶II) IL18RAP 介白素18受體辅助蛋白 GPR171 G蛋白偶合受體171 PSCDBP pleckstrin同源序列,Sec7及捲曲螺 旋域,結合蛋白///pleckstrin同源序 列,Sec7及捲曲螺旋域,結合蛋白 NCF2 嗜中性白血球胞質因子2(65kDa,慢 性肉芽腫病,體染色體2) PRKCQ 蛋白激酶C,Θ LST1 白血球特異性轉錄因子1 121044.doc -114- 200817680 TRA@ /// TRDV2 /// T細胞受體α基因座///T細胞受體A可 TRAV20///TRAJ17 變域2///T細胞受體α可變域20///T細 III TRAC 胞受體α連接域17///T細胞受體α恆定 TRGC2 域 Τ細胞受體γ恆定域2 TRBV21-1 III Τ細胞受體β可變域21-1///Τ細胞受體 TRBV19///TRBV5-4 β可變域19///Τ細胞受體β可變域5-4
///TRBV3-1 /// ///Τ細胞受體β可變域3-1///Τ細胞受 / TRBC1 體β恆定域1 HLA-DQA1 /// 主要組織相容性複合體,II類, HLA-DQA2 DQal///主要組織相容性複合體,II 類,DQa2 TRBV19///TRBC1 T細胞受體β可變域19///T細胞受體β 可變域19///Τ細胞受體β恆定域1///Τ 細胞受體β恒定域1 CD3D CD3D抗原,Α多肽(TiT3複合體) ^ GADD45B 生長停止及DNA損傷誘導性基因β ITGB3 整合素β3(血小板糖蛋白Ilia,抗原 TRAT1 CD61) T細胞受體相關跨膜接附蛋白1 HLA-DMA 主要組織相容性複合體,II類,DMa CENTD3 矢車菊苷A3 SAMSN1 SAM域、SH3域及核定位信號1 CLEC4E C型凝集素域家族4,成員E 121044.doc -115 - 19 200817680 TNFRSF19 腫瘤壞死因子受體超家族,成員 NAVI 神經元導航子1 LOXL4 離胺醯氧化酶樣基因4 TNFRSF19 腫瘤壞死因子受體超家族,成員 TAGAP T細胞活化GTP酶活化蛋白 GIMAP2 GTP酶,IMAP家族成員2 IGF1R 胰島素樣生長因子1受體 C17orf63 染色體17開放閱讀框架63 CD52 CD52抗原(CAMPATH-1抗原) 在一態樣中 ,本發明使用一或多種選自表12之基因 表12 基因符號 基因名稱 CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 TRAT1 T細胞受體相關跨膜接附蛋白1 STAT4 信號轉導子及轉錄活化因子4 PRKCQ 蛋白激酶C,Θ GPR171 G蛋白偶合受體171 UBD 泛素D CD52 CD52分子 CD3D CD3d分子A(CD3-TCR複合體) PRF1 穿孔素1(成孔蛋白質) CD8A CD8a分子 CXCL10 趨化因子(C-X-C基元)配位體10 CD69 CD69分子 19 121044.doc -116- 200817680 TRBV19 T細胞受體β可變域19 TRDV2 Τ細胞受體Α可變域2 IL7R 介白素7受體 GZMK 顆粒溶解酶K CD45R 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,受體類型, C(PTPRC) 在一態樣中 表13 ,本發明提供一或多種選自表13之基因。 基因符號 基因名稱 FASLG Fas配位體(TNF超家族,成員6) GNLY 顆粒溶素 GZMB 顆粒溶解酶B(顆粒溶解酶2,細胞毒 素T-淋巴細胞相關絲胺酸酯酶1) IFNG 干擾素γ ICOS 誘導性τ細胞共刺激因子 TBX21 Τ-盒 21 CD3E CD3e分子e(CD3-TCR複合體) CXCL11 趨化因子(C-X-C基元)配位體11 CXCR3 趨化因子(C-X-C基元)受體3 CD20 CD20分子 FOXP3 叉頭盒P3 INDO 吲哚胺比嘻2,3雙加氧酶 IRF1 干擾素調節因子1 TLR7 鐘樣受體7 121044.doc -117- 200817680 PCR為比微陣列更敏感之技術,且因此可偵測較低含量 之差異表現基因。 下列基因尤其適用於PCR分析:IL7R、CD3D、CD3E、 CD52、UBD、GPR171、GMZK、PRKCQ、STAT4、 TRDV2、TRAT1、TRBV19、CD69、INDO、CD45R、 CD45RO、FoxP3、CD20、CCL5、FASLG、GNLY、 GZMB、PRF1、IFNG、ICOS、TBX21、CD8A、CD3E、 CXCL10、CXCL11、IRF1、TLR7及 CXCR3。 在一態樣中,所用該(等)基因係選自包含以下各基因或 由以下各基因組成之群:CCL5、TRAT1、STAT4、 PRKCQ、GPR171、UBD、CD52、CD3D、PRF1、CD8A、 CXCL10、CD69、TRBV19、TRDV2、IL7R、GZMK 及 CD45R。 在一態樣中,所用該(等)基因係選自包含以下各基因或 由以下各基因組成之群:FASLG、GNLY、GZMB、 IFNG、ICOS、TBX21、CD3E、CXCL11、CXCR3、 CD20、FoxP3、INDO、IRF1 及 TLR7。 該(等)基因FoxP3及/或PRF1尤其適用於本發明之PCR分 析。 免疫組織化學之合適目標包括CD8、CD86、LAMP、B 細胞、CD20及來自一或多種來自NK家族、HLA家族、T細 胞受體家族及/或活化T細胞之基因的基因產物。 在本發明之另一態樣中,提供顯示無反應者之基因簽 名,例如其中免疫基因之一或多者(諸如彼等本文中所列 121044.doc -118- 200817680 之基因)無差異表現及/或下調及/或無上調。 根據另一態樣,本發明提供一種顯示患者對適當免疫療 法可有利地反應之可能性增加的基因簽名,其又可能導致 例如患有Mage表現性癌症之患者在使用Mage特異性免疫 療法治療之後的存活改善。至少5、6、7、8、9、10、 11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、 23、24、25、26、27、28、29、30或 31個來自表 1 中所揭 不基因之基因的此基因簽名係以與不對Mage抗原特異性癌 症免疫療法有反應之Mage表現性腫瘤患者之基因簽名相比 的差異表現來表徵。 在一態樣中,本發明提供一種基於62個涉及免疫滲入及 活化之已知基因中之1或多者之差異表現的圖譜。 主要對應於基因表現及通常基因上調之預測性基因與免 疫滲入及活化有關。該等基因包括HLA II類、介白素-2受 體γ、T細胞受體基因(TRBvi9、TRAT1、TRGC2)、顆粒 溶解酶及CD69。 在一實施例中,提供一種存在於例如患有或具有mage 表現性腫瘤且對治療有反應之患者中的基因簽名,其中一 或多種,例如至少5、適當6、7、8、9、10種表2之基因差 異表現。 如下圖5a中所示,反應者及無反應者之表徵可基於僅一 或兩種基因(諸如TCR、CD3及/或IL-7)之差異表現。 遇為尤其適用於使用僅一或兩種基因之方法的其他基因 包括:IL7R、CD3D、CD3E、CD52、UBD、GPR171、 121044.doc -119- 200817680 GMZK、PRKCQ、STAT4、TRDV2、TRATl、TRBV19、 CD69、INDO、CD45R、CD45RO、FoxP3、CD20、 CCL5、FASLG、GNLY、GZMB、PRF1、IFNG、ICOS、 TBX21、CD8A、CD3E、CXCL10、CXCL11、TRF1、 TLR7及CXCR3,其可能需要使用適當敏感性分析技術。 本文中之本發明擴展至使用本文中所列基因之所有置換 來鑑別該簽名/圖譜。 本發明擴展至本文中所列基因之功能等效物,例如以諸 如由Hongwei Wu等人2007(原核生物中之等效基因的階層 式分類-Nucliec Acid Research Advance Access)所描述之基 因之階層式分類表徵的基因功能等效物。 不希望受理論約束,認為基因本身不必以該簽名表徵, 而根本上重要之基因功能才以該簽名表徵。 因此,與諸如彼等列於例如上表丨、2、3、4、7、9、 11、12或13中之基因之免疫活化基因功能等效的基因可用 於該簽名中’參看例如journal 〇f the National Cancer Institute,第 98 卷,第 7期,2006年 4 月 5 日。 藉由特異性探針鑑別該等基因且技術熟練者將因此瞭 解’上述基因之描述係基於與探針雜交之當前認識的描 述。然而’不管藉由在指定條件下與相關探針重複雜交進 行的用於基因之命名法,均可鑑別必需基因。 本發明擴展至使用本發明之該(等)圖譜來預測或鑑別患 者為免疫療去(諸如癌症免疫療法,例如腫瘤睾丸免疫療 法)之反應者或無反應者。 121044.doc -120- 200817680 因此,本發明包括一種基於本發明之㈣ 表現刀析由患者得到之樣品從而相表徵自其得到樣品之 患者為免疫療法之反應者或無反應者之目的的方法。 在一悲樣中,本發明提供一種鏗別本發明之圖譜的方 法,其包含以下步驟: 曰 a)分析由患者得到之樣品的一或多種免疫反應基因之差 異表現,及
b)基於步驟⑷之結果表徵自其得龍品之患者為適當免 疫療法之反應者或無反應者,其中視情況參考或對照 標準來執行表徵步驟。 合適標準係如上所述。 。因此,在-態樣中,本發明通常係關於一種偵測生物樣 品中之基因簽名的方法,該方法包含分析表i、2、3、4、 7 9、11、12或13中之一或多種基因,例如至少$、6、 7、8、9、1〇、U、12、m15、16、17、18、19、 21 22、23、24、25、26、27、28、29、30或 31 種基 因(例如表!中所列舉之基因)的表現。在—實施例中,該分 析包含至少5、(適當地)6、7、8、9或1〇種表2中所列舉之 基因的表現。 在-恶樣中’本發明提供—種量測來自樣品中之免疫活 化基因(諸如一或多種列於表1、2、3、4、7、9、u 12 或U中之基因)之聚核普酸的表現量從而達到鏗別自其 仔到樣品之患者是否可能為免疫療法(諸如癌症免疫療法) 之反應者或無反應者之目的的方法,其包含以下步驟: 121044.doc -121 - 200817680 自樣品中分離RN A, 視情況放大來自樣品的該等基因之cDNA複本,及 定量樣品中之cDNA含量。 在實把例中’診斷方法包含藉由例如偵測表1等中所 列舉之基因之基因產物的相應mRNA含量及/或蛋白含量來 確疋文檢者是否表現表1或本文中所述本發明之任何其他 實施例中所列舉之基因之基因產物的任一者。舉例而言, , 藉由使用諸如北方墨點分析、反轉錄-聚合酶鏈反應(RT_ PCR)、原位雜交、免疫沈澱、西方墨點雜交或免疫組織化 學法之技術來實現。根據該方法,細胞可由受檢者獲得且 所分析基因之蛋白質或mRNA之含量係與無反應患者之基 因之蛋白質或mRNA之含量相比較。差異表現一或多種, 例如 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16 ' 17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、 29、30或3 1種選自表!或本發明之另一實施例之基因的患 者為彼荨可預測將受益於免疫療法(例如癌症免疫療法, 諸如Mage抗原特異性癌症免疫療法)之患者。舉例而言, 據說若與微陣列上之所給位置雜交之核酸分子的雜交信號 (例如)比在相同陣列之相同位置上與由臨床上不對Mage特 異性免疫療法有反應之受檢者獲得之核酸樣品雜交的雜交 h號高,則該核酸分子差異表現。 圖5中展示30個已經受基因圖譜分析之患者之結果。其 係以圖形式顯示:本發明之基因簽名與對MAGE抗原特異 性癌症免疫療法之臨床反應對準。 121044.doc -122- 200817680 或者,癌症患者可藉由目測源自癌症或腫瘤之組織切片 而表徵為免疫療法之反應者或無反應者。反應者可能為免 疫反應細胞滲入癌症/腫瘤微環境中之患者。 本發明亦提供一種基於一或多種免疫反應/活化基因之 差異表現而產生本文中未特別敍述之新基因圖譜的方法, 該差異表現指示患者是否可能為適當免疫療法(例如癌症 免疫療法,諸如Mage免疫療法)之反應者或無反應者,該 方法包含以下步驟: a) 分析至少兩個由患者得到之樣品的免疫活化基因之一 或多者的差異表現,其中樣品組包含對適當免疫療法 之反應者與無反應者,及 b) 使此差異表現與自其得到樣品之患者在適當治療之後 的臨床結果相關聯,及 c) 鑑別一或多種於反應者及無反應者中差異表現之基 因。 在已鑑別新圖譜之後,本發明亦擴展至分析預先未表徵 之樣Π口,私疋其為反應者或無反應者(視情況而定)且(若需 要)向一或多個指定為反應者之患者投與治療有效量之適 當免疫療法,例如癌症免疫療法,諸如Mage免疫療法。 本發明亦提供一種基於一或多種於表i、2、3、4、7、 9、11、12及/或13中所述之基因序列之差異表現而產生基 口圖.曰的方法’該差異表現指示患者是否可能為免疫療法 之反應者或無反應者,該方法包含以下步驟: Θ分析至少兩個由患者得到之樣品的以下基因序列之差 121044.doc -123 - 200817680 異表現: ⑴一或多種於表卜2、3、4、7、9、11、12及/或13 中所述之基因序列及 (ii)視情況一或多種於表1、2、3、4、7、9、11、12 及/或13中未敍述之基因序列, 其中樣品組包含對適當免疫療法之反應者與無反應 者;
b) 使該或該等基因序列之差異表現與自其得到樣品之患 者在適當治療之後的臨床結果相關聯,及 c) 鑑別一或多種於反應者及無反應者中差異表現之基 因0 在已鑑別圖譜之後,本發明亦擴展至分析預先未表徵之 樣品,指定其為反應者或無反應者(視情況而定)且(若需 要)向一或多個指定為反應者之患者投與治療有效量之適 當免疫療法,例如癌症免疫療法,諸如Mage免疫療法。 本發明提供—種包含至少—種組份之診斷套組,其係用 於對由患者得到之樣品進行分析以鑑別本發明之圖譜,盆 結果可用以指定自其得到樣品之患者為免疫療法之反應者 該套組可包含用 組織化學或其他可 析技術的材料/試劑 於PCR(諸如QPCR)、微陣列分析、免疫 用於獲取-或多種基因之差異表現之分 本發明亦提供_ 種)如表1或者表2、 種包合一套能夠與一或多種(諸如至少$ 7、9、11、12及/或13中所列舉 121044.doc -124- 200817680 之基因的mRNA或cDNA雜交之探針的診斷套組,例如包含 一套能夠與至少6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、 16、17、18、19、20、21、22、23 ' 24、25 ' 26、27、 28、29、30或31種如表1中所列舉之基因的mRNA或其 cDNA雜交之探針的診斷套組。 在另一實施例中,本發明係關於診斷套組。舉例而言, 本發明係關於含有該等包含微陣列受質及探針之微陣列的 診斷套組,該等探針能夠與由(例如)5、6、7、8、9、1 〇、 11、12、13、14、15、16、17 18、19、20、21、22、 23、24、25、26、27、28、29、30或 31種來自(例如 本發明之任何其他能夠證明本發明之基因簽名的實施例中 之基因所表現的mRNA或cDNA雜交。 在一態樣中,本發明提供適於鑑別本發明之簽名的微陣 列。 本發明亦擴展至適用於與由一或多種本發明所用(例如 來自表1、2、3、4、7、9、11、12或13)之基因所表現之 mRNA或cDNA部分雜交的受質及探針。 市售微陣列含有比在任何一次研究中表徵基因之差異表 現所需之探針更多的探針以提高分析之準確度。因此,一 或多個探針組可識別識別相同基因。 因此’在-實施例中’多個探針或探針組係用以鑑別免 疫活化基因是否差異表現(諸如上調)。 該診斷套組可(例如)包含排列於微陣列中之探針。 具體言之,可易於由諸如Affimetrix之公司製備⑽如泠 121044.doc -125- 200817680 有一或多個本文φ 甲所迷彳木針組之經製備的微陣列而藉此提 供用於鐘別本發明 1月之圖谱的特異性測試及(視情況)試劑。 貝苑例中’該等微陣列或診斷套組將另外能夠測試 相關腫瘤畫士 γ α u 邊睪丸抗原表現基因(諸如Mage基因)之存在或缺 失。 因此’在-態樣中’本發明提供—種在適當條件下適用 於名雜父之楝針及/或探針組。本發明亦擴展至使用探針 (例如如本文中所描述之探針或其功能等效物)來鑑別本發 明之基因圖譜。 本文中所述之本發明擴展至使用本文中所列探針(或其 功能性類似物)之所有置換來鑑別該簽名。 在一恶樣中’本發明提供使用探針來鑑別免疫活化基因 之至少一種基因產物的差異表現以便確定本發明之基因圖 譜是否存在於由患者得到之樣品中。 表1B揭示探針長度可通常設計成25個基體且適用於鑑別 由(例如)表1(或者表2、3、4、7、9、11、12或13)之基因 所表現之mRNA(或其cDNA)的探針組。該等探針及探針組 為本發明之一態樣。各探針組通常可包含約或正好25個核 苷酸之約或正好11個單個序列,其精確對應於來自探針組 之一輪序列。 因此,在一態樣中,本發明係關於能夠識別由來自表i (或者表2、3、4 ' 7、9、11、12或13)之基因所表現之 mRNA(或其cDNA)的寡核苷酸探針及引物及基於該等探針 及引物之診斷套組。該等套組可包括用於偵測Mage基因之 121044.doc -126- 200817680 探針或套組。 在一怨樣中,本發明提供一種基於可由以下丨3個探針所 鑑別之表3之基因之一或多者的差異表現之圖譜·· 204661—at 、 205890一s—at 、 2〇6118一at 、 2〇6666〜at 、 207651—at 、 210038—at 、 210972—x—at 、 211144—x〜at 、 211796—s—at、213193一x—at、213539一at、217147一s—at、 34210—at 〇 下表3A中給出該等探針及其目標基因之更多細節。 雜父通常將在嚴格條件(諸如3χ ssc,〇」% SDS,於5〇 °C下)下執行。 一旦已鑑別目標基因/圖譜後,則熟習此項技術者能夠 設計出與同一目標雜交之替代性探針。因此本發明亦擴展 至在適當條件下量測本發明之基因之相同差異表現以提供 如所述之簽名/圖譜的探針。 本發明亦擴展至使用相關探針來分析癌症患者是否將為 對以適當免疫療法進行的治療之反應者或無反應者。 本發明亦擴展至用已知微陣列來鑑別該簽名之用途(及 使用其之過程)。 核酸探針可為至少10、15、20、25、30、35、40、50、 75 100或更多個核苷酸長度且可包含全長基因。用於本 發明之楝針為彼等能在嚴格條件下與由列於表丨(或表2、 3、4、7、9、11、12或13)中之基因所表現之瓜㈣八(或其 cDNA)特異性雜交的探針。 本發明進一步係關於一種篩檢藥物對組織或細胞樣品之 121044.doc -127- 200817680 作用的方法,其包含以下步驟:在藥物治療之前或之後分 析(例如)5、6、7、8、9、1〇、11、12、13、14、15、16、 17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、 29、30或31種選自表1或本文中所述之本發明之任何其他 實施例之基因的表現圖譜。本發明因此提供一種篩檢藥物 之方法,其將基因圖譜改造成在使用(例如)Mage抗原特異 性癌症免疫療法進行治療之後改善存活之患者的基因圖譜
(亦即將基因圖譜改造成反應者之基因圖譜)以便使患者能 夠冗盈於(例如)Mage抗原特異性癌症免疫療法。 本發明進一步提供一種患者診斷之方法,其包含(例如) 以下步驟:分析(例如)5、6、7、8、9、1()、u、ΐ2、Η、 W、15、16、17、18、mum、。、 26 27、28、29、30或31種選自表i或本文中所描述之本 發明之任何其他實施例之基因的表現圖譜且將其與標準相 比較以诊斷患者是否將受益㈣吻特異性免疫療法。 本發明包括一種患者診斷之方法 ^ 1々/2:,其包含以下步驟:分 析至 乂 5、6、7、8、9、1〇、u、 12、13、14、15、16、 17、18、19、2〇、21、22、2 9^Λ , 、25、26、27、28、 或31種選自表丨或本發 者所摞徂夕陆^ 知月之其他實施例的來自由患 者所棱i、之腫瘤組織樣品之基因 更多種該等基因是否^ 表現圖譜且評估5種或 口此,在g品床應用中, 的(例如)5、6、7、8、9、來自_人類患者之組織樣品 121044.doc -128 - > 13 > 200817680 之任何其 29、30或31種選自w或本文中所描述之本發明 他實施例之基因之表現的存在及/或缺失。 在本發明之上下文中,樣品可為任何源自可能需要治療 之患者的生物組織或體液。樣品可源自痰液、也液、尿液 或源自實體組織(諸如源自原發性腫瘤或癌轉移之生檢)或 源自預先除去組織之切片。 欢
樣品可包含(例如)空心針刺生檢、外科切除術樣品或淋 巴結組織或由(例如)空心針刺生檢、外科切除術樣品或淋 :結組織組成。該等方法包括獲得生檢,&了使腫瘤細胞 富集至總細胞群體之約8〇%,該生檢視情況係藉由冷来切 片機切片來分級分離。在某些實施例中’自該等樣品中提 取之核酸可使用此項技術中熟知之技術來放大。所選標記 物(例如表丨之基因產物)之含量可加以债測且可與在統=學 上有效之(例如)Mage陽性無反應者患者組相對照。 對於癌症,生物樣品將含有癌症或腫瘤細胞且可(例如) 源自於癌症或腫瘤,諸如新鮮樣品(包括冷凍樣品)或已保 存於石蠟中之樣品。據此,保存於石蠟中之樣品可經降解 且所觀測之圖譜可經改良。此領域之工作者能較好平衡藉 由再校準圖譜之參數所觀測到的該等變化。 微陣列 微陣列為一系列離散區(通常為核酸),其彼此分離且通 常以介於約l〇〇/cm2與l000/cm2之間的密度排列,但可以諸 如10000/cm2之更大密度排列。微陣列實驗之原理在於使 用來自所給細胞株或組織之mRNA來產生經標記之樣品, 121044.doc •129- 200817680 該樣品通常標記cDNA,稱為"目標",其與大量以有序陣 列口又於固體表面上的核酸序列(通常DNA序列)並聯雜 交。 可偵利且同時疋里數以萬計之轉錄物質。儘管已開發許 多不同微陣列系統,但現今最常使用之系統可根據所排列 材料分成兩組··互補DNA(CDNA)微陣列及寡核苦酸微陣 列。所排列之材料通常稱為探針,因為其相當於北方墨點 分析中所用之探針。將爾辦列之探針通常為使用載 體特異性引物或基因特異性引物的由eDNA庫或純系集合 所產生之聚合酶鏈反應(PCR)的產物且將其在規定位置處 以點樣形式印於玻璃載片或耐綸膜上。樣點通常為10_300 μΓη且間隔約相同距離。使用該技術,可將由超過個 cDNA組成之陣列裝配於習知顯微鏡載片表面上。對於寡 核苷酸陣列,藉由於矽晶圓上進行光微影(來自Affymetrix 之尚密度募核苷酸陣列)或藉由噴墨技術(由R〇setta Inpharmatics 開發且授權於 Agilent Techn〇1〇gies)就地合成 短的20-25聚體。或者,可將經預合成之募核苷酸印於玻 璃載片上。基於合成寡核苷酸之方法提供優點係因為序列 資訊單獨足以產生待排列之DNA,所以不需要耗時處理 cDNA資源。探針亦可經設計以表示所給轉錄物之最獨特 部分而使偵測緊密相關之基因或剪接變異體成為可能。儘 管短寡核苷酸可導致更低特異性雜交及敏感性降低,但近 來已開發預合成之較長寡核苷酸(50-100聚體)之陣列排列 來抵消該等缺點。 121044.doc -130- 200817680 因此,在執行微陣列以確定患者是否表現本發明之基因 簽名時’執行下列步驟:獲取來自樣品之mRNA且製備核 酸目標,在通常如製造微陣列時所建議之條件(適當嚴袼 之雜交條件係諸如3X SSC,0.1% SDS,於50。(:下)下接觸 陣列以使相應探針結合於陣列上,必要時洗滌以移除未結 合之核酸目標且分析該等結果。 應瞭解,可藉由在此項技術中已知之方法(諸如引物特 異性cDNA合成)富集諸如彼等於表丨或2(或本發明之其他實 施例)中所關注之序列的mRNA。該群體可進一步(例如)藉 由使用PCR技術進行放大。該等目標或探針經標記以允許 偵測目標分子與微陣列之雜交。適當標記包括可併入探針 中之同位素標記或螢光標記。 在一替代性實施例中,可使用基於PCR技術(尤其定量 PCR)之診斷套組來診斷患者以確定其腫瘤是否表現本發明 之基因簽名(回顧參見Ginzinger D,Experimental haematology 30 (2002),第 503-5 12 頁及 GiUliette 等人, Methods,25,第 386 頁(2001))。 在一替代性態樣中,本發明提供一種進一步包含以下步 驟之方法:分析由腫瘤得到之樣品以確定腫瘤表現何種抗 原且由此能夠投與治療有效量之適當抗原特異性癌症免疫 治療劑,例如當發現腫瘤為MAGE,諸如Mage A3時,適 當積極治療可(例如)包括投與Mage A3抗原特異性免疫療 法。 認為諸如患者腫瘤組織之樣品表現本發明之基因簽名, 121044.doc -131- 200817680 若表1、2、3、4、7、9、11、12及/或13之一或多種基因 差異表現(諸如上調),貝J (例如)5、6、7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、 24、25、26、27、28、29、30或31種來自(例如)表1或本發 明之其他實施例之基因得以表現且可藉由微陣列分析或其 他適當分析(例如本文中所述分析)來偵測。腫瘤組織較佳 展示至少5種選自表1、2、3、4、7、9、11、12及/或13之 基因,更佳10種基因,尤其5、6、7、8、9或10種來自表 1、2、3、4、7、9、11、12或13之基因的表現。 免疫療法 在另一態樣中,本發明提供一種在鑑別患者為免疫療法 之反應者後以適當免疫療法(例如癌症免疫療法,諸如腫 瘤睾丸免疫療法)治療反應患者的方法。 因此’本發明提供一種治療患者之方法,其包含以下步 驟:在首先基於至少一種免疫活化基因之差異表現(例如 如藉由適當分析源自患者之樣品所示)而表徵患者為反應 者後,投與治療有效量之適當免疫療法(例如癌症免疫療 法,諸如Mage癌症免疫療法)。尤其當基於一或多個本文 中所描述之實施例而將患者表徵為反應者時。在一態樣 中,免疫療法包含適當佐劑(免疫刺激劑),參見以下描 述。 在本發明之又一實施例中,提供一種治療患有(例 如)Mage表現性腫瘤之患者的方法,該方法包含確定患者 是否表現本發明之基因簽名且隨後投與(例如)Mage特異性 121044.doc -132- 200817680 免疫治療劑。在另一實施例中,在患者首先藉由任何腫瘤 手術或其他化療法或放射線療法接受治療(諸如切除術)之 後’以(例如)Mage特異性免疫療法治療該患者以預防或改 善疾病之復發。 本發明之另一態樣為一種治療患有Mage表現性腫瘤之 患者的方法’該方法包含確定患者腫瘤是否表現至少5、 6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30 或 31 種選自表1 (或其本發明之他實施例)的來自由患者所給出之 腫瘤組織樣品之基因且隨後向該患者投與Mage特異性免疫 治療劑。 亦提供一種治療經治療以移除/治療Mage表現性腫瘤之 易復發Mage表現性腫瘤之患者的方法,該方法包含確定患 者腫瘤是否表現至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、 26 ' 27 ' 28、29、3〇或31種選自表1(或本發明之其他實施 例)的來自由患者所給出之腫瘤組織樣品之基因且隨後投 與Mage特異性免疫治療劑。 本發明亦提供使用以下各物進行治療之方法或用途: 包含MAGE抗原或其肽之MAGE特異性免疫治療劑; 包含MAGE-A3蛋白或肽之MAGE抗原; 包含肽EVDPIGHLY之MAGE抗原; 與載體蛋白融合或結合之]^八(}]2抗原或肽,例如其中載 體蛋白係選自蛋白質D、NS1或CLytA或其片段;及/或 121044.doc -133 - 200817680 MAGE特異性免疫治療劑進一步包含佐劑,例如其中該 佐劑包含以下各物之一或多者或其組合·· 3D-MPL ;鋁 鹽;含CpG之寡核苷酸;含皂苷之佐劑,諸如QS21或 ISCOMs ;水包油乳液;及月旨質體。 本發明亦擴展至免疫療法(諸如癌症免疫療法,尤其 Mage免疫療法)在製造用於治療患者(諸如指定為對該免疫 療法之反應者的癌症患者)之藥劑中的用途。 觀察到,一最初表徵為無反應者之患者隨後在放射治療 之後表徵為反應者。有趣地,本發明者亦相信在至少某些 非反應者中(例如)藉由使患者經受放射治療或投與發炎刺 激劑,諸如干擾素(例如味喧莫特(imiquimod))或TLR 3(例 如如 WO 2006/054177 中所述)、TLR 4、TLR 7、TLR 8 或 TLR 9促效劑(例如含有CpG基元,尤其投與高劑量,諸如 每公斤經投與之患者0.1至75 mg,例如每週一次)來誘導反 應者圖譜係可能的。參見例如Krieg,A. M.,Efler,S. M·, Wittpoth, M.5 Al Adhami, M. J. & Davis, H. L. Induction of systemic THl-like innate immunity in normal volunteers following subcutaneous but not intravenous administration of CPG 7909,a synthetic B-class CpG oligodeoxynucleotide TLR9 agonist. J. Immunother· 27,460-471 (2004) o 高劑量之CpG可(例如)經吸入或經皮下給藥。 不希望受理論約束,假設放射治療激發全身性發炎反應/ 免疫反應,一旦觸發該等反應將使患者(或其中之腫瘤組 織)對免疫療法作出更多反應。 121044.doc -134- 200817680 因此,本發明進一步提供一種藉由激發全身性免疫反應 (例如藉由投與免疫刺激劑)誘導反應者之圖譜的方法。本 發明進一步提供Mage特異性免疫療法在製造用於治療患有 Mage表現性腫瘤之患者或已接受治療(例如手術、化療或 放射線療法)以移除/治療Mage表現性腫瘤之患者(該患者 表現本發明之基因簽名)之藥劑中的用途。 一旦誘導反應者之圖譜,則可投與免疫療法。 在一態樣中,本發明提供Mage特異性免疫療法在製造 用於治療患有Mage表現性腫瘤之患者之藥劑中的用途,該 患者以其腫瘤表現至少5、6、7、8、9、工〇、丨丨、工2、 13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、 25、26、27、28、29、30或31種選自表1或者本發明之其 他實施例之基因來表徵。 本發明亦提供Mage特異性免疫療法在製造用於治療易 復發Mage表現性腫瘤之患者之藥劑中的用途,該患者以其 腫瘤表現至少 5、6、7、8、9、1〇、U、12、13、14、 15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、 27、28、29、30或31種選自表1或者本發明之其他實施例 之基因來表徵。 有利地,本發明可允許醫師靶向彼等將由於接受適當免 疫療法而臨床上獲益之患者群體。預期在筛檢之後視為/ 表徵為反應者之至少60%之患者(諸如7〇%、75%、8〇%、 85%或更多之患者)將自免疫療法中獲得臨床益處,該益處 為所觀測之當前療法(通常諸如癌症療法)水準明顯提高。 121044.doc -135- 200817680 有利地,若伴隨化療或在化療之後提供癌症免疫療法, 則其可有助於提高可由化療消耗之患者之免疫反應。
適用於本發明之抗原特異性癌症免疫治療劑(ASCI)可 (例如)包括彼等能夠提高Mage特異性免疫反應之免疫治療 劑。該等免疫治療劑可能夠提高對Mage基因產物(例如 Mage-A抗原,諸如Mage-A3)之免疫反應。免疫治療劑將 通常含有至少一個來自Mage基因產物之抗原決定基。該抗 原決定基可表現成視情況與載體共價鍵聯且視情況在佐劑 存在下之肽抗原。可使用替代性大蛋白質片段。舉例而 言,用於本發明之免疫治療劑可包含相當於或包含MAGE-A1之胺基酸195-279的抗原。然而所用片段及肽(當適當表 現時)必須能夠提高Mage特異性免疫反應。可用於本發明 之肽之實例包括MAGE-3.A1九肽EVDPIGHLY[Seq. ID No 36](參見 Marchand 等人,International Journal of Cancer 80(2),219-230)及下列 MAGE-A3肽: FLWGPRALV ; [Seq. ID No 37]
MEVDPIGHLY ; VHFLLLKYRA ; LVHFLLLKYR ; LKYRAREPVT; ACYEFLWGPRALVETS ; [Seq. ID No 38] [Seq. ID No 39] [Seq. ID No 40] [Seq. ID No 41] 及 [Seq· ID No 42] TQHFVQENYLEY ; [Seq. ID No 43] 替代性ASCI包括腫瘤睾丸抗原,諸如PRAME、LAGE 1 、 LAGE 2及其他,例如其細節可自 121044.doc -136- 200817680 www.cancerimmunity.org/CTdatabase獲得 〇 癌症免疫療法可(例如)基於以下所討論之抗原之一或多 者。 在本發明之一實施例中,所用抗原可包括或包含MAGE 腫瘤抗原,例如 MAGE 1、MAGE 2、MAGE 3、MAGE 4、 MAGE 5、MAGE 6、MAGE 7、MAGE 8、MAGE 9、 MAGE 10、MAGE 11或MAGE 12。編碼該等MAGE抗原之 基因位於染色體X上且彼此在其編碼序列中享有64%至85% 之同源性(De Plaen,1994)。該等抗原有時稱為MAGE A1、 MAGE A2、MAGE A3、MAGE A4、MAGE A5、MAGE A6、MAGE A7、MAGE A8、MAGE A9、MAGE A10、 MAGE All及/或MAGE A12(MAGE A家族)。在一實施例 中,抗原為MAGE A3。 在一實施例中,可使用來自另外兩個MAGE家族之一者 的抗原:MAGE B組及MAGE C組。MAGE B家族包括 MAGE B1 (亦稱為 MAGE Xpl 及 DAM 10)、MAGE B2(亦稱 為 MAGE Xp2及 DAM 6)、MAGE B3及 MAGE B4-Mage C 家 族當前包括MAGE Cl及MAGE C2。 一般而言,MAGE蛋白質可定義為含有定位於蛋白質之 C末端上的核心序列簽名的蛋白質(例如就MAGE A1 (309個 胺基酸蛋白質)而論,核心簽名對應於胺基酸195_279)。 因此核心簽名之統一樣式係描述如下,其中X表示任何 胺基酸,小寫殘基為保守的(允許保守變異體)且大寫殘基 為完全保守的。 121044.doc -137- 200817680 核心序列簽名
LixvL(2x)I(3x)g(2x)apEExiWexl(2x)m(3-4x)Gxe(3-4x)gxp(2x)llt(3x) V qexYLxYxqVPxsxP(2x)yeFLWGprA(2x)Et(3x)kv 保守取代為所熟知的且通常在序列對準電腦程式中以預 設計分矩陣開始。該等程式包括PAM250(Dayhoft M.O.等 人,(1978),,fA model of evolutionary changes in proteins'*, ’’Atlas of Protein sequence and structure” 5(3) M.O.
Dayhoft (編),345-352),National Biomedical Research / ^ · ·
Foundation,Washington Bl Blosum 62(Steven Henikoft 及 Jorja G. Henikoft (1992), ’’Amino acid substitution matricies from protein blocks"), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (Biochemistry): 10915-10919 o 一般而言,下列基團内之取代為保守取代,但基團之間 的取代視為非保守取代。該等基團為: i)天冬胺酸/天冬醯胺酸/麩胺酸/麩醯胺酸 Π)絲胺酸/蘇胺酸 I Hi)離胺酸/精胺酸 iv)苯丙胺酸/酪胺酸/色胺酸 V)白胺酸/異白胺酸/纈胺酸/曱硫胺酸 vi)甘胺酸/丙胺酸 通常在本發明之上下文中,MAGE蛋白質在該核心區中 將與MAGE A1之胺基酸195至279具有約50%或更多同源 性,諸如70%、80%、90%、95%或99%同源性。
MAGE蛋白質衍生物亦在此項技術中已知,參見:WO 121044.doc • 138 - 200817680 99/40188。該等衍生物適用於治療性疫苗調配物(免疫治療 劑),該等調配物適用於治療一系列腫瘤類型。 已於MAGE-3蛋白上鑑別出若干個CTL抗原決定基。一 種此抗原決定基MAGE-3.A1為定位於MAGE-3蛋白之胺基 酸168與176之間的九肽序列,該序列當與MHC I類分子 HLA.A1締合呈現時構成對CTL有特異之性抗原決定基。近 來其他兩個CTL抗原決定基已於MAGE-3蛋白之肽序列上 藉由其於黑色素瘤細胞與自體性淋巴細胞之混合培養物中 增加CTL反應之能力而鑑別出。該等兩個抗原決定基具有 分別對 HLA.A2(Van der Bruggen,1994)及 HLA.B44 (Herman,1996)等位基因的特異性結合之基元。 在本發明之另一實施例中,腫瘤抗原可包含下列抗原之 一者或其能夠指引對抗原之免疫反應的免疫原性部分或由 下列抗原之一者或其能夠指引抗原之免疫反應的免疫原性 部分組成: SSX-2 ; SSX-4 ; SSX-5 ; NA17 ; MELAN-A ;酪胺酸 酶;LAGE-l ; NY-ESO-1 ; PRAME ; P790 ; P510 ; P835 ; B305D ; B854 ; CASB618(如 WOOO/53748 中所述); CASB7439(如 WO01/62778 中所述);C1491 ; C1584 ;及 C1585 。 在一實施例中,抗原可包含P501S(亦稱為前列腺蛋白 (prostein))或由 P501S 組成。如 W003/104272 中所述, P501S抗原可為將大部分P501S蛋白與包含肺炎鏈球菌之蛋 白質LytA之C末端部分之細菌融合蛋白組合的重組性蛋 121044.doc -139- 200817680 白,在該C末端部分中已插入破傷風類毒素之P2通用T輔 助肽,亦即融合蛋白包含CLytA-P2-CLyta(’’CPCM融合搭配 物)。在一實施例中,抗原可包含或由威姆氏腫瘤基因 (Wilm’s tumor gene)所表現之WT-1或其包含約或近似胺基 酸1 -249之N末端片段WT- 1F組成;該抗原係由Her-2/neu基 因或其片段表現。在一實施例中,Her-2/neu抗原可為描述 於WOOO/44899中之下列融合蛋白之一者。 在另一實施例中,抗原可包含或由”HER-2/neu ECD-ICD 融合蛋白’’,亦稱為’’ECD-ICD"或"ECD-ICD融合蛋白”組 成,該融合蛋白係指包含HER-2/neu蛋白之胞外域(或其片 段)及胞内域(或其片段)的融合蛋白(或其片段)。在一實施 例中,該ECD-ICD融合蛋白不包括HER-2/neu跨膜域之絕 大部分或不包括HER-2/neu跨膜域之任一者。 在另一實施例中,抗原可包含或由”HER-2/neu ECD-PD 融合蛋白’’,亦稱為nECD_PD”或nECD-PD融合蛋白”或 nHER-2/neu ECD-ΔΡϋ 融合蛋白 11,亦稱為 ’’ECD-APD” 或 "ECD-APD融合蛋白’’組成,該融合蛋白係指包含HER-2/neu蛋白之胞外域(或其片段)及磷酸化域(或其片段,例 如APD)的融合蛋白(或其片段)。在一實施例中,該等ECD-PD及ECD-APD融合蛋白不包括HER-2/neu跨膜域之絕大部 分或不包括HER-2/neu跨膜域之任一者。 在一實施例中,抗原可包含Mage或與免疫融合搭配物 或表現增強子搭配物鍵聯之其他適當蛋白。融合蛋白可包 括包含兩種或兩種以上與所給疾病有關之抗原的雜交蛋白 121044.doc -140- 200817680 或可為抗原與表現增強子搭配物之雜交蛋白。 抗原及搭配物可以化學方式結合或可表現為重組性融合 蛋白在其中抗原及格配物表現為重組性融合蛋白之一實 施例中,其可使待產生於表現系統中之水準與非融合蛋白 I*月况相比有所提高。因此,融合搭配物可參與提供了辅助 抗原決定基(免疫融合搭配物),較佳提供由人類識別之丁 辅助抗原決定基且/或參與以比天然重組性蛋白更高之產 率表現蛋白質(表現增強子)。在一實施例中,融合搭配物 可為免疫融合搭配物與表現增強搭配物。 在本發明之一實施例中,可使用之免疫融合搭配物係源 自蛋白夤D ’革蘭氏陰性細菌之表面蛋白、浚滅嗲益捧磨 所吵/π·/似 h//WMZa5)(W0 91/18926)或其衍生物。蛋 白質D衍生物可包含蛋白質之前1/3或蛋白質之近似或約前 1/3 ’尤其其可包含N末端前100-110個胺基酸或近似n末端 前100-110個胺基酸。在一實施例中,融合蛋白包含前ι〇9 個殘基(或其中之108個殘基)或蛋白質d之胺基酸20至 127 〇 其他可使用之融合搭配物包括來自流感病毒之非結構性 蛋白,NS1 (血球凝集素)。儘管可使用不同片段(只要其包 括T辅助抗原決定基),但通常可使用NS1之N末端81個胺 基酸。
在另一實施例中,免疫融合搭配物為稱為LytA之蛋白 質。LytA源自合成N-乙醯基丙胺酸醯胺酶之摩芡鐽硪 M {Streptococcus pneumoniae)^ 1¾ ^ Si Si LytA( ^ LytA 121044.doc -141 - 200817680 基因編碼(Gene, 43 (1986)第265-272頁)),一種特異性裂解 肽聚醣主鏈中之某些鍵的自溶素。Lyt A蛋白之C末端域負 責其對膽鹼或對諸如DEAE之某些膽鹼類似物之親和力。 該特性已用於開發適用於表現融合蛋白之大腸桿菌C-LytA 表現性質體。已描述在其胺基末端含有C-LytA片段之雜交 蛋白的純化(Biotechnology: 10,(1992)第 795_798頁)。在一 實施例中,可使用分子之C末端部分。該實施例可利用見 於C末端且起始於殘基178處之LytA分子的重複部分。在一 實施例中,LytA部分可併有殘基188-305。 在本發明之一實施例中,Mage蛋白質可包含經衍生之 自由硫醇。該等抗原已描述於W0 99/40188中。詳言之, 可使用羧基醯胺化或羧基甲基化衍生物。 在本發明之一實施例中,腫瘤相關抗原包含Mage-A3-蛋 白質D分子。該分子之核苷酸及胺基酸序列展示於seq ID No 35中。該抗原及彼等概括如下之抗原更詳細地描述於 WO 99/40188 中。 在本發明之另一實施例中,腫瘤相關抗原可包含下列融 合蛋白之任一者: 脂蛋白D片段、MAGE 1片段及組胺酸尾之融合蛋白; NS1-MAGE3及組胺酸尾之融合蛋白;CLYTA-MAGE1-組 胺酸之融合蛋白;CLYTA-MAGE3-組胺酸之融合蛋白。 本發明之另一實施例包含使用包含編碼如本文中所描述 之Mage特異性腫瘤相關抗原之核酸分子的核酸免疫治療 劑。該等序列可插入適當表現載體中且用於DNA/RNA疫 121044.doc -142- 200817680 苗接種。表現核酸之微生物載體亦可用作定向傳遞之免疫 治療劑。該等載體包括(例如)痘病毒、腺病毒、α病毒及 李氏菌(listeria)。 獲取核酸序列及生產表現載體之習知重組技術描述於
Maniatis 等人,Molecular Cloning-A Laboratory Manuai; Cold Spring Harbor,1982-1989 中。 對於基於蛋白質之免疫治療劑,本發明之蛋白質係以液 體形式或以凍乾形式提供。 一般期望單人劑量(each human dose)將包含1至1〇〇〇 蛋白質且較佳30-300 pg。 該(等)如本文中所描述之方法可包含進一步包含疫苗佐 劑及/或免疫刺激細胞激素或趨化激素的組合物。 可購彳于用於本發明之適當疫苗佐劑,諸如弗氏不完全佐 劑(Freund’s ^complete Adjuvant)及完全佐劑(Difco
Laboratories,Detroit,MI) ; Merck 佐劑 65 (Merck and
Company, Inc.5 Rahway, NJ) ; AS-2 (SmithKline Beecham, Philadelphia,PA);諸如氫氧化鋁凝膠(鋁)或磷酸鋁之鋁 鹽;鈣、鐵或鋅之鹽;醯化酪胺酸之不溶性懸浮液;醯化 糖;陽離子或陰離子衍生之多醣;聚磷腈;生物可降解微 球體;單填醢基脂質A及quil A。諸如GM-CSF或介白素· 2、介白素-7或介白素-12之細胞激素及趨化激素亦可用作 佐劑。 在調配物中’期望佐劑組合物主要誘導1型免疫反 應。咼含量之Thl型細胞激素(例如ΐρΝ-γ、TNFa、IL-2及 121044.doc -143- 200817680 IL-12)趨向於促進誘導對經投與之抗原的細胞介導免疫反 應。根據其中反應主要為Thl型之一實施例,Thl型細胞激 素之含量將增至比Th2型細胞激素含量更大之程度。該等 細胞激素之含量可易於使用標準檢定進行評估。對於細胞 激素家族之評述’參見Mosmann及Coffman,Ann. Rev. Immunol· 7:145-173,1989 〇 因此,可用以引發顯著Thl型反應之適當佐劑包括(例 如)諸如3-0-脫醯化單磷醯基脂質A(3D-MPL)之單磷醯基脂 質A與鋁鹽之組合。3D-MPL或如WO 98/50399、WO 01/346 17及WO 03/065 806中所揭示的諸如胺基烷基葡萄胺 糖磷酸酯之其他鐘樣受體4(TLR4)配位體亦可單獨用以產 生顯著Thl型反應。 可優先誘導TH1型免疫反應之其他已知佐劑包括TLR9促 效劑,諸如含有未甲基化CpG之寡核苷酸。該等寡核苷酸 之特徵在於CpG二核苷酸未經甲基化。該等寡核苷酸為熟 知的且描述於例如WO 96/02555中。 適當募核苷酸包括: OLIGO 1: TCC ATG ACG TTC CTG ACG TT (CpG 1826) [Seq ID No 44] OLIGO 2: TCT CCC AGC GTG CGC CAT (CpG 1758) [Seq ID No 45] OLIGO 3: ACC GAT GAC GTC GCC GGT GAC GGC ACC ACG [Seq ID No 46] OLIGO 4 TCG TCG TTT TGT CGT TTT GTC GTT (CpG 2006, CpG 7909) [Seq ID No 47] OLIGO 5 TCC ATG ACG TTC CTG ATG CT (CpG 1668) [Seq ID No 48] 含CpG之寡核苷酸亦可單獨使用或與其他佐劑組合使 用。 舉例而言,增強系統包含含CpG之寡核苷酸與皂苷衍生 物之組合,尤其如WO 00/09159及WO 00/62800中所揭示 121044.doc -144- 200817680 之CpG與QS21的組合。 調配物可另外包含水包油乳液及/或生育酚。 另一適當佐劑為皂苷,例如QS21(Aquila
Biopharmaceuticals Inc” Framingham,ΜΑ),其可單獨使用 或與其他佐劑組合使用。舉例而言,增強系統包含單碟酿 基脂質Α與皂苷衍生物之組合,諸如w〇 94/〇〇153中所述 之QS21與3D-MPL之組合或如WO 96/33739中所述之其中 QS2 1係用膽固醇抑制的更低反應原性組合物。其他適當調 配物包含水包油乳液及生育齡。涉及(例如)水包油乳液中 之QS21、3D-MPL及生育酚的尤其有效之佐劑調配物係描 述於 WO 95/17210 中。 在另一實施例中,該等佐劑可調配於脂質組合物中。 所用3D-MPL之量通常較少,但視免疫治療劑而定,調 配物可在每劑量1-1000 pg,較佳每劑量1-5〇〇 Μ且更佳每 劑量1至100 pg之範圍内。 在一實施例中,佐劑系統包含三種以諸如W〇 95/17210 中所描述之脂質調配物或水包油乳液形式存在的免疫刺激 劑:CpG寡核苦酸、3D-MPL及QS21。 C p G或免疫刺激寡核苷酸於本發明之佐劑或免疫治療劑 中的量通常較少’但視免疫治療劑而定,調配物可在每劑 量1-1000 pg,較佳每劑量叫且更佳每劑量丨至1〇〇叫 之範圍内。 用於本發明之佐劑中的皂苷之量可在每劑量1-1〇〇〇 , 較佳每劑量1-500 pg,更佳每劑量U50 且最佳每劑量j 121044.doc -145- 200817680 至1 00 pg之範圍内。 通常,預期單人劑量將包含〇· 1-1 000 pg,較佳0.1-500 gg,較佳0.1-100 Kg,最佳0.1至50 pg之抗原。特定免疫治 療劑之最佳量可由涉及觀測接種受檢者之適當免疫反應的 標準研究來確定。在初始接種疫苗之後,受檢者可接受一 或多次適當間隔之加強劑量免疫作用。 其他適當佐劑包括 Montanide ISA 720 (Seppic,France) ' SAF (Chiron,California,United States)、ISCOMS (CSL)、 MF-59 (Chiron)、Ribi Detox、RC-529 (GSK,Hamilton, MT)及其他胺基烷基葡萄胺糖4-磷酸酯(AGP)。 因此,提供一種用於本發明之方法中之免疫原性組合 物,其包含如本文中所揭示之抗原及佐劑,其中該佐劑包 含3D-MPL、QS21、CpG寡核苷酸、聚乙烯醚或酯中之一 或多者或該等佐劑之兩者或兩者以上的組合。免疫原性組 合物中之抗原可以水包油或油包水乳液媒劑形式或以脂質 調配物形式存在。在一實施例中,佐劑可包含3D-MPL、 QS21及免疫刺激CpG寡核苷酸中之一或多者。在一實施例 中,存在所有三種免疫刺激劑。在另一實施例中,3D-MPL及QS21係以水包油乳液形式存在且不存在CpG募核苷 酸。 用於本發明之方法中之組合物可包含醫藥組合物,該醫 藥組合物包含於醫藥學上可接受之賦形劑中的如本文中所 描述之腫瘤相關抗原或融合蛋白。 實例 121044.doc -146- 200817680 實例1 MAGE00 8 Mage黑色素瘤臨床試驗: 在此正在進行之試驗中,將recMAGE-A3蛋白質(如Seq Id No 3 5中所示之重組mage融合蛋白)與以下兩種不同免疫 佐劑組合:AS02B(QS21、MPL)或 AS15(QS21、MPL 及 CpG7909)。目標為依據安全概況、臨床反應及免疫反應來 區分該等佐劑。 在該實驗中,兩種佐劑組合物係由以下兩種免疫刺激劑 之混合物組成: 1 · QS2 1 (經純化之天然存在於南美樹種石驗木(Quillaja Saponaria Molina)中之皂苦分子)及 2. MPL(3-0•脫乙醯化單磷醯基脂質A-脂質A之解毒衍生 物,源自 S. minnesota LPS) 〇 AS02B為QS21與MPL之水包油乳液。 在動物模型中,該等佐劑已成功展示誘導體液介導之免 疫反應與TH1型細胞之介導免疫反應,包括誘導CD4及 CD8 T 細胞產生 IFNa(Moore 等人,1999 ; Gemrd 等人, 2001)。此外,注射調配於此類佐劑中之重組性蛋白質將 誘導全身性抗腫瘤反應:實際上,經接種之動物經展示免 於經遺傳工程化以表現腫瘤抗原之鼠類腫瘤細胞之攻毒且 退化腫瘤展示CD8、CD4及NK細胞及巨噬細胞之高度滲 入0 第二佐劑系統為AS15 :除MPL及QS21之外,其於脂質 體調配物中亦含有第三免疫刺激劑,亦即CpG7909(或稱為 121044.doc -147- 200817680
CpG 2006,前述)。在動物模型(主要為小鼠)中,已展示添 加CpG7909進一步改善經誘導之免疫反應及抗腫瘤反應 (Krieg及 Davis,2001 ; Ren等人,2004)。CpG脫氧寡核苷 酸(ODN)經由TLR9觸發而直接激發樹突狀細胞活化。此 外,在小鼠中,全身性施用CpG7909極大提高轉移性T細 胞向腫瘤中之滲入(Meidenbauer等人,2004)。 研究概述 1. 設計 MAGE008試驗為: •開放 •隨機 •兩組(AS02B與 AS15) •總共68個患者。 如上所述,將^〇1^1人〇£-八3蛋白質與人8026或八815佐劑 系統組合。 2. 患者群體 向患有進行性轉移性黑色素瘤且具有局部或遠處皮膚病 變及/或淋巴結病變之患者(無法手術切除階段III及階段IV Mia)投與recMAGE-A3蛋白質。藉由定量PCR評估腫瘤的 MAGE-A3基因之表現。所選患者不接受黑色素瘤之預先 治療(作為第一線治療給予recMAGE-A3)且不具有内臟疾 病。 3. 免疫時程 治療時程之方法 121044.doc -148- 200817680 輔助治療 用於疾病輔助(術後)治療的治療時程之方法可包含根據 下列時程投與如本文中所描述之抗原·· 前5至8次疫苗接種係在3週間隔下投與抗原,之後在㈣ 月間隔下進行後續8、9或更多次疫苗接種。 該抗原可在所指定之精確時間框架下投與,或該抗原可 視需要或視實際情況在精確間隔之前或之後1、2、…天 給予。該時程之一實例展示於下表中: 誘導:每隔3週接種疫苗5次,例如週0、3、6、9、12或週 0 、 6 ' 9 、 12 維持:每隔3個月接種疫苗9次 或者可最初以2週間隔給予疫苗接種,例如在2週間隔 下給予6次注射,之後給予適當維持療法。 活動性疾病 "舌動f生或無法手術切除之疾病(例如黑色素瘤癌症) 之冶療時程方法包含:對於前6個月至^之治療,以如 週間隔投與如本文中所描述之抗原。時程可包含下列注射 方式:對於前4至1()次疫苗接種,可以兩週間隔給予該抗 原,之後以3週間隔給予後續4至1〇次,疫苗接種,隨後以6 週::隔給予後續3至7次疫苗接種。可隨後以如下方式給予 疫:接種來繼續進行長期治療:以3個月間隔給予3至$次 疫:接種,之後以6個月間隔給予後續3至5次疫苗接種。 幻几原可在所指定之精確時間框架下投與,或該抗原可 視需要或視實際情況在精確間隔之前或之後!、2、3或4天 121044.doc -149- 200817680 給予。 該時程之一實例展示於下表中: 週期1 · 6_欠疫苗接種,每隔2週(週1、3、5、7、9、11) 週期2· 6次疫苗接種,每隔3週(週15、18、21、24、 27、30) 週期3 4久疫遠接種,每隔6週(週34、4〇、46、 長期治療:例如,每隔3個月進行4次疫苗接種,之後每 隔6個月進行4次疫苗接種。 對於上述兩種治療方案,皆可在治療之後視需要給予其 他疫苗接種。 a 為篩檢上述臨床試驗之可能參與者,在任何免疫之前, 將腫瘤之生檢作為冷凍腫瘤樣品。自該等樣品中提取A 用於定量PCR。該經純化之RNA之品質極高且適合於微陣 列为析。因此藉由微陣列分析腫瘤樣品。該目標為鑑別一 組與臨床反應相關之基因以便適當鑑別且選出可能受益於 該抗原特異性癌症免疫治療劑之患者。僅完成來自簽署微 陣列分析之知情同意書的患者之生檢上的基因圖譜分析。 材料及方法 腫瘤試樣 使用30個來自MageO08 Mage-3黑色素瘤臨床試驗之腫瘤 試樣(預先疫苗接種)。將該等試樣新鮮冷凍保存於RNA穩 定溶液(RNA樣品儲存液)中。 RNA純化 使用Tripure法-Tripure提取法(R0che產品目錄號1 667 121044.doc -150- 200817680 165)純化腫瘤中所有RNA。隨後藉由使用RNeasy Mini套 組-使用DNAse療法(Qiagen產品目錄號74106)之提純(clean up)方案執行所提供之方案。
http://wwwl.qiagen.eom/literature/handbooks/PDF/R NA St abilizationAndPurifi cation/FromAnimalAndPlant
TissuesBacteriaYeastAndFungi/RNY_Miiii/1035969—ΗΒ· pdf. www.roche-applied-science. com/PROD_INF/MANUALS/ ηαρί—man/pdf/chap ter 4/page _152-158, pdf RNA品質控制 最初使用在260 nm下之光學密度及Quant-IT RiboGreen RNA檢定套組(In vitro gen-分子探針R11490)完成RNA之量 化。 http://probes.inyitrogen.com/media/pis/mpl 1490.pdf. 藉由使用Agilent生物分析儀評估28s及18s核糖體RNA峰 之品質。 微陣列分析之RNA標記及放大 由於在臨床研究期間得到的生檢尺寸較小,故將放大方 法與微陣列分析之RNA標記結合使用。
Nugen 3’ ovation生物素套組(標記 50 ng RNA-Ovation 生 物素系統目錄;2300-12、2300-60)http://www.nugeninc. com/htm 1/0 3 _products2.html 開始投入50 ng全部RNA。 微陣列晶片 121044.doc -151 - 200817680 使用Affymetrix HU-U133.Plus 2.0基因晶片,因為該等 晶片為自供應商購得之最新晶片(基於人類基因組計劃)。 該等晶片包括約47,000個潛在基因轉錄物。 微陣列雜交及掃描 根據標準Affymetrix方案洗滌及掃描雜交晶片: Affymetrix基因晶片表現分析方案可由以下網址下載: http ://www.affy metrix.com/support/technical/manual/exp ression manual.affx 〇 必須與Affymetrix微陣列工作站一起使用之掃描器為 http://www.affymetrix.com/products/instruments/specific/sc anner—3000.affx 〇 資料標準化 隨後使用RMA標準化螢光掃描資料以允許單個晶片之間 進行比較。下列參考文獻描述該方法。
Irizarry RA,Hobbs B,Collin F,Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ,Scherf U,Speed TP 〇
Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data o
Biostatistics· 2003 年 4 月;4(2):249-64 〇 資料分析 使用三種獨立方法生成基因列表以自無反應患者中區分 反應者。該等方法為1. Spotflre、2· Baldi BH及3. Arrayminer 〇 由下列網站獲得Baldi分析法。 121044.doc •152- 200817680 http://www.igb.uci.edu/〜pfbaldi/software_and_servers.htm· 可由此站點 http://www.spotfire.com 購得 spotfire軟體。 在 http://www.optimaldesign.com/ArrayMiner/ArrayMiner.htm 上購得arrayminer軟體。 藉助於R統計軟體(可在www·r-project.org上獲得)及各 種 R 之 Bioconductor 程式包(可在 www.bioconductor.org 上 獲得)完成所有資料分析。 藉由RMA對原始資料進行背景校正、標準化及探測概括 的預處理(Irizarry RA,Hobbs B,Collin F,Beazer-Barclay YD,Antonellis KJ,Scherf U,Speed TP. Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data. Biostatistics. 2003 年 4 月;4(2):249-64) ° 藉由以下兩種不同統計法估算任何兩組之間的差異基因 表現,RankProduct 法(Breitling,R·,Armengaud,P·, Amtmann,Α·及 Herzyk,Ρ·(2004) Rank Products: A simple, yet powerful, new method to detect differentially regulated genes in replicated microarray experiments, FEBS Letter,57383-92)及 CyberT法(P· Baldi及 A.D· Long, ’’A Bayesian Framework for the Analysis of Microarray Expression Data: Regularized t-Test and Statistical Inferences of Gene Changes’’,Bioinformatics, 17,6,509-519, (2001)) 〇 在其每一者中,使用Benjamini-Hochberg法對多個測試 121044.doc -153 - 200817680 進行校正(Υ· Benjamini及 Υ· Hochberg,Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing,J.少· 5 57 (1995)),且對於錯 誤發現率選擇5%之閾值;因此,該等基因必須具有低於 或等於0.05之校正p值而被認為有差異表現。
Baldi-BH相當於 CyberT,之後進行 Benjamini-Hochberg 校正。 1· Spotfire分析 患者樣品之分析結果(來自名為Mage008之臨床研究程 式)概括於圖1中。 作為第一步,進行觀察比較以找出一組能叢集之基因。 展示臨床反應之兩個患者(患者67及59)屬於無反應者之叢 集。作為無反應者之兩個患者(患者3及3 9)屬於指定為反應 者之叢集。亦在交叉叢集(亦即圖中之重疊區域)内尋找反 應患者。然而,存在兩個作為屬於該重疊區域之無反應者 的患者。 在圖1中, 者)、患者2、1 及患者19、23、
56 、 60及66 ° 患者 3、5、8、9、13、 39 、 52 、 55 、 56 、 2· Baldi BH分析
^則基因分類。 。參見下圖2。 121044.doc -154- 200817680 該叢集比使用spotfire的大多數見於反應者叢集中之反應者 更有效。然而,仍發現相同無反應患者(患者33 9)及反應 患者(67及59)位於錯誤叢集中。 在圖2中,反應者為患者27及3 8(充分/完全臨床反應 者)、患者2、10、20、26-1、26_2、59及67(混合反應者) 及患者19、23、65及75(穩定性疾病)。圖2中之無反應者為 患者3、5、8、9、13、14、15、16、28、30、36、37、 39 、 52 、 55 、 56 、 60及66 ° 3· Arrayminer分析 該軟體藉由使用’’訓練及測試"法使基因分類。在該方法 中,軟體首先鑑別訓練類之判別集合的標記物,其類似於 傳統交叉驗證試驗。 此處歸因於分析,僅存在反應者或無反應者叢集,而無 重璺區域。此處再次存在樣品之錯誤分類,尤其皆對療法 作出反應之患者59及67卻在該分析中處於無反應者之叢集 (:中。患者3、14、39、52及66為無反應者,但使用該分析 其係位於反應者之叢集中。 在圖3中,反應者為患者27及38(充分/完全臨床反應 者)、患者10、20、26_1、26-2、59及67(混合反應者)及患 者19、23、65及75(穩定性疾病)。 圖3中之無反應者為患者3、5、8、9、13、14、15、 16 、 28 、 30 、 36 、 37 、 39 、 52 、 55 、 56 、 60及66 。 三種方法之組合 二種方法共同使用以便尋找將定義具有較高顯著性之簽 121044.doc -155- 200817680 名的基因探針之通用集合。比較所有結果以產生範恩圖 (verni diagram)。參見圖4。發現於所有三種程式中通用之 一系列36個探針組(表1B)。 該等3 6個探針組隨後用於反應及無反應患者之觀測叢 集。該等藉由36個探針鑑別之基因形成本發明之一特定鮮 樣。 〜 倍數變化定義 在諸如Arraymineri程式中,可計算基因表現之倍數變 化。其展示於表1B中且為兩組(例如反應者與無反應者)之 間的基因表現平均變化量。計算與倍數變化有關之統計數 值且其在當各組之患者間的表現含量具有較低可變數且組 間差值較大時之基因中為更顯著。 展示於熱囷中之基因表現 圖5為熱圖(所給患者之各種基因之表現含量的圖示), 其中可見於Y軸中由有色盒所表示之單個基因表現及於χ 軸中之患者。將所有樣品中之各基因之表現值標準化成中 間值為0且標準差為丨且將該等標準化數值編碼成顏色梯 度。
Affymetrix陣列具有丨丨個可用以查詢各基因之探針對。 理想地,纟自所有該㈣個探針當其全部查詢同一基因時 之信號強度應為相等。 然而’探針組中之單個探針之間存在巨大差異。探針組 中之探針信號模式被稱作"探針反應模式"。"Robust Multi-array AVerage" RMA)軟體 使用 基於模 型之演 算法以 併有來 121044.doc •156· 200817680 自多個微陣列之資訊以便計算基因表現。在適當校正背景 且分位數標準化探針強度之後,將探針反應模式擬合於多 陣列(RMA軟體中之附加模型)上。該等演算法使用擬合模 型以偵測異常表現之探針,隨後將異常表現之探針排除在 計异基因表現之外。因此,可預期來自該等基於模型之演 异法的基因表現提供更多可重複結果。RMA使用隨機模型 來估算基因表現,其可能為估算基因表現之最佳方法。於 RMA軟體中執行演算法。 圓4 :主要對應於基因上調之預測性36個探針組與免疫 滲入及活化有關。該等基因包π類、介白素。受體 γ、Τ細胞受體基因(TRBV19、TRAT1、TRGC2)、顆粒溶 解酶及CD69。 療效提高 如本文中所描述,基因圖譜分析允許鑑別可能對 reCMAGE-A3治療作出反應之患者子集。該子集相當,於患 者群體之約30%。可獲得具有展示更高功效水準之基因圖 譜的患者。實際上,在早期鑑別易受抗MAGE_A3免疫影 響的患者時,治療功效或許將增至比其他#前癌症治療更 高之水準。其亦可產生更好的患者順應性。舉例而言,於 100個患有黑色素瘤之患者中,將發現6〇個患者表現 MAGE· A3。若該等患者全部接受recMAGE_A3注射,則其 中ίο個患者將反應,產生15%有效率。然而,若對6〇個 MAGE-A3表現患者執行基因圖譜,則其中僅丨以固預測易 受該治療景多響之患者將接受recMAGE_A3注射。其他^個 121044.doc -157- 200817680 患者將接受另-治療。該等14患者中之1〇個將對該治療作 出反應,產生71 %有效率。 其他腫瘤類型之基因囷譜 亦於NSCLC研究中執行該基因圖譜分析。然而,由於此 研究為盲的,僅獲得初步資料。認為於黑色素瘤中所觀測 之簽名亦存在於NSCLC之階段IB及π之中。初步資料提示 大約30%之患者呈現以免疫反應及免疫細胞滲入為特徵之 、 基因圖譜簽名且暗示其將對ASCI治療作出反應。 圖5展示30名個別患者之大量基因的表現圖譜。圖“展 示31名患者之兩種基因的表現圖譜。 實例2 : 使用機器學習法(machine iearning appr〇ach)預測患者臨 床結果 材料及方法 微陣列分析之腫瘤試樣、RNA純化、品質控制、標記及放大 使用來自Mage-3黑色素瘤臨床試驗(MAGE00 8)之腫瘤試 樣(預先疫苗接種)。 將該等試樣如以上實例丨中般保存、RN A製備、標記及 放大。在與基因晶片雜交之前檢查RNA樣品之品質。僅將 來自視為與基因晶片適當雜交之樣品的資料用於該實例 (總計61個樣品)。 微陣列晶片、雜交及掃描 如於以上第一實例(本文中相當於實例1)之物質及方法 部分中’如其中所述使用Affymetrix HG-U133.P1us2.〇基因 121044.doc -158- 200817680 晶片’且將其雜交並掃描。 資料處理及標準化 使用執行GCRMA演算法[2, 3]之R 2·3·1[1]處理且標準化 螢光掃描資料圖像。 非特異性篩選基因表現矩陣 在汁异差異表現之前,以非特異性(亦即不依賴於實驗 組)方式篩選基因表現矩陣。使用以下4種方法·· l.Panp篩選:使用於panp R程式包[叫中所實施之沖叩法獲 得所有陣列I測值之指示基因是否表現於所給樣品中 (表現稱為Ρ)或不表現於所給樣品中(缺失稱為Α)的請 求。僅保留在整個試驗樣品上展示至少一個ρ請求之探 針組用於後續計算。 2· SD篩遥·對整個樣品計算各探針組之標準差(sd),僅保 留具有在所有SD之75%以上之SD的探針組。 3· IQR篩選··對整個樣品計算各探針組之内四分位距 (IQR),僅保留具有在所有1(^之7%以上之IQR的探針 組。 4· SH篩選:對整個樣品計算各探針組之SD,如在尺m 下使用基因篩選程式包[5]之最短間距函數所計算之 最短間距(含有所有資料之最短間距)之中點值,僅保留 具有在最短間距以上之SD的探針組用於後續計算。 計算差異表現 在疫苗接種之後展示臨床益處或未展示臨床益處之患者 組(隨後稱為反應者(R)或無反應者(NR)組)之間的差異表現 121044.doc -159- 200817680 係根據以下2個統計程序於R 2.3 · 1程式中計算: 1 ·基因筛選程式包中所實施之常規t檢驗及 2.改良(調整、適度)之t檢驗,考慮到在標準t檢驗下之基 因特異性變異數之不良估計值,諸如執行LPE R程式包 [7]之Jain等人之方法[6],或於limma R程式包[9]中所執 行之Smyth之方法[8],或亦稱為Cyber-T[ll]之Baldi及 Long之方法[10]。 在R 2.3.1下使用於multtest程式包[13]中所執行之
Benjamini-Hochberg法[12]藉由控制錯誤發現率(fdR)在5% 而進行多個測試之校正。 基因囷譜標準化 為了使具有低表現水準與高表現水準之探針組可比且為 強凋差異圖譜而非絕對圖譜,在探針組水準下進一步標準 化資料。使用兩種基因水準之標準化流程: 1 · IQR標準化,其中將樣品上的各探針組量測值減掉其中 值且除以其IQR。 2.Z分數標準化,其中將樣品上的各探針組量測值減掉其 平均值且除以其SD。 機器學習演算法 在由非特異性篩選、差異表現、基因標準化法所計算之 報告表下,使用以在R 2.3」程式下運行之MLInterfaces程 /式包[14]作為介面的14種機器學習演算法(或預測性規則) 來訓:臨床結果預測模型且預測Mage008患者臨床結果。 該等演算法為knn(k_最近鄰,kNN,分類程式包函數)、 121044.doc 200817680 nnet(神經網絡)、gbm(通用辅助回歸)、lvq 1 (學習向量量化 1)、naiveBayes(樸素貝葉斯分類器)、svm(支撐向量機)、 Ida(線性判別演算法)、rpart(遞歸分割)、stat.diag da(對角 線判別分析)、randomforest(隨機森林)、bagging、 ipredknn(k-最近鄰功能形式ipred程式包,相當於knn形式 分類程式包)、slda(穩定化線性判別分析)、pamr(圍繞中心 點劃分法(partition around medoid),亦稱為最小縮減中值 距離分類器)。將預設參數用於除kNN規則外之所有演算 法’其中測試甚至範圍在1至7内之k值。 將編碼於xval函數中之MLinterfaces之留一法(l〇〇)機制 (適當時)用於交叉驗證,且在各交又驗證環下不重複計算 報告列表。藉由將錯誤預測樣品之數目均分至各患者組或 患者類(R或NR)之樣品總數目中來計算錯誤分類率。 一些MLIinterfaces介面上之預測性規則(nnet、丨如、 naiveBayes)在MLinterfaces程式包之外用作直接請求,使 付相關分類器可用於獨立於用以訓練模型之資料之外的外 部資料集。 使用於MiPP R庫中所執行且在反2·3 ι下運行之以㈣演 开法[1 5, 16]來減;與報告列表有關之探針組數目。選出 優化訓練組之線性判別分析預測的1〇倍交讀 列表中之最佳報告者,且進_步縮減成給出測試組之線性 别刀析預報之最優化綜合錯誤分類誤差的報告者。綜合 錯誤分類誤差或綜合錯誤分類率經計算為錯誤分類患者總 數與患者組總數之比率。 121044.doc -161 - 200817680 結果 患者樣品分層用於訓練及測試部分定義 於第一次嘗試中將全部61個樣品資料集中之31個樣品子 部分用以訓練及測試分類模型;保留剩餘3〇個樣品用於隨 後模型評估。 由31個樣品資料集子部分來定義若干訓練及測試部分。 將訓練部分用料算報告列表(亦㈣用於臨床結果預測 患者樣品之差異表現基因)且用以設置臨床結果預測之機 器學習演算法權重。測試部分使模型效能之評估不依賴於 用以構建預測模型之患者。亦於訓練部分上根據交叉驗證 程序進行模型評估。 來自3 1個樣^料集子部分之訓練及測試部分係定義如 下: 1.第一訓練部分,含有5個反應者及5個無反應者,保留21 個患者用於測試部分; 2·第二訓練部分,含有10個反應者及u個無反應者,保留 10個患者用於測試部分; 3·最後訓練部分,含有所有31個患者(13個反應者及“個 無反應者)。在該最後分層中,不存在保留用於測試部 分之患者,分類模型將僅由交叉驗證程序評估。 鐘別執行最佳分類之差異表現計算方法。 考慮全部資料集,根據材料及方法預處理及標準化基因 表現貧料。根據各種方法對各訓練/測試部分計算反應者 與無反應者組之間的差異表現(DE)。 121044.doc -162- 200817680 DE計算框架係構建如下: 1 ·非特異性篩選基因表現矩陣:panp篩選或無panp筛選, 接著SD、IQR或SH篩選或無SD、IQR或SH筛選。 2·計算DE : t檢驗或經改良之(調整、適度)t檢驗,諸如 LPE R程式包所執行之Jain等人之方法、或Hmma R程式 包中所執行之Smyth之方法、或Baldi&L〇ng(Cyber_T)i 方法,之後多個測試校正或無多個測試校正。
3.基因圖瑨標準化:JQR* z分數標準化或無IQR或Z分數 標準化。 在一種可獲得之訓練/測試分層中之至少兩種中選擇於 訓練與測試部分中最小化總錯誤分類率的方法。藉由將由 kNN預測性規則所給出之預測臨床結果與所給臨床結果進 行比較來獲得錯誤分類率。 現7種根據kNN規則最小化總錯誤分類率的de方法: t才欢驗,無多個測試之校正且與叩篩選無關; -SH篩選、無多個測試之校正且與ρ卿篩選無關之淡 驗; 師選、無多個測試之校正的1檢驗; SD篩選、無多個測試 仅正的1核驗、Ζ分數標準化; IQR篩選、無多個測試之校 、 心仅正的t檢驗、IQR標準化。 該等方法之最小化總錯誤分類率係如下: 5個反應者與5個無反應者 養刀屑中如由留一法交又驗證所 砰估之錯誤分類率為〇%, 類。 所有患者因此得以正確分 121044.doc -163 - 200817680 _ 21個患者測試部分中藉由直接預測該等來自由5個反應 者與5無反應.者訓練組所界定之模型的患者而提供之錯 疾分類率為20%。正確預測8〇%之患者。 -用於13個反應者與18個無反應者劃分如由交叉驗證所評 估之錯誤分類率為12%,因此正確預測88%之患者。 其他訓練/測4分層之效能並未發現有價值(亦即無DE方 法集中於最小化錯誤分類率),因此不再提及。 因為獲得具有比其他6種方法(k=3)高之]^值(]^5)的最小 化錯誤分類率,所以最後之方法(IQR篩選、無多個測試之 校正的t檢驗、IQR標準化)為較佳。因為高^^值產生認為更 少偏向於訓練組之較簡單模型,所以預期以較高k值運作 將有助於預測模型在其他配置中的換位。
該方法產生489個Affymetrix探針組之報告列表。表4A 中給出報告列表,Affymetrix探針組鑑別法以及基因名稱 及符號。 外部驗證:獨立評估最佳臨床結果預測模型。 將最佳DE計算及基因表現處理方法(iqr篩選、無多個 測試之校正、IQR標準化)用以構建來自13個反應者/18個 無反應者訓練部分之kNN預測模型沙=5)。
Ik後直接根據該模型預測預先保留之獨立患者的臨床結 果在忒等30個獨立患者中,僅15個為有價值的(亦即具 有特欲化fe床結果)。基於用於模型評估之該等個有價 值患者計异錯誤分類率。 根據β預測模型’錯誤分類率為雨。,因此μ%之獨立 121044.doc -164- 200817680 患者具有其正確預測之臨床結果。 經由其他分類規則改良臨床結果預測模型。 基於如使用kNN規則所選擇之最佳DE(及表現標準化)方 法’嘗試其他分類(預示性)規則用以最終增加預測模型效 月b。除kNN之外,評估13個其他規則。對於每次所選執行 kNN規則之DE方法,於資料集之13個反應者/18個無反應 者部分上訓練其他各規則,其預測性效能係藉由交叉驗證 對訓練組評估且藉由直接預測對3〇個患者樣品之獨立組進 行評估。 其他分類規則並未改良如由交叉驗證對訓練組所評估之 錯誤分類率,最低在12%之錯誤預測樣品下保持不變(88% 之患者分配至其正確臨床結果)。 然而,對於上述較佳DE方法,神經網絡規則藉由將由 KNN規則所給之錯誤分類率自34%降低至3〇%(亦即一額外 正確預測患者)同時將其於訓練組之交又驗證評估中保持 在最低來改良30個可獲得患者中之15個有價值患者之獨立 組的錯誤分類率。神經網絡規則隨後允許正確預測7〇%不 依賴於彼等用以訓練模型之患者的患者。 此外’在預測性模型效能之另-評估中,t獲得所有3〇 個外部患者樣品之臨床結果時,亦即t所有獨立患者對於 錯誤分類率計算為有價值時,最低錯誤分類誤差變成 26%’因此正確分類74%之患者。依據有價值樣品數目於 大量資料集上所獲之此最佳效能係由也規則給出。 naiveBayes規則亦能提供28%之錯誤分類率,正確預測Μ% 121044.doc -165- 200817680 之患者的fe床結果。然而,使用kNN及nnet規則之錯誤分 類率分別變成35%及41%。該效能係基於使用表4A之基因 列表及探針。 實施較佳分類器來預測其他患者生檢之臨床結果 為將例示性神經網絡分類器用於其他轉移性黑色素瘤樣 品而於15個有價值樣品外部組上獲得3〇%之錯誤分類,下 列R程式碼可用於r通話中(統計程式)·· library(nnet) set.seed(1234) predict(nn,data,type=丨1class1丨) 其中 • data為含有待分類樣品(經標準化之GCrma樣品及經標 準化之IQR基因)之489個報告者(表4A)表現資料的資料 框。樣品係以行來編製且報告者係以列來編製; -nn為展示於附錄A中之類別⑽以的尺目標。
Ida(線性判別分析)分類器將藉由編程下列r程式碼塊來 複製: library(MASS) predict(lda,data,type=”ciass”) 其中 -data係如先前所定義; -Ida為展示於附錄B中之類別1(1&的尺目標。 樸素貝葉斯分類器在下列R編碼下運作: library(el071) 121044.doc -166- 200817680 predict(nb,data,type = ’,class”) 其中 -data係如先前所定義; -nb為展示於附錄C中之類別仙卜⑶叮以的尺目標。 縮小489個探針組報告者列表之範圍,同時保持相同分類 效能。 將MiPP演算法用以確定是否有可 ^心疋占啕基於預測性模型同 時保持相同錯誤分類率而減少涉及IQR篩選、無多個測試 之杈正的t檢驗、IQR標準化的報告者數目。實際上,在較 短報告者列表下運作將更便於分類器追蹤目的,例如基^ 微陣列之格式轉換成定量RT_pCR袼式。 將489個探針組微陣列資料提交至Mipp法中··對丨3個 R/18個NR訓練部分選擇足以達成最低综合錯誤分類誤差 之11個分類探針組,且對於30個有價值外部樣品資料集進 一步鑑別該等探針組中最低限度獲得獨立患者之最低綜合 錯誤分類率的4個探針組。 隨後在所有14種預測性規則下,將4個探針組報告者列 表用於留一法交叉驗證預測中,其中13 R/18 ^^尺資料分層 係作為訓練組,且用於直接預測中,其中3〇個有價值患者 邛分係作為外部測試組。對於大多數規則而言,L〇〇效能 提高(對於Ida及naiveBayes以及其它規則,為高至3%之錯 誤分類率),而在svm及gbm規則下,外部資料集之錯誤分 類率保持在28%。下表描述與4個探針組模型有關之基因 的一致性: 121044.doc -167- 200817680 探針組ID 基因符號 基因名稱 207651_ at GPR171 G蛋白偶合受體171 205392_ _s_at CCL14 趨化因子(C-C基元)配位 體14 212233_ at MAP1B 微管相關蛋白1B 206204一 at GRB14 生長因子受體結合蛋白14 實例3 : 使用定量聚合酶鏈反應(Q-PCR)預測患者之臨床結果 材料及方法 腫瘤試樣及RNA純化 使用來自Mage-A3黑色素瘤臨床試驗(MAGE008)之30個 腫瘤試樣(預先疫苗接種)。保存該等試樣且如以上實例1中 來提取RNA。 cDNA合成及定量PCR放大 使用M-MLV逆轉錄酶(Invitrogen)及寡聚(dT)引物或隨機 引物將2 pg所有RNA逆轉錄至cDNA中。 藉由定量PCR使用TaqMan化學及7900序列偵測系統 (Applied Biosystems)放大不同之相關基因。 使用標準96孔板或TaqMan®免疫圖譜分析陣列(TaqMan 低密度陣列-TLDA-Applied Biosystems)放大基因。TLDA 已準備好使用以引物及探針預塗佈之384孔板。 7900裝置為一用於即時偵測PCR之完全集成系統,其包 括一 96孔或TLDA熱循環器、一誘發螢光之雷射、一電荷 耦合器件偵測器、一電腦及一即時序列偵測軟體。 在標準96孔板中,藉由聚合酶鏈反應,使用TF、 121044.doc -168- 200817680 TAQMAN、PCR試劑核心套組(Applied Biosystems)放大相 當於50ng全部RNA之cDNA。引物及探針列於表5中。 對於TaqMan®免疫圖譜分析陣列,藉由聚合酶鏈反應, 使用TF、TAQMAN、PCR核心試劑套組(Applied Biosystems)放大僅相當於1 ng RNA之cDNA。包括於陣列 中之基因係列於表6中。 資料處理及標準化
相對於H3F3A(標準96孔板)或GUSB及PGKl(TLDA)内務 處理基因(亦稱為恆定基因)之幾何平均值標準化所有PCR 資料。 之後將表現值進行對數轉換。 單變量統計分析 使用SAS軟體進行變異數分析(ANOVA1)以便有效選擇 能區分反應者組與無反應者組之基因。第一組包含14個反 應患者、第二組包含15個無反應患者。 各基因係在與其他基因無關之情況下進行分析。 根據其區分兩組之能力選擇IL7R、CD3D、CD52、 UBD、GPR171、GMZK、PRKCQ、STAT4、TRDV2、 TRAT1、TRBV19、CD69、IND01、CD45R、CD45RO、 FoxP3、CD20、CCL5、FASLG、GNLY、GZMB、PRF1、 IFNG、ICOS、TBX21、CD8A、CD3E、CXCL10、 CXCL11、IRF1、TLR7及CXCR3基因。每一基因之p值 <0.0001。對於每一基因,證明平均值(反應者/無反應者) 之間存在顯著差異。 121044.doc -169- 200817680 亦對於所有基因計算兩組間的幾何平均㈣(表7A)且範 圍係在3.4至21.2内。 相關分析 計算30個基因之間的相關矩陣(表8),其展示所有該等 基因相當好地相關。 邏輯回歸模型 使用Proc logistic(SAS軟體)進行邏輯回歸分析。邏輯回 歸分析通常係用以研究二元反應式與一組解釋變數之間的 關係。 預測器數目太大且使用所有可能回歸係不可行的。因此 使用逐步選擇。該程序提供具有規定準則(卡方值)之良好 值(高)的模型。其類似於使用多元線性迴歸中之SSE或 R2。 該模型資訊為·· 資料:29個患者及111種基因。 反應變量:臨床狀況 響應級數目:2(反應者-無反應者) 模型:二元羅吉特機率模型 最優化技術:費雪記分法(Fisher’s scoring) 提供卡方值之最佳值(卡方值=16且p值<0.0001)的模型 為:Logit (p) = 7.69 + 5.07 log(PRFl),其中 p為反應者之概 率 係數 Β0(7·69)及 Β1(5·07)係顯著的(ρ<0·005) 其他準則可用於適合度檢驗 121044.doc -170- 200817680 概似比 ·· 23.1429(卡方值)且 <0·001(ρ值) 渥得(Wald)檢定:6.9250(卡方值)且 <0·001(ρ值) 如線性回歸,計算R2 : 〇_55。 111種基因中之18種(僅使用一預測器)列於表9中。R2(%) 及卡方值越高,模型/基因越好。 使用PRF1模型有可能正確分類86.6%之患者。 表10提供使用某些其他基因之邏輯回歸模型所計算之正 確分類百分比。 組合1種以上基因並不改良分類效能。
Genex分析 亦使用來自Genex軟體之PC A(主成分分析)及神經網絡分 析根據基因 PRF1、GZMB、GNLY、CD8A、PRKCQ、 FOXP3、IFNG、CCL5、GPR171 及 TRBV19 分類 30個患者。 對於神經網絡分析,將5個反應患者(患者ID號27、53、 65、119、127)及5個無反應患者(患者ID號8、60、66、 81、160)用作訓練組。剩餘20個患者用作測試組。 圖 6展示使用 PRF1、GZMB、GNLY、CD8A、PRKCQ、 FOXP3、IFNG、CCL5、GPR171 及 TRBV19 基因之主成分 分析。 可發現反應者叢集於圖6之左手邊上且無反應者叢集於 圖之右手邊上。標記為85、3及154之患者錯誤分類。因 此,使用PCA之’’正確”分類百分比為85%。 神經網絡法證實正確分類範圍為85%。 比較:微陣列與Q-PCR資料。 121044.doc • 171 - 200817680 由Q-PCR技術所評估之17個基因(表12)已存在於微陣列 基因列表中。因此無論使用何種技術偵測基因,該等基因 能區別反應患者與無反應患者。該等基因形成本發明之一 特殊態樣。 表12.存在於微陣列及Q-PCR列表中之基因 基因符號 基因名稱 CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 TRAT1 T細胞受體相關跨膜接附蛋白1 STAT4 信號轉導子及轉錄活化因子4 PRKCQ 蛋白激酶C,Θ GPR171 G蛋白偶合受體171 UBD 泛素D CD52 CD52分子 CD3D CD3d分子A(CD3-TCR複合體) PRF1 穿孔素1(成孔蛋白) CD8A CD8a分子 CXCL10 趨化因子(C-X-C基元)配位體10 CD69 CD69分子 TRBV19 T細胞受體β可變域19 TRDV2 Τ細胞受體Α可變域2 IL7R 介白素7受體 GZMK 顆粒溶解酶K CD45R 蛋白質·酪胺酸磷酸酯酶,受體類型C (PTPRC) 121044.doc -172- 200817680 14種能夠使用Q-PCR技術區別反應患者與無反應患者之 基因(表13)不存在於微陣列基因列表中。此可歸因於Q-PCR與微陣列相比敏感性提高。 表13.用以使用Q_PCR技術分類患者且在微陣列基因列表 中不存在之基因 基因符號 基因名稱 FASLG Fas配位體(TNF超家族,成員6) GNLY 顆粒溶素 GZMB 顆粒溶解酶B(顆粒溶解酶2,細胞毒 素T-淋巴細胞相關絲胺酸酯酶1) IFNG 干擾素γ ICOS 誘導性τ細胞共刺激因子 TBX21 Τ-盒 21 CD3E CD3e分子s(CD3_TCR複合體) CXCL11 趨化因子(C-X-C基元)配位體11 CXCR3 趨化因子(C-X-C基元)受體3 CD20 CD20分子 FOXP3 叉頭盒P3 INDO 吲哚胺-吡咯2,3雙加氧酶 IRF1 干擾素調節因子1 TLR7 鐘樣受體7 一些於微陣列簽名中不存在之基因已知係由免疫細胞表 現且因此亦能預測患者之臨床結果。 向腫瘤組織中免疫滲入之存在(而非僅有限之基因列表) 121044.doc -173 - 200817680 似乎為預測患者臨床結果之最重要生物學事件。 舉例而言,PRF1及CD8A#在於微陣列基因列表中且由 ⑽T淋巴細胞表現。⑽τ淋巴細胞亦表現不存在於微 陣列基因列表中之IFNG。 儘管如此,藉由Q-PCR,使用該基因仍達成臨床反應之 良好預測。 使用q_PCR資料的錯誤分類患者之數目保持在與使用微 陣列資料的叢集及KNN方法之相同範圍内。因此,不同技 術及軟體可用於分類該等患者。 實例4 : 使用階層式叢集方法預測患者之臨床結果 材料及方法 腫瘤式樣及RNA純化 使用來自MAGE-A3黑色素瘤臨床試驗(MAGE〇〇8)2 67 個腫瘤試樣(預先疫苗接種)。將該等試樣如以上實例丨中所 述來保存、RNA製備、品質控制、標記及放大。在與基因 晶片雜交之前檢查RNA樣品之品質。 微陣列晶片、雜交及掃描 如於以上第一實例(本文中相當於實例υ之材料及方法 部分中’如實例1中所述使用Affynietrix HG-U133.Plus2e〇 基因晶片,且將其雜交並掃描。 資料處理及標準化。 如實例2中所述使用實施GCRMA演算法之R 2·3·1來處理 且標準化螢光掃描資料圖像。 121044.doc -174- 200817680 選擇基因列表 選擇4 1個探針組以便使用實例1中所描述之Arrayminer 軟體區別反應患者與無反應患者。 分析參數為: •訓練及測試評估 •2個類別之預定義 a. 反應者類別:PID2、PID65、PID75、PID20、 PID10、PID19、PID23、PID26、PID27、PID38、 PID67 b. 無反應者類被:PID14、PID52、PID66、PID37、 PID16、PID13 、PID55、PID56、PID5、PID60、 PID8 其中PID代表患者鑑別編號(亦即給予患者之數字標 記) •每類標記物之最大數目:25 •每對標記物之數目:1 •允許多類別標記物:是 •使用KNN分類:否·使用專屬選取法。 獲得50個探針組之列表。由於於所有樣品中之缺失狀態 而移除9個探針組。22個上述患者之4 1個探針組的強度係 列於表11A及11B中。 預測臨床狀況 使用Spotfire軟體之階層式叢集法預測67個患者之臨床 狀況。 121044.doc -175- 200817680 在進行階層式叢集之前使用於Spotflre中可獲得之z分數 計算標準化關於基因之資料。 階層式叢集之計算選項為: •叢集方法:完全聯繫 •相似性量測:歐幾裏德距離 •排序函數:平均值 對包括於AS15(圖7及8)或AS02B(圖9及10)組中之患者進 行該叢集。 使用階層式叢集法,約58%之患者具有反應者簽名(無論 任何佐劑組)。 將100%及87.5%具有臨床益處之患者分別充分叢集於 AS15與 AS02b組中。 將71%及52%患有進行性疾病之患者分別充分叢集於 AS15與 AS02b組中。 在臨床益處叢集中,於AS 15及AS02b組中分別有28%及 55°/。之患者患有進行性疾病。具有本發明之反應者基因圖 譜且獲得當使用AS15佐劑時進行之MAGE-A3疫苗接種之 臨床益處的患者百分比比獲得當於調配物中使用AS02b佐 劑時進行之MAGE-A3疫苗接種之臨床益處的百分比大。 實例5 誘發反應者之囷譜。 患者59之初始生檢(在輻射之前取樣)不具有反應者簽 名,而其第二生檢(在輻射之後取樣)具有反應者簽名(資料 未展示),提示輻射病變可誘發反應者簽名。 121044.doc -176- 200817680 1. R Development Core Team (2006). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0,URL http://www.R-project.org) o 2. Jean (ZHIJIN) Wu and Rafael Irizarry with contributions from James MacDonald Jeff Gentry (2005). gcrma: Background Adjustment Using Sequence
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02 Q 全基因序列 CJHCJ5E-*EHicC〇i<〇C)f<<<〇He)U<;〇e)〇〇ae)<;E-*< Η^Ε~·ΕΗ〇ΕΗ<Ο<<〇ΗΟΕ-»<&Η<〇αΕΗΗΕΗ〇〇υ0Ο Hf^CJEHCEHiiCB-jOfiEHU^COOOOiCCOCOEHOUCrt: 〇Eh〇〇CJEhEh<OOOEh<Eh〇〇〇<Eh<;Eh^<Eh<〇U Ε-*<!ΕΗ^Ο<:ΕΗΕΗ<<!〇ΕΗϋΕΗ〇<ιζϊ;ΕΗ〇〇〇»3〇ΕΗυ〇〇 OCJCJ<UE-»»i〇i<EH»<〇^UfidE-»<C<OHH2〇CJUCJO 冰 EHEHEHfcC〇<E-i〇<i<〇riE-*i<r<00<0<EH2〇〇〇<〇 M e>CJ〇egf^OOHOH«<OUEH〇e)fCi〇EH〇U〇(JE-»EH〇EH h^= OtHf<i<i<EH〇EH^f<〇iiu〇i^EH<OEH<〇〇EH〇EH〇〇 IK OUEHUOHEHEHfiEHe)<EHUfiue}EH〇0<200EH〇e)H miff OOC3Ua〇Ui<0<E-i〇EHEHi5<;EH<EHC<<〇〇HEHEH ® <ΕπΕΗ0ΕΗΕΗί<000<(ί^Β<»ί00ΕΗΕΗ00ΕΗ00ΒΕΗ eH〇0<0<;EHCJH〇00〇E-i〇Hi<H〇CJi<HO<UEHPi 怒 0C0CJ<HEH0<^EHH^<CU000<C00e)0e)i<uS S 000Η0υ^<ΕΗ<Η0ι<0Η0Ε-·Ηα·<ΕΗΕΗαΗ0<:ΕΗ 5g CDCJEH〇EHE-*ii〇〇e)<H〇UBE-*e)EH<〇C〇OUOOO ΕΗΕΗ〇Ε-*<<^<<<〇ΕΗ〇Ε-·Η<<ϊ:<ΟΕΗυ^ΕΗΕΗ<:ΕΗ< OO^OE-»UfiEHEHCJ<CHH<fi0HU<<HOOEHa〇H 觀 〇〇〇5EH〇HOHEH〇〇rf^FJ〇C〇iSHOU〇H^^EH siJ 0rt:U0U<C0UCJfi00(je)E-i0fiiiuU0C0 0HC 000<000EHCEH0HEHfa;EHEHUi5EH0U#ii;0CJEH»<H ^Γ\ ΟΟΟΟΟϋΕΗ〇ΕΗ<ΗΕΗΗ<<!〇υ<ΟΟΕΗί=ίΗΟΕΗυΕΗ Εη〇〇<Ε-*00<!<&ηΕηΗ000ΕηΕη0Ο〇Εη0»<Ο<Η0 HtH<JO^<^〇aUCDi^EHEHHE-«EH〇EHS<EHSH^UU< j ΗΟΟΟ<α»ίΕΗ〇6Η<:ίίΕΗ〇ϋ<:ϋ〇ΕΗ»ί〇ΟΟΗΟ<ϊ:0 -< OOOEhOOOOHEhOE-i^^EhO^HHUHCOOEhEhH am HCHEhOEh^EhUUEhHOOOHOOHOEhOH^EhUEh 求in OCJU^C^OtH^OUEH^OOOicdO^UE-iOOCJHOe) Ε-»^<<ΕΗρ5〇〇·ίΗ5<00^<;ίί〇<^0<ί=ίδ〇<ΕΗ 0»^ΒΗ〇<·<ί<0<ΕΗί5υ〇ΕΗ<υ<ί<ΟΕΗ〇0<<ΕΗΕΗ〇 (<ίίυ0υ〇〇5<υαΕΗ5〇υΗΕΗ〇ΟΟΟ<<<<Ε-·< 一 EH<C〇EH〇i<^i<HOEHUiii2EHi<〇C^iiC^〇^e)〇〇e) τΗ H0<l:00EH»i0CEHCJC<<E-»0<Hfi0»<<<Se)EHEH • <ΟΟΟι^υυΕΗ〇<〇〇ΗΕΗ^<ΕΗΕΗ〇0<00<00< cn α<:<〇<ΗΗΕ-·Η〇ΕΗΗΟ»^ίί〇ΟΗ^〇ΟΕΗΕΗΗ<<;ΕΗ C\J OOriOOEHEHCUOCOEHicCfiFi^E-'B^OOOCOO^ ΗΟ»ί〇υαΕ-·ϋΟΟ〇ί〇<0<0<:ΗΟ<:ί<ΟΟΕΗ»<< 〇 Ε-ί<〇!<0〇Ε-«<:〇αΗ»ί<υΕ-·ίίΕΗ〇ίζς〇ΟΟΕΗΕΗ〇υ〇 ΓΗ ΕΗ〇ΕΗ〇<〇ΕΗ〇ΕΗ<^<ΟΕΗ^〇<ς〇ιί〇ΟΗ^<ΕΗ<:9-» Ο f^CCCOEHiiCOOOEHiiu^EHtHE-'iiicCfiiCOfcCiioOEHH «Η ΗΟΟ<:ΟΟΗ<:Ηυ<ΕΗΗΗΕ-·〇^/ί〇0〇ΟίίΒΕ-'Η〇 〇 <0Η0ί<000Η·<0<:Ε-·ΕΗΗίίζ0ί<<0Ε-»0ιίΕ-·0<:0 Ο Η<0Η<00ΕΗ<Ι00υΕΗΕΗ0<Η0000ΕΗ^<Ηυ0 ΚΕΗ〇ΕΗ〇?ί<Ε-·00^<:ΕΗ<;<;ΒΟΕΗ〇ΕΗ〇〇0<00»=ί;0 S^HrtJUOUEH^HiE-iOiciEHOUUEHUEHUHOOEHOOCl ^;(^<ΗΗΕ-·ί<0<Ηί=ϊ〇Ε-·ίί〇^ΟΕΗΗυυ〇〇ΕΗ8Η〇5〇0 —^OOOicCHOOEHH^OOOUOOEHeDOScJCJOO^CC!) 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TRAT1 CD52 213539 _at 217147 s at 34210 at 121044.doc -257- 200817680 表4A :使探針組id與表4之基因列表相關聯之表。 探針組ID 基因符號 基因名稱 218802_at FLJ20647 ΝΑ(不適用) 224774_s_at NAVI 神經元導航子1 207651—at GPR171 G蛋白偶合受體171 205392 s at CCL14 趨化因子(C-C基元)配位體14 1555229—a—at CIS 補體成分1,s亞成分 209774_x_at CXCL2 趨化因子(C-X-C基元)配位體2 211796—s—at TRBV3-1 Τ細胞受體β可變域3-1 210972__x_at TRDV2 Τ細胞受體Α可變域2 210251—s—at RUFY3 含RUN及FYVE域之基因3 225502_at DOCK8 細胞質分裂奉獻子8 204224—s—at GCH1 GTP環水解酶1(多巴反應性張 力障礙) 218950 at CENTD3 矢車菊苷A3 218322 一 s—at ACSL5 醯基輔酶A合成酶長鏈家族成 員5 228094_at AMICA1 黏著分子,與CXADR抗原1相 互作用 204116_at IL2RG 介白素2受體γ(嚴重聯合免疫 缺陷) 202643_s_at TNFAIP3 腫瘤壞死因子,α誘導蛋白3 121044.doc -258 - 200817680 209606_at PSCDBP pleckstrin同源區,Sec7及捲曲 螺旋域,結合蛋白 205225_at ESR1 雌激素受體1 213193_x_at TRBC1 T細胞受體β恆定域1 204661—at CD52 CD52抗原(CAMPATH-1抗原) 2 16920—sat LOC442535 ΝΑ 210915_x_at TRBV19 Τ細胞受體β可變域19 226218_at IL7R 介白素7受體 209670_at TRAC Τ細胞受體α恒定域 209949_at NCF2 嗜中性白血球胞質因子 2(65kDa,慢性肉芽腫病,體 染色體2) 226697—at LOC92689 NA 206666_at GZMK c("顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶 3",π類胰蛋白酶ΙΙ)Π) 23583 1 at NA ΝΑ 1555630一a—at RAB34 RAB34,RAS致癌基因家族成 員 207977_s—at DPT 皮膚橋蛋白 1558290一a一at PVT1 Pvtl致癌基因同系物,MYC活 化因子(小鼠) 21 5 806_x_at TRGC2 T細胞受體γ恆定域2 64064_at GIMAP5 GTP酶,IMAP家族成員5 121044.doc -259- 200817680 34210_at CD52 CD52抗原(CAMPATH-1抗原) 213539 一 at CD3D CD3d抗原,A多肽(TiT3複合 體) 2323 13 —at TMEM132C 跨膜蛋白132C 20 1 502—s_at NFKBIA κ輕鏈多肽基因增強子於B細胞 抑制因子中之細胞核因子,α 211902_x_at TRA@ Τ細胞受體α基因座 217147—s—at TRAT1 Τ細胞受體相關跨膜接附蛋白1 211144_x_at LOC442535 ΝΑ 224710—at RAB34 RAB34,RAS致癌基因家族成 員 209795_at CD69 CD69抗原(ρ60,早期Τ細胞活 化抗原) 232843—s—at D0CK8 細胞質分裂奉獻子8 218805_at GIMAP5 GTP酶,IMAP家族成員5 204057—at IRF8 干擾素調節因子8 214470_at KLRB1 殺手細胞凝集素-樣受體亞族 B,成員1 236280—at NA NA 20 1474—s—at ITGA3 整合素α3(抗原CD49C,VLA-3 受體之α3亞單元) 235421—at MAP3K8 經有絲分裂原活化之蛋白激酶 8 121044.doc -260- 200817680 228532_at Clorfl62 染色體1開放閱讀框架162 205 890_s—at UBD 泛素D 209813_x_at TRGV9 T細胞受體γ可變域9 224772_at NAVI 神經元導航子1 224451—x—at ARHGAP9 p GTP酶活化蛋白9 226117—at TIFA ΝΑ 213068—at DPT 皮膚橋蛋白 1569942_at NA ΝΑ 219243—at GIMAP4 GTP酶,IMAP家族成員4 202957—at HCLS1 造血細胞特異性Ly η受質1 218764_at PRKCH 蛋白激酶C,η 206118—at STAT4 信號轉導子及轉錄活化因子4 236203_at HLA-DQA1 主要組織相容性複合體,II 類,DQal 206170—at ADRB2 腎上腺素,β-2-受體表面 239237—at NA ΝΑ 214450—at CTSW 組織蛋白酶W(淋巴球減少素) 201497—x—at MYH11 平滑肌肌凝蛋白,重鏈多肽11 219777 at GIMAP6 GTP酶,IMAP家族成員6 211654_x_at HLA-DQB1 主要組織相容性複合體,II 類,DQP1 205758——at CD8A CD8抗原,a多肽(p32) 202644_s_at TNFAIP3 腫瘤壞死因子,a誘導蛋白3 121044.doc -261 - 200817680 155 8034_s_at CP 血漿銅藍蛋白(鐵氧化酶) 223235—s—at SMOC2 SPARC相關模組鈣結合蛋白2 232234—at C20orf24 染色體20開放閱讀框架24 1559584_a—at C16orf54 染色體16開放閱讀框架54 205831—at CD2 CD2抗原(p50),綿羊紅細皰受體 203812_at SLIT3 slit同系物3(果繩) 222780_s—at BAALC 細胞質腦部與急性白血病基因 218145—at TRIB3 tribbles同系物3(果繩) 24288l_x_at LOC440160 NA 1558972—s—at C6orfl90 染色體6開放閱讀框架190 229723_at TAGAP T細胞活化GTP酶活化蛋白 235391一at FAM92A1 具有序列相似性之家族92,成 員A1 219938_s_at PSTPIP2 脯胺酸-絲胺酸-蘇胺酸磷酸酯 酶相互作用蛋白2 2 125 87_s_at PTPRC 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,受體 類型,C 210982 一 s—at HLA - DRA 主要組織相容性複合體,II 類,DRa 2 11200—sat EFCAB2 EF-手臂鈣結合域2 210260—s—at TNFAIP8 腫瘤壞死因子,a誘導蛋白8 228869—at SLIC1 NA 205987_at CD1C CDlc抗原 121044.doc -262- 200817680 213888s—at TRAF3IP3 TRAF3相互作用蛋白3 2 12671 一 s一at HLA-DQA1 主要組織相容性複合體,II 類,DQal 242986_at NAVI 神經元導航子1 212999_x_at HLA-DQB1 主要組織相容性複合體,II 類,DQP1 212588—at PTPRC 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,受體 類型,C 212592一at IGJ 免疫球蛋白J多肽,免疫球蛋 白(X及μ多肽之連接子蛋白 203471—s—at PLEK pleckstrin 209671 x at TRA@ T細胞受體α基因座 228054_at TMEM44 跨膜蛋白44 216191—s—at TRA@ Τ細胞受體α基因座 205419_at EBI2 Epstein-Barr病毒誘導基因2(淋 巴細胞特異性G蛋白-偶合受 體) 220330 s at SAMSN1 SAM域、SH3域及核定位信號1 213008—at KIAA1794 KIAA1794 201425 at ALDH2 醛脫氫酶2家族(線粒體) 1552613—s—at CDC42SE2 CDC42小效應因子2 205696s—at GFRA1 GDNF家族受體αΐ 2113 39_s—at ITK IL2-誘導性Τ細胞激酶 121044.doc -263 · 200817680 208894_at HLA-DRA 主要組織相容性複合體,II 類,DRa 228071—at GIMAP7 GTP酶,IMAP家族成員7 222496 s—at FLJ20273 ΝΑ 206687_s—at PTPN6 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,非受 體類型6 210375—at PTGER3 前列腺素Ε受體3(亞型ΕΡ3) 219440 at RAI2 視黃酸誘導型基因2 208450_at LGALS2 半乳糖苷結合性可溶性凝集素 2(半乳糖凝集素2) 203665—at HMOX1 血紅素加氧酶(解環)1 227995_at NA ΝΑ 227346—at ZNFN1A1 鋅指蛋白,亞族1A,l(Ikaros) 205 159__at CSF2RB 低親和力群落刺激因子2受體 β(顆粒球巨噬細胞) 205559—s—at PCSK5 蛋白質前體轉化酶枯草桿菌蛋 白酶/kexin型5 212886_at CCDC69 含捲曲螺旋域之基因69 1552612—at CDC42SE2 CDC42小效應因子2 205488_at GZMA 顆粒溶解酶A(顆粒溶解酶1, 細胞毒素T-淋巴細胞相關絲胺 酸酯酶3) 217767—at C3 補體成分3 121044.doc -264- 200817680 208296_x_at TNFAIP8 腫瘤壞死因子,α誘導蛋白8 223484_at C15orf48 染色體15開放閱讀框架48 204070_at RARRES3 視黃酸受體反應基因(他紮羅 汀誘導型)3 214719_at LOC283537 NA 209687—at CXCL12 趨化因子(C-X-C基元)配位體 12(基質細胞衍生因子1) 224773_at NAVI 神經元導航子1 23 1882— at NA NA 215223—s—at SOD2 線粒體超氧化歧化酶2 232617—at CTSS 組織蛋白酶S 210554—s—at CTBP2 C末端結合蛋白2 219528_s—at BCL11B B細胞CLL/淋巴瘤11B(鋅指蛋 白) 207861—at CCL22 趨化因子(C-C基元)配位體22 222592一s_at ACSL5 醯基輔酶A合成酶長鏈家族成 員5 1554966—a—at DOC1 NA 204204_at SLC31A2 溶質載體家族31(銅轉運蛋 白)’成貝2 219926—at POPDC3 含有凸狀域之基因3 204135_at DOC1 NA 217995_at SQRDL 硫醚醌還原酶樣(酵母) 121044.doc -265 - 200817680 230233_at RASGEF1B RasGEF域家族,成員1B 227265—at FGL2 纖維蛋白原樣2 228372_at C10orfl28 染色體10開放閱讀框架128 204912_at IL10RA 介白素10受體α 219454—at EGFL6 EGF樣域,多序列6 206295—at IL18 介白素18(干擾素γ誘導因子) 226219—at ARHGAP30 p GTP酶活化蛋白30 218736_s_at PALMD 細胞結構調節蛋白胞内同功異 型物 223322_at RASSF5 Ras相關(RalGDS/AF-6)域家族 5 209603—at GATA3 GATA結合蛋白3 204687_at DKFZP564 00823 NA 222895一s_at BCL11B B細胞CLL/淋巴瘤11B(鋅指蛋 白) 201010_s_at TXNIP 硫氧還原蛋白相互作用蛋白 226818—at DTX4 deltex4同系物(果繩) 208335 s—at DARC Duffy血型,趨化因子受體 213566—at RNASE6 核糖核酸酶RNaseA家族,k6 205685_at CD86 CD86抗原(CD28抗原配位體 2,Β7·2抗原) 201531—at ZFP36 鋅指蛋白36,C3H型同系物 (小鼠) 121044.doc -266- 200817680 202391—at BASP1 腦部富集之膜連接信號蛋白1 201804_x_at CKAP1 細胞骨架相關蛋白1 206082_at HCP5 HLA複合物P5 206204_at GRB14 生長因子受體結合蛋白14 228563_at GJA7 間隙連接蛋白α7,45kDa(連接 蛋白45) 219054—at FLJ14054 NA 2〇5844_at VNN1 vanin基因1 203 74 1—sat ADCY7 腺苷酸環化酶7 223280_x_at MS4A6A 跨膜4_域亞族A,成員6A 205624_at CPA3 羧肽酶A3(肥大細胞) 209193_at PIM1 pim-1致癌基因 210072—at CCL19 趨化因子(C-C基元)配位體19 226068_at SYK 脾臟酪胺酸激酶 216155 at NAVI 神經元導航子1 205484_at SIT1 信號轉導閾值調節跨膜接附蛋 白1 228812—at NA NA 219368—at NAP1L2 核小體組裝蛋白1-樣2 206407—s_at CCL13 趨化因子(C-C基元)配位體13 203761—at SLA Src樣接附蛋白 23 6295_s_at NOD3 NA 206099_at PRKCH 蛋白激酶C,η 121044.doc -267- 200817680 217143—s—at TRD@ T細胞受體A基因座 21 8899_s_at BAALC 細胞質腦部與急性白血病基因 229391—s一at RP1- 93H18.5 NA 219093_at FLJ20701 NA 219710—at SH3TC2 SH3域及三十四肽2 206978—at CCR2 趨化因子(C-C基元)受體2 204655—at CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 211991—s_at HLA-DPA1 主要組織相容性複合體,II 類,DPal 223922_x_at MS4A6A 跨膜4-域亞族A,成員6A 208983一s一at PECAM1 血小板/内皮細胞黏著分子 (CD31抗原) 222108_at AMIG02 具有類Ig域之黏著分子2 1553102—a—at CCDC69 含捲曲螺旋域之基因69 22 1698 —sat CLEC7A C型凝集素域家族7,成員A 20663 7 一 at P2RY14 G蛋白偶合嘌呤能受體P2Y, 14 226459 at PIK3AP1 磷酸肌醇-3-激酶接附蛋白1 209613 s at ADH1B 乙醇脫氫酶IB(I類),β多肽 225802_at TOP1MT 線粒體拓撲異構酶(DNA)I 224859_at CD276 CD276抗原 121044.doc -268 - 200817680 209480^at HLA-DQB1 主要組織相容性複合體,II 類,DQP1 219213—at JAM2 連接黏著分子2 208747—s—at CIS 補體成分1,s亞成分 2243 56_x_at MS4A6A 跨膜4 -域亞族A ’成貝6 A 226625—at TGFBR3 轉型生長因子,β受體ΙΙΙ(β聚 糖,300 kDa) 1554240_a_at ITGAL c(n整合素,aL(抗原 CDllA(pl80)、淋巴細胞功能 相關抗原1”,”a多肽)”) 202948—at IL1R1 介白素1受體,I型 219666—at MS4A6A 跨膜4 -域’亞族A ’成貝6 A 215193—x—at HLA-DRB1 主要組織相容性複合體,II 類,DRP1 232024—at GIMAP2 GTP酶,IMAP家族成員2 1559263—s—at ZC3H12D 含鋅指CCCH-型之基因12D 219737—s—at PCDH9 原妈黏蛋白9 222838—at SLAMF7 SLAM家族成員7 227983—at MGC7036 NA 223809_at RGS18 G蛋白信號轉導調節子18 213831_at HLA-DQA1 主要組織相容性複合體,II 類,DQal 203416—at CD53 CD53抗原 121044.doc -269 - 200817680 226841—at MPEG1 NA 2285 52_s_at SSBP4 單股DNA結合蛋白4 231262—at NA ΝΑ 206898—at CDH19 鈣黏著蛋白19,2型 2 1083 5 —sat CTBP2 C末端結合蛋白2 227584—at NAVI 神經元導航子1 223059丄at FAM107B 具有序列相似性家族107,成 員Β 221671—x—at IGKC 免疫球蛋白κ恆定域 205786_s_at ITGAM 整合素,αΜ(補體成分3受體3 亞單元) 2 16 1 94—sat CKAP1 細胞骨架相關蛋白1 209312_x_at HLA-DRB1 主要組織相容性複合體,II 類,DRpi 235639—at CDH19 #5黏著蛋白19,2型 233562_at MGC16291 NA 232476—at DDEF2 發育及分化增強因子2 2025 1 0—sat TNFAIP2 腫瘤壞死因子,a誘導蛋白2 222484__s_at CXCL14 趨化因子(C-X-C基元)配位體 14 207277—at CD209 CD209抗原 204724—s—at COL9A3 膠原蛋白,IX型,α3 239196—at ANKRD22 錨蛋白重複域22 121044.doc -270- 200817680 209734_at NCKAP1L NCK相關蛋白1樣 212977—at CMK0R1 趨化因子孤兒受體1 204670—x_at HLA-DRB5 主要組織相容性複合體,II 類,DR05 208885—at LCP1 淋巴細胞胞質蛋白1 (L -網素) 209612—s—at ADH1B 乙醇脫氫酶IB(I類),β多肽 233955_x_at CXXC5 CXXC指 5 228776_at GJA7 間隙連接蛋白α7,45kDa(連接 蛋白45) 1553906_s—at FGD2 含有FYVE、RhoGEF及PH域之 基因2 221760—at MAN1A1 甘露糖苷酶α,1A類,成員1 223361—at C6orfll5 染色體16開放閱讀框架115 229390—at RP1-93H18.5 ΝΑ 203915—at CXCL9 趨化因子(C-X-C基元)配位體9 223058—at FAM107B 具有序列相似性之家族107, 成員Β 219789—at NPR3 利尿鈉肽受體C/鳥苷酸環化酶 C(心房利尿鈉肽受體C) 205285—s_at FYB FYN結合蛋白(FYB-120/13 0) 203 868—s—at VCAM1 血管細胞黏著分子1 204236—at FLU 弗蘭德白血病病毒整合因子1 224516—s—at CXXC5 CXXC指 5 121044.doc -271 - 200817680 2023 68_s_at TRAM2 易位相關膜蛋白2 224795_x_at IGKC 免疫球蛋白κ恆定域 235238_at SHC4 SHC(含有Src同源性2域)家 族’成員4 227791—at SLC9A9 溶質載體家族9(鈉/氫交換載 體)’成員9 20723 8_s—at PTPRC 蛋白質酪胺酸磷酸酯酶,受體 類型C 204897_at PTGER4 前列腺素E受體4(亞型EP4) 213975_s_at LILRB1 類白血球免疫球蛋白受體,亞 族B(具有TM及ITIM域),成員1 228964_at PRDM1 含有PR域且具有ZNF域之基因1 228362—s一at RP1- 93H18.5 NA 244061—at ARHGAP15 p GTP酶活化蛋白15 1553313_s_at SLC5A3 溶質載體家族5(肌醇轉運蛋 白),成員3 212538—at DOCK9 細胞質分裂奉獻基因9 226043_at GPSM1 G蛋白信號轉導調節子1(類 AGS3,線蟲) 1405丄at CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 204222_s_at GLIPR1 GLI發病機制相關基因1(神經 膠質瘤) 121044.doc -272- 200817680 221 087_s_at APOL3 脂蛋白元L,3 203932_at HLA-DMB 主要組織相容性複合體,II 類,ϋΜβ 225895—at SYNP02 突足蛋白2 22165l_x_at NA ΝΑ 231929—at NA ΝΑ 229543—at RP1- 93H18.5 ΝΑ 211367—s—at CASP1 卡斯蛋白酶1,細胞凋亡相關 半胱胺酸肽酶(介白素1,β轉 化酶) 210038—at PRKCQ 蛋白激酶C,Θ 205403 at IL1R2 介白素1受體,II型 220066—at CARD15 卡斯蛋白酶招募域家族,成員 15 1555812_a_at ARHGDIB p GDP解離抑制因子(GDI)p 2083 06_x_at HLA-DRB4 主要組織相容性複合體,II 類,DRP4 218854_at SART2 由T細胞辨別之鱗狀細胞癌抗 原2 203523—at LSP1 淋巴細胞特異性蛋白1 207992_s—at AMPD3 單磷酸腺苷脫胺酶(同功異型 物E) 121044.doc -273 - 200817680 228660_x_at SEMA4F sema域、免疫球蛋白域(Ig)、 跨膜域(TM)及短細胞質域基因 (軸突導向因子)4F 218170_at ISOC1 含有異水解酶域基因1 1555759_a_at CCL5 趨化因子(C-C基元)配位體5 227253—at HPS3 Hermansky-Pudlak症候群基因 3 211990_at HLA-DPA1 主要組織相容性複合體,II 類,DPal 212998_x_at HLA-DQB1 主要組織相容性複合體,II 類,DQP1 204778_x_at HOXB7 同源盒B7 204834_at FGL2 纖維蛋白原樣2 205039—s—at ZNFN1A1 鋅指蛋白,亞族1A,l(Ikaros) 232543_x_at ARHGAP9 p GTP酶活化蛋白9 209710_at GATA2 GATA結合蛋白2 2006 12_s—at AP2B1 接附蛋白相關蛋白複合體2, βΐ亞單元 201487—at CTSC 組織蛋白酶C 201939—at PLK2 polo樣激酶2(果繩) 203547_at CD4 CD4抗原(p55) 228376_at GGTA1 醣蛋白,α半乳糖基轉移酶1 207574_s—at GADD45B 生長停止及DNA損傷誘導性基 因β 121044.doc -274 - 200817680 213560 一 at GADD45B 生長停止及DNA損傷誘導性基 因β 219525_at FLJ10847 ΝΑ 204411—at KIF21B 驅動蛋白家族成員21Β 200953 s at CCND2 細胞週期蛋白D2 201859_at PRG1 蛋白聚糖1,分泌顆粒 223044_at SLC40A1 溶質載體家族40(鐵調節轉運 蛋白),成員1 213537_at HLA-DPA1 主要組織相容性複合體,II 類,DPal 2 1684 1 —sat SOD2 線粒體超氧化歧化酶2 205 08 1—at CRIP1 半胱胺酸富集蛋白1(腸道) 226382_at LOC283070 NA 219519一s一at SIGLEC1 唾液酸結合Ig-樣凝集素1,唾 液酸黏附素 1558586 at ZNF11B 鋅指蛋白ΠΒ 217028—at CXCR4 趨化因子(C-X-C基元)受體4 217478一s—at HLA-DMA 主要組織相容性複合體,II 類,DMa 204438—at MRC1 甘露糖受體C,1型 211 3 66__x__at CASP1 卡斯蛋白酶1,細胞凋亡相關 半胱胺酸肽酶(介白素1,β轉 化酶) 121044.doc -275 - 200817680 204249_s_at LM02 僅含LIM域基因2(T細胞原癌 基因樣1) 221081s—at DENND2D 含DENN/MADD域基因2D 32128—at CCL18 趨化因子(C-C基元)配位體 18(肺及活化調節趨化因子) 220005—at P2RY13 G蛋白偶合嘌呤能受體P2Y,13 209924 一 at CCL18 趨化因子(C-C基元)配位體 18(肺及活化調節趨化因子) 242458—at ANGPTL1 血管生成素樣1 230391—at NA NA 213475—s_at ITGAL c(n整合素,aL(抗原 CDllA(pl80),淋巴細胞功能 相關抗原Γ1,πα多肽)") 207458_at C8orf51 染色體8開放閱讀框架5 1 235306_at GIMAP8 GTP酶,IMAP家族成員8 227780_s_at NA NA 205841—at JAK2 Janus激酶2(蛋白質赂胺酸激 酶) 202687—s_at TNFSF10 腫瘤壞死因子(配位體)超家 族,成員1 〇 2 12067—s—at C1R 補體成分1,r亞成分 236908—at ACPL2 酸性磷酸酯酶樣2 121044.doc -276- 200817680 223827_at TNFRSF19 腫瘤壞死因子受體超家族,成 員19 213652_at PCSK5 蛋白質前體轉化酶枯草桿菌蛋 白酶/kexin型5 219631—at LRP12 低密度脂蛋白相關蛋白12 1557116—at NA NA 208981一at PECAM1 血小板/内皮細胞黏著分子 (CD31抗原) 209685 s at PRKCB1 蛋白激酶C,β 1 238488—at IPOll 内輸協助因子11 1568736—s—at DLGAP1 盤狀大(果蠅)同系物相關蛋白1 238439 一 at PRKAR2B 蛋白激酶,CAMP依賴性調控 基因第二型,β 205 027 一 s—at MAP3K8 經有絲分裂原活化之蛋白激酶 8 211742—s—at EVI2B 熱帶病毒整合位點基因2Β 202269_x_at GBP1 干擾素可誘導之鳥苷酸結合蛋 白 1,67kDa 204533_at CXCL10 趨化因子(C-X-C基元)配位體 10 229163—at CAMK2N1 鈣/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶II 抑制因子1 121044.doc -277- 200817680 1556579」一 at MED12L RNA聚合酶II轉錄介體,亞單 元12同系物(酵母)樣 2015 66_x_at ID2 DNA結合抑制因子2,顯性負 性之螺旋-環-螺旋蛋白 20 1220__x_at CTBP2 C末端結合蛋白2 214677—x_at IGLJ3 免疫球蛋白λ連接3 235175—at GBP4 鳥苷酸結合蛋白4 232001—at LOC439949 ΝΑ 228427—at FBX016 F-框蛋白1 6 214617—at PRF1 穿孔素1(成孔蛋白質) 2023 69_s_at TRAM2 易位相關膜蛋白2 202625一at LYN v-yes-1 Yamaguchi肉瘤病毒相 關致癌基因同系物 213618—at CENTD1 矢車菊苷A1 209970_x_at CASP1 卡斯蛋白酶1,細胞凋亡相關 半胱胺酸肽酶(介白素1,β轉 化酶) 2 1 803 5_s—at FLJ20273 ΝΑ 206715—at TFEC 轉錄因子EC 1563473—at PPP1R16B 蛋白質磷酸酯酶1,調控(抑制 因子)亞單元16Β 204118—at CD48 CD48抗原(Β細胞膜蛋白) 121044.doc - 278 - 200817680 201137—s—at HLA-DPB1 主要組織相容性複合體,II 類,ϋΡβΙ 230538一at SHC4 SHC(含有Src同源性2域)家 族,成員4 1568822_at GTPBP5 GTP結合蛋白5(推定) 229625—at GBP5 鳥苷酸結合蛋白5 212233_at MAP1B 微管相關蛋白1B 209202s at EXTL3 外生骨疣(多發性)基因樣3 209083_at COROIA 冠蛋白,肌動蛋白結合蛋白 1A 205226_at PDGFRL 血小板衍化生長因子受體樣 227640—s—at RP9 色素性視網膜炎基因9(顯性體 染色體) 223168—at RHOU ras同系物基因家族,成員U 1553132—a—at MTAC2D1 含膜靶向(串聯)C2域之基因1 214038—at CCL8 趨化因子(C-C基元)配位體8 219505_at CECR1 貓眼症候群染色體區域基因, 候選者1 214669_x_at IGKC 免疫球蛋白κ恆定域 233123—at SLC40A1 溶質載體家族40(鐵調節轉運 蛋白),成員1 209 1 95 —s—at ADCY6 腺苷酸環化酶6 204846—at CP 血漿銅藍蛋白(鐵氧化酶) 121044.doc -279- 200817680 204642_at EDG1 内皮細胞分化鞘脂G蛋白偶合 受體1 239744_at RGS3 G蛋白信號轉導調節子3 206545_at CD28 CD28抗原(Tp44) 228339_at NA ΝΑ 218739—at ABHD5 含自水解酶域5 224358—s—at MS4A7 跨膜4-域亞族A,成員7 1559425—at PRKCH 蛋白激酶C,η 231577_s_at GBP1 干擾素可誘導之鳥苷酸結合蛋 白 1,67kDa 231032—at LOC286071 ΝΑ 20765 5 —s—at BLNK Β細胞連接子 242546_at NA ΝΑ 211066_x_at PCDHGC3 原妈黏蛋白γ亞族c,3 216714—at CCL13 趨化因子(C-C基元)配位體13 1562031一at JAK2 Janus激酶2(蛋白質酿胺酸激 酶) 232763_at CAMSAP1L1 鈣調蛋白調節性血影蛋白相關 蛋白1-樣1 205440 s at NPY1R 神經肽Y受體Y1 227458—at CD274 CD274抗原 226303_at PGM5 葡萄糖磷酸變位酶5 121044.doc -280 - 200817680 204613_at PLCG2 磷脂酶C,γ2(磷脂醯肌醇特異 性) 202688_at TNFSF10 腫瘤壞死因子(配位體)超家 族,成員10 221477_s_at S0D2 線粒體超氧化歧化酶2 201236—sat BTG2 BTG家族,成員2 205569_at LAMP3 溶酶體相關膜蛋白3 215121 一x一 at IGLC1 免疫球蛋白λ恆定域l(Meg標記 物) 20225 5_s—at SIPA1L1 信號誘導性增殖相關基因1樣1 215051_x_at AIF1 同種異體移植發炎因子1 20913 8_x_at IGLC2 免疫球蛋白λ恒定域2(Kern-0 z -標記) 232311—at B2M β-2-微球蛋白 1555756 a at CLEC7A C型凝集素域家族7,成員A 221756—at MGC17330 ΝΑ 238544_at IGF1R 胰島素樣生長因子1受體 204512_at HIVEP1 人類免疫缺陷性病毒I型增強 子結合蛋白1 230728—at FKBP14 FK506結合蛋白 14,22 kDa 201720 s—at LAPTM5 溶酶體相關多跨膜蛋白5 223395_at ABI3BP ABI基因家族,成員3(NESH) 結合蛋白 121044.doc -281 - 200817680 200905_x_at HLA-E 主要組織相容性複合體,I 類,E 202207—at ARL4C ADP-核糖基化因子-樣4C 207076_s_at ASS 精胺琥珀酸合成酶 21 1 3 68_s_at CASP1 卡斯蛋白酶1,細胞凋亡相關 半胱胺酸肽酶(介白素1,β轉 化酶) 204628 一 s—at ITGB3 整合素β3(血小板糖蛋白Ilia, 抗原CD61) 207540_s—at SYK 脾臟酪胺酸激酶 213603_s_at RAC2 ras相關C3肉毒桿菌毒素受質 2(p家族,小GTP結合蛋白 Rac2) 1557222—at NA ΝΑ 206804_at CD3G CD3g抗原,γ多肽(TiT3複合 體) 209542 x at IGF1 胰島素樣生長因子1(體介素C) 228858—at NA NA 207843_x_at CYB5A 細胞色素b5,A型(微粒體) 223924_at TTC25 三十四肽重複域25 1552497 a at SLAMF6 SLAM家族成員6 241701 at ARHGAP21 p GTP酶活>fb蛋白21 213819—s—at FLOT1 浮艦蛋白1 121044.doc -282- 200817680 213095_x_at AIF1 同種異體移植發炎因子1 228153_at IBRDC2 含IBR域之基因2 213007—at KIAA1794 KIAA1794 217525—at OLFML1 嗅覺介導素樣1 204220_at GMFG 神經膠質成熟因子γ 203 5 08_at TNFRSF1B 腫瘤壞死因子受體超家族,成 員1Β 217629_at NA ΝΑ 226659 一 at DEF6 於FDCP 6中差異表現基因同 系物(小鼠) 200904_at HLA-E 主要組織相容性複合體,I 類,Ε 206571—s—at MAP4K4 經有絲分裂原活化之蛋白激酶4 232746—at CMKOR1 趨化因子孤兒受體1 1563461—at NA ΝΑ 204233 s at CHKA 膽驗激酶α 226865 at NA ΝΑ 227361_at HS3ST3B1 硫酸乙醯肝素(葡糖胺)3-0-績 基轉移酶3B1 204923 at CXorf9 染色體X開放閱讀框架9 204774—at EVI2A 親嗜性病毒整合位點基因2 A 202270_at GBP1 干擾素可誘導之鳥苦酸結合蛋 白 1,67kDa 121044.doc - 283 - 200817680 243099_at NFAM1 具有ITAM基元之NFAT活化蛋 白1 242874_at NA ΝΑ 229127_at ATP5J ATP合成酶,H+運載性線粒體 F0複合體,亞單元F6 224771—at NAVI 神經元導航子1 215379_x_at IGLC2 免疫球蛋白λ恒定域2(Kern-Oz-標記物) 222142 at CYLD 圓柱瘤病(頭巾狀瘤症候群) 229367—s—at GIMAP6 GTP酶,IMAP家族成員6 212713—at MFAP4 微原纖相關蛋白4 214023_x_at TUBB2B 微管蛋白,β2Β 203413—at NELL2 NEL樣2(雞) 236583_at NA ΝΑ 21265 7_s—at IL1RN 介白素1受體拮抗因子 227231—at KIAA1211 ΝΑ 244023_at SYK 脾臟酪胺酸激酶 206134—at ADAMDEC1 ADAM樣,癸蛋白1 204894_s_at AOC3 胺氧化酶,含銅之蛋白3(血管 黏著蛋白1) 204502_at SAMHD1 SAM域及HD域1 218002_s_at CXCL14 趨化因子(C-X-C基元)配位體 14 121044.doc •284- 200817680 205421—at SLC22A3 溶質載體家族22(神經元外單 胺轉運蛋白),成員3 215 56 l_s_at IL1R1 介白素1受體,I型 217138—x—at IGLV3-25 免疫球蛋白λ變量3-25 1556185—a—at NA ΝΑ 2 1968 1 一 s—at RAB11FIP1 RAB11家族相互作用蛋白1(1 類) 205251—at PER2 節律基因同系物2(果蠅) 224896—sat TTL 微管蛋白酪胺酸連接酶 209899—s—at SIAHBP1 ΝΑ 201721—s—at LAPTM5 溶酶體相關多跨膜蛋白5 241671—x—at FLJ22536 ΝΑ 218499_at RP6-213H19. 1 ΝΑ 235804—at NA ΝΑ 207677一s—at NCF4 嗜中性白血球胞質因子4,40 kDa 227609 一 at EPSTI1 上皮基質相互作用基因1(乳 房) 22703 5_x_at LOC441212 NA 2063 85 —s—at ANK3 錨蛋白3,郎氏結(錨蛋白G) 1565602—at PCDH9 原鈣黏蛋白9 228908_s_at C21orf86 染色體21開放閱讀框架86 121044.doc -285 - 200817680 223952_x_at DHRS9 脫氫酶/還原酶(SDR家族)成員 9 38149_at ARHGAP25 p GTP酶活化蛋白25 235688—s—at TRAF4 TNF受體相關因子4 214181_x_at LST1 白血球特異性轉錄因子1 222725_s—at PALMD 細胞結構調節蛋白胞内同功異 型物 1555852_at TAPI 轉運蛋白1,ATP結合盒,亞 族 B(MDR/TAP) 2103 19—x—at MSX2 促黑素同源盒同系物2(果蠅) 220485_s_at SIRPG 信號調節蛋白γ 121044.doc 286- 200817680 i ί FAM<nT*CAArTGT^GGT-TTaCArGGG»MGB FAIVKX^<XX^/^TCXi-AG-MGB ΡΑΛ/μΟΑ/νΑΟΤ^ΟΘ/νΟΤΟΤα/νΟΟΑΟΜΟΒ ΡΑΛ/μΟΑμΟΛΟΟΤΘ^σίΧΟ/νΟ/νΜΟΒ l F/WnrC/VCT&TTOAAAOCGAAA*GAM3B | FAMJTACA&GAATCCTTOTGGO—MGB FAM—CAArACaTTOCCrCTOACT—MGB | I, | 1 FAM_ACG*AAOCT/VAACnTC—MGB 1, 1 1 FAM—TGTT^CCT-ACC-AQC-M&OG—MGB FAM—CCArAT/VGAATT&TCOAS&CC—MGB 1, ! 1 FAM—CA/VGT&AQ&CCT-ATOT—MGB FAM—CAGTAOATCTT&ATOCAT»C—MGB FAMJTGC-CT^CCT-TAA-TGC>C_MGB | FAMJCAA GGC TTC ATC TGT G_MGB 1, I 1 1 ! 1 1 ! 1 1 1, H 1 FAM_CC/VGGT»GTG*AAATCC>AG/VCA—MGB I ! 1 E( i I i I I 1 l 1 ! S I m 1 1 1 S s nn CC/VTAC^T&GCT-TTm&AA&CA AACM3TG<3CT-GT/VCTG-AGC-ATO*A TGG-TTT-GQO-TGG-TGT-CGT-T CTG<3AG<y^GTG€CT-CTT-TG GAC-ACA<3COAGG.AGG-AGT-GrA<3 GGG^CCGCCTGAGTGMX GAC-AAG-ATA-/^AGC>GAArGGT-GTC | 1 GG/VACOCAATC/VCT&ACWGGr-T AGArGG/VTGGTG&CA&AC/VGG TGT-CTG-ATGGCA-TTG-AG^-ATG-TG GGOATA-TAT-CTT-CTC-ATG-TCC-TGG-A GAT-AGOAC/VC^&GnT»GGR?rC>TTC TT(>TTC>AAM^G-ATT^TA-TraCACC CA&AA&GGOTCA^GAGTQGTrGT GGAGCC CTT GTC GGATGA T TCArTTOTCArACGATG<X>M3CT-A GCCTGOACOAGG^G/VGACA GWGCA&GAOCAOCAG<3AT<3T GTGGA&GAT»GC/VCAC»AGOAT ! I i nr> 厄 TCX>TAC^AGCCT-TTG€CT-CTT σΤΤ»(ΞΛ&<3ΑΑ·ΤΟΜΧΑα3Γ€ΤΑΤΟΑΌ ί ! TG/VGG/VGCT«GCOCm5TT-TC ! GTOTGTTGC/VGGM5AT"GCC*M 1 ! 1 丨 GTOCCArC/VVCA/VTTGAA/VCT&C GGT*CGM3M~M&CTT-TGA*AAOAG AA&CCA<XX>CAT-CT&CAC GAG<3CC-TG&GGT-AGA<3CAhG MT«CAT-AGOTCT^CAT-TGOCTT-ATG*AG (XArGC^VGAC-TGC-TGG-TGG-A CAGCTATC&GTGCTT-TGOAG I ! GGOAA/M3COC/WGAOCTT-C CACCTGGCTGC3GAAAATGG CAT-AC^ATC-TCT-GTT-CTT-GG&CAT-T CGOGA&ACGCTCTG&AG/VA AAGTCOATCCTGTATGTQGTA&AAG*AG GGA-AAG^^-AGCnAGT-CAT-CCA (XArGAACTG^^&Gnr&CT&G E 喇 IL7R I § 1 UBD I GPR171 1 I PRKCQ STAT4 i TRAT1 TRBV19 § I IND01 H3F3A i I 1 § ITGB3 TLR4 TLR7 TLR10變異體1 IRF1 121044.doc -287- 200817680 121044.doc 288 - 200817680
CD ΙΟ CO Ο s ω s 00 CO o CO CO o 21 Z S in o 〇 CD t— 0) T— CD si O) t— ? ω S t· Έ (d § g丨 5 Z CM % 卜 I s CN4 1 s 1 CO 1 00 s CM t— Έ S s t— § τ- Ο 2丨 z S丨 z uo § fe 8 CO < 00 8 o ffl cvf t- s 〇 Έ o δ 5 2 CO s CM CO s o § 卜- s o Ϊ Z § σ> I 1 ο —> 8 5 ζ σ> s CO S 〇 i 卜 § IB f5 Ω JO δ s z 〇〇 Rl % t— Ri S Έ CD σ> S 8 ffl 〇〇" S § 8 CO 2 S CN τ- Ο s1 z S S to t— 2 z ε O CD CO g 卜 5 o CO CN s o ocT s s 5 z ro" s § o Z cvf 级 g o s' t— S g Ϊ 2 5 2 $ S 0> 1 s δ fe (/) i δ 5 z 闵 S 0 CQ in s V g <XD 1 ξ § m CN 2 t— O) r— s o( z S S S I s g CO P> s s lO σΓ S8 1 1 1 8 00 2 < S i 1 § 1 s 1 CN | 〇 s § § § § Zj 寸_ Ώ 1 z S σ> S o CQ s 卜 ?: 0 m s lO 卜- s N ocT 00 § 1 o § o | s s 0 QQ σΓ 娶 1 CO* 5 ίο 2 ο CO S Έ 厂 τ- τ— s Ο) S CO i t 5 ο τ** τ- σ> 1 卜 Ε S ο Q σ> 8 S X I C0 5 CO τ- τ- I 1 ζ S CM g σϊ 8 QQ CO S 8 s < g CO t— i z 卜 00 s g cvT s a> δ τ— β ω σΓ a I S S CN ϋ < σ> CN τ— τ- S ί ζ cm" S ω τ- 5丨 Ζ 8 s ζ 0 c>j 8 ω 8 g S S CD Csl s < s s 1 z in s CO V S D o σΓ s CO CO· m ir> 3 in CNi s s o V- s o CO s s CQ < lO <VJ 8 0 1 a σ> s l〇 ^r* Έ1 Z S <N g ω I in 芝 i S S r- co 8 i z (O t— CD 5 i z NM一138761,NM_138763,NM—138765,NIVL〇04324,L22473,L22474,U19599,AF247393,AF250190,AJ586909, AJ586910,ΒΜ706954,Β0014Τ75,Αϋ417988 § o CO σΓ to s CO δ < σΓ ΙΟ δ σΓ CO 8 LL < 00 C0 S 艺 LL < S (Ji s X CN- ΓΟ τ— s CO’ s s | o 5 z |NM_003005,M25322IBC068533 | i CO 卜 s s s 8 | T- 穿 τ- Ο § ιτΓ S σ> δ ccT $ 1 ο in 落 s ο ΙΟ S S ο σ> 1 S s Έ ο 1 CN s CO 0 00 § 1 Cvi E S CD CO 兗 l〇 二 o’ i co" 溪 o g| 5 CO § s s g | 〇 ft o | S K | ίο s CD g 3 ΙΛ s s Ϊ z CO i O T- s 5 z CO t— s LO I s 3 8 S O 5 z 8 运 S S 8 运 S S S ω S 1 N. 8 S § ξ 努 8 S 5? O S 5 V CO 8 5 z s s § X s 0 1 z σ> 8 jJ〇 < 3 1 § s s g i8 g § 1 δ co" s 1 1 X σ> § 0 1 m O) fS s 0 co co s § X 00· 沼 2 t— δ 1 z CM in 寸 t— CN T- T— CD CN OJ I t— OJ T— r- r- CO OJ T— 寸 CN v〇 卜 T- S CO CNJ CO V- LU S 〇 s o 爸 Q 〇 σ> 1 s Q 8 o s o 〇 a: a. a GO 8 o § Q 〇 § 〇 I ICD40LG | HLA-DRA IHLA-DRB1 | § CO ITNFRSF18 I o o 系 CO 〇 z 21 ω IBCL2L1 | i HAIV0I 0. Qj (/> LU δ S I CL 2 on I 9ΗΛΙΛΙΙ co CL a: ICYP1A2 | ICYP7A1 | LL ϋ Ϊ Hs00167894_m1 |Hs00181217_m1 |Hs00233520_m1 | |Hs00174333_m1 s' (M 8 5 ? |Hs00174796_m1 |Hs00233552_m1 | |Hs00374176_m1 | |Hs00365634 a1 I |Hs00154355_m1 |Hs00175478_m1 |Hs00199349_m1 | |Hs00175480_m1 | |Hs00163934_m1 |Hs00219575_m1 |Hs99999917_m1 | |Hs00203436_m1 | |Hs00188346^m1 | |Hs00359999 ml I |Hs00167248_m1 |Hs00153350_m1 | |Hs00169141_m1 | Hs00180269_m1 |Hs00164932_m1 t— co丨 00 LO S 5 沄 I |Hs00174057jn1 |Hs00157965_m1 !Hs00153133_m1 | |Hs00166915_m1 | |Hs00189742_m1 i s T— S |Hs00192564_m1 | |Hs00167927—ml | |Hs00167982_m1 | B 1 T— E CO % CD 5 X 289- 121044.doc 200817680 表7A反應者 組與無反應者 組之間的幾何 平均比率 基因 比率 LL UL CCL5 7.83 3.09 19.84 FASLG 7.57 2.77 20.70 GNLY 8.82 3.61 21.56 GZMB 12.15 4.38 33.71 PRF1 11.07 4.85 25.28 IFNG 21.19 5.36 83.86 ICOS 13.44 3.44 52.51 TBX21 13.93 3.63 53.41 CD8A 11.60 4.22 31.90 CD3E 12.78 3.55 46.04 CXCL11 4.71 1·44 15.35 CXCL10 7.39 2.56 21.39 CXCR3 16.96 3.10 92.90 CD20 9.46 1.35 66.42 FOXP3 5.57 2.58 12.04 INDO 13.62 2.89 64.20 CD45RO 4.02 1.84 879 CD45R 4.92 1.90 12.77 CD69 5.84 2.00 17.06 TRBV19 11.15 3.56 34.94 TRAT1 9.67 2.77 33.80 TRDV2 7.05 2.79 17,82 STAT4 3.41 1.75 6.65 PRKCQ 7.41 3.24 16.94 GMZK 9.20 2.60 32.49 GPR171 5.25 2.47 11.17 UBD 14.68 3.95 54,65 CD52 6.17 1.96 19.41 CD3D 10.03 3.07 32.77 IL7R 6.49 2.08 20.26 IRF1 5.54 2.83 10.83 TLR7 3.44 1.50 7.89 表8 (如下) 30種基因間的相關矩陣 121044.doc -290 - 200817680 & &^ss s s 5 & g^_ s Ϊ s簦 S3r 簦 ir m si'e/l s-il SI—p 0 e 0ss0 卺 0 ss0 SRi,穹 sss^ssimsss 0 s 0 s 2 0 ^ 0ssr 蕓卺 ariirs:m irs:iiisigs;si S8.i ··s §· .0 .^- 0 · s ^ etsf 卺:ifi;,i-slrir-isslssrs -:1;,S3!r!iiir_ it ιί:0 ::0:i::s 0‘!5『ΊΪΓ¥,1Γ ¥Έ:^1^ i’ ssMls·:&::i. κΐ 88.0-:p li 1 Ilrsp m.-::1:si:!ii丨’邕 ίίΐ υΓ 一 丨-11:,SI::s ¥ fesl 0 e· & . 0 s ^ 1-..,1:s:ars:srs ,蕓 Έ:’i e‘ΓΊΓ、『21:ai丨⑤ Έ Έ i m If ¥「¥:¥1Γ83·Γ^: :0:5/ΓΙΓ1i:S3i::ssi si: 1丨-;i 2ΪΓΝ·ΓΙΓε5二㊂ ,0 s g s: 2 ^ e:asi 1 ,M als · ί8Γ」8.Γ _ m s s.iI i,^^0 s s 0s 21i11Si:雪’kssm I i!i,-:丨isi·;Isrls-:ls 0:l8rsE5rsK.二fr-i窘 i 181:1!‘iri.「1丨5SS0 lil'l &, s 0 0 s 丨 ii, 0;1 5『rsi:8『rl.二 frssr 匿 ¥:ϊ.ο s^.0 ^ 0 s 0 e 0 ssii m lsir s 丨a!‘·¥:…i 1ilr¥;p;:0 ^ 0 0 - 0 $:0•‘si.r 岂 i &s38rs: 0 ifi¥ s, §i i;s /ii. l【一i §.^|s s ^ s:s!s S S S s s ^m\m m m\^ m s\m s!s:e e sis-s|s-ss,s s:s;e;2 m m ^ m m E m m m m\m m s\m 3 s m s m\^ m s:m m m ^ ^ ^ m m m ^ : ; : : : ; !;;.:;:; :;:.丨 :! S>e S ^2;Ξ?;:εΞ ES S3 S3 S^ ES S 2¾¾¾^ ?S:S^ ^ S^ i ; 5¾ , S3 ^ t〇 s^ =°|· C=» ; «=» 5 C=^ : <=S> G=> ' 4—% · G3 : C9 . t-=* ' 09 C=> : CS , ^- ; C=» : C=> <=» ! <=> <=3> C=» · CS C=> ! ^=> C=> . C=» ' G9 C=9 C=^ i : . ' * . : i ; ; f : : i :·::'; i S - ! ! : ; ; Ξ ; i I ; : t-g-> ^j, . _ — 〇#-> r^-> ' <〇 e=» or* 〇〇 _ <—*> ? _ : <—» . r*-^ · (_:» . <_i〇 » c^-> ca a : c^j :·_<-> . d r*~_擊:r-··— *-cj· rx-% .
« S S S S-S:S;S S S S S S S S j5=a^ Σ 1 : : : : L . .: i_ 響^尝養雪e蕓:雪丨雪吾丨营_普3声_雪s;营丨·憑阜營雪憑e:g岂雪 :^ ^ mmMlsmm\m:ms\s^[3m mmm m m F= * ; m mmmmm smm mm mmm ssmm m mm m:mms mm m m -j^» :. ‘ . ; .·;::: : : : ; 丨岧窆卺§ s丨蕓s:s s:蕓笤岧e;雲丨笤蕓s s s丨髫髫岧岧雲羞髫 s m m m s s[m ^ m m m m ^ BS 5? SS SS 5Ξ 55 c=k ^=> * <=» G=» G=si C=S> SS fei&i S^ SS S3 feS S=i d c-> < ;· » ,__ 丨 > <_, 、 < :» <==> » » c=» g s ^ s s;^:s m m ^ m m m m\m\^ m ^ ^ m m s s s s ^ s mmm m m m s mm ^ m 1 m m rnim m:m:m m m m m m ^:m m ^ m m m m m J〇l ; j . %m\m mm:m m m\m:m mm m m ^ s\m\m m mlm m m m m m[^ m m %s\m m m m m\m\3 m m m m m m m\m m m m m ____ ; : : ' i ' : · : ; : · ;- * : · . : ί · · . : f : : 1 ! ’ ;S,s s;s s s;s m\m m m ^ m mm m s m s m m ^ m s 11^¾¾¾¾¾¾¾¾邑iSi^5sS,55I^S5;SlvSicS!&&& 291 - 121044.doc 200817680 表9A由邏輯回歸所獲得之18個最佳模型 預測者 R2 (%) 卡方値 PRF1 55 16 IRF1 50 14 GZMB 46 14 GNLY 45 14 CD8A 46 14 PRKCQ 45 14 FOXP3 42 13 IFNG 52 13 CCL5 45 13 GPR171 41 12 TRBV19 44 11 CD3E 39 11 TBX21 44 11 FASLG 39 11 CXCL10 35 10 ICOS 39 10 CXCR3 35 9 CXCL11 22 6 \ 121044.doc 292- 200817680
表ίο使用某些基因之邏輯回歸模型所計算之正確分類百分比。 模型 正確分類患者之百分比 PRF1 86,6% IRF1 89,7% GZMB 82,8% GNLY 82,8% CD8A 82,8% PRKCQ 89,7% FOXP3 86,2% IFNG 89,7% CCL5 79,3% GPR171 82,8% TRBV19 86,2% CDE3 75,9% TBX21 82,8% FASLG 75,9% CXCL10 75,9% ICOS 75,9% CXR3 75,9% CXCL11 72,4% 121044.doc 293 - 200817680 / 患者鑑別號 2.835 2.401 8.752 4.378 4.29 7.706 2.948 2.664 4.868 i 10.132 6.463 3.839 3.231 2.663 v〇 m 3.208 2.627 : ! 9.514 6.042 4.785 6.126 2.439 in ΙΛ 3.096 3.561 11.192 3.518 4.087 3.242 1 2.382 3.049 2.401 1 10.752 5.656 5.755 j 8.103 3.291 3.055 5.06 9.815 3.748 5.814 3.687 3.235 P> 3.096 5.169 10.154 5.187 5.104 4.138 2.396 VO VO | 3.208 1_ 2.324 11.312 4.837 8.56 9.226 4.142 3.204 寸 r4 10.579 3.843 5.506 7.003 3.291 2 3.148 7.911 10.849 5.295 5.673 4.731 4.336 表11A 基因 符號 CCL5 UCHL1 PVT1 /// LOC44 1378 1 ft CD52 UBD STAT4 基因名稱 0SM ^赵 Ha ^ IK 鍵稍 骣账 惣3餾 ㈣ΐ§ CDNA純系 MAGE:4796388 ||||g 泛素D 探針組 1555759 a at 1555834 一at 1558290 a at 1569942 一at 204661_ at 205890_ s at 206118— at 121044.doc -294- 200817680 3.104 2.237 4.672 寸 rn S 〇〇 rn 5; r—H CN 2.567 2.227 rn 3.692 4.457 2.179 m 00 m rn ! 2.237 4.679 3.285 3.294 <N rsj 1 2.227 Ό <N 寸 rn Ό S rn 4.672 ^T) (N m S I 1 2.232 5.499 3.996 3.866 2.358 1 < <N r—H <N (N rn 3.194 4.585 2.364 2.659 1_ 2.232 4.635 4.679 IT) vd 1 2.178 1 7.079 2.232 4.363 5.888 3.286 <N m iri 2.237 7.086 s in ^ 1 6.184 00 F—^ (N 6.187 2.225 VO ON rn ΟΊ 寸· 6.058 2.362 ! GZMK IL18R AP 1 GPR17 1 PSCDB P NCF2 | PRKC 1 罐^驟駿 介白素18受體 輔助蛋白 G蛋白偶合 受體171 起遐笔iB遐 匿i妒11m .目·目截恕 ^ Ο Λ ^ ^ " S iH § ®ΐ ^ 二 ^ CO iH ^ Q E S版涨 CD U 聰 m 巍 Rffl 206666 at 207072 at 207651_ at 209606_ at 209949 at | 210038— 1 121044.doc -295 - 200817680 5.283 4.842 2.196 2.909 4.775 4.291 2.332 2.297 6.134 5.057 2.453 2.728 3.484 5.234 2.347 2.521 3.893 6.091 3.203 5.177 5.367 4.059 2.193 2.424 5.368 3.791 2.257 2.877 6.72 7.116 4.452 7.359 6.559 6.159 2.261 3.556 5.649 4.292 2.887 3.275 α LST1 TRA@ /// TRDV2 III TRAV2 0/// TRAJ1 7/// TRAC TRGC2 TRBV2 1-1/// TRBV1 9/// TRBV5 -4/// TRBV3 -1/// TRBC1 白血球特異性 轉錄因子1 S遍b T細胞受體γ 恆定域2 fillip 麗·窮關需 田 CN CQ·田 CQ«田 芦筠ISP鏐 Λ 210629_ x—at 210972— x_at 211144— x—at 211796 一 s 一 at 121044.doc -296- 200817680 /
I 5.558 3.058 3.626 5.048 i 2.606 2.308 6.068 2.829 3.178 5.735 6.77 2.277 5.884 3.192 3.183 3.67 r 6.729 2.887 7.347 3.096 00 CN 5.49 3.088 2.327 7.356 4.53 5.87 i 1 5.367 4.486 4.283 6.574 2.962 3.182 4.673 6.237 2.292 8.223 3.011 3.352 5.528 3.536 2.871 6.553 7.027 7.52 6.218 4.394 5.453 7.479 3.787 4.399 5.948 2.588 4.251 4.185 3.179 4.967 8.21 3.914 HLA-D QA1 /// HLA-D QA2 TRBV1 9/// TRBC1 CD3D GADD 45B ITGB3 TRAT1 靈-4Ή你_ 跑φ再繼。 lull mrnmrn 罌系向鋰,识 l-H r-H CCL \-H ,~~i IjttI 哲龄IM莒鑀g 赵a CO C < . Z Q 赵#i 匄》 嗽擊E 七 曰 概酬θ 潮筚运 mm 212671一 sat 213193一 x—at 213539— at 213560— at 216261 at 217147一 sat 121044.doc -297- 200817680 8.04 7.142 3.828 3.417 4.931 ! 7.304 9.998 7.564 6.181 11.625 7.41 9.012 3.492 3.917 5.029 6.956 9.752 7.795 6.406 12.092 8.129 8.075 4.246 2.512 6.268 7.277 9.943 8.479 「 5.947 11.858 8.181 9.077 2.702 4.494 4.301 7.077 9.47 8.427 7.056 7.768 7.051 7.438 3.557 3.812 3.239 7.571 10.304 8.051 [ ;6.486 12.563 8.621 8.32 4.804 2.511 5.91 8.385 10.771 9.582 7.683 12.636 9.516 8.51 4.641 2.753 2.86 7.998 9.799 9.332 8.109 12,565 8.599 8.794 5.117 2.931 5.98 7.352 9.458 7.742 7.292 10.93 8.655 7.139 4.228 4.219 3.985 6.773 9.319 7.241 6.204 8.235 8.989 9.212 4.712 5.382 4.16 7.893 10.827 8.959 7.288 11.368 1 HLA-D ΜΑ CENT D3 SAMS N1 CLEC4 E TNFRS F19 NAVI NAVI NAVI NAVI LOXL4 1=1 繼- 酿啦| 州鹧Q 矢車菊甘Δ3 i]m 鹕5 Bl E戡 碳條 膨豳2 ¢^01( 神經元導航子1 神經元導航子1 神經元導航子1 神經元導航子1 離胺醯氧化酶 樣基因4 217478一 s一 at 218950一 at 220330一 s_at 222934一 s—al: 223827一 at 224771一 at 224772 at 224773— at 224774_ s at 227145^ at 121044.doc -298 - 200817680 11.003 11.837 3.425 7.119 7.444 9.808 Ό VO 00 5.289 10.732 12.125 3.472 9 o Os 8.819 等 00 3.469 11.247 12.911 σ\ 00 cs 8.172 6.322 9.839 9.552 6.008 10.121 11.115 4.398 6.317 8.887 10.039 9.098 4.246 11.041 11.729 f—Η Ο rn Ό 00 'sd 7.827 9.864 寸 6.798 11.778 12.747 (N co 00 卜: m CO 9.813 10.071 6.518 10.533 10.566 s 寸 vd 5.969 8.976 10.292 5.799 10.601 12.618 5.527 7.275 σ; 9.654 α\ 9.446 10.222 11.787 4.874 CN s od 10.766 r—< 00 们 vd 11.735 Ο) r—t 5.224 8.489 os 'O 10.066 9.936 00 vd NAVI TNFRS F19 TAGA P GIMAP 2 IGF1R C17orf 63 NAVI CD52 神經元導航子1 碳條 蟛豳2 T細胞活化GTP 酶活化蛋白 GTP 酶,MAP 家族成員2 胰島素樣生長 因子1受體 砮π 神經元導航子1 CD52抗原 (CAMPATH-1 抗原) 227584 at 227812 at 229723 at 232024— at 238544^ at 242886一 at 242986 at 34210一at 121044.doc -299 - 200817680 患者鑑別號 ίο 3.11 2.401 9.901 4.382 8.696 9.54 | 00 3.034 5.041 10.616 5.832 4.082 3.178 00 fO 5.411 寸 8.57 2.944 10.289 10.131 is 5.256 寸 8.504 3.392 11.34 1 10.657 1 *s〇 rs 4.664 2.401 9.409 3.61 8.487 1 12.384 | m rs 4.159 2.463 9.384 3.972 8.556 1 9.801 | 2 3.656 2.398 8.46 2,198 6.144 1 8.088 1 O 1 5.121 2.358 9.536 4.189 9.415 | 9.692 | 宕 3.207 2.399 8.588 2.849 8.979 I 7.52 | in CO 7.109 寸 8.63 4.066 9.702 | 11.582 ] CM 5.498 1 ! 2.36 7.403 3.324 8.301 | 10.159 I 4.665 2.329 8.59 3.605 8.008 1 11.687 表11B 基因 符號 CCL5 UCHL1 PVT1 III LOC44 1378 | 1 1 | CD52 1 UBD 1 基因名稱 趨化因子 (C-C基元) 配位體5 潁概 ώ ^鍵 汹题& CDNA純系 IMAGE: 4796388 CD52抗原 (CAMPATH-1 抗原)/// CD52抗原 (CAMPATH-1 抗原) 泛素D 探針組 155575 9一a at 155583 4一at 155829 0_a_at 156994 2 一at 204661 at 1 205890 1 121044.doc •300- 200817680 g 〇〇 m 00 CN m m (N rn vd ci vd ΓΛ 00 ΓΛ s m <N (N rsj v〇 g <N m CS CN <N (N rn ri g 00 <s Ό (S On σ; 寸· 〇s fS rn 10.834 »r> m od cn 00 d ▼-H cs ON ON ΓΛ CN 10.668 〇 ir! 00 <N 卜: r—^ P (N m 们 cs » N oo od (N 00 r- 2.264 卜 s VO Ό od vo s m o od <N 卜 ON Os VO <N od 2 ?; s |Λ iri VO vd Μ 1 vd 寸 00 m m m m 04 P; on m — 〇< CS od od 吞 卜 s oo CO On Ό On 6.788 uS cK CN 00 卜 vn r-N VO VO r-^ On 00 s uS — oo VO STAT4 1 1 ______ GZMK IL18R AP GPR17 1 PSCDB P 娜艇 ft漤β 黯tt屮 ililll si 制 22 ¢1 滌m •mg 4n mlT S| 眶阁二 1:南二 遐*m与$遐_ 鼴u驟雪^駿 ϋ职 它坦租啦芯趙粗返 t3 206118 一at 206666 —at 207072 at 207651 _at 209606 一at 121044.doc -301 - 200817680 7.449 2.301 7.287 6.411 3.405 2.179 3.779 4.292 1 7.213 4.73 8.828 οό 6.48 8.218 7.058 11.544 6.281 5.272 6.834 9.727 7.499 5.51 7.323 8.326 6.643 4.108 6.69 7.331 5.428 6.907 6.424 10.646 5.572 2.836 5.831 6.451 1 7.973 2.406 6.926 11-25 6.845 4.768 6.711 8.072 1 6.928 4.981 7.078 7.913 NCF2 PRKC Q LST1 TRA@ III TRDV2 III TRAV2 0/// TRAJ1 7/// TRAC inff c,mm 拿1EQ妝铂 丑裰涨 蛋白激酶C,Θ 白血球特異性 轉錄因子1 ignn 9pn i^iiu igtnz i£juii gEg親g懲g瑯罡职 ' 209949 一at 210038 at 210629 一x一at 210972 一x一at 121044.doc -302 - 200817680 3 oi (N i 2.189 ΓΠ On <N CN 2.679 T—t m vd v〇 rn 00 10.757 VO cn 卜: 11.111 10.974 5 CN cs o Os 10.008 ON cs v〇 00 ON 2.689 6.456 ON rn v〇 »—< vd 卜 rn a; 00 00 艺 v〇 CN S v〇 o ro VO $ 1 10.708 11.257 4.892 »—H r—H 00 § ON 6.096 7.924 10.798 TRGC2 TRBV2 1-1/// TRBV1 9/// TRBV5 -4/// TRBV3 -1/// TRBC1 9^9cn < 3; < < ί ακ α 丨T細胞受fly ;恆定域2 cclScd^'cq-^cci^ccl 豳:豳蒯 igtin T_^ igtm ignn ^ igtnz iqtm :SgSg|SiKg®g mmmmmmmmmn 要-州起叫 繼豳$韵§ 題Φ各要-~ 陳鹅Q繼鹦各 州id騷盛<ing 211144 x—at 211796 —s—at 212671 —sat 121044.doc -303 - 200817680 rj 吁 00 m (N 1"·« CN S wn VO r> (N ΓΛ 00 m cs o cvi Η rn vd CN 1—< 芸 卜 00 vd ri rs 〇\ 寸 <N tN v〇 r—- S (N s〇 VO cs v〇 卜 f—< VO 00 〇s vd 对· VD On r—H 00 ΓΛ s 〇\ s 卜: 00 oi 00 <N 00 tr> m v〇 S m in 'O oi 00 8.387 On 00 m ON 〇\ v〇 oi 卜 cs <N On vn v〇 cs 10.191 卜 m 〇\ vd oi T—^ 00 00 s VO Si ON VO 00 iri CN m \r> 00 m 芩 00 卜: oi r—* > > U §&2 Q s B m < ^ cn PQ 〇 r_. Η H u 〇 H /^\ r\ .Trrlrtfcl ca CO. CQ. ^ CQ. CCL as ^ as ^ ss is igtin ignrz igtin ignn 删 β體·' 勻_歴 al T細胞受 可變域1 T細胞受 可變域1 Τ細胞受 恆定域1 Τ細胞受 ®定域1 ilg 胡Q· 赃七曰Θ 4π_ίτ[凾 213193 —xat 213539 —at 213560 _at ! 216261 一at -304- 121044.doc 200817680 3.002 m m as 8.202 6.719 7.666 2.996 cn ir! 00 g s (N m 3.019 ON 00 OS <Ν 00 CN — VO 8.077 s r-H yr% 艺 ^Ti 〇 00 VTj m vd iri rn in νο VO VO <N g 00 穿 v〇 On CN 00 00 uS 00 — <N rn 00 On Os CN CN v〇 m 00 Os 00 卜 P; in 〇< i/S 00 寸· v〇 6.512 10.475 m 7.429 Os ?: 00 运 v〇 (N vo VO as 00 00 00 VO 00 CN 00 v〇 〇< … so vd c^· m 10.193 v〇 JO f-H IT) oo 00 吞 m rn VO 5.044 a\ oo m s〇 Ό 00 cn s m oo 艺 ^sd iri CN vd 00 s CN A s Os 寸 CNj VO 00 y 1 < i/S — vd CN vd On m i 10.838 cn 00 Os 寸 rl m CN m g to 卜 8 卜: vb v〇 rn 6.748 10.873 9 < a: 7.494 6.912 o rn 6.378 TRAT1 HLA-D MA CENT D3 SAMS N1 CLEC4 E TNFRS F19 NAVI mn酬 組織相容 合體, ,DMa 矢車菊苷Δ3 CO ^ {Η 議域 成員E 闘 握 If 1R li s激^ ffiig 職_咖( 製 芦鼷in 217147 sat 217478 一sat 218950 at 220330 —s—at 222934 一s一at 223827 at 224771 at 121044.doc -305 - 200817680 8.412 6.473 5.911 8.604 9.564 10.575 5.293 1 ί 8.294 5.445 7.335 oo 寸 cK 7.352 6.48 11.838 10·56δΊ 1 12.176 3.21 6.523 9.187 9.344 7.742 7.035 5.989 3.702 9.367 10.541 7.081 9.891 3.677 1 7.589 7.529 4.953 j 5.262 9.691 1 8.769 _I 9.083 10.798 10.696 5.264 1 6.208 9.472 7.344 6.166 9.214 10.798 10.948 6.786 9.763 4.359 9.284 8.963 6.94 6.432 9.531 10.254 I 9.998 7.084 10.09 6.574 8.959 8.214 5.668 3.907 7.205 00 00 11.39 5.424 9.673 5.442 5.974 8.937 6.881 5.939 8.792 9.512 11.568 8.532 9.093 6.899 8.744 1 7.897 厂 5.855 5.724 4.953 9.758 8.939 7.032 1 1 7.948 4.359 7.978 8.059 5.878 5.432 3.703 8.45 9.706 9.043 8.794 6.255 7.65 10.073 7.781 7.087 7.798 10.828 9.478 6.009 9.127 1 6.644 10.004 9.184 7.427 5.706 3.699 10.236 9.962 6.398 9.137 7.023 9.338 NAVI NAVI NAVI LOXL4 NAVI TNFRS F19 TAGA P GIMAP 2 IGF1R 1 C17orf 63 神經元 導航子1 神經元 導航子1 神經元 導航子1 離胺醯氧化 酶樣基因4 神經元 _航子1 Η鹊 碳條 πΐ( T細胞活化 GTP酶活化 蛋白 GTP酶,MAP 家族成員2 胰島素樣生長 因子1受體 胬 SIS 二锞 m μ w 224772 at 224773 at 224774 s at 227145 at 227584 at 227812 at 229723 at 232024 at 238544 at 242886 _at 121044.doc -306 - 200817680 Ό 00 vd ON Ό 寸 On <N 00 00 cs (N 〇\ 00 d — 寸 m 〇〇 — On 5 m oo ON 卜 <N CS 00 m oo Os 5.136 7.423 s 菩 OO d r~< $ OO vd d (N ?; oo 〇 oo 艺 m 00 Cs r- 2 1、 00 〇s > (N < Q U ffi ^-H ll^f 鹚:s s〇i 242986 at 34210 at
121044.doc -307 - 200817680 表14患者鑑別號與MAGE免疫療法後之臨床結果的相 關性
患者ID號 進行性疾病 穩定性疾病 混合型反應者 反應者 過早 160 19 20 38 138 30 77 67 136 91 8 127 2 75 124 109 65 11 120 150 60 119 53 27 163 55 23 59 118 122 100 145 96 37 10 52 26/1 81 14 66 106 133 129 74 113 36 9 155 15 5 56 16 13 98 28 108 71 145 121 80 132 3 85 135 134 82 154 39 121044.doc -308 - 200817680 〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇 〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇 〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇 〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇◦〇〇〇〇〇〇〇〇〇 〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇 ooooooooooooooooooooooo 〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇◦〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇 鲽
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121044.doc 1 9.999958e-01 17 4.189989e-06 2 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 18 -6.820198e-06 3 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 19 -6.825022e-06 4 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 20 -3.118923e-05 5 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 21 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 6 9.999958e-01 22 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 7 9.999958e-01 23 4.189989e-06 8 9.999958e-01 24 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 9 9.999958e-01 25 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 10 9.999958e-01 26 4.189989e-06 11 9.999958e-01 27 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 12 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 28 4.189989e-06 13 9.999958e-01 29 4.189989e-06 14 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 30 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 15 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 31 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 16 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 17 9.999958e-01 $lev 18 6.820198e-06 [1] ,,NR” ”R” 19 6.825022e-06 20 3.118923e-05 21 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 $call 22 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 nnet.formula(formula = f 〜.r data 23 9.999958e-01 =data, MaxNWts = 10000, maxit = 24 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 250, 25 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 size = 2, skip = FALSE, rang 26 9.999958e-01 =0.7, decay = 0, Hess = FALSE, 27 〇.〇〇〇〇〇〇e+〇〇 trace = TRUE, abstol = le-04, 28 9.999958e-01 reltol = le-08f metric = 29 9.999958e-01 ’’euclidean1’, 30 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 subset = training) 31 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 $residuals [,1] 1 4.189989e-06 2 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 3 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 4 〇.〇〇〇〇〇〇e+〇〇 5 〇.〇〇〇〇〇〇e+〇〇 6 4.189989e-06 7 4.189989e-06 8 4.189989e-06 9 4.189989e-06 10 4.189989e-06 11 4.189989e-06 12 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 13 4.189989e-06 14 〇.〇〇〇〇〇〇e+00 15 〇.〇〇〇〇〇〇e+〇〇 16 〇.〇〇〇〇〇〇e+〇〇 319- 200817680 附錄B :患者之線性判別分析臨床結果預測之Ida類的R目標 $prior
NR R
0.5862069 0.4137931 $counts NR R 17 12 _ 行2 $scaling X213007 at -3.352605e-02 LD1 X213008" at -4.189798e-03 X1405 i at 5·944209e-03 X213068" _at 2.658290e-02 X1552497 一a 一 at -1.489159e-03 X213095· _x_at 1.421934e-02 X1552612: _at 1.928010e-03 X213193· 一 x_at 2.914348e-03 X1552613* 一 s一 at -3.948620e-03 X213475~ _s_at -4_ 914118e-04 X1553102· 一a 一 at 2·035336e-02 X213537— at -8.357035e-03 X1553132. a 一 at -1.048751e-02 X213539" _at 7.487953e-03 X1553313' 一s 一 at -3.034153e-02 X21356CT at -4.020759e-03 X1553906' 一s— at -1.834813e~02 X213566~ at 5.845149e-03 X1554240* 一 a_ at 1.365655e-02 X213603" _s_at -5.088264e~03 X1554966' a 一 at 3.759930e-03 X213618" at 1.305106e-02 X1555229 a— at 8.797787e-02 X213652" _at 8,548287e-03 X1555630 一a 一 at -2.791031e-02 X213819" _s__at 8.196495e-03 X1555756' 一a 一 at 1.654466e-02 X213831' _at 1.631173e-02 X1555759 一a 一 at 1.036814e-03 X213888" _s_at 8.134177e-05 X1555812' 一a 一 at 1.278876e-02 X213975" _s_at -2.095655e-02 X1555852' 一at -3.512472e-03 X214023- ,x_at -2.237865e-02 X1556185' 一 a一 at 3.025315e-02 X214038一 一at 2,389479e-02 X1556579 —s一 at 4.497852e-02 X214181" _x__at -8.976012e~03 X1557116 at 4.611121e-03 X214450- at 1.788553e-02 X1557222 一at 2.410949e-02 X214470" at 2.213217e-02 X1558034 一s 一 at 2.790575e-〇2 X214617" _at 1.563590e-02 X1558290 a at -1.523617e-02 X214669' x_at 1.972879e-03 X1558586 at -4.151460e-02 X214677** x__at 3.809399e-03 X1558972' 一 s_ at 5.561221e-04 X214719' •at 1.439531e-03 X1559263’ 一 s at 7.463183e-03 X215051" •x_at 1.072135e-02 X1559425' at 1.864440e-03 X215121 _x_at 4.118073e-03 X1559584 —a at -5.820026e-03 X215193' _x_at 2.105556e-04 X1562031' at 9.246741e-03 X215223" —s_at 1.530709e-02 X1563461' 一at -2.064194e-02 X215379" x一 at 7.064224e-03 X1563473_ at 4.011858e~03 X215561" _s_at -2.385977e-02 X1565602' 一at -4.884858e-02 X215806' _x_at 1.767858e-02 X1568736 _s__ at -2.773483e-02 X216155" _at -3.705145e-02 X1568822. at 2.099681e~03 X216191" _s_at 4.747897e-02 X1569942' at 6.739294e-03 X216194*" _s_at -4.006836e-02 X200612_ s at -6.365853e-02 Χ216Ί14 _at 2.405266e-02 X200904一 at 6.387716e-03 X216841" 8.716417e-03 X200905— x_at 5.294827e-03 X216920' _s_at 3.911396e-03 X20〇953一 s_at -8.671791e-03 X217028" 一at 5.128469e~03 X201010— s at 4.474642e-03 X217138" x at 9.357220e-03 / -320- 121044.doc 200817680 X201137 X201220 X201236* X201425· X201474 X201487· X201497. X201502· X201531 X201566' X201720· X201721 X201804 X201859 X201939 X202207· X202255* X202269. Χ2022Ί0 X202368' X202369 X202391 X202510’ X202625' X202643' X202644 X202687' X202688: X202948* X202957' X203413· X203416' X203471. X203508' X203523' X203547’ X203665' X203741 X203761 X203812' X203868· X203915" X203932. X204057· X204070. X204116' X204118. X204135. X204204 X204220. X204222· 121044.doc s_at -1.506315e-02 X217143 _s_at 7.546655e-03 x_at -2.667959e-02 X217147" s at -1.958024e-02 s_at 1.404961e-02 X217478" _s_at -1.327997e-02 at 1.554231e-02 X217525" at ~1.717356e-02 s_at -6.107372e-03 X217629- at 7.854937e-03 at 2.472156e-02 X217767_ [at -5.238491e-03 x_at 7.254710e-04 X217995' at -6.809023e-03 s_at 5.696526e-03 X218002· _s_at 9.869321e~03 at 1.148431e-02 X218035" _s_at 1.245016e-03 x_at 1.794849e-02 X218145" at -3.291834e-02 s_at 1.570380e~03 X218170" _at -7.323517e-03 s_at -9.613928e-03 X218322* _s_at -8.250237e-03 x__at -2.053567e-02 X218499" at 5.140903e-04 at -1.376084e,04 X218736" _s_at 2.138520e-02 at -3.369784e-02 X218739' at 2.714745e-03 at -1.196899e-02 X218764" at -9.158772e-03 s at -4.340999e-02 X218802' _at 5.152377e-02 x_at -1.833048e-02 X218805" _at -2.574003e-03 at -8.686638e-03 X218854- at 3.989147e-03 s_at -2.233262e-02 X218899~ s_at -3.411423e-02 s_at -1.278489e-02 X218950一 at -4.336176e-02 at -5.586253e-03 X219054" _at 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Met Asp Pro Lys Thr Leu Ala Leu Ser Leu Leu Ala Ala Gly Val Leu 15 10 15 gca ggt tgt age age cat tea tea aat atg geg aat acc caa atg aaa 96
Ala Gly Cys Ser Ser His Ser Ser Asn Met Ala Asn Thr Gin Met Lys 20 25 30 tea gac aaa ate att att get cac cgt ggt get age ggt tat tta cca 144
Ser Asp Lys lie lie lie Ala His Arg Gly Ala Ser Gly Tyr Leu Pro 35 40 45 gag cat aeg tta gaa tct aaa gca ctt geg ttt gca caa cag get gat 192
Glu His Thr Leu Glu Ser Lys Ala Leu Ala Phe Ala Gin Gin Ala Asp 50 55 60 tat tta gag caa gat tta gca atg act aag gat ggt cgt tta gtg gtt 240
Tyr Leu Glu Gin Asp Leu Ala Met Thr Lys Asp Gly Arg Leu Val Val 65 70 75 80 att cac gat cac ttt tta gat ggc ttg act gat gtt geg aaa aaa ttc 288 lie His Asp His Phe Leu Asp Gly Leu Thr Asp Val Ala Lys Lys Phe 85 90 95 cca cat cgt cat cgt aaa gat ggc cgt tac tat gtc ate gac ttt acc 336
Pro His Arg His Arg Lys Asp Gly Arg Tyr Tyr Val lie Asp Phe Thr 100 105 110 tta aaa gaa att caa agt tta gaa atg aca gaa aac ttt gaa acc atg 384
Leu Lys Glu lie Gin Ser Leu Glu Met Thr Glu Asn Phe Glu Thr Met 115 120 125 gat ctg gaa cag cgt agt cag cac tgc aag cct gaa gaa ggc ctt gag 432
Asp Leu Glu Gin Arg Ser Gin His Cys Lys Pro Glu Glu Gly Leu Glu 130 135 140 gcc ega gga gag gcc ctg ggc ctg gtg ggt geg cag get cct get act 480 350- 121044.doc 200817680
Ala Arg Gly Glu Ala Leu Gly Leu Val Gly Ala Gin Ala Pro Ala Thr 145 150 155 160 gag gag cag gag get gcc tcc tcc tet tet act eta gtt gaa gtc acc 528
Glu Glu Gin Glu Ala Ala Ser Ser Ser Ser Thr Leu Val Glu Val Thr 165 170 175 ctg ggg gag gtg cct get gcc gag tea cca gat cct ccc cag agt cct 576
Leu Gly Glu Val Pro Ala Ala Glu Ser Pro Asp Pro Pro Gin Ser Pro 180 185 190 cag gga gcc tcc age etc ccc act acc atg aac tac cct etc tgg age 624
Gin Gly Ala Ser Ser Leu Pro Thr Thr Met Asn Tyr Pro Leu Trp Ser .195 200 205 caa tcc tat gag gac tcc age aac caa gaa gag gag ggg cca age acc 672
Gin Ser Tyr Glu Asp Ser Ser Asn Gin Glu Glu Glu Gly Pro Ser Thr / 210 215 220 ttc cct gac ctg gag tcc gag ttc caa gca gca etc agt agg aag gtg 720
Phe Pro Asp Leu Glu Ser Glu Phe Gin Ala Ala Leu Ser Arg Lys Val 225 230 235 240 gcc gaa ttg gtt cat ttt ctg etc etc aag tat ega gcc agg gag ccg 768
Ala Glu Leu Val His Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu Pro 245 250 255 gtc aca aag gca gaa atg ctg ggg agt gtc gtc gga aat tgg cag tat 816
Val Thr Lys Ala Glu Met Leu Gly Ser Val Val Gly Asn Trp Gin Tyr 260 265 270 ttc ttt cct gtg ate ttc age aaa get tcc agt tcc ttg cag ctg gtc 864
Phe Phe Pro Val lie Phe Ser Lys Ala Ser Ser Ser Leu Gin Leu Val 275 280 285 ttt ggc ate gag ctg atg gaa gtg gac ccc ate ggc cac ttg tac ate 912
Phe Gly lie Glu Leu Met Glu Val Asp Pro lie Gly His Leu Tyr lie 290 295 300 ttt gcc acc tgc ctg ggc etc tcc tac gat ggc ctg ctg ggt gac aat 960
Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu Ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp Asn 305 310 315 320 351 - 121044.doc 200817680 cag ate atg ccc aag gca ggc etc ctg ata ate gtc ctg gee ata ate 1008
Gin lie Met Pro Lys Ala Gly Leu Leu lie lie Val Leu Ala lie lie 325 330 335 gca aga gag ggc gac tgt gee cct gag gag aaa ate tgg gag gag ctg 1056
Ala Arg Glu Gly Asp Cys Ala Pro Glu Glu Lys lie Trp Glu Glu Leu 340 345 350 agt gtg tta gag gtg ttt gag ggg agg gaa gac agt ate ttg ggg gat 1104
Ser Val Leu Glu Val Phe Glu Gly Arg Glu Asp Ser lie Leu Gly Asp 355 360 365 ccc aag aag ctg etc acc caa cat ttc gtg cag gaa aac tac ctg gag 1152
Pro Lys Lys Leu Leu Thr Gin His Phe Val Gin Glu Asn Tyr Leu Glu 370 375 380 tac egg cag gtc ccc ggc agt gat cct gca tgt tat gaa ttc ctg tgg 1200
Tyr Arg Gin Val Pro Gly Ser Asp Pro Ala Cys Tyr Glu Phe Leu Trp 385 390 395 400 ggt cca agg gcc etc gtt gaa acc age tat gtg aaa gtc ctg cac cat 1248
Gly Pro Arg Ala Leu Val Glu Thr Ser Tyr Val Lys Val Leu His His 405 410 415 atg gta aag ate agt gga gga cct cac att tee tac cca ccc ctg cat 1296
Met Val Lys lie Ser Gly Gly Pro His lie Ser Tyr Pro Pro Leu His 420 425 430 gag tgg gtt ttg aga gag ggg gaa gag ggc ggt cat cac cat cac cat 1344
Glu Trp Val Leu Arg Glu Gly Glu Glu Gly Gly His His His His His 435 440 445 cac cat taa 1353
His His 450 【圖式簡單說明】 圖1為在MAGE008臨床試驗中使用Spotfire分析並聯繫31 個患者之臨床結果發現Mage免疫療法之反應者(如本文中 所定義,包括反應者、混合型反應者及疾病穩定者)或無 反應者之階層式叢集圖示,同時藉由微陣列分析且使用 148個頂部探針組鑑別基因圖譜。 圖2為與圖1相同之分析的圖示,其中使用BaldiBH分析 -352 - 121044.doc 200817680 以及1 00個探針組進行階層式叢集。 圖3為與圖1相同之分析的圖示’其中使用Arr叮miner Classmaker基因列表進行階層式叢集。 圖4為表示用於圖1、圖2及夕装陌方丨士 。 囘z汉圃j T之基因列表之間的比較 之範恩(Venn)圖。 圖5為30個不同患者之各種基因(36個探針組)之表現圖 譜的直觀表示(患者係沿著X軸且各種探針組係沿著γ軸延 伸)。 圖5a為30個不同患者之2種基因表現的直觀表示(患者係 沿X軸)。 圖 6展不使用 PRFi、GZMB、GNLY、CD8A、PRKCQ、 FOXP3、IFNG、CCL5、GPR171 及 TRBV19基因之主要成 分分析。 圖7為使用佐劑AS 15的來自MAGE008臨床試驗之33個不 同患者(患者鑑別數量係沿X軸)之各種基因(4丨個探針組)之 表現圖譜的直觀表示。 圖8為MAGE008臨床試驗之AS15組中之患者的階層式叢 集圖示。 圖9為使用佐劑AS02b的來自MAGE008臨床試驗之33個 不同患者(患者鑑別數量係沿X轴)之各種基因(41個探針組) 之表現圖譜的直觀表示。 圖10為MAGE0010臨床試驗之AS02b組中之患者的階層 式叢集圖示。 在本文令之熱圖中,以紅色表示經上調之基因,其在灰 121044.doc - 353 - 200817680 度中趨向於以暗色表不。灰度中之免色趨向於表示熱圖中 之綠色(未經上調之基因)。
Seq ID No 1染色體6開放閱讀框架190 Seq ID No 2造血細胞特異性Lyn受質1 Seq ID No 3介白素2受體γ(嚴重聯合免疫缺陷)
Seq ID No 4 CD52抗原(CAMPATH-1 抗原)///CD52抗原 (CAMPATH-1抗原)
Seq ID No 5 CD2抗原(p50),綿羊紅細胞受體///CD2抗 ' 原(P50),綿羊紅細胞受體
Seq ID No 6 泛素 D
Seq ID No 7信號轉導子及轉錄活化因子4 Seq ID No 8顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶3 ;類胰蛋白酶 II)///顆粒溶解酶K(顆粒溶解酶3 ;類胰蛋白酶II)
Seq ID No 9 CD3G抗原,γ多肽(TiT3複合體)
Seq ID No 10 G蛋白偶合受體171 Seq ID No 11 蛋白激酶 c,βΐ 、 Secl ID No 12主要組織相容性複合體,π類,DRa///主要 組織相容性複合體,II類,DRa
Seq ID No 13主要組織相容性複合體,π類,DQP1///主 要組織相容性複合體,Π類,DQpi
Seq ID No 14乙醇脫氫酶川^類),β多肽
Seq ID No 15 Τ細胞受體α恆定域///Τ細胞受體α恆定域
Seq ID No 16 CD69抗原(p6〇,早期T細胞活化抗原)
Seq ID No 17蛋白激酶c,Θ 121044.doc -354- 200817680
Seq ID No 18 T細胞受體β可變域19///T細胞受體β恆定 域1
Seq ID No 19 Τ細胞受體α基因座///Τ細胞受體△可變域 2///Τ細胞受體α可變域20///Τ細胞受體α連接域17///Τ細胞受 體α怪定域
Seq ID No 20 Τ細胞受體γ恆定域2
Seq ID No 21 Τ細胞受體β可變域21-1///Τ細胞受體β可變 域19///Τ細胞受體β可變域5-4///Τ細胞受體β可變域3-1///Τ 細胞受體β恆定域1
Seq ID No 22 Τ細胞受體α基因座
Seq ID No 23 Τ細胞受體β可變域19///Τ細胞受體β可變域 19///Τ細胞受體β恆定域1///Τ細胞受體β恆定域1 Seq ID No 24 CD3D抗原,Α多肽(TiT3複合體)
Seq ID No 25 T細胞受體γ恆定域2///T細胞受體γ可變域 9///類似於Τ細胞受體γ鏈C區ΡΤ-γ-1/2///類似於Τ細胞受體γ 鍵V區ΡΤ-γ· 1 /2前驅體///TCRy替代性閱讀框架蛋白 Seq ID No 26 Pyrin及HIN域家族,成員 1 Seq ID No 27 T細胞受體相關跨膜接附蛋白1
Seq ID No 28 SLAM家族成貝 7
Seq ID No 29染色體4開放閱讀框架γ
Seq ID No 30主要組織相容性複合體,π類,DQotl
Seq ID No 3 1轉錄基因座
Seq ID No 32兩性蛋白(僵人(Stiff_Man)症候群伴乳癌 128kDa自身抗原) 121044.doc - 355 - 200817680 86910>1〇33樹突狀細胞相關凝集素_1 上表1A中給出上述各序列。
Seq ID No 34脂蛋白D片段、Mage3片段及組胺酸尾之核 皆酸序列編碼融合蛋白
Seq ID No 35脂蛋白D片段、Mage3片段及組胺酸尾之融 合蛋白之胺基酸序列
Seq ID No 36至43(見於描述中)為與MAGE A3有關之肽 序列。
Seq ID No 44至48為含有CpG基元之募核苷酸序列之實 例。
Seq ID No 49至84(列於表1B中)為適用於與列於表1中之 基因雜交的探針組。
Seq ID No 85至97(列於表3A中)為列於表3中之基因的序 列。 表1至4、11及12提供根據本發明經差異調節之基因的列 表。 表1A提供為列於表1中之基因之每一者所列的核苷酸序 列0 表1B提供探針(及其序列)之探針組鑑別碼(探針之唯一 參考號),其中各探針適合於鑑別列於表丨中之特定基因。 表3A係關於表3之基因(及其序列)及適用於鑑別該等基 因之探針。 表5提供一系列適用於PCR分析中之基因、引物及探 針。 121044.doc -356 - 200817680 表6為一系列包括於TaqMan®(Q-PCR)免疫分布陣列 (Immune Profiling Array)中之基因。 表7提供一系列根據本發明之一態樣的基因。 表7A提供對於列於表7中之基因之反應者與無反應者群 之間的幾何平均數比。 表8提供30個基因之相關矩陣。 表9提供一系列根據本發明之一態樣的基因。 表9A展示列於表9中之某些基因的邏輯回歸結果。 表10展示使用列於表9中之基因之邏輯回歸模型的正確 分類百分比。 表11提供一系列根據本發明之一態樣的基因。 表11 A&11B展示各種患者之基因表現水準(基於41個探 針組之結果)。 表12及13展示形成本發明之其他態樣之基因列表。 表14提供表11 A&11B中所給之基因表現水準與該等患者 之臨床結果之間的相關性。 附錄A至C為用於輔助樣品之統計學分析的樣品記算機 代碼。 MAGE-1基因屬於12種緊密相關基因之家族(MAGE 1、 MAGE 2、MAGE 3、MAGE 4、MAGE 5、MAGE 6、 MAGE 7、MAGE 8、MAGE 9、MAGE 10、MAGE 11、 MAGE 12),該等基因係位於染色體X上且彼此於其編碼序 列中具有64至85%同源性(De Plaen,1994)。該等基因有時 稱為 MAGE Al、MAGE A2、MAGE A3、MAGE A4、 121044.doc - 357 - 200817680 MAGE A5、MAGE A6、MAGE A7、MAGE A8、MAGE A9、MAGE A10、MAGE All、MAGE A12(MAGE A 家 族)。 其他兩組蛋白質儘管不太相關,但亦為mage家族之部 分。 該等蛋白質為MAGE B及MAGE C群。MAGE B家族包括 MAGE B1 (亦稱為 MAGE Xpl 及 DAM 10)、MAGE B2(亦稱 為 MAGE Xp2及 DAM 6)、MAGE B3 及 MAGE B4-Mage C 家 卜 族當前包括MAGE Cl及MAGE C2。 一般來說,MAGE A蛋白質可定義為含有定位於蛋白質 之C末端上的核心序列簽名(例如就MAGE Al(309個胺基酸 蛋白質)而論,核心簽名對應於胺基酸195-279)。 並非簡單按照以下情況:若腫瘤表現(例如)Mage,則患 者將對基於Mage抗原之免疫療法作出反應。 121044.doc 358 - 200817680 序列表 <110>比利時商葛蘭素史密斯克藍生物品公司 <120>方法 <130> VB61997 <140> 096119645 <141> 2007-05-31 <150> 0610949.0; 0700761.0 <151> 2006-06-02; 2007-0M5 <160> 163 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 4039 <212> RNA <213〉智人 <400> 1 atacttacaa ttacgagatt tatatttgca ttagtctctt tggctggtgg gtaggggtga 60
gaggctcttc ctggatccct tattttctac aggagaggag gaaaacacct gggatgctcc 120 agtgctctta cgcagataat gatcattaac atcagcctct ctgatcaaag agctactcca 180 ccccactctg gctgtagtgt gacattcctg cctgcctgag gaagaaatgg tgagcagggg 240 ctgcaattgc agacaagtgt cacccagaag ccacaagttt ctgtgagcac caggtctaca 300 aactacccaa ggcatagcaa tggcattatc actggaagaa ttcgtccact cccttgacct 360 caggacccta cccagggttc tagaaatcca ggcaggcatc tatcttgaag gctctattta 420 tgaaatgttt ggaaatgaat gctgtttttc aacaggagaa gtgattaaaa ttactggtct 480 caaagttaag aagatcatag ctgaaatttg tgagcagatt gaaggttgtg agtctctaca 540 gccatttgaa ctgcctatga attttccagg tctttttaag attgtggctg ataaaactcc 600 ataccttact atggaagaaa tcacaaggac cattcatatt ggaccaagta gactagggca 660 tccttgcttc tatcatcaga aggatataaa actagagaac ctcatcataa agcagggtga 720 gcaaatcatg ctcaactcag ttgaagagat tgatggagaa ataatggtga gctgtgcagt 780 agcaaggaat catcaaactc actcatttaa tttgcctttg tcacaagaag gagaattcta 840 cgagtgtgaa gatgaacgta tttacactct aaaggagatt gttgaatgga agattcctaa 900 gaacagaaca agaactgtaa accttacaga tttttcaaat aagtgggact caacgaatcc 960 atttcctaaa gacttttatg gtaccctgat tctcaagcct gtttatgaaa ttcaaggtgt 1020 gatgaaattt cgaaaagata taatccgcat cctccccagt ctagatgtcg aagtcaaaga 1080 catcactgat tcttacgatg ctaactggtt tcttcagctg ttatcaacag aagatctttt 1140 tgaaatgact agtaaagagt tccccatagt gactgaagtc atagaagcac ctgaaggaaa 1200 ccacctgccc caaagcattt tacagcctgg gaaaaccatt gtgatccaca aaaagtacca 1260 ggcatcaaga atcttagctt cagaaattag aagcaatttt cctaaaagac acttcttgat 1320 ccccactagc tataaaggca agttcaagcg gcgaccgagg gagttcccaa cggcctatga 1380 cctagagatc gctaagagtg aaaaggagcc tcttcacgtg gtggccacca aagcgtttca 1440 ttcccctcat gacaagctgt catccgtatc tgttggggac cagtttctgg tgcatcagtc 1500 agagacgact gaagtcctct gtgagggaat aaaaaaagtg gtgaatgttc tggcctgtga 1560
aaaaatcctc aaaaagtcct atgaggctgc gctgctccct ttgtacatgg aaggaggttt 1620 tgtagaggtg attcatgata agaaacagta cccgatttct gagctctgta aacagttccg 1680 tttgcccttc aatgtgaagg tgtctgtcag ggatctttcc attgaagagg acgtgttggc 1740 tgccacacca ggactgcagt tggaggagga cattacagac tcttacctac tcataagtga 1800 ctttgccaac cccacggagt gctgggaaat tcctgtgggc cgcttgaata tgactgttca 1860 gttagttagt aatttctcta gggatgcaga accatttcta gtcaggactc tggtagaaga 1920 gatcactgaa gagcaatatt acatgatgcg gagatatgaa agctcagcct cacatccccc 1980 acctcgccct ccgaaacacc cctcagtaga ggaaacaaag ttaaccctgc taaccttagc 2040 agaagaaagg acggtagacc tgcccaagtc tcccaagcgt catcacgtag acataaccaa 2100 gaaacttcac ccaaatcaag ctggcctgga ttcaaaagta ctgattggta gtcagaatga 2160 tttggtggat gaagagaaag aaaggagcaa ccgtggggcc acagcaatag cagaaacatt 2220 caaaaatgaa aaacatcaaa aataacaaga tgtgacagaa gccacttagg cagcaaacat 2280 aaatgttgca gtgaaaaaag aagctagcct tctagctgaa aaacgagtat tccccaatgg 2340 actccagaag aaacttgatt catcgctgca aaggaaagaa caaccttaaa acttttaaca 2400 gataaaactt acagaaacct atgatataga attcatatag tctattctgt tgtgtctaaa 2460 tctgtaggca ttgtgttgtt gttctttagg acgtatttat ttaacttgca cattttttca 2520 gattcttatt tctactacca acaactaagt aattgggaaa taattctgta tttcagtttc 2580 tgagtaaaac cagtctgaaa taggataaaa gccaccaaat attttctttt ttttccagaa 2640 tttgttttgc cattttttag tgctatcatc attcctaaca agactaactt acagaaaaat 2700 aattatatct gactgattta aaatgttcag gtttcttatc caaatccctt ggaactatgg 2760 aaaggagttt gatttcacat tcacagtgta tttacaaaat acgctgtgtc ataaatatgt 2820 ttgaattcca acagccaaag ccattgagag tcataggagt tttccataac cttctcttct 2880 atgacccaac aacaagctca tgactgaaat ttcaccagat ttctgagacg atgtcttaat 2940 attctatgtg ctatgtacca gataattctt tagatgaatg tttcttagga ttgtaggaaa 3000 attatctagt taatcataat atttgatgga aagaaaaaga caataaaatt gtaatataat 3060 aaatttggct gacaagaaac caaagtgatt cttaattagt atacatcaga atgatgctct 3120 tatagttgta ccatctataa aaattacttt aagggctctc acattttaat aatttatctt 3180 attatgtatt aagtatacag gaacaatatt atttttcctt taacaaaatg aagagacagg 3240 ctatctggtt aatgttacat aggaatttaa tagtaatgct tgaacttcat ccatagatca 3300 121044-序列表.doc 200817680 tactctgtac aaaatttgtt agctaacatc ctatctcata attattttat gttttgtgga 3360 gaaatttgtt gattttgtac caaagtgttt ctgaagacaa taaattgtga gtcaacttta 3420 gaacaaaaaa aattagagtt ttttcaatgt ttatattctg attaagctta ctttacctta 3480 cattttttct aagtaacaat gaatcctgat ttctagtgtc ctaaaaattg cttagtgatt 3540 tgattgtggt aatatcattt cttatctaca atgtctaaag ttttatggga cagtttttct 3600 tttatttatt ttgcctgttt gtgcagataa gaacagaaac ttttctaaga cccacatttg 3660 gttattgaag gccacagcga atcttaacct aacagccttg acaaactgca ccataggtgt 3720 ttttagactc atataatttg ttatttttca aacaatagtg aataattaat atttttgttt 3780 ggaatttgag aacaattaaa tttgtacttt tagtaactac cattctttga ttagaaaatt 3840 aagagaatgc atatcttact ttggttgtaa attatcaagg gctttctaat agaaatcata 3900 tataacattt ctaaatataa gtcctttcac atactgtgtt tccagttgtc ttgatattga 3960 aaagtgtaat aaacttcatg ctcacctatt ggagatttgg gaaggttgaa aataaacttc 4020 ctaattttta aaaaaaaaa 4039 <210> 2 <211〉 2029 <212> RNA <213〉智人 <400> 2 /
gtggacgcga ggagccgggc gcttagaaca gaggcttgca caggtggaga tgtggaagtc 60 tgtagtgggc catgatgtgt ctgtttccgt ggagacccag ggtgatgatt gggacacaga 120 tcctgacttt gtgaatgaca tctctgaaaa ggagcaacga tggggagcca agaccatcga 180 ggggtctgga cgcacagaac acatcaacat ccaccagctg aggaacaaag tatcagagga 240 gcatgatgtt ctcaggaaga aagagatgga gtcagggccc aaagcatccc atggctatgg 300 aggtcggttt ggagtagaaa gagaccgaat ggacaagagt gcagtgggcc atgagtatgt 360 tgccgaggtg gagaagcact cttctcagac ggatgctgcc aaaggctttg ggggcaagta 420 cggagttgag agggacaggg cagacaagtc agcagtcggc tttgattata aaggagaagt 480 ggagaagcat acatctcaga aagattactc tcgtggcttt ggtggccggt acggggtgga 540 gaaggataaa tgggacaaag cagctctggg atatgactac aagggagaga cggagaaaca 600 cgagtcccag agagattatg ccaagggctt tggtggccag tatggaatcc agaagg:accg 660 agtggataag agcgctgtcg gcttcaatga aatggaggcc ccgaccacag cttataagaa 720 gacgacgccc atagaagccg cttctagtgg tgcccgtggg ctgaaggcga aatttgagtc 780 catggctgag gagaagagga agcgagagga a^aggagaag gcacagcagg tggccaggag 840 gcaacaggag cgaaaggctg tgacaaagag gagccctgag gctccacagc cagtgatagc 900 tatggaagag ccagcagtac cggccccact gcccaagaaa atctcctcag aggcctggcc 960 tccagttggg actcctccat catcagagtc tgagcctgtg agaaccagca gggaacaccc 1020 agtgcccttg ctgcccatta ggcagactct cccggaggac aatgaggagc ccccagctct 1080 gccccctagg actctggaag gcctccaggt ggaggaagag ccagtgtacg aagcagagcc 1140 tgagcctgag cccgagcctg agcccgagcc tgagaatgac tatgaggacg ttgaggagat 1200 ggacaggcat gagcaggagg atgaaccaga gggggactat gaggaggtgc tcgagcctga 1260 agattcttct ttttcttctg ctctggctgg atcatcaggc tgcccggctg gggctggggc 1320 tggggctgtg gctctgggga tctcagctgt ggctctatat gattaccaag; gagagggaag 1380 tgatgagctt tcctttgatc cggacgacgt aatcactgac attgagatgg tggacgaggg 1440 ctggtggcgg ggacgttgcc atggccactt tggactcttc cctgcaaatt atgtcaagct 1500 tctggagtga ctagagctca ctgtctactg caactgtgat ttcccatgtc caaagtggct 1560 ctgcctccac cccctcccta ttcctgatgc aaatgtctaa ccagatgagt ttctggacag 1620 acttccctct cctgcttcat taagggcttg gggcagagac agcatgggga aggaggtccc 1680 cttccccaag 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<212> RNA <213〉智人 121044·序列表.doc 200817680 <400> 13 cagatccatc aggtccgagc tgtgttgact accacttttc ccttcgtctc aattatgtct 60 tggaaaaagg ctttgcggat ccccggaggc cttcgggcag caactgtgac cttgatgctg 120 tcgatgctga gcaccccagt ggctgagggc agagactctc ccgaggattt cgtgtaccag 180 tttaagggca tgtgctactt caccaacggg acagagcgcg tgcgtcttgt gagcagaagc 240 atctataacc gagaagagat cgtgcgcttc gacagcgacg tgggggagtt ccgggcggtg 300 acgctgctgg ggctgcctgc cgccgagtac tggaacagcc agaaggacat cctggagagg 360 aaacgggcgg cggtggacag ggtgtgcaga cacaactacc agttggagct ccgcacgacc 420 ttgcagcggc gagtggagcc cacagtgacc atctccccat ccaggacaga ggccctcaac 480 caccacaacc tgctggtctg ctcggtgaca gatttctatc cagcccagat caaagtccgg 540 tggtttcgga atgaccagga ggagacagct ggcgttgtgt ccacccccct tattaggaat 600 ggtgactgga ccttccagat cctggtgatg ctggaaatga ctccccagcg tggagacgtc 660 tacacctgcc acgtggagca ccccagcctc cagagcccca tcaccgtgga gtggcgggct 720 caatctgaat ctgcccagag caagatgctg agtggcattg gaggcttcgt gctggggctg 780 atcttcctcg ggctgggcct tatcatccat 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<213〉智人 <400〉 28 cttccagaga gcaatatggc tggttcccca acatgcctca ccctcatcta tatcctttgg 60 cagctcacag ggteageage ctctggaccc gtgaaagagc tggtcggttc cgttggtggg 120 geegtgaett tccccctgaa gtccaaagta aagcaagttg actctattgt ctggaccttc 180 aacacaaccc ctcttgtcac catacagcca gaagggggca ctatcatagt gacccaaaat 240 cgtaataggg agagagtaga cttcccagat ggaggctact ccctgaagct cagcaaactg 300 aagaagaatg actcagggat ctactatgtg gggatataca gctcatcact ccagcagccc 360 tccacccagg agtacgtgct gcatgtctac gagcacctgt caaagcctaa agtcaccatg 420 ggtctgcaga gcaataagaa tggcacctgt gtgaccaatc tgacatgctg catggaacat 480 ggggaagagg atgtgattta tacctggaag gccctggggc aagcagccaa tgagtcccat 540 aatgggtcca tcctccccat ctcctggaga tggggagaaa gtgatatgac cttcatctgc 600 gttgccagga accctgtcag cagaaacttc tcaagcccca tccttgccag gaagctctgt 660 gaaggtgctg ctgatgaccc agattcctcc atggtcctcc tgtgtctcct gttggtgccc 720 ctcctgctca gtctctttgt actggggcta tttctttggt ttctgaagag agagagacaa 780 gaagagtaca ttgaagagaa gaagagagtg gacatttgtc gggaaactcc taacatatgc 840 ccccattctg gagagaacac agagtaegae acaatccctc acactaatag aacaatccta 900 aaggaagatc cagcaaatac ggtttactcc actgtggaaa taccgaaaaa gatggaaaat 960 ccccactcac tgctcacgat gccagacaca ccaaggctat ttgcctatga gaatgttatc 1020 tagacagcag tgcactcccc taagtctctg ctcaaaaaaa aaacaattct cggcccaaag 1080 aaaacaatca gaagaattca ctgatttgac tagaaacatc aaggaagaat gaagaacgtt 1140 gacttttttc caggataaat tatetetgat gettetttag atttaagagt tcataattcc 1200 atccactgct gagaaatctc ctcaaaccca gaaggtttaa tcacttcatc ccaaaaatgg 1260 gattgtgaat gtcagcaaac cataaaaaaa gtgcttagaa gtattcctat agaaatgtaa 1320 atgcaaggtc acacatatta atgacagcct gttgtattaa tgatggctcc aggtcagtgt 1380 ctggagtttc attccatccc agggcttgga tgtaaggatt ataccaagag tcttgctacc 1440 aggagggcaa gaagaccaaa acagacagac aagtccagca gaagcagatg cacctgacaa 1500 aaatggatgt attaattgge tctataaact atgtgcccag cactatgctg agcttacact 1560 aattggtcag acgtgctgtc tgccctcatg aaattggctc caaatgaatg aactactttc 1620 atgageagtt gtageaggee tgaccacaga ttcccagagg gccaggtgtg gatccacagg 1680 aettgaaggt caaagttcac aaagatgaag aatcagggta gctgaccatg tttggcagat 1740 actataatgg agacacagaa gtgtgcatgg cccaaggaca aggacctcca gccaggcttc 1800 atttatgeae ttgtgctgca aaagaaaagt ctaggtttta aggctgtgcc agaacccatc 1860 ccaataaaga gaccgagtct gaagtcacat tgtaaatcta gtgtaggaga ettggagtea 1920 ggcagtgaga ctggtggggc acggggggca gtgggtactt gtaaaccttt aaagatggtt 1980 aattcattca atagatattt attaagaacc tatgcggccc ggcatggtgg ctcacacctg 2040 taatcccagc actttgggag gccaaggtgg gtgggtcatc tgaggtcagg agttcaagac 2100 cagcctggcc aacatggtga aaccccatct ctactaaaga tacaaaaatt tgctgagcgt 2160 ggtggtgtgc acctgtaatc ccagctactc gagaggccaa ggcatgagaa tcgcttgaac 2220 ctgggaggtg gaggttgcag tgagctgaga tggcaccact gcactccggc ctaggcaacg 2280 agagcaaaac tccaatacaa acaaacaaac aaacacctgt gctaggtcag tctggcacgt 2340 -13- 121044-序列表.doe 200817680 aagatgaaca tccctaccaa cacagagctc accatctctt atacttaagt gaaaaacatg 2400 gggaagggga aaggggaatg gctgcttttg atatgttccc tgacacatat cttgaatgga 2460 gacctcccta ccaagtgatg aaagtgttga aaaacttaat aacaaatgct tgttgggcaa 2520 gaatgggatt gaggattatc ttctctcaga aaggcattgt gaaggaattg agccagatct 2580 ctctccctac tgcaaaaccc tattgtagta aaaaagtctt ctttactatc ttaataaaac 2640 agatattgtg agattcaaaa aaaaaaaaaa aa 2672 <210> 29 <211> 539 <2I2> RNA <213〉智人 <400> 29 taaaacagct acaatattcc agggccagtc acttgccatt tctcataaca gcgtcagaga 60 gaaagaactg actgaaacgt ttgagatgaa gaaagttctc ctcctgatca cagccatctt 120 ggcagtggct gttggtttcc cagtctctca agaccaggaa cgagaaaaaa gaagtatcag 180 tgacagcgat gaattagctt cagggttttt tgtgttccct tacccatatc catttcgccc 240 acttccacca attccatttc caagatttcc atggtttaga cgtaattttc ctattccaat 300 acctgaatct gcccctacaa ctccccttcc tagcgaaaag taaacaagaa ggaaaagtca 360 cgataaacct ggtcacctga aattgaaatt gagccacttc cttgaagaat caaaattcct 420 gttaataaaa gaaaaacaaa tgtaattgaa atagcacaca gcattctcta gtcaatatct 480 ttagtgatct tctttaataa acttgaaagc aaagattttg gtttcttaat ttccacaaa 539 <210> 30 <211〉 1542 <212> RNA <213〉智人 <400> 30 acaattactc tacagctcag aacaccaact gctgaggctg ccttgggaag aggatgatcc 60 taaacaaagc tctgctgctg ggggccctcg ctctgaccac cgtgatgagc ccctgtggag 120 gtgaagacat tgtggctgac cacgttgcct cttgtggtgt aaacttgtac cagttttacg 180 gtccctctgg ccagtacacc catgaatttg atggagatga gcagttctac gtggacctgg 240 agaggaagga gactgcctgg cggtggcctg agttcagcaa atttggaggt tttgacccgc 300 agggtgcact gagaaacatg gctgtggcaa aacacaactt gaacatcatg attaaacgct 360 acaactctac cgctgctacc aatgaggttc ctgaggtcac agtgttttcc aagtctcccg 420 tgacactggg tcagcccaac accctcattt gtcttgtgga caacatcttt cctcctgtgg 480 tcaacatcac atggctgagc aatgggcagt cagtcacaga aggtgtttct gagaccagct 540 tcctctccaa gagtgatcat tccttcttca agatcagtta cctcaccttc ctcccttctg 600 ctgatgagat ttatgactgc aaggtggagc actggggcct ggaccagcct cttctgaaac 660 actgggagcc tgagattcca gcccctatgt cagagctcac agagactgtg gtctgtgccc 720 tggggttgtc tgtgggcctc atgggcattg tggtgggcac tgtcttcatc atccaaggcc 780 tgcgttcagt tggtgcttcc agacaccaag ggccattgtg aatcccatcc tggaagggaa 840 ggtgcatcgc catctacagg agcagaagaa tggacttgct aaatgaccta gcactattct 900 ctggcccgat ttatcatatc ccttttctcc tccaaatatt tctcctctca ccttttctct 960 gggacttaag ctgctatatc ccctcagagc tcacaaatgc ctttacattc tttccctgac 1020 ctcctgattt tttttttctt ttctcaaatg ttacctacaa agacatgcct ggggtaagcc 1080 acccggctac ctaattcctc agtaacctcc atctaaaatc tccaaggaag caataaattc 1140 cttttatgag atctatgtca aatttttcca tctttcatcc agggctgact gaaactatgg 1200 ctaataattg gggtactctt atgtttcaat ccaatttaac ctcatttccc agatcatttt 1260 tcatgtccag taacacagaa gccaccaagt acagtatagc ctgataatat gttgatttct 1320 tagctgacat taatatttct tgcttccttg tgttcccacc cttggcactg ccacccaccc 1380 ctcaattcag gcaacaatga aattaatgga taccgtctgc ccttggccca gaattgttat 1440 agcaaaaatt ttagaaccaa aaaataagtc tgtactaatt tcaatgtggc ttttaaaagt 1500 atgacagaga aataagttag gataaaggaa atttgaatct ca 1542 <210> 31 <211〉 399 <212> RNA <213〉智人 <400〉 31 agcggccgcc cttttttttt ttttttgaat gtttttatat ttttatgttt ttctctctca 60 ccacattaga gattcacatg tcaaaaaaaa agttcaaaga ttccacttaa atggtagtca 120 aaattaaaag catgttgttt aatttgccaa ctattccata aatcctgtgc ttgaagcact 180 accttttatc aaccacttga aaggaaggaa tatgaagtgt gactcttgag gattgcagtt 240 ccatttctcc acagacatag cagggtgtgt agttccaaat gggtttcttc caaagtcatc 300 tcctcagagt aggactgtct gagtagtcat tctgataatg ttgccattaa ctacaagcac 360 atctgagaac cctcgtaagg aagtgccatt agattcaga 399 <2i0> 32 <211> 426 <212> RNA <加> 智人 14- 121044-序列表.doc 200817680 <400> 32 ggcccagccc taggaggggg cagtcccaca gcaggctcac accctgccct tcagagttgc 60 agcagctaat gctgatgcca ggaccttgtc ctgccaggaa gcctctgatt agggctgtga 120 accaacttcc ttttcacatc tgcaaggact ctgctctaag ctcaaatttt gcagtttctg 180 ctgtcatcac agctgggaat gagaaaggga aggggctcca gttggtctcc ctctgcctct 240 ggagcacacg tggaggacat gaggcttccg caggaacagc tctgaaagct gagttctcgg 300 gtccctgtga aggagggaag cttgcctgcc ttggagcgtg aaaaagtctt gctggacaga 360 agtctcacgg tttaaaactg ggaagggaga ggattgagat cacactagaa tgcacagaaa 420 attctt 426 <210> 33 <211〉 649 <212> RNA <213>智人 <400> 33 atggttagta atttcttcca tgtcatacaa gtattcgaga aatctgctac cttgattagt 60 aagactgaac acattggttt tgtcatttat tcatggagga agtccaccac ccacttgggg 120 agcagaagga aatttgccat ctcaatttac ttatcagaag tttctttgca gaaatatgat 180 tgtcccttca gtgggacatc atttgtggtc ttctctctct ttttgatctg tgcaatggct 240 ggagatgtag tctacgctga catcaaaact gttcggactt ccccgttaga actcgcgttt 300 ccacttcaga gatctgtttc tttcaacttt tctactgtcc ataaatcatg tcctgccaaa 360 gactggaagg tgcataaggg aaaatgttac tggattgctg aaactaagaa atcttggaac 420 aaaagtcaaa atgactgtgc cataaacaat tcatatctca tggtgattca agacattact 480 gctatggtga gatttaacat ttagaggtga cagcatcccc cacactggca gtgaattttt 540 tgtgctacaa acttggcaaa agtctgtgaa aagaagtttc aacttcatgt gttattaact 600 atacaaatat tagttgaatg aattgttgaa ttacaaaaaa aaaaaaaaa 649 <210〉 34 <211〉 1353 <212> DNA <213〉人造序列 <400> 34 atggatccaa agccattcat cgtggtgcta caacaggctg attcacgatc cgtaaagatg atgacagaaa gaaggccttg gaggagcagg cctgctgccg accatgaact gggccaagca gccgaattgg gaaatgctgg gcttccagtt cacttgtaca cagatcatgc gactgtgccc agggaagaca aactacctgg ggtccaaggg agtggaggac gagggcggtc aaactttagc cctttcttta ttagcagctg gcgtactagc aggttgtagc 60 caaatatggc gaatacccaa atgaaatcag acaaaatcat tattgctcac 120 gcggttattt accagagcat acgttagaat ctaaagcact tgcgtttgca 180 attatttaga gcaagattta gcaatgacta aggatggtcg tttagtggtt 240 actttttaga tggcttgact gatgttgcga aaaaattccc acatcgtcat 300 gccgttacta tgtcatcgac tttaccttaa aagaaattca aagtttagaa 360 actttgaaac catggatctg gaacagcgta gtcagcactg caagcctgaa 420 aggcccgagg agaggccctg ggcctggtgg gtgcgcaggc tcctgctact 480 aggctgcctc ctcctcttct actctagttg aagtcaccct gggggaggtg 540 agtcaccaga tcctccccag agtcctcagg gagcctccag cctccccact 600 accctctctg gagccaatcc tatgaggact ccagcaacca agaagaggag 660 ccttccctga cctggagtcc gagttccaag cagcactcag taggaaggtg 720 ttcattttct gctcctcaag tatcgagcca gggagccggt cacaaaggca 780 ggagtgtcgt cggaaattgg cagtatttct ttcctgtgat cttcagcaaa 840 ccttgcagct ggtctttggc atcgagctga tggaagtgga ccccatcggc 900 tctttgccac ctgcctgggc ctctcctacg atggcctgct gggtgacaat 960 ccaaggcagg cctcctgata atcgtcctgg ccataatcgc aagagagggc 1020 ctgaggagaa aatctgggag gagctgagtg tgttagaggt gtttgagggg 1080 gtatcttggg ggatcccaag aagctgctca cccaacattt cgtgcaggaa 1140 agtaccggca ggtccccggc agtgatcctg catgttatga attcctgtgg 1200 ccctcgttga aaccagctat gtgaaagtcc tgcaccatat ggtaaagatc 1260 ctcacatttc ctacccaccc ctgcatgagt gggttttgag agagggggaa 1320 atcaccatca ccatcaccat taa 1353 <210〉 35 <211> 450 <212> PRT <213〉人造序列 <220><223〉融合蛋白 <400> 35 Met Asp Pro 1 Ala Gly Cys Ser Asp Lys 35 Glu His Thr
Lys Thr Leu Ala5 Ser Ser His Ser 20 lie lie He Ala Leu Glu Ser Lys
Leu Ser Leu Leu Ala Ala Gly Val Leu 10 15 Ser Asn Met Ala Asn Thr Gin Met Lys 25 30 His Arg Gly Ala Ser Gly Tyr Leu Pro 40 45 Ala Leu Ala Phe Ala Gin Gin Ala Asp Π1044-序列表.doc -15- 60 200817680 / 50 55
Tyr Leu Glu Gin Asp Leu Ala Met 65 70
He His Asp His Phe Leu Asp Gly 85
Pro His Arg His Arg Lys Asp Gly 100
Leu Lys Glu lie Gin Ser Leu Glu 115 120
Asp Leu Glu Gin Arg Ser Gin His 130 135
Ala Arg Gly Glu Ala Leu Gly Lea 145 150
Glu Glu Gin Glu Ala Ala Ser Ser 165
Leu Gly Glu Val Pro Ala Ala Glu 180
Gin Gly Ala Ser Ser Leu Pro Thr 195 200
Gin Ser Tyr Glu Asp Ser Ser Asn 210 215
Phe Pro Asp Leu Glu Ser Glu Phe 225 230
Ala Glu Leu Val His Phe Leu Leu 245
Val Thr Lys Ala Glu Met Leu Gly 260
Phe Phe Pro Val lie Phe Ser Lys 275 280
Phe Gly lie Glu Leu Met Glu Val 290 295
Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu Ser 305 310
Gin lie Met Pro Lys Ala Gly Leu 325
Ala Arg Glu Gly Asp Cys Ala Pro 340
Ser Val Leu Glu Val Phe Glu Gly 355 360
Pro Lys Lys Leu Leu Thr Gin His 370 375
Tyr Arg Gin Val Pro Gly Ser Asp 385 390
Gly Pro Arg Ala Leu Val Glu Thr 405
Met Val Lys lie Ser Gly Gly Pro 420
Glu Trp Val Leu Arg Glu Gly Glu 435 440
His His 450
Thr Lys Asp Gly Arg Leu Val Val 75 80
Leu Thr Asp Val Ala Lys Lys Phe 90 95
Arg Tyr Tyr Val lie Asp Phe Thr 105 110
Met Thr Glu Asn Phe Glu Thr Met 125
Cys Lys Pro Glu Glu Gly Leu Glu 140 -
Val Gly Ala Gin Ala Pro Ala Thr 155 160
Ser Ser Thr Leu Val Glu Val Thr 170 175
Ser Pro Asp Pro Pro Gin Ser Pro 185 190
Thr Met Asn Tyr Pro Leu Trp Ser 205
Gin Glu Glu Glu Gly Pro Ser Thr 220
Gin Ala Ala Leu Ser Arg Lys Val 235 240
Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu Pro 250 255
Ser Val Val Gly Asn Trp Gin Tyr 265 270
Ala Ser Ser Ser Leu Gin Leu Val 285
Asp Pro lie Gly His Leu Tyr lie 300
Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp Asn 315 320
Leu lie lie Val Leu Ala lie lie 330 335
Glu Glu Lys lie Trp Glu Glu Leu 345 350
Arg Glu Asp Ser lie Leu Gly Asp 365
Phe Val Gin Glu Asn Tyr Leu Glu 380
Fro Ala Cys Tyr Glu Phe Leu Trp 395 400
Ser Tyr Val Lys Val Leu His His 410 415
His lie Ser Tyr Pro Pro Leu His 425 430
Glu Gly Gly His His His His His 445 <210> 36 <211> 9 <212〉 PRT <213〉#知 <220〉 <223〉Mage 肽 <400> 36
Glu Val Asp Pro lie Gly His Leu Tyr <210> 37 <211> 9 <212〉 PRT <213> <220> <223〉Mage肽 16- 121044-序列表.doc 200817680 <400> 37
Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala Leu Val <210> 38 <211〉 10 <212〉 PRT <213〉未知 <220〉 <223〉Mage肽 <400> 38
Met Glu Val Asp Pro lie Gly His Leu Tyr <210> 39 <211〉 10 <212〉 PRT <213>未知 <220〉 <223〉Mage肽 <400〉 39
Val His Phe Lea Leu Leu Lys Tyr Arg Ala <210> 40 <211〉 10 <212> PRT <213〉未知 <220〉 <223> Mageflt <400〉 40
Leu Val His Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Arg <210> 41 <211> 10 <212> PRT <213>未知
<220> <223〉Mage 肽 <400> 41
Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu Pro Val Thr 1 5 10 <210> 42 <211〉 16 <212〉 PRT <213〉未知 <220〉 <223〉Mage 肽 <400> 42
Ala Cys Tyr Glu Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala Leu Val Glu Thr Ser 15 10 15 <210〉 43 <211〉 12 <212〉 PRT <213〉未知 17- 121044-序列表.doc 200817680 <220> <223〉Mage肽 <400> 43 Thr Gin His Phe Val Gin Glu Asn Tyr Leu Glu Tyr 1 5 10 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213〉細菌 <400〉 44 tccatgacgt tcctgacgtt 20 <210〉 45 <211> 18 <212> DNA <213>細菌 <400〉 45 tctcccagcg tgcgccat 18 <210〉 46 <211> 30 <212> DNA <213>細菌 <400〉 46 accgatgacg tcgccggtga cggcaccacg 30 <210> 47 <211> 24 <212> DNA <213〉細菌 <400> 47 tcgtcgtttt gtcgttttgt cgtt <210> 48 <211〉 20 <212> DNA <213〉細菌 24 <400> 48 tccatgacgt tcctgatgct 20 <210> 49 <211> 347 <212> DNA <213>未知 <220〉 <223〉探針 <400> 49 ttctaagacc cacatttggt tattgaaggc cacagcgaat cttaacctaa cagccttgac 60 aaactgcacc ataggtgttt ttagactcat ataatttgtt atttttcaaa caatagtgaa 120 taattaatat tnttgtttgg aatttgagna caattaaatt tgtactttta gtaactacca 180 ttctttgatt agaaaattaa gagaatgcat atcttacttt ggttgtaaat tatcaagggc 240 tttctaatag aaatcatata taacatttct aaatataagt cctttcacat actgtgtttc 300 cagttgtctt gatattgaaa agtgtaataa acttcatgct cacctat 347 <210〉 50 <211〉 388 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400〉 50 ttgctggctt ctcttatact aacccagagt ttgtcattaa tgtgtaggtg aatgcaaact 60 ccatcgttga gcctggggtg taagacttca agccaagcgt atgtatcaat tctagtcttc 120 121044·序列表.doc -18· 200817680 caggattcac ggtgcacatg ctggcattca acatgtggaa agcttgtctt agaggccttt 180 cttgtatgtg tagcttgcta gtttgttttc tacatttgaa aatgtttagt ttagaataag 240 cgcattatcc aattatagag gtacaatttt ccaaacttcc agaaactcat caaatgaaca 300 gacaatgtca aaactactgt gtctgatacc aaaatgcttc agtatttgta atttttcaag 360 tcagaagctg atgttcctgg taaaagtt 388 <210> 51 <2il> 411 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400> 51 ttctggctgg aacggacgat gccccgaatt cccaccctga agaacctaga ggatcttgtt 60 actgaatacc acgggaactt ttcggcctgg agtggtgtgt ctaagggact ggctgagagt 120 ctgcagccag actacagtga acgactctgc ctcgtcagtg agattccccc aaaaggaggg 180 gcccttgggg aggggcctgg ggcctcccca tgcaaccagc atagccccta ctgggccccc 240 ccatgttaca ccctaaagcc tgaaacctga accccaatcc tctgacagaa gaaccccagg 300 gtcctgtagc cctaagtggt actaactttc cttcattcaa cccacctgcg tctcatactc 360 acctcacccc actgtggctg atttggaatt ttgtgccccc atgtaagcac c 411
<210> 52 <211> 388 <212> DNA <213〉未知 <220> <223>探針 <400> 52 acagccacga agatcctacc aaaatgaagc gcttcctctt cctcctactc accatcagcc 60 tcctggttat ggtacagata caaactggac tctcaggaca aaacgacacc agccaaacca 120 gcagcccctc agcatccagc agcatgagcg gaggcatttt ccttttcttc gtggccaatg 180 ccataatcca cctcttctgc ttcagttgag gtgacacgtc tcagccttag ccctgtgccc 240 cctgaaacag ctgccaccat cactcgcaag agaatcccct ccatctttgg gaggggttga 300 tgccagacat caccaggttg tagaagttga caggcagtgc catgggggca acagccaaaa 360 taggggggta atgatgtagg ggccaagc 388 <210> 53 <211〉 428 <212> DNA <213>未知 <220〉 <223〉探針 <400〉 53 agacctcgag ttcagccaaa acctccccat ggggcagcag aaaactcatt gtccccttcc 60 tctaattaaa aaagatagaa actgtctttt tcaataaaaa gcactgtgga tttctgccct 120 cctgatgtgc atatccgtac ttccatgagg tgttttctgt gtgcagaaca ttgtcacctc 180 ctgaggctgt gggccacagc cacctctgca tcttcgaact cagccatgtg gtcaacatct 240 ggagtttttg gtctcctcag agagctccat cacaccagta aggagaagca atataagtgt 300 gattgcaaga atggtagagg accgagcaca gaaatcttag agatttcttg tcccctctca 360 ggtcatgtgt agatgcgata aatcaagtga ttggtgtgcc tgggtctcac tacaagcagc 420 ctatctgc 428 <210〉 54 <211〉 508 <212〉 DNA <213>未知 <220> <223〉探針 <400〉 54 gatcttaaag ccacggagaa gcctctcatc ttatggcatt gacaaagaga agaccatcca 60 ccttaccctg aaagtggtga agcccagtga tgaggagctg cccttgtttc ttgtggagtc 120 aggtgatgag gcaaagaggc acctcctcca ggtgcgaagg tccagctcag tggcacaagt 180 gaaagcaatg atcgagacta agacgggtat aatccctgag acccagattg tgacttgcaa 240 tggaaagaga ctggaagatg ggaagatgat ggcagattac ggcatcagaa agggcaactt 300 actcttcctg gcatcttatt gtattggagg gtgaccaccc tggggatggg gtgttggcag 360 gggtcaaaaa gcttatttct tttaatctct tactcaacga acacatcttc tgatgatttc 420 ccaaaattaa tgagaatgag atgagtagag taagatttgg gtgggatggg taggatgaag 480 -19- 121044-序列表.doc 200817680 tatattgccc aactctatgt ttctttga 508 <210> 55 <211> 501 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400> 55 gctgacatcc tgcgagacta caaagttatt atggctgaaa acattcctga aaaccctctg 60 aagtacctat atcctgacat tcccaaagac aaagccttcg gtaaacacta cagctctcag 120 ccttgcgaag tttcaagacc aacagaaagg ggtgacaaag gttatgttcc ttctgttttt 180 atccccatct caacaatccg aagtgattca acagagccac attctccatc agaccttctt 240 cccatgtctc caagtgtgta tgcggtgttg agagaaaacc tgagtcccac aacaattgaa 300 actgcaatga agtctcctta ttctgctgaa tgacaggata aactctgacg caccaagaaa 360 ggaagcaaat gaaaaagttt aaagactgtt ctttgcccaa taaccacatt ttatttcttc 420 agctttgtaa ataccaggtt ctaggaaatg tttgacatct gaagctctct tcacactccc 480 gtggcactcc tcaattggga g 501
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aatactagtc ttataatagg tttgtgactt tcctaaatca attctattac gtgcaatact 420 tcaatacttc at 432 <210〉 65 <211> 352 <212> DNA <213>未知 <220〉 <223〉探針 <400> 65 aatccattca tcctgattgg gcatgaaatc catggtcaag aggacaagtg gaaagtgaga 60 gggaaggttt gctagacacc ttcgcttgtt atcttgtcaa gatagaaaag atagtatcat 120 ttcacccttg ccagtaaaaa cctttccatc cacccattct cagcagactc cagtattggc 180 acagtcactc actgccattc tcacactata acaagaaaag aaatgaagtg cataagtctc 240 ctgggaaaag aaccttaacc ccttctcgtg ccatgactgg tgatttcatg actcataagc 300 ccctccgtag gcatcattca agatcaatgg cccatgcatg ctgtttgcag ca 352 <210〉 66 <211> 532 <212> DNA <213〉耒知 <220〉 <223〉探針 <400> 66 aaaggccaca ctggtgtgcc tggccacagg tatcttccct gaccacgtgg agctgagctg 60 gtgggtgaat gggaaggagg tgcacagtgg ggtcagcacg gacccgcagc ccctcaagga 120 gcagcccgcc ctcaatgact ccagatactg cctgagcagc cgcctgaggg tctcggccac 180 cttctggcag aacccccgca accacttccg ctgtcaagtc cagttctacg ggctctcgga 240 gaatgacgag tggacccagg atagggccaa acccgtcacc cagatcgtca gcgccgaggc 300 ctggggtaga gcagactgtg gctttacctc ggtgtcctac cagcaagggg tcctgtctgc 360 caccatcctc tatgagatcc tgctagggaa ggccaccatg tatgctgtgc tggtcagcgc 420 ccttgtgttg atggccatgg tcaagagaaa ggatttctga aggcagccct ggaagtggag 480 ttaggagctt ctaacccgtc atggtttcaa tacacattct tcttttgcca gc 532 <210> 67 <211〉 484 <212> DNA 〈213>未知 <223〉探針 <400> 67 ggaacaagac ttcaggtcac gctcgatatc cagaaccctg accctgccgt gtaccagctg 60 agagactcta aatccagtga caagtctgtc tgcctattca ccgattttga ttctcaaaca 120 aatgtgtcac aaagtaagga ttctgatgtg tatatcacag acaaaactgt gctagacatg 180 -22- 121044-序列表.doc 200817680 aggtctatgg acttcaagag caacagtgct gtggcctgga gcaacaaatc tgactttgca 240 tgtgcaaacg ccttcaacaa cagcattatt ccagaagaca ccttcttccc cagcccagaa 300 agttcctgtg atgtcaagct ggtcgagaaa agctttgaaa cagatacgaa cctaaacttt 360 caaaacctgt cagtgattgg gttccgaatc ctcctcctga aagtggccgg gtttaatctg 420 ctcatgacgc tgcggctgtg gtccagctga gatctgcaag attgtaagac agcctgtgct 480 ccct 484 <210〉 68 <211> 512 <212> DNA <213〉_知 <220〉 <223〉探針 <400> 68 aaatgataca ctactgctgc agctcacaaa cacctctgca tattacatgt acctcctcct 60 gctcctcaag agtgtggtct attttgccat catcacctgc tgtctgcttg gaagaacggc 120 tttctgctgc aatggagaga aatcataaca gacggtggca caaggaggcc atcttttcct 180 catcggttat tgtccctaga agcgtcttct gaggatctag ttgggctttc tttctgggtt 240 tgggccattt cagttctcat gtgtgtacta ttctatcatt attgtataat ggttttcaaa 300 ccagtgggca cacagagaac ctcagtctgt aataacaatg aggaatagcc atggcgatct 360 ccagcaccaa tctctccatg ttttccacag ctcctccagc caacccaaat agcgcctgct 420 atagtgtaga cagcctgcgg cttctagcct tgtccctctc ttagtgttct ttaatcagat 480 aactgcctgg aagcctttca ttttacacgc cc 512 <210> 69 <211〉 483 <212〉 DNA <213〉耒知 <220〉 <223〉探針 <400〉 69 gccatcagaa gcagagatct cccacaccca aaaggccaca ctggtgtgcc tggccacagg 60 tttctacccc gaccacgtgg agctgagctg gtgggtgaat gggaaggagg tgcacagtgg 120 ggtcagcaca gacccgcagc ccctcaagga gcagcccgcc ctcaatgact ccagatactg 180 cctgagcagc cgcctgaggg tctcggccac cttctggcag aacccccgca accacttccg 240 ctgtcaagtc cagttctacg ggctctcgga gaatgacgag tggacccagg atagggccaa 300 acctgtcacc cagatcgtca gcgccgaggc 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tctctgcatc ccaatagata tccccctatg tgcatgcaca cctgcacact cacggctgaa 480 atctccctaa cccaggggga ccttagcatg cctaagtga 519 / <210〉 73 <211〉 419 <212〉 DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400> 73 gggaacactg ctctcagaca ttacaagact ggacctggga aaacgcatcc tggacccacg 60 aggaatatat aggtgtaatg ggacagatat atacaaggac aaagaatcta ccgtgcaagt 120 tcattatcga atgtgccaga gctgtgtgga gctggatcca gccaccgtgg ctggcatcat 180 tgtcactgat gtcattgcca ctctgctcct tgctttggga gtcttctgct ttgctggaca 240 tgagactgga aggctgtctg gggctgccga cacacaagct ctgttgagga atgaccaggt 300 ctatcagccc ctccgagatc gagatgatgc tcagtacagc caccttggag gaaactgggc 360 tcggaacaag tgaacctgag actggtggct tctagaagca gccattacca actgtacct 419 <210〉 74 <211> 532 <212〉 DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針
<400> 74 aaatgataca ctactgctgc agctcacaaa cacctctgca tattacatgt acctcctcct 60 gctcctcaag agtgtggtct attttgccat catcacctgc tgtctgcntg naagaacggc 120 nnnctgctgc aatggagaga antcataaca gacggtggca caaggaggcc nncntntcct 180 catcggnnat tgtccctaga agcgtcttct gaggatctag ttgggctttc tttctgggtt 240 tgggccattt cagttctcat gtgtgtacta ttctatcatt attgtataat ggttttcaaa 300 ccagtgggca cacagagaac ctcagtctgt aataacaatg aggaatagcc atggcgatct 360 ccagcaccaa tctctccatg ttttccacag ctcctccagc caacccaaat agcgcctgct 420 atagtgtaga nannctgcgg cttctagcct tgtccctctc ttagtgttct ttaatcagat 480 aactgcctgg aagcctttca ttttacacgc cctgaagcag tcttctttgc ta 532 <210〉 75 <211> 267 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400> 75 ccaccctctg gatcccaata ttgagatctt atcctcaggg aatcctcact tagacccctg 60 taacaggtta aatcttcatg gtgttctgtt tcctaggaac ttctttcttt tctactgttt 120 atgacaactg aagttaataa gtgtttatct ttcccaccta ctcaaagtag ttccaagatt 180 agggctagtt tgtaattctg tggaccactg taaacgaggg cctagttcag tgtctgcctc 240 atgggaagct tccaataaat acctttg 267 121044·序列表.doc -24- 200817680 <210> 76 <211〉 469 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400> 76 tctcctttct caccaatggg caatagccca taattgaaat aaatttctga ttgaaaggta 60 taggaaacat taaaatgcat tactaagaga agtaatataa ttttcttaca aagtattttt 120 cccaaagata gctttactat ttcaaaaatt gtcaaattaa tgcatgctcc ttacaacaaa 180 caaatatcaa aaagagttta ggaattctac tagccagaga tagtcacttg gagaaacttt 240 ctatatatcc ttctaaatat ttttctgggc atgctcatgt atgtacatca gttgtttctt 300 tttattttga accaaaaatg tggtttcttt tgtacacatt acttaaactt tctttccagt 360 caacaatata ttgtggattt attttcactg ttatatttaa ctatatataa atacgcatat 420 attgtaattt taatgtctgc ttagcacccc actgataacc aaatcacag 469 <210〉 77 <211〉 97 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉探針 <400〉 77 gagagtggac atttgtcggg aaactcctaa catatgcccc cattctggag agaacacaga 60 gtacgacaca atccctcaca ctaatagaac aatccta 97 <210> 78 <211〉 299 <212〉 DNA <213>朵知 <220> <223〉探針 <400> 78 aacacctgtg ctaggtcagt ctggcacgta agatgaacat ccctaccaac acagagctca 60 ccatctctta tacttaagtg aaaaacatgg ggaaggggaa aggggaatgg ctgcttttga 120 tatgttccct gacacatatc ttgaatggag acctccctac caagtgatga aagtgttgaa 180 aaacttaata acaaatgctt gttgggcaag aatgggattg aggattatct tctctcagaa 240 aggcattgtg aaggaattga gccagatctc tctccctact gcaaaaccct attgtagta 299 <210> 79 <211> 413 <212> DNA <213〉未知 V <220> <223〉探針 <400> 79 tgaagaaagt tctcctcctg atcacagcca tcttggcagt ggctgttggt ttcccagtct 60 ctcaagacca ggaacgagaa aaaagaagta tcagtgacag cgatgaatta gcttcagggt 120 tttttgtgtt cccttaccca tatccatttc gcccacttcc accaattcca tttccaagat 180 ttccatggtt tagacgtaat tttcctattc caatacctga atctgcccct acaactcccc 240 ttcctagcga aaagtaaaca agaaggaaaa gtcacgataa acctggtcac ctgaaattga 300 aattgagcca cttccttgaa gaatcaaaat tcctgttaat aaaagaaaaa caaatgtaat 360 tgaaatagca cacagcattc tctagtcaat atctttagtg atcttcttta ata 413 <210 80 <211> 405 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉探針 <400> 80 atgtcaggtt tgtacctacc acatttaaaa tagggacttg aagaattaaa cattttatta 60 caaatgaagc acttcatgca cagactggca catagtaagt agtcgatagg tgttaacaat 120 ttgtgttatt gttattttct ggagtccaac taacaaatcc cacagtgaat gacatcacag 180 -25- 121044-序列表.doc 200817680 ggatgcaacc aacaagatcc agaatatgga aacttctact agataaacaa ctccatttct 240 tcagcaacaa ttcaagagag agagagaaga gaagctatac attttaaaag gctgaagaaa 300 tatatgaacc aaatttgtat gaggcaatca gaaaaactga caccgactgt attaaggaat 360 tatctaattt tagtgtggta atgagattgc tgttatgttt tctaa 405 <210> 81 <211> 365 <212> DNA <213〉未知 <220> <223>探針 <400> 81 aaaagatctc tcactgggaa aagaaaaagt tatgcattta taaagtaatt aaactggttt 60 tccttgtact ttattaatct gaatctaatg gcacttcctt acgagggttt tcagatgtgc 120 ttgtagttaa tggcaacatt atcagaatga ctacacagac agtcctactc tgaggagatg 180 actttggaag aaacccattt ggaactacac accctgctat gtctgtggag aaatggaact 240 gcaatcctca agagtcacac ttcatattcc ttcctttcaa gtggttgata aaaggtagtg 300 cttcaagcac aggatttatg gaatagttgg caaattaaac aacatgcttt ttattttgac 360 tacca 365 <210> 82 <211> 321 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉探針 <400> 82 ttatcaccat taatccatgc cagttatgta cagttttgca tgtttgtttt ttattttact 60 cttttctctc cttcattccc tattcctgtt cccccatagg tgcccagtct aatgtatttg 120 atatctgtcc ttagagcctc cgtatctgtg aagactagag tcatgcactt catcacattt 180 cagtaacgat gggccgcatg taccacagtc ccatgagatg atagaggtgc agaaaaattc 240 ctgtcatcta gtgacatcgt agccatcata acatnncaac acgactctca tttgtggtga 300 ccctggtgta cacaaaccta c 321 <210> 83 <211〉 366 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉探針 <400> 83 atggctggag atgtagtcta cgctgacatc aaaactgttc ggacttcccc gttagaactc 60 gcgtttccac ttcagagatc tgtttctttc aacttttcta ctgtccataa atcatgtcct 120 gccaaagact ggaaggtgca taagggaaaa tgttactgga ttgctgaaac taagaaatct 180 tggaacaaaa gtcaaaatga ctgtgccata aacaattcat atctcatggt gattcaagac 240 attactgcta tggtgagatt taacatttag aggtgacagc atcccccaca ctggcagtga 300 attttttgtg ctacaaactt ggcaaaagtc tgtgaaaaga agtttcaact tcatgtgtta 360 ttaact 366 <210〉 84 <211> 548 <212> DNA <213〉未知 <223〉探針 <400> 84 taatcggctc actataggaa tttgcntcga ggccaagatt cgnacgagnn ngttcaaaag 60 cagctaaacc aaaagaagcc tccagacagc cctgagatca cctaaaaagc tgctaccaag 120 acagccacga agatcctacc aaaatgaagc gcttcctctt cctcctactc accatcagcc 180 tcctggttat ggtacagata caaactggac tctcaggaca aaacgacacc agccaaacca 240 gcagcccctc agcatccagc agcatgagcg gaggcatttt ccttttcttc gtggccaatg 300 ccataatcca cctcttctgc ttcagttgag gtgacacgtc tcagccttag ccctgtgccc 360 cctgaaacan nnnnnnnnnn nnnnnnnnag agaatcccct ccatctttgg gaggggttga 420 tgccagacat caccaggttg tagaagttga caggcagtgc catggggnca acagccaaaa 480 taggggggta atgatgtagg ggccaagcag tgcccagctg ggggtcaata aagttaccct 540 tgtacttg 548 26- 121044-序列表.doc 200817680 <210> 85 <211> 388 <212> RNA <213〉智人 <400> 85 acagccacga agatcctacc aaaatgaagc gcttcctctt cctcctactc accatcagcc tcctggttat ggtacagata caaactggac tctcaggaca aaacgacacc agccaaacca gcagcccctc agcatccagc agcatgagcg gaggcatttt ccttttcttc gtggccaatg ccataatcca cctcttctgc ttcagttgag gtgacacgtc tcagccttag ccctgtgccc cctgaaacag ctgccaccat cactcgcaag agaatcccct ccatctttgg gaggggttga tgccagacat caccaggttg tagaagttga caggcagtgc catgggggca acagccaaaa taggggggta atgatgtagg ggccaagc <210〉 86 <211> 508 <212> RNA <213〉智人 <400> 86 gatcttaaag ccacggagaa gcctctcatc ttatggcatt gacaaagaga agaccatcca ccttaccctg aaagtggtga agcccagtga tgaggagctg cccttgtttc ttgtggagtc aggtgatgag gcaaagaggc acctcctcca ggtgcgaagg tccagctcag tggcacaagt gaaagcaatg atcgagacta agacgggtat aatccctgag acccagattg tgacttgcaa tggaaagaga ctggaagatg ggaagatgat ggcagattac ggcatcagaa agggcaactt " actcttcctg gcatcttatt gtattggagg gtgaccaccc tggggatggg gtgttggcag gggtcaaaaa gcttatttct tttaatctct tactcaacga acacatcttc tgatgatttc ccaaaattaa tgagaatgag atgagtagag taagatttgg gtgggatggg taggatgaag tatattgccc aactctatgt ttctttga <210〉 87 <211> 501 <212> RNA 〈213>智人 <400> 87 gctgacatcc tgcgagacta caaagttatt atggctgaaa acattcctga aaaccctctg aagtacctat atcctgacat tcccaaagac aaagccttcg gtaaacacta cagctctcag ccttgcgaag tttcaagacc aacagaaagg ggtgacaaag gttatgttcc ttctgttttt atccccatct caacaatccg aagtgattca acagagccac attctccatc agaccttctt cccatgtctc caagtgtgta tgcggtgttg agagaaaacc tgagtcccac aacaattgaa actgcaatga agtctcctta ttctgctgaa tgacaggata aactctgacg caccaagaaa ggaagcaaat gaaaaagttt aaagactgtt ctttgcccaa taaccacatt ttatttcttc agctttgtaa ataccaggtt ctaggaaatg tttgacatct gaagctctct tcacactccc gtggcactcc tcaattggga g <210> 88 <211> 489 <212> RNA <213〉智人 v <400> 88 aaacctctct tagatctgga accaaatgca aggttactgg ctggggagcc accgatccag attcattaag accttctgac accctgcgag aagtcactgt tactgtccta agtcgaaaac tttgcaacag ccaaagttac tacaacggcg acccttttat caccaaagac atggtctgtg caggagatgc caaaggccag aaggattcct gtaagggtga ctcagggggc cccttgatct gtaaaggtgt cttccacgct atagtctctg gaggtcatga atgtggtgtt gccacaaagc ctggaatcta caccctgtta accaagaaat accagacttg gatcaaaagc aaccttgtcc cgcctcatac aaattaagtt acaaataatt ttattggatg cacttgcttc ttttttccta atatgctcgc aggttagagt tgggtgtaag taaagcagag cacatatggg gtccattttt gcacttgta <210> 89 <211> 405 <212> RNA <213〉智人 <400> 89 ttgccttgta attcgacagc tctacagaaa caaagataat gaaaattacc caaatgtgaa aaaggctctc atcaacatac ttttagtgac cacgggctac atcatatgct ttgttcctta ccacattgtc cgaatcccgt ataccctcag ccagacagaa gtcataactg attgctcaac caggatttca ctcttcaaag ccaaagaggc tacactgctc ctggctgtgt cgaacctgtg ctttgatcct atcctgtact atcacctctc aaaagcattc cgctcaaagg tcactgagac ttttgcctca cctaaagaga ccaaggctca gaaagaaaaa ttaagatgtg aaaataatgc ataaaagaca ggattttttg tgctaccaat tctggcctta ctgga •27- 121044·序列表.doc 200817680 <210〉 90 <211〉 352 <212> RNA <213>智人 <400〉 90 aatccattca tcctgattgg gcatgaaatc catggtcaag aggacaagtg gaaagtgaga 60 gggaaggttt gctagacacc ttcgcttgtt atcttgtcaa gatagaaaag atagtatcat 120 ttcacccttg ccagtaaaaa cctttccatc cacccattct cagcagactc cagtattggc 180 acagtcactc actgccattc tcacactata acaagaaaag aaatgaagtg cataagtctc 240 ctgggaaaag aaccttaacc ccttctcgtg ccatgactgg tgatttcatg actcataagc 300 ccctccgtag gcatcattca agatcaatgg cccatgcatg ctgtttgcag ca 352 <210> 91 <211> 484 <212> RNA 〈213〉智人 <400> 91 ggaacaagac ttcaggtcac gctcgatatc cagaaccctg accctgccgt gtaccagctg 60 agagactcta aatccagtga caagtctgtc tgcctattca ccgattttga ttctcaaaca 120 aatgtgtcac aaagtaagga ttctgatgtg tatatcacag acaaaactgt gctagacatg 180 aggtctatgg acttcaagag caacagtgct gtggcctgga gcaacaaatc tgactttgca 240 tgtgcaaacg ccttcaacaa cagcattatt ccagaagaca ccttcttccc cagcccagaa 300 ,、 agttcctgtg atgtcaagct ggtcgagaaa agctttgaaa cagatacgaa cctaaacttt 360 caaaacctgt cagtgattgg gttccgaatc ctcctcctga aagtggccgg gtttaatctg 420 ctcatgacgc tgcggctgtg gtccagctga gatctgcaag attgtaagac agcctgtgct 480 ccct 484 <210〉 92 <211> 512 <212> RNA <213>智人 <400> 92 aaatgataca ctactgctgc agctcacaaa cacctctgca tattacatgt acctcctcct 60 gctcctcaag agtgtggtct attttgccat catcacctgc tgtctgcttg gaagaacggc 120 tttctgctgc aatggagaga aatcataaca gacggtggca caaggaggcc atcttttcct 180 catcggttat tgtccctaga agcgtcttct gaggatctag ttgggctttc tttctgggtt 240 tgggccattt cagttctcat gtgtgtacta ttctatcatt attgtataat ggttttcaaa 300 ccagtgggca cacagagaac ctcagtctgt aataacaatg aggaatagcc atggcgatct 360 ccagcaccaa tctctccatg ttttccacag ctcctccagc caacccaaat agcgcctgct 420 atagtgtaga cagcctgcgg cttctagcct tgtccctctc ttagtgttct ttaatcagat 480 aactgcctgg aagcctttca ttttacacgc cc 512 <210〉 93 <211〉 483 <212> RNA <213>智人 / \ / <400 93 gccatcagaa gcagagatct cccacaccca aaaggccaca ctggtgtgcc tggccacagg 60 tttctacccc gaccacgtgg agctgagctg gtgggtgaat gggaaggagg tgcacagtgg 120 ggtcagcaca gacccgcagc ccctcaagga gcagcccgcc ctcaatgact ccagatactg 180 cctgagcagc cgcctgaggg tctcggccac cttctggcag aacccccgca accacttccg 240 ctgtcaagtc cagttctacg ggctctcgga gaatgacgag tggacccagg atagggccaa 300 acctgtcacc cagatcgtca gcgccgaggc ctggggtaga gcagactgtg gcttcacctc 360 cgagtcttac cagcaagggg tcctgtctgc caccatcctc tatgagatct tgctagggaa 420 ggccaccttg tatgctgtgc tggtcagtgc cctcgtgctg atggccatgg tcaagagaaa 480 gga 483 <210> 94 <211> 519 <212> RNA <213>智人 <400> 94 tgactccaga tactgcctga gcagccgcct gagggtctcg gccaccttct ggcagaaccc 60 ccgcaaccac ttccgctgtc aagtccagtt ctacgggctc tcggagaatg acgagtggac 120 ccaggatagg gccaaacccg tcacccagat cgtcagcgcc gaggcctggg gtagagcaga 180 ctgtggcttt acctcggtgt cctaccagca aggggtcctg tctgccacca tcctctatga 240 gatcctgcta gggaaggcca ccctgtatgc tgtgctggtc agcncccttg tgttgatggc 300 catggtcaag agaaaggatt tctgaaggca gccctggaag tggagttagg agcttctaac 360 ccgtcatggt ttcaatacac attcttcttt tgccagcgct tctgaagagc tgctctcacc 420 -28- 121044-序列表.doc 200817680 tctctgcatc ccaatagata tccccctatg tgcatgcaca cctgcacact cacggctgaa 480 atctccctaa cccaggggga ccttagcatg cctaagtga 519 <210> 95 <211> 419 <212> RNA <213〉智人 <400〉 95 gggaacactg ctctcagaca ttacaagact ggacctggga aaacgcatcc tggacccacg 60 aggaatatat aggtgtaatg ggacagatat atacaaggac aaagaatcta ccgtgcaagt 120 tcattatcga atgtgccaga gctgtgtgga gctggatcca gccaccgtgg ctggcatcat 180 tgtcactgat gtcattgcca ctctgctcct tgctttggga gtcttctgct ttgctggaca 240 tgagactgga aggctgtctg gggctgccga cacacaagct ctgttgagga atgaccaggt 300 ctatcagccc ctccgagatc gagatgatgc tcagtacagc caccttggag gaaactgggc 360 tcggaacaag tgaacctgag actggtggct tctagaagca gccattacca actgtacct 419 <210〉 96 <211> 469 <212> RNA <213〉智人 <400> 96 tctcctttct caccaatggg caatagccca taattgaaat aaatttctga ttgaaaggta 60 taggaaacat taaaatgcat tactaagaga agtaatataa ttttcttaca aagtattttt 120 cccaaagata gctttactat ttcaaaaatt gtcaaattaa tgcatgctcc ttacaacaaa 180 caaatatcaa aaagagttta ggaattctac tagccagaga tagtcacttg gagaaacttt 240 ctatatatcc ttctaaatat ttttctgggc atgctcatgt atgtacatca gttgtttctt 300 tttattttga accaaaaatg tggtttcttt tgtacacatt acttaaactt tctttccagt 360 caacaatata ttgtggattt attttcactg ttatatttaa ctatatataa atacgcatat 420 attgtaattt taatgtctgc ttagcacccc actgataacc aaatcacag 469 <210> 97 <211〉 548 <212> RNA <213〉智人 <400> 97 taatcggctc actataggaa tttgcntcga ggccaagatt cgnacgagnn ngttcaaaag 60 cagctaaacc aaaagaagcc tccagacagc cctgagatca cctaaaaagc tgctaccaag 120 acagccacga agatcctacc aaaatgaagc gcttcctctt cctcctactc accatcagcc 180 tcctggttat ggtacagata caaactggac tctcaggaca aaacgacacc agccaaacca 240 gcagcccctc agcatccagc agcatgagcg gaggcatttt ccttttcttc gtggccaatg 300 ccataatcca cctcttctgc ttcagttgag gtgacacgtc tcagccttag ccctgtgccc 360 cctgaaacan nnnnnnnnnn nnnnnnnnag agaatcccct ccatctttgg gaggggttga 420 tgccagacat caccaggttg tagaagttga caggcagtgc catggggnca acagccaaaa 480 taggggggta atgatgtagg ggccaagcag tgcccagctg ggggtcaata aagttaccct 540 tgtacttg 548 <210〉 98 <211〉 21 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉IL7RIE向引物 <400> 98 tcctaccagc ctttgcctct t 21 <210> 99 <211〉 23 <212> DNA <213〉未知 <220> <223>IL7R反向引物 <400> 99 ccatacttgg cttttctgaa gca 23 <210> 100 <211〉 21 <212> DNA <213〉未知 29· 121044-序列表.doc 200817680 <220> 〈223> IL7RTaciMan探針 <400> 100 cttcaatgtg gtttccatgg g 21 <210> 101 <211> 25 <212> DNA <213>未知 <220〉 <223〉CD3D正向引物 <400> 101 gttgaggaat gaccaggtct atcag 25 <210> 102 <211〉 22 <212> DNA <213〉耒知 <220〉 <223〉CD3D反向引物 <400〉 102 aaggtggctg tactgagcat ca 22 <210> 103 <211> 14 <212> DNA <213>未知 <220> <223>CD3DTaqMan 探針 <400> 103 cctccgagat cgag 14 <210> 104 <211〉 23 <212> DNA <213〉未知 <223〉CD52正向弓[物 <400> 104 tcagcctcct ggttatggta cag 23 <210> 105 <211〉 19 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉CD52反向引物 <400> 105 tggtttggct ggtgtcgtt <210> 106 <211> 19 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉CD53TaqMan探針 <400〉 106 caaactggac tctcaggac 19 <210〉 107 <211> 20 121044-序列表.doc -30- 19 200817680 <212> DNA <213〉耒知 <220〉 <223〉UBDIE向引物 <400> 107 tgaggagctg cccttgtttc 20 <210〉 108 <211〉 20 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223>UBD反向引物 <400〉 108 ctggaggagg tgcctctttg 20 <210> 109 <211> 17 <212> DNA <213〉未知 〆- <220〉 <223〉UBD TaqMan探針 <400> 109 catcacctga ctccaca 17 <210〉 110 <211〉 25 <212〉 DNA <213〉未知 <220〉 <223> GPR171正向引物 <400〉 110 gaagtcataa ctgattgctc aacca 25 <210〉 111 <211> 22 <212〉 DNA <213〉未知 <220> <223〉GPR171反向引物 <400> 111 gacacagcca ggagcagtgt ag 22 <210〉 112 <211> 20 <212> DNA <213〉耒知 <220〉 〈223〉GPR171 TaqMan探針 <400〉 112 tcactcttca aagccaaaga 20 <210〉 113 <211> 20 <212〉 DNA <213>未知 <220> <223〉GMZK正向引物 <400> 113 gtctgtgcag gagatgccaa 20 -31 - 121044-序列表.doc 200817680 <210> 114 <211> 17 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉GMZK反向引物 <400> 114 gggccccctg agtcacc 17 <210> 115 <211〉 19 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉GMZKTaqMan探針 <400> 115 ttacaggaat ccttctggc 19 <210> 116 <211> 25 <212〉 DNA <213>未知 <220> <223〉PRKCQ正向引物 <400> 116 atccatggtc aagaggacaa gtgga 25 <210〉 117 <211〉 24 <212> DNA <213〉未知 <223〉PRKCQ反向引物 <400> 117 gacaagataa caagcgaagg tgtc 24 <210〉 118 <211〉 18 <212> DNA <213>未知 <220> <223〉PRKCQ TaqMan探針 <400〉 118 caaaccttcc ctctcact 18 <210〉 119 <211〉 22 <212〉 DNA <213〉耒知 <220〉 <223〉STAT4正向引物 <400〉 119 gtcccacaac aattgaaact gc 22 <210> 120 <211> 24 <212> DNA <213〉耒知 <220> <223〉STAT4反向引物 <400> 120 32- 121044-序列表.doc 200817680 gtgcgtcaga gtttatcctg teat 24 <210〉 121 <211> 20 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223>STAT4TaQMan 探針 <400〉 121 tgaagtctcc ttattctgct 20 <210> 122 <211> 23 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉TRDV2正向引物 <400> 122 ggtcgagaaa agctttgaaa cag 23 /' <210〉123 <211> 22 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉TRDV2反向引物 <400> 123 ggaacccaat cactgacagg tt 22 <210〉 124 <211> 16 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉TRDV2TaqMan探針 <400> 124 acgaacctaa aettte 16 <210> 125 <211〉 18 <212> DNA <213〉未知 <220> <223>TRAT1正向引物 <400> 125 aagccacccc atetgeae 18 <210> 126 <211> 21 <212〉 DNA <213〉未知 <220> <223〉TRAT1反向弓丨物 <>126 ctgtgatcaa gtgaggcgta g 21 <210> 127 <21i> 20 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉TRAT1 TaqMan探針 33- 121044-序列表.doc 20 200817680 <400> 127 caaccaatga aacacagatg <210〉 128 <211〉 19 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉TRBV19正向引物 <400> 128 19 gaggcctggg gtagagcag <210> 129 <211〉 20 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉TRBV19反向引物 <400> 129 agaggatggt ggcagacagg 20 <210〉 130 <211> 17 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉TRBV19TaqMan探針 <400> 130 tgtcctacca gcaaggg 17 <210> 131 <211〉 26 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉CD69正向引物 <400> 131 aatcatagct ctcattgcct tatcag 26 <210> 132 <211〉 23 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉CD69反向引物 <400> 132 tgtctgatgg cattgagaat gtg 23 <210〉 133 <211> 20 <212〉 DNA <213>未知 <220> <223>CD69TaqMan 探針 <400> 133 ccaatacaat tgtccaggcc 20 <210> 134 <211> 19 <212> DNA <213〉耒知 34- 121044-序列表.doc 200817680 <220〉 <223〉IND01正向引物 <400> 134 ccagcagact gctggtgga 19 <210> 135 <211> 25 <212〉 DNA <213〉未知 <220〉 <223〉IND01反向引物 <400> 135 ggcatatatc ttctcatgtc ctgga 25 <210> 136 <211> 16 <212〉 DNA <213〉未知 <220〉 <223〉INDOl TaqMan探針 <400〉 136 acatgctgct cagttc 16 <210> 137 <211〉 20 <212> DNA <213〉未知 <220〉 <223〉H3F3AIE向引物 <400〉 137 cagctatcgg tgctttgcag 20 <210> 138 <211〉 24 <212> DNA <213>未知 <220> <223〉H3F3A反向引物 <400〉 138 24 gatagcacac aggttggtgt cttc 、 <210〉 139 <211〉 16 <212> DNA <213〉未知 <223> H3F3A TaqMan^lf <400> 139 caagtgaggc ctatct 16 <210> 140 <211〉 25 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉CD45RIE向引物 <400〉 140 gagatgcctg atggttcaag tagag 25
<210〉 141 <211> 25 <212〉 DNA 35- 121044-序列表.doc 200817680 <213〉未知 <220〉 <223〉CD45R反向引物 <400> 141 ttcttcaaac tgattgtatt ccacc 25 <210> 142 <211〉 19 <212> DNA <213>未知 <223> CD45R TaqManSif <400> 142 cagtacatct tgatccatc 19 <210> 143 <211> 19 <212> DNA <213〉耒知
<220〉 <223> CD45RO正向引物 <400> 143 ggcaaagccc aacaccttc 19 <210〉 144 <211〉 22 <212> DNA <213>未知 CD45RO反向引物 <400> 144 cagaagggct cagagtggtt gt 22 <210> 145 <211> 16 <212> DNA <213〉耒知 <220> <223〉CD45RO TaqMan探針
<400> 145 tgcctacctt aatgcc <210> 146 <211> 19 <212> DNA <213〉未知 16 <220> <223〉F〇xP3正向引物 <400> 146 cacctggctg ggaaaatgg 19 <210> 147 <211> 19 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉FoxP3反向引物 <400> 147 ggagcccttg tcggatgat 19 <210> 148 121044-序列表.doc 36- 16200817680 <211〉 16 <212> DNA <213〉未知 <220〉<223〉FoxP3 TaciMan探針 <400> 148 caaggcttca tctgtg <210〉 149 <211〉 25 <212> DNA <213>未知 <220〉<223〉CD20正向引物 <400〉 149 catacaatct ctgttcttgg gcatt 25
<210〉 150 <211〉 22 <212> DNA <213>未知 <220〉 <223〉CD20反向引物 <400> 150 tcattctcaa cgatgccagc ta 22 <210〉 151 <211> 17 <212> DNA <213〉未知 <223> CD20TaqManglif <400> 151 tcagtgatgc tgatctt 17 <210> 152 <211〉 19 <212〉 DNA <213〉未知 <220〉 <223〉TLR9正向引物 <400> 152 cgccagaccc tctggagaa 19 <210〉 153 <211> 19 <212> DNA <213>未知 <220〉 <223〉TLR9反向引物 <400〉 153 gcctgcacca ggagagaca 19 <210〉 154 <211> 13 <212> DNA <213>未知 <220> <223〉TLR9 TaqMan探針 <400> 154 ttctgccgca gcg 13 121044-序列表.doc -37- 27200817680 <2i〇> 155 <211> 27 <212〉 DNA <213>未知<220><223〉ITGB3正向引物 <400〉 155 aagtccatcc tgtatgtggt agaagag <210> 156 <211〉 20 <212> DNA <213>未知 <220〉<223〉ITGB3反向引物 <400〉 156 gagcaggacc accaggatgt <210> 157 〈211〉 14 <212> DNA <213〉未知<220>〈223〉ITGB3 TaqMan探針 <400〉 157 agtgtcccaa gggc <210> 158 <211> 21 <212> DNA <213>未知 <220〉<223〉TLR3正向引物 <400> 158 ggaaaggcta gcagtcatcc a <210〉 159 <211> 20 <212〉 DNA <213>未知<220><223〉TLR3反向引物 <400> 159 gtggaggatg cacacagcat <210> 160 <211> 17 <212> DNA <213〉耒知 <220〉 <223> TLR3 TaqManSif <400> 160 atgagacaga ctttgcc <210> 161 <211〉 19 <212〉 DNA <213>未知 <220〉<223〉TLR4正向引物 14 21 121044-序列表.doc -38- 17 200817680 <400〉 161 ccagaactgc aggtgctgg <210> 162 <211> 22 <212> DNA <213〉未知 <220> <223〉TLR4反向引物 <400> 162 ggtggcttag gctctgatat gc <210> 163 <211> 20 <212> DNA <213〉未知 <223〉TLR4TaqMan探針 <400> 163 ccaggtgtga aatccagaca
121044·序列表.doc

Claims (1)

  1. 200817680 十、申請專利範圍: 1. 一種源自患者樣品之基因圖譜,其為該患者係免疫療法 之反應者或無反應者的可能性增加之指標,其中該圖譜 包含至少一種免疫活化基因之差異調節。 2·如請求項1之基因圖譜,其中該免疫療法為癌症免疫療 法0 3·如請求項2之基因圖譜,其中該癌症免疫療法為Mage抗 原特異性癌症免疫療法。
    4·如請求項1至3中任一項之基因圖譜,其中該至少一種免 疫活化基因係選自列於表1、2、3或4中之基因。 5·如睛求項1至3中任一項之基因圖譜,其中該至少一種免 疫基因為5種或5種以上基因。 6.
    如靖求項4之基因圖譜,其中該至少一種基因為至少1〇% 之列於表1、2、3或4中之基因。 如請求項6之基因圖譜,其中該至少一種基因為至少 傳、观、6〇%或7〇%之列於幻、2、3或4中之基因。 如請求項7之基因圖譜’其中該至少-種基因為80%、 90%或100%之列於表1、2、3或4中之基因。 9.如研求項1至3中任一 jg # ix> js* ^項之基因圖谱,其中該(等)至少- 種基因传以上調。 7. 8. 10.如明求項9之基因圖譜,其中該圖譜為反應 種如叫求項1至10中任一項之圖譜之用: 鑑別免疫療法之反應者或無反應者。 之指標。 ’其係用以 12. —種鑑別如請求項 至10中任一項之圖譜的方法 其包 121044.doc 200817680 含以下步驟: a) 分析源自患者樣品的一或多種免疫反應基因之差異 表現,及 b) 以步驟a)結果為基礎,訂出從源自該樣品之患者為 反應者或無反應者之特徵’其中該特徵係視情況參考或 對照標準進行。 13.如請求項12之方法,其中該標準為具有已知臨床結果的 樣品。 14·如請求項12之方法,其中使用演算法進行該比較。 15· —種楝針之用途,其係用於鑑別至少一種免疫活化基因 產物之差異表現,以確定如請求項1至1〇中任一項之圖 譜是否存在源自患者樣品中。 16·如請求項15之用途,其中該差異表現為上調。 17. —種微陣列套組之用途,其係用於鑑別至少一種免疫活 化基因產物之差異表現,以確定如請求項1至1 〇中任一 項之圖譜是否存在源自患者樣品中。 18·如請求項17之用途,其中該差異表現為上調。 19_ 7種微陣列,其包含一或多個適用於搞測一或多種免疫 活化基因之差異表現之探針。 20·如凊求項19之微陣列,其中該免疫活化基因係選自包含 於表1、2、3或4中之基因列表的群。 2 種包3至;一種組份之診斷套組,其係用於分析源自 患者樣品,以鑑別如請求項i至1〇中任一項之圖譜,其 結果可用以指定自其得到咭媒口 J通樣ua之患者為免疫療法之反 121044.doc 200817680 應者或無反應者。 22·如請求項2 1之套組,其中該療法為癌症免疫療法。 23·如請求項22之套組’其中該療法為]^叫0癌症免疫療法。 24·如請求項2 1至23中任一項之套組,其中以如請求項i至 10中任一項之圖譜為基礎,該患者具有為反應者之特 徵。 25·如請求項21至23中任一項之套組,其中該免疫療法包含 抗原及適當佐劑。 I 26·如請求項21至23中任一項之套組,其中該至少一種免疫 活化基因得以上調。 2 7 · —種誘導具有無反應者特徵之患者中反應者基因圖譜之 方法’其包含激發該患者之全身性免疫或發炎反應的步 驟。 2 8.如請求項27之方法,其中該全身性反應係藉由放射線療 法或投與有效量之干擾素誘導。 29.如請求項27或28之方法,其進一步包含分析該患者以鑑 ^^ 別如請求項1至1 〇中任一項之基因圖譜及訂出該患者為 反應者特徵之步驟。 121044.doc
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