CN113260633A - 用于癌症免疫疗法的诊断方法和组合物 - Google Patents
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Abstract
本发明提供用于癌症治疗的诊断方法、治疗方法和组合物。本文所述的组合物和方法可用于例如确定患者受益于PD‑L1轴结合拮抗剂治疗的倾向并且相应地治疗此类患者。使用本公开的组合物和方法，可在以下情况下确定患者诸如人类癌症患者能受益于PD‑L1轴结合拮抗剂治疗：所述患者表现出CST7、NKG7、GZMH、MT‑ND4、HLA‑H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT‑CYB、MT‑ND4L、KLRG1、MT‑CO2、MT‑ATP6、PLEK、CTSW、HLA‑C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4‑KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的升高的治疗前表达水平。可与本公开的组合物和方法联合使用的示例性PD‑L1轴结合拮抗剂为PD‑L1结合拮抗剂，诸如抗PD‑L1抗体及其抗原结合片段，包括阿特珠单抗；以及PD‑1结合拮抗剂，诸如抗PD‑1抗体及其抗原结合片段。
Description
序列表
本申请含有序列表，所述序列表已经以ASCII格式以电子方式提交并且以全文引用的方式并入本文中。所述ASCII副本创建于2019年11月27日，命名为50474-188WO3_Sequence_Listing_11.27.19_ST25，大小为195,457字节。
技术领域
本发明涉及使用PD-L1轴结合拮抗剂治疗癌症的诊断和治疗方法。还提供了相关测定和试剂盒。
背景技术
癌症仍然是对人类健康最致命的威胁之一。在美国，癌症每年侵袭近130万新患者，是仅次于心脏病的第二大死亡原因，约占死亡人数的四分之一。另外，据预测，癌症可能在5年内超过心血管疾病而成为第一大死亡原因。实体肿瘤是造成这些死亡的主要原因。
用免疫检查点抑制剂开展的人体研究已经证明了利用免疫系统来控制并根除肿瘤生长的希望。程序性死亡1(PD-1)受体及其配体程序性死亡配体1(PD-L1)是免疫检查点蛋白质，与慢性感染、妊娠、同种异体移植、自身免疫性疾病和癌症期间免疫系统应答的抑制有关。PD-L1通过与抑制性受体PD-1结合来调节免疫应答，该抑制性受体在T细胞、B细胞和单核细胞的表面上表达。PD-L1还通过与另一种受体B7-1相互作用，对T细胞功能产生负调节。PD-L1/PD-1与PD-L1/B7-1复合物的形成对T细胞受体信号传导产生负调节，从而导致T细胞活化的下调以及抗肿瘤免疫活性的抑制。
尽管在某些癌症的医学治疗方面取得了重大进展，但在过去的20年中，所有癌症的5年总体生存率仅提高约10％。特别地，恶性实体瘤以不受控的方式转移和生长，这使得及时发现和治疗极其困难。
尽管在癌症的治疗方面取得了长足进步，但人们仍在寻求改善的诊断方法和癌症疗法。
发明内容
本公开提供了用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、子宫内膜癌、结肠腺癌、肾细胞癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))和乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的个体的治疗和诊断方法以及组合物。本公开至少部分地基于以下发现：在外周循环中表现出克隆扩增的T细胞的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、子宫内膜癌、结肠腺癌、肾细胞癌、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的患者尤其可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体)的治疗。克隆扩增的T细胞可通过多种方式进行鉴定，这些方式包括：对患者的T细胞受体进行测序以鉴定克隆扩增的程度和/或检测患者外周血中与克隆扩增相关联的一种或多种基因的升高的免疫评分表达水平。此类基因的实例包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA。
使用本公开的组合物和方法，可基于患者在外周血中表现出克隆扩增T细胞群的发现，将患者鉴定为可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。确定患者在外周血中表现出克隆扩增的T细胞可通过对T细胞受体进行测序和/或通过评估获自患者的血液样品中的患者的基因表达谱来完成。在此上下文中，发现患者表现出(例如)选自CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种基因的升高的免疫评分表达水平，可表明患者在外周循环中具有克隆扩增的T细胞，并且该患者可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
在第一方面，本公开提供了一种产生嵌合抗原受体(CAR)T细胞的方法，该方法包括：
(a)从患有癌症的个体获得外周血样品；
(b)测定(i)由样品中的一种或多种T细胞表达的T细胞受体(TCR)的一个或多个互补决定区(CDR)的氨基酸序列和/或(ii)编码该氨基酸序列的核酸序列；以及
(c)修饰前体细胞以表达包含所述一个或多个CDR的CAR，从而产生CAR T细胞。
在另一方面，本公开提供了一种产生CAR T细胞的方法，该方法包括修饰前体细胞以表达包含TCR的一个或多个CDR的CAR，所述TCR由获自患有癌症的个体的外周血样品中的一种或多种T细胞表达。
在一些实施例中，样品中的T细胞为克隆扩增的T细胞。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞为CD8+T细胞。
在一些实施例中，CD8+T细胞为CTL。
在一些实施例中，由所述一种或多种T细胞表达的TCR特异性结合由个体中的癌细胞表达的抗原。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.01％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.1％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少1％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少2％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少3％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少4％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少5％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少10％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少15％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少20％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少25％。
在一些实施例中，前体细胞为T细胞。
在一些实施例中，方法产生至少约1×103个CAR T细胞。
在一些实施例中，方法产生约1×103个CAR T细胞至约1×1012个CAR T细胞(例如，约2×103个CAR T细胞至约9×1011个CAR T细胞、约3×103个CAR T细胞至约8×1011个CAR T细胞、约4×103个CAR T细胞至约7×1011个CAR T细胞、约5×103个CAR T细胞至约6×1011个CAR T细胞、约6×103个CAR T细胞至约4×1011个CAR T细胞、约7×103个CAR T细胞至约3×1011个CAR T细胞、约8×103个CAR T细胞至约2×1011个CAR T细胞、约9×103个CAR T细胞至约1×1011个CAR T细胞、约1×104个CAR T细胞至约9×1010个CAR T细胞、约2×104个CAR T细胞至约8×1010个CAR T细胞、约3×104个CAR T细胞至约7×1010个CAR T细胞、约4×104个CAR T细胞至约6×1010个CAR T细胞、约5×104个CAR T细胞至约5×1010个CAR T细胞、约6×104个CAR T细胞至约4×1010个CAR T细胞、约7×104个CAR T细胞至约3×1010个CAR T细胞、约8×104个CAR T细胞至约2×1010个CAR T细胞、约9×104个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞或约1×105个CAR T细胞至约9×109个CAR T细胞，诸如约1×103个CAR T细胞、2×103个CAR T细胞、3×103个CAR T细胞、4×103个CAR T细胞、5×103个CAR T细胞、6×103个CART细胞、7×103个CAR T细胞、8×103个CAR T细胞、9×103个CAR T细胞、1×104个CAR T细胞、2×104个CAR T细胞、3×104个CAR T细胞、4×104个CAR T细胞、5×104个CAR T细胞、6×104个CAR T细胞、7×104个CAR T细胞、8×104个CAR T细胞、9×104个CAR T细胞、1×105个CART细胞、2×105个CAR T细胞、3×105个CAR T细胞、4×105个CAR T细胞、5×105个CAR T细胞、6×105个CAR T细胞、7×105个CAR T细胞、8×105个CAR T细胞、9×105个CAR T细胞、1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CART细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CART细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞、2×109个CAR T细胞、3×109个CAR T细胞、4×109个CART细胞、5×109个CAR T细胞、6×109个CAR T细胞、7×109个CAR T细胞、8×109个CAR T细胞、9×109个CAR T细胞、1×1010个CAR T细胞、2×1010个CAR T细胞、3×1010个CAR T细胞、4×1010个CAR T细胞、5×1010个CAR T细胞、6×1010个CAR T细胞、7×1010个CAR T细胞、8×1010个CAR T细胞、9×1010个CAR T细胞、1×1011个CAR T细胞、2×1011个CAR T细胞、3×1011个CAR T细胞、4×1011个CAR T细胞、5×1011个CAR T细胞、6×1011个CAR T细胞、7×1011个CART细胞、8×1011个CAR T细胞、9×1011个CAR T细胞或×1012个CAR T细胞或更多)。
在一些实施例中，方法产生约1×104个CAR T细胞至约1×1011个CAR T细胞(例如，约1×104个CAR T细胞至约9×1010个CAR T细胞、约2×104个CAR T细胞至约8×1010个CAR T细胞、约3×104个CAR T细胞至约7×1010个CAR T细胞、约4×104个CAR T细胞至约6×1010个CAR T细胞、约5×104个CAR T细胞至约5×1010个CAR T细胞、约6×104个CAR T细胞至约4×1010个CAR T细胞、约7×104个CAR T细胞至约3×1010个CAR T细胞、约8×104个CAR T细胞至约2×1010个CAR T细胞、约9×104个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞或约1×105个CAR T细胞至约9×109个CAR T细胞，诸如约1×104个CAR T细胞、2×104个CAR T细胞、3×104个CAR T细胞、4×104个CAR T细胞、5×104个CAR T细胞、6×104个CAR T细胞、7×104个CAR T细胞、8×104个CAR T细胞、9×104个CAR T细胞、1×105个CAR T细胞、2×105个CAR T细胞、3×105个CAR T细胞、4×105个CAR T细胞、5×105个CAR T细胞、6×105个CAR T细胞、7×105个CAR T细胞、8×105个CAR T细胞、9×105个CAR T细胞、1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞、2×109个CAR T细胞、3×109个CAR T细胞、4×109个CAR T细胞、5×109个CAR T细胞、6×109个CAR T细胞、7×109个CAR T细胞、8×109个CAR T细胞、9×109个CAR T细胞、1×1010个CAR T细胞、2×1010个CAR T细胞、3×1010个CAR T细胞、4×1010个CAR T细胞、5×1010个CAR T细胞、6×1010个CAR T细胞、7×1010个CAR T细胞、8×1010个CAR T细胞、9×1010个CART细胞或1×1011个CAR T细胞或更多)。
在一些实施例中，方法产生约1×105个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞(例如，约1×105个CAR T细胞至约9×109个CAR T细胞，诸如约1×105个CAR T细胞、2×105个CAR T细胞、3×105个CAR T细胞、4×105个CAR T细胞、5×105个CAR T细胞、6×105个CAR T细胞、7×105个CAR T细胞、8×105个CAR T细胞、9×105个CAR T细胞、1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞、2×109个CAR T细胞、3×109个CAR T细胞、4×109个CAR T细胞、5×109个CAR T细胞、6×109个CAR T细胞、7×109个CAR T细胞、8×109个CAR T细胞、9×109个CAR T细胞或1×1010个CAR T细胞或更多)。
在一些实施例中，方法产生约1×106个CAR T细胞至约1×109个CAR T细胞(例如，约1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞或更多)。
在另一方面，本公开提供了通过本公开的前述方面或其任何实施例的方法所产生的CAR T细胞。
在另一方面，本公开提供了一种药物组合物，该药物组合物包含(i)通过本公开的上述方面或实施例的方法产生的一种或多种CAR T细胞或其子代，以及(ii)一种或多种载体、稀释剂和/或赋形剂。
在另一方面，本公开提供了一种治疗有此需要的个体的癌症的方法，该方法包括向个体施用根据前述方面所述的CAR T细胞或其子代或上述药物组合物。
在一些实施例中，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
在一些实施例中，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
在一些实施例中，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
在一些实施例中，肾癌为肾细胞癌(RCC)。
在一些实施例中，膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
在一些实施例中，乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
在一些实施例中，进一步向患者施用PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些实施例中，抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
在一些实施例中，抗体包括：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ IDNO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
在一些实施例中，抗体包含：重链可变区，该重链可变区包含SEQ ID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些实施例中，抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
在一些实施例中，Fc融合蛋白为AMP-224。
在另一方面，本公开提供了一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定个体在来自该个体的外周血样品中是否具有克隆扩增的T细胞，其中过样品中的克隆扩增的T细胞将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本公开提供了一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定个体在来自该个体的外周血样品中是否具有克隆扩增的T细胞，其中样品中的克隆扩增的T细胞将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些实施例中，样品包含克隆扩增的T细胞，并且方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定个体在来自该个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞；
以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种治疗已确定为在来自个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞的所述个体的癌症的方法，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括：
(a)确定个体在来自该个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞；
以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种诱导患有癌症并且已确定为在来自个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞为CD8+T细胞。
在一些实施例中，CD8+T细胞为CTL。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含α链和β链的TCR，该α链和β链各自包含CDR即CDR-1、CDR-2和CDR-3，其中编码相应α链CDR-1、CDR-2或CDR-3和/或β链CDR-1、CDR-2或CDR-3的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR1的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR1的核酸序列彼此至少90％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR1的核酸序列彼此至少95％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR1的核酸序列彼此100％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR2的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR2的核酸序列彼此至少90％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR2的核酸序列彼此至少95％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR2的核酸序列彼此100％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR3的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR3的核酸序列彼此至少90％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR3的核酸序列彼此至少95％相同。
在一些实施例中，编码相应α链CDR3的核酸序列彼此100％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR1的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR1的核酸序列彼此至少90％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR1的核酸序列彼此至少95％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR1的核酸序列彼此100％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR2的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR2的核酸序列彼此至少90％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR2的核酸序列彼此至少95％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR2的核酸序列彼此100％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR3的核酸序列彼此至少85％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR3的核酸序列彼此至少90％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR3的核酸序列彼此至少95％相同。
在一些实施例中，编码相应β链CDR3的核酸序列彼此100％相同。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含α链和/或β链的TCR，该α链和/或β链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此至少90％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此至少95％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此100％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此至少90％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此至少95％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此100％相同的核酸序列。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.01％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.1％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少1％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少2％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少3％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少4％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少5％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少10％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少15％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少20％。
在一些实施例中，克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少25％。
在另一方面，本公开提供了一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括对来自个体的外周血样品中的T细胞受体测序或测定基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中在所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本公开提供了一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括对来自个体的外周血样品中的T细胞受体测序或测定基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中在样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些实施例中，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在另一方面，本公开提供了一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种治疗个体的癌症的方法，该个体已被测定为来自该个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，该个体患有癌症并且已被测定为来自该个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，T细胞为CD8+T细胞。
在一些实施例中，CD8+细胞为细胞毒性T细胞(CTL)或效应记忆性T细胞(Tem)。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在一些实施例中，参考群体为患有癌症的个体群体。
在一些实施例中，个体群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性得到显著改善。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
在一些实施例中，化疗剂为多西他赛。
在一些实施例中，对治疗的应答性包括无进展生存期(PFS)的延长。
在一些实施例中，对治疗的应答性包括总生存期(OS)的延长。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
在一些实施例中，参考群体中一种或多种基因的免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的中位数。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均值。
在一些实施例中，参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均值为参考群体中一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的平均值。
在一些实施例中，一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平为归一化至参考基因的一种或多种基因中的每一种的表达水平。
在一些实施例中，参考基因为CD8A。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为一种或多种基因的预先指定的表达水平。
在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS的延长。
在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括PFS的延长。
在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS和PFS的延长。
在一些实施例中，基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的两种或更多种。
在一些实施例中，基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的三种或更多种。
在一些实施例中，基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的四种或更多种。
在一些实施例中，表达水平为核酸表达水平。
在一些实施例中，核酸表达水平为mRNA表达水平。
在一些实施例中，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合进行测定。
在一些实施例中，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在一些实施例中，mRNA表达水平使用RT-qPCR进行检测。
在一些实施例中，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
在一些实施例中，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
在一些实施例中，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
在一些实施例中，肾癌为肾细胞癌(RCC)。
在一些实施例中，膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
在一些实施例中，乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些实施例中，抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
在一些实施例中，抗体包括：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ IDNO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
在一些实施例中，抗体包含：重链可变区，该重链可变区包含SEQ ID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些实施例中，抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
在一些实施例中，Fc融合蛋白为AMP-224。
在一些实施例中，个体既往未治疗过所述癌症。
在一些实施例中，个体既往未施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，个体既往通过向所述个体施用含铂化疗剂治疗过所述癌症，并且其中个体对化疗剂无应答。
在一些实施例中，包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗为单药治疗。
在一些实施例中，方法进一步包括向所述个体施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
在一些实施例中，所述一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
在一些实施例中，所述一种或多种另外的治疗剂包括免疫调节剂。
在一些实施例中，免疫调节剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些实施例中，个体是人。
在另一方面，本公开提供了一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体(例如，人)的方法。该方法可包括对来自个体的样品中的T细胞受体进行测序以测量克隆扩增的程度或测定基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平(例如，测定基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平)，其中在所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本公开提供了一种为患有癌症的个体(例如，人)选择疗法的方法。该方法可包括测定来自个体的样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平(例如，测定基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平)，其中在样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在上述方面的任一者的一些实施例中，样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平。在一些实施例中，方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在另一方面，本公开提供了一种患有癌症的个体(例如，人)的方法。该方法可包括：(a)测定来自个体的样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平(例如，测定基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平)，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于参考免疫评分表达水平；以及(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种治疗个体(例如，人)的癌症的方法，该个体已被测定为来自该个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，该个体已被测定为基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的免疫评分表达水平)高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。该方法可包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本公开提供了一种诱导患有癌症的个体(例如，人)中T细胞群的扩增的方法。该方法可包括：(a)测定来自个体的样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平(例如，测定基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平)，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于参考免疫评分表达水平；以及(b)向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在又一方面，本公开提供了一种诱导患有癌症的个体(例如，人)中T细胞群的扩增的方法。该方法可包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在治疗之前，已测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平，并且样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。例如，在治疗之前，可能已测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平，并且样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平可能已被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。在一些实施例中，T细胞为CD8+T细胞，诸如细胞毒性T细胞(CTL，在本文中也称为“Tcyt”)或效应记忆性T细胞(Tem)。
在上述方面中任一者的一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些实施例中，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些实施例中，个体群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。参考免疫评分表达水平可例如基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个。在这些情况下，个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性可得到显著改善。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个。在这些情况下，个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性得到显著改善。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。例如，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂，诸如多西他赛。
在一些实施例中，对治疗的应答性包括无进展生存期(PFS)的延长。在一些实施例中，对治疗的应答性包括总生存期(OS)的延长。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平可以是该参考群体中一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的中位数。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均值。例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平可以是该参考群体中一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的平均值。在一些实施例中，所述一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平为归一化至参考基因(诸如CD8A)的所述一种或多种基因中的每一种的表达水平。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为一种或多种基因的预先指定的表达水平。
在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS的延长。在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括PFS的延长。在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS和PFS的延长。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的多于一种。例如，在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的两种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的三种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的四种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的五种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的六种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的七种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的八种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的九种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的十种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的11种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的12种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的13种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的14种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的15种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的16种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的17种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的18种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的19种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的20种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的21种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的22种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的23种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的24种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的25种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的26种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的27种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的28种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的29种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的30种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的31种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的32种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的所有33种。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的一种或多种。例如，所述一种或多种基因可包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或所有20种。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的2种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的3种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的4种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的5种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的6种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的7种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的8种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的9种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的10种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的11种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的12种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的13种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的14种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的15种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的16种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的17种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的18种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的19种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的所有20种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF组成。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括下表1中所述的双基因组合。
表1：与本文所述的组合物和方法联合使用的示例性2-基因组合
| CST7和NKG7 | NKG7和MT-ND4 |
| CST7和GZMH | NKG7和HLA-H |
| CST7和MT-ND4 | GZMH和MT-ND4 |
| CST7和HLA-H | GZMH和HLA-H |
| NKG7和GZMH | MT-ND4和HLA-H |
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括下表2中所述的三基因组合。
表2：与本文所述的组合物和方法联合使用的示例性3-基因组合
| CST7、NKG7和GZMH | CST7、MT-ND4和HLA-H |
| CST7、NKG7和MT-ND4 | NKG7、GZMH和MT-ND4 |
| CST7、NKG7和HLA-H | NKG7、GZMH和HLA-H |
| CST7、GZMH和MT-ND4 | NKG7、MT-ND4和HLA-H |
| CST7、GZMH和HLA-H | GZMH、MT-ND4和HLA-H |
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括下表3中所述的四基因组合。
表3：与本文所述的组合物和方法联合使用的示例性4-基因组合
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4和HLA-H的组合。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的一种或多种。例如，所述一种或多种基因可包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或所有20种。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的2种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的3种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的4种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的5种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的6种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的7种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的8种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的9种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的10种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的11种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的12种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的13种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的14种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的15种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的16种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的17种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的18种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的19种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的所有20种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A组成。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括一种或多种细胞毒性基因，诸如CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C组成。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括一种或多种线粒体基因，诸如MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6组成。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括一种或多种细胞毒性基因(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种)以及一种或多种线粒体基因(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种)。例如，在一些实施例中，所述一种或多种基因包括细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括PLEK以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括HCST以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CTSW以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括KLRG1以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CD8A以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CCL5以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CD8B以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMH以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括HLA-C以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括线粒体基因以及一种或多种细胞毒性基因。例如，在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-CYB以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-CO2以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4L以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ATP6以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括下表4中所述的细胞毒性基因和线粒体基因的组合。
表4：与本文所述的组合物和方法联合使用的细胞毒性基因和线粒体基因的示例性组合
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的一种或多种。例如，所述一种或多种基因可包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的1种、2种、3种、4种、5种、6种或所有7种。
在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的2种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的3种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的4种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的5种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的6种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的所有7种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A组成。
在一些实施例中，表达水平为核酸表达水平，诸如mRNA表达水平。mRNA表达水平可例如通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合进行测定。
在一些实施例中，检测肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、癌旁正常组织(NAT)细胞或它们的组合中的表达水平。在一些实施例中，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。组织样品可为例如肿瘤组织样品，诸如包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合的肿瘤组织样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋的(FFPE)样品、存档的样品、新鲜的样品或冷冻的样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品为FFPE样品。
在一些实施例中，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。例如，癌症可以是肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些实施例中，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施例中，肾癌为肾细胞癌(RCC)。在一些实施例中，膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。在一些实施例中，乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。PD-L1结合拮抗剂可抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。抗体可为例如阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为阿特珠单抗(MPDL3280A)。
在一些实施例中，抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ IDNO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
在一些实施例中，抗体包含：重链可变区，该重链可变区包含SEQ ID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。PD-1结合拮抗剂可例如抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。抗体可为例如MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白诸如AMP-224。
在一些实施例中，个体既往未治疗过所述癌症。在一些实施例中，个体既往未施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，个体既往通过向该个体施用含铂化疗剂治疗过所述癌症。在一些实施例中，个体对化疗剂无应答。
在一些实施例中，包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗为单药治疗。
在一些实施例中，方法进一步包括向个体施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。所述一种或多种另外的治疗剂可包括例如包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。在一些实施例中，一种或多种另外的治疗剂包括免疫调节剂。免疫调节剂可为例如抗体或其抗原结合片段。可与本公开的组合物和方法联合使用的示例性免疫调节剂包括抗TIGIT抗体及其抗原结合片段、抗CTLA-4抗体或其抗原结合片段、抗CD27抗体或其抗原结合片段、抗CD30抗体或其抗原结合片段、抗CD40抗体或其抗原结合片段、抗4-1BB抗体或其抗原结合片段、抗GITR抗体或其抗原结合片段、抗OX40抗体或其抗原结合片段、抗TRAILR1抗体或其抗原结合片段、抗TRAILR2抗体或其抗原结合片段、抗TWEAK抗体或其抗原结合片段、抗TWEAKR抗体或其抗原结合片段、抗BRAF抗体或其抗原结合片段、抗MEK抗体或其抗原结合片段、抗CD33抗体或其抗原结合片段、抗CD20抗体或其抗原结合片段、抗CD52抗体或其抗原结合片段、抗A33抗体或其抗原结合片段、抗GD3抗体或其抗原结合片段、抗PSMA抗体或其抗原结合片段、抗Ceacan 1抗体或其抗原结合片段、抗Galedin 9抗体或其抗原结合片段、抗HVEM抗体或其抗原结合片段、抗VISTA抗体或其抗原结合片段、抗B7 H4抗体或其抗原结合片段、抗HHLA2抗体或其抗原结合片段、抗CD155抗体或其抗原结合片段、抗CD80抗体或其抗原结合片段、抗BTLA抗体或其抗原结合片段、抗CD160抗体或其抗原结合片段、抗CD28抗体或其抗原结合片段、抗CD226抗体或其抗原结合片段、抗CEACAM1抗体或其抗原结合片段、抗TIM3抗体或其抗原结合片段、抗CD96抗体或其抗原结合片段、抗CD70抗体或其抗原结合片段、抗CD27抗体或其抗原结合片段、抗LIGHT抗体或其抗原结合片段、抗CD137抗体或其抗原结合片段、抗DR4抗体或其抗原结合片段、抗CR5抗体或其抗原结合片段、抗FAS抗体或其抗原结合片段、抗CD95抗体或其抗原结合片段、抗TRAIL抗体或其抗原结合片段、抗DR6抗体或其抗原结合片段、抗EDAR抗体或其抗原结合片段、抗NGFR抗体或其抗原结合片段、抗OPG抗体或其抗原结合片段、抗RANKL抗体或其抗原结合片段、抗LTβR抗体或其抗原结合片段、抗BCMA抗体或其抗原结合片段、抗TACI抗体或其抗原结合片段、抗BAFFR抗体或其抗原结合片段、抗EDAR2抗体或其抗原结合片段、抗TROY抗体或其抗原结合片段和抗RELT抗体或其抗原结合片段。
在另一方面，本公开提供了一种用于鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体(例如，人)的试剂盒。试剂盒可包含用于测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平的一种或多种试剂(例如，用于测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平的一种或多种试剂)。在一些实施例中，试剂盒进一步包含关于根据本公开的上述方面或实施例中任一者所述的方法使用一种或多种试剂来鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体(例如，人)的说明。
在又一方面，本公开提供了一种用于鉴定作为包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的候选者的患有癌症的个体(例如，人)的测定法。测定法可包括测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的一种或多种的表达水平(例如，测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的表达水平)。在样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在前述方面的一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些实施例中，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些实施例中，个体群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。参考免疫评分表达水平可例如基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个。在这些情况下，个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性可得到显著改善。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个。在这些情况下，个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性得到显著改善。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。例如，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂，诸如多西他赛。
在一些实施例中，对治疗的应答性包括无进展生存期(PFS)的延长。在一些实施例中，对治疗的应答性包括总生存期(OS)的延长。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平可以是该参考群体中一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的中位数。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均值。例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平可以是该参考群体中一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的平均值。在一些实施例中，所述一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平为归一化至参考基因(诸如CD8A)的所述一种或多种基因中的每一种的表达水平。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为一种或多种基因的预先指定的表达水平。
在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS的延长。在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括PFS的延长。在一些实施例中，受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS和PFS的延长。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的多于一种。例如，在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的两种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的三种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的四种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的五种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的六种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的七种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的八种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的九种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的十种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的11种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的12种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的13种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的14种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的15种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的16种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的17种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的18种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的19种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的20种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的21种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的22种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的23种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的24种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的25种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的26种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的27种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的28种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的29种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的30种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的31种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的32种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的所有33种。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的一种或多种。例如，所述一种或多种基因可包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或所有20种。
例如，在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的2种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的3种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的4种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的5种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的6种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的7种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的8种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的9种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的10种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的11种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的12种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的13种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的14种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的15种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的16种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的17种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的18种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的19种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的所有20种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF组成。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括上表1-3中任一项所述的基因的组合。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4和HLA-H的组合。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的一种或多种。例如，所述一种或多种基因可包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或所有20种。
例如，在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的2种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的3种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的4种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的5种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的6种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的7种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的8种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的9种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的10种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的11种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的12种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的13种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的14种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的15种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的16种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的17种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的18种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的19种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的所有20种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A组成。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括一种或多种细胞毒性基因，诸如CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C组成。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括一种或多种线粒体基因，诸如MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6组成。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括一种或多种细胞毒性基因(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种)以及一种或多种线粒体基因(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种)。例如，在一些实施例中，所述一种或多种基因包括细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CST7以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括PLEK以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括HCST以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CTSW以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括KLRG1以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CD8A以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CCL5以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括CD8B以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括GZMH以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括HLA-C以及MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的任一者；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的两种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的三种或更多种；MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的四种或更多种；或MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的全部五种)。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括线粒体基因以及一种或多种细胞毒性基因。例如，在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-CYB以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-CO2以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ND4L以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括MT-ATP6以及CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的任一者；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的两种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的三种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的四种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的五种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的六种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的七种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的八种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的九种或更多种；CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的十种或更多种；或CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有11种)。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括上表4中所述的细胞毒性基因和线粒体基因的组合。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的一种或多种。例如，所述一种或多种基因可包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的1种、2种、3种、4种、5种、6种或所有7种。
例如，在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的2种或多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的3种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的4种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的5种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的6种或更多种。在一些实施例中，所述一种或多种基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的所有7种。在一些实施例中，所述一种或多种基因由NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A组成。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，表达水平为核酸表达水平，诸如mRNA表达水平。mRNA表达水平可例如通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合进行测定。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，检测肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、癌旁正常组织(NAT)细胞或它们的组合中的表达水平。在一些实施例中，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。组织样品可为例如肿瘤组织样品，诸如包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合的肿瘤组织样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋的(FFPE)样品、存档的样品、新鲜的样品或冷冻的样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品为FFPE样品。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。例如，癌症可以是肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些实施例中，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施例中，肾癌为肾细胞癌(RCC)。在一些实施例中，膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。在一些实施例中，乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。PD-L1结合拮抗剂可抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。抗体可为例如阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为阿特珠单抗(MPDL3280A)。
在一些实施例中，抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ IDNO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
在一些实施例中，抗体包含：重链可变区，该重链可变区包含SEQ ID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。PD-1结合拮抗剂可例如抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。抗体可为例如MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白诸如AMP-224。
附图说明
图1A为示出实例1中所述的六个样品经过生物信息学筛选后的数据集的统计数据的图表。样品来自实例1中所述的三例患者的肿瘤(T)和相邻的正常(N)区室，用标记T1至N3表示。提供由RNA测序得到的经测序的转录本数量(列标记为“转录本”)、具有由RNA测序得到的基因表达数据的细胞(“细胞”)以及具有由TCR测序得到的克隆型分配的细胞(“分型的”)的总计数。在最右列，维恩图示出每例患者的肿瘤和NAT区室之间所特有和共有的不同克隆型的数量。
图1B为示出通过克隆驻留模式得到的获自实例1中所述的患者的样品中TCR克隆型的分数的图。每例患者(缩写为“Pat”)1至3的分数分别经过归一化。每个分数均由一个条形区域的长度表示，该条形区域从左到右堆叠，并且根据图例在顶部加阴影，指示具有给定的观察到的细胞计数(单例或多重态)的经测序的TCR克隆型和其细胞位置，其中“NAT”和“肿瘤”指示所有细胞在相应区室中的唯一驻留，“双驻留”则指示细胞同时存在于两个区室中。
图1C为通过克隆驻留模式得到的T细胞克隆的散点图。每个符号代表不同的克隆型，其中对每例患者使用不同的符号。每种克隆型的x坐标和y坐标分别对应于其在NAT和肿瘤中观察到的克隆计数(具有给定克隆型的细胞数量)的对数比例尺，并且添加随机抖动以显示每个离散坐标处点的数量。使用基于右上角显示的NAT和肿瘤克隆计数的二维调色板，在图中的不同位置处加阴影。圆角矩形和多边形指示基于作为NAT多重态、肿瘤多重态和双驻留克隆的细胞的数量和位置对克隆的分组。标记和箭头指向NAT或肿瘤单例的克隆。
图1D为通过克隆驻留模式得到的细胞分数的条形图。条形图遵循与图1A相同的格式，不同之处在于分数基于细胞，而非不同的克隆型。因此，包含多个细胞的扩增克隆所占的比例更大。来自双驻留克隆的细胞可通过它们在NAT或肿瘤中的位置进一步区分，从而产生两个不同的类别。
图2A为示出克隆驻留模式与基因表达的关联的图表。将来自每种克隆驻留模式的细胞分别绘制在共同的tSNE图上，根据数据集中所有T细胞的基因表达数据进行计算。tSNE图将每个T细胞表示为一个点，并且使基因表达相似的细胞彼此靠近，而基因表达不同的细胞彼此远离。每种克隆驻留模式均由单独的图表示，并且基于细胞的位置和克隆计数组织成3×2的网格。对于六幅图中的每一个，将来自数据集的所有细胞绘制在相同的背景上，并且使用图1C中的二维调色板对来自相应的克隆驻留模式的细胞加阴影。这些图表明，克隆驻留模式占据tSNE图的不同区域，表明可能与基因表达相关联。
图2B为一系列图，示出T细胞亚群的选定标记基因的表达。显示了十六幅图，每幅图代表一种基因在图2A中所述的同一tSNE图上的表达。在通过Seurat进行归一化和对数转换后，基于细胞的百分位数，根据每个细胞中给定基因的表达量在连续比例尺上对细胞加阴影，其中浅灰色表示最低表达水平，深阴影则表示数据集中更高的表达水平。每幅tSNE图中的阴影椭圆形和黑色线条为T细胞亚群的统一界标以及CD8和CD4表达的聚类划分。这些界标以及标记所指示的T细胞亚群更详细地描绘于图2C中。
图2C为示出通过基因表达将T细胞聚类至亚群的图。在tSNE图中，通过为每个聚类任意分配的阴影以及接近每个聚类区域的阴影椭圆形来指示细胞的聚类。如标记所示，每个聚类均根据其总体基因表达或特征标记基因(也在某些标记中标出)命名。针对每个聚类上显示一个标记以指示其名称，并且基于其基因表达为每个聚类提供一个名称。其他标记和线条指示自然杀伤T(NKT)细胞和T驻留记忆(Trm)细胞的子聚类的分组。黑色线条指示基于CD8或CD4的表达而进行的聚类的划分。一些聚类同时具有CD8+和CD4+细胞，并且称为CD3+。
图2D为示出每个T细胞亚群的克隆驻留模式的图。图2C中的每个T细胞亚群的特征在于其细胞属于每种克隆驻留模式的分数。细胞的分数由每个条形区域的长度表示，并且根据顶部的图例加阴影。显示的T细胞亚群的克隆驻留模式的分布有所不同。
图2E为示出各种克隆驻留模式的图。示出与图2D相同的tSNE图，不同之处在于，使用图1C中的二维调色板，根据每个细胞的肿瘤和NAT克隆大小对其加阴影，并且还在右上角显示。还绘制图2D中的阴影椭圆、黑线和聚类标记以提供界标。
图3A为实例1中所述的每个T细胞聚类的克隆计数和驻留点的一系列散点图。每幅图是图2C中每个T细胞聚类的图1C中数据的子集。肿瘤和NAT克隆计数的空间分为四个区域，如灰色线条所示：肿瘤独有区域，其中包含NAT克隆计数为零的克隆；NAT独有区域，其中肿瘤克隆计数为零；以肿瘤为主的区域，其中肿瘤和NAT计数非零，并且肿瘤计数大于或等于NAT计数；以及以NAT为主的区域，其中肿瘤和NAT计数非零，并且NAT计数大于肿瘤计数。每个区域中的数字表示单侧Poisson检验得到的p值，其中替代假设是，给定T细胞亚群的观察到的克隆计数大于预期在所有T细胞亚群中观察到的平均值。小于0.05的P值显示为红色，并且用于将T细胞亚群分类为不同的克隆扩增行为。
图3B为克隆扩增行为的示意图。该图总结了图3A中所示的克隆扩增行为。克隆用点表示，使用与图1C相同的惯例。每种克隆扩增行为均由一个标记表示，该标记指示所涉及的T细胞亚群，而阴影区域则表示每种行为的克隆。线条指示不同类型的克隆扩增之间的划分：肿瘤独有、NAT独有、以肿瘤为主和以NAT为主，如图3A中所定义。
图4A为示出细胞TCR与来自VDJdb的已知病毒反应性CDR3序列的匹配结果的图，如实例1中所述。来自图2C的每个T细胞聚类的特征在于其具有与VDJdb中的CDR3序列匹配的CDR3氨基酸序列的细胞的分数，该VDJdb中的CDR3序列与常见病毒(巨细胞病毒、爱泼斯坦-巴尔病毒和甲型流感病毒)的已知表位发生反应。对于每个T细胞亚群，将细胞计数除以分配给该T细胞亚群并且具有克隆型的细胞总数。根据细胞的克隆计数和驻留，进一步划分细胞，如根据顶部的图例加阴影的条形区域所示。
图4B为示出细胞TCR与癌症基因组图谱(TCGA)中的多癌CDR3序列匹配的图。在从实例1中获得的数据集中的CDR3氨基酸序列与Li,B.等人(Nat.Genet.48,725-732,2016)所述(其公开内容全文以引用方式并入本文)的由TCGA组装的一组716,720个TCR序列进行匹配。如果CDR3氨基酸序列出现于TCGA中的三个或更多个不同肿瘤类型中，则对匹配结果计数，表明与病毒抗原而非肿瘤抗原具有反应性。条形图遵循与图4A相同的惯例。
图4C为示出克隆型的T细胞组成的热图。该热图中的每一列代表总体上观察到至少10个计数的不同的克隆。热图内的阴影指示T细胞亚型中针对该克隆的细胞比例。一些T细胞亚型根据其在NAT(N)或肿瘤(T)中的位置进一步划分，以揭示更多信息。将克隆按彼此相似性分组，以说明T细胞聚类的不同混合物，并且用粗线条矩形突出显示，并且在底部用七种观察到的T细胞亚型的混合物标记。热图顶部的阴影使用图1C的方案指示每种克隆型的克隆计数和驻留。在热图底部带有相应图例的混合物的阴影显示每种混合物的克隆扩增行为，并且得到其在热图顶部的克隆计数范围和驻留模式的支持。
图4D为示出8.2-Tem细胞的克隆驻留与分化为8.3-Trm细胞之间的关联的图。每个圆圈代表包含至少一个8.2-Tem细胞的高度扩增的克隆型，其中x坐标和y坐标分别对应于NAT和肿瘤中8.2-Tem细胞的计数，并且根据图1C中的二维调色板加阴影。在x坐标和y坐标的整数值中添加了随机抖动，以显示多次出现的具有相同计数的点。每个圆圈的大小指示克隆型中8.3-Trm细胞的总计数(8.3a-Trm+8.3b-Trm+8.3c-Trm)，其比例尺如图下方所示。
图4E为示出4.3活化细胞的克隆驻留与4.1-Trm细胞的扩增之间的关联的图。示出与图4D相同的图，不同之处在于，克隆中至少包含一个4.3活化细胞，并且圆圈的大小指示每个克隆的4.1-Trm细胞的总计数。
图4F为示出4.2活化细胞的克隆驻留与4.4和4.5细胞之间的关联的图。示出与图4D相同的图，不同之处在于，克隆中至少包含一个4.3活化细胞，并且圆圈的大小指示4.4-HSP、4.5t-Ribo和4.5n-Ribo细胞的总计数。
图4G为示出高度扩增克隆型中的有丝分裂活性的图。图4C底部所示的每种T细胞亚型的混合物的特征在于具有分配至肿瘤(T)、NAT(N)或两者的3.2-有丝分裂聚类的至少一个细胞的高度扩增的克隆的分数。
图5A为示出实例1和2中所述的T细胞亚型中的细胞分数的图。每例患者(缩写为“Pat”)的特征在于其在图2C中分配至不同T细胞亚型的细胞分数。分数由每个条形区域的长度表示，并且根据顶部的图例加阴影。在空间允许的情况下，还标记具有最大分数的T细胞亚型。
图5B为示出应用于临床试验数据的基因集富集分析(GSEA)的图。对来自实例2中所述的基于Seurat的分析的1101个高度可变的基因进行标记GSEA分析。对这些基因按每个T细胞聚类进行排名(如白色到黑色的渐变所示)，左侧的基因发生上调(倍数变化>1)，右侧的基因发生下调(倍数变化<1)，并且按顺序排列，使得具有最小(最显著)p值的基因位于排名的两端。还基于来自非小细胞肺癌(NSCLC)患者的POPLAR II期临床试验中的大量RNAseq表达，评估高度可变的基因与总生存期的正相关性和负相关性。对于每个T细胞聚类，在上调基因的相应排名中，与临床应答基因呈正相关的基因由红色对勾(阿特珠单抗应答)和蓝色对勾(多西他赛应答)指示。在下调基因的相应排名中，与临床应答呈负相关的基因用黑色对勾指示。使用联系图(Lamb,J.等人Science 313,1929-1935,2006)的富集得分方法分别对阿特珠单抗和多西他赛的分布差异进行统计检验，并且与来自100,000个随机排列的进行比较，结果用p值和q值表示，或者对多种假设检验的局部错误发现率进行校正。每个统计量的样品大小均以“n1”表示，指示与临床应答相关联的基因的相交数。在所有情况下，n2＝1101种基因与聚类成员相关联。用灰色框突出显示对阿特珠单抗具有统计学意义的结果(q<0.05)的T细胞聚类。
图5C为示出每个T细胞亚群中临床相关基因的排名的图。该热图示出基因及其在每个T细胞亚群中的排名，其按照图5B中所示的基因集合富集分析计算得出。这些值对应于图5B的钩号标记，表示与对阿特珠单抗疗法的应答具有统计学显著性关联的基因。每一列代表不同的T细胞亚型，并且阴影指示基因排名，其中排名基于T细胞亚型的细胞中的基因相对于所有其他细胞的差异表达的p值。呈灰色的细胞指示基因对于该T细胞亚群未表现出正的倍数变化对数。计算T细胞亚群中倍数变化对数为正的每种基因的平均排名，并且按平均排名由高到低的顺序对基因进行分选。平均排名也由热图右侧的图指示。
图5D-5I为示出NSCLC中的扩增模式与临床应答的关联的图。示出POPLAR临床试验中总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)两者的Kaplan-Meier曲线，按组(阿特珠单抗，最高危险比和p值，n＝93例患者；多西他赛，最低危险比和p值，n＝100例患者)以及肿瘤驻留多重态(图5F和5G)、NAT驻留多重态(图5H和5I)和双驻留克隆(图5D和5E)的基因特征的特征表达划分(连续线：高；虚线：低；在中位数处分开)。
图5J-5O为森林图，示出针对尿路上皮癌的阿特珠单抗单组IMvigor210临床试验(n＝354例患者)中，双重(图5J和5K)、肿瘤(图5L和5M)和NAT(图5N和5O)扩增特征在各种临界值下的OS(上图)和PFS(下图)危险比。须线表示95％置信区间。
图6为基因及其在高度扩增的克隆中表达的热图，其根据克隆扩增模式分组。该热图中的每一列表示单个克隆型的平均基因表达，使用NAT(NAT驻留多重态)、肿瘤(肿瘤驻留多重态)或两者(双驻留克隆)计数达到10个或更多的高度扩增的克隆。双驻留克隆进一步细分为位于NAT中的细胞以及位于肿瘤中的细胞。通过随机合并20个单核细胞并且计算其平均基因表达，构建NAT和肿瘤单核模式所对应的列。高基因表达区域带有矩形轮廓，并且标记为从A到H的类别，其分别带有简要说明。
图7为示出实例2中表7所述的基因的表达水平的互相关性的热图。该热图示出表7中所列的组合中基因的两个子集的存在，这些子集表现出特别高的内部相关性。第一子集包含5个线粒体基因：MT-ND4L、MT-ND4、MT-ATP6、MT-CO2和MT-CYB。第二子集包含11个细胞毒性基因：PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、CST7、NKG7、GZMH和HLA-C。相关系数通过从0到1.00的连续阴影表示。
图8A-8N为示出NSCLC中特定细胞毒性基因和线粒体基因的表达水平与临床应答的关系的图。示出POPLAR临床试验中OS和PFS两者的Kaplan-Meier曲线，按组(阿特珠单抗，最高危险比和p值，n＝93例患者；多西他赛，最低危险比和p值，n＝100例患者)以及以下基因的表达水平划分(连续：高；虚线：低；在中位数处分开)：CST7(图8A和8B)、MT-ND4(图8C和8D)、CST7和MT-ND4的组合表达(图8E和8F)、MT-CYB(图8G和8H)、CST7和MT-CYB的组合表达(图8I和8J)、MT-CO2(图8K和8L)以及CST7和MT-CO2的组合表达(图8M和8N)。
图9A-9F为示出NSCLC中细胞毒性基因和线粒体基因组合的表达水平与临床应答的关系的图。示出POPLAR临床试验中OS和PFS两者的Kaplan-Meier曲线，按组(阿特珠单抗，最高危险比和p值，n＝93例患者；多西他赛，最低危险比和p值，n＝100例患者)以及以下基因组合的表达水平(连续：高；虚线：低；在中位数处分开)：细胞毒性基因(PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、CST7、NKG7、GZMH和HLA-C，图9A和9B)，线粒体基因(MT-ND4L、MT-ND4、MT-ATP6、MT-CO2和MT-CYB，图9C和9D)以及细胞毒性基因和线粒体基因的组合表达划分(PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、CST7、NKG7、GZMH、HLA-C、MT-ND4L、MT-ND4、MT-ATP6、MT-CO2和MT-CYB，图9E和9F)。
图10A-10J为示出Guo,X.等人(Nat.Med.24,978(2018))的最新报告中所述的T细胞克隆的克隆计数和驻留类型的图，该文献的公开内容以引用方式并入本文。将下文实例1中所分析的三例患者的聚类分析应用于Guo等人的数据集，该数据集包含来自14例患者的肿瘤、NAT和外周血的各种样品。每幅图表示来自当前框架的一个T细胞亚群，以及来自其他数据集的相应的聚类(通过代表性基因确定)。这些图类似于图1C和3A中的图，其中NAT和肿瘤克隆计数分别由x轴和y轴上的坐标表示，并且根据底部所示的二维调色板加阴影。根据每个图例，图中的外周血克隆计数由每个点的大小表示。4
图11A-11D为示出使用Guo,X.等人(Nat.Med.24,978(2018))的数据集获得的T细胞基因特征得到的NSCLC中扩增模式与临床应答的关系的图。示出POPLAR临床试验中总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)两者的Kaplan-Meier曲线，按组(阿特珠单抗，最高危险比和p值，n＝93例患者；多西他赛，最低危险比和p值，n＝100例患者)以及双驻留克隆(图11A和11B)和肿瘤驻留克隆(图11C和11D)的基因特征的特征表达划分(连续线：高；虚线：低；在中位数处分开)。
图11E-11H为森林图，示出使用Guo,X.等人(Nat.Med.24,978(2018))的数据集获得的T细胞基因特征所得到的在各种临界值下的OS(上图)和PFS(下图)危险比。图中示出在针对尿路上皮癌的阿特珠单抗单组IMvigor210临床试验(n＝354例患者)中，双驻留T细胞基因特征(图11E和11F)和肿瘤驻留T细胞基因特征(图11G和11H)的阈值依赖性危险比。须线表示95％置信区间。
图12A-12I为示出双克隆扩增与外周克隆扩增相关的图。(图12A)NAT和肿瘤区室的克隆扩增散点图。每例患者由单独的散点图表示，其中每个点表示单独的克隆型，并且比例尺上的x坐标和y坐标分别对应于NAT和肿瘤区室中的log((1+克隆型细胞计数)/(细胞总数))，从而允许表示零计数。这些坐标指示相应区室中具有该克隆型的细胞的相对分数。点使用右下角的二维调色板进行着色，其中蓝色阴影随NAT计数的增加而变深，粉色阴影随肿瘤计数的增加而变深，并且紫色阴影随两个区室中的计数增加而变深。仅观察到单个克隆计数或单例的克隆型用黄色(NAT克隆计数为1)或橙色(肿瘤克隆计数为1)着色。垂直和水平灰线指示每个区室内的缺失(该克隆型的细胞计数为0个)和存在(细胞计数为1个或多个)之间的划分，其用于定义克隆扩增模式。斜灰色线指示两个区室中相等的细胞分数。每个标题中的数字指示并行扩增的程度，其通过对数-对数比例尺上的双扩增克隆的皮尔逊相关系数来衡量，并且患者按相关系数递减的顺序排列。(图12B)肿瘤、NAT和血液区室的克隆扩增散点图。这些图类似于图12A，但提供了具有血液scTCR-seq样品的四例患者的数据。尽管血液单例性占主导意味着几乎观察不到血液多重态，但是添加绿色和棕色以分别指示血液的单例性和多重态。根据底部的图例，针对每个克隆所观察到的血液细胞数量由每个点的大小表示。与图12A一样，每个标题中的数字表示并行扩增的程度，并且患者按相关系数递减的顺序排列。(图12C)按区室显示的细胞的维恩图。具有血液样品的每例患者由一幅维恩图表示，该图与图12B中对应的散点图相匹配。每幅维恩图包含中部对应于五种基于组织的克隆扩增模式的椭圆形，根据右侧的图例着色，并且通过顶部和底部的大椭圆形进一步细分，以指示血液中存在克隆型，其中血液中的单个细胞(血液未扩增克隆)由顶部深绿色椭圆形指示，血液中的多个细胞(血液扩增克隆)由底部的棕色椭圆形指示。因此，无代表性的细胞由中间部分的计数表示，这些计数不带有重叠的大椭圆形。仅来自血液中而非肿瘤或NAT中的克隆型的细胞也以大椭圆形的区域表示，这些区域对应于血液单例(浅绿色区域)和血液多重态(浅棕色区域)。每幅维恩图右侧的数字指示顶部和底部椭圆形的总数，表示血液未扩增和扩增的克隆型的细胞总数。(图12D)血液扩增。每幅条形图对应于上面的维恩图，分别以绿色和棕色条形显示血液中未扩增克隆型(顶部椭圆形)和扩增克隆型(底部椭圆形)的细胞分数。每个条形上方的数字显示每幅维恩图右侧用于计算分数的计数。(图12E)通过血液扩增克隆浸润到肿瘤/NAT中。每幅条形图显示了血液扩增克隆型(底部椭圆形)在五种基于组织的克隆扩增模式中的分布，以及血液多重态，并且根据图12C右侧的图例着色。在空间允许的情况下，每个条形上方的数字显示维恩图中用于计算分数的计数。(图12F)血液扩增克隆中存在肿瘤/NAT TCR。每幅条形图显示来自每种基于组织的克隆扩增模式中与血液扩增克隆型或底部椭圆形共享TCR的细胞百分比(图12C)。条形按照图12C右侧的图例用颜色编码，并且也通过以下缩写进行标记：n＝NAT单例，N＝NAT多重态，D＝双扩增，T＝肿瘤多重态，以及t＝肿瘤单例。每幅条形图的双扩增模式上方的数字显示维恩图中用于计算百分比的计数。(图12G)血液、肿瘤与NAT之间TCR组成的相关性。每个点表示具有血液样品的四例患者的克隆，其在对数-对数比例尺中按血液中的绝对克隆大小与肿瘤(左)或NAT(右)中的克隆大小作图，并且使用右侧的二维调色板按克隆扩增模式进行颜色编码。将每个克隆大小的值加1，以允许表示零计数。灰色水平线和垂直线将计数0与计数1分开。(图12H)根据外部数据集对克隆大小相关性的确认。使用Guo等人(2018)的数据集显示了与图12G中相同的图。(图12I)血液扩增与并行组织克隆扩增之间的关联。每个点表示Guo等人(2018)的数据集中的一例患者，总结了图21中的分析结果。x坐标表示血液扩增的程度，其按照血液中扩增克隆型相对于未扩增克隆型中的细胞分数计算。y坐标为并行肿瘤/NAT克隆扩增的程度，其按照双扩增克隆型的皮尔逊相关系数来衡量，并且以(1+血液中的克隆大小)加权。在数据集中的14例患者中，仅10例患者具有足够的样品量以计算y坐标，其中2例患者未进行NAT取样，并且2例患者仅具有单个双扩增克隆。使用皮尔逊相关性进行统计检验所得到的p值为0.04，如右下角所示。
图13A-13J为示出T细胞亚型与克隆扩增模式相关的图。(图13A)基因表达的二维映射。图中显示了根据来自单细胞基因表达数据降维的数据集中的前两个分量(分别作为x坐标和y坐标)绘制的数据集中每个T细胞的图。为每个聚类选择单独的颜色，并且根据细胞的聚类分配结果为细胞着色。手动添加椭圆形和标记以粗略估计聚类区域并且提供生物学意义。通过图中部的曲线指示CD8+(左)和CD4+(右)T细胞之间的划分。(图13B)T细胞亚型与外部基因特征的比较。显示了来自当前研究的聚类分配结果(在列中)与Guo等人(2018)(上图)和Yost等人(2019)(下图)的外部基因特征(在行中)提供的细胞之间的归一化交叉列表。显示的热图强度指示分入两个聚类组的细胞的频率。表示本研究中的聚类的列根据图13A中的方案进行着色。(图13C)所选生物标记物。箱线图显示了选定基因在不同聚类中的表达分布，这些分布取自使用Seurat计算的综合测定的比例化数据。方框表示四分位距，并且中位数值用中部的线表示。须线显示与中位数相距额外的1.5倍四分位距的范围，其受到数据范围的限制。选择每种基因的范围，使其包含所有箱形图的四分位距。每幅箱线图均根据图13A中的方案进行着色。(图13D)茎状耗尽与末端耗尽。上图显示了在(图13A)的图上叠加的PDCD1(PD-1)的基因表达，其使用连续颜色方案，基于使用Seurat计算得出的SCT测定的四分位数，以及细胞来源：肿瘤(红色)、NAT(蓝色)或血液(绿色)。下图显示了已发表的茎状耗尽与末端耗尽的基因特征评分(Im 2015)。提供图13A的椭圆形聚类以供参考。(图13E)肿瘤和NAT来源。将来自肿瘤和NAT区室的细胞绘制在(图13A)的图上，并且分别着色为红色和蓝色。提供图13A的椭圆形聚类以供参考。图例中提供了肿瘤细胞的总体分数，并且提供了所有14例患者中每个聚类的肿瘤细胞分数。(图13F)驻留记忆性T细胞的比较。提供了表示驻留记忆性T细胞的8.3a、b和c聚类的汇总统计数据，其中示出来自图13D和图13E的每个聚类的数值。条形图使用图13A中的方案进行着色。(图13G)血液扩增。将来自血液区室的细胞绘制在图13A上，并且以绿色表示血液计数为1，以棕色渐变色表示血液计数大于1。未绘制来自肿瘤和NAT区室的细胞。由于四例患者之间存在高可变性，因此未提供分数，如图7D所示。(图13H)按细胞显示的细胞扩增模式。将来自肿瘤或NAT的每个细胞绘制在(图13A)的图中，并且使用其左下角的二维调色板，根据其亲代克隆的基于组织的克隆扩增模式进行着色。提供来自图13A的椭圆形以供参考。(图13I)按亚型显示的细胞扩增模式。每个点表示来自具有血液样品的四例患者的一个合并的克隆，并且使用对数比例尺根据其在NAT和肿瘤中的绝对细胞计数作图。血液中的克隆大小根据底部的图例以点的大小来表示。将克隆根据其原代细胞聚类进行分类，并置于单独的图中，使用图13A中的方案进行着色。将来自8.3a、8.3b和8.3c聚类的克隆合并到一幅图中，但根据它们的聚类分别着色。(图13J)按患者显示的细胞扩增模式。使用与图12B相同的图示，显示来自具有血液样品的四例患者的克隆。如该图所示，x坐标和y坐标分别指示NAT和肿瘤中的细胞分数，并且使用底部的图例，点的大小表示其在血液中的绝对细胞计数。但是，现在使用图13A中的方案，按其原代细胞聚类而不是其克隆扩增模式对颗粒进行着色。
图14A-14D为示出从外周血中积累的肿瘤中未耗尽的CD8+T细胞的图。(图14A)TCR图示与新型CD8+治疗后克隆型和治疗前血液相关。显示了来自Yost等人(2019)的6例患者的散点图，其中在治疗前和治疗后肿瘤中与来自血液的治疗前或治疗后大量TCR-seq样品中具有匹配的克隆。以CD8+亚型作为其原代治疗后T细胞聚类的新型治疗后克隆型通过其在治疗后而非治疗前scTCR-seq测定中的发生率得到鉴定，并且根据其在来自大量TCR-seq的治疗前血液(对于患者bcc.su002，采用治疗后血液)以及来自scTCR-seq的治疗后肿瘤中的克隆大小作图。根据外部分析所确定的治疗后肿瘤中的原代细胞聚类，对克隆进行着色。垂直的灰色条将血液中克隆大小为0的克隆与克隆大小为1或更大的克隆分开，从而将新克隆分离为左侧的与血液无关的克隆以及右侧的与血液相关联的克隆。患者根据与血液共享TCR的新型CD8+克隆型中的细胞总数进行排序，其底部标有数字。(图14B)治疗前后血液中的TCR组成。在图14A中示出6例患者在治疗前和治疗后血液中克隆大小的散点图。坐标表示针对每个TCRβ链观察到的模板数量。对于缺少治疗前血液样品的患者bcc.su002，显示了一维条形图，并且添加水平抖动以显示所有数据点。每幅图下方的数字指示每种克隆大小分布在治疗前和治疗后的克隆多样性，其通过所有达到10或更大的克隆大小的香农熵来衡量，并且选择阈值以减小低水平采样所产生的噪音影响。还可以观察到，克隆多样性沿从左下角到右上角的主对角线的克隆出现率增加而增加。(图14C)肿瘤中CD8+T细胞克隆的追踪。对于图14A中的每例患者，选择CD8+亚型的克隆作为治疗前或治疗后肿瘤的原代细胞聚类。根据这些克隆在治疗前血液(对于缺少治疗前血液样品的患者bcc.su002，采用治疗后血液)中是否共有TCR而将其分离。在上图中绘制与血液相关关联的新克隆或与血液共有TCR的新克隆，图中带有标题“血液+”。在下图中绘制与血液无关的新克隆或不与血液共有TCR的新克隆，图中带有标题“血液-”。在每幅图中，根据克隆的治疗前(“Pre-rx”)或治疗后(“Post-rx”)测量结果对这些克隆进一步分类，并且进一步分类为“消失”(存在于治疗前scRNA-seq中，但不存在于治疗后scRNA-seq中)、“剩余”(同时存在于两者中)或“新型”(存在于治疗后scRNA-seq中，但不存在于治疗前scRNA-seq中)，分别缩写为“Disapp”、“Remain”和“Novel”。y坐标指示治疗前或治疗后肿瘤中每个克隆的大小，并且根据其治疗前或治疗后聚类的归属(在适用的情况下根据原始论文确定)进行着色。剩余类别中匹配的治疗前和治疗后克隆型由灰色线条连接。针对血液匹配和血液不匹配类别，计算剩余类别中治疗后条件相对于治疗前条件下克隆大小的平均比率，并且在每一对图的下方提供数字。(图14D)根据肿瘤扩增以及与血液共有的TCR确定的新型CD8+克隆型细胞聚类的分布。鉴定肿瘤中属于CD8+克隆型的与血液相关的新型克隆以及与血液无关的新型克隆，并且进一步区分为未扩增克隆(肿瘤克隆大小＝1)或扩增克隆(肿瘤克隆大小>1)，在图中分别缩写为“Non-exp”和“Exp”。对于每个类别，属于克隆的细胞均根据原始分析所得到的聚类归属进行制表，并且分布显示于条形图中，根据底部的图例着色。还在图例中提供了属于耗尽和非耗尽类别的聚类的分组。
图15A-15D为示出CD8+聚类的临床相关性的图。(图15A)不同患者的CD8+聚类的基因表达谱。热图示出由图13A的无监督分析得到的CD8+聚类中每个患者聚类(列)中每种基因(行)的基因表达谱。将每个特征的基因分组到行中，选择通过逻辑回归具有最高标记偏差的20个)。将一个以上的特征中重复的基因分配至更低等级的基因。将每例患者的细胞按其聚类进行分组，并且计算每组相对于该患者的所有其他CD8+聚类的平均倍数变化的对数。热图中的每个细胞指示所得的倍数变化的对数，用底部调色板进行着色。(图15B)不同细胞扩增模式下的CD8+聚类的基因表达谱。与图15A的图示相同，不同之处在于每例患者中的T细胞根据其亲代克隆的克隆扩增模式进行分组。(图15C)CD8+聚类的基因特征的森林图。每个点表示CD8+聚类中的20个基因特征的基因，其中x坐标表示临床试验每组中无进展生存期(PFS)的危险比，其显示为单独的行。添加垂直抖动，以使所有点均显现出来。危险比小于1指示与生存具有有利的关联。每个特征右侧的数字指示基因的平均危险比(HR)和针对危险比为1或更高的零假设的单侧p值，其使用Benjamini-Hochberg程序针对多重假设检验进行了调整。调整后的p值<0.05的统计结果显示为红色。(图15D)Kaplan-Meier生存曲线。分别绘制8.1-Eff(左)和8.2-Tem(右)特征的Kaplan-Meier曲线，其中患者按每项试验中以高于(红色)和低于(黑色)其相应的中位数的特征评分分为两部分。每条曲线在x轴上显示无进展生存期(PFS)，并且在y轴上显示生存的患者的分数。每条生存曲线上的加号指示删失事件。每幅图的图例指示比较两个患者群体的Cox比例风险模型的危险比(HR)和p值，其中p值<0.05标记有星号。
图16A-16F为示出样品统计量和克隆扩增模式的图。(图16A)各个聚类中所选CD3和CD45的样品的图示。由于研究中的免疫细胞样品针对CD3(预计仅包含T细胞)或CD45(包含T细胞与非T细胞两者)进行选择，因此有必要在计算上分离T细胞与非T细胞。T细胞分离过程的结果应产生包含来自所选CD3和CD45的样品的细胞的聚类。条形图示出由无监督聚类分析获得的T细胞聚类中样品的分布，并且示出由所选CD3和CD45样品的预期图示，其分别用红色和蓝色着色。(图16B)患者中T细胞的混合。示出所有T细胞的二维图，其对应于图13A中的降维计算结果。每个细胞均按来源患者进行着色。观察到患者在图中混合充分，表明各个数据集已充分整合。(图16C)样品统计量。提供了数据集中分为T类别和非T类别后的细胞统计量。所选CD45样品的存在使我们能够考虑到那些样品中非T细胞的数量，以鉴定所选CD3样品中受污染的非T细胞。获得四种癌症类型的患者：非小细胞肺癌(Lung)、子宫内膜腺癌(Endo)、结直肠腺癌(Colon)和肾透明细胞癌(Renal)。数字指示来自scRNA-seq的转录本和细胞的总数，以及来自scTCR-seq的具有克隆型的细胞数量。将细胞分组为不同的克隆型，并且示出每个样品的不同的克隆型数量。(图16D)在各个区室之间共享的TCR。匹配每例患者的区室的克隆型。每个样品的维恩图邻近图16C中相应的行显示。每幅维恩图显示每个区室所特有的或在各个区室之间共享的不同克隆型的数目(N＝NAT，T＝肿瘤，B＝血液)。(图16E)按克隆扩增模式显示的克隆的分布。根据每个克隆在肿瘤和NAT区室中的克隆大小，将其分为不同的克隆扩增模式。NAT单例是NAT细胞计数(或克隆大小)为1并且肿瘤克隆大小为0的克隆，NAT多重态是NAT克隆大小为2或更大并且肿瘤克隆大小为0的克隆。相反，肿瘤单例是肿瘤克隆大小为1并且NAT克隆大小为0的克隆，肿瘤多重态是肿瘤克隆大小为2或更大并且NAT克隆大小为0的克隆。双扩增克隆的肿瘤和NAT的克隆大小均为1或更大。条形图按每例患者的分类显示克隆的分布，并且根据底部的图例进行着色。大多数克隆型为单例，但每例患者中9-18％的克隆型为多重态或双扩增克隆。(图16F)按克隆扩增模式显示的细胞的分布。NAT(左)和肿瘤(右)中的每个T细胞均根据其亲代克隆的克隆扩增模式进行分类。条形图按每例患者的分类显示细胞的分布，并且根据底部的图例进行着色。来自双扩增克隆的细胞占肿瘤和NAT中T细胞的很大一部分，在一些情况下占T细胞的大部分。
图17提供了示出外部数据集中并行肿瘤/NAT扩增与周围克隆扩增的关联的图。来自Guo等人(2018)的14例非小细胞肺癌患者分别显示为散点图，其中每种克隆型显示为一个点，并且按照其在NAT和肿瘤中的克隆大小作图，其中点的大小表示血液中的克隆大小(根据右下角的图例)。每个点的颜色基于右下角的二维调色板。每例患者的特征还在于血液扩增的程度、血液扩增的克隆浸润到肿瘤/NAT以及血液扩增的克隆中存在的肿瘤/NATTCR，使用与图12D-12F相同的图示和配色方案。患者按血液扩增量进行排序。可以看到，双扩增克隆在血液中具有更高的扩增趋势，并且这些克隆沿主对角线分布，反映了双扩增的并行模式。具有更高的血液扩增水平的患者具有在肿瘤和NAT中总体并行克隆扩增的趋势，如图12I所示。
图18A-18E为示出T细胞亚群和克隆扩增行为的图。(图18A)具有来自Zhang等人(2018)的外部基因特征的T细胞亚型的比较。显示了来自该研究的聚类分配结果(在列中)与Zhang等人(2018)的外部基因特征(在行中)提供的细胞之间的归一化交叉列表。显示的热图强度指示分入两个聚类组的细胞的频率。表示该研究中的聚类的列根据图18A中的方案进行着色。计算和图示与图13B相同，不同之处在于采用不同的参考基因特征组。可以看到该研究中的8.1-Eff聚类与外部数据集中CD8_C3-CXCR1聚类之间的关系以及8.2-Tem与CD8-C4-GZMK之间的关系。(图18B)CD4+亚群的所选基因表达。所选基因的表达描绘了各个CD4+亚群之间的差异。图示与图13C相同，不同之处在于针对CD4+亚群中的高表达选择基因。(图18C)耗尽生物标记物。将与T细胞耗竭相关联的若干基因的基因表达值绘制在图13A的图上。图示与图13D(上图)相同，其中颜色基于以计数为基础的基因表达的百分位数以及细胞的来源：肿瘤(红色)、NAT(蓝色)或血液(绿色)。从8.3c到8.3b和8.3a聚类，可以观察到每种基因的表达水平逐渐升高。聚类4.1-S100A6中ITGAE的高表达表明它表示CD4+驻留记忆性T细胞。(图18D)按T细胞聚类显示的细胞扩增模式。通过图13A的无监督分析，列出每个聚类的克隆和细胞的克隆扩增模式。左侧条形图显示了克隆及其原代聚类的分布，而中间的四个条形图显示了细胞及其亲代克隆的分布。根据NAT(每一对的左侧)和肿瘤(每一对的右侧)的来源进一步细分细胞的条形图。提供了双扩增克隆中细胞的单独的条形图。数据条根据底部的图例进行着色。每个数据条旁边的星号指示克隆扩增模式，其相对于总体分布，具有统计学上显著的过高比例，如Bonferroni调整后的p值<0.01所确定的。使用以下缩写按列标记星号：n＝NAT单例，N＝NAT多重态，T＝肿瘤多重态，t＝肿瘤单例，D＝双扩增克隆。右侧的四个条形图分别显示了具有血液样品的四例研究患者的血液中未扩增和扩增后细胞的分布，其中数据条根据底部的图例进行着色。(图18E)T细胞聚类表现出不同的克隆扩增模式。将所有14例患者的克隆合并，并且按其原代细胞聚类进行分组。每幅散点图在线性比例尺上按克隆在NAT和肿瘤中的大小绘制的克隆，其中在每个轴上均以50截断，以显示大多数克隆的扩增模式，这些克隆的扩增水平相对低。数据点根据右上角的二维调色板进行着色。
图19A和19B提供了示出来自外部数据集的克隆扩增模式的图。(图19A)来自Guo等人(2018)的有关14例非小细胞癌患者的数据的分析。(图19B)来自Zhang等人(2018)的有关12例结直肠腺癌患者的数据的分析。使用与图12B相同的方法对两个数据集进行分析。每幅散点图示出一种单独的克隆型，其根据NAT和肿瘤中的克隆型大小作图，并且根据左下角的图例，血液中的克隆大小由点的大小表示。使用左下角的二维调色板，根据克隆扩增模式对克隆进行着色。克隆根据其原代细胞聚类进行分类(如外部分析中所确定的)，并且绘制在其相应的散点图中。结果表明，CD8-C3-CX3CR1和CD4-C3-GNLY聚类的特征在于双重肿瘤/NAT扩增及相应的外周克隆扩增，其与数据集中的8.1-Eff聚类相关联(图13B)。还在CD8-C4-GZMK聚类中观察到具有更低血液扩增水平的双重肿瘤/NAT扩增，其与数据集中的8.2-Tem聚类相关联。
图20A-20C为示出血液中是否具有共享的TCR的治疗前后CD4+克隆型的图。按照与图14中的CD8+克隆型相同的方式，对来自Yost等人(2019)的CD4+克隆型进行分析。患者与图14中的患者相同，并且以相同的顺序显示。(图20A)TCR图示与新型CD8+治疗后克隆型和治疗前血液无关。图14A的分析针对包含CD4+克隆型作为其原代治疗后T细胞聚类的新型克隆进行。每个点表示一种克隆型，根据其在治疗前血液(对于缺少治疗前血液样品的患者bcc.su002，采用治疗后血液)和治疗后肿瘤中的克隆大小作图。与CD8+克隆型相比，CD4+克隆大小与血液中与其匹配的克隆型之间无相同的关联度。每幅散点图下方提供了血液中共享TCR的新型CD4+克隆型的细胞总数，并且它们与患者外周血的克隆多样性无关。(图20B)肿瘤中CD4+T细胞克隆的追踪。对治疗前或治疗后肿瘤中包含CD4+亚型作为其原代细胞聚类的克隆进行图14C的分析。根据该纳入标准，包括一些克隆，这些克隆表现出原代细胞聚类从治疗前的CD4+天然亚型向治疗后的CD8_act的变化。与CD8+克隆型(在剩余克隆在与血液相关的条件下表现出更高的克隆扩增，如图14C所示)相比，CD4+克隆型通常在与血液无关的条件下表现出更高的克隆扩增。另一个区别在于，与消失的CD8+克隆相比，患者具有更多的消失的CD4+克隆以及更大的克隆大小，表明CD4+克隆对抗原变化的反应能比CD8+克隆更活跃。(图20C)根据肿瘤扩增以及与血液共有的TCR确定的新型CD4+克隆型细胞聚类的分布。图14D的分析针对包含CD4+亚型作为其处理后原代细胞聚类的新型克隆进行。可观察到T卵泡辅助(Tfh)细胞与血液非依赖性克隆的关联方面存在差异，表明这些新型克隆是来源于或扩增于局部而非来自外周血。
图21A-21C为示出与已知和推定的病毒反应性TCR的数据库相匹配的克隆型的图。(图21A)对病毒抗原具有反应性的克隆型的多样性。来自每个患者的克隆型均与来自VDJdb数据库(Shugay 2018)的常见病毒抗原发生反应的TCR相匹配。病毒包括巨细胞病毒(p65抗原)、爱泼斯坦-巴尔病毒(BMLF1和EBNA3)以及甲型流感病毒(M1)。这些病毒的其他抗原分类为“其他”。每个匹配的克隆均由其相应的抗原上方的矩形区域表示，其颜色对应于其原代细胞聚类，使用图13A所示并且也在右下角的图例中示出的配色方案，高度表示肿瘤与NAT中的总克隆大小。克隆以随机顺序彼此堆叠。如果相邻克隆具有相同的颜色，当两个克隆的克隆计数均大于5时，用黑色线条将其分开，表明需要对其进行解析。这些图表明，大多数匹配的克隆型都是单例克隆，但是患者通常具有少数病毒反应性克隆，这些克隆扩增迅速。(图21B)双重扩增和血液多重态克隆与病毒反应性的关联。与癌症基因组图谱(TCGA)中的VDJdb和多癌TCR匹配(表明对病毒抗原具有反应性)的克隆根据其克隆扩增模式进行分组(n＝NAT单例，N＝NAT多重态，D＝双重扩增，T＝肿瘤多重态，t＝肿瘤单例，b＝血液单例，B＝血液多重态)。分别显示每个数据库的匹配频率及其联合。双重扩增的克隆最可能与病毒反应性TCR相匹配。卡方检验的统计检验表明，每种情况下的病毒反应性均与克隆扩增模式存在显著的相关性，其p值显示在图例中。(图21C)T细胞聚类与病毒反应性相关。使用图13A中的无监督分析，将克隆根据其原代细胞聚类进行分组。绘制每个聚类的与VDJdb(左图)和来自TCGA的多癌TCR(右图)匹配的克隆的分数，其中所有克隆的平均值以垂直线显示。每个数据条的颜色对应于图13A所示以及图21A的图例中示出的方案。在使用Benjamini-Hochberg程序进行多重假设检验后对卡方检验的p值进行调整，显示具有<0.05的p值的聚类。
图22A和22B为示出与CD8+聚类基因特征的临床关联的图。(图22A)基因特征与CD8A表达之间的相关性。每个点表示抗PD-L1治疗性阿特珠单抗的三项临床试验之一的治疗前患者样品：IMvigor210(顶部行)、POPLAR(中间行)和IMmotion150(底部行)。数据点根据其随机分入的治疗组(如有)，使用每行右下角的图例进行着色。对CD8A的表达与五个CD8+基因特征中的每一个的评分进行比较，其各自显示在单独的列中。标题中的数字指示评分之间的皮尔逊相关系数。8.1-Eff和8.2-Tem特征评分与CD8A表达(肿瘤中CD8+T细胞存在的指标)的相关性最高，表明了它们对于解释患者间CD8+T细胞普遍率的差异的相对重要性。(图22B)Kaplan-Meier生存曲线。绘制CD8A、8.3a-Trm、8.3b-Trm和8.3c-Trm特征评分的Kaplan-Meier曲线，以补充图15D中提供的评分。图示与图15D相同，其中患者根据特征评分高于(红色)和低于(黑色)中位数而分为两部分。每条曲线在x轴上显示无进展生存期(PFS)，并且在y轴上显示生存的患者的分数。每条生存曲线上的加号指示删失事件。每幅图的图例指示比较两个患者群体的Cox比例风险模型的危险比(HR)和p值，其中p值<0.05标记有星号。包括CD8A曲线的原因在于，已知肿瘤中CD8+T细胞的普遍率与癌症免疫疗法中的生存率相关。
具体实施方式
本公开提供了用于治疗癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))和乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的诊断方法、治疗方法和组合物。本公开至少部分地基于以下发现：患有癌症的个体的外周血中存在的克隆扩增的T细胞，例如通过获自该个体的样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平所证明的，可用作生物标记物(例如，预测性生物标记物)用于以下方法中：鉴定个体是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答；选择一种疗法，用于治疗个体；优化包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的疗效；和/或监测个体对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答。
I.定义
如本文所用的术语“约”是指为此技术领域中的技术人员容易知晓的相应值的常见误差范围。在本文中提及“约”值或参数包括(且描述)涉及该值或参数本身的实施例。
如本文所用，“施用”意指给予受试者一定剂量的化合物(例如，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或组合物(例如，药物组合物，例如包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物)的方法。本文所述方法中使用的化合物和/或组合物可以经下列途径施用：例如，静脉内(例如，通过静脉内输注)、皮下、肌内、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鼻内、玻璃体内、阴道内、直肠内、局部、瘤内、腹腔内、结膜下、囊内、粘膜、心包内、脐内、眼内、经口、局部、通过吸入、通过注射、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注直接浸浴靶细胞、通过导管、通过灌洗、以乳霜或以脂质组合物。施用方法可以根据多种因素而变化(例如，待施用的化合物或组合物以及待治疗的病状、疾病或病症的严重程度)。
“亲和力”是指分子(例如，抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另有说明，否则如本文所用，“结合亲和力”是指内在结合亲和力，其反映了结合对的成员(例如，抗体和抗原)之间的1:1相互作用。分子X对其配偶体Y的亲和力一般可由解离常数(KD)表示。亲和力可以通过本领域已知的常规方法测量，包括本文所述的那些方法。下文描述用于测量结合亲和力的具体说明性和示例性实施例。
“亲和力成熟的”的抗体是指在一个或多个高变区(HVR)中具有一个或多个改变的抗体，与不具有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致了抗体对抗原的亲和力的改善。
如本文所用的“扩增”通常是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意指与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括核苷酸类似物，例如脱氧肌苷、有意的序列改变(例如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物所引入的序列改变)和/或扩增过程中发生的序列错误。
本文的术语“抗体”以最广泛的含义使用，并且包括各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出所需的抗原结合活性即可。
“抗体片段”是指除了完整抗体以外的分子，其包含完整抗体的一部分且结合完整抗体结合的抗原。抗体片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双体抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如，scFv)；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参考抗体“结合至相同表位的抗体”是指在竞争测定中阻断参考抗体与其抗原的结合达50％或更高的抗体，反之，参考抗体在竞争测定中阻断该抗体与其抗原的结合达50％或更高。本文提供了一种示例性竞争测定。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”是指这样的抗体，其能够以足够的亲和力结合PD-L1，使得所述抗体可用作靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂。在一个实施例中，例如通过放射免疫测定(RIA)所测量的，抗PD-L1抗体与不相关的非PD-L1蛋白的结合程度小于该抗体与PD-L1的结合程度的约10％。在某些实施例中，抗PD-L1抗体与PD-L1的表位结合，该表位在来自不同物种的PD-L1中是保守的。在某些实施例中，抗PD-L1抗体为阿特珠单抗(MPDL3280A)。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性人PD-L1显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中。
术语“抗癌疗法”是指用于治疗癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))或乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的疗法。抗癌治疗剂的示例包括但不限于例如化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗中使用的药剂、抗血管生成剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂和其他治疗癌症的药剂(例如，抗-CD20抗体)、血小板衍生生长因子抑制剂(例如，GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布)、干扰素、细胞因子、结合至以下靶点中的一个或多个的拮抗剂(例如，中和抗体)：PDGFR-β、BlγS、APRIL、BCMA受体、TRAIL/Apo2，其他生物活性和有机化学试剂等。它们的组合也包括在本发明中。
“制品”是指任何制品(例如，包装或容器)或试剂盒，其包含至少一种试剂，例如，用于治疗疾病或病症(例如癌症，例如，肺癌(例如NSCLC)、膀胱癌(例如UC)、肾癌(例如RCC)或乳腺癌(例如TNBC))的药物，或用于特异性检测本文所述的生物标记物的探针。在某些实施例中，制品或试剂盒作为用于执行本文所述方法的单元来推销、分发或贩售。
本文中使用的短语“基于”意指有关一种或多种生物标记物的信息用于告知治疗决策、包装插页或市场营销/促销指南等上提供的信息。
“阻断性”抗体或“拮抗剂”抗体是抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗剂抗体基本上或完全抑制抗原的生物活性。
“结合结构域”是指与靶表位、抗原、配体或受体特异性结合的化合物或分子的一部分。结合结构域包括但不限于抗体(例如，单克隆抗体、多克隆抗体、重组抗体、人源化抗体和嵌合抗体)、抗体片段或其部分(例如，Fab片段、Fab'2、scFv抗体、SMIP、结构域抗体、双抗体、微抗体、scFv-Fc、亲和体、纳米抗体以及抗体的VH和/或VL结构域)、受体、配体、适体和其他具有鉴定出的结合配偶体的分子。
如本文所用，术语“生物标记物”是指可以在样品中检测到的例如预测性、诊断性和/或预后性指标(例如，CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)。生物标记物可用作特征在于特定分子、病理学、组织学和/或临床特征的疾病或病症的特定亚型(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的指标。在一些实施例中，生物标记物为基因。生物标记物包括但不限于多核苷酸(例如，DNA和/或RNA)、多核苷酸拷贝数改变(例如，DNA拷贝数)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如，翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂的分子标记物。
术语“生物标记物特征”、“特征”、“生物标记物表达特征”或“表达特征”在本文中可互换使用，并且是指其表达为例如预测性、诊断性和/或预后性指标(例如，CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的生物标记物中的一种或组合。生物标记物特征可用作特征在于特定分子、病理学、组织学和/或临床特征的疾病或病症的特定亚型(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的指标。在一些实施例中，生物标记物特征是“基因特征”。术语“基因特征”与“基因表达特征”可互换使用并且是指其表达为指标(例如，预测性、诊断性和/或预后性指标)的多核苷酸中的一种或组合。在一些实施例中，生物标记物特征是“蛋白质特征”。术语“蛋白质特征”与“蛋白质表达特征”可互换使用并且是指其表达为指标(例如，预测性、诊断性和/或预后性指标)的多肽中的一种或组合。
术语“克隆扩增的T细胞”是指例如通过T细胞受体(TCR)序列同源性评估的具有共同的抗原特异性的T细胞。例如，克隆扩增的T细胞可以在其TCRα链和/或β链中共有至少85％的序列同一性(例如，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或100％的序列同一性)，例如在其TCRα链和/或β链的CDR1、CDR2和/或CDR3区域具有85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或100％的序列同一性。
如本文在两个或更多个TCR的上下文中所用，术语“相应的”互补决定区(CDR)是指每个TCR内存在的等效CDR，即，特定TCRα链的CDR-1被称为“对应”于另一个TCRα链的CDR-1。同样地，特定TCRα链的CDR-2被称为“对应”于另一个TCRα链的CDR-2；特定TCRα链的CDR-3被称为“对应”于另一个TCRα链的CDR-3；特定TCRβ链的CDR-1被称为“对应”于另一个TCRβ链的CDR-1；特定TCRβ链的CDR-2被称为“对应”于另一个TCRβ链的CDR-2；并且特定TCRβ链的CDR-3被称为“对应”于另一个TCRβ链的CDR-3。
如本文所用，术语“嵌合抗原受体”(“CAR”)是指包含识别并且特异性结合至给定抗原(例如，由肿瘤细胞表达的抗原)的一个或多个抗原结合区域(例如，一个或多个CDR)的重组多肽。CAR可包含内源性TCR的一个或多个抗原结合区(例如，由患有癌症诸如本文所述的癌症的患者的外周血中的T细胞表达的TCR)。但是，CAR不一定具有天然存在的TCR的分子组成。
如本文所述的CAR通常包含至少一个细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域和胞质信号传导结构域(在本文中也称为“细胞内信号传导结构域”)，其包含来源于如本文所定义的刺激性分子的功能性信号传导结构域。刺激性分子可以是与T细胞受体复合体相关联的ζ链。在一些实施例中，细胞内信号传导结构域进一步包含一个或多个来源于至少一种共刺激分子(如下文所述)的功能性信号传导结构域。共刺激分子可包含例如4-1BB(即CD137)、CD27和/或CD28。在一些实施例中，CAR包含具有细胞外抗原识别结构域、跨膜结构域和细胞质信号传导结构域的嵌合融合蛋白，该细胞质信号传导结构域包含来源于刺激性分子的功能性信号传导结构域。CAR可包含例如具有细胞外抗原识别结构域、跨膜结构域和细胞质信号传导结构域的嵌合融合蛋白，该细胞质信号传导结构域包含来源于共刺激分子的功能性信号传导结构域以及来源于刺激性分子的功能性信号传导结构域。在一些实施例中，CAR包含具有细胞外抗原识别结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域的嵌合融合蛋白，该细胞内信号传导结构域包含来源于一种或多种共刺激分子的至少两个功能性信号传导结构域以及来源于刺激性分子的功能性信号传导结构域。在一些实施例中，CAR包含具有细胞外抗原识别结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域的嵌合融合蛋白，该细胞内信号传导结构域包含来源于一种或多种共刺激分子的至少两个功能性信号传导结构域以及来源于刺激性分子的功能性信号传导结构域。CAR可包含在CAR融合蛋白的氨基端的前导序列。在一些实施例中，CAR进一步包含在细胞外抗原识别结构域的N端的前导序列，其能在例如细胞加工以及将CAR定位于细胞膜的过程中从抗原识别结构域(例如，scFv)上裂解下来。为避免疑虑，如本文所用的术语“细胞内结构域”和“胞质结构域”可互换使用。
如本文所用的术语“信号传导结构域”是指蛋白质的功能部分，其用于在细胞内传递信息以通过生成第二信使经由限定的信号转导途径调节细胞活性，或通过响应此类信使以用作效应子。
本文所述的CAR可包含抗体或其抗体片段，其可以以各种形式存在。例如，抗原结合结构域可表达为连续多肽链的一部分，包括例如单结构域抗体片段(sdAb)、单链抗体(scFv)和人源化抗体(Harlow等人，1999，收录于：Using Antibodies:A LaboratoryManual，Cold Spring Harbor Laboratory Press，NY；Harlow等人，1989，收录于：Antibodies:ALaboratory Manual，Cold Spring Harbor，N.Y.；Houston等人，1988，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883；Bird等人，1988，Science 242:423-426)。
如本文所用的术语“刺激性分子”意指由T细胞表达的分子，其提供一个或多个初级细胞质信号转导序列，该序列以刺激性方式针对T细胞信号转导途径的至少一些方面调节TCR复合物的初级活化。在一个方面，初级信号通过例如TCR/CD3复合物与载有肽的MHC分子结合而引发，其导致T细胞应答(包括但不限于增殖、活化、分化等)的介导。以刺激性方式起作用的初级细胞质信号传导序列(也称为“初级信号传导结构域”)可以包含信号传导基序，该信号传导基序称为基于免疫受体酪氨酸的活化基序或ITAM。在本发明中特别有用的包含初级细胞质信号传导序列的ITAM的实例包括但不限于来源于TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD278(也称为“ICOS”)和CD66d的那些。在本发明的一个具体CAR分子中，本发明的任何一个或多个CAR分子中的细胞内信号传导结构包含细胞内信号传导序列，例如CD3-ζ的初级信号传导序列。在本发明的一个具体CAR中，CD3-ζ的初级信号传导序列为人序列(SEQ ID NO:99)或来自非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的等效残基。
如本文所用的术语“细胞内信号传导结构域”是指分子的细胞内部分。细胞内信号传导结构域生成促进包含CAR的细胞(例如CAR T细胞)的免疫效应功能。例如，在CAR T细胞中，免疫效应功能的实例包括溶细胞活性和辅助活性(包括细胞因子的分泌)。
在一些实施例中，细胞内信号传导结构域可包含初级细胞内信号传导结构域。示例性初级细胞内信号传导域包括来源于负责初级刺激或抗原依赖性模拟的分子的那些。在一个实施例中，细胞内信号传导结构域可包含共刺激胞内结构域。示例性共刺激胞内信号传导结构域包括来源于负责共刺激信号或与抗原无关的刺激的分子的那些。例如，在CAR T的情况下，初级细胞内信号传导结构域可包含T细胞受体的细胞质序列，并且共刺激细胞内信号传导结构域可包含来源于共受体或共刺激分子的细胞质序列。
初级细胞内信号传导结构域可包含信号传导基序，该信号传导基序称为基于免疫受体酪氨酸的活化基序或ITAM。包含初级细胞质信号传导序列的ITAM的实例包括但不限于来源于CD3ζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD5、CD22、CD79a、CD79b以及CD66d、DAP10和DAP12的那些。
如本文所用，“ζ”或者“ζ链”、“CD3-ζ”或“TCR-ζ”定义为GenBankAcc.No.BAG36664.1所提供的蛋白质，或来源于非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的等效残基，并且“ζ刺激结构域”或“CD3-ζ刺激结构域”或“TCR-ζ刺激结构域”定义为来自ζ链的胞质结构域的氨基酸残基，其在功能上足以传递激活T细胞所需的初始信号。在一个方面，ζ的胞质结构域包含GenBank Acc.No.BAG36664.1的残基52至164或来源于非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的作为其功能同源基因的等效残基。在一个方面，“ζ刺激结构域”或“CD3-ζ刺激结构域”是以SEQ ID NO:100或SEQ ID NO:99提供的序列。
“共刺激分子”是指T细胞上的同源结合配偶体，其与共刺激配体特异性结合，从而通过T细胞介导共刺激应答，诸如但不限于增殖。共刺激分子是高效免疫应答所需的除抗原受体或其配体以外的细胞表面分子。共刺激分子包括但不限于MHC I类分子、BTLA和Toll配体受体以及OX40、CD27、CD28、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)和4-1BB(CD137)。
共刺激细胞内信号传导结构域可来源于共刺激分子的胞内部分。共刺激分子可表示为以下蛋白质家族：TNF受体蛋白质、免疫球蛋白样蛋白质、细胞因子受体、整合素、信号传导淋巴细胞活化分子(SLAM蛋白质)和活化NK细胞受体。此类分子的实例包括CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、GITR、CD30、CD40、ICOS、BAFFR、HVEM、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、SLAMF7、NKp80、CD160、B7-H3以及与CD83特异性结合的配体等。细胞内信号传导结构域可包含其来源分子的整个细胞内部分或整个天然细胞内信号传导结构域或其功能片段。
如本文所用，“4-1BB”是指TNFR超家族的成员，其具有作为GenBankAcc.No.AAA62478.2提供的氨基酸序列或来源于非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的等效残基；并且“4-1BB共刺激结构域”定义为GenBank Acc.No.AAA62478.2的氨基酸残基214-255或来源于非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的等效残基。在一个方面，“4-1BB共刺激结构域”为人类序列或来源于非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的等效残基。在一个方面，“4-1BB共刺激结构域”是作为SEQ ID NO:102提供的序列或来源于非人类物种(例如，小鼠、啮齿动物、猴、猿等)的等效残基。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CST7”是指胱抑素F基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CST7，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CST7，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CST7。该术语还涵盖CST7的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CST7的核酸序列列于SEQ ID NO:1(GENBANKTM登录号AJ510170)中。由人CST7编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:2(GENBANKTM登录号CAD52872.1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“NKG7”是指自然杀伤细胞颗粒蛋白7基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然NKG7，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工NKG7，以及通过细胞中加工产生的任何形式的NKG7。该术语还涵盖NKG7的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人NKG7的核酸序列列于SEQ ID NO:3(GENBANKTM登录号BC015759.1)中。由人NKG7编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:4(UNIPROTTM登录号Q16617-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GZMH”是指颗粒酶H基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMH，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GZMH，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GMZH。该术语还涵盖GZMH的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMH的核酸序列列于SEQ ID NO:5(GENBANKTM登录号AAA74885.1)中。由人GZMH编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:6(UNIPROTTM登录号P20718-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“MT-ND4”是指线粒体编码的NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基4基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然MT-ND4，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工MT-ND4，以及通过细胞中加工产生的任何形式的MT-ND4。该术语还涵盖MT-ND4的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人MT-ND4的核酸序列列于SEQ IDNO:7(GENBANKTM登录号AAR92518.1)中。由人MT-ND4编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:8(UNIPROTTM登录号P03905-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“HLA-H”是指主要组织相容性复合体I类H基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然HLA-H，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工HLA-H，以及通过细胞中加工产生的任何形式的HLA-H。该术语还涵盖HLA-H的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人HLA-H的核酸序列列于SEQ ID NO:9中(欧洲核苷酸档案库登录号AAA36218.1)。由人HLA-H编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:10中(UNIPROTTM登录号P01893-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL5”是指C-C基序趋化因子配体5基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL5，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CCL5，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CCL5。该术语还涵盖CCL5的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL5的核酸序列列于SEQ ID NO:11中(欧洲核苷酸档案库登录号AF043341.1)。由人CCL5编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:12(UNIPROTTM登录号P13501-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD8A”是指CD8A分子基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8A，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CD8A，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CD8A。该术语还涵盖CD8A的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD8A的核酸序列列于SEQ ID NO:13(GENBANKTM登录号M12828.1)中。由人CD8A编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:14中(UNIPROTTM登录号P01732-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CMC1”是指含C-X9-C基序的1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CMC1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CMC1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CMC1。该术语还涵盖CMC1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CMC1的核酸序列列于SEQ ID NO:15中(RefSeq登录号NM_182523.1)。由人CMC1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:16(UNIPROTTM登录号Q7Z7K0-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD8B”是指CD8B分子基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8B，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CD8B，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CD8B。该术语还涵盖CD8B的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD8B的核酸序列列于SEQ ID NO:17中(欧洲核苷酸档案库登录号BC100911.1)。由人CD8B编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:18(UNIPROTTM登录号P10966-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“HCST”是指造血细胞信号转导因子基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然HCST，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工HCST，以及通过细胞中加工产生的任何形式的HCST。该术语还涵盖HCST的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人HCST的核酸序列列于SEQ ID NO:19中(欧洲核苷酸档案库登录号AF285447.1)。由人HCST编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:20中(UNIPROTTM登录号Q9UBK5-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“MT-CYB”是指线粒体编码的细胞色素B基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然MT-CYB，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工MT-CYB，以及通过细胞中加工产生的任何形式的MT-CYB。该术语还涵盖MT-CYB的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人MT-CYB的核酸序列列于SEQ ID NO:21中(欧洲核苷酸档案库登录号M28016.1)。由人MT-CYB编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ IDNO:22(UNIPROTTM登录号P00156-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“MT-ND4L”是指线粒体编码的NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基4L基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然MT-ND4L，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工MT-ND4L，以及通过细胞中加工产生的任何形式的MT-ND4L。该术语还涵盖MT-ND4L的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人MT-ND4L的核酸序列列于SEQ ID NO:23中(RefSeq登录号NC_012920.1)。由人MT-ND4L编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:24(UNIPROTTM登录号P03901-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“KLRG1”是指杀伤细胞凝集素样受体G1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然KLRG1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工KLRG1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的KLRG1。该术语还涵盖KLRG1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人KLRG1的核酸序列列于SEQ ID NO:25中(欧洲核苷酸档案库登录号BC012621.1)。由人KLRG1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:26中(UNIPROTTM登录号Q96E93-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“MT-CO2”是指线粒体编码的细胞色素C氧化酶II基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然MT-CO2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工MT-CO2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的MT-CO2。该术语还涵盖MT-CO2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人MT-CO2的核酸序列列于SEQ ID NO:27中(欧洲核苷酸档案库登录号X55654.1)。由人MT-CO2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQID NO:28(UNIPROTTM登录号P00403-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“MT-ATP6”是指线粒体编码的ATP合成酶膜亚基6基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然MT-ATP6，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工MT-ATP6，以及通过细胞中加工产生的任何形式的MT-ATP6。该术语还涵盖MT-ATP6的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人MT-ATP6的核酸序列列于SEQ ID NO:29中(RefSeq登录号NC_012920.1)。由人MT-ATP6编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ IDNO:30(UNIPROTTM登录号P00846-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PLEK”是指普列克底物蛋白基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然PLEK，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PLEK，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PLEK。该术语还涵盖PLEK的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PLEK的核酸序列列于SEQ ID NO:31中(欧洲核苷酸档案库登录号AK313756.1)。由人PLEK编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:32(UNIPROTTM登录号P08567-1)中。
如本文所用，术语“CTSW”是指组织蛋白酶W基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CTSW，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CTSW，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CTSW。该术语还涵盖CTSW的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CTSW的核酸序列列于SEQ ID NO:33中(欧洲核苷酸档案库登录号BC048255.1)。由人CTSW编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:34(UNIPROTTM登录号P56202-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“HLA-C”是指主要组织相容性复合体I类C基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然HLA-C，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工HLA-C，以及通过细胞中加工产生的任何形式的HLA-C。该术语还涵盖HLA-C的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人HLA-C的核酸序列列于SEQ ID NO:35中(欧洲核苷酸档案库登录号D64152.1)。由人HLA-C编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:36(UNIPROTTM登录号P30508-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“LYAR”是指Ly1抗体反应性基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然LYAR，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工LYAR，以及通过细胞中加工产生的任何形式的LYAR。该术语还涵盖LYAR的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人LYAR的核酸序列列于SEQ ID NO:37中(欧洲核苷酸档案库登录号BC015796.2)。由人LYAR编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:38(UNIPROTTM登录号Q9NX58-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“LITAF”是指脂多糖诱导的TNF因子基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然LITAF，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工LITAF，以及通过细胞中加工产生的任何形式的LITAF。该术语还涵盖LITAF的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人LITAF的核酸序列列于SEQ ID NO:39(GENBANKTM登录号AK095955)中。由人LITAF编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:40中(UNIPROTTM登录号Q99732-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GZMB”是指颗粒酶B基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMB，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GZMB，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GZMB。该术语还涵盖GZMB的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMB的核酸序列列于SEQ ID NO:53(GENBANKTM登录号J03072)中。由人GZMB编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:54(UNIPROTTM登录号P10144-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“KLRD1”是指杀伤细胞凝集素样受体D1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然KLRD1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工KLRD1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的KLRD1。该术语还涵盖KLRD1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人KLRD1的核酸序列列于SEQ ID NO:55(GENBANKTM登录号AJ000001)中。由人KLRD1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:56中(UNIPROTTM登录号Q13241-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“FGFBP2”是指成纤维细胞生长因子结合蛋白2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然FGFBP2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工FGFBP2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的FGFBP2。该术语还涵盖FGFBP2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人FGFBP2的核酸序列列于SEQ ID NO:57(GENBANKTM登录号BC025720)中。由人FGFBP2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ IDNO:58(UNIPROTTM登录号Q9BYJ0-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“KLRC4-KLRK1”是指KLRC4-KLRK1通读蛋白基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然KLRC4-KLRK1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工KLRC4-KLRK1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的KLRC4-KLRK1。该术语还涵盖KLRC4-KLRK1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人KLRC4-KLRK1的核酸序列列于SEQ ID NO:59中(RefSeq登录号NM_001199805.1)。由人KLRC4-KLRK1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:60(UNIPROTTM登录号H3BQV0-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“KLRK1”是指杀伤细胞凝集素样受体K1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然KLRK1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工KLRK1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的KLRK1。该术语还涵盖KLRK1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人KLRK1的核酸序列列于SEQ ID NO:61(GENBANKTM登录号AF260135)中。由人KLRK1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:62中(UNIPROTTM登录号P26718-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“B2M”是指β-2-微球蛋白基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然B2M，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工B2M，以及通过细胞中加工产生的任何形式的B2M。该术语还涵盖B2M的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人B2M的核酸序列列于SEQ ID NO:63中(欧洲核苷酸档案库登录号AF072097.1)。由人B2M编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:64中(UNIPROTTM登录号P61769-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GZMA”是指颗粒酶A基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMA，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GZMA，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GZMA。该术语还涵盖GZMA的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMA的核酸序列列于SEQ ID NO:65(GENBANKTM登录号BC015739)中。由人GZMA编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:66中(UNIPROTTM登录号P12544-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“ID2”是指DNA结合抑制物2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然ID2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工ID2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的ID2。该术语还涵盖ID2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人ID2的核酸序列列于SEQ ID NO:67中(欧洲核苷酸档案库登录号BC030639)。由人ID2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:68(UNIPROTTM登录号Q02363-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CX3CR1”是指C-X3-C基序趋化因子受体1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CX3CR1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CX3CR1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CX3CR1。该术语还涵盖CX3CR1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CX3CR1的核酸序列列于SEQ ID NO:69(GENBANKTM登录号AK312373)中。由人CX3CR1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ IDNO:70中(UNIPROTTM登录号P49238-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PRSS23”是指丝氨酸蛋白酶23基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然PRSS23，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PRSS23，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PRSS23。该术语还涵盖PRSS23的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PRSS23的核酸序列列于SEQ ID NO:71(GENBANKTM登录号AY359033)中。由人PRSS23编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:72中(UNIPROTTM登录号O95084-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GNLY”是指颗粒溶素基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GNLY，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GNLY，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GNLY。该术语还涵盖GNLY的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GNLY的核酸序列列于SEQ ID NO:73(GENBANKTM登录号CR541859)中。由人GNLY编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:74中(UNIPROTTM登录号P22749-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PRF1”是指穿孔素1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然PRF1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PRF1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PRF1。该术语还涵盖PRF1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PRF1的核酸序列列于SEQ ID NO:75(GENBANKTM登录号AK312754)中。由人PRF1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:76(UNIPROTTM登录号P14222-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PATL2”是指PAT1同源物2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然PATL2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PATL2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PATL2。该术语还涵盖PATL2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PATL2的核酸序列列于SEQ ID NO:77中(RefSeq登录号NM_001145112.1)。由人PATL2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:78(UNIPROTTM登录号C9JE40-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GPR56”是指粘附G蛋白偶联受体G1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GPR56，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GPR56，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GPR56。该术语还涵盖GPR56的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GPR56的核酸序列列于SEQ ID NO:79中(RefSeq登录号NM_001145770.2)。由人GPR56编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:80(UNIPROTTM登录号Q9Y653-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IFITM2”是指干扰素诱导跨膜蛋白2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IFITM2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工IFITM2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的IFITM2。该术语还涵盖IFITM2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IFITM2的核酸序列列于SEQ ID NO:81中(RefSeq登录号NM_003641.3)。由人IFITM2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:82(UNIPROTTM登录号Q01629-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IFITM1”是指干扰素诱导跨膜蛋白1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IFITM1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工IFITM1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的IFITM1。该术语还涵盖IFITM1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IFITM1的核酸序列列于SEQ ID NO:83中(RefSeq登录号NM_001145112.1)。由人PATL2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:84(UNIPROTTM登录号P13164-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“TMSB10”是指胸腺素β-10基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然TMSB10，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工TMSB10，以及通过细胞中加工产生的任何形式的TMSB10。该术语还涵盖TMSB10的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人TMSB10的核酸序列列于SEQ ID NO:85中(RefSeq登录号NM_021103.3)。由人TMSB10编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:86(UNIPROTTM登录号P63313-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD247”是指T细胞表面糖蛋白CD3ζ链基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CD247，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CD247，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CD247。该术语还涵盖CD247的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD247的核酸序列列于SEQ ID NO:87中(RefSeq登录号NM_000734.3)。由人CD247编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:88中(UNIPROTTM登录号P20963-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“COX2”是指前列腺素G/H合成酶2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然COX2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工COX2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的COX2。该术语还涵盖COX2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人COX2的核酸序列列于SEQ ID NO:89中(RefSeq登录号NM_000963.3)。由人COX2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:90(UNIPROTTM登录号P35354-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“COX1”是指前列腺素G/H合成酶1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然COX1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工COX1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的COX1。该术语还涵盖COX1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人COX1的核酸序列列于SEQ ID NO:91中(RefSeq登录号NM_000962.3)。由人COX1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:92(UNIPROTTM登录号P23219-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CLIC3”是指胞内氯离子通道蛋白3基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CLIC3，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CLIC3，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CLIC3。该术语还涵盖CLIC3的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CLIC3的核酸序列列于SEQ ID NO:93中(RefSeq登录号NM_004669.2)。由人CLIC3编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:94(UNIPROTTM登录号O95833-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“S100A4”是指蛋白质S100-A4基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然S100A4，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工S100A4，以及通过细胞中加工产生的任何形式的S100A4。该术语还涵盖S100A4的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人S100A4的核酸序列列于SEQ ID NO:95中(RefSeq登录号NM_002961.2)。由人S100A4编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:96(UNIPROTTM登录号P26447-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CYBA”是指细胞色素b-245轻链基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CYBA，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CYBA，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CYBA。该术语还涵盖CYBA的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CYBA的核酸序列列于SEQ ID NO:97中(RefSeq登录号NM_000101.3)。由人CYBA编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:98(UNIPROTTM登录号P13498-1)中。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中通常以细胞生长不受控制为特征的生理状况。癌症的实例包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体的实例包括但不限于：肺癌，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌；膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC)、肌层浸润性膀胱癌(MIBC)和BCG难治性非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC))；肾脏或肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))；尿路癌；乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌和三阴性乳腺癌(TNBC)，该TNBC是指雌激素受体(ER-)、孕激素受体(PR-)和HER2(HER2-)呈阴性)；前列腺癌，诸如去势抵抗性前列腺癌(CRPC)；腹膜癌；肝细胞癌；胃癌(gastric/stomach cancer)，包括胃肠道癌和胃肠道间质癌；胰腺癌；胶质母细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝癌；肝细胞瘤；结肠癌；直肠癌；大肠癌；子宫内膜癌或子宫癌；唾液腺癌；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肝癌；肛门癌；阴茎癌；黑素瘤，包括浅表扩散性黑素瘤、恶性雀斑样痣黑素瘤、末梢型斑状恶性黑色素瘤，以及结节性黑素瘤；多发性骨髓瘤和B细胞淋巴瘤(包括低度/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中度/滤泡性NHL；中度弥漫性NHL；高度免疫母细胞性NHL；高度淋巴细胞性NHL；高度小型非裂解细胞NHL；巨大肿块NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；以及瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症(Waldenstrom'sMacroglobulinemia))；慢性淋巴细胞白血病(CLL)；急性淋巴细胞白血病(ALL)；急性粒细胞性白血病(AML)；毛细胞白血病；慢性粒细胞白血病(CML)；移植后淋巴增生性疾病(PTLD)；以及骨髓增生异常综合征(MDS)，以及与斑痣性错构瘤病、水肿(诸如与脑肿瘤有关的疾病)、梅格斯综合征(Meigs'syndrome)、脑癌、头颈部癌和相关转移瘤相关的异常血管增生。
术语“细胞增殖性疾病”和“增殖性疾病”是指与某种程度的异常细胞增殖相关的病症。在一个实施例中，细胞增殖性病症为癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))。在另一实施例中，细胞增殖性病症是肿瘤。
“化疗剂”是可用于治疗癌症的化合物(例如癌症，例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的化合物。化疗剂的实例包括烷基化剂诸如噻替派和环磷酰胺
烷基磺酸酯诸如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶类诸如苯佐替派、卡巴醌、美妥替派和乌瑞替派；乙烯亚胺类和甲基三聚氰胺类，包括曲他胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(acetogenin，特别是布拉它辛和布拉它辛酮)；δ-9-四氢大麻酚(屈大麻酚，
)；β-拉帕醌；拉帕醇；秋水仙素；桦木酸；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康
CPT-11(伊立替康，
)、乙酰喜树碱、东莨菪内酯和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素；卡利司他丁(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；鬼臼毒素；鬼臼酸；替尼泊苷；念珠藻素(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；多拉司他汀；倍癌霉素(包括合成类似物、KW-2189和CB1-TM1)；五加素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素；氮芥类诸如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲洛磷胺、乌拉莫司汀；亚硝基脲类，诸如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，诸如烯二炔类抗生素(例如，卡奇霉素，特别是卡奇霉素γ1'和卡奇霉素ω1'(参见，例如，Nicolaou等人，Angew.Chem Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；CDP323，口服α-4整联蛋白抑制剂；达内霉素，包括达内霉素A；埃斯佩拉霉素；以及新制癌菌素发色团和相关的色蛋白烯二炔类抗生素发色团)、阿克那霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素C、卡拉比辛、洋红霉素、嗜癌素、色霉素、放线菌素D、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代-正亮氨酸、多柔比星(包括
吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉-多柔比星、盐酸多柔比星脂质体注射液
脂质体多柔比星TLC D-99
聚乙二醇化脂质体多柔比星
和脱氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素诸如丝裂霉素C、霉酚酸、诺加霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤、吉西他滨
替加氟
卡培他滨
埃博霉素和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，诸如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖孢苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨和氟尿苷；雄激素，诸如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素类，诸如氨鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，诸如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；阿莫司汀；比生群；依达曲沙；地佛法明；秋水仙胺；地吖醌；依洛尼塞；醋酸羟吡咔唑；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素类化合物，诸如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；2-乙基酰肼；甲苄肼；
多糖络合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生；根霉素；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2'-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素类(特别是T-2毒素、疣孢菌素A、杆孢菌素A和蛇形菌素)；乌拉坦；长春地辛
达卡巴嗪；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；格塞图辛；阿糖胞苷(“Ara-C”)；三胺硫磷；紫杉烷类，例如紫杉醇(
Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、紫杉醇的白蛋白工程纳米颗粒制剂(ABRAXANETM)和多西他赛(
Rhome-Poulene Rorer,Antony,France)、苯丁酸氮芥；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物,诸如顺铂、草酸铂(例如，
)和卡铂；长春花，防止微管蛋白聚合形成微管，包括长春花碱
长春新碱
长春地辛
和长春瑞滨
依托泊苷(VP-16)；异磷酰胺；米托蒽醌；醛氢叶酸；诺消灵；依达曲沙；道诺霉素；氨蝶呤；伊班磷酸盐；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视色素诸如视黄酸，包括贝沙罗汀
二磷盐酸类，诸如氯磷酸盐(例如，
或
)、依替磷酸盐
NE-58095、唑来磷酸/唑来磷酸盐
阿仑磷酸盐
帕米磷酸盐
替鲁磷酸盐
或利塞磷酸盐
以及曲沙他滨(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸类，特别是那些抑制牵涉到异常细胞增殖的信号传导通路中的基因表达的可减少细胞增殖反义寡核苷酸，例如，PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)(例如，埃洛替尼(TARCEVATM))；和VEGF-A；疫苗，诸如
疫苗和基因治疗疫苗，例如
疫苗、
疫苗和
疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如，
)；rmRH(例如，
)；BAY439006(索拉非尼；Bayer)；SU-11248(舒尼替尼，
Pfizer)；派立福辛、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布或依托昔布)、蛋白酶体抑制剂(例如，PS341)；硼替佐米
CCI-779；替吡法尼(R11577)；索拉非尼，ABT510；Bcl-2抑制剂诸如奥伯利森钠
匹杉琼；EGFR抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；丝氨酸-苏氨酸激酶抑制剂诸如雷帕霉素(西罗莫司，
)；法呢基转移酶抑制剂诸如Lonafarnib(SCH6636,SARASARTM)；以及上述任何药用盐、酸或衍生物；以及上述两个或更多个的组合，诸如CHOP(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)组合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)，以及上述任何药用盐、酸或衍生物；以及上述两个或更多个的组合。
如本文所定义的化疗剂还包括“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”，其用于调节、减少、阻断或抑制可促进癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))生长的激素的效应。它们本身可以是激素，包括但不限于：抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(包括
他莫昔芬)、雷洛昔芬、屈洛昔芬、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬、keoxifene、LY117018、奥那司酮和FARESTON.cndot.托瑞米芬；抑制芳香酶(其调节肾上腺中雌激素的产生)的芳香酶抑制剂，诸如4(5)-咪唑、氨鲁米特、
醋酸甲地孕酮、
依西美坦、formestanie、法倔唑、
伏氯唑、
来曲唑和
阿纳托唑；以及抗雄激素，诸如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙立德和戈舍瑞林；以及曲沙他滨(1,3-二氧戊环胞嘧啶核苷类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制与aberrant细胞增殖有关的信号传导途径中的基因表达的寡核苷酸，诸如PKC-α、Raf和H-Ras；核酶，诸如VEGF表达抑制剂(例如，
核酶)和HER2表达抑制剂；疫苗，诸如基因治疗疫苗，例如
疫苗、
疫苗和
疫苗；
rIL-2；
拓扑异构酶1抑制剂；
rmRH；长春瑞滨和Esperamicins(参见美国专利号4,675,187)；以及上述物质中任一者的药用盐、酸或衍生物；以及上述物质中的两种或更多中的组合。
术语“嵌合”抗体是指这样的抗体，在所述抗体中重链和/或轻链的一部分来源于特定来源或物种，而重链和/或轻链的其余部分来源于不同的来源或物种。
抗体的“类别”是指抗体的重链所具有的恒定结构域或恒定区的类型。存在五大类抗体：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且它们中的一些可以进一步分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1，以及IgA2。对应于不同类别的免疫球蛋白的重链恒定结构域分别称为α、δ、ε、γ和μ。
如本文所用的术语“细胞毒性基因”是指其表达指示细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的存在和/或活性的基因。细胞毒性基因包括编码CTL表面存在的蛋白质(诸如CD8A)的那些基因，以及编码与CTL功能相关联的分泌蛋白质(诸如CCL5)的那些基因。与本文所述的组合物和方法联合使用的示例性细胞毒性基因包括PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、CST7、NKG7、GZMH和HLA-C。
如本文所用的术语“线粒体基因”是指编码涉及线粒体功能(诸如氧化生成三磷酸腺苷)的RNA和/或蛋白质产物的基因。与本文所述的组合物和方法联合使用的示例性线粒体基因包括MT-ND4、MT-ND4L、MT-ATP6、MT-CO2和MT-CYB。
如本文所用，术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能和/或导致细胞死亡或破坏的物质。细胞毒性剂包括但不限于放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)；化疗剂或药物(例如甲氨蝶呤、阿霉素、长春花生物碱(长春新碱、长春花碱、依托泊苷)、多柔比星、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红霉素或其他嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段诸如溶核酶；抗生素；毒素诸如细菌、真菌、植物或动物来源的小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段和/或变体；以及以下公开的各种抗肿瘤或抗癌药。
本文所用的术语“同时”是指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括当中止一种或多种药剂的施用后继续一种或多种其他药剂施用的给药方案。
如本文所用，“延缓”病症或疾病的发展意指延迟、阻碍、减慢、减缓、稳定和/或推迟疾病或病症(例如癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的发展。这种延迟可以具有不同的时间长度，这取决于病史和/或待治疗的受试者。对于本领域技术人员显而易见的是，充分或显著延迟实际上可以涵盖预防，因为受试者不会罹患该疾病。
术语“确定(determination)”、“确定(determining)”、“检测(detection)”、“检测(detecting)”及其语法变化形式包括任何确定或检测的手段，包括直接和间接确定或检测。
“病症”或“疾病”是指可从治疗中受益的任何病状，包括但不限于慢性和急性病症或疾病，其包括那些使哺乳动物易患所述病症的病理性病状(例如癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))。
如本文所用的术语“诊断”是指分子或病理性病状、疾病或病症(例如癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的确定或分类。例如，“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以是指癌症的特定亚型的分类，例如，通过组织病理学标准或分子特征(例如，以生物标记物中的一种或组合表达为特征的亚型(例如，特定基因或由这些基因编码的蛋白质))。
“效应子功能”是指可归因于抗体的Fc区、随着抗体同种型而变化的那些生物学活性。抗体效应子功能的示例包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如，PD-L1)的下调；以及B细胞活化。
“有效量”的化合物，例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或它们的组合物(例如，药物组合物)至少是实现所需的治疗或预防效果的最小量，该治疗或预防效果为例如特定疾病或病症(例如癌症，例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的总生存期(OS)或无进展生存期(PFS)的可测量的增加。本文的有效量可以根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及抗体在受试者中引起预期应答的能力等因素而变化。有效量也是治疗有益作用超过治疗的任何毒性或有害作用的量。对于预防用途，有益或预期结果包括诸如消除或降低风险，减轻严重程度或延迟疾病发作，其包括疾病的生化、组织学和/或行为症状、其并发症以及在疾病发展过程中出现的中间病理表型。有效量可以一次或多次施用。出于本发明的目的，药物、化合物或药物组合物的有效量为足以直接或间接地进行预防或治疗的量。如在临床背景中所理解的，与另一药物、化合物或药物组合物结合可任选地达到有效量的药物、化合物或药物组合物。因此，可以在施用一种或多种治疗剂的情况下考虑“有效量”，并且如果与一种或多种其他试剂结合可以获得或实现预期结果，则可以考虑给予有效量的单一药剂。例如，作为癌症治疗的有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以减少癌细胞的数量；减小原发性肿瘤大小；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)癌细胞浸润周围器官；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)肿瘤转移；在一定程度上抑制肿瘤生长；和/或在一定程度上缓解病症相关的一种或多种症状。在某种程度上，药物可阻止生长和/或杀死既存癌细胞，它可以抑制细胞生长和/或具有细胞毒性。对于癌症疗法，例如，可以通过评估生存时间、疾病进展时间(TTP)、应答率(RR)、应答持续时间和/或生活质量来测量体内功效。
本文的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C-末端区域，该C-末端区域含有恒定区的至少一部分。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施例中，人IgG重链Fc区从Cys226或从Pro230延伸至重链的羧基末端。然而，Fc区的C末端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文另外规定，否则Fc区或恒定区中氨基酸残基的编号是根据EU编号系统，EU编号系统也称为EU索引，如在Kabat等人，Sequences of Proteins ofImmunological Interest，第5版，Public Health Service,National Institutes ofHealth,Bethesda,MD,1991中所述。
“框架”或“FR”是指除高变区(HVR)残基之外的可变结构域残基。可变结构域的FR通常由以下四个FR结构域组成：FR1、FR2、FR3和FR4。因此，HVR和FR序列通常在VH(或VL)中以如下序列出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”、“完整抗体”及“全抗体”在本文中可互换地用于指代具有基本上类似于天然抗体结构的结构或具有含有如本文所定义的Fc区的重链的抗体。
“人抗体”是这样的抗体，该抗体具有的氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体的氨基酸序列，或来源于利用人抗体库或其他人抗体编码序列的非人源的抗体的氨基酸序列。人类抗体的该定义特别地排除了包含非人类抗原结合残基的人源化抗体。可以使用本领域已知的各种技术产生人类抗体，包括噬菌体展示文库。Hoogenboom和Winter，J.Mol.Biol.,227:381(1991)；Marks等人，J.Mol.Biol.,222:581(1991)。还可用于制备人类单克隆抗体的方法如Cole等人，Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,AlanR.Liss,p.77(1985)；Boerner等人，J.Immunol.,147(1):86-95(1991)所述。另参见vanDijk和van de Winkel，Curr.Opin.Pharmacol.,5:368-74(2001)。可以通过向转基因动物施用抗原来制备人类抗体，该转基因动物已经修饰以对抗原攻击产生应答而产生此类抗体，但其内源性基因座已失效，例如，免疫异种小鼠(参见，例如，关于XENOMOUSETM技术的美国专利号6,075,181和6,150,584)。另参见，例如，Li等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)关于通过人类B细胞杂交瘤技术产生的人类抗体。
“人源化”抗体是指这样的嵌合抗体，其包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基。在某些实施例中，人源化抗体将基本上包含所有中的至少一个可变结构域，通常是两个可变结构域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的HVR，并且所有或基本上所有的FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含来源于人抗体的抗体恒定区的至少一部分。“人源化形式”的抗体，例如，非人抗体，是指已经进行过人源化的抗体。
如本文所用的术语“高变区”或“HVR”是指以下项中的每一种：抗体可变结构域的在序列中高变(“互补决定区”或“CDR”)和/或形成结构上限定的环(“高变环”)和/或含有抗原接触残基(“抗原接触点”)的区域。通常，抗体包含六个HVR：三个在VH中(H1、H2、H3)，并且三个在VL中(L1、L2、L3)。本文中的示例性HVR包括：
(a)在氨基酸残基26-32(L1)、50-52(L2)、91-96(L3)、26-32(H1)、53-55(H2)和96-101(H3)处发生的高可变环(Chothia和Lesk，J.Mol.Biol.196:901-917(1987))；
(b)存在于氨基酸残基24-34(L1)、50-56(L2)、89-97(L3)、31-35b(H1)、50-65(H2)和95-102(H3)处的CDR(Kabat等人，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第5版，PublicHealth Service，National Institutes of Health，Bethesda，MD(1991))；以及
(c)在氨基酸残基27c-36(L1)、46-55(L2)、89-96(L3)、30-35b(H1)、47-58(H2)和93-101(H3)处发生的抗原接触点(MacCallum等人，J.Mol.Biol.262:732-745(1996))；以及
(d)(a)、(b)和/或(c)的组合，包括HVR氨基酸残基46-56(L2)、47-56(L2)、48-56(L2)、49-56(L2)、26-35(H1)、26-35b(H1)、49-65(H2)、93-102(H3)和94-102(H3)。
除非另外指明，否则可变结构域中的HVR残基和其他残基(例如，FR残基)在本文中根据Kabat等人，出处同上编号。
“分离的”抗体为已从其自然环境的组分中分离的抗体。在一些实施例中，通过例如电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(isoelectric focusing,IEF)、毛细管电泳)或色谱(例如，离子交换或反相HPLC)测定，将抗体纯化至大于95％或99％的纯度。关于评定抗体纯度的方法的综述，请参见例如Flatman等人，J.Chromatogr.B 848:79-87(2007)。
“分离的”核酸是指已从其天然环境的组分中分开的核酸分子。分离的核酸包括这样的核酸分子，其包含在通常含有所述核酸分子的细胞中，但所述核酸分子存在于染色体外或与其天然染色体位置不同的染色体位置处。
当在本文中使用时，词语“标记”是指可检测的化合物或组合物。标记通常直接或间接缀合或融合至试剂，诸如多核苷酸探针或抗体，并有助于检测缀合或融合的试剂。标记本身可以是可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)，或者在酶标记的情况下，可以催化底物化合物或组合物的化学变化，从而产生可检测的产物。
一般而言，术语“表达的水平”或“表达水平”可互换使用，并且通常是指生物样品中生物标记物的量。“表达”通常是指通过其将信息(例如，基因编码的和/或表观遗传的)转换为细胞中存在并在细胞中运行的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成多肽，或者甚至是多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽或多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)的片段也应视为已表达，无论它们源自通过选择性剪接或降解的转录本生成的转录本，还是源自多肽的翻译后加工(例如，通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录为多核苷酸如mRNA，然后翻译为多肽的那些，以及还有转录为RNA但不翻译成多肽的(例如，转运RNA和核糖体RNA)那些。表达水平可通过本领域的技术人员已知并且也在本文中公开的方法进行测量，包括例如RT-qPCR和RNA-seq。评估的表达水平可用于确定对治疗的应答。
如本文所用的术语“免疫评分表达水平”是指一个数值，其反映与免疫应答有关的单个目的基因的表达水平(例如，归一化表达水平)或多个目的基因(例如，至少两个、至少三个、至少四个、至少五个或更多个目的基因)的集合表达水平。可通过本领域技术人员已知的并且也在本文中公开的集合方法来确定一种以上目的基因的免疫评分表达水平，其包括例如通过计算所有目的基因的表达水平的中位数或均值。在集合之前，可以通过使用本领域技术人员已知并且在本文中公开的统计方法来归一化每个目的基因的表达水平，其包括，例如，归一化为一个或多个管家基因的表达水平，或归一化为总文库大小，或归一化为所有的测得基因的中位或平均表达水平值。在一些情况下，在多个目的基因集合之前，可通过计算每个目的基因的归一化表达水平的Z评分，使每个目的基因的归一化表达水平标准化。在一些情况下，每个目的基因可具有指定的权重分数，并且可通过合并权重分数以确定所有目的基因的加权表达水平的均值，从而计算多个目的基因的免疫评分表达水平。例如，免疫评分表达水平可以指反映选自以下项的单个基因的归一化表达水平的数值：CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA。替代性地，免疫评分表达水平可以例如指反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA或其组合中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或更多种的集合归一化表达水平(例如，归一化表达水平的中位数或归一化表达水平的均值)的数值。在一些情况下，免疫评分表达水平可以例如指反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA或其组合中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或更多种的集合Z-评分表达水平(例如，Z-评分归一化表达水平的均值或Z-评分归一化表达水平的中位数)的数值。
如本文所用，术语“参考免疫评分表达水平”是指这样的免疫评分表达水平，对另一种免疫评分表达水平(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)与该免疫评分表达水平进行比较以例如做出诊断、预测、预后和/或治疗决定。例如，参考免疫评分表达水平可来源于参考样品、参考群体中的表达水平(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)和/或预先指定的值(例如，之前已确定满足以下条件的临界值：该临界值基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间高于临界值和/或低于临界值的显著差异，明显(例如，具有统计学意义)区分参考群体中接受过PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体的第一子集与在同一参考群体中接受过不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性高于临界值得到显著(例如，具有统计学意义)改善，并且/或者个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性低于临界值得到显著(例如，具有统计学意义)改善)。本领域的技术人员将认识到，参考免疫评分表达水平的数值可以因适应症(例如癌症(例如，乳腺癌、肺癌、肾癌或膀胱癌)、用于检测表达水平的方法(例如，RNA-seq或RT-qPCR)、用于生成免疫评分的统计方法和/或所检查的基因的具体组合而改变。
“升高的表达”、“升高的表达水平”或“升高的水平”是指基因或基因的组合(例如，CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)在受试者中相对于对照(诸如未患有的疾病或病症(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的一例或多例受试者)或内部对照(例如，管家基因)或参考水平诸如参考免疫评分表达水平的表达增加或水平升高。
“降低的表达”、“降低的表达水平”或“降低的水平”是指基因或基因的组合(例如，CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)在受试者中相对于对照(诸如未患有的疾病或病症(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的一例或多例受试者)或内部对照(例如，管家基因)或参考水平诸如参考免疫评分表达水平的表达减少或水平降低。在一些实施例中，降低的表达为表达很少或不表达。
如本文所用，“参考基因”是指用于比较目的的一种基因或一组基因(例如，一种、两种、三种、四种、五种或六种或更多种基因)，诸如管家基因。“管家基因”在本文中是指编码蛋白质的一种基因或一组基因(例如，一种、两种、三种、四种、五种、或六种或更多种基因)，这些蛋白质的活性对于维持细胞功能至关重要，并且通常在所有细胞类型中类似地存在。
如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群体获得的抗体，即，除了可能的变异抗体(例如，含有天然存在的突变或在单克隆抗体制剂的生产过程中产生，此类变体通常以少量形式存在)之外，包含该群体的各个抗体是相同的及/或结合相同的表位。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂中的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”表示抗体的特征是从基本上同质的抗体群体获得的，并且不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术制备，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法，以及利用含有全部或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，在本文中描述了用于制备单克隆抗体的此类方法和其他示例性方法。
“裸抗体”是指不缀合至异源部分(例如，细胞毒性部分)或放射性标记的抗体。裸抗体可存在于医药制剂中。
“天然抗体”是指具有不同结构的天然免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白，由经二硫键合的两条相同轻链和两条相同重链组成。从N末端到C末端，每条重链具有可变区(VH)(也称为可变重链结构域或重链可变结构域)，后接三个恒定结构域(CH1、CH2和CH3)。类似地，自N-末端至C-末端，各轻链具有可变区(VL)，也称为可变轻链结构域或轻链可变结构域，继之以恒定轻链(CL)结构域。抗体的轻链基于其恒定结构域的氨基酸序列，可以归属于两种类型中的一种，这两种类型称为卡帕(κ)和兰姆达(λ)。
术语“寡核苷酸”是指相对短的多核苷酸(例如，长度小于约250个核苷酸)，包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸、单链或双链核糖核苷酸、RNA:DNA杂交体和双链DNA。寡核苷酸，诸如单链DNA探针寡核苷酸，通常通过化学方法合成，例如使用可商购的自动寡核苷酸合成仪。然而，寡核苷酸可以通过多种其他方法来制备，包括体外重组DNA介导技术以及通过DNA在细胞和生物体中的表达。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包括的说明书，其含有涉及此类治疗产品的使用的有关适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。
“药用载体”是指药物制剂中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂，或防腐剂。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“蛋白质”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然蛋白质，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工蛋白，以及通过细胞中加工产生的任何形式的蛋白。该术语还涵盖天然存在的蛋白变体，例如剪接变体或等位基因变体。
相对于参照多肽序列的“氨基酸序列一致性百分比(％)”被定义为在比对候选序列与参考多肽序列并引入空位(如果必要的话)以实现最大的序列一致性百分比之后，并且在不考虑将任何保守取代作为序列一致性的组成部分的情况下，候选序列中的氨基酸残基与参考多肽序列中的氨基酸残基相同的百分比。用于确定氨基酸序列一致性百分比的比对可以以本领域技术范围内的各种方式实现，例如使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可确定用于比对序列的适当参数，包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文的目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2来生成氨基酸序列一致性％的值。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写，并且源代码已经与用户文档一起提交到U.S.Copyright Office,Washington D.C.,20559，在那里以美国版权登记号TXU510087注册。ALIGN-2程序可从Genentech,Inc.,South San Francisco,California公开获得，或者可以从所述源代码编译。ALIGN-2程序应经编译以在UNIX操作系统上使用，所述UNIX操作系统包括数字UNIX V4.0D。所有序列比较参数均由ALIGN-2程序设置并且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况下，给定氨基酸序列A与给定氨基酸序列B的氨基酸序列一致性％(其可以替代地表达为给定氨基酸序列A具有或包含与给定氨基酸序列B的某一氨基酸序列一致性％)计算如下：
100乘以分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序对A和B的比对中评分为相同匹配的氨基酸残基的数目，而其中Y是B中氨基酸残基的总数。应当理解，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的氨基酸序列一致性％将不等于B与A的氨基酸序列一致性％。除非另外特别指明，否则本文所使用的所有氨基酸序列一致性％的值是如前一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。
“药用载体”是指药物制剂中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂，或防腐剂。
术语“程序性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽、多肽变体以及天然序列多肽和多肽变体的片段(如本文所进一步定义的)。本文所述的PD-L1多肽可分离自多种来源，诸如分离自人类组织类型或其他来源，或者通过重组或合成方法制得。
“PD-L1多肽变体”或其变体意指如本文所定义的以下PD-L1多肽(通常是活性PD-L1多肽)，其与如本文所公开的天然序列PD-L1多肽序列中任一者具有至少约80％的氨基酸序列同一性。此类PD-L1多肽变体包括例如PD-L1多肽，其中在天然氨基酸序列的N末端或C末端添加或缺失一个或多个氨基酸残基。通常，PD-L1多肽变体将与本文所公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％的氨基酸序列同一性，或者至少约81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度为至少约10个氨基酸，或者长度为至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289个氨基酸或更多。任选地，与天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1变体多肽将具有不超过一个保守性氨基酸取代，或者与天然PD-L1多肽序列相比，包含不超过2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个保守性氨基酸取代。
“天然序列PD-L1多肽”包含与来源于自然的相应的PD-L1多肽具有相同的氨基酸序列的多肽。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是指抑制PD-L1轴结合配偶体与其一个或多个结合配偶体的相互作用的分子，以消除由PD-1信号传导轴上的信号传导引起的T细胞功能障碍，其结果是恢复或增强T细胞功能。如本文所用，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1与PD-1之间的相互作用的分子(例如，PD-L2-Fc融合物)。
术语“PD-L1结合拮抗剂”是指减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其一种或多种结合配偶体(诸如PD-1或B7-1)相互作用产生的信号传导的分子。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1至PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂包括抗PD-L1抗体，其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽和其他减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其一个或多个结合配偶体(诸如PD-1或B7-1)相互作用产生的信号传导。在一个实施例中，PD-L1结合拮抗剂可减少由T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的通过PD-L1的信号传导所介导的或通过其的负共刺激信号，从而使功能障碍的T细胞功能障碍更少(例如，提高效应子对抗原识别的应答)。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体实施例中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS登记号：1422185-06-5)，也称为MPDL3280A，并且如本文所述。在另一个具体实施例中，抗PD-L1抗体是本文所述的YW243.55.S70。在另一个具体实施例中，抗PD-L1抗体是本文所述的MDX-1105。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体为MEDI4736(德瓦鲁单抗)，如本文所述。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体为MSB0010718C(阿维单抗)，如本文所述。
如本文所用，术语“PD-1结合拮抗剂”是指减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与其一种或多种结合配偶体(诸如PD-L1和/或PD-L2)相互作用产生的信号传导的分子。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括抗PD-1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂以及其他减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用产生的信号传导。在一个实施例中，PD-1结合拮抗剂减少由或通过T淋巴细胞或其他细胞上表达的细胞表面蛋白介导(通过PD-1或PD-L1介导的信号传导)的负信号，从而使功能障碍的T细胞功能障碍减少。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为MDX-1106(纳武单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为MK-3475(派姆单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为CT-011(匹利珠单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为MEDI-0680(AMP-514)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为PDR001。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为REGN2810。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为BGB-108。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为AMP-224。
本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应纳入聚合物中的任何底物。多核苷酸可以包含修饰的核苷酸，诸如甲基化的核苷酸及其类似物。如果存在的话，可以在聚合物组装之前或之后对核苷酸结构进行修饰。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分中断。多核苷酸可在合成后进一步修饰，例如通过与标记缀合。其他类型的修饰包括，例如，“封端”，用类似的核苷酸间修饰，诸如，例如，那些具有不带电荷的键(例如，甲基磷酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯)和具有带电荷的键(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)，那些含有侧基的，诸如，例如，蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、ply-L-赖氨酸等)，那些含有嵌入剂的(例如，丫啶、补骨脂素等)，那些含有螯合剂的(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)，那些含有烷基化剂的，那些具有修饰键的(例如，α-异头核酸等)以及未修饰形式的多核苷酸来取代一个或多个天然存在核苷酸。此外，糖中通常存在的任何羟基基团可以被(例如，磷酸酯基团、磷酸基团)取代，受标准保护基团保护，或者被活化以制备与另外的核苷酸的另外的连接，或者可以与固体或半固体支持物缀合。5'和3'末端的OH可被磷酸化或被1-20个碳原子的胺或有机封端基团部分取代。其他羟基也可以被衍生为标准保护基团。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖的类似形式，包括例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基、2'-氟-或2'-叠氮基-核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖(诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、七庚糖)、无环类似物和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯键可以被可替代的连接基团取代。这些可替代的连接基团包括但不限于其中磷酸酯被P(O)S(“硫代酸酯”)、P(S)S(“二硫代酸酯”)、(O)NR2(“酰胺酸酯”)、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2(“甲缩醛”)，其中每个R或R'独立地为H或取代或未取代的烷基(1-20C)任选地包含醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳基取代的实施例。并非多核苷酸中的所有连接都需要相同。先前的描述适用于本文所指的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文所用，“聚合酶链式反应”或“PCR”技术通常是指如1987年7月28日授权的美国专利号4,683,195中所述扩增微量的特定核酸，RNA和/或DNA片段的程序。通常，需要从目的区域的末端或以外的区域获得序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两条引物的5'末端核苷酸可能与扩增材料的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA扩增特定的RNA序列和特定的DNA序列，以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA，等等。通常参见Mullis等人，Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.,51:263(1987)；Erlich编辑，PCR Technology(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一种，但不是唯一的示例，包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶扩增或产生特定的核酸片段，或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。
如本文所用，术语“逆转录酶聚合酶链式反应”或“RT-PCR”是指RNA序列的复制和扩增。在该方法中，例如，如美国专利号5,322,770中所述，将反转录偶联至PCR，其全文以引用方式整体并入本文。在RT-PCR中，由于酶的逆转录酶活性，RNA模板被转换为cDNA，然后使用相同或不同酶的聚合活性进行扩增。可以使用热稳定和热不稳定的逆转录酶和聚合酶。“逆转录酶”(RT)可以包括来自逆转录病毒、其他病毒的逆转录酶，以及表现出逆转录酶活性的DNA聚合酶。
如本文所用，术语“逆转录酶定量聚合酶链式反应”或“RT-qPCR”是PCR的形式，其中待扩增的核酸是首先被逆转录成cDNA的RNA，在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”是指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。在包括Cronin等人，Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；和Ma等人，Cancer Cell 5:607-616(2004)的各种出版物中已经描述了该技术。
术语“多重PCR”是指使用一种以上引物组对从单一来源(例如，个体)获得的核酸进行的单一PCR反应，目的是在单一反应中扩增两个或更多个DNA序列。
术语“RNA-seq”也称为“全转录组鸟枪法测序(WTSS)”，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序和/或定量以获得有关样品RNA含量的信息。描述RNA-seq的出版物包括：Wang等人“RNA-Seq:a revolutionary tool for transcriptomics”Nature ReviewsGenetics 10(1):57-63(2009年1月)；Ryan等人BioTechniques 45(1):81-94(2008)；和Maher等人“Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer”。Nature458(7234):97-101(2009年1月)。
术语“多核苷酸”以单数或复数形式使用时，通常指任何多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸，其可以是未修饰的RNA或DNA或经修饰的RNA或DNA。因此，例如，本文所定义的多核苷酸包括但不限于：单链和双链DNA；包含单链和双链区域的DNA；单链和双链RNA；包含单链和双链区域的RNA；以及包含DNA和RNA(其可以是单链的，或更通常为双链的，或包含单链和双链区域)的杂交分子。此外，如本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区。此类区域中的链可来自相同的分子或来自不同的分子。区域可包含分子中的一个或多个的全部，但通常仅包含分子的一部分的一个区域。具有三螺旋区的分子之一通常为寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体地包括cDNA。该术语包括含有一个或多个经修饰的碱基的DNA(包括cDNA)和RNA。因此，具有因稳定性或其他原因而修饰的主链的DNA或RNA是本文所述的“多核苷酸”。此外，如本文所定义的术语“多核苷酸”中包括含不常见碱基(诸如肌苷)或经修饰的碱基(诸如氚化碱基)的DNA或RNA。一般而言，术语“多核苷酸”涵盖未修饰的多核苷酸的所有经化学、酶和/或代谢修饰的形式，以及病毒和细胞(包括简单细胞和复杂细胞)所特有的DNA和RNA的化学形式。
可以使用表明对个体有益的任何终点来评估“对治疗的应答”、“对治疗的应答性”或“从治疗中受益”，包括但不限于(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减缓和完全阻止；(2)减小肿瘤大小；(3)抑制(即，减少、减缓或完全停止)癌细胞浸润到邻近的周围器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减慢或完全停止)转移；(5)在某种程度上减轻与该疾病或病症(例如，癌症)有关的一种或多种症状；(6)增加或延长生存期，包括总生存期(OS HR<1)和无进展生存期(PFS HR<1)；和/或(9)在治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗)后的给定时间点降低死亡率。如本文所用，对特定形式的治疗“无应答”的患者是指在施用目标疗法后未能表现出任何或全部上述益处的患者。
如本文所用，“无进展生存期”或“PFS”是指在治疗期间和之后的时间长度，在该时间段内待治疗的疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))没有进展或恶化。无进展生存期可包括个体经历完全应答或部分应答的时间量，以及个体经历稳定疾病的时间量。
如本文所用，“总生存期”或“OS”是指在特定时间段(例如从诊断或治疗开始的6个月、1年、2年、3年、4年、5年、10年、15年、20年或20年以上)之后可能存活的一组受试者的百分比。
如本文所用，“完全应答”或“CR”是指应答于治疗的所有癌症征象的消失。这并不一定意味着癌症已经治愈。
如本文所用，“部分应答”或“PR”是指应答于治疗的一个或多个肿瘤或病变的大小的减少或体内癌症程度的减少。
如本文所用，“危险比”或“HR”是事件发生率的统计定义。出于本发明的目的，危险比定义为代表在任何特定时间点的实验(例如，治疗)组(group)/分组(arm)事件(例如，PFS或OS)的概率除以对照组(group)/分组(arm)事件的概率。值为1的HR表示在“治疗”组和“对照”组中，终点的相对风险(例如，死亡)均相等；值大于1表示治疗组的风险相对于对照组更大；值小于1表示对照组的风险相对于治疗组更大。无进展生存期分析(即，PFS HR)中的“危险比”总结了两个无进展生存期曲线之间的差异，代表在随访期内与对照组相比，治疗组死亡风险的降低。总生存期分析(即，OS HR)中的“危险比”总结了两个总生存期曲线之间的差异，代表在随访期内与对照组相比，治疗组死亡风险的降低。
“延长生存期”是指相对于未治疗的个体(即，相对于未用药物治疗的个体)或相对于未表达指定水平生物标记物的个体和/或相对于用已批准的抗肿瘤剂的治疗的个体，经治疗个体的总生存期或无进展生存期的增加。客观应答是指可测量的应答，包括完全应答(CR)或部分应答(PR)。
“减少或抑制”是指引起整体降低20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可以指待治疗的病症(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的症状、转移瘤的存在或大小或者原发性肿瘤大小。
如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准品或水平。在一实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织从同一受试者或个体获得。在另一实施例中，参考样品从不是受试者或个体的一个或多个个体获得。在前述实施例中的任一项中，获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织的一个或多个个体患有癌症。在某些实施例中，获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织的一个或多个个体患有癌症，并且先前已经用抗癌疗法治疗(例如，一剂或多剂PD-L1轴结合拮抗剂)。在其他实施例中，获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织的一个或多个个体患有癌症并且是未接受过治疗的。在任何前述实施例中，受试者/个体和不是受试者或个体的一个或多个个体患有相同的癌症。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自相同受试者或个体的健康和/或未患病的身体部位(例如，组织或细胞)。例如，健康和/或未患病的细胞或组织邻近患病的细胞或组织(例如，与肿瘤相邻的细胞或组织)。在另一个实施例中，参考样品获自相同受试者或个体的未经处理的身体组织和/或细胞。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自并非受试者或研究个体的个体的健康和/或未患病的身体部位(例如，组织或细胞)。在另一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自并非受试者或研究个体的个体的未经处理的身体组织和/或细胞。
如本文所用，术语“样品”是指获自或衍生自目的受试者和/或个体的组合物，其包含例如待基于物理、生化、化学和/或生理特征进行表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变型是指从目的受试者获得的任何样品，其预期或已知包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于原代或培养的细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、眼泪、汗液、粘液、肿瘤溶解产物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物以及它们的组合。
如本文所用，术语“个体”、“患者”和“受试者”可互换使用并且是指任何需要治疗的单一动物，更优选哺乳动物(包括诸如非人类动物，例如，狗、猫、马、兔子、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人类灵长类动物)。在某些实施例中，该个体、患者或受试者为人。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变型，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变待治疗受试者的自然进程的临床干预，并且可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。所期望的治疗效果包括但不限于预防疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))发生或复发、缓解症状、减轻疾病的任何直接或间接病理后果，预防转移，降低疾病进展速度，改善或减轻病情，以及缓解或改善预后。在一些实施例中，本文所述的治疗用于延迟疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的发展或减缓疾病的进展。在一些情况下，治疗可以增加总生存期(OS)(例如，增加约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、约96％或更多、约97％或更多、约98％或更多或约99％或更多)。在一些情况下，治疗可以增加OS，例如，增加约5％至约500％、例如，约10％至约450％、例如，约20％至约400％、例如，约25％至约350％、例如，约30％至约400％、例如，约35％至约350％、例如，约40％至约300％、例如，约45％至约250％、例如，约50％至约200％、例如，约55％至约150％、例如，约60％至约100％、例如，约65％至约100％、例如，约70％至约100％、例如，约75％至约100％、例如，约80％至约100％、例如，约85％至约100％、例如，约90％至约100％、例如，约95％至约100％、例如，约98％至约100％。在一些情况下，治疗可以增加无进展生存期(PFS)(例如，增加约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、约96％或更多、约97％或更多、约98％或更多或约99％或更多)。在一些情况下，治疗可以增加PFS，例如，增加约5％至约500％、例如，约10％至约450％、例如，约20％至约400％、例如，约25％至约350％、例如，约30％至约400％、例如，约35％至约350％、例如，约40％至约300％、例如，约45％至约250％、例如，约50％至约200％、例如，约55％至约150％、例如，约60％至约100％、例如，约65％至约100％、例如，约70％至约100％、例如，约75％至约100％、例如，约80％至约100％、例如，约85％至约100％、例如，约90％至约100％、例如，约95％至约100％、例如，约98％至约100％。
“组织样品”或“细胞样品”是指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官、组织样品、活组织检查和/或吸出物的实体组织；血液或任何血液成分，例如血浆；体液，例如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；受试者妊娠或发育中任何时候的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品获自疾病(例如，前列腺癌，例如CRPC，例如，mCRPC或局部受限的不可手术的CRPC)组织/器官。组织样品可以包含在自然环境天然不与组织混合的化合物，例如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素等。
为了本文的目的，组织样品的“切片”是指组织样品的单个部分或一片，例如，从组织样品切下的组织或细胞的薄片。应当理解，可以获取组织样品的多个切片并进行分析，前提是应当理解，可以在形态学和分子水平上对组织样品的同一切片进行分析，或者可以针对多肽和多核苷酸进行分析。
如本文所用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖，无论是恶性还是良性，以及所有前癌性和癌性细胞和组织。术语“癌症”、“癌性”、“细胞增生性病症”、“增生性病症”和“肿瘤”在本文中并不互相排斥。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链的参与抗体与抗原结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，其中每个结构域包含四个保守框架区(FR)和三个高变区(HVR)。(参见，例如，Kindt等人，KubyImmunology，第6版，W.H.Freeman and Co.，第91页(2007)。)单个VH或VL结构域可足以赋予抗原结合特异性。此外，结合特定抗原的抗体可分别使用来自结合该抗原的抗体的VH或VL结构域来进行分离，以筛选互补VL或VH结构域的文库。参见，例如，Portolano等人，J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人，Nature 352:624-628(1991)。
II.诊断方法和测定
本文提供了用于鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))或乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的个体。本文所述的方法和测定法至少部分地基于以下发现：来自个体的样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的免疫评分表达水平)可用于确定个体将受益于PD-L1轴结合拮抗剂疗法的能性，该疗法为例如PD-L1轴结合拮抗剂单药治疗或包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的组合疗法。
本文进一步提供了用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的选择疗法的方法和测定；用于确定患有癌症的个体是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法；用于预测患有癌症的个体对包含PD-L1轴结合拮抗剂的应答性的方法；以及监测患有癌症的个体对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的应答的方法。本文所提供的方法中的任一者可进一步包括向个体施用单独的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第III部分所述)。A.单基因免疫评分和多基因免疫评分组合
在一些实施例中，本文所提供的方法和测定可用于测定选自CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA的单个基因的免疫评分表达水平。例如，测定步骤可包括测定选自CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的任一基因的表达水平。在一些实施例中，测定步骤包括测定选自CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种或更多种基因的组合(诸如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种的组合，例如包含一种或多种细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因的组合)的表达水平。在一些实施例中，测定步骤包括测定如上表1-3中的任一者所述的基因组合的表达水平。
在一些实施例中，测定步骤包括测定包括一种或多种细胞毒性基因(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种)的基因的组合的表达水平。在一些实施例中，测定步骤包括测定包括一种或多种线粒体基因(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种)的基因的组合的表达水平。在一些实施例中，测定步骤包括测定包括一种或多种细胞毒性基因(例如，CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的一种或多种)以及一种或多种线粒体基因(例如，MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的一种或多种)的基因的组合的表达水平。在一些实施例中，测定步骤包括测定如上表4所述的基因组合的表达水平。
例如，在一个方面，本发明提供了用于鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织样品)中选自CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种基因(诸如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种上述基因的组合，这些基因包含一种或多种细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因)的表达水平。在此上下文中，在样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中相同的一种或多种基因的免疫评分表达水平)的情况下，将个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。替代性地，在样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中相同的一种或多种基因的免疫评分表达水平)的情况下，将个体鉴定为不太可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在另一方面，本文还提供为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，这些方法包括测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种上述基因的组合，这些基因包含一种或多种细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因)的表达水平，其中在样品中选自CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中相同的一种或多种基因的免疫评分表达水平)的情况下，将个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。替代性地，在样品中选自基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中相同的一种或多种基因的免疫评分表达水平)的情况下，将个体鉴定为不太可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
本文进一步提供了用于确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答的方法，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织样品)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种上述基因的组合，这些基因包含一种或多种细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因)的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)表明，个体可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。替代性地，样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)表明，个体不太可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。
本文进一步提供了用于预测患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的应答性的方法，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种上述基因的组合，这些基因包含一种或多种细胞毒性基因以及一种或多种线粒体基因)的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)表明，个体更可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。替代性地，样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)表明，个体不太可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。
本文进一步提供用于确定患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体将表现出受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的可能性的方法，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)表明，该个体将受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的可能性增加。替代性地，样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)表明，该个体受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的可能性降低。
在前述方法中的任一项中，在施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))之前，可基于根据上述方法中任一项所测定的CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体提供建议。在一些情况下，方法进一步包括提供个体将可能对PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗产生应答或从中受益的建议。在一些情况下，这些方法包括提供为个体选择的疗法包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的建议。
在前述方法中的任一项中，方法可进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。在一些情况下，方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平和(例如，参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)。PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域中已知或本文所述(例如，在下文第III.F部分中)的任何PD-L1轴结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，抗体选自由以下项组成的组：YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗)、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些情况下，抗体包括：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ ID NO:42的HVR-H2序列和SEQ IDNO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。在一些情况下，抗体包含：重链可变区，该重链可变区包含SEQ ID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
在一些情况下，方法进一步包括向个体施用有效量的另外的治疗剂。在一些情况下，另外的治疗剂选自由以下项组成的组：细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂(如本文所述)或它们的组合。
替代性地，在测得个体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相对于参考免疫评分表达水平有所下降的情况下，方法可进一步包括向个体施用有效量的不同于或附加于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法。例如，不同于或附加于PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法可包括细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂(如本文所述)或它们的组合，该抗癌疗法单独施用或附加于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))和/或本文所述的任何附加的治疗剂施用。
(i)基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平升高
来自患有癌症的个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，上述表1-4中任一项中列述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)在所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平之上或高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，可表明该个体更可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平。
例如，在一些情况下，在样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平在参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平的约前第50个百分位数(普遍率水平等于或高于约50％)、约前第45个百分位数(普遍率水平等于或高于约55％)、约前第40个百分位数(普遍率水平等于或高于约60％)、约前第35个百分位数(普遍率水平等于或高于约65％)、约前第30个百分位数(普遍率水平等于或高于约70％)、约前第25个百分位数(普遍率水平等于或高于约75％)、约前第20个百分位数(普遍率水平等于或高于约80％)、约前第15个百分位数(普遍率水平等于或高于约85％)、约前第10个百分位数(普遍率水平等于或高于约90％)、约前第5个百分位数(普遍率水平等于或高于约95％)、或约前第1个百分位数(普遍率水平等于或高于约99％)处的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，在样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平在参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平的约前第50个百分位数至约前第99个百分位数、约前第50个百分位数至约前第95个百分位数、约前第50个百分位数至约前第90个百分位数、约前第50个百分位数至约前第85个百分位数、约前第50个百分位数至约前第80个百分位数、约前第50个百分位数至约前第75个百分位数、约前第50个百分位数至约前第60个百分位数、约前第60个百分位数至约前第99个百分位数、约前第60个百分位数至约前第95个百分位数、约前第60个百分位数至约前第90个百分位数、约前第60个百分位数至约前第85个百分位数、约前第60个百分位数至约前第80个百分位数、约前第60个百分位数至约前第75个百分位数、约前第75个百分位数至约前第99个百分位数、约前第75个百分位数至约前第95个百分位数、约前第75个百分位数至约前第90个百分位数、约前第75个百分位数至约前第85个百分位数、约前第75个百分位数至约前第80个百分位数等处的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平是指通过本领域已知的标准方法(诸如本文所述的那些)测得的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相比于参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的免疫评分表达水平总体升高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在一些情况下，免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平是指样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平升高，其中升高至参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平的至少约1.5倍、1.75倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、25倍、50倍、75倍或100倍。在一些情况下，免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平是指基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相比于参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的免疫评分表达水平的总体升高幅度大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。
在一些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平是指通过本领域已知的标准方法(诸如本文所述的那些)测得的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平相比于所述一种或多种基因的预先指定的免疫评分表达水平总体升高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％或99％或更多。在某些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平是指样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平有所升高，其中升高至所述一种或多种基因的预先指定的免疫评分表达水平的至少约1.5倍、1.75倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、25倍、50倍、75倍或100倍。在一些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平是指所述一种或多种基因的免疫评分表达水平相比于所述一种或多种基因的预先指定的免疫评分表达水平的总体升高幅度大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。
(ii)基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA一种或多种的免疫评分表达水平下降
来自患有癌症的个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，上述表1-4中任一项中列述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)在所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平之下或低于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，可表明该个体不太可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在一些情况下，在样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平在参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平的约后第99个百分位数(普遍率水平等于或低于约99％)、约后第95个百分位数(普遍率水平等于或低于约95％)、约后第90个百分位数(普遍率水平等于或低于约90％)、约后第85个百分位数(普遍率水平等于或低于约85％)、约后第80个百分位数(普遍率水平等于或低于约80％)、约后第75个百分位数(普遍率水平等于或低于约75％)、约后第70个百分位数(普遍率水平等于或低于约70％)、约后第65个百分位数(普遍率水平等于或低于约65％)、约后第60个百分位数(普遍率水平等于或低于约60％)、约后第55个百分位数(普遍率水平等于或低于约55％)、或约后第50个百分位数(普遍率水平等于或低于约50％)处的情况下，将该个体鉴定为不太可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，在样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平在参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平的约后第50个百分位数至约后第99个百分位数、约后第50个百分位数至约后第95个百分位数、约后第50个百分位数至约后第90个百分位数、约后第50个百分位数至约后第85个百分位数、约后第50个百分位数至约后第80个百分位数、约后第50个百分位数至约后第75个百分位数、约后第50个百分位数至约后第60个百分位数、约后第60个百分位数至约后第99个百分位数、约后第60个百分位数至约后第95个百分位数、约后第60个百分位数至约后第90个百分位数、约后第60个百分位数至约后第85个百分位数、约后第60个百分位数至约后第80个百分位数、约后第60个百分位数至约后第75个百分位数、约后第75个百分位数至约后第99个百分位数、约后第75个百分位数至约后第95个百分位数、约后第75个百分位数至约前第90个百分位数、约后第75个百分位数至约后第85个百分位数、约后第75个百分位数至约后第80个百分位数等处的情况下，将该个体鉴定为不太可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平是指通过本领域已知的标准方法(诸如本文所述的那些)测得的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相比于参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的免疫评分表达水平下降约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在某些情况下，免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平是指样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平下降，其中下降至参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平的至少约1.5倍、1.75倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、25倍、50倍、75倍或100倍。在一些情况下，免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平是指基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相比于参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的免疫评分表达水平的下降幅度大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。
在一些情况下，免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平是指通过本领域已知的标准方法(诸如本文所述的那些)测得的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相比于所述一种或多种基因的预先指定的免疫评分表达水平总体下降约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在某些情况下，免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平是指样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平下降，其中相对于所述一种或多种基因的预先指定的免疫评分表达水平下降至少约1.5倍、1.75倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、25倍、50倍、75倍或100倍。在一些情况下，免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平是指基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平相比于所述一种或多种基因的预先指定的免疫评分表达水平的总体下降幅度大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。
(iii)基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的参考免疫评分表达水平
本文所述的参考免疫评分表达水平可基于参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种免疫评分表达水平(例如，上表1-4中任一项中所述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)。在一些情况下，本文所述的参考免疫评分表达水平为参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平，该参考群体包括个体的两个或更多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或五个或更多个)子集。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中参考群体包括患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的至少一个子集。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中参考群体包括患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))并且已被施用一剂或多剂(例如，至少一剂、两剂、三剂、四剂、五剂、六剂、七剂、八剂、九剂或十剂或更多剂)PD-L1轴结合拮抗剂(例如，作为PD-L1轴结合拮抗剂单药治疗或包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的组合疗法的一部分)的个体的至少一个子集。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中参考群体包括患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))并且已接受PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的至少一个子集，其中PD-L1轴结合拮抗剂疗法为单药治疗(例如，PD-L1轴结合拮抗剂单药治疗，其包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体)))。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中参考群体包括患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))并且已接受PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的至少一个子集，其中PD-L1轴结合拮抗剂疗法为组合疗法(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))和另外的治疗剂(例如，抗癌疗法(例如，细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂或它们的组合))的组合疗法)。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中参考群体包括患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))并且已接受非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的至少一个子集，其中非PD-L1轴结合拮抗剂疗法不包括PD-L1轴结合拮抗剂并且包括抗癌疗法(例如，细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂或它们的组合)。
例如，在一些情况下，参考群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体的第一子集，以及已接受非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中非PD-L1轴结合拮抗剂疗法不包括PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性(例如，ORR、PFS或OS)与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集和第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著改善。例如，在一些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性(例如，ORR、PFS或OS)与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的最大差异，最佳区分个体的第一子集和第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性(例如，ORR、PFS或OS)与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集和第二子集中的每一个，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著改善。例如，在一些情况下，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性(例如，ORR、PFS或OS)与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的最大差异，最佳区分个体的第一子集和第二子集中的每一个，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些情况下，最佳区分或明显区分可基于通过分析个体的第一子集和第二子集中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平所测得的危险比(HR)，其中HR小于1，例如，HR为约0.95、约0.9、约0.8、约0.7、约0.6、约0.5、约0.4、约0.3、约0.2、约0.1或更低。例如，在特定情况下，最佳区分或明显区分可基于通过分析个体的第一子集和第二子集中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平所测得的危险比(HR)，其中HR的95％置信区间的上限小于1，例如HR的95％置信区间的上限为约0.95、约0.9、约0.8、约0.7、约0.6、约0.5、约0.4、约0.3、约0.2、约0.1或更低。
附加地替代性地，参考免疫评分表达水平可以是参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中参考群体包括未患癌症的个体(例如，未患NSCLC、UC、RCC或TNBC的个体)或患有癌症并且未接受过治疗的个体的至少一个子集。
(iv)适应症
本文所述的组合物和方法可用于例如确定患有癌症的个体对PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的治疗应答。
在一些情况下，癌症可以是肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
在一些情况下，癌症可以是肺癌。例如，肺癌可以是非小细胞肺癌(NSCLC)，包括但不限于局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发)NSCLC。在一些情况下，肺癌(例如，NSCLC)为不可切除/不可手术的肺癌(例如，NSCLC)。例如，本文所述的方法可用于鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有肺癌(例如，NSCLC)的个体，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织样品)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，上述表1-4中任一项中列述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)，其中在样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，癌症可以是膀胱癌。例如，膀胱癌可以是尿路上皮癌，包括但不限于非肌层浸润性尿路上皮癌、肌层浸润性尿路上皮癌或转移性尿路上皮癌。在一些情况下，尿路上皮癌为转移性尿路上皮癌。例如，本文所述的方法可用于鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有膀胱癌(例如，UC)的个体，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织样品)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中在样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，癌症可以是肾癌。在一些情况下，肾癌可以是肾细胞癌(RCC)，包括I期RCC、II期RCC、III期RCC、IV期RCC或复发性RCC。例如，本文所述的方法可用于鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有肾癌(例如，RCC)的个体，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织样品)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中在样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，癌症可以是乳腺癌。例如，乳腺癌可以是TNBC、雌激素受体阳性乳腺癌、雌激素受体阳性/HER2阴性乳腺癌、HER2阴性乳腺癌、HER2阳性乳腺癌、雌激素受体阴性乳腺癌、孕激素受体阳性乳腺癌或孕激素受体阴性乳腺癌。在一些情况下，乳腺癌可以是TNBC。例如，本文所述的方法可用于鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有乳腺癌(例如，TNBC)的个体，这些方法包括测定来自个体的样品(例如，肿瘤组织样品)中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其中在样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，患有癌症诸如本文所述的癌症的个体既往未治疗过所述癌症(未接受过治疗)。例如，在一些情况下，患有癌症的个体既往未接受过PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗。例如，在一些情况下，在基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的一线治疗的个体。
在一些情况下，患有癌症的个体既往接受过癌症治疗。在一些情况下，患有癌症的个体既往接受过包括非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，抗癌疗法(例如，细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂或它们的组合))的治疗。例如，在一些情况下，在基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的二线治疗的个体。
(v)治疗益处
受益于接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体可以发生例如：延迟或预防癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的发生和/或复发，缓解症状，减轻癌症的任何直接或间接病理后果，预防转移，减缓疾病进展速度，改善或减轻病情，以及缓解或改善预后。在一些情况下，本文所述的治疗用于延迟癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的发展或减缓癌症的进展。在一些情况下，益处可以是总生存期(OS)、无进展生存期(PFS)、完全应答(CR)、部分应答(PR)或它们的组合的增加。
在一些情况下，在基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，上述表1-4中任一项中列述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中益处为OS、PFS、CR、PR或它们的组合相对于不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗有所增加。
在一些情况下，在基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中益处为OS相对于不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗有所增加(例如，增加20％或更多、25％或更多、30％或更多、35％或更多、40％或更多、45％或更多、50％或更多、55％或更多、60％或更多、65％或更多、70％或更多、75％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、95％或更多、96％或更多、97％或更多、98％或更多或99％或更多)。
在一些情况下，在基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)的情况下，将该个体鉴定为能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中益处为PFS相对于不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗有所增加(例如，增加20％或更多、25％或更多、30％或更多、35％或更多、40％或更多、45％或更多、50％或更多、55％或更多、60％或更多、65％或更多、70％或更多、75％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、95％或更多、96％或更多、97％或更多、98％或更多或99％或更多)。
B.表达水平的测定
(i)检测方法
本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种个，诸如基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或所有33种(例如，上表1-4中任一项中所述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的基合))的免疫评分表达水平可基于核酸表达水平，并且优选地基于mRNA表达水平。可基于本领域中已知的任何合适的标准来定性和/或定量测定本文所述的基因的存在和/或表达水平/量，包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数。
在一些情况下，本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的核酸表达水平可通过基于聚合酶链反应(PCR)的测定(例如，定量PCR、实时PCR、定量实时PCR(qRT-PCR)、逆转录酶(RT-PCR)和逆转录酶定量PCR(RT-qPCR))进行测量。用于执行定量PCR测定的平台包括(例如，BIOMARKTM HD系统)。其他基于扩增的方法包括例如转录介导的扩增(TMA)、链置换扩增(SDA)、基于核酸序列的扩增(NASBA)和信号放大方法诸如bDNA。
在一些情况下，本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的核酸表达水平也可通过基于测序的技术诸如RNA-seq、基因表达系列分析(SAGE)、高通量测序技术(例如，大规模并行测序)和Sequenom
技术进行测量。核酸表达水平(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平)也可通过例如NanoString nCounter和高覆盖率表达谱分析(HiCEP)进行测量。用于评估基因和基因产物的状态的其他方案可参见例如Ausubel等人编，1995，CurrentProtocols In Molecular Biology，第2单元(Northern印迹法)、4(Southern印迹法)、15(免疫印迹法)和18(PCR分析)。
用于检测本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的核酸水平的其他方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA(例如靶mRNA)的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品反转录并标记以产生cDNA探针。然后将探针与固定在固体支持物上的核酸阵列杂交。配置该阵列，以便知道该阵列每个部件的顺序和位置。标记的探针与特定阵列部件的杂交表明衍生出该探针的样品表达该基因。
引物和探针可以用可检测的标志物(诸如放射性同位素、荧光化合物、生物发光化合物、化学发光化合物、金属螯合剂或酶)进行标记。此类探针和引物可用于检测所表达的基因(诸如样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的存在。如本领域的技术人员将理解的，可基于本文提供的序列(或在基因组DNA的情况下，基于其相邻序列)制备许多不同的引物和探针，并且有效地用于扩增、克隆和/或确定确定本文所述的基因的存在和/或其表达水平。
用于检测本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的核酸表达水平的其他方法包括电泳、Northern印迹分析和Southern印迹分析、原位杂交(例如，单个或多重核酸原位杂交)、RNAse保护测定和微阵列(例如，IlluminaBEADARRAYTM技术)；用于检测基因表达的微珠阵列(BADGE))。
在一些情况下，本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的免疫评分表达水平可通过多种方法进行分析，这些方法包括但不限于RNA-seq、PCR、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR、多重RT-qPCR、
基因表达测定、微阵列分析、基因表达系列分析(SAGE)、Northern印迹分析、MassARRAY、ISH和全基因组测序或它们的组合。
在另外的情况下，可使用选自由以下项组成的组中的方法检测样品中本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的免疫评分表达水平：RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR、多重RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FACS、蛋白质印迹分析、ELISA、免疫沉淀、免疫组织化学、免疫荧光、放射免疫测定、斑点杂交、免疫检测方法、HPLC、表面等离子共振、光谱法、质谱法、HPLC和ISH或它们的组合。
在一些情况下，使用RT-qPCR检测本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的免疫评分表达水平。例如，在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的三种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的四种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的五种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的六种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的七种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的八种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的九种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的十种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的11种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的12种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的13种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的14种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的15种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的16种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的17种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的18种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的19种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的20种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的21种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的22种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的23种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的24种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的25种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的26种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的27种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的28种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的29种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的30种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的31种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的32种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RT-qPCR基于一种或多种mRNA表达水平来检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的所有33种的免疫评分表达水平。
在一些情况下，使用RNA-seq检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平。例如，在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的三种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的四种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的五种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的六种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的七种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的八种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的九种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的十种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的11种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的12种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的13种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的14种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的15种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的16种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的17种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的18种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的19种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的20种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的21种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的22种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的23种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的24种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的25种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的26种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的27种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的28种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的29种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的30种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的31种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的32种的免疫评分表达水平。在一些情况下，使用RNA-seq基于一种或多种mRNA表达水平检测基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的所有33种的免疫评分表达水平。
(ii)RT-qPCR
在一些情况下，本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如上表1-4中任一项中所述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平))的核酸表达水平可使用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行检测。RT-qPCR技术是PCR的一种形式，其中待扩增的核酸是首先被逆转录成cDNA的RNA，在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。由于RNA不能用作PCR的模板，因此通过PCR进行基因表达谱分析的第一步是将RNA模板逆转录为cDNA，然后在PCR反应中将其扩增。例如，逆转录酶可包括禽类成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMY-RT)或莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)。根据具体情况和表达谱分析的目标，通常使用特异性引物、随机六聚体或oligo-dT引物引发逆转录步骤。例如，可使用GENEAMPTMRNA PCR试剂盒(Perkin Elmer,Calif,USA)，按照制造商的说明对提取的RNA进行逆转录。然后可以利用所得到的cDNA作为后续PCR反应中的模板。
PCR技术的一个变体是实时定量PCR(qRT-PCR)，其通过带有双标记的荧光探针(即
探针)来测量PCR产物积累。定量实时聚合酶链反应技术是指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。在包括Cronin等人，Am.J.Pathol.164(l):35-42(2004)；和Ma等人，Cancer Cell 5:607-616(2004)的各种出版物中已经描述了该技术。实时荧光定量PCR与定量竞争PCR(其中利用每个靶标序列的内部竞争基因进行归一化)和/或与定量比较PCR(其使用样品中包含的归一化基因或管家基因进行PCR)相容。有关进一步细节，参见例如Held等人，Genome Research 6:986-994(1996)。
使用固定、石蜡包埋的组织作为RNA源来分析基因表达的代表性方案的步骤(包括mRNA分离、纯化、引物延伸和扩增)提供于各种已发表的期刊文章中(例如：Godfrey等人，Malec.Diagnostics 2:84-91(2000)；Specht等人，Am.J.Pathol.158:419-29(2001))。简言之，一种代表性方法始于切下石蜡包埋的肿瘤组织样品的一部分(例如10微克的部分)。然后提取RNA，并且去除蛋白质和DNA。对RNA浓度进行分析后，如有必要，可包括RNA修复和/或扩增步骤，并且使用基因特异性启动子逆转录RNA，然后进行PCR。
通过基于扩增的方法(例如，RT-qPCR)所测定的核酸表达水平可以表示为循环阈值(Ct)。根据该值，可使用ΔCt(dCt)法确定每种基因的归一化表达水平，如下所示：Ct(对照基因/参考基因)-Ct(目的基因/靶基因)＝dCt(目的基因/靶基因)。本领域技术人员将理解，获得的dCt值可以是负dCt值，也可以是正dCt值。如本文所定义，更高的dCt值指示目的基因相对于对照基因的表达水平更高。相反，更低的dCt值指示目的基因相对于对照基因的表达水平更低。在已经确定多种基因的表达水平的情况下，然后可使用每种基因的表达水平(例如，以dCt值表示)确定表示多种基因的集合或复合表达水平的单个值(例如，免疫评分表达水平)。免疫评分表达水平可以是测得的每个靶基因/目的基因的dCt值的均值或中位数。因此，在一些情况下，本文所述的免疫评分表达水平可以是测得的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的dCt值的均值或中位数。如本文所定义，更高的平均dCt或dCt中位数值指示多个靶基因相对于对照基因(或多个对照基因)的综合表达水平更高。更低的平均dCt或dCt中位数值指示多个靶基因相对于对照基因(或多个对照基因)的综合表达水平更低。如本文所述，可继而对免疫评分表达水平与本文所进一步定义的参考免疫评分表达水平进行比较。
在一些实施例中，本文所述的核酸表达水平可使用以下方法进行测定，该方法包括：
(a)获得或提供来自个体的样品，其中样品包括肿瘤组织样品(例如，福尔马林固定、石蜡包埋的NSCLC、UC、RCC或TNBC肿瘤组织样品)；
(b)从样品中分离出mRNA；
(c)将mRNA逆转录为cDNA(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)；
(d)使用PCR扩增cDNA(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)；以及
(e)定量分析核酸表达水平(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)。
根据所用的引物或探针不同，可以在单次测定中检测一种或多种基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)。此外，可以跨一个或多个试管(例如，一个、两个、三个、四个、五个或六个或更多个试管)进行测定。
在一些情况下，方法进一步包括(f)将样品中的一种或多种基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的核酸表达水平归一化至一种或多种参考基因(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或更多种参考基因，例如管家基因(例如，TMEM55B))的表达水平。例如，RT-qPCR可用于分析本文所述的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的免疫评分表达水平，以生成反映所分析的基因的归一化平均dCT值的免疫评分表达水平。
(iii)RNA-seq
在一些情况下，本文所述的基因(例如，CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如上表1-4中任一项中所述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合))的核酸表达水平可使用RNA-seq进行检测。RNA-seq也称为全转录组鸟枪法测序(WTSS)，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序和/或定量以便获得有关样品的RNA含量的信息。描述RNA-Seq的出版物包括：Wang等人“RNA-Seq:a revolutionary tool for transcriptomics”Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(2009年1月)；Ryan等人BioTechniques 45(1):81-94(2008)；和Maher等人“Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer”。Nature 458(7234):97-101(2009年1月)。
(iv)样品
本文所述的样品可采集自例如疑似患有或确诊患有癌症并因此可能需要治疗的个体，或采集自非疑似患有癌症或确定未患有癌症但有癌症家族史的健康个体。为评估基因表达，可以在本发明的方法中使用样品，诸如包含细胞或由这些细胞产生的蛋白质或核酸的那些样品。基因的表达水平可通过评估样品(例如，组织样品，例如肿瘤组织样品，诸如活检样品)中标志物的量(例如，绝对数量或浓度)来确定。此外，可评估包含可检出的基因水平的体液或排泄物中的基因水平。用作本发明中的样品的体液或分泌物包括例如血液、尿液、唾液、粪便、胸膜液、淋巴液、痰液、腹水、前列腺液、脑脊髓液(CSF)或任何其他体液或它们的衍生物。“血液”一词旨在包括全血、血浆、血清或血液的任何衍生物。在侵入性采样方法不合适或不方便的情况下，有时可优选评估此类体液或排泄物中的基因。在其他实施例中，优选肿瘤组织样品。
样品可以是冷冻样品、新鲜样品、固定(例如，福尔马林固定)样品、离心和/或包埋(例如，石蜡包埋)样品等。在评估样品中一种或多种标记物的量之前，细胞样品可接受各种众所周知的收集后制备和贮存技术(例如，核酸和/或蛋白质提取、固定、贮存、冷冻、超滤、浓缩、蒸发、离心等)处理。同样，活检样品也可以经过采集后制备和储存技术(例如，固定，诸如福尔马林固定)的处理。
在一些实施例中，样品为血液样品。在另一种情况中，样品用于诊断测定诸如本发明的诊断测定或诊断方法中。在一些情况下，样品获自原发性或转移性肿瘤。通常使用组织活检样品以获得代表性肿瘤组织切片。替代性地，肿瘤细胞可以已知或据认为包含目标肿瘤细胞的组织或体液的形式间接获得。例如，可以通过切除、支气管镜检查、细针穿刺、支气管刷检或痰液、胸膜液或血液获得肺癌病变的样品。可从癌症或肿瘤组织或其他人体样品(诸如尿液、痰液、血清或血浆)中检出基因或基因产物。如上所述的用于检测癌性样品中的靶基因或基因产物的相同技术可应用于其他人体样品。癌细胞可能从癌症病变中脱落，并且出现在此类人体样品中。通过筛查此类人体样品，可以对这些癌症进行简单的早期诊断。此外，通过检测此类人体样品中的靶基因或基因产物，可更容易地监测治疗的进展。
在一些情况下，来自个体的样品为组织样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，样品为组织样品。在一些情况下，样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，在用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))进行治疗之前获得样品。在一些情况下，组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋的(FFPE)样品、存档的样品、新鲜的样品或冷冻的样品。
在一些情况下，来自个体的样品为组织样品。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品(例如，活检组织)。在一些情况下，肿瘤组织样品包括肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肺组织。在一些情况下，组织样品为膀胱组织。在一些情况下，组织样品为肾组织。在一些情况下，组织样品为乳腺组织。在一些情况下，组织样品为皮肤组织。在一些情况下，组织样品为胰腺组织。在一些情况下，组织样品为胃组织。在一些情况下，组织样品为食道组织。在一些情况下，组织样品为间皮组织。在一些情况下，组织样品为甲状腺组织。在一些情况下，组织样品为结直肠组织。在一些情况下，组织样品是头部或颈部组织。在一些情况下，组织样品为骨肉瘤组织。在一些情况下，组织样品为前列腺组织。在一些情况下，组织样品为卵巢组织、HCC(肝)、血液细胞、淋巴结或骨骼/骨髓。
在一些情况下，肿瘤组织样品提取自恶性肿瘤(即癌症)。在一些情况下，癌症为实体瘤或非实体瘤或软组织肿瘤。软组织肿瘤的实例包括白血病(例如，慢性粒细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、成人急性淋巴细胞白血病、急性骨髓性白血病、成熟B细胞急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、多淋巴细胞白血病或毛细胞白血病)或淋巴瘤(例如，非霍奇金淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤或霍奇金氏病)。实体瘤包括血液、骨髓或淋巴系统以外的任何人体组织的癌症。实体瘤可进一步分为上皮细胞源性实体瘤和非上皮细胞源性实体瘤。上皮细胞实体瘤的实例包括胃肠道癌、结肠癌、结直肠癌(例如，基底细胞样结直肠癌)、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、肾癌、肝癌、胰腺癌、卵巢癌(例如，子宫内膜样卵巢癌)、头颈癌、口腔癌、胃癌、十二指肠癌、小肠癌、大肠癌、直肠癌、胆囊癌、唇癌、鼻咽癌、皮肤癌、子宫癌、男性生殖器官癌、泌尿器官癌(例如，尿路上皮癌、发育不良性尿路上皮癌、移行细胞癌)、膀胱癌和皮肤癌。非上皮源性实体瘤包括肉瘤、脑瘤和骨瘤。在一些情况下，癌症为非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些情况下，癌症为二线或三线局部晚期或转移性非小细胞肺癌。在一些情况下，癌症为腺癌。在一些情况下，癌症为鳞状细胞癌。
(v)RNA提取
在检测核酸水平之前，可以从目标样品中分离出mRNA。在一些情况下，mRNA是从肿瘤或肿瘤细胞系或者正常组织或细胞系中分离出的总RNA。可从多种肿瘤组织(包括乳腺、肺、结肠、前列腺、脑、肝、肾、胰腺、胃、胆囊、脾、胸腺、睾丸、卵巢、子宫等)、相应的正常组织或肿瘤细胞系中分离出RNA。如果mRNA的来源为原发性肿瘤，则可从冷冻或存档的石蜡包埋和固定(例如，福尔马林固定)的组织样品中提取mRNA。提取mRNA的一般方法是本领域中所熟知的，并且公开于分子生物学的标准教科书中，这些教科书包括：Ausubel等人，CurrentProtocols of Molecular Biology，John Wiley and Sons(1997)。从石蜡包埋的组织中提取RNA的方法公开于例如以下文献中：Rupp和Locker，Lab Invest.56:A67(1987)；以及DeAndres等人，Bio Techniques 18:42044(1995)。特别地，可使用商业性制造商(例如Qiagen)纯化试剂盒、缓冲液组套和蛋白酶，根据制造商的说明进行RNA分离。例如，可使用Qiagen RNeasy微型柱从培养物中的细胞中提取总RNA。其他可商购获得的RNA分离试剂盒包括
全套DNA和RNA纯化试剂盒(
Madison，Wis.)和石蜡块RNA分离试剂盒(Ambion,Inc.)。例如，可使用RNA Stat-60(TelTest)从组织样品中分离出总RNA。例如，还可利用氯化铯密度梯度离心分离由肿瘤组织样品中制备的RNA。
(vi)免疫评分表达水平
免疫评分表达水平可反映本文所述的一种或多种基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如上述表1-4中任一项中列述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合))的表达水平。在某些情况下，为测定免疫评分表达水平，使用本领域已知的标准归一化方法中的任一者对每种基因的已检出表达水平进行归一化。本领域技术人员将理解，所使用的归一化方法可以取决于所用的基因表达方法(例如，在RT-qPCR方法的情况下，可使用一个或多个管家基因进行归一化，但是在RNA-seq方法的情况下，可使用全基因组或基本上全基因组作为归一化基线)。例如，对于测定的一种或多种基因的量差异、所用样品的质量可变性和/或测定运行之间的可变性，可将每个被测基因的检测表达水平归一化。
在一些情况下，可通过检测特定的一种或多种归一化基因(包括一种或多种参考基因，例如管家基因)的表达来实现归一化。例如，在一些情况下，使用本文所述的方法检测的核酸表达水平(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)可归一化至一种或多种参考基因(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或更多种参考基因，例如管家基因(例如，TMEM55B))的表达水平。替代性地，归一化可基于所有被测基因的平均信号或信号的中位数。基于逐个基因，可以对测得的受试者肿瘤mRNA的归一化量与参考免疫评分表达水平下发现的量进行比较。在特定受试者样品中测得的存在和/或表达水平/量将处于该范围内的某个百分位数处，该百分位数可通过本领域中熟知的方法来测定。
在一些情况下，为测定免疫评分表达水平，检测到的每个被测基因的表达水平均未经归一化。
免疫评分表达水平可反映本文所述的单一基因或多种基因(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的集合或复合表达水平。本领域中已知的任何统计方法均可用于测定免疫评分表达水平。
例如，免疫评分表达水平可反映测定的基因(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的组合的表达水平中位数、表达水平均值或反映集合的Z-评分表达水平的数值。
在一些情况下，免疫评分表达水平反映测定的基因(例如，对于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的组合的归一化表达水平中位数、归一化表达水平均值或反应集合的Z-评分归一化表达水平的数值。
例如，免疫评分表达水平可反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种或更多种的组合中的每种基因的表达水平的平均值(均值)(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种的表达水平的平均值)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种或更多种中的组合中的每种基因的归一化表达水平的平均值(均值)(例如，归一化至参考基因，例如管家基因，例如TMEM55B)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种或更多种中的组合中的每种基因的表达水平的中位数(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种的组合中的每种基因的表达水平的中位数)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种的组合中的每种基因的归一化表达水平的中位数(例如，归一化至参考基因，例如管家基因，例如TMEM55B)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种或更多种的组合中的每种基因的Z-评分(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种的组合中的每种基因的Z-评分)。
(vii)参考免疫评分表达水平
参考免疫评分表达水平可以是通过分析本文所述的参考群体中的任一者所得到值。在一些情况下，参考免疫评分表达水平可以是基于参考免疫评分表达水平选择的“临界”值，该临界值将参考群体划分为不同的子集，例如，对PD-L1轴结合拮抗剂疗法和非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗应答存在显著差异(例如，统计学显著差异)的子集。在此类情况下，可基于无进展生存期(PFS)或总生存期(OS)评估相对治疗应答，例如以危险比(HR)表示(例如，无进展生存期HR(PFS HR)或总生存期HR(OS HR))。
在某些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，上表1-4中任一项中所述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平(即，高于临界值)的显著差异，明显(例如，具有统计学意义)区分参考群体中已接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种或所有33种的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平(即，高于临界值)的基本上最大的差异，基本上最佳区分参考群体中已接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在某些特定情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平(即，高于临界值)的最大差异，最佳区分参考群体中已接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在某些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平(即，低于临界值)的显著差异，明显(例如，具有统计学意义)区分参考群体中已接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平(即，低于临界值)的基本上最大的差异，基本上最佳区分参考群体中已接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在某些特定情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平(即，低于临界值)的最大差异，最佳区分参考群体中已接受PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
参考免疫评分表达水平可根据参考群体中的任意数量的个体和/或任意数量的参考样品(例如，参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织)测定。参考样品可以是单个样品或多个样品的组合。基于参考样品的参考免疫评分表达水平可基于任意数量的参考样品(例如，2个或更多个、5个或更多个、10个或更多个、50个或更多个、100个或更多个、500个或更多个或1000个或更多个参考样品)。在某些情况下，参考样品包括从获自多个个体的样品中提取的合并mRNA样品。此外，基于参考群体或其样品的参考免疫评分表达水平可基于参考群体中任意数量的个体(例如，参考群体中2个或更多个、5个或更多个、10个或更多个、50个或更多个、100个或更多个、500个或更多个或1000个或更多个个体)。可使用本领域已知的任何统计方法，基于参考群体中的多个样品或多个个体，由测量结果确定参考免疫评分表达水平。参见例如：Sokal R.R.和Rholf,F.J.(1995)“Biometry:theprinciples and practice of statistics in biological research”，W.H.Freeman andCo.，New York，N.Y.。
(viii)参考群体
参考免疫评分表达水平可反映一个或多个参考群体(或参考样品)中本文所述的一种或多种基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种(诸如上述表1-4中任一项中列述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合))的一种或多种表达水平，或预先指定的参考值。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平。
在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有肺癌(例如，NSCLC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有肾癌(例如，RCC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有膀胱癌(例如，UC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有乳腺癌(例如，TNBC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为未患癌症的个体群体。
此外，参考群体可包括个体的一个或多个子集(例如，一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个或十个或更多个子集)。
在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体，其中个体群体包括已接受至少一剂(例如，至少一剂、至少两剂、至少三剂、至少四剂、至少五剂、至少六剂、至少七剂、至少八剂、至少九剂或至少十剂或多于十剂)包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的疗法治疗的个体的子集。在一些情况下，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的疗法为单药治疗。在其他情况下，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的疗法为组合治疗，其包括除PD-L1轴结合拮抗剂以外的至少一种另外的治疗剂(例如，抗癌疗法(例如，抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合))。
在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体，其中个体群体包括已接受不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，抗癌疗法(例如，抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合))的疗法治疗的个体群体。
在一些情况下，参考群体包括来自不同子集的个体的组合。例如，在一些情况下，参考群体可以是患有癌症的个体群体，该个体群体包括：(i)已接受包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂疗法)治疗的个体的第一子集；以及(ii)不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗癌疗法(例如，抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合)的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，非PD-L1结合拮抗剂疗法)治疗的个体的第二子集。第一子集中的PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂疗法)可以已作为单药治疗或组合疗法施用。
III.治疗方法
使用本公开的组合物和方法，嵌合抗原受体(CAR)T细胞可基于患者在外周循环中表现出的T细胞受体(TCR)特征进行设计。如以下实例中所进一步详述，现已发现，癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、子宫内膜癌、结肠腺癌、肾细胞癌、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))患者的外周血中存在特异性结合至肿瘤组织并且针对肿瘤组织产生免疫应答的克隆扩增的T细胞。基于这一发现，可分析癌症患者的循环TCR特征，以告知可以包含在CAR T癌症治疗中的CAR设计。
例如，使用本公开的组合物和方法，可从癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))患者采集血液样品，并且随后可以从样品中分离出T细胞。然后，可以测定由T细胞表达的一个或多个TCRα链和β链的氨基酸序列和/或编码这些TCRα链和β链中的一个或多个的核酸序列。使用这些信息，可设计一种包含CAR的CAR T细胞，该CAR包含一个或多个CDR、α链和/或β链，其具有从获自患者的血液样品中鉴定的TCR内相应的CDR、α链和/或β链的氨基酸序列。
CAR T细胞可通过对前体细胞诸如T淋巴细胞进行工程改造以表达对靶抗原诸如肿瘤相关抗原具有特异性的CAR来产生。获自患者的血液样品内表达的TCR的鉴定结果可为CAR的设计和构建提供参考。在结构上，CAR包含天然存在的TCR的胞质和跨膜结构域。胞质和跨膜结构域可操作地结合至胞外抗体片段诸如scFv片段，该片段与特定的抗原肽特异性结合。可利用本文所述或本领域已知的各种基因组编辑技术对T细胞进行基因修饰，以便表达与特定肿瘤抗原特异性结合的抗原受体。用于修饰T细胞基因组以便并入编码嵌合抗原受体的基因的示例性技术包括CRISPR/Cas、锌指核酸酶、TALEN和ARCUSTM平台。用于CAR T淋巴细胞的基因工程方法已描述于例如WO 2014/127261、WO 2014/039523、WO 2014/099671和WO 2012/079000中；这些专利文献中每一者的公开内容以引用方式并入本文。
可以与本文所述的组合物和方法联合使用的CAR T细胞包括经过基因修饰以使得细胞不表达其内源性T细胞受体的那些细胞。例如，可利用基因组编辑技术(诸如本文所述的那些)修饰CAR T细胞，以便抑制内源性T细胞受体的表达，从而防止接受CAR T输注的患者体内产生移植物抗宿主反应。附加地或替代性地，CAR T细胞可经过基因修饰，以便减少一种或多种内源性主要组织相容性复合体(MHC)蛋白质的表达。该技术对于输注同种异体T淋巴细胞特别有用，因为对外源MHC蛋白质的识别代表了一种促进同种异体移植排斥的机制。本领域的技术人员还可修饰T淋巴细胞，以便抑制免疫抑制蛋白的表达，这些免疫抑制蛋白在激活时减弱T细胞活化。输注经过基因修饰以减少一种或多种免疫抑制蛋白表达的CAR T细胞代表了一种可用于延长T淋巴细胞介导的体内细胞毒性的策略。
本文还提供了用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法、药物及其用途，这些方法包括基于已在来自个体的样品中测得的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平(例如，上表1-4中任一项中列述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的表达水平)，向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
例如，在一个方面，本文提供了用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，这些方法包括(a)测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)，以及(b)基于在步骤(a)中测得的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平，向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一方面，本文提供了用于治疗患有癌症的个体的方法，这些方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中在治疗之前，已测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平，并且已测得样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平(例如，参考群体中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可作为一线疗法施用。替代性地，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可作为二线疗法施用。
A.单基因和多基因免疫评分
在特定情况下，本文所述的方法和药物可用于基于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平的测定结果治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体。在一些实施例中，测定基于基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的两种或更多种的组合(诸如基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种或更多种的组合)的免疫评分表达水平。在一些实施例中，测定基于上表1-4中任一项中所述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平。
B.PD-L1轴结合拮抗剂
PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1”、“PDCD1”、“CD279”和“SLEB2”。示例性人PD-1显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116中。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性人PD-L1显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体2”、“PDCD1LG2”、“CD273”、“B7-DC”、“Btdc”和“PDL2”。示例性人PD-L2显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51中。在一些实施例中，PD-1、PD-L1和PD-L2是人PD-1、PD-L1和PD-L2。在一些情况下，PD-1轴结合拮抗剂可以是PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。
(i)PD-L1结合拮抗剂
在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在又一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，抗体选自由以下项组成的组：YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗)、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是选自由Fab、Fab'-SH、Fv、scFv和(Fab')2片段组成的组的抗体片段。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人抗体。在一些情况下，本文所述的抗PD-L1抗体与人PD-L1结合。在一些特定情况下，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS登记号：1422185-06-5)。阿特珠单抗(基因泰克公司)也称为MPDL3280A。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链可变区(HVR-H)，该重链可变区包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，其中：
(a)HVR-H1序列为GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:41)；
(b)HVR-H2序列为AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:42)；并且
(c)HVR-H3序列为RHWPGGFDY(SEQ ID NO:43)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体进一步包含轻链可变区(HVR-L)，该轻链可变区包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列，其中：
(a)HVR-L1序列为RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:44)；
(b)HVR-L2序列为SASFLYS(SEQ ID NO:45)；并且
(c)HVR-L3序列为QQYLYHPAT(SEQ ID NO:46)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列，其中：
(a)重链可变(VH)区序列包含氨基酸序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:47)；并且
(b)轻链可变(VL)区序列包含氨基酸序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:48)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列，其中：
(a)重链包含以下氨基酸序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:49)；并且
(b)轻链包含以下氨基酸序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:50)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含(a)VH结构域，该VH结构域包含与SEQ ID NO:47的序列具有至少95％的序列同一性(例如，至少95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性)的氨基酸序列，或包含SEQ ID NO:47的序列；(b)VL结构域，该VL结构域包含与SEQ IDNO:48的序列具有至少95％的序列同一性(例如，至少95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性)的氨基酸序列，或包含SEQ ID NO:48的序列；或(c)如(a)中所述的VH结构域和如(b)中所述的VL结构域。在其他情况下，抗PD-L1抗体选自由以下项组成的组：YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。抗体YW243.55.S70为PCT公开号WO 2010/077634中所述的抗PD-L1。MDX-1105也称为BMS-936559，为PCT公开号WO 2007/005874中所述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(德瓦鲁单抗)为PCT公开号WO 2011/066389和美国专利公开号2013/034559中所述的抗PD-L1单克隆抗体。可用于本发明的方法中的抗PD-L1抗体及其制备方法描述于PCT公开号WO 2010/077634、WO2007/005874和WO 2011/066389以及美国专利号8,217,149和美国专利公开号2013/034559中，这些专利文献以引用方式并入本文。
(ii)PD-1结合拮抗剂
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在又一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，抗体选自由以下项组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，Fc融合蛋白为AMP-224。
在另一方面，本发明提供了PD-L1轴结合拮抗剂在生产或制备药物中的用途。在一个实施例中，药物用于治疗癌症。在又一实施例中，药物用于治疗癌症的方法中，该方法包括向罹患肾癌(例如，肾细胞癌(RCC)，例如晚期RCC或转移性RCC(mRCC)，例如，既往未接受过治疗的晚期RCC或mRCC)的患者施用有效量的药物。在一个此类实施例中，方法进一步包括向所述个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂，例如如下文所述的治疗剂。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1配体结合配偶体是PD-L1和/或PD-L2。在另一个实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配体结合的分子。在具体方面，PD-L1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一个实施例中，PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-L2结合配体配偶体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)，例如如下文所述。在一些实施例中，抗PD-1抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。MDX-1106也称为MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558或纳武单抗，为WO2006/121168中所述的抗PD-1抗体。MK-3475也称为派姆单抗或Lambrolizumab，为WO 2009/114335中所述的抗PD-1抗体。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224也称为B7-DCIg，为WO 2010/027827和WO2011/066342中所述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些实施例中，抗PD-1抗体为MDX-1106。“MDX-1106”的替代名称包括MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558和纳武单抗。在一些实施例中，抗PD-1抗体是纳武单抗(nivolumab)(CAS登记号：946414-94-4)。在又一个实施例中，提供了一种分离的抗PD-1抗体，该抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:51的重链可变区氨基酸序列；和/或轻链可变区，其包含SEQ ID NO:52的轻链可变区氨基酸序列。
在又一个实施例中，提供了一种分离的抗PD-1抗体，该抗体包含重链和/或轻链序列，其中：
(a)重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ ID NO:51)，并且
(b)轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:52)。
(iii)取代、插入和缺失变体
在某些情况下，在本发明的方法、组合物和/或试剂盒中提供了具有一个或多个氨基酸取代的抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))变体。用于取代突变的目的位点包括HVR和FR。保守性取代显示在下表5的“优选的取代”标题下。更多实质性改变提供于表5的“示例性取代”标题下，并且在下文参考氨基酸侧链类别进行了进一步描述。可以将氨基酸取代引入目的抗体中，并且对产物进行所需活性(例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性，或改善的ADCC或CDC)筛选。
表5：示例性和优选的氨基酸取代
可根据共同的侧链特性将氨基酸分组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳香族：Trp、Tyr、Phe。
非保守性取代将需要用这些类别中的一个的成员交换另一类别。
一种类型的取代变体涉及取代亲本抗体(例如，人源化抗体或人抗体)的一个或多个高变区残基。通常，相对于亲本抗体，选为用于进一步研究的一个或多个所得变体将在某些生物学特性方面(例如，亲和力增加、免疫原性降低)有改变(例如，改善)和/或将基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。示例性取代变体是亲和力成熟抗体，其可例如使用诸如本文所述的那些基于噬菌体展示的亲和力成熟技术方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变并且将变体抗体展示在噬菌体上并针对特定生物活性(例如结合亲和力)进行筛选。
例如，可改变(例如，取代)HVR，以改善抗体亲和力。此类改变可发生于HVR“热点”中，即由体细胞成熟过程中发生高频突变的密码子编码的残基(参见例如：Chowdhury，Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))和/或与抗原接触的残基(检测所得变体VH或VL的结合亲和力)。通过构建以及从二级文库中重新选择以实现亲和力成熟的方法已描述于例如Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology 178:1-37(O'Brien等人编，HumanPress，Totowa，NJ，2001)中。在亲和力成熟的一些实施例中，利用多种方法(例如，易错PCR、链改组或寡核苷酸定点诱变基因)中的任一种将多样性引入选择用于成熟的可变基因中。然后创建一个次级文库。随后对该文库进行筛选以鉴定具有所需亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一种方法涉及HVR定向方法，其中将若干HVR残基(例如，每次4-6个残基)随机化。参与抗原结合的HVR残基可例如使用丙氨酸扫描突变或建模来特异性地鉴定。具体而言，常常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施例中，取代、插入或缺失可发生在一个或多个HVR内，只要此类改变基本上不降低抗体的抗原结合能力即可。例如，可在HVR中进行基本上不降低结合亲和力的保守性改变(例如，如本文提供的保守性取代)。此类改变可以在HVR的抗原接触残基之外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施例中，每个HVR保持不变，或包含不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
可用于鉴定可被靶向诱变的抗体残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085所述。在此方法中，鉴定残基或一组靶残基(例如，带电残基，诸如Arg、Asp、His、Lys和Glu)并用中性或带负电的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可在对初始取代展示功能敏感性的氨基酸位置引入其他取代。替代性地或附加地，利用抗原-抗体复合物的晶体结构鉴定抗体与抗原之间的接触点。可靶向或消除作为取代的候选的此类接触残基和相邻残基。可筛选变体以确定它们是否具备期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基末端融合，以及一个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的示例包括具有N末端甲硫氨酰残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括与增加抗体的血清半衰期的酶(例如，对于ADEPT)或多肽的抗体的N末端或C末端的融合。
(iv)糖基化变体
在一些情况下，抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))变体经过修饰以增加或减少双特异性抗体的糖基化程度。抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可通过改变氨基酸序列，使得产生或去除一个或多个糖基化位点，从而实现便利地添加或去除该抗体的糖基化位点。
在双特异性抗体包含Fc区的情况下，可以改变与其连接的碳水化合物。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含具有支链的双触角寡糖，所述双触角寡糖通常通过N-连接附接于Fc区的CH2结构域的Asn297。参见，例如，Wright等人TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及附接于双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施例中，可以对本发明的抗体中的寡糖进行修饰，以便产生具有某些改善的特性的抗体变体。
在一些情况下，抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))变体的碳水化合物结构缺乏直接或间接附接于Fc区的岩藻糖。例如，此类抗体中岩藻糖的含量可以为1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。岩藻糖的含量通过计算Asn297糖链中岩藻糖相对于通过MALDI-TOF质谱法(如WO 2008/077546中所述)测定的附接于Asn 297的所有糖结构(例如，复杂、杂交和高甘露糖结构)的总和的平均含量来确定。Asn297是指位于Fc区中约297位的天冬酰胺残基(Fc区残基的EU编号)；但是，由于抗体中的序列变化微小，因此Asn297也可以位于位置297的上游或下游大约±3个氨基酸，即，在位置294与300之间。此类岩藻糖基化变体可具有改善的ADCC功能。参见例如美国专利公开号US 2003/0157108(Presta,L.)；US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。有关“去岩藻糖化”或“岩藻糖缺陷型”抗体变体包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO2005/035778；WO 2005/053742；WO 2002/031140；Okazaki等人J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生去岩藻糖化抗体的细胞系的实例包括缺乏蛋白质岩藻糖基化的Lec13 CHO细胞(Ripka等人Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请号US2003/0157108A1，Presta,L；和WO 2004/056312 A1，Adams等人，尤其是在实例11中)，以及敲除基因的细胞系，诸如敲除α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8的CHO细胞(参见例如Yamane-Ohnuki等人Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等人，Biotechnol.Bioeng.，94(4):680-688(2006)；和WO 2003/085107)。
基于上述原因，在一些情况下，本发明的方法涉及在分级剂量递增给药方案的背景下向受试者施用抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))变体，该变体包含去糖基化位点突变。在一些情况下，去糖基化位点突变降低了双特异性抗体的效应子功能。在一些情况下，去糖基化突变是一种取代突变。在一些情况下，双特异性抗体包含在Fc区的取代突变，其降低了效应子功能。在一些情况下，取代突变在氨基酸残基N297、L234、L235和/或D265(EU编号)处。在一些情况下，取代突变选自由以下项组成的组：N297G、N297A、L234A、L235A、D265A和P329G。在一些情况下，取代突变在氨基酸残基N297处。在一个优选实施例中，取代突变为N297A。
在其他情况下，根据本发明的方法使用具有两分型寡糖的双特异性抗体变体，例如，其中附接于抗体的Fc区的双角寡糖被GlcNAc两分。此类抗体变体可具有减少的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例描述于例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等人)、美国专利号6,602,684(Umana等人)和US 2005/0123546(Umana等人)中。还提供了在附接于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可具有改善的CDC功能。此类抗体变体描述于例如WO 1997/30087(Patel等人)；WO 1998/58964(Raju,S.)；以及WO 1999/22764(Raju,S.)中。
(v)Fc区变体
在一些情况下，可根据本发明所述的方法，向患有癌症(例如，前列腺癌，例如CRPC，例如mCRPC或局部受限的不可手术的CRPC)的受试者施用抗PD-L1抗体，例如在双特异性抗体的Fc区引入一个或多个氨基酸修饰的阿特珠单抗(MPDL3280A)变体(即，Fc区变体(参见例如US2012/0251531))。Fc区变体可包含人Fc区序列(例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)，其在一个或多个氨基酸位置上包含氨基酸修饰(例如取代)。
在一些情况下，双特异性Fc区抗体变体具有一些但不是全部效应子功能，这使其成为其中体内抗体的半衰期很重要但不某些效应子功能(诸如补体和ADCC)不需要或有害的应用中的期望的候选物。可实施体外和/或体内细胞毒性测定，以确认CDC和/或ADCC活性的减少/耗竭。例如，可实施Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏FcγR结合(由此可能缺乏ADCC活性)能力但保留FcRn结合能力。用于介导ADCC的原代细胞NK细胞仅表达Fc(RIII，而单核细胞则表达Fc(RI、Fc(RII和Fc(RIII。造血细胞上的FcR表达总结在Ravetch和Kinet，Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页的表3中。用于评估目的分子的ADCC活性的体外测定的非限制性实例描述于美国专利号5,500,362(参见例如Hellstrom,I.等人Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；5,821,337(参见Bruggemann,M.等人，J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。替代性地，可以使用非放射性测定法(参见例如，用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA)；以及
非放射性细胞毒性测定(Promega,Madison,WI)。用于此类测定的有用效应细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和自然杀伤(NK)细胞。替代性地或附加地，可例如在诸如在Clynes等人，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)中公开的动物模型中体内评估目的分子的ADCC活性。还可以进行C1q结合测定，以确认抗体无法结合C1q并因此缺乏CDC活性。参见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为评估补体激活，可以执行CDC测定(参见例如Gazzano-Santoro等人J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg,M.S.等人Blood.101:1045-1052(2003)；以及Cragg,M.S.和M.J.GlennieBlood.103:2738-2743(2004))。FcRn结合和体内清除/半衰期测定也可以使用本领域已知的方法执行(参见例如Petkova,S.B.等人，Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应子功能的抗体包括具有一个或多个Fc区残基238、265、269、270、297、327和329的取代的那些(美国专利号6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在两个或多个第265、269、270、297和327位氨基酸处具有取代的Fc突变体，包括所谓的“DANA”Fc突变体，其残基265和297被取代为丙氨酸(美国专利号7,332,581和8,219,149)。
在某些情况下，抗体中野生型人Fc区的位置329处的脯氨酸被甘氨酸或精氨酸或足够大的氨基酸残基取代，从而破坏在Fc的脯氨酸329与FcgRIII的色氨酸残基Trp 87和Trp 110之间形成的Fc/Fcγ受体界面内的脯氨酸夹层(Sondermann等人Nature.406，267-273(2000))。在某些实施例中，双特异性抗体包含至少一个另外的氨基酸取代。在另一个实施例中，该另外的氨基酸取代为S228P、E233P、L234A、L235A、L235E、N297A、N297D或P331S，并且在又一个实施例中，该至少一个另外的氨基酸取代为人IgG1 Fc区的L234A和L235A或人IgG4 Fc区的S228P和L235E(参见例如US 2012/0251531)，并且在又一个实施例中，该至少一个另外的氨基酸取代为人IgG1 Fc区的L234A和L235A以及P329G。
描述了具有改善的或降低的与FcR的结合的某些抗体变体。(参见例如美国专利号6,737,056；WO 2004/056312；以及Shields等人，J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)
在某些情况下，抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))包含具有改善ADCC的一个或多个氨基酸取代的Fc区，例如在Fc区的位置298、333和/或334处(残基根据EU编号)的取代。
在一些情况下，改变Fc区以使得C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)发生改变(即，改善或减少)，例如美国专利号6,194,551、WO 99/51642和Idusogie等人(J.Immunol.164:4178-4184,2000)所述。
具有延长的半衰期和改善的新生儿Fc受体(FcRn)结合、负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等人，J.Immunol.117:587(1976)；以及Kim等人，J.Immunol.24:249(1994))的抗体描述于US2005/0014934A1(Hinton等人)中。那些抗体包含这样的Fc区，所述Fc区中具有改善Fc区与FcRn的结合的一个或多个取代。此类Fc变体包括在以下Fc区残基中的一处或多处具有取代的Fc变体：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如对Fc区残基434的取代(美国专利号7,371,826)。
有关Fc区变体的其他实例，另外参见：Duncan和Winter，Nature 322:738-40(1988)；美国专利号5,648,260；美国专利号5,624,821；以及WO 94/29351。
(vi)经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施例，可期望产生经半胱氨酸工程化改造的抗PD-L1抗体，例如“thioMAbs”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在特定实施例中，取代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸取代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可用于将抗体与其他部分，诸如药物部分或接头-药物部分缀合，以产生免疫缀合物，如本文进一步所述。在某些实施例中，可用半胱氨酸取代下列残基中的任何一个或多个：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；以及重链Fc区的S400(EU编号)。可如例如美国专利No 7,521,541中所述生成半胱氨酸工程化改造的抗体
(vii)其他抗体衍生物
在一些情况下，抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可经过修饰以包含其他非蛋白部分，这些非蛋白部分是本领域中已知的并且易于获得，并且根据本文所述的方法施用于受试者。适合于抗体衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性示例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇以及它们的混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在制造中可具有优势。聚合物可具有任何分子量，并且可以具有支链或不具有支链。附接至抗体的聚合物的数目可变，并且如果附接了多于一个聚合物，那么它们可以为相同或不同的分子。通常，可基于以下考虑因素测定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体待改善的特定特性或功能、抗体衍生物是否将用于限定条件下的疗法等。
C.施用
用于本文所述的方法、用途、测定和试剂盒中的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或其组合物可配制成用于施用或通过任何合适的方法施用，这些施用方法包括例如：静脉内、肌内、皮下、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鞘内、鼻内、阴道内、直肠内、局部、瘤内、腹腔内、结膜下、囊内、粘膜、心包内、脐内、眼内、眶内、经口、局部、透皮、玻璃体内(例如通过玻璃体内注射)、通过滴眼液、通过吸入、通过注射、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注直接浸浴靶细胞、通过导管、通过灌洗、以乳霜或以脂质组合物。本文所述方法中使用的组合物也可以全身或局部施用。施用方法可以根据多种因素而变化(例如，待施用的化合物或组合物以及待治疗的病状、疾病或病症的严重程度)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))经静脉内、肌内、皮下、局部、经口、透皮、腹膜内、眶内、通过植入、通过吸入、鞘内、心室内或鼻内施用。投配可以通过任何合适的途径进行，例如，通过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种投配时间安排，包括但不限于在各个时间点处的单次或多次施用、推注施用，以及脉冲输注。
PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))与任何另外的治疗剂可以以符合良好医学实践的方式配制、投配和施用。在这种情况下需要考虑的因素包括所治疗的特定疾患、所治疗的特定哺乳动物、个体患者的临床病症、疾患的原因、药剂的递送部位、施用方法、施用的时间安排，以及执业医师已知的其他因素。PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))无需但任选地与目前用于预防或治疗所考虑的病症的一种或多种药物同时配制和/或施用。此类其他药物的有效量取决于制剂中存在的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A)的量、病症或治疗的类型以及上述其他因素。这些通常以与本文所述相同的剂量和施用途径使用，或以本文所述剂量的约1％至99％使用，或以任何剂量且通过经验/临床上确定为合适的任何途径使用。
为预防或治疗癌症(例如，肺癌(NSCLC)、膀胱癌(UC)、肾癌(RCC)或乳腺癌(TNBC))，本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))的适当剂量(当单独使用或与一种或多种附加治疗剂联合使用时)将取决于待治疗疾病的类型、疾病的严重程度和进程、PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A)出于预防目的还是治疗目的施用、既往治疗、患者的临床病史和对PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的应答以及主治医师的酌处权。PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))适当地一次或在一系列治疗中施用于患者。取决于上述因素，一种典型的日剂量的范围可以为约1μg/kg至100mg/kg或更多。对于数天或更长时间的重复施用，取决于病症，治疗通常会持续直至发生所需的疾病症状抑制。此类剂量可以间歇施用，例如每周或每三周施用(例如，使得患者接受约两次至约二十次，或例如约六次剂量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体)))。可施用初始更高负荷剂量，然后施用一种或多种更低剂量。然而，其他剂量方案可能有用。通过常规技术和测定可以容易地监测该治疗的进展。
在一些情况下，有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以在约60mg至约5000mg之间(例如，在约60mg至约4500mg之间、在约60mg至约4000mg之间、在约60mg至约3500mg之间、在约60mg至约3000mg之间、在约60mg至约2500mg之间、在约650mg至约2000mg之间、在约60mg至约1500mg之间、在约100mg至约1500mg之间、在约300mg至约1500mg之间、在约500mg至约1500mg之间、在约700mg至约1500mg之间、在约1000mg至约1500mg之间、在约1000mg至约1400mg之间、在约1100mg至约1300mg之间、在约1150mg至约1250mg之间、在约1175mg至约1225mg之间或在约1190mg至约1210mg之间，例如约1200mg±5mg、约1200±2.5mg、约1200±1.0mg、约1200±0.5mg、约1200±0.2mg或约1200±0.1mg)。在一些情况下，方法包括向个体施用约1200mg(例如，约1200mg或约15mg/kg的固定剂量)的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在一些情况下，施用于个体(例如，人)的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的量可以在0.01mg/kg个体体重至约50mg/kg个体体重的范围内(例如，在约0.01mg/kg至约45mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约40mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约35mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约30mg/kg之间、在约0.1mg/kg至约30mg/kg之间、在约1mg/kg至约30mg/kg之间、在约2mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约25mg/kg之间、在约5mg/kg至约20mg/kg之间、在约10mg/kg至约20mg/kg或在约12mg/kg至约18mg/kg，例如约15mg/kg±2mg/kg、约15mg/kg±1mg/kg、约15mg/kg±0.5mg/kg、约15mg/kg±0.2mg/kg或约15mg/kg±0.1mg/kg)。在一些情况下，方法包括向个体施用约15mg/kg的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))以每三周(q3w)1200mg的剂量经静脉施用于个体(例如，人)。该剂量可以以单次剂量或以多次剂量(例如，2、3、4、5、6、7或多于7剂)的形式施用，诸如输注。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以以四至六剂(例如，每三周一次)单独施用或与本文所述的另外的治疗剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，贝伐珠单抗)和/或化疗药物(例如，卡铂和紫杉醇)联合施用于个体(例如，人)。与单次治疗相比，可减少组合治疗中抗体的剂量。疗法的进展可以通过常规技术容易地监测。在一个情况下，向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(例如，MPDL3280A))作为单药治疗以治疗癌症。在其他情况下，向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(例如，MPDL3280A))作为组合疗法(如本文所述)以治疗癌症。
D.适应症
本文所述的方法和药物可用于通过向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))来治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的患者。例如，癌症可以是肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
在一些情况下，癌症为肺癌。例如，肺癌可以是非小细胞肺癌(NSCLC)，包括但不限于局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发)NSCLC。在一些情况下，肺癌(例如，NSCLC)为不可切除/不可手术的肺癌(例如，NSCLC)。在一些情况下，肺癌为未接受过化疗的肺癌(例如，未接受过化疗的转移性NSCLC(mNSCLC))。在一些情况下，肺癌为非鳞状肺癌(例如，非鳞状mNSCLC)。在一些情况下，肺癌为IV期肺癌(例如，IV期mNSCLC)。在一些情况下，肺癌为复发性肺癌(例如，复发性mNSCLC)。在一些情况下，患有肺癌(例如，NSCLC)的患者具有EGFR或ALK基因组改变。在一些情况下，具有EGFR或ALK基因组改变的肺癌患者在接受一种或多种获批的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)时发生疾病进展/治疗不耐受。
在一些情况下，癌症可以是膀胱癌。例如，膀胱癌可以是尿路上皮癌(UC)，包括但不限于非肌层浸润性尿路上皮癌、肌层浸润性尿路上皮癌或转移性尿路上皮癌。在一些情况下，尿路上皮癌为转移性尿路上皮癌。
在一些情况下，癌症可以是肾癌。例如，肾癌可以是肾细胞癌(RCC)，包括I期RCC、II期RCC、III期RCC、IV期RCC或复发性RCC。
在一些情况下，癌症可以是乳腺癌。在一些情况下，乳腺癌可以是三阴性乳腺癌。例如，乳腺癌可以是三阴性乳腺癌、雌激素受体阳性乳腺癌、雌激素受体阳性/HER2阴性乳腺癌、HER2阴性乳腺癌、HER2阳性乳腺癌、雌激素受体阴性乳腺癌、孕激素受体阳性乳腺癌或孕激素受体阴性乳腺癌。
在一些情况下，患有癌症(例如本文所述的癌症)的个体既往未治疗过所述癌症。例如，患有癌症的个体既往未接受过PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在一些情况下，患有癌症的个体既往接受过癌症治疗。在一些情况下，患有癌症的个体既往接受过包括非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，抗癌疗法(例如，细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂或它们的组合))的治疗。
E.组合疗法
在本文所述的方法中的任一者中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与有效量的一种或多种另外的治疗剂组合施用。合适的另外的治疗剂包括例如抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合。
在一些情况下，方法进一步包括向患者施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。在一些情况下，该另外的治疗剂选自由以下项组成的组：细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂以及它们的组合。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与化疗或化疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与放疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向疗法或靶向治疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与免疫疗法或免疫治疗剂(例如单克隆抗体)联合施用。在一些情况下，另外的治疗剂为靶向活化共刺激分子的激动剂。在一些情况下，另外的治疗剂为靶向抑制性共刺激分子的拮抗剂。
上述此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在相同或单独的制剂中)和单独施用，在单独施用的情况下，本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))的施用可以在施用另外的治疗剂或药剂之前、同时和/或之后进行。在一种情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))的施用和另外的治疗剂的施用彼此在约1个月内或在约1、2或3周内或在约1、2、3、4、5或6天内发生。
不希望受理论的束缚，据认为通过促进活化共刺激分子或抑制负共刺激分子来增强T细胞刺激可促进肿瘤细胞死亡，从而治疗或延缓癌症的发展。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向活化共刺激分子的激动剂联合施用。在一些情况下，活化共刺激分子可包括CD40,CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些情况下，靶向活化共刺激分子的激动剂是与CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127结合的激动剂抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些情况下，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称为CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶。在一些情况下，靶向抑制性共刺激分子的拮抗剂是与CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶结合的拮抗剂抗体。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CTLA-4(也称为CD152)的拮抗剂(例如，阻断性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与伊匹木单抗(也称为MDX-010、MDX-101或
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与tremelimumab(也称为ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向B7-H3(也称为CD276)的拮抗剂(例如，阻断性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与MGA271联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向TGF-β的拮抗剂(例如，metelimumab(也称为CAT-192)、fresolimumab(也称为GC1008)或LY2157299)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞(例如，细胞毒性T细胞或CTL)的过继转移的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与包含T细胞的过继转移的治疗联合施用，该T细胞包含显性负TGFβ受体(例如显性负TGFβII型受体)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与包含HERCREEM方案的治疗联合施用(参见例如ClinicalTrials.gov标识符NCT00889954)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CD137(也称为TNFRSF9、4-1BB或ILA)的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与urelumab(也称为BMS-663513)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CD40的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与CP-870893联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向OX40(也称为CD134)的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与抗OX40抗体(例如，AgonOX)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CD27的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与CDX-1127联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些情况下，IDO拮抗剂为1-甲基-D-色氨酸(也称为1-D-MT)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与抗体药物偶联物联合施用。在一些情况下，抗体药物偶联物包含mertansine或单甲基奥瑞他汀E(MMAE)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与抗NaPi2b抗体-MMAE偶联物(也称为DNIB0600A或RG7599)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与恩美曲妥珠单抗(也称为T-DM1、ado-trastuzumab emtansine或
基因泰克公司)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与DMUC5754A联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向内皮素B受体(EDNBR)的抗体药物偶联物(例如，靶向EDNBR的抗体与MMAE的偶联物)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与抗血管生成剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向VEGF的抗体(例如VEGF-A)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与贝伐珠单抗(也称为
基因泰克公司)联合施用。例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)可以与贝伐珠单抗组合施用。在其他情况下，阿特珠单抗(MPDL3280A)可以与贝伐珠单抗和一种或多种化疗剂(例如，卡铂和/或紫杉醇)组合施用。在某些情况下，阿特珠单抗(MPDL3280A)可以与贝伐珠单抗、卡铂和紫杉醇组合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向血管生成素2(也称为Ang2)的抗体联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与MEDI3617联合施用。
与PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))联合施用于个体(例如，人)的VEGF拮抗剂(例如，贝伐珠单抗)可以在0.01mg/kg个体体重至约50mg/kg个体体重的范围内(例如，在约0.01mg/kg至约45mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约40mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约35mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约30mg/kg之间、在约0.1mg/kg至约30mg/kg之间、在约1mg/kg至约30mg/kg之间、在约2mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约25mg/kg之间、在约5mg/kg至约20mg/kg之间、在约10mg/kg至约20mg/kg或在约12mg/kg至约18mg/kg，例如约15mg/kg±2mg/kg、约15mg/kg±1mg/kg、约15mg/kg±0.5mg/kg、约15mg/kg±0.2mg/kg或约15mg/kg±0.1mg/kg)。例如，在一些情况下，方法包括向个体联合施用约1200mg的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))与约15mg/kg个体体重的VEGF拮抗剂(例如，贝伐珠单抗)。方法可进一步包括施用一种或多种化疗剂，诸如卡铂和/或紫杉醇。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与抗肿瘤剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CSF-1R(也称为M-CSFR或CD115)的药物联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与抗CSF-1R(也称为IMC-CS4)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与干扰素(例如干扰素α或干扰素γ)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与罗扰素-A(也称为重组干扰素α-2a)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与GM-CSF(也称为重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子、rhu GM-CSF、沙格司亭或
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与IL-2(也称为阿地白介素或
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与IL-12联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CD20的抗体联合施用。在一些情况下，靶向CD20的抗体为奥滨尤妥珠单抗(也称为GA101或
)或利妥昔单抗。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向GITR的抗体联合施用。在一些情况下，靶向GITR的抗体为TRX518。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与癌症疫苗联合施用。在一些情况下，癌症疫苗为肽癌症疫苗，其在一些情况下为个性化肽疫苗。在一些情况下，肽癌症疫苗为多价长肽、多肽、肽混合物、杂合肽或肽负载树突状细胞疫苗(参见例如，Yamada等人，Cancer Sci.104:14-21，2013)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与佐剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与包括TLR激动剂(例如，Poly-ICLC(也称为
)、LPS、MPL或CpG ODN)的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与肿瘤坏死因子(TNF)α(TNF-α)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与IL-1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与HMGB1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与ICOS激动剂联合施用，例如通过施用ICOS-L或靶向ICOS的激动性抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与选择素激动剂联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与靶向疗法联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与B-Raf的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与维莫非尼(也称为
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与达拉非尼(也称为
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与厄洛替尼(也称为
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与MEK的抑制剂诸如MEK1(也称为MAP2K1)或MEK2(也称为MAP2K2)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与考比替尼(也称为GDC-0973或XL-518)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与曲美替尼(也称为
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与K-Ras抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与c-Met抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与Onartuzumab(也称为MetMAb)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与Alk抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与AF802(也称为CH5424802或艾乐替尼)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与BKM120联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与Idelalisib(也称为GS-1101或CAL-101)联合施用。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与哌立福新(也称为KRX-0401)联合施用。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与Akt的抑制剂联合施用。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与MK2206联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与GSK690693联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与GDC-0941联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与mTOR抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与西罗莫司(也称为雷帕霉素)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与坦西莫司(也称为CCI-779或
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与依维莫司(也称为RAD001)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与Ridaforolimus(也称为AP-23573、MK-8669或Deforolimus)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与OSI-027联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与AZD8055联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与INK128联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与PI3K/mTOR双重抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与XL765联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与GDC-0980联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与BEZ235(也称为NVP-BEZ235)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与BGT226联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与GSK2126458联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与PF-04691502联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))可以与PF-05212384(也称为PKI-587)联合施用。
(i)临床试验中的组合疗法
PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可与一种或多种另外的治疗剂联合施用于个体，其中在治疗之前或治疗后，个体经过根据本文所述的诊断方法中的任一者的诊断测试并且已被鉴定为可能受益于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体。如下文进一步所述，另外的治疗剂可以是已在包括阿特珠单抗的癌症疗法临床试验中经过试验或正在接受试验。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥滨尤妥珠单抗和Polatuzumab vedotin联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，复发性或难治性滤泡性淋巴瘤或弥漫性大B细胞淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02729896中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
))联合施用，例如在乳腺癌(例如，TNBC)的治疗中，如临床试验NCT02530489中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中(例如，在乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
)和亚叶酸/奥沙利铂/5-氟尿嘧啶(FOLFOX)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
))和卡铂(例如，
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在肺癌(NSCLC)、乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
))联合施用，例如在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中(例如，在肺癌(NSCLC)、乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与培美曲塞(例如，
)和卡铂(例如，
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与依托泊苷(例如，
)和卡铂(例如，
)联合施用(例如，在肺癌(例如，小细胞肺癌(SCLC))的治疗中)，如临床试验NCT02748889中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
)和卡铂(例如，
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在肺癌(NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02716038中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Epacadostat(例如，INCB024360)联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)或膀胱癌(例如，尿路上皮癌)的治疗中)，如临床试验NCT02298153中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与放疗和化疗(例如，卡铂和/或紫杉醇)联合施用，例如在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中，如临床试验NCT02525757中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与维利帕尼联合施用(例如，在乳腺癌(例如，TNBC、BRCA1基因突变、BRCA2基因突变、雌激素受体阴性乳腺癌、Her2/Neu阴性乳腺癌、IIIA期乳腺癌、IIIB期乳腺癌、IIIC期乳腺癌或IV期乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02849496中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与艾乐替尼(也称为
)联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02013219中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与厄洛替尼(也称为
)联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02013219中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与MTIG7192A联合施用(例如，在晚期转移性肿瘤的治疗中)，如临床试验NCT02794571中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与维莫非尼(也称为
)联合施用(例如，在皮肤癌(例如恶性黑素瘤)的治疗中)，如临床试验NCT01656642中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与维莫非尼(也称为
)和考比替尼(也称为
)联合施用(例如，在皮肤癌(例如恶性黑素瘤)的治疗中)，如临床试验NCT01656642中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
基因泰克公司)联合施用(例如，在卵巢癌、输卵管癌或腹膜癌的治疗中)，如临床试验NCT02839707。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，淋巴细胞性淋巴瘤或复发性难治性或慢性淋巴细胞白血病(CLL))的治疗中)，如临床试验NCT02846623。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂和培美曲塞联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02657434中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与顺铂和培美曲塞联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02657434中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Tazemetostat联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，滤泡性淋巴瘤或弥漫性大b细胞淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02220842中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，滤泡性淋巴瘤或弥漫性大b细胞淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02220842中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与来那度胺联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与达雷妥尤单抗联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与达雷妥尤单抗和来那度胺联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与达雷妥尤单抗和泊马度胺联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
基因泰克公司)联合施用(例如，在肾癌(例如，肾细胞癌)的治疗中)，如临床试验NCT02420821中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与立体定向体部放射联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02400814中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Rociletinib联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02630186中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与GDC-0919联合施用(例如，在实体瘤(例如，肾细胞癌(RCC)、尿路上皮癌(UC)、三阴性乳腺癌(TNBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、黑素瘤、头颈鳞状细胞癌(HNSCC)、胃癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌或Merkel细胞癌)的治疗中)，如临床试验NCT02471846中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与二氯化镭-223联合施用(例如，在肺癌、前列腺癌(例如，去势抗性前列腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02814669中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与MOXR0916联合施用(例如，在实体瘤(例如局部晚期或转移性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02410512中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
基因泰克公司)和MOXR0916联合施用(例如，在实体瘤(例如局部晚期或转移性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02410512中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与阿扎胞苷联合施用(例如，在实体瘤(例如，骨髓增生异常综合征)的治疗中)，如临床试验NCT02508870中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体)可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
)联合施用(例如，在乳腺癌(例如，TNBC)的治疗中))，如临床试验NCT02425891中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与来那度胺和奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤的治疗中)，如临床试验NCT02631577中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与依托泊苷(例如，
)和卡铂(例如，
)联合施用(例如，在肺癌(例如，小细胞肺癌(SCLC))的治疗中)，如临床试验NCT02763579中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与伊匹木单抗联合施用(例如，在局部晚期或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02174172中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与干扰素α-2b联合施用(例如，在局部晚期或转移性实体瘤(例如，NSCLC、黑素瘤或RCC)的治疗中)，如临床试验NCT02174172中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与大分割图像引导放疗联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02463994中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CDX-1401联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02495636中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CDX-1401联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02495636中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与曲妥珠单抗和帕妥珠单抗联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与恩美曲妥珠单抗联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与阿霉素和环磷酰胺联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与曲妥珠单抗、帕妥珠单抗和多西他赛联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
)联合施用(例如，在肾癌(例如，晚期非透明细胞肾癌)的治疗中)，如临床试验NCT02724878中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CMB305联合施用(例如，在肉瘤(例如，粘液样/圆形细胞脂肉瘤、滑膜肉瘤、转移性肉瘤、成人复发性软组织肉瘤、局部晚期肉瘤或脂肪肉瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02609984中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与RO7009789联合施用(例如，在实体癌症(例如，局部晚期和转移性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02304393中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡介苗(也称为
)联合施用(例如，在膀胱癌(例如，非肌层浸润性膀胱癌)的治疗中)，如临床试验NCT02792192中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与立体定向身体放疗联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02599454中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂和白蛋白结合型紫杉醇(也称为
联合施用)联合施用(例如，在乳腺癌(例如，乳腺浸润性导管癌)的治疗中)，如临床试验NCT02620280中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂、白蛋白结合型紫杉醇(也称为
)和佐剂化疗(包括AC或EC(阿霉素或表阿霉素和环磷酰胺)或FEC(氟尿嘧啶、表阿霉素和环磷酰胺))联合施用(例如，在乳腺癌(例如，乳腺浸润性导管癌)的治疗中)，如临床试验NCT02620280中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与吉西他滨和卡铂或顺铂联合施用(例如，在尿路上皮癌的治疗中)，如临床试验NCT02807636中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如NSCLC，例如非鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02366143中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗、紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如NSCLC，例如非鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02366143中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Cergutuzumab(也称为RO6895882)联合施用(例如，在局部晚期和/或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02350673中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与苯达莫司汀和奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与苯达莫司汀、环磷酰胺、奥滨尤妥珠单抗、强的松和长春新碱联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与环磷酰胺、阿霉素、奥滨尤妥珠单抗、强的松和长春新碱联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与环磷酰胺、阿霉素、强的松、长春新碱和利妥昔单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与RO6958688联合施用(例如，在局部晚期和/或转移性实体瘤(例如，癌胚抗原(CEA)阳性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02650713中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与乙酰水杨酸联合施用(例如，在卵巢癌(例如，卵巢肿瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02659384中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗联合施用(例如，在卵巢癌(例如，卵巢肿瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02659384中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Vanucizumab(也称为RO5520985)联合施用(例如，在局部晚期和/或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT01688206中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂和白蛋白结合型紫杉醇联合施用(例如，在肺癌(例如，非鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02367781中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
)联合施用(例如，在肾癌(例如，肾细胞癌)的治疗中)，如临床试验NCT01984242中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与考比替尼(也称为GDC-0973)联合施用(例如，在局部晚期或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT01988896中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与RO5509554联合施用(例如，在局部晚期实体瘤(例如，局部晚期和/或转移性三阴性乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌或软组织肉瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02323191中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Varlilumab(伐立鲁单抗)联合施用(例如，在晚期癌症(例如，黑素瘤、RCC、三阴性乳腺癌、膀胱癌、头颈部癌或非小细胞肺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02543645中所用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与考比替尼联合施用(例如，在结直肠癌的治疗中)，如临床试验NCT02788279中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与考比替尼联合施用(例如，在结直肠癌的治疗中)，如临床试验NCT02788279中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
)联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
)、亚叶酸、奥沙利铂和任选地卡培他滨联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与白蛋白结合型紫杉醇和吉西他滨联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥沙利铂、亚叶酸、5-氟尿嘧啶(5-FU)、奥沙利铂和顺铂联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与白蛋白结合型紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如，鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02367794中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如，鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02367794中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CPI-444联合施用(例如，在晚期癌症(例如，非小细胞肺癌、恶性黑素瘤、肾细胞癌、三阴性乳腺癌、微卫星不稳定性结直肠癌(MSI)和膀胱癌)的治疗中)，如临床试验NCT02655822中所述。
IV.药物组合物和制剂
本文所述的药物组合物和制剂可通过将一种或多种活性成分(例如，具有所需纯度的抗PD-L1抗体(MPDL3280A))与一种或多种任选的药用载体(Remington'sPharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编(1980))混合)，制成冻干制剂或水溶液的形式。药用载体在所用的剂量和浓度下对受治疗者一般无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如锌蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文的示例性药用载体进一步包括间质药物分散剂，诸如可溶中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(
Baxter International,Inc.)。某些示例性sHASEGP和使用方法，包括rHuPH20，描述于美国专利公开号2005/0260186和2006/0104968中。在一个方面中，将sHASEGP与一种或多种另外的糖胺聚糖酶(诸如软骨素酶)组合。应当理解，上述药物组合物或制剂中的任一者可包括本文所述的免疫缀合物，该免疫缀合物代替或附加于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
示例性的冻干抗体制剂描述于美国专利号6,267,958中。水性抗体制剂包括在美国专利号6,171,586和WO 2006/044908中描述的那些，后一者中的制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲剂。
本文的组合物和制剂还可含有多于一种对于所治疗的特定适应症是必需的活性成分，优选是具有不会彼此不利地影响的互补活性的活性成分。例如，可以期望进一步提供另外的治疗剂(例如，化疗剂、细胞毒性剂、生长抑制剂和/或抗激素剂，诸如上文所述的那些)。此类活性成分适当地以对预期目的有效的量组合存在。
活性成分可以包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合而制备的微胶囊(例如分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)中；在胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白、微球、微乳液、纳米粒子和纳米胶囊)中；或在粗乳液中。此类技术公开于Remington'sPharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编(1980)。
可以制备缓释制备物。缓释制剂的合适实例包括含有抗体的固态疏水聚合物的半透性基质，这些基质是例如膜或微胶囊等成型制品的形式。待用于体内施用的制剂通常是无菌的。无菌可以通过例如无菌过滤膜过滤而容易地实现。
本公开另外提供了包含CAR T细胞的药物组合物，诸如经过工程化改造以表达具有在获自患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、子宫内膜癌、结肠腺癌、肾细胞癌、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的患者的外周血样品中鉴定出的TCR的一个或多个CDR、α链和/或β链的氨基酸序列的CAR的CAR T细胞。组合物可包括例如约1×103个CAR T细胞至约1×1012个CAR T细胞(例如，约2×103个CAR T细胞至约9×1011个CAR T细胞、约3×103个CAR T细胞至约8×1011个CAR T细胞、约4×103个CAR T细胞至约7×1011个CAR T细胞、约5×103个CAR T细胞至约6×1011个CAR T细胞、约6×103个CAR T细胞至约4×1011个CAR T细胞、约7×103个CAR T细胞至约3×1011个CAR T细胞、约8×103个CAR T细胞至约2×1011个CAR T细胞、约9×103个CAR T细胞至约1×1011个CAR T细胞、约1×104个CAR T细胞至约9×1010个CAR T细胞、约2×104个CAR T细胞至约8×1010个CAR T细胞、约3×104个CAR T细胞至约7×1010个CAR T细胞、约4×104个CAR T细胞至约6×1010个CAR T细胞、约5×104个CAR T细胞至约5×1010个CAR T细胞、约6×104个CAR T细胞至约4×1010个CAR T细胞、约7×104个CAR T细胞至约3×1010个CAR T细胞、约8×104个CAR T细胞至约2×1010个CAR T细胞、约9×104个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞或约1×105个CAR T细胞至约9×109个CAR T细胞，诸如约1×103个CAR T细胞、2×103个CAR T细胞、3×103个CAR T细胞、4×103个CAR T细胞、5×103个CAR T细胞、6×103个CAR T细胞、7×103个CAR T细胞、8×103个CAR T细胞、9×103个CAR T细胞、1×104个CAR T细胞、2×104个CAR T细胞、3×104个CAR T细胞、4×104个CAR T细胞、5×104个CAR T细胞、6×104个CAR T细胞、7×104个CAR T细胞、8×104个CAR T细胞、9×104个CAR T细胞、1×105个CAR T细胞、2×105个CAR T细胞、3×105个CAR T细胞、4×105个CAR T细胞、5×105个CAR T细胞、6×105个CAR T细胞、7×105个CAR T细胞、8×105个CAR T细胞、9×105个CAR T细胞、1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞、2×109个CAR T细胞、3×109个CAR T细胞、4×109个CAR T细胞、5×109个CAR T细胞、6×109个CAR T细胞、7×109个CAR T细胞、8×109个CAR T细胞、9×109个CAR T细胞、1×1010个CAR T细胞、2×1010个CAR T细胞、3×1010个CAR T细胞、4×1010个CAR T细胞、5×1010个CAR T细胞、6×1010个CAR T细胞、7×1010个CAR T细胞、8×1010个CAR T细胞、9×1010个CAR T细胞、1×1011个CAR T细胞、2×1011个CAR T细胞、3×1011个CAR T细胞、4×1011个CAR T细胞、5×1011个CAR T细胞、6×1011个CAR T细胞、7×1011个CAR T细胞、8×1011个CAR T细胞、9×1011个CART细胞或×1012个CAR T细胞或更多)。
在一些实施例中，组合物包括约1×104个CAR T细胞至约1×1011个CAR T细胞(例如，约1×104个CAR T细胞至约9×1010个CAR T细胞、约2×104个CAR T细胞至约8×1010个CAR T细胞、约3×104个CAR T细胞至约7×1010个CAR T细胞、约4×104个CAR T细胞至约6×1010个CAR T细胞、约5×104个CAR T细胞至约5×1010个CAR T细胞、约6×104个CAR T细胞至约4×1010个CAR T细胞、约7×104个CAR T细胞至约3×1010个CAR T细胞、约8×104个CAR T细胞至约2×1010个CAR T细胞、约9×104个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞或约1×105个CAR T细胞至约9×109个CAR T细胞，诸如约1×104个CAR T细胞、2×104个CAR T细胞、3×104个CAR T细胞、4×104个CAR T细胞、5×104个CAR T细胞、6×104个CAR T细胞、7×104个CAR T细胞、8×104个CAR T细胞、9×104个CAR T细胞、1×105个CAR T细胞、2×105个CAR T细胞、3×105个CAR T细胞、4×105个CAR T细胞、5×105个CAR T细胞、6×105个CAR T细胞、7×105个CAR T细胞、8×105个CAR T细胞、9×105个CAR T细胞、1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞、2×109个CAR T细胞、3×109个CAR T细胞、4×109个CAR T细胞、5×109个CAR T细胞、6×109个CAR T细胞、7×109个CAR T细胞、8×109个CAR T细胞、9×109个CAR T细胞、1×1010个CAR T细胞、2×1010个CAR T细胞、3×1010个CAR T细胞、4×1010个CAR T细胞、5×1010个CAR T细胞、6×1010个CAR T细胞、7×1010个CAR T细胞、8×1010个CAR T细胞、9×1010个CAR T细胞或1×1011个CAR T细胞或更多)。
在一些实施例中，组合物包括约1×105个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞(例如，约1×105个CAR T细胞至约9×109个CAR T细胞，诸如约1×105个CAR T细胞、2×105个CAR T细胞、3×105个CAR T细胞、4×105个CAR T细胞、5×105个CAR T细胞、6×105个CAR T细胞、7×105个CAR T细胞、8×105个CAR T细胞、9×105个CAR T细胞、1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞、2×109个CAR T细胞、3×109个CAR T细胞、4×109个CAR T细胞、5×109个CAR T细胞、6×109个CAR T细胞、7×109个CAR T细胞、8×109个CAR T细胞、9×109个CAR T细胞或1×1010个CAR T细胞或更多)。
在一些实施例中，组合物包括约1×106个CAR T细胞至约1×109个CAR T细胞(例如，约1×106个CAR T细胞、2×106个CAR T细胞、3×106个CAR T细胞、4×106个CAR T细胞、5×106个CAR T细胞、6×106个CAR T细胞、7×106个CAR T细胞、8×106个CAR T细胞、9×106个CAR T细胞、1×107个CAR T细胞、2×107个CAR T细胞、3×107个CAR T细胞、4×107个CAR T细胞、5×107个CAR T细胞、6×107个CAR T细胞、7×107个CAR T细胞、8×107个CAR T细胞、9×107个CAR T细胞、1×108个CAR T细胞、2×108个CAR T细胞、3×108个CAR T细胞、4×108个CAR T细胞、5×108个CAR T细胞、6×108个CAR T细胞、7×108个CAR T细胞、8×108个CAR T细胞、9×108个CAR T细胞、1×109个CAR T细胞或更多)。
V.制品和试剂盒
在本公开的另一方面，提供了包含用于治疗、预防和/或诊断个体的材料的制品或试剂盒。
在一些情况下，此类制品或试剂盒可用于鉴定能受益于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体。此类制品或试剂盒可包括(a)用于测定来自个体的样品中基因中的一种或多种的免疫评分表达水平的试剂，以及(b)关于使用这些试剂鉴定能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的说明。
例如，在一些情况下，制品或试剂盒包括(a)用于测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平(例如，上述表1-4中任一项中列述的基因的组合和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的免疫评分表达水平)的试剂，以及(b)关于使用这些试剂鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的说明。
在一些情况下，此类制品或试剂盒包括用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))。在一些情况下，制品或试剂盒包括(a)PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))；以及(b)包装插页，该包装插页包括向患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))的说明，其中在治疗之前，已测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的免疫评分表达水平，并且样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平高于参考免疫评分表达水平。
所述制品或试剂盒中的任一者可进一步包含划分出区室以将一个或多个容器机构(诸如小瓶、管等)接纳在严格限定空间内的载体机构，其中容器机构中的每个包括待用于该方法中的独立元件中的一个。在制品或试剂盒利用核酸杂交检测靶核酸的情况下，试剂盒还可以具有包含用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或包含报告分子诸如酶促、荧光或放射性同位素标记的容器。
在一些情况下，制品或试剂盒包括上述容器和一个或多个其他容器，该一个或多个其他容器包括从商业和用户角度考虑所需的材料，包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针头、注射器和带有使用说明的包装插页。标签可存在于容器上以指示将组合物用于具体应用，并且也可指示体内或体外使用的指南，诸如上文所述的那些。例如，制品或试剂盒可进一步可包括容器，该容器包括药用缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和葡萄糖溶液。
本文所述的制品或试剂盒可具有许多实施例。在一种情况下，制品或试剂盒包括容器、容器上的标签以及包含在容器内的组合物，其中组合物包括在严格条件下与本文所列基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的互补序列杂交的一种或多种多核苷酸，并且容器上的标签指示该组合物可用于评估样品中本文所列的基因(例如，基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种)的存在，其中试剂盒包括使用所述一种或多种多核苷酸评估特定样品类型中基因RNA或DNA的存在的说明。
对于基于寡核苷酸的制品或试剂盒，该制品或试剂盒可包括，例如：(1)寡核苷酸，例如，可检测地标记的寡核苷酸，其与编码蛋白质的核酸序列杂交，或(2)一对可用于扩增核酸分子的引物。制品或试剂盒还可以包括例如缓冲剂、防腐剂或蛋白质稳定剂。制品或试剂盒可进一步包括用于检测可检测标记(例如，酶或底物)所需的组分。制品或试剂盒还可包含对照样品或一系列可以测定并与测试样品比较的对照样品。制品或试剂盒的每个组分都可以封装在一个单独的容器中，并且全部的各种容器以及用于解释使用该试剂盒执行的测定结果的说明都可以在单独的包装中。
VI.实例
以下是本发明的方法的实例。应当理解，在给出以上提供的一般描述的情况下，可以实践各种其他实施例。
实例1.肿瘤微环境和癌旁正常组织中的T细胞扩增模式与不同基因表达模式的相关性
T细胞遇到其同源抗原后，可发生克隆扩增，以产生具有共享的T细胞受体(TCR)的多个细胞拷贝。尽管克隆扩增在癌症免疫中起到基础性作用，但人们对癌症患者中T细胞亚群或抗肿瘤应答的关系知之甚少。本实例描述了对来自原发性非小细胞肺癌和匹配的癌旁正常组织(NAT)的单个CD3+T细胞中的TCR和RNA进行测序的实验。由这些研究获得的数据表明，尽管大多数克隆型均由单个细胞代表，但是剩余克隆谱系仅在NAT或肿瘤中表现出扩增，或在两个区室中表现出双重驻留扩增。活化CD4+T细胞表现出NAT扩增；驻留记忆性T细胞表现出肿瘤扩增；细胞毒性T淋巴细胞表现出双重扩增；自然杀伤T细胞和效应记忆性T细胞表现出双重扩增，NAT中的克隆计数大于肿瘤组织中的克隆计数。例如，基于大量细胞计数观察，双驻留T细胞克隆表现出从血液中浸润的证据。一部分细胞毒性T细胞似乎对已知的病毒抗原具有特异性。如实例2中所进一步详述，由这些实验获得的数据表明，CTL和双驻留克隆与肺癌和膀胱癌中抗PD-L1抗体免疫疗法的临床应答密切相关，表明它们作为总体抗肿瘤免疫应答指标的效用。
T细胞克隆基于克隆计数以及在肿瘤或癌旁正常组织中的存在而表现出不同的驻留模式
在这些实验中，对获自三例未接受过治疗的NSCLC患者(在此将患者1鉴定为患有腺癌；患者2和3鉴定为患有鳞状细胞肺癌)的新鲜外科手术样品中的48,701个CD3+T细胞中的1.49亿个转录本进行了分析，得到18,194种不同的T细胞克隆型，每种代表不同的遗传谱系(图1A)。利用TCR测序数据对具有共同克隆型的T细胞进行分组，并且测量每种克隆型的扩增程度。尽管患者之间很少共享单个克隆型，但是观察到，来自给定患者的许多克隆型同时驻留于肿瘤和相应的NAT中。在所有三例患者中均发现了这些双驻留克隆，它们占多重克隆(细胞多于一个的克隆)的很大一部分(图1B)。否则，观察到克隆为单例(仅具有一个细胞)，或者肿瘤或NAT区室所独有的具有不同克隆扩增程度的多重态(图1C)。单个细胞TCR数据的可用性有助于将每个克隆的属性分配至其组成细胞，从而揭示原本可能是潜在的细胞之间的差异。例如，克隆型分析表明，每例患者中属于双驻留克隆的T细胞构成T细胞的很大一部分(24-44％)(图1D)。
克隆驻留模式与不同的T细胞亚型相关
为进一步考察这些克隆驻留模式，使用t-SNE算法(van der Maaten,L.和Hinton,G.J Machine Learning Research 9,2579–2605,2008)，基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)的基因表达谱，将来自所有6个样品的T细胞组织成二维图。应用典型相关分析以消除批次效应，使归一化基因表达谱平均分布于三例患者中(Butler,A.等人Nature Biotechnology36,411–420,2018)。除一个聚类(以下称为4.1c-Trm)外，所有其他聚类的患者的贡献均相似。根据细胞的克隆驻留模式，在t-SNE图中观察到细胞之间存在明显区别，肿瘤与NAT单例之间发生明显的重叠，但是图的不同区域被肿瘤多重态、NAT多重态和双驻留克隆所占据(图2A)。由于t-SNE图上的不同区域表示基因表达的差异，因此推断出每种克隆驻留模式都可能与特定的T细胞亚型相关。为探索这种关联，将无监督聚类分析应用于基因表达数据，并且通过特征标记的表达来鉴定所得的T细胞聚类(图2B)。
为考察能否改进该聚类，将二次无监督聚类迭代应用于各个初始聚类。单细胞TCR数据的可用性为基于发育上不同的T细胞亚型而非基因表达差异(可能来自其他因素，诸如细胞环境)来鉴定子聚类提供了可能性。将每个克隆的细胞集合分配给任一子聚类，而不是按比例分配给两个子聚类时，可清楚地观察到对应于不同克隆谱系的子聚类。本研究中使用的大型数据集，其细胞数量是之前的肿瘤浸润T淋巴细胞单细胞RNA-seq研究的8倍(Savas,P.等人Nat.Med.13,228(2018)；和Guo,X.等人Nat.Med.24,978(2018))，整合了现有分类，并且以更详细和更细的粒度表征了T细胞亚群。
如图2C所示，该分析揭示了11个主要的T细胞聚类，它们可基于CD8A表达(3个聚类)、CD4表达(5个聚类)以及CD8+和CD4+细胞的混合物(3个聚类)进行区分。一般而言，CD8+T细胞分为表达溶细胞基因的细胞(聚类8.1，在本文中也称为“Tcyt”)、效应记忆(Tem)细胞(聚类8.2)以及标志基因ITGAE、HAVCR2、GZMA、GZMB和ALOX5AP表达水平高的驻留记忆(Trm)细胞(聚类8.3)。CD4+细胞还包含：Trm(聚类4.1)；以及表达CD40LG(CD154,CD40L)而非CCR7(CD197)的活化T细胞群(聚类4.2)；调节性T细胞(Treg，聚类4.3)；和还表现出热休克蛋白(聚类4.4)或核糖体蛋白(聚类4.5)升高的CCR7+T细胞。在包含来自CD8+和CD4+谱系的细胞的聚类中，一个聚类(聚类3.1)对应于自然杀伤样T(NKT)细胞，一个聚类(聚类3.2)表达指示活跃的有丝分裂的基因，一个聚类(聚类3.3)主要表达线粒体基因以及高水平的MALAT1(其被缺氧上调)(Kolling,M.等人Scientific Reports 8,3438(2018))。特别地，将一个CD4+细胞聚类(聚类4.1b)鉴定为表现出CXCL13(BLC,BCA-1)和IL21的高表达，与最近描述的肿瘤浸润性滤泡辅助T(Tfh)细胞相似，这些细胞也已在小鼠中被描述为Foxp3阴性、PD-1高抑制性CD4+T细胞(Zappasodi,R.等人Cancer Cell 33,1017-1032,2018)。这些细胞可促进三级淋巴结构(TLS)的形成(Gu-Trantien,C.等人JCI Insight 2,e91487(2017))，这些结构可在组织内局部提供结构化和协调性的免疫应答(Dieu-Nosjean,M-C.等人Trends inImmunology 35,571–580,2014)，并且可以作为克隆扩增的位点(Thompson,E.D.等人J ExpMed 207,1791–1804,2010)。此外，将两个驻留记忆性T细胞聚类(聚类8.3c和4.1c)鉴定为存在重叠表达且表达水平相当高的趋化因子CXCL13和CCL20(MIP3A)、TNFR超家族成员TNFRSF9(CD137,4-1BB)以及促炎性细胞因子IL17A(已知其同样促进TLS的形成)(Grogan,J.L.和Ouyang W.Eur J Immunol 42,2255–2262(2012))。这些细胞也表达高水平的PDCD1(PD-1)，并因此可以与CD8+CXCL13+PD-1+T细胞细胞匹配，最近发现这些细胞位于NSCLC中靠近Tfh细胞的肿瘤内和肿瘤周围TLS中(Thommen,D.S.Nat.Med.24,994–1004,2018)。最后，子聚类分析表明存在调节性T细胞的两种亚型，与其他研究人员的类似发现一致(Guo,X.等人Nat.Med.24,978(2018))。这些亚型之一(聚类4.3b)表现出更高的IL2RA、IL1R2、TNFRSF18和TNFRSF4的表达，表明这些细胞可以具有更高的活化程度。
通过匹配图2A中的克隆驻留模式与图2C中的T细胞亚群，确定T细胞亚群在肿瘤、NAT和两种组织中包含明显不同群体的单例和多重态(图2D和2E)。肿瘤驻留多重态占CD8+和CD4+Trm的主要部分，而双驻留克隆的细胞则在Tcyt、CD8+Tem和NKT细胞中很常见。单例是CD4+细胞亚型的最主要的组成部分，但上述CD4+Trm和4.2-活化聚类除外，这两个聚类包括大量的NAT驻留多重态。CD4+单例的高普遍率可以表示：(i)在肿瘤抗原的存在下，T细胞尚未得到充分刺激；(ii)克隆扩增的初始阶段；或(iii)驻留于不利于扩增的应激区域，诸如缺氧或营养缺乏(de Silly，R.V.,Dietrich,P-Y.和Walker,P.R.Oncoimmunology 5，e1232236，2016；以及Chang,C-H.和Pearce,E.L.Nat.Immunol.17，364–368，2016)。
T细胞亚型表现出不同的克隆扩增行为
通过将每种克隆型分配至其最常见的T细胞亚型，获得克隆扩增的定量视图。该视图根据全局单细胞测量描绘出每种T细胞亚型的克隆驻留模式的范围，揭示出若干不同的克隆扩增行为(图3A和3B)。CD8+Trm和CD4+Trm的大多数克隆在肿瘤区室中均表现出扩增，而聚类8.3a-Trm的一些克隆则在NAT中表现出扩增。活化CD4+T细胞的克隆仅在NAT区室中发生扩增。高比例的包含Tcyt的克隆在肿瘤和NAT中表现出双重扩增，而CD8+Tem和NKT克隆表现出的扩增程度在NAT中则高于肿瘤组织。
有关以NAT为主的克隆细胞的存在，存在若干可能的解释。一种可能是这些克隆的T细胞被排除在肿瘤区室之外(Joyce,J.A.和Fearon,D.T.Science 348,74–80,2015)，其是由于存在抑制其肿瘤内迁移或增殖的条件，或者由于肿瘤微环境不利于其存活。另一种可能是，CD8+Tem和NKT细胞对相比于肿瘤在NAT中更普遍的抗原或趋化因子产生应答(Ohri,C.M.等人BMC Cancer 10,172,2010)。
双驻留和肿瘤驻留克隆表现出不同的抗原特异性
双驻留克隆的高普遍率带来了这些T细胞是对肿瘤抗原还是对非肿瘤抗原产生应答的问题。尽管迄今为止仅研究了少数几种肿瘤反应性TCR(Parkhurst,M.等人ClinCancer Res 23,2491–2505,2017)，但VDJdb数据库(Shugay,M.等人Nucleic Acids Res46,D419–D427(2018))中包含许多对常见病毒抗原具有特异性的CDR3序列。尽管在TCR表位关联的新兴领域的报道有限，但是已确定在本实例中研究的患者的TCR的CDR3氨基酸序列的一部分与已知对常见病毒抗原(巨细胞病毒、爱泼斯坦-巴尔病毒和甲型流感流感)反应的TCR匹配，Tcyt匹配率为8.7％，明显高于其他T细胞亚群(卡方检验P<2.2e-16)(图4A)。据观察，数据库中包含的少数病毒表位被CDR3氨基酸序列的多样化库所识别，与之前有关单个病毒表位的TCR库的多样性的报道相一致(Wang,G.C.等人Sci Transl Med4，128ra42，2012；和Klinger,M.PLoS ONE 10，e0141561，2015)。大多数病毒反应性克隆为单例，代表了对既往或持续的低级别病毒暴露的基线反应(Deliyannis,G.等人J Virol 76,4212–4221,2002)。
为确认这些结果，使用来自癌症基因组图谱(TCGA)的29种癌症类型的9,142个大量RNA-seq样品组装的716,720个TCR序列进行进行类似的分析(Li,B.等人Nat.Genet.48,725–732,2016)。尽管TCGA全转录组测序和TCR组装的组合尚不足以鉴定个体之间共享的肿瘤反应性抗原，但是据推测，患有不同类型的癌症的三例或更多例个体之间共有的CDR3氨基酸序列很可能对病毒抗原而不是肿瘤抗原具有反应性。使用TCGA衍生的CDR3序列实施的当前分析(图4B)与使用VDJdb实施的分析结果非常相似，表明Tcyt具有与推断的病毒反应性TCR相匹配的最大比例的细胞(卡方检验P<2.2e-16)，并且大部分匹配克隆均为单例。
需要注意的是，已知与病毒抗原发生反应的TCR可能与肿瘤抗原发生交叉反应(Birnbaum,M.E.等人Cell 157,1073-1087,2014)，由这些实验中获得的数据表明，主要由Tcyt组成的许多双驻留克隆抗原可能与非肿瘤抗原发生反应。Tcyt是许多缺乏ENTPD1(CD39)表达的T细胞之一，最近报道的低表达表明它们代表对非肿瘤抗原具有特异性的“旁观者”T细胞(Simoni,Y.等人Nature 557,575–579(2018))。在获得完整的肿瘤特异性TCR数据库后，才可能推断当前数据集中的肿瘤驻留克隆更可能具有肿瘤反应性。但是，相关证据表明，表达PD-1的细胞(例如，肿瘤驻留Trm)具有丰富的肿瘤反应性(Gros,A.等人J.Clin.Invest.124,2246-2259,2014)，并且该肿瘤反应性与高水平的克隆扩增相关(Pasetto,A.等人Cancer Immunol Res 4,734–743,2016)。在研究克隆扩增与抗原特异性之间的关系时，确定当前t-SNE图(图2E)中的亚聚类8.3a在肿瘤区室中表现出克隆扩增的梯度。进一步分析显示，高扩增CD8+Trm克隆的ENTPD1表达升高，而扩增程度更低的克隆则表达更高水平的IFNG以及干扰素诱导跨膜蛋白IFITM1、IFITM2和IFITM3(它们参与病毒感染的控制)(Diamond,M.S和Farzan,M.Nat Rev Immunol 13,46–57(2013))。
TIL的扩增和迁移模式，包括对非肿瘤抗原产生应答的T细胞，带来一个悬而未决的问题(Mueller,S.N.等人Ann Rev Immunol 31，137–161，2013；以及Masopust,D.和Schenkel,J.M.Nat Rev Immunol 13，309–320，2013)，即它们在周围产生(例如，在引流淋巴结中)并且浸润到肿瘤部位还是在肿瘤内或TLS中局部扩增。为探讨这一问题，将本分析框架应用于最近的一项研究(Guo,X.等人Nat.Med.24,978(2018))，该研究在来自同一患者的肿瘤和NAT以外还包含对外周血细胞进行TCR测序。通过分析该数据集，鉴定出几乎完全由NKT亚型组成的克隆。这些克隆在肿瘤、NAT和外周血中扩增了三倍，表明这些克隆已经从血液浸润到肿瘤中，或者从肿瘤浸润到血液中，或两者都有。相比之下，在外周血中通常未发现肿瘤驻留克隆，与其他研究一致(Schenkel,J.M.和Masopust,D.Immunity 41,P886–897,2014)，表明它们的扩增可能作为肿瘤抗原特异性刺激的结果而发生于局部。
通过单细胞大量细胞计数法(CyTOF)实施的蛋白质表达分析概括了T细胞亚型和驻留性
为补充基于scRNA-seq的T细胞亚型分析，使用飞行时间大量细胞计数法t(CyTOF)对六例NSCLC患者体内33种蛋白质的表达进行了定量：其中三例患有鳞状细胞肺癌，三例患有肺腺癌。通过应用与本实例中所述的scRNA-seq研究相同的计算流程，获得了一组相似的T细胞聚类。根据按比例的基因和蛋白质表达与特征性标记蛋白质之间的相关性，鉴定出相应的聚类。
CyTOF数据集中外周血样品的可用性允许比较肿瘤、NAT和血液中的细胞群频率。肿瘤区室中CD4+和CD8+Trm的比例均高于其他区室，而外周血则表现出最高比例的CD4+天然T细胞。在所有三个区室中均发现对应于8.1-Tcyt的细胞，这些细胞在肿瘤和NAT中的比例高于外周血中的比例，同时发现对应于Tem和NKT细胞的细胞在NAT和外周血中的比例高于肿瘤区室，与在scRNA-seq数据中观察到的以NAT为主的克隆模式相一致。这些数据进一步支持本文所述的由scRNA-seq得出的推论，特别是肿瘤驻留T细胞克隆在局部扩增，并且双驻留克隆可能从血液中浸润。
高扩增克隆包含T细胞亚型的均匀混合物
为进一步理解克隆谱系与T细胞亚型之间的关系，对各种高扩增TCR克隆型(定义为包含10个或更多个细胞的克隆型)的细胞组成进行分析(图4C)。每列表示一组不同的CDR3核苷酸序列，尽管与有关病毒反应性TCR的观察结果一样，不同CDR3序列可能与相同的表位发生反应。所得热图显示了T细胞亚型的七种不同混合物。这些混合物中的四种由NKT、Tcyt、CD8+Tem和Treg的同质克隆组成，每种仅包含一个T细胞亚型，极少数例外可能是由于T细胞聚类归属的含糊性引起的。这些克隆中的同质性表明，这些T细胞亚型在发育上彼此不同。
除这些主要的同质克隆以外，一些克隆还包含一个以上的T细胞亚型。例如，在许多情况下，在CD8+Tem和CD8+Trm中发现了相同的TCR克隆型，支持这些T细胞亚型之间的谱系关系(Slutter,B.等人Science Immunology 2,eaag2013,2017)，但Tcyt或NKT细胞不同，它们与其他T细胞亚型不共享相同的TCR克隆型。同样，在CD4+谱系中，在CD4+活化的T细胞和CD4+Trm中也可以发现相同的TCR克隆型，表明前者分化为后者。
此外，在克隆驻留模式与异质性类型之间发现了引人注目的关系。包含CD8+Tem的克隆可分为NAT驻留、双重驻留和肿瘤驻留克隆，但一般而言，仅肿瘤驻留克隆才分化并且扩增为CD8+Trm(图4D)。同样，CD4+Tem为NAT驻留或肿瘤驻留的，其中肿瘤驻留的克隆高度分化并且扩增为CD4+Trm(图4E)和包含聚类4.4和4.5中的CCR7+细胞的NAT驻留克隆(图4F)。这些观察结果表明，CD8+Tem和CD4+活化T细胞的克隆在肿瘤环境中的驻留性先于它们分化为Trm以及在该区室的克隆扩增。在本实例中生成的数据还表明，决定向Trm分化的并非肿瘤环境中的单个细胞，整个克隆的驻留率才是决定因素。
来自3.2-有丝分裂聚类的细胞提供了克隆扩增在局部发生还是在迁移到肿瘤部位之前发生的迹象。尽管有丝分裂细胞仅占总细胞群的一小部分(4％)，但它们分布在高度扩增的克隆型中，其中42％的高度扩增的克隆型包含至少一个有丝分裂细胞，并且其部位与克隆驻留模式一致(图4G)。这些有丝分裂细胞表明，在本研究中观察到的克隆扩增行为的至少一部分反映了肿瘤和NAT中的局部扩增，而不是浸润到肿瘤部位。
结论
总之，本实例中所述的实验应用单细胞TCR和RNA测序以及大量细胞计数法(CyTOF)，以构建T细胞浸润性肿瘤和邻近组织的基因表达和扩增行为的综合图谱，从而得到NSCLC患者的抗肿瘤T细胞应答的详细免疫图谱。与只能独立测定每个区室中T细胞亚型比例的CyTOF相比，单细胞TCR和RNA测序的组合能够揭示单个克隆谱系在两个区室和T细胞亚型中如何分布。
当前对成对肿瘤和NAT样品的分析为克隆扩增、基因表达和抗原特异性之间的相互关系提供了新的见解。在双驻留、肿瘤驻留和NAT驻留克隆中鉴定别若干表型差异。这些差异汇总于下面实例2的表11中。表11所示的许多差异源于它们与不同T细胞亚群的关联。但是Trm克隆的扩增主要限于肿瘤，而CD8+Tcyt、CD8+Tem和活化CD4+T细胞则在NAT中也表现出扩增。此外，根据现有数据，在本实例中产生的数据表明，一部分Tcyt识别病毒抗原，并且循环至或自外周血，与Trm相反，后者似乎在肿瘤区室中局部扩增，并与包含CD8+Tem和CD4+活化T细胞的肿瘤驻留克隆区别开来。
材料和方法
试剂和抗体
FACS实验中使用的抗体如下所列：抗原：供应商，克隆名称，批号，目录号和荧光染料。
流式细胞术抗体：
CD45：Biolegend，2D1，B237418，368512，APC。
CD3：Biolegend，HIT3a，B256208，300308，PE。
EpCAM：Biolegend，9C4，B255542，324222，PE/Cy7。
CD56：Biolegend，5.1H11，B263355，362546，FITC。
CD14：Biolegend，63D3，B257234，367116，FITC。
CD11b：Biolegend，ICRF44，B218669，301330，FITC。
CD16：Biolegend，B73.1，B238206，360716，FITC。
CD19：Biolegend，HIB19，B2448329，302206，FITC。
CyTOF分析所用的抗体列于下表6中。
表6.CyTOF分析所用的抗体
软件版本
使用Cell Ranger软件(10x Genomics,Pleasanton,CA)2.1.0版、Perl 5.18.2版、R 3.5.1版以及R中的以下软件包和版本进行分析：CATALYST，1.4.2(Chevrier,S.等人CellSystems 6,612-620.e5,2018)；flowCore，1.46.2(Hahne,F.等人BMC Bioinformatics 10，106(2009))；GenomicDataCommons，1.4.3(Morgan,M.和Davis,S.R.bioRxiv，https://doi.org/10.1101/117200，2017)；GEOquery，2.48.0(Davis,S.和Meltzer,P.S.Bioinformatics 23，1846–1847，2007)；monocle，2.8.0(Qiu,X.等人Nature Methods14，979–982，2017)；multiGSEA，0.11.1；qvalue，2.12(Storey,K.D.J.Royal Stat Soc,Series B，64，479-498(200))；Seurat，2.3.4(Butler,A.等人Nature Biotechnology 36，411–420，2018)；WGCNA，1.66(Langfelder,P.和Horvath,S.BMC Bioinformatics 9，559，2008)；以及survival，2.42-6。图和表使用以下软件包和版本生成：R:colorspace，1.3-2；dplyr，0.7.8；ggplot2，3.1.0；gridExtra，2.3；RColorBrewer，1.1-2；以及superheat，1.0.0(Davis,S.和Meltzer,P.S.Bioinformatics 23,1846–1847,2007)。上述R软件包其次依赖于以下支持包：Biobase，2.40.0；BiocGenerics，0.26.0；cowplot，0.9.3；DDRTree，0.1.5；edgeR，2.13.0；irlba，2.3.2；limma，3.38.2；magrittr，1.5；Matrix，1.2-15；ranger，0.10.1；以及VGAM，1.0-6。
组织解离
获得来自未接受过治疗的NSCLC患者的手术切除物(Folio Biosciences,Powell,OH)。经过病理学家的检查，将新鲜样品分为肿瘤和NAT区室，并且连夜运输至实施实例1中所述的实验的机构。到达后，将样品用PBS冲洗，直至肉眼看不到任何血迹为止。随后，在轻轻振摇的条件下，在37℃用胶原酶D(0.5mg/ml)和DNAse(0.1mg/ml)的组合将样品消化15min。随后，将样品置于gentleMACS解离器(Miltenyi Biotec)中，并且在37℃C额外孵育10min。
PBMC分离
在CyTOF分析中，使用50mL LEUCOSEPTM管(Greiner Bio-One International,Germany)和FICOLL-PAQUETM PLUS(GE Healthcare,Sweden)分离患者的外周血单核细胞。将全血吸入肝素钠采血管中，并且用不含钙或镁的磷酸盐缓冲盐水(PBS)稀释(Lonza,Walkersville,Maryland)，在室温(RT)下以800x g离心15分钟。收获PBMC并且用PBS洗涤，随后在室温下以250x g离心10分钟，然后进行进一步处理。
预富集和FACS分选
在组织经过组织酶解后，使用磁分离法对单细胞悬液进行一轮活细胞富集，然后使用抗CD45和抗CD3抗体混合物进行抗体染色以鉴定T细胞，使用抗EPCAM抗体排除上皮细胞，并且使用抗CD56抗体、抗CD14抗体、抗CD16抗体、抗CD11b抗体和抗CD19抗体从分选门中排除非T细胞。在配备4个激光器(405nm,488nm,561nm,638nm)的Becton DickinsonFACSAria细胞分选仪上，通过荧光激活细胞分选(FACS)纯化细胞。每个分选阶段使用一个70μm喷嘴，该喷嘴在70psi和90kHz下运行。吸出FACS门以仅包括单个活细胞。吸出更多门以获得CD3+CD45+EpCAM-细胞。
单细胞RNA-seq和TCR V(D)J克隆型分析
使用Chromium单细胞5'文库和胶珠试剂盒(10x Genomics,Pleasanton,CA)，按照制造商的用户指南，对单细胞基因表达(RNA-seq)和T细胞受体(TCR)V(D)J克隆型进行样品处理。利用Vi-CELL XR细胞计数器(Beckman Coulter)测定来自肿瘤和NAT的FACS分选的CD3+T细胞的细胞密度和细胞存活率。所有处理后的样品的细胞存活率均高于90％。利用细胞密度估算逆转录(RT)主混合物所需的单细胞悬液的体积，目的是使每个样品达到约6,000个细胞。经过胶珠-乳液逆转录(GEM-RT)反应和净化后，总共进行14次PCR扩增循环，以获得足够的cDNA用于RNA-seq文库生成和TCR V(D)J靶向浓缩，然后生成V(D)J文库。使用Chromium单细胞V(D)J富集试剂盒，人T细胞(10X Genomics)，根据制造商的用户指南进行TCR V(D)J富集。按照制造商的用户指南(10x Genomics)制备RNA-seq和TCR V(D)J的文库，然后使用Bioanalyzer高灵敏度DNA试剂盒(Agilent Technologies)进行分析，并且使用Kapa文库定量试剂盒(Kapa Biosystems)进行定量。在HiSeq4000(Illumina)的一个通道中对单细胞RNA-seq文库进行测序；合并单细胞TCR V(D)J文库，然后在HiSeq2500(Illumina)的一个通道中测序；根据制造商的规格进行测序(10xGenomics)。
单细胞TCR测序数据的处理
使用Cell Ranger软件通过“cellranger vdj”命令和预先构建的人类参考包，处理每个样品的T细胞受体(TCR)测序数据，以获得每个细胞的可能的克隆型归属，每个样品产生一个输出文件filtered_contig_annotations.csv。
因为Cell Ranger软件设计用以为每个样品单独分配克隆型并且当前的分析依赖于鉴定各个样品共享的克隆型，所以编写一个Perl脚本，该脚本使用通用标识符为各个样品重新分配克隆型。该脚本使用来自filtered_contig_annotations.csv文件中的一组CDR3共有核苷酸序列，并且当两个细胞共享所有α链CDR3和所有β链CDR3共有核苷酸序列时，认为这两个细胞具有相同的克隆型。对每个样品单独进行脚本测试，以确认其涵盖利用Cell Ranger软件得到的单个样品的克隆型的分类。
基于肿瘤和NAT区室中的细胞计数，将克隆分为不同的克隆驻留模式。肿瘤和NAT单例分别是在肿瘤或NAT区室中包含单个细胞的克隆。包含多于一个细胞的克隆被归类为多重态。如果来自克隆的所有细胞仅来自肿瘤或NAT区室，则将它们分别归类为肿瘤和NAT多重态。否则，剩余克隆(具有来自肿瘤和NAT区室两者的细胞)为双驻留克隆。
单细胞RNA测序数据的处理
单细胞RNA-seq数据通过Cell Ranger软件进行处理。使用命令“cellrangermkfastq”将Illumina基本调用(BCL)文件转换为FASTQ文件。基于人类参考基因组GRCh38和RefSeq基因模型，使用定制的包含30,727个基因的参考包，通过“cellranger count”处理表达数据
从筛选后的barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx文件中提取转录本计数(以唯一分子标识符(UM)来衡量)，从而在R统计软件中构建矩阵。原始数据为经过分析的数据，通过绘制每个细胞中存在的基因数量与其转录本总计数或文库大小的关系图，以消除潜在的多重态。通过对这些图的线性区域进行目视检查，选择以下基因的最小和最大数目临界值：样品T1：500-4500(去除0.2％的细胞)；N1，400-4500(0.1％)；T2。500-4500(0.1％)；N2，400-4500(0.2％)；T3，300-2300(0.3％)；N3，300-3000(0.1％)。
使用Seurat软件包(Morgan,M.和Davis,S.R.bioRxiv,https://doi.org/10.1101/117200,2017)对在本实例中获得的基因表达数据集进行分析。应用软件包作者发布的示例性协议，以便使用典型相关分析(CCA)组合来自不同样品的数据。具体地，使用NormalizeData、FindVariableGenes和ScaleData函数回归不同UMI的数量。根据FindVariableGenes函数计算结果，从每个样品中选择1000个可变基因，要求一个基因存在于两个或更多个样品中，从而得到1101个基因。然后将这些基因用作RunMultiCCA函数的输入项，以计算20个规范向量。然后，使用默认约减类型的典型相关分析运行AlignSubspace函数，按6个样品分组，并且对齐维度1至12。
维数约减和聚类分析
对于维数约减和聚类分析，应用RunTSNE和FindClusters函数，使用CCA对齐变量对维度1至12进行维数约减，聚类分析的默认分辨率为0.8。已发现Seurat中的FindClusters函数是最准确的函数之一(Duo,A.等人F1000Research 7,1141,2018)。在该自动化聚类分析程序中，获得10个聚类，大小为8267至2295个细胞。将每例患者的细胞映射到该共同图谱上表明，CCA程序在很大程度上消除了样品特有的批次效应，其中每个聚类由所有三例患者表示。
当前数据集的规模很大，使得可以考虑进行二级聚类分析。尽管可强制执行聚类分析，但尚不确定此类聚类是否对应于在发育上不同的克隆谱系。因此，应用目前的TCR信息，以便系统地协助进行此确定过程。基于Seurat提供的FindClusters程序，对于将聚类分为两个子聚类的每种拟议的分配，鉴定了总体上具有10种或更多种细胞的克隆型。然后绘制分配给两个子聚类的每种克隆型的细胞计数的划分。有理由认为，如果来自同一克隆谱系的细胞在两个子聚类之间平均分配，则子聚类无对应于发育上不同的亚型。但是，如果来自同一克隆谱系的细胞主要分为一个子聚类或另一个子聚类，则子聚类确实描述了发育上不同的亚型。基于该TCR引导的子聚类分析，发现了聚类1、2、5、8和9中在发育上不同的子聚类的证据。针对这些子聚类的更多支持来自tSNE图、克隆驻留模式以及每个子聚类的生物标记物的鉴定结果。特别地，聚类1具有在一个肿瘤中发生高克隆扩增的聚类以及一个在NAT中发生高克隆扩增的聚类。聚类2按基因表达显示出三个子聚类的证据。在tSNE图中，聚类5被分为两个不同的区域。聚类8和9表现出可鉴定每个子聚类的不同的生物标记物。
聚类5的划分产生了一个包含974个细胞的子聚类，其同时具有CD8A和CD4表达，这被解释为具有相似基因表达的两个不同的克隆谱系。为划分该聚类，利用克隆中的其他细胞的聚类标记将801个克隆归类为主要为CD8或CD4。使用ClassifyCells函数，以801个已分类的克隆作为训练数据，对剩余173个克隆进行分类。所得分类结果得到聚类8.3c-Trm和4.1c-Trm。
为了在克隆型水平上进行分析，每个克隆需要单个T细胞亚型，将克隆指定为在其细胞中最普遍的T细胞亚型。在最普遍的T细胞亚型超过一种的情况下，则在细胞系之间随机分配。
差异表达和特征标记基因的鉴定
对于需要表征子集内或子集之间差异表达基因的分析，使用Monocle2软件包，该软件包能够将p值分配给所有请求的基因。使用importCDS函数(将import_all设置为TRUE)将原始数据从Seurat对象转换为Monocle格式。然后应用函数estimateSizeFactors。使用differentialGeneTest命令获得差异表达的基因及相关的P值。
为鉴定每个子集的特征标记基因，需要用于分类的程序，该分类程序的目标函数为最小误分类率，而不是差异表达(其目标函数是均值之差除以标准偏差)。为实施该分类，在二项家族下使用R中的glm函数进行逻辑回归，其中响应变量是表明给定子集中成员或非成员的分类变量，并且预测变量是细胞中给定基因的原始计数以及细胞的文库大小。将其视为完整模型，并将简化模型视为仅以文库大小作为预测因子的模型，因此，通过将整个模型的偏差减去简化模型的偏差，可以将每个基因作为潜在的生物标记物进行测量。基因计数系数的符号表示基因与成员关系是正相关还是负相关。
跨数据集的聚类比较
将相同的维数约减、聚类分析和标记基因鉴定步骤应用于肿瘤浸润淋巴细胞上的三个公开可用的单细胞RNA-seq数据集。墨尔本大学的研究(Savas,P.等人Nat.Med.13,228(2018))涉及来自2例乳腺癌患者的肿瘤样品的T细胞，使用10X Genomics平台进行单细胞RNA-Seq处理。提取来自GSE110686的数据，这些数据以barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx文件的形式提供。这些数据在Seurat中的处理方式与当前的分析类似，不同之处在于，由于已经将细胞合并为一个数据集，因此使用1000个变化最大的基因，而无需进行典型相关分析。相反，运行RunPCA。在0.8的分辨率下执行FindClusters分析，得到12个聚类，其大小范围为1248至42个细胞。
北京大学的研究(Guo,X.等人Nat.Med.24,978(2018))涉及14例非小细胞肺癌患者(11腺癌患者和3例鳞状细胞癌患者)的T细胞，在单细胞水平上进行分析，使用Smart-Seq2方案进行全长转录组分析。提取来自GSE99254的数据，这些数据以大计数矩阵的形式提供。作者为每个细胞提供了16个聚类的标识符，在本实例中使用该标识符，而不是从头进行聚类分析。作者还提供了克隆型归属结果，本实例中利用这些克隆型归属结果分析肿瘤、NAT和外周血中的克隆驻留模式。
纪念斯隆·凯特琳癌症中心的研究(Azizi,E.等人Cell 174,1–16,2018)涉及11例乳腺癌患者。八例患者具有有关全套CD45+免疫细胞的单细胞RNA-Seq数据，而三例患者同时具有来自肿瘤区室中T细胞的10XGenomics分析得到的单细胞RNA-Seq和TCR测序数据。鉴于对T细胞的关注，在本实例中分析了后三个样品。提取来自GSE114727的数据，来自三例患者的5个样品的这些数据以barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx文件的形式提供。这些数据与本实例中生成的数据通过相同的方式进行处理，采用典型相关分析以合并五个样品，并使用FindClusters在分辨率为0.8的条件下进行聚类分析。通过该过程得到14个聚类，大小范围为6758至254个细胞。
对于每项研究中的每个聚类，均执行与本实例中所用相同的程序，以鉴定特征性生物标记物基因。选择具有正系数和最高偏差值的20个基因进行研究。
克隆扩增行为的分析
对于图3A中所示的分析，将克隆型分为四类：肿瘤独有，其定义为在NAT中无计数；NAT独有，在肿瘤中无计数；以肿瘤为主，在肿瘤和NAT中均具有计数，并且肿瘤计数大于NAT计数；以及以NAT为主，在肿瘤和NAT中均具有计数，并且NAT计数大于肿瘤计数。这些类别由图3A和3B中每个散点图中的区域表示。在每种克隆型的类别和每个T细胞亚群中，在R中进行泊松检验，以确定是否存在克隆扩增大于总体观察到的行为。利用单侧泊松检验来检验另一种假设，即克隆扩增大于总体观察到的行为。零假设的参数λ取自克隆型的全部集合，然后将其划分为T细胞亚群，发现肿瘤独有克隆的参数λ为1.64；NAT独有克隆的参数λ为1.53；以肿瘤为主的克隆的参数λ为11.38；并且以NAT为主的克隆的参数λ则为15.10。报告图3A的每个散点图的每个区域中报告的p值，小于0.05的值以红色显示。
由VDJdb和TCGA得到的TCR序列的比较
VDJdb的2018-06-04版本可通过互联网公开获得(Shugay,M.等人Nucleic AcidsRes 46,D419–D427(2018))。使用该版本的VDJdb，提取并分析TCR物种为“智人”并且表位种类为“CMV”、“EBV”或“甲型流感”的条目。对本实例中生成的数据的每种克隆型与VDJdb数据库中的cdr3字段进行比较，要求相应克隆型的任何CDR3氨基酸序列均精确匹配。
由TCGA大量RNA-Seq读数组装的一组716,720个TCR序列从研究的作者处获得(Wang,G.C.等人Sci Transl Med 4,128ra42,2012)。每个序列均在FASTA文件的标题中标记有推定的CDR3氨基酸序列。比较本实例中的每种克隆型，要求克隆型所对应的任何CDR3氨基酸序列都必须与来源于TCGA的CDR3序列的任何子串完全匹配。每个FASTA文件均带有等分ID注释，该ID使用R库GenomicDataCommons与癌症类型相关联。当在三个或更多个个体中观察到来源于TCGA的CDR3序列时(所有个体具有不同的癌症类型，并且任意两个个体均无相同的癌症类型)，认为其可能具有病毒反应性。
用于CyTOF分析的细胞染色
将洗涤后的患者PBMC、肿瘤和癌旁正常组织浸润免疫细胞以107细胞/mL的细胞浓度用PBS重悬。然后，将细胞在冰上用细胞生存率试剂CELL-IDTM顺铂(Fluidigm,South SanFrancisco,California)以5μM的最终浓度孵育5分钟。用5倍体积的MAXPARTM细胞染色缓冲液(Fluidigm,South San Francisco,California)淬灭细胞生存率染色试剂，并以300x g离心；然后将细胞以3000万细胞/mL的最终浓度重悬于染色缓冲液中。对于抗体标记，将最多300万个细胞转移至FALCONTM 5mL 12x 75mm管(Corning,New York)中。为阻断Fc受体结合，在冰上将细胞用5μL人TruStain FCXTM(BioLegend,San Diego,California)孵育10分钟。将包含所有金属缀合的表面抗体的主mAb混合物添加至样品中进行细胞表面染色，并且在冰上孵育30分钟。然后将细胞用4mL细胞染色缓冲液洗涤一次，准备好进行细胞内染色。简言之，通过在冰上使用FoxP3染色缓冲液组套(Affymetrix,eBioscience,San Diego,California)将细胞重悬于1mL固定/透化溶液中，持续45分钟，然后用3mL透化缓冲液以800x g洗涤5分钟，然后重悬于50μL透化缓冲液中。然后，通过添加50μL抗体混合物，对细胞进行细胞内靶标染色。在冰上孵育30分钟后，将细胞用4mL细胞染色缓冲液洗涤，并且在4℃于包含1.6％EMS Fix的CELL-IDTM Intercalator-Ir(Electron Microscopy Sciences,Hatfield,Pennsylvania)的1mL溶液中固定过夜。
在CyTOF仪器上采集
将细胞用3mL MAXPARTM细胞染色缓冲液洗涤，并且在800x g下离心5分钟。然后使用一轮4mL MAXPARTM水(Fluidigm,South San Francisco,California)作为洗涤液。为实施细胞计数，将细胞重悬于1mL MAXPARTM水中。获得细胞计数后，加入3mL MAXPARTM水，最后一次沉淀细胞，然后进行仪器采集。在引入HELIOSTM CyTOF系统(Fluidigm,South SanFrancisco,California)中之前，将沉淀的细胞用包含EQTM四元素校准微珠(Fluidigm,South San Francisco,California)的MAXPARTM水重悬，并且使用带有35μm尼龙网细胞滤网盖的12×75mm管(Corning,New York)进行过滤。
CyTOF数据的数据处理和分析
所有FCS文件均使用MATLABTM(MathWorks,Natick,Massachusetts)规整器进行归一化。从单例活CD45+细胞群中选择CD3+、CD14-、CD19-、EPCAM-细胞。使用FLOWJOTM软件(Ashland，Oregon，10.2版)将数据导入FCS 3.0版文件中，随后使用R中的flowCore软件包在read.FCS的默认设置下进行读数。使用R中的CATALYST软件包和来自该软件包的ss_exp数据集的溢出矩阵来补偿重金属同位素之间的串扰，其中涵盖质量通道139、141-156和158-176之间的成对串扰。该矩阵包含当前数据集中所有同位素对的溢出估算值，但In113(用于本研究中的EPCAM)至In115(CD57)、Gd157(CD14)至Gc155(CD27)、Gd158(OX40)、Gd160(Tbet)、Sm152(CD155_PVR)、Sm154(CD3)和Yb173(TIGIT)除外。但是，目前的选通程序均选择EPCAM和CD14。使用非负最小二乘法创建补偿后的FCS 3.0版文件，以避免生成负的表达值。
为了使CyTOF和scRNA-Seq之间的数据具有可比性，使用来自Seurat的相同分析程序，基于所有17个样品中共有的33种蛋白质。将蛋白质CD127、CD137、CD155和CCR8的数据排除，因为它们仅在某些而非全部样品中得到测定。将蛋白质CD14、CD19和EPCAM的数据排除，因为它们在选通程序中选定。与scRNA-Seq数据一样，使用典型相关分析将样品合并。结果发现，尽管本研究中使用的计算机具有128GB的随机存取存储器，但Seurat中的AlignSubspace命令需要大量内存，该程序在细胞总数达到100,000个时将失败。因此，尽管当前数据集中包含对1,074,626个CD3+细胞的测量结果，但是仍然对细胞进行采样，以产生总共24,000个肿瘤细胞、24,000个NAT细胞和24,000个PBMC细胞。为获得这些数量的肿瘤和PBMC细胞，从6例患者的每一例患者中随机选择4000个细胞。对于NAT细胞的采样，由于患者2缺少NAT样品，并且患者7仅有来自NAT区室的总共2156个细胞，因此从剩余4例患者中的每一例患者中采集5461个样品，以获得所需的24,000个NAT细胞。
使用分辨率为0.8(与scRNA-Seq相同)的FindClusters程序得到9个聚类，并且t-SNE程序提供了这些聚类的二维可视化。将每例患者的细胞映射到该共同图谱上表明，CCA程序在很大程度上消除了样品特有的批次效应，其中每个聚类由所有6例患者表示。
为找出CyTOF和scRNA-Seq聚类之间的对应关系，计算每个聚类的基因表达质心。CyTOF测定中的33种蛋白质中的每一种均与在RNA-Seq测定中测得的等效mRNA转录本相匹配。一些蛋白质与多个mRNA转录本相匹配。例如，CD16与FCGR3A和FCGR3B两者匹配，因此取RNA-Seq质心的两个值的平均值。同样，取HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5和HLA-DRB6的平均值以匹配HLA-DR蛋白质。CD45RA代表CellRanger输出中未捕获的替代剪接形式，因此将其排除在该对应关系分析之外。通过将每个基因的标度除以其标准偏差并且取每个聚类内每个基因的平均值，计算得出质心。然后在每个CyTOF和每个scRNA-Seq聚类之间进行成对相关分析，利用WGCNA R软件包计算33种平均蛋白质和基因表达值的稳定的相关系数。
实例2.基因表达模式与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性之间的关系
在实例1中分析的三例患者的TIL群体中，克隆驻留模式(图1D)和T细胞亚群的比例均存在差异。不同患者的Tcyt、Tem和NKT细胞的不同分数尤为明显(图5A)。因此，探讨了TIL群体中的基因表达模式是否可以与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法(诸如阿特珠单抗)的临床应答相关联。为此，将基因集合富集分析(GSEA)(Subramanian,A.等人Proc Natl AcadSci USA 102，15445–15550，2005；以及Lamb,J.等人Science313，1929-1935，2006)应用于来自II期随机临床试验的治疗前肿瘤RNA-seq数据(POPLAR,(Fehrenbacher,L.等人Lancet387,1837–1846(2016)))，在193例NSCLC患者中对抗PD-L1抗体阿特珠单抗与化疗剂多西他赛进行了比较。使用来自354例局部晚期或转移性尿路上皮癌患者的阿特珠单抗单组试验(IMvigor210(Hoffman-Censits,J.H.等人J Clin Oncology 34,355–355(2016)))的基因表达数据进行类似的分析。这些分析的结果表明，在这些适应症中，基因特征与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的良好应答呈正相关。这些结果进一步详述于以下部分。
双驻留T细胞基因特征与非小细胞肺癌和尿路上皮癌患者对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性相关
根据POPLAR临床试验数据，将一组基因鉴定为与治疗后的无进展生存期和总生存期显著相关。然后将这些基因与每个T细胞聚类的基因进行匹配，并且根据其在scRNA-seq数据中差异表达的统计显著性进行排名(图5B和5C)。鉴定了与对阿特珠单抗的应答的若干统计学上显著的关联(局部错误发现率<0.05)，包括Tcyt、两个CD8+Trm子集、一个NKT子集和CD4+活化T细胞以及Treg的IL2RA-和IL1R2阳性活化子集(聚类4.3b)。相比之下，与对多西他赛的应答的关联均无统计学意义。4.3b-Treg与对阿特珠单抗的应答之间的关联尤为显著，因为其他研究人员(Guo,X.等人Nat.Med.24,978(2018))发现该子集与肺腺癌的不良预后相关联。
此外，还鉴定了高度扩增的肿瘤驻留多重态、NAT驻留多重态和双驻留克隆中细胞的基因特征(图6)。POPLAR数据的Kaplan-Meier分析表明，与双驻留克隆相关联的基因特征与接受阿特珠单抗治疗的患者的总生存期(HR＝0.54；P＝0.034)和无进展生存期(HR＝0.58；P＝0.02)密切相关，但是在接受多西他赛治疗的患者中并非如此(图5D和图5E)。相比之下，肿瘤驻留克隆特征(图5F和5G)和NAT驻留克隆特征(图5H和5I)与对抗PD-L1疗法的OS和PFS应答的相关性不太显著。下表7列出了在POPLAR试验中发现的与OS和PFS应答强烈且具有统计学意义的相关性的双驻留克隆的基因特征。
表7：由双驻留T细胞表达并且与对阿特珠单抗疗法的应答性呈正相关的基因
表8和9分别显示了与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性的相关性更不强的肿瘤驻留和NAT驻留T细胞克隆的基因特征。
表8：由肿瘤驻留T细胞表达的基因
| ALOX5AP | CTSD | COTL1 | SNX9 |
| CD7 | GAPDH | SRGN | PDE7B |
| LOC101929531 | PDCD1 | NR3C1 | TIGIT |
| RGS1 | ITGAE | HAVCR2 | CXCL13 |
| CD3D | CD2 | DUSP4 | TPI1 |
表9：由NAT驻留T细胞表达的基因
| S100A4 | ZFP36L2 | CD69 | CD97 |
| S100A6 | S100A10 | VIM | TXNIP |
| LGALS1 | MYL12A | ANKRD28 | ND3 |
| CD52 | TSC22D3 | CRIP1 | LGALS3 |
| SH3BGRL3 | AHNAK | LINC00892 | ND5 |
获得该发现后，开展后续实验，以便研究上表7-9中列出的双驻留、肿瘤驻留和NAT驻留T细胞克隆表达的基因与尿路上皮癌患者对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性之间是否存在关联。为此，使用来自354例局部晚期或转移性尿路上皮癌患者的阿特珠单抗单组试验(IMvigor210(Hoffman-Censits,J.H.等人J Clin Oncology 34,355–355(2016)))的基因表达数据重复上述POPLAR试验的关联分析。该研究的结果如图5J-5O所示。在这一设定中，上表7中所示的由双驻留T细胞表达的基因与对阿特珠单抗疗法的良好OS和PFS应答密切相关(图5J和5K)。来自肿瘤驻留T细胞(图5L和5M)和NAT驻留T细胞(图5N和5O)的基因表达特征与OS和PFS应答的相关性更不明显。
归结起来，这些发现突出了克隆扩增行为与癌症免疫疗法(诸如在治疗肺和膀胱肿瘤的治疗中)的临床结果之间的关联。
不同患者群体中由双驻留T细胞克隆表达的基因也与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性相关
迄今为止，本实例中所述的关联实验集中在上表7-9所示的基因特征与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法诸如阿特珠单抗的应答性之间是否存在相关性。已证明，表7中所示的双驻留T细胞基因与对这种形式的治疗的应答性呈正相关，重复上述POPLAR和IMvigor210关联实验，以确定患者应答性与从不同NSCLC患者群体中获得的双驻留T细胞克隆的基因特征之间是否存在相关性，该研究最近由Guo及其同事报道(Guo,X.等人Nat.Med.24，978(2018)，其公开内容全文以引用方式并入本文)。Guo等人对从14例未经治疗的NSCLC患者(包括11例腺癌患者和三例鳞状细胞癌患者)中分离出的T细胞进行了深度单细胞RNA测序。尽管由于NKT细胞在NAT扩增克隆中占优势(图10A-10J)，未从Guo等人的数据集中鉴定出NAT驻留克隆特征签名，但来自该数据集的双驻留T细胞基因特征与针对NSCLC的POPLAR试验中(图11A-11D)以及针对尿路上皮癌的IMvigor210试验中(图11E-11H)对阿特珠单抗的应答性均表现出强相关。
在该实例中，已表明获自Guo等人的数据集的双驻留T细胞基因特征与对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性呈正相关，如下表10所示。
表10.不同患者群体中由双驻留T细胞表达并且被发现与对阿特珠单抗疗法的应答性呈正相关的基因
| GZMB | KLRC4-KLRK1 | CTSW | CCL5 |
| KLRD1 | KLRK1 | GZMA | GNLY |
| FGFBP2 | GZMH | ID2 | PRF1 |
| NKG7 | B2M | CX3CR1 | PATL2 |
| CST7 | LITAF | PRSS23 | CD8A |
表7和表10的比较表明，由本实例中研究的患者获得的双驻留T细胞克隆的基因特征(表7)与从Guo等人(表10)所研究的患者获得的双驻留T细胞克隆具有以下共同的基因：NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A。这些发现进一步支持患者对PD-L1轴结合拮抗剂疗法(诸如阿特珠单抗)的良好应答倾向与双驻留T细胞克隆相关的基因表达之间具有正相关性。
与对阿特珠单抗疗法的应答性相关联的基因表达水平彼此相关
在鉴定出表7中所述的由本实例中研究的患者的双驻留T细胞克隆表达的基因后，发现该组合中单个基因的表达水平彼此高度相关(图7)。基于表7中所述基因的高度互相关性，应当理解，这些基因中的单一基因和/或子组合(例如，表7中所述基因中的两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种的子组合)可赋予与整个组合相同的预测信息。该观察结果提供了重要的临床益处，因为不再需要测定表7中所述的所有20种基因的表达水平以评估患者对PD-L1轴结合拮抗剂产生应答的可能性。相反，可基于表7中所述的单一基因的表达水平或基于表7中所述的子组合(例如，表7中所述基因中的两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种的子组合)的表达水平确定该可能性。
通过评估细胞毒性基因和线粒体基因的组合表达水平可改善预测效用
图7中所示的基因相关数据证明了表7中所述的组合中的基因的两个子集的存在。特别地，表7包括一组细胞毒性基因(包含PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、CST7、NKG7、GZMH和HLA-C)以及一组线粒体基因(包含MT-ND4L、MT-ND4、MT-ATP6、MT-CO2和MT-CYB)。如图7所示，这些子集每个内的基因表现出特别高的内部相关性。因此，这些子集中的每个子集内的单一基因彼此之间或作为整个子集均提供了相同的预测信息。图8A-8N所示的Kaplan-Meier曲线示出这些细胞毒性基因和线粒体基因中的若干基因单独或相互组合的预测效用，其在POPLAR试验中用作NSCLC患者的阿特珠单抗治疗结果的生物标记物。类似地，图9A-9F提供了Kaplan-Meier曲线，示出上文所述的细胞毒性基因和线粒体基因的完整组合单独或相互组合的预测效用。这些图令人惊讶地表明，通过将一种或多种细胞毒性基因的表达水平与一种或多种线粒体基因的表达水平相结合，可改善表7中列述的基因或基因组合在评估患者受益于PD-L1轴结合拮抗剂疗法的可能性方面的预测效用。图8A-8N显示了细胞毒性基因CST7与线粒体基因MT-ND4、MT-CYB和MT-CO2结合使用的预测效用得到改善的一个实例。
这一意外发现与表7所示的细胞毒性基因与线粒体基因的高度内部相关性，带来了显著的医学益处。特别是，基于这些发现，在做出决定时，可通过评估表7中所述的细胞毒性基因中的一种或多种与表7中所述的线粒体基因中的一种或多种的组合，以更高的准确度确定患者(例如，癌症患者，诸如NCSLC或尿路上皮癌患者)对PD-L1轴结合拮抗剂疗法产生应答的倾向。这一改善的准确度可提高PD-L1轴结合拮抗剂在给定患者群体中的安全性和有效性，从而使被鉴定为可能受益于这种形式的疗法的患者得到相应的治疗，同时保护被鉴定为不太可能产生应答的患者免受可能不必要的药物的影响。鉴于细胞毒性基因子集和线粒体基因子集的高度相关性，不必结合使用细胞毒性基因的整个组合与线粒体基因的整个组合以便实现这一准确度的提升。相反，可通过将一种或多种单独的细胞毒性基因与一种或多种单独的线粒体基因的表达水平相结合，以更高的准确度确定患者受益于PD-L1轴结合拮抗剂疗法的可能性。
独特的T细胞克隆型的存在
归结起来，实例1和2生成的数据表明，在癌症患者(诸如患有肺肿瘤和/或膀胱肿瘤的患者)中，存在不同的T细胞克隆型。这些离散的T细胞群的特征汇总于下表11中。
表11：不同克隆驻留模式的特征总结
结论
尽管癌症免疫疗法的主要焦点集中在驻留记忆性T细胞上大量表达的检查点抑制剂(例如，PD-1、LAG-3、TIM-3和TIGIT)的调控，但本实例中的发现表明其他T细胞亚型同时增加了抗肿瘤应答的复杂性。具体地，目前的数据表明，对PD-L1轴结合拮抗剂疗法(诸如阿特珠单抗)的应答性与双驻留T细胞基因特征(诸如上表7和10中所示的双驻留T细胞基因特征)相关。此外，双驻留克隆的数量可以反映患者对肿瘤的免疫应答的范围和质量(Chen,D.S.和Mellman,I.Nature 541,321–330(2017))。
材料和方法
阿特珠单抗的II期临床试验
阿特珠单抗是一种靶向PD-L1的人源化单克隆抗体。POPLAR(ClinicalTrials.gov登记号NCT01903993)是一项针对2L+NSCLC的阿特珠单抗(n＝93例具有RNA-seq特征的患者)与多西他赛(n＝100例具有RNA-seq特征的患者)的II期试验。IMvigor210是一项针对1L(队列1，n＝95，登记号NCT02951767)和2L+(队列2，n＝259，登记号NCT02108652)转移性或局部晚期尿路上皮癌的阿特珠单抗的单组II试验。获得总应答率(ORR,RECIST1.1)和总生存期(OS)。利用RNA-seq对在阿特珠单抗或多西他赛治疗前获得的每例患者的单个肿瘤活检或切除物的大量转录组进行表征。由每项试验获得的数据均按照之前所述的方法进行处理(Fehrenbacher,L.等人Lancet 387,1837–1846(2016)；以及Hoffman-Censits,J.H.等人J Clin Oncology 34,355–355(2016))，用TMM(M值的截尾均值)进行归一化，并且进行log2转换。
T细胞亚群与临床试验数据之间的基因集合富集分析
从实例1中所述的基于Seurat的分析中获得了1101个高度可变的基因。在本研究中分析的1101个基因中，与POPLAR数据集中的95个基因相匹配，就总生存期(OS)而言，p值<0.05且危险比<0.8；并且37个基因与阿特珠单抗应答呈负相关，就OS而言，p值<0.05且危险比>1.25。同样，分别鉴定出54种和20种基因与多西他赛应答呈正相关和负相关。
对于每个T细胞子集，使用Monocle软件包，应用函数estimateSizeFactors处理原始计数，并且应用differentialGeneTest处理1101个基因，使用子集中的成员作为预测因子，得到每个基因的p值。计算子集内和子集外的细胞中的每个基因的平均表达，以确定该基因在子集中得到上调还是下调。由于所得图谱同时包括上调和下调基因，因此采用Connection Map项目的方法(Lamb,J.等人Science 313,1929-1935,2006)，该方法执行标记基因集合富集分析，以寻找与图谱最末端的关联。然后针对每个子集的上调基因中与生存期存在正相关的临床反应性基因以及每个子集的下调基因中与生存期存在负相关的临床反应性基因，计算秩(通过p值确定)。这些秩得到上调基因的富集评分以及下调基因的富集评分，利用这两种评分的最大值作为给定T细胞亚群的统计量。通过比较观察到的统计数据与根据秩的100,000个随机排列得出的统计数据，确定统计显著性。使用R中的qvalue软件包，针对检验得到的每种药物的18个p值的多重比较进行调整，以获得局部错误发现率或q值。
来自II期试验的大量肿瘤RNA-seq数据的特征评分
对于每个特征，通过计算整个数据集中每个基因的z评分(经log2转换后)，并且根据形成目标特征的基因计算平均z评分，计算得出每项试验中每例患者的表达评分。在POPLAR中，将特征评分进一步分为高(>＝试验队列中位数)或低(<试验队列中位数)。为了对POPLAR中的OS进行单变量分析，使用R中的survival软件包，拟合了Cox比例危险模型，以获得每个基因的对数排名p值。在单组试验IMvigor210中，测试若干阈值用于特征二分(30％、40％、50％、60％和70％)，并且将所得具有95％置信区间的危险比表示为森林图。
实例3.确定患者对PD-L1轴结合拮抗剂疗法产生应答的倾向并相应地对患者进行治疗
使用本文所述的组合物和方法，可确定癌症患者对PD-L1轴结合拮抗剂疗法产生应答的可能性。例如，患有本文所述的癌症诸如肺癌(例如，非小细胞肺癌)、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾癌(例如，肾细胞癌)或乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌)的患者可接受一种或多种基因表达测定，以便确定该患者是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。为确定这一可能性，医师可测定获自接受任何PD-L1轴结合拮抗剂治疗之前的患者的样品诸如肿瘤组织样品中的基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、GPR56、IFITM2、IFITM1、TMSB10、CD247、COX2、COX1、CLIC3、S100A4和CYBA中的一种或多种的表达水平(例如，上表1-4中任一项中所述的基因的组合，和/或包括一种或多种细胞毒性基因和一种或多种线粒体基因的基因的组合的表达水平)。可使用本文所述的一种或多种方法诸如聚合酶链反应方法或RNA-seq测定法实施基因表达分析。使用由这些实验获得的基因表达数据，可测定所述一个或多个基因的免疫评分表达水平。然后可以对所述一种或多种基因的免疫评分表达水平与参考免疫评分表达水平(诸如参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平)进行比较。如果发现获自患者的样品中的所述一个或多个基因的免疫评分表达水平超过参考免疫评分表达水平，则表明该个体可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。替代性地，如果发现获自患者的样品中的所述一个或多个基因的免疫评分表达水平低于参考免疫评分表达水平，则表明该个体不太可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗产生应答。
PD-L1轴结合拮抗剂可以是例如PD-L1结合拮抗剂，诸如抗PD-L1抗体或其抗原结合片段。在一些实施例中，抗PD-L1抗体为阿特珠单抗。因此，如果确定患者可能对PD-L1轴结合拮抗剂疗法产生应答，则可以选择将阿特珠单抗施用于该患者。阿特珠单抗可使用本文所述的给药计划和施用途径中的任何一种或多种施用于患者。例如，阿特珠单抗可以每三周1200mg的剂量经静脉施用于患者。该剂量可以以单次剂量或以多次剂量(例如，2、3、4、5、6、7或多于7剂)的形式施用，诸如输注。
阿特珠单抗可单独施用于患者，也可以与一种或多种另外的抗癌疗法(诸如本文所述的免疫调节剂)组合施用于患者。例如，阿特珠单抗可以与一种或多种抗TIGIT抗体及其抗原结合片段、抗CTLA-4抗体或其抗原结合片段、抗CD27抗体或其抗原结合片段、抗CD30抗体或其抗原结合片段、抗CD40抗体或其抗原结合片段、抗4-1BB抗体或其抗原结合片段、抗GITR抗体或其抗原结合片段、抗OX40抗体或其抗原结合片段、抗TRAILR1抗体或其抗原结合片段、抗TRAILR2抗体或其抗原结合片段、抗TWEAK抗体或其抗原结合片段、抗TWEAKR抗体或其抗原结合片段、抗BRAF抗体或其抗原结合片段、抗MEK抗体或其抗原结合片段、抗CD33抗体或其抗原结合片段、抗CD20抗体或其抗原结合片段、抗CD52抗体或其抗原结合片段、抗A33抗体或其抗原结合片段、抗GD3抗体或其抗原结合片段、抗PSMA抗体或其抗原结合片段、抗Ceacan 1抗体或其抗原结合片段、抗Galedin 9抗体或其抗原结合片段、抗HVEM抗体或其抗原结合片段、抗VISTA抗体或其抗原结合片段、抗B7 H4抗体或其抗原结合片段、抗HHLA2抗体或其抗原结合片段、抗CD155抗体或其抗原结合片段、抗CD80抗体或其抗原结合片段、抗BTLA抗体或其抗原结合片段、抗CD160抗体或其抗原结合片段、抗CD28抗体或其抗原结合片段、抗CD226抗体或其抗原结合片段、抗CEACAM1抗体或其抗原结合片段、抗TIM3抗体或其抗原结合片段、抗CD96抗体或其抗原结合片段、抗CD70抗体或其抗原结合片段、抗CD27抗体或其抗原结合片段、抗LIGHT抗体或其抗原结合片段、抗CD137抗体或其抗原结合片段、抗DR4抗体或其抗原结合片段、抗CR5抗体或其抗原结合片段、抗FAS抗体或其抗原结合片段、抗CD95抗体或其抗原结合片段、抗TRAIL抗体或其抗原结合片段、抗DR6抗体或其抗原结合片段、抗EDAR抗体或其抗原结合片段、抗NGFR抗体或其抗原结合片段、抗OPG抗体或其抗原结合片段、抗RANKL抗体或其抗原结合片段、抗LTβR抗体或其抗原结合片段、抗BCMA抗体或其抗原结合片段、抗TACI抗体或其抗原结合片段、抗BAFFR抗体或其抗原结合片段、抗EDAR2抗体或其抗原结合片段、抗TROY抗体或其抗原结合片段和抗RELT抗体或其抗原结合片段联合施用于患者。
将PD-L1轴结合拮抗剂施用于患者后，医师可监测患者对所选治疗方法的应答性。对PD-L1轴结合拮抗剂疗法的应答性可表现为总生存期和/或无进展生存期的延长以及本文所述的其他指标。
实例4.T淋巴细胞的外周克隆扩增与肿瘤浸润以及对癌症免疫疗法的应答相关。
尽管通过阻断PD-1及其配体PD-L1相互作用的抗体在癌症治疗中取得了巨大的临床成功，但有关作用机制仍然存在关键的未知因素。最广泛推测的机制假设PD-1阻断用于逆转长期刺激的T细胞所表现出的末端分化或“耗尽”的表型，如最初在慢性病毒感染期间所述(Mellman,I.，Coukos,G.和Dranoff,G.Nature 480，480–489，2011；Wherry,E.J.和Kurachi,M.Nature Rev Immunol 14，486–499，2015；Topalian,S.L.，Drake，C.G.和Pardoll,D.M.Cancer Cell 27，450–461，2015)。但是，最近的观察结果对该模型提出了质疑，这些观察结果表明末端耗尽的表型在表观遗传学经锁定并且难以改变(Pauken,K.E.等人Science 354，1060–1065，2016；Philip,M.等人Nature 545,562–456,2017；Khan,O.等人Nature 571，211–218，2019；Scott,A.C.等人Nature 571，270–274，2019)。理解T细胞在肿瘤免疫中的来源和归趋的一个主要限制因素在于，缺少有关癌症患者中单个T细胞克隆型分布的定量信息。在该实例中，在多种适应症的癌症患者中实施单细胞RNA测序(scRNA-seq)和TCR克隆型(scTCR-seq)深入分析，评估肿瘤、癌旁正常组织(NAT)和外周血中各种T细胞群中的TCR特征。在患者子集中，发现了T效应和效应记忆样细胞不仅在肿瘤内发生克隆型扩增而且在NAT中发生克隆扩增的明确证据。具有此类克隆型扩增的基因特征的患者似乎对抗PD-L1疗法具有最佳应答。重要的是，通常还可以在外周血中检测到在肿瘤和NAT中发现的扩增的克隆型，表明这是一种方便的患者鉴定方法。对这些数据的分析表明，肿瘤内T细胞(尤其是反应性患者中)从肿瘤外部不断补充新鲜、未耗尽的替代T细胞，表明这些患者的癌症免疫周期的持续活性，其加速可能与临床反应相关联。
结果
对来自14例患有四种不同类型的癌症且未接受过治疗的患者的新鲜手术切除样品中的142,752个TIL进行了3.25亿个mRNA转录本测序(图16A-16C)。对于每例患者，均从肿瘤、非肿瘤癌旁正常组织(NAT)中获得样品，并且对于4例患者，从外周血中采集样品。TCR测序结果得到99,788个细胞中α链或β链的一个或多个CDR3区。通过匹配所有已测序的CDR3区，将T细胞分为56,975个不同的克隆型，从而测量克隆扩增并追踪整个组织的克隆谱系。尽管患者之间很少共享单个克隆型，但是来自给定患者的肿瘤及相应NAT中驻留许多克隆型(图16D)。此类双重扩增的克隆与仅驻留于一个区室中的扩增克隆(称为肿瘤和NAT多重体)形成对比，而单例克隆则在每个区室中仅有一个观察到的细胞。
尽管大多数克隆型为单例(图16E)，代表T细胞的多样性，但是每例患者中9-18％的克隆型为克隆扩增多重态和双重扩增的克隆。双重扩增的克隆型占观察到的细胞的大部分，有时构成给定区室中T细胞的大部分(图16F)。通过调查单个克隆的模式，将其按照在NAT和肿瘤中的细胞计数作图，获得更多的见解(图12A)。在某些患者(例如Colon1)中，双重扩增的克隆沿主对角线排列，反映出两个区室中的细胞计数大致相等，并且表明这些区室中的相似或平行过程受多个独立克隆型的影响。而在其他患者中，双重扩增克隆偏离主对角线，说明这些克隆主要在肿瘤或NAT中扩增，表明双重克隆扩增的模式有所不同。衡量患者之间的这一差异的方法之一是双重扩增克隆中肿瘤和NAT细胞计数的皮尔逊相关系数。
假设肿瘤和NAT的并行扩增表示T细胞从周围组织浸润、从发炎的血管中均等渗入，而发散的扩增则可能代表了组织内T细胞的局部迁移、扩增或耗损。从匹配的血液样品中发现了这一概念的证据，其中在肿瘤和NAT中并行扩增的克隆在血液中也高度扩增(图12B)。具有并行扩增模式的患者也表现出高水平的淋巴细胞浸润进入肿瘤和NAT(图12C-12E)。重要的是，血液中已扩增的克隆的一部分被证明是双重扩增程度的代表，并且在具有强双重扩增的患者中，检测到在血液中扩增的TCR准确反映了双重扩增克隆的TCR组成，可捕获这些TCR的高大87％(图12F)。这种敏感性提示了一种方便的诊断测试，其可用于测量肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的双重扩增及相关联的TCR，并且扩展了针对癌症免疫疗法中基于血液的测定的其他提议(Gros,A.等人Nat Med 22，433-438，2016；Schumacher,T.N.和Scheper,W.Nat Med 22，340-341，2016；
N.等人Front Immunol 9，1613，2018；Hogan,S.A.等人Cancer Immunol Res 7，77-85，2019)。在来自14个NSCLC样品的scTCR-seq外部数据集中复制并且扩增了(图12G)外周和肿瘤内克隆扩增之间的关联(Guo,X.等人Nat Med 24,978-985,2018)。(图12H-12I，图17)。总体而言，结果表明外周克隆扩增与肿瘤和NAT的浸润相关联。
通过使用scRNA-seq同时测量基因表达，进一步探讨了克隆扩增的特征。无监督聚类分析将T细胞分配至聚类，如二维图(图13A)所示，其分别对应于不同的CD8+和CD4+T细胞亚型或生理状态。使用来自公开来源的参考基因特征对细胞进行分类(Guo等人2018；Yost,K.等人Nat Med 25，1251–1259，2019)(图13B，图18A)，结果表明聚类8.1对应于外部CX3CR1和CD8_eff聚类，与T效应子(Teff)细胞一致；并且聚类8.2对应于GZMK和CD8_mem聚类，与T效应记忆(Tem)细胞一致(Bratke,K.等人Eur J Immunol 35，2608-2616，2005；Abdelsamed,H.A.等人J Exp Med 214，1593-1606，2017)。这些亚型归属得到通过逻辑回归鉴定出的聚类特异性基因表达生物标记物的进一步支持(图13C，图18B)。聚类8.4具有高表达的DNA复制因子MCM7，表明有丝分裂活跃。聚类3.1和3.2表达丰富的线粒体基因，提示细胞凋亡。这些聚类被留作通用CD3+细胞以简化分析。
基于ITGAE(CD103)的丰富表达，三个聚类8.3a、8.3b和8.3c被视为驻留记忆(Trm)细胞(Schenkel,J.M.和Masopust,D.Immunity 41,P886–897,2014)。这些聚类也可以根据活化耗尽标记(包括PDCD1(PD-1))的低、中和高表达进行区分(图13D上图，图18C)，也可以通过已发表的茎状耗尽与传统耗尽的CD8+T细胞的基因特征进行区分(Im,S.J.等人Nature537,417–421,2016)(图13D下图)，与最近鉴定出的祖细胞耗尽和最终耗尽的Trm类别一致(Miller,B.C.等人Nature Immunol 20,326–336,2019)。Trm亚型的活化标志物CD69和XCL1(Lymphotactin)；ZNF683(Hobit)，一种组织驻留调节剂(Mackay,L.K.等人Science 352,459–463,2016)；和杀伤细胞凝集素样受体诸如KLRC2(图13C)的表达也有所不同。此外，聚类8.3a至8.3c表明，与NAT相比，肿瘤中的普遍率增加(图13E)，支持PD-1表达、末端耗尽与肿瘤微环境内同源抗原暴露的增加之间的关系(图13F)(Thommen,D.S.等人Nat Med 24,994–1004,2018)。血液中扩增的CD8+T细胞主要属于聚类8.1-Eff和8.2-Tem(图13G)，但四例患者的血液组成差异很大(图18D，右图)。
将scTCR-seq数据映射到基因表达图上(图13H)，并且按聚类对克隆扩增模式制表(图18D，左图)，表明CD4+细胞包含单例，但4.1-S100A6的肿瘤和NAT多重态扩增行为除外，基于ITGAE的表达，可能是CD4+Trm(图13C，图18C)。相比之下，CD8+细胞在很大程度上发生双重扩增，其中一部分8.2-Tem和8.3-Trm细胞也属于肿瘤多重性克隆。T细胞聚类表现出不同的克隆扩增行为(图13I，图18E)，Teff细胞表现出扩增的血液克隆平行浸润到肿瘤和NAT中，而Tem细胞则表现出减少，尽管三个区室之间存在明显的相关性以及可能的局部迁移或耗损。相比之下，Trm细胞很少在血液中表现出扩增，表明存在局部扩增机制。对外部数据集的分析(Guo,X.等人Nat Med 24，978–985，2018；Zhang,L.等人Nature 564，268–272，2018)得出相似的结果，类似的CX3CR1和GZMK聚类表现出与8.1-Eff和8.2-Tem聚类相似的克隆扩增模式(图19A，图19B)。效应T细胞在肿瘤和NAT中并行克隆扩增的一种可能的机制是通过发炎的血管外渗，而不是沿以肿瘤为中心的趋化因子梯度迁移(Shulman,Z.等人NatureImmunol 13,67–76,2012).。无论机制如何，本实例的发现均表明，之前在图12B中观察到的患者差异性可以反映了Teff、Tem和Trm细胞的不同比例，它们各有其特定的克隆扩增模式(图13J)。
本实例中生成的数据代表了肿瘤、NAT和血液中克隆大小的快照，代表各种动态过程随时间的积累。为了解这些动态，分析有关基底细胞癌治疗前和治疗后T细胞的外部数据集(Yost 2019)，并且了解两组测量结果随时间和免疫疗法的不同而存在的差异。已发表的分析表明，新克隆的克隆型与先前耗尽的TIL所隐藏的克隆型有所不同。通过将肿瘤中新克隆的scTCR-seq与治疗前血液中的大量TCR-seq进行匹配，发现TCR表现具有相关性(图14A)，表明新克隆的来源在肿瘤外部。此外，患者在新克隆的数量和大小上存在实质性差异，这些差异与它们在外周血中克隆多样性的程度相关(图14B)。但是，根据这些数据无法推断与临床反应的关系。
然而，通过基于克隆是否与治疗前血液共享TCR序列来区分克隆(图14C，图14D)，得出了显著的观察结果：在血液中无TCR表现的情况下，来自扩增的新克隆的细胞被大量耗尽(CD8_ex或CD8_ex_act)，但是在具有血液表现的情况下，此类细胞并未耗尽(CD8_mem)或甚至被激活(CD_act)。这一观察结果表明存在两种可能的克隆扩增模式：(1)与血液无关的局部扩增，导致T细胞耗尽；以及(2)浸润过程，将新的未耗尽的克隆引入肿瘤。除新克隆以外，在两个时间点都存在的剩余克隆在与治疗前血液匹配时也在治疗时发生扩增(图14C)，表明新克隆和现有克隆均由外周的替换T细胞连续提供。对新的CD4+克隆型实施的类似分析未显示与患者的血液克隆型(图20A)或克隆多样性(图20B)存在显著的相关性，但是在T滤泡性辅助细胞中观察到一种与血液无关的可能扩增模式(图20C)。
浸润性T细胞的普遍存在不仅可以与肿瘤发生反应，而且与非肿瘤抗原发生反应，这可以解释最近观察到的“旁观者”ENTPD1-(CD39-)T细胞(Simoni 2018)，并且可以有助于解释最新发现的不到10％的肿瘤内CD8+T细胞对肿瘤具有反应性(Scheper,W.等人Nat Med25,89–94,2019)。将来自该实例的TCR组成与已知或可能对常见病毒抗原发生反应的TCR的数据库进行比较(Shugay,M.等人Nucleic Acids Res 46，D419–D427(2018)；Li,B.等人NatGenet 48，725–732，2016)，并且发现每例患者的病毒反应性T细胞均来源于大量单例克隆以及一些高度扩增的克隆(图21A)，并且双重扩增克隆型最有可能匹配(图21B)。具有最频繁的匹配的聚类为3.2-RNR1(图21C)，其细胞凋亡的基因特征与未能遇到其同源抗原的T细胞的耗损相一致(McNally,J.M.等人J Virol 75,5965–5976,2001)。
正如对本实例中生成的数据以及外部数据的分析所表明的，患者的外周克隆扩增程度以及所得T细胞的浸润有所不同，并且这种差异性可能与对免疫检查点封锁的临床反应相关。在抗PD-L1抗体阿特珠单抗的三项II期随机试验中获得大量RNA-seq肿瘤样品(Mariathasan,S.Nature 22，544–548，2018；Fehrenbacher,L.等人Lancet 387，1837–1846(2016)；McDermott,D.F.等人Nat Med 24，749–757，2018)，使用在本研究中鉴定出的CD8+T细胞聚类的基因特征进行评估(图15A)。与相应细胞类型的不同但重叠的双重扩增图谱一致(图13H，图18D)，这些基因特征与克隆扩增行为相关联(图15B)，其中8.1-Eff特征在双重扩增克隆和肿瘤多重态中的8.3c-Trm高度表达。相对于NAT单例或多重态，8.2-Tem特征在包含肿瘤的区室中也发生一定程度的富集。由于这些基因特征代表CD8+T细胞的亚型，因此其中大部分与CD8A表达高度相关(图22A)，已知该表达是CD8+T细胞普遍率的指标以及对免疫疗法的应答的预测指标(图22B，左上图)。与8.1-Eff和8.2-Tem基因特征之间具有最强的相关性，表明它们在解释患者之间CD8+T细胞群的差异性方面具有相关性。8.1-Eff和8.2-Tem特征中的基因分别表现出改善无进展生存期(PFS)的偏好(图15C)，并且它们的综合评分在与若干包含阿特珠单抗的组中的PFS改善相关联(图15D)，但IMmotion150中的单药治疗除外，其可以反映了在肾细胞癌中缺乏贝伐珠单抗的情况下所提出的髓样细胞免疫抑制的作用(McDermott 2018)。
总体而言，本实例证明，肿瘤中双重扩增克隆的存在以及来自肿瘤外部的T细胞的补充可以是解释患者差异性和癌症免疫疗法的临床益处的关键因素。患者外周克隆扩增的程度各不相同，并且本实例中生成的数据表明，多部位扩增的程度比仅存在CD8+TIL更能够预测应答。临床益处可以来源于PD-1/PD-L1阻断对这些T细胞种群的直接作用(Yan,Y.等人JCI Insight 3，e97828，2018；Yamaguchi,K.Cancer Sci 109，3032–3042，2018)，或者因为阻断只能在那些持续存在T细胞应答且持续补充TIL的患者中增加约定抗肿瘤T细胞的产生。这些观察结果表明，肿瘤或NAT中T细胞的供应可以取决于外周血的效应子和效应记忆性T细胞的可用性。它们还提高了在某些患者中采集血液中的T细胞样品可以提供有关组织驻留的T细胞的TCR组成信息的可能性，从而扩展了“液体活检”的可能性。
材料和方法
试剂和抗体
下面列出了用于FACS分选的抗体：
CD45：Biolegend、2D1、B237418、368512、APC或368516APC/Cy7
CD3：Biolegend，HIT3a，B256208，300308，PE。
EpCAM：Biolegend，9C4，B255542，324222，PE/Cy7。
CD56：Biolegend，5.1H11，B263355，362546，FITC。
CD14：Biolegend，63D3，B257234，367116，FITC。
CD11b：Biolegend，ICRF44，B218669，301330，FITC。
CD16：Biolegend，B73.1，B238206，360716，FITC。
CD19：Biolegend，HIB19，B2448329，302206，FITC。
软件版本
使用Cell Ranger软件(10x Genomics,Pleasanton,CA)2.2.0版(Zheng,G.X.Y.等人Nature Communications 8,14049,2017)、Perl 5.18.2版、R3.6.0版以及R中的以下软件包和版本进行分析：Seurat，3.0.2(Stuart,T.等人Cell 177,1888–1902,2019)；limma，3.41.15(Ritchie,M.E.等人Nucleic Acids Research 43,e47,2015)；annotate_1.63.0；同源基因，1.4.68.19.3.27；小鼠4302.db，3.2.3；RankProd，3.11.0(Del Carratore,F.等人Bioinformatics 33,2774–2775,2017)；qvalue，2.17.0(Storey,J.D.Journal of theRoyal Statistical Society,Series B 64,479–498,2002)；SingleR,1.0.1(Aran,D.等人Nat Immunol 20,163–172,2019)；和生存期，2.44-1.1(Therneau,T.M.和Grambsch,P.M.Modeling Survival Data:Extending the Cox Model,Springer,New York,2000)。使用以下软件包和版本在R:colorspace,1.4-1(Zeileis,A.等人colorspace:a toolbox formanipulating and assessing colors and palettes.Technical Report 1903.06490,arXiv.org,20192019)；RColorBrewer，1.1-2；和pheatmap，1.0.12中绘图。外部数据集的数据使用GenomicDataCommons 1.9.0(Morgan,M.T.和Davis,S.R.Genomic Data Commons:aBioconductor interface to the NCI Genomic Data Commons,Technical Report117200,bioRxiv.org,2017)和GEOquery 2.53.0(Davis,S.和Meltzer.Bioinformatics14,1846-1847,2007)获得。
组织解离
采集来自患有子宫内膜癌、NSCLC、RCC和CRC并且未接受过治疗的患者的手术切除物(Discovery Life Sciences,iSpecimen Inc,Avaden BioSciences and TriMetis LifeSciences)。经病理学家检查后，将新鲜样品分为肿瘤和NAT区室，并且连夜运输。到达后，将样品用PBS冲洗，直至肉眼看不到任何血迹为止。随后，在轻轻振摇的条件下，在37℃用胶原酶D(0.5mg/ml)和DNAse(0.1mg/ml)的组合将样品消化15min。随后，将样品置于gentleMACS解离器(Miltenyi Biotec)中，并且在37℃额外孵育10min。
PBMC分离
使用50mL LeucosepTM管(Greiner Bio-One International,Germany)和Ficoll-PaqueTM PLUS(GE Healthcare,Sweden)分离患者的外周血单核细胞。将吸入肝素钠采血管中的全血用不含钙或镁的磷酸盐缓冲盐水(PBS)(Lonza,Walkersville,Maryland)稀释3倍。将稀释的细胞悬液小心地铺在Leucosep管上，并且在室温(RT)下以800x g离心15分钟。收获包含PBMC的Interphase并且用PBS洗涤，随后在室温下以250x g离心10分钟，然后进行进一步处理。
预富集和FACS分选
在组织经过组织酶解后，使用磁珠分离法对单细胞悬液进行一轮活细胞或CD45+富集，然后使用抗CD45和抗CD3混合物进行抗体染色以鉴定T细胞，使用抗EPCAM抗体排除上皮细胞，并且使用抗CD56抗体、抗CD14抗体、抗CD16抗体、抗CD11b抗体和抗CD19从分选门中排除非T细胞。在配备4个激光器(405nm,488nm,561nm,638nm)的Becton DickinsonFACSAria细胞分选仪上，通过荧光激活细胞分选(FACS)纯化细胞。每个分选阶段使用一个70μm喷嘴，该喷嘴在70psi和90kHz下运行。基于钙黄绿素蓝AM+和碘化丙啶-(ThermoFisher Scientific)，吸出FACS门以仅包括单个活细胞。吸出更多门以获得CD3+CD45+EpCAMor CD45+EpCAM-细胞。
单细胞RNA-seq和TCR V(D)J克隆型分析
使用Chromium单细胞5'文库和胶珠试剂盒(10x Genomics,Pleasanton,CA)，按照制造商的用户指南，对单细胞基因表达(RNA-seq)和T细胞受体(TCR)V(D)J克隆型进行样品处理。利用Vi-CELL XR细胞计数器(Beckman Coulter)测定来自肿瘤、NAT和血液的FACS分选的CD3+T细胞或CD45+细胞的细胞密度和细胞存活率。所有处理后的样品的细胞存活率均高于90％。利用细胞密度估算逆转录(RT)主混合物所需的单细胞悬液的体积，目的是使每个样品达到约6,000–10,000个细胞。经过胶珠-乳液逆转录(GEM-RT)反应和净化后，总共进行14次PCR扩增循环，以获得足够的cDNA用于RNA-seq文库生成和TCR V(D)J靶向浓缩，然后生成V(D)J文库。TCR和BCR V(D)J使用Chromium单细胞V(D)J富集试剂盒，人T细胞(10XGenomics)，根据制造商的用户指南进行TCR V(D)J富集。按照制造商的用户指南(10xGenomics)制备RNA-seq和V(D)J的文库，然后使用Bioanalyzer高灵敏度DNA试剂盒(Agilent Technologies)进行分析，并且使用Qubit(Thermo Fisher Scientific)或Kapa文库定量试剂盒(Kapa Biosystems)进行定量。在HiSeq4000(Illumina)的一个通道中对单细胞RNA-seq文库进行测序；合并单细胞TCR V(D)J文库，然后在HiSeq2500(Illumina)的一个通道中测序；根据制造商的规格进行测序(10xGenomics)。
单细胞TCR测序数据的处理
使用Cell Ranger软件通过“cellranger vdj”命令和预先构建的人类参考包，处理每个样品的T细胞受体(TCR)测序数据，以获得每个细胞的可能的克隆型归属，每个样品产生一个输出文件filtered_contig_annotations.csv。
因为Cell Ranger软件为每个样品单独分配克隆型，而当前的分析依赖于鉴定各个样品共享的克隆型，所以针对每例患者，在肿瘤、NAT和血液样品中对克隆型进行重新分组，要求它们共享所有报告的α链和β链CDR3共有核苷酸序列。利用每个样品对该程序进行单独测试，并且确认分组的克隆型与Cell Ranger软件的原始克隆型相一致。
单细胞RNA测序数据的处理
单细胞RNA-seq数据通过Cell Ranger软件进行处理。使用命令“cellrangermkfastq”将Illumina基本调用(BCL)文件转换为FASTQ文件。基于提供于数据和软件包中的人类参考基因组GRCh38和RefSeq基因模型(参见以下有关数据和代码可用性的部分)并且参考Entrez GeneID，使用定制的包含30,727个基因的参考包，通过“cellranger count”处理表达数据。总共获得了200,626个T细胞和非T细胞中541,863,094个转录本的scRNA-seq数据。
T细胞和非T细胞的计算分离
使用R统计软件从筛选后的barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx文件中提取转录本计数。然后使用Seurat 3版和SCTransform程序处理每个样品的计数矩阵，以基于3000个变化最大的基因执行正规化的负二项式回归分析。使用Seurat中的FindIntegrationAnchors和IntegrateData函数将每例患者的肿瘤、NAT和血液(如果可用)样品的归一化数据集组合在一起，默认值为30维。然后使用Seurat中的FindIntegrationAnchors和IntegrateData函数，使用3.0.2版中实现的对数归一化计数方法(默认值为30维)将所有14例患者的数据集合并。使用FindClusters程序在分辨率为1.6(大于默认值0.8)的条件下进行聚类分析，以便获得分辨率更精细的细胞亚型，并且获得33个聚类。
所需的T细胞聚类被视为具有所选CD3和CD45样品的混合表现，而仅包含来自所选CD45样品的贡献的样品被视为主要包含非T细胞。根据这一标准，将细胞分为T细胞和非T细胞类别，并且针对这两个部分重复整个数据转换、集成和聚类分析过程。因为聚类分析程序可从其他细胞中鉴定出基因表达异常的细胞，所以后续迭代能够鉴定出非T细胞集中更小的受污染T细胞子集，反之则鉴定出T细胞集中受污染的非T细胞。因此，每次迭代都能够使分离细化。采用所选CD45样品的一个优势在于，它们的非T细胞群提供了一种从所选CD3样品中去除非T细胞污染物的方法，从而有助于获得更纯净的T细胞集合以供分析。将分离过程迭代5个循环，直至所有T细胞聚类均具有所选CD3和CD45样品的混合表示，并且未鉴定出异常聚类。
T细胞聚类的命名
在Seurat中使用默认值，通过FindClusters程序对T细胞群进行无监督聚类分析。使用RunPCA和RunUMAP程序进行维数约减。使用统一流形近似和投影(UMAP)算法(Becht,E.等人Nature Biotechnology 37,38–44,2019)得到的坐标生成二维基因表达图。为表征每个聚类，应用两种程序：Seurat中的FindMarkers程序(使用均值表达的倍数变化对数鉴定生物标记物)以及逻辑回归程序(鉴定将给定聚类中的细胞与其他细胞分开的生物标记物)。使用SCTransform测定数据，对每例患者中的每个聚类的每个基因进行逻辑回归分析，得到带符号的偏差值，其中符号取决于基因表达项的系数。对于每个聚类，使用R中RankProd软件包中的Rank Product程序将患者之间的带符号的偏差值合并。将FindMarkers和逻辑回归程序的结果与有关条形图(诸如图13C中的图)的检查结合使用，以鉴定每个聚类的基因标记。但是，这些标记仅用于命名目的以及选择基因显示在图13C和图18B中，并不影响任何后续计算。图13C和图18B中的条形图使用来自Seurat的综合测定的比例数据计算得出。使用SCTransform阵列中的计数百分位数计算单个基因表达在二维图上的图，因为许多基因在scRNA-seq测定中的表达水平低，并且无法通过积分算法进行缩放。
来自Guo等人(2018)的数据的分析
对于GSE99254，使用R中的GEOquery库并且运行命令getGEOSuppFiles，获得单细胞RNA-seq计数。获得了12,348个细胞的23,459个基因的表达数据。从基因表达综合数据库项目GSE99254网站的数据表中下载包括每个细胞所对应的患者、聚类归属和组织来源的元数据。TCR序列和克隆型分组得自Guo等人(2018)的已发表论文的补充表2。获得了7398种不同的克隆型的10,202个细胞的TCR序列。
来自Zhang等人(2018)的数据的分析
对于GSE108989，使用R中的GEOquery库并且运行命令getGEOSuppFiles，获得单细胞RNA-seq计数。获得了11,140个细胞的23,459个基因的表达数据。从基因表达综合数据库项目GSE108989网站的数据表中下载包括每个细胞所对应的患者、聚类归属和组织来源的元数据。TCR序列和克隆型分组得自Zhang等人(2018)的已发表论文的补充表4。获得了7274种不同的克隆型的9878个细胞的TCR序列。
茎状耗尽与末端耗尽特征
使用R中GEOquery软件包的getGEO程序，从基因表达综合数据库项目GSE84105(Im2015)获得样品GSM2227309至GSM2227314的微阵列数据(呈log2 RMA归一化强度的形式)。使用R中limma软件包中的lmFit、contrasts.fit、eBayes和topTable程序，在倍数变化对数阈值为3或更大的条件下，发现三个Cxcr5+样品与三个Tim-3+样品之间的差异表达探针。使用annotate和mouse4302.db软件包将这些探针分配给基因，然后使用R中的homologene软件包将其翻译为人等价物。使用通过Seurat计算得出的综合测定的缩放数据阵列，将所得58个上调基因与scRNA-seq数据集进行比较，得到12个共有的基因。每个T细胞的总体特征得分通过对特征基因按比例缩放的平均数据评分计算得出。
来自Yost等人(2019)的数据的分析
对于GSE123813，使用R中的GEOquery库并且运行命令getGEOSuppFiles，获得单细胞RNA-seq计数和scTCR序列。从Yost等人(2019)的相应作者处获得包括每个细胞所对应的患者、治疗状态和聚类归属的元数据。分析具有匹配的元数据的表达数据，得到测量23,309个基因的33,106个细胞。提供具有匹配的元数据的28,371个细胞的单细胞TCR序列。大量TCR-seq序列和模板计数通过Adaptive Biotechnologies得自ImmuneACCESS Web门户。
提供的scTCR-seq数据为不含指定的克隆型的TCR-α和TCR-β核苷酸和氨基酸序列。因此，通过匹配给定患者的细胞之间所有可用的TCR链，根据治疗前和治疗后肿瘤样品创建克隆型分组，其程序类似于对当前数据集的肿瘤、NAT和血液克隆型的重新分组程序。在数据集中的11例患者中，该程序鉴定出17,369种不同的克隆型。患者bcc.su003的治疗前和治疗后的肿瘤样品之间无克隆型匹配结果，因此无法进一步分析。在剩余患者中，分别有5例和6例患者具有治疗前和治疗后的大量TCR-seq血液数据，其中患者bcc.su002无治疗前血液样品。通过将单个TCRβ链与来自scTCR-seq数据中的克隆型的任何TCRβ链相匹配，将大量TCR-seq克隆型与肿瘤克隆型相关联。由于大量TCR-seq数据报告包含CDR3序列的每个TCRβ链的87bp重排序列，因此出于与scTCR-seq数据匹配的目的，通过查找与给定生产性CDR3氨基酸序列的翻译匹配来提取CDR3核苷酸序列。由于scTCR-seq克隆型可以包含TCR-α链以及多个TCR-β链，因此来自肿瘤的scTCR-seq克隆型与来自血液的大量TCR-seq克隆型之间存在多对一的对应关系。对于涉及是否存在大量TCR-seq匹配的分析，在图14C、图14D和图20B、图20C中，所有匹配的克隆型均被认为与血液相关。对于需要克隆大小的分析，在图14A和图20A中，通过对scTCR-seq克隆大小进行求和并且以多数决方式解析多个原代细胞聚类或使原代细胞聚类未分配，将给定血液克隆型的多个肿瘤克隆型匹配结果合并。为比较治疗前和治疗后大量TCR序列的分析，在图14B中，当整个87bp重排序列相同时，克隆型相匹配。
聚类归属与外部聚类的比较
根据Guo等人(2018)、Zhang等人(2018)和Yost等人(2019)的数据集的scRNA-seq数据计算参考基因特征。前两个数据集的计数矩阵已经按库大小以TPM(每百万个转录本)矩阵的形式归一化，并且对第三个数据集进行相同的归一化。对于每个聚类，基于原始分析得到的元数据，通过对聚类中不同细胞的每个基因进行10％截尾均值，获得稳定的质心。利用这些质心作为R软件包SingleR的参考基因特征，该程序将单细胞归属分配给当前数据集中的每个细胞。来自该数据集的基因表达测量结果为整合之前针对每个样品计算得出的SCTransform细胞计数。基于通过SingleR计算的内部聚类归属和外部归属，对细胞计数进行交叉列表，然后依次通过外部归属和内部归属对所得矩阵进行归一化，以生成图13B和图18B的热图。
TCR序列与VDJdb的比较
从其网站上获得VDJdb(Shugay 2018)的2018-06-04版本。分析文件vdjdb.slim.txt，以提取TCR物种为“智人”并且表位种类为“CMV”、“EBV”或“甲型流感”的条目。对本实例中生成的数据集的每种克隆型与VDJdb数据库中的cdr3字段进行比较，要求相应克隆型的任何CDR3氨基酸序列均精确匹配。
TCR序列与癌症基因组图谱(TCGA)的比较
获得一组716,720个TCR序列，该序列使用TRUST算法(Li 2016)由癌症基因组图谱(TCGA)中的9142个大量RNA-Seq样品组成。这些序列在取得对TCGA中序列级数据的授权访问后从作者那里获得。每个序列均在FASTA文件的标题中标记有推定的CDR3氨基酸序列。比较由本实例中生成的数据集的每种克隆型，要求克隆型所对应的任何CDR3氨基酸序列都必须与来源于TCGA的CDR3序列的任何子串完全匹配。每个FASTA文件均带有等分ID注释，该ID使用R库GenomicDataCommons与癌症类型相关联。当在三个或更多个个体中观察到来源于TCGA的CDR3序列时(所有个体具有不同的癌症类型，并且任意两个个体均无相同的癌症类型)，认为其可能具有病毒反应性。
CD8+T细胞聚类的基因特征
在本实例中，采用一种逻辑回归程序，该程序类似于用于查找特征性生物标记物以命名T细胞聚类的逻辑回归程序，不同之处在于，数据仅限分配给8.1-Eff、8.2-Tem和8.3-Trm聚类的细胞，以便集中于CD8+聚类之间的差异，而不是将CD8+与CD4+T细胞区分开的生物标记物。数据也仅限于肿瘤和NAT细胞，因为只有四个样品具有血液细胞。使用SCTransform测定数据，对每个聚类的每例患者内的每个基因进行逻辑回归。将肿瘤或NAT来源作为协变量包括在内，以帮助消除批次效应。每次逻辑回归拟合为给定聚类中的给定基因产生带符号的偏差值，其中符号取决于基因表达项的系数。对于每个聚类，使用R中的RankProd软件包中的Rank Product程序将不同患者的带符号的偏差值合并。针对每个基因表达特征，总共选择20个基因。
临床试验数据分析
大量肿瘤RNA-seq数据得自三项临床试验：(1)IMvigor210(Mariathasan 2018)(顶部行)，一项针对354例局部晚期或转移性尿路上皮癌患者的单组试验；(2)POPLAR(Fehrenbacher 2016)(中建行)，一项比较接受阿特珠单抗治疗的93例非小细胞肺癌患者与接受化疗剂多西他赛治疗的100例患者是双组试验；以及(3)IMmotion150(McDermott2018)(底部行)，一项针对肾细胞癌患者接受阿特珠单抗治疗(86例患者)、接受阿特珠单抗加VEGF抑制剂贝伐珠单抗治疗(88例患者)或接受酪氨酸激酶抑制剂抑制剂舒尼替尼(89例患者)的三组试验。RNA-seq计数按M值的截尾均值归一化，进行log2转换，然后通过减去均值并且除以试验中所有患者的标准偏差，将其转换为每种基因的Z评分。使用R中的survival软件包进行后续的临床分析。
根据基因表达值高于或低于中位数将其二分，然后使用二分变量将Cox比例风险模型拟合为经删失的PFS生存时间，计算每个基因的无进展生存期(PFS)危险比。为评估每个基因特征的总体危险比，采用Irizarry等人(2009)提出的基因组试验。具体地，首先根据百分位数图确认对数转换后的危险比呈正态分布。然后，在给定的临床试验中，通过匹配ENTREZ基因ID从每个特征中找出基因的交叉点。将总体危险比作为其几何均值进行计算，其相当于对数转换后的危险比的算术均值。将对数转换后的危险比乘以相交基因数量的平方根，计算出z统计量，然后将值应用于正态分布即可得到p值。
为评估合并的特征评分，像之前一样，在给定的临床试验中根据每个特征找出基因交叉点。利用每个特征中产生的n个共有基因计算每项试验中每例患者的表达评分作为加权平均z评分，使用来自共有特征基因中接受权重为n的最高排名基因至接受权重为1的最低排名基因的线性权重系列。在每项临床试验中，特征评分基于其值高于或低于中位数而二分。将该二分变量的Cox比例风险模型拟合至经删失的每项临床试验的每一组中的PFS生存期数据，并且报告为每幅Kaplan-Meier生存曲线Wald统计量的危险比和p值。
数据和代码可用性
能够重现本文中的分析和图形的完整数据和软件包可以从可http://research-pub.gene.com/tumor-immune-cells上公开获得。此外，scRNA-seq和scTCR-seq分析的数据和元数据将提供于NCBI基因表达综合数据库中(在本手稿接受发表时，登录号待定)。
VII.其他实施例
尽管为了清楚理解的目的先前已经通过说明和实例相当详细地描述了发明，但是所述说明和实例不应解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容的全部内容以引用方式明确地并入。
本公开还通过以下经编号的实施例进行描述：
实施例1.一种产生嵌合抗原受体(CAR)T细胞的方法，该方法包括：
(a)从患有癌症的个体获得外周血样品；
(b)测定(i)由样品中的一种或多种T细胞表达的T细胞受体(TCR)的一个或多个互补决定区(CDR)的氨基酸序列和/或(ii)编码该氨基酸序列的核酸序列；以及
(c)修饰前体细胞以表达包含所述一个或多个CDR的CAR，从而产生CAR T细胞。
实施例2.一种产生CAR T细胞的方法，该方法包括修饰前体细胞以表达包含TCR的一个或多个CDR的CAR，所述TCR由获自患有癌症的个体的外周血样品中的一种或多种T细胞表达。
实施例3.根据实施例1或2所述的方法，其中样品中的T细胞为克隆扩增的T细胞。
实施例4.根据实施例3所述的方法，其中克隆扩增的T细胞为CD8+T细胞。
实施例5.根据实施例4所述的方法，其中CD8+T细胞为CTL。
实施例6.根据实施例1-5中任一项所述的方法，其中由所述一种或多种T细胞表达的TCR特异性结合由个体中的癌细胞表达的抗原。
实施例7.根据实施例3-6中任一项所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.01％。
实施例8.根据实施例7所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.1％。
实施例9.根据实施例8所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少1％。
实施例10.根据实施例9所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少2％。
实施例11.根据实施例10所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少3％。
实施例12.根据实施例11所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少4％。
实施例13.根据实施例12所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少5％。
实施例14.根据实施例13所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少10％。
实施例15.根据实施例14所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少15％。
实施例16.根据实施例15所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少20％。
实施例17.根据实施例16所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少25％。
实施例18.根据实施例1-17中任一项所述的方法，其中前体细胞为T细胞。
实施例19.根据实施例1-18中任一项所述的方法，其中方法产生至少约1×103个CAR T细胞。
实施例20.根据实施例19所述的方法，其中方法产生约1×103个CAR T细胞至约1×1012个CAR T细胞。
实施例21.根据实施例20所述的方法，其中方法产生约1×104个CAR T细胞至约1×1011个CAR T细胞。
实施例22.根据实施例21所述的方法，其中方法产生约1×105个CAR T细胞至约1×1010个CAR T细胞。
实施例23.根据实施例22所述的方法，其中方法产生约1×106个CAR T细胞至约1×109个CAR T细胞。
实施例24.一种通过根据实施例1-23中任一项所述的方法产生的CAR T细胞。
实施例25.一种药物组合物，其包含(i)通过根据实施例1-23中任一项所述的方法产生的一种或多种CAR T细胞或其子代，以及(ii)一种或多种载体、稀释剂和/或赋形剂。
实施例26.一种治疗有此需要的个体的癌症的方法，该方法包括向个体施用根据实施例24所述的CAR T细胞或其子代或根据实施例25所述的药物组合物。
实施例27.根据实施例26所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
实施例28.根据实施例27所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
实施例29.根据实施例28所述的方法，其中肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
实施例30.根据实施例28所述的方法，其中肾癌为肾细胞癌(RCC)。
实施例31.根据实施例28所述的方法，其中膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
实施例32.根据实施例28所述的方法，其中乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
实施例33.根据实施例26-32中任一项所述的方法，其中向患者进一步施用PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例34.根据实施例33所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
实施例35.根据实施例34所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
实施例36.根据实施例35所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例37.根据实施例36所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
实施例38.根据实施例36所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
实施例39.根据实施例36-38中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
实施例40.根据实施例35-39中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例41.根据实施例40所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
实施例42.根据实施例41所述的方法，其中抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ ID NO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
实施例43.根据实施例42所述的方法，其中抗体包含：重链可变区，其包含SEQ IDNO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
实施例44.根据实施例34所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
实施例45.根据实施例44所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例46.根据实施例45所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
实施例47.根据实施例46所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
实施例48.根据实施例45-47中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
实施例49.根据实施例44-48中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例50.根据实施例49所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
实施例51.根据实施例44-48中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
实施例52.根据实施例51所述的方法，其中Fc融合蛋白为AMP-224。
实施例53.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定个体在来自该个体的外周血样品中是否具有克隆扩增的T细胞，其中样品中的克隆扩增的T细胞将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例54.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定个体在来自该个体的外周血样品中是否具有克隆扩增的T细胞，其中样品中的克隆扩增的T细胞将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例55.根据实施例53或54所述的方法，其中样品包含克隆扩增的T细胞，并且方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例56.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定个体在来自该个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞；
以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例57.一种治疗已确定为在来自个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞的个体的癌症的方法，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例58.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括：
(a)确定个体在来自该个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞；
以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例59.一种诱导患有癌症并且已确定为在来自个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例60.根据实施例53-59中任一项所述的方法，其中克隆扩增的T细胞为CD8+T细胞。
实施例61.根据实施例60所述的方法，其中CD8+T细胞为CTL。
实施例62.根据实施例53-61中任一项所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含α链和β链的TCR，该α链和β链各自包含CDR即CDR-1、CDR-2和CDR-3，其中编码相应α链CDR-1、CDR-2或CDR-3和/或β链CDR-1、CDR-2或CDR-3的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例63.根据实施例62所述的方法，其中编码相应α链CDR1的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例64.根据实施例63所述的方法，其中编码相应α链CDR1的核酸序列彼此至少90％相同。
实施例65.根据实施例64所述的方法，其中编码相应α链CDR1的核酸序列彼此至少95％相同。
实施例66.根据实施例65所述的方法，其中编码相应α链CDR1的核酸序列彼此100％相同。
实施例67.根据实施例62-66中任一项所述的方法，其中编码相应α链CDR2的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例68.根据实施例67所述的方法，其中编码相应α链CDR2的核酸序列彼此至少90％相同。
实施例69.根据实施例68所述的方法，其中编码相应α链CDR2的核酸序列彼此至少95％相同。
实施例70.根据实施例69所述的方法，其中编码相应α链CDR2的核酸序列彼此100％相同。
实施例71.根据实施例62-70中任一项所述的方法，其中编码相应α链CDR3的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例72.根据实施例71所述的方法，其中编码相应α链CDR3的核酸序列彼此至少90％相同。
实施例73.根据实施例72所述的方法，其中编码相应α链CDR3的核酸序列彼此至少95％相同。
实施例74.根据实施例73所述的方法，其中编码相应α链CDR3的核酸序列彼此100％相同。
实施例75.根据实施例62-74中任一项所述的方法，其中编码相应β链CDR1的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例76.根据实施例75所述的方法，其中编码相应β链CDR1的核酸序列彼此至少90％相同。
实施例77.根据实施例76所述的方法，其中编码相应β链CDR1的核酸序列彼此至少95％相同。
实施例78.根据实施例77所述的方法，其中编码相应β链CDR1的核酸序列彼此100％相同。
实施例79.根据实施例62-78中任一项所述的方法，其中编码相应β链CDR2的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例80.根据实施例79所述的方法，其中编码相应β链CDR2的核酸序列彼此至少90％相同。
实施例81.根据实施例80所述的方法，其中编码相应β链CDR2的核酸序列彼此至少95％相同。
实施例82.根据实施例81所述的方法，其中编码相应β链CDR2的核酸序列彼此100％相同。
实施例83.根据实施例62-82中任一项所述的方法，其中编码相应β链CDR3的核酸序列彼此至少85％相同。
实施例84.根据实施例83所述的方法，其中编码相应β链CDR3的核酸序列彼此至少90％相同。
实施例85.根据实施例84所述的方法，其中编码相应β链CDR3的核酸序列彼此至少95％相同。
实施例86.根据实施例85所述的方法，其中编码相应β链CDR3的核酸序列彼此100％相同。
实施例87.根据实施例53-86中任一项所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含α链和/或β链的TCR，该α链和/或β链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
实施例88.根据实施例87所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
实施例89.根据实施例88所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此至少90％相同的核酸序列。
实施例90.根据实施例89所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此至少95％相同的核酸序列。
实施例91.根据实施例90所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含α链的TCR，该α链具有彼此100％相同的核酸序列。
实施例92.根据实施例87-91中任一项所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
实施例93.根据实施例92所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此至少90％相同的核酸序列。
实施例94.根据实施例93所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此至少95％相同的核酸序列。
实施例95.根据实施例94所述的方法，其中克隆扩增的T细胞表达包含β链的TCR，该β链具有彼此100％相同的核酸序列。
实施例96.根据实施例53-95中任一项所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.01％。
实施例97.根据实施例96所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少0.1％。
实施例98.根据实施例97所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少1％。
实施例99.根据实施例98所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少2％。
实施例100.根据实施例99所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少3％。
实施例101.根据实施例100所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少4％。
实施例102.根据实施例101所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少5％。
实施例103.根据实施例102所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少10％。
实施例104.根据实施例103所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少15％。
实施例105.根据实施例104所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少20％。
实施例106.根据实施例105所述的方法，其中克隆扩增的T细胞占样品中所有T细胞的至少25％。
实施例107.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括测定来自该个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中在所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例108.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括测定来自该个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中在样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例109.根据实施例107或108所述的方法，其中样品中的一个或多个基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例110.根据实施例107-109中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
实施例111.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例112.一种治疗个体的癌症的方法，该个体已被测定为来自该个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例113.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中样品中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例114.一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，该个体患有癌症并且已被测定为来自该个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例115.根据实施例113或114所述的方法，其中T细胞为CD8+T细胞。
实施例116.根据实施例115所述的方法，其中CD8+细胞为细胞毒性T细胞(CTL)或效应记忆性T细胞(Tem)。
实施例117.根据实施例111-116中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
实施例118.根据实施例110或117所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
实施例119.根据实施例118所述的方法，其中个体群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
实施例120.根据实施例119所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
实施例121.根据实施例119或120所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性得到显著改善。
实施例122.根据实施例119-121中任一项所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
实施例123.根据实施例122所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
实施例124.根据实施例123所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
实施例125.根据实施例120-124中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括无进展生存期(PFS)的延长。
实施例126.根据实施例120-125中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括总生存期(OS)的延长。
实施例127.根据实施例110和实施例117-126中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为该参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
实施例128.根据实施例127所述的方法，其中参考群体中所述一个或多个基因的免疫评分表达水平为该参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的中位数。
实施例129.根据实施例110和实施例117-126中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均值。
实施例130.根据实施例129所述的方法，其中参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均值为参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的平均值。
实施例131.根据实施例128或130所述的方法，其中所述一个或多个基因中的每一个的归一化表达水平为归一化至参考基因的所述一个或多个基因中的每一个的表达水平。
实施例132.根据实施例131所述的方法，其中参考基因为CD8A。
实施例133.根据实施例107-132中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为一个或多个基因的预先指定的表达水平。
实施例134.根据实施例53-133中任一项所述的方法，其中受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS的延长。
实施例135.根据实施例53-134中任一项所述的方法，其中受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括PFS的延长。
实施例136.根据实施例134或135所述的方法，其中受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS和PFS的延长。
实施例137.根据实施例107-136中任一项所述的方法，其中基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的两种或更多种。
实施例138.根据实施例137所述的方法，其中基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的三种或更多种。
实施例139.根据实施例要求138所述的方法，其中基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的四种或更多种。
实施例140.根据实施例107-139中任一项所述的方法，其中表达水平为核酸表达水平。
实施例141.根据实施例140所述的方法，其中核酸表达水平为mRNA表达水平。
实施例142.根据实施例141所述的方法，其中mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合进行测定。
实施例143.根据实施例142所述的方法，其中mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
实施例144.根据实施例142所述的方法，其中mRNA表达水平使用RT-qPCR进行检测。
实施例145.根据实施例53-144中任一项所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
实施例146.根据实施例145所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
实施例147.根据实施例146所述的方法，其中肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
实施例148.根据实施例146所述的方法，其中肾癌为肾细胞癌(RCC)。
实施例149.根据实施例146所述的方法，其中膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
实施例150.根据实施例146所述的方法，其中乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
实施例151.根据实施例53-150中任一项所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
实施例152.根据实施例151所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
实施例153.根据实施例152所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例154.根据实施例153所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
实施例155.根据实施例153所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
实施例156.根据实施例153-155中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
实施例157.根据实施例152-156中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例158.根据实施例157所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
实施例159.根据实施例157所述的方法，其中抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ ID NO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
实施例160.根据实施例159所述的方法，其中抗体包含：重链可变区，其包含SEQID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
实施例161.根据实施例151所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
实施例162.根据实施例161所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例163.根据实施例162所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
实施例164.根据实施例162所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
实施例165.根据实施例162-164中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
实施例166.根据实施例161-165中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例167.根据实施例166所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
实施例168.根据实施例161-165中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
实施例169.根据实施例168所述的方法，其中Fc融合蛋白为AMP-224。
实施例170.根据实施例53-169中任一项所述的方法，其中个体既往未治疗过所述癌症。
实施例171.根据实施例170所述的方法，其中个体既往未施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例172.根据实施例53-171中任一项所述的方法，其中个体既往通过向该个体施用含铂化疗剂治疗过所述癌症，并且其中个体对化疗剂无应答。
实施例173.根据实施例53-172中任一项所述的方法，其中包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗为单药治疗。
实施例174.根据实施例53-173中任一项所述的方法，进一步包括向个体施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
实施例175.根据实施例174所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
实施例176.根据实施例175所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括免疫调节剂。
实施例177.根据实施例176所述的方法，其中免疫调节剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例178.根据实施例53-177中任一项所述的方法，其中该个体是人。
实施例179.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括测定来自该个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中在所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例180.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中在样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例181.根据实施例179或180所述的方法，其中样品中的五个或更多个基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例182.根据实施例178-181中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中的五种或更多种基因的免疫评分表达水平。
实施例183.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例184.一种治疗个体的癌症的方法，该个体已被测定为来自该个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例185.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例186.一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，该个体患有癌症并且已被测定为来自该个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例187.根据实施例185或186所述的方法，其中T细胞为CD8+T细胞。
实施例188.根据实施例187所述的方法，其中CD8+T细胞为细胞毒性T细胞(CTL)或效应记忆性T细胞(Tem)。
实施例189.根据实施例183-188中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中的五种或更多种基因的免疫评分表达水平。
实施例190.根据实施例182或189所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
实施例191.根据实施例190所述的方法，其中个体群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
实施例192.根据实施例191所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
实施例193.根据实施例191或192所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性得到显著改善。
实施例194.根据实施例191-193中任一项所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
实施例195.根据实施例194所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
实施例196.根据实施例195所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
实施例197.根据实施例192-196中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括无进展生存期(PFS)的延长。
实施例198.根据实施例192-196中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括总生存期(OS)的延长。
实施例199.根据实施例185和实施例189-198中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为该参考群体中五种或更多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
实施例200.根据实施例199所述的方法，其中参考群体的五种或更多种基因的免疫评分表达水平为该参考群体中五种或更多种基因中的每一种的归一化表达水平的中位数。
实施例201.根据实施例182和实施例189-198中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中五种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均值。
实施例202.根据实施例201所述的方法，其中参考群体中五种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均值为参考群体中五种或更多种基因中的每一种的归一化表达水平的平均值。
实施例203.根据实施例200或202所述的方法，其中五种或更多种基因中的每一种的归一化表达水平为归一化至参考基因的五种或更多种基因中的每一种的表达水平。
实施例204.根据实施例203所述的方法，其中参考基因为CD8A。
实施例205.根据实施例1-204中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为五种或更多种基因的预先指定的表达水平。
实施例206.根据实施例1-205中任一项所述的方法，其中受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS的延长。
实施例207.根据实施例1-206中任一项所述的方法，其中受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括PFS的延长。
实施例208.根据实施例206或207所述的方法，其中受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS和PFS的延长。
实施例209.根据实施例1-208中任一项所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的五种或更多种。
实施例210.根据实施例209所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的六种或更多种。
实施例211.根据实施例210所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的七种或更多种。
实施例212.根据实施例211所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的八种或更多种。
实施例213.根据实施例212所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的九种或更多种。
实施例214.根据实施例213所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的十种或更多种。
实施例215.根据实施例214所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2。
实施例216.根据实施例215所述的方法，其中基因由CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2组成。
实施例217.根据实施例1-216中任一项所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的一种或多种。
实施例218.根据实施例217所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的两种或更多种。
实施例219.根据实施例218所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的三种或更多种。
实施例220.根据实施例219所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的四种或更多种。
实施例221.根据实施例220所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的五种或更多种。
实施例222.根据实施例221所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的六种或更多种。
实施例223.根据实施例222所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的七种或更多种。
实施例224.根据实施例223所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的八种或更多种。
实施例225.根据实施例224所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的九种或更多种。
实施例226.根据实施例225所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的十种或更多种。
实施例227.根据实施例226所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF。
实施例228.根据实施例227所述的方法，其中基因由CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF组成。
实施例229.根据实施例1-214和实施例217-226中任一项所述的方法，其中基因包括表1-3中任一项所述的组合。
实施例230.根据实施例1-214、实施例217-226和实施例229中任一项所述的方法，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4和HLA-H。
实施例231.根据实施例1-214、实施例217-227、实施例229和实施例230中任一项所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的一种或多种。
实施例232.根据实施例231所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的两种或更多种。
实施例233.根据实施例232所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的三种或更多种。
实施例234.根据实施例233所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的四种或更多种。
实施例235.根据实施例234所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的五种或更多种。
实施例236.根据实施例235所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的六种或更多种。
实施例237.根据实施例236所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的七种或更多种。
实施例238.根据实施例237所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的八种或更多种。
实施例239.根据实施例238所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的九种或更多种。
实施例240.根据实施例239所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的十种或更多种。
实施例241.根据实施例240所述的方法，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A。
实施例242.根据实施例241所述的方法，其中基因由GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A组成。
实施例243.根据实施例1-214、实施例217-226和实施例229-240中任一项所述的方法，其中基因包括包括一种或多种细胞毒性基因。
实施例244.根据实施例243所述的方法，其中细胞毒性基因选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C。
实施例245.根据实施例244所述的方法，其中基因包括CST7。
实施例246.根据实施例244或245所述的方法，其中基因包括PLEK。
实施例247.根据实施例244-246中任一项所述的方法，其中基因包括HCST。
实施例248.根据实施例244-247中任一项所述的方法，其中基因包括CTSW。
实施例249.根据实施例244-248中任一项所述的方法，其中基因包括KLRG1。
实施例250.根据实施例244-249中任一项所述的方法，其中基因包括CD8A。
实施例251.根据实施例244-250中任一项所述的方法，其中基因包括CCL5。
实施例252.根据实施例244-251中任一项所述的方法，其中基因包括CD8B。
实施例253.根据实施例244-252中任一项所述的方法，其中基因包括NKG7。
实施例254.根据实施例244-253中任一项所述的方法，其中基因包括GZMH。
实施例255.根据实施例244-254中任一项所述的方法，其中基因包括HLA-C。
实施例256.根据实施例244-255中任一项所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的两种或更多种细胞毒性基因。
实施例257.根据实施例256所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的三种或更多种细胞毒性基因。
实施例258.根据实施例257所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的四种或更多种细胞毒性基因。
实施例259.根据实施例258所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的五种或更多种细胞毒性基因。
实施例260.根据实施例259所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的六种或更多种细胞毒性基因。
实施例261.根据实施例260所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的七种或更多种细胞毒性基因。
实施例262.根据实施例261所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的八种或更多种细胞毒性基因。
实施例263.根据实施例262所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的九种或更多种细胞毒性基因。
实施例264.根据实施例263所述的方法，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的十种或更多种细胞毒性基因。
实施例265.根据实施例264所述的方法，其中基因包括以下细胞毒性基因CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有十一个。
实施例266.根据实施例1-214、实施例217-226、实施例229-241和实施例243-265中任一项所述的方法，其中基因包括一种或多种线粒体基因。
实施例267.根据实施例266所述的方法，其中线粒体基因选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6。
实施例268.根据实施例267所述的方法，其中基因包括MT-ND4。
实施例269.根据实施例267或268所述的方法，其中基因包括MT-CYB。
实施例270.根据实施例267-269中任一项所述的方法，其中基因包括MT-CO2。
实施例271.根据实施例267-270中任一项所述的方法，其中基因包括MT-ND4L。
实施例272.根据实施例267-271中任一项所述的方法，其中基因包括MT-ATP6。
实施例273.根据实施例267-272中任一项所述的方法，其中基因包括选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6的两种或更多种线粒体基因。
实施例274.根据实施例273所述的方法，其中基因包括选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6的三种或更多种线粒体基因。
实施例275.根据实施例274所述的方法，其中基因包括选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6的四种或更多种线粒体基因。
实施例276.根据实施例275所述的方法，其中基因包括以下线粒体基因MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的所有五个。
实施例277.根据实施例1-214、实施例217-226、实施例229-241和实施例243-276中任一项所述的方法，其中基因包括表4中所述的组合。
实施例278.根据实施例1-214、实施例217-226、实施例229-240和实施例243-277中任一项所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的一种或多种。
实施例279.根据实施例278所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的两种或更多种。
实施例280.根据实施例279所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的三种或更多种。
实施例281.根据实施例280所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的四种或更多种。
实施例282.根据实施例281所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的五种或更多种。
实施例283.根据实施例282所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的六种或更多种。
实施例284.根据实施例283所述的方法，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A。
实施例285.根据实施例284所述的方法，其中基因由NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A组成。
实施例286.根据实施例179-285中任一项所述的方法，其中表达水平为核酸表达水平。
实施例287.根据实施例286所述的方法，其中核酸表达水平为mRNA表达水平。
实施例288.根据实施例287所述的方法，其中mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合进行测定。
实施例289.根据实施例288所述的方法，其中mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
实施例290.根据实施例288所述的方法，其中mRNA表达水平使用RT-qPCR进行检测。
实施例291.根据实施例179-290中任一项所述的方法，其中检测肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、癌旁正常组织(NAT)细胞或它们的组合中的表达水平。
实施例292.根据实施例179-291中任一项所述的方法，其中样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。
实施例293.根据实施例292所述的方法，其中该组织样品是肿瘤组织样品。
实施例294.根据实施例293所述的方法，其中肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。
实施例295.根据实施例293或294所述的方法，其中肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋的(FFPE)样品、存档的样品、新鲜的样品或冷冻的样品。
实施例296.根据实施例295所述的方法，其中该肿瘤组织样品是FFPE样品。
实施例297.根据实施例179-296中任一项所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
实施例298.根据实施例297所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
实施例299.根据实施例298所述的方法，其中肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
实施例300.根据实施例298所述的方法，其中肾癌为肾细胞癌(RCC)。
实施例301.根据实施例298所述的方法，其中膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
实施例302.根据实施例298所述的方法，其中乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
实施例303.根据实施例179-302中任一项所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
实施例304.根据实施例303所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
实施例305.根据实施例304所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例306.根据实施例305所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
实施例307.根据实施例305所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
实施例308.根据实施例305-307中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
实施例309.根据实施例304-308中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例310.根据实施例309所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
实施例311.根据实施例310所述的方法，其中抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ ID NO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
实施例312.根据实施例311所述的方法，其中抗体包含：重链可变区，其包含SEQID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
实施例313.根据实施例303所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
实施例314.根据实施例313所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例315.根据实施例314所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
实施例316.根据实施例314所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
实施例317.根据实施例314-316中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
实施例318.根据实施例313-317中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例319.根据实施例318所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
实施例320.根据实施例313-317中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
实施例321.根据实施例320所述的方法，其中Fc融合蛋白为AMP-224。
实施例322.根据实施例179-321中任一项所述的方法，其中个体既往未治疗过所述癌症。
实施例323.根据实施例322所述的方法，其中个体既往未施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例324.根据实施例179-321中任一项所述的方法，其中个体既往通过向该个体施用含铂化疗剂治疗过所述癌症，并且其中个体对化疗剂无应答。
实施例325.根据实施例179-182和实施例190-324中任一项所述的方法，其中包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗为单药治疗。
实施例326.根据实施例181和实施例183-324中任一项所述的方法，进一步包括向个体施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
实施例327.根据实施例326所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
实施例328.根据实施例327所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括免疫调节剂。
实施例329.根据实施例328所述的方法，其中免疫调节剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例330.根据实施例179-329中任一项所述的方法，其中该个体是人。
实施例331.一种用于鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包含：
(a)一种或多种试剂，其用于测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平；以及任选地，
(b)关于根据实施例179、181、182和实施例190-330中任一项所述的方法使用一种或多种试剂鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的说明。
实施例332.一种用于鉴定作为包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的候选者的患有癌症的个体的测定法，该测定法包括测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中在样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，并且其中参考免疫评分表达水平为参考群体中所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平。
实施例333.根据实施例332所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的五种或更多种。
实施例334.根据实施例333所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的六种或更多种。
实施例335.根据实施例334所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的七种或更多种。
实施例336.根据实施例335所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的八种或更多种。
实施例337.根据实施例336所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的九种或更多种。
实施例338.根据实施例337所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2中的十种或更多种。
实施例339.根据实施例338所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2。
实施例340.根据实施例339所述的测定，其中基因由CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1和PATL2组成。
实施例341.根据实施例332-338中任一项所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的一种或多种。
实施例342.根据实施例341所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的两种或更多种。
实施例343.根据实施例342所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的三个或更多个。
实施例344.根据实施例343所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的四种或更多种。
实施例345.根据实施例344所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的五种或更多种。
实施例346.根据实施例345所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的六种或更多种。
实施例347.根据实施例346所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的七种或更多种。
实施例348.根据实施例347所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的八种或更多种。
实施例349.根据实施例348所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的九种或更多种。
实施例350.根据实施例349所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的十种或更多种。
实施例351.根据实施例350所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF。
实施例352.根据实施例351所述的测定，其中基因由CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF组成。
实施例353.根据实施例332-338和实施例341-350中任一项所述的测定，其中基因包括表1-3中任一项所述的组合。
实施例354.根据实施例332-338、实施例341-350和实施例353中任一项所述的测定，其中基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4和HLA-H。
实施例355.根据实施例332-338、实施例341-351、实施例353和实施例354中任一项所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的一个或多个。
实施例356.根据实施例355所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的两种或更多种。
实施例357.根据实施例356所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的三种或更多种。
实施例358.根据实施例357所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的四种或更多种。
实施例359.根据实施例358所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的五种或更多种。
实施例360.根据实施例359所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的六种或更多种。
实施例361.根据实施例360所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的七种或更多种。
实施例362.根据实施例361所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的八种或更多种。
实施例363.根据实施例362所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的九种或更多种。
实施例364.根据实施例363所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A中的十种或更多种。
实施例365.根据实施例364所述的测定，其中基因包括GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A。
实施例366.根据实施例365所述的测定，其中基因由GZMB、KLRD1、FGFBP2、NKG7、CST7、KLRC4-KLRK1、KLRK1、GZMH、B2M、LITAF、CTSW、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、CCL5、GNLY、PRF1、PATL2和CD8A组成。
实施例367.根据实施例332-338、实施例341-350和实施例353-364中任一项所述的测定，其中基因包括包括一个或多个细胞毒性基因。
实施例368.根据实施例367所述的测定，其中细胞毒性基因选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C。
实施例369.根据实施例368所述的测定，其中基因包括CST7。
实施例370.根据实施例368或369所述的测定，其中基因包括PLEK。
实施例371.根据实施例368-370中任一项所述的测定，其中基因包括HCST。
实施例372.根据实施例368-371中任一项所述的测定，其中基因包括CTSW。
实施例373.根据实施例368-372中任一项所述的测定，其中基因包括KLRG1。
实施例374.根据实施例368-373中任一项所述的测定，其中基因包括CD8A。
实施例375.根据实施例368-374中任一项所述的测定，其中基因包括CCL5。
实施例376.根据实施例368-375中任一项所述的测定，其中基因包括CD8B。
实施例377.根据实施例368-376中任一项所述的测定，其中基因包括NKG7。
实施例378.根据实施例368-377中任一项所述的测定，其中基因包括GZMH。
实施例379.根据实施例368-378中任一项所述的测定，其中基因包括HLA-C。
实施例380.根据实施例368-379中任一项所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的两种或更多种细胞毒性基因。
实施例381.根据实施例380所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的三种或更多种细胞毒性基因。
实施例382.根据实施例381所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的四种或更多种细胞毒性基因。
实施例383.根据实施例382所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的五种或更多种细胞毒性基因。
实施例384.根据实施例383所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的六种或更多种细胞毒性基因。
实施例385.根据实施例384所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的七种或更多种细胞毒性基因。
386.根据实施例385所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的八种或更多种细胞毒性基因。
实施例387.根据实施例386所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的九种或更多种细胞毒性基因。
实施例388.根据实施例387所述的测定，其中基因包括选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C的十种或更多种细胞毒性基因。
实施例389.根据实施例388所述的测定，其中基因包括以下细胞毒性基因CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C中的所有十一个。
实施例390.根据实施例332-338、实施例341-350、实施例353-365和实施例367-389中任一项所述的测定，其中基因包括一个或多个线粒体基因。
实施例391.根据实施例390所述的测定，其中线粒体基因选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6。
实施例392.根据实施例391所述的测定，其中基因包括MT-ND4。
实施例393.根据实施例391或392所述的测定，其中基因包括MT-CYB。
实施例394.根据实施例391-393中任一项所述的测定，其中基因包括MT-CO2。
实施例395.根据实施例391-394中任一项所述的测定，其中基因包括MT-ND4L。
实施例396.根据实施例391-395中任一项所述的测定，其中基因包括MT-ATP6。
实施例397.根据实施例391-396中任一项所述的测定，其中基因包括选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6的两种或更多种线粒体基因。
实施例398.根据实施例397所述的测定，其中基因包括选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6的三种或更多种线粒体基因。
实施例399.根据实施例398所述的测定，其中基因包括选自MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6的四种或更多种线粒体基因。
实施例400.根据实施例399所述的测定，其中基因包括以下线粒体基因MT-ND4、MT-CYB、MT-CO2、MT-ND4L和MT-ATP6中的所有五个。
实施例401.根据实施例332-338、实施例341-350、实施例353-365和实施例367-400中任一项所述的测定，其中基因包括表4中所述的组合。
实施例402.根据实施例332-338、实施例341-350、实施例353-364和实施例367-401中任一项所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的一个或多个。
实施例403.根据实施例402所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的两种或更多种。
实施例404.根据实施例403所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的三种或更多种。
实施例405.根据实施例404所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的四种或更多种。
实施例406.根据实施例405所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的五种或更多种。
实施例407.根据实施例406所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A中的六种或更多种。
实施例408.根据实施例407所述的测定，其中基因包括NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A。
实施例409.根据实施例408所述的测定，其中基因由NKG7、CST7、GZMH、LITAF、CTSW、CCL5和CD8A组成。
实施例410.根据实施例332-409中任一项所述的测定，其中癌症选自以下项组成的组：肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
实施例411.根据实施例410所述的测定，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
实施例412.根据实施例411所述的测定，其中肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
实施例413.根据实施例412所述的测定，其中肾癌为肾细胞癌(RCC)。
实施例414.根据实施例413所述的测定，其中膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
实施例415.根据实施例414所述的测定，其中乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
实施例416.根据实施例332-415中任一项所述的测定，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。
实施例417.根据实施例416所述的测定，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
实施例418.根据实施例417所述的测定，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例419.根据实施例418所述的测定，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
实施例420.根据实施例418所述的测定，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
实施例421.根据实施例418-420中任一项所述的测定，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
实施例422.根据实施例417-421中任一项所述的测定，其中PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例423.根据实施例422所述的测定，其中抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
实施例424.根据实施例423所述的测定，其中抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ ID NO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
实施例425.根据实施例424所述的测定，其中抗体包含：重链可变区，其包含SEQID NO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
实施例426.根据实施例416所述的测定，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
实施例427.根据实施例426所述的测定，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
实施例428.根据实施例427所述的测定，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
实施例429.根据实施例427所述的测定，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
实施例430.根据实施例427-429中任一项所述的测定，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
实施例431.根据实施例426-430中任一项所述的测定，其中PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
实施例432.根据实施例431所述的测定，其中抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
实施例433.根据实施例426-430中任一项所述的测定，其中PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
实施例434.根据实施例433所述的测定，其中Fc融合蛋白为AMP-224。
实施例435.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中在所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例436.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中在样品中的所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
实施例437.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中样品中的所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例438.一种治疗个体的癌症的方法，该个体已被测定为来自该个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，其中基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例439.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，该方法包括：
(a)测定来自个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中样品中的所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
实施例440.一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，该个体患有癌症并且已被测定为来自该个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，其中基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，该方法包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
序列表
<110> 豪夫迈·罗氏有限公司
<120> 用于癌症免疫疗法的诊断方法和组合物
<130> 50474-188WO3
<150> 62/938,427
<151> 2019-11-21
<150> 62/775,720
<151> 2018-12-05
<160> 101
<170> PatentIn 3.5 版
<210> 1
<211> 458
<212> DNA
<213> 智人
<400> 1
ggtgtgccct tctctgtttc agactctgag ctgctactct gaagtctggg tcgtgccctg 60
gctccagcac ttcgaggtgc ctgttctccg ttgtcactga cccccgcctc ttcagcaaga 120
ccacagccat gacaaacacc aggatgcatg ctccttgtcc cctcccaccc gcctcatgac 180
ccagcctcac agaccctctc aggcctctga cgagtgagcg ggtgaagtgc cactgggtca 240
ccgcagggca gctggaatgg cagcatggta gcacctccta acagattaaa tagatcacat 300
ttgcttctaa aattaactcc tgtttctgag gcttcccacc tagattccgg gtctgggtgc 360
aggggactga gtcaatggag ggagttgtga aactaaggga tgatcccctg tggctacagg 420
cccccaggag agcaggggta cagctctggg tctgaata 458
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<211> 145
<212> PRT
<213> 智人
<400> 2
Met Arg Ala Ala Gly Thr Leu Leu Ala Phe Cys Cys Leu Val Leu Ser
1 5 10 15
Thr Thr Gly Gly Pro Ser Pro Asp Thr Cys Ser Gln Asp Leu Asn Ser
20 25 30
Arg Val Lys Pro Gly Phe Pro Lys Thr Ile Lys Thr Asn Asp Pro Gly
35 40 45
Val Leu Gln Ala Ala Arg Tyr Ser Val Glu Lys Phe Asn Asn Cys Thr
50 55 60
Asn Asp Met Phe Leu Phe Lys Glu Ser Arg Ile Thr Arg Ala Leu Val
65 70 75 80
Gln Ile Val Lys Gly Leu Lys Tyr Met Leu Glu Val Glu Ile Gly Arg
85 90 95
Thr Thr Cys Lys Lys Asn Gln His Leu Arg Leu Asp Asp Cys Asp Phe
100 105 110
Gln Thr Asn His Thr Leu Lys Gln Thr Leu Ser Cys Tyr Ser Glu Val
115 120 125
Trp Val Val Pro Trp Leu Gln His Phe Glu Val Pro Val Leu Arg Cys
130 135 140
His
145
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<212> DNA
<213> 智人
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cccaggagtc tgggtgcaca gcctccttct ctctgagatt caagagtctg atcagcagcc 60
tcttcctcct ccaggaccca gaagccctga gcttatcccc atggagctct gccggtccct 120
ggccctgctg gggggctccc tgggcctgat gttctgcctg attgctttga gcaccgattt 180
ctggtttgag gctgtgggtc ccacccactc agctcactcg ggcctctggc caacagggca 240
tggggacatc atatcaggct acatccacgt gacgcagacc ttcagcatta tggctgttct 300
gtgggccctg gtgtccgtga gcttcctggt cctgtcctgc ttcccctcac tgttcccccc 360
aggccacggc ccgcttgtct caaccaccgc agcctttgct gcagccatct ccatggtggt 420
ggccatggcg gtgtacacca gcgagcggtg ggaccagcct ccacaccccc agatccagac 480
cttcttctcc tggtccttct acctgggctg ggtctcagct atcctcttgc tctgtacagg 540
tgccctgagc ctgggtgctc actgtggcgg tccccgtcct ggctatgaaa ccttgtgagc 600
agaaggcaag agcggcaaga tgagttttga gcgttgtatt ccaaaggcct catctggagc 660
ctcgggaaag tctggtccta catttgcccg cccttccagc ccttccccag cccctcctct 720
tgtttcttca ttcattcaac aaaatttggc tggaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 780
aaa 783
<210> 4
<211> 165
<212> PRT
<213> 智人
<400> 4
Met Glu Leu Cys Arg Ser Leu Ala Leu Leu Gly Gly Ser Leu Gly Leu
1 5 10 15
Met Phe Cys Leu Ile Ala Leu Ser Thr Asp Phe Trp Phe Glu Ala Val
20 25 30
Gly Pro Thr His Ser Ala His Ser Gly Leu Trp Pro Thr Gly His Gly
35 40 45
Asp Ile Ile Ser Gly Tyr Ile His Val Thr Gln Thr Phe Ser Ile Met
50 55 60
Ala Val Leu Trp Ala Leu Val Ser Val Ser Phe Leu Val Leu Ser Cys
65 70 75 80
Phe Pro Ser Leu Phe Pro Pro Gly His Gly Pro Leu Val Ser Thr Thr
85 90 95
Ala Ala Phe Ala Ala Ala Ile Ser Met Val Val Ala Met Ala Val Tyr
100 105 110
Thr Ser Glu Arg Trp Asp Gln Pro Pro His Pro Gln Ile Gln Thr Phe
115 120 125
Phe Ser Trp Ser Phe Tyr Leu Gly Trp Val Ser Ala Ile Leu Leu Leu
130 135 140
Cys Thr Gly Ala Leu Ser Leu Gly Ala His Cys Gly Gly Pro Arg Pro
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Gly Tyr Glu Thr Leu
165
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<212> DNA
<213> 智人
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atgcagccat tcctcctcct gttggccttt cttctgaccc ctggggctgg gacagaggag 60
atcatcgggg gccatgaggc caagccccac tcccgcccct acatggcctt tgttcagttt 120
ctgcaagaga agagtcggaa gaggtgtggc ggcatcctag tgagaaagga ctttgtgctg 180
acagctgctc actgccaggg aagctccata aatgtcacct tgggggccca caatatcaag 240
gaacaggagc ggacccagca gtttatccct gtgaaaagac ccatccccca tccagcctat 300
aatcctaaga acttctccaa cgacatcatg ctactgcagc tggagagaaa ggccaagtgg 360
accacagctg tgcggcctct caggctacct agcagcaagg cccaggtgaa gccagggcag 420
ctgtgcagtg tggctggctg gggttatgtc tcaatgagca ctttagcaac cacactgcag 480
gaagtgttgc tgacagtgca gaaggactgc cagtgtgaac gtctcttcca tggcaattac 540
agcagagcca ctgagatttg tgtgggggat ccaaagaaga cacagaccgg tttcaagggg 600
gactccgggg ggcccctcgt gtgtaaggac gtagcccaag gtattctctc ctatggaaac 660
aaaaaaggga cacctccagg agtctacatc aaggtctcac acttcctgcc ctggataaag 720
agaacaatga agcgcctcta a 741
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<212> PRT
<213> 智人
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Met Gln Pro Phe Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Thr Pro Gly Ala
1 5 10 15
Gly Thr Glu Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Phe Val Gln Phe Leu Gln Glu Lys Ser Arg Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Ile Leu Val Arg Lys Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Gln Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Arg Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Trp Thr Thr Ala Val Arg Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Ser Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Leu Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Tyr Val Ser Met Ser Thr Leu Ala Thr Thr Leu Gln
145 150 155 160
Glu Val Leu Leu Thr Val Gln Lys Asp Cys Gln Cys Glu Arg Leu Phe
165 170 175
His Gly Asn Tyr Ser Arg Ala Thr Glu Ile Cys Val Gly Asp Pro Lys
180 185 190
Lys Thr Gln Thr Gly Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys
195 200 205
Lys Asp Val Ala Gln Gly Ile Leu Ser Tyr Gly Asn Lys Lys Gly Thr
210 215 220
Pro Pro Gly Val Tyr Ile Lys Val Ser His Phe Leu Pro Trp Ile Lys
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Arg Thr Met Lys Arg Leu
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<212> DNA
<213> 智人
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atgctaaaac taatcgtccc aacaattata ttactaccac tgacatgact ttccaaaaaa 60
cacataattt gaatcaacac aaccacccac agcctaatta ttagcatcat ccctctacta 120
ttttttaacc aaatcaacaa caacctattt agctgttccc caaccttttc ctccgacccc 180
ctaacaaccc ccctcctaat actaactacc tgactcctac ccctcacaat catggcaagc 240
caacgccact tatccagtga accactatca cgaaaaaaac tctacctctc tatactaatc 300
tccctacaaa tctccttaat tataacattc acagccacag aactaatcat attttatatc 360
ttcttcgaaa ccacacttat ccccaccttg gctatcatca cccgatgagg caaccagcca 420
gaacgcctga acgcaggcac atacttccta ttctacaccc tagtaggctc ccttccccta 480
ctcatcgcac taatttacac tcacaacacc ctaggctcac taaacattct actactcact 540
ctcactgccc aagaactatc aaactcctga gccaacaact taatatgact agcttacaca 600
atagctttta tagtaaagat acctctttac ggactccact tatgactccc taaagcccat 660
gtcgaagccc ccatcgctgg gtcaatagta cttgccgcag tactcttaaa actaggcggc 720
tatggtataa tacgcctcac actcattctc aaccccctga caaaacacat agcctacccc 780
ttccttgtac tatccctatg aggcataatt ataacaagct ccatctgcct acgacaaaca 840
gacctaaaat cgctcattgc atactcttca atcagccaca tagccctcgt agtaacagcc 900
attctcatcc aaaccccctg aagcttcacc ggcgcagtca ttctcataat cgcccacggg 960
cttacatcct cattactatt ctgcctagca aactcaaact acgaacgcac tcacagtcgc 1020
atcataatcc tctctcaagg acttcaaact ctactcccac taatagcttt ttgatgactt 1080
ctagcaagcc tcgctaacct cgccttaccc cccactatta acctactggg agaactctct 1140
gtgctagtaa ccacgttctc ctgatcaaat atcactctcc tacttacagg actcaacata 1200
ctagtcacag ccctatactc cctctacata tttaccacaa cacaatgggg ctcactcacc 1260
caccacatta acaacataaa accctcattc acacgagaaa acaccctcat gttcatacac 1320
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<212> PRT
<213> 智人
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Met Leu Lys Leu Ile Val Pro Thr Ile Met Leu Leu Pro Leu Thr Trp
1 5 10 15
Leu Ser Lys Lys His Met Ile Trp Ile Asn Thr Thr Thr His Ser Leu
20 25 30
Ile Ile Ser Ile Ile Pro Leu Leu Phe Phe Asn Gln Ile Asn Asn Asn
35 40 45
Leu Phe Ser Cys Ser Pro Thr Phe Ser Ser Asp Pro Leu Thr Thr Pro
50 55 60
Leu Leu Met Leu Thr Thr Trp Leu Leu Pro Leu Thr Ile Met Ala Ser
65 70 75 80
Gln Arg His Leu Ser Ser Glu Pro Leu Ser Arg Lys Lys Leu Tyr Leu
85 90 95
Ser Met Leu Ile Ser Leu Gln Ile Ser Leu Ile Met Thr Phe Thr Ala
100 105 110
Thr Glu Leu Ile Met Phe Tyr Ile Phe Phe Glu Thr Thr Leu Ile Pro
115 120 125
Thr Leu Ala Ile Ile Thr Arg Trp Gly Asn Gln Pro Glu Arg Leu Asn
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Ala Gly Thr Tyr Phe Leu Phe Tyr Thr Leu Val Gly Ser Leu Pro Leu
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Leu Ile Ala Leu Ile Tyr Thr His Asn Thr Leu Gly Ser Leu Asn Ile
165 170 175
Leu Leu Leu Thr Leu Thr Ala Gln Glu Leu Ser Asn Ser Trp Ala Asn
180 185 190
Asn Leu Met Trp Leu Ala Tyr Thr Met Ala Phe Met Val Lys Met Pro
195 200 205
Leu Tyr Gly Leu His Leu Trp Leu Pro Lys Ala His Val Glu Ala Pro
210 215 220
Ile Ala Gly Ser Met Val Leu Ala Ala Val Leu Leu Lys Leu Gly Gly
225 230 235 240
Tyr Gly Met Met Arg Leu Thr Leu Ile Leu Asn Pro Leu Thr Lys His
245 250 255
Met Ala Tyr Pro Phe Leu Val Leu Ser Leu Trp Gly Met Ile Met Thr
260 265 270
Ser Ser Ile Cys Leu Arg Gln Thr Asp Leu Lys Ser Leu Ile Ala Tyr
275 280 285
Ser Ser Ile Ser His Met Ala Leu Val Val Thr Ala Ile Leu Ile Gln
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Thr Pro Trp Ser Phe Thr Gly Ala Val Ile Leu Met Ile Ala His Gly
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Leu Thr Ser Ser Leu Leu Phe Cys Leu Ala Asn Ser Asn Tyr Glu Arg
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Thr His Ser Arg Ile Met Ile Leu Ser Gln Gly Leu Gln Thr Leu Leu
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Pro Leu Met Ala Phe Trp Trp Leu Leu Ala Ser Leu Ala Asn Leu Ala
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Leu Pro Pro Thr Ile Asn Leu Leu Gly Glu Leu Ser Val Leu Val Thr
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Thr Phe Ser Trp Ser Asn Ile Thr Leu Leu Leu Thr Gly Leu Asn Met
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Leu Val Thr Ala Leu Tyr Ser Leu Tyr Met Phe Thr Thr Thr Gln Trp
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atggcgcccc gaaccctcct cctgctgctc tcaggggccc tggccctgac ccagacctgg 60
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ccccgcttca tctccgtcgg ctacgtggac gatacgcagt tcgtgcggtt cgacagcgac 180
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ggcaaggatt acatcgccct gaacgaggac ctgcgctcct ggaccgcggc ggacatggca 480
gctcagatca ccaagcgcaa gtgggaggcg gcccgtcggg cggagcagcg gagagtctac 540
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Pro Asp Gly Pro Phe Leu Arg Gly Tyr Glu Gln His Ala Tyr Asp Gly
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Asp Met Ala Ala Gln Ile Thr Lys Arg Lys Trp Glu Ala Ala Arg Arg
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Ala Glu Gln Arg Arg Val Tyr Leu Glu Gly Glu Phe Val Glu Trp Leu
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Arg Arg Tyr Leu Glu Asn Gly Lys Glu Thr Leu Gln Arg Ala Asp Pro
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Pro Lys Thr His Met Thr His His Pro Ile Ser Asp His Glu Ala Thr
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Leu Arg Cys Trp Ala Leu Gly Phe Tyr Pro Ala Glu Ile Thr Leu Thr
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Trp Gln Arg Asp Gly Glu Asp Gln Thr Gln Asp Thr Glu Leu Val Glu
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Val Pro Ser Gly Glu Glu Gln Arg Tyr Thr Cys His Val Gln His Glu
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Gly Leu Pro Glu Pro Leu Thr Leu Arg Trp Glu Pro Ser Ser Gln Pro
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Thr Val Pro Ile Val Gly Ile Val Ala Gly Leu Val Leu Leu Val Ala
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Val Val Thr Gly Ala Val Val Ala Ala Val Met Trp Arg Lys Lys Ser
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Glu Tyr Phe Tyr Thr Ser Gly Lys Cys Ser Asn Pro Ala Val Val Phe
50 55 60
Val Thr Arg Lys Asn Arg Gln Val Cys Ala Asn Pro Glu Lys Lys Trp
65 70 75 80
Val Arg Glu Tyr Ile Asn Ser Leu Glu Met Ser
85 90
<210> 13
<211> 1060
<212> DNA
<213> 智人
<400> 13
cggctcccgc gccgcctccc ctcgcgcccg agcttcgagc caagcagcgt cctggggagc 60
gcgtcatggc cttaccagtg accgccttgc tcctgccgct ggccttgctg ctccacgccg 120
ccaggccgag ccagttccgg gtgtcgccgc tggatcggac ctggaacctg ggcgagacag 180
tggagctgaa gtgccaggtg ctgctgtcca acccgacgtc gggctgctcg tggctcttcc 240
agccgcgcgg cgccgccgcc agtcccacct tcctcctata cctctcccaa aacaagccca 300
aggcggccga ggggctggac acccagcggt tctcgggcaa gaggttgggg gacaccttcg 360
tcctcaccct gagcgacttc cgccgagaga acgagggcta ctatttctgc tcggccctga 420
gcaactccat catgtacttc agccacttcg tgccggtctt cctgccagcg aagcccacca 480
cgacgccagc gccgcgacca ccaacaccgg cgcccaccat cgcgtcgcag cccctgtccc 540
tgcgcccaga ggcgtgccgg ccagcggcgg ggggcgcagt gcacacgagg gggctggact 600
tcgcctgtga tatctacatc tgggcgccct tggccgggac ttgtggggtc cttctcctgt 660
cactggttat caccctttac tgcaaccaca ggaaccgaag acgtgtttgc aaatgtcccc 720
ggcctgtggt caaatcggga gacaagccca gcctttcggc gagatacgtc taaccctgtg 780
caacagccac tacattactt caaactgaga tccttccttt tgagggagca agtccttccc 840
tttcattttt tccagtcttc ctccctgtgt attcattctc atgattatta ttttagtggg 900
ggcggggtgg gaaagattac tttttcttta tgtgtttgac gggaaacaaa actaggtaaa 960
atctacagta caccacaagg gtcacaatac tgttgtgcgc acatcgcggt agggcgtgga 1020
aaggggcagg ccagagctac ccgcagagtt ctcagaatca 1060
<210> 14
<211> 235
<212> PRT
<213> 智人
<400> 14
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr
20 25 30
Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser
35 40 45
Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala
65 70 75 80
Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp
85 90 95
Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe
115 120 125
Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg
130 135 140
Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg
145 150 155 160
Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly
165 170 175
Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr
180 185 190
Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His
195 200 205
Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser
210 215 220
Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val
225 230 235
<210> 15
<211> 640
<212> DNA
<213> 智人
<400> 15
gagggaacgg gtcctggcgg tgctttgcaa agggcccgtg tttctgttgc gggaagctcc 60
cgggggtcgc acgtgcgtcc gagcccaagc ccctcccctc cactcccctt cctgcgtgcc 120
ccggagccgc caagcggcta cgttcttctc ggcccgccga gatggcgctc gaccccgcag 180
accagcatct cagacatgtc gaaaaagatg ttttgatccc taaaataatg agagaaaagg 240
ccaaagagag gtgttctgaa caagttcaag attttaccaa atgttgcaag aactctggag 300
ttcttatggt agtaaaatgc cggaaagaaa attctgcatt gaaagaatgt ctaactgctt 360
actataatga tccagccttt tatgaagaat gcaaaatgga atacctgaag gaaagggaag 420
aattcagaaa aactggaatt cctacaaaga aaaggctaca gaagcttcca acaagcatgt 480
aggcagatac tcaaatgaca ttcaggaact ctaatattca tggaagtcat tttatagtcc 540
ttaaataatg gactcaagca tatatgtttg ctttacctta attatggaaa tattaacttt 600
atctgaaata aatattttat ttcaaaaaaa aaaaaaaaaa 640
<210> 16
<211> 106
<212> PRT
<213> 智人
<400> 16
Met Ala Leu Asp Pro Ala Asp Gln His Leu Arg His Val Glu Lys Asp
1 5 10 15
Val Leu Ile Pro Lys Ile Met Arg Glu Lys Ala Lys Glu Arg Cys Ser
20 25 30
Glu Gln Val Gln Asp Phe Thr Lys Cys Cys Lys Asn Ser Gly Val Leu
35 40 45
Met Val Val Lys Cys Arg Lys Glu Asn Ser Ala Leu Lys Glu Cys Leu
50 55 60
Thr Ala Tyr Tyr Asn Asp Pro Ala Phe Tyr Glu Glu Cys Lys Met Glu
65 70 75 80
Tyr Leu Lys Glu Arg Glu Glu Phe Arg Lys Thr Gly Ile Pro Thr Lys
85 90 95
Lys Arg Leu Gln Lys Leu Pro Thr Ser Met
100 105
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 17
gcgactgtct ccgccgagcc cccggggcca ggtgtcccgg gcgcgccacg atgcggccgc 60
ggctgtggct cctcctggcc gcgcagctga cagttctcca tggcaactca gtcctccagc 120
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aaatctccct cagtaacatg cgcatctact ggctgagaca gcgccaggca ccgagcagtg 240
acagtcacca cgagttcctg gccctctggg attccgcaaa agggactatc cacggtgaag 300
aggtggaaca ggagaagata gctgtgtttc gggatgcaag ccggttcatt ctcaatctca 360
caagcgtgaa gccggaagac agtggcatct acttctgcat gatcgtcggg agccccgagc 420
tgaccttcgg gaagggaact cagctgagtg tggttgattt ccttcccacc actgcccagc 480
ccaccaagaa gtccaccctc aagaagagag tgtgccggtt acccaggcca gagacccaga 540
agggcccact ttgtagcccc atcacccttg gcctgctggt ggctggcgtc ctggttctgc 600
tggtttccct gggagtggcc atccacctgt gctgccggcg gaggagagcc cggcttcgtt 660
tcatgaaaca gcctcaaggg gaaggtatat caggaacctt tgtcccccaa tgcctgcatg 720
gatactacag caatactaca acctcacaga agctgcttaa cccatggatc ctgaaaacat 780
aggcaagaag cacaggtcct gatgagtgga tctttactac ttttaccaga tt 832
<210> 18
<211> 210
<212> PRT
<213> 智人
<400> 18
Met Arg Pro Arg Leu Trp Leu Leu Leu Ala Ala Gln Leu Thr Val Leu
1 5 10 15
His Gly Asn Ser Val Leu Gln Gln Thr Pro Ala Tyr Ile Lys Val Gln
20 25 30
Thr Asn Lys Met Val Met Leu Ser Cys Glu Ala Lys Ile Ser Leu Ser
35 40 45
Asn Met Arg Ile Tyr Trp Leu Arg Gln Arg Gln Ala Pro Ser Ser Asp
50 55 60
Ser His His Glu Phe Leu Ala Leu Trp Asp Ser Ala Lys Gly Thr Ile
65 70 75 80
His Gly Glu Glu Val Glu Gln Glu Lys Ile Ala Val Phe Arg Asp Ala
85 90 95
Ser Arg Phe Ile Leu Asn Leu Thr Ser Val Lys Pro Glu Asp Ser Gly
100 105 110
Ile Tyr Phe Cys Met Ile Val Gly Ser Pro Glu Leu Thr Phe Gly Lys
115 120 125
Gly Thr Gln Leu Ser Val Val Asp Phe Leu Pro Thr Thr Ala Gln Pro
130 135 140
Thr Lys Lys Ser Thr Leu Lys Lys Arg Val Cys Arg Leu Pro Arg Pro
145 150 155 160
Glu Thr Gln Lys Gly Pro Leu Cys Ser Pro Ile Thr Leu Gly Leu Leu
165 170 175
Val Ala Gly Val Leu Val Leu Leu Val Ser Leu Gly Val Ala Ile His
180 185 190
Leu Cys Cys Arg Arg Arg Arg Ala Arg Leu Arg Phe Met Lys Gln Phe
195 200 205
Tyr Lys
210
<210> 19
<211> 345
<212> DNA
<213> 智人
<400> 19
ctgccagacc cctgccagac cccagtccac catgatccat ctgggtcaca tcctcttcct 60
gcttttgctc ccagtggctg cagctcagac gaccccagga gagagatcat cactccctgc 120
cttttaccct ggcacttcag gctcctgttc cggatgtggg tccctctctc tgccgctcct 180
ggcaggcctc gtggctgctg atgcggtggc atcgctgctc atcgtggggg cggtgttcct 240
gtgcgcacgc ccacgccgca gccccgccca agaagatggc aaagtctaca tcaacatgcc 300
aggcaggggc tgaccctcct gcagcttgga cctttgactt ctgac 345
<210> 20
<211> 93
<212> PRT
<213> 智人
<400> 20
Met Ile His Leu Gly His Ile Leu Phe Leu Leu Leu Leu Pro Val Ala
1 5 10 15
Ala Ala Gln Thr Thr Pro Gly Glu Arg Ser Ser Leu Pro Ala Phe Tyr
20 25 30
Pro Gly Thr Ser Gly Ser Cys Ser Gly Cys Gly Ser Leu Ser Leu Pro
35 40 45
Leu Leu Ala Gly Leu Val Ala Ala Asp Ala Val Ala Ser Leu Leu Ile
50 55 60
Val Gly Ala Val Phe Leu Cys Ala Arg Pro Arg Arg Ser Pro Ala Gln
65 70 75 80
Glu Asp Gly Lys Val Tyr Ile Asn Met Pro Gly Arg Gly
85 90
<210> 21
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 21
aagcccgaat gatatttcct attcgcctac acaattctcc gatccgtccc taacaaacta 60
ggaggcgtcc ttgccctatt actatccatc ctcatcctag caataatccc catcctccat 120
atatccaaac aacaaagcat aatatttcgc ccactaagcc aatcacttta ttgactccta 180
gccgcagacc tcctcattct aacctgaatc ggaggacaac cagtaagcta cccttttacc 240
atcattggac aagtagcatc cgtactatac ttcacaacaa tcctaatcct aataccaact 300
atctccctaa ttgaaaacaa aatactcaaa tgggcct 337
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<211> 380
<212> PRT
<213> 智人
<400> 22
Met Thr Pro Met Arg Lys Thr Asn Pro Leu Met Lys Leu Ile Asn His
1 5 10 15
Ser Phe Ile Asp Leu Pro Thr Pro Ser Asn Ile Ser Ala Trp Trp Asn
20 25 30
Phe Gly Ser Leu Leu Gly Ala Cys Leu Ile Leu Gln Ile Thr Thr Gly
35 40 45
Leu Phe Leu Ala Met His Tyr Ser Pro Asp Ala Ser Thr Ala Phe Ser
50 55 60
Ser Ile Ala His Ile Thr Arg Asp Val Asn Tyr Gly Trp Ile Ile Arg
65 70 75 80
Tyr Leu His Ala Asn Gly Ala Ser Met Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu
85 90 95
His Ile Gly Arg Gly Leu Tyr Tyr Gly Ser Phe Leu Tyr Ser Glu Thr
100 105 110
Trp Asn Ile Gly Ile Ile Leu Leu Leu Ala Thr Met Ala Thr Ala Phe
115 120 125
Met Gly Tyr Val Leu Pro Trp Gly Gln Met Ser Phe Trp Gly Ala Thr
130 135 140
Val Ile Thr Asn Leu Leu Ser Ala Ile Pro Tyr Ile Gly Thr Asp Leu
145 150 155 160
Val Gln Trp Ile Trp Gly Gly Tyr Ser Val Asp Ser Pro Thr Leu Thr
165 170 175
Arg Phe Phe Thr Phe His Phe Ile Leu Pro Phe Ile Ile Ala Ala Leu
180 185 190
Ala Thr Leu His Leu Leu Phe Leu His Glu Thr Gly Ser Asn Asn Pro
195 200 205
Leu Gly Ile Thr Ser His Ser Asp Lys Ile Thr Phe His Pro Tyr Tyr
210 215 220
Thr Ile Lys Asp Ala Leu Gly Leu Leu Leu Phe Leu Leu Ser Leu Met
225 230 235 240
Thr Leu Thr Leu Phe Ser Pro Asp Leu Leu Gly Asp Pro Asp Asn Tyr
245 250 255
Thr Leu Ala Asn Pro Leu Asn Thr Pro Pro His Ile Lys Pro Glu Trp
260 265 270
Tyr Phe Leu Phe Ala Tyr Thr Ile Leu Arg Ser Val Pro Asn Lys Leu
275 280 285
Gly Gly Val Leu Ala Leu Leu Leu Ser Ile Leu Ile Leu Ala Met Ile
290 295 300
Pro Ile Leu His Met Ser Lys Gln Gln Ser Met Met Phe Arg Pro Leu
305 310 315 320
Ser Gln Ser Leu Tyr Trp Leu Leu Ala Ala Asp Leu Leu Ile Leu Thr
325 330 335
Trp Ile Gly Gly Gln Pro Val Ser Tyr Pro Phe Thr Ile Ile Gly Gln
340 345 350
Val Ala Ser Val Leu Tyr Phe Thr Thr Ile Leu Ile Leu Met Pro Thr
355 360 365
Ile Ser Leu Ile Glu Asn Lys Met Leu Lys Trp Ala
370 375 380
<210> 23
<211> 297
<212> DNA
<213> 智人
<400> 23
atgcccctca tttacataaa tattatacta gcatttacca tctcacttct aggaatacta 60
gtatatcgct cacacctcat atcctcccta ctatgcctag aaggaataat actatcgctg 120
ttcattatag ctactctcat aaccctcaac acccactccc tcttagccaa tattgtgcct 180
attgccatac tagtctttgc cgcctgcgaa gcagcggtgg gcctagccct actagtctca 240
atctccaaca catatggcct agactacgta cataacctaa acctactcca atgctaa 297
<210> 24
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人
<400> 24
Met Pro Leu Ile Tyr Met Asn Ile Met Leu Ala Phe Thr Ile Ser Leu
1 5 10 15
Leu Gly Met Leu Val Tyr Arg Ser His Leu Met Ser Ser Leu Leu Cys
20 25 30
Leu Glu Gly Met Met Leu Ser Leu Phe Ile Met Ala Thr Leu Met Thr
35 40 45
Leu Asn Thr His Ser Leu Leu Ala Asn Ile Val Pro Ile Ala Met Leu
50 55 60
Val Phe Ala Ala Cys Glu Ala Ala Val Gly Leu Ala Leu Leu Val Ser
65 70 75 80
Ile Ser Asn Thr Tyr Gly Leu Asp Tyr Val His Asn Leu Asn Leu Leu
85 90 95
Gln Cys
<210> 25
<211> 1350
<212> DNA
<213> 智人
<400> 25
ggggagatct tagctgaaga tgactgacag tgttatttat tccatgttag agttgcctac 60
ggcaacccaa gcccagaatg actatggacc acagcaaaaa tcttcctctt ccaggccttc 120
ttgttcttgc cttgtggcaa tagctttggg gcttctgact gcagttcttc tgagtgtgct 180
gctataccag tggatcctgt gccagggctc caactactcc acttgtgcca gctgtcctag 240
ctgcccagac cgctggatga aatatggtaa ccattgttat tatttctcag tggaggaaaa 300
ggactggaat tctagtctgg aattctgcct agccagagac tcacacctcc ttgtgataac 360
ggacaatcag gaaatgagcc tgctccaagt tttcctcagt gaggcctttt gctggattgg 420
tctgaggaac aattctggct ggaggtggga agatggatca cctctaaact tctcaaggat 480
ttcttctaat agctttgtgc agacatgcgg tgccatcaac aaaaatggtc ttcaagcctc 540
aagctgtgaa gttcctttac actgggtgtg taagaagtgt ccctttgcag atcaagcttt 600
attctgaaga ataaacctag ctggcatgct ggtgtgtacc tgtagtccta gctatttggg 660
aagctgaggt gggagggtcg cttgagccca ggagtttgag gctgcagtga gctatgattg 720
tgccactgta ctccagcctg ggagatagag caagactcca tctctaaaaa aaaaaaaaaa 780
tgctaatgtg agaatataaa ttgtgggaaa tgagtgaggg caaggtggta cttcctcctt 840
ctgagctctt cacacgtaat gcaaaaaccc ggtcttaact gattttgttt tttttctgag 900
tatgcatata tgtggttgaa tgaaccaatg tgtgattgta tcttttccat tatgtgactg 960
tttgacctgc atattaattt caagatagca gtcaattcga taaggcattt tcatagagga 1020
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aaaaataaga aaaactttat tatttctcct cagtagagtt tggacataca taaggagaga 1140
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tttctcttta tctttcatag tttttttaaa aacatggact gtatcttatc taccactata 1260
tcccaaatac ctaagatagt gcttacgttc agtgactatt aaataaataa atggatgaat 1320
taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1350
<210> 26
<211> 195
<212> PRT
<213> 智人
<400> 26
Met Thr Asp Ser Val Ile Tyr Ser Met Leu Glu Leu Pro Thr Ala Thr
1 5 10 15
Gln Ala Gln Asn Asp Tyr Gly Pro Gln Gln Lys Ser Ser Ser Ser Arg
20 25 30
Pro Ser Cys Ser Cys Leu Val Ala Ile Ala Leu Gly Leu Leu Thr Ala
35 40 45
Val Leu Leu Ser Val Leu Leu Tyr Gln Trp Ile Leu Cys Gln Gly Ser
50 55 60
Asn Tyr Ser Thr Cys Ala Ser Cys Pro Ser Cys Pro Asp Arg Trp Met
65 70 75 80
Lys Tyr Gly Asn His Cys Tyr Tyr Phe Ser Val Glu Glu Lys Asp Trp
85 90 95
Asn Ser Ser Leu Glu Phe Cys Leu Ala Arg Asp Ser His Leu Leu Val
100 105 110
Ile Thr Asp Asn Gln Glu Met Ser Leu Leu Gln Val Phe Leu Ser Glu
115 120 125
Ala Phe Cys Trp Ile Gly Leu Arg Asn Asn Ser Gly Trp Arg Trp Glu
130 135 140
Asp Gly Ser Pro Leu Asn Phe Ser Arg Ile Ser Ser Asn Ser Phe Val
145 150 155 160
Gln Thr Cys Gly Ala Ile Asn Lys Asn Gly Leu Gln Ala Ser Ser Cys
165 170 175
Glu Val Pro Leu His Trp Val Cys Lys Lys Cys Pro Phe Ala Asp Gln
180 185 190
Ala Leu Phe
195
<210> 27
<211> 586
<212> DNA
<213> 智人
<400> 27
cttttcctaa cactcacaac aaaactaact aatactaaca tctcagacgc tcaggaaata 60
gaaaccgtct gaactatcct gcccgccatc atcctagtcc tcatcgccct cccatcccta 120
cgcatccttt acataacaga cgaggtcaac gatccctccc ttaccatcaa atcaattggc 180
caccaatggt actgaaccta cgagtacacc gactacggcg gactaatctt caactcctac 240
atacttcccc cattattcct agaaccaggc gacctgcgac tccttgacgt tgacaatcga 300
gtagtactcc cgattgaagc ccccattcgt ataataatta catcacaaga cgtcttgcac 360
tcatgagctg tccccacatt aggcttaaaa acagatgcaa ttcccggacg tctaaaccaa 420
accactttca ccgctacacg accgggggta tactacggtc aatgctctga aatctgtgga 480
gcaaaccaca gtttcatgcc catcgtccta gaattaattc ccctaaaaat ctttgaaata 540
gggcccgtat ttaccctata gcaccccctc taccccctct agagcc 586
<210> 28
<211> 227
<212> PRT
<213> 智人
<400> 28
Met Ala His Ala Ala Gln Val Gly Leu Gln Asp Ala Thr Ser Pro Ile
1 5 10 15
Met Glu Glu Leu Ile Thr Phe His Asp His Ala Leu Met Ile Ile Phe
20 25 30
Leu Ile Cys Phe Leu Val Leu Tyr Ala Leu Phe Leu Thr Leu Thr Thr
35 40 45
Lys Leu Thr Asn Thr Asn Ile Ser Asp Ala Gln Glu Met Glu Thr Val
50 55 60
Trp Thr Ile Leu Pro Ala Ile Ile Leu Val Leu Ile Ala Leu Pro Ser
65 70 75 80
Leu Arg Ile Leu Tyr Met Thr Asp Glu Val Asn Asp Pro Ser Leu Thr
85 90 95
Ile Lys Ser Ile Gly His Gln Trp Tyr Trp Thr Tyr Glu Tyr Thr Asp
100 105 110
Tyr Gly Gly Leu Ile Phe Asn Ser Tyr Met Leu Pro Pro Leu Phe Leu
115 120 125
Glu Pro Gly Asp Leu Arg Leu Leu Asp Val Asp Asn Arg Val Val Leu
130 135 140
Pro Ile Glu Ala Pro Ile Arg Met Met Ile Thr Ser Gln Asp Val Leu
145 150 155 160
His Ser Trp Ala Val Pro Thr Leu Gly Leu Lys Thr Asp Ala Ile Pro
165 170 175
Gly Arg Leu Asn Gln Thr Thr Phe Thr Ala Thr Arg Pro Gly Val Tyr
180 185 190
Tyr Gly Gln Cys Ser Glu Ile Cys Gly Ala Asn His Ser Phe Met Pro
195 200 205
Ile Val Leu Glu Leu Ile Pro Leu Lys Ile Phe Glu Met Gly Pro Val
210 215 220
Phe Thr Leu
225
<210> 29
<211> 681
<212> DNA
<213> 智人
<400> 29
atgaacgaaa atctgttcgc ttcattcatt gcccccacaa tcctaggcct acccgccgca 60
gtactgatca ttctatttcc ccctctattg atccccacct ccaaatatct catcaacaac 120
cgactaatca ccacccaaca atgactaatc aaactaacct caaaacaaat gataaccata 180
cacaacacta aaggacgaac ctgatctctt atactagtat ccttaatcat ttttattgcc 240
acaactaacc tcctcggact cctgcctcac tcatttacac caaccaccca actatctata 300
aacctagcca tggccatccc cttatgagcg ggcacagtga ttataggctt tcgctctaag 360
attaaaaatg ccctagccca cttcttacca caaggcacac ctacacccct tatccccata 420
ctagttatta tcgaaaccat cagcctactc attcaaccaa tagccctggc cgtacgccta 480
accgctaaca ttactgcagg ccacctactc atgcacctaa ttggaagcgc caccctagca 540
atatcaacca ttaaccttcc ctctacactt atcatcttca caattctaat tctactgact 600
atcctagaaa tcgctgtcgc cttaatccaa gcctacgttt tcacacttct agtaagcctc 660
tacctgcacg acaacacata a 681
<210> 30
<211> 226
<212> PRT
<213> 智人
<400> 30
Met Asn Glu Asn Leu Phe Ala Ser Phe Ile Ala Pro Thr Ile Leu Gly
1 5 10 15
Leu Pro Ala Ala Val Leu Ile Ile Leu Phe Pro Pro Leu Leu Ile Pro
20 25 30
Thr Ser Lys Tyr Leu Ile Asn Asn Arg Leu Ile Thr Thr Gln Gln Trp
35 40 45
Leu Ile Lys Leu Thr Ser Lys Gln Met Met Thr Met His Asn Thr Lys
50 55 60
Gly Arg Thr Trp Ser Leu Met Leu Val Ser Leu Ile Ile Phe Ile Ala
65 70 75 80
Thr Thr Asn Leu Leu Gly Leu Leu Pro His Ser Phe Thr Pro Thr Thr
85 90 95
Gln Leu Ser Met Asn Leu Ala Met Ala Ile Pro Leu Trp Ala Gly Thr
100 105 110
Val Ile Met Gly Phe Arg Ser Lys Ile Lys Asn Ala Leu Ala His Phe
115 120 125
Leu Pro Gln Gly Thr Pro Thr Pro Leu Ile Pro Met Leu Val Ile Ile
130 135 140
Glu Thr Ile Ser Leu Leu Ile Gln Pro Met Ala Leu Ala Val Arg Leu
145 150 155 160
Thr Ala Asn Ile Thr Ala Gly His Leu Leu Met His Leu Ile Gly Ser
165 170 175
Ala Thr Leu Ala Met Ser Thr Ile Asn Leu Pro Ser Thr Leu Ile Ile
180 185 190
Phe Thr Ile Leu Ile Leu Leu Thr Ile Leu Glu Ile Ala Val Ala Leu
195 200 205
Ile Gln Ala Tyr Val Phe Thr Leu Leu Val Ser Leu Tyr Leu His Asp
210 215 220
Asn Thr
225
<210> 31
<211> 1137
<212> DNA
<213> 智人
<400> 31
acagccacct cagcatgcag aggaggccca gctgctgaga ggagttgcct gagagtgacc 60
tttgcatctg cctgtccagc cagcatggaa ccaaagcgga tcagagaggg ctaccttgtg 120
aagaagggga gcgtgttcaa tacgtggaaa cccatgtggg ttgtattgtt agaagatgga 180
attgaattct ataagaagaa aagtgacaac agccccaaag gaatgatccc gctgaaaggg 240
agcactctga ctagcccttg tcaagacttt ggcaaaagga tgtttgtgtt taagatcact 300
acgaccaaac agcaggacca cttcttccag gcagccttcc tggaggagag agatgcctgg 360
gttcgggata tcaagaaggc cattaaatgc attgaaggag gccagaaatt tgccaggaaa 420
tctaccagga ggtccattcg actgccagaa accattgact taggtgcctt atatttgtcc 480
atgaaagaca ctgaaaaagg aataaaagaa ctgaatctag agaaggacaa gaagattttt 540
aatcactgct tcacaggtaa ctgcgtcatt gattggctgg tatccaacca gtctgttagg 600
aatcgccagg aaggcctcat gattgcttca tcgctgctca atgaggggta tctgcagcct 660
gctggagaca tgtccaagag tgcagtggat ggaactgctg aaaacccttt cctggacaac 720
cctgatgcct tctactactt tccagacagt gggttcttct gtgaagagaa ttccagtgat 780
gatgatgtga ttctgaaaga agaattcaga ggggtcatta tcaagcaggg atgtttactg 840
aagcaggggc atagaaggaa aaactggaaa gtgaggaagt tcatcttgag agaagaccct 900
gcctacctgc actactatga ccctgctggg gcagaagatc ccctgggagc aattcacttg 960
agaggctgtg tggtgacttc agtggagagc aactcaaatg gcaggaagag tgaggaagag 1020
aacctttttg agatcatcac agcagatgaa gtgcactatt tcttgcaagc agccaccccc 1080
aaggagcgca cagagtggat cagagccatc cagatggcct cccgaactgg gaagtaa 1137
<210> 32
<211> 350
<212> PRT
<213> 智人
<400> 32
Met Glu Pro Lys Arg Ile Arg Glu Gly Tyr Leu Val Lys Lys Gly Ser
1 5 10 15
Val Phe Asn Thr Trp Lys Pro Met Trp Val Val Leu Leu Glu Asp Gly
20 25 30
Ile Glu Phe Tyr Lys Lys Lys Ser Asp Asn Ser Pro Lys Gly Met Ile
35 40 45
Pro Leu Lys Gly Ser Thr Leu Thr Ser Pro Cys Gln Asp Phe Gly Lys
50 55 60
Arg Met Phe Val Phe Lys Ile Thr Thr Thr Lys Gln Gln Asp His Phe
65 70 75 80
Phe Gln Ala Ala Phe Leu Glu Glu Arg Asp Ala Trp Val Arg Asp Ile
85 90 95
Lys Lys Ala Ile Lys Cys Ile Glu Gly Gly Gln Lys Phe Ala Arg Lys
100 105 110
Ser Thr Arg Arg Ser Ile Arg Leu Pro Glu Thr Ile Asp Leu Gly Ala
115 120 125
Leu Tyr Leu Ser Met Lys Asp Thr Glu Lys Gly Ile Lys Glu Leu Asn
130 135 140
Leu Glu Lys Asp Lys Lys Ile Phe Asn His Cys Phe Thr Gly Asn Cys
145 150 155 160
Val Ile Asp Trp Leu Val Ser Asn Gln Ser Val Arg Asn Arg Gln Glu
165 170 175
Gly Leu Met Ile Ala Ser Ser Leu Leu Asn Glu Gly Tyr Leu Gln Pro
180 185 190
Ala Gly Asp Met Ser Lys Ser Ala Val Asp Gly Thr Ala Glu Asn Pro
195 200 205
Phe Leu Asp Asn Pro Asp Ala Phe Tyr Tyr Phe Pro Asp Ser Gly Phe
210 215 220
Phe Cys Glu Glu Asn Ser Ser Asp Asp Asp Val Ile Leu Lys Glu Glu
225 230 235 240
Phe Arg Gly Val Ile Ile Lys Gln Gly Cys Leu Leu Lys Gln Gly His
245 250 255
Arg Arg Lys Asn Trp Lys Val Arg Lys Phe Ile Leu Arg Glu Asp Pro
260 265 270
Ala Tyr Leu His Tyr Tyr Asp Pro Ala Gly Ala Glu Asp Pro Leu Gly
275 280 285
Ala Ile His Leu Arg Gly Cys Val Val Thr Ser Val Glu Ser Asn Ser
290 295 300
Asn Gly Arg Lys Ser Glu Glu Glu Asn Leu Phe Glu Ile Ile Thr Ala
305 310 315 320
Asp Glu Val His Tyr Phe Leu Gln Ala Ala Thr Pro Lys Glu Arg Thr
325 330 335
Glu Trp Ile Arg Ala Ile Gln Met Ala Ser Arg Thr Gly Lys
340 345 350
<210> 33
<211> 1339
<212> DNA
<213> 智人
<400> 33
tgcgcggctt cctgcctcca tgccactcca gactgcaccg gcatggcact gactgcccac 60
ccctcctgcc tcctggccct gttggtggca ggcctagccc aaggcatcag aggccccctt 120
agggcccagg acctaggtcc ccagccgcta gagctgaaag aggccttcaa gttgttccag 180
atccagttca accggagtta cctgagccca gaagagcatg ctcaccgcct ggacatcttt 240
gcccacaacc tggcccaggc tcagaggctg caggaggagg acttgggcac agctgagttt 300
ggggtgactc cattcagtga cctcacagag gaggagtttg gccagctcta tggctatcgg 360
agggcagctg gaggggtccc cagcatgggc agagaaataa ggtctgaaga gccagaggag 420
tcagtacctt tcagctgtga ctggcggaag gtggccggcg ccatctcacc catcaaggac 480
cagaaaaact gcaactgctg ctgggccatg gcagcggcag gcaacataga gaccctgtgg 540
cgcatcagtt tctgggattt tgtggacgtc tccgtgcagg aactgctgga ctgtggccgc 600
tgtggggatg gctgccacgg tggcttcgtc tgggacgcgt tcataactgt cctcaacaac 660
agcggcctgg ccagtgaaaa ggactacccg ttccagggca aagtcagagc ccacaggtgc 720
caccccaaga agtaccagaa ggtggcctgg atccaggact tcatcatgct gcagaacaac 780
gagcacagaa ttgcgcagta cctggccact tatggcccca tcaccgtgac catcaacatg 840
aagccccttc agctataccg gaaaggtgtg atcaaggcca cacccaccac ctgtgacccc 900
cagcttgtgg accactctgt cctgctggtg ggttttggca gcgtcaagtc agaggagggg 960
atatgggcag agacagtctc atcgcagtct cagcctcagc ctccacaccc caccccatac 1020
tggatcctga agaactcctg gggggcccaa tggggagaga agggctattt ccggctgcac 1080
cgagggagca atacctgtgg catcaccaag ttcccgctca ctgcccgtgt gcagaaaccg 1140
gatatgaagc cccgagtctc ctgccctccc tgaacccacc tggccccctc agctctgtcc 1200
tgttaggcca actgcctcct tgccagcccc acccccaggt ttttgcccat cctcccaatc 1260
tcaatacagc ctgaataaac caaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1320
aaaaaaaaaa aaaaaaaaa 1339
<210> 34
<211> 376
<212> PRT
<213> 智人
<400> 34
Met Ala Leu Thr Ala His Pro Ser Cys Leu Leu Ala Leu Leu Val Ala
1 5 10 15
Gly Leu Ala Gln Gly Ile Arg Gly Pro Leu Arg Ala Gln Asp Leu Gly
20 25 30
Pro Gln Pro Leu Glu Leu Lys Glu Ala Phe Lys Leu Phe Gln Ile Gln
35 40 45
Phe Asn Arg Ser Tyr Leu Ser Pro Glu Glu His Ala His Arg Leu Asp
50 55 60
Ile Phe Ala His Asn Leu Ala Gln Ala Gln Arg Leu Gln Glu Glu Asp
65 70 75 80
Leu Gly Thr Ala Glu Phe Gly Val Thr Pro Phe Ser Asp Leu Thr Glu
85 90 95
Glu Glu Phe Gly Gln Leu Tyr Gly Tyr Arg Arg Ala Ala Gly Gly Val
100 105 110
Pro Ser Met Gly Arg Glu Ile Arg Ser Glu Glu Pro Glu Glu Ser Val
115 120 125
Pro Phe Ser Cys Asp Trp Arg Lys Val Ala Ser Ala Ile Ser Pro Ile
130 135 140
Lys Asp Gln Lys Asn Cys Asn Cys Cys Trp Ala Met Ala Ala Ala Gly
145 150 155 160
Asn Ile Glu Thr Leu Trp Arg Ile Ser Phe Trp Asp Phe Val Asp Val
165 170 175
Ser Val Gln Glu Leu Leu Asp Cys Gly Arg Cys Gly Asp Gly Cys His
180 185 190
Gly Gly Phe Val Trp Asp Ala Phe Ile Thr Val Leu Asn Asn Ser Gly
195 200 205
Leu Ala Ser Glu Lys Asp Tyr Pro Phe Gln Gly Lys Val Arg Ala His
210 215 220
Arg Cys His Pro Lys Lys Tyr Gln Lys Val Ala Trp Ile Gln Asp Phe
225 230 235 240
Ile Met Leu Gln Asn Asn Glu His Arg Ile Ala Gln Tyr Leu Ala Thr
245 250 255
Tyr Gly Pro Ile Thr Val Thr Ile Asn Met Lys Pro Leu Gln Leu Tyr
260 265 270
Arg Lys Gly Val Ile Lys Ala Thr Pro Thr Thr Cys Asp Pro Gln Leu
275 280 285
Val Asp His Ser Val Leu Leu Val Gly Phe Gly Ser Val Lys Ser Glu
290 295 300
Glu Gly Ile Trp Ala Glu Thr Val Ser Ser Gln Ser Gln Pro Gln Pro
305 310 315 320
Pro His Pro Thr Pro Tyr Trp Ile Leu Lys Asn Ser Trp Gly Ala Gln
325 330 335
Trp Gly Glu Lys Gly Tyr Phe Arg Leu His Arg Gly Ser Asn Thr Cys
340 345 350
Gly Ile Thr Lys Phe Pro Leu Thr Ala Arg Val Gln Lys Pro Asp Met
355 360 365
Lys Pro Arg Val Ser Cys Pro Pro
370 375
<210> 35
<211> 895
<212> DNA
<213> 智人
<400> 35
atgcgggtca tggcgccccg aaccctcatc ctgctgctct cgggagccct ggccctgacc 60
gagacctggg cctgctccca ctccatgagg tatttctaca ccgccgtgtc ccggcccggc 120
cgcggagagc cccgcttcat cgcagtgggc tacgtggacg acacgcagtt cgtgcggttc 180
gacagcgacg ccgcgagtcc aagaggggag ccgcgggcgc cgtgggtgga gcaggagggg 240
ccggagtatt gggaccggga gacacagaag tacaagcgcc aggcacaggc tgaccgagtg 300
agcctgcgga acctgcgcgg ctactacaac cagagcgagg ccgggtctca caccctccag 360
aggatgtacg gctgcgacct ggggcccgac gggcgcctcc tccgcgggta tgaccagtcc 420
gcctacgacg gcaaggatta catcgccctg aacgaggacc tgcgctcctg gaccgctgcg 480
gacacggcgg ctcagatcac ccagcgcaag tgggaggcgg cccgtgaggc ggagcagtgg 540
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gagacgctgc agcgcgcgga acacccaaag acacacgtga cccaccatcc cgtctctgac 660
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tggcagcggg atggcgagga ccaaactcag gacaccgagc ttgtggagac caggccagca 780
ggagatggaa ccttccagaa gtgggcagct gtggtggtgc cttctggaga agagcagaga 840
tacacgtgcc atgtgcagca cgaggggctg ccagagcccc tcaccctgag atggg 895
<210> 36
<211> 366
<212> PRT
<213> 智人
<400> 36
Met Arg Val Met Ala Pro Arg Thr Leu Ile Leu Leu Leu Ser Gly Ala
1 5 10 15
Leu Ala Leu Thr Glu Thr Trp Ala Cys Ser His Ser Met Arg Tyr Phe
20 25 30
Tyr Thr Ala Val Ser Arg Pro Gly Arg Gly Glu Pro Arg Phe Ile Ala
35 40 45
Val Gly Tyr Val Asp Asp Thr Gln Phe Val Arg Phe Asp Ser Asp Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Arg Gly Glu Pro Arg Ala Pro Trp Val Glu Gln Glu Gly
65 70 75 80
Pro Glu Tyr Trp Asp Arg Glu Thr Gln Lys Tyr Lys Arg Gln Ala Gln
85 90 95
Ala Asp Arg Val Ser Leu Arg Asn Leu Arg Gly Tyr Tyr Asn Gln Ser
100 105 110
Glu Ala Gly Ser His Thr Leu Gln Arg Met Tyr Gly Cys Asp Leu Gly
115 120 125
Pro Asp Gly Arg Leu Leu Arg Gly Tyr Asp Gln Ser Ala Tyr Asp Gly
130 135 140
Lys Asp Tyr Ile Ala Leu Asn Glu Asp Leu Arg Ser Trp Thr Ala Ala
145 150 155 160
Asp Thr Ala Ala Gln Ile Thr Gln Arg Lys Trp Glu Ala Ala Arg Glu
165 170 175
Ala Glu Gln Trp Arg Ala Tyr Leu Glu Gly Thr Cys Val Glu Trp Leu
180 185 190
Arg Arg Tyr Leu Glu Asn Gly Lys Glu Thr Leu Gln Arg Ala Glu His
195 200 205
Pro Lys Thr His Val Thr His His Pro Val Ser Asp His Glu Ala Thr
210 215 220
Leu Arg Cys Trp Ala Leu Gly Phe Tyr Pro Ala Glu Ile Thr Leu Thr
225 230 235 240
Trp Gln Arg Asp Gly Glu Asp Gln Thr Gln Asp Thr Glu Leu Val Glu
245 250 255
Thr Arg Pro Ala Gly Asp Gly Thr Phe Gln Lys Trp Ala Ala Val Val
260 265 270
Val Pro Ser Gly Glu Glu Gln Arg Tyr Thr Cys His Val Gln His Glu
275 280 285
Gly Leu Pro Glu Pro Leu Thr Leu Arg Trp Glu Pro Ser Ser Gln Pro
290 295 300
Thr Ile Pro Ile Val Gly Ile Val Ala Gly Leu Ala Val Leu Ala Val
305 310 315 320
Leu Ala Val Leu Gly Ala Val Met Ala Val Val Met Cys Arg Arg Lys
325 330 335
Ser Ser Gly Gly Lys Gly Gly Ser Cys Ser Gln Ala Ala Ser Ser Asn
340 345 350
Ser Ala Gln Gly Ser Asp Glu Ser Leu Ile Ala Cys Lys Ala
355 360 365
<210> 37
<211> 1512
<212> DNA
<213> 智人
<400> 37
gcctgagagg caggtagctg cggcgctggg ctggcggcgg cgagtccacg tgctccccgc 60
ggccggttga aaccgttggc gggcgctggc tgagaggcaa tgtttgctgt cttccattgg 120
agtgactgaa tttctacatg acggcttttt gacaagactt aaaacctgtc ttggatagag 180
aatatttagc catttaccta aaaatggtat tttttacatg caatgcatgt ggtgaatcag 240
tgaagaaaat acaagtggaa aagcatgtgt ctgtttgcag aaactgtgaa tgcctttctt 300
gcattgactg cggtaaagat ttctggggcg atgactataa aaaccacgtg aaatgcataa 360
gtgaagatca gaagtatggt ggcaaaggct atgaaggtaa aacccacaaa ggcgacatca 420
aacagcaggc gtggattcag aaaattagtg aattaataaa gagacccaat gtcagcccca 480
aagtgagaga acttttagag caaattagtg cttttgacaa cgttcccagg aaaaaggcaa 540
aatttcagaa ttggatgaag aacagtttaa aagttcataa tgaatccatt ctggaccagg 600
tgtggaatat cttttctgaa gcttccaaca gcgaaccagt caataaggaa caggatcaac 660
ggccactcca cccagtggca aatccacatg cagaaatctc caccaaggtt ccagcctcca 720
aagtgaaaga cgccgtggaa cagcaagggg aggtgaagaa gaataaaaga gaaagaaagg 780
aagaacggca gaagaaaagg aaaagagaaa agaaagaact aaagttagaa aaccaccagg 840
aaaactcaag gaatcagaag cctaagaagc gcaaaaaggg acaggaggct gaccttgagg 900
ctggtgggga ggaagtccct gaggccaatg gctctgcagg gaagaggagc aagaagaaga 960
agcagcgcaa ggacagcgcc agtgaggaag aggcacgcgt gggcgcaggg aagaggaagc 1020
ggaggcactc ggaagttgaa acagattcta agaagaaaaa gatgaagctc ccagagcatc 1080
ctgagggcgg agaaccagaa gacgatgagg ctcctgcaaa aggtaaattc aactggaagg 1140
gaactattaa agcaattctg aaacaggccc cagacaatga aataaccatc aaaaagctaa 1200
ggaaaaaggt tttagctcag tactacacag tgacagatga gcatcacaga tccgaagagg 1260
aactcctggt catctttaac aagaaaatca gcaagaaccc tacctttaag ttattaaagg 1320
acaaagtcaa gcttgtgaaa tgaacatttg tgtatttaaa aattgaatcc attctgctga 1380
cttcttcctt tcactgctgt ttataaaatg tgtaatgaat tctaacaact caaattttgc 1440
tttttgaagc tgtattttta agttaagaaa aaatatattt ttggtataac ttttatgaaa 1500
aaaaaaaaaa aa 1512
<210> 38
<211> 379
<212> PRT
<213> 智人
<400> 38
Met Val Phe Phe Thr Cys Asn Ala Cys Gly Glu Ser Val Lys Lys Ile
1 5 10 15
Gln Val Glu Lys His Val Ser Val Cys Arg Asn Cys Glu Cys Leu Ser
20 25 30
Cys Ile Asp Cys Gly Lys Asp Phe Trp Gly Asp Asp Tyr Lys Asn His
35 40 45
Val Lys Cys Ile Ser Glu Asp Gln Lys Tyr Gly Gly Lys Gly Tyr Glu
50 55 60
Gly Lys Thr His Lys Gly Asp Ile Lys Gln Gln Ala Trp Ile Gln Lys
65 70 75 80
Ile Ser Glu Leu Ile Lys Arg Pro Asn Val Ser Pro Lys Val Arg Glu
85 90 95
Leu Leu Glu Gln Ile Ser Ala Phe Asp Asn Val Pro Arg Lys Lys Ala
100 105 110
Lys Phe Gln Asn Trp Met Lys Asn Ser Leu Lys Val His Asn Glu Ser
115 120 125
Ile Leu Asp Gln Val Trp Asn Ile Phe Ser Glu Ala Ser Asn Ser Glu
130 135 140
Pro Val Asn Lys Glu Gln Asp Gln Arg Pro Leu His Pro Val Ala Asn
145 150 155 160
Pro His Ala Glu Ile Ser Thr Lys Val Pro Ala Ser Lys Val Lys Asp
165 170 175
Ala Val Glu Gln Gln Gly Glu Val Lys Lys Asn Lys Arg Glu Arg Lys
180 185 190
Glu Glu Arg Gln Lys Lys Arg Lys Arg Glu Lys Lys Glu Leu Lys Leu
195 200 205
Glu Asn His Gln Glu Asn Ser Arg Asn Gln Lys Pro Lys Lys Arg Lys
210 215 220
Lys Gly Gln Glu Ala Asp Leu Glu Ala Gly Gly Glu Glu Val Pro Glu
225 230 235 240
Ala Asn Gly Ser Ala Gly Lys Arg Ser Lys Lys Lys Lys Gln Arg Lys
245 250 255
Asp Ser Ala Ser Glu Glu Glu Ala His Val Gly Ala Gly Lys Arg Lys
260 265 270
Arg Arg His Ser Glu Val Glu Thr Asp Ser Lys Lys Lys Lys Met Lys
275 280 285
Leu Pro Glu His Pro Glu Gly Gly Glu Pro Glu Asp Asp Glu Ala Pro
290 295 300
Ala Lys Gly Lys Phe Asn Trp Lys Gly Thr Ile Lys Ala Ile Leu Lys
305 310 315 320
Gln Ala Pro Asp Asn Glu Ile Thr Ile Lys Lys Leu Arg Lys Lys Val
325 330 335
Leu Ala Gln Tyr Tyr Thr Val Thr Asp Glu His His Arg Ser Glu Glu
340 345 350
Glu Leu Leu Val Ile Phe Asn Lys Lys Ile Ser Lys Asn Pro Thr Phe
355 360 365
Lys Leu Leu Lys Asp Lys Val Lys Leu Val Lys
370 375
<210> 39
<211> 2294
<212> DNA
<213> 智人
<400> 39
ccttttctcg gggcgcccga gaggccagct cagacctccc ggctcgacag gcggcgcggg 60
cggcggtaaa atgtcggttc caggacctta ccaggcggcc actgggcctt cctcagcacc 120
atccgcacct ccatcctatg aagagacagt ggctgttaac agttattacc ccacacctcc 180
agctcccatg cctgggccaa ctacggggct tgtgacgggg cctgatggga agggcatgaa 240
tcctccttcg tattataccc agccagcgcc catccccaat aacaatccaa ttaccgtgca 300
gacggtctac gtgcagcacc ccatcacctt tttggaccgc cctatccaaa tgtgttgtcc 360
ttcctgcaac aagatgatcg tgagtcagct gtcctataac gccggtgctc tgacctggct 420
gtcctgcggg agcctgtgcc tgctggggca ggagtgcagt ggtacgatcg tagctctccg 480
cagctttgat ctcctgggct cctgcaatcc gcccagctca gcctcctgag tacctgggac 540
cacaggtgca tagcgggctg ctgcttcatc cccttctgcg tggatgccct gcaggacgtg 600
gaccattact gtcccaactg cagagctctc ctgggcacct acaagcgttt gtaggactca 660
gccagacgtg gagggagccg ggtgccgcag gaagtccttt ccacctctca tccagcttca 720
cgcctggtgg aggttctgcc ctggtggtct cacctctcca gggggcccac cttcatgtct 780
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cctccctgag accctgagtc ctgccatcta actgtgatca ttgccctatc cgaatatctt 960
cctgtgatct gccatcagtg gctctttttt cctgcttcca tgggcctttc tggtggcagt 1020
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tgttgcccag gctggtgtcg aactcctggg ctcaagcgat ccttctgcct tggcctcccg 1560
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gatttataaa accattttct gtaatcaaat gattggtgtc attttcccat ttgccaatgt 1680
agtctcactt aaaaaaaaaa aaaagaaaaa gaaatggata atttcatcta ctgcctttac 1740
ttggggttaa tgtgattctt aaacaccttc atcatggaac tctcagagtg gggtccgttt 1800
tggtttcctg gtggtgggtt ttgaaagata agggaaagca cattttgagc atgtctgggt 1860
accatggtgc ggatgcttgg gaaccagaac tgtttcagag gaatctgaag tctgatttta 1920
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gcaagccagg attctaggtt ggctgctgtg tcatctttga agtcaagaca aagctgggct 2040
cgaccttcaa gggtcctcgt tttgataata cttcagaata gggaactcat gtgaatacta 2100
ctatgtagaa ataaaaccta gaccttgagc gaacatctgt atattggttg aaaacgatag 2160
tggtaaccat tgatccccct tcatttgatg tttggaaaat tccagtaatt atcatttttg 2220
caacgaatat ggataccaca tagtactttg gtgttacctg cttttgaaaa ataaagtctt 2280
tggttcaccc ggtg 2294
<210> 40
<211> 161
<212> PRT
<213> 智人
<400> 40
Met Ser Val Pro Gly Pro Tyr Gln Ala Ala Thr Gly Pro Ser Ser Ala
1 5 10 15
Pro Ser Ala Pro Pro Ser Tyr Glu Glu Thr Val Ala Val Asn Ser Tyr
20 25 30
Tyr Pro Thr Pro Pro Ala Pro Met Pro Gly Pro Thr Thr Gly Leu Val
35 40 45
Thr Gly Pro Asp Gly Lys Gly Met Asn Pro Pro Ser Tyr Tyr Thr Gln
50 55 60
Pro Ala Pro Ile Pro Asn Asn Asn Pro Ile Thr Val Gln Thr Val Tyr
65 70 75 80
Val Gln His Pro Ile Thr Phe Leu Asp Arg Pro Ile Gln Met Cys Cys
85 90 95
Pro Ser Cys Asn Lys Met Ile Val Ser Gln Leu Ser Tyr Asn Ala Gly
100 105 110
Ala Leu Thr Trp Leu Ser Cys Gly Ser Leu Cys Leu Leu Gly Cys Ile
115 120 125
Ala Gly Cys Cys Phe Ile Pro Phe Cys Val Asp Ala Leu Gln Asp Val
130 135 140
Asp His Tyr Cys Pro Asn Cys Arg Ala Leu Leu Gly Thr Tyr Lys Arg
145 150 155 160
Leu
<210> 41
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 41
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 42
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 42
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 43
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 43
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 44
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 44
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 45
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 45
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 46
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 46
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 47
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 47
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 48
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 48
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 49
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 49
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 50
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 50
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 51
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 51
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 52
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 52
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 53
<211> 3393
<212> DNA
<213> 智人
<220>
<221> misc_feature
<222> (2042)..(2042)
<223> n 是 a、c、g 或 t
<400> 53
ctgtggtgat gatgtggtca ctgcatgatt ctcacacaag cacccagagg acgtcatcag 60
gcagaggcag tgggggtggg cagcatttac agaaaatctg tgatgagaca ccacaaaacc 120
agaggggaac atgaagtcac tgagcctgct ccacctcttt cctctcccaa gagctaaaag 180
agagcaagga ggaaacaaca gcagctccaa ccagggcagc cttcctgaga agatgcaacc 240
aatcctgctt ctgctggcct tcctcctgct gcccagggca gatgcaggtg agtgaccgtc 300
tccaccctcg ggggcccaac ccgatcccac aggtctcctg ccctttctcc acattcctga 360
tccatctatc taccaggaat gttctgaact ccagctccca ttctaaccaa gaccccccaa 420
gtgtgatgct ggataagcta tcagcaggaa tcggagagca gcaggcgatt ctcaagaaga 480
gccagtgggt actacccttc cccagagccc acctttgtca cctggagaga ggactttcct 540
agaagtaaat ggcagaggat gggaaactag aaaattctgt ttctgggata agacaggtgc 600
ttctctcact gtctgctaag gagggaaacc cagctgacag cagaattggt acaatcactg 660
tcctcagaac actgttaatg tgtttgctca gtcccattct ccaactctgc ttttcttccc 720
tggcctttgg tggctcccct ctttccaagg atgaggcact acggcaggcc ccagcttccc 780
tgctttctag aattccacca gcactgctct accagccctc atccagaggc taactggagc 840
cagtccatca tgcagccatg aacatttact gggcacccac tacatgtcag gctctaggaa 900
acaggatatg acagtatcta gatccctcca cttacacctg gccattagaa agcagcacta 960
tcctagacac cacaggactc ataagggtct tggaaactca cctgaaacaa agcaaagtca 1020
ggagaggaat gatcaggagc ctctgggatt tcactgtccc taagacaggt atgctcgcct 1080
tcaactacat atggaagaaa gatttacaca gaccaaagtc tgctgttctt ccctttttca 1140
gagcaggaaa ttgaagcccc ttcctccagg ccactcccaa ctccaggcta tcccaggctc 1200
ccaaatgccc aggagttctg gagccactaa gcaggtgccc acccaggaga ttccatgggt 1260
gcccacaagc agacagactt ttccttcagg ggagatcatc gggggacatg aggccaagcc 1320
ccactcccgc ccctacatgg cttatcttat gatctgggat cagaagtctc tgaagaggtg 1380
cggtggcttc ctgatacaag acgacttcgt gctgacagct gctcactgtt ggggaaggtg 1440
aggagcagaa aacagcccac accctcctgg aaacactcca cagagacccc tgccttcttc 1500
ccaaggagct ccctgggctc ctgtgaacac acatgccagg aggtctcctt agagggtgag 1560
aaaagggcag ttaagtttgt ggagagaggg gaaggttggt tccagaggtg ctgctgaggt 1620
aagaaacagc agagtgacca agcctgccat atttagaact gggggcatac tttggcatag 1680
aatacaaact gaagcaattc cacctgtgtt tctaggggga accgaaccct gagaaacctg 1740
gtgcaattac cgagattcca attccttggg gaccgactgt ccccttaatt tcccctcagc 1800
tgcagccctg ccccagctgt cacctgctct tcactgctct tcactgtctc tgggctgtat 1860
accctgtgac tccaccccca tcctcactct gctctctctg cagctccata aatgtcacct 1920
tgggggccca caatatcaaa gaacaggagc cgacccagca gtttatccct gtgaaaagac 1980
ccatccccca tccagcctat aatcctaaga acttctccaa cgacatcatg ctactgcagg 2040
tnaggcacac tcctgccact cttgctcttc ttggtccagt tggttccact ccccctgaga 2100
tgccggccct tccctccttt ccatcctggc ctcttggtct agttcctatg cctcagagga 2160
gagggaagat tgtgcagccc catcactgtg tcggggccca gaagttcgtt ggctgacctg 2220
gactttcttg cctcttcccc caccagctgg agagaaaggc caagcggacc agagctgtgc 2280
agcccctcag gctacctagc aacaaggccc aggtgaagcc agggcagaca tgcagtgtgg 2340
ccggctgggg gcagacggcc cccctgggaa aacactcaca cacactacaa gaggtgaaga 2400
tgacagtgca ggaagatcga aagtgcgaat ctgacttacg ccattattac gacagtacca 2460
ttgagttgtg cgtgggggac ccagagatta aaaagacttc ctttaaggta agactatgca 2520
cctgcctgga ttggctcttg ggagaaagat ctttggggaa tatctgagac ctggagactc 2580
aagtagtggg ggactccttc acccactaga ctgtgatatt tctctctgga aagagaagag 2640
gggactagac tgagctgggg agaaattagg gcctctgcaa acttaccagg aggcttatgg 2700
tggatggtgc ttctttggaa ggatgaattt gcaacactcc acccactcca ggtcacagat 2760
attaggaaac tgtgcccact gggggtgcag taattataac caggtgtgtc ttcagaggct 2820
ggtacccaac gtgaatgggc tggtcctcca tggtggacat cagccctcct tgcccacttc 2880
tgggtcctta aacagccaac ggtcccacat acctccgatc tcaggatctg ggggacatga 2940
cggaggctgg cccctgggat gaggtgaagc agtaacaatg tccagggcca gagcttggca 3000
gctgggggcc accagcggcc tgccctgccc tctggtctcc cacatgtagg ctgtgcaagt 3060
tggccttttc taaaaggggg cttgagatgg aagagagggc aggacccgga ggagcatcag 3120
ctcagtcctt ccactctcta ttcacagggg gactctggag gccctcttgt gtgtaacaag 3180
tgtgcccagg gcattgtctc ctatggacga aacaatggca tgcctccacg agcctgcacc 3240
aaagtctcaa gctttgtaca ctggataaag aaaaccatga aacgctacta actacaggaa 3300
agcaactaag cccccgctgt aatgaaacac cttctctgga gccaagtcca gatttacact 3360
gggagaggtg ccagcaactg aataaatact ctt 3393
<210> 54
<211> 247
<212> PRT
<213> 智人
<400> 54
Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala
1 5 10 15
Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu
145 150 155 160
Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp
165 170 175
Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro
180 185 190
Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val
195 200 205
Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly
210 215 220
Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr
245
<210> 55
<211> 596
<212> DNA
<213> 智人
<400> 55
ctacttcgct cttggaacat aatttctcat ggcagtgttt aagaccactc tgtggaggtt 60
aatttctggg accttaggga taatatgcct ttcgttgatg gctacgttgg gaattttgtt 120
gaaaaattct tttactaaac tgagtattga gccagcattt actccaggac ccaacataga 180
actccagaaa gactctgact gctgttcttg ccaagaaaaa tgggttgggt accggtgcaa 240
ctgttacttc atttccagtg aacagaaaac ttggaacgaa agtcggcatc tctgtgcttc 300
tcagaaatcc agcctgcttc agcttcaaaa cacagatgaa ctgcaggatt ttatgagctc 360
cagtcaacaa ttttactgga ttggactctc ttacagtgag gagcacaccg cctggttgtg 420
ggagaatggc tctgcactct cccagtatct atttccatca tttgaaactt ttaatacaaa 480
gaactgcata gcgtataatc caaatggaaa tgctttagat gaatcctgtg aagataaaaa 540
tcgttatatc tgtaagcaac agctcattta aatgtttctt ggggcagaga aggtgg 596
<210> 56
<211> 179
<212> PRT
<213> 智人
<400> 56
Met Ala Val Phe Lys Thr Thr Leu Trp Arg Leu Ile Ser Gly Thr Leu
1 5 10 15
Gly Ile Ile Cys Leu Ser Leu Met Ser Thr Leu Gly Ile Leu Leu Lys
20 25 30
Asn Ser Phe Thr Lys Leu Ser Ile Glu Pro Ala Phe Thr Pro Gly Pro
35 40 45
Asn Ile Glu Leu Gln Lys Asp Ser Asp Cys Cys Ser Cys Gln Glu Lys
50 55 60
Trp Val Gly Tyr Arg Cys Asn Cys Tyr Phe Ile Ser Ser Glu Gln Lys
65 70 75 80
Thr Trp Asn Glu Ser Arg His Leu Cys Ala Ser Gln Lys Ser Ser Leu
85 90 95
Leu Gln Leu Gln Asn Thr Asp Glu Leu Asp Phe Met Ser Ser Ser Gln
100 105 110
Gln Phe Tyr Trp Ile Gly Leu Ser Tyr Ser Glu Glu His Thr Ala Trp
115 120 125
Leu Trp Glu Asn Gly Ser Ala Leu Ser Gln Tyr Leu Phe Pro Ser Phe
130 135 140
Glu Thr Phe Asn Thr Lys Asn Cys Ile Ala Tyr Asn Pro Asn Gly Asn
145 150 155 160
Ala Leu Asp Glu Ser Cys Glu Asp Lys Asn Arg Tyr Ile Cys Lys Gln
165 170 175
Gln Leu Ile
<210> 57
<211> 1199
<212> DNA
<213> 智人
<400> 57
ctttaaaggg tgactcgtcc cacttgtgtt ctctctcctg gtgcagagtt gcaagcaagt 60
ttatcggagt atcgccatga agttcgtccc ctgcctcctg ctggtgacct tgtcctgcct 120
ggggactttg ggtcaggccc cgaggcaaaa gcaaggaagc actggggagg aattccattt 180
ccagactgga gggagagatt cctgcactat gcgtcccagc agcttggggc aaggtgctgg 240
agaagtctgg cttcgcgtcg actgccgcaa cacagaccag acctactggt gtgagtacag 300
ggggcagccc agcatgtgcc aggcttttgc tgctgacccc aaaccttact ggaatcaagc 360
cctgcaggag ctgaggcgcc ttcaccatgc gtgccagggg gccccggtgc ttaggccatc 420
cgtgtgcagg gaggctggac cccaggccca tatgcagcag gtgacttcca gcctcaaggg 480
cagcccagag cccaaccagc agcctgaggc tgggacgcca tctctgaggc ccaaggccac 540
agtgaaactc acagaagcaa cacagctggg aaaggactcg atggaagagc tgggaaaagc 600
caaacccacc acccgaccca cagccaaacc tacccagcct ggacccaggc ccggagggaa 660
tgaggaagca aagaagaagg cctgggaaca ttgttggaaa cccttccagg ccctgtgcgc 720
ctttctcatc agcttcttcc gagggtgaca ggtgaaagac ccctacagat ctgacctctc 780
cctgacagac aaccatctct ttttatatta tgccgctttc aatccaacgt tctcacactg 840
gaagaagaga gtttctaatc agatgcaacg gcccaaattc ttgatctgca gcttctctga 900
agtttggaaa agaaaccttc ctttctggag tttgcagagt tcagcaatat gatagggaac 960
aggtgctgat gggcccaaga gtgacaagca tacacaacta cttattatct gtagaagttt 1020
tgctttgttg atctgagcct tctatgaaag tttaaatatg taacgcattc atgaatttcc 1080
agtgttcagt aaatagcagc tatgtgtgtg caaaataaaa gaatgatttc agaaataaaa 1140
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa 1199
<210> 58
<211> 223
<212> PRT
<213> 智人
<400> 58
Met Lys Phe Val Pro Cys Leu Leu Leu Val Thr Leu Ser Cys Leu Gly
1 5 10 15
Thr Leu Gly Gln Ala Pro Arg Gln Lys Gln Gly Ser Thr Gly Glu Glu
20 25 30
Phe His Phe Gln Thr Gly Gly Arg Asp Ser Cys Thr Met Arg Pro Ser
35 40 45
Ser Leu Gly Gln Gly Ala Gly Glu Val Trp Leu Arg Val Asp Cys Arg
50 55 60
Asn Thr Asp Gln Thr Tyr Trp Cys Glu Tyr Arg Gly Gln Pro Ser Met
65 70 75 80
Cys Gln Ala Phe Ala Ala Asp Pro Lys Pro Tyr Trp Asn Gln Ala Leu
85 90 95
Gln Glu Leu Arg Arg Leu His His Ala Cys Gln Gly Ala Pro Val Leu
100 105 110
Arg Pro Ser Val Cys Arg Glu Ala Gly Pro Gln Ala His Met Gln Gln
115 120 125
Val Thr Ser Ser Leu Lys Gly Ser Pro Glu Pro Asn Gln Gln Pro Glu
130 135 140
Ala Gly Thr Pro Ser Leu Arg Pro Lys Ala Thr Val Lys Leu Thr Glu
145 150 155 160
Ala Thr Gln Leu Gly Lys Asp Ser Met Glu Glu Leu Gly Lys Ala Lys
165 170 175
Pro Thr Thr Arg Pro Thr Ala Lys Pro Thr Gln Pro Gly Pro Arg Pro
180 185 190
Gly Gly Asn Glu Glu Ala Lys Lys Lys Ala Trp Glu His Cys Trp Lys
195 200 205
Pro Phe Gln Ala Leu Cys Ala Phe Leu Ile Ser Phe Phe Arg Gly
210 215 220
<210> 59
<211> 1947
<212> DNA
<213> 智人
<400> 59
agaataaaaa acatttgcca agacctcatg cccttttagt aaacgaatgt ttactgccac 60
ctccagagaa gctcactgct gaggtcctag gaatcatttg cattgtcctg atggccactg 120
tgttaaaaac aatagttctt attccttgta ttggagtact ggagcagaac aatttttccc 180
tgaatagaag aatgcagaaa gcacgtcatt gtggccattg tcctgaggag tggattacat 240
attccaacag ttgttattac attggtaagg aaagaagaac ttgggaagaa agagtttgct 300
ggcctgtgct tcgaagaact ctgatctgct ttctatagat aatgaggaag aaatgctact 360
ggggataaag gaaggagaaa taagtcaact aaaatttgag cacctgctaa taggtatgtg 420
tggggacttc ccagttggct gtaagttgcc atttgaacta aacgaaatag gaatcctttg 480
tgcattgaag actttagatt cctctctgcg gtagacgtgc acttataagt atttgatggg 540
gtggattcgt ggtcggaggt ctcgacacag ctgggagatg agtgaatttc ataattataa 600
cttggatctg aagaagagtg atttttcaac acgatggcaa aagcaaagat gtccagtagt 660
caaaagcaaa tgtagagaaa atgcatctcc attttttttc tgctgcttca tcgctgtagc 720
catgggaatc cgtttcatta ttatggtaac aatatggagt gctgtattcc taaactcatt 780
attcaaccaa gaagttcaaa ttcccttgac cgaaagttac tgtggcccat gtcctaaaaa 840
ctggatatgt tacaaaaata actgctacca attttttgat gagagtaaaa actggtatga 900
gagccaggct tcttgtatgt ctcaaaatgc cagccttctg aaagtataca gcaaagagga 960
ccaggattta cttaaactgg tgaagtcata tcattggatg ggactagtac acattccaac 1020
aaatggatct tggcagtggg aagatggctc cattctctca cccaacctac taacaataat 1080
tgaaatgcag aagggagact gtgcactcta tgcctcgagc tttaaaggct atatagaaaa 1140
ctgttcaact ccaaatacgt acatctgcat gcaaaggact gtgtaaagat gatcaaccat 1200
ctcaataaaa gccaggaaca gagaagagat tacaccagcg gtaacactgc caactgagac 1260
taaaggaaac aaacaaaaac aggacaaaat gaccaaagac tgtcagattt cttagactcc 1320
acaggaccaa accatagaac aatttcactg caaacatgca tgattctcca agacaaaaga 1380
agagagatcc taaaggcaat tcagatatcc ccaaggctgc ctctcccacc acaagcccag 1440
agtggatggg ctgggggagg ggtgctgttt taatttctaa aggtaggacc aacacccagg 1500
ggatcagtga aggaagagaa ggccagcaga tcactgagag tgcaacccca ccctccacag 1560
gaaattgcct catgggcagg gccacagcag agagacacag catgggcagt gccttccctg 1620
cctgtggggg tcatgctgcc acttttaatg ggtcctccac ccaacggggt cagggaggtg 1680
gtgctgcccc agtgggccat gattatctta aaggcattat tctccagcct taagtaagat 1740
cttaggacgt ttcctttgct atgatttgta cttgcttgag tcccatgact gtttctcttc 1800
ctctctttct tccttttgga atagtaatat ccatcctatg tttgtcccac tattgtattt 1860
tggaagcaca taacttgttt ggtttcacag gttcacagtt aagaaggaat tttgcctctg 1920
aataaataga atcttgagtc tcatgca 1947
<210> 60
<211> 149
<212> PRT
<213> 智人
<400> 60
Glu Val Ser Leu Ala Gln Asp Pro Lys Arg Gln Gln Arg Lys Leu Lys
1 5 10 15
Gly Asn Lys Ile Ser Ile Ser Gly Thr Lys Gln Glu Ile Phe Gln Val
20 25 30
Glu Leu Asn Leu Gln Asn Ala Ser Ser Asp His Gln Gly Asn Asp Lys
35 40 45
Thr Tyr His Cys Lys Gly Leu Leu Pro Pro Pro Glu Lys Leu Thr Ala
50 55 60
Glu Val Leu Gly Ile Ile Cys Ile Val Leu Met Ala Thr Val Leu Lys
65 70 75 80
Thr Ile Val Leu Ile Pro Cys Ile Gly Val Leu Glu Gln Asn Asn Phe
85 90 95
Ser Leu Asn Arg Arg Met Gln Lys Ala Arg His Cys Gly His Cys Pro
100 105 110
Glu Glu Trp Ile Thr Tyr Ser Asn Ser Cys Tyr Tyr Ile Gly Lys Glu
115 120 125
Arg Arg Thr Trp Glu Glu Arg Val Cys Trp Pro Val Leu Arg Arg Thr
130 135 140
Leu Ile Cys Phe Leu
145
<210> 61
<211> 651
<212> DNA
<213> 智人
<400> 61
atggggtgga ttcgtggtcg gaggtctcga cacagctggg agatgagtga atttcataat 60
tataacttgg atctgaagaa gagtgatttt tcaacacgat ggcaaaagca aagatgtcca 120
gtagtcaaaa gcaaatgtag agaaaatgca tctccatttt ttttctgctg cttcatcgct 180
gtagccatgg gaatccgttt cattattatg gtaacaatat ggagtgctgt attcctaaac 240
tcattattca accaagaagt tcaaattccc ttgaccgaaa gttactgtgg cccatgtcct 300
aaaaactgga tatgttacaa aaataactgc taccaatttt ttgatgagag taaaaactgg 360
tatgagagcc aggcttcttg tatgtctcaa aatgccagcc ttctgaaagt atacagcaaa 420
gaggaccagg atttacttaa actggtgaag tcatatcatt ggatgggact agtacacatt 480
ccaacaaatg gatcttggca gtgggaagat ggctccattc tctcacccaa cctactaaca 540
ataattgaaa tgcagaaggg agactgtgca ctctatgcct cgagctttaa aggctatata 600
gaaaactgtt caactccaaa tacgtacatc tgcatgcaaa ggactgtgta a 651
<210> 62
<211> 216
<212> PRT
<213> 智人
<400> 62
Met Gly Trp Ile Arg Gly Arg Arg Ser Arg His Ser Trp Glu Met Ser
1 5 10 15
Glu Phe His Asn Tyr Asn Leu Asp Leu Lys Lys Ser Asp Phe Ser Thr
20 25 30
Arg Trp Gln Lys Gln Arg Cys Pro Val Val Lys Ser Lys Cys Arg Glu
35 40 45
Asn Ala Ser Pro Phe Phe Phe Cys Cys Phe Ile Ala Val Ala Met Gly
50 55 60
Ile Arg Phe Ile Ile Met Val Ala Ile Trp Ser Ala Val Phe Leu Asn
65 70 75 80
Ser Leu Phe Asn Gln Glu Val Gln Ile Pro Leu Thr Glu Ser Tyr Cys
85 90 95
Gly Pro Cys Pro Lys Asn Trp Ile Cys Tyr Lys Asn Asn Cys Tyr Gln
100 105 110
Phe Phe Asp Glu Ser Lys Asn Trp Tyr Glu Ser Gln Ala Ser Cys Met
115 120 125
Ser Gln Asn Ala Ser Leu Leu Lys Val Tyr Ser Lys Glu Asp Gln Asp
130 135 140
Leu Leu Lys Leu Val Lys Ser Tyr His Trp Met Gly Leu Val His Ile
145 150 155 160
Pro Thr Asn Gly Ser Trp Gln Trp Glu Asp Gly Ser Ile Leu Ser Pro
165 170 175
Asn Leu Leu Thr Ile Ile Glu Met Gln Lys Gly Asp Cys Ala Leu Tyr
180 185 190
Ala Ser Ser Phe Lys Gly Tyr Ile Glu Asn Cys Ser Thr Pro Asn Thr
195 200 205
Tyr Ile Cys Met Gln Arg Thr Val
210 215
<210> 63
<211> 1397
<212> DNA
<213> 智人
<400> 63
gcagacgctc ggcaggtgtc ttgatatatc atctgctgaa gggtgaagct gaagggtgaa 60
agggaagtga gctgacgctc gaaaggtgtc ttgagattat catccgctga cggtgaaagc 120
ggaacccgca gatgctcagc aggtatcttg atattatcat ctgctgaggg tgaagctgag 180
ggtggaaggg gagtgagctg acgctcggaa ggtctcttga gattatcatc cgctgagggt 240
ggaagcggaa ctgcagatgc tcggcaggtg tcttgatatt atcatctgct gagggtggag 300
ctgagggtgg aaggggagtg agctgacgct cggaaggtgt cttgagatta tcatccgctg 360
agggtggaag cggcccccgc agatgctcgg cagttgtctt gatattatca tctgctgagg 420
gtggagctga gggtggaagg ggagtgagct gacgctcgga aggtgtcttg agattatcat 480
ccgctgaggg tggaagggga tggagcagac actcggcacg tgtcttgaga ttatcatccg 540
ctgagggtgg agctgagggt ggagctgagg gtggaagggg agtgagcaga cactcgggag 600
gtgtcttgag attatcatcc gctgagggtg gaaggggagt gagcagacac tcgggaggtg 660
tcttgaggct cagggagtta tcagttatac aatgttgttg agttggagga ggtggctggt 720
ggcccatcct gttttttaaa gtttcagctg tgaggtagag ccagtagggc attcctgaag 780
ctgacagcat tcgggccgag atgtctcgct ccgtggcctt agctgtgctc gcgctactct 840
ctctttctgg cctggaggct atccagcgta ctccaaagat tcaggtttac tcacgtcatc 900
cagcagagaa tggaaagtca aatttcctga attgctatgt gtctgggttt catccatccg 960
acattgaagt tgacttactg aagaatggag agagaattga aaaagtggag cattcagact 1020
tgtctttcag caaggactgg tctttctatc tcttgtacta cactgaattc acccccactg 1080
aaaaagatga gtatgcctgc cgtgtgaacc atgtgacttt gtcacagccc aagatagtta 1140
agtgggatcg agacatgtaa gcagcatcat ggaggtttga agatgccgca tttggattgg 1200
atgaattcca aattctgctt gcttgctttt taatattgat atgcttatac acttacactt 1260
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actttgagtg ctgtctccat gtttgatgta tctgagcagg ttgctccaca ggtagctcta 1380
gcagggctgg caactta 1397
<210> 64
<211> 119
<212> PRT
<213> 智人
<400> 64
Met Ser Arg Ser Val Ala Leu Ala Val Leu Ala Leu Leu Ser Leu Ser
1 5 10 15
Gly Leu Glu Ala Ile Gln Arg Thr Pro Lys Ile Gln Val Tyr Ser Arg
20 25 30
His Pro Ala Glu Asn Gly Lys Ser Asn Phe Leu Asn Cys Tyr Val Ser
35 40 45
Gly Phe His Pro Ser Asp Ile Glu Val Asp Leu Leu Lys Asn Gly Glu
50 55 60
Arg Ile Glu Lys Val Glu His Ser Asp Leu Ser Phe Ser Lys Asp Trp
65 70 75 80
Ser Phe Tyr Leu Leu Tyr Tyr Thr Glu Phe Thr Pro Thr Glu Lys Asp
85 90 95
Glu Tyr Ala Cys Arg Val Asn His Val Thr Leu Ser Gln Pro Lys Ile
100 105 110
Val Lys Trp Asp Arg Asp Met
115
<210> 65
<211> 884
<212> DNA
<213> 智人
<400> 65
cagccacaat gaggaactcc tatagatttc tggcatcctc tctctcagtt gtcgtttctc 60
tcctgctaat tcctgaagat gtctgtgaaa aaattattgg aggaaatgaa gtaactcctc 120
attcaagacc ctacatggtc ctacttagtc ttgacagaaa aaccatctgt gctggggctt 180
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tcattcttgg ggctcactca ataaccaggg aagagccaac aaaacagata atgcttgtta 300
agaaagagtt tccctatcca tgctatgacc cagccacacg cgaaggtgac cttaaacttt 360
tacagctgac ggaaaaagca aaaattaaca aatatgtgac tatccttcat ctacctaaaa 420
agggggatga tgtgaaacca ggaaccatgt gccaagttgc agggtggggc aggactcaca 480
atagtgcatc ttggtccgat actctgagag aagtcaatat caccatcata gacagaaaag 540
tctgcaatga tcgaaatcac tataatttta accctgtgat tggaatgaat atggtttgtg 600
ctggaagcct ccgaggtgga agagactcgt gcaatggaga ttctggaagc cctttgttgt 660
gcgagggtgt tttccgaggg gtcacttcct ttggccttga aaataaatgc ggagaccctc 720
gtgggcctgg tgtctatatt cttctctcaa agaaacacct caactggata attatgacta 780
tcaagggagc agtttaaata accgtttcct ttcatttact gtggcttctt aatcttttca 840
caaataaaat caatttgcat gactgtaaaa aaaaaaaaaa aaaa 884
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<211> 262
<212> PRT
<213> 智人
<400> 66
Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val
1 5 10 15
Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly
20 25 30
Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu
35 40 45
Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val
50 55 60
Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu
65 70 75 80
Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu
85 90 95
Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu
100 105 110
Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys
115 120 125
Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro
130 135 140
Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala
145 150 155 160
Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg
165 170 175
Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly
180 185 190
Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys
195 200 205
Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly
210 215 220
Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro
225 230 235 240
Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met
245 250 255
Thr Ile Lys Gly Ala Val
260
<210> 67
<211> 1329
<212> DNA
<213> 智人
<400> 67
attctgagcc gagcccggtg ccaagcgcag ctagctcagc aggcggcagc ggcggcctga 60
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tttcaaccat ttcacaagga ggacaagttg aatggacctt tttaaaaaga aaaaaaaaat 660
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cgttatttat gaaaaagact tttaaatgcc ctttctgcag ttggaaggtt ttctttatat 780
actattccca ccatggggag cgaaaacgtt aaaatcacaa ggaattgccc aatctaagca 840
gactttgcct tttttcaaag gtggagcgtg aataccagaa ggatccagta ttcagtcact 900
taaatgaagt cttttggtca gaaattacct ttttgacaca agcctactga atgctgtgta 960
tatatttata tataaatata tctatttgag tgaaaccttg tgaactcttt aattagagtt 1020
ttcttgtata gtggcagaga tgtctatttc tgcattcaaa agtgtaatgg tgtacttatt 1080
catgctaaac tttttataaa agtttagttg taaacttaac ccttttatac aaaataaatc 1140
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tattatgcta tgttataact gaacccaaat aaatacaagt tcaaatttat gtagactgta 1260
taagattata ataaaacatg tctgaagtca aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaagaaaaaa 1320
aaaaaaaaa 1329
<210> 68
<211> 134
<212> PRT
<213> 智人
<400> 68
Met Lys Ala Phe Ser Pro Val Arg Ser Val Arg Lys Asn Ser Leu Ser
1 5 10 15
Asp His Ser Leu Gly Ile Ser Arg Ser Lys Thr Pro Val Asp Asp Pro
20 25 30
Met Ser Leu Leu Tyr Asn Met Asn Asp Cys Tyr Ser Lys Leu Lys Glu
35 40 45
Leu Val Pro Ser Ile Pro Gln Asn Lys Lys Val Ser Lys Met Glu Ile
50 55 60
Leu Gln His Val Ile Asp Tyr Ile Leu Asp Leu Gln Ile Ala Leu Asp
65 70 75 80
Ser His Pro Thr Ile Val Ser Leu His His Gln Arg Pro Gly Gln Asn
85 90 95
Gln Ala Ser Arg Thr Pro Leu Thr Thr Leu Asn Thr Asp Ile Ser Ile
100 105 110
Leu Ser Leu Gln Ala Ser Glu Phe Pro Ser Glu Leu Met Ser Asn Asp
115 120 125
Ser Lys Ala Leu Cys Gly
130
<210> 69
<211> 1159
<212> DNA
<213> 智人
<400> 69
atatactcgt ctctggtaaa gtctgagcag gacagggtgg ctgactggca gatccagagg 60
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gactgtgttc ctgtccatat tctactccgt catctttgcc attggcctgg tgggaaattt 240
gttggtagtg tttgccctca ccaacagcaa gaagcccaag agtgtcaccg acatttacct 300
cctgaacctg gccttgtctg atctgctgtt tgtagccact ttgcccttct ggactcacta 360
tttgataaat gaaaagggcc tccacaatgc catgtgcaaa ttcactaccg ccttcttctt 420
catcggcttt tttggaagca tattcttcat caccgtcatc agcattgata ggtacctggc 480
catcgtcctg gccgccaact ccatgaacaa ccggaccgtg cagcatggcg tcaccatcag 540
cctaggcgtc tgggcagcag ccattttggt ggcagcaccc cagttcatgt tcacaaagca 600
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ccgcaatgtg gaaacaaatt ttcttggctt cctactcccc ctgctcatta tgagttattg 720
ctacttcaga atcatccaga cgctgttttc ctgcaagaac cacaagaaag ccaaagccat 780
taaactgatc cttctggtgg tcatcgtgtt tttcctcttc tggacaccct acaacattat 840
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<212> PRT
<213> 智人
<400> 70
Met Asp Gln Phe Pro Glu Ser Val Thr Glu Asn Phe Glu Tyr Asp Asp
1 5 10 15
Leu Ala Glu Ala Cys Tyr Ile Gly Asp Ile Val Val Phe Gly Thr Val
20 25 30
Phe Leu Ser Ile Phe Tyr Ser Val Ile Phe Ala Ile Gly Leu Val Gly
35 40 45
Asn Leu Leu Val Val Phe Ala Leu Thr Asn Ser Lys Lys Pro Lys Ser
50 55 60
Val Thr Asp Ile Tyr Leu Leu Asn Leu Ala Leu Ser Asp Leu Leu Phe
65 70 75 80
Val Ala Thr Leu Pro Phe Trp Thr His Tyr Leu Ile Asn Glu Lys Gly
85 90 95
Leu His Asn Ala Met Cys Lys Phe Thr Thr Ala Phe Phe Phe Ile Gly
100 105 110
Phe Phe Gly Ser Ile Phe Phe Ile Thr Val Ile Ser Ile Asp Arg Tyr
115 120 125
Leu Ala Ile Val Leu Ala Ala Asn Ser Met Asn Asn Arg Thr Val Gln
130 135 140
His Gly Val Thr Ile Ser Leu Gly Val Trp Ala Ala Ala Ile Leu Val
145 150 155 160
Ala Ala Pro Gln Phe Met Phe Thr Lys Gln Lys Glu Asn Glu Cys Leu
165 170 175
Gly Asp Tyr Pro Glu Val Leu Gln Glu Ile Trp Pro Val Leu Arg Asn
180 185 190
Val Glu Thr Asn Phe Leu Gly Phe Leu Leu Pro Leu Leu Ile Met Ser
195 200 205
Tyr Cys Tyr Phe Arg Ile Ile Gln Thr Leu Phe Ser Cys Lys Asn His
210 215 220
Lys Lys Ala Lys Ala Ile Lys Leu Ile Leu Leu Val Val Ile Val Phe
225 230 235 240
Phe Leu Phe Trp Thr Pro Tyr Asn Val Met Ile Phe Leu Glu Thr Leu
245 250 255
Lys Leu Tyr Asp Phe Phe Pro Ser Cys Asp Met Arg Lys Asp Leu Arg
260 265 270
Leu Ala Leu Ser Val Thr Glu Thr Val Ala Phe Ser His Cys Cys Leu
275 280 285
Asn Pro Leu Ile Tyr Ala Phe Ala Gly Glu Lys Phe Arg Arg Tyr Leu
290 295 300
Tyr His Leu Tyr Gly Lys Cys Leu Ala Val Leu Cys Gly Arg Ser Val
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His Val Asp Phe Ser Ser Ser Glu Ser Gln Arg Ser Arg His Gly Ser
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Val Leu Ser Ser Asn Phe Thr Tyr His Thr Ser Asp Gly Asp Ala Leu
340 345 350
Leu Leu Leu
355
<210> 71
<211> 1638
<212> DNA
<213> 智人
<400> 71
gccgcgcgct ctctcccggc gcccacacct gtctgagcgg cgcagcgagc cgcggcccgg 60
gcgggctgct cggcgcggaa cagtgctcgg catggcaggg attccagggc tcctcttcct 120
tctcttcttt ctgctctgtg ctgttgggca agtgagccct tacagtgccc cctggaaacc 180
cacttggcct gcataccgcc tccctgtcgt cttgccccag tctaccctca atttagccaa 240
gccagacttt ggagccgaag ccaaattaga agtatcttct tcatgtggac cccagtgtca 300
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ctatgccaat ggcagccgca cagagacgca ggtgggcatc tacatcctca gcagtagtgg 420
agatggggcc caacaccgag actcagggtc ttcaggaaag tctcgaagga agcggcagat 480
ttatggctat gacagcaggt tcagcatttt tgggaaggac ttcctgctca actacccttt 540
ctcaacatca gtgaagttat ccacgggctg caccggcacc ctggtggcag agaagcatgt 600
cctcacagct gcccactgca tacacgatgg aaaaacctat gtgaaaggaa cccagaagct 660
tcgagtgggc ttcctaaagc ccaagtttaa agatggtggt cgaggggcca acgactccac 720
ttcagccatg cccgagcaga tgaaatttca gtggatccgg gtgaaacgca cccatgtgcc 780
caagggttgg atcaagggca atgccaatga catcggcatg gattatgatt atgccctcct 840
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gcagctgcca gggggcagaa ttcacttctc tggttatgac aatgaccgac caggcaattt 960
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tgcccagcca ggggccagcg ggtctggggt ctatgtgagg atgtggaaga gacagcagca 1080
gaagtgggag cgaaaaatta ttggcatttt ttcagggcac cagtgggtgg acatgaatgg 1140
ttccccacag gatttcaacg tggctgtcag aatcactcct ctcaaatatg cccagatttg 1200
ctattggatt aaaggaaact acctggattg tagggagggg tgacacagtg ttccctcctg 1260
gcagcaatta agggtcttca tgttcttatt ttaggagagg ccaaattgtt ttttgtcatt 1320
ggcgtgcaca cgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtaag gtgtcttata atcttttacc 1380
tatttcttac aattgcaaga tgactggctt tactatttga aaactggttt gtgtatcata 1440
tcatatatca tttaagcagt ttgaaggcat acttttgcat agaaataaaa aaaatactga 1500
tttggggcaa tgaggaatat ttgacaatta agttaatctt cacgtttttg caaactttga 1560
tttttatttc atctgaactt gtttcaaaga tttatattaa atatttggca tacaagagat 1620
atgaaaaaaa aaaaaaaa 1638
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<211> 383
<212> PRT
<213> 智人
<400> 72
Met Ala Gly Ile Pro Gly Leu Leu Phe Leu Leu Phe Phe Leu Leu Cys
1 5 10 15
Ala Val Gly Gln Val Ser Pro Tyr Ser Ala Pro Trp Lys Pro Thr Trp
20 25 30
Pro Ala Tyr Arg Leu Pro Val Val Leu Pro Gln Ser Thr Leu Asn Leu
35 40 45
Ala Lys Pro Asp Phe Gly Ala Glu Ala Lys Leu Glu Val Ser Ser Ser
50 55 60
Cys Gly Pro Gln Cys His Lys Gly Thr Pro Leu Pro Thr Tyr Glu Glu
65 70 75 80
Ala Lys Gln Tyr Leu Ser Tyr Glu Thr Leu Tyr Ala Asn Gly Ser Arg
85 90 95
Thr Glu Thr Gln Val Gly Ile Tyr Ile Leu Ser Ser Ser Gly Asp Gly
100 105 110
Ala Gln His Arg Asp Ser Gly Ser Ser Gly Lys Ser Arg Arg Lys Arg
115 120 125
Gln Ile Tyr Gly Tyr Asp Ser Arg Phe Ser Ile Phe Gly Lys Asp Phe
130 135 140
Leu Leu Asn Tyr Pro Phe Ser Thr Ser Val Lys Leu Ser Thr Gly Cys
145 150 155 160
Thr Gly Thr Leu Val Ala Glu Lys His Val Leu Thr Ala Ala His Cys
165 170 175
Ile His Asp Gly Lys Thr Tyr Val Lys Gly Thr Gln Lys Leu Arg Val
180 185 190
Gly Phe Leu Lys Pro Lys Phe Lys Asp Gly Gly Arg Gly Ala Asn Asp
195 200 205
Ser Thr Ser Ala Met Pro Glu Gln Met Lys Phe Gln Trp Ile Arg Val
210 215 220
Lys Arg Thr His Val Pro Lys Gly Trp Ile Lys Gly Asn Ala Asn Asp
225 230 235 240
Ile Gly Met Asp Tyr Asp Tyr Ala Leu Leu Glu Leu Lys Lys Pro His
245 250 255
Lys Arg Lys Phe Met Lys Ile Gly Val Ser Pro Pro Ala Lys Gln Leu
260 265 270
Pro Gly Gly Arg Ile His Phe Ser Gly Tyr Asp Asn Asp Arg Pro Gly
275 280 285
Asn Leu Val Tyr Arg Phe Cys Asp Val Lys Asp Glu Thr Tyr Asp Leu
290 295 300
Leu Tyr Gln Gln Cys Asp Ala Gln Pro Gly Ala Ser Gly Ser Gly Val
305 310 315 320
Tyr Val Arg Met Trp Lys Arg Gln Gln Gln Lys Trp Glu Arg Lys Ile
325 330 335
Ile Gly Ile Phe Ser Gly His Gln Trp Val Asp Met Asn Gly Ser Pro
340 345 350
Gln Asp Phe Asn Val Ala Val Arg Ile Thr Pro Leu Lys Tyr Ala Gln
355 360 365
Ile Cys Tyr Trp Ile Lys Gly Asn Tyr Leu Asp Cys Arg Glu Gly
370 375 380
<210> 73
<211> 438
<212> DNA
<213> 智人
<400> 73
atggctacct gggccctcct gctccttgca gccatgctcc tgggcaaccc aggtctggtc 60
ttctctcgtc tgagccctga gtactacgac ctggcaagag cccacctgcg tgatgaggag 120
aaatcctgcc cgtgcctggc ccaggagggc ccccagggtg acctgttgac caaaacacag 180
gagctgggcc gtgactacag gacctgtctg acgatagtcc aaaaactgaa gaagatggtg 240
gataagccca cccagagaag tgtttccaat gctgcgaccc gggtgtgtag gacggggagg 300
tcacgatggc gcgacgtctg cagaaatttc atgaggaggt atcagtctag agttacccag 360
ggcctcgtgg ccggagaaac tgcccagcag atctgtgagg acctcaggtt gtgtatacct 420
tctacaggtc ccctctga 438
<210> 74
<211> 145
<212> PRT
<213> 智人
<400> 74
Met Ala Thr Trp Ala Leu Leu Leu Leu Ala Ala Met Leu Leu Gly Asn
1 5 10 15
Pro Gly Leu Val Phe Ser Arg Leu Ser Pro Glu Tyr Tyr Asp Leu Ala
20 25 30
Arg Ala His Leu Arg Asp Glu Glu Lys Ser Cys Pro Cys Leu Ala Gln
35 40 45
Glu Gly Pro Gln Gly Asp Leu Leu Thr Lys Thr Gln Glu Leu Gly Arg
50 55 60
Asp Tyr Arg Thr Cys Leu Thr Ile Val Gln Lys Leu Lys Lys Met Val
65 70 75 80
Asp Lys Pro Thr Gln Arg Ser Val Ser Asn Ala Ala Thr Arg Val Cys
85 90 95
Arg Thr Gly Arg Ser Arg Trp Arg Asp Val Cys Arg Asn Phe Met Arg
100 105 110
Arg Tyr Gln Ser Arg Val Thr Gln Gly Leu Val Ala Gly Glu Thr Ala
115 120 125
Gln Gln Ile Cys Glu Asp Leu Arg Leu Cys Ile Pro Ser Thr Gly Pro
130 135 140
Leu
145
<210> 75
<211> 1742
<212> DNA
<213> 智人
<400> 75
aaccattcca ggagcctcgg tgaagagagg atatccatct gtgtagccgc ttctctatac 60
gggatcccag ctccatggca gcccgtctgc tcctcctggg catccttctc ctgctgctgc 120
ccctgcccgt ccctgccccg tgccacacag ccgcacgctc agagtgcaag cgcagccaca 180
agttcgtgcc tggtgcatgg ctggccgggg agggtgtgga cgtgaccagc ctccgccgct 240
cgggctcctt cccagtggac acacaaaggt tcctgcggcc cgacggcacc tgcaccctct 300
gtgaaaatgc cctacaggag ggcaccctcc agcgcctgcc tctggcgctc accaactggc 360
gggcccaggg ctctggctgc cagcgccatg taaccagggc caaagtcagc tccactgaag 420
ctgtggcccg ggatgcggct cgtagcatcc gcaacgactg gaaggtcggg ctggacgtga 480
ctcctaagcc caccagcaat gtgcatgtgt ctgtggccgg ctcacactca caggcagcca 540
actttgcagc ccagaagacc caccaggacc agtacagctt cagcactgac acggtggagt 600
gccgcttcta cagtttccat gtggtacaca ctcccccgct gcaccctgac ttcaagaggg 660
ccctcgggga cctgccccac cacttcaacg cctccaccca gcccgcctac ctcaggctta 720
tctccaacta cggcacccac ttcatccggg ctgtggagct gggtggccgc atatcggccc 780
tcactgccct gcgcacctgc gagctggccc tggaagggct cacggacaac gaggtggagg 840
actgcctgac tgtcgaggcc caggtcaaca taggcatcca cggcagcatc tctgctgaag 900
ccaaggcctg tgaggagaag aagaagaagc acaagatgac ggcctccttc caccaaacct 960
accgggagcg ccattcggaa gtggttggcg gccatcacac ctccattaac gacctgctgt 1020
tcgggatcca ggccgggccc gagcagtact cagcctgggt aaactcgctg cccggcagcc 1080
ctggcctggt ggactacacc ctggaacccc tgcacgtgct gctggacagc caggacccgc 1140
ggcgggaggc actgaggagg gccctgagtc agtacctgac ggacagggct cgctggaggg 1200
actgcagccg gccgtgccca ccagggcggc agaagagccc ccgagaccca tgccagtgtg 1260
tgtgccatgg ctcagcggtc accacccagg actgctgccc tcggcagagg ggcctggccc 1320
agctggaggt gaccttcatc caagcatggg gcctgtgggg ggactggttc actgccacgg 1380
atgcctatgt gaagctcttc tttggtggcc aggagctgag gacgagcacc gtgtgggaca 1440
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cctgtgatca ggctcccaag tctggttccc atgaggtgag atgcaacctg aatcatggcc 1620
acctaaaatt ccgctatcat gccaggtgct tgccccacct gggaggaggc acctgcctgg 1680
actatgtccc ccaaatgctt ctgggggagc ctccaggaaa ccggagtggg gccgtgtggt 1740
ga 1742
<210> 76
<211> 555
<212> PRT
<213> 智人
<400> 76
Met Ala Ala Arg Leu Leu Leu Leu Gly Ile Leu Leu Leu Leu Leu Pro
1 5 10 15
Leu Pro Val Pro Ala Pro Cys His Thr Ala Ala Arg Ser Glu Cys Lys
20 25 30
Arg Ser His Lys Phe Val Pro Gly Ala Trp Leu Ala Gly Glu Gly Val
35 40 45
Asp Val Thr Ser Leu Arg Arg Ser Gly Ser Phe Pro Val Asp Thr Gln
50 55 60
Arg Phe Leu Arg Pro Asp Gly Thr Cys Thr Leu Cys Glu Asn Ala Leu
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Gln Glu Gly Thr Leu Gln Arg Leu Pro Leu Ala Leu Thr Asn Trp Arg
85 90 95
Ala Gln Gly Ser Gly Cys Gln Arg His Val Thr Arg Ala Lys Val Ser
100 105 110
Ser Thr Glu Ala Val Ala Arg Asp Ala Ala Arg Ser Ile Arg Asn Asp
115 120 125
Trp Lys Val Gly Leu Asp Val Thr Pro Lys Pro Thr Ser Asn Val His
130 135 140
Val Ser Val Ala Gly Ser His Ser Gln Ala Ala Asn Phe Ala Ala Gln
145 150 155 160
Lys Thr His Gln Asp Gln Tyr Ser Phe Ser Thr Asp Thr Val Glu Cys
165 170 175
Arg Phe Tyr Ser Phe His Val Val His Thr Pro Pro Leu His Pro Asp
180 185 190
Phe Lys Arg Ala Leu Gly Asp Leu Pro His His Phe Asn Ala Ser Thr
195 200 205
Gln Pro Ala Tyr Leu Arg Leu Ile Ser Asn Tyr Gly Thr His Phe Ile
210 215 220
Arg Ala Val Glu Leu Gly Gly Arg Ile Ser Ala Leu Thr Ala Leu Arg
225 230 235 240
Thr Cys Glu Leu Ala Leu Glu Gly Leu Thr Asp Asn Glu Val Glu Asp
245 250 255
Cys Leu Thr Val Glu Ala Gln Val Asn Ile Gly Ile His Gly Ser Ile
260 265 270
Ser Ala Glu Ala Lys Ala Cys Glu Glu Lys Lys Lys Lys His Lys Met
275 280 285
Thr Ala Ser Phe His Gln Thr Tyr Arg Glu Arg His Ser Glu Val Val
290 295 300
Gly Gly His His Thr Ser Ile Asn Asp Leu Leu Phe Gly Ile Gln Ala
305 310 315 320
Gly Pro Glu Gln Tyr Ser Ala Trp Val Asn Ser Leu Pro Gly Ser Pro
325 330 335
Gly Leu Val Asp Tyr Thr Leu Glu Pro Leu His Val Leu Leu Asp Ser
340 345 350
Gln Asp Pro Arg Arg Glu Ala Leu Arg Arg Ala Leu Ser Gln Tyr Leu
355 360 365
Thr Asp Arg Ala Arg Trp Arg Asp Cys Ser Arg Pro Cys Pro Pro Gly
370 375 380
Arg Gln Lys Ser Pro Arg Asp Pro Cys Gln Cys Val Cys His Gly Ser
385 390 395 400
Ala Val Thr Thr Gln Asp Cys Cys Pro Arg Gln Arg Gly Leu Ala Gln
405 410 415
Leu Glu Val Thr Phe Ile Gln Ala Trp Gly Leu Trp Gly Asp Trp Phe
420 425 430
Thr Ala Thr Asp Ala Tyr Val Lys Leu Phe Phe Gly Gly Gln Glu Leu
435 440 445
Arg Thr Ser Thr Val Trp Asp Asn Asn Asn Pro Ile Trp Ser Val Arg
450 455 460
Leu Asp Phe Gly Asp Val Leu Leu Ala Thr Gly Gly Pro Leu Arg Leu
465 470 475 480
Gln Val Trp Asp Gln Asp Ser Gly Arg Asp Asp Asp Leu Leu Gly Thr
485 490 495
Cys Asp Gln Ala Pro Lys Ser Gly Ser His Glu Val Arg Cys Asn Leu
500 505 510
Asn His Gly His Leu Lys Phe Arg Tyr His Ala Arg Cys Leu Pro His
515 520 525
Leu Gly Gly Gly Thr Cys Leu Asp Tyr Val Pro Gln Met Leu Leu Gly
530 535 540
Glu Pro Pro Gly Asn Arg Ser Gly Ala Val Trp
545 550 555
<210> 77
<211> 1967
<212> DNA
<213> 智人
<400> 77
gaaaggacag caacagtcag gtggtttacc ttccagaggc tggcaatgct gtttcactgg 60
aggacacggc taagaaggaa gtccaccagc ctgccaagat gaattgcctt gaagggccag 120
gtaagacctg tggccccttg gcttctgagg aggagctggt gtctgcctgc cagttggaaa 180
aagaagaaga gaatgaaggg gaggaggagg aagaggagga ggacgaggag gatctggacc 240
cagatctgga cccagaccta gaggaggaag agaatgatct tggggatcca gctgtacttg 300
gtgctgtcca caacacccag agagctctgc ttagctcccc tggagtcaag gcccctggta 360
tgctgggaat gtcacttgcc tccttgcatt ttctgtggca gaccttggac tacctgtcgc 420
ccatcccttt ctggcctaca tttcccagca ccagctctcc agcacagcac tttggacctc 480
ggctgccctc accagaccca actctcttct gcagcctgct gacctcgtgg ccccctaggt 540
tcagtcatct gacccagctc caccctcggc accaacgaat cttgcagcag cagcagcata 600
gtcaaacacc aagtccccca gccaagaagc cttggtctca gcagccagac ccctatgcta 660
acctcatgac cagaaaagag aaggactggg tgataaaagt gcagatggtg cagctgcaga 720
gtgcaaaacc ccgcctggat gactactatt accaggaata ttaccagaag ctagagaaga 780
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cgccttacat tccgaaggca gaggcttatg agtccgtggt ccgaatcgag ggttccctgg 900
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gaactcaaga gcaggatata gaagctgcaa gcagtcagag gcttcgggta ttataccgga 1020
ttgagaagat gttccttcag ttactagaaa tagaggaagg ctggaagtat aggcctccac 1080
cgccctgctt ttctgagcag caaagcaacc aggttgagaa gctcttccag accttaaaga 1140
cccaggagca gaacaacctg gaagaggcag cagatggctt cctgcaggtg ctctctgtga 1200
ggaaggggaa ggccctggtg gcccggctgc tccccttcct gccccaggat caggctgtta 1260
ccattctttt ggctatcacc caccatctgc ccctcctggt ccggagggat gtggctgatc 1320
aggccctaca aatgttattc aaacctctgg gcaaatgtat tagtcacttg accctccacg 1380
aactcctcca aggacttcag ggattaacgc tgttgccacc tggctcctca gagcggccag 1440
tcaccgtggt gcttcagaat cagtttggaa tatctttgct ctatgccctg ctgagccatg 1500
gggagcaact ggtatcgctg cattcttccc tagaggaacc caacagtgac catacagctt 1560
ggacagacat ggtggttctg attgcctggg agatagccca aatgcctaca gcctctctgg 1620
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cagggatcca gagagtctga agacatttct tatgccttta tatattggag aacccttccc 1860
cattttcata tcctttcttc aaaaatctaa atgatgtgcc taaaaataag acatggcata 1920
ataaggtata attaaagaga taatagaatg aaaaaaaaaa aaaaaaa 1967
<210> 78
<211> 543
<212> PRT
<213> 智人
<400> 78
Met Asn Cys Leu Glu Gly Pro Gly Lys Thr Cys Gly Pro Leu Ala Ser
1 5 10 15
Glu Glu Glu Leu Val Ser Ala Cys Gln Leu Glu Lys Glu Glu Glu Asn
20 25 30
Glu Gly Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Asp Glu Glu Asp Leu Asp Pro
35 40 45
Asp Leu Asp Pro Asp Leu Glu Glu Glu Glu Asn Asp Leu Gly Asp Pro
50 55 60
Ala Val Leu Gly Ala Val His Asn Thr Gln Arg Ala Leu Leu Ser Ser
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Pro Gly Val Lys Ala Pro Gly Met Leu Gly Met Ser Leu Ala Ser Leu
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His Phe Leu Trp Gln Thr Leu Asp Tyr Leu Ser Pro Ile Pro Phe Trp
100 105 110
Pro Thr Phe Pro Ser Thr Ser Ser Pro Ala Gln His Phe Gly Pro Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Pro Asp Pro Thr Leu Phe Cys Ser Leu Leu Thr Ser Trp
130 135 140
Pro Pro Arg Phe Ser His Leu Thr Gln Leu His Pro Arg His Gln Arg
145 150 155 160
Ile Leu Gln Gln Gln Gln His Ser Gln Thr Pro Ser Pro Pro Ala Lys
165 170 175
Lys Pro Trp Ser Gln Gln Pro Asp Pro Tyr Ala Asn Leu Met Thr Arg
180 185 190
Lys Glu Lys Asp Trp Val Ile Lys Val Gln Met Val Gln Leu Gln Ser
195 200 205
Ala Lys Pro Arg Leu Asp Asp Tyr Tyr Tyr Gln Glu Tyr Tyr Gln Lys
210 215 220
Leu Glu Lys Lys Gln Ala Asp Glu Glu Leu Leu Gly Arg Arg Asn Arg
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Val Glu Ser Leu Lys Leu Val Thr Pro Tyr Ile Pro Lys Ala Glu Ala
245 250 255
Tyr Glu Ser Val Val Arg Ile Glu Gly Ser Leu Gly Gln Val Ala Val
260 265 270
Ser Thr Cys Phe Ser Pro Arg Arg Ala Ile Asp Ala Val Pro His Gly
275 280 285
Thr Gln Glu Gln Asp Ile Glu Ala Ala Ser Ser Gln Arg Leu Arg Val
290 295 300
Leu Tyr Arg Ile Glu Lys Met Phe Leu Gln Leu Leu Glu Ile Glu Glu
305 310 315 320
Gly Trp Lys Tyr Arg Pro Pro Pro Pro Cys Phe Ser Glu Gln Gln Ser
325 330 335
Asn Gln Val Glu Lys Leu Phe Gln Thr Leu Lys Thr Gln Glu Gln Asn
340 345 350
Asn Leu Glu Glu Ala Ala Asp Gly Phe Leu Gln Val Leu Ser Val Arg
355 360 365
Lys Gly Lys Ala Leu Val Ala Arg Leu Leu Pro Phe Leu Pro Gln Asp
370 375 380
Gln Ala Val Thr Ile Leu Leu Ala Ile Thr His His Leu Pro Leu Leu
385 390 395 400
Val Arg Arg Asp Val Ala Asp Gln Ala Leu Gln Met Leu Phe Lys Pro
405 410 415
Leu Gly Lys Cys Ile Ser His Leu Thr Leu His Glu Leu Leu Gln Gly
420 425 430
Leu Gln Gly Leu Thr Leu Leu Pro Pro Gly Ser Ser Glu Arg Pro Val
435 440 445
Thr Val Val Leu Gln Asn Gln Phe Gly Ile Ser Leu Leu Tyr Ala Leu
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Leu Ser His Gly Glu Gln Leu Val Ser Leu His Ser Ser Leu Glu Glu
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Pro Asn Ser Asp His Thr Ala Trp Thr Asp Met Val Val Leu Ile Ala
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<210> 79
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 79
agacaggcgg agcctcacct ggggctgccc gccagcccag acaagctcag actgggtgcc 60
tgtggccctg ggaggaggtg gaaggggagg agcaggccac acaggcacag gccggtgagg 120
gacctgccca gacctggagg gtctcgctct gtcacacagg ctggagtgca gtggtgtgat 180
cttggctcat cgtaacctcc acctcccggg ttcaagtgat tctcatgcct cagcctcccg 240
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ccagtcgctg ctgcagacga cactgttcct gctgagtctg ctcttcctgg tccaaggtgc 360
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ccccaggggc ctctaccact tctgcctcta ctggaaccga catgctggga gattacatct 600
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gtggagccct cagaacatca gcctgcccag tgccgccagc ttcaccttct ccttccacag 780
tcctccccac acggccgctc acaatgcctc ggtggacatg tgcgagctca aaagggacct 840
ccagctgctc agccagttcc tgaagcatcc ccagaaggcc tcaaggaggc cctcggctgc 900
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ggctgagaag agactcctcc tggtggactt cagcagccaa gccctgttcc aggacaagaa 1200
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tgctgggtgt gagaccgtca ggagagaaac ccaaacatcc tgcttctgca accacttgac 1440
ctactttgca gtgctgatgg tctcctcggt ggaggtggac gccgtgcaca agcactacct 1500
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agggcctgac actctcctaa gaggttctct ccaagccccc aaatagctcc aggcgccctc 3420
ggccgcccat catggttaat tctgtccaac aaacacacac gggtagattg ctggcctgtt 3480
gtaggtggta gggacacaga tgaccgacct ggtcactcct cctgccaaca ttcagtctgg 3540
tatgtgaggc gtgcgtgaag caagaactcc tggagctaca gggacaggga gccatcattc 3600
ctgcctggga atcctggaag acttcctgca ggagtcagcg ttcaatcttg accttgaaga 3660
tgggaaggat gttcttttta cgtaccaatt cttttgtctt ttgatattaa aaagaagtac 3720
atgttcattg tagagaattt ggaaactgta gaagagaatc aagaagaaaa ataaaaatca 3780
gctgttgtaa tcacctagca aactggcgta agc 3813
<210> 80
<211> 693
<212> PRT
<213> 智人
<400> 80
Met Thr Pro Gln Ser Leu Leu Gln Thr Thr Leu Phe Leu Leu Ser Leu
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Leu Phe Leu Val Gln Gly Ala His Gly Arg Gly His Arg Glu Asp Phe
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Arg Phe Cys Ser Gln Arg Asn Gln Thr His Arg Ser Ser Leu His Tyr
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Lys Pro Thr Pro Asp Leu Arg Ile Ser Ile Glu Asn Ser Glu Glu Ala
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65 70 75 80
Phe Pro Asp Pro Arg Gly Leu Tyr His Phe Cys Leu Tyr Trp Asn Arg
85 90 95
His Ala Gly Arg Leu His Leu Leu Tyr Gly Lys Arg Asp Phe Leu Leu
100 105 110
Ser Asp Lys Ala Ser Ser Leu Leu Cys Phe Gln His Gln Glu Glu Ser
115 120 125
Leu Ala Gln Gly Pro Pro Leu Leu Ala Thr Ser Val Thr Ser Trp Trp
130 135 140
Ser Pro Gln Asn Ile Ser Leu Pro Ser Ala Ala Ser Phe Thr Phe Ser
145 150 155 160
Phe His Ser Pro Pro His Thr Ala Ala His Asn Ala Ser Val Asp Met
165 170 175
Cys Glu Leu Lys Arg Asp Leu Gln Leu Leu Ser Gln Phe Leu Lys His
180 185 190
Pro Gln Lys Ala Ser Arg Arg Pro Ser Ala Ala Pro Ala Ser Gln Gln
195 200 205
Leu Gln Ser Leu Glu Ser Lys Leu Thr Ser Val Arg Phe Met Gly Asp
210 215 220
Met Val Ser Phe Glu Glu Asp Arg Ile Asn Ala Thr Val Trp Lys Leu
225 230 235 240
Gln Pro Thr Ala Gly Leu Gln Asp Leu His Ile His Ser Arg Gln Glu
245 250 255
Glu Glu Gln Ser Glu Ile Met Glu Tyr Ser Val Leu Leu Pro Arg Thr
260 265 270
Leu Phe Gln Arg Thr Lys Gly Arg Ser Gly Glu Ala Glu Lys Arg Leu
275 280 285
Leu Leu Val Asp Phe Ser Ser Gln Ala Leu Phe Gln Asp Lys Asn Ser
290 295 300
Ser Gln Val Leu Gly Glu Lys Val Leu Gly Ile Val Val Gln Asn Thr
305 310 315 320
Lys Val Ala Asn Leu Thr Glu Pro Val Val Leu Thr Phe Gln His Gln
325 330 335
Leu Gln Pro Lys Asn Val Thr Leu Gln Cys Val Phe Trp Val Glu Asp
340 345 350
Pro Thr Leu Ser Ser Pro Gly His Trp Ser Ser Ala Gly Cys Glu Thr
355 360 365
Val Arg Arg Glu Thr Gln Thr Ser Cys Phe Cys Asn His Leu Thr Tyr
370 375 380
Phe Ala Val Leu Met Val Ser Ser Val Glu Val Asp Ala Val His Lys
385 390 395 400
His Tyr Leu Ser Leu Leu Ser Tyr Val Gly Cys Val Val Ser Ala Leu
405 410 415
Ala Cys Leu Val Thr Ile Ala Ala Tyr Leu Cys Ser Arg Val Pro Leu
420 425 430
Pro Cys Arg Arg Lys Pro Arg Asp Tyr Thr Ile Lys Val His Met Asn
435 440 445
Leu Leu Leu Ala Val Phe Leu Leu Asp Thr Ser Phe Leu Leu Ser Glu
450 455 460
Pro Val Ala Leu Thr Gly Ser Glu Ala Gly Cys Arg Ala Ser Ala Ile
465 470 475 480
Phe Leu His Phe Ser Leu Leu Thr Cys Leu Ser Trp Met Gly Leu Glu
485 490 495
Gly Tyr Asn Leu Tyr Arg Leu Val Val Glu Val Phe Gly Thr Tyr Val
500 505 510
Pro Gly Tyr Leu Leu Lys Leu Ser Ala Met Gly Trp Gly Phe Pro Ile
515 520 525
Phe Leu Val Thr Leu Val Ala Leu Val Asp Val Asp Asn Tyr Gly Pro
530 535 540
Ile Ile Leu Ala Val His Arg Thr Pro Glu Gly Val Ile Tyr Pro Ser
545 550 555 560
Met Cys Trp Ile Arg Asp Ser Leu Val Ser Tyr Ile Thr Asn Leu Gly
565 570 575
Leu Phe Ser Leu Val Phe Leu Phe Asn Met Ala Met Leu Ala Thr Met
580 585 590
Val Val Gln Ile Leu Arg Leu Arg Pro His Thr Gln Lys Trp Ser His
595 600 605
Val Leu Thr Leu Leu Gly Leu Ser Leu Val Leu Gly Leu Pro Trp Ala
610 615 620
Leu Ile Phe Phe Ser Phe Ala Ser Gly Thr Phe Gln Leu Val Val Leu
625 630 635 640
Tyr Leu Phe Ser Ile Ile Thr Ser Phe Gln Gly Phe Leu Ile Phe Ile
645 650 655
Trp Tyr Trp Ser Met Arg Leu Gln Ala Arg Gly Gly Pro Ser Pro Leu
660 665 670
Lys Ser Asn Ser Asp Ser Ala Arg Leu Pro Ile Ser Ser Gly Ser Thr
675 680 685
Ser Ser Ser Arg Ile
690
<210> 81
<211> 733
<212> DNA
<213> 智人
<400> 81
aaacagcagg aaatagaaac ttaagagaaa tacacacttc tgagaaactg aaacgacagg 60
ggaaaggagg tctcactgag caccgtccca gcatccggac accacagcgg cccttcgctc 120
cacgcagaaa accacacttc tcaaaccttc actcaacact tccttcccca aagccagaag 180
atgcacaagg aggaacatga ggtggctgtg ctgggggcac cccccagcac catccttcca 240
aggtccaccg tgatcaacat ccacagcgag acctccgtgc ccgaccatgt cgtctggtcc 300
ctgttcaaca ccctcttctt gaactggtgc tgtctgggct tcatagcatt cgcctactcc 360
gtgaagtcta gggacaggaa gatggttggc gacgtgaccg gggcccaggc ctatgcctcc 420
accgccaagt gcctgaacat ctgggccctg attctgggca tcctcatgac cattggattc 480
atcctgttac tggtattcgg ctctgtgaca gtctaccata ttatgttaca gataatacag 540
gaaaaacggg gttactagta gccgcccata gcctgcaacc tttgcactcc actgtgcaat 600
gctggccctg cacgctgggg ctgttgcccc tgcccccttg gtcctgcccc tagatacagc 660
agtttatacc cacacacctg tctacagtgt cattcaataa agtgcacgtg cttgtgaaaa 720
aaaaaaaaaa aaa 733
<210> 82
<211> 132
<212> PRT
<213> 智人
<400> 82
Met Asn His Ile Val Gln Thr Phe Ser Pro Val Asn Ser Gly Gln Pro
1 5 10 15
Pro Asn Tyr Glu Met Leu Lys Glu Glu Gln Glu Val Ala Met Leu Gly
20 25 30
Val Pro His Asn Pro Ala Pro Pro Met Ser Thr Val Ile His Ile Arg
35 40 45
Ser Glu Thr Ser Val Pro Asp His Val Val Trp Ser Leu Phe Asn Thr
50 55 60
Leu Phe Met Asn Thr Cys Cys Leu Gly Phe Ile Ala Phe Ala Tyr Ser
65 70 75 80
Val Lys Ser Arg Asp Arg Lys Met Val Gly Asp Val Thr Gly Ala Gln
85 90 95
Ala Tyr Ala Ser Thr Ala Lys Cys Leu Asn Ile Trp Ala Leu Ile Leu
100 105 110
Gly Ile Phe Met Thr Ile Leu Leu Ile Ile Ile Pro Val Leu Val Val
115 120 125
Gln Ala Gln Arg
130
<210> 83
<211> 1967
<212> DNA
<213> 智人
<400> 83
gaaaggacag caacagtcag gtggtttacc ttccagaggc tggcaatgct gtttcactgg 60
aggacacggc taagaaggaa gtccaccagc ctgccaagat gaattgcctt gaagggccag 120
gtaagacctg tggccccttg gcttctgagg aggagctggt gtctgcctgc cagttggaaa 180
aagaagaaga gaatgaaggg gaggaggagg aagaggagga ggacgaggag gatctggacc 240
cagatctgga cccagaccta gaggaggaag agaatgatct tggggatcca gctgtacttg 300
gtgctgtcca caacacccag agagctctgc ttagctcccc tggagtcaag gcccctggta 360
tgctgggaat gtcacttgcc tccttgcatt ttctgtggca gaccttggac tacctgtcgc 420
ccatcccttt ctggcctaca tttcccagca ccagctctcc agcacagcac tttggacctc 480
ggctgccctc accagaccca actctcttct gcagcctgct gacctcgtgg ccccctaggt 540
tcagtcatct gacccagctc caccctcggc accaacgaat cttgcagcag cagcagcata 600
gtcaaacacc aagtccccca gccaagaagc cttggtctca gcagccagac ccctatgcta 660
acctcatgac cagaaaagag aaggactggg tgataaaagt gcagatggtg cagctgcaga 720
gtgcaaaacc ccgcctggat gactactatt accaggaata ttaccagaag ctagagaaga 780
agcaggcaga cgaagagcta cttggacgaa gaaaccgggt tgagtccctc aagctggtaa 840
cgccttacat tccgaaggca gaggcttatg agtccgtggt ccgaatcgag ggttccctgg 900
gccaggtagc tgtgtcgaca tgcttcagcc ctcgccgagc tattgatgcg gtaccccatg 960
gaactcaaga gcaggatata gaagctgcaa gcagtcagag gcttcgggta ttataccgga 1020
ttgagaagat gttccttcag ttactagaaa tagaggaagg ctggaagtat aggcctccac 1080
cgccctgctt ttctgagcag caaagcaacc aggttgagaa gctcttccag accttaaaga 1140
cccaggagca gaacaacctg gaagaggcag cagatggctt cctgcaggtg ctctctgtga 1200
ggaaggggaa ggccctggtg gcccggctgc tccccttcct gccccaggat caggctgtta 1260
ccattctttt ggctatcacc caccatctgc ccctcctggt ccggagggat gtggctgatc 1320
aggccctaca aatgttattc aaacctctgg gcaaatgtat tagtcacttg accctccacg 1380
aactcctcca aggacttcag ggattaacgc tgttgccacc tggctcctca gagcggccag 1440
tcaccgtggt gcttcagaat cagtttggaa tatctttgct ctatgccctg ctgagccatg 1500
gggagcaact ggtatcgctg cattcttccc tagaggaacc caacagtgac catacagctt 1560
ggacagacat ggtggttctg attgcctggg agatagccca aatgcctaca gcctctctgg 1620
cagaacccct agctttcccc agcaacctac ttcccctgtt ctgtcaccac gtggacaaac 1680
aattggttca gcagctggag gccaggatgg agtttgcctg gatttactga tctgtttgtt 1740
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cattttcata tcctttcttc aaaaatctaa atgatgtgcc taaaaataag acatggcata 1920
ataaggtata attaaagaga taatagaatg aaaaaaaaaa aaaaaaa 1967
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<211> 125
<212> PRT
<213> 智人
<400> 84
Met His Lys Glu Glu His Glu Val Ala Val Leu Gly Pro Pro Pro Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu Pro Arg Ser Thr Val Ile Asn Ile His Ser Glu Thr Ser
20 25 30
Val Pro Asp His Val Val Trp Ser Leu Phe Asn Thr Leu Phe Leu Asn
35 40 45
Trp Cys Cys Leu Gly Phe Ile Ala Phe Ala Tyr Ser Val Lys Ser Arg
50 55 60
Asp Arg Lys Met Val Gly Asp Val Thr Gly Ala Gln Ala Tyr Ala Ser
65 70 75 80
Thr Ala Lys Cys Leu Asn Ile Trp Ala Leu Ile Leu Gly Ile Leu Met
85 90 95
Thr Ile Gly Phe Ile Leu Leu Leu Val Phe Gly Ser Val Thr Val Tyr
100 105 110
His Ile Met Leu Gln Ile Ile Gln Glu Lys Arg Gly Tyr
115 120 125
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 85
gcgggcgccg ctcttttgtt tcttgctgca gcaacgcgag tgggagcacc aggatctcgg 60
gctcggaacg agactgcacg gattgtttta agaaaatggc agacaaacca gacatggggg 120
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cgggatatta tagaaaatta tttgtatgaa taatgaaaat aaaacacacc tcgtggcatg 480
gc 482
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<212> PRT
<213> 智人
<400> 86
Met Ala Asp Lys Pro Asp Met Gly Glu Ile Ala Ser Phe Asp Lys Ala
1 5 10 15
Lys Leu Lys Lys Thr Glu Thr Gln Glu Lys Asn Thr Leu Pro Thr Lys
20 25 30
Glu Thr Ile Glu Gln Glu Lys Arg Ser Glu Ile Ser
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<400> 87
tgctttctca aaggccccac agtcctccac ttcctgggga ggtagctgca gaataaaacc 60
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ctacctgctg gatggaatcc tcttcatcta tggtgtcatt ctcactgcct tgttcctgag 300
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gaggggcaag gggcacgatg gcctttacca gggtctcagt acagccacca aggacaccta 600
cgacgccctt cacatgcagg ccctgccccc tcgctaacag ccaggggatt tcaccactca 660
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tcactcttct cagccactga agtattcccc tttatgtaca ggatgctttg gttatattta 780
gctccaaacc ttcacacaca gactgttgtc cctgcactct ttaagggagt gtactcccag 840
ggcttacggc cctggccttg ggccctctgg tttgccggtg gtgcaggtag acctgtctcc 900
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gtctgttttg taaagtcccc agagaaagcg cagatgctag cacatgccct aatgtctgta 1020
tcactctgtg tctgagtggc ttcactcctg ctgtaaattt ggcttctgtt gtcaccttca 1080
cctcctttca aggtaactgt actgggccat gttgtgcctc cctggtgaga gggccgggca 1140
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aggtgggcgg gcaggggagg gtcagccagg gcctgcgagg gcagcgggag cctccctgcc 1260
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agactgacct tgatgagctg tgcacaaagt ggcataaaaa acatgtggtt acacagtgtg 1380
aataaagtgc tgcggagcaa gaggaggccg ttgattcact tcacgctttc agcgaatgac 1440
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tatactggca tgctaaagcc ttcctatttt gcataataaa tgcttcagtg aaaatgcaaa 1680
aaaaaaa 1687
<210> 88
<211> 164
<212> PRT
<213> 智人
<400> 88
Met Lys Trp Lys Ala Leu Phe Thr Ala Ala Ile Leu Gln Ala Gln Leu
1 5 10 15
Pro Ile Thr Glu Ala Gln Ser Phe Gly Leu Leu Asp Pro Lys Leu Cys
20 25 30
Tyr Leu Leu Asp Gly Ile Leu Phe Ile Tyr Gly Val Ile Leu Thr Ala
35 40 45
Leu Phe Leu Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr
50 55 60
Gln Gln Gly Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg
65 70 75 80
Glu Glu Tyr Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met
85 90 95
Gly Gly Lys Pro Gln Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn
100 105 110
Glu Leu Gln Lys Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met
115 120 125
Lys Gly Glu Arg Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly
130 135 140
Leu Ser Thr Ala Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala
145 150 155 160
Leu Pro Pro Arg
<210> 89
<211> 4507
<212> DNA
<213> 智人
<400> 89
gaccaattgt catacgactt gcagtgagcg tcaggagcac gtccaggaac tcctcagcag 60
cgcctccttc agctccacag ccagacgccc tcagacagca aagcctaccc ccgcgccgcg 120
ccctgcccgc cgctgcgatg ctcgcccgcg ccctgctgct gtgcgcggtc ctggcgctca 180
gccatacagc aaatccttgc tgttcccacc catgtcaaaa ccgaggtgta tgtatgagtg 240
tgggatttga ccagtataag tgcgattgta cccggacagg attctatgga gaaaactgct 300
caacaccgga atttttgaca agaataaaat tatttctgaa acccactcca aacacagtgc 360
actacatact tacccacttc aagggatttt ggaacgttgt gaataacatt cccttccttc 420
gaaatgcaat tatgagttat gtgttgacat ccagatcaca tttgattgac agtccaccaa 480
cttacaatgc tgactatggc tacaaaagct gggaagcctt ctctaacctc tcctattata 540
ctagagccct tcctcctgtg cctgatgatt gcccgactcc cttgggtgtc aaaggtaaaa 600
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ctgatcccca gggctcaaac atgatgtttg cattctttgc ccagcacttc acgcatcagt 720
ttttcaagac agatcataag cgagggccag ctttcaccaa cgggctgggc catggggtgg 780
acttaaatca tatttacggt gaaactctgg ctagacagcg taaactgcgc cttttcaagg 840
atggaaaaat gaaatatcag ataattgatg gagagatgta tcctcccaca gtcaaagata 900
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aggaggtctt tggtctggtg cctggtctga tgatgtatgc cacaatctgg ctgcgggaac 1020
acaacagagt atgcgatgtg cttaaacagg agcatcctga atggggtgat gagcagttgt 1080
tccagacaag caggctaata ctgataggag agactattaa gattgtgatt gaagattatg 1140
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aggcttccat tgaccagagc aggcagatga aataccagtc ttttaatgag taccgcaaac 1500
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tagaaaagcc tcggccagat gccatctttg gtgaaaccat ggtagaagtt ggagcaccat 1680
tctccttgaa aggacttatg ggtaatgtta tatgttctcc tgcctactgg aagccaagca 1740
cttttggtgg agaagtgggt tttcaaatca tcaacactgc ctcaattcag tctctcatct 1800
gcaataacgt gaagggctgt ccctttactt cattcagtgt tccagatcca gagctcatta 1860
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tatgaaccat gtctattaat ttaattattt aataatattt atattaaact ccttatgtta 2040
cttaacatct tctgtaacag aagtcagtac tcctgttgcg gagaaaggag tcatacttgt 2100
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gcaaaatgct gaaagttttt acactgtcga tgtttccaat gcatcttcca tgatgcatta 2340
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gaagctgtct tggatttaaa tctgtaaaat cagtagaaat tttactacaa ttgcttgtta 2640
aaatatttta taagtgatgt tcctttttca ccaagagtat aaaccttttt agtgtgactg 2700
ttaaaacttc cttttaaatc aaaatgccaa atttattaag gtggtggagc cactgcagtg 2760
ttatcttaaa ataagaatat tttgttgaga tattccagaa tttgtttata tggctggtaa 2820
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aaccaaatta ttgttcaaat ttaggtttaa acttttgaag caaacttttt tttatccttg 2940
tgcactgcag gcctggtact cagattttgc tatgaggtta atgaagtacc aagctgtgct 3000
tgaataatga tatgttttct cagattttct gttgtacagt ttaatttagc agtccatatc 3060
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cttctcatca cttcgtttct cctattttgt tttactagtt ttaagatcag agttcacttt 3300
ctttggactc tgcctatatt ttcttacctg aacttttgca agttttcagg taaacctcag 3360
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gctatctgta accaagatgg atgcaaagag gctagtgcct cagagagaac tgtacggggt 3540
ttgtgactgg aaaaagttac gttcccattc taattaatgc cctttcttat ttaaaaacaa 3600
aaccaaatga tatctaagta gttctcagca ataataataa tgacgataat acttcttttc 3660
cacatctcat tgtcactgac atttaatggt actgtatatt acttaattta ttgaagatta 3720
ttatttatgt cttattagga cactatggtt ataaactgtg tttaagccta caatcattga 3780
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tggcatattg agatatttaa ggttgaatgt ttgtccttag gataggccta tgtgctagcc 3960
cacaaagaat attgtctcat tagcctgaat gtgccataag actgaccttt taaaatgttt 4020
tgagggatct gtggatgctt cgttaatttg ttcagccaca atttattgag aaaatattct 4080
gtgtcaagca ctgtgggttt taatattttt aaatcaaacg ctgattacag ataatagtat 4140
ttatataaat aattgaaaaa aattttcttt tgggaagagg gagaaaatga aataaatatc 4200
attaaagata actcaggaga atcttcttta caattttacg tttagaatgt ttaaggttaa 4260
gaaagaaata gtcaatatgc ttgtataaaa cactgttcac tgtttttttt aaaaaaaaaa 4320
cttgatttgt tattaacatt gatctgctga caaaacctgg gaatttgggt tgtgtatgcg 4380
aatgtttcag tgcctcagac aaatgtgtat ttaacttatg taaaagataa gtctggaaat 4440
aaatgtctgt ttatttttgt actatttaaa aattgacaga tcttttctga agaaaaaaaa 4500
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<211> 604
<212> PRT
<213> 智人
<400> 90
Met Leu Ala Arg Ala Leu Leu Leu Cys Ala Val Leu Ala Leu Ser His
1 5 10 15
Thr Ala Asn Pro Cys Cys Ser His Pro Cys Gln Asn Arg Gly Val Cys
20 25 30
Met Ser Val Gly Phe Asp Gln Tyr Lys Cys Asp Cys Thr Arg Thr Gly
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Phe Tyr Gly Glu Asn Cys Ser Thr Pro Glu Phe Leu Thr Arg Ile Lys
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Leu Phe Leu Lys Pro Thr Pro Asn Thr Val His Tyr Ile Leu Thr His
65 70 75 80
Phe Lys Gly Phe Trp Asn Val Val Asn Asn Ile Pro Phe Leu Arg Asn
85 90 95
Ala Ile Met Ser Tyr Val Leu Thr Ser Arg Ser His Leu Ile Asp Ser
100 105 110
Pro Pro Thr Tyr Asn Ala Asp Tyr Gly Tyr Lys Ser Trp Glu Ala Phe
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Ser Asn Leu Ser Tyr Tyr Thr Arg Ala Leu Pro Pro Val Pro Asp Asp
130 135 140
Cys Pro Thr Pro Leu Gly Val Lys Gly Lys Lys Gln Leu Pro Asp Ser
145 150 155 160
Asn Glu Ile Val Glu Lys Leu Leu Leu Arg Arg Lys Phe Ile Pro Asp
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290 295 300
Glu His Pro Glu Trp Gly Asp Glu Gln Leu Phe Gln Thr Ser Arg Leu
305 310 315 320
Ile Leu Ile Gly Glu Thr Ile Lys Ile Val Ile Glu Asp Tyr Val Gln
325 330 335
His Leu Ser Gly Tyr His Phe Lys Leu Lys Phe Asp Pro Glu Leu Leu
340 345 350
Phe Asn Lys Gln Phe Gln Tyr Gln Asn Arg Ile Ala Ala Glu Phe Asn
355 360 365
Thr Leu Tyr His Trp His Pro Leu Leu Pro Asp Thr Phe Gln Ile His
370 375 380
Asp Gln Lys Tyr Asn Tyr Gln Gln Phe Ile Tyr Asn Asn Ser Ile Leu
385 390 395 400
Leu Glu His Gly Ile Thr Gln Phe Val Glu Ser Phe Thr Arg Gln Ile
405 410 415
Ala Gly Arg Val Ala Gly Gly Arg Asn Val Pro Pro Ala Val Gln Lys
420 425 430
Val Ser Gln Ala Ser Ile Asp Gln Ser Arg Gln Met Lys Tyr Gln Ser
435 440 445
Phe Asn Glu Tyr Arg Lys Arg Phe Met Leu Lys Pro Tyr Glu Ser Phe
450 455 460
Glu Glu Leu Thr Gly Glu Lys Glu Met Ser Ala Glu Leu Glu Ala Leu
465 470 475 480
Tyr Gly Asp Ile Asp Ala Val Glu Leu Tyr Pro Ala Leu Leu Val Glu
485 490 495
Lys Pro Arg Pro Asp Ala Ile Phe Gly Glu Thr Met Val Glu Val Gly
500 505 510
Ala Pro Phe Ser Leu Lys Gly Leu Met Gly Asn Val Ile Cys Ser Pro
515 520 525
Ala Tyr Trp Lys Pro Ser Thr Phe Gly Gly Glu Val Gly Phe Gln Ile
530 535 540
Ile Asn Thr Ala Ser Ile Gln Ser Leu Ile Cys Asn Asn Val Lys Gly
545 550 555 560
Cys Pro Phe Thr Ser Phe Ser Val Pro Asp Pro Glu Leu Ile Lys Thr
565 570 575
Val Thr Ile Asn Ala Ser Ser Ser Arg Ser Gly Leu Asp Asp Ile Asn
580 585 590
Pro Thr Val Leu Leu Lys Glu Arg Ser Thr Glu Leu
595 600
<210> 91
<211> 5045
<212> DNA
<213> 智人
<400> 91
atgggctgga gctccgggca gtgtgcgagg cgcacgcaca ggagcctgca ctctgcgtcc 60
cgcaccccag cagccgcgcc atgagccgga gtctcttgct ctggttcttg ctgttcctgc 120
tcctgctccc gccgctcccc gtcctgctcg cggacccagg ggcgcccacg ccagtgaatc 180
cctgttgtta ctatccatgc cagcaccagg gcatctgtgt ccgcttcggc cttgaccgct 240
accagtgtga ctgcacccgc acgggctatt ccggccccaa ctgcaccatc cctggcctgt 300
ggacctggct ccggaattca ctgcggccca gcccctcttt cacccacttc ctgctcactc 360
acgggcgctg gttctgggag tttgtcaatg ccaccttcat ccgagagatg ctcatgcgcc 420
tggtactcac agtgcgctcc aaccttatcc ccagtccccc cacctacaac tcagcacatg 480
actacatcag ctgggagtct ttctccaacg tgagctatta cactcgtatt ctgccctctg 540
tgcctaaaga ttgccccaca cccatgggaa ccaaagggaa gaagcagttg ccagatgccc 600
agctcctggc ccgccgcttc ctgctcagga ggaagttcat acctgacccc caaggcacca 660
acctcatgtt tgccttcttt gcacaacact tcacccacca gttcttcaaa acttctggca 720
agatgggtcc tggcttcacc aaggccttgg gccatggggt agacctcggc cacatttatg 780
gagacaatct ggagcgtcag tatcaactgc ggctctttaa ggatgggaaa ctcaagtacc 840
aggtgctgga tggagaaatg tacccgccct cggtagaaga ggcgcctgtg ttgatgcact 900
acccccgagg catcccgccc cagagccaga tggctgtggg ccaggaggtg tttgggctgc 960
ttcctgggct catgctgtat gccacgctct ggctacgtga gcacaaccgt gtgtgtgacc 1020
tgctgaaggc tgagcacccc acctggggcg atgagcagct tttccagacg acccgcctca 1080
tcctcatagg ggagaccatc aagattgtca tcgaggagta cgtgcagcag ctgagtggct 1140
atttcctgca gctgaaattt gacccagagc tgctgttcgg tgtccagttc caataccgca 1200
accgcattgc catggagttc aaccatctct accactggca ccccctcatg cctgactcct 1260
tcaaggtggg ctcccaggag tacagctacg agcagttctt gttcaacacc tccatgttgg 1320
tggactatgg ggttgaggcc ctggtggatg ccttctctcg ccagattgct ggccggatcg 1380
gtgggggcag gaacatggac caccacatcc tgcatgtggc tgtggatgtc atcagggagt 1440
ctcgggagat gcggctgcag cccttcaatg agtaccgcaa gaggtttggc atgaaaccct 1500
acacctcctt ccaggagctc gtaggagaga aggagatggc agcagagttg gaggaattgt 1560
atggagacat tgatgcgttg gagttctacc ctggactgct tcttgaaaag tgccatccaa 1620
actctatctt tggggagagt atgatagaga ttggggctcc cttttccctc aagggtctcc 1680
tagggaatcc catctgttct ccggagtact ggaagccgag cacatttggc ggcgaggtgg 1740
gctttaacat tgtcaagacg gccacactga agaagctggt ctgcctcaac accaagacct 1800
gtccctacgt ttccttccgt gtgccggatg ccagtcagga tgatgggcct gctgtggagc 1860
gaccatccac agagctctga ggggcaggaa agcagcattc tggaggggag agctttgtgc 1920
ttgtcattcc agagtgctga ggccagggct gatggtctta aatgctcatt ttctggtttg 1980
gcatggtgag tgttggggtt gacatttaga actttaagtc tcacccatta tctggaatat 2040
tgtgattctg tttattcttc cagaatgctg aactccttgt tagcccttca gattgttagg 2100
agtggttctc atttggtctg ccagaatact gggttcttag ttgacaacct agaatgtcag 2160
atttctggtt gatttgtaac acagtcattc taggatgtgg agctactgat gaaatctgct 2220
agaaagttag ggggttctta ttttgcattc cagaatcttg actttctgat tggtgattca 2280
aagtgttgtg ttcctggctg atgatccaga acagtggctc gtatcccaaa tctgtcagca 2340
tctggctgtc tagaatgtgg atttgattca ttttcctgtt cagtgagata tcatagagac 2400
ggagatccta aggtccaaca agaatgcatt ccctgaatct gtgcctgcac tgagagggca 2460
aggaagtggg gtgttcttct tgggaccccc actaagaccc tggtctgagg atgtagagag 2520
aacaggtggg ctgtattcac gccattggtt ggaagctacc agagctctat ccccatccag 2580
gtcttgactc atggcagctg tttctcatga agctaataaa attcgctttc taaagttacc 2640
tgttatatat ctcttttggt cccatcctct aaagcagagg caacactgga acatggctag 2700
cctttcttgt agccatggct gggcgtgcta gaggttgcag catgagactt tctgctggga 2760
tccttgggcc catcactgta tagacatgct accactggta cttcctttct ccctgcgggc 2820
caggcactgc ccttttcagg aagctctctt aaaataccca ttgccccaga cctggaagat 2880
ataacattca gttcccacca tctgattaaa acaacttcct cccttacaga gcatacaaca 2940
gagggggcac ccggggagga gagcacatac tgtgttccaa tttcacgctt ttaattctca 3000
tttgttctca caccaacagt gtgaagtgcg tggtataatc tccatttcaa aaccaaggaa 3060
gcagcctcag agtggtcgag tgacacacct cacgcaggct gagtccagag cttgtgctcc 3120
tcttgattcc tggtttgact cagttccagg cctgatcttg cctgtctggc tcagggtcaa 3180
agacagaatg gtggagtgta gcctccacct gatattcagg ctactcattc agtcccaaat 3240
atgtattttc ctaagtgttt actatgtgcc agttcctgta acaggtgtgg ggacacagca 3300
gtgagtaatc aatacagaca aggttctgcc cttatggagc tcacactcca gtggcagaca 3360
aacagaccat aaataaggaa acgatgaaat aagatatata caaggtgagt gtgacttccc 3420
ttctaacccc ctctgctctg tcctccccta ttgcgctctc aagaccagag acccaacagc 3480
agtgatctca gggcagacag ccctccactc cagctctgag acccttttct caggacctct 3540
gtaggcagca gagagagagg acagaggggt aagatgaggg gttgagggaa ggttcttcat 3600
gatccacact ttgggcttag tatttctcag gaagagctat ggcccagaaa caacagggga 3660
aactagagtt cggtctgaca gtccttgggg ttaagtctcc tgtcttatgg tccagaaact 3720
cctgtttctc cttagttggc tggaaactgc tcccatcatt ccttctggcc tctgctgaat 3780
gcagggaatg caatccttcc ctgctcttgc agttgctctg acgtagaaag atccttcggg 3840
tgctggaagt ctccatgaag agcttgtgtc ctgtcctttc ttgcagattc tatttcccct 3900
cttctgctaa tacctcttac tttgcttgag aatcctctcc tttcttatta atttcagtct 3960
tggtggttct atcaggggtg cattctggcc aaggggtggg cctgtgaatc aatcctgggc 4020
aatcagacac cctctcctta aaaactggcc cgtggagact gagatcactg actctgactc 4080
atccccacag ctggctctga caagatggtc catttgttcc tgcttccgag atccccaggg 4140
cagcctggat ccctgccctt ctcaagactt tagcttttcc ttccatccgg tggcctattc 4200
caggaattcc tcttttgctt aaatcagttg gagtttgtgt ctgttgcttg taatcaagcc 4260
tttatggctg ctgggctgag tgacacaagc actttaatgg cctggaggga cttttaatca 4320
gtgaagatgc aatcagacaa gtgttttgga aagagcaccc tcgagaaggg tggatgacag 4380
ggcagagcag gaaggacagg aagctggcag aacggaggag gctgcagccg tggtccaacc 4440
aggagctgat ggcagctggg gctaggggaa gggctttgag ggtggaagga tgggatgggt 4500
tccagaggta ttcctctctt aaatgcaagt gcctagatta ggtagacttt gcttagtatt 4560
gacaactgca catgaaagtt ttgcaaaggg aaacaggcta aatgcaccaa gaaagcttct 4620
tcagagtgaa gaatcttaat gcttgtaatt taaacatttg ttcctggagt tttgatttgg 4680
tggatgtgat ggttggtttt atttgtcagt ttggttgggc tatagcacac agttatttaa 4740
tcaaacagta atctaggtgt ggctgtgaag gtattttgta gatgtgatta acatctacaa 4800
tcagttgact ttaagtgaaa gagattactt aaataatttg ggtgagctgc acctgattag 4860
ttgaaaggcc tcaagaacaa acactgcagt ttcctggaaa agaagaaact ttgcctcaag 4920
actatagcca tcgactcctg cctgagtttc cagcctgcta gtctgcccta tggatttgaa 4980
gtttgccaac cccaacaatt gtgtgaatta atttctaaaa ataaagctat atacagccaa 5040
aaaaa 5045
<210> 92
<211> 599
<212> PRT
<213> 智人
<400> 92
Met Ser Arg Ser Leu Leu Leu Trp Phe Leu Leu Phe Leu Leu Leu Leu
1 5 10 15
Pro Pro Leu Pro Val Leu Leu Ala Asp Pro Gly Ala Pro Thr Pro Val
20 25 30
Asn Pro Cys Cys Tyr Tyr Pro Cys Gln His Gln Gly Ile Cys Val Arg
35 40 45
Phe Gly Leu Asp Arg Tyr Gln Cys Asp Cys Thr Arg Thr Gly Tyr Ser
50 55 60
Gly Pro Asn Cys Thr Ile Pro Gly Leu Trp Thr Trp Leu Arg Asn Ser
65 70 75 80
Leu Arg Pro Ser Pro Ser Phe Thr His Phe Leu Leu Thr His Gly Arg
85 90 95
Trp Phe Trp Glu Phe Val Asn Ala Thr Phe Ile Arg Glu Met Leu Met
100 105 110
Arg Leu Val Leu Thr Val Arg Ser Asn Leu Ile Pro Ser Pro Pro Thr
115 120 125
Tyr Asn Ser Ala His Asp Tyr Ile Ser Trp Glu Ser Phe Ser Asn Val
130 135 140
Ser Tyr Tyr Thr Arg Ile Leu Pro Ser Val Pro Lys Asp Cys Pro Thr
145 150 155 160
Pro Met Gly Thr Lys Gly Lys Lys Gln Leu Pro Asp Ala Gln Leu Leu
165 170 175
Ala Arg Arg Phe Leu Leu Arg Arg Lys Phe Ile Pro Asp Pro Gln Gly
180 185 190
Thr Asn Leu Met Phe Ala Phe Phe Ala Gln His Phe Thr His Gln Phe
195 200 205
Phe Lys Thr Ser Gly Lys Met Gly Pro Gly Phe Thr Lys Ala Leu Gly
210 215 220
His Gly Val Asp Leu Gly His Ile Tyr Gly Asp Asn Leu Glu Arg Gln
225 230 235 240
Tyr Gln Leu Arg Leu Phe Lys Asp Gly Lys Leu Lys Tyr Gln Val Leu
245 250 255
Asp Gly Glu Met Tyr Pro Pro Ser Val Glu Glu Ala Pro Val Leu Met
260 265 270
His Tyr Pro Arg Gly Ile Pro Pro Gln Ser Gln Met Ala Val Gly Gln
275 280 285
Glu Val Phe Gly Leu Leu Pro Gly Leu Met Leu Tyr Ala Thr Leu Trp
290 295 300
Leu Arg Glu His Asn Arg Val Cys Asp Leu Leu Lys Ala Glu His Pro
305 310 315 320
Thr Trp Gly Asp Glu Gln Leu Phe Gln Thr Thr Arg Leu Ile Leu Ile
325 330 335
Gly Glu Thr Ile Lys Ile Val Ile Glu Glu Tyr Val Gln Gln Leu Ser
340 345 350
Gly Tyr Phe Leu Gln Leu Lys Phe Asp Pro Glu Leu Leu Phe Gly Val
355 360 365
Gln Phe Gln Tyr Arg Asn Arg Ile Ala Met Glu Phe Asn His Leu Tyr
370 375 380
His Trp His Pro Leu Met Pro Asp Ser Phe Lys Val Gly Ser Gln Glu
385 390 395 400
Tyr Ser Tyr Glu Gln Phe Leu Phe Asn Thr Ser Met Leu Val Asp Tyr
405 410 415
Gly Val Glu Ala Leu Val Asp Ala Phe Ser Arg Gln Ile Ala Gly Arg
420 425 430
Ile Gly Gly Gly Arg Asn Met Asp His His Ile Leu His Val Ala Val
435 440 445
Asp Val Ile Arg Glu Ser Arg Glu Met Arg Leu Gln Pro Phe Asn Glu
450 455 460
Tyr Arg Lys Arg Phe Gly Met Lys Pro Tyr Thr Ser Phe Gln Glu Leu
465 470 475 480
Val Gly Glu Lys Glu Met Ala Ala Glu Leu Glu Glu Leu Tyr Gly Asp
485 490 495
Ile Asp Ala Leu Glu Phe Tyr Pro Gly Leu Leu Leu Glu Lys Cys His
500 505 510
Pro Asn Ser Ile Phe Gly Glu Ser Met Ile Glu Ile Gly Ala Pro Phe
515 520 525
Ser Leu Lys Gly Leu Leu Gly Asn Pro Ile Cys Ser Pro Glu Tyr Trp
530 535 540
Lys Pro Ser Thr Phe Gly Gly Glu Val Gly Phe Asn Ile Val Lys Thr
545 550 555 560
Ala Thr Leu Lys Lys Leu Val Cys Leu Asn Thr Lys Thr Cys Pro Tyr
565 570 575
Val Ser Phe Arg Val Pro Asp Ala Ser Gln Asp Asp Gly Pro Ala Val
580 585 590
Glu Arg Pro Ser Thr Glu Leu
595
<210> 93
<211> 813
<212> DNA
<213> 智人
<400> 93
acccgcgcct gaccgcggca gctcccacca tggcggagac caagctccag ctgtttgtca 60
aggcgagtga ggacggggag agcgtgggtc actgcccctc ctgccagcgg ctcttcatgg 120
tcctgctcct caagggcgta cctttcaccc tcaccacggt ggacacgcgc aggtccccgg 180
acgtgctgaa ggacttcgcc cccggctcgc agctgcccat cctgctctat gacagcgacg 240
ccaagacaga cacgctgcag atcgaggact ttctggagga gacgctgggg ccgcccgact 300
tccccagcct ggcgcctcgt tacagggagt ccaacaccgc cggcaacgac gttttccaca 360
agttctccgc gttcatcaag aacccggtgc ccgcgcagga cgaagccctg taccagcagc 420
tgctgcgcgc cctcgccagg ctggacagct acctgcgcgc gcccctggag cacgagctgg 480
cgggggagcc gcagctgcgc gagtcccgcc gccgcttcct ggacggcgac aggctcacgc 540
tggccgactg cagcctcctg cccaagctgc acatcgtcga cacggtgtgc gcgcacttcc 600
gccaggcgcc catccccgcg gagctgcgcg gcgtacgccg ctacctggac agcgcgatgc 660
aggagaaaga gttcaaatac acgtgtccgc acagcgccga gatcctggcg gcctaccggc 720
ccgccgtgca cccccgctag cgccccaccc cgcgtctgtc gcccaataaa ggcatctttg 780
tcgggagtga gggtgtcctg acatctgaag ggc 813
<210> 94
<211> 236
<212> PRT
<213> 智人
<400> 94
Met Ala Glu Thr Lys Leu Gln Leu Phe Val Lys Ala Ser Glu Asp Gly
1 5 10 15
Glu Ser Val Gly His Cys Pro Ser Cys Gln Arg Leu Phe Met Val Leu
20 25 30
Leu Leu Lys Gly Val Pro Phe Thr Leu Thr Thr Val Asp Thr Arg Arg
35 40 45
Ser Pro Asp Val Leu Lys Asp Phe Ala Pro Gly Ser Gln Leu Pro Ile
50 55 60
Leu Leu Tyr Asp Ser Asp Ala Lys Thr Asp Thr Leu Gln Ile Glu Asp
65 70 75 80
Phe Leu Glu Glu Thr Leu Gly Pro Pro Asp Phe Pro Ser Leu Ala Pro
85 90 95
Arg Tyr Arg Glu Ser Asn Thr Ala Gly Asn Asp Val Phe His Lys Phe
100 105 110
Ser Ala Phe Ile Lys Asn Pro Val Pro Ala Gln Asp Glu Ala Leu Tyr
115 120 125
Gln Gln Leu Leu Arg Ala Leu Ala Arg Leu Asp Ser Tyr Leu Arg Ala
130 135 140
Pro Leu Glu His Glu Leu Ala Gly Glu Pro Gln Leu Arg Glu Ser Arg
145 150 155 160
Arg Arg Phe Leu Asp Gly Asp Arg Leu Thr Leu Ala Asp Cys Ser Leu
165 170 175
Leu Pro Lys Leu His Ile Val Asp Thr Val Cys Ala His Phe Arg Gln
180 185 190
Ala Pro Ile Pro Ala Glu Leu Arg Gly Val Arg Arg Tyr Leu Asp Ser
195 200 205
Ala Met Gln Glu Lys Glu Phe Lys Tyr Thr Cys Pro His Ser Ala Glu
210 215 220
Ile Leu Ala Ala Tyr Arg Pro Ala Val His Pro Arg
225 230 235
<210> 95
<211> 512
<212> DNA
<213> 智人
<400> 95
attcttcccc tctctacaac cctctctcct cagcgcttct tctttcttgg tttgatcctg 60
actgctgtca tggcgtgccc tctggagaag gccctggatg tgatggtgtc caccttccac 120
aagtactcgg gcaaagaggg tgacaagttc aagctcaaca agtcagaact aaaggagctg 180
ctgacccggg agctgcccag cttcttgggg aaaaggacag atgaagctgc tttccagaag 240
ctgatgagca acttggacag caacagggac aacgaggtgg acttccaaga gtactgtgtc 300
ttcctgtcct gcatcgccat gatgtgtaac gaattctttg aaggcttccc agataagcag 360
cccaggaaga aatgaaaact cctctgatgt ggttgggggg tctgccagct ggggccctcc 420
ctgtcgccag tgggcacttt tttttttcca ccctggctcc ttcagacacg tgcttgatgc 480
tgagcaagtt caataaagat tcttggaagt tt 512
<210> 96
<211> 101
<212> PRT
<213> 智人
<400> 96
Met Ala Cys Pro Leu Glu Lys Ala Leu Asp Val Met Val Ser Thr Phe
1 5 10 15
His Lys Tyr Ser Gly Lys Glu Gly Asp Lys Phe Lys Leu Asn Lys Ser
20 25 30
Glu Leu Lys Glu Leu Leu Thr Arg Glu Leu Pro Ser Phe Leu Gly Lys
35 40 45
Arg Thr Asp Glu Ala Ala Phe Gln Lys Leu Met Ser Asn Leu Asp Ser
50 55 60
Asn Arg Asp Asn Glu Val Asp Phe Gln Glu Tyr Cys Val Phe Leu Ser
65 70 75 80
Cys Ile Ala Met Met Cys Asn Glu Phe Phe Glu Gly Phe Pro Asp Lys
85 90 95
Gln Pro Arg Lys Lys
100
<210> 97
<211> 778
<212> DNA
<213> 智人
<400> 97
ggcggggttc ggccgggagc gcaggggcgg cagtgcgcgc ctagcagtgt cccagccggg 60
ttcgtgtcgc catggggcag atcgagtggg ccatgtgggc caacgagcag gcgctggcgt 120
ccggcctgat cctcatcacc gggggcatcg tggccacagc tgggcgcttc acccagtggt 180
actttggtgc ctactccatt gtggcgggcg tgtttgtgtg cctgctggag tacccccggg 240
ggaagaggaa gaagggctcc accatggagc gctggggaca gaagtacatg accgccgtgg 300
tgaagctgtt cgggcccttt accaggaatt actatgttcg ggccgtcctg catctcctgc 360
tctcggtgcc cgccggcttc ctgctggcca ccatccttgg gaccgcctgc ctggccattg 420
cgagcggcat ctacctactg gcggctgtgc gtggcgagca gtggacgccc atcgagccca 480
agccccggga gcggccgcag atcggaggca ccatcaagca gccgcccagc aaccccccgc 540
cgcggccccc ggccgaggcc cgcaagaagc ccagcgagga ggaggctgcg gtggcggcgg 600
ggggaccccc gggaggtccc caggtcaacc ccatcccggt gaccgacgag gtcgtgtgac 660
ctcgccccgg acctgccctc ccgccaggtg cacccacctg caataaatgc agcgaagccg 720
ggaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaa 778
<210> 98
<211> 195
<212> PRT
<213> 智人
<400> 98
Met Gly Gln Ile Glu Trp Ala Met Trp Ala Asn Glu Gln Ala Leu Ala
1 5 10 15
Ser Gly Leu Ile Leu Ile Thr Gly Gly Ile Val Ala Thr Ala Gly Arg
20 25 30
Phe Thr Gln Trp Tyr Phe Gly Ala Tyr Ser Ile Val Ala Gly Val Phe
35 40 45
Val Cys Leu Leu Glu Tyr Pro Arg Gly Lys Arg Lys Lys Gly Ser Thr
50 55 60
Met Glu Arg Trp Gly Gln Lys Tyr Met Thr Ala Val Val Lys Leu Phe
65 70 75 80
Gly Pro Phe Thr Arg Asn Tyr Tyr Val Arg Ala Val Leu His Leu Leu
85 90 95
Leu Ser Val Pro Ala Gly Phe Leu Leu Ala Thr Ile Leu Gly Thr Ala
100 105 110
Cys Leu Ala Ile Ala Ser Gly Ile Tyr Leu Leu Ala Ala Val Arg Gly
115 120 125
Glu Gln Trp Thr Pro Ile Glu Pro Lys Pro Arg Glu Arg Pro Gln Ile
130 135 140
Gly Gly Thr Ile Lys Gln Pro Pro Ser Asn Pro Pro Pro Arg Pro Pro
145 150 155 160
Ala Glu Ala Arg Lys Lys Pro Ser Glu Glu Glu Ala Ala Val Ala Ala
165 170 175
Gly Gly Pro Pro Gly Gly Pro Gln Val Asn Pro Ile Pro Val Thr Asp
180 185 190
Glu Val Val
195
<210> 99
<211> 112
<212> PRT
<213> 智人
<400> 99
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 100
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 100
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Lys Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 101
<211> 42
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 101
Lys Arg Gly Arg Lys Lys Leu Leu Tyr Ile Phe Lys Gln Pro Phe Met
1 5 10 15
Arg Pro Val Gln Thr Thr Gln Glu Glu Asp Gly Cys Ser Cys Arg Phe
20 25 30
Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu
35 40
Claims (135)
1.一种产生嵌合抗原受体(CAR)T细胞的方法，所述方法包括：
(a)从患有癌症的个体获得外周血样品；
(b)测定(i)由所述样品中的一种或多种T细胞表达的T细胞受体(TCR)的一个或多个互补决定区(CDR)的氨基酸序列和/或(ii)编码所述氨基酸序列的核酸序列；以及
(c)修饰前体细胞以表达包含所述一个或多个CDR的CAR，从而产生CAR T细胞。
2.一种产生CAR T细胞的方法，所述方法包括修饰前体细胞以表达包含TCR的一个或多个CDR的CAR，所述TCR由获自患有癌症的个体的外周血样品中的一种或多种T细胞表达。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述样品中的所述T细胞为克隆扩增的T细胞。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述克隆扩增的T细胞为CD8+T细胞。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述CD8+T细胞为CTL。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中由所述一种或多种T细胞表达的所述TCR特异性结合由所述个体中的癌细胞表达的抗原。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述前体细胞为T细胞。
8.一种通过根据权利要求1-7中任一项所述的方法产生的CAR T细胞。
9.一种药物组合物，其包含(i)通过根据权利要求1-7中任一项所述的方法产生的一种或多种CAR T细胞或其后代，以及(ii)一种或多种载体、稀释剂和/或赋形剂。
10.一种治疗有此需要的个体的癌症的方法，所述方法包括向所述个体施用根据权利要求8所述的CAR T细胞或其后代、或根据权利要求9所述的药物组合物。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
14.根据权利要求12所述的方法，其中所述肾癌为肾细胞癌(RCC)。
15.根据权利要求12所述的方法，其中所述膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
16.根据权利要求12所述的方法，其中所述乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
17.根据权利要求10-16中任一项所述的方法，其中向所述患者进一步施用PD-L1轴结合拮抗剂。
18.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括确定所述个体在来自所述个体的外周血样品中是否具有克隆扩增的T细胞，其中所述样品中的克隆扩增的T细胞将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
19.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定所述个体在来自所述个体的外周血样品中是否具有克隆扩增的T细胞，其中所述样品中的克隆扩增的T细胞将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
20.根据权利要求18或19所述的方法，其中所述样品包含克隆扩增的T细胞，并且所述方法进一步包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
21.一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定所述个体在来自所述个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
22.一种治疗已确定为在来自个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞的所述个体的癌症的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
23.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，所述方法包括：
(a)确定所述个体在来自所述个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
24.一种诱导患有癌症并且已确定为在来自个体的外周血样品中具有克隆扩增的T细胞的所述个体中T细胞群的扩增的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
25.根据权利要求18-24中任一项所述的方法，其中所述克隆扩增的T细胞为CD8+T细胞。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述CD8+T细胞为CTL。
27.根据权利要求18-26中任一项所述的方法，其中所述克隆扩增的T细胞表达包含α链和β链的TCR，所述α链和β链各自包含CDR即CDR-1、CDR-2和CDR-3，并且其中编码相应α链CDR-1、CDR-2或CDR-3和/或相应β链CDR-1、CDR-2或CDR-3的核酸序列彼此至少85％相同。
28.根据权利要求27所述的方法，其中编码相应α链CDR1的所述核酸序列彼此至少85％相同。
29.根据权利要求27或28所述的方法，其中编码相应α链CDR2的所述核酸序列彼此至少85％相同。
30.根据权利要求27-29中任一项所述的方法，其中编码相应α链CDR3的所述核酸序列彼此至少85％相同。
31.根据权利要求27-30中任一项所述的方法，其中编码相应β链CDR1的所述核酸序列彼此至少85％相同。
32.根据权利要求27-31中任一项所述的方法，其中编码相应β链CDR2的所述核酸序列彼此至少85％相同。
33.根据权利要求27-32中任一项所述的方法，其中编码相应β链CDR3的所述核酸序列彼此至少85％相同。
34.根据权利要求18-33中任一项所述的方法，其中所述克隆扩增的T细胞表达包含α链和/或β链的TCR，所述α链和/或β链具有彼此至少85％相同的核酸序列。
35.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括测定来自所述个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中在所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
36.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括测定来自所述个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中在所述样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
37.根据权利要求35或36所述的方法，其中所述样品中的所述一种或多种基因的所述免疫评分表达水平高于所述参考免疫评分表达水平，并且所述方法进一步包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
38.根据权利要求35-37中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平。
39.一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括：
(a)测定来自所述个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中所述样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
40.一种治疗个体的癌症的方法，所述个体已被测定为来自所述个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
41.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，所述方法包括：
(a)测定来自所述个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的表达水平，其中所述样品中的所述一种或多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
42.一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，所述个体患有癌症并且已被测定为来自所述个体的外周血样品中基因NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于所述一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
43.根据权利要求41或42所述的方法，其中所述T细胞为CD8+T细胞。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述CD8+细胞为细胞毒性T细胞(CTL)或效应记忆性T细胞(Tem)。
45.根据权利要求39-44中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为参考群体中所述一种或多种基因的免疫评分表达水平。
46.根据权利要求38或45所述的方法，其中所述参考群体为患有所述癌症的个体群体。
47.根据权利要求46所述的方法，其中所述个体群体包括已接受PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
48.根据权利要求47所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平基于在高于所述参考免疫评分表达水平的情况下个体对所述PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的显著差异，明显区分所述个体的第一子集与所述个体的第二子集中的每一个，其中所述个体对所述PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于所述个体对所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
49.根据权利要求47或48所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平基于在低于所述参考免疫评分表达水平的情况下个体对所述PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的显著差异，明显区分所述个体的第一子集与所述个体的第二子集中的每一个，其中所述个体对所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性相对于所述个体对所述PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性得到显著改善。
50.根据权利要求47-49中任一项所述的方法，其中所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
52.根据权利要求51所述的方法，其中所述化疗剂为多西他赛。
53.根据权利要求48-52中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括无进展生存期(PFS)的延长。
54.根据权利要求48-53中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括总生存期(OS)的延长。
55.根据权利要求38和45-54中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为所述参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的所述表达水平的中位数。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述参考群体中所述一种或多种基因的所述免疫评分表达水平为所述参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的中位数。
57.根据权利要求38和45-54中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为所述参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的所述表达水平的平均值。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的所述表达水平的所述平均值为所述参考群体中所述一种或多种基因中的每一种的归一化表达水平的平均值。
59.根据权利要求56或58所述的方法，其中所述一种或多种基因中的每一种的所述归一化表达水平为归一化至参考基因的所述一种或多种基因中的每一种的所述表达水平。
60.根据权利要求59所述的方法，其中所述参考基因为CD8A。
61.根据权利要求35-60中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为所述一种或多种基因的预先指定的表达水平。
62.根据权利要求18-20和35-37中任一项所述的方法，其中受益于所述包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS的延长。
63.根据权利要求18-20和35-37中任一项所述的方法，其中受益于所述包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括PFS的延长。
64.根据权利要求62或63所述的方法，其中受益于所述包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗包括OS和PFS的延长。
65.根据权利要求35-64中任一项所述的方法，其中所述基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的两种或更多种。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的三种或更多种。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述基因包括NKG7、GNLY、PRF1、GZMH、GPR56、IFITM2、IFITM1、GZMB、TMSB10、PLAC8、LITAF、CD247、CST7、COX2、KLRD1、CLIC3、S100A4、CYBA和COX1中的四种或更多种。
68.根据权利要求35-67中任一项所述的方法，其中所述表达水平为核酸表达水平。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述核酸表达水平为mRNA表达水平。
70.根据权利要求69所述的方法，其中所述mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合进行测定。
71.根据权利要求18-70中任一项所述的方法，其中所述癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
72.根据权利要求71所述的方法，其中所述癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
74.根据权利要求72所述的方法，其中所述肾癌为肾细胞癌(RCC)。
75.根据权利要求72所述的方法，其中所述膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
76.根据权利要求72所述的方法，其中所述乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
77.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中在所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
78.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中在所述样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
79.根据权利要求77或78所述的方法，其中所述样品中的所述五种或更多种基因的所述免疫评分表达水平高于所述参考免疫评分表达水平，并且所述方法进一步包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
80.根据权利要求77-79中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为参考群体中所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平。
81.一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括：
(a)测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中所述样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
82.一种治疗个体的癌症的方法，所述个体已被测定为来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
83.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，所述方法包括：
(a)测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中所述样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
84.一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，所述个体患有癌症并且已被测定为来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
85.根据权利要求83或84所述的方法，其中所述T细胞为CD8+T细胞。
86.根据权利要求85所述的方法，其中所述CD8+T细胞为细胞毒性T细胞(CTL)或效应记忆性T细胞(Tem)。
87.根据权利要求77-86中任一项所述的方法，其中所述基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的一种或多种。
88.根据权利要求87所述的方法，其中所述基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的两种或更多种。
89.根据权利要求88所述的方法，其中所述基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的三种或更多种。
90.根据权利要求89所述的方法，其中所述基因包括CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR和LITAF中的四种或更多种。
91.根据权利要求77-86中任一项所述的方法，其中所述基因包括表1-3中任一项列述的组合。
92.根据权利要求77-91中任一项所述的方法，其中所述基因包括一种或多种细胞毒性基因。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述细胞毒性基因选自CST7、PLEK、HCST、CTSW、KLRG1、CD8A、CCL5、CD8B、NKG7、GZMH和HLA-C。
94.根据权利要求77-93中任一项所述的方法，其中所述基因包括一种或多种线粒体基因。
95.一种鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中所述基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中在所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
96.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中所述基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中在所述样品中的所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
97.一种治疗患有癌症的个体的方法，所述方法包括：
(a)测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中所述基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中所述样品中的所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
98.一种治疗个体的癌症的方法，所述个体已被测定为来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，其中所述基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
99.一种诱导患有癌症的个体中T细胞群的扩增的方法，所述方法包括：
(a)测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的表达水平，其中所述基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，并且其中所述样品中的所述两种或更多种基因的免疫评分表达水平被测定为高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
100.一种诱导个体中T细胞群的扩增的方法，所述个体患有癌症并且已被测定为来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于所述两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，其中所述基因包括细胞毒性基因和线粒体基因，所述方法包括向所述个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
101.根据权利要求77-100中任一项所述的方法，其中所述癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
102.根据权利要求101所述的方法，其中所述癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
103.根据权利要求102所述的方法，其中所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
104.根据权利要求102所述的方法，其中所述肾癌为肾细胞癌(RCC)。
105.根据权利要求102所述的方法，其中所述膀胱癌为尿路上皮癌(UC)。
106.根据权利要求102所述的方法，其中所述乳腺癌为三阴性乳腺癌(TNBC)。
107.根据权利要求17-106中任一项所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
108.根据权利要求107所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
109.根据权利要求108所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
110.根据权利要求109所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
111.根据权利要求109所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
112.根据权利要求109-111中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
113.根据权利要求108-112中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
114.根据权利要求113所述的方法，其中所述抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
115.根据权利要求114所述的方法，其中所述抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:41的HVR-H1序列、SEQ ID NO:42的HVR-H2序列和SEQ ID NO:43的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:44的HVR-L1序列、SEQ ID NO:45的HVR-L2序列和SEQ ID NO:46的HVR-L3序列。
116.根据权利要求115所述的方法，其中所述抗体包含：重链可变区，其包含SEQ IDNO:47的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:48的氨基酸序列。
117.根据权利要求107所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
118.根据权利要求117所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
119.根据权利要求118所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
120.根据权利要求118所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
121.根据权利要求118-120中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
122.根据权利要求117-121中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
123.根据权利要求122所述的方法，其中所述抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
124.根据权利要求117-121中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
125.根据权利要求124所述的方法，其中所述Fc融合蛋白为AMP-224。
126.根据权利要求1-125中任一项所述的方法，其中所述个体既往未治疗过所述癌症。
127.根据权利要求126所述的方法，其中所述个体既往未施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
128.根据权利要求1-127中任一项所述的方法，其中所述个体既往通过向所述个体施用含铂化疗剂治疗过所述癌症，并且其中所述个体对所述化疗剂无应答。
129.根据权利要求17-128中任一项所述的方法，其进一步包括向所述个体施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
130.根据权利要求129所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
131.根据权利要求130所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括免疫调节剂。
132.根据权利要求131所述的方法，其中所述免疫调节剂为抗体或其抗原结合片段。
133.根据权利要求1-132中任一项所述的方法，其中所述个体为人。
134.一种用于鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，所述试剂盒包含：
(a)一种或多种试剂，其用于测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平；以及任选地，
(b)用于根据前述权利要求中任一项所述的方法使用所述一种或多种试剂鉴定能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的说明。
135.一种用于鉴定作为包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的候选者的患有癌症的个体的测定法，所述测定法包括测定来自所述个体的样品中基因CST7、NKG7、GZMH、MT-ND4、HLA-H、CCL5、CD8A、CMC1、CD8B、HCST、MT-CYB、MT-ND4L、KLRG1、MT-CO2、MT-ATP6、PLEK、CTSW、HLA-C、LYAR、LITAF、GZMB、KLRD1、FGFBP2、KLRC4-KLRK1、KLRK1、B2M、GZMA、ID2、CX3CR1、PRSS23、GNLY、PRF1、PATL2、S1PR1、FCRL6、PLAC8、C1orf21、C12orf75和GIMAP4中的五种或更多种的表达水平，其中在所述样品中的所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平高于所述五种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将所述个体鉴定为能受益于所述包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，并且其中所述参考免疫评分表达水平为参考群体中所述五种或更多种基因的免疫评分表达水平。
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