KR20220066892A - Ｔ 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (ｅｚｈ2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법 - Google Patents

Ｔ 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (ｅｚｈ2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법 Download PDF

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헨리 장
엘렌 필바로프
브라이언 폭스
아디시 모한
케이티 뉴홀
넬스 에릭 올슨
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주노 쎄러퓨티크스 인코퍼레이티드
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Abstract

암을 갖는 또는 갖는 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 면역 요법 및 입양 세포 요법과 같은 세포 요법(예: T 세포 요법) 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 사용을 포함하는 병용 요법의 방법, 용도, 및 제조품이 제공된다. T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CARs)와 같은 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.

Description

T 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 " T 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법"라는 명칭으로 2019.08.22자 출원된 미국 가출원 제62/890,607호, "T 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법"라는 명칭으로 2020.05.13자 출원된 제63/024,502호 및 "T 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법"라는 명칭으로 2020.06.10자 출원된 제63/037,584호에 대한 우선권을 주장하며, 상기 내용은 모든 목적을 위하여 그 전체가 참조로 포함된다.
서열 목록의 참조 포함
본 출원은 전자 형식의 서열 목록과 함께 제출된다.　서열 목록은 2020.08.06자 생성된 735042021440SeqList.TXT라는 명칭의 파일로 제공되며, 이의 크기는 36,864 bytes이다.　서열 목록 내 전자 형식의 정보는 그 전체가 참조로 포함된다.
본 개시 내용은 일부 관점에서 백혈병 및 림프종과 같은 암을 갖는 대상체를 치료하기 위한 면역 요법 또는 세포 요법(예: T 세포 요법) 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 사용을 포함하는 병용 요법의 방법 및 용도, 관련 방법, 용도 및 제조품에 관한 것이다. T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CARs)와 같은 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
암을 치료하기 위한 면역 요법 및 세포 요법, 예를 들어 키메라 항원 수용체 (CAR) 및/또는 다른 재조합 항원 수용체와 같은 관심 질병 또는 장애에 특이적인 키메라 수용체를 발현하는 세포의 투여를 포함하는 입양 세포 요법, 및 다른 입양 면역 세포 및 입양 T 세포 요법에 대한 다양한 전략이 이용 가능하다. 암의 서브세트는 상기 방법에 내성이 있거나 내성이 생긴다. 따라서, 개선된 방법, 예를 들어 이러한 내성을 극복하고 상기 방법의 효과를 증가시키기 위한 방법이 요구된다. 이러한 요구를 충족시키는 방법 및 용도가 제공된다.
본원에서 NHL 또는 이의 아형과 같은 암을 갖는 또는 갖는 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 병용 요법을 포함하는 방법이 제공된다. 상기 방법 및 다른 구현예는 일반적으로 면역 요법 또는 세포 요법인 요법, 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 조합에 관한 것이다. 일부 관점에서, 상기 제공된 방법은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 결합하는 항원-결합 도메인을 포함하는 CAR-발현 T 세포와 같은 T 세포 요법의 투여를 포함한다.
본원에서 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법을 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고; 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 암을 치료하는 방법이 제공된다.
본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제를 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 암을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 대상체는 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법이 투여될 예정이거나 투여된 적이 있는 후보이다.
본원에서 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법을 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 암을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 대상체는 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제가 투여 되었거나 투여될 예정이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일 및 투여 개시 후 (약) 14일 사이의 시간에 억제제 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 및 투여 개시 후 (약) 7일 사이의 시간에 억제제 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 및 투여 개시 후 (약) 1일 사이의 시간에 억제제 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 및 투여 개시 후 (약) 2일 사이의 시간에 억제제 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획에서 EZH2 억제제의 적어도 1회 용량은 세포 요법과 동시에 및/또는 세포 요법과 동일한 날에 투여된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체에서 종양 미세환경 (TME)에 침투할 수 있는 CAR-발현 T 세포의 수를 증가시킨다.
일부 구현예에서, 상기 세포 요법은 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체에 대한 자가 세포를 포함하는 생물학적 샘플은 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 대상체에 대한 자가 세포를 포함하는 생물학적 샘플은 림프구 고갈 요법 전에 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 성분채집술 생산물이거나 또는 그를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 백혈구 성분채집술 생산물이거나 또는 그를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 T 세포는 생물학적 샘플의 자가 세포로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 요법의 투여의 개시 전에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 후 및 EZH2 억제제 및/또는 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법을 투여받는다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 및 EZH2의 투여 개시 후에 림프규 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 2 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 또는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 2 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 투여는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 투여는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+ 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD3+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD4+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD8+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다.
일부 구현예에서, 세포 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포 및/또는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함하며, 이는 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 (약) 1:1 이다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있고, 상기 세포 요법의 투여는 복수의 개별 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 복수의 개별 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 농축된 제2 조성물을 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 하나의 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 다른 하나의 CD8+ CAR-발현 T 세포는 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정의된 비율로 존재하고; 및/또는 제1 및 제2 조성물 중 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재하며, 이 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 하나의 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 다른 하나의 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재한다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 (약) 1:1 이다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 107 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, 또는 (약) 5 x 107 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포 (각 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 106 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 5 x 106 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 107 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 5 x 107 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 또는 적어도 (약) 5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 105개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 105개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 105개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 106개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 106개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 106개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 107개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 107개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 107개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, CAR은 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포내 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 종양 항원이거나 암 세포 상에서 발현된다. 일부 구현예에서, 항원은 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9; CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG; NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG; 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1; TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2; 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 영역은 또한 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 인간 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 억제제 투여를 시작하기 전에 대상체에 자가인 세포를 포함하는 대상체로부터 생물학적 샘플을 수집하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분 채집술 생성물 또는 백혈구 성분 채집술 생성물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 성분채집술 생산물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 백혈구 성분채집술 생산물이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 세포 요법을 투여하기 전에 대상체에게 림프구 고갈 약제 또는 요법을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법이 종료된 후 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 세포 요법의 투여의 개시 전 2일 내지 7일에 완료된다.
일부 구현예에서, 대상체는 세포 요법의 투여의 개시 전에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 후에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 후 및 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 세포 요법의 투여의 개시 전 2일 내지 7일에 종료된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전에 수득된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전 7일, 전 6일, 전 5일, 전 4일, 전 3일, 전 2일, 전 1일, 전 16시간, 전 12시간, 전 6시간, 전 2시간 또는 전 1시간 이내에 수득된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전 및 개시할 때까지 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 종료 후에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 2 내지 4일 동안, 선택적으로 3일 동안 매일, 약 200-400mg/m2, 선택적으로 (약) 300mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드의 투여, 및/또는 약 20-40mg/m2, 선택적으로 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하거나, 또는 림프구 고갈 요법은 약 500mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 300mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈을 3일 동안 매일 투여하는 것을 포함하고; 및/또는 림프구 고갈 요법은 (약) 500mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈을 3일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 5일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 2일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 1일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이고, 선택적으로 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 전에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 전 약 4주 내지 세포 요법의 투여 개시 전 약 1주에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 내지 개시 후 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 전 (약) 2일의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일 전에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획은 세포 요법과 동시에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획은 세포 요법과 같은 날에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 7일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 5일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 2일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 1일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전 및 개시할 때까지 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 종료 후에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
일부 구현예에서, 억제제의 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 1200 mg 내지 (약) 1600 mg (각 수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 용량은 약 200 mg이다. 일부 구현예에서, 용량은 약 400 mg이다. 일부 구현예에서, 용량은 약 800 mg이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 약 800 mg의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 약 1600 mg의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 약 2400 mg의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
일부 구현예에서, 억제제는 1일 2회 용량(매일 2회 투여)을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 800 mg 이다.
일부 구현예에서, 억제제는 1일 3회 용량(매일 3회 투여)을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 800 mg 이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 6개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 5개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 4개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 3개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 2개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 1개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 대상체가 완전한 반응을 나타낼 때까지 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체가 임상적 관해를 나타내는 경우 EZH2 억제제의 투여는 중단된다.
일부 구현예에서, 억제제는 야생형 EZH2 및/또는 돌연변이체 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 야생형 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 돌연변이체 EZH2를 억제하며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
일부 구현예에서, EZH2는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, 돌연변이는 리신 27에서 히스톤 3의 트리메틸화를 증가시킨다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 10 nM 미만, 또는 (약) 5 nM 미만인 야생형 및/또는 돌연변이체 EZH2에 대한 반수 최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50)는 EZH1에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 보다 낮고, 선택적으로 적어도 2배, 적어도 5배, 10배, 적어도 100배, 적어도 1,000배, 적어도 5,000배, 적어도 10,000배 또는 적어도 20,000배 낮다.
일부 구현예에서, 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438), CPI-1205, GSK343, GSK126 및 발레메토스타트(DS-3201b)로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438)이다. 일부 구현예에서, 억제제는 CPI-1205이다. 일부 구현예에서, 억제제는 GSK343이다. 일부 구현예에서, 억제제는 GSK126이다. 일부 구현예에서, 억제제는 발레메토스타트(DS-3201b)이다. 일부 구현예에서, 암은 고형 종양이다. 일부 구현예에서, 고형 종양은 방광암, 유방암, 흑색종 또는 전립선암이다. 일부 구현예에서, 고형 종양은 전립선암이다. 일부 구현예에서, 전립선암은 거세저항성 전립선암 (castration-resistant prostate cancer, CRPC)이다.
일부 구현예에서, 암은 혈액학적 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 급성 림프모구 백혈병 (ALL), 성인 ALL, 만성 림프모구 백혈병 (CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 비호지킨 림프종 (NHL), 거대 B세포 림프종이다.
일부 구현예에서, 암은 비호지킨 림프종 (NHL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 여포성 림프종 (FL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 미만성 거대 B세포 림프종 (DLBCL)이다. 일부 구현예에서, DLBCL은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형이다. 일부 구현예에서, DLBCL은 DLBCL의 활성화된 B-세포 (ABC) 아형이 아니다.
일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL-유사 유전자 발현 특징을 갖는 치료 전 종양 생검을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 요법으로 치료 후 3개월에 진행성 질병 (PD) 반응과 관련된 전처리 종양 생검 유전자 발현 특징을 갖는 대상체로서 치료로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 방법은 DLBCL을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 DLBCL-유사 유전자 발현 특징을 갖는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 세포 요법으로 치료 후 3개월에 진행성 질병 (PD) 반응과 관련된 전처리 종양 생검 유전자 발현 특징을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 선행 요법으로 치료 후 관해된 이후 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되었고, 실패했고 및/또는 불내성이었다. 일부 구현예에서, 암은 세포 요법 단독 치료에 내성이 있다.
일부 구현예에서, 암은 세포 요법 단독 치료에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2의 과발현 및/또는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EZH2의 발현을 나타내며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2의 과발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2를 암호화하는 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 나타낸다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안, 선택적으로 매일 2회 또는 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안, 선택적으로 매일 2회 또는 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안, 선택적으로 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안, 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안, 선택적으로 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 대상체가 임상적 관해를 나타낼 때까지 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 임상적 관해를 나타내는 경우 투여 계획에서 억제제의 투여는 중단된다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획에서 억제제의 투여는 대상체가 질병 진행을 나타내는 경우 중단된다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여, 종양 미세환경 (TME)으로의 세포 요법의 CAR-발현 T 세포의 침투가 증가된다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체에서 종양 미세환경 (TME)에 침투할 수 있는 CAR-발현 T 세포의 수를 증가시킨다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E4에 제공된 유전자에 대해 증가된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E5에 제공된 유전자에 대해 증가된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2B에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2에 제공된 유전자에 대해 감소된다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E3에 제공된 유전자에 대해 감소된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2A에 제공된 유전자에 대해 감소된다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E4에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 상향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E5에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 상향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2B에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 상향조절된다. 임의의 그러한 구현예에서, 유전자 세트의 상향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 하향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E3에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 하향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2A에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 하향조절된다. 임의의 그러한 구현예에서, 유전자 세트의 하향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 35%, 적어도 40% 또는 적어도 50%는 완전 관해(CR)를 달성하며, 상기 관해는 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는 여기서 6개월까지 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 및/또는 9개월 이상 동안 반응을 유지하고, CR을 유지하고, 및/또는 생존하거나 진행 없이 생존하고; 및/또는 상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 50%, 적어도 60% 또는 적어도 70%는 객관적 반응(OR)을 달성하고 선택적으로 여기서 OR은 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는 여기서 6개월까지 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 동안 반응을 유지하거나 생존을 유지한다.
일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프절 생검이다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여하기 전 시점, 예를 들어 대상체가 T 세포 요법을 받기 전 (약) 1개월 이내에 수득된다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 대상체에 대해 자가이고, 종양 생검 샘플은 T 세포 요법을 제조하거나 생산(예: 재조합 수용체(예: CAR)로 조작됨)하기 위해 대상체로부터 T 세포를 수득하는 것(예: 성분채집술에 의함)과 (거의) 동시에 수득된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전에 수득된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전 7일, 전 6일, 전 5일, 전 4일, 전 3일, 전 2일, 전 1일, 전 16시간, 전 12시간, 전 6시간, 전 2시간 또는 전 1시간 이내에 수득된다.
일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.
본원에서 T 세포 요법으로 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 B 세포 악성 종양을 갖거나 갖는 것으로 의심되고, 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임; (b) (i) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만이고; 및/또는 (ii) 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과인 경우, T 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계; 및 (c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양이고 CAR이 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 암을 치료하기 위한 것이다.
또한, 본원에서 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 (i) EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는 (ii) CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임; (b) (i) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만이고; 및/또는 (ii) 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과인 경우, T 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계; 및 (c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다.
또한, 본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제 및 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 (i) EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는 (ii) CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임; (b) (i) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과이고; 및/또는 (ii) 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만인 경우, 치료할 대상체를 선택하는 단계; 및 (c) 선택된 대상체에게 EZH2 억제제 및 T 세포 요법을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다.
본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제를 투여하기 위한 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 대상체는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 생물학적 샘플은 T 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) (i) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과이고; 및/또는 (ii) 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만인 경우, T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양이고 CAR이 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 암을 치료하기 위한 것이다.
또한, 본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고; 상기 대상체는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 종양 생검 샘플은 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) (i) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과이고; 및/또는 (ii) 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만인 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다.
일부 구현예에서, 방법은 T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제를 선택된 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않은 경우, 방법은 대상체에게 T 세포 요법만을 투여하는 단계를 포함한다.
본원에서 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 대상체는 T 세포 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법의 용량을 투여받기 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) (i) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과이고; 및/또는 (ii) 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만인 경우, T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
본원에서 T 세포 요법에 대한 암을 갖는 대상체의 반응성을 결정하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법을 투여받기 전 제1 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 T 세포 요법으로 치료를 받을 예정임; (b) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 생물학적 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여한 후 제2 시간에 대상으로부터 수득되고, 상기 대상체는 (b) 단계에서 평가하기 전에 T 세포 요법이 투여됨; 및 (c) (i) 제2 시간에 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 제1 시간에 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양보다 낮고; 및/또는 (ii) 제2 시간에 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양이 제1 시간에 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양보다 더 높은 경우, 대상체가 T 세포 요법에 반응하는 것으로 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 EZH2이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 T 세포 마커를 포함하고, T 세포 마커는 CD3ε, PDCD1, LAG3 및 TIGIT 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 중 적어도 하나는 PDCD1, LAG3 및 TIGIT이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 중 적어도 하나는 CD3ε이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 표 E2에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1 및 UHRF1로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 표 E3에 제시된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 T 세포 마커이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 T 세포 마커를 포함하고, T 세포 마커는 CD3
Figure pct00001
PDCD1, LAG3 및 TIGIT 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 중 적어도 하나는 PDCD1, LAG3 및 TIGIT이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 중 적어도 하나는 CD3
Figure pct00002
이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 표 E4에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1 및 LINC00239로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 표 E5에 제시된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 및 KIAA1551 (KIAA1551)로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21로 구성된 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 상기 유전자 참조 값은 (a) 암 또는 B 세포 악성 종양을 갖지 않는 대상체의 집단 또는 (b) 암 또는 B 세포 악성 종양을 갖고 요법이 투여된 대상체의 집단, 이들은 계속해서 상기 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 나타냄,에서 하나 이상의 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 상기 암 또는 B 세포 악성 종양을 갖는 대상체의 집단은 상기 요법의 투여 후 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월 또는 그 이상 계속해서 PR 또는 CR을 나타낸다.
일부 구현예에서, 상기 제1 하나 이상의 유전자 및/또는 제2 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된 생물학적 샘플에서 평가된다. 일부 구현예에서, 상기 제1 하나 이상의 유전자 및/또는 제2 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전 수득된 종양 생검 샘플에서 평가된다. 일부 구현예에서, 상기 제1 하나 이상의 유전자 및/또는 제2 하나 이상의 유전자의 양의 수준은 상기 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된 종양 생검 샘플에서 평가된다.
본원에서 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함,을 평가하는 단계; (b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및 (c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
또한, 본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제 및 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함,을 평가하는 단계; (b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및 (c) 선택된 환자에게 EZH2 억제제 및 T 세포 요법을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
본원에서 T 세포 요법으로 치료하는 방법이 제공되며, 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 B 세포 악성 종양을 갖거나 갖는 것으로 의심됨; (b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및 (c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 제1 유전자 세트의 상향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 제2 유전자 세트의 하향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제를 투여하기 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계로서, 여기서 상기 대상체는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 생물학적 샘플은 T 세포 요법의 투여 전 대상체로부터 수득됨; (b) 다음의 경우, T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 상향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨. 일부 구현예에서, 제1 유전자 세트의 상향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 제2 유전자 세트의 하향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
본원에서 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 T 세포 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법의 용량을 투여받기 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) 다음의 경우, T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨. 일부 구현예에서, 제1 유전자 세트의 상향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 제2 유전자 세트의 하향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
본원에서 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함,을 평가하는 단계; 여기서 상기 대상체는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 종양 생검 샘플은 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 상향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
본원에서 T 세포 요법에 대한 암을 갖는 대상체의 반응성을 결정하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계로서, 여기서 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법을 투여받기 전 제1 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 T 세포 요법으로 치료를 받을 예정임; (b) (i) 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계로서, 여기서 생물학적 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여한 후 제2 시간에 대상으로부터 수득되고, 상기 대상체는 (b) 단계에서 평가하기 전에 T 세포 요법을 투여받음; 및 (c) 다음의 경우, 대상체가 T 세포 요법에 반응하는 것으로 결정하는 단계: (i) 제2 시간에 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 제1 시간에 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현과 비교하여 덜 상향 조절되거나 더 하향조절됨; 및/또는 (i) 제2 시간에 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 제1 시간에 하나 이상의 제2 유전자 세트와 비교하여 더 상향조절되거나 덜 하향조절됨. 일부 구현예에서, 제1 유전자 세트의 하향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 제2 유전자 세트의 상향조절은 유전자 농축 분석 방법에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 방법은 B 세포 악성 종양인 암을 치료하기 위한 것이고, CAR은 B 세포 악성 종양의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 본 방법은 (b) 단계에서 평가하기 전에, 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계를 더 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자 세트는 표 E3에 제시된다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 세트는 표 E5에 제시된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 세트는 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 및 KIAA1551 (KIAA1551)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및 CCL21로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 PDCD1, LAG3 및 TIGIT로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 2개의 유전자, 적어도 5개의 유전자, 적어도 10개의 유전자, 적어도 20개의 유전자, 적어도 30개의 유전자, 적어도 40개의 유전자, 적어도 50개의 유전자, 적어도 60개의 유전자, 적어도 70개의 유전자, 적어도 80개의 유전자, 적어도 90개의 유전자, 적어도 100개의 유전자, 또는 적어도 150개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 2개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 5개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 10개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 20개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 30개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 40개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 50개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 60개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 70개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 80개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 90개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 100개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 적어도 150개의 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 복수의 유전자는 약 2 내지 약 150개의 유전자, 약 10 내지 약 150 개의 유전자, 약 20 내지 약 150 개의 유전자, 약 50 내지 약 150 개의 유전자, 약 100 내지 약 150 개의 유전자, 약 2 내지 100 개의 유전자, 약 10 내지 약 100 개의 유전자, 약 20 내지 약 100 개의 유전자, 약 50 내지 약 100 개의 유전자, 약 2 내지 약 50 개의 유전자, 약 10 내지 약 50 개의 유전자, 약 20 내지 약 50 개의 유전자, 약 2 내지 약 20 개의 유전자, 약 10 내지 약 20 개의 유전자, 약 2 내지 약 10 개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 약 2 내지 약 150개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 약 10 내지 약 100개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 유전자는 약 20 내지 약 50개의 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트에서 복수의 유전자는 (약) 5개의 유전자이다. 일부 구현예에서, 유전자 세트에서 복수의 유전자는 (약) 10개의 유전자이다. 일부 구현예에서, 유전자 세트에서 복수의 유전자는 (약) 20개의 유전자이다. 일부 구현예에서, 유전자 세트에서 복수의 유전자는 (약) 50개의 유전자이다. 일부 구현예에서, 유전자 세트에서 복수의 유전자는 (약) 100개의 유전자이다. 일부 구현예에서, 유전자 세트에서 복수의 유전자는 (약) 150개의 유전자이다.
일부 구현예에서, 유전자 세트 발현은 유전자 세트 농축 분석 (GSEA)을 포함하는 방법에 의해 알아내어진다.
일부 구현예에서, 대상체가 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인된 경우, 방법은 확인된 대상체에게 대체 치료법을 투여하는 단계를 더 포함하고, 여기서 상기 대체 치료법은 다음 중에서 선택된다: T 세포 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절하거나 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료법; T 세포 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학요법제.
일부 구현예에서, 대체 치료법은 T 세포 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절하거나 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료법이며, 선택적으로 상기 추가 제제는 면역 관문 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나아제 억제제, 항-TGFβ 항체 또는 항-TGFβR 항체, 사이토카인, 및/또는 EZH2 억제제이다. 일부 구현예에서, 대체 치료법은 T 세포 요법 및 EZH2 억제제를 포함하는 병용 치료법이다. 일부 구현예에서, 대체 치료법은 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인되지 않은 대상체에게 제공된 T 세포 요법의 용량과 비교하여 T 세포 요법의 증가된 용량이고, 선택적으로 상기 T 세포 요법은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 요법의 증가된 용량은 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인되지 않은 대상체에게 제공된 T 세포 요법의 용량과 비교하여 증가된 T 세포 요법의 세포 수를 포함한다.
일부 구현예에서, 대체 치료법은 화학요법제이고, 선택적으로 화학요법제는 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 플루다라빈, 벤다무스틴 및/또는 리툭시맙이다.
일부 구현예에서, 대상체가 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인되지 않은 경우, 방법은 대상체에게 T 세포 요법의 용량만을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 확인된 대상체에게 EZH2 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트 및/또는 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된 생물학적 샘플에서 평가된다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트 및/또는 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전 수득된 종양 생검 샘플에서 평가된다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트 및/또는 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현은 상기 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된 종양 생검 샘플에서 평가된다.
일부 구현예에서, 상기 생물학적 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내의 시점에 대상체로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 생물학적 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전의 시점에 대상체로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 생물학적 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체에 대한 자가 세포를 포함하는 생물학적 샘플은 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 대상체에 대한 자가 세포를 포함하는 생물학적 샘플은 림프구 고갈 요법 전에 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 성분채집술 생산물이거나 또는 그를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 백혈구 성분채집술 생산물이거나 또는 그를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 T 세포는 생물학적 샘플의 자가 세포로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 요법의 투여의 개시 전에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 후 및 EZH2 억제제 및/또는 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법을 투여받는다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 및 EZH2의 투여 개시 후에 림프규 고갈 요법이 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체가 T 세포 요법 및 EZH2 억제제를 둘 다 투여 받는 경우, EZH2 억제제의 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 내지 개시 후 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 간의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이고, 선택적으로 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다.
일부 구현예에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일 전에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날이다.
일부 구현예에서, 투여 계획에서 EZH2 억제제의 적어도 1회 투여 용량은 세포 요법과 동시에 및/또는 T 세포 요법과 동일한 날에 투여된다. 일부 구현예에서, 투여 계획에서 EZH2 억제제의 적어도 1회 투여 용량은 세포 요법과 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, 투여 계획에서 EZH2 억제제의 적어도 1회 투여 용량은 T 세포 요법과 동일한 날에 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 전에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 전 약 4주 내지 세포 요법의 투여 개시 전 약 1주에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 내지 개시 후 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 전 (약) 2일의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일 전에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획은 세포 요법과 동시에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획은 세포 요법과 같은 날에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 7일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 5일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 2일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 1일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전 및 개시할 때까지 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 종료 후에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
일부 구현예에서, T 세포 요법은 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 종양 침윤 림프구 (TIL) 요법, 내인성 T 세포 요법, 형질전환 T 세포 수용체 (TCR) 요법, T 세포-결합 요법, 선택적으로 이중특이성 T 세포-결합 요법 (BiTE), 및 재조합 수용체-발현 세포 요법, 선택적으로 키메라 항원 수용체 (CAR)-발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 암 세포 또는 B 세포 악성 종양과 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 2 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 또는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 2 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+ 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD3+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD4+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD8+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포 및/또는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함하며, 이는 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 (약) 1:1 이다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
일부 구현예에서, T 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있고, 상기 T 세포 요법의 투여는 복수의 개별 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 복수의 개별 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 농축된 제2 조성물을 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 하나의 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 다른 하나의 CD8+ CAR-발현 T 세포는 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정의된 비율로 존재하고; 및/또는 제1 및 제2 조성물 중 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재하며, 이 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 하나의 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 다른 하나의 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재한다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 (약) 1:1 이다. 일부 구현예에서, 상기 비율은 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 107 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, 또는 (약) 5 x 107 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포 (각 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 106 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 5 x 106 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 1 x 107 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 (약) 5 x 107 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 적어도 (약) 1 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 또는 적어도 (약) 5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 105개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 105개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 105개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 106개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 106개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 106개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 107개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 107개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 107개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 2.5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 적어도 (약) 5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 요법의 투여는 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, CAR은 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포내 신호 전달 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 항원은 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9; CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG; NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG; 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1; TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2; 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 영역은 또한 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 인간 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 선택된 대상체 및/또는 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 암을 갖는 것으로 확인된 대상체의 경우, 상기 방법은 EZH2 억제제의 투여 개시 전 대상체에 대해 자가인 세포를 포함하는 대상체 유래 생물학적 샘플을 수집하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분 채집술 생성물 또는 백혈구 성분 채집술 생성물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 성분채집술 생산물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 백혈구 성분채집술 생산물이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 T 세포 요법의 투여 전, 대상체에게 림프구 고갈 제제 또는 요법을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받은 경우, 상기 EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법이 종료된 후 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 T 세포 요법의 투여 개시 2 내지 7일 후에 완료된다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 요법의 투여의 개시 전에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 후에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 생물학적 샘플의 수집 후 및 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 세포 요법의 투여의 개시 전 2일 내지 7일에 종료된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전에 수득된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전 7일, 전 6일, 전 5일, 전 4일, 전 3일, 전 2일, 전 1일, 전 16시간, 전 12시간, 전 6시간, 전 2시간 또는 전 1시간 이내에 수득된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전 및 개시할 때까지 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 종료 후에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 2 내지 4일 동안, 선택적으로 3일 동안 매일, 약 200-400mg/m2, 선택적으로 (약) 300mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드의 투여, 및/또는 약 20-40mg/m2, 선택적으로 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하거나, 또는 림프구 고갈 요법은 약 500mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 300mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈을 3일 동안 매일 투여하는 것을 포함하고/거나; 림프구 고갈 요법은 (약) 500mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈을 3일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 5일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 2일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 1일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이고, 선택적으로 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여의 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 전에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 전 약 4주 내지 세포 요법의 투여 개시 전 약 1주에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 내지 개시 후 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 전 (약) 2일의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일 전에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날에 억제제의 투여의 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획은 세포 요법과 동시에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획은 세포 요법과 같은 날에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 7일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 5일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 2일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 투여 계획으로 투여되며, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 적어도 1일 전에 EZH2 억제제의 투여의 중단을 포함한다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 개시 전 및 개시할 때까지 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법의 투여의 종료 후에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
일부 구현예에서, 억제제의 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 1200 mg 내지 (약) 1600 mg (각 수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 용량은 약 200 mg이다. 일부 구현예에서, 용량은 약 400 mg이다. 일부 구현예에서, 용량은 약 800 mg이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 약 800 mg의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 약 1600 mg의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 약 2400 mg의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
일부 구현예에서, 억제제는 1일 2회 용량(매일 2회 투여)을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 800 mg 이다.
일부 구현예에서, 억제제는 1일 3회 용량(매일 3회 투여)을 포함하는 투여 계획으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg (포함)이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 200 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 400 mg 이다. 일부 구현예에서, 억제제의 매일 3회 투여의 각 용량은 (약) 800 mg 이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 6개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 5개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 4개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 3개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 2개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 세포 요법 투여 개시 후 최대 1개월 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 대상체가 완전한 반응을 나타낼 때까지 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체가 임상적 관해를 나타내는 경우 EZH2 억제제의 투여는 중단된다.
일부 구현예에서, 억제제는 야생형 EZH2 및/또는 돌연변이체 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 야생형 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 돌연변이체 EZH2를 억제하며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다. 일부 구현예에서, EZH2는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, 돌연변이는 리신 27에서 히스톤 3의 트리메틸화를 증가시킨다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 10 nM 미만, 또는 (약) 5 nM 미만인 야생형 및/또는 돌연변이체 EZH2에 대한 반수 최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50)는 EZH1에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 보다 낮고, 선택적으로 적어도 2배, 적어도 5배, 10배, 적어도 100배, 적어도 1,000배, 적어도 5,000배, 적어도 10,000배 또는 적어도 20,000배 낮다.
일부 구현예에서, 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438), CPI-1205, GSK343, GSK126 및 발레메토스타트(DS-3201b)로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438)이다. 일부 구현예에서, 억제제는 CPI-1205이다.
일부 구현예에서, 암은 고형 종양이다. 일부 구현예에서, 고형 종양은 방광암, 유방암, 흑색종 또는 전립선암이다. 일부 구현예에서, 고형 종양은 전립선암이다. 일부 구현예에서, 전립선암은 거세저항성 전립선암 (castration-resistant prostate cancer, CRPC)이다.
일부 구현예에서, 암은 혈액학적 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 급성 림프모구 백혈병 (ALL), 성인 ALL, 만성 림프모구 백혈병 (CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 비호지킨 림프종 (NHL), 거대 B세포 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 비호지킨 림프종 (NHL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 여포성 림프종 (FL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 미만성 거대 B세포 림프종 (DLBCL)이다. 일부 구현예에서, DLBCL은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형이다. 일부 구현예에서, DLBCL은 DLBCL의 활성화된 B-세포 (ABC) 아형이 아니다.
일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL-유사 유전자 발현 특징을 갖는 치료 전 종양 생검을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 요법으로 치료 후 3개월에 진행성 질병 (PD) 반응과 관련된 전처리 종양 생검 유전자 발현 특징을 갖는 대상체로서 치료로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 방법은 DLBCL을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 DLBCL-유사 유전자 발현 특징을 갖는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 세포 요법으로 치료 후 3개월에 진행성 질병 (PD) 반응과 관련된 전처리 종양 생검 유전자 발현 특징을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 선행 요법으로 치료 후 관해된 이후 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되었고, 실패했고 및/또는 불내성이었다. 일부 구현예에서, 암은 세포 요법 단독 치료에 내성이 있다.
일부 구현예에서, 암은 EZH2의 과발현 및/또는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EZH2의 발현을 나타내며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2의 과발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2를 암호화하는 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 나타낸다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안, 선택적으로 매일 2회 또는 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 6개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안, 선택적으로 매일 2회 또는 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안, 선택적으로 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안, 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안, 선택적으로 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 매일 2회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 매일 3회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 대상체가 임상적 관해를 나타낼 때까지 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 대상체가 임상적 관해를 나타내는 경우 투여 계획에서 억제제의 투여는 중단된다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 계획은 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 계획에서 억제제의 투여는 대상체가 질병 진행을 나타내는 경우 중단된다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여, 종양 미세환경 (TME)으로의 세포 요법의 CAR-발현 T 세포의 침투가 증가된다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체에서 종양 미세환경 (TME)에 침투할 수 있는 CAR-발현 T 세포의 수를 증가시킨다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E4에 제공된 유전자에 대해 증가된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E5에 제공된 유전자에 대해 증가된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2B에 제공된 유전자에 대해 증가된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2에 제공된 유전자에 대해 감소된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E3에 제공된 유전자에 대해 감소된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2A에 제공된 유전자에 대해 감소된다.
제공된 임의의 구현예의 일부에서, 하나 이상의 제1 유전자는 표 E2에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε이다. 제공된 임의의 구현예의 일부에서, 하나 이상의 제1 유전자는 표 E4에 제시된 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E4에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E5에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2B에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E3에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다. 일부 구현예에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2A에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자 세트는 표 E2에 제시된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제1 유전자 세트는 표 E2A에 제시된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 세트는 표 E4에 제시된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 제2 유전자 세트는 표 E2B에 제시된다.
일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING 및 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 하나 이상에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 반응하여 PD를 나타낼 것으로 예측되는 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING 및 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 하나 이상에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 EZH2 억제제 및 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 병용 치료를 위해 선택된 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다.
일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 각각에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 반응하여 PD를 나타낼 것으로 예측되는 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 각각에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 EZH2 억제제 및 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 병용 치료를 위해 선택된 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다.
일부 구현예에서, HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE 유전자 세트에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 반응하여 CR을 나타낼 것으로 예측되는 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE 유전자 세트에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 EZH2 억제제 및 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 병용 치료를 위해 선택된 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다.
제공된 구현예의 일부에서, 유전자 세트 발현은 유전자 세트 농축 분석 (GSEA)을 포함하는 방법에 의해 알아내어진다.
일부 구현예에서, 상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 35%, 적어도 40% 또는 적어도 50%는 완전 관해(CR)를 달성하며, 상기 관해는 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는 여기서 6개월까지 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 및/또는 9개월 이상 동안 반응을 유지하고, CR을 유지하고, 및/또는 생존하거나 진행 없이 생존하고; 및/또는 상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 50%, 적어도 60% 또는 적어도 70%는 객관적 반응(OR)을 달성하고 선택적으로 여기서 OR은 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는 여기서 6개월까지 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 동안 반응을 유지하거나 생존을 유지한다.
일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 종양 생검, 선택적으로 림프절 생검이다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전에 수득된다. 일부 구현예에서, 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에게 투여되기 전 7일, 전 6일, 전 5일, 전 4일, 전 3일, 전 2일, 전 1일, 전 16시간, 전 12시간, 전 6시간, 전 2시간 또는 전 1시간 이내에 수득된다.
일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.
도 1a는 초기 코호트의 환자들 중에서, 치료 후 3개월에 완전 반응 (CR) 또는 진행성 질병 (PD)을 나타내는 대상체의 전처리 종양 생검에서 차등 유전자 발현 프로파일을 나타낸다.
도 1b는 EZH2의 발현 수준이 치료 후 3개월에 CR을 나타낸 대상체에 대한 치료 전 생검에서보다 치료 후 3개월에 PD를 나타낸 대상체에 대한 치료 전 생검에서 더 높았다는 것을 나타낸다.
도 2a는 더 큰 코호트의 환자들 중에서, 치료 후 3개월에 완전 반응 (CR) 또는 진행성 질병 (PD)을 나타내는 대상체에서 전처리 종양 생검에서 차등 유전자 발현 프로파일을 나타낸다.
도 2b는 치료 후 1, 3, 6, 9 또는 12개월에 PD를 나타내는 대상체 및 CR을 나타내는 대상체 간의 전처리 종양 생검에서 차등적으로 발현된 유전자의 수를 나타낸다.
도 2c는 치료 후 3개월에 PD 또는 CR을 나타내는 대상체에서 CD3D 유전자 전사체의 수 또는 CAR 전사체의 수와 T 세포 점수의 상관관계를 나타낸다. 수평선은 분석된 대상체의 중앙 T 세포 점수를 나타낸다. 원과 사각형은 전처리 종양 생검을 이용할 수 있었던 대상체를 나타내고, 십자와 X는 전처리 종양 생검을 이용하지 않았던 대상체를 나타낸다.
도 2d 및 2e는 세포 주기 유전자, MTORC1 신호전달 유전자 및 MYC 표적 유전자가 처리 후 더 낮은 T-세포 침투와 관련되었음을 보여준다.
도 2f는 치료 후 3개월에 PD 또는 CR을 나타내는 대상체에서 치료 전(PRE) 및 치료 후 11일(D11) 종양 생검 샘플에서 CD3D 유전자 발현을 나타낸다(일치된 PRE와 D11 샘플 사이에 그려진 선; n=26).
도 2g는 치료 3개월 후 PD 또는 CR을 나타내는 대상체의 치료 전(PRE) 및 치료 후 11일(D11) 샘플에서 CD163 발현을 나타낸다(TPM: 백만 당 전사체).
도 3은 여포성 림프종 세포주 샘플(FL; FL_DLBCL_DN), 세포 주기 반응 유전자(HALLMARK_E2F_TARGETS 및 HALLMARK_G2M_CHECKPOINT), MTORC1 신호 전달 유전자(HALLMARK_MTORC1_SIGNALING) 및 MYC 표적 유전자(HALLMARK_MYC_TARGETS_V2)와 비교하여 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 세포주 샘플에서 더 높게 발현된 EZH2 표적 유전자(DLBCL_LINES_EZH2I_DN 및 NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN)를 포함하여 치료 후 3개월에 PD와 관련된 다양한 농축된 유전자 세트를 보여준다.
도 4는 전처리 종양 생검의 PCA(Principle Component Analysis)를 나타낸다.
마커는 치료 후 3개월에 대상체의 임상 반응을 나타낸다(완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR), 진행성 질병 (PD), 평가 불가 (NE)).
도 5a는 초기 코호트의 환자들 중에서, EZH2 표적 유전자가 FL, 세포 주기 유전자, MTORC1 신호전달 유전자 및 MYC 표적 유전자보다 DLBCL에서 더 많이 발현된 유전자가 음의 PC1 값을 산출하는 전처리 생검에서 농축된 반면, 인터페론 알파 반응 유전자(HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)는 양의 PC1 값을 산출하는 전처리 생검에서 농축되었음을 보여준다.
도 5b는 더 큰 코호트의 환자들 중에서, EZH2 표적 유전자가 FL, 세포 주기 유전자, MTORC1 신호전달 유전자 및 MYC 표적 유전자보다 DLBCL에서 더 많이 발현된 유전자가 처리 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체로부터의 치료 전 생검에서 농축되었다는 것을 보여준다.
도 5c는 3개월 CR 및 3개월 PD 결과 사이에 비교한, 전처리 샘플에 대한 Jerby-Arnon T 세포 배제 유전자 세트에 대한 ssGSEA 점수를 나타낸다.
도 5d는 계속해서 CR 또는 PD를 나타내는 대상체의 전처리 종양 생검에서 T 세포를 보여준다.
도 5e는 치료 후 11일(D11) 종양 생검에서 CAR+ T 세포였던 T 세포의 백분율을 나타낸다.
도 5f는 치료 후 1개월에 CR을 나타내는 대상체에서 전처리(PRE) 및 치료 후 11일(D11) 종양 생검(일치된 샘플 사이의 선)에서 내인성 T 세포를 나타낸다.
도 5g는 치료 후 9개월에 PD 또는 CR을 나타내는 대상체의 전처리(PRE) 종양 생검에서 총 대식세포를 나타낸다.
도 5h는 치료 후 9개월에 CR을 계속 나타냈던 대상체에서 전처리(PRE) 및 치료 후 11일(D11) 종양 생검에서 총 대식세포(왼쪽 도면) 및 CD163+PD-L1+ 대식세포(오른쪽 도면)를 보여준다.
도 5i는 치료 후 9개월에 PD를 나타낸 대상체로부터의 전처리 종양 생검이 치료 후 9개월에 CR을 나타낸 대상체로부터의 것과 비교하여 더 높은 수준의 Ki67+ 종양 세포를 나타냄을 보여준다.
도 6a는 공개 DLBCL 데이터 세트로부터의 샘플 간의 EZH2 발현 및 CD3ε 발현 사이의 상관관계를 보여준다.
도 6b는 DLBCL(n=74)을 갖는 대상체의 더 큰 코호트로부터의 종양 생검 샘플 중에서 EZH2 표적 유전자 발현 및 CD3ε 발현 사이의 상관관계를 보여준다.
도 7은 EZH2 억제로 하향조절된 유전자, FL, 세포 주기 유전자, MTORC1 신호전달 유전자 및 MYC 표적 유전자보다 DLBCL에서 더 많이 발현되는 유전자가 낮은 CD3ε 발현을 갖는 전처리 생검에서 농축된 반면, 인터페론 알파 반응 유전자 및 EZH2 억제로 상향조절된 유전자는 높은 CD3ε 발현을 갖는 전처리 생검에서 농축되었음을 보여준다.
도 8은 FL 종양 세포 샘플과 DLBCL 종양 세포 샘플 사이의 차등 유전자 발현을 보여준다.
도 9a 및 9b는 FL 및 DLBCL 종양 세포 샘플 간의 예시적인 유전자 EZH2(도 9a) 및 CD3ε(도 9b)의 차등 유전자 발현을 나타낸다.
도 10a 및 10b는 DLBCL("DLBCL-유사 유전자 세트"로 지정됨; 도 10a) 대 FL("FL-유사 유전자 세트"로 지정됨; 도 10b)에서 상승된 것으로 확인된 유전자 및 PD를 나타내는 대상체 사이의 단일-샘플 유전자 세트 농축 분석(single-sample Gene Set Enrichment Analysis, ssGSEA) 점수를 보여주며, DLBCL에서 관찰된 것과 비교하여 FL에서 관찰된 것과 더 유사한 종양 유전자 발현 프로파일을 갖는 대상체가 치료 후 3개월에 CR을 나타낼 가능성이 더 높다는 것을 예시한다.
도 10c는 더 큰 코호트의 대상체 중에서 치료 후 3개월에 CR을 계속 나타낸 대상체가 DLBCL에서 보여진 것과 비교하여 FL에서 보여진 것과 더 유사한 전처리 종양 유전자 발현 프로파일을 가졌음을 보여준다.
도 10d는 가장 높은 FL-유사 유전자 발현을 갖는 15명의 대상체와 다른 59명의 대상체 사이를 비교한, 74명의 DLBCL 대상체 간의 무진행생존율(progression free survival, PFS) 곡선을 나타낸다.
도 11은 4개의 DLBCL 세포주에 대한 총 단백질에 대한 EZH2 억제제, EPZ-6438의 효과를 나타낸다. 총 단백질은 총 세포 수에 대한 대용물(proxy)로 분석되었다.
도 12는 DMSO-처리된 ("D") 대조군과 비교하여, 야생형 또는 돌연변이체 EZH2를 보유하는 DLBCL 세포주의 배 중심 B-세포 (GCB) 및 활성화된 B-세포 (ABC) 아형의 세포 생존력에 대한 EZH2 억제제 EPZ-6438 ("E") 및 CPI-1205 ("C")의 효과를 보여준다.
도 13은 DMSO-처리된 대조군과 비교하여, 4개의 DLBCL 세포주에서 히스톤 3 라이신 27(H3K27Me3)의 트리메틸화 수준에 대한 EZH2 억제제, EPZ-6438의 효과를 보여준다.
도 14a 및 도 14b는 DMSO-처리된 대조군 ("D")과 비교하여, 6개의 DLBCL 세포주에서 히스톤 3 라이신 27(H3K27Me3)의 트리메틸화 수준에 대한 EZH2 억제제 EPZ-6438 ("E") 및 CPI-1205 ("C") 의 효과를 보여준다.
도 15a-15e 및 도 15f-15k는 DLBCL 세포주에서, T 세포 침투와 관련된 예시적인 유전자 및 T 세포 배제와 관련된 예시적인 유전자 각각에 대한 EZH2 억제제 EPZ-6438 및 CPI-1205의 효과를 보여준다.
본원에서 암을 치료하기 위한 면역요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제와 같은 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제의 투여를 포함하는 암을 갖는 대상체를 치료하기 위한 병용 요법이 제공된다. 일부 구현예에서, 면역요법 또는 세포 요법은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 임의의 이러한 요법을 포함한다. 특정 구현예에서, 요법은 내인적으로 관여하거나 입양 T 세포 요법으로 투여되는 T 세포이거나 이를 포함한다. 제공된 구현예 중에는 T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포)과 같은 T 세포 기능 또는 활성을 수반하는 면역요법의 투여, 및 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이 있다. 특정 구현예에서, 제공된 병용 요법 및 방법은 대상체의 종양 미세환경에서 세포 요법의 세포의 수를 증가시키는 억제제의 활성에 의해 요법에 대한 반응을 개선하고, 이에 따라 종양-표적화된 세포용해 이펙터-매개 사멸을 증가 및/또는 종양 부담을 감소시킨다.
또한, 본원에서 세포 요법을 포함하는 조성물 및/또는 EZH2 억제제를 포함하는 조성물을 함유하는 조합물 및 키트와 같은 제조품, 및 B 세포 악성 종양과 같은 암을 치료 또는 예방하기 위한 상기 조성물 및 조합물의 용도가 제공된다.
T 세포 기반 요법과 같은 세포 요법, 예를 들어 입양 T 세포 요법(다른 입양 면역 세포 요법 및 입양 T 세포 요법뿐만 아니라 키메라 항원 수용체(CAR) 및/또는 다른 재조합 항원 수용체와 같은 목적 암에 특이적인 키메라 수용체를 발현하는 세포의 투여를 수반하는 것을 포함)은 B 세포 악성 종양과 같은 질병 및 장애의 치료에 효과적일 수 있다. T 세포의 표면 상에서 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 재조합 수용체의 조작된 발현은 T 세포 특이성의 방향 전환을 가능하게 한다. 임상 연구에서, CAR-T 세포, 예를 들어 항-CD19 CAR-T 세포는 백혈병과 림프종 환자 모두에서 지속적인, 완전 관해(complete response)를 생성했다(Porter et al. (2015) Sci Transl Med., 7:303ra139; Kochenderfer (2015) J. Clin. Oncol., 33: 540-9; Lee et al. (2015) Lancet, 385:517-28; Maude et al. (2014) N Engl J Med, 371:1507-17).
특정 맥락에서, 입양 세포 요법에 대한 이용 가능한 접근법이 항상 완전히 만족스럽지 않을 수 있다. 일부 맥락에서, 최적의 효능은 투여된 세포가 종양으로 이동하거나 종양에 침투, 표적(예: 표적 항원)을 인식 및 결합, 및 암세포의 세포독성 사멸 및 사이토카인과 같은 다양한 인자의 분비를 포함한 다양한 효과기 기능을 발휘하는 능력에 따라 달라질 수 있다. 그러나, 일부 경우에 특정 암세포가 면역 요법 및 세포 요법과 같은 특정 요법에 내성을 나타낸다. 특히, 본원의 결과는 특정 암이 CAR T 세포-매개 사멸에 내성이 있는 반면 다른 암은 더 민감하다는 것을 입증한다.
일부 관점에서, 제공된 방법, 조합 및 용도는 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제와 조합하지 않고 면역 요법 또는 세포 요법의 투여만을 포함하는 대안 방법과 같은 대안 방법과 비교하여 개선되거나 보다 지속적인 반응 또는 효능을 제공하거나 달성한다. 일부 구현예에서, 방법은 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 전 또는 투여와 동시에 EZH2의 억제제를 투여하여 종양을 민감화시키고/시키거나 종양을 세포 요법에 의한 치료에 대해 덜 내성 또는 보다 감수성으로 만든다는 점에서 유리하다.
일부 구현예에서, 방법은 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 전에 EZH2의 억제제를 투여하는 것을 포함하며, 이는 종양을 민감화시키고/시키거나 종양을 세포 요법(예: CAR T 세포)에 대한 치료(예: 후속 치료)에 덜 내성 또는 더 잘 받아들일 수 있게 만든다. 본원에 기술된 결과는 종양(예: DLBCL 종양)을 세포 요법에 대한 후속 치료에 민감화시키고/시키거나 덜 내성으로 만드는 것이 T 세포 침투에 더 관대하게 만드는 것과 같이 종양 미세환경 전처리를 변형함으로써 달성될 수 있음을 나타낸다. 특히, EZH2 억제가 종양 미세환경 (TME)의 전처리 유전자 발현 특징을 변형하여 CAR-T 세포 단독 요법으로 치료 후 3개월에 완전 반응 (CR)을 나타내는 대상체의 것과 더 유사할 수 있음을 발견하였다. 또한, 본원에서 나타낸 바와 같이, 전처리 종양 생검 유전자 특징은 더 이른 시점 또는 이후 시점에서의 반응보다 3개월째 반응(예: PD vs. CR)과 더 관련이 있는 것으로 밝혀졌다. 또한, 보고서는 CAR T 세포 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 개체는 치료 후 6개월에도 관해를 유지할 가능성이 있음을 나타낸다(Hopfinger and Worel, Magazine Europ. Med. Oncol. (2020) 13:32-35; Hopfinger et al., Hemasphere (2019) 3(2):pe185; Boyiadzis et al., J. Immunother. Canc. (2018) 6:137). 따라서, 제공된 구현예는 특히 그렇지 않으면 T 세포 침투에 더 내성이 있는 TME를 가질 수 있는 대상체에서, 세포 요법(예: CAR T 세포)을 사용하는 치료 후 개선되고 지속적인 결과를 위해 3개월째 CR 반응과 관련된 것과 더 유사하도록 TME의 전처리 유전자 특징을 변형시키는 것에 관한 것이다.
특히, 비염증성 및 염증성(상승된 T 세포 침투 포함)으로 나눌 수 있는 B 세포 림프종의 종양 미세환경 (TME)은 다양한 림프종 적응증에 따라 매우 다양하다. 이러한 다양성은 신규한 면역항암제 및 표적 억제제에 대한 예후 및 결과에 영향을 미친다(Cherkassky, Morello et al. 2016, Fowler, Cheah et al. 2016, de Charette and Houot 2018, Rafiq, Yeku et al. 2018, Mulder, Wahlin et al. 2019, Kline, Godfrey et al. 2020). 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL)의 병인은 T 및 NK 세포에 의한 면역 인식 회피 및 PD-L1 경로와 같은 면역억제 기전의 발달로 인해 발생할 수 있다. TME 및 종양 관련 대식세포 (TAMs)의 기질 유전자 특징은 또한 DLBCL의 독성 발현(adverse outcomes)과 관련이 있다(Lenz, Wright et al. 2008). 여포성 림프종 (FL)은 조절 T 세포(Tregs) 및 TAM을 포함하는 종양 침윤 림프구를 특징으로 하며, 종양 세포는 생존 및 증식을 위해 TME에 크게 의존한다(Fowler, Cheah et al. 2016). 따라서, 일부 관점에서, 종양은 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL)과 같은 비호지킨 림프종(NHL)이다. 일부 관점에서, 본원에 제공된 방법은 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL)과 같은 비호지킨 림프종 (NHL)을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다.
림프종에서 체크포인트 차단에 대한 반응과 관련하여 TME의 역할이 연구되었다(Gravelle, Burroni et al. 2017, Wang, Wu et al. 2018, Kline, Godfrey et al. 2020). 그러나, 결과에서 TME가 CAR T 요법(예: CD19-지향 CAR T 요법)에 미치는 영향은 덜 알려져 있다. 시험관 내 및 생체 내 전임상 증거는 면역억제성 대식세포가 CAR T 세포 기능을 억제할 수 있음을 나타내고(Ruella, Klichinsky et al. 2017), 임상 연구의 번역 데이터는 치료 전 활성화된 TME 및 상승된 CD3+ T 세포는 B 세포 비호지킨 림프종 (B-NHL)에서 CAR T 세포 요법에 대한 반응과 상관관계가 있음이 입증하였다(Galon, Rossi et al. 2017, Rossi, Galon et al. 2019, Yan, Li et al. 2019). 그러나, CAR-T 세포 요법에 대한 반응과 연관되거나 상관관계가 있는 TME 인자 또는 유전자의 정확한 특징 기술은 알려져 있지 않다.
본원에 입증된 바와 같이, 치료 전 및 주입 후 종양 미세환경 (TME)이 CAR T 세포 단독요법에 대한 반응 및 내성에서 수행하는 역할을 조사하기 위해, CAR T 세포 치료된 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL) 대상체의 대규모 코호트에서 장기 추적 관찰을 통해 종양 생검을 분석했다. 본원에 기재된 바와 같이, 전처리 TME가 CAR T 세포 요법에 대한 반응에 영향을 미치는 것으로 관찰되었다. 특히, CAR T 세포로 치료 후 3개월째 PD vs. CR을 계속해서 나타내는 대상체의 전처리 TME 내의 별개의 유전자 발현 특징 (gene expression signatures)이 본원에서 확인된다. 따라서, 3개월째 PD 또는 CR과 관련된 전처리 종양 생검 유전자 특징은 장기 반응(예: 3개월 후 PD 또는 CR)을 예측하고 구별할 수 있다. 예를 들어, 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체의 유전자 발현 특징은 주입 후 종양으로의 T 세포 침투를 방지하는 유전자와 연관된다. 이와 관련하여, 전처리 종양 생검에서 EZH2 표적 점수는 치료 후 종양 생검에서 CD3 발현과 역 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다. 이와 대조적으로, 증가된 면역 및 기질 유전자 특징은 치료 후 3개월에 CAR T 세포 요법에 대한 완전 반응 (CR)과 관련이 있는 반면, EZH2 표적, MYC, E2F, MTORC1 또는 기타 증식 및 세포 주기 경로와 같은 전사 조절자는 치료 후 3개월에 진행성 질병 (PD)과 관련이 있다는 것이 발견되었다. 따라서, 일부 관점에서, 본원의 데이터는 CAR T 세포로 치료하기 전에 EZH2 억제제를 투여하는 것은 전처리 TME를 치료 후 3개월째 PD 유전자 특징에서 치료 후 3개월째 CR 유전자 특징으로 전환시킬 수 있고, 이에 따라 후속 CAR T 세포 치료에 장기간 반응을 개선할 수 있음을 나타낸다.
일부 구현예에서, CAR T 세포 요법을 받은 후 (약) 3개월과 같이 CAR-T 세포 요법에 대한 PD 반응의 발달과 상관관계가 있는 것으로 밝혀진 전처리 종양 생검 유전자 발현 특징을 갖는 대상체는 CAR T 세포 요법과 조합된 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 대상체가 3개월째 PD 반응과 관련된 전처리 종양 생검(즉, TME) 유전자 특징을 갖는 경우, EZH2 억제제와의 병용 치료를 위해 CAR-T 세포 요법을 받을 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제와의 병용은 CAR-T 세포 요법의 투여를 받기 전에 EZH2 억제제의 전처리 투여를 포함한다.
또한, CAR T 세포 치료 후 약 3개월에 PD를 나타낸 대상체의 TME 유전자 발현 특징은 여포성 림프종 (FL)보다 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL)에서 더 많이 발현되는 유전자에 대해 농축되었음이 본원에서 관찰되었다. 반대로, CAR T 세포 치료 후 약 3개월에 PD를 나타낸 대상체의 TME 유전자 발현 특징은 DLBCL보다 FL에서 더 많이 발현되는 유전자에 대해 농축되었음이 관찰되었다. 특히, 특히, FL보다 DLBCL에서 더 많이 발현된 유전자(본원에서 확인 및 설명된 "DLBCL-유사" 특징)는 CAR T 세포 투여 후 약 3개월째와 같이, CAR T 세포 치료에 대한 PD 반응의 발달과 관련이 있는 것으로 밝혀진 반면, DLBCL보다 FL에서 더 많이 발현된 유전자(본원에서 확인 및 설명된 "FL-유사" 특징)는 CAR T 세포 치료 후 약 3개월째와 같이, CAR T 세포에 대한 CR 반응의 발달과 관련이 있는 것으로 밝혀졌다. 따라서, 일부 관점에서, CAR T 세포 치료 전 EZH2 억제제와의 병용은 DLBCL-유사 특징이 있는 TME를 FL-유사 특징으로 전환함으로써, 후속 CAR T 세포 치료에 대한 장기간 반응을 개선할 수 있다.
일부 구현예에서, 전처리 종양 생검 DLBCL-유사 유전자 특징을 갖는 대상체가 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 DLBCL-유사 유전자 특징을 갖는 전처리 종양 생검(즉, TME)을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제와의 병용은 CAR-T 세포 요법의 투여를 받기 전에 EZH2 억제제의 전처리 투여를 포함한다.
제공된 방법은 T 세포-매개 사멸에 내성인 특정 암은 EZH2 억제제에 의해 종양 미세환경에서 하향조절되는 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 유전자 및 기타 유전자(이하 "내성 유전자"라고 함)의 발현 증가를 나타낸다는 관찰을 기반으로 한다. 또한, 특정 내성 유전자가 CD3 발현에 의해 결정된 바와 같이, 종양 미세환경으로의 T 세포 침투 및/또는 종양 미세환경에서의 존재와 안티-상관관계에 있음으로써, T 세포를 배제하거나 T 세포의 종양 미세환경으로의 침투를 감소시키는 이들 유전자의 역할을 나타내는 것이 본원에서 밝혀졌다. 증가된 EZH2 발현 및 "내성" 유전자 발현은 CD19-표적 CAR T 세포의 투여 및 종양 미세환경에서 CAR T 세포의 침투 감소 3개월 후 재발성 또는 불응성 (R/R) 공격성 비호지킨 림프종 (NHL)이 있는 인간 대상체에서 더 나쁜 반응(진행성 질병; PD)과 관련이 있다는 것이 본원에서 밝혀졌다.
특히, 본원의 관찰은 비정상적인(예: 증가됨) EZH2 경로 발현이 종양으로의 감소된 기준선 T 세포 침투, 더 높은 종양 증식, 및 DLBCL에서 CD19-표적 CAR T 세포 단독요법에 대한 나쁜 결과와 연관됨을 나타낸다. 일부 관점에서, EZH2 및/또는 내성 유전자는 CAR T 세포 요법으로 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료에 대한 반응으로 PD를 계속 나타내는 대상체의 전처리 DLBCL 종양 생검 샘플에서 증가됨이 관찰되었다. 이와 유사하게, T 세포 유전자(CD3 포함)의 발현은 CAR T 세포 요법으로 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료에 대한 반응으로 PD를 계속 나타내는 대상체의 전처리 DLBCL 종양 생검 샘플에서 감소함이 관찰되었다. 일부 구현예에서, CD3과 같은 하나 이상의 T 세포 유전자의 발현이 감소된 전처리 종양 생검을 갖는 대상체가 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 CD3과 같은 하나 이상의 T 세포 마커의 발현이 감소된 전처리 종양 생검(즉, TME)을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제와의 병용은 CAR-T 세포 요법의 투여를 받기 전에 EZH2 억제제의 전처리 투여를 포함한다.
반대로, 제공된 방법은 추가로 T 세포-매개 사멸에 민감한 특정 암이 EZH2의 발현 감소 및 EZH2 억제제에 의해 종양 미세환경에서 상향조절되는 다른 유전자(이하 "민감한 유전자"라고 함)의 발현 증가를 나타낸다는 관찰에 기초한다. 또한, 특정 민감성 유전자가 CD3 발현에 의해 결정된 바와 같이, 종양 미세환경으로의 T 세포 침투 및/또는 종양 미세환경에서의 존재와 상관관계에 있음으로써, T 세포가 종양 미세 환경으로 침투하거나 침투를 증가시키는 이들 유전자의 역할을 나타내는 것이 본원에서 밝혀졌다. 감소된 EZH2 발현 및 "민감성" 유전자의 증가된 발현은 CD19-표적 CAR T 세포의 투여 및 종양 미세환경에서 CAR T 세포의 침투 감소 3개월 후 재발성 또는 불응성 (R/R) 공격성 비호지킨 림프종 (NHL)이 있는 인간 대상체에서 더 좋은 반응(완전 반응; CR)과 관련이 있다는 것이 본원에서 밝혀졌다. 특히, 본원에 기술된 관찰은 감소된 EZH2 경로 발현이 종양으로의 증가된 기준선 T 세포 침투, 더 높은 종양 증식, 및 DLBCL에서 CD19-표적 CAR T 세포 단독요법에 대한 좋은 결과와 연관됨을 나타낸다. 일부 관점에서, EZH2 및/또는 내성 유전자는 CAR T 세포 요법으로 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 요법에 대한 반응으로 CR을 계속 나타내는 대상체의 DLBCL 전처리 종양 생검 샘플에서 감소됨이 관찰되었다. 이와 유사하게, T 세포 유전자(CD3 포함)의 발현은 CAR T 세포 요법으로 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료 후 CR을 계속 나타내는 대상체의 전처리 DLBCL 종양 생검 샘플에서 증가함이 관찰되었다.
이러한 결과는 특히 EZH2 및/또는 "내성" 유전자의 발현이 증가된 개체에서 EZH2 억제제의 투여가 종양으로의 T 세포 침투 증가로 인해 T 세포 관여자 또는 T 세포 요법과 같은 특정 효과기-매개 면역 요법에 대한 반응을 개선할 수 있음을 시사한다. 일부 관점에서, T 세포 요법으로 치료 전 EZH2 억제제의 투여는 종양 미세환경을 변형시켜 T 세포 침투가 더 허용되도록 함으로써, T 세포 요법 투여(예: 후속 T 세포 요법 투여)에 대한 반응을 개선할 수 있다. 일부 관점에서, 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)으로 치료 전 EZH2 억제제를 투여는 종양의 유전자 발현 프로파일을 변형시켜, 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료에 대한 반응으로 CR을 계속 나타내는 대상체의 것과 유사하게 된다. 따라서, 일부 구현예에서, 세포 치료(예: CAR T 세포)로 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료에 반응하여 PD를 나타내거나 나타낼 가능성이 더 높은 대상체의 유전자 발현 프로파일과 유사한 것으로 관찰된 유전자 발현 프로파일을 갖는 치료 전 종양이 있는 대상체는 치료 전 EZH2 억제제를 투여받는다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 세포 요법 치료 전 EZH2 억제제의 투여를 위한 세포 치료(예: CAR T 세포)로 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료에 반응하여 PD를 계속 나타내는 대상체의 유전자 발현 프로파일을 갖는 치료 전 종양이 있는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다 일부 관점에서, EZH2 억제제의 전처리 투여는 종양 미세환경 유전자 발현 프로파일을 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포 치료에 대한 반응으로 PD를 계속 나타내는 대상체의 것으로부터 치료 후 약 3개월째와 같이 CAR T 세포에 대한 반응으로 CR을 계속 나타내는 대상체의 것으로 전환시킨다.
일부 구현예에서, 높은 EZH2 및/또는 EZH2 표적 유전자 발현이 있는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체가 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 EZH2 및/또는 EZH2 표적 유전자의 높은 발현이 있는 전처리 종양 생검(즉, TME)을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 낮은 T 세포 마커(예: CD3 포함) 유전자 발현이 있는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체가 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해, T 세포 마커 유전자(예: CD3 포함)의 낮은 발현이 있는 전처리 종양 생검(즉, TME)을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 낮은 T 세포 마커(예: CD3 포함) 유전자 발현 및 더 높은 EZH2 및/또는 EZH2 표적 유전자 발현이 있는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체가 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 임의의 방법은 EZH2 억제제의 전처리 투여를 위해, T 세포 마커 유전자(예: CD3 포함)의 낮은 발현 및 EZH2 및/또는 EZH2 표적 유전자의 높은 발현이 있는 전처리 종양 생검(즉, TME)을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제와의 병용은 CAR-T 세포 요법의 투여를 받기 전에 EZH2 억제제의 전처리 투여를 포함한다.
다른 유전자는 CAR T 세포를 사용하는 치료 후 3개월에 CR과 연관있는 것으로 본원에서 밝혀졌다. 예시적인 유전자는 제공된 방법의 구현예와 관련하여 본원에 기재되어 있다. 제공된 방법은 T-세포 요법에 대한 반응을 예측하기 위해, 하나 이상의 이러한 유전자, 또는 복수의 이러한 유전자를 함유하는 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계와 관련된 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 T 세포 요법(예: CAR-T 세포) 또는 필요한 경우, 기재된 EZH2 억제제와 조합된 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)으로 치료를 위한 대상체를 선택하기 위해, 이러한 유전자 또는 복수의 이러한 유전자를 함유하는 유전자 세트 중 하나 이상의 발현을 평가하는 단계와 관련된 방법을 포함하였다. 따라서, 제공된 방법은 T-세포 요법에 대한 반응을 예측하기 위해, 하나 이상의 이러한 유전자, 또는 복수의 이러한 유전자를 함유하는 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계에 기초한 치료 방법과 관련된 방법의 구현예도 본원에서 제공된다.
특히, 전처리 종양 생검에서 PDCD1, LAG3 및 TIGIT와 같은 T 세포 활성화 마커의 증가된 발현은 CAR T 세포 치료 후 (약) 3개월째 CR과 같은 CAR T 세포 치료에 대한 반응으로 CR과 연관되는 것으로 밝혀졌다. 따라서, 일부 관점에서, 대상체의 종양 생검이 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT의 감소된 발현을 나타내는 경우, 대상체는 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, PDCD1의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, LAG3의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, TIGIT의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제와의 병용은 CAR-T 세포 요법의 투여를 받기 전에 EZH2 억제제의 전처리 투여를 포함한다.
추가의 유전자는 CAR T 세포로 치료 후 (약) 3개월째와 같이, CAR T 세포 치료에 반응하여 CR과 연관되는 것으로 본원에서 밝혀졌다. 특히, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21의 증가된 치료 전 발현은 CAR T 세포 치료 후 (약) 3개월째 CR과 같은 CAR T 세포 치료에 대한 반응으로 CR과 연관되는 것으로 밝혀졌다. 따라서, 일부 관점에서, 대상체의 전처리 종양 생검이 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21의 감소된 발현을 나타내는 경우, 대상체는 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21 의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, KLRB1의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, CD40LG의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, ICOS의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, CD28의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 임의의 제공된 방법에 대해, 상기 방법은 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 위해, CCL21의 감소된 발현을 나타내는 전처리 종양 생검을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제와의 병용은 CAR-T 세포 요법의 투여를 받기 전에 EZH2 억제제의 전처리 투여를 포함한다.
EZH2는 히스톤 라이신 메틸트랜스퍼라제(histone lysine methyltransferase) 효소이고 폴리콤 억제 복합체 2 (PRC2)의 촉매 성분이며, 이는 또한 배아 외배엽 발생 (EED) 및 제스트 12의 억제인자 (SUZ12)를 포함한다. EZH2는 라이신 27에서 히스톤 3 (H3K27)의 메틸화를 촉매한다. 일부 경우에, H3K27의 트리메틸화 (H3K27me3)는 종양 억제 유전자와 같은 억제된 전사와 관련이 있다(예: Bradley et al. (2014) Chemistry and Biology, 21:1463-75 참조). 일부 경우에, EZH2는 일부 암에서 과발현 및/또는 돌연변이되어 라이신 27에서 히스톤 3의 과메틸화를 촉진할 수 있다. 일부 경우에, EZH2는 암에서 과발현된다. 일부 경우에, EZH2는 암에서 돌연변이된다(예: Bodor et al. (2013) Blood, 122:3165-68 참조). 일부 구현예에서, EZH2는 하나 이상의 다음 돌연변이를 포함한다: Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M. 일부 경우에, EZH2 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다. 일부 구현예에서, tEZH2는 하나 이상의 다음의 기능 획득 돌연변이를 포함한다: Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V 및 A692V. 일부 경우에, EZH2의 과발현 및/또는 돌연변이는 세포 사멸에 대한 암 세포의 내성 증가를 뒷받침할 수 있다. 일부 관점에서, EZH2의 과발현 및/또는 돌연변이는 암 세포에서 종양 억제 유전자의 억제를 초래할 수 있다. 일부 경우에, 세포 사멸에 대한 암 세포의 내성은 히스톤 3이 라이신 27에서 트리메틸화될 때 발생할 수 있다. 특정 관점에서, EZH2의 과발현 및/또는 돌연변이는 종양 억제 유전자를 억제함으로써 암 세포 생존을 지원하고 증가시킬 수 있다.
다양한 EZH2 억제제가 알려져 있다. EZH2 억제제는 예를 들어, 종양 억제 유전자를 억제하는 EZH2의 역할로 인해 암 세포 생존을 개선하기 위한 단일 요법으로 임상 시험에서 사용되고 있다. CPI-1205는 S-아데노실-1-메티오닌 (SAM)-경쟁적 EZH2 억제제이다. CPI-1205는 B 세포 림프종, 진행성 고형 종양 및 전이성 거세저항성 전립선암(각각 NCT02395601, NCT03525795 및 NCT03480646)에 대해 임상 시험 중이다. 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 여포성 림프종 (FL) 및 변연부 림프종을 포함한 B 세포 림프종이 있는 대상체에 대한 임상 시험에서, CPI-1205는 28일 주기 동안 800mg BID로 투여되었다(Harb et al. (2018) Annals of Oncology, 29:iii7-9). 타제메토스타트 (EPZ-6438)는 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 소분자 억제제이다. 타제메토스타트는 재발성 또는 불응성 (R/R) B-세포 비호지킨 림프종 환자에 대한 2상 시험을 포함하여 임상 시험 중이다. 재발성 또는 불응성 (R/R) B-세포 비호지킨 림프종 또는 진행성 고형 종양이 있는 대상체에서의 Ib/II상 용량 증량 연구에서 권장되는 II상 용량을 28일 주기 동안 매일 2회 (BID) 또는 매일 3회 (TID)씩 800 milligrams (mg)으로 설정하였다(Italiano et al. (2018) Lancet Oncology, 19:649-59). 발레메토스타트 (DS-3201b)는 EZH1 및 EZH2의 억제제이다. 발레메토스타트는 소세포 폐암, 백혈병 및 림프종(각각 NCT03879798, NCT03110354 및 NCTNCT02732275)에 대해 임상 시험 중이다. R/R 비호지킨 림프종이 있는 대상체의 용량 증량 연구는 질병 진행까지 연속 28일 주기에 걸쳐 매일 1회 150mg, 200mg 또는 300mg을 대상체에게 투여하였다. GSK126 (GSK2816126)는 EZH2의 억제제이다. I상 용량 증량 연구에서는 R/R DLBCL, tFL, 기타 NHL, 다발성 골수종 및 고형 종양이 있는 대상체에서 GSK126을 평가했다. 대상체는 50 mg, 100 mg, 200 mg, 400 mg, 800 mg, 1200 mg, 1800 mg, 2400 mg 또는 3000 mg을 3주 투여 및 1주 휴식하며, 매주 2회 28일 주기동안 정맥내(IV) 투여받았다. 예시적인 EZH2 억제제는 BIX-01294, chaetocin, CPI-169, CPI-905, CPI-360, CPI-209, CPI-1205, EPZ-6438 (tazemetostat), EPZ005687, EPZ011989, 3-deazenplanocin A (DZNep), EI1, GSK503, GSK126, GSK926, GSK343, JQEZ5, MC3629, OR-S0, OR-S1, PF-06821497, PF-06726304 acetate, SAH-EZH2, SHR2554, sinefungin, UNC1999, UNC2399 및 ZLD1039을 포함하지만, 이에 제한되는지는 않는다.
제공된 구현예는 T 세포의 종양 내로의 침투를 증가시키기 위해, EZH2 억제제와 T 세포 요법(예: CAR-T 세포 또는 T-세포 결합 요법)의 병용 요법을 포함한다. 일부 관점에서, 제공된 병용 요법은 EZH2 발현이 T 세포 침투에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 발견을 기반으로 한다. 제공된 구현예 중에서, 방법은 암 세포의 사멸을 표적으로 하거나 지시하는 면역 요법 또는 세포 요법(예: T 세포 결합 요법 또는 CAR T 세포 요법과 같은 세포 요법)및 EZH2 억제제의 병용 요법을 포함한다. 일부 관점에서, 억제제는 제스트 동족체 1의 인핸서 (EZH1), 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2), 또는 이들의 조합의 활성을 억제한다. 일부 관점에서, 암은 EZH2가 과발현되는 암이다. 일부 관점에서, 암은 EZH2가 돌연변이된 암이다. 일부 관점에서, 억제제는 EZH1의 활성을 억제하거나 감소시키지 않는다. 일부 관점에서, 억제제는 EZH1보다 EZH2에 대해 더 선택적이다. 일부 관점에서, 억제제는 EZH2의 S-아데노실-1-메티오닌 (SAM)-경쟁적 억제제이다(예: Tsang-Pai (2014) Anticancer Drugs, 26:139-47 참조). 일부 관점에서, EZH2 억제제는 S-아데노실-1-호모시테인 (SAH) 가수분해효소 억제제이다(예: Tsang-Pai (2014) Anticancer Drugs, 26:139-47 참조).
일부 관점에서, EZH2의 과발현은 방광암, 유방암, 흑색종 및 전립선암을 포함한 많은 암과 관련이 있다(예: Bradley et al. (2014) Chemistry and Biology, 21:1463-75 참조). 일부 경우에, EZH2의 과발현은 고형 종양의 기본 메커니즘이며, 이에 의해 과발현은 암 세포의 생존을 촉진한다. 일부 관점에서, EZH2의 돌연변이는 배 중심 B 세포-유사 미만성 거대 B 세포 림프종 (GCB-DLBCL), 여포성 림프종(FL) 및 흑색종을 포함한 여러 암과 관련이 있다(예: Bradley et al. (2014) Chemistry and Biology, 21:1463-75 참조). 일부 경우에, EZH2의 돌연변이는 림프종 및 고형 종양의 기본 메커니즘이며, 이에 따라 돌연변이는 EZH2의 기질 특이성을 변경하여 디메틸화된 H3K27의 트리메틸화된 H3K27로의 전환 및 암세포의 생존을 촉진한다(예: Bradley et al. (2014) Chemistry and Biology, 21:1463-75 참조). 일부 경우에, EZH2 억제제를 사용하는 기존 방법은 다양한 암을 치료하기 위한 치료제로서 억제제의 사용을 포함한다. 예를 들어, 타제메토스타트는 28일 주기로 매일 2회 100~1600 mg의 용량으로 인간 대상체에서 R/R B-세포 림프종과 같은 특정 암의 치료에 대해 연구되었다(예: Italiano et al. (2018) Lancet Oncology, 19:649-59 참조). 타제메토스타트의 최대 허용 용량 (MTD)은 매일 2회 800 mg으로 설정되었다. 추가 실시예로서, CPI-1205는 28일 주기로 매일 2회 또는 3회 200~1600 mg의 용량으로 인간 대상체에서 B-세포 림프종과 같은 특정 암의 치료에 대해 연구되었다(예: Harb et al. (2018) Annals of Oncology, 29:iii7-9 참조). 추가 실시예로서, 발레메토스타트 (DS-3201b)는 질병 진행까지 지속적으로 28일 주기 동안 매일 150 mg에서 매일 300mg의 용량으로 인간 대상체에서 R/R 비호지킨 림프종과 같은 특정 암의 치료에 대해 연구되었다(Maruyama et al. (2017) Blood, 130:4070). 다른 실시예로서, GSK126은 3주 투여 및 1주 휴식하며, 28일 주기 동안 매주 2회 50mg 내지 3000mg의 정맥내 투여량으로 R/R DLBCL, tFL, 기타 NHL, 다발성 골수종 (MM) 및 고형 종양과 같은 특정 암의 치료를 위해 연구되어 왔다(Yap et al. (2016) Blood 128:4203; NCT 02082977). 연구의 확장을 위해 28일 주기(3주 투여, 1주 휴식) 동안 매주 2회 3000mg의 정맥내 투여량이 선택되었다.
본원에서의 관찰은 CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법을 포함한 세포 요법 및 EZH2 억제제의 조합이 유리할 수 있음을 나타낸다. 본원의 결과는 EZH2 유전자 및/또는 "내성" 유전자의 더 높은 수준의 발현이 CAR T 세포 요법의 투여 후 3개월에 더 나쁜 반응과 연관됨을 보여준다(즉, 대상체가 진행성 질병; PD을 나타낼 가능성이 더 높음). 특히, 전처리 DLBCL 종양 생검 샘플에서 EZH2 유전자 및/또는 "내성" 유전자의 더 높은 수준의 발현이 CAR T 세포 요법의 투여 후 (약) 3개월과 같이, 세포 요법에 대한 더 나쁜 반응과 연관된다(즉, 대상체가 진행성 질병; PD을 나타낼 가능성이 더 높음). 또한, DLBCL 종양 생검 샘플에서 DLBCL-유사 유전자 특징은 CAR T 세포 요법의 투여 후 (약) 3개월과 같이, 세포 요법에 대한 더 나쁜 반응과 연관된다(즉, 대상체가 진행성 질병; PD을 나타낼 가능성이 더 높음). 일부 관점에서, 제공된 방법 및 용도는 특정 대안적 방법과 비교하여 개선되거나 더 지속되는 반응 또는 효능을 제공하거나 달성한다. 일부 관점에서, 제공된 방법은 T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포)의 투여와 관련된 것과 같이 종양 미세환경에서 T 세포의 침투, 지속성 및/또는 세포 독성을 향상 또는 조절한다. 일부 관점에서, 이는 세포 요법(예: CAR T 세포)으로 치료 전 대상체에게 EZH2 억제제를 투여함으로써 달성된다.
일부 구현예에서, 본원에서의 관찰은 EZH2 억제제가 암 세포에 대한 T 세포 및/또는 CAR T 세포 침투, 지속성 및/또는 세포 독성을 개선할 수 있음을 나타낸다. 제공된 발견은 입양 T 세포 요법의 투여를 포함하는 것과 같이 T 세포를 포함하는 방법에서 억제제의 병용 요법이 T 세포 요법의 개선된 기능을 달성한다는 것을 나타낸다. 일부 구현예에서, 세포 요법(예: 조작된 T 세포의 투여)과 EZH2 억제제의 병용은 T 세포 요법의 하나 이상의 기능 및/또는 효과, 예를 들어, 세포 독성 및/또는 치료 성과, 예를 들어, 종양 부담 또는 다른 질병이나 표적 세포를 사멸시키거나 줄이는 능력을 향상하거나 증진한다.
일부 관점에서, 이러한 효과는 각각 단독으로 투여되는 경우, T 세포 요법(예: CAR T 세포)과 같은 세포 요법 또는 억제제의 용량에 대해 종양 또는 질병 또는 표적 세포 자체가 둔감하고, 내성이 있고, 및/또는 충분히 반응하지 않음에도 불구하고 관찰된다. 일부 구현예에서, 암은 암의 사멸을 지시하거나 표적으로 하는 암 치료 요법( T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법) 포함)에 대한 치료에 대해 둔감하거나 내성이 있게 되었다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2를 과발현 및/또는 EZH2 돌연변이를 갖는 암 세포로 인해 이러한 요법에 둔감하거나 내성이 있게 되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 암은 암 관련 항원(예: CD19)을 표적으로 하는 CAR T 세포에 둔감하거나 내성이 있게 되었다. 일부 구현예에서, 제공된 병용 요법은 동일한 투여 계획(예: 용량 및 빈도)으로 제공된 요법(예: CAR T 세포 요법) 또는 EZH2 억제제의 투여만을 수반하는 요법과 비교하여 상승적 효과 및 활성을 달성한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도 및 병용 요법은 이미 억제제 또는 다른 EZH2를 투여받은 대상체에서 T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)과 같은 암의 사멸을 지시하거나 표적으로 하는 암 치료 요법과 조합된 EZH2 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 병용 요법, 방법 및 용도는 이전에 억제제의 투여를 받았지만 T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)과 같은 암의 사멸을 지시하거나 표적으로 하는 암을 치료하기 위한 요법이 없는(또는 병용되지 않은) 대상체에서 T 세포 요법(예: CAR+ T 세포)과 조합하여 EZH2 억제제의 계속된 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도 및 병용 요법은 T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 의한 치료 전 EZH2 억제제만의 투여를 포함한다. 일부 관점에서, 제공된 방법, 용도 및 병용 요법은 림프구 고갈 요법의 전 및/또는 후와 같이 T 세포 결합 요법 또는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 의한 치료 전 EZH2 억제제만의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 세포 요법(예: CAR T 세포)의 개시 전 2-7일에 종료된다.
일부 구현예에서, 방법 및 병용은 암 세포에 대한 T 세포-매개 세포 독성의 개선을 초래한다. 일부 구현예에서, 방법 및 병용은 선택적으로 H3K27의 트리메틸화를 감소시킴으로써 암 세포에 대한 T 세포-매개 세포 독성의 개선을 초래한다. 일부 구현예에서, 방법 및 병용은 선택적으로 종양 환경에서 CAR T 세포의 침투 및/또는 지속성을 증가시킴으로써 암 세포에 대한 T 세포-매개 세포 독성의 개선을 초래한다. 일부 관점에서 이러한 개선은 기능, 예를 들어 CAR-T 세포 기능, 증식 및/또는 지속성의 하나 이상의 원하는 특성을 손상시키지 않고 또는 실질적으로 손상시키지 않으면서 발생한다. 일부 구현예에서, 억제제와의 병용은 T 세포의 세포 독성을 향상시키지만, T 세포가 활성화되거나, 하나 이상의 원하는 사이토카인을 분비하거나, 증식하거나 및/또는 지속하는 능력을 감소시키지 않으며, 예를 들어, 이는 다른 조건은 동일하지만 억제제의 부재 하의 조건에서 배양된 세포와 비교하여 시험관 내 분석에서 측정한 바와 같다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 전, 투여와 동시에 및/또는 투여 개시 후에 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 전에 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 전에 투여되고, T 세포 요법의 투여 전에 중단된다. 일부 관점에서, 림프구 고갈 요법은 T 세포 요법의 투여 전에 대상체에게 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법 전에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법 후에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법 전 및 후에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제의 투여는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 전에 중단된다.
일부 관점에서, 억제제는 매일 투여된다. 일부 관점에서, 억제제는 매일 1회, 매일 2회, 매일 3회 또는 매일 3회 이상 투여된다. 일부 관점에서, 억제제는 매일 1회 투여된다. 일부 관점에서, 억제제는 매일 2회 투여된다. 일부 관점에서, 억제제는 매일 3회 투여된다. 일부 관점에서, 억제제는 매일 4회 투여된다.
일부 관점에서, 매일 투여와 같은 EZH2 억제제의 투여는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 개시 전, 투여와 동시에 및/또는 투여 개시 후에 개시되고, 예정된 일수까지 계속된다. 일부 관점에서, 매일 투여와 같은 EZH2 억제제의 투여는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 개시 전에 개시되고, 예정된 일수까지 계속된다. 일부 관점에서, 예정된 일수는 T 세포 요법의 투여 개시 후 예정된 일수이다. 일부 구현예에서, 억제제는 매일 투여되는 것과 같이, T 세포 요법(CAR-T 세포)의 수준이 대상체의 혈액 또는 질병 부위에 T 세포(예: CAR-발현 T 세포)의 투여 후 피크 또는 최대(예:Cmax) 수준에 도달하는 시간까지 또는 그 후 시간까지 투여된다. 일부 관점에서, 억제제의 투여는 T 세포 요법의 투여 개시 후 적어도 (약) 14일, 적어도 (약) 30일, 적어도 (약) 60일, 적어도 (약) 90일, 적어도 (약) 120일 또는 적어도 (약) 180일 동안 계속된다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여는 T 세포 요법(예: CAR-T 세포)의 투여 개시 후 적어도 (약) 90일 동안 계속된다. 일부 관점에서, 억제제의 투여를 중단할 때, 대상체에서 T 세포 요법의 지속이 관찰된다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여를 중단할 때, 대상체가 EZH2 억제제 투여로부터 이점을 받고 있는지 평가하기 위해 대상체는 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여를 중단할 때, 대상체는 반응을 달성했는지 또는 일부 구현예에서 CR과 같은 반응을 나타내는 특정 정도 또는 결과를 달성했는지 평가하기 위해 대상체는 평가될 수 있다. 그러한 일부 구현예에서, 대상체가 CR 또는 반응을 나타내거나 CR 또는 기타 결과의 가능성을 나타내는 기타 결과를 달성한 경우, 제공된 방법, 조성물, 제조품 또는 용도는 억제제 또는 이의 투여 중단을 허용하거나 명시하거나 포함한다. 그러한 일부 구현예에서, 대상체가 임상적 관해를 달성한 경우, 제공된 방법, 조성물, 제조품 또는 용도는 억제제 또는 이의 투여 중단을 허용하거나 명시하거나 포함한다. 그러한 일부 구현예에서, 대상체가 CR을 달성하지 않은 경우, 제공된 방법은 억제제의 투여의 지속을 허용한다. 그러한 일부 구현예에서, 대상체가 질병 진행을 나타낸 경우, 제공된 방법, 조성물, 제조품 또는 용도는 억제제 또는 이의 투여 중단을 허용하거나 명시하거나 포함한다. 따라서, 일부 관점에서, 제공된 방법 및 다른 구현예는 억제제의 장기간 또는 과도하게 연장된 투여를 피하거나 감소시킨다. 일부 관점에서, 그렇지 않으면 이러한 장기간 투여는 환자와 같이 요법이 투여되는 대상체에 대해 부작용 또는 파괴 또는 삶의 질 감소와 같은 하나 이상의 바람직하지 않은 결과를 초래하거나 그 가능성을 증가시킬 수 있다. 일부 관점에서, 최소 기간과 같은 미리 결정된 투여의 기간은 특히 매일 투여의 경우에 환자 순응 가능성 또는 억제제가 지침으로서 또는 방법에 따라 투여될 가능성을 증가시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 CAR-T 세포 요법을 강화할 수 있으며, 이는 일부 관점에서 다른 요법에 내성이 있거나 불응성이거나, 공격적이거나 고위험 암인 암이 있는 및/또는 억제제 없이 투여하는 경우 CAR-T 세포 요법에 대해 상대적으로 더 낮은 반응률을 나타내거나 나타낼 가능성이 있는 대상체의 치료 결과를 개선할 수 있다. 일부 관점에서, 제공된 방법에 따라 EZH2 억제제를 투여하는 것은 선택적으로 암세포에서 H3K27의 트리메틸화 상태를 감소시킴으로써, CAR T 세포 요법에 대한 암세포의 내성을 감소시킴으로써, FL 및 DLBCL과 같은 아형을 포함하는 암(예: 비호지킨 림프종 (NHL)과 같은 B 세포 악성 종양)을 치료하기 위해 CAR-발현 세포의 활성을 증가시킬 수 있다. 일부 관점에서, 제공된 방법에 따라 EZH2 억제제를 투여하는 것은 선택적으로 종양 미세환경에서 CAR T 세포의 침투 및/또는 지속성을 증가시킴으로써, CAR T 세포 요법에 대한 암세포의 내성을 감소시킴으로써, FL 및 DLBCL과 같은 아형을 포함하는 암(예: 비호지킨 림프종 (NHL)과 같은 B 세포 악성 종양)을 치료하기 위해 CAR-발현 세포의 활성을 증가시킬 수 있다. 일부 관점에서, 인간 암 세포에 대한 투여된 CAR+ T 세포의 항-종양 활성은 개선된다.
일부 구현예에서, 지속성이 증가된 유전자 조작된 세포는 투여된 대상체에서 더 나은 효능을 나타낸다. 일부 구현예에서, 투여 시 대상체에서 CAR-발현 T 세포와 같은 유전자 조작된 세포의 지속성은 기준 세포 조성물의 투여를 포함하는 방법과 같은 대체 방법에 의해 달성될 수 있는 것과 비교하여 더 크다. 일부 구현예에서, 지속성은 적어도 (약) 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 100배 또는 그 이상 증가한다.
일부 구현예에서, 투여된 세포의 지속성의 정도 또는 범위는 대상체에 투여 후에 검출 또는 정량화할 수 있다. 예를 들어, 일부 관점에서, 대상체의 혈액 또는 혈청 또는 기관 또는 조직(예를 들어, 질병 부위)에서 재조합 수용체(예를 들어, CAR-발현 세포)를 발현하는 세포의 양을 산정하기 위해 정량적 PCR(qPCR)을 사용한다. 일부 관점에서, 지속성은 DNA 마이크로그램당 수용체, 예를 들어, CAR을 암호화하는 DNA 또는 플라스미드의 카피수로 또는 샘플, 예를 들어 혈액 또는 혈청 마이크로리터당 수용체 발현, 예를 들어, CAR 발현 세포 수로 또는 샘플 마이크로리터당 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 또는 백혈구 또는 T 세포의 총 수당으로 정량화된다. 일부 구현예에서, 일반적으로 수용체에 특이적인 항체를 사용하여 수용체를 발현하는 세포를 검출하는 유세포 분석법도 수행될 수 있다. 세포 기반 분석법 또한 수용체에 의해 인식되는 항원을 발현하거나 질병 또는 병태의 세포에 대해 반응, 예를 들어 세포 독성 반응을 유도하고 및/또는 중화하고 및/또는 이에 결합할 수 있는 세포와 같은 기능성 세포의 수 또는 백분율을 검출하기 위해 사용될 수 있다. 상기 구현예의 어느 하나에서, 대상체에서 투여된 세포와 내인성 세포를 구분하기 위해 재조합 수용체(예를 들어, CAR 발현 세포)와 관련된 다른 표지자의 발현 정도 또는 수준을 사용할 수 있다.
본 출원에서 언급된 특허 문헌, 과학 논문 및 데이터베이스를 포함한 모든 출판물은 각각의 개별 출판물이 개별적으로 참조로 통합된 것과 동일한 정도로 모든 목적을 위해 그 전체가 참조로 포함된다. 본원에 제시된 정의가 본원에 참조로 포함된 특허, 출원, 공개된 출원 및 기타 출판물에 제시된 정의와 상반되거나 달리 부합하지 않는 경우, 본원에 제시된 정의가 본원에 참조로 포함된 정의보다 우선한다.
본원에 사용된 섹션 제목은 단지 구성을 위한 목적이며 기재된 주제를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
Ⅰ. 병용 요법의 방법 및 용도
본원에서 1) EZH2의 억제제 및 2) 입양 면역 세포 요법, 예를 들어 T 세포 요법(예: CAR-발현 세포, T 세포)과 같은 면역 요법 또는 면역치료제 또는 T-세포 결합 또는 면역 조절 요법(다중특이적 T 세포 모집 항체 및/또는 체크포인트 억제제)의 병용 요법을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 질병 또는 병태(예: 암 또는 증식성 질병)를 치료하기 위한 병용 요법의 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 면역 요법은 질병 또는 장애, 예를 들어, 암 또는 증식성 질병과 관련된 항원을 특이적으로 인식하고/거나 표적화하는 T 세포를 포함하는 입양 면역 세포 요법이다. 따라서, 일부 구현예에서, 방법은 T 세포 요법으로 치료 전에 EZH2 억제제의 투여를 포함하는, 대상체에게 1) EZH2의 억제제 및 2) T 세포 요법(예: CAR-발현 세포, T 세포)의 병용 요법을 투여하는 단계를 포함하는 암(예: DLBCL) 치료를 위한 병용 요법을 포함한다. T 세포 요법을 포함하는 조성물 및/또는 EZH2 억제제를 포함하는 조성물을 함유하는 조합물 및 키트와 같은 제조품, 및 혈액학적 악성 종양을 포함한 암과 같은 질병 또는 병태를 치료 또는 예방하기 위한 상기 조성물 및 조합물의 용도가 또한 본원에 제공된다.
일부 구현예에서, 방법은 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포) 또는 T 세포 결합 요법과 같은 다른 요법의 투여(예: 투여의 개시) 전, 그와 동시에, 동안, 과정 동안(과정 동안 1회 및/또는 주기적으로 포함), 및/또는 이후에 억제제의 투여를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포)의 투여(예: 투여의 개시) 전 억제제의 투여를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 억제제 및/또는 면역요법 또는 면역치료제 (예: T 세포 요법)의 순차적 또는 간헐적 투여를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 세포 요법 입양 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 상기 세포 요법은 종양 침윤 림프구(TIL) 요법, 형질전환(transgenic) TCR 요법 또는 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR)-발현 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법(선택적으로 T 세포 요법)이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 요법은 CD19를 표적하거나 B 세포 표적화 요법이다. 일부 구현예에서, 입양 세포 요법은 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체에 대해 자가인 세포는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 대상체에 대해 자가인 세포는 CD19를 표적하는 키메라 항원 수용체 (CAR)dmf 발현하도록 표적 CD19 조작된다. 일부 구현예에서, CAR-발현 자가 T 세포는 대상체에 제공된다. 일부 구현예에서, 세포를 투여하기 위한 세포 및 투여 계획은 "면역 요법 세포 요법의 투여"의 하위 섹션 B에 기술된 바와 같은 임의의 것을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 종양 미세 환경에 침투 및/또는 지속함으로써 암세포 사멸을 매개 및/또는 유도할 수 있다. 일부 구현예에서, 암세포는 세포 요법의 세포가 종양 미세 환경에 침투 및/또는 지속할 수 없기 때문에 세포 사멸에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 억제제는 종양 미세환경에 침투 및/또는 지속하는 세포 요법의 세포의 능력을 증가시킨다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 EZH1, EZH2 또는 이들의 조합물이다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH2의 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH1보다 EZH2에 대해 더 선택적이다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH1를 억제하지 않는다. 일부 구현예에서, 세포를 투여하기 위한 세포 및 투여 계획은 "제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여"의 하위 섹션 A에 기술된 바와 같은 임의의 것을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포) 또는 T 세포 결합 요법과 같은 세포 요법, 및 억제제는 대상체에게 투여를 위한 약학 조성물로서 제공된다. 일부 구현예에서, 약학 조성물은 병용 요법을 위한 제제들, 예를 들어, 기술된 바와 같은 입양 세포 요법을 위한 T 세포 및 억제제 중 하나 또는 둘 모두의 치료적 유효량을 함유한다. 일부 구현예에서, 상기 제제는 별도의 약학 조성물로 투여하기 위해 제형화된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공되는 약학 조성물은 각 투여 경로에 적합한 투여량 형태로 제형화될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 요법(예: T 세포 요법, CAR-T 세포 요법과 같은 조작된 세포 포함)을 투여하는 단계를 포함하는 병용 요법 및 억제제는 암이 있거나 암 위험이 있는 대상체 또는 환자에게 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)을 투여하는 단계를 포함하는 병용 요법 및 EZH2 억제제는 비호지킨 림프종 (NHL)을 갖는 대상체 또는 환자에게 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)을 투여하는 단계를 포함하는 병용 요법 및 EZH2 억제제는 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL)을 갖는 대상체 또는 환자에게 투여된다. 일부 구현예에서, 방법은 병용 요법을 위해 NHL을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 병용 요법을 위해 DLBCL을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 관점에서, 상기 방법은 세포 요법에 의해 인식되는 예를 들어 조작된 T 세포에 의해 인식되는 항원을 발현하는 암에서 예컨대 종양 부담을 줄임으로써, 질병 또는 병태의 하나 이상의 증상을 치료한다(예를 들어, 완화한다).
일부 구현예에서, 치료되는 질병 또는 병태는 항원의 발현이 암과 같은 질병, 병태 또는 장애의 병인과 관련되고/거나 병인에 수반되는, 예를 들어, 상기 질병, 병태 또는 장애를 일으키거나, 악화하거나 또는 그렇지 않으면 그에 수반되는, 임의의 것일 수 있다. 예시적인 질병 및 병태는 세포의 악성 종양 또는 형질 전환(예를 들어 암)과 관련된 질병 또는 병태를 포함할 수 있다. 치료할 수 있는 다양한 질병 및 병태와 관련된 항원을 포함하는 예시적인 항원들에는 본원에 기술된 임의의 항원이 포함될 수 있다. 특정 구현예에서, 키메라 항원 수용체 또는 형질전환 TCR을 포함한 병용 요법의 조작된 세포 상에서 발현되는 재조합 수용체는 암과 관련된 항원에 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 고형 종양, 림프종, 백혈병, 혈액 종양, 전이 종양 또는 기타 암이나 종양 유형과 같은 종양이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 B 세포 악성 종양 또는 혈액성 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 골수종, 림프종 또는 백혈병을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 비호지킨 림프종(NHL), 급성 림프모구 백혈병(ALL), 만성 림프성 백혈병(CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종 (FL), 불응성 여포성 림프종, 급성 골수성 백혈병(AML) 또는 골수종(예를 들어, 다발성 골수종(MM))을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 암은 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 비호지킨 림프종(NHL)과 같은 림프종이다. 일부 구현예에서, NHL은 미만성 거대 B세포 림프종 (DLBCL)과 같은 NHL의 아형이다. 일부 구현예에서, NHL은 NHL의 미만성 거대 B세포 림프종 (DLBCL) 아형이다. 일부 구현예에서, NHL은 NHL의 FL 아형이 아니다. 일부 구현예에서, DLBCL은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형과 같은 DLBCL의 아형이다. 일부 구현예에서, DLBCL은 DLBCL의 활성화된 B-세포 (ABC) 아형이 아니다. 일부 구현예에서, 림프종은 여포성 림프종 (FL)이다.
일부 구현예에서, 암과 같은 질병 또는 장애와 관련된 항원은 ROR1, B 세포 성숙 항원(BCMA), tEGFR, Her2, L1-CAM, CD19, CD20, CD22, 메소텔린, CEA 및 B형 간염 표면 항원, 항-엽산 수용체, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, EGFR, EGP-2, EGP-4, EPHa2, ErbB2, ErbB3, ErbB4, erbB 이량체, EGFR vIII, FBP, FCRL5, FCRH5, 태아 아세틸콜린 수용체, GD2, GD3, G 단백질 결합 수용체 5D (GPCR5D)HMW-MAA, IL-22R-알파, IL-13R-알파2, kdr, 카파 경쇄, 루이스 Y, L1-세포 부착 분자(L1-CAM), 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, 흑색종의 우선 발현 항원(Preferentially expressed antigen of melanoma, PRAME), 서바이빈(survivin), EGP2, EGP40, TAG72, B7-H6, IL-13 수용체 a2(IL-13Ra2), CA9, GD3, HMW-MAA, CD171, G250/CAIX, HLA-AI MAGE Al, HLA-A2 NY-ESO-1, PSCA, 엽산 수용체-a, CD44v6, CD44v7/8, avb6 인테그린, 8H9, NCAM, VEGF 수용체, 5T4, Foetal AchR, NKG2D 리간드, CD44v6, 이중 항원, 보편적 꼬리표와 관련된 항원, 암-고환 항원, 메소텔린, MUC1, MUC16, PSCA, NKG2D 리간드, NY-ESO-1, PSCA, NKG2D, NY-ESO-1, MART-1, gp100, G 단백질 결합 수용체 5D(GPCR5D), 종양태아성 항원, ROR1, TAG72, VEGF-R2, 암배아 항원(CEA), 전립선 특이적 항원, PSMA, Her2/neu, 에스트로겐 수용체, 프로게스테론 수용체, 에프린B2, CD123, c-Met, GD-2, O-아세틸화 GD2(OGD2), CE7, 빌름스 종양(WT-1), 사이클린, 사이클린 A2, CCL-1, CD138, 및 병원체-특이적 항원으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 보편적 꼬리표이거나 이와 관련된다.
일부 구현예에서, ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 수행도 지표는 치료를 위한 대상체, 예를 들어 선행 요법으로부터 성과가 좋지 않았던 대상체를 평가하거나 선별하기 위해 사용될 수 있다(예를 들어, 문헌[Oken et al.(1982) Am J Clin Oncol. 5:649-655] 참조). 수행도의 ECOG 척도는 스스로를 돌보는 능력, 일상 활동 및 신체 능력(예를 들어, 걷기, 일하기 등)의 관점에서 환자의 기능 수준을 설명한다. 일부 구현예에서, 0의 ECOG 수행도는 대상체가 정상적인 활동을 수행할 수 있음을 나타낸다. 일부 관점에서, 1의 ECOG 수행도를 갖는 대상체는 신체 활동에 일부 제한을 보이나 대상체는 완전히 보행할 수 있다. 일부 관점에서, 2의 ECOG 수행도를 갖는 환자는 50% 이상 보행할 수 있다. 일부 경우에, 2의 ECOG 수행 상태를 갖는 대상체는 스스로를 돌볼 수도 있다; 예를 들어, 문헌[Sørensen et al., (1993) Br J Cancer 67(4) 773-775]을 참조한다. ECOG 수행도를 반영하는 기준이 아래 표 1에 기술된다.
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일부 구현예에서, 수용체(예를 들어, CAR)에 의해 표적화되는 항원은 다수의 공지된 B 세포 표지자 중 어느 하나와 같은 B 세포 악성 종양과 관련된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
구체적으로, 제공되는 구현예 중에는 CLL 또는 SLL을 갖는 대상체를 치료하는 방법이 있다. 제공된 방법의 일부 구현예에서, 대상체는 고위험 CLL 또는 SLL을 가지고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙을 포함하여 모두가 하나 이상의 선행 요법을 받은, 아주 많은 선행 치료를 받은 고위험 CLL(또는 SLL)을 가진 대상체의 집단이다. 일부 구현예에서, 치료받은 대상체는 이브루티닙에 대한 최초 관해 이후 재발한 또는 이브루티닙을 이용한 치료에 불응성이거나 불내성인 대상체를 포함한다. 특정 구현예에서, 치료받은 대상체는 이브루티닙 이외의, 하나 이상의 추가 선행 요법, 예컨대 1, 2, 3, 4, 5 또는 그 이상의 선행 요법에 대해 관해된 이후 재발했거나 이에 대해 불응성이거나 불내성인 대상체를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙 및 베네토클락스의 선행 치료 둘 모두에 대해 재발했거나 불응성이다. 일부 구현예에서, 상기 치료에 불응성인 대상체는 하나 이상의 선행 요법 이후 진행되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 선행 요법(예를 들어, 이브루티닙 및/또는 베네토클락스)으로 치료받은 대상체를 포함한 치료받은 대상체는 TP53 돌연변이, 복합적 핵형(즉, 적어도 세 염색체의 변형) 및 del17(p)를 포함하여 고위험 세포 유전학적 특성을 갖는 대상체를 포함한다.
제공된 임의의 방법의 일부 구현예에서, 대상체는 CLL을 가졌거나 CLL을 갖는 것으로 의심되고; 또는 대상체는 CLL을 갖는 것으로 식별되거나 선택된다. 일부 구현예에서, CLL은 재발성 또는 불응성 CLL이다.
일부 구현예에서, 대상체는 SLL을 가졌거나 SLL을 갖는 것으로 의심되고; 또는 대상체는 SLL을 갖는 것으로 식별되거나 선택된다. 일부 구현예에서, SLL은 재발성 또는 불응성 SLL이다.
일부 구현예에서, 조작된 T 세포의 단위 용량의 투여 전에, 대상체는 요법(예: CAR을 발현하는 세포의 용량) 또는 림프구 고갈 요법 이외의, CLL 또는 SLL에 대한 하나 이상의 선행 요법으로 치료를 받았다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 요법은 적어도 두 가지 선행 요법, 선택적으로 셋, 넷, 다섯, 여섯, 일곱, 여덟, 아홉 또는 그 이상을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량의 투여 시점 전에 또는 직전에, 대상체는 CLL에 대한 하나 이상의 선행 요법을 이용해 치료 후 관해된 이후에 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되고 실패했고/거나 이를 이용한 치료에 불내성이었다. 일부 구현예에서, 대상체는 둘 이상의 선행 요법을 이용해 치료 후 관해된 이후 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되고 실패했고/거나 이를 이용한 치료에 불내성이었다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량의 투여 시점 전에 또는 직전에, 대상체는 셋 이상의 선행 요법을 이용해 치료 후 관해된 이후에 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되고 실패했고/거나 이를 이용한 치료에 불내성이었다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 키나아제 억제제, 선택적으로 브루톤 티로신 키나아제(BTK)의 억제제, 선택적으로 이브루티닙; 베네토클락스; 플루다라빈 및 리툭시맙을 포함하는 병용 요법; 방사선 요법; 및 조혈 줄기세포 이식(HSCT) 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 이브루티닙 및 베네토클락스를 포함한다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 이브루티닙을 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙, 리툭시맙 및/또는 베네토클락스를 이용한 치료 후 관해된 이후 재발했고/거나 이를 이용한 실패한 치료에 불응성이 되었고/거나 이에 대해 불내성이다. 일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙을 이용한 치료 후 관해된 이후 재발했고/거나 이를 이용한 실패한 치료에 불응성이 되었고/거나 이에 대해 불내성이다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량의 투여 시 또는 그 전에, 대상체는 선택적으로 고위험 CLL과 관련된, 선택적으로 복합적 핵형 또는 세포 유전학적 이상, del 17p, 돌연변이되지 않은 IGVH 유전자, 및 TP53 돌연변이 중에서 선택된, 하나 이상의 세포 유전학적 이상(abnormality)을 가진 것으로 식별되거나 되었고; 대상체는 고위험 CLL을 가진 것으로 식별되거나 되었다.
일부 구현예에서, 대상체는 0 또는 1의 ECOG 상태를 가진 것으로 식별되거나 되었고; 및/또는 대상체는 > 1의 ECOG 상태를 가지지 않는다. 일부 구현예에서, 조작된 세포의 단위 용량 또는 림프구 고갈 요법의 투여시에 또는 그 직전에 대상체는 CLL 또는 SLL의 리히터 형질전환(Richter's transformation)을 갖고 있지 않다.
일부 구현예에서, 방법은 림프종 또는 백혈병, 또는 B 세포 악성종양, 예를 들어 거대 B 세포 림프종 또는 비호지킨 림프종(NHL)을 갖는 대상체를 치료하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 특정 그룹 또는 하위 세트의 대상체, 예를 들어, 고위험 질병, 예를 들어 고위험 NHL을 갖는 것으로 식별된 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 일부 관점에서, 방법은 표준 치료에 대해 재발했거나 표준 치료에 불응성(R/R)이거나 및/또는 불량한 예후를 갖는 NHL과 같은 공격적이고/거나 불량한 예후의 B 세포 비호지킨 림프종(NHL)의 형태를 갖는 대상체를 치료한다.
일부 구현예에서, 대상체는 B 세포 림프종 및/또는 비호지킨 림프종(NHL)과 같은 B 세포 악성 종양을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 거대 B 세포 림프종(예: 재발성/불응성 (R/R) 거대 B 세포 림프종과 같은 B 세포 악성 종양을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL) (예: 달리 지정되지 않은 DLBCL(NOS, de novo 또는 무통성에서 변환된) 또는 기타 DLBCL)과 같은 B 세포 림프종을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 배 중심 B 세포 유사 미만성 거대 B 세포 림프종(GCB-DLBCL)과 같은 B 세포 림프종을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 활성화 B 세포 유사 미만성 거대 B 세포 림프종(ABC-DLBCL)을 갖지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 1차 종격동 B-세포 림프종(PMBCL) 또는 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)와 같은 여포성 림프종(FL)을 갖는다. 일부 관점에서, B 세포은 미만성 거대 B 세포 림프종, 여포성 림프종 또는 PBMCL 거나 이를 포함한다. 일부 관점에서, 대상체는 상세불명(not otherwise specified, NOS)의 DLBCL인 DLBCL를 갖는다. 일부 구현예에서, DLBCL과 같은 림프종은 신규하다. 일부 구현예에서, DLBCL과 같은 림프종은 다른 무통성 림프종에서 변형된다. 일부 구현예에서 DLBCL과 같은 림프종은 여포성 림프종(tFL)에서 변형된다.
일부 구현예에서, 본 방법은 0-1 또는 0-2의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 수행도를 갖는 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 0-1의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 수행도를 갖는 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 0-2의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 수행도를 갖는 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 하나 이상, 예컨대 2 또는 3의 염색체 전위(예컨대 "이중-히트(double-hit)" 또는 "삼중-히트(triple-hit)" 림프종으로 명명되고; 보통 t (14; 18) (q32; q21) bcl-2 유전자 및/또는 BCL6/3q27 염색체 전위와 조합으로 MYC/8q24 유전자좌 전위를 가짐; 예를 들어 Xu et al. (2013) Int J Clin Exp Pathol. 6(4): 788-794, 참조)를 갖고/거나 자가 줄기 세포 이식(autologous stem cell transplant, ASCT) 투여 후 12개월 내에 재발과 같이 재발하였고/거나 화학 요법 불응성으로 간주되어온 집단과 같이 요법 또는 특정 기준 요법에 대해 일반적으로 불량하게 반응하는 불량한 예후 집단 또는 DLBCL 환자 또는 이의 대상체 집단을 치료한다.
일부 구현예에서, 본원에서 제공된 병용 요법은 요법(예: 재조합 수용체를 발현하는 세포)의 투여 전에 질병 또는 병태(예를 들어, 거대 B 세포 림프종 또는 NHL)를 표적으로 하는 요법 또는 치료제로 앞서 치료를 받은 대상체에서 수행된다. 일부 구현예에서, 대상체는 조혈 줄기세포 이식(HSCT), 예를 들어, 동종이계 HSCT 또는 자가 HSCT로 앞서 치료를 받았다. 일부 구현예에서, 대상체는 표준 요법으로 치료 후 예후가 좋지 않았고/거나 선행 요법 중 하나 이상의 방식에 실패하였다. 일부 구현예에서, 대상체는 치료를 받았거나 림프구 고갈 요법 및/또는 요법(예: 항원 수용체를 발현하는 세포의 단위 용량) 외에 거대 B 세포 림프종 또는 NHL과 같은 질병 또는 장애를 치료하기 위해 적어도 (약) 또는 약 1, 2, 3 또는 4가지의 다른 요법을 이전에 받았다. 일부 구현예에서, 대상체는 치료를 받았거나 이전에 안트라사이클린, CD20 표적 제제 및/또는 이브루티닙을 포함하는 요법을 이전에 받았다.
일부 구현예에서, 대상체는 화학요법 또는 방사선 요법으로 앞서 치료를 받았다. 일부 관점에서, 대상체는 다른 요법 또는 치료제에 대해 불응성이거나 반응하지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 예를 들어, 화학요법 또는 방사선을 포함한 다른 요법 또는 치료적 개입으로 치료 후, 질병이 지속되거나 재발하였다.
일부 구현예에서, 대상체는 조혈 줄기세포 이식(HSCT), 예를 들어, 동종이계 HSCT에 적합한 것과 같이 이식에 적합한 대상체이다. 상기 일부 구현예에서, 대상체는 조작된 세포(예를 들어, CAR T 세포) 함유 세포 요법과 같은 요법 또는 이 세포를 함유하는 조성물을 본원에 제공된 바와 같이 대상체에 투여하기 전에, 적합함에도 불구하고 이전에 이식을 받지 않았다.
일부 구현예에서, 대상체는 조혈 줄기세포 이식(HSCT), 예를 들어, 동종이계 HSCT에 적합하지 않은 것과 같이 이식에 적합하지 않은 대상체이다.
일부 구현예에서, 대상체는 중추신경계(CNS) 침범과 관련되거나 이를 수반하는 림프종이 있고 대상체는 이전에 레비티라세탐과 같은 항경련제로 치료받은 적이 있다.
일부 구현예에서, 방법은 고위험 거대 B 세포 림프종 또는 고위험 NHL을 갖는 것으로 선택되거나 확인된 대상체에 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 고위험 B 세포 림프종 또는 고위험 NHL과 같은 B 세포 악성종양과 관련된 것과 같은 하나 이상의 세포유전학적 이상을 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체는 공격적인 NHL, 확산성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL), T 세포/조직세포 풍부 거대 B 세포 림프종(TCHRBCL), 버키트 림프종(BL), 맨틀 세포 림프종(MCL) 및/또는 여포성 림프종(FL)으로 특징지어지거나 결정된 질병 또는 병태를 갖는 것에 기초하여 선택되거나 확인된다. 특정 구현예에서, 본원에 제공된 방법을 사용하여 치료할 대상체는 공격성 대 B 세포 림프종 또는 공격성 NHL, 특히 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 상세불명(NOS; de novo 또는 무통성에서 형질전환됨), 1차 종격동 B 세포 림프종(PMBCL) 또는 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)을 갖는 대상체를 포함한다. 특정 구현예에서, 본원에 제공된 방법을 사용하여 치료될 대상체는 여포성 림프종(FL) 또는 다른 무통성 림프종으로부터 형질전환된 DLBCL을 갖는 대상체를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL)(예: Richter's)으로부터 형질 전환된 DLBCL을 갖는다. 일부 구현예에서, CLL에서 변형된 대상체는 CLL의 공격적인 림프종, 가장 일반적으로 확산성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)으로의 형질 전환으로 정의되는 리히터 증후군(Richter's syndrome, RS)을 나타낼 수 있다(예를 들어, Parikh et al. Blood 2014 123:1647-1657 참조). 일부 구현예에서, 대상체는 맨틀 세포 림프종(MCL)을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 1회 이상의 이전 요법 후에 실패한(재발/불응성, R/R) 맨틀 세포 림프종(MCL)을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 R/R 질환이 있는 MCL을 발현하는 사이클린 D1을 확인했다.
일부 구현예에서, 대상체는 수행 상태가 좋지 않다. 일부 관점에서, 치료될 집단은 0-2 중 임의의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group Performance Status)를 갖는 대상체를 포함한다. 임의의 구현예 중 다른 측면에서, 치료될 대상체는 ECOG 0-1을 포함하거나 ECOG 2 대상체를 포함하지 않는다. 임의의 구현예 중 일부 관점에서, 치료될 대상체는 둘 이상의 선행 요법에 실패했다. 일부 구현예에서, 대상체는 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL)(예: Richter's)으로부터 형질 전환된 DLBCL을 갖지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 전반적으로 좋지 못한 생존과 연관성이 있는 특징을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 완전 관해(CR)를 달성한 적이 없고/거나, 자가 줄기세포 이식(ASCT)을 받은 적이 없고/거나, 1 이상의 제2선 요법에 대해 불응성이고/거나, 1차 불응성 질병을 가지고 있고/거나 0 내지 1의 ECOG 수행 점수를 갖는다.
일부 구현예에서, 치료될 대상체는 2차 요법의 실패 후 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), de novo 또는 무통성에서 형질전환됨 (상세불명, NOS), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL) 및 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)을 갖는 대상체 그룹을 포함하고 ECOG 점수가 0-2이고, 대상체는 선택적으로 이전에 동종 줄기 세포 이식(SCT)으로 치료를 받았을 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체의 수행 상태가 좋지 않거나(예: ECOG 2) 및/또는 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL, 리히터)에서 변형된 DLBCL이 있는 경우 대상체는 치료를 위해 선택되지 않거나 치료에서 제외된다. 따라서, 일부 구현예에서, 대상체가 2차 요법의 실패 후 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), de novo 또는 무통성에서 형질전환됨 (NOS), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL) 및 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)을 갖고 ECOG 점수가 0 또는 1인 경우, 대상체는 치료를 위해 선택되고, 대상체는 선택적으로 이전에 동종 줄기 세포 이식(SCT)으로 치료를 받았지만 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL, Richter's)에서 형질전환된 DLBCL을 갖지 않을 수 있다.
일부 구현예에서, 치료할 대상체는 여포성 림프종, 불응성 여포성 림프종 및 여포성 림프종 등급 3b(FL3B), ECOG 점수 0-2를 가진 대상체 그룹을 포함하고 대상체는 선택적으로 이전에 동종 줄기 세포 이식 (SCT)으로 치료를 받았을 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체의 수행 상태가 좋지 않거나(예: ECOG 2) 및/또는 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL, 리히터)에서 변형된 DLBCL이 있는 경우 대상체는 치료를 위해 선택되지 않거나 치료에서 제외된다. 따라서, 일부 구현예에서, 대상체가 여포성 림프종, 불응성 여포성 림프종 또는 여포성 림프종 등급 3b이고 ECOG 점수가 0 또는 1인 경우, 대상체가 치료를 위해 선택되고, 대상체가 선택적으로 이전에 동종 줄기 세포 이식(SCT)으로 치료를 받았지만 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL, Richter's)에서 형질전환된 DLBCL을 갖지 않을 수 있다.
일부 구현예에서, 암은 EZH2의 과발현 및/또는 돌연변이를 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2의 과발현 및/또는 돌연변이를 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2를 암호화하는 하나 이상의 유전자 돌연변이를 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 암은 EZH2 단백질을 코딩하는 유전자의 돌연변이를 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 암은 세포 요법 치료에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 CAR-발현 T 세포 요법과 같은 세포 요법 치료에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 CD19-표적 CAR T세포 요법 치료에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 억제제는 암을 면역 요법 또는 세포 요법 치료에 민감하게 만든다. 일부 구현예에서, 억제제는 암을 CAR-발현 T 세포 요법과 같은 세포 요법 치료에 민감하게 만든다. 일부 구현예에서, 억제제는 암을 CD19-표적 CAR T세포 요법 치료에 민감하게 만든다.
일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 B 세포 항원을 발현하는 암이 아니다. 일부 구현예에서, B 세포 항원은 CD19, CD20, CD22, 및 ROR1로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 비혈액암 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 고형 종양이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 CD19, CD20, CD22 또는 ROR1을 발현하지 않는다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 CD19, CD20, CD22 또는 ROR1를 표적화하거나 특이적으로 결합하지 않는 재조합 수용체-발현 T 세포(예를 들어, CAR-T 세포)를 사용한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 고형 종양과 같은 비혈액암을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 방광암, 폐암, 뇌암, 흑색종(예를 들어, 소세포성 폐, 흑색종), 유방암, 자궁경부암, 난소암, 대장암(colorectal cancer), 췌장암, 자궁내막암, 식도암, 신장암, 간암, 전립선암, 피부암, 갑상선암, 또는 자궁암을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 방광암, 유방암, 전립선암 또는 흑색종인 암이다. 일부 구현예에서, 암은 방광암이다. 일부 구현예에서, 암은 유방암이다. 일부 구현예에서, 암은 췌장암이다. 일부 구현예에서, 암은 전립선암이다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종과 같은 피부암이다.
일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 바이러스, 레트로바이러스, 박테리아 및 원생 동물 감염, 면역결핍, 시토메갈로 바이러스(Cytomegalovirus, CMV), 엡스타인-바 바이러스(Epstein-Barr virus, EBV), 아데노바이러스, BK 폴리오마바이러스 같은 감염성 질병 또는 병태이나, 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 자가면역 또는 염증성 질병 또는 병태, 예컨대 관절염, 예를 들어 류머티스성 관절염(rheumatoid arthritis, RA), I형 당뇨병, 전신 홍반성 루푸스(systemic lupus erythematosus, SLE), 염증성 장질환, 건선, 피부 경화증, 자가면역 갑상선 질환, 그레이브병, 크론병, 다발성 경화증, 천식 및/또는 이식과 관련된 질병 또는 병태이다.
일부 구현예에서, 본원에서 제공되는 병용 요법은 EZH2의 억제제로 이전에 치료된 적이 있지만 T 세포 요법(예를 들어, CAR+ T 세포) 또는 T 세포-결합 요법의 투여가 없는 대상체에서 수행된다. 일부 경우에, 이러한 이전 치료 후 대상체가 이에 대한 내성이 발생하고/하거나 이에 대한 내성이 발생하고, 관해 후 재발하고, 최소 6개월 동안 이러한 이전 치료를 받은 후 CR에 도달하지 않았거나 및/또는 공격적인 질병 및/또는 암의 고위험 특징을 나타낸다. 따라서, 제공된 병용 요법은 이전에 EZH2 억제제의 투여를 받은 대상체에서 수행될 수 있는 것으로 이해된다. 본 개시내용에서 억제제의 투여 시점에 대한 언급은 제공된 병용 요법 방법에 따라 면역요법 또는 면역요법제, 예를 들어 T 세포 요법(예: CAR+ T 세포) 또는 T 세포-결합 요법에 대한 그의 투여 시점을 지칭하며 대상체가 이전에 EZH2의 억제제를 추가로 투여받았을 가능성을 배제하지 않는다.
일부 구현예에서, 본원에서 제공되는 병용 요법은 이전에 T 세포 요법(예: CAR+ T 세포) 또는 T 세포-결합 요법으로 치료를 받은 적이 있지만 EZH2 억제제의 투여가 없는 대상체에서 수행된다. 일부 경우에, 이러한 이전 치료 후 대상체가 이에 대한 내성이 발생하고/하거나 이에 대한 내성이 발생하고, 관해 후 재발하고, 최소 6개월 동안 이러한 이전 치료를 받은 후 CR에 도달하지 않았거나 및/또는 공격적인 질병 및/또는 암의 고위험 특징을 나타낸다. 따라서, 제공된 병용 요법은 이전에 세포 요법(예: CAR T 세포)의 투여를 받은 대상체에서 수행될 수 있는 것으로 이해된다.
질병의 예방 또는 치료를 위한, EZH2 억제제 및/또는 세포 요법, 예를 들어, T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포) 또는 T 세포 결합 요법의 적절한 투여량은 치료할 질병의 유형, 특정 억제제, 세포 및/또는 세포 상에서 발현되는 재조합 수용체, 질병의 중증도 및 진행 경과, 투여 경로, 억제제 및/또는 면역 요법(예: T 세포 요법)이 예방 목적 또는 치료 목적으로 투여하는 것인지, 선행 요법, 투여 빈도, 대상체의 임상 이력 및 세포에 대한 반응, 및 주치의의 재량에 따라 달라질 수 있다. 일부 구현예에서 조성물 및 세포는 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 대상체에 적합하게 투여된다. 제공된 병용 요법의 예시적인 투여량 요법 및 일정이 기술된다.
일부 구현예에서, 면역 요법(예: T 세포 요법) 및 EZH2 억제제는 추가 병용 치료의 일환으로 투여되며, 이는 다른 치료적 개입과 동시에 또는 순차적으로 임의의 순서로 투여될 수 있다. 일부 맥락에서, 면역 요법, 예를 들어, 조작된 T 세포, 예컨대 CAR-발현 T 세포는 면역 요법이 하나 이상의 추가 치료제의 효과를 강화하도록(또는 그 역으로 강화하도록) 충분히 가까운 시점에 다른 요법과 공동-투여된다. 일부 구현예에서, 세포는 하나 이상의 추가 치료제보다 앞서 투여된다. 일부 구현예에서, 면역 요법, 예를 들어, 조작된 T 세포, 예컨대 CAR-발현 T 세포는 하나 이상의 추가 치료제 이후에 투여된다. 일부 구현예에서, 병용 요법 방법은 화학요법제의 투여와 같은 림프구 고갈 요법을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 병용 요법은 항암제, 관문 억제제, 또는 다른 면역 조절제와 같은 다른 치료제를 투여하는 것을 포함한다. 용도는 상기 방법 및 치료에서 병용 요법의 용도, 및 상기 병용 요법 방법을 수행하기 위한 약제의 제조에서 상기 조성물의 용도를 포함한다. 일부 구현예에서, 이에 의해 상기 방법 및 용도는 대상체에서 암 또는 증식성 질병과 같은 질병 또는 병태 또는 장애를 치료한다.
면역 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법) 및/또는 EZH2 억제제의 투여 전, 도중 또는 이후에, 면역 요법의 생물학적 활성, 예를 들어, 조작된 세포 집단의 생물학적 활성이, 일부 구현예에서, 예를 들어, 다수의 공지된 방법 중 어느 하나에 의해 측정된다. 산정 매개변수는 조작된 세포의 표적 세포 파괴 능력, 침투, 증식, 지속성 및 예컨대 아래 섹션 III에서 하기 기술되는 분석법과 같이 당업계에 공지된 적합한 임의의 방법을 사용하여 측정된, 기타 T 세포 활성의 측정치를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 기반 요법을 위해 투여된 세포(예를 들어, T 세포)의 생물학적 활성은 예컨대 항원으로 재자극 시, 세포 독성 세포 사멸, 발현 및/또는 하나 이상의 사이토카인 분비, 증식 또는 증폭을 분석하여 측정한다. 일부 관점에서, 생물학적 활성은 질병 부담 및/또는 종양 부담 또는 부하 감소와 같은 임상 결과를 산정하여 측정한다. 일부 관점에서, 생물학적 활성은 종양 미세 환경에서 세포 요법의 세포 침투를 평가하여 측정된다. 일부 관점에서, 생물학적 활성은 종양 미세 환경에서 세포 요법의 세포 지속성을 평가하여 측정된다. 일부 구현예에서, 병용 요법의 제제 하나 또는 둘 모두의 투여 및/또는 상기 요법의 임의의 반복 투여는 병용 요법의 제제 하나 또는 둘 모두의 투여 전, 도중, 과정 기간 동안 또는 후에 분석의 결과에 기초하여 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 억제제와 세포 요법을 병용한 병용 효과는 억제제만을 포함한 치료 또는 세포 요법을 이용한 단일요법과 비교하여 상승적일 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 제공된 방법, 조성물 및 제조품은 원하는 치료 효과의 증가 또는 향상, 예컨대 암과 관련된 하나 이상의 증상의 감소 또는 억제의 증가 또는 향상을 가져온다.
일부 구현예에서, 억제제는 CAR T 세포와 같은 조작된 T 세포의 확장, 증식, 침투, 지속성 또는 세포독성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 확장, 증식, 침투, 지속성 또는 세포독성의 증가는 대상체에 투여 시 생체 내에서 관찰된다. 일부 구현예에서, 조작된 세포, 예를 들어 CAR T 세포의 수 증가는 (약) 1.2배, 1.5배, 2.0배, 3.0배, 4.0배, 5.0배, 6.0배, 7.0배, 8.0배, 9.0배, 10.0배 또는 그 이상 증가한다. 일부 구현예에서, 암 세포에 대항하는 조작된 세포, 예를 들어 CAR T 세포의 세포독성 증가는 (약) 1.2배, 1.5배, 2.0배, 3.0배, 4.0배, 5.0배, 6.0배, 7.0배, 8.0배, 9.0배, 10.0배 또는 그 이상 증가한다.
A. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여
제공된 병용 요법 방법, 병용, 키트 및 용도는 EZH2 억제제의 투여를 포함하며, 이는 세포 요법의 투여(예: 키메라 항원 수용체(CAR)을 발현하는 T 세포의 투여) 전에, 후속적으로, 동안, 동시에 또는 거의 동시에, 순차적으로 및/또는 간헐적으로 투여될 수 있고, 및/또는 이의 투여는 T 세포 요법의 투여 전에 시작될 수 있고 T 세포 요법의 투여 개시까지 또는 T 세포 요법의 투여 개시 후에 계속될 수 있다. 일부 구현예에서, EZH2는 암 세포의 생존을 촉진하는 능력이 있다. 일부 구현예에서, EZH2는 종양 환경에 대한 세포 요법의 세포 침투를 억제하는 능력이 있다.
일부 구현예에서, 병용 요법의 억제제는 EZH2의 억제제이며, 일부 경우에는 암세포에서 H3K27의 트리메틸화 상태를 증가시켜 암세포에서 종양 억제 유전자의 억제된 전사에 관여한다. 일부 구현예에서, 병용 요법의 억제제는 EZH2의 억제제이며, 일부 경우에는 T 세포가 종양 환경으로 억제된 침투에 관여한다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 EZH2, 또는 EZH1 및 EZH2의 억제제이다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제(예: tazemetostat(EPZ-6438), CPI-1205 및 GSK 126)는 EZH1보다 EZH2에 대해 더 선택적이다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제(예: 발레메토스타트(DS-3201))는 EZH1 및 EZH2를 억제한다.
일부 관점에서, 억제제는 S-아데노실-1-메티오닌 (SAM)-경쟁적 억제제이다(예: Tsang-Pai (2014) Anticancer Drugs, 26:139-47 참조). 일부 관점에서, 억제제는 PRC2의 S-아데노실-1-메티오닌 (SAM)-경쟁적 억제제이다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 S-아데노실-1-호모시테인 (SAH) 가수분해효소 억제제이다(예: Tsang-Pai (2014) Anticancer Drugs, 26:139-47 참조). 일부 구현예에서, 억제제는 EZH2와 EED 간의 상호 작용을 방해하는 EZH2의 알파 나선 배아 외배엽 발달(EED) 결합 도메인의 모방체이다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH2와 다른 폴리콤 억제 복합체 2(PRC2) 소단위 사이의 상호작용을 방해한다.
일부 구현예에서, 억제제는 H3K27(H2K27me3)의 트리메틸화를 감소 또는 방지한다. 일부 구현예에서, 억제제는 암 세포에서 H3K27의 트리메틸화를 감소 또는 방지한다. 일부 구현예에서, 억제제는 종양 억제 유전자의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 억제제는 암 세포에서 종양 억제 유전자의 발현을 증가시킨다. 일부 경우에, H3K27me3의 감소 또는 예방은 종양 억제 세포의 발현을 증가시킨다. 일부 경우에, H3K27me3의 감소 또는 예방은 암세포를 세포 사멸에 민감하게 하고/하거나 세포 사멸을 증가시킨다. 일부 경우에, 종양 억제 유전자 발현의 증가는 암세포를 세포 사멸에 민감하게 하고/하거나 세포 사멸을 증가시킨다. 일부 경우에, 억제제는 종양 환경에 대한 T 세포의 침투를 증가시킨다. 일부 경우에, 종양 환경으로의 T 세포 침투의 증가는 암세포에 대한 T 세포 매개 세포독성을 증가시키고/시키거나 종양 부담을 감소시킨다.
일부 경우에, 대상체에 대한 EZH2 억제제의 투여는 전처리 TME를 CAR T 세포 치료 후 3개월 PD 유전자 발현 특징에서 CAR T 세포 치료 후 3개월 CR 유전자 발현 특징으로 전환시킨다. 일부 경우에, 대상체에게 EZH2 억제제를 투여하면 전처리 TME가 DLBCL 유사 유전자 발현 특징에서 FL-유사 유전자 발현 특징으로 전환된다. 일부 구현예에서, 대상체는 CAR T 세포 치료 전에 EZH2 억제제를 투여함으로써 CAR T 세포 치료 후 개선된 장기간 반응을 나타낸다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 선택적 EZH2 억제제이다. 일부 구현예에서, 선택적 EZH2 억제제는 EZH1보다 더 큰 정도로 EZH2 활성 및/또는 신호전달을 감소 또는 차단하는 투여 계획(예: 용량 및/또는 기간)으로 제공될 수 있는 화합물 또는 작용제이다. 일부 경우에, 선택적 EZH2 억제제는 투여 계획에서 제공될 때 EZH2 신호전달 및/또는 활성의 활성을 감소 또는 차단하지만, 동일한 투여 계획에서 제공될 때 EZH1의 신호전달 및/또는 활성을 감소 또는 차단하지 않는다. 일부 경우에, 선택적 EZH2 억제제는 투여 계획에서 제공될 때 다른 EZH1의 활성 및/또는 신호전달에 최소한의 영향을 미치거나 전혀 영향을 미치지 않는다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 비선택적 EZH2 억제제이다. 일부 구현예에서, 비선택적 EZH2 억제제는 EZH1 및 EZH2의 활성을 감소시키거나 차단하는 화합물 또는 제제이다. 일부 경우에, 비선택적 EZH2 억제제는 EZH1의 활성 및/또는 신호전달을 감소 또는 차단하고 추가로 EZH2의 활성 및/또는 신호전달을 감소 또는 차단하는 투여 계획(예: 용량 및/또는 기간)에서 제공될 수 있는 화합물 또는 제제이다 일부 경우에, 비선택적 EZH2 억제제는 투여 계획에서 제공될 때 EZH1의 활성 및/또는 신호전달을 감소 또는 차단하고, 또한 동일한 투여 계획에서 제공될 때 EZH2의 신호전달 및/또는 활성을 감소 또는 차단한다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, (약) 0.1 nM, 또는 (약) 0.01 nM미만의 반-최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH2를 억제한다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만의 해리 상수(Kd)로 EZH2에 결합한다.
일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만이다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, (약) 0.1 nM, 또는 (약) 0.01 nM미만의 반-최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH1를 억제한다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만의 해리 상수(Kd)로 EZH1에 결합한다.
일부 구현예에서, EZH1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만이다.
일부 구현예에서, 억제제는 EZH2와 EZH1을 모두 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만의 반-최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH2와 EZH1을 모두 억제한다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만의 해리 상수(Kd)로 EZH2 및 EZH1 모두에 결합한다.
일부 구현예에서, EZH2 및 EZH1 모두에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만이다.
일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 는 EZH1에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 보다 낮다. 일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 는 EZH1에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)는 EZH1에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)보다 낮다. 일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)는 EZH1에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 EZH1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 더 낮다. 일부 구현예에서, EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 EZH1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, 억제제는 야생형 EZH2 및/또는 돌연변이체 EZH2 모두를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만의 반-최대 억제 농도 (IC50) 로 야생형 EZH2와 돌연변이체 EZH2을 모두 억제한다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만의 해리 상수(Kd)로 야생형 EZH2와 돌연변이체 EZH2 모두에 결합한다.
일부 구현예에서, 야생형 EZH2와 돌연변이체 EZH2 모두에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 (약) 1000 nM미만, (약) 900 nM미만, (약) 800 nM미만, (약) 700 nM미만, (약) 600 nM미만, (약) 500 nM미만, (약) 400 nM미만, (약) 300 nM미만, (약) 200 nM미만, (약) 100 nM미만, (약) 90 nM미만, (약) 80 nM미만, (약) 70 nM미만, (약) 60 nM미만, (약) 50 nM미만, (약) 40 nM미만, (약) 30 nM미만, (약) 20 nM미만, (약) 10 nM미만, (약) 9 nM미만, (약) 8 nM미만, (약) 7 nM미만, (약) 6 nM미만, (약) 5 nM미만, (약) 4 nM미만, (약) 3 nM미만, (약) 2 nM미만, (약) 1 nM미만, (약) 0.9 nM미만, (약) 0.8 nM미만, (약) 0.7 nM미만, (약) 0.6 nM미만, (약) 0.5 nM미만, (약) 0.4 nM미만, (약) 0.3 nM미만, (약) 0.2 nM미만, 또는 (약) 0.1 nM미만이다.
일부 구현예에서, 야생형 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 는 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 보다 낮다. 일부 구현예에서, 야생형 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 는 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, 야생형 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)는 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)보다 낮다. 일부 구현예에서, 야생형 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)는 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, 야생형 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 더 낮다. 일부 구현예에서, 야생형 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 는 야생형 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 보다 낮다. 일부 구현예에서, 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 는 야생형 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도(IC50) 보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)는 야생형 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)보다 낮다. 일부 구현예에서, 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)는 야생형 EZH2에 대한 억제제의 해리 상수(Kd)보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 야생형 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 더 낮다. 일부 구현예에서, 돌연변이체 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)는 야생형 EZH2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 1000배, 적어도 5000배, 적어도 10000배, 또는 적어도 20000배 낮다.
일부 구현예에서, IC50, Kd 및/또는 Ki는 시험관내 검정을 사용하여 측정 또는 결정된다. 기재된 바와 같은 단백질 티로신 키나아제 억제제의 활성을 평가하거나 정량화하거나 측정하기 위한 검정은 당업계에 공지되어 있다. 이러한 분석은 시험관 내에서 수행될 수 있으며 특정 생물학적 또는 생화학적 기능을 억제하는 제제의 능력을 평가하기 위한 분석을 포함한다. 일부 구현예에서. 일부 구현예에서, 키나아제 활성 연구가 수행될 수 있다. 단백질 티로신 키나아제는 아데노신 삼인산(ATP)에서 키나아제 자체 또는 다른 단백질 기질의 티로신 잔기의 히드록실기로 말단 포스페이트 그룹의 전달을 촉매한다. 일부 구현예에서, 키나아제 활성은 키나아제를 ATP 존재 하에 기질(예: 억제제)과 함께 인큐베이션하여 측정할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 키나아제에 의한 인산화된 기질의 측정은 비색, 방사성 및 형광 검출을 포함한 여러 리포터 시스템에 의해 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, 억제제는 경쟁 리간드 결합 검정을 사용하는 것과 같이 특정 키나아제 또는 키나아제에 대한 그의 친화성에 대해 평가될 수 있다 (Ma et al., Expert Opin Drug Discov. 2008 Jun; 3(6):607-621). 이러한 검정으로부터, 반-최대 억제 농도(IC50)가 계산될 수 있다. IC50은 생물학적 또는 생화학적 반응 또는 기능을 최대값의 50%까지 감소시키는 농도이다. 일부 경우에, 키나아제 활성 연구와 같은 일부 경우에서 IC50은 표적 키나아제 활성을 50% 억제하는 데 필요한 화합물의 농도이다.　일부 경우에, 해리 상수(Kd) 및/또는 억제 상수(Ki 값)는 추가적으로 또는 대안적으로 결정될 수 있다. IC50 및 Kd는 당업계에 알려진 임의의 수의 수단에 의해 계산될 수 있다. 억제 상수(Ki 값)는 Cheng-Prusoff 방정식에 따라 IC50 및 Kd 값에서 계산할 수 있다: Ki = IC50/(1+L/Kd), 여기서 L은 억제제의 농도임(Biochem Pharmacol 22: 3099-3108, 1973). Ki는 리간드 또는 다른 경쟁자가 없을 때 존재하는 결합 부위의 50% 점유를 야기하는 표지되지 않은 억제제의 농도이다.
일부 구현예에서, 억제제는 저분자이다.
일부 구현예에서, 억제제는 EZH2의 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 야생형 EZH2의 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 돌연변이체 EZH2의 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 야생형 및 돌연변이체 EZH2의 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 피리딘 코어를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH2 단백질의 소수성 포켓을 차지한다(Moritz et al. (2017) J. Biol. Chem., 293:13805-814). 일부 구현예에서, 억제제는 EZH2 단백질의 SET 도메인에 결합한다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH2 단백질의 촉매 포켓에 결합한다. 일부 구현예에서, 억제제는 PRC2 복합체의 보조인자 결합 부위에 결합한다 (Wu et al. (2013) PLoS One, 8:e83737).
일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 8,410,088; 8,598,167; 8,691,507; 8,765,732; 8,895,245; 8,962,620; 9,006,242; 9,089,575; 9,090,562; 9,175,331; 9,206,157; 9,243,001; 9,333,217; 9,334,527; 9,376,422; 9,394,283; 9,522,152; 9,532,992; 9,549,931; 9,624,205; 9,637,472; 9,701,666; 9,776,996; 9,855,275; 9,872,862; 9,949,999; 10,040,782; 10,092572; 10,150,759; 10,150,764; 10,155,002; 10,273,223; 10,988,888; 9,051,269; 9,085,583; 9,206,128; 9,371,331; 9,409,865; 9,469,646; 9,745,305; 9,969,716; 9,980,952; 10,016,405; 9,889,180; 8,975,291, 9,649,307; 9,446,041; 9,402,836; 9,775,844; 9,114,141; 9,730,925; 8,536179; 9,708,348; 9,828,377; 9,359,365; 9,751,888; 9,242,962; 9,895,390; 및 10,017,500에 기술된 EZH2의 억제제이지만, 이에 제한되지는 않는다. 일부 구현예에서, 억제제는 공개된 PCT 출원 WO2011/140324, 공개된 PCT 출원 WO2011/140325, 공개된 PCT 출원 WO2012/005805, 공개된 PCT 출원 WO2012/068589, 공개된 PCT 출원 WO2013/075083, 공개된 PCT 출원 WO2013/075084, 공개된 PCT 출원 WO201378320, 공개된 PCT 출원 WO2013/120104, 공개된 PCT 출원 WO2014/151142, 공개된 PCT 출원 WO2015/023915, 공개된 PCT 출원 WO2015/141616, 공개된 PCT 출원 WO2016/130396, 공개된 PCT 출원 WO2017/018499, 공개된 PCT 출원 WO2017/023671, 공개된 PCT 출원 WO2017/40190, 공개된 PCT 출원 WO2017/218953, 공개된 PCT 출원 WO2018/135556, 공개된 PCT 출원 WO2018/231973, 공개된 PCT 출원 WO2019/094552에 기술된 EZH2의 억제제이지만, 이에 제한되지는 않으며, 이들은 각각 그 전체가 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 억제제는 공개된 미국 특허 출원 US20170056388, 공개된 미국 특허 출원 US20170073335, 공개된 미국 특허 출원 US20180200238, 공개된 미국 특허 출원 US20180282313, 공개된 미국 특허 출원 US20180311251, 공개된 미국 특허 출원 US20190125737, 및 공개된 캐나다 출원 CA3039059; CA2910873; CA2965729에 기재된 EZH2 억제제 화합물이며, 이들 각각은 그 전체가 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 8,410,088에 기술된 EZH2 억제제 화합물이며, 이는 그 전체가 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 9,469,646에 기술된 EZH2 억제제 화합물이며, 이는 그 전체가 참조로 포함된다. 일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 10,017,500에 기술된 EZH2 억제제 화합물이며, 이는 그 전체가 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, 억제제는 하기로부터 선택된 구조를 갖는다:
일부 구현예에서, 타제메토스타트(EPZ-6438)와 같은 억제제는 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, CP-1205와 같은 억제제는 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, GSK126와 같은 억제제는 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, 발레메토스타트(DS-3201)와 같은 억제제는 EZH1 및 EZH2를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 EZH1, EZH2 및/또는 PRC2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, 타제메토스타트(EPZ-6438)와 같은 억제제는 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, CPI-1205와 같은 억제제는 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, GSK126와 같은 억제제는 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, 발레메토스타트(DS-3201)와 같은 억제제는 EZH2 및 EZH1의 활성을 억제하거나 감소시킨다.
일부 구현예에서, 타제메토스타트(EPZ-6438)와 같은 억제제는 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438)이다.
일부 경우에, 억제제는 구조
Figure pct00004
, 또는 그의 제약상 허용되는 염, 용매화물, 수화물, 입체이성질체, 호변이성질체 또는 라세미 혼합물, 및 그의 조성물을 갖는다.
일부 구현예에서, CPI-1205와 같은 억제제는 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 CPI-1205이다. 일부 경우에, 억제제는 암을 갖는 대상체의 치료를 위해 구조
Figure pct00005
, 또는 그의 제약상 허용되는 염, 용매화물, 수화물, 입체이성질체, 호변이성질체 또는 라세미 혼합물, 및 그의 조성물을 갖는다.
일부 구현예에서, 발레메토스타트(DS-3201)와 같은 억제제는 EZH1 및 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 발레메토스타트(DS-3201)이다. 일부 경우에, 억제제는 구조
Figure pct00006
, 또는 그의 제약상 허용되는 염, 용매화물, 수화물, 입체이성질체, 호변이성질체 또는 라세미 혼합물, 및 그의 조성물을 갖는다.
일부 구현예에서, GSK126와 같은 억제제는 EZH2의 활성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 GSK126이다. 일부 경우에, 억제제는 구조
Figure pct00007
, 또는 그의 제약상 허용되는 염, 용매화물, 수화물, 입체이성질체, 호변이성질체 또는 라세미 혼합물, 및 그의 조성물을 갖는다.
일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 8,410,088; 8,598,167; 8,691,507; 8,765,732; 8,895,245; 8,962,620; 9,006,242; 9,089,575; 9,090,562; 9,175,331; 9,206,157; 9,243,001; 9,333,217; 9,334,527; 9,376,422; 9,394,283; 9,522,152; 9,532,992; 9,549,931; 9,624,205; 9,637,472; 9,701,666; 9,776,996; 9,855,275; 9,872,862; 9,949,999; 10,040,782; 10,092572; 10,150,759; 10,150,764; 10,155,002; 10,273,223; 및10,988,888에 기술된 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 8,410,088에 기재된 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438)이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 9,051,269; 9,085,583; 9,206,128; 9,371,331; 9,409,865; 9,469,646; 9,745,305; 9,969,716; 9,980,952; 및 10,016,405에 기술된 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 9,469,646에 기재된 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 CPI-1205이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 10,017,500에 기재된 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 발레메토스타트(DS-3201)이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제는 미국 특허 번호 9,889,180; 8,975,291, 9,649,307; 9,446,041; 9,402,836; 9,775,844; 9,114,141; 9,730,925; 8,536179; 9,708,348; 9,828,377; 9,359,365; 9,751,888; 9,242,962; 및 9,895,390에 기술된 억제제이다. 일부 구현예에서, 억제제는 GSK126이거나 이를 포함한다.
EZH2의 예시적인 억제제는 당업계에 공지되어 있다. 일부 구현예에서, 억제제는 Vaswani et al. (2016) J. Med. Chem., 59:9928-41; Bisserier and Wajapeyee (2018) Blood, 131:2125-37; Arora et al. (2016) Blood, 128:5672; Italiano et al. (2018) The Lancet, 19:649-59; Campbell et al. (2015) American Chem. Society Lett., 6:491-95; Lue et al. (2018) Curr. Hematol. Malig. Rep., 13:369-82; Serresi et al. (2018) J. Exp. Med. 215:3115; Lu et al. (2018) American Chem. Society Med. Chem. Lett., 9:98-102; Maruyama et al. (2017) Blood, 130:470; Honma et al. (2018) Blood, 133:2217; Bradley et al. (2014) Chem. & Biol., 21:1463-75; Knutson et al. (2014) Small Molecule Therap., 13:842-54; Glazer et al. (1986) Biochem. Pharmacology, 35:4523-27; Knutson et al. (2012) Nature Chem. Biol., 8:980-96; Campbell et al. (2015) ACS Med. Chem. Lett., 6:491-95; Qi et al. (2012) Proc. Natl. Acad. Sci., 109:21360-65; Miele et al. (2017) Oncotarget, 8:68557-70; Verma et al. (2012) ACS Med. Chem. Lett., 3:1091-96; Konze et al. (2013) ACS Chem. Biol., 8:1324-34; Song et al. (2016) Sci. Rep., 6:20864; 및 Garapaty-Rao et al. (2013) Chem. & Biol., 20:1329-39에 기술된 억제제이다.
비-제한적인 실시예는 BIX-01294, chaetocin, CPI-169, CPI-905, CPI-360, CPI-209, CPI-1205, DS3201 (valemetostat), EPZ-6438 (tazemetostat), EPZ005687, EPZ011989, 3-deazenplanocin A (DZNep), EI1, GSK503, GSK126, GSK926, GSK343, JQEZ5, MC3629, OR-S0, OR-S1, PF-06821497, PF-06726304 acetate, SAH-EZH2, SHR2554, sinefungin, UNC1999, UNC2399, 및 ZLD1039을 포함하지만, 이에 제한되는지는 않는다.
a. 조성물 및 제형
본원에 제공된 병용 요법 방법, 조성물, 조합물, 키트 및 용도의 일부 구현예에서, 병용 요법은 하나 이상의 조성물, 예를 들어, EZH2 억제제 및/또는 세포 독성 요법(예: T 세포 요법)을 함유하는 약학 조성물로 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 조성물, 예를 들어 EZH2 억제제를 함유하는 약학 조성물은 EZH2 억제제 및/또는 세포와 함께 투여되는 희석제, 보조제, 부형제 또는 비히클과 같은 담체를 포함할 수 있다. 적합한 약학적 운반체의 예가 문헌["Remington's Pharmaceutical Sciences" by E. W. Martin]에 기재되어 있다. 상기 조성물은 환자에게 적절한 투여를 위한 형태를 제공하기 위해 적합한 양의 운반체와 함께 일반적으로 정제된 형태로, 치료적 유효량의 EZH2 억제제를 함유할 것이다. 상기 약학적 운반체는 땅콩유, 대두유, 광유 및 참기름과 같은 석유, 동물, 식물 또는 합성 기원의 것을 포함한 오일 및 물과 같은 멸균 액체일 수 있다. 식염수 용액 및 수성 덱스트로오스 및 글리세롤 용액이 또한 액체 운반체로, 특히 주사용 용액으로 이용될 수 있다. 약학 조성물은 희석제(들), 보조제(들), 항점착제(들), 결합제(들), 코팅제(들), 충진제(들), 풍미제(들), 착색제(들), 윤활제(들), 활공제(들), 보존제(들), 세정제(들), 흡착제(들), 유화제(들), 약학적 부형제(들), pH 완충제(들) 또는 감미료(들) 및 이의 조합물 중 어느 하나 이상을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 약학 조성물은 액체, 고체, 냉동건조된 분말, 겔 형태 및/또는 이의 조합일 수 있다. 일부 관점에서, 운반체의 선택은 특정 억제제 및/또는 투여 방법에 의해 부분적으로 결정된다.
약학적으로 허용 가능한 운반체는 사용된 용량 및 농도에서 일반적으로 수용체(recipient)에게 무독성이며, 인산염, 구연산염 및 기타 유기산과 같은 완충제; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함한 항산화제; 보존제(예컨대 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤잘코늄 클로라이드; 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 메틸 또는 프로필 파라벤과 같은 알킬 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로 헥사놀; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량(약 10 잔기 미만) 폴리펩타이드; 혈청 알부민, 젤라틴 또는 면역글로불린과 같은 단백질; 폴리비닐피롤리돈과 같은 친수성 중합체; 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신과 같은 아미노산; 글루코스, 마노스 또는 덱스트린을 포함하는 단당류, 이당류 및 다른 탄수화물; EDTA와 같은 킬레이트제; 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 솔비톨과 같은 설탕; 나트륨과 같은 염 형성 반대 이온; 금속 복합체(예를 들어, Zn-단백질 복합체); 및/또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 안정화제 및/또는 보존제와 같은 비이온 계면활성제를 포함하나 이에 한정되지 않는다. EZH2 억제제를 함유하는 조성물은 또한 동결건조될 수 있다.
일부 구현예에서, 약학 조성물은 근육내, 정맥내, 피하내, 병변내, 복강내 주사, 피하, 종양내, 경막외, 비강, 구강, 질, 직장, 국소, 국부, 귀, 흡입, 볼(예: 설하) 및 경피 투여 또는 임의의 경로를 포함하여 당업자에게 공지된 임의의 경로에 의한 투여를 위해 제형화될 수 있다. 일부 구현예에서, 다른 투여 방식이 또한 고려된다. 일부 구현예에서, 투여는 볼루스 주입, 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사, 안구내(intraocular) 주사, 안구주위(periocular) 주사, 망막하(subretinal) 주사, 유리체내(intravitreal) 주사, 중격-경유성(trans-septal) 주사, 공막하(subscleral) 주사, 맥락막내(intrachoroidal) 주사, 전방내(intracameral) 주사, 결막하 주사(subconjectval injection, subconjuntival injection), 서브 테논(sub-Tenon) 주사, 안구뒤(retrobulbar) 주사, 안구주위(peribulbar) 주사 또는 후부 점막 주사(posterior juxtascleral) 전달에 의한다. 일부 구현예에서, 투여는 비경구, 폐내 및 비강내 및 국소 치료가 바람직한 경우 병변내 투여에 의한다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 주어진 단위 용량은 단일 볼루스 투여에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 이는 예를 들어, 3일 이내의 기간에 걸쳐 다중 볼루스 투여에 의해 또는 지속적인 주입 투여에 의해 투여된다.
일부 구현예에서, 투여는 치료 위치에 따라 국부, 국소 또는 전신일 수 있다. 일부 구현예에서 치료가 필요한 부위에 대한 국부 투여는 예를 들어, 주사, 카테터, 좌약 또는 이식에 의해 수술 후 상처 드레싱과 함께 국소 도포, 수술 중 국부 주입에 의해 달성될 수 있으며, 이 수단에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 조성물은 또한 다른 생물학적 활성제와 함께 순차적으로, 간헐적으로 또는 동일한 조성물로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 또한 펌프에 의한 것과 같은 제어 방출 제형 및 디바이스 제어 방출을 포함한 제어 방출 시스템을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 경구이다.
일부 구현예에서, 약학적 및 치료적 활성 화합물 및 이의 유도체는 전형적으로 단위 투여량 형태 또는 다중 투여량 형태로 제형화되고 투여된다. 각 단위 용량 단위는 필요한 약학적 운반체, 매개물 또는 희석제와 함께 원하는 치료 효과를 생성하기에 충분한 미리 결정된 양의 치료적 활성 화합물을 함유한다. 일부 구현예에서, 단위 투여량 형태는 정제, 캡슐, 환약, 분말, 과립, 멸균 비경구 용액 또는 현탁액 및 경구 용액 또는 현탁액 및 적합한 양의 화합물 또는 약학적으로 허용 가능한 이의 유도체를 함유하는 오일 물 에멀션을 포함하나 이에 한정되지 않는다. 단위 용량 단위 형태는 앰플 및 주사기 또는 개별 포장된 정제 또는 캡슐에 함유될 수 있다. 단위 용량 단위 형태는 분획 또는 이의 다수로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 다중 단위 용량 형태는 분리된 단위 용량 단위 형태로 투여되도록 단일 용기에 포장된 다수의 동일한 단위 투여량 형태이다. 다중 단위 용량 형태의 예에는 바이알, 정제 또는 캡슐 병 또는 파인트 또는 갤런 병이 포함된다.
b. 투여(dosing)
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은 대상체에게 치료적 유효량의 EZH2 억제제, 및 T 세포 요법(예를 들어, CAR-발현 T 세포) 또는 T 세포-결합 요법과 같은 세포 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 또는 T 세포 결합 요법과 같은 세포 요법의 투여 전에, 후에, 중에, 수행 과정 중에, 동시에, 거의 동시에, 순차적으로 및/또는 간헐적으로 투여된다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 T 세포 요법의 투여 전에 EZH2의 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 T 세포 요법의 투여 후에 EZH2의 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 T 세포 요법 개시 후 더 이상 투여되지 않는다. 일부 구현예에서, 투여 일정은 T 세포 요법의 개시 전 및 개시 후에 EZH2의 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은 T 세포 요법의 투여와 동시에 EZH2의 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 다중 용량으로 다중 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 1회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 2회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 3회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 4회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 여섯 번, 매일 다섯 번, 매일 네 번, 매일 세 번, 매일 두 번, 매일 한 번, 격일마다, 3일마다, 일주일에 두 번, 일주일에 한 번 또는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 개시 전 또는 후에 단 한 번 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 전, 투여 중, 투여 중 및/또는 투여 기간 후에 규칙적인 간격으로 다중 용량으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 전에 규칙적인 간격으로 하나 이상의 용량으로 투여된다. 예를 들어, EZH2 억제제는 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 투여 전에 매일 1회 이상의 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 후에 규칙적인 간격으로 하나 이상의 용량으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 하나 이상의 용량은 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 용량의 투여와 동시에 발생할 수 있다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여의 단위 용량, 빈도, 기간, 시기 및/또는 순서는 본원에 기술된 선별 단계의 결과의 특정 임계값이나 기준 및/또는 치료 성과의 평가, 예를 들어, 본원의 섹션 III에 기술된 것에 기초하여 결정된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 이전에 치료적 유효량의 억제제를 투여받은 대상체에 세포 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는 대상체에 재조합 수용체를 발현하는 세포의 단위 용량을 투여하기 전에 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제를 이용한 치료는 세포의 단위 용량의 투여의 개시와 동시에 발생한다. 일부 구현예에서, 억제제는 세포의 단위 용량의 투여 개시 후에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 병용 요법의 치료 효과가 증가하도록 세포 요법 전에 충분한 시간에 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 전 및/또는 투여와 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 전에 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 개시로부터 (약) 0 내지 90 일 전에, 예컨대 0 내지 30 일, 0 내지 15 일, 0 내지 6 일, 0 내지 96 시간, 0 내지 72 시간, 0 내지 48 시간, 0 내지 24 시간, 0 내지 12 시간, 0 내지 6 시간, or 0 내지 2 시간, 2 시간 내지 30 일, 2 시간 내지 15 일, 2 시간 내지 6 일, 2 시간 내지 96 시간, 2 시간 내지 24 시간, 2 시간 내지 12 시간, 2 시간 내지 6 시간, 6 시간 내지 90 일, 6 시간 내지 30 일, 6 시간 내지 15 일, 6 시간 내지 6 일, 6 시간 내지 96 시간, 6 시간 내지 24 시간, 6 시간 내지 12 시간, 12 시간 내지 90 일, 12 시간 내지 30 일, 12 시간 내지 15 일, 12 시간 내지 6 일, 12 시간 내지 96 시간, 12 시간 내지 24 시간, 24 시간 내지 90 일, 24 시간 내지 30 일, 24 시간 내지 15 일, 24 시간 내지 6 일, 24 시간 내지 96 시간, 96 시간 내지 90 일, 96 시간 내지 30 일, 96 시간 내지 15 일, 96 시간 내지 6 일, 6 일 내지 90 일, 6 일 내지 30 일, 6 일 내지 15 일, 15 일 내지 90 일, 15 일 내지 30 일 또는 30 일 내지 90 일 전에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 개시 전 약 96시간, 72시간, 48시간, 24시간, 12시간, 6시간, 2시간 또는 1시간 이내에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 개시 전 약 4주 내지 1주 사이에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법 전에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법이 종료된 후 및 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 개시 전에 투여된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법 전에 투여되고, 림프구 고갈 요법 동안 투여되지 않고, 림프구 고갈 요법이 종료된 후에 다시 투여되고, 세포 요법(예: CAR T 세포 요법) 투여 개시 전에 중단된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 개시 적어도 (약) 1 시간, 적어도 (약) 2 시간, 적어도 (약) 6 시간, 적어도 (약) 12 시간, 적어도 (약) 1 day, 적어도 (약) 2 일, 적어도 (약) 3 일, 적어도 (약) 4 일, 적어도 (약) 5 일, 적어도 (약) 6 일, 적어도 (약) 7 일, 적어도 (약) 12 일, 적어도 (약) 14 일, 적어도 (약) 15 일, 적어도 (약) 21 일, 적어도 (약) 24 일, 적어도 (약) 28 일, 적어도 (약) 30 일, 적어도 (약) 35 일 or 적어도 (약) 42 일, 적어도 (약) 60 일, 또는 적어도 (약) 90 일 전에 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 개시 전 최대 1일, 최대 2일, 최대 3일, 최대 4일, 최대 5일, 최대 6일, 최대 7일, 최대 8일, 최대 12일, 최대 14일, 최대 15일, 최대 21일, 최대 24일, 최대 28일, 최대 30일, 최대 35일, 최대 42일, 최대 60일 또는 최대 90일까지 투여된다.
EZH2의 억제제가 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법) 전에 주어지는 상기 임의의 구현예의 일부에서, EZH2의 억제제의 투여는 세포 요법의 개시때까지 및/또는 세포 요법의 개시 후 일정 시간 동안 정기적인 간격으로 계속된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제의 억제제는 투여되거나, 또는 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 후에 더 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예를 들어, T 세포 요법)의 투여 개시 후 (약) 1 시간, 2 시간, 6 시간, 12 시간, 24 시간, 48 시간, 72 시간, 96 시간, 4 일, 5 일, 6 일 or 7 일, 8 일, 9 일, 10 일, 11 일, 12 일, 13 일, 14 일, 15 일, 21 일, 24 일, 28 일, 30 일, 36 일, 42 일, 60 일, 72 일 또는 90 일 이내에 투여된다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 세포 요법의 투여 개시 후에 예컨대 정기적인 간격으로 EZH2의 억제제의 지속적인 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 예컨대 매일 투여되며, 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 후 최대 (약) 1일, 최대 (약) 2일, 최대 (약) 3일, 최대 (약) 4일, 최대 (약) 5일, 최대 (약) 6일, 최대 (약) 7일, 최대 (약) 12일, 최대 (약) 14일, 최대 (약) 21일, 최대 (약) 24일, 최대 (약) 28일, 최대 (약) 30일, 최대 (약) 35일, 최대 (약) 42일, 최대 (약) 60일 또는 최대 (약) 90일, 최대 (약) 120일, 최대 (약) 180일, 최대 (약) 240일, 최대 (약) 360일, 또는 최대 (약) 720일 또는 그 이상 동안 투여된다.
상기 임의의 구현예의 일부에서, EZH2의 억제제는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법)의 투여 개시 전과 후에 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 세포 요법의 개시 후 하루에 여러 번, 하루에 두 번, 매일, 격일마다, 일주일에 세 번, 일주일에 두 번, 또는 일주일에 한 번 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매주 2회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 투여된다. 일부 구현예에서 EZH2 억제제는 1일 2회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 3회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 1일 4회 투여된다. 일부 구현예에서 EZH2 억제제는 격일로 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 1회 투여로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 2회 투여로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 매일 3회 투여로 투여된다. 일부 구현예에서, 각 용량은 약 200 mg 이다. 일부 구현예에서, 각 용량은 약 400 mg 이다. 일부 구현예에서, 각 용량은 약 600 mg 이다. 일부 구현예에서, 각 용량은 약 800 mg 이다. 따라서, 일부 관점에서, 대상체에게 투여되는 EZH2 억제제의 매일 총량은 약 200mg 내지 약 2400mg이다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 7, 14, 21, 28, 35 또는 42일 주기 동안 매일 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 7, 14, 21, 28, 35 또는 42일 주기 동안 1일 2회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 7, 14, 21, 28, 35 또는 42일 주기 동안 1일 3회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 7, 14, 21, 28, 35 또는 42일 주기 동안 격일로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 또는 24주기 동안 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 28일 주기 동안 매일 2회 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 7, 14, 21, 28, 35 또는 42일 주기 동안 매주 2회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 또는 42일 주기 동안 1일 2회 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 28일 주기 동안 매주 2회 투여되며, 3주 투여 및 1주 휴식이다.
본원에 제공된 방법의 일부 구현예에서, EZH2의 억제제 및 세포 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)은 동시에 또는 거의 동시에 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 대상체의 체중 kg당 (약) 0.2 mg(mg/kg) 내지 200 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 100 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 50 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 10 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 1.0 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 200 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 100 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 50 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 10 mg/kg, 10 mg/kg 내지 200 mg/kg, 10 mg/kg 내지 100 mg/kg, 10 mg/kg 내지 50 mg/kg, 50 mg/kg 내지 200 mg/kg, 50 mg/kg 내지 100 mg/kg 또는 100 mg/kg 내지 200 mg/kg의 투여량으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 대상체의 체중 kg당 약 0.2 mg(mg/kg) 내지 내지 50 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 25 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 10 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 5 mg/kg, 0.2 mg/kg 내지 1.0 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 50 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 25 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 10 mg/kg, 1.0 mg/kg 내지 5 mg/kg, 5 mg/kg 내지 50 mg/kg, 5 mg/kg 내지 25 mg/kg, 5 mg/kg 내지 10 mg/kg, 또는 10 mg/kg 내지 25 mg/kg의 용량으로 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 (약) 25 mg 내지 5000 mg, 25 mg 내지 4000 mg, 25 mg 내지 3000 mg, 25 mg 내지 2400 mg, 25 mg 내지 2000 mg, 25 mg 내지 1600 mg, 25 mg 내지 1000 mg, 25 mg 내지 800 mg, 25 mg 내지 500 mg, 25 mg 내지 400 mg, 25 mg 내지 300 mg, 25 mg 내지 200 mg, 25 mg 내지 150 mg, 25 mg 내지 100 mg, 25 mg 내지 50 mg, 50 mg 내지 5000 mg, 50 mg 내지 4000 mg, 50 mg 내지 3000 mg, 50 mg 내지 2400 mg, 50 mg 내지 2000 mg, 50 mg 내지 1600 mg, 50 mg 내지 1000 mg, 50 mg 내지 800 mg, 50 mg 내지 500 mg, 50 mg 내지 400 mg, 50 mg 내지 300 mg, 50 mg 내지 200 mg, 50 mg 내지 100 mg, 50 mg 내지 150 mg, 100 mg 내지 5000 mg, 100 mg 내지 4000 mg, 100 mg 내지 3000 mg, 100 mg 내지 2400 mg, 100 mg 내지 2000 mg, 100 mg 내지 1600 mg, 100 mg 내지 1000 mg, 100 mg 내지 800 mg, 100 mg 내지 500 mg, 100 mg 내지 400 mg, 100 mg 내지 300 mg, 100 mg 내지 200 mg, 100 mg 내지 150 mg, 150 mg 내지 5000 mg, 150 mg 내지 4000 mg, 150 mg 내지 3000 mg, 150 mg 내지 2400 mg, 150 mg 내지 2000 mg, 150 mg 내지 1600 mg, 150 mg 내지 1000 mg, 150 mg 내지 800 mg, 150 mg 내지 500 mg, 150 mg 내지 400 mg, 150 mg 내지 300 mg, 150 mg 내지 200 mg, 200 mg 내지 5000 mg, 200 mg 내지 4000 mg, 200 mg 내지 3000 mg, 200 mg 내지 2400 mg, 200 mg 내지 2000 mg, 200 mg 내지 1600 mg, 200 mg 내지 1000 mg, 200 mg 내지 800 mg, 200 mg 내지 500 mg, 200 mg 내지 400 mg, 200 mg 내지 300 mg, 300 mg 내지 5000 mg, 300 mg 내지 4000 mg, 300 mg 내지 3000 mg, 300 mg 내지 2400 mg, 300 mg 내지 2000 mg, 300 mg 내지 1600 mg, 300 mg 내지 1000 mg, 300 mg 내지 800 mg, 300 mg 내지 500 mg, 300 mg 내지 400 mg, 400 mg 내지 5000 mg, 400 mg 내지 4000 mg, 400 mg 내지 3000 mg, 400 mg 내지 2400 mg, 400 mg 내지 2000 mg, 400 mg 내지 1600 mg, 400 mg 내지 1000 mg, 400 mg 내지 800 mg, 400 mg 내지 500 mg, 500 mg 내지 5000 mg, 500 mg 내지 4000 mg, 500 mg 내지 3000 mg, 500 mg 내지 2400 mg, 500 mg 내지 2000 mg, 500 mg 내지 1600 mg, 500 mg 내지 1000 mg, 500 mg 내지 800 mg, 800 mg 내지 5000 mg, 800 mg 내지 4000 mg, 800 mg 내지 3000 mg, 800 mg 내지 2400 mg, 800 mg 내지 2000 mg, 800 mg 내지 1600 mg, 800 mg 내지 1000 mg, 1000 mg 내지 5000 mg, 1000 mg 내지 4000 mg, 1000 mg 내지 3000 mg, 1000 mg 내지 2400 mg, 1,000 mg 내지 2000 mg, 1000 mg 내지 1600 mg, 1600 mg 내지 5000 mg, 1600 mg 내지 4000 mg, 1600 mg 내지 3000 mg, 1600 mg 내지 2400 mg, 2000 mg 내지 5000 mg, 2000 mg 내지 4000 mg, 2000 mg 내지 3000 mg, 2000 mg 내지 2400 mg, 2400 mg 내지 5000 mg, 2400 mg 내지 4000 mg, 2400 mg 내지 3000 mg, 3000 mg 내지 5000 mg, 3000 mg 내지 4000 mg, 또는 4000 mg 내지 5000 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 (약) 200 mg 내지 800 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 (약) 200 mg 내지 1600 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여된다. 일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 (약) 200 mg 내지 2400 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여된다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 100 mg 내지 1600 mg, 150 mg 내지 1600 mg, 200 mg 내지 1600 mg, 300 mg 내지 1600 mg, 400 mg 내지 1600 mg, 500 mg 내지 1600 mg, 600 mg 내지 1600 mg, 600 mg 내지 1600 mg, 800 mg 내지 1600 mg, 1000 mg 내지 1600 mg, 1200 mg 내지 1600 mg, 100 mg 내지 1200 mg, 150 mg 내지 1200 mg, 200 mg 내지 1200 mg, 300 mg 내지 1200 mg, 400 mg 내지 1200 mg, 500 mg 내지 1200 mg, 600 mg 내지 1200 mg, 600 mg 내지 1200 mg, 800 mg 내지 1200 mg, 1000 mg 내지 1200 mg, 100 mg 내지 1000 mg, 150 mg 내지 1000 mg, 200 mg 내지 1000 mg, 300 mg 내지 1000 mg, 400 mg 내지 1000 mg, 500 mg 내지 1000 mg, 600 mg 내지 1000 mg, 600 mg 내지 1000 mg, 800 mg 내지 1000 mg, 100 mg 내지 800 mg, 150 mg 내지 800 mg, 200 mg 내지 800 mg, 300 mg 내지 800 mg, 400 mg 내지 800 mg, 500 mg 내지 800 mg, 600 mg 내지 800 mg, 100 mg 내지 600 mg, 150 mg 내지 600 mg, 200 mg 내지 600 mg, 300 mg 내지 600 mg, 400 mg 내지 800 mg, 100 mg 내지 500 mg, 150 mg 내지 500 mg, 200 mg 내지 500 mg, 300 mg 내지 500 mg, 100 mg 내지 400 mg, 150 mg 내지 400 mg, 200 mg 내지 400 mg, 300 mg 내지 400 mg, 100 mg 내지 300 mg, 150 mg 내지 300 mg, 200 mg 내지 300 mg, 100 mg 내지 200 mg, 150 mg 내지 200 mg, 100 mg 내지 150 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여되는 타제메토스타트이다. 일부 구현예에서, 타제메토스타트는 약 200 mg 내지 800 mg의 투여량으로 투여된다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 100 mg 내지 1600 mg, 150 mg 내지 1600 mg, 200 mg 내지 1600 mg, 300 mg 내지 1600 mg, 400 mg 내지 1600 mg, 500 mg 내지 1600 mg, 600 mg 내지 1600 mg, 600 mg 내지 1600 mg, 800 mg 내지 1600 mg, 1000 mg 내지 1600 mg, 1200 mg 내지 1600 mg, 100 mg 내지 1200 mg, 150 mg 내지 1200 mg, 200 mg 내지 1200 mg, 300 mg 내지 1200 mg, 400 mg 내지 1200 mg, 500 mg 내지 1200 mg, 600 mg 내지 1200 mg, 600 mg 내지 1200 mg, 800 mg 내지 1200 mg, 1000 mg 내지 1200 mg, 100 mg 내지 1000 mg, 150 mg 내지 1000 mg, 200 mg 내지 1000 mg, 300 mg 내지 1000 mg, 400 mg 내지 1000 mg, 500 mg 내지 1000 mg, 600 mg 내지 1000 mg, 600 mg 내지 1000 mg, 800 mg 내지 1000 mg, 100 mg 내지 800 mg, 150 mg 내지 800 mg, 200 mg 내지 800 mg, 300 mg 내지 800 mg, 400 mg 내지 800 mg, 500 mg 내지 800 mg, 600 mg 내지 800 mg, 100 mg 내지 600 mg, 150 mg 내지 600 mg, 200 mg 내지 600 mg, 300 mg 내지 600 mg, 400 mg 내지 800 mg, 100 mg 내지 500 mg, 150 mg 내지 500 mg, 200 mg 내지 500 mg, 300 mg 내지 500 mg, 100 mg 내지 400 mg, 150 mg 내지 400 mg, 200 mg 내지 400 mg, 300 mg 내지 400 mg, 100 mg 내지 300 mg, 150 mg 내지 300 mg, 200 mg 내지 300 mg, 100 mg 내지 200 mg, 150 mg 내지 200 mg, 100 mg 내지 150 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여되는 CPI-1205이다. 일부 구현예에서, 억제제는 (약) 200 mg 내지 1600 mg의 투여량으로 투여되는 CPI-1205이다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 100 mg 내지 500 mg, 150 mg 내지 500 mg, 200 mg 내지 500 mg, 300 mg 내지 500 mg, 400 mg 내지 500 mg, 100 mg 내지 400 mg, 150 mg 내지 400 mg, 200 mg 내지 400 mg, 300 mg 내지 400 mg, 100 mg 내지 300 mg, 150 mg 내지 300 mg, 200 mg 내지 300 mg, 100 mg 내지 200 mg, 150 mg 내지 200 mg, 100 mg 내지 150 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여되는 발레메토스타트이다.
일부 구현예에서, 억제제는 (약) 50 mg 내지 3000 mg, 100 mg 내지 3000 mg, 200 mg 내지 3000 mg, 400 mg 내지 3000 mg, 800 mg 내지 3000 mg, 1200 mg 내지 3000 mg, 1800 mg 내지 3000 mg, 2400 mg 내지 3000 mg, 50 mg 내지 2400 mg, 100 mg 내지 2400 mg, 200 mg 내지 2400 mg, 400 mg 내지 2400 mg, 800 mg 내지 2400 mg, 1200 mg 내지 2400 mg, 1800 mg 내지 2400 mg, 50 mg 내지 1800 mg, 100 mg 내지 1800 mg, 200 mg 내지 1800 mg, 400 mg 내지 1800 mg, 800 mg 내지 1800 mg, 1200 mg 내지 1800 mg, 50 mg 내지 1200 mg, 100 mg 내지 1200 mg, 200 mg 내지 1200 mg, 400 mg 내지 1200 mg, 800 mg 내지 1200 mg, 50 mg 내지 800 mg, 100 mg 내지 800 mg, 200 mg 내지 800 mg, 400 mg 내지 800 mg, 50 mg 내지 400 mg, 100 mg 내지 400 mg, 200 mg 내지 400 mg, 50 mg 내지 200 mg, 50 mg 내지 100 mg, 또는 100 mg 내지 200 mg (각 수치 포함)의 투여량으로 투여되는 GSK126이다. 일부 구현예에서, GSK126은 3000mg으로 매주 2회 투여된다. 일부 구현예에서, GSK126은 3주 투여 및 1주 휴식으로 28일의 주기 동안 3000 mg으로 매주 2회 투여된다.
일부 구현예에서, EZH2의 억제제는 적어도 (약) 50 mg/day, 100 mg/day, 150 mg/day, 175 mg/day, 200 mg/day, 250 mg/day, 300 mg/day, 325 mg/day, 350 mg/day, 375 mg/day, 400 mg/day, 425 mg/day, 450 mg/day, 475 mg/day, 500 mg/day, 525 mg/day, 550 mg/day, 575 mg/day, 600 mg/day, 625 mg/day, 650 mg/day, 675 mg/day, 700 mg/day, 725 mg/day, 750 mg/day, 775 mg/day 800 mg/day, 825 mg/day, 850 mg/day, 875 mg day, 900 mg/day, 925 mg/day, 950 mg/day, 975 mg/day, 1000 mg/day, 1100 mg/day, 1200 mg/day, 1300 mg/day, 1400 mg/day, 1500 mg/day, 1600 mg/day, 1700 mg/day, 1800 mg/day, 1900 mg/day, 2000 mg/day, 2100 mg/day, 2200 mg/day, 2300 mg/day, 또는 2400 mg/day의 총 매일 투여량으로 투여된다 일부 구현예에서, 억제제는 약 400 mg/day의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 800 mg/day의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 1200 mg/day의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 1600 mg/day의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 2400 mg/day의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 (약) 3000 mg/day 미만 및 적어도 (약) 100 mg/day의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 1일 당 (약) 100mg 또는 적어도 (약) 100mg의 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 1일 당 3000mg 이하의 양으로 투여된다.
일부 구현예에서, 억제제는 매일 1회 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 매일 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 매일 3회 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 매주 2회 투여된다.
전술한 구현예 중 임의의 것에서, CPI-1205는 경구 투여될 수 있다. 전술한 구현예 중 임의의 것에서, 타제메토스타트는 경구 투여될 수 있다. 전술한 구현예 중 임의의 것에서, 발레메토스타트는 경구 투여될 수 있다. 전술한 구현예 중 임의의 것에서, GSK126는 정맥내 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 일일 투여량과 같은 투여량은 하나 이상의 분할된 단위 용량으로, 예컨대 2, 3, 또는 4개의 단위 용량으로, 또는 단일 제형으로 투여된다. 억제제는 단독으로, 약학적으로 허용 가능한 운반체의 존재 하에서, 또는 다른 치료제의 존재 하에서 투여될 수 있다.
당업자는 예를 들어 특정 제제 및 투여 경로에 따라 더 높거나 더 낮은 투여량의 억제제가 사용될 수 있음을 인식할 것이다. 일부 구현예에서, 억제제는 단독으로, 또는 화합물이 하나 이상의 약학적으로 허용 가능한 운반체, 부형제, 또는 희석제와 혼합된 약학 조성물의 형태로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 억제제는 전신으로 치료할 기관(organ) 또는 조직에 국부적으로 투여될 수 있다. 예시적인 투여 경로에는 국소, 주사(예컨대 피하, 근육내, 피부내, 복강내, 종양내, 및 정맥내), 경구, 설하, 직장, 경피, 비강내, 질 및 흡입 경로가 포함되나 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 투여 경로는 경구, 비경구, 직장, 비강, 국소, 또는 안구 경로, 또는 흡입이다. 일부 구현예에서, 억제제는 경구로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 캡슐, 제형 및 분말과 같은 고체 제형 형태로, 또는 엘릭시르제, 시럽 및 현탁액과 같은 액체 제형 형태로 경구 투여된다.
환자의 질병 개선이 일어나면, 단위 용량은 예방적 또는 유지 치료를 위해 조정될 수 있다. 예를 들어, 투여량 또는 투여 빈도, 또는 둘 모두는 증상의 조절에 따라서 원하는 치료 또는 예방 효과가 유지되는 수준으로 감소될 수 있다. 증상이 적절한 수준으로 완화되면, 치료를 중단할 수 있다. 하지만 환자는 증상의 재발 시 장기적 기준에서 간헐적 치료가 필요할 수 있다. 환자는 또한 장기적 기준에서 만성 치료가 필요할 수 있다.
B. 면역 요법 또는 세포 요법의 투여
본원에 제공된 방법, 조성물, 조합물, 키트 및 용도의 일부 구현예에서, 병용 요법은 대상체에게 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 요법은 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포) 또는 T 세포 결합 요법이다. 이러한 요법은 기재된 바와 같이 하나 이상의 EZH2 억제제의 투여 이전, 이후, 투여와 동시에 투여될 수 있다.
1. T 세포 결합 요법
일부 구현예에서, 면역요법은 T 세포 상에서 발현되는 표면 분자에 결합할 수 있는 결합 분자이거나 이를 포함하는 T 세포-결합 요법이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 표면 분자는 T 세포 수용체 복합체의 구성 요소와 같은 T 세포의 활성화 구성 요소이다. 일부 구현예에서, 표면 분자는 CD3 또는 CD2이다. 일부 구현예에서, T 세포 결합 요법은 항체 또는 항원 결합 단편이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 결합 요법은 T 세포의 활성화 성분(예: T 세포 표면 분자, CD3 또는 CD2)에 결합하는 적어도 하나의 항원 결합 도메인 및 종양 또는 암 세포 상의 표면 항원, 예를 들어, 본원에 기술된 열거된 항원 중 임의의 것(예: CD19)과 같은 표적 세포 상의 표면 항원에 결합하는 적어도 하나의 항원 결합 도메인을 함유하는 이중특이적 항체이다. 일부 구현예에서, 이러한 항체의 표적 둘 다에 대한 동시적 또는 거의 동시적 결합은 표적 세포와 T 세포 사이의 일시적인 상호작용을 야기할 수 있고, 이에 의해 활성화, 예를 들어, T 세포의 세포독성 활성 및 표적 세포의 후속 용해를 야기한다.
일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저(BiTE)는 제공된 방법, 용도, 제조 물품과 관련하여 사용된다. 일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저는 2개의 특정 항원(또는 마커 또는 리간드)에 대해 특이성을 갖는다. 일부 구현예에서, 항원은 특정 유형의 세포 표면 상에 발현된다. 특정 구현예에서, 첫 번째 항원은 면역 세포 또는 조작된 면역 세포와 연관되고, 두 번째 항원은 암과 같은 특정 질병 또는 병태의 표적 세포와 연관된다.
두 가지 다른 하이브리도마의 융합(Milstein and Cuello, Nature 1983;305:537-540) 및 이종이기능성 교차 링커를 통한 화학적 테더링(Staerz et al. Nature 1985; 314:628-631)을 포함하여 이중특이성 T 세포 인게이저를 생산하는 수많은 방법이 알려져 있다. 예시적인 이중특이성 항체 T 세포-결합 분자는 가요성 링커에 의해 융합된 탠덤 scFv 분자를 함유하는 분자(예: Nagorsen and Bauerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011) 참조); 예를 들어 가요성 링커를 통해 서로 융합되고 안정한 회합이 가능한 첫 번째 및 두 번째 서브유닛으로 구성된 Fc 도메인을 추가로 포함하는 탠덤 scFv 분자 (WO2013026837); 탠덤 디아바디를 포함하는 디아바디 및 이의 유도체(Holliger et al, Prot Eng 9, 299-305 (1996); Kipriyanov et al, J Mol Biol 293, 41-66 (1999)); C-말단 이황화 다리를 갖는 디아바디 형식을 포함할 수 있는 이중 친화성 재표적화(DART) 분자; 또는 전체 하이브리드 마우스/랫트 IgG 분자를 포함하는 트리오맙(Seimetz et al, Cancer Treat Rev 36, 458-467 (2010)을 포함하는 것이다.
특정 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저는 폴리펩타이드 구조물에 의해 암호화된 분자이다. 특정 구현예에서, 폴리펩타이드 구조물은 면역 세포 또는 조작된 면역 세포의 활성화 부분에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제1 구성요소, 및 표면 항원(예를 들어, 특정 질병 또는 병태(예: 암)와 관련이 있는 표적 또는 종양 관련 항원 (TAA))에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제2 구성요소를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 구성요소는 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 제1 구성 요소는 CD33 신호 펩타이드를 암호화하는 리더 서열에 연결된다.
일부 구현예에서, 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단까지 포함하는 구조물: T 세포의 활성화 부분에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제1 구성요소, 펩타이드 링커, 및 질병 또는 병태(예: 암)와 관련된 표면 항원(예: 표적 또는 종양 관련 항원(TAA))에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제2 구성요소를 포함한다.
일부 관점에서, T 세포의 활성화 성분은 CD3 또는 CD2와 같은 T 세포 표면 분자이다. 일부 구현예에서, 표적 세포의 표면 항원은 종양 관련 항원(TAA)이다. 일부 관점에서, TAA는 하나 이상의 에피토프를 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드 링커는 절단 가능한 펩타이드 링커이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저의 제1 구성요소의 항원 결합 도메인은 종양 주변부의 내인성 면역 세포 상의 수용체와 맞물린다. 일부 구현예에서, 내인성 면역 세포는 T 세포이다. 일부 관점에서, 내인성 T 세포 수용체의 결합은 내인성 T 세포를 종양으로 재지시한다. 일부 관점에서, 내인성 T 세포 수용체의 결합은 종양 침윤 림프구(TIL)를 종양으로 모집한다. 일부 관점에서, 내인성 T 세포 수용체의 결합은 내인성 면역 레퍼토리를 활성화한다.
일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저의 표적(예: 면역 세포 및 TAA) 둘 다에 대한 동시적 또는 거의 동시적 결합은 표적 세포와 T 세포 사이의 일시적인 상호작용을 야기할 수 있고, 이에 의해 활성화, 예를 들어, T 세포의 세포독성 활성, 사이토카인 방출 및 표적 세포의 후속 용해를 야기한다.
일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저의 제1 구성요소는 T 세포의 활성화 성분에 결합하는 항원 결합 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포의 활성화 성분은 표면 분자이다. 일부 구현예에서, 표면 분자는 T 세포 항원이거나 이를 포함한다. 예시적인 T-세포 항원은 CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD8, CD25, CD28, CD30, CD40, CD44, CD45, CD69 및 CD90을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 일부 관점에서, 이중특이성 T 세포 결합 분자와 T 세포 항원의 결합은 T 세포를 자극 및/또는 활성화시킨다.
일부 구현예에서, 항-T 세포 결합 도메인은 Fab 단편, F(ab')2 단편, Fv 단편, scFv, scAb, dAb, 단일 도메인 중쇄 항체, 및 단일 도메인 경쇄 항체로 구성된 군에서 선택되는 항체 또는 그의 항원 결합 단편을 포함한다.
일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저 상의 T 세포 결합 도메인은 항-CD3이다. 일부 관점에서, 항-CD3 도메인은 scFv이다. 일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저의 항-CD3 도메인은 T 세포 상의 수용체에 있는 CD3 복합체의 서브유닛에 결합한다. 일부 관점에서, 수용체는 내인성 T 세포에 있다. 일부 구현예에서, 수용체는 재조합 수용체를 추가로 발현하는 조작된 면역 세포 상에 있다. T 세포의 CD3 결합 효과는 당업계에 잘 알려져 있으며, T 세포 활성화 및 기타 하류 세포 신호전달을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 이러한 이중특이성 T 세포 인게이저 중 임의의 것이 본 명세서에 제공된 개시내용에서 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 질병 또는 병태와 관련된 표면 항원에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 이중특이성 T 세포 인게이저의 제2 구성요소는 종양 또는 암 항원이다. 일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저에 의해 표적화되는 항원 중에는 입양 세포 요법을 통해 표적화될 질병, 병태 또는 세포 유형의 맥락에서 발현되는 것들이 있다. 질병 및 병태 중에는 혈액암, 면역계 암, 예컨대 림프종, 백혈병 및/또는 골수종, 예컨대 B, T 및 골수성 백혈병, 림프종 및 다발성 골수종을 포함한 암 및 종양을 포함한 증식성, 신생물성 및 악성 질병 및 장애가 있다.
일부 구현예에서, 항원은 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9; CAIX 또는 G250으로도 공지), 암-고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG; NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 절단형 표피 성장 인자 단백질(tEGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPCR5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG; 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1; TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2; 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1), 병원체 특이적 또는 병원체 발현 항원, 또는 보편적 꼬리표(universal tag) 관련 항원, 및/또는 비오틴화 분자들 및/또는 HIV, HCV, HBV 또는 다른 병원체에 의해 발현된 분자들을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 다수의 공지된 B 세포 표지자 중 어느 하나와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 제1 항원 결합 도메인 및 제2 항원 결합 도메인을 포함하는 두 항원 결합 도메인은 항체 또는 항원 결합 단편을 포함한다.
본 명세서에서 용어 "항체(antibody)"는 가장 넓은 의미로 사용되며, 온전한 항체 및 기능성(항원-결합) 항체 단편을 포함하는 다클론성 및 단클론성 항체를 포함하며, 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 단편 항원 결합(Fab) 단편, F(ab')2 단편, Fab' 단편, Fv 단편, 재조합 IgG(rIgG) 단편, 가변 중쇄(VH) 영역, 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 포함한 단일 사슬 항체 단편 및 단일 도메인 항체(예를 들어, sdAb, sdFv) 또는 단편을 포함한다. 상기 용어는 유전자 조작된 및/또는 달리 변형된 형태의 면역글로불린, 예컨대 인트라바디(intrabodies), 펩티바디(peptibodies), 키메라 항체, 완전한 인간 항체, 인간화된 항체 및 이종 접합 항체, 다중특이성(예를 들어, 이중 특이성) 항체, 디아바디(diabodies), 트리아바디(triabodies) 및 테트라바디(tetrabodies), 탠덤 디-scFv, 탠덤 트리-scFv를 포괄한다. 달리 언급되지 않는 한, 용어 "항체"는 이의 기능성 항체 단편을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 상기 용어는 또한 IgG 및 이의 하위 클래스, IgM, IgE, IgA 및 IgD를 포함하는 임의의 클래스 또는 하위 클래스의 항체를 포함하는 온전한 또는 전장 항체를 포괄한다.
일부 구현예에서, 항원 결합 단백질, 항체 및 이의 항원 결합 단편은 전장 항체의 항원을 특이적으로 인식한다. 일부 구현예에서, 항체의 중쇄 및 경쇄는 전장일 수 있거나 또는 항원 결합 부분(Fab, F(ab')2, Fv 또는 단일 사슬 Fv 단편(scFv))일 수 있다. 다른 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역은 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA1, IgA2, IgD 및 IgE로부터 선택되고, 구체적으로 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4로부터 선택되고, 더 구체적으로, IgG1(예를 들어, 인간 IgG1)로부터 선택된다. 다른 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역은 예를 들어, 카파 또는 람다, 특히 카파로부터 선택된다.
제공된 항체 중에는 항체 단편이 있다. "항체 단편(antibody fragment)"은 온전한 항체가 결합하는 항원에 결합하는 온전한 항체의 일부를 포함하는 온전한 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 가변 중쇄(VH) 영역, scFv와 같은 단일 사슬 항체 분자 및 단일 도메인 VH 단일 항체; 및 항체 단편들로부터 형성된 다중특이성 항체를 포함하나 이에 한정되지 않는다. 구체적인 구현예에서, 항체는 scFv와 같은, 가변 중쇄 영역 및/또는 가변 경쇄 영역을 포함하는 단일 사슬 항체 단편이다.
용어 "가변 영역(variable region)" 또는 "가변 도메인(variable domain)"은 항체가 항원에 결합하는 데 관여하는 항체의 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 지칭한다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄(각각 VH 및 VL) 가변 도메인은 일반적으로 유사한 구조를 가지며, 각각의 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역(framework region, FR) 및 3개의 CDR을 포함한다. (예를 들어, 문헌[Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)]을 참조한다). 단일 VH 또는 VL 도메인은 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 또한, 특정 항원에 결합하는 항체는 상보적 VL 또는 VH 도메인 라이브러리를 각각 선별하기 위해 항원에 결합하는 항체로부터의 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)]을 참조한다.
단일 도메인 항체(sdAb)는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 구현예에서, 단일 도메인 항체는 인간 단일 도메인 항체이다. 일부 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저는 본원에 기술되거나 공지된 표적 항원 중 어느 하나와 같이, 종양 세포 또는 암세포와 같은 표적화될 세포 또는 질병의 암 표지자 또는 세포 표면 항원과 같은 항원에 특이적으로 결합하는 항체 중쇄 도메인을 포함한다. 예시적인 단일 도메인 항체는 sdFv, 나노바디, VHH 또는 VNAR을 포함한다.
항체 단편은 온전한 항체의 단백질 가수 분해 소화 및 재조합 숙주 세포에 의한 생산을 포함하나 이에 한정되지 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 합성 링커, 예를 들어 펩타이드 링커에 의해 연결된 둘 이상의 항체 영역 또는 사슬을 갖는 것과 같이 자연적으로 발생하지 않고/거나 자연적으로 발생하는 온전한 항체의 효소 소화에 의해 생성되지 않을 수 있는 배열을 포함하는 단편과 같은 재조합으로 생성된 단편이다. 일부 구현예에서, 항체 단편은 scFv이다.
"인간화된(humanized)" 항체는, 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 아미노산 잔기가 비인간 CDR로부터 유래되고 모든 또는 실질적으로 모든 FR 아미노산 잔기가 인간 FR로부터 유래된, 항체이다. 인간화된 항체는 선택적으로 인간 항체로부터 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 비인간 항체의 "인간화된 형태(humanized form)"는 모체 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 유지하면서, 통상적으로 인간에 대한 면역원성을 감소시키기 위해 인간화를 거친 비인간 항체의 변이체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체의 일부 FR 잔기는 비인간 항체(예를 들어, CDR 잔기가 유래된 항체)의 해당 잔기로 치환되어 예를 들어, 항체 특이성 또는 친화도가 회복되거나 개선된다.
특정 구현예에서, 항원 결합 도메인은 단일 사슬 가변 단편(scFv)이다. 일부 구현예에서, scFv는 중쇄 및 경쇄를 포함하는 탠덤 scFv이다. 일부 구현예에서, 중쇄 및 경쇄는 펨타이드 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 링커는 주로 세린과 글리신으로 구성된다. 일부 관점에서, 중쇄와 경쇄의 연결은 단일 폴리펩타이드 항원 결합 도메인을 형성한다.
특정 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저의 제1 항원 결합 도메인은 항-CD3 scFv이다. 특정 구현예에서, 이중특이성 T 세포 인게이저의 제2 항원 결합 도메인은 항-CD19 scFv이다.
일부 관점에서, 이중특이성 T 세포 인게이저 폴리펩타이드 구조물은 T 세포의 활성화 부분에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제1 구성요소를 표면 항원(예: 특정 질병 또는 병태와 관련된 표적 또는 종양 관련 항원(TAA))에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제2 구성요소에 연결하는 링커를 함유한다. 일부 관점에서, 링커는 짧은, 중간 또는 긴 링커이다.
일부 구현예에서, 링커는 절단 가능한 펩타이드 링커이다. 일부 관점에서, 절단 가능한 링커는 프로테아제에 대한 기질인 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 서열은 생체내 조건하에서 끊어질 수 있는 결합을 포함한다. 일부 경우에, 링커 서열은 생리학적 환경에 존재하는 프로테아제에 의해 선택적으로 절단된다. 일부 관점에서, 환경은 종양 미세 환경과 분리되어 있다. 일부 구현예에서, 프로테아제는 종양 주변에서 발견된다.
일부 구현예에서, 선택적으로 절단 가능한 링커는 종양과 함께 국소화되지 않는 세포에 의해 생성된 프로테아제에 의해 절단된다. 일부 구현예에서, 선택적으로 절단 가능한 링커는 종양 미세 환경 근처에 있는 프로테아제에 의해 절단되지 않는다. 일부 구현예에서, 프로테아제에 의한 링커의 절단은 이중특이성 T 세포 결합 분자를 불활성화시킨다. 일부 구현예에서, 프로테아제는 대상체의 순환 혈액에서 발견된다. 일부 구현예에서, 프로테아제는 내인성 또는 외인성 응고 경로의 일부이다. 일부 관점에서, 프로테아제는 세린 프로테아제이다. 일부 관점에서, 프로테아제는 트롬빈, 인자 X, 인자 XI, 인자 XII 및 플라스민을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
이러한 예시적인 이중특이성 항체 T 세포-인게이저 중에는 가요성 링커에 의해 융합된 탠덤 scFv 분자를 함유하는 분자(예: Nagorsen and Bauerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011) 참조); 예를 들어 가요성 링커를 통해 서로 융합되고 안정한 회합이 가능한 첫 번째 및 두 번째 서브유닛으로 구성된 Fc 도메인을 추가로 포함하는 탠덤 scFv 분자 (WO2013026837); 탠덤 디아바디를 포함하는 디아바디 및 이의 유도체(Holliger et al, Prot Eng 9, 299-305 (1996); Kipriyanov et al, J Mol Biol 293, 41-66 (1999)); C-말단 이황화 다리를 갖는 디아바디 형식을 포함할 수 있는 이중 친화성 재표적화(DART) 분자; 또는 전체 하이브리드 마우스/랫트 IgG 분자를 포함하는 트리오맙(Seimetz et al, Cancer Treat Rev 36, 458-467 (2010)을 포함하는 이중특이성 T 세포 인게이저 (BiTE) 분자가 있다. 일부 구현예에서, T 세포 결합 요법은 블리나투모맙 또는 AMG 330이다. 이러한 T 세포-인게이저 중 임의의 것이 제공된 방법에 사용될 수 있다.
면역 체계 자극제 및/또는 T 세포 결합 요법은, 임의의 적합한 수단, 예를 들어 볼루스 주입, 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사, 안구내(intraocular) 주사, 안구주위(periocular) 주사, 망막하(subretinal) 주사, 유리체내(intravitreal) 주사, 중격-경유성(trans-septal) 주사, 공막하(subscleral) 주사, 맥락막내(intrachoroidal) 주사, 전방내(intracameral) 주사, 결막하 주사(subconjectval injection, subconjuntival injection), 서브 테논(sub-Tenon) 주사, 안구뒤(retrobulbar) 주사, 안구주위(peribulbar) 주사 또는 후부 점막 주사(posterior juxtascleral) 전달에 의해 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역 요법은 비경구, 폐내 및 비강내 및 국소 치료가 바람직한 경우 병변내 투여에 의해 투여된다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내, 흉부내, 두개내 또는 피하 투여를 포함한다.
특정 구현예에서, T 세포 결합 요법의 1회 이상의 용량이 투여된다. 특정 구현예에서, (약) 0.001 μg 내지 (약) 5,000 μg (수치 포함)의 T 세포 결합 요법이 투여된다. 특정 구현예에서, (약) 0.001 μg 내지 1,000 μg, 0.001 μg 내지 1 μg, 0.01 μg 내지 1 μg, 0.1 μg 내지 10 μg, 0.01 μg 내지 1 μg, 0.1 μg 내지 5 μg, 0.1 μg 내지 50 μg, 1 μg 내지 100 μg, 10 μg 내지 100 μg, 50 μg 내지 500 μg, 100 μg 내지 1,000 μg, 1,000 μg 내지 2,000 μg, 또는 2,000 μg 내지 5,000 μg의 T 세포 결합 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, T 세포 결합 요법의 용량은 약 0.01㎍/kg 내지 100mg/kg, 0.1 μg/kg 내지 10 μg/kg, 10 μg/kg 내지 50 μg/kg, 50 μg/kg 내지 100 μg/kg,0.1 mg/kg 내지 1 mg/kg,1 mg/kg 내지 10 mg/kg,10 mg/kg 내지 100 mg/kg, 100 mg/kg 내지 500 mg/kg, 200 mg/kg 내지 300 mg/kg, 100 mg/kg 내지 250 mg/kg, 200 mg/kg 내지 400 mg/kg, 250 mg/kg 내지 500 mg/kg, 250 mg/kg 내지 750 mg/kg, 50 mg/kg 내지 750 mg/kg, 1 mg/kg 내지 10 mg/kg, 또는 100 mg/kg 내지 1,000 mg/kg이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 결합 요법의 용량은 적어도 (약) 0.1 μg/kg, 0.5 μg/kg, 1 μg/kg, 5 μg/kg, 10 μg/kg, 20 μg/kg, 30 μg/kg, 40 μg/kg, 50 μg/kg, 60 μg/kg, 70 μg/kg, 80 μg/kg, 90 μg/kg, 0.1 mg/kg, 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2.5 mg/kg, 5 mg/kg, 10 mg/kg, 15 mg/kg, 20 mg/kg, 25 mg/kg, 30 mg/kg, 35 mg/kg, 40 mg/kg, 45 mg/kg, 50 mg/kg, 55 mg/kg, 60 mg/kg, 65 mg/kg, 70 mg/kg, 75 mg/kg, 80 mg/kg, 85 mg/kg, 90 mg/kg, 95 mg/kg, 100 mg/kg, 200 mg/kg, 300 mg/kg, 400 mg/kg, 500 mg/kg, 600 mg/kg, 700 mg/kg, 800 mg/kg, 900 mg/kg, 또는 1,000 mg/kg이거나, 또는 (약) 0.1 μg/kg, 0.5 μg/kg, 1 μg/kg, 5 μg/kg, 10 μg/kg, 20 μg/kg, 30 μg/kg, 40 μg/kg, 50 μg/kg, 60 μg/kg, 70 μg/kg, 80 μg/kg, 90 μg/kg, 0.1 mg/kg, 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2.5 mg/kg, 5 mg/kg, 10 mg/kg, 15 mg/kg, 20 mg/kg, 25 mg/kg, 30 mg/kg, 35 mg/kg, 40 mg/kg, 45 mg/kg, 50 mg/kg, 55 mg/kg, 60 mg/kg, 65 mg/kg, 70 mg/kg, 75 mg/kg, 80 mg/kg, 85 mg/kg, 90 mg/kg, 95 mg/kg, 100 mg/kg, 200 mg/kg, 300 mg/kg, 400 mg/kg, 500 mg/kg, 600 mg/kg, 700 mg/kg, 800 mg/kg, 900 mg/kg, 또는 1,000 mg/kg이다. 특정 구현예에서, T 세포 결합 요법은 경구, 정맥내, 복강내, 경피, 척추강내, 근육내, 비강내, 경점막, 피하 또는 직장으로 투여된다.
2. 세포 요법
일부 구현예에서, 요법은 종양 또는 암과 같은 병변의 표면에 발현되는 분자를 표적화하는 세포, 예컨대 면역 세포, 예를 들어 T 세포의 투여이거나 이를 포함하는 세포 기반 요법이다. 일부 관점에서, 세포 요법은 종양 침윤 림프구(TIL) 요법, 자연 사멸(NK) 세포 요법, 형질전환 TCR 요법, 또는 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법인, 선택적으로 T 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법이다 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하도록 조작된 T 세포를 투여하는 것을 포함한다. 일부 관점에서, T 세포 요법은 암과 관련된 항원, 예를 들어 B 세포 악성 종양(예: 만성 림프구성 백혈병(CLL) 또는 비호지킨 림프종(NHL) 또는 이의 아형)과 관련된 항원을 특이적으로 인식 및/또는 표적화하는 T 세포를 포함하는 입양 T 세포 요법이다. 일부 관점에서, T 세포 요법은 항원에 결합하는, 예를 들어 특이적으로 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)로 조작된 T 세포를 포함한다. 일부 경우에, T 세포 요법에 의해 표적화되는 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 면역 세포는 T 세포 수용체(TCR) 또는 다른 항원 결합 수용체를 발현한다. 일부 구현예에서, 면역 세포는 형질전환 TCR 또는 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 재조합 수용체를 발현한다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 대상체 자가(autologous)이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 대상체에 대해 동종이계(allogeneic)이다. 제공된 방법에 사용하기 위한 이러한 세포 요법(예: T 세포 요법)의 예는 아래에 설명되어 있다.
일부 구현예에서, 제공된 세포는 리간드 결합 도메인 또는 이의 결합 단편, T 세포 수용체(TCR) 및 이의 성분, 및/또는 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 기능성 비TCR 항원 수용체를 함유하는 것을 포함한 재조합 수용체와 같은 수용체를 발현하고/거나 발현하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 리간드 결합 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 항원 인식 도메인을 함유하는 CAR이다. 일부 구현예에서, 항원과 같은 리간드는 세포의 표면 상에 발현된 단백질이다. 일부 구현예에서, CAR은 TCR 유사 CAR이고 항원은 TCR과 마찬가지로 주요 조직적합성 복합체(major histocompatibility complex, MHC) 분자의 맥락에서 세포 표면 상에서 인식되는 세포내 단백질의 펩타이드 항원과 같은 가공된 펩타이드 항원이다.
일부 구현예에서, 제공된 방법과 관련하여 사용 또는 투여되는 세포는 조작된 수용체, 예를 들어 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 조작된 항원 수용체 또는 T 세포 수용체(TCR)를 함유하거나 함유하도록 조작된다. 조성물 중에는 예컨대 입양 세포 요법을 위한 투여용 약학 조성물 및 제형이 있다. 제공된 방법, 및/또는 제공된 제조품 또는 조성물에 부합되게, 대상체, 예를 들어 환자에게 세포 및 조성물을 투여하기 위한 치료 방법이 또한 제공된다.
재조합 수용체를 함유하는 조작된 세포를 포함한 조작된 세포가 아래 섹션 II에 기술된다. CARs 및 재조합 TCRs을 포함하는 예시적 재조합 수용체 및 상기 수용체를 조작하고 세포 내로 도입하는 방법은 예를 들어 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO200014257, WO2013126726, WO2012/129514, WO2014031687, WO2013/166321, WO2013/071154, WO2013/123061, 미국 특허 출원 공개 번호 US2002131960, US2013287748, US20130149337, 미국 특허 번호 6,451,995, 7,446,190, 8,252,592, 8,339,645, 8,398,282, 7,446,179, 6,410,319, 7,070,995, 7,265,209, 7,354,762, 7,446,191, 8,324,353 및 8,479,118 및 유럽 특허 출원 번호 EP2537416]에 기재된 것들 및/또는 문헌[Sadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75]에 기재된 것들을 포함한다. 일부 측면에서, 유전자 조작된 항원 수용체는 문헌[미국 특허 번호 7,446,190]에 기재된 바와 같은 CAR 및 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO/2014055668 A1]에 기재된 것을 포함한다.
입양 세포 요법을 위한 세포의 투여 방법 및 용도가 공지되어 있으며 제공된 방법, 조성물 및 제조품 및 키트와 관련하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 입양 T 세포 요법 방법은 예를 들어 문헌[미국 특허 출원 공개 번호 2003/0170238(Gruenberg et al); 미국 특허 번호 4,690,915(Rosenberg); Rosenberg (2011) Nat Rev Clin Oncol. 8(10):577-85]에 기재되어 있다. 예를 들어, 문헌[Themeli et al. (2013) Nat Biotechnol. 31(10): 928-933; Tsukahara et al. (2013) Biochem Biophys Res Commun 438(1): 84-9; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338]을 참조한다.
일부 구현예에서, 세포 요법(예를 들어, 입양 T 세포 요법)은 자가 전달에 의해 수행되며, 세포는 세포 요법을 받을 예정인 대상체로부터 또는 상기 대상체로부터 유래된 샘플로부터 단리 및/또는 달리 제조된다. 따라서, 일부 관점에서, 세포는 치료가 필요한 대상체, 예를 들어, 환자로부터 유래되고, 세포는 단리 및 가공 후에 동일한 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 세포 요법(예를 들어, 입양 T 세포 요법)은 동종이계 전달에 의해 수행되며, 세포는 세포 요법을 받을 예정이거나 최종적으로 받은 대상체, 예를 들어 제1 대상체 외의 대상체로부터 단리 및/또는 달리 제조된다. 상기 구현예에서, 세포는 이어서 같은 종의 상이한 대상체, 예를 들어, 제2 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 대상체는 유전적으로 동일하다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 대상체는 유전적으로 유사하다. 일부 구현예에서, 제2 대상체는 제1 대상체와 동일한 HLA 클래스(HLA class) 또는 수퍼타입(supertype)을 발현한다.
T 세포 요법의 세포는 투여를 위해 제형화된 조성물 또는 대안적으로 별도의 투여를 위해 제형화된 하나 이상의 조성물(예를 들어, 2개의 조성물)로 투여될 수 있다. 단위 용량(들)의 세포는 특정 수 또는 상대적인 수의 세포 또는 조작된 세포의 특정 수 또는 상대적인 수 및/또는 CD4 대 CD8 T 세포와 같은 조성물 내에 2개 이상의 하위 유형의 정의된 비율 또는 조성물을 포함할 수 있다.
세포는 임의의 적합한 수단에 의해 투여될 수 있다. 세포는 종양 부담의 감소와 같은 치료 효과를 달성하기 위한 용량 요법으로 투여된다. 용량 및 투여는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)과 같은 세포 요법의 투여 개시 이전, 이후 및/또는 와 동시에 투여될 수 있는 EZH2 억제제의 투여 일정에 따라 부분적으로 달라질 수 있다. 세포 요법의 다양한 투약 일정은 다양한 시점에 걸쳐 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
a. 조성물 및 제형
일부 구현예에서, 재조합 항원 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR로 조작된 세포를 포함하는 T 세포 요법과 같은 세포 요법의 단위 용량의 세포는 약학 조성물 또는 제형과 같은 조성물 또는 제형으로 제공된다. 상기 조성물은 예컨대 B 세포 악성 종양의 치료에서 제공된 방법 및/또는 제공된 제조품 또는 조성물과 부합되게 사용될 수 있다.
용어 "약학적 제형(pharmaceutical formulation)"은 그 안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적일 수 있도록 하는 형태이고, 상기 제형이 투여되는 대상체에 허용 가능하지 않을 정도로 독성인 추가 성분을 함유하지 않는 조제품(preparation)을 지칭한다.
"약학적으로 허용 가능한 운반체(pharmaceutically acceptable carrier)"는 활성 성분 외의 약학적 제형 안에 있는 성분을 지칭하고, 이는 대상체에 무독성이다. 약학적으로 허용 가능한 운반체는 완충제, 부형제, 안정제 또는 보존제를 포함하나 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, 조작된 T 세포(예를 들어 CAR T 세포)와 같은 세포 요법은 약학적으로 허용 가능한 운반체와 함께 제형화된다. 일부 관점에서, 운반체의 선택은 특정 세포 또는 제제 및/또는 투여 방법에 의해 부분적으로 결정된다. 따라서, 적합한 제형이 다양하게 존재한다. 예를 들어, 약학 조성물은 보존제를 함유할 수 있다. 적합한 보존제는 예를 들어, 메틸파라벤, 프로필파라벤, 벤조산 나트륨 및 염화 벤잘코늄을 포함할 수 있다. 일부 관점에서, 2개 이상의 보존제의 혼합물이 사용된다. 보존제 또는 이의 혼합물은 통상적으로 전체 조성물의 약 0.0001% 내지 약 2 중량%의 양으로 존재한다. 운반체는 예를 들어, 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)]에 기술되어 있다. 약학적으로 허용 가능한 운반체는 사용된 용량 및 농도에서 일반적으로 수용체(recipient)에게 무독성이며, 인산염, 구연산염 및 기타 유기산과 같은 완충제; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함한 항산화제; 보존제(예컨대 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤잘코늄 클로라이드; 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 메틸 또는 프로필 파라벤과 같은 알킬 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로 헥사놀; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량(약 10 잔기 미만) 폴리펩타이드; 혈청 알부민, 젤라틴 또는 면역글로불린과 같은 단백질; 폴리비닐피롤리돈과 같은 친수성 중합체; 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신과 같은 아미노산; 글루코스, 마노스 또는 덱스트린을 포함하는 단당류, 이당류 및 다른 탄수화물; EDTA와 같은 킬레이트제; 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 솔비톨과 같은 설탕; 나트륨과 같은 염 형성 반대 이온; 금속 복합체(예를 들어, Zn-단백질 복합체); 및/또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)과 같은 비이온 계면활성제가 포함되나 이에 한정되지 않는다.
일부 관점에서 완충제가 조성물에 포함된다. 적합한 완충제에는 예를 들어, 구연산, 구연산 나트륨, 인산, 인산 칼륨 및 다양한 다른 산 및 염이 포함된다. 일부 관점에서, 2개 이상의 완충제의 혼합물이 사용된다. 완충제 또는 이의 혼합물은 통상적으로 전체 조성물의 약 0.001중량% 내지 약 4 중량%의 양으로 존재한다. 투여 가능한 약학 조성물의 제조 방법은 공지되어 있다. 예시적인 방법이 예를 들어, 문헌[Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams & Wilkins; 21st ed. (May 1, 2005)]에 보다 상세하게 기술되어 있다.
제형에는 수용액이 포함될 수 있다. 제형 또는 조성물은 또한 세포 또는 제제로 치료될 특정 징후, 질병 또는 병태에 유용한 하나 이상의 활성 성분을 함유할 수 있으며, 여기서 각각의 활성이 서로 악영향을 미치지 않는다. 상기 활성 성분은 의도된 목적에 효과적인 양으로 조합하여 적합하게 존재한다. 따라서, 일부 구현예에서, 약학 조성물은 화학요법제, 예를 들어 아스파라기나아제, 부설판, 카보플라틴, 시스플라틴, 다우노루비신, 독소루비신, 플루오로우라실, 젬시타빈, 히드록시우레아, 메토트렉세이트, 파클리탁셀, 리툭시맙, 빈블라스틴, 빈크리스틴 등과 같은 다른 약학적 활성제 또는 의약물을 더 포함한다.
일부 구현예에서, 약학 조성물은 치료적 유효량 또는 예방적 유효량과 같이 질병 또는 병태를 치료하기에 효과적인 양으로 세포를 함유한다. 일부 구현예에서, 치료 효능은 치료된 대상체의 주기적인 평가에 의해 모니터링된다. 병태에 따라 며칠 또는 그 이상에 걸쳐 반복 투여되는 경우, 질병 증상의 원하는 억제가 발생할 때까지 치료가 반복된다. 그러나, 다른 투여량 요법이 유용할 수 있고 결정될 수 있다. 원하는 투여량이 조성물의 단일 볼루스 투여, 조성물의 다중 볼루스 투여 또는 조성물의 지속적인 주입 투여에 의해 전달될 수 있다.
세포는 표준 투여 기술, 제형 및/또는 디바이스를 사용하여 투여될 수 있다. 조성물의 저장 및 투여를 위해 주사기 및 바이알과 같은 제형 및 디바이스가 제공된다. 세포에 관하여, 투여는 자가 조직 또는 이종 기원일 수 있다. 예를 들어, 면역 반응성 세포 또는 전구체(progenitor)는 하나의 대상체로부터 수득될 수 있고, 동일한 대상체 또는 상이하고, 양립 가능한 대상체에 투여될 수 있다. 말초 혈액 유래 면역 반응성 세포 또는 이의 자손(예를 들어, 생체 내, 생체 외 시험 또는 시험관 내 유래)은 카테터 투여, 전신 주사, 국소 주사, 정맥내 주사 또는 비경구 투여를 포함하는 국소 주사를 통해 투여될 수 있다. 치료 조성물(예를 들어, 유전자 변형 면역 반응성 세포를 함유하는 약학 조성물)을 투여할 때, 일반적으로 이는 주사 가능한 단위 투여량 형태(용액, 현탁액, 에멀션)로 제형화될 것이다.
제형에는 경구, 정맥내, 복강내, 피하, 폐, 경피, 근육내, 비강내, 볼, 설하 또는 좌약 투여를 위한 것이 포함된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 세포 집단은 비경구적으로 투여된다. 본원에서 사용된 바와 같은 용어 "비경구(parenteral)"는 정맥내, 근육내, 피하, 직장, 질 및 복강내 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제 또는 세포 집단은 정맥내, 복강내 또는 피하 주사에 의한 말초 전신 전달을 사용하여 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서 조성물은 멸균 액체 제제로서, 예를 들어, 등장성 수용액, 현탁액, 에멀션, 분산액 또는 점성 조성물로 제공되며, 이는 일부 관점에서 선택된 pH로 완충될 수 있다. 액체 제제는 일반적으로 겔, 다른 점성 조성물 및 고체 조성물보다 제조가 보다 용이하다. 또한, 액체 조성물은 특히 주사에 의해 투여하기가 다소 더 편리하다. 반면에, 점성 조성물은 적절한 점도 범위 내에서 제형화되어 특정 조직과의 보다 긴 접촉 기간을 제공할 수 있다. 액체 또는 점성 조성물은 예를 들어, 물, 식염수, 인산 완충 식염수, 폴리올(예를 들어, 글리세롤, 프로필렌 글리콜, 액상 폴리에틸렌 글리콜) 및 이의 적합한 혼합물을 함유하는 용매 또는 분산 배지일 수 있는 운반체를 포함할 수 있다.
멸균 주사용 용액은 적합한 운반체, 희석제 또는 멸균수, 생리 식염수, 포도당, 덱스트로스 등과 같은 부형제와의 혼화물과 같은 용매에 세포를 통합함으로써 제조될 수 있다.
생체 내 투여에 사용될 제형은 일반적으로 멸균된다. 멸균은, 예를 들어, 멸균 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성될 수 있다.
b. 투여(dosing)
세포는, 임의의 적합한 수단, 예를 들어 볼루스 주입, 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사, 안구내(intraocular) 주사, 안구주위(periocular) 주사, 망막하(subretinal) 주사, 유리체내(intravitreal) 주사, 중격-경유성(trans-septal) 주사, 공막하(subscleral) 주사, 맥락막내(intrachoroidal) 주사, 전방내(intracameral) 주사, 결막하 주사(subconjectval injection, subconjuntival injection), 서브 테논(sub-Tenon) 주사, 안구뒤(retrobulbar) 주사, 안구주위(peribulbar) 주사 또는 후부 점막 주사(posterior juxtascleral) 전달에 의해 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 이는 비경구, 폐내 및 비강내 및 국소 치료가 바람직한 경우 병변내 투여에 의해 투여된다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 주어진 단위 용량이 세포의 단일 볼루스 투여에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 이는 예를 들어, 3일 이내의 기간에 걸쳐 세포의 다중 볼루스 투여에 의해, 또는 세포의 지속적인 주입 투여에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 단위 용량 또는 임의의 추가 요법, 예를 들어 림프구 고갈 요법, 개입 요법 및/또는 병용 요법의 투여는 통원 전달을 통해 수행된다.
질병의 치료를 위해, 적절한 투여량은 치료될 질병의 유형, 세포 또는 재조합 수용체의 유형, 질병의 중증도 및 진행 과정, 선행 요법, 대상체의 임상 이력 및 세포에 대한 반응 및 주치의의 판단에 따라 달라질 수 있다. 일부 구현예에서 조성물 및 세포는 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 대상체에 적합하게 투여된다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량이 제공된 방법, 및/또는 제공된 제조품 또는 조성물에 부합되게 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 단위 용량의 크기 또는 투여 시기는 대상체에서 특정 질병 또는 병태(예: 암, B 세포 악성 종양)에 대한 작용으로서 결정된다. 일부 경우에, 제공된 기재의 관점에서 특정 질병에 대한 단위 용량의 크기 또는 투약 시기는 경험적으로 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 2 x 105개 세포/kg 내지 (약) 2 x 106개 세포/kg, 예컨대 (약) 4 x 105개 세포/kg 내지 (약) 1 x 106개 세포/kg 또는 (약) 6 x 105개 세포/kg 내지 (약) 8 x 105개 세포/kg를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 대상체 체중 1 킬로그램 당 2 x 105 이내의 세포(예를 들어, 항원 발현, 예컨대 CAR 발현 세포)(세포/kg), 예컨대 (약) 3 x 105 이내의 세포/kg, (약) 4 x 10 5 이내의 세포/kg, (약) 5 x 105 이내의 세포/kg, (약) 6 x 105 이내의 세포/kg, (약) 7 x 105 이내의 세포/kg, (약) 8 x 105 이내의 세포/kg, (약) 9 x 105 이내의 세포/kg, (약) 1 x 106 이내의 세포/kg 또는 (약) 2 x 106 이내의 세포/kg를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 대상체의 체중 1 킬로그램 당 적어도 (약) 또는 (약) 2 x 105의 세포(예를 들어 항원 발현, 예컨대 CAR 발현 세포)(세포/kg), 예컨대 적어도 (약) 또는 (약) 3 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 4 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 5 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 6 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 7 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 8 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 9 x 105 세포/kg, 적어도 (약) 또는 (약) 1 x 106 세포/kg, 또는 적어도 (약) 또는 (약) 2 x 106의 세포/kg를 포함한다.
특정 구현예에서, 세포 또는 세포의 하위 유형의 개별 집단은 (약) 1백만 내지 (약) 1000억 세포의 범위로 및/또는 체중 1kg 당 세포의 양으로, 예컨대, 예를 들어, (약) 1백만 내지 (약) 500억 세포(예를 들어, (약) 5백만 세포, (약) 2천5백만 세포, (약) 5억 세포, (약) 10억 세포, (약) 50억 세포, (약) 200억 세포, (약) 300억 세포, (약) 400억 세포 또는 전술한 수치 중 임의의 2개에 의해 정의되는 범위), (약) 1백만 내지 (약) 500억 세포(예를 들어, (약) 5백만 세포, (약) 2천5백만 세포, (약) 5억 세포, (약) 10억 세포, (약) 50억 세포, (약) 200억 세포, (약) 300억 세포, (약) 400억 세포 또는 전술한 수치 중 임의의 2개에 의해 정의되는 범위), 예컨대 (약) 1천만 내지 (약) 1000억 세포(예를 들어, (약) 2천만 세포, (약) 3천만 세포, (약) 4천만 세포, (약) 6천만 세포, (약) 7천만 세포, (약) 8천만 세포, (약) 9천만 세포, (약) 100억 세포, (약) 250억 세포, (약) 500억 세포, (약) 750억 세포, (약) 900억 세포 또는 전술한 수치 중 임의의 2개에 의해 정의되는 범위) 및 일부 경우에 (약) 1억 세포 내지 (약) 500억 세포(예를 들어, (약) 1억2천만 세포, (약) 2억5천만 세포, (약) 3억5천만 세포, (약) 4억5천만 세포, (약) 6억5천만 세포, (약) 8억 세포, (약) 9억 세포, (약) 30억 세포, (약) 300억 세포, (약) 450억 세포) 또는 상기 범위 사이의 임의의 수치 및/또는 체중 1kg당 세포의 양으로 대상체에 투여된다. 투여량은 질병 또는 장애 및/또는 환자 및/또는 다른 치료의 구체적인 속성에 따라 달라질 수 있다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 2.5 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 2.5 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 5 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 107 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 107 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 5 x 107 내지 (약) 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 108 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 1 x 108 내지 (약) 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, 또는 (약) 2.5 x 108 내지 (약) 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 약 1 x 108개의 CAR-발현 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 약 5 x 107개의 CAR-발현 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 적어도 (약) 1 x 105개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 2.5 x 105개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 5 x 105개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 1 x 106개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 2.5 x 106개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 5 x 106개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 1 x 107개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 2.5 x 107개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 5 x 107개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 1 x 108개 CAR-발현 세포, 적어도 (약) 2.5 x 108개 CAR-발현 세포, 또는 적어도 (약) 5 x 108개 CAR-발현 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 세포의 단위 용량이 대상체의 체표면적 또는 체중에 결부되거나 그에 기초하지 않는 균일한 세포 단위 용량 또는 고정된 세포 단위 용량이다.
일부 구현예에서, 예를 들어, 대상체가 인간인 경우에, 단위 용량은 약 5 x 108개 미만의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 세포, T 세포 또는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를, 예를 들어, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 108개의 상기 세포 수 범위내에서, 예컨대, (약) 2 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107, 1 x 108 2 x 108, 3 x 108, 4 x 108 또는 5 x 108 개의 총 상기 세포 수의 범위내에서, 또는 전술한 수치 중 임의의 두 개 수치 사이의 범위내에서 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 인간인 경우에, 단위 용량은 (약) 1 x 106 내지 (약) 3 x 108개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 세포, 예를 들어 (약) 1 x 107 내지 (약) 2 x 108의 범위, 예컨대 (약) 1 x 107, 5 x 107, 1 x 108 or 1.5 x 108 개의 총 그러한 세포, 또는 전술한 수치 중 임의의 2개 사이의 범위를 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 다중 단위 용량으로 투여받고, 각각의 단위 용량 또는 총 용량은 전술한 수치 중 어느 하나 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 5 x 105 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 T 세포 또는 총 T 세포, 또는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 T 세포 또는 총 T 세포 (각 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 약 1 x 108개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 약 5 x 107개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 단위 용량의 T 세포는 CD4+ T 세포, CD8+ T 세포 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 예를 들어, 대상체가 인간인 경우, CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하는 단위 용량에 포함된 단위 용량의 CD8+ T 세포는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 108개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 CD8+ 세포, 예를 들어, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 108개의 상기 세포의 범위내, 예컨대 (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108개의 총 상기 세포 수, 또는 전술한 수치 중 임의의 2개 사이의 범위내 수를 포함한다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 대상체가 인간인 경우, CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하는 단위 용량에 포함된 단위 용량의 CD8+ T 세포는 약 5x 107개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 CD8+ 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 다중 단위 용량으로 투여받고, 각각의 단위 용량 또는 총 용량은 전술한 수치 중 어느 하나 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108개의 총 재조합 수용체-발현 CD8+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 재조합 수용체-발현 CD8+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108개의 총 재조합 수용체-발현 CD8+ T 세포(각 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108 개의 총 재조합 수용체-발현 CD8+ T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 예를 들어, 대상체가 인간인 경우, CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하는 단위 용량에 포함된 단위 용량의 CD4+ T 세포는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 108개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 CD4+ 세포, 예를 들어, (약) 5 x 106 내지 1 x 108개의 상기 세포의 범위내, 예컨대 (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108개의 총 상기 세포 수, 또는 전술한 수치 중 임의의 2개 사이의 범위내 수를 포함한다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 대상체가 인간인 경우, CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하는 단위 용량에 포함된 단위 용량의 CD4+ T 세포는 약 5x 107개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 CD4+ 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 다중 단위 용량으로 투여받고, 각각의 단위 용량 또는 총 용량은 전술한 수치 중 어느 하나 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108개의 총 재조합 수용체-발현 CD4+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 107개의 총 재조합 수용체-발현 CD4+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108개의 총 재조합 수용체-발현 CD4+ T 세포(각 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108 개의 총 재조합 수용체-발현 CD4+ T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 (약) 5 x 107 총 재조합 수용체-발현 CD4+ T 세포 및 (약) 5 x 107 총 재조합 수용체-발현 CD8+ T 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포, 예를 들어 재조합 수용체-발현 T 세포의 단위 용량이 단일 단위 용량으로 대상체에 투여되거나 2주, 1개월, 3개월, 6개월, 1년 이상의 기간 내에 1회만 투여된다.
입양 세포 요법의 맥락에서, 주어진 "단위 용량(dose)"의 투여는 단일 조성물 및/또는 단일 비중단 투여, 예를 들어 단일 주사 또는 연속 주입으로서 주어진 세포의 양 또는 수의 투여를 포괄하며, 또한 다중 개별 조성물 또는 주입제로 제공된 경우 명시된 기간에 걸쳐, 예컨대 3일 이내에 걸쳐 분할된 단위 용량 또는 복수의 조성물로서 주어진 세포의 양 또는 수의 투여를 포괄한다. 따라서, 일부 맥락에서, 단위 용량은 단일 시점에서 주어진 또는 개시된, 명시된 세포 수의 단일 또는 연속 투여이다. 그러나, 일부 맥락에서, 단위 용량은 3일 동안 또는 2일 동안 하루에 한 번 또는 하루의 기간에 걸쳐 다중 주입에 의한 것과 같이 3일 이내의 기간에 걸쳐 다중 주사 또는 주입으로 투여된다.
따라서, 일부 관점에서, 단위 용량의 세포는 단일 약학 조성물로 투여된다. 일부 구현예에서, 단위 용량의 세포는 총체적으로 단위 용량의 세포를 함유하는 복수의 조성물로 투여된다.
일부 구현예에서, 용어 "분할 단위 용량(split dose)"은 1일 이상에 걸쳐 투여되도록 분할된 단위 용량을 지칭한다. 상기 유형의 투약은 본 방법에 포괄되고 단일 단위 용량으로 간주된다.
따라서, 단위 용량의 세포는 분할 단위 용량, 예를 들어, 시간에 걸쳐 투여되는 분할 단위 용량으로 투여될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 단위 용량은 2일 또는 3일에 걸쳐 대상체에 투여될 수 있다. 분할 투약에 대한 예시적인 방법은 첫 날에 단위 용량의 25%를 투여하고 두 번째 날에 단위 용량의 나머지 75%를 투여하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 단위 용량의 33%가 첫 날에 투여되고 두 번째 날에 나머지 67%가 투여될 수 있다. 일부 관점에서, 단위 용량의 10%가 첫 날에 투여되고, 단위 용량의 30%가 두 번째 날에 투여되며, 단위 용량의 60%가 셋째 날에 투여된다. 일부 구현예에서, 분할 단위 용량은 3일을 초과하는 기간에 걸쳐 나뉘지는 않는다.
일부 구현예에서, 단위 용량의 세포는 복수의 조성물 또는 용액, 예컨대 제1 및 제2, 선택적으로 그 이상의 투여로 투여될 수 있고, 각각은 단위 용량의 세포를 일부 함유한다. 일부 관점에서, 각각이 상이한 세포의 집단 및/또는 아형을 함유하는 복수의 조성물이 별도로 또는 독립적으로 선택적으로 특정 기간 내에 투여된다. 예를 들어, 세포의 집단 및/또는 아형은 각각 CD8+ 및 CD4+ T 세포, 및/또는 각각 CD8+ 및 CD4+ 농축된 집단, 예를 들어, CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포를 포함할 수 있고 각각은 개별적으로 재조합 수용체를 발현하도록 유전자 조작된 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 단위 용량의 투여는 CD8+ T 세포의 단위 용량 또는 CD4+ T 세포의 단위 용량을 포함하는 제1 조성물의 투여 및 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포의 다른 단위 용량을 포함하는 제2 조성물의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 조성물 또는 단위 용량의 투여, 예를 들어, 복수의 세포 조성물의 투여는 세포 조성물의 별도 투여를 수반한다. 일부 관점에서, 별도 투여는 동시에, 또는 임의의 순서로 순차적으로 수행된다. 일부 구현예에서, 단위 용량은 제1 조성물 및 제2 조성물을 포함하고, 제1 조성물 및 제2 조성물은 (약) 0 내지 (약) 12시간 간격으로, (약) 0 내지 (약) 6시간 간격으로 또는 (약) 0 내지 (약) 2시간 간격으로 투여된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물의 투여 개시 및 제2 조성물의 투여 개시는 (약) 2시간 이내, (약) 1시간 이내 또는 (약) 30분 이내의 간격, (약) 15분 이내, (약) 10분 이내 또는 (약) 5분 이내의 간격으로 수행된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물의 투여 개시 및/또는 완료 및 제2 조성물의 투여 개시 및/또는 완료는 (약) 2시간 이내, (약) 1시간 이내 또는 (약) 30분 이내의 간격, (약) 15분 이내, (약) 10분 이내 또는 (약) 5분 이내의 간격으로 수행된다.
일부 구현예에서, 제1 조성물 및 제2 조성물은 대상체에 투여되기 전에 혼합된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물 및 제2 조성물은 투여 전 짧은 시간(예를 들어, (약) 6시간, 5시간, 4시간, 3시간, 2시간, 1.5시간, 1시간, 또는 0.5시간 이내)에 혼합된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물 및 제2 조성물은 투여 직전에 혼합된다.
일부 조성물에서, 제1 조성물, 예를 들어, 단위 용량의 제1 조성물은 CD4+ T 세포를 포함한다. 일부 조성물에서, 제1 조성물, 예를 들어, 단위 용량의 제1 조성물은 CD8+ T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 조성물은 제2 조성물 전에 투여된다.
일부 구현예에서, 단위 용량의 세포 또는 세포 조성물은 CD4+ 세포 발현 재조합 수용체 대 CD8+ 세포 발현 재조합 수용체 및/또는 CD4+ 세포 대 CD8+ 세포의 정의된 비율 또는 표적 비율을 포함하고, 상기 비율은 선택적으로 대략 1:1이거나 대략 1:3 내지 대략 3:1, 예컨대 대략 1:1이다. 일부 구현예에서, 단위 용량의 세포 또는 세포 조성물은 재조합 수용체를 발현하는 CD4+ 세포 대 재조합 수용체를 발현하는 CD8+ 세포 및/또는 CD4+ 세포 대 CD8+ 세포의 정의된 비율 또는 표적 비율을 포함하고, 상기 비율은 선택적으로 대략 1:1이다. 일부 관점에서, 표적 또는 원하는 비율의 상이한 세포 집단(예컨대 CD4+:CD8+ 비율 또는 CAR+CD4+:CAR+CD8+ 비율, 예를 들어, 1:1)을 갖는 조성물 또는 단위 용량의 투여는 집단들 중 하나를 함유하는 세포 조성물의 투여 후 집단들 중 다른 하나를 포함하는 별도의 세포 조성물의 투여를 수반하고, 상기 투여는 표적 또는 원하는 비율이거나 대략적인 표적 또는 원하는 비율로 수행된다. 일부 관점에서, 정의된 비율로 단위 용량의 세포 또는 세포 조성물의 투여는 T 세포 요법의 증폭, 지속성 및/또는 항종양 활성의 향상으로 이어진다.
일부 구현예에서, 대상체는 세포의 다중 단위 용량, 예를 들어 둘 이상의 단위 용량 또는 다중 연속 단위 용량을 받는다. 일부 구현예에서, 두 단위 용량이 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 연속적인 단위 용량, 예를 들어 제2 단위 용량을 첫 번째 단위 용량 후 대략 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 21일에 받는다. 일부 구현예에서, 다중 연속 단위 용량은 제1 단위 용량 후에 투여되어, 추가적인 단위 용량 또는 단위 용량들이 연속 단위 용량의 투여 후에 투여되도록 한다. 일부 관점에서, 추가 단위 용량으로 대상체에 투여되는 세포의 수는 제1 단위 용량 및/또는 연속 단위 용량과 동일하거나 이와 유사하다. 일부 구현예에서, 추가 단위 용량 또는 단위 용량들은 선행 단위 용량들보다 더 크다.
일부 관점에서, 제1 및/또는 연속 단위 용량의 크기는 하나 이상의 기준 예컨대 선행 치료, 예를 들어 화학요법에 대한 대상체의 반응, 대상체에서 질병 부담, 예컨대 종양 부하, 부피, 크기 또는 전이의 정도, 범위 또는 유형, 단계 및/또는 대상체가 독성 결과, 예를 들어 CRS, 대식세포 활성화 증후군, 종양 용해 증후군, 신경 독성을 발달시킬 가능성 또는 발생률 및/또는 투여되는 세포 및/또는 재조합 수용체에 대한 숙주 면역 반응에 기초하여 결정된다.
일부 관점에서, 제1 단위 용량의 투여와 연속 단위 용량의 투여 사이의 시간은 약 9 내지 약 35일, 약 14일 내지 약 28일 또는 15일 내지 27일이다. 일부 구현예에서, 연속 단위 용량의 투여는 제1 단위 용량의 투여 후 약 14일 초과 및 약 28일 미만의 시점에 수행한다. 일부 관점에서, 제1 단위 용량 및 연속 단위 용량 사이 시간은 약 21일이다. 일부 구현예에서, 추가 단위 용량 또는 단위 용량들, 예를 들어, 연속 단위 용량들은 연속 단위 용량 투여 후 투여된다. 일부 관점에서, 추가 연속 단위 용량 또는 단위 용량들은 선행 단위 용량 투여 후 약 14일 이상 및 약 28일 미만에 투여된다. 일부 구현예에서, 추가 단위 용량은 선행 단위 용량 후 약 14일 미만에, 예를 들어, 선행 단위 용량 후 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13일에 투여된다. 일부 구현예에서, 선행 단위 용량 후 약 14일 미만 및/또는 선행 단위 용량 후 약 28일 이상에는 어떤 단위 용량도 투여되지 않는다.
일부 구현예에서, 세포, 예를 들어 재조합 수용체 발현 세포의 단위 용량은 제1 단위 용량의 T 세포 및 연속 단위 용량의 T 세포를 포함한 2 단위 용량(예를 들어, 2배 단위 용량)을 포함하며, 여기서 제1 단위 용량 및 제2 단위 용량 중 하나 또는 둘 모두는 T 세포의 분할 단위 용량 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량은 일반적으로 질병 부담을 감소시키는 데 효과적일 만큼 충분히 크다.
일부 구현예에서, 세포는 원하는 투여량으로 투여되며, 이는 일부 관점에서 원하는 단위 용량 또는 세포 수 또는 세포 유형(들) 및/또는 세포 유형의 원하는 비율을 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서 세포의 투여량은 세포의 총 수(또는 체중 1kg당 수) 및 개별 집단 또는 아형의 원하는 비율, 예컨대 CD4+ 대 CD8+ 비율에 기초한다. 일부 구현예에서, 세포의 투여량은 개별 집단 내 세포 또는 개별 세포 유형의 원하는 총 수(또는 체중 1kg당 수)에 기초한다. 일부 구현예에서, 투여량은 개별 집단에서 원하는 총 세포의 수, 원하는 비율 및 원하는 세포의 총 수와 같은 상기 특성의 조합에 기초한다.
일부 구현예에서, CD8+ 및 CD4+ T 세포와 같은 세포의 집단 또는 아형의 세포는 원하는 T 세포의 단위 용량과 같이 원하는 총 세포의 단위 용량의 허용된 차이로 또는 허용된 차이 내로 투여된다. 일부 관점에서, 원하는 단위 용량은 원하는 세포 수 또는 세포가 투여되는 대상체의 체중 단위 당 원하는 세포 수, 예를 들어 세포/kg이다. 일부 관점에서, 원하는 단위 용량은 최소 세포 수 또는 체중 단위당 최소 세포 수 이상이다. 일부 관점에서, 원하는 단위 용량으로 투여되는 총 세포 중, 개별 집단 또는 하위 유형은 원하는 산출 비율(예컨대 CD4+ 대 CD8+ 비율)로 또는 부근의 비율로, 예를 들어 상기 비율의 특정 허용된 차이 또는 오차 내로 존재한다.
일부 구현예에서, 세포는 CD4+ 세포의 원하는 단위 용량 및/또는 CD8+ 세포의 원하는 단위 용량과 같은 하나 이상의 개별 세포 집단 또는 아형의 세포의 원하는 단위 용량의 허용된 차이 또는 차이 내에서 투여된다. 일부 관점에서, 원하는 단위 용량은 원하는 하위 유형 또는 집단의 세포 수 또는 세포가 투여되는 대상체의 체중 단위당 원하는 상기 세포 수, 예를 들어 세포/kg이다. 일부 관점에서, 원하는 단위 용량은 집단 또는 아형의 최소 세포 수 또는 체중 단위당 집단 또는 아형의 최소 세포 수 이상이다.
따라서, 일부 구현예에서, 투여량은 총 세포의 원하는 고정 단위 용량 및 원하는 비율에 기초하고/거나 하나 이상, 예를 들어 각각의 개별 하위 유형 또는 하위 집단의 원하는 고정 단위 용량에 기초한다. 따라서, 일부 구현예에서, 투여량은 T 세포의 원하는 고정 또는 최소 단위 용량 및 CD4+ 대 CD8+ 세포의 원하는 비율에 기초하고/거나 CD4+ 및/또는 CD8+ 세포의 원하는 고정 또는 최소 단위 용량에 기초한다.
일부 구현예에서, 세포는 CD4+ 및 CD8+ 세포 또는 아형과 같은 다중 세포 집단 또는 아형의 원하는 산출 비율의 허용된 범위에서 또는 범위 내에서 투여된다. 일부 관점에서, 원하는 비율은 특정 비율일 수 있거나 비율의 범위일 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 원하는 비율(예를 들어, CD4+ 대 CD8+ 세포의 비율)은 (약) 5:1 내지 (약) 5:1(또는 약 1:5 초과 내지 약 5:1 미만), 또는 (약) 1:3 내지 (약) 3:1(또는 약 1:3 초과 내지 약 3:1 미만), 예컨대 (약) 2:1 내지 (약) 1:5(또는 약 1:5 초과 내지 약 2:1 미만), 예컨대 (약) 5:1, 4.5:1, 4:1, 3.5:1, 3:1, 2.5:1, 2:1, 1.9:1, 1.8:1, 1.7:1, 1.6:1, 1.5:1, 1.4:1, 1.3:1, 1.2:1, 1.1:1, 1:1, 1:1.1, 1:1.2, 1:1.3, 1:1.4, 1:1.5, 1:1.6, 1:1.7, 1:1.8, 1:1.9, 1:2, 1:2.5, 1:3, 1:3.5, 1:4, 1:4.5 또는 1:5이다. 일부 구현예에서, 원하는 비율(예, CD4+ 대 CD8+ 세포의 비율)은 약 1:1이다. 일부 관점에서, 허용된 차이는 원하는 비율의 약 1%, 약 2%, 약 3%, 약 4% 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50% (상기 범위 사이의 임의의 수치 포함) 이내이다.
특정 구현예에서, 세포의 수 및/또는 농도는 재조합 수용체(예를 들어, CAR)-발현 세포의 수를 지칭한다. 다른 구현예에서, 세포의 수 및/또는 농도는 투여된 모든 세포, T 세포 또는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)의 수 또는 농도를 지칭한다.
일부 관점에서, 단위 용량의 크기는 하나 이상의 기준 예컨대 선행 치료, 예를 들어 화학 요법에 대한 대상체의 반응, 대상체에서 질병 부담, 예컨대 종양 부하, 규모, 크기 또는 전이의 정도, 범위 또는 유형, 단계(stage) 및/또는 대상체가 독성 결과, 예를 들어 CRS, 대식 세포 활성화 증후군, 종양 용해 증후군, 신경 독성을 발달시킬 가능성 또는 발생률 및/또는 투여되는 세포 및/또는 재조합 수용체에 대한 숙주 면역 반응에 기초하여 결정된다.
일부 구현예에서, 본 방법은 또한 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 세포 및/또는 림프구 고갈 요법의 하나 이상의 추가 단위 용량의 투여를 포함하고/거나 본 방법 중 하나 이상의 단계가 반복된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 단위 용량은 초기 단위 용량과 동일하다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 단위 용량은 초기 단위 용량과 상이하며, 예를 들어, 초기 단위 용량보다 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 또는 그 이상만큼 더 높거나, 초기 단위 용량보다 예를 들어 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 또는 그 이상만큼 더 낮다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 단위 용량의 투여는 초기 치료 또는 임의의 선행 치료에 대한 대상체의 반응, 대상체에서 질병 부담, 예컨대 종양 부하, 부피, 크기 또는 전이의 정도, 범위 또는 유형, 단계 및/또는 대상체가 독성 결과, 예를 들어 CRS, 대식세포 활성화 증후군, 종양 용해 증후군, 신경 독성을 발달시킬 가능성 또는 발생률 및/또는 투여되는 세포 및/또는 재조합 수용체에 대한 숙주 면역 반응에 기초하여 결정된다.
일부 구현예에서 세포의 투여 후에, 조작된 세포의 집단의 생물학적 활성이 예를 들어, 공지된 다수의 방법 중 하나에 의해 측정된다. 산정 매개변수는 생체 내에서, 예를 들어 영상화에 의해 또는 생체 외에서, 예를 들어 ELISA 또는 유세포 분석에 의해 항원에 조작된 또는 천연 T 세포 또는 다른 면역 세포를 특이적으로 결합하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 조작된 세포가 표적 세포를 파괴하는 능력은 예를 들어 문헌[Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009), 및 Herman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)]에 기술된 세포 독성 분석과 같은 공지된 임의의 적합한 방법을 이용하여 측정될 수 있다. 특정 구현예에서, 세포의 생물학적 활성은 하나 이상의 사이토카인, 예컨대 CD107a, IFNγ, IL-2 및 TNF의 발현 및/또는 분비를 분석하여 측정된다. 일부 관점에서, 생물학적 활성은 종양 부담 또는 부하 감소와 같은 임상 결과를 산정하여 측정된다.
C. 림프구 고갈 치료
일부 관점에서, 제공된 방법 및 용도는 하나 이상의 림프구 고갈 요법을, T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포)과 같은 세포 요법의 투여 개시 전에 또는 그와 동시에, 투여하는 단계를 더 포함할 수 있다. 일부 관점에서, 림프구 고갈 요법의 투여는 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포)과 같은 세포 요법의 투여 개시 전에 시작된다. 일부 관점에서, 림프구 고갈 요법은 T 세포 요법(예: CAR-발현 T 세포)과 같은 세포 요법의 투여 개시 전에 종료된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 투여 전에 개시된다. 일부 관점에서, EZH2 억제제의 투여는 림프구 고갈 요법의 투여 후, 예를 들어 종료 후에 개시된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 사이클로포스파미드와 같은 포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈의 투여를 포함할 수 있다.
일부 관점에서, 면역 고갈(예를 들어, 림프구 고갈) 요법으로 대상체를 사전 조절하면 입양 세포 요법(ACT)의 효과를 향상시킬 수 있다. 시클로스포린과 플루다라빈의 조합물을 포함하는, 림프구 고갈제를 이용한 사전 조절은 전이 세포의 반응 및/또는 지속성을 향상하는 것을 포함하여, 세포 요법에서 전이된 종양 침윤 림프구(TIL)의 효능을 향상하는 데 효과적이었다. 예를 들어, 문헌[Dudley et al., Science, 298, 850-54 (2002); Rosenberg et al., Clin Cancer Res, 17(13):4550-4557 (2011)]을 참조한다. 마찬가지로, CAR+ T 세포의 맥락에서, 여러 연구는 림프구 고갈제, 가장 일반적으로 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 벤다무스틴, 또는 이들의 조합물을 포함하였으며, 때때로 저용량의 조사(irradiation)를 수반하였다. 문헌[Han et al. Journal of Hematology & Oncology, 6:47 (2013); Kochenderfer et al., Blood, 119: 2709-2720 (2012); Kalos et al., Sci Transl Med, 3(95):95ra73 (2011); Clinical Trial Study Record Nos.: NCT02315612; NCT01822652]을 참조한다.
상기 사전 조절은 치료 요법의 효능을 약화시킬 수 있는 하나 이상의 다양한 결과의 위험을 줄이는 목표로 수행될 수 있다. 여기에는 T 세포, B 세포, NK 세포가 IL-2, IL-7 및/또는 IL-15와 같은 항상성 및 활성화 사이토카인을 위해 TIL과 경쟁하는 "사이토카인 싱크(cytokine sink)"로 공지된 현상; 조절 T 세포, NK 세포, 또는 다른 면역계의 세포에 의한 TIL의 억제; 종양 미세 환경에서 음성 조절인자의 영향이 포함된다. Muranski et al., Nat Clin Pract Oncol. December; 3(12): 668-681 (2006).
따라서 일부 구현예에서, 제공된 방법은 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 세포의 단위 용량의 투여 개시 전에 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 EZH2 억제제의 투여 개시 전에 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 EZH2 억제제의 투여 전후에 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 림프구 고갈 요법의 투여 전 및 후에 EZH2의 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 관점에서, 대상체는 림프구 고갈 요법, EZH2 억제제, 및 세포 용량을 순서대로 중복 없이 투여한다. 일부 관점에서, 대상체는 EZH2 억제제, 림프구 고갈 요법, 및 세포 용량을 순서대로 중복 없이 투여한다. 일부 관점에서, 대상체는 EZH2 억제제, 림프구 고갈 요법, EZH2 억제제, 및 세포 용량을 순서대로 중복 없이 투여한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 시클로포스파미드와 같은 화학 요법제를 함유한다. 일부 구현예에서, 세포 및/또는 림프구 고갈 요법의 투여는 외래 환자 전달을 통해 수행된다.
따라서, 일부 구현예에서, 상기 방법은 세포의 단위 용량의 투여 개시 전에 대상체에 사이클로포스파미드, 플루다라빈 또는 이의 조합물과 같은 림프구 고갈제 또는 화학요법제와 같은 사전 조절제를 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들어, 대상체는 적어도 제1 또는 후속 단위 용량 투여 2일 전, 예컨대 적어도 3, 4, 5, 6 또는 7일 전에 사전 조절제를 투여받을 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체에 세포의 단위 용량의 투여의 개시 7일 이내 전, 예컨대 6, 5, 4, 3 또는 2일 이내 전에 사전 조절제를 투여한다. 일부 구현예에서, 대상체에 세포의 단위 용량의 투여의 개시 전 2 내지 7일(수치 포함), 예컨대 2, 3, 4, 5, 6 또는 7일에 사전 조절제를 투여한다.
일부 구현예에서, 대상체는 (약) 20mg/kg 내지 100mg/kg, 예컨대 (약) 40mg/kg 내지 80mg/kg의 단위 용량의 사이클로포스파미드로 사전 조절된다. 일부 관점에서, 대상체는 (약) 60mg/kg의 사이클로포스파미드로 사전 조절된다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드는 단일 단위 용량으로 투여될 수 있거나, 예컨대 매일, 격일 또는 3일마다 주어진 복수의 단위 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드는 1일 또는 2일 동안 매일 1회 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈제가 사이클로포스파미드를 포함하는 경우, 대상체에 (약) 100mg/m2 내지 500mg/m2, 예컨대 (약) 200 mg/m2 내지 400mg/m2 또는 250mg/m2 내지 350mg/m2(수치 포함)의 단위 용량으로 사이클로포스파미드가 투여된다. 일부 경우에, 대상체에 약 300mg/m2의 사이클로포스파미드를 투여한다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드는 단일 단위 용량으로 투여될 수 있거나, 예컨대 매일, 격일 또는 3일마다 주어진 복수의 단위 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드는 예컨대 1 내지 5일 동안, 예를 들어 3 내지 5일 동안 매일 투여된다. 일부 경우에, 대상체에 세포 요법의 개시 전 3일 동안 매일 약 300mg/m2의 사이클로포스파미드가 투여된다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈제가 플루다라빈을 포함하는 경우, 대상체에 (약) 1mg/m2 내지 100mg/m2, 예컨대 (약) 10 mg/m2 내지 75 mg/m2, 15 mg/m2 내지 50 mg/m2, 20 mg/m2 내지 40 mg/m2, 24 mg/m2 내지 35 mg/m2, 20 mg/m2 내지 30 mg/m2, 또는 24 mg/m2 내지 26 mg/m2의 단위 용량으로 플루다라빈이 투여된다. 일부 경우에, 대상체에 25mg/m2의 플루다라빈을 투여한다. 일부 경우에, 대상체에 약 30mg/m2의 플루다라빈이 투여된다. 일부 구현예에서, 플루다라빈은 단일 단위 용량으로 투여될 수 있거나, 예컨대 매일, 격일 또는 3일마다 주어진 복수의 단위 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 플루다라빈은 예컨대 1 내지 5일 동안, 예를 들어 3 내지 5일 동안 매일 투여된다. 일부 경우에, 대상체에 세포 요법의 개시 전 3일 동안 매일 약 30mg/m2의 플루다라빈이 투여된다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈제는 사이클로포스파미드 및 플루다라빈의 조합물과 같은 제제의 조합물을 포함한다. 따라서, 제제의 조합물은 상기 기재된 바와 같은 임의의 단위 용량 또는 투여 일정의 사이클로포스파미드 및 상기 기재된 바와 같은 임의의 단위 용량 또는 투여 일정의 플루다라빈을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 관점에서, 대상체에 세포의 단위 용량 전에 60mg/kg(~2g/m2)의 사이클로포스파미드 및 25mg/m2 플루다라빈의 3 내지 5 단위 용량이 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체에 3일 동안 매일 약 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈이 투여된다. 일부 구현예에서, 세포의 단위 용량의 투여의 개시 전 2 내지 7일(수치 포함), 예컨대 2, 3, 4, 5, 6 또는 7일에 사전 조절제 투여 일정이 종료된다.
일 예시적인 투여 계획에서, 대상체는 적어도 CAR 발현 세포의 제1 단위 용량 2일 전에 그리고 일반적으로 세포의 투여 7일 이내 전에 투여되는, 사이클로포스파미드 및 플루다라빈(CY/FLU)의 림프구 고갈 사전 조절 화학 요법을 받는다. 일부 경우에, 대상체는 사이클로포스파미드 및 플루다라빈(CY/FLU)의 림프구 고갈 전 사전 조절 화학 요법을 받기 전에 EZH2 억제제로 치료되며, 여기서 억제제의 치료는 대상체가 림프구 고갈 요법을 받기 적어도 약 3일 전에 일시 중지되거나 종료된다. 사전 조절 치료 후에, 대상체에 전술한 바와 같은 CAR 발현 T 세포의 단위 용량을 투여한다. 일부 경우에, 대상체는 사이클로포스파미드 및 플루다라빈(CY/FLU)의 림프구 고갈 사전 조절 화학 요법을 받은 후, 그러나 대상체에게 CAR-발현 T 세포의 용량이 투여되기 전에 EZH2 억제제로 치료된다. 일부 경우에, 대상체는 사이클로포스파미드 및 플루다라빈(CY/FLU)의 림프구 고갈 사전 조절 화학 요법을 받은 전 및 후, 그러나 대상체에게 CAR-발현 T 세포의 용량이 투여되기 전에 EZH2 억제제로 치료된다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량의 주입 전에 사전 조절제의 투여는 치료의 결과를 향상시킨다. 예를 들어, 일부 관점에서, 사전 조절은 대상체에서 단위 용량을 통한 치료의 효능을 향상시키거나 재조합 수용체-발현 세포(예를 들어, CAR 발현 세포, 예컨대 CAR 발현 T 세포)의 지속성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 사전 조절 치료는 세포의 단위 용량의 투여 이후 주어진 시간 이후에 살아 있으면서 최소 잔존 질병 또는 분자적으로 검출 가능한 질병을 나타내지 않는 대상체의 백분율과 같은 무질병 생존율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 중앙값 무질병 생존 시간이 증가한다.
세포가 대상체(예를 들어, 인간)에 투여되면, 일부 관점에서 조작된 세포 집단의 생물학적 활성은 다수의 공지된 방법 중 어느 하나에 의해 측정된다. 산정 매개변수는 생체 내에서, 예를 들어 영상화에 의해 또는 생체 외 시험에서, 예를 들어 ELISA 또는 유세포 분석에 의해 항원에 조작된 또는 천연 T 세포 또는 다른 면역 세포를 특이적으로 결합하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 조작된 세포가 표적 세포를 파괴하는 능력은 예를 들어 문헌[Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009), and Herman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)]에 기재된 세포 독성 분석과 같은 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 이용하여 측정할 수 있다. 특정 구현예에서, 세포의 생물학적 활성은 또한 특정 사이토카인, 예컨대 CD 107a, IFNγ, IL-2 및 TNF의 발현 및/또는 분비를 분석함으로써 측정할 수 있다. 일부 관점에서, 생물학적 활성은 종양 부담 또는 부하 감소와 같은 임상 결과를 산정하여 측정된다. 일부 관점에서, 세포의 독성 결과, 지속성 및/또는 증폭, 및/또는 숙주 면역 반응의 존재 또는 부재를 산정한다.
일부 구현예에서, 세포의 단위 용량의 주입 전에 사전 조절제의 투여는 대상체에서 예컨대 단위 용량을 통한 치료의 효능을 향상시킴으로써 치료의 결과를 향상시키거나 재조합 수용체-발현 세포(예를 들어, CAR 발현 세포, 예컨대 CAR 발현 T 세포)의 지속성을 증가시킨다. 따라서, 일부 구현예에서, EZH2 억제제 및 세포 요법과의 병용 요법인 방법에서 주어지는 사전 조절제의 단위 용량은 억제제가 없는 방법에서 주어지는 단위 용량보다 더 높다.
Ⅱ. 세포 요법 및 조작된 세포
일부 구현예에서, 세포는 조작된 수용체, 예를 들어 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 조작된 항원 수용체 또는 T 세포 수용체(TCR)를 함유하거나 함유하도록 조작된다. 상기 세포의 집단, 상기 세포를 함유하는 조성물 및/또는 상기 세포에 대해 농축된, 예컨대 T 세포 또는 CD8+ 또는 CD4+ 세포와 같은 특정 유형의 세포가 농축되거나 선택된 조성물이 또한 제공된다. 조성물 중에는 예컨대 입양 세포 요법을 위한 투여용 약학 조성물 및 제형이 있다. 대상체, 예를 들어 환자에게 세포 및 조성물을 투여하기 위한 치료 방법이 또한 제공된다.
따라서, 일부 구현예에서, 세포는 유전자 조작을 통해 도입된 하나 이상의 핵산을 포함하고, 이에 의해 상기 핵산의 재조합 또는 유전자 조작된 산물을 발현한다. 일부 구현예에서, 유전자 전달은 먼저 세포를 자극하고, 예컨대 세포를 증식, 생존 및/또는 활성화와 같은 반응을 유도하는 자극과 조합하고, 예를 들어 사이토카인 또는 활성화 표지자의 발현에 의해 측정된 바와 같이, 뒤이어 활성화된 세포의 형질도입 및 임상 적용에 충분한 수로 배양에서 증폭시켜 달성된다.
A. 재조합 수용체
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법에 부합하는 용도를 위한 세포 요법(예: T 세포 요법)은 암과 같은 질병 또는 병태과 관련된 분자를 인식하고/거나 이에 특이적으로 결합하고 상기 분자에 결합 시 상기 분자에 대한 면역 반응과 같은 반응을 초래하도록 설계된 재조합 수용체를 발현하는 조작된 세포를 투여하는 것을 포함한다. 수용체는 키메라 수용체(예를 들어, 키메라 항원 수용체(CAR)) 및 형질전환 T 세포 수용체(TCR)를 포함한 기타 형질전환 항원 수용체를 포함할 수 있다.
1. 키메라 항원 수용체(CAR)
제공된 방법 및 용도의 일부 구현예에서, T 세포와 같은 조작된 세포는 원하는 항원(예를 들어, 종양 항원)에 대한 특이성을 제공하는 리간드-결합 도메인(예를 들어, 항체 또는 항체 단편)을 세포내 신호 전달 도메인과 결합하는 하나 이상의 도메인을 함유하는 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 키메라 수용체를 발현한다. 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 T 세포 활성화 도메인과 같은 활성화 세포내 도메인 부분이고, 1차 활성화 신호를 제공한다. 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 효과기 기능을 촉진하기 위한 공자극 신호 전달 도메인을 함유하거나 추가로 함유한다. 분자(예를 들어, 항원)에 특이적 결합 시, 수용체는 일반적으로 면역 자극 신호, 예컨대 ITAM-변환 신호를 세포에 전달하여 질병 또는 병태에 표적화된 면역 반응을 촉진한다. 일부 구현예에서, 면역 세포로 유전자 조작될 때 키메라 수용체는 T 세포 활성을 조절할 수 있고, 일부 경우에, T 세포 분화 또는 항상성을 조절할 수 있으며, 이로써 예컨대 입양 세포 요법 방법에서 사용하기 위해, 생체 내 수명, 생존 및/또는 지속성이 향상된 유전자 조작된 세포를 초래한다.
CAR을 포함하는 예시적 항원 수용체 및 상기 수용체를 조작하고 세포 내로 도입하는 방법은 예를 들어 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO200014257, WO2013126726, WO2012/129514, WO2014031687, WO2013/166321, WO2013/071154, WO2013/123061 및 미국 특허 출원 공개 번호 US2002131960, US2013287748, US20130149337, 미국 특허 번호 6,451,995, 7,446,190, 8,252,592, 8,339,645, 8,398,282, 7,446,179, 6,410,319, 7,070,995, 7,265,209, 7,354,762, 7,446,191, 8,324,353 및 8,479,118 및 유럽 특허 출원 번호 EP2537416]에 기재된 것들 및/또는 문헌[Sadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75]에 기재된 것들을 포함한다. 일부 측면에서, 항원 수용체는 문헌[미국 특허 번호 7,446,190]에 기재된 바와 같은 CAR 및 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO/2014055668 A1]에 기재된 것을 포함한다. CAR의 예로는 전술한 간행물 중 어느 하나, 예컨대 문헌[WO2014031687, US 8,339,645, US 7,446,179, US 2013/0149337, U.S. Patent No.: 7,446,190, US Patent No.: 8,389,282, Kochenderfer et al., 2013, Nature Reviews Clinical Oncology, 10, 267-276 (2013); Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; and Brentjens et al., Sci Transl Med. 2013 5(177)]에 개시된 바와 같은 CAR이 포함된다. 또한 문헌[WO2014031687, US 8,339,645, US 7,446,179, US 2013/0149337, 미국 특허 번호 7,446,190 및 미국 특허 번호 8,389,282]을 참조한다.
일부 구현예에서, T 세포와 같은 조작된 세포는 특정 세포 유형의 표면 상에 발현된 항원과 같은 특정 항원(또는 표지자 또는 리간드)에 대한 특이성을 갖는 키메라 항원 수용체 (CAR)와 같은 재조합 수용체를 발현한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 이는 탄수화물 또는 다른 분자이다. 일부 구현예에서, 항원은 정상 또는 비-표적화 세포 또는 조직과 비교하여 질병 또는 병태의 세포 상에서, 예를 들어 종양 또는 병원성 세포 상에서 선택적으로 발현되거나 과발현된다. 다른 구현예에서, 항원은 정상 세포 상에서 발현되고/거나 조작된 세포 상에서 발현된다.
CAR과 같은 키메라 수용체는 일반적으로 항체 분자의 항원 결합 부분 또는 부분들인 세포외 항원 결합 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 항체 분자의 부분이고, 일반적으로 항체의 가변 중쇄(VH) 영역 및/또는 가변 경쇄(VL) 영역, 예를 들어, scFv 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 sdFv와 같은 단일 도메인 항체 (sdAb), 나노바디, VHH 및 VNAR.이다. 일부 구현예에서, 항원 결합 단편은 가요성 링커에 의해 연결되는 항체 가변 영역을 포함한다.
CAR과 같은 키메라 수용체는 일반적으로 항체 분자의 부분과 같은 세포외 항원 결합 도메인, 일반적으로 항체의 가변 중쇄(VH) 영역 및/또는 가변 경쇄(VL) 영역, 예를 들어, scFv 항체 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은 세포의 표면 상에 발현된 온전한 항원과 같은 항원을 특이적으로 인식하는 항체 또는 항원 결합 단편(예를 들어 scFv)을 함유한다.
항원 수용체 중에는 TCR-유사 CAR로도 지칭될 수 있는 펩타이드-MHC 복합체에 대해 지시된 TCR-유사 특이성을 나타내는 항체 또는 항원-결합 단편과 같은 세포외 항원 결합 도메인을 함유하는 CAR이 있다. 일부 구현예에서, TCR 유사 CAR의 MHC-펩타이드 복합체에 특이적인 세포 외 항원 결합 도메인은 일부 관점에서 링커 및/또는 막관통 도메인(들)을 통해 하나 이상의 세포 내 신호 전달 성분에 연결된다. 일부 구현예에서, 상기 분자는 통상적으로 TCR과 같은 천연 항원 수용체를 통한 신호 및 선택적으로 공자극 수용체와 조합하여 상기 수용체를 통한 신호를 모방하거나 이와 유사할 수 있다.
"주요 조직적합성 복합체(Major histocompatibility complex, MHC)"에 대한 언급은 일부 경우에, 세포 기작에 의해 가공된 펩타이드 항원을 포함하여 폴리펩타이드의 펩타이드 항원과 복합체를 형성할 수 있는 다형성 펩타이드 결합 부위 또는 결합 고랑(groove)을 함유하는 단백질, 일반적으로 당단백질을 지칭한다. 일부 경우에, MHC 분자는 TCR 또는 TCR 유사 항체와 같은 T 세포 상의 항원 수용체에 의해 인식 가능한 형태로 항원 제시를 위해 펩타이드와의 복합체로, 즉 MHC-펩타이드 복합체를 포함하여 세포 표면 상에 표시되거나 발현될 수 있다. 일반적으로, MHC 클래스 I 분자는 일부 경우에, 3개의 α 도메인 및 비공유 결합된 β2 마이크로글로불린을 갖는, 막에 걸쳐있는 α 사슬을 갖는 이종이량체이다. 일반적으로 MHC 클래스 II 분자는 두 개의 막관통 당단백질, α 및 β로 구성되며, 둘 다 전형적으로 막에 걸쳐 있다. MHC 분자는 항원 결합 부위 또는 펩타이드에 결합하기 위한 부위 및 적절한 항원 수용체에 의한 인식에 필요한 서열을 함유하는 MHC의 유효 부분을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, MHC 클래스 I 분자는 시토솔에서 유래한 펩타이드를 세포 표면으로 전달하고, 여기서 MHC-펩타이드 복합체는 일반적으로 CD8+ T 세포와 같은, 일부 경우에는 CD4+ T 세포와 같은 T 세포에 의해 인식된다. 일부 구현예에서, MHC 클래스 II 분자는 소포성 계(vesicular system)에서 기원한 펩타이드를 세포 표면으로 전달하며, 이는 전형적으로 CD4+ T 세포에 의해 인식된다. 일반적으로, MHC 분자는 인간에서 인간 백혈구 항원(human leukocyte antigen, HLA) 및 마우스에서 H-2라고 통칭되는 연관된 유전자 자리(loci) 그룹에 의해 암호화된다. 따라서, 전형적으로 인간 MHC는 인간 백혈구 항원(HLA)으로도 지칭될 수 있다.
용어 "MHC-펩타이드 복합체(MHC-peptide complex)" 또는 "펩타이드-MHC 복합체(peptide-MHC complex)" 또는 이의 변형은 예컨대 일반적으로 MHC 분자의 결합 고랑(groove) 또는 틈에서 펩타이드의 비공유 상호작용에 의한 펩타이드 항원 및 MHC 분자의 복합체 또는 회합을 지칭한다. 일부 구현예에서, MHC-펩타이드 복합체는 세포의 표면 상에 존재하거나 표시된다. 일부 구현예에서, MHC-펩타이드 복합체는 TCR, TCR 유사 CAR 또는 이의 항원 결합 부분과 같은 항원 수용체에 의해 특이적으로 인식될 수 있다.
일부 구현예에서, 폴리펩타이드의 펩타이드 항원 또는 에피토프와 같은 펩타이드는 예컨대 항원 수용체에 의한 인식을 위해 MHC 분자와 회합할 수 있다. 일반적으로, 펩타이드는 폴리펩타이드 또는 단백질과 같은 보다 긴 생물학적 분자의 단편으로부터 유래되거나 이를 기초로 한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 전형적으로 약 8 내지 약 24개의 아미노산 길이이다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 MHC 클래스 II 복합체에서 인식을 위해 (약) 9 내지 22개의 아미노산 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 MHC 클래스 I 복합체에서 인식을 위해 (약) 8 내지 13개의 아미노산 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, MHC-펩타이드 복합체와 같은 MHC 분자의 맥락에서 펩타이드 인식 시, TCR 또는 TCR 유사 CAR과 같은 항원 수용체는 T 세포 반응, 예컨대 T 세포 증식, 사이토카인 생성, 세포 독성 T 세포 반응 또는 다른 반응을 유도하는 T 세포에 대한 활성화 신호를 생성하거나 유발시킨다.
일부 구현예에서, TCR 유사 항체 또는 항원 결합 부분은 공지되어 있거나, 공지된 방법에 의해 제조될 수 있다(예를 들어 미국 공개 출원 번호 US 2002/0150914; US 2003/0223994; US 2004/0191260; US 2006/0034850; US 2007/00992530; US20090226474; US20090304679; 및 국제 PCT 공개 번호 WO 03/068201 참조).
일부 구현예에서, MHC-펩타이드 복합체에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 부분은 특이적인 MHC-펩타이드 복합체를 함유하는 유효량의 면역원으로 숙주를 면역화함으로써 생산될 수 있다. 일부 경우에, MHC-펩타이드 복합체의 펩타이드는 종양 항원, 예를 들어 하기 기재된 바와 같은 범용 종양 항원, 골수종 항원 또는 기타 항원과 같이 MHC에 결합할 수 있는 항원의 에피토프이다. 일부 구현예에서, 이어서 유효량의 면역원이 면역 반응을 유발하기 위해 숙주에 투여되고, 여기서 면역원은 MHC 분자의 결합 고랑에서 펩타이드의 3차원 제시에 대하여 면역 반응을 유발하기에 충분한 기간 동안 이의 3차원 형태를 유지한다. 이어서 숙주로부터 수집된 혈청을 분석하여 MHC 분자의 결합 고랑에서 펩타이드의 3차원 제시를 인식하는 원하는 항체가 생성되고 있는지 여부를 결정한다. 일부 구현예에서, 생성된 항체를 분석하여 상기 항체가 MHC-펩타이드 복합체와 MHC 분자 단독, 관심 펩타이드 단독 및 MHC 및 무관한 펩타이드의 복합체를 구별할 수 있는지 확인할 수 있다. 이어서 원하는 항체를 단리할 수 있다.
일부 구현예에서, MHC-펩타이드 복합체에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 부분이 파지 항체 라이브러리와 같은 항체 라이브러리 디스플레이 방법을 사용하여 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어 라이브러리의 멤버들이 CDR 또는 CDR들의 하나 이상의 잔기에서 돌연변이되는 돌연변이체 Fab, scFv 또는 기타 항체 형태의 파지 디스플레이 라이브러리가 생성될 수 있다. 예를 들어, 문헌[미국 출원 공개 번호 US20020150914, US2014/0294841; 및 Cohen CJ. et al. (2003) J Mol. Recogn. 16:324-332]을 참조한다.
본 명세서에서 용어 "항체(antibody)"는 가장 넓은 의미로 사용되며, 온전한 항체 및 기능성(항원-결합) 항체 단편을 포함하는 다클론성 및 단클론성 항체를 포함하며, 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 단편 항원 결합(Fab) 단편, F(ab')2 단편, Fab' 단편, Fv 단편, 재조합 IgG(rIgG) 단편, 가변 중쇄(VH) 영역, 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 포함한 단일 사슬 항체 단편 및 단일 도메인 항체(예를 들어, sdAb, sdFv, 나노바디(nanobody)) 단편을 포함한다. 상기 용어는 유전자 조작된 및/또는 달리 변형된 형태의 면역글로불린, 예컨대 인트라바디(intrabodies), 펩티바디(peptibodies), 키메라 항체, 완전한 인간 항체, 인간화된 항체 및 이종 접합 항체, 다중특이성(예를 들어, 이중 특이성) 항체, 디아바디(diabodies), 트리아바디(triabodies) 및 테트라바디(tetrabodies), 탠덤 디-scFv, 탠덤 트리-scFv를 포괄한다. 달리 언급되지 않는 한, 용어 "항체"는 이의 기능성 항체 단편을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 상기 용어는 또한 IgG 및 이의 하위 클래스, IgM, IgE, IgA 및 IgD를 포함하는 임의의 클래스 또는 하위 클래스의 항체를 포함하는 온전한 또는 전장 항체를 포괄한다.
일부 구현예에서, 항원 결합 단백질, 항체 및 이의 항원 결합 단편은 전장 항체의 항원을 특이적으로 인식한다. 일부 구현예에서, 항체의 중쇄 및 경쇄는 전장일 수 있거나 또는 항원 결합 부분(Fab, F(ab')2, Fv 또는 단일 사슬 Fv 단편(scFv))일 수 있다. 다른 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역은 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA1, IgA2, IgD 및 IgE로부터 선택되고, 구체적으로 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4로부터 선택되고, 더 구체적으로, IgG1(예를 들어, 인간 IgG1)로부터 선택된다. 다른 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역은 예를 들어, 카파 또는 람다, 특히 카파로부터 선택된다.
제공된 항체 중에는 항체 단편이 있다. "항체 단편(antibody fragment)"은 온전한 항체가 결합하는 항원에 결합하는 온전한 항체의 일부를 포함하는 온전한 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 가변 중쇄(VH) 영역, scFv와 같은 단일 사슬 항체 분자 및 단일 도메인 VH 단일 항체; 및 항체 단편들로부터 형성된 다중특이성 항체를 포함하나 이에 한정되지 않는다. 구체적인 구현예에서, 항체는 scFv와 같은, 가변 중쇄 영역 및/또는 가변 경쇄 영역을 포함하는 단일 사슬 항체 단편이다.
일부 경우에 용어 "초가변 영역(hypervariable region)" 또는 "HVR"과 동의어인 "상보성 결정 영역(complementarity determining region)" 및 "CDR"은 항원 특이성 및/또는 결합 친화도를 부여하는 항체 가변 영역 내의 비인접 아미노산 서열을 지칭하는 것으로 공지되어 있다. 일반적으로, 각각의 중쇄 가변 영역에는 3개의 CDR(CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3)이 있고 각각의 경쇄 가변 영역에는 3개의 CDR(CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3)이 있다. 일부 경우에 "프레임워크 영역(framework region)" 및 "FR"은 중쇄 및 경쇄 가변 영역의 비-CDR 부분을 지칭하는 것으로 공지되어 있다. 일반적으로, 각각의 전장 중쇄 가변 영역에는 4개의 FR(FR-H1, FR-H2, FR-H3 및 FR-H4)이 있고, 각각의 전장 경쇄 가변 영역에는 4개의 FR(FR-L1, FR-L2, FR-L3 및 FR-L4)이 있다.
주어진 CDR 또는 FR의 정확한 아미노산 서열 경계는 문헌[Kabat et al. (1991), "Sequences of Proteins of Immunological Interest," 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD ("Kabat" 넘버링 체계); Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948 ("Chothia" 넘버링 체계); MacCallum et al., J. Mol. Biol. 262:732-745 (1996), "Antibody-antigen interactions: Contact analysis and binding site topography," J. Mol. Biol. 262, 732-745." ("Contact" 넘버링 체계); Lefranc MP et al., "IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-like domains," Dev Comp Immunol, 2003 Jan;27(1):55-77 ("IMGT" 넘버링 체계); Honegger A and Pluckthun A, "Yet another numbering scheme for immunoglobulin variable domains: an automatic modeling and analysis tool," J Mol Biol, 2001 Jun 8;309(3):657-70, ("Aho" 넘버링 체계); 및 Martin et al., "Modeling antibody hypervariable loops: a combined algorithm," PNAS, 1989, 86(23):9268-9272, ("AbM" 넘버링 체계)]에 기재된 것을 포함한 다수의 잘 알려진 체계 중 어느 하나를 사용하여 용이하게 결정될 수 있다.
주어진 CDR 또는 FR의 경계는 식별에 사용된 체계에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, Kabat 체계는 구조적 정렬을 기반으로 하는 반면 Chothia 체계는 구조 정보를 기반으로 한다. Kabat 및 Chothia 체계 모두에 대한 넘버링은 삽입 문자, 예를 들어 "30a"에 의해 수용되는 삽입(insertion) 및 일부 항체에서 나타나는 결실(deletion)이 있는 가장 일반적인 항체 영역 서열 길이에 기반한다. 이 두 체계는 상이한 위치에 특정 삽입 및 결실("삽입-결실(indel)")을 배치하여 차이가 있는 넘버링이 된다. Contact 체계는 복잡한 결정 구조의 분석에 기반하며 여러 관점에서 Chothia 넘버링 체계와 유사하다. AbM 체계는 Oxford Molecular's AbM 항체 모델링 소프트웨어에서 사용된 것에 기반한 Kabat와 Chothia 정의 사이의 절충안이다.
하기 표 10은 Kabat, Chothia, AbM 및 Contact 체계에 의해 각각 식별된 바와 같은 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3 및 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3의 예시적인 위치 경계를 열거한다. CDR-H1의 경우, Kabat 및 Chothia 넘버링 체계 둘 다를 사용하여 잔기 넘버링이 나열된다. FR들은 예를 들어 CDR-L1 앞에 위치한 FR-L1, CDR-L1과 CDR-L2 사이에 위치한 FR-L2, CDR-L2와 CDR-L3 사이에 위치한 FR-L3과 같은 식으로 CDR들 사이에 위치한다. 도시된 Kabat 넘버링 체계는 H35A 및 H35B에 삽입을 배치하기 때문에, 도시된 Kabat 넘버링 관례를 사용하여 넘버링될 때 Chothia CDR-H1 루프의 끝은 루프의 길이에 따라 H32와 H34 사이에서 변한다.
Figure pct00008
1 - Kabat et al. (1991), "Sequences of Proteins of Immunological Interest," 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD 2 - Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948
따라서, 달리 명시되지 않는 한, 주어진 항체 또는 이의 영역, 예컨대 이의 가변 영역의 "CDR" 또는 "상보적 결정 영역(complementary determining region)" 또는 개별 지정 CDR(예를 들어, CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3)은 전술한 체계 중 어느 하나 또는 다른 공지된 체계에 의해 정의된 바와 같은 (또는 특정) 상보성 결정 영역을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 특정 CDR(예를 들어, CDR-H3)이 주어진 VH 또는 VL 영역 아미노산 서열에 있는 해당 CDR의 아미노산 서열을 함유한다고 언급될 경우, 상기 CDR은 전술한 체계 중 어느 하나 또는 다른 공지된 체계에 의해 정의된 바와 같은 가변 영역 내의 해당 CDR(예를 들어, CDR-H3)의 서열을 갖는다고 이해된다. 일부 구현예에서, 특정 CDR 서열이 명시된다. 제공된 항체의 예시적인 CDR 서열은 다양한 넘버링 체계를 사용하여 기재되지만, 제공된 항체는 전술한 다른 넘버링 체계 중 어느 하나 또는 당업자에게 공지된 다른 넘버링 체계에 따라 기재된 바와 같은 CDR을 포함할 수 있는 것으로 이해된다.
마찬가지로, 달리 명시되지 않는 한, 주어진 항체 또는 이의 영역, 예컨대 이의 가변 영역의 FR 또는 개별 지정 FR(들)(예를 들어, FR-H1, FR-H2, FR-H3, FR-H4)은 공지된 체계 중 어느 하나에 의해 정의된 바와 같은 (또는 특정) 프레임워크 영역을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 일부 경우에, CDR과 같은 특정 CDR, FR 또는 FR들 또는 CDR들의 식별을 위한 체계는 Kabat, Chothia, AbM 또는 Contact 방법 또는 다른 공지된 체계에 의해 정의된 바와 같이 명시된다. 다른 경우에, CDR 또는 FR의 특정 아미노산 서열이 제공된다.
용어 "가변 영역(variable region)" 또는 "가변 도메인(variable domain)"은 항체가 항원에 결합하는 데 관여하는 항체의 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 지칭한다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄(각각 VH 및 VL) 가변 도메인은 일반적으로 유사한 구조를 가지며, 각각의 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역(framework region, FR) 및 3개의 CDR을 포함한다. (예를 들어, 문헌[Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)]을 참조한다). 단일 VH 또는 VL 도메인은 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 또한, 특정 항원에 결합하는 항체는 상보적 VL 또는 VH 도메인 라이브러리를 각각 선별하기 위해 항원에 결합하는 항체로부터의 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)]을 참조한다.
단일 도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 구현예에서, 단일 도메인 항체는 인간 단일 도메인 항체이다. 일부 구현예에서, CAR은 본원에 기술되거나 공지된 표적 항원 중 어느 하나와 같이, 종양 세포 또는 암세포와 같은 표적화될 세포 또는 질병의 암 표지자 또는 세포 표면 항원과 같은 항원에 특이적으로 결합하는 항체 중쇄 도메인을 포함한다.
항체 단편은 온전한 항체의 단백질 가수 분해 소화 및 재조합 숙주 세포에 의한 생산을 포함하나 이에 한정되지 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 합성 링커, 예를 들어 펩타이드 링커에 의해 연결된 둘 이상의 항체 영역 또는 사슬을 갖는 것과 같이 자연적으로 발생하지 않고/거나 자연적으로 발생하는 온전한 항체의 효소 소화에 의해 생성되지 않을 수 있는 배열을 포함하는 단편과 같은 재조합으로 생성된 단편이다. 일부 구현예에서, 항체 단편은 scFv이다.
"인간화된(humanized)" 항체는, 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 아미노산 잔기가 비인간 CDR로부터 유래되고 모든 또는 실질적으로 모든 FR 아미노산 잔기가 인간 FR로부터 유래된, 항체이다. 인간화된 항체는 선택적으로 인간 항체로부터 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 비인간 항체의 "인간화된 형태(humanized form)"는 모체 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 유지하면서, 통상적으로 인간에 대한 면역원성을 감소시키기 위해 인간화를 거친 비인간 항체의 변이체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체의 일부 FR 잔기는 비인간 항체(예를 들어, CDR 잔기가 유래된 항체)의 해당 잔기로 치환되어 예를 들어, 항체 특이성 또는 친화도가 회복되거나 개선된다.
일부 구현예에서, 키메라 수용체(예를 들어 CAR)와 같은 재조합 수용체는 항원(또는 리간드)에 특이적으로 결합하는 것과 같이 결합하는 항체 또는 항원 결합 단편(예: scFv)과 같은 세포외 항원 결합 도메인을 포함한다. 키메라 수용체에 의해 표적화되는 항원 중에는 입양 세포 요법을 통해 표적화될 질병, 병태 또는 세포 유형의 맥락에서 발현되는 것이 있다. 질병 및 병태 중에는 혈액암, 면역계 암, 예컨대 림프종, 백혈병 및/또는 골수종, 예컨대 B, T 및 골수성 백혈병, 림프종 및 다발성 골수종을 포함한 암 및 종양을 포함한 증식성, 신생물성 및 악성 질병 및 장애가 있다.
일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1, TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2, 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1), 병원체 특이적 또는 병원체 발현 항원, 또는 보편적 꼬리표(universal tag) 관련 항원, 및/또는 비오틴화 분자 및/또는 HIV, HCV, HBV 또는 다른 병원체에 의해 발현된 분자이거나 이 중에서 선택된 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 다수의 공지된 B 세포 표지자 중 어느 하나와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 대형 B 세포 림프종(예: DLBCL)과 같은 B 세포 악성종양이고 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 다수의 공지된 B 세포 표지자 중 어느 하나와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이다. 특정 관점에서, 항원은 CD19이다. 일부 구현예에서, 이러한 항원은 인간 B 세포에서 발현되는 항원이다.
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편(예를 들어, scFv 또는 VH 도메인)은 CD19와 같은 항원을 특이적으로 인식한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 CD19에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원 결합 단편으로부터 유래하거나 이의 변이체이다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다. 일부 구현예에서, scFv는 CD19에 특이적인 항체 또는 항체 단편으로부터 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, CD19에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 FMC63 및 SJ25C1과 같은 마우스 유래 항체이다. 일부 구현예에서, 항체 또는 항체 단편은 예를 들어, 문헌[미국 특허 공개 번호 US 2016/0152723]에 기재된 바와 같은 인간 항체이다.
일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 일부 관점에서 scFv일 수 있는 FMC63로부터 유래된 VH 및/또는 VL을 포함한다. FMC63은 일반적으로 인간 기원의 CD19를 발현하는 Nalm-1 및 -16 세포에 대하여 발생된 마우스 단클론성 IgG1 항체를 지칭한다(Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302). 일부 구현예에서, FMC63 항체는 서열 번호: 38 및 39에 각각 제시된 CDR-H1 및 CDR-H2 및 서열 번호: 40 또는 54에 제시된 CDR-H3 서열 번호: 35에 제시된 CDR-L1 및 서열 번호: 36 또는 55에 제시된 CDR-L2 및 서열 번호: 37 또는 56에 제시된 CDR-L3 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, FMC63 항체는 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH) 및 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)을 포함한다.
일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 35의 CDR-L1 서열, 서열 번호: 36의 CDR-L2 서열, 서열 번호: 37의 CDR-L3 서열을 함유하는 가변 경쇄 및/또는 서열 번호: 38의 CDR-H1 서열, 서열 번호: 39의 CDR-H2 서열, 및 서열 번호: 40의 CDR-H3 서열을 함유하는 가변 중쇄, 또는 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 전술한 것 중 임의의 것의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 41에 제시된 FMC63의 가변 중쇄 영역 및 서열 번호: 42에 제시된 FMC63의 가변 경쇄 영역, 또는 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 전술한 것 중 임의의 것의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 가변 중쇄 및 가변 경쇄는 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호: 59에 제시된다. 일부 구현예에서, scFv는 VH, 링커 및 VL을 순서대로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 VL, 링커 및 VH를 순서대로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 57에 제시된 뉴클레오타이드 서열 또는 서열 번호: 57에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 나타내는 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 43에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 43에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 나타내는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 일부 관점에서 scFv일 수 있는 SJ25C1로부터 유래된 VH 및/또는 VL을 포함한다. SJ25C1은 인간 기원의 CD19를 발현하는 Nalm-1 및 -16 세포에 대하여 발생된 마우스 단클론성 IgG1 항체이다(Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302). 일부 구현예에서, SJ25C1 항체는 서열 번호: 47-49에 각각 제시된 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3 및 서열 번호: 44-46에 각각 제시된 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, SJ25C1 항체는 서열 번호: 50의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH) 및 서열 번호: 51의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)을 포함한다.　일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 44의 CDR-L1 서열, 서열 번호: 45의 CDR-L2 서열, 서열 번호: 46의 CDR-L3 서열을 함유하는 가변 경쇄 및/또는 서열 번호: 47의 CDR-H1 서열, 서열 번호: 48의 CDR-H2 서열, 및 서열 번호: 49의 CDR-H3 서열을 함유하는 가변 중쇄, 또는 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 전술한 것 중 임의의 것의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 50에 제시된 SJ25C1의 가변 중쇄 영역 및 서열 번호: 51에 제시된 SJ25C1의 가변 경쇄 영역, 또는 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 전술한 것 중 임의의 것의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 가변 중쇄 및 가변 경쇄는 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호: 52에 제시된다. 일부 구현예에서, scFv는 VH, 링커 및 VL을 순서대로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 VL, 링커 및 VH를 순서대로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 53에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 53에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 나타내는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 항원은 CD20이다. 일부 구현예에서, scFv는 CD20에 특이적인 항체 또는 항체 단편으로부터 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, CD20에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 리툭시맙이거나 이로부터 유래된 리툭시맙 scFv와 같은 항체이다.
일부 구현예에서, 항원은 CD22이다. 일부 구현예에서, scFv는 CD22에 특이적인 항체 또는 항체 단편으로부터 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, CD22에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 m971이거나 이로부터 유래된 m971 scFv와 같은 항체이다.
일부 구현예에서, 항원 또는 항원 결합 도메인은 BCMA이다. 일부 구현예에서, scFv는 BCMA에 특이적인 항체 또는 항체 단편으로부터 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, BCMA에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO 2016/090327 및 WO 2016/090320]에 제시된 항체 또는 항체 단편으로부터의 VH 및 VL이거나 이를 함유한다.
일부 구현예에서, 항원 또는 항원 결합 도메인은 GPRC5D이다. 일부 구현예에서, scFv는 GPRC5D에 특이적인 항체 또는 항체 단편으로부터 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, GPRC5D에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO 2016/090329 및 WO 2016/090312]에 제시된 항체 또는 항체 단편으로부터의 VH 및 VL이거나 이를 함유한다.
일부 관점에서, 재조합 수용체, 예를 들어, 키메라 항원 수용체는 항체 또는 이의 단편과 같은 하나 이상의 리간드-(예를 들어, 항원-)결합 도메인을 함유하는 세포외 부분, 및 하나 이상의 세포내 신호 전달 영역 또는 도메인(상호 교환적으로 세포질 신호 전달 도메인 또는 영역으로도 불림)을 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 단편은 scFv를 포함한다. 일부 관점에서, 키메라 항원 수용체는 항체 또는 단편을 함유하는 세포외 부분 및 세포내 신호 전달 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 영역은 세포내 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 1차 신호 전달 도메인, T 세포에서 1차 활성화 신호를 유도할 수 있는 신호 전달 도메인, T 세포 수용체(TCR) 성분의 신호 전달 도메인 및/또는 면역수용체 티로신 기반 활성화 모티프(immunoreceptor tyrosine-based activation motif, ITAM)를 포함하는 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 관점에서, 재조합 수용체(예를 들어, CAR)는 스페이서 및/또는 막관통 도메인 또는 부분을 더 포함한다. 일부 관점에서, 스페이서 및/또는 막관통 도메인은 리간드-(예를 들어, 항원-)결합 도메인을 함유하는 세포외 부분과 세포내 신호 전달 영역(들) 또는 도메인(들)을 연결할 수 있다.
일부 구현예에서, CAR과 같은 재조합 수용체는, 면역글로불린 불변 영역 또는 이의 변이체 또는 변형된 버전, 예컨대 힌지 영역, 예를 들어 IgG4 힌지 영역 및/또는 CH1/CL 및/또는 Fc 영역의 적어도 일부이거나 이를 포함할 수 있는 스페이서를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 스페이서 및/또는 힌지 영역을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 불변 영역 또는 부분은 IgG4 또는 IgG1과 같은 인간 IgG의 것이다. 일부 관점에서, 불변 영역의 부분은 항원-인식 성분, 예를 들어, scFv와 막관통 도메인 사이에서 스페이서 영역으로 기능한다. 스페이서는 스페이서의 부재와 비교하여 항원 결합 후에 세포의 반응성 증가를 제공하는 길이의 것일 수 있다. 일부 예에서, 스페이서는 (약) 12개 아미노산 길이이거나 또는 12개 이내의 아미노산 길이이다. 예시적인 스페이서는 적어도 약 10 내지 229개 아미노산, 약 10 내지 200개 아미노산, 약 10 내지 175개 아미노산, 약 10 내지 150개 아미노산, 약 10 내지 125개 아미노산, 약 10 내지 100개 아미노산, 약 10 내지 75개 아미노산, 약 10 내지 50개 아미노산, 약 10 내지 40개 아미노산, 약 10 내지 30개 아미노산, 약 10 내지 20개 아미노산, 또는 약 10 내지 15개의 아미노산을 갖는 것을 포함하고, 열거된 범위 중 임의의 종점들 사이 임의의 정수를 포함한다. 일부 구현예에서, 스페이서 영역은 약 12개 이하의 아미노산, 약 119개 이하의 아미노산, 또는 약 229개 이하의 아미노산을 갖는다. 예시적인 스페이서는 IgG4 힌지 단독, CH2 및 CH3 도메인에 연결된 IgG4 힌지 또는 CH3 도메인에 연결된 IgG4 힌지를 포함한다. 예시적인 스페이서는 문헌[Hudecek et al., Clin. Cancer Res., 19:3153 (2013), Hudecek et al. (2015) Cancer Immunol Res. 3(2): 125-135, 국제 특허 출원 공개 번호 WO2014031687, 미국 특허 번호 8,822,647 또는 특허 출원 공개 번호 US2014/0271635]에 기재된 것을 포함하나 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호:1에 제시된 힌지 단독 스페이서와 같은 IgG4 또는 IgG1의 힌지 단독 같은 IgG의 힌지 영역 단독을 함유하며, 서열 번호: 2에 제시된 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 스페이서는 CH2 및/또는 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지(예를 들어, IgG4 힌지)이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 3에 제시된 바와 같이 CH2 및 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지(예를 들어, IgG4 힌지)이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 3에 제시된 바와 같이 CH3 도메인에만 연결된 Ig 힌지(예를 들어, IgG4 힌지)이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 글리신-세린 풍부 서열 또는 공지된 가요성 링커(flexible linker)와 같은 다른 가요성 링커이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 불변 영역 또는 부분은 IgD의 것이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 5에 제시된 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 1, 3, 4 및 5 중 어느 하나에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 갖는다.
일부 측면에서, 스페이서는 (a) 면역 글로불린 힌지 또는 이의 변형된 버전의 전부 또는 일부를 포함하거나 이로 구성되거나, 약 15개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포외 영역 또는 CD8 세포외 영역을 포함하지 않거나; (b) 면역글로불린 힌지, 선택적으로 IgG4 힌지, 또는 이의 변형된 버전의 전부 또는 일부를 포함하거나 이로 구성되고/거나 약 15개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포외 영역 또는 CD8 세포외 영역을 포함하지 않거나; (c) (약) 12개의 아미노산 길이이고/거나 면역글로불린 힌지, 선택적으로 IgG4, 또는 이의 변형된 버전의 전부 또는 일부를 포함하거나 이로 구성되거나; (d) 서열 번호: 1, 3-5, 27-34 또는 58에 제시된 아미노산 서열 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체로 구성되거나 이를 포함하거나; 또는 (e) 화학식 X1PPX2P(여기에서 X1은 글리신, 시스테인 또는 아르기닌이고 X2는 시스테인 또는 트레오닌)을 포함하거나 이로 구성되는; 폴리펩타이드 스페이서이다.
일부 구현예에서, 항원 수용체는 세포외 도메인에 직접 또는 간접적으로 연결된 세포내 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 키메라 항원 수용체는 세포외 도메인과 세포내 신호 전달 도메인을 연결하는 막관통 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 ITAM을 포함한다. 예를 들어, 일부 관점에서, 항원 인식 도메인(예를 들어, 세포외 도메인)은 일반적으로 CAR의 경우에 TCR 복합체와 같은 항원 수용체 복합체를 통한 활성화 및/또는 다른 세포 표면 수용체를 통한 신호를 모방하는 신호 전달 성분과 같은 하나 이상의 세포내 신호 전달 성분에 연결된다. 일부 구현예에서, 키메라 수용체는 세포외 도메인(예를 들어, scFv) 및 세포내 신호 전달 도메인 사이에 연결되거나 융합된 막관통 도메인을 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 항원 결합 성분(예를 들어, 항체)은 하나 이상의 막관통 도메인 및 세포내 신호 전달 도메인에 연결된다.
일 구현예에서, 수용체, 예를 들어 CAR에 있는 도메인 중 하나와 자연적으로 회합하는 막관통 도메인이 사용된다. 일부 경우에, 막관통 도메인은 동일하거나 상이한 표면 막 단백질의 막관통 도메인에 대한 상기 도메인의 결합을 피하도록 아미노산 치환에 의해 변형되거나 선택되어 수용체 복합체의 다른 멤버와의 상호 작용이 최소화된다.
일부 구현예에서, 막관통 도메인은 천연 또는 합성 공급원으로부터 유래된다. 공급원이 천연인 경우, 일부 관점에서, 도메인은 임의의 막-결합 또는 막관통 단백질로부터 유래된다. 막 관통 영역은 T 세포 수용체의 알파, 베타 또는 제타 사슬, CD28, CD3 엡실론, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137(4-1BB) 또는 CD154로부터 유래된 것을 포함한다(즉, 적어도 이들의 막관통 영역(들)을 포함한다). 대안적으로 일부 구현예에서 막관통 도메인은 합성이다. 일부 관점에서, 합성 막관통 도메인은 주로 류신 및 발린과 같은 소수성 잔기를 포함한다. 일부 관점에서, 페닐알라닌, 트립토판 및 발린의 트리플릿(triplet)이 합성 막관통 도메인의 각 말단에서 발견될 것이다. 일부 구현예에서, 연결은 링커, 스페이서 및/또는 막관통 도메인에 의한 것이다. 일부 관점에서, 막관통 도메인은 CD28 또는 이의 변이체의 막관통 부분을 함유한다. 세포외 도메인과 막관통은 직접 또는 간접적으로 연결될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포외 도메인과 막관통은 본원에 기술된 임의의 것과 같은 스페이서에 의해 연결된다.
일부 구현예에서, 수용체(예를 들어, CAR)의 막관통 도메인은 인간 CD28의 막관통 도메인 또는 이의 변이체, 예를 들어 인간 CD28(Accession No.: P10747.1)의 27-아미노산 막관통 도메인이고, 또는 서열 번호 8에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호 8에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 막관통 도메인이다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체의 부분을 함유하는 막관통 도메인은 서열 번호 9에 제시된 아미노산 서열 또는 이에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.　
일부 구현예에서, 재조합 수용체(예를 들어, CAR)는 적어도 하나의 세포내 신호 전달 성분 또는 성분들, 예컨대 세포내 신호 전달 영역 또는 도메인을 포함한다. 일부 관점에서, T 세포 활성화는 두 종류의 세포질 신호 전달 서열, 즉 TCR을 통한 항원-의존적 1차 활성화를 개시하는 서열(1차 세포질 신호 전달 서열) 및 항원-비의존적 방식으로 작용하여 2차 또는 공자극 신호를 제공하는 서열(2차 세포질 신호 전달 서열)에 의해 매개되는 것으로 설명된다. 일부 관점에서, CAR은 상기 신호 전달 성분 중 하나 또는 둘 모두를 포함한다. 세포내 신호 전달 영역 중에는 천연 항원 수용체를 통한 신호, 공자극 수용체와 조합으로 상기 수용체를 통한 신호 및/또는 공자극 수용체 단독을 통한 신호를 모방하거나 이와 유사한 것이 있다. 일부 구현예에서, 짧은 올리고- 또는 폴리펩타이드 링커, 예컨대 글리신 및 세린, 예를 들어 글리신-세린 더블릿(doublet)을 함유하는 것과 같은 2 내지 10개 아미노산 길이의 링커가 CAR의 막관통 도메인과 세포질 신호 전달 도메인 사이에 존재하고 연결을 형성한다.
일부 구현예에서, CAR의 결찰시, CAR의 세포질 도메인 또는 세포내 신호 전달 영역은 면역 세포, 예를 들어 CAR을 발현하도록 조작된 T 세포의 정상 작동체 기능 또는 반응 중 하나 이상을 활성화시킨다. 예를 들어, 일부 맥락에서, CAR은 T 세포의 기능, 예컨대 세포 용해 활성 또는 T-헬퍼 활성, 예컨대 사이토카인 또는 기타 인자의 분비를 유도한다. 일부 구현예에서, 항원 수용체 성분 또는 공자극 분자의 세포내 신호 전달 영역의 절단 부분은 예를 들어 그것이 작동체 기능 신호를 형질도입하는 경우 온전한 면역 자극 사슬 대신에 사용된다. 일부 구현예에서, 예를 들어 세포내 도메인 또는 도메인들을 포함하는 세포내 신호 전달 영역은 T 세포 수용체(TCR)의 세포질 서열 및 일부 관점에서 천연 맥락에서 항원 수용체 결합 후에 신호 전달을 개시하기 위해 상기 수용체와 협력하여 작용하는 공-수용체 및/또는 상기 분자의 임의의 유도체 또는 변이체 및/또는 동일한 기능적 능력을 갖는 임의의 합성 서열의 세포질 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 예를 들어 세포내 도메인 또는 도메인들을 포함하는 세포내 신호 전달 영역은 공자극 신호를 제공하는 데 관여하는 영역 또는 도메인의 세포질 서열을 포함한다.
일부 관점에서, CAR은 TCR 복합체의 1차 활성화를 조절하는 1차 세포질 신호 전달 서열을 포함한다. 자극 방식으로 작용하는 1차 세포질 신호 전달 서열은 면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프 또는 ITAM으로 공지된 신호 전달 모티프를 함유할 수 있다. 1차 세포질 신호 전달 서열을 함유하는 ITAM의 예에는 CD3 제타 사슬, FcR 감마, CD3 감마, CD3 델타 및 CD3 엡실론으로부터 유래된 것이 포함된다. 일부 구현예에서, CAR의 세포질 신호 전달 분자(들)은 CD3 제타로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인, 이의 부분, 또는 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, 수용체는 T-세포 활성화 및 세포 독성을 매개하는 TCR CD3 사슬, 예를 들어 CD3 제타 사슬과 같은 TCR 복합체의 세포내 성분을 포함한다. 따라서, 일부 관점에서, 항원 결합 부분은 하나 이상의 세포 신호 전달 모듈에 연결된다. 일부 구현예에서, 세포 신호 전달 모듈은 CD3 막관통 도메인, CD3 세포내 신호 전달 도메인 및/또는 기타 CD 막관통 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체, 예를 들어 CAR은 또한 Fc 수용체 γ, CD8alpha, CD8beta, CD4, CD25 또는 CD16과 같은 하나 이상의 추가 분자의 일부를 포함한다. 예를 들어, 일부 관점에서, CAR 또는 다른 키메라 수용체는 CD3-제타(CD3-ζ) 또는 Fc 수용체 γ와 CD8alpha, CD8beta, CD4, CD25 또는 CD16 사이에 키메라 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포내 (또는 세포질) 신호 전달 영역은 인간 CD3 사슬, 임의적으로 CD3 제타 자극성 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체, 예컨대 인간 CD3ζ의 이소형 단백질 3의 112 AA 세포질 도메인(Accession No.: P20963.2) 또는 문헌[미국 특허 번호 7,446,190 또는 미국 특허 번호 8,911,993]에 기술된 바와 같은 CD3 제타 신호 전달 도메인을 포함한다.　일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 영역은 서열 번호: 13, 14 또는 15에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 13, 14 또는 15에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
천연 TCR의 맥락에서, 완전한 활성화는 일반적으로 TCR을 통한 신호 전달뿐만 아니라 공자극 신호가 필요하다. 따라서, 일부 구현예에서, 완전한 활성화를 촉진하기 위해, 2차 또는 공자극 신호를 생성하기 위한 성분이 CAR에 또한 포함된다. 다른 구현예에서, CAR은 공자극 신호를 생성하기 위한 성분을 포함하지 않는다. 일부 관점에서, 추가의 CAR이 동일한 세포에서 발현되고 2차 또는 공자극 신호를 생성하기 위한 성분을 제공한다.
일부 구현예에서, 키메라 항원 수용체는 T 세포 공자극 분자의 세포내 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, CAR은 공자극 수용체, 예컨대 CD28, 4-1BB, OX40(CD134), CD27, DAP10, DAP12, ICOS 및/또는 다른 공자극 수용체의 신호 전달 도메인 및/또는 막관통 부분을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은 인간 CD28 또는 인간 4-1BB와 같은 CD28 또는 4-1BB의 공동자극 영역 또는 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 영역 또는 도메인은 인간 CD28 또는 이의 기능적 변이체 또는 이의 일부의 세포내 공자극 신호 전달 도메인, 예컨대 이의 41개의 아미노산 도메인 및/또는 천연 CD28 단백질의 186-187 위치에서 LL의 GG로의 치환을 갖는 상기 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 서열 번호: 10 또는 11에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 10 또는 11에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포내 영역은 4-1BB 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부의 세포내 공자극 신호 전달 도메인, 예컨대 인간 4-1BB 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부의 42-아미노산 세포질 도메인(Accession No.: Q07011.1), 예컨대 서열 번호: 12에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 12에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 관점에서, 동일한 CAR은 1차 (또는 활성화) 세포질 신호 전달 영역 및 공자극 신호 전달 성분 둘 모두를 포함한다.
일부 구현예에서, 활성화 도메인은 하나의 CAR 내에 포함되는 반면, 공자극 성분은 다른 항원을 인식하는 다른 CAR에 의해 제공된다. 일부 구현예에서, CAR은 활성화 또는 자극성 CAR, 공자극 CAR을 포함하며, 둘 다 동일한 세포 상에서 발현된다(WO2014/055668 참조). 일부 관점에서, 세포는 하나 이상의 자극성 또는 활성화 CAR 및/또는 공자극 CAR을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포는 억제성 CAR(iCAR, Fedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215) (December, 2013) 참조), 예컨대 질병 또는 병태에 특이적이고/거나 이와 관련된 것 외의 항원을 인식하는 - 이로써 질병 표적화 CAR을 통해 전달된 활성화 신호가 예를 들어 표적외 효과를 감소시키도록 이의 리간드에 대한 억제성 CAR의 결합에 의해 감소 또는 억제되는 - CAR을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 2개의 수용체는 각각 세포에 활성화 및 억제 신호를 세포에 유도하여, 항원에 수용체 중 하나의 결찰은 세포를 활성화하거나 반응을 유도하지만, 항원에 제2 억제성 수용체의 결찰은 반응을 억제하거나 약화시키는 신호를 유도한다. 활성화 CAR 및 억제성 CAR(iCAR)을 조합하는 예가 있다. 예를 들어, 상기 전략은 활성화 CAR이 질병 또는 병태에서 발현되나 정상 세포에서도 발현되는 항원에 결합하고 억제성 수용체는 정상 세포에서 발현되나 질병 또는 병태의 세포에서는 발현되지 않는 별개의 항원에 결합하는 맥락에서 표적외 효과의 가능성을 감소시키는 데 사용될 수 있다.
일부 관점에서, 키메라 수용체는 억제성 CAR(예를 들어 iCAR)이거나 이를 포함하고 면역 반응, 예컨대 세포에서 ITAM- 및/또는 공자극-촉진 반응을 약화 또는 억제하는 세포내 성분을 포함한다. 상기 세포내 신호 전달 성분의 예는 PD-1, CTLA4, LAG3, BTLA, OX2R, TIM-3, TIGIT, LAIR-1, PGE2 수용체, A2AR을 포함한 EP2/4 아데노신 수용체를 포함한 면역 관문 분자에서 발견되는 것이다. 일부 관점에서, 조작된 세포는 상기 억제 분자의 또는 이로부터 유래된 신호 전달 도메인을 포함하는 억제성 CAR를 포함하여, 이것이 예를 들어, 활성화 및/또는 공자극 CAR에 의해 유도되는 세포의 반응을 약화시키는 역할을 한다.
일부 경우에, CAR은 제1, 제2 및/또는 제3 세대 CAR로 지칭된다. 일부 관점에서, 제1 세대 CAR은 항원 결합 시 CD3 사슬 유도 신호만을 제공하는 것이고; 일부 관점에서, 제2 세대 CAR은 상기 신호 및 CD28 또는 CD137과 같은 공자극 수용체로부터 세포내 신호 전달 도메인을 포함하는 것과 같은 공자극 신호를 제공하는 것이고; 일부 관점에서, 제3 세대 CAR은 일부 관점에서 상이한 공자극 수용체의 다중 공자극 도메인을 포함하는 것이다.
일부 구현예에서, CAR은 세포질 부분에서 하나 이상의, 예를 들어 2개 이상의 공자극 도메인 및 활성화 도메인, 예를 들어 1차 활성화 도메인을 포함한다. 예시적인 CAR에는 CD3-제타, CD28 및 4-1BB의 세포내 성분이 포함된다.
일부 구현예에서, 항원 수용체는 표지자를 추가로 포함하고, 및/또는 CAR 또는 다른 항원 수용체를 발현하는 세포는 수용체를 발현하기 위한 세포의 형질도입 또는 조작을 확인하는 데 사용될 수 있는 대리 표지자, 예컨대 세포 표면 표지자를 추가로 포함한다. 일부 관점에서, 표지자는 CD34, NGFR, 또는 표피 성장 인자 수용체, 예컨대 이러한 세포 표면 수용체(예: tEGFR)의 절단된 버전의 전부 또는 일부(예를 들어, 절단 형태)를 포함한다. 일부 구현예에서, 표지자를 암호화하는 핵산은 절단 가능한 링커 서열(예를 들어, T2A)과 같은 링커 서열을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된다. 예를 들어, 표지자 및 임의적으로 링커 서열은 문헌[특허 출원 번호 WO2014031687]에 개시된 바와 같은 어느 하나일 수 있다. 예를 들어, 표지자는 선택적으로 링커 서열, 예컨대 T2A 절단 가능한 링커 서열에 연결된 절단형 EGFR(tEGFR)일 수 있다.
절단형 EGFR(예를 들어, tEGFR)에 대한 예시적인 폴리펩타이드는 서열 번호 7 또는 16에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호 7 또는 16에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다. 예시적인 T2A 링커 서열은 서열 번호 6 또는 17에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호 6 또는 17에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 표지자는 T 세포에서 자연적으로 발견되지 않거나 또는 T 세포 표면에서 자연적으로 발견되지 않는 분자(예를 들어, 세포 표면 단백질) 또는 이의 부분이다. 일부 구현예에서, 분자는 비자기(non-self) 분자, 예를 들어 비자기 단백질, 즉 세포가 입양으로 전달될 숙주의 면역 시스템에 의해 "자기(self)"로 인식되지 않는 분자이다.
일부 구현예에서, 표지자는 치료 기능을 제공하지 않고/거나 유전자 조작, 예를 들어 성공적으로 조작된 세포를 선택하기 위한 표지자로서 사용되는 것 외에 다른 효과를 생성하지 않는다. 다른 구현예에서, 표지자는 치료적 분자 또는 달리 일부 원하는 효과를 나타내는 분자, 예컨대 생체 내에서 세포가 조우하게 될 리간드, 예컨대 입양 전달 및 리간드와의 조우 시 세포의 반응을 강화하고/거나 약화시키는 공자극 또는 면역 관문 분자일 수 있다.
일부 구현예에서, CAR은 항체(예를 들어, 항체 단편), CD28의 막관통 부분 또는 이의 기능적 변이체이거나 이를 함유하는 막관통 도메인, 및 CD28의 신호 전달 부분 또는 이의 기능적 변이체와 CD3 제타의 신호 전달 부분 또는 이의 기능적 변이체를 함유하는 세포내 신호 전달 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, CAR은 항체(예를 들어, 항체 단편), CD28 또는 이의 기능적 변이체의 막관통 부분이거나 이를 함유하는 막관통 도메인, 및 4-1BB 또는 이의 기능적 변이체의 신호 전달 부분과 CD3 제타 또는 이의 기능적 변이체의 신호 전달 부분을 함유하는 세포내 신호 전달 도메인을 함유한다. 일부 상기 구현예에서, 수용체는 Ig 분자의 일부, 예컨대 인간 Ig 분자, 예컨대 Ig 힌지, 예를 들어 IgG4 힌지, 예컨대 힌지 단독 스페이서를 함유하는 스페이서를 더 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체(예를 들어, CAR)의 막관통 도메인은 인간 CD28(예를 들어, Accession No. P01747.1) 또는 이의 변이체의 막관통 도메인, 예컨대 서열 번호: 8에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 8에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 막관통 도메인이거나 이를 포함하고; 일부 구현예에서, 재조합 수용체의 일부를 함유하는 막관통 도메인은 서열 번호: 9에 제시된 아미노산 서열 또는 이에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체(예를 들어, CAR)의 세포내 신호 전달 성분(들)은 인간 CD28의 세포내 공자극 신호 전달 도메인 또는 이의 기능적 변이체 또는 부분, 예컨대 천연 CD28 단백질의 위치 186-187에 LL의 GG로의 치환이 있는 도메인을 함유한다. 예를 들어, 세포내 신호 전달 도메인은 서열 번호: 10 또는 11에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 10 또는 11에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포내 도메인은 4-1BB(예를 들어, Accession No.: Q07011.1)의 세포내 공자극 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체 또는 부분, 예컨대 서열 번호 12에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호 12에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체(예를 들어, CAR)의 세포내 신호 전달 도메인은 인간 CD3 제타 자극성 신호 전달 도메인 또는 이의 기능적 변이체, 예컨대 인간 CD3ζ(Accession No.: P20963.2)의 이소형 단백질 3의 112 AA 세포질 도메인 또는 문헌[미국 특허 번호: 7,446,190 또는 미국 특허 번호 8,911,993]에 기재된 바와 같은 CD3 제타 신호 전달 도메인을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세포내 신호 전달 도메인은 서열 번호: 13, 14 또는 15에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 13, 14 또는 15에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호:1에 제시된 힌지 단독 스페이서와 같은 IgG4 또는 IgG1의 힌지 단독 같은 IgG의 힌지 영역 단독을 함유하며, 서열 번호: 2에 제시된 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 스페이서는 CH2 및/또는 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지(예를 들어, IgG4 힌지)이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 4에 제시된 바와 같이 CH2 및 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지(예를 들어, IgG4 힌지)이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 3에 제시된 바와 같이 CH3 도메인에만 연결된 Ig 힌지(예를 들어, IgG4 힌지)이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 글리신-세린 풍부 서열 또는 공지된 가요성 링커(flexible linker)와 같은 다른 가요성 링커이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 불변 영역 또는 부분은 IgD의 것이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 5에 제시된 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 1, 3, 4 및 5 중 어느 하나에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 갖는다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CAR은 scFv를 포함한 항체 단편과 같은 항체, 스페이서, 예컨대 면역글로불린 분자의 부분, 예컨대 힌지 영역을 및/또는 중쇄 분자의 하나 이상의 불변 영역을 함유한 스페이서, 예컨대 Ig-힌지 함유 스페이서, CD28-유래 막관통 도메인의 전부 또는 일부를 함유한 막관통 도메인, CD28-유래 세포내 신호 전달 도메인, 및 CD3 제타 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은 scFv와 같은 항체 또는 단편, 임의의 Ig-힌지 함유 스페이서와 같은 스페이서, CD28-유래 막관통 도메인, 4-1BB-유래 세포내 신호 전달 도메인, 및 CD3 제타-유래 신호 전달 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 CAR 작제물을 암호화하는 핵산 분자는 T2A 리보솜 스킵 요소 및/또는 tEGFR 서열, 예를 들어, CAR을 암호화하는 서열의 하류를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 서열은 서열 번호 6 또는 17에 제시된 T2A 리보솜 스킵 요소, 또는 서열 번호 6 또는 17에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 암호화한다. 일부 구현예에서, 항원 수용체(예를 들어, CAR)를 발현하는 T 세포는 또한 (예를 들어, 동일한 작제물로부터 두 개의 단백질을 발현하도록 T2A 리보솜 스위치에 의해 분리된 CAR 및 EGFRt를 암호화하는 작제물의 도입에 의해) 비-면역원성 선택 에피토프로서 절단형 EGFR(EGFRt)을 발현하도록 생성될 수 있고, 그런 후 이는 상기 세포를 검출하는 표지자로 사용될 수 있다(예를 들어, 문헌[미국 특허 번호 8,802,374] 참조). 일부 구현예에서, 상기 서열은 서열 번호 7 또는 16에 제시된 tEGFR 서열, 또는 서열 번호 7 또는 16에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 암호화한다. 일부 경우에, T2A와 같은 펩타이드는 리보솜이 2A 요소의 C-말단에서 펩타이드 결합의 합성을 건너뛰도록(리보솜 스키핑) 유발할 수 있으며, 이는 2A 서열의 말단과 다음(next) 펩타이드 하류 사이의 분리로 이어진다(예를 들어, 문헌[de Felipe. Genetic Vaccines and Ther. 2:13 (2004) and deFelipe et al. Traffic 5:616-626 (2004)] 참조). 많은 2A 요소가 공지되어 있다. 본원에 개시된 방법 및 핵산에 사용될 수 있는 2A 서열의 예에는 문헌[미국 특허 공개 번호 20070116690]에 기술된 바와 같은 구제역 바이러스(F2A, 예를 들어, 서열 번호: 21), 말 비염 A 바이러스(E2A, 예를 들어, 서열번호: 20), 토세아 아시그나 바이러스(T2A, 예를 들어, 서열번호: 6 또는 17) 및 돼지 테스코 바이러스-1(P2A, 예를 들어, 서열번호: 18 또는 19)이 있으며, 하지만 이에 한정되지 않는다.
상기 임의의 구현예 중 일부에서, CAR은 항원에 특이적인 scFv, 막관통 도메인, 선택적으로 4-1BB이거나 이를 포함하는 공자극 분자로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인 및 선택적으로 CD3제타 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 1차 신호 전달 ITAM 함유 분자로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인을 순서대로 포함하고, 선택적으로 막관통 도메인과 scFv 사이에 스페이서를 더 포함한다.
상기 임의의 구현예 중 일부에서, CAR은 항원에 특이적인 scFv, 막관통 도메인, 선택적으로 4-1BB 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 공자극 분자로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인 및 선택적으로 CD3제타 신호 전달 도메인인 1차 신호 전달 ITAM 함유 분자로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인을 순서대로 포함한다.
상기 임의의 구현예 중 일부에서, CAR은 항원에 특이적인 scFv, 막관통 도메인, 선택적으로 4-1BB 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 공자극 분자로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인 및 선택적으로 CD3제타 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 1차 신호 전달 ITAM 함유 분자로부터 유래된 세포질 신호 전달 도메인을 순서대로 포함하거나 이로 구성된다.일부 관점에서, 스페이서는 선택적으로 (a) 면역글로불린 힌지 또는 이의 변형된 버전의 전부 또는 일부를 포함하거나 이로 구성되거나, 약 15개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포 외 영역 또는 CD8 세포 외 영역을 포함하지 않거나, (b) 면역글로불린 힌지, 선택적으로 IgG4 힌지 또는 이의 변형된 버전의 전부 또는 일부를 포함하거나, 이로 구성되고/거나 약 15개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포 외 영역 또는 CD8 세포 외 영역을 포함하지 않거나, (c) 길이가 (약) 12개의 아미노산이고/거나 면역글로불린 힌지, 선택적으로 IgG4 또는 이의 변형된 버전의 전부 또는 일부를 포함하거나 이로 구성되거나; (d) 서열 번호: 1, 서열 번호: 2에 의해 암호화된 서열, 서열 번호: 30, 서열 번호: 31, 서열 번호: 32, 서열 번호: 33, 서열 번호: 34의 서열 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체를 갖거나 이로 구성되거나; 또는 (e) 화학식 X1PPX2P (여기에서, X1는 글리신, 시스테인 또는 아르기닌이고, X2는 시스테인 또는 트레오닌임)를 포함하거나 이로 구성되는 폴리펩타이드 스페이서이고; 및/또는 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고/거나; 1차 신호 전달 도메인은 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 서열 번호: 13 또는 14 또는 15를 포함하고/거나; scFv는 RASQDISKYLN(서열 번호: 35)의 CDRL1 서열, SRLHSGV(서열 번호: 36)의 CDRL2 서열 및/또는 GNTLPYTFG(서열 번호: 37)의 CDRL3 서열 및/또는 DYGVS(서열 번호: 38)의 CDRH1 서열, VIWGSETTYYNSALKS(서열 번호: 39)의 CDRH2 서열 및/또는 YAMDYWG(서열 번호: 40)의 CDRH3 서열을 포함하거나 scFv는 FMC63의 가변 중쇄 영역 및 FMC63의 가변 경쇄 영역 및/또는 FMC63의 CDRL1 서열, FMC63의 CDRL2 서열, FMC63의 CDRL3 서열, FMC63의 CDRH1 서열, FMC63의 CDRH2 서열 및 FMC63의 CDRH3 서열을 포함하거나 상기 중 어느 하나와 결합을 두고 경쟁하거나 이와 동일한 에피토프에 결합하고, 선택적으로 scFv는 VH, 선택적으로 서열 번호: 59을 포함하는 링커 및 VL을 순서대로 포함하고/거나 scFv는 가요성 링커를 포함하고/거나 서열 번호: 59에 제시된 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 1을 포함하거나 이로 이루어지고, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, 막관통 도메인은 CD28이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, scFv는 CDR의 결합 도메인 또는 FMC63의 VH 및 VL을 함유하고, 1차 신호전달 도메인은 서열 번호: 13, 14 또는 15, 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 30을 포함하거나 이로 이루어지고, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, 막관통 도메인은 CD28이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, scFv는 CDR의 결합 도메인 또는 FMC63의 VH 및 VL을 함유하고, 1차 신호전달 도메인은 서열 번호: 13, 14 또는 15, 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 31을 포함하거나 이로 이루어지고, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, 막관통 도메인은 CD28이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, scFv는 CDR의 결합 도메인 또는 FMC63의 VH 및 VL을 함유하고, 1차 신호전달 도메인은 서열 번호: 13, 14 또는 15, 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 33을 포함하거나 이로 이루어지고, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, 막관통 도메인은 CD28이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, scFv는 CDR의 결합 도메인 또는 FMC63의 VH 및 VL을 함유하고, 1차 신호전달 도메인은 서열 번호: 13, 14 또는 15, 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 34을 포함하거나 이로 이루어지고, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, 막관통 도메인은 CD28이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고, scFv는 CDR의 결합 도메인 또는 FMC63의 VH 및 VL을 함유하고, 1차 신호전달 도메인은 서열 번호: 13, 14 또는 15, 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
대상체에 투여되는 세포에 의해 발현되는 CAR과 같은 재조합 수용체는 일반적으로 치료하는 질병 또는 병태 또는 그 세포에서 발현되고, 그와 연관되고 및/또는 이에 특이적인 분자를 인식하거나 그 분자에 특이적으로 결합한다. 분자(예를 들어, 항원)에 특이적 결합 시, 수용체는 일반적으로 면역 자극 신호, 예컨대 ITAM-변환 신호를 세포에 전달하여 질병 또는 병태에 표적화된 면역 반응을 촉진한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세포는 질병 또는 병태의 또는 질병 또는 병태와 관련된 세포 또는 조직에 의해 발현되는 항원에 특이적으로 결합하는 CAR을 발현한다.
2. T 세포 수용체(TCR)
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도, 제조품 또는 조성물과 관련하여 사용되는 T 세포와 같은 조작된 세포는 종양, 바이러스 또는 자가 면역 단백질의 항원과 같은 표적 폴리펩타이드의 펩타이드 에피토프 또는 T 세포 에피토프를 인식하는 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포이다.
일부 구현예에서, "T 세포 수용체(T cell receptor)"또는 "TCR"은 가변 α 및 β 사슬(각각 TCRα 및 TCRβ로도 공지) 또는 가변 γ 및 δ 사슬(각각 TCRγ 및 TCRδ로도 공지) 또는 이의 항원 결합 부분을 함유하는 분자이고 이는 MHC 분자에 결합된 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 αβ 형태이다. 통상적으로, αβ 및 γδ 형태로 존재하는 TCR은 일반적으로 구조적으로 유사하지만, 이들을 발현하는 T 세포는 구별되는 해부학적 위치 또는 기능을 가질 수 있다. TCR은 세포 표면 상에서 또는 가용성 형태로 발견될 수 있다. 일반적으로 TCR은 T 세포(또는 T 림프구)의 표면 상에서 발견되며, 이는 일반적으로 주요 조직적합성 복합체(MHC) 분자에 결합된 항원의 인식을 담당한다.
달리 언급되지 않는 한, 용어 "TCR"은 완전한(full) TCR뿐만 아니라 이의 항원 결합 부분 또는 항원 결합 단편을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 일부 구현예에서, TCR은 αβ 형태 또는 γδ 형태의 TCR을 포함하는 온전한 또는 전장 TCR이다. 일부 구현예에서, TCR은 전장 미만의 TCR이지만 MHC-펩타이드 복합체에 결합하는 것과 같이 MHC 분자에서 결합된 특정 펩타이드에 결합하는 항원 결합 부분이다. 일부 경우에, TCR의 항원 결합 부분 또는 단편은 전장 또는 온전한 TCR의 구조적 도메인의 일부만을 함유할 수 있으나, 그럼에도 완전한 TCR이 결합하는 MHC-펩타이드 복합체와 같은 펩타이드 에피토프에 결합할 수 있다. 일부 경우에, 항원 결합 부분은 특정 MHC-펩타이드 복합체에 결합하기 위한 결합 부위를 형성하기에 충분한, TCR의 가변 α 사슬 및 가변 β 사슬과 같은 TCR의 가변 도메인을 함유한다. 일반적으로, TCR의 가변 사슬은 펩타이드, MHC 및/또는 MHC-펩타이드 복합체의 인식에 관여하는 상보성 결정 영역을 함유한다.
일부 구현예에서, TCR의 가변 도메인은 초가변 루프 또는 상보성 결정 영역(CDR)을 함유하며, 이는 일반적으로 항원 인식 및 결합 능력 및 특이성에 대한 1차 기여자이다. 일부 구현예에서, TCR의 CDR 또는 이의 병용은 주어진 TCR 분자의 항원 결합 부위의 전부 또는 실질적으로 전부를 형성한다. TCR 사슬의 가변 영역 내의 다양한 CDR은 일반적으로 CDR에 비해 TCR 분자 중에서 일반적으로 가변성을 덜 나타내는 프레임워크 영역(FR)으로 분리된다(예를 들어, 문헌[Jores et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. U.S.A. 87:9138, 1990; Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988 참조; 또한 Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003] 참조). 일부 구현예에서, CDR3은 항원 결합 또는 특이성을 담당하는 주요 CDR이거나, 항원 인식을 위한 및/또는 펩타이드-MHC 복합체의 가공된 펩타이드 부분과의 상호작용을 위한 주어진 TCR 가변 영역상에서 3개의 CDR 중 가장 중요한 CDR이다. 일부 맥락에서, 알파 사슬의 CDR1은 특정 항원 펩타이드의 N-말단 부분과 상호작용할 수 있다. 일부 맥락에서, 베타 사슬의 CDR1은 상기 펩타이드의 C-말단 부분과 상호작용할 수 있다. 일부 맥락에서, CDR2는 MHC-펩타이드 복합체의 MHC 부분과의 상호작용 또는 이의 인식을 담당하는 1차 CDR이거나 이에 가장 강력하게 기여한다. 일부 구현예에서, β 사슬의 가변 영역은 추가 초가변 영역(CDR4 또는 HVR4)을 함유할 수 있으며, 이는 일반적으로 항원 인식이 아닌 초항원 결합에 관여한다(Kotb (1995) Clinical Microbiology Reviews, 8:411-426).
일부 구현예에서, TCR은 또한 불변 도메인, 막관통 도메인 및/또는 짧은 세포질 꼬리를 함유할 수 있다(예를 들어, 문헌[Janeway et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997] 참조). 일부 관점에서, TCR의 각 사슬은 1개의 N-말단 면역글로불린 가변 도메인, 1개의 면역글로불린 불변 도메인, 막관통 영역 및 C-말단 끝에 짧은 세포질 꼬리를 가질 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 신호 전달 매개에 관여하는 CD3 복합체의 불변 단백질과 회합한다.
일부 구현예에서, TCR 사슬은 하나 이상의 불변 도메인을 함유한다. 예를 들어, 주어진 TCR 사슬(예를 들어, α-사슬 또는 β-사슬)의 세포외 부분은 세포막에 인접한 2개의 면역글로불린 유사 도메인, 예컨대 가변 도메인(예를 들어, Vα 또는 Vb; 전형적으로 Kabat 넘버링 Kabat et al., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.에 기초한 1 내지 116 아미노산) 및 불변 도메인(예를 들어 α 사슬 불변 도메인 즉 Cα, 전형적으로 Kabat 넘버링에 기초한 사슬의 117 내지 259 위치 또는 b 사슬 불변 도메인 또는 Cb, 전형적으로 Kabat에 기초한 사슬의 117 내지 295 위치)을 함유할 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에, 2개의 사슬에 의해 형성된 TCR의 세포외 부분은 2개의 막 근위 불변 도메인과 2개의 막 원위 가변 도메인을 함유하고, 상기 가변 도메인 각각은 CDR을 함유한다. TCR의 불변 도메인은 시스테인 잔기가 이황화 결합을 형성하여 이로써 2개의 TCR 사슬을 연결하는 짧은 연결 서열을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 각각의 α 및 β 사슬에 추가 시스테인 잔기를 가질 수 있어서, TCR은 불변 도메인에 2개의 이황화 결합을 함유한다.
일부 구현예에서, TCR 사슬은 막관통 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 양으로 하전된다. 일부 경우에, TCR 사슬은 세포질 꼬리를 함유한다. 일부 경우에, 이 구조는 TCR이 CD3 및 이의 서브유닛과 같은 다른 분자와 회합하도록 허용한다. 예를 들어, 막관통 영역을 갖는 불변 도메인을 함유하는 TCR은 세포막에 단백질을 고정하고 CD3 신호 전달 장치 또는 복합체의 불변 서브유닛과 회합할 수 있다. CD3 신호 전달 서브유닛(예를 들어 CD3γ, CD3δ, CD3ε 및 CD3ζ 사슬)의 세포내 꼬리는 TCR 복합체의 신호 전달 용량에 관여하는 하나 이상의 면역수용체 티로신 기반 활성화 모티프 즉 ITAM을 함유한다.
일부 구현예에서, TCR은 2개의 사슬 α 및 β(또는 선택적으로 γ 및 δ)의 이종이량체이거나 단일 사슬 TCR 작제물일 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 예컨대 이황화 결합 또는 이황화 결합들에 의해 연결되는 2개의 별개의 사슬(α 및 β 사슬 또는 γ 및 δ 사슬)을 함유하는 이종이량체이다.
일부 구현예에서, TCR은 Vα, β사슬의 서열과 같은 공지된 TCR 서열(들)로부터 생성될 수 있으며, 이에 대해 실질적으로 전장 코딩 서열이 용이하게 이용가능하다. V 사슬 서열을 포함한 전장 TCR 서열을 세포 공급원으로부터 수득하는 방법은 잘 알려져 있다. 일부 구현예에서, TCR을 암호화하는 핵산은 예컨대 주어진 세포 또는 세포들 내의 또는 이로부터 단리된 TCR 암호화 핵산의 중합효소연쇄반응(PCR) 증폭에 의해 또는 공개적으로 이용 가능한 TCR DNA 서열의 합성에 의해 다양한 공급원으로부터 수득될 수 있다.
일부 구현예에서, TCR은 생물학적 공급원, 예컨대 세포, 예컨대 T 세포(예를 들어, 세포 독성 T 세포), T 세포 혼성세포 또는 기타 공개적으로 이용 가능한 공급원으로부터 수득된다. 일부 구현예에서, T 세포는 생체 내 단리된 세포로부터 수득될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 흉선에서 선택된 TCR이다. 일부 구현예에서, TCR은 네오에피토프 제한(neoepitope-restricted) TCR이다. 일부 구현예에서, T 세포는 배양된 T 세포 혼성세포(hybridoma) 또는 클론일 수 있다. 일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분 또는 이의 항원 결합 단편은 TCR 서열에 대한 지식을 이용해 합성하여 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, TCR은 표적 폴리펩타이드 항원 또는 이의 표적 T 세포 에피토프에 대한 후보 TCR의 라이브러리를 스크리닝하여 식별되거나 선택된 TCR로부터 생성된다. TCR 라이브러리는 PBMC, 비장 또는 기타 림프구 기관에 존재하는 세포를 포함하여 대상체로부터 단리된 T 세포로부터의 Vα 및 Vβ 레퍼토리를 증폭하여 생성될 수 있다. 일부 경우에, T 세포는 종양 침윤 림프구(tumor-infiltrating lymphocyte, TIL)로부터 증폭될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR 라이브러리는 CD4+ 또는 CD8+ 세포로부터 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 정상적인 건강한 대상체의 T 세포 공급원, 즉 정상 TCR 라이브러리로부터 증폭될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 유병 대상체의 T 세포 공급원, 즉 유병 TCR 라이브러리로부터 증폭될 수 있다. 일부 구현예에서, 인간으로부터 수득된 T 세포와 같은 샘플에서 예컨대 RT-PCR에 의해 Vα 및 Vβ의 유전자 레퍼토리를 증폭시키기 위해 퇴화(degenerate) 프라이머가 사용된다. 일부 구현예에서, scTv 라이브러리는 증폭된 산물이 클로닝되거나 결집되어 링커에 의해 분리되는 나이브(na
Figure pct00009
ve) Vα 및 Vβ 라이브러리로부터 결집될 수 있다. 대상체와 세포의 공급원에 따라, 라이브러리는 HLA 대립유전자 특이적일 수 있다. 대안적으로, 일부 구현예에서, TCR 라이브러리는 모체(parent) 또는 지지체(scaffold) TCR 분자의 돌연변이 유발 또는 다양화에 의해 생성될 수 있다. 일부 관점에서, TCR은 예를 들어 α 또는 β 사슬의 예컨대 돌연변이 유발에 의해 유도 진화를 거친다. 일부 관점에서, TCR의 CDR 내 특정 잔기가 변경된다. 일부 구현예에서, 선택된 TCR은 친화도 성숙에 의해 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 항원 특이적 T 세포는 예컨대, 스크리닝에 의해 펩타이드에 대한 CTL 활성을 산정하여 선택될 수 있다. 일부 관점에서, 예를 들어 항원 특이적 T 세포에 존재하는 TCR은 예컨대 결합 활성, 예를 들어 항원에 대한 특정 친화도 또는 친화력에 의해 선택될 수 있다.
일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분은 변형되었거나 조작된 것이다. 일부 구현예에서, 특정 MHC-펩타이드 복합체에 대한 더 높은 친화도를 갖는 것과 같은 변경된 특성을 갖는 TCR을 생성하기 위해 유도 진화 방법이 사용된다. 일부 구현예에서, 유도 진화는 효모 디스플레이(Holler et al. (2003) Nat Immunol, 4, 55-62; Holler et al. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A, 97, 5387-92), 파지 디스플레이(Li et al. (2005) Nat Biotechnol, 23, 349-54) 또는 T 세포 디스플레이(Chervin et al. (2008) J Immunol Methods, 339, 175-84)를 포함하되 이에 한정되지 않는 디스플레이 방법에 의해 달성된다. 일부 구현예에서, 디스플레이 접근법은 공지된 모체(parent) 또는 기준 TCR을 조작 또는 변형하는 것을 수반한다. 예를 들어, 일부 경우에, 하나 이상의 CDR 잔기에서 돌연변이된 돌연변이를 일으킨 TCR을 생성하기 위한 주형(template)으로 야생형 TCR이 사용될 수 있고, 원하는 변경된 특성, 예컨대 원하는 표적 항원에 대한 보다 높은 친화도를 갖는 돌연변이가 선택된다.
일부 구현예에서, 관심 TCR의 제조 또는 생성에 사용하기 위한 표적 폴리펩타이드의 펩타이드는 공지되어 있거나 용이하게 식별될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR 또는 항원 결합 부분을 생성하는 데 사용하기에 적합한 펩타이드는 하기 기재된 표적 폴리펩타이드와 같은 관심 표적 폴리펩타이드에서 HLA 제한 모티프의 존재에 기초하여 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 이용 가능한 컴퓨터 예측 모델을 사용하여 식별된다. 일부 구현예에서, MHC 클래스 I 결합 부위를 예측하기 위해, 상기 모델은 ProPred1(Singh and Raghava (2001) Bioinformatics 17(12):1236-1237) 및 SYFPEITHI(Schuler et al. (2007) Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, 409(1): 75-93 2007 참조)를 포함하되 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, MHC 제한 에피토프는 HLA-A0201이며, 이는 모든 백인의 약 39-46%에서 발현되고 따라서, TCR 또는 다른 MHC-펩타이드 결합 분자를 제조하는 데 사용하기 위한 MHC 항원의 적합한 선택을 의미한다.
컴퓨터 예측 모델을 사용한 프로테아좀 및 면역 프로테아좀에 대한 HLA-A0201 결합 모티프 및 절단 부위는 공지되어 있다. MHC 클래스 I 결합 부위를 예측하기 위해, 상기 모델은 ProPred1(Singh and Raghava, ProPred: prediction of HLA-DR binding sites. BIOINFORMATICS 17(12):1236-1237 2001에 보다 상세하게 기재됨) 및 SYFPEITHI(Schuler et al. SYFPEITHI, Database for Searching and T-Cell Epitope Prediction. in Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, vol 409(1): 75-93 2007 참조)를 포함하나 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분은 결합 특성과 같은 하나 이상의 특성이 변경된 재조합으로 생산된 천연 단백질 또는 이의 돌연변이 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 인간, 마우스, 랫트 또는 기타 포유동물과 같은 다양한 동물 종 중 하나에서 유래될 수 있다. TCR은 세포 결합 또는 가용성 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 방법의 목적을 위해, TCR은 세포의 표면 상에 발현된 세포 결합 형태이다.
일부 구현예에서, TCR은 전장 TCR이다. 일부 구현예에서, TCR은 항원 결합 부분이다. 일부 구현예에서, TCR은 2량체 TCR(dTCR)이다. 일부 구현예에서, TCR은 단일 사슬 TCR(sc-TCR)이다. 일부 구현예에서, dTCR 또는 scTCR은 문헌[WO 03/020763, WO 04/033685, WO2011/044186]에 기술된 바와 같은 구조를 가지고 있다.
일부 구현예에서, TCR은 막관통 서열에 해당하는 서열을 함유한다. 일부 구현예에서, TCR은 세포질 서열에 해당하는 서열을 함유한다. 일부 구현예에서, TCR은 CD3과 TCR 복합체를 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, dTCR 또는 scTCR을 포함하여 임의의 TCR은 T 세포 표면 상에 활성 TCR을 생성하는 신호 전달 도메인에 연결될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 세포의 표면 상에 발현된다.
일부 구현예에서 dTCR은 TCR α 사슬 가변 영역 서열에 해당하는 서열이 TCR α 사슬 불변 영역 세포외 서열에 해당하는 서열의 N 말단에 융합된 제1 폴리펩타이드, 및 TCR β 사슬 가변 영역 서열에 해당하는 서열이 TCR β 사슬 불변 영역 세포외 서열에 해당하는 N 말단 서열에 융합된 제2 폴리펩타이드를 함유하고, 제1 및 제2 폴리펩타이드는 이황화 결합에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 이 결합은 천연 이량체 αβ TCR에 존재하는 천연 사슬 간 이황화 결합에 해당할 수 있다. 일부 구현예에서, 사슬 간 이황화 결합은 천연 TCR에 존재하지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 시스테인이 dTCR 폴리펩타이드 쌍의 불변 영역 세포외 서열에 편입될 수 있다. 일부 경우에, 천연 및 비천연 이황화 결합이 모두 바람직할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 막에 고정하는 막관통 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, dTCR은 가변 α 도메인, 불변 α 도메인 및 이 불변 α 도메인의 C-말단에 부착된 제1 2량체화(dimerization) 모티프를 함유하는 TCR α 사슬, 및 가변 β 도메인, 불변 β 도메인 및 이 불변 β 도메인의 C-말단에 부착된 제2 2량체화 모티프를 포함하는 TCR β 사슬을 함유하고, 여기에서 제1 및 제2 2량체화 모티프는 용이하게 상호작용하여 TCR α 사슬과 TCR β 사슬을 서로 연결하는 제1 2량체화 모티프에 있는 아미노산과 제2 2량체화 모티프에 있는 아미노산 사이에서 공유결합을 형성한다.
일부 구현예에서, TCR은 scTCR이다. 전형적으로, scTCR은 공지된 방법을 사용하여 생성될 수 있다(예를 들어, 문헌[Soo Hoo, W. F. et al. PNAS (USA) 89, 4759 (1992); W
Figure pct00010
lfing, C. and Pl
Figure pct00011
ckthun, A., J. Mol. Biol. 242, 655 (1994); Kurucz, I. et al. PNAS (USA) 90 3830 (1993); 국제 출원 공개 번호 WO 96/13593, WO 96/18105, WO99/60120, WO99/18129, WO 03/020763, WO2011/044186; 및 Schlueter, C. J. et al. J. Mol. Biol. 256, 859 (1996)] 참조). 일부 구현예에서, scTCR은 도입된 비천연 사슬 간 이황화 결합을 함유하여 TCR 사슬의 회합을 용이하게 한다(예를 들어, 국제 출원 공개 번호 WO 03/020763 참조). 일부 구현예에서, scTCR은 비이황화물 연결 절단형 TCR이며 여기에서 이종 류신 지퍼(heterologous leucine zipper)가 이의 C-말단에 융합하여 사슬 결합을 촉진한다(예를 들어, 국제 출원 공개 번호 WO99/60120 참조). 일부 구현예에서, scTCR은 펩타이드 링커를 통해 TCRβ 가변 도메인에 공유적으로 연결된 TCRα 가변 도메인을 함유하고 있다(예를 들어, 국제 출원 공개 번호 WO99/18129 참조).
일부 구현예에서, scTCR은 TCR α 사슬 가변 영역에 해당하는 아미노산 서열로 구성된 제1 분절, TCR β 사슬 불변 도메인 세포외 서열에 해당하는 아미노산 서열의 N 말단에 융합된 TCR β 사슬 가변 영역 서열에 해당하는 아미노산 서열로 구성된 제2 분절, 및 제2 분절의 N 말단에 제1 분절의 C 말단을 연결하는 링커 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, scTCR은 α 사슬 세포외 불변 도메인 서열의 N 말단에 융합된 α 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제1 분절, 및 β 사슬 세포외 불변 및 막관통 서열의 N 말단에 융합된 β 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제2 분절, 및 선택적으로 제2 분절의 N 말단에 제1 분절의 C 말단을 연결하는 링커 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, scTCR은 β 사슬 세포외 불변 도메인 서열의 N 말단에 융합된 TCRβ 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제1 분절, 및 α 사슬 세포외 불변 및 막관통 서열의 N 말단에 융합된 α 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제2 분절, 및 선택적으로 제2 분절의 N 말단에 제1 분절의 C 말단을 연결하는 링커 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, 제1 및 제2 TCR 분절을 연결하는 scTCR의 링커는 TCR 결합 특이성을 유지하면서 단일 폴리펩타이드 가닥을 형성할 수 있는 임의의 링커일 수 있다. 일부 구현예에서, 링커 서열은 예를 들어, 화학식 -P-AA-P-를 가질 수 있고, 여기서 P는 프롤린이고 AA는 아미노산 서열을 나타내며 여기서 아미노산은 글리신과 세린이다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 분절은 이의 가변 영역 서열이 상기 결합을 향해 배향되도록 쌍을 이룬다. 따라서, 일부 경우에, 링커는 제1 분절의 C 말단과 제2 분절의 N 말단 사이(또는 그 반대)의 거리를 포괄할 수 있는 충분한 길이를 가지나 표적 리간드와 scTCR의 결합을 차단하거나 감소시킬 정도로 너무 길지 않다. 일부 구현예에서, 링커는 (약) 10 내지 45개의 아미노산, 예컨대 10 내지 30개의 아미노산 또는 26 내지 41개의 아미노산 잔기, 예를 들어 29, 30, 31 또는 32개의 아미노산을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 링커는 화학식 -PGGG-(SGGGG) 5-P-를 갖고 여기서 P는 프롤린이고, G는 글리신이고 S는 세린이다(서열 번호: 22). 일부 구현예에서, 링커는 서열 GSADDAKKDAAKKDGKS(서열 번호: 23)를 갖는다.
일부 구현예에서, scTCR은 β 사슬의 불변 도메인의 면역글로불린 영역의 잔기에 α 사슬의 불변 도메인의 면역글로불린 영역의 잔기를 연결하는 공유 이황화 결합을 함유한다. 일부 구현예에서, 천연 TCR에서 사슬 간 이황화 결합은 존재하지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 시스테인이 scTCR 폴리펩타이드의 제1 및 제2 분절의 불변 영역 세포외 서열로 편입될 수 있다. 일부 경우에, 천연 및 비천연 이황화 결합이 모두 바람직할 수 있다.
도입된 사슬 간 이황화 결합을 함유하는 dTCR 또는 scTCR의 일부 구현예에서, 천연 이황화 결합은 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 천연 사슬 간 이황화 결합을 형성하는 천연 시스테인 중 하나 이상이 다른 잔기, 예컨대 세린 또는 알라닌으로 치환된다. 일부 구현예에서, 도입된 이황화 결합은 제1 및 제2 분절에 있는 비시스테인 잔기를 시스테인으로 돌연변이시킴으로써 형성될 수 있다. TCR의 예시적인 비천연 이황화 결합은 문헌[국제 출원 공개 번호 WO2006/000830]에 기술되어 있다.
일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 단편은 표적 항원에 대해 (약) 10-5 내지 10-12 M 및 그 안의 모든 개별 수치 및 범위의 평형 결합 상수를 갖는 친화도를 나타낸다. 일부 구현예에서, 표적 항원은 MHC-펩타이드 복합체 또는 리간드이다.
일부 구현예에서, α 및 β 사슬과 같은 TCR을 암호화하는 핵산 또는 핵산들은 PCR, 클로닝 또는 기타 적합한 수단에 의해 증폭되어 적합한 발현 벡터 또는 벡터들로 클로닝될 수 있다. 발현 벡터는 임의의 적합한 재조합 발현 벡터일 수 있으며, 임의의 적합한 숙주를 형질전환하거나 형질주입시키는 데 사용될 수 있다. 적합한 벡터는 플라스미드 및 바이러스와 같이 증식 및 증폭 또는 발현 또는 둘 모두를 위해 설계된 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 벡터는 pUC 시리즈(Fermentas Life Sciences), pBluescript 시리즈(Stratagene, LaJolla, Calif.), pET 시리즈(Novagen, Madison, Wis.), pGEX 시리즈(Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden) 또는 pEX 시리즈(Clontech, Palo Alto, Calif.)의 벡터일 수 있다. 일부 경우에, λG10, λGT11, λZapII(Stratagene), λEMBL4 및 λNM1149와 같은 박테리오파지 벡터도 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 식물 발현 벡터가 사용될 수 있고 식물 발현 벡터에는 pBI01, pBI101.2, pBI101.3, pBI121 및 pBIN19(Clontech)가 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 동물 발현 벡터에는 pEUK-Cl, pMAM 및 pMAMneo(Clontech)가 포함된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터와 같은 바이러스 벡터가 사용된다.
일부 구현예에서, 재조합 발현 벡터는 표준 재조합 DNA 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는 벡터가 도입되어야 하는 숙주 유형(예를 들어, 박테리아, 곰팡이, 식물 또는 동물)에 특이적인 전사 및 번역 개시 및 종결 코돈과 같은 조절 서열을, 벡터가 DNA 기반인지 또는 RNA 기반인지 고려하여 적절한 것으로 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는 TCR 또는 항원 결합 부분(또는 다른 MHC-펩타이드 결합 분자)을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열에 작동 가능하게 연결된 비천연 프로모터를 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 시토메갈로 바이러스(CMV) 프로모터, SV40 프로모터, RSV 프로모터 및 뮤린 줄기세포 바이러스의 긴 말단 반복에서 발견되는 프로모터와 같은 비-바이러스 프로모터 또는 바이러스 프로모터일 수 있다. 기타 공지된 프로모터도 고려된다.
일부 구현예에서, TCR을 암호화하는 벡터를 생성하기 위해, 관심 TCR을 발현하는 T 세포 클론으로부터 단리된 총 cDNA로부터 α 및 β 사슬이 PCR 증폭되고 발현 벡터로 클로닝된다. 일부 구현예에서, α 및 β 사슬은 동일한 벡터로 클로닝된다. 일부 구현예에서, α 및 β 사슬은 상이한 벡터로 클로닝된다. 일부 구현예에서, 생성된 α 및 β 사슬은 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스, 벡터로 편입된다. 유전자 조작된 세포 및 세포 생산 방법
일부 구현예에서, 제공된 방법은 질병 또는 병태를 갖는 대상체에 재조합 항원 수용체를 발현하는 세포를 투여하는 것을 포함한다. 유전자 조작된 성분, 예를 들어 재조합 수용체, 예를 들어 CAR 또는 TCR을 도입하는 다양한 방법이 널리 공지되어 있으며 제공된 방법 및 조성물과 함께 사용될 수 있다. 예시적인 방법은 바이러스(예를 들어, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스), 형질도입, 트랜스포손 및 전기 천공법을 통한 것을 포함하여 수용체를 암호화하는 핵산의 전달을 위한 방법을 포함한다.
수용체를 발현하고 제공된 방법에 의해 투여되는 세포 중에는 조작된 세포가 있다. 유전자 조작은 일반적으로 재조합 또는 조작된 성분을 암호화하는 핵산을, 예컨대 레트로바이러스 형질도입, 형질주입 또는 형질전환에 의해, 세포를 함유하는 조성물 내로 도입하는 것을 포함한다.
B. 조작 방법
특정 구현예에서, 조작된 세포는 하나 이상의 입력 조성물로부터 및/또는 단일 생물학적 샘플로부터 농축된 T 세포의 출력 조성물을 생성하는 프로세스에 의해 생산된다. 특정 구현예에서, 출력 조성물은 재조합 수용체, 예를 들어, CAR, 예컨대 항-CD19 CAR을 발현하는 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 출력 조성물의 세포는 요법(예를 들어, 자가 세포 요법)으로서 대상체에 투여하기에 적합하다. 일부 구현예에서, 출력 조성물은 농축된 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 조성물이다.
일부 구현예에서, 조작된 세포를 생성 또는 생산하는 공정은 생물학적 샘플을 수집 또는 수득하는 단계; 생물학적 샘플로부터 입력 세포를 단리, 선택, 또는 농축하는 단계; 입력 세포를 냉동 보존하고 보관하는 단계; 입력 세포를 해동하고/거나 자극 조건에서 인큐베이션하는 단계; 자극된 세포를 재조합 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어 CAR과 같은 재조합 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 발현 또는 함유하도록 조작하는 단계; 조작된 세포를, 예를 들어, 임계 양, 밀도, 또는 증폭으로 배양하는 단계; 배양된 세포를 출력 조성물 내에 제형화하는 단계; 및/또는 세포가 주입을 위해 방출되고/거나 대상체에 투여하기에 적합하게 될 때까지 제형화된 출력 세포를 냉동 보존 및 보관하는 단계 중 일부 또는 전부를 포함하는 공정에 의한다. 특정 구현예에서, 이 공정은 동일한 출발 또는 초기 생물학적 샘플로부터 개별적으로 가공 및 조작되고 정의된 비율로, 예를 들어 CD4+ 대 CD8+ T 세포의 1:1 비율로 대상체에 재주입되는, 개별적인 CD4+ 조성물 및 개별적인 CD8+ 조성물과 같은 농축된 T 세포의 둘 이상의 입력 조성물을 이용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포는 조작된 T 세포, 예를 들어, 재조합 수용체를 발현하도록 형질도입된 T 세포이거나 이를 포함한다.
특정 구현예에서, 재조합 수용체(예를 들어, 항-CD19 CAR)를 발현하는 조작된 세포의 출력 조성물이 세포의 초기 및/또는 입력 조성물로부터 생산된다. 일부 구현예에서, 입력 조성물은 농축된 CD3+ T 세포, 농축된 CD4+ T 세포, 및/또는 농축된 CD8+ T 세포의 조성물이다(이하 각각 농축된 T 세포의 조성물, 농축된 CD4+ T 세포의 조성물, 및 농축된 CD8+ T 세포의 조성물로도 지칭된다). 일부 구현예에서, CD4+ T 세포로 농축된 조성물은 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99%, 또는 99.9%의 CD4+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 조성물은 약 100% CD4+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 조성물은 20% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만, 또는 0.01% 미만의 CD8+ T 세포를 함유하고/거나, CD8+ T 세포를 함유하지 않고/거나, CD8+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 집단은 필수적으로 CD4+ T 세포로 구성된다. 일부 구현예에서, CD8+ T 세포로 농축된 조성물은 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99%, 또는 99.9%의 CD8+ T 세포를 함유하거나, 또는 (약) 100%의 CD8+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD8+ T 세포의 조성물은 20% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만, 또는 0.01% 미만의 CD4+ T 세포를 함유하고/거나, CD4+ T 세포를 함유하지 않고/거나, CD4+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 CD8+ T 세포의 집단은 필수적으로 CD8+ T 세포로 구성된다.
일부 구현예에서, CD3+ T 세포로 농축된 조성물은 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99%, 또는 99.9%의 CD3+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD3+ T 세포의 조성물은 약 100% CD3+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD3+T 세포의 조성물은 CD4+ T 세포 대 CD8+ T 세포의 비율이 약 1:3 내지 약 3:1, 예컨대 약 1:1인 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함한다.
특정 구현예에서, 조작된 세포를 생산하는 공정은 세포, 예를 들어 입력 조성물의 세포를 활성화 및/또는 자극하는 단계; 활성화된 및/또는 자극된 세포를, 예를 들어, 형질도입 또는 형질주입에 의해 재조합 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 도입하도록 유전자 조작하는 단계; 및/또는 조작된 세포를, 예를 들어 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건에서 배양하는 단계; 중 하나 이상을 더 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 제공된 방법은 세포가 인큐베이션, 활성화, 자극, 조작, 형질도입, 형질주입, 및/또는 배양된 후에 생산된 출력 조성물을 수확, 수집, 및/또는 제형화하는 것과 관련하여 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법에 따라 사용되는, 항-CD19 CAR을 발현하는 것과 같은 조작된 세포는 세포를 선택, 단리, 활성화, 자극, 증폭, 배양, 및/또는 제형화하는 공정에 의해 생산 또는 생성된다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 기술된 바와 같은 임의의 방법을 포함한다.
일부 구현예에서, 적어도 하나의 농축된 CD4+ T 세포의 개별 조성물 및 적어도 하나의 농축된 CD8+ T 세포의 개별 조성물은 환자 또는 건강한 개체와 같은 동일한 공여체로부터 유래된 단일 생물학적 샘플, 예를 들어, PBMC 또는 다른 백혈구의 샘플로부터 단리, 선택, 농축, 또는 수득된다. 일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 개별 조성물 및 농축된 CD8+ T 세포의 개별 조성물은 단일 대상체로부터 수득, 수집, 및/또는 채취한 단일 생물학적 샘플과 같은 동일한 생물학적 샘플로부터 유래하였다(예를 들어, 처음에 단리, 선택, 및/또는 농축되었다). 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 우선 CD4+ 세포의 선별을 거치며, 이때 음성 및 양성 분획 모두 유지되고, 음성 분획은 CD8+ T 세포의 선별을 더 거친다. 다른 구현예에서, 생물학적 샘플은 우선 CD8+ 세포의 선택을 거치며, 이때 음성 및 양성 분획 모두 유지되고, 음성 분획은 CD4+ T 세포의 선택을 더 거친다. 일부 구현예에서, 선택 방법은 국제 PCT 공개 번호 WO2015/164675에 기술된 바와 같이 수행된다. 일부 관점에서, 생물학적 샘플은 우선 CD8+ T 세포에 대해 양성 선택되어 적어도 하나의 농축된 CD8+ T 세포의 조성물이 생성되고, 이어서 음성 분획이 CD4+ T 세포에 대해 양성 선택되어 적어도 하나의 농축된 CD4+ T 세포의 조성물이 생성되고, 이로써 적어도 하나의 농축된 CD8+ T 세포의 조성물과 적어도 하나의 농축된 CD4+ T 세포의 조성물은 동일한 생물학적 샘플로부터, 예를 들어, 동일한 환자 또는 건강한 개체로부터 유래된 개별 조성물이 된다. 일부 관점에서, 동일한 공여체로부터 유래된 농축된 T 세포의 둘 이상의 개별 조성물이, 예를 들어, 적어도 하나는 농축된 CD4+ T 세포의 조성물이 되고 적어도 하나는 농축된 CD8+ T 세포의 개별 조성물이 되어, 개별적으로 냉동되며, 예를 들어, 냉동 보존 배지에서 냉동 보호 또는 냉동 보존된다.
일부 관점에서, 동일한 생물학적 샘플로부터 유래된 농축된 T 세포의 둘 이상의 개별 조성물이, 예를 들어, 적어도 하나는 농축된 CD4+ T 세포의 조성물이 되고 적어도 하나는 농축된 CD8+ T 세포의 개별 조성물이 되어, 자극 시약과 접촉하여(예를 들어, T 세포 활성화를 위해 CD3/CD28 접합 자성 비드로 인큐베이션하여) 활성화 및/또는 자극된다. 일부 관점에서, 활성화된/자극된 세포 조성물의 각각이 예를 들어 재조합 단백질(예를 들어, CAR)을 암호화하는 바이러스 벡터를 이용하여 각 세포 조성물의 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포에서 동일한 재조합 단백질을 발현하도록 조작, 형질도입, 및/또는 형질주입된다. 일부 관점에서, 본 방법은 세포 조성물로부터 자극 시약, 예를 들어 자성 비드를 제거하는 것을 포함한다. 일부 관점에서, 조작된 CD4+ T 세포를 함유하는 세포 조성물 및 조작된 CD8+ T 세포를 함유하는 세포 조성물이 예를 들어 그 안에서 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포 집단의 개별적인 증폭을 위해 개별적으로 배양된다. 특정 구현예에서, 배양으로부터 세포 조성물이 수확 및/또는 수집 및/또는 제형화되며, 예를 들어, 제형 완충제에서 세포 조성물을 세척하여 이루어진다. 특정 구현예에서, CD4+ T 세포를 포함하는 제형화된 세포 조성물 및 CD8+ T 세포를 포함하는 제형화된 세포 조성물이 냉동되며, 예를 들어 냉동 보존 배지에서 냉동 보호 또는 냉동 보존된다. 일부 관점에서, 각각 제형화된 조작된 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포는 동일한 공여체 또는 생물학적 샘플로부터 유래하며 동일한 재조합 단백질(예를 들어, 항-CD19 CAR과 같은 CAR)을 발현한다. 일부 관점에서, 개별 조작된 세포 CD4+ 제형 및 개별 조작된 CD8+ 제형이 정의된 비율, 예를 들어 1:1로 이를 필요로 하는 대상체 예컨대 동일한 공여체에 투여된다.
일부 관점에서, 농축된 T 세포의 2개 이상의 개별 조성물, 예를 들어, 적어도 하나는 농축된 CD4+ T 세포의 조성물이고, 적어도 하나는 동일한 생물학적 샘플로부터의 농축된 CD8+ T 세포의 별개의 조성물이며, 대상체 유래 샘플로부터 선택된 다음 정의된 비율(예: 1:1)로 조합된다. 일부 구현예에서, CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축된 조합된 조성물은 자극 시약과의 접촉에 의해(예를 들어, T 세포 활성화를 위한 CD3/CD28 접합 자기 비드와의 인큐베이션에 의함) 활성화 및/또는 자극된다. 일부 관점에서, 활성화된/자극된 세포 조성물은 예를 들어 재조합 단백질(예를 들어, CAR)을 암호화하는 바이러스 벡터를 이용하여 세포 조성물의 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포에서 재조합 단백질을 발현하도록 조작, 형질도입, 및/또는 형질주입된다. 일부 관점에서, 본 방법은 세포 조성물로부터 자극 시약, 예를 들어 자성 비드를 제거하는 것을 포함한다. 일부 관점에서, 조작된 CD4+ T 세포 및 조작된 CD8+ T 세포를 함유하는 세포 조성물이 예를 들어 그 안에서 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포 집단의 개별적인 증식을 위해 배양된다. 특정 구현예에서, 배양으로부터 세포 조성물이 수확 및/또는 수집 및/또는 제형화되며, 예를 들어, 제형 완충제에서 세포 조성물을 세척하여 이루어진다. 특정 구현예에서, 재조합 수용체(예: CAR) 조작된 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포를 포함하는 제형화된 세포 조성물은 냉동되며, 예를 들어 냉동 보존 배지에서 냉동 보호 또는 냉동 보존된다. 일부 관점에서, 제형화된 조작된 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포는 동일한 공여체 또는 생물학적 샘플로부터 유래하며 동일한 재조합 단백질(예를 들어, 항-CD19 CAR과 같은 CAR)을 발현한다.
일부 관점에서, 농축된 CD3+ T 세포의 조성물은 대상체 유래 샘플에서 선택된다. 일부 구현예에서, CD3+ T 세포가 농축된 조성물은 자극 시약과의 접촉에 의해(예를 들어, T 세포 활성화를 위한 CD3/CD28 접합 자기 비드와의 인큐베이션에 의함) 활성화 및/또는 자극된다. 일부 관점에서, 활성화된/자극된 세포 조성물은 예를 들어 재조합 단백질(예를 들어, CAR)을 암호화하는 바이러스 벡터를 이용하여 세포 조성물의 T 세포에서 재조합 단백질을 발현하도록 조작, 형질도입, 및/또는 형질주입된다. 일부 관점에서, 본 방법은 세포 조성물로부터 자극 시약, 예를 들어 자성 비드를 제거하는 것을 포함한다. 일부 관점에서, 조작된 CD3+ T 세포를 함유하는 세포 조성물은 예를 들어 그 안에서 T 세포 집단의 증식을 위해 배양된다. 특정 구현예에서, 배양으로부터 세포 조성물이 수확 및/또는 수집 및/또는 제형화되며, 예를 들어, 제형 완충제에서 세포 조성물을 세척하여 이루어진다. 특정 구현예에서, 재조합 수용체(예: CAR) 조작된 CD3+ T 세포를 포함하는 제형화된 세포 조성물은 냉동되며, 예를 들어 냉동 보존 배지에서 냉동 보호 또는 냉동 보존된다. 일부 관점에서, 제형에서 조작된 CD3+ T 세포는 항-CD19 CAR과 같은 CAR을 발현한다.
1. 유전자 조작을 위한 세포 및 세포 제조
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도, 제조품 또는 조성물과 관련하여 사용되는 T 세포와 같은 세포는 본원에 기술된 재조합 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR을 발현하도록 유전자 조작된 세포이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 세포 요법, 예를 들어, 입양 세포 요법의 맥락에서 사용된다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 면역 세포이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 CD4+ 및 CD8+ T 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포와 같은 T 세포이다.
일부 구현예에서, 핵산, 예컨대 재조합 수용체를 암호화하는 핵산은 이종 기원인데, 즉, 다른 유기체 또는 세포로부터 수득된 것과 같이 세포 또는 세포로부터 수득된 샘플에는 정상적으로 존재하지 않으며, 예를 들어, 이는 조작되는 세포 및/또는 상기 세포가 유래된 유기체에서 보통 발견되지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산은 천연 발생이 아니고, 예컨대 다수의 상이한 세포 유형으로부터 다양한 도메인을 암호화하는 핵산의 키메라 조합을 포함하는 것을 포함해, 자연에서 발견되지 않는 핵산이다.
세포는 일반적으로 포유류 세포와 같은 진핵 세포이며, 통상적으로 인간 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 혈액, 골수, 림프, 또는 림프성 기관으로부터 유래되며, 선천성 또는 적응성 면역 세포와 같은, 면역 계통의 세포, 예를 들어 림프구, 통상적으로 T 세포 및/또는 NK 세포를 포함한 골수성 또는 림프성 세포이다. 다른 예시적인 세포에는 유도된 다능성 줄기 세포(induced pluripotent stem cell: iPSC)를 포함한, 다분화능 및 다능성 줄기 세포와 같은 줄기 세포가 포함된다. 세포는 통상적으로 대상체로부터 직접 단리되고/거나 대상체로부터 단리되고 동결된 세포와 같은 1차 세포이다. 일부 구현예에서, 세포에는 T 세포 또는 다른 세포 유형의 하나 이상의 서브세트, 예컨대 전체 T 세포의 집단, CD4+ 세포, CD8+ 세포 및 이의 하위 집단, 예컨대 기능, 활성화 상태, 성숙도, 분화 가능성, 증폭, 재순환, 국소화 및/또는 지속성 용량, 항원 특이성, 항원 수용체 유형, 특정 기관 또는 구획에의 존재, 표지자 또는 사이토카인 분비 프로필 및/또는 분화 정도에 의해 정의되는 것이 포함된다. 치료될 대상체와 관련하여, 세포는 동종이계 및/또는 자가 조직일 수 있다. 상기 방법 중에는 기성 방법이 포함된다. 일부 관점에서, 예컨대 기성 기술에 대해, 세포는 유도된 다능성 줄기세포(iPSC)와 같은 줄기세포 등과 같은 다능성 및/또는 다분화능이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체로부터 세포를 단리하고, 세포를 제조, 가공, 배양 및/또는 조작하고, 냉동 보존 전 또는 후에 동일한 대상체에 이 세포를 재도입하는 것을 포함한다.
T 세포 및/또는 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 하위 유형 및 하위 집단 중에는 나이브 T(naive T, TN) 세포, 효과기 T 세포(effector T cell, TEFF), 기억 T 세포 및 이들의 하위-유형, 예컨대 줄기세포 기억 T(stem cell memory T, TSCM), 중앙 기억 T(central memory T, TCM), 효과기 기억 T(effector memory T, TEM) 또는 말단 분화된 효과기 기억 T 세포, 종양 침투성 림프구(tumor-infiltrating lymphocytes, TIL), 미성숙 T 세포, 성숙 T 세포, 헬퍼 T 세포, 세포 독성 T 세포, 점막 연관 불변 T(mucosa-associated invariant T, MAIT) 세포, 천연 발생 및 적응성 조절 T(regulatory T, Treg) 세포, 헬퍼 T 세포, 예컨대 TH1 세포, TH2 세포, TH3 세포, TH17 세포, TH9 세포, TH22 세포, 여포성 헬퍼 T 세포, 알파/베타 T 세포 및 델타/감마 T 세포가 있다.
일부 구현예에서, 세포는 자연 살생(natural killer, NK) 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 단핵구 또는 과립구, 예를 들어 골수성 세포, 대식 세포, 호중구, 수지상 세포, 비만 세포, 호산구 및/또는 호염기구이다.
일부 구현예에서, 세포는 유전자 조작을 통해 도입된 하나 이상의 핵산을 포함하고 이로써 상기 핵산의 재조합 또는 유전자 조작된 산물을 발현한다. 일부 구현예에서, 핵산은 이종 기원인데, 즉, 다른 유기체 또는 세포로부터 수득된 것과 같이 세포 또는 세포로부터 수득된 샘플에는 정상적으로 존재하지 않으며, 예를 들어, 이는 조작되는 세포 및/또는 상기 세포가 유래된 유기체에서 보통 발견되지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산은 천연 발생이 아니고, 예컨대 다수의 상이한 세포 유형으로부터 다양한 도메인을 암호화하는 핵산의 키메라 조합을 포함하는 것을 포함해, 자연에서 발견되지 않는 핵산이다.
일부 구현예에서, 조작된 세포의 제조는 하나 이상의 배양 및/또는 제조 단계를 포함한다. CAR과 같은 형질전환 수용체(transgenic receptor)를 암호화하는 핵산의 도입을 위한 세포는, 생물학적 샘플, 예를 들어 대상체로부터 수득되거나 유래된 것과 같은 샘플로부터 단리될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포가 단리되는 대상체는 질병 또는 병태가 있거나 세포 요법이 필요하거나 또는 세포 요법이 투여될 대상체이다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포가 단리, 가공 및/또는 조작되는 입양 세포 요법과 같은 특정한 치료적 개입이 필요한 인간이다.
따라서, 일부 구현예에서 세포는 1차 세포, 예를 들어 1차 인간 세포이다. 샘플에는 대상체에서 직접 채취한 조직, 체액 및 기타 샘플뿐만 아니라 분리, 원심분리, 유전자 조작(예를 들어, 바이러스 벡터를 이용한 형질도입), 세척 및/또는 인큐베이션과 같은 하나 이상의 가공 단계에서 생성된 샘플이 포함된다. 생물학적 샘플은 생물학적 공급원으로부터 직접 수득된 샘플 또는 가공된 샘플일 수 있다. 생물학적 샘플에는 혈액, 혈장, 혈청, 뇌척수액, 활액, 소변 및 땀과 같은 체액, 조직 및 장기 샘플(이들로부터 유래된 가공 샘플 포함)이 포함되나, 이에 한정되지 않는다.
일부 관점에서, 세포가 유래되거나 단리된 샘플은 혈액 또는 혈액 유래 샘플이거나, 성분채집술 또는 백혈구 성분채집술 산물이거나 이로부터 유래된다. 예시적인 샘플에는 전혈, 말초 혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC), 백혈구, 골수, 흉선, 조직 생검, 종양, 백혈병, 림프종, 림프절, 장 관련 림프 조직, 점막 관련 림프 조직, 비장, 기타 림프 조직, 간, 폐, 위, 창자, 결장, 신장, 췌장, 유방, 뼈, 전립선, 자궁경부, 고환, 난소, 편도 또는 기타 장기 및/또는 이들로부터 유래된 세포가 포함된다. 샘플에는 세포 요법, 예를 들어, 입양 세포 요법의 맥락에서 자가 및 동종이계 공급원으로부터의 샘플이 포함된다.
일부 구현예에서, 세포는 세포주, 예를 들어 T 세포주로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 세포는 이종성 공급원, 예를 들어 마우스, 랫트, 비인간 영장류 및 돼지로부터 수득된다.
일부 구현예에서, 세포의 단리는 하나 이상의 제조 단계 및/또는 비친화도 기반 세포 분리 단계를 포함한다. 일부 실시예에서, 세포는 예를 들어 원치 않는 성분의 제거, 원하는 성분의 농축, 특정 시약에 민감한 세포를 용해하거나 제거하기 위해, 하나 이상의 시약의 존재 하에 세척, 원심분리 및/또는 인큐베이션된다. 일부 실시예에서, 세포는 하나 이상의 특성, 예컨대 밀도, 부착 특성, 크기, 특정 성분에 대한 민감성 및/또는 내성에 기초하여 분리된다.
일부 예에서, 대상체의 순환 혈액으로부터의 세포는 예를 들어 성분채집술 또는 백혈구 성분채집술에 의해 수득된다. 일부 관점에서, 샘플은 T 세포, 단핵구, 과립구, B 세포, 기타 유핵 백혈구, 적혈구 및/또는 혈소판을 포함한 림프구를 함유하고, 일부 관점에서 적혈구 및 혈소판 이외의 세포를 함유한다.
일부 구현예에서, 대상체로부터 수집된 혈액 세포는, 예를 들어 혈장 분획을 제거하고 후속 가공 단계를 위한 적절한 완충제 또는 배지에 세포를 배치하기 위해 세척한다. 일부 구현예에서, 세포는 인산 완충 식염수(phosphate buffered saline, PBS)로 세척된다. 일부 구현예에서, 세척 용액에는 칼슘 및/또는 마그네슘 및/또는 많은 또는 모든 2가 양이온이 결여되어 있다. 일부 관점에서, 세척 단계는 제조업체의 지침에 따라 반자동 "플로우-쓰루(flow-through)" 원심 분리기(예를 들어, Cobe 2991 세포 프로세서, Baxter)로 달성된다. 일부 관점에서, 세척 단계는 제조업체의 지침에 따라 접선 유동 여과(tangential flow filtration, TFF)에 의해 달성된다. 일부 구현예에서, 세포는 세척 후 다양한 생체 적합성 완충제, 예를 들어 Ca++/Mg++이 없는 PBS에 재현탁된다. 특정 구현예에서, 혈액 세포 샘플의 성분이 제거되고 이 세포는 배양 배지에서 직접 재현탁된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 밀도 기반 세포 분리 방법, 예컨대 적혈구를 용해시켜 말초 혈액으로부터 백혈구의 제조 및 Percoll 또는 Ficoll 구배를 통한 원심분리를 포함한다.
일부 구현예에서, 선택 단계의 적어도 일부는 선택 시약과 함께 세포의 인큐베이션을 포함한다. 예를 들어 하나 이상의 상이한 세포 유형의 선택을 위한 하나 이상의 선택 시약을 이용하여 수행될 수 있는 선택 방법의 일부로서 선택 시약 또는 시약들과의 인큐베이션은 하나 이상의 특정 분자, 예컨대 표면 표지자, 예를 들어 표면 단백질, 세포내 표지자 또는 핵산의 세포 상 또는 세포 내 발현 또는 존재에 기초한다. 일부 구현예에서, 상기 표지자에 기초한 분리를 위한 선택 시약 또는 시약들을 사용하는 임의의 공지된 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 선택 시약 또는 시약들은 친화도 또는 면역 친화도 기반 분리인 분리를 초래한다. 예를 들어, 일부 관점에서 선택은 하나 이상의 표지자, 전형적으로 세포 표면 표지자의 세포의 발현 또는 발현 수준에 기초하여, 예를 들어 상기 표지자에 특이적으로 결합하는 항체 또는 결합 파트너와의 인큐베이션 후 일반적으로 세척 단계 및 항체 또는 결합 파트너와 결합하지 않은 세포와 항체 또는 결합 파트너와 결합한 세포의 분리에 의한 세포 및 세포의 집단의 분리를 위한 시약 또는 시약들과의 인큐베이션을 포함한다.
상기 공정의 일부 관점에서, 일정 부피의 세포를 일정량의 원하는 친화도 기반 선택 시약과 혼합한다. 면역 친화도 기반 선택은 분리되는 세포와, 세포 상의 표지자, 예를 들어 고체 표면, 예를 들어 입자 상의 항체 또는 기타 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 분자 간의 양호하고 활발한 상호작용을 초래하는 임의의 시스템 또는 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은 세포의 표지자에 특이적인 선택 제제(예를 들어, 항체)로 비드(예를 들어, 자성 비드) 같은 코팅된 입자를 사용하여 수행된다. 입자(예를 들어, 비드)는 일정한 세포 밀도 대 입자(예를 들어, 비드) 비율로 흔들거나 혼합하면서 튜브나 백과 같은 용기에서 세포와 배양 또는 혼합되어 양호한 상호작용의 활발한 촉진을 도울 수 있다. 다른 경우에, 본 방법은 선택의 전부 또는 일부가 원심분리 챔버의 내부 공동에서 예를 들어, 원심분리 회전 하에서 수행되는 세포의 선택을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역 친화도 기반 선택 시약과 같은 선택 시약과 함께 세포의 인큐베이션은 원심분리 챔버에서 수행된다. 특정 구현예에서, 단리 또는 분리는 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO2009/072003, 또는 US 20110003380 A1]에 기재된 시스템, 디바이스 또는 장치를 이용하여 수행된다. 일 예에서, 시스템은 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 시스템이다.
일부 구현예에서, 상기 선택 단계 또는 이의 일부(예를 들어, 항체 코팅된 입자, 예를 들어 자성 비드와의 인큐베이션)를 원심분리 챔버의 공동에서 수행함으로써, 사용자는 다양한 용액의 부피, 가공 중 용액의 첨가 및 이의 타이밍과 같은 특정 매개변수를 제어할 수 있으며, 이는 다른 이용 가능한 방법에 비해 이점을 제공할 수 있다. 예를 들어, 인큐베이션 중 공동의 액체 부피를 감소시키는 능력은 선택에 사용되는 입자(예를 들어, 비드 시약)의 농도를 증가시킬 수 있어서 공동 내 세포의 총 수에는 영향을 주지 않고 용액의 화학적 전위를 증가시킬 수 있다. 이는 결국 가공되는 세포와 선택에 사용되는 입자 사이의 쌍 방향 상호작용을 증진할 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 본원에 기술된 바와 같은 시스템, 회로 및 제어와 연관된 경우, 챔버에서의 인큐베이션 단계 수행은 사용자가 인큐베이션 중에 원하는 시간에 용액의 교반에 영향을 미칠 수 있게 하고, 이는 또한 상호작용을 향상시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 선택 단계의 적어도 일부는 원심분리 챔버에서 수행되고, 이는 세포와 선택 시약의 인큐베이션을 포함한다. 상기 공정의 일부 관점에서, 일정 부피의 세포를 제조 업체의 지침에 따라 동일한 수의 세포 및/또는 동일한 부피의 세포의 선택을 위해 튜브 또는 용기에서 유사한 선택을 수행할 때 일반적으로 사용되는 것보다 훨씬 적은 양의 원하는 친화도 기반 선택 시약과 혼합한다. 일부 구현예에서, 제조사의 지침에 따라 동일한 수의 세포 및/또는 동일한 부피의 세포에 대해 튜브 또는 용기 기반 인큐베이션에서 세포의 선택을 위해 사용되는 동일한 선택 시약(들)의 양의 5% 이내, 10% 이내, 15% 이내, 20% 이내, 25% 이내, 50% 이내, 60% 이내, 70% 이내 또는 80% 이내 양의 선택 시약 또는 시약들의 양이 사용된다.
일부 구현예에서, 세포의 선택, 예를 들어 면역 친화도 기반 선택을 위해, 세포는 선택 시약, 예컨대 농축 및/또는 고갈이 바림직한 세포 상에는 있으나 임의적으로 지지체(scaffold) 예컨대 중합체 또는 표면, 예를 들어 비드, 예를 들어 자성 비드, 예컨대 CD3, CD4 및/또는 CD8에 대해 특이적인 단클론 항체에 결합된 자성 비드에 결합된 항체와 같은 조성물 중의 다른 세포 상에는 없는 표면 표지자에 특이적으로 결합하는 분자와 같은 선택 시약을 갖는 선택 완충제를 또한 함유하는 챔버의 공동 내 조성물에서 인큐베이션된다. 일부 구현예에서, 기술된 바와 같이, 선택이 흔들거나 회전하는 튜브에서 수행될 경우 같은 수의 세포 또는 같은 부피의 세포와 대략 동일하거나 유사한 선택 효율을 달성하기 위해 전형적으로 사용되거나 필요한 선택 시약의 양과 비교하여 실질적으로 보다 적은 양(예를 들어, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80% 이내의 양)으로 챔버의 공동에 있는 세포에 선택 시약을 첨가한다. 일부 구현예에서, 인큐베이션은 예를 들어 10 mL 내지 200 mL, 예컨대 적어도 (약) 10 mL, 20 mL, 30 mL, 40 mL, 50 mL, 60 mL, 70 mL, 80 mL, 90 mL, 100 mL, 150 mL 또는 200 mL의 시약의 인큐베이션을 갖는 표적 부피를 달성하기 위해 선택 완충제에 세포 및 선택 시약의 첨가로 수행된다. 일부 구현예에서, 선택 완충제 및 선택 시약은 세포에 첨가되기 전에 미리 혼합된다. 일부 구현예에서, 선택 완충제 및 선택 시약은 세포에 별도로 첨가된다. 일부 구현예에서, 선택 인큐베이션은 주기적으로 부드럽게 혼합하는 조건으로 수행되며, 이는 양호한 상호작용을 활발하게 촉진하는 데 도움이 될 수 있으며, 이로써 높은 선택 효율을 달성하면서 전반적으로 선택 시약을 보다 적게 사용하는 것이 가능할 수 있다.
일부 구현예에서, 선택 시약을 갖는 인큐베이션의 총 지속 기간은 30분 내지 3시간, 예를 들어 30분, 60분, 120분 또는 180분 이상 또는 약 30분, 60분, 120분 또는 180분 이상과 같은 (약) 5분 내지 6시간이다.
일부 구현예에서, 인큐베이션은 일반적으로 스피닝(spinning)이 존재하는 것과 같은 혼합 조건 하에서 수행되며, 일반적으로 이는 상대적으로 낮은 힘 또는 속도, 예컨대 세포를 펠릿화하기 위해 사용되는 것보다 더 낮은 속도, 예컨대 (약) 600rpm 내지 (약) 1700rpm(예를 들어, (약) 600rpm, 1000rpm 또는 1500rpm 또는 1700rpm 또는 600rpm, 1000rpm 또는 1500rpm 또는 1700rpm 이상)에서, 예컨대 (약) 80g 내지 100g(예를 들어, (약) 80g, 85g, 90g, 95g 또는 100g 또는 80g, 85g, 90g, 95g 또는 100g 이상)의 챔버 또는 다른 용기의 벽 또는 샘플에서 RCF로 수행된다. 일부 구현예에서, 스핀은 상기와 같은 낮은 속도의 스핀과 이어지는 휴지 기간(rest period), 예컨대 스핀 및/또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10초 동안의 휴지, 예컨대, 대략 1 또는 2초의 스핀과 이어지는 대략 5, 6, 7 또는 8초 동안의 휴지의 구간을 반복하여 수행된다.
일부 구현예에서, 상기 공정은 챔버와 일체형인 완전히 폐쇄된 시스템 내에서 수행된다. 일부 구현예에서, 본 공정(및 일부 관점에서 또한 하나 이상의 추가 단계, 예컨대 성분채집술 샘플과 같은 세포를 함유하는 샘플을 세척하는 사전 세척 단계)은 자동화된 방식으로 수행되어, 자동화 프로그램을 이용하여 단일 폐쇄 시스템에서 세척 및 결합 단계를 완료하기 위해 세포, 시약 및 기타 성분이 적절한 시간 및 달성된 원심분리에서 챔버로 유입되고 챔버 밖으로 밀어내어진다.
일부 구현예에서, 세포 및 선택 시약 및/또는 시약들의 인큐베이션 및/또는 혼합 후, 인큐베이션된 세포는 특정 시약 또는 시약들의 존재 또는 부재에 기초하여 세포 선택을 위한 분리를 거친다. 일부 구현예에서, 분리는 선택 시약과 세포의 인큐베이션이 수행되었던 동일한 폐쇄 시스템에서 수행된다. 일부 구현예에서, 선택 시약과 함께 인큐베이션 후, 선택 시약이 결합된 세포를 포함하는 인큐베이션된 세포는 세포의 면역 친화도 기반 분리를 위한 시스템으로 전달된다. 일부 구현예에서, 면역 친화도 기반 분리를 위한 시스템은 자성 분리 컬럼이거나 이를 함유한다.
일부 구현예에서, 단리 방법은 표면 표지자, 예를 들어, 표면 단백질, 세포내 표지자 또는 핵산과 같은 하나 이상의 특정 분자의 세포에서의 발현 또는 존재에 기초한 상이한 세포 유형의 분리를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 표지자에 기초한 분리를 위한 임의의 공지된 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 분리는 친화도- 또는 면역 친화도-기반 분리이다. 예를 들어, 일부 관점에서 단리에는 하나 이상의 표지자, 통상적으로 세포 표면 표지자의 세포 발현 또는 발현 수준에 기초하여, 예를 들어 상기 표지자에 특이적으로 결합하는 항체 또는 결합 파트너와의 인큐베이션 후 일반적으로 세척 단계 및 항체 또는 결합 파트너와 결합하지 않은 세포로부터 항체 또는 결합 파트너와 결합한 세포의 분리에 의한 세포 및 세포의 집단의 분리가 포함된다.
상기 분리 단계는 시약에 결합된 세포가 추가 사용을 위해 유지되는 양성 선택 및/또는 항체 또는 결합 파트너에 결합하지 않은 세포가 유지되는 음성 선택에 기초할 수 있다. 일부 실시예에서, 두 분획 모두 추가 사용을 위해 유지된다. 일부 관점에서, 음성 선택은 이종 집단에서 세포 유형을 특이적으로 식별하는 항체가 이용 가능하지 않은 경우에 특히 유용할 수 있어서, 분리는 원하는 집단 이외의 세포에 의해 발현된 표지자에 기초하여 가장 잘 수행된다.
분리는 특정 표지자를 발현하는 특정 세포 집단 또는 세포의 100% 농축 또는 제거로 귀결될 필요는 없다. 예를 들어, 표지자를 발현하는 것과 같은 특정 유형의 세포에 대한 양성 선택 또는 농축은 상기 세포의 수 또는 백분율을 증가시키는 것을 지칭하나, 상기 표지자를 발현하지 않는 세포의 완전한 부재로 귀결될 필요는 없다. 마찬가지로, 표지자를 발현하는 것과 같은 특정 유형의 세포의 음성 선택, 제거 또는 고갈은 상기 세포의 수 또는 백분율을 감소시키는 것을 지칭하나, 상기 모든 세포의 완전한 제거로 귀결될 필요는 없다.
일부 예에서, 다수 라운드의 분리 단계가 수행되고, 여기서 한 단계에서 양성 또는 음성 선택된 분획은 후속 양성 또는 음성 선택과 같은 또 다른 분리 단계를 거친다. 일부 예에서, 단일 분리 단계는 예컨대 각각 음성 선택을 위해 표적화된 표지자에 대해 특이적인 다수의 항체 또는 결합 파트너와 세포를 인큐베이션함으로써 동시에 다수의 표지자를 발현하는 세포를 고갈시킬 수 있다. 마찬가지로, 다수의 세포 유형이 다양한 세포 유형에서 발현되는 복수의 항체 또는 결합 파트너와 세포를 인큐베이션함으로써 동시에 양성 선택될 수 있다.
예를 들어, 일부 관점에서, 예컨대 하나 이상의 표면 표지자를 높은 수준으로 발현하거나 양성인 세포와 같은 T 세포, 예를 들어 CD28+, CD62L+, CCR7+, CD27+, CD127+, CD4+, CD8+, CD45RA+ 및/또는 CD45RO+ T 세포의 특정 하위 집단은 양성 또는 음성 선택 기술에 의해 단리된다.
일부 구현예에서, 단리는 양성 선택에 의한 특정 세포의 집단에 대한 농축 또는 음성 선택에 의한 특정 세포의 집단의 고갈에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 양성 또는 음성 선택은 각각 양성 또는 음성 선택된 세포 상에서 발현(표지자+)되거나 상대적으로 보다 높은 수준으로 발현(표지자high)된 하나 이상의 표면 표지자에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 항체 또는 다른 결합제와 세포를 인큐베이션함으로써 달성된다.
특정 구현예에서, 생물학적 샘플, 예를 들어 PBMC 샘플 또는 다른 백혈구 샘플은 음성 및 양성 분획 모두가 유지되는 CD4+ T 세포의 선택을 거친다. 특정 구현예에서, CD8+ T 세포가 음성 분획으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 음성 및 양성 분획 모두가 유지되는 CD8+ T 세포의 선택을 거친다. 특정 구현예에서, CD4+ T 세포가 음성 분획으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, T 세포는 B 세포, 단핵구 또는 다른 백혈구, 예컨대 CD14와 같은 비-T 세포 상에서 발현되는 표지자의 음성 선택에 의해 PBMC 샘플로부터 분리된다. 일부 관점에서, CD4+ 또는 CD8+ 선택 단계는 CD4+ 헬퍼 및 CD8+ 세포 독성 T 세포를 분리하는 데 사용된다. 상기 CD4+ 및 CD8+ 집단은, 하나 이상의 나이브(naive), 기억 및/또는 효과기(effector) T 세포 하위 집단 상에서 발현되거나 상대적으로 보다 높은 정도로 발현되는 표지자에 대한 양성 또는 음성 선택에 의해 하위 집단으로 추가 분류될 수 있다.
일부 구현예에서, CD8+ 세포는 예컨대 각각의 하위 집단과 관련된 표면 항원에 기초한 양성 또는 음성 선택에 의해 나이브, 중앙 기억, 효과기 기억 및/또는 중앙 기억 줄기 세포에 대해 추가로 농축되거나 고갈된다. 일부 구현예에서, 중앙 기억 T(TCM) 세포의 농축은 효능을 증가시키기 위해, 예컨대 투여 후의 장기간 생존, 증폭 및/또는 생착을 향상하기 위해 수행되며, 이는 일부 관점에서 상기 하위 집단에서 특히 견고하다. 문헌[Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82; Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701]을 참조한다. 일부 구현예에서, TCM-농축 CD8+ T 세포 및 CD4+ T 세포의 병용은 효능을 더욱 향상시킨다.
일부 구현예에서, 기억 T 세포는 CD8+ 말초 혈액 림프구의 CD62L+ 및 CD62L- 서브세트 모두에 존재한다. PBMC는 예컨대 항-CD8 및 항-CD62L 항체를 사용하여 CD62L-CD8+ 및/또는 CD62L+CD8+ 분획에 대해 농축되거나 고갈될 수 있다.
일부 구현예에서, 중앙 기억 T(TCM) 세포의 농축은 CD45RO, CD62L, CCR7, CD28, CD3 및/또는 CD127의 양성 또는 고도의 표면 발현에 기초하고; 일부 관점에서, 이는 CD45RA 및/또는 그랜자임 B를 발현하거나 고도로 발현하는 세포에 대한 음성 선택에 기초한다. 일부 관점에서, TCM 세포에 대해 농축된 CD8+ 집단의 단리는 CD4, CD14, CD45RA를 발현하는 세포의 고갈 및 CD62L을 발현하는 세포에 대한 양성 선택 또는 농축에 의해 수행된다. 일 관점에서, 중앙 기억 T(TCM) 세포에 대한 농축은 CD4 발현에 기초하여 선택된 세포의 음성 분획으로 시작하여 수행되며, 이는 CD14 및 CD45RA의 발현에 기초한 음성 선택 및 CD62L에 기초한 양성 선택을 거친다. 일부 관점에서, 상기 선택은 동시에 수행되며, 다른 관점에서, 순차적으로, 어떠한 순서로든 수행된다. 일부 관점에서, CD8+ 세포의 집단 또는 하위 집단을 제조하는 데 사용된 동일한 CD4 발현 기반 선택 단계가 CD4+ 세포의 집단 또는 하위 집단을 생성하는 데 또한 사용되어, CD4 기반 분리로부터의 양성 및 음성 분획 모두가 유지되고, 선택적으로 하나 이상의 추가적인 양성 또는 음성 선택 단계 후에 본 방법의 후속 단계에서 사용된다.
구체적인 예에서, PBMC 샘플 또는 다른 백혈구 샘플은, 음성 및 양성 분획 모두가 유지되는 CD4+ 세포의 선택을 거친다. 이어서 음성 분획은 CD14 및 CD45RA 또는 CD19의 발현에 기초한 음성 선택 및 CD62L 또는 CCR7과 같은 중앙 기억 T 세포의 특유한 표지자에 기초한 양성 선택을 거치고, 양성 및 음성 선택은 어느 순서로든 수행된다.
CD4+ T 헬퍼 세포는 세포 표면 항원을 갖는 세포 집단을 식별하여 나이브, 중앙 기억 및 효과기 세포(effector cell)로 분류된다. CD4+ 림프구는 표준 방법으로 수득될 수 있다. 일부 구현예에서, 나이브 CD4+ T 림프구는 CD45RO-, CD45RA+, CD62L+, CD4+ T 세포이다. 일부 구현예에서, 중앙 기억 CD4+ 세포는 CD62L+ 및 CD45RO+이다. 일부 구현예에서, 효과기 CD4+ 세포는 CD62L- 및 CD45RO-이다.
일 예에서, 음성 선택에 의해 CD4+ 세포를 농축하기 위해, 단클론 항체 칵테일은 통상적으로 CD14, CD20, CD11b, CD16, HLA-DR 및 CD8에 대한 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 결합 파트너는 양성 및/또는 음성 선택을 위한 세포의 분리가 가능하도록 자성 비드 또는 상자성 비드와 같은 고체 지지체 또는 매트릭스에 결합된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세포 및 세포의 집단은 면역자성(또는 자성친화도) 분리 기법을 사용하여 분리되거나 단리된다(문헌[Methods in Molecular Medicine, vol. 58: Metastasis Research Protocols, Vol. 2: Cell Behavior In Vitro and In Vivo, p 17-25 Edited by: S. A. Brooks and U. Schumacher ⓒ Humana Press Inc., Totowa, NJ]에서 검토됨).
일부 관점에서, 분리될 세포 샘플 또는 세포 조성물은 작고, 자화 가능한 또는 자성 반응성 물질, 예컨대 자성 반응성 입자 또는 미세입자, 예컨대 상자성 비드(예를 들어, Dynalbeads 또는 MACS 비드)와 함께 인큐베이션된다. 자성 반응성 물질(예를 들어, 입자)은 일반적으로 분리가 바람직한, 예를 들어 음성 또는 양성 선택이 바람직한 세포 또는 세포의 집단에 존재하는 분자(예를 들어, 표면 표지자)에 특이적으로 결합하는 결합 파트너(예를 들어, 항체)에 직접 또는 간접적으로 부착된다.
일부 구현예에서, 자성 입자 또는 비드는 항체 또는 다른 결합 파트너와 같은 특이적인 결합 부재에 결합되는 자성 반응성 물질을 포함한다. 자성 분리 방법에 사용되는 널리 공지된 많은 자성 반응 물질이 있다. 적합한 자성 입자에는 본 명세서에 참조로 통합된 문헌[Molday, 미국 특허 번호 4,452,773 및 유럽 특허 명세서 EP 452342 B]에 기재된 것이 포함된다. 콜로이드 크기의 입자, 예컨대 문헌[Owen 미국 특허 번호 4,795,698 및 Liberti et al., 미국 특허 번호 5,200,084]에 기재된 것이 다른 예이다.
인큐베이션은 일반적으로 항체 또는 결합 파트너 또는 분자, 예컨대 자성 입자 또는 비드에 부착된 상기 항체 또는 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 2차 항체 또는 다른 시약이 샘플 내의 세포 상에 존재하는 경우 세포 표면 분자에 특이적으로 결합하는 조건하에서 수행된다.
일부 관점에서, 샘플은 자기장에 배치되고, 이에 부착된 자성 반응성 또는 자화 가능 입자를 갖는 상기 세포는 자석에 끌려당겨지고 표지되지 않은 세포로부터 분리될 것이다. 양성 선택의 경우, 자석에 끌려당겨진 세포가 유지되고; 음성 선택의 경우, 끌려당겨지지 않은 세포(비표지 세포)가 유지된다. 일부 관점에서, 양성 및 음성 선택의 조합이 동일한 선택 단계 동안 수행되며, 상기 양성 및 음성 분획은 유지되고 추가적으로 가공되거나 추가적인 분리 단계를 거친다.
특정 구현예에서, 자성 반응성 입자는 1차 항체 또는 다른 결합 파트너, 2차 항체, 렉틴, 효소 또는 스트렙타비딘으로 코팅된다. 특정 구현예에서, 자성 입자는 하나 이상의 표지자에 특이적인 1차 항체의 코팅을 통해 세포에 부착된다. 특정 구현예에서, 비드보다는 세포가 1차 항체 또는 결합 파트너로 표지되고, 이어서 세포 유형 특이적 2차 항체- 또는 다른 결합 파트너(예를 들어, 스트렙타비딘)-코팅된 자성 입자가 첨가된다. 특정 구현예에서, 스트렙타비딘 코팅된 자성 입자는 비오틴이 부착된 1차 또는 2차 항체와 함께 사용된다.
일부 구현예에서, 자성 반응성 입자는 후속적인 인큐베이션, 배양 및/또는 조작될 세포에 부착되어 남아있고; 일부 관점에서, 상기 입자는 환자에게 투여하기 위한 세포에 부착되어 남아있는다. 일부 구현예에서, 자화 가능 또는 자성 반응성 입자는 세포로부터 제거된다. 세포에서 자화 가능 입자를 제거하는 방법은 공지되어 있고, 예를 들어 경쟁 비-표지 항체 및 절단 가능한 링커에 접합된 자화 가능 입자 또는 항체 등의 사용을 포함한다. 일부 구현예에서, 자화 가능 입자는 생분해성이다.
일부 구현예에서, 친화도 기반 선택은 자성 활성화 세포 분류(magnetic-activated cell sorting, MACS)(Miltenyi Biotec, Auburn, CA)를 통한 것이다. 자성 활성화 세포 분류(MACS) 시스템은 자화된 입자가 부착되어 있는 세포를 고순도로 선택할 수 있다. 특정 구현예에서, MACS는 외부 자기장의 적용 후에 비 표적 종 및 표적 종이 순차적으로 용리되는 방식으로 작동한다. 즉, 자화된 입자에 부착된 세포는 제자리에 유지되는 반면 부착되지 않은 종(species)은 용리된다. 이어서, 상기 제1 용리 단계가 완료된 후, 자기장에 포획되고 용리가 방지된 종은 용리 및 회수될 수 있는 상당한 방식으로 해제된다. 특정 구현예에서, 비 표적 세포는 표지되고 이종 세포의 집단으로부터 고갈된다.
특정 구현예에서, 단리 또는 분리는 본 방법의 단리, 세포 조제, 분리, 가공, 인큐베이션, 배양 및/또는 제형화 단계 중 하나 이상을 수행하는 시스템, 디바이스 또는 장치를 사용하여 수행된다. 일부 관점에서, 시스템은 예를 들어 오류, 사용자 취급 및/또는 오염을 최소화하기 위해 폐쇄 또는 멸균 환경에서 상기 단계 각각을 수행하는 데 사용된다. 일 예에서, 시스템은 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO2009/072003, 또는 US 20110003380 A1]에 기재된 바와 같은 시스템이다.
일부 구현예에서, 시스템 또는 장치는 통합 또는 독립 언어 시스템 및/또는 자동화되거나 프로그램 가능한 방식으로 단리, 가공, 조작 및 제형화 단계 중 하나 이상, 예를 들어 모두를 수행한다. 일부 관점에서, 시스템 또는 장치는 사용자가 가공, 단리, 조작 및 제형화 단계의 결과를 프로그램, 제어, 산정하고/거나 가공, 단리, 조작 및 제형화 단계의 다양한 관점을 조정할 수 있게 하는, 상기 시스템 또는 장치와 통신하는 컴퓨터 및/또는 컴퓨터 프로그램을 포함한다.
일부 관점에서, 분리 및/또는 다른 단계는 예를 들어 폐쇄 및 멸균 시스템에서 임상 규모 수준으로 세포의 자동 분리를 위해 CliniMACS 시스템(Miltenyi Biotec)을 사용하여 수행된다. 구성 요소에는 통합 마이크로 컴퓨터, 자성 분리 유닛, 연동 펌프 및 다양한 핀치 밸브가 포함될 수 있다. 일부 관점에서, 통합 컴퓨터는 기기의 모든 구성 요소를 제어하고 시스템에 표준화된 순서로 반복된 절차를 수행하도록 지시한다. 일부 관점에서, 자성 분리 유닛은 이동 가능한 영구 자석 및 선택 컬럼을 위한 홀더를 포함한다. 연동 펌프는 배관 세트 전체의 유량을 제어하고, 핀치 밸브와 함께 시스템을 통한 완충제의 흐름 제어와 세포의 지속적인 현탁을 보장한다.
일부 관점에서, CliniMACS 시스템은 멸균, 비발열성 용액에 담겨 공급되는 항체 결합 자화 가능 입자를 사용한다. 일부 구현예에서, 자성 입자로 세포를 표지한 후 세포를 세척하여 과량의 입자를 제거한다. 이어서, 세포 조제 백은 배관 세트에 연결되고, 이는 차례로 완충제를 함유한 백 및 세포 수집 백에 연결된다. 배관 세트는 전치 컬럼 및 분리 컬럼을 포함한 사전 조립된 멸균 배관으로 구성되며 일회용이다. 분리 프로그램이 시작된 후, 시스템은 세포 샘플을 분리 컬럼에 자동으로 적용한다. 표지된 세포는 컬럼 내에 유지되는 반면, 표지되지 않은 세포는 일련의 세척 단계에 의해 제거된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 방법과 함께 사용하기 위한 세포의 집단은 표지되지 않고 컬럼에 유지되지 않는다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 방법과 함께 사용하기 위한 세포의 집단은 표지되고 컬럼에 유지된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 방법과 함께 사용하기 위한 세포의 집단은 자기장을 제거한 후 컬럼으로부터 용리되고, 세포 수집 백 내에 수집된다.
특정 구현예에서, 분리 및/또는 다른 단계는 CliniMACS Prodigy 시스템(Miltenyi Biotec)을 사용하여 수행된다. 일부 관점에서, CliniMACS Prodigy 시스템에는 원심 분리에 의한 세포의 자동 세척 및 세포의 분획화가 가능한 세포 가공 유닛이 구비되어 있다. CliniMACS Prodigy 시스템에는 공급원 세포 산물의 거시적인 층을 식별하여 최적의 세포 분획화 종점을 결정하는 내장 카메라 및 이미지 인식 소프트웨어도 포함될 수 있다. 예를 들어, 말초 혈액은 적혈구, 백혈구 및 혈장 층으로 자동 분리된다. CliniMACS Prodigy 시스템에는 또한 예를 들어, 세포 분화 및 증폭, 항원 로딩 및 장기 세포 배양과 같은 세포 배양 프로토콜을 달성하는 통합 세포 배양 챔버가 포함될 수 있다. 입력 포트는 배지의 멸균 제거 및 보충을 가능하게 할 수 있고 통합 현미경을 사용하여 세포를 모니터링할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660, Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82, 및 Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701]을 참조한다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 세포 집단은 유세포 분석을 통해 수집 및 농축(또는 고갈)되고, 여기서 다수의 세포 표면 표지자에 대해 염색된 세포는 유체 스트림으로 운반된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 세포 집단은 제조 규모(FACS) 분류를 통해 수집 및 농축(또는 고갈)된다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 세포 집단은 FACS 기반 검출 시스템과 조합된 미세전자기계 시스템(microelectromechanical system, MEMS) 칩을 사용하여 수집 및 농축(또는 고갈)된다(예를 들어, 문헌[국제 출원 WO 2010/033140, Cho et al. (2010) Lab Chip 10, 1567-1573; 및 Godin et al. (2008) J Biophoton. 1(5):355-376] 참조). 두 경우 모두에서, 세포는 다수의 표지자로 표지될 수 있으며, 이는 고순도로 명확한 T 세포 서브세트의 단리를 가능하게 한다.
일부 구현예에서, 항체 또는 결합 파트너는 하나 이상의 검출 가능한 표지자로 표지되어, 양성 및/또는 음성 선택을 위한 분리를 용이하게 한다. 예를 들어, 분리는 형광 표지 항체에 대한 결합에 기초할 수 있다. 일부 예에서, 하나 이상의 세포 표면 표지자에 특이적인 항체 또는 다른 결합 파트너의 결합에 기초한 세포의 분리는 예를 들어 유세포 분석 검출 시스템과 조합하여 예컨대 제조 규모(FACS) 및/또는 미세전자기계 시스템(MEMS) 칩을 포함하는 형광 활성화 세포 분류(fluorescence-activated cell sorting, FACS)에 의해 유체 스트림에서 수행된다. 상기 방법은 다수의 표지자에 기초하여 양성 및 음성 선택을 동시에 가능하게 한다.
일부 구현예에서, 제조 방법은 단리, 인큐베이션 및/또는 조작 전이든 후이든 세포를 동결하는 단계, 예를 들어, 냉동 보존하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 동결 및 후속 해동 단계는 세포 집단에서 과립구 및 어느 정도 단핵구를 제거한다. 일부 구현예에서, 세포는 예를 들어, 혈장 및 혈소판을 제거하기 위한 세척 단계 이후에 동결 용액에서 현탁된다. 일부 관점에서, 공지된 임의의 다양한 동결 용액 및 매개변수가 사용될 수 있다. 일 예는 20% DMSO 및 8% 인간 혈청 알부민(HSA)을 함유하는 PBS, 또는 다른 적합한 세포 동결 배지를 사용하는 것을 포함한다. 이어서, 상기를 DMSO 및 HSA의 최종 농도가 각각 10% 및 4%가 되도록 배지로 1:1로 희석시킨다. 이어서 세포를 일반적으로 분당 1°의 속도로 -80℃까지 동결시키고 액체 질소 저장 탱크에 기체상(vapor phase)으로 저장한다.
일부 구현예에서, 단리 및/또는 선택은 농축된 T 세포, 예를 들어, CD3+ T 세포, CD4+ T 세포, 및/또는 CD8+ T 세포의 하나 이상의 입력 조성물을 생성한다. 일부 구현예에서, 둘 이상의 개별 입력 조성물이 단일 생물학적 샘플로부터 단리, 선택, 농축, 또는 수득된다. 일부 구현예에서, 개별 입력 조성물이 동일한 대상체로부터 수집, 채취, 및/또는 수득된 개별 생물학적 샘플로부터 단리, 선택, 농축, 및/또는 수득된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 입력 조성물은 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 적어도 99.9%, 또는 (약) 100%의 CD3+ T 세포를 포함하는 농축된 T 세포의 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 농축된 T 세포의 입력 조성물은 CD3+ T 세포를 필수적으로 포함하여 구성된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 입력 조성물은 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 적어도 99.9%, 또는 (약) 100%의 CD4+ T 세포를 포함하는 농축된 CD4+ T 세포의 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, CD4+ T 세포의 입력 조성물은 40% 미만, 35% 미만, 30% 미만, 25% 미만, 20% 미만, 15% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만, 또는 0.01% 미만의 CD8+ T 세포를 포함하고/거나, CD8+ T 세포를 함유하지 않고/거나, CD8+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포의 조성물은 CD4+ T 세포를 필수적으로 포함하여 구성된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 조성물은 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 적어도 99.9%, 또는 (약) 100%의 CD8+ T 세포이거나 이를 포함하는 CD8+ T 세포의 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, CD8+ T 세포의 조성물은 40% 미만, 35% 미만, 30% 미만, 25% 미만, 20% 미만, 15% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만, 또는 0.01% 미만의 CD4+ T 세포를 함유하고/거나, CD4+ T 세포를 함유하지 않고/거나, CD4+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포의 조성물은 CD8+ T 세포를 필수적으로 포함하여 구성된다.
2. 활성화 및 자극
일부 구현예에서, 세포는 유전자 조작과 연결하여 또는 그 전에 인큐베이션 및/또는 배양된다. 인큐베이션 단계는 배양, 양성, 자극, 활성화 및/또는 번식(propagation)을 포함할 수 있다. 인큐베이션 및/또는 조작은 배양 용기, 예컨대 유닛, 챔버, 웰(well), 컬럼, 관, 배관 세트, 밸브, 바이알(vial), 배양 접시, 백(bag) 또는 세포 배양 또는 양성을 위한 다른 용기에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물 또는 세포는 자극 조건 또는 자극제의 존재 하에 인큐베이션된다. 상기 조건은 집단에서 세포의 증식, 증폭, 활성화 및/또는 생존을 유도하고, 항원 노출을 모방하고, 및/또는 재조합 항원 수용체의 도입과 같은 유전자 조작을 위해 세포를 프라이밍하도록 설계된 것을 포함한다.
상기 조건은 특정 배지, 온도, 산소 함량, 이산화탄소 함량, 시간, 제제(agents), 예를 들어 영양소, 아미노산, 항생제, 이온 및/또는 자극 인자, 예컨대 사이토카인, 케모카인(chemokines), 항원, 결합 파트너, 융합 단백질, 재조합 가용성 수용체 및 세포를 활성화시키기 위해 설계된 임의의 기타 제제 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 자극 조건 또는 제제는 TCR 복합체의 세포내 신호 전달 도메인을 자극 또는 활성화시킬 수 있는 하나 이상의 제제(예를 들어, 리간드)를 포함한다. 일부 관점에서, 상기 제제는 T 세포에서 TCR/CD3 세포내 신호 전달 계단식 다단계 반응을 켜거나 개시한다. 상기 제제는 항체, 예컨대 TCR에 특이적인 것, 예를 들어 항-CD3을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 자극 조건은 공자극 수용체, 예를 들어 항-CD28을 자극할 수 있는 하나 이상의 제제(예를 들어, 리간드)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 제제 및/또는 리간드는 비드와 같은 고체 지지체 및/또는 하나 이상의 사이토카인에 결합될 수 있다. 임의적으로, 팽창 방법은 (예를 들어, 적어도 약 0.5ng/ml 이상의 농도에서) 배양 배지에 항-CD3 및/또는 항-CD28 항체를 첨가하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 자극제는 IL-2, IL-15 및/또는 IL-7을 포함한다. 일부 관점에서, IL-2 농도는 적어도 약 10단위/mL이다.
예를 들어, 자극 조건은 항-CD3/항-CD28 접합 자성 비드(예를 들어, DYNABEADS® M-450 CD3/CD28 T Cell Expander)를 사용한 인큐베이션을 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 인큐베이션은 예컨대 문헌[미국 특허 번호 6,040,1 77 Riddell et al., Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660, Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82 및/또는 Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701]에 기재된 기술에 따라 수행된다.
일부 구현예에서, T 세포는 배양-개시 조성물 배양보조 세포, 예컨대 비분할 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)에 첨가하고(예를 들어, 생성된 세포의 집단은 증폭될 초기 집단 중 각각의 T 림프구에 대해 적어도 약 5, 10, 20 또는 40 이상의 PBMC 배양보조 세포를 함유하도록); 상기 배양물을 (예를 들어, T 세포 수를 증폭시키기에 충분한 시간 동안) 인큐베이션하여, 증폭된다. 일부 관점에서, 비분할 배양보조 세포는 감마-조사된(gamma-irradiated) PBMC 배양보조 세포를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, PBMC에 약 3000 내지 3600 라드(rad) 범위의 감마선을 조사하여 세포 분열을 방지한다. 일부 관점에서, 배양보조 세포는 T 세포의 집단의 첨가 전에 배양 배지에 첨가된다.
일부 구현예에서, 자극 조건은 인간 T 림프구의 성장에 적합한 온도, 예를 들어, 적어도 약 25℃이상, 일반적으로 적어도 약 30℃이상 및 일반적으로 (약) 37℃를 포함한다. 선택적으로, 인큐베이션은 배양보조 세포로서 비분할 EBV 형질전환 림프아구 세포(LCL)를 첨가하는 것을 더 포함할 수 있다. LCL은 약 6000 내지 10,000 라드 범위의 감마선으로 조사될 수 있다. 일부 관점에서, LCL 배양보조 세포는 임의의 적합한 양으로 제공되며, 예컨대 LCL 배양보조 세포 대 초기 T 림프구의 비율이 적어도 약 10:1 이상으로 제공된다.
구현예에서, 항원 특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포와 같은 항원 특이적 T 세포는 항원으로 나이브 또는 항원 특이적 T 림프구를 자극하여 수득된다. 예를 들어, 항원 특이적 T 세포주 또는 클론은 감염된 대상체로부터 T 세포를 단리하고 시토메갈로 바이러스 항원으로 시험관 내에서 세포를 자극함으로써 같은 항원에 대해 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 자극 조건 또는 자극제의 존재 하에서 인큐베이션의 적어도 일부는 예를 들어 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기술된 바와 같은 원심분리 회전 하에서, 원심분리 챔버의 내부 공동에서 수행된다. 일부 구현예에서, 원심분리 챔버에서 수행되는 인큐베이션의 적어도 일부는 자극 및/또는 활성화를 유도하기 위한 시약 또는 시약들과 혼합하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 선택된 세포와 같은 세포는 원심분리 챔버에서 자극 조건 또는 자극제와 혼합된다. 상기 과정의 일부 관점에서, 일정 부피의 세포를 세포 배양 플레이트 또는 다른 시스템에서 유사한 자극을 수행할 때 일반적으로 사용되는 것보다 훨씬 적은 하나 이상의 자극 조건 또는 제제의 양과 혼합한다.
일부 구현예에서, 자극제는, 선택이 원심분리 챔버에서, 예를 들어 주기적으로 흔들거나 회전하는 튜브나 백에서 혼합되지 않고 수행될 경우 같은 수의 세포 또는 같은 부피의 세포와 대략 동일하거나 유사한 선택 효율을 달성하기 위해 전형적으로 사용되거나 필요한 자극제의 양과 비교하여 실질적으로 보다 적은 양(예를 들어, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80% 이내의 양)으로 챔버의 공동에 있는 세포에 첨가된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션은 예를 들어 10 mL 내지 200 mL, 예컨대 적어도 (약) 10 mL, 20 mL, 30 mL, 40 mL, 50 mL, 60 mL, 70 mL, 80 mL, 90 mL, 100 mL, 150 mL 또는 200 mL 또는 약 또는 10 mL, 20 mL, 30 mL, 40 mL, 50 mL, 60 mL, 70 mL, 80 mL, 90 mL, 100 mL, 150 mL 또는 200 mL의 시약의 인큐베이션을 갖는 표적 부피를 달성하기 위해 세포 및 자극제에 인큐베이션 완충제의 첨가로 수행된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션 완충제 및 자극제는 세포에 첨가하기 전에 미리 혼합된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션 완충제 및 자극제는 세포에 별도로 첨가된다. 일부 구현예에서, 자극 인큐베이션은 주기적으로 부드럽게 혼합하는 조건으로 수행되며, 이는 양호한 상호작용을 활발하게 촉진하는데 도움이 될 수 있으며, 이로써 세포의 자극 및 활성화를 달성하면서 전반적으로 자극제의 보다 적은 사용이 가능할 수 있다.
일부 구현예에서, 인큐베이션은 일반적으로 스피닝(spinning)이 존재하는 것과 같은 혼합 조건 하에서 수행되며, 일반적으로 이는 상대적으로 낮은 힘 또는 속도, 예컨대 세포를 펠릿화하기 위해 사용되는 것보다 더 낮은 속도, 예컨대 (약) 600rpm 내지 (약) 1700rpm(예를 들어, (약) 600rpm, 1000rpm 또는 1500rpm 또는 1700rpm 또는 600rpm, 1000rpm 또는 1500rpm 또는 1700rpm 이상)에서, 예컨대 (약) 80g 내지 100g(예를 들어, (약) 80g, 85g, 90g, 95g 또는 100g 또는 80g, 85g, 90g, 95g 또는 100g 이상)의 챔버 또는 다른 용기의 벽 또는 샘플에서 RCF로 수행된다. 일부 구현예에서, 스핀은 상기와 같은 낮은 속도의 스핀과 이어지는 휴지 기간(rest period), 예컨대 스핀 및/또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10초 동안의 휴지, 예컨대, 대략 1 또는 2초의 스핀과 이어지는 대략 5, 6, 7 또는 8초 동안의 휴지의 구간을 반복하여 수행된다.
일부 구현예에서, 예를 들어 자극제와 인큐베이션의 총 지속 시간은 (약) 1시간 내지 96시간, 1시간 내지 72시간, 1시간 내지 48시간, 4시간 내지 36시간, 8시간 내지 30시간 또는 12시간 내지 24시간, 예컨대 (약) 6시간, 12시간, 18시간, 24시간, 36시간 또는 72시간 이상이다. 일부 구현예에서, 추가 인큐베이션은 (약) 1시간 내지 48시간, 4시간 내지 36시간, 8시간 내지 30시간 또는 12시간 내지 24시간(수치 포함) 동안이다.
특정 구현예에서, 자극 조건은 하나 이상의 사이토카인과 함께 및/또는 이의 존재 하에서 농축된 T 세포의 조성물을 인큐베이션, 배양 및/또는 육성하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 재조합 사이토카인이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 인간 재조합 사이토카인이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 T 세포에 대해 내인성이고/거나 T 세포에 의해 발현되는 수용체에 결합하고/거나 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 사이토카인의 4-알파-나선 번들 패밀리의 멤버이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 사이토카인의 4-알파-나선 번들 패밀리의 멤버는 인터루킨-2(IL-2), 인터루킨-4(IL-4), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-9(IL-9), 인터루킨 12(IL-12), 인터루킨15(IL-15), 과립구 집락 자극 인자(granulocyte colony-stimulating factor, G-CSF), 및 과립구-대식 세포 집락 자극 인자(granulocyte-macrophage colony-stimulating factor, GM-CSF)를 포함하되 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, 예를 들어 형질도입 전에 자극은 세포의 활성화 및/또는 증식을 초래한다.
3. 유전자 조작을 위한 벡터 및 방법
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도, 제조품 또는 조성물과 관련하여 사용되는 T 세포와 같은 조작된 세포는 본원에 기술된 재조합 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR을 발현하도록 유전자 조작된 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 재조합 수용체 및/또는 다른 분자를 암호화하는 핵산 서열의 도입, 전달 또는 전이에 의해 조작된다.
일부 구현예에서, 조작된 세포를 생산하는 방법은 재조합 수용체(예를 들어, 항-CD19 CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 세포(예를 들어, 예컨대 자극된 또는 활성화된 세포)에 도입하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 재조합 단백질은 기술된 임의의 것과 같은 재조합 수용체이다. 세포에 재조합 수용체와 같은 재조합 단백질을 암호화하는 핵산 분자의 도입은 공지된 다수의 임의의 벡터를 사용하여 수행될 수 있다. 상기 벡터에는 렌티바이러스 및 감마레트로바이러스 시스템을 포함한 바이러스 및 비-바이러스 시스템뿐만 아니라 PiggyBac 또는 Sleeping Beauty 기반 유전자 전달 시스템과 같은 트랜스포손 기반 시스템이 포함된다. 예시적인 방법은 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스 또는 렌티바이러스, 형질도입, 트랜스포손 및 전기 천공법을 통한 것을 포함하여 수용체를 암호화하는 핵산의 전달을 위한 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 조작은 하나 이상의 조작된 농축된 T 세포의 조성물을 생성한다.
특정 구현예에서, 자극된 T 세포의 하나 이상의 조성물은 두 개의 별도 자극된 농축된 T 세포의 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 두 개의 별도 농축된 T 세포의 조성물, 예를 들어 동일한 생물학적 샘플로부터 선택, 단리, 및/또는 농축된 두 개의 별도 농축된 T 세포는 별도로 조작된다. 특정 구현예에서, 두 개의 별도 조성물은 농축된 CD4+ T 세포의 조성물을 포함한다. 특정 구현예에서, 두 개의 별도 조성물은 농축된 CD8+ T 세포의 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 두 개의 별도 농축된 CD4+ T 세포 및 농축된 CD8+ T 세포의 조성물은 별도로 유전자 조작된다.
일부 구현예에서, 유전자 전달은 먼저 세포를 자극하고, 예컨대 세포를 증식, 생존 및/또는 활성화와 같은 반응을 유도하는 자극과 조합하고, 예를 들어 사이토카인 또는 활성화 표지자의 발현에 의해 측정된 바와 같이, 뒤이어 활성화된 세포의 형질도입 및 임상 적용에 충분한 수로 배양에서 증폭시켜 달성된다. 특정 구현예에서, 유전자 전달은 우선 자극 조건에서 예컨대 기술된 임의의 방법에 의해 인큐베이션되어 달성된다.
일부 구현예에서, 유전자 조작 방법은 재조합 단백질, 예를 들어 재조합 수용체를 암호화하는 핵산 분자와 조성물의 하나 이상의 세포를 접촉시킴으로써 수행된다. 일부 구현예에서, 접촉은 회전 접종(예를 들어, 원심분리 접종)과 같은 원심분리로 달성될 수 있다. 상기 방법은 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함한다. 예시적인 원심분리 챔버는 Biosafe SA에 의해 생산 및 판매되는 챔버를 포함하며, Sepax® 및 Sepax® 2 시스템과 함께 사용하기 위한 챔버를 포함하고, A-200/F 및 A-200 원심분리 챔버 및 상기 시스템과 함께 사용하기 위한 다양한 키트를 포함한다. 예시적인 챔버, 시스템 및 공정 기기 및 캐비닛은 예를 들어 문헌[미국 특허 번호 6,123,655, 미국 특허 번호 6,733,433 및 미국 특허 출원 공개 번호 US2008/0171951, 및 국제 특허 출원 공개 번호 WO 00/38762]에 기재되어 있고, 각각의 내용은 본 명세서에 그 전체가 참조로 포함된다. 상기 시스템과 함께 사용하기 위한 예시적인 키트는 제품 이름 CS-430.1, CS-490.1, CS-600.1 또는 CS-900.2로 BioSafe SA에서 판매되는 일회용 키트를 포함하나 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, 접촉은 회전 접종(예를 들어, 원심분리 접종)과 같은 원심분리로 달성될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포, 벡터, 예를 들어 바이러스 입자 및 시약을 함유하는 조성물을 일반적으로 상대적으로 작은 힘 또는 낮은 속도, 예컨대 세포를 펠릿화하기 위해 사용되는 것보다 더 낮은 속도, 예컨대 (약) 600 rpm 내지 1700 rpm(예를 들어 (약) 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 또는 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 이상)으로 회전시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 회전은 예를 들어 챔버 또는 공동의 내벽 또는 외벽에서 측정된 바와 같은, (약) 100g 내지 3200g의 힘(예를 들어 (약) 100g, 200g, 300g, 400g, 500g, 1000g, 1500g, 2000g, 2500g, 3000g 또는 3200g 또는 (약)100g, 200 g, 300g, 400g, 500g, 1000g, 1500g, 2000g, 2500g, 3000g 또는 3200g 이상)으로, 예를 들어, 상대 원심력으로 수행된다. 용어 "상대 원심력" 또는 RCF는 일반적으로 회전축과 비교하여 공간의 특정 지점에서 지구의 중력에 대해 상대적인 물체 또는 물질(예컨대 세포, 샘플 또는 펠릿 및/또는 회전되는 챔버 또는 다른 용기의 지점)에 부여된 유효힘(effective force)으로 이해된다. 상기 값은 중력, 회전 속도 및 회전 반경(회전 축과 RCF를 측정하는 물체, 물질 또는 입자로부터의 거리)을 고려하여 잘 알려진 공식을 사용하여 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 시스템은 시스템에서 수행되는 형질도입 단계 및 하나 이상의 다양한 다른 공정 단계, 예를 들어 본 명세서 또는 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 원심분리 챔버 시스템으로 수행되거나 이와 관련하여 수행될 수 있는 하나 이상의 공정 단계의 관점을 작동, 자동화, 제어 및/또는 모니터링하기 위한 기기를 포함하여 다른 기기와 공동으로 포함되고/거나 이와 공동으로 배치된다. 일부 구현예에서 상기 기기는 캐비닛 내에 포함되어 있다. 일부 구현예에서, 기기에는 제어 회로, 원심분리기, 커버, 모터, 펌프, 센서, 디스플레이 및 사용자 인터페이스를 수용한 하우징을 포함한 캐비닛이 포함된다. 예시적인 디바이스가 문헌[미국 특허 번호 6,123,655, 미국 특허 번호 6,733,433 및 US 2008/0171951]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 시스템은 일련의 용기, 예를 들어 백, 튜브, 스톱콕, 클램프, 커넥터 및 원심분리 챔버를 포함한다. 일부 구현예에서, 백과 같은 용기는 동일한 백 또는 별도의 백과 같은 동일한 용기 또는 별도의 용기에 형질도입될 세포 및 바이러스 벡터 입자를 함유하는 백과 같은 하나 이상의 용기를 포함한다. 일부 구현예에서, 시스템은 챔버 내로 들어오는 희석제 및/또는 세척 용액 및/또는 방법 중에 성분 및/또는 조성물을 희석, 재현탁 및/또는 세척하기 위한 기타 성분 같은 배지를 함유하는, 백 같은 하나 이상의 용기를 추가로 포함한다. 용기는 시스템의 하나 이상의 위치에, 예컨대 입력 라인, 희석 라인, 세척 라인, 폐기물 라인 및/또는 출력 라인에 대응하는 위치에 연결될 수 있다.
일부 구현예에서, 챔버는 예컨대 회전축 주위로 챔버를 회전시킬 수 있는 원심분리기와 결합되어 있다. 회전은 세포의 형질도입과 관련하여 및/또는 다른 공정 단계 중 하나 이상에서 인큐베이션 이전, 도중 및/또는 이후에 발생할 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 하나 이상의 다양한 공정 단계는 예를 들어, 특정 힘으로 회전되면서 수행된다. 챔버는 챔버가 원심분리 중에 수직으로 위치하고 관점 벽과 축은 수직 또는 일반적으로 수직이며, 말단 벽은 수평 또는 일반적으로 수평이 되도록, 챔버는 전형적으로 수직 또는 일반적으로 수직 회전할 수 있다.
일부 구현예에서, 유전자 조작의 적어도 일부, 예를 들어 형질도입 중에 및/또는 유전자 조작 이후에, 세포는 세포의 배양 또는 증폭과 같은 유전자 조작된 세포의 배양을 위해 생물 반응기 백 어셈블리로 전달된다.
일부 구현예에서, 재조합 핵산은 예를 들어, 시미안 바이러스 40(SV40), 아데노바이러스, 아데노 연관 바이러스(adeno-associated virus, AAV)로부터 유래된 벡터와 같은 재조합 감염성 바이러스 입자를 사용하여 세포내로 전달된다. 일부 구현예에서, 재조합 핵산은 재조합 렌티바이러스 벡터 또는 레트로바이러스 벡터, 예컨대 감마-레트로바이러스 벡터를 사용하여 T 세포 내로 전달된다(예를 들어 문헌[Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25; Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46; Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93; Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557] 참조).
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는 긴 말단 반복 서열(long terminal repeat sequence, LTR), 예를 들어 몰로니 뮤린 백혈병 바이러스(MoMLV), 골수 증식육종 바이러스(myeloproliferative sarcoma virus, MPSV), 뮤린 배아 줄기세포 바이러스(murine embryonic stem cell virus, MESV), 뮤린 줄기세포 바이러스(murine stem cell virus, MSCV) 또는 비장 병소 형성 바이러스(spleen focus forming virus, SFFV)로부터 유래된 레트로바이러스 벡터를 갖는다. 대부분의 레트로바이러스 벡터는 뮤린 레트로바이러스로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 임의의 조류 또는 포유류 세포 공급원으로부터 유래된 것을 포함한다. 레트로바이러스는 통상적으로 인간을 포함하여 몇몇 종의 숙주 세포를 감염시킬 수 있음을 의미하는, 암포트로픽(amphotropic)이다. 일 구현예에서, 발현될 유전자는 레트로바이러스의 gag(객), pol(폴) 및/또는 env(엔브) 서열을 대체한다. 다수의 예시적인 레트로바이러스 시스템이 문헌[예를 들어, 미국 특허 번호 5,219,740; 6,207,453; 5,219,740; Miller and Rosman (1989) BioTechniques 7:980-990; Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14; Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852; Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037; 및 Boris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109]에 기술되어 있다. 렌티바이러스 형질도입 방법은 공지되어 있다.
예시적인 방법이 예를 들어, 문헌[Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644; Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114; 및 Cavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505]에 기술되어 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 입자는 렌티바이러스 유전체 기반 벡터로부터 유래된 것과 같은 레트로바이러스 유전체 기반 벡터로부터 유래된 유전체를 함유한다. 제공된 바이러스 벡터의 일부 관점에서, CAR과 같은 항원 수용체와 같은 재조합 수용체를 암호화하는 이종 핵산은 벡터 유전체의 5' LTR 및 3' LTR서열 사이에 함유되고/거나 위치한다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 유전체는 HIV-1 유전체 또는 SIV 유전체와 같은 렌티바이러스 유전체이다. 예를 들어, 렌티바이러스 벡터는 독성 유전자를 약화시켜 배가시킴으로써 생성되었으며, 예를 들어, 유전자 env, vif, vpu 및 nef가 결실되어 치료 목적으로 벡터를 더 안전하게 만들 수 있다. 렌티바이러스 벡터는 공지되어 있다. 문헌[Naldini et al., (1996 및 1998); Zufferey et al., (1997); Dull et al., 1998, 미국 특허 번호 6,013,516; 및 5,994,136]을 참조한다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스 벡터는 플라스미드 기반 또는 바이러스 기반이며, 숙주 세포로 핵산을 전달하기 위한, 선택을 위한 및 외부 핵산을 통합하기 위한 필수 서열을 운반하도록 구성된다. 공지된 렌티바이러스는 미국형 배양 컬렉션("ATCC"; 10801 University Blvd., Manassas, Va. 20110-2209)과 같은 기탁 기관 또는 컬렉션으로부터 용이하게 수득될 수 있거나 일반적으로 이용 가능한 기술을 사용하여 공지된 공급원으로부터 단리될 수 있다.
렌티바이러스 벡터의 비제한적인 예로는 인간 면역결핍 바이러스 1(Human Immunodeficiency Virus 1, HIV-1), HIV-2, 시미안 면역결핍 바이러스(Simian Immunodeficiency Virus, SIV), 인간 T 림프성 바이러스 1(Human T-lymphotropic virus 1, HTLV-1), HTLV-2 또는 말 감염 빈혈 바이러스(equine infection anemia virus, E1AV)와 같은 렌티바이러스 유래 벡터가 포함된다. 예를 들어, 렌티바이러스 벡터는 HIV 독성 유전자를 약화시켜 배가시킴으로써 생성되었으며, 예를 들어, 유전자 env, vif, vpr, vpu 및 nef가 결실되어 치료 목적으로 벡터를 더 안전하게 만든다. 렌티바이러스 벡터는 당업계에 공지되어 있으며, 문헌[Naldini et al., (1996 및 1998); Zufferey et al., (1997); Dull et al., 1998, 미국 특허 번호 6,013,516; 및 5,994,136]을 참조한다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스 벡터는 플라스미드 기반 또는 바이러스 기반이며, 숙주 세포로 핵산을 전달하기 위한, 선택을 위한 및 외부 핵산을 통합하기 위한 필수 서열을 운반하도록 구성된다. 공지된 렌티바이러스는 미국형 배양 컬렉션("ATCC"; 10801 University Blvd., Manassas, Va. 20110-2209)과 같은 기탁 기관 또는 컬렉션으로부터 용이하게 수득될 수 있거나 일반적으로 이용 가능한 기술을 사용하여 공지된 공급원으로부터 단리될 수 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 유전체 벡터는 렌티바이러스와 같은 레트로바이러스의 5'및 3' LTR서열을 함유할 수 있다. 일부 관점에서, 바이러스 유전체 작제물은 렌티바이러스의 5' 및 3' LTR로부터의 서열을 함유할 수 있고, 특히 렌티바이러스의 5' LTR에서 R 및 U5 서열 및 렌티바이러스에서 비활성화된 또는 자가 비활성화 3' LTR을 함유할 수 있다. LTR 서열은 임의의 종으로부터 임의의 렌티바이러스로부터의 LTR 서열일 수 있다. 예를 들어, 이는 HIV, SIV, FIV 또는 BIV로부터의 LTR 서열일 수 있다. 전형적으로 LTR 서열은 HIV LTR 서열이다.
일부 구현예에서, HIV 바이러스 벡터와 같은 바이러스 벡터의 핵산은 추가 전사 단위가 결여된다. 벡터 유전체는 비활성화된 또는 자가 비활성화 3' LTR을 함유할 수 있다(Zufferey et al.　J Virol　72: 9873, 1998; Miyoshi et al.,　J Virol　72:8150, 1998).　예를 들어, 바이러스 벡터 RNA를 생성하는 데 사용되는 핵산의 3' LTR의 U3 영역에서의 결실은 자가 비활성화(self-inactivating, SIN) 벡터를 생성하는데 사용될 수 있다. 이어서 상기 결실은 역전사 동안 프로바이러스(proviral) DNA의 5' LTR로 전달될 수 있다. 자가 비활성화 벡터는 일반적으로 벡터 통합 중에 5' LTR로 복사되는 3'긴 말단 반복(long terminal repeat, LTR)으로부터의 인핸서 및 프로모터 서열의 결실을 갖는다. 일부 구현예에서, LTR의 전사 활성을 폐기하기 위해 TATA 박스의 제거를 포함하여 충분한 서열이 제거될 수 있다. 이는 형질도입된 세포에서 전장 벡터 RNA의 생산을 방지할 수 있다. 일부 관점에서, 3'의 U3 요소는 인핸서 서열, TATA 박스, Sp1 및 NF-카파 B 부위의 결실을 함유한다. 자가 비활성화 3'의 결과로, 도입 및 역전사 후에 생성되는 프로바이러스(provirus)는 불활성화된 5' LTR을 함유한다. 이는 벡터 유전체의 이동 위험 및 근처 세포 프로모터에 대한 LTR의 영향을 감소시킴으로써 안전성을 개선할 수 있다. 자가 비활성화 3' LTR은 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 작제될 수 있다. 일부 구현예에서, 이는 벡터 역가 또는 벡터의 시험관 내 또는 생체 내 특성에 영향을 미치지 않는다.
선택적으로, 렌티바이러스 5' LTR로부터의 U3 서열은 바이러스 작제물에서 이종 프로모터 서열과 같은 프로모터 서열로 대체될 수 있다. 이는 패키징 세포주에서 회수되는 바이러스 역가를 증가시킬 수 있다. 인핸서 서열도 포함될 수 있다. 패키징 세포주에서 바이러스 RNA 유전체의 발현을 증가시키는 임의의 인핸서/프로모터 조합이 사용될 수 있다. 일 예에서, CMV 인핸서/프로모터 서열이 사용된다(미국 특허 번호 5,385,839 및 미국 특허 번호 5,168,062).
특정 구현예에서, 삽입 돌연변이 유발의 위험은 렌티바이러스 벡터 유전체과 같은 레트로바이러스 벡터 유전체를 통합 결함이 있는 것으로 작제함으로써 최소화할 수 있다. 비통합 벡터 유전체를 생성하기 위해 다양한 접근법을 추구할 수 있다. 일부 구현예에서, 돌연변이(들)는 비활성 인테그라제가 있는 단백질을 암호화하도록 pol 유전자의 인테그라제 효소 성분으로 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터 유전체 자체는 예를 들어 하나 또는 둘 다의 부착 부위를 돌연변이 또는 결실시키거나 3
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근위 폴리퓨린관(PPT)을 결실 또는 변형을 통해 비기능성으로 만들어 통합을 방지하도록 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 비유전적 접근법이 이용 가능하고; 이는 인테그라제의 하나 이상의 기능을 억제하는 약리학 제제를 포함한다. 상기 접근법은 상호 배타적이지 않다; 즉, 이 중 하나 이상을 한 번에 사용할 수 있다. 예를 들어, 인테그라제와 부착 부위 모두 비기능성일 수 있거나, 인테그라제와 PPT 부위가 비기능성일 수 있거나 또는 부착 부위와 PPT 부위가 비기능성일 수 있거나 또는 이들 모두가 비기능성일 수 있다. 상기 방법과 바이러스 벡터 유전체는 공지되어 있고 이용 가능하다(문헌[Philpott and Thrasher,　Human Gene Therapy　18:483, 2007; Engelman et al. J Virol 69:2729, 1995; Brown et al　J Virol　73:9011 (1999); WO 2009/076524; McWilliams et al.,　J Virol　77:11150, 2003; Powell and Levin　J Virol　70:5288, 1996] 참조).
일부 구현예에서, 벡터는 원핵생물 숙주 세포와 같은 숙주 세포에 번식을 위한 서열을 함유한다. 일부 구현예에서, 바이러스 벡터의 핵산은 세균 세포와 같은 원핵 세포에 번식을 위한 하나 이상의 복제 기점을 함유한다. 일부 구현예에서, 원핵 생물 복제 기점을 포함하는 벡터는 또한 유전자 발현이 약물 내성과 같은 검출 가능하거나 선택 가능한 표지자를 부여하는 유전자를 함유할 수 있다.
바이러스 벡터 유전체는 전형적으로 패키징 또는 생산자 세포주로 형질주입될 수 있는 플라스미드 형태로 작제된다. 유전체가 바이러스 벡터 유전체의 RNA 카피를 함유하는 레트로바이러스 입자를 생성하기 위해 다양한 임의의 공지된 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 2개 이상의 성분이 바이러스 기반 유전자 전달 시스템을 만드는 데 관여하는데, 첫째, 바이러스 벡터 입자를 생성하는 데 필요한 효소뿐만 아니라 구조 단백질을 포함하는 패키징 플라스미드이고, 둘째, 바이러스 벡터 자체, 즉, 전달될 유전 물질이다. 생물학적 안전성 보호 장치를 상기 성분 중 하나 또는 둘 다의 설계에 도입할 수 있다.
일부 구현예에서, 패키징 플라스미드는 외피 단백질 이외의 HIV-1과 같은 모든 레트로바이러스 단백질을 함유할 수 있다(Naldini et al., 1998). 다른 구현예에서, 바이러스 벡터에는 독성과 관련된 유전자, 예를 들어 vpr, vif, vpu 및 nef 및/또는 Tat, 즉 HIV의 1차 전이 활성 인자(transactivator)와 같은 추가 바이러스 유전자가 결여될 수 있다. 일부 구현예에서, HIV 기반 렌티바이러스 벡터와 같은 렌티바이러스 벡터는 모 바이러스의 3가지 유전자: gag, pol 및 rev만을 포함하며, 이는 재조합을 통한 야생형 바이러스의 재구성 가능성을 감소시키거나 제거한다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 유전체는 바이러스 벡터 유전체로부터 전사된 바이러스 유전체 RNA를 바이러스 입자로 패키징하는 데 필요한 모든 성분을 함유하는 패키징 세포주에 도입된다. 대안적으로, 바이러스 벡터 유전체는 하나 이상의 관심 서열, 예를 들어, 재조합 핵산뿐만 아니라 바이러스 성분을 암호화하는 하나 이상의 유전자를 포함할 수 있다. 그러나, 일부 관점에서, 표적 세포에서 유전체의 복제를 방지하기 위하여, 복제에 필요한 내인성 바이러스 유전자는 제거되고 패키징 세포주에 별도로 제공된다.
일부 구현예에서, 패키징 세포주는 입자를 생성하는 데 필요한 성분을 함유하는 하나 이상의 플라스미드 벡터로 형질주입된다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 LTR, 시스-작용(cis-acting) 패키징 서열 및 관심 서열, 즉 CAR과 같은 항원 수용체를 암호화하는 핵산; 및 바이러스의 효소 성분 및/또는 구조 성분, 예컨대 Gag, pol 및/또는 rev를 암호화하는 하나 이상의 헬퍼 플라스미드를 포함한 바이러스 벡터 유전체를 함유하는 플라스미드로 형질주입된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 입자를 생성하는 다양한 유전 성분을 분리하기 위해 다중 벡터가 이용된다. 상기 일부 구현예에서, 패키징 세포에 별도의 벡터를 제공하는 것은 달리 복제 가능 바이러스를 생성할 수 있는 재조합 사건의 기회를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 모든 레트로바이러스 성분을 갖는 단일 플라스미드 벡터를 사용할 수 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 입자, 예컨대 렌티바이러스 벡터 입자는 숙주 세포의 형질도입 효율을 증가시키기 위한 유사형이다. 예를 들어, 일부 구현예에서 레트로바이러스 벡터 입자, 예컨대 렌티바이러스 벡터 입자는 VSV-G 당단백질을 갖는 유사형이고, 이는 형질도입될 수 있는 세포 유형을 확장하여 광범위한 세포 숙주 범위를 제공한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 예컨대 신드비스(Sindbis) 바이러스 외피, GALV 또는 VSV-G와 같은 이종향성(xenotropic), 다방성(polytropic) 또는 암포트로픽(amphotropic) 외피를 포함하는 비천연 외피 당단백질을 암호화하는 플라스미드 또는 폴리뉴클레오타이드로 형질주입된다.
일부 구현예에서, 패키징 세포주는 바이러스 유전체 RNA를 렌티바이러스 벡터 입자로 패키징하기 위해 트랜스에서 요구되는 바이러스 조절 및 구조 단백질을 포함한 성분을 제공한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 렌티바이러스 단백질을 발현하고 기능성 렌티바이러스 벡터 입자를 생성할 수 있는 임의의 세포주일 수 있다. 일부 관점에서, 적합한 패키징 세포주에는 293(ATCC CCL X), 293T, HeLA(ATCC CCL 2), D17(ATCC CCL 183), MDCK(ATCC CCL 34), BHK(ATCC CCL-10) 및 Cf2Th(ATCC CRL 1430) 세포가 포함된다.
일부 구현예에서, 패키징 세포주는 안정적으로 바이러스 단백질(들)을 발현한다. 예를 들어, 일부 관점에서, gag, pol, rev 및/또는 기타 구조 유전자를 함유하나 LTR 및 패키징 성분은 함유하지 않는 패키징 세포주가 작제될 수 있다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 이종 단백질을 암호화하는 핵산 분자 및/또는 외피 당단백질을 암호화하는 핵산을 함유하는 바이러스 벡터 유전체와 함께 하나 이상의 바이러스 단백질을 암호화하는 핵산 분자로 일시적으로 형질주입될 수 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 및 패키징 및/또는 헬퍼 플라스미드는 패키징 세포주 내로 형질주입 또는 감염을 통해 도입된다. 패키징 세포주는 바이러스 벡터 유전체를 함유하는 바이러스 벡터 입자를 생산한다. 형질주입 또는 감염을 위한 방법은 잘 알려져 있다. 비제한적인 예에는 인산 칼슘, DEAE-덱스트란 및 리포펙션(lipofection) 방법, 전기 천공법 및 미세주입이 포함된다.
재조합 플라스미드, 및 레트로바이러스 LTR 및 패키징 서열이 특수 세포주로(예를 들어, 인산 칼슘 침전에 의해) 도입될 때, 패키징 서열은 재조합 플라스미드의 RNA 전사물이 바이러스 입자로 패키징되도록 허용할 수 있으며, 이어서 이는 배양 배지로 분비될 수 있다. 이어서 일부 구현예에서 재조합 레트로바이러스를 함유하는 배지가 수집되고, 선택적으로 농축 및 유전자 전달을 위해 사용된다. 예를 들어, 일부 관점에서, 패키징 플라스미드 및 전달 벡터를 패키징 세포주로 공형질주입 후, 바이러스 벡터 입자는 배양 배지로부터 회수되어 당업자들에 의해 사용되는 표준 방법에 의해 적정된다.
일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터와 같은 레트로바이러스 벡터는 렌티바이러스 입자의 생성을 허용하는 플라스미드의 도입에 의해 예시적인 HEK 293T 세포주와 같은 패키징 세포주에서 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, 패키징 세포는 형질주입되고/거나 gag 및 pol을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드, 및 재조합 수용체, 예컨대 항원 수용체(예를 들어, CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 함유한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 rev 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로 선택적 및/또는 추가적으로 형질주입되고/거나 이를 함유한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 VSV-G와 같은 비천연 외피 당단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로 선택적 및/또는 추가적으로 형질주입되고/거나 이를 함유한다. 일부 상기 구현예에서, 세포(예를 들어, HEK 293T 세포)의 형질주입 후 대략 2일 후에, 세포 상청액은 재조합 렌티바이러스 벡터를 함유하고 이는 회수되어 적정될 수 있다.
회수 및/또는 생성된 레트로바이러스 벡터 입자는 기술된 바와 같은 방법을 사용하여 표적 세포를 형질도입하는 데 사용될 수 있다. 일단 표적 세포에서, 바이러스 RNA는 역전사되고, 핵으로 들어가서 안정적으로 숙주 유전체에 통합된다. 바이러스 RNA의 통합 후 1 또는 2일 후, 재조합 단백질(예를 들어, 항원 수용체, 예컨대 CAR)의 발현이 검출될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 바이러스 입자와 복수의 세포를 포함하는 세포 조성물을 접촉, 예를 들어, 인큐베이션함으로써 세포를 형질도입하는 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 형질주입 또는 형질도입될 세포는 대상체로부터 농축 및/또는 선택된 세포와 같은 대상체로부터 수득된 1차 세포이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 조성물의 형질도입될 세포의 농도는 (약) 1.0 x 105 세포/ml 내지 1.0 x 108 세포/ml, 예컨대 적어도 (약) 1.0 x 105 세포/mL, 5 x 105 세포/mL, 1 x 106 세포/mL, 5 x 106 세포/mL, 1 x 107 세포/mL, 5 x 107 세포/mL 또는 1 x 108 세포/mL이다.
일부 구현예에서, 바이러스 입자는 형질도입될 세포의 총 수당 바이러스 벡터 입자의 특정 비율의 카피 수 또는 이의 감염 단위(IU)로 제공된다(IU/세포). 예를 들어, 일부 구현예에서, 바이러스 입자는 접촉하는 동안 하나의 세포 당 (약) 또는 적어도 (약) 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 또는 60 IU의 바이러스 벡터 입자로 존재한다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 입자의 역가는 (약) 1 x 106 IU/mL 내지 1 x 108 IU/mL, 예컨대 (약) 5 x 106 IU/mL 내지 5 x 107 IU/mL, 예컨대 적어도 6 x 106 IU/mL, 7 x 106 IU/mL, 8 x 106 IU/mL, 9 x 106 IU/mL, 1 x 107 IU/mL, 2 x 107 IU/mL, 3 x 107 IU/mL, 4 x 107 IU/mL, 또는 5 x107 IU/mL이다.
일부 구현예에서, 형질도입은 100 미만, 예컨대 일반적으로 60, 50, 40, 30, 20, 10, 5 이하 미만의 감염 다중도(multiplicity of infection, MOI)에서 달성될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 방법은 바이러스 입자와 세포를 접촉 또는 인큐베이션하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 접촉은 30 분 내지 72 시간, 예컨대 30 분 내지 48 시간, 30 분 내지 24 시간 또는 1 시간 내지 24 시간, 예컨대 30 분, 1 시간, 2 시간, 6 시간, 12 시간, 24 시간, 36 시간 이상 또는 약 30 분, 1 시간, 2 시간, 6 시간, 12 시간, 24 시간, 36 시간 이상 동안이다.
일부 구현예에서, 접촉은 용액에서 수행된다. 일부 구현예에서, 세포 및 바이러스 입자는 (약) 0.5mL 내지 500mL, 예컨대 (약) 0.5mL 내지 200mL, 0.5mL 내지 100mL, 0.5mL 내지 50mL, 0.5mL 내지 10mL, 0.5mL 내지 5mL, 5mL 내지 500mL, 5mL 내지 200mL, 5mL 내지 100mL, 5mL 내지 50mL, 5mL 내지 10mL, 10mL 내지 500mL, 10mL 내지 200mL, 10mL 내지 100mL, 10mL 내지 50mL, 50mL 내지 500mL, 50mL 내지 200mL, 50mL 내지 100mL, 100mL 내지 500mL, 100mL 내지 200mL 또는 200mL 내지 500mL의 부피에서 접촉된다.
특정 구현예에서, 입력 세포는 바이러스 DNA에 의해 암호화되는 재조합 수용체에 결합하거나 이를 인식하는 결합 분자를 포함하는 입자로 처리, 인큐베이션 또는 접촉된다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 입자와 세포의 인큐베이션은 바이러스 벡터 입자로 형질도입된 세포를 포함하는 출력 조성물을 초래하거나 생성한다.
일부 구현예에서, 재조합 핵산은 전기 천공법을 통해 T 세포로 전달된다(예를 들어, 문헌[Chicaybam et al, (2013) PLoS ONE 8(3): e60298 및 Van Tedeloo et al. (2000) Gene Therapy 7(16): 1431-1437] 참조). 일부 구현예에서, 재조합 핵산은 전위(transposition)를 통해 T 세포로 전달된다(예를 들어, 문헌[Manuri et al. (2010) Hum Gene Ther 21(4): 427-437; Sharma et al. (2013) Molec Ther Nucl Acids 2, e74; and Huang et al. (2009) Methods Mol Biol 506: 115-126] 참조). 면역 세포에서 유전 물질을 도입하고 발현시키는 다른 방법에는 인산칼슘 형질주입(예를 들어, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.에 기재된 바와 같음), 원형질체 융합, 양이온성 리포솜-매개 형질주입; 텅스텐 입자 촉진 미세 입자 충격(Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)); 및 인산스트론튬 DNA 공동 침전(Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987))이 포함된다.
재조합 산물을 암호화하는 핵산 전달을 위한 다른 접근법 및 벡터는 예를 들어, 문헌[국제 특허 출원 공개 번호: WO2014055668 및 미국 특허 번호 7,446,190]에 기재된 것이다.
일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, T 세포는 증폭 중 또는 증폭 후에 예를 들어 T 세포 수용체(TCR) 또는 키메라 항원 수용체(CAR)로 형질주입될 수 있다. 원하는 수용체의 유전자 도입을 위한 상기 형질주입은 예를 들어 임의의 적합한 레트로바이러스 벡터로 수행될 수 있다. 이어서 유전자 변형 세포의 집단은 초기 자극(예를 들어, 항-CD3/항-CD28 자극)으로부터 유리될 수 있으며, 후속적으로 제2 유형의 자극으로, 예를 들어 새로이 도입된 수용체를 통해 자극될 수 있다. 상기 제2 유형의 자극은 새로운 수용체의 프레임워크 내에서 직접 결합하는(예를 들어, 수용체 내의 불변 영역을 인지함으로써) 유전자 도입된 수용체의 펩타이드/MHC 분자, 즉 동종(교차 결합) 리간드(예를 들어, CAR의 천연 리간드) 또는 임의의 리간드(예컨대 항체) 형태의 항원 자극을 포함할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Cheadle et al, "Chimeric antigen receptors for T-cell based therapy" Methods Mol Biol. 2012; 907:645-66 또는 Barrett et al., Chimeric Antigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine Vol. 65: 333-347 (2014)]을 참조한다.
일부 경우에, 세포, 예를 들어, T 세포가 활성화되는 것이 필요하지 않은 벡터를 사용할 수 있다. 일부 상기의 경우에, 세포는 활성화되기 전에 선택 및/또는 형질도입될 수 있다. 따라서, 세포는 세포 배양 이전에 또는 이후에 조작될 수 있고, 일부 경우에는 배양의 적어도 일부와 동시에 또는 그 동안에 조작될 수 있다.
추가 핵산 중에서, 예를 들어 도입을 위한 유전자는, 예컨대 전달된 세포의 생존력 및/또는 기능을 촉진함으로써 요법의 효능을 개선하기 위한 유전자; 예컨대 생체 내 생존 또는 국소화를 평가하기 위한 세포의 선택 및/또는 평가를 위한 유전자 표지자를 제공하기 위한 유전자; 문헌[Lupton S. D. et al., Mol. and Cell Biol., 11:6 (1991); and Riddell et al., Human Gene Therapy 3:319-338 (1992)]에 기재된 바와 같이 예를 들어 생체 내에서 음성 선택에 세포를 예민하게 만들어 안정성을 개선하기 위한 유전자가 있고; 또한 우성 양성 선택 가능한 표지자를 음성 선택 가능한 표지자와 융합시켜 유래된 2작용성 선택 가능한 융합 유전자의 용도를 기술하는 문헌[국제 출원 공보 PCT/US91/08442 및 PCT/US94/05601 by Lupton et al.]을 참조한다. 예를 들어, 문헌[Riddell et al., 미국 특허 번호 6,040,177의 14-17열]을 참조한다.
4. 조작된 세포의 배양, 증식 및 제형화
일부 구현예에서, 예를 들어 제공된 임의의 방법, 용도, 제조품 또는 조성물에 따른 세포 요법을 위해 조작된 세포를 생성하는 방법은 세포를 배양하는, 예를 들어 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 세포를 배양하는 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포는 유전자 조작 단계 이후에, 예를 들어 형질도입 또는 형질주입에 의해 재조합 폴리펩타이드를 세포에 도입하는 단계 이후에 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 배양된다. 특정 구현예에서, 세포가 자극 조건 하에서 인큐베이션되고 재조합 폴리뉴클레오타이드(예를 들어, 재조합 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드)로 형질도입되거나 형질주입된 후, 세포가 배양된다. 따라서, 일부 구현예에서, CAR을 암호화하는 재조합 폴리뉴클레오타이드로 형질도입 또는 형질주입에 의해 조작된 CAR-양성 T 세포의 조성물이 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 배양된다.
특정 구현예에서, 조작된 T 세포의 하나 이상의 조성물은 두 개의 별도 농축된 T 세포의 조성물, 예컨대 재조합 수용체(예를 들어, CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로 조작된 두 개의 별도 농축된 T 세포의 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 두 개의 별도 농축된 T 세포의 조성물, 예를 들어, 동일한 생물학적 샘플로부터 선택, 단리, 및/또는 농축된 두 개의 별도 농축된 T 세포의 조성물이 자극 조건 하에서, 예컨대 유전자 조작 단계, 예를 들어, 형질도입 또는 형질주입에 의해 재조합 폴리펩타이드를 세포에 도입하는 단계 이후에 별도로 배양된다. 특정 구현예에서, 두 개의 별도 조성물은 농축된 CD4+ T 세포의 조성물, 예컨대 재조합 수용체(예를 들어, CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로 조작된 농축된 CD4+ T 세포의 조성물을 포함한다. 특정 구현예에서, 두 개의 별도 조성물은 농축된 CD8+ T 세포의 조성물, 예컨대 재조합 수용체(예를 들어, CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로 조작된 농축된 CD4+ T 세포의 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 두 개의 별도 농축된 CD4+ T 세포 및 농축된 CD8+ T 세포의 조성물, 예컨대 재조합 수용체(예를 들어, CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로 각각 별도로 조작된 농축된 CD4+ T 세포의 조성물 및 농축된 CD8+ T 세포의 조성물이 예를 들어 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 별도로 배양된다.
일부 구현예에서, 배양은 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 조건은 집단 내에서 세포의 증식, 증폭, 활성화, 및/또는 생존을 유도하도록 설계될 수 있다. 특정 구현예에서, 자극 조건은 특정 배지, 온도, 산소 함량, 이산화탄소 함량, 시간, 제제(agents), 예를 들어 영양소, 아미노산, 항생제, 이온 및/또는 자극 인자, 예컨대 사이토카인, 케모카인, 항원, 결합 파트너, 융합 단백질, 재조합 가용성 수용체, 및 세포의 성장, 분열, 및/또는 증폭을 촉진하도록 설계된 임의의 기타 제제 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 세포는 하나 이상의 사이토카인의 존재 하에서 배양된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 재조합 사이토카인이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 인간 재조합 사이토카인이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 T 세포에 대해 내인성이고/거나 T 세포에 의해 발현되는 수용체에 결합하고/거나 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인(예를 들어, 재조합 사이토카인)은 사이토카인의 4-알파-나선 번들 패밀리의 멤버이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 사이토카인의 4-알파-나선 번들 패밀리의 멤버는 인터루킨-2(IL-2), 인터루킨-4(IL-4), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-9(IL-9), 인터루킨 12(IL-12), 인터루킨15(IL-15), 과립구 집락 자극 인자(granulocyte colony-stimulating factor, G-CSF), 및 과립구-대식 세포 집락 자극 인자(granulocyte-macrophage colony-stimulating factor, GM-CSF)를 포함하되 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 재조합 사이토카인은 IL-2, IL-7 및/또는 IL-15를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포(예를 들어, 조작된 세포)는 1 IU/mL 내지 2,000 IU/mL, 10 IU/mL 내지 100 IU/mL, 50 IU/mL 내지 200 IU/mL, 100 IU/mL 내지 500 IU/mL, 100 IU/mL 내지 1,000 IU/mL, 500 IU/mL 내지 2,000 IU/mL, 또는 100 IU/mL 및 1,500 IU/mL 사이 농도의 사이토카인(예를 들어, 재조합 인간 사이토카인)의 존재 하에서 배양된다.
일부 구현예에서, 배양은 일반적으로 인간 T 림프구와 같은 1차 면역 세포의 성장에 적합한 온도, 예를 들어, 적어도 약 25℃ 일반적으로 적어도 약 30℃ 및 일반적으로 (약) 37℃를 포함하는 조건 하에서 수행된다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포의 조성물은 25 내지 38℃, 예컨대 30 내지 37℃, 예를 들어, (약) 37℃± 2℃의 온도에서 인큐베이션된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션은 배양(예를 들어, 육성 또는 증폭)이 원하는 또는 임계 밀도, 세포 수 또는 세포의 단위 용량으로 귀결될 때까지의 기간 동안 수행된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션은 24시간, 48시간, 72시간, 96시간, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일 또는 그 이상 초과 또는 약 24시간, 48시간, 72시간, 96시간, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일 또는 그 이상 초과 또는 약 24시간, 48시간, 72시간, 96시간, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일 또는 그 이상 동안 수행된다.
특정 구현예에서, 배양은 폐쇄된 시스템에서 수행된다. 특정 구현예에서, 배양은 멸균 조건 하에서 폐쇄된 시스템으로 수행된다. 특정 구현예에서, 배양은 제공된 시스템의 하나 이상의 단계와 동일한 폐쇄 시스템에서 수행된다. 일부 구현예에서 농축된 T 세포 조성물은 폐쇄된 시스템에서 제거되어 배양을 위한 생물 반응기에 배치되고/거나 연결된다. 배양에 적합한 생물 반응기의 예에는 GE Xuri W25, GE Xuri W5, Sartorius BioSTAT RM 20 | 50, Finesse SmartRocker Bioreactor Systems 및 Pall XRS Bioreactor Systems이 포함되나 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 생물 반응기는 배양 단계 중 적어도 일부 동안 세포를 관류 및/또는 혼합하는 데 사용된다.
일부 구현예에서, 혼합은 흔들림 및/또는 움직임이거나 이를 포함한다. 일부 경우에, 생물 반응기는 움직임이나 흔들림을 거칠 수 있고, 이는 일부 관점에서, 산소 전달을 증가시킬 수 있다. 생체 반응기를 움직이는 것은 수평 축을 따라 회전하는 것, 수직 축을 따라 회전하는 것, 생물 반응기의 경사진 또는 기울어진 수평 축을 따라 흔들리는 움직임 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있으나 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 인큐베이션의 적어도 일부는 흔들리면서 수행된다. 흔들리는 속도 및 흔들리는 각도는 원하는 교반을 달성하기 위해 조정될 수 있다. 일부 구현예에서 흔들기 각도는 20°, 19°, 18°, 17°, 16°, 15°, 14°, 13°, 12°, 11°, 10°, 9°, 8°, 7°, 6°, 5°, 4°, 3°, 2° 또는 1°이다. 특정 구현예에서, 흔들기 각도는 6-16°이다. 다른 구현예에서, 흔들기 각도는 7-16°이다. 다른 구현예에서, 흔들기 각도는 8-12°이다. 일부 구현예에서, 흔들기 속도는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40rpm이다. 일부 구현예에서, 흔들기 속도는 4 내지 12rpm, 예컨대 4 내지 6rpm(수치 포함) 사이이다.
일부 구현예에서, 생물 반응기는 약 또는 적어도 0.01L/min, 0.05L/min, 0.1L/min, 0.2L/min, 0.3L/min, 0.4L/min, 0.5L/min, 1.0L/min, 1.5L/min 또는 2.0L/min 또는 2.0 L/min 초과의 안정적인 공기 흐름을 가지면서 37°C 또는 근방 온도 및 5% 또는 근방 CO2 수준을 유지한다. 특정 구현예에서, 배양의 적어도 일부는 예를 들어, 배양 세포의 배양 개시 및/또는 밀도와 관련한 시기에 따라, 관류, 예컨대 290ml/일, 580 ml/일 및/또는 1160 ml/일의 속도로 수행된다. 일부 구현예에서, 세포 배양 증폭의 적어도 일부는 흔들리는 동작, 예컨대 5° 내지 10° 사이, 예컨대 6°의 각도에서, 일정한 흔들림 속도, 예컨대 5 내지 15RPM 사이, 예컨대 6RMP 또는 10RPM의 속도로 수행된다.
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도 또는 제조품에 따라 세포 요법 및/또는 조작된 세포를 제조, 생성 또는 생산하는 방법은 기재된 바와 같은 인큐베이션, 조작 및 배양 및/또는 하나 이상의 다른 공정 단계 전 또는 후의 공정 단계에서 초래된 유전자 조작 세포의 제형과 같은 세포의 제형을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 제형을 포함하는 하나 이상의 공정 단계는 폐쇄 시스템에서 수행될 수 있다. 일부 경우에, 세포는 세포 요법 및/또는 조작된 세포를 제조, 생성 또는 생산하기 위한 하나 이상의 단계로 가공(예를 들어 원심분리 챔버 및/또는 폐쇄 시스템에서 수행)되고, 기재된 바와 같은 배양, 예를 들어 육성 및 증폭 및/또는 하나 이상의 다른 공정 단계 전 또는 후의 형질도입 공정 단계에서 생성된 유전자 조작 세포의 제형과 같은 세포의 제형을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 조작된 세포는 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여를 위한 세포의 수를 포함하는 단위 용량 형태 조작된 세포로서 제형화된다.
일부 구현예에서, 재조합 항원 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR로 조작된 세포를 포함하는 세포의 단위 용량은 약학 조성물 또는 제형과 같은 조성물 또는 제형으로 제공된다. 상기 조성물은 제공된 방법에 부합되게, 예컨대 질병, 병태, 및 장애의 치료에서, 또는 검출, 진단, 및 예후 방법에서, 그리고 용도 및 제조품에 부합하게 사용될 수 있다. 일부 경우에, 세포는 단일 단위 투여량 투여 또는 다중 투여량 투여를 위한 것과 같은 투여량 투여를 위한 양으로 제형화될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포는 백이나 바이알 같은 용기 내로 제형화될 수 있다. 일부 구현예에서, 바이알은 주입 바이알일 수 있다. 일부 구현예에서, 바이알은 조작된 세포의 단일 단위 용량으로, 예컨대 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여하기 위한 세포의 수를 포함하여 제형화된다.
일부 구현예에서, 세포는 약학적으로 허용 가능한 완충제로 제형화되며, 이는 일부 관점에서, 약학적으로 허용 가능한 운반체 또는 부형제를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 공정은 약학적으로 허용 가능하거나 대상체에 투여하기에 바람직한 배지 또는 제형 완충제로 배지의 교환을 포함한다. 일부 구현예에서, 공정 단계는 하나 이상의 선택적인 약학적으로 허용 가능한 운반체 또는 부형제를 포함할 수 있는 약학적으로 허용 가능한 완충제에서 세포를 교체하기 위해 형질도입 및/또는 증폭된 세포를 세척하는 것을 포함할 수 있다. 약학적으로 허용 가능한 운반체 또는 부형제를 포함한 상기 약학적 형태의 예시는 대상체에 세포 및 조성물을 투여하기에 허용 가능한 형태와 함께 하기에 기재된 임의의 것일 수 있다. 일부 구현예에서 약학 조성물은 치료적 유효량 또는 예방적 유효량과 같이 질병 또는 병태를 치료 또는 예방하기에 효과적인 양으로 세포를 함유한다.
일부 구현예에서, 제형 완충제는 냉동 보존제를 함유한다. 일부 구현예에서, 세포는 1.0% 내지 30% DMSO 용액, 예컨대 5% 내지 20% DMSO 용액 또는 5% 내지 10% DMSO 용액을 함유하는 냉동 보존 용액으로 제형화된다. 일부 구현예에서, 냉동 보존 용액은 예를 들어, 20% DMSO 및 8% 인간 혈청 알부민(HSA) 또는 기타 적합한 세포 동결 배지를 함유하는 PBS이거나 이를 함유한다. 일부 구현예에서, 냉동 보존 용액은 예를 들어 적어도 또는 약 7.5% DMSO이거나 이를 함유한다. 일부 구현예에서, 공정 단계는 냉동 보존 용액에서 세포를 교체하기 위해 형질도입된 및/또는 증폭된 세포를 세척하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 최종 농도가 (약) 12.5%, 12.0%, 11.5%, 11.0%, 10.5%, 10.0%, 9.5%, 9.0%, 8.5%, 8.0%, 7.5%, 7.0%, 6.5%, 6.0%, 5.5%, 또는 5.0% DMSO, 또는 1% 내지 15%, 6% 내지 12%, 5% 내지 10%, 또는 6% 내지 8% DMSO인 배지 및/또는 용액에서 동결, 예를 들어 냉동 보호 또는 냉동 보존된다. 일부 구현예에서, 세포는 최종 농도가 (약) 5.0%, 4.5%, 4.0%, 3.5%, 3.0%, 2.5%, 2.0%, 1.5%, 1.25%, 1.0%, 0.75%, 0.5%, 또는 0.25% HSA, 또는 0.1% 내지 5%, 0.25% 내지 4%, 0.5% 내지 2%, 또는 1% 내지 2% HSA인 배지 및/또는 용액에서 동결, 예를 들어 냉동 보호 또는 냉동 보존된다.
일부 구현예에서, 제형화는 배양 또는 증폭된 세포와 같은 세포를 세척, 희석 또는 농축시키는 것을 포함하는 하나 이상의 공정 단계를 사용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 공정은 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여를 위한 세포의 수를 포함하는 단위 용량 형태 조성물과 같은 원하는 농도 또는 수로 세포의 희석 또는 농축을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 공정 단계는 부피 감소를 통해 원하는 대로 세포의 농도를 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 공정 단계는 부피 추가를 통해 원하는 대로 세포의 농도를 감소시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 공정은 형질도입 및/또는 증폭된 세포에 제형 완충제의 부피를 추가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제형 완충제의 부피는 (약) 10mL 내지 1000mL, 예컨대 적어도 (약) 50mL, 100mL, 200mL, 300mL, 400mL, 500mL, 600mL, 700mL, 800mL, 900mL 또는 1000mL이다.
일부 구현예에서, 세포 조성물을 제형화하기 위한 상기 공정 단계는 폐쇄된 시스템에서 수행된다. 예시적인 상기 공정 단계는 Sepax® 또는 Sepax 2® 세포 처리 시스템과 사용하기 위한 것을 포함하여 Biosafe SA에 의해 생산 및 판매되는 원심분리 챔버와 같은 세포 처리 시스템과 관련된 하나 이상의 시스템 또는 키트와 함께 원심분리 챔버를 사용하여 수행될 수 있다. 예시적인 시스템 및 공정이 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기술되어 있다. 일부 구현예에서, 본 방법은 기재된 바와 같이, 상기 구현예 중 어느 하나에서 제형 완충제, 예컨대 약학적으로 허용 가능한 완충제에서 제형화된 세포의 생성된 조성물인 제형화된 조성물을 원심분리 챔버의 내부 공동으로부터 발현을 달성하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제형화된 조성물의 발현은 원심분리 챔버를 갖는 폐쇄 시스템의 일부로서 작동적으로 연결된 본원에 기재된 생물 의학 재료 용기의 바이알과 같은 용기에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 생물 의학 재료 용기는 하나 이상의 공정 단계를 수행하는 폐쇄 시스템 또는 디바이스에 통합 및 작동 가능한 연결을 위해 구성되고/거나 이에 통합되거나 작동 가능하게 연결된다. 일부 구현예에서, 생물 의학 재료 용기는 시스템의 출력 라인 또는 출력 위치에 연결된다. 일부 경우에, 폐쇄 시스템은 입구 튜브에서 생물 의학 재료 용기의 바이알에 연결된다. 본원에 기술된 생물 의학 재료 용기와 함께 사용하기 위한 예시적인 폐쇄 시스템은 Sepax® 및 Sepax® 2 시스템을 포함한다.
일부 구현예에서, 예컨대 원심분리 챔버 또는 세포 처리 시스템에 결합된, 폐쇄된 시스템은, 하나 또는 다수의 용기가 제형화된 조성물의 발현을 위해 연결될 수 있는 포트를 갖는 튜브 라인의 각 끝에 결합된 다방향 튜브 매니폴드를 함유하는 다중 포트 출력 키트를 포함한다. 일부 관점에서, 원하는 수 또는 다수의 바이알은 다중 포트 출력 중 하나 이상, 일반적으로 둘 이상, 예컨대 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8 이상의 포트에 멸균적으로 연결될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 용기, 예를 들어, 생물 의학 재료 용기는 포트들에 또는 모든 수 미만의 포트에 부착될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 시스템은 생물 의학 재료 용기의 다수의 바이알 내로 출력 조성물의 발현을 달성할 수 있다.
일부 관점에서, 세포는 다수의 출력 용기의 하나 이상에, 예를 들어, 바이알에, 예컨대 단일 단위 정량 투여 또는 다수 정량 투여를 위해, 정량 투여를 위한 용량으로, 발현될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 바이알 각각은 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여하기 위한 세포의 수를 함유할 수 있다. 따라서, 일부 관점에서, 각 바이알은 투여를 위한 단일 단위 용량을 함유할 수 있거나 다수의 바이알 중 하나 초과가, 예컨대 바이알 중 둘이, 또는 바이알 중 셋이 함께 투여를 위한 용량을 구성하도록 원하는 용량의 분획을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 4개 바이알이 함께 투여를 위한 용량을 구성한다.
따라서, 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)는 일반적으로 투여될 세포, 예를 들어, 이의 하나 이상의 단위 용량을 함유한다. 단위 용량(unit dose)은 대상체에 투여될 세포의 양 또는 수 또는 투여될 세포의 수의 두배(또는 그 이상)일 수 있다. 이는 대상체에 투여될 세포의 최저 용량 또는 가능한 최저 용량일 수 있다. 일부 관점에서, 제공된 제조품은 다수의 출력 용기 중 하나 이상을 포함한다.
일부 구현예에서, 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)의 각각은 개별적으로 세포의 단위 용량을 포함한다. 따라서 일부 구현예에서, 각 용기는 동일한 또는 대략 또는 실질적으로 동일한 수의 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 각 단위 용량은 (약) 또는 적어도 (약) 1 x 106, 2 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107, 또는 1 x 108개의 조작된 세포, 총 세포, T 세포, 또는 PBMC를 함유한다. 일부 구현예에서, 각 단위 용량은 (약) 또는 적어도 (약) 1 x 106, 2 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107, 또는 1 x 108개의, CD3+, 예컨대 CD4+ 또는 CD8+, 또는 이의 생존 서브세트인 CAR+ T 세포를 함유한다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 10mL 내지 (약) 100mL 사이, 예컨대 (약) 또는 적어도 (약) 20mL, 30mL, 40mL, 50mL, 60mL, 70mL, 80mL, 90mL 또는 100mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 1mL 내지 (약) 10mL, 예컨대 (약) 1mL 내지 (약) 5mL 사이이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4mL 내지 (약) 5mL 사이이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.4mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.5mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.6mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.7mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.8mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.9mL이다. 일부 구현예에서, 각 용기(예를 들어, 백 또는 바이알)에서 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 5.0mL이다.
일부 구현예에서, 제형화된 세포 조성물은 mL당 (약) 0.5 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 1.0 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 1.5 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 2.0 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 2.5 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 2.6 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 2.7 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 2.8 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 2.9 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 3.0 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 3.5 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 4.0 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과, mL당 (약) 4.5 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과 또는 mL당 (약) 5 x 106개 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 상기 생존 세포 초과의 농도를 갖는다. 일부 구현예에서, CD3+ 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 구현예에서, CD3+ 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, CD3+ 세포는 CD4+ 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 용기(예를 들어, 백 또는 바이알) 내 세포는 냉동 보존될 수 있다. 일부 구현예에서, 용기(예를 들어, 바이알)는 추가 사용이 있을 때까지 액체 질소에 보관될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 방법에 의해 생산된 상기 세포 또는 상기 세포를 포함하는 조성물은 예를 들어 본원에 기술된 방법, 용도 및 제조품에 부합되게, 질병 또는 병태를 치료하기 위해 대상체에 투여된다.
Ⅲ. 치료 결과를 평가 및 예측하고 치료를 위한 대상체를 선택하는 방법
또한 본원에서 병용 요법으로 치료 및/또는 병용 요법을 계속하기 위한 대상체를 식별하고, 및/또는 치료에 대한 반응(예를 들어, 치료에 대한 반응성 또는 내성)을 예측 또는 평가하고, 및/또는 치료 결과를 모니터링하기 위한 하나 이상의 평가 또는 스크리닝하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 제공된 방법은 하나 이상의 생존 촉진 유전자(즉, 항-세포자멸사 유전자, 예를 들어 "저항성 유전자")의 발현(예: 증가된 발현)이 CAR-T 세포와 같은 세포독성 요법에 대한 내성 증가 또는 반응성 결여와 관련될 수 있다는 관찰에 기초한다. 제공된 방법은 추가적으로 3개월 PD 유전자 특징을 갖는 전처리 DLBCL 종양 생검이 CAR-T 세포와 같은 세포독성 요법에 대한 내성 증가 또는 반응성 결여와 관련이 있는 반면, 치료 3개월 CR 유전자 특징을 갖는 전처리 DLBCL 종양 생검은 CAR-T 세포와 같은 세포독성 요법에 대한 감소된 내성 또는 반응성과 관련이 있다는 관찰을 기반으로 합니다. 특히, T 세포 마커(예: CD3)의 발현 증가는 CAR T 세포 치료에 대한 개선된 결과(예: CR)와 관련이 있는 반면, T 세포 마커(예: CD3)의 발현 감소는 CAR T 세포 치료에 대한 더 나쁜 결과(예: PD)와 관련이 있다. 또한, EZH2 및 EZH2 표적 유전자의 발현 감소는 CAR T 세포 치료에 대한 개선된 결과(예: CR)와 관련이 있는 반면, EZH2 및 EZH2 표적 유전자의 발현 증가는 CAR T 세포 치료에 대한 더 나쁜 결과(예: PD)와 관련이 있다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체에서 T 세포 요법의 반응 또는 효능의 가능성을 개선한다.
일부 구현예에서, 본원에서 기술된 것과 같은 T 세포 요법(예: CAR T 세포)으로 치료할 대상체를 선택하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 방법은 (a) 암을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2 또는 표 E2에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양 및/또는 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 또는 표 E4에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계; 및 (b) T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 (a) 암을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계; 및 (b) T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현은 유전자 농축 분석 방법(GSEA)에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 본원에서 EZH2의 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 방법을 제공하며, 여기서 대상체는 예를 들어, 설명된 바와 같은 T 세포 요법(예: CAR T 세포)의 투여를 받을 예정이다. 일부 구현예에서, 대상체는 암을 가지고 있다. 일부 구현예에서, 방법은 (a) 암을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2 또는 표 E2에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양 및/또는 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3, 또는 표 E4에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 대상체는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 생물학적 샘플은 T 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과 및/또는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만인 경우, T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계를 포함한다. 일부 경우에, 방법은 제공된 방법 중 임의의 것에 따라 T 세포 요법과 병용하여 선택된 대상체에게 억제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 다른 경우에, 제공된 방법에 따라 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체가 선택되지 않은 경우, 대상체는 억제제와의 병용 투여 없이 T 세포 요법만 투여된다.
일부 구현예에서, 본원에서 T 세포 요법 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 방법이 제공되며, 여기서 (1) 그렇게 예측되는 경우, 대상체에게 T 세포 요법의 계획된 또는 예정된 투여보다 대체 치료를 제공하고, (2) 그렇게 예측되지 않은 경우, 대상체에게 예를 들어 계획된 또는 예정된 투여로 T 세포 요법을 제공한다. 그러한 구현예에서, 상기 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2 또는 표 E2에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3, 또는 표 E4에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 대상체는 T 세포 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법의 용량을 투여받기 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) 다음의 경우, T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 단계: (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임,를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2에 제시된 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4에 제시된 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 T 세포 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법의 용량을 투여받기 전에 대상체로부터 수득됨; 및 (b) 다음의 경우, T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 단계; (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는 (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨,를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현은 유전자 농축 분석 방법(GSEA)에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 대상체가 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인된 경우, 방법은 확인된 대상체에게 대체 치료법을 투여하는 단계를 더 포함하고, 여기서 상기 대체 치료법은 다음 중에서 선택된다: T 세포 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절하거나 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료법; T 세포 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학요법제. 일부 구현예에서, 대체 치료법은 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되지 않는 암을 갖는 것으로 확인된 대상체에게 제공된 T 세포 요법의 용량과 비교하여 T 세포 요법의 증가된 용량이다. 일부 관점에서, T 세포 요법의 증가된 용량은 세포독성 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되지 않는 암을 갖는 것으로 확인된 대상체에게 제공된 T 세포 요법의 용량과 비교하여 증가된 T 세포 요법의 세포 수를 포함한다. 일부 구현예에서, 대체 치료법은 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 플루다라빈, 벤다무스틴 및/또는 리툭시맙과 같은 화학요법제로 치료한다. 일부 구현예에서, 대체 치료법은 T 세포 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절하거나 증가시키는 추가 제제, 예컨대 면역 관문 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나아제 억제제, 항-TGFβ 항체 또는 항-TGFβR 항체, 사이토카인 억제제인 추가 제제,를 포함하는 병용 치료법이다. 일부 구현예에서, 대체 치료법은 제공된 방법 중 임의의 것에 따른 것과 같이 T 세포 요법 및 EZH2 억제제의 병용 치료를 포함한다. 상기 구현예의 일부에서, 세포독성 요법은 암의 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 세포 상에 존재하는 항원에 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체가 T 세포 요법에 대한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되지 않는 암을 갖는 것으로 확인되는 경우, 대상체는 계획된 용량 또는 일정의 T 세포 요법을 투여받는다.
일부 구현예에서, 본원에서 T 세포 요법의 투여를 받은 대상체가 T 세포 요법에 대한 암을 갖는 대상체의 반응성을 결정하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서, EZH2 또는 표 E2에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 또는 표 E4에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법을 투여받기 전 제1 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 T 세포 요법으로 치료를 받을 예정임; (b) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 생물학적 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여한 후 제2 시간에 대상으로부터 수득되고, 상기 대상체는 (b) 단계에서 평가하기 전에 T 세포 요법이 투여됨; 및 (c) (i) 제2 시간에 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 제1 시간에 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양보다 낮고; 및/또는 (ii) 제2 시간에 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 제1 시간에 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양보다 더 높은 경우, 대상체가 T 세포 요법에 반응하는 것으로 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 (a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서, 표 E2에 제시된 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4에 제시된 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계, 여기서 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법을 투여받기 전 제1 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 T 세포 요법으로 치료를 받을 예정임; (b) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계, 여기서 생물학적 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여한 후 제2 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 (b) 단계에서 평가하기 전에 T 세포 요법이 투여됨; 및 (c) 다음의 경우, 대상체가 T 세포 요법에 반응하는 것으로 결정하는 단계: (i) 제2 시간에 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 제1 시간에 제1 유전자 세트의 발현과 비교하여 하향조절됨; 및/또는 (i) 제2 시간에 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 제1 시간에 제2 유전자 세트의 발현과 비교하여 상향조절됨,를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현은 유전자 농축 분석 방법(GSEA)에 의해 결정된다.
다음 하위 섹션에서는 제공된 방법을 수행하기 위한 상세한 특성을 제공한다.
A. 샘플
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 샘플에서 측정, 평가 및/또는 결정된다. 특정 구현예에서, (유전자 세트에 포함된 것과 같은) 다중 유전자 산물의 발현은 샘플에서 측정, 평가 및/또는 결정된다. 일부 관점에서, 유전자 세트는 복수의 유전자를 포함한다. 일부 관점에서, 복수의 유전자는 적어도 2개, 적어도 5개, 적어도 10개, 적어도 20개, 적어도 30개, 적어도 40개, 적어도 50개, 적어도 60개, 적어도 70개, 적어도 80개, 적어도 90개, 적어도 100, 또는 적어도 150개의 유전자를 포함한다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현이 샘플에서 측정, 평가 및/또는 결정된다. 제공된 구현예에서, 샘플은 대상체로부터 채취, 수집 및/또는 수득한 생물학적 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 종양 샘플, 예를 들어 종양 생검 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 특정 구현예에서, 대상체는 질병 또는 병태를 갖고/있거나 질병 또는 병태가 있는 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 대상체는 치료를 받았거나 받을 예정이거나 받을 후보자이다. 특정 구현예에서, 샘플은 치료를 받았거나 받을 예정이거나 치료를 받을 후보인 대상체로부터 채취, 수집 및/또는 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플은 요법으로 치료 또는 투여하기 전에 채취, 수집 및/또는 수득된다.
특정 구현예에서, 대상체는 아직 치료를 받지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 평가 후 후속 시간에 요법을 받을 예정이거나 받을 것이다. 다른 구현예에서, 대상체는 치료를 받을 후보이며 제공된 방법에 따른 평가 결과에 따라 치료를 받거나 대체 요법 또는 치료를 받을 수 있다. 임의의 상기 구현예에서, 샘플은 요법의 투여를 받기 전의 대상체 유래 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 샘플, 예를 들어 종양 생검 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다.
특정 구현예에서, 방법은 요법의 투여를 받은 대상체에서 반응을 모니터링하는 단계를 포함한다. 그러한 구현예에서, 방법은 요법을 투여하기 전의 시간에 제1 샘플을 평가하고 요법을 투여한 후의 시간에 제2 샘플을 평가하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 샘플은 요법의 투여를 받기 전의 대상체 유래 샘플이다. 일부 구현예에서, 제2 샘플은 요법의 투여를 받은 후의 대상체 유래 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 샘플, 예를 들어 생검 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다.
일부 구현예에서, 요법은 세포 요법의 투여이다. 특정 구현예에서, 요법은 면역 요법의 투여이다. 특정 구현예에서, 요법은 EZH2 억제제의 투여이다. 특정 구현예에서, 요법은 세포 요법 및 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이다. 특정 구현예에서, 요법은 면역 요법 및 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이다. 특정 구현예에서, 세포 요법은 질병 또는 병태를 치료하고/하거나 치료할 수 있다. 일부 구현예에서, 요법은 하나 이상의 조작된 세포를 포함하는 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 재조합 수용체이다. 특정 구현예에서, 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)이다. 특정 구현예에서, 면역 요법은 질병 또는 병태를 치료하고/하거나 치료할 수 있다. 일부 구현예에서, 면역 요법은 T 세포 결합 요법이고, 예를 들어, 이중특이성 T 세포 인게이저 (BiTE) 요법이다.
특정 구현예에서, 샘플은 치료를 받았거나 받을 예정이거나 치료를 받을 후보인 대상체로부터 채취, 수집 및/또는 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플은 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)으로 치료 또는 투여하기 전에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 특정 구현예에서, 제1 샘플은 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)으로 치료 또는 투여하기 전에 채취, 수집 및/또는 수득되고, 제2 샘플은 요법으로 치료 또는 투여 후에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 본원에 기술된 방법, 키트 및 제조품에 따라, 샘플은 임상 결과와 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자 산물에 대해 평가될 수 있다. 치료를 받기 전에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과와 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 산물은 EZH2 및 표 E2, E3, E4 및 E5에 설명된 것들을 포함한다. 치료를 받기 전에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과와 연관 및/또는 상관관계가 있는 추가의 예시적인 유전자 산물은 임의의 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21, 및 이들의 조합을 포함한다. 치료를 받기 전에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과와 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 세트는 표 E2, E3, E4 및 E5 각각에 제시된 것들을 포함한다. 치료를 받기 전에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과와 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 세트는 임의의 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21, 및 이들의 조합을 포함한다. 따라서, 일부 관점에서, 제공된 방법은 면역요법 또는 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포)을 받기 전에 특정 임상 결과(예: 완전 반응(CR) 또는 진행성 질병(PD))를 달성할 가능성이 있는 대상체를 식별하는 것과 관련된다. 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같이, 상기 방법은 대상체가 면역요법 또는 세포 요법의 투여를 위한 후보인지, 대상체가 면역요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제를 포함하는 병용 요법의 투여를 위한 후보인지, 및/또는 대상체가 요법(예: CR 또는 PD)에 반응하여 임상 결과를 나타낼 가능성이 있는 지를 결정하기 위해 사용될 수 있다.
일부 관점에서, 제공된 방법은 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)과 같은 요법을 받기 전에 완전 반응(CR)과 같은 요법에 대한 반응을 나타낼 수 있거나 요법의 투여에 대한 완전 반응(CR)을 나타낼 가능성이 있을 수 있는 대상체를 확인하는 단계와 관련이 있다. 일부 관점에서, 제공된 방법은 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)과 같은 요법을 받기 전에 요법에 내성일 수 있거나 내성이 있을 것으로 예측되는, 예를 들어, 요법에 대한 부분 반응(PR), 요법에 대한 무반응/안정 질병(NR/SD), 요법에 대한 불완전 반응/안정 질병(SD), 또는 요법 후 진행성 질병(PD)을 나타낼 수 있거나 나타낼 것으로 예측되는 대상체, 및/또는 요법의 투여에 대해 완전 반응(CR)을 나타낼 가능성이 없을 수 있는 대상체를 확인하는 단계와 관련이 있다. 본원의 다른 곳에서 기술된 바와 같이, 방법은 대상체가 완전 반응(CR), 부분 반응(PR), 무반응/안정 질병(NR/SD), 불완전 반응/안정 질병(SD) 및/또는 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)의 투여에 대한 반응으로 진행성 질병(PD)을 나타낼 가능성이 있는지 여부를 결정하기 위해 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 샘플은 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)으로 치료 또는 투여하기 전에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 본원에 기술된 방법, 키트 및 제조품에 따라, 샘플은 면역 요법을 받은 후 임상 결과(예: CR 또는 PD)와 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자 산물에 대해 평가될 수 있다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 산물은 EZH2 및 표 E2, E3, E4 및 E5에 설명된 것들이다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21, 및 이들의 조합 중 임의의 것이다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 세트는 표 E2, E3, E4 및 E5 각각에 제시된 것들이다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 세트는 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21, 및 이들의 조합 중 임의의 것이다. 일부 구현예에서, 샘플은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 개시 전 (약) 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 12, 18 또는 24시간, 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 21, 28일 또는 그 이상 이내에 수집된다.
일부 구현예에서, 샘플은 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)으로 치료 또는 투여 후에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 본원에 기술된 방법, 키트 및 제조품에 따라, 샘플은 면역 요법을 받은 후 임상 결과(예: CR 또는 PD)와 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자 산물에 대해 평가될 수 있다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 산물은 EZH2 및 표 E2, E3, E4 및 E5에 설명된 것들이다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21, 및 이들의 조합 중 임의의 것이다. 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후에 대상체로부터 수집되거나 수득한 샘플의 발현을 기반으로 하는 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 연관되고/되거나 이와 상관관계가 있는 예시적인 유전자 세트는 EZH2 및 표 E2, E3, E4 및 E5 각각에 제시된 것들이다. 일부 구현예에서, 샘플은 요법의 투여 개시 후 (약) 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 12, 18 또는 24시간, 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 21, 28일 또는 그 이상 이내에, 또는 약 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 12, 18 또는 24시간, 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 21, 28일 또는 그 이상에 대상체로부터 수집, 채취 및/또는 수득된다. 일부 관점에서, 샘플은 CR, PR, NR/SD, SD 및/또는 PD와 같은 요법의 투여 후 반응의 징후 또는 증상을 나타내는 대상체 이전에 수집된다.
일부 구현예에서, 병태 또는 질병이 있거나 의심되는 대상체로부터 샘플을 채취, 수집 및/또는 수득된다. 일부 구현예에서, 대상체는 암 또는 증식성 질병을 갖거나 갖는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는 항원과 연관되고/거나 항원을 발현하는 병든 세포와 연관된 질병 또는 병태를 갖거나 갖는 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태(예: 암 또는 증식성 장애)는 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9; CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG; NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 사이클린 의존성 키나아제 4 (CDK4), 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2), Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG; 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1; TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2; 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 및/또는 병원체 특이적 또는 병원체 발현 항원과 연관된다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다. 일부 구현예에서, 항원은 바이러스 항원(예컨대 HIV, HCV, HBV 등으로부터 유래된 바이러스 항원), 세균 항원 및/또는 기생 항원이다. 특정 구현예에서, 대상체는 CD19와 연관되고/거나 CD19를 발현하는 병든 세포와 연관된 질병 또는 병태를 갖거나 갖는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는 EZH2와 연관되고/거나 EZH2를 발현하는 병든 세포와 연관된 질병 또는 병태를 갖거나 갖는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는 EZH2의 과발현과 연관되고/거나 EZH2를 과발현하는 병든 세포와 연관된 질병 또는 병태를 갖거나 갖는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는 돌연변이된 EZH2의 발현과 연관되고/거나 돌연변이된 EZH2를 발현하는 병든 세포와 연관된 질병 또는 병태를 갖거나 갖는 것으로 의심된다.
일부 구현예에서, B 세포 악성종양 또는 혈액학적 악성 종양인 암 또는 증식성 질병을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 대상체로부터 샘플을 채취, 수집 및/또는 수득된다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 골수종, 예를 들어 다발성 골수종(MM), 림프종 또는 백혈병, 림프구성 백혈병(ALL), 비호지킨 림프종(NHL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종 (FL), 및/또는 급성 골수성 백혈병(AML)이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 장애는 NHL이다. 일부 구현예에서, 대상체는 NHL을 갖거나 갖는 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, NHL은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, NHL은 DLBCL의 배 중심 B-세포 유사 (GCB) 아형이다. 일부 구현예에서, NHL은 DLBCL의 활성화된 B-세포 (ABC) 아형이 아니다. 일부 구현예에서, NHL은 성인 DLBCL이다. 특정 구현예에서, NHL은 FL이다. 특정 구현예에서, NHL은 소아 FL이다.
특정 구현예에서, 샘플은 생물학적 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 조직 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 질병이나 병태에 의해 영향을 받거나 영향을 받는 것으로 의심되는 조직이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 암 또는 증식성 질병에 의해 영향을 받거나 영향을 받는 것으로 의심되는 조직이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 생검이다.
특정 구현예에서, 샘플은 종양이 있거나 있는 것으로 의심되는 조직에서 수집된다. 특정 구현예에서, 샘플은 종양 및/또는 종양 미세환경이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 종양이 전암성 또는 암성이거나, 암성 또는 전암성이 의심된다. 특정 구현예에서, 종양은 1차 종양이고, 즉, 종양은 병변이 처음 발생하거나 나타난 해부학적 부위에서 발견된다. 일부 구현예에서, 종양은 2차 종양, 예를 들어 신체의 다른 부위에 위치한 1차 종양 내의 세포에서 유래한 암성 종양이다. 일부 구현예에서, 샘플은 암세포 및/또는 종양 세포인 하나 이상의 세포를 포함한다.
특정 구현예에서, 샘플은 비-혈액학적 암, 예를 들어, 고형 종양과 연관되거나 이에 의해 야기되거나 연관되거나 야기되는 것으로 의심되는 병변 및/또는 종양으로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 종양은 방광, 폐, 뇌, 흑색종(예: 소세포 폐, 흑색종), 유방, 자궁경부, 난소, 대장, 췌장, 자궁내막, 식도, 신장, 간, 전립선, 피부, 갑상선, 림프절 또는 자궁 암과 관련되거나 이에 의해 유발되거나 또는 이과 관련되거나 이에 의해 유발된 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 병변은 췌장암, 방광암, 대장암, 유방암, 전립선암, 신장암, 간세포암, 폐암, 난소암, 자궁경부암, 췌장암, 직장암, 갑상선암, 자궁암, 위암(gastric cancer), 식도암, 두경부암, 흑색종, 신경내분비암, CNS(중추신경계)암, 뇌종양, 골암, 또는 연부조직 육종과 관련되거나 이에 의해 유발된다. 특정 구현예에서, 샘플은 림프절 조직(예: 림프절 생검)을 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플은 하나 이상의 암 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 암성인 것이 의심되는 하나 이상의 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 샘플은 B 세포 악성 종양 또는 혈액학적 악성 종양과 관련되거나 이에 의해 유발된 병변 또는 종양으로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 병변 또는 종양은 골수종, 예를 들어 다발성 골수종(MM), 림프종 또는 백혈병, 림프구성 백혈병(ALL), 비호지킨 림프종(NHL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 및/또는 급성 골수성 백혈병(AML)과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 병변 또는 종양은 NHL(예: DLBCL 또는 FL)과 관련이 있거나 이에 의해 유발된다. 일부 구현예에서, 병변 또는 종양은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, 병변 또는 종양은 FL이다.
일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플, 예를 들어 조직 생검이다. 특정 구현예에서, 샘플은 결합 조직, 근육 조직, 신경 조직 또는 상피 조직에서 수득하거나 수집하거나 채취한다. 특정 구현예에서, 병변은 심장, 혈관계, 침샘, 식도, 위, 간, 담낭, 췌장, 내장, 결장, 직장, 시상하부, 뇌하수체, 송과체, 갑상선, 부갑상선, 부신, 신장, 요관, 방광, 유방, 요도, 림프계, 피부, 근육, 뇌, 척수, 신경, 난소, 자궁, 고환, 전립선, 인두, 후두, 기관, 기관지, 폐, 횡격막, 뼈, 연골, 인대 또는 힘줄 상에 있다. 특정 구현예에서, 샘플은 골수에서 수득하거나 수집하거나 채취한다. 일부 구현예에서, 샘플은 골수 흡인물이다.
일부 구현예에서, 샘플은 대상체의 체액이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액, 혈청, 혈장 또는 소변 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈장 샘플이다.
특정 구현예에서, 샘플은 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)을 포함하지 않는다. 특정 구현예에서, 샘플은 세포 요법의 임의의 세포(예: 조작된 세포)를 포함하지 않는다. 특정 구현예에서, 요법은 T 세포 요법을 포함하고 샘플은 어떠한 조작된 T 세포 및/또는 요법의 T 세포를 포함하지 않는다. 특정 구현예에서, 샘플은 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 발현하는 어떠한 조작된 세포도 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 샘플은 CAR을 발현하는 세포를 포함하지 않는다. 특정 구현예에서, 샘플은 섹션 I, 섹션 II 또는 섹션 IV와 같이 본원에 설명된 치료법 또는 요법의 구성 요소를 포함하지 않는다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 NHL이 있는 대상체, 또는 NHL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 골수 흡인물이고, 유전자 산물은 RNA, 예를 들어, mRNA와 같은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 NHL이 있는 대상체, 또는 NHL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 골수 흡인물이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 DLBCL이 있는 대상체, 또는 DLBCL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 골수 흡인물이고, 유전자 산물은 RNA, 예를 들어, mRNA와 같은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 DLBCL이 있는 대상체, 또는 DLBCL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 골수 흡인물이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 FL이 있는 대상체, 또는 FL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 골수 흡인물이고, 유전자 산물은 RNA, 예를 들어, mRNA와 같은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 FL이 있는 대상체, 또는 FL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 골수 흡인물이고, 유전자 산물은 단백질이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 NHL이 있는 대상체, 또는 NHL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 림프절 생검이고, 유전자 산물은 RNA, 예를 들어, mRNA와 같은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 NHL이 있는 대상체, 또는 NHL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 림프절 생검이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 DLBCL이 있는 대상체, 또는 DLBCL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 림프절 생검이고, 유전자 산물은 RNA, 예를 들어, mRNA와 같은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 DLBCL이 있는 대상체, 또는 DLBCL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 림프절 생검이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 FL이 있는 대상체, 또는 FL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 림프절 생검이고, 유전자 산물은 RNA, 예를 들어, mRNA와 같은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 FL이 있는 대상체, 또는 FL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 림프절 생검이고, 유전자 산물은 단백질이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 NHL이 있는 대상체, 또는 NHL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 체액 샘플이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 NHL이 있는 대상체, 또는 NHL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 체액 샘플이고, 유전자 산물은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 DLBCL이 있는 대상체, 또는 DLBCL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 체액 샘플이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 DLBCL이 있는 대상체, 또는 DLBCL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 체액 샘플이고, 유전자 산물은 폴리뉴클레오타이드다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 FL이 있는 대상체, 또는 FL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 체액 샘플이고, 유전자 산물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은 FL이 있는 대상체, 또는 FL을 가질 가능성이 있거나 의심되는 대상체로부터의 체액 샘플이고, 유전자 산물은 폴리뉴클레오타이드다. 일부 구현예에서, 체액 샘플은 혈장 샘플이다. 일부 구현예에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
B. 유전자 산물 및 유전자 세트
일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 치료(예: 요법 또는 병용 요법)에 대한 반응(예: 임상 반응)을 평가, 예측, 추론 및/또는 추정하기 위해, 샘플의 하나 이상의 유전자(본원에서 하나 이상의 "유전자 산물(gene products)"로 상호교환가능하게 지칭됨)의 발현을 측정, 평가, 결정 및/또는 정량화, 예를 들어, 유전자 발현 프로파일을 결정하기 위한 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 치료(예: 요법 또는 병용 요법)에 대한 반응(예: 임상 반응)을 평가, 예측, 추론 및/또는 추정하기 위해, 샘플의 세트 다중 유전자(본원에서 하나 이상의 "유전자 세트(gene sets)"로 상호교환가능하게 지칭됨)의 발현을 측정, 평가, 결정 및/또는 정량화, 예를 들어, 유전자 발현 프로파일을 결정하기 위한 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 요법, 예를 들어 면역요법 또는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)이 투여되었거나, 투여된, 투여될, 또는 투여될 후보인 대상체로부터 채취, 수집 및/또는 수득된다. 일부 구현예에서, 샘플은 요법, 예를 들어 EZH2 억제제가 투여되었거나, 투여된, 투여될, 또는 투여될 후보인 대상체로부터 채취, 수집 및/또는 수득된다. 일부 구현예에서, 샘플은 병용 요법, 예를 들어 CAR-T 세포 요법 및 EZH2 억제제가 투여되었거나, 투여된, 투여될, 또는 투여될 후보인 대상체로부터 채취, 수집 및/또는 수득된다.
특정 구현예에서, 샘플은 요법을 받기 전, 예컨대 세포 요법 또는 면역요법(예: CAR-T 세포 요법)을 받기 전 0 내지 7일 이내, 예를 들어, 요법을 받기 전 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일 또는 7일 이내에 대상체로부터 유래한 것이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현은 임상 결과, 요법에 대한 T 세포 반응, 및 NHL의 아형(예를 들어, DLBCL 또는 FL) 중 하나 이상을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현은 요법에 대한 반응(예: 임상 반응), 예컨대, 완전 반응(CR), 완전 반응 미지(CRU), 부분 반응(PR), 무반응/안정 질병(NR/SD), 불완전 반응/안정 질병(SD) 및/또는 진행성 질병(PD)을 갖는 대상체의 가능성 및/또는 개연성을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현은 요법에 대한 T 세포 반응, 예컨대, 대상체의 TME로의 T 세포 침투 또는 대상체의 TME로부터의 T 세포 배제를 갖는 대상체의 가능성 및/또는 개연성을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현은 NHL의 아형, 예컨대, DLBCL 또는 FL을 갖는 대상체의 가능성 및/또는 개연성을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 임상 결과, 요법에 대한 T 세포 반응, 및 NHL의 아형(예를 들어, DLBCL 또는 FL) 중 하나 이상을 예측하고, 이와 관련되고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 요법에 대한 반응(예: 임상 반응), 예컨대, 완전 반응(CR), 완전 반응 미지(CRU), 부분 반응(PR), 무반응/안정 질병(NR/SD), 불완전 반응/안정 질병(SD) 및/또는 진행성 질병(PD)을 갖는 대상체의 가능성 및/또는 개연성을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 요법에 대한 T 세포 반응, 예컨대, 대상체의 TME로의 T 세포 침투 또는 대상체의 TME로부터의 T 세포 배제를 갖는 대상체의 가능성 및/또는 개연성을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 NHL의 아형, 예컨대, DLBCL 또는 FL을 갖는 대상체의 가능성 및/또는 개연성을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관된다.
특정 구현예는 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현이 요법의 투여에 대한 임상 결과(예: CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD), 예를 들어, 치료 요법의 투여에 대한 임상 반응을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관되는 것으로 고려한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 특정 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 특정 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자를 포함한다. 특정 구현예에서, CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 표 1a 및/또는 E2A에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예는 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현이 요법의 투여에 대한 임상 결과(예: CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD), 예를 들어, 치료 요법의 투여에 대한 임상 반응을 예측하고, 이와 상관관계에 있고 및/또는 이와 연관되는 것으로 고려한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 특정 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 특정 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 및 (ii) KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 하나 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 1a 및/또는 E2A에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, CR과 음의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, CR과 음의 상관관계에 있는 표 1a 및/또는 E2a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD와 음의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD과 음의 상관관계에 있는 표 2a 및/또는 E2B에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, CR과 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, CR과 음의 상관관계에 있는 각각의 표 1a 및/또는 E2a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD와 음의 상관관계에 있는, (i) PDCD1, LAG3, and TIGIT; 및 (ii) KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, PD와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 2a 및/또는 E2B에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 표 4a 및/또는 E2A에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, T 세포 활성화 마커 유전자, 예컨대 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있다. 특정 구현예에서, T 세포 활성화 마커 유전자, 예컨대 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된, 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있다. 특정 구현예에서, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된, 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 표 3a 및/또는 E2B에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 4a 및/또는 E2A에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 및 (ii) KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 3a 및/또는 E2B에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 표 4a 및/또는 E2a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, T 세포 활성화 마커 유전자, 예컨대 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있다. 일부 구현예에서, T 세포 활성화 마커 유전자, 예컨대 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있다. 일부 구현예에서, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21를 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 표 3a 및/또는 E2B에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 PD의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 4a 및/또는 E2a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 및 (ii) KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 CR의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 3a 및/또는 E2B에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING 및 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 하나 이상에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 반응하여 PD를 나타낼 것으로 예측되는 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING 및 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 하나 이상에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 EZH2 억제제 및 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 병용 치료를 위해 선택된 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 각각에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 반응하여 PD를 나타낼 것으로 예측되는 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트 중 각각에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 EZH2 억제제 및 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 병용 치료를 위해 선택된 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다.
일부 구현예에서, HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE 유전자 세트에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)에 반응하여 CR을 나타낼 것으로 예측되는 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다. 일부 구현예에서, HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE 유전자 세트에 포함된 유전자로부터 선택된 복수의 유전자는 EZH2 억제제 및 T 세포 요법(예: CAR T 세포 요법)의 병용 치료를 위해 선택된 대상체에서(예: 전처리 종양 생검에서) 상향조절된다.
특정 구현예는 샘플(예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현이 EZH2 억제제의 사용 또는 치료를 예측하고, 이와 상관관계가 있고/있거나 이와 연관되는 것으로 고려한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자(즉, 하나 이상의 유전자의 발현이 EZH2 억제제의 사용 또는 치료로 하향조절됨)를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자(즉, 하나 이상의 유전자의 발현이 EZH2 억제제의 사용 또는 치료로 상향조절됨)를 포함한다. 특정 구현예는 샘플(예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현이 EZH2 억제제의 사용 또는 치료를 예측하고, 이와 상관관계가 있고/있거나 이와 연관되는 것으로 고려한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 세트(즉, 하나 이상의 유전자의 발현이 EZH2 억제제의 사용 또는 치료로 하향조절됨)를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자(즉, 하나 이상의 유전자의 발현이 EZH2 억제제의 사용 또는 치료로 상향조절됨)를 포함한다.
특정 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 음의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예는 샘플(예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현이 요법 후 대상체에서 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터 배제)을 예측하고, 이와 상관관계가 있고/있거나 이와 연관되는 것으로 고려한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 요법 후 대상체에서 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터 배제)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자의 발현은 요법 후 대상체에서 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터 배제)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자를 포함한다. 특정 구현예는 샘플(예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현이 요법 후 대상체에서 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터 배제)을 예측하고, 이와 상관관계가 있고/있거나 이와 연관되는 것으로 고려한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 요법 후 대상체에서 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터 배제)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 요법 후 대상체에서 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터 배제)의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자를 포함한다.
특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 표 1a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 표 2a 에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 표 1a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 표 2a 에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투와 음의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투와 음의 상관관계에 있는 표 1a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계에 있는 표 2a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투와 음의 상관관계에 있는 표 1a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계에 있는 표 2a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 표 4a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 표 3a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 표 4a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 PD의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 표 3a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 CR의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 표 4a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 표 3a에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 표 4a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 PD의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 표 3a에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 CR의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 FL의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 DLBCL의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 FL의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 음의 상관 관계 및/또는 음의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 DLBCL의 낮거나, 축소되거나 또는 감소된 가능성 및/또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투와 음의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 FL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 축소된, 감소된 또는 낮은 양 또는 수준은 DLBCL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 FL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트, 예를 들어, 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨,의 발현의 하향조절된(예:축소된, 감소된 또는 낮은) 발현은 DLBCL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 DLBCL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 상승된, 증가된, 또는 높은 양 또는 수준은 FL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 DLBCL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관 관계 및/또는 양의 연관성이 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된, 또는 높은) 발현은 FL의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 EZH2 및 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 DLBCL의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 T 세포 마커 유전자, 예컨대 CD3E, 및 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현의 축소된, 감소된, 또는 낮은 양 또는 수준은 FL의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로부터의 T 세포 배제의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E2 및/또는 E3에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 DLBCL의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 TME로의 T 세포 침투의 가능성, 개연성 및/또는 발생률과 양의 상관관계에 있는 각각의 표 E4 및/또는 E5에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 축소된, 감소된, 또는 낮은) 발현은 FL의 낮은 또는 축소된 가능성 또는 개연성을 예측하고/거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 40, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100 또는 적어도 120개의 유전자의 발현은 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 발생률과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 35, 45, 55, 65, 75, 85, 95, 105, 115개 또는 그 이상의 유전자는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 발생률과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 40, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100 또는 적어도 120개의 유전자는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 발생률과 양의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 35, 45, 55, 65, 75, 85, 95, 105, 115개 또는 그 이상의 유전자는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 발생률과 양의 상관관계가 있는 기술된 하나 이상의 유전자는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화되고, 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성 및/또는 발생률과 음의 상관관계가 있는 기술된 하나 이상의 유전자는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 발생률과 양의 상관관계가 있는 기술된 하나 이상의 유전자 세트는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화되고, 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성 및/또는 발생률과 음의 상관관계가 있는 기술된 하나 이상의 유전자 세트는 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제), 및 EZH2 억제와의 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자의 발현은 완전 반응(CR)인 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나, 가질 가능성이 있거나, 또는 음의 상관관계가 있는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제와의 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자의 발현은 진행성 질병(PD)인 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나, 가질 가능성이 있거나, 또는 음의 상관관계가 있는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제), 및 EZH2 억제와의 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 세트의 발현은 완전 반응(CR)인 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나, 가질 가능성이 있거나, 또는 음의 상관관계가 있는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제와의 사용 또는 치료의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 세트의 발현은 진행성 질병(PD)인 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 음의 상관관계가 있거나, 가질 가능성이 있거나, 또는 음의 상관관계가 있는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 유전자의 발현 및 임상 결과 사이의 음의 상관관계는 -0.25 (이하), -0.3 (이하), -0.4 (이하), -0.5 (이하), -0.55 (이하), -0.6 (이하), -0.65 (이하), -0.7 (이하), -0.75 (이하), -0.8 (이하), -0.85 (이하), -0.90 (이하), -0.95 (이하), -0.97 (이하), -0.98 (이하), -0.99 (이하) 또는 약 -1.0의 상관 계수(correlation coefficient, R) 값을 갖거나 가질 가능성이 있거나 갖는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현 및 임상 결과 사이의 음의 상관관계는 -0.25 (이하), -0.3 (이하), -0.4 (이하), -0.5 (이하), -0.55 (이하), -0.6 (이하), -0.65 (이하), -0.7 (이하), -0.75 (이하), -0.8 (이하), -0.85 (이하), -0.90 (이하), -0.95 (이하), -0.97 (이하), -0.98 (이하), -0.99 (이하) 또는 약 -1.0의 상관 계수(correlation coefficient, R) 값을 갖거나 가질 가능성이 있거나 갖는 것으로 결정되었다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 연구(예: 임상 연구)의 데이터를 기반으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 유전자의 발현은 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 발생률과 음의 상관관계가 있었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자 세트의 발현은 연구(예: 임상 연구)의 데이터를 기반으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현은 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료의 발생률과 음의 상관관계가 있었다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 완전 반응(CR)이다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 진행성 질병(PD)이다. 특정 구현예에서, T 세포 반응은 TME로의 T 세포 침투이다. 특정 구현예에서, T 세포 반응은 TME로부터의 T 세포 배제이다. 특정 구현예에서, 유전자의 발현 및 임상 결과 사이의 음의 상관관계는 -0.25 (이하), -0.3 (이하), -0.4 (이하), -0.5 (이하), -0.55 (이하), -0.6 (이하), -0.65 (이하), -0.7 (이하), -0.75 (이하), -0.8 (이하), -0.85 (이하), -0.90 (이하), -0.95 (이하), -0.97 (이하), -0.98 (이하), -0.99 (이하) 또는 약 -1.0의 상관 계수(correlation coefficient, R)를 갖거나 가질 가능성이 있거나 갖는 것으로 결정되었다. 특정 구현예에서, 유전자 세트의 발현 및 임상 결과 사이의 음의 상관관계는 -0.25 (이하), -0.3 (이하), -0.4 (이하), -0.5 (이하), -0.55 (이하), -0.6 (이하), -0.65 (이하), -0.7 (이하), -0.75 (이하), -0.8 (이하), -0.85 (이하), -0.90 (이하), -0.95 (이하), -0.97 (이하), -0.98 (이하), -0.99 (이하) 또는 약 -1.0의 상관 계수(correlation coefficient, R)를 갖거나 가질 가능성이 있거나 갖는 것으로 결정되었다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법에 대한 T 세포 반응, 및 EZH2 억제를 이용한 사용 또는 치료와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자의 발현은 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2), E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1); 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 추가로 확인되고(즉, 유전자의 발현은 EZH2 억제에 의해 하향조절됨), 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2), E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)중 하나 이상의 발현을 포함한다.일부 구현예에서, 완전 반응(CR) 및 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인(즉, 유전자의 발현이 EZH2 억제에 의해 하향조절됨)된 유전자의 발현은 T 세포 침투와 음의 상관관계 또는 음의 연관성이 있는 것으로 추가로 확인되고, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.
일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 침투와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 AURKA, BRCA2, CCP110, CENPE, CKS2, DCLRE1B, DNMT1, DONSON, EED, GINS1, GINS4, H2AFZ, LIG1, MAD2L1, MCM2, MCM4, MCM5, MCM7, MELK ,MMS22L, NAA38, NASP, NUDT21, NUP205, ORC6, PCNA, PLK4, POLE, PRIM2, RAD51AP1, RFC2, RPA2, RPA3, SUV39H1, TMPO, UBE2T, WDR90, CDK1, MCM3, TOP2A, MCM6, BIRC5, CCNB2, RRM, HMGB2, BUB1B, RFC3, EZH2, CHEK1, SMC4, MKI67, CDC20, PLK1, KIF2C, DLGAP5, AURKB, CDC25A, TRIP13, H2AFX, HMMR, E2F8, BRCA1, MYBL2, POLD1, RACGAP1, CKS1B, KPNA2, MSH2, CDKN3, ATAD2, RPA1, STMN1, TIPIN, TK1, CDCA8, ESPL1, NCAPD2, RANBP1, MRE11A, KIF4A, LMNB1, KIF22, UNG, SMC1A, CCNE1, CDCA3, ASF1B, POLA2, TIMELESS, HELLS, UBE2S, PRKDC, RAN, USP1, SPAG5, POLD3, DUT, TACC3, KIF18B, CDC25B, SRSF1, GINS3, NOLC1, SLBP, CHEK2, SPC25, BARD1, DCTPP1, SMC3, RNASEH2A, DEK, CENPM, RAD51C, CBX5, RFC1, POLD2, DSCC1, ILF3, DEPDC1, DCK, CDKN2C, MYC, TCF19, RAD1, LBR, NBN, PTTG1, UBR7, POLE4, TUBG1, CTCF, RQCD1, TUBB, SMC6, ZW10, PA2G4, SSRP1, NAP1L1, ANP32E, HMGB3, IPO7, RAD21, CDK4, CDKN1A, BRMS1L, RAD50, TRA2B, CSE1L, PAICS, STAG1 ,LUC7L3, PPM1D, NME1, SRSF2, XPO1, HNRNPD, PMS2, ASF1A, EXOSC8, MLH1, NUP107, ORC2, TP53 ,TFRC, HMGA1, PSIP1, DDX39A, SNRPB, CDKN1B, MTHFD2, WEE1, PRDX4, PHF5A, TBRG4, SHMT1, PRPS1, DIAPH3, NUP153, PSMC3IP, XRCC6, PNN, HUS1, RBBP7, PDS5B, NOP56, MXD3, PPP1R8, GSPT1, CDKN2A, AK2, CIT, ING3, HN1, POP7, SYNCRIP, EIF2S1, LYAR, PAN2, 및 SPC24 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 침투와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 AURKA, BRCA2, CCP110, CENPE, CKS2, DCLRE1B, DNMT1, DONSON, EED, GINS1, GINS4, H2AFZ, LIG1, MAD2L1, MCM2, MCM4, MCM5, MCM7, MELK ,MMS22L, NAA38, NASP, NUDT21, NUP205, ORC6, PCNA, PLK4, POLE, PRIM2, RAD51AP1, RFC2, RPA2, RPA3, SUV39H1, TMPO, UBE2T, WDR90, CDK1, MCM3, TOP2A, MCM6, BIRC5, CCNB2, RRM, HMGB2, BUB1B, RFC3, EZH2, CHEK1, SMC4, MKI67, CDC20, PLK1, KIF2C, DLGAP5, AURKB, CDC25A, TRIP13, H2AFX, HMMR, E2F8, BRCA1, MYBL2, POLD1, RACGAP1, CKS1B, KPNA2, MSH2, CDKN3, ATAD2, RPA1, STMN1, TIPIN, TK1, CDCA8, ESPL1, NCAPD2, RANBP1, MRE11A, KIF4A, LMNB1, KIF22, UNG, SMC1A, CCNE1, CDCA3, ASF1B, POLA2, TIMELESS, HELLS, UBE2S, PRKDC, RAN, USP1, SPAG5, POLD3, DUT, TACC3, KIF18B, CDC25B, SRSF1, GINS3, NOLC1, SLBP, CHEK2, SPC25, BARD1, DCTPP1, SMC3, RNASEH2A, DEK, CENPM, RAD51C, CBX5, RFC1, POLD2, DSCC1, ILF3, DEPDC1, DCK, CDKN2C, MYC, TCF19, RAD1, LBR, NBN, PTTG1, UBR7, POLE4, TUBG1, CTCF, RQCD1, TUBB, SMC6, ZW10, PA2G4, SSRP1, NAP1L1, ANP32E, HMGB3, IPO7, RAD21, CDK4, CDKN1A, BRMS1L, RAD50, TRA2B, CSE1L, PAICS, STAG1 ,LUC7L3, PPM1D, NME1, SRSF2, XPO1, HNRNPD, PMS2, ASF1A, EXOSC8, MLH1, NUP107, ORC2, TP53 ,TFRC, HMGA1, PSIP1, DDX39A, SNRPB, CDKN1B, MTHFD2, WEE1, PRDX4, PHF5A, TBRG4, SHMT1, PRPS1, DIAPH3, NUP153, PSMC3IP, XRCC6, PNN, HUS1, RBBP7, PDS5B, NOP56, MXD3, PPP1R8, GSPT1, CDKN2A, AK2, CIT, ING3, HN1, POP7, SYNCRIP, EIF2S1, LYAR, PAN2, 및 SPC24 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 침투와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 AURKA, CCNA2, TOP2A, CCNB2, CENPA ,BIRC5, CDC20, PLK1, TTK, PRC1, NDC80, KIF11, NUSAP1, CKS2, KIF2C, MKI67, AURKB, TPX2, SMC4, BUB1, CENPF, RACGAP1, CENPE, KIF23, UBE2C, MCM6, MCM3, PTTG1, CDK1, KIF4A, ESPL1, MAD2L1, NEK2, KIF22, HMMR, KPNA2, CDKN3, CDC25A, H2AFX, CDC25B, PLK4, CDC6, CCNF, MCM5, LMNB1, E2F3, KIF15, CHEK1, UBE2S, WHSC1, HMGB3, DBF4, TACC3, MCM2, CDKN2C, CDKN1B, FANCC, NASP, STAG1, GINS2, FBXO5 ,POLQ ,EZH2, RAD21, STMN1, SUV39H1, PRIM2, E2F1, CHAF1A, NOLC1, GSPT1, BUB3, SMC1A, ILF3, CDC7, INCENP, CKS1B, EXO1, H2AFZ, TFDP1, CCND1, KPNB1, HN1, LBR, HUS1, KIF20B, TOP1, DS5B, SRSF1, STIL, ABL1, DTYMK, CDC27, BARD1, ATF5, CDC45, ODC1, XPO1, SFPQ, TMPO, PML, BRCA2, CTCF, CASC5, SETD8, SLC38A1, TRA2B, MYBL2, TROAP, PAPD7, CUL3, MAPK14, HIST1H2BK, MYC, AMD1, CBX1, CHMP1A, DKC1, YTHDC1, CCNT1, TGFB1, ATRX, LIG3, NUP50, SLC7A5, RBL1, NUMA1, RAD54L, EFNA5, PRPF4B, UCK2, ARID4A, CUL1, UPF1, DR1, MNAT1, SMC2, RBM14, RPA2, SQLE, ORC6, CDK4, POLE, RASAL2, HOXC10, RPS6KA5, CUL4A, SLC7A1, FOXN3, HMGA1, SS18, TRAIP, PRMT5, CUL5, DDX39A, MARCKS, PBK, ORC5, SAP30, KATNA1, HNRNPD, POLA2, HIRA, HIF1A, SYNCRIP, TLE3, NCL, RAD23B, E2F2, HMGN2, SRSF10, SNRPD1, CASP8AP2, SMARCC1, SLC12A2, NOTCH2, TNPO2, SMAD3, HSPA8, G3BP1, DMD, MEIS1, HNRNPU, SRSF2, MT2A, NUP98, EWSR1, KIF5B, MTF2, E2F4, BCL3, PURA, MEIS2, PAFAH1B1, WRN, H2AFV, 및 DF2 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 침투와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 FADS1, DDIT4, CALR, HK2, PGK1, SLC7A5, CTSC, ACSL3, SLC1A5, M6PR, TFRC, DDIT3, TMEM97, IFRD1, PLOD2, TUBA4A, PSAT1, CORO1A, LDHA, MTHFD2, FADS2, VLDLR, WARS, SCD, P4HA1, ACTR2, IDH1, SLC2A1, GBE1, SERPINH1, NUPR1, PSMG1, PSPH, NAMPT, CDKN1A, BHLHE40, HSPA9, HSPA5, EGLN3, LGMN, PNP, XBP1, SLA, DDX39A, HSPE1, ACLY, SLC7A11, SSR1, GLA, SQSTM1, PDK1, PSMC2, PRDX1, SERP1, TRIB3, NFIL3, HMGCS1, GOT1, TPI1, ELOVL6, ASNS, PSMD14, PSMA4, PPA1, HPRT1, AURKA, HMGCR, GAPDH, DHFR, DHCR7, IMMT, UCHL5, YKT6, INSIG1, SQLE, IGFBP5, IFI30, CYP51A1, FGL2, ENO1, IDI1, CYB5B, SHMT2, TXNRD1, G6PD, SLC9A3R1, RAB1A, EBP, PNO1, PIK3R3, ACTR3, LDLR, SLC2A3, UBE2D3, ELOVL5, CACYBP, EDEM1, ATP6V1D, TES, TM7SF2, PSMA3, ITGB2, AK4, SLC1A4, TOMM40, SLC6A6, PPIA, ADD3, ME1, CCNF, SLC37A4, ALDOA, BTG2, UFM1, CCNG1, STC1, NMT1, PSMC6, FDXR, RRM2, DHCR24, PSMC4 ,CTH, PSME3, CFP, POLR3G, ACACA, QDPR, MCM2, PSMD12, CANX, RPN1, HSPA4, FAM129A, TBK1, SEC11A, BCAT1, PSMB5, PSMD13, PGM1, PLK1, GLRX, COPS5, ETF1, GSK3B, NUP205, SORD ,PHGDH, GMPS, RRP9, EEF1E1, LTA4H, SDF2L1, FKBP2, RDH11, CXCR4, MLLT11, GCLC, TCEA1, MAP2K3, HSPD1, SYTL2, MCM4, PPP1R15A, USO1, NFKBIB, UNG, GTF2H1, RPA1, HSP90B1, GSR, PITPNB, EPRS, SRD5A1, TUBG1, MTHFD2L, ADIPOR2, NUFIP1, CDC25A, PDAP1, STARD4, BUB1, ARPC5L, GPI, EIF2S2, CD9, ATP2A2, GGA2, HMBS, RIT1, SKAP2, STIP1, DAPP1, ABCF2, NFYC, ATP5G1, PFKL, 및 CCT6A 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 침투와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 SLC19A1, MRTO4, TMEM97, RRP9, PES1, TFB2M, EXOSC5, IPO4, NDUFAF4, NOC4L, MYC, SRM, PA2G4, GNL3, NOLC1, WDR43, RABEPK, NOP16, TBRG4, DDX18, NIP7, WDR74, BYSL, HSPD1, PLK4, NOP2, PPAN, NOP56, RCL1, NPM1, AIMP2, RRP12, PPRC1, TCOF1, MCM5, HK2, CBX3, PLK1, PHB, MCM4, CDK4, DUSP2, MYBBP1A, UTP20, PRMT3, FARSA, MAP3K6, LAS1L, PUS1, HSPE1, SLC29A2, DCTPP1 중 하나 이상이다.일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 T 세포 침투와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 추가로 확인되고, 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.
일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 침투와 양의 상관관계가 있거나 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 EZH2 억제와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것(즉, 유전자의 발현이 EZH2 억제로 상향조절됨)으로 추가로 확인되고, SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.
일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있고 T 세포 배제와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 MX1, ISG15, OAS1, IFIT3, IFI44, IFI35, IRF7, RSAD2, IFI44L, IFITM1, IFI27, IRF9, OASL, EIF2AK2, IFIT2, CXCL10, TAP1, SP110, DDX60, UBE2L6, USP18, PSMB8, IFIH1, BST2, LGALS3BP, ADAR, ISG20, GBP2, IRF1, PLSCR1, PSMB9, HERC6, SAMD9, CMPK2, IFITM3, RTP4, STAT2, SAMD9L, LY6E, IFITM2, CXCL11, TRIM21, PARP14, TRIM26, PARP12, NMI, RNF31. HLA-C, CASP1, TRIM14, TDRD7, DHX58, PARP9, PNPT1, TRIM25, PSME1, WARS, EPSTI1, UBA7, PSME2, B2M, TRIM5, C1S, LAP3, GBP4, NCOA7, TMEM140, CD74, GMPR, PSMA3, PROCR, IL7, IFI30, IRF2, CSF1, IL15, CNP, FAM46A, IL4R, CD47, LPAR6, MOV10, CASP8, TXNIP, SLC25A28, SELL, TRAFD1, BATF2, RIPK2, CCRL2, NUB1, OGFR, 및 ELF1 중 하나 이상이다.
CR과 음의 상관관계가 있고 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자의 유전자 산물의 전체 이름 및 유전자 기호는 표 1에 나와있다. PD와 음의 상관관계가 있고 T 세포 침투와 양의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자의 유전자 산물의 전체 이름 및 유전자 기호는 표 2에 나와있다.
CR 및 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자
유전자 기호 전체 이름
E2F2 E2F 전사인자 2
RAD51 RAD51 재조합효소
POLQ 중합효소 (DNA 의존성), 세타
POLD1 중합효소 (DNA 의존성), 델타 1, 촉매소단위
MCM10 미니염색체 유지 복합체 성분 10
TRIP13 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13
TFRC 트랜스페린 수용체
MCM2 미니염색체 유지 복합체 성분 2
ENO1 에놀라제 1, (알파)
GTSE1 G-2 및 S-상 발현 1
UBE2T 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정)
CAD 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제
ORC1 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1
TPX2 TPX2, 미세소관 관련
ICAM1 세포간 접착 분자 1
KIF4A 키네신 패밀리 멤버 4A
CDC6 세포 분열 주기 6
CENPM 중심체 단백질 M
POLE2 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛
MTHFD1 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소
GINS1 GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체)
MYBL2 v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2
E2F1 E2F 전사인자 1
FAM83D 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D
CENPI 중심체 단백질 I
OIP5 오파 상호작용 단백질 5
RNASEH2A 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A
ASF1B 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론
CCNE1 사이클린 E1
SLC1A5 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5
MRPL4 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4
NAMPT 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제
NPM3 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3
TMEM97 막관통 단백질 97
NCAPG 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G
CDCA3 세포 분열 주기 관련 3
MCM3 미니염색체 유지 복합체 성분 3
GMNN 제미닌, DNA 복제 억제제
VEGFA 혈관 내피 성장 인자 A
SLC29A1 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1
KIF20A 키네신 패밀리 멤버 20A
CENPA 중심체 단백질 A
CDC20 세포 분열 주기 20
DUSP1 이중 특이성 포스파타제 1
CDK2 사이클린 의존성 키나아제 2
XPO5 엑스포틴 5
PAICS 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소
E2F8 E2F 전사인자 8
TUBG1 튜불린, 감마 1
TOP2A 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa
PCNA 증식 세포 핵 항원
RFC3 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa
CCNB1 사이클린 B1
SLC43A3 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3
TROAP 트로피닌 관련 단백질
ESPL1 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae)
TCF19 전사인자 19
SLC39A8 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8
DIAPH3 투명 관련 포르민 3
KIF2C 키네신 패밀리 멤버 2C
NUF2 NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분
DTL 무치아 E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리)
CDCA5 세포 분열 주기 관련 5
NCAPG2 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2
GINS4 GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체)
PLIN2 페리리핀 2
MKI67 증식 마커 Ki-67
CENPU 중심체 단백질 U
SKA1 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1
MAPK13 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13
TAGLN2 트랜스젤린 2
FDPS 파르네실 디포스페이트 신타아제
RECQL4 RecQ 단백질-유사 4
ATF3 활성화 전사 인자 3
IER5 즉각적인 조기 반응 5
TKT 트랜스케톨라제
CDC25A 세포 분열 주기 25A
E2F7 E2F 전사인자 7
RRM1 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1
CDT1 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1
SLC3A2 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2
FEN1 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1
ATF5 활성화 전사 인자 5
FASN 지방산 합성효소
CDK1 사이클린 의존성 키나아제 1
POLH 중합효소 (DNA 의존성), 에타
RRM2 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2
TYMS 티미딜레이트 합성효소
GSG2 생식 세포 관련 2 (하스핀)
JUN 준 원종양유전자
AURKB 오로라 키나아제 B
GINS3 GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체)
UPP1 우리딘 포스포릴라제 1
KIF18B 키네신 패밀리 멤버 18B
KLHL23 켈치-유사 패밀리 멤버 23
KIFC1 키네신 패밀리 멤버 C1
NME1 NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1
UHRF1 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사
PD와 음의 상관관계 및 T 세포 침투와 양의 상관관계로 발현하는 유전자
유전자 기호 전체 이름
CACNA2D2 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2
AASS 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제
TENM1 테뉴린 막관통 단백질 1
TRAF3IP3 TRAF3 상호작용 단백질 3
FYN SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자
CD6 CD6 분자
PRKCH 단백질 키나아제 C, 에타
ARAP2 RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP
PRKCQ 단백질 키나아제 C, 세타
IPCEF1 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질
TXK TXK 티로신 키나아제
ARHGAP15 Rho GTPase 활성화 단백질 15
TNRC6C 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복
TCF7 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스)
CETP 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장
SIRPG 신호 조절 단백질 감마
RNF125 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제
CD40LG CD40 리간드
RRN3P2 RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2
OLFM2 올팩토메딘 2
GATA3 GATA 결합 단백질 3
CUBN 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)
SPOCK2 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2
INPP4B 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa
CD5 CD5 분자
ST8SIA1 ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1
C7 보체 성분 7
ITK IL2-유도성 T-세포 키나아제
LIFR 백혈병 억제 인자 수용체 알파
PLCL1 포스포리파제 C-유사 1
CD2 CD2 분자
CCND2 사이클린 D2
CLU 클러스터린
ZBP1 Z-DNA 결합 단백질 1
BCL11B B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질)
CHN1 키메린 1
CATSPERB 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타
IL6ST 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체)
CCL21 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21
PLCB2 포스포리파제 C, 베타 2
STAT4 신호변환자-전사활성자 4
KLRG1 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1
SLC12A6 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6
FBLN7 피불린 7
SCML4 미드레그 성즐-유사 4 (초파리)
SLC22A3 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3
GPR174 G 단백질-결합 수용체 174
TTC12 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12
PLCH2 포스포리파제 C, 에타 2
CCDC102B 102B 함유 코일형 코일 도메인
CYSLTR2 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2
NMT2 N-미리스토일트랜스퍼라제 2
CD8A CD8a 분자
ANKRD29 안키린 반복 도메인 29
TTC39B 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B
ADAMTS3 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3
SV2A 시냅스 소포 당단백질 2A
UBASH3A 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인
VCAM1 혈관 세포 부착 분자 1
TGFBR2 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa)
TRAT1 T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1
CTLA4 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4
ICOS 유도성 T 세포 공동 자극제
CD200R1 CD200 수용체 1
PTPN13 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제)
DNASE1L3 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3
F2RL2 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2
ACSL6 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6
SAMD3 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인
KCNK5 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5
TMEM71 막관통 단백질 71
TC2N 탠덤 C2 도메인, 핵
SLFN5 슐라펜 패밀리 멤버 5
EVA1C 에바-1 동족체 C
SGSM1 작은 G 단백질 신호 조절자 1
CD3D CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체)
ABCA3 ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3
GPR183 G 단백질-결합 수용체 183
ANKK1 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인
OR2A20P 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자
S1PR1 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1
ZNF483 징크 핑거 단백질 483
XCR1 케모카인 (C 모티프) 수용체 1
CD7 CD7 분자
KIAA1551
GCNT4 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2
KCNA2 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2
CD28 CD28 분자
GIMAP7 GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7
ANKRD18A 안키린 반복 도메인 18A
TIGIT Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체
CCR4 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4
SH2D1A SH2 도메인 함유 1A
IL3RA 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도)
GPRIN3 GPRIN 패밀리 멤버 3
EVI2B 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B
NAP1L2 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2
SELL 셀렉틴 L
DTHD1 1 함유 사멸 도메인
CLEC4C C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C
ALPK2 알파 키나아제 2
CD3E CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체)
L3MBTL3 l(3)mbt-유사 3(초파리)
ARRDC5 5 함유 어레스틴 도메인
LAT T 세포 활성화를 위한 링커
PATL2 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질
A2M-AS1 A2M 안티센스 RNA 1
LINC01550
GVINP1 GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1
LINC00239 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239
CR과 음의 상관관계 및 T 세포 침투와 음의 상관관계로 발현하는 유전자 세트는 표 1a에 나와있다. PD와 음의 상관관계 및 T 세포 배제와 음의 상관관계로 발현하는 유전자 세트는 표 2a에 나와있다.
[표 1a]
CR과 음의 상관관계 및 T 세포 침투와 음의 상관관계로 발현하는 유전자 세트
Figure pct00013
Figure pct00014
Figure pct00015
[표 2a]
PD와 음의 상관관계 및 T 세포 배제와 음의 상관관계로 발현하는 유전자 세트
Figure pct00016
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현은 치료적 처리의 투여 후 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있다. 일부 구현예에서, 대상체로부터 얻은 샘플에서 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자의 감소된, 감축된 또는 낮은 양 또는 수준의 발현은 그 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 낮은 또는 감소된 가능성 또는 발생률을 예측하고/하거나 이와 연관된다. 일부 구현예에서, 대상체로부터 얻은 샘플에서 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자의 상승된, 증가된 또는 높은 양 또는 수준의 발현은 그 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 발생률을 예측하고/하거나 이와 연관된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 치료적 처리의 투여 후 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있다. 일부 구현예에서, 대상체로부터 얻은 샘플에서 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자 세트의 하향조절된(예: 감축된, 감소된 또는 낮은) 발현은 그 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 낮은 또는 감소된 가능성 또는 발생률을 예측하고/하거나 이와 연관된다. 일부 구현예에서, 대상체로부터 얻은 샘플에서 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자 세트의 상향조절된(예: 상승된, 증가된 또는 높은) 발현은 그 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 높은, 증가된 또는 상승된 가능성 또는 발생률을 예측하고/하거나 이와 연관된다.
특정 구현예에서, 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 해당 임상 결과의 가능성 또는 발생률과 양의 상관관계가 있는 유전자 발현을 갖거나, 가질 가능성이 있거나, 또는 갖는 것으로 결정되었다. 특정 구현예에서, 특정 임상 결과와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자 세트의 발현은 해당 임상 결과의 가능성 또는 발생률과 양의 상관관계가 있는 유전자 발현을 갖거나, 가질 가능성이 있거나, 또는 갖는 것으로 결정되었다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 완전 반응(CR)이다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 진행성 질병(PD)이다. 특정 구현예에서, 양의 상관관계는 적어도 0.25, 적어도 0.3, 적어도 0.4, 적어도 0.5, 적어도 0.55, 적어도 0.6, 적어도 0.65, 적어도 0.7, 적어도 0.75, 적어도 0.8, 적어도 0.85, 적어도 0.90, 적어도 0.95, 적어도 0.97, 적어도 0.98, 적어도 0.99, 또는 약 1.0의 상관계수(R)로 임상 결과와 양의 상관관계가 있거나, 있을 가능성이 있거나 또는 있는 것으로 결정되었다.
일부 구현예에서, 특정 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 연구, 예를 들어 임상 연구의 데이터를 기반으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 유전자의 발현은 임상 결과의 발생률과 양의 상관관계가 있다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 완전 반응(CR)이다. 일부 구현예에서, 특정 임상 결과의 가능성 및/또는 개연성과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자 세트의 발현은 연구, 예를 들어 임상 연구의 데이터를 기반으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현은 임상 결과의 발생률과 양의 상관관계가 있다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 완전 반응(CR)이다. 특정 구현예에서, 임상 결과는 진행성 질병(PD)이다. 일부 구현예에서, 양의 상관관계는 적어도 0.25, 적어도 0.3, 적어도 0.4, 적어도 0.5, 적어도 0.55, 적어도 0.6, 적어도 0.65, 적어도 0.7, 적어도 0.75, 적어도 0.8, 적어도 0.85, 적어도 0.90, 적어도 0.95, 적어도 0.97, 적어도 0.98, 적어도 0.99, 또는 약 1.0의 상관계수(R)로 독성의 발생률와 양의 상관관계가 있거나, 있을 가능성이 있거나 또는 있는 것으로 결정되었다.
일부 구현예에서, 임상 결과와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 EZH2, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1);칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.
특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 PDCD1, LAG3 및/또는 TIGIT이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 PDCD1이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 LAG3이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 TIGIT이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 PDCD1, LAG3 및/또는 TIGIT이다. 특정 구현예에서, 완전 반응 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 PDCD1이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 LAG3이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 TIGIT이다.
특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및/또는 CCL21이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 KLRB1이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 CD40LG이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 ICOS이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 CD28이다. 특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 CCL21이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및/또는 CCL21이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 KLRB1이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 CD40LG이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 ICOS이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 CD28이다. 특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 CCL21이다.
특정 구현예에서, 유전자의 발현은 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 T 세포 침투와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 추가로 확인되고, 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.
특정 구현예에서, 완전 반응(CR)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있고 T 세포 침투와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 MX1, ISG15, OAS1, IFIT3, IFI44, IFI35, IRF7, RSAD2, IFI44L, IFITM1, IFI27, IRF9, OASL, EIF2AK2, IFIT2, CXCL10, TAP1, SP110, DDX60, UBE2L6, USP18, PSMB8, IFIH1, BST2, LGALS3BP, ADAR, ISG20, GBP2, IRF1, PLSCR1, PSMB9, HERC6, SAMD9, CMPK2, IFITM3, RTP4, STAT2, SAMD9L, LY6E, IFITM2, CXCL11, TRIM21, PARP14, TRIM26, PARP12, NMI, RNF31. HLA-C, CASP1, TRIM14, TDRD7, DHX58, PARP9, PNPT1, TRIM25, PSME1, WARS, EPSTI1, UBA7, PSME2, B2M, TRIM5, C1S, LAP3, GBP4, NCOA7, TMEM140, CD74, GMPR, PSMA3, PROCR, IL7, IFI30, IRF2, CSF1, IL15, CNP, FAM46A, IL4R, CD47, LPAR6, MOV10, CASP8, TXNIP, SLC25A28, SELL, TRAFD1, BATF2, RIPK2, CCRL2, NUB1, OGFR, 및 ELF1 중 하나 이상이다.
특정 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 추가로 확인되고(즉, 유전자의 발현은 EZH2 억제로 하향조절됨), EZH2, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)중 하나 이상의 발현을 포함한다.
특정 구현예에서, PD와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있고 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 T 세포 침투와 음의 상관관계 또는 음의 연관성이 있는 것으로 추가로 확인되고, EZH2, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1) 중 하나 이상의 발현을 포함한다.
일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있고 T 세포 배제와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 AURKA, BRCA2, CCP110, CENPE, CKS2, DCLRE1B, DNMT1, DONSON, EED, GINS1, GINS4, H2AFZ, LIG1, MAD2L1, MCM2, MCM4, MCM5, MCM7, MELK ,MMS22L, NAA38, NASP, NUDT21, NUP205, ORC6, PCNA, PLK4, POLE, PRIM2, RAD51AP1, RFC2, RPA2, RPA3, SUV39H1, TMPO, UBE2T, WDR90, CDK1, MCM3, TOP2A, MCM6, BIRC5, CCNB2, RRM, HMGB2, BUB1B, RFC3, EZH2, CHEK1, SMC4, MKI67, CDC20, PLK1, KIF2C, DLGAP5, AURKB, CDC25A, TRIP13, H2AFX, HMMR, E2F8, BRCA1, MYBL2, POLD1, RACGAP1, CKS1B, KPNA2, MSH2, CDKN3, ATAD2, RPA1, STMN1, TIPIN, TK1, CDCA8, ESPL1, NCAPD2, RANBP1, MRE11A, KIF4A, LMNB1, KIF22, UNG, SMC1A, CCNE1, CDCA3, ASF1B, POLA2, TIMELESS, HELLS, UBE2S, PRKDC, RAN, USP1, SPAG5, POLD3, DUT, TACC3, KIF18B, CDC25B, SRSF1, GINS3, NOLC1, SLBP, CHEK2, SPC25, BARD1, DCTPP1, SMC3, RNASEH2A, DEK, CENPM, RAD51C, CBX5, RFC1, POLD2, DSCC1, ILF3, DEPDC1, DCK, CDKN2C, MYC, TCF19, RAD1, LBR, NBN, PTTG1, UBR7, POLE4, TUBG1, CTCF, RQCD1, TUBB, SMC6, ZW10, PA2G4, SSRP1, NAP1L1, ANP32E, HMGB3, IPO7, RAD21, CDK4, CDKN1A, BRMS1L, RAD50, TRA2B, CSE1L, PAICS, STAG1 ,LUC7L3, PPM1D, NME1, SRSF2, XPO1, HNRNPD, PMS2, ASF1A, EXOSC8, MLH1, NUP107, ORC2, TP53 ,TFRC, HMGA1, PSIP1, DDX39A, SNRPB, CDKN1B, MTHFD2, WEE1, PRDX4, PHF5A, TBRG4, SHMT1, PRPS1, DIAPH3, NUP153, PSMC3IP, XRCC6, PNN, HUS1, RBBP7, PDS5B, NOP56, MXD3, PPP1R8, GSPT1, CDKN2A, AK2, CIT, ING3, HN1, POP7, SYNCRIP, EIF2S1, LYAR, PAN2, 및 SPC24 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있고 T 세포 배제와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 AURKA, CCNA2, TOP2A, CCNB2, CENPA ,BIRC5, CDC20, PLK1, TTK, PRC1, NDC80, KIF11, NUSAP1, CKS2, KIF2C, MKI67, AURKB, TPX2, SMC4, BUB1, CENPF, RACGAP1, CENPE, KIF23, UBE2C, MCM6, MCM3, PTTG1, CDK1, KIF4A, ESPL1, MAD2L1, NEK2, KIF22, HMMR, KPNA2, CDKN3, CDC25A, H2AFX, CDC25B, PLK4, CDC6, CCNF, MCM5, LMNB1, E2F3, KIF15, CHEK1, UBE2S, WHSC1, HMGB3, DBF4, TACC3, MCM2, CDKN2C, CDKN1B, FANCC, NASP, STAG1, GINS2, FBXO5 ,POLQ ,EZH2, RAD21, STMN1, SUV39H1, PRIM2, E2F1, CHAF1A, NOLC1, GSPT1, BUB3, SMC1A, ILF3, CDC7, INCENP, CKS1B, EXO1, H2AFZ, TFDP1, CCND1, KPNB1, HN1, LBR, HUS1, KIF20B, TOP1, DS5B, SRSF1, STIL, ABL1, DTYMK, CDC27, BARD1, ATF5, CDC45, ODC1, XPO1, SFPQ, TMPO, PML, BRCA2, CTCF, CASC5, SETD8, SLC38A1, TRA2B, MYBL2, TROAP, PAPD7, CUL3, MAPK14, HIST1H2BK, MYC, AMD1, CBX1, CHMP1A, DKC1, YTHDC1, CCNT1, TGFB1, ATRX, LIG3, NUP50, SLC7A5, RBL1, NUMA1, RAD54L, EFNA5, PRPF4B, UCK2, ARID4A, CUL1, UPF1, DR1, MNAT1, SMC2, RBM14, RPA2, SQLE, ORC6, CDK4, POLE, RASAL2, HOXC10, RPS6KA5, CUL4A, SLC7A1, FOXN3, HMGA1, SS18, TRAIP, PRMT5, CUL5, DDX39A, MARCKS, PBK, ORC5, SAP30, KATNA1, HNRNPD, POLA2, HIRA, HIF1A, SYNCRIP, TLE3, NCL, RAD23B, E2F2, HMGN2, SRSF10, SNRPD1, CASP8AP2, SMARCC1, SLC12A2, NOTCH2, TNPO2, SMAD3, HSPA8, G3BP1, DMD, MEIS1, HNRNPU, SRSF2, MT2A, NUP98, EWSR1, KIF5B, MTF2, E2F4, BCL3, PURA, MEIS2, PAFAH1B1, WRN, H2AFV, 및 DF2 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있고 T 세포 배제와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 FADS1, DDIT4, CALR, HK2, PGK1, SLC7A5, CTSC, ACSL3, SLC1A5, M6PR, TFRC, DDIT3, TMEM97, IFRD1, PLOD2, TUBA4A, PSAT1, CORO1A, LDHA, MTHFD2, FADS2, VLDLR, WARS, SCD, P4HA1, ACTR2, IDH1, SLC2A1, GBE1, SERPINH1, NUPR1, PSMG1, PSPH, NAMPT, CDKN1A, BHLHE40, HSPA9, HSPA5, EGLN3, LGMN, PNP, XBP1, SLA, DDX39A, HSPE1, ACLY, SLC7A11, SSR1, GLA, SQSTM1, PDK1, PSMC2, PRDX1, SERP1, TRIB3, NFIL3, HMGCS1, GOT1, TPI1, ELOVL6, ASNS, PSMD14, PSMA4, PPA1, HPRT1, AURKA, HMGCR, GAPDH, DHFR, DHCR7, IMMT, UCHL5, YKT6, INSIG1, SQLE, IGFBP5, IFI30, CYP51A1, FGL2, ENO1, IDI1, CYB5B, SHMT2, TXNRD1, G6PD, SLC9A3R1, RAB1A, EBP, PNO1, PIK3R3, ACTR3, LDLR, SLC2A3, UBE2D3, ELOVL5, CACYBP, EDEM1, ATP6V1D, TES, TM7SF2, PSMA3, ITGB2, AK4, SLC1A4, TOMM40, SLC6A6, PPIA, ADD3, ME1, CCNF, SLC37A4, ALDOA, BTG2, UFM1, CCNG1, STC1, NMT1, PSMC6, FDXR, RRM2, DHCR24, PSMC4 ,CTH, PSME3, CFP, POLR3G, ACACA, QDPR, MCM2, PSMD12, CANX, RPN1, HSPA4, FAM129A, TBK1, SEC11A, BCAT1, PSMB5, PSMD13, PGM1, PLK1, GLRX, COPS5, ETF1, GSK3B, NUP205, SORD ,PHGDH, GMPS, RRP9, EEF1E1, LTA4H, SDF2L1, FKBP2, RDH11, CXCR4, MLLT11, GCLC, TCEA1, MAP2K3, HSPD1, SYTL2, MCM4, PPP1R15A, USO1, NFKBIB, UNG, GTF2H1, RPA1, HSP90B1, GSR, PITPNB, EPRS, SRD5A1, TUBG1, MTHFD2L, ADIPOR2, NUFIP1, CDC25A, PDAP1, STARD4, BUB1, ARPC5L, GPI, EIF2S2, CD9, ATP2A2, GGA2, HMBS, RIT1, SKAP2, STIP1, DAPP1, ABCF2, NFYC, ATP5G1, PFKL, 및 CCT6A 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있고 T 세포 배제와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 것으로 확인된 유전자의 발현은 SLC19A1, MRTO4, TMEM97, RRP9, PES1, TFB2M, EXOSC5, IPO4, NDUFAF4, NOC4L, MYC, SRM, PA2G4, GNL3, NOLC1, WDR43, RABEPK, NOP16, TBRG4, DDX18, NIP7, WDR74, BYSL, HSPD1, PLK4, NOP2, PPAN, NOP56, RCL1, NPM1, AIMP2, RRP12, PPRC1, TCOF1, MCM5, HK2, CBX3, PLK1, PHB, MCM4, CDK4, DUSP2, MYBBP1A, UTP20, PRMT3, FARSA, MAP3K6, LAS1L, PUS1, HSPE1, SLC29A2, DCTPP1, SUPV3L1, SORD, IMP4, GRWD1, UNG, 및 MPHOSPH10 중 하나 이상이다.
CR 및 T 세포 침투와 양의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자의 유전자 산물의 전체 이름 및 유전자 기호는 표 3에 나와있다. PD와 양의 상관관계가 있고 EZH2 억제와 음의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자의 유전자 산물의 전체 이름 및 유전자 기호는 표 4에 나와있다.
CR 및 T 세포 침투와 양의 상관관계로 발현하는 유전자
유전자 기호 전체 이름
CACNA2D2 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2
AASS 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제
TENM1 테뉴린 막관통 단백질 1
TRAF3IP3 TRAF3 상호작용 단백질 3
FYN SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자
CD6 CD6 분자
PRKCH 단백질 키나아제 C, 에타
ARAP2 RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP
PRKCQ 단백질 키나아제 C, 세타
IPCEF1 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질
TXK TXK 티로신 키나아제
ARHGAP15 Rho GTPase 활성화 단백질 15
TNRC6C 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복
TCF7 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스)
CETP 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장
SIRPG 신호 조절 단백질 감마
RNF125 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제
CD40LG CD40 리간드
RRN3P2 RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2
OLFM2 올팩토메딘 2
GATA3 GATA 결합 단백질 3
CUBN 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)
SPOCK2 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2
INPP4B 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa
CD5 CD5 분자
ST8SIA1 ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1
C7 보체 성분 7
ITK IL2-유도성 T-세포 키나아제
LIFR 백혈병 억제 인자 수용체 알파
PLCL1 포스포리파제 C-유사 1
CD2 CD2 분자
CCND2 사이클린 D2
CLU 클러스터린
ZBP1 Z-DNA 결합 단백질 1
BCL11B B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질)
CHN1 키메린 1
CATSPERB 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타
IL6ST 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체)
CCL21 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21
PLCB2 포스포리파제 C, 베타 2
STAT4 신호변환자-전사활성자 4
KLRG1 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1
SLC12A6 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6
FBLN7 피불린 7
SCML4 미드레그 성즐-유사 4 (초파리)
SLC22A3 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3
GPR174 G 단백질-결합 수용체 174
TTC12 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12
PLCH2 포스포리파제 C, 에타 2
CCDC102B 102B 함유 코일형 코일 도메인
CYSLTR2 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2
NMT2 N-미리스토일트랜스퍼라제 2
CD8A CD8a 분자
ANKRD29 안키린 반복 도메인 29
TTC39B 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B
ADAMTS3 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3
SV2A 시냅스 소포 당단백질 2A
UBASH3A 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인
VCAM1 혈관 세포 부착 분자 1
TGFBR2 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa)
TRAT1 T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1
CTLA4 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4
ICOS 유도성 T 세포 공동 자극제
CD200R1 CD200 수용체 1
PTPN13 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제)
DNASE1L3 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3
F2RL2 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2
ACSL6 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6
SAMD3 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인
KCNK5 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5
TMEM71 막관통 단백질 71
TC2N 탠덤 C2 도메인, 핵
SLFN5 슐라펜 패밀리 멤버 5
EVA1C 에바-1 동족체 C
SGSM1 작은 G 단백질 신호 조절자 1
CD3D CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체)
ABCA3 ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3
GPR183 G 단백질-결합 수용체 183
ANKK1 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인
OR2A20P 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자
S1PR1 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1
ZNF483 징크 핑거 단백질 483
XCR1 케모카인 (C 모티프) 수용체 1
CD7 CD7 분자
KIAA1551
GCNT4 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2
KCNA2 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2
CD28 CD28 분자
GIMAP7 GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7
ANKRD18A 안키린 반복 도메인 18A
TIGIT Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체
CCR4 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4
SH2D1A SH2 도메인 함유 1A
IL3RA 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도)
GPRIN3 GPRIN 패밀리 멤버 3
EVI2B 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B
NAP1L2 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2
SELL 셀렉틴 L
DTHD1 1 함유 사멸 도메인
CLEC4C C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C
ALPK2 알파 키나아제 2
CD3E CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체)
L3MBTL3 l(3)mbt-유사 3(초파리)
ARRDC5 5 함유 어레스틴 도메인
LAT T 세포 활성화를 위한 링커
PATL2 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질
A2M-AS1 A2M 안티센스 RNA 1
LINC01550
GVINP1 GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1
LINC00239 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239
PD와 양의 상관관계 및 EZH2 억제와 음의 상관관계로 발현하는 유전자
유전자 기호 전체 이름
E2F2 E2F 전사인자 2
RAD51 RAD51 재조합효소
POLQ 중합효소 (DNA 의존성), 세타
POLD1 중합효소 (DNA 의존성), 델타 1, 촉매소단위
MCM10 미니염색체 유지 복합체 성분 10
TRIP13 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13
TFRC 트랜스페린 수용체
MCM2 미니염색체 유지 복합체 성분 2
ENO1 에놀라제 1, (알파)
GTSE1 G-2 및 S-상 발현 1
UBE2T 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정)
CAD 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제
ORC1 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1
TPX2 TPX2, 미세소관 관련
ICAM1 세포간 접착 분자 1
KIF4A 키네신 패밀리 멤버 4A
CDC6 세포 분열 주기 6
CENPM 중심체 단백질 M
POLE2 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛
MTHFD1 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소
GINS1 GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체)
MYBL2 v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2
E2F1 E2F 전사인자 1
FAM83D 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D
CENPI 중심체 단백질 I
OIP5 오파 상호작용 단백질 5
RNASEH2A 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A
ASF1B 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론
CCNE1 사이클린 E1
SLC1A5 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5
MRPL4 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4
NAMPT 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제
NPM3 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3
TMEM97 막관통 단백질 97
NCAPG 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G
CDCA3 세포 분열 주기 관련 3
MCM3 미니염색체 유지 복합체 성분 3
GMNN 제미닌, DNA 복제 억제제
VEGFA 혈관 내피 성장 인자 A
SLC29A1 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1
KIF20A 키네신 패밀리 멤버 20A
CENPA 중심체 단백질 A
CDC20 세포 분열 주기 20
DUSP1 이중 특이성 포스파타제 1
CDK2 사이클린 의존성 키나아제 2
XPO5 엑스포틴 5
PAICS 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소
E2F8 E2F 전사인자 8
TUBG1 튜불린, 감마 1
TOP2A 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa
PCNA 증식 세포 핵 항원
RFC3 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa
CCNB1 사이클린 B1
SLC43A3 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3
TROAP 트로피닌 관련 단백질
ESPL1 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae)
TCF19 전사인자 19
SLC39A8 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8
DIAPH3 투명 관련 포르민 3
KIF2C 키네신 패밀리 멤버 2C
NUF2 NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분
DTL 무치아 E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리)
CDCA5 세포 분열 주기 관련 5
NCAPG2 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2
GINS4 GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체)
PLIN2 페리리핀 2
MKI67 증식 마커 Ki-67
CENPU 중심체 단백질 U
SKA1 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1
MAPK13 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13
TAGLN2 트랜스젤린 2
FDPS 파르네실 디포스페이트 신타아제
RECQL4 RecQ 단백질-유사 4
ATF3 활성화 전사 인자 3
IER5 즉각적인 조기 반응 5
TKT 트랜스케톨라제
CDC25A 세포 분열 주기 25A
E2F7 E2F 전사인자 7
RRM1 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1
CDT1 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1
SLC3A2 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2
FEN1 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1
ATF5 활성화 전사 인자 5
FASN 지방산 합성효소
CDK1 사이클린 의존성 키나아제 1
POLH 중합효소 (DNA 의존성), 에타
RRM2 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2
TYMS 티미딜레이트 합성효소
GSG2 생식 세포 관련 2 (하스핀)
JUN 준 원종양유전자
AURKB 오로라 키나아제 B
GINS3 GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체)
UPP1 우리딘 포스포릴라제 1
KIF18B 키네신 패밀리 멤버 18B
KLHL23 켈치-유사 패밀리 멤버 23
KIFC1 키네신 패밀리 멤버 C1
NME1 NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1
UHRF1 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사
CR과 양의 상관관계 및 T 세포 침투와 양의 상관관계로 발현하는 유전자 세트는 표 3a에 도시되어 있다. PD와 양의 상관관계 및 T 세포 배제와 양의 상관관계로 발현하는 유전자 세트는 표 4a에 도시되어 있다.
[표 3a]
CR과 양의 상관관계 및 T 세포 침투와 양의 상관관계로 발현하는 유전자 세트
Figure pct00017
[표 4a]
PD와 양의 상관관계 및 T 세포 배제와 양의 상관관계로 발현하는 유전자 세트
Figure pct00018
Figure pct00019
Figure pct00020
일부 구현예에서, 요법의 투여 및/또는 이와 관련된 임상 결과의 개연성 및/또는 가능성을 평가하기 위해, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 결정에 사용하기 위한 패널, 프로파일 및/또는 검정이 본원에서 제공된다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 샘플(예: BMA 샘플 또는 혈청 샘플, 예컨대 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 산물의 수준 및/또는 양을 측정, 평가, 검출 및/또는 정량화하기 위한 사용에 적합하다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 단백질 및/또는 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어 mRNA 또는 mRNA에서 유래된 cDNA이다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 10 이상 또는 20 이상의 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 나열된 유전자 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 요법의 투여 및/또는 이와 관련된 임상 결과의 개연성 및/또는 가능성을 평가하기 위해, 샘플(예: 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 측정, 평가 및/또는 결정에 사용하기 위한 패널, 프로파일 및/또는 검정이 본원에서 제공된다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 샘플(예: BMA 샘플 또는 혈청 샘플, 예컨대 요법(예: 세포 요법)을 받기 전 대상체에서 유래됨)에서 하나 이상의 유전자 세트의 수준 및/또는 양을 측정, 평가, 검출 및/또는 정량화하기 위한 사용에 적합하다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 10 이상 또는 20 이상의 유전자 세트의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트는 각각의 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5에 제시된 것을 포함하는 유전자 세트 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트는 각각의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 제시된 유전자 세트 중 하나 이상을 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 EZH2, T 세포 마커 유전자, 및 표 E2 및/또는 표 E4에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자로부터의 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 EZH2, T 세포 마커 유전자, 및 표 E3 및/또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자로부터의 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 각각의 표 E2 및/또는 표 E4에 제시된 것을 포함하는 유전자 세트의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 각각의 표 E3 및/또는 표 E5에 제시된 것을 포함하는 유전자 세트의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 일부 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 EZH2, CD3E, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1);칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239) 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1) 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1) 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239) 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 및 KIAA1551 (KIAA1551) 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 나열된 하나 이상의 유전자 세트에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 나열된 하나 이상의 유전자 세트, 및 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT 및 (ii) KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 표 E2A에 나열된 하나 이상의 유전자 세트에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 일부 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 표 E2B에 나열된 하나 이상의 유전자 세트에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 일부 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, 및 IRF2 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 표 1a 및/또는 표 2a에 나열된 하나 이상의 유전자 세트에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 표 3a 및/또는 표 4a에 나열된 하나 이상의 유전자 세트에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 일부 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 유전자 세트 HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, 및 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 유전자 세트 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다. 특정 구현예에서, 패널, 프로파일 및/또는 검정은 유전자 세트 HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2, 및 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE 중 하나 이상에서 유래한 유전자 산물의 측정, 평가 및/또는 정량화를 포함한다.
특정 구현예에서, 샘플은 요법, 예를 들어 면역요법 및/또는 세포 요법으로 치료하기 전에 대상체로부터 수득하거나, 수집하거나, 채취한다. 특정 구현예에서, 샘플은 세포 요법으로 치료하기 전에 대상체로부터 수득하거나, 수집하거나, 및/또는 채취한다. 특정 구현예에서, 세포 요법은 T 세포 요법이다. 특정 구현예에서, T 세포 요법은 하나 이상의 조작된 세포를 포함한다. 특정 구현예에서, 치료적 T 세포 요법은 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 발현하는 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 조작된 세포, 재조합 수용체를 발현하는 세포 또는 CAR을 발현하는 세포를 포함하지 않는다.
특정 구현예에서, 샘플은 요법, 예를 들어 면역요법 및/또는 세포 요법으로 치료 후에 대상체로부터 수득하거나, 수집하거나, 채취한다. 특정 구현예에서, 샘플은 세포 요법으로 치료 후, 예컨대 세포 요법의 투여 개시 후에 대상체로부터 수득하거나, 수집하거나, 채취한다. 특정 구현예에서, 세포 요법은 T 세포 요법이다. 특정 구현예에서, T 세포 요법은 하나 이상의 조작된 세포를 포함한다. 특정 구현예에서, 치료적 T 세포 요법은 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 발현하는 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 조작된 세포, 재조합 수용체를 발현하는 세포 또는 CAR을 발현하는 세포를 포함하지 않는다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 생물학적 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트는 생물학적 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, 샘플은 골수이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 골수 흡인물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 골수 샘플은 적어도 하나의 병든 세포 또는 암 세포를 포함하거나 포함하는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 병든 세포 또는 암 세포는 B 세포이다. 특정 구현예에서, 골수 샘플은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 골수 샘플은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 골수 샘플은 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 나열된 임의의 유전자 세트에서 유래한 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 mRNA이다. 특정 구현예에서, 골수 샘플은 각각의 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, 골수 샘플은 각각의 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5, (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 또는 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, 골수 샘플은 각각의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 표 4a, 및 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 또는 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 생물학적 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트는 생물학적 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, 샘플은 종양 샘플 또는 병변 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 림프절 생검이다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 또는 병변의 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 조직이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 적어도 하나의 병든 세포 또는 암 세포를 포함하거나 포함하는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 병든 세포 또는 암 세포는 B 세포이다. 특정 구현예에서, 샘플은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플은 각각의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 표 4a, 및 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 또는 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 mRNA이다. 특정 구현예에서, 샘플은 각각의 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5, (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 또는 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, 샘플은 각각의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 표 4a, 및 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 또는 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다.
특정 구현예에서, 생물학적 샘플은 림프절, 예를 들어 림프절 생검이거나 림프절에서 유래되거나 채취된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 EZH2, CD3E, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1);칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239)에서 선택되는 mRNA 또는 단백질, 또는 이의 일부 또는 단편이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KRLB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT 에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 KRLB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다.
특정 구현예에서, 생물학적 샘플은 림프절, 예를 들어 림프절 생검이거나 림프절에서 유래되거나 채취된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 다음 유전자 세트에 포함된 하나 이상의 유전자에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다: HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2, 및 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 HALLMARK_E2F_TARGETS에 포함된 하나 이상의 유전자에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 HALLMARK_G2M_CHECKPOINT에 포함된 하나 이상의 유전자에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 HALLMARK_MTORC1_SIGNALING에 포함된 하나 이상의 유전자에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2에 포함된 하나 이상의 유전자에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE에 포함된 하나 이상의 유전자에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다.
특정 구현예에서, 생물학적 샘플은 림프절, 예를 들어 림프절 생검이거나 림프절에서 유래되거나 채취된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2 중 하나 이상에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2 중 하나 이상에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다.
일부 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 혈청 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 말초 혈액 샘플이다. 일부 구현예에서, 혈액 샘플은 적어도 하나의 병든 세포 또는 암 세포를 포함하거나 포함하는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 병든 세포 또는 암 세포는 B 세포이다. 일부 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 EA, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 나열된 임의의 유전자 세트에서 유래한 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 일부 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KRLB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 일부 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 일부 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 KRLB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 유전자 산물을 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 각각의 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 EA, 표 E3, 표 E4 또는 표 E5, 또는 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 또는 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다. 특정 구현예에서, 혈액 또는 혈청 샘플은 각각의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 표 4a, 및 (i) PDCD1, LAG3, 및 TIGIT; 및 (ii), KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 제시된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트를 포함한다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 혈액, 예를 들어 혈장 또는 혈청 샘플에서 채취되거나 유래된 생물학적 샘플에서 측정, 평가, 정량화 또는 검출된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트는 혈액, 예를 들어 혈장 또는 혈청 샘플에서 채취되거나 유래된 생물학적 샘플에서 측정, 평가, 정량화 또는 검출된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 측정된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 EZH2, CD3E, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1);칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239)에서 선택되는 단백질의 전체 부분 및/또는 변형, 버전, 이소형 또는 단편, 또는 이의 일부 또는 단편이다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 혈액, 예를 들어 혈장 또는 혈청 샘플에서 채취되거나 유래된 생물학적 샘플에서 측정, 평가, 정량화 또는 검출된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트는 혈액, 예를 들어 혈장 또는 혈청 샘플에서 채취되거나 유래된 생물학적 샘플에서 측정, 평가, 정량화 또는 검출된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 측정된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 다음 유전자 세트 중 어느 하나에 포함된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 선택된 단백질의 전체 부분 및/또는 변형, 버전, 이소형 또는 단편이다: HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2, 및 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 HALLMARK_E2F_TARGETS에 포함된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 HALLMARK_G2M_CHECKPOINT에 포함된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 HALLMARK_MTORC1_SIGNALING에 포함된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2에 포함된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE에 포함된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 혈액, 예를 들어 혈장 또는 혈청 샘플에서 채취되거나 유래된 생물학적 샘플에서 측정, 평가, 정량화 또는 검출된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트는 혈액, 예를 들어 혈장 또는 혈청 샘플에서 채취되거나 유래된 생물학적 샘플에서 측정, 평가, 정량화 또는 검출된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 측정된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2 중 하나 이상에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2 중 하나 이상에서 선택되는 mRNA 또는 단백질이다.
특정 구현예에서, 채취한 생물학적 샘플에서 측정된 하나 이상의 단백질은 가용성이고, 막관통 도메인이 없고/거나 세포 표면에서 절단된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질은 혈관 내피 세포 상에서 발현되고/거나 내피 세포 활성화, 혈관 투과성 및/또는 혈관신생과 연관된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 단백질 또는 유전자의 증가된 수준은 완전 반응(CR) 또는 진행성 질병(PD)과 같은 특정 임상 결과의 증가된 가능성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단백질 또는 유전자의 증가된 수준은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 또는 여포성 림프종(FL)과 같은 비호지킨 림프종(NHL)의 특정 아형의 증가된 가능성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단백질 또는 유전자의 증가된 수준은 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 T 세포 배제와 같은 T 세포 반응의 증가된 가능성과 연관된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단백질 또는 유전자의 증가된 수준은 EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 관련된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 상향 조절은 완전 반응(CR) 또는 진행성 질병(PD)과 같은 특정 임상 결과의 증가된 가능성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 상향 조절은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 또는 여포성 림프종(FL)과 같은 비호지킨 림프종(NHL)의 특정 아형의 증가된 가능성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 상향 조절은 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 T 세포 배제와 같은 T 세포 반응의 증가된 가능성과 연관된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 세트의 상향 조절은 EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 관련된다.
일부 관점에서, 또한 본원에서 대상체가 세포 요법(예: CAR-T 세포)과 같은 요법을 받았거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물의 발현을 측정, 평가, 결정 및/또는 정량화하는 방법이 제공된다. 본원에 제시된 바와 같이, 세포 요법(예: CAR-T 세포)과 같은 요법의 투여 전 및/또는 후에 대상체 유래 샘플로부터 수득된 특정 유전자 산물의 발현은 임상 결과의 가능성 또는 개연성과 연관되거나 및/또는 상관관계가 있다. 일부 관점에서, 또한 본원에서 대상체가 요법, 예컨대 세포 요법(예: CAR-T 세포)을 받았거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현을 측정, 평가, 결정 및/또는 정량화하는 방법이 제공된다. 본원에 제시된 바와 같이, 세포 요법(예: CAR-T 세포)과 같은 요법의 투여 전 및/또는 후에 대상체 유래 샘플로부터 수득된 특정 유전자 세트의 발현은 임상 결과의 가능성 또는 개연성과 연관되거나 상관관계가 있다.
일부 관점에서, 샘플, 예를 들어 림프절 생검은 요법의 투여 개시 후 (약) 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 10일, 12일, 14일, 28일, 또는 그 이상 이내에 대상체로부터 수득되거나 수집된다. 일부 관점에서, 샘플, 예를 들어 림프절 생검은 요법의 투여 개시 후 및/또는 대상체가 임상 반응의 징후 또는 증상을 나타내기 전 14일 이내, 예를 들어 7일 이내, 3일 이내, 2일 이내 또는 1일 이내에 대상체로부터 수득되거나 수집된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 임의의 표 1-4 및 표 E2-E5에 제시된 것들 중 임의의 것을 포함하는 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 임의의 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 제시된 유전자 세트 중 임의의 것으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 세트는 임의의 표 1-4 및 표 E2-E5에 제시된 것들 중 임의의 것으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 세트는 임의의 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 제시된 유전자 세트 중 임의의 것으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551) 또는 이의 부분 또는 단편에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받은 후 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에서 선택된다. 일부 구현예에서, 이러한 하나 이상의 유전자 산물은 세포 요법과 같은 요법을 받은 후 특정 임상 반응(예: CR 또는 PD)을 나타내는 대상체의 가능성을 평가하거나 모니터링하기 위해 제공된 방법에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 하나 이상의 유전자 세트는 세포 요법과 같은 요법을 받은 후 특정 임상 반응(예: CR 또는 PD)을 나타내는 대상체의 가능성을 평가하거나 모니터링하기 위해 제공된 방법에 사용될 수 있다.
일부 관점에서, 샘플, 예를 들어 림프절 생검은 요법의 투여 개시 전 (약) 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 14일, 28일, 또는 그 이상 이내에 대상체로부터 수득되거나 수집된다. 일부 관점에서, 샘플, 예를 들어 림프절 생검은 요법의 투여 개시 전 및/또는 대상체가 임상 반응의 징후 또는 증상을 나타내기 전 14일 이내, 예를 들어 7일 이내, 2일 이내 또는 1일 이내에 대상체로부터 수득되거나 수집된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 임의의 표 1-4 및 표 E2-E5에 제시된 것, 및 EZH2 및 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자를 포함하는 유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 제시된 유전자 세트 중 임의의 것으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 세트는 임의의 표 1-4 및 표 E2-E5에 제시된 것으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 세트는 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 제시된 유전자 세트 중 임의의 것으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551) 또는 이의 부분 또는 단편에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체가 요법을 받거나 투여받기 전 수집된 대상체 유래 샘플에서 평가되는 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에서 선택된다. 일부 구현예에서, 이러한 하나 이상의 유전자 산물은 세포 요법과 같은 요법을 받기 전 특정 임상 반응(예: CR 또는 PD)을 나타내는 대상체의 가능성을 평가하거나 모니터링하기 위해 제공된 방법에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 하나 이상의 유전자 세트는 세포 요법과 같은 요법을 받기 전 특정 임상 반응(예: CR 또는 PD)을 나타내는 대상체의 가능성을 평가하거나 모니터링하기 위해 제공된 방법에 사용될 수 있다.
C. 유전자 발현 또는 유전자 산물의 측정 또는 평가
특정 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자, 예를 들어, 임상 결과와 양 또는 음의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자의 발현은 샘플에서 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량하는 것이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 발현은 유전자 산물의 합성에 유전자 정보가 사용되는 과정이거나 이를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 암호화된 정보로 조립, 생성 및/또는 합성되는 모든 생체분자이며 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 유전자 발현을 평가, 측정 및/또는 결정하는 것은 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도를 결정하거나 측정하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도는 형질전환(예: 정규화)되거나 직접 분석(예: 미가공)될 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 암호화되는 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어 mRNA이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 발현되고/되거나 암호화되는 폴리뉴클레오타이드다. 특정 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드 RNA이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA(tRNA), 리보솜 RNA, 작은 핵 RNA, 작은 핵소체 RNA, 안티센스 RNA, 긴 비암호화 RNA, 마이크로RNA, Piwi-상호작용 RNA, 작은 간섭 RNA 및/또는 짧은 헤어핀 RNA이다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 mRNA이다.
특정 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 샘플에서 하나 이상의 유전자 세트의 발현을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 표현형과 양 또는 음의 상관관계가 있는 발현을 갖는 유전자 세트의 발현은 샘플에서 유전자 세트의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량하는 것이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 세트의 발현은 유전자 농축 분석 방법(GSEA)을 포함하는 프로세스에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, GSEA는 차등적으로 발현되는 유전자를 결정하는 데 사용된다. 일 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 유전자 세트 농축 분석(GSEA)을 포함한다. 일부 구현예에서, 두 그룹의 샘플을 비교할 때 DEseq(Bioconductor 버전 1.24.0)를 필터링된 STAR 출력의 원시(raw) 유전자 수준 계수와 함께 사용할 수 있다.
일부 구현예에서, 선험적인 정의된 유전자 S 세트가 주어지면 S의 멤버(예: 개별 유전자)이 목록 L 전체에 무작위로 분포되어 있는지 또는 목록 L의 상단 또는 하단에서 주로 발견되는지 여부는 GSEA에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 유전자 세트 S의 멤버가 목록 L의 맨 아래로 향하는 경향이 있을 때, 유전자 세트는 표현형 클래스 구별과 상관 관계가 있다. 일부 구현예에서, 이것은 전체 순위 목록 L의 극단(상단 또는 하단)에서 집합 S가 과도하게 표현되는 정도를 반영하는 농축 점수(ES)를 계산하여 결정되며, 점수는 목록 L을 따라 내려가면서 S에 있는 유전자를 만났을 때 누적 합계 통계를 증가시키고 S에 없는 유전자를 만났을 때 누적 합계 통계를 감소시켜 계산된다. 증분의 크기는 유전자와 표현형의 상관관계에 따라 다르다. 일부 구현예에서, 농축 점수는 가중된 Kolmogorov-Smirnov 유사 통계에 해당하는 무작위 보행에서 발생하는 0으로부터의 최대 편차이다. 일부 구현예에서, 그런 다음 ES의 통계적 유의성(명목상 P 값)은 유전자 발현 데이터의 복잡한 상관 구조를 보존하는 경험적 표현형 기반 순열 테스트 절차에 의해 추정된다. 일부 구현예에서, 표현형 라벨이 치환되고 치환된 데이터에 대한 유전자 세트의 ES가 다시 계산되어 ES에 대한 null 분포가 생성된다. 그런 다음 관찰된 ES의 경험적, 명목상 P 값은 귀무 분포에 대해 상대적으로 계산될 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어 유전자 세트의 전체 데이터베이스가 평가될 때 추정된 유의 수준은 다중 가설 테스트를 설명하기 위해 조정된다. 예를 들어, 각 유전자 세트에 대한 ES는 먼저 세트의 크기를 설명하도록 표준화되어 표준화된 농축 점수(NES)를 산출한다. 그런 다음 각 NES에 해당하는 FDR(오탐지율)을 계산하여 오탐지의 비율을 제어한다. 이러한 방식으로 FDR은 주어진 NES가 있는 세트가 잘못된 긍정 결과를 나타낼 추정된 확률이다; NES에 대해 관찰된 분포와 null 분포의 꼬리를 비교하여 계산된다.
일부 구현예에서, GSEA는 i) 선택된 표현형과의 상관관계를 기반으로 데이터 세트(예: DNA 마이크로어레이 분석의 유전자 발현 프로파일)에서 유전자의 순위를 매기고, ii) 유전자 세트의 모든 멤버를 식별하고, in) 관찰된 순위와 무작위 분포에서 예상되는 순위 간의 차이를 나타내는 정규화된 농축 점수(NES)일 수 있는 농축 점수(ES)를 계산하여 수행된다. 일부 구현예에서, ES 및/또는 NES를 계산한 후, 방법은 샘플 라벨을 무작위화하고 무작위 분포를 기반으로 유전자 세트에 대한 ES 및/또는 NES를 계산한다. 일부 구현예에서, 이 프로세스는 무작위 ES 점수의 분포를 생성하기 위해 여러 번 반복된다. 무작위화된 ES 및/또는 NES 점수를 훨씬 능가하는 관찰된 ES 및/또는 NES 점수는 유의한 것으로 간주되며, 이에 의해 주어진 유전자 세트가 생물학적 표현형 간에 상향 조절되거나 하향 조절되거나 차등적으로 발현됨을 나타낸다. 농축 점수는 유전자 세트의 유전자가 순위가 매겨진 유전자 목록의 맨 위 또는 맨 아래에 과도하게 표시되는 정도를 반영하며, 여기서 양의 농축 점수는 유전자 세트가 순위가 매겨진 유전자 목록(예: 상향 조절된 유전자 세트)의 상단에 과도하게 표시되었음을 반영하고, 음의 농축 점수는 유전자 세트가 순위가 매겨진 유전자 목록(예: 하향 조절된 유전자 세트)의 맨 아래에 과도하게 표시되었음을 반영한다.
일부 구현예에서, 상향조절된 유전자 세트는 표현형과 양의 상관관계가 있는 유전자 세트이다. 일부 구현예에서, 상향조절된 유전자 세트는 양의 농축 점수(ES)를 갖는 유전자 세트로, 순위 목록의 맨 위 또는 그쪽으로 순위가 매겨진다. 일부 구현예에서, 상향조절된 유전자 세트는 양으로 농축된 유전자 세트이다. 일부 구현예에서, 하향조절된 유전자 세트는 표현형과 음의 상관관계가 있는 유전자 세트이다. 일부 구현예에서, 하향조절된 유전자 세트는 음의 농축 점수(ES)를 갖는 유전자 세트로, 순위 목록의 맨 아래 또는 그쪽으로 순위가 매겨진다. 일부 구현예에서, 하향조절된 유전자 세트는 음으로 농축된 유전자 세트이다. 예를 들어, 표현형은 암, 암 유형(예: FL 또는 DLBCL), T 세포 침투 수준(예: 높음 또는 낮음), 또는 치료에 대한 반응(예: CR 또는 PD)일 수 있다. 일부 구현예에서, 표현형은 암이다. 일부 구현예에서, 표현형은 암의 일종이다 일부 구현예에서, 표현형은 T 세포 침투이다 일부 구현예에서, 표현형은 치료에 대한 반응이다.
일부 구현예에서, 거짓 발견 비율(FDR) 및 log2 배수 변경 컷오프는 그룹 간에 잠재적으로 차등적으로 발현되는 유전자의 순위를 지정하는 데 사용된다. 일부 경우에, 전체 전사체의 차등 분석에서 순위가 매겨진 유전자 목록은 빠른 유전자 세트 농축 분석(fGSEA) 분석 (Bioconductor version 1.10.1)에 사용되어 양 또는 음의 정규화 농축 점수(NES) 및 각 유전자 세트에 대한 다중 테스트 조정된 p-값을 생성한다.
특정 구현예에서, 샘플에서 폴리뉴클레오타이드의 양 또는 수준은 당업계에 공지된 임의의 적합한 수단에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드 유전자 산물의 양 또는 수준은 역전사효소(rt) PCR, 액적 디지털(droplet digital) PCR, 실시간 및 정량적 PCR(qPCR) 방법을 포함하는 중합효소 연쇄 반응(PCR)(예를 들어, TAQMAN®, molecular beacon, LIGHTUP?, SCORPION?, SIMPLEPROBES® 포함; 예를 들어, 미국 특허 번호 5,538,848; 5,925,517; 6,174,670; 6,329,144; 6,326,145 및 6,635,427 참조); 노던 블로팅; 예를 들어, 역전사 산물 및 유도체의 서던 블롯팅(Southern blotting); 블롯팅 어레이, 마이크로어레이 또는 인시츄(in situ)-합성 어레이를 포함하는 어레이 기반 방법; 및 시퀀싱, 예를 들어 합성에 의한 시퀀싱, 파이로시퀀싱, 디데옥시 시퀀싱 또는 결찰에 의한 시퀀싱, 또는 당업계에 공지된 임의의 다른 방법, 예컨대 Shendure et al., Nat. Rev. Genet. 5:335-44 (2004) or Nowrousian, Euk. Cell 9(9): 1300-1310 (2010)에서 논의된 바와 같음, HELICOS®, ROCHE® 454, ILLUMINA®/SOLEXA®, ABI SOLiD®, 및 POLONATOR® 시퀀싱과 같은 특정 플랫폼 포함,에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화될 수 있다. 특정 구현예에서, 핵산 유전자 산물의 수준은 qRT-PCR과 같은 정량적 PCR(qPCR) 방법에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, qRT-PCR은 각 유전자에 대해 3개의 핵산 세트를 사용하며, 여기서 3개의 핵산은 프라이머가 결합하는 표적 핵산 영역 사이에 결합하는 프로브와 함께 프라이머 쌍을 포함한다(상업적으로 TAQMAN® 분석으로 알려져 있음).
특정 구현예에서, RNA 유전자 산물의 양 또는 수준을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 단계는 RNA 유전자 산물로부터 cDNA 폴리뉴클레오타이드 및/또는 cDNA 올리고뉴클레오타이드를 생성, 중합 및/또는 유도하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, RNA 유전자 산물은 RNA 유전자 산물로부터 유래된 cDNA 폴리뉴클레오타이드 및/또는 cDNA 올리고뉴클레오타이드를 직접 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 RNA 유전자 산물 및/또는 RNA 유전자 산물로부터 유래된 cDNA 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드에 접촉되어 RNA 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화한다. 일부 구현예에서, 본원에서 RNA 유전자 산물(또는 이로부터 유래된 cDNA)의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 검출 및/또는 정량하는데 적합한 올리고뉴클레오타이드 프라이머가 제공된다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 혼성화하고/하거나 RNA 유전자 산물 및/또는 이로부터 유래된 cDNA에 혼성화할 수 있다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 또는 표 1-4, 또는 표 E2-4 중 어느 하나에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자에 의해 발현 및/또는 암호화되는 RNA 유전자 산물, 또는 이로부터 유도된 cDNA에 혼성화되고/되거나 혼성화할 수 있다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a 중 어느 하나에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자에 의해 발현 및/또는 암호화되는 RNA 유전자 산물, 또는 이로부터 유도된 cDNA에 혼성화되고/되거나 혼성화할 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머 세트는 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 임의의 것, 또는 본 출원의 어느 곳에서나 기술된 것을 포함하는 임의의 유전자에 의해 암호화되는 임의의 RNA 유전자 산물에 대해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머 세트는 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 나열된 임의의 것을 포함하는 임의의 유전자에 의해 암호화되는 임의의 RNA 유전자 산물에 대해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머 세트는 PDCD1, LAG3, TIGIT를 포함하는 임의의 유전자에 의해 암호화되는 임의의 RNA 유전자 산물에 대해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머 세트는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21을 포함하는 임의의 유전자에 의해 암호화되는 임의의 RNA 유전자 산물을 위해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 주어진 RNA 유전자 산물에 특이적인 프라이머에 도달하기 위해 분자 생물학 분야의 통상의 기술을 사용하여 용이하게 설계될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 약 10-100개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100개 뉴클레오타이드 또는 그 이상의 길이를 가지며 프라이머의 서열은 원하는 용융 온도 ("Tm"; 예를 들어, 약 45-72 °C, 예를 들어, 약 45, 50, 55, 60, 65, 70, 72 °C 또는 그 이상) 및 특이성을 달성하도록 쉽게 조정될 수 있다. 당업자는 2차 구조, 프라이머 이량체, 염 농도, 핵산 농도 등과 같은 인자를 쉽게 설명할 것이다. 본원에서 제공되는 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 천연 발생 데옥시리보뉴클레오타이드로 구성될 수 있거나(또는 본질적으로 구성될 수 있음) 비천연 뉴클레오타이드, 인공 골격(예: PNA) 및 형광 표지와 같은 검출 가능한 표지와 같은 변형을 선택적으로 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 형광성 표지는 올리고뉴클레오타이드 프라이머에 부착, 예를 들어 공유 부착된다.
특정 구현예에서, 2개 이상의 유전자 발현이 동시에 측정되거나 평가된다. 특정 구현예에서, 2개 이상의 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도를 측정, 결정 및/또는 정량화하기 위한 다중 PCR, 예를 들어 다중 rt-PCR 평가 또는 다중 정량적 PCR(qPCR). 일부 구현예에서, 마이크로어레이(예: AFFYMETRIX®, AGILENT® 및 ILLUMINA® 스타일 어레이)는 2개 이상의 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 마이크로어레이는 RNA 유전자 산물에서 유래된 cDNA 폴리뉴클레오타이드의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물, 예를 들어 폴리뉴클레오타이드 유전자 산물의 발현은 유전자 산물의 시퀀싱 및/또는 유전자 산물로부터 유래된 cDNA 폴리뉴클레오타이드의 시퀀싱에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 시퀀싱은 비-생거 시퀀싱 방법 및/또는 차세대 시퀀싱(NGS) 기술에 의해 수행된다. 차세대 시퀀싱 기술의 예는 Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS), Polony sequencing, pyrosequencing, Reversible dye-terminator sequencing, SOLiD sequencing, Ion semiconductor sequencing, DNA nanoball sequencing, Helioscope single molecule sequencing, Single molecule real time (SMRT) sequencing, Single molecule real time (RNAP) sequencing, 및 Nanopore DNA sequencing 를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다.
일부 구현예에서, NGS 기술은 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 유전자 산물의 발현은 RNA-Seq에 의해 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 전체 전사체 샷건 시퀀싱이라고도 하는 RNA-Seq는 샘플에서 RNA의 존재와 양을 결정한다. RNA 시퀀싱 방법은 가장 일반적인 DNA 시퀀싱 플랫폼[HiSeq systems (Illumina), 454 Genome Sequencer FLX System (Roche), Applied Biosystems SOLiD (Life Technologies), IonTorrent (Life Technologies)]에 맞게 조정되었다. 이러한 플랫폼은 RNA의 cDNA로의 초기 역전사를 필요로 한다. 반대로, 단일 분자 시퀀서 HeliScope(Helicos BioSciences)는 시퀀싱을 위한 템플릿으로 RNA를 사용할 수 있다. PacBio RS 플랫폼에서 직접 RNA 시퀀싱에 대한 원리 증명도 입증되었다(Pacific Bioscience). 일부 구현예에서, 하나 이상의 RNA 유전자 산물은 RNA-seq에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, RNA-seq는 태그 기반 RNA-seq이다. 태그 기반 방법에서 각 성적표는 고유한 태그로 표시된다. 처음에 태그 기반 접근 방식은 태그(카운트)의 수가 mRNA 분자의 풍부함에 직접 해당한다고 가정하여 전사체 풍부함을 측정하고 차등적으로 발현된 유전자를 식별하기 위한 서열 기반 방법으로 개발되었다. 정의된 영역을 시퀀싱하여 얻은 샘플의 복잡성 감소는 Sanger 기반 방법을 저렴하게 만드는 데 필수적이었다. NGS 기술을 사용할 수 있게 되자 생성할 수 있는 많은 수의 판독이 차등 유전자 발현 분석을 용이하게 했다. 샷건 방법에서 관찰된 것과 같은 유전자 발현 수준의 정량화에서 전사체 길이 편향은 태그 기반 방법에서 발생하지 않는다. 모든 태그 기반 방법은 정의상 가닥에 따라 다르다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 RNA 유전자 산물은 태그 기반 RNA-seq에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, RNA-seq는 샷건 RNA-seq이다. Shotgun RNA-seq에 대해 수많은 프로토콜이 설명되었지만, 다음과 같은 공통점이 많다: 단편화(RNA 수준 또는 cDNA 수준에서 발생할 수 있음, RNA에서 cDNA로 전환 (올리고 dT 또는 무작위 프라이머로 수행), 제2-가닥 합성, 3' 및 5' 말단에서(RNA 또는 DNA 수준에서) 어댑터 서열 연결 및 최종 증폭 일부 구현예에서, RNA-seq는 폴리(A)+　RNA가 단편화 전에 선택되는 경우 폴리아데닐화된 RNA 분자(주로 mRNA뿐만 아니라 일부 lncRNA, snoRNA, 유사유전자 및 히스톤)에만 초점을 맞출 수 있으며, 선택이 수행되지 않은 경우 폴리아데닐화되지 않은 RNA도 포함할 수 있다. 후자의 경우 리보솜 RNA(총 RNA 풀의 80% 이상)는 단편화 전에 고갈되어야 한다. 따라서, 전사체의 mRNA 부분 캡처의 차이가 감지된 전사체 유형의 부분적 중복을 초래한다는 것이 분명하다. 또한, 다른 프로토콜은 시퀀싱된 읽기의 풍부함과 분포에 영향을 미칠 수 있다. 이것은 다른 라이브러리 제조 프로토콜을 사용한 실험의 결과를 비교하기 어렵게 만든다.
일부 구현예에서, 각 림프절 생검 샘플과 같은 각 샘플의 RNA를 획득하고 단편화하고 시퀀싱을 위한 cDNA 라이브러리와 같은 상보적 DNA(cDNA) 샘플을 생성하는 데 사용한다. 리드는 처리되고 인간 게놈에 맞춰 정렬될 수 있으며 유전자/이소형 당 예상 매핑 수는 추정되고 리드 카운트를 결정하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 리드 카운트는 유전자/이소형의 길이 및 라이브러리의 리드 수로 정규화되어 정규화된 FPKM을 산출하고, 예를 들어, 유전자/이소형의 길이 및 라이브러리의 리드 수로 유전자 길이 및 총 맵핑된 리드에 따라 백만 매핑된 읽기당 엑손의 킬로베이스당 단편 (fragments per kilobase of exon per million mapped reads, FPKM)을 산출한다. 일부 관점에서, 샘플 간 정규화는 예를 들어 분위수 정규화 FPKM(FPKQ) 값을 산출하기 위해 모든 샘플에서 75번째 분위수의 중앙값으로 각 샘플을 스케일링하는 75번째 분위수 정규화와 같은 정규화에 의해 달성된다. FPKQ 값은 로그 변환(log2)될 수 있다.
일부 구현예에서, 뉴클레오타이드 앱타머를 포함하는 기술 및 방법은 폴리뉴클레오타이드 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도를 측정, 평가, 정량화 및/또는 결정하는 데 사용된다. 적합한 뉴클레오타이드 앱타머는 알려져 있으며 Cox and Ellington, Bioorganic & Medicinal Chemistry. (2001) 9 (10): 2525-2531; Cox et al., Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. (2002) 5 (4): 289-29; Cox et al., Nucleic Acids Research. (2002) 30(20): e108에 기술된 것들을 포함한다.
일부 구현예에서, RNA-seq는 전체 RNA, 예를 들어 샘플의 전체 RNA를 시퀀싱하기 위해 수행된다. 특정 구현예에서, RNA-seq은 mRNA, tRNA, 리보솜 RNA, 작은 핵 RNA, 작은 핵소체 RNA, 안티센스 RNA, 긴 비암호화 RNA, 마이크로RNA, Piwi-상호작용 RNA, 작은 간섭 RNA 및/또는 짧은 헤어핀 RNA 중 하나 이상을 시퀀싱하기 위해 수행된다. 특정 구현예에서, RNA-seq은 mRNA, tRNA, 리보솜 RNA, 작은 핵 RNA, 작은 핵소체 RNA, 안티센스 RNA, 긴 비암호화 RNA, 마이크로RNA, Piwi-상호작용 RNA, 작은 간섭 RNA 및/또는 짧은 헤어핀 RNA 만을 시퀀싱하기 위해 수행된다. 특정 구현예에서, RNA-seq는 mRNA 유전자 산물을 시퀀싱하기 위해 수행된다.
일부 구현예에서, RNA 추출 후 Illumina RNA Access Kit로 발현을 분석하여 바코드 라이브러리를 생성한 다음 정량화한다. 일부 관점에서, 라이브러리 자료는 여러 레인에 분산되고 레인당 다중화된 샘플과 함께 기기(예: Illumina Hiseq 4000, Hiseq X 또는 NextSeq)에 로드된다. 일부 경우에, 최소 시퀀싱 깊이는 시퀀싱 길이가 50염기쌍(bp)인 처음 3개 배치에 대해 2천만 쌍의 말단 읽기 및 나머지 배치에 대해 4천만 쌍 말단 판독이다.
일부 구현예에서, 시퀀스 정렬이 수행된다. 일부 경우에, fastq 파일의 읽기 품질은 FastqQC(v 0.11.5)를 사용하여 평가되고, fastq 파일은 fastq 형식을 준수하고 필요한 경우 품질 인코딩을 q33으로 변환하기 위해 bbmap 재포맷(v.37.24)을 사용하여 테스트된다. 일부 경우에, Illumina 어댑터는 cutadapt(v1.15)를 사용하여 트리밍되고 결과 fastq 파일은 연어, STAR 및 기타 모든 다운스트림 프로세스에 사용된다.
일부 구현예에서, hg38의 기본 어셈블리(ENCODE GRCh38.p5)와 Gencode 릴리스 24의 주석이 사용된다. 키메라 항원 수용체(CAR)의 서열은 CAR T 세포 주입 후 수집된 샘플이 정량화된 CAR 서열을 가질 수 있도록 게놈에 연결될 수 있다. 전체 게놈에서 STAR(v2.5.2b)를 사용하여 2-패스 모드를 사용하여 정렬을 수행할 수 있으며 quantmode GeneCounts 옵션을 사용하여 카운트를 얻을 수 있고; STAR는 또한 clip3pAdapterSequence 옵션을 사용하여 즉석에서 읽기를 트리밍하는 데 사용된다. Salmon (v 0.7) 를 사용하여 다듬어진 fastq 파일의 전사체 및 유전자에 대한 유사정렬을 얻을 수 있다. 일부 경우에, 정렬의 품질은 피카드 도구(v2.18), 특히 MarkDuplicates를 사용하여 중복 읽기를 표시하지만 제거하지 않고, InsertSizeMetrics, CollectAlignmentSummaryMetrics 및 CollectRNAseqMetrics를 사용하여 평가된다.
일부 구현예에서, RNA-Access 라이브러리 제조는 엑손을 암호화하는 RNA 단편을 캡처하기 위해 엑솜 어레이를 사용한다. 따라서, 일부 경우에, RNA-접근 프로브 세트의 일부가 아닌 STAR 및 연어 출력의 모든 유전자는 CAR 구성에 대한 판독 카운트가 유지되는 것을 제외하고 제거된다.
일부 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 암호화되고/되거나 발현되는 단백질, 즉 폴리펩타이드거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 세포 표면에 국한 및/또는 노출된 단백질을 암호화한다. 일부 구현예에서, 단백질은 가용성 단백질이다. 특정 구현예에서, 단백질은 세포에서 분비된다.
특정 구현예에서, 유전자 발현은 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 양, 수준 및/또는 농도이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질 유전자 산물은 당업계에 공지된 임의의 적합한 수단에 의해 측정된다. 수준, 양 또는 농도 또는 그 이상의 단백질 유전자 제품을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 데 적합한 방법은 면역분석, 핵산 기반 또는 단백질 기반 앱타머 기술, HPLC(고정밀 액체 크로마토그래피), 펩타이드 시퀀싱(예: Edman 분해 시퀀싱 또는 질량 분석기(예: MS/MS), 선택적으로 HPLC에 결합됨) 및 전술한 것의 마이크로어레이 적응(핵산, 항체 또는 단백질-단백질(즉, 비항체) 어레이 포함)을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 일부 구현예에서, 면역분석은 예를 들어, 유전자 산물에 대한 항체 또는 항원 결합 항체 단편의 결합을 검출함으로써 면역학적 반응에 기초하여 단백질을 검출하는 방법 또는 분석이거나 이를 포함한다. 면역분석은 정량적 면역세포화학 또는 면역조직화학, ELISA(직접, 간접, 샌드위치, 경쟁, 다중 및 휴대용 ELISA 포함(예를 들어, 미국 특허 번호 7,510,687 참조)), 웨스턴 블로팅(1차원, 2차원 또는 더 높은 차원의 블로팅 또는 기타 크로마토그래피 수단 포함, 선택적으로 펩타이드 시퀀싱 포함), 효소 면역 분석(EIA), RIA(방사성 면역 분석) 및 SPR(표면 플라즈몬 공명)을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다.
일부 구현예에서, 유전자 발현 산물은 단백질이다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 산물은 단백질, 예를 들어 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 또는 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 및/또는 표 E5 중 어느 하나에 나열된 것들 중 임의의 것을 포함하는 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형이다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 산물은 단백질, 예를 들어 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및/또는 표 4a에 제시된 임의의 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형이다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 산물은 단백질, 예를 들어 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21를 포함하는 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형이다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 산물은 단백질, 예를 들어 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT를 포함하는 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형이다. 특정 구현예에서, 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형은 가용성이다. 일부 구현예에서, 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형에는 막관통 도메인이 없다. 특정 구현예에서, 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형은 세포 표면이나 표면 내에서 발현되지 않는다. 일부 구현예에서, 단백질의 분획, 부분, 변이체, 버전 및/또는 이소형은 세포 표면에서 절단되었다.
본원에서 제공된 방법, 키트 및 조성물의 실시는 또한 통상적인 생물학 방법, 소프트웨어 및 시스템을 사용할 수 있다. 예를 들어, 유전자, 예를 들어, EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 및/또는 표 E5에 나열된 것들 중 임의의 것을 포함하는 유전자, PDCD1, LAG3 및/또는 TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및 CCL21, 또는 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및 표 4a에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자의 전사체 또는 부분 전사체의 발현 수준을 측정하는 수단; 발현 수준을 치료의 투여 후 및/또는 치료와 관련된 개연성 및/또는 가능성의(예컨대, 임상 결과(예: CR 또는 PD)의, NHL 아형의, EZH2 억제제를 사용하는 치료의 및/또는 T 세포 반응(예: TME로의 침투 또는 TME로부터의 배제)의 분류와 연관시키기 위한 수단; 및 개연성 및/또는 가능성을 출력하기 위한 수단은 본원에서 기술되거나 달리 공지된 바와 같은 통상적인 생물학 방법, 소프트웨어 및 시스템을 사용할 수 있다. 제공된 방법, 조성물 및 키트와 함께 사용하기 위한 컴퓨터 소프트웨어 제품은 일반적으로 본 발명의 방법의 논리 단계를 수행하기 위한 컴퓨터 실행가능 명령을 갖는 컴퓨터 판독가능 매체를 포함한다. 적절한 컴퓨터 판독 가능 매체는 플로피 디스크, CD-ROM/DVD/DVD-ROM, 하드 디스크 드라이브, 플래시 메모리, ROM/RAM, 자기 테이프 등을 포함한다. 컴퓨터 실행 가능 명령어는 적절한 컴퓨터 언어 또는 여러 언어의 조합으로 작성될 수 있다. 기본적인 계산 생물학 방법은 예를 들어 Setubal and Meidanis et al., Introduction to Computational Biology Methods (PWS Publishing Company, Boston, 1997); Salzberg, Searles, Kasif, (Ed.), Computational Methods in Molecular Biology, (Elsevier, Amsterdam, 1998); Rashidi and Buehler, Bioinformatics Basics: Application in Biological Science and Medicine (CRC Press, London, 2000) and Ouelette and Bzevanis Bioinformatics: A Practical Guide for Analysis of Gene and Proteins (Wiley & Sons, Inc., 2.sup.nd ed., 2001)에 설명되어 있다. 미국 특허 번호 6,420,108 참조.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 샘플에서 상응하는 하나 이상의 유전자 산물의 양을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 샘플에서 하나 이상의 유전자를 평가하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 반응, 예를 들어, CR 또는 PD와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 샘플 내의 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플 내의 하나 이상의 상응하는 유전자 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 측정된다. 특정 구현예에서, NHL의 아형, 예를 들어, DLBCL 또는 FL과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 샘플 내의 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플 내의 하나 이상의 상응하는 유전자 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 측정된다. 특정 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 샘플 내의 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플 내의 하나 이상의 상응하는 유전자 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 측정된다. 특정 구현예에서, T 세포 반응, 예를 들어, TME로의 침투 또는 TME로부터의 배제와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 샘플 내의 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플 내의 하나 이상의 상응하는 유전자 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 측정된다. 특정 구현예에서, 샘플에서 유전자 발현은 유전자에 의해 암호화되는 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어, CR 또는 PD와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 임상 결과와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, NHL 아형, 예를 들어, DLBCL 또는 FL과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 사용 또는 치료와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, T 세포 반응, 예를 들어, TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, T 세포 반응과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 및 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 나열된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 암호화되는 2 이상의 이소형 중 하나이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551), 또는 이의 일부 중 하나 이상의 산물이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, TIGIT 또는 이의 일부 중 하나 이상의 산물이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 또는 이의 일부 중 하나 이상의 산물이다.
특정 구현예에서, 임상 결과(예: PD)와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 RNA 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 mRNA이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 및/또는 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자에 의해 생산 또는 암호화되는 mRNA이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 2a(예: HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)에 나열된 하나 이상의 유전자에 의해 생산 또는 암호화되는 mRNA이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 E2B에 나열된 하나 이상의 유전자에 의해 생산 또는 암호화되는 mRNA이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 및 KIAA1551 (KIAA1551) 중 하나 이상에 의해 암호화되는 mRNA 산물이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 하나 이상에 의해 암호화되는 mRNA 산물이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT 중 하나 이상에 의해 암호화되는 mRNA 산물이다.
특정 구현예에서, 임상 결과(예: PD)와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화 또는 발현되는 단백질의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 및/또는 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질, 또는 이의 부분 또는 변이체이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 2a(예: HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)에 나열된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질, 또는 이의 부분 또는 변이체이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 E2B에 나열된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질, 또는 이의 부분 또는 변이체이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551)에서 선택되는 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에서 선택되는 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT에서 선택되는 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어, CR과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 독성과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 및/또는 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 3a(예: HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)에 나열된 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 E2B에 나열된 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물은 유전자에 의해 암호화되는 2 이상의 이소형 중 하나이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551) 중 하나 이상의 산물이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 하나 이상의 산물이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT 중 하나 이상의 산물이다.
특정 구현예에서, 임상 결과(예: CR)와 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 RNA 산물의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 및/또는 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사체이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 3a(예: HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)에 나열된 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사체이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 표 E2A에 나열된 하나 이상의 유전자의 하나 이상의 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사체이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551) 중 하나 이상에 의해 생산 또는 암호화되는 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사체이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 하나 이상에 의해 생산 또는 암호화되는 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사체이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물은 PDCD1, LAG3, 또는 TIGIT 중 하나 이상에 의해 생산 또는 암호화되는 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사체이다.
특정 구현예에서, 임상 결과(예: CR)와 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자의 발현은 유전자에 의해 암호화 또는 발현되는 단백질의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 및/또는 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 표 3a(예: HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)에 나열된 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 표 E2B에 나열된 유전자에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 및 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551)에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 또는 CCL21에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질이다. 일부 구현예에서, 유전자 산물은 PDCD1, LGA3, 또는 TIGIT에 의해 암호화, 생산 및/또는 발현되는 단백질이다.
특정 구현예에서, 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응, EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 및 NHL의 아형 중 하나 이상과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 하나 이상의 유전자 산물, 및 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응, EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 및 NHL의 아형 중 하나 이상과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자가 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, EZH2 및 임의의 표 E2 및/또는 표 E3에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 및 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 E4 또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, 표 1a 및/또는 표 2a에 나열된 하나 이상의 유전자의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다. 특정 구현예에서, 표 E2A 및/또는 표 E2B에 나열된 하나 이상의 유전자의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, EZH2, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)의 하나 이상의 유전자 산물 및 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239)의 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정되고, 및 SRC, FGR, YES와 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); 막관통 단백질 71 (TMEM71); KIAA1551 (KIAA1551)에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, AURKA, BRCA2, CCP110, CENPE, CKS2, DCLRE1B, DNMT1, DONSON, EED, GINS1, GINS4, H2AFZ, LIG1, MAD2L1, MCM2, MCM4, MCM5, MCM7, MELK ,MMS22L, NAA38, NASP, NUDT21, NUP205, ORC6, PCNA, PLK4, POLE, PRIM2, RAD51AP1, RFC2, RPA2, RPA3, SUV39H1, TMPO, UBE2T, WDR90, CDK1, MCM3, TOP2A, MCM6, BIRC5, CCNB2, RRM, HMGB2, BUB1B, RFC3, EZH2, CHEK1, SMC4, MKI67, CDC20, PLK1, KIF2C, DLGAP5, AURKB, CDC25A, TRIP13, H2AFX, HMMR, E2F8, BRCA1, MYBL2, POLD1, RACGAP1, CKS1B, KPNA2, MSH2, CDKN3, ATAD2, RPA1, STMN1, TIPIN, TK1, CDCA8, ESPL1, NCAPD2, RANBP1, MRE11A, KIF4A, LMNB1, KIF22, UNG, SMC1A, CCNE1, CDCA3, ASF1B, POLA2, TIMELESS, HELLS, UBE2S, PRKDC, RAN, USP1, SPAG5, POLD3, DUT, TACC3, KIF18B, CDC25B, SRSF1, GINS3, NOLC1, SLBP, CHEK2, SPC25, BARD1, DCTPP1, SMC3, RNASEH2A, DEK, CENPM, RAD51C, CBX5, RFC1, POLD2, DSCC1, ILF3, DEPDC1, DCK, CDKN2C, MYC, TCF19, RAD1, LBR, NBN, PTTG1, UBR7, POLE4, TUBG1, CTCF, RQCD1, TUBB, SMC6, ZW10, PA2G4, SSRP1, NAP1L1, ANP32E, HMGB3, IPO7, RAD21, CDK4, CDKN1A, BRMS1L, RAD50, TRA2B, CSE1L, PAICS, STAG1 ,LUC7L3, PPM1D, NME1, SRSF2, XPO1, HNRNPD, PMS2, ASF1A, EXOSC8, MLH1, NUP107, ORC2, TP53 ,TFRC, HMGA1, PSIP1, DDX39A, SNRPB, CDKN1B, MTHFD2, WEE1, PRDX4, PHF5A, TBRG4, SHMT1, PRPS1, DIAPH3, NUP153, PSMC3IP, XRCC6, PNN, HUS1, RBBP7, PDS5B, NOP56, MXD3, PPP1R8, GSPT1, CDKN2A, AK2, CIT, ING3, HN1, POP7, SYNCRIP, EIF2S1, LYAR, PAN2, 및 SPC24에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, AURKA, CCNA2, TOP2A, CCNB2, CENPA ,BIRC5, CDC20, PLK1, TTK, PRC1, NDC80, KIF11, NUSAP1, CKS2, KIF2C, MKI67, AURKB, TPX2, SMC4, BUB1, CENPF, RACGAP1, CENPE, KIF23, UBE2C, MCM6, MCM3, PTTG1, CDK1, KIF4A, ESPL1, MAD2L1, NEK2, KIF22, HMMR, KPNA2, CDKN3, CDC25A, H2AFX, CDC25B, PLK4, CDC6, CCNF, MCM5, LMNB1, E2F3, KIF15, CHEK1, UBE2S, WHSC1, HMGB3, DBF4, TACC3, MCM2, CDKN2C, CDKN1B, FANCC, NASP, STAG1, GINS2, FBXO5 ,POLQ ,EZH2, RAD21, STMN1, SUV39H1, PRIM2, E2F1, CHAF1A, NOLC1, GSPT1, BUB3, SMC1A, ILF3, CDC7, INCENP, CKS1B, EXO1, H2AFZ, TFDP1, CCND1, KPNB1, HN1, LBR, HUS1, KIF20B, TOP1, DS5B, SRSF1, STIL, ABL1, DTYMK, CDC27, BARD1, ATF5, CDC45, ODC1, XPO1, SFPQ, TMPO, PML, BRCA2, CTCF, CASC5, SETD8, SLC38A1, TRA2B, MYBL2, TROAP, PAPD7, CUL3, MAPK14, HIST1H2BK, MYC, AMD1, CBX1, CHMP1A, DKC1, YTHDC1, CCNT1, TGFB1, ATRX, LIG3, NUP50, SLC7A5, RBL1, NUMA1, RAD54L, EFNA5, PRPF4B, UCK2, ARID4A, CUL1, UPF1, DR1, MNAT1, SMC2, RBM14, RPA2, SQLE, ORC6, CDK4, POLE, RASAL2, HOXC10, RPS6KA5, CUL4A, SLC7A1, FOXN3, HMGA1, SS18, TRAIP, PRMT5, CUL5, DDX39A, MARCKS, PBK, ORC5, SAP30, KATNA1, HNRNPD, POLA2, HIRA, HIF1A, SYNCRIP, TLE3, NCL, RAD23B, E2F2, HMGN2, SRSF10, SNRPD1, CASP8AP2, SMARCC1, SLC12A2, NOTCH2, TNPO2, SMAD3, HSPA8, G3BP1, DMD, MEIS1, HNRNPU, SRSF2, MT2A, NUP98, EWSR1, KIF5B, MTF2, E2F4, BCL3, PURA, MEIS2, PAFAH1B1, WRN, H2AFV, 또는 DF2에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, FADS1, DDIT4, CALR, HK2, PGK1, SLC7A5, CTSC, ACSL3, SLC1A5, M6PR, TFRC, DDIT3, TMEM97, IFRD1, PLOD2, TUBA4A, PSAT1, CORO1A, LDHA, MTHFD2, FADS2, VLDLR, WARS, SCD, P4HA1, ACTR2, IDH1, SLC2A1, GBE1, SERPINH1, NUPR1, PSMG1, PSPH, NAMPT, CDKN1A, BHLHE40, HSPA9, HSPA5, EGLN3, LGMN, PNP, XBP1, SLA, DDX39A, HSPE1, ACLY, SLC7A11, SSR1, GLA, SQSTM1, PDK1, PSMC2, PRDX1, SERP1, TRIB3, NFIL3, HMGCS1, GOT1, TPI1, ELOVL6, ASNS, PSMD14, PSMA4, PPA1, HPRT1, AURKA, HMGCR, GAPDH, DHFR, DHCR7, IMMT, UCHL5, YKT6, INSIG1, SQLE, IGFBP5, IFI30, CYP51A1, FGL2, ENO1, IDI1, CYB5B, SHMT2, TXNRD1, G6PD, SLC9A3R1, RAB1A, EBP, PNO1, PIK3R3, ACTR3, LDLR, SLC2A3, UBE2D3, ELOVL5, CACYBP, EDEM1, ATP6V1D, TES, TM7SF2, PSMA3, ITGB2, AK4, SLC1A4, TOMM40, SLC6A6, PPIA, ADD3, ME1, CCNF, SLC37A4, ALDOA, BTG2, UFM1, CCNG1, STC1, NMT1, PSMC6, FDXR, RRM2, DHCR24, PSMC4 ,CTH, PSME3, CFP, POLR3G, ACACA, QDPR, MCM2, PSMD12, CANX, RPN1, HSPA4, FAM129A, TBK1, SEC11A, BCAT1, PSMB5, PSMD13, PGM1, PLK1, GLRX, COPS5, ETF1, GSK3B, NUP205, SORD ,PHGDH, GMPS, RRP9, EEF1E1, LTA4H, SDF2L1, FKBP2, RDH11, CXCR4, MLLT11, GCLC, TCEA1, MAP2K3, HSPD1, SYTL2, MCM4, PPP1R15A, USO1, NFKBIB, UNG, GTF2H1, RPA1, HSP90B1, GSR, PITPNB, EPRS, SRD5A1, TUBG1, MTHFD2L, ADIPOR2, NUFIP1, CDC25A, PDAP1, STARD4, BUB1, ARPC5L, GPI, EIF2S2, CD9, ATP2A2, GGA2, HMBS, RIT1, SKAP2, STIP1, DAPP1, ABCF2, NFYC, ATP5G1, PFKL, 또는 CCT6A에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, SLC19A1, MRTO4, TMEM97, RRP9, PES1, TFB2M, EXOSC5, IPO4, NDUFAF4, NOC4L, MYC, SRM, PA2G4, GNL3, NOLC1, WDR43, RABEPK, NOP16, TBRG4, DDX18, NIP7, WDR74, BYSL, HSPD1, PLK4, NOP2, PPAN, NOP56, RCL1, NPM1, AIMP2, RRP12, PPRC1, TCOF1, MCM5, HK2, CBX3, PLK1, PHB, MCM4, CDK4, DUSP2, MYBBP1A, UTP20, PRMT3, FARSA, MAP3K6, LAS1L, PUS1, HSPE1, SLC29A2, DCTPP1, SUPV3L1, SORD, IMP4, GRWD1, UNG, 또는 MPHOSPH10에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, 또는 HK2에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, MX1, ISG15, OAS1, IFIT3, IFI44, IFI35, IRF7, RSAD2, IFI44L, IFITM1, IFI27, IRF9, OASL, EIF2AK2, IFIT2, CXCL10, TAP1, SP110, DDX60, UBE2L6, USP18, PSMB8, IFIH1, BST2, LGALS3BP, ADAR, ISG20, GBP2, IRF1, PLSCR1, PSMB9, HERC6, SAMD9, CMPK2, IFITM3, RTP4, STAT2, SAMD9L, LY6E, IFITM2, CXCL11, TRIM21, PARP14, TRIM26, PARP12, NMI, RNF31. HLA-C, CASP1, TRIM14, TDRD7, DHX58, PARP9, PNPT1, TRIM25, PSME1, WARS, EPSTI1, UBA7, PSME2, B2M, TRIM5, C1S, LAP3, GBP4, NCOA7, TMEM140, CD74, GMPR, PSMA3, PROCR, IL7, IFI30, IRF2, CSF1, IL15, CNP, FAM46A, IL4R, CD47, LPAR6, MOV10, CASP8, TXNIP, SLC25A28, SELL, TRAFD1, BATF2, RIPK2, CCRL2, NUB1, OGFR, 또는 ELF1에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, 또는 IRF2에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 또는 CCL21에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, PDCD1, LAG3, 또는 TIGIT에 의해 발현되는 하나 이상의 유전자 산물은 샘플에서 측정된다.
일부 구현예에서, 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물을 측정, 평가, 결정 및/또는 정량화하는 것은 샘플이 대상체로부터 수집된 시점에 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응, EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 및 NHL의 아형 중 하나 이상을 예측할 수 없고, 및/또는 이와 연관되거나 상관관계가 없다. 일부 구현예에서, EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 1, 2, 3, 4, E2, E3, E4, 또는 E5에 나열된 것들 중 임의의 것을 포함하는 임의의 유전자의 유전자 발현 프로파일은, 대상체가 요법, 예를 들어 CAR-T 세포를 포함하는 세포 요법으로 치료를 받는 동안 또는 그 후에 샘플이 수집될 때, 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응, EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 및 NHL의 아형 중 하나 이상을 예측할 수 없고, 이와 상관관계 및/또는 연관성이 없다.
1. 대조군 값에 대한 정규화
일부 구현예에서, 샘플의 유전자 산물, 예를 들어 RNA 또는 단백질 유전자 산물의 평가, 결정, 측정 및/또는 정량화는 대조군 값으로 정규화된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 양 또는 수준이 유전자의 발현이 상승 또는 감소, 및/또는 높거나 낮은지를 나타내는지를 분석, 평가 또는 결정하기 위해 하나 이상의 대조군 값에 대한 정규화가 수행될 수 있다. 특정 구현예에서, 대조군 값에 대한 정규화는 유전자 샘플의 유전자 발현을 상이한 샘플의 유전자 발현과 비교하기 위해 사용될 수 있다.
특정 구현예에서, 대조군 값은 다른 유전자 산물의 측량(measurement) 또는 측정값(value of a measurement)이다. 일부 구현예에서, 다른 유전자 산물은 하우스키핑 유전자의 유전자 산물이다. 특정 구현예에서, 하우스키핑 유전자는 구성적으로 활성인 유전자, 예를 들어 기본 세포 기능의 유지에 필요한 유전자이다. 적합한 하우스키핑 유전자의 예는 당업계에 공지되어 있으며, ACTB (Beta- actin), B2M (Beta-2-microglobulin), GAPDH (Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase), RPLP0 (60S acidic ribosomal protein P0), GUSB (beta-glucuronidase), HMBS (Hydroxymethyl-bilane synthase), HPRT1 (Hypoxanthine phosphoribosyl-transferase 1), RPL13A (Ribosomal protein L13a), SDHA, succinate dehydrogenase complex subunit A), TBP (TATA box binding protein), TFRC (transferring receptor 1), 및 UBC (Ubiquitin C)를 암호화하는 유전자를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 일부 구현예에서, 대조군 값은 유전자 산물과 동일한 샘플에서 측정된다.
특정 구현예에서, 유전자 산물은 동일한 유전자로부터의 유전자 산물의 측량(measurement) 또는 측정값(value of a measurement)인 대조군 값과 비교 및/또는 정규화된다. 일부 구현예에서, 대조군 값은 하나 이상의 대조군 샘플에서 수득한 측량(measurement) 또는 측정값(value of a measurement)이다. 특정 구현예에서, 유전자 산물 및 대조군 값은 상이한 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 대조군 샘플은 샘플과 일치하거나 동일하거나 유사한 조직 조성물 및/또는 세포 조성물을 갖는다. 일부 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 동일한 대상체의 동일, 유사 및/또는 일치하는 조직의 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체의 동일한 조직에서 수득한 다른 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 다른 대상체의 동일, 유사 및/또는 일치하는 조직의 상이한 샘플이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 샘플은 림프절 생검 샘플이고, 하나 이상의 대조군 샘플은 림프절 생검 샘플이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 샘플은 혈액 샘플, 예를 들어 말초 혈액 샘플이고, 하나 이상의 대조군 샘플은 혈액 샘플이다.
특정 구현예에서, 대조군 샘플은 병태 및/또는 암을 갖지 않는 대상체로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 FL 또는 DLBCL와 같은 NHL을 갖지 않는 대상체로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플은 하나 이상의 종양 세포를 갖지 않고 및/또는 갖는 것으로 의심되지 않는다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 다른 대상체의 동일, 유사 및/또는 일치하는 조직의 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 EZH2 억제제로 치료되는 대상체로부터 수득한다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 EZH2 억제제로 치료되지 않는 대상체로부터 수득한다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 요법(예: 세포 요법 또는 면역 요법)으로 치료 후 완전 반응(CR)을 나타내지 않는 대상체로부터 수득한다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 진행성 질병(PD)을 나타내지 않는 대상체로부터 수득한다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 나타내지 않는 대상체로부터 수득한다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 나타내는 대상체로부터 수득한다.
특정 구현예에서, 샘플의 유전자 산물, 예를 들어 RNA 또는 단백질 유전자 산물의 평가, 결정, 측정 및/또는 정량화는 2개 이상의 대조군 값으로 정규화 및/또는 비교된다. 일부 구현예에서, 2개 이상의 대조군 값은 동일한 유전자 산물의 측량 또는 측정값인 대조군 값, 및 상이한 유전자 산물의 측량 또는 측정값인 대조군 값을 포함한다.
일부 구현예에서, 대조군 값은 이전에 결정되었다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 대조군 값은 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물의 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화와 병행하여 측정되거나 수득된다.
특정 구현예에서, 대조군 값은 복수의 대조군 샘플로부터 수득된 하나 이상의 유전자 산물의 평균(예를 들어, 산술 평균) 또는 중간 양 또는 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 복수의 대조군 샘플은 개별 대조군 대상체로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 병태 또는 질병을 갖지 않고 및/또는 갖는 것으로 의심되지 않는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 갖지 않고 및/또는 갖는 것으로 의심되지 않는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 NHL을 갖지 않고 및/또는 갖는 것으로 의심되지 않는 대상체이다. 특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 FL 또는 DLBCL과 같은 NHL의 특정 아형을 갖지 않고 및/또는 갖는 것으로 의심되지 않는 대상체이다. 특정 구현예에서, NHL의 아형은 NHL의 여포성 림프종(FL) 아형이다. 특정 구현예에서, NHL의 아형은 NHL의 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL) 아형이다.
특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 복수의 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 비호지킨 림프종(NHL)을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 NHL의 특정 아형을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 NHL(그러나 NHL의 특정 아형은 아님)을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 아형은 ALL의 DLBCL 아형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 아형은 ALL의 FL 아형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 FL 대상체이거나 이를 포함한다.
특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 복수의 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 DLBCL의 특정 아형을 갖고 및/또는 갖을 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 DLBCL(그러나 DLBCL의 특정 아형은 아님)을 갖고 및/또는 갖는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, DLBCL의 아형은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 GCB DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, DLBCL의 아형은 DLBCL의 활성화 B-세포(ABC) 아형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 ABC DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 EZH2 억제제로 치료받지 않거나 치료받지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 EZH2 억제제로 치료받거나 치료받았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 CR을 나타내지 않거나 나타내지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 PD를 나타내지 않거나 나타내지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 T 세포 반응(예: 종양 미세환경으로의 T 세포 침투)을 나타내지 않거나 나타내지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)으로 치료 후 T 세포 반응(예: 종양 미세환경으로의 T 세포 침투)을 나타내거나 나타냈던 대상체이다.
일부 구현예에서, 대조군 값은 복수의 대조군 샘플로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 복수의 대조군 샘플은 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 5개, 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개, 적어도 30개, 적어도 40개, 적어도 50개, 적어도 100개, 적어도 200개, 적어도 300개, 적어도 400개 또는 적어도 500개의 대조군 샘플을 포함한다.
특정 구현예에서, 유전자 발현의 평가, 측정, 결정 또는 정량화, 예를 들어 하나 이상의 유전자 산물의 양 또는 수준은 당업계의 임의의 수단에 의해 분석될 수 있다. 일부 구현예에서, 분석 전, 원시 유전자 발현 데이터, 예를 들어 유전자 산물의 측정 및/또는 정량화된 수준, 양 또는 농도의 값은 정규화되거나 변형(예: 로그-정규화)될 수 있고, 발현 비율, 백분위수 순위 및/또는 분위수 척도로 표현될 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 발현 데이터는 비모수 데이터 스케일링 접근법에 의해 추가로 수정될 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물의 발현에 대한 측정 또는 평가의 변형은 대조군으로의 정규화 이전에 발생한다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물의 발현에 대한 측정 또는 평가의 변형은 대조군 값으로의 정규화 이후에 발생한다. 일부 구현예에서, 변환은 로그 변환, 거듭제곱 변환 또는 로짓 변환이다. 일부 구현예에서, 로그 변환은 공통 로그(log10(x)), 자연 로그(ln(x)) 또는 이진 로그(log2(x))이다.
표현 패턴은 일반 선형 모델(GLM), ANOVA, 회귀(로지스틱 회귀 포함), 지원 벡터 머신(SVM), 선형 판별 분석(LDA), 주성분 분석(PCA), k-최근접 이웃(kNN), 신경망(NN), 최근접 평균/중심(NM) 및 Bayesian 공변량 예측자(BCP)와 같은 다양한 수단으로 평가 및 분류될 수 있다. SVM과 같은 모델은 본 발명의 가르침에 따라 본원에 설명된 유전자의 서브세트 및 조합을 사용하여 개발될 수 있다.　더욱 특정 구현예에서, 발현 패턴은 유전자의 로그 정규화 발현 수준의 평균으로 평가된다.
일부 구현예에서, 양의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자와 음의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자의 조합을 측정하여 임상 결과(예: CR 또는 PD)의 가능성 및/또는 개연성을 결정한다. 일부 구현예에서, 양의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자와 음의 상관관계가 있는 하나 이상의 유전자의 조합을 측정하여 임상 결과(예: CR 또는 PD), EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상의 가능성 및/또는 개연성을 결정한다.
특정 구현예에서, 발현 프로파일 및/또는 유전자 발현 프로파일은 2개 이상의 유전자의 발현을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 것이거나 이에 의해 표시된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 샘플의 유전자 발현 프로파일을 평가하거나 결정하는 것은 임상 결과(예: CR 또는 PD)와 연관되고/되거나 상관관계가 있는 적어도 2개의 유전자를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 샘플의 유전자 발현 프로파일을 평가하거나 결정하는 것은 임상 결과(예: CR 또는 PD), EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상과 연관되고/되거나 상관관계가 있는 적어도 2개의 유전자를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 것을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 프로파일은 2개 이상의 유전자의 발현을 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써, 예를 들어, 임상 결과(예: CR 또는 PD)를 나타낼 가능성 및/또는 개연성과 양의 상관관계에 있는 2개 이상의 유전자의 유전자 산물을 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 수득된다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 프로파일은 2개 이상의 유전자의 발현을 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써, 예를 들어, 임상 결과(예: CR 또는 PD), EZH2 억제제의 사용 또는 치료, 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상의 가능성 및/또는 개연성과 양의 상관관계에 있는 2개 이상의 유전자의 유전자 산물을 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 수득된다.
D. 유전자 참조 값
일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 산물의 측정값을 하나 이상의 유전자 산물의 참조 값과 비교는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상의 개연성 및/또는 가능성의 평가, 측정 및/또는 결정을 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 샘플에서 유전자 산물의 발현은 참조 값, 예를 들어 유전자 참조 값과 비교된다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도의 값 및/또는 이의 변형이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 RNA 유전자 산물 또는 단백질 유전자 산물의 양 또는 수준이거나 또는 그로부터 유래된다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 후 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상의 가능성 및/또는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상의 증가, 상승 또는 높은 개연성을 나타내는 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이며, 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형 사이의 경계 또는 이를 구분하는 임계값이고, 요법의 투여 후 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법(예: T 세포 요법)에 대한 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 및 NHL의 아형 중 하나 이상의 부재 또는 낮은 가능성 및/또는 감소, 축소 또는 낮은 개연성을 나타내는 유전자 발현의 값 또는 측정값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 하나 이상의 임상 반응의 다수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준 및 하나 이상의 임상 반응의 소수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준 사이의 경계, 분할 및/또는 임계값이다.
특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 하나 이상의 다른 유형의 임상 반응과 관련된 양 또는 수준으로부터 특정 유형의 임상 반응과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 다른 임상 반응(예: CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD)과 관련된 양 또는 수준으로부터 CR과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 다른 임상 반응(예: CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD)과 관련된 양 또는 수준으로부터 PD와 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다.
특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법으로의 치료 또는 사용의 부재와 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 요법으로의 치료 또는 사용과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 EZH2 억제제로의 치료 또는 사용의 부재와 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 EZH2 억제제로의 치료 또는 사용과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다.
특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 TME로부터의 T 세포 배제와 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 종양 미세환경으로의 T 세포 침투와 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 CD3 발현과 반-상관관계에 있는 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 CD3 발현과 상관관계에 있는 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다.
특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 다른 아형의 동일 질병과 관련된 양 또는 수준으로부터 질병 아형과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 NHL의 상이한 아형과 관련된 양 또는 수준으로부터 NHL의 아형과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 NHL의 FL 아형과 관련된 양 또는 수준으로부터 NHL의 DLBCL 아형과 관련된 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 섹션 III에 설명된 하나 이상의 방법과 같이 검출할 수 있는 최소 수준, 양 또는 농도이거나 이로부터 파생된다. 특정 구현예에서, 비교 결과 샘플에서 측정된 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도가 참조 값 미만임을 나타내는 경우 해당 샘플은 유전자 산물의 발현에 대해 음성이다. 특정 구현예에서, 비교 결과 샘플에서 측정된 유전자 산물의 수준, 양 또는 농도가 참조 값 이상임을 나타내는 경우 해당 샘플은 유전자 산물의 발현에 대해 양성이다.
일부 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 특정 임상 반응(예: CR 또는 PD)의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 특정 임상 반응의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 특정 임상 반응의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 특정 임상 반응의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 가능성 및/또는 개연성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 특정 임상 반응의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 특정 임상 반응의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 특정 임상 반응은 다음 중에서 선택된다: CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD.
일부 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 EZH2 억제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 EZH2 억제의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 EZH2 억제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 EZH2 억제의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 가능성 및/또는 개연성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 EZH2 억제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 EZH2 억제의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제는 EZH2 억제제의 사용 또는 치료를 포함한다.
일부 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 가능성 및/또는 개연성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, TME로의 T 세포 침투는 CD3 유전자 또는 단백질 발현의 수준 또는 양에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, TME로의 T 세포 침투는 CD3ε 유전자 또는 단백질 발현의 수준 또는 양에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 NHL의 아형(예: DLBCL 또는 FL)의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 NHL의 아형의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 NHL의 아형의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 대조군에 대해 정규화되었던 유전자 산물의 발현을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 NHL의 아형의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 가능성 및/또는 개연성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 NHL의 아형의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 정규화 또는 변환되었던 유전자 산물의 발현의 값을 참조 값 및/또는 유전자 참조 값과 비교하고 NHL의 아형의 축소된, 감소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, NHL의 아형은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, NHL의 아형은 FL이다.
일부 구현예에서, 임상 반응(예: CR 또는 PD)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, 특정 임상 반응의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 임의의 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT에 의해 암호화되는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, 특정 임상 반응(PD)의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 임의의 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21에 의해 암호화되는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, 특정 임상 반응(PD)의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, 특정 임상 반응의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 및/또는 표 4a에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, 특정 임상 반응의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 및/또는 표 4a에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, 특정 임상 반응의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 임의의 PDCD1, LAG3, 및/또는 TIGIT에 의해 암호화되는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, 특정 임상 반응(CR)의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 임의의 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및/또는 CCL21에 의해 암호화되는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, 특정 임상 반응(CR)의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 특정 임상 반응은 다음 중에서 선택된다: CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD.
특정 구현예에서, 특정 임상 반응(예: CR 또는 PD)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 일부 구현예에서, EZH2, CD3E과 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, 특정 임상 반응의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2, CD3E과 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, 특정 임상 반응의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 임의의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 및/또는 표 4a에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, 특정 임상 반응의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 임의의 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a, 및/또는 표 4a에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, 특정 임상 반응의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 특정 임상 반응은 다음 중에서 선택된다: CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD.
일부 구현예에서, NHL의 아형(예: DLBCL 또는 FL)과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, EZH2, CD3E과 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, NHL의 아형의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2, CD3E과 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, NHL의 아형의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, NHL의 아형은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, NHL의 아형은 FL이다.
특정 구현예에서, NHL의 아형(예: DLBCL 또는 FL)과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 일부 구현예에서, EZH2, CD3E과 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 임의의 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, NHL의 아형의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2, CD3E과 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 임의의 표 1-4 또는 표 E2-E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, NHL의 아형의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, NHL의 아형은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, NHL의 아형은 FL이다.
일부 구현예에서, EZH2 억제과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 산물(즉, 유전자 산물의 발현이 EZH2 억제에 의해 하향조절됨)의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 일부 구현예에서, EZH2 억제과 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2 또는 표 E3에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2A, 1a, 또는 4a에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2 또는 임의의 표 E2 또는 표 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 임의의 표 E2A, 1a 또는 4a에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 또는 표 E4 또는 표 E5에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2B, 2a, 또는 3a 에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2B, 2a, 또는 3a에 나열된 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, T 세포 침투는 종양 미세환경(TME)으로이다. 일부 구현예에서, T 세포 배제는 종양 미세환경(TME)으로부터이다.
특정 구현예에서, EZH2 억제과 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물(즉, 유전자 산물의 발현이 EZH2 억제에 의해 상향조절됨)의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 일부 구현예에서, EZH2 또는 표 E2 또는 E3에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2 또는 표 E2 또는 표 E3에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 표 E2A, 1a, 또는 4a 에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2A, 1a, 또는 4a 에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 또는 표 E4 또는 E5에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 또는 표 E4 또는 표 E5에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 표 E2B, 2a, 또는 3a 에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 배제의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2B, 2a, 또는 3a 에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, T 세포 침투는 종양 미세환경(TME)으로이다. 일부 구현예에서, T 세포 배제는 종양 미세환경(TME)으로부터이다.
일부 구현예에서, T 세포 침투와 음의 상관관계가 있거나 음의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, EZH2 또는 표 E2 또는 E3에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2 또는 표 E2 또는 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2A, 1a, 또는 4a에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2A, 1a 또는 4a에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 또는 표 E4 또는 E5에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 또는 표 E4 또는 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2B, 2a, 또는 3a 에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 E2B, 2a 또는 3a에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 상승된, 증가된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, T 세포 침투는 종양 미세환경(TME)으로이다. 일부 구현예에서, T 세포 배제는 종양 미세환경(TME)으로부터이다. 일부 구현예에서, T 세포 침투와 양의 상관관계가 있고/있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물은 CD3이다. 일부 구현예에서, T 세포 침투와 양의 상관관계가 있고/있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물은 CD3ε이다.
특정 구현예에서, T 세포 침투와 양의 상관관계가 있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물의 발현은 유전자 참조 값과 비교된다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 표 1a, 또는 4a에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 표 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 1a 또는 4a에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, PD 및/또는 T 세포 배제의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 또는 표 E4 또는 E5에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, 표 2a 또는 3a에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 큰, 높은 및/또는 초과인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 증가된, 상승된 및/또는 높은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 또는 표 E4 또는 표 E5에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 및/또는 가능성이 표시된다. 특정 구현예에서, 표 2a 또는 3a에 나열된 임의의 것을 포함하는 유전자 산물의 발현이 유전자 참조 값보다 작은, 낮은 및/또는 미만인 경우, CR 및/또는 T 세포 침투의 감소된, 축소된 및/또는 낮은 개연성 또는 가능성이 표시된다. 일부 구현예에서, T 세포 침투는 종양 미세환경(TME)으로이다. 일부 구현예에서, T 세포 배제는 종양 미세환경(TME)으로부터이다. 일부 구현예에서, T 세포 배제는 종양 미세환경(TME)으로부터이다. 일부 구현예에서, T 세포 침투와 양의 상관관계가 있고/있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물은 CD3이다. 일부 구현예에서, T 세포 침투와 양의 상관관계가 있고/있거나 양의 연관성이 있는 유전자 산물은 CD3ε이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 미리 결정된 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구 데이터에서 계산 및/또는 파생되었다. 일부 구현예에서, 연구는 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 임상 연구는 완료된 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 대상체로부터 채취하거나 수득한 샘플에서 유전자 발현, 예를 들어 유전자 산물의 발현을 포함하였다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 임상 반응의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD를 가졌거나 갖는다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이 아니다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 질병 또는 병태, 예컨대 암을 가졌거나 갖는다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 암, 예컨대 NHL이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 NHL 아형의 수와 유형을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 NHL의 아형, 예컨대 DLBCL 또는 FL이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 치료의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 대상체는 EZH2 억제제로 치료되거나 치료되었다. 특정 구현예에서, 대상체는 EZH2 억제제로 치료되지 않거나 치료되지 않았다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 나타낸 T 세포 반응(예: 종양 미세환경으로의 T 세포 침투 또는 종양 미세환경으로부터의 배제)의 수와 유형을 포함한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 미리 결정된 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구 데이터에서 계산 및/또는 파생되었다. 일부 구현예에서, 연구는 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 임상 연구는 완료된 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 대상체로부터 채취하거나 수득한 샘플에서 유전자 발현, 예를 들어 유전자 산물의 발현을 포함하였다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 NHL 아형의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 NHL 아형, 예컨대 FL 또는 DLBCL을 가졌거나 갖는다. 일부 구현예에서, FL의 NHL 아형. 일부 구현예에서, 임상 반응은 DLBCL이 아니다. 일부 구현예에서, DLBCL의 NHL 아형. 일부 구현예에서, 임상 반응은 FL이 아니다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 나타낸 T 세포 반응(예: 종양 미세환경으로의 T 세포 침투 또는 종양 미세환경으로부터의 배제)의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 요법, 예컨대 EZH2 억제제의 수와 유형을 포함한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 미리 결정된 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구 데이터에서 계산 및/또는 파생되었다. 일부 구현예에서, 연구는 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 임상 연구는 완료된 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 대상체로부터 채취하거나 수득한 샘플에서 유전자 발현, 예를 들어 유전자 산물의 발현을 포함하였다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 요법의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 EZH2 억제제로 치료되거나 치료되었다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 EZH2 억제제로 치료되지 않거나 치료되지 않았다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 NHL 아형, 예컨대 DLBCL 또는 FL의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 나타낸 T 세포 반응(예: 종양 미세환경으로의 T 세포 침투 또는 종양 미세환경으로부터의 배제)의 수와 유형을 포함한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 미리 결정된 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구 데이터에서 계산 및/또는 파생되었다. 일부 구현예에서, 연구는 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 임상 연구는 완료된 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 대상체로부터 채취하거나 수득한 샘플에서 유전자 발현, 예를 들어 유전자 산물의 발현을 포함하였다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 나타낸 T 세포 반응(예: 종양 미세환경으로의 T 세포 침투 또는 종양 미세환경으로부터의 배제)의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 TME로의 T 세포 침투를 나타낸다. 일부 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 TME로부터의 T 세포 배제를 나타낸다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 임상 반응의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구에서 대상체는 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD를 가졌거나 갖는다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 DLBCL 아형, 예컨대 DLBCL 또는 FL의 수와 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 기간 동안 대상체가 경험한 치료, 예컨대 EZH2 억제제의 사용 또는 치료의 수와 유형을 포함한다.
일부 구현예에서, 참조 값은 유전자 발현의 최소 검출 가능한 수준, 값 또는 양, 예를 들어 양 또는 음의 발현의 경계 역할을 하는 값이거나 이를 반영한다. 특정 구현예에서, 유전자 산물의 발현 측정은 최소 검출 가능한 수준, 값 또는 유전자 발현의 양(예: 유전자 산물의 발현)이거나 이를 반영하는 참조 값과 비교되며, 측정값이 참조 값보다 초과 값이면 유전자가 양으로 발현되는 것으로 결정되고, 및/또는 측정값이 참조 값보다 미만 값이면 유전자가 음으로 발현되는 것으로 결정된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 대상체와 동일한 질병 또는 병태를 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 암이다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 NHL이다. 특정 구현예에서, 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 대상체와 동일한 질병 또는 병태를 갖지만 대상체와 동일한 질병 또는 병태의 상이한 아형을 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 암이다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 NHL이다. 특정 구현예에서, NHL의 DLBCL 아형을 갖는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 NHL의 FL 아형을 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, NHL의 FL 아형을 갖는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 NHL의 DLBCL 아형을 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 대상체와 동일한 임상 반응을 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 임상 반응은 CR이다. 특정 구현예에서, 동일한 임상 반응은 PD이다. 특정 구현예에서, CR을 갖는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 PD를 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, PD를 갖는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 CR을 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 대상체와 동일한 치료를 이용하는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 치료는 EZH2 억제제의 사용 또는 치료이다. 특정 구현예에서, 동일한 치료는 EZH2 억제제의 비 사용 또는 비 치료이다. 특정 구현예에서, EZH2 억제제로 치료받는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 EZH2 억제제로 치료받지 않는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, EZH2 억제제로 치료받지 않는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 EZH2 억제제로 치료받는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다.
특정 구현예에서, 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 대상체와 동일한 T 세포 반응을 갖는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 치료는 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투이다. 특정 구현예에서, 동일한 치료는 TME로부터의 T 세포 배제이다. 특정 구현예에서, TME로의 T 세포 침투를 나타내는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 TME로부터의 T 세포 배제를 나타내는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다. 특정 구현예에서, TME로부터의 T 세포 배제를 나타내는 대상체로부터 채취하거나 수득된 샘플에서 유전자 산물의 발현은 TME로의 T 세포 침투를 나타내는 대상체를 포함하는 연구에서 계산 및/또는 파생된 유전자 참조 값과 비교된다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플에서의 발현 수준, 농도 또는 양에 알고리즘을 적용하여 결정된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플은 완료된 연구, 예를 들어 대상체가 임상 반응에 대해 모니터링된 완료된 임상 시험의 대상체 또는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플은 대상체가 요법을 받기 전에 수집되었다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법이 투여된 후 계속해서 임상 반응을 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법의 투여 개시의 1개월 이내, 2개월 이내, 3개월 이내, 4개월 이내, 5개월 이내, 6개월 이내, 7개월 이내, 8개월 이내, 9개월 이내 또는 그 이상에 계속해서 임상 반응을 나타냈다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 또는 PD의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 CR의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 CRU의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 PR의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 NR/SD의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 SD의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 PD의 임상 반응을 개발 및/또는 경험하였다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 2개 이상의 상이한 대상체 또는 상이한 대상체 그룹으로부터 얻은 2개 이상의 대조군 샘플 또는 복수에 알고리즘을 적용하여 결정된다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플에서의 발현 수준, 농도 또는 양에 알고리즘을 적용하여 결정된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플은 완료된 연구, 예를 들어 대상체가 NHL 아형에 대해 모니터링된 완료된 임상 시험의 대상체 또는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플은 대상체가 요법을 받기 전에 수집되었다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법을 받기 전에 NHL의 아형을 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법이 투여된 후 계속해서 NHL의 아형을 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법을 받기 전에 NHL의 아형을 나타내었고 요법이 투여된 후에 계속해서 NHL의 다른 아형을 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법의 투여 개시의 1개월 이내, 2개월 이내, 3개월 이내, 4개월 이내, 5개월 이내, 6개월 이내, 7개월 이내, 8개월 이내, 9개월 이내 또는 그 이상에 계속해서 NHL의 아형을 나타냈다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 DLBCL 또는 NHL의 NHL 아형을 개발 및/또는 경험하였다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 DLBCL의 NHL 아형을 개발 및/또는 경험하였다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 FL의 NHL 아형을 개발 및/또는 경험하였다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 2개 이상의 상이한 대상체 또는 상이한 대상체 그룹으로부터 얻은 2개 이상의 대조군 샘플 또는 복수에 알고리즘을 적용하여 결정된다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플에서의 발현 수준, 농도 또는 양에 알고리즘을 적용하여 결정된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플은 완료된 연구, 예를 들어 대상체가 치료의 유형(예: EZH2 억제제의 사용 또는 치료)에 대해 모니터링된 완료된 임상 시험의 대상체 또는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플은 대상체가 치료를 받기 전에 수집되었다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플은 대상체가 치료를 받은 후에 수집되었다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 2개 이상의 상이한 대상체 또는 상이한 대상체 그룹으로부터 얻은 2개 이상의 대조군 샘플 또는 복수에 알고리즘을 적용하여 결정된다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플에서의 발현 수준, 농도 또는 양에 알고리즘을 적용하여 결정된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플 또는 다수의 대조군 샘플은 완료된 연구, 예를 들어 대상체가 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 T 세포 배제)에 대해 모니터링된 완료된 임상 시험의 대상체 또는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플은 대상체가 요법을 받은 후, 선택적으로 대상체에 대한 요법의 투여의 개시 후에 수집되었다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법이 투여된 후 계속해서 TME로의 T 세포 침투를 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법이 투여된 후 계속해서 TME로부터의 T 세포 배제를 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법의 투여 개시의 1일, 3일, 4일, 1주, 2주, 3주, 1개월 이내, 2개월 이내, 3개월 이내, 4개월 이내, 5개월 이내, 6개월 이내, 7개월 이내, 8개월 이내, 9개월 이내 또는 그 이상 이내에 계속해서 TME로의 T 세포 침투를 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법의 투여 개시의 1일, 3일, 4일, 1주, 2주, 3주, 1개월 이내, 2개월 이내, 3개월 이내, 4개월 이내, 5개월 이내, 6개월 이내, 7개월 이내, 8개월 이내, 9개월 이내 또는 그 이상 이내에 계속해서 TME로부터의 T 세포 배제를 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 2개 이상의 상이한 대상체 또는 상이한 대상체 그룹으로부터 얻은 2개 이상의 대조군 샘플 또는 복수에 알고리즘을 적용하여 결정된다.
특정 구현예에서, 예시적인 알고리즘은 주성분 분석 알고리즘, 부분 최소 자승법 및 독립 성분 분석 알고리즘과 같은 변수의 수를 줄이는 방법을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 예시적인 알고리즘은 통계적 방법 및 기계 학습 기술에 기반한 방법과 같이 많은 변수를 직접 처리하는 방법을 추가로 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 통계적 방법은 벌점형 로지스틱 회귀, 마이크로어레이(PAM)의 예측 분석, 축소 중심에 기반한 방법, 지원 벡터 기계 분석 및 정규화된 선형 판별 분석을 포함한다. 기계 학습 기술은 배깅 절차, 부스팅 절차, 랜덤 포레스트 알고리즘 및 이들의 조합을 포함한다. 본 발명의 일부 구현예에서, 마이크로어레이 데이터 또는 RNA-seq 데이터의 분류를 위해 지원 벡터 머신(SVM) 알고리즘, 랜덤 포레스트 알고리즘, 또는 이들의 조합이 사용된다. 일부 구현예에서, 샘플 또는 아형을 구별하는 식별된 마커는 통계적 유의성을 기반으로 선택된다. 일부 경우에, FDR(오발견율)에 대한 Benjamini Hochberg 보정을 적용한 후 통계적 유의성 선택을 수행한다. 특정 구현예에서, 알고리즘 기술은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및 표 1, 표 2, 표 3, 표 4, 표 E2, 표 E3, 표 E4 및/또는 표 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물의 발현 프로파일에 적용될 수 있다. 특정 구현예에서, 알고리즘 기술은 표 E2A, 표 E2B, 표 1a, 표 2a, 표 3a 및/또는 표 4a에 나열된 유전자 산물과 같은 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물의 발현 프로파일에 적용될 수 있다. 특정 구현예에서, 알고리즘 기술은 임의의 PDCD1, LAG3, 및 TIGIT에 의해 암호화되는 유전자 산물과 같은 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물의 발현 프로파일에 적용될 수 있다. 특정 구현예에서, 알고리즘 기술은 임의의 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21에 의해 암호화되는 유전자 산물과 같은 샘플에서 하나 이상의 유전자 산물의 발현 프로파일에 적용될 수 있다.
일부 구현예에서, 알고리즘은 Fishel and Kaufman et al. 2007 Bioinformatics 23(13): 1599-606에 설명된 것과 같은 메타 분석 접근 방식으로 보완될 수 있다. 또한, 분류기 알고리즘은 반복성 분석과 같은 메타 분석 접근 방식으로 보완될 수 있다. 일부 경우에, 반복성 분석은 하나 이상의 예측 발현 제품 마커 세트에 나타나는 마커를 선택한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 소수의 임상 반응이 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 임상 반응의 전부 또는 다수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구에서 발생한 임상 반응(예: CR 또는 PD)의 절반 이상 및/또는 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 (약) 100% 이상과 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 또는 PD이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 PD이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이 아니다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 또는 PD의 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95 %, 또는 (약) 100%의 빈도와 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 소수의 NHL 아형이 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 NHL 아형의 전부 또는 다수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구에서 발생한 NHL 아형의 절반 이상 및/또는 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 (약) 100% 이상과 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다. 일부 구현예에서, NHL 아형은 DLBCL 또는 FL이다. 일부 구현예에서, NHL 아형은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, NHL 아형은 FL이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 NHL 아형, 예컨대 DLBCL 또는 FL의 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95 %, 또는 (약) 100%의 빈도와 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 소수의 치료의 유형이 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 치료의 유형의 전부 또는 다수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구에서 발생한 EZH2의 사용 또는 치료의 절반 이상 및/또는 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 (약) 100% 이상과 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 EZH2의 사용 또는 치료의 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95 %, 또는 (약) 100%의 빈도와 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 소수의 T 세포 반응이 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형으로부터 T 세포 반응의 전부 또는 다수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 산물의 양 또는 수준 또는 이의 변형을 구분하는 경계 또는 임계값인 유전자 산물의 양 또는 수준, 또는 이의 변형이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 연구에서 발생한 T 세포 반응의 절반 이상 및/또는 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 (약) 100% 이상과 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다. 특정 구현예에서, T 세포 반응은 TME로의 T 세포 침투이다. 특정 구현예에서, T 세포 반응은 TME로부터의 T 세포 배제이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 T 세포 반응, 예컨대 TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 T 세포 배제의 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95 %, 또는 (약) 100%의 빈도와 관련된 유전자 발현의 값 또는 측정값을 분할하거나 분리한다.
특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 대조군 샘플에서 유전자 발현의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플에서 유전자 발현의 평균 또는 중앙값 수준, 농도 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플에서 유전자 발현의 평균 또는 중앙값 수준, 농도 또는 양의 2, 1.5, 1.25, 1, 0.75, 0.5, 0.25, 또는 0.1 표준 편차 이내이며, 여기서 상기 그룹의 각 대상체는 동일한 질병 또는 병태를 치료하기 위해 면역 요법 또는 세포 요법을 받은 후 계속해서 임상 반응(예: CR 또는 PD)을 나타냈다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 PD를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 또는 임의의 표 E4 또는 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 PD와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 임의의 표 2a 또는 E2B에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 PD와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 임의의 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 PD와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 후 및/또는 요법과 연관된 PD와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 PD를 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 PD를 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 계속 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 EZH2 또는 임의의 표 E2 또는 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 CR과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 또는 임의의 표 1a 또는 표 E2A에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 CR과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 후 및/또는 요법과 연관된 CR과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 CR을 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 PD를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 CR을 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 CR을 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 CR을 계속 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 DLBCL을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 또는 임의의 표 E4 또는 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 전 또는 후 및/또는 이와 관련된 DLBCL과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 전 또는 후 및/또는 요법과 연관된 DLBCL과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 DLBCL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 FL을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 DLBCL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 DLBCL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 DLBCL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 FL을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 EZH2 또는 임의의 표 E2 또는 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 전 또는 후 및/또는 이와 관련된 FL과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 전 또는 후 및/또는 요법과 연관된 DLBCL과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 FL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 FL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 FL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 FL을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 또는 임의의 표 E4 또는 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 임의의 표 2a에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 전 또는 후 및/또는 요법과 연관된 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제를 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 TME로의 T 세포 침투를 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제를 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 종양 미세환경(TME)으로부터의 T 세포 배제를 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 EZH2 또는 임의의 표 E2 또는 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 임의의 표 1a에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 전 또는 후 및/또는 요법과 연관된 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투와 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 TME로부터의 T 세포 배제를 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 나타내는 것을 경험하지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 종양 미세환경(TME)으로의 T 세포 침투를 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 후 및/또는 요법과 연관된 임상 반응과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 PD를 발달시키지 않았거나 계속 발달시키지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 요법을 받은 후, CR을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 심각한 신경독성을 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
특정 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체는 PD를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 EZH2 또는 표 E2 및/또는 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 PD와 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 표 4a 또는 표 E2A에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물과 같은 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법)의 투여 후 및/또는 이와 관련된 PD와 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 미만이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 미만이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 요법의 투여 후 및/또는 요법과 연관된 임상 반응과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 재조합 수용체로 유전적으로 조작된 세포를 포함하는 세포 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득되며, 상기 그룹의 각 대상체는 CR을 계속 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 값은 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 75% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 계속 나타내지 않았던 요법을 받기 전에 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 DLBCL NHL의 아형을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 DLBCL NHL 대상체의 샘플에서 낮은 수준으로 발현되거나 발현되지 않는 유전자, CD3E와 같은 T 세포 유전자 마커, 및/또는 표 E4 및/또는 E5에 나열된 유전자와 같이 음으로 연관된 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 미만이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 DLBCL NHL의 아형을 나타냈거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 DLBCL NHL 대상체의 샘플에서 발현되거나 높게 발현되는 유전자, EZH2 및/또는 표 E2 및/또는 E3에 나열된 유전자와 같이 양으로 연관된 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 세포 요법을 받기 전 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았거나 DLBCL NHL과 연관이 없는 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 DLBCL NHL과 양으로 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 DLBCL NHL이 아닌 NHL을 갖는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 DLBCL NHL를 갖지 않는 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 NHL의 DLBCL 아형을 갖는다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 DLBCL NHL 대상체의 샘플에서 발현되거나 높게 발현되는 유전자, EZH2, 및/또는 표 E2 및/또는 E3에 나열된 유전자와 같이 양으로 연관된 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 세포 요법을 받기 전 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않거나 DLBCL NHL과 연관이 없는 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 DLBCL NHL과 양으로 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 DLBCL NHL이 아닌 NHL을 갖는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 PD를 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 DLBCL NHL를 갖지 않는 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 참조 값은 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득한 대조군 샘플로부터 얻어지고/얻거나 유도되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 NHL의 FL 아형을 갖는다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 FL NHL 대상체의 샘플에서 발현되거나 높게 발현되는 유전자, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 및/또는 표 E4 및/또는 E5에 나열된 유전자와 같이 양으로 연관된 유전자의 유전자 산물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 평균 수준, 농도 또는 양보다 2배 이내, 1.5배 이내, 1.0배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이고, 및/또는 1.5배 이내, 또는 5% 이내, 및/또는 복수의 대조군 샘플에서 유전자 산물의 평균 수준, 농도 또는 양보다 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5 또는 0.25 표준 편차 이내이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양보다 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10% 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 세포 요법을 받기 전 CR을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않거나 FL NHL과 연관이 없는 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 초과이다.
일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 FL NHL과 양으로 연관성이 있는 유전자의 유전자 산물의 값이고, 복수의 대조군 샘플은 FL NHL이 아닌 NHL을 갖는 대상체 그룹으로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 적어도 하나의 유전자 산물의 최고 수준, 농도 또는 양 초과이다. 특정 구현예에서, 참조 값은 CR을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양 미만이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 CR을 나타내지 않았거나 계속 나타내지 않았던 다수의 대조군 샘플 중의 샘플에서 관찰된 유전자 산물의 최저 수준, 농도 또는 양보다 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 참조 값은 FL NHL를 갖지 않는 대상체 그룹으로부터 수득된 복수의 대조군 샘플 중에서 샘플의 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%, 또는 적어도 98%에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 미만이다.
일부 구현예에서, 대상체로부터 수득한 샘플에서 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 또는 적어도 120개의 유전자 산물의 발현을 상응하는 유전자 참조 값과 비교하여, 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 나타낼 개연성, 위험도 또는 가능성을 결정한다. 일부 구현예에서, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90, 적어도 100, 또는 적어도 120개의 유전자 산물의 발현을 상응하는 유전자 참조 값과 비교하여, 발현이 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상의 상승된, 증가된 및/또는 높은 위험도와 연관되어 있음을 나타내는 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상에 대해 상승된, 증가된 및/또는 높은 위험도에 있다.
일부 구현예에서, 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 적어도 하나의 유전자 산물의 발현 및 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 적어도 하나의 유전자 산물의 발현은 상응하는 참조 값과 비교되어 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 경험할 개연성, 위험도 또는 가능성을 결정한다. 특정 구현예에서, 표 E2 및/또는 표 E3에 나열된 적어도 하나의 유전자 산물의 발현 및 표 4 및/또는 표 E5에 나열된 적어도 하나의 유전자 산물의 발현은 상응하는 참조 값과 비교되어, 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 나타낼 개연성, 위험도 또는 가능성을 결정한다. 특정 구현예에서, 임의의 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 및 4a에 나열된 적어도 하나의 유전자 산물의 발현은 분석되어, 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 중 하나 이상을 나타낼 개연성, 위험도 또는 가능성을 결정한다. 일부 구현예에서, 표 E2 및/또는 표 E3에 나열된 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20 또는 20 이상의 유전자 산물의 발현 및/또는 표 4 및/또는 표 E5에 나열된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20 또는 20 이상의 유전자 산물의 발현은 상응하는 참조 값과 비교되어, 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 나타낼 개연성, 위험도 또는 가능성을 결정한다. 일부 구현예에서, 표 E2A, E2B, 1a, 2a, 3a, 또는 4a에 나열된 모든 유전자 산물의 발현은 분석되어, 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 중 하나 이상을 나타낼 개연성, 위험도 또는 가능성을 결정한다.
특정 구현예에서, 결과, 반응 및/또는 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 미만인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 나타낼 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL의 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 50, 적어도 100, 또는 적어도 120개의 유전자 산물의 발현의 발현이 참조 값 미만인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상이 발생할 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다.
일부 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL의 아형과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 초과인 경우, 대상체가 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상이 발생할 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 50, 적어도 100, 또는 적어도 120개의 유전자 산물의 발현의 발현이 참조 값 초과인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상의 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다.
특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 초과인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 나타낼 낮은, 감소된 및/또는 축소된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 50, 적어도 100, 또는 적어도 120개의 유전자 산물의 발현의 발현이 참조 값 초과인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상이 발생할 낮은, 감소된 및/또는 축소된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다.
일부 구현예에서, 유전자 산물은 단백질, 예를 들어 세포 요법의 투여 이전 또는 이후에 대상체로부터 수득된 혈장 샘플로부터 측정된 단백질이고, 유전자 참조 값은 혈청 내 단백질의 농도이다. 특정 구현예에서, 단백질은 CR과 음의 상관관계가 있거나 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자 산물, 예를 들어 EZH2 및 표 E2 및 E3에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물이다. 특정 구현예에서, 단백질은 CR과 음의 상관관계가 있거나 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자 산물, 예를 들어 EZH2 및 표 1a 또는 E2A에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물이다. 특정 구현예에서, 단백질은 CR과 양의 상관관계가 있거나 및/또는 양의 연관성이 있는 유전자 산물, 예를 들어 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 E4 및 E5에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물이다. 특정 구현예에서, 단백질은 CR과 양의 상관관계가 있거나 및/또는 양의 연관성이 있는 유전자 산물, 예를 들어 CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 3a 및 E2B에 나열된 것을 포함하는 유전자 산물이다. 특정 구현예에서, 단백질은 CR과 음의 상관관계가 있거나 및/또는 음의 연관성이 있는 유전자 산물, 예를 들어 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 임의의 것에 의해 암호화되는 유전자 산물이다. 특정 구현예에서, 혈장 샘플은 세포 요법의 투여 전, 예를 들어 1일 전에 대상체로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 혈장 샘플은 세포 요법의 투여 후, 예를 들어 세포 요법의 투여 2일, 4일 또는 7일 후에 대상체로부터 수득된다.
특정 구현예에서, 혈장 샘플은 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 단백질은 EZH2, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자, 또는 표 E2, E3, E4, 및/또는 E5 중 어느 하나에 나열된 것들을 포함하는 유전자 산물의 단백질 또는 일부이다. 특정 구현예에서, 단백질은 PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21 중 임의의 것에 의해 암호화되는 유전자 산물의 단백질 또는 일부이다. 일부 구현예에서, 유전자 참조 값은 혈청 내 유전자 산물, 예를 들어 단백질 또는 이의 일부의 농도이다.
일부 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 미만인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상을 나타낼 낮은, 감소된 및/또는 축소된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 50, 적어도 100, 또는 적어도 120개의 유전자 산물의 발현의 발현이 참조 값 미만인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상의 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다.
특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 초과 및 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 초과인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상이 발생할 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 음의 상관관계 및/또는 음의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 초과 및 임상 결과, T 세포 반응 및/또는 NHL 아형과 양의 상관관계 및/또는 양의 연관성이 있는 하나 이상의 유전자 산물의 발현이 참조 값 미만인 경우, 대상체는 임상 결과(예: CR 또는 PD), 요법 후 T 세포 반응(예: TME로의 T 세포 침투 또는 TME로부터의 배제) 또는 NHL의 아형 중 하나 이상의 낮은, 축소된 및/또는 감소된 위험도를 갖는 것이거나 갖는 것으로 간주된다.
E. 반응, 효능, 및 생존
본원에 제공된 방법, 병용, 용도, 키트 및 제조품의 일부 구현예에서, 제공된 병용 요법은 하기 기재된 바와 같이 요법 또는 치료와 관련된 하나 이상의 임의의 매개변수와 관련된 특징과 같은 하나 이상의 치료 결과를 초래한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 암 세포, 예를 들어, T 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포에 대한 T 세포의 세포독성 평가를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 T 세포, 예를 들어, T 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포의 노출, 침투, 지속성 및 증식의 산정을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법에서 세포, 예를 들어 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법)을 위해 투여된 세포의 기능적 활성 또는 세포 표현형에 있어서의 변화 및/또는 세포의 노출 또는 장기 증폭, 침투 및/또는 지속성은 시험관 내(in vitro) 또는 생체 외 시험(ex vivo)에서 T 세포의 특성을 산정하여 측정할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 분석은 본원에 제공된 병용 요법의 투여 전, 동안 또는 후에 T 세포, 예를 들어, T 세포 요법의 기능을 결정하거나 확인하기 위해 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 치료 결과의 산정을 위한 단계는 치료를 평가 및/또는 모니터링 및/또는 요법의 추가 또는 잔여 단계의 투여 및/또는 반복 요법을 위한 대상체를 확인하기 위한 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 산정 및/또는 선별 단계는 본원에 제공된 병용 요법의 단위 용량, 빈도, 지속 기간, 시기 및/또는 순서를 결정하는 데 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 치료 결과의 산정 및/또는 임의의 선별 단계는 제공된 요법, 예를 들어 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 및/또는 EZH2 억제제의 투여의 하나 이상의 단계의 투여 전, 중, 수행 과정 중 또는 후에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법 중 어느 하나를 수행하기 전, 중, 수행 과정 중, 또는 후에 산정이 이루어진다. 일부 구현예에서, 산정은 본원에 제공된 방법을 수행하기 전에 이루어진다. 일부 구현예에서, 산정은 본원에 제공된 방법의 하나 이상의 단계를 수행한 후에 이루어진다. 일부 구현예에서, 산정은 예를 들어, 병용 요법을 받기에 적합하고/거나 민감한 환자를 선별 및 확인하기 위해 제공된 요법의 하나 이상의 단계의 투여 전에 수행된다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 중간 또는 최종 치료 결과를 산정하기 위해, 예를 들어, 치료의 효능을 결정하고/거나 치료를 계속하거나 반복할지 여부를 결정하고/거나 요법의 나머지 단계를 투여할지 여부를 결정하기 위해, 제공된 요법의 하나 이상의 단계의 투여 중, 투여 과정 중 또는 투여 후에 산정이 수행된다.
일부 구현예에서, 치료 결과는 면역 기능, 예를 들어 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포 및/또는 체내 내인성 T 세포의 면역 기능의 개선을 포함한다. 일부 구현예에서, 예시적인 치료 결과는, 대상체에 투여된 조작된 T 세포, 예를 들어 CAR-T 세포와 관련된 특징과 같은 향상된 T 세포 증식, 향상된 종양으로의 T 세포 침투, 향상된 T 세포 기능적 활성, 면역 세포 표현형 표지자 발현의 변화를 포함하나 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 예시적인 치료 결과는 감소된 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담, 개선된 임상 결과 및/또는 향상된 치료 효능을 포함한다.
일부 구현예에서, 치료 결과의 산정 및/또는 선별 단계는 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포의 생존 및/또는 기능을 산정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 산정 및/또는 선별 단계는 사이토카인 또는 성장 인자의 수준을 산정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 산정 및/또는 선별 단계는 질병 부담 및/또는 개선을 산정하는 것, 예를 들어 종양 부담 및/또는 임상 결과를 산정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 산정 및/또는 선별 단계 중 어느 하나는 임의의 산정 방법 및/또는 본원에 기재되고/거나 당업계에 공지된 분석을 포함할 수 있고, 예를 들어 병용 요법의 하나 이상의 단계의 투여 전, 중, 투여 과정 중 또는 투여 후에 1회 이상 수행될 수 있다. 본원에 제공된 방법의 일부 구현예에서 산정될 수 있는 치료 결과와 관련된 매개변수의 예시적인 세트는 말초 혈액 면역 세포 집단 프로파일 및/또는 종양 부담을 포함한다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제를 이용한 방법에서 세포의 단위 용량의 투여 이후 대상체에서 재조합 수용체-발현(예를 들어, CAR-발현) 세포의 세포독성은 억제제의 투여를 하지 않은 방법을 통해 달성된 것과 비교하여 더 크다. 일부 구현예에서, 투여된 T 세포 요법, 예를 들어 CAR-발현 T 세포의 대상체에서의 세포독성은 T 세포 요법이 EZH2의 억제제의 부재 하에 대상체에게 투여되는 방법과 비교하여 평가된다. 일부 구현예에서, 본 방법은, T 세포 요법이 억제제의 부재 하에서 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 대상체에서 투여된 T 세포가 증가되거나 연장된 세포독성을 나타내는 결과를 가져온다.
일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 단위 용량이 EZH2 억제제의 부재 하에서 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 대상체에서 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담을 감소시킨다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 단위 용량이 EZH2 억제제의 부재 하에서 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 대상체에서 아골수(blast marrow)를 감소시킨다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 단위 용량이 EZH2 억제제의 부재 하에서 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 임상 결과, 예를 들어, 객관적 반응률(ORR), 무진행 생존율(PFS) 및 전체 생존율(OS)의 향상을 초래한다.
일부 구현예에서, 대상체는 요법의 하나 이상의 단계의 투여 전에 선별될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 요법의 투여 전에, 요법 투여에 대한 적합성, 반응성 및/또는 민감도를 결정하기 위해 질병의 특성 및/또는 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담에 대해 선별될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 병용 요법의 투여 전에, 요법 투여에 대한 적합성, 반응성 및/또는 민감도를 결정하기 위해 질병의 특성, 예를 들어, EZH2의 과발현 또는 돌연변이에 대해 선별될 수 있다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 산정 및/또는 선별 단계는 본원에 제공된 요법의 단위 용량, 빈도, 지속 기간, 시기 및/또는 순서를 결정하는 데 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 요법의 나머지 단계를 받을 대상체를 결정 및 식별하고/거나 요법의 효능을 모니터링하기 위해 요법의 단계 중 하나의 투여 후에 선별될 수 있다. 일부 구현예에서, 투여된 T 세포의 수, 수준 또는 양 및/또는 투여된 T 세포의 증식 및/또는 활성은 EZH2 억제제의 투여 전 및/또는 투여 후에 산정된다.
일부 구현예에서, 상이한 산정 시점, 상이한 조건, 기준점 및/또는 상이한 대상체에서의 매개변수 또는 결과의 수준, 수치 또는 측정치에 비해 동일한 매개변수 또는 결과의 수준, 수치 또는 측정치에 있어서 변화 및/또는 변경, 예를 들어 증가, 상승, 하락 또는 감소가 결정되거나 산정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 특정 매개변수, 예를 들어, EZH2의 발현의 배수 변화(예를 들어, 증가 또는 감소)는 상이한 조건의 동일한 매개변수와 비교하여, 예를 들어, EZH2 억제제의 투여 전 또는 후에 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 둘 이상의 매개변수의 수준, 수치 또는 측정치가 결정되고 상대적 수준이 비교된다. 일부 구현예에서, 매개변수의 결정된 수준, 수치 또는 측정치를 대조군 샘플 또는 처리되지 않은 샘플로부터의 수준, 수치 또는 측정치와 비교한다. 일부 구현예에서, 매개변수의 결정된 수준, 수치 또는 측정치를 동일한 대상체의 샘플의 그러나 상이한 시점에서의 수준과 비교한다. 개별 매개변수의 정량화에서 수득된 수치는 예를 들어 다중 매개변수 분석을 사용하여 매개변수의 수준, 수치 또는 측정치에 산술적 또는 논리적 연산을 형성함으로써 질병 평가의 목적을 위해 조합될 수 있다. 일부 구현예에서, 둘 이상의 특정 매개변수의 비율을 계산할 수 있다.
반응, 효능 및/또는 독성 결과와 같은 T 세포 건강, 기능, 활성 및/또는 결과와 관련된 매개변수의 평가 및 결정은 다양한 시점에서 평가될 수 있다. 일부 관점에서, 평가는 여러 번, 예를 들어, 세포 요법을 투여하기 전, 세포를 제조하기 전, 도중 또는 후에, 및/또는 EZH2 억제제의 투여 개시 시, EZH2 억제제의 지속, 재개 및/또는 추가 투여 동안, 세포 요법의 투여 개시 시 및/또는 세포 투여 개시 전, 동안 또는 후에 수행할 수 있다.
일부 구현예에서, 투여된 세포 및/또는 세포 조성물의 기능적 속성은 약동학(PK) 매개변수 모니터링, 세포의 확장 및 지속성, 세포 기능적 분석법(예를 들어, 세포독성 분석, 사이토카인 분비 분석 및 생체내 분석과 같은 본원에 기재된 임의의 분석), 고차원 T 세포 신호전달 평가, 및 고갈 표현형 및/또는 T 세포의 특징 평가를 포함한다. 일부 관점에서, 평가 또는 모니터링할 수 있는 기타 속성에는 최소 잔류 질병(MRD) 모니터링 및 평가가 포함된다. 일부 관점에서, 평가 또는 모니터링할 수 있는 다른 속성에는 EZH2 억제제의 약력학 매개변수가 포함된다.
일부 구현예에서, 선별 단계 및/또는 치료 결과의 산정 및/또는 치료 결과의 모니터링을 위해 산정될 수 있는 매개변수를 포함한, 요법 또는 치료 결과와 관련된 매개변수에는 종양 또는 질병 부담이 포함된다. T 세포 요법(예를 들어, CAR-발현 T 세포) 및/또는 EZH2 억제제와 같은 면역요법 또는 세포 요법인 요법의 투여는 대상체에서 질환 또는 병태의 확장 또는 부담을 감소 또는 예방할 수 있다. 예를 들어, 질병 또는 병태가 종양인 경우, 본 방법은 일반적으로 골수 또는 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아세포(blast)의 백분율을 감소시키고/거나 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 관련된 다른 증상을 개선한다.
일부 측면에서, 제공된 방법, 및/또는 제공된 제조품 또는 조성물에 부합되는 투여는 일반적으로 대상체에서 질병 또는 병태의 증폭 또는 부담을 감소시키거나 방지한다. 예를 들어, 질병 또는 병태가 종양인 경우, 본 방법은 일반적으로 골수 또는 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아세포(blast)의 백분율을 감소시키고/거나 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 관련된 다른 증상을 개선한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 T 세포 요법(예를 들어 CAR 발현 T 세포)과 같은 요법이 EZH2 억제제의 투여없이 제공되는 다른 방법에 비해 치료된 대상체에서 종양 부담의 감소를 초래한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 T 세포 요법(예를 들어 CAR 발현 T 세포)과 같은 면역요법이 EZH2 억제제의 투여없이 제공되는 다른 방법에 비해 치료적 유효량의 EZH2 억제제로 치료된 대상체에서 종양 부담을 감소시킨다. 실제로 병용 요법을 받는 모든 대상체에서 종양 부담이 감소될 필요는 없으나, 예컨대 상기 병용 요법으로 치료받은 대상체의 대다수가 종양 부담의 감소를 나타내는, 예컨대 병용 요법으로 치료받은 대상체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 이상이 종양 부담의 감소를 나타내는 임상 데이터에 근거하여, 치료받은 대상체에서 종양 부담은 평균적으로 감소된다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 T 세포 요법(예를 들어 CAR 발현 T 세포)과 같은 요법이 EZH2 억제제의 투여없이 제공되는 다른 방법에 비해 세포독성 요법의 세포독성 활성을 증가시킨다. 일부 경우에, 제공된 방법은 EZH2 억제제의 투여 없이 T 세포 요법(예를 들어 CAR 발현 T 세포)과 같은 면역요법이 제공되는 대안적 방법과 비교하여 임의로 종양 환경으로의 증가된 T 세포 침투를 통해 세포독성 요법의 세포독성을 증가시킨다. 실제로 병용 요법을 받는 모든 대상체에서 세포독성이 증가될 필요는 없으나, 예컨대 상기 병용 요법으로 치료받은 대상체의 대다수가 종양 부담의 감소를 나타내는, 예컨대 병용 요법으로 치료받은 대상체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 이상이 종양 부담의 감소를 나타내는 임상 데이터에 근거하여, 치료받은 대상체에서 세포 독성은 평균적으로 증가된다. 실제로 병용 요법을 받는 모든 대상체에서 조양 미세환경으로의 T 세포 침투가 증가될 필요는 없으나, 예컨대 상기 병용 요법으로 치료받은 대상체의 대다수가 종양 부담의 감소를 나타내는, 예컨대 병용 요법으로 치료받은 대상체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 이상이 종양 부담의 감소를 나타내는 임상 데이터에 근거하여, 치료받은 대상체에서 세포 독성은 평균적으로 증가된다.
질병 부담은 대상체 내에서 또는 종양 또는 예를 들어, 전이를 나타내는 다른 위치의 기관 또는 조직과 같은 대상체의 기관, 조직 또는 체액 내에서 질병이 있는 세포의 총 수를 포함할 수 있다. 예를 들어, 종양 세포는 특정 혈액학적 악성 종양의 맥락에서 혈액, 림프 또는 골수에서 검출 및/또는 정량화될 수 있다. 일부 구현예에서, 질병 부담은 종양의 질량, 전이의 수 또는 범위 및/또는 골수에 존재하는 아세포의 백분율을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 골수종, 림프종 또는 백혈병을 가지고 있다. 질병 부담의 정도는 혈액 또는 골수 내 잔류 백혈병의 산정에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 비호지킨 림프종(NHL), 급성 림프모구 백혈병(ALL), 만성 림프성 백혈병(CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 여포성 림프종(FL), 확산성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 또는 골수종, 예를 들어, 다발성 골수종(MM)을 가지고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 백혈병 또는 림프종을 가지고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 백혈병을 가지고 있다. 일부 경우에, 백혈병은 CLL이다. 일부 구현예에서, 대상체는 림프종을 가지고 있다. 일부 경우에, 대상체는 DLCBL 및 FL을 포함한 NHL을 가지고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 가지고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 FL을 가지고 있다.
일부 측면에서, NHL을 갖는 대상체와 같은 대상체의 반응 속도는 루가노 기준(Lugano criteria)에 기초한다. 일부 관점에서, 반응 평가는 임상적, 혈액학적 및/또는 분자적 방법 중 어느 하나를 활용한다. 일부 관점에서, 루가노 기준을 사용하여 평가된 반응은 적절한 것으로 양전자 방출 단층 촬영(positron emission tomography, PET)-컴퓨터 단층 촬영(computed tomography, CT) 및/또는 CT의 사용을 수반한다. PET-CT 평가는 FDG-친화성 림프종(FDG-avid lymphoma)에 대한 플루오로데옥시글루코스(fluorodeoxyglucose, FDG)의 사용을 더 포함할 수 있다. 일부 관점에서, PET-CT가 FDG-친화성 조직 구조에서 반응을 평가하는데 사용될 경우, 5점 척도를 사용할 수 있다. 일부 관점에서, 5점 척도는 다음 기준을 포함한다: 1, 바탕 위 흡수 없음; 2, 흡수 ≤ 종경막; 3, 흡수 > 종경막이나 ≤ 간; 4, 적당히 흡수 > 간; 5, 간 및/또는 새로운 병변에서보다 현저히 많은 흡수; X, 림프종과 관련이 있을 것 같지 않은 새로운 영역 흡수.
일부 관점에서, 루가노 기준을 사용하여 기재된 바와 같은 완전한 반응은 다양한 측정 가능한 부위에서의 완전한 대사 반응 및 완전한 방사선 반응을 포함한다. 일부 관점에서, 상기 부위는 림프절 및 림프 외 부위를 포함하며, 여기서 CR은 PET-CT가 사용될 경우 5점 척도에서 잔류 질량을 갖거나 갖지 않는 1, 2 또는 3의 점수로 기재된다. 일부 관점에서, 생리학적 흡수가 많거나 비장 또는 골수 내 활성화(예를 들어, 화학 요법 또는 골수성 콜로니 자극 인자 사용)가 있는 왈데이어 고리(Waldeyer's ring) 또는 결절 외 부위에서, 흡수가 정상 종격막 및/또는 간에서보다 더 많을 수 있다. 상기 상황에서, 조직이 많은 생리적 흡수를 하더라도 초기 관여 부위에서의 흡수가 주변 정상 조직보다 더 많지 않으면 완전한 대사 반응이 유추될 수 있다. 일부 관점에서, 반응은 CT를 사용하여 림프절에서 평가되며, 여기서 CR은 질병 및 표적 결절/결절의 집합체의 림프 외 부위가 병변의 가장 긴 횡방향 직경(LDi)에서 ≤ 1.5 cm까지 퇴화해서는 안되는 것으로 설명된다. 추가 평가 부위는 골수를 포함하며, 여기서 PET-CT 기반 평가는 골수에서 FDG-친화성 질병의 증거가 부족함을 나타내야 하고, CT 기반 평가는 정상적인 형태를 나타내야 하며, 불명확한 경우 IHC 음성이어야 한다. 추가 부위는 정상으로 회귀해야 하는 기관 확대의 평가를 포함할 수 있다. 일부 관점에서, 측정되지 않은 병변 및 새로운 병변이 평가되며, 이는 CR의 경우에는 없어야 한다(Cheson et al., (2014) JCO., 32(27):3059-3067; Johnson et al., (2015) Radiology 2:323-338; Cheson, B.D. (2015) Chin. Clin. Oncol. 4(1):5).
일부 관점에서, 루가노 기준을 사용하여 기재된 바와 같은 부분 반응(PR)은 다양한 측정 가능한 부위에서의 부분적인 대사 반응 및/또는 방사선 반응을 포함한다. 일부 관점에서, 상기 부위는 림프절 및 림프 외 부위를 포함하며, 여기서 PR은 PET-CT가 사용될 경우 기준선 및 잔류 질량(들)의 임의의 크기와 비교하여 섭취가 감소된 4 또는 5의 점수로 기재된다. 잠정적으로, 상기 발견은 반응하는 질병을 나타낼 수 있다. 치료 말기에, 상기 발견은 잔류 질병을 나타낼 수 있다. 일부 관점에서, 반응은 CT를 사용하여 림프절에서 평가되며, 여기서 PR은 최대 6개의 측정 가능한 표적 결절 및 결절 외 부위의 SPD에서 ≥50% 감소로 설명된다. 병변이 CT에서 측정하기에 너무 작은 경우, 5 mm Х 5 mm가 기본 값으로 할당되고; 병변이 더 이상 보이지 않는 경우, 상기 값은 0 mm Х 0 mm이며; 결절이 >5 mm Х 5 mm이나 정상보다 더 작은 경우, 실제 측정치가 계산에 사용된다. 추가 평가 부위는 골수를 포함하며, 여기서 PET-CT 기반 평가는 기준선(허용된 화학 요법으로부터의 반응 변화와 양립 가능한 확산 흡수)과 비교하여 감소되나 정상 골수에서의 흡수보다 더 많은 잔류 흡수를 나타내야 한다. 일부 관점에서, 결절 반응의 맥락에서 골수에서 지속적인 병소의 변화가 있는 경우, MRI 또는 생검법 또는 간격 검사로 추가 평가를 하는 것이 고려되어야 한다. 일부 관점에서, 추가 부위는 기관 확대의 평가를 포함할 수 있으며, 비장은 길이에 있어 정상 이상으로 >50%까지 퇴화되었어야 한다. 일부 관점에서, 비측정 병변 및 새로운 병변이 평가되고, PR의 경우 부재/정상, 퇴화되어야 하나 증가해서는 안된다. 무반응/안정 질환(SD) 또는 진행성 질병(PD)도 PET-CT 및/또는 CT 기반 평가를 사용하여 측정할 수 있다.
일부 관점에서, 무진행성 생존(progression-free survival, PFS)은 대상체가 질병을 갖고 살지만 악화되지 않는 B 세포 악성 종양과 같은 질병의 치료 중 및 치료 후의 시간 길이로 설명된다. 일부 관점에서, 객관적인 반응(objective response, OR)은 측정 가능한 반응으로 설명된다. 일부 관점에서, 객관적인 반응율(objective response rate, ORR)은 CR 또는 PR을 달성한 환자의 비율로 설명된다. 일부 관점에서, 전반적인 생존(overall survival, OS)은 질병으로 진단된 대상체가 여전히 살아 있는, B 세포 악성 종양과 같은 질병에 대한 치료 시작 또는 진단일 중 하나로부터의 시간 길이로 설명된다. 일부 관점에서, 이벤트 없는 생존(event-free survival, EFS)은 치료가 방해 또는 지연되도록 의도된 특정 합병증 또는 이벤트 없는 채로 대상체가 존속하는 치료 후 B 세포 악성 종양 말기 동안 시간의 길이로 설명된다. 상기 이벤트는 뼈에까지 퍼지는 B 세포 악성 종양으로부터의 뼈 통증과 같은 특정 증상의 개시 또는 B 세포 악성 종양의 재발 또는 죽음을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 반응 기간(duration of response, DOR)의 측정은 종양 반응의 문서화에서 질병 진행까지의 시간을 포함한다. 일부 구현예에서, 반응을 산정하기 위한 매개변수에는 오래 지속되는 반응, 예를 들어, 요법 개시로부터 일정 기간 후에 지속되는 반응이 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 오래 지속되는 반응은 요법 개시 후 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 18 또는 24개월에서의 반응률로 표시된다. 일부 구현예에서, 반응은 3개월 또는 6개월보다 더 오랫동안 지속된다.
일부 관점에서, RECIST 기준은 객관적인 종양 반응을 결정하기 위해 이용된다. (Eisenhauera et al., European Journal of Cancer 45 (2009) 228-247.) 일부 관점에서, RECIST 기준은 표적 병변을 위한 객관적인 종양 반응을 결정하기 위해 이용된다. 일부 측면에서, RECIST 기준을 사용하여 결정된 바와 같은 완전한 반응은 모든 표적 병변의 소멸로 설명되고, 임의의 병리적 림프절(표적이건 비표적이건)이 단축에서 <10 mm까지 축소되어야 한다. 다른 측면에서, RECIST 기준을 사용하여 결정된 바와 같은 부분 반응은 기준선 합계 직경을 기준으로 하여, 표적 병변의 직경의 합계에서 30% 이상의 감소로 설명된다. 다른 관점에서, 진행성 질병(PD)은 연구 중 가장 작은 합계를 기준으로 하여(이는 상기 값이 연구 중 가장 작은 경우 기준선 합계를 포함함) 표적 병변의 직경의 합계에서 20% 이상의 증가로 설명된다. 20%의 상대적 증가 외에, 합계는 5mm 이상의 절대적인 증가를 또한 입증해야 한다(일부 관점에서, 하나 이상의 새로운 병변의 출현도 진행성으로 간주된다). 다른 관점에서, 안정된 질병(stable disease, SD)은 연구 중인 가장 작은 합계 직경을 기준으로 하여, PR에 적격인 충분한 축소도 없고, PD에 적격인 충분한 증가도 없는 것으로 설명된다.
일부 관점에서, FL을 갖는 대상체와 같은 대상체에서의 생존율은 이탈리아 림프종 인터그룹(ILI) 및/또는 국제 여포 림프종 예후 인자 프로젝트(IFLPFP)에 의해 개발된 스코어링 시스템에 기초한다. 일부 관점에서, ILI 점수는 연령, 성별, B 증상, 림프절외 부위의 수, 적혈구 침강 속도(ESR) 및 젖산 탈수소효소(LDH)의 독립적인 예후 역할을 기반으로 한다. 일부 관점에서, IFLPFP 점수는 연령, 앤아버 병기, 헤모글로빈 수치, 결절 부위 면적 수 및 혈청 LDH 수치의 위험 인자를 기반으로 한다. 일부 경우에, IFLPFP 점수는 FL이 있는 대상체의 전체 생존율을 특성화하거나 예측하는 데 사용할 수 있다.
MM의 경우, 질병 부담의 정도를 산정하는 예시적인 매개변수는 클론성 형질 세포의 수(예를 들어, 골수 생검에서 >10% 또는 다른 조직; 형질세포종으로부터의 생검에서 임의의 양), 혈청 또는 소변 중 하나에서 단클론성 단백질(파라단백질)의 존재, 형질 세포 장애와 관련된 것으로 여겨지는 말단 기관 손상의 증거(예를 들어, 고칼슘혈증(교정 칼슘 > 2.75mmol/l); 골수종에 기인하는 신장 기능 부전; 빈혈(헤모글로빈 < 10g/dl); 및/또는 뼈 병변(압박 골절을 동반한 용해성 병변 또는 골다공증)과 같은 매개변수를 포함한다.
DLBCL의 경우, 질병 부담의 정도를 산정하는 예시적인 매개변수는 세포 형태(예를 들어, 중심아세포, 면역아세포 및 역형성 세포), 유전자 발현, miRNA 발현 및 단백질 발현(예를 들어, BCL2, BCL6, MUM1, LMO2, MYC 및 p21의 발현)과 같은 매개변수를 포함한다.
FL의 경우, 질병 부담 정도를 평가하기 위한 예시적인 매개변수는 헤모글로빈 수준(예: <12 g/dL 또는 <10 g/dL), 적혈구 침강 속도(ESR), 젖산 탈수소효소(LDH) 수준, 및 β2-마이크로글루빌린(B2M) 값, 유전자 발현, 단일 염기 다형성(SNPs; 예: IL-8, IL-2, Il-12B, 및 IL1RN), miRNA 발현, 및 단백질 발현(예: CD68, STAT1, FOXP3, CD57)과 같은 매개변수를 포함한다. FL의 경우, 질병 확장은 앤아버 병기결정 시스템, 종양 부담, 부피가 큰 질병, 결절 또는 결절외 질병 부위의 수, 및/또는 골수 침범에 의해 평가될 수 있다.
일부 측면에서, CLL을 가진 대상체와 같은 대상체에서의 반응율은 만성 림프구성 백혈병에 대한 국제 워크숍(International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia, IWCLL) 반응 기준에 기초한다(Hallek, et al ., Blood 2008, Jun 15; 111(12): 5446-5456). 일부 관점에서, 상기 기준은, 일부 관점에서 면역 표현형에 의한 말초 혈액 클론성 림프구의 부재, 림프샘 장애(lymphadenopathy)의 부재, 간 비대 또는 비장 비대의 부재, 체질상의 증상 및 충분한 혈액 수의 부재를 요구하는, 완전한 진정(complete remission, CR); 일부 관점에서 정상적인 혈액 수를 갖지 않는, 상기 CR로 기술되는 불완전한 골수 회복을 갖는 완전한 진정(complete remission with incomplete marrow recovery, CRi); 일부 관점에서 말초 혈액 수에서의 개선과 함께, 림프구 수에서 ≥50%에 속하고, 림프샘 장애에서 ≥50% 감소 또는 간 또는 비장에서 ≥50%의 감소로 기술되는, 부분적인 진정(partial remission, PR); 일부 관점에서 림프구 수에 있어서 > 5 x109/L까지의 ≥50% 상승, 림프샘 장애에 있어서 ≥50% 증가, 간 또는 비장 크기에 있어서 ≥50% 증가, 리히터의 형질전환(Richter's transformation) 또는 CLL로 인한 새로운 혈구 감소증(cytopenia)으로 기술되는 진행성 질병(progressive disease, PD); 일부 관점에서 CR, CRi, PR 또는 PD에 대한 기준을 충족하지 않는 것으로 기술되는 안정적인 질병;으로 기술된다.
일부 구현예에서, 대상체는 단위 용량의 세포 투여 후 1개월 이내에, 대상체의 림프절 크기가 (약) 20mm 미만, (약) 10mm 미만 또는 (약) 10mm 미만인 경우 CR 또는 OR을 나타낸다.
일부 구현예에서, CLL의 지표 클론은 대상체의 골수에서(또는 본 방법에 따라 치료받은 대상체의 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이상의 골수에서) 검출되지 않는다. 일부 구현예에서, CLL의 지표 클론은 IgH 심층 염기서열분석(deep sequencing)에 의해 평가된다. 일부 구현예에서, 지표 클론은 세포의 투여 후 (약) 또는 적어도 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 12, 18 또는 24개월의 시점에 검출되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는, 예를 들어 광학 현미경에 의해 검출된 바와 같이, 골수에서 5% 이상의 아세포, 예컨대 골수에서 10% 이상의 아세포, 골수에서 20% 이상의 아세포, 골수에서 30% 이상의 아세포, 골수에서 40% 이상의 아세포 또는 골수에서 50% 이상의 아세포가 존재할 경우 형태학적 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 골수에 5% 미만의 아세포가 있을 경우, 대상체는 완전 관해 또는 임상적 관해를 나타낸다.
일부 구현예에서, 대상체는 완전 관해를 나타낼 수 있으나, 형태학적으로 검출 불가능한(광학 현미경 기술에 의함) 작은 비율의 잔류 백혈병 세포가 존재한다. 대상체가 골수에서 5% 미만의 아세포를 나타내고 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양을 나타내는 경우 대상체는 최소 잔존 질병(minimum residual disease, MRD)을 나타낸다고 말한다. 일부 구현예에서, 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양은 소수 세포의 민감한 검출이 가능한 다양한 임의의 분자 기술을 사용하여 산정될 수 있다. 일부 관점에서, 상기 기술은 염색체 전좌(chromosome translocation)에 의해 생성된 유일한 Ig/T-세포 수용체 유전자 재배열 또는 융합 전사물을 결정할 수 있는 PCR 분석을 포함한다. 일부 구현예에서, 유세포 분석은 백혈병 특이적 면역 표현형에 기초한 B 세포 악성 종양 세포 식별에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, B 세포 악성 종양의 분자적 검출은 100,000개 정상 세포 중에서 1개의 백혈병 세포만큼 적은 수를 검출할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 예컨대 PCR 또는 유세포 분석에 의해, 100,000개 세포 중에서 적어도 1개 이상의 백혈병 세포가 검출되는 경우, 분자적으로 검출 가능한 MRD를 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체의 질병 부담은 일부 경우에 PCR 또는 유세포 분석 기술을 사용하여 대상체에서 백혈병 세포를 검출할 수 없는 정도로, 분자적으로 검출 가능하지 않거나 MRD-이다.
백혈병의 경우, 질병 부담의 정도는 혈액 또는 골수 내 잔류 백혈병의 산정에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어 광학 현미경에 의해 검출된 바와 같이, 골수에 5% 이상의 아세포(blast)가 있을 경우, 대상체는 형태학적 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 골수에 5% 미만의 아세포가 있을 경우, 대상체는 완전 관해 또는 임상적 관해를 나타낸다.
일부 구현예에서, 백혈병에 대해, 대상체는 완전 관해를 나타낼 수 있으나, 형태학적으로 검출 불가능한(광학 현미경 기술에 의함) 작은 비율의 잔류 백혈병 세포가 존재한다. 대상체가 골수에서 5% 미만의 아세포를 나타내고 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양을 나타내는 경우 대상체는 최소 잔존 질병(minimum residual disease, MRD)을 나타낸다고 말한다. 일부 구현예에서, 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양은 소수 세포의 민감한 검출이 가능한 다양한 임의의 분자 기술을 사용하여 산정될 수 있다. 일부 관점에서, 상기 기술은 염색체 전좌(chromosome translocation)에 의해 생성된 유일한 Ig/T-세포 수용체 유전자 재배열 또는 융합 전사물을 결정할 수 있는 PCR 분석을 포함한다. 일부 구현예에서, 유세포 분석은 백혈병 특이적 면역 표현형에 기초한 B 세포 악성 종양 세포 식별에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, B 세포 악성 종양의 분자적 검출은 100,000개 정상 세포 중에서 1개의 백혈병 세포만큼 적은 수를 검출할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 예컨대 PCR 또는 유세포 분석에 의해, 100,000개 세포 중에서 적어도 1개 이상의 백혈병 세포가 검출되는 경우, 분자적으로 검출 가능한 MRD를 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체의 질병 부담은 일부 경우에 PCR 또는 유세포 분석 기술을 사용하여 대상체에서 백혈병 세포를 검출할 수 없는 정도로, 분자적으로 검출 가능하지 않거나 MRD-이다.
일부 구현예에서, 본 방법 및/또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)와 같은 세포 요법 및/또는 EZH2 억제제의 투여는 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법) 및/또는 EZH2 억제제의 투여 바로 전 시점의 질병 부담과 비교하여 질병 부담을 감소시킨다.
일부 관점에서, 면역 요법, 예를 들어, T 세포 요법 및/또는 EZH2 억제제의 투여는 질병 부담의 증가를 예방할 수 있고, 이는 질병 부담의 변화가 없음으로 입증될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 방법은 질병 또는 병태의 부담, 예를 들어, 종양 세포의 수, 종양의 크기, 환자의 생존 또는 무사건 생존 기간을, 대상체가 EZH2 억제제의 투여 부재 하에서 면역 요법, 예를 들어, T 세포 요법만을 받는 요법과 같은 다른 요법을 사용한 비교 방법에서 관찰될 수 있는 감소와 비교하여, 더 큰 정도로 및/또는 더 큰 기간 동안 감소시킨다. 일부 구현예에서, 질병 부담은 면역 요법, 예를 들어, T 세포 요법, 및 EZH2 억제제의 투여의 병용 요법 이후에, 상기 제제 각각을 단독으로 투여하여, 예를 들어, 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법)을 받지 않은 대상체에 EZH2 억제제를 투여하여, 또는 상기 EZH2 억제제를 투여받지 않은 대상체에 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법)을 투여하여 가져올 수 있는 감소와 비교하여, 더 큰 정도로 또는 더 긴 기간 동안 감소한다.
일부 구현예에서, 대상체에서 질병 또는 병태의 부담을 검출, 산정 또는 측정한다. 질병 부담은 일부 관점에서 대상체 내, 또는 대상체의 기관, 조직 또는 체액, 예컨대 혈액 또는 혈청 내의 질병 또는 질병 관련 세포, 예를 들어, 종양 세포의 총 수를 검출하여 검출할 수 있다. 일부 구현예에서, 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담은 전이의 수 또는 정도를 측정하여 산정한다. 일부 관점에서, 대상체의 생존, 특정 기간 내의 생존, 생존의 정도, 무사건 또는 무증상 생존의 존재 또는 기간, 또는 재발 없는 생존을 산정한다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태의 임의의 증상을 산정한다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태 부담의 측정이 명시된다. 일부 구현예에서, 결정을 위한 예시적인 매개변수는 질병 또는 병태, 예를 들어, 종양의 개선 또는 향상을 나타내는 특정 임상적 결과를 포함한다. 상기 매개변수는: 완전 관해(CR), 부분 관해(PR) 또는 안정 병변(SD)(예를 들어, 고형암 반응 평가 기준(RECIST) 지침 참조)을 포함한 질병 통제의 기간, 객관적 반응률(ORR), 무진행 생존율(PFS) 및 전체 생존율(OS)을 포함한다. 본원에 제공된 병용 요법의 방법의 효능을 결정하기 위해 상기 매개변수에 대한 구체적인 임계값을 설정할 수 있다.
일부 관점에서, 질병 부담은 면역요법(예: T 세포 요법)의 투여 후 면역요법(예: T 세포 요법)의 투여 전에 그러나 EZH2 억제제의 투여 전에 및/또는 면역요법(예: T 세포 요법) 및 EZH2 억제제 모두의 투여 후에 측정되거나 검출된다. 병용 요법의 하나 이상의 단계의 다중 투여의 맥락에서, 일부 구현예에서, 질병 부담은 임의 단계의 투여, 투여의 단위 용량 및/또는 주기 전에 또는 이후에, 또는 임의의 단계의 투여, 투여의 단위 용량 및/또는 주기 사이의 시점에 측정될 수 있다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제의 투여는 적어도 하나의 주기(예를 들어, 28일 주기)로 수행되고, 질병 부담은 각 주기 이전, 도중 및/또는 이후에 측정되거나 검출된다.
일부 구현예에서, 부담은 EZH2 억제제 및 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법)의 투여 바로 전과 비교하여 제공된 방법에 의해 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100% 또는 적어도 (약) 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100% 감소한다. 일부 구현예에서, 질병 부담, 종양 크기, 종양 체적, 종양 질량, 및/또는 종양 부하 또는 규모는 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법) 및 EZH2 억제제의 투여 이후에 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법) 및/또는 EZH2 억제제의 투여 바로 전과 비교하여 적어도 (약) 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90% 또는 그 이상 감소한다.
일부 구현예에서, 본 방법에 의한 질병 부담의 감소는 병용 요법의 투여, 예를 들어, 개시 후 예를 들어 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월 또는 6개월 이상 시점에 산정했을 때, 형태적인 완전 관해의 유도를 포함한다.
일부 관점에서, 최소 잔존 질병에 대한 분석은, 예를 들어, 다중 매개변수 유세포 분석에 의해 측정된 바와 같이, 음성이고, 또는 최소 잔존 질병의 수준은 약 0.3% 미만, 약 0.2% 미만, 약 0.1% 미만, 또는 약 0.05% 미만이다.
일부 구현예에서, 대상체의 무사건 생존율 또는 전체 생존율은 다른 방법과 비교하여 본 방법에 의해 향상된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 제공된 병용 요법의 방법 이후 6개월 시점에 본 방법에 의해 치료 받은 대상체의 무사건 생존율 또는 확률은 약 40%보다 크거나, 약 50%보다 크거나, 약 60%보다 크거나, 약 70%보다 크거나, 약 80%보다 크거나, 약 90%보다 크거나, 또는 약95%보다 크다. 일부 관점에서, 전체 생존율은 약 40%보다 크거나, 약 50%보다 크거나, 약 60%보다 크거나, 약 70%보다 크거나, 약 80%보다 크거나, 약 90%보다 크거나, 또는 약95%보다 크다. 일부 구현예에서, 본 방법으로 치료 받은 대상체는 적어도 6개월까지, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10년까지 무사건 생존, 재발 없는 생존, 또는 생존을 나타낸다. 일부 구현예에서, 종양진행시간(TTP)은 (약) 6개월보다 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10년보다 더 긴 종양진행시간과 같이, 향상된다.
일부 구현예에서, 본 방법에 의한 치료 이후에, 재발 확률은 다른 방법과 비교하여 감소된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 병용 요법의 방법 이후 6개월 시점에 재발 확률은 약 80% 미만, 약 70% 미만, 약 60% 미만, 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 또는 약 10% 미만이다.
일부 경우에, 투여된 세포의 이용률, 예를 들어, 생체이용률을 평가하기 위해 투여된 세포, 예를 들어, 입양으로 전달된 세포의 약동학적 특성(PK)이 측정된다. 입양으로 전달된 세포의 약동학적 특성을 측정하는 방법은 조작된 세포를 투여받은 대상체로부터 말초 혈액을 채혈하는 것과 말초 혈액에서 조작된 세포의 수 또는 비율을 측정하는 것을 포함한다. 세포를 선택 및/또는 단리하는 접근법은 키메라 항원 수용체(CAR)-특이적 항체의 사용(예를 들어, Brentjens et al., Sci. Transl. Med. 2013 Mar; 5(177): (177ra38) Protein L (Zheng et al., J. Transl. Med. 2012 Feb; 10:29)), 에피토프 표지, 예컨대 CAR 내 특이적 부위로 직접 도입되는 Strep-Tag 서열의 사용을 포함하며, 이로써 Strep-Tag를 위한 결합 시약이 사용되어 CAR(Liu et al. (2016) Nature Biotechnology, 34:430; 국제 특허 출원 공개 번호 WO2015095895)을 직접 산정하고 그리고 CAR 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단클론 항체를 직접 산정한다(국제 특허 출원 공개 번호 WO2014190273 참조). 외인성 표지 유전자는 일부 경우에 세포의 검출 또는 선택을 가능하게 하도록, 일부 경우에 또한 세포 자살을 촉진하도록, 조작된 세포 요법과 관련하여 사용될 수 있다. 일부 경우에 절단형 표피 성장 인자 수용체(epidermal growth factor receptor, EGFRt)는 형질도입된 세포에서 관심 전이 유전자(예: CAR)와 함께 공발현될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 번호 8,802,374 참조). EGFRt는 항체 세툭시맙(Erbitux®) 또는 다른 치료용 항-EGFR 항체 또는 결합 분자에 의해 인식되는 에피토프를 함유할 수 있으며, 이는 EGFRt 작제물 및 다른 재조합 수용체, 예컨대 키메라 항원 수용체(CAR)로 조작된 세포를 식별 또는 선택하기 위해 및/또는 상기 수용체를 발현하는 세포를 제거 또는 분리하기 위해 사용될 수 있다. 문헌[미국 특허 번호 8,802,374 및 Liu et al., Nature Biotech. 2016 April; 34(4): 430-434]을 참조한다.
일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 생물학적 샘플(예를 들어, 혈액) 내 CAR+ T 세포의 수를 세포 요법의 투여 후 일정 기간에 측정하여 예를 들어 세포의 약동학적 특성을 결정할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체의 혈액에서, 또는 본 방법에 의해 치료받은 대상체의 대부분에서 검출 가능한 CAR+ T 세포, 선택적으로 CAR+ CD8+ T 세포 및/또는 CAR+ CD4+ T 세포의 수는 1개 세포/μL 초과, 5개 세포/μL 초과 또는 10개 세포/μL 초과이다.
F. 대상체의 선택
일부 구현예에서, 면역 요법 또는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)의 투여 후 완전(CR)을 나타내거나 계속 나타낼 가능성이 높은, 상승된 및/또는 증가된 대상체는 PD 또는 PD의 위험을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 EZH2 억제제를 투여받지 않는다. 일부 구현예에서, 면역 요법 또는 세포 요법(예: CAR-T 세포 요법)의 투여 후 진행성 질병(PD)을 나타내거나 계속 나타낼 가능성이 높은, 상승된 및/또는 증가된 대상체는 PD 또는 PD의 위험을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 EZH2 억제제를 투여받는다. 따라서, 일부 구현예에서, 본원에서 진행성 질병(PD)의 발생 또는 발생할 위험을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 면역 요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이 제공된다. 또한 하나 이상의 제제를 포함하는 조성물 및 제제, 예를 들어 제약 제제가 제공된다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성이 있는 대상체를 식별함으로써, 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)의 발생 또는 발생할 위험을 치료, 예방, 지연, 감소 또는 약화시키기 위해 병용 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제의 투여)을 위한 대상체의 선택을 허용한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 (i) 전에, (ii) 1, 2 또는 3일 이내에, (iii) 이와 동시에 및/또는 (iv) 후에 대상체에게 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전에 진행성 질병(PD)의 발생 또는 발생할 위험을 치료, 예방, 지연, 감소 또는 약화시킬 수 있는 EZH2 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 전 일정 기간 동안 EZH2 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 일정 기간은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15일, 및/또는 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 6주 이상이다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전에, 대상체가 진행성 질병(PD)의 징후 또는 증상을 나타내기 전에, 또는 대상체가 나타내지 않는 한, EZH2 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전에 진행성 질병(PD)의 발생 또는 발생할 위험을 치료, 예방, 지연, 감소 또는 약화시킬 수 있는 EZH2 억제제가 투여되거나 제공된다. 일부 구현예에서, 대상체는 PD에 대한 높은, 증가된 또는 상승된 위험도를 갖는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 전 일정 기간 이내에, 예컨대 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15일 이내 및/또는 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 6주 이상 이내에 EZH2 억제제가 투여되거나 제공된다. 일부 구현예에서, 대상체는 PD의 첫 번째 징후 또는 증상에서 EZH2 억제제가 투여되거나 제공된다.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 3개월 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2A, 1a 또는 4a에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 높을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2A, 1a 또는 4a 에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 높을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2B, 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 낮을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E3B, 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 낮을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 3개월 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2A 또는 4a 에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, PDCD1, LAG3, TIGIT, KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, 및 CCL21을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 낮을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2A, 1a 또는 4a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 낮을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, CD3E와 같은 T 세포 마커 유전자 및 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2B에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 높을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 상승할 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다.
일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2A, 1a 또는 4a에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 상향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, EZH2 및 표 E2A, 1 또는 4a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 상향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2B, 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E3B, 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서의 발현에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2A, 1a 또는 4a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2A, 1a 또는 4a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2B에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 2a 또는 3a에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 상향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다.
일부 구현예에서, FL이 있는 또는 여포성 림프종(FL)을 나타내거나 계속 나타낼 높은, 상승된, 및/또는 증가된 위험이 있는 대상체는 FL을 치료하거나 FL 또는 FL의 위험을 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 EZH2 억제제가 투여되지 않는다. 일부 구현예에서, FL-유사 전처리 종양 유전자 발현 특징이 있는 또는 여포성 림프종(FL)을 나타내거나 계속 나타낼 높은, 상승된, 및/또는 증가된 위험이 있는 대상체는 DLBCL과 같은 암을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 EZH2 억제제가 투여되지 않는다. 일부 구현예에서, DLBCL이 있는 또는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 계속 나타낼 높은, 상승된, 및/또는 증가된 위험이 있는 대상체는 DLBCL 또는 DLBCL의 위험을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 EZH2 억제제가 투여된다. 일부 구현예에서, DLBCL-유사 전처리 종양 유전자 발현이 있는 대상체는 DLBCL과 같은 암을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 EZH2 억제제가 투여된다. 따라서, 일부 구현예에서, 본원에서 DLBCL이 발생할 위험을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 면역 요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이 제공된다. 또한 하나 이상의 제제를 포함하는 조성물 및 제제, 예를 들어 제약 제제가 제공된다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 DLBCL이 있는 또는 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성이 있는 대상체를 식별함으로써, DLBCL을 치료 또는 DLBCL이 발생 또는 발생할 위험을 예방, 지연, 감소 또는 약화시키기 위해 병용 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제의 투여)을 위한 대상체의 선택을 허용한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 DLBCL을 치료하기 위해 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 (i) 전에, (ii) 1, 2 또는 3일 이내에, (iii) 이와 동시에 및/또는 (iv) 후에 대상체에게 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 치료 또는 DLBCL이 발생 또는 발생할 위험을 예방, 지연, 감소 또는 약화시킬 수 있는 EZH2 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 전 일정 기간 동안 EZH2 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 일정 기간은 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15일, 및/또는 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 6주 이상이다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전에, 대상체가 DLBCL의 징후 또는 증상을 나타내기 전에, 또는 대상체가 나타내지 않는 한, EZH2 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 DLBCL을 치료하기 위해 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전에 DLBCL을 치료 또는 DLBCL이 발생 또는 발생할 위험을 예방, 지연, 감소 또는 약화시킬 수 있는 EZH2 억제제가 투여되거나 제공된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 갖거나 DLBCL에 대한 높은, 증가된 또는 상승된 위험도를 갖는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 전 일정 기간 이내에, 예컨대 면역요법 또는 세포 요법의 투여 전 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15일 이내 및/또는 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 6주 이상 이내에 EZH2 억제제가 투여되거나 제공된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL의 첫 번째 징후 또는 증상에서 EZH2 억제제가 투여되거나 제공된다.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 기초하여, DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 높을 때, DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 낮을 때, DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서의 유전자 세트에 기초하여, DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 상향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, DLBCL을 갖거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 기초하여, DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 낮을 때, DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준은 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 높을 때, DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체에서 유전자 세트 발현의 양 또는 수준에 기초하여, DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E2 또는 E3에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 하향 조절되었을 때, DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 표 E4 또는 E5에 의해 제시된 것을 포함하는 하나 이상의 유전자 세트의 발현은 발현이 상향 조절되었을 때, 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 DLBCL을 갖지 않거나 DLBCL이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 진행성 질병(PD)이 발생하거나 이를 경험할 가능성 및/또는 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성이 있는 대상체를 식별함으로써, 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 치료 또는 PD의 발생 또는 발생할 위험을 예방, 지연, 감소 또는 약화시키기 위해 병용 요법(예: 면역 요법 또는 세포 요법 및 EZH2 억제제의 투여)을 위한 대상체의 선택을 허용한다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제는 면역요법 또는 세포 요법의 투여 개시 (i) 전에, (ii) 1, 2 또는 3일 이내에, (iii) 이와 동시에 및/또는 (iv) 후에 대상체에게 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 EZH2 유전적 상태 또는 발현 수준에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 EZH2 유전적 상태 또는 EZH2 유전자의 발현 수준에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 EZH2 유전자의 발현 수준에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 EZH2 유전자의 과발현에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 EZH2 유전적 상태에 기초하여 EZH2 유전자의 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 EZH2 유전자에 돌연변이를 갖는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 경우에, 상기 EZH2 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다. 일부 경우에, 상기 기능 획득 돌연변이는 다음 중 하나 이상이다: Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A, 및 V679M.
일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 세포에서 대상체의 H3K27 메틸화 상태에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 세포에서 H3K27의 메틸화 상태에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 암 세포에서 H3K27의 메틸화 상태에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 세포에서 H3K27의 트리메틸화 상태에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 암 세포에서 H3K27의 트리메틸화 상태에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 세포에서 증가된 H3K27의 트리메틸화 상태에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체의 암 세포에서 증가된 H3K27의 트리메틸화 상태에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다.
일부 구현예에서, 대상체는 여포성 림프종(FL)을 갖는 대상체에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 전처리 FL-유사 종양 유전자 발현 특징을 갖는 대상체에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 새로 진단된 여포성 림프종, 불응성 여포성 림프종, 또는 여포성 림프종 3B 등급(FL3B)과 같은 FL을 갖는 대상체에 기초하여 EZH2의 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 FL을 갖고 DLBCL을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 전처리 FL-유사 종양 유전자 발현 특징을 갖고 전처리 DLBCL-유사 종양 유전자 발현 특징을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 갖는 대상체에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 전처리 DLBCL-유사 종양 유전자 발현 특징을 갖는 대상체에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 갖는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 전처리 DLBCL-유사 종양 유전자 발현 특징을 갖는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 여포성 림프종(FL)을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 DLBCL을 갖고 FL을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 배-중심 B-세포(GCB) 또는 활성화 B-세포(ABC) DLBCL과 같은 DLBCL을 갖는 대상체에 기초하여 면역요법 또는 세포 요법의 투여 후 PD를 갖거나 PD를 나타낼 증가된 위험도, 개연성 또는 가능성을 갖는 것으로 DLBCL 식별된다. 일부 구현예에서, 대상체는 배 중심 B-세포(GCB) DLBL 또는 활성화 B-세포(ABC) DLBCL과 같은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 갖는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 GCB DLBCL을 갖는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 ABC DLBCL을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 GCB DLBCL을 갖고 ABC DLBCL을 갖지 않는 대상체에 기초하여 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된다.
Ⅳ. 조성물, 제조품 및 키트
또한 EZH2의 억제제, 및 면역 요법 또는 세포 요법(예: 항체 또는 그의 항원 결합 단편 또는 T 세포 요법(예: 조작된 세포)을 위한 구성요소를 함유하는 제조품 및/또는 이의 조성물이 제공된다. 제조품에는 용기 및 표지(label) 또는 용기 위의 또는 그와 연관된 포장 삽입물 등이 포함될 수 있다. 적합한 용기에는, 예를 들어, 병, 바이알, 주사기, IV 용액백 등이 포함된다. 용기는 유리 또는 플라스틱과 같은 다양한 재료로 형성될 수 있다. 일부 구현예에서 용기는 조성물을 그 자체로 또는 병태를 치료, 예방 및/또는 진단하는 데 효과적인 다른 조성물과 조합하여 담는다. 일부 구현예에서, 용기는 멸균 접근 포트를 갖는다. 예시적인 용기에는 주사용 바늘에 의해 천공될 수 있는 마개가 있는 것 또는 경구 투여 제제를 위한 병 또는 바이알을 포함하여 정맥내 주사용 용액백, 바이알 등이 포함된다. 라벨 또는 포장 삽입물은 조성물이 질병 또는 병태를 치료하는 데 사용되는 것임을 나타낼 수 있다.
제조품은 (a) 내부에 조성물이 함유되어 있고, 조성물이 면역 요법(예: T 세포 요법)에 사용되는 조작된 세포를 포함하는 제1 용기; 및 (b) 내부에 조성물이 함유되어 있고, 조성물이 EZH2 억제제를 포함하는 제2 용기를 포함할 수 있다.
제조품은 (a) 내부에 조성물이 함유되어 있고, 조성물이 면역 요법(예: T 세포 요법)에 사용되는 조작된 세포를 포함하는 각각의 제1 용기 및 제2 용기; 및 (b) 내부에 조성물이 함유되어 있고, 조성물이 EZH2 억제제를 포함하는 제3 용기를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 제1 용기는 제1 조성물 및 제2 조성물을 포함하고, 여기서 제1 조성물은 면역요법, 예를 들어 CD4+ T 세포 요법에 사용되는 조작된 세포의 제1 집단을 포함하고, 제2 조성물은 조작된 세포의 제2 집단을 포함하고, 여기서 제2 집단은 제1 집단, 예를 들어, CD8+ T 세포 요법과 별도로 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 세포 조성물은 조작된 세포, 예를 들어 CD4+ 및 CD8+ 세포의 정의된 비율(예: CD4+:CD8+ CAR+ T 세포의 1:1의 비율)을 포함한다.
제조품은 조성물이 특정 병태를 치료하는 데 사용할 수 있음을 나타내는 포장 삽입물을 더 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 제조품은 약학적으로 허용 가능한 완충제를 포함하는 다른 용기 또는 동일한 용기를 추가로 포함할 수 있다. 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및/또는 주사기와 같이 다른 물질이 추가로 포함될 수 있다.
Ⅴ. 정의
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 용어, 표기법 및 다른 기술 및 과학 용어 또는 전문 용어는 청구된 주제가 속하는 기술 분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는 것으로 의도된다. 일부 경우에, 일반적으로 이해되는 의미를 갖는 용어는 명확성 및/또는 용이한 참조를 위해 본원에서 정의되며, 본원에 상기 정의를 포함하는 것이 당업계에서 일반적으로 이해되는 것과 실질적인 차이를 나타내는 것으로 반드시 해석되는 것은 아니다.
용어 "폴리펩타이드(polypeptide)" 및 "단백질(protein)"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 상호 교환적으로 사용되며, 최소 길이로 제한되지 않는다. 제공된 수용체 및 다른 폴리펩타이드(예를 들어, 링커 또는 펩타이드)를 포함하는 폴리펩타이드는 천연 및/또는 비천연 아미노산 잔기를 포함하는 아미노산 잔기를 포함할 수 있다. 상기 용어들은 또한 폴리펩타이드의 발현 후 변형, 예를 들어 글리코실화, 시알릴화, 아세틸화, 및 인산화를 포함한다. 일부 관점에서, 폴리펩타이드는 단백질이 원하는 활성을 유지하는 한 천연 또는 자연 서열에 대한 변형을 함유할 수 있다. 상기 변형은 부위-지정 돌연변이 유발을 통한 것과 같이 의도적일 수 있거나, 단백질을 생성하는 숙주의 돌연변이 또는 PCR 증폭으로 인한 오류를 통한 것과 같이 우발적일 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "대상체(subject)"는 인간 또는 다른 동물과 같은 포유동물이며, 통상적으로 인간이다. 일부 구현예에서, EZH2 억제제, 조작된 세포, 또는 조성물이 투여되는 대상체(예를 들어, 환자)는 포유동물, 통상적으로 영장류, 예컨대 인간이다. 일부 구현예에서, 영장류는 원숭이 또는 유인원이다. 대상체는 남성(수컷) 또는 여성(암컷)일 수 있으며, 유아, 소아, 청소년, 성인 및 노인 대상체를 포함한 임의의 적합한 연령일 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 설치류와 같은 비영장류 포유동물이다.
본원에서 사용된 바와 같은 "치료(treatment, treat, treating)"는 질병 또는 병태 또는 장애 또는 이와 관련된 증상, 역효과 또는 결과 또는 표현형의 완전한 또는 부분적인 개선 또는 감소를 지칭한다. 치료의 바람직한 효과는 질병의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 완화, 질병의 직접적 또는 간접적인 병리적 결과 중 어느 하나의 감소, 전이 예방, 질병 진행의 속도 감소, 질병 상태의 개선 또는 완화 및 관해(remission) 또는 향상된 예후를 포함하나 이에 한정되지 않는다. 상기 용어는 질병의 완전한 치료 또는 임의의 증상의 완전한 제거 또는 모든 증상 또는 결과에 대한 효과(들)를 의미하지 않는다.
본원에서 사용된 바와 같은 "질병의 발병 지연(delaying development of a disease)"은 질병(예컨대 암)의 발병을 미룸, 방해, 늦춤, 지연, 안정화, 억제 및/또는 연기하는 것을 의미한다. 상기 지연은 치료 중인 개체 및/또는 질병의 이력에 따라 다양한 시간의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 충분하거나 유의미한 지연은 개체에 질병이 발병하지 않는다는 점에서 사실상 예방을 포함할 수 있다. 예를 들면, 전이의 발병과 같이 말기 암이 지연될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같은 "예방(preventing)"은 질병에 걸릴 성향을 가질 수 있으나 아직 질병으로 진단되지 않은 대상체에서 질병의 발생 또는 재발과 관련하여 예방을 제공하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 세포 및 조성물은 질병의 발병을 지연시키거나 질병의 진행을 늦추는 데 사용된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 기능 또는 활성을 "억제(suppress)"한다는 것은 다른 조건과 비교하여 또는 대안적으로 관심 조건 또는 매개변수를 제외하고 달리 동일한 조건과 비교할 때 기능 또는 활성을 감소시키는 것이다. 예를 들어, 종양 성장을 억제하는 세포는 세포의 부재 시에 종양의 성장 속도에 비해 종양의 성장 속도를 감소시킨다.
제제(예: 조작된 세포 또는 EZH2 억제제), 또는 약학적 제형 또는 이의 조성물의 "유효량(effective amount)"은 투여의 맥락에서, 치료적 또는 예방적 결과와 같은 원하는 결과를 달성하기 위해 투여량/양에서와 필요한 기간 동안의 효과적인 양을 지칭한다.
제제(예: 조작된 세포 또는 EZH2 억제제), 또는 약학적 제형 또는 이의 조성물의 "치료적 유효량(therapeutically effective amount)"은 예컨대 질병, 병태 또는 장애의 치료 및/또는 치료의 약동학적 또는 약력학적 효과를 위해 원하는 치료적 결과를 달성하기 위해 필요한 투여량에서와 기간 동안의 효과적인 양을 지칭한다. 치료적 유효량은 대상체의 질병 상태, 연령, 성별 및 체중 및 투여된 세포의 집단과 같은 인자에 따라 달라질 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 세포 및/또는 조성물을 유효량, 예를 들어 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 EZH2 억제제, 조작된 세포(예: 세포 요법), 또는 조성물을 유효량, 예를 들어 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다."예방적 유효량(prophylactically effective amount)"은 원하는 예방적 결과를 달성하기 위해 필요한 투여량에서와 시간 동안의 효과적인 양을 지칭한다. 반드시는 아니나 통상적으로, 예방적 투여량이 질병 이전 또는 초기 단계의 대상체에서 사용되기 때문에, 예방적 유효량은 치료적 유효량보다 적을 것이다. 더 낮은 종양 부담의 맥락에서, 예방적 유효량은 일부 관점에서 치료적 유효량보다 더 많을 것이다.
"약학적으로 허용 가능한 운반체(pharmaceutically acceptable carrier)"는 활성 성분 외의 약학적 제형 안에 있는 성분을 지칭하고, 이는 대상체에 무독성이다. 약학적으로 허용 가능한 운반체는 완충제, 부형제, 안정제 또는 보존제를 포함하나 이에 한정되지 않는다.
본원에 사용된 용어 "약(about)"은 본 기술 분야의 당업자에게 용이하게 공지된 각각의 값에 대한 일반적인 오차 범위를 지칭한다. 본원에서 "약(about)"의 값 또는 매개변수에 대한 언급은 상기 값 또는 매개변수 자체에 관한 구현예를 포함(및 기술)한다.
본원에 사용된 바와 같이, 단수 형태("a", "an" 및 "the")는 문맥상 명백하게 다르게 지시하지 않는 한 복수의 지시 대상을 포함한다. 예를 들어, 단수 형태("a" 또는 "an")는 "적어도 하나(at least one)" 또는 "하나 이상(one or more)"을 의미한다. 본원에 기재된 관점 및 변형은 관점 및 변형으로 "구성되는(consisting)" 및/또는 "필수적으로 포함하여 구성되는(consisting essentially of)"을 포함하는 것으로 이해된다.
본 개시 내용 전체에서, 청구된 주제의 다양한 관점이 범위 형식으로 제시된다. 범위 형식의 기재는 단지 편의 및 간결성을 위한 것이며 청구된 주제의 범위에 대한 융통성 없는 제한으로 해석되어서는 안된다는 것을 이해해야 한다. 따라서, 범위의 기재는 모든 가능한 하위 범위 및 상기 범위 내의 개별 수치를 구체적으로 개시한 것으로 간주되어야 한다. 예를 들어, 값의 범위가 제공되는 경우, 상기 범위의 상한 내지 하한 사이 각각의 사이에 오는 값과 상기 언급된 범위에서 임의의 다르게 언급되거나 사이에 오는 값은 청구된 주제 내에 포함되는 것으로 이해된다. 상기 더 작은 범위의 상한 내지 하한은 독립적으로 더 작은 범위에 포함될 수 있고, 또한 언급된 범위에서 임의의 구체적으로 배제된 한계를 조건으로, 청구된 주제 내에 포함된다. 언급된 범위가 한계 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 경우, 상기 포함된 한계 중 하나 또는 둘 모두를 제외한 범위도 청구된 주제에 포함된다. 이는 범위의 폭에 관계없이 적용된다.
본원에 사용된 바와 같이, 조성물(compostion)은 세포를 포함하여 둘 이상의 산물, 물질 또는 화합물의 임의의 혼합물을 지칭한다. 이는 용액, 현탁액, 액체, 분말, 페이스트, 수성, 비수성 또는 이들의 임의의 조합물일 수 있다.
본원에 사용되는 바와 같이, 하나 이상의 특정 세포 유형 또는 세포 집단을 지칭할 때 "농축(enriching)"은 예를 들어 조성물에서 세포의 총 수 또는 조성물의 부피와 비교하여, 또는 다른 세포 유형에 대비하여, 예컨대 집단 또는 세포에 의해 발현되는 표지자에 기초한 양성 선택에 의해, 또는 고갈될 세포 집단 또는 세포에 존재하지 않는 표지자에 기초한 음성 선택에 의해 세포 유형 또는 집단의 수 또는 백분율을 증가시키는 것을 지칭한다. 상기 용어는 조성물로부터 다른 세포, 세포 유형, 또는 집단의 완전한 제거가 필요하지 않으며 농축된 조성물에서 세포가 100% 또는 거의 100%로 존재하도록 농축될 필요는 없다.
본원에 사용된 바와 같이, 세포 또는 세포의 집단이 특정 표지자에 대해 "양성(positive)"이라는 진술은 특정 표지자, 통상적으로 표면 표지자가 세포 상에 또는 세포 내에 검출 가능하게 존재함을 지칭한다. 표면 표지자를 언급할 때, 상기 용어는 유세포 분석에 의해, 예를 들어, 이 표지자에 특이적으로 결합하는 항체로 염색하고 상기 항체를 검출함으로써 검출된 바와 같은 표면 발현의 존재를 지칭하며, 이 염색은 달리 동일한 조건 하에서 동종형-매칭된 대조군으로 또는 형광 마이너스 1(FMO) 게이팅 대조군으로 같은 절차를 수행하여 검출된 염색보다 실질적으로 상위 수준에서 및/또는 표지자에 대해 양성인 것으로 공지된 세포에 대한 것과 실질적으로 유사한 수준에서 및/또는 표지자에 대해 음성인 것으로 공지된 세포에 대한 것보다 실질적으로 더 높은 수준에서 유세포 분석에 의해 검출 가능하다.
본원에 사용된 바와 같이, 세포 또는 세포의 집단이 특정 표지자에 대해 "음성(negative)"이라는 진술은 특정 표지자, 통상적으로 표면 표지자가 세포 상에 또는 세포 내에 실질적으로 검출 가능하게 존재하지 않음을 지칭한다. 표면 표지자를 언급할 때, 상기 용어는 유세포 분석에 의해, 예를 들어, 이 표지자에 특이적으로 결합하는 항체로 염색하고 상기 항체를 검출함으로써 검출된 바와 같은 표면 발현의 부재를 지칭하며, 이 염색은 달리 동일한 조건 하에서 동종형-매칭된 대조군으로 또는 형광 마이너스 1(FMO) 게이팅 대조군으로 같은 절차를 수행하여 검출된 염색보다 실질적으로 상위 수준에서 및/또는 표지자에 대해 양성인 것으로 공지된 세포에 대한 것보다 실질적으로 더 낮은 수준에서 및/또는 표지자에 대해 음성인 것으로 공지된 세포에 대한 것과 비교하여 실질적으로 유사한 수준에서 유세포 분석에 의해 검출되지 않는다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "벡터(vector)"는 이에 연결된 다른 핵산을 번식시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 상기 용어는 자가-복제 핵산 구조로서의 벡터 및 이것이 도입된 숙주 세포의 게놈 내로 편입된 벡터를 포함한다. 특정 벡터는 자신이 작동 가능하게 연결된 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터를 본원에서 "발현 벡터(expression vector)"로 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, 조성물(compostion)은 세포를 포함하여 둘 이상의 산물, 물질 또는 EZH2 억제제의 임의의 혼합물을 지칭한다. 이는 용액, 현탁액, 액체, 분말, 페이스트, 수성, 비수성 또는 이들의 임의의 조합물일 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "대상체(subject)"는 인간 또는 다른 동물과 같은 포유동물이며, 통상적으로 인간이다.
Ⅵ. 예시적인 구현예
제공된 구현예 중에는 하기가 있다:
1. 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은:
(1) 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법을 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함; 및
(2) 상기 대상체에게 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
2. 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제를 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 대상체는 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법이 투여될 예정이거나 투여된 적이 있는 후보이다.
3. 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법을 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
상기 대상체는 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제가 투여된 또는 투여될 예정이다.
4. 구현예 1-3 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
5. 구현예 1-4 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 약 4주 전 내지 상기 세포 요법의 투여 개시 약 1주 전 사이에 상기 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
6. 구현예 1-3 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일 내지 개시 후 (약) 14일 사이의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
7. 구현예 1-4 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 후 (약) 7일 사이의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
8. 구현예 1-3 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 후 (약) 1일 사이의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
9. 구현예 1-4 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
10. 구현예 1-4 및 6-8 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 전 (약) 2일 사이의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
11. 구현예 1-4 및 6-10 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 5일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
12. 구현예 1-4 및 6-11 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 2일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
13. 구현예 1-4, 6-9, 11 및 12 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 1일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
14. 구현예 1-5 및 9-13 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 적어도 7일 전, 적어도 5일 전, 적어도 3일 전, 적어도 2일 전 또는 적어도 1일 전에 EZH2 억제제의 투여 중단을 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
15. 구현예 1-13 중 어느 하나의 방법에서, 투여 계획에서 EZH2 억제제의 적어도 1회 투여 용량은 세포 요법과 동시에 및/또는 세포 요법과 동일한 날에 투여된다.
16. 구현예 1-15 중 어느 하나의 방법에서, 상기 방법은 대상체에서 종양 미세환경 (TME)에 침투할 수 있는 CAR-발현 T 세포의 수를 증가시킨다.
17. 구현예 1-16 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 상기 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함한다.
18. 구현예 1-17 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 대해 자가인 세포를 포함하는 생물학적 샘플은 대상체로부터 수집되며, 선택적으로 생물학적 샘플은 성분채집술이거나 이를 포함한다.
19. 구현예 18의 방법에서, 상기 세포 요법의 T 세포는 생물학적 샘플의 자가 세포로부터 유래된다.
20. 구현예 1-19 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 세포 요법의 투여 개시 전 림프구 고갈 요법을 투여받는다.
21. 구현예 18-20 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 상기 생물학적 샘플의 수집 후 및 EZH2 억제제 및/또는 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법을 투여받는다.
22. 구현예 20 또는 구현예 21의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 상기 세포 요법의 투여 개시 2일 내지 7일 전에 종료된다.
23. 구현예 20-22 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 개시 전에 상기 대상체에게 투여되고, 선택적으로 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 개시 전 및 개시될 때까지 상기 대상체에게 투여된다.
24. 구현예 20-23 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 종료 후에 대상체에게 투여되고, 선택적으로 상기 EZH2 억제제의 투여는 상기 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
25. 구현예 1-24 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 2 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 또는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
26. 구현예 1-24 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
27. 구현예 1-25 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+ 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다.
28. 구현예 1-27 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다.
29. 구현예 28의 방법에서, 상기 세포 요법의 상기 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포 및/또는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
30. 구현예 1-29 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있고, 상기 세포 요법의 투여는 복수의 개별 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 복수의 개별 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 농축된 제2 조성물을 포함한다.
31. 구현예 30의 방법에서, 여기서:
제1 및 제2 조성물 중 하나의 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 다른 하나의 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이고; 및/또는
제1 및 제2 조성물에서 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
32. 구현예 1-31 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 107 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, 또는 (약) 5 x 107 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포 (각 수치 포함)의 투여를 포함한다.
33. 구현예 1-32 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 적어도 (약) 1 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 또는 적어도 (약) 5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
34. 구현예 1-33 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
35. 구현예 1-33 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 세포의 투여를 포함한다.
36. 구현예 1-35 중 어느 하나의 방법에서, 상기 CAR은 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포내 신호 전달 도메인을 포함한다.
37. 구현예 1-36 중 어느 하나의 방법에서, 상기 항원은 종양 항원이거나 암 세포 상에서 발현된다.
38. 구현예 1-37 중 어느 하나의 방법에서, 상기 항원은 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9; CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG; NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG; 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1; TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2; 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1)이다.
39. 구현예 1-38 중 어느 하나의 방법에서, 상기 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30 중에서 선택된다.
40. 구현예 1-39 중 어느 하나의 방법에서, 상기 항원은 CD19이다.
41. 구현예 36-40 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 신호 전달 도메인을 포함한다.
42. 구현예 36-41 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포내 신호 전달 영역은 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다.
43. 구현예 42의 방법에서, 상기 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다.
44. 구현예 42 또는 구현예 43의 방법에서, 상기 공자극 도메인은 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
45. 구현예 42 또는 구현예 43의 방법에서, 상기 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
46. 구현예 1-45 중 어느 하나의 방법에서, 상기 방법은 억제제의 투여 개시 전 대상체에 자가인 세포를 포함하는 대상체 유래 생물학적 샘플을 수집하는 단계를 포함한다.
47. 구현예 46의 방법에서, 상기 대상체 유래 생물학적 샘플은 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분채집술 생성물 또는 백혈구 성분채집술 생성물이거나 이를 포함한다.
48. 구현예 47의 방법에서, 상기 생물학적 샘플은 성분채집술 생성물이다.
49. 구현예 1-48 중 어느 하나의 방법에서, 상기 방법은 세포 요법의 투여 전, 대상체에게 림프구 고갈 제제 또는 요법을 투여하는 단계를 포함한다.
50. 구현예 49의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법이 종료된 후 대상체에게 투여된다.
51. 구현예 49 또는 구현예 50의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 상기 세포 요법의 투여 개시 2일 내지 7일 전에 완료된다.
52. 구현예 20-51 중 어느 하나의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
53. 구현예 20-52 중 어느 하나의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 2 내지 4일 동안, 선택적으로 3일 동안 매일, 약 200-400mg/m2, 선택적으로 (약) 300mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드의 투여, 및/또는 약 20-40mg/m2, 선택적으로 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하거나, 또는 상기 림프구 고갈 요법은 약 500mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
54. 구현예 20-53 중 어느 하나의 방법에서,
상기 림프구 고갈 요법은 3일 동안 매일 (약) 300mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하고; 및/또는
상기 림프구 고갈 요법은 3일 동안 매일 (약) 500mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함한다.
55. 구현예 1-4 및 5-54 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 5일 이내이다.
56. 구현예 1-4, 6-12 및 14-55 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 2일 이내이다.
57. 구현예 1-4 및 6-57 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 1일 이내이다.
58. 구현예 1-3, 6-8 및 15-5739 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날이다.
59. 구현예 1-3, 6, 7 및 16-54 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투여 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내이고, 선택적으로 상기 억제제의 투여 개시는 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내이다.
60. 구현예 1-59 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 800mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
61. 구현예 1-59 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 1600mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
62. 구현예 1-59 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 2400mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
63. 구현예 1-62 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 1200 mg 내지 (약) 1600 mg (각 수치 포함)의 억제제의 양이다.
64. 구현예 1-63 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 억제제의 1회 이상의 투여 용량을 포함하는 투여 계획으로 투여되고, 상기 투여 용량은 (약) 100mg 내지 (약) 1600mg이다.
65. 구현예 1-64 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 1일 2회 투여 용량(매일 2회 투여)를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
66. 구현예 1-65 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 1일 3회 투여 용량(매일 3회 투여)를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
67. 구현예 63-66 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 100mg 내지 (약) 1600mg (수치 포함)이다.
68. 구현예 63-67 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 200mg 내지 (약) 1200mg (수치 포함)이다.
69. 구현예 63-68 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 400mg 내지 (약) 800mg (수치 포함)이다.
70. 구현예 63-69 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 400mg이다.
71. 구현예 63-69 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 매일 2회 투여의 각 용량은 (약) 800mg이다.
72. 구현예 1-71 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 상기 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
73. 구현예 1-71 중 어느 하나의 방법에서, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함한다.
74. 구현예 1-71 중 어느 하나의 방법에서, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함한다.
75. 구현예 1-74 중 어느 하나의 방법에서, 상기 투여 계획은 상기 대상체가 완전 반응을 나타낼 때까지 또는 상기 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지, 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함한다.
76. 구현예 1-74 중 어느 하나의 방법에서, 상기 투여 계획은 대상체가 임상적 관해(clinical remission)를 나타내는 경우 EZH2 억제제의 투여를 중단하는 것을 포함한다.
77. 구현예 1-76 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 야생형 EZH2 및/또는 돌연변이체 EZH2를 억제한다.
78. 구현예 1-77 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 야생형 EZH2를 억제한다.
79. 구현예 1-478 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 돌연변이체 EZH2를 억제하며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
80. 구현예 77-79 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
81. 구현예 77-80 중 어느 하나의 방법에서, 상기 돌연변이는 라이신 27에서 히스톤 3의 트리메틸화를 증가시킨다.
82. 구현예 1-81 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 10 nM 미만, 또는 (약) 5 nM 미만인 야생형 및/또는 돌연변이체 EZH2에 대한 반수 최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH2를 억제한다.
83. 구현예 1-82 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50)는 EZH1에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 보다 낮고, 선택적으로 적어도 2배, 적어도 5배, 10배, 적어도 100배, 적어도 1,000배, 적어도 5,000배, 적어도 10,000배 또는 적어도 20,000배 낮다.
84. 구현예 1-83 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 타제메토스타트(tazemetostat, EPZ-6438), CPI-1205, GSK343, GSK126 및 발레메토스타트(valemetostat, DS-3201b)로 구성된 군에서 선택된다.
85. 구현예 1-84 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438)이다.
86. 구현예 1-84 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 CPI-1205이다.
87. 구현예 1-86 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 고형 종양이다.
88. 구현예 87의 방법에서, 상기 고형 종양은 방광암, 유방암, 흑색종 또는 전립선암이다.
89. 구현예 87 또는 구현예 88의 방법에서, 상기 고형 종양은 전립선암이다.
90. 구현예 89의 방법에서, 상기 전립선암은 거세저항성 전립선암 (castration-resistant prostate cancer, CRPC)이다.
91. 구현예 1-86 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 혈액학적 악성 종양이다.
92. 구현예 1-86 또는 91 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 B 세포 악성 종양이다.
93. 구현예 1-86, 91 또는 92 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다.
94. 구현예 1-86 또는 91-93 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 급성 림프모구 백혈병 (ALL), 성인 ALL, 만성 림프모구 백혈병 (CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 비호지킨 림프종 (NHL), 거대 B세포 림프종이다.
95. 구현예 1-86 또는 91-94 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 비호지킨 림프종 (NHL)이다.
96. 구현예 9의 방법에서, 상기 NHL은 여포성 림프종 (FL)이다.
97. 구현예 95의 방법에서, 상기 NHL은 미만성 거대 B세포 림프종 (DLBCL)이다.
98. 구현예 97의 방법에서, 상기 DLBCL은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형이다.
99. 구현예 1-95, 97 및 98 중 어느 하나의 방법에서, DLBCL, 선택적으로 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함한다.
100. 구현예 697의 방법에서, 상기 DLBCL은 DLBCL의 활성화된 B-세포 (ABC) 아형이 아니다.
101. 구현예 1-100 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 암을 치료하기 위한 선행 요법으로 치료 후 관해된 이후 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되었고, 실패했고 및/또는 불내성이 되었다.
102. 구현예 1-101 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 상기 세포 요법 단독 치료에 내성이 있다.
103. 구현예 1-102 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 EZH2의 과발현 및/또는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EZH2의 발현을 나타내며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
104. 구현예 1-103 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여, 종양 미세환경 (TME)으로의 세포 요법의 CAR-발현 T 세포의 침투가 증가된다.
105. 구현예 1-104 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E4에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
106. 구현예 1-105 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E5에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
107. 구현예 1-106 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2B에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
108. 구현예 1-107 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
109. 구현예 1-108 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E3에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
110. 구현예 1-109 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2A에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
111. 구현예 1-110 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E4에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다.
112. 구현예 1-111 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E5에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다.
113. 구현예 1-112 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2B에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다.
114. 구현예 1-113 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
115. 구현예 1-114 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E3에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
116. 구현예 1-115 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2A에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
117. 구현예 1-116 중 어느 하나의 방법에서,
상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 35%, 적어도 40% 또는 적어도 50%는 완전 관해(CR)를 달성하며, 상기 완전 관해는 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 상기 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는
6개월까지 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 및/또는 9개월 이상 동안 반응을 유지하고, CR을 유지하고, 및/또는 생존하거나 진행 없이 생존하고; 및/또는
상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 50%, 적어도 60% 또는 적어도 70%는 객관적 반응률(OR)을 달성하고, 선택적으로 여기서 상기 OR은 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 또는 상기 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는
6개월까지 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 동안 반응을 유지하거나 생존을 유지한다.
118. T 세포 요법으로 치료하는 방법에 있어서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 B 세포 악성 종양을 갖거나 갖는 것으로 의심되고, 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임;
(b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및
(c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계.
119. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계,
여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 대상체는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 생물학적 샘플은 T 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및
(b) 다음의 경우, T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임.
120. 구현예 119의 방법에서, T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제를 선택된 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
121. 구현예 119의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않은 경우, 대상체에게 T 세포 요법만을 투여한다.
122. T 세포 요법으로 치료하는 방법에 있어서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 B 세포 악성 종양을 갖거나 갖는 것으로 의심됨;
(b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및
(c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계.
123. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계,
여기서 상기 대상체는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 생물학적 샘플은 T 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및
(b) 다음의 경우, T 세포 요법과 조합하여 EZH2 억제제로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 상향조절됨; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨.
124. 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 대상체는 T 세포 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법의 용량을 투여받기 전에 대상체로부터 수득됨; 및
(b) 다음의 경우, T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임.
125. 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자의 발현을 평가하는 단계, 여기서 상기 대상체는 T 세포 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법의 용량을 투여받기 전에 대상체로부터 수득됨; 및
(b) 다음의 경우, T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 대상체를 확인하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨.
126. 구현예 124 또는 구현예 125의 방법에서, 상기 대상체가 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인된 경우, 확인된 대상체에게 대체 치료법을 투여하는 단계를 더 포함하고, 여기서 상기 대체 치료법은 다음 중에서 선택된다: T 세포 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절하거나 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료법; T 세포 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학요법제.
127. 구현예 126의 방법에서, 상기 대체 치료법은 T 세포 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절하거나 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료법이며, 선택적으로 상기 추가 제제는 면역 관문 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나아제 억제제, 항-TGFβ 항체 또는 항-TGFβR 항체, 사이토카인, 및/또는 EZH2 억제제이다.
128. 구현예 126 또는 구현예 127의 방법에서, 상기 대체 치료법은 T 세포 요법 및 EZH2 억제제의 병용 치료법이다.
129. 구현예 126의 방법에서, 상기 대체 치료법은 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인되지 않은 대상체에게 제공된 T 세포 요법의 용량과 비교하여 T 세포 요법의 증가된 용량이고, 선택적으로 상기 T 세포 요법은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
130. 구현예 128의 방법에서, 상기 T 세포 요법의 증가된 용량은 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인되지 않은 대상체에게 제공된 T 세포 요법의 용량과 비교하여 증가된 T 세포 요법의 세포 수를 포함한다.
131. 구현예 126의 방법에서, 상기 대체 치료법은 화학요법제이고, 선택적으로 화학요법제는 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 플루다라빈, 벤다무스틴 및/또는 리툭시맙이다.
132. 구현예 124 또는 구현예 125의 방법에서, 상기 대상체가 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 것으로 예측되는 암을 갖는 것으로 확인되지 않은 경우, 대상체에게 T 세포 요법의 용량만을 투여한다.
133. 구현예 124-129 중 어느 하나의 방법에서, 상기 확인된 대상체에게 EZH2 억제제를 투여하는 단계를 더 포함한다.
134. 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 다음을 평가하는 단계:
(i) EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는
(ii) CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양,
여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임;
(b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및
(c) 선택된 대상체에게 세포 요법을 투여하는 단계.
135. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제 및 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 다음을 평가하는 단계:
(i) EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는
(ii) CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양,
여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임;
(b) 다음의 경우, 치료할 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임; 및
(c) 선택된 대상체에게 EZH2 억제제 및 세포 요법을 투여하는 단계.
136. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계,
여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고; 상기 대상체는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 종양 생검 샘플은 세포 요법의 투여 전에 상기 대상체로부터 수득됨; 및
(b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임.
137. 구현예 118-136 중 어느 하나의 방법에서, 상기 유전자 참조 값은 (a) 암 또는 B 세포 악성 종양을 갖지 않는 대상체의 집단 또는 (b) 암 또는 B 세포 악성 종양을 갖고 요법이 투여된 대상체의 집단, 이들은 계속해서 상기 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 나타냄,에서 하나 이상의 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다.
138. 구현예 137의 방법에서, 상기 암 또는 B 세포 악성 종양을 갖는 대상체의 집단은 상기 요법의 투여 후 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월 또는 그 이상 계속해서 PR 또는 CR을 나타낸다.
139. 구현예 118-138 중 어느 하나의 방법에서, 상기 제1 하나 이상의 유전자 및/또는 제2 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된 생물학적 샘플에서 평가된다.
140. T 세포 요법에 대한 암을 갖는 대상체의 반응성을 결정하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 EZH2, 표 E2에 제시된 유전자 및/또는 표 E2A에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε, 표 E4에 제시된 유전자 및/또는 표 E2B에 제시된 유전자로부터 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법을 투여받기 전 제1 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 T 세포 요법으로 치료를 받을 예정임;
(b) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계, 여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고, 상기 생물학적 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여한 후 제2 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 (b) 단계에서 평가하기 전에 T 세포 요법을 투여받음; 및
(c) 다음의 경우, 대상체가 T 세포 요법에 반응하는 것으로 결정하는 단계:
(i) 제2 시간에 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 제1 시간에 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양보다 낮음; 및/또는
(ii) 제2 시간에 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 제1 시간에 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양보다 높음.
141. T 세포 요법에 대한 암을 갖는 대상체의 반응성을 결정하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E2 및/또는 표 E2A에 제시된 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 표 E4 및/또는 표 E2B에 제시된 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계로서, 여기서 상기 생물학적 샘플은 대상체가 T 세포 요법을 투여받기 전 제1 시간에 대상체로부터 수득되고, 상기 대상체는 T 세포 요법으로 치료를 받을 예정임;
(b) (i) 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현 및/또는 (ii) 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현을 평가하는 단계로서, 여기서 생물학적 샘플은 대상체에게 T 세포 요법을 투여한 후 제2 시간에 대상으로부터 수득되고, 상기 대상체는 (b) 단계에서 평가하기 전에 T 세포 요법을 투여받음; 및
(c) 다음의 경우, 대상체가 T 세포 요법에 반응하는 것으로 결정하는 단계:
(i) 제2 시간에 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 제1 시간에 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현과 비교하여 더 하향조절되거나 덜 상향조절됨; 및/또는
(i) 제2 시간에 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 제1 시간에 하나 이상의 제2 유전자 세트와 비교하여 더 상향조절되거나 덜 하향조절됨.
142. 구현예 140 또는 구현예 141의 방법에서, 상기 (b) 단계에서 평가하기 전에, 상기 대상체에게 상기 T 세포 요법을 투여하는 단계를 더 포함한다.
143. 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함,을 평가하는 단계;
(b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및
(c) 선택된 대상체에게 세포 요법을 투여하는 단계.
144. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제 및 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함,을 평가하는 단계;
(b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및
(c) 선택된 환자에게 EZH2 억제제 세포 요법을 투여하는 단계.
145. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함,을 평가하는 단계;
여기서 상기 대상체는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법의 투여를 받을 예정이고, 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 종양 생검 샘플은 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및
(b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계:
(i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는
(ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨.
146. 구현예 141-145 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트 및/또는 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된 생물학적 샘플에서 평가된다.
147. 구현예 118-146 중 어느 하나의 방법에서, 상기 생물학적 샘플 및/또는 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내의 시간에 대상체로부터 수득된다.
148. 구현예 118-140 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이다.
149. 구현예 118-140 및 148 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자는 EZH2이다.
150. 구현예 118-140, 148 및 149 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자는 표 E3에 제시된다.
151. 구현예 118-140 및 148-150 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1); 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
152. 구현예 118-140 및 148-151 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1); 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
153. 구현예 118-140 및 148-152 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자는 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
154. 구현예 118-140 및 148-153 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε이다.
155. 구현예 118-140, 148-154 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 표 E5에 제시된다.
156. 구현예 118-140 및 148-155 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, CCL21 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
157. 구현예 4118-140 및 148-156 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 PDCD1, LAG3, TIGIT 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
158. 구현예 118-140 및 148-157 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 FYN, TXK, ZBP1, TMEM71, KIAA1551 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
159. 구현예 118-140 및 148-158 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239)로 구성된 군에서 선택된다.
159. 구현예 118-140 및 148-158 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자는 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택된다.
160. 구현예 141-147 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자는 표 E3에 제시된다.
161. 구현예 141-147 및 160 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
162. 구현예 141-147, 160 및 161 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
163. 구현예 141-147 및 160-162 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
164. 구현예 141-147 및 160-163 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 표 E5에 제시된다.
165. 구현예 141-147 및 160-164 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, (LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, , CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, (IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1 및 LINC00239로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
166. 구현예 141-147 및 160-165 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
167. 구현예 141-147 및 160-166 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 FYN, TXK, ZBP1, TMEM71 및 KIAA1551로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
168. 구현예 141-147 및 160-167 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및 CCL21로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
169. 구현예 141-147 및 160-168 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 PDCD1, LAG3 및 TIGIT로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함한다.
170. 구현예 141-147 및 160-169 중 어느 하나의 방법에서, 상기 복수의 유전자는 약 2 내지 약 150개의 유전자, 약 10 내지 약 150 개의 유전자, 약 20 내지 약 150 개의 유전자, 약 50 내지 약 150 개의 유전자, 약 100 내지 약 150 개의 유전자, 약 2 내지 100 개의 유전자, 약 10 내지 약 100 개의 유전자, 약 20 내지 약 100 개의 유전자, 약 50 내지 약 100 개의 유전자, 약 2 내지 약 50 개의 유전자, 약 10 내지 약 50 개의 유전자, 약 20 내지 약 50 개의 유전자, 약 2 내지 약 20 개의 유전자, 약 10 내지 약 20 개의 유전자, 약 2 내지 약 10 개의 유전자를 포함한다.
171. 구현예 141-147 및 160-170 중 어느 하나의 방법에서, 유전자 세트의 상기 복수의 유전자는 (약) 5개 유전자, (약) 10개 유전자, (약) 20개 유전자, (약) 50개 유전자, (약) 100개 유전자 또는 (약) 150개의 유전자이다.
172. 구현예 141-147 및 160-171 중 어느 하나의 방법에서, 유전자 세트 발현은 유전자 세트 농축 분석 (gene set enrichment analysis, GSEA)을 포함하는 방법에 의해 알아내어진다.
173. 구현예 118-172 중 어느 하나의 방법에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
174. 구현예 118-173 중 어느 하나의 방법에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 약 4주 전 내지 상기 세포 요법의 투여 개시 약 1주 전 사이에 상기 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
175. 구현예 118-171 중 어느 하나의 방법에서, 대상체가 세포 요법 및 EZH2 억제제를 둘 다 투여 받는 경우, EZH2 억제제의 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 내지 개시 후 (약) 14일, (약) 7일, 또는 (약) 1일 간의 시간에 억제제의 투여의 개시를 포함한다.
176. 구현예 118-171 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 후 (약) 7일 사이의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
177. 구현예 176의 방법에서, 상기 EZH2 억제제의 투여 계획은 T 세포 요법의 투여 개시 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일 전에 억제제의 투여의 개시를 포함한다.
178. 구현예 177의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 5일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
179. 구현예 177의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 2일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
180. 구현예 177의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 1일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
181. 구현예 118-173 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 세포 요법의 투여 개시 적어도 7일 전, 적어도 5일 전, 적어도 3일 전, 적어도 2일 전 또는 적어도 1일 전에 EZH2 억제제의 투여 중단을 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
182. 구현예 118-173 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날이다.
183. 구현예 118-180 및 182 중 어느 하나의 방법에서, 투여 계획에서 EZH2 억제제의 적어도 1회 투여 용량은 세포 요법과 동시에 및/또는 세포 요법과 동일한 날에 투여된다.
184. 구현예 118-183 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 상기 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함한다.
185. 구현예 118-184 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 대해 자가인 세포를 포함하는 생물학적 샘플은 대상체로부터 수집되며, 선택적으로 생물학적 샘플은 성분채집술이거나 이를 포함한다.
186. 구현예 185의 방법에서, 상기 세포 요법의 T 세포는 생물학적 샘플의 자가 세포로부터 유래된다.
187. 구현예 118-186 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 세포 요법의 투여 개시 전 림프구 고갈 요법을 투여받는다.
188. 구현예 185-187 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 상기 생물학적 샘플의 수집 후 및 EZH2 억제제 및/또는 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법을 투여받는다.
189. 구현예 187 또는 구현예 188의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 상기 세포 요법의 투여 개시 2일 내지 7일 전에 종료된다.
190. 구현예 118-189 중 어느 하나의 방법에서, 상기 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득된다.
191. 구현예 187-190 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 개시 전에 상기 대상체에게 투여되고, 선택적으로 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 개시 전 및 개시될 때까지 상기 대상체에게 투여된다.
192. 구현예 187-191 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 종료 후에 대상체에게 투여되고, 선택적으로 상기 EZH2 억제제의 투여는 상기 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개된다.
193. 구현예 118-133, 137-142 및 146-192 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법은 종양 침윤 림프구 (TIL) 요법, 내인성 T 세포 요법, 형질전환 T 세포 수용체 (TCR) 요법, T 세포-결합 요법, 선택적으로 이중특이성 T 세포-결합 요법 (BiTE), 및 재조합 수용체-발현 세포 요법, 선택적으로 키메라 항원 수용체 (CAR)-발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다.
194. 구현예 118-193 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법은 암 세포 또는 B 세포 악성 종양과 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 그 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함한다.
195. 구현예 118-133, 137-142 및 146-194 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)을 발현하는 T 세포를 포함한다.
196. 구현예 118-195 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 105개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 2 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포; 또는 약 1 x 106개의 총 CAR-발현 T 세포 내지 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
197. 구현예 118-196 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+ 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다.
198. 구현예 118-197 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있다.
199. 구현예 198의 방법에서, 상기 T 세포 요법의 상기 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포 및/또는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
200. 구현예 118-199 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축되어 있고, 상기 T 세포 요법의 투여는 복수의 개별 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 복수의 개별 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 농축된 제2 조성물을 포함한다.
201. 구현예 200의 방법에서, 여기서:
제1 및 제2 조성물 중 하나의 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 다른 하나의 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이고; 및/또는
제1 및 제2 조성물에서 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포는 정의된 비율로 존재하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 이다.
202. 구현예 118-201 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법의 투여는 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 106 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, (약) 107 내지 2.5 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포, 또는 (약) 5 x 107 내지 1 x 108개의 총 CAR-발현 T 세포 (각 수치 포함)의 투여를 포함한다.
203. 구현예 118-202 중 어느 하나의 방법에서, 상기 T 세포 요법의 투여는 적어도 (약) 1 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 105개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 106개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 5 x 107개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 적어도 (약) 2.5 x 108개의 CAR-발현 T 세포, 또는 적어도 (약) 5 x 108개의 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
204. 구현예 118-203 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법의 투여는 (약) 5 x 107개의 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함한다.
205. 구현예 118-204 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법의 투여는 (약) 1 x 108개의 CAR-발현 세포의 투여를 포함한다.
206. 구현예 118-205 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포내 신호 전달 도메인을 포함하는 CAR을 포함하는 T 세포를 포함한다.
207. 구현예 118-206 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하며, 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 항원은 αvβ6 인테그린(avb6 integrin), B 세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9; CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG; NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 타입 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 상피 당단백질 2(EPG-2), 상피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; Fc 수용체 동족체 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나아제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 이량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나아제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8족 A 멤버를 함유하는 류신 풍부 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살생 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스테론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나아제 유사 희귀 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG; 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나아제 관련 단백질 1(TRP1; TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나아제 관련 단백질 2(TRP2; 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다.
208. 구현예 207의 방법에서, 상기 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30 중에서 선택된다.
209. 구현예 207 또는 208의 방법에서, 상기 항원은 CD19이다.
210. 구현예 206-209 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 신호 전달 도메인을 포함한다.
211. 구현예 206-210 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포내 신호 전달 영역은 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다.
212. 구현예 211의 방법에서, 상기 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다.
213. 구현예 211 또는 구현예 212의 방법에서, 상기 공자극 신호 전달 영역은 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
214. 구현예 212 또는 구현예 213의 방법에서, 상기 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
215. 구현예 212 또는 구현예 213의 방법에서, 상기 공자극 도메인은 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
215. 구현예 118-214 중 어느 하나의 방법에서, 선택된 대상체 및/또는 T 세포 요법에 의한 치료에 내성이 있는 암을 갖는 것으로 확인된 대상체의 경우, 상기 방법은 EZH2 억제제의 투여 개시 전 대상체에 대해 자가인 세포를 포함하는 대상체 유래 생물학적 샘플을 수집하는 단계를 포함한다.
216. 구현예 215의 방법에서, 상기 대상체 유래 생물학적 샘플은 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분채집술 생성물 또는 백혈구 성분채집술 생성물이거나 이를 포함한다.
217. 구현예 118-216 중 어느 하나의 방법에서, 상기 방법은 세포 요법의 투여 전, 대상체에게 림프구 고갈 제제 또는 요법을 투여하는 단계를 포함한다.
218. 구현예 217의 방법에서, 대상체가 EZH2 억제제를 투여받은 경우, 상기 EZH2 억제제는 림프구 고갈 요법이 종료된 후 대상체에게 투여된다.
219. 구현예 217 또는 구현예 218의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 상기 T 세포 요법의 투여 개시 2일 내지 7일 전에 완료된다.
220. 구현예 217-219 중 어느 하나의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
221. 구현예 217-220 중 어느 하나의 방법에서, 상기 림프구 고갈 요법은 2 내지 4일 동안, 선택적으로 3일 동안 매일, 약 200-400mg/m2, 선택적으로 (약) 300mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드의 투여, 및/또는 약 20-40mg/m2, 선택적으로 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하거나, 또는 상기 림프구 고갈 요법은 약 500mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
222. 구현예 217-221 중 어느 하나의 방법에서,
상기 림프구 고갈 요법은 3일 동안 매일 (약) 300mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하고; 및/또는
상기 림프구 고갈 요법은 3일 동안 매일 (약) 500mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함한다.
223. 구현예 118-222 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 800mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
224. 구현예 118-222 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 1600mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
225. 구현예 118-222 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 2400mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
226. 구현예 118-225 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 억제제의 용량은 (약) 100 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 400 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1600 mg, (약) 800 mg 내지 (약) 1200 mg, (약) 1200 mg 내지 (약) 1600 mg (각 수치 포함)의 억제제의 양이고, 선택적으로 상기 억제제는 1일 2회 용량(매일 2회 투여)을 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
227. 구현예 118-226 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 억제제는 억제제의 1회 이상의 투여 용량을 포함하는 투여 계획으로 투여되고, 상기 투여 용량은 (약) 200mg 내지 (약) 1600mg이다.
228. 구현예 118-227 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 억제제는 1일 2회 투여 용량(매일 2회 투여)를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
229. 구현예 118-228 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 억제제는 1일 3회 투여 용량(매일 3회 투여)를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
230. 구현예 226-229 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 100mg 내지 (약) 1600mg (수치 포함)이다.
231. 구현예 226-230 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 200mg 내지 (약) 1200mg (수치 포함)이다.
232. 구현예 226-231 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 400mg 내지 (약) 800mg (수치 포함)이다.
233. 구현예 226-232 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 400mg이다.
234. 구현예 226-232 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 800mg이다.
235. 구현예 118-234 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 상기 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여된다.
236. 구현예 118-234 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함한다.
237. 구현예 118-234 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함한다.
238. 구현예 118-234 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 투여 계획은 상기 대상체가 완전 반응을 나타낼 때까지 또는 상기 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지, 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함한다.
239. 구현예 118-234 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 EZH2 억제제를 투여받는 경우, 상기 투여 계획은 대상체가 임상적 관해(clinical remission)를 나타내는 경우 EZH2 억제제의 투여를 중단하는 것을 포함한다.
240. 구현예 118-239 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 야생형 EZH2 및/또는 돌연변이체 EZH2를 억제한다.
241. 구현예 118-240 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 야생형 EZH2를 억제한다.
242. 구현예 118-241 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 돌연변이체 EZH2를 억제하며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
243. 구현예 240-242 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
244. 구현예 240-243 중 어느 하나의 방법에서, 상기 돌연변이는 라이신 27에서 히스톤 3의 트리메틸화를 증가시킨다.
245. 구현예 118-244 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM, 10 nM 미만, 또는 (약) 5 nM 미만인 야생형 및/또는 돌연변이체 EZH2에 대한 반수 최대 억제 농도 (IC50) 로 EZH2를 억제한다.
246. 구현예 118-245 중 어느 하나의 방법에서, 상기 EZH2에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50)는 EZH1에 대한 억제제의 반수 최대 억제 농도 (IC50) 보다 낮고, 선택적으로 적어도 2배, 적어도 5배, 10배, 적어도 100배, 적어도 1,000배, 적어도 5,000배, 적어도 10,000배 또는 적어도 20,000배 낮다.
247. 구현예 118-246 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 타제메토스타트(tazemetostat, EPZ-6438), CPI-1205, GSK343, GSK126 및 발레메토스타트(valemetostat, DS-3201b)로 구성된 군에서 선택된다.
248. 구현예 118-247 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 타제메토스타트(EPZ-6438)이다.
249. 구현예 118-247 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 CPI-1205이다.
250. 구현예 118-149 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 고형 종양이다.
251. 구현예 250의 방법에서, 상기 고형 종양은 방광암, 유방암, 흑색종 또는 전립선암이다.
252. 구현예 250 또는 구현예 251의 방법에서, 상기 고형 종양은 전립선암이다.
253. 구현예 252의 방법에서, 상기 전립선암은 거세저항성 전립선암 (castration-resistant prostate cancer, CRPC)이다.
254. 구현예 118-249 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 혈액학적 악성 종양이다.
255. 구현예 118-249 및 254 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 B 세포 악성 종양이다.
256. 구현예 118-249, 254 및 255 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다.
257. 구현예 118-249 및 254-256 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 급성 림프모구 백혈병 (ALL), 성인 ALL, 만성 림프모구 백혈병 (CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 비호지킨 림프종 (NHL), 거대 B세포 림프종이다.
258. 구현예 118-249 및 254-257 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 비호지킨 림프종 (NHL)이다.
259. 구현예 258의 방법에서, 상기 NHL은 여포성 림프종 (FL)이다.
260. 구현예 258의 방법에서, 상기 NHL은 미만성 거대 B세포 림프종 (DLBCL)이다.
261. 구현예 260의 방법에서, 상기 DLBCL은 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형이다.
262. 구현예 180 또는 구현예 181의 방법에서, 상기 DLBCL은 DLBCL의 활성화된 B-세포 (ABC) 아형이 아니다.
263. 구현예 118-262 중 어느 하나의 방법에서, DLBCL, 선택적으로 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함한다.
264. 구현예 118-263 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 암을 치료하기 위한 선행 요법으로 치료 후 관해된 이후 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되었고, 실패했고 및/또는 불내성이 되었다.
265. 구현예 118-264 중 어느 하나의 방법에서, 상기 생물학적 샘플 또는 종양 생검 샘플은 림프절 생검이다.
266. 구현예 1-265 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 인간이다.
267. 구현예 118-266 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 EZH2의 과발현 및/또는 Y641C, Y641F, Y641H, Y641N, Y641S, Y646C, Y646F, Y646H, Y646N, Y646S, A677G, A682G, A687V, A692V, K634E, V637A 및 V679M 중에서 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EZH2의 발현을 나타내며, 선택적으로 상기 돌연변이는 기능 획득 돌연변이이다.
268. 구현예 118-267 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여, 종양 미세환경 (TME)으로의 세포 요법의 CAR-발현 T 세포의 침투가 증가된다.
269. 구현예 118-268 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E4에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
270. 구현예 118-269 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E5에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
271. 구현예 118-270 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2B에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
272. 구현예 118-271 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
273. 구현예 118-272 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E3에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
274. 구현예 118-273 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 유전자 전사 및/또는 단백질 발현은 억제제의 투여 전 대상체에서의 유전자 전사 및/또는 단백질 발현과 비교하여, 대상체에서 표 E2A에 제공된 유전자에 대해 증가된다.
275. 구현예 118-274 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E4에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다.
276. 구현예 118-275 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E5에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다.
277. 구현예 118-276 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2B에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 상향조절되거나 덜 하향조절된다.
278. 구현예 118-277 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
279. 구현예 118-278 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E3에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
280. 구현예 118-279 중 어느 하나의 방법에서, 치료된 다수의 대상체에서, 표 E2A에 의해 제공된 유전자 세트의 발현은 억제제 투여 전 대상체에서의 유전자 세트의 발현과 비교하여, 대상체에서 더 하향조절되거나 덜 상향조절된다.
281. 구현예 118-280 중 어느 하나의 방법에서,
상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 35%, 적어도 40% 또는 적어도 50%는 완전 관해(CR)를 달성하며, 상기 완전 관해는 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 상기 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는
6개월까지 CR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 및/또는 9개월 이상 동안 반응을 유지하고, CR을 유지하고, 및/또는 생존하거나 진행 없이 생존하고; 및/또는
상기 방법에 따라 치료를 받은 대상체의 적어도 50%, 적어도 60% 또는 적어도 70%는 객관적 반응률(OR)을 달성하고, 선택적으로 여기서 상기 OR은 6개월 이상 또는 9개월 이상 동안 지속 가능하거나 또는 상기 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%에서 지속 가능하고; 및/또는
6개월까지 OR을 달성한 대상체의 적어도 60, 70, 80, 90, 또는 95%는 3개월 이상 및/또는 6개월 이상 동안 반응을 유지하거나 생존을 유지한다.
282. 구현예 118-281 중 어느 하나의 방법에서, 상기 유전자 세트 발현은 유전자 세트 농축 분석 (gene set enrichment analysis, GSEA)을 포함하는 방법에 의해 알아내어진다.
Ⅶ. 실시예
하기 실시예들은 예시적인 목적으로만 포함되며 본 발명의 범위를 한정하려는 의도는 아니다.
실시예 1: 전처리 및 치료 후 생검 유전자 발현 프로파일 및 임상 반응
CD19에 특이적인 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 자가 T 세포를 함유하는 치료 CAR T 세포 조성물은 B 세포 악성 종양이 있는 대상체에 투여되었으며, CAR T 세포 조성물을 투여받은 대상체에서 반응과 상관관계가 있는 전처리 종양 생검에서의 유전자 발현이 결정되었다.
구체적으로, 자가 항-CD19 지시 치료 T 세포 조성물이 생성되었고, 2가지 요법의 실패 후 재발성 또는 불응성(R/R) 공격성 비호지킨 림프종(NHL), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 포함, 드 노보 또는 무통성 림프종에서 형질전환됨(NOS), 고도 B 세포 림프종, DLBCL 조직학을 사용한 MYC 및 BCL2 및/또는 BCL6 재배열(이중/삼중 히트), DLBCL 형질전환 만성 림프구성 백혈병(CLL) 또는 변연부 림프종(MZL), 원발성 종격동 거대 b세포 림프종(PMBCL) 및 3b 등급 여포성 림프종(FL3B)를 갖는 성인 인간 대상체를 치료하는 데 사용되었다. 치료 대상체 중에는 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 점수가 0에서 2 사이인 이들이 있었다(추적 기간 중앙값 3.2개월). 이전의 동종 줄기 세포 이식(SCT), 2차 중추 신경계(CNS) 관련 또는 ECOG 점수 2를 기준으로 제외된 대상체는 없었으며 성분채집술에 필요한 최소 절대 림프구 수(ALC)는 없었다.
투여한 치료용 T 세포 조성물은 치료할 개별 대상체로부터 유래된 백혈구 성분채집술 샘플로부터 CD4+ 및 CD8+의 면역 친화도 기반(예를 들어, 면역 자기성 선택) 농축을 포함한 공정에 의해 생성되었다. 단리된 CD4+ 및 CD8+T 세포를 항-CD3/항-CD28 마그네틱 비드로 개별적으로 활성화하고 항-CD19 CAR을 암호화하는 바이러스 벡터(예를 들어, 렌티바이러스 벡터)로 독립적으로 형질도입 후, 조작된 세포 집단을 개별적으로 증식 및 냉동 보존하였다. 상기 CAR은 뮤린 항체로부터 유래된 항-CD19 scFv(FMC63으로부터 유래한 가변 영역, VL-링커-VH 방향), 면역글로불린 유래 스페이서, CD28로부터 유래된 막관통 도메인, 4-1BB로부터 유래된 공자극 영역, 및 CD3-제타 세포내 신호 전달 도메인을 함유하였다. 상기 바이러스 벡터는 또한, T2A 리보솜 스킵 서열에 의해 CAR 서열로부터 분리된, CAR 발현에 대한 대리 표지자 기능을 한 절단형 수용체를 암호화하는 서열을 함유하였다.
정맥내 투여 전에 냉동 보존된 세포 조성물을 해동하였다. 제형화된 CD4+ CAR+ 세포 집단 및 제형화된 CD8+ CAR+ 집단을 대략 1:1의 표적 비율로 투여함으로써, 치료용 T 세포 용량을 정의된 세포 조성물로 투여하였다. CAR-발현 T 세포의 단일 또는 이중 용량(각각 CD4+ CAR-발현 T 세포 및 CD8+ CAR-발현 T 세포의 개별 주입을 통한 각각의 단일 용량)을 다음과 같이 대상체에 투여하였다: 5 x 107개 총 CAR-발현 T 세포를 함유하는 용량 수준 1(DL-1)의 단일 용량, 각 용량이 대략 14일 간격으로 투여되는 DL1의 이중 용량(1일 및 14일에 투여됨) 또는 1 x 108개 총 CAR-발현 T 세포를 함유하는 용량 수준 2(DL-2)의 단일 용량. 투여된 조성물에 대한 표적 용량 수준 및 T 세포 서브세트의 수는 표 E1에 제시되어 있다.
Figure pct00021
CAR+ T 세포 주입 전에 시작하여, 대상체는 3일 동안 플루다라빈(flu, 30mg/m2) 및 사이클로포스파미드(Cy, 300mg/m2)로 림프구 고갈 화학 요법을 받았다. 대상체는 림프구 고갈 후 2 내지 7일에 CAR 발현 T 세포를 받는다.
CAR T 세포 조성물의 투여 후, 투여 후 3개월을 포함하여 임상 반응에 대해 대상체를 모니터링하고, 대상체가 진행성 질병(PD) 또는 완전 반응(CR)을 가졌는지 여부를 평가함으로써 CAR T 세포 조성물에 대한 반응을 결정하였다. 치료를 받은 환자 중 53%가 CAR T 세포 조성물로 치료한 후 지속적 CR을 달성했으며, 고위험 공격성 재발/불응성 거대 B 세포 림프종 환자에서 중증 사이토카인 방출 증후군(CRS) 및 신경학적 사건의 발생률이 낮았다. 일부 환자는 CAR T 세포 치료 후 1년에 CR에 도달하지 못했다.
미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)이 있는 50명의 대상체의 초기 코호트에서 종양 생검을 림프구 고갈 화학 요법 투여 전 및 CAR T 세포 투여 후 대략 11일에 수집하고 유전자 발현을 위해 RNA 시퀀싱(RNA-seq)으로 분석했다. 구체적으로, 종양 생검에서 분리된 RNA로부터 상보적 DNA(cDNA) 샘플을 제조하고 RNA-seq로 분석하였다. 샘플은 치료 후 CR 또는 PD를 나타내는 환자 그룹으로 나뉘었지만 안정 질병(SD) 또는 부분 반응(PR)을 나타내는 대상체의 샘플은 분석에 포함되지 않았다. 전처리 종양 생검으로부터 RNA-seq를 사용하여 결정된 유전자 발현 수준은 자가 치료 CAR T 세포 조성물의 투여 후 반응과 사후 상관관계가 있었다.
도 1a는 치료 후 3개월에 CR 또는 PD를 나타내는 대상체에서 전처리 종양 생검에서 차등 유전자 발현 프로파일을 나타낸다. Log2 배수 변화 컷오프를 0.6보다 크거나 -0.6 미만으로 설정하고 거짓 발견률(FDR)을 10% 이하로 설정하면 치료 후 3개월(n = 16)에서 CR을 나타내는 대상체의 전처리 생검에서 높게 발현된 360개의 유전자 및 치료 후 3개월(n = 29)에 PD가 있는 대상체의 전처리 생검에서 높게 발현된 380개의 유전자가 나타났다. 차등적으로 발현된 유전자 중에서, T 세포와 관련된 유전자의 발현은 치료 후 3개월에 CR을 나타낸 대상체의 전처리 생검에서 더 높았다. EZH2 및 EZH2의 표적인 유전자의 발현은 치료 후 3개월에 PD를 나타낸 대상체에 대한 전처리 생검에서 더 높았다. 도 1b는 PD 또는 CR이 진행된 대상체의 전처리 종양 생검에서 EZH2의 발현 수준을 나타내며, 이는 발현 수준이 치료 후 3개월에 CR을 나타낸 대상체에 대한 전처리 생검에서보다 치료 후 3개월에 PD를 나타낸 대상체에 대한 전처리 생검에서 더 높음을 보여준다.
동일한 연구에서 추가로 24명의 환자가 있는 더 큰 코호트(총 74명의 대상체, "더 큰 코호트")의 분석에서 유사한 결과가 관찰되었다. 위와 유사하게, 이 대상체 세트에서 종양 생검 샘플은 74명의 대상체에 대한 전처리 및 56명의 대상체에 대한 치료 후 약 11일에 채취되었으며, 일치하는 생검은 전처리 및 치료 후 약 11일에 상기 기재된 바와 같이 RNA 시퀀싱을 위해 이들 대상체 중 28명에 대해 수행하였다. 더 큰 코호트 중에서, 전처리 생검 환자의 46%가 치료 후 3개월에 CR을 나타내었고, 생검 11일차 환자의 56%가 치료 후 3개월에 CR을 나타내었다. RNA-seq 샘플을 얻지 못한 대상체의 모집단과 비교하여 RNA-seq 연구 모집단의 반응 결과에 편향이 있는지 확인하기 위해, CR, PD, 부분 반응(PR) 및 무진행 생존(PFS) 결과를 두 집단 간에 비교했다. 유의미한 차이는 관찰되지 않았다.
치료 후 3개월에 CR을 나타내는 대상체에서 더 높은 유전자를 확인하기 위해 더 큰 코호트의 전처리 종양 생검에 대해 차등 유전자 발현 분석을 수행했으며, 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체에서 더 높은 유전자를 확인했다. 이 대상체 그룹에서, Log2 배수 변화 컷오프를 0.6보다 크거나 -0.6 미만으로 설정하고 FDR 비율을 10% 이하로 설정하면 치료 후 3개월(n = 22)에서 CR을 나타내는 대상체의 전처리 생검에서 더 높게 발현된 230개의 유전자 및 치료 후 3개월(n = 40)에 PD를 나타내는 대상체의 전처리 생검에서 더 높게 발현된 271개의 유전자가 나타났다(도 2a). 이 차등 테스트에서 얻은 유전자의 전체 순위 목록은 아래 실시예 2에 설명된 유전자 세트 농축 분석에 사용되었다. 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자의 전처리 종양에서 더 높은 수준으로 발현된 유전자에는 T 세포 및 기질 관련 유전자와 인터페론 반응 유전자가 포함되었다. 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 환자의 전처리 종양에서 더 높은 수준으로 발현된 유전자에는 세포 주기 유전자, mTORC1 신호전달 유전자, EZH2 표적 및 MYC 표적이 포함되었다.
동일한 대규모 코호트에서 CR을 나타내는 환자와 치료 후 1개월, 3개월, 6개월, 9개월 및 12개월에 PD를 나타내는 환자 간의 전처리 종양 생검에서 차등 유전자 발현을 수행하여 치료 후 다양한 시점에서 반응과 관련된 차등 유전자 수를 평가했다. 이 대상체 그룹에서 Log2 배수 변화 컷오프를 ≥0.58로 설정하고 수정된 p를 ≤0.1로 설정했을 때 전처리 종양 생검에서 차등 유전자의 수는 치료 후 3개월 시점에 CR을 나타내는 환자와 PD를 나타내는 환자 사이에서 가장 높은 것으로 나타났다(도 2b). 테스트한 시점들 사이에 차등적으로 발현되는 유전자의 수는 다르지만, 그들 사이에는 상당한 중복이 있었다.
무진행 생존(PFS)에 대한 연속 Cox 비례 모델도 3개월 유전자 목록과 높은 일치도를 갖는 유전자를 식별하는 데 사용되었다. 데이터는 전처리 생검이 평가된 초기 또는 후기 시점에서의 반응보다 3개월 반응과 더 관련이 있음을 나타낸다.
더 큰 코호트의 대상체에 대해 T 세포 점수는 CD3D, CD3E 및 CD8A 유전자의 log2(백만 당 전사체 [TPM]+1)와 CAR 전사체의 중앙값으로 계산되었다. CD3D 유전자 또는 CAR 전사체에 대한 T 세포 점수와 전사체 수 사이의 상관관계를 도 2c에 나타낸 바와 같이 분석하였다(수평선은 모든 대상에 대한 중앙 T 세포 점수를 나타내며; 일치하는 샘플은 원으로 표시되고 일치하지 않는 샘플은 십자로 표시됨). 데이터는 CD3D 유전자의 전사 수준이 샘플 전반에 걸쳐 T 세포 점수와 양의 상관관계가 있음을 나타낸다. 특히, 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 대부분의 대상체는 모든 대상체에 대해 계산된 중앙 T 세포 점수보다 높은 T 세포 점수를 가졌으며, 이는 증가된 치료 후 T 세포 침투가 더 나은 반응과 관련되어 있음을 나타낸다.
위에서 설명한 28개의 일치된 전처리 및 처리 후 11일 샘플에 대해 처리 후 11일에서의 면역 침투는 CAR 전사체를 포함하는 여러 T 세포 유전자의 평균을 사용하여 추정되었다. 이 침투 수준의 중앙값을 사용하여 대상을 두 그룹-침투가 높은 그룹(n=14)과 침투가 낮은 그룹(n=14)-으로 나누었다. 11일째 "높음" 또는 "낮음" 침투 수준에 따라 그룹화한 28개의 전처리 샘플에 대해 차등 유전자 발현 분석을 수행하여 항-CD19 CAR T 세포의 투여 후 T-세포 침투와 관련된 전처리 생검에서 유전자 발현을 확인했다. 도 2d 및 2e에 도시된 바와 같이, 다른 유전자 세트 중에서 MYC 표적 유전자 및 세포 주기 관련 유전자와 관련된 2개의 공개적으로 이용 가능한 "Hallmark" 유전자 세트(HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 및 HALLMARK_E2F_TARGETS, 각각 www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 및 www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_E2F_TARGETS에서 이용가능함)가 낮은 T 세포 침투 그룹에서 처리 후 11일째 샘플에서 농축되었다. 이러한 분석은 세포 주기 유전자, mTORC1 신호 전달 유전자, EZH2 표적 및 MYC 표적 유전자의 높은 발현이 항-CD19 CAR T 세포 투여 후 더 낮은 T-세포 침투와 관련이 있음을 보여주었으며, 이들 유전자의 발현이 높은 대상체에서 CAR-T 세포에 대한 더 낮은 반응률은 CAR-T 세포 치료 후 부적절한 면역 침투로 인한 것일 수 있음을 시사한다.
CD3D 유전자 발현은 치료 3개월 후 CR 또는 PD를 나타내는 대상체의 전처리(PRE) 및 11일(D11) 샘플에서 평가되었다. 도 2f에 도시된 바와 같이, 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자는 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 환자와 비교하여 전처리 종양 생검 샘플에서 더 높은 수준의 CD3D 유전자 발현을 보였고 치료 후 유전자 발현의 더 큰 증가를 나타냈다(일치된 PRE와 D11 샘플 사이에 그려진 선, n=26). PDCD1, LAG3 및 TIGIT와 같은 T 세포 활성화와 관련된 다른 유전자는 모두 종양 생검 샘플에서 유사한 패턴을 보였다.
대식세포 관련 유전자는 또한 일반적으로 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자의 치료 후 11일 종양 생검 샘플에서 더 높았다. 이러한 유전자는 또한 PD를 나타내는 환자에 비해 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자에서 전처리 수준에서 치료 후 11일째 수준까지 더 많이 증가했다(도 2g). 다른 골수 발현 유전자도 유사한 패턴을 보였다.
2개의 EZH2 관련 유전자 세트는 EZH2 억제제 EPZ-6438로 처리되고 이에 민감한 공개적으로 이용 가능한 분석된 림프종 세포주 WSU-DLCL2, KARPAS-422, 및 Su-DHL-6에 대한 마이크로어레이 유전자 발현 데이터에서 파생된 유전자 농축 분석에 의해 생성되었다(Knutson et al., Mol Cancer Ther. 2014;13(4):842-54에 기재된 유전자 발현 데이터; 주로 Day4 및 Day6 시점 유전자 발현 데이터가 사용됨). 2개의 EZH2 관련 유전자 세트는 (1) EZH2 억제제의 존재 하에 하향조절되는 것으로 밝혀진 EZH2 표적 유전자 세트("DLBCL_LINES_EZH2I_DN" 유전자 세트로 지정됨) 및 EZH2 억제제의 존재 하에 상향조절된 것으로 확인된 유전자 세트("DLBCL_LINES_EZH2I_UP" 유전자 세트로 지정됨)이다. 구체적으로, 3개의 세포주 각각에 대해 공개적으로 이용 가능한 데이터를 분석하여 각 세포주에서 EZH2 억제에 의해 가장 하향조절되거나 가장 상향조절되는 상위 250개 유전자를 확인하였다. 그 다음 250개의 하향 조절 또는 상향 조절된 유전자의 3가지 개별 목록을 병합하고 3개의 모든 세포주에서 EZH2 억제에 의해 가장 하향 조절되거나 상향 조절된 상위 250개 유전자를 각각 DLBCL_LINES_EZH2I_DN 및 DLBCL_LINES_EZH2I_UP 유전자 세트로 식별했다.
상기 기재된 바와 같이 자가 치료 CAR T 세포 조성물을 투여받은 대상체의 분석에 기초하여, DLBCL_LINES_EZH2I_DN 유전자 세트가 치료 후 3개월째에 PD와 관련된 유전자 중에서 고도로 농축되었음을 발견하였다(도 3). DLBCL_LINES_EZH2I_DN 유전자 세트에 있는 이러한 250개의 유전자 중, 98개의 유전자가 치료 후 3개월에 진행성 질병(PD)을 나타내는 대상체에서 가장 고도로 상향조절된 유전자(도 1의 화산 플롯의 왼쪽에 나타남) 중 하나였다. 이들 98개 유전자는 하기 표 E2에 제시되어 있다. 이러한 관찰은 이들 98개 유전자가 전처리 종양 생검에서 T 세포 요법에 대한 더 나쁜 결과 또는 반응과 관련된 마커이고 임상 결과를 개선하기 위한 EZH2 억제의 표적으로 작용할 수 있음을 나타낸다.
Figure pct00022
Figure pct00023
Figure pct00024
또한, 도 3에 도시된 바와 같이, 치료 후 3개월에 PD이 계속 발생한 환자의 전처리 생검의 분석은 전립선암 세포주에서 EZH2 억제에 의해 하향조절되는 것으로 밝혀진 유전자를 포함하는 유전자 특징의 농축을 보여주었다("NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN;" adapted from Nuytten et al., Oncogene (2008) 27, 1449-1460 참조 및 또한 gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN에서 이용가능함). 또한, FL과 비교하여 DLBCL에서 더 높은 수준으로 발현된 유전자로 확인된 추가 유전자 세트("FL_DLBCL_DN" 유전자 세트로 지정됨; 하기 실시예 4에 기재된 바와 같이 약 75개의 이용가능한 DLBCL 종양 세포 샘플 및 75개의 이용가능한 FL 종양 세포 샘플에서의 차등 유전자 발현의 분석에서)는 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체 유래 생검과 관련된 유전자에 대해 고도로 농축된 것으로 밝혀졌다(도 3).
또한, 도 3에 도시된 바와 같이, 다수의 공개적으로 이용가능한 유전자 세트가 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체의 전처리 생검에서 농축된 것으로 밝혀졌다. 이들은 세포 주기 관련 유전자와 관련된 "Hallmark" 유전자 세트를 포함한다(HALLMARK_E2F_TARGETS 및 HALLMARK_G2M_CHECKPOINT; 후자는 broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_G2M_CHECKPOINT에서 이용가능함), MTORC1 신호 전달 유전자 (HALLMARK_MTORC1_SIGNALING; broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_MTORC1_SIGNALING에서 이용가능함), 및 상기 기재된 MYC 표적 유전자 세트 (HALLMARK_MYC_TARGETS_V2). 이들 4개 유전자 세트의 유전자 중, 치료 후 3개월에 진행성 질병(PD)을 나타내는 대상체에서 각 유전자 세트의 가장 고도로 상향조절된 상위 20개 유전자는 하기 표 표 E2A에 제시된다.
Figure pct00025
Figure pct00026
Figure pct00027
대조적으로, 인터페론 알파 반응 유전자와 관련된 "Hallmark" 유전자 세트, HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE (broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE에서 이용가능함) 는 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 대상체의 전처리 생검에서 농축된 것으로 밝혀졌다. 이 유전자 세트의 유전자 중, 치료 후 3개월에 완전 반응(CR)을 나타내는 대상체에서 가장 고도로 상향조절된 상위 20개 유전자는 하기 표 표 E2B에 제시된다.
Figure pct00028
이러한 결과는 EZH2 표적 유전자가 3개월째 PD와 관련된 유전자 중 전처리 생검 샘플에서 농축되었고, EZH2 억제제의 사용이 CAR-T 세포 투여 후 대상체의 반응을 개선시킬 수 있음을 뒷받침한다. 상기 결과는 세포 주기-, MTORC1 신호 전달- 및 MYC 표적-관련 유전자가 3개월째 PD와 관련된 유전자 중 전처리 생검 샘플에서 농축된 것을 추가로 입증한다.
실시예 2: 전처리 생검 유전자 발현 프로파일 및 임상 반응의 비지도 분석
CD19에 특이적인 키메라 항원-수용체(CAR)를 발현하는 자가 T 세포를 함유하는 치료 CAR T 세포 조성물을 상기 실시예 1에 기재된 B 세포 악성 종양을 갖는 대상체에게 투여하였다. 종양 생검을 실시예 1에 기재된 바와 같이 림프구 고갈 화학요법의 투여 전 및 CAR T 세포 투여 후 11일째에 환자의 서브세트에 대해 수집하고, 종양 생검에서 분리된 RNA로부터 제조된 상보적 DNA(cDNA) 샘플 상의 유전자 발현에 대해 RNA 시퀀싱(RNA-seq)에 의해 분석하였다. 전처리 생검 유전자 발현 프로파일 및 임상 반응 사이의 관계를 평가하기 위해, 전처리 종양 생검에서 수득한 RNA-seq 데이터에 대해 주성분 분석(Principal Component Analysis, PCA)을 수행했다. 전처리 종양 생검으로부터 RNA-Seq에 의한 유전자의 발현은 자가 치료 CAR-T 세포 조성물의 투여 후 반응과 사후 상관관계가 있었다.
도 4는 초기 코호트의 각 생검에 대한 PC1 vs PC2를 보여주고, 또한 치료 후 3개월에 대상체의 임상 반응을 나타낸다(완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR), 진행성 질병 (PD), 평가 불가 (NE)). CR 또는 PR을 나타낸 다수의 대상체는 양의 PC1 값을 갖는 경향이 있는 반면, PD 대상체의 다수는 음의 PC1 값을 갖는 경향이 있다. 이 결과는 전처리 종양 생물학(즉, 양의 PC1 값)이 CAR T 세포 침투와 상관관계가 있다는 발견과 일치한다. 도 4에 도시된 바와 같이, CR이 계속 발생한 대상체의 약 80%는 양의 PC1 값을 가졌다. PC2 값은 골수 유전자에 해당하며, 음의 값은 높은 발현을 나타낸다.
PC1 로딩의 평가는 EZH2 표적 및 EZH2 억제에 의해 하향조절되는 것으로 밝혀진 유전자를 포함하여 상기 실시예 1에 기재된 DLBCL_LINES_EZH2I_DN, NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN, 및 FL_DLBCL_DN 유전자 세트가 음의 PC1 값을 초래하는 전처리 생검의 데이터 세트에서 농축되었음을 나타내었다 (도 5a).
또한, 실시예 1에 기술된 HALLMARK_E2F_TARGETS, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, 및 HALLMARK_MYC_TARGETS_V2 유전자 세트는 또한 음의 PC1 값을 초래한 전처리 생검의 데이터 세트에서 농축된 것으로 밝혀졌다(도 5a). 이에 비해, 실시예 1에 기술된 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE 및 DLBCL_LINES_EZH2I_UP 유전자 세트 및 NUYTTEN_EZH2_TARGETS_UP 유전자 세트(gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/NUYTTEN_EZH2_TARGETS_UP에서 이용 가능)는 양의 PC1 값을 초래하는 전처리 생검의 데이터 세트에서 농축된 것으로 밝혀졌다(도 5a).
실시예 1에 기술된 더 큰 환자 코호트의 유사한 분석에서, 유사한 유전자 세트가 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 환자와 비교하여 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자에서 농축된 것으로 밝혀졌다(도 5b). 특히, 실시예 5치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자에서 농축된 상위 유전자 세트는 DLBCL 종양 샘플에 비해 FL 종양 샘플에서 더 높게 발현되는 유전자 세트였고(FL_LIKE_vs_DLBCL), 하기 실시예 5에서 "FL-유사" 유전자 특징으로 설명된다. 일반적으로 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자의 전처리 종양에서 더 높은 수준으로 발현된 다른 유전자에는 T 세포 및 기질 관련 유전자(예: Lenz stromal 1 and stromal 2 signatures; Lenz, Wright et al. 2008), 인터페론 반응 유전자(예: Hallmark 인터페론 알파 및 감마 반응 유전자 세트)가 포함된다. Immunosign 유전자 세트(Galon, Rossi et al. 2017; Rossi, Galon et al. 2019) 및 DLBCL 세포주(DLBCL_LINES_EZH2I_UP)에서 EZH2 억제에 의해 상향조절된 유전자 세트도 치료 후 3개월에 CR을 나타내는 환자에서 풍부했다. 일반적으로 3개월 CR과 3개월 PD 사이에 전처리 샘플에서 가장 차별적인 유전자는 T 세포 관련 유전자였다. 예를 들어, 3개월 CR 환자의 전처리 종양 생검 샘플에서 더 높았던 가장 강력한 개별 유전자 중 일부에는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및 CCL21이 포함되었다. CCL21은 종양 배출 림프절에서 T 세포 트래피킹과 관련이 있지만(Riedel, Shorthouse et al. 2016), 악성 림프구의 이동과도 관련이 있는(Hashikawa, Yasumoto et al. 2014, Hong, Lin et al. 2019) 기질 세포에 의해 발현되는 T 세포 화학유인물질이다. 이러한 데이터는 CAR T 세포 요법 후 3개월 CR을 나타낸 환자의 전처리 종양이 3개월 PD 환자의 종양에 비해 더 많은 면역 및 기질 활성을 가질 수 있음을 나타낸다.
반대로, 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 환자의 전처리 종양에서 더 높은 수준으로 발현된 유전자에는 세포 주기 유전자, mTORC1 신호전달 유전자, EZH2 표적 및 MYC 표적이 포함되었다. 특히, 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체에서 가장 농축된 유전자 세트는 FL 종양 샘플에 비해 DLBCL 종양 샘플에서 더 높게 발현되는 유전자를 포함하고(DLBCL_LIKE_vs_FL), 하기 실시예 5에서 "DLBCL-유사" 유전자 특징으로 설명된다. 3개월에 PD를 나타내는 환자에서 두 번째로 농축된 유전자 세트(DLBCL_LINES_EZH2i_DN)는 DLBCL 세포주에서 EZH2 억제제에 의해 하향조절되는 유전자를 포함하며(Knutson, Kawano et al. 2014), 이는 EZH2 억제제가 DLBCL 환자에서 이러한 유전자의 발현 수준을 잠재적으로 감소시킬 수 있음을 나타낸다. 흑색종에서 확인된 종양 세포 고유 프로그램으로서 T 세포가 더 적은 종양에서 상향조절되는 Jerby-Arnon T 세포 배제 유전자 세트의 발현은 3개월에 PD 또는 CR을 나타내는 대상체의 샘플에서도 분석되었다. (Jerby-Arnon, Shah et al. 2018). 유전자 세트 변이 분석(GSVA) 알고리즘으로 계산된 Jerby-Arnon 유전자 세트 점수는 치료 후 3개월에 PD를 나타내는 대상체에서도 증가했다(도 5c).
이러한 데이터는 전처리 종양 생검에서 EZH2 및 EZH2 표적의 상향 조절 또는 상대적으로 높은 발현이 종양 내성 및 종양 표적 면역요법에 대한 불량한 반응을 유발할 수 있고 EZH2 표적 유전자 발현 프로파일이 치료에 대한 반응을 예측할 수 있다는 발견과 일치한다. 또한, 상기 결과는 전처리 종양 생검에서 세포 주기, MTORC1 신호 전달 및 MYC 표적 관련 유전자의 상향 조절 또는 높은 발현 수준, 또는 인터페론 알파 반응 유전자의 하향 조절 또는 낮은 발현이 종양 내성 및 불량한 반응을 유발할 수 있고 T 세포 요법으로의 치료에 대한 반응을 예측할 수 있다는 발견과도 일치한다. 또한, 전처리 종양 생검에서 더 높은 면역 또는 기질 활성은 개선된 반응을 유도하고 T 세포 요법을 사용하는 치료에 대한 반응을 예측할 수 있다.
실시예 3: 다중 면역형광법에 의한 T-세포 종양 침투와 관련된 유전자 평가
실시예 1에 기술된 전처리 및 치료 후 11일째 종양 생검을 다중 면역형광법에 의해 분석하여 PD 또는 CR을 계속 나타내는 대상체의 종양 미세환경 내 면역 세포 서브세트의 유형 및 위치를 평가하였다. 두 마커의 조합도 세포 밀도(cells/mm2)를 계산하는 데 사용되었다. 예를 들어, Ki67+/CD3-는 종양 세포 증식으로 해석되는 비 T 세포 증식 밀도를 추정하는 데 사용되었다. 다른 평가된 쌍에는 CD3+/PD1+(활성화 또는 소진된 T 세포), CD3+/Granzyme B+(세포용해성 T 세포), CD20+/CD19-(CD19 음성 종양 세포) 및 CD163+PDL1+(활성화된 대식세포)가 포함되었다. 샘플 그룹 간의 차등 분석은 패널 또는 Wilcoxon 테스트가 있는 마커 조합을 사용하여 수행되었다.
치료 후 1개월에 CR을 계속 나타낸 대상체의 전처리 종양 생검은 치료 후 1개월에 PD를 계속 나타낸 대상체의 것과 비교하여, 상승된 T 세포, - 특히 상승된 PD1+/Granzyme B+ T 세포- 를 갖는 것으로 관찰되었다(도 5d). PD-1+ 및 Granzyme B+에 대한 염색은 T 세포가 효과기 상태에 있었을 수 있음을 나타낸다.
치료 후 11일째 생검 중, 종양 내로 CAR T 세포의 침투가 CAR T 세포 치료에 대한 반응과 연관되는 것으로 관찰되었다. CD3+ 및 CAR에 대한 염색에서(CAR 발현의 대리물로 사용된 절단된 수용체(Rt)에 대한 염색을 기반으로 함), CAR T 세포는 치료 1개월 후 CR을 나타낸 대상체 유래 11일째(D11) 생검에서 총 T 세포의 약 5-10%인 것으로 관찰되었다(도 5e). 전처리(PRE) 및 11일(D11) 종양 생검(일치된 샘플 사이의 라인)을 비교하면, 내인성 T 세포(CD3+Rt-)도 CAR T 세포 주입 후 종양 미세환경에서 증가하는 것으로 관찰되었으며, 그 증가는 주입 후 1개월 후에 CR을 계속 나타내는 대상체에서 더 컸다(도 5f).
CD163+IDO1+ 대식세포의 서브세트는 계속해서 CR을 나타내는 대상체에 비해 PD를 계속 나타내는 대상체의 전처리 샘플에서 더 높은 것으로 나타났다. 그러나, 전처리 총 대식세포 수 CD163+IDO(+/-)는 동일한 시점에 CR을 계속 나타낸 대상체에 비해 9개월에 PD를 계속 나타낸 대상체에서 더 높은 것으로 관찰되지 않았다(도 5g). 특히, CD163+PD-L1+ 및 CD163+IDO+ 서브세트를 포함하여 치료 후 9개월에 CR을 계속 나타낸 대상체의 전처리 샘플과 치료 후 11일 샘플 사이에 총 대식세포 수가 증가했다(도 5h).
마지막으로, 증식하는 종양 세포는 전처리 종양 생검 샘플에서 Ki67+/CD3- 세포를 측정하여 추정되었다. 기준선에서 추정되는 증식하는 종양 세포의 세포 밀도가 더 높은 대상체는 치료 후 9개월에 PD를 나타내는 경향이 있었다 (도 5i).
실시예 4: 상업용 종양 세포 샘플에서 T-세포 종양 침투 및 배제와 관련된 유전자 평가
전처리 종양 생물학과 T 세포 종양 침투 및 배제 사이의 관계를 평가하기 위해 RNA-seq 유전자 발현 데이터는 상용 소스에서 입수할 수 있는 114개의 배 중심 B 세포(GBC) 종양 세포 샘플(종양 생검)에서 수득하였다. 유전자 발현 데이터는 CD3E와 가장 양의 상관관계가 있는 1,000개의 유전자와 CD3E와 가장 음의 상관관계가 있는 1,000개의 유전자를 확인하기 위해 생검 샘플(종양 생검에서 T 세포의 존재의 지표)에서 CD3E 발현과 상관관계가 있었다.
도 6a는 EZH2 발현이 CD3E와 음의 상관관계가 있음을 보여준다. 이 발견은 EZH2에 의해 양으로 조절되는 유전자의 높은 발현을 갖는 샘플이 더 낮은 수준의 T 세포 침투를 갖는 경향이 있다는 점에서, EZH2 표적 유전자 발현의 하향조절이 실시예 1에 기재된 더 큰 대상체 코호트(n=74)의 종양 생검 샘플에서 기준선에서 T 세포와 반-상관관계가 있음을 보여주는 데이터와 일치했다(도 6b).
실시예 1 및 2에 기재된 HALLMARK_MTORC1_SIGNALING, HALLMARK_MYC_TARGETS_V2, HALLMARK_G2M_CHECKPOINT, HALLMARKED_E2F_TARGETS, DLBCL_LINES_EZH2I_DN, NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN, 및 FL_DLBCL_DN 유전자 세트의 분석은 이들이 낮은 CD3E 발현을 갖는 종양 생검에서 많이 농축된 것을 나타냈다(도 7). 반면에, 실시예 1 및 2에 기재된 HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_ RESPONSE, DLBCL_LINES_EZH2I_UP, 및 NUYTTEN_EZH2_TARGETS_UP 유전자 세트의 분석은 높은 CD3E 발현을 갖는 종양 생검에서 두 유전자 세트 모두가 농축된 것을 나타냈다(도 7).
표 E2(DLBCL_LINES_EZH2I_DN)에 제공된 유전자 세트를 비교한 결과 72개의 유전자가 낮은 CD3 발현과 관련이 있음을 보여주었다(표 E3). 이 결과는 EZH2 억제제 치료로 하향조절되는 특정 유전자가 CD3 발현과도 상관관계가 없음을 입증했다. 동시에, 이러한 결과는 EZH2 및 EZH2 표적을 포함하는 이들 유전자의 더 높은 발현이 종양에서 T 세포의 더 낮은 존재와 연관되고 종양 환경으로부터 T 세포의 배제 및 T 세포 요법에 대한 내성과 관련될 수 있다는 발견과 일치한다.
Figure pct00029
Figure pct00030
Figure pct00031
대조적으로, 치료 3개월 후 완전 반응(CR)을 나타내는 대상체에서 상향조절된 실시예 1에서 확인된 유전자의 비교(도 1의 화산 플롯의 오른쪽)는 약 110개의 유전자가 CD3 발현과 상관관계가 있음을 보여주었다. 이들 유전자는 하기 표 E4에 제시되어 있다. 표 E4에서 확인 및 제공된 110개의 유전자 중 5개의 유전자만이 EZH2 억제제 치료에 의해 상향조절되었다(예: Knutson et al.의 결과를 기반으로 함). 이들 5개 유전자는 하기 표 E5에서 확인되었다.
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
이러한 분석은 T 세포 요법(예: CAR T 세포 치료)에 대한 반응과 관련된 유전자 발현 특징을 확인하고 종양 생물학 및 TME가 CAR T 세포와 같은 T 세포 요법의 입양 전달에 대한 반응에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지에 대한 통찰력을 제공한다. 동시에, 이들 데이터는 표 E3에 제공된 유전자 세트(세포 주기 및 MYC 표적 관련 유전자)에서 유전자의 상향 조절 또는 높은 발현은 T-세포 침투를 감소시킬 수 있는 반면, 표 E4 및/또는 표 E5에 제공된 유전자 세트에서 유전자의 상향 조절 또는 높은 발현은 T 세포 침투을 증가시킬 수 있다는 관찰과 일치한다. 이러한 발견은 표 E2에 제공된 유전자 세트의 유전자(표 E3에 제공된 유전자 세트의 유전자 포함)의 상향조절이 종양 내성 및 종양 표적화된 T 세포 요법에 대한 불량한 반응을 유발할 수 있음을 추가로 나타낸다. 반대로, 표 E4에 제공된 유전자 세트의 유전자(표 E5에 제공된 유전자 세트의 유전자 포함)의 상향조절은 종양 민감도 및 종양 표적화된 T 세포 요법에 대한 개선된 반응을 초래할 수 있다.
실시예 5: 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL) vs. 여포성 림프종 (FL)
내부 데이터 세트를 사용하여 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)과 여포성 림프종(FL) 간의 생물학적 차이점을 조사하기 위한 연구가 수행되었다.
유전자 발현을 위한 RNA-Seq는 상기 실시예 2에 기재된 약 75개의 여포성 림프종(FL; 등급 1-3A) 및 약 75개의 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 이용 가능한 종양 세포 샘플(포르말린-고정 파라핀-포매 종양 생검)로부터 분리된 RNA로부터 제조된 상보적 DNA(cDNA) 샘플 상에서 수행되었다. 분석된 종양 세포 샘플은 야생형 또는 돌연변이된 EZH2를 보유하고 있으며 DLBCL의 배 중심 B-세포 유사(GCB) 및 활성화된 B-세포(ABC) 아형을 모두 포함했다. 도 8에 도시된 바와 같이, DLBCL("DLBCL-유사") 및 FL("FL-유사") 종양 세포 샘플에서 상승된 상이한 유전자 세트를 갖는 DLBCL 및 FL 종양 세포 샘플에서 차등 유전자 발현이 관찰되었다. FL과 DLBCL 종양 세포 샘플 사이에 차등 발현을 나타내는 유전자 중에는 EZH2(도 9a) 및 CD3E(도 9b)가 있었다. 도시된 바와 같이, FL 종양 세포 샘플은 DLBCL 종양 세포 샘플과 비교하여 EZH2의 더 낮은 발현 수준 및 CD3E의 더 높은 발현 수준을 나타내었다. DLBCL-유사 및 FL-유사 유전자 세트는 공개적으로 이용 가능한 DLBCL 대 FL 유전자 세트와 일치하는 것으로 확인되었다(Shipp, Ross et al. 2002).
75개의 DLBCL 및 75개의 FL 종양 세포 샘플로부터 유도되고 실시예 2에 기재된 데이터 세트를 사용하여 실시예 1에 기재된 DLBCL 대상체의 모든 전처리 종양 생검 샘플에 대한 집합적 "FL-유사" 유전자 발현 점수를 계산하였다. 항-CD19 치료 T 세포 조성물을 투여받은 실시예 1에 기재된 대상체로부터의 전처리 종양 생검에 대한 RNA-Seq에 의한 유전자 발현 프로파일은 DLBCL 대 FL("DLBCL-유사" 특징 또는 "DLBCL_LIKE_vs_FL" 유전자 세트로 지정됨) 또는 FL 대 DLBCL("FL-유사" 특징 또는 "FL_LIKE_vs_DLBCL" 유전자 세트로 지정됨) 에서 상승된 것으로 밝혀진 도 8 에 기재된 연구로부터의 유전자 발현에 대해 분석되었다. 단일 샘플 유전자 세트 농축 분석(ssGSEA)을 수행하여 샘플과 해당 유전자 세트의 각 쌍에 대한 개별 농축 점수를 계산했다.
실시예 1에서 분석된 대상체(n=50)의 초기 코호트에 대한 결과가 도 10a 및 10b에 도시되어 있다. 도 10a에 도시된 바와 같이, 실시예 1에 기재된 연구에서 CR을 계속 나타낸 대상체는 PD를 계속 나타낸 대상체에 비해 DLBCL-유사 유전자 세트(DLBCL_LIKE_vs_FL)에 대해 더 낮은 ssGSEA 점수를 가졌다. 반대로, 도 10b에 도시된 바와 같이, 실시예 1에 기재된 연구에서 CR을 계속 나타낸 대상체는 PD를 계속 나타낸 대상체에 비해 FL-유사 유전자 세트(FL_LIKE_vs_DLBCL)에 대해 더 높은 ssGSEA 점수를 가졌다.
실시예 1에 기재된 더 큰 대상체 코호트(n=74)의 추가 데이터 세트의 분석에서, 유사한 결과가 관찰되었다. 치료 후 3개월에 CR을 나타낸 대상체는 FL-유사 유전자 세트에 대해 상당히 더 높은 농축 점수를 가졌다(도 10c; n=62). 또한 환자 중 8명은 분명히 "FL-유사" 유전자 발현 점수를 보였고; 가장 높은 "FL-유사" 유전자 발현을 갖는 이들 대상체는 비-"FL-유사" 대상체(CR=22%)에 비해 치료 후 3개월(CR=100%)에서 높은 CR 비율을 나타내었다. FL-유사 점수가 높은 DLBCL 대상체 중 몇몇은 여포성 림프종(tFL) 조직학을 변형시켰지만 FL-유사 점수가 낮은 다른 tFL 대상체도 있었다. 유사하게, 일부 비-tFL 대상체들은 FL-유사 점수가 높았다. 무진행 생존(PFS) 곡선은 FL-유사 점수가 가장 높은 15명의 대상체 및 나머지 59명의 대상체에 대해 비교되었으며, FL-유사 유전자 발현이 높은 대상체는 유의하게 더 높은 PFS를 나타냈다(도 10d).
이 데이터는 DLBCL과 FL을 가진 대상체의 유전자 발현 프로파일이 다르다는 것을 보여준다. 특히, DLBCL과 FL 종양 생검 간의 유전자 발현 차이는 면역 또는 기질 함량 또는 종양 세포 상태의 양과 관련이 있다. 이러한 데이터는 FL이 있는 대상체 또는 FL 대상체에서 DLBCL 대상체에 비해 상승된 것으로 밝혀진 유전자 발현이 더 높은 대상체는 DLBCL이 있는 대상체 또는 FL에 비해 DLBCL에서 상승된 것으로 밝혀진 유전자를 발현하는 대상체보다 종양 환경으로의 T 세포 침투에 덜 내성이 있을 수 있다는 관찰과 일치한다. 또한, FL 종양과 더 유사한 것으로 보이는 DLBCL 종양을 가진 대상체는 CAR T 세포 치료 후 개선된 PFS 결과를 가질 수 있다.
실시예 6: 미만성 거대 B세포 림프종(DLBCL) 세포주에 대한 EZH2 억제 효과
A. 세포 생존력
미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 세포에 대한 EZH2 억제의 영향을 평가하기 위해 4개의 DLBCL 세포주를 EZH2 억제제 EPZ-6438로 처리했다. 2개의 세포주, SUDHL5 및 Farage는 야생형 EZH2를 발현하였다. 다른 2개의 세포주는 돌연변이된 형태의 EZH2를 발현하여 세포에서 EZH2의 기능 과발현을 증가시켰다. 구체적으로, KARPAS422 세포주는 EZH2의 Y646N 돌연변이 형태를 발현하고, WSUDLBCL2 세포주는 EZH2의 Y646F 돌연변이 형태를 발현하였다.
세포주는 1일째에 디메틸설폭사이드(DMSO)에 용해된 EPZ-6438(0.1 uM or 1.0 uM), 또는 대조군으로서 동량의 DMSO로 처리하였다. 4일 후, 세포를 새로운 배지에 재현탁하고 억제제를 1일에 제공된 것과 동일한 농도로 재공급했다. EZH2 억제제로 총 6일 처리한 후, 단백질 및 RNA 분석을 위해 세포를 수거하였다. 총 단백질은 총 세포 수에 대한 프록시로 정량화되었다. 도 11에 도시된 바와 같이, 4개의 DLBCL 세포주는 모두 1.0uM EPZ-6438을 사용한 처리에 민감했으며, 이는 세포 증식의 감소와 일치하는 DMSO 대조군 처리된 세포와 비교하여 세포에서 감소된 총 단백질 수준에 의해 입증되었다. 돌연변이된 EZH2를 발현하는 세포주는 억제제에 대해 가장 큰 민감성을 나타냈다. 이 결과는 야생형 및 돌연변이 DLBCL 세포주가 EZH2 억제제를 사용하는 치료에 민감하다는 것을 시사한다.
EZH2 억제가 DLBCL의 상이한 아형의 증식에 차등적으로 영향을 미치는지 여부를 추가로 결정하기 위해, 실질적으로 상기 기재된 바와 같이, 배 중심 B-세포 유사(GCB) 및 활성화된 B-세포(ABC) 세포주를 2개의 상이한 EZH2 억제제(CPI-1205 및 EPZ-6438)로 6일 동안 처리하였다. GCB 세포주 (WSU-DLCL2, Farage, KARPAS-422, 및 SU-DHL-5) 및 ABC 세포주 (SU-DHL-2 및 OCI-LY3)를 1.0 uM EPZ-6438, 0.1 uM CPI-1205, 또는 1.0 uM CPI-1205로 처리하였다. 세포 생존력은 발광 기반 분석에 의해 정량화된 ATP의 양을 기반으로 결정되었다. 도 12에 도시된 바와 같이, EZH2 억제제 둘 모두는 돌연변이체 및 야생형 GCB 세포주에서 세포 생존력을 감소시켰다. 그러나, ABC 세포주(둘 모두 야생형 EZH2를 발현함)는 EPZ-6438 및 CPI-1205 둘 모두를 사용하는 치료에 내성이 있었다. 이러한 데이터는 DLBCL의 GCB 아형이 DLBCL의 ABC 아형보다 EZH2 억제에 더 민감할 수 있다는 관찰과 일치한다.
B. 메틸화 상태
GCB DLBCL 세포주에서 히스톤 3 리신 27(H3K27Me3)의 트리메틸화 상태에 대한 EZH2 억제의 영향을 평가하기 위해, 실질적으로 상기 기재된 바와 같이 세포를 0.1uM 또는 1.0uM의 EPZ-6438로 6일 동안 처리하였다. 세포를 수확하고 H3K27Me3의 수준을 웨스턴 블롯으로 평가하였다. 시험된 4개의 DLBCL 세포주 모두는 H3K27Me3 수준의 감소에 의해 입증된 바와 같이 EPZ-6438에 의한 EZH2 억제에 민감하였다(도 13). 총 H3 및 GAPDH 수준은 내부 대조군으로 분석되었고; 둘 다 치료에 변화가 없었다.
유사한 실험은 GCB 및 ABC DLBCL 세포주에서 H3K27Me3에 대한 두 가지 다른 EZH2 억제제인 EPZ-6438 및 CPI-1205의 효과를 분석했다. GCB 세포주 WSU-DLCL2, Farage, KARPAS-422, 및 SU-DHL-5를 1.0 uM EPZ-6438, 0.1 uM CPI-1205, 또는 1.0 uM CPI-1205로 6일 동안 처리하였다. ABC 세포주 SU-DHL-2 및 OCI-LY3를 0.1 또는 1.0 uM EPZ-6438 또는 CPI-1205로 6일 동안 처리하였다. 도 14a 및 14b에 도시된 바와 같이, EZH2 억제제 둘 모두는 테스트된 모든 세포주에서 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정된 바와 같이 H2K27Me3 수준을 감소시켰다. 총 H3 및-액틴 수준은 내부 대조군으로 분석되었고; 둘 다 치료에 변화가 없었다.
C. T 세포 침투 및 배제 관련 유전자
T 세포 침투 및 배제와 관련된 유전자에 대한 EZH2 억제 효과를 평가하였다. 총 6개의 다른 DLBCL 세포주가 평가되었다: SU-DHL-5 및 Farage GCB-유형 세포주는 야생형 EZH2를 보유하고, WSU-DLCL2 GCB-유형 세포주는 돌연변이 EZH2를 보유하고, OCI-LY3 및 SU-DHL-3 ABC 유형 세포주는 야생형 EZH2를 보유했다. GCB DLBCL 세포주를 1.0 uM EPZ-6438, 0.1 uM CPI-1205, 또는 1.0 uM CPI-1205로 6일 동안 처리하였다. ABC DLBCL 세포주를 0.1 uM 또는 1.0 uM의 EPZ-6438 또는 CPI-1205로 처리하였다. 처리 후, 세포를 수확하고 다운스트림 분석을 위해 RNA를 추출했다.
RNA 발현 수준은 T 세포 침투와 관련된 5개의 예시적인 유전자(ABAT, SESN3, YPEL2, TP53INP1, ZMAT1, 및 YPEL5) 및 T 세포 배제와 관련된 6개의 예시적인 유전자(PCNA, UHRF1, PAICS, NCAPG2, CDC6, 및 CHEK1)에 대해 정량적 PCR(qPCR)에 의해 분석되었다. RNA 전사체 수준은 DMSO 처리된 세포에 비해 대조군으로서 18S로 정규화되었다. 결과는 도 15a (ABAT), 도 15b (SESN3), 도 15c (YPEL2), 도 15d (TP53INP1), 도 15e (ZMAT1), 도 15f (PCNA), 도 15g (UHRF1), 도 15h (PAICS), 도 15i (NCAPG2), 도 15j (CDC6), 및 도 15k (CHEK1)에 도시되어 있다. T 세포 침투와 관련된 유전자는 DMSO 처리된 대조군과 비교하여 EZH2 억제에 의해 상향조절된 반면, T 세포 배제와 관련된 유전자는 DMSO 처리된 대조군과 비교하여 EZH2 억제로 하향조절되었다(각각 도 15a-e 및 도 15f-k). 야생형 EZH2 세포주 및 돌연변이 EZH2 세포주에서 유사한 결과가 관찰되었다. 이 결과는 EZH2 억제가 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 T 세포와 같은 T 세포가 종양 미세환경으로 침투하는 능력을 증가시킬 수 있다는 발견과 일치한다.
본 발명은 본 발명의 다양한 관점을 설명하기 위해, 예를 들어 제공되는 특정 개시된 구현예로 범위를 제한하려는 것이 아니다. 기술된 조성물 및 방법에 대한 다양한 변형은 본 명세서의 기재 및 가르침에서 명백해질 것이다. 상기 변형은 본 개시의 진정한 범위와 정신에서 벗어나지 않고 실시될 수 있으며, 본 개시의 범위에 속하도록 의도된다.
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Figure pct00039
SEQUENCE LISTING <110> Juno Therapeutics, Inc. <120> COMBINATION THERAPY OF A T CELL THERAPY AND AN ENHANCER OF ZESTE HOMOLOG 2 (EZH2) INHIBITOR AND RELATED METHODS <130> 735042021440 <140> Not yet assigned <141> Concurrently herewith <150> 62/890,607 <151> 2019-08-22 <150> 63/024,502 <151> 2020-05-13 <150> 63/037,584 <151> 2020-06-10 <160> 59 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> spacer (IgG4hinge) <400> 1 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 2 <211> 36 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <223> spacer (IgG4hinge) <400> 2 gaatctaagt acggaccgcc ctgcccccct tgccct 36 <210> 3 <211> 119 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Hinge-CH3 spacer <400> 3 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Gly Gln Pro Arg 1 5 10 15 Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys 20 25 30 Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp 35 40 45 Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys 50 55 60 Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser 65 70 75 80 Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser 85 90 95 Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser 100 105 110 Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys 115 <210> 4 <211> 229 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Hinge-CH2-CH3 spacer <400> 4 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe 1 5 10 15 Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr 20 25 30 Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val 35 40 45 Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val 50 55 60 Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser 65 70 75 80 Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu 85 90 95 Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser 100 105 110 Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro 115 120 125 Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln 130 135 140 Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala 145 150 155 160 Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr 165 170 175 Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu 180 185 190 Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser 195 200 205 Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser 210 215 220 Leu Ser Leu Gly Lys 225 <210> 5 <211> 282 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> IgD-hinge-Fc <400> 5 Arg Trp Pro Glu Ser Pro Lys Ala Gln Ala Ser Ser Val Pro Thr Ala 1 5 10 15 Gln Pro Gln Ala Glu Gly Ser Leu Ala Lys Ala Thr Thr Ala Pro Ala 20 25 30 Thr Thr Arg Asn Thr Gly Arg Gly Gly Glu Glu Lys Lys Lys Glu Lys 35 40 45 Glu Lys Glu Glu Gln Glu Glu Arg Glu Thr Lys Thr Pro Glu Cys Pro 50 55 60 Ser His Thr Gln Pro Leu Gly Val Tyr Leu Leu Thr Pro Ala Val Gln 65 70 75 80 Asp Leu Trp Leu Arg Asp Lys Ala Thr Phe Thr Cys Phe Val Val Gly 85 90 95 Ser Asp Leu Lys Asp Ala His Leu Thr Trp Glu Val Ala Gly Lys Val 100 105 110 Pro Thr Gly Gly Val Glu Glu Gly Leu Leu Glu Arg His Ser Asn Gly 115 120 125 Ser Gln Ser Gln His Ser Arg Leu Thr Leu Pro Arg Ser Leu Trp Asn 130 135 140 Ala Gly Thr Ser Val Thr Cys Thr Leu Asn His Pro Ser Leu Pro Pro 145 150 155 160 Gln Arg Leu Met Ala Leu Arg Glu Pro Ala Ala Gln Ala Pro Val Lys 165 170 175 Leu Ser Leu Asn Leu Leu Ala Ser Ser Asp Pro Pro Glu Ala Ala Ser 180 185 190 Trp Leu Leu Cys Glu Val Ser Gly Phe Ser Pro Pro Asn Ile Leu Leu 195 200 205 Met Trp Leu Glu Asp Gln Arg Glu Val Asn Thr Ser Gly Phe Ala Pro 210 215 220 Ala Arg Pro Pro Pro Gln Pro Gly Ser Thr Thr Phe Trp Ala Trp Ser 225 230 235 240 Val Leu Arg Val Pro Ala Pro Pro Ser Pro Gln Pro Ala Thr Tyr Thr 245 250 255 Cys Val Val Ser His Glu Asp Ser Arg Thr Leu Leu Asn Ala Ser Arg 260 265 270 Ser Leu Glu Val Ser Tyr Val Thr Asp His 275 280 <210> 6 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> T2A <400> 6 Leu Glu Gly Gly Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp 1 5 10 15 Val Glu Glu Asn Pro Gly Pro Arg 20 <210> 7 <211> 357 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> tEGFR <400> 7 Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro 1 5 10 15 Ala Phe Leu Leu Ile Pro Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly 20 25 30 Glu Phe Lys Asp Ser Leu Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe 35 40 45 Lys Asn Cys Thr Ser Ile Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala 50 55 60 Phe Arg Gly Asp Ser Phe Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu 65 70 75 80 Leu Asp Ile Leu Lys Thr Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile 85 90 95 Gln Ala Trp Pro Glu Asn Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu 100 105 110 Glu Ile Ile Arg Gly Arg Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala 115 120 125 Val Val Ser Leu Asn Ile Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu 130 135 140 Ile Ser Asp Gly Asp Val Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr 145 150 155 160 Ala Asn Thr Ile Asn Trp Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys 165 170 175 Thr Lys Ile Ile Ser Asn Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly 180 185 190 Gln Val Cys His Ala Leu Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu 195 200 205 Pro Arg Asp Cys Val Ser Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys 210 215 220 Val Asp Lys Cys Asn Leu Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu 225 230 235 240 Asn Ser Glu Cys Ile Gln Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met 245 250 255 Asn Ile Thr Cys Thr Gly Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala 260 265 270 His Tyr Ile Asp Gly Pro His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val 275 280 285 Met Gly Glu Asn Asn Thr Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His 290 295 300 Val Cys His Leu Cys His Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro 305 310 315 320 Gly Leu Glu Gly Cys Pro Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala 325 330 335 Thr Gly Met Val Gly Ala Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly 340 345 350 Ile Gly Leu Phe Met 355 <210> 8 <211> 27 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD28 (amino acids 153-179 of Accession No. P10747) <400> 8 Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu 1 5 10 15 Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe Trp Val 20 25 <210> 9 <211> 66 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD28 (amino acids 114-179 of Accession No. P10747) <400> 9 Ile Glu Val Met Tyr Pro Pro Pro Tyr Leu Asp Asn Glu Lys Ser Asn 1 5 10 15 Gly Thr Ile Ile His Val Lys Gly Lys His Leu Cys Pro Ser Pro Leu 20 25 30 Phe Pro Gly Pro Ser Lys Pro Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly 35 40 45 Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe 50 55 60 Trp Val 65 <210> 10 <211> 41 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD28 (amino acids 180-220 of P10747) <400> 10 Arg Ser Lys Arg Ser Arg Leu Leu His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr 1 5 10 15 Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro 20 25 30 Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser 35 40 <210> 11 <211> 41 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD28 (LL to GG) <400> 11 Arg Ser Lys Arg Ser Arg Gly Gly His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr 1 5 10 15 Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro 20 25 30 Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser 35 40 <210> 12 <211> 42 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> 4-1BB (amino acids 214-255 of Q07011.1) <400> 12 Lys Arg Gly Arg Lys Lys Leu Leu Tyr Ile Phe Lys Gln Pro Phe Met 1 5 10 15 Arg Pro Val Gln Thr Thr Gln Glu Glu Asp Gly Cys Ser Cys Arg Phe 20 25 30 Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu 35 40 <210> 13 <211> 112 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD3 zeta <400> 13 Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly 1 5 10 15 Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr 20 25 30 Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys 35 40 45 Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys 50 55 60 Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg 65 70 75 80 Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala 85 90 95 Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg 100 105 110 <210> 14 <211> 112 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD3 zeta <400> 14 Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Glu Pro Pro Ala Tyr Gln Gln Gly 1 5 10 15 Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr 20 25 30 Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys 35 40 45 Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys 50 55 60 Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg 65 70 75 80 Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala 85 90 95 Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg 100 105 110 <210> 15 <211> 112 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> CD3 zeta <400> 15 Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Lys Gln Gly 1 5 10 15 Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr 20 25 30 Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys 35 40 45 Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys 50 55 60 Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg 65 70 75 80 Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala 85 90 95 Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg 100 105 110 <210> 16 <211> 335 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> tEGFR <400> 16 Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly Glu Phe Lys Asp Ser Leu 1 5 10 15 Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe Lys Asn Cys Thr Ser Ile 20 25 30 Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala Phe Arg Gly Asp Ser Phe 35 40 45 Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu Leu Asp Ile Leu Lys Thr 50 55 60 Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile Gln Ala Trp Pro Glu Asn 65 70 75 80 Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu Glu Ile Ile Arg Gly Arg 85 90 95 Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala Val Val Ser Leu Asn Ile 100 105 110 Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu Ile Ser Asp Gly Asp Val 115 120 125 Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr Ala Asn Thr Ile Asn Trp 130 135 140 Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys Thr Lys Ile Ile Ser Asn 145 150 155 160 Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly Gln Val Cys His Ala Leu 165 170 175 Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu Pro Arg Asp Cys Val Ser 180 185 190 Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys Val Asp Lys Cys Asn Leu 195 200 205 Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu Asn Ser Glu Cys Ile Gln 210 215 220 Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met Asn Ile Thr Cys Thr Gly 225 230 235 240 Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala His Tyr Ile Asp Gly Pro 245 250 255 His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val Met Gly Glu Asn Asn Thr 260 265 270 Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His Val Cys His Leu Cys His 275 280 285 Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro Gly Leu Glu Gly Cys Pro 290 295 300 Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala Thr Gly Met Val Gly Ala 305 310 315 320 Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly Ile Gly Leu Phe Met 325 330 335 <210> 17 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> T2A <400> 17 Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu Glu Asn Pro 1 5 10 15 Gly Pro <210> 18 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> P2A <400> 18 Gly Ser Gly Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val 1 5 10 15 Glu Glu Asn Pro Gly Pro 20 <210> 19 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> P2A <400> 19 Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val Glu Glu Asn 1 5 10 15 Pro Gly Pro <210> 20 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> E2A <400> 20 Gln Cys Thr Asn Tyr Ala Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val Glu Ser 1 5 10 15 Asn Pro Gly Pro 20 <210> 21 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> F2A <400> 21 Val Lys Gln Thr Leu Asn Phe Asp Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val 1 5 10 15 Glu Ser Asn Pro Gly Pro 20 <210> 22 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <220> <221> REPEAT <222> (5)...(9) <223> SGGGG is repeated 5 times <400> 22 Pro Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Pro 1 5 10 <210> 23 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 23 Gly Ser Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys 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Leu Gly Asp Thr His Thr Cys Pro Arg Cys Pro 1 5 10 15 Glu Pro Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro Glu 20 25 30 Pro Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro Glu Pro 35 40 45 Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro 50 55 60 <210> 30 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 30 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Ser Cys Pro 1 5 10 <210> 31 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 31 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 32 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 32 Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 <210> 33 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 33 Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 34 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 34 Glu Val Val Val Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 35 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L1 <400> 35 Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr Leu Asn 1 5 10 <210> 36 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L2 <400> 36 Ser Arg Leu His Ser Gly Val 1 5 <210> 37 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L3 <400> 37 Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr Phe Gly 1 5 <210> 38 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H1 <400> 38 Asp Tyr Gly Val Ser 1 5 <210> 39 <211> 16 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H2 <400> 39 Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser 1 5 10 15 <210> 40 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H3 <400> 40 Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly 1 5 <210> 41 <211> 120 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VH <400> 41 Glu Val Lys Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln 1 5 10 15 Ser Leu Ser Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr 20 25 30 Gly Val Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu 35 40 45 Gly Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr 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Tyr 210 215 220 Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser 225 230 235 240 Val Thr Val Ser Ser 245 <210> 44 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L1 <400> 44 Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala 1 5 10 <210> 45 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L2 <400> 45 Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser 1 5 <210> 46 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L3 <400> 46 Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr 1 5 <210> 47 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H1 <400> 47 Ser Tyr Trp Met Asn 1 5 <210> 48 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H2 <400> 48 Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe Lys 1 5 10 15 Gly <210> 49 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H3 <400> 49 Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr 1 5 10 <210> 50 <211> 122 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VH <400> 50 Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser 1 5 10 15 Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp 100 105 110 Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 51 <211> 108 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VL <400> 51 Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Ser Val Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser 65 70 75 80 Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr 85 90 95 Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg 100 105 <210> 52 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 52 Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser 1 5 10 15 <210> 53 <211> 245 <212> PRT <213> sArtificial Sequence <220> <223> scFv <400> 53 Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser 1 5 10 15 Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp 100 105 110 Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly 115 120 125 Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser 130 135 140 Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly Asp Arg Val Ser Val Thr Cys 145 150 155 160 Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys 165 170 175 Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn 180 185 190 Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe 195 200 205 Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe 210 215 220 Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys 225 230 235 240 Leu Glu Ile Lys Arg 245 <210> 54 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> HC-CDR3 <400> 54 His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr 1 5 10 <210> 55 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> LC-CDR2 <400> 55 His Thr Ser Arg Leu His Ser 1 5 <210> 56 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> LC-CDR3 <400> 56 Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr 1 5 <210> 57 <211> 735 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sequence encoding scFv <400> 57 gacatccaga tgacccagac cacctccagc ctgagcgcca gcctgggcga ccgggtgacc 60 atcagctgcc gggccagcca ggacatcagc aagtacctga actggtatca gcagaagccc 120 gacggcaccg tcaagctgct gatctaccac accagccggc tgcacagcgg cgtgcccagc 180 cggtttagcg gcagcggctc cggcaccgac tacagcctga ccatctccaa cctggaacag 240 gaagatatcg ccacctactt ttgccagcag ggcaacacac tgccctacac ctttggcggc 300 ggaacaaagc tggaaatcac cggcagcacc tccggcagcg gcaagcctgg cagcggcgag 360 ggcagcacca agggcgaggt gaagctgcag gaaagcggcc ctggcctggt ggcccccagc 420 cagagcctga gcgtgacctg caccgtgagc ggcgtgagcc tgcccgacta cggcgtgagc 480 tggatccggc agccccccag gaagggcctg gaatggctgg gcgtgatctg gggcagcgag 540 accacctact acaacagcgc cctgaagagc cggctgacca tcatcaagga caacagcaag 600 agccaggtgt tcctgaagat gaacagcctg cagaccgacg acaccgccat ctactactgc 660 gccaagcact actactacgg cggcagctac gccatggact actggggcca gggcaccagc 720 gtgaccgtga gcagc 735 <210> 58 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <220> <221> VARIANT <222> (1)...(1) <223> Xaa is glycine, cysteine or arginine <220> <221> VARIANT <222> (4)...(4) <223> Xaa is cysteine or threonine <400> 58 Xaa Pro Pro Xaa Pro 1 5 <210> 59 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 59 Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr 1 5 10 15 Lys Gly

Claims (96)

  1. 암을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (1) 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법을 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계, 여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함; 및
    (2) 상기 대상체에게 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  2. 암을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제를 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    여기서 상기 대상체는 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법이 투여될 예정이거나 투여된 적이 있는 후보인, 방법.
  3. 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법을 암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
    상기 대상체는 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제가 투여된 적이 있거나 투여될 예정인, 방법.
  4. 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서,
    여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
    상기 방법은:
    (a) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 다음을 평가하는 단계:
    (i) EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는
    (ii) CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양,
    여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임;
    (b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
    (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임; 및/또는
    (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및
    (c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  5. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제 및 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서,
    여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
    상기 방법은:
    (a) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 다음을 평가하는 단계:
    (i) EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는
    (ii) CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양,
    여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양임;
    (b) 다음의 경우, 치료할 대상체를 선택하는 단계:
    (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는
    (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임; 및
    (c) 선택된 대상체에게 EZH2 억제제 및 T 세포 요법을 투여하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  6. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양; 및/또는 (ii) 대상체 유래 생물학적 샘플에서 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계,
    여기서 상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 단백질 및/또는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양이고; 상기 대상체는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고,
    상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 종양 생검 샘플은 세포 요법의 투여 전에 상기 대상체로부터 수득됨; 및
    (b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계:
    (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 초과임; 및/또는
    (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자의 수준 또는 양이 유전자 참조 값 미만임;
    를 포함하는, 방법.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 대상체가 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택된 경우, 상기 방법은 선택된 대상체에게 EZH2 억제제 및 T 세포 요법을 투여하는 것을 더 포함하는, 방법.
  8. 제6항에 있어서,
    상기 대상체가 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 선택되지 않은 경우, 상기 방법은 대상체에게 T 세포 요법만을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  9. 제4항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 유전자 참조 값은
    (a) 암을 갖지 않는 대상체의 집단 또는
    (b) 암을 갖고 상기 T 세포 요법이 투여된 대상체의 집단, 이들은 계속해서 상기 T 세포 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 나타냄,
    에서 하나 이상의 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내인, 방법.
  10. 제9항에 있어서,
    상기 암을 갖는 대상체의 집단은 상기 T 세포 요법의 투여 후 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월 또는 그 이상 계속해서 PR 또는 CR을 나타내는 것인, 방법.
  11. 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서,
    여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
    상기 방법은:
    (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함;
    을 평가하는 단계;
    (b) 다음의 경우, 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
    (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및/또는
    (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및
    (c) 선택된 대상체에게 T 세포 요법을 투여하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  12. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2)의 억제제 및 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법으로 암을 치료하는 방법으로서,
    여기서 상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고,
    상기 방법은:
    (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함;
    을 평가하는 단계;
    (b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 세포 요법으로 치료할 대상체를 선택하는 단계:
    (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는
    (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨; 및
    (c) 선택된 대상체에게 EZH2 억제제 및 T 세포 요법을 투여하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  13. 제스트 동족체 2의 인핸서 (EZH2) 억제제의 투여를 위해 암을 갖는 대상체를 선택하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (a) (i) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 EZH2, E2F2, RAD51, POLQ, POLD1, MCM10, TRIP13, TFRC, MCM2, ENO1, GTSE1, UBE2T, CAD, ORC1, TPX2, ICAM1, KIF4A, CDC6, CENPM, POLE2, MTHFD1, GINS1, MYBL2, E2F1, FAM83D, CENPI, OIP5, RNASEH2A, ASF1B, CCNE1, SLC1A5, MRPL4, NAMPT, NPM3, TMEM97, NCAPG, CDCA3, MCM3, GMNN, VEGFA, SLC29A1, KIF20A, CENPA, CDC20, DUSP1, CDK2, XPO5, PAICS, E2F8, TUBG1, TOP2A, PCNA, RFC3, CCNB1, SLC43A3, TROAP, ESPL1, TCF19, SLC39A8, DIAPH3, KIF2C, NUF2, DTL, CDCA5, NCAPG2, GINS4, PLIN2, MKI67, CENPU, SKA1, MAPK13, TAGLN2, FDPS, RECQL4, ATF3, IER5, TKT, CDC25A, E2F7, RRM1, CDT1, SLC3A2, FEN1, ATF5, FASN, CDK1, POLH, RRM2, TYMS, GSG2, JUN, AURKB, GINS3, UPP1, KIF18B, KLHL23, KIFC1, NME1, UHRF1, UBE2S, SPC24, H2AFX, DDX39A, TK1, CDK4, DNMT1, SNRPB, RAD54L, GINS2, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, EBP, GLA, STC1, HSPE1, ACLY, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, FARSA, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함; 및/또는 (ii) 대상체 유래 종양 생검 샘플에서 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현, 상기 각각의 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, IL6ST, CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, ICOS, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CCD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1, LINC00239, PDCD1, LAG3, KLRB1, LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함함;
    을 평가하는 단계,
    여기서 상기 대상체는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T 세포를 포함하는 T 세포 요법의 투여를 받을 예정이고,
    상기 CAR은 암 세포와 연관되거나, 이에 의해 발현되거나, 또는 암 세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하고, 상기 종양 생검 샘플은 세포 요법의 투여 전에 대상체로부터 수득됨; 및
    (b) 다음의 경우, EZH2 억제제 및 T 세포 요법으로 치료할 암을 갖는 대상체를 선택하는 단계:
    (i) 상기 하나 이상의 제1 유전자 세트의 발현이 상향조절됨; 및/또는
    (ii) 상기 하나 이상의 제2 유전자 세트의 발현이 하향조절됨;
    을 포함하는, 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 T 세포 요법은 상기 대상체에 대해 자가(autologous)인 세포를 포함하는, 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 T 세포 요법을 상기 대상체에게 투여하기 전에, 상기 대상체로부터 수집된 생물학적 샘플로부터 T 세포 요법을 자가 세포로부터 생체 외(ex vivo)에서 생산하고, 선택적으로 상기 생물학적 샘플은 성분채집술 생성물이거나 이를 포함하는, 방법.
  16. 제15항에 있어서,
    상기 T 세포 요법의 T 세포는 생물학적 샘플의 자가 세포로부터 유래되는, 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 림프구 고갈 요법을 투여받는, 방법.
  18. 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 상기 생물학적 샘플의 수집 후 및 EZH2 억제제 및/또는 T 세포 요법의 투여 개시 전에 림프구 고갈 요법을 투여받는, 방법.
  19. 제17항 또는 제18항에 있어서,
    상기 림프구 고갈 요법은 상기 T 세포 요법의 투여 개시 2일 내지 7일 전에 종료되는 것인, 방법.
  20. 제4항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 종양 생검 샘플은 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에게 투여되기 7일 전, 6일 전, 5일 전, 4일 전, 3일 전, 2일 전, 1일 전, 16시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 2시간 전 또는 1시간 전 이내에 수득되는 것인, 방법.
  21. 제17항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 개시 전에 상기 대상체에게 투여되고, 선택적으로 상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 개시 전 및 개시될 때까지 상기 대상체에게 투여되는 것인, 방법.
  22. 제17항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 종료 후에 대상체에게 투여되고, 선택적으로 상기 EZH2 억제제의 투여는 상기 림프구 고갈 요법의 종료 후 재개되는 것인, 방법.
  23. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전에 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  24. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 약 4주 전 내지 상기 T 세포 요법의 투여 개시 약 1주 전 사이에 상기 EZH2 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  25. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제20항 및 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 14일, (약) 7일 또는 (약) 1일 내지 개시 후 (약) 14일, (약) 7일 또는 (약) 1일 간의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  26. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일 내지 개시 전 (약) 2일 사이의 시간에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  27. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 7일, (약) 5일, (약) 3일, (약) 2일 또는 (약) 1일에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  28. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 5일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  29. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 2일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  30. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 1일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  31. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는
    상기 T 세포 요법의 투여 개시와 동시에 또는 동일한 날에 억제제 투여 개시; 및/또는
    상기 T 세포 요법과 동시에 및/또는 상기 T 세포 요법과 동일한 날에 적어도 1회 용량의 EZH2 억제제의 투여;
    를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  32. 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 후 2일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획, 선택적으로 상기 T 세포 요법의 투여 개시 후 1일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  33. 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제30항 및 제32항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 상기 T 세포 요법의 투여 개시 적어도 7일 전, 적어도 5일 전, 적어도 3일 전, 적어도 2일 전 또는 적어도 1일 전에 EZH2 억제제의 투여 중단을 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  34. 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 T 세포 요법의 투여는 약 1 x 105개 총 CAR-발현 T 세포 내지 약 5 x 108개 총 CAR-발현 T 세포의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 T 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+ 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축된 것인, 방법.
  36. 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 T 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 농축된 것인, 방법.
  37. 제36항에 있어서,
    상기 T 세포 요법의 상기 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포 및/또는 CD4+ CAR-발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함하며, 상기 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1 인 것인, 방법.
  38. 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CAR은 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포내 신호 전달 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  39. 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 항원은 B 세포 항원이고, 선택적으로 상기 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파(Igkappa), Ig람다(Iglambda), CD79a, CD79b 또는 CD30 중에서 선택되는 것인, 방법.
  40. 제38항 또는 제39항에 있어서,
    상기 세포내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포내 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  41. 제38항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포내 신호 전달 영역은 공자극 신호 전달 영역을 더 포함하는 것인, 방법.
  42. 제41항에 있어서,
    상기 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  43. 제17항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  44. 제17항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서,
    (i) 상기 림프구 고갈 요법은 2 내지 4일 동안, 선택적으로 3일 동안 매일, 약 200-400mg/m2, 선택적으로 (약) 300mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드의 투여, 및/또는 약 20-40mg/m2, 선택적으로 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하거나, 또는 상기 림프구 고갈 요법은 약 500mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함하고; 및/또는
    (ii) 상기 림프구 고갈 요법은 3일 동안 매일 (약) 300mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하고; 및/또는
    상기 림프구 고갈 요법은 3일 동안 매일 (약) 500mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30mg/m2의 플루다라빈의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  45. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 800mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  46. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 1600mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  47. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 1일 당 약 2400mg의 억제제 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  48. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제는 억제제의 1회 이상의 투여 용량을 포함하는 투여 계획으로 투여되고, 상기 투여 용량은 (약) 200mg 내지 (약) 1600mg인, 방법.
  49. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제44항 및 제48항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 1일 2회 투여 용량(매일 2회 투여)를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  50. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제44항 및 제48항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제는 1일 3회 투여 용량(매일 3회 투여)를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  51. 제48항 내지 제50항 중 어느 하나에 있어서,
    상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 400mg 내지 (약) 800mg (수치 포함)인 것을 특징으로 하는, 방법.
  52. 제48항 내지 제51항 중 어느 하나에 있어서,
    상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 400mg인 것을 특징으로 하는, 방법.
  53. 제48항 내지 제51항 중 어느 하나에 있어서,
    상기 억제제의 각 투여 용량은 (약) 800mg인 것을 특징으로 하는, 방법.
  54. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제32항 및 제34항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 세포 요법의 투여 개시 후 최대 3개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 상기 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 투여 계획으로 투여되는 것인, 방법.
  55. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제32항 및 제34항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 2개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  56. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제32항 및 제34항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 투여 계획은 세포 요법의 투여 개시 후 최대 1개월 동안 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  57. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제32항 및 제34항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 투여 계획은 상기 대상체가 완전 반응을 나타낼 때까지 또는 상기 대상체가 질병 진행을 나타낼 때까지, 선택적으로 매일 2회 또는 매일 3회 EZH2 억제제의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  58. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항, 제13항 내지 제32항 및 제34항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 투여 계획은 상기 대상체가 임상적 관해(clinical remission)를 나타내는 경우 EZH2 억제제의 투여를 중단하는 것을 포함하는 것인, 방법.
  59. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 타제메토스타트(tazemetostat, EPZ-6438), CPI-1205, GSK343, GSK126 및 발레메토스타트(valemetostat, DS-3201b)로 구성된 군에서 선택되는 것인, 방법.
  60. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 타제메토스타트(tazemetostat, EPZ-6438)인 것인, 방법.
  61. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 EZH2 억제제는 CPI-1205인 것인, 방법.
  62. 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 고형 종양인 것인, 방법.
  63. 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 혈액학적 악성 종양인 것인, 방법.
  64. 제1항 내지 제61항 및 제63항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 B 세포 악성 종양인 것인, 방법.
  65. 제1항 내지 제61항, 제63항 및 제64항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종인 것인, 방법.
  66. 제1항 내지 제61항 및 제63항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 급성 림프모구 백혈병 (ALL), 성인 ALL, 만성 림프모구 백혈병 (CLL), 소형 림프구성 림프종 (SLL), 비호지킨 림프종 (NHL) 또는 거대 B세포 림프종인 것인, 방법.
  67. 제1항 내지 제61항 및 제63항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 비호지킨 림프종 (NHL)인 것인, 방법.
  68. 제67항에 있어서,
    상기 NHL은 미만성 거대 B세포 림프종 (diffuse large B-cell lymphoma, DLBCL), 선택적으로 DLBCL의 배 중심 B-세포 (germinal center B-cell, GCB) 아형인 것인, 방법.
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    ve T, T
  69. 제1항 내지 제3항, 제5항, 제7항, 제9항, 제10항, 제12항 및 제13항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서,
    DLBCL, 선택적으로 DLBCL의 배 중심 B-세포 (GCB) 아형을 갖는 대상체로서 EZH2 억제제를 사용하는 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계를 포함하는 것인, 방법.
  70. 제1항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 암을 치료하기 위한 선행 요법으로 치료 후 관해된 이후 재발했거나, 이에 대해 불응성이 되었고, 실패했고 및/또는 불내성이 되었던 것인, 방법.
  71. 제1항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 상기 T 세포 요법 단독 치료에 내성이 있는 것인, 방법.
  72. 제1항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방법은 대상체에서 종양 미세환경 (TME)에 침투할 수 있는 CAR-발현 T 세포의 수를 증가시키고; 및/또는
    치료된 다수의 대상체에서, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여, 종양 미세환경 (TME)으로의 세포 요법의 CAR-발현 T 세포의 침투가 증가되는 것인, 방법.
  73. 제1항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 종양 생검 샘플은 림프절 생검인 것인, 방법.
  74. 제1항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 인간인 것인, 방법.
  75. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 유전자에 의해 암호화되는 폴리뉴클레오타이드의 수준 또는 양인 것인, 방법.
  76. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자는 EZH2인 것인, 방법.
  77. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (활성제 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1); 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는 것인, 방법.
  78. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1); 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  79. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자는 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16, HK2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  80. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자는 T 세포 마커, 선택적으로 CD3ε인 것인, 방법.
  81. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28, CCL21 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  82. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자는 PDCD1, LAG3, TIGIT 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  83. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자는 FYN, TXK, ZBP1, TMEM71, KIAA1551 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  84. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자는 칼슘 채널, 전압 의존성, 알파 2/델타 서브유닛 2 (CACNA2D2); 아미노아디페이트-세미알데하이드 신타아제 (AASS); 테뉴린 막관통 단백질 1 (TENM1); TRAF3 상호작용 단백질 3 (TRAF3IP3); SRC, FGR, YES 관련된 FYN 종양유전자 (FYN); CD6 분자 (CD6); 단백질 키나아제 C, 에타 (PRKCH); RhoGAP 도메인, 안키린 반복 및 PH 도메인 2를 갖는 ArfGAP (ARAP2); 단백질 키나아제 C, 세타 (PRKCQ); 사이토헤신 교환 인자 1에 대한 상호작용 단백질 (IPCEF1); TXK 티로신 키나아제 (TXK); Rho GTPase 활성화 단백질 15 (ARHGAP15); 6C 함유 트리뉴클레오타이드 반복 (TNRC6C); 전사인자 7 (T-세포 특이적, HMG-박스) (TCF7); 콜레스테롤 에스테르 전달 단백질, 혈장 (CETP); 신호 조절 단백질 감마 (SIRPG); 링 핑거 단백질 125, E3 유비퀴틴 단백질 리가아제 (RNF125); CD40 리간드 (CD40LG); RNA 중합효소 I 전사인자 동족체 (S. cerevisiae) 위유전자 2 (RRN3P2); 올팩토메딘 2 (OLFM2); GATA 결합 단백질 3 (GATA3); 큐빌린(내인성 인자-코발라민 수용체)(CUBN); 스파크/오스테오넥틴, cwcv 및 카잘-유사 도메인 프로테오글리칸 (테스티칸) 2 (SPOCK2); 이노시톨 폴리포스페이트-4-포스파타제, II형, 105kDa (INPP4B); CD5 분자 (CD5); ST8 알파-N-아세틸-뉴라미니드 알파-2,8-시알릴트랜스퍼라제 1 (ST8SIA1); 보체 성분 7 (C7); IL2-유도성 T-세포 키나아제 (ITK); 백혈병 억제 인자 수용체 알파 (LIFR); 포스포리파제 C-유사 1 (PLCL1); CD2 분자 (CD2); 사이클린 D2 (CCND2); 클러스터린 (CLU); Z-DNA 결합 단백질 1 (ZBP1); B-세포 CLL/림프종 11B (징크 핑거 단백질) (BCL11B); 키메린 1 (CHN1); 캣츠퍼 채널 보조 서브유닛 베타 (CATSPERB); 인터루킨 6 신호변환자 (gp130, 온코스타틴 M 수용체) (IL6ST); 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 21 (CCL21); 포스포리파제 C, 베타 2 (PLCB2); 신호변환자-전사활성자 4 (STAT4); 킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 G, 멤버 1 (KLRG1); 용질 운반체 패밀리 12 (칼륨/염화물 운반체), 멤버 6 (SLC12A6); 피불린 7 (FBLN7); 미드레그 성즐-유사 (sex comb on midleg-like) 4 (초파리) (SCML4); 용질 운반체 패밀리 22 (유기 양이온 운반체), 멤버 3 (SLC22A3); G 단백질-결합 수용체 174 (GPR174); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 12 (TTC12); 포스포리파제 C, 에타 2 (PLCH2); 102B 함유 코일형 코일 도메인 (CCDC102B); 시스테이닐 류코트리엔 수용체 2 (CYSLTR2); N-미리스토일트랜스퍼라제 2 (NMT2); CD8a 분자 (CD8A); 안키린 반복 도메인 29 (ANKRD29); 테트라트리코펩타이드 반복 도메인 39B (TTC39B); 트롬보스폰딘 유형 1 모티프를 갖는 ADAM 메탈로펩티다제, 3 (ADAMTS3); 시냅스 소포 당단백질 2A (SV2A); 유비퀴틴 관련 및 A 함유 SH3 도메인 (UBASH3A); 혈관 세포 부착 분자 1 (VCAM1); 변형 성장 인자, 베타 수용체 II (70/80kDa) (TGFBR2); T 세포 수용체 관련 막관통 어댑터 1 (TRAT1); 세포독성 T-림프구 관련 단백질 4 (CTLA4); 유도성 T 세포 공동 자극제 (ICOS); CD200 수용체 1 (CD200R1); 단백질 티로신 포스파타제, 비수용체 유형 13 (APO-1/CD95 (Fas) 관련 포스파타제) (PTPN13); 데옥시리보뉴클레아제 I-유사 3 (DNASE1L3); 응고 인자 II (트롬빈) 수용체-유사 2 (F2RL2); 아실-CoA 합성효소 장쇄 패밀리 멤버 6 (ACSL6); 3 함유 멸균 알파 모티프 도메인 (SAMD3); 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 멤버 5 (KCNK5); 막관통 단백질 71 (TMEM71); 탠덤 C2 도메인, 핵 (TC2N); 슐라펜 패밀리 멤버 5 (SLFN5); 에바-1 동족체 C (C. elegans) (EVA1C); 작은 G 단백질 신호 조절자 1 (SGSM1); CD3d 분자, 델타 (CD3-TCR 복합체) (CD3D); ATP 결합 카세트, 서브패밀리 A (ABC1), 멤버 3 (ABCA3); G 단백질 결합 수용체 183 (GPR183); 안키린 반복 및 1 함유 키나아제 도메인 (ANKK1); 후각 수용체, 패밀리 2, 서브패밀리 A, 멤버 20 위유전자 (OR2A20P); 스핑고신-1-포스페이트 수용체 1 (S1PR1); 징크 핑거 단백질 483 (ZNF483); 케모카인 (C 모티프) 수용체 1 (XCR1); CD7 분자 (CD7); KIAA1551 (KIAA1551); 글루코사미닐 (N-아세틸) 트랜스퍼라제 4, 코어 2 (GCNT4); 칼륨 전압 개폐 채널, 셰이커 관련 서브패밀리, 멤버 2 (KCNA2); CD28 분자 (CD28); GTPase, IMAP 패밀리 멤버 7 (GIMAP7); 안키린 반복 도메인 18A (ANKRD18A); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체 (TIGIT); 케모카인 (C-C 모티프) 수용체 4 (CCR4); 1A 함유 SH2 도메인 (SH2D1A); 인터루킨 3 수용체, 알파 (낮은 친화도) (IL3RA); GPRIN 패밀리 멤버 3 (GPRIN3); 에코트로픽 바이러스 통합 부위 2B (EVI2B); 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 2 (NAP1L2); 셀렉틴 L (SELL); 1 함유 사멸 도메인 (DTHD1); C형 렉틴 도메인 패밀리 4, 멤버 C (CLEC4C); 알파 키나아제 2 (ALPK2); CD3e 분자, 엡실론 (CD3-TCR 복합체) (CD3E); l(3)mbt-유사 3(초파리) (L3MBTL3); 5 함유 어레스틴 도메인 (ARDC5); T 세포 활성화를 위한 링커 (LAT); 토포이소머라제 II 상동체 2 (효모)와 관련된 단백질 (PATL2); A2M 안티센스 RNA 1 (A2M-AS1); LINC01550 (LINC01550); GTPase, 매우 큰 인터페론 유도성 위유전자 1 (GVINP1); 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 239 (LINC00239); 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  85. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자는 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L, IRF2 및 이들의 조합으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
  86. 제11항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  87. 제11항 내지 제74항 및 제86항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 E2F 전사인자 2 (E2F2); RAD51 재조합효소 (RAD51); 중합효소 (DNA 의존성), 세타(theta) (POLQ); 중합효소 (DNA 의존성), 델타(delta) 1, 촉매소단위 (POLD1); 미니염색체 유지 복합체 성분 10 (MCM10); 갑상선 호르몬 수용체 상호작용자 13 (TRIP13); 트랜스페린 수용체 (TFRC); 미니염색체 유지 복합체 성분 2 (MCM2); 에놀라제 1, (알파) (ENO1); G-2 및 S-상 발현 1 (GTSE1); 유비퀴틴-접합 효소 E2T (추정) (UBE2T); 카르바모일-포스페이트 합성효소 2, 아스파르테이트 트랜스카르바밀라제, 및 디히드로오로타제 (CAD); 오리진 인식 복합체, 서브유닛 1 (ORC1); TPX2, 미세소관 관련 (TPX2); 세포간 접착 분자 1 (ICAM1); 키네신 패밀리 멤버 4A (KIF4A); 세포 분열 주기 6 (CDC6); 중심체 단백질 M (CENPM); 중합효소 (DNA 의존성), 엡실론 2, 액세서리 서브유닛 (POLE2); 메틸렌테트라하이드로폴레이트 탈수소효소 (NADP+ 의존성) 1, 메테닐테트라하이드로폴레이트 사이클로하이드롤라제, 포르밀테트라하이드로폴레이트 합성효소 (MTHFD1); GINS 복합체 서브유닛 1 (Psf1 상동체) (GINS1); v-myb 조류 골수모세포증 바이러스 종양 유전자 상동체-유사 2 (MYBL2); E2F 전사인자 1 (E2F1); 서열 유사성을 갖는 패밀리 83, 멤버 D (FAM83D); 중심체 단백질 I (CENPI); 오파 상호작용 단백질 5 (OIP5); 리보뉴클레아제 H2, 서브유닛 A (RNASEH2A); 항-침묵 기능 1B 히스톤 샤페론 (ASF1B); 사이클린 E1 (CCNE1); 용질 운반체 패밀리 1 (중성 아미노산 수송체), 멤버 5 (SLC1A5); 미토콘드리아 리보솜 단백질 L4 (MRPL4); 니코틴아미드 포스포리보실트랜스퍼라제 (NAPT); 뉴클레오포스민/뉴클레오플라스민 3 (NPM3); 막관통 단백질 97 (TMEM97); 비-SMC 콘덴신 I 복합체, 서브유닛 G (NCAPG); 세포 분열 주기 관련 3 (CDCA3); 미니염색체 유지 복합체 성분 3 (MCM3); 제미닌, DNA 복제 억제제 (GMNN); 혈관 내피 성장 인자 A (VEGFA); 용질 운반체 패밀리 29 (평형적 뉴클레오사이드 수송체), 멤버 1 (SLC29A1); 키네신 패밀리 멤버 20A (KIF20A); 중심체 단백질 A (CENPA); 세포 분열 주기 20 (CDC20); 이중 특이성 포스파타제 1 (DUSP1); 사이클린 의존성 키나아제 2 (CDK2); 엑스포틴 5 (XPO5); 포스포리보실아미노이미다졸 카르복실라제, 포스포리보실아미노이미다졸 숙시노카르복사미드 합성효소 (PAICS); E2F 전사인자 8 (E2F8); 튜불린, 감마 1 (TUBG1); 토포이소머라제 (DNA) II 알파 170kDa (TOP2A); 증식 세포 핵 항원 (PCNA); 복제 인자 C (activator 1) 3, 38kDa (RFC3); 사이클린 B1 (CCNB1); 용질 운반체 패밀리 43, 멤버 3 (SLC43A3); 트로피닌 관련 단백질 (TROAP); 여분의 방추 극체 상동체 1 (S. cerevisiae) (ESPL1); 전사인자 19 (TCF19); 용질 운반체 패밀리 39 (아연 수송체), 멤버 8 (SLC39A8); 투명 관련 포르민 3 (DIAPH3); 키네신 패밀리 멤버 2C (KIF2C); NUF2, NDC80 키네토코어 복합체 성분 (NUF2); 무치아(denticleless) E3 유비퀴틴 단백질 리가제 동족체 (초파리) (DTL); 세포 분열 주기 관련 5 (CDCA5); 비-SMC 콘덴신 II 복합체, 서브유닛 G2 (NCAPG2); GINS 복합체 서브유닛 4 (Sld5 상동체) (GINS4); 페리리핀 2(PLIN2); 증식 마커 Ki-67 (MKI67); 중심체 단백질 U (CENPU); 방추 및 키네토코어 관련 복합체 서브유닛 1 (SKA1); 미토겐-활성화 단백질 키나아제 13 (MAPK13); 트랜스젤린 2 (TAGLN2); 파르네실 디포스페이트 신타아제 (FDPS); RecQ 단백질-유사 4 (RECQL4); 활성화 전사 인자 3 (ATF3); 즉각적인 조기 반응 5 (IER5); 트랜스케톨라제 (TKT); 세포 분열 주기 25A (CDC25A); E2F 전사인자 7 (E2F7); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M1 (RRM1); 염색질 라이센싱 및 DNA 복제 인자 1 (CDT1); 용질 운반체 패밀리 3 (아미노산 수송체 중쇄), 멤버 2 (SLC3A2); 플랩 구조 특이적 엔도뉴클레아제 1 (FEN1); 활성화 전사 인자 5 (ATF5); 지방산 합성효소 (FASN); 사이클린 의존성 키나아제 1 (CDK1); 중합효소 (DNA directed), 에타(eta) (POLH); 리보뉴클레오타이드 환원효소 M2 (RRM2); 티미딜레이트 합성효소 (TYMS); 생식 세포 관련 2 (하스핀) (GSG2); 준 원종양유전자(JUN); 오로라 키나아제 B (AURKB); GINS 복합체 서브유닛 3 (Psf3 상동체) (GINS3); 우리딘 포스포릴라제 1 (UPP1); 키네신 패밀리 멤버 18B (KIF18B); 켈치(kelch)-유사 패밀리 멤버 23 (KLHL23); 키네신 패밀리 멤버 C1 (KIFC1); NME/NM23 뉴클레오시드 디포스페이트 키나아제 1 (NME1); 및 PHD 및 링 핑거 도메인 1이 있는 유비퀴틴-유사 (UHRF1)로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  88. 제11항 내지 제74항, 제86항 및 제87항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제1 유전자 세트는 MCM3, CENPM, TRIP13, UBE2S, SPC24, CDC25A, RFC3, ASF1B, H2AFX, DDX39A, GINS1, UBE2T, POLD1, TK1, CDK4, RNASEH2A, KIF18B, DNMT1, ESPL1, SNRPB, MCM3, CDC6 ,UBE2S, CDC25A, H2AFX, DDX39A, CDK4, E2F2, RAD54L, E2F1, ESPL1, MCM2, GINS2, POLQ, CDKN2C, RACGAP1, SLC7A1, CHAF1A, MT2A, CDK1, EBP, SLC1A5, CDC25A, DDX39A GLA, STC1, MCM2 RRM2, HSPE1, ACLY, TMEM97, MCM4, UNG, DHCR24, HSPA9, INSIG1, ATP5G1, SLC37A4, CANX, CACYBP ,BYSL, PHB, CDK4, HSPE1, FARSA, TMEM97, MCM4, UNG, NOP56, PA2G4, SORD, EXOSC5, TBRG4, TCOF1, MRTO4, SRM, RRP12, HSPD1, NOP16 및 HK2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  89. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 CACNA2D2, AASS, TENM1, TRAF3IP3, FYN, CD6, PRKCH, ARAP2, PRKCQ, IPCEF1, TXK, ARHGAP15, TNRC6C, TCF7, CETP, SIRPG, RNF125, CD40LG, RRN3P2, OLFM2, GATA3, CUBN, SPOCK2, INPP4B, CD5, ST8SIA1, C7, ITK, (LIFR, PLCL1, CD2, CCND2, CLU, ZBP1, BCL11B, CHN1, CATSPERB, , CCL21, PLCB2, STAT4, KLRG1, SLC12A6, FBLN7, SCML4, SLC22A3, GPR174, TTC12, PLCH2, CCDC102B, CYSLTR2, NMT2, CD8A, ANKRD29, TTC39B, ADAMTS3, SV2A, UBASH3A, VCAM1, TGFBR2, TRAT1, CTLA4, CD200R1, PTPN13, DNASE1L3, F2RL2, ACSL6, SAMD3, KCNK5, TMEM71, TC2N, SLFN5, EVA1C, SGSM1, CD3D, ABCA3, GPR183, ANKK1, OR2A20P, S1PR1, ZNF483, XCR1, CD7, KIAA1551, GCNT4, KCNA2, CD28, GIMAP7, ANKRD18A, TIGIT, CCR4, SH2D1A, (IL3RA, GPRIN3, EVI2B, NAP1L2, SELL, DTHD1, CLEC4C, ALPK2, CD3E, L3MBTL3, ARRDC5, LAT, PATL2, A2M-AS1, LINC01550, GVINP1 및 LINC00239로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  90. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 LAP3, LGALS3BP, ADAR, ELF1, TRIM14, USP18, TDRD7, PROCR, TMEM140, IFI35, TRIM25, TRIM5, CXCL10, PARP12, C1S, NCOA7, GBP2, UBA7, IFI44L 및 IRF2로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  91. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 FYN, TXK, ZBP1, TMEM71 및 KIAA1551로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  92. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 KLRB1, CD40LG, ICOS, CD28 및 CCL21로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  93. 제4항 내지 제10항 및 제14항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 제2 유전자 세트는 PDCD1, LAG3 및 TIGIT로 구성된 군에서 선택되는 복수의 유전자를 포함하는, 방법.
  94. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 복수의 유전자는 약 2 내지 약 150개의 유전자, 약 10 내지 약 150 개의 유전자, 약 20 내지 약 150 개의 유전자, 약 50 내지 약 150 개의 유전자, 약 100 내지 약 150 개의 유전자, 약 2 내지 100 개의 유전자, 약 10 내지 약 100 개의 유전자, 약 20 내지 약 100 개의 유전자, 약 50 내지 약 100 개의 유전자, 약 2 내지 약 50 개의 유전자, 약 10 내지 약 50 개의 유전자, 약 20 내지 약 50 개의 유전자, 약 2 내지 약 20 개의 유전자, 약 10 내지 약 20 개의 유전자, 약 2 내지 약 10 개의 유전자를 포함하는 것인, 방법.
  95. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제94항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자 세트의 상기 복수의 유전자는 (약) 5개 유전자, (약) 10개 유전자, (약) 20개 유전자, (약) 50개 유전자, (약) 100개 유전자 또는 (약) 150개의 유전자인 것인, 방법.
  96. 제11항 내지 제74항 및 제86항 내지 제95항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자 세트 발현은 유전자 세트 농축 분석 (gene set enrichment analysis, GSEA)을 포함하는 방법에 의해 알아내어지는 것인, 방법.
KR1020227009295A 2019-08-22 2020-08-21 Ｔ 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (ｅｚｈ2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법 KR20220066892A (ko)

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PCT/US2020/047537 WO2021035194A1 (en) 2019-08-22 2020-08-21 Combination therapy of a t cell therapy and an enhancer of zeste homolog 2 (ezh2) inhibitor and related methods

Publications (1)

Publication Number Publication Date
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Family

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Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020227009295A KR20220066892A (ko) 2019-08-22 2020-08-21 Ｔ 세포 요법 및 제스트 동족체 2의 인핸서 (ｅｚｈ2) 억제제의 병용 요법 및 관련 방법

Country Status (6)

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Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023159124A2 (en) * 2022-02-17 2023-08-24 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Methods for overcoming tazemetostat-resistance in cancer patients

Family Cites Families (122)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4452773A (en) 1982-04-05 1984-06-05 Canadian Patents And Development Limited Magnetic iron-dextran microspheres
US5168062A (en) 1985-01-30 1992-12-01 University Of Iowa Research Foundation Transfer vectors and microorganisms containing human cytomegalovirus immediate-early promoter-regulatory DNA sequence
US4690915A (en) 1985-08-08 1987-09-01 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Adoptive immunotherapy as a treatment modality in humans
US4795698A (en) 1985-10-04 1989-01-03 Immunicon Corporation Magnetic-polymer particles
US5219740A (en) 1987-02-13 1993-06-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center Retroviral gene transfer into diploid fibroblasts for gene therapy
DE68919715T2 (de) 1988-12-28 1995-04-06 Stefan Miltenyi Verfahren sowie materialien zur hochgraduierten magnetischen abspaltung biologischer materialien.
US5200084A (en) 1990-09-26 1993-04-06 Immunicon Corporation Apparatus and methods for magnetic separation
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US5827642A (en) 1994-08-31 1998-10-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Rapid expansion method ("REM") for in vitro propagation of T lymphocytes
WO1996013593A2 (en) 1994-10-26 1996-05-09 Procept, Inc. Soluble single chain t cell receptors
WO1996018105A1 (en) 1994-12-06 1996-06-13 The President And Fellows Of Harvard College Single chain t-cell receptor
US20020150914A1 (en) 1995-06-30 2002-10-17 Kobenhavns Universitet Recombinant antibodies from a phage display library, directed against a peptide-MHC complex
US6013516A (en) 1995-10-06 2000-01-11 The Salk Institute For Biological Studies Vector and method of use for nucleic acid delivery to non-dividing cells
DE19608753C1 (de) 1996-03-06 1997-06-26 Medigene Gmbh Transduktionssystem und seine Verwendung
WO1997034634A1 (en) 1996-03-20 1997-09-25 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Single chain fv constructs of anti-ganglioside gd2 antibodies
WO1997015399A1 (en) 1996-04-24 1997-05-01 Claude Fell Cell separation system for biological fluids like blood
SE506700C2 (sv) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra
ES2243393T3 (es) 1996-06-04 2005-12-01 University Of Utah Research Foundation Monitorizacion de la hibridacion durante la pcr.
US6420108B2 (en) 1998-02-09 2002-07-16 Affymetrix, Inc. Computer-aided display for comparative gene expression
JP2001519143A (ja) 1997-10-02 2001-10-23 スノル・モレキュラー・コーポレーション 可溶性の一本鎖ｔ細胞レセプタータンパク質
US5994136A (en) 1997-12-12 1999-11-30 Cell Genesys, Inc. Method and means for producing high titer, safe, recombinant lentivirus vectors
KR20010085250A (ko) 1998-05-19 2001-09-07 추후제출 다가 ｔ 세포 수용체 복합체
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
JP2002524081A (ja) 1998-09-04 2002-08-06 スローン − ケッタリング インスティチュート フォー キャンサー リサーチ 前立腺−特異的膜抗原に特異的な融合受容体およびその使用
AU2472400A (en) 1998-10-20 2000-05-08 City Of Hope CD20-specific redirected T cells and their use in cellular immunotherapy of CD20+ malignancies
ES2224726T3 (es) 1998-12-24 2005-03-01 Biosafe S.A. Sistema de separacion sanguinea indicado en particular para la concentracion de celulas madre hematopoyeticas.
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
EP1287357A2 (en) 2000-06-02 2003-03-05 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Artificial antigen presenting cells and methods of use thereof
ATE332398T1 (de) 2000-08-11 2006-07-15 Univ Utah Res Found Einfach markierte oligonukleotidsonden
WO2002077029A2 (en) 2000-11-07 2002-10-03 City Of Hope Cd19-specific redirected immune cells
US7070995B2 (en) 2001-04-11 2006-07-04 City Of Hope CE7-specific redirected immune cells
US20090257994A1 (en) 2001-04-30 2009-10-15 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human cancers
PT1421115E (pt) 2001-08-31 2005-07-29 Avidex Ltd Receptor de celulas t soluvel
US7939059B2 (en) 2001-12-10 2011-05-10 California Institute Of Technology Method for the generation of antigen-specific lymphocytes
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
JP2005533486A (ja) 2002-02-20 2005-11-10 ダイアックス、コープ Ｍｈｃ−ペプチド複合体結合リガンド
US20030170238A1 (en) 2002-03-07 2003-09-11 Gruenberg Micheal L. Re-activated T-cells for adoptive immunotherapy
ITCZ20020002A1 (it) 2002-04-11 2003-10-13 Parco Scient E Tecnologico Del Dispositivo e metodo per il rilevamento simultaneo di differenti anticorpi e antigeni in campioni clinici, alimentari ed ambientali
US7446190B2 (en) 2002-05-28 2008-11-04 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Nucleic acids encoding chimeric T cell receptors
JP4436319B2 (ja) 2002-10-09 2010-03-24 メディジーン リミテッド 単鎖組換えｔ細胞レセプター
US20050129671A1 (en) 2003-03-11 2005-06-16 City Of Hope Mammalian antigen-presenting T cells and bi-specific T cells
US20090304679A1 (en) 2004-05-27 2009-12-10 Weidanz Jon A Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
US20090226474A1 (en) 2004-05-27 2009-09-10 Weidanz Jon A Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
US20060034850A1 (en) 2004-05-27 2006-02-16 Weidanz Jon A Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
DK1791865T3 (da) 2004-06-29 2010-11-01 Immunocore Ltd Celler der udtrykker en modificeret T-cellerecptor
JP4846782B2 (ja) 2005-03-23 2011-12-28 ビオセフ エス・アー 再生医療のための、成人幹細胞を含む細胞サブセットを採集、加工及び移植するための統合システム
AU2008233051B2 (en) 2007-03-30 2014-04-10 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Constitutive expression of costimulatory ligands on adoptively transferred T lymphocytes
EP2227334B1 (en) 2007-12-07 2011-10-12 Miltenyi Biotec GmbH A centrifuge for separating a sample into at least two components
US8479118B2 (en) 2007-12-10 2013-07-02 Microsoft Corporation Switching search providers within a browser search box
PT2222861T (pt) 2007-12-11 2018-02-16 Univ North Carolina Chapel Hill Vetores retrovirais modificados para segmento de polipurina
US20120164718A1 (en) 2008-05-06 2012-06-28 Innovative Micro Technology Removable/disposable apparatus for MEMS particle sorting device
JP5173594B2 (ja) 2008-05-27 2013-04-03 キヤノン株式会社 管理装置、画像形成装置及びそれらの処理方法
PL3006459T3 (pl) 2008-08-26 2022-01-17 City Of Hope Sposób i kompozycje dla wzmocnionego działania efektorowego komórek t przeciw guzowi nowotworowemu
EP2486049A1 (en) 2009-10-06 2012-08-15 The Board Of Trustees Of The UniversityOf Illinois Human single-chain t cell receptors
ES2911246T3 (es) 2009-11-03 2022-05-18 Hope City Receptor del factor de crecimiento epidérmico truncado (EGFRT) para selección de células T transducidas
LT2566327T (lt) 2010-05-07 2017-05-25 Glaxosmithkline Llc Indolai
US8846935B2 (en) 2010-05-07 2014-09-30 Glaxosmithkline Llc Indazoles
US8637509B2 (en) 2010-05-07 2014-01-28 Glaxosmithkline Llc Azaindazoles
DK2614369T3 (en) 2010-09-10 2016-05-02 Epizyme Inc METHOD FOR DETERMINING THE SUITABILITY OF HUMAN EZH2 INHIBITORS TREATED
US9175331B2 (en) 2010-09-10 2015-11-03 Epizyme, Inc. Inhibitors of human EZH2, and methods of use thereof
US20130310379A1 (en) 2010-11-19 2013-11-21 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
SG10201510092QA (en) 2010-12-09 2016-01-28 Univ Pennsylvania Use of chimeric antigen receptor-modified t cells to treat cancer
WO2012118812A2 (en) 2011-02-28 2012-09-07 Epizyme, Inc. Substituted 6,5-fused bicyclic heteroaryl compounds
CN110200997A (zh) 2011-03-23 2019-09-06 弗雷德哈钦森癌症研究中心 用于细胞免疫治疗的方法和组合物
MX2013011363A (es) 2011-04-01 2014-04-25 Sloan Kettering Inst Cancer Anticuerpos para peptidos citosolicos.
TW201733984A (zh) 2011-04-13 2017-10-01 雅酶股份有限公司 經取代之苯化合物
JO3438B1 (ar) 2011-04-13 2019-10-20 Epizyme Inc مركبات بنزين مستبدلة بأريل أو أريل غير متجانس
US8398282B2 (en) 2011-05-12 2013-03-19 Delphi Technologies, Inc. Vehicle front lighting assembly and systems having a variable tint electrowetting element
WO2013026837A1 (en) 2011-08-23 2013-02-28 Roche Glycart Ag Bispecific t cell activating antigen binding molecules
RU2014117632A (ru) 2011-09-30 2015-11-10 ГЛЭКСОСМИТКЛАЙН ЭлЭлСи Способы лечения злокачественной опухоли
CA2854447A1 (en) 2011-11-04 2013-05-10 Glaxosmithkline Intellectual Property (No.2) Limited Method of treatment
CN107880101B (zh) 2011-11-11 2021-12-21 弗雷德哈钦森癌症研究中心 针对癌症的靶向细胞周期蛋白a1的t细胞免疫疗法
WO2013075084A1 (en) 2011-11-18 2013-05-23 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
WO2013075083A1 (en) 2011-11-18 2013-05-23 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
WO2013078320A1 (en) 2011-11-21 2013-05-30 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
US9085583B2 (en) 2012-02-10 2015-07-21 Constellation—Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
EP3594245A1 (en) 2012-02-13 2020-01-15 Seattle Children's Hospital d/b/a Seattle Children's Research Institute Bispecific chimeric antigen receptors and therapeutic uses thereof
WO2013126726A1 (en) 2012-02-22 2013-08-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Double transgenic t cells comprising a car and a tcr and their methods of use
PT2836491T (pt) 2012-04-13 2017-02-08 Eisai R&D Man Co Ltd Forma salina de um inibidor da histona metiltransferase humana ezh2
SG10201609210SA (en) 2012-05-03 2016-12-29 Hutchinson Fred Cancer Res Enhanced affinity t cell receptors and methods for making the same
WO2014031687A1 (en) 2012-08-20 2014-02-27 Jensen, Michael Method and compositions for cellular immunotherapy
SG11201502598SA (en) 2012-10-02 2015-05-28 Sloan Kettering Inst Cancer Compositions and methods for immunotherapy
EP3628662A1 (en) 2012-10-15 2020-04-01 Epizyme, Inc. Substituted benzene compounds
SG11201503893RA (en) 2012-11-19 2015-06-29 Agency Science Tech & Res Method of treating cancer
WO2014092905A1 (en) 2012-12-10 2014-06-19 Children's Medical Center Corporation Methods and assays for combination treatment of cancer
JP5372297B1 (ja) 2012-12-20 2013-12-18 三菱電機株式会社 車載装置及びプログラム
US9701666B2 (en) 2012-12-21 2017-07-11 Epizyme, Inc. 1,4-pyridone bicyclic heteroaryl compounds
US9243001B2 (en) 2013-03-15 2016-01-26 Epizyme, Inc. Substituted benzene compounds
US9776996B2 (en) 2013-03-15 2017-10-03 Epizyme, Inc. Substituted 6,5-fused bicyclic heteroaryl compounds
US9745305B2 (en) 2013-03-15 2017-08-29 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
UY35468A (es) 2013-03-16 2014-10-31 Novartis Ag Tratamiento de cáncer utilizando un receptor quimérico de antígeno anti-cd19
EA030196B1 (ru) 2013-04-30 2018-07-31 Глэксосмитклайн Интеллекчуал Проперти (No.2) Лимитед Ингибиторы энхансера zeste гомолога 2
EP3022184B1 (en) 2013-07-19 2017-09-27 Epizyme, Inc. Substituted benzene compounds
EP3022195A2 (en) 2013-07-19 2016-05-25 Epizyme, Inc. Substituted 6,5-fused bicyclic heteroaryl compounds
US9969716B2 (en) 2013-08-15 2018-05-15 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Indole derivatives as modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
US9108442B2 (en) 2013-08-20 2015-08-18 Ricoh Company, Ltd. Image forming apparatus
NZ718430A (en) 2013-10-04 2021-12-24 Infinity Pharmaceuticals Inc Heterocyclic compounds and uses thereof
WO2015051241A1 (en) 2013-10-04 2015-04-09 Infinity Pharmaceuticals, Inc. Heterocyclic compounds and uses thereof
KR102142177B1 (ko) 2013-10-16 2020-08-07 에피자임, 인코포레이티드 Ezh2 억제용 하이드로클로라이드 염 형태
AU2015232543B2 (en) 2014-03-17 2019-09-26 Daiichi Sankyo Company,Limited 1,3-benzodioxole derivative
CA2943075C (en) 2014-03-19 2023-02-28 Infinity Pharmaceuticals, Inc. Heterocyclic compounds for use in the treatment of pi3k-gamma mediated disorders
CA2946312A1 (en) 2014-04-23 2015-10-29 Juno Therapeutics, Inc. Methods for isolating, culturing, and genetically engineering immune cell populations for adoptive therapy
TWI805109B (zh) 2014-08-28 2023-06-11 美商奇諾治療有限公司 對cd19具專一性之抗體及嵌合抗原受體
WO2016054491A1 (en) 2014-10-03 2016-04-07 Infinity Pharmaceuticals, Inc. Heterocyclic compounds and uses thereof
KR20170068603A (ko) 2014-10-28 2017-06-19 글락소스미스클라인 인털렉츄얼 프로퍼티 (넘버 2) 리미티드 제스트 인핸서 상동체 2 억제제
LT3215601T (lt) 2014-11-05 2020-08-25 Juno Therapeutics, Inc. Transdukcijos ir ląstelės apdorojimo būdai
MY191537A (en) 2014-12-05 2022-06-30 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Chimeric antigen receptors targeting b-cell maturation antigen and uses thereof
CN107206076B (zh) 2014-12-05 2021-07-09 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 靶向b-细胞成熟抗原的抗体及其用途
IL310130A (en) 2014-12-05 2024-03-01 Memorial Sloan Kettering Cancer Center G-protein receptor-directed chimeric antigen receptors and their use
KR102602417B1 (ko) 2014-12-05 2023-11-16 메모리얼 슬로안 케터링 캔서 센터 G-단백질 커플화 수용체를 표적화하는 항체 및 이의 사용 방법
US20180037568A1 (en) 2015-02-13 2018-02-08 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
JP6890097B2 (ja) 2015-06-10 2021-06-18 エピザイム，インコーポレイティド リンパ腫を処置するためのｅｚｈ２阻害剤
BR112018001688B1 (pt) 2015-07-30 2023-05-02 Daiichi Sankyo Company, Limited Uso de um composto
WO2017023671A1 (en) 2015-08-03 2017-02-09 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Ezh2 inhibitors and modulation of regulatory t-cell function
US10577350B2 (en) 2015-08-28 2020-03-03 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Crystalline forms of (R)-N-((4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-2-methyl-1-(1-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)piperidin-4-yl)ethyl)-1H-indole-3-carboxamide
US11147819B2 (en) 2016-06-17 2021-10-19 Epizyme, Inc. EZH2 inhibitors for treating cancer
WO2018013929A1 (en) * 2016-07-15 2018-01-18 Tufts Medical Center Compositions and methods for improving immune system function
WO2018075598A1 (en) 2016-10-19 2018-04-26 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of inhibitors of ezh2
EP3572095A4 (en) 2017-01-19 2020-11-18 Daiichi Sankyo Company, Limited PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR THE TREATMENT OF HTLV-1 ASSOCIATED MYELOPATHIA
US20230201212A1 (en) 2017-06-13 2023-06-29 Epizyme, Inc. Inhibitors of ezh2 and methods of use thereof
WO2019094552A1 (en) 2017-11-09 2019-05-16 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof

Also Published As

Publication number Publication date
EP4017527A1 (en) 2022-06-29
CN114555112A (zh) 2022-05-27
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JP2022545467A (ja) 2022-10-27

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