CN115698719A - 用于癌症免疫疗法的方法和组合物 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于治疗癌症的诊断方法、治疗方法和组合物。本文所述的组合物和方法可以用于例如鉴别可能受益于用PD‑L1轴结合拮抗剂治疗的患有癌症的患者并且用于相应地治疗此类患者。使用本公开的所述组合物和方法，如果患者诸如人类癌症患者表现出存在本文所公开的生物标志物中的任一者或其表达水平升高，则所述患者可以被确定为有可能受益于用PD‑L1轴结合拮抗剂治疗。可以与本公开的所述组合物和方法联合使用的示例性PD‑L1轴结合拮抗剂为PD‑L1结合拮抗剂，诸如抗PD‑L1抗体及其抗原结合片段，包括阿特珠单抗；以及PD‑1结合拮抗剂，诸如抗PD‑1抗体及其抗原结合片段。

Description

用于癌症免疫疗法的方法和组合物
序列表
本申请含有序列表，该序列表已经以ASCII格式以电子方式提交并且以全文引用的方式并入本文中。所述ASCII副本创建于2021年6月11日，命名为50474-209WO2_Sequence_Listing_6.11.21_ST25，并且大小为398,463个字节。
相关专利申请的交叉引用
本申请要求于2020年6月12日提交的美国临时专利申请号63/038,559的优先权权益，该临时专利申请的内容全文以引用方式并入本文。
技术领域
本发明涉及使用PD-L1轴结合拮抗剂治疗癌症的诊断和治疗方法。还提供了相关试剂盒和组合物。
背景技术
癌症仍然是对人类健康最致命的威胁之一。在美国，癌症每年侵袭近130万新患者，是仅次于心脏病的第二大死亡原因，约占死亡人数的四分之一。另外，据预测，癌症可能在5年内超过心血管疾病而成为第一大死亡原因。实体肿瘤是造成这些死亡的主要原因。
用免疫检查点抑制剂开展的人体研究已经证明了利用免疫系统来控制并根除肿瘤生长的希望。程序性死亡1(PD-1)受体及其配体程序性死亡配体1(PD-L1)是免疫检查点蛋白质，与慢性感染、妊娠、同种异体移植、自身免疫性疾病和癌症期间免疫系统应答的抑制有关。PD-L1通过与抑制性受体PD-1结合来调节免疫应答，该抑制性受体在T细胞、B细胞和单核细胞的表面上表达。PD-L1还通过与另一种受体B7-1相互作用，对T细胞功能产生负调节。PD-L1/PD-1与PD-L1/B7-1复合物的形成对T细胞受体信号传导产生负调节，从而导致T细胞活化的下调以及抗肿瘤免疫活性的抑制。
尽管在某些癌症的医学治疗方面取得了重大进展，但在过去的20年中，所有癌症的5年总体存活率仅提高约10％。特别地，恶性实体瘤以不受控的方式转移和生长，这使得及时发现和治疗极其困难。
尽管在癌症的治疗方面取得了长足进步，但人们仍在寻求改善的诊断和治疗方法以及癌症疗法。
发明内容
本公开提供了用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、子宫内膜癌、结肠腺癌、肾细胞癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))和乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的个体的治疗和诊断方法以及组合物。
在一个方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面，样品中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
在一些方面，免疫评分参考表达水平为参考群体中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平。
在一些方面，参考群体为患有癌症的个体群体。
在一些方面，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
在一些方面，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些方面，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
在一些方面，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
在一些方面，化疗剂为多西他赛。
在一些方面，对治疗的应答性包含OS的延长、无进展存活期(PFS)的延长或经确定的最佳总应答(BCOR)的增加。
在一些方面，对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
在一些方面，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的三种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的四种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的五种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的六种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的七种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的总存活期(OS)延长。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些方面，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些方面，确定基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种的免疫评分表达水平。
在一些方面，确定CD79A的免疫评分表达水平。
在一些方面，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在一些方面，参考群体为患有癌症的个体群体。
在一些方面，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
在一些方面，免疫评分参考表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些方面，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
在一些方面，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
在一些方面，化疗剂为多西他赛。
在一些方面，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
在一些方面，对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
在一些方面，免疫评分参考表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
在一些方面，中值表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种。
在一些方面，该两种或更多种基因包括TNFRSF17和IGJ。
在一些方面，该两种基因由TNFRSF17和IGJ组成。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的三种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的四种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的五种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的六种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的七种或更多种。
在一些方面，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在其他方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施例中，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在一些实施例中，参考群体为患有癌症的个体群体。
在一些实施例中，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
在一些实施例中，化疗剂为多西他赛。
在一些实施例中，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
在一些实施例中，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。
在一些实施例中，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的三种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的四种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的五种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的六种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的七种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的八种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的九种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的十种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7或IGLL5中的十一种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7或IGLL5中的十二种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7或IGLL5中的十三种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在前述两个方面中的任一者的一些实施例中，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些实施例中，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在一些实施例中，参考群体为患有癌症的个体群体。
在一些实施例中，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
在一些实施例中，免疫评分参考表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
在一些实施例中，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
在一些实施例中，化疗剂为多西他赛。
在一些实施例中，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
在一些实施例中，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。
在一些实施例中，免疫评分参考表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
在一些实施例中，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的三种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的四种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的五种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的六种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7或IGLL5中的七种和更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的八种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的九种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的十种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的十一种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的十二种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的十三种或更多种。
在一些实施例中，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中三级淋巴结构(TLS)的存在，其中在肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中TLS的存在，其中在肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面，确定来自个体的样品中存在TLS，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中TLS的存在；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中存在TLS，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中TLS的存在；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体被确定为在来自该个体的肿瘤样品中存在TLS。
在一些方面，TLS的存在是通过组织学染色、免疫组织化学(IHC)、免疫荧光或基因表达分析来确定的。
在一些方面，组织学染色包括苏木精和伊红(H&E)染色。
在一些方面，IHC或免疫荧光包括检测CD62L、L-选择素、CD40或CD8。
在一些方面，使用MECA-79抗体检测CD62L或L-选择素。
在一些方面，基因表达分析包括确定样品中的TLS基因特征的表达水平。
在一些方面，TLS基因特征包括基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面，样品中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
在一些方面，参考免疫评分表达水平为参考群体中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平。
在一些方面，参考群体为患有癌症的个体群体。
在一些方面，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
在一些方面，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些方面，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
在一些方面，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
在一些方面，化疗剂为多西他赛。
在一些方面，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
在一些方面，对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
在一些方面，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
在一些方面，中值表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的三种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的四种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的五种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的六种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的七种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的八种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的九种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十一种或更多种。
在一些方面，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13。
在一些方面，表达水平为核酸表达水平。
在一些方面，核酸表达水平为mRNA表达水平。
在一些方面，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。
在一些方面，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在一些方面，表达水平为蛋白质表达水平。
在一些方面，蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
在一些方面，检测肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、癌旁正常组织(NAT)细胞或它们的组合中的表达水平。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中在肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中在该肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面，样品中的B细胞的数量高于参考数量，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量。
在一些方面，B细胞包括CD79+B细胞、IgG+B细胞和/或浆细胞。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞，其中样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞，其中样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面，肿瘤样品包含克隆扩增的B细胞，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞。
在一些方面，克隆扩增的B细胞为克隆扩增的浆细胞。
在一些方面，克隆扩增的B细胞通过测量肿瘤样品中的B细胞受体(BCR)基因谱系的多样性来检测。
在一些方面，在来自个体的肿瘤样品中的BCR基因谱系的香农多样性指数(SDI)低于参考SDI的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。
在一些方面，组织样品为肿瘤组织样品。
在一些方面，肿瘤样品为肿瘤组织样品。
在一些方面，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。
在一些方面，肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
在一些方面，肿瘤组织样品为FFPE样品。
在一些方面，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
在一些方面，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
在一些方面，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
在一些方面，NSCLC为非鳞状NSCLC。
在一些方面，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些方面，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。
在一些方面，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长。
在一些方面，PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
在一些方面，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
在一些方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
在一些方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
在一些方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
在一些方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
在一些方面，PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
在一些方面，抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
在一些方面，抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列。
在一些方面，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
在一些方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
在一些方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
在一些方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
在一些方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
在一些方面，PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
在一些方面，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
在一些方面，Fc融合蛋白为AMP-224。
在一些方面，个体既往未针对该癌症进行过治疗。
在一些方面，个体既往未被施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些方面，癌症为NSCLC，并且其中个体不具有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。
在一些方面，个体既往针对该癌症进行过治疗。
在一些方面，通过向个体施用含铂化疗剂，个体既往针对该癌症进行过治疗，并且其中个体对化疗剂无应答。
在一些方面，PD-L1轴结合拮抗剂作为单一疗法施用。
在一些方面，方法进一步包括施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
向该一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
在一些方面，该个体为人。
在另一方面，本发明的特征在于一种试剂盒，该试剂盒包括PD-L1轴结合拮抗剂以及向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂的说明书，该个体已按照本文所公开的方法中的任一者被鉴别为可能受益于包含PD-L1结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种试剂盒，其包括PD-L1轴结合拮抗剂以及向已按照本文所公开的方法中的任一者为其选择包含PD-L1结合拮抗剂的治疗的个体施用PD-L1轴结合拮抗剂的说明书。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平的试剂，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平的试剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体OS延长。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平的试剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗患有癌症的个体的方法中的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的肿瘤样品中三级淋巴结构(TLS)的存在的试剂，其中在肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平的试剂，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量的试剂，其中在肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一方面，本发明的特征在于一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞的试剂，其中样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
附图说明
图1A至1C显示，在POPLAR 2期研究中，B细胞基因特征和CD79A与阿特珠单抗介导的存活期受益相关联。图1A：差异基因表达分析，显示了在比较OS≤6个月(n＝24)与OS≥12个月(n＝43)的患者时B细胞基因特征的富集。黄色圆圈指示B细胞基因转录本，并且红色圆圈指示Teff基因转录本。Kaplan Meier(KM)曲线，比较了富含(图1B)B细胞基因特征(大于中位数的多西他赛组患者＝11.07个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.23个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝8.44个月)和(图1C)CD79A基因(大于中位数的多西他赛组患者＝12.45个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.23个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝8.44个月)的患者的存活概率(n＝194)。
图2A至2D显示，在多项3期研究中，B细胞基因特征高的患者与阿特珠单抗引起的肿瘤应答相关联。KM曲线，比较了富含B细胞基因特征(两者均高(大于中位数)和低(小于中位数)，如图所示)的患者的存活概率：在(图2A)OAK试验中(n＝727)，大于中位数的多西他赛组患者＝12.39个月，小于中位数的多西他赛组患者＝8.8个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝18.04个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝7.79个月)；以及在(图2B)BIRCH试验中(n＝591)，大于中位数的阿特珠单抗组患者组患者＝17.74，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝14.09个月。图2C：患者群体中多西他赛和阿特珠单抗组中富含B细胞基因特征的患者的BCOR的比较，根据RECIST V1.1分类标准分为完全缓解(CR)、部分缓解(PR)、进展性疾病(PD)、稳定疾病(SD)。多西他赛组的p值为0.34，阿特珠单抗组的p值为0.00094(Kruskal-Wallis检验)。图2D：OAK试验(n＝727)(大于中位数的多西他赛组患者＝4.17个月，小于中位数的多西他赛组患者＝2.83个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝2.99个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝1.64个月)中的无进展存活期(PFS)曲线。
图3A至3E显示，对阿特珠单抗有应答的患者具有浸润到肿瘤中的B细胞和TLS，其表现出与存活期受益相关。图3A：治疗前肺腺癌样品的免疫荧光代表性图像显示出高B细胞基因特征并且归类为阿特珠单抗应答者：CD79A以绿色显示，CD8以红色显示，Ki67以蓝色显示。比例尺：100mm。图3B：来自对阿特珠单抗有应答的患者的肺腺癌的代表性H&E染色，显示存在TLS，如标记所示。比例尺：500mm。图3C：CD79a基因表达的关联，比较了显示存在或不存在TLS的患者组织(***：p<0.001，配对t检验)。图3D：CD3D基因表达的关联，比较了显示存在或不存在TLS的患者组织(**：p<0.01，配对t检验)。图3E：在POPLAR试验中，多西他赛和阿特珠单抗组的总存活期(以月为单位)与存在/不存在TLS的关联(*：p<0.05，配对t检验)(n＝194)。
图4A至4D显示了TLS的免疫染色。来自表现出的B细胞基因特征高并且归类为阿特珠单抗应答者的患者的肺腺癌组织的IHC代表性图像，示出(图4A)存在TLS(如白色圆圈所示)时的苏木精和伊红(H&E)染色，(图4B)panCK和CD8(红色)染色，(图4C)PNAd(外周淋巴结地址素)(图4D)CD40染色。比例尺为20μm。
图5A至5D为KM曲线，比较了富含TLS基因特征的患者的存活概率：(图5A)在POPLAR试验中(n＝194)，大于中位数的多西他赛组患者＝10.63个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.9个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝15.47个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝8.54个月；以及(图5B)在OAK试验中(n＝727)，大于中位数的多西他赛组患者＝10.28个月，小于中位数的多西他赛组患者＝10.28个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝14.32个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝11.76个月。KM曲线，比较了富含生发中心基因特征的患者的存活概率：(图5C)在POPLAR试验中(n＝194)，大于中位数的多西他赛组患者＝8.87个月，小于中位数的多西他赛组患者＝10.05个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝9.72个月；以及(图5D)在OAK试验中(n＝727)，大于中位数的多西他赛组患者＝11.43个月，小于中位数的多西他赛组患者＝8.9个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝16.26个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝9.95个月。
图6A至6E显示，获得阿特珠单抗介导的受益的患者富含B细胞谱系。图6A：KM曲线，比较了富含浆B细胞2-基因特征的患者的存活概率(n＝727)(大于中位数的多西他赛组患者＝11.07个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.53个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝16.43个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝7.82个月)。从有限的患者样品完成BCR测序(如图所示)，其中使用香农指数示出克隆性的多样性：(图6B)对照患者(n＝3)；(图6C)PR(红色)和SD(蓝色)患者在阿特珠单抗治疗前(n＝8)；(图6D)PD患者(n＝3)，并且显示了示出(图6E)香农指数变化的汇总图。
图7显示了POPLAR试验中基因的富集，并且提供了阿特珠单抗应答者富含的基因的列表及其HR和p值。
图8A和8B显示了B细胞与PD-L1状态的关联。量化B细胞基因特征与(图8A)免疫细胞PD-L1水平的关联的图，其中IC0＝0％、IC1＝1％至5％、IC2＝5％至49％、IC3＝50％以上(图8B)免疫和肿瘤细胞PD-L1通过SP142 PD-L1测定(Wilcoxon配对分析)来确定。
图9A至9F显示了TLS流行率及其关联。图9A：基于组织学的TLS(包含生发中心)和淋巴聚集体(无生发中心)的分布。图9B：TLS在活检和切除样品中的分布。通过IHC鉴别的TLS存在与基于RNA测序的(图9C)B细胞、(图9D)Teff和(图9E)TLS的基因特征的关联(Wilcoxon配对分析)。图9F：在OAK试验中，多西他赛和阿特珠单抗组的总存活期(以月为单位)与存在/不存在TLS的关联(***：p<0.001，配对t检验)。
图10A至10D显示了B细胞和TLS基因特征与其他生物标志物的关联。量化B细胞特征与(图10A)肿瘤突变负担(TMB)和(图10B)STK11突变状态的关联的图。示出TLS基因特征与(图10C)TMB和(图10D)STK11突变状态的关联的图(Wilcoxon配对分析)。
图11A至11C显示了存活期受益与B细胞免疫表型的关联。KM曲线，比较了富含以下的患者的存活概率(n＝727)：(图11A)初始B细胞基因特征，大于中位数的多西他赛组患者＝10.71个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.9个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝13.47个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝11.79个月；(图11B)记忆B细胞特征，大于中位数的多西他赛组患者＝12.39个月，小于中位数的多西他赛组患者＝8.8个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝17.64个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝8.9个月；以及(图11C)浆B细胞，大于中位数的多西他赛组患者＝11.53个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.72个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝15.49个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝9.72个月。
图12A至12E显示了IgG亚型浆细胞在阿特珠单抗应答者中的富集。图12A显示％IgG；图12B显示了IgG与IgM的比率；图12C显示％IgM；图12D显示了与总IgG和IgM含量相比的IgG的相对量；并且图12E显示了％IgA。根据有限的患者样品编制的不同Ig结构域的BCR测序汇总图，在阿特珠单抗治疗前后，根据RECIST v1.1将患者归类为PR(棕色)、SD(蓝色)和PD(红色)患者(n＝17)。
图13A至13D显示了存活期受益与B细胞免疫表型的关联。KM曲线，比较了富含以下的患者的存活概率：(图13A)在OAK试验中，富含T细胞效应基因特征以及CD79A，大于中位数的多西他赛组患者＝12.97个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.12个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝15.9个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝9.48个月；(图13B)在POPLAR试验中，富含T细胞效应基因特征以及CD79A，大于中位数的多西他赛组患者＝9.63个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.35个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝8.54个月；(图13C)在OAK试验中，富含T细胞效应基因特征，大于中位数的多西他赛组患者＝11.1个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.82个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝15.34个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝10.12个月；以及(图13D)在POPLAR试验中，富含T细胞效应基因特征，大于中位数的多西他赛组患者＝9.72个月，小于中位数的多西他赛组患者＝9.23个月，大于中位数的阿特珠单抗组患者＝15.47个月，小于中位数的阿特珠单抗组患者＝9.72个月。
图14A至14C显示B细胞特征与OS受益的关联在主要亚组中是一致的。在主要亚组中，B细胞特征高与阿特珠单抗介导的OS受益相关联：(图14A)鳞状vs非鳞状，(图14B)活检vs切除，以及(图14C)肺肿瘤vs淋巴结转移。
图15A至15G显示，在接受用阿特珠单抗治疗的NSCLC患者中，肿瘤内B细胞与增加的OS相关联。(图15A)示出来自OAK的在用阿特珠单抗治疗后具有<6个月的OS的患者(n＝205)与具有>12个月的OS的患者(n＝205)之间的差异表达基因的火山图(FDR P<0.05，绝对logFC≥0.5)。(图15B)与图15A相同，在接受用多西他赛治疗的患者中。(图15C至15F)Kaplan Meier(KM)曲线，比较了富含CD79A、CD19、IFNG和IFN诱导型趋化因子CXCL10的患者的存活概率。基因表达分为高(上三分位数T3)或低/中(三分位数T1和T2)。(图15G)来自两例对阿特珠单抗有应答的患者(左图)和两例对阿特珠单抗无应答的患者的治疗前肺腺癌肿瘤的代表性免疫荧光图像。(比例尺：100μm)。
图16A至16D显示了NSCLC肿瘤中三个B细胞亚群的鉴别。(图16A)左：20,362个细胞(点)的UMAP降维。相同的UMAP在右上角给出。右下：每个簇中来自转移性淋巴结(mLN)、非转移性淋巴结(nLN)、正常邻近肺组织(nLung)、肿瘤活检(Tbio)和肿瘤切除(T res)。底部中心：图16A的聚类中所示的标志物的相对平均表达。(图16B)左：图16A中给出的簇的每例患者的细胞分数(行)。右侧：图16A中的簇中每例患者的绝对细胞数量。(图16C)小提琴图，示出图16A的簇中的标记基因的表达。(图16D)通过CyTOF分析的来自六份采购的新鲜NSCLC肿瘤样品的B细胞亚群的UMAP，概括了滤泡性B细胞(HLA-DR+,CD38-)、生发中心(GC)B细胞(HLA-DR+,CD38+Ki67+)和浆细胞(HLA-DR-,CD38++)的存在。
图17A和17B显示了批量RNAseq谱中的B细胞亚群特征。(图17A)在OAK中从scRNA-seq数据中鉴别出的三种B细胞特征的分层聚类。(图17B)散点图，示出浆细胞、生发中心B细胞与滤泡性B细胞特征之间的相关性。报告了皮尔逊R值。
图18A至18F显示浆细胞特征独立地预测对阿特珠单抗的应答。(图18A至18C)三种特征中的每一种的OS的Kaplan-Meier曲线，分为T3(上三分位数)与T1-T2(下/中三分位数)。报告了对数秩p值。(图18D)热图，示出检验各组内和各组之间的风险比的Cox比例风险模型的结果。点代表具有统计显著性的HR(p<0.05)。(图18E)森林图，示出单变量相互作用模型中三种B细胞特征和先前报道的8基因T效应子特征(tGE8)的显著性，其中考虑到特征评分与治疗组之间的相互作用。(图18F)森林图，示出图18E中所示的四种特征在阿特珠单抗组(左图)和多西他赛组(右图)的多变量分析中的显著性。在所有模型中，将特征分为T3与T1-T2。
图19A至19C显示患有TLS/LA+肿瘤的患者对用阿特珠单抗治疗表现出改善的OS。(图19A)H&E染色，示出来自POPLAR的代表性样品中的具有三级淋巴结构(TLS，左图)、仅有淋巴聚集体(中图)或两者皆无(右图)的肿瘤。(图19B)条形图，描绘了在POPLAR中各治疗组中具有TLS、仅有淋巴聚集体(LA)或两者皆无的肿瘤的比例。(图19C)Kaplan-Meier曲线，代表按治疗组给出的具有TLS或LA的肿瘤与两者皆无的肿瘤的OS。
图20A至20C显示浆细胞富含TLS/LA+肿瘤。(图20A)三种B细胞亚群特征的分层聚类。样品按TLS/LA状态排序。(图20B)火山图，描绘了具有TLS和/或LA的肿瘤与两者皆无的肿瘤之间的差异表达基因。突出显示了来自三种B细胞特征的基因。(图20C)小提琴图，示出浆细胞、生发中心B细胞和滤泡性B细胞的特征z评分，按TLS/LA状态分组。报告了Mann-Whitney p值。
图21A至21F提供了有关图15A至15G中所示数据的更多信息。(图21A)示出来自OAK的在用阿特珠单抗治疗后具有<6个月的POPLAR的患者(n＝58)与具有>12个月的OS的患者(n＝87)之间的差异表达基因的火山图(FDR P<0.05，绝对logFC≥0.5)。(图21B)与图21A相同，在接受用多西他赛治疗的患者中。(图21C至21F)Kaplan Meier(KM)曲线，比较了富含CD79A、CD19、IFNG和IFN诱导型趋化因子CXCL10的患者的存活概率。基因表达分为高(上三分位数T3)或低/中(三分位数T1和T2)。
图22A和22B提供了有关图16A至16D中所示数据的更多信息。(图22A)非B细胞scRNA-seq区室中滤泡性B细胞、浆细胞和GC B细胞的推定特征基因的表达。突出显示用于整体反卷积的候选标志物，指明由于整体高背景而去除特征基因的原因。(图22B)B细胞内scRNA-seq表达的UMAP投影，描绘了滤泡性B细胞、浆细胞和GC B细胞，概括了滤泡性B细胞(HLA-DR+,CD38-)、生发中心(GC)B细胞(HLA-DR+,CD38+Ki67+)和浆细胞(HLADR-,CD38++)的CyTOF结果。
图23为OAK中所有样品中B细胞亚群特征基因的皮尔逊相关性，如下文实例1中所述。
图24A至24E提供了有关图18A至18F的更多信息。(图24A)按各组内最佳总体缓解为客观缓解或持久稳定疾病(SD且PFS≥6个月)与进展性疾病或非持久稳定疾病(SD且PFS<6个月)进行三级分层的二分浆细胞特征评分。p值为Fisher精确检验。(图24B至24D)三种特征中的每一种的OS的Kaplan-Meier曲线，分为T3(上三分位数)与T1-T2(下/中三分位数)。报告了对数秩P值。(图24E)针对浆细胞特征的OS的Kaplan-Meier曲线，在TCGA 365LUAD/LUSC数据中分为T3与T1-2。显示了浆细胞特征高的总存活期的风险比和相关P值。
具体实施方式
本公开提供了用于治疗癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))和乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的诊断方法、治疗方法和组合物。
本公开至少部分地基于以下发现：本文所公开的生物标志物中的一种或多种，例如，表1至17中任一者中列出的任何基因的存在和/或表达水平、B细胞特征(例如，浆B细胞特征)的存在和/或表达水平、三级淋巴结构(TLS)的存在、TLS特征的存在和/或表达水平、B细胞的存在和/或数量和/或克隆扩增的B细胞的存在和/或，可用于鉴别和选择可能受益于用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体。
例如，如以下实例1中所述，本公开证明CD79A和其他B细胞特征基因(包括浆B细胞特征基因)的升高的表达水平与接受用抗PD-L1抗体阿特珠单抗治疗的NSCLC患者的改善的总存活期(OS)相关联。类似地，三级淋巴结构(TLS)的存在以及TLS特征基因的升高的表达水平也与接受用抗PD-L1抗体阿特珠单抗治疗的NSCLC患者的改善的OS相关联。因此，本文所公开的生物标志物可用于例如鉴别可能受益于用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体、用于为患者选择优化的癌症疗法以及用于为可能受益的患者提供个性化治疗方法。
I.定义
如本文所用的术语“约”是指为此技术领域中的技术人员容易知晓的相应值的常见误差范围。在本文中提及“约”值或参数包括(且描述)涉及该值或参数本身的实施例。
如本文所用，“施用”意指给予受试者一定剂量的化合物(例如，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或组合物(例如，药物组合物，例如包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物)的方法。本文所述方法中使用的化合物和/或组合物可以经下列途径施用：例如，静脉内(例如，通过静脉内输注)、皮下、肌内、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鼻内、玻璃体内、阴道内、直肠内、局部、瘤内、腹腔内、结膜下、囊内、粘膜、心包内、脐内、眼内、经口、局部、通过吸入、通过注射、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注直接浸浴靶细胞、通过导管、通过灌洗、以乳霜或以脂质组合物。施用方法可以根据多种因素而变化(例如，待施用的化合物或组合物以及待治疗的病症、疾病或疾病的严重程度)。
“亲和力”是指分子(例如，抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另有说明，否则如本文所用，“结合亲和力”是指内在结合亲和力，其反映了结合对的成员(例如，抗体和抗原)之间的1:1相互作用。分子X对其配偶体Y的亲和力一般可由解离常数(KD)表示。亲和力可以通过本领域已知的常规方法测量，包括本文所述的那些方法。下文描述用于测量结合亲和力的具体说明性和示例性实施例。
“亲和力成熟的”的抗体是指在一个或多个高变区(HVR)中具有一个或多个改变的抗体，与不具有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致了抗体对抗原的亲和力的改善。
如本文所用的“扩增”通常是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意指与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括核苷酸类似物，例如脱氧肌苷、有意的序列改变(例如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物所引入的序列改变)和/或扩增过程中发生的序列错误。
本文的术语“抗体”以最广泛的含义使用，并且包括各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出所需的抗原结合活性即可。
“抗体片段”是指除了完整抗体以外的分子，其包含完整抗体的一部分且结合完整抗体结合的抗原。抗体片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双体抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如，scFv)；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参考抗体“结合至相同表位的抗体”是指在竞争测定中阻断参考抗体与其抗原的结合达50％或更高的抗体，反之，参考抗体在竞争测定中阻断该抗体与其抗原的结合达50％或更高。本文提供一种示例性竞争测定。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”是指这样的抗体，其能够以足够的亲和力结合PD-L1，使得该抗体可用作靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂。在一个实施例中，例如通过放射免疫测定(RIA)所测量的，抗PD-L1抗体与不相关的非PD-L1蛋白的结合程度小于该抗体与PD-L1的结合程度的约10％。在某些实施例中，抗PD-L1抗体与PD-L1的表位结合，该表位在来自不同物种的PD-L1中是保守的。在某些实施例中，抗PD-L1抗体为阿特珠单抗。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性人PD-L1示出在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中。
术语“抗癌疗法”是指用于治疗癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))或乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的疗法。抗癌治疗剂的实例包括但不限于例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗中使用的药剂、抗血管生成剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂和其他治疗癌症的药剂(例如，抗-CD20抗体)、血小板衍生生长因子抑制剂(例如，GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布)、干扰素、细胞因子、结合至以下靶点中的一个或多个的拮抗剂(例如，中和抗体)：PDGFR-β、BlγS、APRIL、BCMA受体、TRAIL/Apo2，其他生物活性和有机化学试剂等。它们的组合也包括在本发明中。
如本文中可互换使用的“制品”或“试剂盒”是指任何制品(例如，包装或容器)或试剂盒，其包含至少一种试剂，例如，用于治疗疾病或疾患(例如癌症，例如，肺癌(例如NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如UC)、肾癌(例如RCC)或乳腺癌(例如TNBC))的药物，或用于特异性检测本文所述的生物标志物的探针(例如，核酸探针或抗体)。在某些实施例中，制品或试剂盒作为用于执行本文所述方法的单元来推销、分发或贩售。
本文中使用的短语“基于”意指有关一种或多种生物标记物的信息用于告知治疗决策、包装插页或市场营销/促销指南等上提供的信息。
如本文所用的术语“B细胞”是指在骨髓内成熟的淋巴细胞，并且包括但不限于初始B细胞、记忆B细胞或浆B细胞(也称为浆细胞或效应B细胞)。B细胞在本领域中也称为“B淋巴细胞”。不同于其他淋巴细胞诸如T细胞或自然杀伤细胞，B细胞可在其质膜上表达B细胞受体(BCR)。
“B细胞受体”或“BCR”是位于B细胞质膜上的跨膜受体复合物。BCRs包括膜结合免疫球蛋白(mIg)部分(例如，mIgA、mIgG、mIgE、mIgM或mIgD)和由CD79A/CD79B异二聚体(也称为Ig-α/Ig-β)组成的信号转导部分。CD79A/CD79B异二聚体的每个成员横跨质膜，并且包括胞质尾(其包括基于免疫受体酪氨酸的活化基序(ITAM))。
“阻断性”抗体或“拮抗剂”抗体是抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗剂抗体基本上或完全抑制抗原的生物活性。
“结合结构域”是指与靶表位、抗原、配体或受体特异性结合的化合物或分子的一部分。结合结构域包括但不限于抗体(例如，单克隆抗体、多克隆抗体、重组抗体、人源化抗体和嵌合抗体)、抗体片段或其部分(例如，Fab片段、Fab'2、scFv抗体、SMIP、结构域抗体、双抗体、微抗体、scFv-Fc、亲和体、纳米抗体以及抗体的VH和/或VL结构域)、受体、配体、适体和其他具有鉴别出的结合配偶体的分子。
如本文所用的术语“生物标志物”是指可在样品中检测到的指示物，例如预测性的、诊断性的和/或预后性的指示物(例如，表1至17中任一者中列出的任何基因，例如CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7中的一者或多者)。生物标志物可用作特征在于特定分子、病理学、组织学和/或临床特征的疾病或疾患的特定亚型(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的指示物。在一些实施例中，生物标记物为基因。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如，DNA和/或RNA)、多核苷酸拷贝数改变(例如，DNA拷贝数)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如，翻译后修饰)、碳水化合物、基于糖脂的分子标记物、细胞(例如，B细胞)和/或组织学结构(例如，三级淋巴结构)。
术语“生物标志物特征”、“特征”、“生物标志物表达特征”或“表达特征”在本文中可互换使用，并且是指其表达为指示物(例如，预测性的、诊断性的和/或预后性的指示物)的生物标志物的一种或组合(例如，表1至17中任一者中列出的任何基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7)中的一种或多种的免疫评分表达水平)。生物标志物特征可用作特征在于特定分子、病理学、组织学和/或临床特征的疾病或疾患的特定亚型(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的指示物。在一些实施例中，生物标记物特征是“基因特征”。术语“基因特征”与“基因表达特征”可互换使用并且是指其表达为指标(例如，预测性、诊断性和/或预后性指标)的多核苷酸中的一种或组合。基因特征可以为例如：B细胞基因特征(例如，基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和/或MZB1中的一者或多者)、初始B细胞基因特征(例如，基因ABCB4、BCL7A、BEND5、BRAF、IL4R、LINC00921、MEP1A、MICAL3、NIPSNAP3B、PSG2、SELL、TCL1A、UGT1A8和/或ZNF286A中的一者或多者)、记忆B细胞基因特征(例如，基因AIM2、ALOX5、CLCA3P、FAM65B、IFNA10、IL7、NPIPB15、SP140、TNFRSF13B、TRAF4和/或ZBTB32中的一者或多者)、浆细胞基因特征(例如，基因DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和/或IGLL5中的一者或多者，和/或基因ABCB9、AMPD1、ANGPT4、ATXN8OS、C11、CCr10、HIST1H2AE、HIST1H2BG、IGHE、KCNA3、KCNG2、LOC100130100、MAN1A1、MANEA、MAST1、MROH7、MZB1、PAX7、PDK1、RASGRP3、REN、SPAG4、ST6GALNAC4、TGM5、UGT2B17、ZBP1和/或ZNF16中的一者或多者)、TLS特征(例如，基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和/或CXCL13中的一者或多者)或T效应子特征(例如，基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和/或CXCL10中的一者或多者)。在一些实施例中，生物标记物特征是“蛋白质特征”。术语“蛋白质特征”与“蛋白质表达特征”可互换使用并且是指其表达为指标(例如，预测性、诊断性和/或预后性指标)的多肽中的一种或组合。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD79A”是指分化CD79A基因簇，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CD79A，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CD79A在本领域中也称为Ig-α、B细胞抗原受体复合物相关蛋白α链和MB-1膜糖蛋白。该术语涵盖“全长”的未加工CD79A，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CD79A。该术语还涵盖CD79A的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD79A的核酸序列列于SEQ ID NO:13中(NCBI参考序列：NM_001783.4)。由人CD79A编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:14(UNIPROTTM登录号P11912-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“SLAMF7”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然SLAMF7(信号传导淋巴细胞活化分子(SLAM)家族成员7)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工SLAMF7，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的SLAMF7。该术语还涵盖SLAMF7的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人SLAMF7的核酸序列列于SEQ ID NO:15中(NCBI参考序列：NM_021181.5)。由人SLAMF7编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQID NO:16(UNIPROTTM登录号Q9NQ25-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“BTK”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然BTK(Bruton酪氨酸蛋白激酶)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工BTK，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的BTK。该术语还涵盖BTK的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人BTK的核酸序列列于SEQ ID NO:17中(NCBI参考序列：NM_000061.2)。由人BTK编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:18中(UNIPROTTM登录号Q06187-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“TNFRSF17”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然TNFRSF17(肿瘤坏死因子受体超家族成员17)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。TNFRSF17在本领域中也称为B细胞成熟抗原(BCMA)。该术语涵盖“全长”的未加工TNFRSF17，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的TNFRSF17。该术语还涵盖TNFRSF17的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人TNFRSF17的核酸序列列于SEQ ID NO:19中(NCBI参考序列：NM_001192.3)。由人TNFRSF17编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:20中(UNIPROTTM登录号Q02223-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGJ”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然IGJ(免疫球蛋白J链)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工IGJ，以及通过细胞中加工产生的任何形式的IGJ。该术语还涵盖IGJ的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGJ的核酸序列列于SEQ ID NO:21中(NCBI参考序列：NM_144646.4)。由人IGJ编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:22中(UNIPROTTM登录号P01591-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGLL5”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然IGLL5(免疫球蛋白λ样多肽5)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。IGLL5在本领域中也称为IGL、IGLV和VL_MAR。该术语涵盖“全长”的未加工IGLL5，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGLL5。该术语还涵盖IGLL5的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGLL5的核酸序列列于SEQ ID NO:23中(NCBI参考序列：NM_001178126.2)。由人IGLL5编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:24(UNIPROTTM登录号B9A064-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“RBPJ”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然RBPJ(免疫球蛋白κJ区的重组信号结合蛋白)该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。RBPJ在本领域中也称为CBF1和无毛重组结合蛋白抑制因子。该术语涵盖“全长”的未加工PRBJ，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的RBPJ。该术语还涵盖RBPJ的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人RBPJ的核酸序列列于SEQ ID NO:25中(NCBI参考序列：NM_005349.3)。由人RBPJ编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:26中(UNIPROTTM登录号Q06330-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“MZB1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然MZB1(边缘区B和B1细胞特异性蛋白)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。MZB1在本领域中也称为MEDA-7、PACAP和pERp1。该术语涵盖“全长”的未加工MZB1，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的MZB1。该术语还涵盖MZB1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人MZB1的核酸序列列于SEQ ID NO:27中(NCBI参考序列：NM_016459.4)。由人MZB1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:28中(UNIPROTTM登录号Q8WU39-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL2”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL2(趋化因子(C-C基序)配体2)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL2在本领域中也称为单核细胞趋化蛋白1(MCP1)和小诱导细胞因子A2。该术语涵盖“全长”的未加工CCL2，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL2。该术语还涵盖CCL2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL2的核酸序列列于SEQ ID NO:29中(NCBI参考序列：NM_002982.4)。由人CCL2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:30中(UNIPROTTM登录号P13500-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL3”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL3(趋化因子(C-C基序)配体3)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL3在本领域中也称为巨噬细胞炎性蛋白1-α(MIP-1-α)。该术语涵盖“全长”的未加工CCL3，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL3。该术语还涵盖CCL3的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL3的核酸序列列于SEQ ID NO:31中(NCBI参考序列：NM_002983.3)。由人CCL3编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:32中(UNIPROTTM登录号P10147-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL4”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL4(趋化因子(C-C基序)配体4)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL4在本领域中也称为巨噬细胞炎性蛋白1-β(MIP-1-β)。该术语涵盖“全长”的未加工CCL4，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL4。该术语还涵盖CCL4的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL4的核酸序列列于SEQ ID NO:33中(NCBI参考序列：NM_002984.4)。由人CCL4编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:34中(UNIPROTTM登录号P13236-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL5”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL5(趋化因子(C-C基序)配体5)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL5在本领域中也称为调节活化正常T细胞表达分泌因子(RANTES)、SCYA5、SIS-δ、SISd、TCP228和eoCP。该术语涵盖“全长”的未加工CCL5，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL5。该术语还涵盖CCL5的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL5的核酸序列列于SEQ ID NO:35中(欧洲核苷酸档案库登录号AF043341.1)。由人CCL5编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:36中(UNIPROTTM登录号P13501-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL8”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL8(趋化因子(C-C基序)配体8)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL8在本领域中也称为单核细胞趋化蛋白2(MCP2)。该术语涵盖“全长”的未加工CCL8，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL8。该术语还涵盖CCL8的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL8的核酸序列列于SEQ ID NO:37中(NCBI参考序列：NM_005623.3)。由人CCL8编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:38中(UNIPROTTM登录号P80075-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL18”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL18(趋化因子(C-C基序)配体18)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL18在本领域中也称为肺部活化调节趋化因子(PARC)、树突状细胞(DC)趋化因子1(DC-CK1)、替代巨噬细胞活化相关CC趋化因子-1(AMAC-1)和巨噬细胞炎性蛋白-4(MIP-4)。该术语涵盖“全长”的未加工CCL18，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL18。该术语还涵盖CCL18的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL18的核酸序列列于SEQ ID NO:39中(NCBI参考序列：NM_002988.4)。由人CCL18编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:40中(UNIPROTTM登录号P55774-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL19”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL19(趋化因子(C-C基序)配体19)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL19在本领域中也称为EBI1配体趋化因子(ELC)和巨噬细胞炎性蛋白-3-β(MIP-3-β)。该术语涵盖“全长”的未加工CCL19，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL19。该术语还涵盖CCL19的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL19的核酸序列列于SEQ ID NO:41中(NCBI参考序列：NM_006274.3)。由人CCL19编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:42中(UNIPROTTM登录号Q99731-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CCL21”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL21(趋化因子(C-C基序)配体21)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CCL21在本领域中也称为6Ckine、exodus-2和二级淋巴组织趋化因子(SLC)。该术语涵盖“全长”的未加工CCL21，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CCL21。该术语还涵盖CCL21的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CCL21的核酸序列列于SEQ ID NO:43中(NCBI参考序列：NM_002989.4)。由人CCL21编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:44中(UNIPROTTM登录号O00585-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL9”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL9(趋化因子(C-X-C基序)配体9)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CXCL9在本领域中也称为γ干扰素诱导单核因子(MIG)。该术语涵盖“全长”的未加工CXCL9，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CXCL9。该术语还涵盖CXCL9的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL9的核酸序列列于SEQ ID NO:45中(NCBI参考序列：NM_002416.3)。由人CXCL9编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:46中(UNIPROTTM登录号Q07325-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL10”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL10(C-X-C基序趋化因子配体10)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CXCL10在本领域中也称为干扰素γ诱导蛋白10(IP-10)或小诱导细胞因子B10。该术语涵盖“全长”的未加工CXCL10，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CXCL10。该术语还涵盖CXCL10的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL10的核酸序列列于SEQ ID NO:47中(NCBI参考序列：NM_001565.4)。由人CXCL10编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:48中(UNIPROTTM登录号P02778-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL11”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL11(C-X-C基序趋化因子配体11)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CXCL11在本领域中也称为干扰素诱导T细胞α化学引诱物(I-TAC)和干扰素-γ诱导蛋白9(IP-9)。该术语涵盖“全长”的未加工CXCL11，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CXCL11。该术语还涵盖CXCL11的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL11的核酸序列列于SEQ ID NO:49中(NCBI参考序列：NM_005409.5)。由人CXCL11编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:50中(UNIPROTTM登录号O14625-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL13”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL13(C-X-C基序趋化因子配体13)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。CXCL13在本领域中也称为B淋巴细胞化学引诱物(BLC)和B细胞吸引趋化因子1(BCA-1)。该术语涵盖“全长”的未加工CXCL13，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CXCL13。该术语还涵盖CXCL13的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL13的核酸序列列于SEQ ID NO:51中(NCBI参考序列：NM_006419.2)。由人CXCL13编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:52中(UNIPROTTM登录号O43927-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD8A”是指分化8a基因簇，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8A，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工CD8A，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的CD8A。该术语还涵盖CD8A的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD8A的核酸序列列于SEQ ID NO:53(GENBANKTM登录号M12828.1)中。由人CD8A编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:54中(UNIPROTTM登录号P01732-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“EOMES”是指脱中胚蛋白基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然EOMES，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。EOMES在本领域中也称为T-box脑蛋白2(Tbr2)。该术语涵盖“全长”的未加工EOMES，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的EOMES。该术语还涵盖EOMES的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人EOMES的核酸序列列于SEQ ID NO:55中(NCBI参考序列：NM_005442.4)。由人EOMES编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:56中(UNIPROTTM登录号O95936-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GZMA”是指颗粒酶A基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMA，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工GZMA，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的GZMA。该术语还涵盖GZMA的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMA的核酸序列列于SEQ ID NO:57(GENBANKTM登录号BC015739)中。由人GZMA编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:58中(UNIPROTTM登录号P12544-1)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“TBX21”是指T-box转录因子TBX21基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然TBX21，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。TBX21在本领域中也称为T-PET、T-bet、TBLYM和T-box21。该术语涵盖“全长”的未加工TBX21，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的TBX21。该术语还涵盖TBX21的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人TBX21的核酸序列列于SEQ ID NO:59中(NCBI参考序列：NM_013351.2)。由人TBX21编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:60中(UNIPROTTM登录号Q9UL17-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IFNG”是指干扰素γ基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IFNG，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。IFNG在本领域中也称为II型干扰素。该术语涵盖“全长”的未加工IFNG，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IFNG。该术语还涵盖IFNG的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IFNG的核酸序列列于SEQ ID NO:61中(NCBI参考序列：NM_000619.3)。由人IFNG编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ IDNO:62(UNIPROTTM登录号P01579-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“GZMB”是指颗粒酶B基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMB，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工GZMB，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的GZMB。该术语还涵盖GZMB的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMB的核酸序列列于SEQ ID NO:63(GENBANKTM登录号J03072)中。由人GZMB编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:64(UNIPROTTM登录号P10144-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“DERL3”是指derlin-3基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然DERL3，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工DERL3，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的DERL3。该术语还涵盖DERL3的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人DERL3的核酸序列列于SEQ ID NO:65中(欧洲核苷酸档案库登录号AK125830.1)。由人DERL3编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:66(UNIPROTTM登录号Q96Q80-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“JSRP1”是指连接肌质网蛋白1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然JSRP1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工JSRP1，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的JSRP1。该术语还涵盖JSRP1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人JSRP1的核酸序列列于SEQ ID NO:67中(欧洲核苷酸档案库登录号BC021201.2)。由人JSRP1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:68(UNIPROTTM登录号Q96MG2-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGHG2”是指免疫球蛋白重链恒定γ2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGHG2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGHG2，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGHG2。该术语还涵盖IGHG2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGHG2的核酸序列列于SEQ ID NO:69中(欧洲核苷酸档案库登录号AL928742.3)。由人IGHG2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:70(UNIPROTTM登录号P01859-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGHGP”是指免疫球蛋白重链恒定γP基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGHGP，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGHGP，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGHGP。该术语还涵盖IGHGP的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGHGP的核酸序列列于SEQ ID NO:71中(NCBI参考序列编号NG_001019.6)。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGLV3-1”是指免疫球蛋白λ可变3-1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGLV3-1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGLV3-1，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGLV3-1。该术语还涵盖IGLV3-1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGLV3-1的核酸序列列于SEQ ID NO:72中(欧洲核苷酸档案库登录号AC245028.2)。由人IGLV3-1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQID NO:73(UNIPROTTM登录号P01715-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGLV6-57”是指免疫球蛋白λ可变6-57基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGLV6-57，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGLV6-57，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGLV6-57。该术语还涵盖IGLV6-57的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGLV6-57的核酸序列列于SEQ ID NO:74中(欧洲核苷酸档案库登录号AC245060.1)。由人IGLV6-57编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:75(UNIPROTTM登录号P01721-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGHA2”是指免疫球蛋白重链恒定α2基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGHG2，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGHA2，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGHA2。该术语还涵盖IGHA2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGHA2的核酸序列列于SEQ ID NO:76中(欧洲核苷酸档案库登录号AL928742.3)。由人IGHA2编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:77(UNIPROTTM登录号P01877-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGKV4-1”是指免疫球蛋白κ可变4-1基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGKV4-1，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGKV4-1，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGKV4-1。该术语还涵盖IGKV4-1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGKV4-1的核酸序列列于SEQ ID NO:78中(欧洲核苷酸档案库登录号X02990.1)。由人IGKV4-1编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ IDNO:79(UNIPROTTM登录号P06312-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGKV1-12”是指免疫球蛋白κ可变1-12基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGKV1-12，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGKV1-12，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGKV1-12。该术语还涵盖IGKV1-12的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGKV1-12的核酸序列列于SEQ ID NO:80中(欧洲核苷酸档案库登录号AC245015.2)。由人IGKV1-12编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:81(UNIPROTTM登录号A0A0C4DH73-1)中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IGLC7”是指免疫球蛋白λ恒定7基因，包括来自任何脊椎动物来源的任何天然IGLC7，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”的未加工IGLC7，以及由细胞中的加工所产生的任何形式的IGLC7。该术语还涵盖IGLC7的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IGLC7的核酸序列列于SEQ ID NO:82中(欧洲核苷酸档案库登录号AC245028.2)。由人IGLC7编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示于SEQ ID NO:83(UNIPROTTM登录号A0M8Q6-1)中。
术语“克隆扩增的B细胞”是指具有共同的抗原特异性的B细胞，如通过例如与BCR的mIg部分的序列同源性所评估。例如，克隆扩增的B细胞可以在其mIg部分重链和/或轻链中共有至少85％的序列同一性(例如，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或100％的序列同一性)，例如在其mIg部分重链和/或轻链的CDR1、CDR2和/或CDR3区域具有85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或100％的序列同一性。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中通常以细胞生长不受控制为特征的生理状况。癌症的实例包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体的实例包括但不限于：肺癌，包括小细胞肺癌、NSCLC(例如，非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、肺腺癌和肺鳞癌；膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC)、肌层浸润性膀胱癌(MIBC)和BCG难治性非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC))；肾脏或肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))；尿路癌；乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌和三阴性乳腺癌(TNBC)，该TNBC是指雌激素受体(ER-)、孕激素受体(PR-)和HER2(HER2-)呈阴性)；前列腺癌，诸如去势抵抗性前列腺癌(CRPC)；腹膜癌；肝细胞癌；胃癌(gastric/stomach cancer)，包括胃肠道癌和胃肠道间质癌；胰腺癌；胶质母细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝癌；肝细胞瘤；结肠癌；直肠癌；大肠癌；子宫内膜癌或子宫癌；唾液腺癌；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肝癌；肛门癌；阴茎癌；黑素瘤，包括浅表扩散性黑素瘤、恶性雀斑样痣黑素瘤、末梢型斑状恶性黑色素瘤，以及结节性黑素瘤；多发性骨髓瘤和B细胞淋巴瘤(包括低度/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中度/滤泡性NHL；中度弥漫性NHL；高度免疫母细胞性NHL；高度淋巴细胞性NHL；高度小型非裂解细胞NHL；巨大肿块NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；以及瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症(Waldenstrom's Macroglobulinemia))；慢性淋巴细胞白血病(CLL)；急性淋巴细胞白血病(ALL)；急性粒细胞性白血病(AML)；毛细胞白血病；慢性粒细胞白血病(CML)；移植后淋巴增生性疾病(PTLD)；以及骨髓增生异常综合征(MDS)，以及与斑痣性错构瘤病、水肿(诸如与脑肿瘤有关的疾病)、梅格斯综合征(Meigs'syndrome)、脑癌、头颈部癌和相关转移瘤相关的异常血管增生。
术语“细胞增殖性疾病”和“增殖性疾病”是指与某种程度的异常细胞增殖相关的病症。在一个实施例中，细胞增殖性疾患为癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))。在另一实施例中，细胞增殖性病症是肿瘤。
“化疗剂”是可用于治疗癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的化合物。化疗剂的实例包括烷基化剂诸如噻替派和环磷酰胺
Figure BDA0003990674580000501
烷基磺酸酯诸如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶类诸如苯佐替派、卡巴醌、美妥替派和乌瑞替派；乙烯亚胺类和甲基三聚氰胺类，包括曲他胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(acetogenin，特别是布拉它辛和布拉它辛酮)；δ-9-四氢大麻酚(屈大麻酚，
Figure BDA0003990674580000502
)；β-拉帕醌；拉帕醇；秋水仙素；桦木酸；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康
Figure BDA0003990674580000511
CPT-11(伊立替康，
Figure BDA0003990674580000512
)、乙酰喜树碱、东莨菪内酯和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素；卡利司他丁(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；鬼臼毒素；鬼臼酸；替尼泊苷；念珠藻素(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；多拉司他汀；倍癌霉素(包括合成类似物、KW-2189和CB1-TM1)；五加素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素；氮芥类诸如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲洛磷胺、乌拉莫司汀；亚硝基脲类，诸如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，诸如烯二炔类抗生素(例如，卡奇霉素，特别是卡奇霉素γ1'和卡奇霉素ω1'(参见例如，Nicolaou等人，Angew.Chem Intl.Ed.Engl.，33:183-186(1994))；CDP323，口服α-4整联蛋白抑制剂；达内霉素，包括达内霉素A；埃斯佩拉霉素；以及新制癌菌素发色团和相关的色蛋白烯二炔类抗生素发色团)、阿克那霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素C、卡拉比辛、洋红霉素、嗜癌素、色霉素、放线菌素D、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代-正亮氨酸、多柔比星(包括
Figure BDA0003990674580000513
吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉-多柔比星、盐酸多柔比星脂质体注射液
Figure BDA0003990674580000514
脂质体多柔比星TLC D-99
Figure BDA0003990674580000515
聚乙二醇化脂质体多柔比星
Figure BDA0003990674580000516
和脱氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素诸如丝裂霉素C、霉酚酸、诺加霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤、吉西他滨
Figure BDA0003990674580000517
替加氟
Figure BDA0003990674580000518
卡培他滨
Figure BDA0003990674580000519
埃博霉素和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，诸如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖孢苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨和氟尿苷；雄激素，诸如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素类，诸如氨鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，诸如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；阿莫司汀；比生群；依达曲沙；地佛法明；秋水仙胺；地吖醌；依洛尼塞；醋酸羟吡咔唑；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素类化合物，诸如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；2-乙基酰肼；甲苄肼；
Figure BDA0003990674580000521
多糖络合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生；根霉素；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2'-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素类(特别是T-2毒素、疣孢菌素A、杆孢菌素A和蛇形菌素)；乌拉坦；长春地辛
Figure BDA0003990674580000522
达卡巴嗪；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；格塞图辛；阿糖胞苷(“Ara-C”)；三胺硫磷；紫杉烷类，例如紫杉醇(
Figure BDA0003990674580000523
Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、紫杉醇的白蛋白工程纳米颗粒制剂(ABRAXANETM)和多西他赛(
Figure BDA0003990674580000524
Rhome-Poulene Rorer,Antony,France)、苯丁酸氮芥；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，诸如顺铂、草酸铂(例如，
Figure BDA0003990674580000525
)和卡铂；长春花，防止微管蛋白聚合形成微管，包括长春花碱
Figure BDA0003990674580000526
长春新碱
Figure BDA0003990674580000527
长春地辛
Figure BDA0003990674580000528
和长春瑞滨
Figure BDA0003990674580000529
依托泊苷(VP-16)；异磷酰胺；米托蒽醌；醛氢叶酸；诺消灵；依达曲沙；道诺霉素；氨蝶呤；伊班磷酸盐；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视色素诸如视黄酸，包括贝沙罗汀
Figure BDA00039906745800005210
二磷盐酸类，诸如氯磷酸盐(例如，
Figure BDA00039906745800005211
或
Figure BDA00039906745800005212
)、依替磷酸盐
Figure BDA00039906745800005213
NE-58095、唑来磷酸/唑来磷酸盐
Figure BDA00039906745800005214
阿仑磷酸盐
Figure BDA00039906745800005215
帕米磷酸盐
Figure BDA00039906745800005216
替鲁磷酸盐
Figure BDA00039906745800005217
或利塞磷酸盐
Figure BDA00039906745800005218
以及曲沙他滨(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸类，特别是那些抑制牵涉到异常细胞增殖的信号传导通路中的基因表达的可减少细胞增殖反义寡核苷酸，例如，PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)(例如，埃洛替尼(TARCEVATM))；和VEGF-A；疫苗，诸如
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疫苗和基因治疗疫苗，例如
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疫苗、
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疫苗和
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疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如，
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)；rmRH(例如，
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)；BAY439006(索拉非尼；Bayer)；SU-11248(舒尼替尼，
Figure BDA0003990674580000533
Pfizer)；派立福辛、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布或依托昔布)、蛋白酶体抑制剂(例如，PS341)；硼替佐米
Figure BDA0003990674580000534
CCI-779；替吡法尼(R11577)；索拉非尼，ABT510；Bcl-2抑制剂诸如奥伯利森钠
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匹杉琼；EGFR抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；丝氨酸-苏氨酸激酶抑制剂诸如雷帕霉素(西罗莫司，
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)；法呢基转移酶抑制剂诸如Lonafarnib(SCH6636,SARASARTM)；以及上述任何药用盐、酸或衍生物；以及上述两个或更多个的组合，诸如CHOP(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)组合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)，以及上述任何药用盐、酸或衍生物；以及上述两种或更多种的组合。
如本文所定义的化疗剂还包括“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”，其用于调节、减少、阻断或抑制可促进癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))生长的激素的效应。它们本身可以是激素，包括但不限于：抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(包括
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他莫昔芬)、雷洛昔芬、屈洛昔芬、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬、keoxifene、LY117018、奥那司酮和
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(托瑞米芬(toremifene))；抑制芳香酶(其调节肾上腺中雌激素的产生)的芳香酶抑制剂，诸如4(5)-咪唑类、氨基戊二酰亚胺、
Figure BDA0003990674580000539
醋酸甲地孕酮、
Figure BDA00039906745800005310
依西美坦、福美他尼(formestanie)、法曲唑、
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伏罗唑(vorozole)、
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来曲唑和
Figure BDA00039906745800005313
阿那曲唑；以及抗雄激素，诸如氟他米特、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙瑞林和戈舍瑞林；以及曲沙他滨(1,3-二氧戊环胞嘧啶核苷类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制受异常细胞增殖牵连的信号传导通路中的基因表达的寡核苷酸，诸如PKC-α、Raf和H-Ras；核酶，诸如VEGF表达抑制剂(例如，
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核酶)和HER2表达抑制剂；疫苗，诸如基因治疗疫苗，例如
Figure BDA00039906745800005315
疫苗、
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疫苗和
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疫苗；
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rIL-2；
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拓扑异构酶1抑制剂；
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rmRH；长春瑞滨(vinorelbine)和埃斯佩拉霉素(esperamicins)(参见美国专利号4,675,187)；以及上述物质中任一者的药用盐、酸或衍生物；以及上述物质中的两种或更多种的组合。
术语“嵌合”抗体是指这样的抗体，在该抗体中重链及/或轻链的一部分来源于特定来源或物种，而重链及/或轻链的其余部分来源于不同的来源或物种。
抗体的“类别”是指抗体的重链所具有的恒定结构域或恒定区的类型。存在五大类抗体：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且这些抗体中的一些可以进一步分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。对应于不同类别的免疫球蛋白的重链恒定结构域分别称为α、δ、ε、γ和μ。
如本文所用，术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能及/或导致细胞死亡或破坏的物质。细胞毒性剂包括但不限于放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)；化疗剂或药物(例如甲氨蝶呤、阿霉素、长春花生物碱(长春新碱、长春花碱、依托泊苷)、多柔比星、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红霉素或其他嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段诸如溶核酶；抗生素；毒素诸如细菌、真菌、植物或动物来源的小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段和/或变体；以及以下公开的各种抗肿瘤或抗癌药。
本文所用的术语“同时”是指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括当中止一种或多种药剂的施用后继续一种或多种其他药剂施用的给药方案。
如本文所用，“延缓”疾患或疾病的发展意指延迟、阻碍、减慢、减缓、稳定和/或推迟疾病或疾患(例如癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的发展。这种延迟可以具有不同的时间长度，这取决于病史和/或待治疗的受试者。对于本领域技术人员显而易见的是，充分或显著延迟实际上可以涵盖预防，因为受试者不会罹患该疾病。
术语“确定(determination)”、“确定(determining)”、“检测(detection)”、“检测(detecting)”及其语法变化形式包括任何确定或检测的手段，包括直接和间接确定或检测。
“疾患”或“疾病”是指可从治疗中受益的任何病状，包括但不限于慢性和急性疾患或疾病，其包括那些使哺乳动物易患该疾患的病理性病状(例如癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))。
如本文所用的术语“诊断”是指分子或病理性病状、疾病或疾患(例如癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的确定或分类。例如，“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴别。“诊断”还可以是指癌症的特定亚型的分类，例如，通过组织病理学标准或分子特征(例如，以生物标记物中的一种或组合表达为特征的亚型(例如，特定基因或由这些基因编码的蛋白质))。
“效应子功能”是指可归因于抗体的Fc区、随着抗体同种型的变化而变化的那些生物学活性。抗体效应子功能的实例包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如，PD-L1)的下调；以及B细胞活化。
化合物例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或它们的组合物(例如，药物组合物)的“有效量”是实现所需的治疗或预防效果的最小量，该治疗或预防效果为诸如特定疾病或疾患(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的总存活期(OS)、无进展存活期(PFS)或总应答(例如，经确定的最佳总应答(BCOR))的可测量增加。本文的有效量可以根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及抗体在受试者中引起预期应答的能力等因素而变化。有效量也是治疗有益作用超过治疗的任何毒性或有害作用的量。对于预防用途，有益或预期结果包括诸如消除或降低风险，减轻严重程度或延迟疾病发作，其包括疾病的生化、组织学和/或行为症状、其并发症以及在疾病发展过程中出现的中间病理表型。有效量可以一次或多次施用。出于本公开的目的，药物、化合物或药物组合物的有效量为足以直接或间接地进行预防或治疗的量。如在临床背景中所理解的，与另一药物、化合物或药物组合物结合可任选地达到有效量的药物、化合物或药物组合物。因此，可以在施用一种或多种治疗剂的情况下考虑“有效量”，并且如果与一种或多种其他试剂结合可以获得或实现预期结果，则可以考虑给予有效量的单一药剂。例如，作为癌症治疗的有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以减少癌细胞的数量；减小原发性肿瘤大小；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)癌细胞浸润周围器官；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)肿瘤转移；在一定程度上抑制肿瘤生长；和/或在一定程度上缓解疾患相关的一种或多种症状。在某种程度上，药物可阻止生长和/或杀死既存癌细胞，它可以抑制细胞生长和/或具有细胞毒性。对于癌症疗法，例如，可以通过评估存活时间、疾病进展时间(TTP)、应答率(RR)、应答持续时间和/或生活质量来测量体内功效。
本文的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C末端区，该C末端区包含恒定区的至少一部分。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施例中，人IgG重链Fc区从Cys226或从Pro230延伸至重链的羧基末端。然而，Fc区的C-末端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文另外规定，否则Fc区或恒定区中氨基酸残基的编号是根据EU编号系统，EU编号系统也称为EU索引，如在Kabat等人，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第5版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991中所述。
“框架”或“FR”是指除高变区(HVR)残基之外的可变结构域残基。可变结构域的FR通常由以下四个FR结构域组成：FR1、FR2、FR3和FR4。因此，HVR和FR序列通常在VH(或VL)中以如下序列出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”、“完整抗体”及“全抗体”在本文中可互换地用于指代具有基本上类似于天然抗体结构的结构或具有含有如本文所定义的Fc区的重链的抗体。
“人抗体”是这样的抗体，该抗体具有的氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体的氨基酸序列，或来源于利用人抗体全套库或其他人抗体编码序列的非人源的抗体的氨基酸序列。人抗体的该定义特别地排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。可以使用本领域已知的各种技术产生人抗体，包括噬菌体展示文库。Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381(1991)；Marks等人,J.Mol.Biol.,222:581(1991)。还可用于制备人类单克隆抗体的方法如Cole等人,Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,AlanR.Liss,p.77(1985)；Boerner等人,J.Immunol.,147(1):86-95(1991)所述。另外参见vanDijk等人,Curr.Opin.Pharmacol.,5:368-74(2001)。可以通过向转基因动物施用抗原来制备人抗体，该转基因动物已经修饰以对抗原攻击产生应答而产生此类抗体，但其内源基因座已失效，例如，免疫异种小鼠(参见，例如，美国专利号6,075,181和6,150,584关于XENOMOUSETM技术)。另外参见例如，Li等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)关于通过人类B细胞杂交瘤技术产生的人类抗体。
“人源化”抗体是指这样的嵌合抗体，其包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基。在某些实施例中，人源化抗体将基本上包含所有的至少一个，通常两个可变结构域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的HVR，并且所有或基本上所有的FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含来源于人抗体的抗体恒定区的至少一部分。“人源化形式”的抗体，例如，非人抗体，是指已经进行过人源化的抗体。
如本文所用的术语“高变区”或“HVR”是指在序列中高变(“互补决定区”或“CDR”)和/或形成结构上限定的环(“高变环”)和/或含有抗原接触残基(“抗原接触点”)的抗体可变结构域的区域每一种。通常，抗体包含六个HVR：三个在VH中(H1、H2、H3)，并且三个在VL中(L1、L2、L3)。本文中的示例性HVR包括：
(a)出现在以下氨基酸残基处的高可变环：26至32(L1)、50至52(L2)、91至96(L3)、26至32(H1)、53至55(H2)和96至101(H3)(Chothia和Lesk，J.Mol.Biol.196:901-917(1987))；
(b)在氨基酸残基24-34(L1)、50-56(L2)、89-97(L3)、31-35b(H1)、50-65(H2)和95-102(H3)处发生的CDR(Kabat等人，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第5版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))；
(c)在氨基酸残基27c-36(L1)、46-55(L2)、89-96(L3)、30-35b(H1)、47-58(H2)和93-101(H3)处发生的抗原接触点(MacCallum等人,J.Mol.Biol.262:732-745(1996))；以及
(d)(a)、(b)和/或(c)的组合，包括HVR氨基酸残基46-56(L2)、47-56(L2)、48-56(L2)、49-56(L2)、26-35(H1)、26-35b(H1)、49-65(H2)、93-102(H3)和94-102(H3)。
除非另外指明，否则可变结构域中的HVR残基和其他残基(例如，FR残基)在本文中根据Kabat等人，出处同上编号。
“分离的”抗体为已从其自然环境的组分中分离的抗体。在一些实施例中，通过例如电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(isoelectric focusing,IEF)、毛细管电泳)或色谱(例如，离子交换或反相HPLC)确定，将抗体纯化至大于95％或99％的纯度。关于评定抗体纯度的方法的综述，请参见例如Flatman等人，J.Chromatogr.B 848:79-87(2007)。
“分离的”核酸是指已从其自然环境的组分中分离的核酸分子。分离的核酸包括这样的核酸分子，其包含在通常含有核酸分子的细胞中，但该核酸分子存在于染色体外或与其天然染色体位置不同的染色体位置处。
当在本文中使用时，词语“标记”是指可检测的化合物或组合物。标记通常直接或间接缀合或融合至试剂，诸如多核苷酸探针或抗体，并有助于检测缀合或融合的试剂。标记本身可以是可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)，或者在酶标记的情况下，可以催化底物化合物或组合物的化学变化，从而产生可检测的产物。
一般而言，术语“表达的水平”或“表达水平”可互换使用，并且通常是指生物样品中生物标记物的量。“表达”通常是指通过其将信息(例如，基因编码的和/或表观遗传的)转换为细胞中存在并在细胞中运行的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成多肽，或者甚至是多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽或多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)的片段也应视为已表达，无论它们源自通过选择性剪接或降解的转录本生成的转录本，还是源自多肽的翻译后加工(例如，通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录为多核苷酸如mRNA，然后翻译为多肽的那些，以及还有转录为RNA但不翻译成多肽的(例如，转运RNA和核糖体RNA)那些。表达水平可通过本领域的技术人员已知并且也在本文中公开的方法进行测量，包括例如RT-qPCR和RNA-seq。评估的表达水平可用于确定对治疗的应答。
如本文所用的术语“免疫评分表达水平”是指一个数值，其反映与免疫应答有关的单个目的基因的表达水平(例如，归一化表达水平)或多个目的基因(例如，至少两个、至少三个、至少四个、至少五个或更多个目的基因)的集合表达水平。可通过本领域技术人员已知的并且也在本文中公开的集合方法来确定一种以上目的基因的免疫评分表达水平，其包括例如通过计算所有目的基因的表达水平的中位数或均值。在集合之前，可以通过使用本领域技术人员已知并且在本文中公开的统计方法来归一化每个目的基因的表达水平，其包括，例如，归一化为一个或多个管家基因的表达水平，或归一化为总文库大小，或归一化为所有的测得基因的中位或平均表达水平值。在一些情况下，在多个目的基因集合之前，可通过计算每个目的基因的归一化表达水平的Z评分，使每个目的基因的归一化表达水平标准化。在一些情况下，每个目的基因可具有指定的权重分数，并且可通过合并权重分数以确定所有目的基因的加权表达水平的均值，从而计算多个目的基因的免疫评分表达水平。例如，免疫评分表达水平可以指反映选自表1至17中任一者的单个基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7)的归一化表达水平的数值。替代性地，免疫评分表达水平可以例如指反映表1至17中任一者中列出的基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7或它们的组合)中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种或更多种的集合归一化表达水平(例如，归一化表达水平的中位数或归一化表达水平的均值)的数值。在一些情况下，免疫评分表达水平可以例如指反映表1至17中任一者中列出的基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7或它们的组合)中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种或更多种的集合Z评分表达水平(例如，Z评分归一化表达水平的均值或Z评分归一化表达水平的中位数)的数值。
如本文所用，术语“参考免疫评分表达水平”是指这样的免疫评分表达水平，对另一种免疫评分表达水平(例如，对于表1至17中任一者中列出的基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7)中的一种或多种)与该免疫评分表达水平进行比较以例如做出诊断、预测、预后和/或治疗决定。例如，参考免疫评分表达水平可来源于参考样品、参考群体中的表达水平(例如，对于表1至17中任一者中列出的基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7)中的一种或多种)和/或预先指定的值(例如，之前确定满足以下条件的临界值：该临界值基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间高于临界值和/或低于临界值的显著差异，明显(例如，具有统计学意义)区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体的第一子集与在同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性高于临界值得到显著(例如，具有统计学意义)改善，并且/或者个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性低于临界值得到显著(例如，具有统计学意义)改善)。本领域的技术人员将认识到，参考免疫评分表达水平的数值可以因适应症(例如，癌症(例如，乳腺癌、肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、肾癌或膀胱癌)、用于检测表达水平的方法(例如，RNA-seq或RT-qPCR)、用于生成免疫评分的统计方法和/或所检查的基因的具体组合而改变。
“升高的表达”、“升高的表达水平”或“升高的水平”是指基因或基因的组合(例如，对于表1至17中任一者中列出的基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7)中的一种或多种)在受试者中相对于对照(诸如未患有的疾病或疾患(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的一例或多例受试者)或内部对照(例如，管家基因)或参考水平诸如参考免疫评分表达水平的表达增加或水平升高。
“降低的表达”、“降低的表达水平”或“降低的水平”是指基因或基因的组合(例如，对于表1至17中任一者中列出的基因(例如，CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ、MZB1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、DERL3、JSRP1、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12和IGLC7)中的一种或多种)在受试者中相对于对照(诸如未患有的疾病或疾患(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的一例或多例受试者)或内部对照(例如，管家基因)或参考水平诸如参考免疫评分表达水平的表达减少或水平降低。在一些实施例中，降低的表达为表达很少或不表达。
如本文所用，“参考基因”是指用于比较目的的一种基因或一组基因(例如，一种、两种、三种、四种、五种或六种或更多种基因)，诸如管家基因。“管家基因”在本文中是指编码蛋白质的一种基因或一组基因(例如，一种、两种、三种、四种、五种、或六种或更多种基因)，这些蛋白质的活性对于维持细胞功能至关重要，并且通常在所有细胞类型中类似地存在。
如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群体获得的抗体，即，除了可能的变体抗体(例如，含有天然存在的突变或在单克隆抗体制剂的生产过程中产生，此类变体通常以少量形式存在)之外，包括该群体的单个抗体具有同一性和/或结合相同表位。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂中的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”表示抗体的特征是从基本上同质的抗体群体获得的，并且不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，按照根据本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术制备，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法，以及利用含有全部或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，在本文中描述了用于制备单克隆抗体的此类方法和其他示例性方法。
“裸抗体”是指不缀合至异源部分(例如，细胞毒性部分)或放射性标记的抗体。裸抗体可存在于药物制剂中。
“天然抗体”是指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白，由经二硫键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N端至C端，每条重链均具有可变区(VH)，亦称为可变重链结构域或重链可变结构域，随后为三个恒定结构域(CH1、CH2和CH3)。类似地，自N末端至C末端，各轻链具有可变区(VL)，也称为可变轻链结构域或轻链可变结构域，继之以恒定轻链(CL)结构域。抗体的轻链基于其恒定结构域的氨基酸序列，可以归属于两种类型中的一种，这两种类型称为卡帕(κ)和兰姆达(λ)。
术语“寡核苷酸”是指相对短的多核苷酸(例如，长度小于约250个核苷酸)，包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸、单链或双链核糖核苷酸、RNA:DNA杂交体和双链DNA。寡核苷酸，诸如单链DNA探针寡核苷酸，通常通过化学方法合成，例如使用可商购的自动寡核苷酸合成仪。然而，寡核苷酸可以通过多种其他方法来制备，包括体外重组DNA介导技术以及通过DNA在细胞和生物体中的表达。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包括的说明书，其含有涉及此类治疗产品的使用的有关适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。
“药用载体”是指药物制剂中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂，或防腐剂。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“蛋白质”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然蛋白质，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工蛋白，以及通过细胞中加工产生的任何形式的蛋白。该术语还涵盖天然存在的蛋白变体，例如剪接变体或等位基因变体。
相对于参照多肽序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”被定义为在比对候选序列与参考多肽序列并引入空位(如果必要的话)以实现最大的序列同一性百分比之后，并且在不考虑将任何保守取代作为序列同一性的组成部分的情况下，候选序列中的氨基酸残基与参考多肽序列中的氨基酸残基相同的百分比。用于确定氨基酸序列同一性百分比的比对可以以本领域技术范围内的各种方式实现，例如使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可确定用于比对序列的适当参数，包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文的目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2来生成氨基酸序列同一性％的值。ALIGN-2序列比较计算机程序由基因泰克公司(Genentech,Inc.)编写，并且源代码已经与用户文档一起提交到U.S.Copyright Office,Washington D.C.,20559，在那里以美国版权登记号TXU510087注册。ALIGN-2程序可从基因泰克公司(Genentech,Inc.,South San Francisco,California)公开获得，或者可以从该源代码编译。ALIGN-2程序应经编译以在UNIX操作系统上使用，该UNIX操作系统包括数字UNIX V4.0D。所有序列比较参数均由ALIGN-2程序设置并且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况下，给定氨基酸序列A与给定氨基酸序列B的氨基酸序列同一性％(其可以替代地表达为给定氨基酸序列A具有或包含与给定氨基酸序列B的某一氨基酸序列同一性％)计算如下：
100乘以分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序对A和B的比对中评分为相同匹配的氨基酸残基的数目，而其中Y是B中氨基酸残基的总数。应当理解，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的氨基酸序列同一性％将不等于B与A的氨基酸序列同一性％。除非另外特别指明，否则本文所使用的所有氨基酸序列同一性％的值是如前一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。
“药用载体”是指药物制剂中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂，或防腐剂。
术语“程序性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽、多肽变体以及天然序列多肽和多肽变体的片段(如本文所进一步定义的)。本文所述的PD-L1多肽可分离自多种来源，诸如分离自人类组织类型或其他来源，或者通过重组或合成方法制得。
“PD-L1多肽变体”或其变体意指如本文所定义的以下PD-L1多肽(通常是活性PD-L1多肽)，其与如本文所公开的天然序列PD-L1多肽序列中任一者具有至少约80％的氨基酸序列同一性。此类PD-L1多肽变体包括例如PD-L1多肽，其中在天然氨基酸序列的N末端或C末端添加或缺失一个或多个氨基酸残基。通常，PD-L1多肽变体将与本文所公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％的氨基酸序列同一性，或者至少约81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度为至少约10个氨基酸，可选地至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289个氨基酸或更多。任选地，与天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1变体多肽将具有不超过一个保守性氨基酸取代，或者与天然PD-L1多肽序列相比，包含不超过2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个保守性氨基酸取代。
“天然序列PD-L1多肽”包含与来源于天然的相应的PD-L1多肽具有相同的氨基酸序列的多肽。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是指抑制PD-L1轴结合配偶体与其一个或多个结合配偶体的相互作用的分子，以消除由PD-1信号传导轴上的信号传导引起的T细胞功能障碍，其结果是恢复或增强T细胞功能。如本文所用，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1与PD-1之间的相互作用的分子(例如，PD-L2-Fc融合物)。
术语“PD-L1结合拮抗剂”是指减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其一种或多种结合配偶体(诸如PD-1或B7-1)相互作用产生的信号传导的分子。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为抑制PD-L1与其结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1至PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂包括抗PD-L1抗体，其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽和其他减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其一个或多个结合配偶体(诸如PD-1或B7-1)相互作用产生的信号传导。在一个实施例中，PD-L1结合拮抗剂可减少由T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的通过PD-L1的信号传导所介导的或通过其的负共刺激信号，从而使功能障碍的T细胞功能障碍较少(例如，提高效应子对抗原识别的应答)。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂为抗PD-L1抗体。在一个具体实施例中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS登记号：1422185-06-5)，也称为MPDL3280A，并且如本文所述。在另一个具体实施例中，抗PD-L1抗体是本文所述的YW243.55.S70。在另一个具体实施例中，抗PD-L1抗体是本文所述的MDX-1105。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体为MEDI4736(德瓦鲁单抗)，如本文所述。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体为MSB0010718C(阿维单抗)，如本文所述。
如本文所用，术语“PD-1结合拮抗剂”是指减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与其一种或多种结合配偶体(诸如PD-L1和/或PD-L2)相互作用产生的信号传导的分子。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括抗PD-1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂以及其他减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用产生的信号传导。在一个实施例中，PD-1结合拮抗剂减少由或通过T淋巴细胞或其他细胞上表达的细胞表面蛋白介导(通过PD-1或PD-L1介导的信号传导)的负信号，从而使功能障碍的T细胞功能障碍减少。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗PD-1抗体。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为MDX-1106(纳武单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为MK-3475(派姆单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为MEDI-0680(AMP-514)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为PDR001。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为REGN2810。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为BGB-108。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为AMP-224。
本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应纳入聚合物中的任何底物。多核苷酸可以包含修饰的核苷酸，诸如甲基化的核苷酸及其类似物。如果存在的话，可以在聚合物组装之前或之后对核苷酸结构进行修饰。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分中断。多核苷酸可在合成后进一步修饰，例如通过与标记缀合。其他类型的修饰包括，例如，“封端”，用类似的核苷酸间修饰，诸如，例如，那些具有不带电荷的键(例如，甲基磷酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯)和具有带电荷的键(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)，那些含有侧基的，诸如，例如，蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、ply-L-赖氨酸等)，那些含有嵌入剂的(例如，丫啶、补骨脂素等)，那些含有螯合剂的(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)，那些含有烷基化剂的，那些具有修饰键的(例如，α异头核酸等)以及未修饰形式的多核苷酸来取代一个或多个天然存在核苷酸。此外，糖中通常存在的任何羟基基团可以被(例如，磷酸酯基团、磷酸基团)替换，受标准保护基团保护，或者被活化以制备与另外的核苷酸的另外的连接，或者可以与固体或半固体支持物缀合。5'和3'末端的OH可被磷酸化或被1-20个碳原子的胺或有机封端基团部分取代。其他羟基也可以被衍生为标准保护基团。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖的类似形式，包括例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基、2'-氟-或2'-叠氮基-核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖(诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、七庚糖)、无环类似物和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯键可以被可替代的连接基团替换。这些可替代的连接基团包括但不限于其中磷酸酯被P(O)S(“硫代酸酯”)、P(S)S(“二硫代酸酯”)、(O)NR2(“酰胺酸酯”)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2(“甲缩醛”)替换，其中每个R或R'独立地为H或取代或未取代的烷基(1-20C)任选地包含醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)的实施例。并非多核苷酸中的所有连接都需要相同。先前的描述适用于本文所指的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文所用，“聚合酶链式反应”或“PCR”技术通常是指如1987年7月28日授权的美国专利号4,683,195中所述扩增微量的特定核酸，RNA和/或DNA片段的程序。通常，需要从目的区域的末端或以外的区域获得序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两条引物的5'末端核苷酸可能与扩增材料的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA扩增特定的RNA序列和特定的DNA序列，以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA，等等。通常参见Mullis等人，Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.,51:263(1987)；Erlich编辑，PCR Technology(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一种，但不是唯一的示例，包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶扩增或产生特定的核酸片段，或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。
如本文所用，术语“逆转录酶聚合酶链式反应”或“RT-PCR”是指RNA序列的复制和扩增。在该方法中，例如，如美国专利号5,322,770中所述，将反转录偶联至PCR，其全文以引用方式整体并入本文。在RT-PCR中，由于酶的逆转录酶活性，RNA模板被转换为cDNA，然后使用相同或不同酶的聚合活性进行扩增。可以使用热稳定和热不稳定的逆转录酶和聚合酶。“逆转录酶”(RT)可以包括来自逆转录病毒、其他病毒的逆转录酶，以及表现出逆转录酶活性的DNA聚合酶。
如本文所用，术语“逆转录酶定量聚合酶链式反应”或“RT-qPCR”是PCR的形式，其中待扩增的核酸是首先被逆转录成cDNA的RNA，在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”是指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。在包括Cronin等人,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；和Ma等人,Cancer Cell 5:607-616(2004)的各种出版物中已经描述了该技术。
术语“多重PCR”是指使用一种以上引物组对从单一来源(例如，个体)获得的核酸进行的单一PCR反应，目的是在单一反应中扩增两个或更多个DNA序列。
术语“RNA-seq”也称为“全转录组鸟枪法测序(WTSS)”，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序和/或定量以获得有关样品RNA含量的信息。描述RNA-seq的出版物包括：Wang等人,Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(2009)；Ryan等人,BioTechniques 45(1):81-94(2008)；和Maher等人,Nature 458(7234):97-101(2009)。
术语“多核苷酸”以单数或复数形式使用时，通常指任何多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸，其可以是未修饰的RNA或DNA或经修饰的RNA或DNA。因此，例如，本文所定义的多核苷酸包括但不限于：单链和双链DNA；包含单链和双链区域的DNA；单链和双链RNA；包含单链和双链区域的RNA；以及包含DNA和RNA(其可以是单链的，或更通常为双链的，或包含单链和双链区域)的杂交分子。此外，如本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区。此类区域中的链可来自相同的分子或来自不同的分子。区域可包含分子中的一个或多个的全部，但通常仅包含分子的一部分的一个区域。具有三螺旋区的分子之一通常为寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体地包括cDNA。该术语包括含有一个或多个经修饰的碱基的DNA(包括cDNA)和RNA。因此，具有因稳定性或其他原因而修饰的主链的DNA或RNA是本文所述的“多核苷酸”。此外，如本文所定义的术语“多核苷酸”中包括含不常见碱基(诸如肌苷)或经修饰的碱基(诸如氚化碱基)的DNA或RNA。一般而言，术语“多核苷酸”涵盖未修饰的多核苷酸的所有经化学、酶和/或代谢修饰的形式，以及病毒和细胞(包括简单细胞和复杂细胞)所特有的DNA和RNA的化学形式。
可以使用表明对个体有益的任何终点来评估“对治疗的应答”、“对治疗的应答性”或“从治疗中受益”，包括但不限于(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减缓和完全阻止；(2)减小肿瘤大小；(3)抑制(即，减少、减缓或完全停止)癌细胞浸润到邻近的周围器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减慢或完全停止)转移；(5)在某种程度上减轻与该疾病或疾患(例如，癌症)有关的一种或多种症状；(6)增加或延长存活期，包括总存活期(OS HR<1)和无进展存活期(PFS HR<1)；和/或(9)在治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗)后的给定时间点降低死亡率。如本文所用，对特定形式的治疗“无应答”的患者是指在施用目标疗法后未能表现出任何或全部上述受益的患者。
如本文所用，“无进展存活期”或“PFS”是指在治疗期间和之后的时间长度，在该时间段内正在治疗的疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))没有进展或恶化。无进展存活期可包括个体经历完全应答或部分应答的时间量，以及个体经历稳定疾病的时间量。
如本文所用，“总存活期”或“OS”是指受试者在治疗期间和之后的特定时间段(例如从诊断或治疗开始的6个月、1年、2年、3年、4年、5年、10年、15年、20年或20年以上)之后可能存活的时间长度。
如本文所用，“完全应答”或“CR”是指应答于治疗的所有癌症征象的消失。这并不一定意味着癌症已经治愈。
如本文所用，“部分应答”或“PR”是指应答于治疗的一个或多个肿瘤或病灶的大小的减少或体内癌症程度的减少。
如本文所用，“风险比”或“HR”是事件发生率的统计定义。出于本发明的目的，风险比定义为代表在任何特定时间点的实验(例如，治疗)组(group)/分组(arm)中事件(例如，PFS或OS)的概率除以对照组(group)/分组(arm)中事件的概率。值为1的HR表示在“治疗”组和“对照”组中，终点的相对风险(例如，死亡)均相等；值大于1表示治疗组的风险相对于对照组更大；值小于1表示对照组的风险相对于治疗组更大。无进展存活分析(即，PFS HR)中的“风险比”总结了两个无进展存活期曲线之间的差异，代表在随访期内与对照相比，治疗的死亡风险的降低。总存活分析(即，OS HR)中的“风险比”总结了两个总存活期曲线之间的差异，代表在随访期内与对照相比，治疗的死亡风险的降低。
“延长存活期”或“存活期的延长”是指相对于未治疗的个体(即，相对于未用药物治疗的个体)或相对于未表达指定水平生物标记物的个体和/或相对于用已批准的抗肿瘤剂的治疗的个体，经治疗个体的总存活期或无进展存活期的增加。客观应答是指可测量的应答，包括完全应答(CR)或部分应答(PR)。
“减少或抑制”是指引起整体降低20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可以指正在治疗的疾患(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的症状、转移瘤的存在或大小或者原发性肿瘤大小。
如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准品或水平。在一实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织从同一受试者或个体获得。在另一实施例中，参考样品从不是受试者或个体的一个或多个个体获得。在前述实施例中的任一项中，获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织的一个或多个个体患有癌症。在某些实施例中，获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织的一个或多个个体患有癌症，并且先前已经用抗癌疗法治疗(例如，一剂或多剂PD-L1轴结合拮抗剂)。在其他实施例中，获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织的一个或多个个体患有癌症并且是未接受过治疗的。在任何前述实施例中，受试者/个体和不是受试者或个体的一个或多个个体患有相同的癌症。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自相同受试者或个体的健康和/或未患病的身体部位(例如，组织或细胞)。例如，邻近患病细胞或组织的健康和/或未患病的细胞或组织(例如，邻近肿瘤的细胞或组织)。在另一实施例中，参考样品获自相同受试者或个体的身体的未经处理的组织和/或细胞。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是该受试者或个体的个体身体的健康和/或未患病的部分(例如，组织或细胞)。在再一实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是该受试者或个体的个体身体部分的未经处理的组织和/或细胞。
如本文所用，术语“样品”是指获自或衍生自目的受试者和/或个体的组合物，其包含例如待基于物理、生化、化学和/或生理特征进行表征和/或鉴别的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变型是指从目的受试者获得的任何样品，其预期或已知包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于，原代或培养的细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、眼泪、汗液、粘液、肿瘤溶解产物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物及其组合。
如本文所用，术语“个体”、“患者”和“受试者”可互换使用并且是指任何需要治疗的单一动物，更优选哺乳动物(包括诸如非人类动物，例如，猫、犬、马、兔子、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人类灵长类动物)。在某些实施例中，该个体、患者或受试者为人。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变型，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变待治疗受试者的自然进程的临床干预，并且可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。所期望的治疗效果包括但不限于预防疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))发生或复发、缓解症状、减轻疾病的任何直接或间接病理后果，预防转移，降低疾病进展速度，改善或减轻病情，以及缓解或改善预后。在一些实施例中，本文所述的治疗用于延迟疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的发展或减缓疾病的进展。在一些情况下，治疗可以增加总存活期(OS)(例如，增加约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、约96％或更多、约97％或更多、约98％或更多或约99％或更多)。在一些情况下，治疗可以增加OS，例如，增加约5％至约500％、例如，约10％至约450％、例如，约20％至约400％、例如，约25％至约350％、例如，约30％至约400％、例如，约35％至约350％、例如，约40％至约300％、例如，约45％至约250％、例如，约50％至约200％、例如，约55％至约150％、例如，约60％至约100％、例如，约65％至约100％、例如，约70％至约100％、例如，约75％至约100％、例如，约80％至约100％、例如，约85％至约100％、例如，约90％至约100％、例如，约95％至约100％、例如，约98％至约100％。在一些情况下，治疗可以增加无进展存活期(PFS)(例如，增加约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、约96％或更多、约97％或更多、约98％或更多或约99％或更多)。在一些情况下，治疗可以增加PFS，例如，增加约5％至约500％、例如，约10％至约450％、例如，约20％至约400％、例如，约25％至约350％、例如，约30％至约400％、例如，约35％至约350％、例如，约40％至约300％、例如，约45％至约250％、例如，约50％至约200％、例如，约55％至约150％、例如，约60％至约100％、例如，约65％至约100％、例如，约70％至约100％、例如，约75％至约100％、例如，约80％至约100％、例如，约85％至约100％、例如，约90％至约100％、例如，约95％至约100％、例如，约98％至约100％。
“组织样品”或“细胞样品”是指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官、组织样品、活组织检查和/或吸出物的实体组织；血液或任何血液成分，例如血浆；体液，例如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；受试者妊娠或发育中任何时候的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品获自疾病(例如，癌症，例如肺癌(例如，NSCLC，包括非鳞状NSCLC和鳞状NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))组织/器官。组织样品可以包含在自然环境天然不与组织混合的化合物，例如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素等。
为了本文的目的，组织样品的“切片”是指组织样品的单个部分或一片，例如，从组织样品切下的组织或细胞的薄片。应当理解，可以获取组织样品的多个切片并进行分析，前提是应当理解，可以在形态学和分子水平上对组织样品的同一切片进行分析，或者可以针对多肽和多核苷酸进行分析。
术语“三级淋巴结构”和“TLS”在本文中可互换使用，是指可在非淋巴组织中(例如，在慢性炎症部位，包括肿瘤)形成的异位淋巴结构。这些术语可以指不同组织的结构，例如，从淋巴细胞簇到让人联想到次级淋巴器官的分离的结构。例如，这些术语涵盖类似TLS的结构。在某些情况下，TLS可包含不同的T细胞和B细胞区室、成纤维网状细胞(FRC)网络、外周淋巴结地址素(PNAd+)高内皮细胞小静脉(HEV)、滤泡性树突状细胞(FDC)、B细胞区内类别转换和反应性生发中心(GC)的证据和/或活化诱导的胞苷脱氨酶(AID)(一种在参与体细胞超突变启动和免疫球蛋白基因类别转换的GC B细胞中表达的酶)的表达。有关癌症中的TLS的综述，参见Colbeck等人Front.Immunol.8:1830,2017。
如本文所用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖，无论是恶性还是良性，以及所有前癌性和癌性细胞和组织。术语“癌症”、“癌性”、“细胞增生性病症”、“增生性病症”和“肿瘤”在本文中并不互相排斥。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链的参与抗体与抗原结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，其中每个结构域包含四个保守框架区(FR)和三个高变区(HVR)。(参见，例如，Kindt等人，KubyImmunology，第6版，W.H.Freeman and Co.，第91页(2007)。)单个VH或VL结构域可足以赋予抗原结合特异性。此外，结合特定抗原的抗体可分别使用来自结合该抗原的抗体的VH或VL结构域来进行分离，以筛选互补VL或VH结构域的文库。参见，例如，Portolano等人，J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人，Nature 352:624-628(1991)。
II.诊断方法
本文提供了用于鉴别可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC))、肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))或乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)))的个体。
本文进一步提供了用于为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的选择疗法的方法；用于确定患有癌症的个体是否可能对包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法；用于预测患有癌症的个体对包含PD-L1轴结合拮抗剂的应答性的方法；以及监测患有癌症的个体对包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的应答的方法。
本文所提供的方法中的任一者可包括确定本文所公开的任何生物标志物的存在和/或表达水平。例如，生物标志物可包括从个体获得的样品中以下表1至17中任一者中列出的生物标志物的存在和/或表达水平；从个体获得的样品中TLS的存在；从个体获得的样品中的B细胞的数量；来自个体的样品中的克隆扩增的B细胞的情况；和/或它们的组合。可使用任何合适的样品，例如，本文所公开的任何样品类型，包括肿瘤样品。
本文所提供的方法中的任一者可进一步包括为个体选择疗法，例如包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法(例如，如下文第IV部分所述)。
本文所提供的方法中的任一者可进一步包括向个体施用单独的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
表1：示例性生物标志物
CD79A
SLAMF7
BTK
TNFRSF17
IGJ
IGLL5
RBPJ
MZB1
CCL2
CCL3
CCL4
CCL5
CCL8
CCL18
CCL19
CCL21
CXCL9
CXCL10
CXCL11
CXCL13
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的表1中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)基因的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、无进展存活期(PFS)的延长或经确定的最佳总应答(BCOR)的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长。
A.B细胞特征
(i)与B细胞相关联的基因特征
在一些方面，本文所提供的方法可涉及确定B细胞特征中的一种或多种基因的表达水平。可使用任何合适的B细胞特征。例如，B细胞特征可包括表2中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)基因。
表2：示例性B细胞特征基因
CD79A
CD19
BANK1
JCHAIN
SLAMF7
BTK
TNFRSF17
IGJ
IGLL5
RBPJ
MZB1
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，该方法包括确定基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定CD79A的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定CD19的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定BANK1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定JCHAIN的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定SLAMF7的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定BTK的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定TNFRSF17的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGJ的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLL5的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定RBPJ的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定MZB1的表达水平。
在一些情况下，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些情况下，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
在一些情况下，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在又一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些情况下，样品中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可确定B细胞特征基因的任何组合。例如，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的两种基因，例如，表3中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的三种基因，例如，表4中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的四种基因，例如，表5中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的五种基因，例如，表6中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的六种基因，例如，表7中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的七种基因，例如，表8中列出的组合中的任一者。
表3：B细胞特征基因的示例性双基因组合
Figure BDA0003990674580000841
Figure BDA0003990674580000851
表4：B细胞特征基因的示例性三基因组合
Figure BDA0003990674580000861
Figure BDA0003990674580000871
Figure BDA0003990674580000881
表5：B细胞特征基因的示例性四基因组合
Figure BDA0003990674580000882
Figure BDA0003990674580000891
Figure BDA0003990674580000901
表6：B细胞特征基因的示例性五基因组合
Figure BDA0003990674580000902
Figure BDA0003990674580000911
Figure BDA0003990674580000921
表7：B细胞特征基因的示例性六基因组合
Figure BDA0003990674580000922
Figure BDA0003990674580000931
Figure BDA0003990674580000941
表8：B细胞特征基因的示例性七基因组合
CD79A、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和RBPJ
CD79A、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和MZB1
CD79A、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、RBPJ和MZB1
CD79A、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD79A、SLAMF7、BTK、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD79A、SLAMF7、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD79A、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD19、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和RBPJ
CD19、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和MZB1
CD19、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、RBPJ和MZB1
CD19、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD19、SLAMF7、BTK、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD19、SLAMF7、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
CD19、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
BANK1、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和RBPJ
BANK1、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和MZB1
BANK1、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、RBPJ和MZB1
BANK1、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGLL5、RBPJ和MZB1
BANK1、SLAMF7、BTK、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
BANK1、SLAMF7、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
BANK1、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和RBPJ
JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5和MZB1
JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、RBPJ和MZB1
JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGLL5、RBPJ和MZB1
JCHAIN、SLAMF7、BTK、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
JCHAIN、SLAMF7、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
JCHAIN、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1
在一些情况下，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1。
在一些情况下，表达水平为核酸表达水平。例如，在一些情况下，核酸表达水平为mRNA表达水平。mRNA表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。在一些情况下，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在其他情况下，表达水平为蛋白质表达水平。蛋白质表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
(ii)与浆B细胞相关联的基因特征
在一些方面，与本公开的组合物和方法联合使用的B细胞特征为浆B细胞特征。可使用任何合适的浆B细胞特征。例如，浆B细胞特征可包括表9中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)基因。
表9：示例性浆B细胞特征基因
MZB1
DERL3
JSRP1
TNFRSF17
SLAMF7
IGHG2
IGHGP
IGLV3-1
IGLV6-57
IGHA2
IGKV4-1
IGKV1-12
IGLC7
IGLL5
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，该方法包括确定基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定MZB1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定DERL3的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定JSRP1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定TNFRSF17的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定SLAMF7的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGHG2的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGHGP的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLV3-1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLV6-57的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGHA2的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGKV4-1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGKV1-12的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLC7的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLL5的表达水平。
在一些情况下，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些情况下，样品中的一种或多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
在一些情况下，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在又一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些情况下，样品中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可确定浆B细胞特征基因的任何组合。例如，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的两种基因，例如，表10中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的三种基因，例如，表11中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的四种基因，例如，表12中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的五种基因，例如，表13中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的六种基因，例如，表14中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的七种基因，例如，表15中列出的组合中的任一者。
表10：浆B细胞特征基因的示例性双基因组合
Figure BDA0003990674580001021
Figure BDA0003990674580001031
表11：浆B细胞特征基因的示例性三基因组合
MZB1、DERL3和JSRP1
MZB1、DERL3和TNFRSF17
MZB1、DERL3和SLAMF7
MZB1、DERL3和IGHG2
MZB1、DERL3和IGHGP
MZB1、DERL3和IGLV3-1
MZB1、DERL3和IGLV6-57
MZB1、DERL3和IGHA2
MZB1、DERL3和IGKV4-1
MZB1、DERL3和IGKV1-12
MZB1、DERL3和IGLC7
MZB1、DERL3和IGLL5
MZB1、JSRP1和TNFRSF17
MZB1、JSRP1和SLAMF7
MZB1、JSRP1和IGHG2
MZB1、JSRP1和IGHGP
MZB1、JSRP1和IGLV3-1
MZB1、JSRP1和IGLV6-57
MZB1、JSRP1和IGHA2
MZB1、JSRP1和IGKV4-1
MZB1、JSRP1和IGKV1-12
MZB1、JSRP1和IGLC7
MZB1、JSRP1和IGLL5
MZB1、TNFRSF17和SLAMF7
MZB1、TNFRSF17和IGHG2
MZB1、TNFRSF17和IGHGP
MZB1、TNFRSF17和IGLV3-1
MZB1、TNFRSF17和IGLV6-57
MZB1、TNFRSF17和IGHA2
MZB1、TNFRSF17和IGKV4-1
MZB1、TNFRSF17和IGKV1-12
MZB1、TNFRSF17和IGLC7
MZB1、TNFRSF17和IGLL5
表12：浆B细胞特征基因的示例性四基因组合
Figure BDA0003990674580001051
Figure BDA0003990674580001061
表13：浆B细胞特征基因的示例性五基因组合
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和SLAMF7
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGHG2
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGHGP
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGLV3-1
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGLV6-57
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGHA2
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGKV4-1
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGKV1-12
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGLC7
MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17和IGLL5
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGHG2
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGHGP
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGLV3-1
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGLV6-57
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGHA2
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGKV4-1
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGKV1-12
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGLC7
MZB1、DERL3、JSRP1、SLAMF7和IGLL5
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGHGP
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGLV3-1
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGLV6-57
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGHA2
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGKV4-1
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGKV1-12
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGLC7
MZB1、DERL3、JSRP1、IGHG2和IGLL5
表14：浆B细胞特征基因的示例性六基因组合
Figure BDA0003990674580001062
Figure BDA0003990674580001071
表15：浆B细胞特征基因的示例性七基因组合
Figure BDA0003990674580001072
Figure BDA0003990674580001081
在一些情况下，基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5。
在一些情况下，表达水平为核酸表达水平。例如，在一些情况下，核酸表达水平为mRNA表达水平。mRNA表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。在一些情况下，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在其他情况下，表达水平为蛋白质表达水平。蛋白质表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
B.三级淋巴结构(TLS)
在一些方面，本文所提供的方法可涉及确定来自患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的样品(例如，肿瘤样品)中TLS的存在。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中三级淋巴结构(TLS)的存在，其中在该样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中TLS的存在，其中在该样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，确定来自个体的样品中存在TLS，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可使用任何合适的方法来确定样品中TLS的存在。例如，在一些情况下，TLS的存在是通过组织学染色、IHC、免疫荧光或基因表达分析来确定的。
可使用任何合适的组织学染色方法。例如，在一些情况下，组织学染色包括苏木精和伊红(H&E)染色。
可使用任何合适的IHC或免疫荧光方法。在一些情况下，IHC或免疫荧光包括例如使用抗体(例如，抗CD62L抗体、抗L-选择素抗体、抗CD40抗体和/或抗CD8抗体)来检测CD62L、L-选择素、CD40或CD8。在一些情况下，使用MECA-79抗体检测CD62L或L-选择素。
在一些情况下，基因表达分析包括确定样品中的TLS基因特征的表达水平。例如，基因表达分析可涉及确定本文所公开的任何TLS特征的表达水平(参见，例如，下文第II部分C小节)。在一些情况下，TLS基因特征包括基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种。
在一些情况下，样品可包括一个TLS。在其他情况下，样品可包括多于一个TLS，例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个或更多个TLS。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
C.TLS特征
在一些方面，本文所提供的方法可涉及确定TLS特征中的一种或多种基因的表达水平。可使用任何合适的TLS特征。例如，TLS特征可包括表16中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)基因。
表16：示例性TLS特征基因
CCL2
CCL3
CCL4
CCL5
CCL8
CCL18
CCL19
CCL21
CXCL9
CXCL10
CXCL11
CXCL13
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的三种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的四种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的五种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的六种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的七种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的八种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的九种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十一种或更多种。
TLS特征基因的任何组合可确定为例如，选自以下项的两种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的三种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的四种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的五种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的六种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的七种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的八种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的九种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的十种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的十一种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；或选自以下项的十一种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13。
在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13。
在一些情况下，表达水平为核酸表达水平。例如，在一些情况下，核酸表达水平为mRNA表达水平。mRNA表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。在一些情况下，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在其他情况下，表达水平为蛋白质表达水平。蛋白质表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
D.B细胞数量和克隆扩增的B细胞
在一些方面，本文所提供的方法可涉及确定来自个体的样品中B细胞的存在和/或数量。在一些方面，本文所提供的方法可涉及确定来自个体的样品中克隆扩增的B细胞的存在和/或数量。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中的B细胞的数量，其中在该样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中的B细胞的数量，其中在该肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的B细胞的数量高于参考数量，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
可确定任何合适类型的B细胞的存在和/或数量。例如，在一些情况下，B细胞包括CD79+B细胞、IgG+B细胞和/或浆细胞。
在一些实施例中，可确定克隆扩增的B细胞的存在和/或数量。
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定该个体在来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中是否具有克隆扩增的B细胞，其中该样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定该个体在来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中是否具有克隆扩增的B细胞，其中该样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品(例如，肿瘤样品)包含克隆扩增的B细胞，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
克隆扩增的B细胞可为任何类型的B细胞。例如，在一些情况下，克隆扩增的B细胞为克隆扩增的浆细胞。
克隆扩增的B细胞可通过任何合适的方法来检测。例如，在一些情况下，克隆扩增的B细胞通过测量肿瘤样品中的B细胞受体(BCR)基因谱系的多样性来检测。在一些情况下，在来自个体的肿瘤样品中的BCR基因谱系的香农多样性指数(SDI)低于参考SDI的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
E.T效应子特征
本文所述的方法中的任一者可进一步包括确定一种或多种T效应子特征基因的存在和/或表达水平。可使用任何合适的T效应子特征。例如，T效应子特征可包括表17中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)基因。在一些情况下，进一步检测CD274。
表17：示例性T效应子特征基因
CD8A
EOMES
GZMA
TBX21
IFNG
GZMB
CXCL9
CXCL10
例如，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自个体的样品中的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达书评，其中在(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平高于表1中列出的一种或多种基因和基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自个体的样品中的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达书评，其中在(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平高于表1中列出的一种或多种基因和基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种中每一者的表达水平的平均Z评分的中位数。
在另一个实例中，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自个体的样品中的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中在(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因高于该一种或多种B细胞特征基因和该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在又一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自个体的样品中的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中在(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因高于该一种或多种B细胞特征基因和该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因中每一者的表达水平的平均Z评分的中位数。
在另一个实例中，本文提供了一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括确定来自个体的样品中的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中在(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因高于该一种或多种B细胞特征基因和该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在又一个实例中，本文提供了一种为患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自个体的样品中的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中在(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因高于该一种或多种B细胞特征基因和该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的个体。
在一些情况下，样品中的(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。可施用任何合适的PD-L1轴结合拮抗剂，例如，本文所提供的任何PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文第IV部分所述)。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因中每一者的表达水平的平均Z评分的中位数。
在前述方法中任一者的一些实例中，进一步确定CD274的存在和/或表达水平。
在本文所述的方法中的任一者中，该方法可进一步包括确定CD79A、CD274的表达水平以及T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平。
F.表达水平的确定
(i)检测方法
本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的免疫评分表达水平可基于核酸表达水平，并且优选地基于mRNA表达水平。可基于本领域中已知的任何合适的标准来定性和/或定量来确定本文所述的基因的存在和/或表达水平/量，包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数。
在一些情况下，本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸表达水平可通过基于聚合酶链反应(PCR)的测定(例如，定量PCR、实时PCR、定量实时PCR(qRT-PCR)、逆转录酶PCR(RT-PCR)和逆转录酶定量PCR(RT-qPCR))进行测量。用于执行定量PCR测定的平台包括(例如，BIOMARKTMHD系统)。其他基于扩增的方法包括例如转录介导的扩增(TMA)、链置换扩增(SDA)、基于核酸序列的扩增(NASBA)和信号放大方法诸如bDNA。
在一些情况下，本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸表达水平也可通过基于测序的技术诸如RNA-seq、基因表达系列分析(SAGE)、高通量测序技术(例如，大规模并行测序)和Sequenom
Figure BDA0003990674580001261
技术进行测量。核酸表达水平(例如，表1至17中任一者中列出的基因中的一种或多种的表达水平)也可通过例如NanoString nCounter和高覆盖率表达谱分析(HiCEP)进行测量。用于评估基因和基因产物的状态的其他方案可参见例如Ausubel等人编，1995，Current Protocols In MolecularBiology，第2单元(Northern印迹法)、4(Southern印迹法)、15(免疫印迹法)和18(PCR分析)。
用于检测本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸水平方的其他方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA(诸如靶mRNA)的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品反转录并标记以产生cDNA探针。然后将探针与固定在固体支持物上的核酸阵列杂交。配置该阵列，以便知道该阵列每个部件的顺序和位置。标记的探针与特定阵列部件的杂交表明衍生出该探针的样品表达该基因。
引物和探针可以用可检测的标志物(诸如放射性同位素、荧光化合物、生物发光化合物、化学发光化合物、金属螯合剂或酶)进行标记。此类探针和引物可用于检测样品中表达的基因(诸如表1至17中任一者中列出的基因中的一种或多种)的存在。如本领域的技术人员将理解的，可基于本文提供的序列(或在基因组DNA的情况下，基于其相邻序列)制备许多不同的引物和探针，并且有效地用于扩增、克隆和/或确定本文所述的基因的存在和/或其表达水平。
用于检测本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸表达水平的其他方法包括电泳、Northern印迹分析和Southern印迹分析、原位杂交(例如，单个或多重核酸原位杂交)、RNA酶保护测定和微阵列(例如，Illumina BEADARRAYTM技术)；用于检测基因表达的微珠阵列(BADGE))。
在一些情况下，本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的免疫评分表达水平可通过多种方法进行分析，包括但不限于RNA-seq、PCR、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR、多重RT-qPCR、
Figure BDA0003990674580001271
基因表达测定、微阵列分析、基因表达系列分析(SAGE)、Northern印迹分析、MassARRAY、ISH和全基因组测序或它们的组合。
在另外的情况下，可使用选自由以下项组成的组中的方法检测样品中本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的免疫评分表达水平：RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR、多重RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FACS、蛋白质印迹分析、ELISA、免疫沉淀、免疫组织化学、免疫荧光、放射免疫测定、斑点杂交、免疫检测方法、HPLC、表面等离子共振、光谱法、质谱法、HPLC和ISH或它们的组合。
(ii)RT-qPCR
在一些情况下，本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸表达水平可使用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行检测。RT-qPCR技术是PCR的一种形式，其中待扩增的核酸是首先被逆转录成cDNA的RNA，在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。由于RNA不能用作PCR的模板，因此通过PCR进行基因表达谱分析的第一步是将RNA模板逆转录为cDNA，然后在PCR反应中将其扩增。例如，逆转录酶可包括禽类成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMY-RT)或莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)。根据具体情况和表达谱分析的目标，通常使用特异性引物、随机六聚体或oligo-dT引物引发逆转录步骤。例如，可使用GENEAMPTMRNA PCR试剂盒(Perkin Elmer,Calif,USA)，按照制造商的说明对提取的RNA进行逆转录。然后可以利用所得到的cDNA作为后续PCR反应中的模板。
PCR技术的一个变体是实时定量PCR(qRT-PCR)，其通过带有双标记的荧光探针(即
Figure BDA0003990674580001281
探针)来测量PCR产物积累。定量实时聚合酶链反应技术是指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。在包括Cronin等人，Am.J.Pathol.164(l):35-42(2004)；和Ma等人，Cancer Cell 5:607-616(2004)的各种出版物中已经描述了该技术。实时荧光定量PCR与定量竞争PCR(其中利用每个靶标序列的内部竞争基因进行归一化)和/或与定量比较PCR(其使用样品中包含的归一化基因或管家基因进行PCR)相容。有关进一步细节，参见例如Held等人，Genome Research 6:986-994(1996)。
使用固定、石蜡包埋的组织作为RNA源来分析基因表达的代表性方案的步骤(包括mRNA分离、纯化、引物延伸和扩增)提供于各种已发表的期刊文章中(例如：Godfrey等人，Malec.Diagnostics 2:84-91(2000)；Specht等人，Am.J.Pathol.158:419-29(2001))。简言之，一种代表性方法始于切下石蜡包埋的肿瘤组织样品的一部分(例如10微克的部分)。然后提取RNA，并且去除蛋白质和DNA。对RNA浓度进行分析后，如有必要，可包括RNA修复和/或扩增步骤，并且使用基因特异性启动子逆转录RNA，然后进行PCR。
通过基于扩增的方法(例如，RT-qPCR)所确定的核酸表达水平可以表示为循环阈值(Ct)。根据该值，可使用ΔCt(dCt)法确定每种基因的归一化表达水平，如下所示：Ct(对照基因/参考基因)-Ct(目的基因/靶基因)＝dCt(目的基因/靶基因)。本领域技术人员将理解，获得的dCt值可以是负dCt值，也可以是正dCt值。如本文所定义，更高的dCt值指示目的基因相对于对照基因的表达水平更高。相反，更低的dCt值指示目的基因相对于对照基因的表达水平更低。在已经确定多种基因的表达水平的情况下，然后可使用每种基因的表达水平(例如，以dCt值表示)确定表示多种基因的集合或复合表达水平的单个值(例如，免疫评分表达水平)。免疫评分表达水平可以是测得的每个靶基因/目的基因的dCt值的均值或中位数。因此，在一些情况下，本文所述的免疫评分表达水平可以是针对表1至17中任一者中列出的基因中的一种或多种测得的dCt值的均值或中位数。如本文所定义，更高的平均dCt或dCt中位数值指示多个靶基因相对于对照基因(或多个对照基因)的综合表达水平更高。更低的平均dCt或dCt中位数值指示多个靶基因相对于对照基因(或多个对照基因)的综合表达水平更低。如本文所述，可继而对免疫评分表达水平与本文所进一步定义的参考免疫评分表达水平进行比较。
在一些实施例中，本文所述的核酸表达水平可使用以下方法来确定，该方法包括：(a)获得或提供来自个体的样品，其中样品包括肿瘤组织样品(例如，福尔马林固定、石蜡包埋NSCLC、UC、RCC或TNBC肿瘤组织样品)；(b)从样品中分离出mRNA；(c)将mRNA逆转录为cDNA(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)；(d)使用PCR扩增cDNA(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)；以及(e)定量分析核酸表达水平(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)。
根据所用的引物或探针不同，可以在单次测定中检测一种或多种(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)。此外，可以跨一个或多个试管(例如，一个、两个、三个、四个、五个或六个或更多个试管)进行测定。
在一些情况下，该方法进一步包括：(f)将样品中的一种或多种基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸表达水平归一化至一种或多种参考基因(例如，一种、二种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或更多种参考基因，例如管家基因)的表达水平。例如，RT-qPCR可用于分析本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的免疫评分表达水平，以生成反映所分析的基因的归一化平均dCT值的免疫评分表达水平。
(iii)RNA-seq
在一些情况下，本文所述的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的核酸表达水平可使用RNA-seq进行检测。RNA-seq也称为全转录组鸟枪法测序(WTSS)，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序和/或定量以便获得有关样品的RNA含量的信息。描述RNA-Seq的出版物包括：Wang等人,RNA-Seq:a revolutionary tool fortranscriptomics,Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(2009年1月)；Ryan等人,BioTechniques 45(1):81-94(2008)；和Maher等人,Transcriptome sequencing todetect gene fusions in cancer,Nature 458(7234):97-101(2009年1月)。
(iv)样品
本文所述的样品可采集自例如疑似患有或确诊患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))并因此可能需要治疗的个体，或采集自非疑似患有癌症或确定未患有癌症但有癌症家族史的健康个体。为评估基因表达，可以在本发明的方法中使用样品，诸如包含细胞或由这些细胞产生的蛋白质或核酸的那些样品。基因的表达水平可通过评估样品(例如，组织样品，例如肿瘤组织样品，诸如活检样品)中标志物的量(例如，绝对数量或浓度)来确定。此外，可评估包含可检出的基因水平的体液或排泄物中的基因水平。用作本发明中的样品的体液或分泌物包括例如血液、尿液、唾液、粪便、胸膜液、淋巴液、痰液、腹水、前列腺液、脑脊髓液(CSF)或任何其他体液或它们的衍生物。“血液”一词旨在包括全血、血浆、血清或血液的任何衍生物。在侵入性采样方法不合适或不方便的情况下，有时可优选评估此类体液或排泄物中的基因。在其他实施例中，优选肿瘤组织样品。
样品可以是冷冻样品、新鲜样品、固定(例如，福尔马林固定)样品、离心和/或包埋(例如，石蜡包埋)样品等。在评估样品中一种或多种标记物的量之前，细胞样品可接受各种众所周知的收集后制备和贮存技术(例如，核酸和/或蛋白质提取、固定、贮存、冷冻、超滤、浓缩、蒸发、离心等)处理。同样，活检样品也可以经过采集后制备和储存技术(例如，固定，诸如福尔马林固定)的处理。
在一些实施例中，样品为血液样品。在另一种情况中，样品用于诊断测定诸如本发明的诊断测定或诊断方法中。在一些情况下，样品获自原发性或转移性肿瘤。组织活检通常用于获得代表性的肿瘤组织块。可替代地，可以以已知或认为含有目标肿瘤细胞的组织或体液形式间接获得肿瘤细胞。例如，可以通过切除、支气管镜检查、细针穿刺、支气管刷检或痰液、胸膜液或血液获得肺癌病变的样品。可以从癌症或肿瘤组织或其它身体样品(如尿液、痰液、血清或血浆)中检测基因或基因产物。上面讨论的用于检测癌性样品中靶基因或基因产物的相同技术可以应用于其它身体样品。癌细胞可能会从癌症病变中脱落下来，并出现在此类身体样品中。通过筛查此类身体样品，可以对这些癌症进行简单的早期诊断。另外，通过测试此类身体样品中的靶基因或基因产物，可以更容易地监测治疗的进展。
在一些情况下，来自个体的样品为组织样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，样品为组织样品。在一些情况下，样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，在用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗之前获得样品。在一些情况下，组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋的(FFPE)样品、存档的样品、新鲜的样品或冷冻的样品。
在一些情况下，来自个体的样品为组织样品。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品(例如，活检组织)。在一些情况下，肿瘤组织样品包括肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肺组织。在一些情况下，组织样品为膀胱组织。在一些情况下，组织样品为肾组织。在一些情况下，组织样品为乳腺组织。在一些情况下，组织样品为皮肤组织。在一些情况下，组织样品为胰腺组织。在一些情况下，组织样品为胃组织。在一些情况下，组织样品为食道组织。在一些情况下，组织样品为间皮组织。在一些情况下，组织样品为甲状腺组织。在一些情况下，组织样品为结直肠组织。在一些情况下，组织样品是头部或颈部组织。在一些情况下，组织样品为骨肉瘤组织。在一些情况下，组织样品为前列腺组织。在一些情况下，组织样品为卵巢组织、HCC(肝)、血液细胞、淋巴结或骨骼/骨髓。
在一些情况下，肿瘤组织样品提取自恶性肿瘤(即癌症)。在一些情况下，癌症为实体瘤或非实体瘤或软组织肿瘤。软组织肿瘤的实例包括白血病(例如，慢性粒细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、成人急性淋巴细胞白血病、急性骨髓性白血病、成熟B细胞急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、多淋巴细胞白血病或毛细胞白血病)或淋巴瘤(例如，非霍奇金淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤或霍奇金氏病)。实体瘤包括除血液、骨髓或淋巴系统以外的任何身体组织的癌症。实体瘤可进一步分为上皮细胞源性和非上皮细胞源性。上皮细胞实体瘤的实例包括胃肠道癌、结肠癌、结直肠癌(例如，基底细胞样结直肠癌)、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、肾癌、肝癌、胰腺癌、卵巢癌(例如，子宫内膜样卵巢癌)、头颈癌、口腔癌、胃癌、十二指肠癌、小肠癌、大肠癌、直肠癌、胆囊癌、唇癌、鼻咽癌、皮肤癌、子宫癌、男性生殖器官癌、泌尿器官癌(例如，尿路上皮癌、发育不良性尿路上皮癌、移行细胞癌)、膀胱癌和皮肤癌。非上皮细胞源性实体瘤包括肉瘤、脑肿瘤和骨肿瘤。在一些情况下，癌症为NSCLC。在一些情况下，癌症为二线或三线局部晚期或转移性非小细胞肺癌。在一些情况下，癌症为腺癌。在一些情况下，癌症为鳞状细胞癌。
(v)RNA提取
在检测核酸水平之前，可以从目标样品中分离出mRNA。在一些情况下，mRNA是从肿瘤或肿瘤细胞系或者正常组织或细胞系中分离出的总RNA。可从多种肿瘤组织(包括乳腺、肺、结肠、前列腺、脑、肝、肾、胰腺、胃、胆囊、脾、胸腺、睾丸、卵巢、子宫等)、相应的正常组织或肿瘤细胞系中分离出RNA。如果mRNA的来源为原发性肿瘤，则可从冷冻或存档的石蜡包埋和固定(例如，福尔马林固定)的组织样品中提取mRNA。提取mRNA的一般方法是本领域中所熟知的，并且公开于分子生物学的标准教科书中，这些教科书包括：Ausubel等人，CurrentProtocols of Molecular Biology，John Wiley and Sons(1997)。从石蜡包埋的组织中提取RNA的方法公开于例如以下文献中：Rupp和Locker，Lab Invest.56:A67(1987)；以及DeAndres等人，Bio Techniques 18:42044(1995)。特别地，可使用商业性制造商(例如Qiagen)纯化试剂盒、缓冲液组套和蛋白酶，根据制造商的说明进行RNA分离。例如，可使用Qiagen RNeasy微型柱从培养物中的细胞中提取总RNA。其他可商购获得的RNA分离试剂盒包括
Figure BDA0003990674580001331
全套DNA和RNA纯化试剂盒(
Figure BDA0003990674580001332
Madison，Wis.)和石蜡块RNA分离试剂盒(Ambion,Inc.)。例如，可使用RNA Stat-60(TelTest)从组织样品中分离出总RNA。例如，还可利用氯化铯密度梯度离心分离由肿瘤组织样品中制备的RNA。
(vi)免疫评分表达水平
免疫评分表达水平可反映本文所述的一种或多种基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的表达水平。在某些情况下，为确定免疫评分表达水平，使用本领域已知的标准归一化方法中的任一者对每种基因的已检出表达水平进行归一化。本领域技术人员将理解，所使用的归一化方法可以取决于所用的基因表达方法(例如，在RT-qPCR方法的情况下，可使用一个或多个管家基因进行归一化，但是在RNA-seq方法的情况下，可使用全基因组或基本上全基因组作为归一化基线)。例如，对于测定的一种或多种基因的量差异、所用样品的质量可变性和/或测定运行之间的可变性，可将每个被测基因的检测表达水平归一化。
在一些情况下，可通过检测特定的一种或多种归一化基因(包括一种或多种参考基因，例如管家基因)的表达来实现归一化。例如，在一些情况下，可以将使用本文所述的方法检测的核酸表达水平(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)归一化至一种或多种参考基因(例如，一种、二种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或更多种参考基因，例如管家基因)的表达水平。替代性地，归一化可基于所有被测基因的平均信号或信号的中位数。基于逐个基因，可以对测得的受试者肿瘤mRNA的归一化量与参考免疫评分表达水平下发现的量进行比较。在待分析的特定受试者样品中测量的存在和/或表达水平/量将落在该范围内的某个百分位数处，这可以通过本领域众所周知的方法来确定。
在一些情况下，为确定免疫评分表达水平，检测到的每个被测基因的表达水平均未经归一化。
免疫评分表达水平可反映本文所述的单一基因或多种基因(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的集合或复合表达水平。本领域中已知的任何统计方法均可用于确定免疫评分表达水平。
例如，免疫评分表达水平可反映所测定的基因的组合(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的中值表达水平、平均表达水平或反映集合Z评分表达水平的数值。
在一些情况下，免疫评分表达水平反映所测定的基因的组合(例如，对于表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的中值归一化表达水平、平均归一化表达水平或反映集合Z评分归一化表达水平的数值。
例如，免疫评分表达水平可反映表1至17中任一者中列出的两种或更多种基因的组合中每种基因的表达水平的平均值(均值)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映表1至17中任一者中列出的两种或更多种基因的组合中每种基因的归一化表达水平的平均值(均值)(例如，归一化至参考基因，例如管家基因)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映表1至17中任一者中列出的两种或更多种基因的组合中每种基因的表达水平的中位数。在一些情况下，免疫评分表达水平反映表1至17中任一者中列出的两种或更多种基因的组合中每种基因的归一化表达水平的中位数值(例如，归一化至参考基因，例如管家基因)。在一些情况下，免疫评分表达水平反映表1至17中任一者中列出的两种或更多种基因的组合中每种基因的Z评分。
(vii)参考免疫评分表达水平
参考免疫评分表达水平可以是通过分析本文所述的参考群体中的任一者所得到值。在一些情况下，参考免疫评分表达水平可以是基于参考免疫评分表达水平选择的“临界”值，该临界值将参考群体划分为不同的子集，例如，对PD-L1轴结合拮抗剂疗法和非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗应答存在显著差异(例如，统计学显著差异)的子集。在此类情况下，可基于无进展存活期(PFS)或总存活期(OS)评估相对治疗应答，例如以危险比(HR)表示(例如，无进展存活期HR(PFS HR)或总存活期HR(OS HR))。
在某些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平(即，高于临界值)的显著差异，明显(例如，具有统计学意义)区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著改善。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平(即，高于临界值)的基本上最大的差异，基本上最佳区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在某些特定情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平(即，高于临界值)的最大差异，最佳区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在某些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平(即，低于临界值)的显著差异，明显(例如，具有统计学意义)区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平(即，低于临界值)的基本上最大的差异，基本上最佳区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
在某些特定情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平，其基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性与个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性之间的低于参考免疫评分表达水平(即，低于临界值)的最大差异，最佳区分参考群体中已接受用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))疗法治疗的个体的第一子集与同一参考群体中已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体的第二子集，其中个体对非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性相对于个体对PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的应答性得到显著(例如，具有统计学意义)改善。
参考免疫评分表达水平可根据参考群体中的任意数量的个体和/或任意数量的参考样品(例如，参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织)来确定。参考样品可以是单个样品或多个样品的组合。基于参考样品的参考免疫评分表达水平可基于任意数量的参考样品(例如，2个或更多个、5个或更多个、10个或更多个、50个或更多个、100个或更多个、500个或更多个或1000个或更多个参考样品)。在某些情况下，参考样品包括从获自多个个体的样品中提取的合并mRNA样品。此外，基于参考群体或其样品的参考免疫评分表达水平可基于参考群体中任意数量的个体(例如，参考群体中2个或更多个、5个或更多个、10个或更多个、50个或更多个、100个或更多个、500个或更多个或1000个或更多个个体)。可使用本领域已知的任何统计方法，基于参考群体中的多个样品或多个个体，由测量结果确定参考免疫评分表达水平。参见例如：Sokal R.R.和Rholf,F.J.(1995)“Biometry:theprinciples and practice of statistics in biological research”，W.H.Freeman andCo.，New York，N.Y.。
(viii)参考群体
参考免疫评分表达水平可反映一个或多个参考群体(或参考样品)中本文所述的一种或多种基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的一种或多种表达水平，或预先指定的参考值。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有肺癌(例如，NSCLC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有肾癌(例如，RCC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有膀胱癌(例如，UC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为患有乳腺癌(例如，TNBC)的个体群体。在一些情况下，参考群体为未患癌症的个体群体。
此外，参考群体可包括个体的一个或多个子集(例如，一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个或十个或更多个子集)。
在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体，其中个体群体包括已接受用至少一剂(例如，至少一剂、至少两剂、至少三剂、至少四剂、至少五剂、至少六剂、至少七剂、至少八剂、至少九剂或至少十剂或多于十剂)包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的疗法治疗的个体的子集。在一些情况下，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的疗法为单药治疗。在其他情况下，包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的疗法为组合治疗，其包括除PD-L1轴结合拮抗剂以外的至少一种另外的治疗剂(例如，抗癌疗法(例如，抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合))。
在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体，其中个体群体包括已接受用不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，抗癌疗法(例如，抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合))的疗法治疗的个体群体。
在一些情况下，参考群体包括来自不同子集的个体的组合。例如，在一些情况下，参考群体可以是患有癌症的个体群体，该个体群体包括：(i)已接受用包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂疗法)治疗的个体的第一子集；以及(ii)不包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗癌疗法(例如，抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合)的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，非PD-L1结合拮抗剂疗法)治疗的个体的第二子集。第一子集中的PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂疗法)可以已作为单药治疗或组合疗法施用。
III.治疗方法和治疗用途
本文还提供了用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法、药物及其用途，这些方法包括基于已在来自个体的样品中测得本文所公开的生物标志物中的任一者的一种或多种的存在和/或表达水平，向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
本文所提供的方法中的任一者可包括确定本文所公开的任何生物标志物的存在和/或表达水平。在一些情况下，本文所提供的任何方法可包括基于之前确定的本文所公开的任何生物标志物的存在和/或表达水平，向个体施用PD-L1结合拮抗剂。在其他情况下，本文所提供的任何方法可包括在确定本文所公开的任何生物标志物的存在和/或表达水平之前，向个体施用PD-L1结合拮抗剂。
该方法、药物和用途中的任一者可包括或涉及本文所公开的PD-L1轴结合拮抗剂中的任一者(例如，在第IV部分)。
例如，生物标志物可包括从个体获得的样品中表1至17中任一者中列出的生物标志物的存在和/或表达水平；从个体获得的样品中TLS的存在；从个体获得的样品中B细胞的数量；来自个体的样品中克隆扩增的B细胞的存在；和/或它们的组合。可使用任何合适的样品，例如，本文所公开的任何样品类型，包括肿瘤样品。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的表1中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)基因的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的表1中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、无进展存活期(PFS)的延长或经确定的最佳总应答(BCOR)的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
A.B细胞特征
(i)与B细胞相关联的基因特征
在一些方面，本文提供的方法可涉及基于B细胞特征中的一种或多种基因的表达水平向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂。可使用任何合适的B细胞特征。例如，B细胞特征可包括表2中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)基因。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定CD79A的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定CD19的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定BANK1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定JCHAIN的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定SLAMF7的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定BTK的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定TNFRSF17的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGJ的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLL5的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定RBPJ的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定MZB1的表达水平。
在一些情况下，已确定基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种的表达水平。
在一些情况下，已确定CD79A的表达水平。
在一些情况下，已确定CD19的表达水平。
在一些情况下，已确定BANK1的表达水平。
在一些情况下，已确定JCHAIN的表达水平。
在一些情况下，已确定SLAMF7的表达水平。
在一些情况下，已确定BTK的表达水平。
在一些情况下，已确定TNFRSF17的表达水平。
在一些情况下，已确定IGJ的表达水平。
在一些情况下，已确定IGLL5的表达水平。
在一些情况下，已确定RBPJ的表达水平。
在一些情况下，已确定MZB1的表达水平。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些情况下，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
可确定B细胞特征基因的任何组合。例如，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的两种基因，例如，表3中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的三种基因，例如，表4中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的四种基因，例如，表5中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的五种基因，例如，表6中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的六种基因，例如，表7中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的七种基因，例如，表8中列出的组合中的任一者。
在一些情况下，基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1。
在一些情况下，表达水平为核酸表达水平。例如，在一些情况下，核酸表达水平为mRNA表达水平。mRNA表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。在一些情况下，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在其他情况下，表达水平为蛋白质表达水平。蛋白质表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
(ii)与浆B细胞相关联的基因特征
在一些方面，本文提供的方法可涉及基于浆B细胞特征中的一种或多种基因的表达水平向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂。可使用任何合适的浆B细胞特征。例如，浆B细胞特征可包括表9中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)基因。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定MZB1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定DERL3的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定JSRP1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定TNFRSF17的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定SLAMF7的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGHG2的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGHGP的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLV3-1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLV6-57的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGHA2的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGKV4-1的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGKV1-12的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLC7的表达水平。
在一些情况下，该方法包括确定IGLL5的表达水平。
在一些情况下，已确定基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种的表达水平。
在一些情况下，已确定MZB1的表达水平。
在一些情况下，已确定DERL3的表达水平。
在一些情况下，已确定JSRP1的表达水平。
在一些情况下，已确定TNFRSF17的表达水平。
在一些情况下，已确定SLAMF7的表达水平。
在一些情况下，已确定IGHG2的表达水平。
在一些情况下，已确定IGHGP的表达水平。
在一些情况下，已确定IGLV3-1的表达水平。
在一些情况下，已确定IGLV6-57的表达水平。
在一些情况下，已确定IGHA2的表达水平。
在一些情况下，已确定IGKV4-1的表达水平。
在一些情况下，已确定IGKV1-12的表达水平。
在一些情况下，已确定IGLC7的表达水平。
在一些情况下，已确定IGLL5的表达水平。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
B.TLS
在一些方面，本文提供的方法可涉及基于来自患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的样品(例如，肿瘤样品)中TLS的存在向该个体施用PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中TLS的存在；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中存在TLS，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中TLS的存在；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中存在TLS。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中TLS的存在；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品(例如，肿瘤样品)中存在TLS。
可使用任何合适的方法来确定样品中TLS的存在。例如，在一些情况下，TLS的存在是通过组织学染色、IHC、免疫荧光或基因表达分析来确定的。
可使用任何合适的组织学染色方法。例如，在一些情况下，组织学染色包括H&E染色。
可使用任何合适的IHC或免疫荧光方法。在一些情况下，IHC或免疫荧光包括例如使用抗体(例如，抗CD62L抗体、抗L-选择素抗体、抗CD40抗体和/或抗CD8抗体)来检测CD62L、L-选择素、CD40或CD8。在一些情况下，使用MECA-79抗体检测CD62L或L-选择素。
在一些情况下，基因表达分析包括确定样品中的TLS基因特征的表达水平。例如，基因表达分析可涉及确定本文所公开的任何TLS特征的表达水平(参见，例如，下文第II部分C小节)。在一些情况下，TLS基因特征包括基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种。
在一些情况下，样品可包括一个TLS。在其他情况下，样品可包括多于一个TLS，例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个或更多个TLS。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
C.TLS特征
在一些方面，本文提供的方法可涉及基于TLS特征中的一种或多种基因的表达水平向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂。可使用任何合适的TLS特征。例如，TLS特征可包括表16中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)基因。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中确定样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
在另一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
可使用任何合适的免疫评分参考表达水平。在一些情况下，免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中确定样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中确定样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
在另一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的三种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的四种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的五种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的六种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的七种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的八种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的九种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十种或更多种。在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十一种或更多种。
TLS特征基因的任何组合可确定为例如，选自以下项的两种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的三种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的四种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的五种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的六种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的七种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的八种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的九种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的十种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；选自以下项的十一种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13；或选自以下项的十一种基因的任何组合：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13。
在一些情况下，基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13。
在一些情况下，表达水平为核酸表达水平。例如，在一些情况下，核酸表达水平为mRNA表达水平。mRNA表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。在一些情况下，mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
在其他情况下，表达水平为蛋白质表达水平。蛋白质表达水平可使用任何合适的方法(例如，本文所公开的任何方法)来确定。在一些情况下，蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
D.B细胞数量和克隆扩增的B细胞
在一些方面，本文提供的方法可涉及基于来自个体的样品中B细胞的存在和/或数量向该个体施用PD-L1轴结合拮抗剂。在一些方面，本文所提供的方法可涉及确定来自个体的样品中克隆扩增的B细胞的存在和/或数量。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量。
在另一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量。
可确定任何合适类型的B细胞的存在和/或数量。例如，在一些情况下，B细胞包括CD79+B细胞、IgG+B细胞和/或浆细胞。
在一些实施例中，可确定克隆扩增的B细胞的存在和/或数量。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞。
在另一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞。
克隆扩增的B细胞可为任何类型的B细胞。例如，在一些情况下，克隆扩增的B细胞为克隆扩增的浆细胞。
克隆扩增的B细胞可通过任何合适的方法来检测。例如，在一些情况下，克隆扩增的B细胞通过测量肿瘤样品中的B细胞受体(BCR)基因谱系的多样性来检测。在一些情况下，在来自个体的肿瘤样品中的BCR基因谱系的香农多样性指数(SDI)低于参考SDI的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
可使用任何合适的样品。在一些情况下，样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些情况下，组织样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤样品为肿瘤组织样品。在一些情况下，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。在一些情况下，肿瘤组织样品为FFPE样品。
癌症可以为任何合适的癌症类型。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。在一些情况下，癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。在一些情况下，肺癌为NSCLC。在一些情况下，NSCLC为非鳞状NSCLC。在一些情况下，NSCLC为鳞状NSCLC。
在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。在一些情况下，该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的总存活期(OS)的延长。
E.T效应子特征
在一些方面，本文提供的方法可涉及基于一种或多种T效应子特征基因的存在和/或表达水平向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂。可使用任何合适的T效应子特征。例如，T效应子特征可包括表17中列出的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)基因。在一些情况下，进一步检测CD274。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平高于(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平高于(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平高于(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)表1中列出的基因中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种或20种)和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的参考免疫评分表达水平。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中(i)表1中列出的一种或多种基因和(ii)基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种中每一者的表达水平的平均Z评分的中位数。
例如，本文提供了一种治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)B细胞特征基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中(i)该一种或多种B细胞特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因中每一者的表达水平的平均Z评分的中位数。
在另一个实例中，本文提供了一种治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在又一个实例中，本文提供了一种在治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文提供了一种用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平。
在又一个实例中，本文提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法中，该方法包括：(a)确定来自该个体的样品中的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平，其中确定样品中的(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平；以及(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在另一个实例中，本文还提供了PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))用于制造药物的用途，该药物用于治疗个体的癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的(i)TLS特征基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)和(ii)T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的免疫评分表达水平高于(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的参考免疫评分表达水平。
在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因的免疫评分表达水平。在一些情况下，参考群体为患有癌症的个体群体。在一些情况下，个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。在一些情况下，参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。在一些情况下，不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。在一些情况下，化疗剂为多西他赛。在一些情况下，对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。在一些情况下，对治疗的应答性包括总存活期(OS)的延长。在一些情况下，参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。在一些情况下，中值表达水平为参考群体中(i)该一种或多种TLS特征基因和(ii)该一种或多种T效应子特征基因中每一者的表达水平的平均Z评分的中位数。
在前述方法中任一者的一些实例中，进一步确定CD274的存在和/或表达水平。
在本文所述的方法中的任一者中，该方法可进一步包括确定CD79A、CD274的表达水平以及T效应子特征基因CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9和CXCL10中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种)的表达水平。
F.施用
用于本文所述的方法、用途、测定和试剂盒中的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或其组合物和/或任何另外的治疗剂可配制成用于施用或通过任何合适的方法施用，这些施用方法包括例如：静脉内、肌内、皮下、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鞘内、鼻内、阴道内、直肠内、局部、瘤内、腹腔内、结膜下、囊内、粘膜、心包内、脐内、眼内、眶内、经口、局部、透皮、玻璃体内(例如通过玻璃体内注射)、通过滴眼液、通过吸入、通过注射、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注直接浸浴靶细胞、通过导管、通过灌洗、以乳霜或以脂质组合物。本文所述方法中使用的组合物也可以全身或局部施用。施用方法可以根据多种因素而变化(例如，待施用的化合物或组合物以及待治疗的病症、疾病或疾病的严重程度)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)经静脉内、肌内、皮下、局部、经口、透皮、腹膜内、眶内、通过植入、通过吸入、鞘内、心室内或鼻内施用。给药可以通过任何合适的途径进行，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种给药时间安排，包括但不限于在各个时间点处的单次或多次施用、推注施用，以及脉冲输注。
PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)与任何另外的治疗剂可以以符合良好医学实践的方式配制、投配和施用。在这种情况下需要考虑的因素包括所治疗的特定疾患、所治疗的特定哺乳动物、个体患者的临床病症、疾患的原因、药剂的递送部位、施用方法、施用的时间安排，以及执业医师已知的其他因素。PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)无需但任选地与目前用于预防或治疗所考虑的疾患的一种或多种药物同时配制和/或施用。此类其他药物的有效量取决于制剂中存在的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的量、疾患或治疗的类型以及上述其他因素。这些通常以与本文所述相同的剂量和施用途径使用，或以本文所述剂量的约1％至99％使用，或以任何剂量且通过经验/临床上确定为合适的任何途径使用。
为预防或治疗癌症(例如，肺癌(NSCLC)、膀胱癌(UC)、肾癌(RCC)或乳腺癌(TNBC))，本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的适当剂量(当单独使用或与一种或多种附加治疗剂联合使用时)将取决于待治疗疾病的类型、疾病的严重程度和进程、PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗出于预防目的还是治疗目的施用、既往治疗、患者的临床病史和对PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的应答以及主治医师的酌处权。PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)适当地一次或在一系列治疗中施用于患者。取决于上文提到的因素，一种典型的日剂量可以在从约1μg/kg至100mg/kg或更多的范围内。对于数天或更长时间的重复施用，取决于病症，治疗通常会持续直至发生期望的疾病症状抑制。此类剂量可以间歇施用，例如每周或每三周施用(例如，使得患者接受约两次至约二十次，或例如约六次剂量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体)))。可施用初始更高负荷剂量，然后施用一次或多次更低剂量。然而，其他剂量方案可能有用。这种疗法的进展易于通过常规的技术和测定法来监测。
在一些情况下，有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以在约60mg至约5000mg之间(例如，在约60mg至约4500mg之间、在约60mg至约4000mg之间、在约60mg至约3500mg之间、在约60mg至约3000mg之间、在约60mg至约2500mg之间、在约650mg至约2000mg之间、在约60mg至约1500mg之间、在约100mg至约1500mg之间、在约300mg至约1500mg之间、在约500mg至约1500mg之间、在约700mg至约1500mg之间、在约1000mg至约1500mg之间、在约1000mg至约1400mg之间、在约1100mg至约1300mg之间、在约1150mg至约1250mg之间、在约1175mg至约1225mg之间或在约1190mg至约1210mg之间，例如约1200mg±5mg、约1200±2.5mg、约1200±1.0mg、约1200±0.5mg、约1200±0.2mg或约1200±0.1mg)。在一些情况下，方法包括向个体施用约1200mg(例如，约1200mg或约15mg/kg的固定剂量)的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在一些情况下，施用于个体(例如，人)的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的量可以在0.01mg/kg个体体重至约50mg/kg个体体重的范围内(例如，在约0.01mg/kg至约45mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约40mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约35mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约30mg/kg之间、在约0.1mg/kg至约30mg/kg之间、在约1mg/kg至约30mg/kg之间、在约2mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约25mg/kg之间、在约5mg/kg至约20mg/kg之间、在约10mg/kg至约20mg/kg或在约12mg/kg至约18mg/kg，例如约15mg/kg±2mg/kg、约15mg/kg±1mg/kg、约15mg/kg±0.5mg/kg、约15mg/kg±0.2mg/kg或约15mg/kg±0.1mg/kg)。在一些情况下，方法包括向个体施用约15mg/kg的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))以每三周(q3w)1200mg的剂量经静脉施用于个体(例如，人)。该剂量可以以单次剂量或以多次剂量(例如，2、3、4、5、6、7或多于7剂)的形式施用，诸如输注。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以以每两周约840mg的剂量施用，例如，经静脉内施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以以每三周约1200mg的剂量施用，例如，经静脉内施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以以每四周约1680mg的剂量施用，例如，经静脉内施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以历时60分钟经静脉内(例如，通过输注)施用。在一些情况下，例如，如果对第一剂耐受，则后续剂量可以历时30分钟经静脉内(例如，通过输注)施用。
在一些情况下，阿特珠单抗可以以每两周约840mg的剂量经静脉内施用。
在一些情况下，阿特珠单抗可以以每三周约1200mg的剂量经静脉内施用。
在一些情况下，阿特珠单抗可以以每四周约1680mg的剂量施用，例如经静脉内施用。
在一些情况下，阿特珠单抗可以以每两周840mg的剂量经静脉内施用。
在一些情况下，阿特珠单抗可以以每三周1200mg的剂量经静脉内施用。
在一些情况下，阿特珠单抗可以以每四周1680mg的剂量施用，例如经静脉内施用。
阿特珠单抗可以历时60分钟经静脉内(例如，通过输注)施用。在一些情况下，例如，如果对第一剂耐受，则阿特珠单抗的后续剂量可以历时30分钟经静脉内(例如，通过输注)施用。
与单一治疗相比，在联合治疗中施用的抗体剂量可以减少。疗法的进展可以通过常规技术容易地监测。在一个情况下，向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)作为单药治疗以治疗癌症。在其他情况下，向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)作为组合疗法(如本文所述)以治疗癌症。
G.适应症
本文所述的方法和药物可用于通过向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))来治疗患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的患者。例如，癌症可以是肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
在一些情况下，癌症为肺癌。例如，肺癌可以是非小细胞肺癌(NSCLC)，包括但不限于局部晚期或转移性(例如，IIIB期、IV期或复发)NSCLC。在一些情况下，肺癌(例如，NSCLC)为不可切除/不可手术的肺癌(例如，NSCLC)。在一些情况下，肺癌为未接受过化疗的肺癌(例如，未接受过化疗的转移性NSCLC(mNSCLC))。在一些情况下，肺癌为非鳞状肺癌(例如，非鳞状mNSCLC)。在一些情况下，肺癌为IV期肺癌(例如，IV期mNSCLC)。在一些情况下，肺癌为复发性肺癌(例如，复发性mNSCLC)。在一些情况下，患有肺癌(例如，NSCLC)的患者具有EGFR或ALK基因组改变。在一些情况下，具有EGFR或ALK基因组改变的肺癌患者在接受一种或多种获批的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)时发生疾病进展/治疗不耐受。
在一些情况下，癌症可以是膀胱癌。例如，膀胱癌可以是尿路上皮癌(UC)，包括但不限于非肌层浸润性尿路上皮癌、肌层浸润性尿路上皮癌或转移性尿路上皮癌。在一些情况下，尿路上皮癌为转移性尿路上皮癌。
在一些情况下，癌症可以是肾癌。例如，肾癌可以是肾细胞癌(RCC)，包括I期RCC、II期RCC、III期RCC、IV期RCC或复发性RCC。
在一些情况下，癌症可以是乳腺癌。在一些情况下，乳腺癌可以是三阴性乳腺癌。例如，乳腺癌可以是三阴性乳腺癌、雌激素受体阳性乳腺癌、雌激素受体阳性/HER2阴性乳腺癌、HER2阴性乳腺癌、HER2阳性乳腺癌、雌激素受体阴性乳腺癌、孕激素受体阳性乳腺癌或孕激素受体阴性乳腺癌。
在一些情况下，患有癌症(例如本文所述的癌症)的个体既往未针对该癌症进行过治疗。例如，患有癌症的个体既往未接受过PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿替利珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
在一些情况下，患有癌症的个体既往接受过癌症治疗。在一些情况下，患有癌症的个体既往已接受包括非PD-L1轴结合拮抗剂疗法(例如，抗癌疗法(例如，细胞毒性剂、生长抑制剂、放疗、抗血管生成剂或它们的组合))的治疗。
H.组合疗法
在本文所述的方法中的任一者中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与有效量的一种或多种另外的治疗剂组合施用。合适的另外的治疗剂包括例如抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗或它们的组合。
在一些情况下，方法进一步包括向患者施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。在一些情况下，该另外的治疗剂选自由以下项组成的组：细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、放疗剂、抗血管生成剂以及它们的组合。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与化疗或化疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与放疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向疗法或靶向治疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与免疫疗法或免疫治疗剂(例如单克隆抗体)联合施用。在一些情况下，另外的治疗剂为靶向活化共刺激分子的激动剂。在一些情况下，另外的治疗剂为靶向抑制性共刺激分子的拮抗剂。
上述此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在相同或单独的制剂中)和单独施用，在单独施用的情况下，本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的施用可以在施用另外的治疗剂或药剂之前、同时和/或之后进行。在一种情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的施用和另外的治疗剂的施用彼此在约一个月内或在约一周、两周或三周内或在约一天、两天、三天、四天、五天或六天内发生。
不希望受理论的束缚，据认为通过促进活化共刺激分子或抑制负共刺激分子来增强T细胞刺激可促进肿瘤细胞死亡，从而治疗或延缓癌症的发展。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向活化共刺激分子的激动剂联合施用。在一些情况下，活化共刺激分子可包括CD40,CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些情况下，靶向活化共刺激分子的激动剂是与CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127结合的激动剂抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些情况下，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称为CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶。在一些情况下，靶向抑制性共刺激分子的拮抗剂是与CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶结合的拮抗剂抗体。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CTLA-4(也称为CD152)的拮抗剂(例如，阻断性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与伊匹木单抗(也称为MDX-010、MDX-101或
Figure BDA0003990674580001901
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与tremelimumab(也称为ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向B7-H3(也称为CD276)的拮抗剂(例如，阻断性抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与MGA271联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向TGF-β的拮抗剂(例如，metelimumab(也称为CAT-192)、fresolimumab(也称为GC1008)或LY2157299)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞(例如，细胞毒性T细胞或CTL)的过继转移的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与包含T细胞的过继转移的治疗联合施用，该T细胞包含显性负TGFβ受体(例如显性负TGFβII型受体)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与包含HERCREEM方案的治疗联合施用(参见例如ClinicalTrials.gov标识符NCT00889954)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CD137(也称为TNFRSF9、4-1BB或ILA)的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与urelumab(也称为BMS-663513)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CD40的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与CP-870893联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向OX40(也称为CD134)的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与抗OX40抗体(例如，AgonOX)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CD27的激动剂(例如激活抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与CDX-1127联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些情况下，IDO拮抗剂为1-甲基-D-色氨酸(也称为1-D-MT)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与抗体药物缀合物联合施用。在一些情况下，抗体药物缀合物包含mertansine或单甲基奥瑞他汀E(MMAE)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与抗NaPi2b抗体-MMAE缀合物(也称为DNIB0600A或RG7599)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与恩美曲妥珠单抗(也称为T-DM1、ado-trastuzumab emtansine或
Figure BDA0003990674580001921
基因泰克公司)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与DMUC5754A联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向内皮素B受体(EDNBR)的抗体药物偶联物(例如，靶向EDNBR的抗体与MMAE的缀合物)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与抗血管生成剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向VEGF的抗体(例如VEGF-A)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与贝伐珠单抗(也称为
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基因泰克公司)联合施用。例如，阿特珠单抗可以与贝伐珠单抗组合施用。在其他情况下，阿特珠单抗可以与贝伐珠单抗和一种或多种化疗剂(例如，卡铂和/或紫杉醇)组合施用。在某些情况下，阿特珠单抗可以与贝伐珠单抗、卡铂和紫杉醇组合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向血管生成素2(也称为Ang2)的抗体联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与MEDI3617联合施用。
与PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)联合施用于个体(例如，人)的VEGF拮抗剂(例如，贝伐珠单抗)可以在0.01mg/kg个体体重至约50mg/kg个体体重的范围内(例如，在约0.01mg/kg至约45mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约40mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约35mg/kg之间、在约0.01mg/kg至约30mg/kg之间、在约0.1mg/kg至约30mg/kg之间、在约1mg/kg至约30mg/kg之间、在约2mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约30mg/kg之间、在约5mg/kg至约25mg/kg之间、在约5mg/kg至约20mg/kg之间、在约10mg/kg至约20mg/kg或在约12mg/kg至约18mg/kg，例如约15mg/kg±2mg/kg、约15mg/kg±1mg/kg、约15mg/kg±0.5mg/kg、约15mg/kg±0.2mg/kg或约15mg/kg±0.1mg/kg)。例如，在一些情况下，方法包括向个体联合施用约1200mg的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))与约15mg/kg个体体重的VEGF拮抗剂(例如，贝伐珠单抗)。方法可进一步包括施用一种或多种化疗剂，诸如卡铂和/或紫杉醇。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与抗肿瘤剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CSF-1R(也称为M-CSFR或CD115)的药物联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与抗CSF-1R(也称为IMC-CS4)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与干扰素(例如干扰素α或干扰素γ)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与罗扰素-A(也称为重组干扰素α-2a)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与GM-CSF(也称为重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子、rhuGM-CSF、沙格司亭或
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)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与IL-2(也称为阿地白介素或
Figure BDA0003990674580001942
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与IL-12联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CD20的抗体联合施用。在一些情况下，靶向CD20的抗体为奥滨尤妥珠单抗(也称为GA101或
Figure BDA0003990674580001943
)或利妥昔单抗。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向GITR的抗体联合施用。在一些情况下，靶向GITR的抗体为TRX518。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与癌症疫苗联合施用。在一些情况下，癌症疫苗为肽癌症疫苗，其在一些情况下为个性化肽疫苗。在一些情况下，肽癌症疫苗为多价长肽、多肽、肽混合物、杂合肽或肽负载树突状细胞疫苗(参见例如，Yamada等人，Cancer Sci.104:14-21，2013)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与佐剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与包括TLR激动剂(例如，Poly-ICLC(也称为
Figure BDA0003990674580001944
)、LPS、MPL或CpG ODN)的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与肿瘤坏死因子(TNF)α(TNF-α)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与IL-1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与HMGB1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与ICOS激动剂联合施用，例如通过施用ICOS-L或靶向ICOS的激动性抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与选择素激动剂联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与靶向疗法联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与B-Raf的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与维莫非尼(也称为
Figure BDA0003990674580001951
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与达拉非尼(也称为
Figure BDA0003990674580001952
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与厄洛替尼(也称为
Figure BDA0003990674580001961
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与MEK的抑制剂诸如MEK1(也称为MAP2K1)或MEK2(也称为MAP2K2)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与考比替尼(也称为GDC-0973或XL-518)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与曲美替尼(也称为
Figure BDA0003990674580001962
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与K-Ras的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与c-Met的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与Onartuzumab(也称为MetMAb)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与Alk的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与AF802(也称为CH5424802或艾乐替尼)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与BKM120联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与Idelalisib(也称为GS-1101或CAL-101)联合施用。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与哌立福新(也称为KRX-0401)联合施用。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与Akt的抑制剂联合施用。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与MK2206联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与GSK690693联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与GDC-0941联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与mTOR的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与西罗莫司(也称为雷帕霉素)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与坦西莫司(也称为CCI-779或
Figure BDA0003990674580001971
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与依维莫司(也称为RAD001)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与Ridaforolimus(也称为AP-23573、MK-8669或Deforolimus)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与OSI-027联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与AZD8055联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与INK128联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与PI3K/mTOR双重抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与XL765联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与GDC-0980联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与BEZ235(也称为NVP-BEZ235)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与BGT226联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与GSK2126458联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与PF-04691502联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)可以与PF-05212384(也称为PKI-587)联合施用。
(i)临床试验中的组合疗法
PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可与一种或多种另外的治疗剂联合施用于个体，其中在治疗之前或治疗后，个体经过根据本文所述的诊断方法中的任一者的诊断测试并且已被鉴别为可能受益于用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗的个体。如下文进一步所述，另外的治疗剂可以是已在包括阿特珠单抗的癌症疗法临床试验中经过试验或正在接受试验。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥滨尤妥珠单抗和Polatuzumab vedotin联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，复发性或难治性滤泡性淋巴瘤或弥漫性大B细胞淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02729896中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
Figure BDA0003990674580001981
))联合施用，例如在乳腺癌(例如，TNBC)的治疗中，如临床试验NCT02530489中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580001982
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中(例如，在乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580001991
)和亚叶酸/奥沙利铂/5-氟尿嘧啶(FOLFOX)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
Figure BDA0003990674580001992
))和卡铂(例如，
Figure BDA0003990674580001993
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在肺癌(NSCLC)、乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
Figure BDA0003990674580001994
))联合施用，例如在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中(例如，在肺癌(NSCLC)、乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与培美曲塞(例如，
Figure BDA0003990674580001995
)和卡铂(例如，
Figure BDA0003990674580001996
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在乳腺癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、卵巢癌或膀胱癌的治疗中)，如临床试验NCT01633970中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与依托泊苷(例如，
Figure BDA0003990674580001997
)和卡铂(例如，
Figure BDA0003990674580001998
)联合施用(例如，在肺癌(例如，小细胞肺癌(SCLC))的治疗中)，如临床试验NCT02748889中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
Figure BDA0003990674580002001
)和卡铂(例如，
Figure BDA0003990674580002002
)联合施用(例如，在局部晚期或转移性肿瘤的治疗中，例如在肺癌(NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02716038中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Epacadostat(例如，INCB024360)联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)或膀胱癌(例如，尿路上皮癌)的治疗中)，如临床试验NCT02298153中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与放疗和化疗(例如，卡铂和/或紫杉醇)联合施用，例如在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中，如临床试验NCT02525757中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与维利帕尼联合施用(例如，在乳腺癌(例如，TNBC、BRCA1基因突变、BRCA2基因突变、雌激素受体阴性乳腺癌、Her2/Neu阴性乳腺癌、IIIA期乳腺癌、IIIB期乳腺癌、IIIC期乳腺癌或IV期乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02849496中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与艾乐替尼(也称为
Figure BDA0003990674580002003
)联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02013219中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与厄洛替尼(也称为
Figure BDA0003990674580002004
)联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02013219中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与MTIG7192A联合施用(例如，在晚期转移性肿瘤的治疗中)，如临床试验NCT02794571中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与维莫非尼(也称为
Figure BDA0003990674580002011
)联合施用(例如，在皮肤癌(例如恶性黑素瘤)的治疗中)，如临床试验NCT01656642中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与维莫非尼(也称为
Figure BDA0003990674580002012
)和考比替尼(也称为
Figure BDA0003990674580002013
)联合施用(例如，在皮肤癌(例如恶性黑素瘤)的治疗中)，如临床试验NCT01656642中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002014
基因泰克公司)联合施用(例如，在卵巢癌、输卵管癌或腹膜癌的治疗中)，如临床试验NCT02839707中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，淋巴细胞性淋巴瘤或复发性难治性或慢性淋巴细胞白血病(CLL))的治疗中)，如临床试验NCT02846623中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂和培美曲塞联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02657434中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与顺铂和培美曲塞联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02657434中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与Tazemetostat联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，滤泡性淋巴瘤或弥漫性大b细胞淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02220842中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，滤泡性淋巴瘤或弥漫性大b细胞淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02220842中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与来那度胺联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与达雷妥尤单抗联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与达雷妥尤单抗和来那度胺联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与达雷妥尤单抗和泊马度胺联合施用(例如，在多发性骨髓瘤的治疗中)，如临床试验NCT02431208中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002032
基因泰克公司)联合施用(例如，在肾癌(例如，肾细胞癌)的治疗中)，如临床试验NCT02420821中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与立体定向体部放射联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02400814中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与rociletinib联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02630186中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与GDC-0919联合施用(例如，在实体瘤(例如，肾细胞癌(RCC)、尿路上皮癌(UC)、三阴性乳腺癌(TNBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、黑素瘤、头颈鳞状细胞癌(HNSCC)、胃癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌或Merkel细胞癌)的治疗中)，如临床试验NCT02471846中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与二氯化镭-223联合施用(例如，在肺癌、前列腺癌(例如，去势抗性前列腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02814669中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与MOXR0916联合施用(例如，在实体瘤(例如局部晚期或转移性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02410512中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002031
基因泰克公司)和MOXR0916联合施用(例如，在实体瘤(例如局部晚期或转移性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02410512中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与阿扎胞苷联合施用(例如，在实体瘤(例如，骨髓增生异常综合征)的治疗中)，如临床试验NCT02508870中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体)可以与紫杉醇(例如，白蛋白结合型紫杉醇(nab-paclitaxel
Figure BDA0003990674580002041
)联合施用(例如，在乳腺癌(例如，TNBC)的治疗中))，如临床试验NCT02425891中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与来那度胺和奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤的治疗中)，如临床试验NCT02631577中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与依托泊苷(例如，
Figure BDA0003990674580002042
)和卡铂(例如，
Figure BDA0003990674580002043
)联合施用(例如，在肺癌(例如，小细胞肺癌(SCLC))的治疗中)，如临床试验NCT02763579中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与伊匹木单抗联合施用(例如，在局部晚期或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02174172中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与干扰素α-2b联合施用(例如，在局部晚期或转移性实体瘤(例如，NSCLC、黑素瘤或RCC)的治疗中)，如临床试验NCT02174172中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与大分割图像引导放疗联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02463994中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CDX-1401联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02495636中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CDX-1401联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02495636中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与曲妥珠单抗和帕妥珠单抗联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与恩美曲妥珠单抗联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与阿霉素和环磷酰胺联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与曲妥珠单抗、帕妥珠单抗和多西他赛联合施用(例如，在乳腺癌(例如，Her2阳性乳腺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02605915中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002061
)联合施用(例如，在肾癌(例如，晚期非透明细胞肾癌)的治疗中)，如临床试验NCT02724878中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CMB305联合施用(例如，在肉瘤(例如，粘液样/圆形细胞脂肉瘤、滑膜肉瘤、转移性肉瘤、成人复发性软组织肉瘤、局部晚期肉瘤或脂肪肉瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02609984中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与RO7009789联合施用(例如，在实体癌症(例如，局部晚期和转移性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02304393中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡介苗(也称为
Figure BDA0003990674580002062
)联合施用(例如，在膀胱癌(例如，非肌层浸润性膀胱癌)的治疗中)，如临床试验NCT02792192中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与立体定向身体放疗联合施用(例如，在肺癌(例如，NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02599454中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂和白蛋白结合型紫杉醇(也称为
Figure BDA0003990674580002063
联合施用)联合施用(例如，在乳腺癌(例如，乳腺浸润性导管癌)的治疗中)，如临床试验NCT02620280中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂、白蛋白结合型紫杉醇(也称为
Figure BDA0003990674580002071
)和佐剂化疗(包括AC或EC(阿霉素或表阿霉素和环磷酰胺)或FEC(氟尿嘧啶、表阿霉素和环磷酰胺))联合施用(例如，在乳腺癌(例如，乳腺浸润性导管癌)的治疗中)，如临床试验NCT02620280中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与吉西他滨和卡铂或顺铂联合施用(例如，在尿路上皮癌的治疗中)，如临床试验NCT02807636中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如NSCLC，例如非鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02366143中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗、紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如NSCLC，例如非鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02366143中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与cergutuzumab(也称为RO6895882)联合施用(例如，在局部晚期和/或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02350673中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与苯达莫司汀和奥滨尤妥珠单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与苯达莫司汀、环磷酰胺、奥滨尤妥珠单抗、强的松和长春新碱联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与环磷酰胺、阿霉素、奥滨尤妥珠单抗、强的松和长春新碱联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与环磷酰胺、阿霉素、强的松、长春新碱和利妥昔单抗联合施用(例如，在淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02596971中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与RO6958688联合施用(例如，在局部晚期和/或转移性实体瘤(例如，癌胚抗原(CEA)阳性实体瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02650713中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与乙酰水杨酸联合施用(例如，在卵巢癌(例如，卵巢肿瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02659384中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗联合施用(例如，在卵巢癌(例如，卵巢肿瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02659384中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与vanucizumab(也称为RO5520985)联合施用(例如，在局部晚期和/或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT01688206中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与卡铂和白蛋白结合型紫杉醇联合施用(例如，在肺癌(例如，非鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02367781中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002091
)联合施用(例如，在肾癌(例如，肾细胞癌)的治疗中)，如临床试验NCT01984242中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与考比替尼(也称为GDC-0973)联合施用(例如，在局部晚期或转移性实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT01988896中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与RO5509554联合施用(例如，在局部晚期实体瘤(例如，局部晚期和/或转移性三阴性乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌或软组织肉瘤)的治疗中)，如临床试验NCT02323191中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与伐立鲁单抗(varlilumab)联合施用(例如，在晚期癌症(例如，黑素瘤、RCC、三阴性乳腺癌、膀胱癌、头颈部癌或非小细胞肺癌)的治疗中)，如临床试验NCT02543645中所用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与考比替尼联合施用(例如，在结直肠癌的治疗中)，如临床试验NCT02788279中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与考比替尼联合施用(例如，在结直肠癌的治疗中)，如临床试验NCT02788279中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002101
)联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与贝伐珠单抗(也称为
Figure BDA0003990674580002102
)、亚叶酸、奥沙利铂和任选地卡培他滨联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与白蛋白结合型紫杉醇和吉西他滨联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与奥沙利铂、亚叶酸、5-氟尿嘧啶(5-FU)、奥沙利铂和顺铂联合施用(例如，在实体瘤的治疗中)，如临床试验NCT02715531中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与白蛋白结合型紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如，鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02367794中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与紫杉醇和卡铂联合施用(例如，在肺癌(例如，鳞状NSCLC)的治疗中)，如临床试验NCT02367794中所述。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CPI-444联合施用(例如，在晚期癌症(例如，非小细胞肺癌、恶性黑素瘤、肾细胞癌、三阴性乳腺癌、微卫星不稳定性结直肠癌(MSI)和膀胱癌)的治疗中)，如临床试验NCT02655822中所述。
IV.PD-L1轴结合拮抗剂
PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1”、“PDCD1”、“CD279”和“SLEB2”。示例性人PD-L1示出在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中。示例性人PD-1示出在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116中。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体2”、“PDCD1LG2”、“CD273”、“B7-DC”、“Btdc”和“PDL2”。示例性人PD-L2示出在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51中。在一些实施例中，PD-L1、PD-1和PD-L2是人PD-L1、PD-1和PD-L2。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以是PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。
本文所述的任何方法、供使用的组合物、用途、试剂盒或制品可包括或涉及下述任何PDL-L1轴结合拮抗剂。
在一个方面，本公开提供了在例如本文所公开的方法中的任一者中使用的PD-L1轴结合拮抗剂。在一个实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂用于治疗癌症。在一个此类实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂，例如本文所公开的任何另外的治疗剂。
在另一方面，本公开提供了PD-L1轴结合拮抗剂用于制造或制备在例如本文所公开的方法中的任一者中使用的药物的用途。在一个实施例中，药物用于治疗癌症。在一个此类实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂，例如本文所公开的任何另外的治疗剂。
A.PD-L1结合拮抗剂
在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在又一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，该抗体选自阿特珠单抗、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维鲁单抗)组成的组。
在一些情况下，抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是选自由Fab、Fab'-SH、Fv、scFv和(Fab')2片段组成的组的抗体片段。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人抗体。在一些情况下，本文所述的抗PD-L1抗体与人PD-L1结合。在一些特定情况下，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS登记号：1422185-06-5)。阿特珠单抗(基因泰克公司)也称为MPDL3280A。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链可变区(HVR-H)，该重链可变区包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，其中：
(a)HVR-H1序列为GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:1)；
(b)HVR-H2序列为AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:2)；并且
(c)HVR-H3序列为RHWPGGFDY(SEQ ID NO:3)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体进一步包含轻链可变区(HVR-L)，该轻链可变区包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列，其中：
(a)HVR-L1序列为RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:4)；
(b)HVR-L2序列为SASFLYS(SEQ ID NO:5)；并且
(c)HVR-L3序列为QQYLYHPAT(SEQ ID NO:6)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列，其中：
(a)重链可变(VH)区序列包含氨基酸序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:7)；并且
(b)轻链可变(VL)区序列包含氨基酸序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:8)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列，其中：
(a)重链包含以下氨基酸序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:9)；并且
(b)轻链包含以下氨基酸序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:10)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含(a)VH结构域，该VH结构域包含与SEQ ID NO:7的序列具有至少95％的序列同一性(例如，至少95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性)的氨基酸序列，或包含SEQ ID NO:7的序列；(b)VL结构域，该VL结构域包含与SEQ ID NO:8的序列具有至少95％的序列同一性(例如，至少95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性)的氨基酸序列，或包含SEQ ID NO:8的序列；或(c)如(a)中所述的VH结构域和如(b)中所述的VL结构域。在其他情况下，抗PD-L1抗体选自由以下项组成的组：YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。抗体YW243.55.S70为PCT公开号WO 2010/077634中所述的抗PD-L1。MDX-1105也称为BMS-936559，为PCT公开号WO 2007/005874中所述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(德瓦鲁单抗)为PCT公开号WO 2011/066389和美国专利公开号2013/034559中所述的抗PD-L1单克隆抗体。可用于本发明的方法中的抗PD-L1抗体及其制备方法描述于PCT公开号WO 2010/077634、WO2007/005874和WO 2011/066389以及美国专利号8,217,149和美国专利公开号2013/034559中，这些专利文献以引用方式并入本文。
明确设想了用于上文列举的情况中任一者的此类PD-L1结合拮抗剂抗体可具有下文第1至7小节中描述的特征中的单独的或组合的任何特征。
B.PD-1结合拮抗剂
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在又一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，抗体选自由以下项组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，Fc融合蛋白为AMP-224。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1配体结合配偶体是PD-L1和/或PD-L2。在另一个实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配体结合的分子。在具体方面，PD-L1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一个实施例中，PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-L2结合配体配偶体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂为抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)，例如如下文所述。在一些实施例中，抗PD-1抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。MDX-1106也称为MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558或纳武单抗，为WO2006/121168中所述的抗PD-1抗体。MK-3475也称为派姆单抗或Lambrolizumab，为WO 2009/114335中所述的抗PD-1抗体。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224也称为B7-DCIg，为WO 2010/027827和WO2011/066342中所述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些实施例中，抗PD-1抗体为MDX-1106。“MDX-1106”的替代名称包括MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558和纳武单抗。在一些实施例中，抗PD-1抗体是纳武单抗(nivolumab)(CAS登记号：946414-94-4)。在又一个实施例中，提供了一种分离的抗PD-1抗体，该抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:11的重链可变区氨基酸序列；和/或轻链可变区，其包含SEQ ID NO:12的轻链可变区氨基酸序列。
在又一个实施例中，提供了一种分离的抗PD-1抗体，该抗体包含重链和/或轻链序列，其中：
(a)重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ IDNO:11)，并且
(b)轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:12)。
明确设想了用于上文列举的情况中任一者的此类PD-1结合拮抗剂抗体可具有下文第1至7小节中描述的特征中的单独的或组合的任何特征。
C.抗体
1.抗体亲和力
在某些情况下，本文所提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)的解离常数(Kd)为≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如10-8M或更低，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)。
在一种情况下，通过放射性标记的抗原结合测定(RIA)测量Kd。在一个实例中，采用目的抗体的Fab形式及其抗原进行RIA。例如，通过在一系列未标记的抗原滴定存在下用最小浓度(125I)标记的抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被的板捕获结合的抗原，来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参见，例如，Chen等人，J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了确定用于测定的条件，用在50mM碳酸钠(pH 9.6)中5μg/ml捕获抗Fab抗体(Cappel Labs)包被
Figure BDA0003990674580002161
微孔板(Thermo Scientific)过夜，随后在室温(大约23℃)下用在PBS中2％(w/v)牛血清白蛋白阻断二至五小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与目的Fab的连续稀释液(例如，遵循在Presta等人，Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体(Fab-12)的评定)混合。然后将目的Fab孵育过夜；然而，孵育可以持续更长时间(例如，约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕获板以在室温下孵育(例如，一小时)。随后移除溶液并且用在PBS中的0.1％聚山梨酯20
Figure BDA0003990674580002162
洗涤该板八次。当板已干燥时，添加150μl/孔的闪烁体(MICROSCINT-20TM；Packard)，并且在TOPCOUNTTMγ计数器(Packard)上对板计数十分钟。选择给出小于或等于20％最大结合的各Fab的浓度以用于竞争性结合测定中。
根据另一种情况，使用
Figure BDA0003990674580002171
表面等离子体共振测定测量Kd。例如，使用
Figure BDA0003990674580002172
-2000或
Figure BDA0003990674580002173
-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)在25℃下用固定的抗原CM5芯片以约10个响应单位(RU)进行测定。在一种情况下，根据供应商说明书，用N-乙基-N'-(3-二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺盐酸盐(EDC)及N--羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化的葡聚糖生物感测器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠，pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，之后以5μL/分钟的流速进行注射以获得大约10响应单位(RU)的偶联蛋白质。注射抗原之后，注射1M乙醇胺以阻断未反应的基团。关于动力学测量，在25℃，以大约25μL/min的流量，注射在含有0.05％聚山梨酯20(TWEEN 20TM)表面活性剂(PBST)的PBS中的Fab的两倍连续稀释液(0.78nM至500nM)。使用简单的一对一Langmuir结合模型(
Figure BDA0003990674580002174
Evaluation Software 3.2版)，通过同时拟合缔合与解离感测器图来计算缔合速率(kon)与解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)被计算为比率koff/kon。参见，例如，Chen等人，J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。若通过上述表面等离子体共振测定得出缔合速率超过106M-1s-1，则可通过使用荧光淬灭技术来确定缔合速率，即如在分光计诸如配备止流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯所测得的，在浓度渐增的抗原存在下，测量在25℃下PBS pH 7.2中的20nM抗抗原抗体(Fab形式)的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的增加或减少。
2.抗体片段
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)为抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，以及下文描述的其他片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如，Pluckthün在The harmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,(Springer-Verlag,New York),pp.269-315(1994)中所述；还可参见WO 93/16185；以及美国专利号5,571,894和5,587,458。关于对包含补救受体结合表位残基并具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab')2片段的讨论，请参见美国专利号5,869,046。
双体抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价或双特异性的。参见例如，EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)；和Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三体抗体和四体抗体也在Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)中进行了描述。
单结构域抗体为包含抗体的全部或部分重链可变结构域或全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些情况下，单结构域抗体为人单结构域抗体(Domantis,Inc.，Waltham，MA；参见，例如，美国专利号6,248,516B1)。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及由重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)产生，如本文所述。
3.嵌合抗体和人源化抗体
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)为嵌合抗体。某些嵌合抗体描述于例如，美国专利号4,816,567和Morrison等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984)中。在一个实例中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，源自小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人灵长类动物(诸如猴)的可变区)和人恒定区。在另一个实例中，嵌合抗体为其中类别或亚类已经与亲本抗体的类别或亚类改变的“类别转换”抗体。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些情况下，嵌合抗体为人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以减少对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。通常，人源化抗体包含一个或多个可变结构域，其中HVR，例如CDR(或其部分)源自非人抗体，而FR(或其部分)源自人抗体序列。人源化抗体任选地还将包含人恒定区的至少一部分。在一些实例中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，HVR残基所来源于的抗体)的相应残基置换，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法在例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)中综述，并且进一步描述于例如Riechmann等人,Nature 332:323-329(1988)；Queen等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:10029-10033(1989)；美国专利号5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人,Methods 36:25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)移植)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“表面再塑”)；Dall'Acqua等人,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；以及Osbourn等人,Methods 36:61-68(2005)和Klimka等人,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了用于FR改组的“指导选择”方法)中。
可用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合”方法选择的框架区(参见，例如，Sims等人J.Immunol.151:2296(1993))；来源于轻链或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列的框架区(参见，例如，Carter等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；以及Presta等人J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟(体细胞突变)框架区或人种系框架区(参见，例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；以及来源于筛选FR文库的框架区(参见，例如，Baca等人,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等人,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)为人抗体。可以使用本领域已知的各种技术来产生人抗体。人抗体一般描述于van Dijk和van deWinkel,Curr Opin Pharmacol.5:368-74(2001)和Lonberg,Curr Opin Immunol.20:450-459(2008)中。
可以通过以下方式来制备人抗体：将免疫原施用于转基因动物，该转基因动物已被修饰以响应于抗原激发而产生具有人可变区的完整人抗体或完整抗体。此类动物通常含有全部或部分人免疫球蛋白基因座，该全部或部分人免疫球蛋白基因座替代内源性免疫球蛋白基因座，或者在动物的染色体外存在或随机整合至动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，内源性免疫球蛋白基因座通常已被灭活。关于从转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。另参见，例如，描述XENOMOUSETM技术的美国专利号6,075,181和6,150,584；描述
Figure BDA0003990674580002191
技术的美国专利号5,770,429；描述K-M
Figure BDA0003990674580002192
技术的美国专利号7,041,870，以及描述
Figure BDA0003990674580002201
技术的美国专利申请公开号US 2007/0061900。可以进一步修饰来自由此类动物产生的完整抗体的人可变区，例如通过与不同的人恒定区组合。
人抗体也可以通过基于杂交瘤的方法制备。已经描述了用于产生人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人杂交骨髓瘤细胞系。(参见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications，第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；以及Boerner等人，J.Immunol.,147:86(1991)。)经由人B细胞杂交瘤技术产生的人抗体也如Li等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)所述。另外的方法包括例如在美国专利号7,189,826(描述了从杂交瘤细胞系产生单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(描述了人-人杂交瘤)中描述的那些方法。人类杂交瘤技术(Trioma技术)也描述于Vollmers和Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927-937(2005)和Vollmers和Brandlein,Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)中。
人抗体还可以通过分离选自人源噬菌体展示文库的Fv克隆可变结构域序列产生。然后可以将此类可变结构域序列与预期的人恒定结构域结合。从抗体文库中选择人抗体的技术描述如下。
5.源自文库的抗体
抗体(例如，抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)可以通过筛选组合文库中具有所需活性的抗体来分离。例如，本领域已知多种方法用于产生噬菌体展示文库并筛选此类文库以获得具有所需结合特征的抗体。此类方法在，例如，Hoogenboom等人，Methods in MolecularBiology 178:1-37(O'Brien等人，编，Human Press,Totowa,NJ,2001)中综述并且进一步描述于，例如，在McCafferty等人，Nature 348:552-554；Clackson等人，Nature 352:624-628(1991)；Marks等人，J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,in Methods inMolecular Biology 248:161-175(Lo,ed.,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等人，J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等人，J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34)；12467-12472(2004)；和Lee等人，J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)中。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的所有组成成分通过聚合酶链式反应(PCR)单独克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以从该噬菌体文库中筛选抗原结合噬菌体，如在Winter等人，Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)中所描述的。噬菌体通常将抗体片段展示为单链Fv(scFv)片段或Fab片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而无需构建杂交瘤。可选地，可以克隆所有天然组成成分(例如，来自人的所有天然组成成分)以提供针对广泛的非自身抗原和自身抗原的抗体的单一来源，而无需任何免疫，如Griffiths等人，EMBO J,12:725-734(1993)所描述的。最后，还可通过以下方式来制得初始文库：克隆来自干细胞的未重排的V基因区段；以及使用含有随机序列的PCR引物来编码高度可变的CDR3区域并完成体外重排，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所述。描述人抗体噬菌体文库的专利出版物包括，例如：美国专利号5,750,373，和美国公开号2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936和2009/0002360。
在本文中从人抗体文库分离出的抗体或抗体片段被认为是人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在以上任一方面，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)可以是多特异性抗体，例如，双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些情况下，本文提供的抗体为多特异性抗体，例如，双特异性抗体。在某些情况下，结合特异性中的一种为针对PD-L1的，并且另一种为针对任何其他抗原的。在某些情况下，双特异性抗体可结合PD-L1的两个不同的表位。双特异性抗体也可用于将细胞毒性剂定位于表达PD-L1的细胞。双特异性抗体可以制备为全长抗体或抗体片段。
制备多特异性抗体的技术包括但不限于，具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见，Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983)、WO 93/08829和Traunecker等人,EMBO J.10:3655(1991))和“杵臼”工程化(参见，例如，美国专利号5,731,168)。多特异性抗体也可以通过以下技术制造：工程化静电操纵效应以制造抗体Fc-异二聚体分子(参见，例如，WO 2009/089004A1)；将两种或更多种抗体或片段交联(参见，例如，美国专利号4,676,980和Brennan等人,Science 229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来产生双特异性抗体(参见，例如，Kostelny等人,J.Immunol.148(5):1547-1553(1992))；使用“双抗体”技术制造双特异性抗体片段(参见，例如，Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993))；使用单链Fv(sFv)二聚体(参见，例如，Gruber等人,J.Immunol.152:5368(1994))；以及按照例如Tutt等人J.Immunol.147:60(1991)的描述制备三特异性抗体。
本文还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化抗体，包括“章鱼抗体”(参见，例如，US 2006/0025576A1)。
本文的抗体或片段还包括“双重作用FAb”或“DAF”，其包含与PD-L1以及另一种不同抗原结合的抗原结合位点。
7.抗体变体
在某些情况下，考虑了本文所提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)的氨基酸序列变体。例如，可能期望改善抗体的结合亲和力和/或其他生物特性。抗体的氨基酸序列变体可以通过向编码抗体的核苷酸序列中引入适当的修饰或通过肽合成来制备。此类修饰包括例如抗体氨基酸序列内残基的缺失、和/或插入和/或取代。可以进行缺失、插入和取代的任何组合以实现最终构建体，前提条件为最终构建体具有所需特征，例如，抗原结合。
I.取代、插入和缺失变体
在某些情况下，提供具有一或多个氨基酸取代的抗体变体。用于取代突变的目的位点包括HVR和FR。保守取代显示在表A中的“优选取代”标题下。更多实质性改变提供于表A中的“示例性取代”标题下，并且在下文参考氨基酸侧链类别进行了进一步描述。可以将氨基酸置换引入目的抗体中，并对产物进行预期活性(例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性，或改善的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC))筛选。
表A.示例性和优选的氨基酸取代
Figure BDA0003990674580002231
可根据共同的侧链特性将氨基酸分组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly，Pro；
(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。
非保守性取代将需要用这些类别中的一个的成员交换另一类别。
一种类型的取代变体涉及取代亲本抗体(例如，人源化抗体或人抗体)的一个或多个高可变区残基。通常，为进一步研究而选择的一种或多种所得变体相对于亲本抗体将在某些生物特性(例如，提高的亲和力和/或降低的免疫原性)上具有修饰(例如，改善)和/或将具有亲本抗体的基本上保留的某些生物特性。示例性置换变体为亲和力成熟抗体，例如，其可使用诸如本文所述的那些基于噬菌体展示的亲和力成熟技术方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变并且将变体抗体展示在噬菌体上并针对特定生物活性(例如结合亲和力)进行筛选。
例如，可改变(例如，取代)HVR，以改善抗体亲和力。此类改变可发生于HVR“热点”中，即由体细胞成熟过程中发生高频突变的密码子编码的残基(参见例如：Chowdhury，Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))和/或与抗原接触的残基(检测所得变体VH或VL的结合亲和力。通过构建并自二级文库重新选择而实现的亲和力成熟已被例如Hoogenboom等人在Methods in Molecular Biology 178:1-37(O'Brien等人编，Human Press,Totowa,NJ,(2001))中进行描述。在亲和力成熟的一些实例中，通过多种方法(例如，易错PCR、链改组或寡核苷酸定向突变)中的任一者将多样性引入出于成熟目的而挑选的可变基因中。然后创建一个二级文库。随后对该文库进行筛选以鉴别具有所需亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一种方法涉及HVR定向方法，其中将若干HVR残基(例如，每次4-6个残基)随机化。参与抗原结合的HVR残基可例如使用丙氨酸扫描突变或建模来特异性地鉴别。具体而言，常常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实例中，置换、插入或缺失可出现在一个或多个HVR内，只要此类改变基本上不降低抗体结合抗原的能力。例如，可在HVR中进行基本上不降低结合亲和力的保守性改变(例如，如本文提供的保守性取代)。此类改变可以例如在HVR中的抗原接触残基之外。在以上提供的变体VH及VL序列的某些实例中，各HVR未改变，或含有不超过一个、两个或三个氨基酸置换。
可用于鉴别可被靶向诱变的抗体残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如Cunningham和Wells(1989)Science，244:1081-1085所述。在此方法中，鉴别残基或一组靶残基(例如，带电残基，诸如Arg、Asp、His、Lys和Glu)并用中性或带负电的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可在对初始取代展示功能敏感性的氨基酸位置引入其他取代。可替代地或另外地，利用抗原-抗体复合物的晶体结构鉴别抗体与抗原之间的接触点。可靶向或消除作为取代的候选的此类接触残基和相邻残基。可筛选变体以确定它们是否具备期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基末端融合，以及一个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实例包括具有N末端甲硫氨酰残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括与增加抗体的血清半衰期的酶(例如，对于ADEPT)或多肽的抗体的N末端或C末端的融合。
II.糖基化变体
在某些情况下，可以改变本发明的抗体以增加或减少抗体被糖基化的程度。本发明抗体添加或缺失糖基化位点可以通过改变氨基酸序列以产生或去除一个或多个糖基化位点来方便地实现。
当抗体包含Fc区时，附接于其上的碳水化合物可以被改变。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含支链的、双触角寡糖，该双触角寡糖通常通过N-键结连接至Fc区的CH2结构域的Asn297。参见，例如，Wright等人TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及附接于双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实例中，可对本发明的抗体中的寡糖进行修饰，以产生具有某些改善特性的抗体变体。
在一种情况下，提供抗体变体，其具有缺乏附接(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中岩藻糖的含量可以为1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。岩藻糖的量为通过计算糖链中在Asn297处的岩藻糖的平均量确定，相对于通过MALDI-TOF质谱测得的与Asn 297附接的所有糖结构(例如，复合、杂合和高甘露糖结构)的总和，如WO 2008/077546中所述。Asn297是指位于Fc区中约297位的天冬酰胺残基(Fc区残基的EU编号)；然而，由于抗体中的微小序列变化，Asn297也可以位于297位上游或下游大约±3个氨基酸，即在294位和300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。参见，例如，美国专利公开号US 2003/0157108和US 2004/0093621。与“去岩藻糖基化”或“岩藻糖缺陷型”抗体变体有关的出版物的实例包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人，J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生去岩藻糖基化抗体的细胞系的实例包括蛋白岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等人，Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请号US 2003/0157108 A1；和WO 2004/056312 A1，Adams等人，特别是实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因，FUT8敲除CHO细胞(参见，例如，Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等人,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO2003/085107)。
抗体还提供有二等分的寡糖，例如，其中附接于抗体的Fc区的双触角寡糖被GlcNAc二等分。此类抗体变体可以具有减少的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例描述于例如WO 2003/011878；美国专利号6,602,684；和US 2005/0123546中。还提供了在连接于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。这样的抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体描述于例如WO 1997/30087、WO 1998/58964和WO 1999/22764中。
III.Fc区变体
在某些实例中，一个或多个氨基酸修饰可引入本发明的抗体的Fc区中，从而生成Fc区变体。Fc区变体可包含人Fc区序列(例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc区)，其在一个或多个氨基酸位置上包含氨基酸修饰(例如取代)。
在某些情况下，本公开考虑了具有一些但不是全部效应物功能的抗体变体，这使其成为应用的期望候选物，其中体内的抗体的半衰期为重要的而某些效应子功能(诸如补体和ADCC)为不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定，以确认CDC和/或ADCC活性的降低/耗尽。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏FcγR结合(因此可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达总结在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页的表3中。用于评定目的分子的ADCC活性的体外测定的非限制性实例描述于美国专利号5,500,362(参见，例如，Hellstrom,I.等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利号5,821,337(参见Bruggemann,M.等人，J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))中。替代性地，可以采用非放射性测定方法(参见，例如，用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定(CellTechnology,Inc.MountainView,CA)；以及CYTOTOX
Figure BDA0003990674580002271
非放射性细胞毒性测定(Promega,Madison,WI))。用于此类测定的有用效应子细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和自然杀伤(NK)细胞。替代性地或另外地，目标分子的ADCC活性可以在体内评定，例如，在动物模型(诸如在Clynes等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)中所公开的)中评定。也可以进行C1q结合测定以确认抗体不能结合C1q，因此缺乏CDC活性。参见例如WO2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评定补体激活，可以进行CDC测定(参见，例如，Gazzano-Santoro等人，J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等人，Blood.101:1045-1052(2003)；和Cragg等人，Blood.103:2738-2743(2004))。FcRn结合和体内清除/半衰期确定也可以使用本领域已知的方法执行(参见例如Petkova等人，Int'l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应子功能的抗体包括具有一个或多个Fc区残基238、265、269、270、297、327和329的取代的那些(美国专利号6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两个或更多个氨基酸位置处具有置换的Fc突变体，包括具有对残基265和297的丙氨酸置换的所谓“DANA”Fc突变体(美国专利号7,332,581和8,219,149)。
描述了具有改善的或降低的与FcR的结合的某些抗体变体。(参见例如美国专利号6,737,056；WO 2004/056312；以及Shields等人，J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)
在某些实例中，抗体变体包含具有一个或多个氨基酸置换的Fc区，其改善ADCC，例如，在Fc区的298、333和/或334位处的置换(残基的EU编号)。
在一些情况下，例如，如美国专利号6,194,551、WO 99/51642和Idusogie等人J.Immunol.164:4178-4184(2000)中所述，在Fc区中进行改变，导致改变(即，改善或减少)的C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)。
具有延长的半衰期和改善的新生儿Fc受体(FcRn)结合、负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等人，J.Immunol.117:587(1976)；以及Kim等人，J.Immunol.24:249(1994))的抗体描述于US2005/0014934A1(Hinton等人)中。那些抗体包含这样的Fc区，该Fc区中具有改善Fc区与FcRn的结合的一个或多个取代。此类Fc变体包括在以下Fc区残基中的一处或多处具有取代的Fc变体：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如对Fc区残基434的取代(美国专利号7,371,826)。
有关Fc区变体的其他实例，另外参见：Duncan和Winter，Nature322:738-40(1988)；美国专利号5,648,260；美国专利号5,624,821；以及WO 94/29351。
IV.半胱氨酸工程抗体变体
在某些实例中，可期望产生半胱氨酸工程化的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基置换。在具体实例中，置换的残基存在于抗体的可接近位点处。如本文进一步描述的，通过用半胱氨酸取代那些残基，从而将反应性硫醇基团定位于抗体的可接近位点，并且可用于将抗体与其他部分(诸如药物部分或接头-药物部分)缀合，以产生免疫缀合物。在某些实例中，可用半胱氨酸置换下列残基中的任何一个或多个：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；以及重链Fc区的S400(EU编号)。可如例如美国专利号7,521,541中所述生成半胱氨酸工程化的抗体。
V.抗体衍生物
在某些实例中，可进一步修饰本文提供的抗体以使其含有本领域已知且易于获得的附加的非蛋白质性部分。适合于抗体衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性示例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇以及它们的混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在制造中可具有优势。聚合物可具有任何分子量，并且可以具有支链或不具有支链。连接至抗体的聚合物的数目可变化，并且如果连接了多于一个聚合物，那么它们可以为相同或不同的分子。通常，可基于以下考虑因素来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体待改善的特定特性或功能、抗体衍生物是否将用于限定条件下的疗法等。
在另一个实例中，提供了抗体和可通过暴露于辐射而选择性地加热的非蛋白质性部分的缀合物。在一个实例中，非蛋白质性部分为碳纳米管(Kam等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可具有任何波长，并且包括但不限于对普通细胞没有伤害、但是将非蛋白质性部分加热至抗体-非蛋白质性部分近端的细胞被杀死的温度的波长。
VI.免疫缀合物
本发明还提供免疫缀合物，其包含与一种或多种细胞毒性剂缀合的本文所提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)，该一种或多种细胞毒性剂为诸如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如细菌、真菌、植物或动物来源的蛋白质毒素、酶活性毒素，或其片段)，或放射性同位素。
在一种情况下，免疫缀合物为抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体缀合至一种或多种药物，包括但不限于美登素类生物碱(参见美国专利号5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235 B1)；奥瑞他汀(auristatin)，诸如单甲基奥瑞他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利号5,635,483和5,780,588以及7,498,298)；多拉司他汀；卡奇霉素或其衍生物(参见美国专利号5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001和5,877,296；Hinman等人，Cancer Res.53:3336-3342(1993)；和Lode等人，Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类药物，诸如柔红霉素或多柔比星(参见Kratz等人，Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等人，Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等人，Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等人，Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等人，J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；以及美国专利号6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地碱；紫杉烷，诸如多西他赛、紫杉醇、拉罗他赛、替塞他赛和奥他他赛；单端孢菌素和CC1065。
在另一种情况下，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的本文所述的抗体，该酶活性毒素或其片段包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌)、蓖麻毒蛋白A链、相思豆毒蛋白A链、蒴莲根毒素A链、α-次黄嘌呤、油桐蛋白、石竹蛋白(dianthin protein)、美洲商陆蛋白(Phytolaca americana protein)(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜抑制剂、姜黄素、巴豆毒素、肥皂草抑制剂、明胶、丝林霉素(mitogellin)、局限曲霉素、酚霉素、依诺霉素和单端孢菌素。
在另一个实例中，免疫缀合物包括与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的本文所述的抗体。多种放射性同位素可用于生产放射性缀合物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。当放射性缀合物用于检测时，它可能包含用于闪烁显像研究的放射性原子，例如，tc99m或I123，或用于核磁共振(NMR)成像(也称为磁共振成像，mri)的自旋标记物，诸如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。可以使用多种双功能蛋白偶联剂，诸如N-琥珀酰亚氨基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧酸琥珀酰亚胺酯(SMCC)、亚氨基硫杂环戊烷(IT)、亚氨基酯的双官能衍生物(诸如己二酸二甲酯盐酸盐)、活性酯(诸如辛二酸二琥珀酰亚胺基酯)、醛(诸如戊二醛)、双叠氮基化合物(诸如双(对叠氮基苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双-(对重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)制备抗体和细胞毒剂的缀合物。例如，可以如Vitetta等人，Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰基苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)为一种示例性螯合剂，用于将放射性核苷酸缀合至抗体。参见WO94/11026。接头可以为促进细胞中细胞毒性药物释放的“可切割接头”。例如，可以使用对酸不稳定的接头、肽酶敏感的接头、对光不稳定的接头、二甲基接头或含二硫键的接头(Chari等人，Cancer Res.52:127-131(1992)；美国专利号5,208,020)。
本文的免疫缀合物或ADC明确考虑但不限于用交联剂制备的此类缀合物，包括但不限于市售的(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.，Rockford,IL.，U.S.A)BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC、磺基-SMPB和SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)。
V.药物组合物和制剂
本文所述的药物组合物和制剂可通过将一种或多种具有所需纯度的活性成分(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)与一种或多种任选的药用载体(Remington'sPharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编(1980))混合，制成冻干制剂或水溶液的形式。药用载体在所用的剂量和浓度下对受治疗者一般无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如锌蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文的示例性药用载体进一步包括间质药物分散剂，诸如可溶中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(
Figure BDA0003990674580002321
Baxter International,Inc.)。某些示例性sHASEGP和使用方法(包括rHuPH20)描述于美国专利公布号2005/0260186和2006/0104968中。在一个方面中，将sHASEGP与一种或多种另外的糖胺聚糖酶(诸如软骨素酶)组合。应当理解，上述药物组合物或制剂中的任一者可包括本文所述的免疫缀合物，该免疫缀合物代替或附加于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))。
示例性的冻干抗体制剂描述于美国专利号6,267,958中。水性抗体制剂包括在美国专利号6,171,586和WO 2006/044908中描述的那些，后一者中的制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲剂。
本文的组合物和制剂还可含有多于一种对于所治疗的特定适应症是必需的活性成分，优选是具有不会彼此不利地影响的互补活性的活性成分。例如，可以期望进一步提供另外的治疗剂(例如，化疗剂、细胞毒性剂、生长抑制剂和/或抗激素剂，诸如上文所述的那些)。此类活性成分适当地以对预期目的有效的量组合存在。
活性成分可以包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合而制备的微胶囊(例如分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)中；包埋在胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米粒子和纳米胶囊)中；或包埋在粗乳液中。此类技术公开于Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编(1980)。
可以制备缓释制备物。缓释制剂的合适实例包括含有抗体的固态疏水聚合物的半透性基质，这些基质是例如膜或微胶囊等成型制品的形式。用于体内施用的制剂通常是无菌的。无菌可以通过例如无菌过滤膜过滤而容易地实现。
VI.制品和试剂盒
在本公开的另一方面，提供了包含用于治疗、预防和/或诊断个体的材料的制品或试剂盒。
在一些情况下，此类制品或试剂盒可用于鉴别可能受益于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体。此类制品或试剂盒可包括(a)用于确定来自个体的样品中基因中的一种或多种的免疫评分表达水平的试剂，以及(b)关于使用这些试剂鉴别可能受益于包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的说明书。
例如，在一些情况下，制品或试剂盒可包括(a)用于确定来自个体的样品中的表1至17中任一者中列出的一种或多种基因的免疫评分表达水平的试剂，以及(b)关于使用这些试剂鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的说明书。
在另一个实例中，本文提供了一种试剂盒，该试剂盒包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))以及向患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体施用PD-L1轴结合拮抗剂的说明书，该个体已按照本文所公开的方法中的任一者被鉴别为可能受益于包含PD-L1结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种试剂盒，该试剂盒包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))以及向已按照本文所公开的方法中的任一者为其选择包含PD-L1结合拮抗剂的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体施用PD-L1轴结合拮抗剂的说明书。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种或11种)的表达水平的手段，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的总存活期(OS)延长。
在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的三种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的四种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的五种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的六种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的七种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的表达水平的试剂。
该试剂盒可包括用于确定B细胞特征基因中的任何组合的表达水平的试剂。例如，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的两种基因，例如，表3中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的三种基因，例如，表4中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的四种基因，例如，表5中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的五种基因，例如，表6中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的六种基因，例如，表7中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的七种基因，例如，表8中列出的组合中的任一者。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种或14种)的表达水平的手段，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平的试剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的三种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的四种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的五种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的六种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的七种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的表达水平的试剂。
该试剂盒可包括用于确定浆B细胞特征基因中的任何组合的表达水平的试剂。例如，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的两种基因，例如，表10中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的三种基因，例如，表11中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的四种基因，例如，表12中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的五种基因，例如，表13中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的六种基因，例如，表14中列出的组合中的任一者。在另一个实例中，该组合可包括选自MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的七种基因，例如，表15中列出的组合中的任一者。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自个体的肿瘤样品中TLS的存在的试剂，其中在该肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种或12种)的表达水平的试剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的三种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的四种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的五种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的六种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的七种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的八种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的九种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十一种或更多种的表达水平的试剂。在一些情况下，试剂盒包括用于确定来自个体的样品中的CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13的表达水平的试剂。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括确定来自个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中在该肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
在另一个实例中，本文提供了一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的患有癌症(例如，肺癌(例如，NSCLC))、膀胱癌(例如，UC)、肾癌(例如，RCC)和乳腺癌(例如，TNBC))的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞的试剂，其中该样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
该制品或试剂盒中的任一者可进一步包含划分出区室以将一个或多个容器机构(诸如小瓶、管等)接纳在严格限定空间内的载体机构，其中容器机构中的每个包括待用于该方法中的独立元件中的一个。在制品或试剂盒利用核酸杂交检测靶核酸的情况下，试剂盒还可以具有包含用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或包含报告分子诸如酶促、荧光或放射性同位素标记的容器。
在一些情况下，制品或试剂盒包括上述容器和一个或多个其他容器，该一个或多个其他容器包括从商业和用户角度考虑所需的材料，包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针头、注射器和带有使用说明的包装插页。标签可存在于容器上以指示将组合物用于具体应用，并且也可指示体内或体外使用的指南，诸如上文所述的那些。例如，制品或试剂盒可进一步可包括容器，该容器包括药用缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和葡萄糖溶液。
本文所述的制品或试剂盒可具有许多实施例。在一种情况下，制品或试剂盒包括容器、在该容器上的标签以及容纳于该容器内的组合物，其中该组合物包括在严格条件下与本文所列的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的互补序列杂交的一种或多种多核苷酸，并且该容器上的标签表明该组合物可用于评估样品中本文所列的基因(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因)的存在，并且其中试剂盒包括使用用于评估特定样品类型中基因RNA或DNA的存在的一种或多种多核苷酸的说明书。
对于基于寡核苷酸的制品或试剂盒，该制品或试剂盒可包括，例如：(1)寡核苷酸，例如，可检测地标记的寡核苷酸，其与编码蛋白质的核酸序列杂交，或(2)一对可用于扩增核酸分子的引物。制品或试剂盒还可以包括例如缓冲剂、防腐剂或蛋白质稳定剂。制品或试剂盒可进一步包括用于检测可检测标记物(例如，酶或底物)所需的组分。制品或试剂盒还可包含对照样品或一系列可以测定并与测试样品比较的对照样品。制品或试剂盒的每个组分都可以封装在一个单独的容器内，并且全部的各种容器以及用于解释使用该试剂盒执行的测定结果的说明都可以在单独的包装内。
在一种情况下，制品或试剂盒包括容器、在该容器上的标签以及容纳于该容器内的组合物，其中该组合物包括在严格条件下与本文所公开的任何生物标志物(例如，表1至17中任一者中列出的一种或多种基因、TLS或B细胞(包括克隆扩增的B细胞))特异性结合的一种或多种抗体，并且该容器上的标签表明该组合物可用于评估样品中本文所列的生物标志物的存在，并且其中试剂盒包括使用用于评估特定样品类型中生物标志物的存在的一种或多种抗体的说明书。
VII.实例
以下是本发明的方法的实例。应当理解，在给出以上提供的一般描述的情况下，可以实践各种其他实施例。
实例1.肿瘤浸润B细胞(包括浆B细胞)和三级淋巴结构与NSCLC中肿瘤对PD-L1阻断的应答相关联
在2期POPLAR试验(NCT01903993)的治疗前活检中对基因表达进行了无监督差异分析。该研究确认了3期OAK(NCT02008227)和BIRCH(NCT02031458)临床试验的结果。该分析更详细地描述于本实例中，揭示了B细胞(特别是浆B细胞)和三级淋巴结构(TLS)在患者肿瘤中的存在与继续表现出与阿特珠单抗相关的持续存活期受益的强相关性。
无监督差异基因表达分析显示B细胞基因与阿特珠单抗治疗后的总存活期(OS)相关联
分析了源自POPLAR试验患者的存档肿瘤样品的全基因组RNA序列数据。比较了接受用阿特珠单抗治疗的存活期<6个月的患者(n＝24)与存活期≥12个月的患者(n＝43)的基因表达数据(Lee,J.等人,Reinvigorating Exhausted T Cells by Blockade of thePD-1 Pathway.For Immunopathol.Dis.Therap.6,7-17(2015))。无监督差异基因表达分析显示，在校正多个假设检验后，除预期的T细胞效应基因外，多种B细胞基因与OS显著相关联(图1A和7)。
为评估这些B细胞基因特征(CD79A、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ或JCHAIN、IGLL5、RBPJ和MZB1)是否与两个治疗组的OS相关联，这些基因的平均z评分与阿特珠单抗组的受益相关联(大于中位数，HR＝0.39，CI＝0.22-0.68，p<0.001)，并且与化疗或多西他赛治疗的相关性较低(相对于多西他赛，HR＝0.74，CI＝0.52-1.07，p＝0.1)(图1B)。在所有这些基因中，B细胞受体基因(CD79A)是差异表达最显著的基因之一，并且CD79A的高表达与阿特珠单抗治疗组的OS受益相关联(大于中位数，HR＝0.36，CI＝0.2-0.64，p<0.001)(图1C)。
在接受用阿特珠单抗治疗的患者中，B细胞转录特征与延长的OS相关联
还试图在OAK中鉴别阿特珠单抗应答者和无应答者的肿瘤之间的差异表达基因(DEG)，对每个治疗组内具有长存活期(>12个月，n＝313)的患者与具有短存活期(<6个月，n＝205)的患者进行比较。817种基因在接受用阿特珠单抗治疗的具有长OS或短OS的患者之间差异表达(FDR校正后的P<0.01，绝对logFC≥0.5)。过表达程度高的基因富含与B和浆细胞生物学相关联的基因，包括CD19、CD79A、BANK1、JCHAIN、MZB1和TNFRSF17(BCMA)(图15A)。还检测到与细胞毒性T细胞和IFN信号相关联的基因(CD3E,D,G,CD8A,GZMA-B,IFNG,CXCL9-10)，但并不显著。这些基因在多西他赛组(图15B)中均不显著，表明这些B/浆细胞基因对阿特珠单抗的应答具有特定的预测价值。这些观察结果在II期随机临床试验POPLAR(图21A和21B)中经过验证。
然后，通过在OAK中得出Kaplan-Meier曲线，按三分位数对基因表达进行分类并且比较组合的高表达(T3)与低/中等表达(T1-T2)来验证线性建模的结果。B细胞标志物CD79A(HR阿特珠单抗：0.54[0.41-0.72]；HR化疗：0.88[0.67-1.13])和CD19(HR阿特珠单抗：0.65[0.50-0.86]；HR化疗：0.94[0.72-1.2])相比于IFNG(HR阿特珠单抗：0.73[0.55-0.96]；HR化疗：0.95[0.73-1.23])或IFN诱导型趋化因子CXCL10(HR阿特珠单抗：0.85[0.65-1.11]；HR化疗：1.11[0.85-1.44])提供了增加的OS受益(图15C至15F)。同样，在POPLAR(图21C至21F)中观察到类似的结果。
为了在蛋白质水平上确认这些转录发现，通过使用多重IF对CD8、CD79和Ki67进行免疫荧光(IF)染色，评估了来自两例阿特珠单抗应答者和两例对阿特珠单抗无应答者的基线肿瘤样品。与无客观缓解的患者相比，在来自发生客观缓解的患者的肿瘤中检测到丰富的CD79+B细胞(图15G)。此外，多重免疫组织化学(IHC)检测到其中CD8+T细胞与CD79+B细胞紧邻(相距9.9±1.69μm)的区域，提示存在B细胞与T细胞相互作用。
通过单细胞RNA-seq鉴别B细胞亚群
为进一步表征参与对阿特珠单抗产生应答的B细胞区室，分析了从44例NSCLC患者的肺和外周组织中收集的208,506个细胞的大型scRNA-seq数据集，重点关注B/浆细胞群。从肿瘤和引流淋巴结区室聚集细胞，使用统一流形逼近与投影(UMAP)和基于图的聚类进行降维，鉴别出肿瘤中的三个主要的CD79A+B细胞亚群，包括滤泡性B细胞、生发中心(GC)B细胞和浆细胞(图16A)。虽然发现肿瘤组织中的B/浆细胞数量相比于正常邻近组织(NAT)有所增加，但在来自同一患者的肿瘤和NAT之间，这些B细胞群内GC、滤泡性B和浆细胞的组成相似(图16B)。鉴别每个子集特有的转录特征。滤泡性B细胞富含CD83、CD69、SELL和BANK1(Aiba等人，2006)。浆细胞富含若干免疫球蛋白转录本(IGHG2,137IGHGP,IGHA2)、MZB1、DERL3和XBP1。生发中心B细胞富含HMGA1、HMGB2和RGS13。通过探究这些转录本在来自同一患者的多种免疫细胞(骨髓、NK和T细胞)、基质(成纤维细胞、内皮细胞)和上皮/肿瘤细胞群(图22A)中的表达来细化这些特征，仅保留B细胞区室特异性基因。进一步仅聚焦于对单个B细胞群具有高度特异性的标志物(图16C和22A)。
用质谱流式细胞术补充该转录方法，针对来自六种采购的NSCLC肿瘤的单细胞悬液使用包含38种标志物的CyTOF组合。该分析基于CD19、HLA-DR、CD38和Ki67染色确认了三种肿瘤内B细胞群的存在(浆细胞：CD38++、HLA-DR-、Ki67-；GC B细胞：CD38+、HLA-DR+、Ki67+；滤泡性B细胞：CD38-、HLA-DR+、Ki67-)(图16D)。这些特异性标志物还在scRNA-seq数据集中经验证具有相似的表达模式(图22B)。总之，单细胞分析用高特异性标志物鉴别出三种主要的肿瘤内B细胞亚群。
高浆细胞特征预测来自阿特珠单抗的OS受益
然后考察根据scRNA-seq分析鉴别出的这些B细胞特征能否预测患者在接受用阿特珠单抗或多西他赛治疗后的存活。首先通过分层聚类(图17A)和基因间相关性(图23)确保基因共表达，验证源自scRNA-seq的特征能够应用于批量RNA-seq数据。这些分析表明，在大量肿瘤中，生发中心B细胞与滤泡性B细胞之间存在高度相关性(图17B，R＝0.74)，而浆细胞高的肿瘤则更明显。浆细胞、GC B细胞和滤泡性B细胞特征汇总于表18中。
表18：滤泡性B细胞、GC B细胞和浆B细胞基因特征
滤泡性B细胞 GC B细胞 浆细胞
BANK1 GCSAM MZB1
LINC00926 LRMP DERL3
FCER2 AICDA JSRP1
GAPT AC023590.1 TNFRSF17
HVCN1 SUSD3 SLAMF7
IGHG2
IGHGP
IGLV3-1
IGLV6-57
IGHA2
IGKV4-1
IGKV1-12
IGLC7
IGLL5
然后，使用三分位数拆分并且比较表达高(T3)与低/中等(T1/T2)的组对这些特征进行二分。Kaplan-Meier分析显示，虽然在三种特征中观察到用阿特珠单抗时的OS受益趋势，但只有浆细胞特征显著(阿特珠单抗高vs.低HR＝0.63[0.48-0.83]；化疗高vs.低HR＝0.92[0.71-1.2]；阿特珠单抗高vs.化疗高HR＝0.64[0.47-0.88])(图18A至18D)。此外，浆细胞高的肿瘤显示，经历完全缓解、部分缓解或持续稳定疾病(SD≥6个月)的最佳总体缓解的患者明显更多(图24A)。在POPLAR中，浆细胞特征对总存活期也存在类似的明显分层(图24B至24D)。浆细胞特征的预测价值在测试每种特征与治疗组的相互作用的模型中得到确认(图18E)。重要的是，GC B细胞、滤泡性B细胞和我们的8基因T效应子特征tGE8(由IFNG、CXCL9、CD8A、GZMA、GZMB、CXCL10、PRF1、TBX21组成)在这些模型中均不显著(图18E)。浆细胞特征的预测值也存在于包括所有四种特征的多变量模型中(阿特珠单抗HR＝0.67[0.50-0.89]；化疗HR＝0.94[0.70-1.26])，确认用浆细胞特征观察到的效应具有特异性，并且与CD8 T细胞的存在无关(图18F)。在其他适应症中，已经描述了增加的B细胞对TCGA具有预后意义；但是，我们的数据表明，富含浆细胞的NSCLC肿瘤具有强预测信号，特别是对于免疫检查点抑制。事实上，在TCGA NSCLC肿瘤中通过三分位数拆分法对分的浆细胞特征对总存活期的分层没有影响(图24E)。总之，这些数据表明，富含浆细胞的肿瘤预示接受特异性免疫检查点抑制剂治疗的患者的总存活期受益。
在具有三级淋巴结构和/或淋巴聚集体的肿瘤中富含浆细胞特征
在POPLAR中，评估了肿瘤苏木精和伊红(H&E)载玻片中仅存在TLS或淋巴聚集体(LA，未观察到生发中心)的情况(图19A)。在分析的254个患者样品中，9％具有TLS样结构与生发中心，21％具有淋巴聚集体(未观察到生发中心)，其余70％则无可检测的TLS样或淋巴聚集体。将淋巴结转移样品(占所有样品的4％)排除在分析之外(图19B)。含有TLS和/或LA的肿瘤患者在接受用阿特珠单抗治疗时表现出显著增加的191OS(HR＝0.60[0.38-0.94])，但接受用多西他赛治疗时则非如此(HR＝0.93[0.62-0.1.41])(图19C)。
然后应用线性模型鉴别TLS/LA+与TLS/LA-肿瘤之间的DEG。两组之间差异表达928种基因(FDR校正后的P<0.01，绝对logFC≥0.5)。TLS/LA+肿瘤高度富含来自三个肿瘤内B细胞亚群的基因，但尤其是浆细胞基因(包括MZB1、TNFRSF17(BCMA)和免疫球蛋白(图20A和20B)。三种B细胞特征的定量分析确认TLS/LA+肿瘤中的浆细胞增加(P＝4.1e-12)。在TLS/LA+肿瘤中，GC B细胞(P＝2.6e-07)和滤泡性B细胞特征(P＝5.3e-05)也增加(图20C)。
总的来说，我们的研究整合了来自阿特珠单抗与多西他赛的两项大型随机临床试验的批量转录组以及单细胞RNA和蛋白质测量结果，证明NSCLC肿瘤中的基线浆细胞富集是免疫检查点阻断后OS受益的有效的预测指标。
B细胞与阿特珠单抗治疗后临床受益的相关性在独立的临床试验数据集中得到确认
为确认上述结果，对两个独立的临床数据集，即BIRCH(n＝591)和OAK(n＝727)进行了分析。有趣的是，在随机3期OAK研究中，B细胞特征的高表达与化疗和阿特珠单抗治疗组的OS受益相关联，在阿特珠单抗治疗组中观察到更大的受益(图2A)。这些数据表明，B细胞特征的高表达可能同时具有对OS的预后和预测成分(大于中位数，相对于多西他赛的HR＝0.84，CI＝0.71-1，p＝0.056，并且相对于阿特珠单抗组内小于中位数的B细胞基因集的HR＝0.54，CI＝0.42-0.7，p<0.001)。类似地，在单一疗法单组PD-L1选择(免疫细胞或肿瘤细胞阳性率大于5％)3期BIRCH研究中，发现B细胞特征的高表达与接受用阿特珠单抗治疗的患者的OS受益相关联(HR＝0.78,CI＝0.62-0.99,p＝0.044)(图2B)。
还评估了OAK研究中的最佳确认的总应答(BCOR)和无进展存活期(PFS)。对阿特珠单抗治疗的应答者表现出明显高于无应答者的B细胞特征基因表达，并且在接受用多西他赛治疗的患者中未观察到该差异(图2C)。类似于与OS的关联，B细胞基因特征的高表达与两个治疗组中更大的PFS受益相关联，在阿特珠单抗组中(大于中位数，HR＝0.54，CI＝0.42-0.7，p<0.001)或相对于多西他赛(HR＝0.84,CI＝0.71-1,p＝0.056)观察到更大的受益(图2D)。高B细胞特征与肺部肿瘤(淋巴结转移除外)的更大受益相关联，与组织学或样品类型(活检或切除)无关(图14A至14C)。
确认患者NSCLC样品中B细胞的存在
为确认这些基因表达结果是否引起在NSCLC肿瘤中存在CD79+B细胞，使用多重免疫荧光(IF)通过IF染色对来自20例患者的基线肿瘤样品中的CD8、CD79和Ki67进行评估。这些患者样品具有高或低的CD79A基因表达(图3A)。在具有高CD79A RNA的NSCLC样品中检测到丰富的CD79+B细胞。此外，多重免疫组织化学(IHC)检测到其中CD8+T细胞与CD79+B细胞紧邻(相距9.9±1.69μm)的区域，提示存在B细胞与T细胞相互作用。
B细胞基因CD79A与OS的关联不依赖于T细胞基因
肿瘤微环境中T细胞的存在可上调非特异性募集其他免疫细胞的细胞因子和趋化因子。为评估肿瘤中存在的B细胞是否可能是由于浸润T细胞而募集到肿瘤中的旁观者细胞，并且鉴于免疫细胞基因通常是高度相关的(在我们的数据集中，对于例如CD79A和CD8A，r2＝0.58，对于CD3D和CD79A，r2＝0.61，使用Cox比例风险多变量回归分析评估CD79A(B细胞受体基因)的关联是否依赖于CD3D、CD3E、CD8A基因和Teff基因特征的存在。该方法已被用于评估结直肠癌(CRC)中的肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)解剖结构和肝细胞癌(HCC)中的新型免疫特征(Berntsson,J.等人,The clinical impact of tumour-infiltrating lymphocytesin colorectal cancer differs by anatomical subsite:A cohortstudy.Int.J.Cancer 141,1654-1666(2017)；Tian,M.X.等人,Tissue-infiltratinglymphocytes signature predicts survival in patients with early/intermediatestage hepatocellular carcinoma.BMC.Med.17,106(2019))。使用Cox比例风险多变量回归分析，在将CD3D、CD3E、CD8A基因或Teff基因表达作为协变量进行控制后，CD79A与OS的关联仍然具有统计学意义(表19)。这表明CD79A基因在基线时的表达对接受阿特珠单抗治疗的患者的OS危险比具有显著影响，与肿瘤微环境中的T细胞基因无关。
表19：与Cox比例风险存活时间分析相关的统计分析比较来自POPLAR的CD79a和CD3基因
相比于CD3D，与OS的相关性
Figure BDA0003990674580002481
似然比检验＝23.9(在2df上)，p＝6.44e-06，n＝92，事件数＝51
相比于CD3E，与OS的相关性
Figure BDA0003990674580002482
似然比检验＝23.9(在2df上)，p＝6.44e-06，n＝92，事件数＝51
相比于CD8A，与OS的相关性
Figure BDA0003990674580002483
似然比检验＝23.45(在2df上)，p＝8.106e-06，n＝92，事件数＝51
相比于Teff特征，与OS的相关性
Figure BDA0003990674580002491
似然比检验＝23.95(在2df上)，p＝6.298e-06，n＝93，事件数＝52
高CD79A+肿瘤显示存在三级淋巴结构(TLS)
为更好地了解B细胞在这些肿瘤中的作用，评估了肿瘤苏木精和伊红(H&E)载玻片中是否存在TLS(图3B)。在受感染、自身免疫、癌症和同种异体移植排斥反应引起的慢性炎症影响的组织中，经常观察到TLS。这些高度有序的结构，类似于淋巴滤泡的细胞组成，被认为模仿生发中心的活性，并且有助于适应性免疫应答的局部控制。在分析的290个NSCLC患者样品中，31％具有TLS与生发中心，30％具有淋巴聚集体(未观察到生发中心)，其余39％则无可检测的TLS或淋巴聚集体。将淋巴结转移样品(占所有样品的4％)排除在分析之外。在该队列中，鳞状和非鳞状NSCLC类型的TLS和淋巴聚集体分布相似，并且主要在切除样品中检出(图9A和9B)。重要的是，具有高CD79A基因表达的肿瘤与TLS的存在高度相关(图9C)。
虽然在两个治疗组的肿瘤中检测到TLS的数量大致相等，但用阿特珠单抗治疗的TLS阳性患者表现出与OS受益的关联，这在POPLAR(图3E)和OAK研究(图9F)中用多西他赛治疗的TLS阳性患者中并未观察到。
为进一步确认通过H&E染色鉴别出的这些结构确实是TLS，对样品的一个子集进行IHC，以检测已知与TLS相关联并且介导淋巴细胞运输到次级淋巴器官的特殊脉管系统或高内皮细胞小静脉(HEV)(Colbeck,E.J.等人,Tertiary Lymphoid Structures in Cancer:Drivers of Antitumor Immunity,Immunosuppression,or Bystander Sentinels inDisease？Front.Immunol.8,1830(2017)；Engelhard,V.H.等人,Immune CellInfiltration and Tertiary Lymphoid Structures as Determinants of AntitumorImmunity.J.Immunol.200,432-442(2018))。MECA-79单克隆抗体通过靶向专门由HEV表达的CD62L或L-选择素来识别外周淋巴结地址素(PNAd)。TLS阳性患者肿瘤样品通过IHC染色呈MECA-79、CD40和CD8阳性(图4A至4D)。
TLS基因特征与阿特珠单抗OS受益相关联
如上所述，通过H&E对有限数量(n＝290)的样品进行了TLS分析。为了将该分析扩展至我们可用的更大的基因表达数据集，使用先前报道的TLS基因特征。证实基于H&E的TLS样品与已发表的TLS基因表达特征相关联(图9E)，并且还与B细胞基因特征和Teff基因特征相关联，与预期结果一致(图9C和9D)(Zhu,G.等人,Tumor-Associated Tertiary LymphoidStructures:Gene-Expression Profiling and TheirBioengineering.Front.Immunol.8,767(2017)；Colbeck,E.J.等人,Tertiary LymphoidStructures in Cancer:Drivers of Antitumor Immunity,Immunosuppression,orBystander Sentinels in Disease？Front.Immunol.8,1830(2017)；Bremnes,R.M.等人,The Role of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Development,Progression,andPrognosis of Non-Small Cell Lung Cancer.J.Thorac.Oncol.11,789-800(2016)；Germain,C.等人,Presence of B cells in tertiary lymphoid structures isassociated with a protective immunity in patients with lung cancer.Am.J.Respir.Crit.Care.Med.189,832-844(2014))。
具有高TLS基因特征的患者肿瘤与POPLAR中的阿特珠单抗治疗组(大于中位数，HR＝0.48，CI＝0.27-0.86，p＝0.013)和OAK中阿特珠单抗治疗组(大于中位数，HR＝0.82，CI＝0.64-1.06，p＝0.14)的OS受益显著相关(图5A和5B)。类似地，使用另一种由Cabrita等人鉴别出的与TLS相关的基因特征，生发中心启动特征显示，在POPLAR中用阿特珠单抗治疗(大于中位数，HR＝0.44，CI＝0.23-0.84，p＝0.013)以及在OAK中用阿特珠单抗治疗(大于中位数，HR＝0.66，CI＝0.51-0.86，p<0.01)表现出显著的存活受益(图5C和5D)(Cabrita,R.等人,Tertiary lymphoid structures improve immunotherapy and survival inmelanoma.Nature 577,561-565(2020))。
浆细胞基因特征与阿特珠单抗OS受益相关联
为进一步阐明肿瘤中存在的B细胞亚型，分析了几种已知的B细胞特征预测存活的能力(图11A至11C)(Newman,A.M.等人,Robust enumeration of cell subsets fromtissue expression profiles.Nat.Methods 12,453-457(2015))。用阿特珠单抗治疗的OS受益表现出与已发表的浆细胞特征的最强关联之一，该浆细胞特征由双基因集TNFRSF17(或BCMA)和所有抗体中常见的免疫球蛋白连接区(IGJ或JCHAIN)组成(Kroeger,D.R.等人,Tumor-Infiltrating Plasma Cells Are Associated with Tertiary LymphoidStructures,Cytolytic T-Cell Responses,and Superior Prognosis in OvarianCancer.Clin.Cancer Res.22,3005-3015(2016))。这种双基因浆细胞特征的高表达与OAK中用阿特珠单抗治疗的OS受益密切相关(大于中位数，HR＝0.58，CI＝0.44-0.74，p<0.001)(图6A)。
BCR(B细胞受体)谱系的香农多样性指数(SDI)的减小与疾病控制相关联
鉴于浆细胞特征与临床受益高度相关，我们希望考察在表现出临床受益的患者中阿特珠单抗治疗后的BCR谱系或克隆性是否有任何变化。分析了来自阿特珠单抗单一疗法治疗FIR(NCT01846416)和BIRCH试验的13对匹配的治疗前和治疗后活检样本，如图6A至6E所示。所有治疗后样品均在发生疾病进展时采集。对于发生部分缓解(PR)的患者或具有稳定疾病(SD)患者，中位采集时间为初始治疗后184.5天；对于具有进展性疾病(PD)的患者，中位采集时间为初始治疗后51天。此处分析的唯一PR患者具有的PFS为12.9个月。7例SD患者和5例PD患者具有的中位PFS分别为5.52个月和1.35个月。由于删失，两组均未达到中位OS。分离肿瘤RNA，并对BCR基因进行测序。基于RNA的克隆型谱系测序使我们能够确定同型并且排除非表达B细胞的信号稀释(Schalper,K.A.等人,Neoadjuvant nivolumabmodifies the tumor immune microenvironment in resectableglioblastoma.Nat.Med.25,470-476(2019)；Smith,C.C.等人,Using RNA Sequencing toCharacterize the Tumor Microenvironment.Methods Mol.Biol.2055,245-272(2020))。测序的大多数BCR为IgG同型，而不是IgA或IgM，表明肿瘤浸润B细胞主要是IgG+B细胞(图12A至12F)。
一旦生成BCR cDNA文库并且完成测序，将利用SDI(B细胞克隆性的度量)评估BCR谱系(Chaudhary,N.和Wesemann,D.R.Analyzing ImmunoglobulinRepertoires.Front.Immunol.9,462(2018)；Greiff,V.等人,A bioinformatic frameworkfor immune repertoire diversity profiling enables detection of immunologicalstatus.Genome Med.7,49(2015)；Kaplinsky,J.等人,Robust estimates of overallimmune-repertoire diversity from high-throughput measurements onsamples.Nat.Commun.7,11881(2016))。将NSCLC患者肿瘤样品的阿特珠单抗治疗前后治疗对(n＝11)的BCR序列的SDI与治疗前肿瘤样品对(n＝3)(其中两个样品均在治疗开始前采集，作为实验对照)进行比较。从3例患者采集到阿特珠单抗治疗前的配对样品显示，SDI无变化(图6B)。在阿特珠单抗治疗前和治疗后样品经过分析的患者中，7例发生SD的患者和1例发生PR的患者显示，与治疗前样品相比，治疗后肿瘤的香农指数显著降低(p＝0.0078，图6C)。相比之下，5例发生PD的患者的治疗后指数无显著变化(p＝0.8125)(图6D)。这些观察结果表明，在这个有限的对阿特珠单抗表现出临床受益(PR和SD)的患者亚群中，BCR多样性随之降低。这表明在用阿特珠单抗治疗的肿瘤中，特异性Ig+B细胞发生克隆扩增或富集。5例接受阿特珠单抗治疗的患者在治疗中未表现出克隆富集的证据(图6E)。
讨论
我们的数据表明，B细胞(特别是表面Ig+B细胞和浆细胞)浸润到肿瘤微环境中是决定接受用阿特珠单抗治疗的NSCLC患者的OS受益的关键因素。我们的数据证明，基线时B细胞的存在和TLS的存在决定了阿特珠单抗介导的OS受益，并且这些结果在三个大型独立临床试验队列(分别为一项2期研究[n＝193]和两项3期研究[n＝591和727])中得到验证。
在我们的研究中，基因表达分析显示，B细胞标志物(记忆细胞和浆细胞)与阿特珠单抗治疗的存活期受益之间存在强关联(图1A至1C、图2A至2D和图11A至11C)，并且包括BCMA和IGJ基因的浆细胞基因特征(Kroeger,D.R.等人,Tumor-Infiltrating PlasmaCells Are Associated with Tertiary Lymphoid Structures,Cytolytic T-CellResponses,and Superior Prognosis in Ovarian Cancer.Clin.Cancer Res.22,3005-3015(2016))。来自BCR测序的数据显示，在对阿特珠单抗表现出临床受益的患者中，使用SDI得到的肿瘤内B细胞多样性下降，并且表明存在B细胞克隆扩增。
分析显示，当通过免疫荧光成像进行可视化时，CD79+B细胞与CD8+T细胞非常接近，为这些细胞作为APC的作用提供了支持。
在本研究中，观察到CD79A基因表达与TLS的存在之间的强相关性，如通过H&E染色所确定。据报道，NSCLC中的TLS主要存在于早期鳞状NSCLC患者中(>95％)，其中50％的患者无生发中心(Silina,K.等人,Germinal Centers Determine the Prognostic Relevanceof Tertiary Lymphoid Structures and Are Impaired by Corticosteroids in LungSquamous Cell Carcinoma.Cancer Res.78,1308-1320(2018))。对转移性NSCLC的分析表明，TLS流行率为约30％，并且另外30％患者具有淋巴聚集体而没有生发中心。我们的分析还通过组织学显示了TLS的存在，并且基因表达特征显示阿特珠单抗治疗后的OS显著相关，表明它们可能在PD1/PD-L1阻断肿瘤的持续免疫应答中发挥重要作用。
我们的数据表明，用阿特珠单抗治疗涉及溶细胞和抗体介导的体液效应机制，分别由Teff和B细胞介导。在OAK研究中使用由T效应子8-基因特征(tGE)和CD79A组成的(OS HR相对于阿特珠单抗臂中位数的小于中位数)组成的复合生物标志物显示出这一结果(对于tGE，阿特珠单抗组中相对于小于中位数的OS HR为HR＝0.7，CI＝0.55-0.91，p<0.01；对于tGE+CD79A，HR＝0.65，CI＝0.50-0.84，p<0.01)(图13A至13D)(Kowanetz,M.等人,Differential regulation of PD-L1 expression by immune and tumor cells inNSCLC and the response to treatment with atezolizumab(anti-PD-L1).Proc.Natl.Acad.Sci.U S A 115,E10119-E10126(2018))。关于其他阿特珠单抗生物标志物，B细胞特征与免疫细胞上PD-L1的增加相关，可能反映了发炎的肿瘤微环境(图10A至10D)。但是，B细胞或TLS基因特征均与肿瘤突变负担(TMB)和STK11突变无关(图10A至10D)(Gandara,D.R.等人,Blood-based tumor mutational burden as a predictor ofclinical benefit in non-small-cell lung cancer patients treated withatezolizumab.Nat.Med.24,1441-1448(2018)；Hellmann,M.D.等人,Genomic Features ofResponse to Combination Immunotherapy in Patients with Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer.Cancer Cell.33,843-852e844(2018))。
此外，我们的数据显示，基线时肿瘤内B细胞(尤其是浆细胞)的存在是决定用阿特珠单抗治疗的NSCLC患者的OS受益的关键因素。据我们所知，我们的数据为基线时浆细胞的存在和有组织淋巴结构诸如TLS的存在与阿特珠单抗介导的OS受益相关联、但与化疗介导的OS受益无关提供了第一个实质性证据。为此，根据两个大型独立随机临床试验队列(OAK，n＝699；和POPLAR，n＝192)分析转录组学数据，其中包括最大的公开转录组NSCLC数据库(217例接受用CPI或化疗治疗的病例和相关联的临床结果)。
在我们的研究中，基因表达分析显示，B细胞标志物与用阿特珠单抗治疗的OS受益之间存在强关联。我们利用单细胞分析来得出和验证特异性和稳健的基因特征，以从大量肿瘤转录组中可靠地去卷积滤泡性B细胞、GC B细胞和浆细胞。虽然每个B细胞亚群与结果存在一定的关联，但浆细胞似乎是最重要的。这可能指示一种富有成效的局部生发中心反应，其中成熟浆细胞为最终产物。这些数据得到具有经组织学鉴别的TLS或TLS样结构的患者的类似的显著临床受益的支持。总之，这些数据表明，在肿瘤具有高浆细胞浸润的情况下，将其鉴别为具有TLS或TLS样结构的肿瘤，这些结构受到CPI刺激后，可提供持续的肿瘤控制。
有趣的是，具有TLS或淋巴聚集体的肿瘤占所有分析的NSCLC肿瘤的约30％，并且富含B/浆细胞特征。在我们的队列中，通过组织学鉴别的TLS的存在与用阿特珠单抗治疗后的OS改善显著相关，表明它们可能在对PD-(L)1阻断的持续的肿瘤内免疫应答中发挥重要作用。当我们将浆细胞特征应用于未主要用CPI治疗的TCGA NSCLC转录组时，发现其与总存活期无关，表明浆细胞的浸润不仅仅是NSCLC的预后。总的来说，我们在两项针对阿特珠单抗与化疗的比较的大型随机临床试验的背景下第数据显示，B/浆细胞与总存活期之间存在强的预测相关性，这是免疫疗法机制所特有的。
B/浆细胞促进抗肿瘤免疫的机制尚不清楚。分析显示，当通过免疫荧光成像进行可视化时，CD79+B细胞与CD8+T细胞非常接近，为这些细胞作为APC的作用提供了支持。类别转换和记忆B细胞富集在黑素瘤和RCC的CIT应答者的肿瘤中，它们可能促进抗原呈递到主要的细胞毒性T细胞。
我们的分析表明，由组织学定义的TLS与B细胞亚群基因特征之间存在显著相关性，其清楚地指出了一种共同的基础B细胞生物学，可能包括有助于对阿特珠单抗的总应答的体液免疫应答。我们的研究结果还清楚地表明，基线时B和浆细胞的频率增加与用阿特珠单抗治疗的NSCLC患者的临床结果改善相关联，而与细胞毒性T细胞特征无关。
总之，我们的分析表明，由组织学定义的TLS、B细胞IHC、TLS和生发中心相关的基因特征之间存在显著相关性，指出一种共同的基础B细胞生物学，包括有助于阿特珠单抗介导的应答的体液免疫应答。我们的发现还表明，基线时更多的B细胞和浆细胞独立于T细胞，改善了用阿特珠单抗治疗的NSCLC患者的临床结果。
材料和方法
患者群体
本研究使用来自开放、随机2期POPLAR(NCT01903993)和3期OAK试验(NCT02008227)的组织样品进行，这些试验在接受铂类化疗后发生进展的NSCLC患者中评估了阿特珠单抗与多西他赛(Rittmeyer,A.等人,Atezolizumab versus docetaxel inpatients with previously treated non-small-cell lung cancer(OAK):a phase 3,open-label,multicentre randomised controlled trial.Lancet 389,255-265(2017)；Fehrenbacher,L.等人,Atezolizumab versus docetaxel for patients withpreviously treated non-small-cell lung cancer(POPLAR):a multicentre,open-label,phase 2randomised controlled trial.Lancet 387,1837-1846(2016))。在引用的情况下，使用来自2期FIR(NCT01846416)和BIRCH(NCT02031458)单组试验的组织源性RNA，这些试验在局部晚期或转移性NSCLC患者中评估了阿特珠单抗(Peters,S.等人Phase IITrial of Atezolizumab As First-Line or Subsequent Therapy for Patients WithProgrammed Death-Ligand 1-Selected Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer(BIRCH).J.Clin.Oncol.35,2781-2789(2017)；Spigel,D.R.等人,FIR:Efficacy,Safety,and Biomarker Analysis of a Phase II Open-Label Study of Atezolizumab in PD-L1-Selected Patients With NSCLC.J.Thorac.Oncol.13,1733-1742(2018))。所有试验中的患者每3周接受1200mg阿特珠单抗IV(q3w)，直至发生疾病进展或临床受益丧失，或接受75mg/m2多西他赛IV q3w直至发生PD。FIR和BIRCH均报告应答率相对于历史平均水平有所改善；POPLAR和OAK研究表明，无论PD-L1表达如何，阿特珠单抗与多西他赛相比，OS均得到显著改善(Rittmeyer,A.等人,Atezolizumab versus docetaxel in patients withpreviously treated non-small-cell lung cancer(OAK):a phase 3,open-label,multicentre randomised controlled trial.Lancet 389,255-265(2017)；Fehrenbacher,L.等人,Atezolizumab versus docetaxel for patients withpreviously treated non-small-cell lung cancer(POPLAR):a multicentre,open-label,phase 2randomised controlled trial.Lancet 387,1837-1846(2016))。所有研究均获得每个参与地点的独立伦理委员会的批准，并且由独立的数据监测委员会审查安全性数据。不允许交叉，并且主要终点为OS。
基因表达分析
对于POPLAR中的192例患者、OAK中的699例患者、FIR中的137例患者以及BIRCH试验中的591例患者，所有转录组图谱均使用TruSeq RNA Access技术
Figure BDA0003990674580002561
生成。将RNAseq读段与核糖体RNA序列进行比对以去除核糖体读段。然后使用NCI Build 38人类参考基因组来对齐GSNAP版本2013-10-10的剩余读段，其中允许每75个碱基序列至多有两个错配(参数：‘-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1--pairmax-rna＝200000--clip-overlap)。转录本注释基于Ensembl基因数据库(第77版)。为了量化基因表达水平，利用R软件包Genomic Alignments(Bioconductor)提供的功能以链特异性方式计算映射到每个RefSeq基因外显子的读段数(Mariathasan,S.等人,TGFbeta attenuates tumourresponse to PD-L1 blockade by contributing to exclusion of T cells.Nature554,544-548(2018)；Lawrence,M.等人,Software for computing and annotatinggenomic ranges.PLoS.Comput.Biol.9,e1003118(2013))。
为确定与阿特珠单抗OS受益相关的生物学，将存活期<6个月(n＝24)或>12个月(n＝43)的患者分组(Fehrenbacher,L.等人,Atezolizumab versus docetaxel forpatients with previously treated non-small-cell lung cancer(POPLAR):amulticentre,open-label,phase 2 randomised controlled trial.Lancet 387,1837-1846(2016))。使用R软件包limma(Bioconductor)确定这两组之间的差异表达基因，该软件包采用经验贝叶斯方法使用适度的t检验估计基因表达变化(Mariathasan,S.等人,TGFbeta attenuates tumour response to PD-L1 blockade by contributing toexclusion of T cells.Nature 554,544-548(2018)；Ritchie,M.E.等人,limma powersdifferential expression analyses for RNA-sequencing and microarraystudies.Nucleic Acids Res.43,e47(2015))。
在其他地方，还利用Cox比例风险回归分析评估关键B细胞和T细胞基因的贡献对总存活期受益的相互依赖性。此外，按指示使用配对t检验。
基因特征
此处测试的B细胞特征包括大量标志物及其针对初始B细胞、记忆B细胞和浆细胞的各种相关基因(Newman,A.M.等人,Robust enumeration of cell subsets from tissueexpression profiles.Nat.Methods 12,453-457(2015)；Bindea,G.等人,Spatiotemporaldynamics of intratumoral immune cells reveal the immune landscape in humancancer.Immunity 39,782-795(2013)；Iglesia,M.D.等人,Prognostic B-cellsignatures using mRNA-seq in patients with subtype-specific breast andovarian cancer.Clin.Cancer Res.20,3818-3829(2014)；Palmer,C.,Diehn,M.,Alizadeh,A.A.和Brown,P.O.Cell-type specific gene expression profiles ofleukocytes in human peripheral blood.BMC.Genomics7,115(2006)；Suzuki,A.等人,Investigation of molecular biomarker candidates for diagnosis and prognosisof chronic periodontitis by bioinformatics analysis of pooled microarray geneexpression datasets in Gene Expression Omnibus(GEO).BMC.Oral Health 19,52(2019))。初始B细胞基因特征：ABCB4、BCL7A、BEND5、BRAF、IL4R、LINC00921、MEP1A、MICAL3、NIPSNAP3B、PSG2、SELL、TCL1A、UGT1A8、ZNF286A；记忆B细胞基因特征：AIM2、ALOX5、CLCA3P、FAM65B、IFNA10、IL7、NPIPB15、SP140、TNFRSF13B、TRAF4、ZBTB32；浆细胞基因特征：ABCB9、AMPD1、ANGPT4、ATXN8OS、C11、CCr10、HIST1H2AE、HIST1H2BG、IGHE、KCNA3、KCNG2、LOC100130100、MAN1A1、MANEA、MAST1、MROH7、MZB1、PAX7、PDK1、RASGRP3、REN、SPAG4、ST6GALNAC4、TGM5、UGT2B17、ZBP1、ZNF165；如Zhu等人的综述中所述的TLS基因特征(Zhu,G.等人,Tumor-Associated Tertiary Lymphoid Structures:Gene-Expression Profilingand Their Bioengineering.Front.Immunol.8,767(2017))：CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13；源自本研究的B细胞基因特征：CD79A、SLAMF7、BTK、TNFRSF17或BCMA、IGJ或JCHAIN、IGLL5、RBPJ、MZB1；以及T细胞效应基因特征：CD8A、EOMES、GZMA、TBX21、IFNG、GZMB、CXCL9、CXCL10(Fehrenbacher,L.等人,Atezolizumabversus docetaxel for patients with previously treated non-small-cell lungcancer(POPLAR):a multicentre,open-label,phase 2randomised controlledtrial.Lancet 387,1837-1846(2016))。
scRNAseq处理和群体特异性特征
从Gene Expression Omnibus(GEO)以登录号GSE131907获得的样品作为每个细胞的原始UMI计数。此外，还检索了每个细胞的细胞类型和样品来源的注释。利用来自作者的这些细胞类型注释从肿瘤和正常邻近组织中分离出B细胞并且从表达基质中引流淋巴结。将Seurat软件包(v3.1.4)用于R(3.6.2)中B细胞的下游分析。筛选了具有少于500个实测基因或线粒体读数超过10％的细胞，并且将剩余细胞的表达计数归一化至log(CPM/100+1)。对2000个最可变的基因进行主成分分析，并且将前30个主成分用于UMAP降维和基于图的聚类。使用0.3的分辨率确定聚类。使用经Benjamini Hochberg法针对多重检验调整的Wilcoxon秩和检验，通过比较特定聚类的所有细胞与数据集中的其余细胞来检测每个聚类的标志物。从初始数据集中去除了非B细胞污染聚类(CD3+T细胞、GZMB+LILRA4+pDC和HBA2+红血球)。去除这些污染细胞后，使用上述参数重新运行可变基因检测、PCA和UMAP降维。将每个B细胞亚群的标志物鉴别为调整后的p值<0.001且logFC>0.5的基因，对聚类中的B细胞与数据集中的所有其他细胞进行比较。为保证标志物的B细胞特异性表达，进一步保留完整数据集中非B细胞(包括基质细胞、肿瘤和非B细胞免疫细胞)未表达的标记基因(在非B细胞群中，平均log(CPM/100+1)<1)。用于视觉比较的热图使用pheatmap R软件包(1.0.12)创建得到。
CyTOF样品采集、染色和数据处理
从商业供应商(Discovery Life Sciences)采购六个新鲜NSCLC肿瘤样品，它们是经历手术切除的成年患者的一部分。固定过夜后，将细胞用3mL
Figure BDA0003990674580002581
细胞染色缓冲液洗涤，并且在800x g下离心5分钟。在抽吸洗涤缓冲液并且将细胞沉淀重悬后，用4mL
Figure BDA0003990674580002591
水(Fluidigm)进行另一轮洗涤。将细胞重悬于1mL
Figure BDA0003990674580002592
水中并且计数。获得细胞计数后，加入3mL
Figure BDA0003990674580002593
水，最终一次沉淀细胞，然后进行仪器采集。在引入HeliosTM之前，使用
Figure BDA0003990674580002594
系统(Fluidigm)将沉淀细胞重悬于含有EQTM四元素校准珠(Fluidigm)的1X
Figure BDA0003990674580002595
水中，然后使用带有35μm尼龙网细胞滤网帽(Corning)的12×75mm管进行过滤。所有FCS文件均使用
Figure BDA0003990674580002596
(MathWorks)归一化函数一起归一化，并且使用
Figure BDA0003990674580002597
软件(FlowJo,LLC,Ashland,Oregon)进行分析。从多个样品中聚合来自质谱流式细胞术分析的蛋白质标志物表达强度，并且使用反双曲正弦函数进行变换。使用具有以下默认参数的统一流形逼近与投影(UMAP)包对变换后的表达式矩阵应用降维：min_dist:0.1、n_neighbors:15、n_components:2和metric:euclidean。在CD45+和CD8+群体中，将单个样品被下采样至每个样品8,000个细胞。将UMAP坐标附在“.fcs”文件后面，作为用于与FlowJo(FlowJo,LLC)中的手动门控分析集成的附加通道。
免疫荧光和三级淋巴样分析
在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品的4μm切片上进行三重免疫荧光(CD8/CD79/Ki-67)分析，然后进行脱蜡、再水化并在99℃用抗原修复溶液pH 6进行表位修复20分钟。每轮染色从在3％过氧化氢中淬灭开始。将切片在以1:300稀释的抗CD79a兔单克隆抗体(SP18)(Thermo Fischer Scientific,MA5-14556)中孵育，用PowerVision多聚辣根过氧化物酶(HRP)抗兔抗体检测，并且用Alexa-Fluor 488酪酰胺进行扩增。在预热至99℃的抗原修复溶液中洗脱20分钟。将切片在稀释至1.5μg/ml的抗CD8小鼠单克隆抗体C8/144B(Dako,M7103)中孵育，用PowerVision多聚HRP抗小鼠抗体检测，并且用Alexa-Fluor 647酪酰胺进行扩增。在洗脱步骤后，将切片在稀释至1μg/ml的抗Ki67小鼠单克隆抗体(MIB-1)(Dako,M7240)中孵育，用PowerVision多聚HRP抗小鼠抗体检测，并且用Alexa-Fluor 555酪酰胺进行扩增。将载玻片用4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)复染。在NanoZoomer XR上采集荧光载玻片的图像。
使用H&E染色的FFPE切片鉴别TLS，并且由病理学家(HK)检查以鉴别类似于TLS的淋巴聚集体。将TLS定义为那些形态类似于淋巴聚集体的具有明确边界的区域(Dieu-Nosjean,M.C.等人,Tertiary lymphoid structures in cancer and beyond.TrendsImmunol.35,571-580(2014))。使用与外周淋巴结地址素结合的MECA-79为IHC选择代表性载玻片。
BCR谱系分析
在32个肿瘤样品中，16对(9对来自BIRCH，7对来自FIR)采集自接受用阿特珠单抗治疗的NSCLC患者(Tan,P.等人,Regulative role of the CXCL13-CXCR5 axis in thetumor microenvironment.Precis.Clin.Med.1,49-56(2018)；Bruno,T.C.Evaluating theantitumor role of B cells in patients with non-small cell lungcancer.J.Clin.Oncol.35,75(2017))。使用高纯度FFPE RNA分离试剂盒(罗氏)从FFPE肿瘤中提取RNA。使用Immunoverse IgH试剂盒(ArcherDX,Inc.,Boulder,CO)生成BCR cDNA文库。利用KAPA通用文库定量试剂盒(KAPA Biosystems,Wilmington,MA)对文库进行定量。将文库以等摩尔浓度合并，并且使用MiSeq试剂盒v3(600次循环)和Illumina MiSeq仪器(Illumina,Inc.San Diego,CA)进行测序。利用
Figure BDA0003990674580002601
分析软件分析序列数据，以计算每个文库的SDI(Greiff,V.等人,A bioinformatic framework for immune repertoirediversity profiling enables detection of immunological status.Genome Med.7,49(2015)；Kaplinsky,J.等人,Robust estimates of overall immune-repertoirediversity from high-throughput measurements on samples.Nat.Commun.7,11881(2016))。使用Wilcoxon配对有符号秩和检验对同一患者的样品对之间的SDI进行统计分析，并且利用Mann Whitney检验比较不同患者组在治疗前/后SDI的变化。
VIII.其他实施例
尽管为了清楚理解的目的先前已通过举例说明和实施方案相当详细地描述了本发明，但是这些描述和实施方案不应解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容均全文以引用方式明确地并入。
本发明的示例性实施例包括以下那些列举的实施例。
1.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
2.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
3.根据实施例1或2所述的方法，其中样品中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
4.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
5.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
6.根据实施例1至5中任一项所述的方法，其中免疫评分参考表达水平为参考群体中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平。
7.根据实施例6所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
8.根据实施例7所述的方法，其中个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
9.根据实施例8所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
10.根据实施例8或9所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
11.根据实施例10所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
12.根据实施例11所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
13.根据实施例9至12中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包含OS的延长、无进展存活期(PFS)的延长或经确定的最佳总应答(BCOR)的增加。
14.根据实施例13所述的方法，其中对治疗的应答性包含OS的延长。
15.根据实施例6至14中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
16.根据实施例1至15中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的三种或更多种。
17.根据实施例1至16中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的四种或更多种。
18.根据实施例1至17中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的五种或更多种。
19.根据实施例1至18中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的六种或更多种。
20.根据实施例1至19中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的七种、八种、九种、十种或更多种。
21.根据实施例1至20中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1。
22.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的总存活期(OS)延长。
23.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
24.根据实施例22或23所述的方法，其中样品中的一个或多个基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
25.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
26.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
27.根据实施例22至26中任一项所述的方法，其中确定基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种的免疫评分表达水平。
28.根据实施例27所述的方法，其中确定CD79A的免疫评分表达水平。
29.根据实施例22至28中任一项所述的方法，其中免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
30.根据实施例29所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
31.根据实施例30所述的方法，其中个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
32.根据实施例31所述的方法，其中免疫评分参考表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对该不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
33.根据实施例31或32所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
34.根据实施例33所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
35.根据实施例34所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
36.根据实施例32至35中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
37.根据实施例36所述的方法，其中对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
38.根据实施例29至37中任一项所述的方法，其中免疫评分参考表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
39.根据实施例38所述的方法，其中中值表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
40.根据实施例22至39中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种。
41.根据实施例1至5和实施例40中任一项所述的方法，其中该两种或更多种基因包括TNFRSF17和IGJ。
42.根据实施例1至5和实施例41中任一项所述的方法，其中该两种基因由TNFRSF17和IGJ组成。
43.根据实施例22至41中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的三种或更多种。
44.根据实施例22至41至43中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的四种或更多种。
45.根据实施例22至41、实施例43和44中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的五种或更多种。
46.根据实施例22至41和实施例43至45中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的六种或更多种。
47.根据实施例22至41和实施例43至46中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的七种、八种、九种、十种或更多种。
48.根据实施例22至41和实施例43至47中任一项所述的方法，其中基因包括CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1。
49.根据实施例48所述的方法，其中基因由CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1组成。
50.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
51.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
52.根据实施例50或51所述的方法，其中样品中的一个或多个基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
53.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
54.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
55.根据实施例50至54中任一项所述的方法，其中免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
56.根据实施例55所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
57.根据实施例56所述的方法，其中个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
58.根据实施例57所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
59.根据实施例57或58所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
60.根据实施例59所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
61.根据实施例60所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
62.根据实施例58至61中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
63.根据实施例62所述的方法，其中对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
64.根据实施例55至63中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
65.根据实施例50至64中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种。
66.根据实施例50至65中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的三种或更多种。
67.根据实施例50至66中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的四种或更多种。
68.根据实施例50至67中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的五种或更多种。
69.根据实施例50至68中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的六种或更多种。
70.根据实施例50至69中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的七种或更多种。
71.根据实施例50至70中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的八种或更多种。
72.根据实施例50至71中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的九种或更多种。
73.根据实施例50至72中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的10种或更多种。
74.根据实施例50至73中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的11种或更多种。
75.根据实施例50至74中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的12种或更多种。
76.根据实施例50至75中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的13种或更多种。
77.根据实施例50至76中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5。
78.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
79.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
80.根据实施例78或79所述的方法，其中样品中的一个或多个基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
81.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
82.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
83.根据实施例78至82中任一项所述的方法，其中免疫评分参考表达水平为参考群体中的一种或多种基因的免疫评分表达水平。
84.根据实施例83所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
85.根据实施例84所述的方法，其中个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
86.根据实施例85所述的方法，其中免疫评分参考表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对该不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
87.根据实施例85或86所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
88.根据实施例87所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
89.根据实施例88所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
90.根据实施例86至89中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
91.根据实施例90所述的方法，其中对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
92.根据实施例83至91中任一项所述的方法，其中免疫评分参考表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
93.根据实施例92所述的方法，其中中值表达水平为参考群体中一种或多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
94.根据实施例78至93中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的两种或更多种。
95.根据实施例78至94中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的三种或更多种。
96.根据实施例78至95中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的四种或更多种。
97.根据实施例78至96中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的五种或更多种。
98.根据实施例78至97中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的六种或更多种。
99.根据实施例78至98中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的七种或更多种。
100.根据实施例78至99中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的八种或更多种。
101.根据实施例78至100中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的九种或更多种。
102.根据实施例78至101中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的10种或更多种。
103.根据实施例78至102中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的11种或更多种。
104.根据实施例78至103中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的12种或更多种。
105.根据实施例78至104中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的13种或更多种。
106.根据实施例78至105中任一项所述的方法，其中基因包括MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5。
107.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中三级淋巴结构(TLS)的存在，其中在肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
108.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中TLS的存在，其中在肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
109.根据实施例107或108所述的方法，其中确定来自个体的样品中存在TLS，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
110.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的肿瘤样品中TLS的存在；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
111.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中存在TLS，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
112.根据实施例107至111中任一项所述的方法，其中TLS的存在是通过组织学染色、免疫组织化学(IHC)、免疫荧光或基因表达分析来确定的。
113.根据实施例112所述的方法，其中组织学染色包括苏木精和伊红(H&E)染色。
114.根据实施例112所述的方法，其中IHC或免疫荧光包括检测CD62L、L-选择素、CD40或CD8。
115.根据实施例114所述的方法，其中使用MECA-79抗体检测CD62L或L-选择素。
116.根据实施例112所述的方法，其中基因表达分析包括确定样品中的TLS基因特征的表达水平。
117.根据实施例116所述的方法，其中TLS基因特征包括基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的一种或多种。
118.根据实施例117所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种。
119.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
120.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
121.根据实施例119或120所述的方法，其中样品中的五个或更多个基因的免疫评分表达水平高于参考免疫评分表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
122.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
123.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
124.根据实施例119至123中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中的两种或更多种基因的免疫评分表达水平。
125.根据实施例124所述的方法，其中参考群体为患有癌症的个体群体。
126.根据实施例125所述的方法，其中个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
127.根据实施例126所述的方法，其中参考免疫评分表达水平基于个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于参考表达水平的显著差异，明显区分个体的第一子集与个体的第二子集中的每一个，其中个体对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于个体对不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
128.根据实施例126或127所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
129.根据实施例128所述的方法，其中不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
130.根据实施例129所述的方法，其中化疗剂为多西他赛。
131.根据实施例127至130中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包含OS的延长、PFS的延长或BCOR的增加。
132.根据实施例131所述的方法，其中对治疗的应答性为总存活期(OS)的延长。
133.根据实施例125至132中任一项所述的方法，其中参考免疫评分表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的中位数。
134.根据实施例133所述的方法，其中中值表达水平为参考群体中两种或更多种基因中的每一种的表达水平的平均Z评分的中位数。
135.根据实施例110至134中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的三种或更多种。
136.根据实施例119至135中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的四种或更多种。
137.根据实施例119至136中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的五种或更多种。
138.根据实施例119至137中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的六种或更多种。
139.根据实施例119至138中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的七种或更多种。
140.根据实施例119至139中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的八种或更多种。
141.根据实施例119至140中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的九种或更多种。
142.根据实施例119至141中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十种或更多种。
143.根据实施例119至142中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的十一种或更多种。
144.根据实施例119至143中任一项所述的方法，其中基因包括CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13。
145.根据实施例1至106和实施例119至144中任一项所述的方法，其中表达水平为核酸表达水平。
146.根据实施例145所述的方法，其中核酸表达水平为mRNA表达水平。
147.根据实施例146所述的方法，其中mRNA表达水平通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、FISH或它们的组合来确定。
148.根据实施例147所述的方法，其中mRNA表达水平使用RNA-seq进行检测。
149.根据实施例1至106和实施例119至144中任一项所述的方法，其中表达水平为蛋白质表达水平。
150.根据实施例149所述的方法，其中蛋白质表达水平通过IHC、免疫荧光、质谱、流式细胞术和蛋白质印迹或它们的组合来确定。
151.根据实施例1至106和实施例119至150中任一项所述的方法，其中表达水平在肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、癌旁正常组织(NAT)细胞或它们的组合中进行检测。
152.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中在肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
153.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中在该肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
154.根据实施例152或153所述的方法，其中样品中的B细胞的数量高于参考数量，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
155.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定来自个体的肿瘤样品中的B细胞的数量；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
156.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
157.根据实施例152至156中任一项所述的方法，其中B细胞包括CD79+B细胞、IgG+B细胞和/或浆细胞。
158.根据实施例157所述的方法，其中B细胞包括浆细胞。
159.一种鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞，其中样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
160.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞，其中样品中克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
161.根据实施例159或160所述的方法，其中肿瘤样品包含克隆扩增的B细胞，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
162.一种治疗患有癌症的个体的方法，该方法包括：
(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
163.一种治疗个体的癌症的方法，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞，该方法包括向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
164.根据实施例159至163中任一项所述的方法，其中克隆扩增的B细胞为克隆扩增的浆细胞。
165.根据实施例159至164中任一项所述的方法，其中克隆扩增的B细胞通过测量肿瘤样品中的B细胞受体(BCR)基因谱系的多样性来检测。
166.根据实施例165所述的方法，其中在来自个体的肿瘤样品中的BCR基因谱系的香农多样性指数(SDI)低于参考SDI的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
167.根据实施例1至106和实施例119至151中任一项所述的方法，其中样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。
168.根据实施例167所述的方法，其中该组织样品是肿瘤组织样品。
169.根据实施例107至118和实施例152至166中任一项所述的方法，其中肿瘤样品为肿瘤组织样品。
170.根据实施例168或169所述的方法，其中肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。
171.根据实施例168至170中任一项所述的方法，其中肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
172.根据实施例171所述的方法，其中肿瘤组织样品为FFPE样品。
173.根据实施例1至172中任一项所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样肉芽肿、Merkel细胞癌或血液恶性肿瘤。
174.根据实施例173所述的方法，其中癌症为肺癌、肾癌、膀胱癌或乳腺癌。
175.根据实施例174所述的方法，其中肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
176.根据实施例175所述的方法，其中NSCLC为非鳞状NSCLC。
177.根据实施例175所述的方法，其中NSCLC为鳞状NSCLC。
178.根据实施例1至3、实施例6至52、实施例55至109、实施例112至121、实施例124至154、实施例157至161和实施例164至177中任一项所述的方法，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长、个体的PFS延长和/或个体的BCOR改善。
179.根据实施例178所述的方法，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，个体的OS延长。
180.根据实施例1至179中任一项所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
181.根据实施例180所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L1结合拮抗剂。
182.根据实施例181所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
183.根据实施例182所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
184.根据实施例182所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
185.根据实施例182至184中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
186.根据实施例182至185中任一项所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
187.根据实施例186所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
188.根据实施例186所述的方法，其中抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ IDNO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
189.根据实施例186所述的方法，其中抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；以及轻链可变区，其包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列。
190.根据实施例180所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂为PD-1结合拮抗剂。
191.根据实施例190所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一个或多个的结合。
192.根据实施例191所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
193.根据实施例191所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
194.根据实施例191至193中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
195.根据实施例191至194中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
196.根据实施例195所述的方法，其中抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
197.根据实施例190至194中任一项所述的方法，其中PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。
198.根据实施例197所述的方法，其中Fc融合蛋白为AMP-224。
199.根据实施例1至198中任一项所述的方法，其中个体既往未针对该癌症进行过治疗。
200.根据实施例199所述的方法，其中个体既往未被施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
201.根据实施例199或200所述的方法，其中癌症为NSCLC，并且个体不具有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。
202.根据实施例1至198中任一项所述的方法，其中个体既往针对该癌症进行过治疗。
203.根据实施例202所述的方法，其中通过向该个体施用含铂化疗剂，个体既往针对该癌症进行过治疗，并且其中该个体对该化疗剂无应答。
204.根据实施例4至21、实施例25至48、实施例53至77、实施例81至106、实施例110至118、实施例122至151、实施例155至158和实施例162至203中任一项所述的方法，其中PD-L1轴结合拮抗剂作为单一疗法施用。
205.根据实施例4至21、实施例25至48、实施例53至77、实施例81至106、实施例110至118、实施例122至151、实施例155至158和实施例162至203中任一项所述的方法，其中该方法进一步包括施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
206.根据实施例205所述的方法，其中该一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
207.根据实施例1至206中任一项所述的方法，其中个体是人。
208.一种试剂盒，其包括PD-L1轴结合拮抗剂以及向个体施用PD-L1轴结合拮抗剂的说明书，该个体已按照实施例1至3、实施例6至52、实施例55至109、实施例111至121、实施例124至154、实施例157至161和实施例164至203中任一项所述的方法被鉴别为可能受益于包含PD-L1结合拮抗剂的治疗的个体。
209.一种试剂盒，其包括PD-L1轴结合拮抗剂以及向已按照实施例2、实施例3、实施例6至21、实施例23、实施例27至49、实施例51、实施例55至77、实施例79、实施例83-106、实施例108、实施例112至118、实施例120、实施例124至151、实施例153、154、157、158、160、161和实施例164至203中任一项所述的方法为其选择包含PD-L1结合拮抗剂的治疗的个体施用PD-L1轴结合拮抗剂的说明书。
210.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平的试剂，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
211.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平的试剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的总存活期(OS)延长。
212.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平的试剂，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的总存活期(OS)延长。
213.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的肿瘤样品中三级淋巴结构(TLS)的存在的试剂，其中在肿瘤样品中存在TLS将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
214.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平的试剂，其中在该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
215.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量的试剂，其中在肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，任选地其中B细胞包括浆细胞。
216.一种用于鉴别可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的患有癌症的个体的试剂盒，该试剂盒包括用于确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞的试剂，其中样品中具有克隆扩增的B细胞将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体。
217.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
218.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
219.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
220.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
221.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
222.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平。
223.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的表达水平，其中确定该样品中的该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，从而将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
224.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5中的一种或多种的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平，其中在该一种或多种基因的免疫评分表达水平高于该一种或多种基因的参考免疫评分表达水平的情况下，将该个体鉴别为可能受益于包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的个体，其中该受益包括，与不使用PD-L1轴结合拮抗剂的治疗相比，该个体的OS延长。
225.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的肿瘤样品中TLS的存在；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
226.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中存在TLS。
227.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的表达水平，其中确定该样品中的该两种或更多种基因的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
228.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13中的两种或更多种的免疫评分表达水平高于该两种或更多种基因的参考免疫评分表达水平。
229.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定来自该个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，任选地其中B细胞包括浆细胞；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
230.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量，任选地其中B细胞包括浆细胞。
231.一种在治疗患有癌症的个体的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂，该方法包括：
(a)确定该个体在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞；以及
(b)向该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
232.一种用于治疗个体的癌症的PD-L1轴结合拮抗剂，其中该个体已被确定为在来自该个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞。
233.根据实施例208至216中任一项所述的试剂盒或根据实施例217至232中任一项所述使用的PD-L1轴结合拮抗剂，其中PD-L1轴结合拮抗剂为抗PD-L1拮抗剂抗体，任选地其中抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；和轻链可变区，其包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列，任选地其中抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列；和轻链，其包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列，任选地其中抗PD-L1拮抗剂抗体为阿特珠单抗。
序列表
<110> 基因泰克公司 (Genentech, Inc.)
<120> 用于癌症免疫疗法的方法和组合物
<130> 50474-209WO2
<150> US 63/038,559
<151> 2020-06-12
<160> 83
<170> PatentIn 版本 3.5
<210> 1
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 1
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 2
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 2
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 7
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
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<220>
<223> 合成构建体
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Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
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Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
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35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
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<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 9
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
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405 410 415
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435 440 445
<210> 10
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 10
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 11
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 11
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 12
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 12
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 13
<211> 1099
<212> DNA
<213> 智人
<400> 13
caaactaacc aacccactgg gagaagatgc ctgggggtcc aggagtcctc caagctctgc 60
ctgccaccat cttcctcctc ttcctgctgt ctgctgtcta cctgggccct gggtgccagg 120
ccctgtggat gcacaaggtc ccagcatcat tgatggtgag cctgggggaa gacgcccact 180
tccaatgccc gcacaatagc agcaacaacg ccaacgtcac ctggtggcgc gtcctccatg 240
gcaactacac gtggccccct gagttcttgg gcccgggcga ggaccccaat ggtacgctga 300
tcatccagaa tgtgaacaag agccatgggg gcatatacgt gtgccgggtc caggagggca 360
acgagtcata ccagcagtcc tgcggcacct acctccgcgt gcgccagccg ccccccaggc 420
ccttcctgga catgggggag ggcaccaaga accgaatcat cacagccgag gggatcatcc 480
tcctgttctg cgcggtggtg cctgggacgc tgctgctgtt caggaaacga tggcagaacg 540
agaagctcgg gttggatgcc ggggatgaat atgaagatga aaacctttat gaaggcctga 600
acctggacga ctgctccatg tatgaggaca tctcccgggg cctccagggc acctaccagg 660
atgtgggcag cctcaacata ggagatgtcc agctggagaa gccgtgacac ccctactcct 720
gccaggctgc ccccgcctgc tgtgcaccca gctccagtgt ctcagctcac ttccctggga 780
cattctcctt tcagcccttc tgggggcttc cttagtcata ttcccccagt ggggggtggg 840
agggtaacct cactcttctc caggccaggc ctccttggac tcccctgggg gtgtcccact 900
cttcttccct ctaaactgcc ccacctccta acctaatccc cccgccccgc tgcctttccc 960
aggctcccct caccccagcg ggtaatgagc ccttaatcgc tgcctctagg ggagctgatt 1020
gtagcagcct cgttagtgtc accccctcct ccctgatctg tcagggccac ttagtgataa 1080
taaattcttc ccaactgca 1099
<210> 14
<211> 226
<212> PRT
<213> 智人
<400> 14
Met Pro Gly Gly Pro Gly Val Leu Gln Ala Leu Pro Ala Thr Ile Phe
1 5 10 15
Leu Leu Phe Leu Leu Ser Ala Val Tyr Leu Gly Pro Gly Cys Gln Ala
20 25 30
Leu Trp Met His Lys Val Pro Ala Ser Leu Met Val Ser Leu Gly Glu
35 40 45
Asp Ala His Phe Gln Cys Pro His Asn Ser Ser Asn Asn Ala Asn Val
50 55 60
Thr Trp Trp Arg Val Leu His Gly Asn Tyr Thr Trp Pro Pro Glu Phe
65 70 75 80
Leu Gly Pro Gly Glu Asp Pro Asn Gly Thr Leu Ile Ile Gln Asn Val
85 90 95
Asn Lys Ser His Gly Gly Ile Tyr Val Cys Arg Val Gln Glu Gly Asn
100 105 110
Glu Ser Tyr Gln Gln Ser Cys Gly Thr Tyr Leu Arg Val Arg Gln Pro
115 120 125
Pro Pro Arg Pro Phe Leu Asp Met Gly Glu Gly Thr Lys Asn Arg Ile
130 135 140
Ile Thr Ala Glu Gly Ile Ile Leu Leu Phe Cys Ala Val Val Pro Gly
145 150 155 160
Thr Leu Leu Leu Phe Arg Lys Arg Trp Gln Asn Glu Lys Leu Gly Leu
165 170 175
Asp Ala Gly Asp Glu Tyr Glu Asp Glu Asn Leu Tyr Glu Gly Leu Asn
180 185 190
Leu Asp Asp Cys Ser Met Tyr Glu Asp Ile Ser Arg Gly Leu Gln Gly
195 200 205
Thr Tyr Gln Asp Val Gly Ser Leu Asn Ile Gly Asp Val Gln Leu Glu
210 215 220
Lys Pro
225
<210> 15
<211> 2707
<212> DNA
<213> 智人
<400> 15
gtaataccta agagggaagt ggcttcattt cagtggctga cttccagaga gcaatatggc 60
tggttcccca acatgcctca ccctcatcta tatcctttgg cagctcacag ggtcagcagc 120
ctctggaccc gtgaaagagc tggtcggttc cgttggtggg gccgtgactt tccccctgaa 180
gtccaaagta aagcaagttg actctattgt ctggaccttc aacacaaccc ctcttgtcac 240
catacagcca gaagggggca ctatcatagt gacccaaaat cgtaataggg agagagtaga 300
cttcccagat ggaggctact ccctgaagct cagcaaactg aagaagaatg actcagggat 360
ctactatgtg gggatataca gctcatcact ccagcagccc tccacccagg agtacgtgct 420
gcatgtctac gagcacctgt caaagcctaa agtcaccatg ggtctgcaga gcaataagaa 480
tggcacctgt gtgaccaatc tgacatgctg catggaacat ggggaagagg atgtgattta 540
tacctggaag gccctggggc aagcagccaa tgagtcccat aatgggtcca tcctccccat 600
ctcctggaga tggggagaaa gtgatatgac cttcatctgc gttgccagga accctgtcag 660
cagaaacttc tcaagcccca tccttgccag gaagctctgt gaaggtgctg ctgatgaccc 720
agattcctcc atggtcctcc tgtgtctcct gttggtgccc ctcctgctca gtctctttgt 780
actggggcta tttctttggt ttctgaagag agagagacaa gaagagtaca ttgaagagaa 840
gaagagagtg gacatttgtc gggaaactcc taacatatgc ccccattctg gagagaacac 900
agagtacgac acaatccctc acactaatag aacaatccta aaggaagatc cagcaaatac 960
ggtttactcc actgtggaaa taccgaaaaa gatggaaaat ccccactcac tgctcacgat 1020
gccagacaca ccaaggctat ttgcctatga gaatgttatc tagacagcag tgcactcccc 1080
taagtctctg ctcaaaaaaa aaacaattct cggcccaaag aaaacaatca gaagaattca 1140
ctgatttgac tagaaacatc aaggaagaat gaagaacgtt gacttttttc caggataaat 1200
tatctctgat gcttctttag atttaagagt tcataattcc atccactgct gagaaatctc 1260
ctcaaaccca gaaggtttaa tcacttcatc ccaaaaatgg gattgtgaat gtcagcaaac 1320
cataaaaaaa gtgcttagaa gtattcctat aaaaatgtaa atgcaaggtc acacatatta 1380
atgacagcct gttgtattaa tgatggctcc aggtcagtgt ctggagtttc attccatccc 1440
agggcttgga tgtcaggatt ataccaagag tcttgctacc aggagggcaa gaagaccaaa 1500
acagacagac aagtccagca gaagcagatg cacctgacaa aaatggatgt attaattggc 1560
tctataaact atgtgcccag cactatgctg agcttacact aattggtcag acatgctgtc 1620
tgccctcatg aaattggctc caaatgaatg aactactttc atgagcagtt gtagcaggcc 1680
tgaccacaga ttcccagagg gccaggtgtg gatccacagg acttgaaggt caaagttcac 1740
aaagatgaag aatcagggta gctgaccatg tttggcagat actataatgg agacacagaa 1800
gtgtgcatgg cccaaggaca aggacctcca gccaggcttc atttatgcac ttgtgctgca 1860
aaagaaaagt ctaggtttta aggctgtgcc agaacccatc ccaataaaga gaccgagtct 1920
gaagtcacat tgtaaatcta gtgtaggaga cttggagtca ggcagtgaga ctggtggggc 1980
acggggggca gtgggtactt gtaaaccttt aaagatggtt aattcattca atagatattt 2040
attaagaacc tatgcggccc ggcatggtgg ctcacacctg taatcccagc actttgggag 2100
gccaaggtgg gtgggtcatc tgaggtcagg agttcaagac cagcctggcc aacatggtga 2160
aaccccatct ctactaaaga tacaaaaatt tgctgagcgt ggtggtgtgc acctgtaatc 2220
ccagctactc gagaggccaa ggcatgagaa tcgcttgaac ctgggaggtg gaggttgcag 2280
tgagctgaga tggcaccact gcactccggc ctaggcaacg agagcaaaac tccaatacaa 2340
acaaacaaac aaacacctgt gctaggtcag tctggcacgt aagatgaaca tccctaccaa 2400
tacagagctc accatctctt atacttaagt gaaaaacatg gggaagggga aaggggaatg 2460
gctgcttttg atatgttccc tgacacatat cttgaatgga gacctcccta ccaagtgatg 2520
aaagtgttga aaaacttaat aacaaatgct tgttgggcaa gaatgggatt gaggattatc 2580
ttctctcaga aaggcattgt gaaggaattg agccagatct ctctccctac tgcaaaaccc 2640
tattgtagta aaaaagtctt ctttactatc ttaataaaac agatattgtg agattcacat 2700
acaaaaa 2707
<210> 16
<211> 335
<212> PRT
<213> 智人
<400> 16
Met Ala Gly Ser Pro Thr Cys Leu Thr Leu Ile Tyr Ile Leu Trp Gln
1 5 10 15
Leu Thr Gly Ser Ala Ala Ser Gly Pro Val Lys Glu Leu Val Gly Ser
20 25 30
Val Gly Gly Ala Val Thr Phe Pro Leu Lys Ser Lys Val Lys Gln Val
35 40 45
Asp Ser Ile Val Trp Thr Phe Asn Thr Thr Pro Leu Val Thr Ile Gln
50 55 60
Pro Glu Gly Gly Thr Ile Ile Val Thr Gln Asn Arg Asn Arg Glu Arg
65 70 75 80
Val Asp Phe Pro Asp Gly Gly Tyr Ser Leu Lys Leu Ser Lys Leu Lys
85 90 95
Lys Asn Asp Ser Gly Ile Tyr Tyr Val Gly Ile Tyr Ser Ser Ser Leu
100 105 110
Gln Gln Pro Ser Thr Gln Glu Tyr Val Leu His Val Tyr Glu His Leu
115 120 125
Ser Lys Pro Lys Val Thr Met Gly Leu Gln Ser Asn Lys Asn Gly Thr
130 135 140
Cys Val Thr Asn Leu Thr Cys Cys Met Glu His Gly Glu Glu Asp Val
145 150 155 160
Ile Tyr Thr Trp Lys Ala Leu Gly Gln Ala Ala Asn Glu Ser His Asn
165 170 175
Gly Ser Ile Leu Pro Ile Ser Trp Arg Trp Gly Glu Ser Asp Met Thr
180 185 190
Phe Ile Cys Val Ala Arg Asn Pro Val Ser Arg Asn Phe Ser Ser Pro
195 200 205
Ile Leu Ala Arg Lys Leu Cys Glu Gly Ala Ala Asp Asp Pro Asp Ser
210 215 220
Ser Met Val Leu Leu Cys Leu Leu Leu Val Pro Leu Leu Leu Ser Leu
225 230 235 240
Phe Val Leu Gly Leu Phe Leu Trp Phe Leu Lys Arg Glu Arg Gln Glu
245 250 255
Glu Tyr Ile Glu Glu Lys Lys Arg Val Asp Ile Cys Arg Glu Thr Pro
260 265 270
Asn Ile Cys Pro His Ser Gly Glu Asn Thr Glu Tyr Asp Thr Ile Pro
275 280 285
His Thr Asn Arg Thr Ile Leu Lys Glu Asp Pro Ala Asn Thr Val Tyr
290 295 300
Ser Thr Val Glu Ile Pro Lys Lys Met Glu Asn Pro His Ser Leu Leu
305 310 315 320
Thr Met Pro Asp Thr Pro Arg Leu Phe Ala Tyr Glu Asn Val Ile
325 330 335
<210> 17
<211> 2611
<212> DNA
<213> 智人
<400> 17
aactgagtgg ctgtgaaagg gtggggtttg ctcagactgt ccttcctctc tggactgtaa 60
gaatatgtct ccagggccag tgtctgctgc gatcgagtcc caccttccaa gtcctggcat 120
ctcaatgcat ctgggaagct acctgcatta agtcaggact gagcacacag gtgaactcca 180
gaaagaagaa gctatggccg cagtgattct ggagagcatc tttctgaagc gatcccaaca 240
gaaaaagaaa acatcacctc taaacttcaa gaagcgcctg tttctcttga ccgtgcacaa 300
actctcctac tatgagtatg actttgaacg tgggagaaga ggcagtaaga agggttcaat 360
agatgttgag aagatcactt gtgttgaaac agtggttcct gaaaaaaatc ctcctccaga 420
aagacagatt ccgagaagag gtgaagagtc cagtgaaatg gagcaaattt caatcattga 480
aaggttccct tatcccttcc aggttgtata tgatgaaggg cctctctacg tcttctcccc 540
aactgaagaa ctaaggaagc ggtggattca ccagctcaaa aacgtaatcc ggtacaacag 600
tgatctggtt cagaaatatc acccttgctt ctggatcgat gggcagtatc tctgctgctc 660
tcagacagcc aaaaatgcta tgggctgcca aattttggag aacaggaatg gaagcttaaa 720
acctgggagt tctcaccgga agacaaaaaa gcctcttccc ccaacgcctg aggaggacca 780
gatcttgaaa aagccactac cgcctgagcc agcagcagca ccagtctcca caagtgagct 840
gaaaaaggtt gtggcccttt atgattacat gccaatgaat gcaaatgatc tacagctgcg 900
gaagggtgat gaatatttta tcttggagga aagcaactta ccatggtgga gagcacgaga 960
taaaaatggg caggaaggct acattcctag taactatgtc actgaagcag aagactccat 1020
agaaatgtat gagtggtatt ccaaacacat gactcggagt caggctgagc aactgctaaa 1080
gcaagagggg aaagaaggag gtttcattgt cagagactcc agcaaagctg gcaaatatac 1140
agtgtctgtg tttgctaaat ccacagggga ccctcaaggg gtgatacgtc attatgttgt 1200
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agtgtctcaa caaaacaaga atgcaccttc cactgcaggc ctgggatacg gatcatggga 1380
aattgatcca aaggacctga ccttcttgaa ggagctgggg actggacaat ttggggtagt 1440
gaagtatggg aaatggagag gccagtacga cgtggccatc aagatgatca aagaaggctc 1500
catgtctgaa gatgaattca ttgaagaagc caaagtcatg atgaatcttt cccatgagaa 1560
gctggtgcag ttgtatggcg tctgcaccaa gcagcgcccc atcttcatca tcactgagta 1620
catggccaat ggctgcctcc tgaactacct gagggagatg cgccaccgct tccagactca 1680
gcagctgcta gagatgtgca aggatgtctg tgaagccatg gaatacctgg agtcaaagca 1740
gttccttcac cgagacctgg cagctcgaaa ctgtttggta aacgatcaag gagttgttaa 1800
agtatctgat ttcggcctgt ccaggtatgt cctggatgat gaatacacaa gctcagtagg 1860
ctccaaattt ccagtccggt ggtccccacc ggaagtcctg atgtatagca agttcagcag 1920
caaatctgac atttgggctt ttggggtttt gatgtgggaa atttactccc tggggaagat 1980
gccatatgag agatttacta acagtgagac tgctgaacac attgcccaag gcctacgtct 2040
ctacaggcct catctggctt cagagaaggt atataccatc atgtacagtt gctggcatga 2100
gaaagcagat gagcgtccca ctttcaaaat tcttctgagc aatattctag atgtcatgga 2160
tgaagaatcc tgagctcgcc aataagcttc ttggttctac ttctcttctc cacaagcccc 2220
aatttcactt tctcagagga aatcccaagc ttaggagccc tggagccttt gtgctcccac 2280
tcaatacaaa aaggcccctc tctacatctg ggaatgcacc tcttctttga ttccctggga 2340
tagtggcttc tgagcaaagg ccaagaaatt attgtgcctg aaatttcccg agagaattaa 2400
gacagactga atttgcgatg aaaatatttt ttaggaggga ggatgtaaat agccgcacaa 2460
aggggtccaa cagctctttg agtaggcatt tggtagagct tgggggtgtg tgtgtggggg 2520
tggaccgaat ttggcaagaa tgaaatggtg tcataaagat gggaggggag ggtgttttga 2580
taaaataaaa ttactagaaa gcttgaaagt c 2611
<210> 18
<211> 659
<212> PRT
<213> 智人
<400> 18
Met Ala Ala Val Ile Leu Glu Ser Ile Phe Leu Lys Arg Ser Gln Gln
1 5 10 15
Lys Lys Lys Thr Ser Pro Leu Asn Phe Lys Lys Arg Leu Phe Leu Leu
20 25 30
Thr Val His Lys Leu Ser Tyr Tyr Glu Tyr Asp Phe Glu Arg Gly Arg
35 40 45
Arg Gly Ser Lys Lys Gly Ser Ile Asp Val Glu Lys Ile Thr Cys Val
50 55 60
Glu Thr Val Val Pro Glu Lys Asn Pro Pro Pro Glu Arg Gln Ile Pro
65 70 75 80
Arg Arg Gly Glu Glu Ser Ser Glu Met Glu Gln Ile Ser Ile Ile Glu
85 90 95
Arg Phe Pro Tyr Pro Phe Gln Val Val Tyr Asp Glu Gly Pro Leu Tyr
100 105 110
Val Phe Ser Pro Thr Glu Glu Leu Arg Lys Arg Trp Ile His Gln Leu
115 120 125
Lys Asn Val Ile Arg Tyr Asn Ser Asp Leu Val Gln Lys Tyr His Pro
130 135 140
Cys Phe Trp Ile Asp Gly Gln Tyr Leu Cys Cys Ser Gln Thr Ala Lys
145 150 155 160
Asn Ala Met Gly Cys Gln Ile Leu Glu Asn Arg Asn Gly Ser Leu Lys
165 170 175
Pro Gly Ser Ser His Arg Lys Thr Lys Lys Pro Leu Pro Pro Thr Pro
180 185 190
Glu Glu Asp Gln Ile Leu Lys Lys Pro Leu Pro Pro Glu Pro Ala Ala
195 200 205
Ala Pro Val Ser Thr Ser Glu Leu Lys Lys Val Val Ala Leu Tyr Asp
210 215 220
Tyr Met Pro Met Asn Ala Asn Asp Leu Gln Leu Arg Lys Gly Asp Glu
225 230 235 240
Tyr Phe Ile Leu Glu Glu Ser Asn Leu Pro Trp Trp Arg Ala Arg Asp
245 250 255
Lys Asn Gly Gln Glu Gly Tyr Ile Pro Ser Asn Tyr Val Thr Glu Ala
260 265 270
Glu Asp Ser Ile Glu Met Tyr Glu Trp Tyr Ser Lys His Met Thr Arg
275 280 285
Ser Gln Ala Glu Gln Leu Leu Lys Gln Glu Gly Lys Glu Gly Gly Phe
290 295 300
Ile Val Arg Asp Ser Ser Lys Ala Gly Lys Tyr Thr Val Ser Val Phe
305 310 315 320
Ala Lys Ser Thr Gly Asp Pro Gln Gly Val Ile Arg His Tyr Val Val
325 330 335
Cys Ser Thr Pro Gln Ser Gln Tyr Tyr Leu Ala Glu Lys His Leu Phe
340 345 350
Ser Thr Ile Pro Glu Leu Ile Asn Tyr His Gln His Asn Ser Ala Gly
355 360 365
Leu Ile Ser Arg Leu Lys Tyr Pro Val Ser Gln Gln Asn Lys Asn Ala
370 375 380
Pro Ser Thr Ala Gly Leu Gly Tyr Gly Ser Trp Glu Ile Asp Pro Lys
385 390 395 400
Asp Leu Thr Phe Leu Lys Glu Leu Gly Thr Gly Gln Phe Gly Val Val
405 410 415
Lys Tyr Gly Lys Trp Arg Gly Gln Tyr Asp Val Ala Ile Lys Met Ile
420 425 430
Lys Glu Gly Ser Met Ser Glu Asp Glu Phe Ile Glu Glu Ala Lys Val
435 440 445
Met Met Asn Leu Ser His Glu Lys Leu Val Gln Leu Tyr Gly Val Cys
450 455 460
Thr Lys Gln Arg Pro Ile Phe Ile Ile Thr Glu Tyr Met Ala Asn Gly
465 470 475 480
Cys Leu Leu Asn Tyr Leu Arg Glu Met Arg His Arg Phe Gln Thr Gln
485 490 495
Gln Leu Leu Glu Met Cys Lys Asp Val Cys Glu Ala Met Glu Tyr Leu
500 505 510
Glu Ser Lys Gln Phe Leu His Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Cys Leu
515 520 525
Val Asn Asp Gln Gly Val Val Lys Val Ser Asp Phe Gly Leu Ser Arg
530 535 540
Tyr Val Leu Asp Asp Glu Tyr Thr Ser Ser Val Gly Ser Lys Phe Pro
545 550 555 560
Val Arg Trp Ser Pro Pro Glu Val Leu Met Tyr Ser Lys Phe Ser Ser
565 570 575
Lys Ser Asp Ile Trp Ala Phe Gly Val Leu Met Trp Glu Ile Tyr Ser
580 585 590
Leu Gly Lys Met Pro Tyr Glu Arg Phe Thr Asn Ser Glu Thr Ala Glu
595 600 605
His Ile Ala Gln Gly Leu Arg Leu Tyr Arg Pro His Leu Ala Ser Glu
610 615 620
Lys Val Tyr Thr Ile Met Tyr Ser Cys Trp His Glu Lys Ala Asp Glu
625 630 635 640
Arg Pro Thr Phe Lys Ile Leu Leu Ser Asn Ile Leu Asp Val Met Asp
645 650 655
Glu Glu Ser
<210> 19
<211> 891
<212> DNA
<213> 智人
<400> 19
attgttctca acattctagc tgctcttgct gcatttgctc tggaattctt gtagagatat 60
tacttgtcct tccaggctgt tctttctgta gctcccttgt tttctttttg tgatcatgtt 120
gcagatggct gggcagtgct cccaaaatga atattttgac agtttgttgc atgcttgcat 180
accttgtcaa cttcgatgtt cttctaatac tcctcctcta acatgtcagc gttattgtaa 240
tgcaagtgtg accaattcag tgaaaggaac gaatgcgatt ctctggacct gtttgggact 300
gagcttaata atttctttgg cagttttcgt gctaatgttt ttgctaagga agataaactc 360
tgaaccatta aaggacgagt ttaaaaacac aggatcaggt ctcctgggca tggctaacat 420
tgacctggaa aagagcagga ctggtgatga aattattctt ccgagaggcc tcgagtacac 480
ggtggaagaa tgcacctgtg aagactgcat caagagcaaa ccgaaggtcg actctgacca 540
ttgctttcca ctcccagcta tggaggaagg cgcaaccatt cttgtcacca cgaaaacgaa 600
tgactattgc aagagcctgc cagctgcttt gagtgctacg gagatagaga aatcaatttc 660
tgctaggtaa ttaaccattt cgactcgagc agtgccactt taaaaatctt ttgtcagaat 720
agatgatgtg tcagatctct ttaggatgac tgtatttttc agttgccgat acagcttttt 780
gtcctctaac tgtggaaact ctttatgtta gatatatttc tctaggttac tgttgggagc 840
ttaatggtag aaacttcctt ggtttcatga ttaaactctt ttttttcctg a 891
<210> 20
<211> 184
<212> PRT
<213> 智人
<400> 20
Met Leu Gln Met Ala Gly Gln Cys Ser Gln Asn Glu Tyr Phe Asp Ser
1 5 10 15
Leu Leu His Ala Cys Ile Pro Cys Gln Leu Arg Cys Ser Ser Asn Thr
20 25 30
Pro Pro Leu Thr Cys Gln Arg Tyr Cys Asn Ala Ser Val Thr Asn Ser
35 40 45
Val Lys Gly Thr Asn Ala Ile Leu Trp Thr Cys Leu Gly Leu Ser Leu
50 55 60
Ile Ile Ser Leu Ala Val Phe Val Leu Met Phe Leu Leu Arg Lys Ile
65 70 75 80
Asn Ser Glu Pro Leu Lys Asp Glu Phe Lys Asn Thr Gly Ser Gly Leu
85 90 95
Leu Gly Met Ala Asn Ile Asp Leu Glu Lys Ser Arg Thr Gly Asp Glu
100 105 110
Ile Ile Leu Pro Arg Gly Leu Glu Tyr Thr Val Glu Glu Cys Thr Cys
115 120 125
Glu Asp Cys Ile Lys Ser Lys Pro Lys Val Asp Ser Asp His Cys Phe
130 135 140
Pro Leu Pro Ala Met Glu Glu Gly Ala Thr Ile Leu Val Thr Thr Lys
145 150 155 160
Thr Asn Asp Tyr Cys Lys Ser Leu Pro Ala Ala Leu Ser Ala Thr Glu
165 170 175
Ile Glu Lys Ser Ile Ser Ala Arg
180
<210> 21
<211> 1286
<212> DNA
<213> 智人
<400> 21
agaagaagtg aagtcaagat gaagaaccat ttgcttttct ggggagtcct ggcggttttt 60
attaaggctg ttcatgtgaa agcccaagaa gatgaaagga ttgttcttgt tgacaacaaa 120
tgtaagtgtg cccggattac ttccaggatc atccgttctt ccgaagatcc taatgaggac 180
attgtggaga gaaacatccg aattattgtt cctctgaaca acagggagaa tatctctgat 240
cccacctcac cattgagaac cagatttgtg taccatttgt ctgacctctg taaaaaatgt 300
gatcctacag aagtggagct ggataatcag atagttactg ctacccagag caatatctgt 360
gatgaagaca gtgctacaga gacctgctac acttatgaca gaaacaagtg ctacacagct 420
gtggtcccac tcgtatatgg tggtgagacc aaaatggtgg aaacagcctt aaccccagat 480
gcctgctatc ctgactaatt taagtcattg ctgactgcat agctcttttt cttgagaggc 540
tctccatttt gattcagaaa gttagcatat ttattaccaa tgaatttgaa accagggctt 600
tttttttttt ttgggtgatg taaaaccaac tccctgccac caaaataatt aaaatagtca 660
cattgttatc tttattaggt aatcacttct taattatatg ttcatactct aagtatcaaa 720
atcttccaat tatcatgctc acctgaaaga ggtatgctct cttaggaata cagtttctag 780
cattaaacaa ataaacaagg ggagaaaata aaactcaagg actgaaaatc aggaggtgta 840
ataaaatgtt cctcgcattc ccccccgctt tttttttttt ttttgacttt gccttggaga 900
gccagagctt ccgcattttc tttactattc tttttaaaaa aagtttcact gtgtagagaa 960
catatatgca taaacatagg tcaattatat gtctccatta gaaaaataat aattggaaaa 1020
catgttctag aactagttac aaaaataatt taaggtgaaa tctctaatat ttataaaagt 1080
agcaaaataa atgcataatt aaaatatatt tggacataac agacttggaa gcagatgata 1140
cagacttctt tttttcataa tcaggttagt gtaagaaatt gccatttgaa acaatccatt 1200
ttgtaactga accttatgaa atatatgtat ttcatggtac gtattctcta gcacagtctg 1260
agcaattaaa tagattcata agcata 1286
<210> 22
<211> 159
<212> PRT
<213> 智人
<400> 22
Met Lys Asn His Leu Leu Phe Trp Gly Val Leu Ala Val Phe Ile Lys
1 5 10 15
Ala Val His Val Lys Ala Gln Glu Asp Glu Arg Ile Val Leu Val Asp
20 25 30
Asn Lys Cys Lys Cys Ala Arg Ile Thr Ser Arg Ile Ile Arg Ser Ser
35 40 45
Glu Asp Pro Asn Glu Asp Ile Val Glu Arg Asn Ile Arg Ile Ile Val
50 55 60
Pro Leu Asn Asn Arg Glu Asn Ile Ser Asp Pro Thr Ser Pro Leu Arg
65 70 75 80
Thr Arg Phe Val Tyr His Leu Ser Asp Leu Cys Lys Lys Cys Asp Pro
85 90 95
Thr Glu Val Glu Leu Asp Asn Gln Ile Val Thr Ala Thr Gln Ser Asn
100 105 110
Ile Cys Asp Glu Asp Ser Ala Thr Glu Thr Cys Tyr Thr Tyr Asp Arg
115 120 125
Asn Lys Cys Tyr Thr Ala Val Val Pro Leu Val Tyr Gly Gly Glu Thr
130 135 140
Lys Met Val Glu Thr Ala Leu Thr Pro Asp Ala Cys Tyr Pro Asp
145 150 155
<210> 23
<211> 1300
<212> DNA
<213> 智人
<400> 23
gtgaccgctt cagggcagtt ggtagatgcc cctctgggag agatccccag gggtgacagc 60
catggaccct ggaagggcct gggctaggga cagggaccag agccagtcca gggagaggac 120
agagccaatg gactggggtg tactgtaaca gccctgctgg cgagagggac cagggcaccg 180
tcctccaggg agcccatgct gcaagtcggg ccagaggtgc ccctgaacct gaaggccaat 240
gagacccaag acaggccaag tgggttgtga gacccctgag gagctgggcc ctggtcccag 300
gcagcgctgg cccctgctgc tgctgggtct ggccatggtc gcccatggcc tgctgcgccc 360
aatggttgca ccgcaaagcg gggacccaga ccctggagcc tcagttggaa gcagccgatc 420
cagcctgcgg agcctgtggg gcaggctcct gctccagccc agcccccaga gagcagaccc 480
caggtgctgg ccccgggggt tttggtctga gcctcagtca ctgtgttatg tcttcggaac 540
tgggaccaag gtcaccgtcc taggtcagcc caaggccaac cccactgtca ctctgttccc 600
gccctcctct gaggagctcc aagccaacaa ggccacacta gtgtgtctga tcagtgactt 660
ctacccggga gctgtgacag tggcctggaa ggcagatggc agccccgtca aggcgggagt 720
ggagaccacc aaaccctcca aacagagcaa caacaagtac gcggccagca gctacctgag 780
cctgacgccc gagcagtgga agtcccacag aagctacagc tgccaggtca cgcatgaagg 840
gagcaccgtg gagaagacag tggcccctac agaatgttca taggttccca actctaaccc 900
cacccacggg agcctggagc tgcaggatcc caggggaggg gtctctctcc ccatcccaag 960
tcatccagcc cttctccctg cactcatgaa accccaataa atatcctcat tgacaaccag 1020
aaatcttgtt ttatctcatt ttttttctca cataaattgc tagcctcccc ggggttctca 1080
gtgtggggta cagggaattc tgcacccagt gtgaaaatca cccaagggag gaggctcaca 1140
gcctccctga gtcatctccc cagagggtcc ttcctctccc agtcacccct tctccaactc 1200
tccactgtac ccctgagcta ccagtctggc atcagttcag accagtccca caccctccta 1260
aattttactt ctcaataaat acctgatcat gtaaaacgca 1300
<210> 24
<211> 214
<212> PRT
<213> 智人
<400> 24
Met Arg Pro Lys Thr Gly Gln Val Gly Cys Glu Thr Pro Glu Glu Leu
1 5 10 15
Gly Pro Gly Pro Arg Gln Arg Trp Pro Leu Leu Leu Leu Gly Leu Ala
20 25 30
Met Val Ala His Gly Leu Leu Arg Pro Met Val Ala Pro Gln Ser Gly
35 40 45
Asp Pro Asp Pro Gly Ala Ser Val Gly Ser Ser Arg Ser Ser Leu Arg
50 55 60
Ser Leu Trp Gly Arg Leu Leu Leu Gln Pro Ser Pro Gln Arg Ala Asp
65 70 75 80
Pro Arg Cys Trp Pro Arg Gly Phe Trp Ser Glu Pro Gln Ser Leu Cys
85 90 95
Tyr Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu Gly Gln Pro Lys
100 105 110
Ala Asn Pro Thr Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu Leu Gln
115 120 125
Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr Pro Gly
130 135 140
Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Gly Ser Pro Val Lys Ala Gly
145 150 155 160
Val Glu Thr Thr Lys Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr Ala Ala
165 170 175
Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His Arg Ser
180 185 190
Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys Thr Val
195 200 205
Ala Pro Thr Glu Cys Ser
210
<210> 25
<211> 5878
<212> DNA
<213> 智人
<400> 25
attgggtaca tgcgcagtgc cgctcgcgcg ggccgcgcca atcctgcagc gccttcaaca 60
ggtttcgggc ggcgaattcc agttctccgg gttttggggc tccctgcggg aggcagtgct 120
ggatctggga atctctagga aaggaaagag caaaggaggg gaaagatggg gggctgcagt 180
ctccacgtac gtccctcaaa gcgcgtccta aaacccggat aaccggagcg ctccccatgg 240
accacacgga gggctcgccc gcggaggagc cgcctgcgca tgctccatcg cctgggaaat 300
ttggtgagcg gcctccacct aaacgactta ctagggaagc tatgcgaaat tatttaaaag 360
agcgagggga tcaaacagta cttattcttc atgcaaaagt tgcacagaag tcatatggaa 420
atgaaaaaag gtttttttgc ccacctcctt gtgtatatct tatgggcagt ggatggaaga 480
aaaaaaaaga acaaatggaa cgcgatggtt gttctgaaca agagtctcaa ccgtgtgcat 540
ttattgggat aggaaatagt gaccaagaaa tgcagcagct aaacttggaa ggaaagaact 600
attgcacagc caaaacattg tatatatctg actcagacaa gcgaaagcac ttcatgttgt 660
ctgtaaagat gttctatggc aacagtgatg acattggtgt gttcctcagc aagcggataa 720
aagtcatctc caaaccttcc aaaaagaagc agtcattgaa aaatgctgac ttatgcattg 780
cctcaggaac aaaggtggct ctgtttaatc gactacgatc ccagacagtt agtaccagat 840
acttgcatgt agaaggaggt aattttcatg ccagttcaca gcagtgggga gcctttttta 900
ttcatctctt ggatgatgat gaatcagaag gagaagaatt cacagtccga gatggctaca 960
tccattatgg acaaacagtc aaacttgtgt gctcagttac tggcatggca ctcccaagat 1020
tgataattag gaaagttgat aagcagaccg cattattgga tgcagatgat cctgtgtcac 1080
aactccataa atgtgcattt taccttaagg atacagaaag aatgtatttg tgcctttctc 1140
aagaaagaat aattcaattt caggccactc catgtccaaa agaaccaaat aaagagatga 1200
taaatgatgg cgcttcctgg acaatcatta gcacagataa ggcagagtat acattttatg 1260
agggaatggg ccctgtcctt gccccagtca ctcctgtgcc tgtggtagag agccttcagt 1320
tgaatggcgg tggggacgta gcaatgcttg aacttacagg acagaatttc actccaaatt 1380
tacgagtgtg gtttggggat gtagaagctg aaactatgta caggtgtgga gagagtatgc 1440
tctgtgtcgt cccagacatt tctgcattcc gagaaggttg gagatgggtc cggcaaccag 1500
tccaggttcc agtaactttg gtccgaaatg atggaatcat ttattccacc agccttacct 1560
ttacctacac accagaacca gggccgcggc cacattgcag tgcagcagga gcaatccttc 1620
gagccaattc aagccaggtg ccccctaacg aatcaaacac aaacagcgag ggaagttaca 1680
caaacgccag cacaaattca accagtgtca catcatctac agccacagtg gtatcctaac 1740
taccgtcttt ttgctaggac ttaaactgac ttgagtgtgg caaaaagtta acaaaaaagg 1800
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ttcaaaaacc ccgttgtctc cctgcaagtg ctgatttgaa atgcagaagc cacagtaaaa 1920
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaagaaaaaa aaatcaaaat gtataaatat tggaaatcaa 1980
gtttttcagc tgttttgttg gttggttggt tggtttttgt ttggttttgt ttaaatgggc 2040
aagaagtaaa taatgtggct ggaatacaag ttgaacaaac tagaagacac aaatctaaca 2100
tagtttttat ggaccaagga acttgtatat tgtataagct ttagtaaaag gtacattttc 2160
accatacctt tttttatatc acggtattat agtacacctt gttaccaaat aggttgttct 2220
cttccccacc cacctttgag cttttgctct aaaatacatt caggttccaa gcctgaccat 2280
ccttgtttaa tctatcatac tcttccaggt tttttttttt tggtctaagg ctggaacttt 2340
tttctttttt ttcagctgaa gtcttatgac ttttcatgag tcaaaattgt ttggatttca 2400
gcaagtcaaa tcttgcaaag gcctgcatat tttttttaag attatatgaa gtctgtgcaa 2460
aagctttaaa aaaatgcctc tgccttgcct gcaatacatg caatgtatgt taacttagtc 2520
tctcttctca gacactgttg gtagttattt ctgtgttttc ctttttttaa aaaaaaatat 2580
ggacttattg tggttatctg agaggttcta acattcacat gcaatttggt gtggccattt 2640
agctattaat gagttaatgg cgcagaactt gttgatattt gaagtgttct ctcccctttt 2700
cccatgacgt aaatacatag gtgtgttcca ggatttgttc aggtttttcc cccctcctaa 2760
tcttgtacat aacttgtatt atgtgtaagt taaacatttt attttgaact tggaatgttc 2820
ccagtgattt cattcagcag ggtattttct gccttgttgg caagtgacaa aaaatatggg 2880
aagtatttgc taccagttgg tagatggtgc ccttaatggt agaatgagga aaatgtccgc 2940
aaaagcatgt tttattatct ttactttttt ggggggttgg agggggtagc ctagccagaa 3000
catcattgta atcttaaaac ataagatgct tttattagat gatcaactaa aatagctgga 3060
agacagtact ttagaaacag atagttgtaa gattataaaa tgcaaatgta acttatgttt 3120
tcattttttt ctctgccttt tttgtttgtt tgttttctct tttccagtac tgagcatctc 3180
cacaaatgtc tcctaactca gaaaatgttt cttttctttt cagttgagat ttggttgcat 3240
tcagggttgt aggttggcct tgcttgctaa ccccgccggt tttaccgtgc tttcattcct 3300
gaactttgtt tatgcctttg tttggtttct tcgaaattgc agcagactca ttgggctaca 3360
tttagtacag gaaccacgtg tgtaatgtta tacaacacag tctagtaata caatcatccc 3420
tcttagagta aaaactacct ctagattgtg gtaagctttt actgtcccat aaaacaggag 3480
ccacagtacc ttatgaatgc aaaactgtaa cttcctacag tgtttcccta cagaacattg 3540
tctttctggt gtcctgggct gttttgaaaa agtttccatt aatagacttt ttagaaatta 3600
ttattagtag catttttttt ccagctttgc tgtcttcatc actcactcta tgctcagact 3660
atgccactgt aaatattctt cctaacatct ttaaatcgcc ttttcctcag ttttcaaggg 3720
gaaggtcatt tgtaaagcac gttaggtggt taaatcagtt attgcggttt tctcttactg 3780
caagcctttt taatcacccc caggctgcat tttattctat atcgcctttt ttcttcaaat 3840
ctgctccaat cactcacttc tctcttataa gctaatcctg cctcacacct taaatctgtt 3900
tcagtgatca agggcagaac tcattgtggc cttatctttc tttgttgtaa ttgttcactg 3960
tctctttctt acagaccact tatttctgag tagtagttat tcctctctat ggagtcatgg 4020
caggaatcat tacacagtgc ttttgttcag agcatggaca tgttcctagt gctgctttgc 4080
tttaacggcc acaagtttcc tccacttcct aggtttggta tttagttaag gaatcatatt 4140
aaattaacca ataacaaaag agatactttt gaagaacaaa ctattcctta cccatttttg 4200
tagctcaaaa ataatttttc aagttcatga ccttattaaa atgaacttgt gtttttttaa 4260
caaacatgta tgttttattt tgatagtttc tttccgtaag ataattgaaa tattatactg 4320
taaacccttt tcttttcttt ttttgaaaag tccaagaatg tacttataca ggcatttttc 4380
cccacctatt tttggccatt ctcataccac agactaaaga gtgaaatgat ttgtccattg 4440
tagcttattg tttatcagta gttcttttgt cagctgctta cattttttct ttcatggttt 4500
tgtgaatcat tttcagtatg taatttatag gaaccttgtc ctctggttat agtagactgt 4560
gtgccctcct ccagtgatgg cattattaga catgctggtc atttaccctc agaaagactc 4620
tcttattaga atggtgagtg cttcagttat agtatgtttg aatttttaaa aaattctgtt 4680
ttagaaatgt atcttatgct ctcatgacta tgcagtttct aaacatacac atagaagctg 4740
agtctctgat ccaatatgtt tttatttgtt ccatttaatt tatcacatag attgggaagg 4800
caagctaaaa gccttaaaaa tgccctttat attttgagtg atttcagcgt tgaacactag 4860
tatactatct aaatttgctg ctcactttct ttaaactgtg gcaattaaag gcatgtttat 4920
acatgactta atcgtgaaat gtttgtcact cttactgcac agacttatct gcaatcataa 4980
ctggttagtt tttttgtttt gttttgtttt attgttttta atgaaactgg taccatctgt 5040
gctttcacaa aaaacttcca atgccatttt tgagaactaa cctaactagt catgctaacc 5100
agaaaatcca ctggggagga ggttcctttt gaaacaaaat gctgttcagt tagtaaccaa 5160
gttactttga ttgcaaaagc agctgtgttt ctgataagta ctgaacaaat gtgtgtaatt 5220
ttctgtgcca gacttatgac tttgttttca agcactgtaa tgtgggatgg atggttagaa 5280
acaataatat attagggttt ctgtttaacc ctttcaggac tgaactgtat ctccttttgt 5340
taattttccc ctgtgttgtg ataaatgttt gccagcattc agtactgtgt tggtccagat 5400
gtaggtttat atgctcattt ttagcttatt tcttgtacct tgcagcatgc tctacgcatt 5460
cagtccttaa ggggtttatt ttacaaactg tgcgcctgta aggtttatta gcaataagat 5520
agaaaattga gcaagtttat accataattt tgtagaaaaa aagaatctgc tcagttccat 5580
atttcatccg tgaaaaactt gcaatacgag cagtttcaag gaataaataa aaaggaaatg 5640
taaaccattg taaaagtctt ctgtcgaatg tgcctgatgc atgtattatc gtcttttatt 5700
tcagaatact tcataaagat aaaattaaat tctatattat agttggtgta tttacaatct 5760
taccatgtac atcacatcaa agtgatagct ctactaattt aatttccttg tcaatgtttt 5820
taactatata gtgctttaaa gagatttttt ttccctgtgt aaaaaaaaaa aaaaaaaa 5878
<210> 26
<211> 500
<212> PRT
<213> 智人
<400> 26
Met Asp His Thr Glu Gly Ser Pro Ala Glu Glu Pro Pro Ala His Ala
1 5 10 15
Pro Ser Pro Gly Lys Phe Gly Glu Arg Pro Pro Pro Lys Arg Leu Thr
20 25 30
Arg Glu Ala Met Arg Asn Tyr Leu Lys Glu Arg Gly Asp Gln Thr Val
35 40 45
Leu Ile Leu His Ala Lys Val Ala Gln Lys Ser Tyr Gly Asn Glu Lys
50 55 60
Arg Phe Phe Cys Pro Pro Pro Cys Val Tyr Leu Met Gly Ser Gly Trp
65 70 75 80
Lys Lys Lys Lys Glu Gln Met Glu Arg Asp Gly Cys Ser Glu Gln Glu
85 90 95
Ser Gln Pro Cys Ala Phe Ile Gly Ile Gly Asn Ser Asp Gln Glu Met
100 105 110
Gln Gln Leu Asn Leu Glu Gly Lys Asn Tyr Cys Thr Ala Lys Thr Leu
115 120 125
Tyr Ile Ser Asp Ser Asp Lys Arg Lys His Phe Met Leu Ser Val Lys
130 135 140
Met Phe Tyr Gly Asn Ser Asp Asp Ile Gly Val Phe Leu Ser Lys Arg
145 150 155 160
Ile Lys Val Ile Ser Lys Pro Ser Lys Lys Lys Gln Ser Leu Lys Asn
165 170 175
Ala Asp Leu Cys Ile Ala Ser Gly Thr Lys Val Ala Leu Phe Asn Arg
180 185 190
Leu Arg Ser Gln Thr Val Ser Thr Arg Tyr Leu His Val Glu Gly Gly
195 200 205
Asn Phe His Ala Ser Ser Gln Gln Trp Gly Ala Phe Phe Ile His Leu
210 215 220
Leu Asp Asp Asp Glu Ser Glu Gly Glu Glu Phe Thr Val Arg Asp Gly
225 230 235 240
Tyr Ile His Tyr Gly Gln Thr Val Lys Leu Val Cys Ser Val Thr Gly
245 250 255
Met Ala Leu Pro Arg Leu Ile Ile Arg Lys Val Asp Lys Gln Thr Ala
260 265 270
Leu Leu Asp Ala Asp Asp Pro Val Ser Gln Leu His Lys Cys Ala Phe
275 280 285
Tyr Leu Lys Asp Thr Glu Arg Met Tyr Leu Cys Leu Ser Gln Glu Arg
290 295 300
Ile Ile Gln Phe Gln Ala Thr Pro Cys Pro Lys Glu Pro Asn Lys Glu
305 310 315 320
Met Ile Asn Asp Gly Ala Ser Trp Thr Ile Ile Ser Thr Asp Lys Ala
325 330 335
Glu Tyr Thr Phe Tyr Glu Gly Met Gly Pro Val Leu Ala Pro Val Thr
340 345 350
Pro Val Pro Val Val Glu Ser Leu Gln Leu Asn Gly Gly Gly Asp Val
355 360 365
Ala Met Leu Glu Leu Thr Gly Gln Asn Phe Thr Pro Asn Leu Arg Val
370 375 380
Trp Phe Gly Asp Val Glu Ala Glu Thr Met Tyr Arg Cys Gly Glu Ser
385 390 395 400
Met Leu Cys Val Val Pro Asp Ile Ser Ala Phe Arg Glu Gly Trp Arg
405 410 415
Trp Val Arg Gln Pro Val Gln Val Pro Val Thr Leu Val Arg Asn Asp
420 425 430
Gly Ile Ile Tyr Ser Thr Ser Leu Thr Phe Thr Tyr Thr Pro Glu Pro
435 440 445
Gly Pro Arg Pro His Cys Ser Ala Ala Gly Ala Ile Leu Arg Ala Asn
450 455 460
Ser Ser Gln Val Pro Pro Asn Glu Ser Asn Thr Asn Ser Glu Gly Ser
465 470 475 480
Tyr Thr Asn Ala Ser Thr Asn Ser Thr Ser Val Thr Ser Ser Thr Ala
485 490 495
Thr Val Val Ser
500
<210> 27
<211> 925
<212> DNA
<213> 智人
<400> 27
acacacacat ctgcacctca accacagact acacttgctg aactggctcc tggggccatg 60
aggctgtcac tgccactgct gctgctgctg ctgggagcct gggccatccc agggggcctc 120
ggggacaggg cgccactcac agccacagcc ccacaactgg atgatgagga gatgtactca 180
gcccacatgc ccgctcacct gcgctgtgat gcctgcagag ctgtggctta ccagatgtgg 240
caaaatctgg caaaggcaga gaccaaactt catacctcaa actctggggg gcggcgggag 300
ctgagcgagt tggtctacac ggatgtcctg gaccggagct gctcccggaa ctggcaggac 360
tacggagttc gagaagtgga ccaagtgaaa cgtctcacag gcccaggact tagcgagggg 420
ccagagccaa gcatcagcgt gatggtcaca gggggcccct ggcctaccag gctctccagg 480
acatgtttgc actacttggg ggagtttgga gaagaccaga tctatgaagc ccaccaacaa 540
ggccgagggg ctctggaggc attgctatgt gggggacccc agggggcctg ctcagagaag 600
gtgtcagcca caagagaaga gctctagtcc tggactctac cctcctctga aagaagctgg 660
ggcttgctct gacggtctcc actcccgtct gcaggcagcc aggagggcag gaagcccttg 720
ctctgtgctg ccatcctgcc tccctcctcc agcctcaggg cactcgggcc tgggtgggag 780
tcaacgcctt cccctctgga ctcaaataaa acccagtgac ctcacttctt ttctctgcaa 840
aaggtgcttg tggggctggg agtgcagaca ttggtgtttc tgctgatgtc ccttgtgaaa 900
aaaaaaaaaa aactctcaaa atcaa 925
<210> 28
<211> 189
<212> PRT
<213> 智人
<400> 28
Met Arg Leu Ser Leu Pro Leu Leu Leu Leu Leu Leu Gly Ala Trp Ala
1 5 10 15
Ile Pro Gly Gly Leu Gly Asp Arg Ala Pro Leu Thr Ala Thr Ala Pro
20 25 30
Gln Leu Asp Asp Glu Glu Met Tyr Ser Ala His Met Pro Ala His Leu
35 40 45
Arg Cys Asp Ala Cys Arg Ala Val Ala Tyr Gln Met Trp Gln Asn Leu
50 55 60
Ala Lys Ala Glu Thr Lys Leu His Thr Ser Asn Ser Gly Gly Arg Arg
65 70 75 80
Glu Leu Ser Glu Leu Val Tyr Thr Asp Val Leu Asp Arg Ser Cys Ser
85 90 95
Arg Asn Trp Gln Asp Tyr Gly Val Arg Glu Val Asp Gln Val Lys Arg
100 105 110
Leu Thr Gly Pro Gly Leu Ser Glu Gly Pro Glu Pro Ser Ile Ser Val
115 120 125
Met Val Thr Gly Gly Pro Trp Pro Thr Arg Leu Ser Arg Thr Cys Leu
130 135 140
His Tyr Leu Gly Glu Phe Gly Glu Asp Gln Ile Tyr Glu Ala His Gln
145 150 155 160
Gln Gly Arg Gly Ala Leu Glu Ala Leu Leu Cys Gly Gly Pro Gln Gly
165 170 175
Ala Cys Ser Glu Lys Val Ser Ala Thr Arg Glu Glu Leu
180 185
<210> 29
<211> 741
<212> DNA
<213> 智人
<400> 29
gagaggctga gactaaccca gaaacatcca attctcaaac tgaagctcgc actctcgcct 60
ccagcatgaa agtctctgcc gcccttctgt gcctgctgct catagcagcc accttcattc 120
cccaagggct cgctcagcca gatgcaatca atgccccagt cacctgctgt tataacttca 180
ccaataggaa gatctcagtg cagaggctcg cgagctatag aagaatcacc agcagcaagt 240
gtcccaaaga agctgtgatc ttcaagacca ttgtggccaa ggagatctgt gctgacccca 300
agcagaagtg ggttcaggat tccatggacc acctggacaa gcaaacccaa actccgaaga 360
cttgaacact cactccacaa cccaagaatc tgcagctaac ttattttccc ctagctttcc 420
ccagacaccc tgttttattt tattataatg aattttgttt gttgatgtga aacattatgc 480
cttaagtaat gttaattctt atttaagtta ttgatgtttt aagtttatct ttcatggtac 540
tagtgttttt tagatacaga gacttgggga aattgctttt cctcttgaac cacagttcta 600
cccctgggat gttttgaggg tctttgcaag aatcattaat acaaagaatt ttttttaaca 660
ttccaatgca ttgctaaaat attattgtgg aaatgaatat tttgtaacta ttacaccaaa 720
taaatatatt tttgtacaaa a 741
<210> 30
<211> 99
<212> PRT
<213> 智人
<400> 30
Met Lys Val Ser Ala Ala Leu Leu Cys Leu Leu Leu Ile Ala Ala Thr
1 5 10 15
Phe Ile Pro Gln Gly Leu Ala Gln Pro Asp Ala Ile Asn Ala Pro Val
20 25 30
Thr Cys Cys Tyr Asn Phe Thr Asn Arg Lys Ile Ser Val Gln Arg Leu
35 40 45
Ala Ser Tyr Arg Arg Ile Thr Ser Ser Lys Cys Pro Lys Glu Ala Val
50 55 60
Ile Phe Lys Thr Ile Val Ala Lys Glu Ile Cys Ala Asp Pro Lys Gln
65 70 75 80
Lys Trp Val Gln Asp Ser Met Asp His Leu Asp Lys Gln Thr Gln Thr
85 90 95
Pro Lys Thr
<210> 31
<211> 780
<212> DNA
<213> 智人
<400> 31
agaaggacac gggcagcaga cagtggtcag tcctttcttg gctctgctga cactcgagcc 60
cacattccgt cacctgctca gaatcatgca ggtctccact gctgcccttg ctgtcctcct 120
ctgcaccatg gctctctgca accagttctc tgcatcactt gctgctgaca cgccgaccgc 180
ctgctgcttc agctacacct cccggcagat tccacagaat ttcatagctg actactttga 240
gacgagcagc cagtgctcca agcccggtgt catcttccta accaagcgaa gccggcaggt 300
ctgtgctgac cccagtgagg agtgggtcca gaaatatgtc agcgacctgg agctgagtgc 360
ctgaggggtc cagaagcttc gaggcccagc gacctcggtg ggcccagtgg ggaggagcag 420
gagcctgagc cttgggaaca tgcgtgtgac ctccacagct acctcttcta tggactggtt 480
gttgccaaac agccacactg tgggactctt cttaacttaa attttaattt atttatacta 540
tttagttttt gtaatttatt ttcgatttca cagtgtgttt gtgattgttt gctctgagag 600
ttcccctgtc ccctccccct tccctcacac cgcgtctggt gacaaccgag tggctgtcat 660
cagcctgtgt aggcagtcat ggcaccaaag ccaccagact gacaaatgtg tatcggatgc 720
ttttgttcag ggctgtgatc ggcctgggga aataataaag atgctctttt aaaaggtaaa 780
<210> 32
<211> 92
<212> PRT
<213> 智人
<400> 32
Met Gln Val Ser Thr Ala Ala Leu Ala Val Leu Leu Cys Thr Met Ala
1 5 10 15
Leu Cys Asn Gln Phe Ser Ala Ser Leu Ala Ala Asp Thr Pro Thr Ala
20 25 30
Cys Cys Phe Ser Tyr Thr Ser Arg Gln Ile Pro Gln Asn Phe Ile Ala
35 40 45
Asp Tyr Phe Glu Thr Ser Ser Gln Cys Ser Lys Pro Gly Val Ile Phe
50 55 60
Leu Thr Lys Arg Ser Arg Gln Val Cys Ala Asp Pro Ser Glu Glu Trp
65 70 75 80
Val Gln Lys Tyr Val Ser Asp Leu Glu Leu Ser Ala
85 90
<210> 33
<211> 660
<212> DNA
<213> 智人
<400> 33
agcacaggac acagctgggt tctgaagctt ctgagttctg cagcctcacc tctgagaaaa 60
cctcttttcc accaatacca tgaagctctg cgtgactgtc ctgtctctcc tcatgctagt 120
agctgccttc tgctctccag cgctctcagc accaatgggc tcagaccctc ccaccgcctg 180
ctgcttttct tacaccgcga ggaagcttcc tcgcaacttt gtggtagatt actatgagac 240
cagcagcctc tgctcccagc cagctgtggt attccaaacc aaaagaagca agcaagtctg 300
tgctgatccc agtgaatcct gggtccagga gtacgtgtat gacctggaac tgaactgagc 360
tgctcagaga caggaagtct tcagggaagg tcacctgagc ccggatgctt ctccatgaga 420
cacatctcct ccatactcag gactcctctc cgcagttcct gtcccttctc ttaatttaat 480
cttttttatg tgccgtgtta ttgtattagg tgtcatttcc attatttata ttagtttagc 540
caaaggataa gtgtccccta tggggatggt ccactgtcac tgtttctctg ctgttgcaaa 600
tacatggata acacatttga ttctgtgtgt tttcataata aaactttaaa ataaaatgca 660
<210> 34
<211> 92
<212> PRT
<213> 智人
<400> 34
Met Lys Leu Cys Val Thr Val Leu Ser Leu Leu Met Leu Val Ala Ala
1 5 10 15
Phe Cys Ser Pro Ala Leu Ser Ala Pro Met Gly Ser Asp Pro Pro Thr
20 25 30
Ala Cys Cys Phe Ser Tyr Thr Ala Arg Lys Leu Pro Arg Asn Phe Val
35 40 45
Val Asp Tyr Tyr Glu Thr Ser Ser Leu Cys Ser Gln Pro Ala Val Val
50 55 60
Phe Gln Thr Lys Arg Ser Lys Gln Val Cys Ala Asp Pro Ser Glu Ser
65 70 75 80
Trp Val Gln Glu Tyr Val Tyr Asp Leu Glu Leu Asn
85 90
<210> 35
<211> 309
<212> DNA
<213> 智人
<400> 35
accatgaagg tctccgcggc agccctcgct gtcatcctca ttgctactgc cctctgcgct 60
cctgcatctg cctccccata ttcctcggac accacaccct gctgctttgc ctacattgcc 120
cgcccactgc cccgtgccca catcaaggag tatttctaca ccagtggcaa gtgctccaac 180
ccagcagtcg tctttgtcac ccgaaagaac cgccaagtgt gtgccaaccc agagaagaaa 240
tgggttcggg agtacatcaa ctctttggag atgagctagg atggagagtc cttgaacctg 300
aacttacac 309
<210> 36
<211> 91
<212> PRT
<213> 智人
<400> 36
Met Lys Val Ser Ala Ala Ala Leu Ala Val Ile Leu Ile Ala Thr Ala
1 5 10 15
Leu Cys Ala Pro Ala Ser Ala Ser Pro Tyr Ser Ser Asp Thr Thr Pro
20 25 30
Cys Cys Phe Ala Tyr Ile Ala Arg Pro Leu Pro Arg Ala His Ile Lys
35 40 45
Glu Tyr Phe Tyr Thr Ser Gly Lys Cys Ser Asn Pro Ala Val Val Phe
50 55 60
Val Thr Arg Lys Asn Arg Gln Val Cys Ala Asn Pro Glu Lys Lys Trp
65 70 75 80
Val Arg Glu Tyr Ile Asn Ser Leu Glu Met Ser
85 90
<210> 37
<211> 862
<212> DNA
<213> 智人
<400> 37
agagaggttg agaacaaccc agaaaccttc acctctcatg ctgaagctca cacccttgcc 60
ctccaagatg aaggtttctg cagcgcttct gtgcctgctg ctcatggcag ccactttcag 120
ccctcaggga cttgctcagc cagattcagt ttccattcca atcacctgct gctttaacgt 180
gatcaatagg aaaattccta tccagaggct ggagagctac acaagaatca ccaacatcca 240
atgtcccaag gaagctgtga tcttcaagac caaacggggc aaggaggtct gtgctgaccc 300
caaggagaga tgggtcaggg attccatgaa gcatctggac caaatatttc aaaatctgaa 360
gccatgagcc ttcatacatg gactgagagt cagagcttga agaaaagctt atttattttc 420
cccaacctcc cccaggtgca gtgtgacatt attttattat aacatccaca aagagattat 480
ttttaaataa tttaaagcat aatatttctt aaaaagtatt taattatatt taagttgttg 540
atgttttaac tctatctgtc atacatccta gtgaatgtaa aatgcaaaat cctggtgatg 600
tgttttttgt ttttgttttc ctgtgagctc aactaagttc acggcaaaat gtcattgttc 660
tccctcctac ctgtctgtag tgttgtgggg tcctcccatg gatcatcaag gtgaaacact 720
ttggtattct ttggcaatca gtgctcctgt aagtcaaatg tgtgctttgt actgctgttg 780
ttgaaattga tgttactgta tataactatg gaattttgaa aaaaaatttc aaaaagaaaa 840
aaatatatat aatttaaaac ta 862
<210> 38
<211> 99
<212> PRT
<213> 智人
<400> 38
Met Lys Val Ser Ala Ala Leu Leu Cys Leu Leu Leu Met Ala Ala Thr
1 5 10 15
Phe Ser Pro Gln Gly Leu Ala Gln Pro Asp Ser Val Ser Ile Pro Ile
20 25 30
Thr Cys Cys Phe Asn Val Ile Asn Arg Lys Ile Pro Ile Gln Arg Leu
35 40 45
Glu Ser Tyr Thr Arg Ile Thr Asn Ile Gln Cys Pro Lys Glu Ala Val
50 55 60
Ile Phe Lys Thr Lys Arg Gly Lys Glu Val Cys Ala Asp Pro Lys Glu
65 70 75 80
Arg Trp Val Arg Asp Ser Met Lys His Leu Asp Gln Ile Phe Gln Asn
85 90 95
Leu Lys Pro
<210> 39
<211> 1332
<212> DNA
<213> 智人
<400> 39
agaaggaggc caggagttgt gagtttccaa gccccagctc actctgacca cttctctgcc 60
tgcccagcat catgaagggc cttgcagctg ccctccttgt cctcgtctgc accatggccc 120
tctgctcctg tgcacaagtt ggtaccaaca aagagctctg ctgcctcgtc tatacctcct 180
ggcagattcc acaaaagttc atagttgact attctgaaac cagcccccag tgccccaagc 240
caggtgtcat cctcctaacc aagagaggcc ggcagatctg tgctgacccc aataagaagt 300
gggtccagaa atacatcagc gacctgaagc tgaatgcctg aggggcctgg aagctgcgag 360
ggcccagtga acttggtggg cccaggaggg aacaggagcc tgagccaggg caatggccct 420
gccaccctgg aggctacctc ttctaagagt cccatctgct atgcccagcc acattaacta 480
actttaatct tagtttatgc atcatatttc attttgaaat tgatttctat tgttgagctg 540
cattatgaaa ttagtatttt ctctgacatc tcatgacatt gtctttatca tcctttcccc 600
tttcccttca actcttcgta cattcaatgc atggatcaat cagtgtgatt agctttctca 660
gcagacattg tgccatatgt atcaaatgac aaatctttat tgaatggttt tgctcagcac 720
caccttttaa tatattggca gtacttatta tataaaaggt aaaccagcat tctcactgtg 780
acgactctgt tgattttgtt tcactaatcg gaatcacaga ctgagaggaa ttctggggga 840
ggagtaggga aatatgaaaa ggggcagaaa cagcaagata gggaccaagt acttctacag 900
tcataccaga catttccctg gagatacttt cctgaaaagt tgaaacagac accattagtt 960
tataaaccat attgtaactg aaatgtgata gaaaaatttt ctacttaaat gaatatcaag 1020
atgacgctgc aatgcatatt tacgcacaca agctcatttt cataaatgaa gctttcctca 1080
gaatgatggc taacatctgt tgaggtctta ccaagtgctg ggttttgggc taagtactta 1140
tattagtaaa agtctagcaa atactgccca tagtctagca aggactcctt acctggaagt 1200
tgctgaaagc cttggtaatg ttatctttgt tctccactct gcttttgggg aggatgtttt 1260
ccatgactat acgagatgag gcttggggct gggtggccag agttagcaaa taaaaataca 1320
gaatggatac ta 1332
<210> 40
<211> 89
<212> PRT
<213> 智人
<400> 40
Met Lys Gly Leu Ala Ala Ala Leu Leu Val Leu Val Cys Thr Met Ala
1 5 10 15
Leu Cys Ser Cys Ala Gln Val Gly Thr Asn Lys Glu Leu Cys Cys Leu
20 25 30
Val Tyr Thr Ser Trp Gln Ile Pro Gln Lys Phe Ile Val Asp Tyr Ser
35 40 45
Glu Thr Ser Pro Gln Cys Pro Lys Pro Gly Val Ile Leu Leu Thr Lys
50 55 60
Arg Gly Arg Gln Ile Cys Ala Asp Pro Asn Lys Lys Trp Val Gln Lys
65 70 75 80
Tyr Ile Ser Asp Leu Lys Leu Asn Ala
85
<210> 41
<211> 683
<212> DNA
<213> 智人
<400> 41
attcccagcc tcacatcact cacaccttgc atttcacccc tgcatcccag tcgccctgca 60
gcctcacaca gatcctgcac acacccagac agctggcgct cacacattca ccgttggcct 120
gcctctgttc accctccatg gccctgctac tggccctcag cctgctggtt ctctggactt 180
ccccagcccc aactctgagt ggcaccaatg atgctgaaga ctgctgcctg tctgtgaccc 240
agaaacccat ccctgggtac atcgtgagga acttccacta ccttctcatc aaggatggct 300
gcagggtgcc tgctgtagtg ttcaccacac tgaggggccg ccagctctgt gcacccccag 360
accagccctg ggtagaacgc atcatccaga gactgcagag gacctcagcc aagatgaagc 420
gccgcagcag ttaacctatg accgtgcaga gggagcccgg agtccgagtc aagcattgtg 480
aattattacc taacctgggg aaccgaggac cagaaggaag gaccaggctt ccagctcctc 540
tgcaccagac ctgaccagcc aggacagggc ctggggtgtg tgtgagtgtg agtgtgagcg 600
agagggtgag tgtggtcaga gtaaagctgc tccaccccca gattgcaatg ctaccaataa 660
agccgcctgg tgtttacaac taa 683
<210> 42
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人
<400> 42
Met Ala Leu Leu Leu Ala Leu Ser Leu Leu Val Leu Trp Thr Ser Pro
1 5 10 15
Ala Pro Thr Leu Ser Gly Thr Asn Asp Ala Glu Asp Cys Cys Leu Ser
20 25 30
Val Thr Gln Lys Pro Ile Pro Gly Tyr Ile Val Arg Asn Phe His Tyr
35 40 45
Leu Leu Ile Lys Asp Gly Cys Arg Val Pro Ala Val Val Phe Thr Thr
50 55 60
Leu Arg Gly Arg Gln Leu Cys Ala Pro Pro Asp Gln Pro Trp Val Glu
65 70 75 80
Arg Ile Ile Gln Arg Leu Gln Arg Thr Ser Ala Lys Met Lys Arg Arg
85 90 95
Ser Ser
<210> 43
<211> 864
<212> DNA
<213> 智人
<400> 43
acagaccccc aacttgcagc tgcccacctc accctcagct ctggcctctt actcaccctc 60
taccacagac atggctcagt cactggctct gagcctcctt atcctggttc tggcctttgg 120
catccccagg acccaaggca gtgatggagg ggctcaggac tgttgcctca agtacagcca 180
aaggaagatt cccgccaagg ttgtccgcag ctaccggaag caggaaccaa gcttaggctg 240
ctccatccca gctatcctgt tcttgccccg caagcgctct caggcagagc tatgtgcaga 300
cccaaaggag ctctgggtgc agcagctgat gcagcatctg gacaagacac catccccaca 360
gaaaccagcc cagggctgca ggaaggacag gggggcctcc aagactggca agaaaggaaa 420
gggctccaaa ggctgcaaga ggactgagcg gtcacagacc cctaaagggc catagcccag 480
tgagcagcct ggagccctgg agaccccacc agcctcacca gcgcttgaag cctgaaccca 540
agatgcaaga aggaggctat gctcaggggc cctggagcag ccaccccatg ctggccttgc 600
cacactcttt ctcctgcttt aaccacccca tctgcattcc cagctctacc ctgcatggct 660
gagctgccca cagcaggcca ggtccagaga gaccgaggag ggagagtctc ccagggagca 720
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cggctcccca gtacacccca cctcttcctt gtaaatatga tttataccta actgaataaa 840
aagctgttct gtcttcccac ccaa 864
<210> 44
<211> 134
<212> PRT
<213> 智人
<400> 44
Met Ala Gln Ser Leu Ala Leu Ser Leu Leu Ile Leu Val Leu Ala Phe
1 5 10 15
Gly Ile Pro Arg Thr Gln Gly Ser Asp Gly Gly Ala Gln Asp Cys Cys
20 25 30
Leu Lys Tyr Ser Gln Arg Lys Ile Pro Ala Lys Val Val Arg Ser Tyr
35 40 45
Arg Lys Gln Glu Pro Ser Leu Gly Cys Ser Ile Pro Ala Ile Leu Phe
50 55 60
Leu Pro Arg Lys Arg Ser Gln Ala Glu Leu Cys Ala Asp Pro Lys Glu
65 70 75 80
Leu Trp Val Gln Gln Leu Met Gln His Leu Asp Lys Thr Pro Ser Pro
85 90 95
Gln Lys Pro Ala Gln Gly Cys Arg Lys Asp Arg Gly Ala Ser Lys Thr
100 105 110
Gly Lys Lys Gly Lys Gly Ser Lys Gly Cys Lys Arg Thr Glu Arg Ser
115 120 125
Gln Thr Pro Lys Gly Pro
130
<210> 45
<211> 2761
<212> DNA
<213> 智人
<400> 45
aaagaatttc tcaggctcaa aatccaatac aggagtgact tggaactcca ttctatcact 60
atgaagaaaa gtggtgttct tttcctcttg ggcatcatct tgctggttct gattggagtg 120
caaggaaccc cagtagtgag aaagggtcgc tgttcctgca tcagcaccaa ccaagggact 180
atccacctac aatccttgaa agaccttaaa caatttgccc caagcccttc ctgcgagaaa 240
attgaaatca ttgctacact gaagaatgga gttcaaacat gtctaaaccc agattcagca 300
gatgtgaagg aactgattaa aaagtgggag aaacaggtca gccaaaagaa aaagcaaaag 360
aatgggaaaa aacatcaaaa aaagaaagtt ctgaaagttc gaaaatctca acgttctcgt 420
caaaagaaga ctacataaga gaccacttca ccaataagta ttctgtgtta aaaatgttct 480
attttaatta taccgctatc attccaaagg aggatggcat ataatacaaa ggcttattaa 540
tttgactaga aaatttaaaa cattactctg aaattgtaac taaagttaga aagttgattt 600
taagaatcca aacgttaaga attgttaaag gctatgattg tctttgttct tctaccaccc 660
accagttgaa tttcatcatg cttaaggcca tgattttagc aatacccatg tctacacaga 720
tgttcaccca accacatccc actcacaaca gctgcctgga agagcagccc taggcttcca 780
cgtactgcag cctccagaga gtatctgagg cacatgtcag caagtcctaa gcctgttagc 840
atgctggtga gccaagcagt ttgaaattga gctggacctc accaagctgc tgtggccatc 900
aacctctgta tttgaatcag cctacaggcc tcacacacaa tgtgtctgag agattcatgc 960
tgattgttat tgggtatcac cactggagat caccagtgtg tggctttcag agcctccttt 1020
ctggctttgg aagccatgtg attccatctt gcccgctcag gctgaccact ttatttcttt 1080
ttgttcccct ttgcttcatt caagtcagct cttctccatc ctaccacaat gcagtgcctt 1140
tcttctctcc agtgcacctg tcatatgctc tgatttatct gagtcaactc ctttctcatc 1200
ttgtccccaa caccccacag aagtgctttc ttctcccaat tcatcctcac tcagtccagc 1260
ttagttcaag tcctgcctct taaataaacc tttttggaca cacaaattat cttaaaactc 1320
ctgtttcact tggttcagta ccacatgggt gaacactcaa tggttaacta attcttgggt 1380
gtttatccta tctctccaac cagattgtca gctccttgag ggcaagagcc acagtatatt 1440
tccctgtttc ttccacagtg cctaataata ctgtggaact aggttttaat aattttttaa 1500
ttgatgttgt tatgggcagg atggcaacca gaccattgtc tcagagcagg tgctggctct 1560
ttcctggcta ctccatgttg gctagcctct ggtaacctct tacttattat cttcaggaca 1620
ctcactacag ggaccaggga tgatgcaaca tccttgtctt tttatgacag gatgtttgct 1680
cagcttctcc aacaataaga agcacgtggt aaaacacttg cggatattct ggactgtttt 1740
taaaaaatat acagtttacc gaaaatcata taatcttaca atgaaaagga ctttatagat 1800
cagccagtga ccaacctttt cccaaccata caaaaattcc ttttcccgaa ggaaaagggc 1860
tttctcaata agcctcagct ttctaagatc taacaagata gccaccgaga tccttatcga 1920
aactcatttt aggcaaatat gagttttatt gtccgtttac ttgtttcaga gtttgtattg 1980
tgattatcaa ttaccacacc atctcccatg aagaaaggga acggtgaagt actaagcgct 2040
agaggaagca gccaagtcgg ttagtggaag catgattggt gcccagttag cctctgcagg 2100
atgtggaaac ctccttccag gggaggttca gtgaattgtg taggagaggt tgtctgtggc 2160
cagaatttaa acctatactc actttcccaa attgaatcac tgctcacact gctgatgatt 2220
tagagtgctg tccggtggag atcccacccg aacgtcttat ctaatcatga aactccctag 2280
ttccttcatg taacttccct gaaaaatcta agtgtttcat aaatttgaga gtctgtgacc 2340
cacttacctt gcatctcaca ggtagacagt atataactaa caaccaaaga ctacatattg 2400
tcactgacac acacgttata atcatttatc atatatatac atacatgcat acactctcaa 2460
agcaaataat ttttcacttc aaaacagtat tgacttgtat accttgtaat ttgaaatatt 2520
ttctttgtta aaatagaatg gtatcaataa atagaccatt aatcagaaaa cagatcttga 2580
ttttttttct cttgaatgta cccttcaact gttgaatgtt taatagtaaa tcttatatgt 2640
ccttatttac tttttagctt tctctcaaat aaagtgtaac actagttgag ataacacatg 2700
aaagctcttt aaagggtcga tcgggaacag gaaaaaaaac ctatggaaaa tatgacaaca 2760
c 2761
<210> 46
<211> 125
<212> PRT
<213> 智人
<400> 46
Met Lys Lys Ser Gly Val Leu Phe Leu Leu Gly Ile Ile Leu Leu Val
1 5 10 15
Leu Ile Gly Val Gln Gly Thr Pro Val Val Arg Lys Gly Arg Cys Ser
20 25 30
Cys Ile Ser Thr Asn Gln Gly Thr Ile His Leu Gln Ser Leu Lys Asp
35 40 45
Leu Lys Gln Phe Ala Pro Ser Pro Ser Cys Glu Lys Ile Glu Ile Ile
50 55 60
Ala Thr Leu Lys Asn Gly Val Gln Thr Cys Leu Asn Pro Asp Ser Ala
65 70 75 80
Asp Val Lys Glu Leu Ile Lys Lys Trp Glu Lys Gln Val Ser Gln Lys
85 90 95
Lys Lys Gln Lys Asn Gly Lys Lys His Gln Lys Lys Lys Val Leu Lys
100 105 110
Val Arg Lys Ser Gln Arg Ser Arg Gln Lys Lys Thr Thr
115 120 125
<210> 47
<211> 1175
<212> DNA
<213> 智人
<400> 47
gagacattcc tcaattgctt agacatattc tgagcctaca gcagaggaac ctccagtctc 60
agcaccatga atcaaactgc cattctgatt tgctgcctta tctttctgac tctaagtggc 120
attcaaggag tacctctctc tagaactgta cgctgtacct gcatcagcat tagtaatcaa 180
cctgttaatc caaggtcttt agaaaaactt gaaattattc ctgcaagcca attttgtcca 240
cgtgttgaga tcattgctac aatgaaaaag aagggtgaga agagatgtct gaatccagaa 300
tcgaaggcca tcaagaattt actgaaagca gttagcaagg aaaggtctaa aagatctcct 360
taaaaccaga ggggagcaaa atcgatgcag tgcttccaag gatggaccac acagaggctg 420
cctctcccat cacttcccta catggagtat atgtcaagcc ataattgttc ttagtttgca 480
gttacactaa aaggtgacca atgatggtca ccaaatcagc tgctactact cctgtaggaa 540
ggttaatgtt catcatccta agctattcag taataactct accctggcac tataatgtaa 600
gctctactga ggtgctatgt tcttagtgga tgttctgacc ctgcttcaaa tatttccctc 660
acctttccca tcttccaagg gtactaagga atctttctgc tttggggttt atcagaattc 720
tcagaatctc aaataactaa aaggtatgca atcaaatctg ctttttaaag aatgctcttt 780
acttcatgga cttccactgc catcctccca aggggcccaa attctttcag tggctaccta 840
catacaattc caaacacata caggaaggta gaaatatctg aaaatgtatg tgtaagtatt 900
cttatttaat gaaagactgt acaaagtaga agtcttagat gtatatattt cctatattgt 960
tttcagtgta catggaataa catgtaatta agtactatgt atcaatgagt aacaggaaaa 1020
ttttaaaaat acagatagat atatgctctg catgttacat aagataaatg tgctgaatgg 1080
ttttcaaaat aaaaatgagg tactctcctg gaaatattaa gaaagactat ctaaatgttg 1140
aaagatcaaa aggttaataa agtaattata actaa 1175
<210> 48
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人
<400> 48
Met Asn Gln Thr Ala Ile Leu Ile Cys Cys Leu Ile Phe Leu Thr Leu
1 5 10 15
Ser Gly Ile Gln Gly Val Pro Leu Ser Arg Thr Val Arg Cys Thr Cys
20 25 30
Ile Ser Ile Ser Asn Gln Pro Val Asn Pro Arg Ser Leu Glu Lys Leu
35 40 45
Glu Ile Ile Pro Ala Ser Gln Phe Cys Pro Arg Val Glu Ile Ile Ala
50 55 60
Thr Met Lys Lys Lys Gly Glu Lys Arg Cys Leu Asn Pro Glu Ser Lys
65 70 75 80
Ala Ile Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Ser Lys Glu Arg Ser Lys Arg
85 90 95
Ser Pro
<210> 49
<211> 1479
<212> DNA
<213> 智人
<400> 49
gttcagcatt tctactcctt ccaagaagag cagcaaagct gaagtagcag cagcagcacc 60
agcagcaaca gcaaaaaaca aacatgagtg tgaagggcat ggctatagcc ttggctgtga 120
tattgtgtgc tacagttgtt caaggcttcc ccatgttcaa aagaggacgc tgtctttgca 180
taggccctgg ggtaaaagca gtgaaagtgg cagatattga gaaagcctcc ataatgtacc 240
caagtaacaa ctgtgacaaa atagaagtga ttattaccct gaaagaaaat aaaggacaac 300
gatgcctaaa tcccaaatcg aagcaagcaa ggcttataat caaaaaagtt gaaagaaaga 360
atttttaaaa atatcaaaac atatgaagtc ctggaaaaga gcatctgaaa aacctagaac 420
aagtttaact gtgactactg aaatgacaag aattctacag taggaaactg agacttttct 480
atggttttgt gactttcaac ttttgtacag ttatgtgaag gatgaaaggt gggtgaaagg 540
accaaaaaca gaaatacagt cttcctgaat gaatgacaat cagaattcca ctgcccaaag 600
gagtccaaca attaaatgga tttctaggaa aagctacctt aagaaaggct ggttaccatc 660
ggagtttaca aagtgctttc acgttcttac ttgttgcatt atacattcat gcatttctag 720
gctagagaac cttctagatt tgatgcttac aactattctg ttgtgactat gagaacattt 780
ctgtctctag aagtcatctg tctgtattga tctttatgct atattactat ctgtggttac 840
ggtggagaca ttgacattat tactggagtc aagcccttat aagtcaaaag catctatgtg 900
tcgtaaaaca ttcctcaaac attttttcat gcaaatacac acttctttcc ccaaacatca 960
tgtagcacat caatatgtag ggagacattc ttatgcatca tttggtttgt tttataacca 1020
attcattaaa tgtaattcat aaaatgtact atgaaaaaaa ttatacgcta tgggatactg 1080
gcaaaagtgc acatatttca taaccaaatt agtagcacca gtcttaattt gatgtttttc 1140
aacttttatt cattgagatg ttttgaagca attaggatat gtgtgtttac tgtacttttt 1200
gttttgatcc gtttgtataa atgatagcaa tatcttggac acatctgaaa tacaaaatgt 1260
ttttgtctac caaagaaaaa tgttgaaaaa taagcaaatg tatacctagc aatcactttt 1320
actttttgta attctgtctc ttagaaaaat acataatcta atcaatttct ttgttcatgc 1380
ctatatactg taaaatttag gtatactcaa gactagttta aagaatcaaa gtcatttttt 1440
tctctaataa actaccacaa cctttctttt ttaaaaaaa 1479
<210> 50
<211> 94
<212> PRT
<213> 智人
<400> 50
Met Ser Val Lys Gly Met Ala Ile Ala Leu Ala Val Ile Leu Cys Ala
1 5 10 15
Thr Val Val Gln Gly Phe Pro Met Phe Lys Arg Gly Arg Cys Leu Cys
20 25 30
Ile Gly Pro Gly Val Lys Ala Val Lys Val Ala Asp Ile Glu Lys Ala
35 40 45
Ser Ile Met Tyr Pro Ser Asn Asn Cys Asp Lys Ile Glu Val Ile Ile
50 55 60
Thr Leu Lys Glu Asn Lys Gly Gln Arg Cys Leu Asn Pro Lys Ser Lys
65 70 75 80
Gln Ala Arg Leu Ile Ile Lys Lys Val Glu Arg Lys Asn Phe
85 90
<210> 51
<211> 1219
<212> DNA
<213> 智人
<400> 51
gagaagatgt ttgaaaaaac tgactctgct aatgagcctg gactcagagc tcaagtctga 60
actctacctc cagacagaat gaagttcatc tcgacatctc tgcttctcat gctgctggtc 120
agcagcctct ctccagtcca aggtgttctg gaggtctatt acacaagctt gaggtgtaga 180
tgtgtccaag agagctcagt ctttatccct agacgcttca ttgatcgaat tcaaatcttg 240
ccccgtggga atggttgtcc aagaaaagaa atcatagtct ggaagaagaa caagtcaatt 300
gtgtgtgtgg accctcaagc tgaatggata caaagaatga tggaagtatt gagaaaaaga 360
agttcttcaa ctctaccagt tccagtgttt aagagaaaga ttccctgatg ctgatatttc 420
cactaagaac acctgcattc ttcccttatc cctgctctgg attttagttt tgtgcttagt 480
taaatctttt ccaggaaaaa gaacttcccc atacaaataa gcatgagact atgtaaaaat 540
aaccttgcag aagctgatgg ggcaaactca agcttcttca ctcacagcac cctatataca 600
cttggagttt gcattcttat tcatcaggga ggaaagtttc tttgaaaata gttattcagt 660
tataagtaat acaggattat tttgattata tacttgttgt ttaatgttta aaatttctta 720
gaaaacaatg gaatgagaat ttaagcctca aatttgaaca tgtggcttga attaagaaga 780
aaattatggc atatattaaa agcaggcttc tatgaaagac tcaaaaagct gcctgggagg 840
cagatggaac ttgagcctgt caagaggcaa aggaatccat gtagtagata tcctctgctt 900
aaaaactcac tacggaggag aattaagtcc tacttttaaa gaatttcttt ataaaattta 960
ctgtctaaga ttaatagcat tcgaagatcc ccagacttca tagaatactc agggaaagca 1020
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tcacatcttt ttcactgact ttttttgtgg ggggcggggc cggggggact ctggtatcta 1140
attctttaat gattcctata aatctaatga cattcaataa agttgagcaa acattttact 1200
taaaaaaaaa aaaaaaaaa 1219
<210> 52
<211> 109
<212> PRT
<213> 智人
<400> 52
Met Lys Phe Ile Ser Thr Ser Leu Leu Leu Met Leu Leu Val Ser Ser
1 5 10 15
Leu Ser Pro Val Gln Gly Val Leu Glu Val Tyr Tyr Thr Ser Leu Arg
20 25 30
Cys Arg Cys Val Gln Glu Ser Ser Val Phe Ile Pro Arg Arg Phe Ile
35 40 45
Asp Arg Ile Gln Ile Leu Pro Arg Gly Asn Gly Cys Pro Arg Lys Glu
50 55 60
Ile Ile Val Trp Lys Lys Asn Lys Ser Ile Val Cys Val Asp Pro Gln
65 70 75 80
Ala Glu Trp Ile Gln Arg Met Met Glu Val Leu Arg Lys Arg Ser Ser
85 90 95
Ser Thr Leu Pro Val Pro Val Phe Lys Arg Lys Ile Pro
100 105
<210> 53
<211> 1060
<212> DNA
<213> 智人
<400> 53
cggctcccgc gccgcctccc ctcgcgcccg agcttcgagc caagcagcgt cctggggagc 60
gcgtcatggc cttaccagtg accgccttgc tcctgccgct ggccttgctg ctccacgccg 120
ccaggccgag ccagttccgg gtgtcgccgc tggatcggac ctggaacctg ggcgagacag 180
tggagctgaa gtgccaggtg ctgctgtcca acccgacgtc gggctgctcg tggctcttcc 240
agccgcgcgg cgccgccgcc agtcccacct tcctcctata cctctcccaa aacaagccca 300
aggcggccga ggggctggac acccagcggt tctcgggcaa gaggttgggg gacaccttcg 360
tcctcaccct gagcgacttc cgccgagaga acgagggcta ctatttctgc tcggccctga 420
gcaactccat catgtacttc agccacttcg tgccggtctt cctgccagcg aagcccacca 480
cgacgccagc gccgcgacca ccaacaccgg cgcccaccat cgcgtcgcag cccctgtccc 540
tgcgcccaga ggcgtgccgg ccagcggcgg ggggcgcagt gcacacgagg gggctggact 600
tcgcctgtga tatctacatc tgggcgccct tggccgggac ttgtggggtc cttctcctgt 660
cactggttat caccctttac tgcaaccaca ggaaccgaag acgtgtttgc aaatgtcccc 720
ggcctgtggt caaatcggga gacaagccca gcctttcggc gagatacgtc taaccctgtg 780
caacagccac tacattactt caaactgaga tccttccttt tgagggagca agtccttccc 840
tttcattttt tccagtcttc ctccctgtgt attcattctc atgattatta ttttagtggg 900
ggcggggtgg gaaagattac tttttcttta tgtgtttgac gggaaacaaa actaggtaaa 960
atctacagta caccacaagg gtcacaatac tgttgtgcgc acatcgcggt agggcgtgga 1020
aaggggcagg ccagagctac ccgcagagtt ctcagaatca 1060
<210> 54
<211> 235
<212> PRT
<213> 智人
<400> 54
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr
20 25 30
Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser
35 40 45
Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala
65 70 75 80
Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp
85 90 95
Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe
115 120 125
Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg
130 135 140
Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg
145 150 155 160
Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly
165 170 175
Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr
180 185 190
Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His
195 200 205
Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser
210 215 220
Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val
225 230 235
<210> 55
<211> 3207
<212> DNA
<213> 智人
<400> 55
agccagctgc cgtctgcgct ttgcaaagca tgcagttagg ggagcagctc ttggtgagct 60
cagtgaacct gcctggcgcg cacttctacc cgctggagag tgcgcgaggc ggcagcggcg 120
ggagcgctgg ccacctcccc agcgcggccc cctctcctca gaagttggac ttagacaaag 180
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ccagcgcagg ggcccccgcg gccatgctta gtgacaccga cgccggggac gcatttgcca 300
gcgctgcggc agtggccaag ccggggcccc cggacggccg caagggctcc ccctgcgggg 360
aggaggagct gccctccgcc gctgcagccg ccgccgccgc cgccgccgcg gctgcggcca 420
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ctcaggggtc ggagctggct gcgccctgct cactcttccc gtaccaggcg gcggctgggg 540
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cttgcggagg actggggggc ctgggggttc caggttctgg cttccgtgcc cacgtctacc 840
tgtgcaaccg gcctctgtgg ctcaaattcc accgccacca aactgagatg atcattacga 900
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ggggcaaatg ggtgacctgt ggcaaagccg acaataacat gcagggcaac aaaatgtatg 1080
ttcacccaga gtctcctaat actggttccc actggatgag acaggagatt tcattcggga 1140
aattaaaact caccaataac aaaggcgcaa ataacaacaa cacccagatg atagtcttac 1200
aatccttaca caaataccaa ccccgactgc atattgttga agttacagag gatggcgtgg 1260
aggacttgaa tgagccctca aagacccaga cttttacctt ctcagaaacg caattcattg 1320
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aatccttgcc ccttcagaca tcccatgccc tggggtatta cccagaccca acctttcctg 1740
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ggacctccag aacaagcccc actgtgttct ctgaagatca gctctccaag gagaaagtga 1860
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gtaatgaaaa ttcaccctcc ataaagtgtg aggacattaa tgctgaagag tatagtaaag 2040
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tttgcctagg ttgccaaaaa gatgtttgcc ttccaccttg atgcatcctg ttttgtgcaa 2220
ttctctaaaa gaaggtgcca aagctttttg attgctgcag gtaactgaaa caaacctagc 2280
atttttaaaa aataagatta atggaagact ttaaggtatt ttaaaattcg aagggtatcc 2340
aaggttctgt atttatttat tggggagaca ctaacccttc aaagaagcag gctgtgaaca 2400
ttgggtgccc agtgctatca gatgagttaa aacctttgat tctcatttct atttgtaaat 2460
tcttaagcaa atagaagccg agtgttaagg tgttttgctt ctgaaagagg gctgtgcctt 2520
ccgtttcaga aggagacatt ttgctgttac attctgccag gggcaaaaga tactaggccc 2580
aggagtcaag aaaagctttt gtgaaagtga tagtttcacc tgactttgat tccttaaccc 2640
ccggcttttg gaacaagcca tgtttgccct agtccaggat tgcctcactt gagacttgct 2700
aggcctctgc tgtgtgctgg ggtggccagt gggactcagg agagagcaag ctaaggagtc 2760
accaaaaaaa aaaaaaaaaa aaagggagaa tttaaaagtg tacagttgtg tgtttagata 2820
cactatagaa taatgtggta tatattgtac aaatagtcta cataggtgtc tgggataatg 2880
taaaactggt gctttggctt tgtaaagaat ttgcaaatca cttaacagct gcaggggcaa 2940
ggggagagtt tcatcatccc catgatattt gggaatattc tgtttacttc ttagatagtt 3000
aagaatgtat tcagctacta tgtactaact tgaaccgtgt ttaaggaaaa ctcctatttc 3060
atcctcttct tgcgccatcc cctctcccta acttggtaat gtgaagaaac taaaacctga 3120
taccacagct cctataggca ttttagagat cttggatttt tatgtacagt cttagtcatt 3180
tttaataaat gtggttcagt aagggaa 3207
<210> 56
<211> 686
<212> PRT
<213> 智人
<400> 56
Met Gln Leu Gly Glu Gln Leu Leu Val Ser Ser Val Asn Leu Pro Gly
1 5 10 15
Ala His Phe Tyr Pro Leu Glu Ser Ala Arg Gly Gly Ser Gly Gly Ser
20 25 30
Ala Gly His Leu Pro Ser Ala Ala Pro Ser Pro Gln Lys Leu Asp Leu
35 40 45
Asp Lys Ala Ser Lys Lys Phe Ser Gly Ser Leu Ser Cys Glu Ala Val
50 55 60
Ser Gly Glu Pro Ala Ala Ala Ser Ala Gly Ala Pro Ala Ala Met Leu
65 70 75 80
Ser Asp Thr Asp Ala Gly Asp Ala Phe Ala Ser Ala Ala Ala Val Ala
85 90 95
Lys Pro Gly Pro Pro Asp Gly Arg Lys Gly Ser Pro Cys Gly Glu Glu
100 105 110
Glu Leu Pro Ser Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala
115 120 125
Ala Ala Thr Ala Arg Tyr Ser Met Asp Ser Leu Ser Ser Glu Arg Tyr
130 135 140
Tyr Leu Gln Ser Pro Gly Pro Gln Gly Ser Glu Leu Ala Ala Pro Cys
145 150 155 160
Ser Leu Phe Pro Tyr Gln Ala Ala Ala Gly Ala Pro His Gly Pro Val
165 170 175
Tyr Pro Ala Pro Asn Gly Ala Arg Tyr Pro Tyr Gly Ser Met Leu Pro
180 185 190
Pro Gly Gly Phe Pro Ala Ala Val Cys Pro Pro Gly Arg Ala Gln Phe
195 200 205
Gly Pro Gly Ala Gly Ala Gly Ser Gly Ala Gly Gly Ser Ser Gly Gly
210 215 220
Gly Gly Gly Pro Gly Thr Tyr Gln Tyr Ser Gln Gly Ala Pro Leu Tyr
225 230 235 240
Gly Pro Tyr Pro Gly Ala Ala Ala Ala Gly Ser Cys Gly Gly Leu Gly
245 250 255
Gly Leu Gly Val Pro Gly Ser Gly Phe Arg Ala His Val Tyr Leu Cys
260 265 270
Asn Arg Pro Leu Trp Leu Lys Phe His Arg His Gln Thr Glu Met Ile
275 280 285
Ile Thr Lys Gln Gly Arg Arg Met Phe Pro Phe Leu Ser Phe Asn Ile
290 295 300
Asn Gly Leu Asn Pro Thr Ala His Tyr Asn Val Phe Val Glu Val Val
305 310 315 320
Leu Ala Asp Pro Asn His Trp Arg Phe Gln Gly Gly Lys Trp Val Thr
325 330 335
Cys Gly Lys Ala Asp Asn Asn Met Gln Gly Asn Lys Met Tyr Val His
340 345 350
Pro Glu Ser Pro Asn Thr Gly Ser His Trp Met Arg Gln Glu Ile Ser
355 360 365
Phe Gly Lys Leu Lys Leu Thr Asn Asn Lys Gly Ala Asn Asn Asn Asn
370 375 380
Thr Gln Met Ile Val Leu Gln Ser Leu His Lys Tyr Gln Pro Arg Leu
385 390 395 400
His Ile Val Glu Val Thr Glu Asp Gly Val Glu Asp Leu Asn Glu Pro
405 410 415
Ser Lys Thr Gln Thr Phe Thr Phe Ser Glu Thr Gln Phe Ile Ala Val
420 425 430
Thr Ala Tyr Gln Asn Thr Asp Ile Thr Gln Leu Lys Ile Asp His Asn
435 440 445
Pro Phe Ala Lys Gly Phe Arg Asp Asn Tyr Asp Ser Ser His Gln Ile
450 455 460
Val Pro Gly Gly Arg Tyr Gly Val Gln Ser Phe Phe Pro Glu Pro Phe
465 470 475 480
Val Asn Thr Leu Pro Gln Ala Arg Tyr Tyr Asn Gly Glu Arg Thr Val
485 490 495
Pro Gln Thr Asn Gly Leu Leu Ser Pro Gln Gln Ser Glu Glu Val Ala
500 505 510
Asn Pro Pro Gln Arg Trp Leu Val Thr Pro Val Gln Gln Pro Gly Thr
515 520 525
Asn Lys Leu Asp Ile Ser Ser Tyr Glu Ser Glu Tyr Thr Ser Ser Thr
530 535 540
Leu Leu Pro Tyr Gly Ile Lys Ser Leu Pro Leu Gln Thr Ser His Ala
545 550 555 560
Leu Gly Tyr Tyr Pro Asp Pro Thr Phe Pro Ala Met Ala Gly Trp Gly
565 570 575
Gly Arg Gly Ser Tyr Gln Arg Lys Met Ala Ala Gly Leu Pro Trp Thr
580 585 590
Ser Arg Thr Ser Pro Thr Val Phe Ser Glu Asp Gln Leu Ser Lys Glu
595 600 605
Lys Val Lys Glu Glu Ile Gly Ser Ser Trp Ile Glu Thr Pro Pro Ser
610 615 620
Ile Lys Ser Leu Asp Ser Asn Asp Ser Gly Val Tyr Thr Ser Ala Cys
625 630 635 640
Lys Arg Arg Arg Leu Ser Pro Ser Asn Ser Ser Asn Glu Asn Ser Pro
645 650 655
Ser Ile Lys Cys Glu Asp Ile Asn Ala Glu Glu Tyr Ser Lys Asp Thr
660 665 670
Ser Lys Gly Met Gly Gly Tyr Tyr Ala Phe Tyr Thr Thr Pro
675 680 685
<210> 57
<211> 884
<212> DNA
<213> 智人
<400> 57
cagccacaat gaggaactcc tatagatttc tggcatcctc tctctcagtt gtcgtttctc 60
tcctgctaat tcctgaagat gtctgtgaaa aaattattgg aggaaatgaa gtaactcctc 120
attcaagacc ctacatggtc ctacttagtc ttgacagaaa aaccatctgt gctggggctt 180
tgattgcaaa agactgggtg ttgactgcag ctcactgtaa cttgaacaaa aggtcccagg 240
tcattcttgg ggctcactca ataaccaggg aagagccaac aaaacagata atgcttgtta 300
agaaagagtt tccctatcca tgctatgacc cagccacacg cgaaggtgac cttaaacttt 360
tacagctgac ggaaaaagca aaaattaaca aatatgtgac tatccttcat ctacctaaaa 420
agggggatga tgtgaaacca ggaaccatgt gccaagttgc agggtggggc aggactcaca 480
atagtgcatc ttggtccgat actctgagag aagtcaatat caccatcata gacagaaaag 540
tctgcaatga tcgaaatcac tataatttta accctgtgat tggaatgaat atggtttgtg 600
ctggaagcct ccgaggtgga agagactcgt gcaatggaga ttctggaagc cctttgttgt 660
gcgagggtgt tttccgaggg gtcacttcct ttggccttga aaataaatgc ggagaccctc 720
gtgggcctgg tgtctatatt cttctctcaa agaaacacct caactggata attatgacta 780
tcaagggagc agtttaaata accgtttcct ttcatttact gtggcttctt aatcttttca 840
caaataaaat caatttgcat gactgtaaaa aaaaaaaaaa aaaa 884
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<212> PRT
<213> 智人
<400> 58
Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val
1 5 10 15
Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly
20 25 30
Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu
35 40 45
Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val
50 55 60
Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu
65 70 75 80
Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu
85 90 95
Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu
100 105 110
Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys
115 120 125
Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro
130 135 140
Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala
145 150 155 160
Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg
165 170 175
Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly
180 185 190
Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys
195 200 205
Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly
210 215 220
Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro
225 230 235 240
Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met
245 250 255
Thr Ile Lys Gly Ala Val
260
<210> 59
<211> 2583
<212> DNA
<213> 智人
<400> 59
agtgacagcg gcccgctgga gaggaagccc gagagctgcc gcgcgcctgc cggacgaggg 60
cgtagaagcc aggcgtcaga gcccgggctc cggtggggtc ccccacccgg ccctcgggtc 120
ccccgccccc tgctccctgc ccatcccagc ccacgcgacc ctctcgcgcg cggaggggcg 180
ggtcctcgac ggctacggga aggtgccagc ccgccccgga tgggcatcgt ggagccgggt 240
tgcggagaca tgctgacggg caccgagccg atgccgggga gcgacgaggg ccgggcgcct 300
ggcgccgacc cgcagcaccg ctacttctac ccggagccgg gcgcgcagga cgcggacgag 360
cgtcgcgggg gcggcagcct ggggtctccc tacccggggg gcgccttggt gcccgccccg 420
ccgagccgct tccttggagc ctacgcctac ccgccgcgac cccaggcggc cggcttcccc 480
ggcgcgggcg agtccttccc gccgcccgcg gacgccgagg gctaccagcc gggcgagggc 540
tacgccgccc cggacccgcg cgccgggctc tacccggggc cgcgtgagga ctacgcgcta 600
cccgcgggac tggaggtgtc ggggaaactg agggtcgcgc tcaacaacca cctgttgtgg 660
tccaagttta atcagcacca gacagagatg atcatcacca agcagggacg gcggatgttc 720
ccattcctgt catttactgt ggccgggctg gagcccacca gccactacag gatgtttgtg 780
gacgtggtct tggtggacca gcaccactgg cggtaccaga gcggcaagtg ggtgcagtgt 840
ggaaaggccg agggcagcat gccaggaaac cgcctgtacg tccacccgga ctcccccaac 900
acaggagcgc actggatgcg ccaggaagtt tcatttggga aactaaagct cacaaacaac 960
aagggggcgt ccaacaatgt gacccagatg attgtgctcc agtccctcca taagtaccag 1020
ccccggctgc atatcgttga ggtgaacgac ggagagccag aggcagcctg caacgcttcc 1080
aacacgcata tctttacttt ccaagaaacc cagttcattg ccgtgactgc ctaccagaat 1140
gccgagatta ctcagctgaa aattgataat aacccctttg ccaaaggatt ccgggagaac 1200
tttgagtcca tgtacacatc tgttgacacc agcatcccct ccccgcctgg acccaactgt 1260
caattccttg ggggagatca ctactctcct ctcctaccca accagtatcc tgttcccagc 1320
cgcttctacc ccgaccttcc tggccaggcg aaggatgtgg ttccccaggc ttactggctg 1380
ggggcccccc gggaccacag ctatgaggct gagtttcgag cagtcagcat gaagcctgca 1440
ttcttgccct ctgcccctgg gcccaccatg tcctactacc gaggccagga ggtcctggca 1500
cctggagctg gctggcctgt ggcaccccag taccctccca agatgggccc ggccagctgg 1560
ttccgcccta tgcggactct gcccatggaa cccggccctg gaggctcaga gggacgggga 1620
ccagaggacc agggtccccc cttggtgtgg actgagattg cccccatccg gccggaatcc 1680
agtgattcag gactgggcga aggagactct aagaggaggc gcgtgtcccc ctatccttcc 1740
agtggtgaca gctcctcccc tgctggggcc ccttctcctt ttgataagga agctgaagga 1800
cagttttata actattttcc caactgagca gatgacatga tgaaaggaac agaaacagtg 1860
ttattaggtt ggaggacacc gactaatttg ggaaacggat gaaggactga gaaggccccc 1920
gctccctctg gcccttctct gtttagtagt tggttgggga agtggggctc aagaaggatt 1980
ttggggttca ccagatgctt cctggcccac gatgaaacct gagaggggtg tccccttgcc 2040
ccatcctctg ccctaactac agtcgtttac ctggtgctgc gtcttgcttt tggtttccag 2100
ctggagaaaa gaagacaaga aagtcttggg catgaaggag ctttttgcat ctagtgggtg 2160
ggaggggtca ggtgtgggac atgggagcag gagactccac tttcttcctt tgtacagtaa 2220
ctttcaacct tttcgttggc atgtgtgtta atccctgatc caaaaagaac aaatacacgt 2280
atgttataac catcagcccg ccagggtcag ggaaaggact cacctgactt tggacagctg 2340
gcctgggctc cccctgctca aacacagtgg ggatcagaga aaaggggctg gaaagggggg 2400
aatggcccac atctcaagaa gcaagatatt gtttgtggtg gttgtgtgtg ggtgtgtgtt 2460
ttttcttttt ctttcttttt attttttttg aatgggggag gctatttatt gtactgagag 2520
tggtgtctgg atatattcct tttgtcttca tcactttctg aaaataaaca taaaactgtt 2580
gaa 2583
<210> 60
<211> 535
<212> PRT
<213> 智人
<400> 60
Met Gly Ile Val Glu Pro Gly Cys Gly Asp Met Leu Thr Gly Thr Glu
1 5 10 15
Pro Met Pro Gly Ser Asp Glu Gly Arg Ala Pro Gly Ala Asp Pro Gln
20 25 30
His Arg Tyr Phe Tyr Pro Glu Pro Gly Ala Gln Asp Ala Asp Glu Arg
35 40 45
Arg Gly Gly Gly Ser Leu Gly Ser Pro Tyr Pro Gly Gly Ala Leu Val
50 55 60
Pro Ala Pro Pro Ser Arg Phe Leu Gly Ala Tyr Ala Tyr Pro Pro Arg
65 70 75 80
Pro Gln Ala Ala Gly Phe Pro Gly Ala Gly Glu Ser Phe Pro Pro Pro
85 90 95
Ala Asp Ala Glu Gly Tyr Gln Pro Gly Glu Gly Tyr Ala Ala Pro Asp
100 105 110
Pro Arg Ala Gly Leu Tyr Pro Gly Pro Arg Glu Asp Tyr Ala Leu Pro
115 120 125
Ala Gly Leu Glu Val Ser Gly Lys Leu Arg Val Ala Leu Asn Asn His
130 135 140
Leu Leu Trp Ser Lys Phe Asn Gln His Gln Thr Glu Met Ile Ile Thr
145 150 155 160
Lys Gln Gly Arg Arg Met Phe Pro Phe Leu Ser Phe Thr Val Ala Gly
165 170 175
Leu Glu Pro Thr Ser His Tyr Arg Met Phe Val Asp Val Val Leu Val
180 185 190
Asp Gln His His Trp Arg Tyr Gln Ser Gly Lys Trp Val Gln Cys Gly
195 200 205
Lys Ala Glu Gly Ser Met Pro Gly Asn Arg Leu Tyr Val His Pro Asp
210 215 220
Ser Pro Asn Thr Gly Ala His Trp Met Arg Gln Glu Val Ser Phe Gly
225 230 235 240
Lys Leu Lys Leu Thr Asn Asn Lys Gly Ala Ser Asn Asn Val Thr Gln
245 250 255
Met Ile Val Leu Gln Ser Leu His Lys Tyr Gln Pro Arg Leu His Ile
260 265 270
Val Glu Val Asn Asp Gly Glu Pro Glu Ala Ala Cys Asn Ala Ser Asn
275 280 285
Thr His Ile Phe Thr Phe Gln Glu Thr Gln Phe Ile Ala Val Thr Ala
290 295 300
Tyr Gln Asn Ala Glu Ile Thr Gln Leu Lys Ile Asp Asn Asn Pro Phe
305 310 315 320
Ala Lys Gly Phe Arg Glu Asn Phe Glu Ser Met Tyr Thr Ser Val Asp
325 330 335
Thr Ser Ile Pro Ser Pro Pro Gly Pro Asn Cys Gln Phe Leu Gly Gly
340 345 350
Asp His Tyr Ser Pro Leu Leu Pro Asn Gln Tyr Pro Val Pro Ser Arg
355 360 365
Phe Tyr Pro Asp Leu Pro Gly Gln Ala Lys Asp Val Val Pro Gln Ala
370 375 380
Tyr Trp Leu Gly Ala Pro Arg Asp His Ser Tyr Glu Ala Glu Phe Arg
385 390 395 400
Ala Val Ser Met Lys Pro Ala Phe Leu Pro Ser Ala Pro Gly Pro Thr
405 410 415
Met Ser Tyr Tyr Arg Gly Gln Glu Val Leu Ala Pro Gly Ala Gly Trp
420 425 430
Pro Val Ala Pro Gln Tyr Pro Pro Lys Met Gly Pro Ala Ser Trp Phe
435 440 445
Arg Pro Met Arg Thr Leu Pro Met Glu Pro Gly Pro Gly Gly Ser Glu
450 455 460
Gly Arg Gly Pro Glu Asp Gln Gly Pro Pro Leu Val Trp Thr Glu Ile
465 470 475 480
Ala Pro Ile Arg Pro Glu Ser Ser Asp Ser Gly Leu Gly Glu Gly Asp
485 490 495
Ser Lys Arg Arg Arg Val Ser Pro Tyr Pro Ser Ser Gly Asp Ser Ser
500 505 510
Ser Pro Ala Gly Ala Pro Ser Pro Phe Asp Lys Glu Ala Glu Gly Gln
515 520 525
Phe Tyr Asn Tyr Phe Pro Asn
530 535
<210> 61
<211> 1211
<212> DNA
<213> 智人
<400> 61
acattgttct gatcatctga agatcagcta ttagaagaga aagatcagtt aagtcctttg 60
gacctgatca gcttgataca agaactactg atttcaactt ctttggctta attctctcgg 120
aaacgatgaa atatacaagt tatatcttgg cttttcagct ctgcatcgtt ttgggttctc 180
ttggctgtta ctgccaggac ccatatgtaa aagaagcaga aaaccttaag aaatatttta 240
atgcaggtca ttcagatgta gcggataatg gaactctttt cttaggcatt ttgaagaatt 300
ggaaagagga gagtgacaga aaaataatgc agagccaaat tgtctccttt tacttcaaac 360
tttttaaaaa ctttaaagat gaccagagca tccaaaagag tgtggagacc atcaaggaag 420
acatgaatgt caagtttttc aatagcaaca aaaagaaacg agatgacttc gaaaagctga 480
ctaattattc ggtaactgac ttgaatgtcc aacgcaaagc aatacatgaa ctcatccaag 540
tgatggctga actgtcgcca gcagctaaaa cagggaagcg aaaaaggagt cagatgctgt 600
ttcgaggtcg aagagcatcc cagtaatggt tgtcctgcct gcaatatttg aattttaaat 660
ctaaatctat ttattaatat ttaacattat ttatatgggg aatatatttt tagactcatc 720
aatcaaataa gtatttataa tagcaacttt tgtgtaatga aaatgaatat ctattaatat 780
atgtattatt tataattcct atatcctgtg actgtctcac ttaatccttt gttttctgac 840
taattaggca aggctatgtg attacaaggc tttatctcag gggccaacta ggcagccaac 900
ctaagcaaga tcccatgggt tgtgtgttta tttcacttga tgatacaatg aacacttata 960
agtgaagtga tactatccag ttactgccgg tttgaaaata tgcctgcaat ctgagccagt 1020
gctttaatgg catgtcagac agaacttgaa tgtgtcaggt gaccctgatg aaaacatagc 1080
atctcaggag atttcatgcc tggtgcttcc aaatattgtt gacaactgtg actgtaccca 1140
aatggaaagt aactcatttg ttaaaattat caatatctaa tatatatgaa taaagtgtaa 1200
gttcacaact a 1211
<210> 62
<211> 166
<212> PRT
<213> 智人
<400> 62
Met Lys Tyr Thr Ser Tyr Ile Leu Ala Phe Gln Leu Cys Ile Val Leu
1 5 10 15
Gly Ser Leu Gly Cys Tyr Cys Gln Asp Pro Tyr Val Lys Glu Ala Glu
20 25 30
Asn Leu Lys Lys Tyr Phe Asn Ala Gly His Ser Asp Val Ala Asp Asn
35 40 45
Gly Thr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Lys Asn Trp Lys Glu Glu Ser Asp
50 55 60
Arg Lys Ile Met Gln Ser Gln Ile Val Ser Phe Tyr Phe Lys Leu Phe
65 70 75 80
Lys Asn Phe Lys Asp Asp Gln Ser Ile Gln Lys Ser Val Glu Thr Ile
85 90 95
Lys Glu Asp Met Asn Val Lys Phe Phe Asn Ser Asn Lys Lys Lys Arg
100 105 110
Asp Asp Phe Glu Lys Leu Thr Asn Tyr Ser Val Thr Asp Leu Asn Val
115 120 125
Gln Arg Lys Ala Ile His Glu Leu Ile Gln Val Met Ala Glu Leu Ser
130 135 140
Pro Ala Ala Lys Thr Gly Lys Arg Lys Arg Ser Gln Met Leu Phe Arg
145 150 155 160
Gly Arg Arg Ala Ser Gln
165
<210> 63
<211> 884
<212> DNA
<213> 智人
<400> 63
cagccacaat gaggaactcc tatagatttc tggcatcctc tctctcagtt gtcgtttctc 60
tcctgctaat tcctgaagat gtctgtgaaa aaattattgg aggaaatgaa gtaactcctc 120
attcaagacc ctacatggtc ctacttagtc ttgacagaaa aaccatctgt gctggggctt 180
tgattgcaaa agactgggtg ttgactgcag ctcactgtaa cttgaacaaa aggtcccagg 240
tcattcttgg ggctcactca ataaccaggg aagagccaac aaaacagata atgcttgtta 300
agaaagagtt tccctatcca tgctatgacc cagccacacg cgaaggtgac cttaaacttt 360
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caaataaaat caatttgcat gactgtaaaa aaaaaaaaaa aaaa 884
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<211> 247
<212> PRT
<213> 智人
<400> 64
Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala
1 5 10 15
Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu
145 150 155 160
Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp
165 170 175
Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro
180 185 190
Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val
195 200 205
Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly
210 215 220
Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr
245
<210> 65
<211> 3394
<212> DNA
<213> 智人
<400> 65
gtgcttgaga aggttcaatg gcgtggcagg gactagcggc cgagttcctg caggtgccgg 60
cggtgacgcg ggcttacacc gcagcctgtg tcctcaccac cgccgcggtg gtaagcggcc 120
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caaagacagg ttgtcatttt catggtaaca acactgttct ctgttgagtc tgccctccgt 1980
gttgtagcca gaccttgtgg agatggcttt gcggcggtgt gagctggcgg tcaggagtac 2040
ccagccttcc cggcacctcc cagccaggtg gccctgcccg acctgtgggg tgaggcagcc 2100
aaggttcctt ccatcccccc agttgtggag acacagggct gcctcaccct ttcattgccg 2160
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cttgctgtgc atggggctct ggggagttcc actctttgat ggagggcaga ggccctgagt 2340
gcaaactccc tgggaagagt cccatgctaa catgtgctca aaggagcccc cctctcacat 2400
ctcagcgacc aagaacccca atccctaatc agagctctgc ctctgcccca tatggggccc 2460
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<211> 235
<212> PRT
<213> 智人
<400> 66
Met Ala Trp Gln Gly Leu Ala Ala Glu Phe Leu Gln Val Pro Ala Val
1 5 10 15
Thr Arg Ala Tyr Thr Ala Ala Cys Val Leu Thr Thr Ala Ala Val Gln
20 25 30
Leu Glu Leu Leu Ser Pro Phe Gln Leu Tyr Phe Asn Pro His Leu Val
35 40 45
Phe Arg Lys Phe Gln Val Trp Arg Leu Val Thr Asn Phe Leu Phe Phe
50 55 60
Gly Pro Leu Gly Phe Ser Phe Phe Phe Asn Met Leu Phe Val Phe Arg
65 70 75 80
Tyr Cys Arg Met Leu Glu Glu Gly Ser Phe Arg Gly Arg Thr Ala Asp
85 90 95
Phe Val Phe Met Phe Leu Phe Gly Gly Val Leu Met Thr Leu Leu Gly
100 105 110
Leu Leu Gly Ser Leu Phe Phe Leu Gly Gln Ala Leu Met Ala Met Leu
115 120 125
Val Tyr Val Trp Ser Arg Arg Ser Pro Arg Val Arg Val Asn Phe Phe
130 135 140
Gly Leu Leu Thr Phe Gln Ala Pro Phe Leu Pro Trp Ala Leu Met Gly
145 150 155 160
Phe Ser Leu Leu Leu Gly Asn Ser Ile Leu Val Asp Leu Leu Gly Ile
165 170 175
Ala Val Gly His Ile Tyr Tyr Phe Leu Glu Asp Val Phe Pro Asn Gln
180 185 190
Pro Gly Gly Lys Arg Leu Leu Gln Thr Pro Gly Phe Leu Lys Leu Leu
195 200 205
Leu Asp Ala Pro Ala Glu Asp Pro Asn Tyr Leu Pro Leu Pro Glu Glu
210 215 220
Gln Pro Gly Pro His Leu Pro Pro Pro Gln Gln
225 230 235
<210> 67
<211> 1173
<212> DNA
<213> 智人
<400> 67
ggcggcctgg cccgggacct gctgctgctc cagccatgtc catgacaacc agagcctggg 60
aggagctgga tggcggcctg ggcagctgcc aggccctgga ggaccactct gcgctggccg 120
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acgactctca ggtggctgaa ggccccagtg tggacaccag gcccaagaag atggaaaaag 240
agcctgccgc cagggggacc ccaggaacgg ggaaggagag gctgaaagcc ggagcgagcc 300
ctcggagcgt ccccgcgcgc aagaaggcgc agaccgcgcc gcccctgcag ccgccgccgc 360
cgcccccggc cctgagcgag gagctgccct ggggagacct gtcgctcaac aagtgcctgg 420
tgctcgcctc gctggtggcg ctgctgggct cggctttcca gctgtgccgc gacgccgtcc 480
ctggggaggc agcactccaa gcacgtgtgc ccgagccctg ggtcccgcca agctcagccc 540
cgagggagcc atcgtcgccc ctgcctaagt tcgaggccca ggcgcctcca tcagcgccgc 600
ctgcgccccg ggccgaggca gaggtcagac ccaagattcc cgggagtcgg gaggctgcag 660
agaacgacga agaggagccc ggcgaggcca ccggagaggc cgtccgggag gaccgtgtga 720
ccctcgcaga ccggggaccc aaggagaggc ctcggagaga ggggaagccg cggaaggaga 780
agccgcggaa ggaggagaga cctaagaaag agaggccgcg gaaagaggag aggccacggg 840
ccgccaggga gccccgggaa gccctacccc agcgctggga gtcacgcgaa gggggccacc 900
ggccgtgggc acgggactcc agggacgccg agcccaggaa gaagcaggcc tgggtgtccc 960
cgaggcgtcc cgacgaggag cagcggcctg ggagtcgcca gaagctccgc gcaggcaagg 1020
ggcgggactg agccggcccc gcgccggagt ccaggggccc cttctggacg ccccgcgact 1080
ctggcgaaat aaagcgagtg ctgcggcaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1140
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa 1173
<210> 68
<211> 331
<212> PRT
<213> 智人
<400> 68
Met Ser Met Thr Thr Arg Ala Trp Glu Glu Leu Asp Gly Gly Leu Gly
1 5 10 15
Ser Cys Gln Ala Leu Glu Asp His Ser Ala Leu Ala Glu Thr Gln Glu
20 25 30
Asp Arg Ala Ser Ala Thr Pro Arg Leu Ala Asp Ser Gly Ser Val Pro
35 40 45
His Asp Ser Gln Val Ala Glu Gly Pro Ser Val Asp Thr Arg Pro Lys
50 55 60
Lys Met Glu Lys Glu Pro Ala Ala Arg Gly Thr Pro Gly Thr Gly Lys
65 70 75 80
Glu Arg Leu Lys Ala Gly Ala Ser Pro Arg Ser Val Pro Ala Arg Lys
85 90 95
Lys Ala Gln Thr Ala Pro Pro Leu Gln Pro Pro Pro Pro Pro Pro Ala
100 105 110
Leu Ser Glu Glu Leu Pro Trp Gly Asp Leu Ser Leu Asn Lys Cys Leu
115 120 125
Val Leu Ala Ser Leu Val Ala Leu Leu Gly Ser Ala Phe Gln Leu Cys
130 135 140
Arg Asp Ala Val Pro Gly Glu Ala Ala Leu Gln Ala Arg Val Pro Glu
145 150 155 160
Pro Trp Val Pro Pro Ser Ser Ala Pro Arg Glu Pro Ser Ser Pro Leu
165 170 175
Pro Lys Phe Glu Ala Gln Ala Pro Pro Ser Ala Pro Pro Ala Pro Arg
180 185 190
Ala Glu Ala Glu Val Arg Pro Lys Ile Pro Gly Ser Arg Glu Ala Ala
195 200 205
Glu Asn Asp Glu Glu Glu Pro Gly Glu Ala Thr Gly Glu Ala Val Arg
210 215 220
Glu Asp Arg Val Thr Leu Ala Asp Arg Gly Pro Lys Glu Arg Pro Arg
225 230 235 240
Arg Glu Gly Lys Pro Arg Lys Glu Lys Pro Arg Lys Glu Glu Arg Pro
245 250 255
Lys Lys Glu Arg Pro Arg Lys Glu Glu Arg Pro Arg Ala Ala Arg Glu
260 265 270
Pro Arg Glu Ala Leu Pro Gln Arg Trp Glu Ser Arg Glu Gly Gly His
275 280 285
Arg Pro Trp Ala Arg Asp Ser Arg Asp Ala Glu Pro Arg Lys Lys Gln
290 295 300
Ala Trp Val Ser Pro Arg Arg Pro Asp Glu Glu Gln Arg Pro Gly Ser
305 310 315 320
Arg Gln Lys Leu Arg Ala Gly Lys Gly Arg Asp
325 330
<210> 69
<211> 32230
<212> DNA
<213> 智人
<400> 69
gaattcactc atcaccaagg ggaagatgct caatcattca tgagggatct gcccccttga 60
tctaatcacc tcctagtggc cccacttcca acactgggaa tcatattaca acatgagatt 120
tggaggggac aaatatataa accatatcct tccacccctg gtcccccaaa tctcatgtcc 180
ttctcatgtt gcaaaataca atcatgcctt ctcaacagtc ccccaaagtc ttacctcatt 240
ccagaatcaa caaaaaattc ccaagtccca agtctcatct gaagatgagt cccttccacc 300
tatcagccta ggaaatcaaa gacaaattga ctcccaaaat acaatgagag tgcagacatt 360
gggtaaacat tcccattcca caagggagaa gttggcaaaa agaaaggatc tacatgcccc 420
atacacgtca gaaatccagc agggcagtta ttaaatctta aagctccaag gtaatctcct 480
ttgacttcat gtcccatatc cagggcacac tggtgcaggg ggtgggctcc caaagccttg 540
gacaactcta cccctgtggc tttggaggat gtcgcccctg tggcttctct cacacgatag 600
agttgagtgc ctgtggcttt tccagattca gggtgcaaac tgccagtgga tctaccattc 660
tggggtctgg aggacagtgg cccccttccc acagctccac taggcagtgc cctggtgggg 720
acattatatg ggggttcaac cccacattct ctttggcact gctctagtag aggttctctg 780
tgagggctcc atgctggcag gaggcttctc tctgggcacc tagggtttct catacatttc 840
tgaaatctag agtgaagatg ccaagcctcc ttcactcttg cattctgggg gcctacaggc 900
ttaacaccag atggaagttc ccaaggctta tagtggcttg cactctccaa agaagcagcc 960
taagctgtac ttggggccct ttgagccaag gctggagcca gaggaaccag gatgtggaga 1020
gcagtgtccc aaggctgcac aggcagcagt ggccatgggc atggcccaca aaaccatcct 1080
ttccctcttg gcctctgggc ctgttatggg aaagaccacc tcagagattt ccgaaaggcc 1140
ttcaaggcct ttttcccttt gttctggata tgagcactta gctccctttt agttatgcta 1200
atctctctag caactggctg ctccatagcc tacttatatt tgtctcctga aaataccttt 1260
tcttttctac cacatggcca ggctgtgaat tttccacatt ttttatgctc tgcttccctt 1320
tgttgatgaa aaaagccaaa ctccataaaa cacttgacga gattgattct gagccacatg 1380
tgagagccat gaactgtggc acagcctcaa aaggtcctga gaacacctgt gcaaggtggt 1440
tgggttgcgg cctgctttta tgttttaggg agacatatca atcaatacat gtaaagtata 1500
cattggtttg gtttggtttg gaaaagcagg acaattcaaa gtggggaatt ccaaatcata 1560
ggtggatttg aagattttct gattggcaat tggctgaaaa agttaaatta tctaaaaagt 1620
tgaagtcagc aaaaagcaat gcttaagata agggggttgt ggaagccaag tttcttgtta 1680
tgtagatgaa gcctccacgt tccagagaga agagatggtc aatgtctctt atcagaacct 1740
aaaaggtgcc agactcttgg ataaatctct cctgaatcag gaagagacct ggaaagggaa 1800
aaagattctc aacagaatat acatttcctc cacaagagac ggctttgcag ggcccttcca 1860
aaatgtgtca gagaaatata ttctggcata aaatacttta atttccttcc atgcctgcca 1920
cctgtcatgt gatgctatac cagaatcagg ttgggatttg atatcttatt gctacaaaga 1980
gtctgctttg tcagtcttaa gctccctgtt ttaatgttaa cactggtcag ctgagcctaa 2040
gctccaacag ggagagggta tagtgaggga gtccaaacca ccctcccctt cctgtcatgg 2100
cctgaactgg ttttccaggt ttctttggaa tccccttgga ttagcatttt attttgtcgt 2160
ttacaccttt taaatataag ttccaacttt aagtcatttc tttgctccca tatcttacca 2220
tagactgtta gaagcaacca ggtcacacct tagaaacatc tgcttagaaa tgtcttccac 2280
agatgcccta agtcatcact cttaaggtca accttccaca gatccctagg gcatgaacac 2340
aatgcagcca agttgtttct taggatttaa caagcgtgac ctttacacca gttcccaata 2400
agtttctcat ttccatctga gatttcatca gcctggcttt cacagtccat atgtctatca 2460
gcattttggt gacaaccatt taatagtctc taagaaattc caaactttcc ctcatcttcc 2520
tgtcttcttc tgagtcctcc aaattcttct aacctctctg cctgttacct gattccaaag 2580
ctgcttccac attttcaggt atccttatag caatgttcca ctcctcaata ccaatgttct 2640
gagttagtct atttgtgtta ctagaaaaaa aaaaaaaaca tgaatctggt aatttataaa 2700
gaaaagaggt ttgcaccagg cactgtggca aggaagggag gattaactag ctcacagttc 2760
tgcagccatt ccggaaacac ggccctggca tctgcttctg gcgaggcctc agggagattg 2820
caatcacggc agaaggcgaa gggggagcag gcatgtcaca tggcaagagg gagcaagaga 2880
agagaagtgg cacgtcctag acttttaaac aaccagctgt cacagggact aactgaggga 2940
gaactcactc atcacctggg agatggtgct aggccattca tgaggggtcc agccccatga 3000
tctaatcacc tcccaccagg cccacctcca acactgggaa tcacatctca acatgaaatt 3060
tggagagaca cacatccaaa ctattgcacc acaggaagct ggaagaggtg gacggtcctc 3120
ccctggagca ctcagagaca gccaccaaca ccttgatctc agattcctga ctcccagaac 3180
tctgaaaaaa tttttgttgt tttaagccac atttgtgata ttttgttacg gcagccacag 3240
cacggatata gctggtaaca gagttcttta gcctccaaaa tacaagcctg gggtaaataa 3300
ctattgaatt tggccacatg gaaatcagga agaatgtaat aagcatcatc gatggacggg 3360
atgacctggg agatcgtggc aagtttaaag ctaattggaa gttggcaacc aaaaaatcct 3420
gtcttgcaaa ttgccaggaa attgccaaga aaacttttag aaaacatggt taaagatgga 3480
gaaacctgga tgaatccctg gtttctgaag aggtgcttag gcattgaagt gagactgatg 3540
agacttcaca ctgtaccttc agaagggcag acactcacga gatcatcaac cacggctccc 3600
tcgctgggag gcagacacag agctggaggc ggcggccaca aactaggtgg gcagagaggc 3660
gtcagcatcg ggacttgcgg gaggccctgg gaaggaacag gcagcggtgg ggcctggaca 3720
gccctgggga aaggaagtta cttggaggag accaggggct tgcatttggg ccaaaaccaa 3780
ggacaagaga tcagctggtc ccagggaact ctggagccca gcaccccacc acgggtgcag 3840
ggtcctgaca acccgagagg gctgtgggca ccgggcacca gcctgtgggg attctgaagg 3900
ctgctgccca gccacacgtc ccggttctga acaaagggtt caagagacac ctgcaaacct 3960
acctttctga gagcagcctc ttagcctcag ctggtattgg cctttggtca ccccacatgc 4020
cccgacagtg gggcctggcc tcagaaaggg gcccctccat ttgtactttc tatctgatcc 4080
ttgacacagt gctaacacca aagaccaaac ccgaatcttg gttcacatac tctgcaaaga 4140
aatgactaag actagttctt ccggaggtca gttttagaac gtttattctg acttaattct 4200
gccttatctc tgtgcaccaa gaaaactatc tgcacatctg tagtaaaatg tgaaggtacc 4260
ttcattttgt ttgtatacta aacttttaag aaatacctca ctttttaaaa cttggttttg 4320
tgttttgtat gcttataata ttttccataa tagatcattt taatgatgaa ctctgagtct 4380
tctgacagaa tgcagatcaa tggattccta gccatcaggg aggcgttgat tgcaaagggg 4440
cctggtggaa tttttggaga gattctacat cttcttgcaa ctgttcatct ggattacggt 4500
ggtggttgca tgactgtgca tttgttgaaa cttacatgtc acaggatgga ttatactgaa 4560
tgtaaactac acttgagtaa atatgacttt taaaacttta aaaagttggg ggatggttca 4620
ctgccccggc tcgaagcccc ctggccacgc tgcctggcca gcccaccccc atccctgcca 4680
gcgcttgcct ccagcgtccc aacagcctcc tgaccccctg ggctgctcta aaccctcagg 4740
agcgcagcca tccgggatca gctggatgga gatggggagc ccgagactcg tgccacacca 4800
cgtcctcccg cccacaccag ccacacgcag acgtcaaagc agcactgtcc tcgcacgcac 4860
tgctcccacc caccctggca cggccattcc aggcctgggg caggaaggca gatgctcccc 4920
ctgcccccag acacaagcat tcctgcacac acccccagca cacacacgca ctcccatgcg 4980
cacactgaca cacacaggtg tgtgcagctg agacacagcc cgttcccagg aagcccagcc 5040
cccatcactg agggaaaggg gcagcaccgt agggccacag gagtggcagc tggacacaga 5100
gccaggagct ggtgaaggcc caggccactg aggcgggctg ccggcatggc tgggcgtgaa 5160
ggccagaaga gggcaggagg ggctgggggc actatgccta ttgggcctag gtgggcacac 5220
gccgggcagg agaggaacag cccagcccct cagacaggaa ggggtggggg caggggccat 5280
ttgtggaggc cagggcaggg ccagcacccc aaggaaaagc agagcagggt gagaacggac 5340
atggggctca gagctgagca ggcctgctgg gccccaggag ggagacacag atgaccggag 5400
atctcaaggc tggcagaggc cagagatgga gccccagctg ggaagccatc ctccttcctg 5460
ggggcccacg ctgcccggcc cctccagccc agcaagcttg gggcattgga tagaaccggg 5520
agagagccga ccaggcactg aggcccctgc cccaaatgcc cacagcctgg ggaaaatgag 5580
caggtacatg ggaggggcaa gtggagcccc aggcacaccc acacagtgca cacggcctca 5640
cctgggccgg agggggcagg aggctcgcca ccccgctgtg gtttctctcc taatctcacc 5700
ctgggtttct ctcacacttg atgcagatga tgtttctctg acattgtgga ctaagagttg 5760
gtgctggaag gggttagcca tcttggagat gttgctatgg gatgcaggga ttttgcgtgt 5820
gagaaggaca tgattatggg gggaacggag ggcaaactgt catgggttaa aatgtgtccc 5880
ctataaattc atgtgttgaa gtcctaaccc ccaggaccgc agaatgtgac cttgtctgga 5940
aacagtcttt gcagctgcaa tcaagttcag atgaggtcac cctggagtag ggcaagcctc 6000
tgatccaata tgactgctgt cctcatgaaa agggggaatc tgggcacaga cagcacgtgg 6060
ggagaacgcc ctgtgaagat ggtgctgctt ccataagcca agagcaccag agacggccgg 6120
caaagcccag cagcaaggag agagcctggg acagagtctc ccatgacaca gaggagccag 6180
ccccaccgag gcctccatcc cagatgcccg gcctccagaa ccaggacgga ataaacgtct 6240
gttgtttaag ccacgcagtc tggggtgcag tgttgccagg gccacagtta acggatacga 6300
gtgttgtcct gagctgccag ccccacaggc tgcacgaggc ctccctgccc cagcccagtg 6360
cagactcccc agccccctgg gtgtgccatg ggcagtgggg ggcccctcac tccgtcctcc 6420
cccagcctgg gaggttgagc ccattatgag ctccatgggg tgaagctgga acgagaggct 6480
gggagccgac tgggagcctg cggctggagg atggatttcc ccagggaccc acacgtgcac 6540
ctccacctgt ctcctggaca ttctctctga gggcagggct ggtgccagct cagggatcca 6600
gcagggtcac aagggcaggc cgggtccttg tggagagcac atttagtggg agggacatga 6660
tttcccttca aagtgcccat tctggacgct tcccgttcca tgctggacgc ttcctcttcc 6720
acgctggatg cttcctgttc cacgctggat gcttcctgtt ccacgctgga tgtttcctgt 6780
tacactctgg atgcttcctg ttccacactg gatgcttcct gttccatcct ggatgcttcc 6840
tgttccatgc tggacatttc ctgttccact ctggatgctc cctgttccat gctggatgct 6900
tcctgttcca tgctggatgc ttcctgttcc atgctggaca tttcctgttc cactctgcat 6960
gcttcctgtt ccactctgga tgcttcctgt tccacactgg acgcttcctg ctccacgctg 7020
gacgcttcct gttccatgct ggatgcttcc cgttacattc tggatgcttc ccgttccatg 7080
ctggacgctt cctgttccac gctggacgtt tcttgttcca ctctggatgc ttcctgttcc 7140
acgctggatg cttccttttc cacgctggac acttcctgtt ccgcgctgga cacttcctgc 7200
tccacactgg acgcttcctg ctccaggctg gacgcttcct gttccatgct ggatgcttcc 7260
tgttacattc tggatgcttc ccgttccatg ctggacgctt cctgttccac gctggacgtt 7320
tcttgttcca ctctggatgc ttcctgttcc acgctggacg cttcccattc cactctggat 7380
gcttcctgtt ccatgctgga catttcttgt tccactctgg atgcttcctg ttccatgctg 7440
gatgcttcct gttccatgct ggatgcttcc tgttccatgc tggacgtttc ttgttccact 7500
ctggatgctt cctgttacat gctggatgct tcctgttcca tgctggacgt ttcttgttcc 7560
actctggatg cttcctgttc catgctggat gcttcctgtt acattctgga tgcttcctgt 7620
tccatgctgg acatttcctg ttccactctg gatgcttcct gttacattct tgatgcttcc 7680
tgttccatgc tggacatttc ctgttccact ctggatgctt cctgttacat tctggatgct 7740
tcctgttcca tgctggacat ttcctgttcc actctggatg cttcctgtta cattctggat 7800
gcttcctgtt ccatgctgga catttcctgt tccactctgg atgcttcctg ttacattctt 7860
gatgcttcct gttccatgct ggacatttcc tgttccactc tggatgcttc ctgttacatt 7920
ctggatgctt cctgttccac tctggacgct tcccattcca ctctggatgc ttccttttcc 7980
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tcagtccagg ctcccccagc acaggtagga gacttgcacc tgcccttgga cctccccacc 8280
ctgcatgatg ccagcatccc ccaggcccca gggaggcccc atttctctct ctgcttgtag 8340
tccagtggcc ctggagtgcc actgcaactc gggtgtgccc ctcgcctctg aggaagctaa 8400
gtgccctaag ctaagcagag gccatcccct ctgctcagcc ccagggccct gccccctacc 8460
ccttcccctc acctgcacca caggctctgg ccaactctgc ccaggctctg aatgggcccc 8520
tctggctccc ctctgctgct acactgccct gcaccacctc cactcagctt cagtgtgttc 8580
atccacctgt cccacgtccc ctcggccccc aggagcacag ctggtggccc tggctcctgg 8640
cagcccatct tgttccttct ggagcaccag cctcagaagc cttcctgtgc agggtccact 8700
cggccagccc tgggaccctc ctggtctcaa gcacacacat tctccctgca gccagacctg 8760
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caggtgagag gcccaggtat tgagaggctg agaccacggg cagaatggtc ataatcactg 9000
ccagtatcag tccagcccca gggactcaga gacagagaaa agagcagtga acaaggtccg 9060
ggctccccac cttctcccac gagtatgggg gcagccacca cccccatccc cacacaccca 9120
tgaggcagcc tcggctgtgt ctggactccc ccttaccctg tgacacagaa accaccagaa 9180
gaaaagggaa cttcaggaag taagcggtgc cgccggtttc aatcctgttc ttagtctttg 9240
cagcgtggag ttcacacccc tggggacctg agggccgagc tgtgatttcc taggaagaca 9300
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aagaggctgg ggagacgtgg gggcaaggcc agccccacat ggagacccaa gcggagccag 9540
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cgtgggcagg ggcttccaag ccaacagggc aggacacacc agaggctgac tgaggcctcc 9660
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tgatgccagc atgggcagga cccacctgag ctgaggaggc agtagaacga gggaggagga 9780
gaggccccag gtgaacggag gggcttgtcc aggccagcag catcactgga gcccagggca 9840
gggtcagcag tgctggccgt ggggccctct ctcagccagg accaaggaca gcaggtgagc 9900
cgggagcaga gcagggaggg tgagtgtggc agcaggacag gagggtggaa gccaaggagc 9960
ccagaggcag aggcagggac aggggaggca caggggctag gctcagagcc acctgatggc 10020
gctggggcac ctgctggcgg ggagcagggc tgtggtcagc agcggagtgg aggggagagc 10080
tgtgctgagt gcacagatgg gaggagggaa gagtccaggg aggcccagaa aggcccagag 10140
tgcagcaggc ctggggcgag gggaggggtg aggctccgtg cgttcaggga gctgacccag 10200
cagagcagag gccactgagg agctgaggtt ctggagaggc ttccagagca ggagcagtgc 10260
agggacggga ggatctggga gctcacccag gaggggcaca tgggcaaggg caaggggctc 10320
tgttggggag acctgactgg acactggggc tgctccacag catagggaac aagccaagtg 10380
ctgcaaaaac aaaaatgagg ccagaaaaac agcccaaacc tggacagagg gtgccaggac 10440
aggcaggggg gcaacagtga cctgagtgac attgctgccc gggttgaggg agggcagagt 10500
gagcaggggg caggcattgg agttcagggt accaggaccg agcagccaca ggtgagcagg 10560
gcaggtgggg gcagaaggag cagggggcac ctcctggagc tcagcagacc agggcagagc 10620
aactgaaggt gaacaagggc aggtgggagg caggatgagc agggggaaga ccctggagct 10680
caggggacca gggcagagca gcctcaggtg cctcaggtga gcaggggctg gtgggtggca 10740
ggacgagtag gggacagctc ctggagctca ggggaccagg acagagcatc aagagctgag 10800
catggctagt gggaggtggg cgaacagggt gcagcccctg gaactcggga ccagggcaga 10860
gcagcggcag gtgagcacgg gctggtggga ggcaggagga acagggggca gctctgggac 10920
ttcaggggac caggggaggg catctgaagg tgaacagggg ctggtggggg caggaagagc 10980
agggggaagc ccctggagct caggggacca gggcagagca gccacaggtg agcaggggct 11040
ggtaggaagc aggaggagca ggggacagcc cctggagctc agagcaccag ggcagagcac 11100
cctcaggtaa gcaggggcag gtaggaggca ggacgagcag gggacagccc ctggagctca 11160
ggggacagag gagagcatca gaaggtgagc aggactgagg cttagcctca gggaatcaga 11220
gcagagcagc cacaggtgag cagggccggt gggaggcagg acgagcaggg gacaggcact 11280
agagctcagg gcaaggcaac cacaggtgag cagggccggt gggaggcatc actcagctcc 11340
tagattttgg caggagctgg gtagttgctg gcagcagaca gctgagggct ggtgaaagtg 11400
cagtgcagcc tcctggtgcc aggaagggag tgtgagccca tcccactgag cagttggcaa 11460
gggtgagctg ggatggagaa gggaaggcat tccagggctc ggggctgagc tctcaggcag 11520
gggcaggtgt ggctgcaggg ggaatgtgtg cttgagacca ggagggtccc agggctggcc 11580
ccagcggacc ctaggcagga aggcctctga ggctggcgcc ccagaaggag caagatgggc 11640
tgccaggagc cagggccacc agcacaatga agctgagtgg aggtggtgca gggcagtgta 11700
gcagcagagg gctgccagag gggcccattc agggcctggg cagagtcagc cagagcctgt 11760
ggtgcaggtg aggggaaggg gtggtgagcg gggccctggg gctgagcaga ggggatggcc 11820
tggctgaggg cagggcactt agcctcctca gaggtcaggg gcacacccca cctgcagtgg 11880
gactccaggg ccactgggcc agcggcagag agaaatgggg cctccctgtg gcctgggggt 11940
cctggcacca cgcagggtgg ggagggccaa gggcaggtgc aaggctccta cctgtgctgg 12000
ggggcctggg ttgagcccag cagggacctt gccgggggaa gctctggaga gagggaggag 12060
gtgggctggt ggccgagaag gccaggccag ggctgggagg gtgaggttgt ggtgactgag 12120
cctccagaag taatgcagga cactgggagg cagggggcat ccaggcactc agggccctga 12180
cctgggctgc tgcacactgg ggctaagggg aaaggagggg agaggctgag gaggaggctc 12240
caggaggcta ttccaaggca gggggttccg gggccctggg gctgaagggc gccgacccta 12300
tgcagtgtct ggcccctctg ctgcacagaa gaaaagggcc ttggagggca gagggcaggc 12360
tatgaccagg gccctgggca agtcaggccc actcactagc ggagggccac gctggggcgg 12420
cagggtcagg agcttcaggg gactcggggg acccacgaga agccatctga gaacagtgtc 12480
cactggtcaa gccaggcacc cataaaaggc tggagtgggg ccaatgggca tgagccgtcc 12540
ctgaggtggc accgatggcc agagctgagg ccaagctaga ggccctggac tgtgctgact 12600
cccggcaggc acagagcgct gacctggctg ccgagccccg cctcctaggc tgcaggggtg 12660
cctgcagaag ggcaccacag ggccaccggt cctgcaagct ttctggggca ggccgggcct 12720
gactttggct ttggggcagg gagggggcta aggtgacgca ggtggcgcca gccaggtgca 12780
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gcacctccga gagcacagcg gccctgggct gcctggtcaa ggactacttc cccgaaccgg 13020
tgacggtgtc gtggaactca ggcgctctga ccagcggcgt gcacaccttc ccggctgtcc 13080
tacagtcctc aggactctac tccctcagca gcgtggtgac cgtgccctcc agcaacttcg 13140
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gatgcccggc ctccagaacc aggacggaat aaacgtctgt tgtttaagcc acgcagtctg 26220
gggtgctgtg ttgccagggc cacagttaac ggatacgagt gttgtcctga gctgccagcc 26280
ccacaggctg cacgaggcct ccctgcccca gcccagtgca gactccccag ccccctgggt 26340
gtgccatggg cagtgcgggg cccctcactg catcctcccc cagcctggga ggttgagccc 26400
attatgagct ccatggggtg aagccggagc cagaagctgg gagccgactg ggagcctgcg 26460
gctggaggat ggatttcccc agggacccac acgtgcacct ccacctgtct cctggacatt 26520
ctctctgagg gcagggctgg tgtcagctca gggatccagc agggacacaa gggtgggccg 26580
ggtccttgtg gagagcacat ttagtgggag ggacatgatt tcccttcaaa gtgcccattc 26640
tggatgcttc ctggtccacg ctggacactt cctgttccac gctggacgct tcctgttcca 26700
cgctggacgc ttcctgttcc acgcttgatg tttcctgttc catgctggat gcttcctgtt 26760
ccatgctgga catttcctgt tccactctgg atgctccctg ttccattctg gatgcttcct 26820
gttccatgct ggacatttcc tgttccactc tgcatgcttc ctgttccact ctggatgctt 26880
cctgtgcgaa acctcctcgg gcttttggtc tgcccagtcc ctctggctgc atctcgtccc 26940
ccgctacctc ccacctccac atccgtcctt gcccagctcc tctctctctc cagagtttcc 27000
acctggcaag gtccctgatg agctcagtcc aggctccccc agcacaggta ggagcctagc 27060
acctgccctt ggacctcccc accctgcatg atgccagcat ccccaggccc cagggaggcc 27120
ccatttctct ctctactgct ggcccagtgg ccctggagtc ccactgcaac tcgggtgtgc 27180
ccctgacctc tgaggaagtt aagtgtcctg tccctagcca ggctatcccc tctgctcagc 27240
cccagggccc tgccccttac cccttcccct cacctgcacg ataggctctg gccaactctg 27300
cccaggccct gaatgggccc ctctggctcc cctctgctgc tacactgccc tgcaccacct 27360
ccactcagct tcagtgtgtt catccacctg tcccaagtcc cctcggcccc caggagcaca 27420
gctggtggcc ctggttcctg gcagcccatc ttgttccttc tggagcacca gcctcagagg 27480
ccttcctgtg cagggtccac tcggccagcc ctgggaccct cctggtctca agcacacgtt 27540
ctccctgcag ccagacctgc ccctgcctgt gagctcagac ctgagccttg gaacgtcttc 27600
ccttctccat cccagctcgc ctttgccagc tgctcagtgg gatgaactca cactcccctc 27660
cctccaccat gagtgagagt cagctggaga gatgcccagg ccaaagcagc caccagggcc 27720
cagtgggggg ccagaagctt caggtgagag gcccaggtat tgagaggctg agaccatggg 27780
cagaatggtc ataatcgctg ccagtctcag tccagcccca gggactcaga gacagagaaa 27840
agagcagcac acaaggtccg ggctccccac cttctcccgt gagtatgggg gagtatgggg 27900
gcagccacca cccccatccc cacacaccca tgaggcagcc tcggctctgt gtggactccc 27960
cctcgccctc tgacacagaa accaccagaa gaaaagggaa cttcaggaag taaggggtgc 28020
cgctggtttc aatcctgttc ttagtctttg cagcgtggag ttcacacccc tggggacctg 28080
ggacctgagc tgtgatttcc taggaagaca aatagcggct gacggcgggg gcggggccgc 28140
ccacatgtac ctcgccagaa caggaagggt tgagaccccc acctcggtga gtggggtcag 28200
cacagggcag gggcacaggc tcgggaggag gacagcctgg gcgcagccgt cggcgctcct 28260
agacctgagc tgctgaacag gctgcaagag gctggggaga cgcgggcgcg aggccagccc 28320
cacatggaag cccaagcgga gccagcacgg gggaggtggg cagccttcag gcactgatgc 28380
ccacccagtg cgagacgacg gggaccgtgg gcaggggctt ccaagccaac agggcaggac 28440
acaccagagg ctgactgagg cctccaggac gaccgggctg ggagcacgag gaacatgacg 28500
ggatgcggca gaaccggctg tggggtgatg ccaggatggg cacgaccgac ctgagctcag 28560
gaggcagcag agcgagggag gaggagaggc cccaggtgaa cggaggggct tgtccaggcc 28620
ggcagcatca ccagagccca gggcagggtc agcagagctg gccgtagggc cctcctctca 28680
gccaggacca aggacagcag gtgagccggg agcagagcag cgagggtgag tgtggcagca 28740
ggacagaagg gtggaagcca aggagcccag aggcagaggc agggacaggg gagggacagg 28800
ggctgggctc agagccagct gatggggctg gggcacctgc tggcggggag cagggctgtg 28860
gtcagcagcg gagaggaggg gagagctgtg ctgagtgcac gggcgggagg agggaagagt 28920
ccagggaggc ccagaaaggc ccagagtgca gcaggcctgg ggcgagggga ggggctgagg 28980
cccagcagag cagaggccac tgaggagctg aggttccgga gaggcttcca gagcaggagc 29040
agtgcaggga cgggaggatc cgggagctca tccaggaggg gcacataggc aaggggctct 29100
gttggggaga cctgactgga cactggggct gctccacagc atagggaaca agccaagtgc 29160
tgcaaaaaca aaaatgaggc cagaaaaaca gcccaaacct ggacagaggg tgccaggaca 29220
ggcagggggg caacagtggc ctgagtgaca ttgctgcccc gggttgaggg aggacagagt 29280
gagcaggggg caggcattgg agttcagggt accaggaccg agcagccaca ggtgagcagg 29340
gcaggtgggg gtagaaggag cagggggcag ctcctggaac tcaggggacc agggcagagc 29400
agccacaggc aaacaggaga ggggaggggg ggcaggagga gcagggggca gctcttggag 29460
ctcaggggac cagggcagag acgccgcagg tgagcagggg caggtggggg ggcaggagga 29520
gcagggggca gctcttggag ctcaggggac cagggcagag cagccacagg tgagcagggg 29580
caggtggggg gcagaaggag tagggggcag ctcttggagc tcagaggacc agggcagagc 29640
agccacaggg gaggaggggc aggtgggagg caggatgaac agggggcggc tcctggaact 29700
caggaaacag gggagagcat cagaaggtga gcagggccag tgggaggttg cagagcaggg 29760
gacagctcct ggagctcagg ggaccagggc agagccgccg caggtgagca ggggcaggtg 29820
gggggcagga ggagcagggg gcacctcctg gagctcaggc gaccggggca gagcagcctc 29880
aggtgaaaag ggccggtggg gggcaggagg agcaaggggc agctcctgga ggtcagggga 29940
ccagggcaga gccgccgcag gtcagcaggg ccggtgggag gcaggacgag caggggacag 30000
gcactagagc tcagggcaag gcagccacag gtgagcaggg ctggtgggag gcatcactca 30060
gctcctagac tttggcagga gctgggtagt tgccggcagc agacagctga gagctggtga 30120
aagtgcagtg cagcctcctg gtgccgggaa gggagtgtga gtccatccca ctgagcagtt 30180
ggcaagggcg agctgggatg gagaagggaa ggcattccag ggctcagggc tgggctctca 30240
ggcaggggca ggtgtggctg cagggggaac gtgtgcttga gaccaggagg gtcccagggc 30300
tggccccagc ggaccctggg caggaaggcc tctgaggctg gcgccccaga aggagcaaga 30360
tgggctgcca ggagccagga ccatcagcac aatgaagctg agtggaggtg gtgcagggca 30420
gtgtagcagc agagggctgc cagaggggcc cattcagggc ctgggcagag tcagccagag 30480
cctgtggtgc aggtgagggg aaggggtggt gagcggggcc ctggggccga gcagagggga 30540
tggcctggct gagggcaggg cgcttagcct cctcagaggt caggggcaca ccccacctgc 30600
agtgggactc cagggccact gggccagcgg cagagagaaa tggggcctcc ctgtggcctg 30660
ggggtcctgg caccatgcag ggtggggagg gccaagggca ggtgcaaggc tcctacctgt 30720
gctggggggc ctgggttgag cccagcaggg accttgccgg gggaagctct ggagagaggg 30780
aggaggtggg ctggtggccg agaaggccag gccagggctg ggagggtgag gttgtggtga 30840
ctgagcctcc agaagtaatg caggacactg ggaggcaggg ggcatccagg cactcagggc 30900
cctgacctgg gctgctgcac actggggcta aggggaaagg aggggagagg ctgaggagga 30960
ggctccagga ggctattcca aggcaggggg ttccggggcc ctggggctga agggcgccga 31020
ccctatgcag tgtctggccc ctctgctgca cagaagaaaa gggccttgga gggcagaggg 31080
caggctatga ccagggccct gggcaagtca ggcccactca ctagcggagg gccacgctgg 31140
ggcggcaggg tcaggagctt caggggactc gggggaccca cgagaagcca tctgagaaca 31200
gtgtccactg gtcaagccag gcacccataa aaggctggag tggggccaat gggcatgagc 31260
cgtccctgag gtggcaccga tggccagagc tgaggccaag ctagagacac tggactgtgc 31320
tgactcccgg caggcacaga gcgctgacct ggctgccgag ccccgccccc taggctgcag 31380
gggtgcctgc agaagggcac cacagggcca ccggtcctgc aagctttctg gggcaggccg 31440
ggcctgactt tggctggggg cagggagggg gctaaggtga cgcaggtggc gccagccagg 31500
cgcacaccca atgcccgtga gcccagacac tggaccctgc atggaccatc gcagatagac 31560
aagaaccgag gggcctctgc gccctgggcc cagctctgtc ccacaccgcg gtcacatggc 31620
accacctctc ttgcagcttc caccaagggc ccatcggtct tccccctggc gccctgctcc 31680
aggagcacct ccgagagcac agccgccctg ggctgcctgg tcaaggacta cttccccgaa 31740
ccggtgacgg tgtcgtggaa ctcaggcgcc ctgaccagcg gcgtgcacac cttcccggct 31800
gtcctacagt cctcaggact ctactccctc agcagcgtgg tgaccgtgcc ctccagcagc 31860
ttgggcacga agacctacac ctgcaacgta gatcacaagc ccagcaacac caaggtggac 31920
aagagagttg gtgagaggcc agcacaggga gggagggtgt ctgctggaag ccaggctcag 31980
ccctcctgcc tggacgcacc ccggctgtgc agccccagcc cagggcagca aggcaggccc 32040
catctgtctc ctcacccgga ggcctctgac caccccactc atgctcaggg agagggtctt 32100
ctggattttt ccaccaggct ccgggcagcc acaggctgga tgcccctacc ccaggccctg 32160
cgcatacagg ggcaggtgct gcgctcagac ctgccaagag ccatatccgg gaggaccctg 32220
cccctgacct 32230
<210> 70
<211> 326
<212> PRT
<213> 智人
<400> 70
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser Arg
1 5 10 15
Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Asn Phe Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Thr Val Glu Arg Lys Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro
100 105 110
Pro Val Ala Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp
115 120 125
Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp
130 135 140
Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly
145 150 155 160
Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn
165 170 175
Ser Thr Phe Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Val His Gln Asp Trp
180 185 190
Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro
195 200 205
Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Thr Lys Gly Gln Pro Arg Glu
210 215 220
Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn
225 230 235 240
Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile
245 250 255
Ser Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr
260 265 270
Thr Pro Pro Met Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys
275 280 285
Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys
290 295 300
Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu
305 310 315 320
Ser Leu Ser Pro Gly Lys
325
<210> 71
<211> 1901
<212> DNA
<213> 智人
<400> 71
gcctgacttt ggctttgggg cagggagggg gctaaggtga ggcaggtggc accagccagg 60
tgcacactca atgcccgtga gcccagacac tggaccctgc ctggaccctc gcggatagac 120
aagaaccgag gggcctctgc accctgggcc cagctctgtc ccacaccgcg gtcacatggc 180
accacctctc ttgcagcctc caccaagggc ccatcggtct tccccctggt gccctcctcc 240
aggagcgtct ctgagggcac agcggccctg ggctgcctgg tcaaggacta cttccccgaa 300
ccggtgacgg tgtcgtggaa ctcaggggcc ctgaccagaa gcgtgcacac cttcccggct 360
gtcctacagt cctcaggact ctactccctc agcagcgtgg tgaccgtgcc ctccagcagc 420
ttgggcaccc agacctacac ctgcaacgta gatcacaagc ccagcaacac caaggtggac 480
aagacagttg gtgagaggcc agcacaggga gggagggtgt ctgctggaag ccaggctcag 540
ccctcttgcc tggacgtacc ccggctgtgc agccccagtc cagggcagca aggcaggccc 600
catctgtctc ctcacccgga ggcctctgcc cgccccactc atgctcaggg agagggtctt 660
ctggcttttt ccaccaggct ccaggcagcc acaggctgga agcccctacc ccaggccctg 720
cgcacaaagg ggcaggtgct gcacttagac tggccaagag ccatatccgg gaagaccctg 780
cccctgacct aagcccaccc caaaggccaa gatctccact ccctcagctc agacacctct 840
cctcccagat ctgagtaact cccaatcttc tctctgcaga gcccaaaacc ccatgttgtg 900
acacaactca cacatgccca ccatgtgcaa gtaagccagc ccaggcctcg ccctccagct 960
caaggcggga caggtgccct agagtagcct gcgtccaggg acaggcccca accgggtgct 1020
gacacgtccg cctccatctc ttcctcagca actgaacccc tggggggacc gtcagtcttc 1080
ctcttccccc caaaacccaa ggataccctc atgatctccc ggacccctga ggtcacgtgc 1140
gtggtggtgg acgtgagcca cgaagaccct gaggtcaagt tcaactggta cgtggacggc 1200
gtggaggtgc ataatgccaa gacaaagccg tgggaggagc agtacaacag cacgtaccat 1260
gtggtcagcg tcctcaccgt cgtgcaccag aactggctga acggcaagga gtacaagtgc 1320
aaggtctcca acaaaggcct cccagccccc atcgagaaaa ccatctccaa aaccaaaggt 1380
gggacccacg gagcgcgaag gccacgtgga cagaggccgg cttggcccac cctctgccct 1440
gggagtgacc gctgtaccaa cctctgtccc tacagggcag ccccgagaac cacaggtgta 1500
caccctgccc ccatcccaga agatgaccaa gaaccaggtc accctgacct gcctggtcaa 1560
aggcttctac cccagcgaca tcgccgtgga gtgggagagc aatgggcagc cggagaacaa 1620
ctacaagacc acgcctccca tgctggactc caacggctcc ttcttcctct atagcaagct 1680
caccgtggac aagagcaggt ggcagcaggg gaacgtcttc tcatgctccg tgatgcatga 1740
gggtctgcag aaccactaca cgcagaagag cctctccctg tccccggggt aaatgagtgc 1800
gacggccggc aagcccccgc tccccgggct ctcgcggtcg cacgaggatg cttggcacgt 1860
accccgtcta catacttccc aggcacccag catggaaata a 1901
<210> 72
<211> 32230
<212> DNA
<213> 智人
<400> 72
gaattcacca ttttaaagtg tacaattgag tggcatttag tacattcacg atgttgtgca 60
atcatcactc ctattattac tctgtaaact ttacaaattc atcgtattta tttatttaat 120
ggttgttaca gtttgcaact aaaatagaag gaaatacatc aaaatattag cagtggctct 180
tctgggtgaa gtacaagggg caaattgttt tctcctgttt gtttttctgt acacgttgtt 240
tactgtgtca cattgtttac tgtgaatagt tactatttga aactaaagat caagggcgat 300
aaactgtatt ttaagaggaa gtcagaaaac aaacaaggtg gccctctcgt atgctgtgct 360
gacacctgtg tccctgtagc ctcaactacg cctgttgccc ccacctgcgc ctgaagtttg 420
aggtcgctgg tggcacctct gtgccagggg gccctggaac ctctcctagg atggtcccag 480
agaaaggaga gagatctgct tcctggaatc tcagctctag atgctttggt caactccatg 540
tcatctgtgt ttgataagct tgatttccat ttgttttggc ccctctttta gtgtgctttt 600
tgttagcaga aactcacgaa ctagagaact gcaggtcccc caggggagtg ggttgagatg 660
tttttgacat cagccacctc tttctcccac agttttgtta ttaaaacccc attttaacaa 720
ccttgaaaga caggttttaa aagaaagttg caattttctt acaattctac tgcttaatta 780
aaagagtagg ccctgtggtt ccctttcccc atcctggtgg tgttctccct gcccctgtgg 840
tggtgttctc cctgcccctg cctctcacca gtgtatgctg ttcccaggtg gcagtaatcc 900
tatctcaggt ctggcattcc aaggcaggct cctgctcctg ggtggggagg ggcctccatg 960
ctgggttgaa tgtctgtgct ttgctgtccc ctgacccaca gagtgccctt ggacaggaca 1020
taggtctcag tttcctaagt gagagtcccg gattagatgg actgtggtta accctttatg 1080
tgtcatggcc tctttctgta taaagccaca gatctttccc tgcaatgagc atttatacag 1140
acacttttca gggttttgtg aacccgtgag ctggacatcc tagagctctc cttcaatccc 1200
atggcctcta gggtaccctg ctctggaaag gcaagactgg gcctcttttt tgggaccccg 1260
gagggcagac cttgggtttc gtcgtggcac ccctgctggg tgatgtgccc agggctttcc 1320
acgatgatcc cactgaatcc tcacatagcc ctgaggggaa gctgccacca tcatcacctc 1380
cacatcacag aggagtacac aggcaggaca gtcacactcg gacaagtggt ggagccagga 1440
cacaaaccca ggtctgtctg gactctaagc ttaggctctt accatgaact gtgatccaac 1500
catcgggaga gtcagcccaa tgaccttcaa gttccctcca atgctaaggt cacacctgag 1560
aagcttgcta gggtttctaa agcatcttcg tgcacatatg tccttccagg gttcttccca 1620
gcagtttgtg agatgggcag ggcagatgaa gggaaaaggc ttcaagacat taaggaaagg 1680
gcccaagatc acacccgagt caggatcaga gcaggaattg gaatctaatc tctacacaga 1740
gttgccagat accaatctgt gcttctcatg gttagaattt acctacttat ccaactattc 1800
acccatccaa ctacccaccc acacatgtac ccaccagtcc acgcattcat ctatccagcc 1860
atccactcac ccacccaact atccactcat ccattcacct accaatccac ccactcatcc 1920
acccatcaat cactcaccca tctatacatc catccaccta cccctttctc cctccctcct 1980
tctttccctc cctccctttc tttcctcatt cagactgttt attgagagcc ttgaaggtca 2040
ggcacttgga tggctgctgg ggagatgaag cttgaagatg tgtgaacggg ctgctcctct 2100
tggagacatc atcttttccc tcatcagtga gggttctgga aggggaatgt gggttgggag 2160
gcaggcagga tggagaggtg gctgttgagt tcctgccctt tgggttttgg gtcacagtac 2220
tagactcata gaattgggtt aaaaacttgt attttttttt ctaaggagaa gctggaaagt 2280
gaacaagtaa gatagggcgt ctggctcctt gctgtgtata gaacagatac ccagcaatga 2340
ccataggtgc agagtttatt tatgtagaga ctttttgaat ataagaaaag aaatgacaaa 2400
tatatatgag ttactatata atgaatataa gtataattaa aataaaccaa ctataggtag 2460
tgcagggtga gtttccaata ataaattcta aaccaacttc catcattcat ggaaccagat 2520
attctattca ggaattaata tgcattctcc catacatttc ctattataca catgggaggt 2580
agctactcat attaaatcaa tatcaaatag atgggaacat gaggagagag attagctacc 2640
aaggtaaatt gtcatctctc agtggcagag aaatttgtca accgaggtct tcctagaaat 2700
atgctctgac ctaccataca attcttcctg cctgaggaac tggtaaaaac tctccaagtc 2760
catcctggct tccttctttc cttcccaact tctgctcatc ctgacctgac cttgtcccaa 2820
gctgctctat ggcttttatt gctctttgca gaaatcgctt aaactttttg tttgcagttg 2880
ctccctcctc tgtgtttaac tgtattttaa gggggggttc attttccaat cctctttgct 2940
aaatgtcggc tgctaggtac tcatcccccc tggaatgccc tctctttcca tttttatgac 3000
tcagcaactt tccctgggct tcctgcctct gagctggctg gagctgtgag acaatttcgg 3060
gctttgggca gcacctaaga catacaggat gcgaatccat gttaggatcg tagtgacctc 3120
ttccatataa tcccccattg tactactcct caagagagaa cactctgtct tctcatcagt 3180
gtaatctcaa accctgcacc ctgactgttg tgggtgtagc agacacacaa gaaatatttg 3240
ctgaatgtta agtgaattgg aataaacatg ttgatttaag tgacaaaacc ttctattttt 3300
cataataata aatgtataat gattgtcaaa aaatgaaaaa agttagatgt acaaaatgaa 3360
aaccaatatt acctacagtt tacccccgca accggtagcc ccggggaata gatgtggata 3420
cggatgtgca tctaggtatg gataaaaatg cagggattca tgcacacaca ggtcacgtct 3480
tatctggtgg cctctttggg ataatatgtt caaggctttt cagatgccat tcgcatcatc 3540
gaatacagca tttttatagg atcttacatc ttaaattggc ttaatgtttt gttctccgat 3600
tataaaatct gaaaacagga aaaattaaat aagaatacaa agcaagtctc tgatcctgca 3660
ctgcccaaga ggccctgtta gcgcgttggt atggcgcctt ccagatcttt ttctgcatga 3720
aatcatgggc ttatcacaaa gatgggaact tctttcctca cttcttcttg ccctgttgtg 3780
aacatctgtc tatggccctt ctccaaggcc atctggggat gtggatgtga ggctggcatc 3840
tgctctcggg ctcttttctg tcacgttttg ctgttagctc cctggctaac atccacatgc 3900
actggctctc tggcatctcc atgataaatt cttatgagca ggatttctgg gtcaaaagag 3960
agtgcattcc caggctgtgg agacagggga cacgttcagg agggcctaaa aggctgaacc 4020
gtgtctcagc cttgaggcct ctcagaatcg ccagcttggg aagttaggag gcctgtggtt 4080
gctcatcact ccctcaccaa ctcgttctgc ccagggaagg tcctggggtg ggggcttcag 4140
agccctgtcc tggccacccc cctccctggg gtcctgctga caatcagggc cactgctggc 4200
tggttctgag atgccttctg gtggaccctg ggacccagga tggagctcag ggtgtgggga 4260
ggcagccagg gggcagcatc aggcccaggg gctggactag gagggggtgg ggtggggcgc 4320
aggctctact gcccccacct gtgagctgca caaacatcca gcagcagccc tgaaactgcc 4380
ccatgctcct cctgggccac acctgggcct gtttgtcact catcccatgc ccgggtggcc 4440
atgagctcag tttctcttcc tcttattttt ctccttttgt cactctgagt tctggtttca 4500
gccaacttgg ggttaaattt agcctgggga tttccagggg tggccagctg caggcagggc 4560
caccagagct gggaaagcgc atcccccaac cccatccctt ggcctggccc ccaccctact 4620
cccatctcag gcctccctgg ccaacccctt cacccaggaa tctgctggtt tcctgaatgg 4680
ctggcactcg gggtccctga cccagttcct ccttgaccag agggaaggct gggcccagga 4740
aggcaaaggc atttgcccag gttcacacag tgtcacccgc aggcccaggc aagagcaatg 4800
actgagggta ggtgagggtc cccataggcc aggcacagct taggcatcat ctcaatccgc 4860
aaacctacct tgtggggagg gactcttatc acccccttgg gcagatgagg aaactgaggg 4920
ctacagaaga gaagcagatt gctcaaggtc aagggttgat gagggctgag catggtgggg 4980
ggaccccttc tctgtctgac actgaggtct gggctcccag ggcagatgcc cctttgggaa 5040
gaacagtgct ctgggctccc acaggccttt gcagccaccc tccttccttg catctcccaa 5100
ggcacaggga aggaatggcc atcagggcct gtagccctaa ctctcatcca tgctgctttc 5160
aggcctcttt tctgcacccc tgaaatgggg ctggagctgt ggaatggtgg aggaagtgaa 5220
caatctggtc tctggcagag ggcagtggtc cacacagcca ccctccatac aggtcttctc 5280
catgcaggct cctccacacg ggtcccacca cacagcgccc tccacacggg cccctccaca 5340
caggtcccct ccacacaggc cccctccaca caggcaccct ccaacagatc ccctccacat 5400
gggcccctct acctggcacc ctaccgacag gcccctccat gcgggcccct tcacacatga 5460
tccctccacg cgggcccctc cacgcaggcc cctccacatg ggcccctcca cacatgattt 5520
ctccacacag gcccctccac atgggcccct ccacacatga tccctccaca cgggcccctc 5580
cacacatgat ccctccacac gggcccctcc acacatgggc ccctccacac gtgggcccct 5640
ccacatgcca ccctccatac aggtcccctc cacatgggcc cctctacatg ggcccctcca 5700
cacaggggcg cctatgtgag ctcgggcaga tccctttctc tcctggtctg tttctccatt 5760
tgtcagatgg gaggccctgg gctggaagtc aggacaccac agagctggct ctggcttttt 5820
gggatctaac tgctctgggc ctcagttttc ctacctgtga aatgggacca tgattctggc 5880
tgtggcctca cagaatccct gagtggctca ggtggataac atgtgtccac gtgttttata 5940
aatggtacgg gacgataagg ccactcaata gcgtctcaac acaggatgca gctacctgta 6000
gagttgcaga tgtggtcaga cctgaggttt agggcctcta ctctcggcct tgctctctct 6060
gggccctgcc cctgcccctc tgcagagctc tggggcttgg ggcactctgg tccactggcc 6120
tggaccagca tgaatgttca tggccttggt ccaccgtcca acccagagaa ctgtgcaccc 6180
tgcagggccc tgccttgggc ctggctccca gcatcctctg ctcattccct ctcctccacc 6240
gggtggtcac tacctgtgtc ctatgcaggg cccagacctc ttttctccct tgttccctgc 6300
ccccctggaa gcctggtcca tcttggagcc catccatgtg gcacagactc caaggacttc 6360
ctgggtatta agtagggtgg caggccaggt gacgtggggg acagagtatg gggcctttga 6420
ggtgagcttt cagggtgctt ccatgagggc ccttgtgcac tactgtggcc ctgtgggaag 6480
aagggatgct gtggtcactc ctataccttt gctcacactc acccctaaca cacccgtcct 6540
ctctctgccc ttcagtcctt gatccagctc ctaggcctgt ttgaggttgc tgctgccacc 6600
aggctacctt tgatgaccac atggaatccc cagtatctcc tgccccttgt cttcttcaag 6660
caagggggtc tcatctgcaa tctgagctct gggctgggcg gggacaagta cccccccttg 6720
cttgctttac ttcaggaact ggcctgggtg gctggcatcc tgtgcatgtt gaggggacgg 6780
tggtggggga tgccagtgga tgagctgatt gaagatggtg ctgggtctag ggccaccctg 6840
ttcagcctcg tgggtgggcc tgtggggagg aaggcagagg tgggggcact catccctggc 6900
ctgcccaccc tacagttcgc atcttatgtg tcaggtgaca tgtgcaatgg ctacgtgtgg 6960
cgggcctggc tcctggcttt cctgggccaa gggagctcca ggctggtgtc ctctaagaat 7020
gagctggtga agtcccacag gtggatggga tttgccgtct gcaggggtga acccaggccc 7080
tgaggctggg tacttggtct cctcccatac tctcatcaga acctggagcc ctggaatatc 7140
ctgggaacgt ttcctccaca tggagaaaga cagggaggtc tgtaacgggg gcagtgggta 7200
ggatctggtc atcggacagg gggcattaag cctcaccaca gtggcctgtt cctcacacct 7260
gtcaacctct ctttgacctc agcatctaga cccagcatgg ggaagactgg acagggaatg 7320
gggcacccca aggccacagc cccctcctcc catgagaagg cacactccag gtctcacctg 7380
ggggtgggct ggggcagtcc tgccttgcct gggacaccat gtgtcaagag ccctgcacag 7440
gccaggcctc ggggcttgtg gaaggatgag tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgcgcgcgtg 7500
tgtgtgtgtg tgcatgttca gatatatgga tggacagaca cacaaataag tgactgacca 7560
gtctgaggtc ctgcccactg ggtagggacc ccggaagtcc tcttggcagc tgtgcttcca 7620
ggagcttcgt tactgcctca ggctctgggc tcccagggaa gctcttggaa gggttcttgt 7680
ttcccttccc atccccttac ttggcccagc tcccttgaag ggtccaagac ctgggggcag 7740
caggtggagt gtgatcagca gggtcccatg tccagctctg gccagccctg cccaccccag 7800
gcccctctga gctccaagtg tctggctgtg ccccccaatt gggcacagct ctgaacctgg 7860
catttagaac ggttcctggg gagctgtgag gagggggtag ggcctgcatg aatagaagct 7920
tctggagcag aaggtgctac ttctgatcat tgattgacca tgatctccag accctgtcta 7980
actcaagcct gggcacgggg cttgggtgtc ttggtgcggg gacacaggac cattctccag 8040
ctgggctggt ggaagctttg gaaactgaat cgcccccctg cctcccaccc tggggagaag 8100
gaggcacctg ctgccagggc tgaggcttgg tggggtttcc cagctatttc gggcctcagg 8160
cactcttggt ttcaccaggc cagctgcact ggggtgaggg ttccagggcc ggtggggagc 8220
ccagcatggg cagggggctg gcctgaggct gtctggggct ggaacagccc aaggatgaaa 8280
acaaccaacg gcagagacaa acaaaacatc tattttccat ctgattgtcc ctccccccac 8340
ccagagagtc agtttccatt attatcaacc cagctgcaca gaggggaaac tgaggctgag 8400
ctcgagccac taactccagc cacaggggcc tggcgctagt cagggctcct cagtcgctgg 8460
ctgcctccag cccctgggac gtcgcccccc gtgagacccc agccaggtgc tccctacccc 8520
ccatcctctg ccctatttct ccccagcaca aatcccgcct cctacatgac attgttcctt 8580
gtctgttgac ttgatttccc tctcccgcaa acatgagctg tctgaacctg gctgtgcctg 8640
ccttaaccct gctgggtttc caggagcagc aggtcctcag aagagagctg aacatgtgac 8700
ttcgctctgg gcagcccctg agaagggggc ttacttacct ggccggtctg gggtctcacc 8760
ttcttcagct actctgccca gcagcccctg gggaccagca ccccttcctt ctgggagctg 8820
ctctctgctg cccagacctt tgcaaacttt ctgtcccctg tgggagccca ggccaagtct 8880
gaccaccact tcccatcctc ctccccagac aggtcaggag aggatgtgtc taggggtctg 8940
agtgggaggc tcccctttgg cctgaaactg tgaagatgag gcccctttct cctctatcat 9000
ttccatagtc agaaagtccc aacatgtccc tgcacaggct gggaactggg tgggcaggga 9060
gggcccatcc tagtgacacc tgtgaggggt ccaggctttg gtgcctggca cggcaactgg 9120
cacattggat gctcagtgaa catcagacct gatgtgagaa gcaggaggga cccgtggcca 9180
gatcaagggt gttggtgttg ctataggaag agagagtcac catgaaggat ggcctgtatg 9240
gaaagaggca cactgcgggt gccctggtgg gtcgtcctgg ctgtgggcta ctctttcctg 9300
gagctgacac gggggctctg tgttgccagc cacagaagtc acccagcccc tccctggctc 9360
ctgtcccaaa gccaggaggc attctccctg ctgcctgtgg tctccccagg aactagggct 9420
gcccagagga gctgtccctt gccggtctct ggacgtggtg tgctgttgct gagtgggaga 9480
tggtattagg gccacccctg gttgtgttgt gagctgggcc tgagtgagct catttctagg 9540
ggctccaggc aggggaccag gaatgtcatg gtgactgcct ggatgtggcc cctagtgagg 9600
ctctcctggc ccctggcccc cattgtaatg tccagcactg cttaccatag tgctaggtgg 9660
ctgggcttgg cttcctcccc ctcattatta gccattatga agaacgtcat tcagtcattt 9720
agcaaacagt tactctgagc ttgggcaacc aaaatttgtt gtttaaactg ggatgttcct 9780
gggagtggaa ggggcactat taataacttc acgagtctct ctgatagatg tgggtggggg 9840
tcctggaggc agcccaggcc tgggtctctg ggcagagccc accattactg ctacaatggg 9900
ccaggcacgg ccaggcctgg gtcccgagct gaggctgggt acacataggc acctgggaaa 9960
ctgcagctga ttggtggcca gtggtctggg gacctggatg gggctaaggg tcaccagggg 10020
ctggacactg ctctagcatc cacctcagct tccagagtca gtggcacaaa ctgggaatgt 10080
cctggaaaat gcaggatgca ggtcatcccc ctcccctcag accttgccca gcccacgtgt 10140
ttcctgggga gaccaccctt gtgaaattac tggccaaaca gggtcaggtt tgatgtggtc 10200
ccaagtgacc aagtgacaaa gactgaccct gatcctgacc ctactgcccc tgctgatgtc 10260
actgtgttga catttccgtg gcccatctgc aatcctcaag atgaccatgt aggagagcag 10320
tttccccaga tcaccccaga aagagggagt cctcacgctt gggttgttac aagaggtacg 10380
ggtgcctttt gaggtgtttg cataactaag cattttggga aaagacctag tcttcccggc 10440
ctccgttgat gccagctagg gatgcttctg aatccccgag ggaactggag catctcacgt 10500
gtggcgcagg ggatcctggg cagatttggg gtcatttttc cttcacgtct cattcagcac 10560
agggaagagg accagtgtca agtcatgaca cacgactctt tcagggccgt agaagctggt 10620
ccttaggtca gggatggagc ccagggtgtg gggtcaacat caaggactcg tgtcctgcag 10680
gcggggtggg tggggaatcc agaacctggc cctggtgtga cagagactct ggagaagagg 10740
atgacatgtc gggagggagg agcaacatcc tcagcattgt gctgtgtcat tagcagtggg 10800
cattgcgagt ggatggtgat tatttcctct atgtccccaa aattcgcatg ttctagttgg 10860
ctggaaactt gattttggac ctttgtgttg aggaatgggg gcttgcctgg gatctggtgg 10920
cctcgttatg gggcatctga gctggtttgc ttgttcccag gtgagtgtcg atgtccccct 10980
tcttgcccct ggattcagtg aatatggggg ttgaagggta atggtgcctt tgtccaggcc 11040
tggctgggga cactctcttg gtggctttgc aggccccaca ggaggctggg cctgatggga 11100
gagtcaccca ctcagttcat agtagctccc agtcctttcc tcccgcaggg ccctgagcag 11160
ccacccccct ctcctccagc agggcccctg caccccctcc caggctattc tgggctctgg 11220
ctttgctgta gaggaagcca cagggcccct ccctgatctg actcagaaca cctccctcag 11280
cccaggctgc agctaagcag ggccagggcc aggacgagtt cctctcaccc catcccccac 11340
tgtgacactc ttccctatac cttgaggggt tcccccagca cagaccaacc ctccttcggt 11400
gtcatgaggc catcactcgt gaggggctgg ccccggtctg agctagacac agtggcatgt 11460
gaagacaggc gtgggctaag gcccaactcg gctactcctg aactgggtgg agcctgggca 11520
gcgctggtgc atccatcatg gttcacgtcc cctctgtgag gtgggcaatg gcagctttag 11580
gcctcagggt cactgtgagg gtcagtgagg gactgtgatg ttcccactgt ggcccaagga 11640
tcacagctgg ggctctctca gatggttctt tcagttaaat cttttcctga gtgtggggag 11700
atgctcctgc tgccccagac actccctggg cagagtgcca accttggaga cttgacaggg 11760
tgggggcagt ggtgtctcca tgtcgttctc caagcttgtg agctcctcta gggcaggtgg 11820
tcctgggctg catacaccag cccctggccc acagctgaga gtttgttgaa tgaatgaatg 11880
agtgagtctg aacaaatgaa tggatgaatg aatgaatgaa aagcccttag ggccgaggag 11940
tcatgaaaag aggcgggcat gggtcagccg gtaacctact gtgtgaccct aggtgggtca 12000
tcacccctcc catcggagcc tcagtcctct catctgtgaa atgggcacat gaacacctgt 12060
cctggctctg ctttgtagac tcagagggca cccccatggc tgccctcctg cctgcctctt 12120
tcacccactg agtcaacaga gaatgaggag cccaggtctg cccatcccac agagccacaa 12180
gggggttcat gcactcagca ccatctcttg gccttgccca ggcacggcct caggatggaa 12240
gggtggccta ggtcaggggc ctgggcaacc actgtgctgc cctgaacacc tgcaggacct 12300
gggcaggctc agcctcctct gcacgcctta gggaaggggc tggctctggg ttgaccttgg 12360
atcagagtcc cagtgcccac catctgtgca gccctgggca gctgtgggac tcgggcaggc 12420
tgctggtctc cgaatctccg tctcctcatc tgtaaggtgt gcgggacatg gacacgtgcc 12480
tcctggggtg gtttgggatc ccatgacata gagaggacag acgccagtgc agggtttccc 12540
tggaagtggc cctgggccag gtggcaggtg aggtagcatc ttcagcagag ccgggagcag 12600
ttccactgtc gagcagtggc catcgagggg ctcagtgata cccagcccag cacctggctg 12660
aacatcggag gacgtgaggg gtgcagcccc tgcttccagg ctcccgtggt gtcccagatc 12720
ggtgctgggc agggcggcac caggagagcg tggtcagcag ccctgggcag ccatcaagcc 12780
tgaggcacca ctgggctgag ggctggggcc ggggaaggag caaggaaccc ttttacattc 12840
cggtagttca tgaatcacac agtgaaagaa agagtcacca agggtgctag ctgccggtgg 12900
ccctgatggg gcagcagcag aacaaagtgg gaggggacca tagaagagag gaccttggcg 12960
gggggtgggg gtgggggtgg gtgggtgagg ggcttcaaga tgacgagaat gatgtgagtt 13020
gccaagccca tcctgaggtc aacagaagga ggacagtgag gggaccattg gattgagcca 13080
cgtgcaggcc actggggctg tgatggggtg gtggtgagac tgctgggctt gaggcaggaa 13140
gggaggggac cgtggaggcc aggagccctt gattaccact tgtaaaaggc aggagagagg 13200
gaggggcagc cagaggaagg cagcattcac attttattac ttcttcctgg caggaccaca 13260
tttgtgctcc taaggtgacc atcaggaggg tctctggccc ttcatactga gatgttgagg 13320
cagagagact gtggtccagg ttctctccag gaagagccca ccattactgc tgcagtgggc 13380
caggcaggac taggtctggg tcccaagccc aggctgggca catatgggtg cttgggaaac 13440
catagttgat tggtggccag tggcctagta cctggatggg gccggggtca ccatgggctg 13500
gtcactgctc cagccccagc atcaacccca gctcccagag tcagtgggga aggggactgg 13560
agtggggtcc gattacagtg accacaggga aatgggggcc acagggaaat gggtgcgggg 13620
agcaggggag attcgggagg tgggtggaag aggaccacgt gctcccatcc tgacagccca 13680
gagcctgcgt gtgcctgggg cggctgctct ctcaaagggc atgcgtctgt cttggggact 13740
gagggtctct gaagtcaggt cgcctcttgc tcgaaagccc cctgccacct tgctcttgac 13800
tttagcacct cctcacaggg cagcacgtgt tatgttatcc gggaggaaat ggaaaccctg 13860
ggaggttctc tggtggggga agggaggagc ggaggtagac taagaggggg tcagcagggg 13920
gagaaggggg aaccagccca gagttctcca gggacgggtg cgtgttgtcc tagcctgtgc 13980
cctgggagtg acaccaggtg agttgagatt tcagtaccca gcatttttgt gactgaagta 14040
aagaaaattc tgatttggcc cttgcctgct tgtacaagtt aactgcttgc tttttgccca 14100
gcatcccttg ttcacacaat gtgatcataa gctgcagatg tcctgtttct ttgtcaagaa 14160
ggaggagata acttcagagt cacaaaagta ttttgcagga gtgaatgcct ttagggacgt 14220
agagaccagc cgctgtcgcc cgcaagtcta gttgcttaag atgttacctg agactgaata 14280
aacacagact tttcccctga aatgccacct ccctcactcc ttagccacat aaaaactccc 14340
tgcttcatcc ttttgttaac atggagtgga ggaatttgct ttcttgtctt cttactttag 14400
ccaaatgaaa taaatctttt tctatctcca agcacttgtg tcagtttttg acctccgctg 14460
catatcaggt acacgaacct gaatctgggg ttctacaaag agtctcacat gtcaccactc 14520
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ttcccacagc cccagaccca gagccccatg tgctcttccc ttgggagagc agtccctgac 14640
tgaagatgtc aggaattttt ggatgttgag ggagcaactg ggaccaggaa tggaggggat 14700
tgggcttggg gagccacctg ccagggactg actctcctgg aggtggggga caccgtaagc 14760
cctggatcca gaaccaggac tgagatgggg tctctaggaa aaggggactc tcatggtccc 14820
tccctccgag tgccctgacc ctgatatttg acccggagga aggagaaggg gcatgaggaa 14880
tctggctact ccaacctgag gccccgtccc cttccatccc ttgttggtcc aataattctg 14940
tcacttgaat cccgggtccc gggatggggg cctgggtcca gtgggctttg agctctccag 15000
ggaggaagct ggatgaagtg ggtgggcgtg gccaggtggg ctgagggcag ccaggcacct 15060
ggggtccaga gctgagatct gcagttgggt ggaccaggtt tgagtcccta ctgtgacctg 15120
tggcaggtca ctcaggctct ctgggctgtg atgtcaccat cctagagtga ggatcacaat 15180
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gagtggctca gcctggactg ggcagggcat ggagaaaggg agaggaactc gggaaagggg 15420
ctgtggtcgg ctaaattagg ccccgcgggg acagtcgtgt cccaatcctg gacctgtcta 15480
tgtgtcatgt gtggccacag ggactttgca gatgtcatgt caattaggag cctgaggtgg 15540
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ctcccaggcc ccacccacag taacccaggc ctgacccctg caggtgcccc cactctacag 16080
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gtctctgtta gggcagagat agagggtgta actggagtcc cagccagaga caactccatc 16920
caggcaggag gcagggaggt ggggggctat gctttgagga gaagggggag gaatgaaagg 16980
gcagagggac tggtgttcag tgatcagact tctcctatcc gggcctcttt caccaggaga 17040
caccccggga ggctatgagc ctctccctca gggccacttt ctcactgggt gccaggattc 17100
ccccacccaa cactgagaac ccaggggagg cctcaaatta tgtgtgagat aagaaaagaa 17160
gagagggagc aggatttctc gttgacgatg aggatattta ttgagaaggg ctggatgact 17220
tgggatgggg gcagagaccc ctcccctggg aacctgcagc tccaggcccc tgtgggtggg 17280
gtgagggtcg ggggcctaag agcattctgc aggggccact gtcttctcca cggtgctccc 17340
ttcatgcgtg acccggcagc tgtagcttct gtgggacttc cactgctcgg gcgtcaggct 17400
caggtagctg ctggccgcat acttgttgtt gctttgtttg gagggtttgg tggtctccac 17460
tcccaccttg acggggctgc catctgcctt ccaggccact gtcacggctc ccgggttgaa 17520
gtcacttacg agacacacca gtgtggcctt gttggcttga agctcctcag aggagggtgg 17580
gaacagagtg accgaggggg cagccttggg ctgacctgcg gggtggatga ggggcagggg 17640
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ctaaggccca gggcagggac ctcaggccgg acccttgctg gactgaggtc aggtcagcgg 17760
tgagtggaga cacttgctgt cagatgggag ttgcccccac tcttgggggt cacagacccc 17820
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ggggtgtctg tctgaacacc tcctaccagt tccccttgtt ctcatctctt catgcagggc 18000
agctgttggt cctgggttca ggctcttctc tctcacaggg agtgggtttc ttacccacac 18060
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tgcctggtga gacagggtgt cagtcctggg ggctggattc cagtagatca aaggcctcca 18180
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tctccatgtc gtgagaagtt atctggggga tctgactctc cagtgggttt tccctgacaa 18300
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cccatctctc caagtcctca gtcaaaggcc tcctgtcact gtgtttaatg cagccccgta 18600
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ggtcagctgg gtgcctcctc cgaacacagc acacagtgac acagccccac acacaaaccc 18840
ctcctgacac acccgacccg ttccccgctg cagcagcttg ggcgcccagg tccagtggcc 18900
ctgtcatgaa gcaggtctgg ccgataggag ggtgaggggg atggcccctc catgcatgga 18960
tgcacacttt actggaagtc agggatccct tcacccccag agggagaggg gagagggagg 19020
aggcatgtct gcacatcaca tctgggtccc ctgctactct ctgtcctgga ggaagccatg 19080
tgtcccggct cagctccttt ggagactgtc accatggaag aagtgagaat cctgtttatg 19140
ccacagggaa ggtggagctg gtcccctatg gagatccgag ttccctggga gggtcctgga 19200
tgcccagcac agcccctagt gggatgccca tgtggtaatg attctaaata gcacaggaga 19260
gtgtgtgtgt atgtatttgc atgcaggcat gtttgtttgt gaatacctgt gtgcctatga 19320
ggtgttcatg tgtgtttatg tttgtgaaca tgtatgtatg tgtgtttgtc tcatagccca 19380
ggccccccat cctgtgctac ctcctgggac aatcatcaac ccggttctta gatcccacat 19440
acagctctta aaaagaccaa ttggtttaca ggcacgtcta tggcaccact ctggaatctc 19500
atgattgact ttgacctccc cagccccact gaccatccgt ggataactgg acattaggta 19560
cttgaggtgt ggtcagtttt gggctggtta cttaggggtg agagagagta gagttgaccc 19620
ttatccccca ggggacttga gtataactgg gacactggtg acacatgtgg gaccaggggt 19680
acccagctgg cctgtggggt gagtgacctg ggtccagagg gtcagggtcc agtctgtgcc 19740
tgcttcagag atagatgtgg gggtagaggg cagggtcctg ggagtcagga acagggtggg 19800
cccctaagga gtaggggaga ccaagggccc atggactgga gaggctcctt ccgcctcaga 19860
aggagggacc ccttgagaga gggaggctgt ccaggggtga ggcctgatga tccgtggagg 19920
gtactcgttc ttctgggcca tggggaacca aggagcggtc gccccaggcc gctggaggtg 19980
gacatgtcca cacaaacaca gcacgtatgg gaaaggggca gtcctggggc ctgctgccca 20040
aggctctgtt ctggaatatt ctctgggcct ttctaggtga tggtggaact acccctcaaa 20100
aacaatccag acttcattcc cacaaggcta aaagaatttt gttcatcttg caggttggac 20160
caatttaggg tagaaaatgt ataaacagaa gcaaaacaca aaacccaggg tttctggttg 20220
actgaggata tttattgagg gtttattgag tgtaggaaga agggctggat gacttgggat 20280
ggggagagag accccctccc ctgggaacct gcagctccag gcccctgtgg gtggggtgag 20340
ggtcgggggc ctaagagcat tctgcagggg ccactgtctt ctccacggtg ctcccttcat 20400
gcgtgacctg gcaactgtag cttctgtggg acttccactg ctcaggcgtc aggctcaggt 20460
agctagctgc tggccgcgta cttgttgttg ctctgtttgg agggtgtggt ggtctccact 20520
cccgtgttga cggggctgcc atctgccttc caggccactt tcacagctcc cgggtagaag 20580
tcactgatca ggcacaccag tgtggccttg ttggcttgaa gctcctcaga ggagggcggg 20640
aacagagtga ccgatggggc agccttgggc tgacctgcgg ggtggatgag gggcaggggg 20700
tcagagtcct ggtgtccacc tggggagccc ctggcctcag ttttcaggtg ggtgaaggac 20760
taaggcccag gatagggacc tcaggctggg cccttgctgt actgaggtca acttggcggt 20820
ggcggggatg cttacctcct gatgggaaac tcctcagcat ctgaggactg aggagaatca 20880
ggcctcttct gctccagcct cctctccaga ttctcccctc cttatcagcc agctctcacc 20940
tcacctatgc tccccgacgc tggctgggtt cagccctggg ccctcgtctt tccttggggg 21000
acgtctctgt ctgaacatcc cctgccaggt ccctcctctg ggtctgttca cgagggcatc 21060
tgtgtcctgt ttttaggttc tcctcccttt tgacaagtga atttcttcct cacatatccc 21120
ccagcaccat cattgcagtc tctgccccac tttcccacag aggccccttg gtggggaggg 21180
gatgtcagtc ctgggagccg ggtcctggga gtccaggaga tggagggctt gcatgtgagg 21240
tatattttct gttctgagcc tggcgctgtg tctgctctat ggggtctccc tgtcgttggg 21300
agatctggct gtcctaggac aaatgtctgt cctgacaggt ccctgtcacc tgcgcccacc 21360
aggagtgcct ccctcagcat ctgctttggg ggtctctctt tttgggtggg atggggaggc 21420
tctaaccttg gactgagtgt cctgagaacc accctgtcca tggcagcctg cctgtcccgg 21480
gggaggagga gggacccagc accctggcgc cacctcacag gacattcttc ctccatcctt 21540
gtcccccttc atttccccaa gtccccagtc aaaggcctcc cttcttggtg tttaaagcag 21600
ccccatagtt gggacccaga accctgggaa gctgaacttt ttccagcatc cttcccctgt 21660
cccatggccc tggtgcccca gcctgagccc ctgctctgct ggtctttggg gactggagac 21720
tctgtgcgag ggagcagaac atcccagagc ccaggggaga atgccccctg agtgacagcg 21780
gcaggttcag gcctgagcag ggagcattaa gaggtcactg ggatcttccc atcatgcccc 21840
accaggtgcc taagaaggga caggctggag gaatttgggg ccaggaaaaa aggcaatggt 21900
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tccccagatc tcaccctaga cccaaaagaa tagaaaaggg gactcaccga ggacggtcac 22020
cttggtgcca ctgccgaaca cattacactg tgatataacc ctgcacacaa accctcctga 22080
tacacccgac ccaggccacc cccccccaac cccctgcagc tgctcacaag gcccagggtc 22140
cagccccctt ttctcatggg tgggtgagcc ataggtgggg tgaagggggt caccttctac 22200
tgacctgaat atcacttcct tgggggctta ggggttcatc cacctcagtc atgggaaggg 22260
ttgacaggtc tgtgtgtgga attgtctccc aggtaattgc atttctgagg agttgggtgg 22320
cctggatcag ctggtgtcag gaatgccagg gaggaagggg aggtgagcgg ctgggtgacg 22380
ccactgacat ggtgcagctg ggacctcttt gagaagttgg gaatggtggg gagggtcctt 22440
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cctcctgaac ccatggggac agcttcctac ctataggcca tgtgtgctgg attagagctg 22680
caatggccca gaggagagct tctcaaggga ggtcataggc ctcactggca gtgtggtttc 22740
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ccagggtcca gggggtaagc atcccatcag tgattattat agggagggcc tgtgggggct 23640
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gctgagatgt tctcccgggg ccatagggat gtaaggaggg tgtgtccccg ggcagccaga 23880
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gaaaaagtat ggctcagaga aacacgaaga tggtcccagg ctgcattgtc acaagtccaa 24060
aggattctgt tgatctttgg agataaaaaa atttaggatg gaaagtggat aaacaaaaat 24120
gagcagacag catgttttct gattgacaag gaggacattt attgagggtt tattgggtgt 24180
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ccctgcccat cgcctgtttg gaaatcttcc aaggacttgg gcttttgtat agacagtgga 24840
ccttcaattg cctggcgctg cctcaccctg tcatcctgac gtgatccggc tctggctgtg 24900
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agctgctctg ggttggggga gagtgggtct ctcacgtaag agctcttgtt tgtacccaca 25020
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attcaaatgt gagggacata aaggagctcc cgagtgtggt ctccaaatat caccttctgc 26640
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tcacaagaca tttgataaga ctctcattaa ctatttttga tgtcaagaaa tccttgatat 27600
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tttagttatt ctgctgtggg tgggtccgca ttatctgaaa atggatgatg ctgcggactg 27720
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<210> 73
<211> 115
<212> PRT
<213> 智人
<400> 73
Met Ala Trp Ile Pro Leu Phe Leu Gly Val Leu Ala Tyr Cys Thr Gly
1 5 10 15
Ser Val Ala Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser
20 25 30
Pro Gly Gln Thr Ala Ser Ile Thr Cys Ser Gly Asp Lys Leu Gly Asp
35 40 45
Lys Tyr Ala Cys Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Val Leu
50 55 60
Val Ile Tyr Gln Asp Ser Lys Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe
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85 90 95
Gln Ala Met Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ala Trp Asp Ser Ser
100 105 110
Thr Ala His
115
<210> 74
<211> 32230
<212> DNA
<213> 智人
<400> 74
gaattcctga cctcgtgatc cacccacttc agcctcccaa agtgctggga ttacaggcag 60
ccactatgcc cggctgtgaa catgaatttt taaactgcat ggtgctttgg gtcccagctt 120
ctccatctgt acaatgggga cagtactaag gttttctttt tcttctcagt tgactgaatt 180
atttccatag tctgtctgtc ttgccactct tgttacccac acgaaaggac ctaaggtaat 240
ttctgacagc ctgggactcc ttgtgcaaaa cagaaggtgc cacagacctc attttaggag 300
aaacctttgt tttcctcttg gaaccccaag aactgtaagc agacaggtcc atctcaaaat 360
ccaaggctct gctctgtttt gctttgcttt acctgacttt ttttttgatt tgggtgggca 420
tcaaaaatta gtaggggaga gctaaagaaa gttgtggata tgaacatgta tttatggtaa 480
ggtaagttat gaaggagaga aatcttagga tcttgtatgg caaattcttg cactaaagta 540
gataatgact aattaggaaa gcaggaaata taggacaagt cagaaagtca taagatggga 600
gagaaaagct tacgcctggt agatcctctc ctgtctagaa gtgtcgtatg tgtgatgttt 660
atatgaagga gctctaatta attggattaa aagataatga aagctctaaa attgtcagaa 720
aaatagaagc tctaatgcct tttatttcac gtgacttcag caatctttgg gaaatgagag 780
ttttaaaatt attggtggta aaaagtcttc aaaaagtaga catttggtct aaattaagtc 840
agaggttaaa ttggctaagt gctttaatgt cataaactgc ttctttgact ttggaaaatt 900
gttcagttta cctaatttgg aactgttaga tttctaggta aggcctgggg agaggtggag 960
ttagccatgt ctcctagcta tgctggaaga gttagacttt atctgcagtt ctgtcatgta 1020
tcctggactc tgcacctggt atgtaattga aactgcttac attgaaaaga aaaattatgt 1080
gtttttggtt ttaaaagggg tgggaatatg gttttttcca aaaagtgagt tttggcaaat 1140
ttagaaagtt taagaattat ttttagttgt aagaaaataa agtttaagca agttatagaa 1200
ggtttatgaa aattaacttt gtaaagaatt gtgtgtgtga gcaagttgac taaagggaca 1260
gtaatgttag atgtaataaa tgcaggtacc cttccacttt atcttctgtt tcttaggtta 1320
taaatattca ctacctacgt ttctaaaaac tctttcactg taatattaac acataactcc 1380
attctccttg tattgcctgc tttttcatag tatcctgaaa ttgcattagt agatttagat 1440
tcagaagatg gtggggaagc atcttatgag tgttttaagt aaatttaagg caaagggttt 1500
tctgtacatg ggtggttatc acagcatcac ttgttgcagc aaaacactgg gtaacaacaa 1560
tgtttatcaa tgagaaattg ttcggataaa tgatgatttg tgccttgcga ggctcaacta 1620
ttcaaaagca ccctcttttc ctcacttgct ttacctttgg ttctgggcct ggagcctttc 1680
agaggttact caggacagtg gactcctgtt tcctgtgact aatctggaca gcggcttcct 1740
atttcattct tcagcatctt ccaaaaattt ctgaagataa tttcttcctt tgtgaccacc 1800
catactcttg gtttactttg cagttaacaa tttcatgcct tcactggatt atctgtgtga 1860
aggtgtgggg tgtatgtgtt catactctgg agggagcaga ggaaaatagc cacagccaaa 1920
ggagtaatct tgcactaaat actcattata agaatgttga tacgttcata gatggtaaat 1980
ctgtcagtaa tttttacttg tatgattctt ggttaagact gcactcactg gtgataagcg 2040
tgctgaaggg atcataggtg ctatacttat gtgtgggaat tgcattcaaa ccaccaatgc 2100
ctgtctactc aagttttgtt gccttttgat taaaaactct tgggaatgtt tccctggcat 2160
gcaaatatgg gaactgcagt ttgattctag gtagaaactc tttggtagtt gaaatgccat 2220
aataagagac acagctgtca atgggcaaca attcactgtt ggtaaggaat ttacagtgct 2280
acttgccata ttcttcttta tccagacttt gtgccaagaa aatgaaattc tttttaaaaa 2340
tttttttcta gagtaatcct acaatattgc tgttatcaag cctgatgctg taattagtag 2400
aaaatgtcta gaaattaaaa gaaaagtagt attttccaac tatggttaaa ttaattgcaa 2460
aataacttcc tcttaattgt cagattggag acaagcttat taagagtgaa ataaaacata 2520
atgtgttgct ggtgctaggt acctctaaag cctttgagca ctttcttctt tataaaggct 2580
caatctactc atgtgtcctg taaataatcc tgctctacca gcatcctatg taaattttaa 2640
aaattatagt tcatatatta gattgtaaca aatgttgttc ttctttaatt atatgcaatg 2700
caatcttgtt atagactcac attagcttgc cttattccct gtatgtttgc tgtaaaatgt 2760
atagtccttt tcaatatatg atagcttaaa gatggactta atattttgtt ttagaaccaa 2820
aatcttttat cttatataca ggaaaattac attggaattc agagatcagc aaacatttcc 2880
tgtaaaggat gaaatagtaa ctattttcag gtttgctcag catgtggtct ctgacaacta 2940
aactctgaag tcataccaag gcagcatcag taatgtttaa atgagtgaat ggcgctgtgt 3000
tccaataaac tttatttaca gaaacaagtg gtgggccaca ttttgactgc agggtatagt 3060
ttgtggaccc ctgaacaatg gctttttctg aaacaacaca attgaattga gatttgaaag 3120
aatgttgagg cagcattgtt tgtctggggt aatacctgag gtttgtcatc tcacaccagg 3180
gaaatcaggg atgtggacac acaagaagtg agttcaagag tggatgatta ataggtgaaa 3240
gaaagagaaa agagaacagc tctctctcct gcagaaagag agaggggcac ctgagtgggt 3300
cttccggttt tgtggtgaaa agcacaaggt tttataaagg agcttgagga ggtggtgtct 3360
tgatttacac agggctctag agactggttg gaccaggtgt gaacgtttgc atagcacagg 3420
gagaagctgg ccattgcacc ctaatctttt attatgcaga tgggttcttt accttaccag 3480
gaccatattg tctgttcctt actgtacctg tggttgacag agaaaaggga agatggagcc 3540
accatgttga acatgcctgg cccacaggta gccttttcct attggcacag ctgctggcat 3600
tcctatgaga gcttatcaat gtctgcagcc caattttaca agatgctctt tgttagaaaa 3660
taaatgatat gggttttttt tttcattagt aggaaaactt tacactagga cttccttact 3720
ttcagtatct gcctaaataa tttcttttta attcctacat caatgttgca tgtgcaatag 3780
agaaggtgac atgtagggag ctgtgtcagc aggggttgca tatttcttga tgagcatccc 3840
atgatgcatt cttcttcact tgtggcaaca ttagcattaa ctaatctaca gtaaagtaga 3900
tgggtccaca ggtcatggga catacactag ctctgccaat tacatgttga tttaaataat 3960
atcattctct aaggacagct ttttttcccc cagatcctgg tatgtatgtg gagttgggga 4020
gagacaccaa actgtacccc atttcctcat acattgctta tacttttaga agtgtttgaa 4080
agataatatc acatactagt agtttactgt ttcttattca agttagtttt aatagtcgct 4140
agggtgaatg ttttcaaaat tgtatagata ttcgggttga ggcaatacta taaattatga 4200
gttcatctca gtttttttgt gctagcgtaa tgacatttcg gagacataat gcatatgtgc 4260
aaaatacttc acctctctgg aaaacagtaa agggctacat aataggacag acaaaaataa 4320
aggcttggcg taatggctca cacctatgat cccagcactt tgggaggaca aggcgggtgg 4380
attgcttgag ctcaacagtt caagaccagc atgggcaaca tggcgaaacc catgtttaca 4440
aaaacgataa aaataagccg ggcgtggtgg catgtgtttg cagtctgaga tacttggggg 4500
actgaggcag gagaatcgct tgagcctggg aggtcaaggg tatagtgagc cgagatcgtg 4560
ccactgcact ccatccagcc tggataacag agtgagaccc tgtctcaaaa taagtaaaaa 4620
tttataaaac aaagaatgtt tctaactgta ataaaggaga agtgatcaag cttaagtgta 4680
gcttagattt aatctttgat ttccgggtac tatattactt aaaaatatga tttggatatt 4740
tagaagttgt tcaaattaga aactcaggag tggggtcact ggtcactaag gtgctgaata 4800
tttttaatac cttagtggat atgtaatcaa caaagccaac ggaaccaata gagcatttgc 4860
tttcataaga atttaagtgt tgctgggtac tcttaaatcg agctcacatt attggtgtca 4920
tttaatataa ttactgaatt tctttgaacc cagtttccac tttttaaaaa ttatttagct 4980
cattaggctg aaaacttctc tttgttacat tttattacac ttcagtgtaa tatgtgtaag 5040
atgtacattg cttctctcta gaaaggtgag acaagttgaa gcagggttgg gggtgggtgc 5100
ttccagttca taggtaaata ggagacaaac ggttgcattc ttttgagttt ctgattatcc 5160
tttcactgaa tacacaattt acatgcaaga tgccatagag gaatagtcac ttatgcctga 5220
gtctggctta gtgaatctgc atttttacat aaaaaactgg gcagagaaag ccaatcagat 5280
acacatttgt ctcaggtgag gagagggatg actttgggtt ctgtcctttg tcccccacct 5340
gtaaagataa tctatcaatt gccaatttat attgccaggg tcaaattcaa cagaactgtt 5400
ttagtgtaaa gatcttgagg cccacaagaa atttcctttc tgacaaatta tgagggaggt 5460
atatagcttt cgaaatcttt gtagttattt ttttatttta ttatttgggt tttttttttc 5520
tttattgaca aataattgta tatactcaca gggacatagt gatgtttcaa tacagaaaag 5580
ttatagtgag cagagcagga taatttcata tcctttgtta aaggaaaata aatctccggg 5640
acaccccact aagccaaata atagttatct tatttagaaa taaaatggga ggcaggtttg 5700
tttgatggag ttcctagctg aggtgggaga attgcttgaa cctgggaggc cgaggttgca 5760
gtgagccgag atcgcgccat tgcactccag cctgggcaac aagagcgaaa ctctgtctca 5820
aacaaacaaa gactatagaa aagctatttg tgaaaatgct ttttgatgtg ctgttttatg 5880
tcacagaatg caacctgtgt tttgattcag caagttcaaa acactctttt tgtggaatct 5940
aagaattgat tattttgatc ctattgagct ttcataagaa aatatgaata tccagttgta 6000
aaaactagaa ataagctata agctatctgt ggaatgcttt gtgaggtgct gttttatatc 6060
ataaaattga acttgtgttt tgattgaaca agttgaaatt actcattttg tagaatctaa 6120
gaagtaacgt tttggaactt cttgagccct tattaaaaaa tagaaatatt cagtcctaaa 6180
aactagaaac aagccatccg tgcaaatgca ttgtgatgtt ctgttttgta tcataaagtt 6240
gaacctgtgt gttgattaaa caggttctga acactttttt ttgtagaatt tatgaagtgg 6300
catttctgag cctattgagc ccttatacaa acatacagtt ttaaaagcta gaaacaagct 6360
atctgtcaaa atgctttggg atgtgctatt ttatgtcacg gaatgaaacc tgtgttttaa 6420
ttcaataggt tcaacacatt cttttggtag aatctgagaa gtgacattcc caaacctctg 6480
aggcctttaa aagaaaatac gaatattttc ctctaaaaac tagaaacaag caatgcgtgg 6540
aaacgctttc tgatctgtta gtgtcacaga ttggaaactt tgttttgatt gagcaagttc 6600
aacgcactct ttgtaggatc taagtagtga catttccaaa cctattgagc ccttataaga 6660
aaatatgaat atttagtcct aacatgctat ctgtgaaaat gctttttttt tttttttttg 6720
gcacagagtc ttgctgtgtt gccaagctgg agtgcagtgg tgtgatctcg gctcactgca 6780
acttctgcct cctgggttca agcaagtctc ctacgttagc ctccctagca gctgggacta 6840
caggcgtgca ccaccacgcc cagctaattt ttgtattttt agtagagatg tggtttcacc 6900
atgttggcca ggatggtctt gatctgttga cctcgtgatc cgcctgcctc agcctcccaa 6960
agtgctggga ttacagacgt gagccaccat gcctgactga aaatactttt tgctatgctg 7020
tttcataaca cagaattaaa cctgtgtttt tgtgagacag gttccaaaca ctctttttgt 7080
agaatctaaa aaagtgatgt atccaaacct tttgagccat aataagaaaa catgaatatt 7140
tagccctaac tgctggaaac aagctatctg tcaacacact ttgtgatgtg atgctttata 7200
tcacagaaat gaacttatgt tttgatgaaa cagattcaaa acactattgt agaatcttaa 7260
gaagtgacat ttctgagcct attgtgacct tataggaaca tacaaacatc cagtcctaaa 7320
gtctacaaac aagctatctt ggaaaacact ttttgacgtg cagttttata acacagaatt 7380
gaacctgcat tttgataaaa acacgttccc aactctcttt ttgtagaatc taagaagtga 7440
catttcgaat ctattgagca tttacagtaa cgtatgaata tcttgtaata aaaactagaa 7500
acaagctatc tgtaaaaaca ctttgtgatg tgctatttta tgtcacagaa tggaacctgt 7560
gttttgtttc agcaagttct gaactctttg tagaatctaa gaagtgacgt ttttgacctt 7620
attgagccct tataagaaaa tacaaatatc cagctataaa aactagaaac aagctatcag 7680
cgaaaacact ttttgctgtt tcatatcaca aaattgaacc tgtatactga ttaaacagtt 7740
tccaaacact ttttttgtag actcttaaga agtgatgttt ctaaggcagt gaggccttat 7800
gggaacatat acataatcca gtcctaaaaa ctagaaacaa gctatctgtg ataaccattt 7860
gtgatatgct gttttatgtc agagaatggt acctgtgttt tgattcaaca actgtgagac 7920
actctttttg tataatctaa gaagtgatgt caccaaacct attgagtttt ataaaaaata 7980
tgaataaccc taaaaacgag aaacaagcta tctgtcgaaa atgctttgtg atgtattttt 8040
ttatatcaaa taatggaacc agagttttga tgaaacagct tccaaacact ctttctgtag 8100
aatctaagaa gtgacatttc caagtcaatt gagttcttac aaaaaaaatg caaaatccag 8160
tcccaaaaaa ctagaaacaa gctacctgta aaaatgcttt gggacatgca gttttatgtc 8220
acagaacggt tcctgtgttg attcaacaag ttcaaaacac tcttgatgta gaatctaaga 8280
agtgctgttt ccaaacctat tgaactttta ttaaaaaagt aaaaatatcc atccccaaaa 8340
actagaaaca agttatctct gaagatgctt tgtgacgtga tgttttatgt cacaaaatgg 8400
aaactacgtt ttgatttagc aagttctaaa cactttttct agaatataaa aagtgacatt 8460
tctgagctta ttgagctctt agacgaacat acaagtatcc actcctaaaa atgagaagaa 8520
aaacctatct ctgaaaatgc aatgttatgt gctattttac atcacagaat gaattttcaa 8580
acactctttc tgtagaatct aagaagtgaa atttccaaac ctgttaagcc cttataggaa 8640
catatggata ttcagtctta aaaactagaa acaagctata tgtgaaaatg cattgtgaag 8700
tgctgtttta tgtcacagac tggtccctgt gttttgattc accaaagttg aaacactctt 8760
ttggtagaat gtaagaagtg atgtttccaa acctattgag cttctataag aaaatatgaa 8820
tatccagccc taaaaactag aaataagata tctgtgaaaa cactttgtga tgtgctgttt 8880
tatgtcacag aatggaacct gtgttttgag ttgacaagtt ccaaacactc tttttgtaga 8940
atctaacaaa gtgacatttc caatcttact gagcccttat aggaagatgt gaatatccag 9000
tcctaaaaat gagaaaaaaa gctatgaaat tgcattgtga catgttgctt tatgtcacaa 9060
aatggaatct ttgtttttat tcaacacttt caaaactttt tgtagaatgt aagaagtgac 9120
attttcaaac ctattgagcc cttataagaa aatgcaaata tttagtcata aatattagaa 9180
gctctctgtg aaaatgcttt gtgatgtgct gttttatatc acagaattga acctgcattt 9240
tgatgaaaca gcttccactc acttttttat acaatctaaa aggtgacatt tcctagcctc 9300
ttgagccctt attggagcat atggatatcc tgtcttaaga actagaaaca agctagctga 9360
gaacatgctt tatgacatgc tgttttatgt aacagaatgg aacctgtgtt tttagtcaac 9420
aagttccaga cactcttttt gtagaatctt aggaagtgac attttctatt tttattgagc 9480
ccttataata aaatattaat atttagtcct aaatattagg aaaaaaccta cctgtgaaaa 9540
cgctttgtga tgtggtttca tatcacagaa ttgaacctgt gttttgacaa agcaactttc 9600
aaacactgta gaatctaaga agtgacatta ctgagcctat tgagctttta taggaacata 9660
caaatatcca gttccaaaaa ctagaaacaa gctcttggtg aaaacgcttt gtgacatgct 9720
gttttatgtc ataaaaatgg aacctgcctt ttgatgaaac agcttccaaa caggtttttt 9780
tttagaatct aatagttgac atttctggcc ctattgagcc cttatagaaa catatgaata 9840
tccagttcta aaaactagaa gcaagccatc tgtgaaaatg ctttgtgatg tgctgctttt 9900
tgtcacggaa taatacatat gttttgattc aacaagttca agacactctg tagaatctaa 9960
aaagtgaagt ttttgaacct attgagactt gattaaaaaa tacgaatatt cagccctaaa 10020
agctagaagc aagcaatctg tgaaaacact ttgtggtatg ctgttgtatg ttatggaatg 10080
gaacctgcat tttgatgaaa cagcttccaa aacacttttt tgtagaatct aagaagtgac 10140
attttggagc ctattgaacc cttacaggaa aatacgaata tccaatccta aaaactacaa 10200
acaagctatc tggtaaaacg ctttctgata tgctgtttta tgtctcagaa tggtactggg 10260
gtttcaattc agcaagtttg aaactttctt tttatggaat ctaaaaagtg acatttgaga 10320
acctattgag ccgttataaa aaattcaaat attagccata aaaattagaa acaagctagc 10380
tgtgaaaacg ctttgtggtg tgctgtttta tgtcaaagaa taatacctgt gttttgattt 10440
ggcaagttca aagcactttt ttttctagaa cctacgtagt gacatttaca aatctgttga 10500
tcttttataa gaaaatatga atatccagcc acaaaaacta ggaaaaatct gtgaaaatac 10560
tttgttattt gcattttatg tcacagaatg aaacctgtgt tttgatgaaa caacttccaa 10620
accctctttt tgtaaaatct aacagtgaca cttatgagcc tatggagccc ttatagaagc 10680
actcaaatac ccagttttaa aactggaaac tgtctcaaaa acactttgtg aggtgctttt 10740
ttatgtcaca gaatgaaacg tgtgttttga gttgaacaac acacaagttt ccaacactct 10800
tgaatctaag aagtgacatt ttcaaacttg agcccttata gaaacataca aatatccagt 10860
cctaaaaaca agcaaaggct atctgtgaaa atgctttgtg atatgctgct ttgtgtcatg 10920
gaatggaatc tgtgttttga ttcaagtttg aaacactctg tagaatctaa caagtgatgt 10980
tttgaaccta ttgagtcatt ataagaaaat gcaaatattt agccataaaa atgagaaaca 11040
agctttttgt gaaaatcctt tgtgatgtgt tttctatcac agaattgaac ctttgttttg 11100
ttgaaatagt ttctaaacat acttattgca gaatctatga agttatattt ctgagcattt 11160
gagcccttat aggtacacat gaatatcaga ttctaaaaac tagaaaggag ctatctttga 11220
aaactatttg tgatgtgctg ttttatgtca caaaatgata accatgtttt gattcaaaaa 11280
gtttgaaaca ctctgtagaa tctaagaagt gacatttctg agcctattga gcccttagta 11340
aaaaaacaaa caaaaaacga atatccactc ctaaaaacca gaaaaaagct atctggtaaa 11400
atgctttgtg ttgtgctgtt tcatgtgaca gaatggtgcc tgtgttttga ttaaacaagt 11460
ttgaaacact ttttttttgt agaatataag tagtgatgtt ttagaatgaa ttgagccctt 11520
ataagaaaat gcaaatattt aaccataaaa ataagaaaca aacaacctgt gaaatcactt 11580
tgtgatatcc tttttttatg tcacagaatg gtacctgtgt tttgatttaa caaatttgaa 11640
acacactttt tgtagaatct gagatgtgac atttacaaac caatcttaag ccagttagat 11700
actctgatga gccagctgtg tgtgtatgtg tgtatgtgtg tgtgatcttt gattattaaa 11760
actgaaaaaa taatcgtata ttcatgacta gtagacacag tgttttaaaa ctgattctga 11820
aagatttgag ggttaggctt gttttaaaaa caattgcata ggtcctggaa acaccaagaa 11880
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aaataatatg cagaattttt tctgtgtcct aaccttttat ataattggtt ctacagtgta 12000
catcactgtg tgcaactttg ttttgtgtgc tcagacttac attttccagt tttctccact 12060
ttgatacaat tggtctgtgt ttcatacatt ttgtattttc tatagcgttc ctttatatga 12120
ctctaccaca ttttattgag tctcctcatg ctgacaggta agtagatgaa ttaataaatg 12180
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ttatggggat agcacaggat tagtcagcct catggtatta ttgatctgcc ttattccaca 12660
aatatttacc aagcacctgc tacatgcaat ttgtatacta ggtgctgggg atacaggaga 12720
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taaaatccct taagcacact cagatttgcg tgattttaca atgatgtctg ttcccaaagc 12960
atcctcactt ctcttggagc tgagggtgaa gagctcctct ttcttcccat ccgtgatctt 13020
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ttatttcctc cctggggcct ccctccagtg aatatctctt ctagcattgt cagttgtatc 13140
caacagaaaa gcagagatct ctccattggt ccaaaaacct aagatggact ctcactgcta 13200
aacttctcaa atgaaaattc ctccacttta gtcctgatta ccactcaaac actgttagac 13260
tgggcaggtc actacccctg cctagttctg tttccccatc tacataacag agaaataatt 13320
gcgccttatc tatcctacag aagtgtgaag aggtttgatg tgacagcagt gaaagcaatt 13380
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atatctgtat tcatacgatc tcaaagtact tacccaagca tggattctaa ctcttgtgta 13500
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cctgcatctc accatataca ggaattaact caagatgaat caaagtttta aatgcaagac 13620
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ccaaaaggaa aagttaagct gaaagctgag tcatgcaaga aactgccttt cttttttttt 14280
cctgagcaga cagctactga taaatagtta aatttctcca caggtagcta ctctatgttc 14340
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agaggaatta tttaccgtta agtagggaag aaagtacaaa caatagccat ctaagcccag 28740
cagagggagc tgtggatctt ctcagaggtg agcaaggccg gaaatgaact cccggggctc 28800
tcatttatgg ctcctgggtc catactcact ggcccgaatt ggggtttaga gcaggtgctt 28860
tctcccaaag ggcaaactca gagttcccag cagcccatcc tccctgacag agcggctgct 28920
gcctggctga gcactcagaa cttagggagc cggtggtttt ggtagaggcc ccatgtttgc 28980
ataatgtcct aaccaaacac acatctaccc ggggaggtga cgaggagtta gaggaactgt 29040
cccagggtcc agaagtagcc gggggttctg gggatccttg gaaagtccac accatagctt 29100
ggatgtctat cctcccctct ctccctcctc actgcccagg ttcatgtaga tttcaaagac 29160
aggactttgg agggatctgt ctgctgtgat tcctcacaca taacatgtat ctgttttagt 29220
ttcttggttc agttctcagg ctgtggtgac tcaggagccc tcactgactg tgtcctaaag 29280
agagagactt attctcatgt gtggcttcag caccacagca ctgaattcag cagaagcctg 29340
gtcaagtcct caggacattg atgtgtaaca cagataacaa acacccctgg atgcccactt 29400
gattctctgg ctccctcctg ggggaaagct gccctgaccc ctcaaggggc ccagcctgag 29460
gatgaggctg agtatactgt gggctacacc acagtggtcc ttagcacagt gagagaccca 29520
gatggggaag caggacatga acgagctttt ggctgatccg gggtacaaac atgaacgtag 29580
gatatcagga tcacgtggcc agacacctga gctctcaagg acacctaaat tttaactatc 29640
cgtagagaga aaggtgggtg gaggggtgta aattgattcc tgtatctgtt tgaattttaa 29700
agtggaaaat atttgtgaat catttgggag atgcagattc ccaaaaagaa gaatttatgt 29760
ttatattcca aacagaacag taatagtgag atcaactcta aagactaagg tcaaacacac 29820
ttcatccaga aagatggatc tcaaaagatt ttgttgttgt tttgcctatt aaaagctaag 29880
agaggaaatt atattaataa agtttatttc atgttctatg ttaatagtgt gtatttcata 29940
gctttttaag cattaaaaat tataaaagtg ttaagaggga ttctcttctc taatgttata 30000
taagaaagta tccacctagg aaaatatttt gaaggtctaa cccccagtac ttctaaatgt 30060
gaccttattt ttaaaatagt gttattgctt atgtaattct taggatgaag ccatcctaga 30120
gcgaggtggc ctcttgatcc aatgtgcctg gtgtccttat aagatgatgg tagtaaggag 30180
attggaagac acagagagaa tgccgtgtga cgacgaaggc agagattgaa tttacacagc 30240
tgcaagataa ggagcactaa agattgctgg caaaccacca gcagccagaa agagggaagg 30300
aaggatctcc cctcaggtat atatggaaac attgcccttt ctatgaattt tgggaggcta 30360
gcctccagaa ctgtgagaca atacatttgt gttatcttaa ccaaacttgt gtttaataca 30420
ttctgacagc agttctagga aaccaataca ccagacaata aattacacaa tacttctgaa 30480
attgattgta cttctttcat tttggcaacc agtttttcca tgaatatgat tatatctgtg 30540
ctcatatttc taactttata aatatgcttg taatttaagg ttaagataag aaatccttgt 30600
gtcttaaaaa tccctaaata tatgagaact gaataataat attaacatta tgagatctaa 30660
tggaaaattg tagcttttac ataattccac ttgttcacta gtatcaagat gtgaaggtgg 30720
gaagatcacc ttgttattaa caaaacactc ctggtcatct ctgtggattt gagagtgcag 30780
ggggagacac ctacatattg tttgggaagt cacaaatgca gcatgcccag agcatcatgt 30840
acaacagtgt gagtttgctg gacatgtggg caggacgcag aacagactgg ggcatgagga 30900
accacctatc accaaaccca ccagcgcctt cctccctgga tcagcccaga gctgctcaga 30960
cttgaatgtg cacatggatc atgtgggatc ctggataatg tggattctga tcagtgggtc 31020
tggactgtgg actgaaattc tgcgtttcta gaaggcccct tcttccaaag atccacatac 31080
atgttttaat attaccatat tcataagaat ggtgggaaat aagggaagcc actttcagac 31140
agaaaccaaa tagaaattta tctgagaggg agctaaagga ttatgatcaa agagaaatcc 31200
ccaattccag gcagggagct gatcacagag ggcagatggg aagttgggag aggttctatt 31260
tttttttttt taagaaatag aaatgaatgc aaacacaact caaacctcct cttgatccaa 31320
catccctgct ggctcctgcc caatttctgc actggcttct tctccagtct tttcccaagc 31380
atggaccctc ctcaccctct ctgcttcccc atctcaaact cacaacttcc cttctcagtt 31440
ctcctgtttc tctccctttc attccacttc cttcttctct gtgacctcct tagacaatca 31500
ccaaaatatt tctagaagaa aagccatggg tatttttcat cttttcttga aagttgtcac 31560
tcacattccc tcttcgttct tcagcctctc ttacccctta ctacaaaaga tgcctgaggc 31620
cactgtttct cttttccatc ccctcaaata gcttctcctt ccaacccgtt tctctcctca 31680
gttactagag cattcagtga agcactcagt caggttaaag gatcctccca aatgctcacc 31740
ctgctctcta tgtgtgatct cctgaagaat caagtaggga gagaaacatg gcttcatgag 31800
tttgtgggga agtgggtgca tggctgaact gtccttgttc tcagcaaatg tactttattt 31860
catgcacagt ttgtatatga gacaaccttc tcctgcggac tccttataaa atgggaagaa 31920
ttatgtgttg tgttttcaca gaggaagccc aaatattcca tgctcatggg taggaagaat 31980
caatatcatg aaaatggcca tactgcccaa ggtaatttat agattcaatg ccatccccat 32040
caagctacca atgactttct tcacagaatt ggaaaaaact attttaaagt tcatatggaa 32100
ccaaaaaaga gcccgcatcg ccaagtcaat cctaagccaa aagaacaaag ctggaggcat 32160
cacactacct gacttcaaac tatactacaa ggctacagta accaaaacag tatggtactg 32220
gtaccaaaac 32230
<210> 75
<211> 117
<212> PRT
<213> 智人
<400> 75
Met Ala Trp Ala Pro Leu Leu Leu Thr Leu Leu Ala His Cys Thr Gly
1 5 10 15
Ser Trp Ala Asn Phe Met Leu Thr Gln Pro His Ser Val Ser Glu Ser
20 25 30
Pro Gly Lys Thr Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Gly Ser Ile
35 40 45
Ala Ser Asn Tyr Val Gln Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Ser Ala Pro
50 55 60
Thr Thr Val Ile Tyr Glu Asp Asn Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp
65 70 75 80
Arg Phe Ser Gly Ser Ile Asp Ser Ser Ser Asn Ser Ala Ser Leu Thr
85 90 95
Ile Ser Gly Leu Lys Thr Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser
100 105 110
Tyr Asp Ser Ser Asn
115
<210> 76
<211> 32230
<212> DNA
<213> 智人
<400> 76
gaattcactc atcaccaagg ggaagatgct caatcattca tgagggatct gcccccttga 60
tctaatcacc tcctagtggc cccacttcca acactgggaa tcatattaca acatgagatt 120
tggaggggac aaatatataa accatatcct tccacccctg gtcccccaaa tctcatgtcc 180
ttctcatgtt gcaaaataca atcatgcctt ctcaacagtc ccccaaagtc ttacctcatt 240
ccagaatcaa caaaaaattc ccaagtccca agtctcatct gaagatgagt cccttccacc 300
tatcagccta ggaaatcaaa gacaaattga ctcccaaaat acaatgagag tgcagacatt 360
gggtaaacat tcccattcca caagggagaa gttggcaaaa agaaaggatc tacatgcccc 420
atacacgtca gaaatccagc agggcagtta ttaaatctta aagctccaag gtaatctcct 480
ttgacttcat gtcccatatc cagggcacac tggtgcaggg ggtgggctcc caaagccttg 540
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tggggtctgg aggacagtgg cccccttccc acagctccac taggcagtgc cctggtgggg 720
acattatatg ggggttcaac cccacattct ctttggcact gctctagtag aggttctctg 780
tgagggctcc atgctggcag gaggcttctc tctgggcacc tagggtttct catacatttc 840
tgaaatctag agtgaagatg ccaagcctcc ttcactcttg cattctgggg gcctacaggc 900
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gcagtgtccc aaggctgcac aggcagcagt ggccatgggc atggcccaca aaaccatcct 1080
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ttcaaggcct ttttcccttt gttctggata tgagcactta gctccctttt agttatgcta 1200
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aaaaggtgcc agactcttgg ataaatctct cctgaatcag gaagagacct ggaaagggaa 1800
aaagattctc aacagaatat acatttcctc cacaagagac ggctttgcag ggcccttcca 1860
aaatgtgtca gagaaatata ttctggcata aaatacttta atttccttcc atgcctgcca 1920
cctgtcatgt gatgctatac cagaatcagg ttgggatttg atatcttatt gctacaaaga 1980
gtctgctttg tcagtcttaa gctccctgtt ttaatgttaa cactggtcag ctgagcctaa 2040
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cctgaactgg ttttccaggt ttctttggaa tccccttgga ttagcatttt attttgtcgt 2160
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gcattttggt gacaaccatt taatagtctc taagaaattc caaactttcc ctcatcttcc 2520
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ctgcttccac attttcaggt atccttatag caatgttcca ctcctcaata ccaatgttct 2640
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caatcacggc agaaggcgaa gggggagcag gcatgtcaca tggcaagagg gagcaagaga 2880
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gaactcactc atcacctggg agatggtgct aggccattca tgaggggtcc agccccatga 3000
tctaatcacc tcccaccagg cccacctcca acactgggaa tcacatctca acatgaaatt 3060
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ccctggagca ctcagagaca gccaccaaca ccttgatctc agattcctga ctcccagaac 3180
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acctttctga gagcagcctc ttagcctcag ctggtattgg cctttggtca ccccacatgc 4020
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gccttatctc tgtgcaccaa gaaaactatc tgcacatctg tagtaaaatg tgaaggtacc 4260
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tgttttgtat gcttataata ttttccataa tagatcattt taatgatgaa ctctgagtct 4380
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tgtaaactac acttgagtaa atatgacttt taaaacttta aaaagttggg ggatggttca 4620
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gcgcttgcct ccagcgtccc aacagcctcc tgaccccctg ggctgctcta aaccctcagg 4740
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cgtcctcccg cccacaccag ccacacgcag acgtcaaagc agcactgtcc tcgcacgcac 4860
tgctcccacc caccctggca cggccattcc aggcctgggg caggaaggca gatgctcccc 4920
ctgcccccag acacaagcat tcctgcacac acccccagca cacacacgca ctcccatgcg 4980
cacactgaca cacacaggtg tgtgcagctg agacacagcc cgttcccagg aagcccagcc 5040
cccatcactg agggaaaggg gcagcaccgt agggccacag gagtggcagc tggacacaga 5100
gccaggagct ggtgaaggcc caggccactg aggcgggctg ccggcatggc tgggcgtgaa 5160
ggccagaaga gggcaggagg ggctgggggc actatgccta ttgggcctag gtgggcacac 5220
gccgggcagg agaggaacag cccagcccct cagacaggaa ggggtggggg caggggccat 5280
ttgtggaggc cagggcaggg ccagcacccc aaggaaaagc agagcagggt gagaacggac 5340
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caggtacatg ggaggggcaa gtggagcccc aggcacaccc acacagtgca cacggcctca 5640
cctgggccgg agggggcagg aggctcgcca ccccgctgtg gtttctctcc taatctcacc 5700
ctgggtttct ctcacacttg atgcagatga tgtttctctg acattgtgga ctaagagttg 5760
gtgctggaag gggttagcca tcttggagat gttgctatgg gatgcaggga ttttgcgtgt 5820
gagaaggaca tgattatggg gggaacggag ggcaaactgt catgggttaa aatgtgtccc 5880
ctataaattc atgtgttgaa gtcctaaccc ccaggaccgc agaatgtgac cttgtctgga 5940
aacagtcttt gcagctgcaa tcaagttcag atgaggtcac cctggagtag ggcaagcctc 6000
tgatccaata tgactgctgt cctcatgaaa agggggaatc tgggcacaga cagcacgtgg 6060
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caaagcccag cagcaaggag agagcctggg acagagtctc ccatgacaca gaggagccag 6180
ccccaccgag gcctccatcc cagatgcccg gcctccagaa ccaggacgga ataaacgtct 6240
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cccagcctgg gaggttgagc ccattatgag ctccatgggg tgaagctgga acgagaggct 6480
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tttcccttca aagtgcccat tctggacgct tcccgttcca tgctggacgc ttcctcttcc 6720
acgctggatg cttcctgttc cacgctggat gcttcctgtt ccacgctgga tgtttcctgt 6780
tacactctgg atgcttcctg ttccacactg gatgcttcct gttccatcct ggatgcttcc 6840
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tcctgttcca tgctggatgc ttcctgttcc atgctggaca tttcctgttc cactctgcat 6960
gcttcctgtt ccactctgga tgcttcctgt tccacactgg acgcttcctg ctccacgctg 7020
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tttggtctgc ccagtccctc tggcctcata ccatcccccc ttacctccca cttccacgtt 8160
cgtccttcct cagctcctcc ctctctctag agcttcggcc tggcaaggtc cctcctgatc 8220
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ccttcccctc acctgcacca caggctctgg ccaactctgc ccaggctctg aatgggcccc 8520
tctggctccc ctctgctgct acactgccct gcaccacctc cactcagctt cagtgtgttc 8580
atccacctgt cccacgtccc ctcggccccc aggagcacag ctggtggccc tggctcctgg 8640
cagcccatct tgttccttct ggagcaccag cctcagaagc cttcctgtgc agggtccact 8700
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cgggagcaga gcagggaggg tgagtgtggc agcaggacag gagggtggaa gccaaggagc 9960
ccagaggcag aggcagggac aggggaggca caggggctag gctcagagcc acctgatggc 10020
gctggggcac ctgctggcgg ggagcagggc tgtggtcagc agcggagtgg aggggagagc 10080
tgtgctgagt gcacagatgg gaggagggaa gagtccaggg aggcccagaa aggcccagag 10140
tgcagcaggc ctggggcgag gggaggggtg aggctccgtg cgttcaggga gctgacccag 10200
cagagcagag gccactgagg agctgaggtt ctggagaggc ttccagagca ggagcagtgc 10260
agggacggga ggatctggga gctcacccag gaggggcaca tgggcaaggg caaggggctc 10320
tgttggggag acctgactgg acactggggc tgctccacag catagggaac aagccaagtg 10380
ctgcaaaaac aaaaatgagg ccagaaaaac agcccaaacc tggacagagg gtgccaggac 10440
aggcaggggg gcaacagtga cctgagtgac attgctgccc gggttgaggg agggcagagt 10500
gagcaggggg caggcattgg agttcagggt accaggaccg agcagccaca ggtgagcagg 10560
gcaggtgggg gcagaaggag cagggggcac ctcctggagc tcagcagacc agggcagagc 10620
aactgaaggt gaacaagggc aggtgggagg caggatgagc agggggaaga ccctggagct 10680
caggggacca gggcagagca gcctcaggtg cctcaggtga gcaggggctg gtgggtggca 10740
ggacgagtag gggacagctc ctggagctca ggggaccagg acagagcatc aagagctgag 10800
catggctagt gggaggtggg cgaacagggt gcagcccctg gaactcggga ccagggcaga 10860
gcagcggcag gtgagcacgg gctggtggga ggcaggagga acagggggca gctctgggac 10920
ttcaggggac caggggaggg catctgaagg tgaacagggg ctggtggggg caggaagagc 10980
agggggaagc ccctggagct caggggacca gggcagagca gccacaggtg agcaggggct 11040
ggtaggaagc aggaggagca ggggacagcc cctggagctc agagcaccag ggcagagcac 11100
cctcaggtaa gcaggggcag gtaggaggca ggacgagcag gggacagccc ctggagctca 11160
ggggacagag gagagcatca gaaggtgagc aggactgagg cttagcctca gggaatcaga 11220
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agagctcagg gcaaggcaac cacaggtgag cagggccggt gggaggcatc actcagctcc 11340
tagattttgg caggagctgg gtagttgctg gcagcagaca gctgagggct ggtgaaagtg 11400
cagtgcagcc tcctggtgcc aggaagggag tgtgagccca tcccactgag cagttggcaa 11460
gggtgagctg ggatggagaa gggaaggcat tccagggctc ggggctgagc tctcaggcag 11520
gggcaggtgt ggctgcaggg ggaatgtgtg cttgagacca ggagggtccc agggctggcc 11580
ccagcggacc ctaggcagga aggcctctga ggctggcgcc ccagaaggag caagatgggc 11640
tgccaggagc cagggccacc agcacaatga agctgagtgg aggtggtgca gggcagtgta 11700
gcagcagagg gctgccagag gggcccattc agggcctggg cagagtcagc cagagcctgt 11760
ggtgcaggtg aggggaaggg gtggtgagcg gggccctggg gctgagcaga ggggatggcc 11820
tggctgaggg cagggcactt agcctcctca gaggtcaggg gcacacccca cctgcagtgg 11880
gactccaggg ccactgggcc agcggcagag agaaatgggg cctccctgtg gcctgggggt 11940
cctggcacca cgcagggtgg ggagggccaa gggcaggtgc aaggctccta cctgtgctgg 12000
ggggcctggg ttgagcccag cagggacctt gccgggggaa gctctggaga gagggaggag 12060
gtgggctggt ggccgagaag gccaggccag ggctgggagg gtgaggttgt ggtgactgag 12120
cctccagaag taatgcagga cactgggagg cagggggcat ccaggcactc agggccctga 12180
cctgggctgc tgcacactgg ggctaagggg aaaggagggg agaggctgag gaggaggctc 12240
caggaggcta ttccaaggca gggggttccg gggccctggg gctgaagggc gccgacccta 12300
tgcagtgtct ggcccctctg ctgcacagaa gaaaagggcc ttggagggca gagggcaggc 12360
tatgaccagg gccctgggca agtcaggccc actcactagc ggagggccac gctggggcgg 12420
cagggtcagg agcttcaggg gactcggggg acccacgaga agccatctga gaacagtgtc 12480
cactggtcaa gccaggcacc cataaaaggc tggagtgggg ccaatgggca tgagccgtcc 12540
ctgaggtggc accgatggcc agagctgagg ccaagctaga ggccctggac tgtgctgact 12600
cccggcaggc acagagcgct gacctggctg ccgagccccg cctcctaggc tgcaggggtg 12660
cctgcagaag ggcaccacag ggccaccggt cctgcaagct ttctggggca ggccgggcct 12720
gactttggct ttggggcagg gagggggcta aggtgacgca ggtggcgcca gccaggtgca 12780
cacccaatgc ccgtgagccc agacactgga ccctgcctgg accctcgcag atagacaaga 12840
accgaggggc ctctgcgccc tgggcccagc tctgtcccac accgcggtca catggcacca 12900
cctctcttgc agcctccacc aagggcccat cggtcttccc cctggcgccc tgctccagga 12960
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tgacggtgtc gtggaactca ggcgctctga ccagcggcgt gcacaccttc ccggctgtcc 13080
tacagtcctc aggactctac tccctcagca gcgtggtgac cgtgccctcc agcaacttcg 13140
gcacccagac ctacacctgc aacgtagatc acaagcccag caacaccaag gtggacaaga 13200
cagttggtga gaggccagct cagggaggga gggtgtctgc tggaagccag gctcagccct 13260
cctgcctgga cgcaccccgg ctgtgcagcc ccagcccagg gcagcaaggc aggccccatc 13320
tgtctcctca cccggaggcc tctgcccgcc ccactcatgc tcagggagag ggtcttctgg 13380
ctttttccac caggctccag gcaggcacag gctgggtgcc cctaccccag gcccttcaca 13440
cacaggggca ggtgcttggc tcagacctgc caaaagccat atccgggagg accctgcccc 13500
tgacctaagc cgaccccaaa ggccaaactg tccactccct cagctcggac accttctctc 13560
ctcccagatc cgagtaactc ccaatcttct ctctgcagag cgcaaatgtt gtgtcgagtg 13620
cccaccgtgc ccaggtaagc cagcccaggc ctcgccctcc agctcaaggc gggacaggtg 13680
ccctagagta gcctgcatcc agggacagac cccagctggg tgctgacacg tccacctcca 13740
tctcttcctc agcaccacct gtggcaggac cgtcagtctt cctcttcccc ccaaaaccca 13800
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tcccagcccc catcgagaaa accatctcca aaaccaaagg tgggacccgc ggggtatgag 14100
ggccacatgg acagaggccg gctcggccca ccctctgccc tgggagtgac cgctgtgcca 14160
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cccgggcacc cagcatggaa ataaagcacc cagcgctgcc ctgggcccct gcgagactgt 14640
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cgggttccac tgtccccaca ctggcccagg ctgtgcaggt gtgcctgggc cgcctagggt 14760
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tagggctggg tgtctggctg agtcccgggg ccaaagctgg tgcccagggc aggcagctgt 15660
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acgggctgtg gaccaccatc accatcttca tcacactctt cctgctaagc gtgtgctaca 15900
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catgctgtcc ccacctgtcc cggacactct cctccgcgct gtcttgacct gtgcccaaca 16080
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cacactttcc tccatgctgt cctcacctgt ccccaacact ctcccccact gtctccacct 16440
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ccacatactg ttggtgacct ggctctgttc tccaagttca agcctcagag caggcagtgg 16560
tgaggccgtg gcacctgggt ggcctgaggg gtgggcgggc cttgggggca gggctgtggc 16620
ctcgctcacc cctgtgctgt gccttgccta caggtgaagt ggatcttctc ctcagtggtg 16680
gacctgaagc agaccatcgt ccccgactac aggaacatga tcaggcaggg ggcctagggc 16740
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agccatcacc caggccacac ctgcccccga cctcaccgcc ctcaacccca tggctctctg 16860
gcctcgcagt cgccctctga ccctgacacg ccccccttcc agaccctgtg catagcaggt 16920
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gaactcgacc cgcagggaca gccagcccca gagtccgcac tggggagaga aggggccagg 17460
cccaggacac tgccacctac cacccactcc agtccaccga gatcactcgg agaagagcct 17520
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ttcttttaaa ttttctaaag ctcattaatt gtctttgatg tttcttttgt gatgacaata 18120
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ccctgtcgct acatggaccc ccggggtttc tcctcttttc tacatggatg cagtttctcc 18360
tcctgctggg cacggtgctg cctgccctgg tcactctgcg ggggacaggg cctccaggga 18420
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tctcttctta taagaacaca catcggatta gattagtgac cccctatgaa cttaatgacc 18780
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gagaacttga atttctacca actcaaagag cttttgcatt gctatcaatt atgtacaact 23700
tagagcagtg gtccccaaca tttttggcac caggaaccag ttccatggaa gacaattttt 23760
ccacagacca ggatcggggg atggcttggg gacaaagctg ttccacctca gatcattagg 23820
cattagggtg tcataaggag tgtgcaactt agatcccggg aatgtgcggc tcgcaatagg 23880
gttcgctcct gtgagaatct aatgctgcca ctgatctgac aggaggtgga gctcgggcag 23940
gaatgctcac acacccctca cctcctgctc tgtggcccag ttcctaacag gccatgaacc 24000
ggttccagtg catgacccag ggattgggga cccctggctt atagaggtgt aaaatagttc 24060
aaaggaaata aaagatgcag agctccacag aatgaaataa cctggaagag tgtacaagac 24120
gatgccttgc tttccatgga aggcacctac taatttttct caatgtttcc tataaacata 24180
tataactgac tgacagaaac agatccataa tataaagaag acccctgtaa accaatgaga 24240
aaaaaaatca aataatccaa cgaggaatag gcaagagaat tgaacagatg ttttacagaa 24300
gatatccaaa tagccactaa acatatgaaa aggtgttgaa ccacactagt caacagggaa 24360
atgaaaatga aaaaccacat gagagaaagt agttctgatt ccagtaatgc tagagcagct 24420
aatatcagac tagccctttg gcagatggca attataaaca ctggaaacac tgtaagcaca 24480
cacaacaccc acacacacca attgcaggca ctggaacatg accagaagta ggcaaacact 24540
agtaaggatt attccgtgaa atattcgtct gaagtcacac cccagtgcat gtaatgggtg 24600
cagctagagt ttaagcagga aactgcagcc ctcctggtga ggagtgggat gcagggctgc 24660
attttcagag cagctggaaa tgaagagaag atgtccataa aggagaagct caccgaaggg 24720
aaaccacaca atctgcaagt aaactccact gaaacctctg gccgatccct taggtgtgca 24780
tgggtaggga aaactccaaa gggcccagca gaaagcaaca cctgtaagtc gagagaactg 24840
agattccagc tactgccaac tgccaggcag acagacttgg gagtttgagt caactcaagc 24900
taactgctaa cattgaaaaa aacaattaat gctctgctaa gaaagaatgc aaaccccata 24960
gcctgtacgc atgttatcaa catcaggtgc acatccaaaa ttaccatgga tgcaaagaaa 25020
catgaaaatg tgatccatag tcagaagaaa aagggatcaa tggagatcaa ctccaagatg 25080
acctagatgc agatacagtt atcagacaag gactttaaag aagttatgtt aaacatgttc 25140
aaagacttaa aggaaaatac tattataatg agtgactaga tggggaatct ctataagaga 25200
cggaaaatat ttacaagaac caaatgaaaa ttctagaact gaaagtatga ttctgaaatg 25260
aaaaacatca tttttcagag cagggtgaga atggacatgg gactcagagc tgagcaggcc 25320
tggtgggccc caggagggag acacagagga ctgggggatt tcaaggctgg cagaggccag 25380
agatggatcc ccagctggga ctggacctgg gcttatggga gcaacaggtg acccatcctc 25440
cttcctgggg gcccaccctg cccggcccct ccagcccagc acaggcattg gatagaaccg 25500
ggagagagca ggccaggcac tgaggcctct gccccaaatg cccacagcct ggggaaaatg 25560
agcagataga tgggggggca agtggatccc caggcacacc cacacagtgc acacagcccc 25620
acctgggcca gagggggcag gaggctcgcc acccctgctg tggtttctcc cacacttgat 25680
gcaggtgata ttcctctgag attgtggact aagagttggt gctggaaggg gttagccatc 25740
ttggagatgt tgctatgggg tgcagggatt ttgcatgtga gaaggacatg attatggggg 25800
gagcggaggg caaactgttg tgggttaaaa tgtgtcccct ataaattcat gtgttgaagt 25860
cctaaccccc aggaccacag aatgtgacct tgtttggaaa cagtctttgc aactgcaatc 25920
aagttcagat gaggtcaccc tggagtaggg caagcctctg atccaatatg actgctgtcc 25980
tcatgaaaag ggggaatctg ggtacagaca gcacgtgggg agaacaccct gtgaagatgg 26040
tgctgcttcc ataagccaag agcagcagag acggccggca aagcccagca gcaaggagag 26100
agcctgggac agagtctccc atgacacaga ggtgccagcc ccgccgaggc ctccatccca 26160
gatgcccggc ctccagaacc aggacggaat aaacgtctgt tgtttaagcc acgcagtctg 26220
gggtgctgtg ttgccagggc cacagttaac ggatacgagt gttgtcctga gctgccagcc 26280
ccacaggctg cacgaggcct ccctgcccca gcccagtgca gactccccag ccccctgggt 26340
gtgccatggg cagtgcgggg cccctcactg catcctcccc cagcctggga ggttgagccc 26400
attatgagct ccatggggtg aagccggagc cagaagctgg gagccgactg ggagcctgcg 26460
gctggaggat ggatttcccc agggacccac acgtgcacct ccacctgtct cctggacatt 26520
ctctctgagg gcagggctgg tgtcagctca gggatccagc agggacacaa gggtgggccg 26580
ggtccttgtg gagagcacat ttagtgggag ggacatgatt tcccttcaaa gtgcccattc 26640
tggatgcttc ctggtccacg ctggacactt cctgttccac gctggacgct tcctgttcca 26700
cgctggacgc ttcctgttcc acgcttgatg tttcctgttc catgctggat gcttcctgtt 26760
ccatgctgga catttcctgt tccactctgg atgctccctg ttccattctg gatgcttcct 26820
gttccatgct ggacatttcc tgttccactc tgcatgcttc ctgttccact ctggatgctt 26880
cctgtgcgaa acctcctcgg gcttttggtc tgcccagtcc ctctggctgc atctcgtccc 26940
ccgctacctc ccacctccac atccgtcctt gcccagctcc tctctctctc cagagtttcc 27000
acctggcaag gtccctgatg agctcagtcc aggctccccc agcacaggta ggagcctagc 27060
acctgccctt ggacctcccc accctgcatg atgccagcat ccccaggccc cagggaggcc 27120
ccatttctct ctctactgct ggcccagtgg ccctggagtc ccactgcaac tcgggtgtgc 27180
ccctgacctc tgaggaagtt aagtgtcctg tccctagcca ggctatcccc tctgctcagc 27240
cccagggccc tgccccttac cccttcccct cacctgcacg ataggctctg gccaactctg 27300
cccaggccct gaatgggccc ctctggctcc cctctgctgc tacactgccc tgcaccacct 27360
ccactcagct tcagtgtgtt catccacctg tcccaagtcc cctcggcccc caggagcaca 27420
gctggtggcc ctggttcctg gcagcccatc ttgttccttc tggagcacca gcctcagagg 27480
ccttcctgtg cagggtccac tcggccagcc ctgggaccct cctggtctca agcacacgtt 27540
ctccctgcag ccagacctgc ccctgcctgt gagctcagac ctgagccttg gaacgtcttc 27600
ccttctccat cccagctcgc ctttgccagc tgctcagtgg gatgaactca cactcccctc 27660
cctccaccat gagtgagagt cagctggaga gatgcccagg ccaaagcagc caccagggcc 27720
cagtgggggg ccagaagctt caggtgagag gcccaggtat tgagaggctg agaccatggg 27780
cagaatggtc ataatcgctg ccagtctcag tccagcccca gggactcaga gacagagaaa 27840
agagcagcac acaaggtccg ggctccccac cttctcccgt gagtatgggg gagtatgggg 27900
gcagccacca cccccatccc cacacaccca tgaggcagcc tcggctctgt gtggactccc 27960
cctcgccctc tgacacagaa accaccagaa gaaaagggaa cttcaggaag taaggggtgc 28020
cgctggtttc aatcctgttc ttagtctttg cagcgtggag ttcacacccc tggggacctg 28080
ggacctgagc tgtgatttcc taggaagaca aatagcggct gacggcgggg gcggggccgc 28140
ccacatgtac ctcgccagaa caggaagggt tgagaccccc acctcggtga gtggggtcag 28200
cacagggcag gggcacaggc tcgggaggag gacagcctgg gcgcagccgt cggcgctcct 28260
agacctgagc tgctgaacag gctgcaagag gctggggaga cgcgggcgcg aggccagccc 28320
cacatggaag cccaagcgga gccagcacgg gggaggtggg cagccttcag gcactgatgc 28380
ccacccagtg cgagacgacg gggaccgtgg gcaggggctt ccaagccaac agggcaggac 28440
acaccagagg ctgactgagg cctccaggac gaccgggctg ggagcacgag gaacatgacg 28500
ggatgcggca gaaccggctg tggggtgatg ccaggatggg cacgaccgac ctgagctcag 28560
gaggcagcag agcgagggag gaggagaggc cccaggtgaa cggaggggct tgtccaggcc 28620
ggcagcatca ccagagccca gggcagggtc agcagagctg gccgtagggc cctcctctca 28680
gccaggacca aggacagcag gtgagccggg agcagagcag cgagggtgag tgtggcagca 28740
ggacagaagg gtggaagcca aggagcccag aggcagaggc agggacaggg gagggacagg 28800
ggctgggctc agagccagct gatggggctg gggcacctgc tggcggggag cagggctgtg 28860
gtcagcagcg gagaggaggg gagagctgtg ctgagtgcac gggcgggagg agggaagagt 28920
ccagggaggc ccagaaaggc ccagagtgca gcaggcctgg ggcgagggga ggggctgagg 28980
cccagcagag cagaggccac tgaggagctg aggttccgga gaggcttcca gagcaggagc 29040
agtgcaggga cgggaggatc cgggagctca tccaggaggg gcacataggc aaggggctct 29100
gttggggaga cctgactgga cactggggct gctccacagc atagggaaca agccaagtgc 29160
tgcaaaaaca aaaatgaggc cagaaaaaca gcccaaacct ggacagaggg tgccaggaca 29220
ggcagggggg caacagtggc ctgagtgaca ttgctgcccc gggttgaggg aggacagagt 29280
gagcaggggg caggcattgg agttcagggt accaggaccg agcagccaca ggtgagcagg 29340
gcaggtgggg gtagaaggag cagggggcag ctcctggaac tcaggggacc agggcagagc 29400
agccacaggc aaacaggaga ggggaggggg ggcaggagga gcagggggca gctcttggag 29460
ctcaggggac cagggcagag acgccgcagg tgagcagggg caggtggggg ggcaggagga 29520
gcagggggca gctcttggag ctcaggggac cagggcagag cagccacagg tgagcagggg 29580
caggtggggg gcagaaggag tagggggcag ctcttggagc tcagaggacc agggcagagc 29640
agccacaggg gaggaggggc aggtgggagg caggatgaac agggggcggc tcctggaact 29700
caggaaacag gggagagcat cagaaggtga gcagggccag tgggaggttg cagagcaggg 29760
gacagctcct ggagctcagg ggaccagggc agagccgccg caggtgagca ggggcaggtg 29820
gggggcagga ggagcagggg gcacctcctg gagctcaggc gaccggggca gagcagcctc 29880
aggtgaaaag ggccggtggg gggcaggagg agcaaggggc agctcctgga ggtcagggga 29940
ccagggcaga gccgccgcag gtcagcaggg ccggtgggag gcaggacgag caggggacag 30000
gcactagagc tcagggcaag gcagccacag gtgagcaggg ctggtgggag gcatcactca 30060
gctcctagac tttggcagga gctgggtagt tgccggcagc agacagctga gagctggtga 30120
aagtgcagtg cagcctcctg gtgccgggaa gggagtgtga gtccatccca ctgagcagtt 30180
ggcaagggcg agctgggatg gagaagggaa ggcattccag ggctcagggc tgggctctca 30240
ggcaggggca ggtgtggctg cagggggaac gtgtgcttga gaccaggagg gtcccagggc 30300
tggccccagc ggaccctggg caggaaggcc tctgaggctg gcgccccaga aggagcaaga 30360
tgggctgcca ggagccagga ccatcagcac aatgaagctg agtggaggtg gtgcagggca 30420
gtgtagcagc agagggctgc cagaggggcc cattcagggc ctgggcagag tcagccagag 30480
cctgtggtgc aggtgagggg aaggggtggt gagcggggcc ctggggccga gcagagggga 30540
tggcctggct gagggcaggg cgcttagcct cctcagaggt caggggcaca ccccacctgc 30600
agtgggactc cagggccact gggccagcgg cagagagaaa tggggcctcc ctgtggcctg 30660
ggggtcctgg caccatgcag ggtggggagg gccaagggca ggtgcaaggc tcctacctgt 30720
gctggggggc ctgggttgag cccagcaggg accttgccgg gggaagctct ggagagaggg 30780
aggaggtggg ctggtggccg agaaggccag gccagggctg ggagggtgag gttgtggtga 30840
ctgagcctcc agaagtaatg caggacactg ggaggcaggg ggcatccagg cactcagggc 30900
cctgacctgg gctgctgcac actggggcta aggggaaagg aggggagagg ctgaggagga 30960
ggctccagga ggctattcca aggcaggggg ttccggggcc ctggggctga agggcgccga 31020
ccctatgcag tgtctggccc ctctgctgca cagaagaaaa gggccttgga gggcagaggg 31080
caggctatga ccagggccct gggcaagtca ggcccactca ctagcggagg gccacgctgg 31140
ggcggcaggg tcaggagctt caggggactc gggggaccca cgagaagcca tctgagaaca 31200
gtgtccactg gtcaagccag gcacccataa aaggctggag tggggccaat gggcatgagc 31260
cgtccctgag gtggcaccga tggccagagc tgaggccaag ctagagacac tggactgtgc 31320
tgactcccgg caggcacaga gcgctgacct ggctgccgag ccccgccccc taggctgcag 31380
gggtgcctgc agaagggcac cacagggcca ccggtcctgc aagctttctg gggcaggccg 31440
ggcctgactt tggctggggg cagggagggg gctaaggtga cgcaggtggc gccagccagg 31500
cgcacaccca atgcccgtga gcccagacac tggaccctgc atggaccatc gcagatagac 31560
aagaaccgag gggcctctgc gccctgggcc cagctctgtc ccacaccgcg gtcacatggc 31620
accacctctc ttgcagcttc caccaagggc ccatcggtct tccccctggc gccctgctcc 31680
aggagcacct ccgagagcac agccgccctg ggctgcctgg tcaaggacta cttccccgaa 31740
ccggtgacgg tgtcgtggaa ctcaggcgcc ctgaccagcg gcgtgcacac cttcccggct 31800
gtcctacagt cctcaggact ctactccctc agcagcgtgg tgaccgtgcc ctccagcagc 31860
ttgggcacga agacctacac ctgcaacgta gatcacaagc ccagcaacac caaggtggac 31920
aagagagttg gtgagaggcc agcacaggga gggagggtgt ctgctggaag ccaggctcag 31980
ccctcctgcc tggacgcacc ccggctgtgc agccccagcc cagggcagca aggcaggccc 32040
catctgtctc ctcacccgga ggcctctgac caccccactc atgctcaggg agagggtctt 32100
ctggattttt ccaccaggct ccgggcagcc acaggctgga tgcccctacc ccaggccctg 32160
cgcatacagg ggcaggtgct gcgctcagac ctgccaagag ccatatccgg gaggaccctg 32220
cccctgacct 32230
<210> 77
<211> 340
<212> PRT
<213> 智人
<400> 77
Ala Ser Pro Thr Ser Pro Lys Val Phe Pro Leu Ser Leu Asp Ser Thr
1 5 10 15
Pro Gln Asp Gly Asn Val Val Val Ala Cys Leu Val Gln Gly Phe Phe
20 25 30
Pro Gln Glu Pro Leu Ser Val Thr Trp Ser Glu Ser Gly Gln Asn Val
35 40 45
Thr Ala Arg Asn Phe Pro Pro Ser Gln Asp Ala Ser Gly Asp Leu Tyr
50 55 60
Thr Thr Ser Ser Gln Leu Thr Leu Pro Ala Thr Gln Cys Pro Asp Gly
65 70 75 80
Lys Ser Val Thr Cys His Val Lys His Tyr Thr Asn Ser Ser Gln Asp
85 90 95
Val Thr Val Pro Cys Arg Val Pro Pro Pro Pro Pro Cys Cys His Pro
100 105 110
Arg Leu Ser Leu His Arg Pro Ala Leu Glu Asp Leu Leu Leu Gly Ser
115 120 125
Glu Ala Asn Leu Thr Cys Thr Leu Thr Gly Leu Arg Asp Ala Ser Gly
130 135 140
Ala Thr Phe Thr Trp Thr Pro Ser Ser Gly Lys Ser Ala Val Gln Gly
145 150 155 160
Pro Pro Glu Arg Asp Leu Cys Gly Cys Tyr Ser Val Ser Ser Val Leu
165 170 175
Pro Gly Cys Ala Gln Pro Trp Asn His Gly Glu Thr Phe Thr Cys Thr
180 185 190
Ala Ala His Pro Glu Leu Lys Thr Pro Leu Thr Ala Asn Ile Thr Lys
195 200 205
Ser Gly Asn Thr Phe Arg Pro Glu Val His Leu Leu Pro Pro Pro Ser
210 215 220
Glu Glu Leu Ala Leu Asn Glu Leu Val Thr Leu Thr Cys Leu Ala Arg
225 230 235 240
Gly Phe Ser Pro Lys Asp Val Leu Val Arg Trp Leu Gln Gly Ser Gln
245 250 255
Glu Leu Pro Arg Glu Lys Tyr Leu Thr Trp Ala Ser Arg Gln Glu Pro
260 265 270
Ser Gln Gly Thr Thr Thr Tyr Ala Val Thr Ser Ile Leu Arg Val Ala
275 280 285
Ala Glu Asp Trp Lys Lys Gly Glu Thr Phe Ser Cys Met Val Gly His
290 295 300
Glu Ala Leu Pro Leu Ala Phe Thr Gln Lys Thr Ile Asp Arg Met Ala
305 310 315 320
Gly Lys Pro Thr His Ile Asn Val Ser Val Val Met Ala Glu Ala Asp
325 330 335
Gly Thr Cys Tyr
340
<210> 78
<211> 427
<212> DNA
<213> 智人
<400> 78
acaacaggca ggcaggggca gcaagatggt gttgcagacc caggtcttca tttctctgtt 60
gctctggatc tctggcgcct acggggacat cgtgatgacc cagtctccag actccctggc 120
tgtgtctctg ggcgagaggg ccaccatcaa ctgcaagtcc agccagagta ttttatacag 180
ctccgacaat aagaactact tagcttggta ccagcagaaa ccaggacagc ctcctaagtt 240
gctcatttac tgggcatcta cccgggaatc cggggtccct gaccgattca gtggcagcgg 300
gtctgggaca gatttcactc tcaccatcag cagcctgcag gctgaagatg tggcagttta 360
ttactgtcaa caatattata atttaccgtg gacgttcggc caagggacca aggtggaaat 420
caaacga 427
<210> 79
<211> 121
<212> PRT
<213> 智人
<400> 79
Met Val Leu Gln Thr Gln Val Phe Ile Ser Leu Leu Leu Trp Ile Ser
1 5 10 15
Gly Ala Tyr Gly Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala
20 25 30
Val Ser Leu Gly Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser
35 40 45
Val Leu Tyr Ser Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln
50 55 60
Lys Pro Gly Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg
65 70 75 80
Glu Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp
85 90 95
Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr
100 105 110
Tyr Cys Gln Gln Tyr Tyr Ser Thr Pro
115 120
<210> 80
<211> 32230
<212> DNA
<213> 智人
<400> 80
gaattcctgt ttctagtagg gacagaaacg gaacccaggc tgttctggcc aatcatgccc 60
tatctcagaa tgttacattt ccagaacatt ctacagttat tccagaaaac tacaatcaag 120
aaagggaagg ggactgggtt gattcaagac aaaatgaaaa ctattctgca aataccatag 180
tgaaatcaca gctcagtaat ctttttgtga ctggcttatt tcatttagcg taatgtcctc 240
tagtttcatc catgttatag catgtgtgag aatttccctt tttaaagcta aataatatgc 300
tattgtatgt atatatcaca tttggattac cagttcactc ctttgtgaac atttgagttg 360
ctctacctgt tggctactat gaataattcg gttctgaatg tgggtataca aatatctcct 420
caagttaatg tcttcaatta cttgggtata tgtccaaaag tggaattgct ggattatata 480
gtatttccat tattaattct tcgaggaatt gccatctggt ttcccacagc aggtgggcca 540
tttacatcac cacgacagtg tccacaggag ttccagttcc ctaagttctc accatgactg 600
gtcattttct gttggaaaaa aaaatcctaa taggtgtgag gtgggttttg tttttatttt 660
tctaaggatt aataatatta agcatctttt cctatgctag ttatctaatt atctctaaag 720
aatattctcc agagaaatgt cgattcatat acttttctcg tttttaatca ggtattttat 780
tttaatgttg acatgtagga cttattttta tgtactagat attattaacc ccttatcaga 840
tatacgattt acaaatattt tcttctattc cacatgttgc attttcactg tgttggttat 900
gtcttttgat gcccatttta catttttatg tagtccaatt tatcttcttt tctacttttg 960
cctgtattat ggtattaaag gtgttagtat tcaaatgtct ataaatactg acttactatg 1020
ctgagaaggt cactctagac catctctctg atggtggagc taagaatttt acactctctc 1080
attttgtacc agggcacagt gcagctaggt gagaacacag tggctttctc gagcttattt 1140
gtcttgcatt tttggcgaca aggattgttg ttcacattgg cctcctctgg caggtccacc 1200
tggaaagcat tatatttagc aagaaaaaag gaggctgtga atgatgtcaa ctgtgtatat 1260
tccctgttgc aagtgtcaaa tccatgaagc ataaaaggat ttactagagg atattaaatt 1320
ccttgcaaag tgttgaaaaa cctgaaggaa taggctccag gcaaagcctc tagaacaatt 1380
ccaagaatgg cactgctggc gcaggctggg gaggagctcc tgctgcctga gactccacat 1440
tcaagctgtc tcctgcagga aagagagcag ctcttctcac tactgccccc tgaaggacag 1500
cagctctgct atcaactact agagacctga cccctttccc tgcagccctg cctgtgttga 1560
ttatatcttc atgtcagact catgtagatt catctgtttt caagggtaca ggggttattt 1620
ctgcccaagt ccacactgtg gctttctatc ataaatacac gtttctacac ttgaatttcc 1680
aggaattact agtatcaaca gcaaaatgct acaacccaac ataaagattt cctttacaaa 1740
gaacatcatg ctccccatgt agcattgtgc tccccaaaat gtggggaaac tccaatctgt 1800
tcatcccaac accatctagg aaaaaatgtt cttctctcat gagccattaa tctgtctact 1860
tattgtttaa tttttggcct aaattgtaaa ggtggctaaa aatagcactt tgaatttttt 1920
taaagaaagg gtatatagaa aatattaaat tatttaaaat acatatatgc atgacacatt 1980
tagttattgt caccagcttc tttcacattt attttattct gtagtttctg gcaatacttt 2040
ctctatggta gagtctggaa atgctactcc tcatgtcctt ggcttcctaa gtcccagatg 2100
tggtgaagaa tgcacatcag ctgtgttact acagaatgct tttggattga gatgggggag 2160
gggacgtgct tgatctcact caaatgtgct caatttcctg gtctgggtca cagccaggca 2220
gcccagtcct atgggcacaa tatcttcact cgccaggttt ctatcaaaat gagagtgtcc 2280
ttcttgactg tggaaaacac ggggcaggga gaggatcaag aaatagcaaa aggagtattt 2340
ggacttgcct gagctgccac tctggtttcc ccaaatgttt tcattccatt tcattcatga 2400
taataaacac ctttctgcct aaccagccat aatcactttt cttagatcca gctgattcag 2460
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tttgctcttg ctttatattg gctacatcta tgtgcccagg acacacccta aagccctgtg 2820
ttgacaactt atccagtatt gtattaagtc taaatggtca catgcttatc atatcatttc 2880
ttccaatttc atggaataat tgtcatgtca actctttgga ttaagaacca tcaaccagat 2940
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gatgagtcta tagctcattt tcaagatata aatattctat ttatgggagt aaaagcacga 3060
atcatggtta gtgtttcaga gcctccacca catctgacag catagcaatt caacagcaca 3120
aggtttgtgt gccagctgtg cctgactaat aatgtttttt tcccctgtct atagggaaat 3180
ctgcacctgt gcacatgaca agagcatgag ctacactttt ttcacttttt ctgaggtaaa 3240
tacattgctt gatccaaaac cgtattatgg aataatttcc tgactctgat gaaagcattt 3300
ggaaaatcct caaataatat ttgtgcagaa atacaaccaa aaagaaaggc aaattcatat 3360
ataggaaaat aaccagtgct ctcctcatgt tacatgaggt ccactagtat cacctgaccc 3420
cagctgttca tctgatccct gatgtgttgt acaatgttag gggttcagga ggggtcattc 3480
ttcttggcaa atgaggtgtt cagaagagcc agtagccctt taagtctcag ttagttgaaa 3540
ttcataattg agtccccaaa gggacctcca taacattggt tcatgagact ccctggtaaa 3600
gctgggaaag gtgactgact gaagtccatg tgttgaatca tcctcattat taaaagcccc 3660
tgctcattaa tagcattttg attaatattc actgggaaag catttttttt ttattttggc 3720
tcatctttga aaagtctagt catagctttt caatcacttt gtctgcaatc gttttgttgc 3780
atttctttga aggcctgatg atctgtcaaa accaacagcc aatattatta cattgccgtt 3840
atgttgggaa aagctgaatg ttgggagaag ctgaggcagg gcttgcatgt ctgacgtaat 3900
gtaaaagagt cttggaacac gtccggggtc cagggtctaa aaccccttgt ggcctttagt 3960
acaccaagct ctgtgctaaa gggtggaagg ctaccctgac gcaccataat ctaagcccag 4020
ggcataaaat cccttgtgac ttggatagaa tccaggactc gtggctctgg agtgtgtcta 4080
cacttgctgg ctcctttctc tttgctctcc aaggatcgat tgtatcttga gttaaaagaa 4140
cctgctctcc attatctcaa gtagtagagc aaatgctaaa ccatcacagg tgtaaatcat 4200
gtgcttaatg caatgcatcc ttttggcctc cacattctta ccacgtgttt ctttgttgga 4260
ttaccaataa atagcatggg atcccagggc tcagggcctt cttagcctcc atacactacg 4320
atggtccctg gtgcccacat ttctctctca aactgtcttt ttctcaatct ttgactccac 4380
cagactttgt cacccccacg acctggtgtt gggtctgatc accccaaaac tgttatcgtt 4440
gcaatgtgat catcagatat aacccttgca gtttactcat tgttatgatt tttacatttg 4500
cagggcttcc ttgacaatgg cactaatgtg acgccatcca gcatccatta ttgtgagaac 4560
tctatttgga atatcaccat tgtgggcatg aacagaatgg agactttcat aggatgcaat 4620
gtttaatatt caacattagt caaaatttgt tctagtccta cccttggagc tccattgagt 4680
tggaaaaata taaataaatt tattttaaat ataatataaa tgtaaatata aacaaattta 4740
aatataatat aaatataata taaatataca taaatttaaa cataatataa atataaatat 4800
aaataaataa ataaacaaaa aaattttctg tagcaagagt aagaactaca tgtggtccag 4860
aataccatta ttttatggaa ggttacaaaa aattttaaat gtatttaatt cagataagaa 4920
ttttataaat atgcatatat tgcatatatg atagaataaa tgtacttaaa tatgaatact 4980
atatatattt gtagccaaca ttttatcaaa aacatatata ttcacttcta tgtatcttat 5040
atacatgtat gcatactttt ccgtaagata aattttaatt ttttattgaa atactaatta 5100
gttttaattt tgtctttaat tttcttttaa taacttcata atttgattac tggatattca 5160
catttaaatc accaatttaa gaaaaaatac atgtgtgtac atataggtag aggtgtaaat 5220
actgtatcag gaagctttta tgcattactg attggtaact ggttaaatac acaactcagt 5280
gactgataac agtaaacatt tgttttcatg ttcacggatg ctcatgttca caatcctctg 5340
actgatcaag gaagggctca gctgagtgga tcctctgaag gacacagacc tcatcttcag 5400
cctatagata tcaattgtct gaggactaag ctgaacacca gtgactacac atgatacaag 5460
attcttgtgg caggtcacag gagtgaacat cccaaaccaa actggacagt tgaatttaag 5520
tccaataatt tctaacatag cttcagatat ttaaaatata ttcctttatt tcagtgagta 5580
caaattttca agaaaatgtt tactccattt aattatagag gtgtttgatc attccatgga 5640
caaataatta tgttttcatc ctttacaatc ttgaaaatat ttgcaaatgt aaatttgcat 5700
taataagaaa ataaagctgg atgtgttttc aacatgtggc tttaaatata attttttaaa 5760
atggcctcat tgggggaaaa tcattttaac ttatatgaat atcctttttt gcctctcttg 5820
tgttctatag agtggcccaa taagaggtcc tcccatgaga tttggaatca ggaaaggatg 5880
gctcaatatt ctccattggt acctaggaca gacacaggga cagagatgag gactggagaa 5940
acacctggaa agatgctgta ggaagctgag agcatcagca cccccacccc taagcttcca 6000
gacaggactg aggaccacat ggttagatag cccatacttc aggggaagat gcattcagtt 6060
ttctgaggga gcaacagaga ttcctgcttc taatatcaac tttcctgact actatatcct 6120
tggctttgaa aggttgtagt gggaaagtta atcgtaggaa ttgggtcatt cttgtcatac 6180
ccaacagagc caagaaacca ggagggaaag acactcaggg tgcaaaatat tgtctgaaga 6240
atgtaattga aataggccct attatcccat ggaactaatg tttatggttt tttgaaggaa 6300
catagaaatt gactcctcca gtcttaaaaa ctcaagatag ttatattttt cttatctgag 6360
gagttctttt gtcaggaaac caaccatcag gcctccagat actatcaaaa ggagctgaaa 6420
cttacatatc actgaatcgg gacagtgaga catcagactc ttcacccatt gtgattgcct 6480
aactgacctc ctgcttcctg ttgaccaaat catcttcctt acccctccct aattcctgtt 6540
ttcccacatt tcttccctga tatatatacc cctcatttta gtagttcagg gagatacatt 6600
tgagaatggt gtcccatctc ctcggctgca gcacctgatt aaagcctgtt ccttggcaat 6660
acttgtctta gtgattgttt ttctgtgtgg tgagcagcag gatctacact gaatccctgg 6720
catttcagta acaaaattct ctgcaagctt cactgccttt ggcttattgt aacctgaaat 6780
caaatttatc cacaacttct gagataactt gatataactg taggattcac tttgtccacc 6840
actgcttccc agtctgagct tgccagctcc caacccttcc tagtgcccat gaactttctc 6900
aaagagccat aggtaacatg ttcccttttt cgtaaaactc taaccttctc tttgttcttc 6960
caacatattg aagaccactg agttttcctg tatgccccat ttggcaaata tttctttgca 7020
cgtaaaacat taaatttaga gattcatctc tacattttat ttagacttca gtagtttaga 7080
ctctaattgt ctgtattaag acaattcctg ctttgaatat ctatagtggc ctcttctctg 7140
ttatataaag tccagctgaa gccataaact agactcttca ggtgtcatga tctctgtctt 7200
tattaaatca ggagaggcat tgctagatct gtgcagttgg ggctgagaaa gagaaaagaa 7260
ttagggtgca gaggtgactc catgtccccc tctaccaaca ccatcagagt gtggctgcat 7320
ctgaggacca ctctcagctg atagaggcat caggaggagc agctggggca gccctgcctc 7380
acacatctgc ttccctgggg gtttatgttc gggtgtgtaa cactgtggga gaataactat 7440
tatactgttg gcagtaataa gttgcaaaat catcaggctg caggctgctg atggtgagag 7500
tgaattctgt cccagatcca ctgccgctga accttgatgg gaccccactt tctaaactag 7560
acgccttata gatcaggagc ttaggggctt tccctggttt ctgctgatac caggccaacc 7620
agctactaat actctgactg gcccggcaag tgatggtgac tctgtctcct acagatgcag 7680
acagggtgga aggagactgg gtcatctgga tgtcacattt ggcacctgag attggaaata 7740
gaaacacaaa tattcatact attgatcata ttataggaag acttccctga ataaccaggc 7800
agtactgagc acactgggct gagtaaattc ctagtgttct ccttccttac ctgggagcca 7860
gagcagcagg agccccagga gctgagcggg gaccctcatg tccatgctgt gtcctgactg 7920
ggtctgactc ctgcacaaag tgtgaccagc ctattaataa ggcttcaggg caggaggttg 7980
tgctctggga acatgcaaat gagcagggga tggggcaggc tgggcacagc tgcagagctg 8040
gctcatctca gtaactcagc accagctcag tgtccccagg tgtcccaggt aagaccaggg 8100
tagcacaaat ttgtctgcag agaatgtgtt tctactgggg actattttat tatgagaaac 8160
aatttttagg tatttttttg agaattttaa atattcctca ggagccgata gagtaatgta 8220
tttcattggt gtatcaggat tatttaggag aatattcttg tttgtaggaa acacatagta 8280
aaatgttaga tggtaggatt ctcaagtctt caaaagactc tcataagatt ccgggtaggg 8340
aagggggtaa ttgtgctata cctgcaacat ttctgtgagt ttaacattgt tcctttctaa 8400
aaaaaattaa aaataaaatg tatcggcatg atgctatata tttgtaagta ttaggtaatg 8460
gtgttatgcc tttgttctta ctagtattag atcaagcaat ttattacaga tatacaaaga 8520
tgataccgtg ttgtctccat gcatgcagca ctcacagatc caccactatc aagaactgca 8580
ggtctcttta atacccagag actaaatgag gtgcacctta ttcttgtttt gggtaccttc 8640
atagtctacc ttcttttctg ccattgggta ttatttccca aagttcatct gtcttagtga 8700
gggtggccac tgcacggagc atgtccctgc catgcaccat caatgacact ttcttcttat 8760
actttttatc agtgcatggg gacatcatcc tgacccagac accagcctcc ctgttaacac 8820
ctttaggaaa aacatactca atctcttatc aagcaattgt ctatgtacat ggagaaatca 8880
gttggatcca gatgaaactg gacatggatt tgcattcatt atatctcata tctctaatgt 8940
accctgaacg tcccagcctg actcagtagc aggggaagtg gatgtaacca catcagcatc 9000
agtgggctgc agcctcgggc tccacaaaat tttactgatg cctgactagg ggagcaaaat 9060
cacagtgctg cagcccatgc acaaacattt ctgctgcttt gtaagcagcc tgaattttaa 9120
gggaacttgc ttatattgga agaaaggaag aaagttccat ttgtcctcta aatgtttgct 9180
gaaaatgaac cgacaaaaga ataatgaata agagaaaagg caaacaaaat tcacttagag 9240
tgcggtggga tatcatagtg gggtgattac ccagataact caatgagatc cagttgttca 9300
tatttccttt ctagggaaga gggaattggg aagtgtaggc aacctggaga gaatagatga 9360
aaaaagaaat gcatcctcaa aagaacaggc aatagcctgc ctggataaag catcaacttg 9420
cagtctcttc tatttttgat tcatgttttg tgttaatctt ccctgatata aaatttccca 9480
ggaagaattt ccttgacaat tgtttttctt ctggagaatt tgcttttagg cagataaggg 9540
atatttagga aaagacttct tgtgcatttg ctgctttcta aatgcctttg gctttacata 9600
atcatcatac caatgcagca tagtttgaga tgttattttc tggattcctt tacttgcagc 9660
cacctgccaa gatcctgttt cagagagatg cagctgcaga ttgagtgagc agttgacccc 9720
tgaacaacat ggaggttggg gcactgacca caggtgcaga tgaaaacctg tgtagaagtt 9780
ttgcatttct aacttaagta ctaatagctt acttttgact ggaagcctta gtgataaaat 9840
aaatagttga ttacactttt ttacatttta tatatatttt atactctatt cttccaataa 9900
agtatggtaa agaaaaaaat gttcttaaga aaaccataaa aatgagaaaa tatatttact 9960
actgattaag tacttgcttt caggtgacac agaagaaaat ataagtgtat ctgcaaactt 10020
caaacccaag ttattcaagg gttaactgta ccatgatgaa tgtagcagtc cccatctgta 10080
gtctagggct ttctcctttg ctgtacctct gctcacttcc aatggccata tatatgtctt 10140
atgttcttta tgatcttggg cagagaggtc tgcctacatg cattgctggc cagatgtcct 10200
ggaatgtgta tctctgagga aagtgctatg gtttgactgt gtcctccaaa atccatctgt 10260
tgtaaagttc attctcagtg aaatggtttt tgccaggtgg gccctattgg gatgtgttta 10320
ggtcatgagg gtggagccct ctagtggaat acattaatgc cagtataaac agggtttata 10380
gggctggaat ctttctctct cttctgctgg tctgtcctga taagacatgg ccttccttcc 10440
attgaaggac tcaatgcccc aggcatcgtc ttgaaagcag agaaagctga ccttaacctg 10500
cccatgcctt gatctcaaac tttccgtact ccagaagtgt gagaaaatat atttctgttt 10560
tttatgaatt acacagcgac aaggaacctg ttatagcagc ttgaaagaga acaggagaga 10620
cagctcacaa tcagtgagga taagatgagg tatatacata tcccagcttt ctcatctctc 10680
aggtggaata gcccagagga atttagtcca tgtttccaca tgtggttgat cttcagttat 10740
cctgagtcag gtgggtggtt gatgtgtctt ttaccattca tcttctgctc ctgcctcact 10800
ttcttccttt cctcccagtg taaatttgct gcctaaacag gaatactcat tgctggtgga 10860
cccaaaataa gacagaaaaa aaaaatcatt gtacttttgt atgagggata tttctcatct 10920
gaattcttat cacttctctt tctttgacat ctaggaatat tcagaaaaca ctttttttta 10980
accaatctat tttagattga atttattgat tttttttcct gtgtgttttg tgaaccaaaa 11040
attaagttgt aagccaccaa cgagctaaat ggactcccct tttggcagag agaacttcaa 11100
agaaatctga aaaactaggt taggccatga ctggcaggtg ggtttggatg tgtctcatta 11160
tgctctcttc cctttggagt tcaggcacaa ctgaccagca ttatcattat aacagagatc 11220
tttggactga ggaaacagat gcttgtagca ataagatacc atactccaac atgacagata 11280
ataggccctg aagaaaatct aaaaatttta ctctaaaaat atttcttttt ctttttcttt 11340
tttttgtttt tttttgagat ggagtcgcgc tctgtgccca ggctggagag cagtggcgca 11400
atcttggctc actgcaagct ccgcctcctg agttcatgcc attctcctgc ctcagccttc 11460
caagcagctg gaactacagg tgcccaccac catgcccgac taattttttt tgtattttta 11520
gtagagatgg ggtttcaccc tgttagccag gatggtctcg atctcctgac ctcgtgatct 11580
acccacctcg gcctcccaaa gtgctgagat tacaggagtg agccaccgca cccaacctat 11640
ttctctgaaa tattctgaag tggccctgca aagctgcgcg ttgtgggaga aatttgcatt 11700
ctgtagagaa tctcctatgc ttactaatca ttttccaaag gtctgacttt ttttttttaa 11760
ggtctgacaa gcaacgtcta ctttttctgc tacccatagg attcatctac acgaaaagaa 11820
ccttggctta tctaaactca agcacacccc gttatctaaa ctcaagcatt tctttatggt 11880
gaattcaact ctttaggcag agcttaactc tttcaaccag ttgccaatca ggaaaacttt 11940
gaagccacct gtgacctgga agcccctgct tcaagatatc ccacctttcc agtacaaact 12000
aatgtatatc ttatatgtat tgatttatgt ctttgcctgt aatttctgtg tctccctaaa 12060
atgtataaaa ccaacgtgta atccaaccac cttgggcaca tgtttacagg accccctaag 12120
gctgtgtcac aggccataat ccttatcttt ggcaaaataa atctataact tgattgagac 12180
ctgtctcaga tactgttttg cttacactgg gtcacaaaat ttaaaaatcc tctaaaacta 12240
tctacacatc cataaatcta cattagaggc agtggagtga gcacactcca acagtcaaaa 12300
ctcacaagtt agaggaacct gagtctaaga ttttgtccag ctctcttgct tcataaaaat 12360
aatttgtgat ttttttaaat tttactctag agaaggacaa ttttggggaa tatgtttatg 12420
gtcagtggaa tgaataatgt ccccacccca aaagatgtcc atatcctcgt ctctggaacc 12480
catgttatac gagttattaa gaaactattt taggcatata gagaggaaac agggtccttg 12540
ggaaggtttt gtttctttta aagcagctcc agaaatgttt cttgtttagc aggaaagccc 12600
tggctcttag agctggtccg gcaagctttt ttttcttttt tagagaggga gtctcgctct 12660
gtagcccagg ctggagtgca gtggcacgat ctcggctcac tgcaagctcc gccctctggt 12720
ttcctcatgc ctcagcctcc caagtagctg ggactacagg cgcccgccac cacggccggc 12780
taattttttg tatttttcag tagagacggg gtttcactgt gttagccagg atggtctcga 12840
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agctttgata tacaaatact ggccattaga aactgggtcc agccaaacat ggagattccc 12960
acattcttct tctttttttt tttttttttt tgagatggag tctcgctctg tcgcccaggc 13020
tggagtgcag tggaacgatc tcggctgact gcaacctctg cctcctgggt tcaagcgatt 13080
cttctgcctc agtctcctga gtagctggga ttacaggcac atgccaccac gcccagctac 13140
tttttgtgtt tttagtagag acggggtttc accatattgg ccaggatggt ctccatctct 13200
tgacctcatg atccaccttc cttggcctcc caaagtgctg agattacagg tgtgagccac 13260
ggcgtccagc tcccacggtc ttcttccttg ccccgacatt tgcctgacaa catggctgcc 13320
cccacatatc cccatgtgtg tagaacttta tggcaccctg catttgcata ttaaaacact 13380
agggtgggag ggccagtttt ttctcaagct acatgaatga catgcttggt aaaaccaatc 13440
ccctaagccc tatgcaaatc agacaccacc tccttcagcc tcctcatata agcagccact 13500
tttccaccgc acatggagtt ttctcttagt tctaatctcc cctctctctg tctctgtacg 13560
gtggagctgt tttcttcttc cttccttctt gcgtattaaa cttttcgctc cttaaaacaa 13620
ccccacgcat gtccgtttct ttttaaacaa acccgcgtga gactaagaac ggtggtggtc 13680
ctccagtcat cagagcccta tcataaggat tctaccttac atagcaaaag aagaacttga 13740
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atcacaaagg tcattaaaat agaggaggag gcttgcagag aggagctggg acaatatgga 13860
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caccttaaca ttagctcagt gagaatgctg acctccagaa ctacagggta atacatttat 14040
gttgtgtgaa gccaataaga ctgtggcgat ttaaacagca gcattggaaa ctaatgcaag 14100
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ctgagaagga cagacagagt cagagatatt gtaagagaaa gaggagatgt ggaaggagtc 14460
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tgtctccaga ctgttcacct gaaaagagat cagaccctta acaacacctg ggaccccagg 16440
cagagctgtt gctatggaag atttgtgcag gacagggata ggaggaggga gcacctacct 16500
gtgatggcat cttggttgct gttggccaga atgacatctt ttcaggccta ctgtccctga 16560
cccaggcagg gatcatgtcc aggagggcag caggagctca gagccaggcc ctggttctgc 16620
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tcatgtttaa tacaaactat ctgaggctga agcctgagtt tcccttcctc accaggcagt 16920
caggacagca ggagcaaaag gagaaaagct gggtcccaaa gtccacaagg tgcctcctga 16980
gactgatcct gcttagagaa ggtggtgaca gtggatgagt cttctgggac tcccacacca 17040
acataccctg agctggatgg cttgagccat agacatttat tgctaattta ttaaacgttt 17100
attgtgaatg tattagaacc ctggaaagtt caagatcaaa gtccagaagg atttgctttc 17160
tggtgagaac cctgcttctt gttttcagat gtcacccctg gatacatcct cacgtgtgtt 17220
cagcaatgtg ccgggcatgt gtaagtagga gaagcaagta catgctttct tcagtgcatg 17280
cttggaggct ggtgaggggt taaggaacag atcgatgatg tttattttta ctaggacaca 17340
aatcctatta aatcagagcc ccaaggtttt cacttcattt caccctaatt accccttcat 17400
aacctctatg tctaaataca gtaattttgc aggttggaga ttcaaaatat gaatttgtga 17460
aacacaattc agttcatagc aggtgtgctt tgaggacatg cccaaggcag taggaagggc 17520
aaggcgaggc ttccagtctc agagcacaga aggcgttttc ccaccactca gcacactggc 17580
agctcctctt aggtgatcca ggtcacacat gagacgccat tcccgccttg ggggctgcct 17640
gctgataatg gaacaatatc acccttaatt ttcactattt ctaagatcag acttctattt 17700
tatgtttatt atggagtttg tccaatggcc aggtttgtaa cataacctcc aatgtttggt 17760
ttgtgacata acatcttata gaattttaga tgctggtttc cagtgagact tgatggagtt 17820
ttttcatggg ttttcatgga gttgatctta ttacatccac cattatgctg cattctgtag 17880
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aatgccacac catcatactc tgagctggag ggcttcaacc acagacattt attgctaatt 31740
tattagacat ttattgcgaa tatattagaa ccatggaagg ttcaagatca aagtccagaa 31800
ggatttgctt tctggtgaga accctgtttg tttccagatg tcctctctgg atacatcctc 31860
atgtgtgttc agcaatgtgc caggcatgtg taagagaagc aagtgcatgc tttactcagt 31920
acacgcttgg aggctggtga ggggttcagt aacagctcaa tgatatttct ttttattagg 31980
acacaaatcc tattaaatca gaaccccgat gttttcacct catttcaccc taattacctc 32040
ttcataacct ctatgtctaa atgcagtaat attggaggtt ggagattcaa aatatgaatt 32100
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<212> PRT
<213> 智人
<400> 81
Met Asp Met Arg Val Pro Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
Phe Pro Gly Ser Arg Cys Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser
20 25 30
Val Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser
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50 55 60
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Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
85 90 95
Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln
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115
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<212> DNA
<213> 智人
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atcatcactc ctattattac tctgtaaact ttacaaattc atcgtattta tttatttaat 120
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aatcagatgc cacctgagga ggcgcccagt gggtaaatgt ttatgttttg tagccgcatt 26820
gtcattgcaa ttcagtatat ctgcagtgga gcccacatgt cagatgtcct cacacgctag 26880
agctcactcc ggtactacat tgtgctgtgc gccctggagg atggctgggc accagatcat 26940
cagttatcaa agtggtgaac aaaagggaag aatgtacatt ttttcttctt cccaaagcat 27000
gaagcacact cctgagcgca cggtgcagct gctgtgccct cccttctgga agccctcatg 27060
agaaggaggt ggaccgaagt cttgaccatc tgccttcctt ctcatctgag gcgcgaagtt 27120
attgatcatc aaatgcagct aatgtcactg aaagaatgac aacacaacat gggtggcttt 27180
gctggaagta gccacgtgtc ctgggaagcg agtttgccaa tgtccagcct gaaccccctt 27240
gagcctcttg atgctagaac catttttcag gaaaagagag gttgagggaa gcactgggtt 27300
cctgctcagg gaggtggcgc ctgcatcccg actgtgggag gtcccgggac cagctctctg 27360
ctcctgcagc tcctgccttg ccagggaaag ctagagcaat ttgggagaca cctgcagatg 27420
gaatgggtct aaaaacacat tcaccaatga taacgtcaag tattaatcca catagaaatg 27480
aaattaaatc acaaatatgc aacagcacca caaagtcgac aaaaatagac acaatgatat 27540
tcacaagaca tttgataaga ctctcattaa ctatttttga tgtcaagaaa tccttgatat 27600
tctctccagt tgtgtgtgtg atgactagca tttgcttcac acccttgctt gaaggagtag 27660
tttagttatt ctgctgtggg tgggtccgca ttatctgaaa atggatgatg ctgcggactg 27720
gctgatggga accttggagt cattactatt cttctgtctc cctatttttg tgttcagaga 27780
tcttcatcat aaaaatgtac aacttataga gagggtgaag cttgggacag tgtctcccat 27840
gggcttgaat tttcatagct gtgaaatggg tcaaacagag gctgagggac tctgggcacc 27900
tgaaattcaa ttcagctcac ggctgtgatt tggggcaggg gtggctggga ctgagctcca 27960
aaggggcccc tctctttgtg tatcattgtg gaaaaagccc ccaggccttg cagctctgtt 28020
cctgtcctgg ctggccatcc agcagctgct gccatgtccc tgatgaacca gaaacagtgg 28080
gggtcccagc ccgggcacta tggattaacc gagcctgtca aggccttcaa gggaccaaat 28140
tgcccactgt cagggacccc gggatgaggg tgtctctgag tgaggctgcc ggtgcaccat 28200
ggtgcagggg gtgaggggac ggaacaacgt gagtgacaga gggagtgggg cctggtggga 28260
tgggggtgtt tggggcagtt gagatcccgt gaaagcctga ctttgcctat agatagcccc 28320
taggtcatgt tcaccctgtg ctgaccttgc gtgacccagc cttgactcta gtccagaatg 28380
agactctgac acagactctc cccgacaacc atgggatgcc cgttctgtgc ctgggatggt 28440
gtctttgctc atttgtctca gtccacagga gtcctcccct cacacgagct gaccatcaca 28500
ggctcagcca cacaccaagc acatactcac tccaccccag agcctgactt tagaattggg 28560
aacttcatgg ttgagatctc agccacgtgc tggttaactt tgaacctcac cctaagccca 28620
tctgatcata actgatcacc cgtgtgcccc agcctcaccc cactttccag agctagcgac 28680
gtgaacacca gtatcttgca gagcatccta gggctcacta agttggctgg gatggtgagc 28740
aggattctgg acttcctgtt tccctattgc aggacttgta agtgtcttta cttagccacc 28800
ctgtattgtg aaaatctgtg aaattcacct gtgagtttcc attcccagac ctttccacaa 28860
gttcctggtg atggcaccac catggacttc tcacccgata aactgggcac ctggattttc 28920
ctcatccttg cttagaattt aaggaggttg caaactaaat atgagataag aaatgaagac 28980
agacagcagg atttctggtt gacaatgagg atatttattg agggttactg ggtgcaggga 29040
gaagggctgg atgacttgga gtgggagggg agacacatgc cctgatcctg cagctctagg 29100
cccccgtggg taggtgaggg tcggggacct aagaacattc tgcaggggcc actgtcttct 29160
ccacagtgtt cctttcatgc gtgacctggc agctgtagag gttgtgggac ttccactgtc 29220
gggtgccagt cttaggtagc tgctggccgc atacttgttg ctctgtttgg agggtgtggt 29280
ggtctccaca ccctgggtga tggtgatgcc atctatcttc caggccactg tcatggctct 29340
cgggtagaag tcactcatga gacacaccag tgtggccttg tcttggagct ccctgcctct 29400
ggggtcagag gagatgaagg tgtctcagtg accagctgag gcatacaggg gtctgaatag 29460
ggaggagaga gatcagcctc ccaggaccga ggtcccaaag gaaaccctga ccacaggctg 29520
tggcaagtca cagacaaaga tcgaaatcag aataaaattg tcaccaactt ggcagggaaa 29580
gaaagggaag aagagactca tctaaaatga tcagctgggt tcctccacca aatacaaaat 29640
gcggtgacac aggttcatac aaaaactctt ccctggggcc cctaactccc cctccccatc 29700
ccccacctga agctatggtg caggaagcca gaccactgcc cctggaaggc atttgctcag 29760
cagagtccac acacctgcct gcccttctca agctgagatg ggacagtcga ccaagcgtat 29820
gcagtaacgg gacgtctgga aatggcgagg cctgaggagg ttggtgtctg gatcaggttt 29880
tccaggtgac tgtgacccag gaatgggaat gagctccttg agggcatttg cttcacgaag 29940
gagtgaagtg acatggaagg ggacagggat tctctatagg gttgttgtaa ccctgatctc 30000
ttggtgtgac tacagggtaa gagcaggagg cgtcctcagg tgtccccagt gagtgcctta 30060
gaggaggggc agcttgcccc agagtcagca gtcatgggaa gctccaacgt gaccacaacc 30120
acaactccag ggcgtctcac ttccgtcctc cttgtgttgt cttagtttgg gatgggtctc 30180
actaggtttt agtatgaaat gccagcctca acctccaggg agaagttgga agcaagcccc 30240
tgttaccctt tcagggtctt gtctcatttc tgggtatgtc tggagtgtct gactcaaaag 30300
ggctgtgtga gaagcacccc aagtgtggtc actaaatccc acctcccagt tatggggact 30360
agtccacttg gggttaatgg gcaattccag gcacaaggca ggagaaagat gtgcccagga 30420
tagattgtga acagagagcg gaaagccatc gaggtctcct gggttccttc aggaggatcc 30480
tggggccacc agaagaggca ctgagtgggc cacggtgggt cattgtcatc atcaatgaaa 30540
tagaaccatg gtggactcaa gtgagtcaca tacagtaaca taactttgag ctcaccatga 30600
aataattgtt catcttcacg agatggcagg caacatggtc atcattatta agatgctaaa 30660
tgaaaggaaa gactcaacat gtctatgcta tttcttactg aaataagaat cacactccca 30720
gaggagcaaa gaacatatga gggcacacct tttacagaca gtcagtagaa ggaaaaggtg 30780
gtcgaactga aatgcagtca ccttgcatcc atataccatc taatggcact ggatacaaag 30840
tgtgaagccc agctaacgtc acaaatagat gaccccacat gggagcccag tagccaagcg 30900
gtcttgctga aaagtcacac tgagccttgt taaacctttc tggccaagaa ccaattttca 30960
ggaaacgcag aagcagagag gagcgcttgt ttccagcttg gggaggccac aggctgtatc 31020
ctgaccatgg gaaggtcctg ggaccaaccc ccagctcctg tagctcctgc cttgcaagga 31080
aattaaaaat caatgaggaa gatacctgca gacagaacag gtctaaaaac acagtcacca 31140
gtcacaattt caaaccatat tgaatcctca tagaaatgaa atggaaaacc acagaataac 31200
aacaacacaa acacaggtct agtgaaagaa gcataggata tttgtgaagt atttgatggg 31260
aaacattctt tttttgatat gaaagaatta gatatttata tttaggtttg taagaatgta 31320
gttttttggg gggggtccat atttttagag acacaaatgg aatatttaga ctaatggaca 31380
tgatgtctac aatttgcttc aaacaactgt gtaaaagagg ttacttgatt gtgggtgggt 31440
caacatgagc tgtattatcc tgttttttta ttttcttgct gtcagtttcc gtaatatctt 31500
acaaggcagt aattagagag attagtcttg ggacagcacc aggggacatc cagaggggat 31560
cctacccagc agggccattg agaaggtgga gatcaaagcg gtcctctttg ctataggggt 31620
ctcagcgttc acatctatga aatggggcca gacagggtgg tgggaatcag gacccttaag 31680
tttccttcta acttgtaggt tgtgacttga ggcaggggtt ctatgattag gctccaagag 31740
gaaccccttc tctgccccac tatggcccta gagttctctg cccttgcagg ctctgtctca 31800
ggcctggcct ggccacccag cagctctggt gaaggcacct gccacaccgc tgatgtgctg 31860
gaggcaccaa gaaggggcct gacagtgccc aagactgatg aggagggctg ggaagtgcat 31920
ctcccaaggc cacctcactc gctgtcaggg accctgggat gattgtgtct ctgacatcag 31980
ggtgtaggtg cacatggagg ggctgaacca catgattgag ggagggagta ggccctggtg 32040
gggaggggtc taaggtagct gagtcccatg aaaacttgac ctgcctgtag cccttaagtc 32100
acacttaccc tgccctgacc tagtgtgacc tggccctgat tcttgggcga gtatgatttt 32160
gacacagcct ccatcagaca accaatggat gccgattcta tgcttgggat ggtgcctttc 32220
tcatttgacc 32230
<210> 83
<211> 106
<212> PRT
<213> 智人
<400> 83
Gly Gln Pro Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser
1 5 10 15
Glu Glu Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Val Ser Asp
20 25 30
Phe Asn Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Gly Ser Pro
35 40 45
Val Lys Val Gly Val Glu Thr Thr Lys Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn
50 55 60
Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys
65 70 75 80
Ser His Arg Ser Tyr Ser Cys Arg Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val
85 90 95
Glu Lys Thr Val Ala Pro Ala Glu Cys Ser
100 105

Claims (77)

1.一种鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有非小细胞肺癌(NSCLC)的个体的方法，所述方法包括确定来自所述个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的表达水平，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ IDNO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
2.一种为患有NSCLC的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定来自所述个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的表达水平，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
3.一种治疗患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定来自所述个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的表达水平，其中确定所述样品中的所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平，由此将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体；以及
(b)向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，
其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
4.一种治疗个体的NSCLC的方法，所述个体已被确定为在来自所述个体的样品中具有的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平，并且已由此被鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
5.一种鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括确定来自所述个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的表达水平，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ IDNO:6的HVR-L3序列。
6.一种为患有NSCLC的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定来自所述个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的表达水平，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
7.一种治疗患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定来自所述个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的表达水平，其中确定所述样品中的所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平，由此将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体；以及
(b)向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，
其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
8.一种治疗个体的NSCLC的方法，所述个体已被确定为在来自所述个体的样品中具有的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平，并且已由此被鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
9.一种鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括确定来自所述个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13的表达水平，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
10.一种为患有NSCLC的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定来自所述个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13的表达水平，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
11.一种治疗患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定来自所述个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13的表达水平，其中确定所述样品中的所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平，由此将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体；以及
(b)向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，
其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
12.一种治疗个体的NSCLC的方法，所述个体已被确定为在来自所述个体的样品中具有的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平，并且已由此被鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
13.根据权利要求1、2、5、6、9和10中任一项所述的方法，其中所述样品中的所述基因的所述免疫评分表达水平高于所述参考免疫评分表达水平，并且所述方法进一步包括向所述个体施用有效量的所述抗PD-L1拮抗剂抗体。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为参考群体中的基因的免疫评分表达水平。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述参考群体为患有所述NSCLC的个体群体。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述个体群体包括已接受用PD-L1轴结合拮抗剂治疗的个体的第一子集以及已接受用不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的个体的第二子集。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平基于个体对用所述PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性与个体对用所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性之间的高于所述参考免疫评分表达水平的显著差异，明显区分所述个体的第一子集与所述个体的第二子集中的每一个，其中所述个体对用所述PD-L1轴结合拮抗剂治疗的应答性相对于所述个体对用所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法治疗的应答性得到显著改善。
18.根据权利要求16或17所述的方法，其中所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂或它们的组合。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述不含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法包含化疗剂。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述化疗剂为多西他赛。
21.根据权利要求17至20中任一项所述的方法，其中对治疗的应答性包括OS的延长、无进展存活期(PFS)的延长或经确定的最佳总应答(BCOR)的增加。
22.根据权利要求21所述的方法，其中对治疗的应答性包括OS的延长。
23.根据权利要求14至22中任一项所述的方法，其中所述参考免疫评分表达水平为所述参考群体中所述基因中的每一种的所述表达水平的中位数。
24.根据权利要求1、2、5、6、8、10和13至23中任一项所述的方法，其中所述受益包括，与不使用所述抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗相比，所述个体的OS延长。
25.一种鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括确定来自所述个体的肿瘤样品中三级淋巴结构(TLS)的存在，其中在所述肿瘤样品中存在TLS将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
26.一种为患有NSCLC的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定来自所述个体的肿瘤样品中TLS的存在，其中在所述肿瘤样品中存在TLS将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ IDNO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
27.一种治疗患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定来自所述个体的肿瘤样品中存在TLS，由此将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体；以及
(b)向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，
其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
28.一种治疗个体的NSCLC的方法，所述个体已被确定为在来自所述个体的肿瘤样品中存在TLS，并且已由此被鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ IDNO:6的HVR-L3序列。
29.根据权利要求25至28中任一项所述的方法，其中所述TLS的存在是通过组织学染色、免疫组织化学(IHC)、免疫荧光或基因表达分析来确定。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述组织学染色包括苏木精和伊红(H&E)染色。
31.根据权利要求29所述的方法，其中所述IHC或免疫荧光包括检测CD62L、L-选择素、CD40或CD8。
32.根据权利要求31所述的方法，其中使用MECA-79抗体检测CD62L或L-选择素。
33.根据权利要求29所述的方法，其中所述基因表达分析包括确定所述肿瘤样品中的TLS基因特征的表达水平。
34.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述基因的所述表达水平为核酸表达水平。
35.根据权利要求34所述的方法，其中所述核酸表达水平为mRNA表达水平。
36.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述基因的所述表达水平为蛋白质表达水平。
37.根据权利要求1至24和34至36中任一项所述的方法，其中所述基因的所述表达水平在肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、癌旁正常组织(NAT)细胞或它们的组合中进行检测。
38.一种鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括确定来自所述个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中所述肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
39.一种为患有NSCLC的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定来自所述个体的肿瘤样品中的B细胞的数量，其中所述肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
40.根据权利要求38或39所述的方法，其中所述肿瘤样品中的B细胞的所述数量高于B细胞的所述参考数量，并且所述方法进一步包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体。
41.一种治疗患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定来自所述个体的肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量，由此将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体；以及
(b)向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，
其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
42.一种治疗个体的NSCLC的方法，所述个体已被确定为在来自所述个体的肿瘤样品中具有的B细胞的数量高于B细胞的参考数量，并且已由此被鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
43.根据权利要求38至42中任一项所述的方法，其中所述B细胞包括CD79+B细胞、IgG+B细胞和/或浆细胞。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述B细胞包括浆细胞。
45.一种鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括确定所述个体在来自所述个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞，其中所述样品中克隆扩增的B细胞将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID
NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID
NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
46.一种为患有NSCLC的个体选择疗法的方法，所述方法包括确定所述个体在来自所述个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞，其中所述样品中克隆扩增的B细胞将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
47.一种治疗患有NSCLC的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定所述个体在来自所述个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞，由此将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体；以及
(b)向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，
其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
48.一种治疗个体的NSCLC的方法，所述个体已被确定为在来自所述个体的肿瘤样品中具有克隆扩增的B细胞，并且已由此被鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗PD-L1拮抗剂抗体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ IDNO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
49.根据权利要求45至48中任一项所述的方法，其中所述克隆扩增的B细胞为克隆扩增的浆细胞。
50.根据权利要求1至24和34至37中任一项所述的方法，其中所述样品为组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述组织样品为肿瘤组织样品。
52.根据权利要求25至33和38至49中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品为肿瘤组织样品。
53.根据权利要求51或52所述的方法，其中所述肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞、NAT细胞或它们的组合。
54.根据权利要求51至53中任一项所述的方法，其中所述肿瘤组织样品为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
55.根据权利要求1至54中任一项所述的方法，其中所述NSCLC为非鳞状NSCLC。
56.根据权利要求1至54中任一项所述的方法，其中所述NSCLC为鳞状NSCLC。
57.根据权利要求1至56中任一项所述的方法，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；和
轻链可变区，其包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQID NO:9的氨基酸序列；和轻链，其包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体为阿特珠单抗。
60.根据权利要求1至59中任一项所述的方法，其中所述个体既往未针对所述NSCLC进行过治疗。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述个体既往未施用过PD-L1轴结合拮抗剂。
62.根据权利要求60或61所述的方法，其中所述个体不具有EGFR或ALK基因组肿瘤畸变。
63.根据权利要求1至59中任一项所述的方法，其中所述个体既往针对所述NSCLC进行过治疗。
64.根据权利要求63所述的方法，其中通过向所述个体施用含铂化疗剂，所述个体既往针对所述NSCLC进行过治疗，并且其中所述个体对所述化疗剂无应答。
65.根据权利要求3、4、7、8、11至24、27至37、40至44和47至64中任一项所述的方法，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体作为单一疗法施用。
66.根据权利要求3、4、7、8、11至24、27至37、40至44和47至65中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括施用有效量的一种或多种另外的治疗剂。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述一种或多种另外的治疗剂包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放疗、细胞毒性剂、免疫调节剂或它们的组合。
68.根据权利要求1至67中任一项所述的方法，其中所述个体为人。
69.一种用于鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定来自所述个体的样品中的基因CD79A、CD19、BANK1、JCHAIN、SLAMF7、BTK、TNFRSF17、IGJ、IGLL5、RBPJ和MZB1的表达水平的试剂，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ IDNO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
70.一种用于鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定来自所述个体的样品中的基因MZB1、DERL3、JSRP1、TNFRSF17、SLAMF7、IGHG2、IGHGP、IGLV3-1、IGLV6-57、IGHA2、IGKV4-1、IGKV1-12、IGLC7和IGLL5的表达水平的试剂，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述受益包括，与不使用所述抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗相比，所述个体的总存活期(OS)延长，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ IDNO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
71.一种用于鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定来自所述个体的肿瘤样品中三级淋巴结构(TLS)的存在的试剂，其中在所述肿瘤样品中存在TLS将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
72.一种用于鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定来自所述个体的样品中的基因CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、CCL21、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13的表达水平的试剂，其中所述基因的免疫评分表达水平高于所述基因的参考免疫评分表达水平将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
73.一种用于鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定来自所述个体的肿瘤样品中的B细胞的数量的试剂，其中所述肿瘤样品中的B细胞的数量高于B细胞的参考数量将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，任选地其中所述B细胞包括浆细胞，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ IDNO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
74.一种用于鉴别可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的患有NSCLC的个体的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定所述个体在来自所述个体的肿瘤样品中是否具有克隆扩增的B细胞的试剂，其中所述样品中克隆扩增的B细胞将所述个体鉴别为可能受益于包含抗PD-L1拮抗剂抗体的治疗的个体，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ IDNO:1的HVR-H1序列、SEQ ID NO:2的HVR-H2序列和SEQ ID NO:3的HVR-H3序列；以及轻链，其包含SEQ ID NO:4的HVR-L1序列、SEQ ID NO:5的HVR-L2序列和SEQ ID NO:6的HVR-L3序列。
75.根据权利要求69至74中任一项所述的试剂盒，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链可变区，其包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；和轻链可变区，其包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列。
76.根据权利要求75所述的试剂盒，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体包含：重链，其包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列；和轻链，其包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
77.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述抗PD-L1拮抗剂抗体为阿特珠单抗。
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