KR20210100656A - 암 면역요법을 위한 진단 방법 및 조성물 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 암의 치료를 위한 진단 방법, 치료 방법, 및 조성물을 제공한다. 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들은, 예를 들어, 환자가 PD-L1 축 결합 길항제 치료로부터 이점을 얻을 성향을 결정하고 그에 따라 이러한 환자들을 치료함에 사용될 수 있다. 본원의 조성물 및 방법들을 사용하여, 환자, 가령, 인간 암 환자는, 환자가 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 하나 이상의 상승된 치료 전 발현 수준을 나타내는 경우, PD-L1 축 결합 길항제 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 있는 것으로 결정될 수 있다. 본원의 조성물 및 방법들과 함께 사용될 수 있는 예시적인 PD-L1 축 결합 길항제들은 PD-L1 결합 길항제, 가령, 아테졸리주맙을 비롯한 항-PD-L1 항체 및 이의 항원-결합 단편들, 뿐만 아니라, PD-1 결합 길항제, 가령, 항-PD-1 항체 및 이의 항원-결합 단편들이다.
Description
서열 목록
본원은 ASCII 형식으로 전자적으로 제출된 서열 목록을 포함하며, 이러한 서열 목록은 본 명세서에 그 전문이 참조로 포함된다. 2019년 11월 27일 생성된 상기 ASCII 사본의 파일명은 50474-188WO3_Sequence_Listing_11.27.19_ST25이고 195,457 바이트 크기이다.
발명의 분야
본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제들을 사용하여 암을 치료하기 위한 진단 및 치료 방법들에 관한 것이다. 연관 분석법 및 키트 또한 제공된다.
발명의 배경
암은 여전히 인간 건강에 가장 치명적인 위협이다. 미국에서, 암은 매년 약 130만명의 신규 환자들에게 영향을 미치며, 심장병 다음으로 두 번째 주요 사망 원인으로서 대략 4건의 사망 중 대략 1건을 차지한다. 또한 암은 5년 이내에 사망 원인 1위인 심혈관 질환을 앞설 것으로 예상된다. 고형 종양이 대부분의 사망 원인이다.
면역 체크포인트 억제제를 이용한 인간에서의 연구들은 면역계를 활용하여 종양 성장을 제어하고 근절 할 수 있다는 가능성을 입증한 바 있다. 예정사 1 (PD-1) 수용체 및 이의 리간드인 예정사-리간드 1 (PD-L1)은 만성 감염, 임신, 조직 동종이식편, 자가면역 질환 및 암 중에 면역계 반응의 억제에 관계되어 왔던 면역 체크포인트 단백질들이다. PD-L1은 억제 수용체 PD-1에 결합함으로써 면역 반응을 조절하며, 이는 T-세포, B-세포, 및 단핵구 표면에서 발현된다. PD-L1는 또한 또 다른 수용체, B7-1과의 상호작용을 통해 T-세포 기능을 음성적으로 조절한다. PD-L1/PD-1 및 PD-L1/B7-1 복합체의 형성은 T-세포 수용체 신호전달을 음성적으로 조절하여, 후속적인 T-세포 활성화를 하향조절하고 항-종양 면역 활성을 억제한다.
특정한 암들의 치료에 상당한 발전이 있었지만 모든 암의 전체 5년 생존율은 지난 20년 동안 약 10%만 향상되었다. 특히 악성 고형 종양은 통제 할 수 없는 방식으로 빠르게 전이되고 성장하므로 적시에 발견하고 치료하기가 매우 어렵다.
암 치료에 있어서의 상당한 발전에도 불구하고 개선된 진단 방법과 암 요법이 여전히 모색되고 있다.
발명의 요약
본 발명은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 비소세포 폐암 (NSCLC)), 자궁내막암, 결장 선암종, 신장 세포 암종, 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종 (UC)), 신장 암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 및 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))에 걸린 개체를 치료하기 위한 치료 및 진단 방법 및 조성물을 제공한다. 본 발명은 적어도 부분적으로, 말초 수순환에서 클론 확장된 T 세포들을 나타내는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 자궁 내막 암, 결장 선암종, 신장 세포 암종, 방광암 (예를 들어, UC), 신장 암 (예를 들어, RCC) 및 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 환자들이 특히 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있다는 발견에 기초한 것이다. 환자의 T 세포 수용체를 시퀀싱하여 클론 확장 정도를 식별 및/또는 환자의 말초 혈액에서 클론 확장과 연관된 하나 이상의 유전자의 상승된 면역-점수 발현 수준을 검출하는 것을 비롯한 다양한 방식으로 클론 확장된 T 세포들은 식별될 수 있다. 이러한 유전자들의 예들에는 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA가 포함된다.
본 발명의 조성물 및 방법들을 사용하면, 환자가 말초 혈액에서 클론 확장된 T 세포 집단을 나타낸다는 발견에 기초하여 환자는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 식별될 수 있다. 환자가 말초 혈액에서 클론 확장된 T 세포들을 나타낸다는 결정은 환자로부터 얻은 혈액 샘플에서 T 세포 수용체를 시퀀싱함으로써 및/또는 환자의 유전자 발현 프로파일을 평가함으로써 이루어질 수 있다. 이와 관련하여이러한 맥락에서, 환자가 예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 하나 이상의 유전자들의 상승된 면역 점수 발현 수준을 나타낸다는 관찰결과는 환자가 말초 순환에서 클론 확장된 T 세포를 가지고 있고 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
첫번째 양상에서, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 키메라 항원 수용체 (CAR) T 세포의 생산 방법을 특징으로 한다:
(a) 암에 걸린 개체로부터 말초 혈액 샘플을 수득하는 단계;
(b) (i) 샘플에서 하나 이상의 T 세포들에 의해 발현되는 T 세포 수용체 (TCR)의 하나 이상의 상보성-결정 영역 (CDR)의 아미노산 서열 및/또는 (ii) 이러한 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 결정하는 단계; 및
(c) 하나 이상의 CDR을 포함하는 CAR을 발현하도록 전구 세포를 변형시켜 CAR T 세포를 생산하는 단계.
또 다른 양상에서, 본 발명은 CAR T 세포를 생산하는 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 암에 걸린 개체로부터 수득된 말초 혈액 샘플에서 하나 이상의 T 세포에 의해 발현된 TCR의 하나 이상의 CDR을 포함하는 CAR을 발현하도록 전구 세포를 변형시키는 단계를 포함한다.
일부 구체예에서, 샘플의 T 세포들은 클론 확장된 T 세포이다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포는 CD8+ T 세포이다.
일부 구체예에서, CD8+ T 세포는 CTL이다.
일부 구체예에서, 하나 이상의 T 세포들에 의해 발현된 TCR은 개체의 암 세포에 의해 발현되는 항원에 특이적으로 결합한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.01%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.1%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 1%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 2%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 3%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 4%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 5%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 10%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 15%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 20%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 25%를 구성한다.
일부 구체예에서, 전구 세포는 T 세포이다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 적어도 약 1 x 103 개 CAR T 세포를 생산한다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 약 1 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1012 개 CAR T 세포 (예를 들어, 약 2 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 9 x 1011 개 CAR T 세포, 약 3 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 8 x 1011 개 CAR T 세포, 약 4 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 7 x 1011 개 CAR T 세포, 약 5 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 6 x 1011 개 CAR T 세포, 약 6 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 4 x 1011 개 CAR T 세포, 약 7 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 3 x 1011 개 CAR T 세포, 약 8 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 2 x 1011 개 CAR T 세포, 약 9 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1011 개 CAR T 세포, 약 1 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 9 x 1010 개 CAR T 세포, 약 2 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 8 x 1010 개 CAR T 세포, 약 3 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 7 x 1010 개 CAR T 세포, 약 4 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 6 x 1010 개 CAR T 세포, 약 5 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 5 x 1010 개 CAR T 세포, 약 6 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 4 x 1010 개 CAR T 세포, 약 7 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 3 x 1010 개 CAR T 세포, 약 8 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 2 x 1010 개 CAR T 세포, 약 9 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 개 CAR T 세포, 또는 약 1 x 105 개 CAR T 세포 내지 약 9 x 109 개 CAR T 세포, 가령, 약 1 x 103 개 CAR T 세포, 2 x 103 개 CAR T 세포, 3 x 103 개 CAR T 세포, 4 x 103 개 CAR T 세포, 5 x 103 개 CAR T 세포, 6 x 103 개 CAR T 세포, 7 x 103 개 CAR T 세포, 8 x 103 개 CAR T 세포, 9 x 103 개 CAR T 세포, 1 x 104 개 CAR T 세포, 2 x 104 개 CAR T 세포, 3 x 104 개 CAR T 세포, 4 x 104 개 CAR T 세포, 5 x 104 개 CAR T 세포, 6 x 104 개 CAR T 세포, 7 x 104 개 CAR T 세포, 8 x 104 개 CAR T 세포, 9 x 104 개 CAR T 세포, 1 x 105 개 CAR T 세포, 2 x 105 개 CAR T 세포, 3 x 105 개 CAR T 세포, 4 x 105 개 CAR T 세포, 5 x 105 개 CAR T 세포, 6 x 105 개 CAR T 세포, 7 x 105 개 CAR T 세포, 8 x 105 개 CAR T 세포, 9 x 105 개 CAR T 세포, 1 x 106 개 CAR T 세포, 2 x 106 개 CAR T 세포, 3 x 106 개 CAR T 세포, 4 x 106 개 CAR T 세포, 5 x 106 개 CAR T 세포, 6 x 106 개 CAR T 세포, 7 x 106 개 CAR T 세포, 8 x 106 개 CAR T 세포, 9 x 106 개 CAR T 세포, 1 x 107 개 CAR T 세포, 2 x 107 개 CAR T 세포, 3 x 107 개 CAR T 세포, 4 x 107 개 CAR T 세포, 5 x 107 개 CAR T 세포, 6 x 107 개 CAR T 세포, 7 x 107 개 CAR T 세포, 8 x 107 개 CAR T 세포, 9 x 107 개 CAR T 세포, 1 x 108 개 CAR T 세포, 2 x 108 개 CAR T 세포, 3 x 108 개 CAR T 세포, 4 x 108 개 CAR T 세포, 5 x 108 개 CAR T 세포, 6 x 108 개 CAR T 세포, 7 x 108 개 CAR T 세포, 8 x 108 개 CAR T 세포, 9 x 108 개 CAR T 세포, 1 x 109 개 CAR T 세포, 2 x 109 개 CAR T 세포, 3 x 109 개 CAR T 세포, 4 x 109 개 CAR T 세포, 5 x 109 개 CAR T 세포, 6 x 109 개 CAR T 세포, 7 x 109 개 CAR T 세포, 8 x 109 개 CAR T 세포, 9 x 109 개 CAR T 세포, 1 x 1010 개 CAR T 세포, 2 x 1010 개 CAR T 세포, 3 x 1010 개 CAR T 세포, 4 x 1010 개 CAR T 세포, 5 x 1010 개 CAR T 세포, 6 x 1010 개 CAR T 세포, 7 x 1010 개 CAR T 세포, 8 x 1010 개 CAR T 세포, 9 x 1010 개 CAR T 세포, 1 x 1011 개 CAR T 세포, 2 x 1011 개 CAR T 세포, 3 x 1011 개 CAR T 세포, 4 x 1011 개 CAR T 세포, 5 x 1011 개 CAR T 세포, 6 x 1011 개 CAR T 세포, 7 x 1011 개 CAR T 세포, 8 x 1011 개 CAR T 세포, 9 x 1011 개 CAR T 세포, 또는 x 1012 개 CAR T 세포, 또는 그 이상)을 생산한다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 약 1 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1011 개 CAR T 세포 (예를 들어, 약 1 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 9 x 1010 개 CAR T 세포, 약 2 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 8 x 1010 개 CAR T 세포, 약 3 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 7 x 1010 개 CAR T 세포, 약 4 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 6 x 1010 개 CAR T 세포, 약 5 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 5 x 1010 개 CAR T 세포, 약 6 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 4 x 1010 개 CAR T 세포, 약 7 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 3 x 1010 개 CAR T 세포, 약 8 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 2 x 1010 개 CAR T 세포, 약 9 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 개 CAR T 세포, 또는 약 1 x 105 개 CAR T 세포 내지 약 9 x 109 개 CAR T 세포, 가령, 약 1 x 104 개 CAR T 세포, 2 x 104 개 CAR T 세포, 3 x 104 개 CAR T 세포, 4 x 104 개 CAR T 세포, 5 x 104 개 CAR T 세포, 6 x 104 개 CAR T 세포, 7 x 104 개 CAR T 세포, 8 x 104 개 CAR T 세포, 9 x 104 개 CAR T 세포, 1 x 105 개 CAR T 세포, 2 x 105 개 CAR T 세포, 3 x 105 개 CAR T 세포, 4 x 105 개 CAR T 세포, 5 x 105 개 CAR T 세포, 6 x 105 개 CAR T 세포, 7 x 105 개 CAR T 세포, 8 x 105 개 CAR T 세포, 9 x 105 개 CAR T 세포, 1 x 106 개 CAR T 세포, 2 x 106 개 CAR T 세포, 3 x 106 개 CAR T 세포, 4 x 106 개 CAR T 세포, 5 x 106 개 CAR T 세포, 6 x 106 개 CAR T 세포, 7 x 106 개 CAR T 세포, 8 x 106 개 CAR T 세포, 9 x 106 개 CAR T 세포, 1 x 107 개 CAR T 세포, 2 x 107 개 CAR T 세포, 3 x 107 개 CAR T 세포, 4 x 107 개 CAR T 세포, 5 x 107 개 CAR T 세포, 6 x 107 개 CAR T 세포, 7 x 107 개 CAR T 세포, 8 x 107 개 CAR T 세포, 9 x 107 개 CAR T 세포, 1 x 108 개 CAR T 세포, 2 x 108 개 CAR T 세포, 3 x 108 개 CAR T 세포, 4 x 108 개 CAR T 세포, 5 x 108 개 CAR T 세포, 6 x 108 개 CAR T 세포, 7 x 108 개 CAR T 세포, 8 x 108 개 CAR T 세포, 9 x 108 개 CAR T 세포, 1 x 109 개 CAR T 세포, 2 x 109 개 CAR T 세포, 3 x 109 개 CAR T 세포, 4 x 109 개 CAR T 세포, 5 x 109 개 CAR T 세포, 6 x 109 개 CAR T 세포, 7 x 109 개 CAR T 세포, 8 x 109 개 CAR T 세포, 9 x 109 개 CAR T 세포, 1 x 1010 개 CAR T 세포, 2 x 1010 개 CAR T 세포, 3 x 1010 개 CAR T 세포, 4 x 1010 개 CAR T 세포, 5 x 1010 개 CAR T 세포, 6 x 1010 개 CAR T 세포, 7 x 1010 개 CAR T 세포, 8 x 1010 개 CAR T 세포, 9 x 1010 개 CAR T 세포, 또는 1 x 1011 개 CAR T 세포, 또는 그 이상)를 생산한다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 약 1 x 105 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 개 CAR T 세포 (예를 들어, 약 1 x 105 개 CAR T 세포 내지 약 9 x 109 개 CAR T 세포, 가령, 약 1 x 105 개 CAR T 세포, 2 x 105 개 CAR T 세포, 3 x 105 개 CAR T 세포, 4 x 105 개 CAR T 세포, 5 x 105 개 CAR T 세포, 6 x 105 개 CAR T 세포, 7 x 105 개 CAR T 세포, 8 x 105 개 CAR T 세포, 9 x 105 개 CAR T 세포, 1 x 106 개 CAR T 세포, 2 x 106 개 CAR T 세포, 3 x 106 개 CAR T 세포, 4 x 106 개 CAR T 세포, 5 x 106 개 CAR T 세포, 6 x 106 개 CAR T 세포, 7 x 106 개 CAR T 세포, 8 x 106 개 CAR T 세포, 9 x 106 개 CAR T 세포, 1 x 107 개 CAR T 세포, 2 x 107 개 CAR T 세포, 3 x 107 개 CAR T 세포, 4 x 107 개 CAR T 세포, 5 x 107 개 CAR T 세포, 6 x 107 개 CAR T 세포, 7 x 107 개 CAR T 세포, 8 x 107 개 CAR T 세포, 9 x 107 개 CAR T 세포, 1 x 108 개 CAR T 세포, 2 x 108 개 CAR T 세포, 3 x 108 개 CAR T 세포, 4 x 108 개 CAR T 세포, 5 x 108 개 CAR T 세포, 6 x 108 개 CAR T 세포, 7 x 108 개 CAR T 세포, 8 x 108 개 CAR T 세포, 9 x 108 개 CAR T 세포, 1 x 109 개 CAR T 세포, 2 x 109 개 CAR T 세포, 3 x 109 개 CAR T 세포, 4 x 109 개 CAR T 세포, 5 x 109 개 CAR T 세포, 6 x 109 개 CAR T 세포, 7 x 109 개 CAR T 세포, 8 x 109 개 CAR T 세포, 9 x 109 개 CAR T 세포, 또는 1 x 1010 개 CAR T 세포, 또는 그 이상)를 생산한다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 약 1 x 106 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 109 개 CAR T 세포 (예를 들어, 약 1 x 106 개 CAR T 세포, 2 x 106 개 CAR T 세포, 3 x 106 개 CAR T 세포, 4 x 106 개 CAR T 세포, 5 x 106 개 CAR T 세포, 6 x 106 개 CAR T 세포, 7 x 106 개 CAR T 세포, 8 x 106 개 CAR T 세포, 9 x 106 개 CAR T 세포, 1 x 107 개 CAR T 세포, 2 x 107 개 CAR T 세포, 3 x 107 개 CAR T 세포, 4 x 107 개 CAR T 세포, 5 x 107 개 CAR T 세포, 6 x 107 개 CAR T 세포, 7 x 107 개 CAR T 세포, 8 x 107 개 CAR T 세포, 9 x 107 개 CAR T 세포, 1 x 108 개 CAR T 세포, 2 x 108 개 CAR T 세포, 3 x 108 개 CAR T 세포, 4 x 108 개 CAR T 세포, 5 x 108 개 CAR T 세포, 6 x 108 개 CAR T 세포, 7 x 108 개 CAR T 세포, 8 x 108 개 CAR T 세포, 9 x 108 개 CAR T 세포, 1 x 109 개 CAR T 세포, 또는 그 이상)를 생산한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 전술한 본 발명의 양상, 또는 이의 임의의 구체예의 방법에 의해 생산된 CAR T 세포를 특징으로 한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 (i) 본 발명의 상기 임의의 양상들 또는 구체예들의 방법에 의해 생산된 하나 이상의 CAR T 세포, 또는 이의 자손, 및 (ii) 하나 이상의 담체, 희석제, 및/또는 부형제를 포함하는 약학 조성물을 특징으로 한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 치료를 필요로 하는 개체의 암 치료 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 전술한 양상의 CAR T 세포, 또는 이의 자손, 또는 상기 약학 조성물을 개체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구체예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양이다.
일부 구체예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암이다.
일부 구체예에서, 폐암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이다.
일부 구체예에서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)이다.
일부 구체예에서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)이다.
일부 구체예에서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)이다.
일부 구체예에서, 환자에게 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 투여한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 그룹에서 선택된다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다.
일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1 및 B7-1 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 구체예에서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택된다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 구체예에서, 항체는 다음으로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다.
일부 구체예에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하는 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 샘플의 클론 확장된 T 세포들은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로서 식별한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 샘플의 클론 확장된 T 세포들은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로서 식별한다.
일부 구체예에서, 샘플은 클론 확장된 T 세포들을 포함하고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법을 특징으로 한다:
(a) 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
또 다른 양상에서, 본 발명은 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법을 특징으로 한다:
(a) 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
또 다른 양상에서, 본 발명은 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포는 CD8+ T 세포이다.
일부 구체예에서, CD8+ T 세포는 CTL이다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 각각 CDR들, CDR-1, CDR-2, 및 CDR-3를 포함하는 알파 및 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하고, 해당 알파 사슬 CDR-1, CDR-2, 또는 CDR-3, 및/또는 베타 사슬 CDR-1, CDR-2, 또는 CDR-3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일하다.
일부 구체예에서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일하다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 및/또는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 90% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 95% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 100% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 90% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 95% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 100% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.01%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.1%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 1%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 2%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 3%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 4%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 5%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 10%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 15%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 20%를 구성한다.
일부 구체예에서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 25%를 구성한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 개체의 말초 혈액 샘플에서 T 세포 수용체를 시퀀싱하는 단계 또는 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 개체의 말초 혈액 샘플에서 T 세포 수용체를 시퀀싱하는 단계 또는 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별한다.
일부 구체예에서, 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상이고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법을 특징으로 한다:
(a) 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
또 다른 양상에서, 본 발명은 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법을 특징으로 한다:
(a) 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
또 다른 양상에서, 본 발명은 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법을 특징으로 하며, 이 방법은 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구체예에서, T 세포는 CD8+ T 세포이다.
일부 구체예에서, CD8+ 세포는 세포독성 T 세포 (CTL) 또는 효과기 기억 T 세포 (Tem)이다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다.
일부 구체예에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단이다.
일부 구체예에서, 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함한다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 화학요법제를 포함한다.
일부 구체예에서, 화학요법제는 도세탁셀이다.
일부 구체예에서, 치료에 대한 반응성은 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 치료에 대한 반응성은 전체 생존 (OS)의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 중앙값이다.
일부 구체예에서, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 중앙값이다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균이다.
일부 구체예에서, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 평균이다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준은 참조 유전자에 대해 정규화된 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준이다.
일부 구체예에서, 참조 유전자는 CD8A이다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 발현 수준이다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 PFS의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS 및 PFS의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 2개 이상을 포함한다.
일부 구체예에서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 3개 이상을 포함한다.
일부 구체예에서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 4개 이상을 포함한다.
일부 구체예에서, 발현 수준은 핵산 발현 수준이다.
일부 구체예에서, 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준이다.
일부 구체예에서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
일부 구체예에서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq을 사용하여 검출된다.
일부 구체예에서, mRNA 발현 수준은 RT-qPCR을 사용하여 검출된다.
일부 구체예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양이다.
일부 구체예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암이다.
일부 구체예에서, 폐암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이다.
일부 구체예에서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)이다.
일부 구체예에서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)이다.
일부 구체예에서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)이다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 그룹에서 선택된다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다.
일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1 및 B7-1 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 구체예에서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택된다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 구체예에서, 항체는 다음으로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다.
일부 구체예에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
일부 구체예에서, 개체는 이전에 암을 치료받은 적이 없다.
일부 구체예에서, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제를 이전에 투여받은 적이 없다.
일부 구체예에서, 개체는 개체에 대한 백금-함유 화학요법제의 투여에 의해 이전에 암을 치료받은 적이 있으며, 개체는 화학요법제에 반응하지 않았다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료는 단일요법이다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 유효량의 하나 이상의 추가 치료제들을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서, 하나 이상의 추가 치료제는 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제, 면역조절제 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 구체예에서, 하나 이상의 추가 치료제는 면역조절제를 포함한다.
일부 구체예에서, 면역조절제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 구체예들에서, 개체는 인간이다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)을 식별하는 방법을 특징으로 한다. 상기 방법은 개체의 샘플에서 클론 확장 정도를 측정하기 위해 T 세포 수용체들을 시퀀싱하는 단계 또는 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계)를 포함할 수 있으며, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)에 대한 요법을 선택하는 방법을 특징으로 한다. 상기 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계)를 포함할 수 있으며, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별한다.
상기 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예들에서, 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상이다. 일부 구체예에서, 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)를 치료하는 방법을 특징으로 한다. 상기 방법은: (a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계)를 포함할 수 있으며, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및 (b) 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 면역-점수 발현 수준이) 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체 (예를 들어, 인간)의 암을 치료하는 방법을 특징으로 한다. 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법을 특징으로 한다. 상기 방법은: (a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계)를 포함할 수 있으며, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및 (b) 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법을 특징으로 한다. 상기 방법은 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함할 수 있으며, 이 때 치료 전, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준이 결정되었으며 상기 샘플의 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 치료 전, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준이 결정되었을 수 있으며, 상기 샘플의 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되었을 수 있다. 일부 구체예에서, T 세포들은 CD8+ T 세포, 가령, 세포독성 T 세포 (CTL, 본 명세서에서 “Tcyt”로도 지칭됨) 또는 효과기 기억 T 세포 (Tem)이다.
상기 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다. 일부 구체예에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단이다. 일부 구체예에서, 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함한다. 상기 참조 면역-점수 발현 수준은, 예를 들어, 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리할 수 있다. 이러한 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선될 수 있다.
일부 구체예에서, 상기 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리한다. 이러한 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제 또는 이들의 조합을 포함한다. 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 화학요법제, 가령, 도세탁셀을 포함한다.
일부 구체예에서, 치료에 대한 반응성은 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, 치료에 대한 반응성은 전체 생존 (OS)의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 중앙값이다. 예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 중앙값 일 수 있다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균이다. 예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 평균 일 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준은 참조 유전자, 가령, CD8A에 대해 정규화된 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준이다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 발현 수준이다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 PFS의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS 및 PFS의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 11개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 12개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 13개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 14개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 15개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 16개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 17개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 18개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 19개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 20개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 21개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 22개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 23개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 24개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 25개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 26개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 27개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 28개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 29개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 30개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 31개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 32개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 33개 모두를 포함한다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개, 또는 20개 모두를 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 11개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 12개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 13개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 14개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 15개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 16개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 17개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 18개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 19개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 20개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF로 구성된다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하기 표 1에 제시된 2-유전자 패널을 포함한다.
표 1: 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들과 함께 사용하기 위한 2-유전자 패널들의 예시
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하기 표 2에 제시된 3-유전자 패널을 포함한다.
표 2: 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들과 함께 사용하기 위한 3-유전자 패널들의 예시
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하기 표 3에 제시된 4-유전자 패널을 포함한다.
표 3: 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들과 함께 사용하기 위한 4-유전자 패널들의 예시
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, 및 HLA-H의 패널을 포함한다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개, 또는 20개 모두를 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 11개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 12개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 13개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 14개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 15개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 16개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 17개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 18개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 19개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 20개를 모두 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A로 구성된다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들, 가령, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C로 구성된다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들, 가령, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6으로 구성된다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상) 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상)을 포함한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 PLEK 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 HCST 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CTSW 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 KLRG1 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CD8A 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CCL5 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CD8B 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMH 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 HLA-C 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나의 미토콘드리아 유전자 및 하나 이상의 세포독성 유전자들을 포함한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-CYB 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-CO2 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4L 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ATP6 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하기 표 4에 제시된 세포독성 및 미토콘드리아 유전자들의 조합을 포함한다.
표 4: 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들과 함께 사용하기 위한 세포독성 및 미토콘드리아 유전자들의 패널들의 예시
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 1, 2, 3, 4, 5, 6개, 또는 7개 모두를 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 7개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A로 구성된다.
일부 구체예에서, 발현 수준은 핵산 발현 수준, 가령, mRNA 발현 수준이다. mRNA 발현 수준은, 예를 들어, RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정될 수 있다.
일부 구체예에서, 발현 수준은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, 정상 인접 조직 (NAT) 세포, 정상 인접 조직 (NAT) 세포, 또는 이들의 조합에서 검출된다. 일부 구체예에서, 샘플은 조직 샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 조직 샘플은, 예를 들어, 종양 조직 샘플, 가령, 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, NAT 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는 종양 조직 샘플일 수 있다. 일부 구체예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린 고정된 파라핀 포매 (FFPE) 샘플, 아카이브 샘플, 냉장 샘플 또는 냉동 샘플이다. 일부 구체예에서, 종양 조직 샘플은 FFPE 샘플이다.
일부 구체예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양이다. 예를 들어, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암 일 수 있다. 일부 구체예에서, 폐암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이다. 일부 구체예에서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)이다. 일부 구체예에서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)이다. 일부 구체예에서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)이다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 또는 PD-L2 결합 길항제이다. 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제할 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1 및 B7-1 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다. 항체는, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙) 일 수 있다. 일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 아테졸리주맙 (MPDL3280A)이다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 내포한다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 내포한다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. PD-1 결합 길항제는, 예를 들어, PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제할 수 있다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다. 항체는, 예를 들어, MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108 일 수 있다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질, 가령, AMP-224이다.
일부 구체예에서, 개체는 이전에 암을 치료받은 적이 없다. 일부 구체예에서, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제를 이전에 투여받은 적이 없다.
일부 구체예에서, 개체는 이전에 개체에 대한 백금-함유 화학요법제의 투여에 의해 암을 치료받은 적이 있다. 일부 구체예에서, 개체는 화학요법제에 반응하지 않았다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료는 단일요법이다.
일부 구체예에서, 상기 방법은 유효량의 하나 이상의 추가 치료제들을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 하나 이상의 추가 치료제는, 예를 들어, 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제, 면역조절제 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 추가 치료제는 면역조절제를 포함한다. 면역조절제는, 예를 들어, 항체 또는 이의 항원-결합 단편 일 수 있다. 본 발명의 조성물 및 방법들과 함께 사용될 수 있는 예시적인 면역조절제에는 항-TIGIT 항체 및 이의 항원-결합 단편, 항-CTLA-4 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD27 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD30 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD40 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-4-1BB 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-GITR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-OX40 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TRAILR1 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TRAILR2 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TWEAK 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TWEAKR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BRAF 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-MEK 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD33 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD20 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD52 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-A33 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-GD3 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-PSMA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-Ceacan 1 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-Galedin 9 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-HVEM 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-VISTA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-B7 H4 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-HHLA2 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD155 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD80 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BTLA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD160 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD28 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD226 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CEACAM1 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TIM3 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD96 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD70 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD27 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-LIGHT 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD137 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-DR4 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CR5 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-FAS 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD95 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TRAIL 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-DR6 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-EDAR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-NGFR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-OPG 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-RANKL 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-LTβ항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BCMA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TACI 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BAFFR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-EDAR2 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TROY 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 및 항-RELT 항체 또는 이의 항원-결합 단편이 포함된다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)을 식별하기 위한 키트를 특징으로 한다. 키트는 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약들 (예를 들어, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약들)을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 키트는 본 발명의 상기 양상들 또는 구체예들 중 어느 하나의 방법에 따른 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)를 식별하기 위한 상기 하나 이상의 시약들을 사용하는 것에 관한 지침서를 추가로 포함한다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료 후보인 암에 걸린 개체 (예를 들어, 인간)을 식별하기 위한 분석법을 특징으로 한다. 이러한 분석법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계 (예를 들어, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계)를 포함할 수 있다. 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별한다.
전술한 양상들의 일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다. 일부 구체예에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단이다. 일부 구체예에서, 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함한다. 상기 참조 면역-점수 발현 수준은, 예를 들어, 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리할 수 있다. 이러한 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선될 수 있다.
일부 구체예에서, 상기 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리한다. 이러한 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제 또는 이들의 조합을 포함한다. 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 화학요법제, 가령, 도세탁셀을 포함한다.
일부 구체예에서, 치료에 대한 반응성은 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, 치료에 대한 반응성은 전체 생존 (OS)의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 중앙값이다. 예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 중앙값 일 수 있다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균이다. 예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 평균 일 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준은 참조 유전자, 가령, CD8A에 대해 정규화된 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준이다.
일부 구체예에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 발현 수준이다.
일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 PFS의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS 및 PFS의 증가를 포함한다.
전술한 두 가지 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 11개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 12개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 13개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 14개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 15개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 16개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 17개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 18개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 19개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 20개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 21개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 22개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 23개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 24개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 25개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 26개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 27개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 28개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 29개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 30개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 31개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 32개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 33개 모두를 포함한다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개, 또는 20개 모두를 포함할 수 있다.
예를 들어, 전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 11개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 12개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 13개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 14개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 15개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 16개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 17개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 18개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 19개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 20개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF로 구성된다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 상기 표 1-3 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, 및 HLA-H의 패널을 포함한다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개, 또는 20개 모두를 포함할 수 있다.
예를 들어, 전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 11개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 12개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 13개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 14개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 15개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 16개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 17개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 18개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 19개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 20개를 모두 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A로 구성된다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들, 가령, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C로 구성된다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들, 가령, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6으로 구성된다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상) 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상)을 포함한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CST7 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 PLEK 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 HCST 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CTSW 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 KLRG1 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CD8A 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CCL5 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 CD8B 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 GZMH 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 HLA-C 및, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 어느 하나, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 2개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 3개 이상, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 4개 이상, 또는 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 5개 모두)을 포함한다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 하나의 미토콘드리아 유전자 및 하나 이상의 세포독성 유전자들을 포함한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-CYB 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-CO2 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ND4L 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 MT-ATP6 및 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 어느 하나, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 2개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 3개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 4개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 5개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 6개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 7개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 8개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 9개 이상, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 10개 이상, 또는 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 11개 모두)을 포함한다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 상기 표 4에 제시된 세포독성 및 미토콘드리아 유전자들의 조합을 포함한다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 1, 2, 3, 4, 5, 6개, 또는 7개 모두를 포함할 수 있다.
예를 들어, 전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 7개 모두를 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 하나 이상의 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A로 구성된다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 발현 수준은 핵산 발현 수준, 가령, mRNA 발현 수준이다. mRNA 발현 수준은, 예를 들어, RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정될 수 있다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 발현 수준은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, 정상 인접 조직 (NAT) 세포, 정상 인접 조직 (NAT) 세포, 또는 이들의 조합에서 검출된다. 일부 구체예에서, 샘플은 조직 샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 조직 샘플은, 예를 들어, 종양 조직 샘플, 가령, 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, NAT 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는 종양 조직 샘플일 수 있다. 일부 구체예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린 고정된 파라핀 포매 (FFPE) 샘플, 아카이브 샘플, 냉장 샘플 또는 냉동 샘플이다. 일부 구체예에서, 종양 조직 샘플은 FFPE 샘플이다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양이다. 예를 들어, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암 일 수 있다. 일부 구체예에서, 폐암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이다. 일부 구체예에서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)이다. 일부 구체예에서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)이다. 일부 구체예에서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)이다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 또는 PD-L2 결합 길항제이다. 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제할 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1 및 B7-1 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다. 항체는, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙) 일 수 있다. 일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 아테졸리주맙 (MPDL3280A)이다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 구체예에서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 내포한다.
전술한 두 양상들 중 어느 하나의 일부 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. PD-1 결합 길항제는, 예를 들어, PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제할 수 있다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2 모두에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다. 항체는, 예를 들어, MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108 일 수 있다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질, 가령, AMP-224이다.
도면의 간단한 설명
도 1A는 생물정보학 필터링 후 실시예 1에 기재된 6개 샘플의 데이터 세트에 대한 통계를 보여주는 차트이다. 샘플들은 T1 내지 N3 표지로 표시된, 실시예 1에 기재된 3명 환자의 종양 (T) 및 인접 정상 (N) 구획으로부터 유래한다. RNA 시퀀싱으로부터 시퀀싱된 전사체들 (“전사체”로 표지된 열), RNA 시퀀싱으로부터 유전자 발현 데이터가 있는 세포 (“세포”), 및 TCR 시퀀싱으로부터 클론형 할당된 세포 (“유형화”)의 수에 대한 총 수가 제공된다. 제일 오른쪽 열의 벤 다이어그램은 각 환자의 종양 및 NAT 구획들에 대하여 고유한, 그리고 이들 간에 공유되는 별개의 클론형들의 수를 보여준다.
도 1B는 실시예 1에 기재된 환자로부터 수득된 샘플에서 TCR 클론형들의 분율을 클론 상주 패턴 별로 보여주는 그래프이다. 분율들은 환자 (“Pat”로 약칭) 1 내지 3 각각에 대해 별도로 정규화된다. 각 분율은 왼쪽에서 오른쪽으로 채워지고 상단의 범례에 따라 음영 처리된 막대 영역의 길이로 표시하는데, 시퀀싱된 TCR 클론형들의 분율을 주어진 관찰된 세포 수 (싱글톤 또는 멀티플렛) 및 이의 세포들의 위치와 함께 나타내며, “NAT”및 “종양”은 이들 각 구획들에 있는 모든 세포들의 독점적 상주를 나타내고, 및 “이중-상주”는 두 구획들 모두에서 발견되는 세포들을 나타낸다.
도 1C는 클론 상주 패턴에 따른 T 세포 클론들의 산점도이다. 각 기호는 별개의 클론형을 나타내며, 각 환자마다 다른 기호를 사용한다. 각 클론형의 x 및 y-좌표는 NAT 및 종양 각각에서 관찰된 클론 수 (주어진 클론형을 가진 세포 수)에 해당하는 로그 스케일로 플롯되며 별개의 좌표 각각에 점들의 수를 표시하는 무작위 지터가 추가되어 있다. 그래프의 상이한 위치들이 오른쪽 상단에 표시된 NAT 및 종양 클론 수를 기초로 한 2-차원 팔레트를 사용하여 음영 처리된다. 둥근 직사각형 및 다각형은 그 세포들의 수 및 위치에 기반한, 클론들의 NAT 멀티플렛, 종양 멀티플렛, 및 이중-상주 클론 분류를 나타낸다. 표지 및 화살표는 NAT 또는 종양 싱글톤인 클론들을 가리킨다.
도 1D는 클론 상주 패턴에 따른 세포 분율을 보여주는 막대 그래프이다. 막대 그래프는 도 1A와 동일한 형식을 따르지만, 분율들은 별개의 클론형이 아니라 세포에 기반한다. 따라서 다수의 세포가 있는 확장된 클론은 비례 으로 더 큰 분율을 포함한다. 이중 상주 클론의 세포는 NAT 또는 종양에서의 위치에 따라 추가로 구분 될 수 있으며 두 개의 별도 범주가 생성된다.
도 2A는 유전자 발현과 클론 상주 패턴의 연관성을 보여주는 차트이다. 데이터세트의 모든 T 세포에 대한 유전자 발현 데이터로부터 산정된 각 클론 상주 패턴의 세포들은 공통 tSNE 맵에 별도로 플롯된다. tSNE 맵은 각 T 세포를 점으로 나타내며 유사한 유전자 발현을 가진 세포를 서로 가깝게 배치하고, 다른 유전자 발현을 가진 세포는 서로 멀리 배치한다. 각 클론 상주 패턴은 별도 도표로 표시되며 세포의 위치 및 클론 수를 기반으로 3 x 2 그리드로 구성된다. 6 개의 도표 각각에 대해, 데이터세트의 모든 세포들이 동일한 배경에 플롯되고, 각 클론 상주 패턴의 세포들은 도 1C의 2 차원 팔레트를 사용하여 음영 처리된다. 이러한 도표들은 클론 상주 패턴이 tSNE 맵의 별도 영역을 차지하며 유전자 발현과의 연관성이 있을 수 있음을 나타낸다.
도 2B는 T 세포 서브세트들에 대한 선별 마커 유전자의 발현을 보여주는 일련의 도표들이다. 16 개의 도표들이 도시되어 있으며, 각각은 도 2A에 기재된 동일한 tSNE 맵에서 유전자의 발현을 나타낸다. 각 세포는 Seurat에 의한 정규화 및 로그 변환 후 분위수에 기반한 연속 스케일로 주어진 유전자의 발현에 따라 음영처리되며, 여기서 밝은 회색은 최저 발현을 나타내고 어두운 음영은 데이터세트에서 더 높은 발현을 나타낸다. 각 tSNE 맵의 음영처리된 타원 및 검은색 선은 T 세포 서브세트들 및 클러스터들의 분할에 CD8 및 CD4 발현에 따른 균일한 랜드마크를 제공한다. 표지에 표시된 이들 랜드마크 및 T 세포 서브세트는 도 2C에 더 자세히 도시되어 있다.
도 2C 는 T 세포들의 서브세트들로의 클러스터링을 유전자 발현에 따라 보여주는 도표이다. 세포들의 클러스터링은 각 클러스터에 대해 임의로 할당된 음영에 의해 그리고 각 클러스터의 영역에 근접한 음영처리된 타원들에 의해 tSNE 맵에 표시되어 있다. 각 클러스터는 전체 유전자 발현 또는 특징적인 마커 유전자에 따라 표지로 표시한 바와 같이 명명되었으며, 이는 또한 일부 표지에도 표시되어 있다. 각 클러스터에 대해 명칭을 나타내기 위한 표지를 붙이는데, 이는 각 클러스터에 대한 명칭을 그 유전자 발현에 기반하여 제공한다. 추가 표지 및 선들은 자연 살해 T (NKT) 세포 및 T 상주 기억 (Trm) 세포에 대한 하위클러스터들의 분류를 나타낸다. 검은색 선은 CD8 또는 CD4의 발현에 기반한 클러스터들의 분할을 나타낸다. 일부 클러스터들은 CD8+ 및 CD4+ 세포들 모두를 가지며, 그리고 CD3+로 지정된다.
도 2D는 각 T 세포 서브세트에 대한 클론 상주 패턴을 보여주는 그래프이다. 도 2C의 각 T 세포 서브세트는 각 클론 상주 패턴에 속하는 이의 세포들의 분율을 특징으로 한다. 세포들의 분율은 상단의 범례에 따라 음영처리된 각 막대 영역의 길이로 표시된다. T 세포 서브세트들은 클론 상주 패턴들의 분포가 다른 것으로 도시된다.
도 2E는 다양한 클론 상주 패턴들을 보여주는 도표이다. 도 2D와 동일한 tSNE 도표를 도시하지만, 각 세포는 도 1C의 2차원 팔레트를 사용하여 그 종양 및 NAT 클론 크기에 따라 음영처리되어 있으며, 여기서는 오른쪽 상단에 도시되어 있다. 도 2D의 음영처리된 타원, 검은색 선, 및 클러스터 표지들 또한 플롯되어 랜드마크를 제공한다.
도 3A는 실시예 1에 기재된 각각의 T 세포 클러스터에 대한 클론 수 및 상주에 관한 일련의 산점도이다. 각 도표는 도 2C의 각 T 세포 클러스터에 대한, 도 1C의 데이터의 서브세트이다. 종양 및 NAT 클론 수의 공간은 회색선으로 표시된 4 개의 영역으로 나뉜다: NAT 클론 수가 0인 클론을 포함하는 종양-독점; 종양 클론 수가 0인 NAT 독점; 종양 및 NAT 수가 0이 아니고 종양 수가 NAT 수보다 크거나 같은, 종양 우세; 및 종양 및 NAT 수가 0이 아니고 NAT 수가 종양 수보다 큰 NAT 우세. 각 영역의 수치들은 단측 푸아송 검정의 p-값을 나타내며 이 때 다른 가정은 주어진 T 세포 서브세트에 대하여 관찰된 클론 수들이 모든 T 세포 서브세트들에 걸쳐 관찰된 평균에서 예상된 것 보다 크다는 것이다. 0.05 미만의 P-값은 빨간색으로 표시되며 T 세포 서브세트들을 상이한 클론 확장 양식으로 분류하는데 사용된다.
도 3B는 클론 확장 양식의 도식도이다. 이 도표는 도 3A에 예시된 클론 확장 양식을 요약한다. 클론은 도 1C와 동일한 규칙을 사용하여 점으로 나타낸다. 각 클론 확장 양식은 연관된 T 세포 서브세트들을 표시하는 표지와 각 양식에 대한 클론을 표시하는 음영처리된 영역으로 나타낸다. 선들은 상이한 클론 확장 유형들 사이의 분할을 나타낸다: 도 3A에 정의된 바와 같이 종양-독점, NAT-독점, 종양-우세 및 NAT-우세.
도 4A 는 실시예 1에 기재된, VDJdb의 공지된 바이러스-반응성 CDR3 서열들에 대한 세포 TCR들의 매칭을 보여주는 도표이다. 도 2C의 각 T 세포 클러스터는 통상적으로 발생하는 바이러스 (거대세포바이러스, 엡스타인-바 바이러스, 및 인플루엔자 A)의 공지된 에피토프에 반응하는 VDJdb 내 CDR3 서열에 매치되는 CDR3 아미노산 서열을 가지는 세포들의 분율로 특징된다. 각 T 세포 서브세트에서, 세포들의 수를 해당 T 세포 서브세트에 할당된 그리고 클론형을 가지는 세포들의 총 수로 나눈다. 세포들은 그 클론 수 및 상주에 따라 세분되며, 상단 범례에 따라 음영처리된 막대 영역으로 표시된다.
도 4B는 암 게놈 아틀라스 (Cancer Genome Atlas, TCGA)로부터 얻은 다중 암 CDR3 서열들에 대한 TCR 세포들의 매칭을 보여주는 도표이다. 실시예 1에서 얻은 데이터 세트의 CDR3 아미노산 서열들과 Li, B. 외의 문헌 Nat. Genet. 48, 725-732, 2016에 기재된 TCGA로부터 어셈블리된 716,720 TCR 서열들의 세트 간 매칭을 수행하였으며, 상기 문헌은 본 명세서에 그 전문이 참조문헌으로 포함된다. CDR3 아미노산 서열이 TCGA에서 3개 이상의 상이한 종양 유형에서 나타나는 경우 매칭이 계수되며, 이는 종양 항원 대신 바이러스 항원에 대한 반응성을 시사한다. 막대 그래프는 도 4A에서와 동일한 규칙을 따른다.
도 4C는 클론형들의 T 세포 조성을 보여주는 히트 맵이다. 이 히트 맵의 각 열은 전체적으로 관찰된 수가 적어도 10개인 열들에서의 개별 클론을 나타낸다. 히트 맵 내의 음영은 T 세포 서브세트 전반에 걸쳐 해당 클론에 대한 세포들의 비율을 나타낸다. 일부 T 세포 서브세트들은 추가 정보를 나타내기 위해 NAT (N) 또는 종양 (T)의 위치로 세분된다. T 세포 클러스터들의 별개 혼합물들을 나타내기 위해 클론들을 서로 유사성에 따라 분류하고, 두꺼운 선들의 직사각형으로 강조하였으며, 하단에 7개의 관찰된 T 세포 서브세트들의 혼합물로 표지하였다. 히트 맵 상단의 음영은 도 1C의 도식을 사용하여 각 클론형의 클론 수 및 상주를 나타낸다. 히트 맵 하단의 혼합물들의 음영은 해당 범례와 함께 각 혼합물에서 클론 확장 양식을 보여주며, 이는 히트 맵 상단의 클론 수 범위 및 상주 패턴에 의해 뒷받침된다.
도 4D는 8.2-Tem 세포의 클론 상주와 8.3-Trm 세포로의 분화 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 각 원은 하나 이상의 8.2-Tem 세포를 포함하는 고도로 확장된 클론형을 나타내며, x- 및 y- 좌표는 각각 NAT 및 종양의 8.2-Tem 세포 수에 해당하고 도 1C의 2 차원 팔레트에 따라 음영처리된다. 무작위 지터가 x- 및 y- 좌표의 정수 값들에 추가되어 동일한 수를 가지는 다수의 지점들의 발생을 보여준다. 각 원의 크기는 해당 클론형에서 8.3-Trm 세포들 (8.3a-Trm + 8.3b-Trm + 8.3c-Trm)의 총 수를 나타내며, 스케일은 도표 아래에 제공된다.
도 4E는 4.3- 활성화된 세포의 클론 상주와 4.1-Trm 세포의 확장 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 적어도 하나의 4.3-활성화된 세포를 내포하는 클론들을 제외하고 도 4D와 동일한 도표를 도시하며, 원의 크기는 각 클론에 대해 4.1-Trm 세포들의 총 수를 나타낸다.
도 4F는 4.2-활성화된 세포들의 클론 상주와 4.4 및 4.5 세포들의 수 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 적어도 하나의 4.3-활성화된 세포를 내포하는 클론들을 제외하고 도 4D와 동일한 도표를 도시하며, 원의 크기는 4.4-HSP, 4.5t-Ribo, 및 4.5n-Ribo 세포들의 총 수를 나타낸다.
도 4G는 고도로 확장된 클론형에서 유사분열 활성을 보여주는 그래프이다. 도 4C 하단에 도시된 T 세포 아형들의 각 혼합물은 종양 (T), NAT (N), 또는 둘 모두에서 3.2-유사분열 클러스터에 할당된 적어도 하나의 세포를 가지는 고도로 확장된 클론들의 분율로 특징된다.
도 5A는 실시예 1 및 2에 기재된 T 세포 아형들 전반에 걸친 세포들의 분율을 보여주는 도표이다. 각 환자 (약어 “Pat”)는 도 2C에서 상이한 T 세포 아형들에 할당된 세포의 분율로 특징된다. 분율은 상단의 범례에 따라 음영처리된 각 막대 영역의 길이로 표시된다. 최대 분율의 T 세포 아형들 또한 표지되며, 공간이 허용된다.
도 5B는 임상 시험 데이터에 적용된 유전자 세트 농축 분석 (GSEA)을 보여주는 도표이다. 부호 (signed) GSEA 분석은 실시예 2에 기재된 Seurat 기반 분석으로부터 얻은 1101개의 가장 고도의 가변 유전자들에 대해 수행되었다. 이들 유전자들은 각 T 세포 클러스터에 대해 랭크되는데, 왼쪽에 상향조절된 유전자들 (배수 변화 > 1) 그리고 오른쪽에 하향조절된 유전자들 (배수 변화 < 1)과 함께 흰색에서 검은색 구배로 표시하며, 랭킹의 양쪽 말단에 최소 (가장 유의한) p-값을 가진 유전자들이 존재하도록 정렬된다. 고도로 가변적인 유전자들은 또한 비-소세포 폐암 (NSCLC) 환자의 POPLAR 2상 임상 시험에서 얻은 벌크 RNAseq 발현을 기반으로 전체 생존과의 양의 그리고 음의 연관성에 대해 평가되었다. 각 T 세포 클러스터에 대해 임상 반응 유전자에 양의 연관성을 갖는 유전자는 상향조절된 유전자들 중 해당 순위에서 빨간색 눈금 (아테졸리주맙 반응의 경우) 및 파란색 눈금 (도세탁셀 반응의 경우)으로 표시된다. 임상 반응에 음의 연관성이 있는 유전자는 하향조절된 유전자들 중 해당 순위에서 검은색 눈금으로 표시된다. 분포 차이에 대한 통계적 테스트는 연결성 맵 (Connectivity Map) (Lamb, J. 외, Science 313, 1929-1935, 2006)의 농축 점수 방법을 사용하여 100,000 개의 무작위 순열의 분포와 비교하여 아테졸리주맙과 도세탁셀에 대해 개별적으로 수행되었으며, 결과는 p-값 및 q-값, 또는 다중 가설 검정을 위해 보정된 로컬 위 발견율로 나타내었다. 샘플 크기는 각 통계에 대해 “n1”으로 제공되며 임상 반응과 연관된 유전자들의 교차 수를 나타낸다. 모든 경우에 n2=1101 개의 유전자가 클러스터 구성원과 연관되었다. 아테졸리주맙에 대해 통계적으로 유의한 결과가 있는 (q <0.05) T 세포 클러스터는 회색 상자로 강조하였다.
도 5C는 각 T 세포 서브세트에서 임상적으로 연관된 유전자들의 순위를 나타내는 도표이다. 이 히트 맵은 도 5B에 도시된 유전자 세트 농축 분석에서 산정된, 각 T 세포 서브세트의 유전자 및 그 순위를 보여준다. 이들 값은 도 5B의 눈금에 해당하며, 이는 아테졸리주맙 요법에 대한 반응과 통계적으로 유의한 연관성을 보이는 유전자를 나타낸다. 각 열은 별개의 T 세포 아형을 나타내며 음영은 유전자의 순위를 나타내고, 이 때 순위는 다른 모든 세포들에 대한 T 세포 아형의 세포들의 유전자의 차등 발현에 관한 p-값을 기반으로 하였다. 회색으로 표시된 세포는 유전자가 해당 T 세포 서브세트에 대해 양성 로그 배수 변화를 보이지 않았음을 나타낸다. 평균 순위는 양성 로그 배수 변화가 있는 T 세포 서브세트들 중에서 각 유전자에 대해 산정되었으며, 유전자들의 평균 순위를 상단에서 하단으로 오름차순에 따라 정렬하였다. 평균 순위는 히트 맵 오른쪽의 도표로도 표시된다.
도 5D - 5I는 NSCLC에서 확장 방식과 임상 반응의 연관성을 보여주는 도표이다. 종양-상주 멀티플렛 (도 5F 및 5G), NAT-상주 멀티플렛 (도 5H 및 5I), 및 이중-상주 클론 (도 5D 및 5E)의 유전자 시그너처들에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100 환자) 그리고 시그너처 발현 별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 전체 생존 (OS) 및 무 진행 생존 (PFS) 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 5J - 5O는 요로상피세포 암종에서 아테졸리주맙의 단일-군 IMvigor210 임상 시험 (n=354 환자)에서 이중 (도 5J 및 5K), 종양, (도 5L 및 5M) 및 NAT (도 5N 및 5O) 확장 시그너처에 대한 다양한 컷오프에서의 OS (상단 패널들) 및 PFS (하단 패널들) 위험비를 도시하는 포레스트 도표들이다. 수염은 95% 신뢰 구간을 나타낸다.
도 6은 클론 확장 방식에 따라 분류된 고도로 확장된 클론에서의 유전자 및 그 발현의 히트 맵이다. 이 히트 맵의 각 열은 NAT (NAT-상주 멀티플렛), 종양 (종양-상주 멀티플렛) 또는 둘 모두 (이중-상주 클론)에서 10 개 이상의 고도로 확장된 클론을 사용하여 단일 클론형의 평균 유전자 발현을 나타낸다. 이중-상주 클론은 NAT에 위치한 세포와 종양에 위치한 세포로 더 세분된다. 20개의 싱글톤 세포들을 무작위로 풀링하고 평균 유전자 발현을 산정함으로써 NAT 및 종양 싱글톤 방식에 관하여 열들을 작성하였다. 높은 유전자 발현 영역들을 직사각형으로 표시하고 간단한 설명과 함께 카테고리 A에서 H로 표지하였다.
도 7은 실시예 2의 표 7에 제시된 유전자 발현 수준의 상호 상관관계를 보여주는 히트 맵이다. 이 히트 맵은 표 7에 열거된 패널에 속하는 유전자들 중 특히 높은 내부 상관 관계를 나타내는 2개 서브세트가 존재함을 나타낸다. 첫번째 서브세트는 5개 미토콘드리아 유전자들: MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB를 내포한다. 두번째 서브세트는 11개 세포독성 유전자들: PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, 및 HLA-C를 내포한다. 상관 계수들은 0에서 1.00까지의 연속 상에 음영으로 표시된다.
도 8A - 8N은 NSCLC에서 임상 반응과 특정 세포 독성 및 미토콘드리아 유전자의 발현 수준의 연관성을 보여주는 도표들이다. 다음 유전자들: CST7 (도 8A 및 8B), MT-ND4 (도 8C 및 8D), CST7와 MT-ND4의 조합된 발현 (도 8E 및 8F), MT-CYB (도 8G 및 8H), CST7과 MT-CYB의 조합된 발현 (도 8I 및 8J), MT-CO2 (도 8K 및 8L), 및 CST7과 MT-CO2의 조합된 발현 (도 8M 및 8N)에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93의 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100의 환자) 그리고 발현 수준별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 OS 및 PFS 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 9A - 9F는 NSCLC에서 임상 반응과 세포 독성 및 미토콘드리아 유전자 패널들의 발현 수준의 연관성을 보여주는 도표들이다. 다음 유전자 패널들: 세포독성 유전자 (PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, 및 HLA-C, 도 9A 및 9B), 미토콘드리아 유전자들 (MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB, 도 9C 및 9D), 및 세포독성 유전자들과 미토콘드리아 유전자들의 조합된 발현 (PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, HLA-C, MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB, 도 9E 및 9F)에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93의 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100의 환자) 그리고 발현 수준별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 OS 및 PFS 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 10A - 10J는 Guo, X. 외의 최근 보고서 Nat. Med. 24, 978 (2018)에 기재된 T 세포 클론들에 대한 클론 수 및 상주 유형을 보여주는 도표들이며, 상기 문헌은 본 명세서에 참조로 포함된다. 하기 실시예 1에서 분석된 3명의 환자에 대해 설명된 클러스터링 분석은 14 명의 환자 전반에 걸쳐 종양, NAT 및 말초 혈액의 다양한 샘플들을 포함하는 Guo 외의 문헌의 데이터세트에 적용되었다. 각 도표는 현재 프레임워크의 T 세포 서브세트를 대표적인 유전자들에 의해 결정하여 기타 데이터세트의 상응하는 클러스터와 함께 나타낸다. 도표들은 도 1C 및 3A의 도표들과 유사하며, 이 때 NAT 및 종양 클론 수는 각각 x- 및 y- 축에 좌표로 나타내고, 하단에 표시된 2 차원 팔레트에 따라 음영처리된다. 여기서 말초 혈액 클론 수는 각 범례에 따라 각 점의 크기로 표시된다. 4
도 11A - 11D 는 Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)의 데이터세트로부터 얻은 T 세포 유전자 시그너처를 사용하여 NSCLC에서 확장 방식과 임상 반응의 연관성을 보여주는 도표이다. 이중-상주 클론 (도 11A 및 11B) 및 종양-상주 클론 (도 11C 및 11D)의 유전자 시그너처들에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100 환자) 그리고 시그너처 발현 별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 전체 생존 (OS) 및 무 진행 생존 (PFS) 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 11E - 11H 는 Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)의 데이터세트로부터 얻은 T 세포 유전자 시그너처들을 사용하여 다양한 컷오프에서 OS (상단 패널들) 및 PFS (하단 패널들) 위험비를 도시하는 포레스트 도표들이다. 이 도표들은 요로상피세포 암종에서 아테졸리주맙의 단일-군 IMvigor210 임상 시험 (n=354의 환자들)에서 이중-상주 T 세포 유전자 시그너처 (도 11E 및 11F) 및 종양-상주 T 세포 유전자 시그너처 (도 11G 및 11H)에 대한 임계값-종속 위험비를 도시한다. 수염은 95% 신뢰 구간을 나타낸다.
도 12A - 12I는 이중 클론 확장이 말초 클론 확장과 연관됨을 보여주는 도표들이다. (도 12A) NAT 및 종양 구획들에 대한 클론 확장 산점도. 각 환자를 별개의 산점도로 나타내는데, 각 점은 별개의 클론형을 나타내고, 및 스케일에서 x- 및 y-좌표는 각각 NAT 및 종양 구획들에서 log((1+클론형 세포 수)/(총 세포))에 상응하며, 0의 수를 표현하는 것이 가능하다. 이러한 좌표들은 각 구획에서 해당 클론형에 대한 세포들의 상대적 비율을 나타낸다. 오른쪽 하단에 있는 2차원 팔레트를 사용하여 점들의 색상이 지정되는데, 이 때 NAT 수가 증가하면 파란색 음영이 어두워지고, 종양 수가 증가하면 분홍색이, 그리고 양쪽 구획들의 수가 증가하면 보라색이 된다. 단 하나의 관찰된 클론 수, 또는 싱글톤을 가지는 클론형들의 색상은 노란색 (NAT 클론 수 1) 또는 오렌지색 (종양 클론 수 1)으로 지정된다. 수직 및 수평 회색 선은 각 구획 내 부재 (해당 클론형에 대한 0 개 세포 수)와 존재 (1 개 이상의 세포 수) 사이의 구분을 나타내며, 이는 클론 확장 패턴의 정의에 사용된다. 회색 대각선은 두 구획에서 동일한 세포 분율을 나타낸다. 각 표제의 수치는 로그-로그 스케일에서 이중 확장 클론의 피어슨 상관 계수로 측정한 병렬 확장의 정도를 나타내며, 환자는 계수 감소순으로 정렬된다. (도 12B) 종양, NAT, 및 혈액 구획들에 대한 클론 확장 산점도. 이러한 도표들은 (도 12A)의 도표들과 유사하지만 혈액 scTCR-seq 샘플을 가진 4명의 환자에 대한 데이터를 제공한다. 녹색 및 갈색이 혈액 싱글톤 및 멀티플렛 각각을 나타내기 위해 추가되지만, 혈액 싱글톤의 우세는 혈액 멀티플렛이 거의 보이지 않음을 의미한다. 각 클론에서 관찰된 혈액 세포의 수는 하단의 범례에 따라 각 점의 크기로 나타낸다. (도 12A)에서와 같이, 각 표제의 수치들은 병렬 확장의 정도를 나타내며, 환자들은 계수 감소순으로 정렬된다. (도 12C) 구획에 따른 세포들의 벤 다이어그램. 각 환자를 혈액 샘플에 따라 (도 12B)의 해당 산점도에 매치되는 벤 다이어그램으로 나타낸다. 각 벤 다이어그램에는 중앙부 전반에 5개의 조직 기반 클론 확장 패턴에 관한 타원들이 포함되어 있으며, 오른쪽의 범례에 따라 색상이 지정되고, 상단과 하단에는 혈액에 존재하는 클론형을 나타내는 큰 타원으로 추가로 세분되는데, 상단의 어두운 녹색 타원으로 표시된 혈액 중 단일 세포 (혈액 비-확장 클론들), 및 하단의 갈색 타원으로 표시된 혈액 중 다수의 세포들(혈액 확장된 클론)로 나타낸다. 따라서 표현된 세포들이 없는 세포들은 중앙 부분에 수치로 표현되며 오버랩되는 큰 타원이 없다. 종양 또는 NAT 중에는 존재하지 않고 혈액 중에만 존재하는 클론형들의 세포들은 또한 혈액 싱글톤 (밝은 녹색 영역) 및 혈액 멀티플렛 (밝은 갈색 영역)에 대한 큰 타원들의 영역들로 나타낸다. 각 벤 다이어그램의 오른쪽에있는 수치는 상단 및 하단 타원들의 총합을 나타내며, 혈액 비-확장 및 확장 클론형의 총 세포 수를 나타낸다. (도 12D) 혈액 확장. 각 막대 그래프는 상기 벤 다이어그램에 상응하며, 혈액 비-확장 클론형 (상단 타원형) 및 확장된 클론형 (하단 타원형)의 세포들의 분율을 각각 녹색 및 갈색 막대로 보여준다. 각 막대 위의 수치는, 분율을 산정하는데 사용된 각 벤 다이어그램의 오른쪽에 있는 수를 보여준다. (도 12E) 혈액 확장된 클론들에 의한 종양/NAT 내부로의 침윤. 각 막대 그래프는 (도 12C)의 오른쪽 범례에 따라 색상이 지정된 5개의 조직 기반 클론 확장 패턴들과 혈액 멀티플렛으로의, 혈액 확장된 클론형들 (하단 타원형)의 분포를 보여준다. 공간이 허용되는 경우, 각 막대 위의 수치는 분율을 산정하는데 사용된 벤 다이어그램의 수들을 보여준다. (도 12F) 혈액 확장된 클론들에서 종양/NAT TCR들의 존재. 각 막대 그래프는 (도 12C)의 하단 타원 또는 혈액 확장된 클론형과 TCR을 공유하는 각 조직-기반 클론 확장 패턴의 세포들의 백분율을 보여준다. 막대들은 (도 12C)의 오른쪽 범례에 따라 색상-구분되며, 또한 다음과 같은 약어들로도 표지된다: n=NAT 싱글톤, N=NAT 멀티플렛, D=이중-확장, T=종양 멀티플렛, 및 t=종양 싱글톤. 각 막대 그래프의 이중-확장된 패턴 위의 수치는 백분율 산정에 사용된 벤 다이어그램에서의 수를 보여준다. (도 12G) 혈액, 종양, 및 NAT 간 TCR 레퍼토리들의 상관관계. 각 점은 혈액 샘플이 있는 4 명의 환자의 클론을 나타내며, 혈액 중 절대 클론 크기 대 종양 (왼쪽) 또는 NAT (오른쪽) 중 클론 크기에 따라 로그-로그 스케일로 플롯되고 오른쪽 2-차원 팔레트을 사용하여 클론 확장 패턴에 따라 색상으로 구분된다. 수치 0을 표현할 수 있도록 각 클론 크기에 1의 값을 추가한다. 회색 가로 및 세로 선은 수 0과 수 1을 구분한다. (도 12H) 외부 데이터 세트에 의한 클론 크기 상관관계의 확증. Guo 외, 2018 문헌의 데이터세트를 사용하여 (도 12G)에서와 동일한 도표가 제시된다. (도 12I) 혈액 확장과 병렬 조직 클론 확장 간의 연관성. 각 점은 Guo 외, 2018의 데이터세트의 환자를 나타내며 그 분석을 도 21에 요약한다. x-좌표는 혈액 확장된 대 비-확장된 클론형들에서의 세포들의 분율로 산정된 혈액 확장 정도를 나타낸다. y-좌표는 종양/NAT 클론 병렬 확장의 정도로서, 이중-확장된 클론형의 피어슨 상관 계수로 측정되며 (1+혈액 중 클론 크기)로 가중치가 부여된다. 데이터세트의 14 명의 환자 중 10 명만이 y 좌표를 산정하기에 충분한 샘플링을 가졌으며, NAT에서 샘플링을 하지 않은 2 명의 환자 그리고 이중-확장된 단일 클론만 가지는 2 명의 환자가 있었다. 스피어먼 상관관계를 사용한 통계 테스트는 오른쪽 하단 코너에 표시된 0.04의 p-값을 산출하였다.
도 13A - 13J는 T 세포 아형들이 클론 확장 패턴들과 연관됨을 보여주는 도표들이다. (도 13A) 유전자 발현의 2차원 맵핑. 이 도표는 단일-세포 유전자 발현 데이터를 차원 축소시켜 각각 처음 2개 성분들, x- 및 y- 좌표로 플롯한 데이터세트의 각 세포 각각을 보여준다. 각 클러스터에 대해 별개의 색상이 선택되었으며 세포들은 그 클러스터 할당에 따라 색상이 지정되었다. 클러스터 영역을 근사화하고 생물학적 의미를 제공하는 타원 및 표지들을 수작업으로 추가하였다. 도면 중간의 곡선은 CD8+ (왼쪽)와 CD4+ (오른쪽) T 세포들 사이의 분할을 나타낸다. (도 13B) T 세포 아형들과 외부 유전자 시그너처들의 비교. 열에 있는 본 연구의 클러스터 할당과 행에 있는 Guo 외, 2018 (상단 패널) 및 Yost 외, 2019 (하단 패널)의 외부 유전자 시그너처들에 제공된 것들 간 세포들에 관한 정규화된 교차표가 도시된다. 도시된 히트맵의 강도는 세포들이 두 클러스터 세트들로 분류되었던 빈도를 나타낸다. 본 연구의 클러스터들을 나타내는 열들은 (도 13A)의 구성표에 따라 색상이 지정된다. (도 13C) 선별된 바이오마커. 상자도표들은 Seurat를 사용하여 산정된 통합 분석으로부터 스케일된 데이터에서 가져온, 클러스터들 전반에 걸쳐 선택된 유전자들의 발현 분포를 도시한다. 상자는 사분위수 범위를 나타내며 중앙값은 중간에 선으로 표시된다. 수염은 중앙값에서 사분위수 범위의 1.5 배를 추가로 보여주며 데이터 범위에 의해 제한된다. 각 유전자에 대한 범위는 모든 상자도표들의 사분위수 범위를 포함하도록 선택되었다. 각 상자도표는 (도 13A)의 구성표에 따라 색상이 지정된다. (도 13D) 줄기-유사 대 최종 고갈. 상부 도면은 Seurat를 사용하여 산정된 SCT 분석으로부터 얻은 수의 분위수에 대한 연속 색상 구성표 및 세포들의 출처: 종양 (빨간색), NAT (파란색) 또는 혈액 (녹색)를 사용하여 (도 13A)의 맵에 오버레이시킨 PDCD1 (PD-1)의 유전자 발현을 보여준다. 하부 도면은 줄기-세포 고갈 대 최종 고갈에 대한 공개된 유전자 시그너처 점수 값들 (Im 2015)을 보여준다. (도 13A)의 클러스터 타원들이 참조로 제공되어 있다. (도 13E) 종양 및 NAT 기원. 종양 및 NAT 구획들의 세포들은 (도 13A)의 맵 위에 플롯되고 각각 빨간 색 및 파란 색으로 색상이 지정된다. (도 13A)의 클러스터 타원들이 참조로 제공되어 있다. 종양 세포의 전체 분율은 범례에 제공되며 14명의 환자 모두에 대하여 각 클러스터의 종양 세포 분율이 제공된다. (도 13F) 상주 기억 T 세포들의 비교. 상주 기억 T 세포를 나타내는 8.3a, b 및 c 클러스터에 대한 요약 통계가 제공되며, 이는 각 클러스터에 대한 (도 13D) 및 (도 13E)의 수치 값들을 보여준다. 막대들은 (도 13A)의 구성표를 사용하여 색상이 지정된다. (도 13G) 혈액 확장. 혈액 구획의 세포들은 (도 13A)의 맵 위에 플롯되고 혈액 수가 1인 경우 녹색으로, 혈액 수가 1 보다 크게 증가하는 경우 갈색의 구배로 색상이 지정된다. 종양 및 NAT 구획들의 세포들은 플롯되지 않는다. 도 7D에서 보는 바와 같이, 4 명의 환자 전반에 걸쳐 높은 가변성 정도로 인해 분율이 제공되지 않는다. (도 13H) 세포 별 클론 확장 패턴들. 종양 또는 NAT의 각 세포가 (도 13A)의 맵 위에 플롯되고 왼쪽 하단의 2 차원 팔레트를 사용하여 부모 클론의 조직-기반 클론 확장 패턴에 따라 색상이 지정된다. (도 13A)의 타원들이 참조로 제공되어 있다. (도 13I) 아형 별 클론 확장 패턴. 각 점은 혈액 샘플을 가진 4 명의 환자로부터 조합된 클론을 나타내며, NAT 및 종양의 절대 세포 수에 따라 로그 스케일을 사용하여 플롯된다. 혈액 중 클론 크기는 하단의 범례에 따라 점의 크기로 표시된다. 클론들을 1차 세포 클러스터에 따라 분류하고 별도의 도표들에 배치하고 (도 13A)의 구성표를 사용하여 색상을 지정하였다. 8.3a, 8.3b, 및 8.3c 클러스터들의 클론들은 하나의 도표에 조합되었으나, 그 클러스터에 따라 별도로 색상을 지정되었다. (도 13J) 환자 별 클론 확장 패턴. 혈액 샘플을 가진 4 명의 환자들의 클론들을 도 12B에서와 동일한 표현방식을 사용하여 보여준다. 상기 도면에서와 같이, x- 좌표와 y- 좌표는 각각 NAT 및 종양에서의 세포 분율들을 표시하며 점의 크기는 하단의 범례를 사용하여 혈액 중 절대 세포 수를 나타낸다. 그러나, 이제 클론은 (도 13A)의 구성표를 사용하여 클론 확장 패턴 대신 1차 세포 클러스터 별로 색상이 지정된다.
도 14A - 14D는 종양에서 고갈되지 않은 CD8+ T 세포가 말초 혈액으로부터 축적됨을 보여주는 도표들이다. (도 14A) TCR 표현은 치료 후 신규 CD8+ 클론형과 치료 전 혈액 사이에 상관관계가 있다. Yost 외, 2019 문헌의 6명 환자들에 대한 산점도가 도시되며, 치료 전과 후의 종양에서 그리고 치료 전 또는 후의 벌크 TCR-seq 혈액 샘플에서의 클론들과 매칭된다. CD8+ 아형이 치료 후 1차 세포 클러스터인 치료 후 신규 클론형들은 치료 전 scTCR-seq 분석에서는 발견되지 않으나 치료 후에 발견됨에 의해 식별되었으며, 벌크 TCR-seq으로 얻은 치료 전 혈액에서 (환자 bcc.su002의 경우 치료 후 혈액으로 재분류) 그리고 scTCR-seq으로 얻은 치료 후 종양에서 클론 크기에 따라 플롯되었다. 클론들은 외부 분석에서 결정하여 치료 후 종양에서 이들의 1차 세포 클러스터 별로 색상이 지정된다. 수직 회색 막대는 혈액에서 클론 크기가 0인 클론들을 클론 크기가 1 이상인 클론들과 분리하며, 이로써 신규 클론들을 왼쪽의 혈액-무관 클론들 및 오른쪽의 혈액-연관 클론들로 분리한다. 환자들은 혈액과 TCR들을 공유하는 신규 CD8+ 클론형들의 총 세포 수 (하단에 수치로 표시)에 따라 정렬된다. (도 14B) 치료 전 및 후 혈액 내 TCR 레퍼토리. (도 14A)의 6명의 환자에 대하여 치료 전과 후의 혈액 내 클론 크기에 관한 산점도들이 도시되어 있다. 좌표들은 각 TCR 베타 사슬에 대해 관찰된 템플릿 수를 나타낸다. 치료 전 혈액 샘플이 없는 환자 bcc.su002의 경우, 모든 점들을 표시하기 위해 수평 지터가 추가된 1차원 스트립 차트가 대신 도시되어 있다. 각 도표 아래의 수치들은 10개 이상의 모든 클론 크기에 대해 섀넌 엔트로피로 측정된 각 클론 크기 분포에 대한 치료 전 및 치료 후 클론 다양성을 표시하며, 임계값은 낮은 수준의 샘플링에서 오는 노이즈의 영향을 줄이기 위해 선택된다. 클론 다양성의 증가량은 왼쪽 하단에서 오른쪽 상단으로 주 대각선을 따라 클론들의 존재가 증가함에 따라 시각적으로 관찰 될 수 있다. (도 14C) 종양에서 CD8+ T 세포 클론들의 추적. (도 14A)의 각 환자에서, 치료 전 또는 후 종양에서 1차 세포 클러스터로서 CD8+ 아형에 관한 클론들을 선택하였다. 클론들이 치료 전 혈액 (또는 치료 전 혈액 샘플이 없는 환자 bcc.su002의 경우, 치료 후 혈액)에서 TCR을 공유하는지 여부에 따라 이들 클론들을 분리하였다. 혈액-연관 신규 클론들, 또는 혈액과 TCR들을 공유하는 클론들은, “혈액+”표제의 도표들로 상단 패널에 플롯된다. 혈액-무관 신규 클론들, 또는 혈액과 TCR들을 공유하지 않는 클론들은, “혈액-”표제의 도표들로 하단 패널에 플롯된다. 각 도표에서, 클론들은 치료 전 (“rx 전”) 또는 치료 후 (“rx 후”) 측정값에 따라 추가로 분류되었으며, 그리고 또한 사라지는 것 (치료 전에는 존재하나 치료 후 scRNA-seq에는 없음), 잔존하는 것 (모두에 존재), 또는 신규한 것 (치료 후에는 존재하지만 치료 전 scRNA-seq에는 없음)으로, 각각 “소멸”, “잔존”, 및 “신규”로 약칭하여 분류되었다. y- 좌표는 치료 전 또는 치료 후 종양에서 각 클론의 크기를 나타내며, 원본 논문에서 결정한 바와 같이 치료 전 또는 치료 후 클러스터 할당에 따라 적절하게 색상이 지정된다. 잔존 범주에서 치료 전과 치료 후 클론형들의 매칭은 회색 선으로 연결된다. 잔존 범주에서 치료 전 조건에 대한 치료 후 조건에서의 클론 크기들의 평균 비율을 혈액-매칭 및 혈액-비 매칭 범주에 대해 산정하여 각 쌍의 도표들 아래에 수치로 제공한다. (도 14D) 종양 확장 및 혈액과의 TCR 공유에 따른 신규 CD8+ 클론형들에 대한 세포 클러스터들의 분포. CD8+ 클론형을 가지는 종양 내 혈액-연관 및 혈액-무관 신규 클론들을 식별하여 비-확장된 (종양 클론 크기 = 1) 또는 확장된 (종양 클론 크기 > 1) 클론들로 추가로 분리하였으며, 도면에서 각각 “비-확장”및 “확장”으로 약칭된다. 각 범주에서, 상기 클론들에 속하는 세포들을 처음 분석의 클러스터 할당에 따라 표로 작성하고, 그 분포를 하단 범례에 따라 색상을 지정하여 막대 그래프로 나타내었다. 클러스터들의 고갈 및 비-고갈 범주들로의 분류가 범례에 제공되어 있다.
도 15A - 15D는 CD8+ 클러스터들에 대한 임상 연관성을 보여주는 도표들이다. (도 15A) 환자들 전반에 걸친 CD8+ 클러스터들에 대한 유전자 발현 프로파일. 이 히트맵은 도 13A의 비지도 (unsupervised) 분석으로부터 얻은, CD8+ 클러스터들에 대한 환자 클러스터 각각 (열)에서 각 유전자의 유전자 발현 프로파일 (행)을 보여준다. 각 시그너처들에 대한 유전자들을, 로지스틱 회귀분석시 최고 부호화된 이탈도 (highest signed deviance)를 보이는 20개로 선택된 행들에 분류한다. 하나 이상의 시그니처에서 중복된 유전자들은 낮은 순위의 유전자에 할당되었다. 각 환자의 세포들을 클러스터별로 분류하고 해당 환자의 다른 모든 CD8+ 클러스터들에 대해 각 그룹의 평균 로그 배수 변화를 산정했다. 히트맵에서 각 셀은 생성된 로그 배수 변화를 나타내며, 하단의 팔레트에 의해 색상이 지정된다. (도 15B) 클론확장 패턴들 전반에 걸친 CD8+ 클러스터들에 대한 유전자 발현 프로파일. 각 환자의 세포가 부모 클론의 클론 확장 패턴에 따라 분류되었다는 점을 제외하고 (도 15A)와 표현방식이 동일하다. (도 15C) CD8+ 클러스터들에 대한 유전자 시그너처들의 포레스트 도표. 각 점은 CD8+ 클러스터에 대한 20개-유전자 시그니처들의 유전자를 나타내며 x-좌표는 임상 시험의 각 군에서 무 진행 생존 (PFS)에 대한 위험비를 나타내며 별도의 행으로 표시된다. 모든 점을 시각화 할 수 있도록 수직 지터가 추가되었다. 1 미만의 위험비는 생존과의 유리한 연관성을 나타낸다. 각 시그너처의 오른쪽에 있는 수치들은, 벤자민-호흐버그(Benjamini-Hochberg) 절차를 사용하여 다중 가설 검정을 위해 조정된, 위험비가 1 이상이라는 귀무 가설에 대한 유전자의 평균 위험비 (HR) 및 단측 p-값을 나타낸다. 조정된 p-값 < 0.05을 산출하는 통계 결과는 빨간 색으로 지정된다. (도 15D) 카플란-마이어 생존 곡선. 8.1-Eff (왼쪽) 및 8.2-Tem (오른쪽) 시그너처들에 대한 카플란-마이어 곡선들이 플롯되어 있으며, 환자들은 각 시험에서 각각의 중앙값 초과 (빨간 색) 및 이하 (검은 색)의 시그너처 점수로 이분화된다. 각 곡선은 x-축에는 무 진행 생존 (PFS)을 그리고 y-축에는 생존한 환자 분율을 보여준다. 각 생존 곡선에서 + 기호들은 중도절단(censoring) 발생을 나타낸다. 각 도표의 범례는 두 환자 집단을 비교하는 Cox 비례 위험 모델의 위험비 (HR) 및 p-값을 나타내며, p-값 <0.05는 별표로 표시된다.
도 16A - 16F는 샘플 통계 및 클론 확장 패턴들을 보여주는 도표들이다. (도 16A) 클러스터들 간 CD3- 및 CD45-선택된 샘플들의 표현. 본 연구에서 면역 세포의 샘플은 CD3 (T 세포만 포함할 것으로 예상됨) 또는 CD45 (T 및 비-T 세포 모두 포함)에 대해 선별되었으므로 T 세포와 비-T 세포를 컴퓨터산정하여 분리해야했다. T 세포들에 대한 분리 과정의 결과는 CD3 및 CD45-선택된 샘플들 모두로부터의 세포들을 포함하는 클러스터들을 산출하여야 한다. 막대 그래프는 비지도 클러스터 분석으로부터 얻은 T 세포 클러스터들 전반에 걸친 샘플들의 분포를 보여주며, 각각 빨간색 및 파란색으로 지정된 CD3- 및 CD45-선별 샘플 별로 예상되는 표현을 보여준다. (도 16B) 환자들간 T 세포들의 혼합. 모든 세포들에 대한 2차원 맵을 보여주며, 이는 도 13A의 차원 축소 산정에 해당한다. 각 세포는 환자의 출처별로 색상이 지정된다. 환자들은 맵 간에 잘 혼합되어 있는 것으로 관찰되며, 이는 개별 데이터세트들의 적절한 통합을 나타낸다. (도 16C) 샘플 통계. T 및 비-T 범주로 분리된 후 데이터세트의 셀들에 대한 통계가 제공된다. CD45-선별 샘플들의 존재는 CD3-선별 샘플들에서 비-T 세포들의 수를 차지하는 오염성 비-T 세포들(contaminating non-T cells)을 식별할 수 있게 한다. 4가지 암 유형들: 비소 세포 폐 암종 (Lung), 자궁내막 선암종 (Endo), 결장직장 선암종 (Colon), 및 신장 투명 세포 암종 (Renal)의 환자들을 얻었다. 수치들은 scRNA-seq로부터 얻은 전사체 및 세포들의 총 수, 그리고 scTCR-seq로부터 얻은 클론형들을 가진 세포들의 수를 나타낸다. 세포를 별개의 클론형으로 분류하고 각 샘플에 대한 별개 클론형들의 수를 도시한다. (도 16D) 구획들 간 TCR 공유. 클론형들을 환자의 구획들에 매칭하였다. 각 샘플에 대한 벤 다이어그램을 (도 16C)의 해당 행 근처에 나타낸다. 각 Venn 다이어그램은 각 구획에 고유한 또는 구획들간 공유되는 별개 클론형들의 수를 보여준다 (N=NAT, T=종양, B=혈액). (도 16E) 클론들의 클론 확장 패턴 별 분포. 각 클론은 종양 및 NAT 구획들의 클론 크기에 기반하여 클론 확장 패턴으로 분류되었다. NAT 싱글톤은 NAT 세포 수 (또는 클론 크기)가 1이고 종양 클론 크기가 0인 클론들이었으며, 및 NAT 멀티플렛은 NAT 클론 크기가 2 이상이고 종양 클론 크기가 0이었다. 역으로, 종양 싱글톤은 종양 클론 크기가 1이고 NAT 클론 크기가 0인 클론이었으며, 종양 멀티플렛은 종양 클론 크기가 2 이상이고 NAT 클론 크기가 0 이었다. 이중-확장 클론은 종양 및 NAT 모두에서 클론 크기가 1 이상이었다. 막대 그래프들은 각 환자에서 이러한 분류에 따른 클론들의 분포를 보여주며, 하단의 범례에 따라 색상이 지정되었다. 각 환자에서 대부분의 클론형들은 싱글톤이었으나, 9-18%의 클론형들은 멀티플렛 또는 이중-확장 클론이었다. (도 16F) 세포들의 클론 확장 패턴 별 분포. NAT (왼쪽) 및 종양 (오른쪽)의 각 T 세포는 그 부모 클론의 클론 확장 패턴에 따라 분류되었다. 막대 그래프들은 각 환자에서 이러한 분류에 따른 세포들의 분포를 보여주며, 하단의 범례에 따라 색상이 지정되었다. 이중 확장된 클론들의 세포들은 종양 및 NAT에서 T 세포의 큰 분율을 나타내며 경우에 따라 대부분의 T 세포를 구성한다.
도 17 은 외부 데이터세트에서 병렬 종양/NAT 확장 및 말초 클론 확장의 연관성을 보여주는 도표들을 제공한다. Guo 외, 2018 문헌의 14명의 비소 세포 폐 암종 환자들을 각각 NAT 및 종양의 클론 크기로 플롯한, 각 클론형에 대한 점을 보여주는 산점도로 도시하며, 점의 크기는 하단 오른쪽 범례에 따른 혈액 중의 클론 크기를 나타낸다. 각 점의 색상은 오른쪽 하단의 2차원 팔레트에 기반한다. 각 환자는 또한, 도 12D - 12F에서와 동일한 표현방식 및 색상 구성표를 사용하여, 혈액 확장 정도, 혈액-확장된 클론의 종양/NAT로의 침윤 및 혈액-확장된 클론에서 종양/NAT TCR들의 존재로 특징된다. 환자들은 혈액 확장량 순으로 정렬된다. 이중-확장 클론들의 경우 혈액 중에서 더 많이 확장되는 경향을 볼 수 있으며, 이들 클론들은 주 대각선을 따라 놓이는데, 이는 병렬 방식의 이중 확장을 반영한다. 더 높은 혈액 확장 수준을 가지는 환자들은 도 12I에 요약된 바와 같이 종양 및 NAT에서 전반적으로 병렬 클론 확장의 경향을 가진다.
도 18A - 18E는 T 세포 서브세트 및 클론 확장 양식을 보여주는 도표들이다. (도 18A) Zhang 외, 2018의 외부 유전자 시그너처들과 T 세포 아형들의 비교. 열에 있는 본 연구의 클러스터 할당과 행에 있는 Zhang 외, 2018 문헌의 외부 유전자 시그너처들에 제공된 것들 간 세포들에 관한 정규화된 교차표가 도시된다. 도시된 히트맵의 강도는 세포들이 두 클러스터 세트들로 분류되었던 빈도를 나타낸다. 본 연구의 클러스터들을 나타내는 열들은 (도 18A)의 구성표에 따라 색상이 지정된다. 상이한 참조 유전자 시그니처 세트를 제외하고 산정 및 표현방식은 도 13B와 동일하다. 본 연구의 8.1-Eff 클러스터와 외부 데이터세트의 CD8_C3-CXCR1 클러스터 사이의 관계, 그리고 8.2-Tem과 CD8-C4-GZMK 사이의 관계도 알 수 있다. (도 18B) CD4+ 서브세트들에 대한 선별된 유전자 발현. 선별된 유전자들에 대한 발현은 CD4+ 서브세트들 간의 차이를 도시한다. 유전자들이 CD4+ 서브세트들에서의 높은 발현에 대해 선별된 것을 제외하고 표현방식은 도 13C에서와 동일하다. (도 18C) 고갈 바이오마커. T 세포 고갈과 연관된 몇몇 유전자들에 대한 유전자 발현 값들이 도 13A의 맵 위에 플롯된다. 표현방식은 도 13D (상부 패널)에서와 동일하며, 색상은 수치-기반 유전자 발현의 분위수, 및 세포 출처: 종양 (빨간색), NAT (파란색), 또는 혈액 (녹색)에 기반한다. 8.3c로부터 8.3b 및 8.3a 클러스터들에 이르기까지 발현이 증가하는 각 유전자에 대하여 구배를 관찰할 수 있다. 클러스터 4.1-S100A6에서 높은 ITGAE 발현은 이것이 CD4+ 상주 기억 T 세포를 나타냄을 시사한다. (도 18D) T 세포 클러스터 별 클론 확장 패턴. 도 13A의 비지도 분석으로부터 얻은 각 클러스터의 클론들 및 세포들에 대하여 클론 확장 패턴들을 표로 작성하였다. 왼쪽의 막대 그래프는 클론들 및 이들의 1차 클러스터에 대한 분포를 보여주는 반면, 중앙의 막대 그래프 4개는 세포들 및 이들의 부모 클론에 대한 분포를 보여준다. 세포에 대한 막대 그래프는 NAT (각 쌍의 왼쪽) 및 종양 (각 쌍의 오른쪽)의 기원에 따라 추가로 나뉜다. 이중-확장 클론들로부터 얻은 세포들에 대해 별개의 막대 그래프들이 제공된다. 막대는 하단의 범례에 따라 색상이 지정된다. 각 막대 옆의 별표는 본페로니-조정된 p-값 <0.01으로 결정시 전체 분포에 비해 통계적으로 유의한 과다-발현이 있는 클론 확장 패턴들을 나타낸다. 별표는 다음 약칭들을 사용하여 열 별로 표지된다: n=NAT 싱글톤, N=NAT 멀티플렛, T=종양 멀티플렛, t=종양 싱글톤, D=이중-확장 클론. 오른쪽에 있는 4개의 막대 그래프들은 혈액 샘플들을 사용한 연구에서 4명의 환자에 대해 비-확장 및 확장된 혈액 세포의 분포를 개별적으로 보여주며, 막대는 하단의 범례에 따라 색상이 지정된다. (도 18E) 서로 다른 클론 확장 패턴들을 보여주는 T 세포 클러스터. 14명의 환자 모두의 클론들을 조합하고 1차 세포 클러스터 별로 분류한다. 각 산점도는 NAT 및 종양에서의 클론들의 크기에 따라, 상대적으로 낮은 수준의 확장을 갖는 대부분의 클론의 확장 패턴을 표시하기 위해 각 축의 50에서 생략되어 있는 선형 스케일로 플롯된다. 점들의 색상은 오른쪽 상단의 2차원 팔레트에 따라 지정된다.
도 19A 및 19B는 외부 데이터세트들의 클론 확장 패턴들을 보여주는 도표들을 제공한다. (도 19A) Guo 외, 2018 문헌의 14명의 비소 세포 암종 환자들에 대한 데이터 분석. (도 19B) Zhang 외, 2018 문헌의 12명의 결장직장 선암종 환자들에 대한 데이터 분석. 두 데이터세트들 모두 도 12B와 동일한 방법을 사용하여 분석되었다. 각 산점도는 NAT 및 종양에서 그 크기에 따라 플롯된 별개의 클론형을 보여주는데, 혈액에서의 클론 크기는 왼쪽 하단의 범례에 따른 점 크기로 표현된다. 클론들의 색상은 그 클론 확장 패턴에 따라 왼쪽 하단 2차원 팔레트를 사용하여 지정된다. 클론들은 외부 분석들에서 결정된 1차 세포 클러스터에 따라 분류되고 각 산점도에 플롯된다. 결과는 이중 종양/NAT 확장 및 상응하는 말초 클론 확장이 CD8-C3-CX3CR1 및 CD4-C3-GNLY 클러스터들의 특징이며, 이는 상기 데이터세트의 8.1-Eff 클러스터와 연관된 것임을 보여준다 (도 13B). 혈액 확장 수준이 낮은 이중 종양/NAT 확장 또한 CD8-C4-GZMK 클러스터에서 관찰되었으며, 이는 상기 데이터세트의 8.2-Tem 클러스터와 연관된다.
도 20A - 20C는 혈액에서 TCR을 공유 및 공유하지 않는, 종양에서의 치료 전 및 치료 후 CD4+ 클론형들을 보여주는 도표들이다. Yost 외, 2019 문헌의 CD4+ 클론형들에 대하여 도 14의 CD8+ 클론형들에서와 동일한 방식으로 분석을 수행하였다. 환자들은 도 14의 환자들과 동일하며 동일한 순서로 제시된다. (도 20A) 치료 후 신규 CD8+ 클론형과 치료 전 혈액 간에 TCR 발현은 상관관계가 없다. CD4+ 클론형을 치료 후 1차 세포 클러스터로서 가지는 신규 클론들에 대하여 도 14A의 분석을 수행하였다. 각 점은 치료 전 혈액 (또는 치료 전 혈액 샘플이 없는 환자 bcc.su002의 경우 치료 후 혈액) 및 치료 후 종양에서 클론 크기에 따라 플롯된 클론형을 나타낸다. CD8+ 클론형들과 대조적으로, CD4+ 클론 크기는 매치된 혈액에서의 클론형들과 동일한 정도의 연관성을 보여주지 않는다. 혈액에서 TCR을 공유하는 신규 CD4+ 클론형들의 총 세포 수가 각 산점도 아래에 제공되어 있으며 환자 간 말초 클론 다양성과 상관관계는 없다. (도 20B) 종양의 CD4+ T 세포 클론들의 추적. 치료 전 또는 치료 후 종양에서 CD4+ 아형을 1차 세포 클러스터로서 가지는 클론들에 대하여 도 14C의 분석을 수행하였다. 이러한 포괄적인 기준하에서는, 치료 전 CD4+ 나이브 아형에서 치료 후 CD8_act로의 1차 세포 클러스터 변화를 보였던 일부 클론들이 포함되었다. 혈액-연관 조건에서 잔존 클론들이 더 높은 클론 확장을 보였던 CD8+ 클론형들과 대조적으로 (도 14C), CD4+ 클론형들은 일반적으로 혈액-무관 조건에서 더 높은 클론 확장을 보여주었다. 또 다른 차이점은 환자들에서 소멸 CD4+ 클론들이 더 많았으며 소멸 CD8+ 클론들보다 클론 크기가 더 크다는 것인데, 이는 CD4+ 클론들이 CD8+클론들 보다 항원 변화에 보다 동적으로 반응할 수 있음을 시사하는 것이다. (도 20C) 종양 확장 및 혈액과의 TCR 공유에 따른 신규 CD4+ 클론형들에 대한 세포 클러스터들의 분포. CD4+ 아형을 치료 후 1차 세포 클러스터로서 가지는 신규 클론들에 대하여 도 14D의 분석을 수행하였다. 차이점은 혈액-무관 클론들과 여포 보조 T (Tfh) 세포의 연관성에서 차이가 관찰될 수 있으며, 이는 이러한 신규 클론들이 말초 혈액으로부터가 아니라 국소적으로 발생 또는 확장되고 있음을 시사한다.
도 21A - 21C는 공지된 추정상의 바이러스-반응성 TCR들의 데이터베이스들에 매치되는 클론형들을 보여주는 도표들이다. (도 21A) 바이러스 항원들에 반응성인 클론형들의 다양성. 각 환자의 클론형들을 통상적인 바이러스 항원들 (Shugay 2018)에 대해 반응성인 것으로 열거된 VDJdb 데이터베이스의 TCR들에 대하여 매칭시켰다. 바이러스에는 거대세포바이러스 (p65 항원), 엡스타인-바 바이러스 (BMLF1, EBNA3) 및 인플루엔자 A (M1)가 포함되었다. 이들 바이러스들의 다른 항원들은 기타로 분류된다. 매칭되는 클론 각각을 그 1차 세포 클러스터에 상응하는 색상으로 그 상응하는 항원 위에 직사각형 영역으로 나타내는데, 이 때 오른쪽 하단 범례에도 도시되어 있는 도 13A의 색상 구성표, 그리고 종양 + NAT에서 그 총 클론 크기를 나타내는 높이를 사용한다. 클론들은 무작위 순서로 서로의 상부에 적층된다. 인접한 클론들이 동일한 색상을 가지는 경우, 두 클론들 모두 클론 수가 5 보다 커서 이들을 구분할 필요가 있는 것으로 보일 때, 검은색 선들을 사용하여 이들을 분리하였다. 이들 도표들은, 매칭되는 클론형들의 대부분이 싱글톤이었으나, 환자들이 종종 더 고도로 확장된 몇몇 바이러스-반응성 클론들을 가지고 있었음을 보여준다. (도 21B) 이중-확장 및 혈액-멀티플렛 클론들의 바이러스 반응성과의 연관성. 바이러스 항원에 대한 반응성을 시사하는, 암 게놈 아틀라스 (TCGA)의 다중암 TCR들 및 VDJdb에 매칭되는 클론들을 그 클론 확장 패턴에 따라 분류하였다 (n=NAT 싱글톤, N=NAT 멀티플렛, D=이중 확장, T=종양 멀티플렛, t=종양 싱글톤, b=혈액 싱글톤, B=혈액 멀티플렛). 각 데이터베이스 및 이들의 합집합에 대한 매칭 빈도가 도시되어 있다. 이중-확장 클론들은 바이러스-반응성 TCR과 매칭될 가능성이 가장 높았다. 카이-제곱 검정을 사용한 통계 검정은 각 사례에서 범례에 표시된 p-값에서 클론 확장 패턴들에 대한 바이러스 반응성의 유의한 의존성을 나타낸다. (도 21C) 바이러스 반응성과 연관성이 있는 T 세포 클러스터. 도 13A의 비지도 분석을 사용하여 클론들을 그 1차 세포 클러스터에 따라 분류하였다. 각 클러스터에 대해 VDJdb (왼쪽) 및 TCGA의 다중암 TCR들 (오른쪽)에 매칭되는 클론들의 분율이 플롯되어 있으며, 모든 클론들에 대한 평균 값은 수직선으로 도시되어 있다. 막대 각각의 색상은 도 13A의 그리고 (도 21A)의 범례에 도시되어 있는 구성표에 상응한다. 값 < 0.05인 클러스터들의 경우 벤자민-호흐버그 절차를 사용한 다중 가설 검정 후 카이-제곱 검정에서 조정된 p-값을 표시한다.
도 22A 및 22B는 CD8+ 클러스터 유전자 시그너처들과의 임상적 연관성을 보여주는 도표들이다.
(도 22A) 유전자 시그너처들과 CD8A 발현 간의 상관관계. 각 점은 다음 3가지 항-PD-L1 치료제 아테졸리주맙의 임상 시험들 중 하나로부터 얻은 치료 전 환자 샘플을 나타낸다: IMvigor210 (윗 줄), POPLAR (가운데 줄), 및 IMmotion150 (아래 줄). 점들의 색상은, 존재하는 경우, 각 줄의 오른쪽 하단에 있는 범례를 사용하여 무작위 치료 군에 따라 지정된다. 각각 별도의 열에서 CD8A의 발현을 5가지 CD8+ 유전자 시그너처들 각각에 대한 점수와 비교한다. 표제들에 있는 수치는 점수들 간의 상관관계에 대한 피어슨 상관계수를 나타낸다. 8.1-Eff 및 8.2-Tem 시그니처 점수는 종양내 CD8+ T 세포 존재의 지표인 CD8A 발현과 가장 높은 상관관계를 보여주는데, 이는 환자들 간 CD8+ T 세포 확산도(prevalence)의 가변성을 설명함에 있어 이들이 비교적 중요함을 시사한다. (도 22B) 카플란-마이어 생존 곡선. 도 15D에 제공된 것들을 보충하기 위하여 CD8A, 8.3a-Trm, 8.3b-Trm, 및 8.3c-Trm 시그너처 점수들에 대한 카플란-마이어 곡선들이 플롯된다. 도 15D에서와 표현방식은 동일하며, 환자들을 중앙값 초과 (빨간색) 및 중앙값 이하 (검은색)의 시그너처 점수 별로 이분화하였다. 각 곡선은 x-축에는 무 진행 생존 (PFS)을 그리고 y-축에는 생존한 환자 분율을 보여준다. 각 생존 곡선에서 + 기호들은 중도절단(censoring) 발생을 나타낸다. 각 도표의 범례는 두 환자 집단을 비교하는 Cox 비례 위험 모델의 위험비 (HR) 및 p-값을 나타내며, p-값 <0.05는 별표로 표시된다. CD8A 곡선들은 암 면역요법에서의 생존과 종양에서의 CD8+ T 세포 확산도와의 연관성이 공지되어 있기 때문에 포함된다.
도 1A는 생물정보학 필터링 후 실시예 1에 기재된 6개 샘플의 데이터 세트에 대한 통계를 보여주는 차트이다. 샘플들은 T1 내지 N3 표지로 표시된, 실시예 1에 기재된 3명 환자의 종양 (T) 및 인접 정상 (N) 구획으로부터 유래한다. RNA 시퀀싱으로부터 시퀀싱된 전사체들 (“전사체”로 표지된 열), RNA 시퀀싱으로부터 유전자 발현 데이터가 있는 세포 (“세포”), 및 TCR 시퀀싱으로부터 클론형 할당된 세포 (“유형화”)의 수에 대한 총 수가 제공된다. 제일 오른쪽 열의 벤 다이어그램은 각 환자의 종양 및 NAT 구획들에 대하여 고유한, 그리고 이들 간에 공유되는 별개의 클론형들의 수를 보여준다.
도 1B는 실시예 1에 기재된 환자로부터 수득된 샘플에서 TCR 클론형들의 분율을 클론 상주 패턴 별로 보여주는 그래프이다. 분율들은 환자 (“Pat”로 약칭) 1 내지 3 각각에 대해 별도로 정규화된다. 각 분율은 왼쪽에서 오른쪽으로 채워지고 상단의 범례에 따라 음영 처리된 막대 영역의 길이로 표시하는데, 시퀀싱된 TCR 클론형들의 분율을 주어진 관찰된 세포 수 (싱글톤 또는 멀티플렛) 및 이의 세포들의 위치와 함께 나타내며, “NAT”및 “종양”은 이들 각 구획들에 있는 모든 세포들의 독점적 상주를 나타내고, 및 “이중-상주”는 두 구획들 모두에서 발견되는 세포들을 나타낸다.
도 1C는 클론 상주 패턴에 따른 T 세포 클론들의 산점도이다. 각 기호는 별개의 클론형을 나타내며, 각 환자마다 다른 기호를 사용한다. 각 클론형의 x 및 y-좌표는 NAT 및 종양 각각에서 관찰된 클론 수 (주어진 클론형을 가진 세포 수)에 해당하는 로그 스케일로 플롯되며 별개의 좌표 각각에 점들의 수를 표시하는 무작위 지터가 추가되어 있다. 그래프의 상이한 위치들이 오른쪽 상단에 표시된 NAT 및 종양 클론 수를 기초로 한 2-차원 팔레트를 사용하여 음영 처리된다. 둥근 직사각형 및 다각형은 그 세포들의 수 및 위치에 기반한, 클론들의 NAT 멀티플렛, 종양 멀티플렛, 및 이중-상주 클론 분류를 나타낸다. 표지 및 화살표는 NAT 또는 종양 싱글톤인 클론들을 가리킨다.
도 1D는 클론 상주 패턴에 따른 세포 분율을 보여주는 막대 그래프이다. 막대 그래프는 도 1A와 동일한 형식을 따르지만, 분율들은 별개의 클론형이 아니라 세포에 기반한다. 따라서 다수의 세포가 있는 확장된 클론은 비례 으로 더 큰 분율을 포함한다. 이중 상주 클론의 세포는 NAT 또는 종양에서의 위치에 따라 추가로 구분 될 수 있으며 두 개의 별도 범주가 생성된다.
도 2A는 유전자 발현과 클론 상주 패턴의 연관성을 보여주는 차트이다. 데이터세트의 모든 T 세포에 대한 유전자 발현 데이터로부터 산정된 각 클론 상주 패턴의 세포들은 공통 tSNE 맵에 별도로 플롯된다. tSNE 맵은 각 T 세포를 점으로 나타내며 유사한 유전자 발현을 가진 세포를 서로 가깝게 배치하고, 다른 유전자 발현을 가진 세포는 서로 멀리 배치한다. 각 클론 상주 패턴은 별도 도표로 표시되며 세포의 위치 및 클론 수를 기반으로 3 x 2 그리드로 구성된다. 6 개의 도표 각각에 대해, 데이터세트의 모든 세포들이 동일한 배경에 플롯되고, 각 클론 상주 패턴의 세포들은 도 1C의 2 차원 팔레트를 사용하여 음영 처리된다. 이러한 도표들은 클론 상주 패턴이 tSNE 맵의 별도 영역을 차지하며 유전자 발현과의 연관성이 있을 수 있음을 나타낸다.
도 2B는 T 세포 서브세트들에 대한 선별 마커 유전자의 발현을 보여주는 일련의 도표들이다. 16 개의 도표들이 도시되어 있으며, 각각은 도 2A에 기재된 동일한 tSNE 맵에서 유전자의 발현을 나타낸다. 각 세포는 Seurat에 의한 정규화 및 로그 변환 후 분위수에 기반한 연속 스케일로 주어진 유전자의 발현에 따라 음영처리되며, 여기서 밝은 회색은 최저 발현을 나타내고 어두운 음영은 데이터세트에서 더 높은 발현을 나타낸다. 각 tSNE 맵의 음영처리된 타원 및 검은색 선은 T 세포 서브세트들 및 클러스터들의 분할에 CD8 및 CD4 발현에 따른 균일한 랜드마크를 제공한다. 표지에 표시된 이들 랜드마크 및 T 세포 서브세트는 도 2C에 더 자세히 도시되어 있다.
도 2C 는 T 세포들의 서브세트들로의 클러스터링을 유전자 발현에 따라 보여주는 도표이다. 세포들의 클러스터링은 각 클러스터에 대해 임의로 할당된 음영에 의해 그리고 각 클러스터의 영역에 근접한 음영처리된 타원들에 의해 tSNE 맵에 표시되어 있다. 각 클러스터는 전체 유전자 발현 또는 특징적인 마커 유전자에 따라 표지로 표시한 바와 같이 명명되었으며, 이는 또한 일부 표지에도 표시되어 있다. 각 클러스터에 대해 명칭을 나타내기 위한 표지를 붙이는데, 이는 각 클러스터에 대한 명칭을 그 유전자 발현에 기반하여 제공한다. 추가 표지 및 선들은 자연 살해 T (NKT) 세포 및 T 상주 기억 (Trm) 세포에 대한 하위클러스터들의 분류를 나타낸다. 검은색 선은 CD8 또는 CD4의 발현에 기반한 클러스터들의 분할을 나타낸다. 일부 클러스터들은 CD8+ 및 CD4+ 세포들 모두를 가지며, 그리고 CD3+로 지정된다.
도 2D는 각 T 세포 서브세트에 대한 클론 상주 패턴을 보여주는 그래프이다. 도 2C의 각 T 세포 서브세트는 각 클론 상주 패턴에 속하는 이의 세포들의 분율을 특징으로 한다. 세포들의 분율은 상단의 범례에 따라 음영처리된 각 막대 영역의 길이로 표시된다. T 세포 서브세트들은 클론 상주 패턴들의 분포가 다른 것으로 도시된다.
도 2E는 다양한 클론 상주 패턴들을 보여주는 도표이다. 도 2D와 동일한 tSNE 도표를 도시하지만, 각 세포는 도 1C의 2차원 팔레트를 사용하여 그 종양 및 NAT 클론 크기에 따라 음영처리되어 있으며, 여기서는 오른쪽 상단에 도시되어 있다. 도 2D의 음영처리된 타원, 검은색 선, 및 클러스터 표지들 또한 플롯되어 랜드마크를 제공한다.
도 3A는 실시예 1에 기재된 각각의 T 세포 클러스터에 대한 클론 수 및 상주에 관한 일련의 산점도이다. 각 도표는 도 2C의 각 T 세포 클러스터에 대한, 도 1C의 데이터의 서브세트이다. 종양 및 NAT 클론 수의 공간은 회색선으로 표시된 4 개의 영역으로 나뉜다: NAT 클론 수가 0인 클론을 포함하는 종양-독점; 종양 클론 수가 0인 NAT 독점; 종양 및 NAT 수가 0이 아니고 종양 수가 NAT 수보다 크거나 같은, 종양 우세; 및 종양 및 NAT 수가 0이 아니고 NAT 수가 종양 수보다 큰 NAT 우세. 각 영역의 수치들은 단측 푸아송 검정의 p-값을 나타내며 이 때 다른 가정은 주어진 T 세포 서브세트에 대하여 관찰된 클론 수들이 모든 T 세포 서브세트들에 걸쳐 관찰된 평균에서 예상된 것 보다 크다는 것이다. 0.05 미만의 P-값은 빨간색으로 표시되며 T 세포 서브세트들을 상이한 클론 확장 양식으로 분류하는데 사용된다.
도 3B는 클론 확장 양식의 도식도이다. 이 도표는 도 3A에 예시된 클론 확장 양식을 요약한다. 클론은 도 1C와 동일한 규칙을 사용하여 점으로 나타낸다. 각 클론 확장 양식은 연관된 T 세포 서브세트들을 표시하는 표지와 각 양식에 대한 클론을 표시하는 음영처리된 영역으로 나타낸다. 선들은 상이한 클론 확장 유형들 사이의 분할을 나타낸다: 도 3A에 정의된 바와 같이 종양-독점, NAT-독점, 종양-우세 및 NAT-우세.
도 4A 는 실시예 1에 기재된, VDJdb의 공지된 바이러스-반응성 CDR3 서열들에 대한 세포 TCR들의 매칭을 보여주는 도표이다. 도 2C의 각 T 세포 클러스터는 통상적으로 발생하는 바이러스 (거대세포바이러스, 엡스타인-바 바이러스, 및 인플루엔자 A)의 공지된 에피토프에 반응하는 VDJdb 내 CDR3 서열에 매치되는 CDR3 아미노산 서열을 가지는 세포들의 분율로 특징된다. 각 T 세포 서브세트에서, 세포들의 수를 해당 T 세포 서브세트에 할당된 그리고 클론형을 가지는 세포들의 총 수로 나눈다. 세포들은 그 클론 수 및 상주에 따라 세분되며, 상단 범례에 따라 음영처리된 막대 영역으로 표시된다.
도 4B는 암 게놈 아틀라스 (Cancer Genome Atlas, TCGA)로부터 얻은 다중 암 CDR3 서열들에 대한 TCR 세포들의 매칭을 보여주는 도표이다. 실시예 1에서 얻은 데이터 세트의 CDR3 아미노산 서열들과 Li, B. 외의 문헌 Nat. Genet. 48, 725-732, 2016에 기재된 TCGA로부터 어셈블리된 716,720 TCR 서열들의 세트 간 매칭을 수행하였으며, 상기 문헌은 본 명세서에 그 전문이 참조문헌으로 포함된다. CDR3 아미노산 서열이 TCGA에서 3개 이상의 상이한 종양 유형에서 나타나는 경우 매칭이 계수되며, 이는 종양 항원 대신 바이러스 항원에 대한 반응성을 시사한다. 막대 그래프는 도 4A에서와 동일한 규칙을 따른다.
도 4C는 클론형들의 T 세포 조성을 보여주는 히트 맵이다. 이 히트 맵의 각 열은 전체적으로 관찰된 수가 적어도 10개인 열들에서의 개별 클론을 나타낸다. 히트 맵 내의 음영은 T 세포 서브세트 전반에 걸쳐 해당 클론에 대한 세포들의 비율을 나타낸다. 일부 T 세포 서브세트들은 추가 정보를 나타내기 위해 NAT (N) 또는 종양 (T)의 위치로 세분된다. T 세포 클러스터들의 별개 혼합물들을 나타내기 위해 클론들을 서로 유사성에 따라 분류하고, 두꺼운 선들의 직사각형으로 강조하였으며, 하단에 7개의 관찰된 T 세포 서브세트들의 혼합물로 표지하였다. 히트 맵 상단의 음영은 도 1C의 도식을 사용하여 각 클론형의 클론 수 및 상주를 나타낸다. 히트 맵 하단의 혼합물들의 음영은 해당 범례와 함께 각 혼합물에서 클론 확장 양식을 보여주며, 이는 히트 맵 상단의 클론 수 범위 및 상주 패턴에 의해 뒷받침된다.
도 4D는 8.2-Tem 세포의 클론 상주와 8.3-Trm 세포로의 분화 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 각 원은 하나 이상의 8.2-Tem 세포를 포함하는 고도로 확장된 클론형을 나타내며, x- 및 y- 좌표는 각각 NAT 및 종양의 8.2-Tem 세포 수에 해당하고 도 1C의 2 차원 팔레트에 따라 음영처리된다. 무작위 지터가 x- 및 y- 좌표의 정수 값들에 추가되어 동일한 수를 가지는 다수의 지점들의 발생을 보여준다. 각 원의 크기는 해당 클론형에서 8.3-Trm 세포들 (8.3a-Trm + 8.3b-Trm + 8.3c-Trm)의 총 수를 나타내며, 스케일은 도표 아래에 제공된다.
도 4E는 4.3- 활성화된 세포의 클론 상주와 4.1-Trm 세포의 확장 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 적어도 하나의 4.3-활성화된 세포를 내포하는 클론들을 제외하고 도 4D와 동일한 도표를 도시하며, 원의 크기는 각 클론에 대해 4.1-Trm 세포들의 총 수를 나타낸다.
도 4F는 4.2-활성화된 세포들의 클론 상주와 4.4 및 4.5 세포들의 수 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 적어도 하나의 4.3-활성화된 세포를 내포하는 클론들을 제외하고 도 4D와 동일한 도표를 도시하며, 원의 크기는 4.4-HSP, 4.5t-Ribo, 및 4.5n-Ribo 세포들의 총 수를 나타낸다.
도 4G는 고도로 확장된 클론형에서 유사분열 활성을 보여주는 그래프이다. 도 4C 하단에 도시된 T 세포 아형들의 각 혼합물은 종양 (T), NAT (N), 또는 둘 모두에서 3.2-유사분열 클러스터에 할당된 적어도 하나의 세포를 가지는 고도로 확장된 클론들의 분율로 특징된다.
도 5A는 실시예 1 및 2에 기재된 T 세포 아형들 전반에 걸친 세포들의 분율을 보여주는 도표이다. 각 환자 (약어 “Pat”)는 도 2C에서 상이한 T 세포 아형들에 할당된 세포의 분율로 특징된다. 분율은 상단의 범례에 따라 음영처리된 각 막대 영역의 길이로 표시된다. 최대 분율의 T 세포 아형들 또한 표지되며, 공간이 허용된다.
도 5B는 임상 시험 데이터에 적용된 유전자 세트 농축 분석 (GSEA)을 보여주는 도표이다. 부호 (signed) GSEA 분석은 실시예 2에 기재된 Seurat 기반 분석으로부터 얻은 1101개의 가장 고도의 가변 유전자들에 대해 수행되었다. 이들 유전자들은 각 T 세포 클러스터에 대해 랭크되는데, 왼쪽에 상향조절된 유전자들 (배수 변화 > 1) 그리고 오른쪽에 하향조절된 유전자들 (배수 변화 < 1)과 함께 흰색에서 검은색 구배로 표시하며, 랭킹의 양쪽 말단에 최소 (가장 유의한) p-값을 가진 유전자들이 존재하도록 정렬된다. 고도로 가변적인 유전자들은 또한 비-소세포 폐암 (NSCLC) 환자의 POPLAR 2상 임상 시험에서 얻은 벌크 RNAseq 발현을 기반으로 전체 생존과의 양의 그리고 음의 연관성에 대해 평가되었다. 각 T 세포 클러스터에 대해 임상 반응 유전자에 양의 연관성을 갖는 유전자는 상향조절된 유전자들 중 해당 순위에서 빨간색 눈금 (아테졸리주맙 반응의 경우) 및 파란색 눈금 (도세탁셀 반응의 경우)으로 표시된다. 임상 반응에 음의 연관성이 있는 유전자는 하향조절된 유전자들 중 해당 순위에서 검은색 눈금으로 표시된다. 분포 차이에 대한 통계적 테스트는 연결성 맵 (Connectivity Map) (Lamb, J. 외, Science 313, 1929-1935, 2006)의 농축 점수 방법을 사용하여 100,000 개의 무작위 순열의 분포와 비교하여 아테졸리주맙과 도세탁셀에 대해 개별적으로 수행되었으며, 결과는 p-값 및 q-값, 또는 다중 가설 검정을 위해 보정된 로컬 위 발견율로 나타내었다. 샘플 크기는 각 통계에 대해 “n1”으로 제공되며 임상 반응과 연관된 유전자들의 교차 수를 나타낸다. 모든 경우에 n2=1101 개의 유전자가 클러스터 구성원과 연관되었다. 아테졸리주맙에 대해 통계적으로 유의한 결과가 있는 (q <0.05) T 세포 클러스터는 회색 상자로 강조하였다.
도 5C는 각 T 세포 서브세트에서 임상적으로 연관된 유전자들의 순위를 나타내는 도표이다. 이 히트 맵은 도 5B에 도시된 유전자 세트 농축 분석에서 산정된, 각 T 세포 서브세트의 유전자 및 그 순위를 보여준다. 이들 값은 도 5B의 눈금에 해당하며, 이는 아테졸리주맙 요법에 대한 반응과 통계적으로 유의한 연관성을 보이는 유전자를 나타낸다. 각 열은 별개의 T 세포 아형을 나타내며 음영은 유전자의 순위를 나타내고, 이 때 순위는 다른 모든 세포들에 대한 T 세포 아형의 세포들의 유전자의 차등 발현에 관한 p-값을 기반으로 하였다. 회색으로 표시된 세포는 유전자가 해당 T 세포 서브세트에 대해 양성 로그 배수 변화를 보이지 않았음을 나타낸다. 평균 순위는 양성 로그 배수 변화가 있는 T 세포 서브세트들 중에서 각 유전자에 대해 산정되었으며, 유전자들의 평균 순위를 상단에서 하단으로 오름차순에 따라 정렬하였다. 평균 순위는 히트 맵 오른쪽의 도표로도 표시된다.
도 5D - 5I는 NSCLC에서 확장 방식과 임상 반응의 연관성을 보여주는 도표이다. 종양-상주 멀티플렛 (도 5F 및 5G), NAT-상주 멀티플렛 (도 5H 및 5I), 및 이중-상주 클론 (도 5D 및 5E)의 유전자 시그너처들에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100 환자) 그리고 시그너처 발현 별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 전체 생존 (OS) 및 무 진행 생존 (PFS) 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 5J - 5O는 요로상피세포 암종에서 아테졸리주맙의 단일-군 IMvigor210 임상 시험 (n=354 환자)에서 이중 (도 5J 및 5K), 종양, (도 5L 및 5M) 및 NAT (도 5N 및 5O) 확장 시그너처에 대한 다양한 컷오프에서의 OS (상단 패널들) 및 PFS (하단 패널들) 위험비를 도시하는 포레스트 도표들이다. 수염은 95% 신뢰 구간을 나타낸다.
도 6은 클론 확장 방식에 따라 분류된 고도로 확장된 클론에서의 유전자 및 그 발현의 히트 맵이다. 이 히트 맵의 각 열은 NAT (NAT-상주 멀티플렛), 종양 (종양-상주 멀티플렛) 또는 둘 모두 (이중-상주 클론)에서 10 개 이상의 고도로 확장된 클론을 사용하여 단일 클론형의 평균 유전자 발현을 나타낸다. 이중-상주 클론은 NAT에 위치한 세포와 종양에 위치한 세포로 더 세분된다. 20개의 싱글톤 세포들을 무작위로 풀링하고 평균 유전자 발현을 산정함으로써 NAT 및 종양 싱글톤 방식에 관하여 열들을 작성하였다. 높은 유전자 발현 영역들을 직사각형으로 표시하고 간단한 설명과 함께 카테고리 A에서 H로 표지하였다.
도 7은 실시예 2의 표 7에 제시된 유전자 발현 수준의 상호 상관관계를 보여주는 히트 맵이다. 이 히트 맵은 표 7에 열거된 패널에 속하는 유전자들 중 특히 높은 내부 상관 관계를 나타내는 2개 서브세트가 존재함을 나타낸다. 첫번째 서브세트는 5개 미토콘드리아 유전자들: MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB를 내포한다. 두번째 서브세트는 11개 세포독성 유전자들: PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, 및 HLA-C를 내포한다. 상관 계수들은 0에서 1.00까지의 연속 상에 음영으로 표시된다.
도 8A - 8N은 NSCLC에서 임상 반응과 특정 세포 독성 및 미토콘드리아 유전자의 발현 수준의 연관성을 보여주는 도표들이다. 다음 유전자들: CST7 (도 8A 및 8B), MT-ND4 (도 8C 및 8D), CST7와 MT-ND4의 조합된 발현 (도 8E 및 8F), MT-CYB (도 8G 및 8H), CST7과 MT-CYB의 조합된 발현 (도 8I 및 8J), MT-CO2 (도 8K 및 8L), 및 CST7과 MT-CO2의 조합된 발현 (도 8M 및 8N)에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93의 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100의 환자) 그리고 발현 수준별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 OS 및 PFS 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 9A - 9F는 NSCLC에서 임상 반응과 세포 독성 및 미토콘드리아 유전자 패널들의 발현 수준의 연관성을 보여주는 도표들이다. 다음 유전자 패널들: 세포독성 유전자 (PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, 및 HLA-C, 도 9A 및 9B), 미토콘드리아 유전자들 (MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB, 도 9C 및 9D), 및 세포독성 유전자들과 미토콘드리아 유전자들의 조합된 발현 (PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, HLA-C, MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB, 도 9E 및 9F)에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93의 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100의 환자) 그리고 발현 수준별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 OS 및 PFS 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 10A - 10J는 Guo, X. 외의 최근 보고서 Nat. Med. 24, 978 (2018)에 기재된 T 세포 클론들에 대한 클론 수 및 상주 유형을 보여주는 도표들이며, 상기 문헌은 본 명세서에 참조로 포함된다. 하기 실시예 1에서 분석된 3명의 환자에 대해 설명된 클러스터링 분석은 14 명의 환자 전반에 걸쳐 종양, NAT 및 말초 혈액의 다양한 샘플들을 포함하는 Guo 외의 문헌의 데이터세트에 적용되었다. 각 도표는 현재 프레임워크의 T 세포 서브세트를 대표적인 유전자들에 의해 결정하여 기타 데이터세트의 상응하는 클러스터와 함께 나타낸다. 도표들은 도 1C 및 3A의 도표들과 유사하며, 이 때 NAT 및 종양 클론 수는 각각 x- 및 y- 축에 좌표로 나타내고, 하단에 표시된 2 차원 팔레트에 따라 음영처리된다. 여기서 말초 혈액 클론 수는 각 범례에 따라 각 점의 크기로 표시된다. 4
도 11A - 11D 는 Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)의 데이터세트로부터 얻은 T 세포 유전자 시그너처를 사용하여 NSCLC에서 확장 방식과 임상 반응의 연관성을 보여주는 도표이다. 이중-상주 클론 (도 11A 및 11B) 및 종양-상주 클론 (도 11C 및 11D)의 유전자 시그너처들에 대하여 군 별로 (아테졸리주맙, 최고 위험비 및 p 값, n=93 환자 도세탁셀, 최저 위험비 및 p 값, n=100 환자) 그리고 시그너처 발현 별로 (연속: 고; 점선: 저; 중앙값에서 나뉨) 나눈 POPLAR 임상 실험에서 전체 생존 (OS) 및 무 진행 생존 (PFS) 모두에 대한 카플란-마이어 곡선을 도시한다.
도 11E - 11H 는 Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)의 데이터세트로부터 얻은 T 세포 유전자 시그너처들을 사용하여 다양한 컷오프에서 OS (상단 패널들) 및 PFS (하단 패널들) 위험비를 도시하는 포레스트 도표들이다. 이 도표들은 요로상피세포 암종에서 아테졸리주맙의 단일-군 IMvigor210 임상 시험 (n=354의 환자들)에서 이중-상주 T 세포 유전자 시그너처 (도 11E 및 11F) 및 종양-상주 T 세포 유전자 시그너처 (도 11G 및 11H)에 대한 임계값-종속 위험비를 도시한다. 수염은 95% 신뢰 구간을 나타낸다.
도 12A - 12I는 이중 클론 확장이 말초 클론 확장과 연관됨을 보여주는 도표들이다. (도 12A) NAT 및 종양 구획들에 대한 클론 확장 산점도. 각 환자를 별개의 산점도로 나타내는데, 각 점은 별개의 클론형을 나타내고, 및 스케일에서 x- 및 y-좌표는 각각 NAT 및 종양 구획들에서 log((1+클론형 세포 수)/(총 세포))에 상응하며, 0의 수를 표현하는 것이 가능하다. 이러한 좌표들은 각 구획에서 해당 클론형에 대한 세포들의 상대적 비율을 나타낸다. 오른쪽 하단에 있는 2차원 팔레트를 사용하여 점들의 색상이 지정되는데, 이 때 NAT 수가 증가하면 파란색 음영이 어두워지고, 종양 수가 증가하면 분홍색이, 그리고 양쪽 구획들의 수가 증가하면 보라색이 된다. 단 하나의 관찰된 클론 수, 또는 싱글톤을 가지는 클론형들의 색상은 노란색 (NAT 클론 수 1) 또는 오렌지색 (종양 클론 수 1)으로 지정된다. 수직 및 수평 회색 선은 각 구획 내 부재 (해당 클론형에 대한 0 개 세포 수)와 존재 (1 개 이상의 세포 수) 사이의 구분을 나타내며, 이는 클론 확장 패턴의 정의에 사용된다. 회색 대각선은 두 구획에서 동일한 세포 분율을 나타낸다. 각 표제의 수치는 로그-로그 스케일에서 이중 확장 클론의 피어슨 상관 계수로 측정한 병렬 확장의 정도를 나타내며, 환자는 계수 감소순으로 정렬된다. (도 12B) 종양, NAT, 및 혈액 구획들에 대한 클론 확장 산점도. 이러한 도표들은 (도 12A)의 도표들과 유사하지만 혈액 scTCR-seq 샘플을 가진 4명의 환자에 대한 데이터를 제공한다. 녹색 및 갈색이 혈액 싱글톤 및 멀티플렛 각각을 나타내기 위해 추가되지만, 혈액 싱글톤의 우세는 혈액 멀티플렛이 거의 보이지 않음을 의미한다. 각 클론에서 관찰된 혈액 세포의 수는 하단의 범례에 따라 각 점의 크기로 나타낸다. (도 12A)에서와 같이, 각 표제의 수치들은 병렬 확장의 정도를 나타내며, 환자들은 계수 감소순으로 정렬된다. (도 12C) 구획에 따른 세포들의 벤 다이어그램. 각 환자를 혈액 샘플에 따라 (도 12B)의 해당 산점도에 매치되는 벤 다이어그램으로 나타낸다. 각 벤 다이어그램에는 중앙부 전반에 5개의 조직 기반 클론 확장 패턴에 관한 타원들이 포함되어 있으며, 오른쪽의 범례에 따라 색상이 지정되고, 상단과 하단에는 혈액에 존재하는 클론형을 나타내는 큰 타원으로 추가로 세분되는데, 상단의 어두운 녹색 타원으로 표시된 혈액 중 단일 세포 (혈액 비-확장 클론들), 및 하단의 갈색 타원으로 표시된 혈액 중 다수의 세포들(혈액 확장된 클론)로 나타낸다. 따라서 표현된 세포들이 없는 세포들은 중앙 부분에 수치로 표현되며 오버랩되는 큰 타원이 없다. 종양 또는 NAT 중에는 존재하지 않고 혈액 중에만 존재하는 클론형들의 세포들은 또한 혈액 싱글톤 (밝은 녹색 영역) 및 혈액 멀티플렛 (밝은 갈색 영역)에 대한 큰 타원들의 영역들로 나타낸다. 각 벤 다이어그램의 오른쪽에있는 수치는 상단 및 하단 타원들의 총합을 나타내며, 혈액 비-확장 및 확장 클론형의 총 세포 수를 나타낸다. (도 12D) 혈액 확장. 각 막대 그래프는 상기 벤 다이어그램에 상응하며, 혈액 비-확장 클론형 (상단 타원형) 및 확장된 클론형 (하단 타원형)의 세포들의 분율을 각각 녹색 및 갈색 막대로 보여준다. 각 막대 위의 수치는, 분율을 산정하는데 사용된 각 벤 다이어그램의 오른쪽에 있는 수를 보여준다. (도 12E) 혈액 확장된 클론들에 의한 종양/NAT 내부로의 침윤. 각 막대 그래프는 (도 12C)의 오른쪽 범례에 따라 색상이 지정된 5개의 조직 기반 클론 확장 패턴들과 혈액 멀티플렛으로의, 혈액 확장된 클론형들 (하단 타원형)의 분포를 보여준다. 공간이 허용되는 경우, 각 막대 위의 수치는 분율을 산정하는데 사용된 벤 다이어그램의 수들을 보여준다. (도 12F) 혈액 확장된 클론들에서 종양/NAT TCR들의 존재. 각 막대 그래프는 (도 12C)의 하단 타원 또는 혈액 확장된 클론형과 TCR을 공유하는 각 조직-기반 클론 확장 패턴의 세포들의 백분율을 보여준다. 막대들은 (도 12C)의 오른쪽 범례에 따라 색상-구분되며, 또한 다음과 같은 약어들로도 표지된다: n=NAT 싱글톤, N=NAT 멀티플렛, D=이중-확장, T=종양 멀티플렛, 및 t=종양 싱글톤. 각 막대 그래프의 이중-확장된 패턴 위의 수치는 백분율 산정에 사용된 벤 다이어그램에서의 수를 보여준다. (도 12G) 혈액, 종양, 및 NAT 간 TCR 레퍼토리들의 상관관계. 각 점은 혈액 샘플이 있는 4 명의 환자의 클론을 나타내며, 혈액 중 절대 클론 크기 대 종양 (왼쪽) 또는 NAT (오른쪽) 중 클론 크기에 따라 로그-로그 스케일로 플롯되고 오른쪽 2-차원 팔레트을 사용하여 클론 확장 패턴에 따라 색상으로 구분된다. 수치 0을 표현할 수 있도록 각 클론 크기에 1의 값을 추가한다. 회색 가로 및 세로 선은 수 0과 수 1을 구분한다. (도 12H) 외부 데이터 세트에 의한 클론 크기 상관관계의 확증. Guo 외, 2018 문헌의 데이터세트를 사용하여 (도 12G)에서와 동일한 도표가 제시된다. (도 12I) 혈액 확장과 병렬 조직 클론 확장 간의 연관성. 각 점은 Guo 외, 2018의 데이터세트의 환자를 나타내며 그 분석을 도 21에 요약한다. x-좌표는 혈액 확장된 대 비-확장된 클론형들에서의 세포들의 분율로 산정된 혈액 확장 정도를 나타낸다. y-좌표는 종양/NAT 클론 병렬 확장의 정도로서, 이중-확장된 클론형의 피어슨 상관 계수로 측정되며 (1+혈액 중 클론 크기)로 가중치가 부여된다. 데이터세트의 14 명의 환자 중 10 명만이 y 좌표를 산정하기에 충분한 샘플링을 가졌으며, NAT에서 샘플링을 하지 않은 2 명의 환자 그리고 이중-확장된 단일 클론만 가지는 2 명의 환자가 있었다. 스피어먼 상관관계를 사용한 통계 테스트는 오른쪽 하단 코너에 표시된 0.04의 p-값을 산출하였다.
도 13A - 13J는 T 세포 아형들이 클론 확장 패턴들과 연관됨을 보여주는 도표들이다. (도 13A) 유전자 발현의 2차원 맵핑. 이 도표는 단일-세포 유전자 발현 데이터를 차원 축소시켜 각각 처음 2개 성분들, x- 및 y- 좌표로 플롯한 데이터세트의 각 세포 각각을 보여준다. 각 클러스터에 대해 별개의 색상이 선택되었으며 세포들은 그 클러스터 할당에 따라 색상이 지정되었다. 클러스터 영역을 근사화하고 생물학적 의미를 제공하는 타원 및 표지들을 수작업으로 추가하였다. 도면 중간의 곡선은 CD8+ (왼쪽)와 CD4+ (오른쪽) T 세포들 사이의 분할을 나타낸다. (도 13B) T 세포 아형들과 외부 유전자 시그너처들의 비교. 열에 있는 본 연구의 클러스터 할당과 행에 있는 Guo 외, 2018 (상단 패널) 및 Yost 외, 2019 (하단 패널)의 외부 유전자 시그너처들에 제공된 것들 간 세포들에 관한 정규화된 교차표가 도시된다. 도시된 히트맵의 강도는 세포들이 두 클러스터 세트들로 분류되었던 빈도를 나타낸다. 본 연구의 클러스터들을 나타내는 열들은 (도 13A)의 구성표에 따라 색상이 지정된다. (도 13C) 선별된 바이오마커. 상자도표들은 Seurat를 사용하여 산정된 통합 분석으로부터 스케일된 데이터에서 가져온, 클러스터들 전반에 걸쳐 선택된 유전자들의 발현 분포를 도시한다. 상자는 사분위수 범위를 나타내며 중앙값은 중간에 선으로 표시된다. 수염은 중앙값에서 사분위수 범위의 1.5 배를 추가로 보여주며 데이터 범위에 의해 제한된다. 각 유전자에 대한 범위는 모든 상자도표들의 사분위수 범위를 포함하도록 선택되었다. 각 상자도표는 (도 13A)의 구성표에 따라 색상이 지정된다. (도 13D) 줄기-유사 대 최종 고갈. 상부 도면은 Seurat를 사용하여 산정된 SCT 분석으로부터 얻은 수의 분위수에 대한 연속 색상 구성표 및 세포들의 출처: 종양 (빨간색), NAT (파란색) 또는 혈액 (녹색)를 사용하여 (도 13A)의 맵에 오버레이시킨 PDCD1 (PD-1)의 유전자 발현을 보여준다. 하부 도면은 줄기-세포 고갈 대 최종 고갈에 대한 공개된 유전자 시그너처 점수 값들 (Im 2015)을 보여준다. (도 13A)의 클러스터 타원들이 참조로 제공되어 있다. (도 13E) 종양 및 NAT 기원. 종양 및 NAT 구획들의 세포들은 (도 13A)의 맵 위에 플롯되고 각각 빨간 색 및 파란 색으로 색상이 지정된다. (도 13A)의 클러스터 타원들이 참조로 제공되어 있다. 종양 세포의 전체 분율은 범례에 제공되며 14명의 환자 모두에 대하여 각 클러스터의 종양 세포 분율이 제공된다. (도 13F) 상주 기억 T 세포들의 비교. 상주 기억 T 세포를 나타내는 8.3a, b 및 c 클러스터에 대한 요약 통계가 제공되며, 이는 각 클러스터에 대한 (도 13D) 및 (도 13E)의 수치 값들을 보여준다. 막대들은 (도 13A)의 구성표를 사용하여 색상이 지정된다. (도 13G) 혈액 확장. 혈액 구획의 세포들은 (도 13A)의 맵 위에 플롯되고 혈액 수가 1인 경우 녹색으로, 혈액 수가 1 보다 크게 증가하는 경우 갈색의 구배로 색상이 지정된다. 종양 및 NAT 구획들의 세포들은 플롯되지 않는다. 도 7D에서 보는 바와 같이, 4 명의 환자 전반에 걸쳐 높은 가변성 정도로 인해 분율이 제공되지 않는다. (도 13H) 세포 별 클론 확장 패턴들. 종양 또는 NAT의 각 세포가 (도 13A)의 맵 위에 플롯되고 왼쪽 하단의 2 차원 팔레트를 사용하여 부모 클론의 조직-기반 클론 확장 패턴에 따라 색상이 지정된다. (도 13A)의 타원들이 참조로 제공되어 있다. (도 13I) 아형 별 클론 확장 패턴. 각 점은 혈액 샘플을 가진 4 명의 환자로부터 조합된 클론을 나타내며, NAT 및 종양의 절대 세포 수에 따라 로그 스케일을 사용하여 플롯된다. 혈액 중 클론 크기는 하단의 범례에 따라 점의 크기로 표시된다. 클론들을 1차 세포 클러스터에 따라 분류하고 별도의 도표들에 배치하고 (도 13A)의 구성표를 사용하여 색상을 지정하였다. 8.3a, 8.3b, 및 8.3c 클러스터들의 클론들은 하나의 도표에 조합되었으나, 그 클러스터에 따라 별도로 색상을 지정되었다. (도 13J) 환자 별 클론 확장 패턴. 혈액 샘플을 가진 4 명의 환자들의 클론들을 도 12B에서와 동일한 표현방식을 사용하여 보여준다. 상기 도면에서와 같이, x- 좌표와 y- 좌표는 각각 NAT 및 종양에서의 세포 분율들을 표시하며 점의 크기는 하단의 범례를 사용하여 혈액 중 절대 세포 수를 나타낸다. 그러나, 이제 클론은 (도 13A)의 구성표를 사용하여 클론 확장 패턴 대신 1차 세포 클러스터 별로 색상이 지정된다.
도 14A - 14D는 종양에서 고갈되지 않은 CD8+ T 세포가 말초 혈액으로부터 축적됨을 보여주는 도표들이다. (도 14A) TCR 표현은 치료 후 신규 CD8+ 클론형과 치료 전 혈액 사이에 상관관계가 있다. Yost 외, 2019 문헌의 6명 환자들에 대한 산점도가 도시되며, 치료 전과 후의 종양에서 그리고 치료 전 또는 후의 벌크 TCR-seq 혈액 샘플에서의 클론들과 매칭된다. CD8+ 아형이 치료 후 1차 세포 클러스터인 치료 후 신규 클론형들은 치료 전 scTCR-seq 분석에서는 발견되지 않으나 치료 후에 발견됨에 의해 식별되었으며, 벌크 TCR-seq으로 얻은 치료 전 혈액에서 (환자 bcc.su002의 경우 치료 후 혈액으로 재분류) 그리고 scTCR-seq으로 얻은 치료 후 종양에서 클론 크기에 따라 플롯되었다. 클론들은 외부 분석에서 결정하여 치료 후 종양에서 이들의 1차 세포 클러스터 별로 색상이 지정된다. 수직 회색 막대는 혈액에서 클론 크기가 0인 클론들을 클론 크기가 1 이상인 클론들과 분리하며, 이로써 신규 클론들을 왼쪽의 혈액-무관 클론들 및 오른쪽의 혈액-연관 클론들로 분리한다. 환자들은 혈액과 TCR들을 공유하는 신규 CD8+ 클론형들의 총 세포 수 (하단에 수치로 표시)에 따라 정렬된다. (도 14B) 치료 전 및 후 혈액 내 TCR 레퍼토리. (도 14A)의 6명의 환자에 대하여 치료 전과 후의 혈액 내 클론 크기에 관한 산점도들이 도시되어 있다. 좌표들은 각 TCR 베타 사슬에 대해 관찰된 템플릿 수를 나타낸다. 치료 전 혈액 샘플이 없는 환자 bcc.su002의 경우, 모든 점들을 표시하기 위해 수평 지터가 추가된 1차원 스트립 차트가 대신 도시되어 있다. 각 도표 아래의 수치들은 10개 이상의 모든 클론 크기에 대해 섀넌 엔트로피로 측정된 각 클론 크기 분포에 대한 치료 전 및 치료 후 클론 다양성을 표시하며, 임계값은 낮은 수준의 샘플링에서 오는 노이즈의 영향을 줄이기 위해 선택된다. 클론 다양성의 증가량은 왼쪽 하단에서 오른쪽 상단으로 주 대각선을 따라 클론들의 존재가 증가함에 따라 시각적으로 관찰 될 수 있다. (도 14C) 종양에서 CD8+ T 세포 클론들의 추적. (도 14A)의 각 환자에서, 치료 전 또는 후 종양에서 1차 세포 클러스터로서 CD8+ 아형에 관한 클론들을 선택하였다. 클론들이 치료 전 혈액 (또는 치료 전 혈액 샘플이 없는 환자 bcc.su002의 경우, 치료 후 혈액)에서 TCR을 공유하는지 여부에 따라 이들 클론들을 분리하였다. 혈액-연관 신규 클론들, 또는 혈액과 TCR들을 공유하는 클론들은, “혈액+”표제의 도표들로 상단 패널에 플롯된다. 혈액-무관 신규 클론들, 또는 혈액과 TCR들을 공유하지 않는 클론들은, “혈액-”표제의 도표들로 하단 패널에 플롯된다. 각 도표에서, 클론들은 치료 전 (“rx 전”) 또는 치료 후 (“rx 후”) 측정값에 따라 추가로 분류되었으며, 그리고 또한 사라지는 것 (치료 전에는 존재하나 치료 후 scRNA-seq에는 없음), 잔존하는 것 (모두에 존재), 또는 신규한 것 (치료 후에는 존재하지만 치료 전 scRNA-seq에는 없음)으로, 각각 “소멸”, “잔존”, 및 “신규”로 약칭하여 분류되었다. y- 좌표는 치료 전 또는 치료 후 종양에서 각 클론의 크기를 나타내며, 원본 논문에서 결정한 바와 같이 치료 전 또는 치료 후 클러스터 할당에 따라 적절하게 색상이 지정된다. 잔존 범주에서 치료 전과 치료 후 클론형들의 매칭은 회색 선으로 연결된다. 잔존 범주에서 치료 전 조건에 대한 치료 후 조건에서의 클론 크기들의 평균 비율을 혈액-매칭 및 혈액-비 매칭 범주에 대해 산정하여 각 쌍의 도표들 아래에 수치로 제공한다. (도 14D) 종양 확장 및 혈액과의 TCR 공유에 따른 신규 CD8+ 클론형들에 대한 세포 클러스터들의 분포. CD8+ 클론형을 가지는 종양 내 혈액-연관 및 혈액-무관 신규 클론들을 식별하여 비-확장된 (종양 클론 크기 = 1) 또는 확장된 (종양 클론 크기 > 1) 클론들로 추가로 분리하였으며, 도면에서 각각 “비-확장”및 “확장”으로 약칭된다. 각 범주에서, 상기 클론들에 속하는 세포들을 처음 분석의 클러스터 할당에 따라 표로 작성하고, 그 분포를 하단 범례에 따라 색상을 지정하여 막대 그래프로 나타내었다. 클러스터들의 고갈 및 비-고갈 범주들로의 분류가 범례에 제공되어 있다.
도 15A - 15D는 CD8+ 클러스터들에 대한 임상 연관성을 보여주는 도표들이다. (도 15A) 환자들 전반에 걸친 CD8+ 클러스터들에 대한 유전자 발현 프로파일. 이 히트맵은 도 13A의 비지도 (unsupervised) 분석으로부터 얻은, CD8+ 클러스터들에 대한 환자 클러스터 각각 (열)에서 각 유전자의 유전자 발현 프로파일 (행)을 보여준다. 각 시그너처들에 대한 유전자들을, 로지스틱 회귀분석시 최고 부호화된 이탈도 (highest signed deviance)를 보이는 20개로 선택된 행들에 분류한다. 하나 이상의 시그니처에서 중복된 유전자들은 낮은 순위의 유전자에 할당되었다. 각 환자의 세포들을 클러스터별로 분류하고 해당 환자의 다른 모든 CD8+ 클러스터들에 대해 각 그룹의 평균 로그 배수 변화를 산정했다. 히트맵에서 각 셀은 생성된 로그 배수 변화를 나타내며, 하단의 팔레트에 의해 색상이 지정된다. (도 15B) 클론확장 패턴들 전반에 걸친 CD8+ 클러스터들에 대한 유전자 발현 프로파일. 각 환자의 세포가 부모 클론의 클론 확장 패턴에 따라 분류되었다는 점을 제외하고 (도 15A)와 표현방식이 동일하다. (도 15C) CD8+ 클러스터들에 대한 유전자 시그너처들의 포레스트 도표. 각 점은 CD8+ 클러스터에 대한 20개-유전자 시그니처들의 유전자를 나타내며 x-좌표는 임상 시험의 각 군에서 무 진행 생존 (PFS)에 대한 위험비를 나타내며 별도의 행으로 표시된다. 모든 점을 시각화 할 수 있도록 수직 지터가 추가되었다. 1 미만의 위험비는 생존과의 유리한 연관성을 나타낸다. 각 시그너처의 오른쪽에 있는 수치들은, 벤자민-호흐버그(Benjamini-Hochberg) 절차를 사용하여 다중 가설 검정을 위해 조정된, 위험비가 1 이상이라는 귀무 가설에 대한 유전자의 평균 위험비 (HR) 및 단측 p-값을 나타낸다. 조정된 p-값 < 0.05을 산출하는 통계 결과는 빨간 색으로 지정된다. (도 15D) 카플란-마이어 생존 곡선. 8.1-Eff (왼쪽) 및 8.2-Tem (오른쪽) 시그너처들에 대한 카플란-마이어 곡선들이 플롯되어 있으며, 환자들은 각 시험에서 각각의 중앙값 초과 (빨간 색) 및 이하 (검은 색)의 시그너처 점수로 이분화된다. 각 곡선은 x-축에는 무 진행 생존 (PFS)을 그리고 y-축에는 생존한 환자 분율을 보여준다. 각 생존 곡선에서 + 기호들은 중도절단(censoring) 발생을 나타낸다. 각 도표의 범례는 두 환자 집단을 비교하는 Cox 비례 위험 모델의 위험비 (HR) 및 p-값을 나타내며, p-값 <0.05는 별표로 표시된다.
도 16A - 16F는 샘플 통계 및 클론 확장 패턴들을 보여주는 도표들이다. (도 16A) 클러스터들 간 CD3- 및 CD45-선택된 샘플들의 표현. 본 연구에서 면역 세포의 샘플은 CD3 (T 세포만 포함할 것으로 예상됨) 또는 CD45 (T 및 비-T 세포 모두 포함)에 대해 선별되었으므로 T 세포와 비-T 세포를 컴퓨터산정하여 분리해야했다. T 세포들에 대한 분리 과정의 결과는 CD3 및 CD45-선택된 샘플들 모두로부터의 세포들을 포함하는 클러스터들을 산출하여야 한다. 막대 그래프는 비지도 클러스터 분석으로부터 얻은 T 세포 클러스터들 전반에 걸친 샘플들의 분포를 보여주며, 각각 빨간색 및 파란색으로 지정된 CD3- 및 CD45-선별 샘플 별로 예상되는 표현을 보여준다. (도 16B) 환자들간 T 세포들의 혼합. 모든 세포들에 대한 2차원 맵을 보여주며, 이는 도 13A의 차원 축소 산정에 해당한다. 각 세포는 환자의 출처별로 색상이 지정된다. 환자들은 맵 간에 잘 혼합되어 있는 것으로 관찰되며, 이는 개별 데이터세트들의 적절한 통합을 나타낸다. (도 16C) 샘플 통계. T 및 비-T 범주로 분리된 후 데이터세트의 셀들에 대한 통계가 제공된다. CD45-선별 샘플들의 존재는 CD3-선별 샘플들에서 비-T 세포들의 수를 차지하는 오염성 비-T 세포들(contaminating non-T cells)을 식별할 수 있게 한다. 4가지 암 유형들: 비소 세포 폐 암종 (Lung), 자궁내막 선암종 (Endo), 결장직장 선암종 (Colon), 및 신장 투명 세포 암종 (Renal)의 환자들을 얻었다. 수치들은 scRNA-seq로부터 얻은 전사체 및 세포들의 총 수, 그리고 scTCR-seq로부터 얻은 클론형들을 가진 세포들의 수를 나타낸다. 세포를 별개의 클론형으로 분류하고 각 샘플에 대한 별개 클론형들의 수를 도시한다. (도 16D) 구획들 간 TCR 공유. 클론형들을 환자의 구획들에 매칭하였다. 각 샘플에 대한 벤 다이어그램을 (도 16C)의 해당 행 근처에 나타낸다. 각 Venn 다이어그램은 각 구획에 고유한 또는 구획들간 공유되는 별개 클론형들의 수를 보여준다 (N=NAT, T=종양, B=혈액). (도 16E) 클론들의 클론 확장 패턴 별 분포. 각 클론은 종양 및 NAT 구획들의 클론 크기에 기반하여 클론 확장 패턴으로 분류되었다. NAT 싱글톤은 NAT 세포 수 (또는 클론 크기)가 1이고 종양 클론 크기가 0인 클론들이었으며, 및 NAT 멀티플렛은 NAT 클론 크기가 2 이상이고 종양 클론 크기가 0이었다. 역으로, 종양 싱글톤은 종양 클론 크기가 1이고 NAT 클론 크기가 0인 클론이었으며, 종양 멀티플렛은 종양 클론 크기가 2 이상이고 NAT 클론 크기가 0 이었다. 이중-확장 클론은 종양 및 NAT 모두에서 클론 크기가 1 이상이었다. 막대 그래프들은 각 환자에서 이러한 분류에 따른 클론들의 분포를 보여주며, 하단의 범례에 따라 색상이 지정되었다. 각 환자에서 대부분의 클론형들은 싱글톤이었으나, 9-18%의 클론형들은 멀티플렛 또는 이중-확장 클론이었다. (도 16F) 세포들의 클론 확장 패턴 별 분포. NAT (왼쪽) 및 종양 (오른쪽)의 각 T 세포는 그 부모 클론의 클론 확장 패턴에 따라 분류되었다. 막대 그래프들은 각 환자에서 이러한 분류에 따른 세포들의 분포를 보여주며, 하단의 범례에 따라 색상이 지정되었다. 이중 확장된 클론들의 세포들은 종양 및 NAT에서 T 세포의 큰 분율을 나타내며 경우에 따라 대부분의 T 세포를 구성한다.
도 17 은 외부 데이터세트에서 병렬 종양/NAT 확장 및 말초 클론 확장의 연관성을 보여주는 도표들을 제공한다. Guo 외, 2018 문헌의 14명의 비소 세포 폐 암종 환자들을 각각 NAT 및 종양의 클론 크기로 플롯한, 각 클론형에 대한 점을 보여주는 산점도로 도시하며, 점의 크기는 하단 오른쪽 범례에 따른 혈액 중의 클론 크기를 나타낸다. 각 점의 색상은 오른쪽 하단의 2차원 팔레트에 기반한다. 각 환자는 또한, 도 12D - 12F에서와 동일한 표현방식 및 색상 구성표를 사용하여, 혈액 확장 정도, 혈액-확장된 클론의 종양/NAT로의 침윤 및 혈액-확장된 클론에서 종양/NAT TCR들의 존재로 특징된다. 환자들은 혈액 확장량 순으로 정렬된다. 이중-확장 클론들의 경우 혈액 중에서 더 많이 확장되는 경향을 볼 수 있으며, 이들 클론들은 주 대각선을 따라 놓이는데, 이는 병렬 방식의 이중 확장을 반영한다. 더 높은 혈액 확장 수준을 가지는 환자들은 도 12I에 요약된 바와 같이 종양 및 NAT에서 전반적으로 병렬 클론 확장의 경향을 가진다.
도 18A - 18E는 T 세포 서브세트 및 클론 확장 양식을 보여주는 도표들이다. (도 18A) Zhang 외, 2018의 외부 유전자 시그너처들과 T 세포 아형들의 비교. 열에 있는 본 연구의 클러스터 할당과 행에 있는 Zhang 외, 2018 문헌의 외부 유전자 시그너처들에 제공된 것들 간 세포들에 관한 정규화된 교차표가 도시된다. 도시된 히트맵의 강도는 세포들이 두 클러스터 세트들로 분류되었던 빈도를 나타낸다. 본 연구의 클러스터들을 나타내는 열들은 (도 18A)의 구성표에 따라 색상이 지정된다. 상이한 참조 유전자 시그니처 세트를 제외하고 산정 및 표현방식은 도 13B와 동일하다. 본 연구의 8.1-Eff 클러스터와 외부 데이터세트의 CD8_C3-CXCR1 클러스터 사이의 관계, 그리고 8.2-Tem과 CD8-C4-GZMK 사이의 관계도 알 수 있다. (도 18B) CD4+ 서브세트들에 대한 선별된 유전자 발현. 선별된 유전자들에 대한 발현은 CD4+ 서브세트들 간의 차이를 도시한다. 유전자들이 CD4+ 서브세트들에서의 높은 발현에 대해 선별된 것을 제외하고 표현방식은 도 13C에서와 동일하다. (도 18C) 고갈 바이오마커. T 세포 고갈과 연관된 몇몇 유전자들에 대한 유전자 발현 값들이 도 13A의 맵 위에 플롯된다. 표현방식은 도 13D (상부 패널)에서와 동일하며, 색상은 수치-기반 유전자 발현의 분위수, 및 세포 출처: 종양 (빨간색), NAT (파란색), 또는 혈액 (녹색)에 기반한다. 8.3c로부터 8.3b 및 8.3a 클러스터들에 이르기까지 발현이 증가하는 각 유전자에 대하여 구배를 관찰할 수 있다. 클러스터 4.1-S100A6에서 높은 ITGAE 발현은 이것이 CD4+ 상주 기억 T 세포를 나타냄을 시사한다. (도 18D) T 세포 클러스터 별 클론 확장 패턴. 도 13A의 비지도 분석으로부터 얻은 각 클러스터의 클론들 및 세포들에 대하여 클론 확장 패턴들을 표로 작성하였다. 왼쪽의 막대 그래프는 클론들 및 이들의 1차 클러스터에 대한 분포를 보여주는 반면, 중앙의 막대 그래프 4개는 세포들 및 이들의 부모 클론에 대한 분포를 보여준다. 세포에 대한 막대 그래프는 NAT (각 쌍의 왼쪽) 및 종양 (각 쌍의 오른쪽)의 기원에 따라 추가로 나뉜다. 이중-확장 클론들로부터 얻은 세포들에 대해 별개의 막대 그래프들이 제공된다. 막대는 하단의 범례에 따라 색상이 지정된다. 각 막대 옆의 별표는 본페로니-조정된 p-값 <0.01으로 결정시 전체 분포에 비해 통계적으로 유의한 과다-발현이 있는 클론 확장 패턴들을 나타낸다. 별표는 다음 약칭들을 사용하여 열 별로 표지된다: n=NAT 싱글톤, N=NAT 멀티플렛, T=종양 멀티플렛, t=종양 싱글톤, D=이중-확장 클론. 오른쪽에 있는 4개의 막대 그래프들은 혈액 샘플들을 사용한 연구에서 4명의 환자에 대해 비-확장 및 확장된 혈액 세포의 분포를 개별적으로 보여주며, 막대는 하단의 범례에 따라 색상이 지정된다. (도 18E) 서로 다른 클론 확장 패턴들을 보여주는 T 세포 클러스터. 14명의 환자 모두의 클론들을 조합하고 1차 세포 클러스터 별로 분류한다. 각 산점도는 NAT 및 종양에서의 클론들의 크기에 따라, 상대적으로 낮은 수준의 확장을 갖는 대부분의 클론의 확장 패턴을 표시하기 위해 각 축의 50에서 생략되어 있는 선형 스케일로 플롯된다. 점들의 색상은 오른쪽 상단의 2차원 팔레트에 따라 지정된다.
도 19A 및 19B는 외부 데이터세트들의 클론 확장 패턴들을 보여주는 도표들을 제공한다. (도 19A) Guo 외, 2018 문헌의 14명의 비소 세포 암종 환자들에 대한 데이터 분석. (도 19B) Zhang 외, 2018 문헌의 12명의 결장직장 선암종 환자들에 대한 데이터 분석. 두 데이터세트들 모두 도 12B와 동일한 방법을 사용하여 분석되었다. 각 산점도는 NAT 및 종양에서 그 크기에 따라 플롯된 별개의 클론형을 보여주는데, 혈액에서의 클론 크기는 왼쪽 하단의 범례에 따른 점 크기로 표현된다. 클론들의 색상은 그 클론 확장 패턴에 따라 왼쪽 하단 2차원 팔레트를 사용하여 지정된다. 클론들은 외부 분석들에서 결정된 1차 세포 클러스터에 따라 분류되고 각 산점도에 플롯된다. 결과는 이중 종양/NAT 확장 및 상응하는 말초 클론 확장이 CD8-C3-CX3CR1 및 CD4-C3-GNLY 클러스터들의 특징이며, 이는 상기 데이터세트의 8.1-Eff 클러스터와 연관된 것임을 보여준다 (도 13B). 혈액 확장 수준이 낮은 이중 종양/NAT 확장 또한 CD8-C4-GZMK 클러스터에서 관찰되었으며, 이는 상기 데이터세트의 8.2-Tem 클러스터와 연관된다.
도 20A - 20C는 혈액에서 TCR을 공유 및 공유하지 않는, 종양에서의 치료 전 및 치료 후 CD4+ 클론형들을 보여주는 도표들이다. Yost 외, 2019 문헌의 CD4+ 클론형들에 대하여 도 14의 CD8+ 클론형들에서와 동일한 방식으로 분석을 수행하였다. 환자들은 도 14의 환자들과 동일하며 동일한 순서로 제시된다. (도 20A) 치료 후 신규 CD8+ 클론형과 치료 전 혈액 간에 TCR 발현은 상관관계가 없다. CD4+ 클론형을 치료 후 1차 세포 클러스터로서 가지는 신규 클론들에 대하여 도 14A의 분석을 수행하였다. 각 점은 치료 전 혈액 (또는 치료 전 혈액 샘플이 없는 환자 bcc.su002의 경우 치료 후 혈액) 및 치료 후 종양에서 클론 크기에 따라 플롯된 클론형을 나타낸다. CD8+ 클론형들과 대조적으로, CD4+ 클론 크기는 매치된 혈액에서의 클론형들과 동일한 정도의 연관성을 보여주지 않는다. 혈액에서 TCR을 공유하는 신규 CD4+ 클론형들의 총 세포 수가 각 산점도 아래에 제공되어 있으며 환자 간 말초 클론 다양성과 상관관계는 없다. (도 20B) 종양의 CD4+ T 세포 클론들의 추적. 치료 전 또는 치료 후 종양에서 CD4+ 아형을 1차 세포 클러스터로서 가지는 클론들에 대하여 도 14C의 분석을 수행하였다. 이러한 포괄적인 기준하에서는, 치료 전 CD4+ 나이브 아형에서 치료 후 CD8_act로의 1차 세포 클러스터 변화를 보였던 일부 클론들이 포함되었다. 혈액-연관 조건에서 잔존 클론들이 더 높은 클론 확장을 보였던 CD8+ 클론형들과 대조적으로 (도 14C), CD4+ 클론형들은 일반적으로 혈액-무관 조건에서 더 높은 클론 확장을 보여주었다. 또 다른 차이점은 환자들에서 소멸 CD4+ 클론들이 더 많았으며 소멸 CD8+ 클론들보다 클론 크기가 더 크다는 것인데, 이는 CD4+ 클론들이 CD8+클론들 보다 항원 변화에 보다 동적으로 반응할 수 있음을 시사하는 것이다. (도 20C) 종양 확장 및 혈액과의 TCR 공유에 따른 신규 CD4+ 클론형들에 대한 세포 클러스터들의 분포. CD4+ 아형을 치료 후 1차 세포 클러스터로서 가지는 신규 클론들에 대하여 도 14D의 분석을 수행하였다. 차이점은 혈액-무관 클론들과 여포 보조 T (Tfh) 세포의 연관성에서 차이가 관찰될 수 있으며, 이는 이러한 신규 클론들이 말초 혈액으로부터가 아니라 국소적으로 발생 또는 확장되고 있음을 시사한다.
도 21A - 21C는 공지된 추정상의 바이러스-반응성 TCR들의 데이터베이스들에 매치되는 클론형들을 보여주는 도표들이다. (도 21A) 바이러스 항원들에 반응성인 클론형들의 다양성. 각 환자의 클론형들을 통상적인 바이러스 항원들 (Shugay 2018)에 대해 반응성인 것으로 열거된 VDJdb 데이터베이스의 TCR들에 대하여 매칭시켰다. 바이러스에는 거대세포바이러스 (p65 항원), 엡스타인-바 바이러스 (BMLF1, EBNA3) 및 인플루엔자 A (M1)가 포함되었다. 이들 바이러스들의 다른 항원들은 기타로 분류된다. 매칭되는 클론 각각을 그 1차 세포 클러스터에 상응하는 색상으로 그 상응하는 항원 위에 직사각형 영역으로 나타내는데, 이 때 오른쪽 하단 범례에도 도시되어 있는 도 13A의 색상 구성표, 그리고 종양 + NAT에서 그 총 클론 크기를 나타내는 높이를 사용한다. 클론들은 무작위 순서로 서로의 상부에 적층된다. 인접한 클론들이 동일한 색상을 가지는 경우, 두 클론들 모두 클론 수가 5 보다 커서 이들을 구분할 필요가 있는 것으로 보일 때, 검은색 선들을 사용하여 이들을 분리하였다. 이들 도표들은, 매칭되는 클론형들의 대부분이 싱글톤이었으나, 환자들이 종종 더 고도로 확장된 몇몇 바이러스-반응성 클론들을 가지고 있었음을 보여준다. (도 21B) 이중-확장 및 혈액-멀티플렛 클론들의 바이러스 반응성과의 연관성. 바이러스 항원에 대한 반응성을 시사하는, 암 게놈 아틀라스 (TCGA)의 다중암 TCR들 및 VDJdb에 매칭되는 클론들을 그 클론 확장 패턴에 따라 분류하였다 (n=NAT 싱글톤, N=NAT 멀티플렛, D=이중 확장, T=종양 멀티플렛, t=종양 싱글톤, b=혈액 싱글톤, B=혈액 멀티플렛). 각 데이터베이스 및 이들의 합집합에 대한 매칭 빈도가 도시되어 있다. 이중-확장 클론들은 바이러스-반응성 TCR과 매칭될 가능성이 가장 높았다. 카이-제곱 검정을 사용한 통계 검정은 각 사례에서 범례에 표시된 p-값에서 클론 확장 패턴들에 대한 바이러스 반응성의 유의한 의존성을 나타낸다. (도 21C) 바이러스 반응성과 연관성이 있는 T 세포 클러스터. 도 13A의 비지도 분석을 사용하여 클론들을 그 1차 세포 클러스터에 따라 분류하였다. 각 클러스터에 대해 VDJdb (왼쪽) 및 TCGA의 다중암 TCR들 (오른쪽)에 매칭되는 클론들의 분율이 플롯되어 있으며, 모든 클론들에 대한 평균 값은 수직선으로 도시되어 있다. 막대 각각의 색상은 도 13A의 그리고 (도 21A)의 범례에 도시되어 있는 구성표에 상응한다. 값 < 0.05인 클러스터들의 경우 벤자민-호흐버그 절차를 사용한 다중 가설 검정 후 카이-제곱 검정에서 조정된 p-값을 표시한다.
도 22A 및 22B는 CD8+ 클러스터 유전자 시그너처들과의 임상적 연관성을 보여주는 도표들이다.
(도 22A) 유전자 시그너처들과 CD8A 발현 간의 상관관계. 각 점은 다음 3가지 항-PD-L1 치료제 아테졸리주맙의 임상 시험들 중 하나로부터 얻은 치료 전 환자 샘플을 나타낸다: IMvigor210 (윗 줄), POPLAR (가운데 줄), 및 IMmotion150 (아래 줄). 점들의 색상은, 존재하는 경우, 각 줄의 오른쪽 하단에 있는 범례를 사용하여 무작위 치료 군에 따라 지정된다. 각각 별도의 열에서 CD8A의 발현을 5가지 CD8+ 유전자 시그너처들 각각에 대한 점수와 비교한다. 표제들에 있는 수치는 점수들 간의 상관관계에 대한 피어슨 상관계수를 나타낸다. 8.1-Eff 및 8.2-Tem 시그니처 점수는 종양내 CD8+ T 세포 존재의 지표인 CD8A 발현과 가장 높은 상관관계를 보여주는데, 이는 환자들 간 CD8+ T 세포 확산도(prevalence)의 가변성을 설명함에 있어 이들이 비교적 중요함을 시사한다. (도 22B) 카플란-마이어 생존 곡선. 도 15D에 제공된 것들을 보충하기 위하여 CD8A, 8.3a-Trm, 8.3b-Trm, 및 8.3c-Trm 시그너처 점수들에 대한 카플란-마이어 곡선들이 플롯된다. 도 15D에서와 표현방식은 동일하며, 환자들을 중앙값 초과 (빨간색) 및 중앙값 이하 (검은색)의 시그너처 점수 별로 이분화하였다. 각 곡선은 x-축에는 무 진행 생존 (PFS)을 그리고 y-축에는 생존한 환자 분율을 보여준다. 각 생존 곡선에서 + 기호들은 중도절단(censoring) 발생을 나타낸다. 각 도표의 범례는 두 환자 집단을 비교하는 Cox 비례 위험 모델의 위험비 (HR) 및 p-값을 나타내며, p-값 <0.05는 별표로 표시된다. CD8A 곡선들은 암 면역요법에서의 생존과 종양에서의 CD8+ T 세포 확산도와의 연관성이 공지되어 있기 때문에 포함된다.
상세한 설명
본 발명은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 비소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종 (UC)), 신장 암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 및 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))을 치료하기 위한 진단 방법, 치료 방법, 및 조성물을 제공한다. 본 발명은, 적어도 부분적으로, 개체로부터 얻은 샘플에서, 예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준으로 증명된, 암에 걸린 개체의 말초 혈액 내 클론 확장된 T 세포들의 존재가, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지를 식별; 개체를 치료하기 위한 요법을 선택; PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료의 치료 효능을 최적화; 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 개체의 반응을 모니터링하는 방법에서 바이오마커 (예를 들어, 예측 바이오마커)로서 사용될 수 있다는 발견에 기초한다.
I.
정의
본 명세서에 사용된 용어 “약”은 기술 분야의 숙련된 기술자에게 널리 공지된 바와 같이, 각각의 값에 대한 통상적인 오차 범위를 나타낸다. 본 명세서에서 “약”값 또는 파라미터 지칭은 그 값 또는 파라미터 자체에 관한 구현예를 포함한다 (그리고 기재한다).
본 명세서에서 사용되는, “투여”는 화합물 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 또는 조성물 (예를 들어, 약학 조성물, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 약학 조성물)의 투여량을 개체에게 제공하는 방법을 의미한다. 본 명세서에 기재된 방법에 사용되는 화합물 및/또는 조성물은, 예를 들어, 정맥내 (예컨대, 정맥내 주입에 의해), 피하, 근육내, 피내, 경피, 동맥내, 복강내, 병변내, 두개내, 동맥내, 전립선내, 흉막내, 기관내, 비강내, 유리체내, 질내, 직장내, 국소적으로, 종양내, 복막내, 결막하, 방광내, 점막내, 심낭내, 탯줄내, 안구내, 경구, 국소, 국부, 흡입으로, 주사로, 주입으로, 연속 주입으로, 직접적으로 표적 세포들을 약욕시키는 국부화 관류로, 카테터로, 세정으로, 크림으로, 또는 지질 조성물로 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들어, 투여되는 화합물 또는 조성물 및 치료될 상태, 질환 또는 질환의 중증도)에 따라 달라질 수 있다.
“친화도”는 분자의 단일 결합 부위(예를 들어, 항체)와 이의 결합 짝(예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총 강도를 의미한다. 달리 표시되지 않은 한, 본 명세서에 기재된 “결합 친화도”는 결합쌍(예를 들면, 항체 및 항원)의 구성원 간의 1:1 상호작용을 반영하는 고유 결합 친화도를 의미한다. 분자 X의 그 짝 Y에 대한 친화도는 일반적으로 해리 상수 (KD)로 나타낼 수 있다. 친화도는 본 명세서에 기재된 것을 포함하여 당업계에 공지된 일반적인 방법에 의해 측정 될 수 있다. 결합 친화도를 측정하기 위한 특정한 예시적이고 전형적인 구체예들은 하기에 기재되어 있다.
“친화도 성숙된” 항체는 변경을 보유하지 않는(변경은 항원에 대한 항체의 친화도를 개선함) 모 항체와 비교하여 하나 이상의 초가변 영역(HVR)에서의 하나 이상의 변경을 갖는 항체를 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 “증폭”은 일반적으로 원하는 서열의 복수의 사본을 생성하는 과정을 지칭한다. “복수의 사본”은 최소한 2개의 사본을 의미한다. “사본”은 반드시 템플릿 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하는 것은 아니다. 예를 들면, 사본은 뉴클레오티드 유사체, 가령, 데옥시이노신, 의도적 서열 변형 (가령, 템플릿에 혼성화가능하지만, 상보적이지는 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입되는 서열 변형), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오차를 포함할 수 있다.
본 명세서에서 용어 “항체”는 가장 넓은 의미로 사용되고, 이들이 원하는 항원-결합 활성을 나타내는 한, 비제한적으로 단클론 항체, 다클론 항체, 다중특이적 항체 (예를 들면, 이중특이적 항체), 및 항체 단편을 포함하는, 다양한 항체 구조를 포괄한다.
항체 단편은 무손상(intact) 항체가 결합하는 항원에 결합하는 무손상 항체의 부분을 포함하는 무손상 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예로는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일 쇄 항체 분자 (예컨대, scFv); 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
기준 항체와 “동일한 에피토프에 결합하는 항체”는 경쟁 분석에서 기준 항체의 항원에 대한 결합을 50 % 또는 그 이상 차단하는 항체를 의미하고, 역으로, 상기 기준 항체는 경쟁 분석에서 그의 항원에 대한 항체의 결합을 50 % 또는 그 이상 차단한다. 예시적인 경쟁 분석이 본 명세서에서 제공된다.
용어 “항-PD-L1 항체” 및 “PD-L1에 결합하는 항체”는 항체가 PD-L1을 표적하는데 있어서 진단제 및/또는 치료제로서 유용하도록 하기에 충분한 친화도로 PD-L1에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 한 구체예에서, 항-PD-L1 항체가 무관한, 비-PD-L1 단백질에 결합 정도는 예를 들면, 방사능면역분석 (RIA)으로 측정하였을 때, 상기 항체가 PD-L1에 결합하는 것의 약 10% 미만이다. 특정 구체예들에 있어서, 항-PD-L1 항체는 상이한 종의 항-PD-L1 중에서 보존된 PD-L1의 에피토프에 결합한다. 특정 구체예들에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A)이다. PD-L1 (예정사 리간드 1)은 또한 당업계에서 “세포 예정사 1 리간드 1,”“PDCD1LG1,”“CD274,”“B7-H,”및 “PDL1”로 지칭된다. 예시적인 인간 PD-L1은 UniProtKB/Swiss-Prot 등록 번호 Q9NZQ7.1에 나타나있다.
용어 “항암 요법”은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 비소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종 (UC)), 신장 암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))을 치료함에 유용한 요법을 지칭한다. 항암 치료제의 예는, 예를 들어, 성장 억제제, 세포독성제, 화학치료제, 성장 억제제, 방사선 요법에 사용되는 제제, 항혈관형성제, 아폽토시스제, 항튜불린제, 및 암을 치료하는 다른 제제, 예를 들어, 항-CD20 항체, 혈소판 유래 성장 인자 억제제 (예컨대, GLEEVEC™(이마티닙 메실레이트)), COX-2 억제제 (예컨대, 셀레콕시브), 인터페론, 사이토카인, 다음과 같은 표적 PDGFR-β, BlγAPRIL, BCMA 수용체(들), TRAIL/Apo2 중 하나 이상에 결합하는 길항제 (예컨대, 중화 항체), 기타 생물활성 및 유기 화학 제제 등을 포함하나 이에 제한되는 것은 아니다. 이들의 조합물도 본 발명에 포함된다.
“제조 물품”은 적어도 하나의 시약, 예를 들어, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 치료하기 위한 약물, 또는 본 명세서에 기재된 바이오마커를 특이적으로 검출하기 위한 프로브를 포함하는 임의의 제조품 (예를 들어, 패키지 또는 용기) 또는 키트이다. 특정 구체예에서, 제조품 또는 키트는 본 명세서에 기재된 방법들을 수행하기 위한 단위로서 홍보, 배포 또는 판매된다.
본 명세서에서 사용되는 “기반한”이라는 문구는 하나 이상의 바이오마커에 대한 정보가 치료 결정, 패키지 삽입물에 제공되는 정보, 또는 마케팅/홍보 지침 등을 알리는 데 사용됨을 의미한다.
“차단(blockingg)”항체 또는 “길항제”항체는 이 항체가 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제 또는 감소시키는 항체다. 바람직한 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 실질적으로 또는 완벽하게 억제시킨다.
“결합 도메인”은 표적 에피토프, 항원, 리간드, 또는 수용체에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 분자의 일부를 의미한다. 결합 도메인은 항체 (예를 들어, 단클론, 다클론, 재조합, 인간화 및 키메라 항체), 항체 단편 또는 이의 일부 (예를 들어, Fab 단편, Fab'2, scFv 항체, SMIP, 도메인 항체, 디아바디, 미니바디, scFv-Fc, 아피바디, 나노바디 및 항체의 VH 및/또는 VL 도메인), 수용체, 리간드, 압타머 및 확인된 결합 짝을 갖는 기타 분자를 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “바이오마커”는, 예를 들어, 샘플에서 검출될 수 있는, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후 지표를 지칭한다 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중 하나 이상). 바이오마커는 특정, 분자, 병리, 조직 및/또는 임상 특징으로 특성화되는 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 특정 아형의 지표로서 기능할 수 있다. 일부 구체예들에서, 바이오마커는 유전자이다. 바이오마커에는 폴리뉴클레오티드 (예컨대, DNA 및/또는 RNA), 폴리뉴클레오티드 복제수 변경 (예컨대, DNA 복제수), 폴리펩티드, 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 변형 (예컨대, 번역 후 변형), 탄수화물, 및/또는 당지질-기반 분자 마커가 포함되나 이에 제한되는 것은 아니다.
용어 “바이오 마커 시그니처”, “시그니처”, “바이오 마커 발현 시그니처”또는 “발현 시그니처”는 본 명세서에서 상호 교환 적으로 사용되며 그 발현이, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후 지표인 바이오마커 또는 이들의 조합을 지칭한다 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준). 바이오마커 시그너처는 특정, 분자, 병리, 조직 및/또는 임상 특징으로 특성화되는 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 특정 아형의 지표로서 기능할 수 있다. 일부 구체예에서, 바이오마커 시그너처는 “유전자 시그너처”이다. 용어 “유전자 시그너처”는 “유전자 발현 시그너처”와 호환적으로 사용되며 그 발현이, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후 지표인 폴리뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 지칭한다. 일부 구체예에서, 바이오마커 시그너처는 “단백질 시그너처”이다. 용어 “단백질 시그너처”는 “단백질 발현 시그너처”와 호환적으로 사용되며 그 발현이, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후 지표인 폴리펩티드 또는 이들의 조합을 지칭한다.
용어 “클론 확장된 T 세포”는 예를 들어, T 세포 수용체 (TCR) 서열 상동성에 의해 평가시 공통 항원 특이성을 갖는 T 세포를 지칭한다. 예를 들어, 클론 확장된 T 세포는 이의 TCR 알파 및/또는 베타 사슬들에 적어도 85% 서열 동일성 (예를 들어, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.9%, 또는 100% 서열 동일성) (예를 들어, 이의 TCR 알파 및/또는 베타 사슬들의 CDR1, CDR2, 및/또는 CDR3 영역들 간에 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.9%, 또는 100% 서열 동일성)을 공유할 수 있다.
2개 이상의 TCR들에 관한 내용에서 본 명세서에서 사용되는, 용어 “상응하는”상보성-결정 영역 (CDR)들은 각 TCR 내부에 존재하는 균등한 CDR들을 지칭하며, 즉, 특정 TCR 알파 사슬의 CDR-1은 또 다른 TCR 알파 사슬의 CDR-1에 “상응한다”고 하게 된다. 유사하게, 특정 TCR 알파 사슬의 CDR-2는 또 다른 TCR 알파 사슬의 CDR-2에 “상응한다”고 하고; 특정 TCR 알파 사슬의 CDR-3는 또 다른 TCR 알파 사슬의 CDR-3에 “상응한다”고 하고; 특정 TCR 베타 사슬의 CDR-1은 또 다른 TCR 베타 사슬의 CDR-1에 “상응한다”고 하고; 특정 TCR 베타 사슬의 CDR-2는 또 다른 TCR 베타 사슬의 CDR-2에 “상응한다”고 하고; 특정 TCR 베타 사슬의 CDR-3는 또 다른 TCR 베타 사슬의 CDR-3에 “상응한다”고 한다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 “키메라 항원 수용체”(“CAR”)는 주어진 항원 (예를 들어, 종양 세포에 의해 발현되는 항원)을 인식하고 특이적으로 결합하는 하나 이상의 항원-결합 영역들 (예를 들어, 하나 이상의 CDR들)을 포함하는 재조합 폴리펩티드를 지칭한다. CAR은 내인성 TCR (예를 들어, 암, 가령, 본 명세서에 기재된 암에 걸린 환자의 말초 혈액의 T 세포에 의해 발현되는 TCR)의 하나 이상의 항원-결합 영역들을 포함할 수 있다. 그러나, CAR은 자연-발생 TCR의 분자 조성을 가질 필요는 없다.
본 명세서에 기재된 CAR은 일반적으로 본 명세서에 정의된 자극 분자로부터 유래한 기능적 신호전달 도메인을 포함하는 적어도 세포외 항원 결합 도메인, 막관통 도메인 및 세포질 신호전달 도메인 (본 명세서에서 “세포내 신호전달 도메인”이라고도 함)을 내포한다. 자극 분자는 T 세포 수용체 복합체와 연관된 제타 사슬 일 수 있다. 일부 구체예에서, 세포내 신호전달 도메인은 하기 기재된 바와 같이 적어도 하나의 공동자극 분자로부터 유래된 하나 이상의 기능적 신호전달 도메인을 추가로 포함한다. 공동자극 분자는, 예를 들어, 4-1BB (즉, CD137), CD27, 및/또는 CD28을 내포할 수 있다. 일부 구체예에서, CAR은 세포외 항원 인식 도메인, 막관통 도메인, 및 자극 분자로부터 유래된 기능적 신호전달 도메인을 포함하는 세포질 신호전달 도메인을 갖는 키메라 융합 단백질을 내포한다. CAR은 예를 들어, 세포외 항원 인식 도메인, 막관통 도메인 및 공동자극 분자로부터 유래된 기능적 신호전달 도메인 및 자극 분자로부터 유래된 기능적 신호전달 도메인을 포함하는 세포질 신호전달 도메인을 갖는 키메라 융합 단백질을 내포 할 수 있다. 일부 구체예에서, CAR은 세포외 항원 인식 도메인, 막관통 도메인, 및 하나 이상의 공동자극 분자(들)로부터 유래된 2개의 기능적 신호전달 도메인 및 자극 분자에서 유래된 기능적 신호전달 도메인을 포함하는 세포내 신호전달 도메인을 갖는 키메라 융합 단백질을 내포한다. 일부 구체예에서, CAR은 세포외 항원 인식 도메인, 막관통 도메인, 및 하나 이상의 공동자극 분자(들)로부터 유래된 적어도 2개의 기능적 신호전달 도메인 및 자극 분자에서 유래된 기능적 신호전달 도메인을 포함하는 세포내 신호전달 도메인을 갖는 키메라 융합 단백질을 내포한다. CAR은 CAR 융합 단백질의 아미노 말단에 리더 서열을 포함 할 수 있다. 일부 구체예에서, CAR은 세포외 항원 인식 도메인의 N-말단에 리더 서열을 추가로 포함하는데, 이는 CAR의 세포상 프로세싱 및 세포막으로의 국재화 도중에 항원 인식 도메인, 예를 들어, (scFv)로부터 절단될 수 있다. 의심의 여지를 없애기 위해, 본 명세서에서 사용되는 용어 “세포내 도메인”및 “세포질 도메인”은 호환적으로 사용된다.
용어 “신호전달 도메인”은 정보를 세포내에 전달하여 2차 메신저를 생성함으로써 정의된 신호전달 경로를 통해 세포 활성을 조절하거나 이러한 메신저에 응답함으로써 효과기로서 기능함에 의해 작용하는 단백질의 기능적 부분을 지칭한다.
본 명세서에 기재된 CAR은 다양한 형태로 존재할 수 있는 항체 또는 이의 항체 단편을 내포할 수 있다. 예를 들어, 항원-결합 도메인은, 예를 들어, 단일 도메인 항체 단편 (sdAb), 단일 사슬 항체 (scFv) 및 인간화 항체 (Harlow 외, 1999, In: Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY; Harlow 외, 1989, In: Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, N.Y.; Houston 외, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; Bird 외, 1988, Science 242:423-426)를 포함하는 연속 폴리펩티드 사슬의 부분으로서 발현될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “자극 분자”는, T 세포 신호전달 경로의 적어도 일부 양상에 대하여 자극성인 방식으로 TCR 복합체의 1차 활성화를 조절하는 1차 세포질 신호전달 서열(들)을 제공하는 T 세포에 의해 발현되는 분자를 의미한다. 한 양상에서, 1차 신호는 예를 들어, 펩티드가 로딩된 MHC 분자와 TCR/CD3 복합체의 결합에 의해 시작되며, 이는 증식, 활성화, 분화 등를 포함하나 이에 제한되지 않는 T 세포 반응의 매개를 가져온다. 자극 방식으로 작용하는 1차 세포질 신호전달 서열 (“1차 신호전달 도메인”이라고도 함)은 면역 수용체 티로신 기반 활성화 모티프 또는 ITAM으로 알려진 신호전달 모티프를 포함 할 수 있다. 본 발명에서 특히 사용되는 1차 세포질 신호전달 서열을 내포하는 ITAM의 예는 TCR 제타, FcR 감마, FcR 베타, CD3 감마, CD3 델타, CD3 엡실론, CD5, CD22, CD79a, CD79b, CD278 ( “ICOS”라고도 함) 및 CD66d로부터 유래된 것들을 포함 하나 이에 제한되지는 않는다. 본 발명의 특정 CAR 분자에서, 본 발명의 임의의 하나 이상의 CAR 분자의 세포내 신호전달 도메인은 세포내 신호전달 서열, 예를 들어, CD3-제타의 1차 신호전달 서열을 포함한다. 본 발명의 특정 CAR에서, CD3-제타의 1차 신호전달 서열은 인간 서열 (서열 번호: 99), 또는 비-인간종, 예를 들어, 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등으로부터 유래한 균등한 잔기들이다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “세포내 신호전달 도메인”은 분자의 세포내 부분을 지칭한다. 세포내 신호전달 도메인은 CAR 함유 세포, 예를 들어, CAR T 세포의 면역 효과기 기능을 촉진하는 신호를 생성한다. 예를 들어, CAR T 세포에서 면역 효과기 기능의 예는 사이토카인의 분비를 포함하는 세포용해 활성 및 헬퍼 활성을 포함한다.
일부 구체예에서, 세포내 신호전달 도메인은 1 차 세포내 신호전달 도메인을 포함 할 수 있다. 예시적인 1차 세포내 신호 전달 도메인은 1차 자극 또는 항원 의존성 자극(simulation)을 담당하는 분자들로부터 유래된 것들을 포함한다. 한 구체예에서, 세포내 신호전달 도메인은 공동자극 세포내 도메인을 포함 할 수 있다. 예시적인 공동자극 세포내 신호전달 도메인은 공동자극 신호 또는 항원 독립성 자극을 담당하는 분자로부터 유래된 것들을 포함한다. 예를 들어, CAR T의 경우, 1차 세포내 신호전달 도메인은 T 세포 수용체의 세포질 서열을 포함 할 수 있고, 공동자극 세포내 신호전달 도메인은 공동-수용체 또는 공동자극 분자의 세포질 서열을 포함 할 수 있다.
1 차 세포내 신호전달 도메인은 면역 수용체 티로신 기반 활성화 모티프 또는 ITAM으로 알려진 신호 전달 모티프를 포함 할 수 있다. 1차 세포질 신호 전달 서열을 함유하는 ITAM의 예는 CD3 제타, FcR 감마, FcR 베타, CD3 감마, CD3 델타, CD3 엡실론, CD5, CD22, CD79a, CD79b 및 CD66d DAP10 및 DAP12에서 유래된 것들을 포함하지만 이에 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서 사용되는 “제타”또는 대안적으로 “제타 사슬”, “CD3-제타”또는 “TCR-제타”는 GenBank 등록 번호 BAG36664.1로 제공되는 단백질, 또는 이와 균등한 비-인간 종, 예를 들어, 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등의 잔기로 정의되며, “제타 자극 도메인”또는 대안적으로 “CD3-제타 자극 도메인”또는 “TCR-제타 자극 도메인”은 T 세포 활성화에 필요한 초기 신호를 기능적으로 전달하기에 충분한 제타 사슬의 세포질 도메인의 아미노산 잔기로 정의된다. 한 양상에서 제타의 세포질 도메인은 GenBank 등록 번호 BAG36664.1의 잔기 52 내지 164, 또는 이의 기능적 올소로그인 균등한 비-인간 종, 예를 들어 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등의 잔기를 포함한다. 한 양상에서, “제타 자극 도메인”또는 “CD3-제타 자극 도메인”은 서열 번호: 100 또는 서열 번호: 99로 제공된 서열이다.
“공동자극 분자”는 공동자극 리간드와 특이적으로 결합하여 T 세포에 의한 공동자극 반응, 가령, 증식 (그러나 이에 제한되는 것은 아님)을 매개하는 T 세포상의 동족 결합 짝을 지칭한다. 공동자극 분자는 효율적인 면역 반응에 필요한 항원 수용체 또는 이의 리간드 이외의 세포 표면 분자이다. 공동자극 분자는 MHC 클래스 I 분자, BTLA 및 Toll 리간드 수용체, 뿐만 아니라 OX40, CD27, CD28, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a / CD18) 및 4-1BB (CD137)를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
공동자극 세포내 신호전달 도메인은 공동자극 분자의 세포 내 부분으로부터 유래 될 수 있다. 공동자극 분자는 다음과 같은 단백질 계열로 대표될 수 있다: TNF 수용체 단백질, 면역글로불린-유사 단백질, 사이토카인 수용체, 인테그린, 신호전달 림프구 활성화 분자 (SLAM 단백질) 및 활성화 NK 세포 수용체. 이러한 분자들의 예에는 CD27, CD28, 4-1BB (CD137), OX40, GITR, CD30, CD40, ICOS, BAFFR, HVEM, 림프구 기능-연관 항원-1 (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, SLAMF7, NKp80, CD160, B7-H3, 및 CD83, 등과 특이적으로 결합하는 리간드가 포함된다. 세포내 신호전달 도메인은 그것이 유래된 분자의 전체 세포 내 부분 또는 전체 천연 세포내 신호전달 도메인 또는 이의 기능적 단편을 포함 할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 “4-1BB”는 GenBank 등록 번호 AAA62478.2로 제공되는 아미노산 서열, 또는 이와 균등한 비-인간 종, 예를 들어, 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등의 잔기를 가지는 TNFR 수퍼패밀리의 구성원을 지칭하며; “4-1BB 공동자극 도메인”은 GenBank 등록 번호 AAA62478.2의 아미노산 잔기 214-255, 또는 이와 균등한 비-인간 종, 예를 들어, 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등의 잔기로 정의된다. 한 양상에서, “4-1BB 공동자극 도메인”은 인간 서열 또는 이와 균등한 비-인간 종, 예를 들어, 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등의 잔기이다. 한 양상에서, “4-1BB 공동자극 도메인”은 서열 번호: 102로 제공되는 서열 또는 이와 균등한 비-인간 종, 예를 들어, 마우스, 설치류, 원숭이, 유인원 등의 잔기이다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “CST7”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CST7을 포함하는 시스타틴 F 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CST7, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CST7을 포함한다. 이 용어는 또한 CST7의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CST7의 핵산 서열은 서열 번호: 1에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AJ510170). 인간 CST7에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 2에 제시되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 CAD52872.1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “NKG7”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 NKG7을 비롯한, 자연 살해 세포 과립 단백질 7 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 NKG7, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 NKG7을 포함한다. 이 용어는 또한 NKG7의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 NKG7의 핵산 서열은 서열 번호: 3에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 BC015759.1). 인간 NKG7에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 4에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q16617-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “GZMH”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 GZMH을 포함하는 그랜자임 H 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 GZMH, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 GMZH을 포함한다. 이 용어는 또한 GZMH의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 GZMH의 핵산 서열은 서열 번호: 5에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AAA74885.1). 인간 GZMH에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 6에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P20718-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “MT-ND4”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 MT-ND4를 비롯한, 미토콘드리아 인코딩된 NADH:유비퀴논 옥시도리덕타제 코어 서브유닛 4 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 MT-ND4, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 MT-ND4을 포함한다. 이 용어는 또한 MT-ND4의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 MT-ND4의 핵산 서열은 서열 번호: 7에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AAR92518.1). 인간 MT-ND4에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 8에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P03905-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “HLA-H”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 HLA-H를 비롯한, 주조직적합 복합체, 클래스 I, H 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 HLA-H, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 HLA-H를 포함한다. 이 용어는 또한 HLA-H의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 HLA-H의 핵산 서열은 서열 번호: 9에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 AAA36218.1). 인간 HLA-H에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 10에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P01893-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CCL5”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CCL5를 비롯한 C-C 모티프 케모카인 리간드 5 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CCL5, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CCL5를 포함한다. 이 용어는 또한 CCL5의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CCL5의 핵산 서열은 서열 번호: 11에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 AF043341.1). 인간 CCL5에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 12에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P13501-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CD8A”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CD8A를 비롯한 CD8A 분자 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CD8A, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CD8A를 포함한다. 이 용어는 또한 CD8A의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CD8A의 핵산 서열은 서열 번호: 13에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 M12828.1). 인간 CD8A에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 14에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P01732-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CMC1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CMC1을 비롯한 C-X9-C 모티프 내포 1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CMC1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CMC1을 포함한다. 이 용어는 또한 CMC1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CMC1의 핵산 서열은 서열 번호: 15에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_182523.1). 인간 CMC1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 16에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q7Z7K0-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CD8B”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CD8B를 비롯한 CD8B 분자 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CD8B, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CD8B를 포함한다. 이 용어는 또한 CD8B의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CD8B의 핵산 서열은 서열 번호: 17에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 BC100911.1). 인간 CD8B에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 18에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P10966-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CHCST”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 HCST를 비롯한 조혈 세포 신호 변환 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 HCST, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 HCST를 포함한다. 이 용어는 또한 HCST의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 HCST의 핵산 서열은 서열 번호: 19에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 AF285447.1). 인간 HCSTB에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 20에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q9UBK5-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “MT-CYB”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 MT-CYB를 비롯한 미토콘드리아 인코딩된 사이토크롬 B 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 MT-CYB, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 MT-CYB을 포함한다. 이 용어는 또한 MT-CYB의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 MT-CYB의 핵산 서열은 서열 번호: 21에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 M28016.1). 인간 MT-CYB에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 22에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P00156-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “MT-ND4L”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 MT-ND4L를 비롯한, 미토콘드리아 인코딩된 NADH:유비퀴논 옥시도리덕타제 코어 서브유닛 4L 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 MT-ND4L, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 MT-ND4L을 포함한다. 이 용어는 또한 MT-ND4L의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 MT-ND4L의 핵산 서열은 서열 번호: 23에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NC_012920.1). 인간 MT-ND4L에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 24에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P03901-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “KLRG1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 KLRG1을 비롯한 살해 세포 렉틴 유사 수용체 G1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 KLRG1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 KLRG1을 포함한다. 이 용어는 또한 KLRG1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 KLRG1의 핵산 서열은 서열 번호: 25에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 BC012621.1). 인간 KLRG1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 26에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q96E93-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “MT-CO2”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 MT-CO2를 비롯한 미토콘드리아 인코딩된 사이토크롬 C 옥시다제 II 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 MT-CO2, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 MT-CO2를 포함한다. 이 용어는 또한 MT-CO2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 MT-CO2의 핵산 서열은 서열 번호: 27에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 X55654.1). 인간 MT-CO2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 28에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P00403-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “MT-ATP6”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 MT-ATP6을 비롯한, 미토콘드리아 인코딩된 ATP 신타제 막 서브유닛 6 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 MT-ATP6, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 MT-ATP6을 포함한다. 이 용어는 또한 MT-ATP6의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 MT-ATP6의 핵산 서열은 서열 번호: 29에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NC_012920.1). 인간 MT-ATP6에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 30에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P00846-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “PLEK”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 PLEK를 비롯한 플렉스트린 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 PLEK, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 PLEK를 포함한다. 이 용어는 또한 PLEK의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 PLEK의 핵산 서열은 서열 번호: 31에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 AK313756.1). 인간 PLEK에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 32에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P08567-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CTSW”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CTSW를 비롯한 카텝신 W 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CTSW, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CTSW를 포함한다. 이 용어는 또한 CTSW의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CTSW의 핵산 서열은 서열 번호: 33에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 BC048255.1). 인간 CTSW에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 34에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P56202-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “HLA-C”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 HLA-C를 비롯한, 주조직적합 복합체, 클래스 I, C 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 HLA-C, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 HLA-C를 포함한다. 이 용어는 또한 HLA-C의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 HLA-C의 핵산 서열은 서열 번호: 35에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 D64152.1). 인간 HLA-C에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 36에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P30508-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “LYAR”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 LYAR을 비롯한 Ly1 항체 반응성 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 LYAR, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 LYAR을 포함한다. 이 용어는 또한 LYAR의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 LYAR의 핵산 서열은 서열 번호: 37에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 BC015796.2). 인간 LYAR에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 38에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q9NX58-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “LITAF”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 LITAF를 비롯한 지질다당류 유도된 TNF 인자 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 LITAF, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 LITAF를 포함한다. 이 용어는 또한 LITAF의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 LITAF의 핵산 서열은 서열 번호: 39에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AK095955). 인간 LITAF에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 40에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q99732-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “GZMB”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 GZMB를 포함하는 그랜자임 B 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 GZMB, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 GZMB를 포함한다. 이 용어는 또한 GZMB의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 GZMB의 핵산 서열은 서열 번호: 53에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 J03072). 인간 GZMB에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 54에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P10144-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “KLRD1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 KLRD1을 비롯한 살해 세포 렉틴 유사 수용체 D1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 KLRD1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 KLRD1을 포함한다. 이 용어는 또한 KLRD1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 KLRD1의 핵산 서열은 서열 번호: 55에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AJ000001). 인간 KLRD1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 56에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q13241-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “FGFBP2”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 FGFBP2를 비롯한 섬유모세포 성장 인자 결합 단백질 2 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 FGFBP2, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 FGFBP2를 포함한다. 이 용어는 또한 FGFBP2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 FGFBP2의 핵산 서열은 서열 번호: 57에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 BC025720). 인간 FGFBP2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 58에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q9BYJ0-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “KLRC4-KLRK1”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 KLRC4-KLRK1을 비롯한 KLRC4-KLRK1 리드쓰루 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 KLRC4-KLRK1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 KLRC4-KLRK1을 포함한다. 이 용어는 또한 KLRC4-KLRK1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 KLRC4-KLRK1의 핵산 서열은 서열 번호: 59에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_001199805.1). 인간 KLRC4-KLRK1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 60에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 H3BQV0-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “KLRK1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 KLRK1을 비롯한 살해 세포 렉틴 유사 수용체 K1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 KLRK1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 KLRK1을 포함한다. 이 용어는 또한 KLRK1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 KLRK1의 핵산 서열은 서열 번호: 61에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AF260135). 인간 KLRK1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 62에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P26718-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “B2M”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 B2M을 비롯한 베타-2 마이크로글로불린 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 B2M, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 B2M을 포함한다. 이 용어는 또한 B2M의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 B2M의 핵산 서열은 서열 번호: 63에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 AF072097.1). 인간 B2M에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 64에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P61769-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “GZMA”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 GZMA를 포함하는 그랜자임 A 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 GZMA, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 GZMA을 포함한다. 이 용어는 또한 GZMA의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 GZMA의 핵산 서열은 서열 번호: 65에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 BC015739). 인간 GZMA에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 66에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P12544-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “ID2”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 ID2를 비롯한 DNA 결합의 억제제 2 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 ID2, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 ID2를 포함한다. 이 용어는 또한 ID2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 ID2의 핵산 서열은 서열 번호: 67에 열거되어 있다 (유럽 뉴클레오티드 아카이브 등록 번호 BC030639). 인간 ID2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 68에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q02363-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CX3CR1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CX3CR1을 비롯한 C-X3-C 모티프 케모카인 수용체 1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CX3CR1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CX3CR1을 포함한다. 이 용어는 또한 CX3CR1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CX3CR1의 핵산 서열은 서열 번호: 69에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AK312373). 인간 CX3CR1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 70에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P49238-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “PRSS23”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 PRSS23을 비롯한 세린 프로테아제 23 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 PRSS23, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 PRSS23을 포함한다. 이 용어는 또한 PRSS23의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 PRSS23의 핵산 서열은 서열 번호: 71에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AY359033). 인간 PRSS23에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 72에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 O95084-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “GNLY”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 GNLY를 비롯한 그라눌리신 (Granulysin) 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 GNLY, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 GNLY를 포함한다. 이 용어는 또한 GNLY의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 GNLY의 핵산 서열은 서열 번호: 73에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 CR541859). 인간 GNLY에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 74에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P22749-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “PRF1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 PRF1을 비롯한 퍼포린 1 (Perforin 1) 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 PRF1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 PRF1을 포함한다. 이 용어는 또한 PRF1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 PRF1의 핵산 서열은 서열 번호: 75에 열거되어 있다 (GENBANKTM 등록 번호 AK312754). 인간 PRF1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 76에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P14222-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “PATL2”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 PATL2를 비롯한 PAT1 상동체 2 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 PATL2, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 PATL2를 포함한다. 이 용어는 또한 PATL2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 PATL2의 핵산 서열은 서열 번호: 77에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_001145112.1). 인간 PATL2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 78에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 C9JE40-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “GPR56”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 GPR56을 비롯한 접착 G-단백질 결합된 수용체 G1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 GPR56, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 GPR56을 포함한다. 이 용어는 또한 GPR56의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 GPR56의 핵산 서열은 서열 번호: 79에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_001145770.2). 인간 GPR56에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 80에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q9Y653-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “IFITM2”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 IFITM2를 비롯한 인터페론-유도된 막관통 단백질 2 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 IFITM2, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 IFITM2를 포함한다. 이 용어는 또한 IFITM2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 IFITM2의 핵산 서열은 서열 번호: 81에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_003641.3). 인간 IFITM2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 82에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 Q01629-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “IFITM1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 IFITM1을 비롯한 인터페론-유도된 막관통 단백질 1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 IFITM1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 IFITM1을 포함한다. 이 용어는 또한 IFITM1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 IFITM1의 핵산 서열은 서열 번호: 83에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_001145112.1). 인간 PATL2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 84에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P13164-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “TMSB10”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 TMSB10을 비롯한 티모신 베타-10 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 TMSB10, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 TMSB10을 포함한다. 이 용어는 또한 TMSB10의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 TMSB10의 핵산 서열은 서열 번호: 85에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_021103.3). 인간 TMSB10에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 86에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P63313-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CD247”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CD247을 비롯한 T-세포 표면 당단백질 CD3 제타 사슬 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CD247, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CD247을 포함한다. 이 용어는 또한 CD247의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CD247의 핵산 서열은 서열 번호: 87에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_000734.3). 인간 CD247에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 88에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P20963-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “COX2”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 COX2를 비롯한 프로스타글란딘 G/H 신타제 2 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 COX2, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 COX2를 포함한다. 이 용어는 또한 COX2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 COX2의 핵산 서열은 서열 번호: 89에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_000963.3). 인간 COX2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 90에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P35354-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “COX1”은 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 COX1을 비롯한 프로스타글란딘 G/H 신타제 1 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 COX1, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 COX1을 포함한다. 이 용어는 또한 COX1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 COX1의 핵산 서열은 서열 번호: 91에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_000962.3). 인간 COX1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 92에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P23219-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CLIC3”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CLIC3를 비롯한 염화물 세포내 채널 단백질 3 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CLIC3, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CLIC3를 포함한다. 이 용어는 또한 CLIC3의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CLIC3의 핵산 서열은 서열 번호: 93에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_004669.2). 인간 CLIC3에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 94에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 O95833-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “S100A4”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 S100A4를 비롯한 단백질 S100-A4 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 S100A4, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 S100A4를 포함한다. 이 용어는 또한 S100A4의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 S100A4의 핵산 서열은 서열 번호: 95에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_002961.2). 인간 S100A4에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 96에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P26447-1).
본 명세서에서 사용되는 용어 “CYBA”는 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 비롯한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 CYBA를 비롯한 사이토크롬 b-245 경쇄 유전자를 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 CYBA, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 CYBA를 포함한다. 이 용어는 또한 CYBA의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적 인간 CYBA의 핵산 서열은 서열 번호: 97에 열거되어 있다 (RefSeq 등록 번호 NM_000101.3). 인간 CYBA에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 98에 제시되어 있다 (UNIPROTTM 등록 번호 P13498-1).
용어 “암”및 “암성”은 전형적으로 조절되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리적 조건을 지칭하거나 또는 이를 기술한다. 암의 예는, 비제한적으로, 암종, 림프종, 모세포종, 육종, 및 백혈병 또는 림프성 악성종양을 포함한다. 상기 암의 더욱 특정한 예는 비제한적으로, 소세포 폐암, 비소세포 폐암, 폐의 선암종 및 폐의 편평상피 암종을 포함한 폐암; 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종 암 (UC), 근 침윤성 방광암 (MIBC), 및 BCG-불응성 비-근 침윤성 방광암 (NMIBC)); 콩팥 또는 신장 암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)); 요로암; 유방암 (예를 들어, HER2+ 유방암 및 삼중 음성 유방암 (TNBC), which are 에스트로겐 수용체 (ER-), 프로게스테론 수용체 (PR-), 및 HER2 (HER2-) 음성); 전립선암, 가령, 거세 저항성 전립선암 (CRPC); 복막암; 간세포암; 위장관 암 및 위장관 간질 암을 포함한 위장 또는 위암; 췌장암; 교모세포종; 자궁경부암; 난소암; 간암; 간세포암 (hepatoma); 결장암; 직장암; 대장암; 자궁내막 또는 자궁 암종; 타액샘 암종; 전립선암; 외음부암; 갑상선암; 간 암종; 항문 암종; 음경 암종; 표재 확장성 흑색종, 악성 흑자 흑색종, 선단 흑자성 흑색종 및 결절성 흑색종을 포함한 흑색종; 다발성 골수종 및 B-세포 림프종(저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소 림프성 (SL) NHL; 중등급/여포성 NHL; 중등급 미만성 NHL; 고등급 면역아세포성 NHL; 고등급 림프구성 NHL; 고등급 소형 비-절단 세포 NHL; 대부피성 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-연관 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성적 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프모구성 백혈병 (ALL); 급성 골수성 백혈병 (AML); 모발 세포 백혈병; 만성 골수모구 백혈병 (CML); 이식후 림프증식성 장애 (PTLD); 및 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌 종양과 연관된 것), 메이그스 증후군, 뇌암, 두경부암, 및 연관된 전이를 포함한다.
용어 “세포 증식성 장애”및 “증식성 장애”는 일정 정도의 이상 세포 증식과 연관된 장애를 지칭한다. 한 구체예에서, 세포 증식성 장애는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))이다. 또 다른 구체예에서, 세포 증식성 장애는 종양이다.
“화학요법제”는 암 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 치료에 유용한 화학적 화합물이다. 화학치료제의 예는 알킬화제, 가령, 티오테파 및 시클로포스파미드 (CYTOXAN®); 알킬 설포네이트, 가령, 부설판, 임프로설판 및 피포설판; 아지리딘, 가령, 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포라미드, 트리에틸렌티오포스포라미드 및 트리메틸롤로멜라민을 비롯한 에틸렌이민 및 메틸라멜라민; 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 델타-9-테트라하이드로카나비놀 (드로나비놀, MARINOL®); 베타-라파촌; 라파촐; 콜히친; 베툴린산; 캄프토테신 (합성 유사체 토포테칸 (HYCAMTIN®), CPT-11 (이리노테칸, CAMPTOSAR®), 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴, 및 9-아미노캄프토테신); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체 포함); 포도필로톡신; 포도필린산; 테니포시드; 크립토파이신 (특히 크립토파이신 1 및 크립토파이신 8); 돌라스타틴; 듀오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘레우테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스터드, 가령, 클로람부실, 클로르나파진, 클로로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비신, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스터드; 니트로소우레아, 가령, 마르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님누스틴; 항생제, 가령, 에네디인 항생제 (예컨대, 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 γ' 및 칼리케아미신 ω' (예컨대, Nicolaou 외,. Angew. Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994) 참조); CDP323, 경구 알파-4 인테그린 억제제; 디네미신 A를 포함한 디네미신; 비스포스포네이트, 가령, 클로드로네이트; 에스페라미신; 뿐만 아니라 네오카르지노스태틴 발색단 및 연관된 색단백질 에네디네 항생제 발색단), 아클라치노미신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비친, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모미치니스, 닥티노마이신, 다우노루비친, 데토루비친, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 아드리아마이신®. 독소루비신 (몰포리노-독소루비신, 시아노몰포리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신, 독소루비신 HCl 리포좀 주사(DOXIL®), 리포좀성 독소루비신 TLC D-99 (MYOCET®), 페길화된 리포좀성 독소루비신 (CAELYX®), 그리고 데옥시독소루비신을 포함), 에피루비친, 에소루비친, 이다루비친, 마르셀로마이신, 미토마이신, 가령, 미토마이신 C, 미코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포르피로마이신, 퓨로마이신, 퀘라마이신, 로도루비친, 스테렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르치딘, 우베니멕스, 지노스태틴, 조루비친; 항-대사물질 가령, 메토트렉세이트, 겜시타빈 (GEMZAR®), 테가푸르 (UFTORAL®), 카페시타빈 (XELODA®), 에포틸론, 그리고 5-플루오르우라실 (5-FU); 콤브레타스타틴; 엽산 유사체들, 가령, 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체들, 가령, 플루다라빈, 6-멀캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체들, 가령, 안씨타빈, 아자씨티딘, 6-아자우리딘, 카르모퓨르, 씨타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노씨타빈, 플옥스우리딘; 안드로겐, 가령, 카루스테론, 드로모스타노론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-아드레날, 가령, 아미노글루테티미드, 미토탄, 트리로스탄; 엽산 보충물, 가령, 프로리닌산; 아세갈라톤; 알도포스파미드 글리코시드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부칠; 비산트렌; 에다트라세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르미틴; 에립티니움 아세테이트; 에포틸온; 에토글루씨드; 갈리움 니트레이트; 히드록시우레아; 렌티난; 로니다닌; 메이탄시노이드, 가령, 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미토산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스태틴; 페나메트; 피라루비친; 로스옥산트론; 2-에틸히드라지드; 프로카르바진; PSK® 폴리사카라이드 복합체 (JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); 라조옥산; 리족신; 시조퓨란; 스피로게르마니움; 테누아조신; 트리아지쿼온; 2,2',2'-트리클로로트리에틸아민; ; 트리코테쎄네스 (구체적으로 T-2 톡신, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 앙귀딘); 우레탄; 빈데신(ELDISINE® FILDESIN®); 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노시드 (“Ara-C”); 티오테파; 탁소이드, 예로써, 파클리탁셀 (TAXOL® Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.), 파클리탁셀의 알부민-조작된 나노입자 제형 (ABRAXANETM), 및 도세탁셀 (TAXOTERE® Rhome-Poulene Rorer, Antony, 프랑스); 클로란부칠; 6-티오구아닌; 멀캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 물질, 가령, 시스플라틴, 옥살리플라틴 (예로써, ELOXATIN®), 그리고 카르보플라틴; 튜블린 중합화에 의한 미소관 형성을 방해하는 빈카, 빈블라스틴 (VELBAN®), 빈크리스틴 (ONCOVIN®), 빈데신 (ELDISINE® FILDESIN®), 그리고 비노렐빈 (NAVELBINE®) 포함; 에토포시드 (VP-16); 이포스파미드; 미토산트론; 류코보린; 노반트론; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 이반드로네이트; 토포이소메라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드, 가령, 베사로텐 (TARGRETIN®)을 포함하는 레티논산; 비스포스포네이트, 가령, 클로드로네이트 (예를 들면, BONEFOS® 또는 OSTAC®), 에티드로네이트 (DIDROCAL®), NE-58095, 조레드론산/조레드로네이트 (ZOMETA®), 알렌드로네이트 (FOSAMAX®), 파미드로네이트 (AREDIA®), 티루드로네이트 (SKELID®), 또는 리세드로네이트 (ACTONEL®); 트록사씨타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식에 연루된 신호생성 경로에서 유전자 발현을 억제하는 것들, 가령, 예를 들면, PKC-알파, Raf, H-Ras, 및 상피 성장 인자 수용체 (EGF-R) (예를 들어, 에를로티닙 (TARCEVATM)); 및 세포 증식을 감소시키는 VEGF-A; 백신, 가령, THERATOPE® 백신 및 유전자 치료 백신, 예를 들면, ALLOVECTIN® 백신, LEUVECTIN® 백신, 및 VAXID® 백신; 토포이소메라제 1 억제제 (예로써, LURTOTECAN®); rmRH (예로써, ABARELIX®); BAY439006 (소라페닙; Bayer); SU-11248 (수니티닙, SUTENT® Pfizer); 페리포신, COX-2 억제제 (예로써 셀레콕시브 또는 에토리콕시브), 프로테오좀 억제제 (예로써 PS341); 보르테조미브 (VELCADE®); CCI-779; 티피파르니브 (R11577); 오라페니브, ABT510; Bcl-2 억제제 가령, 오블리메르센 나트륨 (GENASENSE®); 피산트론; EGFR 억제제들; 티로신 키나제 억제제들; 세린-트레오닌 키나제 억제제들 가령, 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®); 파르네실전이효소 억제제들, 가령, 로나파르니브 (SCH 6636, SARASARTM); 그리고 약학적으로 수용가능한 염, 상기 임의의 것의 산 또는 유사체들; 뿐만 아니라, 상기 2개 또는 그 이상의 복합체, 가령, CHOP (사이클로포스파미드, 독소루비신, 빈크리스틴 및 프레드니솔론의 복합 요법의 약어); 그리고 FOLFOX (5-FU 및 류코보린과 복합된 옥살리플라틴(ELOXATINTM)의 치료 요법의 약어), 및 상기 어느 하나의 약학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체; 및 상기 둘 이상의 조합을 포함한다.
본 명세서에 정의된 “화학치료제”는 또한, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 성장을 촉진할 수 있는 호르몬의 영향을 조절, 감소, 차단 또는 억제하는 작용을 하는 “항-호르몬제”또는 “엔도크린 치료제”를 포함한다. 이들은 다음을 비롯한 호르몬 그 자체 일 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다: 예를 들어, 타목시펜 (including NOLVADEX® 타목시펜), 랄록시펜, 드롤록시펜, 4-하이드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY117018, 오나프리스톤, 및 FARESTON.cndot.토레미펜을 비롯한 항-에스트로겐 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절제 (SERMs); 부신에서 에스트로겐 생산을 조절하는 아로마타제 효소를 억제하는 아로마타제 억제제, 가령, 예를 들어, 4(5)-이디마졸, 아미노글루테티미드, MEGASE® 메게스트롤 아세테이트, AROMASIN® 엑세메스탄, 포르메스타니에, 파드로졸, RIVISOR® 보로졸, FEMARA® 레트로졸, 및 ARIMIDEX® 아나스트로졸; 및 항-안드로겐, 가령, 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프롤리드, 및 고세렐린; 뿐만 아니라 트록사시타빈 (1,3-디옥살란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적 세포 증식에 연루된 신호생성 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 것들, 가령, 예를 들어, PKC-알파, Raf 및 H-Ras; 리보자임, 가령, VEGF 발현 억제제 (예를 들어, ANGIOZYME® 리보자임) 및 HER2 발현 억제제; 백신, 가령, 유전자 요법 백신, 예를 들어, ALLOVECTIN® 백신, LEUVECTIN® 백신, 및 VAXID® 백신; PROLEUKIN® rIL-2; LURTOTECAN® 토포이소머라제 1 억제제; ABARELIX® rmRH; 비노렐빈 및 에스페라미신 (미국 특허 제 4,675,187 참조), 및 상기 어느 하나의 약학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체, 뿐만 아니라 상기 중 둘 이상의 조합.
용어 “키메라”항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정 출처 또는 종으로부터 유래되지만, 중쇄 및/또는 경쇄의 잔부는 상이한 출처 또는 종들로부터 유래한 항체를 지칭한다.
항체의 “클래스(class)”란 항체의 중쇄가 보유하는 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 항체에는 5가지 주요 분류가 있다: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM, 그리고 이들중 몇몇은 하위분류(아이소형), 예컨대, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2로 더욱 세분될 수 있다. 면역글로불린의 상이한 분류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 a, d, e, g, 및 m로 불린다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “세포독성 유전자”는 그 발현이 세포독성 T 림프구 (CTL)의 존재 및/또는 활성의 지표인 유전자이다. 세포 독성 유전자에는 CD8A와 같이 CTL 표면에 존재하는 단백질을 인코딩하는 유전자와 CCL5와 같이 CTL 기능과 연관된 분비 단백질을 인코딩하는 유전자가 포함된다. 본 명세서에 기재된 조성물과 함께 사용하기 위한 세포독성 유전자들의 예시에는 PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, 및 HLA-C가 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “미토콘드리아 유전자”는 아데노신 트리포스페이트의 산화적 생성과 같은 미토콘드리아 기능에 연관된 RNA 및/또는 단백질 생성물을 인코딩하는 유전자를 지칭한다. 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들과 함께 사용하기 위한 예시적 미토콘드리아 유전자들에는 MT-ND4, MT-ND4L, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB가 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “세포독성제”는 세포의 기능을 억제 또는 방해하는 및/또는 세포 사멸 또는 파괴시키는 물질을 지칭한다. 세포독성제들은 방사능 동위원소 (가령, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사능 동위원소); 화학요법제 또는 약물 (예를 들어, 메토트렉세이트, 아드리아마이신, 빈카 알칼로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로람부실, 다우노루비신 또는 다른 삽입(intercalating) 물질); 성장 억제제; 효소 및 이의 단편들, 가령, 핵산분해 효소; 항생제; 독소, 가령, 세균, 곰팡이, 식물 또는 동물 기원의 소분자 독소 또는 효소적 활성 독소, 및 이의 단편들 및/또는 변이체; 그리고 하기에서 개시된 다양한 항종양 또는 항암제를 포함하나, 이에 제한되는 것은 아니다.
용어 “동시에”는 투여의 적어도 일부가 시간상 오버랩되는 둘 이상의 치료제의 투여를 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다. 따라서, 동시 투여는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단 한 후 하나 이상의 제제(들)의 투여가 계속되는 경우의 투여 요법을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는, 본 명세서에서 사용된, 질환 또는 장애의 “진행 지연”은 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC)) 의 진행을 보류, 방해, 지체, 저지, 안정화, 및/또는 연기하는 것을 지칭한다. 이러한 지연은 질환의 이력 및/또는 치료받는 대상체에 따라 시간의 길이가 다양할 수 있다. 당업자에게 명백한 바와 같이, 충분한 또는 유의미한 지연은, 효과에 있어서, 대상체에서 질환이 발병하지 않는다는 점에서, 예방을 포함할 수 있다.
용어 “결정”, “결정하는 단계”, “검출”, “검출하는 단계”및 이들의 문법적 변화형은 직접 및 간접적 결정 또는 검출을 비롯한 모든 결정 또는 검출의 의미를 포함한다.
“질환”또는 “장애”는, 문제의 질환 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 포유동물을 취약하게 만드는 병리 상태를 포함하는 만성 및 급성 질환 또는 질환을 비롯한 (그러나 이에 제한되는 것은 아님) 치료에서 이익을 얻는 임의의 병태이다.
용어 “진단”은 분자 또는 병리학적 상태, 질환 또는 병태 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 식별 또는 분류를 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다. 예를 들어, “진단”은 특정 유형의 암의 식별을 지칭 할 수 있다. “진단”은 또한 예를 들어, 조직병리학적 기준 또는 분자 특징 (예를 들어, 바이오마커 (예를 들어, 특정 유전자 또는 상기 유전자들에 의해 인코드된 단백질) 하나 또는 이들의 조합의 발현을 특징으로하는 아형)에 의한, 암의 특정 아형의 분류를 지칭 할 수 있다.
용어 “효과기 기능(effector functions)”이란 항체 아이소형에 따라 변화하는, 항체의 Fc 영역으로 인한 생물학적 활성을 지칭한다. 항체 효과기 기능들의 예에는 다음이 포함된다: C1q 결합 및 보체 의존성 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존성 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식작용; 세포 표면 수용체들 (예를 들어, PD-L1)의 하향 조절; 그리고 B 세포 활성화.
화합물, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 이의 조성물 (예를 들어, 약학 조성물)의 “유효량”은, 특정 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 원하는 치료 또는 예방 결과, 가령, 측정가능한 전체 생존 (OS) 또는 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 구현함에 필요한 적어도 최소량이다. 본원의 유효량은 개체의 질병 상태, 연령, 성별 및 체중과 같은 인자 및 대상체에서 원하는 반응을 유도하는 항체의 능력에 따라 달라질 수 있다. 유효량은 또한 치료상 유익한 효과가 치료의 임의의 독성 또는 유해 효과를 능가하는 양이다. 예방적 사용에 있어서, 유익한 또는 원하는 결과는 위험의 제거 또는 감소, 중증도 감소, 또는 질환의 생화학적, 조직학적 및/또는 행동 증상, 질환의 발달 중 나타나는 합병증 및 중간 병리학적 표현형을 비롯한, 질환의 발병 지연과 같은 결과를 포함한다. 유효량은 1회 이상의 투여로 투여될 수 있다. 본 발명에 있어서, 약물, 화합물 또는 약학 조성물의 유효량은 직접 또는 간접적으로 예방 또는 치료적 치료를 구현하기에 충분한 양이다. 임상적 맥락에서 이해되는 바와 같이, 약물, 화합물 또는 약학 조성물의 유효량은 선택적으로 다른 약물, 화합물 또는 약학 조성물과 조합되어 구현될 수 있다. 따라서, “유효량”은 하나 이상의 치료제 투여에 관한 내용에서 고려될 수 있으며, 그리고 만약 하나 이상의 다른 제제와 조합하여 바람직한 결과가 구현될 수 있거나 구현되는 경우, 단일 제제가 유효량으로 제공되는 것으로 간주될 수 있다. 예를 들어, 암 치료제로서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))의 유효량은 암 세포 수를 감소; 일차 종양 크기를 감소; 주변 장기로의 암 세포 침윤을 억제 (즉, 어느 정도 지연 및 바람직하게는 중단); 종양 전이를 억제 (즉, 어느 정도 지연 및 바람직하게는 중단); 종양 성장을 어느 정도 억제; 및/또는 장애와 연관된 하나 또는 그 이상의 증상을 어느 정도 완화시킬 수 있다. 약물이 기존의 암 세포를 증식 및/또는 사멸시키는 것을 막을 수 있는 정도일 경우, 이는 세포 증식 억제 및/또는 세포독성이라 할 수 있다. 암 치료의 경우, 생체내 효능은 예를 들어 생존 기간, 질환 진행시까지의 시간 (TTP), 반응율 (RR), 반응 기간 및/또는 삶의 질을 평가함으로써 측정 될 수 있다.
본 명세서에서 용어 “Fc 영역”은 불변 영역의 적어도 일부를 함유하는 면역글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하는데 사용된다. 상기 용어는 고유 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함한다. 한 구체예에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 중쇄의 Cys226, 또는 Pro230으로부터 카르복실-말단까지 이어진다. 그러나, Fc 영역의 C 말단 리신(Lys447)은 존재하거나 존재하지 않을 수 있다. 명시적으로 다른 언급이 없는 한, Fc 영역 또는 불변 영역에서 아미노산 잔기의 넘버링은 EU 넘버링 체계, Kabat 외, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991에서 설명된 소위 EU 색인에 따른다.
“프레임워크”또는 “FR”은 초가변 영역(HVR) 잔기 이외의 가변 도메인 잔기를 의미한다. 가변 도메인의 FR은 일반적으로 4개의 FR 도메인들로 구성된다: FR1, FR2, FR3, 및 FR4. 따라서, HVR 및 FR 서열들은 일반적으로 VH (또는 VL)에서 다음 순서로 나타난다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.
용어 “전장 항체”, “무손상 항체”, 및 “전체 항체”는 본 명세서에서 호환적으로 사용되며, 고유한 항체 구조와 실질적으로 유사한 구조를 갖는 또는 본 명세서에서 정의된 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭한다.
“인간 항체(human antibody)”는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산된 또는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체-인코딩 서열을 이용하는 비-인간 원천으로부터 유도된 항체의 아미노산 서열에 대응하는 아미노산 서열을 보유하는 항체다. 인간 항체의 정의는 비-인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 특정하게 제외시킨다. 인간 항체는 파지-디스플레이 라이브러리를 비롯하여 해당 분야에 공지된 다양한 기술을 사용하여 생성 될 수 있다. Hoogenboom 및 Winter, J. Mol. Biol., 227:381 (1991); Marks 외, J. Mol. Biol., 222:581 (1991). 또한 인간 단클론 항체의 제조를 위해 Cole 외, 단클론 Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985); Boerner 외, J. Immunol., 147(1):86-95 (1991)에 기재된 방법들도 이용가능하다. 또한 van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol., 5: 368-74 (2001)도 참조하라. 인간 항체는 항원 시험감염에 반응하여 이러한 항체를 생산하도록 변형되어 있으나, 그 내인성 유전자좌위는 비활성화(disabled)되어 있는 유전자삽입 동물, 예컨대, 면역화된 제노마우스에 항원을 투여함으로써 제조될 수 있다 (예컨대, XENOMOUSE™기술에 관한 미국 특허 제 6,075,181 및 6,150,584 참조). 또한, 예를 들어, 인간 B-세포 하이브리도마 기술에 의해 생성된 인간 항체들에 관한 Li 외, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)를 참조하라.
“인간화”항체는 비인간 HVR로부터의 아미노산 잔기 및 인간 FR로부터의 아미노산 잔기를 포함하는 키메라 항체를 지칭한다. 특정 구체예들에 있어서, 인간화 항체는 실질적으로 최소한 하나의, 그리고 전형적으로 2개의 가변 도메인을 모두 포함하는데, 이때 HVR들 (가령, CDRs)의 모든 또는 실질적으로 모든 것은 비-인간 항체에 대응하며, FRs의 모든 또는 실질적으로 모든 것은 인간 항체의 것에 대응한다. 인간화 항체는 선택적으로 인간 항체로부터 유도된 항체 불변 영역의 최소한 일부를 포함할 수 있다. 항체의 “인간화된 형태”, 가령, 비-인간 항체는 인간화를 거친 항체를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “초가변 영역”또는 “HVR”은 서열에서 초가변인 (“상보성 결정 영역”또는 “CDR”) 및/또는 구조적으로 정의된 루프 (“초가변 루프”)를 형성하고 및/또는 항원- 함유 잔기들 (“항원 접촉부”)을 함유하는 항체 가변 도메인의 각 영역을 지칭한다. 일반적으로, 항체들은 6개의 HVR: VH에 3개 (H1, H2, H3), 및 VL에 3개 (L1, L2, L3)를 포함한다. 본 발명의 예시적인 HVR는 다음을 포함한다:
(a) 아미노산 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 91-96 (L3), 26-32 (H1), 53-55 (H2), 및 96-101 (H3)에서 나타나는 초가변 루프 (Chothia 및 Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987));
(b) 아미노산 잔기 24-34 (L1), 50-56 (L2), 89-97 (L3), 31-35b (H1), 50-65 (H2), 및 95-102 (H3)에서 나타나는 CDR (Kabat 외, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991));
(c) 아미노산 잔기 27c-36 (L1), 46-55 (L2), 89-96 (L3), 30-35b (H1), 47-58 (H2), 및 93-101 (H3)에서 나타나는 항원 접촉부 (MacCallum 외 J. Mol. Biol. 262: 732-745 (1996)); 및
(d) HVR 아미노산 잔기 46-56 (L2), 47-56 (L2), 48-56 (L2), 49-56 (L2), 26-35 (H1), 26-35b (H1), 49-65 (H2), 93-102 (H3), 및 94-102 (H3)을 포함하는, (a), (b), 및/또는 (c)의 조합.
달리 언급이 없는 한, HVR 잔기들 및 가변 도메인 내 다른 잔기들 (예컨대, FR 잔기)은 상기 Kabat 등에 기재된 바에 따라 본 명세서에서 넘버링된다.
“분리된 항체”는 이의 자연 환경의 성분으로부터 분리된 항체다. 일부 구체예들에 있어서, 항체는 예를 들면, 전기영동의 (예로써, SDS-PAGE, 등전초점조절 (IEF), 모세관전기이동) 또는 크로마토그래프 (예로써, 이온 교환 또는 역상 HPLC)에 의해 측정되었을 때 95% 또는 99% 순도이상으로 정제된다. 항체 순도의 평가 방법에 대한 검토는 예로써, Flatman 외, J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)를 참조한다.
“분리된 핵산”은 이의 자연 환경의 성분으로부터 분리된 핵산 분자를 지칭한다. 단리된 핵산은 핵산 분자를 보통 포함하는 세포 안에 있는 핵산 분자를 포함하지만, 상기 핵산 분자는 자연 염색체 위치와는 상이한 염색체 위치에 존재하거나 또는 염색체외부에 존재한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “표지”은 검출가능한 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 폴리뉴클레오티드 프로브 또는 항체와 같은 시약에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 융합되어 그것이 접합되거나 융합되는 시약의 검출을 용이하게 한다. 표지는 그 자체로 검출될 수 있거나 (예컨대, 방사성동위원소 표지 또는 형광 표지) 검출될 수 있거나 또는, 효소 표지의 경우, 검출가능한 생성물을 생성하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매화할 수 있다.
일반적으로 용어 “발현의 수준”또는 “발현 수준”은 호환적으로 사용되며 일반적으로 생물학적 샘플에서 바이오마커의 양을 지칭한다. “발현”은 일반적으로, 정보 (예를 들어, 유전자-인코드된 및/또는 후성유전적)가 세포내에서 존재하고 작동하는 구조로 전환되는 과정을 지칭한다. 따라서, 본 명세서에서 사용되는 “발현”은 폴리뉴클레오티드로의 전사, 폴리펩티드로의 번역, 또는 심지어 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형 (예를 들어, 폴리펩티드의 번역 후 변형)을 지칭 할 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오티드의 단편, 번역된 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형 (예를 들어, 폴리펩티드의 번역 후 변형)은 또한 이들이 대체 스플라이싱 또는 분해된 전사체에 의해 생성된 전사체들로부터 유래되었는지 또는 예를 들어 단백질 분해에 의한 폴리펩티드의 번역 후 프로세싱으로부터 유래되었는지 여부에 따른 발현으로 간주되어야 한다. “발현된 유전자”는 mRNA와 같은 폴리뉴클레오티드로 전사된 후 폴리펩티드로 번역된 유전자, 및 또한 RNA로 전사되지만 폴리펩티드로 번역되지 않는 유전자 (예를 들어, 전달 및 리보솜 RNA)를 포함한다. 발현 수준은 예를 들어, RT-qPCR 및 RNA-seq를 비롯하여 당업자에게 공지되고 또한 본 명세서에 개시된 방법에 의해 측정 될 수 있다. 평가된 바이오마커의 발현 수준은 치료에 대한 반응을 결정하는데 사용될 수 있다.
용어 “면역-점수 발현 수준”은 면역반응과 연관된 단일 관심 유전자의 발현 수준 (예를 들어, 정규화된 발현 수준) 또는 하나 이상의 관심 유전자 (예를 들어, 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개 또는 그 이상의 관심 유전자)에 대한 집계된 발현 수준을 반영하는 수치 값을 지칭한다. 하나 이상의 관심 유전자에 대한 면역-점수 발현 수준은 당업자에게 공지된 그리고 또한 본 명세서에 개시된, 예를 들어, 관심 유전자들 모두의 발현 수준들의 중앙값 또는 평균을 계산함에 의한 것을 비롯한 집계 방법에 의해 결정될 수 있다. 집계에 앞서, 각 관심 유전자의 발현 수준은 당업자에게 공지된 그리고 또한 본 명세서에 개시된 통계 방법을 사용하여 정규화될 수 있는데, 예를 들어, 하나 이상의 하우스키핑 유전자들의 발현 수준으로 정규화, 또는 총 라이브러리 크기로 정규화, 또는 측정되는 모든 유전자들에 대한 중앙값 또는 평균 발현 수준으로 정규화되는 것을 포함한다. 일부 예에서, 여러 관심 유전자에 대해 집계되기 전에, 각 관심 유전자의 정규화된 발현 수준은 각 관심 유전자의 정규화된 발현 수준의 Z-점수를 계산하여 표준화 될 수 있다. 일부 예에서, 각 관심 유전자는 할당된 가중치 점수를 가질 수 있으며, 여러 관심 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 모든 관심 유전자들의 가중치 발현 수준의 평균을 결정하기 위해 가중치 점수를 통합하여 계산할 수 있다. 예를 들어, 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 단일 유전자의 정규화된 발현 수준을 반영하는 수치 값을 지칭할 수 있다. 대안적으로, 면역-점수 발현 수준은, 예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20개, 또는 그 이상, 또는 이의 조합에 대한 집계된 정규화 발현 수준을 반영하는 수치 값 (예를 들어, 정규화 발현 수준들의 중앙값, 또는 정규화 발현 수준들의 평균)을 지칭할 수 있다. 일부 예에서, 면역-점수 발현 수준은, 예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20개, 또는 그 이상, 또는 이의 조합에 대한 집계된 Z-점수 발현 수준을 반영하는 수치 값 (예를 들어, Z-점수 정규화 발현 수준의 평균, 또는 Z-점수 정규화 발현 수준의 중앙값)을 지칭할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “참조 면역-점수 발현 수준”은, 예를 들어, 진단, 예측, 예후 및/또는 치료 결정을 하기 위하여 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) 또 다른 면역-점수 발현 수준과 비교되는 면역-점수 발현 수준을 지칭한다. 예를 들어, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 샘플, 참조 집단에서 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) 의 발현 수준, 및/또는 사전-할당된 값 (예를 들어, 컷오프 값, 이는 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의 컷오프 값 초과 및/또는 컷오프 값 미만의 유의한 차이에 기반하여 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 분리하기 위하여 사전 결정되어 있으며, 이 때 컷오프 값 초과인 경우 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 개선되는 것이며 및/또는 컷오프 값 미만인 경우 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 개선되는 것이다)으로부터 유래할 수 있다. 기준 면역-점수 발현 수준에 대한 수치 값은 적응증 (예를 들어, 암 (예를 들어, 유방암, 폐암, 신장 암 또는 방광암), 발현 수준을 검출하는데 사용되는 방법론 (예를 들어, RNA-seq 또는 RT-qPCR), 면역 점수를 생성하는데 사용되는 통계적 방법 및/또는 검사된 유전자의 특정 조합에 따라 달라질 수 있음을 당업자는 이해할 수 있을 것이다.
“상승된 발현,”“상승된 발현 수준,”또는 “상승된 수준”은 대조, 가령, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸리지 않은 대상체 또는 대상체들 또는 내부 대조 (예를 들어, 하우스키핑 유전자), 또는 참조 수준, 가령, 참조 면역-점수 발현 수준에 비해 대상체에서 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) 유전자 또는 유전자들의 조합의 증가된 발현 또는 증가된 수준을 지칭한다.
“감소된 발현,”“감소된 발현 수준,”또는 “감소된 수준”은 대조, 가령, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸리지 않은 대상체 또는 대상체들 또는 내부 대조 (예를 들어, 하우스키핑 유전자), 또는 참조 수준, 가령, 참조 면역-점수 발현 수준에 비해 대상체에서 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중 하나 이상에 대한) 유전자 또는 유전자들의 조합의 감소된 발현 또는 감소된 수준을 지칭한다. 일부 구체예에서, 감소된 발현은 발현이 거의 또는 전혀 없는 것이다.
본 명세서에서 사용되는 “참조 유전자”는 비교 목적으로 사용되는 유전자 또는 유전자들 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개 또는 그 이상), 가령, 하우스키핑 유전자를 지칭한다. 본 명세서에서 “하우스키핑 유전자”는 그 활성이 세포 기능의 유지에 필수적이고 일반적으로 모든 세포 유형에 유사하게 존재하는 단백질을 인코드하는 유전자 또는 유전자들 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개 또는 그 이상)의 그룹을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “단클론 항체”는 실질적으로 동질성 항체 집단으로부터 획득된 항체를 지칭한다, 즉, 해당 집단을 포함하는 개별 항체들은 동일하며 및/또는 동일한 에피토프에 결합하며, 다만, 예를 들어, 자연 발생적 돌연변이를 내포하는 또는 단클론 항체 제재를 만드는 동안 발생되는 변이체 항체들이 있을 수 있으며, 이러한 변이체들은 일반적으로 소량으로 존재한다. 상이한 결정부위(에피토프)에 대해 지시되는 상이한 항체를 통상적으로 포함하는 다클론 항체 제제와 대조적으로, 단클론 항체 제제의 각각의 단클론 항체는 항원 상의 단일 결정부위에 대해 지시된다. 따라서, 수식어 “단클론(monoclonal)”은 실질적으로 동질성 항체 집단으로부터 수득되는 항체의 특성을 나타내며, 임의의 특정 방법에 의한 항체 생산을 필요로 하는 것으로 해석되어서는 안된다. 예를 들면, 본 발명에 따라 사용되는 단클론 항체는 하이브리도마 방법, 재조합 DNA 방법, 파지-디스플레이 방법 그리고 인간 면역 글로불린 좌위의 전부 또는 일부를 포함하는 유전자삽입 동물을 이용하는 방법들을 비롯한 (그러나 이에 제한되지 않음) 다양한 기술에 의해 제조 될 수 있으며, 이러한 방법 및 단클론 항체를 제조하는 다른 예시적인 방법이 본 명세서에 기재되어 있다.
“네이키드(naked) 항체”는 이질성 모이어티 (예로써, 세포독성 모이어티) 또는 방사성표지에 접합되지 않은 항체를 말한다. 이러한 네이키드 항체는 약학 제제에 존재할 수 있다.
“고유 항체”는 구조가 변화함에 따라 자연적으로 발생하는 면역글로불린 분자를 지칭한다. 예를 들면, 고유 IgG 항체는 이종사량체 당단백질로써, 약 150,000 달톤이며, 2개의 동일한 경쇄와 2개의 동일한 중쇄를 포함하며, 이들은 다이설파이드 결합에 의해 연결되어 있다. N-말단으로부터 C-말단으로, 각각의 중쇄는 가변 중쇄 도메인 또는 중쇄 가변 도메인이라고도 불리는 가변 영역(VH), 이어서 3개의 불변 도메인(CH1, CH2 및 CH3)을 갖는다. 유사하게, N-말단으로부터 C-말단으로, 각각의 경쇄는 가변 경쇄 도메인 또는 경쇄 가변 도메인이라고도 불리는 가변 영역(VL), 이어서 불변 경쇄(CL) 도메인을 갖는다. 항체의 경쇄는 이의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여 2가지 유형 소위 카파 (κ) 및 람다 (λ)중 하나로 지정될 수 있다.
용어 “올리고뉴클레오티드”는 단일 가닥 데 옥시 리보뉴클레오티드, 단일 또는 이중 가닥 리보뉴클레오티드, RNA:DNA 하이브리드 및 이중 가닥 DNA를 포함하나 이에 제한되지 않는 비교적 짧은 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 길이가 약 250 뉴클레오티드 미만)를 지칭한다. 단일 가닥 DNA 프로브 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 종종 화학적 방법, 예를 들어 시판되는 자동화 올리고뉴클레오티드 합성장치를 사용하여 합성된다. 그러나, 올리고뉴클레오티드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기술 및 세포 및 유기체에서 DNA의 발현을 비롯한 다양한 다른 방법으로 만들 수 있다.
용어 “패키지 삽입물(package insert)”은 이러한 치료제 제품의 사용과 연관된 지시, 용도, 투여량, 투여, 조합 요법, 금기 및/또는 경고에 대한 정보가 포함된 치료제 제품의 시판 포장에 관례적으로 포함되는 지침서를 지칭하기 위해 이용된다.
용어 “약학 제제 (pharmaceutical formulation)”란 내부에 포함된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과가 있도록 하기 위한 형태의 제재를 지칭하며, 제제가 투여되는 대상체에게 허용불가능한 독성을 주는 추가 성분들은 포함하지 않는다.
약학적으로 허용가능한 담체는 활성 성분 이외에 약학 제제 안에 있는 성분을 말하며, 대상체에게 비독성이다. 약학적으로 허용되는 담체는 완충액, 부형제, 안정화제, 또는 보존제다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “단백질”은, 달리 지시가 없는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 출처의 임의의 고유 단백질을 지칭한다. 이 용어는 “전장”의, 비처리 단백질, 뿐만 아니라 세포에서 처리된 임의의 형태의 단백질을 포함한다. 이 용어는 또한 단백질의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다.
참조 폴리펩티드 서열에 대한 “아미노산 서열 동일성 퍼센트(%)”는 참조 폴리펩티드 서열의 아미노산 잔기와 동일한, 후보 서열의 아미노산 잔기들의 백분율로 정의되는데, 이때 서열을 정렬시킨 후 최대 서열 동일성 백분율을 얻기 위하여 필요하다면 갭을 도입하고, 보존적 치환은 상기 서열의 동일성의 일부분으로 간주되지 않는다. 아미노산 서열 동일성 퍼센트를 결정하기 위한 정렬은 예를 들어 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign (DNASTAR) 소프트웨어와 같은 공개적으로 이용가능한 컴퓨터 소프트웨어를 사용하여 해당 업계의 기술 범위에 속하는 다양한 방법으로 구현될 수 있다. 숙련된 기술자는 비교되는 서열의 전체 길이에 대해 최대 정렬을 달성하는데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여, 서열을 정렬하기 위한 적절한 파라미터를 결정할 수 있다. 그러나, 본 발명의 목적을 위하여, 아미노산 서열 동일성 % 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2을 이용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 Genentech, Inc.에 의해 작성되었으며, 소스 코드(source code)는 미국 저작권청 (Washington D.C., 20559)에 사용자 문서로 제출되어 미국 저작권 등록 번호 TXU510087에 등록되어 있다. ALIGN-2 프로그램은 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코의 Genentech, Inc.에서 공개적으로 입수할 수 있으며, 소스 코드에서 컴파일 할 수도 있다. ALIGN-2 프로그램은 디지털 UNIX V4.0D를 비롯한 UNIX 운영 체제용으로 컴파일해야 한다. 모든 서열 비교 파라미터는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되며 가변적이지 않다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교에 사용되는 경우에, 주어진 아미노산 서열 B에 대한, 이것과의, 또는 이에 대항한, 주어진 아미노산 서열 A의 % 아미노산 서열 동일성(대안적으로 주어진 아미노산 서열 B에 대한, 이것과, 또는 이에 대항한 주어진 % 아미노산 서열 동일성을 갖거나 포함하는 주어진 아미노산 서열 A로서 표현될 수 있음)은 아래와 같이 계산된다:
100 x 분율 X/Y
이때 X는 A와 B의 프로그램 정렬에서 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의해 동일한 매치로 기록되는 아미노산 잔기의 수를 말하며, Y는 B의 전체 아미노산 잔기 수가 된다. 아미노산 서열 A의 길이는 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않는 경우, B에 대한 A의 아미노산 서열 동일성 %는 A에 대한 B의 아미노산 서열 동일성 %와 동일하지 않은 것으로 인정된다. 달리 특정 언급이 없는 한, 본 명세서에서 이용된 모든 아미노산 서열 동일성 % 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 이용하여 바로 전 단락에서 설명된 바와 같이 수득된다.
용어 “약학 제제 (pharmaceutical formulation)”란 내부에 포함된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과가 있도록 하기 위한 형태의 제재를 지칭하며, 제제가 투여되는 대상체에게 허용불가능한 독성을 주는 추가 성분들은 포함하지 않는다.
약학적으로 허용가능한 담체는 활성 성분 이외에 약학 제제 안에 있는 성분을 말하며, 대상체에게 비독성이다. 약학적으로 허용되는 담체는 완충액, 부형제, 안정화제, 또는 보존제다.
용어 “예정사 리간드 1”및 “PD-L1”은 본 명세서에서 고유 서열 PD-L1 폴리펩티드, 폴리펩티드 변이체 및 고유 서열 폴리펩티드 및 폴리펩티드 변이체의 단편 (본 명세서에 상세히 정의됨)을 지칭한다. 본 명세서에 기술된 PD-L1 폴리펩티드는 다양한 공급원으로부터, 예를 들면, 인간 조직 유형으로부터 또는 다른 공급원으로부터 분리되거나, 또는 재조합 또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다.
“PD-L1 폴리펩티드 변이체,”또는 이의 변이체는 본 명세서에 개시된 바와 같은 임의의 고유 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열과 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 갖는 본 명세서에서 정의된 바와 같은 PD-L1 폴리펩티드, 일반적으로 활성 PD-L1 폴리펩티드를 의미한다. 이러한 PD-L1 폴리펩티드 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 고유 아미노산 서열의 N 또는 C-말단에 부가되거나, 또는 결실된 PD-L1 폴리펩티드를 포함한다. 통상적으로, PD-L1 폴리펩티드 변이체는 본 명세서에서 개시된 고유 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열에 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성, 대안적으로 적어도 약 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 통상적으로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는, 적어도 약 10 아미노산 길이, 대안적으로 적어도 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 또는 289 아미노산 길이, 또는 그 이상이다. 선택적으로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는 고유 PD-L1 폴리펩티드 서열과 비교하여 1 이하의 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 고유 PD-L1 폴리펩티드 서열과 비교하여 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 이하의 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
“고유 서열 PD-L1 폴리펩티드”는, 상응하는 자연 유래 PD-L1 폴리펩티드와 동일한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다.
용어 “PD-L1 축 결합 길항제”는, PD-L1 신호전달 축 상의 신호전달로부터 유발된, T-세포 기능장애를 제거하기 위하여, PD-1 축 결합 짝과 이의 결합 짝들 중 하나 이상과의 상호작용을 억제하는 분자를 지칭하며, T-세포 기능을 복구되거나 향상시키는 결과를 가져온다. 본 명세서에서 사용되는 PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제뿐만 아니라 PD-L1과 PD-1 사이의 상호작용 (예를 들면, PD-L2-Fc 융합)을 억제하는 분자를 포함한다.
용어 “PD-L1 결합 길항제”는 PD-L1과 이의 하나 또는 그 이상의 결합 짝, 이를 테면 PD-1 또는 B7-1과의 상호작용으로 인하여 신호전달을 감소, 차단, 억제, 소멸 또는 간섭하는 분자를 지칭한다. 일부 구체예들에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 이의 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는 분자다. 특정 양상에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1 및/또는 B7-1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제들은 PD-L1과 하나 또는 그 이상의 이의 결합 짝, 이를 테면 PD-1 또는 B7-1과의 상호작용으로 인하여 생성되는 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 소멸 또는 간섭하는 항-PD-L1 항체, 이의 항원 결합 단편들, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드 및 기타 분자를 포함한다. 한 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1을 통하여 T 림프구 매개된 신호생성에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 이를 통하여 매개된 음성 공동-자극 신호를 감소시켜, 이상기능 T-세포의 기능이상을 적게 한다(예로써, 항원 인지에 대한 효과기 반응을 강화). 일부 구체예들에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 한 특정 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 MPDL3280A로도 공지된 그리고 본 명세서에 기재된 아테졸리주맙 (CAS 등록 번호: 1422185-06-5)이다. 또 다른 특정 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 YW243.55.S70이다. 또 다른 특정 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MDX-1105이다. 또한 또다른 특정 양상에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MEDI4736 (더발루맙)이다. 한편 또 다른 특정 양상에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MSB0010718C (아벨루맙)이다.
본 명세서에서 사용되는 “PD-1 결합 길항제”는 PD-1과 이의 하나 또는 그 이상의 결합 짝, 이를 테면, PD-L1 및/또는 PD-L2와의 상호작용으로 인한 신호전달을 감소, 차단, 억제, 소멸 또는 간섭하는 분자를 지칭한다. 일부 구체예들에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 이의 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는 분자다. 특정 양상에서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2 와의 PD-1 의 상호작용으로 유발된 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 억제하는, 항-PD-1 항체 및 이의 항원-결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드, 소분자 길항제, 폴리뉴클레오티드 길항제, 및 기타 분자를 포함한다. 한 실시 양태에서, PD-1 결합 길항제는 T 림프구 및 다른 세포상에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 이를 통해 매개되는 음성 신호를 감소시키고, PD-1 또는 PD-L1을 통해 매개된 신호 전달을 감소시켜 기능장애 T 세포가 덜 기능장애가 되도록 한다. 일부 구체예들에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 MDX-1106 (니볼루맙)이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 MK-3475 (펨브롤리주맙)이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 CT-011 (피딜리주맙)이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 MEDI-0680 (AMP-514)이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 본 명세서에서 기재된 PDR001이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 REGN2810이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 BGB-108이다. 또 다른 특정 양상에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다.
본 명세서에서 호환적으로 사용되는 “폴리뉴클레오티드”또는 “핵산”은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기 및/또는 이들의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 중합효소에 의해 또는 합성 반응에 의해 중합체에 통합 될 수 있는 임의의 기질 일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 가령, 메틸화된 뉴클레오티드 및 이의 유사체를 포함할 수 있다. 존재하는 경우, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형들은 중합체 어셈블리 전 또는 이후에 부여될 수 있다. 뉴클레오티드들의 서열은 비-뉴클레오티드 성분들에 의해 불연속될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 합성 후, 가령, 표지와의 접합에 의해 추가로 변형 될 수 있다. 다른 유형의 변형들은, 예를 들면, “캡”, 하나 이상의 자연-발생 뉴클레오티드를 유사체로 치환, 뉴클레오티드간 변형, 가령, 예를 들면, 비하전된 연결부 (예컨대, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포라미데이트, 카바메이트, 등) 및 하전된 연결부 (예컨대, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 등)로 변형, 부속 모이어티, 가령, 예를 들면, 단백질 (예컨대, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-리신, 등)로 변형, 인터칼레이터 (예컨대, 아크리딘, 소랄렌, 등)로 변형, 킬레이터 (예컨대, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화성 금속, 등)를 포함한 변형, 알킬화제를 포함한 변형, 변형된 연결부 (예컨대, 알파 아노머 핵산 등)로 변형, 뿐만 아니라 폴리뉴클레오티드(들)의 비변형 형태를 포함한다. 또한, 당에 통상적으로 존재하는 임의의 하이드록실 그룹은, 예를 들어, 포스포네이트 그룹, 포스페이트 그룹으로 대체되거나, 표준 보호 그룹에 의해 보호되거나, 또는 활성화되어, 추가 뉴클레오티드에 대한 추가 연결부를 제조할 수 있으며, 또는 고체 또는 반-고체 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 인산화되거나 아민 또는 1 내지 20개 탄소 원자의 유기 캡핑 그룹 모이어티로 치환 될 수 있다. 다른 하이드록실기는 표준 보호 그룹들로 유도 될 수도 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한, 예를 들어, 2'-O-메틸-, 2'-O-알릴-, 2'-플루오로-, 또는 2'-아지도-리보스, 카보사이클릭 당 유사체, α-아노머 당, 에피머 당, 가령, 아라비노스, 자일로스 또는 릭소스, 피라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 아사이클릭 유사체 및 비염기성 뉴클레오시드 유사체, 가령, 메틸 리보시드를 비롯한, 당업계에 일반적으로 공지된 리보스 또는 데옥시리보스 당의 유사 형태들을 포함할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결부는 다른 연결 그룹으로 대체 될 수 있다. 이러한 대안적인 연결 그룹은 포스페이트가 P(O)S (“티오에이트”), P(S)S (“디티오에이트”), “(O)NR2 (“아미데이트”), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 (“포름아세탈”)로 대체된 구체예를 포함하지만 이에 제한되지는 않으며, 여기서 각각의 R 또는 R'은 독립적으로 H, 또는 에테르 (-O-) 연결부, 아릴, 알켄일, 시클로알킬, 시클로알켄일 또는 아랄딜을 포함하는 치환 또는 비치환 알킬 (1-20C)이다. 폴리뉴클레오티드의 모든 연결부들이 동일 할 필요는 없다. 상기 설명은 RNA 및 DNA를 비롯하여 본 명세서에서 언급된 모든 폴리뉴클레오티드에 적용된다.
본 명세서에서 사용된 “중합효소 연쇄 반응”또는 “PCR”기술은 일반적으로 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정 부분의 적은양이 예를 들어, 1987년 7월 28일 공개된 미국 특허 제 4,683,195에 기재된 바와 같이 증폭되는 과정을 지칭한다. 일반적으로, 관심 영역의 단부 또는 그 이상의 서열 정보를 사용할 필요가 있으며, 그 결과 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있고; 이들 프라이머들은 증폭될 템플릿의 반대 가닥들과 서열에 있어 동일하거나 유사할 것이다. 두 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭된 물질의 단부들과 일치 할 수 있다. PCR은 특정 RNA 서열, 전체 게놈 DNA의 특정 DNA 서열들 및 전체 세포 RNA, 박테리오파지 또는 플라스미드 서열 등으로부터 전사된 cDNA를 증폭시키기 위해 사용될 수 있다. 일반적으로 Mullis 외, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)를 참조하라. 본 명세서에서 사용되는 PCR은 알려진 핵산 (DNA 또는 RNA)을 프라이머로 사용하는 것을 포함하는 핵산 테스트 샘플의 증폭을 위한 핵산 중합 효소 반응 방법의 한 예로 고려되지만 유일한 예는 아니며, 특정 핵산 조각을 증폭 또는 생성하거나 특정 핵산에 상보적인 특정 핵산 조각을 증폭 또는 생성하기 위해 핵산 중합효소를 이용한다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 “역전사 효소 중합효소 연쇄 반응”또는 “RT-PCR”은 RNA 서열들의 복제 및 증폭을 지칭한다. 이 방법에서, 역전사는 예를 들어 그 전체가 본 명세서에 참조로 포함된 미국 특허 번호 5,322,770에 기재된 바와 같이 PCR에 커플링된다. RT-PCR에서 RNA 템플릿은 효소의 역전사효소 활성으로 인해 cDNA로 전환 된 후 동일하거나 다른 효소의 중합 활성을 이용하여 증폭된다. 내열성 및 열 불안정성 역전사 효소 및 중합효소 모두가 사용될 수 있다. “역전사 효소”(RT)는 역전사 효소 활성을 나타내는 DNA 중합효소뿐만 아니라 레트로 바이러스, 다른 바이러스로부터의 역전사 효소를 포함 할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 “역전사 효소 정량적 중합효소 연쇄 반응”또는 “RT-qPCR”은 증폭될 핵산이 먼저 cDNA로 역전사되는 RNA이고 PCR 생성물의 양이 각 PCR 반응 단계에서 측정되는 PCR의 한 형태이다.
“정량적 실시간 중합효소 연쇄 반응”또는 “qRT-PCR”은 PCR 생성물의 양이 PCR 반응의 각 단계에서 측정되는 PCR의 한 형태를 지칭한다. 이 기술은 Cronin 외, Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) 및 Ma 외, Cancer Cell 5:607-616 (2004)을 비롯한 다양한 간행물들에 기재되어 있다.
용어 “다중 -PCR”은 단일 반응에서 2 개 이상의 DNA 서열을 증폭할 목적으로 하나 이상의 프라이머 세트를 사용하여 단일 공급원 (예를 들어, 개인)으로부터 수득된 핵산에서 수행되는 단일 PCR 반응을 지칭한다.
“전장 전사체 샷건 시퀀싱 (WTSS)”이라고도 하는 “RNA-seq”라는 용어는 cDNA를 서열화 및 / 또는 정량화하여 샘플의 RNA 함량에 대한 정보를 얻기 위해 고 처리량 시퀀싱 기술을 사용하는 것을 지칭한다. RNA-seq를 설명하는 문헌들에는 다음이 포함된다: Wang 외 “RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics”Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (2009년 1월); Ryan 외 BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008); 및 Maher 외 “Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer”. Nature 458 (7234): 97-101 (2009년 1월).
단수 또는 복수로 사용될 때 용어 “폴리뉴클레오티드”는 일반적으로 임의의 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 지칭하며, 이는 변형되지 않은 RNA 또는 DNA 또는 변형된 RNA 또는 DNA 일 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본 명세서에 정의된 폴리뉴클레오티드는 제한없이 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥 또는, 보다 일반적으로 이중-가닥이거나 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함 할 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 또한, 본 명세서에 사용된 용어 “폴리뉴클레오티드”는 RNA 또는 DNA 또는 RNA 및 DNA 모두를 포함하는 삼중-가닥 영역들을 지칭한다. 이러한 영역들의 가닥들은 동일한 분자 또는 다른 분자로부터 유래할 수 있다. 이들 영역들은 하나 이상의 분자들 모두를 포함 할 수 있지만, 보다 일반적으로 분자들 중 일부 영역만을 포함한다. 삼중-나선 영역의 분자들 중 하나는 종종 올리고뉴클레오티드이다. 용어 “폴리뉴클레오티드”는 구체적으로 cDNA를 포함한다. 이 용어에는 하나 이상의 변형된 염기를 포함하는 DNA (cDNA 포함) 및 RNA가 포함된다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 변형된 골격을 갖는 DNA 또는 RNA는 그 용어가 본 명세서에서 의도하는 바와 같이 “폴리뉴클레오티드”이다. 더욱이, 이노신과 같은 비정상적인 염기, 또는 삼중수소 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA는 본 명세서에 정의된 용어 “폴리뉴클레오티드”에 포함된다. 일반적으로, 용어 “폴리뉴클레오티드”는 변형되지 않은 폴리 뉴클레오티드의 모든 화학적, 효소적 및/또는 대사적으로 변형된 형태 뿐만 아니라 단순 및 복합 세포를 비롯하여 바이러스 및 세포의 특징적인 DNA 및 RNA의 화학적 형태를 포함한다.
“치료에 대한 반응”, “치료에 대한 반응성”, 또는 “치료로부터의 이점”은 (1) 속도 저하 및 완전 중단을 비롯하여 어느 정도까지의 질환 진행 (예컨대, 암 진행)의 억제; (2) 종양 크기의 감소; (3) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 암 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 속도 저하 또는 완전 중단); (4) 전이의 억제 (즉, 감소, 속도 저하 또는 완전 중단); (5) 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)와 연관된 하나 이상의 증상의 어느 정도의 완화; (6) 전체 생존 (OS HR < 1) 및 무 진행 생존 (PFS HR < 1)을 비롯하여 생존 기간의 증가 또는 연장; 및/또는 (9) 치료 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)를 포함하는 치료) 후 주어진 시점에서 감소된 사망률을 비롯한 (그러나 이에 제한되지 않는), 개체에게 이익을 나타내는 임의의 결과변수를 사용하여 평가할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는, 특정 형태의 치료에 “반응하지 않는”환자는 관심 요법의 투여 후 상기 기재된 이점 중 일부 또는 전부를 나타내지 않는 환자이다.
본 명세서에 사용된 “무 진행 생존”또는 “PFS”는 치료 중인 질환 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))이 더 악화되지 않는 치료 중 및 치료 후 시간의 길이를 지칭한다. 무 진행 생존에는 개체가 완전 반응 또는 부분 반응을 경험한 시간의 양, 및 개체가 안정한 질환을 경험한 시간의 양이 포함될 수 있다.
본 명세서에 사용된 “전체 생존”(OS)은 특정 시기 (예를 들어, 진단 또는 치료시부터 6 개월, 1 년, 2 년, 3 년, 4 년, 5 년, 10 년, 15 년, 20 년, 또는 20 년 이상) 후에 생존 할 가능성이 있는 그룹 내 대상체들의 백분율을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는, “완전 반응”또는 “CR”은 치료에 반응하여 암의 모든 징후가 사라짐을 지칭한다. 이것은 반드시 암이 치유되었다는 것을 의미하는 것은 아니다.
본 명세서에서 사용되는 “부분 반응”또는 “PR”은 치료에 반응하여 하나 또는 그 이상의 종양 또는 병변의 크기, 또는 신체 암의 정도에 있어서의 감소를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는, “위험비”또는 “HR”은 사건 비율에 대한 통계적 정의이다. 본 발명의 목적에서, 위험비는 특정 시점에서 실험 (예를 들어, 치료) 그룹/군에서 사건 (예를 들어, PFS 또는 OS)의 확률을 대조 그룹/군의 사건 확률로 나눈 것을 나타내는 것으로 정의된다. 값이 1 인 HR은 결과변수 (예를 들어, 사망)의 상대적 위험이 “치료”그룹과 “대조”그룹 모두에서 동일함을 나타내며; 1보다 큰 값은 대조 그룹에 비해 치료 그룹에서 위험이 더 크다는 것을 나타내고; 1 미만의 값은 위험이 치료 그룹에 비해 대조 그룹에서 더 크다는 것을 나타낸다. 무 진행 생존 분석의 “위험비”(즉, PFS HR)은 두 가지 무 진행 생존 곡선 사이의 차이를 요약한 것으로, 추적관찰 기간에 걸쳐 대조군과 비교하여 치료시 사망 위험이 감소함을 나타낸다. 전체 생존 분석의 “위험비”(즉, OS HR)은 두 가지 전체 생존 곡선 사이의 차이를 요약한 것으로, 추적관찰 기간에 걸쳐 대조군과 비교하여 치료시 사망 위험이 감소함을 나타낸다.
“생존 연장”은 치료받지 않은 개체 (즉, 약물로 치료받지 않은 개체에 비해) 또는 지정된 수준으로 바이오마커를 발현하지 않는 개체에 비해, 및/또는 승인된 항암제로 치료받은 개체에 비해, 치료받은 개체에서 전체 생존 또는 무 진행 생존의 증가를 의미한다. “객관적 반응”은 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 포함하여 측정가능한 반응을 지칭한다.
“감소 또는 억제”는 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 그 이상의 총 감소를 유발하는 능력을 의미한다. 감소 또는 억제는, 치료되는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 증상, 전이의 존재 또는 크기, 또는 일차 종양의 크기를 지칭할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는, “참조 샘플”, “참조 세포”, “참조 조직”, “대조 표본”, “대조 세포”, 또는 “대조 조직”은 비교 목적으로 이용되는 표본, 세포, 조직, 표준, 또는 수준을 지칭한다. 일 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은, 동일한 대상자 또는 개체로부터 얻은 건강한 및/또는 비-질환 부분으로부터 수득될 수 있다. 또 다른 구체예에서, 참조 샘플은 대상체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 개체들로부터 얻는다. 전술한 구체예들 중 어느 하나에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직이 수득되는 하나 이상의 개체들은 암을 가지고 있다. 특정 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직이 수득되는 하나 이상의 개체들은 암을 가지며 및 항-암 요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제의 1회 이상 투약)으로 이전에 치료받은 적이 있다. 다른 구체예들에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직이 수득되는 하나 이상의 개체들은 암을 가지고 있으며 치료-미경험자이다. 임의의 전술한 구체예에서, 대상체/개체 및 대상체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 개체들은 동일한 암을 가진다. 또 다른 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은, 동일한 대상자 또는 개체의 신체 (예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강한 및/또는 비-질환 부분으로부터 수득될 수 있다. 예를 들어, 질환 세포 또는 조직에 인접한 건강한 및/또는 비-질환 세포 또는 조직 (예를 들면, 종양에 인접한 세포 또는 조직). 또 다른 구체예에서, 참조 샘플은 동일한 대상자 또는 개체의 신체의 비치료된 조직 및/또는 세포로부터 수득된다. 또한 또 다른 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 대상자 또는 개체가 아닌 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-질환 부분으로부터 수득될 수 있다. 추가의 또 다른 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은, 상기 대상자 또는 개체가 아닌 개체의 신체의 비치료된 조직 및/또는 세포로부터 수득될 수 있다.
본 명세서에 사용된 바와 같은 용어 “샘플,”은 예를 들어, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기준으로 특성화되고/되거나 식별되어야만 하는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 함유하는 목적하는 대상자 및/또는 개체로부터 수득되거나 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 문구 “질환 샘플”및 이의 변화형은 특성화되는 세포 및/또는 분자 독립체를 함유하는 것으로 공지된 또는 예상되는 관심 대상자로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다. 샘플은, 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 유리체 유체, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전체의 혈액, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 객담, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 및 이들의 조합을 비제한적으로 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “개체”, “환자”, 및 “대상자”는 호환적으로 사용되며 임의의 하나의 동물, 보다 바람직하게는 포유동물 (가령, 비-인간 동물, 예를 들어, 개, 고양이, 말, 토끼, 동물원 동물, 소, 돼지, 양 및 비-인간 영장류 포함)을 지칭한다. 특정 구체예들에서, 개체, 환자, 또는 대상체는 인간이다.
본 명세서에서 이용된 바와 같이, “치료(treatment)”(및 이의 문법적 변화형, 이를 테면 “치료하다(treat)”또는 “치료하는(treating)”)라는 것은 치료될 대상체의 자연적인 과정을 변경시키려는 시도에 있어서의 임상적 중재과정을 지칭하며, 예방을 위해 또는 임상적 병리학 과정 동안 실행될 수 있다. 치료의 바람직한 효과에는 질환 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 발생 또는 재발 방지, 증상의 완화, 상기 질환의 임의의 직접 또는 간접적인 병리학적 결과의 감소, 전이 방지, 질환 진행 속도 감소, 상기 질환 상태의 개선 또는 경감, 그리고 차도 또는 개선된 예후가 포함되나, 이에 제한되지 않는다. 일부 구체예에서, 본 명세서에 기재된 치료는 질환 (예를 들어, 암, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 발달을 지연 또는 질환의 진행 속도를 저하시키기 위해 사용된다. 일부 예들에서, 치료는 전체 생존 (OS)을 증가시킬 수 있다 (예를 들어, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 약 96% 이상, 약 97% 이상, 약 98% 이상, 또는 약 99% 이상 만큼). 일부 예들에서, 치료는 OS를, 예를 들어, 약 5% 내지 약 500%, 예를 들어, 약 10% 내지 약 450%, 예를 들어, 약 20% 내지 약 400%, 예를 들어, 약 25% 내지 약 350%, 예를 들어, 약 30% 내지 약 400%, 예를 들어, 약 35% 내지 약 350%, 예를 들어, 약 40% 내지 약 300%, 예를 들어, 약 45% 내지 약 250%, 예를 들어, 약 50% 내지 약 200%, 예를 들어, 약 55% 내지 약 150%, 예를 들어, 약 60% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 65% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 70% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 75% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 80% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 85% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 90% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 95% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 98% 내지 약 100% 만큼 증가시킬 수 있다. 일부 예들에서, 치료는 무 진행 생존 (PFS)을 증가시킬 수 있다 (예를 들어, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 약 96% 이상, 약 97% 이상, 약 98% 이상, 또는 약 99% 이상 만큼). 일부 예들에서, 치료는 PFS를, 예를 들어, 약 5% 내지 약 500%, 예를 들어, 약 10% 내지 약 450%, 예를 들어, 약 20% 내지 약 400%, 예를 들어, 약 25% 내지 약 350%, 예를 들어, 약 30% 내지 약 400%, 예를 들어, 약 35% 내지 약 350%, 예를 들어, 약 40% 내지 약 300%, 예를 들어, 약 45% 내지 약 250%, 예를 들어, 약 50% 내지 약 200%, 예를 들어, 약 55% 내지 약 150%, 예를 들어, 약 60% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 65% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 70% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 75% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 80% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 85% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 90% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 95% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 98% 내지 약 100% 만큼 증가시킬 수 있다.
“조직 샘플”또는 “세포 샘플”은 대상자 또는 개체의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 수집물을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 출처는 냉장, 냉동 및/또는 보존된 장기, 조직 표본, 생검 및/또는 흡인물로부터 얻은 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 성분, 예컨대 혈장; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액, 또는 사이질액; 대상자의 임신 또는 발생에 있어서의 임의의 시점에서 얻은 세포일 수 있다. 조직 샘플은 또한 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주 일 수 있다. 선택적으로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 (예를 들어, 전립선암, 예를 들어, CRPC, 예를 들어, mCRPC 또는 국부적으로 한정된, 수술불가능한 CRPC) 조직/장기로부터 수득된다. 조직 샘플은 본래 해당 조직과 자연적으로 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충액, 고정제, 영양소, 항생제, 또는 기타 유사한 것을 포함할 수 있다.
본원의 목적을 위해, 조직 샘플의 “절편”은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예를 들어, 조직 샘플로부터 절단된 조직 또는 세포의 얇은 슬라이스를 의미한다. 조직 샘플의 동일한 절편이 형태 및 분자 수준 모두에서 분석 될 수 있거나 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 모두에 대해 분석 될 수 있음이 이해된다면, 조직 샘플들의 여러 절편들을 취하여 분석 할 수 있는 것으로 이해된다.
본 명세서에서 사용되는 “종양”은, 악성 또는 양성이든, 모든 신생물성 세포 성장 및 증식, 그리고 모든 전-암성 및 암성 세포 및 조직을 지칭한다. 용어 “암”, “암성”, “세포 증식성 질병”, “증식성 질병”및 “종양”은 본 명세서에서 이용된 바와 같이, 상호 배타적이지 않다.
“가변 영역”또는 “가변 도메인”은 항체가 항원에 결합하는데 관여하는 항체 중쇄 또는 경쇄 도메인을 말한다. 고유 항체의 중쇄와 경쇄 (차례로 VH 및 VL)의 가변 도메인은 일반적으로 유사한 구조를 가지며, 각 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역 (FRs)과 3개의 초가변 영역 (HVR들)을 포함한다. (예컨대, Kindt 외. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., 91 페이지 (2007).참조) 단일 VH 또는 VL 도메인은 항원-결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 더욱이, 특정 항원에 결합하는 항체는 상보성 VL 또는 VH 도메인의 라이브러리를 스크린하기 위하여 항원에 결합하는 항체의 VH 또는 VL 도메인을 이용하여 단리될 수 있다. 예컨대, Portolano 외, J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson 외, Nature 352:624-628 (1991)을 참조하라.
II.
진단 방법 및 분석법
본원은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종 (UC)), 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 또는 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암 (TNBC)))에 걸린 개체를 식별하는 방법 및 분석법들을 제공한다. 본 명세서에 기재된 방법 및 분석법들은, 부분적으로, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 면역-점수 발현 수준)을 사용하여, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 요법, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 PD-L1 축 결합 길항제 단일요법 또는 조합 요법 치료로부터 이점을 얻게 될 가능성을 결정할 수 있다는 발견에 기초한 것이다.
또한 본원은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법 및 분석법; 암에 걸린 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법; PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 암에 걸린 개체의 반응성을 예측하는 방법; 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 대한 암에 걸린 개체의 반응을 모니터하는 방법을 제공한다. 본 명세서에서 제공되는 임의의 상기 방법들은 개체에게 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 것 (예를 들어, 아래 섹션 III에 기재)을 추가로 포함 할 수 있다.
A.
1-유전자 면역-점수 및 다수-유전자 면역-점수 조합
일부 구체예에서, 본 명세서에 제공된 방법 및 분석법들을 사용하여 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 단일 유전자의 면역-점수 발현 수준을 결정할 수 있다. 예를 들어, 상기 결정 단계는 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중에서 선택된 어느 하나의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 결정 단계는 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 2개 이상의 유전자들의 패널, 가령, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 이상의 패널 (예를 들어, 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 내포하는 패널)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 결정 단계는 상기 표 1-3 중 어느 하나에 제시된 유전자 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 구체예에서, 상기 결정 단계는 하나 이상의 세포독성 유전자 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상)를 포함하는 유전자들의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 결정 단계는 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상)을 포함하는 유전자들의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 결정 단계는 하나 이상의 세포독성 유전자 (예를 들어, CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 중 하나 이상) 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들 (예를 들어, MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 중 하나 이상)을 포함하는 유전자들의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구체예에서, 상기 결정 단계는 상기 표 4에 제시된 유전자 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 한 양상에서, 본원은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 식별하는 방법을 제공하며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 하나 이상의 유전자들, 가령, 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 내포하는 상기 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 이상의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 이 내용에서, 상기 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 동일한 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다. 대안적으로, 상기 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 동일한 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 미만이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 더 낮은 개체로 식별된다.
또 다른 양상에서, 본원은 또한 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법을 제공하며, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상, 가령, 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 내포하는 상기 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하며, 이 때 상기 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 동일한 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 이상인 경우, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다. 대안적으로, 상기 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA에서 선택된 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이, 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 동일한 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 미만이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 더 낮은 개체로 식별된다.
본원은 또한 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가진 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법을 제공하며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상, 가령, 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 내포하는 상기 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 이상의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타낸다. 대안적으로, 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 미만이면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 낮음을 나타낸다.
본원은 또한 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가진 개체의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 대한 반응성을 예측하는 방법을 제공하며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상, 가령, 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 내포하는 상기 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 이상의 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 더 높음을 나타낸다. 대안적으로, 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 미만이면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 더 낮음을 나타낸다.
본원은 또한 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가진 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료의 이점을 나타내게 될 가능성을 결정하는 방법을 제공하며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료의 이점이 증가될 가능성을 가지게 됨을 나타낸다. 대안적으로, 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 미만이면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료의 이점이 감소될 가능성을 가지게 됨을 나타낸다.
임의의 전술한 방법들에서, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체에게 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))의 투여 전, 임의의 상기 방법들에 따라 결정된 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준에 기초하여, 권고를 제공할 수 있다. 일부 예들에서, 상기 방법은 또한 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 치료에 반응하거나 이점을 얻을 가능성이 있다는 권고를 제공하는 것을 포함한다. 일부 예들에서, 상기 방법은 개체를 위해 선택된 요법이 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 치료를 포함한다는 권고를 제공하는 것을 포함한다.
임의의 전술한 방법들에서, 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 일부 예들에서, 상기 방법은 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 투여하는 것을 추가로 포함하고, 이 때 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 및 (예를 들어, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준) 이상이다. PD-L1 축 결합 길항제는 당업계에 공지된 또는 본 명세서에, 예를 들어, 아래 섹션 III.F에 기재된 임의의 PD-L1 축 결합 길항제일 수 있다. 예를 들어, 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 예들에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 예들에서, 항체는 다음으로 구성된 그룹으로부터 선택된다: YW243.55.S70, MPDL3280A (아테졸리주맙), MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 예들에서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 예들에서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
일부 예들에서, 상기 방법은 유효량의 추가 치료제를 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함한다. 일부 예들에서, 추가 치료제는 본 명세서에 기재된 세포독성제, 성장-억제제, 방사선 요법제, 항-혈관형성제 및 이들의 조합으로 이루어진 그룹에서 선택된다.
대안적으로, 개체가 참조 면역-점수 발현 수준에 비해 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 감소된 면역-점수 발현 수준을 가지는 것으로 결정된 경우, 상기 방법은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 이외의, 또는 이에 추가되는 유효량의 항-암 요법을 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 이외의, 또는 이에 추가되는 항-암 요법은 본 명세서에 기재된 세포독성제, 성장억제제, 방사선 요법, 항-혈관형성제, 또는 이들의 조합을, 단독으로, 또는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 및/또는 본 명세서에 기재된 임의의 추가 치료제에 추가하여 포함할 수 있다.
(i)
CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 증가된 면역-점수 발현 수준
암에 걸린 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상이거나 더 높으면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 더 큼을 나타낼 수 있으며, 이 때 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이다.
예를 들어, 일부 예들에서, 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 약 상위 50번째 백분위수 (약 50% 이상의 확산도 수준), 약 상위 45번째 백분위수 (약 55% 이상의 확산도 수준), 약 상위 40번째 백분위수 (약 60% 이상의 확산도 수준), 약 상위 35번째 백분위수 (약 65% 이상의 확산도 수준), 약 상위 30번째 백분위수 (약 70% 이상의 확산도 수준), 약 상위 25번째 백분위수 (약 75% 이상의 확산도 수준), 약 상위 20번째 백분위수 (약 80% 이상의 확산도 수준), 약 상위 15번째 백분위수 (약 85% 이상의 확산도 수준), 약 상위 10번째 백분위수 (약 90% 이상의 확산도 수준), 약 상위 5번째 백분위수 (약 95% 이상의 확산도 수준), 또는 약 상위 1번째 백분위수 (약 99% 이상의 확산도 수준)에 존재하면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
일부 예들에서, 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 그 중에서도, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 약 상위 50번째 내지 약 상위 99번째 백분위수, 약 상위 50번째 내지 약 상위 95번째 백분위수, 약 상위 50번째 내지 약 상위 90번째 백분위수, 약 상위 50번째 내지 약 상위 85번째 백분위수, 약 상위 50번째 내지 약 상위 80번째 백분위수, 약 상위 50번째 내지 약 상위 75번째 백분위수, 약 상위 50번째 내지 약 상위 60번째 백분위수, 약 상위 60번째 내지 약 상위 99번째 백분위수, 약 상위 60번째 내지 약 상위 95번째 백분위수, 약 상위 60번째 내지 약 상위 90번째 백분위수, 약 상위 60번째 내지 약 상위 85번째 백분위수, 약 상위 60번째 내지 약 상위 80번째 백분위수, 약 상위 60번째 내지 약 상위 75번째 백분위수, 약 상위 75번째 내지 약 상위 99번째 백분위수, 약 상위 75번째 내지 약 상위 95번째 백분위수, 약 상위 75번째 내지 약 상위 90번째 백분위수, 약 상위 75번째 내지 약 상위 85번째 백분위수, 또는 약 상위 75번째 내지 약 상위 80번째 백분위수에 존재하면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은 면역-점수 발현 수준은 해당 분야에 공지된 표준 방법, 가령 본 명세서에 기재된 방법으로 검출한 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 전체 증가가, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준과 비교하여 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 또는 그 이상임을 지칭한다. 일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은 면역-점수 발현 수준은 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 증가를 지칭하며, 이 때 증가는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준의 적어도 약 1.5x, 1.75x, 2x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 25x, 50x, 75x, 또는 100x이다. 일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 전체 증가가 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준에 비해 약 1.5-배, 약 1.75-배, 약 2-배, 약 2.25-배, 약 2.5-배, 약 2.75-배, 약 3.0-배, 또는 약 3.25-배 더 큰 것을 지칭한다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한 면역-점수 발현 수준은, 본 명세서에 기재된 방법들과 같은 해당 분야에 공지된 표준 방법들로 검출시, 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 면역-점수 발현 수준에 비해, 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 이상 전체 증가하는 것을 지칭한다. 특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준은 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준의 증가를 지칭하며, 이 때 증가는 적어도 약 1.5x, 1.75x, 2x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 25x, 50x, 75x, 또는 100x 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 면역-점수 발현 수준이다. 일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준의 전체 증가가 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 면역-점수 발현 수준에 비해 약 1.5-배, 약 1.75-배, 약 2-배, 약 2.25-배, 약 2.5-배, 약 2.75-배, 약 3.0-배, 또는 약 3.25-배 더 큼을 지칭한다.
(ii)
CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 감소된 면역-점수 발현 수준
암에 걸린 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 미만이거나 더 낮으면, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 더 낮음을 나타낼 수 있으며, 이 때 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다.
일부 예들에서, 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의, 약 하위 99번째 백분위수 (약 99% 이하의 확산도 수준), 약 하위 95번째 백분위수 (약 95% 이하의 확산도 수준), 약 하위 90번째 백분위수 (약 90% 이하의 확산도 수준), 약 하위 85번째 백분위수 (약 85% 이하의 확산도 수준), 약 하위 80번째 백분위수 (약 80% 이하의 확산도 수준), 약 하위 75번째 백분위수 (약 75% 이하의 확산도 수준), 약 하위 70번째 백분위수 (약 이하의 70% 확산도 수준), 약 하위 65번째 백분위수 (약 이하의 65% 확산도 수준), 약 하위 60번째 백분위수 (약 60% 이하의 확산도 수준), 약 하위 55번째 백분위수 (약 55% 이하의 확산도 수준), 또는 약 하위 50번째 백분위수 (약 50% 이하의 확산도 수준)에 존재하면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 더 낮은 개체로 식별된다.
일부 예들에서, 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 그 중에서도, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 약 하위 50번째 내지 약 하위 99번째 백분위수, 약 하위 50번째 내지 약 하위 95번째 백분위수, 약 하위 50번째 내지 약 하위 90번째 백분위수, 약 하위 50번째 내지 약 하위 85번째 백분위수, 약 하위 50번째 내지 약 하위 80번째 백분위수, 약 하위 50번째 내지 약 하위 75번째 백분위수, 약 하위 50번째 내지 약 하위 60번째 백분위수, 약 하위 60번째 내지 약 하위 99번째 백분위수, 약 하위 60번째 내지 약 하위 95번째 백분위수, 약 하위 60번째 내지 약 하위 90번째 백분위수, 약 하위 60번째 내지 약 하위 85번째 백분위수, 약 하위 60번째 내지 약 하위 80번째 백분위수, 약 하위 60번째 내지 약 하위 75번째 백분위수, 약 하위 75번째 내지 약 하위 99번째 백분위수, 약 하위 75번째 내지 약 하위 95번째 백분위수, 약 하위 75번째 내지 약 하위 90번째 백분위수, 약 하위 75번째 내지 약 하위 85번째 백분위수, 또는 약 하위 75번째 내지 약 하위 80번째 백분위수에 존재하면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 더 낮은 개체로 식별된다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 낮은 면역-점수 발현 수준은 해당 분야에 공지된 표준 방법, 가령 본 명세서에 기재된 방법으로 검출한 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준과 비교하여 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 또는 그 이상 감소되는 것을 지칭한다. 특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 낮은 면역-점수 발현 수준은 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 감소를 지칭하며, 이 때 감소는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준의 적어도 약 1.5x, 1.75x, 2x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 25x, 50x, 75x, 또는 100x이다. 일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 낮은 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 김소가 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준에 비해 약 1.5-배, 약 1.75-배, 약 2-배, 약 2.25-배, 약 2.5-배, 약 2.75-배, 약 3.0-배, 또는 약 3.25-배 더 큰 것을 지칭한다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 낮은 면역-점수 발현 수준은, 본 명세서에 기재된 방법들과 같은 해당 분야에 공지된 표준 방법들로 검출시, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 면역-점수 발현 수준에 비해, 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 또는 그 이상 전체 감소하는 것을 지칭한다. 특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 낮은 면역-점수 발현 수준은 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 감소를 지칭하며, 이 때 감소는 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 면역-점수 발현 수준에 비해 적어도 약 1.5x, 1.75x, 2x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 25x, 50x, 75x, 또는 100x이다. 일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준 보다 높은 면역-점수 발현 수준은, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 전체 감소가 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 면역-점수 발현 수준에 비해 약 1.5-배, 약 1.75-배, 약 2-배, 약 2.25-배, 약 2.5-배, 약 2.75-배, 약 3.0-배, 또는 약 3.25-배 더 큼을 지칭한다.
(i)
CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 참조 면역-점수 발현 수준
본 명세서에 기재된 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 면역-점수 발현 수준에 기초할 수 있다. 일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 2 이상 (예를 들어, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 또는 5 이상)의 서브세트들을 포함하는 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 참조 집단은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체들의 적어도 하나의 서브세트를 포함한다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이고, 이 때 참조 집단은 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 PD-L1 축 결합 길항제 단일요법 또는 조합 요법의 일부로서) PD-L1 축 결합 길항제의 하나 이상의 용량 (예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10회 이상의 용량)을 투여받은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체들의 적어도 하나의 서브세트를 포함한다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이고, 이 때 참조 집단은 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료를 받은암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체들의 적어도 하나의 서브세트를 포함하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법은 단일요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)를 포함하는 PD-L1 축 결합 길항제 단일요법)이다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이고, 이 때 참조 집단은 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료를 받은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체들의 적어도 하나의 서브세트를 포함하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법은 조합 요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 및 추가 치료제 (예를 들어, 항-암 요법 (예를 들어, 세포독성제, 성장억제제, 방사선 요법, 항-혈관형성제, 또는 이들의 조합))를 포함하는 조합 요법)이다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 참조 집단은 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료를 받은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체들의 적어도 하나의 서브세트를 포함하고, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않으며 항-암 요법 (예를 들어, 세포독성제, 성장억제제, 방사선 요법, 항-혈관형성제, 또는 이들의 조합)))을 포함한다.
예를 들어, 일부 예들에서, 참조 집단은 PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 치료를 받은 개체들의 제 1 서브세트 및 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료를 받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함하고, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는다.
일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 (예를 들어, ORR, PFS, 또는 OS)과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이에 기반하여 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다. 예를 들어, 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 (예를 들어, ORR, PFS, 또는 OS)과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 최대 차이에 기반하여 최적으로 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 (예를 들어, ORR, PFS, 또는 OS)과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이에 기반하여 유의하게 분리하고, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다. 예를 들어, 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 (예를 들어, ORR, PFS, 또는 OS)과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 최대 차이에 기반하여 최적으로 분리하고, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 예들에서, 최적의 분리 또는 유의한 분리는 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트들에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준 분석으로부터 결정된 위험비 (HR)에 기반할 수 있으며, 이 때 HR은 1 미만, 예를 들어, 약 0.95, 약 0.9, 약 0.8, 약 0.7, 약 0.6, 약 0.5, 약 0.4, 약 0.3, 약 0.2, 약 0.1 또는 그 미만의 HR 이다. 예를 들어, 특정한 예에서, 최적의 분리 또는 유의한 분리는 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트들에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준 분석으로부터 결정된 위험비 (HR)에 기반할 수 있으며, 이 때 HR의 95% 신뢰 구간의 상한은 1 미만, 예를 들어, 약 0.95, 약 0.9, 약 0.8, 약 0.7, 약 0.6, 약 0.5, 약 0.4, 약 0.3, 약 0.2, 약 0.1 또는 그 미만의 HR의 95% 신뢰 구간의 상한이다.
추가적으로 또는 대안적으로, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준 일 수 있으며, 이 때 참조 집단은 암에 걸리지 않은 개체들 (예를 들어, NSCLC, UC, RCC, 또는 TNBC에 걸리지 않은 개체들) 또는 암에 걸린 그러나 치료-미경험 개체들의 적어도 하나의 서브세트를 포함한다.
(ii)
적응증
본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들은, 예를 들어, 암에 걸린 개체의, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 치료에 대한 치료 반응을 결정하기 위해 사용될 수 있다.
일부 예에서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양 일 수 있다.
특정 예들에서, 암은 폐암 일 수 있다. 예를 들어, 폐암은 국소 진행성 또는 전이성 (예를 들어, IIIB 기, IV 기 또는 재발성) NSCLC를 포함하나 이에 제한되지 않는 비-소세포 폐암 (NSCLC) 일 수 있다. 일부 예에서, 폐암 (예를 들어, NSCLC)은 절제불가능한/수술불가능한 폐암 (예를 들어, NSCLC)이다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 방법들은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 폐암 (예를 들어, NSCLC)에 걸린 개체를 식별하기 위해 사용될 수 있으며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 면역-점수 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
특정 예들에서, 암은 방광암 일 수 있다. 예를 들어, 방광암은 비-근 침윤성 요로상피세포 암종, 근-침윤성 요로상피세포 암종, 또는 전이성 요로상피세포 암종을 비롯한 요로상피세포 암종일 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다. 일부 예들에서, 요로상피세포 암종은 전이성 요로상피세포 암종이다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 방법들은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 방광암 (예를 들어, UC)에 걸린 개체를 식별하기 위해 사용될 수 있으며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
특정 예들에서, 암은 신장암 일 수 있다. 일부 예들에서, 신장암은 I 기 RCC, II 기 RCC, III 기 RCC, IV 기 RCC 또는 재발성 RCC를 포함하는 신장 세포 암종 (RCC) 일 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 방법들은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 신장암 (예를 들어, RCC)에 걸린 개체를 식별하기 위해 사용될 수 있으며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
특정 예들에서, 암은 유방암 일 수 있다. 예를 들어, 유방암은 TNBC, 에스트로겐 수용체-양성 유방암, 에스트로겐 수용체-양성/HER2-음성 유방암, HER2-음성 유방암, HER2-양성 유방암, 에스트로겐 수용체-음성 유방암, 프로게스테론 수용체-양성 유방암, 또는 프로게스테론 수용체-음성 유방암 일 수 있다. 일부 예들에서, 유방암은 TNBC 일 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 방법들은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 유방암 (예를 들어, TNBC)에 걸린 개체를 식별하기 위해 사용될 수 있으며, 이 방법은 개체의 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플)에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 샘플의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
일부 예들에서, 암, 가령, 본 명세서에 기재된 암에 걸린 개체는 이전에 암 치료를 받은 적이 없다 (치료-미경험자). 예를 들어, 일부 예들에서, 암에 걸린 개체는 이전에 PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 제공받은 적이 없다. 예를 들어, 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 1차 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
일부 예들에서, 암에 걸린 개체는 이전에 암 치료를 받은 적이 있다. 일부 예들에서, 암에 걸린 개체는 이전에 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, 항-암 요법 (예를 들어, 세포독성제, 성장억제제, 방사선 요법, 항-혈관형성제, 또는 이들의 조합))을 포함하는 치료를 받은 적이 있다. 예를 들어, 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 2차 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별된다.
(iii)
치료 이점
PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 치료를 받는 것으로부터 이점을 얻는 개체는, 예를 들어, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 발생 또는 재발 지연 또는 방지, 증상의 완화, 암의 임의의 직접 또는 간접적인 병리학적 결과의 감소, 전이 방지, 질환 진행 속도 감소, 상기 질환 상태의 개선 또는 경감, 또는 차도 또는 개선된 예후를 경험할 수 있다. 일부 예에서, 본 명세서에 기재된 치료는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))의 발달을 지연 또는 암의 진행 속도를 저하시키기 위해 사용된다. 일부 예들에서, 이점은 전체 생존 (OS), 무 진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR), 또는 이들의 조합에서의 증가일 수 있다.
일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어,참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별되며, 이 때 이점은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하지 않는 치료에 비해, OS, PFS, CR, PR, 또는 이들의 조합의 증가이다.
일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어,참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별되며, 이 때 이점은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하지 않는 치료에 비해, OS의 증가 (예를 들어, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 55% 이상, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 96% 이상, 97% 이상, 98% 이상, 또는 99% 이상 만큼)이다.
일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 이상이면, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별되며, 이 때 이점은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하지 않는 치료에 비해, PFS의 증가 (예를 들어, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 55% 이상, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 96% 이상, 97% 이상, 98% 이상, 또는 99% 이상 만큼)이다.
B.
발현 수준의 결정
(i)
검출 방법
본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상, 가령, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개, 또는 33개 모두 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널))의 면역-점수 발현 수준은 핵산 발현 수준, 및 바람직하게는, mRNA 발현 수준에 기반할 수 있다. 본 명세서에 기재된 유전자들의 존재 및/또는 발현 수준/양은 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 복제수를 비롯한 (그러나 이에 제한되지 않음), 해당 분야에 공지된 임의의 적절한 기준에 기반하여 정성적으로 및/또는 정량적으로 결정될 수 있다.
일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 핵산 발현 수준은 중합효소 연쇄 반응 (PCR)-기반 분석법, 예를 들어, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR), 역전사효소 PCR (RT-PCR), 및 역전사효소 정량 PCR (RT-qPCR)에 의해 측정될 수 있다. 정량적 PCR 분석을 수행하기 위한 플랫폼에는 Fluidigm (예를 들어, BIOMARK™HD 시스템)이 포함된다. 다른 증폭 기반 방법에는, 예를 들어, 전사 매개 증폭 (TMA), 가닥 변위 증폭 (SDA), 핵산 서열 기반 증폭 (NASBA) 및 bDNA와 같은 신호 증폭 방법이 포함된다.
일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 핵산 발현 수준은 또한 시퀀싱-기반 기술들, 가령, 예를 들어, RNA-seq, 유전자 발현의 연속 분석 (SAGE), 고 처리량 시퀀싱 기술 (예를 들어, 대규모 병렬 시퀀싱) 및 Sequenom MassARRAY® 기술에 의해 측정될 수 있다. 핵산 발현 수준 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준)은 또한 예를 들어, NanoString nCounter, 및 고-커버리지 발현 프로파일링 (HiCEP)에 의해 측정될 수 있다. 유전자 및 유전자 산물의 상태를 평가하기 위한 또 다른 프로토콜은 예를 들어, Ausubel 외, eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Units 2 (노던 블롯), 4 (서던 블롯), 15 (면역블롯) 및 18 (PCR 분석)에서 찾을 수 있다.
본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 핵산 수준을 검출하기 위한 다른 방법들에는 마이크로어레이 기술들에 의해 조직 또는 세포 샘플에서 mRNA, 가령, 표적 mRNA들을 검사 또는 검출하는 프로토콜들이 포함된다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 테스트 및 대조 조직 샘플로부터 테스트 및 대조 mRNA 샘플을 역전사하고 표지하여 cDNA 프로브를 생성한다. 그런 다음 프로브는 고체 지지체에 고정된 핵산 어레이에 혼성화된다. 이러한 어레이는 어레이의 각 구성원의 서열과 위치가 알려지도록 구성된다. 표지된 프로브와 특정 어레이 구성원의 혼성화는 프로브를 파생시킨 샘플이 해당 유전자를 발현함을 나타낸다.
프라이머 및 프로브는, 검출가능한 마커, 가령, 예를 들어, 방사성 동위원소, 형광 화합물, 생물발광 화합물, 화학발광 화합물, 금속 킬레이터 또는 효소로 표지될 수 있다. 이러한 프로브 및 프라이머는 샘플에서 발현된 유전자들, 가령, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 존재를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 해당 분야의 숙련된 기술자에 의해 이해되는 바와 같이, 본 발명에 제공된 서열 (또는 게놈 DNA의 경우, 이들의 인접 서열들)에 기초하여 많은 상이한 프라이머 및 프로브가 제조되고, 본 명세서에 기재된 유전자들의 존재 및/또는 발현 수준을 증폭, 클로닝 및/또는 결정함에 효과적으로 사용될 수 있다.
본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 핵산 발현 수준을 검출하기 위한 다른 방법들에는 전기 영동, 노던 및 서던 블롯 분석, 인시튜 혼성화 (예를 들어, 단일 또는 다중 핵산 인시튜 혼성화), RNAse 보호 분석 및 마이크로어레이 (예를 들어, Illumina BEADARRAY™기술, 유전자 발현 검출을 위한 비즈 어레이 (BADGE))가 포함된다.
일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq, PCR, RT-qPCR, qPCR, 다중 qPCR, 다중 RT-qPCR, NANOSTRING® nCOUNTER® 유전자 발현 분석, 마이크로어레이 분석, 유전자 발현의 연속 분석 (SAGE), 노던 블롯 분석, MassARRAY, ISH 및 전체 게놈 시퀀싱 또는 이들의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 방법에 의해 분석될 수 있다.
또 다른 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 다중 qPCR, 다중 RT-qPCR, 마이크로 어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침강법, 면역조직화학법, 면역형광법, 방사면역분석법, 도트 블롯팅, 면역검출법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 질량 분석법, HPLC 및 ISH 또는 이들의 조합으로 구성된 그룹에서 선택된 방법을 사용하여 샘플에서 검출될 수 있다.
일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용하여 검출된다. 예를 들어, 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 3개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 4개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 5개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 6개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 7개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 8개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 9개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 10개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 11개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 12개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 13개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 14개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 15개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 16개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 17개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중 18개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 19개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 20개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 21개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 22개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 23개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 24개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 25개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 26개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 27개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 28개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 29개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 30개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 31개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 32개의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 33개 모두의 면역-점수 발현 수준은 RT-qPCR을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다.
일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용하여 검출된다. 예를 들어, 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 3개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 4개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 5개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 6개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 7개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 8개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 9개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 10개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 11개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 12개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 13개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 14개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 15개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 16개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 17개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 18개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 19개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 20개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 21개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 22개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 23개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 24개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 25개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 26개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 27개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 28개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 29개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 30개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 31개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 32개의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다. 일부 예들에서, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 33개 모두의 면역-점수 발현 수준은 RNA-seq을 사용한 mRNA 발현 수준(들)에 기반하여 검출된다.
(ii)
RT-qPCR
일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상(가령, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널))의 핵산 발현 수준은 역전사 정량적 중합효소 연쇄 반응 (RT-qPCR)을 사용하여 검출될 수 있다. RT-qPCR 기술은 증폭될 핵산이 먼저 cDNA로 역전사되는 RNA이고 PCR 생성물의 양이 각 PCR 반응 단계에서 측정되는 PCR의 한 형태이다. RNA는 PCR의 템플릿 역할을 할 수 없기 때문에 PCR에 의한 유전자 발현 프로파일링의 첫 번째 단계는 RNA 템플릿을 cDNA로 역전사한 다음 PCR 반응에서 증폭하는 것이다. 예를 들어, 역전사효소는 아빌로 (avilo) 골수모세포증 바이러스 역전사효소 (AMY-RT) 또는 몰로니(Moloney) 뮤린 백혈병 바이러스 역전사효소 (MMLV-RT)를 포함 할 수 있다. 역전사 단계는 일반적으로 상황과 발현 프로파일링의 목표에 따라 특정 프라이머, 무작위 6량체 또는 올리고-dT 프라이머를 사용하여 프라이밍된다. 예를 들어, 추출된 RNA는 제조업체의 지침에 따라 GENEAMP™RNA PCR 키트 (Perkin Elmer, CA, USA)를 사용하여 역전사 될 수 있다. 유도된 cDNA는 이후 후속 PCR 반응에서 템플릿으로 사용될 수 있다.
PCR 기술의 변형은 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR)로, 이중 표지된 형광성 프로브 (즉, TAQMAN® 프로브)를 통해 PCR 산물 축적을 측정한다. 정량적 실시간 중합효소 연쇄 반응 기술은 PCR 생성물의 양이 PCR 반응의 각 단계에서 측정되는 PCR의 한 형태를 지칭한다. 이 기술은 Cronin 외, Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) 및 Ma 외, Cancer Cell 5:607-616 (2004)을 비롯한 다양한 간행물들에 기재되어 있다. 실시간 PCR은 각 표적 서열에 대한 내부 경쟁자가 정규화에 사용되는 정량적 경쟁 PCR 및/또는 샘플 내에 포함 된 정규화 유전자 또는 PCR 용 하우스 키핑 유전자를 사용하는 정량적 비교 PCR 모두와 양립가능하다. 자세한 내용은 Held 외, Genome Research 6:986-994 (1996)을 참조하라.
mRNA 단리, 정제, 프라이머 확장 및 증폭을 포함하여 고정된 파라핀-포매 조직을 RNA 소스로 사용하여 유전자 발현을 프로파일링하는 대표적인 프로토콜의 단계들은 간행된 다양한 저널 논문들 (예를 들어: Godfrey 외, Malec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht 외, Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001))에 제공되어 있다. 요약하면, 대표적인 과정은 파라핀-포매된 종양 조직 샘플의 절편 (예를 들어, 10 마이크로그램 절편)을 절단하는 것으로 시작된다. 다음으로 RNA가 추출되고 단백질과 DNA가 제거된다. RNA 농도 분석 후, 필요한 경우 RNA 복구 및/또는 증폭 단계가 포함될 수 있으며, RNA는 유전자 특이적 프로모터와 후속 PCR을 사용하여 역전사된다.
증폭 기반 방법 (예를 들어, RT-qPCR)에 의해 결정된 핵산 발현 수준은 사이클 임계값 (Ct)으로 표현 될 수 있다. 이 값으로부터 각 유전자에 대한 정규화된 발현 수준은 예를 들어 다음과 같은 델타 Ct (dCt) 방법을 사용하여 결정될 수 있다: Ct(대조/참조 유전자) - Ct(관심 유전자/표적 유전자) = dCt (관심 유전자/표적 유전자). 당업자는 수득된 dCt 값이 음의 dCt 값 또는 양의 dCt 값일 수 있음을 이해할 것이다. 본 명세서에 정의된 바와 같이, 더 높은 dCt 값은 대조군 유전자에 비해 관심 유전자의 발현 수준이 더 높음을 나타낸다. 역으로, 더 낮은 dCt 값은 대조군 유전자에 비해 관심 유전자의 발현 수준이 더 낮음을 나타낸다. 복수의 유전자의 발현 수준이 결정된 경우, 예를 들어, dCt 값으로 표현된 각 유전자에 대한 발현 수준을 사용하여 복수의 유전자들에 대한 집계 또는 복합 발현 수준을 나타내는 하나의 값 (예를 들어, 면역-점수 발현 수준)을 결정할 수 있다. 면역-점수 발현 수준은 각 표적 유전자/관심 유전자에 대해 결정된 dCt 값의 평균 또는 중앙값 일 수 있다. 그러므로, 일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대해 결정된 dCt 값의 평균 또는 중앙값 일 수 있다. 본 명세서에서 정의된 바와 같이, 더 높은 평균 dCt 또는 중앙 dCt 값은 대조 유전자 (또는 복수의 대조 유전자들)에 비해 복수의 표적 유전자들의 집계된 발현 수준이 더 높음을 나타낸다. 더 낮은 평균 dCt 또는 중앙 dCt 값은 대조 유전자 (또는 복수의 대조 유전자들)에 비해 복수의 표적 유전자들의 집계된 발현 수준이 더 낮음을 나타낸다. 본 명세서에 기재된 바와 같이, 면역 점수 발현 수준은 차례로 본 명세서에 추가로 정의된 참조 면역 점수 발현 수준과 비교 될 수 있다.
일부 구체예에서, 본 명세서에 기재된 핵산 발현 수준은 다음 단계를 포함하는 방법을 사용하여 결정될 수 있다:
(a) 개체로부터 샘플을 수득 또는 제공하는 단계, 이 때 샘플은 종양 조직 샘플 (예를 들어, 파라핀-포매된, 포르말린-고정 NSCLC, UC, RCC, 또는 TNBC 종양 조직 샘플)을 포함하고;
(b) 샘플로부터 mRNA를 단리하는 단계;
(c) (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대하여) mRNA의 cDNA로의 역전사를 수행하는 단계;
(d) (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) cDNA를 PCR을 사용하여 증폭시키는 단계; 및
(e) 핵산 발현 수준 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) 핵산 발현 수준을 정량하는 단계.
하나 이상의 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)은 사용되는 프라이머 또는 프로브에 따라 하나의 분석법에서 검출될 수 있다. 또한, 분석은 하나 이상의 튜브 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개 또는 그 이상의 튜브)에 걸쳐 수행될 수 있다.
일부 예들에서, 상기 방법은 (f) 샘플에서 유전자(들) (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 핵산 발현 수준을 하나 이상의 참조 유전자 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 그 이상의 참조 유전자들, 예를 들어, 하우스키핑 유전자 (예를 들어, TMEM55B))의 발현 수준에 대해 정규화하는 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, RT-qPCR은 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 면역-점수 발현 수준을 분석하여 분석된 유전자들에 대한 정규화된, 평균 dCT 값을 반영하는 면역-점수 발현 수준을 생성하기 위해 사용될 수 있다.
(iii)
RNA-seq
일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 유전자들 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 중 하나 이상(가령, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널))의 핵산 발현 수준은 RNA-seq을 사용하여 검출될 수 있다. “전장 전사체 샷건 시퀀싱 (WTSS)”이라고도 하는 “RNA-seq”는 cDNA를 서열화 및 / 또는 정량화하여 샘플의 RNA 함량에 대한 정보를 얻기 위해 고 처리량 시퀀싱 기술을 사용하는 것을 지칭한다. RNA-Seq를 설명하는 문헌들에는 다음이 포함된다: Wang 외 “RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics”Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (2009년 1월); Ryan 외 BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008); 및 Maher 외 “Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer”. Nature 458 (7234): 97-101 (2009년 1월).
(iv)
샘플
본 명세서에 기재된 샘플들은, 예를 들어, 암에 걸린 것으로 의심되거나, 암에 걸린 것으로 진단되어 치료를 필요로 할 수 있는 개체로부터, 또는 암에 걸리지 않은 또는 암에 걸리지 않았으나 암의 가족력이 있는 건강한 개체로부터 채취될 수 있다. 유전자 발현의 평가를 위해, 샘플들, 가령, 세포를 내포하는 샘플, 또는 이들 세포에 의해 생성된 단백질 또는 핵산이 본 발명의 방법에 사용될 수 있다. 유전자의 발현 수준은 샘플 (예를 들어, 조직 샘플, 예를 들어, 생검과 같은 종양 조직 샘플)에서 마커의 양 (예를 들어, 절대량 또는 농도)을 평가함으로써 결정될 수 있다. 또한, 유전자 수준은 검출 가능한 수준의 유전자를 포함하는 체액 또는 배설물에서 평가될 수 있다. 본 발명에서 샘플로 유용한 체액 또는 분비물은 예를 들어, 혈액, 소변, 타액, 대변, 흉막액, 림프액, 객담, 복수, 전립선 체액, 뇌척수액 (CSF) 또는 기타 신체 분비물 또는 이의 파생물을 포함한다. “혈액”이라는 단어는 전혈, 혈장, 혈청 또는 혈액의 파생물을 포함하고자 한다. 침습적 샘플링 방법이 부적절하거나 불편한 상황에서는 이러한 체액 또는 배설물의 유전자 평가가 종종 바람직할 수 있다. 다른 구체예에서, 종양 조직 샘플이 바람직하다.
샘플은 냉동, 냉장, 고정 (예를 들어, 포르말린 고정), 원심분리 및/또는 포매 (예를 들어, 파라핀 포매) 등이 된 것일 수 있다. 세포 샘플은 샘플 내 마커의 양을 평가하기 전에 잘 알려진 다양한 수집 후 준비 및 저장 기술 (예컨대, 핵산 및/또는 단백질 추출, 고정, 저장, 동결, 한외여과, 농축, 증발, 원심분리 등) 처리를 거칠 수 있다. 마찬가지로, 생검은 또한 수집 후 준비 및 보관 기술, 예를 들어 포르말린 고정과 같은 고정 처리를 거칠 수 있다.
일부 구체예에서, 샘플은 임상 샘플이다. 또 다른 예에서, 샘플은 본 발명의 진단 분석 또는 진단 방법과 같은 진단 분석에 사용된다. 일부 예들에서, 샘플은 원발성 또는 전이성 종양에서 수득된다. 조직 생검은 종종 대표적인 종양 조직편을 얻기 위해 사용된다. 대안적으로, 종양 세포는 관심있는 종양 세포를 포함하는 것으로 알려져 있거나 생각되는 조직 또는 체액의 형태로 간접적으로 수득 될 수 있다. 예를 들어, 폐암 병변 샘플은 절제, 기관지내시경, 미세 바늘 흡인, 기관지 브러싱에 의해 또는 가래, 흉막액 또는 혈액에서 얻을 수 있다. 유전자 또는 유전자 산물은 암이나 종양 조직 또는 소변, 가래, 혈청 또는 혈장과 같은 기타 신체 샘플에서 검출 될 수 있다. 암 샘플에서 표적 유전자 또는 유전자 산물을 검출하는 상기 논의한 동일한 기술을 다른 신체 샘플에 적용 할 수 있다. 암 세포는 암 병변에서 벗겨져 이러한 신체 샘플에서 발견될 수 있다. 이러한 신체 샘플을 스크리닝하여 이러한 암에 대한 간단한 조기 진단을 얻을 수 있다. 또한 이러한 신체 샘플을 표적 유전자 또는 유전자 산물에 관하여 테스트하여 치료 진행 상황을 보다 쉽게 모니터링 할 수 있다.
일부 예에서, 개체의 샘플은 조직 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 예들에서, 샘플은 조직 샘플이다. 일부 예들에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 예들에서, 샘플은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 치료 전에 수득된다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 포르말린 고정된 파라핀 포매 (FFPE) 샘플, 아카이브 샘플, 냉장 샘플 또는 냉동 샘플이다.
일부 예들에서, 개체의 샘플은 조직 샘플이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플 (예를 들면, 생검 조직)이다. 일부 예들에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 폐 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 방광 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 신장 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 유방 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 피부 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 췌장 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 위장 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 식도 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 중피 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 갑상선 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 결장직장 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 두경부 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 골육종 조직이다. 일부 예들에서, 조직 샘플은 전립선 조직이다. 일부 예들에서 샘플은 난소 조직, HCC (간), 혈구, 림프절, 또는 골/골수이다.
일부 예들에서, 종양 조직 샘플은 악성 암성 종양 (즉, 암)으로부터 추출된다. 일부 예들에서, 암은 고형 종양, 또는 비-고형 또는 연조직 종양이다. 연조직 종양의 예로는 백혈병 (예를 들어, 만성 골수성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 성인 급성 림프모구성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 성숙한 B-세포 급성 림프모구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 전림프구성 백혈병 또는 모발 세포 백혈병) 또는 림프종 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 피부 T 세포 림프종 또는 호지킨병)이 포함된다. 고형 종양에는 혈액, 골수 또는 림프계 이외의 신체 조직의 암이 포함된다. 고형 종양은 상피 세포 기원과 비 상피 세포 기원의 종양으로 더 나눌 수 있다. 상피 세포 고형 종양의 예에는 위장관 종양, 결장, 결장 직장 (예를 들어, 기저 결장 직장 암종), 유방, 전립선, 폐, 신장, 간, 췌장, 난소 (예를 들어, 자궁내막 난소 암종), 두경부, 구강, 위, 십이지장, 소장, 대장, 항문, 담낭, 음순, 비 인두, 피부, 자궁, 남성 생식기, 비뇨 기관 (예를 들어, 요로상피 암종, 이형성 요로상피 암종, 이행 세포 암종), 방광 및 피부 종양이 포함된다. 비-상피 기원의 고형 종양에는 육종, 뇌종양 및 뼈 종양이 포함된다. 일부 예들에서, 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이다. 일부 예들에서, 암은 2 차 또는 3 차 국소 진행성 또는 전이성 비-소세포 폐암이다. 일부 예들에서, 암은 선암종이다. 일부 예들에서, 암은 편평 세포 암종이다.
(v)
RNA 추출
핵산 수준을 검출하기 전에 mRNA는 표적 샘플에서 단리 될 수 있다. 일부 예들에서, mRNA는 종양 또는 종양 세포주 또는 대안적으로 정상 조직 또는 세포주로부터 단리된 총 RNA이다. RNA는 유방, 폐, 결장, 전립선, 뇌, 간, 신장, 췌장, 위, 담낭, 비장, 흉선, 고환, 난소, 자궁 등을 비롯한 다양한 종양 조직, 상응하는 정상 조직, 또는 종양 세포주에서 단리 될 수 있다. mRNA의 출처가 원발성 종양인 경우, mRNA는 예를 들어 냉동 또는 보관된 파라핀-포매 및 고정 (예를 들어, 포르말린 고정) 조직 샘플에서 추출 될 수 있다. mRNA를 추출하는 일반적인 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며 Ausubel 외., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997)를 비롯하여 분자 생물학의 표준 교과서에 개시되어 있다. 파라핀-포매 조직으로부터 RNA를 추출하는 방법은 예를 들어, Rupp 및 Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987), 및 De Andres 외., Bio Techniques 18:42044 (1995)에 개시되어 있다. 특히 RNA 단리는 제조업체의 지침에 따라 Qiagen과 같은 상업적 제조업체의 정제 키트, 완충액 세트 및 프로테아제를 사용하여 수행 될 수 있다. 예를 들어, Qiagen RNeasy 미니 컬럼을 사용하여 배양중인 세포로부터 총 RNA를 단리 할 수 있다. 기타 시판 RNA 단리 키트들에는 MASTERPURE® Complete DNA 및 RNA 정제 키트 (EPICENTRE® Madison, Wis.), 및 파라민 블록 RNA 단리 키트 (Ambion, Inc.)가 포함된다. 조직 샘플들의 총 RNA는, 예를 들어, RNA Stat-60 (TelTest)를 사용하여 단리될 수 있다. 종양 조직 샘플들로부터 준비된 RNA는 또한 예를 들어, 염화 세슘 밀도 구배 원심분리에 의해 단리 될 수 있다.
(vi)
면역-점수 발현 수준
면역-점수 발현 수준은 본 명세서에 기재된 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (가령, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널))의 발현 수준을 반영할 수 있다. 특정 예들에서, 면역-점수 발현 수준을 결정하기 위해, 각 유전자의 검출된 발현 수준은 당업계에 공지된 표준 정규화 방법 중 하나를 사용하여 정규화된다. 당업자는 사용된 정규화 방법이 사용된 유전자 발현 방법에 따라 달라질 수 있음을 알고 있을 것이다 (예를 들어, 하나 이상의 하우스 키핑 유전자는 RT-qPCR 방법과 연관된 정규화에 사용될 수 있지만 전체 게놈 또는 실질적으로 전체 게놈은 RNA-seq 방법과 연관된 정규화 기준선으로 사용될 수 있다. 예를 들어, 분석된 각 유전자의 검출된 발현 수준은 분석된 유전자(들)의 양의 차이, 사용된 샘플 품질의 가변성 및/또는 분석 실행들 간의 가변성 모두에 대해 정규화 될 수 있다.
일부 예들에서, 정규화는 참조 유전자 (예를 들어, 하우스키핑)를 포함하는 특정한 하나 이상의 정규화 유전자(들)의 발현을 검출함으로써 달성 될 수 있다. 예를 들어, 일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 방법들을 사용하여 검출된 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) 핵산 발현 수준은 하나 이상의 참조 유전자 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 그 이상의 참조 유전자, 예를 들어, 하우스키핑 유전자 (예를 들어, TMEM55B))의 발현 수준에 대해 정규화될 수 있다. 대안적으로, 정규화는 분석된 모든 유전자의 신호 평균 또는 신호 중앙값을 기반으로 할 수 있다. 유전자별로, 대상자 종양 mRNA 또는 단백질의 정규화된 측정량은 참조 면역-점수 발현 수준에서 발견된 양과 비교될 수 있다. 분석될 특정 대상자 샘플에서 측정된 존재 및/또는 발현 수준/양은 이러한 범위 내 일부 백분위수에 속할 것이며, 이는 당업계에 잘 알려진 방법에 의해 결정될 수 있다.
일부 예들에서, 면역-점수 발현 수준을 결정하기 위해, 각 분석 유전자의 검출된 발현 수준은 정규화되지 않는다.
면역-점수 발현 수준은 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상에 대한) 본 명세서에 기재된 하나의 유전자 또는 복수의 유전자들의 집계 또는 복합 발현 수준을 반영할 수 있다. 당업계에 공지된 임의의 통계적 접근법을 사용하여 면역-점수 발현 수준을 결정할 수 있다.
예를 들어, 면역-점수 발현 수준은 분석되는 유전자들의 조합 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)에 대한 중앙값 발현 수준, 평균 발현 수준, 또는 집계된 Z-점수 발현 수준을 반영하는 수치값을 반영할 수 있다.
일부 예들에서, 면역-점수 발현 수준은 분석되는 유전자들의 조합 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)에 대한 정규화된 중앙값 발현 수준, 정규화된 평균 발현 수준, 또는 집계된 정규화 Z-점수 발현 수준을 반영하는 수치값을 반영한다.
예를 들어, 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개 이상의 조합에서 각 유전자의 발현 수준의 평균 (평균값)(예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 이상의 발현 수준의 평균)을 반영할 수 있다. 일부 예들에서, 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개 이상의 조합에서 각 유전자의 정규화된 (예를 들어, 참조 유전자, 예를 들어, 하우스키핑 유전자, 예를 들어, TMEM55B에 대해 정규화된) 발현 수준의 평균 (평균값)을 반영한다. 일부 예들에서, 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개 이상의 조합에서 각 유전자의 발현 수준의 중앙값 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 이상의 조합에서 각 유전자의 발현 수준들의 중앙값)을 반영한다. 일부 예들에서, 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개의 조합에서 각 유전자의 정규화된 (예를 들어, 참조 유전자, 예를 들어, 하우스키핑 유전자, 예를 들어, TMEM55B에 대해 정규화된) 발현 수준의 중앙값을 반영한다. 일부 예들에서, 면역-점수 발현 수준은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개 이상의 조합에서 각 유전자에 대한 Z-점수 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 이상의 조합에서 각 유전자에 대한 Z-점수)를 반영한다.
(vii)
참조 면역-점수 발현 수준
참조 면역-점수 발현 수준은 본 명세서에 기재된 임의의 참조 집단의 분석으로부터 유래한 값일 수 있다. 일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단을 서브세트들, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 요법 및 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 치료 반응에서 유의한 차이 (예를 들어, 통계적으로 유의한 차이)를 나타내는 서브세트들로 나누는 참조 면역-점수 발현 수준에 기반하여 선택된 “컷오프”값일 수 있다. 이러한 예들에서, 상대적 치료 반응은 예를 들어, 위험비 (HR) (예를 들어, 무 진행 생존 HR (PFS HR) 또는 전체 생존 HR (OS HR))로 표현되는, 무 진행 생존 (PFS) 또는 전체 생존 (OS)에 기반하여 평가될 수 있다.
특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은, 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 초과 (즉, 컷오프값 초과)의 유의한 차이에 기반하여 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 분리하는, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널) 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선된다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은, 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 초과 (즉, 컷오프값 초과)의 실질적으로 최대의 차이에 기반하여 실질적으로 최적으로 분리하는, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32개, 또는 33개 모두의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 (예컨대, 통계적으로 유의하게) 개선된다.
특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은, 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 초과 (즉, 컷오프값 초과)의 최대 차이에 기반하여 최적으로 분리하는, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 개선된다.
특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은, 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만 (즉, 컷오프값 미만)의 유의한 차이에 기반하여 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 분리하는, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 개선된다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은, 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만 (즉, 컷오프값 미만)의 실질적으로 최대 차이에 기반하여 실질적으로 최적으로 분리하는, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 개선된다.
특정 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은, 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 요법으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 동일한 참조 집단에서 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를, PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만 (즉, 컷오프값 미만)의 최대 차이에 기반하여 최적으로 분리하는, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이며, 이 때 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 PD-L1 축 결합 길항제 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 (예를 들어, 통계적으로 유의하게) 개선된다.
참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 임의의 수의 개체들 및/또는 임의의 수의 참조 샘플들 (예를 들어, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직)로부터 결정될 수 있다. 참조 샘플은 단일 샘플이거나 복수의 샘플들의 조합 일 수 있다. 참조 샘플을 기반으로 한 참조 면역-점수 발현 수준은 임의의 수의 참조 샘플 (예를 들어, 2 개 이상, 5 개 이상, 10 개 이상, 50 개 이상, 100 개 이상, 500 개 이상 또는 1000 개 이상의 참조 샘플)을 기반으로 할 수 있다. 특정 예들에서, 참조 샘플에는 다수의 개체들로부터 얻은 샘플들에서 파생된 풀링된 mRNA 샘플이 포함된다. 또한, 참조 집단 또는 이의 샘플들을 기반으로 한 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 임의의 수의 개체들 (예를 들어, 참조 집단에서 2 명 이상, 5 명 이상, 10 명 이상, 50 명 이상, 100 명 이상, 500 명 이상 또는 1000 명 이상의 개체들)을 기반으로 할 수 있다. 당업계에 공지된 임의의 통계 방법을 사용하여 참조 집단의 복수의 샘플들 또는 복수의 개체들에 기반한 측정값들로부터 참조 면역- 점수 발현 수준을 결정할 수 있다. 예를 들어, Sokal R. R. 및 Rholf, F. J. (1995) “Biometry: the principles and practice of statistics in biological research,”W.H. Freeman and Co. New York, N.Y. 문헌을 참조하라.
(i)
참조 집단
참조 면역-점수 발현 수준은 하나 이상의 참조 집단 (또는 참조 샘플)에서 본 명세서에 기재된 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상(가령, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널))의 발현 수준(들)을, 또는 사전-할당된 참조 값으로서 나타낼 수 있다.
일부 예들에서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이다.
일부 예들에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단이다. 일부 예들에서, 참조 집단은 폐암 (예를 들어, NSCLC)에 걸린 개체들의 집단이다.. 일부 예들에서, 참조 집단은 신장암 (예를 들어, RCC)에 걸린 개체들의 집단이다. 일부 예들에서, 참조 집단은 방광암 (예를 들어, UC)에 걸린 개체들의 집단이다. 일부 예들에서, 참조 집단은 유방암 (예를 들어, TNBC)에 걸린 개체들의 집단이다. 일부 예들에서, 참조 집단은 암에 걸리지 않은 개체들의 집단이다.
또한, 참조 집단은 개체들의 하나 이상의 서브세트 (예를 들어, 하나 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 또는 10개 이상의 서브세트)를 포함할 수 있다.
일부 예들에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단이고, 이 때 이러한 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 요법의 적어도 1회 용량 (예를 들어, 적어도 1회, 적어도 2회, 적어도 3회, 적어도 4회, 적어도 5회, 적어도 6회, 적어도 7회, 적어도 8회, 적어도 9회, 적어도 10회, 또는 10회 이상 용량)으로 치료받은 개체들의 서브세트를 포함한다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 요법은 단일요법이다. 다른 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 요법은 PD-L1 축 결합 길항제 이외에도, 적어도 하나의 추가 치료제 (예를 들어, 항-암 요법 (예를 들어, 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 세포독성제, 방사선요법, 또는 이들의 조합))를 포함하는 조합 치료이다.
일부 예들에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단이며, 이 때 이러한 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, 항-암 요법, (예를 들어, 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 세포독성제, 방사선요법, 또는 이들의 조합))으로 치료받은 개체들의 서브세트를 포함한다.
일부 예들에서, 참조 집단은 상이한 서브세트들의 개체들의 조합을 포함한다. 예를 들어, 일부 예들에서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단일 수 있으며, 이러한 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 요법)으로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 (ii) PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-암 요법 (예를 들어, 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 세포독성제, 방사선요법, 또는 이들의 조합))을 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, 비-PD-L1 결합 길항제 요법)으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트로 구성된다. 제 1 서브세트의 PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 요법)은 단일요법 또는 조합 요법으로 투여되었을 수 있다.
III.
치료 방법
본원의 조성물 및 방법을 사용하여, 키메라 항원 수용체 (CAR) T 세포는 환자가 말초 순환에서 나타내는 T 세포 수용체 (TCR) 프로파일에 기초하여 설계 될 수 있다. 하기 실시예에서 더욱 상세히 설명되는 바와 같이, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 자궁내막암, 결장 선암종, 신장 세포 암, 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC) 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 환자의 말초 혈액에서, 종양 조직에 특이적으로 결합하고 이에 대한 면역 반응을 일으키는 클론 확장된 T 세포의 존재가 본 명세서에서 발견되었다. 이 발견을 바탕으로 CAR T 암 요법에 포함될 수 있는 CAR의 설계에 관한 정보를 제공하는 암 환자의 순환 TCR 프로파일을 찾아볼 수 있다.
예를 들어, 본 발명의 조성물 및 방법들을 사용하여, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 환자의 혈액 샘플을 채취할 수 있으며 후속하여 샘플로부터 T 세포들을 단리할 수 있다. 그런 다음 T 세포에 의해 발현되는 하나 이상의 TCR 알파 및 베타 사슬들의 아미노산 서열 및/또는 하나 이상의 TCR 알파 및 베타 사슬들을 인코딩하는 핵산 서열을 결정할 수 있다. 이 정보를 사용하여 환자로부터 얻은 혈액 샘플에서 식별된 TCR 내에서 상응하는 CDR, 알파 사슬 및/또는 베타 사슬의 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 CDR, 알파 사슬 및/또는 베타 사슬을 포함하는 CAR을 포함하는 CAR T 세포를 설계 할 수 있다.
CAR T 세포는 T 림프구와 같은 전구 세포를 조작하여 종양 연관 항원과 같은 표적 항원에 특이적인 CAR을 발현함으로써 생산될 수 있다. 환자로부터 얻은 혈액 샘플 내에서 발현되는 TCR의 식별은 CAR의 설계 및 구성에 관한 정보를 줄 수 있다. 구조적으로 CAR은 자연적으로 발생하는 TCR의 세포질 및 막관통 도메인을 포함한다. 세포질 및 막관통 도메인은 특정 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는, scFv 단편과 같은 세포외 항체 단편에 작동가능하게 연결 될 수 있다. T 세포는 특정 종양 항원에 특이적으로 결합하는 항원 수용체를 발현시키기 위하여 본 명세서에 기재된 또는 해당 분야에 공지된 임의의 다양한 유전체 편집 기술에 의해 유전자 변형될 수 있다. 키메라 항원 수용체를 인코딩하는 유전자를 통합하도록 T-세포 유전체를 변형시키기 위한 예시적인 기술에는 CRISPER/Cas, 아연 핑거 핵산분해효소, TALEN, 및 ARCUSTM 플랫폼이 포함된다. CAR T 림프구의 유전자 조작 방법들은, 예컨대, WO 2014/127261, WO 2014/039523, WO 2014/099671, 및 WO 2012/079000에 기재되어 있으며; 이들 각 문헌의 내용은 본 출원에 참조문헌으로 포함된다.
본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들과 함께 사용될 수 있는 CAR T 세포는 세포가 내인성 T 세포 수용체를 발현하지 않도록 유전자 변형되어 있는 세포들을 포함한다. 예를 들어, CAR T 세포는, CAR T 주입을 받는 환자에서 이식편-대-숙주 반응을 방지하기 위하여, 유전체-편집 기술, 가령, 본 출원에 기재된 기술들을 사용하여, 내인성 T 세포 수용체의 발현을 억제하도록 변형될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, CAR T 세포는 하나 이상의 내인성 주조직 적합 복합체 (MHC) 단백질의 발현을 감소시키도록 유전자 변형될 수 있다. 이는 외부 MHC 단백질의 인식은 동종이식 거부반응을 촉진시키는 하나의 메커니즘을 나타내기 때문에 동종이계 T 림프구의 주입에 특히 유용한 기술이다. 당업자는 또한 활성화 될 때 T 세포 활성화를 약화시키는 면역 억제 단백질의 발현을 억제하기 위해 T 림프구를 변형시킬 수 있다. 하나 이상의 면역억제제 단백질의 발현을 감소시키도록 유전자 변형되어있는 CAR T 세포의 주입은 생체내에서 T 림프구-매개된 세포독성을 지연시키기 위해 사용될 수 있는 하나의 전략을 나타낸다.
또한 본원은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 치료하기 위한 방법, 약물, 및 이의 용도를 제공하며, 상기 방법은 개체의 샘플에서 결정된 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 발현 수준에 기반하여 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 개체에게 투여하는 단계를 포함한다.
예를 들어, 한 양상에서, 본원은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 치료하는 방법을 제공하며, 이 방법은 (a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플의 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 초과인 것으로 결정되었으며, 및 (b) 단계 (a)에서 결정된 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준에 기반하여 상기 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 투여하는 단계를 포함한다.
또 다른 양상에서, 본원은 암에 걸린 개체를 치료하는 방법을 제공하며, 이 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 개체에게 투여하는 단계를 포함하고, 이 때 치료 전, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준이 결정되었으며, 상기 샘플의 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 (예를 들어, 참조 집단에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준) 초과인 것으로 결정되었다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 1차 요법으로 투여될 수 있다. 대안적으로, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 2차 요법으로 투여될 수 있다.
A.
단일-유전자 및 다수-유전자 면역-점수
특정 예들에서, 본 명세서에 제공된 방법 및 약물들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준의 결정에 기반하여, 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 결정은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2개 이상의 조합, 가령, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 이상의 조합의 면역-점수 발현 수준에 기반한다. 일부 구체예에서, 상기 결정은 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널의 면역-점수 발현 수준에 기반한다.
B.
PD-L1 축 결합 길항제
PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제를 포함한다. PD-1 (예정사 1)은 또한 당업계에서 “세포 예정사 1,”“PDCD1,”“CD279,”및 “SLEB2”로도 지칭된다. 예시적인 인간 PD-1은 UniProtKB/Swiss-Prot 등록 번호 Q15116에 나타나있다. PD-L1 (예정사 리간드 1)은 또한 당업계에서 “세포 예정사 1 리간드 1,”“PDCD1LG1,”“CD274,”“B7-H,”및 “PDL1”로 지칭된다. 예시적인 인간 PD-L1은 UniProtKB/Swiss-Prot 등록 번호 Q9NZQ7.1에 나타나있다. PD-L2 (예정사 리간드 2)는 또한 당업계에서 “세포 예정사 1 리간드 2,”“PDCD1LG2,”“CD273,”“B7-DC,”“Btdc,”및 “PDL2”로 지칭된다. 예시적인 인간 PD-L2는 UniProtKB/Swiss-Prot 등록 번호 Q9BQ51에 나타나있다. 일부 구체예에서, PD-1, PD-L1, 및 PD-L2는 인간 PD-1, PD-L1 및 PD-L2이다. PD-1 축 결합 길항제는, 일부 예들에서, PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 또는 PD-L2 결합 길항제 일 수 있다.
(i)
PD-L1 결합 길항제
일부 예들에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제한다. 다른 예들에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제한다. 또 다른 예들에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 예들에서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1 및 B7-1 모두에 결합하는 것을 억제한다. 일부 예들에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 예들에서, 항체는 다음으로 구성된 그룹으로부터 선택된다: YW243.55.S70, MPDL3280A (아테졸리주맙), MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙).
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 단클론 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv, 및 F(ab')2 단편으로 구성된 그룹에서 선택된 항체 단편이다. 일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 인간화 항체이다. 일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다. 일부 예들에서, 본 명세서에 기재된 항-PD-L1 항체는 인간 PD-L1에 결합한다. 일부 특정 예들에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙 (CAS 등록 번호: 1422185-06-5)이다. 아테졸리주맙 (Genentech)은 MPDL3280A로도 공지되어 있다.
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (HVR-H)을 포함하고, 이 때:
(a) HVR-H1 서열은 GFTFSDSWIH (서열 번호: 41)이고;
(b) HVR-H2 서열은 AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호: 42)이고; 및
(c) HVR-H3 서열은 RHWPGGFDY (서열 번호: 43)이다.
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 HVR-L1, HVR-L2, 및 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (HVR-L)을 추가로 포함하고, 이 때:
(a) HVR-L1 서열은 RASQDVSTAVA (서열 번호: 44)이고;
(b) HVR-L2 서열은 SASFLYS (서열 번호: 45)이고; 및
(c) HVR-L3 서열은 QQYLYHPAT (서열 번호: 46)이다.
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하며, 이 때:
(a) 중쇄 가변 (VH) 영역 서열은 다음 아미노산 서열을 포함하고: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열 번호: 47); 및
(b) 경쇄 가변 (VL) 영역 서열은 다음 아미노산 서열을 포함한다: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열 번호: 48).
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하며, 이 때:
(a) 중쇄는 다음 아미노산 서열을 포함하고: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열 번호: 49); 및
(b) 경쇄는 다음 아미노산 서열을 포함한다: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열 번호: 50).
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체는 (a) (서열 번호: 47)의 서열 또는 이에 적어도 95% 서열 동일성 (예를 들어, 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성)을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인; (b) (서열 번호: 48)의 서열 또는 이에 적어도 95% 서열 동일성 (예를 들어, 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성)을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인을 포함한다. 다른 예들에서, 항-PD-L1 항체 다음으로 구성된 그룹에서 선택된다: YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 항체 YW243.55.S70은 PCT 공개 공보 제 WO 2010/077634에 기재된 항-PD-L1이다. BMS-936559로도 알려진 MDX-1105는 PCT 공개 공보 제 WO 2007/005874에 기재된 항-PD-L1 항체이다. MEDI4736 (더발루맙)은 PCT 공개 공보 제 WO 2011/066389 및 미국 공개 공보 제 2013/034559에 기재된 항-PD-L1 단클론 항체이다. 본 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체의 예 및 그의 제조 방법은 PCT 공개 공보 제 WO 2010/077634, WO 2007/005874, 및 WO 2011/066389, 그리고 또한 미국 특허 제 8,217,149, 및 미국 공개 공보 제 2013/034559에 기재되어 있으며, 이는 본 명세서에 참조로 포함된다.
(ii)
PD-1 결합 길항제
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 또는 그 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제한다. 일부 예들에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 다른 예들에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 또 다른 예들에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2 모두에 결합하는 것을 억제한다. 일부 예들에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 예들에서, 항체는 다음으로 구성된 그룹으로부터 선택된다: MDX 1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. 일부 예들에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 예를 들어, 일부 예들에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
추가 양상에서, 본 발명은 약제의 제조 또는 준비에 있어서 PD-L1 축 결합 길항제의 용도를 제공한다. 한 구체예에서, 약물은 암 치료용이다. 또 다른 구체예에서, 약물은 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC), 예를 들어, 진행성 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC), 예를 들어, 이전에 치료되지 않은 진행성 RCC 또는 mRCC)을 앓고 있는 환자에게 유효량의 약물을 투여하는 단계를 포함하는 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 것이다. 이러한 한 구체예에서, 상기 방법은 예를 들어, 아래에 기재된 바와 같은 유효량의 적어도 하나의 추가 치료제를 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그 리간드 결합 짝에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양상에서, PD-1 리간드 결합 짝은 PD-L1 및/또는 PD-L2이다. 또 다른 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 이의 결합 리간드에 결합하는 것을 억제하는 분자다. 특정 양상에서, PD-L1 리간드 결합 짝은 PD-1 및/또는 B7-1이다. 또 다른 구체예에서, PD-L2 결합 길항제는 PD-L2의 그 리간드 결합 짝에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양상에서, PD-L2 결합 리간드 짝은 PD-1이다. 길항제는 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질 또는 올리고펩티드 일 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 PD-1 결합 길항제는, 예를 들어, 하기와 같은 항-PD-1 항체 (예컨대, 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 MDX 1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108로 구성된 그룹에서 선택된다. MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558, 또는 니볼루맙으로도 공지된 MDX-1106은 WO2006/121168에 기재된 항-PD-1 항체이다. 펨브롤리주맙 또는 람브롤리주맙으로도 공지된 MK-3475는 WO 2009/114335에 기재된 항-PD-1 항체이다. 일부 구체예들에서, PD-1 결합 길항제는 (예컨대, 불변 영역 (예컨대, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 또는 PD-1 결합 부위를 포함하는 면역부착소)이다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다. B7-DCIg로도 공지된 AMP-224는, WO 2010/027827 및 WO 2011/066342에 기재된 PD-L2-Fc 융합 가용성 수용체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 MDX-1106이다. “MDX-1106”의 다른 명칭에는 MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558, 및 니볼루맙이 포함된다. 일부 구체예들에서, 항-PD- 1 항체는 니볼루맙이다 (CAS 등록 번호: 946414-94-4). 또 다른 구체예에서, 서열 번호:51의 중쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및/또는 서열 번호:52의 경쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는 분리된 항-PD-1 항체가 제공된다.
또 다른 구체예에서, 중쇄 및/또는 경쇄 서열을 포함하는 분리된 항-PD-1 항체가 제공되며, 이 때:
(a) 중쇄 서열은 다음 중쇄 서열에 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 가지며: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (서열 번호: 51), 및
(b) 경쇄 서열은 다음 경쇄 서열에 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진다: EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열 번호: 52).
(iii)
치환, 삽입, 및 결실 변이체
특정 예들에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 가지는 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 변이체는 본 발명의 방법, 조성물, 및/또는 키트에서 사용하기 위해 제공된다. 치환 돌연변이유발을 위한 관심 부위에는 HVR들 및 FRs가 포함된다. 보존적 치환들은 하기 표 5에 “바람직한 치환”이라는 제목으로 나타낸다. 더 많은 실질적인 변화가 표 5의 “예시적 치환”이라는 제목하에 제시되며, 이는 아미노산 측쇄 분류를 참조하여 이하에서 추가로 설명된다. 아미노산 치환들은 바람직한 활성, 예를 들면, 유지된/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대하여 스크리닝된 관심대상 항체 및 산물 안으로 도입될 수 있다.
표 5: 예시적인 및 바람직한 아미노산 치환
아미노산은 다음과 같이 공통적인 측쇄 성질들에 따라 분류될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 측쇄 방향에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비-보존성 치환들은 이들 분류 중 하나의 구성원의 또 다른 분류로의 교환을 수반할 것이다.
치환성 변이체의 한 가지 유형은 모 항체의 하나 또는 그 이상의 초가변적 영역 잔기의 치환 (예컨대, 인간화된 또는 인간 항체)과 연관된다. 일반적으로, 추가 연구를 위하여 선별된 생성된 변이체(들)은 부모 항체와 비교하였을 때, 특정 생물학적 성질들 (예컨대, 증가된 친화도, 감소된 면역원성)의 변형(예컨대, 개선)을 가지거나 및/또는 부모 항체의 특정 생물학적 성질들을 실질적으로 보유할 것이다. 예시적인 치환 변이체는 예를 들어 본 명세서에 기재된 것과 같은 파지 디스플레이 기반 친화도 성숙 기술을 사용하여 편리하게 생성 될 수 있는 친화도 성숙 항체이다. 간략하게 설명하자면, 하나 또는 그 이상의 HVR 잔기가 돌연변이되고, 변이체 항체는 파지 상에서 디스플레이되며, 그리고 특정 생물학적 활성 (예컨대, 결합 친화도)에 대하여 스크리닝된다.
변경 (예컨대, 치환들)은 예컨대, 항체 친화도를 개선하기 위해 HVR들에서 이루어질 수 있다. 이러한 변경은 HVR에서 “핫스팟(hotspot)”, 즉, 체세포 성숙 과정 동안 높은 빈도로 돌연변이 되는 코돈에 의해 인코드되는 잔기 (즉, Chowdhury Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)), 및/또는 항원을 접촉하는 잔기들에서 생성될 수 있고, 생성된 변이체 VH 또는 VL을 결합 친화도에 대하여 검사한다. 제 2 라이브러리를 구축하고, 재선별함에 의한 친화도 성숙은 예컨대, Hoogenboom 외. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien 외, ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001))에서 설명되어 있다. 친화도 성숙의 일부 구체예들에 있어서, 다양성은 다양한 방법들 중 임의의 방법에 의해 성숙을 위해 선택된 가변 유전자들에 도입된다(가령, 오류-발생(error-prone) PCR, 쇄 셔플링, 또는 올리고뉴클레오티드-지시된 돌연변이생성). 이어서 제 2 라이브러리가 생성된다. 이어서, 이 라이브러리를 스크리닝하여, 원하는 친화도를 갖는 임의의 항체 변이체를 식별한다. 또다양성을 도입시키는 또 다른 방법은 HVR-지시된 방법을 포함하는데, 이때 몇 개의 HVR 잔기 (가령, 한번에 4-6개 잔기)가 무작위 배정된다. 항원 결합에 관여하는 HVR 잔기는 예컨대, 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모델링을 이용하여 특이적으로 동정될 수 있다. CDR-H3 및 CDR-L3이 특히 종종 표적이 된다.
특정 예들에 있어서, 치환, 삽입, 또는 결실은 이러한 변경으로 이 항체가 항원에 결합하는 능력이 실질적으로 감소되지 않는 한, 하나 또는 그 이상의 HVR들에서 나타날 수 있다. 예를 들면, 결합 친화도를 실질적으로 감소시키지 않는 보존적 변경 (예컨대, 본 명세서에서 제공된 보존적 치환)이 HVR들에 이루어질 수 있다. 이러한 변경은 예를 들어, HVR의 항원 접촉 잔기의 외부에 있을 수 있다. 상기에서 제시된 변이체 VH 및 VL의 특정 구체예들에 있어서, 각 HVR은 변경되지 않거나, 또는 1, 2 또는 3개 이상의 아미노산 치환을 함유한다.
돌연변이유발의 표적이 될 수 있는 항체의 잔기 또는 영역을 식별하기 위한 유용한 방법은 Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085에서 설명된 바와 같이 “알라닌 스캐닝 돌연변이유발”이라고 불린다. 이 방법에서, 표적 잔기 또는 표적 잔기들의 그룹 (예컨대, 하전된 잔기, 가령 Arg, Asp, His, Lys, 및 Glu)이 식별되고, 중성 또는 음으로 하전된 아미노산 (예컨대, 알라닌 또는 폴리알라닌)으로 대체되어, 항원과 항체의 상호작용이 영향을 받았는지를 판단한다. 초기 치환에 대한 기능적 민감성을 나타내는 아미노산 위치에 추가 치환이 도입될 수 있다. 대안으로, 또는 추가로, 항원-항체 복합체의 결정 구조를 이용하여 항체와 항원 간의 접촉점을 동정한다. 이러한 접촉 잔기와 이웃 잔기는 치환의 후보로서 표적되거나, 또는 제거될 수 있다. 변이체들이 원하는 성질을 보유하는지를 판단하기 위하여 이러한 변이체들을 스크리닝할 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 한 개 잔기에서 수백 또는 그 이상의 잔기가 함유된 폴리펩티드 범위, 뿐만 아니라 단일 또는 다수의 아미노산 잔기의 서열내 삽입이 포함된 아미노- 및/또는 카르복실-말단 융합을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 상기 항체 분자의 다른 삽입 변이체들은 효소에 항체의 N- 또는 C-말단을 융합 (예컨대, ADEPT의 경우) 또는 상기 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 폴리펩티드에 항체의 N- 또는 C-말단을 융합하는 것을 포함한다.
(iv)
당화 변이체
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 변이체는 이중특이적 항체가 당화되는 정도를 증가 또는 감소시키도록 변형되어 있다. 항-PD-L1 항체 *예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))의 당화 부위의 추가 또는 결실은 하나 또는 그 이상의 당화 부위가 만들어지거나 또는 제거되도록 아미노산 서열을 변경시킴으로써 편의적으로 수행될 수 있다.
이중특이적 항체가 Fc 영역을 포함할 때, 이것에 부착된 탄수화물은 변경될 수 있다. 포유류 세포들에 의해 만들어지는 고유 항체는 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 N-연결부에 의해 일반적으로 부착된 분지화된, 이촉각성(biantennary) 올리고당을 전형적으로 포함한다. 예컨대, Wright 외 TIBTECH 15:26-32 (1997) 참조. 상기 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예로써, 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토스, 및 시알산, 뿐만 아니라 상기 바이안테너리 올리고사카라이드 구조의 “줄기(stem)”에 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 일부 구체예들에 있어서, 본 발명의 항체의 올리고사카라이드의 변형은 특정 개선된 성질들을 가진 항체 변이체들을 만들기 위하여 만들어질 수 있다.
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 변이체는 Fc 영역에 부착된(직접 또는 간접적으로) 푸코스가 없는 탄수화물 구조를 가진다. 예를 들면, 이러한 항체에서 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%가 될 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들면, WO 2008/077546에서 설명된 바와 같이 MALDI-TOF 질량 분광분석에 의해 측정하여, Asn 297에 부착된 모든 당구조 (예컨대, 복합체, 하이브리드 및 높은 만노스 구조)의 합에 대한, Asn297에서 당 사슬 내부의 평균 푸코스 양을 계산함으로써 결정된다. Asn297은 Fc 영역에서 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 EU 넘버링)에 위치한 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; Asn297은 항체에서 소수의 서열 변이로 인하여 위치 297의 상류 또는 하류의 약 ± 3의 아미노산, 가령, 위치 294와 300 사이에 또한 위치할 수 있다. 이러한 푸코실화는 개선된 ADCC 기능을 보유할 수 있다. 가령, 미국 공개 공보 제 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd) 참조. “데푸코실화된(defucosylated)”또는 “푸코스-결핍(fucose-deficient)”항체 변이체에 연관된 간행물의 예에는 다음이 포함된다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO 2005/053742; WO 2002/031140; Okazaki 외 J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki 외 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). 탈푸코실화된 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예로는 단백질 푸코실화 결핍 Lec13 CHO 세포들 (Ripka 외. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); US 특허 출원 번호 2003/0157108 A1, Presta, L; 그리고 WO 2004/056312 A1, Adams 외., 특히 실시예 11), 그리고 녹아웃 세포주, 이를 테면 알파-1,6-퓨코실전이효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포들 (예로써, Yamane-Ohnuki 외. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. 외., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 그리고 WO 2003/085107 참조)을 포함한다.
상기 내용을 고려할 때, 일부 경우에, 본 발명의 방법은 비당화 부위 돌연변이를 포함하는 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 변이체를 분획화된 용량-증량 투약 요법과 연관하여 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 예들에서, 비당화 부위 돌연변이는 이중특이적 항체의 효과기 기능을 감소시킨다. 일부 예들에서, 비당화 부위 돌연변이는 치환 돌연변이이다. 일부 예들에서, 이중특이적 항체는 효과기 기능을 감소시키는, Fc 영역의 치환 돌연변이를 포함한다. 일부 예들에서, 치환 돌연변이는 아미노산 잔기 N297, L234, L235, 및/또는 D265 (EU 넘버링)에 존재한다. 일부 예들에서, 치환 돌연변이는 N297G, N297A, L234A, L235A, D265A, 및 P329G로 구성된 그룹에서 선택된다. 일부 예들에서, 치환 돌연변이는 아미노산 잔기 N297에 존재한다. 바람직한 구체예에서, 치환 돌연변이는 N297A이다.
다른 예들에서, 예를 들어, 항체의 Fc 영역의에 부착되는 이촉각성 올리고사카라이드가 GlcNAc에 의해 양분되어 있는, 양분된 올리고사카라이드를 가진 이중특이적 항체 변이체가 본 발명의 방법에 따라 사용된다. 이러한 항체 변이체는 푸코실화 감소 및/또는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 이러한 변이체들의 예들은 예로써, WO 2003/011878 (Jean-Mairet 외.); 미국 특허 제 6,602,684 (Umana 외.); 그리고 미국 2005/0123546 (Umana 외.)에서 설명된다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드에서 최소한 한 개의 갈락토스 잔기를 가진 항체 변이체들이 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체들은 개선된 CDC 기능을 보유할 수 있다. 이러한 항체 변이체들은 예로써, WO 1997/30087 (Patel 외.); WO 1998/58964 (Raju, S.); 그리고 WO 1999/22764 (Raju, S.)에서 설명된다.
(v)
Fc 영역 변이체
일부 예들에서, 이중특이적 항체의 Fc 영역에 하나 이상의 아미노산 변형들이 도입되어 있는 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 변이체 (즉, Fc 영역 변이체 (예를 들어, US 2012/0251531 참조))가 본 발명의 방법에 따라 암 (예를 들어, 전립선암, 예를 들어, CRPC, 예를 들어, mCRPC 또는 국소적으로 제한된, 수술불가능한 CRPC)에 걸린 대상체들에게 투여될 수 있다. 상기 Fc 영역 변이체는 하나 또는 그 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형(예컨대, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예컨대, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)를 포함할 수 있다.
일부 예들에서, 이중특이적 Fc 영역 항체 변이체는 모든 효과기 기능이 아닌 일부를 보유하며, 이는 생체내에서 항체의 반감기가 중요하지만 또한 특정 효과기 기능 (가령, 보체 및 ADCC)이 불필요하거나 유해한 응용분야에 있어서 바람직한 후보가 되게 한다. 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 분석을 실행하여 CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확인할 수 있다. 예를 들면, Fc 수용체 (FcR) 결합 분석을 수행하여 상기 항체가 FcgR 결합은 없으나 (그리하여 ADCC 활성이 없을 수 있음), FcRn 결합 능력은 유지함을 확인할 수 있다. ADCC를 조정하는 주요 세포, NK 세포들은 오직 Fc(RIII만을 발현시키지만, 단핵구는 Fc(RI, Fc(RII 및 Fc(RIII를 발현시킨다. 조혈 세포들에서 FcR 발현은 Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)의 464 페이지의 표 3에 요약되어 있다. 관심 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 분석의 비제한적 실시예는 미국 특허 제 5,500,362 (예컨대, Hellstrom, I. 외, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986) 참조) 및 Hellstrom, I 외, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985); 5,821,337 (Bruggemann, M. 외, J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987) 참조)에 설명되어 있다. 대안으로, 비-방사능활성 분석 방법들이 이용될 수 있다 (예를 들면, 유동 세포측정을 위한 ACTI™비-방사능활성 세포독성 분석 (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA); 그리고 CYTOTOX96® 비-방사능활성 세포독성 분석 (Promega, Madison, WI) 참조). 이러한 분석에 유용한 효과기 세포들은 말초 혈액 단핵 세포들 (PBMC) 및 자연 살해 (NK) 세포들을 포함한다. 대안으로, 또는 추가적으로, 관심 분자의 ADCC 활성은, 예컨대, Clynes 외. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)에서 공개된 바와 같은 동물 모델에서 생체내에서 평가될 수 있다. 상기 항체가 C1q에 결합할 수 없고, 이로 인하여 CDC 활성이 결여된다는 것을 확인하기 위하여 C1q 결합 분석이 또한 실행될 수 있다. 예로써, WO 2006/029879와 WO 2005/100402에서 C1q 및 C3c 결합 ELISA 참조. 보체 활성화를 평가하기 위하여, CDC 분석이 실행될 수 있다 (예를 들면, Gazzano-Santoro 외. J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. 외. Blood. 101:1045-1052 (2003); 그리고 Cragg, M.S. 및 M.J. Glennie Blood. 103:2738-2743 (2004) 참조). 또한 FcRn 결합과 생체내 제거/반감기 결정은 해당 분야에 공지된 방법들을 이용하여 또한 실시될 수 있다 (예컨대, Petkova, S.B. 외. Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006) 참조).
감소된 효과기 기능를 가진 항체들은 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중 하나 또는 그 이상의 치환을 가진 것들을 포함한다 (미국 특허 제 6,737,056 및 8,219,149). 이러한 Fc 돌연변이체들은 잔기 265 및 297의 잔기가 알라닌으로 치환된 소위 “DANA”Fc 돌연변이체를 비롯하여, 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 2개 또는 그 이상에서 치환을 가진 Fc 돌연변이체들을 포함한다 (US 특허 제 7,332,581 및 8,219,149 참조).
특정 예들에서, 항체에서 야생형 인간 Fc 영역의 위치 329의 프롤린은 글리신 또는 아르기닌 또는 Fc의 프롤린 329와 FcgRIII의 트립토판 잔기 Trp 87 및 Trp 110 사이에서 형성되는 Fc/Fcγ수용체 경계면 내부의 프롤린 샌드위치를 파괴하기에 충분히 큰 아미노산 잔기로 치환된다 (Sondermann 외 Nature. 406, 267-273 (2000)). 특정 구체예에서, 이중특이적 항체는 적어도 하나의 추가 아미노산 치환을 포함한다. 한 구체예에서, 추가 아미노산 치환은 S228P, E233P, L234A, L235A, L235E, N297A, N297D, 또는 P331S이고, 그리고 또한 또 다른 구체예에서 적어도 하나의 추가 아미노산 치환은 인간 IgG1 Fc 영역의 L234A 및 L235A 또는 S228P 및 인간 IgG4 Fc 영역의 L235E이고 (예를 들어, US 2012/0251531 참조), 그리고 또한 또 다른 구체예에서 적어도 하나의 추가 아미노산 치환은 인간 IgG1 Fc 영역의 L234A 및 L235A 및 P329G이다.
FcRs에 대한 결합이 개선된 또는 감소된 특정 항체 변이체들이 기재되어 있다. (가령, 미국 특허 제 6,737,056; WO 2004/056312, 및 Shields 외, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001). 참조)
특정 예들에서, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 ADCC를 개선시키는 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환들, 예로써, Fc 영역의 위치 298, 333, 및/또는 334 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 가진 Fc 영역을 포함한다.
일부 예들에 있어서, Fc 영역 안에 예로써, 미국 특허 제 6,194,551, WO 99/51642, 및 Idusogie 외, J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)에서 설명된 바와 같이, 변경된 (가령, 개선된 또는 감소된) C1q 결합 및/또는 보체 의존적 세포독성 (CDC)을 초래하는 변형이 만들어진다.
태아로 모계 IgGs의 전달을 담당하는, 반감기가 증가되고 신생아의 Fc 수용체 (FcRn)에 대한 결합이 개선된 항체들 (Guyer 외, J. Immunol. 117:587 (1976) 그리고 Kim 외, J. Immunol. 24:249 (1994))은 US2005/0014934A1 (Hinton 외)에 기재되어 있다. 이들 항체는 FcRn에 대한 Fc 영역의 결합을 개선시키는 하나 또는 그 이상의 치환들을 가진 Fc 영역을 내부에 포함한다. 이러한 Fc 변이체들은 Fc 영역 잔기의 하나 또는 그 이상에서 치환을 가진 것들을 포함한다: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434, 예로써, Fc 영역 잔기 434의 치환 (미국 특허 제 7,371,826).
Fc 영역 변이체들의 다른 예들에 연관된 Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988); 미국 특허 제 5,648,260; 미국 특허 제 5,624,821; 그리고 WO 94/29351 참조.
(vi)
시스테인 조작된 항체 변이체
특정 구체예들에 있어서, 항체의 하나 또는 그 이상의 잔기가 시스테인 잔기로 치환된, 시스테인 조작된 항-PD-L1 항체, 가령, “thioMAbs”를 만드는 것이 바람직할 수 있다. 특정 구체예에서, 상기 치환된 잔기는 항체의 접근가능한 부위에서 나타난다. 이들 잔기를 시스테인으로 치환함으로써, 반응성 티올기는 이러한 항체의 접근가능한 부위에 위치하게 되고, 다른 모이어티, 가령, 하기에서 설명되는 약물 모이어티 또는 연결기-약물 모이어티에 이 항체가 접합되어 면역접합체가 생성될 수 있다. 특정 구체예들에 있어서, 다음과 같은 임의의 하나 또는 그 이상의 잔기는 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205 (Kabat 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 그리고 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 조작된 항체는 예를 들면, 미국 특허 제 7,521,541에서 설명된 것과 같이 생성될 수 있다.
(vii)
기타 항체 유도체
일부 예들에서, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 해당 분야에 공지되어 있고 용이하게 입수할 수 있는 또 다른 비-단백질성 모이어티를 함유하도록 변형되어, 본 명세서에 기재된 방법에 따라 대상체에 투여될 수 있다. 상기 항체의 유도체화에 적합한 모이어티들은 수용성 중합체들을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 수용성 중합체들의 비-제한적 예들에는, 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 에틸렌 글리콜/프로필렌 글리콜의 공중합체, 카르복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1, 3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트라이옥세인, 에틸렌/말레산 무수물 공중합체, 폴리아미노산 (동종중합체 또는 무작위 공중합체), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐 피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 동종중합체, 폴리프로필렌 옥사이드/에틸렌 옥사이드 공중합체, 폴리옥시에틸화 폴리올 (예를 들어, 글리세롤), 폴리비닐 알콜, 및 이의 혼합물이 포함되나 이에 제한되는 것은 아니다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데히드는 물에서의 안정성으로 인하여 제조에 있어 장점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량일 수 있고, 분지형 또는 비-분지형일 수 있다. 상기 항체에 부착된 폴리머의 수는 가변적일 수 있으며, 하나 이상의 폴리머가 부착된 경우, 이들은 동일하거나 또는 상이한 분자들일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 이용된 중합체의 수 및/또는 유형은 개선되는 항체의 특정 성질들 또는 기능들, 상기 항체 유도체가 특정 조건하에서 치료에 이용되는지의 여부를 포함하는 고려사항들에 근거하여 결정될 수 있다.
C.
투여
본 명세서에 기재된 방법, 용도, 분석법, 및 키트에서 이용되는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 이의 조성물은, 정맥내로, 근육내로, 피하로, 피내로(intradermally), 경피로, 동맥내로, 복강내로, 병소내로, 두개내로, 관절내로, 전립선내로, 늑막내로, 기관내로, 경막내로, 비강내로, 질내로, 직장내로, 국소적으로, 종양안으로, 복막으로, 결막밑으로, 내부 소포로, 점막으로, 위심으로, 배꼽밑으로, 안구내, 안와내로, 구강으로, 국소적으로, 경피로, 유리질체강내 (예컨데, 유리체내 주사에 의해), 안약으로, 흡입에 의해, 주사에 의해, 이식에 의해, 주입에 의해, 연속 주입에 의해, 직접적으로 담겨있는 표적 세포의 국소화된 관류에 의해, 카테테르에 의해, 세척에 의해, 크림 안에, 또는 액체 조성물 안에서를 비롯한 임의의 적합한 방법에 의해 투여되거나 이러한 투여를 위해 제형화될 수 있다. 본 명세서에 기재된 방법에 이용되는 조성물은 전신 또는 국소로 또한 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들어, 투여되는 화합물 또는 조성물 및 치료될 상태, 질환 또는 질환의 중증도)에 따라 달라질 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 정맥내, 근육내, 피하, 국소, 경구, 경피, 복강내, 안와내, 이식, 흡입, 척수강내, 심실내 또는 비강내로 투여된다. 투약은 부분적으로 투여가 잠시 동안인지 또는 만성적인지에 따라, 예컨대, 주사, 이를 테면, 정맥 또는 피하 주사에 의한 것일 수 있다. 다양한 시점에 걸쳐 단일 또는 다중 투여, 볼루스 (bolus) 투여, 그리고 펄스 주입을 포함하는 다양한 투여 일정이 고려된다.
PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 및 임의의 추가 치료제는 모범 의료행위 지침과 일치하는 방식으로 제형화, 용량화, 및 투여될 수 있다. 이러한 내용에서 고려되는 인자들은 치료될 특정 질환, 치료되는 특정 포유류, 개별 환자의 임상적 상태, 질환의 원인, 물질의 전달 부위, 투여 방법, 투여 일정, 그리고 의료 전문인에게 공지된 다른 인자들을 포함한다. PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 반드시 그럴 필요는 없지만, 선택적으로 문제되는 장애를 예방 또는 치료하기 위해 현재 사용되는 하나 이상의 물질들과 함께 제제화 및/또는 투여된다. 이러한 다른 물질들의 유효량은 제제에 존재하는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))의 양, 질환 또는 치료의 유형, 그리고 상기에서 논의된 다른 인자들에 따라 달라진다. 이들은 일반적으로 본 명세서에서 설명된 바와 같은 투여 경로로 동일한 투여량으로 이용되거나, 또는 본 명세서에서 논의된 투여량의 약 1 내지 99%, 또는 실험적으로/임상적으로 적절한 것으로 판단된 임의의 투여량 및 임의의 경로로 이용된다.
암 (예를 들어, 폐암 (NSCLC), 방광암, (UC), 신장암 (RCC), 또는 유방암 (TNBC))의 예방 또는 치료의 경우, 본 명세서에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))의 적절한 용량은 (단독으로 또는 하나 이상의 다른 추가 치료제와 함께 사용될 때), 치료될 질환의 유형, 질환의 중증도 및 과정, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))가 예방 또는 치료 목적으로 투여되는지의 여부, 기존 요법, 환자의 임상적 병력 그리고 상기 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)에 대한 반응, 및 주치의의 판단에 따라 달라질 것이다. PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 한 번에 또는 일련의 치료 일정에 걸쳐 환자에게 적절하게 투여된다. 언급된 인자들에 따라, 하나의 전형적인 일일 투여량의 범위는 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 이상이 될 수 있다. 수일 또는 보다 장기에 걸친 반복된 투여를 위하여, 상태에 따라, 치료는 일반적으로 질환 증세가 바람직하게 억제될 때 까지 지속될 것이다. 이러한 용량은 간헐적으로, 예를 들면 매주 또는 매 3주마다 투여될 수 있다 (예를 들면 상기 환자는, 예를 들어, 약 2 내지 약 20회, 또는 예를 들면 약 6회 용량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 제공받는다). 초기에는 보다 높은 부하 용량, 후속하여 보다 낮은 하나 이상의 용량이 투여될 수 있다. 그러나, 다른 투여량 요법이 유용할 수 있다. 이 요법의 진행은 통상적인 기술 및 분석에 의해 용이하게 모니터된다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))의 유효량은 약 60 mg 내지 약 5000 mg (예를 들어, 약 60 mg 내지 약 4500 mg, 약 60 mg 내지 약 4000 mg, 약 60 mg 내지 약 3500 mg, 약 60 mg 내지 약 3000 mg, 약 60 mg 내지 약 2500 mg, 약 650 mg 내지 약 2000 mg, 약 60 mg 내지 약 1500 mg, 약 100 mg 내지 약 1500 mg, 약 300 mg 내지 약 1500 mg, 약 500 mg 내지 약 1500 mg, 약 700 mg 내지 약 1500 mg, 약 1000 mg 내지 약 1500 mg, 약 1000 mg 내지 약 1400 mg, 약 1100 mg 내지 약 1300 mg, 약 1150 mg 내지 약 1250 mg, 약 1175 mg 내지 약 1225 mg, 또는 약 1190 mg 내지 약 1210 mg, 예를 들어, 약 1200 mg ± 5 mg, 약 1200 ± 2.5 mg, 약 1200 ± 1.0 mg, 약 1200 ± 0.5 mg, 약 1200 ± 0.2 mg, 또는 약 1200 ± 0.1 mg) 일 수 있다. 일부 예들에서, 상기 방법은 개체에게 약 1200 mg (예를 들어, 약 1200 mg 또는 약 15 mg/kg의 고정 용량)의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 투여하는 것을 포함한다.
일부 예들에서, 개체 (예를 들어, 인간)에게 투여되는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))의 양은 약 0.01 내지 약 50 mg/개체 체중 kg의 범위 (예를 들어, 약 0.01 내지 약 45 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 40 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 35 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 0.1 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 1 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 2 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 5 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 5 mg/kg 내지 약 25 mg/kg, 약 5 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 약 10 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 또는 약 12 mg/kg 내지 약 18 mg/kg, 예를 들어, 약 15 ± 2 mg/kg, 약 15 ± 1 mg/kg, 약 15 ± 0.5 mg/kg, 약 15 ± 0.2 mg/kg, 또는 약 15 ± 0.1 mg/kg) 일 수 있다. 일부 예들에서, 상기 방법은 개체에게 약 15 mg/kg의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 투여하는 것을 포함한다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 개체 (예를 들어, 인간)에게 1200 mg으로 3주 마다 (q3w) 정맥내 투여된다. 상기 용량은 단회 용량 또는 다회 용량 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 7회 이상 용량)으로, 가령, 주입으로 투여될 수 있다. 일부 예들에서, 개체 (예를 들어, 인간)에게 투여되는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 단독으로 또는 본 명세서에 기재된 추가 치료제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 베바시주맙) 및/또는 화학요법제 (예를 들어, 카보플라틴 및 파클리탁셀))와 조합하여, 4 내지 6회 용량으로 (예를 들어, 3주 마다) 투여될 수 있다. 조합 치료로 투여되는 항체의 용량은 단일 치료에 비해 감소 될 수 있다. 이 요법의 진행은 통상적인 기술에 의해 용이하게 모니터된다. 한 예에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (예를 들어, MPDL3280A))는 암을 치료하기 위해 개체에게 단일요법으로 투여된다. 다른 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (예를 들어, MPDL3280A))는 암을 치료하기 위해 본 명세서에 기재된 바와 같은 조합 요법으로 개체에게 투여된다.
D.
적응증
본 명세서에 기재된 방법 및 약물들은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 개체에게 투여함으로써 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 환자를 치료함에 유용하다. 예를 들어, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양 일 수 있다.
일부 예들에서, 암은 폐암이다. 예를 들어, 폐암은 국소 진행성 또는 전이성 (예를 들어, IIIB 기, IV 기 또는 재발성) NSCLC를 포함하나 이에 제한되지 않는 비-소세포 폐암 (NSCLC) 일 수 있다. 일부 예에서, 폐암 (예를 들어, NSCLC)은 절제불가능한/수술불가능한 폐암 (예를 들어, NSCLC)이다. 일부 예들에서, 폐암은 화학요법-미경험 폐암 (예를 들어, 화학요법-미경험 전이성 NSCLC (mNSCLC))이다. 일부 예들에서, 폐암은 비-편평 폐암 (예를 들어, 비-편평 mNSCLC)이다. 일부 예들에서, 폐암은 IV기 폐암 (예를 들어, IV기 mNSCLC)이다. 일부 예들에서, 폐암은 재발성 폐암 (예를 들어, 재발성 mNSCLC)이다. 일부 예들에서, 폐암 (예를 들어, NSCLC)에 걸린 환자는 EGFR 또는 ALK 게놈 변경을 가진다. 일부 예들에서, EGFR 또는 ALK 게놈 변경을 가진 폐암에 걸린 환자는 하나 이상의 승인된 티로신 키나제 억제제 (TKI)에 질환 진행/치료 내성을 가진다.
일부 예들에서, 암은 방광암 일 수 있다. 예를 들어, 방광암은 비-근 침윤성 요로상피세포 암종, 근-침윤성 요로상피세포 암종, 또는 전이성 요로상피세포 암종을 비롯한 요로상피세포 암종 (UC) 일 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다. 일부 예들에서, 요로상피세포 암종은 전이성 요로상피세포 암종이다.
일부 예들에서, 암은 신장암 일 수 있다. 예를 들어, 신장암은 I 기 RCC, II 기 RCC, III 기 RCC, IV 기 RCC 또는 재발성 RCC를 포함하는 신장 세포 암종 (RCC) 일 수 있다.
일부 예들에서, 암은 유방암 일 수 있다. 일부 예들에서, 유방암은 삼중 음성 유방암 일 수 있다. 예를 들어, 유방암은 삼중 음성 유방암, 에스트로겐 수용체-양성 유방암, 에스트로겐 수용체-양성/HER2-음성 유방암, HER2-음성 유방암, HER2-양성 유방암, 에스트로겐 수용체-음성 유방암, 프로게스테론 수용체-양성 유방암, 또는 프로게스테론 수용체-음성 유방암 일 수 있다.
일부 예들에서, 암, 예를 들어, 본 명세서에 기재된 암에 걸린 개체는 이전에 암 치료를 받은 적이 없다. 예를 들어, 암에 걸린 개체는 이전에 PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))을 받지 않았다.
일부 예들에서, 암에 걸린 개체는 이전에 암 치료를 받은 적이 있다. 일부 예들에서, 암에 걸린 개체는 이전에 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법 (예를 들어, 항-암 요법 (예를 들어, 세포독성제, 성장억제제, 방사선 요법, 항-혈관형성제, 또는 이들의 조합))을 포함하는 치료를 받은 적이 있다.
E.
조합 요법
본원의 임의의 방법들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 하나 이상의 추가 치료제의 유효량과 조합하여 투여될 수 있다. 적합한 추가 치료제들에는, 예를 들어, 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 세포독성제, 방사선요법제, 또는 이들의 조합이 포함된다.
일부 예들에서, 상기 방법은 유효량의 하나 이상의 추가 치료제를 환자에게 투여하는 것을 추가로 포함한다. 일부 예들에서, 추가 치료제는 세포독성제, 화학요법제, 성장-억제제, 방사선요법제, 항-혈관형성제 및 이들의 조합으로 이루어진 그룹에서 선택된다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 화학요법 또는 화학요법제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 방사능요법제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 표적화 요법 또는 표적화 요법제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 면역요법 또는 면역요법제, 예를 들어, 단클론 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, 추가 치료제는 활성화 공동-자극 분자에 대하여 지시된 효현제이다. 일부 예들에서, 추가 치료제는 억제성 공동-자극 분자에 대하여 지시된 길항제이다.
상기의 이러한 조합 치료요법은 복합된 투여(두 가지 또는 그 이상의 치료요법적 물질이 동일한 또는 별도 제재 안에 함유됨), 및 별도 투여를 포함하고, 이 경우, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))의 투여는 추가 치료제 및/또는 제제들의 투여 이전에, 동시에 및/또는 이후에 일어난다. 한 예에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))의 투여 및 추가 치료제의 투여는 각각에 대하여 약 1달 이내, 또는 약 1주, 2주 또는 3주 이내, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6일 이내에 발생한다.
이론에 얽매이지 않고, 활성화 공동-자극 분자를 촉진하거나 음성 공동-자극 분자를 억제함으로써 T 세포 자극을 향상시키면 종양 세포 사멸을 촉진하여 암의 진행을 치료하거나 지연시킬 수 있다고 생각된다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 활성화 공동-자극 분자에 대하여 지시되는 효현제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, 활성화 공동-자극 분자는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127을 포함할 수 있다. 일부 예들에서, 활성화 공동-자극 분자에 대해 지시되는 효현제는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127에 결합하는 효현제 항체이다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 억제성 공동-자극 분자에 대하여 지시되는 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, 억제성 공동-자극 분자는 CTLA-4 (CD152로도 공지됨), TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B, 또는 아르기나제를 포함할 수 있다. 일부 예들에서, 억제성 공동-자극 분자에 대해 지시되는 길항제는 CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B, 또는 아르기나제에 결합하는 길항제 항체이다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CTLA-4 (CD152로도 공지됨)에 대해 지시되는 길항제, 예컨대, 차단 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 이필리무맙 (MDX-010, MDX-101, 또는 YERVOY®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 트레멜리무맙 (티실리무맙 또는 CP-675,206으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 B7-H3 (CD276로도 공지됨)에 대해 지시되는 길항제, 예컨대, 차단 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 MGA271과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 TGF-베타, 예컨대, 메텔리무맙 (CAT-192로도 공지됨), 프레소리무맙 (GC1008로도 공지됨) 또는 LY2157299에 대한 길항제와 함께 투여 될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T-세포 (예를 들어, 세포독성 T-세포 또는 CTL)의 입양 전달을 포함하는 치료와 함께 투여 될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 우성-음성 TGF 베타 수용체, 예를 들어, 우성-음성 TGF 베타 유형 II 수용체를 포함하는 T-세포의 입양 전달을 포함하는 치료와 함께 투여 될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 HERCREEM 프로토콜을 포함하는 치료 (예컨대, ClinicalTrials.gov Identifier NCT00889954 참조)와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CD137 (TNFRSF9, 4-1BB, 또는 ILA로도 공지됨)에 대해 지시되는 효현제, 예컨대, 활성화 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 우렐루맙 (BMS-663513으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CD40에 대해 지시되는 효현제, 예컨대, 활성화 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CP-870893과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 OX40 (CD134로도 공지됨)에 대해 지시되는 효현제, 예컨대, 활성화 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 항-OX40 항체 (예를 들어, AgonOX)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CD27에 대해 지시되는 효현제, 예컨대, 활성화 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CDX-1127과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 인돌아민-2,3-디옥시게나제 (IDO)에 대하여 지시되는 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, IDO 길항제는 1-메틸-D-트립토판 (1-D-MT로도 공지됨)이다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 항체-약물 접합체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, 항체-약물 접합체는 메르탄신 또는 모노메틸아우리스타틴 E (MMAE)를 포함한다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 항-NaPi2b 항체-MMAE 접합체 (DNIB0600A 또는 RG7599로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 트라스투주맙 엠탄신 (T-DM1, 아도-트라스투주맙 엠탄신, 또는 KADCYLA® Genentech로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 DMUC5754A와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 엔도텔린 B 수용체 (EDNBR)를 표적으로 하는 항체-약물 접합체, 예를 들어, MMAE와 접합된 EDNBR에 대한 항체와 함께 투여 될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 항-혈관신생제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 VEGF에 대하여 지시되는 항체, 예컨대, VEGF-A와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 베바시주맙 (AVASTIN®로도 공지됨, Genentech)과 함께 투여될 수 있다. 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)은 베바시주맙과 조합하여 투여될 수 있다. 또 다른 예들에서, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))은 베바시주맙 및 하나 이상의 화학요법제 (예를 들어, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀)와 조합하여 투여될 수 있다. 특정 예들에서, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))은 베바시주맙, 카보플라틴, 및 파클리탁셀과 조합하여 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))은 안지오포이에틴 2 (Ang2로도 공지됨)에 대해 지시된 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 MEDI3617과 함께 투여될 수 있다.
PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))와 함께 개체 (예를 들어, 인간)에게 투여되는 VEGF 길항제 (예를 들어, 베바시주맙)는 약 0.01 내지 약 50 mg/개체 체중 kg 범위 (예를 들어, 약 0.01 내지 약 45 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 40 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 35 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 0.1 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 1 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 2 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 5 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 5 mg/kg 내지 약 25 mg/kg, 약 5 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 약 10 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 또는 약 12 mg/kg 내지 약 18 mg/kg, 예를 들어, 약 15 ± 2 mg/kg, 약 15 ± 1 mg/kg, 약 15 ± 0.5 mg/kg, 약 15 ± 0.2 mg/kg, 또는 약 15 ± 0.1 mg/kg) 일 수 있다. 예를 들어, 일부 예들에서, 상기 방법은 약 1200 mg의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 약 15 mg/개체 체중 kg의 VEGF 길항제 (예를 들어, 베바시주맙)와 함께 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 상기 방법은 하나 이상의 화학요법제, 가령, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀의 투여를 추가로 포함할 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 항신생물제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CSF-1R (M-CSFR 또는 CD115로도 공지됨)을 표적하는 제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 항-CSF-1R (IMC-CS4로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 인터페론, 예를 들어 인터페론 알파 또는 인터페론 감마와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 로페론-A (재조합 인터페론 알파-2a로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 GM-CSF (재조합 인간 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자, rhu GM-CSF, 사르그라모스팀 또는 LEUKINE®으로도 공지됨)와 함께 투여 될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 IL-2 (알데스류킨 또는 PROLEUKIN®으로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 IL-12와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CD20를 표적하는 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, CD20을 표적하는 항체는 오비누투주맙 (GA101 또는 GAZYVA®로도 공지됨) 또는 리툭시맙이다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 GITR을 표적하는 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, GITR을 표적하는 항체는 TRX518이다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 암 백신과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, 암 백신은 펩티드 암 백신이며, 일부 예에서 이는 맞춤형 펩티드 백신이다. 일부 예들에서 펩티드 암 백신은 다가 긴 펩티드, 다중 펩티드, 펩티드 칵테일, 하이브리드 펩티드 또는 펩티드-펄스된 수지상 세포 백신이다 (예컨대, Yamada 외, Cancer Sci. 104:14-21, 2013 참조). 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 보강제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 TLR 효현제, 예를 들어 폴리-ICLC (HILTONOL®로도 공지됨), LPS, MPL 또는 CpG ODN을 포함하는 치료와 함께 투여 될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 종양 괴사 인자 (TNF) 알파 (TNF-α)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 IL-1과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 HMGB1과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 IL-10 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 IL-10 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 IL-13 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 HVEM 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 예컨대, ICOS-L의 투여에 의해, ICOS 효현제, 또는 ICOS에 대해 지시되는 효현제 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CX3CL1을 표적하는 치료제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CXCL9를 표적하는 치료제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CXCL10을 표적하는 치료제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 CCL5를 표적하는 치료제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 LFA-1 또는 ICAM1 효현제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 셀렉틴 효현제와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 표적화 요법과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 B-Raf 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 베무라페닙 (ZELBORAF®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 다브라페닙 (TAFINLAR®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 에를로티닙 (TARCEVA®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 MEK, 가령, MEK1 (MAP2K1으로도 공지됨) 또는 MEK2 (MAP2K2로도 공지됨)의 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 코비메티닙 (GDC-0973 또는 XL-518로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 트라메티닙 (MEKINIST®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 K-Ras 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 c-Met 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 오나투주맙 (MetMAb로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 Alk 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 AF802 (CH5424802 또는 알렉티닙으로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 포스파티딜이노시톨 3-키나제 (PI3K) 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 BKM120과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 이데랄리십 (GS-1101 또는 CAL-101로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 페리포신 (KRX-0401로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 Akt 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 MK2206과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 GSK690693과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 GDC-0941과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 mTOR 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 시롤리무스 (라파마이신으로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 템시롤리무스 (CCI-779 또는 TORISEL®로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 에베롤리무스 (RAD001로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 리다포롤리무스 (AP-23573, MK-8669, 또는 데포롤리무스로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 OSI-027과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 AZD8055와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 INK128과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 이중 PI3K/mTOR 억제제와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 XL765와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 GDC-0980과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 BEZ235 (NVP-BEZ235로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 BGT226과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 GSK2126458과 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 PF-04691502와 함께 투여될 수 있다. 일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))는 PF-05212384 (PKI-587로도 공지됨)와 함께 투여될 수 있다.
(i)
임상 시험에서 조합 요법
PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 하나 이상의 추가 치료제와 함께 개체에게 투여될 수 있으며, 이 때, 치료 전 또는 후, 개체는 본 명세서에 기재된 진단 방법들 중 어느 하나에 따른 진단 테스트를 받았으며 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 치료로부터 이점을 얻을 가능성이 있는 개체로 식별되었다. 하기 상세히 기재하는 바와 같이, 추가 치료제는 아테졸리주맙을 포함하는 암 치료제에 관한 임상 시험에서 테스트 되었거나 테스트 중인 것일 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02729896에서와 같이, 오비누투주맙 및 폴라투주맙 베도틴 (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 재발성 또는 불응성 여포성 림프종 또는 미만성 거대 B-세포 림프종)의 치료에서)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02530489에서와 같이, 파클리탁셀 (예를 들어, 알부민-결합 파클리탁셀 (nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®), 예를 들어, 유방암 (예를 들어, TNBC)의 치료에서)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01633970에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 종양 (예를 들어, 유방암, 자궁경부암, 신장암, 위장관 암, 난소암, 또는 방광암)의 치료에서) 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01633970에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 종양 (예를 들어, 유방암, 자궁경부암, 신장암, 위장관 암, 난소암, 또는 방광암)의 치료에서) 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨) 및 류코보린 / 옥살리플라틴 / 5-풀루오로우라실 (FOLFOX)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01633970에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 종양의 치료에서, 예를 들어, 폐암 (NSCLC), 유방암, 자궁경부암, 신장암, 위장관 암, 난소암, 또는 방광암의 치료에서) 파클리탁셀 (예를 들어, 알부민-결합 파클리탁셀 (nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®)) 및 카보플라틴 (예를 들어, PARAPLATIN®)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01633970에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 종양의 치료에서, (예를 들어, 폐암 (NSCLC), 유방암, 자궁경부암, 신장암, 위장관 암, 난소암, 또는 방광암의 치료에서) 파클리탁셀 (예를 들어, 알부민-결합 파클리탁셀 (nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®))과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01633970에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 종양의 치료에서, 예를 들어, 유방암, 자궁경부암, 신장암, 위장관 암, 난소암, 또는 방광암의 치료에서) 페메트렉시드 (예를 들어, ALIMTA®) 및 카보플라틴 (예를 들어, PARAPLATIN®)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02748889에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 소 세포 폐암 (SCLC))의 치료에서) 에토포시드 (예를 들어, ETOPOPHOS® TOPOSAR®) 및 카보플라틴 (예를 들어, PARAPLATIN®)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02716038에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 종양의 치료에서, 예를 들어, 폐암 (NSCLC)의 치료에서) 파클리탁셀 (예를 들어, 알부민-결합 파클리탁셀 (nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®)) 및 카보플라틴 (예를 들어, PARAPLATIN®)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02298153에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC) 또는 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종)의 치료에서), 에파카도스타트 (예를 들어, INCB024360)와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02525757에서와 같이, 예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서, 방사선요법 및 화학요법 (예를 들어, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02849496에서와 같이, (예를 들어, 유방암, 예를 들어, TNBC, BRCA1 유전자 돌연변이, BRCA2 유전자 돌연변이, 에스트로겐 수용체 음성 유방암, Her2/Neu 음성 유방암, IIIA기 유방암, IIIB기 유방암, IIIC기 유방암, 또는 IV기 유방암의 치료에서), 벨리파립과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02013219에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서) 알렉티닙 (ALECENSA®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02013219에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서) 에를로티닙 (TARCEVA®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02794571에서와 같이 (예를 들어, 진행성 전이성 종양의 치료에서), MTIG7192A와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01656642에서와 같이, (예를 들어, 피부 암 (예를 들어, 악성 흑색종)의 치료에서) 베무라페닙 (ZELBORAF®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01656642에서와 같이, (예를 들어, 피부 암 (예를 들어, 악성 흑색종)의 치료에서) 베무라페닙 (ZELBORAF®로도 공지됨) 및 코비메티닙 (COTELLIC®로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02839707에서와 같이, (예를 들어, 난소암, 난관암, 또는 복막암의 치료에서) 베바시주맙 (AVASTIN®로도 공지됨, Genentech)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02846623에서와 같이, (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 림프구성 림프종 또는 재발성 불응성 또는 만성 림프구성 백혈병 (CLL))의 치료에서) 오비누투주맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02657434에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), 카보플라틴 및 페메트렉시드와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02657434에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), 시스플라틴 및 페메트렉시드와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02220842에서와 같이, (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 여포성 림프종 또는 미만성 거대 b-세포 림프종)의 치료에서), 타제메토스타트와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02220842에서와 같이, (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 여포성 림프종 또는 미만성 거대 b-세포 림프종)의 치료에서), 오비누투주맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02431208에서와 같이, 레날리도마이드 (예를 들어, 다발성 골수종의 치료에서)와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02431208에서와 같이, 다라투무맙 (예를 들어, 다발성 골수종의 치료에서)와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02431208에서와 같이, 다라투무맙 및 레날리도마이드 (예를 들어, 다발성 골수종의 치료에서)와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02431208에서와 같이, 다라투무맙 및 포말리도마이드 (예를 들어, 다발성 골수종의 치료에서)와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02420821에서와 같이, (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종)의 치료에서) 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨, Genentech)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02400814에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), 정위 신체 방사선과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02630186에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), 로실레티닙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02471846에서와 같이, 고형 종양 (예를 들어, 신장 세포 암 (RCC), 요로상피세포 암종 (UC), 삼중 음성 유방암 (TNBC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 흑색종, 두경부 편평 세포 암종 (HNSCC), 위장관 암, 난소암, 자궁경부암, 자궁내막 암, 또는 메르켈 세포 암)의 치료에서) GDC-0919와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02814669에서와 같이, (예를 들어, 전립선암 (예를 들어, 거세 저항성 전립선암)의 치료에서) 라듐-223 디클로라이드와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02410512에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양 (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양)의 치료에서), MOXR0916과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02410512에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양 (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양)의 치료에서), 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨, Genentech) 및 MOXR0916과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02508870에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양 (예를 들어, 골수이형성 증후군)의 치료에서), 아자시티딘과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02425891에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, TNBC)의 치료에서), 파클리탁셀 (예를 들어, 알부민-결합 파클리탁셀 (nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®))과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02631577에서와 같이, (예를 들어, 림프종의 치료에서), 레날리도마이드 및 오비누투주맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02763579에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 소 세포 폐암 (SCLC))의 치료에서) 에토포시드 (예를 들어, ETOPOPHOS® TOPOSAR®) 및 카보플라틴 (예를 들어, PARAPLATIN®)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02174172에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양의 치료에서), 이필리무맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02174172에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양 (예를 들어, NSCLC, 흑색종, 또는 RCC)의 치료에서), 인터페론 알파-2b와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02463994에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), 저분획화 영상-유도 방사선요법과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02495636에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), CDX-1401과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02495636에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), CDX-1401과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02605915에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, Her2-양성 유방암)의 치료에서) 트라스투주맙 및 퍼투주맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02605915에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, Her2-양성 유방암)의 치료에서) 트라스투주맙 엠탄신과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02605915에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, Her2-양성 유방암)의 치료에서) 독소루비신 및 사이클로포스파미드와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02605915에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, Her2-양성 유방암)의 치료에서) 트라스투주맙, 퍼투주맙, 및 도세탁셀과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02724878에서와 같이, (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 진행성 비-투명 세포 신장암)의 치료에서), 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는, 임상 시험 NCT02609984에서와 같이, (예를 들어, 육종 (예를 들어, 점액성/원형 세포 지방육종, 윤활막 육종, 전이성 육종, 재발성 성인형 연조직 육종, 국소 진행성 육종, 또는 지방육종)의 치료에서), CMB305와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02304393에서와 같이, (예를 들어, 고형 암 (예를 들어, 국소 진행성 및 전이성 고형 종양)의 치료에서), RO7009789와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02792192에서와 같이, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, 비-근 침윤성 방광암)의 치료에서), 바실 칼메뜨-게랭 (Bacille Calmette-Gu
rin, ONCOTICE® 로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02599454에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC)의 치료에서), 정위 신체 방사선요법과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02620280에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, 침윤성 유관 암종)의 치료에서), 카보플라틴, 및 nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02620280에서와 같이, (예를 들어, 유방암 (예를 들어, 침윤성 유관 암종)의 치료에서), 카보플라틴, nab-파클리탁셀 (ABRAXANE®로도 공지됨), 및 AC 또는 EC (아드리아마이신 또는 에피루비신 및 사이클로포스파미드) 또는 FEC (풀루오로우라실, 에피루비신, 및 사이클로포스파미드)를 비롯한 보강제 화학요법제와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02807636에서와 같이, (예를 들어, 요로상피세포 암종의 치료에서), 젬시타빈 및 카보플라틴 또는 시스플라틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02366143에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC, 예를 들어, 비-편평 NSCLC)의 치료에서), 파클리탁셀 및 카보플라틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02366143에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC, 예를 들어, 비-편평 NSCLC)의 치료에서), 베바시주맙, 파클리탁셀 및 카보플라틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02350673에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 및/또는 전이성 고형 종양의 치료에서), 세구투주맙 (RO6895882로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02596971에서와 같이 (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 미만성 거대 B-세포 림프종 또는 여포성 림프종)의 치료에서), 벤다무스틴 및 오비누투주맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02596971에서와 같이, (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 미만성 거대 B-세포 림프종 또는 여포성 림프종)의 치료에서), 벤다무스틴, 사이클로포스파미드, 오비누투주맙, 프레드니손, 및 빈크리스틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02596971에서와 같이, (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 미만성 거대 B-세포 림프종 또는 여포성 림프종)의 치료에서), 사이클로포스파미드, 독소루비신, 오비누투주맙, 프레드니손, 및 빈크리스틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02596971에서와 같이, (예를 들어, 림프종 (예를 들어, 미만성 거대 B-세포 림프종 또는 여포성 림프종)의 치료에서), 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 및 리툭시맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02650713에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 및/또는 전이성 고형 종양 (예를 들어, 암배아 항원 (CEA)-양성 고형 종양)의 치료에서), RO6958688과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02659384에서와 같이, (예를 들어, 난소암 (예를 들어, 난소 신생물)의 치료에서), 아세틸살리실산과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02659384에서와 같이, (예를 들어, 난소암 (예를 들어, 난소 신생물)의 치료에서), 베바시주맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01688206에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 및/또는 전이성 고형 종양의 치료에서), 바누시주맙 (RO5520985로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02367781에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 비-편평 NSCLC)의 치료에서), 카보플라틴 및 nab-파클리탁셀과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01984242에서와 같이, (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종)의 치료에서) 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT01988896에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양의 치료에서), 코비메티닙 (GDC-0973으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02323191에서와 같이, (예를 들어, 국소 진행성 고형 종양 (예를 들어, 국소 진행성 및/또는 전이성 삼중 음성 유방암, 난소암, 방광암, 위장관 암, 또는 연조직 육종)의 치료에서), RO5509554와 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02543645에서와 같이, (예를 들어, 진행성 암 (예를 들어, 흑색종, RCC, 삼중 음성 유방암, 방광암, 두경부암, 또는 비-소세포 폐암)의 치료에서), 발리루맙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02788279에서와 같이, (예를 들어, 결장직장 암의 치료에서), 코비메티닙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02788279에서와 같이, (예를 들어, 결장직장 암의 치료에서), 코비메티닙과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02715531에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양의 치료에서), 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨)과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02715531에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양의 치료에서), 베바시주맙 (AVASTIN®으로도 공지됨), 류코보린, 옥살리플라틴, 및 선택적으로, 카페시타빈과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02715531에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양의 치료에서), nab-파클리탁셀 및 젬시타빈과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02715531에서와 같이, (예를 들어, 고형 종양의 치료에서), 옥살리플라틴, 류코보린, 5-풀루오로우라실 (5-FU), 옥살리플라틴, 및 시스플라틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02367794에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 편평 NSCLC)의 치료에서), nab-파클리탁셀 및 카보플라틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02367794에서와 같이, (예를 들어, 폐암 (예를 들어, 편평 NSCLC)의 치료에서), 파클리탁셀 및 카보플라틴과 함께 투여될 수 있다.
일부 예들에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 임상 시험 NCT02655822에서와 같이, (예를 들어, 진행성 암 (예를 들어, 비-소세포 폐암, 악성 흑색종, 신장 세포 암, 삼중 음성 유방암, 현미부수체 불안정형 결장직장 암 (MSI), 및 방광암)의 치료에서), CPI-444와 함께 투여될 수 있다.
IV.
약학 조성물 및 제제
본 명세서에 기재된 바와 같은 약학 조성물 및 제제는 원하는 순도를 갖는 활성 성분(들) (예를 들어, 항-PD-L1 항체 (MPDL3280A))을 하나 이상의 임의의 약학상 허용되는 담체 (Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980))와 혼합하여 동결건조된 제형 또는 수용액의 형태로 제조 할 수 있다. 약학적으로 허용가능한 담체는 이용되는 투여량 및 농도에서 수용자에 비독성이며, 다음을 포함하나, 이에 제한되지 않는다: 완충액, 가령, 포스페이트, 시트레이트 및 다른 유기산; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함하는 항산화제; 보존제 (가령, 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토니움 클로라이드; 벤잘코니움 클로라이드; 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부탈 또는 벤질 알코올; 알킬 파라벤 가령, 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레소르치놀; 시클로헥사놀; 3-펜타놀; 그리고 m-크레졸); 낮은 분자량의 (약 10개 잔기 미만) 폴리펩티드; 단백질, 가령, 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로블린; 친수성 중합체 가령, 폴리비닐피롤리돈; 아미노산 가령, 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌, 또는 리신; 모노사카라이드, 디사카라이드, 그리고 글루코스, 만노스, 또는 덱스트린을 포함하는 기타 탄수화물; 킬레이트 물질 가령, EDTA; 당, 가령, 슈크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염-형성 카운터-이온, 가령, 나트륨; 금속 복합체 (예컨대 Zn-단백질 복합체); 및/또는 비-이온성 계면활성제 가령, 폴리에틸렌 글리콜 (PEG). 본 명세서에서 예시적인 약학적으로 수용가능한 운반체는 세포간( insterstitial) 약물 분산 물질, 이를 테면, 가용성 중성-활성 히알루노니다제 당단백질 (sHASEGP), 예를 들면, 인간 가용성 PH-20 히알루노니다제 당단백질, 이를 테면, rHuPH20 (HYLENEX® Baxter International, Inc.)을 포함한다. rHuPH20를 포함하는 특정 예시적인 sHASEGPs 및 이를 이용하는 방법은 미국 공개 특허 출원 제 2005/0260186 및 2006/0104968에 기재되어 있다. 한 양상에서, sHASEGP는 하나 또는 그 이상의 추가 글리코사미노글리카나제 가령, 콘드로이티나제와 조합된다. 상기 임의의 약학 조성물 또는 제제들은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 대신에, 또는 이에 더하여, 본 명세서에 기재된 면역접합체를 포함할 수 있는 것으로 이해된다.
예시적인 동결건조된 항체 제제는 미국 특허 제 6,267,958에서 기재된다. 수용액 항체 제제는 미국 특허 제 6,171,586 및 WO 2006/044908에서 기재된 것들을 포함하며, 후자 제제는 히스티딘-아세테이트 완충액을 포함한다.
본원의 조성물 및 제제는 또한 치료되는 특정 적응증에 필요한 둘 이상의 활성 성분, 바람직하게는 서로 불리하게 영향을 미치지 않는 상보적 활성을 갖는 성분을 함유 할 수 있다. 예를 들어, 추가 치료제 (예를 들어, 화학요법제, 세포독성제, 성장 억제제, 및/또는 항-호르몬제, 가령, 상기 본 명세서에 언급된 것들)를 추가로 제공하는 것이 바람직할 수 있다. 이러한 활성 성분은 의도한 목적에 유효한 양으로 조합되어 적절하게 존재한다.
활성 성분은 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들어, 리포좀, 알부민 미소구, 마이크로에멀젼, 나노입자 및 나노캡슐)에서 각각 코아세르베이션 기술에 의해 또는 계면 중합, 예를 들어 하이드록시메틸셀룰로스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타크릴레이트) 마이크로캡슐에 의해 준비된 마이크로캡슐 또는 마크로에멀젼 (macroemulsions)안에 포집될 수 있다. 이러한 기술은 Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)에 기재되어 있다.
서방형 제재가 제조될 수 있다. 서방형 제재의 적합한 예들에는 상기 항체를 함유하는 고체 소수성 폴리머의 반투과성 매트릭스가 포함되며, 이러한 매트릭스는 성형된 제품 형태, 예컨대 필름, 또는 마이크로캡슐 형태로 존재한다. 생체내 투여에 사용되는 제제는 일반적으로 무균이다. 무균은 예를 들어 멸균 여과막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성 될 수 있다.
본원은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 자궁내막암, 결장 선암종, 신장 세포 암종, 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 환자로부터 얻은 말초 혈액 샘플에서 식별된 TCR의 알파 사슬, 및/또는 베타 사슬, 하나 이상의 CDR들의 아미노산 서열을 가지는 CAR을 발현하도록 조작되어 있는 CAR T 세포, 가령, CAR T 세포를 내포하는 약학 조성물을 추가로 제공한다. 조성물은, 예를 들어, 약 1 x 103 CAR T 세포 내지 약 1 x 1012 CAR T 세포 (예를 들어, 약 2 x 103 CAR T 세포 내지 약 9 x 1011 CAR T 세포, 약 3 x 103 CAR T 세포 내지 약 8 x 1011 CAR T 세포, 약 4 x 103 CAR T 세포 내지 약 7 x 1011 CAR T 세포, 약 5 x 103 CAR T 세포 내지 약 6 x 1011 CAR T 세포, 약 6 x 103 CAR T 세포 내지 약 4 x 1011 CAR T 세포, 약 7 x 103 CAR T 세포 내지 약 3 x 1011 CAR T 세포, 약 8 x 103 CAR T 세포 내지 약 2 x 1011 CAR T 세포, 약 9 x 103 CAR T 세포 내지 약 1 x 1011 CAR T 세포, 약 1 x 104 CAR T 세포 내지 약 9 x 1010 CAR T 세포, 약 2 x 104 CAR T 세포 내지 약 8 x 1010 CAR T 세포, 약 3 x 104 CAR T 세포 내지 약 7 x 1010 CAR T 세포, 약 4 x 104 CAR T 세포 내지 약 6 x 1010 CAR T 세포, 약 5 x 104 CAR T 세포 내지 약 5 x 1010 CAR T 세포, 약 6 x 104 CAR T 세포 내지 약 4 x 1010 CAR T 세포, 약 7 x 104 CAR T 세포 내지 약 3 x 1010 CAR T 세포, 약 8 x 104 CAR T 세포 내지 약 2 x 1010 CAR T 세포, 약 9 x 104 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 CAR T 세포, 또는 약 1 x 105 CAR T 세포 내지 약 9 x 109 CAR T 세포, 가령, 약 1 x 103 CAR T 세포, 2 x 103 CAR T 세포, 3 x 103 CAR T 세포, 4 x 103 CAR T 세포, 5 x 103 CAR T 세포, 6 x 103 CAR T 세포, 7 x 103 CAR T 세포, 8 x 103 CAR T 세포, 9 x 103 CAR T 세포, 1 x 104 CAR T 세포, 2 x 104 CAR T 세포, 3 x 104 CAR T 세포, 4 x 104 CAR T 세포, 5 x 104 CAR T 세포, 6 x 104 CAR T 세포, 7 x 104 CAR T 세포, 8 x 104 CAR T 세포, 9 x 104 CAR T 세포, 1 x 105 CAR T 세포, 2 x 105 CAR T 세포, 3 x 105 CAR T 세포, 4 x 105 CAR T 세포, 5 x 105 CAR T 세포, 6 x 105 CAR T 세포, 7 x 105 CAR T 세포, 8 x 105 CAR T 세포, 9 x 105 CAR T 세포, 1 x 106 CAR T 세포, 2 x 106 CAR T 세포, 3 x 106 CAR T 세포, 4 x 106 CAR T 세포, 5 x 106 CAR T 세포, 6 x 106 CAR T 세포, 7 x 106 CAR T 세포, 8 x 106 CAR T 세포, 9 x 106 CAR T 세포, 1 x 107 CAR T 세포, 2 x 107 CAR T 세포, 3 x 107 CAR T 세포, 4 x 107 CAR T 세포, 5 x 107 CAR T 세포, 6 x 107 CAR T 세포, 7 x 107 CAR T 세포, 8 x 107 CAR T 세포, 9 x 107 CAR T 세포, 1 x 108 CAR T 세포, 2 x 108 CAR T 세포, 3 x 108 CAR T 세포, 4 x 108 CAR T 세포, 5 x 108 CAR T 세포, 6 x 108 CAR T 세포, 7 x 108 CAR T 세포, 8 x 108 CAR T 세포, 9 x 108 CAR T 세포, 1 x 109 CAR T 세포, 2 x 109 CAR T 세포, 3 x 109 CAR T 세포, 4 x 109 CAR T 세포, 5 x 109 CAR T 세포, 6 x 109 CAR T 세포, 7 x 109 CAR T 세포, 8 x 109 CAR T 세포, 9 x 109 CAR T 세포, 1 x 1010 CAR T 세포, 2 x 1010 CAR T 세포, 3 x 1010 CAR T 세포, 4 x 1010 CAR T 세포, 5 x 1010 CAR T 세포, 6 x 1010 CAR T 세포, 7 x 1010 CAR T 세포, 8 x 1010 CAR T 세포, 9 x 1010 CAR T 세포, 1 x 1011 CAR T 세포, 2 x 1011 CAR T 세포, 3 x 1011 CAR T 세포, 4 x 1011 CAR T 세포, 5 x 1011 CAR T 세포, 6 x 1011 CAR T 세포, 7 x 1011 CAR T 세포, 8 x 1011 CAR T 세포, 9 x 1011 CAR T 세포, 또는 x 1012 CAR T 세포, 또는 그 이상)를 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, 조성물은 약 1 x 104 CAR T 세포 내지 약 1 x 1011 CAR T 세포 (예를 들어, 약 1 x 104 CAR T 세포 내지 약 9 x 1010 CAR T 세포, 약 2 x 104 CAR T 세포 내지 약 8 x 1010 CAR T 세포, 약 3 x 104 CAR T 세포 내지 약 7 x 1010 CAR T 세포, 약 4 x 104 CAR T 세포 내지 약 6 x 1010 CAR T 세포, 약 5 x 104 CAR T 세포 내지 약 5 x 1010 CAR T 세포, 약 6 x 104 CAR T 세포 내지 약 4 x 1010 CAR T 세포, 약 7 x 104 CAR T 세포 내지 약 3 x 1010 CAR T 세포, 약 8 x 104 CAR T 세포 내지 약 2 x 1010 CAR T 세포, 약 9 x 104 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 CAR T 세포, 또는 약 1 x 105 CAR T 세포 내지 약 9 x 109 CAR T 세포, 가령, 약 1 x 104 CAR T 세포, 2 x 104 CAR T 세포, 3 x 104 CAR T 세포, 4 x 104 CAR T 세포, 5 x 104 CAR T 세포, 6 x 104 CAR T 세포, 7 x 104 CAR T 세포, 8 x 104 CAR T 세포, 9 x 104 CAR T 세포, 1 x 105 CAR T 세포, 2 x 105 CAR T 세포, 3 x 105 CAR T 세포, 4 x 105 CAR T 세포, 5 x 105 CAR T 세포, 6 x 105 CAR T 세포, 7 x 105 CAR T 세포, 8 x 105 CAR T 세포, 9 x 105 CAR T 세포, 1 x 106 CAR T 세포, 2 x 106 CAR T 세포, 3 x 106 CAR T 세포, 4 x 106 CAR T 세포, 5 x 106 CAR T 세포, 6 x 106 CAR T 세포, 7 x 106 CAR T 세포, 8 x 106 CAR T 세포, 9 x 106 CAR T 세포, 1 x 107 CAR T 세포, 2 x 107 CAR T 세포, 3 x 107 CAR T 세포, 4 x 107 CAR T 세포, 5 x 107 CAR T 세포, 6 x 107 CAR T 세포, 7 x 107 CAR T 세포, 8 x 107 CAR T 세포, 9 x 107 CAR T 세포, 1 x 108 CAR T 세포, 2 x 108 CAR T 세포, 3 x 108 CAR T 세포, 4 x 108 CAR T 세포, 5 x 108 CAR T 세포, 6 x 108 CAR T 세포, 7 x 108 CAR T 세포, 8 x 108 CAR T 세포, 9 x 108 CAR T 세포, 1 x 109 CAR T 세포, 2 x 109 CAR T 세포, 3 x 109 CAR T 세포, 4 x 109 CAR T 세포, 5 x 109 CAR T 세포, 6 x 109 CAR T 세포, 7 x 109 CAR T 세포, 8 x 109 CAR T 세포, 9 x 109 CAR T 세포, 1 x 1010 CAR T 세포, 2 x 1010 CAR T 세포, 3 x 1010 CAR T 세포, 4 x 1010 CAR T 세포, 5 x 1010 CAR T 세포, 6 x 1010 CAR T 세포, 7 x 1010 CAR T 세포, 8 x 1010 CAR T 세포, 9 x 1010 CAR T 세포, 또는 1 x 1011 CAR T 세포, 또는 그 이상)을 포함한다.
일부 구체예에서, 조성물은 약 1 x 105 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 CAR T 세포 (예를 들어, 약 1 x 105 CAR T 세포 내지 약 9 x 109 CAR T 세포, 가령, 약 1 x 105 CAR T 세포, 2 x 105 CAR T 세포, 3 x 105 CAR T 세포, 4 x 105 CAR T 세포, 5 x 105 CAR T 세포, 6 x 105 CAR T 세포, 7 x 105 CAR T 세포, 8 x 105 CAR T 세포, 9 x 105 CAR T 세포, 1 x 106 CAR T 세포, 2 x 106 CAR T 세포, 3 x 106 CAR T 세포, 4 x 106 CAR T 세포, 5 x 106 CAR T 세포, 6 x 106 CAR T 세포, 7 x 106 CAR T 세포, 8 x 106 CAR T 세포, 9 x 106 CAR T 세포, 1 x 107 CAR T 세포, 2 x 107 CAR T 세포, 3 x 107 CAR T 세포, 4 x 107 CAR T 세포, 5 x 107 CAR T 세포, 6 x 107 CAR T 세포, 7 x 107 CAR T 세포, 8 x 107 CAR T 세포, 9 x 107 CAR T 세포, 1 x 108 CAR T 세포, 2 x 108 CAR T 세포, 3 x 108 CAR T 세포, 4 x 108 CAR T 세포, 5 x 108 CAR T 세포, 6 x 108 CAR T 세포, 7 x 108 CAR T 세포, 8 x 108 CAR T 세포, 9 x 108 CAR T 세포, 1 x 109 CAR T 세포, 2 x 109 CAR T 세포, 3 x 109 CAR T 세포, 4 x 109 CAR T 세포, 5 x 109 CAR T 세포, 6 x 109 CAR T 세포, 7 x 109 CAR T 세포, 8 x 109 CAR T 세포, 9 x 109 CAR T 세포, 또는 1 x 1010 CAR T 세포, 또는 그 이상)을 포함한다.
일부 구체예에서, 조성물은 약 1 x 106 CAR T 세포 내지 약 1 x 109 CAR T 세포 (예를 들어, 약 1 x 106 CAR T 세포, 2 x 106 CAR T 세포, 3 x 106 CAR T 세포, 4 x 106 CAR T 세포, 5 x 106 CAR T 세포, 6 x 106 CAR T 세포, 7 x 106 CAR T 세포, 8 x 106 CAR T 세포, 9 x 106 CAR T 세포, 1 x 107 CAR T 세포, 2 x 107 CAR T 세포, 3 x 107 CAR T 세포, 4 x 107 CAR T 세포, 5 x 107 CAR T 세포, 6 x 107 CAR T 세포, 7 x 107 CAR T 세포, 8 x 107 CAR T 세포, 9 x 107 CAR T 세포, 1 x 108 CAR T 세포, 2 x 108 CAR T 세포, 3 x 108 CAR T 세포, 4 x 108 CAR T 세포, 5 x 108 CAR T 세포, 6 x 108 CAR T 세포, 7 x 108 CAR T 세포, 8 x 108 CAR T 세포, 9 x 108 CAR T 세포, 1 x 109 CAR T 세포, 또는 그 이상)을 포함한다.
V.
제조 물품 및 키트
본 발명의 또 다른 양상에서, 개체의 치료, 예방, 및/또는 진단에 유용한 재료들을 내포하는 제조물품 또는 키트가 제공된다.
일부 예들에서, 이러한 제조 물품 또는 키트는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))로부터 이점을 얻을 수 있는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 식별하기 위해 사용될 수 있다. 이러한 제조 물품 또는 키트는 (a) 개체의 샘플에서 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준을 결정하기 위한 시약 및 (b) PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 식별하기 위한 시약들을 사용함에 관한 지침서를 포함할 수 있다.
예를 들어, 일부 예들에서, 제조물품 또는 키트는 (a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 면역-점수 발현 수준을 결정하기 위한 시약들 및 (b) PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 식별하기 위한 시약들을 사용함에 관한 지침서를 포함한다.
일부 예들에서, 이러한 제조 물품 또는 키트는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체를 치료하기 위해 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))를 포함한다. 일부 예들에서, 제조물품 또는 키트는 (a) PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 및 (b) 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UC), 신장암 (예를 들어, RCC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))에 걸린 개체에게 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))를 투여하기 위한 지침서를 포함하는 패키지 삽입물을 포함하고, 이 때, 치료 전, 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 결정되었으며 상기 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 초과이다.
본 명세서에 기재된 임의의 제조 물품 또는 키트는 하나 이상의 용기 수단을 좁은 공간에 수용하기 위하여 구획화되는 담체 수단, 가령, 바이얼, 튜브 등을 포함할 수 있으며, 각각의 용기 수단은 해당 방법에서 사용되는 별도의 구성성분들 중 하나를 포함한다. 제조물품 또는 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 혼성화를 이용하는 경우, 키트는 또한 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오티드(들)을 함유하는 용기 및/또는 리포터-수단, 가령, 효소, 형광 또는 방사성동위원소 표지를 포함하는 용기를 가질 수 있다.
일부 예들에서, 제조물품 또는 키트는 상기 기재된 용기 그리고 완충제, 희석제, 필터, 바늘, 주사기 및 패키지 삽입물을 포함하여 상업적 및 사용자 관점에서 필요한 물질을 포함하는 하나 이상의 다른 용기를 사용지침서와 함께 포함할 것이다. 표지는 조성물이 특정 적용에 사용됨을 표시하기 위해 용기에 제공될 수 있고, 또한 상기 기재된 바와 같은 생체내 또는 시험관내 사용을 위한 지시사항을 표시할 수 있다. 예를 들어, 제조물품 또는 키트는 약학적으로 허용되는 완충액, 이를 테면 주사 (BWFI)용 정균수, 포스페이트-완충된 염수, Ringer 용액 및 덱스트로즈 용액이 포함된 용기를 추가로 포함할 수 있다.
본 명세서에 기재된 제조 물품 또는 키트는 수많은 구체예를 가질 수 있다. 한 예에서, 제조물품 또는 키트는 용기, 용기 상의 표지, 및 용기 내부에 함유된 조성물을 포함하고, 이 때 이러한 조성물은 엄격한 조건하에서 본 명세서에 열거된 유전자 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 상보체에 혼성화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및 해당 조성물이 샘플에서 본 명세서에 열거된 유전자 (예를 들어, CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상)의 존재를 평가하기 위해 사용될 수 있음을 나타내는 용기 상의 표지를 포함하고, 그리고 이 때 키트는 특정 샘플 유형에서 유전자 RNA 또는 DNA의 존재를 평가하기 위하여 폴리뉴클레오티드(들)를 사용하는 것에 관한 지침서를 포함한다.
올리고뉴클레오티드-기반 제조 물품 또는 키트의 경우, 제조물품 또는 키트는 예를 들어 다음을 포함할 수 있다: (1) 단백질을 인코딩하는 핵산 서열에 혼성화하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 검출가능하게 표지된 올리고뉴클레오티드 또는 (2) 핵산 분자를 증폭함에 유용한 한 쌍의 프라이머. 제조물품 또는 키트는 또한, 예를 들어, 완충제, 보존제, 또는 단백질 안정화제를 포함할 수 있다. 제조물품 또는 키트는 검출가능한 표지 (예를 들어, 효소 또는 기질)을 검출함에 필요한 성분들을 추가로 포함할 수 있다. 제조물품 또는 키트는 또한 테스트 샘플에 대해 분석되고 비교될 수 있는 대조 샘플 또는 일련의 대조 샘플을 내포할 수 있다. 제조물품 또는 키트의 각 성분은 개별 용기에 담길 수 있으며 모든 다양한 용기들은 상기 키트를 사용하여 수행되는 분석들의 결과를 해석하기 위한 지침서와 함께 하나의 패키지에 존재할 수 있다.
VI.
실시예
다음은 본 발명의 방법들에 관한 실시예이다. 다양한 다른 실시예가 전술한 일반적인 설명에 따라 실시될 수 있는 것으로 이해된다.
실시예 1. 종양 미세환경 및 정상 인접 조직에서 T 세포 확장 방식은 상이한 유전자 발현 패턴들과 상관관계가 있다
동족 항원을 만나면 T 세포는 클론 확장을 거쳐 공유 T 세포 수용체 (TCR)를 가진 세포의 여러 사본을 생성 할 수 있다. 암 면역에서 클론 확장의 근본적인 역할에도 불구하고 암 환자에서 T 세포 하위 집단 또는 항 종양 반응과 이의 관계에 대해서는 알려진 바가 거의 없다. 본 실시예는 원발성 비소세포 폐암의 단일 CD3+ T 세포로부터 TCR과 RNA를 시퀀싱하고 정상 인접 조직 (NAT)과 매칭시키는 실험을 설명한다. 본 연구에서 얻은 데이터는 대부분의 클론형들이 단일 세포로 표현되었지만 나머지 클론 계통들은 NAT 또는 종양에서만 확장을 보였거나 두 구획 모두에서 확장이 있는 이중-상주를 보여주었음을 나타낸다. 활성화된 CD4+ T 세포는 NAT 확장을 나타내었고; 상주 기억 T 세포는 종양 확장을 나타냈고; 세포독성 T 림프구 세포는 이중-확장을 나타냈고; 자연 살해 T 세포 및 효과기 기억 T 세포는 이중-확장을 나타냈으며, 종양 조직에서보다 NAT에서 클론 수가 더 컸다. 이중-상주 T 세포 클론은, 예를 들어, 질량 세포분석 관찰결과를 기반으로 혈액에서 침윤의 증거를 보여주었다. 세포독성 T 세포 분율은 공지된 바이러스 항원들에 특이적인 것으로 나타났다. 실시예 2에 더 상세히 설명된 바와 같이, 이들 실험으로부터 얻은 데이터는 CTL 및 이중-상주 클론이 폐 및 방광암에서 항-PD-L1 항체 면역요법에 대한 임상 반응과 강하게 연관되어 있음을 보여주는데, 이는 이들이 전반적인 항 종양 면역 반응의 특이적 지표로서 유용함을 나타낸다.
T 세포 클론들은 종양 또는 정상 인접 조직에서 클론 수 및 존재에 기반하여 별개의 상주 패턴들을 나타낸다
이 실험에서 3명의 치료-미경험 NSCLC 환자 (여기서 선암종 환자 1; 및 편평 세포 폐암 환자 2 및 3으로 식별됨)로부터 얻은 신선한 수술 샘플의 48,701개 CD3+ T 세포로부터 1억 4,900만개의 전사체를 분석하여 18,194 개의 별개의 T 세포 클론형들을 산출하였는데, 각각은 별개의 유전적 계통을 나타낸다 (도 1A). TCR 시퀀싱 데이터는 공통 클론형을 가진 T 세포를 분류하고 각 클론형이 확장된 정도를 측정하는데 사용되었다. 개별 클론형은 환자간에 거의 공유되지 않았지만, 많은 클론형들은 주어진 환자의 종양과 해당 NAT 모두에 상주하는 세포를 가지고 있었던 것으로 관찰되었다. 이러한 이중-상주 클론은 3명의 환자 모두에서 발견되었으며 다중 클론 (하나 이상의 세포를 가진 클론)의 상당 부분을 나타냈다 (도 1B). 그렇지 않으면, 클론은 싱글톤 (하나의 세포만 가짐)이거나 종양 또는 NAT 구획에 독점적인 다양한 정도의 클론 확장을 갖는 멀티플렛인 것으로 관찰되었다 (도 1C). 단일-세포 TCR 데이터의 가용성은 각 클론의 속성들을 구성 세포들에 할당하는 것을 용이하게 하여, 이외의 방법에서 숨어버렸을 세포들 간 구분을 나타낸다. 예를 들어, 클론형 정보 분석은 이중-상주 클론에 속하는 세포가 각 환자에서 T 세포의 상당한 분율 (24-44 %)을 구성한다는 것을 보여주었다 (도 1D).
클론 상주 패턴들은 별개의 T 세포 아형들과 연관된다
이러한 클론 상주 패턴을 상세히 조사하기 위해, t-SNE 알고리즘을 사용하여 단일 세포 RNA 시퀀싱 (scRNA-seq)의 유전자 발현 프로필을 기반으로 6개 샘플 모두의 T 세포들을 2차원 맵으로 구성했다 (van der Maaten, L. 및 Hinton, G. J Machine Learning Research 9, 2579-2605, 2008). 정규 상관 분석을 적용하여 배치 효과를 제거하고 생성된 정규화된 유전자 발현 프로파일을 3명의 환자에게 고르게 분포시켰다 (Butler, A. 외 Nature Biotechnology 36, 411-420, 2018). 하나의 클러스터 (하기 4.1c-Trm으로 기재됨)을 제외하고 환자의 모든 클러스터는 유사한 기여를 하였다. 클론 상주 패턴을 기반으로 한 세포 간의 t-SNE 맵에서 명확한 구분이 관찰되었으며, 종양과 NAT 싱글톤 사이에 상당한 오버랩이 있었지만 구분된 맵의 영역은 종양 멀티플렛, NAT 멀티플렛 및 이중-상주 클론이 차지했다 (도 2A). t-SNE 맵의 구분된 영역들은 유전자 발현의 차이를 나타내므로 각 클론 상주 패턴이 특정 T 세포 아형들과 연관 될 수 있다고 추론되었다. 이 연관성을 조사하기 위해, 비지도 클러스터링이 유전자 발현 데이터에 적용되었고, 생성된 T 세포 클러스터는 특징적인 마커의 발현에 의해 식별되었다. (도 2B).
이러한 클러스터링을 정제할 수 있는지 조사하기 위해 비지도 클러스터링의 두 번째 반복이 각 초기 클러스터에 적용되었다. 단일 세포 TCR 데이터의 이용으로, 하위클러스터들을 세포의 환경과 같은 다른 요인에서 비롯될 수 있는 유전자 발현 차이보다는, 발달적으로 구별되는 T 세포 아형을 기반으로 식별 할 수 있는 기회를 제공했다. 각 클론의 세포 풀이 두 하위클러스터들 모두에 비례적으로 분할되는 것이 아니라 어느 하위클러스터에 할당되었을 때 별개의 클론 계통들에 해당하는 하위클러스터들이 분명해졌다. 이 조사에 사용 된 대규모 데이터 세트는 종양 침윤 T 림프구에 대한 이전 단일 세포 RNA-seq 연구보다 8배 많은 세포를 포함하며 (Savas, P. 외 Nat. Med. 13, 228 (2018); 및 Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)), 기존 분류들을 통합하고, T 세포 서브세트들을 보다 자세히 그리고 보다 큰 구체화정도(granularity)로 특성화하였다.
도 2C에 도시된 바와 같이, 이 분석은 CD8A 발현 (3 개 클러스터), CD4 발현 (5 개 클러스터) 및 CD8+ 및 CD4+ 세포의 혼합물 (3 개 클러스터)을 기준으로 구분될 수 있는 11개의 주요 T 세포 클러스터를 나타냈다. 일반적으로, CD8+ T 세포는 세포 용해 유전자를 발현하는 세포 (클러스터 8.1, 본 명세서에서 “Tcyt”라고도 함), 효과기 기억 (Tem) 세포 (클러스터 8.2) 및 상주-기억 (Trm) 세포 (클러스터 8.3)로 나뉘며, 특징 유전자 ITGAE, HAVCR2, GZMA, GZMB 및 ALOX5AP의 높은 발현을 보여주었다. CD4+ 세포들은 또한 Trms (클러스터 4.1), 뿐만 아니라 CD40LG (CD154, CD40L)를 발현하지만 CCR7 (CD197)을 발현하지 않는 활성화된 T 세포 집단 (클러스터 4.2), 조절 T 세포 (Tregs, 클러스터 4.3), 및 열 충격 단백질 (클러스터 4.4) 또는 리보솜 단백질 (클러스터 4.5)의 증가를 또한 보였던 CCR7+ T 세포를 내포하였다. CD8+ 및 CD4+ 계통들 모두로부터 얻은 세포들을 내포하는 클러스터들 중에서, 하나의 클러스터 (클러스터 3.1)는 자연 살해-유사 T (NKT) 세포에 상응하고, 하나의 클러스터 (클러스터 3.2)는 활성 유사분열을 나타내는 유전자들을 발현하였으며, 및 하나의 클러스터 (클러스터 3.3)는 주로 미토콘드리아 유전자, 뿐만 아니라 저산소증에 의해 상향조절되는 높은 수준의 MALAT1을 발현하였다(Kolling, M. 외 Scientific Reports 8, 3438 (2018)). 특히, CD4+ 세포들의 클러스터 (클러스터 4.1b)는, CXCL13 (BLC, BCA-1) 및 IL21의 높은 발현을 나타내는 것으로 확인되었으며, 이는 최근 종양-침윤 여포 보조 T (Tfh) 세포들에서 설명된 것과 유사하고, 이는 또한 마우스에서 Foxp3-음성, PD-1-고 억제성 CD4+ T 세포로서 설명된 바 있다 (Zappasodi, R. 외 Cancer Cell 33, 1017-1032, 2018). 이들 세포들은 3차 림프 구조 (TLS)의 발달을 촉진할 수 있는데 (Gu-Trantien, C. 외 JCI Insight 2, e91487 (2017)), 이는 조직 내부에서 국소적으로 구조화되고 좌표화된 면역 반응을 제공할 수 있고 (Dieu-Nosjean, M-C. 외 Trends in Immunology 35, 571-580, 2014) 및 클론 확장에 대한 유전자좌로서 기능할 수 있다 (Thompson, E. D. 외 J Exp Med 207, 1791-1804, 2010). 또한, 상주 기억 T 세포의 2개 클러스터들 (클러스터 8.3c 및 4.1c)은 케모카인 CXCL13 및 CCL20 (MIP3A), TNFR-수퍼패밀리 구성원 TNFRSF9 (CD137, 4-1BB), 및 전염증성 사이토카인 IL17A의 비교적 높은 발현 및 발현 오버랩으로 식별되었으며, 이는 TLS 형성을 촉진시키는 것으로도 공지되어 있다 (Grogan, J. L. 및 Ouyang W. Eur J Immunol 42, 2255-2262 (2012)). 이들 세포는 또한 높은 수준의 PDCD1 (PD-1)을 발현하였으므로 최근 NSCLC의 Tfh 세포들에 근접한 종양내 및 종양주변 TLS에 국한된 것으로 밝혀진 CD8+ CXCL13+ PD-1+ T 세포들에 매칭될 수 있다 (Thommen, D. S. Nat. Med. 24, 994-1004, 2018). 마지막으로, 하위클러스터링 분석은 다른 부분에서의 유사한 발견내용과 일관되게, 2가지 아형들의 조절 T 세포의 존재를 나타내었다 (Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)). 이들 아형들 중 하나인, 클러스터 4.3b는 보다 높은 IL2RA, IL1R2, TNFRSF18, 및 TNFRSF4의 발현을 보이는데, 이는 이들 세포들이 보다 활성화될 수 있음을 제시하는 것이다.
도 2A의 클론 상주 패턴들을 도 2C의 T 세포 서브세트들과 매칭시킴으로써, T 세포 서브세트들이 종양, NAT, 및 두 조직 모두에서 뚜렷하게 구분되는 싱글톤 및 멀티플렛 집단들을 내포하는 것으로 결정되었다 (도 2D 및 2E). 종양-상주 멀티플렛은 CD8+ 및 CD4+ Trms의 다수 분율을 나타내는 반면, 이중-상주 클론들의 세포들은 Tcyts, CD8+ Tems, 및 NKT 세포에서 빈번하였다. 싱글톤은 앞서 언급한 CD4+ Trm 및 4.2-활성화 클러스터를 제외하고 CD4+ 세포 아형들 중 가장 큰 구성요소였으며, 상당한 수의 NAT-상주 멀티플렛을 포함하였다. CD4+ 싱글톤의 높은 확산도는 다음을 나타낼 수 있다: (i) 종양 항원의 존재시 적절하게 자극되지 않았던 T 세포, (ii) 클론 확장의 초기 단계; 또는 (iii) 확장, 가령, 저산소증 또는 영양 부족과 같은 확장에 불리한 스트레스 영역에서의 상주 (de Silly, R. V., Dietrich, P-Y., 및 Walker, P. R. Oncoimmunology 5, e1232236, 2016; 및 Chang, C-H. 및 Pearce, E. L. Nat. Immunol. 17, 364-368, 2016).
T 세포 아형들은 별개의 클론 확장 양상들을 보여준다
각 클론형을 가장 빈번한 T 세포 아형에 할당하여 클론 확장의 정량적 관점을 얻었다. 이러한 관점은 전역의 단일-세포 측정값들로부터 각 T 세포 아형에 대한 클론 상주 패턴들의 범위를 묘사하여, 몇 가지 뚜렷한 클론 확장 양상들을 나타내었다 (도 3A 및 3B). CD8+ Trms 및 CD4+ Trms의 대부분의 클론들은 종양 구획에서 확장을 보여주었던 반면, 클러스터 8.3a-Trm의 일부 클론들은 NAT에서 확장을 보여주었다. 활성화된 CD4+ T 세포의 클론들은 NAT 구획에서 독점적으로 확장을 보여주었다. Tcyt-함유 클론의 높은 분율은 종양과 NAT 모두에서 이중-확장을 보인 반면, CD8+ Tem 및 NKT 클론들은 종양 조직에 비해 NAT에서 더 큰 정도로 확장을 보였다.
NAT-우세 클론 세포들의 존재에 대한 몇 가지 가능한 설명이 존재한다. 한 가지 가능성은 이러한 클론들의 세포들이 종양 내에서 이동 또는 증식을 억제하는 조건에 의해 또는 이들의 생존에 불리한 종양 미세환경 내 요인들에 의해 종양 구획으로부터 배제된다는 것이다 (Joyce, J. A. 및 Fearon, D. T. Science 348, 74-80, 2015). 또 다른 가능성은 CD8+ Tem 및 NKT 세포가 종양과 비교하여 NAT에서 확산도가 더 큰 항원 또는 화학유인물질에 반응한다는 것이다 (Ohri, C. M. 외 BMC Cancer 10, 172, 2010).
이중-상주 및 종양-상주 클론들은 별개의 항원 특이성을 나타낸다
이중-상주 클론의 높은 확산도는 이러한 T 세포가 종양 또는 비-종양 항원에 반응하는지에 대한 의문을 제기했습니다. 종양-반응성 TCR들이 지금까지 몇몇 개체들에 대하여만 연구되어 왔다 하더라도 (Parkhurst, M. 외 Clin Cancer Res 23, 2491-2505, 2017), VDJdb 데이터베이스 (Shugay, M. 외 핵산s Res 46, D419-D427 (2018))는 공통 바이러스 항원들에 특이적인 수많은 CDR3 서열들을 내포한다. 새로이 부상하는 TCR-에피토프 연관성 분야에서의 제한된 적용 범위에도 불구하고,본 실시예에서 연구된 환자의 TCR로부터 얻은 CDR3 아미노산 서열의 일부가 일반적인 바이러스 항원 (거대세포바이러스, 엡스타인-바 바이러스, 및 인플루엔자 A)에 반응하는 것으로 알려진 TCR들과 일치하는 것으로 결정되었으며, Tcyts는 8.7% 확산도로 매칭되었는데, 이는 다른 T 세포 서브세트들에서보다 유의하게 더 큰 것이었다 (카이-제곱 P < 2.2e-16) (도 4A). 데이터베이스에서 사용가능한 몇 가지 바이러스 에피토프는 CDR3 아미노산 서열의 다양한 레퍼토리에 의해 인식되는 것으로 관찰되었으며, 이러한 레퍼토리는 개별 바이러스 에피토프에 대한 TCR 레퍼토리의 다양성에 대한 기존의 보고와 일치하였다 (Wang, G. C. 외 Sci Transl Med 4, 128ra42, 2012; 및 Klinger, M. PLoS ONE 10, e0141561, 2015). 대부분의 바이러스 반응성 클론은 싱글톤이었으며, 이는 이전의 또는 지속적인 낮은 정도의 바이러스 노출에 대한 기준선 반응을 나타낼 수 있다 (Deliyannis, G. 외 J Virol 76, 4212-4221, 2002).
이러한 결과를 확증하기 위하여, 암 게놈 아틀라스 (TCGA)로부터 얻은 29개 암 유형들에 걸친 9,142개 벌크 RNA-seq 샘플들로부터 조립된 716,720개 TCR 서열들을 사용하여 유사한 분석이 수행되었다 (Li, B. 외 Nat. Genet. 48, 725-732, 2016). TCGA 전체 전사체 시퀀싱과 TCR 어셈블리의 조합은 개체들 간 공유되는 종양 반응성 항원을 식별하기에 충분히 철저하지는 않았으나, 서로 다른 암 유형을 가진 3명 이상의 개체들에서 공통되는 CDR3 아미노산 서열들이 종양 항원보다는 바이러스 항원에 대해 반응할 가능성이 있다고 판단되었다. TCGA 유래 CDR3 서열을 사용한 본 분석 (도 4B)은 VDJdb를 사용한 분석과 매우 유사하였으며, Tcyts가 유추된 바이러스 반응성 TCR에 매칭되는 세포들 중 최대 분율을 가지며 (카이-제곱 P < 2.2e-16), 매칭되는 클론들의 대다수는 싱글톤이었음을 보여준다.
바이러스 항원에 대해 반응하는 것으로 알려진 TCR이 종양 항원에 대해 교차 반응 할 수 있다는 의례적인 주의사항을 고려할 때 (Birnbaum, M.E. 외 Cell 157, 1073-1087, 2014), 이 실험에서 얻은 데이터는 주로 Tcyts로 구성된 많은 이중-상주 클론이 비 종양 항원에 반응 할 수 있음을 시사한다. Tcyts는 ENTPD1 (CD39)의 발현이 없는 많은 T 세포들 중 하나이며, 최근 이의 낮은 발현이 비-종양 항원에 특이적인 “방관자”T 세포를 나타내는 것으로 밝혀졌다 (Simoni, Y. 외 Nature 557, 575-579 (2018)). 포괄적인 종양-특이적 TCR의 데이터베이스를 사용할 수 있을 때까지 현재 데이터 세트의 종양 상주 클론이 종양 반응성일 가능성이 더 높다고 가정 할 수 있다. 그럼에도 불구하고, 연관 증거는 종양 상주 Trms와 같은 PD-1을 발현하는 세포가 종양 반응성이 농후하며 (Gros, A. 외 J. Clin. Invest. 124, 2246-2259, 2014), 및 종양 반응성이 높은 수준의 클론 확장과 상관관계가 있음을 시사한다 (Pasetto, A. 외 Cancer Immunol Res 4, 734-743, 2016). 클론 확장과 항원 특이성 사이의 관계를 조사하는 동안, 본원의 t-SNE 맵 (도 2E)에서 하위클러스터 8.3a가 종양 구획에서 클론 확장 구배를 나타내었음이 결정되었다. 추가 분석 결과, 고도로 확장되는 CD8+ Trm 클론은 ENTPD1 발현이 증가한 반면, 확장이 낮은 클론들은, 바이러스 감염의 제어에 관여하는 더 높은 수준의 IFNG 및 인터페론-유도 막관통 단백질 IFITM1, IFITM2, 및 IFITM3을 발현하였다 (Diamond, M. S 및 Farzan, M. Nat Rev Immunol 13, 46-57 (2013)).
비-종양 항원들에 반응하는 T 세포들을 비롯한, TIL들의 확장 및 이동 패턴들은, 이들이 말초에서 생성되어 (예를 들어, 배출 림프절에서) 종양 부위에 침윤하는지, 또는 종양 내부에서 또는 TLS에서 국부적으로 확장되는지에 관한 열려있는 의문을 제기한다 (Mueller, S. N. 외 Ann Rev Immunol 31, 137-161, 2013; 및 Masopust, D. 및 Schenkel, J. M. Nat Rev Immunol 13, 309-320, 2013). 이러한 문제를 조사하기 위하여, 본 발명의 분석 프레임워크는 동일한 환자의 종양 및 NAT 외에도 말초 혈액 세포의 TCR 시퀀싱을 포함하는 최근 연구에 적용되었다 (Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018)). 이 데이터 세트를 분석하였을 때, 거의 전적으로 NKT 아형으로 구성된 클론들이 식별되었다. 이들 클론은 종양, NAT 및 말초 혈액에서 삼중-확장되었는데, 이는 이들 클론이 혈액으로부터 종양으로 침투했거나 종양으로부터 혈액으로 빠져나갔거나 또는 둘 모두임을 시사한다. 대조적으로, 종양-상주 클론은 일반적으로 말초 혈액에서 발견되지 않았는데, 이는 종양 항원-특이적 자극의 결과로서 국소적으로 확장 될 수 있음을 나타내는 다른 연구결과와 일치하는 것이다 (Schenkel, J. M. 및 Masopust, D. Immunity 41, P886-897, 2014).
단일-세포 질량 세포분석법 (CyTOF)에 의한 단백질 발현은 T 세포 아형 및 상주를 개괄한다
scRNA-seq에 기반한 T 세포의 아형결정을 보완하기 위해, 6명의 NSCLC 환자: 편평 세포 폐 암종 3명, 폐 선암종 3명에서 비행 시간형 질량 세포분석법 (CyTOF)을 사용하여 33개 단백질의 발현을 정량화하였다. 본 실시예에서 설명된 scRNA-seq 연구에 사용된 것과 동일한 컴퓨터산정 파이프라인을 적용하여 유사한 T 세포 클러스터 세트를 얻었다. 스케일된 유전자와 단백질 발현 및 특징적인 마커 단백질 간의 상관관계를 기반으로 해당 클러스터를 식별하였다.
CyTOF 데이터세트의 말초 혈액 샘플들을 이용하여, 종양, NAT, 및 혈액의 집단 빈도를 비교할 수 있다. 종양 구획은 다른 구획보다 CD4+ 및 CD8+ Trms의 비율이 더 높았던 반면 말초 혈액은 CD4+ 나이브 T 세포의 비율이 가장 높았다. 8.1-Tcyt에 해당하는 세포는 3 개 구획 모두에서 발견되었으며, 종양 및 NAT 비율은 말초 혈액에서보다 높았으며, Tem 및 NKT 세포에 해당하는 세포는 NAT 및 말초 혈액에서 종양 구획에 비해 더 높은 비율로 발견되었고, 이는 scRNA-seq 데이터에서 관찰된 NAT-우세 클론 패턴과 일치하는 것이다. 이들 데이터는 본 명세서에 기재된 scRNA-seq로부터의 추론들, 특히, 종양-상주 T 세포 클론들은 국소적으로 확장되고 이중-상주 클론들은 혈액으로부터 침윤될 수 있다는 추론을 뒷받침한다.
고도로 확장된 클론들은 T 세포 아형들의 동종 혼합물을 내포한다
클론 계통과 T 세포 아형들 사이의 관계를 더 이해하기 위해, 10개 이상의 세포를 포함하는 것으로 정의된 각각의 고도로 확장된 TCR 클론형들의 세포 조성을 분석했다 (도 4C). 바이러스 반응성 TCR에서 관찰된 바와 같이, 상이한 CDR3 서열들은 잠재적으로 동일한 에피토프에 반응 할 수 있지만, 각 열은 CDR3 뉴클레오티드 서열들의 별개의 세트를 나타낸다. 생성된 히트 맵은 T 세포 아형들의 7가지 상이한 혼합물들을 나타내었다. 이들 혼합물 중 4 개는 NKT, Tcyts, CD8+ Tems 및 Tregs의 균질 클론들로 구성되었으며, 각각은 모호성 T 세포 클러스터 할당에서 발생할 수 있는 드문 예외를 제외하고는 하나의 T 세포 아형만 포함한다. 이들 클론 내부에서의 균질성은 이들 T 세포 아형들이 서로 발달적으로 구별됨을 나타낸다.
이러한 주로 균질한 클론들 이외에도, 일부 클론에는 하나 이상의 T 세포 아형이 포함되어 있다. 예를 들어, 많은 경우, 동일한 TCR 클론형이 CD8+ Tems 및 CD8+ Trms 모두에서 발견되었으며, 이는 TCR 클론형들을 다른 T 세포 아형들과 공유하지 않는 Tcyts 또는 NKT 세포와 구별되는 이들 T 세포 아형들 간의 계통 관계를 뒷받침하였다 (Slutter, B. 외 Science Immunology 2, eaag2013, 2017). 마찬가지로 CD4+ 계통에서는 CD4+ 활성화된 T 세포와 CD4+ Trms 내에서 동일한 TCR 클론형이 발견 될 수 있으며, 이는 전자가 후자로 분화됨을 시사한다.
또한, 클론 상주 패턴과 이질성 유형 사이에 눈에 띄는 관계가 관찰되었다. CD8+ Tems를 포함하는 클론들은 NAT-상주, 이중-상주 및 종양-상주로 분류 될 수 있지만 일반적으로 종양-상주 클론들만 CD8+ Trms로 분화되고 확장되었다 (도 4D). 유사하게, CD4+ Tem들은 NAT-상주 또는 종양-상주였으며, 종양-상주 클론들은 CD4+ Trm들로 분화하여 고도로 확장되고 (도 4E) 및 NAT-상주 클론들은 클러스터 4.4 및 4.5에 CCR7+ 세포들을 내포하였다 (도 4F). 이러한 관찰은 CD8+ Tems 및 CD4+ 활성화된 T 세포들의 클론들에 의한 종양 환경에서의 상주가 Trm들로의 분화 및 그 구획 내에서의 클론 확장에 선행한다는 것을 시사한다. 본 실시예에서 생성된 데이터는 Trm들로의 분화를 결정하는 것이 종양 환경에서의 개별 세포들이 아니라 구별 요인인 전체 클론의 상주임을 나타낸다.
3.2-유사분열 클러스터의 세포들은 클론 확장이 국소적으로 발생했는지 또는 종양 부위로 이동하기 전에 발생했는지에 대한 표시를 제공했다. 유사분열 세포는 전체 집단의 작은 분율 (4%)을 나타내지만 고도로 확장된 클론형들 전반에 걸쳐 분포되어 있으며, 고도로 확장된 클론형들의 42%는 적어도 하나의 유사분열 세포를 포함하고 클론 상주 패턴과 일치하는 위치를 가진다 (도 4G). 이러한 유사분열 세포는 본 연구에서 관찰된 클론 확장 양상의 적어도 일부가, 종양 부위로의 침윤과 대조적으로, 종양 및 NAT에서의 국소 확장을 반영함을 시사한다.
결론
요약하면, 본 실시예에 기재된 실험들은 단일-세포 TCR 및 RNA 시퀀싱, 및 질량 세포분석법 (CyTOF)을 적용하여, 종양 및 인접 조직에 침윤하는 T 세포의 유전자 발현 및 확장 양상에 관한 종합적인 맵을 구성하고, NSCLC 환자의 항종양 T 세포 반응에 관한 상세한 면역 프로파일을 산출하였다. 각 구획에서 T 세포 아형들의 비율을 독립적으로만 분석 할 수 있는 CyTOF에 비해, 단일-세포 TCR 및 RNA 시퀀싱을 조합하여 개별 클론 계통들이 두 구획들 간 그리고 T 세포 아형들 간에 어떻게 분포되는지를 밝힐 수 있었다.
종양 및 NAT 샘플들의 쌍에 관한 본 발명의 분석은 클론 확장, 유전자 발현 및 항원 특이성 간의 상호관계에 대한 새로운 통찰결과를 제공한다. 이중-상주, 종양-상주 및 NAT-상주 클론들 간에 몇 가지 표현형 차이가 확인되었다. 이러한 차이점은 아래의 실시예 2에 나타낸 표 11에 요약되어 있다. 표 11에 표시된 많은 차이점은 별개의 T 세포 서브세트들과의 연관성에서 비롯된다. Trm 클론 확장은 주로 종양에 제한되지만 CD8+ Tcyts, CD8+ Tems 및 활성화된 CD4+ T 세포는 NAT에서도 확장을 나타낸다. 또한, 이용가능한 데이터를 이용하여 가능한 정도까지, 본 실시예에서 생성된 데이터는, 종양 구획에서 국소적으로 확장되고 CD8+ Tem 및 CD4+ 활성화 T 세포를 내포하는 종양-상주 클론들로부터 분화하는 것으로 보이는 Trm과 대조적으로, Tcyts의 일부는 바이러스 항원을 인식하고, 말초 혈액으로 또는 말초 혈액으로부터 순환함을 시사한다.
재료 및 방법
시약 및 항체
FACS 실험에 사용되는 항체는 다음과 같으며, 항원: 공급업체, 클론명, 로트 번호, 카탈로그 번호 및 형광색소로 열거된다.
유세포분석 항체:
CD45: Biolegend, 2D1, B237418, 368512, APC.
CD3: Biolegend, HIT3a, B256208, 300308, PE.
EpCAM: Biolegend, 9C4, B255542, 324222, PE/Cy7.
CD56: Biolegend, 5.1H11, B263355, 362546, FITC.
CD14: Biolegend, 63D3, B257234, 367116, FITC.
CD11b: Biolegend, ICRF44, B218669, 301330, FITC.
CD16: Biolegend, B73.1, B238206, 360716, FITC.
CD19: Biolegend, HIB19, B2448329, 302206, FITC.
CyTOF 분석에 사용된 항체들을 아래 표 6에 열거한다.
표 6. CyTOF 분석에 사용된 항체
소프트웨어 버전
분석을 위해 Cell Ranger 소프트웨어 (10x Genomics, Pleasanton, CA) 버전 2.1.0, Perl 버전 5.18.2, R 버전 3.5.1, 및 다음과 같은 R의 패키지 및 버전들을 사용하여 컴퓨터분석을 수행하였다: CATALYST, 1.4.2 (Chevrier, S. 외 Cell Systems 6,612-620.e5, 2018); flowCore, 1.46.2 (Hahne, F. 외 BMC Bioinformatics 10, 106 (2009)); GenomicDataCommons, 1.4.3 (Morgan, M. 및 Davis, S. R. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/117200, 2017); GEOquery, 2.48.0 (Davis, S. 및 Meltzer, P. S. Bioinformatics 23, 1846-1847, 2007); monocle, 2.8.0 (Qiu, X. 외 Nature Methods 14, 979-982, 2017); multiGSEA, 0.11.1; qvalue, 2.12 (Storey, K.D. J. Royal Stat Soc, Series B, 64, 479-498 (200)), Seurat, 2.3.4 (Butler, A. 외 Nature Biotechnology 36, 411-420, 2018); WGCNA, 1.66 (Langfelder, P. 및 Horvath, S. BMC Bioinformatics 9, 559, 2008); 및 survival, 2.42-6. 도면과 표들은 R의 다음 패키지 및 버전들을 사용하여 생성되었다: colorspace, 1.3-2; dplyr, 0.7.8; ggplot2, 3.1.0; gridExtra, 2.3; RColorBrewer, 1.1-2; 및 superheat, 1.0.0 (Davis, S. 및 Meltzer, P. S. Bioinformatics 23, 1846-1847, 2007). 위의 R 패키지는 다음 보조 패키지에 따라 부차적으로 달라졌다: Biobase, 2.40.0; BiocGenerics, 0.26.0; cowplot, 0.9.3; DDRTree, 0.1.5; edgeR, 2.13.0; irlba, 2.3.2; limma, 3.38.2; magrittr, 1.5; Matrix, 1.2-15; ranger, 0.10.1; 및 VGAM, 1.0-6.
조직 해리
치료-미경험 NSCLC 환자들의 수술 절제부들을 확보하였다 (Folio Biosciences, Powell, OH). 검토 병리학자에 의해 신선한 샘플을 종양 및 NAT 구획으로 분리하고 실시예 1에 기술된 실험이 수행되었던 장소로 밤새 운송되었다. 도착하자마자 혈흔이 눈에 보이지 않을 때까지 샘플을 PBS로 헹구었다. 그 후, 부드럽게 진탕하면서 37 °C에서 15 분부터 콜라게나제 D (0.5mg/ml)와 DNAse (0.1mg/ml)의 조합물로 샘플을 분해하였다. 그 후, 샘플을 온화한 MACS 해리장치 (Miltenyi Biotec)에 넣고 37 °C에서 추가로 10 분 동안 배양했다.
PBMC 단리
CyTOF 분석을 위해 50mL LEUCOSEPTM 튜브 (Greiner Bio-One International, 독일) 및 FICOLL-PAQUETM PLUS (GE Healthcare, 스웨덴)를 사용하여 환자의 말초 혈액 단핵 세포를 단리했다. 소듐 헤파린 혈액 수집 튜브에 채취하고 칼슘 또는 마그네슘이 없는 인산염-완충 식염수 (PBS) (Lonza, Walkersville, Maryland)로 희석한 전혈을 실온(RT)에서 800 x g에서 15분 동안 원심분리했다. PBMC를 수확하고 PBS로 세척한 다음 추가 프로세싱 전에 RT에서 250 x g에서 10분 동안 원심분리했다.
사전-농축 및 FACS 분류
조직들을 조직 효소적 해리 후, 자성 분리를 사용하여 살아있는 세포 농축 1 주기에 단일-세포 현탁액을 처리한 다음, T 세포 식별을 위해 항-CD45 및 -CD3 항체들의 칵테일로, 상피 세포를 배제시키기 위하여 항-EPCAM 항체로, 그리고 분류 게이트로부터 비-T 세포를 배제시키기 위하여 항-CD56, -CD14, CD16, -CD11b, 및 -CD19 항체로 염색하였다. 세포는 4개의 레이저 (405nm, 488nm, 561nm, 638nm)가 장착된 Becton Dickinson FACSAria 세포 분류기에서 형광-활성화 세포 분류법 (FACS)에 의해 정제되었다. 70psi 및 90kHz에서 실행되는 70-마이크론 노즐이 각 분류 세션에 대한 설정으로 사용되었다. 살아있는 단일 세포만을 포함하는 FACS 게이트를 그렸다. CD3+CD45+EpCAM- 세포들에 도달하는 또 다른 게이트들을 그렸다.
단일-세포 RNA-seq 및 TCR V(D)J 클론형 프로파일링
제조업체의 사용자 지침에 따라 Chromium Single Cell 5' 라이브러리 및 Gel Bead 키트 (10x Genomics, Pleasanton, CA)를 사용하여 단일-세포 유전자 발현 (RNA-seq) 및 T 세포 수용체 (TCR) V(D)J 클론형에 관한 샘플 프로세싱을 수행하였다. 종양 및 NAT로부터 FACS-분류된 CD3+ T 세포들의 세포 밀도 및 생존력을 Vi-CELL XR 세포 계수기 (Beckman Coulter)로 결정하였다. 처리된 샘플들 모두는 >90%에서 세포 생존력을 가졌다. 세포 밀도를 사용하여, 샘플 당 ~ 6,000개 세포 달성을 목표로, 역전사 (RT) 마스터 믹스에 필요한 단일 세포 현탁액의 부피를 귀속시켰다. 겔 비드-인-에멀젼 역전사 (GEM-RT) 반응 및 정리 후, 총 14주기의 PCR 증폭을 수행하여, RNA-seq 라이브러리 생성 및 TCR V(D)J 표적화 농축 후 V(D)J 라이브러리 생성에 사용되는 충분한 cDNA를 얻었다. TCR V(D)J 농축은 Chromium Single Cell V(D)J 농축 키트, 인간 T 세포 (10X Genomics)를 사용하여, 제조업체의 사용자 지침에 따라 수행되었다. RNA-seq 및 TCR V(D)J에 관한 라이브러리들을 제조업체의 사용자 지침 (10x Genomics)에 따라 준비한 다음, Bioanalyzer 고감도 DNA 키트 (Agilent Technologies)를 사용하여 프로파일링하고 Kapa 라이브러리 정량 키트 (Kapa Biosystems)를 사용하여 정량하였다. 단일-세포 RNA-seq 라이브러리들을 HiSeq4000 (Illumina)의 한 레인에서 시퀀싱하였으며; 단일-세포 TCR V(D)J 라이브러리들을 풀링한 다음 HiSeq2500 (Illumina)의 한 레인에서 시퀀싱하고; 시퀀싱은 제조업체의 사양 (10x Genomics)에 따라 수행되었다.
단일-세포 TCR 시퀀싱 데이터의 프로세싱
각 샘플에 대한 T 세포 수용체 (TCR) 시퀀싱 데이터를 “cellranger vdj”명령어 및 사전 구축된 인간 참조 패키지가 내장된 Cell Ranger 소프트웨어를 사용하여 프로세싱하여, 각 세포에 대한 가능한 클론형 할당을 얻었으며, 샘플 당 하나의 filtered_contig_annotations.csv 출력 파일이 생성되었다.
Cell Ranger 소프트웨어는 각 샘플에 대해 개별적으로 클론형을 할당하도록 설계되었으며 본 분석은 샘플간 공유된 클론형을 식별하는데 의존하기 때문에 범용 식별자를 사용하여 샘플간에 클론형을 다시 할당하는 Perl 스크립트가 작성되었다. 이 스크립트는 filters_contig_annotations.csv 파일의 CDR3 공통 뉴클레오티드 서열들의 세트를 사용하며, 두 세포가 모든 알파 사슬 CDR3 및 모든 베타 사슬 CDR3 공통 뉴클레오티드 서열들을 공통으로 공유 할 경우 동일한 클론형을 갖는 것으로 간주한다. 스크립트는 각 샘플에서 개별적으로 테스트되어 단일 샘플에서 Cell Ranger 소프트웨어에 의해 생성된 클론형들의 분류를 요약했는지 확인하였다.
클론은 종양 및 NAT 구획들에 있는 세포 수를 기반으로 상이한 클론 상주 패턴들로 분류되었다. 종양 및 NAT 싱글톤은 각각 종양 또는 NAT 구획에 단일 세포를 포함하는 클론이었다. 둘 이상의 세포들이 있는 클론들은 멀티플렛으로 분류되었다. 클론의 모든 세포가 독점적으로 종양 또는 NAT 구획에서 나온 경우, 각각 종양 및 NAT 멀티플렛으로 분류되었다. 기타, 종양과 NAT 구획 모두의 세포를 가진 나머지 클론들은 이중-상주 클론이었다.
단일-세포 RNA 시퀀싱 데이터의 프로세싱
단일-세포 RNA-seq 데이터는 Cell Ranger 소프트웨어를 사용하여 프로세스되었다. Illumina 베이스 콜 (BCL) 파일들은 “cellranger mkfastq”명령어를 사용하여 FASTQ 파일들로 변환되었다. 인간 참조 게놈 GRCh38 및 RefSeq 유전자 모델에 기반한 30,727개 유전자들의 맞춤형 참조 패키지를 사용하여, “cellranger count”로 발현 데이터를 프로세싱하였다.
고유 분자 식별자 (UM)로 측정된 전사체들의 수를 필터링된 barcodes.tsv, genes.tsv 및 matrix.mtx 파일에서 추출하여, R 통계 소프트웨어에서 메트릭스(matrices)를 구성했다. 원시 데이터는, 잠재적인 멀티플렛들을 제거하기 위해 총 전사체 수 또는 라이브러리 크기에 대해 각 세포에 존재하는 유전자 수를 플로팅함으로써, 분석된 데이터이다. 선형 영역에 대한 이러한 플롯을 육안으로 검사하여 최소 및 최대 유전자 수에 대한 컷오프를 다음과 같이 선택했다: 샘플 T1: 500-4500 (세포의 0.2% 제거); N1, 400-4500 (0.1%); T2. 500-4500 (0.1%); N2, 400-4500 (0.2%); T3, 300-2300 (0.3%); N3, 300-3000 (0.1%).
본 실시예에서 수득된 유전자 발현 데이터세트의 분석은 Seurat 패키지 (Morgan, M. 및 Davis, S. R. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/117200, 2017)를 사용하여 수행되었다. 표준 상관 분석 (CCA)을 사용하여 서로 다른 샘플들의 데이터를 결합하기 위해 패키지 작성자가 게시한 예시 프로토콜을 적용하였다. 특히, NormalizeData, FindVariableGenes 및 ScaleData 함수를 적용하여 고유한 UMI 수를 회귀시켰다. FindVariableGenes 함수에 의해 산정된 1000개의 가장 가변적인 유전자가 각 샘플에서 선택되었으며, 유전자가 2개 이상의 샘플에 존재한다는 요건을 사용하여 1101개의 유전자로 이루어진 전체집단(universe)을 산출하였다. 이어서 이들 유전자를 RunMultiCCA 함수의 입력값으로 사용하여 20 개의 표준 벡터를 산정했다. 이후 표준 상관관계 분석의 기본 축소형을 사용하여 AlignSubspace 함수를 실행하였으며, 6개 샘플들로 분류하고, 및 1 내지 12의 차원으로 정렬하였다.
차원 축소 및 클러스터링
차원 축소 및 클러스터링을 위해, 차원 1 내지 12에 대한 차원 축소를 위해 CCA 정렬 변수를 그리고 클러스터링에 기본 해상도 0.8을 사용하여 RunTSNE 및 FindClusters 함수를 적용하였다. Seurat의 FindClusters 함수는 사용가능한 가장 정확한 함수 중 하나로 밝혀졌다 (Duo, A. 외 F1000Research 7, 1141, 2018). 이 자동화된 클러스터링 절차에서 크기가 8267 ~ 2295 셀인 10개의 클러스터를 얻었다. 각 환자들의 세포들들 이 공통 맵에 맵핑한 결과 CCA 절차는 샘플-특이적 배치 효과를 대부분 제거했으며 각 클러스터는 3명의 환자 모두에 의해 표현되었다.
현재 데이터 세트의 크기가 커서 두 번째 수준의 클러스터링을 고려할 수 있었다. 클러스터링이 강제 될 수 있지만, 그러한 클러스터들이 발달적으로 구별되는 클론 계통들에 해당하는지 여부는 확실하지 않다. 따라서 이러한 결정을 체계적으로 보조하기 위해 본 발명의 TCR 정보가 적용되었다. Seurat의 FindClusters 절차에 기반하여, 하나의 클러스터를 두 개의 하위클러스터들로 나누는 제시된 분할 각각에 대해, 전체적으로 10 개 이상의 세포를 가지는 클론형들이 식별되었다. 이어서 2개의 하위클러스터들에 대해 할당된 각 클론형에 대하여 세포수의 분할을 플롯하였다. 동일한 클론 계통의 세포들이 2개의 하위클러스터들 사이에서 균등하게 분할되면, 이러한 하위클러스터들은 발달적으로 구별되는 아형들에 해당하지 않는 것으로 추론되었다. 그러나 동일한 클론 계통의 세포들이 크게 하나의 하위클러스터 또는 다른 하위클러스터로 분할되는 경우, 해당 하위클러스터는 발달상 구별되는 아형들을 설명하는 것이다. 이러한 TCR-유도된 하위클러스터링 분석을 기반으로, 클러스터 1, 2, 5, 8 및 9에서 발달상 구별되는 하위클러스터들에 대한 증거가 발견되었다. 이러한 하위클러스터들에 대한 또 다른 뒷받침은 각 하위클러스터에 대한 tSNE 맵, 클론 상주 패턴 및 바이오마커 식별에서 비롯되었다. 특히, 클러스터 1은 종양에서 높은 클론 확장을 가진 하나의 클러스터와 NAT에서 높은 클론 확장을 가진 하나의 클러스터를 가졌다. 클러스터 2는 유전자 발현에 의해 3개의 하위클러스터의 증거를 보여주었다. 클러스터 5는 tSNE 맵에서 두 개의 별개 영역들로 분리되었다. 클러스터 8과 9는 각 하위 클러스터를 식별하는 별개의 바이오마커를 보여주었다.
클러스터 5의 분할은 CD8A 및 CD4 발현이 모두있는 974개의 세포를 포함하는 하위클러스터를 생성했으며, 이는 유사한 유전자 발현을 갖는 두 개의 별개의 클론 계통으로 해석되었다. 이 클러스터를 분할하기 위해 해당 클론에 있는 다른 세포들의 클러스터 표지를 사용하여 801 개의 클론을 주로 CD8 또는 CD4로 분류했다. 나머지 173개의 클론은 801개의 분류된 클론들을 훈련 데이터로 사용하여 Classify세포 함수에 따라 분류되었다. 분류 결과 클러스터 8.3c-Trm 및 4.1c-Trm가 생성되었다.
클론 당 단일 T 세포 아형을 필요로 하는 클론형 수준에서의 분석을 위해, 클론들은 그 세포들 중에서 확산도가 가장 큰 T 세포 아형에 할당되었다. 가장 큰 확산도 중에 2 이상의 T 세포 아형들이 존재하는 경우, 동점(tie) 중에서 무작위로 할당한다.
차등 발현된 그리고 특징적인 마커 유전자들의 식별
서브세트 내 또는 서브세트간에 차등 발현된 유전자의 특성화를 필요로 하는 분석의 경우, Monocle 2 패키지를 사용하여 요청된 모든 유전자에 p-값을 할당 할 수 있었다. 원시 데이터는 import_all이 TRUE로 설정된 importCDS 함수를 사용하여 Seurat 객체에서 Monocle 형식으로 변환되었다. 이어서 estimatesSizeFactors 함수가 적용되었다. DifferentilyGeneTest 명령을 사용하여 차등 발현된 유전자 및 연관 P-값을 얻었다.
각 서브세트에 대한 특징적인 마커 유전자를 식별하기 위해, 분류 작업 절차가 필요했으며, 이의 목적 함수는, 평균의 차이를 표준 편차로 나눈 것이 목적 함수인 차등 발현이 아니라, 최소 오분류 비율이다. 이 분류를 수행하기 위해 이항 군에서 R의 glm 함수를 사용하여 로지스틱 회귀를 수행했습니다. 여기서 응답 변수는 주어진 하위 집합의 구성원 또는 비 구성원을 나타내는 범주 형 변수였으며 예측 변수는 주어진 유전자의 세포들 간 원시 수 (raw counts) 및 세포들의 라이브러리 크기였다. 이것은 전체 모델로 취급되었고, 축소 모델은 예측 인자로서 라이브러리 크기만 있는 모델인 것으로 간주되었으므로, 잠재적인 바이오마커로서 각 유전자의 측정값은 전체 모델의 이탈도에서 축소 모델의 이탈도를 뺀 값으로 주어졌다. 유전자 수에 대한 계수의 부호는 해당 유전자가 구성원과 양의 또는 음의 연관성이 있는지 여부를 나타낸다.
데이터세트들 간 클러스터 비교
동일한 차원 축소, 클러스터링 및 마커 유전자 식별 단계가 종양 침윤 림프구에 대해 공중이 이용가능한 3개의 단일-세포 RNA-seq 데이터세트에 적용되었다. Melbourne 대학 연구 (Savas, P. 외. Nat. Med. 13, 228 (2018))는 단일 세포 RNA-Seq를위한 10X Genomics 플랫폼을 사용하여 유방암 환자의 종양 샘플 2개에서 얻은 T 세포를 사용했다. barcodes.tsv, genes.tsv 및 matrix.mtx 파일 형식으로 제공되는 GSE110686의 데이터가 추출되었다. 이러한 데이터는 본 발명의 분석과 유사하게 Seurat에서 처리되었으나, 다만, 세포가 이미 단일 데이터세트로 결합되었기 때문에 1000개의 가장 가변적인 유전자가 정규 상관관계 분석없이 사용되었다. 대신 RunPCA가 수행되었다. FindClusters는 0.8의 해상도로 수행되어 1248에서 42 개의 셀 크기에 이르는 12 개의 클러스터를 생성했다.
Peking 대학의 연구 (Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018))는 14 명의 비소 세포 폐암 환자 (선암종 11명 및 편평 세포 암종 3명)의 T 세포를 포함하였으며, 전장 전사체 프로파일링을 위한 Smart-Seq2 프로토콜을 사용하여 단일-세포 수준에서 분석하였다. GSE99254로부터, 수의 대형 행렬 형태로 제공되는 데이터가 추출되었다. 저자는 각 세포에 대하여 16개 클러스터들 간 식별자를 제공하였으며, 이는 새로운 클러스터링을 수행하는 대신 본 실시예에서 사용되었다. 저자는 또한 종양, NAT 및 말초 혈액에서 클론 상주 패턴을 분석하기 위해 본 실시예에서 사용된 클론형 할당을 제공했다.
Memorial Sloan-Kettering 암 센터 (Azizi, E. 외. Cell 174, 1-16, 2018)의 연구에는 11명의 유방암 환자가 포함되었다. 8 명의 환자는 전체 세트 CD45+ 면역 세포에 대한 단일-세포 RNA-Seq 데이터를 보유한 반면, 3 명의 환자는 종양 구획에 있는 T 세포의 10X Genomics에서 얻은 단일-세포 RNA-Seq 및 TCR 시퀀싱 데이터를 모두 보유했다. 후자의 3명의 샘플은 T 세포에 대한 관심을 고려하여 본 실시예에서 분석되었다. 3명의 환자로부터 얻은 5개 샘플에 대해 barcodes.tsv, genes.tsv, matrix.mtx 파일 형태로 제공되는 GSE114727의 데이터를 추출했다. 이 데이터는 본 실시예에서 생성된 데이터와 동일한 방식으로 처리되었으며, 표준 상관관계 분석을 통해 5개의 샘플을 병합하고 0.8의 해상도로 FindClusters를 사용하여 클러스터링을 수행했다. 이 프로세스는 6758에서 254개의 셀 크기 범위의 14개의 클러스터를 생성했다.
각 연구의 각 클러스터에 대해, 특징적 바이오마커 유전자를 식별하기 위해 본 실시예에서 사용된 것과 동일한 절차를 수행하였다. 양의 계수와 가장 높은 편차 값을 가진 20개의 유전자가 조사를 위해 선택되었다.
클론 확장 양상들의 분석
도 3A에 도시된 분석을 위해, 클론형들을 다음 4가지 범주로 나누었다: 종양-독점적, NAT에 카운트가 없는 것; NAT-독점적, 종양에 카운트가 없는 것; 종양-우세; 종양 및 NAT 모두에 카운트가 있는 것, 종양 수가 NAT 수 보다 큼; 및 NAT-우세, 종양 및 NAT 모두에 카운트가 있는 것, NAT 수가 종양 수 보다 큼으로 정의됨. 이들 범주는 도 3A 및 3B의 각 산점도에 해당 영역들 별로 도시되어 있다. 각 클론형 범주 내 및 각 T 세포 서브세트 내에서 관찰된 전체 양상보다 더 큰 클론 확장의 존재를 결정하기 위해 R에서 푸아송 테스트를 수행했다. 푸아송 테스트는 클론 확장이 관찰된 전체 양상보다 크다는 다른 가설을 테스트하기 위해 단측 방식으로 수행되었다. 귀무 가설에 대한 파라미터 람다는 클론형들을 T 세포 서브세트들로 분할하기 전에 전체 클론형 세트에서 가져왔으며, 종양-독점적 클론의 경우 1.64; NAT-독점적 클론의 경우 1.53; 종양-우세 클론의 경우 11.38; NAT-우세 클론의 경우 15.10인 것으로 밝혀졌다. p-값은 도 3A의 각 산점도의 각 영역에 기록되며, 0.05 미만의 값은 빨간색으로 인쇄되어 있다.
VDJdb 및 TCGA의 TCR 서열들과 비교
The 2018-06-04일자 VDJdb 공개본은 인터넷상에서 공중이 이용가능하다 (Shugay, M. 외 Nucleic Acids Res 46, D419-D427 (2018)). 이 버전의 VDJdb를 사용하여 TCR 종이 “HomoSapiens”이고 에피토프 종이 “CMV”, “EBV”또는 “InfluenzaA”인 항목을 추출하고 분석했다. 본 실시예에서 생성된 데이터의 각 클론형을 VDJdb 데이터베이스의 cdr3 필드와 비교하였으며, 해당 클론형에 대한 CDR3 아미노산 서열들 중 어느 하나와의 정확한 매칭을 필요로 한다.
연구 저자로부터 TCGA 벌크 RNA-Seq 리드값들로부터 어셈블리된 716,720개의 TCR 서열들의 세트를 얻었다 (Wang, G.C. 외 Sci Transl Med 4, 128ra42, 2012). 각 서열은 FASTA 파일의 헤더에 있는 추정 CDR3 아미노산 서열로 표지되었다. 본 실시예의 각 클론형들을 비교하였으며, TCGA-유래 CDR3 서열의 서브스트링 중 어느 하나에 대한, 해당 클론형의 CDR3 아미노산 서열들 중 어느 하나의 정확한 매칭을 필요로 하였다. R 라이브러리 GenomicDataCommons를 사용하여 각 FASTA 파일을 암 유형에 연결되어 있는 알리쿼트 ID로 주석처리하였다. TCGA 유래 CDR3 서열은 모두 다른 암 유형을 가진 3명 이상의 개체에서 관찰되고, 2명의 개체가 동일한 암 유형을 갖지 않았을 때, 바이러스 반응 가능성이 있는 것으로 간주되었다.
CyTOF 분석을 위한 세포들의 염색
세척된 환자 PBMC, 종양 및 정상 인접 조직 침윤 면역 세포들을 PBS로 107개 세포/mL의 세포 농도로 재현탁시켰다. 그 다음 세포를 얼음위에서 5분 동안 5μM 최종 농도의 생존력 시약, CELL-IDTM 시스플라틴 (Fluidigm, South San Francisco, California)과 함께 배양하였다. 생존력 염색은 5x 부피의 MAXPARTM 세포 염색 완충액 (Fluidigm, South San Francisco, California)으로 퀀칭시키고 300 x g에서 원심분리하였으며; 이어서 세포를 염색 완충액에서 3천만개 세포/ mL의 최종 농도로 재현탁시켰다. For 항체 표지를 위해, 최대 3 백만개의 세포를 FALCONTM 5 mL 12 x 75 mm 튜브 (Corning, New York)로 옮겼다. Fc 수용체 결합을 차단하기 위해, 세포들을 5 μL의 인간 TruStain FCXTM (BioLegend, San Diego, California)와 함께 얼음 위에서 10분 동안 배양했다. 모든 금속-접합 표면 항체를 포함하는 마스터 mAb 칵테일을 세포 표면 염색을 위해 샘플에 첨가하고 얼음에서 30분 동안 배양했다. 이어서 세포를 4 mL 세포 염색 완충액으로 1회 세척하여 세포내 염색을 준비하였다. 간단히 말해서, 세포를 얼음 위에서 45분 동안 FoxP3 염색 완충액 세트 (Affymetrix, eBioscience, San Diego, California)를 사용하여 1 mL의 고정/투과 용액에 재현탁시키고, 5분 동안 800 xg에서 3 mL의 투과 완충액으로 세척하고, 50 μL의 투과 완충액에 재현탁시켰다. 그 후 50 μL 항체 칵테일을 첨가하여 세포들을 세포내 표적에 대해 염색하였다. 얼음에서 30분 동안 배양한 후, 세포를 4mL 세포 염색 완충액으로 세척하고 1.6 % EMS Fix (Electron Microscopy Sciences, Hatfield, Pennsylvania)에 CELL-IDTM 인터칼레이터-Ir을 포함하는 1mL 용액에서 4 °C에서 밤새 고정했다.
CyTOF 기기에서 획득
세포를 3 mL의 MAXPARTM 세포 염색 완충액으로 세척하고 5분 동안 800 x g에서 원심분리하였다. 그 후 한 차례의 4mL MAXPARTM 물 (Fluidigm, South San Francisco, California)을 세척제로 사용하였다. 세포 계수를 수행하기 위하여, 세포들을 1mL의 MAXPARTM 물에 재현탁시켰다. 세포 수를 얻은 후, 3 mL의 MAXPARTM 물을 첨가하고 기기 획득 이전에 마지막으로 세포들을 펠릿화시켰다. HELIOSTM, CyTOF 시스템 (Fluidigm, South San Francisco, California)에 도입하기 전에, 펠릿 세포를 EQTM Four Element Calibration Beads (Fluidigm, South San Francisco, California)가 포함된 MAXPARTM 물로 재현탁하고 35μm 나일론 메쉬 셀-스트레이너 캡이 있는 12 x 75mm 튜브 (Corning, New York)를 사용하여 여과시켰다.
데이터 프로세싱 및 CyTOF 데이터의 분석
모든 FCS 파일들을 MATLABTM (MathWorks, Natick, Massachusetts) 정규화장치를 사용하여 정규화시켰다. CD3+, CD14-, CD19-, EPCAM- 세포들을 살아있는 싱글렛 CD45+ 세포들의 집단으로부터 선택하였다. 데이터를 FLOWJOTM 소프트웨어 (Ashland, Oregon, 버전 10.2)를 사용하여 FCS 버전 3.0 파일들로 엑스포트 한 다음, read.FCS의 기본 설정을 사용하는 R의 flowCore 패키지를 사용하여 판독하였다. 중금속 동위 원소 사이의 누화는 R의 CATALYST 패키지와 질량 채널 139, 141-156 및 158-176 사이의 쌍별 누화를 다루는 상기 패키지의 ss_exp 데이터세트의 스필오버 매트릭스(pillover matrix)를 사용하여 보상되었다. 이 매트릭스에는 In113 (본 연구에서 EPCAM에 사용됨)에서 In115 (CD57)까지, 그리고 Gd157 (CD14)에서 Gc155 (CD27), Gd158 (OX40), Gd160 (Tbet), Sm152 (CD155_PVR), Sm154 (CD3) 및 Yb173 (TIGIT)까지를 제외하고 현재 데이터세트의 모든 동위원소 쌍에 대한 스필오버 추정치가 포함되어 있다. 그러나 EPCAM과 CD14는 모두 본 게이팅 과정에서는 대조적으로 선택되었다. 보정된 FCS 버전 3.0 파일은 발현에 대해 음수 값을 생성하지 않도록 음이 아닌 최소 제곱 방법을 사용하여 생성되었다.
CyTOF와 scRNA-Seq 데이터간에 비교가능한 분석을 만들기 위해 17개 샘플 모두에서 공통된 33개 단백질을 기반으로 Seurat의 동일한 분석 절차를 사용했다. 단백질 CD127, CD137, CD155 및 CCR8에 대한 데이터는 모든 샘플이 아닌 일부에서만 분석되었기 때문에 제외시켰다. 단백질 CD14, CD19, 및 EPCAM에 대한 데이터는 게이팅 과정에서 대조적으로 선택되었기 때문에 제외시켰다. scRNA-Seq 데이터와 마찬가지로 표준 상관 분석을 사용하여 샘플들을 조합시켰다. Seurat의 AlignSubspace 명령은 본 연구에 128GB의 랜덤 액세스 메모리가 있는 컴퓨터를 사용하였음에도 불구하고 총 100,000개의 셀에 도달하면 프로시저가 실패하는 등 많은 양의 메모리가 필요하다는 사실이 밝혀졌다. 따라서 현재 데이터세트에는 1,074,626개의 CD3+ 세포에 대한 측정값이 포함되어 있지만 총 24,000개의 종양 세포, 24,000개의 NAT 세포 및 24,000개의 PBMC 세포를 산출하도록 세포를 샘플링했다. 종양 및 PBMC 세포에 대해 이러한 수들을 얻기 위해 6명의 환자 각각에서 4000개의 세포를 무작위로 선택했다. NAT 세포의 샘플링을 위해, NAT 샘플은 환자 2에서는 없고 환자 7에는 NAT 구획에서 총 2156개의 세포만 있었으므로 나머지 4명의 환자 각각에서 5461개의 샘플을 샘플링하여 원하는 총 24,000개의 NAT 세포를 얻었다.
0.8의 해상도 (scRNA-Seq에 사용된 것과 동일)를 사용한 FindClusters 과정은 9개의 클러스터를 생성했으며 t-SNE 과정은 이러한 클러스터의 2 차원 시각화를 제공했다. 각 환자의 세포들을 공통 맵에 맵핑한 결과 CCA 절차는 샘플-특이적 배치 효과를 대부분 제거했으며 각 클러스터는 6명의 환자 모두로 표시되었다.
CyTOF와 scRNA-Seq 클러스터간의 일치를 찾기 위해 각 클러스터에 대해 유전자 발현 센트로이드(Centroids)를 산정했다. CyTOF 분석의 33개 단백질 각각을 RNA-Seq 분석에서 측정된 균등한 mRNA 전사체에 매칭시켰다. 일부 단백질은 여러 mRNA 전사체에 대해 매칭되었다. 예를 들어, CD16은 FCGR3A 및 FCGR3B,모두에 대해 매칭되어, 두 RNA-Seq 센트로이드들의 값의 평균이 선택되었다. 유사하게, HLA-DR 단백질과 대조적으로 매칭시키기 위해 HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, 및 HLA-DRB6에 대한 평균이 선택되었다. CD45RA는 CellRanger 출력에서 캡처되지 않은 다른 스플라이스 양식을 나타내므로 본 대응 분석에서 제외시켰다. 센트로이드는 표준 편차로 나누어 각 유전자를 스케일하고 각 클러스터 내 각 유전자의 평균 값을 취함으로써 산정되었다. 이어서 각 CyTOF와 각 scRNA-Seq 클러스터간에 쌍별 상관 분석을 수행하여 WGCNA R 패키지에서 33개의 평균 단백질 및 유전자 발현 값들 간 강력한 상관계수를 산정했다.
실시예 2. PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성과 유전자 발현 패턴 간의 관계
실시예 1에서 분석된 3명 환자의 TIL 집단들에 걸쳐, 클론 상주 패턴 (도 1D) 및 T 세포 서브세트 모두에서 비율의 가변성이 관찰되었다. 특히 환자들 간에 Tcyt, Tem 및 NKT 세포의 분율이 상이함이 명백했다 (도 5A). 따라서 TIL 집단 사이의 유전자 발현 패턴이 아테졸리주맙과 같은 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 임상 반응과 연관이 있는지 여부를 조사했다. 이를 위해, 유전자 세트 농축 분석 (GSEA) (Subramanian, A. 외 Proc Natl Acad Sci USA 102, 15445-15550, 2005; 및 Lamb, J. 외 Science 313, 1929-1935, 2006)을 193명의 NSCLC 환자들에서 항-PD-L1 항체 아테졸리주맙을 화학요법제 도세탁셀과 비교하는 무작위 II상 임상 시험 (POPLAR, (Fehrenbacher, L. 외 Lancet 387, 1837-1846 (2016)))에서 얻은 치료 전 벌크 종양 RNA-seq 데이터에 적용하였다. 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 세포 암종 환자 354명을 대상으로 한 아테졸리주맙 단일군 시험 (IMvigor210 (Hoffman-Censits, JH 외. J Clin Oncology 34, 355-355 (2016)))의 유전자 발현 데이터를 사용하여 유사한 분석을 수행했다. 이러한 분석의 결과는 이러한 적응증에서 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 유리한 반응과 양의 상관관계가 있는 유전자 시그너처를 보여준다. 이러한 결과는 다음 섹션에서 자세히 설명한다.
이중-상주 T 세포 유전자 시그니처는 비-소세포 폐암 및 요로상피 암종에서 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 환자의 반응성과 연관이 있다
POPLAR 임상 시험 데이터에서 일련의 유전자들이 치료 후 무 진행 생존 및 전체 생존과 유의하게 연관됨이 확인되었다. 이들 유전자는 scRNA-seq 데이터에서 그들의 차등 발현의 통계적 유의성에 따라 순위가 매겨진 각 T 세포 클러스터에 대한 유전자들에 매칭되었다 (도 5B 및 5C). Tcyts, 2개의 CD8+ Trm 서브세트, 1개의 NKT 서브세트, CD4+ 활성화 T 세포, 그리고 IL2RA- 및 IL1R2-양성 활성화 Tregs 서브세트 (클러스터 4.3b)를 포함하는 것들에 대해 아테졸리주맙에 대한 반응과 통계적으로 유의한 몇 가지 연관성이 확인되었다. 이에 반해, 도세탁셀에 대한 반응과의 연관성은 어떤 것도 통계적으로 유의하지 않았다. 4.3b-Treg와 아테졸리주맙에 대한 반응의 연관성은 특히 주목할만한데, 이 서브세트는 폐 선암종에서 불량한 예후와 연관이 있음이 다른 사람들 (Guo, X. 외. Nat. Med. 24, 978 (2018))에 의해 발견되었기 때문다.
고도로 확장된 종양-상주 멀티플렛, NAT-상주 멀티플렛 및 이중-상주 클론에서 세포들의 유전자 시그너처들이 추가로 확인되었다 (도 6). POPLAR 데이터의 카플란-마이어 분석 결과 이중-상주 클론과 연관된 유전자 시그너처는 아테졸리주맙 치료를 받은 환자들에서 전체 (HR = 0.54; P = 0.034) 및 무 진행 (HR = 0.58; P = 0.02) 생존 모두와 강한 연관성이 있었으나 도세탁셀 치료를 받은 환자들에서는 그렇지 않은 것으로 나타났다 (도 5D 및 5E). 대조적으로, 종양-상주 클론 시그너처 (도 5F 및 5G) 및 NAT-상주 클론 시그너처 (도 5H 및 5I)는 항-PD-L1 요법에 대한 OS 및 PFS 반응과 유의한 연관성이 더 적음을 보여주었다. POPLAR 시험에서 OS 및 PFS 반응과 강한 그리고 통계적으로 유의한 연관성을 보이는 것으로 나타났던 이중-상주 클론의 유전자 시그너처가 아래 표 7에 제시되어 있다.
표 7: 이중-상주 T 세포에 의해 발현되고 아테졸리주맙 요법에 대한 반응성과 양의 상관관계가 있는 유전자
PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성과 덜 강하게 연관되었던 종양-상주 및 NAT-상주 T 세포 클론들의 유전자 시그너처들이 각각 표 8 및 9에 제시되어 있다.
표 8: 종양-상주 T 세포에 의해 발현된 유전자
표 9: NAT-상주 T 세포에 의해 발현된 유전자
이러한 관찰 이후, 상기 표 7-9에 제시된 이중-상주, 종양-상주 및 NAT-상주 T 세포 클론들에 의해 발현된 유전자들과 요로상피 암종에서 PD-L1 축 결합 길항제 요법과의 사이에 연관성이 존재하는지를 조사하기 위해 후속 실험이 수행되었다. 이를 위해, 국소 진행성 또는 전이성 요로상피세포 암종 환자 354명을 대상으로 한 아테졸리주맙 단일군 시험 (IMvigor210 (Hoffman-Censits, J. H. 외 J Clin Oncology 34, 355-355 (2016)))의 유전자 발현 데이터를 사용하여 POPLAR에 대해 상기 설명된 연관성 분석 시험을 반복하였다. 이 조사 결과들을 도 5J - 5O에 도시한다. 이 설정에서, 상기 표 7에 제시된 이중-상주 T 세포에 의해 발현된 유전자는 아테졸리주맙 요법에 대한 유리한 OS 및 PFS 반응과 강하게 연관되어 있었다 (도 5J 및 5K). 종양-상주 T 세포 (도 5L 및 5M) 및 NAT-상주 T 세포 (도 5N 및 5O)의 유전자 발현 시그너처들은 OS 및 PFS 반응과 보다 적은 유의한 연관성을 보였다.
종합하면, 이러한 관찰결과는 클론 확장 양식과 폐 및 방광 종양 치료에서와 같은 암 면역요법의 임상 결과 사이의 연관성을 명확히한다.
별개의 환자 집단의 이중-상주 T 세포 클론에 의해 발현되는 유전자 또한 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성과 연관되어 있다
지금까지 본 실시예에 설명된 연관 실험들은 아테졸리주맙과 같은 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성과 상기 표 7-9에 제시된 유전자 시그니처들 사이에 상관관계가 존재하는지에 초점을 맞추었다. 표 7에 표시된 이중-상주 T 세포 유전자가 이러한 형태의 치료에 대한 반응성과 양의 상관관계가 있음을 입증한 후, 위에서 설명한 POPLAR 및 IMvigor210 연관성 실험을 반복하여 환자 반응성과 다른 NSCLC 환자 집단에서 얻은 이중-상주 T 세포 클론들의 유전자 시그니처 (최근 Guo 및 동료에 의해 보고됨) 간에 상관관계가 있는지 결정하였다 (Guo, X. 외 Nat. Med. 24, 978 (2018), 이 문헌은 본 명세서에 그 전문이 참조로 포함됨). Guo 외는 11명의 선암종 및 3명의 편평 세포 암종을 포함하는 14명의 치료-미경험 NSCLC 환자들로부터 단리된 T 세포에 대하여 심층 단일-세포 RNA 시퀀싱을 수행하였다. NAT-상주 클론 시그너처는 NAT-확장 클론에서 NKT 세포의 우세로 인해 Guo 외의 데이터세트로부터 확인되지 않았으나 (도 10A-10J), 이 데이터세트의 이중-상주 T 세포 유전자 시그너처는 NSCLC의 POPLAR 시험 (도 11A - 11D) 및 요로상피세포 암종에 대한 IMvigor210 시험 (도 11E - 11H)에서 아테졸리주맙에 대한 반응성과 강한 연관성을 보여주었다.
Guo 외의 데이터세트로부터 얻은 이중-상주 T 세포 유전자 시그너처가 아래 표 10에 제공되어 있으며, 이는 본 실시예에서 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성과 양의 연관성이 있는 것으로 나타났다.
표 10. 별개의 환자 집단에서 이중-상주 T 세포에 의해 발현되고 아테졸리주맙 요법에 대한 반응성과 양의 상관관계가있는 것으로 밝혀진 유전자
표 7과 10의 비교는 본 실시예에서 연구된 환자로부터 얻은 이중-상주 T 세포 클론들의 유전자 시그너처 (표 7)와 Guo 등이 연구한 환자로부터 얻은 이중-상주 T 세포 클론들의 유전자 시그너처가 공통으로 다음 유전자를 가짐을 나타낸다: NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A. 이러한 관찰결과는 아테졸리주맙과 같은 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 바람직하게 반응하는 환자의 성향과 이중-상주 T 세포 클론들과 연관된 유전자의 발현 사이의 양의 상관관계를 더욱 뒷받침한다.
아테졸리주맙 요법에 대한 반응성과 연관된 유전자의 발현 수준은 서로 상관관계가 있다
표 7에 제시된, 본 실시예에서 연구한 환자들의 이중-상주 T 세포 클론들에 의해 발현된 유전자들을 확인한 후, 이 패널에 속하는 개별 유전자들의 발현 수준이 서로 높은 상관관계가 있음을 발견했다 (도 7). 표 7에 열거된 유전자의 높은 교차 상관을 고려할 때, 개별 유전자의 발현 및/또는 이들 유전자의 하위패널 (예를 들어, 표 7에 제시된 유전자 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 이상의 하위패널)은 전체 패널과 동일한 예측 정보를 제공 할 수 있다. 이러한 관찰결과는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제에 반응할 가능성을 평가하기 위해 표 7에 제시된 20개 유전자 모두의 발현 수준을 결정할 필요가 없기 때문에 중요한 임상 이점을 제공한다. 오히려, 표 7에 열거된 개별 유전자의 발현 수준을 기반으로 하거나 표 7에 제시된 유전자 하위패널 (예컨대, 표 7에 제시된 유전자들 중 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 이상의 하위패널)의 발현 수준에 기초하여 이러한 결정을 내릴 수 있다.
예측 유용성은 세포독성 및 미토콘드리아 유전자의 복합 발현 수준을 평가하여 개선될 수 있다
도 7에 도시된 유전자 상관 데이터는 표 7에 제시된 패널에 속하는 유전자들 중 2개 서브세트의 존재를 입증한다. 특히, 표 7은 일련의 세포독성 유전자들 (PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, CST7, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 포함) 및 일련의 미토콘드리아 유전자들 (MT-ND4L, MT-ND4, MT-ATP6, MT-CO2, 및 MT-CYB 포함)을 포함한다. 도 7에서 보는 바와 같이, 이들 서브세트들 각각에 속하는 유전자들은 특히 높은 내부 상관관계를 나타낸다. 그러므로 이들 서브세트들 각각에 속하는 개별 유전자들은 서로의 그리고 전체 서브세트와 동일한 예측 정보를 제공한다. 도 8A-8N에 도시된 카플란-마이어 곡선은 POPLAR 시험에서 NSCLC 환자들 간에, 아테졸리주맙 치료 결과에 대한 바이오마커로서, 이들 세포독성 및 미토콘드리아 유전자들 중 몇 가지의 예측 유용성을 단독으로 그리고 서로 조합하여 보여준다. 유사하게, 도 9A - 9F는 위에서 언급한 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자의 전체 패널의 예측 유용성을 단독으로 그리고 서로 조합하여 보여주는 카플란-마이어 곡선을 제공한다. 이들 도면들은, 놀랍게도 표 7에 제시된 유전자 또는 유전자들의 패널의 예측 유용성이 환자가 PD-L1 축 결합 길항제 요법으로부터 이점을 얻을 가능성을 평가함에 있어서 하나 이상의 세포독성 유전자들의 발현 수준과 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들의 발현 수준을 조합함으로써 개선될 수 있음을 입증한다. 예측 유용성의 이러한 개선의 한 예가 세포독성 유전자 CST7과 미토콘드리아 유전자 MT-ND4, MT-CYB, 및 MT-CO2의 조합에 대하여 도 8A - 8N에 도시되어 있다.
이 예상치 못한 발견은 표 7의 세포독성 및 미토콘드리아 유전자들의 높은 내부 상관관계와 결합되어 상당한 의학적 이점을 제공한다. 특히, 이러한 발견에 기초하여, PD-L1 축 결합 길항제 요법에 반응하는 환자 (예를 들어, NCSLC 또는 요로상피세포 암종 환자와 같은 암 환자)의 성향은 표 7에 제시된 하나 이상의 세포독성 유전자들을 표 7에 제시된 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들과 조합하여 평가함으로써 개선된 정확도로 결정될 수 있다. 이러한 개선된 정확도는 주어진 환자 집단에 대한 PD-L1 축 결합 길항제의 안전성 및 효능을 증가시켜, 환자들을 치료되는 이러한 형태의 요법으로부터 이점을 얻을 가능성이 있는 것으로 식별할 수 있게 하고, 이에 따라 잠재적으로 불필요한 약물로부터 반응할 가능성이 더 적은 것으로 결정된 환자들을 보호할 수 있게 된다. 세포독성 및 미토콘드리아 서브세트들 각각에 속하는 유전자들의 높은 상관관계를 고려할 때, 이러한 정확도 개선에 도달하기 위해 반드시 세포독성 유전자들의 전체 패널을 미토콘드리아 유전자들의 전체 패널과 함께 사용할 필요는 없다. 오히려, PD-L1 축 결합 길항제 요법으로부터 이점을 얻을 환자의 가능성은 하나 이상의 개별 세포독성 유전자들과 하나 이상의 개별 미토콘드리아 유전자들의 발현 수준을 조합함으로써 개선된 정확도로 결정될 수 있다.
고유한 T 세포 클론형들의 존재
종합하면, 실시예 1 및 2에서 생성된 데이터는 폐 및/또는 방광 종양이 있는 환자와 같은 암 환자에서 별개의 T 세포 클론형들의 존재를 입증한다. 이러한 별개의 T 세포 집단들의 특성을 아래 표 11에 요약한다.
표 11: 클론 상주 패턴들 간 특성들의 요약
결론
널리 행해지는 암 면역요법의 주요 초점은 상주 기억 T 세포에서 풍부하게 발현되는 체크포인트 억제제 (예를 들어, PD-1, LAG-3, TIM-3 및 TIGIT)의 조절에 집중되어 있지만, 본 실시예에 설명된 결과는 다른 T 세포 아형들도 항종양 반응의 복잡성에 기여함을 입증한다. 구체적으로, 본 데이터는 아테졸리주맙과 같은 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성이 상기 표 7 및 10에 제시된 이중-상주 T 세포 유전자 시그너처와 같은 이중-상주 T 세포 유전자 시그너처의 발현과 상관관계가 있음을 보여준다. 또한 이중-상주 클론들의 크기는 종양에 대한 환자의 면역 반응의 범위와 질을 반영 할 수 있다 (Chen, D. S. 및 Mellman, I. Nature 541, 321-330 (2017)).
재료 및 방법
아테졸리주맙의 II상 임상 시험
아테졸리주맙은 PD-L1에 대한 인간화 단클론 항체이다. POPLAR (ClinicalTrials.gov 등록 번호 NCT01903993)은 2L+ NSCLC에서의 아테졸리주맙 (RNA-seq 프로파일이 있는 n=93의 환자) vs. 도세탁셀 (RNA-seq 프로파일이 있는 n=100의 환자)의 무작위 II상 시험이다. IMvigor210은 1L (코호트 1, n=95, 등록 번호 NCT02951767) 및 2L+ (코호트 2, n=259, 등록 번호 NCT02108652) 전이성 또는 국소 진행성 요로상피세포 암종 모두에서의 아테졸리주맙의 단일군 II상 시험이다. 전체 반응율 (ORR, RECIST1.1) 및 전체 생존 (OS)을 얻었다. 아테졸리주맙 또는 도세탁셀 치료 전에 각 환자에 대해 얻은 단일 종양 생검 또는 절제부로부터 얻은 벌크 전사체들을 RNA-seq로 특성화하였다. 각 시험의 데이터들을 상기 설명한 바와 같이 프로세싱하고 (Fehrenbacher, L. 외 Lancet 387, 1837-1846 (2016); 및 Hoffman-Censits, J. H. 외 J Clin Oncology 34, 355-355 (2016)), TMM으로 정규화하고 (trimmed mean of M-값), 및 log2-변환하였다.
T 세포 서브세트들과 임상 시험 데이터 사이의 유전자 세트 농후도 분석
1101개의 가장 고도로 가변적인 유전자들이 실시예 1에 기재된 Seurat-기반 분석으로부터 수득되었다. 본 연구에서 분석된 1101개 유전자들 중에서, 전체 생존 (OS)에 대해 p-값 < 0.05 및 위험비 < 0.8를 가지는 POPLAR 데이터세트의 95개 유전자들은 아테졸리주맙 반응과 양의 상관관계를 가지는 유전자들로서 매칭되었고, 그리고 OS에 대해 p-값 < 0.05 및 위험비 > 1.25를 가지는 37개 유전자들은 아테졸리주맙 반응과 음의 상관관계를 가지는 유전자들로서 매칭되었다. 마찬가지로, 54 및 20개의 유전자들은 각각 도세탁셀 반응과 양성 및 음성 연관성을 갖는 것으로 확인되었다.
각 T 세포 서브세트의 경우, Monocle 패키지를 사용하였으며, 원시 카운트에 대해 estimateSizeFactors 함수를 적용하고 1101 유전자들에 대해 differentialGeneTest 함수를 적용하고, 서브세트의 구성원을 예측자로 사용하여, 각 유전자에 대한 p-값을 산출하였다. 서브세트 및 서브세트 외부의 세포에 대한 각 유전자의 평균 발현을 산정하여 유전자가 서브세트에서 상향조절되었는지 또는 하향조절되었는지를 결정했다. 생성된 프로파일에는 상향- 및 하향조절된 유전자가 모두 포함되었기 때문에 Connection Map 프로젝트 (Lamb, J. 외 Science 313, 1929-1935, 2006)를 따랐으며, 이는 프로파일들의 극한값들과의 연관성을 찾는 부호화된 유전자 세트 농축 분석을 수행한다. 이어서 각 서브세트에 대해 상향조절된 유전자들에 대한 생존과 양의 연관성을 갖는 임상적으로 반응성인 유전자들과 각 서브세트에 대해 하향조절된 유전자들에 대한 생존과 음의 연관성을 가지는 임상적으로 반응성인 유전자들에 대해 순위 (p-값에 의해 결정됨)를 산정했다. 이러한 순위는 상향조절된 유전자들에 대한 농축 점수, 및 하향조절된 유전자들에 대한 농축 점수를 산출하였으며, 이들 2개 점수들 중 최대값을 주어진 T 세포 서브세트에 대한 통계치로 사용하였다. 통계적 유의도는 관찰된 통계를 100,000개의 무작위 순위 순열들에서 파생된 통계와 비교하여 결정되었다. R의 qvalue 패키지를 사용하여, 국소 위 발견율, 또는 q-값을 얻기 위해 각 약물에 대하여 테스트된 18개의 p-값 간의 다중 비교에 대한 조정이 이루어졌다.
II상 시험들로부터 얻은 벌크 종양 RNA-seq 데이터에서 시그너처 점수화
각 시그너처에 대해, 데이터세트 (log2-변환 후) 전반에 걸쳐 각 유전자에 대한 z-점수를 계산하고, 관심 시그너처를 형성하는 유전자들로부터 평균 z-점수를 계산하여, 각 시험에 속하는 각 환자들에 대한 발현 점수를 산정하였다. 이러한 시그너처 점수를 POPLAR에서 고 (>= 시험 코호트 중앙값) 또는 저 (< 시험 코호트 중앙값)로 추가로 이분화하였다. POPLAR에서 OS의 일변량 분석을 위해, R의 생존 패키지를 사용하여 Cox-비례 위험 모델을 적합시켜, 각 유전자에 대한 로그 순위 p-값을 얻었다. 단일군 시험 IMvigor210에서, 시그너처 디분화에 대한 몇가지 임계값들 (30%, 40%, 50%, 60% 및 70%)을 테스트하였으며, 95% 신뢰 구간에서 생성된 위험비를 포레스트 도표로 나타내었다.
실시예 3. PD-L1 축 결합 길항제 요법에 반응하는 환자의 성향 결정 및 이에 따른 환자 치료
본 명세서에 기재된 조성물 및 방법들을 사용하여, 암에 걸린 환자가 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 반응하게 될 가능성을 결정할 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 암, 가령, 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암), 방광암 (예를 들어, 요로상피세포 암종), 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종), 또는 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암)에 걸린 환자는, 환자가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하기 위해 하나 이상의 유전자 발현 분석을 받을 수 있다. 이러한 결정을 하기 위해, 담당의는 PD-L1 축 결합 길항제로 환자를 치료하기 전에 환자로부터 수득된 샘플, 가령, 종양 조직 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, GPR56, IFITM2, IFITM1, TMSB10, CD247, COX2, COX1, CLIC3, S100A4, 및 CYBA 유전자들 중 하나 이상 (예를 들어, 상기 표 1-4 중 어느 하나에 제시된 유전자들의 패널, 및/또는 하나 이상의 세포독성 유전자 및 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는 유전자들의 패널)의 발현 수준을 결정할 수 있다. 유전자 발현 분석은 본 명세서에 기재된 하나 이상의 방법들, 가령, 중합효소 연쇄 반응 접근법 또는 RNA-seq 분석법을 사용하여 수행될 수 있다. 이들 실험들로부터 얻은 유전자 발현 데이터를 사용하여, 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준을 결정할 수 있다. 이후 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준을 참조 면역-점수 발현 수준, 가령, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준과 비교할 수 있다. 환자로부터 얻은 샘플에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준을 초과하는 관찰결과는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타낸다. 대안적으로, 환자로부터 얻은 샘플에서 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준이 참조 면역-점수 발현 수준 미만인 관찰결과는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 낮음을 나타낸다.
PD-L1 축 결합 길항제는, 예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 가령, 항-PD-L1 항체 또는 이의 항원-결합 단편일 수 있다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다. 따라서, 환자가 PD-L1 축 결합 길항제 요법에 반응할 가능성이 있는 것으로 결정되면, 아테졸리주맙이 환자에게 투여되도록 선택 될 수 있다. 아테졸리주맙은 본 명세서에 기재된 임의의 하나 이상의 투여 일정 및 투여 경로를 사용하여 환자에게 투여 될 수 있다. 예를 들어, 아테졸리주맙은 환자에게 1200 mg으로 3주마다 정맥내 투여될 수 있다. 상기 용량은 단회 용량 또는 다회 용량 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 7회 이상 용량)으로, 가령, 주입으로 투여될 수 있다.
아테졸리주맙은 환자에게 단독으로 또는 본 명세서에 기재된 면역조절제와 같은 하나 이상의 추가 항암 요법제와 조합하여 투여 될 수 있다. 예를 들어, 아테졸리주맙은 하나 이상의 항-TIGIT 항체 및 이의 항원-결합 단편, 항-CTLA-4 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD27 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD30 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD40 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-4-1BB 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-GITR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-OX40 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TRAILR1 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TRAILR2 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TWEAK 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TWEAKR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BRAF 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-MEK 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD33 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD20 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD52 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-A33 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-GD3 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-PSMA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-Ceacan 1 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-Galedin 9 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-HVEM 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-VISTA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-B7 H4 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-HHLA2 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD155 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD80 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BTLA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD160 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD28 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD226 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CEACAM1 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TIM3 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD96 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD70 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD27 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-LIGHT 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD137 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-DR4 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CR5 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-FAS 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-CD95 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TRAIL 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-DR6 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-EDAR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-NGFR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-OPG 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-RANKL 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-LTβ항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BCMA 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TACI 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-BAFFR 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-EDAR2 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 항-TROY 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 및 항-RELT 항체 또는 이의 항원-결합 단편과 조합하여 환자에게 투여될 수 있다.
PD-L1 축 결합 길항제를 환자에게 투여 한 후, 담당의는 선택된 형태의 요법에 대한 환자의 반응을 모니터 할 수 있다. PD-L1 축 결합 길항제 요법에 대한 반응성은 본 명세서에 기술된 다른 메트릭스들 중에서도 전체 생존 연장 및/또는 무 진행 생존으로 표현될 수 있다.
실시예 4. T 림프구의 말초 클론 확장은 종양 침윤 및 암 면역요법에 대한 반응과 연관된다.
요약
PD-1과 그 리간드 PD-L1의 상호작용을 차단하는 항체에 의한 암 치료에서 괄목할만한 임상적 성공에도 불구하고, 원인이 되는 메커니즘과 연관된 중요한 부분들이 여전히 밝혀지지 않고 있다. 가장 널리 추정되는 메커니즘은, 처음에 설명되었던 바와 같이, PD-1 차단이 만성 바이러스 감염 동안 만성 자극된 T 세포에 의해 나타나는 말기 분화 또는 “고갈된”표현형을 역전시키는 작용을 한다고 가정한다 (Mellman, I., Coukos, G., 및 Dranoff, G. Nature 480, 480-489, 2011; Wherry, E. J. 및 Kurachi, M. Nature Rev Immunol 14, 486-499, 2015; Topalian, S. L., Drake, C. G., 및 Pardoll, D. M. Cancer Cell 27, 450-461, 2015). 그러나 최근의 관찰결과는 이러한 모델에 의문을 제기하여, 최종 고갈된 표현형이 후성적으로 잠겨있어 변경하기 어렵다는 것을 보여준다 (Pauken, K. E. 외 Science 354, 1060-1065, 2016; Philip, M. 외 Nature 545, 562-456, 2017; Khan, O. 외 Nature 571, 211-218, 2019; Scott, A. C., 외 Nature 571, 270-274, 2019). 종양 면역에서 T 세포의 기원과 운명을 이해하는데 있어 주된 한계는 암 환자에서 개별 T 세포 클론형들의 분포에 대한 정량적 정보가 부족하다는 것이다. 본 실시예에서, 단일-세포 RNA 시퀀싱 (scRNA-seq) 및 TCR 클론형들의 심층 분석 (scTCR-seq)을 여러 적응증들에 걸쳐 암 환자에서 수행하여, 종양, 정상 인접 조직 (NAT) 및 말초 혈액의 다양한 T 세포 집단에서 TCR들의 프로파일을 평가했다. 환자들의 서브세트에서, 종양내 뿐만 아니라 NAT에서도 T 효과기 및 효과기 기억-유사 세포의 클론형 확장에 대한 명확한 증거가 발견되었다. 이러한 클론형 확장의 유전자 시그너처들을 가지는 환자들이 항-PD-L1 요법에 가장 잘 반응하는 것으로 보인다. 중요한 것은 종양과 NAT에서 발견되는 확장된 클론형들 또한 일반적으로 말초 혈액에서 발견 될 수 있으며, 이는 환자 식별에 대한 편리한 접근 방식을 시사하는 것이다. 이러한 데이터의 분석은 특히 반응성인 환자들의 종양내 T 세포가 종양 외부 부위들로부터 얻은 고갈되지 않은 새로운 대체 세포로 지속적으로 보충됨을 시사하는 것이며, 이는 이들 환자들에서 암 면역 사이클이 지속적으로 활성화되며, 이의 가속화는 임상 반응과 연관될 수 있음을 시사하는 것이다.
결과
4개의 다른 암 유형을 가진 14명의 치료-미경험 환자로부터 채취한, 수술로 절제된 신선한 샘플들로부터 142,752개의 TIL에 걸쳐 3억 2,500만 개의 mRNA 전사체가 시퀀싱되었다 (도 16A - 16C). 각 환자에 대해, 종양, 비-종양 정상 인접 조직 (NAT)으로부터 그리고 4명의 환자에서 말초 혈액으로부터 샘플을 채취했다. TCR 시퀀싱은 99,788개 세포들에서 알파 또는 베타 사슬들의 하나 이상의 CDR3 영역을 생성했다. T 세포는 모든 서열화된 CDR3 영역을 매칭시킴으로써 56,975개의 별개의 클론형들로 분류되었으며, 이는 클론 확장의 측정 및 조직 전반에 걸친 클론 계통의 추적을 가능하게 하였다. 개별 클론형들은 환자간에 거의 공유되지 않았지만, 많은 클론형들은 해당 환자의 종양 및 상응하는 NAT 모두에 상주했다 (도 16D). 이러한 이중-확장 클론들은, 종양 및 NAT 멀티플렛으로 명명되는, 하나의 구획에 단독으로 상주하는 확장된 클론들과, 그리고 어느 하나의 구획에 하나의 관찰된 세포만을 가지는 싱글톤 클론들과 대조를 이룬다.
대부분의 클론형들은 T 세포의 다양한 레퍼토리를 나타내는 싱글톤이었지만 (도 16E), 각 환자의 클론형들의 9-18%는 클론 확장된 멀티플렛 및 이중-확장 클론이었다. 이중-확장 클론형들은 관찰된 세포의 상당한 분율을 나타내며, 때때로 주어진 구획에서 대부분의 T 세포를 구성한다 (도 16F). NAT 및 종양에서의 세포 수에 의해 플롯된 개별 클론들의 패턴들을 조사하여 더 많은 관찰결과를 얻었다 (도 12A). 일부 환자, 예를 들어, 콜론1에서, 주 대각선을 따라 정렬된 이중-확장 클론들은 두 구획에서 거의 동일한 세포 수를 반영하며, 이는 해당 구획들에서 여러 독립 클론형들에 의해 이루어지는 유사하거나 병렬인 과정들을 시사하는 것이다. 반면, 다른 환자들에서, 이중-확장 클론들은 주 대각선으로부터 산발적으로 존재하였으며, 이는 클론들이 종양 또는 NAT에서 우세하게 확장되었음을 나타내는 것으로, 이는 다양한 이중 클론 확장 패턴을 시사한다. 환자들 간의 이러한 차이의 한가지 측정치는 이중-확장 클론들 간 종양 및 NAT 세포수들의 피어슨 상관 계수이다.
종양과 NAT의 병렬 확장은 주변에서 T 세포의 침윤을 나타내며, 염증이 있는 혈관에서 양쪽으로 똑같이 유출되는 반면, 발산 확장은 조직내 T 세포의 국소 이동, 확장 또는 감소(attrition)를 나타낼 수 있다. 이 개념에 대한 증거는 매칭되는 혈액 샘플들에서 발견되었으며, 종양 및 NAT에서 병렬 확장이 있는 클론들도 혈액에서 고도로 확장되었다 (도 12B). 병렬 확장 방식을 보인 환자는 또한 종양과 NAT로의 높은 수준의 림프구 침윤을 보여주었다 (도 12C - 12E). 중요한 것은, 혈액에서 확장된 클론들의 분율이 이중 확장의 범위에 대한 프록시인 것으로 밝혀졌고, 강력한 이중 확장을 가진 환자들에서, 혈액에서 확장된 것으로 검출된 TCR들은 이들 TCR들의 최대 87%를 차지하는 이중-확장된 클론들의 TCR 레퍼토리를 정확하게 반영하였다 (도 12F). 이 민감도는 종양 침윤 림프구 (TIL)의 이중 확장 및 연관 TCR을 측정하기위한 편리한 진단 테스트를 제안하고 암 면역요법에서 혈액-기반 분석을 위한 다른 제시안들에 확장된다 (Gros, A. 외 Nat Med 22, 433-438, 2016; Schumacher, T. N. 및 Scheper, W. Nat Med 22, 340-341, 2016; Manjarrez-Ordu
o, N. 외 Front Immunol 9, 1613, 2018; Hogan, S. A. 외 Cancer Immunol Res 7, 77-85, 2019. 말초 및 종양내 클론 확장 사이의 연관성은 14개 NSCLC 샘플들로부터 얻은 scTCR-seq의 외부 데이터 세트 (Guo, X. 외 Nat Med 24, 978-985, 2018)에서 반복 및 확장되었다 (도 12G). (도 12H - 12I, 도 17). 전반적으로, 상기 결과는 말초 클론 확장이 종양과 NAT 모두에서 침윤과 연관이 있음을 보여준다.
scRNA-seq를 사용하여 유전자 발현을 동시에 측정함으로써 클론 확장의 특징을 추가로 조사하였다. 비지도 클러스터 분석은, 2차원 맵에 도시된 바와 같이 (도 13A), 별개의 CD8+ 및 CD4+ T 세포 아형들 또는 생리학적 상태에 상응하는 클러스터들에 T 세포를 할당하였다. 공개된 출처의 참조 유전자 시그너처를 사용하여 세포를 분류하였으며 (Guo 외 2018, Yost, K. 외 Nat Med 25, 1251-1259, 2019) (도 13B, 도 18A), 이는 클러스터 8.1은 외부 CX3CR1 및 CD8_eff 클러스터에 해당하고, T 효과기 (Teff) 세포와 일치하며, 클러스터 8.2는 GZMK 및 CD8_mem 클러스터에 해당하고, T 효과기 기억 (Tem) 세포와 일치함을 시사한다 (Bratke, K. 외 Eur J Immunol 35, 2608-2616, 2005; Abdelsamed, H. A. 외 J Exp Med 214, 1593-1606, 2017). 이러한 아형 할당은 로지스틱 회귀를 사용하여 식별된 클러스터-특이적 유전자 발현 바이오마커에 의해 추가로 뒷받침된다 (도 13C, 도 18B). 클러스터 8.4는 DNA 복제 인자 MCM7의 발현이 높았으며, 이는 활성 유사 분열을 나타낸다. 클러스터s 3.1 및 3.2는 풍부한 미토콘드리아 유전자들을 발현하였으며, 이는 세포사멸 (apoptosis)을 시사한다. 분석을 단순화하기 위해 이들 클러스터를 일반적인 CD3+ 세포로 따로 설정하였다.
3개의 클러스터 8.3a, 8.3b, 및 8.3c는 ITGAE (CD103)의 풍부한 발현을 기초로 상주 기억 (Trm) 세포로 간주되었다 (Schenkel, J. M. 및 Masopust, D. Immunity 41, P886-897, 2014). 이들 클러스터는 또한 PDCD1 (PD-1)을 포함하는 활성화-고갈 마커의 낮은, 중간 및 높은 발현을 기초로 하여 (도 13D 상단 패널,도 18C), 또한 최근 확인된 전구세포 고갈 및 최종 고갈 Trms 범주와 일치하는 (Miller, B. C. 외 Nature Immunol 20, 326-336, 2019) 줄기-유사 고갈된 대 최종 고갈된 CD8+ T 세포에 대한 공지된 유전자 시그너처별로 (Im, S. J. 외 Nature 537, 417-421, 2016) (도 13D 하단 패널) 분별될 수 있다. Trm 아형들은 또한 활성화 마커 CD69 및 XCL1 (림포탁틴); 조직 상주 조절자인 ZNF683 (Hobit) (Mackay, L. K. 외 Science 352, 459-463, 2016); 및 살해 세포 렉틴-유사 수용체, 가령, KLRC2의 발현에 있어서 상이하였다 (도 13C). 또한, 클러스터 8.3a 내지 8.3c는 종양 대 NAT에서 확산도의 증가를 보여주었으며 (도 13E), PD-1 발현, 최종 고갈 및 종양 미세환경 내 동족 항원에 대한 노출 증가 사이의 관계를 뒷받침한다 (도 13F) (Thommen, D. S. 외 Nat Med 24, 994-1004, 2018). 혈액에서 확장된 CD8+ T 세포는 주로 클러스터 8.1-Eff 및 8.2-Tem에 속했지만 (도 13G), 혈액내 조성은 4명의 환자간에 매우 다양했다 (도 18D, 오른쪽).
scTCR-seq 데이터를 유전자 발현 맵 상에 맵핑하고 (도 13H) 클론 확장 패턴들을 클러스터 별로 표로 작성한 결과 (도 18D, 왼쪽), CD4+ 세포는 4.1-S100A6의 종양 및 NAT 멀티플렛 확장 양상을 제외하고 싱글톤을 포함하는 것으로 나타났는데, 이는 그 ITGAE 발현에 기반할 때 CD4+ Trm일 가능성이 있음을 나타내는 것이다 (도 13C, 도 18C). 대조적으로, CD8+ 세포들은 대부분 이중-확장되며, 일부 8.2-Tem 및 8.3-Trm 세포들도 종양 멀티플렛 클론들에 속한다. T 세포 클러스터는 뚜렷이 구별되는 클론 확장 양상을 보였는데 (도 13I, 도 18E), Teff 세포는 확장된 혈액 클론들이 종양 및 NAT로 병렬로 침윤하였음을 나타낸 반면, Tem 세포들은 3개 구획들 간 감소되었으나 상당한 상관관계 및 국소 이동 또는 감소 (attrition) 가능성을 보여주었다. 대조적으로, Trm 세포는 혈액에서 거의 확장을 나타내지 않았으며, 이는 국소 확장 메커니즘을 나타내는 것이다. 외부 데이터세트 (Guo, X. 외 Nat Med 24, 978-985, 2018; Zhang, L. 외 Nature 564, 268-272, 2018)를 분석하여 유사한 결과를 얻었는데, 유사한 CX3CR1 및 GZMK 클러스터들은 8.1-Eff 및 8.2-Tem 클러스터와 유사한 클론 확장 패턴을 보여주었다 (도 19A, 도 19B). 종양 및 NAT에서 효과기 T 세포에 의한 병렬 클론 확장에 대한 한 가지 가능한 메커니즘은 염증이 있는 혈관을 통한 유출이며, 이는 종양에서 케모카인 구배에 따른 이동이 중심이 되는 것과 대조적이다 (Shulman, Z. 외 Nature Immunol 13, 67-76, 2012). 메커니즘에 관계없이, 본 실시예의 결과들은 도 12B에서 이전에 관찰된 환자 가변성이 각각 특정한 클론 확장 방식을 가지는 Teff, Tem, 및 Trm 세포의 비율 변화를 반영할 수 있음을 보여준다 (도 13J).
본 실시예에서 생성된 데이터는 종양, NAT, 및 혈액 간 클론 크기에 관한 스냅샷으로 도시되며 이는 다양한 동적 프로세스의 시간 경과에 따른 축적을 나타낸다. 이러한 역학을 이해하기 위해 기저 세포 암종의 치료 전 및 치료 후 T 세포의 외부 데이터 세트 (Yost 2019)를 분석했으며, 두 세트의 측정값들은 시간 경과와 면역요법 모두에 따라 달라진다. 공개된 분석 결과는 기존의 고갈된 TIL이 보유하는 것과 구별되는 클론형을 가진 새로운 클론들이 나타남을 보여준다. 종양내 신규 클론들의 scTCR-seq를 치료 전 혈액의 벌크 TCR-seq와 매칭시킴으로써, TCR 표현에서 상관관계가 발견되었는데 (도 14A), 이는 신규 클론의 출처가 종양 외부에 있음을 시사한다. 또한 환자는 신규 클론의 수와 크기가 상당히 달랐으며 이러한 차이는 말초 혈액의 클론 다양성 정도와 연관되었다 (도 14B). 그러나 이러한 데이터로부터 임상 반응과의 관계를 추론 할 수 없었다.
그럼에도 불구하고, 클론들이 치료 전 혈액과 TCR 서열들을 공유하였는지 여부에 기초하여 이들을 구별함으로써 (도 14C, 도 14D), 다음과 같은 주목할만한 관찰 결과를 얻었다: 혈액에서 TCR 발현이 없는 경우, 확장된 신규 클론들의 세포들은 대부분 고갈되었으나 (CD8_ex 또는 CD8_ex_act), 혈액에 발현이 있는 경우, 이러한 세포들은 고갈되지 않았거나 (CD8_mem) 심지어 활성화되었다 (CD_act). 이러한 관찰결과는 두 가지 가능한 클론 확장 방식을 시사한다: (1) T 세포를 고갈시키는 혈액과 무관한 국소 확장; 및 (2) 신규한, 고갈되지 않은 클론들을 종양에 도입시하는 침윤 과정. 신규 클론 이외에도, 두 시점에 존재했던 나머지 클론들은 치료 전 혈액과 매칭시켰을 때 치료시 확장되었는데 (도 14C), 이는 신규 클론과 기존 클론 모두가 말초로부터 대체 세포들에 의해 지속적으로 공급되었음을 시사한다. 신규 CD4+ 클론형에 적용된 유사한 분석은 혈액 클론형 (도 20A) 또는 환자 간 클론 다양성 (도 20B)과 실질적인 상관관계를 나타내지 않았지만, T 여포 보조 세포들에 대하여 가능한 혈액-무관 확장 패턴이 관찰되었다.
종양 뿐만 아니라 비-종양 항원에도 반응 할 수 있는 침윤 T 세포의 확산도는 “방관자”ENTPD1-(CD39-) T 세포에 관한 최근의 관찰결과 (Simoni 2018)를 설명 할 수 있으며, 종양내 CD8+ T 세포들의 10% 미만이 종양에 반응한다는 최근의 연구 결과 (Scheper, W. 외 Nat Med 25, 89-94, 2019)를 설명하는데 도움이 될 수 있다. 본 실시예의 TCR 레퍼토리를 공지된 또는 일반적인 바이러스 항원에 반응할 가능성이 있는 TCR들의 데이터베이스와 비교하였으며 (Shugay, M. 외 Nucleic Acids Res 46, D419-D427 (2018); Li, B. 외 Nat Genet 48, 725-732, 2016), 바이러스 반응성인 T 세포들은 각 환자에서 싱글톤 클론들 + 몇몇 고도로 확장된 클론들의 대규모 레퍼토리로부터 유래하였으며 (도 21A), 이중-확장 클론형들이 매칭 가능성이 가장 높음을 발견하였다 (도 21B). 가장 큰 빈도로 매칭되는 클러스터는 3.2- RNR1 (도 21C)이었으며, 이의 세포사멸의 유전자 시그니처는 동족 항원을 만나지 못하는 T 세포들의 감소와 일관된다 (McNally, J. M. 외 J Virol 75, 5965-5976, 2001).
본 실시예에서 생성된 데이터 및 외부 데이터 모두의 분석이 시사하듯이, 환자는 말초 클론 확장 및 그에 따른 T 세포의 침윤 정도가 다양하며, 이러한 가변성은 잠재적으로 면역 체크포인트 차단에 대한 임상반응과 연관될 수 있다. 항-PD-L1 항체 아테졸리주맙의 3가지 무작위 II상 시험으로부터 벌크 RNA-seq 종양 샘플들을 얻었으며 (Mariathasan, S. Nature 22, 544-548, 2018; Fehrenbacher, L. 외 Lancet 387, 1837-1846 (2016); McDermott, D. F. 외 Nat Med 24, 749-757, 2018), 이들을 본 연구에서 식별된 CD8+ T 세포 클러스터들의 유전자 시그너처들을 사용하여 평가하였다 (도 15A). 상응하는 세포 유형들에 대한 상이하지만 오버랩되는 이중 확장 프로파일과 일관되게 (도 13H,도 18D), 이들 유전자 시그너처들은 클론 확장 양상 (도 15B)과 연관되어 있는데, 8.1-Eff 시그너처는 이중-확장 클론에서 그리고 8.3c-Trm은 종양 멀티플렛에서 고도로 발현된다. 8.2-Tem 시그너처는 또한 NAT 싱글톤 또는 멀티플렛에 비해 종양-내포 구획들에서 다소 풍부하였다. 이들 유전자 시그니처는 CD8+ T 세포의 아형들을 나타내기 때문에, 이들 중 대부분은 CD8+ T 세포 확산도의 지표이자 면역요법에 대한 반응을 예측하는 것으로 알려진 CD8A 발현 (도 22A)과 높은 상관관계를 보였다 (도 22B, 왼쪽 상단). 가장 강한 상관관계는 8.1-Eff 및 8.2-Tem 유전자 시그니처들이었으며, 이는 환자들 간 CD8+ T 세포 집단들의 분산을 설명함에 있어서 연관성이 있음을 시사한다. 8.1-Eff 및 8.2-Tem 시그니처들의 유전자들은 개별적으로 개선된 무 진행 생존 (PFS)에 대한 편향을 보였으며 (도 15C), 이들의 조합 점수는 여러 아테졸리주맙-내포 암에서 개선된 PFS와도 연관이 있었으며 (도 15D), 신장 세포 암종에서 베바시주맙 부재시 골수 세포에 의해 제안되는 면역억제 역할을 반영할 수 있는 IMmotion150의 단일요법은 제외된다 (McDermott 2018).
종합하면, 본 실시예는 종양 내 이중-확장 클론의 존재 그리고 종양 외부의 T 세포에 의한 이와 연관된 보충이 환자의 가변성 및 암 면역요법의 임상적 이점을 설명하는 핵심 요소가 될 수 있음을 입증한다. 환자들의 말초 클론 확장 정도는 다양하며, 본 실시예에서 생성된 데이터는 다부위 확장 정도가 단순한 CD8+ TIL들의 존재 보다는 다부위 확장 정도가 반응을 더 잘 예측할 수 있음을 보여준다. 임상적 이점은 이러한 T 세포 집단에 대한 직접적인 PD-1/PD-L1 차단 효과로 인한 것이거나 (Yan, Y. 외 JCI Insight 3, e97828, 2018; Yamaguchi, K. 암 Sci 109, 3032-3042, 2018), 또는 T 세포 반응이 진행중이고 지속적으로 TIL들이 보충되는 환자들에서만 차단이 순응된 항-종양 T 세포의 생산을 증가시키는 작용을 할 수 있기 때문일 수 있다. 이러한 관찰결과는 종양 또는 NAT에서 T 세포의 공급이 말초에서 효과기 및 효과기 기억 T 세포의 가용성에 따라 달라질 수 있음을 시사한다. 이들은 또한 일부 환자의 경우 혈액에서 T 세포를 샘플링하여 조직-상주 T 세포의 TCR 레퍼토리에 대한 정보를 제공하여 “액체 생검”가능성을 확대할 가능성을 높인다.
재료 및 방법
시약 및 항체
FACS 분류에 사용된 항체들이 아래에 열거되어 있다:
CD45: Biolegend, 2D1, B237418, 368512, APC 또는 368516 APC/Cy7
CD3: Biolegend, HIT3a, B256208, 300308, PE.
EpCAM: Biolegend, 9C4, B255542, 324222, PE/Cy7.
CD56: Biolegend, 5.1H11, B263355, 362546, FITC.
CD14: Biolegend, 63D3, B257234, 367116, FITC.
CD11b: Biolegend, ICRF44, B218669, 301330, FITC.
CD16: Biolegend, B73.1, B238206, 360716, FITC.
CD19: Biolegend, HIB19, B2448329, 302206, FITC.
소프트웨어 버전
분석을 위해 Cell Ranger 소프트웨어 (10x Genomics, Pleasanton, CA) 버전 2.2.0 (Zheng, G. X. Y. 외 Nature Communications 8, 14049, 2017), Perl 버전 5.18.2, R 버전 3.6.0, 및 다음과 같은 R의 패키지 및 버전들을 사용하여 컴퓨터 분석을 수행하였다: Seurat, 3.0.2 (Stuart, T. 외 Cell 177, 1888-1902, 2019); limma, 3.41.15 (Ritchie, M.E. 외 Nucleic Acids Research 43, e47, 2015); annotate_1.63.0; homologene, 1.4.68.19.3.27; mouse4302.db, 3.2.3; RankProd, 3.11.0 (Del Carratore, F. 외 Bioinformatics 33, 2774-2775, 2017); qvalue, 2.17.0 (Storey, J. D. Journal of the Royal Statistical Society, Series B 64, 479-498, 2002); SingleR, 1.0.1 (Aran, D. 외 Nat Immunol 20, 163-172, 2019); 및 survival, 2.44-1.1 (Therneau, T. M. 및 Grambsch, P. M. Modeling Survival Data: Extending the Cox Model, Springer, New York, 2000). 도면은 다음과 같은 R 패키지 및 버전들을 사용하여 생성되었다: colorspace, 1.4-1 (Zeileis, A. 외 colorspace: a a toolbox for manipulating and assessing colors and palettes. Technical Report 1903.06490, arXiv.org, 20192019); RColorBrewer, 1.1-2; 및 pheatmap, 1.0.12. 외부 데이터세트들에 관한 데이터는 GenomicDataCommons, 1.9.0을 사용하여 수득되었다 (Morgan, M. T. 및 Davis, S. R. Genomic Data Commons: a Bioconductor interface to the NCI Genomic Data Commons, Technical Report 117200, bioRxiv.org, 2017) 및 GEOquery, 2.53.0 (Davis, S. 및 Meltzer. Bioinformatics 14, 1846-1847, 2007).
조직 해리
자궁내막, NSCLC, RCC 및 CRC로 분류된 종양을 가진 치료-미경험 환자의 외과적 절제부들을 입수하였다 (Discovery Life Sciences, iSpecimen Inc, Avaden BioSciences 및 TriMetis Life Sciences). 검토 병리학자에 의해 신선한 샘플을 종양 및 NAT 구획으로 분리하고 밤새 운송되었다. 도착하자마자 혈흔이 눈에 보이지 않을 때까지 샘플을 PBS로 헹구었다. 그 후, 부드럽게 진탕하면서 37 °C에서 15 분부터 콜라게나제 D (0.5mg/ml)와 DNAse (0.1mg/ml)의 조합물로 샘플을 분해하였다. 그 후, 샘플을 온화한 MACS 해리장치 (Miltenyi Biotec)에 넣은 다음 37 °C에서 추가로 10 분 동안 배양했다.
PBMC 단리
50mL Leucosep™튜브 (Greiner Bio-One International, 독일) 및 Ficoll-Paque ™PLUS (GE Healthcare, 스웨덴)를 사용하여 환자의 말초 혈액 단핵 세포를 단리했다 소듐 헤파린 혈액 수집 튜브에 채취한 전혈을 칼슘 또는 마그네슘이 없는 인산염-완충 식염수 (PBS) (Lonza, Walkersville, Maryland)로 3x 희석하였다. 희석된 세포 현탁액을 조심스럽게 Leucosep 튜브들 위에 놓고 실온 (RT)에서 800 x g으로 15분 동안 원심분리하였다. PBMC를 포함하는 중간상을 수확하고 PBS로 세척한 다음 추가 프로세싱 전에 RT에서 250 x g에서 10분 동안 원심분리했다.
사전-농축 및 FACS 분류
조직들을 조직 효소적 해리 후, 자성 비드 분리를 사용하여 살아있는 세포 또는 CD45+의 농축 1 주기에 단일-세포 현탁액을 처리한 다음, T 세포 식별을 위해 항-CD45 및 -CD3의 칵테일로, 상피 세포를 배제시키기 위하여 항-EPCAM으로, 그리고 분류 게이트로부터 비-T 세포를 배제시키기 위하여 항-CD56, -CD14, CD16, -CD11b, 및 -CD19로 염색하였다. 세포는 4개의 레이저 (405nm, 488nm, 561nm, 638nm)가 장착된 Becton Dickinson FACSAria 세포 분류기에서 형광-활성화 세포 분류법 (FACS)에 의해 정제되었다. 70psi 및 90kHz에서 실행되는 70-마이크론 노즐이 각 분류 세션에 대한 설정으로 사용되었다. 칼세인 블루 AM+ 및 프로페디움 아이오다이드- (Thermo Fisher Scientific)에 기반하여 살아있는 단일 세포만을 포함하는 FACS 게이트를 그렸다. CD3+CD45+EpCAMor CD45+EpCAM- 세포에 도달하는 또 다른 게이트들을 그렸다.
단일-세포 RNA-seq 및 TCR V(D)J 클론형 프로파일링
제조업체의 사용자 지침에 따라 Chromium Single Cell 5' 라이브러리 및 Gel Bead 키트 (10x Genomics, Pleasanton, CA)를 사용하여 단일-세포 유전자 발현 (RNA-seq) 및 T 세포 수용체 (TCR) V(D)J 클론형에 관한 샘플 프로세싱을 수행하였다. 종양, NAT 및 혈액로부터 FACS-분류된 T 세포 또는 CD45+ 세포들의 세포 밀도 및 생존력을 Vi-CELL XR 세포 계수기 (Beckman Coulter)로 결정하였다. 처리된 샘플들 모두는 >90%에서 세포 생존력을 가졌다. 세포 밀도를 사용하여, 샘플 당 ~6,000-10,000개 세포 달성을 목표로, 역전사 (RT) 마스터 믹스에 필요한 단일 세포 현탁액의 부피를 귀속시켰다. 겔 비드-인-에멀젼 역전사 (GEM-RT) 반응 및 정리 후, 총 14주기의 PCR 증폭을 수행하여, RNA-seq 라이브러리 생성 및 TCR V(D)J 표적화 농축 후 V(D)J 라이브러리 생성에 사용되는 충분한 cDNA를 얻었다. TCR 및 BCR V(D)J 농축은 Chromium Single Cell V(D)J 농축 키트, 인간 T 세포 (10X Genomics)를 사용하여, 제조업체의 사용자 지침에 따라 수행되었다. RNA-seq 및 V(D)J에 관한 라이브러리들을 제조업체의 사용자 지침 (10x Genomics)에 따라 준비한 다음, Bioanalyzer 고감도 DNA 키트 (Agilent Technologies)를 사용하여 프로파일링하고 Qubit (Thermo Fisher Scientific) 또는 Kapa 라이브러리 정량 키트 (Kapa Biosystems)를 사용하여 정량하였다. 단일-세포 RNA-seq 라이브러리들을 HiSeq4000 (Illumina)의 한 레인에서 시퀀싱하였으며; 단일-세포 TCR V(D)J 라이브러리들을 풀링한 다음 HiSeq2500 (Illumina)의 한 레인에서 시퀀싱하고; 시퀀싱은 제조업체의 사양 (10x Genomics)에 따라 수행되었다.
단일-세포 TCR 시퀀싱 데이터의 프로세싱
각 샘플에 대한 T 세포 수용체 (TCR) 시퀀싱 데이터를 “cellranger vdj”명령어 및 사전 구축된 인간 참조 패키지가 내장된 Cell Ranger 소프트웨어를 사용하여 프로세싱하여, 각 세포에 대한 가능한 클론형 할당을 얻었으며, 샘플 당 하나의 filtered_contig_annotations.csv 출력 파일이 생성되었다.
Cell Ranger 소프트웨어는 각 샘플에 대해 클론형들을 개별적으로 할당하지만 본 분석은 샘플간에 공유된 클론형들을 식별하는데 의존하기 때문에, 클론형들을 각 환자에 대해 종양, NAT, 및 혈액 샘플에 걸쳐 재분류하였으며, 이는 이들이 공통으로 모든 보고된 알파- 및 베타-사슬 CDR3 공통 뉴클레오티드 서열들을 공유할 것을 필요로 한다. 이 절차는 각 샘플에서 개별적으로 테스트되었으며 Cell Ranger 소프트웨어의 원래 클론형과 일관되게 클론형을 분류했음을 확인했다.
단일-세포 RNA 시퀀싱 데이터의 프로세싱
단일-세포 RNA-seq 데이터는 Cell Ranger 소프트웨어를 사용하여 프로세스되었다. Illumina 베이스 콜 (BCL) 파일들은 “cellranger mkfastq”명령어를 사용하여 FASTQ 파일들로 변환되었다. 인간 참조 게놈 GRCh38 및 RefSeq 유전자 모델에 기반하고, 데이터 및 소프트웨어 패키지 (데이터 및 코드 가용성에 관한 아래 섹션 참조)에 제공되어 있는 30,727개 유전자들의 맞춤형 참조 패키지를 사용하고, Entrez GeneIDs를 참조하여 “cellranger count”로 발현 데이터를 프로세싱하였다. 종합하여, 200,626개 T 및 비-T 세포의 541,863,094개 전사체에 대한 scRNA-seq 데이터를 수득하였다.
컴퓨터를 사용한 T 및 비-T 세포의 분리
전사체들의 수를 R 통계 소프트웨어를 사용하여 필터링된 barcodes.tsv, genes.tsv, 및 matrix.mtx 파일들로부터 추출하였다. 이어서 각 샘플에 대한 카운트 메트릭스들(matrices)을 SCTransform 절차를 사용하는 Seurat 버전 3을 사용하여 프로세싱하여 3000개의 가장 가변적인 유전자들에 기반한 정규화된 음 이항 회귀를 수행했다. 각 환자의 종양, NAT 및 혈액 (사용가능한 경우) 샘플에 대한 정규화된 데이터 세트는 30 디멘션의 기본값을 사용하는 Seurat의 FindIntegrationAnchors 및 IntegrateData 함수를 사용하여 조합되었다. 이어서 버전 3.0.2에서 구현된 로그-정규화 카운트법과 30 디멘션의 기본값을 사용하는 Seurat의 FindIntegrationAnchors 및 IntegrateData 함수를 사용하여 14 명의 환자 모두에 대해 데이터세트를 조합하였다. 클러스터 분석은 세포 아형들의 정교한 해상도를 얻기 위해 기본값 0.8 보다 큰 1.6의 해상도로 FindClusters 절차를 사용하여 수행되었으며 33개의 클러스터를 산출하였다.
원하는 T 세포 클러스터들은 CD3- 및 CD45-선택된 샘플들의 발현들이 혼합된 것으로 간주된 반면, 전적으로 CD45-선택된 샘플들에서 기인한 것들만 포함하는 샘플들은 주로 비-T 세포를 포함하는 것으로 간주되었다. 이 기준에 따라 세포를 T 및 비-T 세포 범주로 나누고 데이터 변환, 통합 및 클러스터 분석의 전체 프로세스를 두 분할에 대해 반복하였다. 클러스터 분석 절차는 기준에서 벗어난 유전자 발현을 가지는 세포들을 다른 것들로부터 식별할 수 있기 때문에, 후속된 반복에 의해 비-T 세트에서 T 세포들을 오염시키는, 그리고 역으로, T 세트에서 비-T 세포들을 오염시키는 보다 작은 세트들을 식별할 수 있었다. 따라서 각 반복은 분리를 개선 할 수 있었다. CD45-선택된 샘플을 가지는 것의 한 가지 이점은 이들의 비-T 세포 집단이 CD3-선택된 샘플로부터 비-T 세포 오염물들을 제거하는 방법을 제공하여, 분석을 위해 보다 순수한 T 세포를 수집함에 도움을 준다는 것이다. 이러한 분리 프로세스는 모든 T 세포 클러스터가 CD3- 및 CD45-선택된 샘플들이 혼합된 표현을 보일 때까지 5 사이클 동안 반복되었으며 기준에서 벗어난 클러스터들은 식별되지 않았다.
T 세포 클러스터들의 명명
기본값을 사용하는 Seurat의 FindClusters 절차를 사용하여 T 세포 집단에 대해 비지도 클러스터 분석을 수행했다. RunPCA 및 RunUMAP 절차를 사용하여 차원 축소를 수행하였다. 균일한 매니폴드 근사 및 투영 (Uniform Manifold Approximation and Projection, UMAP) 알고리즘 (Becht, E. 외 Nature Biotechnology 37, 38-44, 2019)의 좌표들을 사용하여 2-차원 유전자 발현 맵들을 생성하였다. 각 클러스터를 특성화하기 위해, 평균 발현의 로그 배수 변화를 사용하여 바이오마커를 식별하는, Seurat의 FindMarkers 절차 및 주어진 클러스터의 세포들을 다른 세포들로부터 분리하는 바이오마커를 식별하는 로지스틱 회귀 절차를 모두 적용했다. 로지스틱 회귀 절차는 SCTransform 분석 데이터를 사용하여 각 클러스터에서 각 환자 내의 각 유전자에 대해 수행되었으며 부호가 유전자 발현 항에 대한 계수에 따라 달라지는 부호화된 이탈도 값을 산출했다. 각 클러스터에 대해 R의 RankProd 패키지의 Rank Product 절차를 사용하여 부호화된 이탈도 값들을 환자들 간에 조합하였다. 도 13C와 같은 막대그래프들을 조사하고 FindMarkers 및 로지스틱 회귀 절차의 결과들을 사용하여, 각 클러스터에 대한 유전자 표지를 식별하였다. 그러나, 이들 표지들은 단지 명명을 위해 그리고 유전자들을 선택하여 도 13C 및 도 18B에 도시하기 위해서 사용되었으며, 이어지는 산정에 어떠한 영향도 미치지 않았다. 도 13C 및 도 18B의 막대 그래프들은 Seurat를 사용하는 통합 분석으로부터 스케일된 데이터를 사용하여 산정되었다. 많은 유전자가 scRNA-seq 분석에서 낮은 수준의 발현을 갖고 통합 알고리즘에 의해 스케일되지 않았기 때문에 개별 유전자 발현의 2차원 맵에 대한 도표들은 SCTransform 어레이로부터 얻은 카운트의 분위수를 사용하여 산정되었다.
Guo 외, 2018 문헌 데이터의 분석
R의 GEOquery 라이브러리를 사용하고 GSE99254에 대하여 getGEOSuppFiles 명령을 실행하여 단일-세포 RNA-seq 수를 얻었다. 12,348 개 세포에서 23,459 개 이상의 유전자들에 대한 발현 데이터를 수득하였다. 환자, 클러스터 할당 및 각 세포에 대한 조직 출처로 구성된 메타데이터를 Gene Expression Omnibus 프로젝트 GSE99254의 웹 사이트에 있는 데이터 테이블에서 다운로드하였다. TCR 서열 및 클론형 분류들은 간행된 Guo 외, 2018의 논문의 보충 표 2로부터 얻었다. 7398개의 별개 클론형들에서 10,202개의 세포에 대한 TCR 서열들을 얻었다.
Zhang 외, 2018 문헌 데이터의 분석
R의 GEOquery 라이브러리를 사용하고 GSE108989에 대하여 getGEOSuppFiles 명령을 실행하여 단일-세포 RNA-seq 수를 얻었다. 11,140 개 세포에서 23,459 개 이상의 유전자들에 대한 발현 데이터를 수득하였다. 환자, 클러스터 할당 및 각 세포에 대한 조직 출처로 구성된 메타데이터를 Gene Expression Omnibus 프로젝트 GSE108989의 웹 사이트에 있는 데이터 테이블에서 다운로드하였다. TCR 서열 및 클론형 분류들은 간행된 Zhang 외, 2018의 논문의 보충 표 4로부터 얻었다. 7274개 별개 클론형들에서 9878개 세포들에 대한 TCR 서열들을 얻었다.
줄기-유사 고갈 대 최종 고갈 시그너처
log2 RMA 정규화 강도 형태의 마이크로어레이 데이터는 R에서 GEOquery 패키지의 getGEO 절차를 사용하여 유전자 발현 옴니버스 프로젝트 GSE84105 (Im 2015)의 샘플 GSM2227309 내지 GSM2227314에서 얻었다. R의 limma 패키지에서 lmFit, contrasts.fit, eBayes 및 topTable 절차를 사용하여 3개의 Cxcr5+ 샘플과 3개의 Tim-3+ 샘플 간 차등 발현된 프로브가 3개 이상의 임계값 로그 배수 변화에서 발견되었다. 이 프로브는 annotate 및 mouse4302.db 패키지를 사용하여 유전자들에 할당된 다음 R의 homologene 패키지를 사용하여 인간 등가물로 번역되었다. 생성된 58개의 상향조절된 유전자를 Seurat에 의해 산정한 통합 분석의 스케일된 데이터 어레이를 사용하여 scRNA-seq 데이터 세트와 비교하고, 공통의 12개 유전자를 산출했다. 각 T 세포에 대한 전체 시그너처 점수는 서명의 유전자에 대한 평균 스케일된 데이터 점수를 취하여 산정되었다.
Yost 외, 2019 문헌 데이터의 분석
R의 GEOquery 라이브러리를 사용하고 GSE123813에 대한 getGEOSuppFiles 명령을 실행하여 단일 세포 RNA-seq 수 및 scTCR 서열들을 얻었다. 환자, 치료 상태 및 각 세포에 대한 클러스터 할당으로 구성된 메타데이터는 Yost 외, 2019 문헌의 저자로부터 수득하였다. 메타데이터가 매칭된 발현 데이터를 분석하여 23,309개의 유전자에 대해 33,106 개의 세포가 측정되었다. 단일-세포 TCR 서열들은 메타데이터에 매치되는 28,371개 세포에 사용할 수 있다. 벌크 TCR-seq 서열 및 템플릿 수는 Adaptive Biotechnologies의 ImmuneACCESS 웹 포털에서 얻었다.
scTCR-seq 데이터는 할당된 클론형 없이 TCR-알파 및 TCR-베타 뉴클레오티드 및 아미노산 서열로 제공되었다. 따라서 클론형 분류는 본 데이터 세트에 대한 종양, NAT 및 혈액 클론형의 재분류와 유사한 절차를 사용하여 주어진 환자의 세포간에 사용가능한 모든 TCR 사슬들을 매칭시킴으로써 치료 전 및 치료 후 종양 샘플로부터 생성되었다. 데이터세트의 11명의 환자들에서, 이 절차는 17,369개의 별개의 클론형들을 식별했다. 환자 bcc.su003은 치료 전과 치료 후 종양 샘플들 간 클론형 매칭이 없었으며 더 이상 분석 할 수 없었다. 나머지 환자는 각각 5명과 6명의 환자에 대한 혈액에서 치료 전 및 치료 후 벌크 TCR-seq 데이터를 가지고 있었고 환자 bcc.su002에는 치료 전 혈액 샘플이 없었다. 벌크 TCR-seq 클론형은 단일 TCR 베타 사슬을 scTCR-seq 데이터에 있는 클론형의 TCR 베타 사슬 중 하나에 매칭시킴으로써 종양 클론형에 연결되었다. 벌크 TCR-seq 데이터는 CDR3 서열을 포함하는 각 TCR 베타 사슬에서 87-bp 재배열 서열을 보고하기 때문에, scTCR-seq 데이터에 매칭시키기 위해, CDR3 뉴클레오티드 서열은 주어진 생성된 CDR3 아미노산 서열에 대한 번역된 매칭을 찾음으로써 추출되었다. scTCR-seq 클론형은 TCR-알파 사슬과 여러 TCR-베타 사슬을 포함 할 수 있기 때문에 종양의 scTCR-seq 클론형과 혈액의 벌크 TCR-seq 클론형 간에 다대일(many-to-one) 대응 가능성이 존재한다. 벌크 TCR-seq 매창의 존재 또는 부재에 관여하는 분석의 경우, 도 14C, 도 14D 및 도 20B, 도 20C에서, 매칭되는 모든 클론형은 혈액과 연관된 것으로 간주되었다. 클론 크기가 필요한 분석의 경우, 도 14A 및 도 20A에서, scTCR-seq 클론 크기를 합산하고 다수의 투표로 다수의 일차 세포 클러스터를 결정하거나 동점인 경우 일차 세포 클러스터를 할당되지 않은 상태로 두어 주어진 혈액 클론형에 대한 다중 종양 클론 유형 매칭들을 조합하였다. 처리 전 및 처리 후 벌크 TCR 서열들을 비교하는 분석에서, 도 14b에서, 클론형들은 전체 87-bp 재배열 서열들이 동일하였을 때 매칭되었다.
외부 클러스터들에 대한 클러스터 할당의 비교
참조 유전자 시그너처들은 Guo 외, 2018, Zhang 외, 2018, 및 Yost 외, 2019 문헌의 데이터세트의 scRNA-seq 데이터로부터 산정되었다. 처음 두 데이터세트에는 이미 라이브러리 크기에 의해 TPM (백만 당 전사체 수) 메트릭스 형태로 정규화된 카운트 메트릭스가 있었고, 이러한 동일한 정규화가 세번째 데이터세트에 대해 산정되었다. 각 클러스터에 대해, 원래 분석의 메타데이터를 기반으로, 클러스터의 세포들 간 각 유전자의 10% 절사 평균을 수행하여 강력한 센트로이드들을 얻었다. 이들 센트로이드는 R 패키지 SingleR에 대한 참조 유전자 시그너처로 사용되었으며, 본 데이터세트의 각 세포에 단일-세포 할당을 할당했다. 상기 데이터세트의 유전자 발현 측정값은 통합 전에 각 샘플에 대해 산정된 SCTransform 세포 수였다. SingleR에 의해 산정된 외부 할당 및 내부 클러스터 할당 모두를 기반으로 세포 수를 교차-분석하고 생성된 매트릭스를 먼저 외부 할당에 의해 정규화한 다음 내부 할당에 의해 정규화하여, 도 13B 및 도 18B에 대한 히트 맵을 생성했다.
TCR 서열들과 VDJdb의 비교
VDJdb (Shugay 2018)의 2018-06-04 출시본을 이의 웹 사이트로부터 얻었다. vdjdb.slim.txt 파일을 분석하여 TCR 종이 “HomoSapiens”이고 에피토프 종이 “CMV”, “EBV”또는 “InfluenzaA”인 항목을 추출했다. 본 실시예에서 생성된 데이터세트의 각 클론형을 VDJdb 데이터베이스의 cdr3 필드와 비교하였는데, 클론형에 대한 CDR3 아미노산 서열들의 정확한 매칭을 필요로 한다.
TCR 서열들과 암 게놈 아틀라스 (TCGA)의 비교
TRUST 알고리즘 (Li 2016)을 사용하여 암 게놈 아틀라스 (TCGA)의 9142개 벌크 RNA-Seq 샘플들로부터 어셈블리된 716,720개의 TCR 서열 세트를 얻었다. 이들 서열들은 TCGA의 서열-수준 데이터에 대한 액세스 권한을 얻은 후 저자로부터 얻었다. 각 서열은 FASTA 파일의 헤더에 있는 추정 CDR3 아미노산 서열로 표지되었다. 본 실시예에서 생성된 데이터세트의 각 클론형들을 비교하였으며, TCGA-유래 CDR3 서열의 서브스트링 중 어느 하나에 대한, 해당 클론형의 CDR3 아미노산 서열들 중 어느 하나의 정확한 매칭을 필요로 하였다. R 라이브러리 GenomicDataCommons를 사용하여 각 FASTA 파일을 암 유형에 연결되어 있는 알리쿼트 ID로 주석처리하였다. TCGA 유래 CDR3 서열은 모두 다른 암 유형을 가진 3명 이상의 개체에서 관찰되고, 2명의 개체가 동일한 암 유형을 갖지 않았을 때, 바이러스 반응 가능성이 있는 것으로 간주되었다.
CD8+ T 세포 클러스터들에 대한 유전자 시그너처
CD8+를 CD4+ T 세포와 구분하는 바이오마커들 보다는 CD8+ 클러스터들 간의 차이에 초점을 맞추기 위해 데이터는 8.1-Eff, 8.2-Tem, 및 8.3-Trm 클러스터들에 할당된 세포에 제한되었다는 점을 제외하고, T 세포 클러스터들을 명명하기 위한 특징적 바이오마커들을 찾는데 사용된 것과 유사한 로지스틱 회귀 절차를 본 실시예에 적용하였다. 4개의 샘플에만 혈액 세포가 있었기 때문에 데이터는 또한 종양 및 NAT 세포로 제한되었다. 로지스틱 회귀 절차는 SCTransform 분석 데이터를 사용하여 각 클러스터에 있어서 각 환자 내의 각 유전자에 대해 수행되었다. 종양 또는 NAT 출처는 배치 효과를 제거하는데 도움이 되도록 공변량으로 포함되었다. 각 로지스틱 회귀 피팅은 주어진 클러스터에서 주어진 유전자에 대해 부호화된 이탈도 값을 산출했으며, 여기서 부호는 유전자 발현 항에 대한 계수에 따라 달라진다. 각 클러스터에 대해 R의 RankProd 패키지의 Rank Product 절차를 사용하여 부호화된 이탈도 값들을 환자들 간에 조합하였다. 각 유전자 발현 시그너처에 대해 총 20개의 유전자들이 선택되었다.
임상 시험 데이터의 분석
다음 3가지 임상 시험들로부터 벌크 종양 RNA-seq 데이터를 얻었다: (1) IMvigor210 (Mariathasan 2018) (상단 행), 354 명의 국소 진행성 또는 전이성 요로상피세포 암종 환자에서의 단일군 시험, (2) POPLAR (Fehrenbacher 2016) (중앙 열), 아테졸리주맙으로 치료받은 93명의 비소세포 폐 암종 환자와 화학요법제 도세탁셀로 치료받은 100명의 환자를 비교하는 이중군 시험, 및 (3) IMmotion150 (McDermott 2018) (하단 행), 아테졸리주맙 (86명의 환자), 아테졸리주맙 + VEGF 억제제 베바시주맙 (88명의 환자), 또는 티로신 키나제 억제제 수니티닙 (89명의 환자)으로 치료받은 신장 세포 암종 환자의 삼중군 시험. RNA-seq 수는 M-값의 절사 평균에 의해 정규화되고, log2-변환되고, 평균을 빼고 해당 임상시험에서 모든 환자에 대한 표준편차로 나누어 각 유전자에 대한 Z-점수로 변환되었다. R의 생존 패키지를 사용하여 후속 임상 분석을 수행하였다.
중앙값보다 높거나 낮은 값을 기준으로 해당 유전자의 발현을 이분화한 다음, 이분화된 변수를 사용하여 Cox 비례 위험 모델을 중도절단된 PFS 생존 시간에 적합시켜 각 유전자에 대한 무 진행 생존 (PFS) 위험비를 산정하였다. 각 유전자 시그니처에 대한 전체 위험비 세트를 평가하기 위해 Irizarry 외, 2009의 문헌에서 제안한 유전자 세트 테스트가 적용되었다. 특히, 로그-변환 위험비가 정규 분포를 따른다는 것이 분위수 도표에서 먼저 확인되었다. 그런 다음 ENTREZ 유전자 ID들을 매칭시켜 주어진 임상 시험의 각 시그니처에서 유전자들의 교차점을 발견했다. 전체 위험비는 로그 변환 위험비의 산술 평균과 동일한 기하 평균으로 산출되었다. 교차 유전자들의 수의 제곱근을 곱한 로그-변환 위험비의 평균으로 z-통계값을 산정하고 이 값을 정규 분포로 참조하여 p- 값을 구했습니다.
조합된 시그니처 점수들을 평가하기 위해, 전술한 바와 같이 주어진 임상 시험에서 각 시그니처로부터 유전자들의 교차점이 발견되었다. 각 시그니처에서 생성된 n개의 공통 유전자들은, 공통 시그니처 유전자들에서 (부호화된 이탈도 값에 기반하여) 1의 가중치를 받는 가장 낮은 순위의 유전자에 대해 n의 가중치를 받는 가장 높은 순위의 유전자로부터 1의 가중치를 받는 가장 낮은 순위의 유전자에 이르기까지 일련의 선형 가중치를 사용하여, 각 시험에서 각 환자에 대한 발현 점수를 가중치 평균 z-점수로 계산하는 데 사용되었다. 시그너처 점수는 그 값이 중앙값보다 높거나 낮은 것을 기준으로 각 임상 시험에서 이분화되었다. 이러한 이분화된 변수의 Cox 비례 위험 모델은 각 임상 시험의 각 군에서 중도절단된 PFS 생존 데이터에 적합되었으며, 각 카플란-마이어 생존 도표에 대한 Wald 통계의 위험비 및 p-값으로 보고되었다.
데이터 및 코드 가용성
이 문서의 분석 및 수치를 재현할 수 있는 전체 데이터 및 소프트웨어 패키지는 http://research-pub.gene.com/tumor-immune-cells에서 공중이 이용가능하다. 또한, scRNA-seq 및 scTCR-seq 분석에 대한 데이터 및 메타데이터는 NCBI 유전자 발현 옴니버스에서 이용가능하다 (등록 번호는 본 출원의 공개에 대한 승인 대기중임).
VII.
기타 구체예들
전술한 발명은 명확한 이해를 목적으로 예시 및 실시예로서 보다 상세히 설명하였으나, 이러한 설명 및 실시예들은 본원 발명의 범위를 제한시키는 것으로 간주되어서는 안된다. 본 명세서에 인용된 모든 특허 및 과학 문헌의 내용은 그 전체가 참조문헌으로 포함된다.
본원은 또한 다음과 같은 일련번호의 구체예들에 의해 설명된다:
구체예 1. 다음 단계를 포함하는, 키메라 항원 수용체 (CAR) T 세포의 생산 방법:
(a) 암에 걸린 개체로부터 말초 혈액 샘플을 수득하는 단계;
(b) (i) 샘플에서 하나 이상의 T 세포들에 의해 발현되는 T 세포 수용체 (TCR)의 하나 이상의 상보성-결정 영역 (CDR)의 아미노산 서열 및/또는 (ii) 이러한 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 결정하는 단계; 및
(c) 하나 이상의 CDR을 포함하는 CAR을 발현하도록 전구 세포를 변형시켜 CAR T 세포를 생산하는 단계.
구체예 2. CAR T 세포를 생산하는 방법으로서, 암에 걸린 개체로부터 수득된 말초 혈액 샘플에서 하나 이상의 T 세포에 의해 발현된 TCR의 하나 이상의 CDR을 포함하는 CAR을 발현하도록 전구 세포를 변형시키는 단계를 포함하는 방법.
구체예 3. 구체예 1 또는 2에 있어서, 샘플의 T 세포들은 클론 확장된 T 세포인, 방법.
구체예 4. 구체예 3에 있어서, 클론 확장된 T 세포는 CD8+ T 세포인 방법.
구체예 5. 구체예 4에 있어서, CD8+ T 세포는 CTL인 방법.
구체예 6. 구체예 1-5 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 T 세포들에 의해 발현된 TCR은 개체의 암 세포에 의해 발현되는 항원에 특이적으로 결합하는, 방법.
구체예 7. 구체예 3-6 중 어느 하나에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.01%를 구성하는, 방법.
구체예 8. 구체예 7에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.1%를 구성하는, 방법.
구체예 9. 구체예 8에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 1%를 구성하는, 방법.
구체예 10. 구체예 9에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 2%를 구성하는, 방법.
구체예 11. 구체예 10에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 3%를 구성하는, 방법.
구체예 12. 구체예 11에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 4%를 구성하는, 방법.
구체예 13. 구체예 12에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 5%를 구성하는, 방법.
구체예 14. 구체예 13에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 10%를 구성하는, 방법.
구체예 15. 구체예 14에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 15%를 구성하는, 방법.
구체예 16. 구체예 15에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 20%를 구성하는, 방법.
구체예 17. 구체예 16에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 25%를 구성하는, 방법.
구체예 18. 구체예 1-17 중 어느 하나에 있어서, 전구 세포는 T 세포인, 방법.
구체예 19. 구체예 1-18 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 적어도 약 1 x 103개의 CAR T 세포들을 생산하는 방법.
구체예 20. 구체예 19에 있어서, 상기 방법은 약 1 x 103 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1012 개 CAR T 세포를 생산하는 방법.
구체예 21. 구체예 20에 있어서, 상기 방법은 약 1 x 104 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1011 개 CAR T 세포를 생산하는 방법.
구체예 22. 구체예 21에 있어서, 상기 방법은 약 1 x 105 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 1010 개 CAR T 세포를 생산하는 방법.
구체예 23. 구체예 22에 있어서, 상기 방법은 약 1 x 106 개 CAR T 세포 내지 약 1 x 109 개 CAR T 세포를 생산하는 방법.
구체예 24. 구체예 1-23 중 어느 하나의 방법에 의해 생산된 CAR T 세포.
구체예 25. (i) 구체예 1-23 중 어느 하나의 방법에 의해 생산된 하나 이상의 CAR T 세포, 또는 이의 자손, 및 (ii) 하나 이상의 담체, 희석제, 및/또는 부형제를 포함하는 약학 조성물.
구체예 26. 치료를 필요로 하는 개체의 암 치료 방법으로서, 구체예 24의 CAR T 세포, 또는 이의 자손, 또는 구체예 25의 약학 조성물을 개체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
구체예 27. 구체예 26에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양인, 방법.
구체예 28. 구체예 27에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 방법.
구체예 29. 구체예 28에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 방법.
구체예 30. 구체예 28에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
구체예 31. 구체예 28에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 방법.
구체예 32. 구체예 28에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 방법.
구체예 33. 구체예 26-32 중 어느 하나에 있어서, 환자에게 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 투여하는, 방법.
구체예 34. 구체예 33에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 그룹으로부터 선택되는, 방법.
구체예 35. 구체예 34에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
구체예 36. 구체예 35에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 37. 구체예 36에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 38. 구체예 36에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 39. 구체예 36-38 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
구체예 40. 구체예 35-39 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 41. 구체예 40에 있어서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법.
구체예 42. 구체예 41에 있어서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
구체예 43. 구체예 42에 있어서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는, 방법.
구체예 44. 구체예 34에 있어서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
구체예 45. 구체예 44에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 46. 구체예 45에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 47. 구체예 46에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 48. 구체예 45-47 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
구체예 49. 구체예 44-48 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 50. 구체예 49에 있어서, 항체는 다음으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
구체예 51. 구체예 44-48 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질인, 방법.
구체예 52. 구체예 51에 있어서, Fc-융합 단백질은 AMP-224인, 방법.
구체예 53. PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하는 방법으로서, 이 방법은 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 샘플의 클론 확장된 T 세포들은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로서 식별하는, 방법.
구체예 54. 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 샘플의 클론 확장된 T 세포들은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로서 식별하는, 방법.
구체예 55. 구체예 53 또는 54에 있어서, 샘플은 클론 확장된 T 세포들을 포함하고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구체예 56. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 57. 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 58. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 59. 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 60. 구체예 53-59 중 어느 하나에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 CD8+ T 세포인, 방법.
구체예 61. 구체예 60에 있어서, CD8+ T 세포는 CTL인 방법.
구체예 62. 구체예 53-61 중 어느 하나에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 각각 CDR들, CDR-1, CDR-2, 및 CDR-3를 포함하는 알파 및 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하고, 해당 알파 사슬 CDR-1, CDR-2, 또는 CDR-3, 및/또는 베타 사슬 CDR-1, CDR-2, 또는 CDR-3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 63. 구체예 62에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 64. 구체예 63에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일한, 방법.
구체예 65. 구체예 64에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일한, 방법.
구체예 66. 구체예 65에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일한, 방법.
구체예 67. 구체예 62-66 중 어느 하나에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 68. 구체예 67에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일한, 방법.
구체예 69. 구체예 68에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일한, 방법.
구체예 70. 구체예 69에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일한, 방법.
구체예 71. 구체예 62-70 중 어느 하나에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 72. 구체예 71에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일한, 방법.
구체예 73. 구체예 72에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일한, 방법.
구체예 74. 구체예 73에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일한, 방법.
구체예 75. 구체예 62-74 중 어느 하나에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 76. 구체예 75에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일한, 방법.
구체예 77. 구체예 76에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일한, 방법.
구체예 78. 구체예 77에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일한, 방법.
구체예 79. 구체예 62-78 중 어느 하나에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 80. 구체예 79에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일한, 방법.
구체예 81. 구체예 80에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일한, 방법.
구체예 82. 구체예 81에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일한, 방법.
구체예 83. 구체예 62-82 중 어느 하나에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
구체예 84. 구체예 83에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 90% 동일한, 방법.
구체예 85. 구체예 84에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 95% 동일한, 방법.
구체예 86. 구체예 85에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 100% 동일한, 방법.
구체예 87. 구체예 53-86 중 어느 하나에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 및/또는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 88. 구체예 87에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 89. 구체예 88에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 90% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 90. 구체예 89에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 95% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 91. 구체예 90에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 100% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 92. 구체예 87-91 중 어느 하나에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 93. 구체예 92에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 90% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 94. 구체예 93에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 95% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 95. 구체예 94에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 100% 동일한 핵산 서열들을 가지는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
구체예 96. 구체예 53-95 중 어느 하나에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.01%를 구성하는, 방법.
구체예 97. 구체예 96에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 0.1%를 구성하는, 방법.
구체예 98. 구체예 97에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 1%를 구성하는, 방법.
구체예 99. 구체예 98에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 2%를 구성하는, 방법.
구체예 100. 구체예 99에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 3%를 구성하는, 방법.
구체예 101. 구체예 100에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 4%를 구성하는, 방법.
구체예 102. 구체예 101에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 5%를 구성하는, 방법.
구체예 103. 구체예 102에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 10%를 구성하는, 방법.
구체예 104. 구체예 103에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 15%를 구성하는, 방법.
구체예 105. 구체예 104에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 20%를 구성하는, 방법.
구체예 106. 구체예 105에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 샘플 내 모든 T 세포들 중 적어도 25%를 구성하는, 방법.
구체예 107. PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법으로서, 이 방법은 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는 방법.
구체예 108. 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는 방법.
구체예 109. 구체예 107 또는 108에 있어서, 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상이고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구체예 110. 구체예 107-109 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
구체예 111. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 112. 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 113. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 114. 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 115. 구체예 113 또는 114에 있어서, T 세포는 CD8+ T 세포인, 방법.
구체예 116. 구체예 115에 있어서, CD8+ 세포는 세포독성 T 세포 (CTL) 또는 효과기 기억 T 세포 (Tem)인, 방법.
구체예 117. 구체예 111-116 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
구체예 118. 구체예 110 또는 117에 있어서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단인, 방법.
구체예 119. 구체예 118에 있어서, 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함하는, 방법.
구체예 120. 구체예 119에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선되는, 방법.
구체예 121. 구체예 119 또는 120에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선되는, 방법.
구체예 122. 구체예 119-121 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
구체예 123. 구체예 122에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 화학요법제를 포함하는, 방법.
구체예 124. 구체예 123에 있어서, 화학요법제는 도세탁셀인, 방법.
구체예 125. 구체예 120-124 중 어느 하나에 있어서, 치료에 대한 반응성은 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 126. 구체예 120-125 중 어느 하나에 있어서, 치료에 대한 반응성은 전체 생존 (OS)의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 127. 구체예 110 및 117-126 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 중앙값인, 방법.
구체예 128. 구체예 127에 있어서, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 중앙값인, 방법.
구체예 129. 구체예 110 및 117-126 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균인, 방법.
구체예 130. 구체예 129에 있어서, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 평균인, 방법.
구체예 131. 구체예 128 또는 130에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준은 참조 유전자에 대해 정규화된 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준인, 방법.
구체예 132. 구체예 131에 있어서, 참조 유전자는 CD8A인, 방법.
구체예 133. 구체예 107-132 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 발현 수준인, 방법.
구체예 134. 구체예 53-133 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 135. 구체예 53-134 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 PFS의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 136. 구체예 134 또는 135에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS 및 PFS의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 137. 구체예 107-136 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 2개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 138. 구체예 137에 있어서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 3개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 139. 구체예 138에 있어서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 4개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 140. 구체예 107-139 중 어느 하나에 있어서, 발현 수준은 핵산 발현 수준인, 방법.
구체예 141. 구체예 140에 있어서, 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준인, 방법.
구체예 142. 구체예 141에 있어서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정되는, 방법.
구체예 143. 구체예 142에 있어서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq을 사용하여 검출되는, 방법.
구체예 144. 구체예 142에 있어서, mRNA 발현 수준은 RT-qPCR을 사용하여 검출되는, 방법.
구체예 145. 구체예 53-144 중 어느 하나에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양인, 방법.
구체예 146. 구체예 145에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 방법.
구체예 147. 구체예 146에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 방법.
구체예 148. 구체예 146에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
구체예 149. 구체예 146에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 방법.
구체예 150. 구체예 146에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 방법.
구체예 151. 구체예 53-150 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 그룹으로부터 선택되는, 방법.
구체예 152. 구체예 151에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
구체예 153. 구체예 152에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 154. 구체예 153에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 155. 구체예 153에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 156. 구체예 153-155 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
구체예 157. 구체예 152-156 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 158. 구체예 157에 있어서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법.
구체예 159. 구체예 157에 있어서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
구체예 160. 구체예 159에 있어서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는, 방법.
구체예 161. 구체예 151에 있어서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
구체예 162. 구체예 161에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 163. 구체예 162에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 164. 구체예 162에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 165. 구체예 162-164 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
구체예 166. 구체예 161-165 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 167. 구체예 166에 있어서, 항체는 다음으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
구체예 168. 구체예 161-165 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질인, 방법.
구체예 169. 구체예 168에 있어서, Fc-융합 단백질은 AMP-224인, 방법.
구체예 170. 구체예 53-169 중 어느 하나에 있어서, 개체는 이전에 암을 치료받은 적이 없는, 방법.
구체예 171. 구체예 170에 있어서, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제를 이전에 투여받은 적이 없는, 방법.
구체예 172. 구체예 53-171 중 어느 하나에 있어서, 개체는 개체에 대한 백금-함유 화학요법제의 투여에 의해 이전에 암을 치료받은 적이 있으며, 개체는 화학요법제에 반응하지 않았던, 방법.
구체예 173. 구체예 53-172 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료는 단일요법인, 방법.
구체예 174. 구체예 53-173 중 어느 하나에 있어서, 유효량의 하나 이상의 추가 치료제들을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구체예 175. 구체예 174에 있어서, 하나 이상의 추가 치료제는 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제, 면역조절제 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
구체예 176. 구체예 175에 있어서, 하나 이상의 추가 치료제는 면역조절제를 포함하는, 방법.
구체예 177. 구체예 176에 있어서, 면역조절제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 178. 구체예 53-177 중 어느 하나에 있어서, 개체는 인간인 방법.
구체예 179. PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
구체예 180. 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
구체예 181. 구체예 179 또는 180에 있어서, 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상이고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구체예 182. 구체예 178-181 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
구체예 183. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 184. 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 185. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 186. 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 187. 구체예 185 또는 186에 있어서, T 세포는 CD8+ T 세포인, 방법.
구체예 188. 구체예 187에 있어서, CD8+ 세포는 세포독성 T 세포 (CTL) 또는 효과기 기억 T 세포 (Tem)인, 방법.
구체예 189. 구체예 183-188 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
구체예 190. 구체예 182 또는 189에 있어서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단인, 방법.
구체예 191. 구체예 190에 있어서, 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함하는, 방법.
구체예 192. 구체예 191에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선되는, 방법.
구체예 193. 구체예 191 또는 192에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성은 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선되는, 방법.
구체예 194. 구체예 191-193 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
구체예 195. 구체예 194에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 화학요법제를 포함하는, 방법.
구체예 196. 구체예 195에 있어서, 화학요법제는 도세탁셀인, 방법.
구체예 197. 구체예 192-196 중 어느 하나에 있어서, 치료에 대한 반응성은 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 198. 구체예 192-196 중 어느 하나에 있어서, 치료에 대한 반응성은 전체 생존 (OS)의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 199. 구체예 185 및 189-198 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 중앙값인, 방법.
구체예 200. 구체예 199에 있어서, 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 중앙값인, 방법.
구체예 201. 구체예 182 및 189-198 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균인, 방법.
구체예 202. 구체예 201에 있어서, 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 평균인, 방법.
구체예 203. 구체예 200 또는 202에 있어서, 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준은 참조 유전자에 대해 정규화된 상기 5개 이상의 유전자들 각각의 발현 수준인, 방법.
구체예 204. 구체예 203에 있어서, 참조 유전자는 CD8A인, 방법.
구체예 205. 구체예 1-204 중 어느 하나에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 상기 5개 이상의 유전자들의 사전-할당된 발현 수준인, 방법.
구체예 206. 구체예 1-205 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 207. 구체예 1-206 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 PFS의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 208. 구체예 206 또는 207에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS 및 PFS의 증가를 포함하는, 방법.
구체예 209. 구체예 1-208 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 5개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 210. 구체예 209에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 6개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 211. 구체예 210에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 7개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 212. 구체예 211에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 8개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 213. 구체예 212에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 9개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 214. 구체예 213에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 10개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 215. 구체예 214에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2을 포함하는, 방법.
구체예 216. 구체예 215에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2로 구성되는, 방법.
구체예 217. 구체예 1-216 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
구체예 218. 구체예 217에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 2개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 219. 구체예 218에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 3개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 220. 구체예 219에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 4개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 221. 구체예 220에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 5개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 222. 구체예 221에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 6개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 223. 구체예 222에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 7개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 224. 구체예 223에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 8개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 225. 구체예 224에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 9개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 226. 구체예 225에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 10개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 227. 구체예 226에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF를 포함하는, 방법.
구체예 228. 구체예 227에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF로 구성되는, 방법.
구체예 229. 구체예 1-214 및 217-226 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 표 1-3 중 어느 하나에 제시된 패널을 포함하는, 방법.
구체예 230. 구체예 1-214, 217-226, 및 229 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, 및 HLA-H를 포함하는, 방법.
구체예 231. 구체예 1-214, 217-227, 229, 및 230 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
구체예 232. 구체예 231에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 233. 구체예 232에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 234. 구체예 233에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 235. 구체예 234에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 236. 구체예 235에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 237. 구체예 236에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 7개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 238. 구체예 237에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 8개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 239. 구체예 238에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 9개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 240. 구체예 239에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 10개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 241. 구체예 240에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A를 포함하는, 방법.
구체예 242. 구체예 241에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A로 구성되는, 방법.
구체예 243. 구체예 1-214, 217-226, 및 229-240 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 244. 구체예 243에 있어서, 세포독성 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택되는, 방법.
구체예 245. 구체예 244에 있어서, 유전자들은 CST7을 포함하는, 방법.
구체예 246. 구체예 244 또는 245에 있어서, 유전자들은 PLEK를 포함하는, 방법.
구체예 247. 구체예 244-246 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 HCST를 포함하는, 방법.
구체예 248. 구체예 244-247 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CTSW를 포함하는, 방법.
구체예 249. 구체예 244-248 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 KLRG1을 포함하는, 방법.
구체예 250. 구체예 244-249 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CD8A를 포함하는, 방법.
구체예 251. 구체예 244-250 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CCL5를 포함하는, 방법.
구체예 252. 구체예 244-251 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CD8B를 포함하는, 방법.
구체예 253. 구체예 244-252 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 NKG7을 포함하는, 방법.
구체예 254. 구체예 244-253 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 GZMH를 포함하는, 방법.
구체예 255. 구체예 244-254 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 HLA-C를 포함하는, 방법.
구체예 256. 구체예 244-255 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 2개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 257. 구체예 256에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 3개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 258. 구체예 257에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 4개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 259. 구체예 258에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 5개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 260. 구체예 259에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 6개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 261. 구체예 260에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 7개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 262. 구체예 261에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 8개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 263. 구체예 262에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 9개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 264. 구체예 263에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 10개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 265. 구체예 264에 있어서, 유전자들은 11개 세포독성 유전자들 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 모두를 포함하는, 방법.
구체예 266. 구체예 1-214, 217-226, 229-241, 및 243-265 중 어느 한 항에 있어서, 유전자들은 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 267. 구체예 266에 있어서, 미토콘드리아 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택되는, 방법.
구체예 268. 구체예 267에 있어서, 유전자들은 MT-ND4를 포함하는, 방법.
구체예 269. 구체예 267 또는 268에 있어서, 유전자들은 MT-CYB를 포함하는, 방법.
구체예 270. 구체예 267-269 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-CO2를 포함하는, 방법.
구체예 271. 구체예 267-270 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-ND4L을 포함하는, 방법.
구체예 272. 구체예 267-271 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-ATP6를 포함하는, 방법.
구체예 273. 구체예 267-272 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택된 2개 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 274. 구체예 273에 있어서, 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택된 3개 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 275. 구체예 274에 있어서, 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택된 4개 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 방법.
구체예 276. 구체예 275에 있어서, 유전자들은 5개 미토콘드리아 유전자 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 모두를 포함하는, 방법.
구체예 277. 구체예 1-214, 217-226, 229-241, 및 243-276 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 표 4에 제시된 패널을 포함하는, 방법.
구체예 278. 구체예 1-214, 217-226, 229-240, 및 243-277 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
구체예 279. 구체예 278에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 280. 구체예 279에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 281. 구체예 280에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 282. 구체예 281에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 283. 구체예 282에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함하는, 방법.
구체예 284. 구체예 283에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A를 포함하는, 방법.
구체예 285. 구체예 284에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A로 구성되는, 방법.
구체예 286. 구체예 179-285 중 어느 하나에 있어서, 발현 수준은 핵산 발현 수준인, 방법.
구체예 287. 구체예 286에 있어서, 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준인, 방법.
구체예 288. 구체예 287에 있어서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정되는, 방법.
구체예 289. 구체예 288에 있어서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq을 사용하여 검출되는, 방법.
구체예 290. 구체예 288에 있어서, mRNA 발현 수준은 RT-qPCR을 사용하여 검출되는, 방법.
구체예 291. 구체예 179-290 중 어느 하나에 있어서, 발현 수준은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, 정상 인접 조직 (NAT) 세포, 정상 인접 조직 (NAT) 세포, 또는 이들의 조합에서 검출되는, 방법.
구체예 292. 구체예 179-291 중 어느 하나에 있어서, 샘플은 조직샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합인, 방법.
구체예 293. 구체예 292에 있어서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플인, 방법.
구체예 294. 구체예 293에 있어서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 간질 세포, NAT 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
구체예 295. 구체예 293 또는 294 중 어느 하나에 있어서, 종양 조직 샘플은 포르말린 고정된 파라핀 포매 (FFPE) 샘플, 아카이브 샘플, 냉장 샘플 또는 냉동 샘플인, 방법.
구체예 296. 구체예 295에 있어서, 종양 조직 샘플은 FFPE 샘플인, 방법.
구체예 297. 구체예 179-296 중 어느 하나에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양인, 방법.
구체예 298. 구체예 297에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 방법.
구체예 299. 구체예 298에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 방법.
구체예 300. 구체예 298에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
구체예 301. 구체예 298에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 방법.
구체예 302. 구체예 298에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 방법.
구체예 303. 구체예 179-302 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
구체예 304. 구체예 303에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
구체예 305. 구체예 304에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 306. 구체예 305에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 307. 구체예 305에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 308. 구체예 305-307 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
구체예 309. 구체예 304-308 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 310. 구체예 309에 있어서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법.
구체예 311. 구체예 310에 있어서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
구체예 312. 구체예 311에 있어서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는, 방법.
구체예 313. 구체예 303에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제인, 방법.
구체예 314. 구체예 313에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 315. 구체예 314에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 316. 구체예 314에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
구체예 317. 구체예 314-316 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
구체예 318. 구체예 313-317 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 319. 구체예 318에 있어서, 항체는 다음으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
구체예 320. 구체예 313-317 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질인, 방법.
구체예 321. 구체예 320에 있어서, Fc-융합 단백질은 AMP-224인, 방법.
구체예 322. 구체예 179-321 중 어느 하나에 있어서, 개체는 이전에 암을 치료받은 적이 없는, 방법.
구체예 323. 구체예 322에 있어서, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제를 이전에 투여받은 적이 없는, 방법.
구체예 324. 구체예 179-321 중 어느 하나에 있어서, 개체는 개체에 대한 백금-함유 화학요법제의 투여에 의해 이전에 암을 치료받은 적이 있으며, 개체는 화학요법제에 반응하지 않았던, 방법.
구체예 325. 구체예 179-182 및 190-324 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료는 단일요법인, 방법.
구체예 326. 구체예 181 및 183-324 중 어느 하나에 있어서, 유효량의 하나 이상의 추가 치료제들을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구체예 327. 구체예 326에 있어서, 하나 이상의 추가 치료제는 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제, 면역조절제 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
구체예 328. 구체예 327에 있어서, 하나 이상의 추가 치료제는 면역조절제를 포함하는, 방법.
구체예 329. 구체예 328에 있어서, 면역조절제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
구체예 330. 구체예 179-329 중 어느 하나에 있어서, 개체는 인간인 방법.
구체예 331. PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하기 위한, 다음을 포함하는 키트:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약들; 및, 선택적으로,
(b) 구체예 179, 181, 182, 및 190-330 중 어느 하나의 방법에 따른 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하기 위해 상기 하나 이상의 시약들을 사용하는 것에 관한 지침서.
구체예 332. PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료 후보인 암에 걸린 개체를 식별하는 분석법으로서, 이 분석법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하며, 상기 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 분석법.
구체예 333. 구체예 332에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 5개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 334. 구체예 333에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 6개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 335. 구체예 334에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 7개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 336. 구체예 335에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 8개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 337. 구체예 336에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 9개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 338. 구체예 337에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2 중 10개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 339. 구체예 338에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2을 포함하는, 분석법.
구체예 340. 구체예 339에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, 및 PATL2로 구성되는, 분석법.
구체예 341. 구체예 332-338 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 하나 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 342. 구체예 341에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 2개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 343. 구체예 342에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 3개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 344. 구체예 343에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 4개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 345. 구체예 344에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 5개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 346. 구체예 345에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 6개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 347. 구체예 346에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 7개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 348. 구체예 347에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 8개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 349. 구체예 348에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 9개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 350. 구체예 349에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 10개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 351. 구체예 350에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF를 포함하는, 분석법.
구체예 352. 구체예 351에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF로 구성되는, 분석법.
구체예 353. 구체예 332-338 및 341-350 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 표 1-3 중 어느 하나에 제시된 패널을 포함하는, 분석법.
구체예 354. 구체예 332-338, 341-350, 및 353 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, 및 HLA-H를 포함하는, 분석법.
구체예 355. 구체예 332-338, 341-351, 353, 및 354 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 356. 구체예 355에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 357. 구체예 356에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 358. 구체예 357에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 359. 구체예 358에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 360. 구체예 359에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 361. 구체예 360에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 7개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 362. 구체예 361에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 8개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 363. 구체예 362에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 9개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 364. 구체예 363에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A 중 10개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 365. 구체예 364에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A를 포함하는, 분석법.
구체예 366. 구체예 365에 있어서, 유전자들은 GZMB, KLRD1, FGFBP2, NKG7, CST7, KLRC4-KLRK1, KLRK1, GZMH, B2M, LITAF, CTSW, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, CCL5, GNLY, PRF1, PATL2, 및 CD8A로 구성되는, 분석법.
구체예 367. 구체예 332-338, 341-350, 및 353-364 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 368. 구체예 367에 있어서, 세포독성 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택되는, 분석법.
구체예 369. 구체예 368에 있어서, 유전자들은 CST7을 포함하는, 분석법.
구체예 370. 구체예 368 또는 369에 있어서, 유전자들은 PLEK를 포함하는, 분석법.
구체예 371. 구체예 368-370 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 HCST를 포함하는, 분석법.
구체예 372. 구체예 368-371 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CTSW를 포함하는, 분석법.
구체예 373. 구체예 368-372 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 KLRG1을 포함하는, 분석법.
구체예 374. 구체예 368-373 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CD8A를 포함하는, 분석법.
구체예 375. 구체예 368-374 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CCL5를 포함하는, 분석법.
구체예 376. 구체예 368-375 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CD8B를 포함하는, 분석법.
구체예 377. 구체예 368-376 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 NKG7을 포함하는, 분석법.
구체예 378. 구체예 368-377 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 GZMH를 포함하는, 분석법.
구체예 379. 구체예 368-378 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 HLA-C를 포함하는, 분석법.
구체예 380. 구체예 368-379 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 2개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 381. 구체예 380에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 3개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 382. 구체예 381에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 4개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 383. 구체예 382에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 5개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 384. 구체예 383에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 6개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 385. 구체예 384에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 7개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
386. 구체예 385에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 8개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 387. 구체예 386에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 9개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 388. 구체예 387에 있어서, 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택된 10개 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 389. 구체예 388에 있어서, 유전자들은 11개 세포독성 유전자들 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C 모두를 포함하는, 분석법.
구체예 390. 구체예 332-338, 341-350, 353-365, 및 367-389 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 391. 구체예 390에 있어서, 미토콘드리아 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택되는, 분석법.
구체예 392. 구체예 391에 있어서, 유전자들은 MT-ND4를 포함하는, 분석법.
구체예 393. 구체예 391 또는 392에 있어서, 유전자들은 MT-CYB를 포함하는, 분석법.
구체예 394. 구체예 391-393 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-CO2를 포함하는, 분석법.
구체예 395. 구체예 391-394 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-ND4L을 포함하는, 분석법.
구체예 396. 구체예 391-395 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-ATP6을 포함하는, 분석법.
구체예 397. 구체예 391-396 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택된 2개 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 398. 구체예 397에 있어서, 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택된 3개 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 399. 구체예 398에 있어서, 유전자들은 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6에서 선택된 4개 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 분석법.
구체예 400. 구체예 399에 있어서, 유전자들은 5개 미토콘드리아 유전자 MT-ND4, MT-CYB, MT-CO2, MT-ND4L, 및 MT-ATP6 모두를 포함하는, 분석법.
구체예 401. 구체예 332-338, 341-350, 353-365, 및 367-400 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 표 4에 제시된 패널을 포함하는, 분석법.
구체예 402. 구체예 332-338, 341-350, 353-364, 및 367-401 중 어느 하나에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 하나 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 403. 구체예 402에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 2개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 404. 구체예 403에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 3개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 405. 구체예 404에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 4개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 406. 구체예 405에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 5개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 407. 구체예 406에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A 중 6개 이상을 포함하는, 분석법.
구체예 408. 구체예 407에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A를 포함하는, 분석법.
구체예 409. 구체예 408에 있어서, 유전자들은 NKG7, CST7, GZMH, LITAF, CTSW, CCL5, 및 CD8A로 구성되는, 분석법.
구체예 410. 구체예 332-409 중 어느 하나에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양으로 구성된 그룹에서 선택되는, 분석법.
구체예 411. 구체예 410에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 분석법.
구체예 412. 구체예 411에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 분석법.
구체예 413. 구체예 412에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 분석법.
구체예 414. 구체예 413에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 분석법.
구체예 415. 구체예 414에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 분석법.
구체예 416. 구체예 332-415 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 또는 PD-L2 결합 길항제인, 분석법.
구체예 417. 구체예 416에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 분석법.
구체예 418. 구체예 417에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 분석법.
구체예 419. 구체예 418에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제하는, 분석법.
구체예 420. 구체예 418에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제하는, 분석법.
구체예 421. 구체예 418-420 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 분석법.
구체예 422. 구체예 417-421 중 어느 하나에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 분석법.
구체예 423. 구체예 422에 있어서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택되는, 분석법.
구체예 424. 구체예 423에 있어서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 분석법.
구체예 425. 구체예 424에 있어서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는, 분석법.
구체예 426. 구체예 416에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제인, 분석법.
구체예 427. 구체예 426에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 분석법.
구체예 428. 구체예 427에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하는, 분석법.
구체예 429. 구체예 427에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 분석법.
구체예 430. 구체예 427-429 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 분석법.
구체예 431. 구체예 426-430 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 분석법.
구체예 432. 구체예 431에 있어서, 항체는 다음으로 구성된 그룹에서 선택되는, 분석법: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
구체예 433. 구체예 426-430 중 어느 하나에 있어서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질인, 분석법.
구체예 434. 구체예 433에 있어서, Fc-융합 단백질은 AMP-224인, 분석법.
구체예 435. PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
구체예 436. 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
구체예 437. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 샘플 내 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 438. 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구체예 439. 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 샘플 내 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
구체예 440. 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
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<213> Homo sapiens
<400> 1
ggtgtgccct tctctgtttc agactctgag ctgctactct gaagtctggg tcgtgccctg 60
gctccagcac ttcgaggtgc ctgttctccg ttgtcactga cccccgcctc ttcagcaaga 120
ccacagccat gacaaacacc aggatgcatg ctccttgtcc cctcccaccc gcctcatgac 180
ccagcctcac agaccctctc aggcctctga cgagtgagcg ggtgaagtgc cactgggtca 240
ccgcagggca gctggaatgg cagcatggta gcacctccta acagattaaa tagatcacat 300
ttgcttctaa aattaactcc tgtttctgag gcttcccacc tagattccgg gtctgggtgc 360
aggggactga gtcaatggag ggagttgtga aactaaggga tgatcccctg tggctacagg 420
cccccaggag agcaggggta cagctctggg tctgaata 458
<210> 2
<211> 145
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 2
Met Arg Ala Ala Gly Thr Leu Leu Ala Phe Cys Cys Leu Val Leu Ser
1 5 10 15
Thr Thr Gly Gly Pro Ser Pro Asp Thr Cys Ser Gln Asp Leu Asn Ser
20 25 30
Arg Val Lys Pro Gly Phe Pro Lys Thr Ile Lys Thr Asn Asp Pro Gly
35 40 45
Val Leu Gln Ala Ala Arg Tyr Ser Val Glu Lys Phe Asn Asn Cys Thr
50 55 60
Asn Asp Met Phe Leu Phe Lys Glu Ser Arg Ile Thr Arg Ala Leu Val
65 70 75 80
Gln Ile Val Lys Gly Leu Lys Tyr Met Leu Glu Val Glu Ile Gly Arg
85 90 95
Thr Thr Cys Lys Lys Asn Gln His Leu Arg Leu Asp Asp Cys Asp Phe
100 105 110
Gln Thr Asn His Thr Leu Lys Gln Thr Leu Ser Cys Tyr Ser Glu Val
115 120 125
Trp Val Val Pro Trp Leu Gln His Phe Glu Val Pro Val Leu Arg Cys
130 135 140
His
145
<210> 3
<211> 783
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
cccaggagtc tgggtgcaca gcctccttct ctctgagatt caagagtctg atcagcagcc 60
tcttcctcct ccaggaccca gaagccctga gcttatcccc atggagctct gccggtccct 120
ggccctgctg gggggctccc tgggcctgat gttctgcctg attgctttga gcaccgattt 180
ctggtttgag gctgtgggtc ccacccactc agctcactcg ggcctctggc caacagggca 240
tggggacatc atatcaggct acatccacgt gacgcagacc ttcagcatta tggctgttct 300
gtgggccctg gtgtccgtga gcttcctggt cctgtcctgc ttcccctcac tgttcccccc 360
aggccacggc ccgcttgtct caaccaccgc agcctttgct gcagccatct ccatggtggt 420
ggccatggcg gtgtacacca gcgagcggtg ggaccagcct ccacaccccc agatccagac 480
cttcttctcc tggtccttct acctgggctg ggtctcagct atcctcttgc tctgtacagg 540
tgccctgagc ctgggtgctc actgtggcgg tccccgtcct ggctatgaaa ccttgtgagc 600
agaaggcaag agcggcaaga tgagttttga gcgttgtatt ccaaaggcct catctggagc 660
ctcgggaaag tctggtccta catttgcccg cccttccagc ccttccccag cccctcctct 720
tgtttcttca ttcattcaac aaaatttggc tggaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 780
aaa 783
<210> 4
<211> 165
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 4
Met Glu Leu Cys Arg Ser Leu Ala Leu Leu Gly Gly Ser Leu Gly Leu
1 5 10 15
Met Phe Cys Leu Ile Ala Leu Ser Thr Asp Phe Trp Phe Glu Ala Val
20 25 30
Gly Pro Thr His Ser Ala His Ser Gly Leu Trp Pro Thr Gly His Gly
35 40 45
Asp Ile Ile Ser Gly Tyr Ile His Val Thr Gln Thr Phe Ser Ile Met
50 55 60
Ala Val Leu Trp Ala Leu Val Ser Val Ser Phe Leu Val Leu Ser Cys
65 70 75 80
Phe Pro Ser Leu Phe Pro Pro Gly His Gly Pro Leu Val Ser Thr Thr
85 90 95
Ala Ala Phe Ala Ala Ala Ile Ser Met Val Val Ala Met Ala Val Tyr
100 105 110
Thr Ser Glu Arg Trp Asp Gln Pro Pro His Pro Gln Ile Gln Thr Phe
115 120 125
Phe Ser Trp Ser Phe Tyr Leu Gly Trp Val Ser Ala Ile Leu Leu Leu
130 135 140
Cys Thr Gly Ala Leu Ser Leu Gly Ala His Cys Gly Gly Pro Arg Pro
145 150 155 160
Gly Tyr Glu Thr Leu
165
<210> 5
<211> 741
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 5
atgcagccat tcctcctcct gttggccttt cttctgaccc ctggggctgg gacagaggag 60
atcatcgggg gccatgaggc caagccccac tcccgcccct acatggcctt tgttcagttt 120
ctgcaagaga agagtcggaa gaggtgtggc ggcatcctag tgagaaagga ctttgtgctg 180
acagctgctc actgccaggg aagctccata aatgtcacct tgggggccca caatatcaag 240
gaacaggagc ggacccagca gtttatccct gtgaaaagac ccatccccca tccagcctat 300
aatcctaaga acttctccaa cgacatcatg ctactgcagc tggagagaaa ggccaagtgg 360
accacagctg tgcggcctct caggctacct agcagcaagg cccaggtgaa gccagggcag 420
ctgtgcagtg tggctggctg gggttatgtc tcaatgagca ctttagcaac cacactgcag 480
gaagtgttgc tgacagtgca gaaggactgc cagtgtgaac gtctcttcca tggcaattac 540
agcagagcca ctgagatttg tgtgggggat ccaaagaaga cacagaccgg tttcaagggg 600
gactccgggg ggcccctcgt gtgtaaggac gtagcccaag gtattctctc ctatggaaac 660
aaaaaaggga cacctccagg agtctacatc aaggtctcac acttcctgcc ctggataaag 720
agaacaatga agcgcctcta a 741
<210> 6
<211> 246
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 6
Met Gln Pro Phe Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Thr Pro Gly Ala
1 5 10 15
Gly Thr Glu Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Phe Val Gln Phe Leu Gln Glu Lys Ser Arg Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Ile Leu Val Arg Lys Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Gln Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Arg Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Trp Thr Thr Ala Val Arg Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Ser Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Leu Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Tyr Val Ser Met Ser Thr Leu Ala Thr Thr Leu Gln
145 150 155 160
Glu Val Leu Leu Thr Val Gln Lys Asp Cys Gln Cys Glu Arg Leu Phe
165 170 175
His Gly Asn Tyr Ser Arg Ala Thr Glu Ile Cys Val Gly Asp Pro Lys
180 185 190
Lys Thr Gln Thr Gly Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys
195 200 205
Lys Asp Val Ala Gln Gly Ile Leu Ser Tyr Gly Asn Lys Lys Gly Thr
210 215 220
Pro Pro Gly Val Tyr Ile Lys Val Ser His Phe Leu Pro Trp Ile Lys
225 230 235 240
Arg Thr Met Lys Arg Leu
245
<210> 7
<211> 1378
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 7
atgctaaaac taatcgtccc aacaattata ttactaccac tgacatgact ttccaaaaaa 60
cacataattt gaatcaacac aaccacccac agcctaatta ttagcatcat ccctctacta 120
ttttttaacc aaatcaacaa caacctattt agctgttccc caaccttttc ctccgacccc 180
ctaacaaccc ccctcctaat actaactacc tgactcctac ccctcacaat catggcaagc 240
caacgccact tatccagtga accactatca cgaaaaaaac tctacctctc tatactaatc 300
tccctacaaa tctccttaat tataacattc acagccacag aactaatcat attttatatc 360
ttcttcgaaa ccacacttat ccccaccttg gctatcatca cccgatgagg caaccagcca 420
gaacgcctga acgcaggcac atacttccta ttctacaccc tagtaggctc ccttccccta 480
ctcatcgcac taatttacac tcacaacacc ctaggctcac taaacattct actactcact 540
ctcactgccc aagaactatc aaactcctga gccaacaact taatatgact agcttacaca 600
atagctttta tagtaaagat acctctttac ggactccact tatgactccc taaagcccat 660
gtcgaagccc ccatcgctgg gtcaatagta cttgccgcag tactcttaaa actaggcggc 720
tatggtataa tacgcctcac actcattctc aaccccctga caaaacacat agcctacccc 780
ttccttgtac tatccctatg aggcataatt ataacaagct ccatctgcct acgacaaaca 840
gacctaaaat cgctcattgc atactcttca atcagccaca tagccctcgt agtaacagcc 900
attctcatcc aaaccccctg aagcttcacc ggcgcagtca ttctcataat cgcccacggg 960
cttacatcct cattactatt ctgcctagca aactcaaact acgaacgcac tcacagtcgc 1020
atcataatcc tctctcaagg acttcaaact ctactcccac taatagcttt ttgatgactt 1080
ctagcaagcc tcgctaacct cgccttaccc cccactatta acctactggg agaactctct 1140
gtgctagtaa ccacgttctc ctgatcaaat atcactctcc tacttacagg actcaacata 1200
ctagtcacag ccctatactc cctctacata tttaccacaa cacaatgggg ctcactcacc 1260
caccacatta acaacataaa accctcattc acacgagaaa acaccctcat gttcatacac 1320
ctatccccca ttctcctcct atccctcaac cccgacatca ttaccgggtt ttcctctt 1378
<210> 8
<211> 459
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 8
Met Leu Lys Leu Ile Val Pro Thr Ile Met Leu Leu Pro Leu Thr Trp
1 5 10 15
Leu Ser Lys Lys His Met Ile Trp Ile Asn Thr Thr Thr His Ser Leu
20 25 30
Ile Ile Ser Ile Ile Pro Leu Leu Phe Phe Asn Gln Ile Asn Asn Asn
35 40 45
Leu Phe Ser Cys Ser Pro Thr Phe Ser Ser Asp Pro Leu Thr Thr Pro
50 55 60
Leu Leu Met Leu Thr Thr Trp Leu Leu Pro Leu Thr Ile Met Ala Ser
65 70 75 80
Gln Arg His Leu Ser Ser Glu Pro Leu Ser Arg Lys Lys Leu Tyr Leu
85 90 95
Ser Met Leu Ile Ser Leu Gln Ile Ser Leu Ile Met Thr Phe Thr Ala
100 105 110
Thr Glu Leu Ile Met Phe Tyr Ile Phe Phe Glu Thr Thr Leu Ile Pro
115 120 125
Thr Leu Ala Ile Ile Thr Arg Trp Gly Asn Gln Pro Glu Arg Leu Asn
130 135 140
Ala Gly Thr Tyr Phe Leu Phe Tyr Thr Leu Val Gly Ser Leu Pro Leu
145 150 155 160
Leu Ile Ala Leu Ile Tyr Thr His Asn Thr Leu Gly Ser Leu Asn Ile
165 170 175
Leu Leu Leu Thr Leu Thr Ala Gln Glu Leu Ser Asn Ser Trp Ala Asn
180 185 190
Asn Leu Met Trp Leu Ala Tyr Thr Met Ala Phe Met Val Lys Met Pro
195 200 205
Leu Tyr Gly Leu His Leu Trp Leu Pro Lys Ala His Val Glu Ala Pro
210 215 220
Ile Ala Gly Ser Met Val Leu Ala Ala Val Leu Leu Lys Leu Gly Gly
225 230 235 240
Tyr Gly Met Met Arg Leu Thr Leu Ile Leu Asn Pro Leu Thr Lys His
245 250 255
Met Ala Tyr Pro Phe Leu Val Leu Ser Leu Trp Gly Met Ile Met Thr
260 265 270
Ser Ser Ile Cys Leu Arg Gln Thr Asp Leu Lys Ser Leu Ile Ala Tyr
275 280 285
Ser Ser Ile Ser His Met Ala Leu Val Val Thr Ala Ile Leu Ile Gln
290 295 300
Thr Pro Trp Ser Phe Thr Gly Ala Val Ile Leu Met Ile Ala His Gly
305 310 315 320
Leu Thr Ser Ser Leu Leu Phe Cys Leu Ala Asn Ser Asn Tyr Glu Arg
325 330 335
Thr His Ser Arg Ile Met Ile Leu Ser Gln Gly Leu Gln Thr Leu Leu
340 345 350
Pro Leu Met Ala Phe Trp Trp Leu Leu Ala Ser Leu Ala Asn Leu Ala
355 360 365
Leu Pro Pro Thr Ile Asn Leu Leu Gly Glu Leu Ser Val Leu Val Thr
370 375 380
Thr Phe Ser Trp Ser Asn Ile Thr Leu Leu Leu Thr Gly Leu Asn Met
385 390 395 400
Leu Val Thr Ala Leu Tyr Ser Leu Tyr Met Phe Thr Thr Thr Gln Trp
405 410 415
Gly Ser Leu Thr His His Ile Asn Asn Met Lys Pro Ser Phe Thr Arg
420 425 430
Glu Asn Thr Leu Met Phe Met His Leu Ser Pro Ile Leu Leu Leu Ser
435 440 445
Leu Asn Pro Asp Ile Ile Thr Gly Phe Ser Ser
450 455
<210> 9
<211> 1080
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 9
atggcgcccc gaaccctcct cctgctgctc tcaggggccc tggccctgac ccagacctgg 60
gcgcgttccc actccatgag gtatttctac accaccatgt cccggcccgg cgccggggag 120
ccccgcttca tctccgtcgg ctacgtggac gatacgcagt tcgtgcggtt cgacagcgac 180
gacgcgagtc cgagagagga gccgcgggcg ccgtggatgg agcgggaggg gccaaagtat 240
tgggaccgga acacacagat ctgcaaggcc caggcacaga ctgaacgaga gaacctgcgg 300
atcgcgctcc gctactacaa ccagagcgag ggcggttctc acaccatgca ggtgatgtat 360
ggctgcgacg tggggcccga cgggcctttc ctccgcgggt atgaacagca cgcctacgac 420
ggcaaggatt acatcgccct gaacgaggac ctgcgctcct ggaccgcggc ggacatggca 480
gctcagatca ccaagcgcaa gtgggaggcg gcccgtcggg cggagcagcg gagagtctac 540
ttggagggcg agttcgtgga gtggctccgc agatacttgg agaacgggaa ggagacgctg 600
cagcgcgcgg acccccccaa gacacatatg acccaccacc ccatctctga ccatgaggcc 660
accctgaggt gctgggccct gggcttctac cctgcggaga tcacactgac ctggcagcgg 720
gatggggagg accagaccca ggacacggag ctcgtggaga ccaggcctgc aggggatgga 780
accttccaga agtgggcggc tgtggtggtg ccttctggag aggagcagag atacacctgc 840
catgtgcagc atgagggtct gcccgagccc ctcaccctga gatgggagcc atcttcccag 900
cccaccgtcc ccatcgtggg catcgttgct ggcttggttc tacttgtagc tgtggtcact 960
ggagctgtgg tcgctgctgt aatgtggagg aagaagagct cagatagaaa aggagggagc 1020
tactctcagg ctgcaagcag caacagtgcc cagggctctg atgtgtctct cacggcttga 1080
<210> 10
<211> 362
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 10
Met Val Leu Met Ala Pro Arg Thr Leu Leu Leu Leu Leu Ser Gly Ala
1 5 10 15
Leu Ala Leu Thr Gln Thr Trp Ala Arg Ser His Ser Met Arg Tyr Phe
20 25 30
Tyr Thr Thr Met Ser Arg Pro Gly Ala Gly Glu Pro Arg Phe Ile Ser
35 40 45
Val Gly Tyr Val Asp Asp Thr Gln Phe Val Arg Phe Asp Ser Asp Asp
50 55 60
Ala Ser Pro Arg Glu Glu Pro Arg Ala Pro Trp Met Glu Arg Glu Gly
65 70 75 80
Pro Lys Tyr Trp Asp Arg Asn Thr Gln Ile Cys Lys Ala Gln Ala Gln
85 90 95
Thr Glu Arg Glu Asn Leu Arg Ile Ala Leu Arg Tyr Tyr Asn Gln Ser
100 105 110
Glu Gly Gly Ser His Thr Met Gln Val Met Tyr Gly Cys Asp Val Gly
115 120 125
Pro Asp Gly Pro Phe Leu Arg Gly Tyr Glu Gln His Ala Tyr Asp Gly
130 135 140
Lys Asp Tyr Ile Ala Leu Asn Glu Asp Leu Arg Ser Trp Thr Ala Ala
145 150 155 160
Asp Met Ala Ala Gln Ile Thr Lys Arg Lys Trp Glu Ala Ala Arg Arg
165 170 175
Ala Glu Gln Arg Arg Val Tyr Leu Glu Gly Glu Phe Val Glu Trp Leu
180 185 190
Arg Arg Tyr Leu Glu Asn Gly Lys Glu Thr Leu Gln Arg Ala Asp Pro
195 200 205
Pro Lys Thr His Met Thr His His Pro Ile Ser Asp His Glu Ala Thr
210 215 220
Leu Arg Cys Trp Ala Leu Gly Phe Tyr Pro Ala Glu Ile Thr Leu Thr
225 230 235 240
Trp Gln Arg Asp Gly Glu Asp Gln Thr Gln Asp Thr Glu Leu Val Glu
245 250 255
Thr Arg Pro Ala Gly Asp Gly Thr Phe Gln Lys Trp Ala Ala Val Val
260 265 270
Val Pro Ser Gly Glu Glu Gln Arg Tyr Thr Cys His Val Gln His Glu
275 280 285
Gly Leu Pro Glu Pro Leu Thr Leu Arg Trp Glu Pro Ser Ser Gln Pro
290 295 300
Thr Val Pro Ile Val Gly Ile Val Ala Gly Leu Val Leu Leu Val Ala
305 310 315 320
Val Val Thr Gly Ala Val Val Ala Ala Val Met Trp Arg Lys Lys Ser
325 330 335
Ser Asp Arg Lys Gly Gly Ser Tyr Ser Gln Ala Ala Ser Ser Asn Ser
340 345 350
Ala Gln Gly Ser Asp Val Ser Leu Thr Ala
355 360
<210> 11
<211> 309
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 11
accatgaagg tctccgcggc agccctcgct gtcatcctca ttgctactgc cctctgcgct 60
cctgcatctg cctccccata ttcctcggac accacaccct gctgctttgc ctacattgcc 120
cgcccactgc cccgtgccca catcaaggag tatttctaca ccagtggcaa gtgctccaac 180
ccagcagtcg tctttgtcac ccgaaagaac cgccaagtgt gtgccaaccc agagaagaaa 240
tgggttcggg agtacatcaa ctctttggag atgagctagg atggagagtc cttgaacctg 300
aacttacac 309
<210> 12
<211> 91
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 12
Met Lys Val Ser Ala Ala Ala Leu Ala Val Ile Leu Ile Ala Thr Ala
1 5 10 15
Leu Cys Ala Pro Ala Ser Ala Ser Pro Tyr Ser Ser Asp Thr Thr Pro
20 25 30
Cys Cys Phe Ala Tyr Ile Ala Arg Pro Leu Pro Arg Ala His Ile Lys
35 40 45
Glu Tyr Phe Tyr Thr Ser Gly Lys Cys Ser Asn Pro Ala Val Val Phe
50 55 60
Val Thr Arg Lys Asn Arg Gln Val Cys Ala Asn Pro Glu Lys Lys Trp
65 70 75 80
Val Arg Glu Tyr Ile Asn Ser Leu Glu Met Ser
85 90
<210> 13
<211> 1060
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
cggctcccgc gccgcctccc ctcgcgcccg agcttcgagc caagcagcgt cctggggagc 60
gcgtcatggc cttaccagtg accgccttgc tcctgccgct ggccttgctg ctccacgccg 120
ccaggccgag ccagttccgg gtgtcgccgc tggatcggac ctggaacctg ggcgagacag 180
tggagctgaa gtgccaggtg ctgctgtcca acccgacgtc gggctgctcg tggctcttcc 240
agccgcgcgg cgccgccgcc agtcccacct tcctcctata cctctcccaa aacaagccca 300
aggcggccga ggggctggac acccagcggt tctcgggcaa gaggttgggg gacaccttcg 360
tcctcaccct gagcgacttc cgccgagaga acgagggcta ctatttctgc tcggccctga 420
gcaactccat catgtacttc agccacttcg tgccggtctt cctgccagcg aagcccacca 480
cgacgccagc gccgcgacca ccaacaccgg cgcccaccat cgcgtcgcag cccctgtccc 540
tgcgcccaga ggcgtgccgg ccagcggcgg ggggcgcagt gcacacgagg gggctggact 600
tcgcctgtga tatctacatc tgggcgccct tggccgggac ttgtggggtc cttctcctgt 660
cactggttat caccctttac tgcaaccaca ggaaccgaag acgtgtttgc aaatgtcccc 720
ggcctgtggt caaatcggga gacaagccca gcctttcggc gagatacgtc taaccctgtg 780
caacagccac tacattactt caaactgaga tccttccttt tgagggagca agtccttccc 840
tttcattttt tccagtcttc ctccctgtgt attcattctc atgattatta ttttagtggg 900
ggcggggtgg gaaagattac tttttcttta tgtgtttgac gggaaacaaa actaggtaaa 960
atctacagta caccacaagg gtcacaatac tgttgtgcgc acatcgcggt agggcgtgga 1020
aaggggcagg ccagagctac ccgcagagtt ctcagaatca 1060
<210> 14
<211> 235
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 14
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr
20 25 30
Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser
35 40 45
Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala
65 70 75 80
Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp
85 90 95
Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe
115 120 125
Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg
130 135 140
Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg
145 150 155 160
Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly
165 170 175
Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr
180 185 190
Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His
195 200 205
Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser
210 215 220
Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val
225 230 235
<210> 15
<211> 640
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 15
gagggaacgg gtcctggcgg tgctttgcaa agggcccgtg tttctgttgc gggaagctcc 60
cgggggtcgc acgtgcgtcc gagcccaagc ccctcccctc cactcccctt cctgcgtgcc 120
ccggagccgc caagcggcta cgttcttctc ggcccgccga gatggcgctc gaccccgcag 180
accagcatct cagacatgtc gaaaaagatg ttttgatccc taaaataatg agagaaaagg 240
ccaaagagag gtgttctgaa caagttcaag attttaccaa atgttgcaag aactctggag 300
ttcttatggt agtaaaatgc cggaaagaaa attctgcatt gaaagaatgt ctaactgctt 360
actataatga tccagccttt tatgaagaat gcaaaatgga atacctgaag gaaagggaag 420
aattcagaaa aactggaatt cctacaaaga aaaggctaca gaagcttcca acaagcatgt 480
aggcagatac tcaaatgaca ttcaggaact ctaatattca tggaagtcat tttatagtcc 540
ttaaataatg gactcaagca tatatgtttg ctttacctta attatggaaa tattaacttt 600
atctgaaata aatattttat ttcaaaaaaa aaaaaaaaaa 640
<210> 16
<211> 106
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 16
Met Ala Leu Asp Pro Ala Asp Gln His Leu Arg His Val Glu Lys Asp
1 5 10 15
Val Leu Ile Pro Lys Ile Met Arg Glu Lys Ala Lys Glu Arg Cys Ser
20 25 30
Glu Gln Val Gln Asp Phe Thr Lys Cys Cys Lys Asn Ser Gly Val Leu
35 40 45
Met Val Val Lys Cys Arg Lys Glu Asn Ser Ala Leu Lys Glu Cys Leu
50 55 60
Thr Ala Tyr Tyr Asn Asp Pro Ala Phe Tyr Glu Glu Cys Lys Met Glu
65 70 75 80
Tyr Leu Lys Glu Arg Glu Glu Phe Arg Lys Thr Gly Ile Pro Thr Lys
85 90 95
Lys Arg Leu Gln Lys Leu Pro Thr Ser Met
100 105
<210> 17
<211> 832
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
gcgactgtct ccgccgagcc cccggggcca ggtgtcccgg gcgcgccacg atgcggccgc 60
ggctgtggct cctcctggcc gcgcagctga cagttctcca tggcaactca gtcctccagc 120
agacccctgc atacataaag gtgcaaacca acaagatggt gatgctgtcc tgcgaggcta 180
aaatctccct cagtaacatg cgcatctact ggctgagaca gcgccaggca ccgagcagtg 240
acagtcacca cgagttcctg gccctctggg attccgcaaa agggactatc cacggtgaag 300
aggtggaaca ggagaagata gctgtgtttc gggatgcaag ccggttcatt ctcaatctca 360
caagcgtgaa gccggaagac agtggcatct acttctgcat gatcgtcggg agccccgagc 420
tgaccttcgg gaagggaact cagctgagtg tggttgattt ccttcccacc actgcccagc 480
ccaccaagaa gtccaccctc aagaagagag tgtgccggtt acccaggcca gagacccaga 540
agggcccact ttgtagcccc atcacccttg gcctgctggt ggctggcgtc ctggttctgc 600
tggtttccct gggagtggcc atccacctgt gctgccggcg gaggagagcc cggcttcgtt 660
tcatgaaaca gcctcaaggg gaaggtatat caggaacctt tgtcccccaa tgcctgcatg 720
gatactacag caatactaca acctcacaga agctgcttaa cccatggatc ctgaaaacat 780
aggcaagaag cacaggtcct gatgagtgga tctttactac ttttaccaga tt 832
<210> 18
<211> 210
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 18
Met Arg Pro Arg Leu Trp Leu Leu Leu Ala Ala Gln Leu Thr Val Leu
1 5 10 15
His Gly Asn Ser Val Leu Gln Gln Thr Pro Ala Tyr Ile Lys Val Gln
20 25 30
Thr Asn Lys Met Val Met Leu Ser Cys Glu Ala Lys Ile Ser Leu Ser
35 40 45
Asn Met Arg Ile Tyr Trp Leu Arg Gln Arg Gln Ala Pro Ser Ser Asp
50 55 60
Ser His His Glu Phe Leu Ala Leu Trp Asp Ser Ala Lys Gly Thr Ile
65 70 75 80
His Gly Glu Glu Val Glu Gln Glu Lys Ile Ala Val Phe Arg Asp Ala
85 90 95
Ser Arg Phe Ile Leu Asn Leu Thr Ser Val Lys Pro Glu Asp Ser Gly
100 105 110
Ile Tyr Phe Cys Met Ile Val Gly Ser Pro Glu Leu Thr Phe Gly Lys
115 120 125
Gly Thr Gln Leu Ser Val Val Asp Phe Leu Pro Thr Thr Ala Gln Pro
130 135 140
Thr Lys Lys Ser Thr Leu Lys Lys Arg Val Cys Arg Leu Pro Arg Pro
145 150 155 160
Glu Thr Gln Lys Gly Pro Leu Cys Ser Pro Ile Thr Leu Gly Leu Leu
165 170 175
Val Ala Gly Val Leu Val Leu Leu Val Ser Leu Gly Val Ala Ile His
180 185 190
Leu Cys Cys Arg Arg Arg Arg Ala Arg Leu Arg Phe Met Lys Gln Phe
195 200 205
Tyr Lys
210
<210> 19
<211> 345
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 19
ctgccagacc cctgccagac cccagtccac catgatccat ctgggtcaca tcctcttcct 60
gcttttgctc ccagtggctg cagctcagac gaccccagga gagagatcat cactccctgc 120
cttttaccct ggcacttcag gctcctgttc cggatgtggg tccctctctc tgccgctcct 180
ggcaggcctc gtggctgctg atgcggtggc atcgctgctc atcgtggggg cggtgttcct 240
gtgcgcacgc ccacgccgca gccccgccca agaagatggc aaagtctaca tcaacatgcc 300
aggcaggggc tgaccctcct gcagcttgga cctttgactt ctgac 345
<210> 20
<211> 93
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 20
Met Ile His Leu Gly His Ile Leu Phe Leu Leu Leu Leu Pro Val Ala
1 5 10 15
Ala Ala Gln Thr Thr Pro Gly Glu Arg Ser Ser Leu Pro Ala Phe Tyr
20 25 30
Pro Gly Thr Ser Gly Ser Cys Ser Gly Cys Gly Ser Leu Ser Leu Pro
35 40 45
Leu Leu Ala Gly Leu Val Ala Ala Asp Ala Val Ala Ser Leu Leu Ile
50 55 60
Val Gly Ala Val Phe Leu Cys Ala Arg Pro Arg Arg Ser Pro Ala Gln
65 70 75 80
Glu Asp Gly Lys Val Tyr Ile Asn Met Pro Gly Arg Gly
85 90
<210> 21
<211> 337
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 21
aagcccgaat gatatttcct attcgcctac acaattctcc gatccgtccc taacaaacta 60
ggaggcgtcc ttgccctatt actatccatc ctcatcctag caataatccc catcctccat 120
atatccaaac aacaaagcat aatatttcgc ccactaagcc aatcacttta ttgactccta 180
gccgcagacc tcctcattct aacctgaatc ggaggacaac cagtaagcta cccttttacc 240
atcattggac aagtagcatc cgtactatac ttcacaacaa tcctaatcct aataccaact 300
atctccctaa ttgaaaacaa aatactcaaa tgggcct 337
<210> 22
<211> 380
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 22
Met Thr Pro Met Arg Lys Thr Asn Pro Leu Met Lys Leu Ile Asn His
1 5 10 15
Ser Phe Ile Asp Leu Pro Thr Pro Ser Asn Ile Ser Ala Trp Trp Asn
20 25 30
Phe Gly Ser Leu Leu Gly Ala Cys Leu Ile Leu Gln Ile Thr Thr Gly
35 40 45
Leu Phe Leu Ala Met His Tyr Ser Pro Asp Ala Ser Thr Ala Phe Ser
50 55 60
Ser Ile Ala His Ile Thr Arg Asp Val Asn Tyr Gly Trp Ile Ile Arg
65 70 75 80
Tyr Leu His Ala Asn Gly Ala Ser Met Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu
85 90 95
His Ile Gly Arg Gly Leu Tyr Tyr Gly Ser Phe Leu Tyr Ser Glu Thr
100 105 110
Trp Asn Ile Gly Ile Ile Leu Leu Leu Ala Thr Met Ala Thr Ala Phe
115 120 125
Met Gly Tyr Val Leu Pro Trp Gly Gln Met Ser Phe Trp Gly Ala Thr
130 135 140
Val Ile Thr Asn Leu Leu Ser Ala Ile Pro Tyr Ile Gly Thr Asp Leu
145 150 155 160
Val Gln Trp Ile Trp Gly Gly Tyr Ser Val Asp Ser Pro Thr Leu Thr
165 170 175
Arg Phe Phe Thr Phe His Phe Ile Leu Pro Phe Ile Ile Ala Ala Leu
180 185 190
Ala Thr Leu His Leu Leu Phe Leu His Glu Thr Gly Ser Asn Asn Pro
195 200 205
Leu Gly Ile Thr Ser His Ser Asp Lys Ile Thr Phe His Pro Tyr Tyr
210 215 220
Thr Ile Lys Asp Ala Leu Gly Leu Leu Leu Phe Leu Leu Ser Leu Met
225 230 235 240
Thr Leu Thr Leu Phe Ser Pro Asp Leu Leu Gly Asp Pro Asp Asn Tyr
245 250 255
Thr Leu Ala Asn Pro Leu Asn Thr Pro Pro His Ile Lys Pro Glu Trp
260 265 270
Tyr Phe Leu Phe Ala Tyr Thr Ile Leu Arg Ser Val Pro Asn Lys Leu
275 280 285
Gly Gly Val Leu Ala Leu Leu Leu Ser Ile Leu Ile Leu Ala Met Ile
290 295 300
Pro Ile Leu His Met Ser Lys Gln Gln Ser Met Met Phe Arg Pro Leu
305 310 315 320
Ser Gln Ser Leu Tyr Trp Leu Leu Ala Ala Asp Leu Leu Ile Leu Thr
325 330 335
Trp Ile Gly Gly Gln Pro Val Ser Tyr Pro Phe Thr Ile Ile Gly Gln
340 345 350
Val Ala Ser Val Leu Tyr Phe Thr Thr Ile Leu Ile Leu Met Pro Thr
355 360 365
Ile Ser Leu Ile Glu Asn Lys Met Leu Lys Trp Ala
370 375 380
<210> 23
<211> 297
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 23
atgcccctca tttacataaa tattatacta gcatttacca tctcacttct aggaatacta 60
gtatatcgct cacacctcat atcctcccta ctatgcctag aaggaataat actatcgctg 120
ttcattatag ctactctcat aaccctcaac acccactccc tcttagccaa tattgtgcct 180
attgccatac tagtctttgc cgcctgcgaa gcagcggtgg gcctagccct actagtctca 240
atctccaaca catatggcct agactacgta cataacctaa acctactcca atgctaa 297
<210> 24
<211> 98
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 24
Met Pro Leu Ile Tyr Met Asn Ile Met Leu Ala Phe Thr Ile Ser Leu
1 5 10 15
Leu Gly Met Leu Val Tyr Arg Ser His Leu Met Ser Ser Leu Leu Cys
20 25 30
Leu Glu Gly Met Met Leu Ser Leu Phe Ile Met Ala Thr Leu Met Thr
35 40 45
Leu Asn Thr His Ser Leu Leu Ala Asn Ile Val Pro Ile Ala Met Leu
50 55 60
Val Phe Ala Ala Cys Glu Ala Ala Val Gly Leu Ala Leu Leu Val Ser
65 70 75 80
Ile Ser Asn Thr Tyr Gly Leu Asp Tyr Val His Asn Leu Asn Leu Leu
85 90 95
Gln Cys
<210> 25
<211> 1350
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 25
ggggagatct tagctgaaga tgactgacag tgttatttat tccatgttag agttgcctac 60
ggcaacccaa gcccagaatg actatggacc acagcaaaaa tcttcctctt ccaggccttc 120
ttgttcttgc cttgtggcaa tagctttggg gcttctgact gcagttcttc tgagtgtgct 180
gctataccag tggatcctgt gccagggctc caactactcc acttgtgcca gctgtcctag 240
ctgcccagac cgctggatga aatatggtaa ccattgttat tatttctcag tggaggaaaa 300
ggactggaat tctagtctgg aattctgcct agccagagac tcacacctcc ttgtgataac 360
ggacaatcag gaaatgagcc tgctccaagt tttcctcagt gaggcctttt gctggattgg 420
tctgaggaac aattctggct ggaggtggga agatggatca cctctaaact tctcaaggat 480
ttcttctaat agctttgtgc agacatgcgg tgccatcaac aaaaatggtc ttcaagcctc 540
aagctgtgaa gttcctttac actgggtgtg taagaagtgt ccctttgcag atcaagcttt 600
attctgaaga ataaacctag ctggcatgct ggtgtgtacc tgtagtccta gctatttggg 660
aagctgaggt gggagggtcg cttgagccca ggagtttgag gctgcagtga gctatgattg 720
tgccactgta ctccagcctg ggagatagag caagactcca tctctaaaaa aaaaaaaaaa 780
tgctaatgtg agaatataaa ttgtgggaaa tgagtgaggg caaggtggta cttcctcctt 840
ctgagctctt cacacgtaat gcaaaaaccc ggtcttaact gattttgttt tttttctgag 900
tatgcatata tgtggttgaa tgaaccaatg tgtgattgta tcttttccat tatgtgactg 960
tttgacctgc atattaattt caagatagca gtcaattcga taaggcattt tcatagagga 1020
aagtttacag aaacagttta tgtggttgga tcaccaaatt atcttaggta ctaaggcctc 1080
aaaaataaga aaaactttat tatttctcct cagtagagtt tggacataca taaggagaga 1140
aggtacagtg atgaaggaga ccataattct gtagtgttga tgatcctgga ttataatctt 1200
tttctcttta tctttcatag tttttttaaa aacatggact gtatcttatc taccactata 1260
tcccaaatac ctaagatagt gcttacgttc agtgactatt aaataaataa atggatgaat 1320
taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1350
<210> 26
<211> 195
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 26
Met Thr Asp Ser Val Ile Tyr Ser Met Leu Glu Leu Pro Thr Ala Thr
1 5 10 15
Gln Ala Gln Asn Asp Tyr Gly Pro Gln Gln Lys Ser Ser Ser Ser Arg
20 25 30
Pro Ser Cys Ser Cys Leu Val Ala Ile Ala Leu Gly Leu Leu Thr Ala
35 40 45
Val Leu Leu Ser Val Leu Leu Tyr Gln Trp Ile Leu Cys Gln Gly Ser
50 55 60
Asn Tyr Ser Thr Cys Ala Ser Cys Pro Ser Cys Pro Asp Arg Trp Met
65 70 75 80
Lys Tyr Gly Asn His Cys Tyr Tyr Phe Ser Val Glu Glu Lys Asp Trp
85 90 95
Asn Ser Ser Leu Glu Phe Cys Leu Ala Arg Asp Ser His Leu Leu Val
100 105 110
Ile Thr Asp Asn Gln Glu Met Ser Leu Leu Gln Val Phe Leu Ser Glu
115 120 125
Ala Phe Cys Trp Ile Gly Leu Arg Asn Asn Ser Gly Trp Arg Trp Glu
130 135 140
Asp Gly Ser Pro Leu Asn Phe Ser Arg Ile Ser Ser Asn Ser Phe Val
145 150 155 160
Gln Thr Cys Gly Ala Ile Asn Lys Asn Gly Leu Gln Ala Ser Ser Cys
165 170 175
Glu Val Pro Leu His Trp Val Cys Lys Lys Cys Pro Phe Ala Asp Gln
180 185 190
Ala Leu Phe
195
<210> 27
<211> 586
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 27
cttttcctaa cactcacaac aaaactaact aatactaaca tctcagacgc tcaggaaata 60
gaaaccgtct gaactatcct gcccgccatc atcctagtcc tcatcgccct cccatcccta 120
cgcatccttt acataacaga cgaggtcaac gatccctccc ttaccatcaa atcaattggc 180
caccaatggt actgaaccta cgagtacacc gactacggcg gactaatctt caactcctac 240
atacttcccc cattattcct agaaccaggc gacctgcgac tccttgacgt tgacaatcga 300
gtagtactcc cgattgaagc ccccattcgt ataataatta catcacaaga cgtcttgcac 360
tcatgagctg tccccacatt aggcttaaaa acagatgcaa ttcccggacg tctaaaccaa 420
accactttca ccgctacacg accgggggta tactacggtc aatgctctga aatctgtgga 480
gcaaaccaca gtttcatgcc catcgtccta gaattaattc ccctaaaaat ctttgaaata 540
gggcccgtat ttaccctata gcaccccctc taccccctct agagcc 586
<210> 28
<211> 227
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 28
Met Ala His Ala Ala Gln Val Gly Leu Gln Asp Ala Thr Ser Pro Ile
1 5 10 15
Met Glu Glu Leu Ile Thr Phe His Asp His Ala Leu Met Ile Ile Phe
20 25 30
Leu Ile Cys Phe Leu Val Leu Tyr Ala Leu Phe Leu Thr Leu Thr Thr
35 40 45
Lys Leu Thr Asn Thr Asn Ile Ser Asp Ala Gln Glu Met Glu Thr Val
50 55 60
Trp Thr Ile Leu Pro Ala Ile Ile Leu Val Leu Ile Ala Leu Pro Ser
65 70 75 80
Leu Arg Ile Leu Tyr Met Thr Asp Glu Val Asn Asp Pro Ser Leu Thr
85 90 95
Ile Lys Ser Ile Gly His Gln Trp Tyr Trp Thr Tyr Glu Tyr Thr Asp
100 105 110
Tyr Gly Gly Leu Ile Phe Asn Ser Tyr Met Leu Pro Pro Leu Phe Leu
115 120 125
Glu Pro Gly Asp Leu Arg Leu Leu Asp Val Asp Asn Arg Val Val Leu
130 135 140
Pro Ile Glu Ala Pro Ile Arg Met Met Ile Thr Ser Gln Asp Val Leu
145 150 155 160
His Ser Trp Ala Val Pro Thr Leu Gly Leu Lys Thr Asp Ala Ile Pro
165 170 175
Gly Arg Leu Asn Gln Thr Thr Phe Thr Ala Thr Arg Pro Gly Val Tyr
180 185 190
Tyr Gly Gln Cys Ser Glu Ile Cys Gly Ala Asn His Ser Phe Met Pro
195 200 205
Ile Val Leu Glu Leu Ile Pro Leu Lys Ile Phe Glu Met Gly Pro Val
210 215 220
Phe Thr Leu
225
<210> 29
<211> 681
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 29
atgaacgaaa atctgttcgc ttcattcatt gcccccacaa tcctaggcct acccgccgca 60
gtactgatca ttctatttcc ccctctattg atccccacct ccaaatatct catcaacaac 120
cgactaatca ccacccaaca atgactaatc aaactaacct caaaacaaat gataaccata 180
cacaacacta aaggacgaac ctgatctctt atactagtat ccttaatcat ttttattgcc 240
acaactaacc tcctcggact cctgcctcac tcatttacac caaccaccca actatctata 300
aacctagcca tggccatccc cttatgagcg ggcacagtga ttataggctt tcgctctaag 360
attaaaaatg ccctagccca cttcttacca caaggcacac ctacacccct tatccccata 420
ctagttatta tcgaaaccat cagcctactc attcaaccaa tagccctggc cgtacgccta 480
accgctaaca ttactgcagg ccacctactc atgcacctaa ttggaagcgc caccctagca 540
atatcaacca ttaaccttcc ctctacactt atcatcttca caattctaat tctactgact 600
atcctagaaa tcgctgtcgc cttaatccaa gcctacgttt tcacacttct agtaagcctc 660
tacctgcacg acaacacata a 681
<210> 30
<211> 226
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 30
Met Asn Glu Asn Leu Phe Ala Ser Phe Ile Ala Pro Thr Ile Leu Gly
1 5 10 15
Leu Pro Ala Ala Val Leu Ile Ile Leu Phe Pro Pro Leu Leu Ile Pro
20 25 30
Thr Ser Lys Tyr Leu Ile Asn Asn Arg Leu Ile Thr Thr Gln Gln Trp
35 40 45
Leu Ile Lys Leu Thr Ser Lys Gln Met Met Thr Met His Asn Thr Lys
50 55 60
Gly Arg Thr Trp Ser Leu Met Leu Val Ser Leu Ile Ile Phe Ile Ala
65 70 75 80
Thr Thr Asn Leu Leu Gly Leu Leu Pro His Ser Phe Thr Pro Thr Thr
85 90 95
Gln Leu Ser Met Asn Leu Ala Met Ala Ile Pro Leu Trp Ala Gly Thr
100 105 110
Val Ile Met Gly Phe Arg Ser Lys Ile Lys Asn Ala Leu Ala His Phe
115 120 125
Leu Pro Gln Gly Thr Pro Thr Pro Leu Ile Pro Met Leu Val Ile Ile
130 135 140
Glu Thr Ile Ser Leu Leu Ile Gln Pro Met Ala Leu Ala Val Arg Leu
145 150 155 160
Thr Ala Asn Ile Thr Ala Gly His Leu Leu Met His Leu Ile Gly Ser
165 170 175
Ala Thr Leu Ala Met Ser Thr Ile Asn Leu Pro Ser Thr Leu Ile Ile
180 185 190
Phe Thr Ile Leu Ile Leu Leu Thr Ile Leu Glu Ile Ala Val Ala Leu
195 200 205
Ile Gln Ala Tyr Val Phe Thr Leu Leu Val Ser Leu Tyr Leu His Asp
210 215 220
Asn Thr
225
<210> 31
<211> 1137
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 31
acagccacct cagcatgcag aggaggccca gctgctgaga ggagttgcct gagagtgacc 60
tttgcatctg cctgtccagc cagcatggaa ccaaagcgga tcagagaggg ctaccttgtg 120
aagaagggga gcgtgttcaa tacgtggaaa cccatgtggg ttgtattgtt agaagatgga 180
attgaattct ataagaagaa aagtgacaac agccccaaag gaatgatccc gctgaaaggg 240
agcactctga ctagcccttg tcaagacttt ggcaaaagga tgtttgtgtt taagatcact 300
acgaccaaac agcaggacca cttcttccag gcagccttcc tggaggagag agatgcctgg 360
gttcgggata tcaagaaggc cattaaatgc attgaaggag gccagaaatt tgccaggaaa 420
tctaccagga ggtccattcg actgccagaa accattgact taggtgcctt atatttgtcc 480
atgaaagaca ctgaaaaagg aataaaagaa ctgaatctag agaaggacaa gaagattttt 540
aatcactgct tcacaggtaa ctgcgtcatt gattggctgg tatccaacca gtctgttagg 600
aatcgccagg aaggcctcat gattgcttca tcgctgctca atgaggggta tctgcagcct 660
gctggagaca tgtccaagag tgcagtggat ggaactgctg aaaacccttt cctggacaac 720
cctgatgcct tctactactt tccagacagt gggttcttct gtgaagagaa ttccagtgat 780
gatgatgtga ttctgaaaga agaattcaga ggggtcatta tcaagcaggg atgtttactg 840
aagcaggggc atagaaggaa aaactggaaa gtgaggaagt tcatcttgag agaagaccct 900
gcctacctgc actactatga ccctgctggg gcagaagatc ccctgggagc aattcacttg 960
agaggctgtg tggtgacttc agtggagagc aactcaaatg gcaggaagag tgaggaagag 1020
aacctttttg agatcatcac agcagatgaa gtgcactatt tcttgcaagc agccaccccc 1080
aaggagcgca cagagtggat cagagccatc cagatggcct cccgaactgg gaagtaa 1137
<210> 32
<211> 350
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 32
Met Glu Pro Lys Arg Ile Arg Glu Gly Tyr Leu Val Lys Lys Gly Ser
1 5 10 15
Val Phe Asn Thr Trp Lys Pro Met Trp Val Val Leu Leu Glu Asp Gly
20 25 30
Ile Glu Phe Tyr Lys Lys Lys Ser Asp Asn Ser Pro Lys Gly Met Ile
35 40 45
Pro Leu Lys Gly Ser Thr Leu Thr Ser Pro Cys Gln Asp Phe Gly Lys
50 55 60
Arg Met Phe Val Phe Lys Ile Thr Thr Thr Lys Gln Gln Asp His Phe
65 70 75 80
Phe Gln Ala Ala Phe Leu Glu Glu Arg Asp Ala Trp Val Arg Asp Ile
85 90 95
Lys Lys Ala Ile Lys Cys Ile Glu Gly Gly Gln Lys Phe Ala Arg Lys
100 105 110
Ser Thr Arg Arg Ser Ile Arg Leu Pro Glu Thr Ile Asp Leu Gly Ala
115 120 125
Leu Tyr Leu Ser Met Lys Asp Thr Glu Lys Gly Ile Lys Glu Leu Asn
130 135 140
Leu Glu Lys Asp Lys Lys Ile Phe Asn His Cys Phe Thr Gly Asn Cys
145 150 155 160
Val Ile Asp Trp Leu Val Ser Asn Gln Ser Val Arg Asn Arg Gln Glu
165 170 175
Gly Leu Met Ile Ala Ser Ser Leu Leu Asn Glu Gly Tyr Leu Gln Pro
180 185 190
Ala Gly Asp Met Ser Lys Ser Ala Val Asp Gly Thr Ala Glu Asn Pro
195 200 205
Phe Leu Asp Asn Pro Asp Ala Phe Tyr Tyr Phe Pro Asp Ser Gly Phe
210 215 220
Phe Cys Glu Glu Asn Ser Ser Asp Asp Asp Val Ile Leu Lys Glu Glu
225 230 235 240
Phe Arg Gly Val Ile Ile Lys Gln Gly Cys Leu Leu Lys Gln Gly His
245 250 255
Arg Arg Lys Asn Trp Lys Val Arg Lys Phe Ile Leu Arg Glu Asp Pro
260 265 270
Ala Tyr Leu His Tyr Tyr Asp Pro Ala Gly Ala Glu Asp Pro Leu Gly
275 280 285
Ala Ile His Leu Arg Gly Cys Val Val Thr Ser Val Glu Ser Asn Ser
290 295 300
Asn Gly Arg Lys Ser Glu Glu Glu Asn Leu Phe Glu Ile Ile Thr Ala
305 310 315 320
Asp Glu Val His Tyr Phe Leu Gln Ala Ala Thr Pro Lys Glu Arg Thr
325 330 335
Glu Trp Ile Arg Ala Ile Gln Met Ala Ser Arg Thr Gly Lys
340 345 350
<210> 33
<211> 1339
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 33
tgcgcggctt cctgcctcca tgccactcca gactgcaccg gcatggcact gactgcccac 60
ccctcctgcc tcctggccct gttggtggca ggcctagccc aaggcatcag aggccccctt 120
agggcccagg acctaggtcc ccagccgcta gagctgaaag aggccttcaa gttgttccag 180
atccagttca accggagtta cctgagccca gaagagcatg ctcaccgcct ggacatcttt 240
gcccacaacc tggcccaggc tcagaggctg caggaggagg acttgggcac agctgagttt 300
ggggtgactc cattcagtga cctcacagag gaggagtttg gccagctcta tggctatcgg 360
agggcagctg gaggggtccc cagcatgggc agagaaataa ggtctgaaga gccagaggag 420
tcagtacctt tcagctgtga ctggcggaag gtggccggcg ccatctcacc catcaaggac 480
cagaaaaact gcaactgctg ctgggccatg gcagcggcag gcaacataga gaccctgtgg 540
cgcatcagtt tctgggattt tgtggacgtc tccgtgcagg aactgctgga ctgtggccgc 600
tgtggggatg gctgccacgg tggcttcgtc tgggacgcgt tcataactgt cctcaacaac 660
agcggcctgg ccagtgaaaa ggactacccg ttccagggca aagtcagagc ccacaggtgc 720
caccccaaga agtaccagaa ggtggcctgg atccaggact tcatcatgct gcagaacaac 780
gagcacagaa ttgcgcagta cctggccact tatggcccca tcaccgtgac catcaacatg 840
aagccccttc agctataccg gaaaggtgtg atcaaggcca cacccaccac ctgtgacccc 900
cagcttgtgg accactctgt cctgctggtg ggttttggca gcgtcaagtc agaggagggg 960
atatgggcag agacagtctc atcgcagtct cagcctcagc ctccacaccc caccccatac 1020
tggatcctga agaactcctg gggggcccaa tggggagaga agggctattt ccggctgcac 1080
cgagggagca atacctgtgg catcaccaag ttcccgctca ctgcccgtgt gcagaaaccg 1140
gatatgaagc cccgagtctc ctgccctccc tgaacccacc tggccccctc agctctgtcc 1200
tgttaggcca actgcctcct tgccagcccc acccccaggt ttttgcccat cctcccaatc 1260
tcaatacagc ctgaataaac caaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1320
aaaaaaaaaa aaaaaaaaa 1339
<210> 34
<211> 376
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 34
Met Ala Leu Thr Ala His Pro Ser Cys Leu Leu Ala Leu Leu Val Ala
1 5 10 15
Gly Leu Ala Gln Gly Ile Arg Gly Pro Leu Arg Ala Gln Asp Leu Gly
20 25 30
Pro Gln Pro Leu Glu Leu Lys Glu Ala Phe Lys Leu Phe Gln Ile Gln
35 40 45
Phe Asn Arg Ser Tyr Leu Ser Pro Glu Glu His Ala His Arg Leu Asp
50 55 60
Ile Phe Ala His Asn Leu Ala Gln Ala Gln Arg Leu Gln Glu Glu Asp
65 70 75 80
Leu Gly Thr Ala Glu Phe Gly Val Thr Pro Phe Ser Asp Leu Thr Glu
85 90 95
Glu Glu Phe Gly Gln Leu Tyr Gly Tyr Arg Arg Ala Ala Gly Gly Val
100 105 110
Pro Ser Met Gly Arg Glu Ile Arg Ser Glu Glu Pro Glu Glu Ser Val
115 120 125
Pro Phe Ser Cys Asp Trp Arg Lys Val Ala Ser Ala Ile Ser Pro Ile
130 135 140
Lys Asp Gln Lys Asn Cys Asn Cys Cys Trp Ala Met Ala Ala Ala Gly
145 150 155 160
Asn Ile Glu Thr Leu Trp Arg Ile Ser Phe Trp Asp Phe Val Asp Val
165 170 175
Ser Val Gln Glu Leu Leu Asp Cys Gly Arg Cys Gly Asp Gly Cys His
180 185 190
Gly Gly Phe Val Trp Asp Ala Phe Ile Thr Val Leu Asn Asn Ser Gly
195 200 205
Leu Ala Ser Glu Lys Asp Tyr Pro Phe Gln Gly Lys Val Arg Ala His
210 215 220
Arg Cys His Pro Lys Lys Tyr Gln Lys Val Ala Trp Ile Gln Asp Phe
225 230 235 240
Ile Met Leu Gln Asn Asn Glu His Arg Ile Ala Gln Tyr Leu Ala Thr
245 250 255
Tyr Gly Pro Ile Thr Val Thr Ile Asn Met Lys Pro Leu Gln Leu Tyr
260 265 270
Arg Lys Gly Val Ile Lys Ala Thr Pro Thr Thr Cys Asp Pro Gln Leu
275 280 285
Val Asp His Ser Val Leu Leu Val Gly Phe Gly Ser Val Lys Ser Glu
290 295 300
Glu Gly Ile Trp Ala Glu Thr Val Ser Ser Gln Ser Gln Pro Gln Pro
305 310 315 320
Pro His Pro Thr Pro Tyr Trp Ile Leu Lys Asn Ser Trp Gly Ala Gln
325 330 335
Trp Gly Glu Lys Gly Tyr Phe Arg Leu His Arg Gly Ser Asn Thr Cys
340 345 350
Gly Ile Thr Lys Phe Pro Leu Thr Ala Arg Val Gln Lys Pro Asp Met
355 360 365
Lys Pro Arg Val Ser Cys Pro Pro
370 375
<210> 35
<211> 895
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 35
atgcgggtca tggcgccccg aaccctcatc ctgctgctct cgggagccct ggccctgacc 60
gagacctggg cctgctccca ctccatgagg tatttctaca ccgccgtgtc ccggcccggc 120
cgcggagagc cccgcttcat cgcagtgggc tacgtggacg acacgcagtt cgtgcggttc 180
gacagcgacg ccgcgagtcc aagaggggag ccgcgggcgc cgtgggtgga gcaggagggg 240
ccggagtatt gggaccggga gacacagaag tacaagcgcc aggcacaggc tgaccgagtg 300
agcctgcgga acctgcgcgg ctactacaac cagagcgagg ccgggtctca caccctccag 360
aggatgtacg gctgcgacct ggggcccgac gggcgcctcc tccgcgggta tgaccagtcc 420
gcctacgacg gcaaggatta catcgccctg aacgaggacc tgcgctcctg gaccgctgcg 480
gacacggcgg ctcagatcac ccagcgcaag tgggaggcgg cccgtgaggc ggagcagtgg 540
agagcctacc tggagggcac gtgcgtggag tggctccgca gatacctgga gaacgggaag 600
gagacgctgc agcgcgcgga acacccaaag acacacgtga cccaccatcc cgtctctgac 660
catgaggcca ccctgaggtg ctgggccctg ggcttctacc ctgcggagat cacactgacc 720
tggcagcggg atggcgagga ccaaactcag gacaccgagc ttgtggagac caggccagca 780
ggagatggaa ccttccagaa gtgggcagct gtggtggtgc cttctggaga agagcagaga 840
tacacgtgcc atgtgcagca cgaggggctg ccagagcccc tcaccctgag atggg 895
<210> 36
<211> 366
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 36
Met Arg Val Met Ala Pro Arg Thr Leu Ile Leu Leu Leu Ser Gly Ala
1 5 10 15
Leu Ala Leu Thr Glu Thr Trp Ala Cys Ser His Ser Met Arg Tyr Phe
20 25 30
Tyr Thr Ala Val Ser Arg Pro Gly Arg Gly Glu Pro Arg Phe Ile Ala
35 40 45
Val Gly Tyr Val Asp Asp Thr Gln Phe Val Arg Phe Asp Ser Asp Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Arg Gly Glu Pro Arg Ala Pro Trp Val Glu Gln Glu Gly
65 70 75 80
Pro Glu Tyr Trp Asp Arg Glu Thr Gln Lys Tyr Lys Arg Gln Ala Gln
85 90 95
Ala Asp Arg Val Ser Leu Arg Asn Leu Arg Gly Tyr Tyr Asn Gln Ser
100 105 110
Glu Ala Gly Ser His Thr Leu Gln Arg Met Tyr Gly Cys Asp Leu Gly
115 120 125
Pro Asp Gly Arg Leu Leu Arg Gly Tyr Asp Gln Ser Ala Tyr Asp Gly
130 135 140
Lys Asp Tyr Ile Ala Leu Asn Glu Asp Leu Arg Ser Trp Thr Ala Ala
145 150 155 160
Asp Thr Ala Ala Gln Ile Thr Gln Arg Lys Trp Glu Ala Ala Arg Glu
165 170 175
Ala Glu Gln Trp Arg Ala Tyr Leu Glu Gly Thr Cys Val Glu Trp Leu
180 185 190
Arg Arg Tyr Leu Glu Asn Gly Lys Glu Thr Leu Gln Arg Ala Glu His
195 200 205
Pro Lys Thr His Val Thr His His Pro Val Ser Asp His Glu Ala Thr
210 215 220
Leu Arg Cys Trp Ala Leu Gly Phe Tyr Pro Ala Glu Ile Thr Leu Thr
225 230 235 240
Trp Gln Arg Asp Gly Glu Asp Gln Thr Gln Asp Thr Glu Leu Val Glu
245 250 255
Thr Arg Pro Ala Gly Asp Gly Thr Phe Gln Lys Trp Ala Ala Val Val
260 265 270
Val Pro Ser Gly Glu Glu Gln Arg Tyr Thr Cys His Val Gln His Glu
275 280 285
Gly Leu Pro Glu Pro Leu Thr Leu Arg Trp Glu Pro Ser Ser Gln Pro
290 295 300
Thr Ile Pro Ile Val Gly Ile Val Ala Gly Leu Ala Val Leu Ala Val
305 310 315 320
Leu Ala Val Leu Gly Ala Val Met Ala Val Val Met Cys Arg Arg Lys
325 330 335
Ser Ser Gly Gly Lys Gly Gly Ser Cys Ser Gln Ala Ala Ser Ser Asn
340 345 350
Ser Ala Gln Gly Ser Asp Glu Ser Leu Ile Ala Cys Lys Ala
355 360 365
<210> 37
<211> 1512
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 37
gcctgagagg caggtagctg cggcgctggg ctggcggcgg cgagtccacg tgctccccgc 60
ggccggttga aaccgttggc gggcgctggc tgagaggcaa tgtttgctgt cttccattgg 120
agtgactgaa tttctacatg acggcttttt gacaagactt aaaacctgtc ttggatagag 180
aatatttagc catttaccta aaaatggtat tttttacatg caatgcatgt ggtgaatcag 240
tgaagaaaat acaagtggaa aagcatgtgt ctgtttgcag aaactgtgaa tgcctttctt 300
gcattgactg cggtaaagat ttctggggcg atgactataa aaaccacgtg aaatgcataa 360
gtgaagatca gaagtatggt ggcaaaggct atgaaggtaa aacccacaaa ggcgacatca 420
aacagcaggc gtggattcag aaaattagtg aattaataaa gagacccaat gtcagcccca 480
aagtgagaga acttttagag caaattagtg cttttgacaa cgttcccagg aaaaaggcaa 540
aatttcagaa ttggatgaag aacagtttaa aagttcataa tgaatccatt ctggaccagg 600
tgtggaatat cttttctgaa gcttccaaca gcgaaccagt caataaggaa caggatcaac 660
ggccactcca cccagtggca aatccacatg cagaaatctc caccaaggtt ccagcctcca 720
aagtgaaaga cgccgtggaa cagcaagggg aggtgaagaa gaataaaaga gaaagaaagg 780
aagaacggca gaagaaaagg aaaagagaaa agaaagaact aaagttagaa aaccaccagg 840
aaaactcaag gaatcagaag cctaagaagc gcaaaaaggg acaggaggct gaccttgagg 900
ctggtgggga ggaagtccct gaggccaatg gctctgcagg gaagaggagc aagaagaaga 960
agcagcgcaa ggacagcgcc agtgaggaag aggcacgcgt gggcgcaggg aagaggaagc 1020
ggaggcactc ggaagttgaa acagattcta agaagaaaaa gatgaagctc ccagagcatc 1080
ctgagggcgg agaaccagaa gacgatgagg ctcctgcaaa aggtaaattc aactggaagg 1140
gaactattaa agcaattctg aaacaggccc cagacaatga aataaccatc aaaaagctaa 1200
ggaaaaaggt tttagctcag tactacacag tgacagatga gcatcacaga tccgaagagg 1260
aactcctggt catctttaac aagaaaatca gcaagaaccc tacctttaag ttattaaagg 1320
acaaagtcaa gcttgtgaaa tgaacatttg tgtatttaaa aattgaatcc attctgctga 1380
cttcttcctt tcactgctgt ttataaaatg tgtaatgaat tctaacaact caaattttgc 1440
tttttgaagc tgtattttta agttaagaaa aaatatattt ttggtataac ttttatgaaa 1500
aaaaaaaaaa aa 1512
<210> 38
<211> 379
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 38
Met Val Phe Phe Thr Cys Asn Ala Cys Gly Glu Ser Val Lys Lys Ile
1 5 10 15
Gln Val Glu Lys His Val Ser Val Cys Arg Asn Cys Glu Cys Leu Ser
20 25 30
Cys Ile Asp Cys Gly Lys Asp Phe Trp Gly Asp Asp Tyr Lys Asn His
35 40 45
Val Lys Cys Ile Ser Glu Asp Gln Lys Tyr Gly Gly Lys Gly Tyr Glu
50 55 60
Gly Lys Thr His Lys Gly Asp Ile Lys Gln Gln Ala Trp Ile Gln Lys
65 70 75 80
Ile Ser Glu Leu Ile Lys Arg Pro Asn Val Ser Pro Lys Val Arg Glu
85 90 95
Leu Leu Glu Gln Ile Ser Ala Phe Asp Asn Val Pro Arg Lys Lys Ala
100 105 110
Lys Phe Gln Asn Trp Met Lys Asn Ser Leu Lys Val His Asn Glu Ser
115 120 125
Ile Leu Asp Gln Val Trp Asn Ile Phe Ser Glu Ala Ser Asn Ser Glu
130 135 140
Pro Val Asn Lys Glu Gln Asp Gln Arg Pro Leu His Pro Val Ala Asn
145 150 155 160
Pro His Ala Glu Ile Ser Thr Lys Val Pro Ala Ser Lys Val Lys Asp
165 170 175
Ala Val Glu Gln Gln Gly Glu Val Lys Lys Asn Lys Arg Glu Arg Lys
180 185 190
Glu Glu Arg Gln Lys Lys Arg Lys Arg Glu Lys Lys Glu Leu Lys Leu
195 200 205
Glu Asn His Gln Glu Asn Ser Arg Asn Gln Lys Pro Lys Lys Arg Lys
210 215 220
Lys Gly Gln Glu Ala Asp Leu Glu Ala Gly Gly Glu Glu Val Pro Glu
225 230 235 240
Ala Asn Gly Ser Ala Gly Lys Arg Ser Lys Lys Lys Lys Gln Arg Lys
245 250 255
Asp Ser Ala Ser Glu Glu Glu Ala His Val Gly Ala Gly Lys Arg Lys
260 265 270
Arg Arg His Ser Glu Val Glu Thr Asp Ser Lys Lys Lys Lys Met Lys
275 280 285
Leu Pro Glu His Pro Glu Gly Gly Glu Pro Glu Asp Asp Glu Ala Pro
290 295 300
Ala Lys Gly Lys Phe Asn Trp Lys Gly Thr Ile Lys Ala Ile Leu Lys
305 310 315 320
Gln Ala Pro Asp Asn Glu Ile Thr Ile Lys Lys Leu Arg Lys Lys Val
325 330 335
Leu Ala Gln Tyr Tyr Thr Val Thr Asp Glu His His Arg Ser Glu Glu
340 345 350
Glu Leu Leu Val Ile Phe Asn Lys Lys Ile Ser Lys Asn Pro Thr Phe
355 360 365
Lys Leu Leu Lys Asp Lys Val Lys Leu Val Lys
370 375
<210> 39
<211> 2294
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 39
ccttttctcg gggcgcccga gaggccagct cagacctccc ggctcgacag gcggcgcggg 60
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accatggtgc ggatgcttgg gaaccagaac tgtttcagag gaatctgaag tctgatttta 1920
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gcaagccagg attctaggtt ggctgctgtg tcatctttga agtcaagaca aagctgggct 2040
cgaccttcaa gggtcctcgt tttgataata cttcagaata gggaactcat gtgaatacta 2100
ctatgtagaa ataaaaccta gaccttgagc gaacatctgt atattggttg aaaacgatag 2160
tggtaaccat tgatccccct tcatttgatg tttggaaaat tccagtaatt atcatttttg 2220
caacgaatat ggataccaca tagtactttg gtgttacctg cttttgaaaa ataaagtctt 2280
tggttcaccc ggtg 2294
<210> 40
<211> 161
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 40
Met Ser Val Pro Gly Pro Tyr Gln Ala Ala Thr Gly Pro Ser Ser Ala
1 5 10 15
Pro Ser Ala Pro Pro Ser Tyr Glu Glu Thr Val Ala Val Asn Ser Tyr
20 25 30
Tyr Pro Thr Pro Pro Ala Pro Met Pro Gly Pro Thr Thr Gly Leu Val
35 40 45
Thr Gly Pro Asp Gly Lys Gly Met Asn Pro Pro Ser Tyr Tyr Thr Gln
50 55 60
Pro Ala Pro Ile Pro Asn Asn Asn Pro Ile Thr Val Gln Thr Val Tyr
65 70 75 80
Val Gln His Pro Ile Thr Phe Leu Asp Arg Pro Ile Gln Met Cys Cys
85 90 95
Pro Ser Cys Asn Lys Met Ile Val Ser Gln Leu Ser Tyr Asn Ala Gly
100 105 110
Ala Leu Thr Trp Leu Ser Cys Gly Ser Leu Cys Leu Leu Gly Cys Ile
115 120 125
Ala Gly Cys Cys Phe Ile Pro Phe Cys Val Asp Ala Leu Gln Asp Val
130 135 140
Asp His Tyr Cys Pro Asn Cys Arg Ala Leu Leu Gly Thr Tyr Lys Arg
145 150 155 160
Leu
<210> 41
<211> 10
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 41
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 42
<211> 18
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 42
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 43
<211> 9
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 43
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 44
<211> 11
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 44
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 45
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 45
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 46
<211> 9
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 46
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 47
<211> 118
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 47
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 48
<211> 108
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 48
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 49
<211> 447
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 49
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
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Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
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Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 50
<211> 214
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 50
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
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165 170 175
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180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 51
<211> 440
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 51
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
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180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 52
<211> 214
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 52
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 53
<211> 3393
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (2042)..(2042)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 53
ctgtggtgat gatgtggtca ctgcatgatt ctcacacaag cacccagagg acgtcatcag 60
gcagaggcag tgggggtggg cagcatttac agaaaatctg tgatgagaca ccacaaaacc 120
agaggggaac atgaagtcac tgagcctgct ccacctcttt cctctcccaa gagctaaaag 180
agagcaagga ggaaacaaca gcagctccaa ccagggcagc cttcctgaga agatgcaacc 240
aatcctgctt ctgctggcct tcctcctgct gcccagggca gatgcaggtg agtgaccgtc 300
tccaccctcg ggggcccaac ccgatcccac aggtctcctg ccctttctcc acattcctga 360
tccatctatc taccaggaat gttctgaact ccagctccca ttctaaccaa gaccccccaa 420
gtgtgatgct ggataagcta tcagcaggaa tcggagagca gcaggcgatt ctcaagaaga 480
gccagtgggt actacccttc cccagagccc acctttgtca cctggagaga ggactttcct 540
agaagtaaat ggcagaggat gggaaactag aaaattctgt ttctgggata agacaggtgc 600
ttctctcact gtctgctaag gagggaaacc cagctgacag cagaattggt acaatcactg 660
tcctcagaac actgttaatg tgtttgctca gtcccattct ccaactctgc ttttcttccc 720
tggcctttgg tggctcccct ctttccaagg atgaggcact acggcaggcc ccagcttccc 780
tgctttctag aattccacca gcactgctct accagccctc atccagaggc taactggagc 840
cagtccatca tgcagccatg aacatttact gggcacccac tacatgtcag gctctaggaa 900
acaggatatg acagtatcta gatccctcca cttacacctg gccattagaa agcagcacta 960
tcctagacac cacaggactc ataagggtct tggaaactca cctgaaacaa agcaaagtca 1020
ggagaggaat gatcaggagc ctctgggatt tcactgtccc taagacaggt atgctcgcct 1080
tcaactacat atggaagaaa gatttacaca gaccaaagtc tgctgttctt ccctttttca 1140
gagcaggaaa ttgaagcccc ttcctccagg ccactcccaa ctccaggcta tcccaggctc 1200
ccaaatgccc aggagttctg gagccactaa gcaggtgccc acccaggaga ttccatgggt 1260
gcccacaagc agacagactt ttccttcagg ggagatcatc gggggacatg aggccaagcc 1320
ccactcccgc ccctacatgg cttatcttat gatctgggat cagaagtctc tgaagaggtg 1380
cggtggcttc ctgatacaag acgacttcgt gctgacagct gctcactgtt ggggaaggtg 1440
aggagcagaa aacagcccac accctcctgg aaacactcca cagagacccc tgccttcttc 1500
ccaaggagct ccctgggctc ctgtgaacac acatgccagg aggtctcctt agagggtgag 1560
aaaagggcag ttaagtttgt ggagagaggg gaaggttggt tccagaggtg ctgctgaggt 1620
aagaaacagc agagtgacca agcctgccat atttagaact gggggcatac tttggcatag 1680
aatacaaact gaagcaattc cacctgtgtt tctaggggga accgaaccct gagaaacctg 1740
gtgcaattac cgagattcca attccttggg gaccgactgt ccccttaatt tcccctcagc 1800
tgcagccctg ccccagctgt cacctgctct tcactgctct tcactgtctc tgggctgtat 1860
accctgtgac tccaccccca tcctcactct gctctctctg cagctccata aatgtcacct 1920
tgggggccca caatatcaaa gaacaggagc cgacccagca gtttatccct gtgaaaagac 1980
ccatccccca tccagcctat aatcctaaga acttctccaa cgacatcatg ctactgcagg 2040
tnaggcacac tcctgccact cttgctcttc ttggtccagt tggttccact ccccctgaga 2100
tgccggccct tccctccttt ccatcctggc ctcttggtct agttcctatg cctcagagga 2160
gagggaagat tgtgcagccc catcactgtg tcggggccca gaagttcgtt ggctgacctg 2220
gactttcttg cctcttcccc caccagctgg agagaaaggc caagcggacc agagctgtgc 2280
agcccctcag gctacctagc aacaaggccc aggtgaagcc agggcagaca tgcagtgtgg 2340
ccggctgggg gcagacggcc cccctgggaa aacactcaca cacactacaa gaggtgaaga 2400
tgacagtgca ggaagatcga aagtgcgaat ctgacttacg ccattattac gacagtacca 2460
ttgagttgtg cgtgggggac ccagagatta aaaagacttc ctttaaggta agactatgca 2520
cctgcctgga ttggctcttg ggagaaagat ctttggggaa tatctgagac ctggagactc 2580
aagtagtggg ggactccttc acccactaga ctgtgatatt tctctctgga aagagaagag 2640
gggactagac tgagctgggg agaaattagg gcctctgcaa acttaccagg aggcttatgg 2700
tggatggtgc ttctttggaa ggatgaattt gcaacactcc acccactcca ggtcacagat 2760
attaggaaac tgtgcccact gggggtgcag taattataac caggtgtgtc ttcagaggct 2820
ggtacccaac gtgaatgggc tggtcctcca tggtggacat cagccctcct tgcccacttc 2880
tgggtcctta aacagccaac ggtcccacat acctccgatc tcaggatctg ggggacatga 2940
cggaggctgg cccctgggat gaggtgaagc agtaacaatg tccagggcca gagcttggca 3000
gctgggggcc accagcggcc tgccctgccc tctggtctcc cacatgtagg ctgtgcaagt 3060
tggccttttc taaaaggggg cttgagatgg aagagagggc aggacccgga ggagcatcag 3120
ctcagtcctt ccactctcta ttcacagggg gactctggag gccctcttgt gtgtaacaag 3180
tgtgcccagg gcattgtctc ctatggacga aacaatggca tgcctccacg agcctgcacc 3240
aaagtctcaa gctttgtaca ctggataaag aaaaccatga aacgctacta actacaggaa 3300
agcaactaag cccccgctgt aatgaaacac cttctctgga gccaagtcca gatttacact 3360
gggagaggtg ccagcaactg aataaatact ctt 3393
<210> 54
<211> 247
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 54
Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala
1 5 10 15
Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu
145 150 155 160
Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp
165 170 175
Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro
180 185 190
Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val
195 200 205
Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly
210 215 220
Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr
245
<210> 55
<211> 596
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 55
ctacttcgct cttggaacat aatttctcat ggcagtgttt aagaccactc tgtggaggtt 60
aatttctggg accttaggga taatatgcct ttcgttgatg gctacgttgg gaattttgtt 120
gaaaaattct tttactaaac tgagtattga gccagcattt actccaggac ccaacataga 180
actccagaaa gactctgact gctgttcttg ccaagaaaaa tgggttgggt accggtgcaa 240
ctgttacttc atttccagtg aacagaaaac ttggaacgaa agtcggcatc tctgtgcttc 300
tcagaaatcc agcctgcttc agcttcaaaa cacagatgaa ctgcaggatt ttatgagctc 360
cagtcaacaa ttttactgga ttggactctc ttacagtgag gagcacaccg cctggttgtg 420
ggagaatggc tctgcactct cccagtatct atttccatca tttgaaactt ttaatacaaa 480
gaactgcata gcgtataatc caaatggaaa tgctttagat gaatcctgtg aagataaaaa 540
tcgttatatc tgtaagcaac agctcattta aatgtttctt ggggcagaga aggtgg 596
<210> 56
<211> 179
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 56
Met Ala Val Phe Lys Thr Thr Leu Trp Arg Leu Ile Ser Gly Thr Leu
1 5 10 15
Gly Ile Ile Cys Leu Ser Leu Met Ser Thr Leu Gly Ile Leu Leu Lys
20 25 30
Asn Ser Phe Thr Lys Leu Ser Ile Glu Pro Ala Phe Thr Pro Gly Pro
35 40 45
Asn Ile Glu Leu Gln Lys Asp Ser Asp Cys Cys Ser Cys Gln Glu Lys
50 55 60
Trp Val Gly Tyr Arg Cys Asn Cys Tyr Phe Ile Ser Ser Glu Gln Lys
65 70 75 80
Thr Trp Asn Glu Ser Arg His Leu Cys Ala Ser Gln Lys Ser Ser Leu
85 90 95
Leu Gln Leu Gln Asn Thr Asp Glu Leu Asp Phe Met Ser Ser Ser Gln
100 105 110
Gln Phe Tyr Trp Ile Gly Leu Ser Tyr Ser Glu Glu His Thr Ala Trp
115 120 125
Leu Trp Glu Asn Gly Ser Ala Leu Ser Gln Tyr Leu Phe Pro Ser Phe
130 135 140
Glu Thr Phe Asn Thr Lys Asn Cys Ile Ala Tyr Asn Pro Asn Gly Asn
145 150 155 160
Ala Leu Asp Glu Ser Cys Glu Asp Lys Asn Arg Tyr Ile Cys Lys Gln
165 170 175
Gln Leu Ile
<210> 57
<211> 1199
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 57
ctttaaaggg tgactcgtcc cacttgtgtt ctctctcctg gtgcagagtt gcaagcaagt 60
ttatcggagt atcgccatga agttcgtccc ctgcctcctg ctggtgacct tgtcctgcct 120
ggggactttg ggtcaggccc cgaggcaaaa gcaaggaagc actggggagg aattccattt 180
ccagactgga gggagagatt cctgcactat gcgtcccagc agcttggggc aaggtgctgg 240
agaagtctgg cttcgcgtcg actgccgcaa cacagaccag acctactggt gtgagtacag 300
ggggcagccc agcatgtgcc aggcttttgc tgctgacccc aaaccttact ggaatcaagc 360
cctgcaggag ctgaggcgcc ttcaccatgc gtgccagggg gccccggtgc ttaggccatc 420
cgtgtgcagg gaggctggac cccaggccca tatgcagcag gtgacttcca gcctcaaggg 480
cagcccagag cccaaccagc agcctgaggc tgggacgcca tctctgaggc ccaaggccac 540
agtgaaactc acagaagcaa cacagctggg aaaggactcg atggaagagc tgggaaaagc 600
caaacccacc acccgaccca cagccaaacc tacccagcct ggacccaggc ccggagggaa 660
tgaggaagca aagaagaagg cctgggaaca ttgttggaaa cccttccagg ccctgtgcgc 720
ctttctcatc agcttcttcc gagggtgaca ggtgaaagac ccctacagat ctgacctctc 780
cctgacagac aaccatctct ttttatatta tgccgctttc aatccaacgt tctcacactg 840
gaagaagaga gtttctaatc agatgcaacg gcccaaattc ttgatctgca gcttctctga 900
agtttggaaa agaaaccttc ctttctggag tttgcagagt tcagcaatat gatagggaac 960
aggtgctgat gggcccaaga gtgacaagca tacacaacta cttattatct gtagaagttt 1020
tgctttgttg atctgagcct tctatgaaag tttaaatatg taacgcattc atgaatttcc 1080
agtgttcagt aaatagcagc tatgtgtgtg caaaataaaa gaatgatttc agaaataaaa 1140
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa 1199
<210> 58
<211> 223
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 58
Met Lys Phe Val Pro Cys Leu Leu Leu Val Thr Leu Ser Cys Leu Gly
1 5 10 15
Thr Leu Gly Gln Ala Pro Arg Gln Lys Gln Gly Ser Thr Gly Glu Glu
20 25 30
Phe His Phe Gln Thr Gly Gly Arg Asp Ser Cys Thr Met Arg Pro Ser
35 40 45
Ser Leu Gly Gln Gly Ala Gly Glu Val Trp Leu Arg Val Asp Cys Arg
50 55 60
Asn Thr Asp Gln Thr Tyr Trp Cys Glu Tyr Arg Gly Gln Pro Ser Met
65 70 75 80
Cys Gln Ala Phe Ala Ala Asp Pro Lys Pro Tyr Trp Asn Gln Ala Leu
85 90 95
Gln Glu Leu Arg Arg Leu His His Ala Cys Gln Gly Ala Pro Val Leu
100 105 110
Arg Pro Ser Val Cys Arg Glu Ala Gly Pro Gln Ala His Met Gln Gln
115 120 125
Val Thr Ser Ser Leu Lys Gly Ser Pro Glu Pro Asn Gln Gln Pro Glu
130 135 140
Ala Gly Thr Pro Ser Leu Arg Pro Lys Ala Thr Val Lys Leu Thr Glu
145 150 155 160
Ala Thr Gln Leu Gly Lys Asp Ser Met Glu Glu Leu Gly Lys Ala Lys
165 170 175
Pro Thr Thr Arg Pro Thr Ala Lys Pro Thr Gln Pro Gly Pro Arg Pro
180 185 190
Gly Gly Asn Glu Glu Ala Lys Lys Lys Ala Trp Glu His Cys Trp Lys
195 200 205
Pro Phe Gln Ala Leu Cys Ala Phe Leu Ile Ser Phe Phe Arg Gly
210 215 220
<210> 59
<211> 1947
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 59
agaataaaaa acatttgcca agacctcatg cccttttagt aaacgaatgt ttactgccac 60
ctccagagaa gctcactgct gaggtcctag gaatcatttg cattgtcctg atggccactg 120
tgttaaaaac aatagttctt attccttgta ttggagtact ggagcagaac aatttttccc 180
tgaatagaag aatgcagaaa gcacgtcatt gtggccattg tcctgaggag tggattacat 240
attccaacag ttgttattac attggtaagg aaagaagaac ttgggaagaa agagtttgct 300
ggcctgtgct tcgaagaact ctgatctgct ttctatagat aatgaggaag aaatgctact 360
ggggataaag gaaggagaaa taagtcaact aaaatttgag cacctgctaa taggtatgtg 420
tggggacttc ccagttggct gtaagttgcc atttgaacta aacgaaatag gaatcctttg 480
tgcattgaag actttagatt cctctctgcg gtagacgtgc acttataagt atttgatggg 540
gtggattcgt ggtcggaggt ctcgacacag ctgggagatg agtgaatttc ataattataa 600
cttggatctg aagaagagtg atttttcaac acgatggcaa aagcaaagat gtccagtagt 660
caaaagcaaa tgtagagaaa atgcatctcc attttttttc tgctgcttca tcgctgtagc 720
catgggaatc cgtttcatta ttatggtaac aatatggagt gctgtattcc taaactcatt 780
attcaaccaa gaagttcaaa ttcccttgac cgaaagttac tgtggcccat gtcctaaaaa 840
ctggatatgt tacaaaaata actgctacca attttttgat gagagtaaaa actggtatga 900
gagccaggct tcttgtatgt ctcaaaatgc cagccttctg aaagtataca gcaaagagga 960
ccaggattta cttaaactgg tgaagtcata tcattggatg ggactagtac acattccaac 1020
aaatggatct tggcagtggg aagatggctc cattctctca cccaacctac taacaataat 1080
tgaaatgcag aagggagact gtgcactcta tgcctcgagc tttaaaggct atatagaaaa 1140
ctgttcaact ccaaatacgt acatctgcat gcaaaggact gtgtaaagat gatcaaccat 1200
ctcaataaaa gccaggaaca gagaagagat tacaccagcg gtaacactgc caactgagac 1260
taaaggaaac aaacaaaaac aggacaaaat gaccaaagac tgtcagattt cttagactcc 1320
acaggaccaa accatagaac aatttcactg caaacatgca tgattctcca agacaaaaga 1380
agagagatcc taaaggcaat tcagatatcc ccaaggctgc ctctcccacc acaagcccag 1440
agtggatggg ctgggggagg ggtgctgttt taatttctaa aggtaggacc aacacccagg 1500
ggatcagtga aggaagagaa ggccagcaga tcactgagag tgcaacccca ccctccacag 1560
gaaattgcct catgggcagg gccacagcag agagacacag catgggcagt gccttccctg 1620
cctgtggggg tcatgctgcc acttttaatg ggtcctccac ccaacggggt cagggaggtg 1680
gtgctgcccc agtgggccat gattatctta aaggcattat tctccagcct taagtaagat 1740
cttaggacgt ttcctttgct atgatttgta cttgcttgag tcccatgact gtttctcttc 1800
ctctctttct tccttttgga atagtaatat ccatcctatg tttgtcccac tattgtattt 1860
tggaagcaca taacttgttt ggtttcacag gttcacagtt aagaaggaat tttgcctctg 1920
aataaataga atcttgagtc tcatgca 1947
<210> 60
<211> 149
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 60
Glu Val Ser Leu Ala Gln Asp Pro Lys Arg Gln Gln Arg Lys Leu Lys
1 5 10 15
Gly Asn Lys Ile Ser Ile Ser Gly Thr Lys Gln Glu Ile Phe Gln Val
20 25 30
Glu Leu Asn Leu Gln Asn Ala Ser Ser Asp His Gln Gly Asn Asp Lys
35 40 45
Thr Tyr His Cys Lys Gly Leu Leu Pro Pro Pro Glu Lys Leu Thr Ala
50 55 60
Glu Val Leu Gly Ile Ile Cys Ile Val Leu Met Ala Thr Val Leu Lys
65 70 75 80
Thr Ile Val Leu Ile Pro Cys Ile Gly Val Leu Glu Gln Asn Asn Phe
85 90 95
Ser Leu Asn Arg Arg Met Gln Lys Ala Arg His Cys Gly His Cys Pro
100 105 110
Glu Glu Trp Ile Thr Tyr Ser Asn Ser Cys Tyr Tyr Ile Gly Lys Glu
115 120 125
Arg Arg Thr Trp Glu Glu Arg Val Cys Trp Pro Val Leu Arg Arg Thr
130 135 140
Leu Ile Cys Phe Leu
145
<210> 61
<211> 651
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 61
atggggtgga ttcgtggtcg gaggtctcga cacagctggg agatgagtga atttcataat 60
tataacttgg atctgaagaa gagtgatttt tcaacacgat ggcaaaagca aagatgtcca 120
gtagtcaaaa gcaaatgtag agaaaatgca tctccatttt ttttctgctg cttcatcgct 180
gtagccatgg gaatccgttt cattattatg gtaacaatat ggagtgctgt attcctaaac 240
tcattattca accaagaagt tcaaattccc ttgaccgaaa gttactgtgg cccatgtcct 300
aaaaactgga tatgttacaa aaataactgc taccaatttt ttgatgagag taaaaactgg 360
tatgagagcc aggcttcttg tatgtctcaa aatgccagcc ttctgaaagt atacagcaaa 420
gaggaccagg atttacttaa actggtgaag tcatatcatt ggatgggact agtacacatt 480
ccaacaaatg gatcttggca gtgggaagat ggctccattc tctcacccaa cctactaaca 540
ataattgaaa tgcagaaggg agactgtgca ctctatgcct cgagctttaa aggctatata 600
gaaaactgtt caactccaaa tacgtacatc tgcatgcaaa ggactgtgta a 651
<210> 62
<211> 216
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 62
Met Gly Trp Ile Arg Gly Arg Arg Ser Arg His Ser Trp Glu Met Ser
1 5 10 15
Glu Phe His Asn Tyr Asn Leu Asp Leu Lys Lys Ser Asp Phe Ser Thr
20 25 30
Arg Trp Gln Lys Gln Arg Cys Pro Val Val Lys Ser Lys Cys Arg Glu
35 40 45
Asn Ala Ser Pro Phe Phe Phe Cys Cys Phe Ile Ala Val Ala Met Gly
50 55 60
Ile Arg Phe Ile Ile Met Val Ala Ile Trp Ser Ala Val Phe Leu Asn
65 70 75 80
Ser Leu Phe Asn Gln Glu Val Gln Ile Pro Leu Thr Glu Ser Tyr Cys
85 90 95
Gly Pro Cys Pro Lys Asn Trp Ile Cys Tyr Lys Asn Asn Cys Tyr Gln
100 105 110
Phe Phe Asp Glu Ser Lys Asn Trp Tyr Glu Ser Gln Ala Ser Cys Met
115 120 125
Ser Gln Asn Ala Ser Leu Leu Lys Val Tyr Ser Lys Glu Asp Gln Asp
130 135 140
Leu Leu Lys Leu Val Lys Ser Tyr His Trp Met Gly Leu Val His Ile
145 150 155 160
Pro Thr Asn Gly Ser Trp Gln Trp Glu Asp Gly Ser Ile Leu Ser Pro
165 170 175
Asn Leu Leu Thr Ile Ile Glu Met Gln Lys Gly Asp Cys Ala Leu Tyr
180 185 190
Ala Ser Ser Phe Lys Gly Tyr Ile Glu Asn Cys Ser Thr Pro Asn Thr
195 200 205
Tyr Ile Cys Met Gln Arg Thr Val
210 215
<210> 63
<211> 1397
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 63
gcagacgctc ggcaggtgtc ttgatatatc atctgctgaa gggtgaagct gaagggtgaa 60
agggaagtga gctgacgctc gaaaggtgtc ttgagattat catccgctga cggtgaaagc 120
ggaacccgca gatgctcagc aggtatcttg atattatcat ctgctgaggg tgaagctgag 180
ggtggaaggg gagtgagctg acgctcggaa ggtctcttga gattatcatc cgctgagggt 240
ggaagcggaa ctgcagatgc tcggcaggtg tcttgatatt atcatctgct gagggtggag 300
ctgagggtgg aaggggagtg agctgacgct cggaaggtgt cttgagatta tcatccgctg 360
agggtggaag cggcccccgc agatgctcgg cagttgtctt gatattatca tctgctgagg 420
gtggagctga gggtggaagg ggagtgagct gacgctcgga aggtgtcttg agattatcat 480
ccgctgaggg tggaagggga tggagcagac actcggcacg tgtcttgaga ttatcatccg 540
ctgagggtgg agctgagggt ggagctgagg gtggaagggg agtgagcaga cactcgggag 600
gtgtcttgag attatcatcc gctgagggtg gaaggggagt gagcagacac tcgggaggtg 660
tcttgaggct cagggagtta tcagttatac aatgttgttg agttggagga ggtggctggt 720
ggcccatcct gttttttaaa gtttcagctg tgaggtagag ccagtagggc attcctgaag 780
ctgacagcat tcgggccgag atgtctcgct ccgtggcctt agctgtgctc gcgctactct 840
ctctttctgg cctggaggct atccagcgta ctccaaagat tcaggtttac tcacgtcatc 900
cagcagagaa tggaaagtca aatttcctga attgctatgt gtctgggttt catccatccg 960
acattgaagt tgacttactg aagaatggag agagaattga aaaagtggag cattcagact 1020
tgtctttcag caaggactgg tctttctatc tcttgtacta cactgaattc acccccactg 1080
aaaaagatga gtatgcctgc cgtgtgaacc atgtgacttt gtcacagccc aagatagtta 1140
agtgggatcg agacatgtaa gcagcatcat ggaggtttga agatgccgca tttggattgg 1200
atgaattcca aattctgctt gcttgctttt taatattgat atgcttatac acttacactt 1260
tatgcacaaa atgtagggtt ataataatgt taacatggac atgatcttct ttataattct 1320
actttgagtg ctgtctccat gtttgatgta tctgagcagg ttgctccaca ggtagctcta 1380
gcagggctgg caactta 1397
<210> 64
<211> 119
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 64
Met Ser Arg Ser Val Ala Leu Ala Val Leu Ala Leu Leu Ser Leu Ser
1 5 10 15
Gly Leu Glu Ala Ile Gln Arg Thr Pro Lys Ile Gln Val Tyr Ser Arg
20 25 30
His Pro Ala Glu Asn Gly Lys Ser Asn Phe Leu Asn Cys Tyr Val Ser
35 40 45
Gly Phe His Pro Ser Asp Ile Glu Val Asp Leu Leu Lys Asn Gly Glu
50 55 60
Arg Ile Glu Lys Val Glu His Ser Asp Leu Ser Phe Ser Lys Asp Trp
65 70 75 80
Ser Phe Tyr Leu Leu Tyr Tyr Thr Glu Phe Thr Pro Thr Glu Lys Asp
85 90 95
Glu Tyr Ala Cys Arg Val Asn His Val Thr Leu Ser Gln Pro Lys Ile
100 105 110
Val Lys Trp Asp Arg Asp Met
115
<210> 65
<211> 884
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 65
cagccacaat gaggaactcc tatagatttc tggcatcctc tctctcagtt gtcgtttctc 60
tcctgctaat tcctgaagat gtctgtgaaa aaattattgg aggaaatgaa gtaactcctc 120
attcaagacc ctacatggtc ctacttagtc ttgacagaaa aaccatctgt gctggggctt 180
tgattgcaaa agactgggtg ttgactgcag ctcactgtaa cttgaacaaa aggtcccagg 240
tcattcttgg ggctcactca ataaccaggg aagagccaac aaaacagata atgcttgtta 300
agaaagagtt tccctatcca tgctatgacc cagccacacg cgaaggtgac cttaaacttt 360
tacagctgac ggaaaaagca aaaattaaca aatatgtgac tatccttcat ctacctaaaa 420
agggggatga tgtgaaacca ggaaccatgt gccaagttgc agggtggggc aggactcaca 480
atagtgcatc ttggtccgat actctgagag aagtcaatat caccatcata gacagaaaag 540
tctgcaatga tcgaaatcac tataatttta accctgtgat tggaatgaat atggtttgtg 600
ctggaagcct ccgaggtgga agagactcgt gcaatggaga ttctggaagc cctttgttgt 660
gcgagggtgt tttccgaggg gtcacttcct ttggccttga aaataaatgc ggagaccctc 720
gtgggcctgg tgtctatatt cttctctcaa agaaacacct caactggata attatgacta 780
tcaagggagc agtttaaata accgtttcct ttcatttact gtggcttctt aatcttttca 840
caaataaaat caatttgcat gactgtaaaa aaaaaaaaaa aaaa 884
<210> 66
<211> 262
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 66
Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val
1 5 10 15
Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly
20 25 30
Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu
35 40 45
Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val
50 55 60
Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu
65 70 75 80
Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu
85 90 95
Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu
100 105 110
Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys
115 120 125
Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro
130 135 140
Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala
145 150 155 160
Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg
165 170 175
Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly
180 185 190
Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys
195 200 205
Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly
210 215 220
Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro
225 230 235 240
Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met
245 250 255
Thr Ile Lys Gly Ala Val
260
<210> 67
<211> 1329
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 67
attctgagcc gagcccggtg ccaagcgcag ctagctcagc aggcggcagc ggcggcctga 60
gcttcagggc agccagctcc ctcccggtct cgccttccct cgcggtcagc atgaaagcct 120
tcagtcccgt gaggtccgtt aggaaaaaca gcctgtcgga ccacagcctg ggcatctccc 180
ggagcaaaac ccctgtggac gacccgatga gcctgctata caacatgaac gactgctact 240
ccaagctcaa ggagctggtg cccagcatcc cccagaacaa gaaggtgagc aagatggaaa 300
tcctgcagca cgtcatcgac tacatcttgg acctgcagat cgccctggac tcgcatccca 360
ctattgtcag cctgcatcac cagagacccg ggcagaacca ggcgtccagg acgccgctga 420
ccaccctcaa cacggatatc agcatcctgt ccttgcaggc ttctgaattc ccttctgagt 480
taatgtcaaa tgacagcaaa gcactgtgtg gctgaataag cggtgttcat gatttctttt 540
attctttgca caacaacaac aacaacaaat tcacggaatc ttttaagtgc tgaacttatt 600
tttcaaccat ttcacaagga ggacaagttg aatggacctt tttaaaaaga aaaaaaaaat 660
gtaaggaaaa ctaagaatga tcatcttccc agggtgttct cttacttgga ctgtgatatt 720
cgttatttat gaaaaagact tttaaatgcc ctttctgcag ttggaaggtt ttctttatat 780
actattccca ccatggggag cgaaaacgtt aaaatcacaa ggaattgccc aatctaagca 840
gactttgcct tttttcaaag gtggagcgtg aataccagaa ggatccagta ttcagtcact 900
taaatgaagt cttttggtca gaaattacct ttttgacaca agcctactga atgctgtgta 960
tatatttata tataaatata tctatttgag tgaaaccttg tgaactcttt aattagagtt 1020
ttcttgtata gtggcagaga tgtctatttc tgcattcaaa agtgtaatgg tgtacttatt 1080
catgctaaac tttttataaa agtttagttg taaacttaac ccttttatac aaaataaatc 1140
aagtgtgttt attgaatggt gattgcctgc tttatttcag aggaccagtg ctttgatttt 1200
tattatgcta tgttataact gaacccaaat aaatacaagt tcaaatttat gtagactgta 1260
taagattata ataaaacatg tctgaagtca aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaagaaaaaa 1320
aaaaaaaaa 1329
<210> 68
<211> 134
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 68
Met Lys Ala Phe Ser Pro Val Arg Ser Val Arg Lys Asn Ser Leu Ser
1 5 10 15
Asp His Ser Leu Gly Ile Ser Arg Ser Lys Thr Pro Val Asp Asp Pro
20 25 30
Met Ser Leu Leu Tyr Asn Met Asn Asp Cys Tyr Ser Lys Leu Lys Glu
35 40 45
Leu Val Pro Ser Ile Pro Gln Asn Lys Lys Val Ser Lys Met Glu Ile
50 55 60
Leu Gln His Val Ile Asp Tyr Ile Leu Asp Leu Gln Ile Ala Leu Asp
65 70 75 80
Ser His Pro Thr Ile Val Ser Leu His His Gln Arg Pro Gly Gln Asn
85 90 95
Gln Ala Ser Arg Thr Pro Leu Thr Thr Leu Asn Thr Asp Ile Ser Ile
100 105 110
Leu Ser Leu Gln Ala Ser Glu Phe Pro Ser Glu Leu Met Ser Asn Asp
115 120 125
Ser Lys Ala Leu Cys Gly
130
<210> 69
<211> 1159
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 69
atatactcgt ctctggtaaa gtctgagcag gacagggtgg ctgactggca gatccagagg 60
ttcccttggc agtccacgcc aggccttcac catggatcag ttccctgaat cagtgacaga 120
aaactttgag tacgatgatt tggctgaggc ctgttatatt ggggacatcg tggtctttgg 180
gactgtgttc ctgtccatat tctactccgt catctttgcc attggcctgg tgggaaattt 240
gttggtagtg tttgccctca ccaacagcaa gaagcccaag agtgtcaccg acatttacct 300
cctgaacctg gccttgtctg atctgctgtt tgtagccact ttgcccttct ggactcacta 360
tttgataaat gaaaagggcc tccacaatgc catgtgcaaa ttcactaccg ccttcttctt 420
catcggcttt tttggaagca tattcttcat caccgtcatc agcattgata ggtacctggc 480
catcgtcctg gccgccaact ccatgaacaa ccggaccgtg cagcatggcg tcaccatcag 540
cctaggcgtc tgggcagcag ccattttggt ggcagcaccc cagttcatgt tcacaaagca 600
gaaagaaaat gaatgccttg gtgactaccc cgaggtcctc caggaaatct ggcccgtgct 660
ccgcaatgtg gaaacaaatt ttcttggctt cctactcccc ctgctcatta tgagttattg 720
ctacttcaga atcatccaga cgctgttttc ctgcaagaac cacaagaaag ccaaagccat 780
taaactgatc cttctggtgg tcatcgtgtt tttcctcttc tggacaccct acaacattat 840
gattttcctg gagacgctta agctctatga cttctttccc agttgtgaca tgaggaagga 900
tctgaggctg gccctcagtg tgactgagat ggttgcattt agccattgtt gcctgaatcc 960
tctcatctat gcatttgctg gggagaagtt cagaagatac ctttaccacc tgtatgggaa 1020
atgcctggct gtcctgtgtg ggcgctcagt ccacgttgat ttctcctcat ctgaatcaca 1080
aaggagcagg catggaagtg ttctgagcag caattttact taccacacga gtgatggaga 1140
tgcattgctc cttctctga 1159
<210> 70
<211> 355
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 70
Met Asp Gln Phe Pro Glu Ser Val Thr Glu Asn Phe Glu Tyr Asp Asp
1 5 10 15
Leu Ala Glu Ala Cys Tyr Ile Gly Asp Ile Val Val Phe Gly Thr Val
20 25 30
Phe Leu Ser Ile Phe Tyr Ser Val Ile Phe Ala Ile Gly Leu Val Gly
35 40 45
Asn Leu Leu Val Val Phe Ala Leu Thr Asn Ser Lys Lys Pro Lys Ser
50 55 60
Val Thr Asp Ile Tyr Leu Leu Asn Leu Ala Leu Ser Asp Leu Leu Phe
65 70 75 80
Val Ala Thr Leu Pro Phe Trp Thr His Tyr Leu Ile Asn Glu Lys Gly
85 90 95
Leu His Asn Ala Met Cys Lys Phe Thr Thr Ala Phe Phe Phe Ile Gly
100 105 110
Phe Phe Gly Ser Ile Phe Phe Ile Thr Val Ile Ser Ile Asp Arg Tyr
115 120 125
Leu Ala Ile Val Leu Ala Ala Asn Ser Met Asn Asn Arg Thr Val Gln
130 135 140
His Gly Val Thr Ile Ser Leu Gly Val Trp Ala Ala Ala Ile Leu Val
145 150 155 160
Ala Ala Pro Gln Phe Met Phe Thr Lys Gln Lys Glu Asn Glu Cys Leu
165 170 175
Gly Asp Tyr Pro Glu Val Leu Gln Glu Ile Trp Pro Val Leu Arg Asn
180 185 190
Val Glu Thr Asn Phe Leu Gly Phe Leu Leu Pro Leu Leu Ile Met Ser
195 200 205
Tyr Cys Tyr Phe Arg Ile Ile Gln Thr Leu Phe Ser Cys Lys Asn His
210 215 220
Lys Lys Ala Lys Ala Ile Lys Leu Ile Leu Leu Val Val Ile Val Phe
225 230 235 240
Phe Leu Phe Trp Thr Pro Tyr Asn Val Met Ile Phe Leu Glu Thr Leu
245 250 255
Lys Leu Tyr Asp Phe Phe Pro Ser Cys Asp Met Arg Lys Asp Leu Arg
260 265 270
Leu Ala Leu Ser Val Thr Glu Thr Val Ala Phe Ser His Cys Cys Leu
275 280 285
Asn Pro Leu Ile Tyr Ala Phe Ala Gly Glu Lys Phe Arg Arg Tyr Leu
290 295 300
Tyr His Leu Tyr Gly Lys Cys Leu Ala Val Leu Cys Gly Arg Ser Val
305 310 315 320
His Val Asp Phe Ser Ser Ser Glu Ser Gln Arg Ser Arg His Gly Ser
325 330 335
Val Leu Ser Ser Asn Phe Thr Tyr His Thr Ser Asp Gly Asp Ala Leu
340 345 350
Leu Leu Leu
355
<210> 71
<211> 1638
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 71
gccgcgcgct ctctcccggc gcccacacct gtctgagcgg cgcagcgagc cgcggcccgg 60
gcgggctgct cggcgcggaa cagtgctcgg catggcaggg attccagggc tcctcttcct 120
tctcttcttt ctgctctgtg ctgttgggca agtgagccct tacagtgccc cctggaaacc 180
cacttggcct gcataccgcc tccctgtcgt cttgccccag tctaccctca atttagccaa 240
gccagacttt ggagccgaag ccaaattaga agtatcttct tcatgtggac cccagtgtca 300
taagggaact ccactgccca cttacgaaga ggccaagcaa tatctgtctt atgaaacgct 360
ctatgccaat ggcagccgca cagagacgca ggtgggcatc tacatcctca gcagtagtgg 420
agatggggcc caacaccgag actcagggtc ttcaggaaag tctcgaagga agcggcagat 480
ttatggctat gacagcaggt tcagcatttt tgggaaggac ttcctgctca actacccttt 540
ctcaacatca gtgaagttat ccacgggctg caccggcacc ctggtggcag agaagcatgt 600
cctcacagct gcccactgca tacacgatgg aaaaacctat gtgaaaggaa cccagaagct 660
tcgagtgggc ttcctaaagc ccaagtttaa agatggtggt cgaggggcca acgactccac 720
ttcagccatg cccgagcaga tgaaatttca gtggatccgg gtgaaacgca cccatgtgcc 780
caagggttgg atcaagggca atgccaatga catcggcatg gattatgatt atgccctcct 840
ggaactcaaa aagccccaca agagaaaatt tatgaagatt ggggtgagcc ctcctgctaa 900
gcagctgcca gggggcagaa ttcacttctc tggttatgac aatgaccgac caggcaattt 960
ggtgtatcgc ttctgtgacg tcaaagacga gacctatgac ttgctctacc agcaatgcga 1020
tgcccagcca ggggccagcg ggtctggggt ctatgtgagg atgtggaaga gacagcagca 1080
gaagtgggag cgaaaaatta ttggcatttt ttcagggcac cagtgggtgg acatgaatgg 1140
ttccccacag gatttcaacg tggctgtcag aatcactcct ctcaaatatg cccagatttg 1200
ctattggatt aaaggaaact acctggattg tagggagggg tgacacagtg ttccctcctg 1260
gcagcaatta agggtcttca tgttcttatt ttaggagagg ccaaattgtt ttttgtcatt 1320
ggcgtgcaca cgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtaag gtgtcttata atcttttacc 1380
tatttcttac aattgcaaga tgactggctt tactatttga aaactggttt gtgtatcata 1440
tcatatatca tttaagcagt ttgaaggcat acttttgcat agaaataaaa aaaatactga 1500
tttggggcaa tgaggaatat ttgacaatta agttaatctt cacgtttttg caaactttga 1560
tttttatttc atctgaactt gtttcaaaga tttatattaa atatttggca tacaagagat 1620
atgaaaaaaa aaaaaaaa 1638
<210> 72
<211> 383
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 72
Met Ala Gly Ile Pro Gly Leu Leu Phe Leu Leu Phe Phe Leu Leu Cys
1 5 10 15
Ala Val Gly Gln Val Ser Pro Tyr Ser Ala Pro Trp Lys Pro Thr Trp
20 25 30
Pro Ala Tyr Arg Leu Pro Val Val Leu Pro Gln Ser Thr Leu Asn Leu
35 40 45
Ala Lys Pro Asp Phe Gly Ala Glu Ala Lys Leu Glu Val Ser Ser Ser
50 55 60
Cys Gly Pro Gln Cys His Lys Gly Thr Pro Leu Pro Thr Tyr Glu Glu
65 70 75 80
Ala Lys Gln Tyr Leu Ser Tyr Glu Thr Leu Tyr Ala Asn Gly Ser Arg
85 90 95
Thr Glu Thr Gln Val Gly Ile Tyr Ile Leu Ser Ser Ser Gly Asp Gly
100 105 110
Ala Gln His Arg Asp Ser Gly Ser Ser Gly Lys Ser Arg Arg Lys Arg
115 120 125
Gln Ile Tyr Gly Tyr Asp Ser Arg Phe Ser Ile Phe Gly Lys Asp Phe
130 135 140
Leu Leu Asn Tyr Pro Phe Ser Thr Ser Val Lys Leu Ser Thr Gly Cys
145 150 155 160
Thr Gly Thr Leu Val Ala Glu Lys His Val Leu Thr Ala Ala His Cys
165 170 175
Ile His Asp Gly Lys Thr Tyr Val Lys Gly Thr Gln Lys Leu Arg Val
180 185 190
Gly Phe Leu Lys Pro Lys Phe Lys Asp Gly Gly Arg Gly Ala Asn Asp
195 200 205
Ser Thr Ser Ala Met Pro Glu Gln Met Lys Phe Gln Trp Ile Arg Val
210 215 220
Lys Arg Thr His Val Pro Lys Gly Trp Ile Lys Gly Asn Ala Asn Asp
225 230 235 240
Ile Gly Met Asp Tyr Asp Tyr Ala Leu Leu Glu Leu Lys Lys Pro His
245 250 255
Lys Arg Lys Phe Met Lys Ile Gly Val Ser Pro Pro Ala Lys Gln Leu
260 265 270
Pro Gly Gly Arg Ile His Phe Ser Gly Tyr Asp Asn Asp Arg Pro Gly
275 280 285
Asn Leu Val Tyr Arg Phe Cys Asp Val Lys Asp Glu Thr Tyr Asp Leu
290 295 300
Leu Tyr Gln Gln Cys Asp Ala Gln Pro Gly Ala Ser Gly Ser Gly Val
305 310 315 320
Tyr Val Arg Met Trp Lys Arg Gln Gln Gln Lys Trp Glu Arg Lys Ile
325 330 335
Ile Gly Ile Phe Ser Gly His Gln Trp Val Asp Met Asn Gly Ser Pro
340 345 350
Gln Asp Phe Asn Val Ala Val Arg Ile Thr Pro Leu Lys Tyr Ala Gln
355 360 365
Ile Cys Tyr Trp Ile Lys Gly Asn Tyr Leu Asp Cys Arg Glu Gly
370 375 380
<210> 73
<211> 438
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 73
atggctacct gggccctcct gctccttgca gccatgctcc tgggcaaccc aggtctggtc 60
ttctctcgtc tgagccctga gtactacgac ctggcaagag cccacctgcg tgatgaggag 120
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gataagccca cccagagaag tgtttccaat gctgcgaccc gggtgtgtag gacggggagg 300
tcacgatggc gcgacgtctg cagaaatttc atgaggaggt atcagtctag agttacccag 360
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tctacaggtc ccctctga 438
<210> 74
<211> 145
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 74
Met Ala Thr Trp Ala Leu Leu Leu Leu Ala Ala Met Leu Leu Gly Asn
1 5 10 15
Pro Gly Leu Val Phe Ser Arg Leu Ser Pro Glu Tyr Tyr Asp Leu Ala
20 25 30
Arg Ala His Leu Arg Asp Glu Glu Lys Ser Cys Pro Cys Leu Ala Gln
35 40 45
Glu Gly Pro Gln Gly Asp Leu Leu Thr Lys Thr Gln Glu Leu Gly Arg
50 55 60
Asp Tyr Arg Thr Cys Leu Thr Ile Val Gln Lys Leu Lys Lys Met Val
65 70 75 80
Asp Lys Pro Thr Gln Arg Ser Val Ser Asn Ala Ala Thr Arg Val Cys
85 90 95
Arg Thr Gly Arg Ser Arg Trp Arg Asp Val Cys Arg Asn Phe Met Arg
100 105 110
Arg Tyr Gln Ser Arg Val Thr Gln Gly Leu Val Ala Gly Glu Thr Ala
115 120 125
Gln Gln Ile Cys Glu Asp Leu Arg Leu Cys Ile Pro Ser Thr Gly Pro
130 135 140
Leu
145
<210> 75
<211> 1742
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 75
aaccattcca ggagcctcgg tgaagagagg atatccatct gtgtagccgc ttctctatac 60
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ccctgcccgt ccctgccccg tgccacacag ccgcacgctc agagtgcaag cgcagccaca 180
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gtgaaaatgc cctacaggag ggcaccctcc agcgcctgcc tctggcgctc accaactggc 360
gggcccaggg ctctggctgc cagcgccatg taaccagggc caaagtcagc tccactgaag 420
ctgtggcccg ggatgcggct cgtagcatcc gcaacgactg gaaggtcggg ctggacgtga 480
ctcctaagcc caccagcaat gtgcatgtgt ctgtggccgg ctcacactca caggcagcca 540
actttgcagc ccagaagacc caccaggacc agtacagctt cagcactgac acggtggagt 600
gccgcttcta cagtttccat gtggtacaca ctcccccgct gcaccctgac ttcaagaggg 660
ccctcgggga cctgccccac cacttcaacg cctccaccca gcccgcctac ctcaggctta 720
tctccaacta cggcacccac ttcatccggg ctgtggagct gggtggccgc atatcggccc 780
tcactgccct gcgcacctgc gagctggccc tggaagggct cacggacaac gaggtggagg 840
actgcctgac tgtcgaggcc caggtcaaca taggcatcca cggcagcatc tctgctgaag 900
ccaaggcctg tgaggagaag aagaagaagc acaagatgac ggcctccttc caccaaacct 960
accgggagcg ccattcggaa gtggttggcg gccatcacac ctccattaac gacctgctgt 1020
tcgggatcca ggccgggccc gagcagtact cagcctgggt aaactcgctg cccggcagcc 1080
ctggcctggt ggactacacc ctggaacccc tgcacgtgct gctggacagc caggacccgc 1140
ggcgggaggc actgaggagg gccctgagtc agtacctgac ggacagggct cgctggaggg 1200
actgcagccg gccgtgccca ccagggcggc agaagagccc ccgagaccca tgccagtgtg 1260
tgtgccatgg ctcagcggtc accacccagg actgctgccc tcggcagagg ggcctggccc 1320
agctggaggt gaccttcatc caagcatggg gcctgtgggg ggactggttc actgccacgg 1380
atgcctatgt gaagctcttc tttggtggcc aggagctgag gacgagcacc gtgtgggaca 1440
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actatgtccc ccaaatgctt ctgggggagc ctccaggaaa ccggagtggg gccgtgtggt 1740
ga 1742
<210> 76
<211> 555
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 76
Met Ala Ala Arg Leu Leu Leu Leu Gly Ile Leu Leu Leu Leu Leu Pro
1 5 10 15
Leu Pro Val Pro Ala Pro Cys His Thr Ala Ala Arg Ser Glu Cys Lys
20 25 30
Arg Ser His Lys Phe Val Pro Gly Ala Trp Leu Ala Gly Glu Gly Val
35 40 45
Asp Val Thr Ser Leu Arg Arg Ser Gly Ser Phe Pro Val Asp Thr Gln
50 55 60
Arg Phe Leu Arg Pro Asp Gly Thr Cys Thr Leu Cys Glu Asn Ala Leu
65 70 75 80
Gln Glu Gly Thr Leu Gln Arg Leu Pro Leu Ala Leu Thr Asn Trp Arg
85 90 95
Ala Gln Gly Ser Gly Cys Gln Arg His Val Thr Arg Ala Lys Val Ser
100 105 110
Ser Thr Glu Ala Val Ala Arg Asp Ala Ala Arg Ser Ile Arg Asn Asp
115 120 125
Trp Lys Val Gly Leu Asp Val Thr Pro Lys Pro Thr Ser Asn Val His
130 135 140
Val Ser Val Ala Gly Ser His Ser Gln Ala Ala Asn Phe Ala Ala Gln
145 150 155 160
Lys Thr His Gln Asp Gln Tyr Ser Phe Ser Thr Asp Thr Val Glu Cys
165 170 175
Arg Phe Tyr Ser Phe His Val Val His Thr Pro Pro Leu His Pro Asp
180 185 190
Phe Lys Arg Ala Leu Gly Asp Leu Pro His His Phe Asn Ala Ser Thr
195 200 205
Gln Pro Ala Tyr Leu Arg Leu Ile Ser Asn Tyr Gly Thr His Phe Ile
210 215 220
Arg Ala Val Glu Leu Gly Gly Arg Ile Ser Ala Leu Thr Ala Leu Arg
225 230 235 240
Thr Cys Glu Leu Ala Leu Glu Gly Leu Thr Asp Asn Glu Val Glu Asp
245 250 255
Cys Leu Thr Val Glu Ala Gln Val Asn Ile Gly Ile His Gly Ser Ile
260 265 270
Ser Ala Glu Ala Lys Ala Cys Glu Glu Lys Lys Lys Lys His Lys Met
275 280 285
Thr Ala Ser Phe His Gln Thr Tyr Arg Glu Arg His Ser Glu Val Val
290 295 300
Gly Gly His His Thr Ser Ile Asn Asp Leu Leu Phe Gly Ile Gln Ala
305 310 315 320
Gly Pro Glu Gln Tyr Ser Ala Trp Val Asn Ser Leu Pro Gly Ser Pro
325 330 335
Gly Leu Val Asp Tyr Thr Leu Glu Pro Leu His Val Leu Leu Asp Ser
340 345 350
Gln Asp Pro Arg Arg Glu Ala Leu Arg Arg Ala Leu Ser Gln Tyr Leu
355 360 365
Thr Asp Arg Ala Arg Trp Arg Asp Cys Ser Arg Pro Cys Pro Pro Gly
370 375 380
Arg Gln Lys Ser Pro Arg Asp Pro Cys Gln Cys Val Cys His Gly Ser
385 390 395 400
Ala Val Thr Thr Gln Asp Cys Cys Pro Arg Gln Arg Gly Leu Ala Gln
405 410 415
Leu Glu Val Thr Phe Ile Gln Ala Trp Gly Leu Trp Gly Asp Trp Phe
420 425 430
Thr Ala Thr Asp Ala Tyr Val Lys Leu Phe Phe Gly Gly Gln Glu Leu
435 440 445
Arg Thr Ser Thr Val Trp Asp Asn Asn Asn Pro Ile Trp Ser Val Arg
450 455 460
Leu Asp Phe Gly Asp Val Leu Leu Ala Thr Gly Gly Pro Leu Arg Leu
465 470 475 480
Gln Val Trp Asp Gln Asp Ser Gly Arg Asp Asp Asp Leu Leu Gly Thr
485 490 495
Cys Asp Gln Ala Pro Lys Ser Gly Ser His Glu Val Arg Cys Asn Leu
500 505 510
Asn His Gly His Leu Lys Phe Arg Tyr His Ala Arg Cys Leu Pro His
515 520 525
Leu Gly Gly Gly Thr Cys Leu Asp Tyr Val Pro Gln Met Leu Leu Gly
530 535 540
Glu Pro Pro Gly Asn Arg Ser Gly Ala Val Trp
545 550 555
<210> 77
<211> 1967
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 77
gaaaggacag caacagtcag gtggtttacc ttccagaggc tggcaatgct gtttcactgg 60
aggacacggc taagaaggaa gtccaccagc ctgccaagat gaattgcctt gaagggccag 120
gtaagacctg tggccccttg gcttctgagg aggagctggt gtctgcctgc cagttggaaa 180
aagaagaaga gaatgaaggg gaggaggagg aagaggagga ggacgaggag gatctggacc 240
cagatctgga cccagaccta gaggaggaag agaatgatct tggggatcca gctgtacttg 300
gtgctgtcca caacacccag agagctctgc ttagctcccc tggagtcaag gcccctggta 360
tgctgggaat gtcacttgcc tccttgcatt ttctgtggca gaccttggac tacctgtcgc 420
ccatcccttt ctggcctaca tttcccagca ccagctctcc agcacagcac tttggacctc 480
ggctgccctc accagaccca actctcttct gcagcctgct gacctcgtgg ccccctaggt 540
tcagtcatct gacccagctc caccctcggc accaacgaat cttgcagcag cagcagcata 600
gtcaaacacc aagtccccca gccaagaagc cttggtctca gcagccagac ccctatgcta 660
acctcatgac cagaaaagag aaggactggg tgataaaagt gcagatggtg cagctgcaga 720
gtgcaaaacc ccgcctggat gactactatt accaggaata ttaccagaag ctagagaaga 780
agcaggcaga cgaagagcta cttggacgaa gaaaccgggt tgagtccctc aagctggtaa 840
cgccttacat tccgaaggca gaggcttatg agtccgtggt ccgaatcgag ggttccctgg 900
gccaggtagc tgtgtcgaca tgcttcagcc ctcgccgagc tattgatgcg gtaccccatg 960
gaactcaaga gcaggatata gaagctgcaa gcagtcagag gcttcgggta ttataccgga 1020
ttgagaagat gttccttcag ttactagaaa tagaggaagg ctggaagtat aggcctccac 1080
cgccctgctt ttctgagcag caaagcaacc aggttgagaa gctcttccag accttaaaga 1140
cccaggagca gaacaacctg gaagaggcag cagatggctt cctgcaggtg ctctctgtga 1200
ggaaggggaa ggccctggtg gcccggctgc tccccttcct gccccaggat caggctgtta 1260
ccattctttt ggctatcacc caccatctgc ccctcctggt ccggagggat gtggctgatc 1320
aggccctaca aatgttattc aaacctctgg gcaaatgtat tagtcacttg accctccacg 1380
aactcctcca aggacttcag ggattaacgc tgttgccacc tggctcctca gagcggccag 1440
tcaccgtggt gcttcagaat cagtttggaa tatctttgct ctatgccctg ctgagccatg 1500
gggagcaact ggtatcgctg cattcttccc tagaggaacc caacagtgac catacagctt 1560
ggacagacat ggtggttctg attgcctggg agatagccca aatgcctaca gcctctctgg 1620
cagaacccct agctttcccc agcaacctac ttcccctgtt ctgtcaccac gtggacaaac 1680
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ctggaatacg tgtatgtggg aagttgaatc atcagacact agctacatag actatgttta 1800
cagggatcca gagagtctga agacatttct tatgccttta tatattggag aacccttccc 1860
cattttcata tcctttcttc aaaaatctaa atgatgtgcc taaaaataag acatggcata 1920
ataaggtata attaaagaga taatagaatg aaaaaaaaaa aaaaaaa 1967
<210> 78
<211> 543
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 78
Met Asn Cys Leu Glu Gly Pro Gly Lys Thr Cys Gly Pro Leu Ala Ser
1 5 10 15
Glu Glu Glu Leu Val Ser Ala Cys Gln Leu Glu Lys Glu Glu Glu Asn
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Glu Gly Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Asp Glu Glu Asp Leu Asp Pro
35 40 45
Asp Leu Asp Pro Asp Leu Glu Glu Glu Glu Asn Asp Leu Gly Asp Pro
50 55 60
Ala Val Leu Gly Ala Val His Asn Thr Gln Arg Ala Leu Leu Ser Ser
65 70 75 80
Pro Gly Val Lys Ala Pro Gly Met Leu Gly Met Ser Leu Ala Ser Leu
85 90 95
His Phe Leu Trp Gln Thr Leu Asp Tyr Leu Ser Pro Ile Pro Phe Trp
100 105 110
Pro Thr Phe Pro Ser Thr Ser Ser Pro Ala Gln His Phe Gly Pro Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Pro Asp Pro Thr Leu Phe Cys Ser Leu Leu Thr Ser Trp
130 135 140
Pro Pro Arg Phe Ser His Leu Thr Gln Leu His Pro Arg His Gln Arg
145 150 155 160
Ile Leu Gln Gln Gln Gln His Ser Gln Thr Pro Ser Pro Pro Ala Lys
165 170 175
Lys Pro Trp Ser Gln Gln Pro Asp Pro Tyr Ala Asn Leu Met Thr Arg
180 185 190
Lys Glu Lys Asp Trp Val Ile Lys Val Gln Met Val Gln Leu Gln Ser
195 200 205
Ala Lys Pro Arg Leu Asp Asp Tyr Tyr Tyr Gln Glu Tyr Tyr Gln Lys
210 215 220
Leu Glu Lys Lys Gln Ala Asp Glu Glu Leu Leu Gly Arg Arg Asn Arg
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Val Glu Ser Leu Lys Leu Val Thr Pro Tyr Ile Pro Lys Ala Glu Ala
245 250 255
Tyr Glu Ser Val Val Arg Ile Glu Gly Ser Leu Gly Gln Val Ala Val
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Ser Thr Cys Phe Ser Pro Arg Arg Ala Ile Asp Ala Val Pro His Gly
275 280 285
Thr Gln Glu Gln Asp Ile Glu Ala Ala Ser Ser Gln Arg Leu Arg Val
290 295 300
Leu Tyr Arg Ile Glu Lys Met Phe Leu Gln Leu Leu Glu Ile Glu Glu
305 310 315 320
Gly Trp Lys Tyr Arg Pro Pro Pro Pro Cys Phe Ser Glu Gln Gln Ser
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Asn Gln Val Glu Lys Leu Phe Gln Thr Leu Lys Thr Gln Glu Gln Asn
340 345 350
Asn Leu Glu Glu Ala Ala Asp Gly Phe Leu Gln Val Leu Ser Val Arg
355 360 365
Lys Gly Lys Ala Leu Val Ala Arg Leu Leu Pro Phe Leu Pro Gln Asp
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Gln Ala Val Thr Ile Leu Leu Ala Ile Thr His His Leu Pro Leu Leu
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Val Arg Arg Asp Val Ala Asp Gln Ala Leu Gln Met Leu Phe Lys Pro
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Leu Gly Lys Cys Ile Ser His Leu Thr Leu His Glu Leu Leu Gln Gly
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Leu Gln Gly Leu Thr Leu Leu Pro Pro Gly Ser Ser Glu Arg Pro Val
435 440 445
Thr Val Val Leu Gln Asn Gln Phe Gly Ile Ser Leu Leu Tyr Ala Leu
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Leu Ser His Gly Glu Gln Leu Val Ser Leu His Ser Ser Leu Glu Glu
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Pro Asn Ser Asp His Thr Ala Trp Thr Asp Met Val Val Leu Ile Ala
485 490 495
Trp Glu Ile Ala Gln Met Pro Thr Ala Ser Leu Ala Glu Pro Leu Ala
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Phe Pro Ser Asn Leu Leu Pro Leu Phe Cys His His Val Asp Lys Gln
515 520 525
Leu Val Gln Gln Leu Glu Ala Arg Met Glu Phe Ala Trp Ile Tyr
530 535 540
<210> 79
<211> 3813
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 79
agacaggcgg agcctcacct ggggctgccc gccagcccag acaagctcag actgggtgcc 60
tgtggccctg ggaggaggtg gaaggggagg agcaggccac acaggcacag gccggtgagg 120
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cttggctcat cgtaacctcc acctcccggg ttcaagtgat tctcatgcct cagcctcccg 240
agtagctggg attacaggtg gtgacttcca agagtgactc cgtcggagga aaatgactcc 300
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ggccctcaca gtccatgccc ctttccctgc agcccaccct gcttcccgat ccttccctga 540
ccccaggggc ctctaccact tctgcctcta ctggaaccga catgctggga gattacatct 600
tctctatggc aagcgtgact tcttgctgag tgacaaagcc tctagcctcc tctgcttcca 660
gcaccaggag gagagcctgg ctcagggccc cccgctgtta gccacttctg tcacctcctg 720
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tcctccccac acggccgctc acaatgcctc ggtggacatg tgcgagctca aaagggacct 840
ccagctgctc agccagttcc tgaagcatcc ccagaaggcc tcaaggaggc cctcggctgc 900
ccccgccagc cagcagttgc agagcctgga gtcgaaactg acctctgtga gattcatggg 960
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ggagtactcg gtgctgctgc ctcgaacact cttccagagg acgaaaggcc ggagcgggga 1140
ggctgagaag agactcctcc tggtggactt cagcagccaa gccctgttcc aggacaagaa 1200
ttccagccaa gtcctgggtg agaaggtctt ggggattgtg gtacagaaca ccaaagtagc 1260
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ctactttgca gtgctgatgg tctcctcggt ggaggtggac gccgtgcaca agcactacct 1500
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tttggaaagc ccaacgacca tggagagatg ggccgttgcc atggtggacg gactcccggg 2520
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gcctggtctc tccttacaac ccctgggccc agccctcatt gctgggggcc aggccttgga 2700
tcttgagggt ctggcacatc cttaatcctg tgcccctgcc tgggacagaa atgtggctcc 2760
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tccctccctc agccccccag tcctccctcc atcttccctg gggttctcct cctctcccag 3000
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ggccgcccat catggttaat tctgtccaac aaacacacac gggtagattg ctggcctgtt 3480
gtaggtggta gggacacaga tgaccgacct ggtcactcct cctgccaaca ttcagtctgg 3540
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atgttcattg tagagaattt ggaaactgta gaagagaatc aagaagaaaa ataaaaatca 3780
gctgttgtaa tcacctagca aactggcgta agc 3813
<210> 80
<211> 693
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 80
Met Thr Pro Gln Ser Leu Leu Gln Thr Thr Leu Phe Leu Leu Ser Leu
1 5 10 15
Leu Phe Leu Val Gln Gly Ala His Gly Arg Gly His Arg Glu Asp Phe
20 25 30
Arg Phe Cys Ser Gln Arg Asn Gln Thr His Arg Ser Ser Leu His Tyr
35 40 45
Lys Pro Thr Pro Asp Leu Arg Ile Ser Ile Glu Asn Ser Glu Glu Ala
50 55 60
Leu Thr Val His Ala Pro Phe Pro Ala Ala His Pro Ala Ser Arg Ser
65 70 75 80
Phe Pro Asp Pro Arg Gly Leu Tyr His Phe Cys Leu Tyr Trp Asn Arg
85 90 95
His Ala Gly Arg Leu His Leu Leu Tyr Gly Lys Arg Asp Phe Leu Leu
100 105 110
Ser Asp Lys Ala Ser Ser Leu Leu Cys Phe Gln His Gln Glu Glu Ser
115 120 125
Leu Ala Gln Gly Pro Pro Leu Leu Ala Thr Ser Val Thr Ser Trp Trp
130 135 140
Ser Pro Gln Asn Ile Ser Leu Pro Ser Ala Ala Ser Phe Thr Phe Ser
145 150 155 160
Phe His Ser Pro Pro His Thr Ala Ala His Asn Ala Ser Val Asp Met
165 170 175
Cys Glu Leu Lys Arg Asp Leu Gln Leu Leu Ser Gln Phe Leu Lys His
180 185 190
Pro Gln Lys Ala Ser Arg Arg Pro Ser Ala Ala Pro Ala Ser Gln Gln
195 200 205
Leu Gln Ser Leu Glu Ser Lys Leu Thr Ser Val Arg Phe Met Gly Asp
210 215 220
Met Val Ser Phe Glu Glu Asp Arg Ile Asn Ala Thr Val Trp Lys Leu
225 230 235 240
Gln Pro Thr Ala Gly Leu Gln Asp Leu His Ile His Ser Arg Gln Glu
245 250 255
Glu Glu Gln Ser Glu Ile Met Glu Tyr Ser Val Leu Leu Pro Arg Thr
260 265 270
Leu Phe Gln Arg Thr Lys Gly Arg Ser Gly Glu Ala Glu Lys Arg Leu
275 280 285
Leu Leu Val Asp Phe Ser Ser Gln Ala Leu Phe Gln Asp Lys Asn Ser
290 295 300
Ser Gln Val Leu Gly Glu Lys Val Leu Gly Ile Val Val Gln Asn Thr
305 310 315 320
Lys Val Ala Asn Leu Thr Glu Pro Val Val Leu Thr Phe Gln His Gln
325 330 335
Leu Gln Pro Lys Asn Val Thr Leu Gln Cys Val Phe Trp Val Glu Asp
340 345 350
Pro Thr Leu Ser Ser Pro Gly His Trp Ser Ser Ala Gly Cys Glu Thr
355 360 365
Val Arg Arg Glu Thr Gln Thr Ser Cys Phe Cys Asn His Leu Thr Tyr
370 375 380
Phe Ala Val Leu Met Val Ser Ser Val Glu Val Asp Ala Val His Lys
385 390 395 400
His Tyr Leu Ser Leu Leu Ser Tyr Val Gly Cys Val Val Ser Ala Leu
405 410 415
Ala Cys Leu Val Thr Ile Ala Ala Tyr Leu Cys Ser Arg Val Pro Leu
420 425 430
Pro Cys Arg Arg Lys Pro Arg Asp Tyr Thr Ile Lys Val His Met Asn
435 440 445
Leu Leu Leu Ala Val Phe Leu Leu Asp Thr Ser Phe Leu Leu Ser Glu
450 455 460
Pro Val Ala Leu Thr Gly Ser Glu Ala Gly Cys Arg Ala Ser Ala Ile
465 470 475 480
Phe Leu His Phe Ser Leu Leu Thr Cys Leu Ser Trp Met Gly Leu Glu
485 490 495
Gly Tyr Asn Leu Tyr Arg Leu Val Val Glu Val Phe Gly Thr Tyr Val
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Phe Leu Val Thr Leu Val Ala Leu Val Asp Val Asp Asn Tyr Gly Pro
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Ile Ile Leu Ala Val His Arg Thr Pro Glu Gly Val Ile Tyr Pro Ser
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Leu Phe Ser Leu Val Phe Leu Phe Asn Met Ala Met Leu Ala Thr Met
580 585 590
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Val Leu Thr Leu Leu Gly Leu Ser Leu Val Leu Gly Leu Pro Trp Ala
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Leu Ile Phe Phe Ser Phe Ala Ser Gly Thr Phe Gln Leu Val Val Leu
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Trp Tyr Trp Ser Met Arg Leu Gln Ala Arg Gly Gly Pro Ser Pro Leu
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675 680 685
Ser Ser Ser Arg Ile
690
<210> 81
<211> 733
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 81
aaacagcagg aaatagaaac ttaagagaaa tacacacttc tgagaaactg aaacgacagg 60
ggaaaggagg tctcactgag caccgtccca gcatccggac accacagcgg cccttcgctc 120
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aggtccaccg tgatcaacat ccacagcgag acctccgtgc ccgaccatgt cgtctggtcc 300
ctgttcaaca ccctcttctt gaactggtgc tgtctgggct tcatagcatt cgcctactcc 360
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agtttatacc cacacacctg tctacagtgt cattcaataa agtgcacgtg cttgtgaaaa 720
aaaaaaaaaa aaa 733
<210> 82
<211> 132
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 82
Met Asn His Ile Val Gln Thr Phe Ser Pro Val Asn Ser Gly Gln Pro
1 5 10 15
Pro Asn Tyr Glu Met Leu Lys Glu Glu Gln Glu Val Ala Met Leu Gly
20 25 30
Val Pro His Asn Pro Ala Pro Pro Met Ser Thr Val Ile His Ile Arg
35 40 45
Ser Glu Thr Ser Val Pro Asp His Val Val Trp Ser Leu Phe Asn Thr
50 55 60
Leu Phe Met Asn Thr Cys Cys Leu Gly Phe Ile Ala Phe Ala Tyr Ser
65 70 75 80
Val Lys Ser Arg Asp Arg Lys Met Val Gly Asp Val Thr Gly Ala Gln
85 90 95
Ala Tyr Ala Ser Thr Ala Lys Cys Leu Asn Ile Trp Ala Leu Ile Leu
100 105 110
Gly Ile Phe Met Thr Ile Leu Leu Ile Ile Ile Pro Val Leu Val Val
115 120 125
Gln Ala Gln Arg
130
<210> 83
<211> 1967
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 83
gaaaggacag caacagtcag gtggtttacc ttccagaggc tggcaatgct gtttcactgg 60
aggacacggc taagaaggaa gtccaccagc ctgccaagat gaattgcctt gaagggccag 120
gtaagacctg tggccccttg gcttctgagg aggagctggt gtctgcctgc cagttggaaa 180
aagaagaaga gaatgaaggg gaggaggagg aagaggagga ggacgaggag gatctggacc 240
cagatctgga cccagaccta gaggaggaag agaatgatct tggggatcca gctgtacttg 300
gtgctgtcca caacacccag agagctctgc ttagctcccc tggagtcaag gcccctggta 360
tgctgggaat gtcacttgcc tccttgcatt ttctgtggca gaccttggac tacctgtcgc 420
ccatcccttt ctggcctaca tttcccagca ccagctctcc agcacagcac tttggacctc 480
ggctgccctc accagaccca actctcttct gcagcctgct gacctcgtgg ccccctaggt 540
tcagtcatct gacccagctc caccctcggc accaacgaat cttgcagcag cagcagcata 600
gtcaaacacc aagtccccca gccaagaagc cttggtctca gcagccagac ccctatgcta 660
acctcatgac cagaaaagag aaggactggg tgataaaagt gcagatggtg cagctgcaga 720
gtgcaaaacc ccgcctggat gactactatt accaggaata ttaccagaag ctagagaaga 780
agcaggcaga cgaagagcta cttggacgaa gaaaccgggt tgagtccctc aagctggtaa 840
cgccttacat tccgaaggca gaggcttatg agtccgtggt ccgaatcgag ggttccctgg 900
gccaggtagc tgtgtcgaca tgcttcagcc ctcgccgagc tattgatgcg gtaccccatg 960
gaactcaaga gcaggatata gaagctgcaa gcagtcagag gcttcgggta ttataccgga 1020
ttgagaagat gttccttcag ttactagaaa tagaggaagg ctggaagtat aggcctccac 1080
cgccctgctt ttctgagcag caaagcaacc aggttgagaa gctcttccag accttaaaga 1140
cccaggagca gaacaacctg gaagaggcag cagatggctt cctgcaggtg ctctctgtga 1200
ggaaggggaa ggccctggtg gcccggctgc tccccttcct gccccaggat caggctgtta 1260
ccattctttt ggctatcacc caccatctgc ccctcctggt ccggagggat gtggctgatc 1320
aggccctaca aatgttattc aaacctctgg gcaaatgtat tagtcacttg accctccacg 1380
aactcctcca aggacttcag ggattaacgc tgttgccacc tggctcctca gagcggccag 1440
tcaccgtggt gcttcagaat cagtttggaa tatctttgct ctatgccctg ctgagccatg 1500
gggagcaact ggtatcgctg cattcttccc tagaggaacc caacagtgac catacagctt 1560
ggacagacat ggtggttctg attgcctggg agatagccca aatgcctaca gcctctctgg 1620
cagaacccct agctttcccc agcaacctac ttcccctgtt ctgtcaccac gtggacaaac 1680
aattggttca gcagctggag gccaggatgg agtttgcctg gatttactga tctgtttgtt 1740
ctggaatacg tgtatgtggg aagttgaatc atcagacact agctacatag actatgttta 1800
cagggatcca gagagtctga agacatttct tatgccttta tatattggag aacccttccc 1860
cattttcata tcctttcttc aaaaatctaa atgatgtgcc taaaaataag acatggcata 1920
ataaggtata attaaagaga taatagaatg aaaaaaaaaa aaaaaaa 1967
<210> 84
<211> 125
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 84
Met His Lys Glu Glu His Glu Val Ala Val Leu Gly Pro Pro Pro Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu Pro Arg Ser Thr Val Ile Asn Ile His Ser Glu Thr Ser
20 25 30
Val Pro Asp His Val Val Trp Ser Leu Phe Asn Thr Leu Phe Leu Asn
35 40 45
Trp Cys Cys Leu Gly Phe Ile Ala Phe Ala Tyr Ser Val Lys Ser Arg
50 55 60
Asp Arg Lys Met Val Gly Asp Val Thr Gly Ala Gln Ala Tyr Ala Ser
65 70 75 80
Thr Ala Lys Cys Leu Asn Ile Trp Ala Leu Ile Leu Gly Ile Leu Met
85 90 95
Thr Ile Gly Phe Ile Leu Leu Leu Val Phe Gly Ser Val Thr Val Tyr
100 105 110
His Ile Met Leu Gln Ile Ile Gln Glu Lys Arg Gly Tyr
115 120 125
<210> 85
<211> 482
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 85
gcgggcgccg ctcttttgtt tcttgctgca gcaacgcgag tgggagcacc aggatctcgg 60
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gcctgtgggt ctctgaaggg accccccccc aatcggactg ccaaattctc cggtttgccc 420
cgggatatta tagaaaatta tttgtatgaa taatgaaaat aaaacacacc tcgtggcatg 480
gc 482
<210> 86
<211> 44
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 86
Met Ala Asp Lys Pro Asp Met Gly Glu Ile Ala Ser Phe Asp Lys Ala
1 5 10 15
Lys Leu Lys Lys Thr Glu Thr Gln Glu Lys Asn Thr Leu Pro Thr Lys
20 25 30
Glu Thr Ile Glu Gln Glu Lys Arg Ser Glu Ile Ser
35 40
<210> 87
<211> 1687
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 87
tgctttctca aaggccccac agtcctccac ttcctgggga ggtagctgca gaataaaacc 60
agcagagact ccttttctcc taaccgtccc ggccaccgct gcctcagcct ctgcctccca 120
gcctctttct gagggaaagg acaagatgaa gtggaaggcg cttttcaccg cggccatcct 180
gcaggcacag ttgccgatta cagaggcaca gagctttggc ctgctggatc ccaaactctg 240
ctacctgctg gatggaatcc tcttcatcta tggtgtcatt ctcactgcct tgttcctgag 300
agtgaagttc agcaggagcg cagacgcccc cgcgtaccag cagggccaga accagctcta 360
taacgagctc aatctaggac gaagagagga gtacgatgtt ttggacaaga gacgtggccg 420
ggaccctgag atggggggaa agccgagaag gaagaaccct caggaaggcc tgtacaatga 480
actgcagaaa gataagatgg cggaggccta cagtgagatt gggatgaaag gcgagcgccg 540
gaggggcaag gggcacgatg gcctttacca gggtctcagt acagccacca aggacaccta 600
cgacgccctt cacatgcagg ccctgccccc tcgctaacag ccaggggatt tcaccactca 660
aaggccagac ctgcagacgc ccagattatg agacacagga tgaagcattt acaacccggt 720
tcactcttct cagccactga agtattcccc tttatgtaca ggatgctttg gttatattta 780
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cctcctttca aggtaactgt actgggccat gttgtgcctc cctggtgaga gggccgggca 1140
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agactgacct tgatgagctg tgcacaaagt ggcataaaaa acatgtggtt acacagtgtg 1380
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tatactggca tgctaaagcc ttcctatttt gcataataaa tgcttcagtg aaaatgcaaa 1680
aaaaaaa 1687
<210> 88
<211> 164
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 88
Met Lys Trp Lys Ala Leu Phe Thr Ala Ala Ile Leu Gln Ala Gln Leu
1 5 10 15
Pro Ile Thr Glu Ala Gln Ser Phe Gly Leu Leu Asp Pro Lys Leu Cys
20 25 30
Tyr Leu Leu Asp Gly Ile Leu Phe Ile Tyr Gly Val Ile Leu Thr Ala
35 40 45
Leu Phe Leu Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr
50 55 60
Gln Gln Gly Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg
65 70 75 80
Glu Glu Tyr Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met
85 90 95
Gly Gly Lys Pro Gln Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn
100 105 110
Glu Leu Gln Lys Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met
115 120 125
Lys Gly Glu Arg Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly
130 135 140
Leu Ser Thr Ala Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala
145 150 155 160
Leu Pro Pro Arg
<210> 89
<211> 4507
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 89
gaccaattgt catacgactt gcagtgagcg tcaggagcac gtccaggaac tcctcagcag 60
cgcctccttc agctccacag ccagacgccc tcagacagca aagcctaccc ccgcgccgcg 120
ccctgcccgc cgctgcgatg ctcgcccgcg ccctgctgct gtgcgcggtc ctggcgctca 180
gccatacagc aaatccttgc tgttcccacc catgtcaaaa ccgaggtgta tgtatgagtg 240
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caacaccgga atttttgaca agaataaaat tatttctgaa acccactcca aacacagtgc 360
actacatact tacccacttc aagggatttt ggaacgttgt gaataacatt cccttccttc 420
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acttaaatca tatttacggt gaaactctgg ctagacagcg taaactgcgc cttttcaagg 840
atggaaaaat gaaatatcag ataattgatg gagagatgta tcctcccaca gtcaaagata 900
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aggaggtctt tggtctggtg cctggtctga tgatgtatgc cacaatctgg ctgcgggaac 1020
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cttttggtgg agaagtgggt tttcaaatca tcaacactgc ctcaattcag tctctcatct 1800
gcaataacgt gaagggctgt ccctttactt cattcagtgt tccagatcca gagctcatta 1860
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cttaacatct tctgtaacag aagtcagtac tcctgttgcg gagaaaggag tcatacttgt 2100
gaagactttt atgtcactac tctaaagatt ttgctgttgc tgttaagttt ggaaaacagt 2160
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gcaaaatgct gaaagttttt acactgtcga tgtttccaat gcatcttcca tgatgcatta 2340
gaagtaacta atgtttgaaa ttttaaagta cttttggtta tttttctgtc atcaaacaaa 2400
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tctacttttt aaaatcagca atgaaacaat aatttgaaat ttctaaattc atagggtaga 2520
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ttatataaat aattgaaaaa aattttcttt tgggaagagg gagaaaatga aataaatatc 4200
attaaagata actcaggaga atcttcttta caattttacg tttagaatgt ttaaggttaa 4260
gaaagaaata gtcaatatgc ttgtataaaa cactgttcac tgtttttttt aaaaaaaaaa 4320
cttgatttgt tattaacatt gatctgctga caaaacctgg gaatttgggt tgtgtatgcg 4380
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<210> 90
<211> 604
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 90
Met Leu Ala Arg Ala Leu Leu Leu Cys Ala Val Leu Ala Leu Ser His
1 5 10 15
Thr Ala Asn Pro Cys Cys Ser His Pro Cys Gln Asn Arg Gly Val Cys
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Met Ser Val Gly Phe Asp Gln Tyr Lys Cys Asp Cys Thr Arg Thr Gly
35 40 45
Phe Tyr Gly Glu Asn Cys Ser Thr Pro Glu Phe Leu Thr Arg Ile Lys
50 55 60
Leu Phe Leu Lys Pro Thr Pro Asn Thr Val His Tyr Ile Leu Thr His
65 70 75 80
Phe Lys Gly Phe Trp Asn Val Val Asn Asn Ile Pro Phe Leu Arg Asn
85 90 95
Ala Ile Met Ser Tyr Val Leu Thr Ser Arg Ser His Leu Ile Asp Ser
100 105 110
Pro Pro Thr Tyr Asn Ala Asp Tyr Gly Tyr Lys Ser Trp Glu Ala Phe
115 120 125
Ser Asn Leu Ser Tyr Tyr Thr Arg Ala Leu Pro Pro Val Pro Asp Asp
130 135 140
Cys Pro Thr Pro Leu Gly Val Lys Gly Lys Lys Gln Leu Pro Asp Ser
145 150 155 160
Asn Glu Ile Val Glu Lys Leu Leu Leu Arg Arg Lys Phe Ile Pro Asp
165 170 175
Pro Gln Gly Ser Asn Met Met Phe Ala Phe Phe Ala Gln His Phe Thr
180 185 190
His Gln Phe Phe Lys Thr Asp His Lys Arg Gly Pro Ala Phe Thr Asn
195 200 205
Gly Leu Gly His Gly Val Asp Leu Asn His Ile Tyr Gly Glu Thr Leu
210 215 220
Ala Arg Gln Arg Lys Leu Arg Leu Phe Lys Asp Gly Lys Met Lys Tyr
225 230 235 240
Gln Ile Ile Asp Gly Glu Met Tyr Pro Pro Thr Val Lys Asp Thr Gln
245 250 255
Ala Glu Met Ile Tyr Pro Pro Gln Val Pro Glu His Leu Arg Phe Ala
260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
Glu His Pro Glu Trp Gly Asp Glu Gln Leu Phe Gln Thr Ser Arg Leu
305 310 315 320
Ile Leu Ile Gly Glu Thr Ile Lys Ile Val Ile Glu Asp Tyr Val Gln
325 330 335
His Leu Ser Gly Tyr His Phe Lys Leu Lys Phe Asp Pro Glu Leu Leu
340 345 350
Phe Asn Lys Gln Phe Gln Tyr Gln Asn Arg Ile Ala Ala Glu Phe Asn
355 360 365
Thr Leu Tyr His Trp His Pro Leu Leu Pro Asp Thr Phe Gln Ile His
370 375 380
Asp Gln Lys Tyr Asn Tyr Gln Gln Phe Ile Tyr Asn Asn Ser Ile Leu
385 390 395 400
Leu Glu His Gly Ile Thr Gln Phe Val Glu Ser Phe Thr Arg Gln Ile
405 410 415
Ala Gly Arg Val Ala Gly Gly Arg Asn Val Pro Pro Ala Val Gln Lys
420 425 430
Val Ser Gln Ala Ser Ile Asp Gln Ser Arg Gln Met Lys Tyr Gln Ser
435 440 445
Phe Asn Glu Tyr Arg Lys Arg Phe Met Leu Lys Pro Tyr Glu Ser Phe
450 455 460
Glu Glu Leu Thr Gly Glu Lys Glu Met Ser Ala Glu Leu Glu Ala Leu
465 470 475 480
Tyr Gly Asp Ile Asp Ala Val Glu Leu Tyr Pro Ala Leu Leu Val Glu
485 490 495
Lys Pro Arg Pro Asp Ala Ile Phe Gly Glu Thr Met Val Glu Val Gly
500 505 510
Ala Pro Phe Ser Leu Lys Gly Leu Met Gly Asn Val Ile Cys Ser Pro
515 520 525
Ala Tyr Trp Lys Pro Ser Thr Phe Gly Gly Glu Val Gly Phe Gln Ile
530 535 540
Ile Asn Thr Ala Ser Ile Gln Ser Leu Ile Cys Asn Asn Val Lys Gly
545 550 555 560
Cys Pro Phe Thr Ser Phe Ser Val Pro Asp Pro Glu Leu Ile Lys Thr
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Pro Thr Val Leu Leu Lys Glu Arg Ser Thr Glu Leu
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<210> 91
<211> 5045
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 91
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cgcaccccag cagccgcgcc atgagccgga gtctcttgct ctggttcttg ctgttcctgc 120
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acgggcgctg gttctgggag tttgtcaatg ccaccttcat ccgagagatg ctcatgcgcc 420
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gctttaacat tgtcaagacg gccacactga agaagctggt ctgcctcaac accaagacct 1800
gtccctacgt ttccttccgt gtgccggatg ccagtcagga tgatgggcct gctgtggagc 1860
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agaaagttag ggggttctta ttttgcattc cagaatcttg actttctgat tggtgattca 2280
aagtgttgtg ttcctggctg atgatccaga acagtggctc gtatcccaaa tctgtcagca 2340
tctggctgtc tagaatgtgg atttgattca ttttcctgtt cagtgagata tcatagagac 2400
ggagatccta aggtccaaca agaatgcatt ccctgaatct gtgcctgcac tgagagggca 2460
aggaagtggg gtgttcttct tgggaccccc actaagaccc tggtctgagg atgtagagag 2520
aacaggtggg ctgtattcac gccattggtt ggaagctacc agagctctat ccccatccag 2580
gtcttgactc atggcagctg tttctcatga agctaataaa attcgctttc taaagttacc 2640
tgttatatat ctcttttggt cccatcctct aaagcagagg caacactgga acatggctag 2700
cctttcttgt agccatggct gggcgtgcta gaggttgcag catgagactt tctgctggga 2760
tccttgggcc catcactgta tagacatgct accactggta cttcctttct ccctgcgggc 2820
caggcactgc ccttttcagg aagctctctt aaaataccca ttgccccaga cctggaagat 2880
ataacattca gttcccacca tctgattaaa acaacttcct cccttacaga gcatacaaca 2940
gagggggcac ccggggagga gagcacatac tgtgttccaa tttcacgctt ttaattctca 3000
tttgttctca caccaacagt gtgaagtgcg tggtataatc tccatttcaa aaccaaggaa 3060
gcagcctcag agtggtcgag tgacacacct cacgcaggct gagtccagag cttgtgctcc 3120
tcttgattcc tggtttgact cagttccagg cctgatcttg cctgtctggc tcagggtcaa 3180
agacagaatg gtggagtgta gcctccacct gatattcagg ctactcattc agtcccaaat 3240
atgtattttc ctaagtgttt actatgtgcc agttcctgta acaggtgtgg ggacacagca 3300
gtgagtaatc aatacagaca aggttctgcc cttatggagc tcacactcca gtggcagaca 3360
aacagaccat aaataaggaa acgatgaaat aagatatata caaggtgagt gtgacttccc 3420
ttctaacccc ctctgctctg tcctccccta ttgcgctctc aagaccagag acccaacagc 3480
agtgatctca gggcagacag ccctccactc cagctctgag acccttttct caggacctct 3540
gtaggcagca gagagagagg acagaggggt aagatgaggg gttgagggaa ggttcttcat 3600
gatccacact ttgggcttag tatttctcag gaagagctat ggcccagaaa caacagggga 3660
aactagagtt cggtctgaca gtccttgggg ttaagtctcc tgtcttatgg tccagaaact 3720
cctgtttctc cttagttggc tggaaactgc tcccatcatt ccttctggcc tctgctgaat 3780
gcagggaatg caatccttcc ctgctcttgc agttgctctg acgtagaaag atccttcggg 3840
tgctggaagt ctccatgaag agcttgtgtc ctgtcctttc ttgcagattc tatttcccct 3900
cttctgctaa tacctcttac tttgcttgag aatcctctcc tttcttatta atttcagtct 3960
tggtggttct atcaggggtg cattctggcc aaggggtggg cctgtgaatc aatcctgggc 4020
aatcagacac cctctcctta aaaactggcc cgtggagact gagatcactg actctgactc 4080
atccccacag ctggctctga caagatggtc catttgttcc tgcttccgag atccccaggg 4140
cagcctggat ccctgccctt ctcaagactt tagcttttcc ttccatccgg tggcctattc 4200
caggaattcc tcttttgctt aaatcagttg gagtttgtgt ctgttgcttg taatcaagcc 4260
tttatggctg ctgggctgag tgacacaagc actttaatgg cctggaggga cttttaatca 4320
gtgaagatgc aatcagacaa gtgttttgga aagagcaccc tcgagaaggg tggatgacag 4380
ggcagagcag gaaggacagg aagctggcag aacggaggag gctgcagccg tggtccaacc 4440
aggagctgat ggcagctggg gctaggggaa gggctttgag ggtggaagga tgggatgggt 4500
tccagaggta ttcctctctt aaatgcaagt gcctagatta ggtagacttt gcttagtatt 4560
gacaactgca catgaaagtt ttgcaaaggg aaacaggcta aatgcaccaa gaaagcttct 4620
tcagagtgaa gaatcttaat gcttgtaatt taaacatttg ttcctggagt tttgatttgg 4680
tggatgtgat ggttggtttt atttgtcagt ttggttgggc tatagcacac agttatttaa 4740
tcaaacagta atctaggtgt ggctgtgaag gtattttgta gatgtgatta acatctacaa 4800
tcagttgact ttaagtgaaa gagattactt aaataatttg ggtgagctgc acctgattag 4860
ttgaaaggcc tcaagaacaa acactgcagt ttcctggaaa agaagaaact ttgcctcaag 4920
actatagcca tcgactcctg cctgagtttc cagcctgcta gtctgcccta tggatttgaa 4980
gtttgccaac cccaacaatt gtgtgaatta atttctaaaa ataaagctat atacagccaa 5040
aaaaa 5045
<210> 92
<211> 599
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 92
Met Ser Arg Ser Leu Leu Leu Trp Phe Leu Leu Phe Leu Leu Leu Leu
1 5 10 15
Pro Pro Leu Pro Val Leu Leu Ala Asp Pro Gly Ala Pro Thr Pro Val
20 25 30
Asn Pro Cys Cys Tyr Tyr Pro Cys Gln His Gln Gly Ile Cys Val Arg
35 40 45
Phe Gly Leu Asp Arg Tyr Gln Cys Asp Cys Thr Arg Thr Gly Tyr Ser
50 55 60
Gly Pro Asn Cys Thr Ile Pro Gly Leu Trp Thr Trp Leu Arg Asn Ser
65 70 75 80
Leu Arg Pro Ser Pro Ser Phe Thr His Phe Leu Leu Thr His Gly Arg
85 90 95
Trp Phe Trp Glu Phe Val Asn Ala Thr Phe Ile Arg Glu Met Leu Met
100 105 110
Arg Leu Val Leu Thr Val Arg Ser Asn Leu Ile Pro Ser Pro Pro Thr
115 120 125
Tyr Asn Ser Ala His Asp Tyr Ile Ser Trp Glu Ser Phe Ser Asn Val
130 135 140
Ser Tyr Tyr Thr Arg Ile Leu Pro Ser Val Pro Lys Asp Cys Pro Thr
145 150 155 160
Pro Met Gly Thr Lys Gly Lys Lys Gln Leu Pro Asp Ala Gln Leu Leu
165 170 175
Ala Arg Arg Phe Leu Leu Arg Arg Lys Phe Ile Pro Asp Pro Gln Gly
180 185 190
Thr Asn Leu Met Phe Ala Phe Phe Ala Gln His Phe Thr His Gln Phe
195 200 205
Phe Lys Thr Ser Gly Lys Met Gly Pro Gly Phe Thr Lys Ala Leu Gly
210 215 220
His Gly Val Asp Leu Gly His Ile Tyr Gly Asp Asn Leu Glu Arg Gln
225 230 235 240
Tyr Gln Leu Arg Leu Phe Lys Asp Gly Lys Leu Lys Tyr Gln Val Leu
245 250 255
Asp Gly Glu Met Tyr Pro Pro Ser Val Glu Glu Ala Pro Val Leu Met
260 265 270
His Tyr Pro Arg Gly Ile Pro Pro Gln Ser Gln Met Ala Val Gly Gln
275 280 285
Glu Val Phe Gly Leu Leu Pro Gly Leu Met Leu Tyr Ala Thr Leu Trp
290 295 300
Leu Arg Glu His Asn Arg Val Cys Asp Leu Leu Lys Ala Glu His Pro
305 310 315 320
Thr Trp Gly Asp Glu Gln Leu Phe Gln Thr Thr Arg Leu Ile Leu Ile
325 330 335
Gly Glu Thr Ile Lys Ile Val Ile Glu Glu Tyr Val Gln Gln Leu Ser
340 345 350
Gly Tyr Phe Leu Gln Leu Lys Phe Asp Pro Glu Leu Leu Phe Gly Val
355 360 365
Gln Phe Gln Tyr Arg Asn Arg Ile Ala Met Glu Phe Asn His Leu Tyr
370 375 380
His Trp His Pro Leu Met Pro Asp Ser Phe Lys Val Gly Ser Gln Glu
385 390 395 400
Tyr Ser Tyr Glu Gln Phe Leu Phe Asn Thr Ser Met Leu Val Asp Tyr
405 410 415
Gly Val Glu Ala Leu Val Asp Ala Phe Ser Arg Gln Ile Ala Gly Arg
420 425 430
Ile Gly Gly Gly Arg Asn Met Asp His His Ile Leu His Val Ala Val
435 440 445
Asp Val Ile Arg Glu Ser Arg Glu Met Arg Leu Gln Pro Phe Asn Glu
450 455 460
Tyr Arg Lys Arg Phe Gly Met Lys Pro Tyr Thr Ser Phe Gln Glu Leu
465 470 475 480
Val Gly Glu Lys Glu Met Ala Ala Glu Leu Glu Glu Leu Tyr Gly Asp
485 490 495
Ile Asp Ala Leu Glu Phe Tyr Pro Gly Leu Leu Leu Glu Lys Cys His
500 505 510
Pro Asn Ser Ile Phe Gly Glu Ser Met Ile Glu Ile Gly Ala Pro Phe
515 520 525
Ser Leu Lys Gly Leu Leu Gly Asn Pro Ile Cys Ser Pro Glu Tyr Trp
530 535 540
Lys Pro Ser Thr Phe Gly Gly Glu Val Gly Phe Asn Ile Val Lys Thr
545 550 555 560
Ala Thr Leu Lys Lys Leu Val Cys Leu Asn Thr Lys Thr Cys Pro Tyr
565 570 575
Val Ser Phe Arg Val Pro Asp Ala Ser Gln Asp Asp Gly Pro Ala Val
580 585 590
Glu Arg Pro Ser Thr Glu Leu
595
<210> 93
<211> 813
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 93
acccgcgcct gaccgcggca gctcccacca tggcggagac caagctccag ctgtttgtca 60
aggcgagtga ggacggggag agcgtgggtc actgcccctc ctgccagcgg ctcttcatgg 120
tcctgctcct caagggcgta cctttcaccc tcaccacggt ggacacgcgc aggtccccgg 180
acgtgctgaa ggacttcgcc cccggctcgc agctgcccat cctgctctat gacagcgacg 240
ccaagacaga cacgctgcag atcgaggact ttctggagga gacgctgggg ccgcccgact 300
tccccagcct ggcgcctcgt tacagggagt ccaacaccgc cggcaacgac gttttccaca 360
agttctccgc gttcatcaag aacccggtgc ccgcgcagga cgaagccctg taccagcagc 420
tgctgcgcgc cctcgccagg ctggacagct acctgcgcgc gcccctggag cacgagctgg 480
cgggggagcc gcagctgcgc gagtcccgcc gccgcttcct ggacggcgac aggctcacgc 540
tggccgactg cagcctcctg cccaagctgc acatcgtcga cacggtgtgc gcgcacttcc 600
gccaggcgcc catccccgcg gagctgcgcg gcgtacgccg ctacctggac agcgcgatgc 660
aggagaaaga gttcaaatac acgtgtccgc acagcgccga gatcctggcg gcctaccggc 720
ccgccgtgca cccccgctag cgccccaccc cgcgtctgtc gcccaataaa ggcatctttg 780
tcgggagtga gggtgtcctg acatctgaag ggc 813
<210> 94
<211> 236
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 94
Met Ala Glu Thr Lys Leu Gln Leu Phe Val Lys Ala Ser Glu Asp Gly
1 5 10 15
Glu Ser Val Gly His Cys Pro Ser Cys Gln Arg Leu Phe Met Val Leu
20 25 30
Leu Leu Lys Gly Val Pro Phe Thr Leu Thr Thr Val Asp Thr Arg Arg
35 40 45
Ser Pro Asp Val Leu Lys Asp Phe Ala Pro Gly Ser Gln Leu Pro Ile
50 55 60
Leu Leu Tyr Asp Ser Asp Ala Lys Thr Asp Thr Leu Gln Ile Glu Asp
65 70 75 80
Phe Leu Glu Glu Thr Leu Gly Pro Pro Asp Phe Pro Ser Leu Ala Pro
85 90 95
Arg Tyr Arg Glu Ser Asn Thr Ala Gly Asn Asp Val Phe His Lys Phe
100 105 110
Ser Ala Phe Ile Lys Asn Pro Val Pro Ala Gln Asp Glu Ala Leu Tyr
115 120 125
Gln Gln Leu Leu Arg Ala Leu Ala Arg Leu Asp Ser Tyr Leu Arg Ala
130 135 140
Pro Leu Glu His Glu Leu Ala Gly Glu Pro Gln Leu Arg Glu Ser Arg
145 150 155 160
Arg Arg Phe Leu Asp Gly Asp Arg Leu Thr Leu Ala Asp Cys Ser Leu
165 170 175
Leu Pro Lys Leu His Ile Val Asp Thr Val Cys Ala His Phe Arg Gln
180 185 190
Ala Pro Ile Pro Ala Glu Leu Arg Gly Val Arg Arg Tyr Leu Asp Ser
195 200 205
Ala Met Gln Glu Lys Glu Phe Lys Tyr Thr Cys Pro His Ser Ala Glu
210 215 220
Ile Leu Ala Ala Tyr Arg Pro Ala Val His Pro Arg
225 230 235
<210> 95
<211> 512
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 95
attcttcccc tctctacaac cctctctcct cagcgcttct tctttcttgg tttgatcctg 60
actgctgtca tggcgtgccc tctggagaag gccctggatg tgatggtgtc caccttccac 120
aagtactcgg gcaaagaggg tgacaagttc aagctcaaca agtcagaact aaaggagctg 180
ctgacccggg agctgcccag cttcttgggg aaaaggacag atgaagctgc tttccagaag 240
ctgatgagca acttggacag caacagggac aacgaggtgg acttccaaga gtactgtgtc 300
ttcctgtcct gcatcgccat gatgtgtaac gaattctttg aaggcttccc agataagcag 360
cccaggaaga aatgaaaact cctctgatgt ggttgggggg tctgccagct ggggccctcc 420
ctgtcgccag tgggcacttt tttttttcca ccctggctcc ttcagacacg tgcttgatgc 480
tgagcaagtt caataaagat tcttggaagt tt 512
<210> 96
<211> 101
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 96
Met Ala Cys Pro Leu Glu Lys Ala Leu Asp Val Met Val Ser Thr Phe
1 5 10 15
His Lys Tyr Ser Gly Lys Glu Gly Asp Lys Phe Lys Leu Asn Lys Ser
20 25 30
Glu Leu Lys Glu Leu Leu Thr Arg Glu Leu Pro Ser Phe Leu Gly Lys
35 40 45
Arg Thr Asp Glu Ala Ala Phe Gln Lys Leu Met Ser Asn Leu Asp Ser
50 55 60
Asn Arg Asp Asn Glu Val Asp Phe Gln Glu Tyr Cys Val Phe Leu Ser
65 70 75 80
Cys Ile Ala Met Met Cys Asn Glu Phe Phe Glu Gly Phe Pro Asp Lys
85 90 95
Gln Pro Arg Lys Lys
100
<210> 97
<211> 778
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 97
ggcggggttc ggccgggagc gcaggggcgg cagtgcgcgc ctagcagtgt cccagccggg 60
ttcgtgtcgc catggggcag atcgagtggg ccatgtgggc caacgagcag gcgctggcgt 120
ccggcctgat cctcatcacc gggggcatcg tggccacagc tgggcgcttc acccagtggt 180
actttggtgc ctactccatt gtggcgggcg tgtttgtgtg cctgctggag tacccccggg 240
ggaagaggaa gaagggctcc accatggagc gctggggaca gaagtacatg accgccgtgg 300
tgaagctgtt cgggcccttt accaggaatt actatgttcg ggccgtcctg catctcctgc 360
tctcggtgcc cgccggcttc ctgctggcca ccatccttgg gaccgcctgc ctggccattg 420
cgagcggcat ctacctactg gcggctgtgc gtggcgagca gtggacgccc atcgagccca 480
agccccggga gcggccgcag atcggaggca ccatcaagca gccgcccagc aaccccccgc 540
cgcggccccc ggccgaggcc cgcaagaagc ccagcgagga ggaggctgcg gtggcggcgg 600
ggggaccccc gggaggtccc caggtcaacc ccatcccggt gaccgacgag gtcgtgtgac 660
ctcgccccgg acctgccctc ccgccaggtg cacccacctg caataaatgc agcgaagccg 720
ggaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaa 778
<210> 98
<211> 195
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 98
Met Gly Gln Ile Glu Trp Ala Met Trp Ala Asn Glu Gln Ala Leu Ala
1 5 10 15
Ser Gly Leu Ile Leu Ile Thr Gly Gly Ile Val Ala Thr Ala Gly Arg
20 25 30
Phe Thr Gln Trp Tyr Phe Gly Ala Tyr Ser Ile Val Ala Gly Val Phe
35 40 45
Val Cys Leu Leu Glu Tyr Pro Arg Gly Lys Arg Lys Lys Gly Ser Thr
50 55 60
Met Glu Arg Trp Gly Gln Lys Tyr Met Thr Ala Val Val Lys Leu Phe
65 70 75 80
Gly Pro Phe Thr Arg Asn Tyr Tyr Val Arg Ala Val Leu His Leu Leu
85 90 95
Leu Ser Val Pro Ala Gly Phe Leu Leu Ala Thr Ile Leu Gly Thr Ala
100 105 110
Cys Leu Ala Ile Ala Ser Gly Ile Tyr Leu Leu Ala Ala Val Arg Gly
115 120 125
Glu Gln Trp Thr Pro Ile Glu Pro Lys Pro Arg Glu Arg Pro Gln Ile
130 135 140
Gly Gly Thr Ile Lys Gln Pro Pro Ser Asn Pro Pro Pro Arg Pro Pro
145 150 155 160
Ala Glu Ala Arg Lys Lys Pro Ser Glu Glu Glu Ala Ala Val Ala Ala
165 170 175
Gly Gly Pro Pro Gly Gly Pro Gln Val Asn Pro Ile Pro Val Thr Asp
180 185 190
Glu Val Val
195
<210> 99
<211> 112
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 99
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 100
<211> 112
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 100
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Lys Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 101
<211> 42
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 101
Lys Arg Gly Arg Lys Lys Leu Leu Tyr Ile Phe Lys Gln Pro Phe Met
1 5 10 15
Arg Pro Val Gln Thr Thr Gln Glu Glu Asp Gly Cys Ser Cys Arg Phe
20 25 30
Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu
35 40
Claims (135)
- 다음 단계를 포함하는, 키메라 항원 수용체 (CAR) T 세포의 생산 방법:
(a) 암에 걸린 개체로부터 말초 혈액 샘플을 수득하는 단계;
(b) (i) 샘플에서 하나 이상의 T 세포들에 의해 발현되는 T 세포 수용체 (TCR)의 하나 이상의 상보성-결정 영역 (CDR)의 아미노산 서열 및/또는 (ii) 이러한 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 결정하는 단계; 및
(c) 하나 이상의 CDR을 포함하는 CAR을 발현하도록 전구 세포를 변형시켜 CAR T 세포를 생산하는 단계. - CAR T 세포를 생산하는 방법으로서, 암에 걸린 개체로부터 수득된 말초 혈액 샘플에서 하나 이상의 T 세포에 의해 발현된 TCR의 하나 이상의 CDR을 포함하는 CAR을 발현하도록 전구 세포를 변형시키는 단계를 포함하는 방법.
- 청구항 1 또는 2에 있어서, 샘플의 T 세포들은 클론 확장된 T 세포인, 방법.
- 청구항 3에 있어서, 클론 확장된 T 세포는 CD8+ T 세포인 방법.
- 청구항 4에 있어서, CD8+ T 세포는 CTL인 방법.
- 청구항 1-5 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 T 세포들에 의해 발현된 TCR은 개체의 암 세포에 의해 발현되는 항원에 특이적으로 결합하는, 방법.
- 청구항 1-6 중 어느 한 항에 있어서, 전구 세포는 T 세포인, 방법.
- 청구항 1-7 중 어느 한 항의 방법에 의해 생산된 CAR T 세포.
- (i) 청구항 1-7 중 어느 한 항의 방법에 의해 생산된 하나 이상의 CAR T 세포, 또는 이의 자손, 및 (ii) 하나 이상의 담체, 희석제, 및/또는 부형제를 포함하는 약학 조성물.
- 치료를 필요로 하는 개체의 암 치료 방법으로서, 청구항 8의 CAR T 세포, 또는 이의 자손, 또는 청구항 9의 약학 조성물을 개체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
- 청구항 10에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양인, 방법.
- 청구항 11에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 방법.
- 청구항 12에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 방법.
- 청구항 12에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
- 청구항 12에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 방법.
- 청구항 12에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 방법.
- 청구항 10-16 중 어느 한 항에 있어서, 환자에게 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 투여하는, 방법.
- PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하는 방법으로서, 이 방법은 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 샘플의 클론 확장된 T 세포들은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로서 식별하는, 방법.
- 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 샘플의 클론 확장된 T 세포들은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로서 식별하는, 방법.
- 청구항 18 또는 19에 있어서, 샘플은 클론 확장된 T 세포들을 포함하고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체가 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 말초 혈액 샘플에서 클론 확장된 T 세포들을 가지는 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 청구항 18-24 중 어느 한 항에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 CD8+ T 세포인, 방법.
- 청구항 25에 있어서, CD8+ T 세포는 CTL인, 방법.
- 청구항 18-26 중 어느 한 항에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 각각 CDR들, CDR-1, CDR-2, 및 CDR-3를 포함하는 알파 및 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하고, 해당 알파 사슬 CDR-1, CDR-2, 또는 CDR-3, 및/또는 해당 베타 사슬 CDR-1, CDR-2, 또는 CDR-3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 27에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 27 또는 28에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 27-29 중 어느 한 항에 있어서, 해당 알파 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 27-30 중 어느 한 항에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR1을 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 27-31 중 어느 한 항에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR2를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 27-32 중 어느 한 항에 있어서, 해당 베타 사슬 CDR3를 인코딩하는 핵산 서열들은 서로에 적어도 85% 동일한, 방법.
- 청구항 18-33 중 어느 한 항에 있어서, 클론 확장된 T 세포들은 서로에 적어도 85% 동일한 핵산 서열들을 가지는 알파 및/또는 베타 사슬들을 포함하는 TCR들을 발현하는, 방법.
- PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법으로서, 이 방법은 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는 방법.
- 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는 방법.
- 청구항 35 또는 36 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상이고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
- 청구항 35-37 중 어느 한 항에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되고; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계.
- 개체의 말초 혈액 샘플에서 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 유전자들 중 하나 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 청구항 41 또는 42에 있어서, T 세포는 CD8+ T 세포인, 방법.
- 청구항 43에 있어서, CD8+ 세포는 세포독성 T 세포 (CTL) 또는 효과기 기억 T 세포 (Tem)인, 방법.
- 청구항 39-44 중 어느 한 항에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
- 청구항 38 또는 45에 있어서, 참조 집단은 암에 걸린 개체들의 집단인, 방법.
- 청구항 46에 있어서, 개체들의 집단은 PD-L1 축 결합 길항제로 치료받은 개체들의 제 1 서브세트 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법으로 치료받은 개체들의 제 2 서브세트를 포함하는, 방법.
- 청구항 47에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 이상의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성이 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선되는, 방법.
- 청구항 47 또는 48에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 개체들의 제 1 및 제 2 서브세트 각각을, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성과 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성 사이의, 참조 면역-점수 발현 수준 미만의 유의한 차이를 기준으로 유의하게 분리하고, 이 때 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법 치료에 대한 개체의 반응성이 PD-L1 축 결합 길항제 치료에 대한 개체의 반응성에 비해 유의하게 개선되는, 방법.
- 청구항 47-49 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
- 청구항 50에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 요법은 화학요법제를 포함하는, 방법.
- 청구항 51에 있어서, 화학요법제는 도세탁셀인, 방법.
- 청구항 48-52 중 어느 한 항에 있어서, 치료에 대한 반응성은 무 진행 생존 (PFS)의 증가를 포함하는, 방법.
- 청구항 48-53 중 어느 한 항에 있어서, 치료에 대한 반응성은 전체 생존 (OS)의 증가를 포함하는, 방법.
- 청구항 38 및 45-54 중 어느 한 항에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 중앙값인, 방법.
- 청구항 55에 있어서, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 중앙값인, 방법.
- 청구항 38 및 45-54 중 어느 한 항에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균인, 방법.
- 청구항 57에 있어서, 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준의 평균은 참조 집단의 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준의 평균인, 방법.
- 청구항 56 또는 58에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 정규화 발현 수준은 참조 유전자에 대해 정규화된 상기 하나 이상의 유전자들 각각의 발현 수준인, 방법.
- 청구항 59에 있어서, 참조 유전자는 CD8A인, 방법.
- 청구항 35-60 중 어느 한 항에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자들의 사전-할당된 발현 수준인, 방법.
- 청구항 18-20 및 35-37 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS의 증가를 포함하는, 방법.
- 청구항 18-20 및 35-37 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 PFS의 증가를 포함하는, 방법.
- 청구항 62 또는 63에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터의 이점은 OS 및 PFS의 증가를 포함하는, 방법.
- 청구항 35-64 중 어느 한 항에 있어서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 2개 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 65에 있어서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 3개 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 66에 있어서, 유전자들은 NKG7, GNLY, PRF1, GZMH, GPR56, IFITM2, IFITM1, GZMB, TMSB10, PLAC8, LITAF, CD247, CST7, COX2, KLRD1, CLIC3, S100A4, CYBA, 및 COX1 중 4개 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 35-67 중 어느 한 항에 있어서, 발현 수준은 핵산 발현 수준인, 방법.
- 청구항 68에 있어서, 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준인, 방법.
- 청구항 69에 있어서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, FISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정되는, 방법.
- 청구항 18-70 중 어느 한 항에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양인, 방법.
- 청구항 71에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 방법.
- 청구항 72에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 방법.
- 청구항 72에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
- 청구항 72에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 방법.
- 청구항 72에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 방법.
- PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
- 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
- 청구항 77 또는 78에 있어서, 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 참조 면역-점수 발현 수준 이상이고 상기 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
- 청구항 77-79 중 어느 한 항에 있어서, 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 청구항 83 또는 84에 있어서, T 세포는 CD8+ T 세포인, 방법.
- 청구항 85에 있어서, CD8+ 세포는 세포독성 T 세포 (CTL) 또는 효과기 기억 T 세포 (Tem)인, 방법.
- 청구항 77-86 중 어느 한 항에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 87에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 2개 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 88에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 3개 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 89에 있어서, 유전자들은 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, 및 LITAF 중 4개 이상을 포함하는, 방법.
- 청구항 77-86 중 어느 한 항에 있어서, 유전자들은 표 1-3 중 어느 하나에 제시된 패널을 포함하는, 방법.
- 청구항 77-91 중 어느 한 항에 있어서, 유전자들은 하나 이상의 세포독성 유전자들을 포함하는, 방법.
- 청구항 92에 있어서, 세포독성 유전자들은 CST7, PLEK, HCST, CTSW, KLRG1, CD8A, CCL5, CD8B, NKG7, GZMH, 및 HLA-C에서 선택되는, 방법.
- 청구항 77-93 중 어느 한 항에 있어서, 유전자들은 하나 이상의 미토콘드리아 유전자들을 포함하는, 방법.
- PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체의 식별 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
- 암에 걸린 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 이 방법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하는, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체의 치료 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 샘플 내 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 개체의 암 치료 방법으로서, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 다음 단계를 포함하는, 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 상기 샘플 내 2개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정되며; 및
(b) 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계. - 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 2개 이상의 면역-점수 발현 수준이 상기 2개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 것으로 결정된 암에 걸린 개체에서 T 세포 집단의 확장을 유도하는 방법으로서, 이 때 상기 유전자들은 세포독성 유전자 및 미토콘드리아 유전자를 포함하고, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 청구항 77-100 중 어느 한 항에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 유방암, 결장직장암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상 식육종, 메르켈 세포암 또는 혈액 악성종양인, 방법.
- 청구항 101에 있어서, 암은 폐암, 신장암, 방광암, 또는 유방암인, 방법.
- 청구항 102에 있어서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)인, 방법.
- 청구항 102에 있어서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
- 청구항 102에 있어서, 방광암은 요로상피세포 암종 (UC)인, 방법.
- 청구항 102에 있어서, 유방암은 삼중 음성 유방암 (TNBC)인, 방법.
- 청구항 17-106 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 그룹으로부터 선택되는, 방법.
- 청구항 107에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
- 청구항 108에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
- 청구항 109에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 PD-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
- 청구항 109에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1이 B7-1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
- 청구항 109-111 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
- 청구항 108-112 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
- 청구항 113에 있어서, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법.
- 청구항 114에 있어서, 항체는 서열 번호: 41의 HVR-H1 서열, 서열 번호: 42의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호: 43의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호: 44의 HVR-L1 서열, 서열 번호: 45의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호: 46의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
- 청구항 115에 있어서, 항체는 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는, 방법.
- 청구항 107에 있어서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제인, 방법.
- 청구항 117에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 하나 이상의 이의 리간드 결합 짝에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
- 청구항 118에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
- 청구항 118에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 방법.
- 청구항 118-120 중 어느 한 항에 있어서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
- 청구항 117-121 중 어느 한 항에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
- 청구항 122에 있어서, 항체는 다음으로 구성된 그룹에서 선택되는, 방법: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108.
- 청구항 117-121 중 어느 한 항에 있어서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질인, 방법.
- 청구항 124에 있어서, Fc-융합 단백질은 AMP-224인, 방법.
- 청구항 1-125 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 이전에 암을 치료받은 적이 없는, 방법.
- 청구항 126에 있어서, 개체는 PD-L1 축 결합 길항제를 이전에 투여받은 적이 없는, 방법.
- 청구항 1-127 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 개체에 대한 백금-함유 화학요법제의 투여에 의해 이전에 암을 치료받은 적이 있으며, 개체는 화학요법제에 반응하지 않았던, 방법.
- 청구항 17-128 중 어느 한 항에 있어서, 유효량의 하나 이상의 추가 치료제들을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
- 청구항 129에 있어서, 하나 이상의 추가 치료제는 항-신생물제, 화학요법제, 성장 억제제, 항-혈관형성제, 방사선 요법, 세포독성제, 면역조절제 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
- 청구항 130에 있어서, 하나 이상의 추가 치료제는 면역조절제를 포함하는, 방법.
- 청구항 131에 있어서, 면역조절제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편인, 방법.
- 청구항 1-132 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 인간인, 방법.
- PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하기 위한, 다음을 포함하는 키트:
(a) 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약들; 및, 선택적으로,
(b) 전술한 청구항 중 어느 한 항의 방법에 따른 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 암에 걸린 개체를 식별하기 위해 상기 하나 이상의 시약들을 사용하는 것에 관한 지침서. - PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료 후보인 암에 걸린 개체를 식별하는 분석법으로서, 이 분석법은 개체의 샘플에서 CST7, NKG7, GZMH, MT-ND4, HLA-H, CCL5, CD8A, CMC1, CD8B, HCST, MT-CYB, MT-ND4L, KLRG1, MT-CO2, MT-ATP6, PLEK, CTSW, HLA-C, LYAR, LITAF, GZMB, KLRD1, FGFBP2, KLRC4-KLRK1, KLRK1, B2M, GZMA, ID2, CX3CR1, PRSS23, GNLY, PRF1, PATL2, S1PR1, FCRL6, PLAC8, C1orf21, C12orf75, 및 GIMAP4 유전자들 중 5개 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 이 때 상기 5개 이상의 유전자들의 참조 면역-점수 발현 수준 이상인 상기 샘플 내 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준은 개체를 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체로 식별하며, 상기 참조 면역-점수 발현 수준은 참조 집단의 상기 5개 이상의 유전자들의 면역-점수 발현 수준인, 분석법.
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