CN107208138A

CN107208138A - 用于癌症预后和治疗的方法和组合物

Info

Publication number: CN107208138A
Application number: CN201580070110.8A
Authority: CN
Inventors: L·莫利内罗; P·赫格德
Original assignee: F Hoffmann La Roche AG
Current assignee: F Hoffmann La Roche AG
Priority date: 2014-12-30
Filing date: 2015-12-29
Publication date: 2017-09-26
Also published as: US11236394B2; US20170260594A1; JP2018503373A; US20220298576A1; WO2016109546A2; WO2016109546A3; JP7325463B2; EP3240908A2; JP2021118684A

Abstract

本发明提供使用一种或多种免疫细胞基因签名和/或免疫细胞基因签名的组合的表达水平作为选择标准为免疫疗法的治疗选择具有癌症的患者的方法。本发明进一步提供用于选择可能受益于特定免疫疗法，诸如激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法的具有癌症的患者，并对该患者施用该激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法以治疗该癌症的方法。

Description

用于癌症预后和治疗的方法和组合物

发明领域

本发明涉及为免疫疗法的治疗选择癌症患者的方法。

发明背景

在人中用免疫检查点抑制剂进行的研究已经展现驾驭免疫系统在难以治疗的适应症中控制和根除肿瘤生长的希望，包括黑素瘤，肾细胞癌，肺癌，乳腺癌，卵巢癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，和膀胱癌。

肿瘤源自正常细胞在应力条件下积累导致细胞增殖和存活不受控制的突变。在正常情况中，免疫系统主要经由细胞毒性CD8 T细胞识别这些转化细胞并防止侵入正常组织。在某些情况中，肿瘤细胞逃脱免疫控制并进展成疾病。肿瘤逃脱的机制可能是下面的机制中的一项或多项的产物：肿瘤细胞不能在I类MHC分子上呈递新抗原，肿瘤细胞上的I类MHC分子下调，T细胞不能浸润肿瘤，免疫阻抑性调节T细胞或髓样阻抑细胞的存在升高，免疫检查点抑制剂的表达增强，或Th2和Th17介导物升高。关于癌症类型间这些各种免疫细胞子集的相对贡献及它们对肿瘤进展，治疗响应，和临床结局的影响研究较少。

因而，需要用于选择有可能响应基于免疫的疗法的患者及为癌症治疗开发备选策略的方法。

发明概述

在一个方面，本发明特征在于一种为免疫疗法的治疗选择具有癌症的患者的方法，该方法包括测定自该患者获得的生物学样品中免疫细胞基因签名的表达水平，该免疫细胞基因签名包含下面的基因中的一项或多项(例如下面的基因中的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，或20或更多项)：CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；FOXP3；MS4A1或CD48；CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；NCAM1或NKP46；KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A；IL17A或IL17F；CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；CD274，PDL2，IDO1，或PVR；CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；CD4，IL2RA，或CD69；TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；或FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1，其中该免疫细胞基因签名中一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的变化为免疫疗法的治疗鉴定患者。

在一些实施方案中，该方法进一步包括告知该患者他们具有升高的可能性对该免疫疗法是响应性的步骤。在一些实施方案中，该方法进一步包括对该患者提供特定免疫疗法的推荐的步骤。在一些实施方案中，该方法进一步包括如果确定了该患者可能受益于该免疫疗法的话对该患者施用免疫疗法的步骤。在一些实施方案中，该免疫疗法为激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法。

在一些实施方案中，CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T效应(T_eff)细胞的存在有关联。在一些实施方案中，CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平升高指示该患者很有可能受益于激活性免疫疗法。在一些实施方案中，该激活性免疫疗法包含CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂。

在一些实施方案中，FOXP3的表达水平与肿瘤微环境中T调节(T_reg)细胞的存在有关联。在一些实施方案中，FOXP3的表达水平升高指示该患者很有可能受益于阻抑性免疫疗法。在一些实施方案中，该阻抑性免疫疗法包含CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂。

在一些实施方案中，(a)MS3A1或CD48中的一项或多项和/或(b)CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中B细胞的存在有关联。在一些实施方案中，(a)NCAM1或NKP46和/或(b)KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中NK细胞的存在有关联。在一些实施方案中，ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中髓样细胞的存在有关联。在一些实施方案中，CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中巨噬细胞细胞的存在有关联。在一些实施方案中，LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中M2巨噬细胞细胞的存在有关联。在一些实施方案中，IL17A或IL17F中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中Th17细胞的存在有关联。在一些实施方案中，CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中炎性细胞的存在有关联。在一些实施方案中，(a)CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1中的一项或多项和/或(b)CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T细胞免疫阻断剂的存在有关联。在一些实施方案中，(a)CD276，PDL1，PDL2，或IDO1中的一项或多项和/或(b)CD274，PDL2，IDO1，或PVR中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中抗原呈递细胞(APC)免疫阻断剂的存在有关联。在一些实施方案中，CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22中的一项或多项的表达水平与T细胞趋化性有关联。在一些实施方案中，CD4，IL2RA，或CD69中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中激活的CD4T细胞的存在有关联。在一些实施方案中，TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中抗原加工的存在有关联。在一些实施方案中，CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中共刺激性配体的存在有关联。在一些实施方案中，CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中共刺激性受体的存在有关联。在一些实施方案中，GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中溶胞性细胞的存在和/或溶胞性活性有关联。在一些实施方案中，FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中有活性的成纤维细胞的存在有关联。在一些实施方案中，CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T细胞的存在有关联。

在上述方法任一的其它实施方案中，测定CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，或6项)的表达水平。在一些实施方案中，测定FOXP3的表达水平。在一些实施方案中，测定MS4A1或CD48中的一项或多项(例如1或2项)和/或CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，6，或7项)的表达水平。在一些实施方案中，测定NCAM1和NKP46中的一项或多项(例如1或2)和/或KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1中的一项或多项(例如1，2，3，或4)的表达水平。在一些实施方案中，测定ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C中的一项或多项(例如1，2，3，或4)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14中的一项或多项(例如1，2，3，4，或5)的表达水平。在一些实施方案中，测定LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，或14)的表达水平。在一些实施方案中，测定IL17A或IL17B中的一项或多项(例如1或2)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，6，7，或8)的表达水平。在一些实施方案中，测定CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2中的一项或多项(例如1，2，3，4，或5)的表达水平。在一些实施方案中，测定CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1中的一项或多项(例如1，2，3，4，或5)和/或CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，或6)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD276，PDL1，PDL2，或IDO1中的一项或多项(例如1，2，3，或4)和/或CD274，PDL2，IDO1，或PVR中的一项或多项(例如1，2，3，或4)的表达水平。在一些实施方案中，测定CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，或6)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD4，IL2RA，或CD69中的一项或多项(例如1，2，或3)的表达水平。在一些实施方案中，测定TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8中的一项或多项(例如1，2，3，4，或5)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL中的一项或多项(例如1，2，3，4，或5)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，6，7，或8)的表达水平。在一些实施方案中，测定GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，6，或7)的表达水平。在一些实施方案中，测定FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1中的一项或多项(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，或11)的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表2中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表3中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表4中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表5中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表6中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表7中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表8中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定表9中的基因中的一项或多项的表达水平。

在上述方法任一的一些实施方案中，测定来自下面的基因签名中每一项的基因中的一项或多项的表达水平：CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；FOXP3；MS4A1或CD48；CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；NCAM1或NKP46；KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A；IL17A或IL17F；CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；CD274，PDL2，IDO1，或PVR；CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；CD4，IL2RA，或CD69；TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；和FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1。

在上述方法任一的一些实施方案中，该方法进一步包括测定CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与FOXP3的表达水平之比。在一些实施方案中，如果CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与FOXP3的表达水平之比高的话，该患者很有可能会受益于激活性免疫疗法。在一些实施方案中，如果CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与FOXP3的表达水平之比低的话，该患者很有可能会受益于阻抑性免疫疗法。

在上述方法任一的一些实施方案中，该方法进一步包括测定T_eff与T_reg细胞之比。在一些实施方案中，如果T_eff与T_reg之比高的话，该患者很有可能会受益于激活性免疫疗法。在一些实施方案中，如果T_eff与T_reg之比低的话，该患者很有可能会受益于阻抑性免疫疗法。在一些实施方案中，该激活性免疫疗法包含CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂。在一些实施方案中，该阻抑性免疫疗法包含CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂。

在上述方法任一的一些实施方案中，该方法是在施用免疫疗法之前进行的，从而对患者提供关于响应的施用前预后。

在上述方法任一的一些实施方案中，该癌症为乳腺癌，黑素瘤，非小细胞肺癌(NSCLC)，膀胱癌，肾细胞癌，结直肠癌，卵巢癌，胃癌，或肝癌。在一些实施方案中，该癌症是原发性，高级，顽固性，或复发性的。在一些实施方案中，该乳腺癌为激素受体+(HR+)，HER2+，或三重阴性(TN)乳腺癌。在一些实施方案中，该NSCLC为非鳞状NSCLC或鳞状NSCLC。

在上述方法任一的一些实施方案中，自该患者获得的该生物学样品中该免疫细胞基因签名的表达是通过测量mRNA检测的。

在上述方法任一的一些实施方案中，自该患者获得的该生物学样品中该免疫细胞基因签名的表达是通过测量血浆蛋白质水平检测的。

附图简述

图1A是T细胞签名基因的散射矩阵图。

图1B是T效应签名基因的散射矩阵图。

图1C是激活的CD4T细胞签名基因的散射矩阵图。

图2A是B细胞签名1，NK细胞签名1，和IL17签名基因的散射矩阵图。

图2B是B细胞签名2基因的散射矩阵图。

图2C是NK细胞签名2基因的散射矩阵图。

图3A是髓样签名基因的散射矩阵图。

图3B是巨噬细胞签名基因的散射矩阵图。

图3C是M2巨噬细胞签名基因的散射矩阵图。

图4是炎性签名基因的散射矩阵图。

图5A是T细胞免疫阻断剂(IB T细胞)签名1基因的散射矩阵图。

图5B是IB T细胞签名2基因的散射矩阵图。

图6A是APC免疫阻断剂(IB APC)签名1基因的散射矩阵图。

图6B是IB APC签名2基因的散射矩阵图。

图7是抗原加工签名基因的散射矩阵图。

图8是共刺激性配体签名基因的散射矩阵图。

图9是共刺激性受体签名基因的散射矩阵图。

图10是溶胞性签名基因的散射矩阵图。

图11是有活性的成纤维细胞签名基因的散射矩阵图。

图12A-12C是癌症适应症间九个基因集的主成分分析的图。

图13是适应症间T效应签名基因的基因表达水平的图。

图14是适应症间T调节签名基因的基因表达水平的图。

图15是适应症间T效应与T调节签名基因之间基因表达比的图。

图16是适应症间B细胞签名基因的基因表达水平的图。

图17是适应症间NK细胞签名基因的基因表达水平的图。

图18是适应症间髓样签名基因的基因表达水平的图。

图19是适应症间Th17(IL17)签名基因的基因表达水平的图。

图20显示以适应症分的IL17A/IL17F流行度的多幅图。IL17存在以原始Ct<25来确定。鳞状和非鳞状肺折叠成一个组。由于样本量小，没有评估HER2+乳腺。

图21是适应症间炎性签名基因的基因表达水平的图。

图22是适应症间T细胞上免疫阻断剂的基因表达水平的图。

图23是适应症间APC上免疫阻断剂的基因表达水平的图。

图24是适应症间APC上T效应与免疫阻断剂的基因表达比的图。

图25显示适应症间T效应与APC签名基因上免疫阻断剂中的特定基因的基因表达比的多幅图。

图26是显示适应症间T细胞签名基因上免疫阻断剂中的特定基因的基因表达水平的图。

图27是显示适应症间APC签名基因上免疫阻断剂中的特定基因的基因表达水平的图。

图28是显示适应症间免疫基因签名表达的分级聚簇的图。在样品间将基因对中值集中。使用欧几里德距离和完全连锁来生成树状图。红色和绿色分别指示比中值高和低的表达。黑色指示中值表达。

图29是CD8 IHC以区域和CD8 RNA水平分的散射矩阵图。实施log2换算以使分布标准化。

图30显示CD8 IHC以区域分和以适应症分的散射图。蓝线是最小二乘回归线。阴影区域表示95％置信区间。

图31是显示CD8 IHC以区域分的经验分布函数(或经验CDF，即一种与样品的经验测量有关的累积分布函数)的图。Y轴是≤X轴所表示的相关CD8 IHC百分比的样品的分数。

图32显示与原发性较之转移性状态有关的基因集表达的箱线图。

图33是与CRC原发性较之转移性状态有关的免疫基因表达的火山图。Y轴是原始符号秩Wicoxon p值，而X轴是原发性和转移性样品之间基于log2的倍数变化。所标注的基因具有Bonferroni调整的P≤0.05：ARG1，IL17A，VTCN1，IL17F，IL1B，HLA.E，HAVCR2，CD70，FOXP3和PTGS2。

图34显示与病因学有关的基因集表达的箱线图。

图35显示与病因学的相关性具有Kruskal Wallis P≤0.05的免疫基因的箱线图。

图36是病因学差异具有p≤0.1的免疫基因的分级聚簇。在样品间将基因对中值集中。使用欧几里德距离和完全连锁来生成树状图。红色和绿色分别指示比中值高和低的表达。黑色指示中值表达。下面的颜色区分病因学：黑色/酒精中毒史；红色＝HBV+；绿色＝HCV+；蓝色＝HBV+HCV+。

发明详述

I.导言

肿瘤免疫微环境由一大批容许肿瘤细胞牵制驻留T细胞及规避抗肿瘤免疫的免疫阻抑性因子组成。关于肿瘤基质中的或由肿瘤细胞分泌的阻止T细胞浸润肿瘤的因子的一项研究提供了解如何将攻击性肿瘤转变成能够响应免疫疗法的免疫原性肿瘤的工具。在本发明中，使用基因表达来评估七种不同癌症类型间代表免疫细胞子集的基因签名的流行度。这项分析提供关于九种不同癌症适应症和各种肿瘤亚型的肿瘤免疫微环境的见解，从而鉴定肿瘤免疫生物学中规定对免疫疗法的响应的驱动器。

因而，本发明提供用于为免疫疗法的治疗选择具有癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者的方法，其通过测定一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平，并将此表达水平与该一种或多种免疫细胞基因签名的中值表达水平比较来进行。检测到一种或多种免疫细胞基因签名的表达相对于中值水平升高(即一种或多种免疫细胞基因签名的表达相对于该癌症类型中的中值水平更高)为免疫疗法的治疗鉴定该患者。本发明还提供用于治疗可能受益于免疫疗法的具有癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者的方法，其通过测定该患者中一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平，单独地或与化疗方案和/或其它抗癌疗法方案组合地施用激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法来进行。

II.定义

除非另有定义，本文中所使用的技术和科学术语与本发明所属领域中的普通技术人员的通常理解具有相同意义。Singleton等,Dictionary of Microbiology andMolecular Biology第2版,J.Wiley&Sons(New York,N.Y.1994),及March,AdvancedOrganic Chemistry Reactions,Mechanisms and Structure第4版,John Wiley&Sons(NewYork,N.Y.1992)为本领域技术人员提供本申请中使用的许多术语的一般指导。

为了解读本说明书，以下定义会适用，并且只要合适，以单数使用的术语也会包括复数，且反之亦然。在下文所列出的任何定义与通过提及而收入本文中的任何文献矛盾的情况中，应当以下文所列出的定义为准。

术语“拮抗剂”以最广义使用，而且包括或是通过降低编码该天然多肽的核酸的转录或翻译，或是通过抑制或阻断天然多肽活性，或二者，部分或完全阻断，抑制，干扰，或中和本文中公开的天然多肽(例如免疫细胞受体或配体，诸如CTLA-4，PD-1，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226)的正常生物学活性的任何分子。本领域普通技术人员会理解，在一些情况中，拮抗剂可拮抗天然多肽的一种活性而不影响天然多肽的另一种活性。本领域普通技术人员还会理解，在一些情况中，拮抗剂可以是根据它与之结合，相互作用，或关联的天然多肽而被认定为激活性或阻抑性免疫疗法的治疗剂。拮抗剂的例子包括但不限于反义多核苷酸，干扰RNA，催化性RNA，RNA-DNA嵌合物，天然多肽特异性适体，抗体，抗体的抗原结合片段，天然多肽结合小分子，天然多肽结合肽，和特异性结合天然多肽的其它肽(包括但不限于一种或多种天然多肽配体的天然多肽结合片段，任选地融合至一个或多个另外的域)，使得拮抗剂和天然多肽之间的相互作用导致天然多肽活性或表达降低或停止。

类似的，术语“激动剂”以最广义使用，而且包括通过提高编码天然多肽的核酸的转录或翻译，和/或通过抑制或阻断抑制天然多肽的表达或活性的分子的活性，和/或通过增强正常天然多肽活性(包括但不限于增强天然多肽的稳定性，或增强天然多肽对一种或多种靶配体的结合)，模拟，促进，刺激，或增强本文中公开的天然多肽(例如免疫细胞受体或配体，诸如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4)的正常生物学活性的任何分子。本领域普通技术人员会理解，在一些情况中，激动剂可激动天然多肽的一种活性而不影响该天然多肽的另一种活性。本领域普通技术人员还会理解，在一些情况中，激动剂可以是根据它与之结合，相互作用，或关联的天然多肽而被认定为激活性或阻抑性免疫疗法的治疗剂。激动剂可选自抗体，抗原结合片段，适体，干扰RNA，小分子，肽，反义分子，和另一种结合多肽。又例如，激动剂可以是选自适体，干扰RNA，或干扰天然多肽抑制性分子的转录和/或翻译的反义分子的多核苷酸。用于鉴定多肽的激动剂或拮抗剂的方法可包括使多肽接触候选激动剂或拮抗剂分子并测量通常与该多肽有关的一种或多种生物学活性的可检测变化。

术语“激活性免疫疗法”指使用诱导，增强，或促进免疫应答，包括例如T细胞应答的治疗剂。术语“阻抑性免疫疗法”指使用干扰，阻抑，或抑制免疫应答，包括例如T细胞应答的治疗剂。

“人效应细胞”指表达一种或多种FcR并行使效应器功能的白细胞。在某些实施方案中，该细胞至少表达FcγRIII并行使ADCC效应器功能。介导ADCC的人白细胞的例子包括外周血单个核细胞(PBMC)，天然杀伤(NK)细胞，单核细胞，细胞毒性T细胞和嗜中性粒细胞。效应细胞可以从天然来源分离，例如血液。

“调节T细胞(T_reg)”指在抑制自身反应性免疫应答中发挥作用且常常在慢性炎症部位中，诸如在肿瘤组织中找到的辅助T细胞子集。在某些实施方案中，T_reg在表型上通过CD25，CLTA4，GITR，和神经毡蛋白-1的高细胞表面表达来定义且在转录因子FOXP3控制下。在其它实施方案中，T_reg经由接触依赖性机制和细胞因子生成对激活的T细胞实施它们的阻抑功能。在一些实施方案中，T_reg还通过与树突细胞(DC)上的配体的直接相互作用来调控免疫应答，诸如例如CTLA4与DC上B7分子的相互作用引发对吲哚胺2,3-加双氧酶(IDO)的诱导。

本文中的术语“抗体”以最广义使用，而且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体，多克隆抗体，多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。结合靶物的抗体指能够以足够亲和力结合靶物，使得该抗体作为靶向靶物的诊断剂和/或治疗剂的是有用的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)或Biacore测定法的测量，抗靶物抗体结合无关的，非靶物的蛋白质的程度小于该抗体对靶物的结合的约10％。在某些实施方案中，结合靶物的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM(例如10^-8M或更少，例如10^-8M至10^-13M，例如10^-9M至10^-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗靶物抗体结合靶物上在不同物种中保守的表位。

“阻断性抗体”或“拮抗性抗体”是部分或完全阻断、抑制、干扰、或中和其结合的抗原的正常生物学活性的抗体。例如，拮抗性抗体可阻断经由免疫细胞受体(例如T细胞受体)的信号传导，从而自针对抗原刺激的功能障碍性状态恢复T细胞的功能性应答(例如增殖，细胞因子生成，靶细胞杀伤)

“激动性抗体”或“活化性抗体”是模拟、促进、刺激、或增强-其结合的抗原的正常生物学活性的抗体。激动性抗体还能通过与其结合的抗原增强或启动信号传导。在一些实施方案中，激动性抗体在不存在天然配体的情况中引起或激活信号传导。例如，激动性抗体可提高记忆T细胞增殖，提高记忆T细胞的细胞因子生成，抑制调节T细胞功能，和/或抑制效应T细胞功能(诸如效应T细胞增殖和/或细胞因子生成)的调节T细胞阻抑。

“抗体片段”指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体所结合之抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv，Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)₂；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。

与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。

术语“益处”以最广义使用，而且指任何期望的效果，且明确包括本文中限定的临床益处。可以通过评估各种终点来测量临床益处，所述终点例如在一定程度上抑制疾病进展，包括延缓和完全阻滞；疾病事件和/或症状数目的减少；损伤大小的降低；抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病细胞渗入邻近周围器官和/或组织中；抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病扩散；降低自身免疫应答，其可以但不必导致疾病损伤的消退或消除；在一定程度上减轻一种或多种与病症有关的症状；延长治疗后无疾病呈现例如无进展存活的长度；增加的总体存活；较高的响应率；和/或在治疗后给定时间点时降低的死亡率。

如本文中使用的，术语“结合”，“特异性结合”或“对……特异性的”指可测量且可再现的相互作用，诸如靶物和抗体之间的结合，其确定在存在分子(包括生物学分子)的异质群体的情况中靶物的存在。例如，特异性结合靶物(其可以是表位)的抗体是以比其结合其它靶物更大的亲和力，亲合力，更容易，和/或以更大的持续时间结合此靶物的抗体。在一个实施方案中，抗体结合无关靶物的程度小于抗体结合靶物的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。在某些实施方案中，特异性结合靶物的抗体具有<1μM，<100nM，<10nM，<1nM，或<0.1nM的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗体特异性结合蛋白质上在来自不同物种的蛋白质间保守的表位。在另一个实施方案中，特异性结合可以包括但不需要排他结合。

如本文中所使用的，术语“生物学样品”或“样品”包括但不限于血液，血清，血浆，痰，组织活检，肿瘤组织，和鼻样品(包括鼻拭子或鼻息肉)。

术语“癌症”和“癌性”指向或描述哺乳动物中特征通常为细胞生长不受调节的生理疾患。此定义中包括良性和恶性癌症。癌症的例子包括但不限于癌，淋巴瘤，母细胞瘤，肉瘤和白血病。此类癌症的更具体例子包括但不限于鳞状细胞癌，肺癌(包括小细胞肺癌，非小细胞肺癌，肺的腺癌，和肺的鳞癌)，腹膜癌，肝细胞癌，胃的癌或胃癌(包括胃肠癌)，胰腺癌，成胶质细胞瘤，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，肝瘤，乳腺癌，结肠癌，结直肠癌，子宫内膜癌或子宫癌，唾液腺癌，肾癌或肾的癌，肝癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，肝的癌和各种类型的头和颈癌，以及B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)，小淋巴细胞性(SL)NHL，中级/滤泡性NHL，中级弥漫性NHL，高级成免疫细胞性NHL，高级成淋巴细胞性NHL，高级小无核裂细胞性NHL，贮积病(bulky disease)NHL，套细胞淋巴瘤，AIDS相关淋巴瘤，和瓦尔登斯特伦(Waldenstrom)氏巨球蛋白血症)，慢性淋巴细胞性白血病(CLL)，急性成淋巴细胞性白血病(ALL)，毛细胞性白血病，慢性成髓细胞性白血病，和移植后淋巴增殖性病症(PTLD)，以及与瘢痣病(phakomatoses)，水肿(诸如与脑瘤有关的)，和梅格斯(Meigs)氏综合征有关的异常血管增殖。

“晚期”癌症是已经通过局部侵入或转移在起源的部位或器官外部扩散的癌症。

“顽固性”癌症是即使对癌症患者施用抗肿瘤剂，诸如化疗剂仍进展的癌症。顽固性癌症的一个例子是铂不应性的癌症。

“复发性”癌症是在响应初始疗法后在初始部位处或在远端部位处已经再生长的癌症。

“铂抗性”癌症表示患者中的癌症当患者正在接受基于铂的化疗或癌症时有进展，或者患者中的癌症在基于铂的化疗完成后例如12个月内(例如6个月内)有进展。此类癌症可以说是具有或展现“铂抗性”。

“化疗抗性”癌症表示患者中的癌症当患者正在接受化疗方案时有进展，或者患者中的癌症在化疗方案完成后例如12个月内(例如6个月内)有进展。此类癌症可以说是具有或展现“化疗抗性”。

术语“肿瘤”指所有赘生性(neoplastic)细胞生长和增殖，无论是恶性的还是良性的，及所有癌前(pre-cancerous)和癌性细胞和组织。术语“癌症”，“癌性”，“细胞增殖性病症”，“增殖性病症”和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。

如本文中使用的，“转移”指癌自其原发部位传播至身体中的其它位置。癌细胞能脱离原发性肿瘤，渗透入淋巴和血管，经由血流而循环，和在身体中其它地方的正常组织中的远端病灶(转移)中生长。转移可以是当地的或远端的。转移是一个连续过程，视肿瘤细胞自原发性肿瘤脱落，经由血流而传播，并在远端部位停止而定。在新的部位，该细胞建立血供且能生长至形成危及生命的团块。肿瘤细胞内的刺激性和抑制性分子途径调节这种行为，而且肿瘤细胞与远端部位中的宿主细胞之间的相互作用也是重要的。

术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生，而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。

抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5大类：IgA，IgD，IgE，IgG，和IgM，并且这些中的几种可以进一步分成亚类(同种型)，例如，IgG₁，IgG₂，IgG₃，IgG₄，IgA₁，和IgA₂。与不同类免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α，δ，ε，γ，和μ。

“化疗剂”包括在治疗癌症中有用的化学化合物。化疗剂的例子包括厄洛替尼(erlotinib)(Genentech/OSI Pharm.)，硼替佐米(bortezomib)(Millennium Pharm.)，双硫仑(disulfiram)，没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechin gallate)，salinosporamide A，carfilzomib，17-AAG(格尔德霉素(geldanamycin))，根赤壳菌素(radicicol)，乳酸脱氢酶A(LDH-A)，氟维司群(fulvestrant)(AstraZeneca)，舒尼替尼(sunitib)(Pfizer/Sugen)，来曲唑(letrozole)(Novartis)，甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)(Novartis)，finasunate(Novartis)，奥沙利铂(oxaliplatin)(Sanofi)，5-FU(5-氟尿嘧啶)，甲酰四氢叶酸(leucovorin)，雷帕霉素(Rapamycin)(西罗莫司(Sirolimus)，Wyeth)，拉帕替尼(Lapatinib)(GSK572016，Glaxo Smith Kline)，Lonafamib(SCH 66336)，索拉非尼(sorafenib)(Bayer Labs)，吉非替尼(gefitinib)(AstraZeneca)，AG1478，烷化剂类(alkylating agents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯类(alkylsulfonates)，诸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodopa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedopa)，和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括托泊替康(topotecan)和伊立替康(irinotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)，卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；肾上腺皮质类固醇类(adrenocorticosteroids)，包括泼尼松(prednisone)和泼尼松龙(prednisolone)；醋酸环丙孕酮(cyproterone acetate)；5α-还原酶，包括非那雄胺(finasteride)和度他雄胺(dutasteride)；vorinostat,romidepsin,panobinostat,丙戊酸(valproic acid),mocetinostat多拉司他汀(dolastatin)；阿地白介素(aldesleukin),滑石(talc)duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlomaphazine)，胆磷酰胺(chlorophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，异环磷酰胺(ifosfamide)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)，美法仑(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥胆甾醇(phenesterine)，泼尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)，和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(Angew Chem.Intl.Ed.Engl.1994,33:183-186)；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)，阿克拉霉素(aclacinomysins)，放线菌素(actinomycin)，氨茴霉素(authramycin)，偶氮丝氨酸(azaserine)，博来霉素(bleomycin)，放线菌素C(cactinomycin)，carabicin，洋红霉素(caminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycinis)，放线菌素D(dactinomycin)，柔红霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸，(多柔比星(doxorubicin))，吗啉代多柔比星，氰基吗啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊达比星(idarubicin)，麻西罗霉素(marcellomycin)，丝裂霉素(mitomycin)诸如丝裂霉素C，霉酚酸(mycophenolic acid)，诺拉霉素(nogalamycin)，橄榄霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，泊非霉素(porfiromycin)，嘌呤霉素(puromycin)，三铁阿霉素(quelamycin)，罗多比星(rodorubicin)，链黑菌素(streptonigrin)，链佐星(streptozocin)，杀结核菌素(tubercidin)，乌苯美司(ubenimex)，净司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(fluorouracil)(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)，甲氨蝶呤，蝶酰三谷氨酸(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)，6-巯基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，双脱氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依诺他滨(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinicacid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfomithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素，疣孢菌素(verracurin)A，杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoids)，例如泰素(TAXOL)(帕利他赛(paclitaxel)；Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)，(无克列莫佛(Cremophor)的)，帕利他赛的清蛋白改造的纳米颗粒剂型(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和泰索帝(多西他赛(docetaxel，doxetaxel)；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥(chloranmbucil)；(吉西他滨(gemcitabine))；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；(长春瑞滨(vinorelbine))；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；卡培他滨(capecitabine)伊本膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸(retinoids)，诸如视黄酸(retinoic acid)；及任何上述各项的药学可接受盐，酸和衍生物。

化疗剂还包括(i)起调节或抑制激素对肿瘤作用的作用的抗激素剂，诸如抗雌激素类和选择性雌激素受体调控物类(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括柠檬酸他莫昔芬)，雷洛昔芬(raloxifene)，屈洛昔芬(droloxifene)，iodoxyfene，4-羟基他莫昔芬，曲沃昔芬(trioxifene)，那洛昔芬(keoxifene)，LY117018，奥那司酮(onapristone)，和(柠檬酸托瑞米芬(toremifine citrate))；(ii)抑制在肾上腺中调节雌激素生成的芳香酶的芳香酶抑制剂，诸如例如4(5)-咪唑，氨鲁米特(aminoglutethimide)，(醋酸甲地孕酮(megestrol acetate))，(依西美坦(exemestane)；Pfizer)，福美坦(formestanie)，法倔唑(fadrozole)，(伏罗唑(vorozole))，(来曲唑(letrozole)；Novartis)，和(阿那曲唑(anastrozole)；AstraZeneca)；(iii)抗雄激素类，诸如氟他米特(flutamide)，尼鲁米特(nilutamide)，比卡米特(bicalutamide)，亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin)，曲普瑞林(tripterelin)，醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate)，己烯雌酚(diethylstilbestrol)，倍美力(premarin)，氟甲睾酮(fluoxymesterone)，全反式视黄酸，芬维A胺(fenretinide)，以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；(iv)蛋白质激酶抑制剂；(v)脂质激酶抑制剂；(vi)反义寡核苷酸，特别是抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的反义寡核苷酸，诸如例如PKC-α，Ralf和H-Ras；(vii)核酶，诸如VEGF表达抑制剂(例如)和HER2表达抑制剂；(viii)疫苗，诸如基因疗法疫苗，例如和rIL-2；拓扑异构酶1抑制剂，诸如rmRH；和(ix)及任何上述药剂的药学可接受盐，酸和衍生物。

化疗剂还包括抗体，诸如阿仑珠单抗(alemtuzumab)(Campath)，贝伐珠单抗(bevacizumab)(Genentech)，西妥昔单抗(cetuximab)(Imclone)；帕尼单抗(panitumumab)(Amgen)，利妥昔单抗(rituximab)(Genentech/Biogen Idec)，帕妥珠单抗(pertuzumab)(2C4，Genentech)，曲妥珠单抗(Genentech)，托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar，Corixia)，和抗体药物缀合物，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin)(Wyeth)。具有作为与本发明化合物组合的药剂的治疗潜力的别的人源化单克隆抗体包括：阿泊珠单抗(apolizumab)，阿塞珠单抗(aselizumab)，atlizumab，巴匹珠单抗(bapineuzumab)，bivatuzumab mertansine，莫坎妥珠单抗(cantuzumabmertansine)，西利珠单抗(cedelizumab)，培舍珠单抗(certolizumab pegol)，cidfusituzumab，cidtuzumab，达克珠单抗(daclizumab)，依库珠单抗(eculizumab)，依法珠单抗(efalizumab)，依帕珠单抗(epratuzumab)，厄利珠单抗(erlizumab)，非维珠单抗(felvizumab)，芳妥珠单抗(fontolizumab)，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumabozogamicin)，英妥珠单抗奥佐米星(inotuzumab ozogamicin)，伊匹木单抗(ipilimumab)，拉贝珠单抗(labetuzumab)，林妥珠单抗(lintuzumab)，马妥珠单抗(matuzumab)，美泊利单抗(mepolizumab)，莫维珠单抗(motavizumab)，motovizumab，那他珠单抗(natalizumab)，尼妥珠单抗(nimotuzumab)，nolovizumab，numavizumab，ocrelizumab，奥马珠单抗(omalizumab)，帕利珠单抗(palivizumab)，帕考珠单抗(pascolizumab)，pecfusituzumab，pectuzumab，培克珠单抗(pexelizumab)，ralivizumab，雷珠单抗(ranibizumab)，reslivizumab，瑞利珠单抗(reslizumab)，resyvizumab，罗维珠单抗(rovelizumab)，卢利珠单抗(ruplizumab)，西罗珠单抗(sibrotuzumab)，西利珠单抗(siplizumab)，索土珠单抗(sontuzumab)，tacatuzumab tetraxetan，tadocizumab，他利珠单抗(talizumab)，特非珠单抗(tefibazumab)，托珠单抗(tocilizumab)，托利珠单抗(toralizumab)，tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin)，tucusituzumab，umavizumab，乌珠单抗(urtoxazumab)，优特克单抗(ustekinumab)，维西珠单抗(visilizumab)，和抗白介素-12(ABT-874/J695，WyethResearch and Abbott Laboratories)，其为经遗传修饰以识别白介素-12p40蛋白的重组专有人序列全长IgG1λ抗体。

化疗剂还包括“EGFR抑制剂”，其指结合EGFR或以其它方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物，其另外还称作“EGFR拮抗剂”。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括MAb 579(ATCC CRL HB8506)，MAb455(ATCC CRL HB8507)，MAb 225(ATCC CRL 8508)，MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533，Mendelsohn等人)及其变体，诸如嵌合化的225(C225或西妥昔单抗；)和重构的人225(H225)(参见WO96/40210，Imclone Systerms Inc.)；IMC-11F8，一种完全人的EGFR靶向抗体(Imclone)；结合II型突变体EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体，如美国专利No.5,891,996中所述；和结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF或帕尼单抗(Panitumumab)(参见WO98/50433，Abgenix/Amgen)；EMD55900(Stragliotto et al.,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(matuzumab)，一种针对EGFR且与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体，HuMax-EGFR(GenMab)；称作E1.1，E2.4，E2.5，E6.2，E6.4，E2.11，E6.3和E7.6.3且描述在US 6,235,883中的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可与细胞毒剂缀合，由此产生免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子，诸如美国专利No.5,616,582，5,457,105，5,475,001，5,654,307，5,679,683，6,084,095，6,265,410，6,455,534，6,521,620，6,596,726，6,713,484，5,770,599，6,140,332，5,866,572，6,399,602，6,344,459，6,602,863，6,391,874，6,344,455，5,760,041，6,002,008，和5,747,498，以及PCT公开文本WO98/14451，WO98/50038，WO99/09016，和WO99/24037中描述的化合物。具体的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼(erlotinib)，Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI 1033，2-丙烯酰胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二氢氯化物，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib)4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016或N-[3-氯4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。

化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”，包括前一段中提到的EGFR靶向药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如可从Takeda获得的TAK165；CP-724,714，一种口服ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达细胞二者的双重HER抑制剂，诸如EKB-569(可从Wyeth获得)；拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016；可从Glaxo-SmithKline获得)，一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(可从Novartis获得)；泛HER抑制剂，诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂，诸如可从ISIS Pharmaceuticals获得的，抑制Raf-1信号传导的反义药剂ISIS-5132；非HER靶向TK抑制剂，诸如甲磺酸伊马替尼(可得自Glaxo SmithKline)；多靶向酪氨酸激酶抑制剂，诸如舒尼替尼(sunitinib)(可从Pfizer获得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584，可从Novartis/Schering AG获得)；MAPK胞外调控激酶I抑制剂CI-1040(可从Pharmacia获得)；喹唑啉类，诸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶类；嘧啶并嘧啶类；吡咯并嘧啶类，诸如CGP 59326，CGP 60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶类，4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶类；姜黄素(二阿魏酰甲烷，4,5-双(4-氟苯胺基)-酞酰亚胺)；含有硝基噻吩模块的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如那些与编码HER的核酸结合的反义分子)；喹喔啉类(美国专利No.5,804,396)；tryphostins(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/ScheringAG)；泛HER抑制剂，诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼PKI 166(Novartis)；GW2016(Glaxo SmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone)，雷帕霉素(西罗莫司，)；或任何下列专利公开文本中描述的：美国专利No.5,804,396；WO1999/09016(American Cyanamid)；WO1998/43960(American Cyanamid)；WO1997/38983(Warner Lambert)；WO1999/06378(Warner Lambert)；WO1999/06396(WarnerLambert)；WO1996/30347(Pfizer,Inc)；WO1996/33978(Zeneca)；WO1996/3397(Zeneca)和WO1996/33980(Zeneca)。

化疗剂还包括地塞米松(dexamethasone)，干扰素，秋水仙素(colchicine)，氯苯氨啶(metoprine)，环孢霉素(cyclosporine)，两性霉素(amphotericin)，甲硝唑(metronidazole)，阿仑单抗(alemtuzumab)，阿利维A酸(alitretinoin)，别嘌醇(allopurinol)，氨磷汀(amifostine)，三氧化二砷(arsenic trioxide)，天冬酰胺酶(asparaginase)，活的BCG，贝伐珠单抗(bevacuzimab)，贝沙罗汀(bexarotene)，克拉屈滨(cladribine)，里本灵(clofarabine)，darbepoetin alfa，地尼白介素(denileukin)，右雷佐生(dexrazoxane)，阿法依伯汀(epoetin alfa)，厄洛替尼(elotinib)，非格司亭(filgrastim)，醋酸组氨瑞林(histrelin acetate)，ibritumomab，干扰素α-2a，干扰素α-2b，lenalidomide，左旋咪唑(levamisole)，美司钠(mesna)，甲氧沙林(methoxsalen)，诺龙(nandrolone)，奈拉滨(nelarabine)，诺非单抗(nofetumomab)，奥普瑞白介素(oprelvekin)，palifermin，帕米膦酸盐(pamidronate)，培加酶(pegademase)，培门冬酶(pegaspargase)，PEG非格司亭(pegfilgrastim)，培美曲塞二钠(pemetrexed disodium)，普卡霉素(plicamycin)，卟吩姆钠(porfimer sodium)，喹纳克林(quinacrine)，拉布立酶(rasburicase)，沙格司亭(sargramostim)，替莫唑胺(temozolomide)，VM-26，6-TG，托瑞米芬(toremifene)，tretinoin，ATRA，戊柔比星(valrubicin)，唑来膦酸盐(zoledronate)，和唑来膦酸(zoledronic acid)，及其药学可接受盐。

“基于铂的化疗剂”或“铂剂”指作为铂的配位络合物的抗肿瘤药物。基于铂的化疗剂的例子包括卡铂(carboplatin)，顺铂(cisplatin),satraplatin,picoplatin,nedaplatin,triplatin,lipoplatin,和奥沙利铂(oxaliplatinum)。

“基于铂的化疗”指使用一种或多种基于铂的化疗剂的疗法，任选与一种或多种其它化疗剂组合。

“关联”或“联系”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以使用第一分析或方案的结果来确定第二方案的结局或结果。或者，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。例如，就基因表达分析或方案的实施方案而言，可以使用基因表达分析或方案的结果来确定特定免疫细胞类型或子集是否存在。

“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。

“增强T细胞功能”意指诱导，引起或刺激效应或记忆T细胞具有更新，持续或放大的生物学功能。增强T细胞功能的例子包括：相对于干预前的此类水平，升高的来自CD8效应T细胞的γ-干扰素分泌，升高的来自CD4⁺记忆和/或效应T细胞的γ-干扰素分泌，升高的CD4⁺效应和/或记忆T细胞的增殖，升高的CD8效应T细胞的增殖，升高的抗原响应性(例如清除)。在一个实施方案中，增强的水平是至少50％，或者60％，70％，80％，90％，100％，120％，150％，200％。测量此增强的方式是本领域普通技术人员已知的。

以相对于中值表达水平(例如该类型的癌症中(或癌症类型中，其中“癌症类型”意图包括癌性细胞(例如肿瘤细胞，肿瘤组织)以及围绕癌性/肿瘤环境的非癌性细胞(例如基质细胞，基质组织)该一种或多种免疫细胞基因签名的中值表达水平)升高的表达水平“表达”一种或多种免疫细胞基因签名的样品，细胞，肿瘤，或癌症是如下的样品，细胞，肿瘤，或癌症，其中一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平被技术人员认定为对于该类型的癌症是“高免疫细胞基因签名表达水平”。通常，此类水平会在相对于相同癌症类型的一群样品，细胞，肿瘤，或癌症中的免疫细胞基因签名水平的约50％至约100％或更多的范围中(例如50％，55％，60％，65％，70％，75％，80％，85％，90％，95％，100％，或更多)。例如，用于获得中值表达水平的群体可以是一般性的特定癌症样品(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)，或其亚群，诸如化疗抗性癌症，铂抗性癌症，以及高级，顽固性，或复发性癌症样品。

提到特定生物标志物(例如一种或多种免疫细胞基因签名)使用的“测定表达水平”表示癌症相关生物学环境，肿瘤相关细胞(例如肿瘤相关基质细胞)中生物标志物(例如一种或多种免疫细胞基因签名)的表达(例如肿瘤细胞中生物标志物的表达)，如使用诊断性测试，本文中描述的任何检测方法，或类似方法测定的。

本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中至少含有恒定区一部分的C端区。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号方式依照EU编号系统，也称作EU索引，如记载于Kabat等,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991。

“框架”或“FR”指除高变区(HVR)残基外的可变域残基。一般地，可变域的FR由4个FR域组成：FR1，FR2，FR3，和FR4。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以如下的顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。

术语“全长抗体”，“完整抗体”，和“全抗体”在本文中可互换使用，指与天然抗体结构具有实质性类似的结构或者具有含有如本文中所限定的Fc区的重链的抗体。

“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。

“人共有框架”指代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列选集中最常存在的氨基酸残基的框架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列选集来自可变域序列亚组。通常，序列亚组是如Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,NIHPublication 91-3242,Bethesda MD(1991),第1-3卷中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组III。

“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个如下的可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体(例如非人抗体)的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。

如本文中使用的，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变的和/或形成结构上限定的环(“高变环”)的每个区。一般地，天然的4链抗体包含6个HVR；三个在VH中(H1，H2，H3)，且三个在VL中(L1，L2，L3)。HVR一般包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后一种通常是最高序列变异性的和/或牵涉抗原识别。如本文中使用的，HVR区包含任意数目的位于位置24-36(对于HVRL1)，46-56(对于HVRL2)，89-97(对于HVRL3)，26-35B(对于HVRH1)，47-65(对于HVRH2)，和93-102(对于HVRH3)内的残基。

“肿瘤免疫”指肿瘤逃避免疫识别和清除的过程。如此，作为治疗概念，肿瘤免疫在此类逃避减弱时得到“治疗”，并且肿瘤被免疫系统识别并攻击。肿瘤识别的例子包括肿瘤结合，肿瘤收缩和肿瘤清除。

“免疫原性”指特定物质引发免疫应答的能力。肿瘤是免疫原性的，并且增强肿瘤免疫原性有助于通过免疫应答清除肿瘤细胞。增强肿瘤免疫原性的例子包括但不限于用CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、或2B4激动剂处理或用CTLA-4、PD-1轴、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、或CD226拮抗剂处理。

“免疫缀合物”指与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。

“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如牛，绵羊，猫，犬，和马)，灵长类(例如人和非人灵长类诸如猴)，家兔，和啮齿类(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或受试者是人。

“分离的”抗体指已经与其天然环境的成分分开的抗体。在一些实施方案中，抗体纯化至大于95％或99％的纯度，如通过例如电泳(例如SDS-PAGE，等电聚焦(IEF)，毛细管电泳)或层析(例如离子交换或反相HPLC)测定的。关于用于评估抗体纯度的方法的综述，见例如Flatman等,J.Chromatogr.B 848:79-87(2007)。

“分离的”核酸指已经与其天然环境的成分分开的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中含有的核酸分子，但是核酸分子在染色体外或在与其天然染色体位置不同的染色体位置处存在。

“编码抗靶物抗体的分离的核酸”指编码抗体重和轻链(或其片段)的一种或多种核酸分子，包括单一载体或不同载体中的此类核酸分子，和存在于宿主细胞中的一个或多个位置的此类核酸分子。

“加载”剂量在本文中一般包含对患者施用的治疗剂的初始剂量，并且接着是一个或多个其维持剂量。一般地，施用一个加载剂量，但是本文中涵盖多个加载剂量。通常，施用的加载剂量的量超过施用的维持剂量的量和/或比维持剂量更频繁施用加载剂量，从而比用维持剂量可以实现的治疗剂的期望稳态浓度更早地实现治疗剂的期望稳态浓度。

如本文中使用的，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外，此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此，修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性，而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，可以通过多种技术来生成要依照本发明提供的方法使用的单克隆抗体，包括但不限于杂交瘤方法，重组DNA方法，噬菌体展示方法，和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文中描述了用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。

“裸抗体”指未与异源模块(例如细胞毒性模块)或放射性标记物缀合的抗体。裸抗体可以存在于药物配制剂中。

“天然抗体”指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚糖蛋白，由二硫化物键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N至C端，每条重链具有一个可变区(VH)，也称作可变重域或重链可变域，接着是三个恒定域(CH1，CH2，和CH3)。类似地，从N至C端，每条轻链具有一个可变区(VL)，也称作可变轻域或轻链可变域，接着是一个恒定轻(CL)域。根据其恒定域氨基酸序列，抗体轻链可归入两种型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。

“患者响应”或“响应”(及其语法变化)可使用表明对患者有益处的任何终点来评估，包括但不限于：(1)一定程度地抑制疾病进展，包括减缓和完全阻滞；(2)减少疾病事件和/或症状的数目；(3)缩小损害尺寸；(4)抑制(即减轻、减缓或完全终止)疾病细胞浸润入临近周围器官和/或组织；(5)抑制(即减轻、减缓或完全终止)疾病扩散；(6)降低自身免疫应答，其可以但不必导致疾病损伤的消退或消除；(7)一定程度地减轻与病症有关的一种或多种症状；(8)治疗后无疾病呈现的时间延长；和/或(9)治疗后给定时间点的死亡率降低。

“放射疗法”或“放疗”指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损伤，以限制细胞正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。应当领会，本领域知道许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予，而典型的剂量范围为每天10-200个单位(戈瑞(Gray))。

术语“小分子”指具有介于50道尔顿至2500道尔顿之间的分子量的有机分子。

术语“免疫细胞基因签名”和“免疫细胞签名”指表1中列出的31种基因中的任意一种或组合或子组合。这31种基因的此类子组合有时称作“基因集”，表2-8中列出了例示性的“基因集”。患者中免疫细胞基因签名的基因表达样式与免疫细胞亚型(例如T效应细胞，T调节细胞，B细胞，NK细胞，髓样细胞，Th17细胞，炎性细胞，T细胞免疫阻断剂，和抗原呈递细胞(APC)免疫阻断剂)的存在有关。免疫细胞基因签名的每一种个别基因或成员为“免疫细胞签名基因”。这些基因包括但不限于CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，PRF1，FOXP3，MS4A1，CD48，NCAM1，NKP46，ITGAM，ITGAX，CD1C，CLEC4C，IL17A，IL17F，CCL2，IL1B，IL8，IL6，PTGS2，CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，CD276，PDL1，PDL2，和IDO1。

术语“PD1轴拮抗剂”指抑制PD-1轴结合配偶与其一种或多种结合配偶相互作用，从而去除PD-1信号传导轴上的信号传导所致的T细胞功能障碍(结果是恢复或增强T细胞功能，例如增殖，细胞因子生成，靶细胞杀伤))的分子。如本文中使用的，PD-1轴拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂，PD-L1结合拮抗剂，和PD-L2结合拮抗剂。

“存活”(survival)指患者保持活着，而且包括总体存活(overall survival)以及无进展存活(progress free survival)。

“总体存活”指患者自诊断或治疗时起一个时间段保持活着，诸如1年、5年、等。

短语“无进展存活”在本发明的上下文中指治疗期间和治疗后，依照治疗内科医生或调查人员的评估，患者的疾病不变坏，即不进展的时间长度。如技术人员会领会的，若与类似情况的患者的对照组的平均或均值无进展存活时间相比，患者经历更长的疾病不进展的时间长度，则患者的无进展存活得到改善或增强。

“标准护理”在本文中意指抗肿瘤/抗癌剂或例行用于治疗特定形式癌症的药剂。

术语“治疗有效量”或“有效量”指在患者中有效治疗癌症的药物量。有效量的药物可以减少癌细胞的数目；缩小肿瘤的尺寸；抑制(即在一定程度上减缓和优选阻止)癌细胞浸润到周围器官中；抑制(即在一定程度上减缓和优选阻止)肿瘤转移；在一定程度上抑制肿瘤生长；和/或在一定程度上减轻一种或多种与癌症有关的症状。根据药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度，它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。有效量可延长无进展存活(例如根据实体瘤的响应评估标准(Response Evaluation Criteriafor Solid Tumors,RECIST)或CA-125变化的测量)，导致客观响应(包括部分响应，PR或完全响应，CR)，改善存活(包括总体存活和无进展存活)和/或改善癌症的一种或多种症状(例如根据FOSI的评估)。最优选地，治疗有效量的药物有效改善无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。

如本文中使用的，“治疗/处理”指试图改变所治疗/处理个体或细胞的自然进程的临床干预，而且可以是为了预防或在临床病理学的进程中实施。治疗/处理的期望效果包括预防疾病的发生或复发，缓解症状，削弱疾病的任何直接或间接病理学后果，减缓疾病进展的速率，改善或减轻疾病状态，及免除或改善预后。在一些实施方案中，本发明的方法和组合物对于试图延迟疾病或病症的发生是有用的。

术语“可变区”或“可变域”指抗体重链或轻链中牵涉使抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链的可变域(分别为VH和VL)一般具有类似的结构，每个域包含4个保守的框架区(FR)和3个高变区(HVR)。参见例如Kindt等,Kuby Immunology,第6版,W.H.Freemanand Co.,第91页(2007)。单个VH或VL域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离结合特定抗原的抗体。参见例如，Portolano等,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等,Nature 352:624-628(1991)。

III.预后和检测方法

本发明涉及癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)中与免疫细胞亚型(例如T效应细胞，T调节细胞，B细胞，NK细胞，髓样细胞，Th17细胞，炎性细胞，T细胞免疫阻断剂，抗原呈递细胞(APC)免疫阻断剂)有关的生物标志物的鉴定，选择，和使用。在这点上，本发明涉及分析来自具有癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者的样品中的表达概况，以鉴定与涉及肿瘤免疫的免疫细胞亚型(例如T效应细胞，T调节细胞，B细胞，NK细胞，髓样细胞，Th17细胞，炎性细胞，T细胞免疫阻断剂，和抗原呈递细胞(APC)免疫阻断剂)有关的生物标志物，及这些生物标志物在为免疫疗法的治疗选择患者中的用途。本文中列出了本发明的生物标志物，例如在表1中。

表1：基因签名集和免疫细胞基因签名集成员

所有未标记的基因签名集均衍生自使用基于90基因PCR的FLUIDIGM^TM小组分析数据。

*Th17基因签名集在本文中还描述为IL17基因集，而且衍生自使用基于90基因PCR的FLUIDIGM^TM小组分析数据。Th17基因集和IL17基因集贯穿本申请可互换使用，而且指同一基因集。

**衍生自尿道上皮膀胱癌(UBC)样品中使用800基因定制Nanostring小组(代替基于90基因PCR的FLUIDIGM^TM小组)分析数据的基因签名集。

#衍生自非小细胞肺癌(NSCLC)样品中使用800基因定制Nanostring小组(代替基于90基因PCR的FLUIDIGM^TM小组)分析数据的基因签名集。

##衍生自UBC样品中靶向RNA-Seq Access的基因签名集。

本发明提供用于为免疫疗法的治疗选择具有癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者的方法，其通过测定一种或多种免疫细胞基因签名(例如表1中列出的基因中的一项或多项或其组合，例如如表2-8中列出的)的表达水平，并将该免疫细胞基因签名的表达水平与该免疫细胞基因签名的中值表达水平(例如该癌症类型中该免疫细胞基因签名的中值表达水平)比较，其中该免疫细胞基因签名的表达水平的变化为免疫疗法的治疗鉴定患者。任选地，该方法包括基于一种或多种免疫细胞基因签名(例如表1中列出的基因中的一项或多项或其组合，例如如表2-8中列出的)的表达水平，告知该患者他们具有升高的可能性对免疫疗法是响应性的和/或对该患者提供特定免疫疗法的推荐的步骤。

在一些实施方案中，如果T_eff基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(即CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项)的表达水平有升高或T_reg基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平有降低的话，为激活性免疫疗法的治疗鉴定该患者或作为具有受益于激活性免疫疗法方案的可能性选择该患者。在其它实施方案中，如果T_reg基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(即FOXP3)的表达水平有升高或T_eff基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(即CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项)的表达水平有降低的话，为阻抑性免疫疗法的治疗鉴定该患者或作为具有受益于阻抑性免疫疗法的可能性选择该患者。在其它实施方案中，在测定T_eff和/或T_reg基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平以外，可以测定表2-8中列出的基因集中任一项的组合的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平，从而为特定免疫疗法方案(例如激活性免疫疗法方案或阻抑性免疫疗法方案)鉴定患者。任选地，在施用免疫疗法方案之前进行这些方法，从而对该患者提供关于对免疫疗法的响应的施用前预后。

在某些实施方案中，测定任一特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，测定

CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；或

FOXP3；或

MS4A1或CD48；或

CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；或

NCAM1或NKP46；或

KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；或

ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；或

CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；或

LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A；或

IL17A或IL17F；或

CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；或

CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；或

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；或

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；或

CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；或

CD274，PDL2，IDO1，或PVR；或

CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；或

CD4，IL2RA，或CD69；或

TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；或

CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；或

CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；或

GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；或

FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1。

在另一个实施方案中，测定两个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项基因的表达水平。例如，下文表2中列出了两个特定基因签名集的组合。

表2：两个基因签名集的组合

在另一个实施方案中，测定三个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表3中列出了三个特定基因签名集的组合。

表3：三个基因签名集的组合

在另一个实施方案中，测定四个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表4中列出了四个特定基因签名集的组合。

表4：四个基因签名集的组合

在一些实施方案中，四个特定基因签名集的组合包括如下的组合或由如下的组合组成，该组合包括下面的基因签名集中的一项或多项：B细胞签名2(CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，FCRL5)；NK细胞签名2(KLRC3，KLRK1，KLRC2，KLRD1)；巨噬细胞(CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，CD14)；M2巨噬细胞(LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，FCGR3A)；T细胞(CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，LCK)；IB T细胞签名2(CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，TIGIT)；IB APC签名2(CD274，PDL2，IDO1，PVR)；激活的CD4T细胞(CD4，IL2RA，CD69)；抗原加工(TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，PSMB8)；共刺激性配体(CD40，CD80，CD86，CD70，GITRL)；共刺激性受体(CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，CD226)；溶胞性(GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，NKG7)；和/或有活性的成纤维细胞(FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1)。

在另一个实施方案中，测定五个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表5中列出了五个特定基因签名集的组合。

表5：五个基因签名集的组合

在一些实施方案中，五个特定基因签名集的组合包括如下的组合或由如下的组合组成，该组合包括下面的基因签名集中的一项或多项：B细胞签名2(CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，FCRL5)；NK细胞签名2(KLRC3，KLRK1，KLRC2，KLRD1)；巨噬细胞(CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，CD14)；M2巨噬细胞(LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，FCGR3A)；T细胞(CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，LCK)；IB T细胞签名2(CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，TIGIT)；IB APC签名2(CD274，PDL2，IDO1，PVR)；激活的CD4T细胞(CD4，IL2RA，CD69)；抗原加工(TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，PSMB8)；共刺激性配体(CD40，CD80，CD86，CD70，GITRL)；共刺激性受体(CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，CD226)；溶胞性(GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，NKG7)；和/或有活性的成纤维细胞(FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1)。

在另一个实施方案中，测定六个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表6中列出了六个特定基因签名集的组合。

表6：六个基因签名集的组合

在一些实施方案中，六个特定基因签名集的组合包括如下的组合或由如下的组合组成，该组合包括下面的基因签名集中的一项或多项：B细胞签名2(CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，FCRL5)；NK细胞签名2(KLRC3，KLRK1，KLRC2，KLRD1)；巨噬细胞(CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，CD14)；M2巨噬细胞(LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，FCGR3A)；T细胞(CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，LCK)；IB T细胞签名2(CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，TIGIT)；IB APC签名2(CD274，PDL2，IDO1，PVR)；激活的CD4T细胞(CD4，IL2RA，CD69)；抗原加工(TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，PSMB8)；共刺激性配体(CD40，CD80，CD86，CD70，GITRL)；共刺激性受体(CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，CD226)；溶胞性(GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，NKG7)；和/或有活性的成纤维细胞(FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1)。

在另一个实施方案中，测定七个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表7中列出了七个特定基因签名集的组合。

表7：七个基因签名集的组合

在一些实施方案中，七个特定基因签名集的组合包括如下的组合或由如下的组合组成，该组合包括下面的基因签名集中的一项或多项：B细胞签名2(CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，FCRL5)；NK细胞签名2(KLRC3，KLRK1，KLRC2，KLRD1)；巨噬细胞(CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，CD14)；M2巨噬细胞(LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，FCGR3A)；T细胞(CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，LCK)；IB T细胞签名2(CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，TIGIT)；IB APC签名2(CD274，PDL2，IDO1，PVR)；激活的CD4T细胞(CD4，IL2RA，CD69)；抗原加工(TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，PSMB8)；共刺激性配体(CD40，CD80，CD86，CD70，GITRL)；共刺激性受体(CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，CD226)；溶胞性(GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，NKG7)；和/或有活性的成纤维细胞(FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1)。

在另一个实施方案中，测定八个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表8中列出了八个特定基因签名集的组合。

表8：八个基因签名集的组合

在一些实施方案中，八个特定基因签名集的组合包括如下的组合或由如下的组合组成，该组合包括下面的基因签名集中的一项或多项：B细胞签名2(CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，FCRL5)；NK细胞签名2(KLRC3，KLRK1，KLRC2，KLRD1)；巨噬细胞(CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，CD14)；M2巨噬细胞(LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，FCGR3A)；T细胞(CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，LCK)；IB T细胞签名2(CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，TIGIT)；IB APC签名2(CD274，PDL2，IDO1，PVR)；激活的CD4T细胞(CD4，IL2RA，CD69)；抗原加工(TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，PSMB8)；共刺激性配体(CD40，CD80，CD86，CD70，GITRL)；共刺激性受体(CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，CD226)；溶胞性(GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，NKG7)；和/或有活性的成纤维细胞(FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1)。

在一些实施方案中，测定九个基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，下文表9中列出了九个特定基因签名集的组合。

表9：九个基因签名集的组合

在一些实施方案中，九个特定基因签名集的组合包括如下的组合或由如下的组合组成，该组合包括下面的基因签名集中的一项或多项：B细胞签名2(CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，FCRL5)；NK细胞签名2(KLRC3，KLRK1，KLRC2，KLRD1)；巨噬细胞(CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，CD14)；M2巨噬细胞(LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，FCGR3A)；T细胞(CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，LCK)；IB T细胞签名2(CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，TIGIT)；IB APC签名2(CD274，PDL2，IDO1，PVR)；激活的CD4T细胞(CD4，IL2RA，CD69)；抗原加工(TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，PSMB8)；共刺激性配体(CD40，CD80，CD86，CD70，GITRL)；共刺激性受体(CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，CD226)；溶胞性(GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，NKG7)；和/或有活性的成纤维细胞(FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1)。

在其它实施方案中，测定表1列出的任意10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，或22个特定基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。

在一些实施方案中，测定所有23个基因签名集中的免疫细胞基因签名中的基因中的一项或多项的表达水平。例如，测定

CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；

FOXP3；

MS4A1或CD48；

CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；

NCAM1或NKP46；

KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；

ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；

CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；

LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A；

IL17A或IL17F；

CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；

CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；

CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；

CD274，PDL2，IDO1，或PVR；

CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；

CD4，IL2RA，或CD69；

TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；

CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；

CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；

GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；和

FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，COL8A1。在一些实施方案中，进一步包括表14中的基因中的一项或多项作为本文中描述的基因集之一中的免疫细胞签名基因(例如T_eff，B细胞，NK细胞，T_reg，髓样，T细胞趋化性，等)。在其它实施方案中，进一步包括表14中的基因中的一项或多项作为进一步鉴定的基因集中的免疫细胞签名基因(例如Th1，Th2，肥大细胞，抗原呈递细胞(APC)，等)。

任选地，该方法包括测定基因集之间一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平之比以进一步鉴定接受免疫疗法治疗的癌症患者或可能具有受益于特定免疫疗法的可能性的癌症患者。例如，可以将T_eff基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(例如CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项)的表达水平之比与T_reg基因集(例如FOXP3)，IBAPC基因签名集(例如CD276，PDL1，PDL2，或IDO1中的一项或多项)，和/或IB T细胞基因签名集(例如CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1中的一项或多项)任一的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平比较以确定该患者是否应当用免疫疗法治疗或是否会具有受益于特定免疫疗法的可能性。在其它实施方案中，该方法包括测定来自具有癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者的样品中免疫细胞亚型的存在之比(例如T_eff与T_reg，T_eff与B细胞，T_eff与NK细胞，T_eff与IBT细胞，T_eff与IB APC，T_eff与炎性细胞)。

免疫细胞基因签名的表达水平可以通过本领域已知的适合于测定患者样品中特定蛋白质水平的任何方法来评估，而且优选通过采用对免疫细胞基因签名特异性的抗体的免疫组织化学(“IHC”)方法来测定。此类方法是本领域公知的且例行执行的，而且相应的商业性抗体和/或试剂盒是容易得到的。优选地，本发明的标志物/指示剂蛋白质的表达水平使用抗体或试剂盒制造商的试剂和/或方案推荐来评估。技术人员还会知道用于通过IHC方法测定免疫细胞基因签名的表达水平的其它手段。因此，本发明的标志物/指示剂中的一项或多项的表达水平可以由本领域技术人员例行地且可再现地测定，没有过度负担。然而，为了确保精确的且可再现的结果，本发明还涵盖在能确保测试规程有效性的专业化实验室中测试患者样品。

优选地，免疫细胞基因签名的表达水平是在含有或怀疑含有癌细胞的生物学样品中评估的。该样品可以是例如自罹患，怀疑罹患，或诊断有癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者获得的组织切除，组织活检，或转移性损害。优选地，该样品是组织的样品，肿瘤的切除或活检，已知的或怀疑的转移性癌症损害或切片，或已知或怀疑包含循环癌细胞的血液样品，例如外周血样品。该样品可以包含癌细胞，即肿瘤细胞，和非癌性细胞二者，而且，在某些实施方案中，包含癌性和非癌性细胞二者。在本发明包含测定基质成分中的基因表达的多个方面，该样品包含二者癌症/肿瘤细胞和例如与癌症/肿瘤细胞相关的非癌性细胞(例如肿瘤相关成纤维细胞，内皮细胞，周细胞，细胞外基质，和/或各种类别的白细胞)。在其它方面，熟练技术人员(例如病理学家)能容易地辨别癌细胞与非癌性的(例如基质细胞，内皮细胞，等)。获得生物学样品(包括组织切除，活检和体液，例如包含癌症/肿瘤细胞的血液样品)的方法是本领域公知的。在一些实施方案中，自患者获得的样品是在任何免疫疗法或其它治疗方案或疗法(例如用于治疗癌症或管理或改善其症状的化疗或放疗)开始之前收集的。因此，在一些实施方案中，该样品是在施用免疫治疗剂或其它药剂，或开始免疫疗法或其它治疗方案之前收集的。

在上文描述的方法以外，本发明还涵盖用于评估一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平的别的免疫组织化学方法，诸如通过Western印迹和基于ELISA的检测。正如本领域理解的，本发明的标志物/指示剂蛋白质的表达水平还可以在mRNA水平通过本领域已知的任何合适方法来评估，诸如Northern印迹，实时PCR，和RT PCR。基于免疫组织化学和mRNA的检测方法和系统是本领域公知的，而且可以自标准教科书推导，诸如Lottspeich(Bioanalytik,Spektrum Akademisher Verlag,1998)或Sambrook and Russell(Molecular Cloning:A Laboratory Manual,CSH Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,U.S.A.,2001)。所描述的方法特别用于相对于在诊断有高级阶段的癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的群体中建立的对照水平测定一名患者或一组患者中免疫细胞基因签名的表达水平。

为了在本文中描述的检测方法中使用，技术人员有能力标记本发明所涵盖的多肽或寡核苷酸。正如本领域例行实践的，可以依照本领域已知的标准方法来标记并显现用于检测mRNA水平的杂交探针和/或用于IHC方法的抗体或抗体片段。常用系统的非限制性例子包括使用放射性标记物，酶标记物，荧光标签，生物素-亲合素复合物，化学发光，等等。

免疫细胞基因签名中的一项或多项的表达水平还可以在蛋白质水平上通过利用免疫凝集，免疫沉淀(例如免疫扩散，免疫电泳，免疫固定)，Western印迹技术(例如原位免疫组织化学，原位免疫细胞化学，亲和层析，酶免疫测定法)，等等来测定。经过纯化的多肽的量还可以通过物理方法来测定，例如光度学。量化混合物中的特定多肽的方法通常依赖于特异性结合，例如抗体的。

如上文提到的，依照本发明的标志物/指示剂蛋白质的表达水平还可以反映为编码该免疫细胞基因签名的相应基因的表达升高或降低。因此，可以实施对翻译之前的基因产物(例如经过剪接的，未经剪接的或部分剪接的mRNA)的定量评估，从而评估相应基因的表达。本领域技术人员知道要在此背景中使用的标准方法，或者可以自标准教科书(例如Sambrook，2001)推导这些方法。例如，关于编码本文中描述的免疫细胞基因签名中的一项或多项的mRNA的各自浓度/量的定量数据可以通过Northern印迹，实时PCR，等等来获得。

IV.治疗方法

本发明进一步提供如果具有化疗抗性，化疗敏感性，顽固性，原发性，高级，或复发性癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)的患者确定具有该基因集任一中一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平的变化的话，对该患者施用激活性或阻抑性免疫疗法的方法。在一个实施方案中，如果T_eff基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(即CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项)的表达水平有升高或T_reg基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平有降低的话，对该患者施用激活性免疫疗法。在其它实施方案中，如果T_reg基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(即FOXP3)的表达水平有升高或T_eff基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名(即CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项)的表达水平有降低的话，对该患者施用阻抑性免疫疗法。在其它实施方案中，在测定T_eff和/或T_reg基因集中的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平以外，可以在对该患者施用特定免疫疗法方案(例如激活性免疫疗法方案或阻抑性免疫疗法方案)之前测定表2-8中列出的基因集任一项的组合的一种或多种免疫细胞基因签名的表达水平。

在一些实施方案中，该激活性免疫疗法包括CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂。在特定实施方案中，该激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)在具有癌症的患者中提高，增强，或刺激免疫应答或功能。在一些实施方案中，该激动剂调控配体(例如T细胞受体配体)的表达和/或活性，和/或提高或刺激配体与其免疫受体的相互作用，和/或提高或刺激通过配体结合免疫受体介导的细胞内信号传导。在其它实施方案中，该阻抑性免疫疗法包括CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂。在特定实施方案中，该拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)是抑制和/或阻断配体(例如T细胞受体配体)与其免疫受体的相互作用的药剂或是配体和/或受体表达和/或活性的拮抗剂，或是阻断通过配体(例如T细胞受体配体)结合其免疫受体介导的细胞内信号传导的药剂。

在一些实施方案中，本发明的方法可进一步包括与别的疗法一起施用激活性免疫疗法(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或阻抑性免疫疗法(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)。该别的疗法可以是放射疗法，手术，化学疗法，基因疗法，DNA疗法，病毒疗法，RNA疗法，骨髓移植，纳米疗法(nanotherapy)，单克隆抗体疗法，或前述疗法的组合。该别的疗法可以是辅助或新辅助疗法的形式。在一些实施方案中，该别的疗法是施用副作用限制剂(例如意图减轻治疗副作用的发生和/或严重性的药剂，诸如抗恶心剂等)。在一些实施方案中，该别的疗法是放射疗法。在一些实施方案中，该别的疗法是手术。在一些实施方案中，该别的疗法可以是上文描述的化疗剂中的一项或多项。例如，这些方法涉及与一种或多种下文进一步描述的别的化疗剂(例如卡铂和/或帕利他赛)一起共施用激活性免疫疗法(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或阻抑性免疫疗法(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)。免疫疗法(任选地与一种或多种化疗剂(例如卡铂和/或帕利他赛)组合)优选延长和/或改善存活，包括无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。在一个实施方案中，免疫疗法将存活比通过施用对所治疗的癌症得到批准的抗肿瘤剂或护理标准所实现的存活延长多至少约20％。

为了预防或治疗癌症(例如膀胱癌，乳腺癌，结直肠癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小细胞肺癌)，卵巢癌，或肾细胞癌)，激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)的剂量会取决于要治疗的上文定义的癌症的类型，癌症的严重性和病程，施用抗体是预防还是治疗目的，之前的疗法，患者的临床史和对药物的响应，及主治医师的斟酌。

在一个实施方案中，施用固定剂量的激动剂或拮抗剂。可以一次性或在一系列治疗里对患者适当施用固定剂量。在施用固定剂量的情况中，优选地，它在约20mg至约2000mg抑制剂的范围中。例如，固定剂量可以是大约420mg，大约525mg，大约840mg，或大约1050mg激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)。在施用一系列剂量的情况中，这些可以例如大约每周，大约每2周，大约每3周，或大约每4周，但是优选大约每3周施用。例如，可以继续施用固定剂量，直至疾病进展，不利事件，或由内科医生确定的其它时间。例如，可以施用自约2，3，或4直至约17或更多个固定剂量。

在一个实施方案中，施用一个或多个加载剂量(loading dose)的激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)，接着是一个或多个维持剂量(maintenance dose)。在另一个实施方案中，对患者施用多个相同的剂量。

虽然激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)可以作为单一抗肿瘤剂施用，但是任选用激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)和一种或多种(别的)化疗剂的组合治疗患者。本文中的例示性化疗剂包括：吉西他滨，卡铂，奥沙利铂，伊立替康，氟尿嘧啶(例如5-FU)，帕利他赛(例如nab-paclitaxel)，多西他赛，托泊替康，卡培他滨，替莫唑胺，干扰素-α，和/或脂质体多柔比星(例如PEG化脂质体多柔比星)。组合施用包括使用分开的配制剂或单一的药用配制剂的共施用或同时施用，及任一次序的连续施用，其中优选有一段时间所有活性剂同时发挥其生物学活性。如此，可以在施用激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)之前，或之后施用化疗剂。在这个实施方案中，化疗剂的至少一次施用与激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)的至少一次施用间的时机优选是大约1个月或更小(3周，2周，1周，6天，5天，4天，3天，2天，1天)。或者，可以以单一的配制剂或分开的配制剂对患者并行施用化疗剂和激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)。化疗剂(例如卡铂和/或帕利他赛)和激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)的组合治疗可以对患者产生协同或大于叠加的治疗益处。

特别期望用于与激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)组合(例如用于卵巢癌的疗法)的化疗剂包括：化疗剂，诸如铂化合物(例如卡铂)，紫杉醇，诸如帕利他赛或多西他赛，托泊替康，或脂质体多柔比星。

特别期望用于与激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)组合(例如用于乳腺癌的疗法)的化疗剂包括：化疗剂，诸如卡培他滨，和紫杉醇，诸如帕利他赛(例如nab-paclitaxel)或多西他赛。

特别期望用于与激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)组合(例如用于结直肠癌的疗法)的化疗剂包括：化疗剂，诸如氟尿嘧啶(例如5-FU)，帕利他赛，顺铂，托泊替康，伊立替康，氟尿嘧啶-奥沙利铂，氟尿嘧啶-伊立替康，FOLFOX4(5-FU，亚叶酸，奥沙利铂)，和IFL(伊立替康，5-FU，亚叶酸)。

特别期望用于与激动剂(例如a CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)组合(例如用于肾细胞癌的疗法)的化疗剂包括：化疗剂，诸如干扰素-α2a。

如果施用的话，化疗剂通常以其已知剂量施用，或者任选由于药物的联合作用或者由于施用化疗剂造成的不良副作用而降低。可依照制造商的说明书使用此类化疗剂的制剂和剂量给药时间表，或者由熟练从业人员凭经验确定。若化疗剂是帕利他赛，优选的是，例如每三周一次在3小时里以约130mg/m²至200mg/m²之间(例如大约175mg/m²)的剂量给药。若化疗剂是卡铂，优选的是，通过使用基于患者现有肾功能或肾功能和期望的血小板最低值的Calvert公式计算卡铂剂量来进行施用。肾排泄是卡铂消除的主要路径。与基于体表面积的经验剂量计算相比，使用这种剂量公式容许补偿患者在治疗前肾功能方面的差异，该差异在其它情况中可导致剂量过低(在具有平均以上肾功能的患者中)或剂量过高(在具有受损肾功能的患者中)。使用单一药剂卡铂的目标AUC 4-6mg/mL/min看来在先前接受过治疗的患者中提供最适宜的剂量范围。

在激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)和化疗剂之外，还可与之组合其它治疗方案。例如，可施用第二(第三，第四，等)化疗剂，其中第二化疗剂或是抗代谢物化疗剂，或是非抗代谢物的化疗剂。例如，第二化疗剂可以是紫杉烷(诸如帕利他赛或多西他赛)，卡培他滨，或基于铂的化疗剂(诸如卡铂，顺铂，或奥沙利铂)，蒽环类抗生素(诸如多柔比星，包括脂质体多柔比星)，托泊替康，培美曲塞，长春花生物碱类(诸如长春瑞滨)，和TLK 286。可以施用不同化疗剂的“鸡尾酒”。

可以与激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)，和/或化疗剂组合的其它治疗剂包括下列任一项或多项：HER抑制剂、HER二聚化抑制剂(例如生长抑制性HER2抗体，诸如曲妥珠单抗(trastuzumab)，或诱导HER2过表达细胞凋亡的HER2抗体，诸如7C2、7F3或其人源化变体)；针对不同肿瘤相关抗原(诸如EGFR、HER3、HER4)的抗体；抗激素化合物，例如抗雌激素化合物，诸如他莫昔芬，或芳香酶抑制剂；保心药(用于预防或减轻与疗法有关的任何心肌功能障碍)；细胞因子；EGFR靶向性药物(诸如或西妥昔单抗)；酪氨酸激酶抑制剂；COX抑制剂(例如COX-1或COX-2抑制剂)；非类固醇消炎药，塞来昔布(celecoxib)法呢基转移酶抑制剂(例如可购自Johnson and Johnson的Tipifarnib/R115777或可购自Schering-Plough的Lonafarnib SCH66336)；结合癌胚蛋白CA 125的抗体，诸如Oregovomab(MoAb B43.13)；HER2疫苗(诸如来自Pharmexia的HER2 AutoVac疫苗，或来自Dendreon的APC8024蛋白质疫苗，或来自GSK/Corixa的HER2肽疫苗)；另一种HER靶向疗法(例如曲妥珠单抗、西妥昔单抗、ABX-EGF、EMD7200、吉非替尼、厄洛替尼、CP724714、CI1033、GW572016、IMC-11F8、TAK165、等)；Raf和/或ras抑制剂(见例如WO 2003/86467)；盐酸多柔比星脂质体注射液拓扑异构酶I抑制剂，诸如托泊替康(topotecan)；紫杉烷；HER2和EGFR双重酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼/GW572016；TLK286EMD-7200；治疗恶心的药物，诸如血清素拮抗剂、类固醇、或苯二氮杂卓(benzodiazepine)；预防或治疗皮疹的药物或标准痤疮疗法，包括表面或口服抗生素；治疗或预防腹泻的药物；体温降低药物，诸如醋氨酚(acetaminophen)、苯海拉明(diphenhydramine)、或哌替啶(meperidine)；造血生长因子、等。

任何上述共施用药剂的合适剂量就是那些目前所使用的剂量，而且可以由于该药剂与激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)的联合作用(协同性)而降低。在上述治疗方案之外，还可对患者进行手术去除肿瘤和/或癌细胞和/或放射疗法。

若激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)是抗体，优选的是，所施用的抗体是裸抗体。所施用的激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)可以与细胞毒剂缀合。优选的是，缀合物和/或其结合的抗原受到细胞的内在化，导致该缀合物杀伤其所结合的癌细胞的治疗功效提高。在一个优选的实施方案中，细胞毒剂靶向或干扰癌细胞中的核酸。此类细胞毒剂的例子包括美登木素生物碱类(maytansinoids)，加利车霉素(calicheamicin)，核糖核酸酶，和DNA内切核酸酶。

可以通过基因疗法施用激动剂(例如CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂)。见例如1996年3月14日公布的WO 96/07321，其关注使用基因疗法来生成胞内抗体。使核酸(任选地包含在载体中)进入患者的细胞中有两种主要办法，体内和离体。对于体内投递，通常在需要抗体的部位处，将核酸直接注射入患者。对于离体治疗，取出患者的细胞，将核酸导入这些分离的细胞中，并且将经修饰的细胞直接施用于患者或者例如在植入患者中的多孔膜内封装(见例如美国专利No.4,892,538和5,283,187)。有多种技术可用于将核酸导入活细胞中。技术随在体外入培养细胞中还是在体内入意图宿主的细胞中转移核酸而变化。适合于在体外将核酸转移入哺乳动物细胞中的技术包括使用脂质体，电穿孔，显微注射，细胞融合，DEAE-右旋糖苷，磷酸钙沉淀方法，等。用于离体投递基因的一种常用载体是逆转录病毒。目前优选的体内核酸转移技术包括用病毒载体(诸如腺病毒，单纯疱疹I病毒，或腺伴随病毒)和基于脂质的系统(例如，可用于脂质介导的基因转移的脂质是DOTMA，DOPE和DC-Chol)的转染。在一些情况中，期望给核酸来源提供靶向靶细胞的药剂，诸如对细胞表面膜蛋白或靶细胞特异性的抗体，靶细胞上的受体的配体，等。在采用脂质体的情况中，可以使用结合与胞吞有关的细胞表面膜蛋白的蛋白质进行靶向和/或促进摄取，例如对特定细胞类型向性的衣壳蛋白或其片段，针对在循环中经历内在化的蛋白质的抗体，和靶向胞内定位并增强胞内半衰期的蛋白质。受体介导的胞吞的技术例如记载于Wu et al.,J.Biol.Chem.262:4429-4432(1987)；及Wagner et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA87:3410-3414(1990)。关于目前已知的基因标记和基因疗法方案的综述，见Anderson et al.,Science 256:808-813(1992)。还可见WO 93/25673及其中引用的参考文献。

实施例

材料和实验方法

统计学分析

使用R统计学软件实施统计学分析。使用持家基因办法将FLUIDIGM^TM和Nanostring数据标准化。具体而言，评估五种持家基因(SP2，GUSB，TMEM55B，VPS33B，和SDHA)的中值基因表达，并自每份样品减去。基因集表达以成员基因的中值表达代表。为了评估每个基因签名的适应症间和适应症内变异性，以适应症作为随机效应，使用线性混合效应模型。为每个基因签名计算ICC(类内相关性)，适应症间方差与总方差之比。使用Wilcoxon秩和检验进行临床响应组之间的差异表达分析。没有为多重相关性调整P值。使用Wilcoxon符号秩检验评估原发性和转移性CRC对之间的差异表达，并使用Bonferroni方法为多重测试误差调整派生的p值。

实施例1：对给定基因签名集内的免疫细胞签名基因观察到高程度的相关性

为了评估不同肿瘤的肿瘤微环境中免疫景观的特征，采用基于PCR的基因表达签名来分析七种癌症类型间免疫细胞子集的分布，包括尿道上皮膀胱癌(UBC)，乳腺癌(BC)，非小细胞肺癌(NSCLC)，黑素瘤，肾细胞癌(RCC)，卵巢癌(OvCa)，胃癌，肝癌，和结直肠癌(CRC)。表1描绘基于免疫细胞子集(包括效应CD8 T细胞(T_eff)，调节T细胞(T_reg)，T细胞(所有)，激活的CD4T细胞，T细胞趋化性，髓样细胞，巨噬细胞(所有)，M2巨噬细胞，B细胞，Th17细胞，NK细胞，和先天性炎性签名)中的基因的独家表达生成的免疫基因签名。还分析T细胞(IB T细胞)和抗原呈递细胞或肿瘤细胞(IB APC/肿瘤)中存在的免疫阻断剂的表达(表1)。表1还描绘抗原加工，共刺激性配体，共刺激性受体，溶胞性，血管发生，和有活性的成纤维细胞签名的免疫基因签名集。使用自存档FFPE肿瘤标本提取的RNA，使用90基因FLUIDIGM^TM小组或800基因定制Nanostring小组分析基因签名集，如表1中指示的。一般而言，通过METHODOLOGY对给定基因集内的基因观察到高程度的相关性(图1-11)：T_eff，0.72；B细胞，0.8；髓样，0.54；炎性，0.59；T细胞IB，0.49；IB APC/肿瘤，0.5。唯一的例外是IL17签名(R＝0.3)。

应用主成分分析来分解九个基因签名的变异。头两种主成分占据变异性的大部分(第一和第二成分分别为45％和14％；图12A)。检查第一成分的因子载荷揭示第一主成分涉及T_eff，B细胞，和IB APC/肿瘤签名(图12B和12C)。

主成分分析进一步提示免疫景观在肿瘤类型间变异。为了检查这种适应症间异质性是否支配总变异性，以适应症作为随机效应，使用线性混合效应模型来分解适应症内和间变异性。为每个基因签名计算类内相关性(ICC)。作为适应症间方差与总方差之比计算ICC，其具有介于0和1之间的值。如表10中显示的，ICC的范围为0.11至0.29，指示所考虑的所有基因签名存在实质量的适应症内异质性，尽管适应症之间有清楚的均值差异。

表10。

实施例2：T_eff签名基因代表CD8 T细胞浸润

测定癌症类型间T_eff基因集(见上文表1)内签名基因的表达概况。对癌症类型间T_eff签名的调查显示不仅有各癌症之间的而且还有给定适应症内各亚型之间的中值表达差异。虽然大多数适应症展现相当的T_eff基因表达，但是NSCLC，黑素瘤，RCC，和Her2⁺或TN BC具有最高水平的T_eff，而CRC和OvCa具有最低的，接着是激素受体阳性(HR+)BC(图13)。在癌症类型内，观察到广泛的表达样式，提示CRC或OvCa内的亚群可能具有与像黑素瘤或RCC等癌症类型相似的T_eff表达水平。

为了确定T_eff基因集是否代表CD8 T细胞的存在，对CD8 IHC进行数字病理学以枚举肿瘤中心(CN)和侵入边缘(IM)中CD8 T细胞的数目(图30)。

评估三个区域中的CD8 IHC，即肿瘤外围，侵入边缘(IM)和中心(Cn)。使用散射矩阵图(scattermatrix plot)评估IM和Cn CD8 IHC之间，以及CD8 IHC和RNA之间的相关性。CD8 IHC读数的原始值是右斜的；因此，实施log2换算以使分布标准化。对于log换算，为零的CD8 IHC值输入为最小非零值的一半。在适应症间在CD8 IHC和CD8 RNA转录物之间观察到高程度的相关性(图29)。在IM和CN CD8 IHC读数之间观察到高程度的相关性，log2换算值的Spearman相关系数等于0.76。发现CD8 RNA与中心/IM CD8 IHC阳性高度关联，Spearman相关系数大约0.66(来自相同患者的样品没有为这一节中的分析合并)。当以适应症分解时，IM和Cn CD8 IHC阳性之间的高相关性继续存在，Spearman相关性的范围为0.69至0.82。

另外，在适应症间在CD8 T细胞的IM和CN流行度之间观察到显著的相关性(图30)。每种适应症内按侵入边缘(IM)和肿瘤中心(CN)分的CD8阳性的汇总呈现于表11。在图31中为IM和CN二者对经验累积分布绘图以检测这两个区域之间和适应症之间的分布差异。在五种适应症中，黑素瘤肿瘤平均而言具有最高的CD8 T细胞存在和最大的动态范围。CRC和膀胱肿瘤平均而言具有最低的CD8 T细胞浸润物和还有最小的动态范围。这些结果与T_eff签名的排序高度关联。

另外，对于黑素瘤和RCC肿瘤，CD8 T细胞在侵入边缘比在肿瘤中心显著更加丰富。

表11。

含有CD8 T细胞浸润物的癌症类型最有可能代表通过相对于激活的T细胞过表达免疫阻抑性细胞来阻止抗肿瘤免疫的肿瘤。虽然适应症间T_eff签名的普遍流行度反映肿瘤浸润性淋巴细胞的丰度，T_eff签名与T_reg之比以与最有可能响应免疫疗法的癌症类型相似的方式将癌症类型排序。NSCLC，RCC，和黑素瘤具有最高的T_eff:T_reg之比，其反映“免疫原性”肿瘤类型。已知对免疫疗法具有较差响应的适应症(像CRC和OvCa)是具有最低T_eff:T_reg之比的癌症类型(图15)。虽然TN和Her2⁺乳腺癌展现更高的T_eff签名中值表达，但是它们的肿瘤微环境还显示出富含T_reg，而且这反映为较低的相对T_eff与T_reg签名之比。如此，靶向T调节细胞的疗法(诸如抗OX40(在T_reg中丰富表达))与检查点抑制剂组合为触发有效的抗肿瘤免疫应答提供有用的疗法。

实施例3：T_reg签名基因在乳腺癌中是丰富的

肿瘤募集免疫阻抑性细胞来抑制抗肿瘤T_eff应答。特征在于Foxp3表达的调节T细胞(T_reg)拮抗T_eff作用。为了测试原位免疫阻抑的潜力，在肿瘤适应症间评估Foxp3的流行度。T_reg的存在在BC亚型(Her2⁺与三重阴性(TN)相似，二者均比激素受体阳性(HR⁺)高)中最高，接着是NSCLC，UBC，CRC，OvCa，RCC，和黑素瘤，计数显著降低(图14)。有效的T_reg依赖性免疫阻抑需要一定比例的T_eff:T_reg，因而评估T_eff与T_reg的比例。T_eff:T_reg比在黑素瘤中最高，接着是RCC，NSCLC，和UBC(图15)。尽管独立的T_eff和T_reg值有差异，然而BC(HR⁺，Her2⁺和TN)，CRC，和卵巢具有相似降低的Teff:Treg比(图15)。这些结果提示具有低T_eff:T_reg的肿瘤可能受益于靶向T_reg的疗法。

实施例4：B细胞，NK细胞，和髓样细胞签名基因在癌症适应症间变异

在临床前模型中，B细胞显示出通过募集和赋能抗炎性巨噬细胞来促进肿瘤内免疫阻抑。另一方面，NK细胞显示出识别由肿瘤表达的应力分子和直接肿瘤排斥。B细胞的存在在适应症间遵循与T_eff相似的分布(图16)，而NK细胞在OvCa中最高，接着是所有其它适应症(图17)。涵盖巨噬细胞和树突细胞二者的髓样签名在适应症间相似，除了CRC和OvCa中降低的水平(图18)，很可能代表这些适应症中的低免疫浸润物。又一项区别在于髓样基因集在非鳞状NSCLC中的中值表达与鳞状NSCLC相比要高。

实施例5：Th17签名基因在每种肿瘤类型中是独特的

虽然肿瘤浸润性淋巴细胞显示出与数种癌症适应症中更好的预后有关，但是Th17细胞的IL-17A和IL-17F生成与有数种肿瘤中更差的预后联系，诸如CRC，TNBC(Couchad，20123Scientific Reports)，和卵巢癌。在一些案例中，IL-17A和IL-17F生成与诸如食道鳞状癌等适应症中更好的预后有关。适应症间对IL-17A和IL-17F的分析显示一种复杂的分布：表达单独的IL-17A，单独的IL-17F，IL-17A⁺/IL-17F⁺和IL-17A^-/IL-17F^-的肿瘤(图20)。单一群体的存在产生0.3的基因签名指数(图2A)。结直肠癌是具有最高水平的IL-17基因的适应症，接着是鳞状NSCLC，膀胱和非鳞状NSCLC(图19)。Her2⁺ BC，HR⁺ BC，和OvCa是具有最低IL-17基因流行度的适应症。

当在每一种适应症中评估IL-17A和IL-17F的流行度时，观察到单一和双重基因分布的异质性。例如，IL-17A和IL-17F主要在CRC，鳞状NSCLC，和膀胱癌中共表达，而Her2⁺ BC展现没有IL-17A表达(图20)。这些结果提示IL-17生物学在每一种肿瘤类型中可能是独特，而且针对这些细胞因子的靶向疗法可能不得不考虑靶定组织的优势。例如，与所有其它肿瘤类型相比，IL-17签名特别在原发性CRC中过度表现。已经知道Th17细胞与结肠中微生物生态失调的有关。为了检查Th17签名的高表达是否是原发性肿瘤独有的或者它是否转变为远程转移，评估了匹配的原发性肿瘤和转移IL-17基因表达的一项分析。对匹配的原发性肿瘤和转移的分析显示Th17签名在CRC中的流行度可能确实是由结肠免疫生物学而非该肿瘤的特征驱动的(图32)。肝富含Kuppfer细胞，即在清除细胞残骸和肠衍生微生物产物中重要的固着巨噬细胞。考虑到Arg1和髓样标志物在CRC肝转移中更高，这提示驻留器官微环境是促成免疫阻抑性微环境的一项同等重要的决定因素。

实施例6：肿瘤微环境中的免疫应答在原发性和转移性部位之间变化

肿瘤微环境中的免疫景观可能反映器官特征性的内源免疫应答或肿瘤细胞进行的特异性募集。如此，仍然有待确定肿瘤免疫微环境是否在肿瘤转移时得到维持。为了检验这种可能性，在47对异步匹配的原发性和转移性CRC肿瘤之间比较免疫基因签名。大多数转移位于肝和肺中(分别为36和5)，其余在其它器官中。

使用Wilcoxon符号秩检验评估原发性和转移性对之间基因集表达的差异，并且使用Bonferroni办法调整检验的多重性。表12显示原发性较之转移性样品的log2倍数变化以及Wilcoxon符号秩检验p值(即，表12显示基因签名的倍数变化，使用转移作为分母)。正的倍数变化指示CR/PR组中与PD组相比更高的表达。与原发性转移性状态有关的基因集表达的箱线图显示于图32。

表12。

签名	Log2倍数变化	原始p	Bonferroni修正P
				T_eff	-0.36	0.13	1
T_reg	0.74	0.00028	0.00224
				炎性	0.67	0.0085	0.068
NK细胞	0.5	0.092	0.736
				B细胞	-0.08	0.55	1
髓样	-0.49	0.025	0.2
				IL17	4	3.8e-07	3.04e-06
T_eff/T_reg	-0.91	5.4e-08	4.32e-07

原发性CRC肿瘤特征性的IL-17基因签名在CRC转移中引人注目地降低，不管在肝或肺中的定位(-4倍，p＝3.04x10^-6)。T_reg在转移中也显著降低(-0.76倍，p＝0.002272)。虽然T_eff在原发性和转移之间没有显著差异，但是T_eff:T_reg比在转移中显著升高(+0.91倍，p＝4.344x10^-7)。最后，髓样基因集趋于在转移中升高，而炎性签名降低(分别为+0.49和-67，p＝0.1992和0.068)。

使用Wilcoxon符号秩检验为96种免疫基因中的每一种评估原发性和转移性对之间免疫基因表达的差异，并且使用Bonferroni办法调整检验的多重性。鉴定为在原发性和转移性样品之间显著差异表达的基因(Bonferroni修正p≤0.05)是ARG1，IL17A，VTCN1，IL17F，IL1B，HLA.E，HAVCR2，CD70，FOXP3和PTGS2。

在各个基因水平，在肝细胞和抗炎性巨噬细胞中表达的Arg1是在结肠原发性和肝转移之间单一上调最高的基因(图33)。总之，这些结果提示肿瘤微环境中的免疫应答在原发性和转移性部位之间变化，反映器官的下层免疫景观而非肿瘤细胞进行的特异性募集。

实施例7：激素驱动的肿瘤展示降低的炎症

肿瘤相关炎症可促进肿瘤生长，血管发生，和髓样抑制细胞募集，继而关闭T细胞介导的抗肿瘤应答。炎性体产物(IL-1β和IL-18)，趋化因子(CCL2，CCL22)和细胞因子(IL-6，IL-8)描述为不同适应症中这个过程的一部分。通过使用炎性基因签名，观察到总体炎症在适应症间变异(图21)。发炎最多的肿瘤是NSCLC，UBC，和RCC，而发炎最少的适应症是HR⁺BC，肝，Her2⁺ BC，和OvCa。这些结果提示激素驱动的肿瘤展示降低的局部炎症。

实施例8：T细胞免疫阻断剂的存在trails癌症适应症间的T_eff分布

为了预防不受控制的T_eff激活，免疫细胞和/或肿瘤细胞上的抑制性受体(IB)在T细胞激活后上调。肿瘤逃脱的一种机制是诱导T细胞IB的配体，由此关闭有效的抗肿瘤应答。为了测定这些受体:配体相互作用的可能影响，分析IB T细胞签名和IB APC/肿瘤签名的流行度。T细胞免疫阻断剂的存在trailed适应症间的T_eff分布(图22)。在所有适应症中，CTLA4呈现最低的IB T细胞流行度，而Tim3(HVACR2)具有最高的(图26)。PD-1和Lag3在IB T细胞签名中是第二丰富的。BTLA的表达或是在OvCa和CRC中降低或是在黑素瘤，RCC，UBC，BC，和NSCLC中与PD1和Lag3相似地表达。这些数据提示，不管肿瘤类型，浸润性T_eff相似地配备有抑制性受体。

肿瘤内抗原呈递细胞(APC)和肿瘤表达IB T细胞的抑制性配体以及生成抑制T细胞激活的catabolyte的酶。为了分析IB APC/肿瘤的存在，在适应症间生成并分析基因签名。APC-IB签名的流行度在适应症间是相似的，除了HR⁺ BC和CRC中明显的降低(图23)。对基因进行粒度分析以评估癌症类型间各个APC-IB基因的相对表达样式(图27)。CD276的表达最高且有别于其它基因。PD-L1，PD-L2，和IDO1高度关联(0.7)。在这些基因中，表达最高的是IDO1(图27)。另外，还在适应症间测定T_eff基因签名与APC-IB基因签名的基因表达之比(图24)。还在适应症间测定T_eff基因签名与APC-IB基因签名中每一种各个基因的基因表达之比(图25)。在这些中，OvCa和HR⁺ BC具有最低的Teff/CD276和Teff/PDL2比，而OvCa独自具有最低的Teff/IDO1比，提示OvCa中的免疫疗法可能需要阻断数种免疫抑制剂来触发治疗应答。

实施例9：在癌症适应症间免疫签名基因集中存在高程度的异质性

实施适应症间免疫基因集的分级聚簇以分析肿瘤类型间的免疫景观。在适应症间在免疫基因集观察到高程度的异质性，其中一些肿瘤显示值得注意的免疫存在，而其它为“免疫沙漠”(图28)。

无监督分析将三种类型的乳腺癌和两种类型的肺肿瘤聚簇到一起，提示免疫学相似性可能源自肿瘤生长之处的组织。另一方面，CRC和OvCa显示免疫沙漠簇，缺乏免疫基因签名，IL17和NK分别除外。总之，具有最高T_eff浸润的肿瘤是黑素瘤，RCC，NSCLC(Sq)和Her2+和TN BC。然而，后两种癌症(即Her2+和TN BC)还展现高T_reg发生率，提示这些肿瘤中的肿瘤内免疫应答可能被T_reg的效果打消。发炎最多的肿瘤是NSCLC-非鳞状癌，接着是NSCLC-鳞状细胞癌，和UBC。具有最高IB APC/肿瘤发生率的肿瘤是NSCLC，RCC，UBC，接着是黑素瘤，和TNBC。另一方面，CRC，OvCa，HR⁺，和Her2⁺ BC没有炎症的迹象。

考虑上文提到的因素，预测在适应症间没有单一因素促成对检查点抑制的响应，而是肿瘤免疫微环境的复杂性规定对免疫疗法的抗性或响应的驱动器。因此，分析来自多个基因集的一个或多个免疫细胞基因签名中的差异很可能为对免疫疗法的抗性或响应提供更加完整的预后。

实施例10：基因集表达与肝细胞癌(HCC)病因学没有显著相关

使用Kruskal Wallis检验评估HCC中的四个病因组之间基因集表达的差异，并使用Bonferroni办法调整检验的多重性。表13显示每个病因组的中值表达以及Kruskal-Wallis检验p值。没有发现哪个免疫子集与HCC病因学显著相关，尽管T_eff子集在病毒双重阳性组中数值上更高(图34和35)。对于表14中显示的96种免疫基因中的每一种，使用Kruskal-Wallis检验评估免疫基因表达的差异，没有应用多重性修正。这些数据提示，尽管肿瘤病因学完全不同，然而肝肿瘤共享相似的免疫微环境。

病因学差异具有P≤0:1的免疫基因的分级聚簇显示于图36。在样品间将基因对中值集中。使用欧几里德距离和完全连锁来生成树状图。红色和绿色分别指示比中值高和低的表达。黑色指示中值表达。下面的颜色区分病因学：黑色/酒精中毒史；红色/HBV+；绿色/HCV+；蓝色/HBV+HCV+。HCC中存在高程度的类内异质性，大致一半的肿瘤具有高免疫基因，但是这种差异不能通过HCC病因亚型来解释。

表13。

签名	酒精中毒	HBV+	HCV+	HBV+HCV+	原始p	Bonferroni修正P
							T_eff	-2.22	-1.8	-2.33	-1.36	0.14	1
T_reg	-1.36	-1.6	-1.64	-1.68	0.882	1
							炎性	-0.16	-0.04	-1.46	-0.08	0.245	1
NK细胞	-3.18	-2.23	-2.69	-1.7	0.142	1
							B细胞	-0.67	0.88	-0.22	0.35	0.151	1
髓样	-2	-1.02	-1.96	-1.53	0.158	1
							IL17	-12.4	-14.77	-12.7	-14.61	0.58	1
T_eff/T_reg	-0.56	-0.1	-0.32	0.41	0.201	1

表14。

Claims

1.一种为免疫疗法的治疗选择具有癌症的患者的方法，该方法包括测定自该患者获得的生物学样品中免疫细胞基因签名的表达水平，该免疫细胞基因签名包含下面的基因中的一项或多项：

CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；

FOXP3；

MS4A1或CD48；

CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；

NCAM1或NKP46；

KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；

ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；

CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；

IL17A或IL17F

CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；

CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；

CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；

CD274，PDL2，IDO1，或PVR；

CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；

CD4，IL2RA，或CD69；

TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；

CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；

CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；

GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；或

FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1，

其中该免疫细胞基因签名中一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的变化为免疫疗法的治疗鉴定患者。

2.权利要求1的方法，其进一步包括告知该患者他们具有升高的可能性对该免疫疗法是响应性的步骤。

3.权利要求1或2的方法，其进一步包括对该患者提供特定免疫疗法的推荐的步骤。

4.权利要求1-3任一项的方法，其进一步包括如果确定了该患者可能受益于该免疫疗法的话对该患者施用免疫疗法的步骤。

5.权利要求1-4任一项的方法，其中该免疫疗法为激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法。

6.权利要求1-5任一项的方法，其中CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T效应(T_eff)细胞的存在有关联。

7.权利要求6的方法，其中CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平升高指示该患者很有可能受益于激活性免疫疗法。

8.权利要求7的方法，其中该激活性免疫疗法包含CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂。

9.权利要求1-5任一项的方法，其中FOXP3的表达水平与肿瘤微环境中T调节(T_reg)细胞的存在有关联。

10.权利要求9的方法，其中FOXP3的表达水平升高指示该患者很有可能受益于阻抑性免疫疗法。

11.权利要求10的方法，其中该阻抑性免疫疗法包含CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂。

12.权利要求1-5任一项的方法，其中(a)MS3A1或CD48中的一项或多项和/或(b)CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中B细胞的存在有关联。

13.权利要求1-5任一项的方法，其中该(a)NCAM1或NKP46中的一项或多项和/或(b)KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1的表达水平与肿瘤微环境中NK细胞的存在有关联。

14.权利要求1-5任一项的方法，其中：

(a)ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中髓样细胞的存在有关联；

(b)CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中巨噬细胞的存在有关联；和/或

(c)LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中M2巨噬细胞的存在有关联。

15.权利要求1-5任一项的方法，其中IL17A或IL17F中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中Th17细胞的存在有关联。

16.权利要求1-5任一项的方法，其中CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中炎性细胞的存在有关联。

17.权利要求1-5任一项的方法，其中(a)CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1中的一项或多项和/或(b)CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T细胞免疫阻断剂的存在有关联。

18.权利要求1-5任一项的方法，其中(a)CD276，PDL1，PDL2，或IDO1中的一项或多项和/或(b)CD274，PDL2，IDO1，或PVR中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中抗原呈递细胞(APC)免疫阻断剂的存在有关联。

19.权利要求1-5任一项的方法，其中CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22中的一项或多项的表达水平与T细胞趋化性有关联。

20.权利要求1-5任一项的方法，其中CD4，IL2RA，或CD69中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中激活的CD4T细胞的存在有关联。

21.权利要求1-5任一项的方法，其中TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中抗原加工的存在有关联。

22.权利要求1-5任一项的方法，其中CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中共刺激性配体的存在有关联。

23.权利要求1-5任一项的方法，其中CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中共刺激性受体的存在有关联。

24.权利要求1-5任一项的方法，其中GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中溶胞性细胞的存在和/或溶胞性活性有关联。

25.权利要求1-5任一项的方法，其中FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中有活性的成纤维细胞的存在有关联。

26.权利要求1-5任一项的方法，其中CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T细胞的存在有关联。

27.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平。

28.权利要求1-26任一项的方法，其中测定FOXP3的表达水平。

29.权利要求1-26任一项的方法，其中测定(a)MS4A1或CD48中的一项或多项和/或(b)CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5中的一项或多项的表达水平。

30.权利要求1-26任一项的方法，其中测定(a)NCAM1和NKP46中的一项或多项和/或(b)KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1的表达水平。

31.权利要求1-26任一项的方法，其中测定(a)ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C中的一项或多项；(b)CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14中的一项或多项；和/或(c)LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A中的一项或多项的表达水平。

32.权利要求1-26任一项的方法，其中测定IL17A或IL17B中的一项或多项的表达水平。

33.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK中的一项或多项的表达水平。

34.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2中的一项或多项的表达水平。

35.权利要求1-26任一项的方法，其中测定(a)CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1中的一项或多项和/或(b)CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT中的一项或多项的表达水平。

36.权利要求1-26任一项的方法，其中测定(a)CD276，PDL1，PDL2，或IDO1中的一项或多项和/或(b)CD274，PDL2，IDO1，或PVR中的一项或多项的表达水平。

37.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22中的一项或多项的表达水平。

38.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CD4，IL2RA，或CD69中的一项或多项的表达水平。

39.权利要求1-26任一项的方法，其中测定TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8中的一项或多项的表达水平。

40.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL中的一项或多项的表达水平。

41.权利要求1-26任一项的方法，其中测定CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226中的一项或多项的表达水平。

42.权利要求1-26任一项的方法，其中测定GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7中的一项或多项的表达水平。

43.权利要求1-26任一项的方法，其中测定FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1中的一项或多项的表达水平。

44.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表2中的基因中的一项或多项的表达水平。

45.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表3中的基因中的一项或多项的表达水平。

46.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表4中的基因中的一项或多项的表达水平。

47.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表5中的基因中的一项或多项的表达水平。

48.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表6中的基因中的一项或多项的表达水平。

49.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表7中的基因中的一项或多项的表达水平。

50.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表8中的基因中的一项或多项的表达水平。

51.权利要求1-26任一项的方法，其中测定表9中的基因中的一项或多项的表达水平。

52.权利要求1-26任一项的方法，其中测定来自下面的基因签名中每一项的基因中的一项或多项的表达水平：

CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；

FOXP3；

MS4A1或CD48；

CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；

NCAM1或NKP46；

KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；

ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；

CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；

IL17A或IL17F；

CCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；

CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；

CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；

CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；

CD274，PDL2，IDO1，或PVR；

CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；

CD4，IL2RA，或CD69；

TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；

CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；

CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；

GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；和

53.权利要求1-52任一项的方法，其进一步包括测定CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与FOXP3的表达水平之比。

54.权利要求53的方法，其中如果CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与FOXP3的表达水平之比高的话，该患者很有可能会受益于激活性免疫疗法。

55.权利要求53的方法，其中如果CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与FOXP3的表达水平之比低的话，该患者很有可能会受益于阻抑性免疫疗法。

56.权利要求1-55任一项的方法，其进一步包括测定T_eff与T_reg细胞之比。

57.权利要求56的方法，其中如果T_eff与T_reg之比高的话，该患者很有可能会受益于激活性免疫疗法。

58.权利要求56的方法，其中如果T_eff与T_reg之比低的话，该患者很有可能会受益于阻抑性免疫疗法。

59.权利要求54或57的方法，其中该激活性免疫疗法包含CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂。

60.权利要求55或58的方法，其中该阻抑性免疫疗法包含CTLA-4，PD-1轴，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7H4，CD96，TIGIT，或CD226拮抗剂。

61.权利要求1-60任一项的方法，其中所述方法是在施用免疫疗法之前进行的，从而对患者提供关于响应的施用前预后。

62.权利要求1-61任一项的方法，其中该癌症为乳腺癌，黑素瘤，非小细胞肺癌(NSCLC)，膀胱癌，肾细胞癌，结直肠癌，卵巢癌，胃癌，或肝癌。

63.权利要求62的方法，其中该癌症是原发性，高级，顽固性，或复发性的。

64.权利要求62的方法，其中该乳腺癌为激素受体+(HR+)，HER2+，或三重阴性(TN)乳腺癌。

65.权利要求62的方法，其中该NSCLC为非鳞状NSCLC或鳞状NSCLC。

66.权利要求1-65任一项的方法，其中自该患者获得的该生物学样品中该免疫细胞基因签名的表达是通过测量mRNA检测。

67.权利要求1-65任一项的方法，其中自该患者获得的该生物学样品中该免疫细胞基因签名的表达是通过测量血浆蛋白质水平检测的。