TR201802544T4 - Önceden seçilmiş bir bölgede bir bitki genomunu modifiye için yöntemler ve araçlar. - Google Patents
Önceden seçilmiş bir bölgede bir bitki genomunu modifiye için yöntemler ve araçlar. Download PDFInfo
- Publication number
- TR201802544T4 TR201802544T4 TR2018/02544T TR201802544T TR201802544T4 TR 201802544 T4 TR201802544 T4 TR 201802544T4 TR 2018/02544 T TR2018/02544 T TR 2018/02544T TR 201802544 T TR201802544 T TR 201802544T TR 201802544 T4 TR201802544 T4 TR 201802544T4
- Authority
- TR
- Turkey
- Prior art keywords
- dna
- gene
- region
- foreign
- plant
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 75
- 206010020649 Hyperkeratosis Diseases 0.000 claims abstract description 53
- 230000000408 embryogenic effect Effects 0.000 claims abstract description 39
- 240000002024 Gossypium herbaceum Species 0.000 claims abstract description 22
- 235000004341 Gossypium herbaceum Nutrition 0.000 claims abstract description 21
- 230000003007 single stranded DNA break Effects 0.000 claims abstract description 17
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 177
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 118
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims description 83
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims description 53
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 claims description 53
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 47
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 47
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 33
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 33
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 28
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 28
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 28
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 25
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 23
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 23
- 241000589158 Agrobacterium Species 0.000 claims description 20
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 20
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 19
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 17
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims description 17
- 230000006798 recombination Effects 0.000 claims description 16
- 238000005215 recombination Methods 0.000 claims description 16
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 claims description 13
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 13
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 13
- 239000000835 fiber Substances 0.000 claims description 12
- 230000008439 repair process Effects 0.000 claims description 11
- 239000004009 herbicide Substances 0.000 claims description 10
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 9
- 230000002363 herbicidal effect Effects 0.000 claims description 8
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 8
- 239000002609 medium Substances 0.000 claims description 8
- 239000006152 selective media Substances 0.000 claims description 7
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 claims description 6
- 230000007035 DNA breakage Effects 0.000 claims description 4
- 230000036579 abiotic stress Effects 0.000 claims description 4
- 208000035240 Disease Resistance Diseases 0.000 claims description 3
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 claims description 3
- 229930000044 secondary metabolite Natural products 0.000 claims description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 claims 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 abstract 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 48
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 41
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 37
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 37
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 25
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 20
- 241000219146 Gossypium Species 0.000 description 20
- 239000005562 Glyphosate Substances 0.000 description 19
- 229940097068 glyphosate Drugs 0.000 description 19
- XDDAORKBJWWYJS-UHFFFAOYSA-N glyphosate Chemical compound OC(=O)CNCP(O)(O)=O XDDAORKBJWWYJS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 230000000749 insecticidal effect Effects 0.000 description 18
- YQYJSBFKSSDGFO-UHFFFAOYSA-N Epihygromycin Natural products OC1C(O)C(C(=O)C)OC1OC(C(=C1)O)=CC=C1C=C(C)C(=O)NC1C(O)C(O)C2OCOC2C1O YQYJSBFKSSDGFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 17
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 14
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 14
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 14
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 14
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 13
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 13
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 13
- 230000008859 change Effects 0.000 description 12
- 241000193388 Bacillus thuringiensis Species 0.000 description 11
- 229940097012 bacillus thuringiensis Drugs 0.000 description 11
- 210000002257 embryonic structure Anatomy 0.000 description 11
- 101150103518 bar gene Proteins 0.000 description 10
- -1 Pendimetalin Chemical compound 0.000 description 9
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 9
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 9
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 8
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 8
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 8
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 8
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 8
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 7
- 101710151559 Crystal protein Proteins 0.000 description 6
- OJOBTAOGJIWAGB-UHFFFAOYSA-N acetosyringone Chemical compound COC1=CC(C(C)=O)=CC(OC)=C1O OJOBTAOGJIWAGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 210000005036 nerve Anatomy 0.000 description 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 5
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 5
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 5
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 5
- 108010077850 Nuclear Localization Signals Proteins 0.000 description 5
- 101100339555 Zymoseptoria tritici HPPD gene Proteins 0.000 description 5
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 5
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 5
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 5
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 5
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 5
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 5
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 5
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 5
- 241000193755 Bacillus cereus Species 0.000 description 4
- 101150111720 EPSPS gene Proteins 0.000 description 4
- 235000013878 L-cysteine Nutrition 0.000 description 4
- 239000004201 L-cysteine Substances 0.000 description 4
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 4
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 4
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 4
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 4
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- 108010000700 Acetolactate synthase Proteins 0.000 description 3
- 241001515826 Cassava vein mosaic virus Species 0.000 description 3
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 3
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000053187 Glucuronidase Human genes 0.000 description 3
- 108010060309 Glucuronidase Proteins 0.000 description 3
- 241000209510 Liliopsida Species 0.000 description 3
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 3
- 108010052160 Site-specific recombinase Proteins 0.000 description 3
- 108010073062 Transcription Activator-Like Effectors Proteins 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 description 3
- 230000035784 germination Effects 0.000 description 3
- 101150062015 hyg gene Proteins 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 3
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 3
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 3
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 3
- KKADPXVIOXHVKN-UHFFFAOYSA-N 4-hydroxyphenylpyruvic acid Chemical compound OC(=O)C(=O)CC1=CC=C(O)C=C1 KKADPXVIOXHVKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005660 Abamectin Substances 0.000 description 2
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 2
- JFLRKDZMHNBDQS-UCQUSYKYSA-N CC[C@H]1CCC[C@@H]([C@H](C(=O)C2=C[C@H]3[C@@H]4C[C@@H](C[C@H]4C(=C[C@H]3[C@@H]2CC(=O)O1)C)O[C@H]5[C@@H]([C@@H]([C@H]([C@@H](O5)C)OC)OC)OC)C)O[C@H]6CC[C@@H]([C@H](O6)C)N(C)C.CC[C@H]1CCC[C@@H]([C@H](C(=O)C2=C[C@H]3[C@@H]4C[C@@H](C[C@H]4C=C[C@H]3C2CC(=O)O1)O[C@H]5[C@@H]([C@@H]([C@H]([C@@H](O5)C)OC)OC)OC)C)O[C@H]6CC[C@@H]([C@H](O6)C)N(C)C Chemical compound CC[C@H]1CCC[C@@H]([C@H](C(=O)C2=C[C@H]3[C@@H]4C[C@@H](C[C@H]4C(=C[C@H]3[C@@H]2CC(=O)O1)C)O[C@H]5[C@@H]([C@@H]([C@H]([C@@H](O5)C)OC)OC)OC)C)O[C@H]6CC[C@@H]([C@H](O6)C)N(C)C.CC[C@H]1CCC[C@@H]([C@H](C(=O)C2=C[C@H]3[C@@H]4C[C@@H](C[C@H]4C=C[C@H]3C2CC(=O)O1)O[C@H]5[C@@H]([C@@H]([C@H]([C@@H](O5)C)OC)OC)OC)C)O[C@H]6CC[C@@H]([C@H](O6)C)N(C)C JFLRKDZMHNBDQS-UCQUSYKYSA-N 0.000 description 2
- 229920000049 Carbon (fiber) Polymers 0.000 description 2
- 101150102464 Cry1 gene Proteins 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 239000005901 Flubendiamide Substances 0.000 description 2
- 244000020551 Helianthus annuus Species 0.000 description 2
- 235000003222 Helianthus annuus Nutrition 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 2
- IAJOBQBIJHVGMQ-UHFFFAOYSA-N Phosphinothricin Natural products CP(O)(=O)CCC(N)C(O)=O IAJOBQBIJHVGMQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000364051 Pima Species 0.000 description 2
- 102000012338 Poly(ADP-ribose) Polymerases Human genes 0.000 description 2
- 108010061844 Poly(ADP-ribose) Polymerases Proteins 0.000 description 2
- 229920000776 Poly(Adenosine diphosphate-ribose) polymerase Polymers 0.000 description 2
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 2
- 239000005930 Spinosad Substances 0.000 description 2
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 2
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 2
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 2
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 2
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 2
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 2
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 2
- 230000001133 acceleration Effects 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 description 2
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 2
- OJMOMXZKOWKUTA-UHFFFAOYSA-N aluminum;borate Chemical compound [Al+3].[O-]B([O-])[O-] OJMOMXZKOWKUTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004436 artificial bacterial chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 230000002457 bidirectional effect Effects 0.000 description 2
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 2
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 2
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 239000004917 carbon fiber Substances 0.000 description 2
- 229930002868 chlorophyll a Natural products 0.000 description 2
- ATNHDLDRLWWWCB-AENOIHSZSA-M chlorophyll a Chemical compound C1([C@@H](C(=O)OC)C(=O)C2=C3C)=C2N2C3=CC(C(CC)=C3C)=[N+]4C3=CC3=C(C=C)C(C)=C5N3[Mg-2]42[N+]2=C1[C@@H](CCC(=O)OC\C=C(/C)CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)[C@H](C)C2=C5 ATNHDLDRLWWWCB-AENOIHSZSA-M 0.000 description 2
- 229930002869 chlorophyll b Natural products 0.000 description 2
- NSMUHPMZFPKNMZ-VBYMZDBQSA-M chlorophyll b Chemical compound C1([C@@H](C(=O)OC)C(=O)C2=C3C)=C2N2C3=CC(C(CC)=C3C=O)=[N+]4C3=CC3=C(C=C)C(C)=C5N3[Mg-2]42[N+]2=C1[C@@H](CCC(=O)OC\C=C(/C)CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)[C@H](C)C2=C5 NSMUHPMZFPKNMZ-VBYMZDBQSA-M 0.000 description 2
- 210000003763 chloroplast Anatomy 0.000 description 2
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 2
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 2
- 235000012343 cottonseed oil Nutrition 0.000 description 2
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- ZGNITFSDLCMLGI-UHFFFAOYSA-N flubendiamide Chemical compound CC1=CC(C(F)(C(F)(F)F)C(F)(F)F)=CC=C1NC(=O)C1=CC=CC(I)=C1C(=O)NC(C)(C)CS(C)(=O)=O ZGNITFSDLCMLGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- IGMNYECMUMZDDF-UHFFFAOYSA-N homogentisic acid Chemical compound OC(=O)CC1=CC(O)=CC=C1O IGMNYECMUMZDDF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 2
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Chemical compound C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 108010082527 phosphinothricin N-acetyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 2
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 2
- 125000004076 pyridyl group Chemical group 0.000 description 2
- 238000012552 review Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- HBMJWWWQQXIZIP-UHFFFAOYSA-N silicon carbide Chemical compound [Si+]#[C-] HBMJWWWQQXIZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910010271 silicon carbide Inorganic materials 0.000 description 2
- 229940014213 spinosad Drugs 0.000 description 2
- 239000010421 standard material Substances 0.000 description 2
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 2
- 239000013638 trimer Substances 0.000 description 2
- ZXQYGBMAQZUVMI-RDDWSQKMSA-N (1S)-cis-(alphaR)-cyhalothrin Chemical compound CC1(C)[C@H](\C=C(/Cl)C(F)(F)F)[C@@H]1C(=O)O[C@@H](C#N)C1=CC=CC(OC=2C=CC=CC=2)=C1 ZXQYGBMAQZUVMI-RDDWSQKMSA-N 0.000 description 1
- ZMYFCFLJBGAQRS-IRXDYDNUSA-N (2R,3S)-epoxiconazole Chemical compound C1=CC(F)=CC=C1[C@@]1(CN2N=CN=C2)[C@H](C=2C(=CC=CC=2)Cl)O1 ZMYFCFLJBGAQRS-IRXDYDNUSA-N 0.000 description 1
- WCXDHFDTOYPNIE-RIYZIHGNSA-N (E)-acetamiprid Chemical compound N#C/N=C(\C)N(C)CC1=CC=C(Cl)N=C1 WCXDHFDTOYPNIE-RIYZIHGNSA-N 0.000 description 1
- PXMNMQRDXWABCY-UHFFFAOYSA-N 1-(4-chlorophenyl)-4,4-dimethyl-3-(1H-1,2,4-triazol-1-ylmethyl)pentan-3-ol Chemical compound C1=NC=NN1CC(O)(C(C)(C)C)CCC1=CC=C(Cl)C=C1 PXMNMQRDXWABCY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LQDARGUHUSPFNL-UHFFFAOYSA-N 1-[2-(2,4-dichlorophenyl)-3-(1,1,2,2-tetrafluoroethoxy)propyl]1,2,4-triazole Chemical compound C=1C=C(Cl)C=C(Cl)C=1C(COC(F)(F)C(F)F)CN1C=NC=N1 LQDARGUHUSPFNL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IOYNQIMAUDJVEI-ZFNPBRLTSA-N 2-[N-[(E)-3-chloroprop-2-enoxy]-C-ethylcarbonimidoyl]-3-hydroxy-5-(oxan-4-yl)cyclohex-2-en-1-one Chemical compound C1C(=O)C(C(=NOC\C=C\Cl)CC)=C(O)CC1C1CCOCC1 IOYNQIMAUDJVEI-ZFNPBRLTSA-N 0.000 description 1
- PWKSKIMOESPYIA-UHFFFAOYSA-N 2-acetamido-3-sulfanylpropanoic acid Chemical compound CC(=O)NC(CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YHKBGVDUSSWOAB-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-3-{2-chloro-5-[4-(difluoromethyl)-3-methyl-5-oxo-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-1-yl]-4-fluorophenyl}propanoic acid Chemical compound O=C1N(C(F)F)C(C)=NN1C1=CC(CC(Cl)C(O)=O)=C(Cl)C=C1F YHKBGVDUSSWOAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CAAMSDWKXXPUJR-UHFFFAOYSA-N 3,5-dihydro-4H-imidazol-4-one Chemical compound O=C1CNC=N1 CAAMSDWKXXPUJR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XMTQQYYKAHVGBJ-UHFFFAOYSA-N 3-(3,4-DICHLOROPHENYL)-1,1-DIMETHYLUREA Chemical compound CN(C)C(=O)NC1=CC=C(Cl)C(Cl)=C1 XMTQQYYKAHVGBJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010068327 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase Proteins 0.000 description 1
- QUTYKIXIUDQOLK-PRJMDXOYSA-N 5-O-(1-carboxyvinyl)-3-phosphoshikimic acid Chemical compound O[C@H]1[C@H](OC(=C)C(O)=O)CC(C(O)=O)=C[C@H]1OP(O)(O)=O QUTYKIXIUDQOLK-PRJMDXOYSA-N 0.000 description 1
- IBSREHMXUMOFBB-JFUDTMANSA-N 5u8924t11h Chemical compound O1[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](OC)C[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](OC)C[C@H](O[C@@H]2C(=C/C[C@@H]3C[C@@H](C[C@@]4(O3)C=C[C@H](C)[C@@H](C(C)C)O4)OC(=O)[C@@H]3C=C(C)[C@@H](O)[C@H]4OC\C([C@@]34O)=C/C=C/[C@@H]2C)/C)O[C@H]1C.C1=C[C@H](C)[C@@H]([C@@H](C)CC)O[C@]11O[C@H](C\C=C(C)\[C@@H](O[C@@H]2O[C@@H](C)[C@H](O[C@@H]3O[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](OC)C3)[C@@H](OC)C2)[C@@H](C)\C=C\C=C/2[C@]3([C@H](C(=O)O4)C=C(C)[C@@H](O)[C@H]3OC\2)O)C[C@H]4C1 IBSREHMXUMOFBB-JFUDTMANSA-N 0.000 description 1
- 239000005875 Acetamiprid Substances 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 101100411929 Arabidopsis thaliana RBCS-1A gene Proteins 0.000 description 1
- 241001167018 Aroa Species 0.000 description 1
- 229930192334 Auxin Natural products 0.000 description 1
- 101001126327 Avena fatua Probable prefoldin subunit 4 Proteins 0.000 description 1
- 239000005730 Azoxystrobin Substances 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 239000005884 Beta-Cyfluthrin Substances 0.000 description 1
- 239000005738 Bixafen Substances 0.000 description 1
- TWFZGCMQGLPBSX-UHFFFAOYSA-N Carbendazim Natural products C1=CC=C2NC(NC(=O)OC)=NC2=C1 TWFZGCMQGLPBSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000489 Carboxy-Lyases Proteins 0.000 description 1
- 240000001817 Cereus hexagonus Species 0.000 description 1
- 239000005747 Chlorothalonil Substances 0.000 description 1
- 239000005944 Chlorpyrifos Substances 0.000 description 1
- 239000005946 Cypermethrin Substances 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- 230000007018 DNA scission Effects 0.000 description 1
- 239000005892 Deltamethrin Substances 0.000 description 1
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 1
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 1
- 239000005760 Difenoconazole Substances 0.000 description 1
- 239000005510 Diuron Substances 0.000 description 1
- 235000007351 Eleusine Nutrition 0.000 description 1
- 241000209215 Eleusine Species 0.000 description 1
- 239000005767 Epoxiconazole Substances 0.000 description 1
- 101000999829 Escherichia coli (strain K12) NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Proteins 0.000 description 1
- 239000005774 Fenamidone Substances 0.000 description 1
- 239000005780 Fluazinam Substances 0.000 description 1
- 239000005532 Flumioxazine Substances 0.000 description 1
- 239000005533 Fluometuron Substances 0.000 description 1
- 239000005784 Fluoxastrobin Substances 0.000 description 1
- 101000893906 Fowl adenovirus A serotype 1 (strain CELO / Phelps) Protein GAM-1 Proteins 0.000 description 1
- 239000005903 Gamma-cyhalothrin Substances 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 239000005561 Glufosinate Substances 0.000 description 1
- 240000001814 Gossypium arboreum Species 0.000 description 1
- 240000000047 Gossypium barbadense Species 0.000 description 1
- 235000009429 Gossypium barbadense Nutrition 0.000 description 1
- 241001289444 Gossypium herbaceum subsp. africanum Species 0.000 description 1
- 241001149081 Gossypium raimondii Species 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 1
- 239000005906 Imidacloprid Substances 0.000 description 1
- 239000005907 Indoxacarb Substances 0.000 description 1
- 229920001202 Inulin Polymers 0.000 description 1
- 108010025815 Kanamycin Kinase Proteins 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- BAWFJGJZGIEFAR-NNYOXOHSSA-N NAD zwitterion Chemical compound NC(=O)C1=CC=C[N+]([C@H]2[C@@H]([C@H](O)[C@@H](COP([O-])(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]3[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O3)N3C4=NC=NC(N)=C4N=C3)O)O2)O)=C1 BAWFJGJZGIEFAR-NNYOXOHSSA-N 0.000 description 1
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 description 1
- 244000061176 Nicotiana tabacum Species 0.000 description 1
- 235000002637 Nicotiana tabacum Nutrition 0.000 description 1
- DFPAKSUCGFBDDF-UHFFFAOYSA-N Nicotinamide Chemical compound NC(=O)C1=CC=CN=C1 DFPAKSUCGFBDDF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010033272 Nitrilase Proteins 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000417 Oxygenases Proteins 0.000 description 1
- 102000004020 Oxygenases Human genes 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 238000010222 PCR analysis Methods 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 240000009164 Petroselinum crispum Species 0.000 description 1
- 240000007377 Petunia x hybrida Species 0.000 description 1
- 108030002884 Phosphinothricin acetyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 239000005818 Picoxystrobin Substances 0.000 description 1
- 239000005823 Propineb Substances 0.000 description 1
- 239000005869 Pyraclostrobin Substances 0.000 description 1
- CNILNQMBAHKMFS-UHFFFAOYSA-M Pyrithiobac-sodium Chemical compound [Na+].COC1=CC(OC)=NC(SC=2C(=C(Cl)C=CC=2)C([O-])=O)=N1 CNILNQMBAHKMFS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108700025701 Retinoblastoma Genes Proteins 0.000 description 1
- 108010003581 Ribulose-bisphosphate carboxylase Proteins 0.000 description 1
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 239000005665 Spiromesifen Substances 0.000 description 1
- 241000187391 Streptomyces hygroscopicus Species 0.000 description 1
- 229940100389 Sulfonylurea Drugs 0.000 description 1
- 239000005934 Sulfoxaflor Substances 0.000 description 1
- 239000005839 Tebuconazole Substances 0.000 description 1
- 239000005840 Tetraconazole Substances 0.000 description 1
- 239000005941 Thiamethoxam Substances 0.000 description 1
- 239000005842 Thiophanate-methyl Substances 0.000 description 1
- 102000004357 Transferases Human genes 0.000 description 1
- 108090000992 Transferases Proteins 0.000 description 1
- 239000005857 Trifloxystrobin Substances 0.000 description 1
- 239000005942 Triflumuron Substances 0.000 description 1
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 1
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 1
- 101150077913 VIP3 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000589634 Xanthomonas Species 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QQODLKZGRKWIFG-RUTXASTPSA-N [(R)-cyano-(4-fluoro-3-phenoxyphenyl)methyl] (1S)-3-(2,2-dichloroethenyl)-2,2-dimethylcyclopropane-1-carboxylate Chemical compound CC1(C)C(C=C(Cl)Cl)[C@@H]1C(=O)O[C@@H](C#N)C1=CC=C(F)C(OC=2C=CC=CC=2)=C1 QQODLKZGRKWIFG-RUTXASTPSA-N 0.000 description 1
- ZVQOOHYFBIDMTQ-UHFFFAOYSA-N [methyl(oxido){1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]ethyl}-lambda(6)-sulfanylidene]cyanamide Chemical compound N#CN=S(C)(=O)C(C)C1=CC=C(C(F)(F)F)N=C1 ZVQOOHYFBIDMTQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229950008167 abamectin Drugs 0.000 description 1
- YASYVMFAVPKPKE-UHFFFAOYSA-N acephate Chemical compound COP(=O)(SC)NC(C)=O YASYVMFAVPKPKE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 108020002494 acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000005421 acetyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 238000005054 agglomeration Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- QGLZXHRNAYXIBU-WEVVVXLNSA-N aldicarb Chemical compound CNC(=O)O\N=C\C(C)(C)SC QGLZXHRNAYXIBU-WEVVVXLNSA-N 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 208000014347 autosomal dominant hyaline body myopathy Diseases 0.000 description 1
- 239000002363 auxin Substances 0.000 description 1
- RRZXIRBKKLTSOM-XPNPUAGNSA-N avermectin B1a Chemical compound C1=C[C@H](C)[C@@H]([C@@H](C)CC)O[C@]11O[C@H](C\C=C(C)\[C@@H](O[C@@H]2O[C@@H](C)[C@H](O[C@@H]3O[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](OC)C3)[C@@H](OC)C2)[C@@H](C)\C=C\C=C/2[C@]3([C@H](C(=O)O4)C=C(C)[C@@H](O)[C@H]3OC\2)O)C[C@H]4C1 RRZXIRBKKLTSOM-XPNPUAGNSA-N 0.000 description 1
- WFDXOXNFNRHQEC-GHRIWEEISA-N azoxystrobin Chemical compound CO\C=C(\C(=O)OC)C1=CC=CC=C1OC1=CC(OC=2C(=CC=CC=2)C#N)=NC=N1 WFDXOXNFNRHQEC-GHRIWEEISA-N 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- LDLMOOXUCMHBMZ-UHFFFAOYSA-N bixafen Chemical compound FC(F)C1=NN(C)C=C1C(=O)NC1=CC=C(F)C=C1C1=CC=C(Cl)C(Cl)=C1 LDLMOOXUCMHBMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010504 bond cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 239000006013 carbendazim Substances 0.000 description 1
- JNPZQRQPIHJYNM-UHFFFAOYSA-N carbendazim Chemical compound C1=C[CH]C2=NC(NC(=O)OC)=NC2=C1 JNPZQRQPIHJYNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- CRQQGFGUEAVUIL-UHFFFAOYSA-N chlorothalonil Chemical compound ClC1=C(Cl)C(C#N)=C(Cl)C(C#N)=C1Cl CRQQGFGUEAVUIL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SBPBAQFWLVIOKP-UHFFFAOYSA-N chlorpyrifos Chemical compound CCOP(=S)(OCC)OC1=NC(Cl)=C(Cl)C=C1Cl SBPBAQFWLVIOKP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011260 co-administration Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000009402 cross-breeding Methods 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 229960005424 cypermethrin Drugs 0.000 description 1
- KAATUXNTWXVJKI-UHFFFAOYSA-N cypermethrin Chemical compound CC1(C)C(C=C(Cl)Cl)C1C(=O)OC(C#N)C1=CC=CC(OC=2C=CC=CC=2)=C1 KAATUXNTWXVJKI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UQHKFADEQIVWID-UHFFFAOYSA-N cytokinin Natural products C1=NC=2C(NCC=C(CO)C)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(CO)O1 UQHKFADEQIVWID-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004062 cytokinin Substances 0.000 description 1
- 229960002483 decamethrin Drugs 0.000 description 1
- 238000002716 delivery method Methods 0.000 description 1
- OWZREIFADZCYQD-NSHGMRRFSA-N deltamethrin Chemical compound CC1(C)[C@@H](C=C(Br)Br)[C@H]1C(=O)O[C@H](C#N)C1=CC=CC(OC=2C=CC=CC=2)=C1 OWZREIFADZCYQD-NSHGMRRFSA-N 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000006866 deterioration Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- BQYJATMQXGBDHF-UHFFFAOYSA-N difenoconazole Chemical compound O1C(C)COC1(C=1C(=CC(OC=2C=CC(Cl)=CC=2)=CC=1)Cl)CN1N=CN=C1 BQYJATMQXGBDHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 230000005782 double-strand break Effects 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- CXEGAUYXQAKHKJ-NSBHKLITSA-N emamectin B1a Chemical compound C1=C[C@H](C)[C@@H]([C@@H](C)CC)O[C@]11O[C@H](C\C=C(C)\[C@@H](O[C@@H]2O[C@@H](C)[C@H](O[C@@H]3O[C@@H](C)[C@H](NC)[C@@H](OC)C3)[C@@H](OC)C2)[C@@H](C)\C=C\C=C/2[C@]3([C@H](C(=O)O4)C=C(C)[C@@H](O)[C@H]3OC\2)O)C[C@H]4C1 CXEGAUYXQAKHKJ-NSBHKLITSA-N 0.000 description 1
- 230000013020 embryo development Effects 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- LMVPQMGRYSRMIW-KRWDZBQOSA-N fenamidone Chemical compound O=C([C@@](C)(N=C1SC)C=2C=CC=CC=2)N1NC1=CC=CC=C1 LMVPQMGRYSRMIW-KRWDZBQOSA-N 0.000 description 1
- UZCGKGPEKUCDTF-UHFFFAOYSA-N fluazinam Chemical compound [O-][N+](=O)C1=CC(C(F)(F)F)=C(Cl)C([N+]([O-])=O)=C1NC1=NC=C(C(F)(F)F)C=C1Cl UZCGKGPEKUCDTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FOUWCSDKDDHKQP-UHFFFAOYSA-N flumioxazin Chemical compound FC1=CC=2OCC(=O)N(CC#C)C=2C=C1N(C1=O)C(=O)C2=C1CCCC2 FOUWCSDKDDHKQP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RZILCCPWPBTYDO-UHFFFAOYSA-N fluometuron Chemical compound CN(C)C(=O)NC1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 RZILCCPWPBTYDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UFEODZBUAFNAEU-NLRVBDNBSA-N fluoxastrobin Chemical compound C=1C=CC=C(OC=2C(=C(OC=3C(=CC=CC=3)Cl)N=CN=2)F)C=1C(=N/OC)\C1=NOCCO1 UFEODZBUAFNAEU-NLRVBDNBSA-N 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- ZXQYGBMAQZUVMI-GCMPRSNUSA-N gamma-cyhalothrin Chemical compound CC1(C)[C@@H](\C=C(/Cl)C(F)(F)F)[C@H]1C(=O)O[C@H](C#N)C1=CC=CC(OC=2C=CC=CC=2)=C1 ZXQYGBMAQZUVMI-GCMPRSNUSA-N 0.000 description 1
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 1
- 239000012869 germination medium Substances 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- IAJOBQBIJHVGMQ-BYPYZUCNSA-N glufosinate-P Chemical compound CP(O)(=O)CC[C@H](N)C(O)=O IAJOBQBIJHVGMQ-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 239000000833 heterodimer Substances 0.000 description 1
- 239000000710 homodimer Substances 0.000 description 1
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 1
- 229940056881 imidacloprid Drugs 0.000 description 1
- YWTYJOPNNQFBPC-UHFFFAOYSA-N imidacloprid Chemical compound [O-][N+](=O)\N=C1/NCCN1CC1=CC=C(Cl)N=C1 YWTYJOPNNQFBPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007654 immersion Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- VBCVPMMZEGZULK-NRFANRHFSA-N indoxacarb Chemical compound C([C@@]1(OC2)C(=O)OC)C3=CC(Cl)=CC=C3C1=NN2C(=O)N(C(=O)OC)C1=CC=C(OC(F)(F)F)C=C1 VBCVPMMZEGZULK-NRFANRHFSA-N 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 239000002917 insecticide Substances 0.000 description 1
- 230000017730 intein-mediated protein splicing Effects 0.000 description 1
- JYJIGFIDKWBXDU-MNNPPOADSA-N inulin Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)OC[C@]1(OC[C@]2(OC[C@]3(OC[C@]4(OC[C@]5(OC[C@]6(OC[C@]7(OC[C@]8(OC[C@]9(OC[C@]%10(OC[C@]%11(OC[C@]%12(OC[C@]%13(OC[C@]%14(OC[C@]%15(OC[C@]%16(OC[C@]%17(OC[C@]%18(OC[C@]%19(OC[C@]%20(OC[C@]%21(OC[C@]%22(OC[C@]%23(OC[C@]%24(OC[C@]%25(OC[C@]%26(OC[C@]%27(OC[C@]%28(OC[C@]%29(OC[C@]%30(OC[C@]%31(OC[C@]%32(OC[C@]%33(OC[C@]%34(OC[C@]%35(OC[C@]%36(O[C@@H]%37[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O%37)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%36)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%35)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%34)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%33)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%32)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%31)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%30)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%29)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%28)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%27)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%26)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%25)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%24)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%23)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%22)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%21)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%20)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%19)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%18)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%17)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%16)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%15)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%14)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%13)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%12)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%11)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%10)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O9)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O8)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O7)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O6)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O5)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O4)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O3)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 JYJIGFIDKWBXDU-MNNPPOADSA-N 0.000 description 1
- 229940029339 inulin Drugs 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 239000005910 lambda-Cyhalothrin Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- YKSNLCVSTHTHJA-UHFFFAOYSA-L maneb Chemical compound [Mn+2].[S-]C(=S)NCCNC([S-])=S YKSNLCVSTHTHJA-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229920000940 maneb Polymers 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 230000000442 meristematic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- HIIRDDUVRXCDBN-OBGWFSINSA-N metominostrobin Chemical compound CNC(=O)C(=N\OC)\C1=CC=CC=C1OC1=CC=CC=C1 HIIRDDUVRXCDBN-OBGWFSINSA-N 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 230000002438 mitochondrial effect Effects 0.000 description 1
- 108091005573 modified proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000035118 modified proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- JITOKQVGRJSHHA-UHFFFAOYSA-M monosodium methyl arsenate Chemical compound [Na+].C[As](O)([O-])=O JITOKQVGRJSHHA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000004899 motility Effects 0.000 description 1
- AIMMSOZBPYFASU-UHFFFAOYSA-N n-(4,6-dimethoxypyrimidin-2-yl)-n'-[3-(2,2,2-trifluoroethoxy)pyridin-1-ium-2-yl]sulfonylcarbamimidate Chemical compound COC1=CC(OC)=NC(NC(=O)NS(=O)(=O)C=2C(=CC=CN=2)OCC(F)(F)F)=N1 AIMMSOZBPYFASU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229950006238 nadide Drugs 0.000 description 1
- 230000032965 negative regulation of cell volume Effects 0.000 description 1
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 1
- 229930027945 nicotinamide-adenine dinucleotide Natural products 0.000 description 1
- 108010058731 nopaline synthase Proteins 0.000 description 1
- NVGOPFQZYCNLDU-UHFFFAOYSA-N norflurazon Chemical compound O=C1C(Cl)=C(NC)C=NN1C1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 NVGOPFQZYCNLDU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 235000011197 perejil Nutrition 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- IBSNKSODLGJUMQ-SDNWHVSQSA-N picoxystrobin Chemical compound CO\C=C(\C(=O)OC)C1=CC=CC=C1COC1=CC=CC(C(F)(F)F)=N1 IBSNKSODLGJUMQ-SDNWHVSQSA-N 0.000 description 1
- 239000003375 plant hormone Substances 0.000 description 1
- 238000004161 plant tissue culture Methods 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- KKMLIVYBGSAJPM-UHFFFAOYSA-L propineb Chemical compound [Zn+2].[S-]C(=S)NC(C)CNC([S-])=S KKMLIVYBGSAJPM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- HZRSNVGNWUDEFX-UHFFFAOYSA-N pyraclostrobin Chemical compound COC(=O)N(OC)C1=CC=CC=C1COC1=NN(C=2C=CC(Cl)=CC=2)C=C1 HZRSNVGNWUDEFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000001172 regenerating effect Effects 0.000 description 1
- 238000009877 rendering Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- GOLXNESZZPUPJE-UHFFFAOYSA-N spiromesifen Chemical compound CC1=CC(C)=CC(C)=C1C(C(O1)=O)=C(OC(=O)CC(C)(C)C)C11CCCC1 GOLXNESZZPUPJE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003153 stable transfection Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- YROXIXLRRCOBKF-UHFFFAOYSA-N sulfonylurea Chemical class OC(=N)N=S(=O)=O YROXIXLRRCOBKF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NWWZPOKUUAIXIW-FLIBITNWSA-N thiamethoxam Chemical compound [O-][N+](=O)\N=C/1N(C)COCN\1CC1=CN=C(Cl)S1 NWWZPOKUUAIXIW-FLIBITNWSA-N 0.000 description 1
- BAKXBZPQTXCKRR-UHFFFAOYSA-N thiodicarb Chemical compound CSC(C)=NOC(=O)NSNC(=O)ON=C(C)SC BAKXBZPQTXCKRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QGHREAKMXXNCOA-UHFFFAOYSA-N thiophanate-methyl Chemical compound COC(=O)NC(=S)NC1=CC=CC=C1NC(=S)NC(=O)OC QGHREAKMXXNCOA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000011426 transformation method Methods 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- ONCZDRURRATYFI-TVJDWZFNSA-N trifloxystrobin Chemical compound CO\N=C(\C(=O)OC)C1=CC=CC=C1CO\N=C(/C)C1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 ONCZDRURRATYFI-TVJDWZFNSA-N 0.000 description 1
- XAIPTRIXGHTTNT-UHFFFAOYSA-N triflumuron Chemical compound C1=CC(OC(F)(F)F)=CC=C1NC(=O)NC(=O)C1=CC=CC=C1Cl XAIPTRIXGHTTNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZSDSQXJSNMTJDA-UHFFFAOYSA-N trifluralin Chemical compound CCCN(CCC)C1=C([N+]([O-])=O)C=C(C(F)(F)F)C=C1[N+]([O-])=O ZSDSQXJSNMTJDA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8201—Methods for introducing genetic material into plant cells, e.g. DNA, RNA, stable or transient incorporation, tissue culture methods adapted for transformation
- C12N15/8202—Methods for introducing genetic material into plant cells, e.g. DNA, RNA, stable or transient incorporation, tissue culture methods adapted for transformation by biological means, e.g. cell mediated or natural vector
- C12N15/8205—Agrobacterium mediated transformation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8201—Methods for introducing genetic material into plant cells, e.g. DNA, RNA, stable or transient incorporation, tissue culture methods adapted for transformation
- C12N15/8213—Targeted insertion of genes into the plant genome by homologous recombination
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8201—Methods for introducing genetic material into plant cells, e.g. DNA, RNA, stable or transient incorporation, tissue culture methods adapted for transformation
- C12N15/8206—Methods for introducing genetic material into plant cells, e.g. DNA, RNA, stable or transient incorporation, tissue culture methods adapted for transformation by physical or chemical, i.e. non-biological, means, e.g. electroporation, PEG mediated
- C12N15/8207—Methods for introducing genetic material into plant cells, e.g. DNA, RNA, stable or transient incorporation, tissue culture methods adapted for transformation by physical or chemical, i.e. non-biological, means, e.g. electroporation, PEG mediated by mechanical means, e.g. microinjection, particle bombardment, silicon whiskers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/04—Plant cells or tissues
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Botany (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
Emzim ve embriyojenik kallus içeren bir çift sarmallı DNA kırılma kullanan bir pamuk bitkisinin genomunu hedeflenen bir şekilde modifiye etmek için yöntem ve araçlar sağlanmıştır.
Description
TARIFNAME
ÖNCEDEN SEÇILMIS BIR BÖLGEDE BIR BITKI GENOMUNU MODIFIYE içiN
YÖNTEMLER VE ARAÇLAR
BULUSUN SAHASI
Bulus agronomi alani ile ilgilidir. Daha özel olarak, bulus, embriyojenik kallus kullanarak
bir pamuk bitkisinin genomundaki kesin olarak lokalize bir nükleotid dizisinde,
insersiyon, delesyon veya sübstitüsyon dahil olmak üzere hedeflenen bir
modifikasyonun uygulanmasina yönelik yöntemler ve araçlar saglar.
ÖNCEKI TEKNIK
Yabanci DNA'nin bitkilerde entegrasyon konumu üzerindeki kontrol dahil olmak üzere
bitki genomlarinda hedeflenen modifikasyonlarin yapilma ihtiyaci gittikçe önem
kazanmistir ve bu ihtiyaci karsilamak için bir takim yöntemler gelistirilmistir (bir
inceleme için bakiniz Kumar and Fladung, 2001, Trends in Plant Science, 6, pp155-
enzim ekspresyonu vasitasiyla hedeflenen konumda bir çift sarmalli DNA kirilmasinin
baslangiç girisine dayanmaktadir.
l-Scel gibi ender kesici endonükleazlar vasitasiyla çift sarmalli DNA kirilmalarinin
(DSB) indüklenmesi yoluyla hedef lokusun velveya onarim veya donör DNA'nin
aktivasyonunun, çesitli büyüklük siralarla homolog rekombinasyon sikligini artirdigi
6, 93-102).
W096/14408, l-Scel enzimini kodlayan izole edilmis bir DNA'yi tarif eder. Bu DNA
dizisi, klonlama ve ekspresyon vektörleri, transformasyona ugramis hücre çizgileri ve
transgenik hayvanlara eklenebilir. Vektörler, gen haritalama ve genlerin bölgeye
yönlendirilmis insersiyonunda yararlidir.
WOOO/46386, bir l-Scel indüklü çift sarmalli kirilma yoluyla bir hücredeki bir geni veya
diger kromozomal DNA'yi modifiye etme, onarma, hafifletme ve etkisiz hale getirme
yöntemlerini açiklamaktadir. Ayni zamanda, ihtiyaç duyan bir bireyde bir genetik
hastaligin tedavisine veya profilaksisine yönelik yöntemler da açiklanmaktadir. Ayrica,
kimerik kisitlama endonükleazlari açiklanmaktadir.
WO enzimleri ve
gelistirilmis I-Scel kodlayan nükleotid dizilerini kullanan bitkilerde hedeflenen DNA
insersiyonunu iyilestirmek için yöntem ve araçlari açiklamaktadir.
dizisinin bitki hücrelerindeki ve bitkilerindeki kesin degisim için bir yöntemi tarif eder;
burada seçici veya taranabilir belirteç, homolog rekombinasyon safhasinda, gen
degistirme olaylarinin geçici seçimi için, bir ayak izi birakmadan ve bir DSBI nadir
bölünen endonükleazin mikro gözenek spesifik ekspresyonu ile seçilmis bir DNA'nin
çikarilmasi için burada açiklanan yöntemi kullanarak, çikarma adimi sirasinda in vitro
kültürden yararlanmadan daha sonra çikarilabilir.
etmekte olup, burada seçilen bir DNA fragmaninin çift sarmalli kirilmayi indükleyen
nadir bir bölünme endonükleazi tarafindan indüklenen çikarma adimi, bir germ hattina
özgü promotörün kontrolü altindadir. Yöntemin diger uygulamalari. onarici DNA'sinin
bir ucunda homolog olmayan uç birlesmesine ve diger ucunda homolog
varyantlarini, diger bir deyisle homolog rekombinasyon yoluyla ilgili bir DNA dizisi için
bir hedef DNA dizisinin ökaryotik hücrelerdeki örnegin, bitki hücreleri kesin degisimini
saglayan yöntemleri açiklar; burada kullanilan gen degistirme olaylarinin geçici seçimi
için homolog rekombinasyon asamasi sirasinda seçilebilir veya taranabilir belirteç,
daha sonra, dogrudan tekrarlarda iki nükleotid dizisi ile bitisik seçilmis bir DNA'nin
çikarilmasi için bir yöntem kullanarak bir ayak izi birakmadan çikarilabilir.
kromozomal DNA'sindan nükleik asit dizilerini çikarmak için bir yöntemi açiklar. Bulus
ayni zamanda söz konusu sistemleri içeren veya söz konusu yöntemle üretilen
transgenik organizmalara (tercihen bitkiler) iliskindir.
genomundan elimine etmek için yöntemleri açiklamaktadir. Özellikle, bulus, maydanoz
ubikitin promotörünü içeren ve bir diziye özgü DNA-endonükleazi kodlayan bir nükleik
asit dizisine islevsel olarak bagli bir ekspresyon kasetinin kullanilmasina
dayanmaktad ir.
monokot bitki hücresinin ve bir monokot bitkisinin genomunun degistirilmesi amaciyla
çift sarmal kirilma indükleyici ajan içeren bir monokot bitki veya bitki hücresi genomik
dizisini degistirmek için yöntem ve bilesimleri açiklamaktadir.
yöntemlerini ve Agrobacterium aracili transformasyonunu tarif etmektedir.
destek olarak filtrelerin membranlarini kullanan süspansiyon kültürlü hücrelere veya
kalluslara Agrobacterium aracili T-DNA konjügasyonu yoluyla yüksek verimli bitki
transformasyonu için yöntemler açiklanmaktadir.
maddesinin eksizyonuyla ilgilidir. Doku hazirlama, depolama, transformasyon ve
transformasyona ugramis bitkilerin seçimi veya tanimlanmasi için yöntemler,
transforme edilebilir meristem dokulari ve bu türlü yöntemlerle üretilen bitkiler ve doku
hazirlama uygulamalari açiklanmaktadir.
Bir DSBI enzimi kullanilarak genom mühendisligi yöntemleri, tütün (bakiniz örnegin
2009). Bununla birlikte, bitkilerde, pamuk gibi doku kültürü ve transformasyonunda
daha belirgin olan hedeflenen genom modifikasyonu için yöntemlerin gelistirilmesine
halen ihtiyaç duyulmaktadir. Bu bulus, bir endonükleazin tek basina veya çift sarmalli
DNA kirilma onarimi için bir sablon olarak kullanilacak olan bir onarici DNA'si ile
kombinasyon halinde uygulanmasi için pamuk embriyojenik kallus kullanilarak bu türlü
yöntemlerin saglanmasi ile teknige katki saglamaktadir.
BULUSUN KISA AÇIKLAMASI
Birinci uygulamada, bulus, önceden belirlenmis bir konumdaki pamuk bitki hücresinin
genomunun modifiye edilmesi için bir yöntem sunmaktadir bu yöntem asagidaki
adimlari içermektedir
a. söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yakininda veya içinde bir tanima dizisini
taniyan nadir bölünen bir endonükleaz enziminin söz konusu hücresine eklenmesi
yoluyla indüklenen söz konusu çift sarmalli kirilmanin söz konusu önceden
tanimlanmis bölgenin yakininda veya içinde bir çift sarmalli DNA kirilmasinin
indüklenmesi;
b. söz konusu çift sarmalli DNA kirilmasinin onarildigi, söz konusu önceden seçilen
bölgede genomda bir modifikasyon ile sonuçlanan bir bitki hücresi seçilmesi, burada
söz konusu modifikasyon,
i. en az bir nükleotidin degistirilmesi;
ii. en az bir nükleotidin delesyonu;
iii. en az bir nükleotidin insersiyonu; veya
iv. i. - iii'ün herhangi bir kombinasyonudur;
karakterize edici özelligi, söz konusu hücrenin kirilgan embriyojenik kallustan
olusmasidir, burada söz konusu kirilgan embriyojenik kallus los isik kosullari altinda ve
aktif karbon ihtiva eden ortamda muhafaza edilmistir.
Bir uygulamada endonükleaz enzimi, söz konusu endonükleaz enzimini kodlayan bir
DNA molekülünün söz konusu hücreye gönderilmesiyle söz konusu hücre içine
eklenebilir.
Baska bir uygulamada adim b'den önce. söz konusu yabanci onarici DNA molekülü
söz konusu hücre Içine gönderilir, söz konusu yabanci onarici DNA molekülü çift
sarmalli DNA kirilmasinin onarimi için bir sablon olarak kullanilir.
Spesifik bir uygulamada embriyojenik kallus, hipokotil eksplantlardan indüklenir.
Embriyojenik kallus, aktif karbon ihtiva eden ortam üzerinde indüklenebilir. Söz konusu
endonükleaz enziminin söz konusu eklenmesi öncesinde, sirasinda ve sonrasinda
embriyojenik kallus, hormonsuz ortamda inkübe edilebilir. Kallusi söz konusu
endonükleaz enziminin söz konusu eklenmesinden önce ve sonra kati ortamda inkübe
edilebilir. Ayrica, endonükleaz enziminin söz konusu eklenmesi sirasinda veya
sonrasinda, embriyojenik kallus, seçici olmayan bir ortamda 1 ila 4 gün inkübe
edilebilir.
Bir uygulamada DNA ve/veya yabanci onarici DNA'yi kodlayan endonükleaz enzimi,
parçacik bombardimani ile embriyojenik kallusun hücrelerine gönderilir. Bombardiman,
yaklasik 0.5 pmol yabanci onarici DNA ve/veya yaklasik 0.5 pmol endonükleaz
kodlayan DNA ile gerçeklestirilebilir. Bombardimandan önce, embriyojenik kallus,
yaklasik 2 ila yaklasik 20 saat boyunca 0.2M manitol ve 0.2M sorbitolden olusan bir
ortam içerisinde inkübe edilebilir. Ayrica söz konusu endonükleaz enziminin söz
konusu eklenmesi sirasinda veya sonrasinda, embriyojenik kallus, 0.2 M manitol içeren
seçici olmayan bir ortamda 1 ila 4 gün inkübe edilebilir.
Baska bir uygulamada DNA ve/veya yabanci onarici DNA'yi kodlayan endonükleaz
enzim, Agrobacterium aracili transformasyon kullanilarak embriyojenik kallusun
hücresine verilir. Agrobacterium aracili DNA transferi, kallusun 100 uM asetosiringon
ve/veya 100 mg/l L-sistein içeren bir ortamda yaklasik üç gün süreyle DNA
molekül(lerini) içeren Agrobacterium sus(lar) ile birlikte kültürlenmesi ile
gerçeklestirilebilir. Transformasyondan sonra, kalluslar 250mg/L veya 125mg/L triasilin
içeren bir ortamda inkübe edilebilir.
Özel bir uygulamada, yabanci onarici DNA, söz konusu yukari veya asagi yönde DNA
bölgesi ile rekombinasyon saglamak için söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin
yukari veya asagi yönde DNA bölgesinde yeterli homologluga sahip en az bir bitisik
nükleotit dizisi içerir. Yabanci onarici DNA, söz konusu yabanci DNA'nin zit uçlarinda
yer alan iki bitisik nükleotit dizisi içerebilir, söz konusu bitisik nükleotid dizisinden biri
söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yukari yönde DNA bölgesinde yeterli
homolojiye sahiptir, diger bitisik nükleotid dizisi, söz konusu bitisik nükleotid dizileri ile
söz konusu yukari ve asagi yönde DNA bölgeleri arasinda rekombinasyona olanak
tanimak üzere söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin asagi yönde dizisi ile yeterli
homolojiye sahiptir. Yabanci onarici DNA ayrica seçilebilir bir belirteç geni ve/veya ilgili
bitki eksprese edilebilir bir geni içerebilir. Ilgili bitki eksprese edilebilen gen, bir herbisit
tolerans geni, bir böcek direnç geni, bir hastalik direnç geni, bir abiyotik stres direnç
geni, yag biyosentezinde veya karbonhidrat biyosentezinde rol oynayan bir enzimi
kodlayan bir gen, bir gen kodlayan gen lif kuvveti veya lif uzunlugunda yer alan bir
enzim, sekonder metabolitlerin biyosentezinde rol oynayan bir enzimi kodlayan bir gen
arasindan seçilebilir.
Baska bir uygulamada, yabanci DNA iki bitisik nükleotid dizisinden olusur, söz konusu
bitisik nükleotid dizilerinden biri söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yukari
yönde DNA bölgesine yeterli homolojiye sahiptir, diger bitisik nükleotid dizisi, söz
konusu bitisik nükleotid dizileri ile söz konusu yukari ve asagi DNA bölgeleri arasinda
rekombinasyona olanak tanimak üzere söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin
asagi yönde dizisi ile yeterli homolojiye sahiptir.
Yine baska bir uygulamada önceden seçilen bölge, birbirleriyle rekombinasyon için
yeterli homolojiye sahip iki bölge ile bitisiktir.
Bulus ayrica, yukarida tarif edildigi gibi embriyojenik kallus kullanilarak bir pamuk bitki
hücresinin genomunun önceden tanimlanmis bir bölgede modifiye edilmesi için
yöntemler sunmaktadir, burada söz konusu pamuk bitki hücresi bir pamuk bitkisine
rejenere edilir. Bu sekilde üretilen pamuk bitkisi baska bir bitki ile ayrica çaprazlanabilir.
Ayrica, yukarida açiklanan yöntemlerden herhangi biriyle elde edilen, genomun
önceden tanimlanmis bir bölgesinde bir modifikasyon içeren bir pamuk bitki hücresi ve
bunun yani sira, bir genomun önceden tanimlanmis bir bölgesinde bir modifikasyon
içeren bir pamuk bitkisi veya bu bitkinin elyafi veya tohum veya üreme maddesi
saglanmaktadir.
Bulus, bundan baska, yukarida tarif edildigi gibi bir pamuk bitkisinin yetistirilmesi için bir
yöntemle ilgilidir; bu yöntem ayrica, söz konusu bitkiye veya substrata bir kimyasal
madde uygulama adimini içermektedir, burada söz konusu bitki yetistirilmektedir,
ayrica genomun önceden tanimlanmis bir bölgesinde bir modifikasyon içeren bir bitki
üretmek için bir yöntem ile ilgilidir, yukarida tarif edildigi gibi esas olarak bitki
hücrelerinden veya yukarida tarif edildigi gibi diger bir bitki ile veya kendisi ile ve istege
bagli olarak hasat edilen tohumlar ile bir bitkiyi çaprazlama adimini içeren bir yöntem
SEKIL AÇIKLAMALARI
Sekil 1: En az bir tarafli homolog rekombinasyon yoluyla hedeflenen
insersiyon/degistirmenin sematik görünümü. Makaslar DSBI enzimleri (l-Scel) için
tanima bölgelerini, blok oklar promotörleri, P3 ve P4 oklari primerleri, çapraz ve noktali
çapraz hedef yapi pTCV117 ile onarici DNA pTlBS23 arasindaki potansiyel homolog
rekombinasyonu temsil etmektedir. Higromisin direnci (hng) ve glifosat duyarliligi
(glyphS) için seçim yaptiktan sonra iki olay grubu ortaya çikabilir; (Il) ya (Il) higromisin
direnci kazandiran onarici DNA, rastgele bir bölgede genoma entegre edilir ve hedef
lokustaki EPSPS geni, 358 promotörün ilk (sol) I-Scel bölgesindeki çift sarmalli DNA
kirilma indüksiyonu ile çift yönlü kontrolünden çikarilir, bu durumda P3 x P4 primerleri
ile PCR amplifikasyonu bir PCR ürünü ile sonuçlanmaz veya (l) hedef lokustaki EPSPS
geni, onarici DNA'nin 3'EPSPS fragmani ile homolog rekombinasyon yoluyla kesilir,
burada higromisin direnç geni hedef Iokusunda yer alir ve diger ucunda I-Scel
bölgelerinin hangisinin kullanildigina (seritli desenle gösterilir) bagli olarak çesitli
senaryolar mümkündür, her durumda bölgeye amplifiye edilecek P3 ve P4 primerleri
arasinda bir bölgeye olanak saglanir.
Sekil 2: Homolog olmayan uç birlesmesi yoluyla hedeflenen insersiyon/degistirmenin
sematik görünümü. Higromisin direnci için seçim, onarici DNA pTIBZ36'nin genom
içine rasgele entegrasyonuna neden olabilir, böylece P3 X P4 ve P1 x P2 primerleri ile
PCR amplifikasyonu, bir PCR ürünü ile sonuçlanmaz veya (l-lll) l-Scel bölgelerinin
hangisinin kullanildigina bagli olarak onarici DNA`nin DSBI (I ve III) bölgesine
insersiyonu veya onarici DNA (II) ile BAR geninin degistirilmesi ile çesitli uzunluklarda
P3 X P4 ve P1 x P2 primerlerine sahip PCR ürünleri elde edilir.
BULUSUN FARKLI UYGULAMALARININ DETAYLI AÇIKLAMASI
Bulus sahipleri, çift sarmalli DNA kirilma indüksiyonu yoluyla pamukta hedeflenen
genom modifikasyonunun, bir çift sarmalli kirilma Indükleyici (DSBI) enzim, örnegin bu
türlü bir enzimi kodlayan bir DNA molekülünü ve istege bagli olarak, çift sarmalli DNA
kirilmasinin onarimi için bir sablon olarak islev gören bir DNA molekülünün eklenmesi
yoluyla, örnegin dogrudan DNA transfer yöntemleri (parçacik bombardimani) veya
Agrobacterium aracili DNA iletimi yoluyla kirilabilir embriyogenik kallus kullanarak
verimli olarak gerçeklestirebilir. Bu gönderme prosedürlerini kirilabilir embriyojenik
kallus halinde kullanarak, hedeflenen insersiyonlar, degistirmeler ve delesyonlar, bir
pamuk bitkisinin çekirdek genomunda çift sarmalli kirilma indüksiyonu bölgesi
çevresinde yapilabilir.
Burada kullanildigi sekliyle, nadir bölünen bir endonükleaz, "tanima bölgesi" veya
indükleyebilen enzimdir, diger bir deyisle bölge spesifik endonükleazlardir. Bunlar
dolayi, daha büyük bitki genomlarinda bile çok düsük bölünme frekansina sahiptirler,
örnegin, hedef genomda 20x'den az, 10x'den az, 5x'den az veya sadece bir kez
kesilirler. Nadir bölünen çift sarmalli DNA kirilma indükleyici (DSBI) enzimler, tanima
alanina çift sarmalli bir DNA kirilmasini (DSB) indükleyen nadir bölünen
endonükleazlardir. Homing endonükleazlari, bazen meganükleazlar olarak da
adlandirilirlar, bu tür nadir bölünen endonükleazlarin bir ailesini olustururlar. Bunlar
intronlar, bagimsiz genler veya ara diziler tarafindan kodlanmis olabilir ve daha klasik
restriksiyon enzimlerinden, genellikle Tip II bakteriyel restriksiyon modifikasyon
sistemlerinden kendilerini ayiran çarpici yapisal ve islevsel özellikler sunar. Bunlarin
tanima bölgeleri, çogu restriksiyon enzimi tanima bölgelerinin karakteristik ikili
simetrisinin tersine genel bir asimetriye sahiptir. Intronlar veya inteinler tarafindan
kodlanan birkaç homing endonükleazi, ilgili genetik unsurlarinin, alelik intronsuz veya
inteinsiz bölgelerde homing edilmesini tesvik ettigi gösterilmistir. Intronsuz veya
inteinsiz allellerde bu nükleazlar bir bölge spesifik çift sarmalli kirilma yaparak,
rekombinanjik uçlar olusturur; bunlar, kodlama dizisini kopyalar ve DNA düzeyinde bir
intronun veya ara bir dizinin eklenmesine yol açan bir gen transformasyon islemine
Iyi karakterize edilmis bir homing endonükleaz I-Scel'dir. I-Scel, Saccharomyces
cerevi'sea'daki mitokondriyumda intronun hareketliliginden sorumlu bölgeye özgü
endonükleazdir. Enzim, 218 rRNA geninin istege bagli intron SC LSU.1 tarafindan
kodlanir ve 3'OH çikintilari ile 4 bp'lik kademeli bir kesim üreten intron insersiyon
bölgesinde çift sarmalli bir DNA kirilmasi baslatir. I-Scel endonükleazin tanima bölgesi,
18 bp'lik bir simetrik olmayan dizinin üzerinde uzanir (Colleaux et al., 1988 Proc. Natl.
ayrica halen islevsel olan I-Scel proteininin bir dizi varyanti açiklar.
PCT basvurusu PCT/EP04/013122 (buraya referans olarak dahil edilmistir) bitkilerde
ekspresyon için optimize edilmis olan I-Scel sentetik nükleotid dizi varyantlarini temin
etmektedir. Bu tür sentetik I-Scel kodlayan bölgelerin nükleotid dizisi, UIPAC kodunda
SEQ ID No 1'de verilmektedir. UIPAC kodunun sembolleri normal anlamlarina sahiptir,
diger bir deyisle N=A veya C veya G veya T; R=A veya G;Y=C veya T; B: C veya G
veya T (A degil); V= A veya C veya G (T degil); D=A veya G veya T (C degil); H=A
veya C veya T (G degil); K= G veya T; M: A veya C; 8: G veya C; W=A veya T.
Diger nadir bulunan bölünme DSBI enzimlerinin ve bunlarin ilgili tanima bölgelerinin bir
Ceu l, I-Sce II, I-Sce III, HO, PI-Civ I, PI-Ctr I, PI-Aae I, PI-BSU l, PI-Dhal, PI-Dra I, PI-
Mav I, PI-Mch l, PI-Mfu I, PI-Mfl I, PI-Mga I, PI-Mgo I, PI-Min I, PI-Mka I, PI-Mle l, PI-
Mma I, PI-lVIsh I, PI-Msm I, PI-Mth I, Pl-Mtu I, PI-Mxe I, PI-Npu I, PI-Pfu I, PI-Rma I, PI-
Spb i, PI-Ssp i, PI-Fac i, PI-Mja i, PI-Pho i, PI-Tag i, Pl-Thy i, PI-Tko i veya PI-Tsp i
Ayrica, temelde seçilecek herhangi bir hedef nükleotid dizisini taniyan, özel olarak
hazirlanmis nadir bölünme endonükleazlari tasarlamak için yöntemler mevcuttur.
Kisaca, kimerik restriksiyon enzimleri, belirli bir nükleotid dizisini tanimlamak üzere
tasarlanmis bir çinko-parmak bölgesi ile dogal bir restriksiyon enzimi olan Fokl gibi
spesifik olmayan DNA bölünme bölgesi arasindaki hibridleri kullanarak hazirlanabilir.
Bu gibi enzimlere genel olarak çinko parmak endonükleazlari (ZFE'ler) olarak
kütüphanesinden seçerek özel olarak yapilan nadir bölünme endonükleazlari veya
Degistirilmis dizi özelligi ve DNA-baglama afinitesi ile özel olarak yapilan
edilebilir. Özel olarak tasarlanan nadir bölünme endonükleazlarin bir baska örnegi,
örnegin FOKI katalitik alanina kaynastirilmis Xanthomonas bakteri cinsinden
transkripsiyon aktivatör benzeri efektörlere (TALE'Ier) dayanan TALE olarak bilinen
nükleazlari kapsar. Bu TALE'Ierin DNA baglanma spesifitesi, spesifik hedef dizilerini
tanimak için modifiye edilebilen, tandem-düzenlenmis 34/35-amino asit tekrar
birimlerinin tekrar degisken direzidüler (RVD'leri) ile tanimlanir (Christian et al., 2010,
olarak tasarlanmis nadir bölünme endonükleazlarina, dogal olarak olusmayan
endonükleazlar denir.
Yeniden tasarlanan meganükleazlar dogal olarak olusan endonükleazlardan
türetildiginden, mevcut potansiyel tanima bölgeleri tamamen rastgele degil, yeniden
tasarlanan meganükleazlarin dayandigi dogal olarak olusan endonükleaz tarafindan
orijinal olarak tanimlanan nükleotid dizisine benzerlik göstermektedirler. Gao et al.
(2010, The Plant Journal, pp 1-11) tarafindan belirtildigi gibi, l-Crel'in DNA-baglama
özelliklerini degistirmek için yapi temelli protein tasarim yöntemi, l-CreI-DNA ortak-
kristal yapida, tanima bölgesindeki belirli konumlarda I-Crel baz tercihini degistiren çok
sayida amino asit sübstitisyonunun öngörülmesine yol açmaktadir. Bireysel amino asit
sübstitisyonlari deneysel olarak degerlendirilmistir ve baz tercihinde istenen degisikligi
kazandiranlar, yüksek derecede farkli DNA bölgelerini taniyan I-Crel türevlerini üretmek
için "karisik ve eslesen" mutasyonlardan olusan bir veri tabanina eklenmistir. Teorik
olarak, mevcut mutasyon veri tabani kullanilarak mevcut olan kombinasyonel çesitlilik,
rastgele bir DNA dizisinde yaklasik 1000 bp'lik bir mühendislik endonükleazini
hedeflemek için yeterlidir.
Yeniden tasarlanan meganükleazlar, bir yapi iskelesi olarak kullanilmak üzere dogal
olarak bulunan meganükleaz l-Crel'e dayanabilir. I-Crel, Chlarnydomonas
rheinhardtfnin kloroplastlarinda bulunan bir homing endonükleazdir (Thompson et al.
22 hp DNA bölgesini taniyan ve bir intronun uygulanmasi için kullanilan çift sarmalli bir
DNA kirilmasi yaratan bir homodimerdir. l-Crel, tek bir LAGLIDADG motifi tasiyan
endonükleazlardan bir grubun üyesidir. LAGLlDADG enzimleri, konsensüs motifinin bir
veya iki kopyasini içerir. l-Crel gibi tek motifli enzimler, homodimerler olarak islev
görürken, çift motifli enzimler, iki ayri alanina sahip olan monomerlerdir. Buna göre, bir
tanimasi için yeniden tasarlarken, her biri 22 bp'lik tanima alaninin bir bölümünü
taniyan iki monomerik birim tasarlanir; bunlarin bir çift 22 hp tanima bölgesinde bir çift
Birlikte hareket eden eylem, iki monomerik birimi bir tek Zincirli meganükleaz ile
olusumunu tesvik ederek elde edilebilir. Bu gibi özel olarak tasarlanmis
(yayinlanmamis) tarif edilmistir.
Dolayisiyla, bu türlü dimerik endonükleazlarin birlikte hareket etmesi için, alt birimler,
genomda önceden seçilen bölgede çift sarmalli bir kirilma meydana getirebilmek için
dimerize edilmelidir. Gelistirilmis birlikte gelistirilmis eylem, iki monomerik birimi bir tek
tarif edildigi gibi heterodimerler olusumunu tesvik ederek de basarilabilir.
Hücrelere/dokulara DNA'nin iletilmesi için teknikte çesitli yöntemler bilinmektedir ve
burada referans olarak zikredilen U.S. Pat. No. 5,384,253'de gösterildigi gibi
gibi Agrobacterium-aracili transformasyon, U.S. Patent No. 5,508,184'te gösterildigi
gibi protoplast transformasyon, elektroporasyon, kimyasal yardimli transformasyon,
lipozom aracili transformasyon (bakiniz örnegin A. Deshayes et al. (1985) EMBO J. 4:
2731-7), karbon lifi, silikon karbid lif veya alüminyum borat lifi (genel olarak killar olarak
viral aracili transformasyon (bakiniz, örnegin, SB Gelvin, (2005) Net Biotechnol, 23:
684-5), parçaciklara yapismis heterolog yabanci DNA ile bitki hücrelerinin
bombardimani, balistik parçacik ivmesi, aerosol isin transformasyonu (US Patent
transformasyonu, PEG transformasyonu ve çesitli diger parçacikli olmayan dogrudan-
aracili DNA aktarma yöntemlerini içerir.
Bulusa göre hedeflenen genom modifikasyonu için pamuk hücrelerinin hedeflenmis
genom modifikasyonu, embriyojenik kallus, tercihen kirilabilir kallus üzerinde yapilir.
kümelerinin, bitki dokusu kültürünün bir sonucu olarak daginik olmayan bir kütlesine
karsilik gelir. Kirilabilir kallus, kirilabilir dokularla sürgünler ve kökler olusturma
potansiyeli tasiyan ve sonuç olarak tüm bitkilere rejenere edilen kallus anlamina gelir.
Bu türlü kallus ayrica, papagan-yesili/kremsi renk, sivi ortamda kolaylikla daginik hücre
yigmalari ve nodüler bir sekil ile ayirt edilebilir. Dolayisiyla, burada kullanildigi sekliyle
kendisi, diger bir deyisle bu hücrenin kallus dokusunun bir parçasi oldugu anlamina
Kallus, hipokotil, kotiledon, olgunlasmamis zigot embriyolar, yapraklar, anterler,
yapraklar, ovüller, kökler ve meristemler, kök hücreler ve yapraklari gibi çesitli doku
eksplantlarindan rejenere edilebilir/indüklenebilir. Bu bulusun bir uygulamasinda
eksplant, hipokotil veya kotiledondan alinir. Bir uygulamada embriyojenik kallus
indüksiyonu, eksplantlarin yaklasik 2 ila 4 ay, tercihen 4 ay boyunca aktif karbon içeren
ortamda inkübe edilmesi veya en azindan los isik kosullarinda embriyojenik kallus
olusana kadar gerçeklestirilir.
Bir uygulamada kallus, kallus rejenerasyonu, DNA transferi ve daha sonra seçme ve
rejenerasyon prosedürü boyunca hormonsuz ortamda muhafaza edilir. Burada
kullanilan sekliyle hormonlar, oksinler, örnegin 2.4-D ve sitokininler (örnegin Kin) gibi
bitki hormonlari ile ilgilidir. Bir uygulamada hücreler, tüm prosedür boyunca kati
ortamda tutulur.
Baska bir uygulamada, DNA iletildikten sonra kalluslar, seçici olmayan bir ortamda,
diger bir deyisle, bir seçim bilesigi içermeyen bir ortamda 1-4 gün boyunca, tercihen 3
gün boyunca muhafaza edilir. Seçici olmayan ortam, M100 alt katmaninin bilesenlerini
içerebilir. Seçici olmayan ortamda 1-4 gün sonra, kalluslar, M100 substratinin
bilesenleri ve bir seçim bileseni içerebilen bir ortama aktarilabilir. Transformasyondan
sonra bir seçim bilesigi kullanmak, seçme bilesigine tolerans veren seçilebilir bir
belirteç geni içeren bir onarici DNA'nin birlikte verilmesi durumunda hedeflenen
rekombinasyon olaylarinin zenginlestirilmesine olanak tanir. Embriyogenik kallus
seçildikten sonra, embriyo indüksiyonu ve embriyo çimlenmesi, M104 substratinin ve
aktif karbonun bilesenlerini içerebilen seçici bir ortam üzerinde gerçeklesebilir. Diger
embriyo gelisimi, M702 substrat bilesenlerini içerebilen seçici olmayan bir substrat
üzerinde gerçeklesebilir ve bitki rejenerasyonu, M700 substrat bilesenleri içeren ortam
üzerinde gerçeklesebilir. Çesitli substratlarin bilesenleri asagida tarif edilmektedir.
Burada kullanildigi haliyle, DNA iletimi, bir veya daha fazla DNA molekülünün bir hücre
içine dahil edilmesi anlamina gelmektedir. Bu hem istikrarli transfeksiyona, hem de
dahil edilen DNA molekülünün konakçi hücrenin genomuna istikrarli bir sekilde entegre
edilmesine ve ayni zamanda bu moleküllerin hücrede geçici varligina iliskindir. Bulusun
yöntemlerini gerçeklestirmek için hücrelerin, endonükleaz kodlayan DNA ile kararli bir
sekilde transformasyona tabi tutulmasi gerekmemekle birlikte, endonükleazin geçici
ekspresyonu, DNA çift sarmalli kirilmayi baslatmak için yeterli olabilir.
Hücrelere/dokulara DNA'nin iletilmesi için teknikte çesitli yöntemler bilinmektedir ve
burada referans olarak zikredilen U.S. Pat. No. 5,384,253'de gösterildigi gibi
gösterildigi gibi Agrobacterium-aracili transformasyon, U.S. Patent No. 5,508,184'te
gösterildigi gibi protoplast transformasyon, elektroporasyon, kimyasal yardimli
transformasyon, lipozom aracili transformasyon (bakiniz örnegin A. Deshayes et al.
(, karbon lifi, silikon karbid lif veya alüminyum borat lifi
(genel olarak killar olarak adlandirilir) (bakiniz örnegin J. Brisibe, Exp. Bot 51 (343):
Biotechnol, 23: 684-5), parçaciklara yapismis heterolog yabanci DNA ile bitki
hücrelerinin bombardimani, balistik parçacik ivmesi, aerosol isin transformasyonu (US
transformasyonu, PEG transformasyonu ve çesitli diger parçacikli olmayan dogrudan-
aracili DNA aktarma yöntemlerini içerir.
Spesifik bir uygulamada bulusa uygun pamuk hücrelerini içeren kallus içine DNA
verilmesi, parçacik bombardimani gibi dogrudan DNA transfer yöntemleriyle
gerçeklesti rilir.
Bir uygulamada parçacik bombardimani öncesinde, kalluslar, manitol ve sorbitol içeren
ortamda yaklasik 2 ila yaklasik 20 saat, tercihen yaklasik 2 ila 4 saat boyunca önceden
plazmolize edilir.
Baska bir spesifik uygulamada, DNA'nin bulusa göre pamuk hücrelerine iletilmesi
Agrobacterium aracili transformasyon ile gerçeklestirilir. Bir uygulamada embriyojenik
kalluslar, pamuk hücrelerine dahil edilecek DNA ihtiva eden bir Agrobacterium susuyla
temas ettirilir ve bundan sonra kalluslar yaklasik 3 gün boyunca karanlikta
asetosiringon ve L-sistein içeren ortamda Agrobacterium susuyla birlikte kültive edilir.
Bir baska uygulamada, birlikte-kültive edildikten sonra, transformasyona ugramis
embriyojenik kallus, ayrica triasilin içeren bir seçim ortami üzerinde (diger bir deyisle,
bir veya daha çok seçme bilesigi ihtiva eden) seçilmektedir.
DNA ve yabanci onarici DNA'yi kodlayan endonükleazin ayni veya farkli iletim
yöntemleri kullanilarak sirayla (veya ters sirayla) hücreye veya dokuya (örnegin, kallus)
birlikte iletilebilecegi veya bunlarin eszamanli olarak birlikte iletilebilecegi anlasilacaktir,
örnegin yabanci onarici DNA ve DNA kodlayan endonükleaz ayni karisim içerisinde
veya hatta ayni molekül içinde bulunur.
NLS'si gibi bir nükleer Iokalizasyon sinyalini (NLS) (Raikhel, Plant Physiol. 100: 1627-
1632 (1992) ve buradaki referanslari) Içerebilir ancak bu gerekli degildir. Nükleer
ucunda elverisli bir sekilde bulunur. Nükleer lokalizasyon sinyali, çift sarmalli kirilma
indükleyici enzimin bir veya daha fazla amino asidinin yerini alabilir.
Önceden seçilmis bir bölgede bir çift sarmalli kirilmanin indüksiyonu birkaç potansiyel
uygulamaya izin verir. Herhangi bir yabanci onarici DNA'sinin verilmemesi dahil
edilmemesi durumunda, endonükleaz tanima bölgesi yakinindaki DNA bölgesi, bir veya
daha çok sayida nükleotide delesyon, degistirme veya insersiyon ile degistirilebilir. Bu
yolla, önceden seçilen bölgede daha küçük veya daha büyük delesyon veya
insersiyonlarin olusturulmasi, örnegin, önceden seçilen bölge/tanima bölgesinin
tanimlama bölgesinin yukari ve asagi yönünde yer alan genomik DNA bölgeleri, yukari
ve asagi yöndeki DNA bölgesi arasindaki rekombinasyona olanak saglamak için
birbirlerine yeterli homolojiye sahiplerse, aradaki DNA bölgesi, diger bir deyisle iki
homolog yukari ve asagi yöndeki DNA arasindaki DNA bölgesi bölge silinmis olabilir
(devre tamamlanmistir). Bu, örnegin belirteç genler gibi önceden dahil edilen dizileri,
örnegin; WO 06/105946'da anlatilan yöntemdeki gibi ortadan kaldirmak için kullanilir.
Çift sarmalli DNA kirilma indüksiyonuna, sablon olarak kullanilan yabanci bir onarici
DNA molekülünün girisi eslik ederse, çift sarmalli kirilma onarimi temel olarak üç
sekilde olusabilmektedir. Onarici DNA, DSB bölgesindeki genomik DNA'ya her iki uçta
homolog olmayan uç birlestirme yoluyla entegre edilebilir veya onarici DNA`da
önceden seçilen bölgenin yukari ve/veya asagi bölgelerinde homoloji içeren bir veya iki
bitisik bölge varsa, onarici DNA'nin entegrasyonu da (kismen) homolog rekombinasyon
yoluyla gerçeklesebilir. Bu sekilde, önceden seçilen bölgedeki çift sarmalli kirilma, söz
konusu DNA bölgesi için ilgili bir DNA bölgesinin yakininda örnegin WO 06/105946,
degistirmesini kolaylastiracaktir.
Önceden seçilen bölgede homolog rekombinasyon ile yabanci bir DNA insert etmek
için yabanci DNA, önceden seçilen bölgenin yukari yönünde veya asagi yönünde DNA
bölgesinin nükleotid dizisine benzer bir nükleotid dizisine sahip en az bir bitisik DNA
bölgesini içerebilir. Yabanci DNA ayrica, molekülün karsit uçlarinda yer alan ve söz
konusu bitisik bölgeler ve söz konusu yukari yön ve asagi yön bölgesi arasinda
rekombinasyon saglamak Için önceden seçilen bölgenin yukari ve asagi yönünde DNA
bölgesinin nükleotid dizisi için yeterli homologluga sahip olan iki bitisik DNA
bölgesinden olusabilir.
Burada kullanildigi sekliyle "önceden seçilmis bir bölge" veya "önceden tanimlanmis
belirli bir nükleotid dizisini belirtir; bu konumda, yabanci DNA'nin insersiyonu veya
hedef DNA dizisinin degistirilmesi arzu edilir. Teknikte uzman bir kisi, seçilen hedef
nükleotid dizisini taniyan veya bu türlü bir DSBI endonükleazini üreten bir çift sarmalli
DNA kirilma indükleyioi ("DSBI") enzim seçebilir. Alternatif olarak, bir DSBI
endonükleaz tanima bölgesi, herhangi bir geleneksel transformasyon yöntemi
kullanilarak veya genomunda bir DSBI endonükleaz tanima bölgesine sahip olan bir
bitki hatti kullanilarak geleneksel yetistirme yöntemiyle bitki genomuna insert edilebilir
ve daha sonra, aizu edilen herhangi bir yabanci DNA, önceden dahil edilen seçilmis
hedef bölgeye dahil edilebilir.
Burada kullanildigi sekliyle "yakininda yer alan", önceden tanimlanmis bölgeden, diger
bir deyisle modifiye edilecek olan genomik DNA içindeki bölgeden (hedef bölge) 500
bp, 1 kbp, 2 kbp, 3 kbp, 4 kbp, 5 kbp ila 10kbp bir uzaklikta konumlanan çift sarmalli
DNA kirilma indüksiyonu bölgesi, diger bir deyisle endonükleaz tanima bölgesini ifade
Burada kullanildigi sekliyle, "bitisik bir DNA bölgesi", hedef DNA dizisinin veya önceden
seçilen bölgenin sirasiyla yukari ve/veya asagi yöndeki DNA bölgeleri ile homolojiye
sahip bir nükleotid dizisi olan bir DNA'dir. Bu, amaçlanan modifikasyonun
hassasiyetinin daha iyi kontrol edilmesini saglar. Gerçekten de homolog
rekombinasyon ile entegrasyon, yabanci DNA fragmaninin nükleotid seviyesine kadar
bitki nükleer genomuna tam olarak katilmasini saglayacaktir.
Rekombinasyon için yeterli homologluga sahip olmak için, onarici DNA'nin bitisik DNA
bölgelerinin uzunlugu degisiklik gösterebilir, ve en az yaklasik 10 nükleotid
uzunlugunda olmalidir. Bununla birlikte, bitisik bölge, pratik olarak mümkün oldugunca r
uzun olabilir (örnegin tam bakteri yapay kromozomlarinda (BAC'ler) oldugu gibi
bp olacaktir. Ilgili yabanci DNA'ya bitisik bölgelerin, önceden seçilen bölge ile bitisik
DNA bölgeleri ile özdes olmasi gerekmez ve önceden seçilen bölgeye bitisik DNA
bölgeleri ile yaklasik %80 ila yaklasik %100 dizi özdesligi, tercihen yaklasik %95 ila
yaklasik %100 dizi özdesligi içerebilir. Bitisik bölge uzadikça, homologluk gerekliligi o
kadar azdir. Ayrica dizi kimliginin DSB'nin yakininda pratik olarak mümkün oldugunca
yüksek olmasi tercih edilir. Ayrica, hedef DNA dizisinin bitisik DNA dizilerinin DNA dizisi
degistirilmeden degistirilmesini saglamak için, bitisik DNA dizileri tercihen önceden
seçilen bölgeyi veya degistirilmesi planlanan hedef DNA'ya bitisik yukari ve asagi
yöndeki DNA bölgeleri ile özdes olmalidir. Araya giren DNA dizilerini ortadan kaldirmak
için yukari yönde ve asagi yöndeki bölge arasindaki homolojiyi birbirine baglayan
rekombinasyon için ayni kriterler geçerlidir.
Ayrica, ilgi konusu yabanci DNA'ya bitisik bölgeler önceden seçilen bölgenin hemen
yaninda bulunan bölgelerde homoloji gerektirmemekle birlikte, önceden seçilen
bölgeden uzaktaki genomun bir DNA bölgesinde homoloji olusturabilir. Genomik DNA
ile onarici DNA arasindaki homolog rekombinasyon, daha sonra, önceden seçilmis
insersiyon bölgesi ile homolojinin DNA bölgesi arasindaki hedef DNA'nin ortadan
kaldirilmasina neden olacaktir. Baska bir deyisle, homoloji bölgeleri arasinda bulunan
hedef DNA, bitisik bölgeler arasindaki yabanci DNA'nin yerini alacaktir. Onarici DNA
yalnizca iki bitisik diziden olustugunda, diger bir deyisle herhangi bir araya giren dizi
içermezse, bu yaklasim, iki homoloji bölgesi arasinda yer alan genomik bölgeyi spesifik
olarak silmek için kullanilabilir.
Yabanci onarim DNA'sinda homoloji bölgelerinin bulundugu durumda, bulusa ait
yöntemlerin uygulanmasi için ayni zamanda bölgeye özgü rekombinazlarin
kullanilabilecegi açiktir. Bölgeye özgü rekombinazlar ayni DNA molekülünde
bulunabilen, ancak rekombinasyon meydana gelen iki farkli DNA molekülü üzerinde
bulunan iki tanima bölgesi gerektirir. Dolayisiyla, en az bir adet bu türlü tanima bölgesi
içeren bir onarici DNA, ayni zamanda en az bir adet bu türlü bir bölgeyi içeren bir
genomik Iokusa hedeflenebilir. Bölgeye özgü rekombinazlara örnekler teknikte iyi
bilinmektedir ve örnegin P1 bakteriyofajindan Cre-Lox sistemi (Austin et al., 1981, Cell,
5995-6000).
gibi insersiyon sonra ortadan kaldirilabilen veya kaldirilamayan seçilebilir veya
taranabilir bir belirteç de içerebilir.
Burada kullanildigi sekliyle seçilebilir veya taranabilir belirteçler” teknikte bilinen bir
anlam tasirlar ve bunlarla sinirli olmamakla birlikte bitki eksprese edilebilir fosfinotrisin
asetiltransferaz, neomisin fosfotransferaz, glifosat oksidaz, glifosat toleransli EPSP
enzimi, nitrilaz geni, mutant asetolaktat sintazi veya asetohidroksiasit sintaz geni, B-
glukoronidaz (GUS), R-Iokus genleri, yesil floresan protein ve benzerlerini içerir.
Seçilebilir belirteçler, fosfinotrisin, neomisin, glifosat, higromisin, ALS inhibe edici
herbisitleri (örnegin sülfonil üre ve benzerleri) gibi seçme bilesiklerine tolerans veya
direnç saglayabilirler veya arzu edilen modifikasyonun gerçeklestigi hücreleri seçmek
veya zenginlestirmek için, örnegin görsel (GUS boyama, flüoresan) yollar saglayabilir.
Seçilebilir veya taranabilir belirtecin ve yabanci DNA molekülünün geri kalaninin, bitisik
DNA bölgeleri boyunca homolog rekombinasyon ile dahil edildigi bitki hücresinin veya
bitkinin seçilmesi, örnegin transformasyon DNA'sinda bulunan ancak bitisik DNA
bölgeleri disinda bulunan dizilerin yoklugunda tarama ile elde edilebilir. Gerçekten de,
bitisik DNA bölgelerinin disindaki transformasyon DNA'sindan dizilerin varligi,
transforme edilmis bitki hücrelerinin olusmasinin rastgele DNA insersiyonu olduguna
isaret eder. Bu amaçla, bitisik DNA bölgelerinin disinda bulunan seçilebilir veya
taranabilir belirteçler dahil edilebilir; bu, daha sonra, transformasyon DNA'sinin disinda
yer alan ve bitisik DNA bölgeleri boyunca homolog rekombinasyon ile ortaya
çikabilecek transformasyon DNA'sinin disinda yer alan seçilebilir veya taranabilir
belirteçleri bulunmayan bitki hücrelerini tanimlamak için kullanilabilir. Alternatif olarak,
transformasyon DNA molekülü, bu tür genlerin yokluguna yönelik seçime izin veren
(negatif seçilebilir belirteç` genler) bitisik DNA bölgelerinin disinda seçilebilir belirteçler
içerebilir.
Bulusa göre yöntemlerin, belirli bir nükleotid dizisi imzasina, örnegin sonraki tanimlama
için, bir nükleotid dizisine sahip DNA içeren bir herhangi bir ilgili DNA'nin insersiyonuna
olanak sagladigi açikça görülecektir. Ilgili DNA, bir herbisit toleransi geni, bir böcek
direnç geni, bir hastalik direnci geni, bir abiyotik stres direnç geni, bir bitki direnci geni,
yag biyosentezinde veya karbonhidrat biyosentezinde rol oynayan bir enzimi kodlayan
bir gen, lif kuvveti veya lif uzunlugunda yer alan bir enzimi kodlayan bir gen, sekonder
metabolitlerin biyosentezi ile ilgili bir enzimi kodlayan bir gen dahil ancak bunlarla sinirli
olmayacak sekilde bir veya daha fazla bitki ekprese edebilir gen(ler) olabilir.
Herbisit tolerans genleri, enzim 5-enolpiruvilsikimat-S-fosfat sentezini (EPSPS)
kodlayan bir geni içerir. Bu türlü EPSPS genlerine örnek olarak, Salmonella
typhimurium bakterisinin AroA geni (mutant CT7) (Comai et al., 1983, Science 221,
veya bir Eleusine EPSPS (WO 01166704) bulunmaktadir. Ayni zamanda örnegin EP
mutasyona ugramis EPSPS de olabilir. Glifosat toleransli bitkiler, U.S. Patent No.
kodlayan bir genin eksprese edilmesi yoluyla da elde edilebilir. Glifosat toleransli
tarif edildigi gibi bir glifosat asetil transferaz enzimini kodlayan bir genin eksprese
edilmesi yoluyla da elde edilebilir. Glifosat toleransli bitkiler, örnegin WO 01/024615
veya WO 03/013226'da tarif edildigi gibi, yukarida bahsedilen genlerin dogal olarak
olusan mutasyonlarini içeren bitkiler seçilerek elde edilebilir. Glifosat toleransina sahip
EPSPS genleri, örnegin U.S. Patent Basvuru No
Dekarboksilaz genleri gibi glifosat tolerans saglayan diger genler, örnegin U.S. patent
açiklanmaktadir.
Diger herbisit tolerans genleri, herbisidi detoksifiye eden bir enzim veya inhibisyona
dirençli bir mutant glutamin sentaz enzimini kodlayabilir, örnegin 11/760,602 sayili U.S.
Patent Basvurusunda açiklanmaktadir. Bu türlü etkili detoksifiye edici bir enzim, bir
fosfinotrisin asetiltransferaz (Streptomyoes türünden çubuk veya pat proteini) kodlayan
bir enzimdir. Fosfinotrisin asetiltransferazlar örnegin U.S. Patent No. 5,561,236;
7,112,665'de açiklanmaktadir.
Herbisit tolerans genleri ayrica, hidroksifenilpiruvatoksijenaz enzimini (HPPD) inhibe
eden herbisitlere de tolerans gösterebilir. Hidroksifenilpiüretik oksijenazlar, para-
hidroksifenilpiruvatin (HPP) homojenlestirmeye dönüstürüldügü reaksiyonu katalize
eden enzimlerdir. HPPD-inhibitörlerine toleransli bitkiler, dogal olarak olusan bir dirençli
mutasyona ugramis veya kimerik HPPD enzimini kodlayan bir gen ile transforme
edilebilir. HPPD-inhibitörlerine karsi tolerans, natif HPPD enziminin HPPD-inhibitörü
tarafindan engellenmesine ragmen homogentisat olusumunu saglayan bazi enzimleri
sifreleyen genlerle bitkiler dönüstürerek de elde edilebilir. Bu tür bitkiler ve genler WO
bir genin yani sira, prehonat deshidrojenaz (PDH) aktivitesine sahip bir enzimi
kodlayan bir gen ile transforme ederek de iyilestirilebilir. Ayrica, bitkiler, HPPD
CYP450 enzimleri gibi HPPD inhibitörlerini metabolize edebilen veya indirgeyebilen bir
enzimi kodlayan bir geni genomlarina ekleyerek daha toleransli hale getirebilirler.
Yine herbisit tolerans genleri, örnegin Tranel ve Wright (2002, Weed Science 50: 700-
,013,659'de açiklandigi gibi varyant ALS enzimlerini (ayrica asetohidroksiasit sintazi,
AHAS olarak da bilinir), kodlamaktadir. Sülfonilüreye toleransli bitkiler ve imidazolinona
uluslararasi yayin WO 96/33270'de açiklanmaktadir. Diger imidazolinon tolerans
Böcek dirençli gen, asagidakileri kodlayan bir kodlama dizisi içerebilir:
1) Bacillus thuringiensis'den bir insektisidal kristal proteini veya Crickmore et al. (1998,
Microbiology and Molecular Biology Reviews, 62: 807-813) tarafindan listelenen ve
Crickmore et al. (2005) tarafindan Bacillus thuringiensis toksin isimlendirme, çevrimiçi:
http://www.Iifesci.sussex.ac.uk/Home/Neil_Crickmore/Bt/)'de güncellenen insektisidal
kristal proteinleri gibi insektisidal bir bölüm, veya böcek öldürücü bölümler, örnegin Cry
protein siniflari Cry1Ab, Cry1Ac, Cry1B, Cry1C, Cry1D, Cry1 F, Cry2Ab, Cry3Aa veya
Cry3Bb veya bunlarin insektisidal bölümleri (örnegin, EP 1999141 ve WO
tarafindan kodlanan proteinler; veya
2) Bacillus thuringiensis'ten bir kristal protein veya Bacillus thuringiensis`den bir ikinci
kristal proteinin varliginda insektisidal olan bir bölümü, örnegin Cry34 ve Cry35 kristal
proteinlerinden olusan ikili toksin gibi bir bölüm (Moellenbeck et al. 2001 Nat.
1774) veya Cry1A veya Cry1 F proteinlerinden ve Cry2Aa veya Cry2Ab veya Cry2Ae
proteinlerinden olusan ikili toksin (US Patent Basvurusu No. 12/214,022 ve EP
08010791 .5); veya
3) Bacillus thuringiensis'ten farkli insektisidal kristal proteinleri, örnegin bir protein
hibriti, örnegin yukaridaki 1)'in proteinlerinin bir hibridini veya yukaridaki 2)
proteinlerinin bir hibridini içeren bir hibrid insektisidal protein, örnegin, misir olayi
MON tarafindan üretilen Cry1A.105 proteini veya
4) bir hedef böcek türüne karsi daha yüksek bir insektisidal aktivite elde etmek ve/veya
etkilenen hedef böcek araligini genisletmek için, ve/veya klonlama veya
transformasyon sirasinda kodlayan DNA'ya dahil edilen degisikliklerden dolayi, örnegin
olayinda Cry3A proteini, bazi, özellikle de 1 ila 10, amino asidi, bir baska amino asit ile
degistiren yukaridaki 1) ila 3)'ün herhangi birindeki bir protein; veya
) Bacillus thuringiensis veya Bacillus cereus'tan bir insektisidal salgilanan protein veya
httpzl/www.lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/vip.html'de listelenen örnegin
vejetatif insektisidal (VlP) proteinler gibi bir insektisidal bölümü, örnegin, VlP3Aa
protein sinifindan proteinler; veya
6) Bacillus thuringiensis veya B. cereus'tan ikinci bir salgilanmis proteinin, örnegin
VIP1A ve VIP2A proteinlerinden (WO 94/21795) olusan ikili toksin varliginda
insektisidal olan Bacillus thuringiensis veya Bacillus cereus'tan salgilanan bir protein;
7) yukarida 1) 'deki proteinlerin bir hibridi veya 2)' deki proteinlerin bir hibridi gibi
Bacillus thuringiensis veya Bacillus cereus'tan farkli salgilanan proteinlerin bölümlerini
içeren bir hibrid insektisidal protein; veya
8) bir hedef böcek türüne karsi daha yüksek bir insektisidal aktivite elde etmek ve/veya
etkilenen hedef böcek araligini genisletmek için, ve/veya klonlama veya
transformasyon sirasinda kodlayan (halen insektisidal bir proteini kodlarken) DNA'ya
dahil edilen degisikliklerden dolayi, örnegin pamuk olayi COT102'deki VIP3Aa proteini
gibi, bazi, özellikle de 1 ila 10, amino asidi, bir baska amino asit ile degistiren
yukaridaki 5) ila 7)'nin herhangi birindeki bir protein; veya
9) Bacillus thuringiensis'den veya Bacillus cereus'dan salgilanan, VIP3 ve Cry1A veya
Cry1F'den olusan ikili toksin gibi Bacillus thuringiensis'ten bir kristal proteinin varliginda
VIP3 proteini ve Cry2Aa veya Cry2Ab veya Cry2Ae proteinlerinden (US Patent
) bir hedef böcek türüne karsi daha yüksek bir insektisidal aktivite elde etmek
ve/veya etkilenen hedef böcek araligini genisletmek için ve/veya klonlama veya
transformasyon sirasinda kodlayan (halen insektisidal bir proteini kodlarken) DNA'ya
dahil edilen degisikliklerden dolayi, bazi, özellikle 1 ila 10 amino asitlerin bir baska
amino asit ile degistirildigi yukaridaki 9)un bir proteini.
Burada kullanilan sekliyle "böcek dirençli bir gen" ayrica, bir bitki böcek zararlisi
tarafindan yutulmasi üzerine, bu böcek zararlilarinin büyümesini inhibe eden, örnegin
dizi ihtiva eden transgenler içerir.
Abiyotik stres tolerans genleri asagidakileri içerir:
edildigi gibi bitki hücrelerinde veya bitkilerde poli (ADP-riboz) polimeraz (PARP) geninin
ekspresyonunu ve/veya aktivitesini azaltabilen bir transgen.
kodlayan genlerinin ekspresyonunu ve/veya aktivitesini azaltabilen bir transgen.
nikotinik asit mononükleotit adenil transferaz, nikotinamid adenin dinükleotid sentetaz
veya nikotin amid fosforobosiltransferaz gibi nikotinamid adenin dinükleotit kurtarma
sentez yolaginin bitki fonksiyonel bir enzimini kodlayan birtransgen.
özellikle de inulin ve Ievan tipi üretiminde yer alan enzimler, WO 95/31553'te
enzimleri içerir.
Teknikte uzman bir kisi, nükleer genoma ilaveten bulusun yöntemlerinin örnegin;
kloroplast genomu veya mitokondri genomunu modifiye etmek için uygulanabilecegini
bilir, burada önceden tanimlanmis alanda DSB indüksiyonu yer alir ve ayrica
endonükleaz enzimine dogru hedef sinyali vererek arttirilabilir.
Ayrica pamuk bitki hücreleri ve bulusun yöntemlerine göre üretilen bitkiler de
açiklanmaktadir. Bu türlü bitkiler, bir hedef diziye insert edilen veya hedef dizi yerine bir
heterolog veya yabanci DNA dizisi içerebilir veya bir delesyon içerebilir ve yalnizca
belirli modifikasyonun mevcudiyetiyle öncül bitkilerden farkli olacaktir.
Açiklandigi üzere bulusa ait bitki hücreleri, diger bir deyisle T-DNA kombinasyonunu
içeren bir bitki hücresi ve burada açiklanan yöntemlere göre üretilen bitki hücreleri,
amaçlanan genomik modifikasyonu içeren, yayilmayan hücreler olabilir.
Burada tarif edilen yöntemlerle elde edilen pamuk bitkileri, hedeflenen modifikasyonu
içeren döl bitkiler elde etmek için diger bitkilerle geleneksel üreme teknikleri ile ayrica
çaprazlanabilir.
Burada açiklanan pamuk bitkiler ve tohumlarina, asagidaki listeden seçilen bir kimyasal
bilesik seklinde bir kimyasal bilesik ile daha da muamele edilebilir:
- Herbisitler: Diuron, Fluometuron, MSMA, Oksifluorfen, Prometrin, Trifluralin,
Karfentrazon, Kletodim, FIuazifop-butil, Glifosat, Norflurazon, Pendimetalin, Piritiyobak-
sodyum, Trifloksisülfüron, Tepraloksidim, Glüfosinat, Flumioksazin, Tidiazuron
° Insektisitler: Asefat, Aldikarb, Klorpirifos, Sipermetrin, Deltametrin, Abamektin,
Asetamiprid, Emamektin Benzoat, Imidakloprid, Indoksakarb, Lambda-Sihalotrin,
Spinosad, Tiyodikarb, Gama-Sihalotrin, Spiromesifen, Piridil, Flikonamid Flubendiamit,
Triflümüron, Rinaksipir, Beta-Siflutrin, Spirotetramat, Klotianidin, Tiyametoksam,
Tiyakloprit, Dinetofuran, Flubendiamid, Siazipir, Spinosad, Spinotoram, gamma
Avermektin, Flonikamid, Piridil, Spiromesifen, Sulfoksaflor
. Fungisitler: Azoksistrobin, Biksafen, Boskalid, Karbendazim, Klorotalonil, Bakir,
Siprokonazol, Difenokonazol, Dimoksistrobin, Epoksikonazol, Fenamidon, Fluazinam,
Fluopiram, Fluoksastrobin, Fluksapiroksad, Iprodion, Izopirazam, Izotianil, Mankozeb,
Maneb, Metominostrobin, Penti0pirad, Pikoksistrobin, Propineb, Protiyokonazol,
Piraklostrobin, Kintozen, Tebukonazol, Tetrakonazol, Tiyofanat-metil, Trifloksistrobin.
Burada kullanildigi sekliyle pamuk, mevcut herhangi bir pamuk çesidine deginmektedir.
Örnegin, pamuk bitki hücresi, pamuk yetistirilmesi için yararli çesitli türden olabilir. En
çok kullanilan pamuk çesitleri arasinda Gossypium barbadense, G. hii'sutum, G.
arboreum ve G. herbaceum'dur. Diger çesitler arasinda G. africanum ve G. raimondii
Burada açiklanan pamuk bitkilerinin örnekleri, Coker 312, Coker310, Coker 5Acala SJ-
Acala G0356, Acala GCS10, Acala GAM1, Acala C1, Acala Royale, Acala Maxxa,
Acala olmayan i'toplayici" Siokra, "siyirici" çesidi, F02017, Coker 315, STONEVILLE
C1, CHEMBRED C2, CHEMBRED CB. CHEMBRED C4, PAYMASTER 145, HS26,
HS46, SICALA, PIMA 86 ORO BLANCO PIMA, FIBERMAX FM5013, FIBERMAX
FM5017 veya FlBERMAX FM5024 ve bunlarin türemis genotipleri olan bitkilerdir.
Bunlar, yukarida açiklanan yöntemlerin uygulanmasi için uygundur.
Burada kullanildigi sekliyle "ihtiva eden", söz konusu özelliklerin, tam sayilarin,
basamaklar veya bilesenlerin varliginin belirtilmesi olarak yorumlanacak ancak bir veya
daha fazla özellik, tamsayi, basamak veya bilesenin veya bunlarin gruplarinin varligini
veya eklenmesini engellemeyecektir. Bu nedenle, örnegin bir nükleotid veya amino asit
dizisini içeren bir nükleik asit veya protein, aslinda belirtilenlerden daha fazla nükleotit
veya amino asit içerebilir, diger bir deyisle daha büyük bir nükleik asit veya protein
içinde yer alabilir. islevsel veya yapisal olarak tanimlanan bir DNA bölgesinden olusan
kimerik bir gen ek DNA bölgeleri vb. ihtiva edebilir.
bitki parçalari gibi kendi kendine elde veya çaprazlama yoluyla elde edilen tohum gibi,
parentlerin belirgin özelliklerini koruyan bitkilerden olusan bir dölü de kapsar.
Burada kullanildigi sekliyle, "bitki parçasi", meyveler, tohumlar, embriyolar, lifler,
meristematik bölgeler, kallus dokusu, yapraklar, kökler, sürgünler, çiçekler,
gametofitler, sporfitler, polen ve mikrospor dahil olmak ancak bunlarla sinirli olmayan
herhangi bir bitki organi veya bitki dokusunu içerir.
Burada kullanildigi sekliyle "protein" veya "polipeptit" terimleri, 30'dan fazla amino
asitten olusan bir molekül grubunu tarif eder, buna karsin "peptit" terimi 30'a kadar
amino asitten olusan molekülleri tanimlar. Proteinler ve peptitler ayrica dimerler,
trimerler ve daha yüksek oligomerler, diger bir deyisle birden fazla (poli)peptit
molekülünden meydana gelebilir. Bu tür dimerler, trimerler vb. olusturan protein veya
peptit molekülleri özdes veya özdes olmayan olabilir. Dolayisiyla, karsilik gelen daha
yüksek sira yapilari, homo- veya heterodimerler, homo- veya heterotrimerler vb. olarak
adlandirilir. "Protein" ve "peptit" terimleri ayrica glikosilasyon, asetilasyon, fosforilasyon
ve benzerleri ile modifikasyonun gerçeklestirildigi dogal modifiye proteinleri veya
peptitleri ifade eder. Bu modifikasyonlar teknikte iyi bilinmektedir.
Bu bulusun amaci dogrultusunda, iki ilgili nükleotid veya amino asit dizisinin bir yüzde
olarak ifade edilen i'dizi özdesligi", karsilastirilan konumlarin sayisi ile bölünen ayni
kalintilara (X100) sahip iki optimal olarak hizalanmis dizi içindeki konum sayisini ifade
etmektedir. Bir aralik, diger bir deyisle bir kalintinin bir dizide mevcut oldugu ancak
digerinde bulunmayan bir hizadaki bir konum, özdes olmayan kalintilara sahip bir
konum olarak kabul edilir. Iki dizinin hizalanmasi Needleman ve Wunsch algoritmasi ile
gerçeklestirilmistir (Needleman and Wunsch 1970). Yukaridaki bilgisayar destekli dizi
hizalama, uygun bir sekilde, Wisoonsin Paketi Sürüm 10.1'in (Genetics Computer
Group, Madison, Wisconsin, ABD) bir parçasi olan GAP gibi standart yazilim
programini kullanarak varsayilan bir bosluk yaratma penaltisi 50 ve bosluk uzatma
penaltisi 3'e sahip bir puanlama matrisini kullanarak geleneksel olarak
gerçeklesti rilebilir.
boyut olarak) bulunan dizi listesinde SEQ lD No: 1 ila SEQ ID No: 4 olmak üzere 4 dizi
bulunur; burada elektronik gönderme yoluyla ve buraya referans olarak dahil edilmistir.
Asagidaki sinirlayici olmayan Örnekler, bir DSBI enzimi ve hem Agrobacterium aracili
ayni zamanda embriyojenik kallustaki dogrudan iletim yöntemleri kullanilarak bir pamuk
bitki hücresinin genomunun modifiye edilmesi için yöntemleri tarif etmektedir.
Örneklerde aksi belirtilmedigi sürece, bütün rekombinant DNA teknikleri, Sambrook et
al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring
Harbor Laboratory Press, NY ve Volumes 1 and 2 of Ausubel et al. (1994) Current
Protocols in Molecular Biology, Current Protocols, USA'da açiklandigi gibi standart
protokollere göre gerçeklestirilir. Bitki moleküler çalismasi için standart materyaller ve
yöntemler, Plant Molecular Biology Labfax (1993) R.D.D. Croy, birlikte BIOS Scientific
Publications Ltd (UK) ve Blackwell Scientific Publications, UK tarafindan yayinlanmistir.
Standart moleküler biyoloji teknikleri için diger referanslar arasinda, Sambrook and
Russell (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third Edition, Cold Spring
Harbor Laboratory Press, NY, Volumes l and Il of Brown (1998) Molecular Biology
LabFax, Second Edition, Academic Press (UK). Standard materials and methods for
polymerase chain reactions can be found in Dieffenbach and Dveksler (1995) PCR
Primer: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, ve McPherson et
al. (2000) PCR - Basics: From Background to Bench, First Edition, Springer Verlag,
Germany bulunmaktadir.
ÖRNEKLER
Örnek 1: vektör yapimi
Standart rekombinant DNA teknikleri kullanilarak asagidaki islevsel olarak bagli
elemanlari içeren DNA vektörleri hazirlandi (sematik olarak sekil 1 ve 2'de gösterildi):
Hedef DNA vektörü pTCV:
- I-Scel bölgesi (nt 31-14)
nopalin sintaz geninin 3' Çevrilmemis bölgesini içeren dizi,
- Bar: Streptomyces hygroscopicus'un BAR geninin kodlama bölgesi (nt 240-791, ters
tamamlayici)
- 5'cab22L: Petunia hybrida'nin klorofil a/b baglayici protein geninin (Harpster et al.,
tamamlayici) gen 7 3' uç terminasyon ve poliadenilasyon bölgesi,
o I-Scel tanima bölgesi (nt 1643 - 1617)
(misir) ve Helianthus annuus'un (ayçiçegi) RuBisCO küçük altbirim genlerinin dizisini
içeren, optimize edilmis transit peptiti kodlayan dizi.
geninin 3' çevrilmemis bölgesini içeren dizi,
- RB: sag T-DNA siniri (nt 4594-4618)
Onarici DNA vektörü pTIB:
ters tamamlayici)
klorofil a/b baglayici protein geninin lider dizisini içeren dizi,
terminasyon ve poliadenilasyon bölgesi,
- Pcsvmv XYZ: CsVMV promotör fragmani (1285-1724)
- 5'csvmv: CsVMV promotörünün lideri (nt 1725-1797)
- hyg-1 Pa: E.coli'nin higromisin direnç geni (nt 1804-2829)
- RB: Sag T-DNA siniri (nt 4267-4243)
Onarici DNA ve endonükleaz ekspresyon vektörü pTlB:
- LB: Sol T-DNA siniri (nt 1-25)
tamamlayici)
. hyg-1 Pa: E. coli'den higromisine dirençli gen (nt 340-1365, ters tamamlayici)
- 5'csvmv: CsVMV'nin lideri (nt 1372-1444, ters tamamlayici)
o Pcsvmv XYZ: CsVMV promotör fragmani (1445-1884, ters tamamlayici)
- I-SceI: universal kod I-Scel kodlama bölgesi (nt 2185-2919, ters tamamlayici)
lider dizi
- RB: Sag T-DNA siniri (nt 4592-5655)
ekspresyon vektörü ptrr26 (SEQ ID No: 4):
- RB: Sag T-DNA siniri
- 5'ats1b: Arabidops/s tha/iana rbcS ATS1A geninden lider dizi
- NLSsv40: SV40 nükleer Iokalizasyon sinyali
- I-Scel: universal kod l-Scel kodlama bölgesi
- 3'358
° LB: Sol T-DNA siniri
Örnek 2: Ortam ve tamponlar
Asagida örnekler 3, 4 ve 5'de tarif edildigi gibi embriyonik kallus üretimi ve
transformasyonu sirasinda kullanilan ortam ve tamponlar:
AS + 100 mg/L L-sistein (L-sistein her zaman yeni hazirlanmali ve otoklavlamadan
sonra eklenmelidir)
g/L, glukoz 30 g/L, pH 5.8
agar 2.25 g/L, sukroz 20 g/L, pH 6.8
agar 5 g/L, sukroz 5 g/L, pH 6.8
AC: aktif karbon 2 g/L
AS: DMSO içinde 100 uM asetosiringon
Örnek 3: Kirilgan embriyojenik kallus jenerasyonu
Coker 312'den elde edilen pamuk tohumu, kati çimlenme ortami M100 üzerinde,
hormonlar olmadan, 7-10 gün karanlikta 28°C'de çimlendi. Daha sonra embriyojenik
kallus indüksiyonu, fidelerdeki hipokotil eksplantlarin kati M100 ortami üzerinde
(hormonsuz) inkübe edilmesiyle gerçeklestirildi. Hipokotillerin kesik yüzeyindeki yarali
kallus hizli proliferasyon göstermeye basladigindan itibaren yaklasik 2 ay sonra,
embriyojenik kallusun zenginlestirilmesi ve korunmasi için alt-kültür, aktif karbonlu kati
M100 ortami üzerinde yapilir (29/L). Embriyojenik kallus indüksiyonu ve bakimi
28°C'de los isik kosullarinda (yogunluk: 1 ila 7 umol m'2 saniye'1; fotoperiyod: 16 saat
isik/8 saat karanlik) gerçeklesir.
Örnek 4: Parçacik bombardimani ile pamuk embriyogenik kallus
transformasyonu
Parçacik bombardimani kullanilarak pamuk embriyojenik kallusun transformasyonu için
asagidaki prosedür takip edildi:
- Bir DSB'nin neden oldugu hedeflenen modifikasyonu sunacak bir hedef hattin örnek
3'ün kirilgan pamuk embriyojenik kallusu (EC), alt kültürden 2 ila 3 hafta sonra toplanir
ve bir filtre kagidinin üstünde bir Büchnerfilter vasitasiyla bombardimandan ~2 ila ~20
saat önce 0.2 M manitol ve 0.2M sorbitol ile M100 substrati üzerinde ince bir tabaka
halinde kaplanir
preplazmikozasyondan sonra, EC istege bagli olarak bir onarici DNA (~ 0.5 pmol)
varliginda endonükleaz DNA (~ 0.5 pmol) ile bombardiman edilir,
- Bombardiman kosullari:
0 altin parçaciklarinin çapi: 0.3-3um
o yirtilma diski: 1100-1350 psi
o hedef dokuya olan uzaklik: 9 cm
0 hazne vakumu ~27 (Hg cinsinden)
o BioRAD PPS_1000/He Biyolistik Parçacik iletim sistemi
- Bombardimandan sonra, filtreler, seçici madde içermeyen 0.2 M manitol veya M100
substrat ile M100 alt tabakasina aktarilir.
sonra filtreler ya 50 mg/L higromisin veya 1 mM glifosat veya 5 mg/L PPT ile seçici
M100 substratina aktarilir
- Yaklasik 2 ila 3 hafta sonra prolifere edici kalluslar filtreler arasindan seçilir ve ayrica
50 mg/L higromisin veya 1 mM glifosat veya 5 mg/L PPT ile seçici M100 substrat
üzerine küçük yiginlar halinde alt kültürlenir. 28°C'de dimmer kosullarinda seçici M100
substrati üzerinde ~3 haftalik alt kültür araliklariyla ~6 hafta alt kültür döneminden
sonra, transformasyona ugramis EC/somatik embriyolar seçilebilir.
transformasyona ugramis EC/somatik embriyolarin seviyesinde gerçeklestirilir.
- Bitki rejenerasyonu, EC/somatik embriyolarin aktif karbon (AC) ve buna tekabül eden
seçici ajanin M104 üzerine kaplanmasiyla isik kosullarinda (yogunluk: 40 ila 70 umol
m'zsaniye'1; fotoperiyod: 16 saat isik/8 saat karanlik) 28°C'de baslatilir.
- Yaklasik bir ay sonra yaklasik 0.5-1 cm'lik bireysel embriyo, AC ve ilgili seçici madde
ile M104 üzerinde bir filtre kagidinin üzerine aktarilir.
- Daha iyi çim veren embriyolar, 28°C'de isik kosullarinda (yogunluk: 40 ila 70 umol m-2
speC'i; fotoperiyod: 16 saat isik/8 saat karanlik) seçici olmayan çimlenme substratina
M702 aktarilir.
- Bir ila iki ay sonra, daha fazla gelismekte olan embriyolar, küçük bitkiler halinde
gelismek üzere 28°C'de isik kosullarinda (yogunluk: 40 ila 70 umol m'2 saniye'l;
fotoperiyod: 16 saat isik/8 saat karanlik) M700 substratina aktarilir.
Örnek 5: Agrobacterium aracili DNA iletimi ile pamuk embriyogenik kallusun
transformasyonu
Agrobacterium kullanilarak pamuk embriyogenik kallusun transformasyonu için
asagidaki prosedür takip edildi:
- Bir hedef hattin 3. örneginde, substrat 100 üzerinde alt kültürden 2 ila 3 hafta sonra
DSB ile indüklenen hedeflenmis bir modifikasyonun baslatilmasi için kirilgan pamuk
embriyojenik kallus (EC) ve 5x10B hücre/ml'lik bir Agrobacterium süspansiyonuna 20'
için ile M100 substrat pH 5.2'de daldirma uygulanmistir.
Agrobacterium susu, onarici DNA ve endonükleaz kodlayan geni içeren bir vektörü
100 mg/L L-sistein ile birlikte kültive edildikten 3 gün sonra EC, ya bir filtre kagidinin
üzerine, bir Büchner filtresi veya M100 substrat pH5.8, 250mg/L triasilin ve selektif bir
madde (higromisin 50mg/L veya PPT 5mg/L veya glifosat 1 ila üzerinde küçük
kümeler halinde aktarilir ve 28°C'de los isikta (yogunluk: 1 ila 7 umol rn'2 saniye'1; 16
saat isik/8 saat karanlik) inkübe edilir.
ile seçici M100 alt tabakasi üzerine küçük yiginlar halinde alt kültürlenir. 28°C'de
dimmer kosullarinda seçici M100 substrati üzerinde ~ 3 haftalik alt kültür araliklarinda
~ 6 hafta boyunca bir alt kültür döneminden sonra, transformasyona ugramis
EC/somatik embriyolar seçilebilir.
° Hedeflenen modifikasyon olaylarinin tanimlanmasi için, transformasyona ugramis
EC/somatik embriyolarin seviyesinde bir moleküler tarama gerçeklestirilir.
tekabül eden seçici ajanin isik kosullari altinda kaplanmasiyla (yogunluk: 40 ila 70
umol m'2 saniye'1; fotoperiyod 16 saat isik/8 saat karanlik) 28°C'de baslatilir. Bu
adimdan itibaren, substratlar artik antibiyotik içermez.
- Yaklasik bir ay sonra, yaklasik 0.5-1 cm'lik bireysel embriyo, aktif karbon (AC) ve
buna tekabül eden seçici substratli M104 üzerindeki bir filtre kagidinin üzerine aktarilir.
- Diger çimlenen embriyolar, isik kosullarinda (yogunluk: 40 ila 70 umol m'2 saniye'l;
fotoperiyod 16 saat isik/8 saat karanlik) seçime bagli olmayan çimlenme 28°C'de
substrati M702 üzerine aktarilir.
- Bir ila iki ay sonra, daha da gelismekte olan embriyolar hafif fenometreler (yogunluk:
40 ila 70 umol nT2 saniye'1; fotoperiyod (16 saat isik/8 saat karanlik» altinda küçük
bitkiler halinde gelismek üzere 28°C'de M7OO substratina aktarilir.
Örnek 6: Hedeflenen genom mühendisliginin degerlendirilmesi için hedef bitkiler
üretilmesi
PTCV117 hedef DNA vektörünü içeren transjenik pamuk bitkileri, örnek 5'de tarif
edildigi gibi Agrobacterium tarafindan üretildi. pTCV117 vektörü, iki l-Scel tanima
bölgesi ile bir promotörsüz EPSPS geni arasinda bulunan fonksiyonel bir 35S-tahrikli
bar geni içeriyordu (bakiniz Sekil 1). Hedeflenen rekombinasyonu degerlendirmek için
baslangiçta bir 35S-I-Scel ekspresyon kaseti ve hedeflenen DNA'ya homoloji
bölgelerine sahip bir onarici DNA'siyIa, bir histon promotörünün eklenmesiyle
promotörsüz epsps geninin restorasyonu için bu bitkilerin transformasyonu
amaçlanmistir, bu da glifosat toleransinin kazanilmasina neden olmustur. Bununla
birlikte, bu pTCV117 bitkileri, muhtemelen 358 promotörünün iki yönlü transkripsiyonel
aktivitesinden ötürü glifosat için yüksek düzeyde toleransa sahipmis gibi görünür ve
böylece deneyi kullanilamaz hale getirir.
Örnek 7: Hedeflenen insersiyon veya homolog rekombinasyon yoluyla
degistirme
Böylece, sekil 1'de sematik olarak gösterildigi gibi, bir ucunda bir 3' epsps gen fragmani
bitisik (hedef Iokusunda EPSPS geni ile homolog rekombinasyona olanak saglar,
EPSPS geninin 5' bölümünü higromisin geni ile degistirir), diger ucunda 5' bar gen
fragmanina) bagli bir 358 yükseltici ile bitisik islevsel bir CSVMV ile tahrik edilen
higromisin direnç genini içeren, hedef DNA'ya homoloji bölgelerine sahip yeni bir
transforme edildi ve ptrr26 vektörü, örnek 4'te tarif edildigi gibi parçacik bombardimani
kullanilarak bir 358 promotöre islevsel olarak bagli bir universal kod I-Scel kodlama
bölgesi içeriyordu.
Ilk olarak transformantlar, higromisin toleransi açisindan tarandi, çünkü bu, onarici
DNA pTl8232'sinin insersiyonunu belirtmektedir. Daha sonra Hng olaylari, hedef
degerlendirildi. Bu sekilde elde edilen 36 hng ve GIyS rekombinantlari ayrica, EPSPS
geninin yukari yönündeki genomik bölgeyi ve higromisin genini taniyan primer çifti P3
xP4 kullanilarak PCR analizi ile karakterize edildi (Sekil 1). Bu, 8 potansiyel dogru gen
hedefleme olayinin tanimlanmasina neden olmustur (epsps geninin 5' bölümünün
higromisin geni tarafindan en az bir tarafli homolog rekombinasyonla degistirilmesi:
sekil 1'de yapilandirma I) ve bu durum daha sonra P3, P4 primer seti ile elde edilen
PCR ürününün dizi analiziyle dogru gen hedefleme olaylarini gerçekten de
dogrulanmistir.
Örnek 8: Homolog olmayan uç birlesme yoluyla hedeflenen insersiyon veya
degistirme
pTCV117 bitkileri, örnek 5'de tarif edildigi gibi Agrobacteruim-aracili DNA transferi
kullanilarak hedef bölgeye homoloji tasimayan fonksiyonel bir hng geni ve fonksiyonel
bir evrensel kod l-Scel kodlama geni içeren onarici DNA ve endonükleaz ekspresyon
vektörü pTIBZ36 ile transforme edildi (bakiniz sekil 2).
Bu sekilde elde edilen 200 hng olayi, P1xP2 ve P3XP4 2 primer çifti kullanilarak PCR
ile analiz edildi; hng genini ve bar geninin asagi yönündeki genomik bölgeyi taniyan
P1xP2 primer çifti ve EPSPS geninin yukari yönündeki genomik bölgeyi ve higromisin
genini taniyan diger çift analiz edildi (Sekil 2). Bu, 17 potansiyel hedeflenen
insersiyon/degistirme olayinin tanimlanmasina neden oldu. Bu olaylarin 4'ünde yapilan
dizi analizi, aslinda hedeflenen insersiyon/degistirme olaylari olduklarini gösterdi (Sekil
2'de yapilandirma l, ll).
Örnek 9: Agrobacterium aracili transformasyon kullanilarak homolog olmayan uç
birlestirme yoluyla hedeflenen insersiyon veya degistirme
ekspresyon vektörü pTI
susuyla transforme edildi.
Higromisine dirençli (Hng) olaylar seçildi, bunlarin 200'ü P1xP2 ve P3xP4 primer
çiftleri kullanilarak hyg geninin hedef l-Scel bölgesine(lerine) insersiyonu için PCR ile
analiz edildi. Bu 200 olaydan yaklasik %10'unun hedeflenen olaylar oldugu tespit edildi.
Bu hedeflenen olaylarin bazilarinin dizi analizi, ya bar geninin hyg geni ile
degistirildigini veya hyg geninin bar geninin yaninda (yigilmis olay) insert edildigini
ortaya koymustur.
Örnek 10: Özel olarak tasarlanmis bir meganükleaz kullanarak hedeflenen çift
sarmalli kirilma indüksiyonu
CSVMV promotörünün kontrolü altindaki bar genini ihtiva eden bir kimerik geni içeren
PPT'ye dirençli pamuk bitkilerinden gelen embriyojenik kalluslar, parçacik
bombardimani yoluyla, tek bir zincir olan (pCV veya bir heterodimer
(pCV olarak bar geninde bir hedef diziyi taniyan özel olarak
tasarlanmis bir meganükleazi kodlayan bir kimerik gen içeren bir vektör ile transforme
edildi. Meganükleaz vektörüne, seçilebilir bir belirteç gen olarak glifosata tolerans
kazandiran bitki tarafindan eksprese edilebilen bir promotörün kontrolü altinda
2mEPSPS genini ihtiva eden bir vektörle birlikte iletildi. Yaklasik 3000 glifozata dirençli
kalluslar elde edildi, bunlardan 85 olay PPT'ye duyarli görünüyordu, bu da bar geninin
bozulmasina isaret ediyordu. Bunlardan 79 olay, PCR ile, hedef bölgeye bitisik
primerler kullanilarak PCR ürünü ile karakterize edildi (tablo 1).
elde edilebilir PCR ürünü # olaylar hedef bölgede degisiklik # olaylar
hayir 11 genis delesyon 11
evet 8 mutasyon yok 6
degistirme / insersiyon 1
delesyon 1
elde edilebilir PCR ürünü # olaylar hedef bölgede degisiklik # olaylar
hayir 33 genis delesyon 33
evet 27 mutasyon yok 19
elde edilebilir PCR ürünü # olaylar hedef bölgede degisiklik # olaylar
degistirme / insersiyon 4
delesyon 4
Tablo 1: PPT'ye duyarli glifosata dirençli transformasyon olaylarinin karakterizasyonu.
Bir PCR ürününün bulunmamasi, hedef bölge etrafinda büyük bir delesyona isaret
Dolayisiyla, bu sonuçlar, hem tek Zincirli hem de heterodimerik sekilde özel olarak
tasarlanmis bir meganükleaz ile arzu edilen konumda hedeflenen bir çift sarmalli DNA
kirilmasinin indüklenmesinin mümkün oldugunu ve hedeflenen delesyon, degistirme ve
insersiyon olaylarinin bu meganükleazlari pamukta kullanarak elde edilebildigini
göstermektedir.
DIZI LISTESI
<110> Bayer CropScienCe N.V.
D'Halluin, Katelijn
<120> ÖNCEDEN SEÇILMIS BIR BÖLGEDE BIR BITKI GENOMUNU
MODIFIYE IÇIN YÖNTEMLER VE ARAÇLAR
<130> BCS11-2008
<160> 4
<170> Patentln versiyon 3.3
<210> 1
<211> 12641
<212> DNA
<213> Yapay
<220>
<223> vektör
<400>1
Claims (1)
- ISTEMLER . Önceden belirlenmis bir konumdaki pamuk bitki hücresinin genomunun modifiye edilmesi için bir yöntem olup; asagidaki adimlari içermektedir: a. söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yakininda veya söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin içinde bir tanima dizisini taniyan nadir bölünen bir endonükleaz enziminin söz konusu hücresine eklenmesi yoluyla çift sarmalli DNA kirilmasinin indüklenmesi; b. söz konusu çift sarmalli DNA kirilmasinin onarildigi, söz konusu önceden seçilen bölgede genomda bir modifikasyon ile sonuçlanan bir bitki hücresi seçilmesi, burada söz konusu modifikasyon, i. en az bir nükleotidin degistirilmesi; ii. ii. en az bir nükleotidin delesyonu; iii. en az bir nükleotidin insersiyonu; veya iv. i. - iii.'nün herhangi bir kombinasyonudur; özelligi, söz konusu hücrenin kirilgan embriyojenik kallustan olusmasidir, burada söz konusu kirilgan embriyojenik kallus los isik kosullari altinda ve aktif karbon ihtiva eden ortamda muhafaza edilmistir, burada söz konusu los isik kosullari yaklasik 16 saat isik/8 saat karanlik bir fotoperiyoduyla yaklasik 1 ila 7 umol m'2 saniye'1 yogunlugunu içerir. . Istem 1'e göre yöntemi olup, burada söz konusu kirilgan embriyojenik kallus los isik kosullari altinda ve yaklasik 2 ila 4 ay boyunca aktif karbon ihtiva eden ortamda muhafaza edilmistir. . Istem 1 veya 2'ye göre yöntem olup, burada söz konusu endonükleaz enzimi, söz konusu endonükleaz enzimini kodlayan bir DNA molekülünün söz konusu hücre içine iletilmesi ile söz konusu hücre Içine dahil edilmektedir. . Istemler 1 - Siten herhangi birine göre bir yöntem olup, burada adim b'den önce, söz konusu yabanci onarici DNA molekülü söz konusu hücre içine iletilir, söz konusu yabanci onarici DNA molekülü, çift sarmalli DNA kirilmasinin onarimi için, bir sablon olarak kullanilmaktadir. Istemler 1- 4'ten herhangi birine göre bir yöntem olup, burada söz konusu embriyojenik kallus hormon içermeyen bir ortamda inkübe edilir. Istemler 1 - 5'ten herhangi birine göre bir yöntem olup, burada söz konusu embriyojenik kallus söz konusu endonükleaz enziminin söz konusu dahil edilmesi sirasinda veya sonrasinda seçici olmayan bir ortamda 1 ila 4 gün inkübe edilir. Istemler 3 - 6'dan herhangi birine göre bir yöntem olup, burada söz konusu DNA iletimi parçacik bombardimani veya Agrobacterium kullanilarak gerçeklestirilir. Istemler 3 - 7'den herhangi birine göre bir yöntem olup, burada söz konusu yabanci onarici DNA, söz konusu yukari veya asagi yönde DNA bölgesi ile rekombinasyon saglamak için söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yukari veya asagi yönde DNA bölgesinde yeterli homologluga sahip en az bir bitisik nükleotit dizisi içerir veya burada söz konusu yabanci onarici DNA, söz konusu yabanci DNA'nin zit uçlarinda yer alan iki bitisik nükleotit dizisi içerir, söz konusu bitisik nükleotid dizisinden biri, söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yukari yönde DNA bölgesinde yeterli homolojiye sahiptir, diger bitisik nükleotid dizisi, söz konusu bitisik nükleotid dizileri ile söz konusu yukari ve asagi DNA bölgeleri arasinda rekombinasyona olanak tanimak üzere söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin asagi yönde dizisi ile yeterli homolojiye sahiptir. Istemler 4 - 8lden herhangi birine göre bir yöntem olup, burada yabanci onarici DNA seçilebilir bir belirteç genine sahiptir. Istemler 4 - 9'dan herhangi birine göre bir yöntem olup, burada yabanci DNA ilgili bitki eksprese edilebilen gen içerir. .Istem 10'a göre yöntemi olup, burada bitki eksprese edebilir ilgili gen bir herbisit tolerans geni, bir böcek direnç geni, bir hastalik direnç geni, bir abiyotik stres direnç geni, yag biyosentezinde veya karbonhidrat biyosentezinde rol oynayan bir enzimi kodlayan bir gen, bir gen kodlayan gen lif kuvveti veya lif uzunlugunda yer alan bir enzim, sekonder metabolitlerin biyosentezinde rol oynayan bir enzimi kodlayan bir genden olusan bir grup arasindan seçilebilir. Istemler 4 - 7'den herhangi birine göre bir yöntem olup, burada söz konusu yabanci DNA iki bitisik nükleotid dizisinden olusur, söz konusu bitisik nükleotid dizilerinden biri söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin yukari yönde DNA bölgesine yeterli homolojiye sahiptir, diger bitisik nükleotid dizisi, söz konusu bitisik nükleotid dizileri ile söz konusu yukari ve asagi DNA bölgeleri arasinda rek0mbinasyona olanak tanimak üzere söz konusu önceden tanimlanmis bölgenin asagi yönde dizisi ile yeterli homolojiye sahiptir. Istemler 1 - 3 veya 5 - 7'den herhangi birine göre bir yöntem olup, burada önceden seçilen bölge, birbirleriyle rekombinasyon için yeterli homolojiye sahip iki bölge ile bitisiktir. Istemler 1 ila 13'ten herhangi birine göre bir yöntem olup, burada söz konusu pamuk bitki hücresi ayrica bir pamuk bitkisine rejenere edilir.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201161493579P | 2011-06-06 | 2011-06-06 | |
EP11004570 | 2011-06-06 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
TR201802544T4 true TR201802544T4 (tr) | 2018-03-21 |
Family
ID=47295507
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
TR2018/02544T TR201802544T4 (tr) | 2011-06-06 | 2012-05-30 | Önceden seçilmiş bir bölgede bir bitki genomunu modifiye için yöntemler ve araçlar. |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20140173770A1 (tr) |
EP (1) | EP2718443B1 (tr) |
CN (1) | CN103597082B (tr) |
AR (1) | AR086684A1 (tr) |
AU (1) | AU2012266597B2 (tr) |
ES (1) | ES2657825T3 (tr) |
MX (1) | MX348785B (tr) |
TR (1) | TR201802544T4 (tr) |
WO (1) | WO2012168124A1 (tr) |
ZA (1) | ZA201308555B (tr) |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9574201B2 (en) * | 2010-06-09 | 2017-02-21 | Bayer Cropscience Nv | Methods and means to modify a plant genome at a nucleotide sequence commonly used in plant genome engineering |
EP2841581B2 (en) * | 2012-04-23 | 2023-03-08 | BASF Agricultural Solutions Seed US LLC | Targeted genome engineering in plants |
CA2908403A1 (en) * | 2013-04-02 | 2014-10-09 | Bayer Cropscience Nv | Targeted genome engineering in eukaryotes |
CN104862302B (zh) * | 2015-05-05 | 2020-12-15 | 华南师范大学 | 一种dna片段化的方法及实现该方法的装置 |
EP3508581A1 (en) * | 2018-01-03 | 2019-07-10 | Kws Saat Se | Regeneration of genetically modified plants |
EP3708651A1 (en) * | 2019-03-12 | 2020-09-16 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Improving plant regeneration |
EP3757219A1 (en) * | 2019-06-28 | 2020-12-30 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Enhanced plant regeneration and transformation by using grf1 booster gene |
Family Cites Families (200)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4761373A (en) | 1984-03-06 | 1988-08-02 | Molecular Genetics, Inc. | Herbicide resistance in plants |
US5331107A (en) | 1984-03-06 | 1994-07-19 | Mgi Pharma, Inc. | Herbicide resistance in plants |
US5304732A (en) | 1984-03-06 | 1994-04-19 | Mgi Pharma, Inc. | Herbicide resistance in plants |
US4945050A (en) | 1984-11-13 | 1990-07-31 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for transporting substances into living cells and tissues and apparatus therefor |
ES2018274T5 (es) | 1986-03-11 | 1996-12-16 | Plant Genetic Systems Nv | Celulas vegetales resistentes a los inhibidores de glutamina sintetasa, preparadas por ingenieria genetica. |
US5637489A (en) | 1986-08-23 | 1997-06-10 | Hoechst Aktiengesellschaft | Phosphinothricin-resistance gene, and its use |
US5276268A (en) | 1986-08-23 | 1994-01-04 | Hoechst Aktiengesellschaft | Phosphinothricin-resistance gene, and its use |
US5273894A (en) | 1986-08-23 | 1993-12-28 | Hoechst Aktiengesellschaft | Phosphinothricin-resistance gene, and its use |
US5605011A (en) | 1986-08-26 | 1997-02-25 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Nucleic acid fragment encoding herbicide resistant plant acetolactate synthase |
US5013659A (en) | 1987-07-27 | 1991-05-07 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Nucleic acid fragment encoding herbicide resistant plant acetolactate synthase |
US5378824A (en) | 1986-08-26 | 1995-01-03 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Nucleic acid fragment encoding herbicide resistant plant acetolactate synthase |
DE3784860D1 (de) | 1986-12-05 | 1993-04-22 | Ciba Geigy Ag | Verbessertes verfahren zur transformation von pflanzlichen protoplasten. |
US5015580A (en) | 1987-07-29 | 1991-05-14 | Agracetus | Particle-mediated transformation of soybean plants and lines |
US5416011A (en) | 1988-07-22 | 1995-05-16 | Monsanto Company | Method for soybean transformation and regeneration |
US6013861A (en) | 1989-05-26 | 2000-01-11 | Zeneca Limited | Plants and processes for obtaining them |
US5302523A (en) | 1989-06-21 | 1994-04-12 | Zeneca Limited | Transformation of plant cells |
DE3921144A1 (de) | 1989-06-28 | 1991-01-10 | Hoechst Ag | Abbaufaehige polymerisatmischungen |
DE3922493A1 (de) | 1989-07-08 | 1991-01-17 | Bayer Ag | Verfahren zur herstellung von waessrigen dispersionen von polyurethanen und ihre verwendung als beschichtungsmittel fuer beliebige substrate |
WO1991000915A1 (en) | 1989-07-11 | 1991-01-24 | Biotechnology Research & Development Corporation | Aerosol beam microinjector |
US7705215B1 (en) | 1990-04-17 | 2010-04-27 | Dekalb Genetics Corporation | Methods and compositions for the production of stably transformed, fertile monocot plants and cells thereof |
US5550318A (en) | 1990-04-17 | 1996-08-27 | Dekalb Genetics Corporation | Methods and compositions for the production of stably transformed, fertile monocot plants and cells thereof |
US5484956A (en) | 1990-01-22 | 1996-01-16 | Dekalb Genetics Corporation | Fertile transgenic Zea mays plant comprising heterologous DNA encoding Bacillus thuringiensis endotoxin |
HU220773B1 (hu) | 1990-01-22 | 2002-05-28 | Dekalb Genetics Corporation | Eljárás termő transzgenikus kukoricanövények előállítására |
US5908810A (en) | 1990-02-02 | 1999-06-01 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Method of improving the growth of crop plants which are resistant to glutamine synthetase inhibitors |
US5739082A (en) | 1990-02-02 | 1998-04-14 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Method of improving the yield of herbicide-resistant crop plants |
AU655197B2 (en) | 1990-06-25 | 1994-12-08 | Monsanto Technology Llc | Glyphosate tolerant plants |
US6403865B1 (en) | 1990-08-24 | 2002-06-11 | Syngenta Investment Corp. | Method of producing transgenic maize using direct transformation of commercially important genotypes |
US5384253A (en) | 1990-12-28 | 1995-01-24 | Dekalb Genetics Corporation | Genetic transformation of maize cells by electroporation of cells pretreated with pectin degrading enzymes |
DE4104782B4 (de) | 1991-02-13 | 2006-05-11 | Bayer Cropscience Gmbh | Neue Plasmide, enthaltend DNA-Sequenzen, die Veränderungen der Karbohydratkonzentration und Karbohydratzusammensetzung in Pflanzen hervorrufen, sowie Pflanzen und Pflanzenzellen enthaltend dieses Plasmide |
US5731180A (en) | 1991-07-31 | 1998-03-24 | American Cyanamid Company | Imidazolinone resistant AHAS mutants |
ES2085031T3 (es) | 1991-08-05 | 1996-05-16 | Bio Tech Resources | Procedimiento de fermentacion para producir natamicina. |
US5436150A (en) | 1992-04-03 | 1995-07-25 | The Johns Hopkins University | Functional domains in flavobacterium okeanokoities (foki) restriction endonuclease |
US5792632A (en) | 1992-05-05 | 1998-08-11 | Institut Pasteur | Nucleotide sequence encoding the enzyme I-SceI and the uses thereof |
US5305523A (en) | 1992-12-24 | 1994-04-26 | International Business Machines Corporation | Method of direct transferring of electrically conductive elements into a substrate |
WO1994000977A1 (en) | 1992-07-07 | 1994-01-20 | Japan Tobacco Inc. | Method of transforming monocotyledon |
DE4227061A1 (de) | 1992-08-12 | 1994-02-17 | Inst Genbiologische Forschung | DNA-Sequenzen, die in der Pflanze die Bildung von Polyfructanen (Lävanen) hervorrufen, Plasmide enthaltend diese Sequenzen sowie Verfahren zur Herstellung transgener Pflanzen |
GB9218185D0 (en) | 1992-08-26 | 1992-10-14 | Ici Plc | Novel plants and processes for obtaining them |
DK0664835T3 (da) | 1992-10-14 | 2004-09-27 | Syngenta Ltd | Nye planter og fremgangsmåde til opnåelse af dem |
GB9223454D0 (en) | 1992-11-09 | 1992-12-23 | Ici Plc | Novel plants and processes for obtaining them |
EP0844612A3 (en) | 1993-01-21 | 2006-11-02 | Matsushita Electric Industrial Co., Ltd. | Apparatus for reproducing information from an optical disc |
EP0609022A3 (en) | 1993-01-25 | 1995-08-23 | Matsushita Electric Ind Co Ltd | Image coding apparatus. |
ATE513037T1 (de) | 1993-02-12 | 2011-07-15 | Univ Johns Hopkins | Funktionelle domänen der restriktionsendonukleasen aus flavobakterium okeanokoites (foki) |
EP1471145A2 (en) | 1993-03-25 | 2004-10-27 | Syngenta Participations AG | Pesticipal proteins and strains |
DE4323804A1 (de) | 1993-07-15 | 1995-01-19 | Siemens Ag | Verfahren und Vorrichtung zur Steuerung einer m-pulsigen Wechselrichteranordnung, bestehend aus einem Master-Wechselrichter und wenigstens einem Slave-Wechselrichter |
WO1995004826A1 (en) | 1993-08-09 | 1995-02-16 | Institut Für Genbiologische Forschung Berlin Gmbh | Debranching enzymes and dna sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
DE4330960C2 (de) | 1993-09-09 | 2002-06-20 | Aventis Cropscience Gmbh | Kombination von DNA-Sequenzen, die in Pflanzenzellen und Pflanzen die Bildung hochgradig amylosehaltiger Stärke ermöglichen, Verfahren zur Herstellung dieser Pflanzen und die daraus erhaltbare modifizierte Stärke |
KR960705938A (ko) | 1993-11-09 | 1996-11-08 | 미리암 디. 메코너헤이 | 유전자 전환된 프럭탄 축적 작물 및 그의 제조 방법(Transgenic Fructan Accumulating Crops and Method for Their Production) |
AU688006B2 (en) | 1994-03-25 | 1998-03-05 | Brunob Ii B.V. | Method for producing altered starch from potato plants |
DE69535543T2 (de) | 1994-05-18 | 2008-04-30 | Bayer Bioscience Gmbh | Für enzyme, die die fähigkeit besitzen lineare alpha 1,4-glucane in pflanzen, pilzen und mikroorganismen zu synthesieren, kodierende dna sequenzen |
US5824790A (en) | 1994-06-21 | 1998-10-20 | Zeneca Limited | Modification of starch synthesis in plants |
CA2190761A1 (en) | 1994-06-21 | 1995-12-28 | Peter Lewis Keeling | Novel plants and processes for obtaining them |
NL1000064C1 (nl) | 1994-07-08 | 1996-01-08 | Stichting Scheikundig Onderzoe | Produktie van oligosacchariden in transgene planten. |
US5635055A (en) | 1994-07-19 | 1997-06-03 | Exxon Research & Engineering Company | Membrane process for increasing conversion of catalytic cracking or thermal cracking units (law011) |
DE4441408A1 (de) | 1994-11-10 | 1996-05-15 | Inst Genbiologische Forschung | DNA-Sequenzen aus Solanum tuberosum kodierend Enzyme, die an der Stärkesynthese beteiligt sind, Plasmide, Bakterien, Pflanzenzellen und transgene Pflanzen enhaltend diese Sequenzen |
DE4447387A1 (de) | 1994-12-22 | 1996-06-27 | Inst Genbiologische Forschung | Debranching-Enzyme aus Pflanzen und DNA-Sequenzen kodierend diese Enzyme |
JP3840259B2 (ja) | 1995-01-06 | 2006-11-01 | プラント リサーチ インターナショナル ベスローテン フェンノートシャップ | 炭水化物ポリマー合成酵素をコードするdna配列及びトランスジェニック植物を製造するための方法 |
DE19509695A1 (de) | 1995-03-08 | 1996-09-12 | Inst Genbiologische Forschung | Verfahren zur Herstellung einer modifizieren Stärke in Pflanzen, sowie die aus den Pflanzen isolierbare modifizierte Stärke |
BR9604993B1 (pt) | 1995-04-20 | 2009-05-05 | dna mutante codificando uma proteìna ahas mutante de sìntese de ácido acetohidróxi e proteìnas ahas mutantes. | |
US5853973A (en) | 1995-04-20 | 1998-12-29 | American Cyanamid Company | Structure based designed herbicide resistant products |
WO1996034968A2 (en) | 1995-05-05 | 1996-11-07 | National Starch And Chemical Investment Holding Corporation | Improvements in or relating to plant starch composition |
FR2734842B1 (fr) | 1995-06-02 | 1998-02-27 | Rhone Poulenc Agrochimie | Sequence adn d'un gene de l'hydroxy-phenyl pyruvate dioxygenase et obtention de plantes contenant un gene de l'hydroxy-phenyl pyruvate dioxygenase, tolerantes a certains herbicides |
US6284479B1 (en) | 1995-06-07 | 2001-09-04 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Substitutes for modified starch and latexes in paper manufacture |
US5712107A (en) | 1995-06-07 | 1998-01-27 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Substitutes for modified starch and latexes in paper manufacture |
FR2736926B1 (fr) | 1995-07-19 | 1997-08-22 | Rhone Poulenc Agrochimie | 5-enol pyruvylshikimate-3-phosphate synthase mutee, gene codant pour cette proteine et plantes transformees contenant ce gene |
PT1435205E (pt) | 1995-09-19 | 2010-02-04 | Bayer Bioscience Gmbh | Plantas que sintetizam um amido modificado, processo para a sua produção e amido modificado |
GB9524938D0 (en) | 1995-12-06 | 1996-02-07 | Zeneca Ltd | Modification of starch synthesis in plants |
DE19601365A1 (de) | 1996-01-16 | 1997-07-17 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleinsäuremoleküle aus Pflanzen codierend Enzyme, die an der Stärkesynthese beteiligt sind |
DE19608918A1 (de) | 1996-03-07 | 1997-09-11 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleinsäuremoleküle, die neue Debranching-Enzyme aus Mais codieren |
US5814709A (en) | 1996-04-12 | 1998-09-29 | Shell Oil Company | Process for hydrogenation on conjugataed diene polymers and catalyst composition suitable for use therein |
DE19618125A1 (de) | 1996-05-06 | 1997-11-13 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleinsäuremoleküle, die neue Debranching-Enzyme aus Kartoffel codieren |
DE19619918A1 (de) | 1996-05-17 | 1997-11-20 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleinsäuremoleküle codierend lösliche Stärkesynthasen aus Mais |
IL127246A0 (en) | 1996-05-29 | 1999-09-22 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Nucleic acid molecules encoding enzymes from wheat which are involved in starch synthesis |
CA2257623C (en) | 1996-06-12 | 2003-02-11 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Substitutes for modified starch in paper manufacture |
WO1997047806A1 (en) | 1996-06-12 | 1997-12-18 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Substitutes for modified starch in paper manufacture |
AU729286B2 (en) | 1996-06-12 | 2001-02-01 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Substitutes for modified starch in paper manufacture |
GB9623095D0 (en) | 1996-11-05 | 1997-01-08 | Nat Starch Chem Invest | Improvements in or relating to starch content of plants |
US6232529B1 (en) | 1996-11-20 | 2001-05-15 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Methods of producing high-oil seed by modification of starch levels |
DE19653176A1 (de) | 1996-12-19 | 1998-06-25 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Neue Nucleinsäuremoleküle aus Mais und ihre Verwendung zur Herstellung einer modifizierten Stärke |
US5981840A (en) | 1997-01-24 | 1999-11-09 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Methods for agrobacterium-mediated transformation |
DE69826596T2 (de) * | 1997-02-20 | 2006-02-09 | Bayer Bioscience N.V. | Verbesserte methode zur transformation von pflanzen |
DE19708774A1 (de) | 1997-03-04 | 1998-09-17 | Max Planck Gesellschaft | Nucleinsäuremoleküle codierend Enzyme die Fructosylpolymeraseaktivität besitzen |
DE19709775A1 (de) | 1997-03-10 | 1998-09-17 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleinsäuremoleküle codierend Stärkephosphorylase aus Mais |
GB9718863D0 (en) | 1997-09-06 | 1997-11-12 | Nat Starch Chem Invest | Improvements in or relating to stability of plant starches |
DE19749122A1 (de) | 1997-11-06 | 1999-06-10 | Max Planck Gesellschaft | Nucleinsäuremoleküle codierend Enzyme, die Fructosyltransferaseaktivität besitzen |
FR2770854B1 (fr) | 1997-11-07 | 2001-11-30 | Rhone Poulenc Agrochimie | Sequence adn d'un gene de l'hydroxy-phenyl pyruvate dioxygenase et obtention de plantes contenant un tel gene, tolerantes aux herbicides |
FR2772789B1 (fr) | 1997-12-24 | 2000-11-24 | Rhone Poulenc Agrochimie | Procede de preparation enzymatique d'homogentisate |
EP1068333A1 (en) | 1998-04-09 | 2001-01-17 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | Starch r1 phosphorylation protein homologs |
DE19820607A1 (de) | 1998-05-08 | 1999-11-11 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Nucleinsäuremoleküle codierend Enzyme aus Weizen, die an der Stärkesynthese beteiligt sind |
DE19820608A1 (de) | 1998-05-08 | 1999-11-11 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Nucleinsäuremoleküle codierend Enzyme aus Weizen, die an der Stärkesynthese beteiligt sind |
JP4494634B2 (ja) | 1998-05-13 | 2010-06-30 | バイエル バイオサイエンス ゲーエムベーハー | プラスチドadp/atp転移因子の改変された活性を有するトランスジェニック植物 |
CA2331300C (en) | 1998-06-15 | 2009-01-27 | National Starch And Chemical Investment Holding Corporation | Improvements in or relating to plants and plant products |
US6693185B2 (en) | 1998-07-17 | 2004-02-17 | Bayer Bioscience N.V. | Methods and means to modulate programmed cell death in eukaryotic cells |
DE19836099A1 (de) | 1998-07-31 | 2000-02-03 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Nukleinsäuremoleküle kodierend für eine ß-Amylase, Pflanzen, die eine modifizierte Stärke synthetisieren, Verfahren zur Herstellung der Pflanzen, ihre Verwendung sowie die modifizierte Stärke |
DE19836098A1 (de) | 1998-07-31 | 2000-02-03 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Pflanzen, die eine modifizierte Stärke synthetisieren, Verfahren zur Herstellung der Pflanzen, ihre Verwendung sowie die modifizierte Stärke |
DE19836097A1 (de) | 1998-07-31 | 2000-02-03 | Hoechst Schering Agrevo Gmbh | Nukleinsäuremoleküle kodierend für eine alpha-Glukosidase, Pflanzen, die eine modifizierte Stärke synthetisieren, Verfahren zur Herstellung der Pflanzen, ihre Verwendung sowie die modifizierte Stärke |
AU6018399A (en) | 1998-08-25 | 2000-03-14 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Plant glutamine: fructose-6-phosphate amidotransferase nucleic acids |
CA2342124A1 (en) | 1998-09-02 | 2000-03-16 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleic acid molecules encoding an amylosucrase |
PL347223A1 (en) | 1998-10-09 | 2002-03-25 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleic acid molecules which code a branching enzyme from bacteria of the genus neisseria, and a method for producing α-1,6-branched α-1,4-glucans |
DE19924342A1 (de) | 1999-05-27 | 2000-11-30 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Genetisch modifizierte Pflanzenzellen und Pflanzen mit erhöhter Aktivität eines Amylosucraseproteins und eines Verzweigungsenzyms |
AU773808B2 (en) | 1998-11-09 | 2004-06-10 | Bayer Cropscience Aktiengesellschaft | Nucleic acid molecules from rice and their use for the production of modified starch |
ATE260617T1 (de) | 1998-11-13 | 2004-03-15 | Bone & Joint Res Sa | Befestigungsschaft für femurkopf |
US6289568B1 (en) | 1998-11-16 | 2001-09-18 | Cordis Corporation | Method for making a balloon catheter stent deployment system |
US6531648B1 (en) | 1998-12-17 | 2003-03-11 | Syngenta Participations Ag | Grain processing method and transgenic plants useful therein |
WO2000036911A2 (en) * | 1998-12-18 | 2000-06-29 | Monsanto Technology Llc | Method for the regeneration of cotton |
EP1141346A2 (en) | 1999-01-14 | 2001-10-10 | Monsanto Co. | Soybean transformation method |
CA2361191A1 (en) | 1999-02-03 | 2000-08-10 | The Children's Medical Center Corporation | Gene repair involving the induction of double-stranded dna cleavage at a chromosomal target site |
DE19905069A1 (de) | 1999-02-08 | 2000-08-10 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Nucleinsäuremoleküle codierend Alternansucrase |
AU777365B2 (en) * | 1999-03-10 | 2004-10-14 | Temasek Life Sciences Laboratory Limited | Agrobacterium-mediated transformation of cotton with novel explants |
JP2003523173A (ja) | 1999-04-29 | 2003-08-05 | シンジェンタ リミテッド | 除草剤耐性植物 |
HUP0201013A2 (en) | 1999-04-29 | 2002-07-29 | Syngenta Ltd | Herbicide resistant plants |
ES2288478T3 (es) * | 1999-05-19 | 2008-01-16 | Bayer Bioscience N.V. | Metodo mejorado para la transformacion de algodon, mediada por agrobacterium. |
DE19926771A1 (de) | 1999-06-11 | 2000-12-14 | Aventis Cropscience Gmbh | Nukleinsäuremoleküle aus Weizen, transgene Pflanzenzellen und Pflanzen und deren Verwendung für die Herstellung modifizierter Stärke |
US6938976B2 (en) | 1999-06-16 | 2005-09-06 | Eastman Kodak Company | Printer and method therefor adapted to sense data uniquely associated with a consumable loaded into the printer |
DE19937348A1 (de) | 1999-08-11 | 2001-02-22 | Aventis Cropscience Gmbh | Nukleinsäuremoleküle aus Pflanzen codierend Enzyme, die an der Stärkesynthese beteiligt sind |
DE19937643A1 (de) | 1999-08-12 | 2001-02-22 | Aventis Cropscience Gmbh | Transgene Zellen und Pflanzen mit veränderter Aktivität des GBSSI- und des BE-Proteins |
AU7647000A (en) | 1999-08-20 | 2001-03-19 | Basf Plant Science Gmbh | Increasing the polysaccharide content in plants |
US6423886B1 (en) | 1999-09-02 | 2002-07-23 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Starch synthase polynucleotides and their use in the production of new starches |
GB9921830D0 (en) | 1999-09-15 | 1999-11-17 | Nat Starch Chem Invest | Plants having reduced activity in two or more starch-modifying enzymes |
AR025996A1 (es) | 1999-10-07 | 2002-12-26 | Valigen Us Inc | Plantas no transgenicas resistentes a los herbicidas. |
AU1803601A (en) | 1999-11-29 | 2001-06-04 | Midwest Oilseeds, Inc. | Methods and compositions for the introduction of molecules into cells |
CA2401093A1 (en) | 2000-03-09 | 2001-09-13 | Monsanto Technology Llc | Methods for making plants tolerant to glyphosate and compositions thereof |
US6768044B1 (en) | 2000-05-10 | 2004-07-27 | Bayer Cropscience Sa | Chimeric hydroxyl-phenyl pyruvate dioxygenase, DNA sequence and method for obtaining plants containing such a gene, with herbicide tolerance |
JP2004528808A (ja) | 2000-09-29 | 2004-09-24 | シンジェンタ リミテッド | 除草剤抵抗性植物 |
AU1308702A (en) * | 2000-10-11 | 2002-04-22 | Dow Agrosciences Llc | Whisker-mediated transformation of embryogenic cotton suspension cultures |
US6734340B2 (en) | 2000-10-23 | 2004-05-11 | Bayer Cropscience Gmbh | Monocotyledon plant cells and plants which synthesise modified starch |
FR2815969B1 (fr) | 2000-10-30 | 2004-12-10 | Aventis Cropscience Sa | Plantes tolerantes aux herbicides par contournement de voie metabolique |
CA2425956C (en) | 2000-10-30 | 2014-12-23 | Maxygen, Inc. | Novel glyphosate n-acetyltransferase (gat) genes |
AU2004260931B9 (en) | 2003-04-29 | 2012-01-19 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | Novel glyphosate-N-acetyltransferase (GAT) genes |
ES2400699T3 (es) | 2000-12-07 | 2013-04-11 | Syngenta Limited | HIDROXI-FENIL PIRUVATO DIOXIGENASAS (HPPD) derivadas de plantas y resistentes frenta a herbicidas tricetónicos, y plantas transgénicas que contienen DIOXIGENASAS |
AU2002338233A1 (en) | 2001-03-30 | 2002-10-15 | Basf Plant Science Gmbh | Glucan chain length domains |
CA2465884A1 (en) | 2001-06-12 | 2002-12-19 | Bayer Cropscience Gmbh | Transgenic plants synthesising high amylose starch |
DE10131786A1 (de) | 2001-07-04 | 2003-01-16 | Sungene Gmbh & Co Kgaa | Rekombinationssysteme und Verfahren zum Entfernen von Nukleinsäuresequenzen aus dem Genom eukaryotischer Organismen |
AU2002322435A1 (en) | 2001-08-09 | 2003-02-24 | Cibus Genetics | Non-transgenic herbicide resistant plants |
WO2003033540A2 (en) | 2001-10-17 | 2003-04-24 | Basf Plant Science Gmbh | Starch |
DE10208132A1 (de) | 2002-02-26 | 2003-09-11 | Planttec Biotechnologie Gmbh | Verfahren zur Herstellung von Maispflanzen mit erhöhtem Blattstärkegehalt und deren Verwendung zur Herstellung von Maissilage |
WO2003080809A2 (en) | 2002-03-21 | 2003-10-02 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for using zinc finger endonucleases to enhance homologous recombination |
AU2003234328A1 (en) | 2002-04-30 | 2003-11-17 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Novel glyphosate-n-acetyltransferase (gat) genes |
US20040009601A1 (en) | 2002-07-15 | 2004-01-15 | The Regents Of The University Of California | Methods for the regeneration and transformation of cotton |
FR2844142B1 (fr) | 2002-09-11 | 2007-08-17 | Bayer Cropscience Sa | Plantes transformees a biosynthese de prenylquinones amelioree |
US20040142353A1 (en) | 2002-10-29 | 2004-07-22 | Cheung Wing Y. | Compositions and methods for identifying plants having increased tolerance to imidazolinone herbicides |
US7714186B2 (en) | 2002-12-19 | 2010-05-11 | Bayer Cropscience Ag | Plant cells and plants which synthesize a starch with an increased final viscosity |
US20060162021A1 (en) | 2003-03-07 | 2006-07-20 | Basf Plant Science Gmbh | Enhanced amylose production in plants |
EP1616013B1 (en) | 2003-04-09 | 2011-07-27 | Bayer BioScience N.V. | Methods and means for increasing the tolerance of plants to stress conditions |
CA2526480A1 (en) | 2003-05-22 | 2005-01-13 | Syngenta Participations Ag | Modified starch, uses, methods for production thereof |
US9382526B2 (en) | 2003-05-28 | 2016-07-05 | Basf Aktiengesellschaft | Wheat plants having increased tolerance to imidazolinone herbicides |
GB2402195A (en) | 2003-05-30 | 2004-12-01 | Mansign Mining Equipment Ltd | Chain link for a haulage chain for hauling cables and hoses, eg in a mine |
US7547819B2 (en) | 2003-07-31 | 2009-06-16 | Toyo Boseki Kabushiki Kaisha | Plant producing hyaluronic acid |
EP2982240B1 (en) | 2003-08-29 | 2019-07-31 | Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria | Rice plants having increased tolerance to imidazolinone herbicides |
AR046090A1 (es) | 2003-09-30 | 2005-11-23 | Bayer Cropscience Gmbh | Plantas con actividad aumentada de una enzima de ramificacion de la clase 3 |
EP1687417B9 (en) | 2003-09-30 | 2011-03-30 | Bayer CropScience AG | Plants with reduced activity of a class 3 branching enzyme |
PL1689870T3 (pl) * | 2003-11-18 | 2009-06-30 | Bayer Cropscience Nv | Ulepszona docelowa insercja DNA w roślinach |
AR048024A1 (es) | 2004-03-05 | 2006-03-22 | Bayer Cropscience Gmbh | Plantas con actividad aumentada de distintas enzimas fosforilantes del almidon |
AR048025A1 (es) | 2004-03-05 | 2006-03-22 | Bayer Cropscience Gmbh | Plantas con actividad aumentada de una enzima fosforilante del almidon |
AR048026A1 (es) | 2004-03-05 | 2006-03-22 | Bayer Cropscience Gmbh | Procedimientos para la identificacion de proteinas con actividad enzimatica fosforiladora de almidon |
ATE541042T1 (de) | 2004-03-05 | 2012-01-15 | Bayer Cropscience Ag | Pflanzen mit reduzierter aktivität des stärkephosphorylierenden enzyms phosphoglucan- wasser-dikinase |
US7432082B2 (en) | 2004-03-22 | 2008-10-07 | Basf Ag | Methods and compositions for analyzing AHASL genes |
EP1745132B1 (en) | 2004-04-20 | 2012-04-11 | Temasek Life Sciences Laboratory Limited | Methods for high efficiency transformation and regeneration of plant suspension cultures |
AU2005262525A1 (en) | 2004-06-16 | 2006-01-19 | Basf Plant Science Gmbh | Polynucleotides encoding mature AHASL proteins for creating imidazolinone-tolerant plants |
DE102004029763A1 (de) | 2004-06-21 | 2006-01-05 | Bayer Cropscience Gmbh | Pflanzen, die Amylopektin-Stärke mit neuen Eigenschaften herstellen |
TR200900517T2 (tr) | 2004-07-30 | 2009-03-23 | Basf Agrochemical Products B.V. | Herbisitlere dayanıklı ayçiçeği bitkileri herbisitlere dayanıklı asetohidroksiasit sintaz geniş altünite proteinlerini kodla yan polinükleotidler ve kullanma metotları. |
JP2008508884A (ja) | 2004-08-04 | 2008-03-27 | ビーエーエスエフ プラント サイエンス ゲーエムベーハー | 単子葉植物ahassの配列および使用方法 |
WO2006018319A1 (en) | 2004-08-18 | 2006-02-23 | Bayer Cropscience Gmbh | Plants with increased plastidic activity of r3 starch-phosphorylating enzyme |
EP1794305A2 (en) | 2004-09-23 | 2007-06-13 | BASF Plant Science GmbH | Recombination cassettes and methods for sequence excision in plants |
SI1805312T1 (sl) | 2004-09-23 | 2009-12-31 | Bayer Cropscience Ag | Postopki in sredstva za izdelavo hialuronana |
MX2007005166A (es) | 2004-10-29 | 2007-06-26 | Bayer Bioscience Nv | Plantas de algodon tolerantes a la agresion. |
AR051690A1 (es) | 2004-12-01 | 2007-01-31 | Basf Agrochemical Products Bv | Mutacion implicada en el aumento de la tolerancia a los herbicidas imidazolinona en las plantas |
EP1672075A1 (en) | 2004-12-17 | 2006-06-21 | Bayer CropScience GmbH | Transformed plant expressing a dextransucrase and synthesizing a modified starch |
EP1679374A1 (en) | 2005-01-10 | 2006-07-12 | Bayer CropScience GmbH | Transformed plant expressing a mutansucrase and synthesizing a modified starch |
WO2006074956A1 (en) | 2005-01-14 | 2006-07-20 | Bayer Bioscience N.V. | Improved plant transformation methods |
JP2006304779A (ja) | 2005-03-30 | 2006-11-09 | Toyobo Co Ltd | ヘキソサミン高生産植物 |
EP1707632A1 (de) | 2005-04-01 | 2006-10-04 | Bayer CropScience GmbH | Phosphorylierte waxy-Kartoffelstärke |
WO2006105946A2 (en) | 2005-04-04 | 2006-10-12 | Bayer Bioscience N.V. | Methods and means for removal of a selected dna sequence |
EP1710315A1 (de) | 2005-04-08 | 2006-10-11 | Bayer CropScience GmbH | Hoch Phosphat Stärke |
JP5832062B2 (ja) | 2005-05-31 | 2015-12-16 | デフヘン・ナムローゼ・フェンノートシャップDEVGEN nv | 昆虫及びクモの防除のためのRNAi |
ES2331022T3 (es) | 2005-06-15 | 2009-12-18 | Bayer Bioscience N.V. | Metodos para aumentar la resistencia de las plantas a condiciones hipoxicas. |
AR054174A1 (es) | 2005-07-22 | 2007-06-06 | Bayer Cropscience Gmbh | Sobreexpresion de sintasa de almidon en vegetales |
AR055128A1 (es) | 2005-08-24 | 2007-08-08 | Du Pont | Metodos y composiciones para la expresion de un polinucleotido de interes |
KR101156893B1 (ko) | 2005-08-31 | 2012-06-21 | 몬산토 테크놀로지 엘엘씨 | 살충 단백질을 암호화하는 뉴클레오티드 서열들 |
AU2006329563B2 (en) | 2005-09-16 | 2014-02-20 | Devgen Nv | dsRNA as insect control agent |
EP3508582B1 (en) | 2005-09-16 | 2021-01-13 | Monsanto Technology LLC | Methods for genetic control of insect infestations in plants and compositions thereof |
PL1951878T3 (pl) | 2005-10-05 | 2015-07-31 | Bayer Ip Gmbh | Rośliny o zwiększonym wytwarzaniu hialuronianu |
CA2624496A1 (en) | 2005-10-05 | 2007-04-12 | Bayer Cropscience Ag | Plants with an increased production of hyaluronan ii |
CA2624973C (en) | 2005-10-05 | 2016-01-19 | Bayer Cropscience Ag | Production of hyaluronan from plants transgenic for hyaluronan synthase, gfat and udp-glucose dehydrogenase |
JP5937292B2 (ja) | 2005-10-18 | 2016-06-22 | デューク大学 | 配列特異性およびdna−結合親和度が変更された、合理設計メガヌクレアーゼ |
CA2627795C (en) | 2006-01-12 | 2019-01-22 | Devgen N.V. | Dsrna as insect control agent |
EP1971687A2 (en) | 2006-01-12 | 2008-09-24 | Devgen NV | Dsrna as insect control agent |
US20070214515A1 (en) | 2006-03-09 | 2007-09-13 | E.I.Du Pont De Nemours And Company | Polynucleotide encoding a maize herbicide resistance gene and methods for use |
DE102006012301A1 (de) | 2006-03-15 | 2007-09-20 | Cemag-Anlagenbau-Dessau Gmbh | Herstellung von Zementklinker |
MX2008012058A (es) | 2006-03-21 | 2008-10-03 | Bayer Bioscience Nv | Plantas resistes al estres. |
WO2007107302A2 (en) | 2006-03-21 | 2007-09-27 | Bayer Bioscience N.V. | Novel genes encoding insecticidal proteins |
US8367890B2 (en) | 2006-09-28 | 2013-02-05 | Bayer Cropscience N.V. | Methods and means for removal of a selected DNA sequence |
CN105219694A (zh) | 2007-03-09 | 2016-01-06 | 孟山都技术公司 | 用于转化的植物胚外植体的制备和用途 |
BRPI0812785A2 (pt) | 2007-05-30 | 2014-10-07 | Syngenta Participations Ag | Genes de citocromo p450 que conferem resistência à herbicida |
AU2008258782B2 (en) | 2007-06-05 | 2013-09-19 | Bayer Cropscience Ag | Methods and means for exact replacement of target DNA in eukaryotic organisms |
EP2568048A1 (en) | 2007-06-29 | 2013-03-13 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Methods for altering the genome of a monocot plant cell |
CN101998993A (zh) | 2008-04-14 | 2011-03-30 | 拜耳生物科学股份有限公司 | 新的突变羟基苯基丙酮酸双加氧酶,dna序列和耐受hppd抑制剂除草剂的植物分离 |
EP2206723A1 (en) | 2009-01-12 | 2010-07-14 | Bonas, Ulla | Modular DNA-binding domains |
US8586526B2 (en) | 2010-05-17 | 2013-11-19 | Sangamo Biosciences, Inc. | DNA-binding proteins and uses thereof |
CN102770539B (zh) | 2009-12-10 | 2016-08-03 | 明尼苏达大学董事会 | Tal效应子介导的dna修饰 |
EP2841581B2 (en) * | 2012-04-23 | 2023-03-08 | BASF Agricultural Solutions Seed US LLC | Targeted genome engineering in plants |
-
2012
- 2012-05-30 TR TR2018/02544T patent/TR201802544T4/tr unknown
- 2012-05-30 WO PCT/EP2012/060181 patent/WO2012168124A1/en active Application Filing
- 2012-05-30 MX MX2013014308A patent/MX348785B/es active IP Right Grant
- 2012-05-30 AU AU2012266597A patent/AU2012266597B2/en not_active Ceased
- 2012-05-30 EP EP12729391.8A patent/EP2718443B1/en active Active
- 2012-05-30 CN CN201280028034.0A patent/CN103597082B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2012-05-30 US US14/122,283 patent/US20140173770A1/en not_active Abandoned
- 2012-05-30 ES ES12729391.8T patent/ES2657825T3/es active Active
- 2012-06-06 AR ARP120101994A patent/AR086684A1/es unknown
-
2013
- 2013-11-13 ZA ZA2013/08555A patent/ZA201308555B/en unknown
-
2021
- 2021-03-26 US US17/213,815 patent/US20210395757A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
MX2013014308A (es) | 2014-03-21 |
AU2012266597A1 (en) | 2014-01-09 |
EP2718443A1 (en) | 2014-04-16 |
ES2657825T3 (es) | 2018-03-07 |
AU2012266597B2 (en) | 2016-09-22 |
MX348785B (es) | 2017-06-28 |
CN103597082B (zh) | 2017-09-15 |
US20140173770A1 (en) | 2014-06-19 |
WO2012168124A1 (en) | 2012-12-13 |
ZA201308555B (en) | 2015-02-25 |
EP2718443B1 (en) | 2017-11-29 |
CN103597082A (zh) | 2014-02-19 |
AR086684A1 (es) | 2014-01-15 |
US20210395757A1 (en) | 2021-12-23 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP3191595B1 (en) | Generation of site-specific-integration sites for complex trait loci in corn and soybean, and methods of use | |
AU2014378946B2 (en) | Modified plants | |
TR201802544T4 (tr) | Önceden seçilmiş bir bölgede bir bitki genomunu modifiye için yöntemler ve araçlar. | |
CN105025702A (zh) | Fad2性能基因座及相应的能够诱导靶向断裂的靶位点特异性结合蛋白 | |
CN104838001A (zh) | 用于基因打靶和性状堆叠的工程化转基因整合平台(etip) | |
CN103269577A (zh) | 经修饰以增加植物转化频率的土壤杆菌属的菌株 | |
Petri et al. | A high‐throughput transformation system allows the regeneration of marker‐free plum plants (Prunus domestica) | |
SG185668A1 (en) | Methods and means to modify a plant genome at a nucleotide sequence commonly used in plant genome engineering | |
US20220098602A1 (en) | Inir6 transgenic maize | |
US11814632B2 (en) | Modified excisable MON87701 soybean transgenic insect resistance locus | |
Lu et al. | Low frequency of zinc-finger nuclease-induced mutagenesis in Populus | |
CN111433363A (zh) | 非生物胁迫耐性提高的植物和提高植物非生物胁迫耐性的多聚核苷酸及方法 | |
WO2022026403A2 (en) | Removable plant transgenic loci with cognate guide rna recognition sites | |
US20220364105A1 (en) | Inir12 transgenic maize | |
US11369073B2 (en) | INIR12 transgenic maize | |
US11326177B2 (en) | INIR12 transgenic maize | |
US20220033842A1 (en) | Inir12 transgenic maize | |
CA3188275A1 (en) | Inir6 transgenic maize | |
CN112867794A (zh) | 用于植物的基因组编辑的dna构建物 | |
CA3188406A1 (en) | Removable plant transgenic loci with cognate guide rna recognition sites |