RU2012115681A - Детекция множества мишеней в биологических образцах - Google Patents

Abstract

1. Способ детекции множества мишеней в биологическом образце, включающий:а) приведение биологического образца в контакт с множеством зондов, связывающихся с мишенями, с образованием множества зондов, связанных с мишенями;б) ковалентное присоединение по меньшей мере одного из зондов, связанных с мишенями, к биологическому образцу;в) регистрацию первой группы сигналов от первой группы множества зондов, связанных с мишенями;г) модификацию регистрируемых сигналов;д) генерирование второй группы сигналов от второй группы множества зондов, связанных с мишенями; ие) регистрацию второй группы сигналов.2. Способ по п.1, дополнительно включающий многократное повторение стадий с (г) по (е) с третьей, четвертой и n-ной группой множества зондов, связанных с мишенями, для регистрации третьей, четвертой и n-ной группы сигналов.3. Способ по п.1, дополнительно включающий корреляцию регистрируемых сигналов с детекцией множества мишеней.4. Способ по п.1, где все из множества зондов, связанных с мишенями, ковалентно присоединяют к биологическому образцу.5. Способ по п.1, где зонд, связанный с мишенью, ковалентно присоединяют к биологическому образцу через саму мишень или через молекулу, которая расположена вблизи мишени.6. Способ по п.1, где зонд, связывающийся с мишенью, содержит фрагмент, имеющий происхождение из связывающейся с мишенью группировки и независимо детектируемой группировки,7. Способ по п.6, где независимо детектируемая группировка первой группы множества зондов, связанных с мишенями, содержит генерирующую сигнал группировку.8. Способ по п.7, где генерирующая сигнал группировка содержит флуорофор, хромофор, рамановскую метку,

Claims (40)

1. Способ детекции множества мишеней в биологическом образце, включающий:

а) приведение биологического образца в контакт с множеством зондов, связывающихся с мишенями, с образованием множества зондов, связанных с мишенями;

б) ковалентное присоединение по меньшей мере одного из зондов, связанных с мишенями, к биологическому образцу;

в) регистрацию первой группы сигналов от первой группы множества зондов, связанных с мишенями;

г) модификацию регистрируемых сигналов;

д) генерирование второй группы сигналов от второй группы множества зондов, связанных с мишенями; и

е) регистрацию второй группы сигналов.

2. Способ по п.1, дополнительно включающий многократное повторение стадий с (г) по (е) с третьей, четвертой и n-ной группой множества зондов, связанных с мишенями, для регистрации третьей, четвертой и n-ной группы сигналов.

3. Способ по п.1, дополнительно включающий корреляцию регистрируемых сигналов с детекцией множества мишеней.

4. Способ по п.1, где все из множества зондов, связанных с мишенями, ковалентно присоединяют к биологическому образцу.

5. Способ по п.1, где зонд, связанный с мишенью, ковалентно присоединяют к биологическому образцу через саму мишень или через молекулу, которая расположена вблизи мишени.

6. Способ по п.1, где зонд, связывающийся с мишенью, содержит фрагмент, имеющий происхождение из связывающейся с мишенью группировки и независимо детектируемой группировки,

7. Способ по п.6, где независимо детектируемая группировка первой группы множества зондов, связанных с мишенями, содержит генерирующую сигнал группировку.

8. Способ по п.7, где генерирующая сигнал группировка содержит флуорофор, хромофор, рамановскую метку, метку усиленного поверхностью комбинационного рассеяния (SERS) или их комбинацию.

9. Способ по п.6, где связывающаяся с мишенью группировка присоединена к независимо детектируемой группировке через расщепляемый линкер.

10. Способ по п.6, где независимо детектируемая группировка содержит уникальную последовательность нуклеиновой кислоты, гаптен, фермент или их комбинацию.

11. Способ по п.6, где независимо детектируемая группировка содержит генерирующую маскированный сигнал группировку.

12. Способ по п.11, где генерирующая маскированный сигнал группировка содержит маскированный флуорофор, маскированный хромофор, маскированную рамановскую метку, маскированную метку SERS или их комбинацию.

13. Способ по п.12, где сигналы генерируются от множества зондов, связанных с мишенями, посредством демаскировки генерирующей маскированный сигнал группировки.

14. Способ по п.1, где сигналы генерируются от множества зондов, связанных с мишенями, посредством сочетания генерирующей сигнал группировки с каждым зондом, связанным с мишенью.

15. Способ по п.1, дополнительно включающий после стадии приведения в контакт стадии удаления любых связывающихся с мишенями зондов, которые не связались с мишенями.

16. Способ по п.1, дополнительно включающий, перед приведением биологического образца в контакт с множеством связывающихся с мишенями зондов, визуализацию биологического образца с получением сигнатуры фонового сигнала.

17. Способ по п.1, где детекция множества мишеней включает определение присутствия, отсутствия, локализации или количества мишеней в указанном множестве мишеней.

18. Способ по п.1, где множество мишеней выбрано из группы, состоящей из олигонуклеотида, нуклеиновой кислоты, пептида, белка, гормона, рецептора, полисахарида, липида и их комбинации.

19. Способ по п.1, где множество мишеней состоит по существу из множества рибонуклеиновых кислот.

20. Способ по п.1, где множество мишеней состоит по существу из множества белков.

21. Способ детекции множества мишеней в биологическом образце, включающий:

а) приведение биологического образца в контакт с множеством зондов, связывающихся с мишенями, с образованием множества зондов, связанных с мишенями;

б) ковалентное присоединение по меньшей мере одного из зондов, связанных с мишенями, к биологическому образцу;

в) генерирование первой группы сигналов от первой группы множества зондов, связанных с мишенями;

г) регистрацию первой группы сигналов;

д) модификацию регистрируемых сигналов;

е) генерирование второй группы сигналов от второй группы множества зондов, связанных с мишенями; и

ж) регистрацию второй группы сигналов.

22. Способ по п.21, дополнительно включающий повторение стадий с (д) по (ж) с третьей, четвертой и n-ной группой множества зондов, связанных с мишенями, для регистрации третьей, четвертой и n-ной группы сигналов.

23. Способ по п.22, где целое значение n находится в диапазоне от 5 до 100.

24. Способ по п.21, дополнительно включающий корреляцию регистрируемых сигналов с детекцией множества мишеней.

25. Способ по п.21, дополнительно включающий перед генерированием первой группы сигналов визуализацию биологического образца с получением сигнатуры фонового сигнала.

26. Способ по п.25, дополнительно включающий перед стадией корреляции вычитание сигнатуры фонового сигнала из сигналов, регистрируемых на последующих стадиях регистрации сигналов.

27. Способ детекции множества мишеней в биологическом образце, включающий:

а) приведение образца в контакт с множеством зондов, связывающихся с мишенями, с образованием множества зондов, связанных с мишенями;

б) ковалентное присоединение по меньшей мере одного из зондов, связанных с мишенями, к биологическому образцу;

в) приведение множества зондов, связанных с мишенями, в контакт с первой группой зондов, генерирующих сигналы, которые способны связываться с первой группой множества зондов, связанных с мишенями, и способны генерировать первую группу сигналов;

г) детектирование первой группы множества мишеней посредством регистрации первой группы сигналов;

д) модификацию регистрируемой первой группы сигналов; и

е) многократное повторение стадий с (в) по (д) с использованием последующей группы зондов, генерирующих сигналы, для детекции последующей группы множества мишеней, где указанная последующая группа зондов, генерирующих сигналы, способна связываться с последующей группой множества зондов, связанных с мишенями, и способна генерировать последующую группу сигналов.

28. Способ по п.27, где регистрируемую первую группу сигналов модифицируют посредством применения химического агента.

29. Способ по п.27, дополнительно включающий, перед приведением зондов, связанных с мишенями, в контакт с первой группой зондов, генерирующих сигналы, стадии удаления связывающихся с мишенями зондов, которые не связались с множеством мишеней.

30. Способ по п.29, дополнительно включающий перед детектированием первой группы множества мишеней стадии удаления первой группы зондов, генерирующих сигнал, которые не связались с первой группой множества зондов, связанных с мишенями.

31. Способ по п.27, где все из множества зондов, связанных с мишенями, ковалентно присоединяют к самой мишени или к молекуле, которая расположена вблизи мишени.

32. Способ по п.27, где стадии с (в) по (е) повторяют вплоть до 100 раз.

33. Способ по п.27, где множество мишеней выбрано из группы, состоящей из дезоксирибонуклеиновой кислоты, рибонуклеиновой кислоты, белка и их комбинации.

34. Способ по п.27, где множество мишеней состоит по существу из множества рибонуклеиновых кислот.

35. Набор для детекции множества разнообразных мишеней в биологическом образце, содержащий:

множество зондов, связывающихся с мишенями, где каждый зонд, связывающийся с мишенью, способен генерировать сигнал, и по меньшей мере один зонд, связывающийся с мишенью, способен к перекрестному сшиванию с мишенью или молекулой, которая расположена вблизи мишени;

и по меньшей мере один химический агент, способный модифицировать генерируемый сигнал от по меньшей мере одного зонда, связывающегося с мишенью.

36. Устройство для детекции множества мишеней в биологическом образце, содержащее:

систему обработки образца;

систему подачи реагентов;

систему перекрестного сшивания зонда; и

систему детекции сигнала.

37. Устройство по п.36, где система подачи реагентов подает по меньшей мере один раствор реагента, содержащий по меньшей мере один зонд, связывающийся с мишенью.

38. Устройство по п.36, где по меньшей мере одна из указанных систем: система обработки образца, система подачи реагентов, система перекрестного сшивания зонда или система детекции сигнала выполнена с возможностью функционирования без вмешательства оператора.

39. Устройство по п.36, выполненное с возможностью детекции множества мишеней в биологическом образце с использованием способа, включающего стадии:

а) приведения биологического образца в контакт с множеством зондов, связывающихся с мишенями, с образованием множества зондов, связанных с мишенями;

б) регистрации первой группы сигналов от первой группы множества зондов, связанных с мишенями;

в) модификации регистрируемых сигналов;

г) генерирования второй группы сигналов от второй группы множества зондов, связанных с мишенями; и

д) регистрации второй группы сигналов.

40. Устройство по п.36, выполненное с возможностью детекции множества мишеней в биологическом образце с использованием способа, включающего стадии:

а) приведения биологического образца в контакт с множеством зондов, связывающихся с мишенями, с образованием множества зондов, связанных с мишенями;

б) ковалентного присоединения по меньшей мере одного зонда, связанного с мишенью, к биологическому образцу;

в) регистрации первой группы сигналов от первой группы множества зондов, связанных с мишенями;

г) модификации регистрируемых сигналов;

д) генерирования второй группы сигналов от второй группы множества зондов, связанных с мишенями; и

е) регистрации второй группы сигналов.