MX2008014925A - Metodo para identificar loci de rasgos cuantitativos resistentes a enfermedades en la soya, y composiciones de los mismos. - Google Patents

Abstract

La presente invención se refiere al campo de reproducción de plantas y genética, particularmente se refiere al género, Glycine; más específicamente, la invención se refiere a un método para investigar las plantas de soya que contienen uno o más loci de carácter cuantitativo para resistencia a enfermedad, especies de Glycine con dicho loci y métodos para reproducción y examinación de Glycine con dicho loci; la invención además se refiere al uso de un plasma germinal exótico en un programa de producción.

Description

METODO PARA IDENTIFICAR LOCI DE RASGOS CUANTITATIVOS RESISTENTES A ENFERMEDADES EN LA SOYA, Y COMPOSICIONES DE LOS MISMOS REFERENCIA RECIPROCA A LA SOLICITUD RELACIONADA Esta solicitud reclama el beneficio de prioridad a la solicitud provisional de E.U.A. No. de serie 60/808,430, presentada en mayo 25 de 2006.

INCORPORACION DEL LISTADO DE SECUENCIAS Un listado de secuencias está contenido en el archivo nombrado como "pa_53517.txt" que es de 65,000 bytes (medido en MS-Windows), y fue creado en mayo 22 de 2007, y se localiza en forma legible en computadora en un disco flexible presentado con el mismo, e incorporado en la presente como referencia.

CAMPO DE LA INVENCION La presente invención está en el campo de fitomejoramiento y resistencia a enfermedades. Más específicamente, la invención se refiere a un método para identificar plantas del género Glycine que contienen loci de rasgos cuantitativos que están asociados con resistencia a enfermedades, y métodos para mejorar genéticamente plantas de Glycine resistentes a enfermedades. La enfermedad puede ser causada por un hongo, virus, bacteria o animal invertebrado. La invención se refiere además al uso de germoplasma de acceso que contiene loci de rasgos cuantitativos (QTL) que confieren resistencia a enfermedades para introgresión en germoplasma élite en un programa de mejoramiento genético para resistencia al hongo patógeno, Phakopsora pachyrhizi.

ANTECEDENTES DE LA INVENCION La soya, Glycine max (L.) Merril, es uno de los cultivos económicos principales desarrollados en todo el mundo como una fuente primaria de aceite y proteína vegetal (Sinclair y Backman, Compendium of Soybean Diseases, 3a. ed. APS Press, St. Paul, MN, p. 106 (1989)). La demanda creciente de dietas de bajo contenido de colesterol y alto contenido de fibra, ha incrementado también la importancia de la soya como un alimento para la salud. Los rendimientos de soya en los Estados Unidos son reducidos cada año por enfermedades. Altos rendimiento por hectárea son críticos para el margen de ganancias de un agricultor, especialmente durante períodos de bajo precios para la soya. La pérdida financiera causada por las enfermedades de la soya es importante para las economías rurales y para las economías de industrias aliadas en áreas urbanas. Los efectos de estas pérdidas se sienten finalmente en todo el mercado de la soya global. Las estimaciones de pérdida debida a enfermedad en los Estados Unidos y Ontario varían de año a año y por enfermedad. De 1999 a 2002, las estimaciones de pérdida de rendimiento de la soya estuvieron en la escala de 8 millones de toneladas métricas a 10 millones de toneladas métricas en los Estados Unidos, y de 90,000 a 166,000 toneladas métricas en Ontario (Wrather et al., Online. Plant Health Progress do/:10:1094/PHP-2003-0325-01 -RV). Se ha reportado la roya asiática de la soya (referida en la presente como ASR) en los hemisferios oriental y occidental. En el hemisferio oriental, se ha reportado la ASR en Australia, China, India, Japón, Taiwán y Tailandia. En el hemisferio occidental, se ha observado la ASR en Brasil, Columbia, Costa Rica y Puerto Rico. La ASR puede ser una enfermedad devastante, causando pérdidas de rendimiento de hasta 70 a 80%, según se reporta en algunos campos en Taiwán. Las plantas que son fuertemente infectadas tienen menos vainas y semillas más pequeñas que son de mala calidad (Frederick et al., Mycology 92: 217-227 (2002)). La ASR se observó primero en los Estados Unidos en Hawai en 1994. La ASR fue introducida después en los Estados Unidos continentales en el otoño de 2004, presumiblemente como una consecuencia de la actividad de tormentas tropicales. Predicciones de modelos indicaron que la ASR había sido dispersa ampliamente por todos los estados del sudeste de los Estados Unidos, y observaciones de campo y de laboratorio subsiguientes, confirmaron esta distribución. Dos especies de hongos, Phakopsora pachyrhizi Sydow y Phakopsora meibomiae (Arthur) Arthur, causan la ASR. A diferencia de otras royas, P. pachyrhizi y P. meibomiae infectan una gama inusualmente amplia de especies vegetales. Se sabe que P. pachyrhizi infecta naturalmente a 31 especies en 17 géneros de leguminosas, y 60 especies en otros 26 géneros han sido infectadas bajo condiciones controladas. P. meibomiae infecta naturalmente a 42 especies en 19 géneros de leguminosas, y otras 18 especies en otros 12 géneros han sido infectadas artificialmente. Veinticuatro especies vegetales en 19 géneros son hospederos para ambas especies (Frederick er /., Mycology 92: 217-227 (2002)). Se han identificado plantas de soya resistentes a la ASR. Cuatro QTL dominantes específicos de raza heredados independientemente para resistencia a P. pachyrhizi, designados en la presente como locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR y locus 4 de resistencia a la ASR, se han identificado en Pl 200492, Pl 230970, Pl 462312 (Ankur) y Pl 459025B, respectivamente. Se sospecha que estas líneas, así como otras siete, contienen QTL para resistencia a la ASR. Se han usado Pl 239871 A y Pl 239871 B (G. soja), Pl 230971 y Pl 459024B, y los cultivares Taita Kaohsiung-5, Tainung-4 y Wayne, como diferenciales para identificar nueve razas en el Asian Vegetable Research and Development Center, en Taiwán. La raza predominante fue compatible con tres o más de las diferenciales, indicando que algunas razas poseen ya factores de virulencia múltiples para genes para resistencia conocidos y supuestos. Ocurre también resistencia entre la planta Glycine spp. silvestre de Australia. Se ha demostrado también resistencia que reduce la cantidad proporcional. Sin embargo, es difícil evaluar este tipo de resistencia debido a que la velocidad de desarrollo de la roya depende del desarrollo y la madurez de la soya (Sinclair et al., eds., Soybean rust workshop. College of Agricultural, Consumer, and Environmental Sciences. Nati. Soybean Res. Lab. Publ. 1 (1996)). La evaluación de plantas que pudieran contener potencialmente QTL que confieren resistencia a la ASR, puede consumir tiempo y requerir grandes cantidades de espacio biológicamente contenido. El cultivo de P. pachyrhizi requiere el uso de una campana de contención biológica aprobada. Además, invernaderos y cámaras de crecimiento usados para el crecimiento de plantas para la prueba de resistencia a la ASR, tendrán que construirse en una manera que prevenga la liberación accidental del organismo, especialmente en localidades en las cuales el organismo aún no ha sido observado. Diferentes cultivos de P. pachyrhizi pueden poseer diferentes factores de virulencia. Con el tiempo, nuevas cepas de P. pachyrhizi pueden introducirse en los Estados Unidos. Por ejemplo, cualquier programa de mejoramiento genético diseñado para mejorar genéticamente la resistencia en la soya contra la ASR, necesitará poder responder rápidamente a cambios en la población de P. pachyrhizi. Asimismo, el mejoramiento genético para cultivos de soya usados en otras localidades geográficas, requerirá la selección de resistencia a las cepas específicas que afectan esas regiones, además de que provean esas características agronómicas que son preferidas por estos agricultores en esa región. Por lo tanto, existe una gran necesidad de un método de alto rendimiento rápido y eficiente en costos y tiempo, para la identificación de germoplasma resistencia a la ASR. Este método no sólo debe proveer velocidad y eficiencia, sino también debe ser capaz de ser realizado con una cantidad mínima de espacio, permitiendo la identificación de muchas muestras a la vez. La presente invención provee un método para identificar y seleccionar una planta de soya que comprende QTL para resistencia a enfermedades.

BREVE DESCRIPCION DE LA INVENCION La presente invención provee un método para poner a prueba plantas de soya para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades, que comprende: (a) separar un tejido de una planta de la planta de soya; (b) cultivar dicho tejido en un medio; (c) exponer dicho tejido a un patógeno de la planta; y (d) evaluar dicho tejido para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a la enfermedad causada por el patógeno. Además, la respuesta de la planta al patógeno puede evaluarse mediante los siguientes pasos: (e) aislar ácidos nucleicos (ADN y/o ARN) de dicha planta; (f) poner a prueba dichos ácidos nucleicos (ADN, ARN y/o ADNc) para la presencia de uno más marcadores moleculares para un locus de rasgo cuantitativo asociado con dicha resistencia, inmunidad o susceptibilidad; y (g) seleccionar dicha planta para su uso en un programa de mejoramiento genético. La determinación de resistencia, inmunidad o susceptibilidad de una planta a un patógeno particular, es obvia para cualquier experto en la técnica. El tejido de la planta puede ser hoja, tejido vascular, flor, vaina, raíz, tallo, semilla, o una porción de los mismos, o una célula aislada del tejido. La exposición de dicho tejido a un patógeno de la planta se logra por un medio seleccionado del grupo que consiste en (a) aplicación directa del patógeno al tejido; (b) inclusión del patógeno en el medio de cultivo; y (c) inclusión de un agente que sea contaminado efectivamente con el patógeno y sirva para inocular al tejido. El patógeno de la planta puede ser un hongo, virus, bacteria o animal invertebrado. La exposición al patógeno de la planta puede ser en la forma de macromoléculas del patógeno, células, tejidos, organismo entero, o combinaciones de los mismos, en donde el patógeno, y partes del mismo, estén vivos o muertos mientras que el material medie una respuesta inmune en el tejido del hospedero. Macromoléculas del patógeno relevantes para la presente invención incluyen, pero no están limitadas a, toxinas, paredes o membranas celulares, antígenos y polisacáridos. La presente invención comprende además un QTL que confiere resistencia a enfermedades causadas por un hongo patógeno seleccionado del grupo que consiste en Phakopsora pachyrhizi, Phakopsora meibomiae (roya asiática de la soya), Colletotrichum truncatum, Colletotrichum dematium var. truncatum, Glomerella glycines (antracnosis de la soya), Phytophthora sojae (pudrición del tallo y la raíz por Phytophthora), Sclerotinia sclerotiorum (pudrición del tallo por Sclerotinia), Fusarium solani f. sp. glycines (síndrome de muerte repentina), Fusarium spp. (pudrición de la raíz por Fusarium), Macrophomina phaseolina (pudrición carbonosa), Septoria glycines (mancha parda), Pythium aphanidermatum, Pythium debaryanum, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Pythium myriotylum, Pythium torulosum (pudrición de la semilla por Pythium), Diaporthe phaseolorum var. sojae (tizón de la vaina), Phomopsis longicola (tizón del tallo), Phomopsis spp. (pudrición de la semilla por Phomopsis), Peronospora manshurica (mildiú), Rhizoctonia solani (pudrición del tallo y la raíz por Rhizoctonia, tizón aéreo por Rhizoctonia), Phialophora gregata (pudrición parda del tallo), Diaporthe phaseolorum var. caulivora (cáncer del tallo), Cercospora kikuchii (mancha púrpura de la semilla), Alternaría sp. (mancha de rodela), Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), Sclerotium rolfsii (tizón meridional), Arkoola nigra (tizón negro foliar), Thielaviopsis basicola (pudrición negra de la raíz), Choanephora infundibulifera, Choanephora trispora (tizón foliar por Choanephora), Leptosphaerulina trifolii (mancha foliar por Leptosphaeruliná), Mycoleptodiscus terrestris (pudrición de la raíz por Mycoleptodiscus), Neocosmospora vasinfecta (pudrición del tallo por Neocosmospora), Phyllosticta sojicola (mancha foliar por Phyllosticta), Pyrenochaeta glycines (mancha foliar por Pyrenochaeta), Cylindrocladium crotalariae (pudrición roja de la corona), Dactuliochaeta glycines (pústula roja foliar), Spaceloma glycines (sarna), Stemphylium botryosum (tizón foliar por Stemphylium), Corynespora cassiicola (mancha de rodela), Nematospora coryli (mancha por levaduras) y Phymatotrichum omnivorum (pudrición de la raíz del algodón). La presente invención comprende además un QTL que confiere resistencia a enfermedades causadas por un patógeno viral seleccionado del grupo que consiste en Alfamovirus (virus del mosaico de la alfalfa, AMV), Comovirus (virus del moteado de la vaina del frijol, BPMV), Potyvirus (virus del mosaico amarillo del frijol, BYMV), Bromovirus (virus del moteado clorótico del caupí, CCMV), Begomovirus (virus del mosaico amarillo del frijol de oro, MYMV), Potyvirus (virus del moteado del cacahuate, PeMoV), Potyvirus (virus de la raya del cacahuate, PStV), Cucumovirus (virus del achaparramiento del cacahuate, PSV), Caulimovirus (virus del moteado clorótico de la soya, SbCMV), Begomovirus (virus del enchinamiento foliar de la soya, SCLV), Luteovirus (virus del enanismo de la soya, SbDV), Potyvirus (virus del mosaico de la soya, SMV), Nepovirus (virus del achaparramiento severo de la soya, SSSV) y Nepovirus (virus de la mancha anular del tabaco, TRSV). La presente invención comprende además un QTL que confiere resistencia a enfermedades causadas por una bacteria patógena seleccionada del grupo que consiste en Bacillus subtilis (pudrición de la semilla por Bacillus), Pseudomonas savastonoi pv. glycinea (tizón bacteriano), Pseudomonas syringae subsp. syringae (enchinamiento foliar bacteriano), Xanthomonas axonopodis pv. glycines (pústula bacteriana) Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (mancha tostada bacteriana), Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, Ralstonia solanacearum (marchitez bacteriana) y Pseudomonas syringae pv. tabaci (fuego silvestre). La presente invención comprende además un QTL que confiere resistencia a enfermedades causadas por un invertebrado patógeno seleccionado del grupo que consiste en Aphis glycines (áfido de la soya), Heterodera glycines (nemátodo enquistado de la soya), Meloidogyne arenaria, Meloidogyne hapla, Meloidogyne incógnita, Meloidogyne javanica (nemátodo del nudo de la raíz), Hoplolaimus columbus, Hoplolaimus galeatus, Hoplolaimus magnistylus (nemátodo de lanceta), Pratylenchus spp. (nemátodo lesionador), Pratylenchus projectus, Pratylenchus tenuicaudatus (nemátodo sujetador), Rotylenchulus reniformis (nemátodo reniforme), Criconemella ornata (nemátodo de anillo), Hemicycliophora spp. (nemátodo de la vaina), Heliocotylenchus spp. (nemátodo espiral), Belonolainus gracilis, Belonolainus longicaudatus (nemátodo picador), Quinisulcius acutus, Tylenchorhynchus spp. (nemátodo del achaparramiento) y Paratrichodorus minor (nemátodo de la hernia de la raíz). La presente invención provee también tejido y plantas de soya seleccionados que son resistentes a Phakopsora pachyrhizi, Phakopsora meibomiae (roya asiática de la soya), Colletotrichum truncatum, Colletotrichum dematium var. truncatum, Glomerella glycines (antracnosis de la soya), Phytophthora sojae (pudrición del tallo y la raíz por Phytophthora), Sclerotinia sclerotiorum (pudrición del tallo por Sclerotinia), Fusarium solani t sp. glycines (síndrome de muerte repentina), Fusarium spp. (pudrición de la raíz por Fusarium), Macrophomina phaseolina (pudrición carbonosa), Septoria glycines (mancha parda), Pythium aphanidermatum, Pythium debaryanum, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Pythium myriotylum, Pythium torulosum (pudrición de la semilla por Pythium), Diaporthe phaseolorum var. sojae (tizón de la vaina), Phomopsis longicola (tizón del tallo), Phomopsis spp. (pudrición de la semilla por Phomopsis), Peronospora manshurica (mildiú), Rhizoctonia solani (pudrición del tallo y la raíz por Rhizoctonia, tizón aéreo por Rhizoctonia), Phialophora gregata (pudrición parda del tallo), Diaporthe phaseolorum var. caulivora (cáncer del tallo), Cercospora kikuchii (mancha púrpura de la semilla), Alternaría sp. (mancha de rodela), Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), Sclerotium rolfsii (tizón meridional), Arkoola nigra (tizón negro foliar), Thielaviopsis basicola (pudrición negra de la raíz), Choanephora infundibulifera, Choanephora trispora (tizón foliar por Choanephora), Leptosphaerulina trifolii (mancha foliar por Leptosphaerulina), Mycoleptodiscus terrestris (pudrición de la raíz por Mycoleptodiscus), Neocosmospora vasinfecta (pudrición del tallo por Neocosmospora), Phyllosticta sojicola (mancha foliar por Phyllosticta), Pyrenochaeta glycines (mancha foliar por Pyrenochaeta), Cylindrocladium crotalariae (pudrición roja de la corona), Dactuliochaeta glycines (pústula roja foliar), Spaceloma glycines (sarna), Stemphylium botryosum (tizón foliar por Stemphylium), Corynespora cassiicola (mancha de rodela), Nematospora coryli (mancha por levaduras), Phymatotrichum omnivorum (pudrición de la raíz del algodón), Alfamovirus (virus del mosaico de la alfalfa, AMV), Comovirus (virus del moteado de la vaina del frijol, BPMV), Potyvirus (virus del mosaico amarillo del frijol, BYMV), Bromovirus (virus del moteado clorótico del caupí, CCMV), Begomovirus (virus del mosaico amarillo del frijol de oro, MYMV), Potyvirus (virus del moteado del cacahuate, PeMoV), Potyvirus (virus de la raya del cacahuate, PStV), Cucumovirus (virus del achaparramiento del cacahuate, PSV), Caulimovirus (virus del moteado clorótico de la soya, SbCMV), Begomovirus (virus del enchinamiento foliar de la soya, SCLV), Luteovirus (virus del enanismo de la soya, SbDV), Potyvirus (virus del mosaico de la soya, SMV), Nepovirus (virus del achaparramiento severo de la soya, SSSV), Nepovirus (virus de la mancha anular del tabaco, TRSV), Bacillus subtilis (pudrición de la semilla por Bacillus), Pseudomonas savastonoi pv. glycinea (tizón bacteriano), Pseudomonas syringae subsp. syringae (enchinamiento foliar bacteriano), Xanthomonas axonopodis pv. glycines (pústula bacteriana) Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (mancha tostada bacteriana), Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, Ralstonia solanacearum (marchitez bacteriana), Pseudomonas syringae pv. tabaci (fuego silvestre), Aphis glycines (áfido de la soya), Heterodera glycines (nemátodo enquistado de la soya), Meloidogyne arenaria, Meloidogyne hapla, Meloidogyne incógnita, Meloidogyne javanica (nemátodo del nudo de la raíz), Hoplolaimus columbus, Hoplolaimus galeatus, Hoplolaimus magnistylus (nemátodo de lanceta), Pratylenchus spp. (nemátodo lesionador), Pratylenchus projectus, Pratylenchus tenuicaudatus (nemátodo sujetador), Rotylenchulus reniformis (nemátodo reniforme), Criconemella ornata (nemátodo de anillo), Hemicycliophora spp. (nemátodo de la vaina), Heliocotylenchus spp. (nemátodo espiral), Belonolainus gracilis, Belonolainus longicaudatus (nemátodo picador), Quinisulcius acutus, Tylenchorhynchus spp. (nemátodo del achaparramiento) o Paratrichodorus minor (nemátodo de la hernia de la raíz). La presente invención provee además que la planta seleccionada es del grupo que consiste en miembros del género Glycine, más específicamente del grupo que consiste en Glycine arenaria, Glycine argyrea, Glycine canescens, Glycine clandestine, Glycine cúrvala, Glycine cyrtoloba, Glycine fálcate, Glycine latifolia, Glycine latrobeana, Glycine max, Glycine microphylla, Glycine pescadrensis, Glycine pindanica, Glycine rubiginosa, Glycine soja, Glycine sp., Glycine stenophita, Glycine tabacina y Glycine tomentella. La presente invención provee además que el medio usado en el método para selección comprende agua que está sin tratar, es destilada o desionizada. El medio puede contener cualquier ingrediente necesario para sustentar el patógeno o tejido de la planta, en tanto los ingredientes no interfieran con la expresión de resistencia conferida por el QTL. La presente invención provee además una planta de soya seleccionada usando dicho método. La presente invención provee también un QTL que se selecciona del grupo que consiste en locus de tolerancia a la infección por Phytophthora (pudrición de la raíz), locus de resistencia a Fusarium solani f. sp. glycines (síndrome de muerte repentina), locus de resistencia a Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), locus de resistencia a Phialophora gegata (pudrición parda del tallo), locus de resistencia a Sclerotinia (pudrición del tallo), locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR, locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR, locus 9 de resistencia a la ASR, locus 10 de resistencia a la ASR, locus 11 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. La presente invención provee además que la planta seleccionada contenga uno o más QTL de resistencia a enfermedades por hongos, incluyendo locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR, locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR, locus 9 de resistencia a la ASR, locus 10 de resistencia a la ASR, locus 1 1 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. La presente invención provee además uno o más loci marcadores de polimorfismos de nucleótidos individuales (SNPs) para locus 1 de resistencia a la ASR, en donde dicho marcador de SNP se selecciona del grupo que consiste en NS0093250, NS01 19710, NS0103004, NS0099454, NS0102630, NS0102915, NS0102913, NS0123728, NS0129943, NS0102168, NS0092723, NS0098177, NS0127343 y NS0101121. Se proveen también uno o más loci marcadores de SNP para locus 3 de resistencia a la ASR, en donde dicho marcador de SNP se selecciona del grupo que consiste en NS0099746, NS0123747, NS0126598, NS0128378, NS0096829, NS0125408, NS0098902, NS0099529, NS0097798, NS0137477, NS0095322, NS0136101 y NS0098982. Un ejemplo de locus marcador de SNP, NS0103033, se provee para locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR y locus 9 de resistencia a la ASR. Se provee otro ejemplo de locus marcador de SNP, NS0124935, para locus 10 de resistencia a la ASR, locus 11 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. Además, uno o más marcadores mapeados dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras pueden usarse para la selección e introgresión de loci de resistencia a la ASR. La presente invención provee además un método para seleccionar e introgresar resistencia a la ASR en la soya, que comprende: (a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; (b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con los loci 1 a 13 de resistencia a la ASR, en donde dicha molécula marcadora se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID NOs: 67 a 99, y cualquier molécula marcadora mapeada dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras; y (c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. La presente invención provee además una planta de soya seleccionada usando dicho método.

DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION La presente invención provee un método para identificar plantas de soya para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a una enfermedad por hongos. En una modalidad preferida, la planta se selecciona del género Glycine. Las soyas perennes silvestres pertenecen al subgénero Glycine, y tienen una amplia gama de diversidad genética. La soya cultivada (Glycine max (L.) Merr.) y su progenitor anual silvestre (Glycine soja (Sieb. y Zuce.)) pertenecen al subgénero Soya, contienen 2 n = 40 cromosomas, son compatibles en forma cruzada, producen usualmente híbridos F1 fértiles vigorosos, y poseen genomas similares. Son posibles cruzas entre especies de Glycine cultivadas y especies de Glycine perenne silvestres, cuyo éxito es variable entre los accesos. Las investigaciones han mostrado que varios accesos de Glycine perenne silvestre poseen resistencia a la mancha parda, roya de la soya, pudrición de la raíz, virus del mosaico amarillo y cenicilla. Existen más de 100,000 accesos de Glycine max, probablemente menos de 10,000 accesos de Glycine soja, y aproximadamente 3500 accesos de especies de Glycine perennes en las colecciones de germoplasma de todo el mundo. Se desconocen las cifras exactas. Existen colecciones mayores de Glycine en Australia, Bracil, China, Alemania, India, Indonesia, Japón, Rusia, Corea del Sur y los Estados Unidos. Existen muchas otras colecciones más pequeñas pero importantes por toda Asia y Europa. No se sabe cómo muchos de los accesos se duplican entre las colecciones. La USDA Soybean Germplasm Collection es una de las colecciones más grandes y la más grande fuera de Asia (Verma et al., eds., Soybean: Genetics, Molecular Biology and Biotechnology (1996)). Contiene actualmente 20,765 accesos, que comprenden 19 colecciones de especies, incluyendo 18,680 accesos de Glycine max y 1 ,166 accesos de Glycine soja, así como especies de Glycine perennes. En una modalidad preferida, una planta de soya se pone a prueba para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades, que comprende: (a) separar un tejido de una planta de la planta de soya; (b) cultivar dicho tejido en un medio; (c) exponer dicho tejido a un patógeno de la planta; y (d) evaluar dicho tejido para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a la enfermedad causada por el patógeno. Además, la respuesta de la planta al patógeno puede evaluarse mediante los siguientes pasos: (e) aislar ácidos nucleicos de dicha planta; (f) poner a prueba dichos ácidos nucleicos para la presencia de uno más marcadores moleculares para un locus de rasgo cuantitativo asociado con dicha resistencia, inmunidad o susceptibilidad; y (g) seleccionar dicha planta para su uso en un programa de mejoramiento genético. La determinación de resistencia, inmunidad o susceptibilidad de una planta a un patógeno particular, es obvia para cualquier experto en la técnica.

El tejido de la planta puede ser hoja, tejido vascular, flor, vaina, raíz, tallo, semilla, o una porción de los mismos, o una célula aislada del tejido. La exposición de dicho tejido a un patógeno de la planta se logra por un medio seleccionado del grupo que consiste en (a) aplicación directa del patógeno al tejido; (b) inclusión del patógeno en el medio de cultivo; y (c) inclusión de un agente que sea contaminado efectivamente con el patógeno y sirva para inocular al tejido. El patógeno de la planta puede ser un hongo, virus, bacteria o animal invertebrado. La exposición al patógeno de la planta puede ser en la forma de macromoléculas del patógeno, células, tejidos, organismo entero, o combinaciones de los mismos, en donde el patógeno, y partes del mismo, estén vivos o muertos mientras que el material medie una respuesta inmune en el tejido del hospedero. Macromoléculas del patógeno relevantes para la presente invención incluyen, pero no están limitadas a, toxinas, paredes o membranas celulares, antígenos y polisacáridos. En una modalidad preferida, el tejido de la hoja puede comprender una hoja de cotiledón, hoja unifoliada, una hoja trifoliada y profolios. Existen cuatro tipos de hojas de la soya: 1 ) el primer par de cotiledones simples o cotiledones, 2) segundo par de hojas primarias simples, conocidas también como hojas unifoliadas, 3) hojas de follaje trifoliadas, y 4) pro-folios, que son partes de la planta que asemejan hojas. Las hojas unifoliadas ocurren en el primer nudo arriba de los cotiledones. Las demás hojas serían trifoliadas, en donde el primer par en emerger después de las unifoliadas son las primeras hojas trifoliadas, que van seguidas por la emergencia de las segundas hojas trifoliadas, y entonces las terceras hojas trifoliadas (H. R. Boerma y J. E. Specht (ed.) Soybean Monograph, 3a. edición, Am. Soc. Agron., Madison, Wl (2004)). En una modalidad preferida, la presente invención permite que una planta de soya sea puesta a prueba para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a una enfermedad por hongos. Enfermedades de la soya causadas por hongos incluyen, pero no están limitadas a, Phakopsora pachyrhizi, Phakopsora meibomiae (roya asiática de la soya), Colletotrichum truncatum, Colletotrichum dematium var. truncatum, Glomerella glycines (antracnosis de la soya), Phytophthora sojae (pudrición del tallo y la raíz por Phytophthora), Sclerotinia sclerotiorum (pudrición del tallo por Sclerotinia), Fusarium solani i. sp. glycines (síndrome de muerte repentina), Fusarium spp. (pudrición de la raíz por Fusarium), Macrophomina phaseolina (pudrición carbonosa), Septoria glycines (mancha parda), Pythium aphanidermatum, Pythium debaryanum, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Pythium myriotylum, Pythium torulosum (pudrición de la semilla por Pythium), Diaporthe phaseolorum var. sojae (tizón de la vaina), Phomopsis longicola (tizón del tallo), Phomopsis spp. (pudrición de la semilla por Phomopsis), Peronospora manshurica (mildiú), Rhizoctonia solani (pudrición del tallo y la raíz por Rhizoctonia, tizón aéreo por Rhizoctonia), Phialophora gregata (pudrición parda del tallo), Diaporthe phaseolorum var. caulivora (cáncer del tallo), Cercospora kikuchii (mancha púrpura de la semilla), Alternaría sp. (mancha de rodela), Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), Sclerotium rolfsii (tizón meridional), Arkoola nigra (tizón negro foliar), Thielaviopsis basteóla (pudrición negra de la raíz), Choanephora infundibulifera, Choanephora trispora (tizón foliar por Choanephora), Leptosphaerulina trifolii (mancha foliar por Leptosphaerulina), Mycoleptodiscus terrestris (pudrición de la raíz por Mycoleptodiscus), Neocosmospora vasinfecta (pudrición del tallo por Neocosmospora), Phyllosticta sojicola (mancha foliar por Phyllosticta), Pyrenochaeta glycines (mancha foliar por Pyrenochaeta), Cylindrocladium crotalariae (pudrición roja de la corona), Dactuliochaeta glycines (pústula roja foliar), Spaceloma glycines (sarna), Stemphylium botryosum (tizón foliar por Stemphylium), Corynespora cassiicola (mancha de rodela), Nematospora coryli (mancha por levaduras) y Phymatotrichum omnivorum (pudrición de la raíz del algodón). En una modalidad preferida, la presente invención permite que una planta de soya sea puesta a prueba para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a una enfermedad viral. Enfermedades de la soya causadas por virus incluyen, pero no están limitadas a, Alfamovirus (virus del mosaico de la alfalfa, AMV), Comovirus (virus del moteado de la vaina del frijol, BPMV), Potyvirus (virus del mosaico amarillo del frijol, BYMV), Bromovirus (virus del moteado clorótico del caupí, CCMV), Begomovirus (virus del mosaico amarillo del frijol de oro, MYMV), Potyvirus (virus del moteado del cacahuate, PeMoV), Potyvirus (virus de la raya del cacahuate, PStV), Cucumovirus (virus del achaparramiento del cacahuate, PSV), Caulimovirus (virus del moteado clorótico de la soya, SbCMV), Begomovirus (virus del enchinamiento foliar de la soya, SCLV), Luteovirus (virus del enanismo de la soya, SbDV), Potyvirus (virus del mosaico de la soya, SMV), Nepovirus (virus del achaparramiento severo de la soya, SSSV) y Nepovirus (virus de la mancha anular del tabaco, TRSV). En una modalidad preferida, la presente invención permite que una planta de soya sea puesta a prueba para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a una enfermedad bacteriana. Enfermedades de la soya causadas por bacterias incluyen, pero no están limitadas a, Bacillus subtilis (pudrición de la semilla por Bacillus), Pseudomonas savastonoi pv. glycinea (tizón bacteriano), Pseudomonas syringae subsp. syringae (enchinamiento foliar bacteriano), Xanthomonas axonopodis pv. glycines (pústula bacteriana) Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (mancha tostada bacteriana), Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, Ralstonia solanacearum (marchitez bacteriana) y Pseudomonas syringae pv. tabaci (fuego silvestre). En una modalidad preferida, la presente invención permite que una planta de soya sea puesta a prueba para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a una enfermedad por plagas animales. Enfermedades de la soya causadas por plagas animales incluyen, pero no están limitadas a, Aphis glycines (áfido de la soya), Heterodera glycines (nemátodo enquistado de la soya), Meloidogyne arenaria, Meloidogyne hapla, Meloidogyne incógnita, Meloidogyne javanica (nemátodo del nudo de la raíz), Hoplolaimus columbus, Hoplolaimus galeatus, Hoplolaimus magnistylus (nemátodo de lanceta), Pratylenchus spp. (nemátodo lesionador), Pratylenchus projectus, Pratylenchus tenuicaudatus (nemátodo sujetador), Rotylenchulus reniformis (nemátodo reniforme), Criconemella ornata (nemátodo de anillo), Hemicycliophora spp. (nemátodo de la vaina), Heliocotylenchus spp. (nemátodo espiral), Belonolainus gracilis, Belonolainus longicaudatus (nemátodo picador), Quinisulcius acutus, Tylenchorhynchus spp. (nemátodo del achaparramiento) y Paratríchodorus minor (nemátodo de la hernia de la raíz). La invención provee además un método para la selección e introgresión de QTL para resistencia a enfermedades en la soya, que comprende: (a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; (b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con QTL de resistencia a enfermedades; y (c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a enfermedades. El QTL de resistencia a enfermedades de la presente invención puede introducirse en una línea de Glycine max élite. Una "línea élite", es cualquier línea que haya resultado de mejoramiento genético y selección para desempeño agronómico superior. Ejemplos de líneas élite, son líneas que están disponibles comercialmente a agricultores o productores de soya, tales como HARTZ™ variedad H4994, HARTZ™ variedad H5218, HARTZ™ variedad H5350, HARTZ™ variedad H5545, HARTZ™ variedad H5050, HARTZ variedad H5454, HARTZ variedad H5233, HARTZ variedad H5488, HARTZ™ variedad HLA572, HARTZ™ variedad H6200, HARTZ™ variedad H6104, HARTZ™ variedad H6255, HARTZ™ variedad H6586, HARTZ™ variedad H6191 , HARTZ™ variedad H7440, HARTZ™ variedad H4452 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H4994 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H4988 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5000 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5147 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5247 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5350 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5545 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5855 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5088 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5164 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5361 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5566 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5181 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5889 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H5999 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H6013 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H6255 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H6454 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H6686 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H7152 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H7550 Roundup Ready™, HARTZ™ variedad H8001 Roundup Ready™ (HARTZ SEED, Stuttgart, Arkansas, USA); A0868, AG0202, AG0401 , AG0803, AG0901 , A1553, A1900, AG1502, AG1702, AG1901 , A1923, A2069, AG2101 , AG2201 , AG2205, A2247, AG2301 , A2304, A2396, AG2401 , AG2501 , A2506, A2553, AG2701 , AG2702, AG2703, A2704, A2833, A2869, AG2901 , AG2902, AG2905, AG3001 , AG3002, AG3101 , A3204, A3237, A3244, AG3301 , AG3302, AG3006, AG3203, ?3404, ?3469, AG3502, AG3503, AG3505, AG3305, AG3602, AG3802, AG3905, AG3906, AG4102, AG4201 , AG4403, AG4502, AG4603, AG4801 , AG4902, AG4903, AG5301 , AG5501 , AG5605, AG5903, AG5905, ?3559, AG3601 , AG3701 , AG3704, AG3750, ?3834, AG3901 , ?3904, ?4045, AG4301 , ?4341 , AG4401 , AG4404, AG4501 , AG4503, AG4601 , AG4602, ?4604, AG4702, AG4703, AG4901 , ?4922, AG5401 , ?5547, AG5602, AG5702, ?5704, AG5801 , AG5901 , ?5944, ?5959, AG6101 , AJW2600C0R, FPG26932, QR4459 y QP4544 (Asgrow Seeds, Des Moines, lowa, USA); DKB26-52, DKB28-51 , DKB32-52, DKB08-51 , DKB09-53, DKB10-52, DKB18-51 , DKB26-53, DKB29-51 , DKB42-51 , DKB35-51 , DKB34-51 , DKB36-52, DKB37-51 , DKB38-52, DKB46-51 , DKB54-52 y DeKalb variedad CX445 (DeKalb, Illinois, USA); 91 B91 , 92B24, 92B37, 92B63, 92B71 , 92B74, 92B75, 92B91 , 93B01 , 93B11 , 93B26, 93B34, 93B35, 93B41 , 93B45, 93B51 , 93B53, 93B66, 93B81 , 93B82, 93B84, 94B01 , 94B32, 94B53, 94M80RR, 94M50RR, 95B71 , 95B95, 95M81 RR, 95M50RR, 95M30RR, 9306, 9294, 93M50, 93M93, 94B73, 94B74, 94M41 , 94M70, 94M90, 95B32, 95B42, 95B43 y 9344 (Pioneer Hi-bred International, Johnston, lowa, USA); SSC-251 RR, SSC-273CNRR, AGRA 5429RR, SSC-314RR, SSC-315RR, SSC-311STS, SSC-320RR, AGRA5432RR, SSC-345RR, SSC-356RR, SSC-366, SSC-373RR y AGRA5537CNRR (Schlessman Seed Company, Milán, Ohio, USA); 39-E9, 44-R4, 44-R5, 47-G7, 49-P9, 52-Q2, 53-K3, 56-J6, 58-V8, ARX A48104, ARX B48104, ARX B55104 y GP530 (Armor Beans, Fisher, Arkansas, USA); HT322STS, HT3596STS, L0332, L0717, L1309CN, L1817, L1913CN, L1984, L2303CN, L2495, L2509CN, L2719CN, L3997CN, L4317CN, RC1303, RC1620, RC1799, RC1802, RC1900, RC1919, RC2020, RC2300, RC2389, RC2424, RC2462, RC2500, RC2504, RC2525, RC2702, RC2964, RC3212, RC3335, RC3354, RC3422, RC3624, RC3636, RC3732, RC3838, RC3864, RC3939, RC3942, RC3964, RC4013, RC4104, RC4233, RC4432, RC4444, RC4464, RC4842, RC4848, RC4992, RC5003, RC5222, RC5332, RC5454, RC5555, RC5892, RC5972, RC6767, RC7402, RT0032, RT0041 , RT0065, RT0073, RT0079, RT0255, RT0269, RT0273, RT0312, RT0374, RT0396, RT0476, RT0574, RT0583, RT0662, RT0669, RT0676, RT0684, RT0755, RT0874, RT0907, RT0929, RT0994, RT0995, RT1004, RT1183, RT1199, RT1234, RT1399, RT1413, RT1535, RT1606, RT1741 , RT1789, RT1992, RT2000, RT2041 , RT2089, RT2092, RT2112, RT2127, RT2200, RT2292, RT2341 , RT2430, RT2440, RT2512, RT2544, RT2629, RT2678, RT2732, RT2800, RT2802, RT2822, RT2898, RT2963, RT3176, RT3200, RT3253, RT3432, RT3595, RT3836, RT4098, RX2540, RX2944, RX3444 y TS466RR (Croplan Genetics, Clinton, Kentucky, USA); 4340RR, 4630RR, 4840RR, 4860RR, 4960RR, 4970RR, 5260RR, 5460RR, 5555RR, 5630RR y 5702RR (Delta Grow, Inglaterra, Arkansas, USA); DK3964RR, DK3968RR, DK4461 RR, DK4763RR, DK4868RR, DK4967RR, DK5161 RR, DK5366RR, DK5465RR, DK55T6, DK5668RR, DK5767RR, DK5967RR, DKXTJ446, DKXTJ448, DKXTJ541 , DKXTJ542, DKXTJ543, DKXTJ546, DKXTJ548, DKXTJ549, DKXTJ54J9, DKXTJ54X9, DKXTJ554, DKXTJ555, DKXTJ55J5 y DKXTJ5K57 (Delta King Seed Company, McCrory, Arkansas, USA); DP 3861 RR, DP 4331 RR, DP 4546RR, DP 4724 RR, DP 4933 RR, DP 5414RR, DP 5634 RR, DP 5915 RR, DPX 3950RR, DPX 4891 RR y DPX 5808RR (Delta & Pine Land Company, Lubbock, Texas, USA); DG31T31 , DG32C38, DG3362NRR, DG3390NRR, DG33A37, DG33B52, DG3443NRR, DG3463NRR, DG3481 NRR, DG3484NRR, DG3535NRR, DG3562NRR, DG3583NRR, DG35B40, DG35D33, DG36M49, DG37N43, DG38K57, DG38T47, SX04334 y SX04453 (Dyna-gro line, UAP-MidSouth, Cordova, Tennessee, USA); 8374RR CYSTX, 8390 NNRR, 8416RR, 8492NRR y 8499NRR (Excel Brand, Camp Point, Illinois, USA); 4922RR, 5033RR, 5225RR y 5663RR (FFR Seed, Southhaven, Mississippi, USA); 3624RR/N, 3824RR/N, 4212RR/N, 4612RPJN, 5012RR/N, 5212RR/N y 5412RR/STS/N (Garst Seed Company, Slater, lowa, USA); 471 , 4R451 , 4R485, 4R495, 4RS421 y 5R531 (Gateway Seed Company, Nashville, Illinois, USA); H-3606RR, H-3945RR, H-4368RR, H-4749RR, H-5053RR y H-5492RR (Golden Harvest Seeds, Inc., Pekin, Illinois, USA); HBK 5324, HBK 5524, HBK R4023, HBK R4623, HBK R4724, HBK R4820, HBK R4924, HBK R4945CX, HBK R5620 y HBK R5624 (Hombeck Seed Co. Inc., DeWitt, Arkansas, USA); 341 RR/SCN, 343 RR/SCN, 346 RR/SCN, 349 RR, 355 RR/SCN, 363 RR/SCN, 373 RR, 375 RR, 379 RR/SCN, 379+ RR/SCN, 380 RR/SCN, 380+ RR/SCN, 381 RR/SCN, 389 RR/SCN, 389+ RR/SCN, 393 RR/SCN, 393+ RR/SCN, 398 RR, 402 RR/SCN, 404 RR, 424 RR, 434 RR/SCN y 442 RR/SCN (Kruger Seed Company, Dike, lowa, USA); 3566, 3715, 3875, 3944, 4010 y 4106 (Lewis Hybrids, Inc., Ursa, Illinois, USA); C3999NRR (LG Seeds, Elmwood, Illinois, USA); Atlanta 543, Austin RR, Cleveland VIIRR, Dallas RR, Denver RRSTS, Everest RR, Grant 3RR, Olympus RR, Phoenix IIIRR, Rocky RR, Rushmore 553RR y Washington IXRR (Merschman Seed Inc., West Point, lowa, USA); RT 3304N, RT 3603N, RT 3644N, RT 3712N, RT 3804N, RT 3883N, RT 399 IN, RT 4044N, RT 4114N, RT 4124N, RT 420 IN, RT 4334N, RT 4402N, RT 4480N, RT 4503N, RT 4683N, RT 4993N, RT 5043N, RT 5204, RT 5553N, RT 5773, RT4731 N y RTS 4824N (MFA Inc., Columbia, Missouri, USA); 9A373NRR, 9A375XRR, 9A385NRS, 9A402NRR, 9A455NRR, 9A485XRR y 9B445NRS (Midland Genetics Group L.L.C., Ottawa, Kansas, USA); 3605nRR, 3805nRR, 3903nRR, 3905nRR, 4305nRR, 4404nRR, 4705nRR, 4805nRR, 4904nRR, 4905nRR, 5504nRR y 5505nRR (Midwest Premium Genetics, Concordia, Missouri, USA); S37-N4, S39-K6, S40-R9, S42-P7, S43-B1 , S49-Q9, S50-N3, S52-U3 y S56-D7 (Syngenta Seeds, Henderson, Kentucky, USA); NT-3707 RR, NT-3737 RR/SCN, NT-3737+RR/SCN, NT-3737sc RR/SCN, NT-3777+ RR, NT-3787 RR/SCN, NT-3828 RR, NT-3839 RR, NT-3909 RR/SCN/STS, ??-3909+RR/SCN/ST, NT-3909sc RR/SCN/S, NT-3919 RR, NT-3922 RR/SCN, NT-3929 RR/SCN, NT-3999 RR/SCN, NT-3999+ RR/SCN, NT-3999sc RR/SCN, NT-4040 RR/SCN, NT-4040+ RR/SCN, NT-4044 RR/SCN, NT-4122 RR/SCN, NT-4414 RR/SCN/STS, NT-4646 RR/SCN y NT-4747 RR/SCN (NuTech Seed Co., Ames, lowa, USA); PB-3494NRR, PB-3732RR, PB-3894NRR, PB-3921 NRR, PB-4023NRR, PB-4394NRR, PB-4483NRR y PB-5083NRR (Prairie Brand Seed Co., Story City, lowa, USA); 3900RR, 4401 RR, 4703RR, 4860RR, 4910, 4949RR, 5250RR, 5404RR, 5503RR, 5660RR, 5703RR, 5770, 5822RR, PGY 4304RR, PGY 4604RR, PGY 4804RR, PGY 5622RR y PGY 5714RR (Progeny Ag Products, Wynne, Arkansas, USA); R3595RCX, R3684Rcn, R3814RR, R4095Rcn, R4385Rcn y R4695Rcn (Renze Hybrids Inc., Carroll, lowa, USA); S3532-4, S3600-4, S3832-4, S3932-4, S3942-4, S4102-4, S4542-4 y S4842-4 (Stine Seed Co., Adel, lowa, USA); 374RR, 398RRS (Taylor Seed Farms Inc, White Cloud, Kansas, USA); USG 5002T, USG 510nRR, USG 5601 T, USG 7440nRR, USG 7443nRR, USG 7473nRR, USG 7482nRR, USG 7484nRR, USG 7499nRR, USG 7504nRR, USG 7514nRR, USG 7523nRR, USG 7553nRS y USG 7563nRR (UniSouth Genetics Inc., Nashville, Tennessee, USA); V38N5RS, V39N4RR, V42N3RR, V48N5RR, V284RR, V28N5RR, V315RR, V35N4RR, V36N5RR, V37N3RR, V40N3RR, V47N3RR, y V562NRR (Royster-Clark Inc., Washington C.H., Ohio, USA); RR2383N, 2525NA, RR2335N, RR2354N, RR2355N, RR2362, RR2385N, RR2392N, RR2392NA, RR2393N, RR2432N, RR2432NA, RR2445N, RR2474N, RR2484N, RR2495N y RR2525N (Willcross Seed, King City Seed, King City, Missouri, USA); 1493RR, 1991 NRR, 2217RR, 2301 NRR, 2319RR, 2321 NRR, 2341 NRR, 2531 NRR, 2541 NRR, 2574RR, 2659RR, 2663RR, 2665NRR, 2671 NRR, 2678RR, 2685RR, 2765NRR, 2782NRR, 2788NRR, 2791 NRR, 3410RR, 341 INRR, 3419NRR, 3421 NRR, 3425NRR, 3453NRR, 3461 NRR, 3470CRR, 3471 NRR, 3473NRR, 3475RR, 3479NRR, 3491 NRR, 3499NRR, WX134, WX137, WX177 y WX300 (Wilken Seeds, Pontiac, Illinois, USA). Una planta élite es una planta representativa de una línea élite. El QTL de resistencia a enfermedades de la presente invención puede introducirse también en una planta transgénica de Glycine max élite que contenga uno o más genes para tolerancia a herbicidas, rendimiento incrementado, control de insectos, resistencia a enfermedades por hongos, resistencia a virus, resistencia a nemátodos, resistencia a enfermedades bacterianas, resistencia a enfermedades por micoplasmas, producción de aceites modificados, producción de alto contenido de aceite, producción de alto contenido de proteína, germinación y control del crecimiento de la plántula, nutrición mejorada para animales y humanos, bajo contenido de rafinosa, resistencia a estrés ambiental, digestibilidad incrementada, enzimas industriales, proteínas farmacéuticas, péptidos y pequeñas moléculas, rasgos de procesamiento mejorados, sabor mejorado, fijación de nitrógeno, producción de semilla híbrida, alergenicidad reducida, biopolímeros y biocombustibles, entre otros. Estos rasgos agronómicos pueden proveerse mediante los métodos de biotecnología vegetal como transgenes en Glycine max. Se entiende además que una planta de soya de la presente invención puede exhibir las características de cualquier grupo de madurez. El polen de la planta de soya seleccionada puede criopreservarse y usarse en cruzas con líneas élite de otros grupos de madurez, para introgresar el locus de resistencia a enfermedades por hongos en una línea que normalmente no estaría disponible para cruzamiento en la naturaleza. Técnicas de cric-preservación de polen son bien conocidas en la técnica (Tyagi et al., Cryo Letters, 24: 1 19-124 (2003), Liang et al., Acta Botánica Sínica, 35: 733-738 (1993) y Honda et al, Euphytica 126: 315-320 (2002)). El efecto de resistencia a enfermedades del QTL puede variar con base en el genotipo progenitor y las condiciones ambientales en las cuales se mide el efecto de resistencia a la enfermedad. Está dentro de la aptitud de los expertos en fitomejoramiento y sin experimentación indebida, usar los métodos descritos en la presente para seleccionar de una población de plantas o de una colección de genotipos progenitores, aquellos que cuando contengan un locus de enfermedad resulten en resistencia mejorada a la enfermedad respecto al genotipo progenitor. En la presente, una enfermedad de las plantas puede ser causada por un hongo, virus, bacteria o animal invertebrado. Se han reportado muchos mapas genéticos moleculares de Glycine (Mansur et al., Crop Sci. 36: 1327-1336 (1996), Shoemaker et al., Genetics 144: 329-338 (1996), Shoemaker et al., Crop Science 32: 1091 -1098 (1992), Shoemaker et al., Crop Science 35: 436-446 (1995), Tinley et al., J. Cell Biochem. Supl. 14E: 291 (1990), Cregan et al., Crop Science 39: 1464-1490 (1999)). Glycine max, Glycine soja y Glycine max x. Glycine soja comparten grupos de ligamiento (Shoemaker et al., Genetics 144: 329-338 (1996)). Como se usa en la presente, la referencia a los grupos de ligamiento, G; C2; J; y N de Glycine max, se refiere al grupo de ligamiento que corresponde al grupo de ligamiento, G; C2; J; y N del mapa genético de Glycine max (Mansur et al., Crop Science 36: 1327-1336 (1996), Cregan et al., Crop Science 39: 1464-1490 (1999) y Soybase, Agricultural Research Service, United States Department oí Agriculture). Un alelo de un QTL puede comprender, de hecho, genes múltiples u otros factores genéticos incluso dentro de una región genómica contigua o grupo de ligamiento, tal como un haplotipo. Como se usa en la presente, un alelo de un QTL puede abarcar por lo tanto más de un gen u otro factor genético en donde cada gen individual o componente genético es también capaz de exhibir variación alélica, y en donde cada gen o factor genético es también capaz de inducir un efecto fenotípico sobre el rasgo cuantitativo en cuestión. En una modalidad de la presente invención, el alelo de un QTL comprende uno o más genes u otros factores genéticos que son también capaces de exhibir variación alélica. De esta manera, no se pretende que el uso del término "un alelo de un QTL" excluya un QTL que comprenda más de un gen u otro factor genético. Específicamente, un "alelo de un QTL" en la presente invención puede denotar un haplotipo dentro de una ventana de haplotipos, en donde un fenotipo puede ser de resistencia a enfermedades. Una ventana de haplotipos es una región genómica contigua que puede ser definida, y rastreada, con una serie de uno o más marcadores polimórficos, en donde dichos polimorfismos indican identidad por descendencia. Un haplotipo dentro de esa ventana puede ser definido por la huella digital única de alelos en cada marcador. Como se usa en la presente, un alelo es una de varias formas alternativas de un gen que ocupa un locus dado en un cromosoma.

Cuando todos los alelos presentes en un locus dado en un cromosoma son ¡guales, la planta es homocigótica en ese locus. Si los alelos presentes en un locus dado en un cromosoma difieren, la planta es heterocigótica en ese locus. Las plantas de la presente invención pueden ser un parte de un programa de mejoramiento genético, o generadas del mismo. La elección del método de mejoramiento genético, depende del modo de reproducción de la planta, la heredabilidad de los rasgos que están siendo mejorados, y el tipo de cultivar usado comercialmente (por ejemplo, cultivar híbrido cultivar de línea pura, etc.). Un cultivar es una raza o variedad de una planta que ha sido creada o seleccionada intencionalmente y mantenida a través de cultivo. Se exponen a continuación procedimientos no limitativos seleccionados para mejorar genéticamente las plantas de la presente invención. Un programa de mejoramiento genético puede mejorarse usando selección asistida por marcadores (MAS) de la progenie de cualquier cruza. Se entiende además que cualquier cultivar comercial y no comercial puede usarse en un programa de mejoramiento genético. Factores tales como, por ejemplo, vigor de emergencia, vigor vegetativo, tolerancia al estrés, resistencia a enfermedades, ramificación, floración, formación de la semilla, tamaño de la semilla, densidad de semillas, verticalidad y capacidad de trilladura, etc., dictarán generalmente la elección. Para rasgos altamente heredables, será efectiva una elección de plantas individuales superiores evaluadas en un sólo sitio, mientras que para rasgos con baja heredabilidad, la selección debe basarse en valores medios obtenidos de evaluaciones replicadas de familias de plantas relacionadas. Métodos de selección populares incluyen comúnmente selección del pedigrí, selección modificada del pedigrí, selección masal y selección recurrente. En una modalidad preferida, se lleva a cabo un programa de mejoramiento genético recurrente o retrocruza. La complejidad de la herencia influye sobre la elección del método de mejoramiento genético. Puede usarse mejoramiento genético por retrocruza para transferir un gen favorable o unos cuantos genes favorables para un rasgo altamente heredable en un cultivar deseable. Este procedimiento se ha usado extensivamente para el mejoramiento genético de cultivares resistentes a enfermedades. Varias técnicas de selección recurrente se usan para mejorar rasgos cuantitativamente heredados controlados por numerosos genes. El uso de selección recurrente en cultivos que se autopolinizan depende de la facilidad de polinización, la frecuencia de híbridos exitosos de cada evento de polinización, y el número de progenie híbrida de cada cruza exitosa. Pueden ponerse a prueba líneas de mejoramiento genético, y pueden compararse con estándares adecuados en ambientes representativos de las áreas objetivo comerciales por dos o más generaciones. Las mejores líneas son candidatos para nuevos cultivares comerciales; aquellas aún deficientes en rasgos pueden usarse como progenitores para producir nuevas poblaciones para más selección.

Un método para identificar una planta superior, es observar su desempeño respecto a otras plantas experimentales y a un cultivar estándar ampliamente desarrollado. Si una observación individual es inconclusa, observaciones replicadas pueden proveer una mejor estimación de su valor genético. Un fitomejorador puede seleccionar y cruzar dos o más líneas progenitoras, seguido de autofecundación y selección repetidas, produciendo muchas combinaciones genéticas nuevas. El desarrollo de nuevos cultivares de soya requiere el desarrollo y la selección de variedades de soya, el cruzamiento de estas variedades y selección de cruzas híbridas superiores. La semilla híbrida puede producirse por cruzas manuales entre progenitores androfértiles seleccionados, o mediante el uso de sistemas de esterilidad masculina. Se seleccionan híbridos para ciertos rasgos de genes individuales tales como color de la vaina, color de la flor, rendimiento de semillas, color de la pubescencia o resistencia a herbicidas, que indiquen que la semilla es realmente un híbrido. Otros datos sobre las líneas progenitoras, así como el fenotipo del híbrido, influyen sobre la decisión del fitomejorador de si continuar con la cruza híbrida específica. Pueden usarse métodos de mejoramiento genético por selección recurrente y mejoramiento genético del pedigrí para desarrollar cultivares de poblaciones de mejoramiento genético. Los programas de mejoramiento genético combinan rasgos deseables de dos o más cultivares o varias fuentes de base amplia en grupos de mejoramiento genético de los cuales se desarrollan cultivares por autofecundación y selección de fenotipos deseados.

Pueden evaluarse nuevos cultivares para determinar cuáles tienen potencial comercial. Se usa comúnmente mejoramiento genético del pedigrí para la mejora de cultivos que se autopolinizan. Se cruzan dos progenitores que posean rasgos complementarios favorables para producir una población Fi. Se produce una población F2 autofecundando una o varias poblaciones Se selecciona la selección de los mejores individuos en las mejores familias. La prueba replicada de familias puede comenzar en la generación F4 para mejorar la eficacia de la selección para rasgos con baja heredabilidad. En una etapa avanzada de endogamia (es decir, F6 y F7), las mejores líneas o mezclas de líneas fenotípicamente similares se ponen a prueba para liberación potencial como nuevos cultivares. Se ha usado el mejoramiento genético por retrocruza para transferir genes para un rasgo altamente heredable y simplemente heredado en una línea endógama o cultivar homocigotico deseable, que es el progenitor recurrente. La fuente del rasgo que se va a transferir se denomina el progenitor donador. Se espera que la planta resultante tenga los atributos del progenitor recurrente (por ejemplo, cultivar), y el rasgo deseable transferido del progenitor donador. Después de la cruza inicial, los individuos que posean el fenotipo del progenitor donador se seleccionan y se cruzan repetidamente (se retrocruzan) con el progenitor recurrente. Se espera que el progenitor resultante tenga los atributos del progenitor recurrente (por ejemplo, cultivar), y el rasgo deseable transferido del progenitor donador.

El procedimiento de descendencia uniseminal en el sentido estricto, se refiere a sembrar una población segregante, cosechar una muestra de una semilla por planta, y usar la muestra de una sola semilla para obtener la siguiente generación. Cuando la población se ha llevado de la F2 al nivel de endogamia deseado, las plantas de las cuales las líneas se derivan, trazarán cada una hacia diferentes individuos F2. El número de plantas en una población disminuye cada generación debido a la falla de algunas semillas para germinar, o algunas plantas para producir por lo menos una semilla. Como resultado, no todas las plantas F2 muestreadas originalmente en la población estarán representadas por una progenie cuando concluye el avance de la generación. En un procedimiento multiseminal, los productores de soya cosechan comúnmente una o más vainas de cada planta en una población, y las trillan juntas para formar un volumen. Parte del volumen se usa para sembrar la siguiente generación, y parte se pone en reserva. El procedimiento ha sido referido como técnica de descendencia uniseminal modificada o técnica del volumen de vainas. El procedimiento multiseminal se ha usado para ahorrar mano de obra en la cosecha. Es considerablemente más rápido trillar vainas con una máquina que remover manualmente una semilla de cada vaina por el procedimiento uniseminal. El procedimiento multiseminal hace posible también sembrar el mismo número de semillas de una población cada generación de endogamia.

Descripciones de otros métodos de mejoramiento genético que se usan comúnmente para diferentes rasgos y cultivos, pueden encontrarse en uno de varios libros de referencia (véase, por ejemplo, Fehr, Principies of Cultivar Development Vo\. 1 , pp. 2-3 (1987)). La presente invención provee también partes de las plantas de la presente invención. Partes de las plantas, sin limitación, incluyen semilla, endospermo, óvulo y polen. En una modalidad particularmente preferida de la presente invención, la parte de la planta es una semilla. Plantas o partes de las mismas de la presente invención pueden desarrollarse en cultivo y regenerarse. Métodos para la regeneración de plantas de Glycine max de varios tipos de tejido, y métodos para el cultivo de tejidos de Glycine max, se conocen en la técnica (véase, por ejemplo, Widholm et al., In Vitro Selection and Culture-induced Variation in Soybean, en Soybean: Genetics, Molecular Biology and Biotechnology, eds. Verma y Shoemaker, CAB International, Wallingford, Oxon, Inglaterra (1996)). Técnicas de regeneración para plantas tales como Glycine max, pueden usarse como el material de partida de una variedad de tejidos o tipos de células. Con Glycine max en particular, se han desarrollado procedimientos de regeneración que comienzan con ciertos tipos de tejidos diferenciados, tales como meristemos (Cartha et al., Can. J. Bot. 59:1671 -1679 (1981 )), secciones de hipocótilo (Cameya et al., Plant Science Letters 21 : 289-294 (1981 )) y segmentos de nudos del tallo (Saka et al., Plant Science Letters, 19: 193-201 (1980), Cheng et al., Plant Science Letters, 19: 91 -99 (1980)). Se ha reportado la regeneración de plantas de Glycine max enteras sexualmente maduras de embriones somáticos generados de explantes de embriones de Glycine max inmaduros (Ranch et al., In Vitro Cellular & Developmental Biology 21 : 653-658 (1985)). Se ha reportado también la regeneración de plantas de Glycine max maduras de cultivo de tejidos por organogénesis y embriogénesis (Barwale et al., Planta 167: 473-481 (1986), Wright et al., Plant Cell Reports 5: 150-154 (1986)). La presente invención provee también una planta de soya resistente a enfermedades seleccionada por selección para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades en la planta de soya, la selección comprendiendo interrogar ácidos nucleicos genómicos para la presencia de una molécula marcadora que esté ligada genéticamente a un alelo de un QTL asociado con resistencia a enfermedades en la planta de soya, en donde el alelo de un QTL se localiza también en un grupo de ligamiento asociado con soya resistente a enfermedades. La enfermedad puede ser causada por un hongo, virus, bacteria o animal invertebrado. La presente invención provee también QTL que confiere resistencia a la roya asiática de la soya, incluyendo locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR, locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR, locus 9 de resistencia a la ASR, locus 10 de resistencia a la ASR, locus 1 1 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. Cuatro loci dominantes y heredados independientemente para resistencia a P. pachyrhizi, designados en la presente como locus 1 a 4 de resistencia a la ASR, se han identificado en Pl 200492, Pl 230970, Pl 462312 (Ankur) y Pl 459025B, respectivamente. En la presente invención, el locus 1 de resistencia a la ASR se ha localizado hacia el grupo de ligamiento G de la soya. Marcadores de SNP usados para monitorear la introgresión del locus 1 de resistencia a la ASR, se seleccionan del grupo que consiste en NS0093250, NS01 19710, NS0103004, NS0099454, NS0102630, NS0102915, NS0102913, NS0123728, NS0129943, NS0102168, NS0092723, NS0098177, NS0127343 y NS0101 1 121. Las secuencias de ADN marcadoras de SNP del locus 1 de resistencia a la ASR (presentadas como SEQ ID NOs: 67 a 80), pueden amplificarse usando los iniciadores indicados como SEQ ID NOs: 1 a 28, y pueden detectarse con sondas indicadas como SEQ ID NOs: 100 a 127. En la presente invención, es más probable que el locus 2 de resistencia a la ASR se localice en el grupo de ligamiento J, cerca o dentro del grupo de resistencia a enfermedades que incluye resistencia a la pudrición parda del tallo, resistencia al nemátodo enquistado de la soya y resistencia a la mancha foliar de ojo de rana; o grupo de ligamiento N. En la presente invención, el locus 3 de resistencia a la ASR se localiza hacia el grupo de ligamiento C2. Los marcadores de SNP usados para monitorear la introgresión del locus 3 de resistencia a la ASR se seleccionan del grupo que consiste en NS0099746, NS0123747, NS0126598, NS0128378, NS0096829, NS0125408, NS0098902, NS0099529, NS0097798, NS0137477, NS0095322, NS0136101 , NS0098982, NS0103749, NS0118897, NS0119715 y NS0130920. Estas secuencias de ADN marcadoras (presentadas como SEQ ID NOs: 81 a 97) pueden amplificarse usando los iniciadores indicados como SEQ ID NOs: 29 a 62, y pueden detectarse con sondas indicadas como SEQ ID NOs: 128 a 161. En la presente invención, el locus 4 de resistencia a la ASR se localiza probablemente en el grupo de ligamiento N. La presente invención provee también haplotipos que confieren resistencia a la ASR que se identificaron en estudios de asociación. Estos análisis amplios del genoma revelaron dos marcadores de SNP asociados con resistencia a la ASR localizados en dos ventanas diferentes en el cromosoma 13. En la primera ventana de haplotipos, el marcador de SNP usado para monitorear la introgresion del locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR y locus 9 de resistencia a la ASR, es NS0103033. Estas secuencias de ADN marcadoras de SNP (presentadas como SEQ ID NO: 98) pueden amplificarse usando los iniciadores indicados como SEQ ID NOs: 63 y 64, y pueden detectarse con sondas indicadas como SEQ ID NOs: 162 y 163. En la segunda ventana de haplotipos, el marcador de SNP usado para monitorear la introgresion del locus 10 de resistencia a la ASR, locus 11 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR, es NS0124935. Estas secuencias de ADN marcadoras de SNP (presentadas como SEQ ID NO: 99) pueden amplificarse usando los iniciadores indicados como SEQ ID NOs: 65 y 66, y pueden detectarse con sondas indicadas como SEQ ID NOs: 164 y 165. Se entiende además que uno o más marcadores mapeados dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras, pueden usarse para la selección e introgresión de loci de resistencia a la ASR. Se entiende además que la presente invención provee células de bacterias, virus, microbios, insectos, mamíferos y plantas que comprenden los agentes de la presente invención. Moléculas de ácido nucleico o fragmentos de las mismas son capaces de hibridar específicamente con otras moléculas de ácido nucleico bajo ciertas circunstancias. Como se usa en la presente, dos moléculas de ácido nucleico son capaces de hibridar específicamente con alguna otra, si las dos moléculas son capaces de formar una estructura de ácido nucleico antiparalela de doble cadena. Una molécula de ácido nucleico es el "complemento" de otra molécula de ácido nucleico, si exhiben complementariedad completa. Como se usa en la presente, las moléculas exhiben "complementariedad completa", cuando cada nucleótido de una de las moléculas es complementario a un nucleótido de la otra. Dos moléculas son "mínimamente complementarias", si pueden hibridar con alguna otra con estabilidad suficiente para permitirles que se mantengan unidas a alguna otra bajo por lo menos condiciones convencionales de "baja severidad". Asimismo, las moléculas son "complementarias", si pueden hibridar con alguna otra con estabilidad suficiente para permitirles que se mantengan unidas con alguna otra bajo condiciones convencionales de "alta severidad". Condiciones de severidad convencionales son descritas por Sambrook et al., en: Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2a. edición, Coló Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (1989), y por Haymes et al., en: Nucleic Acid Hybridization, A Practica! Approach, IRL Press, Washington, DC (1985). Desviaciones de la complementariedad completa son por lo tanto permisibles, en tanto dichas desviaciones no excluyan por completo la capacidad de las moléculas para formar una estructura de doble cadena. Para que una molécula de ácido nucleico sirva como un iniciador o sonda, necesita sólo ser suficientemente complementaria en secuencia para ser capaz de formar una estructura estable de doble cadena, bajo las concentraciones de sales y solvente particular usados. Como se usa en la presente, una secuencia sustancialmente homologa es una secuencia de ácido nucleico que hibridará específicamente con el complemento de la secuencia de ácido nucleico con la cual está siendo comparada bajo condiciones de alta severidad. Los iniciadores y sondas de ácido nucleico de la presente invención pueden hibridar bajo condiciones severas con una secuencia de ADN objetivo. El término "condiciones de hibridación severa" se define como condiciones bajo las cuales una sonda o iniciador híbrida específicamente con una o varias secuencias objetivo, y no con secuencias no objetivo, según puede determinarse empíricamente. El término "condiciones severas" se define funcionalmente con respecto a la hibridación de una sonda de ácido nucleico con un ácido nucleico objetivo (es decir, con una secuencia de ácido nucleico particular de interés), mediante el procedimiento de hibridación específica discutido en Sambrook et al., 1989, en 9.52-9.55. Véase también, Sambrook et al. (1989) en 9.47-9.52, 9.56-9.58, Kanehisa Nucí. Acids Res. 12: 203-213 (1984), y Wetmur et al., J. Mol. Biol. 31 : 349-370 (1968). Condiciones de severidad adecuadas que promueven la hibridación de ADN son, por ejemplo, 6.0 x cloruro de sodio/citrato de sodio (SSC) a aproximadamente 45°C, seguido de un lavado de 2.0 x SSC a 50°C, y son conocidas por los expertos en la técnica o pueden encontrarse en Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y., 1989, 6.3.1 -6.3.6. Por ejemplo, la concentración de sales en el paso de lavado puede seleccionarse de una baja severidad de aproximadamente 2.0 x SSC a 50°C, a una alta severidad de aproximadamente 0.2 x SSC a 50°C. Además, la temperatura en el paso de lavado puede incrementarse de condiciones de baja severidad a temperatura ambiente, aproximadamente 22°C, a condiciones de alta severidad a aproximadamente 65°C. Tanto la temperatura como la concentración de sales pueden hacerse variar, o la temperatura o la concentración de sales pueden mantenerse constantes, mientras que la otra variable es cambiada. Por ejemplo, puede realizarse hibridación usando sondas o iniciadores de ADN o ARN a 65°C en 6x SSC, SDS a 0.5%, 5x solución de Denhardt, 100 pg/mL de ADN no específico (por ejemplo, ADN de esperma de salmón sonicado) con lavado a 0.5x SSC, SDS a 0.5% a 65°C, para alta severidad.

Se contempla que pueden usarse condiciones de hibridación de menor severidad, tales como menores temperaturas de lavado y/o hibridación, para identificar secuencias relacionadas que tienen un menor grado de similitud de secuencia, si se preserva la especificidad de unión de la sonda o iniciador con las secuencias objetivo. Por consiguiente, las secuencias de nucleótidos de la presente invención pueden usarse por su capacidad para formar selectivamente moléculas dúplex con tramos complementarios de ADN, ARN o fragmentos de ADNc. La detección de segmentos de ADN por medio de hibridación es bien conocida por los expertos en la técnica, y de esta manera dependiendo de la aplicación prevista, se deseará usar condiciones de hibridación variables para lograr grados variables de selectividad de la sonda hacia la secuencia objetivo, y el método de elección dependerá de los resultados deseados. Como se usa en la presente, un agente es una molécula de ocurrencia natural o de otra manera puede ser "sustancialmente purificada", si se desea, con relación a una molécula separada de sustancialmente las demás moléculas asociadas normalmente con la misma en su estado nativo. Más preferiblemente, una molécula sustancialmente purificada es la especie predominante presente en una preparación. Una molécula sustancialmente purificada puede estar más de 60% libre, de preferencia 75% libre, más preferiblemente 90% libre, y muy preferiblemente 95% libre, de las otras moléculas (salvo el solvente) presentes en la mezcla natural. No se pretende que el término "sustancialmente purificada" abarque moléculas presentes en su estado nativo. Los agentes de la presente invención serán de preferencia "biológicamente activos" con respecto a cualquier atributo estructural, tal como la capacidad de un ácido nucleico para hibridar con otra molécula de ácido nucleico, o la capacidad de una proteína para ser unida por un anticuerpo (o para competir con otra molécula por dicha unión). En forma alternativa, dicho atributo puede ser catalítico, y de esta manera implica la capacidad del agente para mediar una respuesta o reacción química. Los agentes de la presente invención pueden ser también recombinantes. Como se usa en la presente, el término recombinante significa cualquier agente (por ejemplo, ADN, péptido, etc.) que sea, o resulte, sin embargo, indirectamente, de manipulación humana de una molécula de ácido nucleico. Los agentes de la presente invención pueden ser marcados con reactivos que faciliten la detección del agente (por ejemplo, marcas fluorescentes (Prober et al., Science 238: 336-340 (1987), patente europea 144914), marcas químicas (patente de E.U.A. No. 4,582,789, patente de E.U.A. No. 4,563,417), o bases modificadas (patente europea 1 19448), citas que se incorporan en su totalidad en la presente como referencia). En una modalidad preferida, un ácido nucleico de la presente invención hibridará específicamente con una o más de las moléculas de ácido nucleico expuestas en SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO: 99 o complementos de las mismas o fragmentos de cualquiera de las mismas bajo condiciones moderadamente severas, por ejemplo, a aproximadamente 2.0 x SSC y aproximadamente 65°C. En una modalidad particularmente preferida, un ácido nucleico de la presente invención hibridará específicamente con una o más de las moléculas de ácido nucleico expuestas en SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO: 99, o complementos o fragmentos de cualquiera de las mismas bajo condiciones de alta severidad. En un aspecto de la presente invención, una molécula de ácido nucleico marcadora preferida de la presente invención tiene la secuencia de ácido nucleico expuesta en SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO: 99, o complementos de las mismas o fragmentos de cualquiera de las mismas. En otro aspecto de la presente invención, una molécula de ácido nucleico marcadora preferida de la presente invención comparte entre 80% y 100% o 90% y 100% de identidad de secuencia con la secuencia de ácido nucleico expuesta en SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO: 99, o complemento de las mismas o fragmentos de cualquiera de las mismas. En otro aspecto de la presente invención, una molécula de ácido nucleico marcadora preferida de la presente invención comparte entre 95% y 100% de identidad de secuencia con la secuencia expuesta en SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO: 99, o complemento de las mismas o fragmentos de cualquiera de las mismas. En un aspecto más preferido de la presente invención, una molécula de ácido nucleico marcadora preferida de la presente invención comparte entre 98% y 100% de identidad de secuencia con la secuencia de ácido nucleico expuesta en SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO: 99, o complemento de las mismas o fragmentos de cualquiera de las mismas.

Pueden usarse marcadores genéticos adicionales, para seleccionar plantas con un alelo de un QTL asociado con resistencia de la soya a enfermedades por hongos de la presente invención. Ejemplos de bases de datos de marcadores públicos incluyen, por ejemplo: Soybase, an Agricultural Research Service, United States Department of Agriculture. Los marcadores genéticos de la presente invención incluyen marcadores "dominantes" o "codominantes". El término "marcadores codomínantes" revela la presencia de dos o más alelos (dos por individuo diploide). El término "marcadores dominantes" revela la presencia de sólo un alelo individual. La presencia del fenotipo marcador dominante (por ejemplo, una banda de ADN), es una indicación de que un alelo está presente en la condición homocigotica o heterocigotica. La ausencia del fenotipo marcador dominante (por ejemplo, ausencia de una banda de ADN), es solamente evidencia de que "algún otro" alelo indefinido está presente. En el caso de poblaciones en donde los individuos son predominantemente homocigóticos y los loci son predominantemente dimórficos, los marcadores dominantes y codominantes pueden ser igualmente valiosos. Puesto que las poblaciones llegan a ser más heterocigóticas y multialélicas, los marcadores codominantes con frecuencia llegan a ser más informativos del genotipo que los marcadores dominantes. Pueden usarse marcadores, tales como marcadores de repetición de secuencia simple (SSR), marcadores de AFLP, marcadores de RFLP, marcadores de RAPD, marcadores fenotípicos, SNPs, marcadores de isozimas, perfiles de transcripción de microdisposiciones que están genéticamente enlazadas a, o correlacionadas con, alelos de un QTL de la presente invención (Walton, Seed World 22-29 (julio de 1993), Burow et al., Molecular Dissection of Complex Traits, 13-29, ed. Paterson, CRC Press, New York (1988)). Métodos para aislar dichos marcadores se conocen en la técnica. Por ejemplo, pueden obtenerse marcadores de SSR específicos de locus identificando una colección genómica de repeticiones de microsatélites, secuenciando clones "positivos", diseñando iniciadores que flanqueen las repeticiones, y amplificando ADN genómico con estos iniciadores. El tamaño de los productos de amplificación resultantes puede variar por números integrales de la unidad de repetición básica. Para detectar un polimorfismo, productos de PCR pueden ser radiomarcados, separados sobre geles de poliacrilamida desnaturalizantes, y detectados por autorradiografía. Fragmentos con diferencias de tamaño mayores de 4 pb pueden resolverse también sobre geles de agarosa, evitando de esta manera la radiactividad. La detección de sitios polimórficos en una muestra de ADN, ARN o ADNc puede facilitarse a través del uso de métodos de amplificación de ácidos nucleicos. Dichos métodos incrementan específicamente la concentración de polinucleótidos que abarcan el sitio polimórfico, o incluyen ese sitio y secuencias localizadas ya sea distales o proximales al mismo. Dichas moléculas amplificadas pueden detectarse fácilmente por electroforesis en gel u otros medios. El método más preferido para lograr dicha amplificación, usa la reacción en cadena de polimerasa (PCR) (Mullís et al., Coló Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 57: 263-273 (1986), solicitud de patente europea 50,424, patente europea 84,796, patente europea 258,017, patente europea 237,362, patente europea 201 ,184, patente de E.U.A. No. 4,683,202, patente de E.U.A. No. 4,582,788, patente de E.U.A. No. 4,683,194), usando pares de iniciadores que sean capaces de hibridar con las secuencias proximales que definen un polimorfismo en su forma de doble cadena. En lugar de la PCR, pueden usarse métodos alternativos tales como la "reacción en cadena de ligasa" (LCR) (Barany, Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 88: 189-193 (1991 ), la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). La LCR usa dos pares de sondas de oligonucleótidos que amplifican exponencialmente un objetivo específico. La secuencia de cada par de oligonucleótidos se selecciona para permitir que el par hibride con secuencias colindantes de la misma cadena del objetivo. Dicha hibridación forma un substrato para una ligasa dependiente del molde. Como con la PCR, los productos resultantes sirven de esta manera como un molde en ciclos subsiguientes, y se logra una amplificación exponencial de la secuencia deseada. En forma alternativa, puede usarse la "prueba de ligación de oligonucleótidos" (OLA) (Landegren et al., Science 241 : 1077-1080 (1988), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). El protocolo de la OLA usa dos oligonucleótidos que son diseñados para ser capaces de hibridar con secuencias colindantes de una cadena sencilla de un objetivo. La OLA, al igual que la LCR, es particularmente adecuada para la detección de mutaciones de punto. Sin embargo, a diferencia de la LCR, la OLA resulta en amplificación "lineal" más que amplificación exponencial de la secuencia objetivo. Se conocen también esquemas basados en la ligación de dos (o más) oligonucleótidos en presencia de un ácido nucleico que tiene la secuencia del "di-oligonucleótido" resultante, amplificando de esta manera el di-oligonucleótido (Wu et al., Genomics 4: 560-569 (1989), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia), y pueden adaptarse fácilmente a los propósitos de la presente invención. Otros procedimientos de amplificación de ácidos nucleicos conocidos, tales como oligómeros específicos de alelos, tecnología de ADN ramificado, sistemas de amplificación basados en transcripción o métodos de amplificadión isotérmica, pueden usarse también para amplificar y analizar dichos polimorfismos (véase, patente de E.U.A. 5,130,238, patente europea 329,822, patente de E.U.A. 5,169,766, patente europea 359,789, Kwoh, et al., Proc. Nati. Acad. Sci (U.S.A.) 86: 1 173-1 177 (1989) y patente europea 368,906, Walker et al., Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 89: 392-396 (1992), las cuales se incorporan en su totalidad en la presente como referencia). Pueden identificarse también polimorfismos mediante el análisis de polimorfismos de conformación de cadena sencilla (SSCP). El SSCP es un método capaz de identificar la mayoría de las variaciones de secuencia en una cadena sencilla de ADN, típicamente entre 150 y 250 nucleótidos de longitud (Elles, Methods in Molecular Medicine: Molecular Diagnosis oí Genetic Diseases, Humana Press (1996); Orita et al., Genomics 5: 874-879 (1989)). Bajo condiciones desnaturalizantes, una cadena sencilla de ADN adoptará una conformación que es únicamente dependiente de la conformación de su secuencia. Esta conformación será usualmente diferente, incluso si sólo una base individual es cambiada. Se ha reportado que la mayoría de las conformaciones alteran la configuración física o el tamaño suficientemente para ser detactables por electroforesis. Un atributo central de los SNPs, es que el sitio del polimorfismo está en un nucleótido individual. Los SNPs son más estables que otras clases de polimorfismos. Su índice de mutación espontánea es de aproximadamente 10"9 (Kornberg, DNA Replication, W. H. Freeman & Co., San Francisco (1980)). Puesto que los SNPs resultan de variación de secuencia, nuevos polimorfismos pueden identificarse secuenciando moléculas de ADNc o moléculas genómicas aleatorias. Los SNPs pueden resultar también de deleciones, mutaciones de punto e inserciones. Dicho eso, los SNPs son también ventajosos como marcadores, puesto que con frecuencia sirven de diagnóstico de "identidad por descendencia", debido a que raramente surgen de orígenes independientes. Cualquier alteración de base individual, cualquiera que sea la causa, puede ser un SNP. Los SNPs ocurren a una mayor frecuencia que otras clases de polimorfismos, y pueden identificarse más fácilmente. En la presente invención, un SNP puede representar un evento de inserción y deleción (indel) individual, que puede consistir de uno o más pares de bases, o un polimorfismo de nucleótido individual. Los SNPs pueden caracterizarse, usando cualquiera de una variedad de métodos. Dichos métodos incluyen la secuenciacion directa o indirecta de un sitio, el uso de enzimas de restricción, en donde los alelos respectivos del sitio crean o destruyen un sitio de restricción, el uso de sondas de hibridación específicas de alelos, el uso de anticuerpos que son específicos para las proteínas codificadas por los diferentes alelos del polimorfismo, o por otra interpretación bioquímica. Los SNPs pueden secuenciarse usando una variación del método de terminación de cadena (Sanger et al., Proc. Nati. Acad. Sci (U.S.A.) 74: 5463-5467 (1977)), en el cual el uso de radioisótopos es reemplazado con didesoxi nucleótidos marcados con fluorescencia y sometidos a secuenciacion automatizada de base capilar (véase, patente de E.U.A. 5,332,666, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia; y patente de E.U.A. 5,821 ,058, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). Secuenciadores automatizados están disponibles de, por ejemplo, Applied Biosystems, Foster City, CA (analizador de ADN 3730x1 ), Beckman Coulter, Fullerton, CA (sistema de análisis genético CEO™ 8000) y LI-COR, Inc., Lincoln, NE (sistema de análisis de ADN 4300). Los procedimientos para analizar SNPs pueden agruparse en dos grupos. El primer grupo se basa en pruebas de extensión del iniciador, tales como minisecuenciación de fase sólida o pirosecuenciación. En el método de minisecuenciación de fase sólida, se usa específicamente una ADN polimerasa para extender un iniciador que se une inmediatamente adyacente al nucleótido variante. Un trifosfato de nucleósido marcado individual complementario al nucleótido en el sitio variante se usa en la reacción de extensión. Sólo aquellas secuencias que contengan el nucleótido en el sitio variante, serán extendidas por la polimerasa. Una disposición de iniciadores puede ser fijada a un soporte sólido, en donde cada iniciador es contenido en cuatro pequeñas cavidades, cada cavidad siendo usada para sólo uno de los cuatro trifosfatos de nucleósido presentes en el ADN. ADN molde o ARN de cada organismo de prueba es puesto en cada cavidad, y se deja que se una al iniciador. El iniciador es extendido entonces un nucleótido usando una polimerasa y un trifosfato de di-desoxinucleótido marcado. La reacción completa puede ser concebida usando dispositivos que sean capaces de detectar la marca, la cual puede ser radiactiva o fluorescente. Mediante el uso de este método, pueden visualizarse y detectarse varios SNPs diferentes (Syvánen et al., Hum. Mutat. 13: 1 -10 (1999)). La técnica de pirosecuenciación se basa en una prueba bioluminométrica indirecta del pirofosfato (PPi) que es liberado de cada dNTP tras la elongación de la cadena de ADN. Después de la incorporación de bases mediada por la polimerasa de Klenow, el PPi es liberado y usado como un substrato, junto con adenosin 5-fosfosulfato (APS) por la ATP sulfurilasa, lo cual resulta en la formación de ATP. Después, el ATP logra la conversión de la luciferina a su derivado oxi por la acción de la luciferasa. El producto luz resultante llega ser proporcional al número de bases añadidas, hasta aproximadamente cuatro bases. Para permitir el procesamiento del método, el exceso de dNTP es degradado por la apirasa, que está también presente en la mezcla de reacción de partida, de modo que sólo se añaden dNTPs al molde durante el procedimiento de secuenciación (Alderborn et al., Genome Res. 10: 1249-1258 (2000)). Un ejemplo de un instrumento diseñado para detectar e interpretar la reacción de pirosecuenciación, está disponible de Biotage, Charlottesville, VA (PyroMark MD). Un método de detección de SNPs más reciente, basado en las pruebas de extensión del iniciador, es la prueba GOOD. La prueba GOOD (Sauer et al., Nucleic Acids Res. 28: e100 (2000)), es un protocolo de extensión del iniciador específico de alelos que usa espectrometría de masa MALDI-TOF (desorción láser asistida por matriz/tiempo de vuelo de ionización). La región de ADN que contiene un SNP es amplificada primero mediante amplificación por PCR. Los dNTPs residuales son destruidos usando una fosfatasa alcalina. Productos específicos de alelos se generan entonces usando un iniciador específico, una serie condicionada de a-S-dNTPs y a-S-ddNTPs y una nueva ADN polimerasa en una reacción de extensión del iniciador. El ADN no modificado es removido por digestión con 5' fosfodiesterasa, y los productos modificados son alquilados para incrementar la sensibilidad de detección en el análisis espectrométrico de masa. Todos los pasos se llevan a cabo en un sólo vial en el volumen de muestra práctico más bajo, y no requieren purificación. A la reacción extendida se le puede dar una carga positiva o negativa, y se detecta usando espectrometría de masa (Sauer er a/., Nucleic Acids Res. 28: e13 (2000)). Un instrumento en el cual la prueba GOOD se analiza es, por ejemplo, el sistema de MALDI-TOF autoflex® de Bruker Daltonics (Billerica, MA). El segundo grupo, que se basa en el reconocimiento de moléculas de ADN heterodúplex, incluye hibridación de oligonucleótidos, pruebas Taq-Man, guías moleculares, pruebas dot blot electrónicas y cromatografía de líquidos de alto rendimiento desnaturalizante. Las hibridaciones de oligonucleótidos pueden realizarse en masa usando microdisposiciones (Southern, Trends Genet. 12: 1 10-1 15 (1996)). Las pruebas Taq-Man®, o PCR en tiempo real, detectan la acumulación de un producto de PCR específico por hibridación y corte de una sonda fluorógena doblemente marcada durante la reacción de amplificación. Una prueba Taq-Man incluye cuatro oligonucleótidos, dos de los cuales sirven como iniciadores de PCR, y generan un producto de PCR que abarca el polimorfismo que se va a detectar. Los otros dos son sondas de transferencia de energía-resonancia-fluorescencia específica de alelos (FRET). Las sondas de FRET incorporan un fluoroforo y una molécula extintora en estrecha proximidad, de modo que la fluorescencia del fluoroforo es extinguida. La señal de una sonda de FRET es generada por la degradación del oligonucleótido de FRET, de modo que el fluoroforo es liberado de la proximidad a la molécula extintora, y de esta manera es capaz de emitir luz cuando es excitado a una longitud de onda adecuada. En la prueba, se usan dos sondas de FRET que poseen diferentes colorantes reporteros fluorescentes, en donde un colorante único es incorporado en un oligonucleótido que puede unirse con alta especificidad a sólo uno de los dos alelos. Colorantes reporteros útiles incluyen 6-carboxi-4,7,2',7'-tetraclorofluoresceína (TET), 2'-cloro-7'-fenil-1 ,4-dicloro-6-carboxifluoresceína (VIC) y 6-carboxifluoresceína fosforamidita (FAM). Una molécula extintora útil es 6-carboxi-N,N,N',N'-tetrametilrodamina (TAMRA). Sondas de FRET unidas (pero no, no unidas) son degradadas por la ADN polimerasa de Thermus aquaticus, conforme la enzima encuentra el extremo 5' de la sonda unida, liberando de esta manera al fluoroforo de su proximidad con la molécula extintora. Después de la reacción de PCR, se determina fluorométricamente la fluorescencia de cada una de las dos moléculas fluorescentes, así como la de la referencia pasiva. La intensidad de fluorescencia normalizada para cada uno de los dos colorantes, será proporcional a las cantidades de cada alelo presente inicialmente en la muestra, y de esta manera puede inferirse el genotipo de la muestra. Un ejemplo de un instrumento usado para detectar la señal de fluorescencia en pruebas Taq-Man®, o PCR en tiempo real, es el sistema de PCR en tiempo real 7500 (Applied Biosystems, Foster City, CA). Las guías moleculares son sondas de oligonucleótidos que forman una estructura de tallo y espira, y poseen un fluoroforo internamente extinto. Cuando se unen a objetivos complementarios, sufren una transición de conformación que activa su fluorescencia. Estas sondas reconocen sus objetivos con mayor especificidad que las sondas lineales, y pueden discriminar fácilmente objetivos que difieren de algún otro por un nucleótido individual. La porción de espira de la molécula sirve como una secuencia de sonda que es complementaria a un ácido nucleico objetivo. El tallo se forma por la unión de las dos secuencias de brazo complementarias que están en cualquier lado de la secuencia de la sonda. Una porción fluorescente está unida al extremo de un brazo, y una porción de extinción no fluorescente está unida al extremo del otro brazo. El tallo híbrido mantiene al fluoroforo y a la molécula extintora tan cerca entre sí, que la fluorescencia no ocurre. Cuando la guía molecular encuentra una secuencia objetivo, forma un híbrido de sonda-objetivo que es más fuerte y más estable que el tallo híbrido. La sonda sufre reorganización de conformación espontánea que separa las secuencias del brazo, separando el fluoroforo de la molécula extintora, y permitiendo que el fluoroforo emita fluorescencia (Bonnet et al., 1999). El poder de las guías moleculares estriba en su capacidad para hibridar sólo con secuencias objetivo que sean perfectamente complementarias a la secuencia de la sonda, permitiendo por ende la detección de diferencias de bases individuales (Kota et al., Plant Mol. Biol Rep. 17: 363-370 (1999)). Puede realizarse la detección de guías moleculares, por ejemplo, en el sistema de PCR cuantitativa múltiplex Mx4000® de Stratagene (La Jolla, CA). La prueba dot blot electrónica usa un microchip semiconductor que comprende una disposición de microelectrodos cubiertos por una capa de permeación de agarosa que contiene estreptavidina. Amplicones biotinilados son aplicados al chip, y sometidos a electroforesis para almohadillas seleccionadas por corriente directa de propensión positiva, en donde continúan siendo incluidos a través de interacción con estreptavidina en la capa de permeación. El ADN en cada almohadilla es hibridado entonces con mezclas de oligonucleótidos específicos de alelos marcados con fluorescencia. Sondas desalineadas de pares de bases individuales pueden desnaturalizarse entonces de preferencia invirtiendo la polaridad de carga en almohadillas individuales con amperaje creciente. La disposición es concebida usando una cámara digital, y cuantificada la fluorescencia conforme el amperaje es elevado hasta terminación. La intensidad de fluorescencia se determina entonces promediando los valores del conteo de pixeles sobre una región de interés (Gilíes et al., Nature Biotech. 17: 365-370 (1999)). Una aplicación más reciente basada en el reconocimiento de moléculas de ADN heterodúplex, usa cromatografía de líquidos de alto rendimiento desnaturalizante (DHPLC). Esta técnica representa una prueba altamente sensible y completamente automatizada que incorpora un autosampler de 96 cavidades enfriado con Peltier para análisis de SNPs de alto rendimiento. Se basa en un método de cromatografía de líquidos de alto rendimiento de fase invertida de un par de iones. El corazón de la prueba es un copolímero de poliestireno-divinilbenceno, que funciona como una fase estacionaria. La fase móvil se compone de un agente de apareamiento de iones, regulador de pH de acetato de trietilamonio (TEAA), que media la unión del ADN a la fase estacionaria, y un agente orgánico, acetonitrilo (ACN), que logra la separación subsiguiente del ADN de la columna. Un gradiente lineal de ACN permite la separación de fragmentos con base en la presencia de varios heterodúplex. La DHPLC identifica de esta manera mutaciones y polimorfismos que causan la formación de heterodúplex entre nucleótidos desalineados en ADN de doble cadena amplificado por PCR. En una prueba típica, la variación de secuencia crea una población mixta de heterodúplex y homodúplex durante la unión repetida de ADN muíante y de tipo silvestre. Cuando esta población mixta se analiza por DHPLC bajo temperaturas parcialmente desnaturalizantes, las moléculas de heterodúplex se eluyen de la columna antes que las moléculas de homodúplex, debido a sus temperaturas de fusión reducidas (Kota et al., Genome 44: 523-528 (2001 )). Un ejemplo de un instrumento usado para analizar SNPs por DHPLC, es el sistema WAVE® HS de Transgenomic, Inc. (Omaha, NE). Un método basado en microdisposiciones para el monitoreo de alto rendimiento de la expresión de genes de plantas, puede usarse como un sistema de marcadores genéticos. Este procedimiento basado en "chips" implica el uso de microdisposiciones de moléculas de ácido nucleico como objetivos de hibridación específica de genes que mide cuantitativamente o cualitativamente la expresión de genes de plantas (Schena et al., Science 270: 467-470 (1995), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia; Shalon, Tesis. Stanford University (1996), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). Cualquier nucleótido en una secuencia larga puede consultarse al mismo tiempo. Puede usarse hibridación para analizar eficientemente secuencias de nucleótidos. Dichas microdisposiciones pueden ser sondeadas con cualquier combinación de moléculas de ácido nucleico. Combinaciones particularmente preferidas de moléculas de ácido nucleico que se usarán como sondas, incluyen una población de moléculas de ARN mensajero de un tipo de tejido conocido o una etapa de desarrollo conocida o una planta sujeta a un estrés conocido (estrés ambiental o causado por el hombre), o cualquier combinación de los mismos (por ejemplo, ARN mensajero obtenido de hojas bajo estrés hídrico en la etapa de 2 hojas). Los perfiles de expresión generados por este método pueden usarse como marcadores. Para el propósito de mapeo de QTL, los marcadores incluidos deben servir de diagnóstico de origen para que se hagan inferencias acerca de las poblaciones subsiguientes. Los marcadores de SNPs son ideales para el mapeo, debido a que la probabilidad de que un alelo de SNP particular se derive de orígenes independientes en las poblaciones existentes de una especie particular, es muy baja. Como tales, los marcadores de SNP son útiles para rastrear y evaluar la introgresión de QTLs, en particular en el caso de haplotipos. El ligamiento genético de moléculas marcadoras adicionales puede establecerse mediante un modelo de mapeo genético tal como, sin limitación, el modelo de marcadores flanqueantes reportado por Lander y Botstein, Genetics, 121 : 185-199 (1989), y el mapeo de intervalos, basado en métodos de probabilidad máxima descritos por Lander y Botstein, Genetics, 121 : 185-199 (1989), e implementados en el paquete de software MAPMAKER/QTL (Lincoln y Lander, Mapping Genes Controlling Quantitative Traits Using MAPMAKER/QTL, Whitehead Institute for Biomedical Research, Massachusetts (1990). Otro software incluye Qgene, versión 2.23 (1996), Department of Plant Breeding and Biometry, 266 Emerson Hall, Cornell University, Ithaca, NY, cuyo manual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). El uso del software Qgene es un procedimiento particularmente preferido. Se calcula una estimación de probabilidad máxima (MLE) para la presencia de un marcador, junto con una MLE que asuma ningún efecto de QTL, para evitar falsos positivos. Un logio de una relación de desigualdad (LOD) se calcula entonces como: LOD = logio (MLE para la presencia de un QTL/MLE dado ningún QTL ligado). La puntuación de LOD indica esencialmente qué tanto más probablemente los datos tendrán que haber surgido asumiendo la presencia de un QTL contra en su ausencia. El valor umbral de LOD para evitar un falso positivo con una confianza dada, por decir 95%, depende del número de marcadores y la longitud del genoma. Gráficas que indican umbrales de LOD se exponen en Lander y Botstein, Genetics, 127: 185-199 (1989), y se describen además en Arús y Moreno-González, Plant Breeding, Hayward, Bosemark, Romagosa (eds.) Chapman & Hall, Londres, pp. 314-331 (1993). Pueden usarse otros modelos. Se han reportado muchas modificaciones y procedimientos alternativos al mapeo de intervalos, incluyendo el uso de métodos no paramétricos (Kruglyak y Lander, Genetics, 759: 1421 -1428 (1995), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). Pueden usarse también métodos o modelos de regresión múltiple en los cuales el rasgo es regresado sobre un gran número de marcadores (Jansen, Biometrics in Plant Breed, van Oijen, Jansen (eds.) Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrics in Plant Breeding, Los Países Bajos, pp. 1 16-124 (1994); Weber y Wricke, Advances in Plant Breeding, Blackwell, Berlín, 16 (1994)). Procedimientos que combinan el mapeo de intervalos con análisis de regresión, por los cuales el fenotipo es regresado sobre un QTL putativo individual en un intervalo de marcadores dado, y al mismo tiempo sobre un número de marcadores que sirven como "cofactores", han sido reportados por Jansen y Stam, Genetics, 136: 1447-1455 (1994) y Zeng, Genetics, 136: 1457-1468 (1994). En general, el uso de cofactores reduce la propensión y el error de muestreo de las posiciones de QTL estimadas (Utz y Melchinger, Biometrics in Plant Breeding, van Oijen, Jansen (eds.) Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrics in Plant Breeding, Los Países Bajos, pp. 195-204 (1994), mejorando de esta manera la precisión y eficiencia del mapeo de QTL (Zeng, Genetics, 756: 1457-1468 (1994)). Estos modelos pueden extenderse hasta experimentos en ambientes múltiples para analizar interacciones entre el genotipo y el ambiente (Jansen et al., Theo. Appl. Genet. 97: 33-37 (1995). La selección de poblaciones de mapeo adecuadas, es importante para mapear la construcción. La elección de una población de mapeo adecuada depende del tipo de sistemas de marcadores usados (Tanksley et al., Molecular mapping of plant chromosomes, chromosome structure and function: Impact of new concepts J. P. Gustafson y R. Appels (eds.), Plenum Press, New York, pp. 157-173 (1988), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). Debe darse consideración a la fuente de progenitores (adaptados contra exóticos) usados en la población de mapeo. El apareamiento de cromosomas y los índices de recombinación pueden ser perturbados (suprimidos) severamente en cruzas amplias (adaptados x exóticos), y en general dan distancias de ligamiento ampliamente reducidas. Las cruzas amplias proveerán usualmente poblaciones segregantes con una gama de polimorfismos relativamente grande en comparación con la progenie en una cruza estrecha (adaptado x adaptado). Una población F2 es la primera generación de autofecundación después de que la semilla híbrida es producida. Usualmente, una planta individual es autofecundada para generar una población que segrega para todos los genes en forma mendeliana (1 :2:1 ). Se obtiene información genética máxima de una población F2 completamente clasificada usando un sistema de marcadores codominantes (Mather, Measurement of Linkage in Heredity: Methuen and Co. (1938), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). En el caso de marcadores dominantes, se requieren pruebas de progenie (por ejemplo, F3, BCF2) para identificar a los heterocigotos, haciéndolos de esta manera equivalentes a una población F2 completamente clasificada. Sin embargo, este procedimiento es con frecuencia prohibitivo debido al costo y tiempo implicados en la prueba de la progenie. La prueba de la progenie de individuos F2 se usa con frecuencia en la construcción de mapas, en donde los fenotipos no reflejan consistentemente el genotipo (por ejemplo, resistencia a enfermedades), o en donde la expresión de rasgos es controlada por un QTL. Los datos de segregación de las poblaciones de la prueba de progenie (por ejemplo, F3 o BCF2) pueden usarse en la construcción de mapas. Puede aplicarse entonces selección asistida por marcadores para cruzar la progenie con base en asociaciones de mapas de marcadores-rasgos (F2, F3), en donde los grupos de ligamiento no han sido completamente desasociados por eventos de recombinación (es decir, desequilibrio máximo). Pueden usarse líneas endógamas recombinantes (RIL) (líneas genéticamente relacionadas; usualmente mayores de F5, desarrolladas de líneas F2 de autofecundación continua hacia homocigosidad), como una población de mapeo. La información obtenida de los marcadores dominantes puede aumentarse al máximo usando RIL, debido a que todos los loci son homocigóticos o casi homocigóticos. Bajo condiciones de ligamiento estrecho (es decir, aproximadamente menos de 10% de recombinación), los marcadores dominantes y codominantes evaluados en poblaciones de RIL proveen más información por individuo, que cualquier tipo de marcador en poblaciones de retrocruza (Reiter et al., Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 89: 1477-1481 (1992)). Sin embargo, conforme la distancia entre los marcadores llega a ser más grande (es decir, los loci llegan a ser más independientes), la información en poblaciones de RIL disminuye dramáticamente cuando se compara con marcadores codominantes. Las poblaciones de retrocruza (por ejemplo, generadas de una cruza entre una variedad exitosa (progenitor recurrente) y otra variedad (progenitor donador) que posee un rasgo no presente en el primero), pueden usarse como una población de mapeo. Una serie de retrocruzas con el progenitor recurrente puede hacerse para recuperar la mayor parte de sus rasgos deseables. De esta manera, se crea una población que consiste en individuos casi iguales al progenitor recurrente, pero cada individuo posee cantidades variables o mosaico de regiones genómicas del progenitor donador. Las poblaciones de retrocruza pueden ser útiles para mapear marcadores dominantes, si todos los loci en el progenitor recurrente son homocigóticos y el progenitor donador y recurrente tiene alelos marcadores polimórficos contrastantes (Reiter et al., Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 89: 1477-1481 (1992)). La información obtenida de las poblaciones de retrocruza usando marcadores codominantes o dominantes es menor que la obtenida de poblaciones F2 debido a que un gameto recombinante, más que dos gametos recombinantes, son muestreados por planta. Sin embargo, las poblaciones de retrocruza son más informativas (a baja saturación de marcadores) cuando se comparan con las poblaciones de RIL, conforme la distancia entre los loci ligados se incrementa en las poblaciones de RIL (es decir, aproximadamente .15% de recombinación). La recombinación incrementada puede ser benéfica para resolución de ligamientos estrechos, pero puede ser indeseable en la construcción de mapas con baja saturación de marcadores.

Pueden usarse como una población de mapeo líneas casi isogénicas (NIL) creadas por muchas retrocruzas que producen una gama de individuos que son casi idénticos en composición genética, salvo por el rasgo o región genómica bajo interrogación. En el mapeo con NlLs, se espera que sólo una porción de los loci polimórficos mapeen hacia una región seleccionada. El análisis de segregantes global (BSA), es un método desarrollado para la identificación rápida de ligamiento entre marcadores y rasgos de interés (Michelmore, et al., Proc. Nati. Acad. Sci (U.S.A.) 55: 9828-9832 (1991 )). En el BSA, dos muestras de ADN reunidas se extraen de una población segregante que se origina de una sola cruza. Estos volúmenes contienen individuos que son idénticos para un rasgo particular (resistente o susceptible a una enfermedad particular) o región genómica, pero arbitrarios en regiones no ligadas (es decir, heterocigoticas). Las regiones no ligadas a la región objetivo no diferirán entre las muestras reunidas de muchos individuos en el BSA. Una alternativa al mapeo de QTL tradicional, implica lograr mayor resolución por el mapeo de haplotipos, contra marcadores individuales (Fan et al., 2006 Genetics). Este procedimiento rastrea bloques de ADN conocidos como haplotipos, como es definido por marcadores polimórficos, que se asume son idénticos por descendencia en la población de mapeo. Esta suposición resulta en un tamaño de muestra efectivo más grande, que ofrece mayor solución de QTL. Métodos para determinar la significancia estadística de una correlación entre un fenotipo y un genotipo, en este caso un haplotipo, pueden determinarse mediante cualquier prueba estadística conocida en la técnica, y con cualquier umbral aceptado de significancia estadística que sea requerido. La aplicación de métodos particulares y umbrales de significancia, están bien dentro de la aptitud de los expertos en la técnica. Los marcadores de SNP de la presente invención pueden usarse para aislar o purificar sustancialmente un alelo de un QTL que se localiza también en el grupo de ligamiento asociado con el locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR, locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR, locus 9 de resistencia a la ASR, locus 10 de resistencia a la ASR, locus 11 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. La construcción de una serie traslapante de clones (una contigüidad de clones) a través de la región, puede proveer la base para un mapa físico que abarca un alelo de un QTL de resistencia a enfermedades por hongos que se localizan en un grupo de ligamiento asociado con el locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR, locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR, locus 9 de resistencia a la ASR, locus 10 de resistencia a la ASR, locus 11 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. El sistema de clonación de cromosomas artificiales de levadura (YACs) ha facilitado las estrategias de clonación de gran tamaño y desplazamiento cromosomico. Un procedimiento de contenido de sitios de marcadores de secuencia (STS) que usa los marcadores de la presente invención, puede usarse para la construcción de clones de YACs a través de regiones cromosómicas. Dicho procedimiento de contenido de STS para la construcción de mapas de YACs, puede proveer un mapa basado en STS ordenado y detallado de cualquier región cromosómica, incluyendo la región que abarca el alelo de un QTL que se localiza también en un grupo de ligamiento asociado con el locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR, locus 5 de resistencia a la ASR, locus 6 de resistencia a la ASR, locus 7 de resistencia a la ASR, locus 8 de resistencia a la ASR, locus 9 de resistencia a la ASR, locus 10 de resistencia a la ASR, locus 1 1 de resistencia a la ASR, locus 12 de resistencia a la ASR y locus 13 de resistencia a la ASR. Los mapas de YACs pueden ser complementados por mapas físicos detallados que se construyen a través de la región usando clones de BAC, PAC o bacteriófago P1 que contengan inserciones que varíen en tamaño de 70 kb a varios cientos de kilobases (Cregan, Theor. Appl.Gen. 75: 919-928 (1999), Sternberg, Proc. Nati. Acad. Sci 57: 103-107 (1990), Sternberg, Trends Genet. 8: 1 1 -16 (1992); Sternberg et al., New Biol. 2: 151 -162 (1990); loannou er a/., Nat. Genet. 6: 84-89 (1994); Shizuya er a/., Proc. Nati. Acad. Sci. 59: 8794-8797 (1992), citas que se incorporan en su totalidad en la presente como referencia).

Series traslapantes de clones se derivan usando los marcadores disponibles de la presente invención que identifican colecciones de BAC, PAC, bacteriófago P1 o cósmidos. Además, pueden usarse procedimientos de hibridación para convertir los mapas de YACs en mapas de contigüidad de BAC, PAC, bacteriófago P1 o cósmidos. Pueden usarse YACs enteros y productos de ¡nter-ZUiv-PCR, así como secuencias de iniciadores de STSs adecuados, para identificar colecciones de BAC, PAC, bacteriófago P1 o cósmidos. Los clones aislados por cualquier región pueden ensamblarse en contigüidades usando información del contenido de STS y procedimientos de dactiloscopia (Sulston et al., Comput. Appl Biosci. 4: 125-132 (1988)). Se conoce en la literatura la degeneración del código genético, que permite que diferentes secuencias de ácido nucleico codifiquen para la misma proteína o péptido. Como se usa en la presente, una molécula de ácido nucleico es degenerada de otra molécula de ácido nucleico, cuando las moléculas de ácido nucleico codifican para las mismas secuencias de aminoácidos, pero comprenden diferentes secuencias de nucleótidos. Un aspecto de la presente invención, es que las moléculas de ácido nucleico de la presente invención incluyen moléculas de ácido nucleico que son degeneradas de la molécula de ácido nucleico que codifica para las proteínas de los alelos de rasgos cuantitativos. Otro aspecto de la presente invención, es que las moléculas de ácido nucleico de la presente invención incluyen moléculas de ácido nucleico que son homólogos de la molécula de ácido nucleico que codifica para las una o más de las proteínas asociadas con el QTL. Material genético exógeno puede ser transferido en una planta, por el uso de un vector de transformación de ADN de la planta o construcción diseñada para dicho propósito. Un subgrupo particularmente preferido de material exógeno, comprende una molécula de ácido nucleico de la presente invención. El diseño de dicho vector está generalmente dentro de la aptitud de la técnica (véase, Plant Molecular Biology: A Laboratory Manual, eds. Clark, Springer, New York (1997). Ejemplos de dichas plantas incluyen, sin limitación, alfalfa, Arabidopsis, cebada, Brassica, brócoli, col, cítricos, algodón, ajo, avena, colza de semilla oleaginosa, cebolla, cañóla, lino, maíz, una planta ornamental, chícharo, cacahuate, pimienta, papa, arroz, centeno, sorgo, soya, fresa, caña de azúcar, remolacha azucarera, tomate, trigo, álamo, pino, abeto, eucalipto, manzana, lechuga, lenteja, uva, plátano, té, pastos para céspedes, girasol, palma de aceite, Phaseolus, etc. Una construcción o vector puede incluir el promotor endógeno de QTL de resistencia a enfermedades por hongos, de la presente invención. La característica de resistencia a enfermedades por hongos podría lograrse mejor expresando la proteína de QTL identificada con el promotor endógeno. En forma alternativa, puede seleccionarse un promotor heterólogo que exprese la proteína o fragmento de proteína de elección. Estos promotores pueden ser enlazados operablemente a una secuencia de polinucleótidos que codifique para la proteína que corresponde al QTL de resistencia a enfermedades por hongos. El promotor heterólogo puede ser uno que se seleccione con base en el tiempo de maduración o floración, ya que la oportunidad de expresión de la proteína deseada puede ser crítica para los parámetros que afectan el rasgo de resistencia a enfermedades por hongos. La expresión efectiva del QTL de resistencia a enfermedades por hongos puede requerir promotores que expresen también en tipos de tejidos específicos. En forma alternativa, los promotores pueden ser enlazados operablemente a otras secuencias de ácido nucleico, tales como aquellas que codifiquen para péptidos de tránsito, proteínas marcadoras seleccionables o secuencias antisentido. Los promotores pueden seleccionarse con base en el tipo de célula en el cual el vector será insertado o con base en sus rasgos reguladores. Ejemplos de dichos rasgos incluyen mejora de la actividad de transcripción, inducibilidad, especificidad por el tejido, y especificidad por la etapa de desarrollo. En plantas, se han descrito promotores que son inducibles, de origen viral o sintético, constitutivamente activos, temporalmente regulados y espacialmente regulados (Poszkowski, et al., EMBO J., 3: 2719, 1989; Odell, et al., Nature, 313: 810, 1985; Chau et al., Science, 244: 174-181 , 1989). Promotores constitutivos usados con frecuencia incluyen el promotor 35S del CaMV (Odell, et al., Nature, 313: 810, 1985), el promotor 35S mejorado del CaMV, el promotor del virus del mosaico de la escrofularia (FMV) (Richins, et al., Nucleic Acids Res. 20: 8451 , 1987), el promotor de nopalina sintasa (nos) (Shaw et al., Nucleic Acids Res. 12: 7831 -7846 (1984)), y el promotor de octopina sintasa (oes). Promotores inducibles útiles, incluyen promotores inducidos por ácido salicílico o ácidos poliacrílicos (PR-1 ; Williams, et al., Biotechnology 10: 540-543, 1992), inducidos por la aplicación de agentes protectores (herbicidas de bencensulfonamida sustituidos; Hershey y Stoner, Plant Mol. Biol. 17: 679-690, 1991 ), promotores de choque térmico (Ou-Lee et al., Proc. Nati Acad. Sci U.S.A. 83: 6815, 1986; Ainley et al., Plant Mol. Biol. 14: 949, 1990), un promotor inducible por nitrato derivado de la secuencia de polinucleótidos transcribible de nitrito reductasa de espinaca (Back et al., Plant Mol. Biol. 17: 9, 1991 ), promotores inducibles por hormonas (Yamaguchi-Shinozaki et al., Plant Mol. Biol. 15: 905, 1990), y promotores inducibles por la luz asociados con la subunidad pequeña de las familias de RuBP carboxilasa y LHCP (Kuhlemeier et al., Plant Cell 1 : 471 , 1989; Feinbaum et al., Mol. Gen. Genet. 226: 449-456, 1991 ; Weisshaar, et al., EMBO J. 10: 1777-1786, 1991 ; Lam y Chua, J. Biol. Chem. 266: 17131 -17135, 1990; Castresana et al., EMBO J. 7: 1929-1936, 1988; Schulze-Lefert, et al., EMBO J. 8: 651 , 1989). Promotores particularmente preferidos en el vector recombinante, incluyen el promotor de nopalina sintasa (NOS) (Ebert et al., 1987), el promotor de octopina sintasa (OCS) (el cual es llevado en los plásmidos inductores de tumores de Agrobacterium tumefaciens), los promotores de caulimovirus tales como el promotor 19S del virus del mosaico de la coliflor (CaMV) (Lawton et al., 1987), el promotor 35S del CaMV (Odell et al., 1985), el promotor 35S del virus del mosaico de la escrofularia (Waiker et al., 1987); el promotor inducible por la luz de la subunidad pequeña de ribulosa-1 ,5-bisfosfato carboxilasa (ssRUBISCO); el promotor EIF-4A del tabaco (Mandel, et al., Plant Mol Biol, 29: 995-1004, 1995); el promotor de quitinasa de Arabidopsis (Samac, et al., Plant Cell, 3: 1063-1072, 1991 ); los promotores de LTP (proteína de transferencia de lípidos) del brócoli (Pyee, et al., Plant J., 7: 49-59, 1995); chalcona isomerasa de petunia (Van Tunen, et al., EMBO J. 7: 1257, 1988); proteína 1 rica en glicina del frijol (Keller, et al., EMBO L, 8: 1309-1314, 1989); la patatina de papa (Wenzler, et al., Plant Mol. Biol., 12: 41 -50, 1989); el promotor de actina 7 de Arabidopsis (húmero de acceso del Genbank U2781 1.1 Gl: 1002528, 17-ABR-1997 y solicitud del PCT: WO0144457 A2; citas que se incorporan en la presente como referencia); el promotor de actina 8 de Arabidopsis (An et al., Plant J. 10: 107-121 (1996) y solicitud del PCT: WO0144457A2); el promotor 4 de la subunidad pequeña de Rubisco de Arabidopsis (Krebbers et al., Plant Mol. Biol. 1 1 : 745-759 (1988)); el promotor del gen de napina de Brassica (patente de E.U.A. 5,420,034, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); el promotor Suc2 de Arabidopsis (Truernit et al., Planta 196: 564-570 (1995)); el promotor del factor de elongación EF-1 alfa de Arabidopsis (Axelos et al., Mol. Gen. Genet. 219: 106-1 12 (1989)); y el promotor de 7sa beta conglicina de Glycine max, Sphas (Doyle et al., J. Biol. Chem. 261 : 9228-9238 (1986)).

Las construcciones de la presente invención pueden incluir también regiones no traducidas 5' (UTR 5') adicionales o secuencias guía de una molécula de polinucleótidos de ARN mensajero o gen que puede desempeñar una función importante en el inicio de la traducción. Algunas UTRs 5' pueden actuar como intensificadores de traducción, y pueden incorporarse también como parte del vector recombinante. Por ejemplo, se ha demostrado que las moléculas de polinucleótidos guía 5' no traducidas derivadas de genes de proteína de choque térmico, intensifican la expresión génica en plantas (véase, por ejemplo, la patente de E.U.A. 5,659,122, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia, y la patente de E.U.A. 5,362,865, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). De esta manera, el vector recombinante puede contener de preferencia una o más secuencias guía no traducidas 5' que sirven para mejorar la expresión de la secuencia de ácido nucleico. Dichas secuencias de intensificador pueden ser deseables para incrementar o alterar la eficiencia de traducción del ARN mensajero resultante. Secuencias de ácido nucleico 5' preferidas incluyen la secuencia guía de actina 7 de Arabidopsis (número de acceso del Genbank U2781 1 .1 Gl: 1002528, 17-ABR-1997, y solicitud del PCT: WO0144457 A2; cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); la secuencia guía de actina 8 de Arabidopsis (An et al., Plant J. 10: 107-121 (1996), y solicitud del PCT: WO0144457A2); la secuencia guía 4 de la subunidad pequeña de Rubisco de Arabidopsis (Krebbers et al., Plant Mol. Biol. 1 1 : 745-759 (1988)); la secuencia guía del gen de napina de Brassica (patente de E.U.A. 5,420,034, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); la secuencia guía Suc2 de Arabidopsis (Truernit et al., Planta 196: 564-570 (1995)); la secuencia guía del gen Hsp70 de Petunia hybrida (Winter et al., Mol. Gen. Genet. 21 1 : 315-319 (1988)); la secuencia guía del gen de EPSPS de Arabidopsis (Klee et al., Mol. Gen. Genet. 210: 437-442 (1987)); la secuencia guía del factor de elongación EF-1 alfa de Arabidopsis (Axelos et al., Mol. Gen. Genet. 219: 106-1 12 (1989)); y la secuencia guía de 7sa beta conglicina de Glycine max (Doyle et al., J. Biol. Chem. 261 : 9228-9238 (1986)). Estas moléculas de polinucleótidos reguladoras hacia el extremo 5' adicionales pueden derivarse de una fuente que sea nativa o heteróloga con respecto a los otros elementos presentes en la construcción. Además, las construcciones pueden incluir moléculas de polinucleótidos reguladoras adicionales de la región no traducida 3' (UTR 3') de genes de plantas. Una UTR 3' o terminador provee típicamente una señal de terminación de la transcripción, y una señal de poliadenilacion que funciona en plantas que causa la adición de nucleótidos de adenilato al extremo 3' del ARN mensajero. Usualmente, secuencias de ácido nucleico localizadas unos cuantos cientos de pares de bases hacia el extremo 3' del sitio de poliadenilacion, sirven para terminar la transcripción. Además, algunas UTRs 3' proveen propiedades adicionales tales como aumento de la estabilidad del ARN mensajero como en la UTR 3' del gen inhibidor II de proteinasa de papa (An et al., The Plant Cell 1 : 1 15-122 (1989)). Otras UTRs 3' pueden proveer secuencias que aumentan la degradación del ARN mensajero, tales como el motivo 5'-UUAUUUAUU-3' que se muestra contribuye a menor estabilidad de mensajes de ARN en células animales (Zubiaga et al., Mol. Cell Biol. 15: 2219-2230 (1995)). Estas moléculas de polinucleótidos reguladoras hacia el extremo 3' adicionales pueden derivarse de una fuente que sea nativa o heteróloga con respecto a los otros elementos presentes en la construcción. UTRs 3' o terminadores preferidos, son la UTR 3' del gen inhibidor II de proteinasa de la papa (An et al., The Plant Cell 1 : 1 15-122 (1989)); el terminador de la subunidad pequeña E9 de Rubisco del chícharo (Coruzzi et al., EMBO J. 3: 1671 -1679 (1984)); el terminador 35S del virus del mosaico de la coliflor; el terminador del gen de napina de Brassica (patente de E.U.A. 5,420,034); el terminador del gen de 7sa beta conglicina de Glycine max (Doyle et al., J. Biol. Chem. 261 : 9228-9238 (1986)); el terminador Arc5 de Phaseolus vulgaris (Goossens et al., Eur. J. Biochem. 225: 787-795 (1994)); el terminador de nopalina sintasa de Agrobacterium tumefaciens (Rojiyaa et al., 1987, número de acceso del Genbank E01312 y solicitud de patente de E.U.A. US20020192813A1 , la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); y el terminador del gen de ADR12 de Glycine max (Datta et al., Plant Mol. Biol. 21 : 859-869 (1993)). Un vector o construcción puede incluir también elementos reguladores derivados de los intrones de ciertos genes. Ejemplos de los mismos incluyen el intrón 1 de Adh (Callis et al., Genes and Develop. 1 : 1 183-1200 (1987); el intrón de sacarosa sintasa (Vasil et al., Plant Physiol. 97: 1575-1579 (1989); y el elemento omega del TMV (Gallie et al., The Plant Cell 1 : 301 -31 1 (1989)). Intrones preferidos son el intrón de actina 7 de Arabidopsis (número de acceso del Genbank U2781 1 .1 Gl:1002528, 17-ABR-1997 y solicitud del PCT WO200144457A2; la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); el intrón de actina 8 de Arabidopsis (An et al., Plant J. 10: 107-121 (1996) y solicitud del PCT: WO200144457A2); y el intrón del factor de elongación EF-1 alfa de Arabidopsis (Axelos et al., Mol. Gen. Genet. 219: 106-1 12 (1989)). Estos y otros elementos reguladores pueden incluirse cuando sea adecuado. Un vector o construcción puede incluir también un marcador seleccionable. Pueden usarse también marcadores seleccionabas para seleccionar plantas o células vegetales que contienen el material genético exógeno. Ejemplos de los mismos incluyen, pero no están limitados a, un gen neo (Potrykus er a/., Mol. Gen. Genet. 799: 183-188 (1985)), que codifica para resistencia a kanamicina, y puede seleccionarse para el uso de kanamicina, G418, etc.; un gen bar que codifica para resistencia a bialafós; un gen de EPSP sintasa muíante (Hinchee et al., Bio/Technology 6: 915-922 (1988)), que codifica para resistencia a glifosato; un gen de nitrilasa que confiere resistencia a bromoxinilo (Stalker et al., J. Biol. Chem. 263: 6310-6314 (1988)); un gen de acetolactato sintasa (ALS) mutante que confiere resistencia a imidazolinona o sulfonilurea (véase, por ejemplo, la patente de E.U.A. 6,222,100, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); un gen de DHFR de resistencia a metotrexato (Thillet et al., J.

Biol. Chem. 263: 12500-12508 (1988)); tolerancia a dicamba conferida, por ejemplo, por un gen para dicamba monooxigenasa (DMO) de Pseudomonas maltophilia (solicitud de patente de E.U.A. 20030135879, la cual se incorpora en su totalidad en la presente como referencia). Un vector o construcción puede incluir también un marcador seleccionare. Pueden usarse marcadores seleccionabas para monitorear la expresión. Ejemplos de marcadores seleccionabas incluyen un gen de ß-glucuronidasa o uidA (GUS), que codifica para una enzima para la cual se conocen varios substratos cromogenos (Jefferson, Plant Mol. Biol. Rep. 5: 387-405 (1987), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia; Jefferson et al., EMBO J. 6: 3901 -3907 (1987), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); un gen del locus R que codifica para un producto que regula la producción de pigmentos de antocianina (color rojo) en tejidos vegetales (Dellaporta et al., Stadler Symposium 77: 263-282 (1988), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); un gen de ß-lactamasa (Sutcliffe et al., Proc. Nati. Acad. Sci (U.S.A.) 75: 3737-3741 (1978), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia), un gen que codifica para una enzima para la cual se conocen varios substratos cromogenos (por ejemplo, PADAC, una cefalosporina cromógena); un gen de luciferasa (Ow et al., Science 254: 856-859 (1986), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); un gen xylE (Zukowsky et al., Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 50: 1 101 -1 105 (1983), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia), que codifica para una catecol dioxigenasa que puede convertir catecoles cromógenos; un gen de a-amilasa (Ikatu et al., Bio Technol. 8: 241 -242 (1990), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia); un gen de tirosinasa (Katz et al., J. Gen. Microbio!. 129. 2103-2714 (1983), cita que se incorpora en su totalidad en la presente como referencia), que codifica para una enzima capaz de oxidar la tirosina hasta DOPA y dopaquinona que a su vez se condensa hasta melanina; y una a-galactosidasa. Cualquiera de las técnicas conocidas en la materia para la introducción de transgenes en plantas, puede usarse para preparar una planta resistente a enfermedades por hongos de conformidad con la presente invención. Se cree que métodos adecuados para la transformación de plantas incluyen virtualmente cualquier método por el cual puede introducirse ADN en una célula, tal como por electroporación, como se ilustra en la patente de E.U.A. No. 5,384,253; bombardeo de microproyectiles, como se ilustra en las patentes de E.U.A. Nos. 5,015,580; 5,550,318; 5,538,880; 6,160,208; 6,399,861 ; y 6,403,865; transformación mediada por Agrobacterium, como se ilustra en las patentes de E.U.A. Nos. 5,635,055; 5,824,877; 5,591 ,616; 5,981 ,840; y 6,384,301 ; y transformación de protoplastos, como se ilustra en la patente de E.U.A. No. 5,508,184. A través de la aplicación de técnicas tales como éstas, las células de virtualmente cualquier especie vegetal pueden ser transformadas establemente, y estas células pueden desarrollarse en plantas transgénicas. Técnicas útiles en el contexto de la transformación del algodón, se describen en las patentes de E.U.A. Nos. 5,846.797, 5,159,135, 5,004,863, y 6,624,344; y técnicas para la transformación de plantas de Brassica en particular se describen, por ejemplo, en la patente de E.U.A. No. 5,750,871 ; y técnicas para la transformación de soya se describen, por ejemplo, en Zhang et al. {Plant Cell Tissue Organ Cult 56: 37-46 (1999) y patente de E.U.A. 6,384,301 . Habiendo descrito ahora generalmente la invención, la misma se entenderá más fácilmente haciendo referencia a los siguientes ejemplos que se proveen por medio de ilustración, y no se pretende que sean limitativos de la presente invención, a menos que se especifique de otra manera.

EJEMPLOS EJEMPLO 1 Mejoramiento genético de líneas casi isogénicas que contienen loci de resistencia a la ASR Mil cuatrocientos marcadores de polimorfismos de nucleótidos individuales (SNP), distribuidos aleatoriamente a través de los 20 grupos de ligamiento del mapa de ligamiento genético de la soya, se usaron para identificar marcadores de SNP ligados estrechamente al locus 1 de resistencia a la ASR. Un panel de líneas de soya que consisten en líneas casi isogénicas (NlLs), se desarrolló de una cruza entre Williams 82 y el donador del locus 1 de resistencia a la ASR, Pl 200492. Se usaron líneas derivativas de Pl 200492 para identificar marcadores de SNP que fueran polimórficos entre Williams 82 y Pl 200492. Estos marcadores de SNP polimórficos se usaron entonces para identificar la localización del mapa del locus 1 de resistencia a la ASR usando una población de retrocruza segregante, L85-2378. Se desarrolló L85-2378 cruzando Williams 82 con Pl 200492, y se hicieron cinco ciclos de retrocruza, o esencialmente 6 dosis de Williams 82, para recuperar la mayoría de los rasgos deseables de Williams 82. De esta manera, se crea L85-2378 que consiste en individuos casi iguales al progenitor recurrente, Williams 82, pero cada NIL individual posee cantidades variables o mosaico de regiones genómicas del progenitor donador, PI200492. La población entera fue genotipificada con los marcadores de SNP polimórficos identificados anteriormente, y se evaluó subsiguientemente para resistencia a la roya de la soya usando una prueba de invernadero. Se evaluaron las asociaciones entre el genotipo marcador de SNP y el fenotipo de resistencia a la roya de la soya. Los marcadores de SNP que se encontró están en altos desequilibrios de ligamiento con respuesta fenotípica de enfermedad del locus 1 de resistencia a la ASR, fueron NS0093250, NS0119710, NS0103004, NS0099454, NS0102630, NS0102915, NS0102913, NS0123728, NS0129943, NS0102168, NS0092723, NS0098177, NS0127343 y NS0101121 , y se muestran en el cuadro 1 y se indican como SEQ ID NOs: 67 a 80. Todos estos marcadores de SNP mapean hacia una región en el grupo de ligamiento G del mapa de ligamiento genético público de la soya. El cuadro 1 enlista secuencias para iniciadores de amplificación por PCR, indicados como SEQ ID NOs: 1 a 28, y sondas, indicadas como SEQ ID NOs: 100 a 127, que corresponden a estos marcadores de SNP. Se identificaron dos marcadores de SNP como útiles en el monitoreo de la introgresión positiva del locus 1 de resistencia a la ASR, y corresponden a los marcadores de SNP NSO102913 y NS0129943, y corresponden a SEQ ID NO: 73 y SEQ ID NO: 75, respectivamente. La eficacia del locus 1 de resistencia a la ASR contra aislados de la roya de la soya de Alabama, se evaluó también en las siguientes poblaciones F2:3 AG4403 x Pl 200492, AG3302 x Pl 200492, AG3201 x Pl 200492, AG26932 x Pl 200492, AG2402 x Pl 200492. En cada una de las poblaciones, se observó una relación de segregación 3: 1 , que indica un patrón de herencia de genes dominantes individuales. Después del procedimiento descrito para el locus 1 de resistencia a la ASR, el locus 3 de resistencia a la ASR fue mapeado usando NlLs desarrollados de la cruza entre Williams 82 y el progenitor donador, Pl 462312, seguido de cinco ciclos de retrocruza, o esencialmente se produjeron 6 dosis de Williams 82 para recuperar la mayor parte de los rasgos deseables de Williams 82. De esta manera, se crea L85-2378 que consiste en individuos casi iguales al progenitor recurrente, Williams 82, pero cada línea isogénica casi individual posee cantidades variables o mosaico de regiones genómicas del progenitor donador, Pl 200492. La población entera fue genotipificada con la serie de marcadores de SNP polimórficos identificados anteriormente, y se evaluó subsiguientemente para resistencia a la roya de la soya, usando una prueba de invernadero. Se evaluaron las asociaciones entre el genotipo marcador de SNP y el fenotipo de resistencia a la roya de la soya. Los marcadores de SNP que se encontró están en altos desequilibrios de ligamiento con el locus 3 de resistencia a la ASR, fueron NS0099746, NS0123747, NS0126598, NS0128378, NS0096829, NS0125408, NS0098902, NS0099529, NS0097798, NS0137477, NS0095322, NS0136101 y NS0098992, y se presentan en el cuadro 1 y se indican como SEQ ID NOs: 81 a 93. Todos estos marcadores estuvieron mapeando hacia C2 LG del mapa genético público de la soya. El cuadro 1 enlista las secuencias para los iniciadores de amplificación por PCR, indicados como SEQ ID NOs: 29 a 54, y sondas, indicadas como SEQ ID NOs: 128 a 153, que corresponden a estos marcadores de SNP. El marcador usado para monitorear la introgresión del locus 3 de resistencia a la ASR corresponde al marcador de SNP NS0137477, y se indica como SEQ ID NO: 90. Para confirmar la localización putativa del locus 3 de resistencia a la ASR, se desarrolló una población F3:4 segregante entre AVRDC-8 y AG4403. AVRDC-8 es una línea desarrollada por el Asían Vegetable Research and Development Center en Taiwán, cruzando Ankur (línea que contiene al locus 3 de resistencia a la ASR) y Pl 230970 (donador del locus 2 de resistencia a la ASR). Esta población está siendo genotipificada actualmente para marcadores de SNP, y evaluada para reacción de resistencia contra un aislado de la roya de la soya de Loxley, AL, para validar la ubicación del locus 3 de resistencia a la ASR.

Las ubicaciones aproximadas del locus 2 de resistencia a la ASR y el locus 4 de resistencia a la ASR se determinaron después con base en un análisis de polimorfismos entre un panel de líneas Pl que se sabe contienen al locus 2 de resistencia a la ASR o el locus 4 de resistencia a la ASR, Pl 230970, Pl 459025B, el donador del locus 2 de resistencia a la ASR y el locus 4 de resistencia a la ASR, respectivamente, y otras líneas que se reportó en la literatura contienen cualquier QTL. Con base en el análisis de polimorfismos, cualquier marcador de SNP polimórfico es una región candidata cerca de los loci de resistencia a la ASR. Para el locus 2 de resistencia a la ASR, se identificaron dos regiones candidatas, y el locus se localiza más probablemente en el grupo de ligamiento J, cerca o dentro del grupo de resistencia a las enfermedades pudrición parda del tallo, resistencia al nemátodo enquistado de la soya y mancha foliar de ojo de rana, o dentro del grupo de ligamiento N. El locus 4 de resistencia a la ASR se localiza probablemente en el grupo de ligamiento N.

CUADRO 1 Marcadores de SNP para la identificación y selección del locus 1 de resistencia a la ASR y el locus 3 de resistencia a la ASR Marcador SEQ ID SED ID del SED ID del SED ID SED ID iniciador iniciador de la de la delantero inverso sonda 1 sonda 2 NS0093250 67 1 2 100 101 NS0119710 68 3 4 102 103 NSO 103004 69 5 6 104 105 NS0099454 70 7 8 106 107 NSO 102630 71 9 10 108 109 NS0102915 72 11 12 110 111 NS0102913 73 13 14 112 113 NS0123728 74 15 16 114 115 NS0129943 75 17 18 116 117 NS0102168 76 19 20 118 119 NS0092723 77 21 22 120 121 NS0098177 78 23 24 122 123 NSO 127343 79 25 26 124 125 NS0101121 80 27 28 126 127 NS0099746 81 29 30 128 129 NS0123747 82 31 32 130 131 NS0126598 83 33 34 132 133 NS0128378 84 35 36 134 135 NS0096829 85 37 38 136 137 NS0125408 86 39 40 138 139 NS0098902 87 41 42 140 141 NS0099529 88 43 44 142 143 NS0097798 89 45 46 144 145 NS0137477 90 47 48 146 147 NS0095322 91 49 50 148 149 NS0136101 92 51 52 150 151 NS0098982 93 53 54 152 153 EJEMPLO 2 Colecta y propagación de esporas Se colectaron urediosporas de la roya asiática de la soya de Phakopsora pachyrhizi, de plantas infectadas en la estación de Agronomía Loxley de Monsanto (Loxley, AL), referida en la presente como la cepa Loxley. Se inocularon plantas de soya, rociando el lado inferior de las hojas con esporas suspendidas en agua que contenía Tween-20 a 0.01 %. El desarrollo de lesiones fue visible sin aumento alrededor de 7 a 10 días, ocurriendo la esporulación a 12 a 14 días después de la infección. Esporas de las plantas infectadas se colectaron y se resuspendieron en agua desionizada estéril que contenía Tween-20 a 0.01 %. La concentración de esporas se determinó usando un hemocitómetro.

EJEMPLO 3 Prueba de hojas separadas para resistencia a la roya asiática de la soya Se evaluaron dos tipos de tejido foliar para la fenotipificación de la ASR. Se evaluaron hojas unifoliadas, de 7 a 10 días después de la emergencia, u hojas trifoliadas V3, veintiún a veintiocho días después de la emergencia. A aproximadamente dos días después de la emergencia del suelo, la planta de soya posee un par de hojas unifoliadas que se extienden completamente alrededor de cinco días después, y constituyen las primeras "hojas verdaderas". A aproximadamente siete días después de la emergencia, aparecen las hojas trifoliadas (comprendiendo tres hojas en el extremo de un pecíolo). Tres series emergen en secuencia, y las primeras hojas trifoliadas se denotan como la etapa V1 , y se expanden completamente a diez días después de la emergencia. Las dos siguientes etapas V ocurren una semana aparte. Notablemente, las hojas son inoculadas por la enfermedad después de que se han extendido y están endurecidas, es decir, ahora nuevas y verdes. Las hojas unifoliadas tienden a endurecerse muy rápidamente, alrededor de 8 a 10 días después de la emergencia, mientras que las hojas trifoliadas V2 y V3 pueden incluso no extenderse por completo sino hasta 24 a 28 días después de la emergencia. Tres papeles filtro Watmann #1 de 3.2 cm de diámetro se ponen en cada una de 6 cavidades de una placa de cultivo de tejidos de 6 cavidades (el volumen de la cavidad es 15.5 mililitros). Las hojas se cortan en piezas de 3 cm por 3 cm, y se ponen arriba de los papeles filtro Watmann con el fondo (lado de los estomas) de la hoja mirando hacia arriba. Aproximadamente 2.0 mililitros de agua desionizada estéril se ponen en cada cavidad de la placa de cultivo de tejidos de 6 cavidades. Se suspenden urediosporas de la roya asiática de la soya de Phakopsora pachyrhizi en agua desionizada estéril conteniendo Tween-20 a 0.01 % a una concentración de 1 X 105 urediosporas por mililitro. Aproximadamente 50 microlitros de la suspensión de esporas se aplican a cada pieza foliar usando un aerógrafo (modelo Badger 155 Anthem, Badger Air-Brush Co., Franklin Park, IL) con una compresora (modelo TC-20, Airbrush Depot, San Diego, CA) ajustando 1 kilogramo por centímetro cuadrado para humedad. La placa de 6 cavidades se sella entonces con Parafilm y se pone en una cámara de crecimiento ajustada a 22 grados Celsius, con un fotoperíodo de 12 horas de duración del día. Las placas se verifican cada 2 o 3 días para monitorear la progresión de la enfermedad y garantizar que las cavidades no se hayan desecado. Se añade agua desionizada hasta formar el volumen original en la cavidad cuando sea necesario, o la humedad relativa de la incubadora se ajusta a aproximadamente 80%. Los primeros síntomas de desarrollo de lesiones deben ser evidentes bajo un microscopio de disecciones, aproximadamente 3 a 5 días después de la inoculación. Deben ser evidentes lesiones esporulantes 9 a 14 días después de la inoculación. Se calculan las puntuaciones de severidad promedio de la roya de la soya a partir de pruebas múltiples. La puntuación de severidad de la roya usa una escala de evaluación de 1 a 5; 1 - siendo inmune, 2 - demostrando lesiones rojas/pardas sobre menos de 50% del área de la hoja, 3 - demostrando lesiones rojas/pardas sobre más de 50% del área de la hoja, 4 - demostrando lesiones tostadas sobre menos de 50% del área de la hoja, y 5 - demostrando lesiones tostadas sobre más de 50% del área de la hoja. Secciones de la hoja pueden continuar siendo viables en esta prueba por hasta 2 meses. Experimentos usando soya susceptible a la roya asiática de la soya, Lee 74, demuestran niveles de infección consistentemente altos para cada prueba realizada. Otros experimentos que evalúan germoplasma resistente putativo, fueron capaces de diferenciar accesos tolerantes de accesos susceptibles como se demuestra en el cuadro 2. El acceso Pl 200487 demostró un fenotipo de lenta resistencia a la roya. Se hacen esfuerzos por identificar marcadores que se usarán en la introgresión del locus de resistencia identificado en Pl 200487 en germoplasma élite. Además, la comparación de la evaluación de tejido foliar unifoliado y trifoliado ante la ASR, mostró que tarda aproximadamente 45 días de la semilla al punto de datos para hojas trifoliadas, y aproximadamente 23 días para hojas unifoliadas. Reduciendo el tiempo de prueba a la mitad, esto economiza significativamente la prueba de hoja separada y el tiempo requerido para determinar la evaluación de la resistencia a la enfermedad. Ahorrando 3 semanas, las plantas pueden propagarse en una escala de tiempo más rápida, y las plantas susceptibles pueden entresacarse más pronto, ahorrando espacio en el campo y el invernadero.

CUADRO 2 Puntuación promedio de la roya para accesos resistentes y susceptibles, según se determinó usando tejido foliar unifoliado y trifoliado; "-" indica que la prueba no se realizó EJEMPLO 4 Prueba de cruzas élite para resistencia a P. pachyrhizi con locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR y locus 3 de resistencia a la ASR introgresados Se realizaron cruzas con la línea progenitora donadora resistente, Pl 200492, que contenía al locus 1 de resistencia a la ASR, con varias líneas élite de soya para monitorear la introgresión positiva del locus 1 de resistencia a la ASR. Se realizaron pruebas foliares para resistencia a la cepa Loxley, usando líneas derivadas de cruzas con la línea progenitora resistente, acceso Pl 200492 (locus 1 de resistencia a la ASR), así como accesos resistentes conocidos (Pl 230970) (locus 2 de resistencia a la ASR) y Pl 462312 (locus 3 de resistencia a la ASR)) y líneas élite susceptibles. Las puntuaciones de resistencia para todas las líneas puestas a prueba se muestran en el cuadro 3. Se derivaron puntuaciones de severidad promedio de la roya de 4 plantas, cada una con 4 réplicas y evaluadas en 4 días diferentes (10DAI, 17DAI, 24DAI, 32DAI).

CUADRO 3 Puntuación de severidad promedio de la roya de eventos de retrocruza de la ASR y líneas élite CUADRO 3 (CONTINUACION) CUADRO 3 (CONTINUACION) Las líneas que contienen al locus 1 de resistencia a la ASR, mostraron mayor resistencia a la cepa Loxley. La introgresión del locus 1 de resistencia a la ASR se confirmó mediante MAS.

EJEMPLO 5 Prueba de accesos de la soya para resistencia a la ASR usando la prueba de hoja separada Se identificaron setecientos accesos resistentes a la ASR putativos con base en pruebas de invernadero, usando una población mixta de aislados de ASR de origen extraño. Se realizaron pruebas foliares para resistencia a la ASR como se describe en el ejemplo 3, usando un subgrupo de doscientos cincuenta de los setecientos accesos resistentes putativos de la USDA. Se seleccionó una serie complementaria de doscientos cincuenta accesos susceptibles de la ASR de la USDA, para comparación en la prueba foliar con base en la madurez de los apareamientos y orígenes geográficos de los doscientos cincuenta accesos resistentes. Las puntuaciones de severidad promedio de la roya de los accesos más resistentes (aquellos que exhiben una puntuación de severidad promedio de la roya de 1 a 2), se muestran en el cuadro 4 más adelante. Mil cuatrocientos marcadores de SNP, distribuidos cada 5 centimorgans a través de los 20 grupos de ligamiento del mapa de ligamiento genético de la soya, se usarán para identificar marcadores útiles para seguir la introgresión de los loci de resistencia a la ASR poseídos por los accesos resistentes en germoplasma élite.

CUADRO 4 Puntuación de severidad promedio de la roya para accesos resistentes a la ASR Puntuación de severidad promedio Acceso de la roya PI200488 1.0 PI200492 1.0 PI203398 1.0 PI307884B 1.0 PI416764 1.0 PI416826A 1.0 PI417117 1.0 PI417132 1.0 PI423967 1.0 PI506947 1.0 PI507009 1.0 PI507259 1.0 PI561305 1.0 PI567031 B 1.0 PI567034 1.0 PI567056A 1.0 PI567058D 1.0 PI567190 1.0 PI605773 1.0 PI605829 1.0 PI605865B 1.0 PI379620 1.3 PI416873B 1.3 PI417128 1.3 PI417463 1.3 PI567123A 1.3 PI578457A 1.3 PI615437 1.3 PI379621 1.3 PI567102B 1.3 PI594172A 1.3 Pl 628932 1.3 CUADRO 4 (CONTINUACION) Además, marcadores de SNP distribuidos proximales y distales al locus 3 de resistencia a la ASR, fueron genotipificados para una serie de ochenta y nueve accesos resistentes. Se encontró que otros cuatro marcadores de SNP (NS0103749, NS0118897, NS0119715 y NS0130920) están asociados con el locus 3 de resistencia a la ASR, y se enlistan en el cuadro y se indican como SEQ ID NOs: 94 a 97. El cuadro 5 enlista secuencias para iniciadores de amplificación por PCR, indicados como SEQ ID NOs: 55 a 62, y sondas, indicadas como SEQ ID NOs: 154 a 161 , que corresponden a estos marcadores de SNP.

Esta información se usará para identificar fuentes de resistencia novedosas útiles para dar prioridad a la introgresion de los loci de resistencia a la ASR y loci de resistencia a otros patógenos.

CUADRO 5 Marcadores de SNP para la identificación y selección del locus 3 de resistencia a la ASR SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID del Marcador SEQ ID del de la de la iniciador iniciador sonda 1 sonda 2 delantero inverso NS0103749 94 55 56 154 155 NS0118897 95 57 58 156 157 NS0119715 96 59 60 158 159 NS0130920 97 61 62 160 161 EJEMPLO 6 Uso de estudios de asociación para identificar QTL que confieren resistencia a enfermedades por hongos Identificar regiones o genes asociados con la enfermedad, es el primer paso hacia el desarrollo de variedades resistentes. Se identificaron previamente cuatro loci para resistencia a la roya (locus 1 de resistencia a la ASR, locus 2 de resistencia a la ASR, locus 3 de resistencia a la ASR, locus 4 de resistencia a la ASR). En este ejemplo, se aplicaron mapeo de asociación de haplotipos y desequilibrio de ligamiento a una muestra de datos de caso-control de germoplasma de soya. Se evaluaron cuatrocientas noventa y dos líneas de soya (246 pares resistentes-susceptibles) para resistencia a la roya, así como sometidas a dactiloscopia usando 797 SNPs. Se evaluó la resistencia a la enfermedad en 1 a 5 escalas para una mezcla de aislados de Phakopsora pachyrhizi, con menos de 3 como resistentes y más de 4 como susceptibles. Específicamente, se exploraron prueba de caso-control, prueba exacta de Fisher, prueba F de marcadores individuales y regresión de tendencia de haplotipos, en tamaños de ventana de 3, 5 y 9 SNPs consecutivos. Resultados de prueba múltiples asocian significativamente dos marcadores de SNP de dos ventanas de haplotipos separados, referidas en la presente como ventanas 1 y 2 de haplotipos de resistencia a enfermedades por hongos, en el cromosoma 13 24-45 cM) con resistencia a enfermedades por hongos. Los marcadores de SNP NS0103033 y NS0124935 se localizan las ventanas 1 y 2 de haplotipos de resistencia a enfermedades por hongos, respectivamente. Los iniciadores para NS0103033 (SEQ ID NO: 98) se indican en SEQ ID NOs: 63 y 64, y las sondas se indican en SEQ ID NOs: 162 y 163. Los iniciadores para NS0124935 (SEQ ID NO: 99) se indican en SEQ ID NOs: 65 y 66, y las sondas se indican en SEQ ID NOs: 164 y 165. Las puntuaciones de resistencia para cada uno de los haplotipos y el alelo marcador para cada haplotipo, se indican en el cuadro 5. Cada ventana es designada por cinco marcadores de SNP y los alelos para cada uno se indican como secuencia de haplotipos. El alelo para NS0103033 en la ventana 1 de haplotipos y NS0124935 en la ventana 2 de haplotipos, se indica en negritas. Para NS0103033, el SNP es en realidad un indel de 9 pb, en donde "Z" representa la deleción (**"***·*) y "W" representa la inserción (GAAGTGGAT). Las variedades que contienen haplotipos resistentes de la ventana 1 y/o 2 de haplotipos, se indican en el cuadro 6. Este esfuerzo de mapeo ha identificado otros QTLs de resistencia a la ASR, además de los loci de resistencia a la ASR definidos anteriormente.

CUADRO 5 Resumen de la puntuación para líneas que contienen haplotipos resistentes en las ventanas 1 y 2 de resistencia a la ASR Locus de Ventana 1 de Secuencia de Puntuación de resistencia a haplotipos haplotipos resistencia la ASR 0 1 5 Haplotipo 1 AAZA? 5 0 6 Haplotipo 2 AGWGA 26 10 7 Haplotipo 3 AGWGG 34 15 8 Haplotipo 4 TAZAG 5 0 9 Haplotipo 5 TAZGA 13 5 10 Haplotipo 6 CCTTG 8 1 11 Haplotipo 7 GGTTC 26 11 12 Haplotipo 8 GGCCC 12 6 13 Haplotipo 9 GGT-C 4 0 Nota: Una puntuación de resistencia de 0 indica que la línea fue resistente, y una puntuación de 1 indica que la línea se designó como susceptible.

CUADRO 6 Clasificación de la enfermedad para qermoplasma resistente que contiene haplotipos en las ventanas 1 v/o 2 de resistencia a la ASR en el cromosoma 13 Haplotipo de Haplotipo de resistencia de resistencia de la ventana 1 la ventana 2 Línea Clasificación de haplotipos de haplotipos Pl 164885 2.5 X X PI165524 2 X X Pl 166028 2 X Pl 189968 2 X X PI200446 2 X PI200488 2.5 X PI205901 B 2.5 X PI222549 2.5 X PI224270 2.5 X PI227331 2.5 X X PI229333 2.5 X PI238109 2.3 X PI240667A 1 X PI258383 2 X PI291309C 2 X PI341252 2.5 X X PI374189 2.3 X PI398335 2 X PI399070 2.5 X PI407831 2.5 X PI407833C 2 X PI407845A 2.5 X PI407858 2.3 X X P 1407881 2.3 X PI408088 2.3 X PI408134B 2 X PI408272B 2 X PI417122 2.5 X PI417126 2.5 X PI417235 2 X PI417335 2.3 X PI423717 2 X PI423722 2.3 X PI423730B 2.3 X PI423852 2.3 X X PI424190 2.5 X PI434973A 2.5 X PI4371 10A 2.3 X CUADRO 6 (CONTINUACION) PI437437A 1.5 X PI437740B 2.3 X X PI437921 2 X PI437982 2.3 X X PI438073 2.3 X PI438371 2.5 X PI438480 2.5 X PI479735 2.3 X PI497965 2.5 X PI506737 2 X PI506863 2 X PI507142 2.5 X PI508269 2 X PI548325 2 X PI561289 2 X X PI561329 2.5 X PI561330A 2 X PI561337 2 X PI561377 2.3 X PI566978 2.5 X PI567010B 2.3 X PI567093B 2 X X PI567104B 2.5 X X PI567108B 2.5 X X PI567129 2.3 X X PI567140B 2.5 X PI567174C 2.3 X PI567175C 2 X X PI567300A 2 X PI567409A 2.3 X PI567470 2 X PI567473C 2.5 X PI567474 2.3 X PI567489A 2 X PI567507B 2 X PI567554A 2 X PI567560 2.5 X X PI567561 2.5 X PI567675 2.3 X PI567692 2 X X PI567718 2 X X PI567780A 2.3 X PI578305B 2.5 X PI587598A 2.5 X PI587914B 2 X CUADRO 6 (CONTINUACION) PI587922A 2 X PI587935A 2.3 X PI588000 2.5 X PI588034 2.5 X PI592962B 2.3 X PI594525 2.5 X X PI594538A 2 X X PI594767B 1 X PI597480A 2.3 X PI603293B 2.3 X PI603296 2.5 X PI603429D 2.5 X PI603564A 2.3 X P 1603612 2.3 X X PI603704A 2.5 X X PI605891 B 2.5 X PI628870 1.5 X PI628932 2.4 X Habiendo ilustrado y descrito los principios de la presente invención, debe ser evidente para los expertos en la técnica que la invención puede modificarse en disposición y detalle sin que se aparte de dichos principios. Se reclaman todas las modificaciones que estén dentro del espíritu y alcance de las reivindicaciones anexas. Todas las publicaciones y documentos de patente publicados citados en esta especificación se incorporan en la presente como referencia, al mismo grado como si se indicara específicamente e individualmente que cada publicación o solicitud de patente individual se incorpora en la presente como referencia.

Claims (1)

1. NOVEDAD DE LA INVENCION REIVINDICACIONES 1.- Un método para poner a prueba una planta de soya para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades, que comprende los pasos de: a. separar un tejido de una planta de dicha planta de soya; b. cultivar dicho tejido en un medio; c. exponer dicho tejido a un patógeno de la planta; y d. evaluar dicho tejido para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades causadas por dicho patógeno. 2. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque comprende: a. aislar ácidos nucleicos de dicha planta; b. poner a prueba dichos ácidos nucleicos para la presencia de una o más moléculas marcadoras para un locus de rasgo cuantitativo asociado con dicha resistencia, inmunidad o susceptibilidad; y c. seleccionar dicha planta para su uso en un programa de mejoramiento genético. 3. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicho tejido es una hoja, tejido vascular, flor, vaina, raíz, tallo, semilla, o una porción de los mismos. 4.- El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicha exposición de dicho tejido a un patógeno de la planta se logra por un medio seleccionado del grupo que consiste en (a) aplicación directa del patógeno al tejido; (b) inclusión del patógeno en el medio de cultivo; y (c) inclusión de un agente que sea efectivamente contaminado con el patógeno y sirva para inocular el tejido. 5. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicha exposición al patógeno de la planta puede ser en la forma de macromoléculas del patógeno, células, tejidos, organismo entero o combinaciones de los mismos, en donde el patógeno, y partes del mismo, están vivos o muertos, en tanto el material medie una respuesta inmune en el tejido del hospedero. 6. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicha resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades comprende una reacción a un patógeno seleccionado del grupo que consiste en Phakopsora pachyrhizi, Phakopsora meibomiae (roya asiática de la soya), Colletotrichum truncatum, Colletotrichum dematium var. truncatum, Glomerella glycines (antracnosis de la soya), Phytophthora sojae (pudrición del tallo y la raíz por Phytophthora), Sclerotinia sclerotiorum (pudrición del tallo por Sclerotinia), Fusarium solani f. sp. glycines (síndrome de muerte repentina), Fusarium spp. (pudrición de la raíz por Fusarium), Macrophomina phaseolina (pudrición carbonosa), Septoria glycines (mancha parda), Pythium aphanidermatum, Pythium debaryanum, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Pythium myriotylum, Pythium torulosum (pudrición de la semilla por Pythium), Diaporthe phaseolorum var. sojae (tizón de la vaina), Phomopsis longicola (tizón del tallo), Phomopsis spp. (pudrición de la semilla por Phomopsis), Peronospora manshurica (mildiú), Rhizoctonia solani (pudrición del tallo y la raíz por Rhizoctonia, tizón aéreo por Rhizoctoniá), Phialophora gregata (pudrición parda del tallo), Diaporthe phaseolorum var. caulivora (cáncer del tallo), Cercospora kikuchii (mancha púrpura de la semilla), Alternaría sp. (mancha de rodela), Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), Sclerotium rolfsii (tizón meridional), Arkoola nigra (tizón negro foliar), Thielaviopsis basicola (pudrición negra de la raíz), Choanephora infundibulifera, Choanephora trispora (tizón foliar por Choanephora), Leptosphaerulina trifolii (mancha foliar por Leptosphaerulina), Mycoleptodiscus terrestris (pudrición de la raíz por Mycoleptodiscus), Neocosmospora vasinfecta (pudrición del tallo por Neocosmospora), Phyllosticta sojicola (mancha foliar por Phyllosticta), Pyrenochaeta glycines (mancha foliar por Pyrenochaeta), Cylindrocladium crotalariae (pudrición roja de la corona), Dactuliochaeta glycines (pústula roja foliar), Spaceloma glycines (sarna), Stemphylium botryosum (tizón foliar por Stemphylium), Corynespora cassiicola (mancha de rodela), Nematospora coryli (mancha por levaduras), Phymatotrichum omnivorum (pudrición de la raíz del algodón), Alfamovirus (virus del mosaico de la alfalfa, AMV), Comovirus (virus del moteado de la vaina del frijol, BPMV), Potyvirus (virus del mosaico amarillo del frijol, BYMV), Bromovirus (virus del moteado clorótico del caupí, CCMV), Begomovirus (virus del mosaico amarillo del frijol de oro, MYMV), Potyvirus (virus del moteado del cacahuate, PeMoV), Potyvirus (virus de la raya del cacahuate, PStV), Cucumovirus (virus del achaparramiento del cacahuate, PSV), Caulimovirus (virus del moteado clorótico de la soya, SbCMV), Begomovirus (virus del enchinamiento foliar de la soya, SCLV), Luteovirus (virus del enanismo de la soya, SbDV), Potyvirus (virus del mosaico de la soya, SMV), Nepovirus (virus del achaparramiento severo de la soya, SSSV), Nepovirus (virus de la mancha anular del tabaco, TRSV), Bacillus subtilis (pudrición de la semilla por Bacillus), Pseudomonas savastonoi pv. glycinea (tizón bacteriano), Pseudomonas syringae subsp. syringae (enchinamiento foliar bacteriano), Xanthomonas axonopodis pv. glycines (pústula bacteriana) Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (mancha tostada bacteriana), Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, Ralstonia solanacearum (marchitez bacteriana), Pseudomonas syringae pv. tabaci (fuego silvestre), Aphis glycines (áfido de la soya), Heterodera glycines (nemátodo enquistado de la soya), Meloidogyne arenaria, Meloidogyne hapla, Meloidogyne incógnita, Meloidogyne javanica (nemátodo del nudo de la raíz), Hoplolaimus columbus, Hoplolaimus galeatus, Hoplolaimus magnistylus (nemátodo de lanceta), Pratylenchus spp. (nemátodo lesionador), Pratylenchus projectus, Pratylenchus tenuicaudatus (nemátodo sujetador), Rotylenchulus reniformis (nemátodo reniforme), Criconemella ornata (nemátodo de anillo), Hemicycliophora spp. (nemátodo de la vaina), Heliocotylenchus spp. (nemátodo espiral), Belonolainus gracilis, Belonolainus longicaudatus (nemátodo picador), Quinisulcius acutus, Tylenchorhynchus spp. (nemátodo del achaparramiento) y Paratrichodorus minor (nemátodo de la hernia de la raíz). 7.- El método de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado además porque dicho tejido se evalúa para resistencia, inmunidad o susceptibilidad a Phakopsora pachyrhizi, Phakopsora meibomiae (roya asiática de la soya), Colletotrichum truncatum, Colletotrichum dematium var. truncatum, Glomerella glycines (antracnosis de la soya), Phytophthora sojae (pudrición del tallo y la raíz por Phytophthora), Sclerotinia sclerotiorum (pudrición del tallo por Sclerotinia), Fusarium solani f. sp. glycines (síndrome de muerte repentina), Fusarium spp. (pudrición de la raíz por Fusarium), Macrophomina phaseolina (pudrición carbonosa), Septoria glycines (mancha parda), Pythium aphanidermatum, Pythium debaryanum, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Pythium myriotylum, Pythium torulosum (pudrición de la semilla por Pythium), Diaporthe phaseolorum var. sojae (tizón de la vaina), Phomopsis longicola (tizón del tallo), Phomopsis spp. (pudrición de la semilla por Phomopsis), Peronospora manshurica (mildiú), Rhizoctonia solani (pudrición del tallo y la raíz por Rhizoctonia, tizón aéreo por Rhizoctonia), Phialophora gregata (pudrición parda del tallo), Diaporthe phaseolorum var. caulivora (cáncer del tallo), Cercospora kikuchii (mancha púrpura de la semilla), Aiternaria sp. (mancha de rodela), Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), Sclerotium rolfsii (tizón meridional), Arkoola nigra (tizón negro foliar), Thielaviopsis basteóla (pudrición negra de la raíz), Choanephora infundibulifera, Choanephora trispora (tizón foliar por Choanephora), Leptosphaerulina trifolii (mancha foliar por Leptosphaerulina), Mycoleptodiscus terrestris (pudrición de la raíz por Mycoleptodiscus), Neocosmospora vasinfecta (pudrición del tallo por Neocosmospora), Phyllosticta sojicola (mancha foliar por Phyllostictá), Pyrenochaeta glycines (mancha foliar por Pyrenochaeta), Cylindrocladium crotalariae (pudrición roja de la corona), Dactuliochaeta glycines (pústula roja foliar), Spaceloma glycines (sarna), Stemphylium botryosum (tizón foliar por Stemphylium), Corynespora cassiicola (mancha de rodela), Nematospora coryli (mancha por levaduras), Phymatotrichum omnivorum (pudrición de la raíz del algodón), Alfamovirus (virus del mosaico de la alfalfa, AMV), Comovirus (virus del moteado de la vaina del frijol, BPMV), Potyvirus (virus del mosaico amarillo del frijol, BYMV), Bromovirus (virus del moteado clorótico del caupí, CCMV), Begomovirus (virus del mosaico amarillo del frijol de oro, MYMV), Potyvirus (virus del moteado del cacahuate, PeMoV), Potyvirus (virus de la raya del cacahuate, PStV), Cucumovirus (virus del achaparramiento del cacahuate, PSV), Caulimovirus (virus del moteado clorótico de la soya, SbCMV), Begomovirus (virus del enchinamiento foliar de la soya, SCLV), Luteovirus (virus del enanismo de la soya, SbDV), Potyvirus (virus del mosaico de la soya, SMV), Nepovirus (virus del achaparramiento severo de la soya, SSSV), Nepovirus (virus de la mancha anular del tabaco, TRSV), Bacillus subtilis (pudrición de la semilla por Bacillus), Pseudomonas savastonoi pv. glycinea (tizón bacteriano), Pseudomonas syringae subsp. syringae (enchinamiento foliar bacteriano), Xanthomonas axonopodis pv. glycines (pústula bacteriana) Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (mancha tostada bacteriana), Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, Ralstonia solanacearum (marchitez bacteriana), Pseudomonas syringae pv. tabaci (fuego silvestre), Aphis glycines (áfido de la soya), Heterodera glycines (nemátodo enquistado de la soya), Meloidogyne arenaria, Meloidogyne hapla, Meloidogyne incógnita, Meloidogyne javanica (nemátodo del nudo de la raíz), Hoplolaimus columbus, Hoplolaimus galeatus, Hoplolaimus magnistylus (nemátodo de lanceta), Pratylenchus spp. (nemátodo lesionador), Pratylenchus projectus, Pratylenchus tenuicaudatus (nemátodo sujetador), Rotylenchulus reniformis (nemátodo reniforme), Criconemella ornata (nemátodo de anillo), Hemicycliophora spp. (nemátodo de la vaina), Heliocotylenchus spp. (nemátodo espiral), Belonolainus gracilis, Belonolainus longicaudatus (nemátodo picador), Quinisulcius acutus, Tylenchorhynchus spp. (nemátodo del achaparramiento) y Paratrichodorus minor (nemátodo de la hernia de la raíz). 8. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicha planta de soya seleccionada se selecciona del grupo que consiste en Glycine arenaria, Glycine argyrea, Glycine canescens, Glycine clandestine, Glycine curvata, Glycine cyrtoloba, Glycine fálcate, Glycine latifolia, Glycine latrobeana, Glycine max, Glycine microphylla, Glycine pescadrensis, Glycine pindanica, Glycine rubiginosa, Glycine soja, Glycine sp., Glycine stenophita, Glycine tabacina y Glycine tomentella. 9. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicho medio comprende agua y nutrientes necesarios para sustentar la infección, mientras que no interfiere con el efecto de dichos loci de rasgos cuantitativos de resistencia a enfermedad. 10.- El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicha resistencia, inmunidad o susceptibilidad a enfermedades se selecciona del grupo que consiste en tolerancia a la infección por Phytophthora (pudrición de la raíz), resistencia a Fusarium solani f. sp. glycines (síndrome de muerte repentina), resistencia a Cercospora sojina (mancha foliar de ojo de rana), resistencia a Phialophora gegata (pudrición parda del tallo), resistencia a Sclerotinia (pudrición del tallo) y resistencia a la roya asiática de la soya (ASR). 1 1 .- El método de conformidad con la reivindicación 2, caracterizado además porque dicho locus de rasgo cuantitativo se selecciona del grupo que consiste en los loci 1 a 13 de resistencia a la ASR. 12. - El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicha planta de soya es una progenie de una cruza entre una planta de soya que comprende un locus de rasgo cuantitativo de resistencia a enfermedad deseable y una planta de soya de una línea élite. 13. - Una planta de soya seleccionada usando el método de la reivindicación 2. 14. - Una molécula de ADN aislada o recombinante seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NOs: 67 a 99. 15. - Un método para seleccionar una planta de soya resistente a la ASR, que comprende los pasos de: a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con el locus 1 de resistencia a la ASR, en donde dicha molécula marcadora se selecciona del grupo que consiste en NS0093250, NS0119710, NS0103004, NS0099454, NS0102630, NS0102915, NS0102913, NS0123728, NS0129943, NS0102168, NS0092723, NS0098177, NS0127343, NS0101121 , y cualquier molécula marcadora mapeada dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras; y c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. 16.- Un método para seleccionar una planta de soya resistente a la ASR, que comprende los pasos de: a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con el locus 3 de resistencia a la ASR, en donde dicha molécula marcadora se selecciona del grupo que consiste en NS0099746, NS0123747, NS0126598, NS0128378, NS0096829, NS0125408, NS0098902, NS0099529, NS0097798, NS0137477, NS0095322, NS0136101 , NS0098982, y cualquier molécula marcadora mapeada dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras; y c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. 17.- Un método para seleccionar una planta de soya resistente a la ASR, que comprende los pasos de: a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con los loci 5 a 9 de resistencia a la ASR, en donde dicha molécula marcadora se selecciona del grupo que consiste en NS0103033, y cualquier molécula marcadora mapeada dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras; y c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. 18. - Un método para seleccionar una planta de soya resistente a la ASR, que comprende los pasos de: a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con los loci 10 a 13 de resistencia a la ASR, en donde dicha molécula marcadora se selecciona del grupo que consiste en NS0124935, y cualquier molécula marcadora mapeada dentro de 10 centimorgans o menos de dichas moléculas marcadoras; y c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. 19. - Un método para seleccionar una planta de soya resistente a la ASR, que comprende los pasos de: a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con el locus 2 de resistencia a la ASR, en donde dichas moléculas marcadoras se seleccionan de una región que corresponde al grupo de ligamiento J o N; y c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. 20. - Un método para seleccionar una planta de soya resistente a la ASR, que comprende los pasos de: a) aislar ácidos nucleicos de una pluralidad de plantas de soya; b) detectar en dichos ácidos nucleicos aislados la presencia de una o más moléculas marcadoras asociadas con el locus 4 de resistencia a la ASR, en donde dichas moléculas marcadoras se seleccionan de una región que corresponde al grupo de ligamiento N; y c) seleccionar una planta de soya que comprenda dichas una o más moléculas marcadoras, seleccionando de esta manera una planta de soya resistente a la ASR. 21. - Una planta de soya resistente a la ASR seleccionada usando el método de cualquiera de las reivindicaciones 15 a 20. 22. - Una planta de soya que comprende por lo menos un locus de resistencia a la ASR introgresado seleccionado del grupo que consiste en los loci 5 a 13 de resistencia a la ASR. 23. - La planta de soya de conformidad con la reivindicación 22, caracterizada además porque dicho locus de resistencia a la ASR introgresado se origina de los accesos de soya enlistados en el cuadro 6. 24.- La planta de soya de conformidad con la reivindicación 22, caracterizada además porque comprende uno o más locus de resistencia a la ASR seleccionados del grupo que consiste en los loci 1 a 4 de resistencia a la ASR. 25. - La planta de soya de conformidad con la reivindicación 24, caracterizada además porque dichos loci 1 a 4 de resistencia a la ASR se originan de los accesos de soya enlistados en el cuadro 4. 26. - Una planta de soya que comprende un locus de rasgo cuantitativo introgresado, en donde dicho locus se origina del acceso Pl 200487 de la soya, y en donde dicho locus confiere un fenotipo de lenta resistencia a la roya.