KR20180104190A - 폐 질환의 동정, 평가, 예방 및 치료 방법과, 성별에 기초하는 질환의 동정, 평가, 예방 및 치료를 포함하는 상기 방법의 키트 - Google Patents

Abstract

본 발명은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환의 진단에 유용한 바이오마커 및 바이오마커들의 조합을 제공한다. 본 발명은 또한, 바이오마커 및 바이오마커들의 조합의 발현 정도에 기초하여, 폐 질환을 구별하는 방법, 치료를 모니터링하는 방법, 치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 바이오마커 및 바이오마커들의 조합을 검출하기 위한 시약을 포함하는 키트도 또한 제공된다.

Description

폐 질환의 동정, 평가, 예방 및 치료 방법과, 성별에 기초하는 질환의 동정, 평가, 예방 및 치료를 포함하는 상기 방법의 키트{METHODS OF IDENTIFICATION, ASSESSMENT, PREVENTION AND THERAPY OF LUNG DISEASES AND KITS THEREOF INCLUDING GENDER-BASED DISEASE IDENTIFICATION, ASSESSMENT, PREVENTION AND THERAPY}

(a) 본 발명의 기술

본 발명은 바이오마커를 이용한 폐 질환의 검출, 동정, 평가, 예방, 진단 및 치료 및 이의 키트에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 발명은 특정 바이오마커의 발현 수준을 측정하고 정량화함에 의한 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 진단에 관한 것이다. 본 발명은 또한 정상 집단에서 나타나는 수준과 상이한 수준으로 발현되는 것으로 나타날 때 인간 폐 조직 및 인간 호흡계와 관련된 병리를 표시하는, 인간 혈청 또는 기타 체액 내 존재하는 바이오마커의 동정에 관한 것이다. 이러한 병리와 관련된 바이오마커를 동정하고, 이 바이오마커의 발현 수준을 정량화하여, 그 발현 수준을 정상 개인의 혈청 내 존재하는 것으로 통상 예상되는 발현 수준과 비교함으로써, 간단한 혈액 검사를 통해 진행 중인 병리의 존재를 조기 검출하고 병리들을 구별하는 것이 가능하다.

(b) 관련 기술에 대한 설명

수백만 미국인들이 호흡계 병리, 예컨대 천식 및 폐암을 앓고 있다. 실제로, 미국 폐 협회(American Lung Association)

의 보고에 따르면 거의 2천만 미국인이 천식을 앓고 있다. 미국 암 학회(American Cancer Society, Inc.)는 2007년 한해 동안에만 호흡계의 새로운 암 환자가 229,400명이고, 호흡계 암 사망자가 164,840명인 것으로 추정하고 있다. 국부적 상태에서 암이 검출되는 경우, 모든 암 환자의 5년간 생존율은 46%인데 반해, 폐암 환자의 5년간 생존율은 겨우 13%이다. 이에 상응하여, 폐암의 단지 16%만이 그 질환이 확산되기 전에 발견된다. 폐암은 대체로 암 세포의 병리에 기초하여 2가지 주요 유형으로 분류된다. 각 유형은 암성으로 형질전환된 세포 유형에 따라 명명된다. 소세포 폐암은 인간 폐 조직의 소세포에서 유래되는 것인 반면, 비소세포 폐암은 대체로 소세포 유형이 아닌 모든 폐암을 포괄한다. 비소세포 폐암은 그 치료가 대체로 모든 비소세포 유형들에 대해 동일하기 때문에 한 군으로 분류된다. 이와 더불어, 비소세포 폐암, 즉 NSCLC는 전체 폐암의 약 75%를 차지한다.

폐암 환자의 생존율이 낮은 주요 인자는 폐암을 초기에 진단하는 것이 어렵다는 사실이다. 인간에서 폐암을 진단하거나 그 존재를 확인하는 현행 방법은 X 선, 컴퓨터 단층 촬영(CT: Computed Tomography) 스캔 및 종양 존재 유무를 물리적으로 확인하기 위한 폐의 유사 시험법에 제한된다. 따라서, 폐암 진단은 종종 상당한 기간 동안 존재하였고, 또한 물리적으로 검출가능한 질량이 생성되기에 충분한 시간 동안 상기 질환이 인간 내에 존재한 후의 증상에 대해서만 행해진다.

마찬가지로, 천식을 검출하는 현행 방법은 통상 반복적인 천명, 기침 및 흉부 압박감 등의 증상이 나타난 후, 오랜 시간 동안 수행된다. 천식 검출을 위한 현행 방법은 대체로 폐기능 검사, 예컨대 폐활량 측정법 또는 챌린지 시험법에 제한된다. 게다가, 이 시험법들은 의사가, 만성 폐색성 폐 질환(COPD: obstructive pulmonary disease), 기관지염, 폐렴 및 울혈성 심부전과 같은 다른 병리 또는 반응성 기도 질환을 제거하기 위한 다수의 다른 시험법과 함께 수행하기 위해 지시된다.

인간 폐 조직 병리를 발병 초기에 진단하기 위한, 간단하고 신뢰할 만한 방법이 당업계에 존재하지 않는다. 또한, 오늘날 특정 폐 조직 병리의 존재를 표시할 수 있는 이용가능한 혈액 시험법이 없다. 그러므로, 질환 진행 초기에 폐암의 존재를 결정하는 방법의 개발이 요망된다. 마찬가지로, 증상의 최초 출현 시에 천식 및 비소세포 폐암을 진단하고, 이들을 상호 간에 그리고 감염 등과 같은 다른 폐 질환과 구별하기 위한 방법을 개발하는 것도 요망된다. 또한, 상대적인 발현 강도의 관점에서 변경된 경우에 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환의 존재를 표시하는, 인간 혈액 내에 존재하는 특정 단백질을 동정하는 것이 요망된다.

발명의 개요

본 발명자들은 폐 질환, 예컨대 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 관련하여 대상의 생리학적 상태를 특징분석하는 데 유용한 다수의 바이오마커들을 동정해왔다. 이 바이오마커들이 표 1 내지 23에 제시되어 있다.

표 1A는 하나 이상의 폐 질환을 앓는 개체에서 측정할 때 정상 개체에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 1B는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓는 개체에서 측정할 때 정상 개체에서의 발현 수준과 상이하고 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환 간에 차등적 발현 수준을 보이는 것으로 나타나는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 1C는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓는 개체에서 측정할 때 정상 개체에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 2는 반응성 기도 질환을 앓는 개체에서 측정할 때 정상 개체에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 3은 비소세포 폐암을 앓는 개체에서 측정할 때 정상 개체에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 4는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 개체들 간에 측정할 때 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 5A는 하나 이상의 폐 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 5B는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이하고 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환 간에 차등적 발현 수준을 보이는 것으로 나타나는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 5C는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 6은 반응성 기도 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 7은 비소세포 폐암을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 8은 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 남성들 간에 측정할 때 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 9A는 하나 이상의 폐 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 9B는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이하고 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환 간에 차등적 발현 수준을 보이는 것으로 나타나는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 9C는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 10은 반응성 기도 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 11은 비소세포 폐암을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 12는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 여성들 간에 측정할 때 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 13A는 남성과 여성 반응성 기도 질환 집단 간에 유의적으로 상이한 발현을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 13B는 남성과 여성 반응성 기도 질환 집단 간에 유의적으로 상이하지 않은 발현을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 14A는 남성과 여성 비소세포 폐암 집단 간의 유의적으로 상이한 발현을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 14B는 남성 및 여성 비소세포 폐암 집단 간에 유의적으로 상이하지 않은 발현을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 15A는 정상 집단에 대해 형광 강도의 상대 표준 편차에 의해 분급된 바이오마커를 열거한다. 표 15B는 정상 여성 집단에 대한 형광 강도의 상대 표준 편차에 의해 분급된 바이오마커를 열거한다. 표 15C는 정상 남성 집단에 대한 형광 강도의 상대 표준 편차에 의해 분급된 바이오마커를 열거한다.

표 16A는 하나 이상의 폐 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 16B는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이하고 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환 간에 차등적 발현 수준을 보이는 것으로 나타나는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 16C는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 17은 반응성 기도 질환을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 18은 비소세포 폐암을 앓는 남성에서 측정할 때 정상 남성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 19는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 남성들 간에 측정할 때 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 20A는 하나 이상의 폐 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 20B는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이하고 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환 간에 차등적 발현 수준을 보이는 것으로 나타나는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 20C는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 21은 반응성 기도 질환을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 22는 비소세포 폐암을 앓는 여성에서 측정할 때 정상 여성에서의 발현 수준과 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 표 23은 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환을 앓는 여성들 간에 측정할 때 상이한 것으로 나타난 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다.

표 1 내지 15에 대한 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 결정하였다. 표 16 내지 23에 대한 유의도는 크루스칼-왈리스(Kruskal-Wallis) 방법을 이용하여 결정하였다.

서열 번호 1 내지 17을 포함하는 폴리펩티드는 하나 이상의 폐 질환에 따라 변화하는 것으로 나타난 발현을 가지는 부가적 바이오마커이다.

본 발명은 상기 바이오마커들의 동정에 의존하는, 각종 진단, 예후 및 치료 방법을 제공한다.

본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1 내지 12 또는 16 내지 23 중 임의의 수로부터의 표의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 폐 질환, 예컨대 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 표시하거나, 폐 질환, 예컨대 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 구별하는 것을 보조할 수 있음)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1 내지 12 또는 16 내지 23에 역시 나와 있는, 표 13B, 14B, 또는 15B로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 바람직하게 바이오마커는 표 1 내지 12 또는 16 내지 23의 바이오마커 번호 1 내지 10 중 하나 이상이며, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 폐 질환, 예컨대 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 대안적으로 또는 부가적으로, 상기 바이오마커의 일차 상호작용자의 발현 정도가 결정될 수 있다.

본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 서열 번호 12의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 서열 번호 12의 발현 정도는 폐 질환, 예컨대 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다.

본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 서열 번호 1 내지 17로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하는 단계, 및 표 1 내지 12 또는 16 내지 23으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 1 내지 12 또는 16 내지 23 중 임의의 수의 표로부터의 상기 하나 이상의 폴리펩티드 및 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도가 폐 질환, 예컨대 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다.

본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 2, 표 6, 표 10, 표 17 및 표 21로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 3, 표 7, 표 11, 표 18 또는 표 22로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암의 존재 또는 발생을 표시함)를 포함하는, 대상에서의 비소세포 폐암의 진단 방법을 제공한다.

본 발명은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환 중 하나 이상에 대한 위험 상태에 있는 대상의 생리학적 샘플 내, 표 4, 표 8, 표 12, 표 19 또는 표 23로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 4, 표 8, 표 12, 표 19 또는 표 23으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환에 대한 위험에 처할 가능성을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환에 대한 위험에 처할 가능성을 구별하는 것을 보조하는 진단 방법을 제공한다.

본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 상기 치료적 중재에 대한 반응을 예측하는 것을 보조함)를 포함하는, 대상이 치료적 중재에 반응할 가능성을 예측하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 대상의 생리학적 샘플 내 하나 이상의 바이오마커의 제1 발현 정도, 상기 제1 결정에 후속하여 대상의 생리학적 샘플 내 상기 하나 이상의 바이오마커의 제2 발현 정도를 결정하는 단계, 및 상기 제1 발현 정도와 상기 제2 발현 정도를 비교하는 단계를 포함하는, 대상의 모니터링 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계, 및 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 키트의 설계 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계, 상기 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 선택하는 단계, 및 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 상기 검출제를 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 키트의 설계 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커를 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 서열 번호 12로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 서열 번호 12로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드를 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하기 위한 수단, 및 (b) 표 1 내지 12 또는 표 16 내지 23 중 임의의 표로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드를 검출하기 위한 검출제, 및 (b) 표 1 내지 12 또는 표 16 내지 23 중 임의의 표로부터의 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 복수개의 상기 표들로부터의 바이오마커 및/또는 폴리펩티드를 포함하는 키트를 제공한다.

도 1A는 실시예 1로부터의 정상(NO) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 1B는 실시예 1로부터의 비소세포 폐암(LC) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 1C는 실시예 1로부터의 천식(AST) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 1D는 실시예 1로부터의 LC 집단 대 NO 집단, AST 집단 대 NO 집단, 및 LC 집단 대 AST 집단 내 각 바이오마커에 대한 형광 강도 평균의 변화율 %을 나타낸다.
도 1E는 실시예 1로부터의 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 LC 집단 대 NO 집단, AST 집단 대 NO 집단, 및 LC 집단 대 AST 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 평균 형광 강도 및 변화도(variability)를 비교함으로써 수득된 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 나타낸다.
도 2A는 실시예 2로부터의 정상(NO) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 2B는 실시예 2로부터의 비소세포 폐암(LC) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 2C는 실시예 2로부터의 천식(AST) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 2D는 실시예 2로부터의 LC 집단 대 NO 집단, AST 집단 대 NO 집단, 및 AST 집단 대 LC 집단 내 각 바이오마커에 대한 형광 강도 평균의 변화율 %을 나타낸다.
도 2E는 실시예 2로부터의 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 LC 집단 대 NO 집단, AST 집단 대 NO 집단, 및 AST 집단 대 LC 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 평균 형광 강도 및 변화도를 비교함으로써 수득된 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 나타낸다.
도 3A는 실시예 3으로부터의 정상(NO) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 3B는 실시예 3으로부터의 비소세포 폐암(LC) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 3C는 실시예 3으로부터의 천식(AST) 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 3D는 실시예 3으로부터의 AST 집단 대 NO 집단, LC 집단 대 NO 집단, AST 집단 대 LC 집단 내 각 바이오마커에 대한 형광 강도 평균의 변화율 %을 나타낸다.
도 3E는 실시예 3으로부터의 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 AST 집단 대 NO 집단, LC 집단 대 NO 집단, AST 집단 대 LC 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 평균 형광 강도 및 변화도를 비교함으로써 수득된 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 나타낸다.
도 4A는 실시예 3으로부터의 정상(NO) 여성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 4B는 실시예 3으로부터의 비소세포 폐암(LC) 여성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 4C는 실시예 3으로부터의 천식(AST) 여성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 4D는 실시예 3으로부터의 AST 집단 대 NO 여성 집단, LC 집단 대 NO 여성 집단, 및 AST 집단 대 LC 여성 집단 내 각 바이오마커에 대한 형광 강도 평균의 변화율 %을 나타낸다.
도 4E는 실시예 3으로부터의 여성 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 AST 집단 대 NO 여성 집단, LC 집단 대 NO 여성 집단, 및 AST 집단 대 LC 여성 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 평균 형광 강도 및 변화도를 비교함으로써 수득된 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 나타낸다.
도 5A는 실시예 3으로부터의 정상(NO) 남성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 5B는 실시예 3으로부터의 비소세포 폐암(LC) 남성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 5C는 실시예 3으로부터의 천식(AST) 남성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준, 및 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.
도 5D는 실시예 3으로부터의 AST 집단 대 NO 남성 집단, LC 집단 대 NO 남성 집단, 및 AST 집단 대 LC 남성 집단 내 각 바이오마커에 대한 형광 강도 평균의 변화율 %을 나타낸다.
도 5E는 실시예 3으로부터의 남성 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 AST 집단 대 NO 남성 집단, LC 집단 대 NO 남성 집단, 및 AST 집단 대 LC 남성 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 평균 형광 강도 및 변화도를 비교함으로써 수득된 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 나타낸다.
도 6A는 실시예 3으로부터의, AST 여성 집단과 대비한 AST 남성 집단, LC 여성 집단과 대비한 LC 남성 집단, 및 NO 여성 집단과 대비한 NO 남성 집단에서의 각 바이오마커의 형광 강도 평균의 변화율 %을 나타낸다.
도 6B는 실시예 3으로부터의 남성 및 여성 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 AST 남성 및 여성 집단, LC 남성 및 여성 집단, 및 NO 남성 및 여성 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 평균 형광 강도 및 변화도를 비교함으로써 수득된 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 나타낸다.
도 7A는 실시예 3의, LC 대 NO 여성 집단, AST 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단에서의 각 바이오마커의 평균 농도의 변화율 %을 나타낸다.
도 7B는 실시예 3의 여성 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 농도를 비교함으로써 산출한, 크루스칼-왈리스 시험과 연관된 확률을 나타낸다.
도 8A은 실시예 3의 LC 대 NO 남성 집단, AST 대 NO 남성 집단, 및 AST 대 LC 남성 집단에서의 각 바이오마커의 평균 농도의 변화율 %을 나타낸다.
도 8B은 실시예 3의 남성 집단들(여기에서, 비교 집단은 각기 AST 대 NO 남성 집단, LC 대 NO 남성 집단, 및 AST 대 LC 남성 집단임)에서의 각 바이오마커에 대해 측정한 농도를 비교함으로써 산출한, 크루스칼-왈리스 시험과 연관된 확률을 나타낸다.
도 9는 표 16B의 바이오마커들 간의 관계를 나타낸다.

본 발명은 성별에 기초하는 질환의 검출, 동정, 평가, 예방 및 진단 및 치료를 포함하는, 바이오마커를 이용한, 폐 질환의 각종 검출, 동정, 평가, 예방, 진단 및 치료 방법에 관한 것이다. 이 방법들은 변경된 발현이 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환(예를 들어, 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환 등)을 표시하는 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 수반한다. 본 발명은 또한 이 바이오마커들을 검출하기 위한 검출제, 또는 이 바이오마커들의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 각종 키트를 제공한다.

정의

본원에 사용되는 "바이오마커" 또는 "마커"는 생물계의 생리학적 상태의 특징적 표시자로서 객관적으로 측정되는 생물학적 분자이다. 본원 개시내용의 목적을 위해, 생물학적 분자에는 이온, 소분자, 펩티드, 단백질, 펩티드 및 번역후 변형을 가지는 단백질, 뉴클레오시드, 뉴클레오티드, 및 RNA 및 DNA를 비롯한 폴리뉴클레오티드, 당단백질, 지질단백질 및 이 유형들의 분자들의 각종 공유결합 및 비공유결합 변형태가 포함된다. 생물학적 분자에는 생물계의 특성에 고유하고/하거나 생물계의 기능에 필수적인 상기 실체들 중 임의의 것들이 포함된다. 대부분의 바이오마커는 폴리펩티드이나, 이는 또한 폴리펩티드로서 발현되는 유전자 산물의 번역전 형태를 나타내는 mRNA 또는 변형된 mRNA이어도 되거나, 혹은 폴리펩티드의 번역후 변형태를 포함해도 된다.

본원에 사용되는 "대상"은 임의의 동물을 의미하나, 바람직하게는 포유동물, 예컨대, 예를 들어 인간이다. 다수의 실시양태에서, 대상은 폐 질환을 앓거나 폐 질환을 앓을 위험 상태에 있는 인간 환자일 것이다.

본원에 사용되는 "생리학적 샘플"에는 체액 및 조직으로부터의 샘플이 포함된다. 체액에는 전혈, 혈액 혈장, 혈액 혈청, 가래, 소변, 땀, 림프 및 폐포 세정액이 포함된다. 조직 샘플에는 고형 폐 조직 또는 기타 고형 조직, 림프절 생검 조직, 전이점의 생검으로부터의 생검이 포함된다. 생리학적 샘플의 수득 방법이 공지되어 있다.

본원에 사용되는 "치료적 중재(therapeutic intervention)"에는 소분자 또는 거대분자, 방사능, 수술 또는 이들의 임의의 조합과 같은 1종 이상의 치료제의 투여가 포함된다.

본원에 사용되는 "검출제"에는 본원에 기재된 바이오마커를 특이적으로 검출하는 시약 및 시스템이 포함된다. 검출제에는 상기 기재된 바와 같은, 관심 샘플 내에 있을 수 있는 다른 마커로부터 특정 마커를 구별하기에 충분한, 그 특정 마커 또는 마커들에 대한 특이적 친화성을 가지는 시약, 예컨대 항체, 핵산, 프로브, 압타머, 렉틴 또는 기타 시약, 및 결합되거나 그 외 다른 방식으로 고정화된 리간드를 이용하는 센서를 비롯한, 센서 등의 시스템이 포함된다.

바이오마커의 동정

본 발명의 바이오마커는 2가지 방법을 이용하여 동정되었다. 첫 번째로, 비소세포 폐암 및/또는 천식을 표시하는 바이오마커는, 의사에 의해 확인되는, 각 병리를 가지는 것으로 진단된 집단 내지 병리를 가진 것으로 진단되지 않은 집단의 환자의 혈장 내 59개의 선택 바이오마커의 측정 발현 수준을 비교함으로써 동정되었다. 이 방법은 실시예 1 내지 3에 상세히 기술되어 있다.

두 번째로, 바이오마커는 질량 분석법을 이용하여 동정되었다. 비소세포 폐암 및/또는 천식을 표시하는 단백질은 다른 생리학적 상태들에 처한 환자들로부터 수득된 샘플의 트립신에 의한 펩티드 분해에 대한 질량 분광 데이터를 비교함으로써 동정되었다. 특히, 데이터는 단일 차원의 경시적으로 발현된 단편을 포함하는 펩티드 및 단백질의 유사(pseudo) 또는 양성자부가(protonated) 분자 이온 시그널의 강도를 그래픽으로 표시하여 나타내어지는 펩티드 단편의 질량이다. 수천개의 단백질의 발현 수준을 비교하였고, 그 결과 어떠한 폐 조직 병리도 진단되지 않은 집단, 의사에 의해 천식을 앓는 것으로 진단된 개체들의 집단, 및 의사에 의해 비소세포 폐암을 앓는 것으로 진단된 개체들의 집단 간의 강도가 실질적으로 상이하게 발현되는 17가지 단백질을 동정하였다. 이 방법은 실시예 6 및 7은 상세히 기술되어 있다.

일차 상호작용자

생명을 유지하는 데 필요한 세포 차원 및 유기체 차원의 생리학적 기능을 대부분을 촉진하고 조절하기 위해서는, 생물학적 분자들이 서로 상호작용해야 한다. 이들 상호작용은 일종의 소통으로 간주될 수 있다. 이 소통에서, 각종 생물학적 분자는 메시지로 간주될 수 있다. 이 분자들은 이들의 신호전달의 필요 부분으로서, 다른 유형의 생물학적 분자들을 비롯한 광범위한 목표물과 반드시 상호작용한다.

한 유형의 상호작용 분자는 통상 수용체로서 알려져 있다. 또 다른 유형의 직접적 분자간 상호작용은 효소에의 보조인자의 결합이다. 이들 분자간 상호작용은 세포 및 유기체의 필수적 생명 기능을 수행하고 조절하기 위해 상호 작용하는 신호전달 분자들의 네트워크를 형성한다. 본 발명의 특정 바이오마커는 특정 바이오마커의 수준과 동조하는(coordinated) 방식으로 증가 또는 감소하는 수준을 가지는 다른 바이오마커와 생리학적으로 연계되어 있다. 이 다른 바이오마커는 본 발명의 특정 바이오마커와 관련하여 "일차 상호작용자"로서 칭해진다.

"일차 상호작용자"는 한 특정 생물학적 분자와 직접적으로 상호작용하는 분자적 실체이다. 예를 들어, 약물 모르핀은 아편 수용체와 직접 상호작용하여, 궁극적으로 통증 지각을 감소시키게 된다. 따라서, 아편 수용체는 "일차 상호작용자"의 정의에 따라 일차 상호작용자이다. 일차 상호작용자에는 상기 바이오마커가 상호작용하게 되는 소통 경로에 있어 그 바이오마커에 대한 상향류 및 하향류로 직접 이웃하는 것들 모두가 포함한다. 이 실체에는 관계에 의해 연계되어 있을 수 있는 단백질, 핵산 및 소분자가 포괄되나, 직접적 (또는 간접적) 제어, 발현, 화학 반응, 분자 합성, 결합, 프로모터 결합, 단백질 변형 및 분자 수송에 국한되지 않는다. 동조하는 수준을 가지는 바이오마커의 군이 당업계 숙련가 및 생리학 및 분자생물학의 지식인에게 공지되어 있다. 실제로, 특정 바이오마커에 대한 일차 상호작용자가 당업계에 알려져 있고, 각종 데이터베이스 및 이용가능한 생물정보 소프트웨어, 예컨대 아리아드네 패쓰웨이 스튜디오(ARIADNE PATHWAY STUDIO), 엑스퍼시 프로테옥믹스 서버 클루코어 오믹스 익스플로러(ExPASY Proteomics Server Qlucore Omics Explorer), 프로테인 프로스펙터(Protein Prospector), PQuad, ChEMBL 등을 이용하여 찾아볼 수 있다(예를 들어, 아리아드네 패쓰웨이 스튜디오, 아리아드네 인코포레이티드(ARIADNE PATHWAY STUDIO, Ariadne, Inc.), <www.ariadne.genomics.com> 또는 ChEMBL 데이터베이스(ChEMBL Database), 유러피안 바이오인포매틱스 인스티튜트(European Bioinformatics Institute), 유러피안 몰레큘러 바이올로지 라보라토리(European Molecular Biology Laboratory), <www.ebi.ac.uk> 참조).

본 발명의 특정 바이오마커의 수준이 비정상(abnormal)인 경우, 특정 바이오마커와 동조하는 발현을 가지는 일차 상호작용자 바이오마커의 수준도 비정상이다. 그러므로, 특정 바이오마커의 수준이 비정상이라는 결정은 그것과 동조하는 일차 상호작용자의 수준을 측정함으로써 달성될 수 있다. 숙련가는 물론 특정 바이오마커 대신에 또는 그것에 부가하여 사용되는 일차 상호작용자의 수준이 특정 바이오마커의 거동과 일관된 확정되고 재현가능한 방식으로 변동하게 됨을 확인할 것이다.

본 발명은, 본원에 기재된 방법들 중 임의의 방법에 있어, 특정 바이오마커를 이용하여 수행되는 방법은 대안적으로 특정 바이오마커의 일차 상호작용자와 함께 수행될 수 있음을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 HGF의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하는, 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 이에 따라, 본 발명은 또한 HGF의 일차 상호작용자의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하는, 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. HGF 의 일차 상호작용자에는 실시예 12에 나타낸 것들이 포함되나 이들에 국한되지 않는다.

유의적 바이오마커를 나타내는 표

표 1A는 AST 대 NO 집단, LC 대 NO 집단, 및 AST 대 LC 집단 중 하나 이상의 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기 및 유의도에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 1A]

표 1B는 AST 대 NO 집단, LC 대 NO 집단, 및 AST 대 LC 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 1b]

표 1C는 AST 대 NO 집단, 및 LC 대 NO 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 1c]

표 2는 AST 대 NO 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 2]

표 3은 LC 대 NO 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 3]

표 4는 ASL 대 LC 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 4]

표 5A는 AST 대 NO 남성 집단, LC 대 NO 남성 집단, 및 AST 대 LC 남성 집단 중 하나 이상 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기 및 유의도에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 5A]

표 5B는 AST 대 NO 남성 집단, LC 대 NO 남성 집단, 및 AST 대 LC 남성 집단 간에 갖는 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 5B]

표 5C는 AST 대 NO 남성 집단, 및 LC 대 NO 남성 집단 간에 유의적 또는 한계적 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 5C]

표 6은 AST 대 NO 남성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 6]

표 7은 LC 대 NO 남성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 7]

표 8은 AST 대 LC 남성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 8]

표 9A는 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단 중 하나 이상 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기 및 유의도에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 9A]

표 9B는 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 9B]

표 9C는 AST 대 NO 여성 집단, 및 LC 대 NO 여성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 9C]

표 10은 AST 대 NO 여성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 10]

표 11은 LC 대 NO 여성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 11]

표 12는 AST 대 LC 여성 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 12]

표 13A는 남성 및 여성 AST 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 13A]

표 13B는 남성 및 여성 AST 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 13B]

표 14A는 남성 및 여성 LC 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 14A]

표 14B는 남성 및 여성 LC 집단 간에 유의적이거나 한계적으로 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 스튜던트 t 테스트를 이용하여 실시예 1 내지 3에 나와 있는 바대로 결정되었다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 14B]

표 15A는 정상 집단에 대한 형광 강도의 상대 표준 편차에 의해 오름순으로 분급된 바이오마커를 열거한다.

[표 15A]

표 15B는 정상 여성 집단에 대한 형광 강도의 상대 표준 편차에 의해 오름순으로 분급된 바이오마커를 열거한다.

[표 15B]

표 15C는 정상 남성 집단에 대한 형광 강도의 상대 표준 편차에 의해 오름순으로 분급된 바이오마커를 열거한다.

[표 15C]

표 16A는 AST 대 NO 남성 집단, LC 대 NO 남성 집단, 및 AST 대 LC 남성 집단 중 하나 이상 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기 및 유의도에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 16A]

표 16B는 AST 대 NO 남성 집단, LC 대 NO 남성 집단, 및 AST 대 LC 남성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 16B]

표 16C는 AST 대 NO 남성 집단, 및 LC 대 NO 남성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 16C]

표 17은 AST 대 NO 남성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 17]

표 18은 LC 대 NO 남성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 18]

표 19는 AST 대 LC 남성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 19]

표 20A는 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단 중 하나 이상 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기 및 유의도에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 20A]

표 20B는 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 20B]

표 20C는 AST 대 NO 여성 집단, 및 LC 대 NO 여성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 20C]

표 21은 AST 대 NO 여성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 21]

표 22는 LC 대 NO 여성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되지 않는다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 22]

표 23은 AST 대 LC 여성 집단 간에 유의적인 차이를 갖는 발현 수준을 가지는 바이오마커를 열거한다. 유의도는 크루스칼-왈리스 방법을 이용하여 실시예 4에 나와 있는 바대로 결정되었다. 한계적으로 유의적인 바이오마커는 포함되어 있지 않다. 마커는 형광 강도 차이의 크기에 준하여 내림순으로 열거되어 있다.

[표 23]

발현 정도의 결정

발현 정도는 일반적으로 전형적으로 단백질 또는 폴리펩티드인 발현 산물의 정량적 측정에 관한 것이다. 본 발명은 RNA(번역전) 또는 단백질 수준(번역후 변형을 포함할 수 있음)에서 발현 정도를 결정하는 것을 고려한다. 특히, 본 발명은 전사, 번역, 전사후 변형의 수준, 또는 단백질 분해의 정도 또는 수준의 증가 또는 감소(이 변화는 한 특정 질환 상태 또는 질환 진행과 연관됨)에 반영되는 바이오마커 농도의 변화를 결정하는 것을 고려한다.

샘플은 대상 내 발현 정도가 샘플 내 상기 바이오마커의 농도에 비례하는 것을 입증하기 위해 수집된다. 측정값이 샘플 내 바이오마커의 농도에 비례하도록 측정을 행한다. 따라서, 측정값은 발현 정도에 비례한다. 상기 요건을 충족하는 샘플링 기법 및 측정 기법의 선택은 당업계 기술 내에 속한다.

전형적으로, 폐 질환을 표시하는 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 정상 개체에서의 평균 발현 수준과 통계학적으로 유의적인 정도로 차이가 있는 하나 이상의 바이오마커의 수준이고; 즉, 하나 이상의 바이오마커는 정상적인 것과 통계학적으로 편차를 가진다. 통계학적 유의도 및 편차는 집단들의 평균을 비교하거나 집단에 대한 평균 값에 대해 측정 값을 비교하는 임의의 공지법을 이용하여 결정될 수 있다. 그러한 방법에는 함께 고려되는 단일 및 다수 마커에 대한 스튜던트 t 테스트, 분산 분석(ANOVA) 등이 포함된다.

발현 정도를 결정하는 것에 대안적으로 또는 그와 조합하여, 본원에 기재된 방법은 바이오마커의 수준이 정상 수준(예를 들어, 범위) 내에 속하는지 또는 정상 수준에 벗어나는지(즉, 비정상)를 결정하는 단계를 수반한다. 생리학적 샘플 내 생물학적 분자의 수준을 측정하는 자는 통상적으로, 전형적으로 특정 실험실에 의해 결정되는 값의 정상 범위로 기재되는, 그 측정자들이 규칙적으로 측정하는 집단에서의 특정 바이오마커의 정상 수준을 결정한다. 따라서, 숙련가는 당연히 특정 바이오마커의 정상 수준에 익숙하고, 바이오마커의 수준이 정상 수준 또는 범위 외에 있는지의 여부를 결정할 수 있다.

더욱 전형적으로, 폐 질환을 표시하는 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 폐 질환의 진단, 예후 및/또는 평가가 결정되도록 하는 정상 개체에서의 평균 발현 수준과 분석적으로 유의적인 차이가 있도록 하기에 충분한 크기의 차이도 있는 하나 이상의 바이오마커의 수준이다. 당업계의 숙련가는 보다 큰 크기의 차이가 폐 질환의 진단, 예후 및/또는 평가를 보조하는 데 보다 바람직하다는 것을 이해한다. 문헌[Instrumental Methods of Analysis, Seventh Edition, 1988]을 참조한다.

정상 대상에 의해 발현되는 다수의 단백질은 질환 또는 증상, 예컨대 비소세포 폐암 또는 천식을 앓는 대상에 보다 큰 정도로 또는 보다 적은 정도로 발현될 것이다. 당업계의 숙련가는 대부분의 질환이 다수의 상이한 바이오마커에 있어 변화를 나타남을 인지할 것이다. 이에 따라, 질환은 복수개의 마커들의 발현 패턴에 의해 특징분석될 수 있다. 실제로, 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴의 변화는 각종 진단 및 예후 방법 및 모니터링, 치료 선택 및 환자 평가 방법에 사용될 수 있다. 본 발명은 그러한 방법들을 제공한다. 이 방법들은 임의의 적당한 패턴 인식 기법에 의해 특징분석하는, 한 특정 생리학적 상태에 대한 복수개의 마커들의 발현 패턴을 결정하는 단계 또는 생리학적 상태의 변화와 상관된 상기 패턴을 결정하는 단계를 포함할 수 있다.

발현 정도를 결정하는 다수의 방법들이 당업계에 알려져 있다. 발현을 결정하는 수단에는 방사능-면역검정법, 효소 결합 면역흡수검정법(ELISA), 가시광선 또는 자외선 흡광을 통한 방사측정 또는 분광측정 검출을 이용한 고압 액체 크로마토그래피, 질량분광 정성 및 정량 분석, 웨스턴 블로팅(western blotting), 방사능활성, 형광 또는 화학발광 프로브 또는 핵의 검출 수단에 의한 정량적 가시화를 이용한 1 또는 2차원 겔 전기영동, 흡수 또는 형광 광도측정을 이용한 항체 기재 검출, 임의의 다수 화학발광 리포터 시스템의 발광에 의한 정량, 효소 검정법, 면역침전 또는 면역포획 검정법, 고상 및 액상 면역검정법, 단백질 어레이 또는 칩, DNA 어레이 또는 칩, 플레이트 검정법, 압타머 및 분자 임프린트 중합체와 같은 구별을 가능하게 하는 결합 친화성을 가지는 분자를 이용하는 검정법, 및 임의의 다른 적당한 기법, 기술된 검출 기법들 중 임의의 기법에 의한 기기 작동 또는 기기장치에 의한 바이오마커의 농도의 임의의 기타 정량적 분석 결정법들이 포함되나 이들에 국한되지 않는다.

발현 정도를 결정하는 단계는 당업계에 공지된 임의의 발현 결정 수단, 특히 본원에 논의되는 수단에 의해 수행될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 발현 정도를 결정하는 단계는 항체를 이용하여 면역검정법을 수행하는 것을 포함한다.

결정을 위한 바이오마커의 선택

당업계의 숙련가는 본 발명에 사용하기 위한 적절한 항체를 용이하게 선택할 수 있을 것이다. 선택된 항체는 바람직하게 관심 항원에 대해 선택적이고, 상기 항원에 대한 높은 결합 특이성을 가지며, 다른 항원과의 최소의 교차 반응성을 가진다. 관심 항원에 결합하는 항체의 능력은 예를 들어 효소 결합 면역흡수 검정법(ELISA), 유세포 분석법 및 면역조직화학법과 같은 공지된 방법에 의해 결정될 수 있다. 바람직하게, 항체가 결합하는 관심 항원은 건강한 환자로부터 취한 세포 또는 생물학적 샘플과 대조적으로, 질환을 앓는 환자로부터 취한 세포 또는 생물학적 샘플에 차등 존재한다. 상이한 집단 내의 항원의 차등적 존재는 각 관심 집단들(예를 들어, 질환을 앓는 집단 대 건강한 집단)로부터 취한 샘플에 대한 항체의 결합을 비교함으로써 결정될 수 있다. 예를 들어, 실시예 1 내지 4; 및 도 1 내지 8를 참조한다. 예를 들어, 관심 항원은 비암 세포에서보다 암 세포에서 더 높은 수준으로 발현되는 것으로 결정될 수 있다. 예를 들어, 실시예 1 내지 4; 및 도 1 내지 8을 참조한다. 또한, 항체는 관심 항원에 대한 비교적 높은 결합 특이성을 가져야 한다. 항체의 결합 특이성은 면역침전 또는 시험관내 결합 검정법, 예컨대 방사능면역검정법(RIA) 또는 ELISA와 같은 공지된 방법에 의해 결정될 수 있다. 높은 결합 특이성 및 최소의 교차반응성으로 관심 항원에 결합할 수 있는 항체를 선택하는 방법의 개시내용이 예를 들어 본원에 전문이 참조 인용되는 미국 특허 제7,288,249호에 제공된다.

본 발명은 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하는 각종 방법들을 제공한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 표 1 내지 14 또는 16 내지 23 중 임의의 수의 표로부터의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 표 1 내지 14 및 16 내지 23 내의 바이오마커는 일반적으로 발현 정도의 내림순으로 열거되어 있다. 이 표들의 상단에 가까이에 있는 바이오마커일수록 일반적으로 더 큰 감도를 나타낸다(예를 들어, 보다 낮은 수준에서 차이를 검출한다). 그러한 바이오마커의 사용은 질환 상태들을 구별하는 것을 보조한다. 표 15 내의 바이오마커들은 형광 강도의 상대 표준 편차에 기초하여 오름순으로 열거되어 있다. 표 15의 상단에 가까이에 있는 바이오마커일수록 이 역시 일반적으로 질환 상태의 존재로 인해 다른 분산보다 더 낮은 분산에 기인하여 더욱 민감하다. 특히, 이 바이오마커들은 전체 변화도가 보다 낮고, 이에 따라 정상 개체 내 발현 정도와 대비하여, 질환을 앓는 개체의 발현 정도를 비교할 때, 배경 노이즈를 감소시키는 데 도움이 된다.

궁극적으로, 바람직한 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 20, 또는 표가 20개 미만을 포함하는 경우에는 바이오마커의 전 목록의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 이 방식은 바이오마커 번호 1 내지 10, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 8, 더욱 더 바람직하게 바이오마커 번호 1 내지 6, 가장 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 4, 또는 이 군들 중 임의의 군 내의 바이오마커의 서브세트의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 한 특정 표의 임의의 바이오마커들의 조합의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록)으로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 8로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 더욱 더 바람직하게 바이오마커 번호 1 내지 6으로부터의 임의의 바이오마커들의 조합, 가장 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 4로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 또는 이 군들 중 임의의 군 내의 바이오마커의 서브세트의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 한 바람직한 방식에서, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 3개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 4개, 5개, 6개 또는 7개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 15 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 물론, 숙련가는 관심 질환과의 관련 여부와 상관없이 다른 바이오마커의 발현 정도를 동시에 결정하는 것도 본 발명의 고려 사항 내에 속하는 것임을 인지할 것이다.

복수개의 바이오마커들에 대한 발현 수준의 결정으로, 발현의 변화 패턴이 용이하게 관찰하게 되고, 그러한 패턴에 의해 개별 바이오마커의 검출보다 더욱 민감하고 더욱 정확한 진단이 제공된다. 예를 들어, 변화 패턴은 비정상 수준으로 동시에 발현되는 복수개의 특정 바이오마커를 포함할 것이다. 변화 패턴은 또한 다른 특정 바이오마커의 비정상 감소와 동시에 일부 특정 바이오마커의 비정상 상승도 포함할 수 있다. 숙련가는 본원에 첨부된 도면에 제시된 데이터에서 상기 패턴을 관찰할 것이다(하기 실시예 4에서의 논의를 참조한다). 그러한 결정은 다중화 면역검정법과 같은 다중 또는 매트릭스형 포맷으로 수행될 수 있다.

또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 2개 이상의 표(예를 들어, 표 2 및 표 3)로부터의 바이오마커들 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록) 및 또 다른 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록), 바람직하게는 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 10, 더욱 바람직하게는 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 더욱 더 바람직하게 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 가장 바람직하게는 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 4, 또는 이 군들 중 임의의 군 내의 바이오마커의 서브세트의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 한 특정 표 또는 또 다른 표의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록)로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합 및 또 다른 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록)로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 바람직하게는 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 10로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 더욱 바람직하게는 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 8로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 더욱 더 바람직하게 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 6으로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 가장 바람직하게는 하나의 표 또는 양자 모두의 표의 바이오마커 번호 1 내지 4로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 또는 이 군들 중 임의의 군 내의 바이오마커의 서브세트의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 한 표의 복수개의 바이오마커(들)는 다른 표들 중 어느 것에도 존재하지 않는다. 한 바람직한 방식에서, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20로부터 선택되는 3개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것 및 또 다른 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20로부터 선택되는 3개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 4개, 5개, 6개 또는 7개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것 및 또 다른 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 4개, 5개, 6개 또는 7개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 상기 방법은 한 특정 표의 바이오마커 번호 1 내지 15 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것 및 또 다른 표의 바이오마커 번호 1 내지 15 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 물론, 관심 질환과의 관련 여부와 상관없이 다른 바이오마커의 발현 정도를 동시에 결정하는 것도 본 발명의 고려 사항 내에 속하는 것임을 인지할 것이다.

동일 유형의 조합이 3개 이상의 다른 표(예를 들어, 표 2, 표 3 및 표 4)로부터의 바이오마커들 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함할 때 적용가능하다는 것이 이해될 것이다. 예를 들어, 한 실시양태에서, 상기 방법은 첫 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록)로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 두 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만인 경우 최대 목록)로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 및 세 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 20 (또는 20개 미만이 있는 경우에는 최대 목록)로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 바람직하게는 각 표의 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 더욱 바람직하게는 각 표의 바이오마커 번호 1 내지 8로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 더욱 더 바람직하게 각 표의 바이오마커 번호 1 내지 6으로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합, 가장 바람직하게는 각 표의 바이오마커 번호 1 내지 4로부터의 복수개의 바이오마커들의 임의의 조합의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 한 바람직한 방식에서, 상기 방법은 첫 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20로부터 선택되는 3개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것, 두 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20로부터 선택되는 3개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것, 및 세 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 6, 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20로부터 선택되는 3개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 상기 방법은 첫 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 4개, 5개, 6개 또는 7개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것, 두 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 4개, 5개, 6개 또는 7개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것, 및 세 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 8, 1 내지 10, 1 내지 15, 또는 1 내지 20으로부터 선택되는 4개, 5개, 6개 또는 7개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 대안적으로, 상기 방법은 첫 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 15 또는 1 내지 20으로부터의 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것, 두 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 15 또는 1 내지 20으로부터의 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것, 및 세 번째 표의 바이오마커 번호 1 내지 15 또는 1 내지 20으로부터의 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개의 바이오마커들의 한 특정 서브세트 중 임의의 것의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 물론, 관심 질환과의 관련 여부와 상관없이 다른 바이오마커의 발현 정도를 동시에 결정하는 것도 본 발명의 고려 사항 내에 속하는 것임을 인지할 것이다.

복수개의 바이오마커들에 대한 발현 수준의 결정으로 발현의 변화 패턴이 용이하게 관찰하게 되고, 그러한 패턴에 의해 개별 바이오마커의 검출보다 더욱 민감하고 더욱 정확한 진단이 제공된다. 이 결정은 다중화 면역검정법과 같은 다중 또는 매트릭스형 포맷으로 수행될 수 있다.

다른 실시양태에서, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 또는 40 이하의 발현 정도가 결정된다.

진단 또는 예후 검정법에 사용하기 위한 바이오마커의 선택은 특정 바이오마커와 이의 일차 상호작용자 간의 공지된 관계를 이용하여 용이하게 될 수 있다. 본 발명자들에 의해 동정된 바이오마커들(표 1 내지 23 참조) 중 모두는 아니라도 다수가 세포 또는 유기체의 각종 소통 경로에 관여한다. 정상으로부터의 소통 경로의 한 성분의 편차는 소통 경로의 다른 구성원의 관련 편차에 동반될 것으로 예상된다. 숙련된 연구가는 각종 데이터베이스 및 이용가능한 생물정보 소프트웨어(예를 들어, ARIADNE PATHWAY STUDIO, Ariadne, Inc., <www.ariadne.genomics.com> 또는 ChEMBL Database, European Bioinformatics Institute, European Molecular Biology Laboratory, <www.ebi.ac.uk> 참조)를 이용하여 소통 경로의 구성원들을 바로 연결할 수 있다. 복수개의 바이오마커들이 복수개의 다른 바이오마커들과 동일한 소통 경로에 속하지 않는 일부 바이오마커를 포함하는 경우에 복수개의 바이오마커들의 수준이 비정상인지의 여부를 결정함에 기초하는 진단 방법은, 바이오마커 수준을 측정함으로써 수집된 정보를 최대화하기 쉽다.

상기 논의된 각종 바이오마커들의 조합은 본원에 기재된 키트의 설계 방법 및 키트에도 적용가능하다는 것도 또한 이해될 것이다.

마커의 특정 서브세트를 선택하기 위한 우선사항을 비롯한 상기 논의된 선택 기준이, 특정 방법과 관련된 표에 대해 본원에 기재된 방법들 중 임의의 방법에 이용될 수 있음을 인지할 것이다.

생리학적 특징분석의 방법

본 발명은 하기 각종 집단들 내 개체의 생리학적 특징분석 방법에 관한 것이다. 본원에 사용되는, 본 발명의 방법에 따른 생리학적 특징분석 방법에는, 특정 질환을 진단하는 방법, 개체가 치료적 중재에 반응에 반응할 가능성을 예측하는 방법, 치료적 중재에 대한 개체의 반응을 모니터링하는 방법, 개체가 개별 질환에 대한 위험 상태에 있는지의 여부를 결정하는 방법, 한 특정 질환에 대한 위험도를 결정하는 방법, 환자의 질환 중증도를 결정하는 방법, 및 공통된 일부 증상을 가지는 질환들을 구별하는 방법이 포함된다. 일반적으로, 이 방법들은 상기 기재된 바와 같이 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계에 의존한다.

A. 일반 집단

본 발명은 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암과 같은 폐 질환을 표시하고, 반응성 기도 질환과 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 표 1B로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암과 같은 폐 질환을 표시하고, 반응성 기도 질환과 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조함)를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 표 1C로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암과 같은 폐 질환을 표시함)를 포함한다.

또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 서열 번호 12의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 서열 번호 12 및 서열 번호 1 내지 11 및 13 내지 17 중 어느 하나의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 생리학적 상태 또는 증상, 또는 질환 상태(예를 들어, 비소세포 폐암의 단계) 또는 증상의 변화와 상관됨)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 표 1A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조한다. 바람직하게, 복수개의 바이오마커들은 실시예들에서 계산된 바와 같이 스튜던트 t의 값에 기초한 잘못된 패턴 분류의 낮은 확률에 기초하여 선택된다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 표 1A로부터의 바이오마커의 발현 패턴은 대상이 한 특정 질환 또는 증상을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 더욱 바람직한 실시양태에서, 대상 내, 표 1A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 방법은, 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환(예를 들어, 천식)이 진행되고 있거나, 그 질환을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가를 검출한다. 발현 패턴은 당업계에 공지된 임의의 패턴 인식 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 1A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다.

본 발명은 또한 대상의 생리학적 샘플 내, 서열 번호 12의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 서열 번호 12의 발현 정도는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 폐 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 한 바람직한 실시양태에서, 서열 번호 12, 및 서열 번호 1 내지 11 및 13 내지 17 중 어느 하나의 복수개의 마커들의 발현 패턴이 본원에 기재된 바와 같이 결정되어 사용된다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 (a) 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; (b) 상기 대상 내 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하는 단계, 및 (c) 상기 대상 내, 표 1A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 1A로부터의 폴리펩티드 및 바이오마커 모두의 발현 정도는 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 폐 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 실시양태에서, 서열 번호 1 내지 17의 복수개의 마커들 및 표 1A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴은 본원에 기재된 바와 같이 결정되어 사용된다.

한 실시양태에서, 대상은 비소세포 암 또는 반응성 기도 질환(예를 들어, 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환 등)의 폐 질환의 위험 상태에 있다. "위험 상태에 있는" 대상에는 증상은 없으나, 개인력 또는 가족력, 거동, 질환 유발제(예를 들어, 카르시노겐)에의 노출 또는 몇가지 다른 이유로 인해 그 질환이 발생할 가능성이 집단 대다수보다 큰 개체가 포함된다. "위험 상태에 있는" 개체는 종래 그 개체에 대해 결정된 위험 인자들을 취합함으로써 확인되어 왔다. 본 발명은 관련 바이오마커의 발현 정도를 결정함에 의한, "위험 상태에 있는" 개체의 증진된 검출을 제공한다. 한 실시양태에서, 질환과 관련된 특정 바이오마커(특히 표 2 또는 표 3으로부터의 바이오마커)의 수준을 개체에 대해 결정하고, 정상 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 (질환에 적절한 대로 표 2 또는 표 3으로부터의) 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 위험이 더 크다는 것을 표시한다.

상기 기재된 실시양태들은 표 1A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 1A의 바이오마커가 표 1B 또는 1C의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다. 또한, 이 특정 방법들에서 결정되는 복수개의 바이오마커들이 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

B. 남성 집단

본 발명은 남성 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 본 발명은 상기 남성 대상으로부터 샘플을 수득하는 단계, 및 남성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 5A 또는 16A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암과 같은 폐 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환과 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 남성 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 표 5B 또는 16B로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 표시하거나, 반응성 기도 질환과 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조함)를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 표 5C 또는 16C로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 표시함)를 포함한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 남성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 5A 또는 16A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 생리학적 상태 또는 증상, 또는 질환 상태(예를 들어, 비소세포 폐암의 단계) 또는 증상의 변화와 상관됨)를 포함하는, 남성 대상 내 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 표 5A 또는 16A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조한다. 바람직하게, 복수개의 바이오마커들은 실시예들에서 계산된 바와 같이 스튜던트 t의 값에 기초한 잘못된 패턴 분류의 낮은 확률에 기초하여 선택된다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 표 5A 또는 16A로부터의 바이오마커의 발현 패턴은 남성 대상이 한 특정 질환 또는 증상을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 더욱 바람직한 실시양태에서, 남성 대상 내, 표 5A 또는 16A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 방법은, 남성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환(예를 들어, 천식)이 진행되고 있거나, 그 질환을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가를 검출한다. 발현 패턴은 당업계에 공지된 임의의 패턴 인식 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 5A 또는 16A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 (a) 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; (b) 상기 대상 내 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하는 단계; 및 (c) 상기 대상 내, 표 5A 또는 16A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 5A 또는 16A로부터의 폴리펩티드 및 바이오마커 모두의 발현 정도는 비소세포 세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 폐 질환을 표시함)를 포함하는, 남성 대상 내 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 실시양태에서, 서열 번호 1 내지 17의 복수개의 마커들 및 표 5A 또는 16A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴은 본원에 기재된 바와 같이 결정되어 사용된다.

한 실시양태에서, 남성 대상은 비소세포 암 또는 반응성 기도 질환(예를 들어, 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환 등)의 폐 질환에 대한 위험 상태에 있다. "위험 상태에 있는" 대상에 및 개체는 상기 논의되어 있다. 한 실시양태에서, 질환과 관련된 특정 바이오마커(특히 표 6, 7, 17 또는 18로부터의 바이오마커)의 수준을 남성 개체에 대해 결정하고, 정상 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 남성 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 (질환에 적절한 대로 표 6, 7, 17 또는 18로부터의) 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 위험이 더 크다는 것을 표시한다.

상기 기재된 실시양태들은 표 5A 또는 16A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 5A의 바이오마커가 표 5B 또는 5C의 바이오마커로 치환될 수 있고, 표 16A의 바이오마커가 표 16B 또는 16C의 바이오마커가 치환될 수 있음을 인지한다. 또한, 이 특정 방법들에서 결정되는 복수개의 바이오마커들이 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

C. 여성 집단

본 발명은 여성 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 본 발명은 상기 여성 대상으로부터 샘플을 수득하는 단계, 및 여성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 9A 또는 20A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암과 같은 폐 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환과 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 여성 대상에서의 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 표 9B 또는 20B로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 표시하거나, 반응성 기도 질환과 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조함)를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 표 9C 또는 20C로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 표시함)를 포함한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 여성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 9A 또는 20A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 생리학적 상태 또는 증상, 또는 질환 상태(예를 들어, 비소세포 폐암의 단계) 또는 증상의 변화와 상관됨)를 포함하는, 여성 대상 내 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 표 9A 또는 20A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환 또는 비소세포 폐암을 구별하는 것을 보조한다. 바람직하게, 복수개의 바이오마커들은 실시예들에서 계산된 바와 같이 스튜던트 t의 값에 기초한 잘못된 패턴 분류의 낮은 확률에 기초하여 선택된다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 표 9A 또는 20A로부터의 바이오마커의 발현 패턴은 여성 대상이 한 특정 질환 또는 증상을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 더욱 바람직한 실시양태에서, 여성 대상 내, 표 9A 또는 20A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 방법은, 여성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환과 같은 폐 질환(예를 들어, 천식)이 진행되고 있거나, 그 질환을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가를 검출한다. 발현 패턴은 당업계에 공지된 임의의 패턴 인식 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 9A 또는 20A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 (a) 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; (b) 상기 대상 내 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하는 단계; 및 (c) 상기 대상 내, 표 9A 또는 20A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 9A 또는 20A로부터의 폴리펩티드 및 바이오마커 모두의 발현 정도는 비소세포 세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 폐 질환을 표시함)를 포함하는, 여성 대상 내 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 또 다른 실시양태에서, 서열 번호 1 내지 17의 복수개의 마커들 및 표 9A 또는 20A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 패턴은 본원에 기재된 바와 같이 결정되어 사용된다.

한 실시양태에서, 여성 대상은 비소세포 암 또는 반응성 기도 질환(예를 들어, 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환 등)의 폐 질환에 대한 위험 상태에 있다. "위험 상태에 있는" 대상에 및 개체는 상기 논의되어 있다. 한 실시양태에서, 질환과 관련된 특정 바이오마커(특히 표 10, 11, 21, 또는 22로부터의 바이오마커)의 수준을 여성 개체에 대해 결정하고, 정상 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 여성 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 (질환에 적절한 대로 표 10, 11, 21, 또는 22로부터의) 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 위험이 더 크다는 것을 표시한다.

상기 기재된 실시양태들은 표 9A 또는 20A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 9A의 바이오마커가 표 9B 또는 9C의 바이오마커로 치환될 수 있고, 표 9A의 바이오마커가 표 20B 또는 20C의 바이오마커가 치환될 수 있음을 인지한다. 또한, 이 특정 방법들에서 결정되는 복수개의 바이오마커들이 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

폐 질환

본 발명은 폐 질환에 대한 진단 및 예후 방법들을 제공한다. 특히, 본 발명은 반응성 기도 질환, 및 특히 반응성 TH₂ 및 TH₁₇ 세포와 관련된 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 반응성 기도 질환에는 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환, 알레르기성 비염, 낭포성 섬유증, 기관지염, 또는 각종 생리학적 및/또는 환경적 자극에 대한 과반응성을 나타내는 기타 질환들이 포함된다. 특히, 본 발명은 천식 및 만성 폐쇄성 폐 질환을 진단하는 방법, 더욱 특히 천식을 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다. 이 방법들은 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 바이오마커(들)는 비소세포 폐암의 존재 또는 발생을 표시함)를 포함한다. 예를 들어, 본원에 기재된 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암의 진행 정도, 전암성 병변의 존재, 또는 비소세포 폐암의 단계를 결정하는 데 사용될 수 있다.

특별한 실시양태에서, 대상은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 상기 개체들로부터 선택된다. 증상에는 기침, 숨이 참, 쌕쌕거림, 흉부 통증 및 객혈; 팔 바깥쪽으로 내려오는 어깨 통증 또는 쉰 목소리를 초래하는 성대 마비가 포함될 수 있고; 식도의 침습은 삼킴 곤란을 초래할 수 있다. 큰 기도가 막히면, 폐의 일부 붕괴가 일어날 수 있고, 이는 습종 또는 폐렴을 초래하는 감염을 일으킬 수 있다. 뼈로의 전이는 극심한 통증을 발생시킬 수 있다. 뇌로의 전이는 흐릿한 시야로 인한 두통, 발작 또는 쇠약 또는 신체 부분 내 감각 손실과 같은 발작과 통상 관련된 증상을 포함하는 신경 증상을 유발할 수 있다. 폐암은 종종 종양 세포에 의한 호르몬 유사 물질의 생성에서 비롯되는 증상을 발생시킨다. NSCLC에서 보여지는 통상의 방종양 증후군은 혈류 내 칼슘의 증가를 유발하는 부갑상선 호르몬 유사 물질의 생성이다. 천식은 전형적으로 기침, 특히 야간 기침, 쌕쌕거림, 숨이 참, 및 흉부 압박감, 통증 또는 압력의 느낌과 같은 증상을 발생시킨다. 따라서, 다수의 천식 증상들이 NSCLC에 공통적임이 명백하다.

반응성 기도 질환의 진단 방법

본 발명은 이하 기재된 바와 같은 각종 집단들 내 개체에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법에 관한 것이다. 일반적으로, 이 방법은 본원에 기재된 바와 같이 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 것에 의존한다.

A. 일반 집단

본 발명은 (a) 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 2로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 반응성 기도 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환 상태의 변화와 상관됨)를 포함하는, 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 대상이 반응성 기도 질환을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 2에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 대상은 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 반응성 기도 질환과 관련된 특정 바이오마커의 수준을 개체에 대해 결정하고, 정상 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 표 2로부터의 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 반응성 기도 질환의 위험이 더 크다는 것을 표시한다. 또 다른 실시양태에서, 대상은 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

상기 실시양태들 중 임의의 것에서, 본 방법에 사용하기 위한 바람직한 바이오마커는 표 13B로부터의 하나 이상의 바이오마커를 포함한다. 보다 바람직하게, 본 실시양태에서의 모든 바이오마커들은 표 13B에 나와 있다.

B. 남성 집단

본 발명은 (a) 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 6 또는 17로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 남성 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 남성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 6 또는 17로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 반응성 기도 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환 상태의 변화와 상관됨)를 포함하는, 남성 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 남성 대상이 반응성 기도 질환을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 6 또는 17에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 남성 대상은 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 반응성 기도 질환과 관련된 특정 바이오마커의 수준을 남성 개체에 대해 결정하고, 정상 남성 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 표 6으로부터의 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 반응성 기도 질환의 위험이 더 크다는 것을 표시한다. 또 다른 실시양태에서, 남성 대상은 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

상기 실시양태들 중 임의의 것에서, 본 방법에 사용하기 위한 바이오마커는 표 13A로부터의 하나 이상의 바이오마커를 포함한다.

C. 여성 집단

본 발명은 (a) 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 10 또는 21로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환을 표시함)를 포함하는, 여성 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 여성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 10 또는 21로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 반응성 기도 질환을 표시하거나, 반응성 기도 질환 상태의 변화와 상관됨)를 포함하는, 여성 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 여성 대상이 반응성 기도 질환을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 10 또는 21에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 여성 대상은 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 반응성 기도 질환과 관련된 특정 바이오마커의 수준을 여성 개체에 대해 결정하고, 정상 여성 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 표 10 또는 21부터의 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 반응성 기도 질환의 위험이 더 크다는 것을 표시한다. 또 다른 실시양태에서, 여성 대상은 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

상기 실시양태들 중 임의의 것에서, 본 방법에 사용하기 위한 바이오마커는 표 13A로부터의 하나 이상의 바이오마커를 포함한다.

비소세포 폐암의 진단 방법

본 발명은 이하 기재된 바와 같은 각종 집단들 내 개체에서의 비소세포 폐암을 진단하는 방법에 관한 것이다. 일반적으로, 이 방법은 본원에 기재된 바와 같이 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 것에 의존한다.

A. 일반 집단

본 발명은 (a) 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암을 표시함)를 포함하는, 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 3으로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 비소세포 폐암을 표시하거나, 비소세포 폐암 상태의 변화(즉, 임상 또는 진단 단계)와 상관됨)를 포함하는, 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 대상이 비소세포 폐암을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 3에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 대상은 비소세포 폐암에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 비소세포 폐암과 관련된 특정 바이오마커의 수준을 개체에 대해 결정하고, 정상 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 표 3으로부터의 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 비소세포 폐암의 위험이 더 크다는 것을 표시한다. 또 다른 실시양태에서, 대상은 비소세포 폐암의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

상기 실시양태들 중 임의의 것에서, 본 방법에 사용하기 위한 바람직한 바이오마커는 표 14B로부터의 하나 이상의 바이오마커를 포함한다. 보다 바람직하게, 본 실시양태에서의 모든 바이오마커들은 표 14B에 나와 있다.

B. 남성 집단

본 발명은 (a) 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 7 또는 18로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암을 표시함)를 포함하는, 남성 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 남성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 7 또는 18로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 비소세포 폐암을 표시하거나, 비소세포 폐암 상태의 변화(예를 들어, 단계)와 상관됨)를 포함하는, 남성 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 남성 대상이 비소세포 폐암을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 7 또는 18에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 남성 대상은 비소세포 폐암에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 비소세포 폐암과 관련된 특정 바이오마커의 수준을 남성 개체에 대해 결정하고, 정상 남성 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 표 7로부터의 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 비소세포 폐암의 위험이 더 크다는 것을 표시한다. 또 다른 실시양태에서, 남성 대상은 비소세포 폐암의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

상기 실시양태들 중 임의의 것에서, 본 방법에 사용하기 위한 바이오마커는 표 14A로부터의 하나 이상의 바이오마커를 포함한다.

C. 여성 집단

본 발명은 (a) 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 11 또는 22로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암을 표시함)를 포함하는, 여성 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명은 여성 대상의 생리학적 샘플 내, 표 11 또는 22로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 복수개의 마커들의 발현 패턴은 비소세포 폐암을 표시하거나, 비소세포 폐암 상태의 변화(예를 들어, 단계)와 상관됨)를 포함하는, 여성 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 방법을 제공한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 여성 대상이 비소세포 폐암을 앓거나 앓을 수 있는 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 11 또는 22에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 여성 대상은 비소세포 폐암에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 비소세포 폐암과 관련된 특정 바이오마커의 수준을 여성 개체에 대해 결정하고, 정상 여성 집단에서 예상되는 것과 상이한 수준은, 그 개체가 "위험 상태에 있음"을 제시하게 된다. 또 다른 실시양태에서, 통계학적으로 정상에 편차를 보이는 표 11 또는 22부터의 관련 바이오마커의 수를 결정하고, 이 때 편차를 보이는 마커의 수가 클수록 비소세포 폐암의 위험이 더 크다는 것을 표시한다. 또 다른 실시양태에서, 여성 대상은 비소세포 폐암의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

상기 실시양태들 중 임의의 것에서, 본 방법에 사용하기 위한 바이오마커는 표 14A로부터의 하나 이상의 바이오마커를 포함한다.

비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 구별 방법

본 발명은 이하 기재된 바와 같은 각종 집단들 내 개체에서 폐 질환을 진단하는 방법에 관한 것이다. 일반적으로, 이 방법은 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 표시들을 구별하는 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 것에 의존한다.

A. 일반 집단

본 발명은 또한 대상 내, 표 4로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 4로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 표시들을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 대상은 반응성 기도 질환 및/또는 비소세포 폐암을 가지는 것으로 진단되었다. 예를 들어, 진단은 대상의 생리학적 샘플 내 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및/또는 비소세포 폐암을 표시함)에 의해 결정되었을 수 있다.

본 발명은 또한 (a) 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 4로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, (i) 각 표 2, 표 3 및 표 4로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않고, (ii) 표 2 및 표 3으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 폐 질환을 각기 표시하며; (iii) 표 4로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 바람직하게, 상기 방법은 다른 표들 중 어느 표에도 존재하지 않는 각 표로부터의 하나 이상의 마커를 포함한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 4로부터의 복수개의 바이오마커, 바람직하게는 표 2로부터의 복수개의 바이오마커 및 표 3으로부터의 복수개의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 2, 표 3 및 표 4에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 대상은 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 대상은 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

본 발명은 또한 (a) 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있는 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 4로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 4로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 상기 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 위험 상태에 있을 가능성을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 발생시키거나 그러한 질환을 앓을 위험 상태에 있을 가능성을 구별하는 것을 보조하기 위한 진단 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 4로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 4에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 대상은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다. "위험 상태에 있는" 대상과 관련된 방법들이 상기 기재되어 있고, 그와 관련된 방법들이 본원에 고려된다.

B. 남성 집단

본 발명은 또한 대상 내, 표 8 또는 19로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 8 또는 19로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 남성 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 남성 대상은 반응성 기도 질환 및/또는 비소세포 폐암을 가지는 것으로 진단되었다. 예를 들어, 진단은 남성 대상의 생리학적 샘플 내 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및/또는 비소세포 폐암을 표시함)에 의해 결정되었을 수 있다.

본 발명은 또한 (a) 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 8로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 6으로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 7로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, (i) 각 표 6, 표 7 및 표 8로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않고, (ii) 표 6 및 표 7로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 폐 질환을 각기 표시하며; (iii) 표 8로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 남성 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 바람직하게, 상기 방법은 다른 표들 중 어느 표에도 존재하지 않는 각 표로부터의 하나 이상의 마커를 포함한다.

본 발명은 또한 (a) 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 19로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 18로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 17로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, (i) 각 표 17, 표 18 및 표 19로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않고, (ii) 표 17 및 표 18로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 폐 질환을 각기 표시하며; (iii) 표 19로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 남성 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 바람직하게, 상기 방법은 다른 표들 중 어느 표에도 존재하지 않는 각 표로부터의 하나 이상의 마커를 포함한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 8로부터의 복수개의 바이오마커, 바람직하게는 표 6으로부터의 복수개의 바이오마커 및 표 7로부터의 복수개의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 남성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 6, 표 7 및 표 8에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 19로부터의 복수개의 바이오마커, 바람직하게는 표 17로부터의 복수개의 바이오마커 및 표 18로부터의 복수개의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 남성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 17, 표 18 및 표 19에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 남성 대상은 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 남성 대상은 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

본 발명은 또한 (a) 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있는 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 8 또는 19로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 8 또는 19로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 상기 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 위험 상태에 있을 가능성을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 남성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 발생시키거나 그러한 질환을 앓을 위험 상태에 있을 가능성을 구별하는 것을 보조하기 위한 진단 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 8로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 남성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 8 또는 19 에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 남성 대상은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다. "위험 상태에 있는" 대상과 관련된 방법들이 상기 기재되어 있고, 그와 관련된 방법들이 본원에 고려된다.

B. 여성 집단

본 발명은 또한 대상 내, 표 12 또는 23으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 12 또는 23으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 여성 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 여성 대상은 반응성 기도 질환 및/또는 비소세포 폐암을 가지는 것으로 진단되었다. 예를 들어, 진단은 여성 대상의 생리학적 샘플 내 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도(여기에서, 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및/또는 비소세포 폐암을 표시함)에 의해 결정되었을 수 있다.

본 발명은 또한 (a) 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 12로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 10으로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 11로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, (i) 각 표 10, 표 11 및 표 12로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않고, (ii) 표 10및 표 11로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 폐 질환을 각기 표시하며; (iii) 표 12로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 여성 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 바람직하게, 상기 방법은 다른 표들 중 어느 표에도 존재하지 않는 각 표로부터의 하나 이상의 마커를 포함한다.

본 발명은 또한 (a) 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 23으로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 21로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 22로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, (i) 각 표 21, 표 22 및 표 23으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않고, (ii) 표 21 및 표 22로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환 및 비소세포 폐암의 폐 질환을 각기 표시하며; (iii) 표 23으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암 및 반응성 기도 질환의 표시를 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 여성 대상에서 폐 질환을 진단하는 방법을 제공한다. 바람직하게, 상기 방법은 다른 표들 중 어느 표에도 존재하지 않는 각 표로부터의 하나 이상의 마커를 포함한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 12로부터의 복수개의 바이오마커, 바람직하게는 표 10으로부터의 복수개의 바이오마커, 및 표 11로부터의 복수개의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 여성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 10, 표 11 및 표 12에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 23으로부터의 복수개의 바이오마커, 바람직하게는 표 21로부터의 복수개의 바이오마커 및 표 22로부터의 복수개의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 여성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 21, 표 22 및 표 23에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 여성 대상은 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있다. 한 실시양태에서, 여성 대상은 비소세포 폐암 및/또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다.

본 발명은 또한 (a) 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환에 대한 위험 상태에 있는 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 12 또는 23으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 12 또는 23으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 상기 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 위험 상태에 있을 가능성을 구별하는 것을 보조함)를 포함하는, 여성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 발생시키거나 그러한 질환을 앓을 위험 상태에 있을 가능성을 구별하는 것을 보조하기 위한 진단 방법을 제공한다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 12 또는 23으로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 발현 패턴은 여성 대상이 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 앓을 가능성의 증가와 상관된다. 발현 패턴은 패턴 인식에 대해 당업계에 공지된 임의의 기법에 의해 특징분석될 수 있다. 복수개의 바이오마커들은 표 12 또는 23에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

한 실시양태에서, 여성 대상은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환의 하나 이상의 증상을 나타내는 개체들로부터 선택된다. "위험 상태에 있는" 대상과 관련된 방법들이 상기 기재되어 있고, 그와 관련된 방법들이 본원에 고려된다.

예를 들어, 상이한 질환 상태들 또는 상이한 집단들을 구별하기 위한 목적으로 1개 초과로부터 선택되는 바이오마커를 이용하는, 본원에 기재된 방법들 중 임의의 방법에서, 개체로부터의 바이오마커에 대한 결과의 분석을 동시에 또는 순차적으로 수행할 수 있다.

치료를 모니터링하는 방법

본 발명은 이하 기재된 바와 같은 각종 집단들 내 개체에서 치료를 모니터링하는 방법에 관한 것이다. 일반적으로, 이 방법은 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 것에 의존한다.

A. 일반 집단

본 발명은 또한 (a) 대상으로부터 수득된 샘플 내, 표 1A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 상기 대상 내 제1 발현 정도를 결정하는 단계; (b) 상기 제1 발현 정도와 상이한 시점에서 대상으로부터 수득된 제2 샘플을 이용하여 표 1A로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 상기 대상 내 제2 발현 정도를 결정하는 단계; 및 (d) 상기 제1 발현 정도와 상기 제2 발현 정도를 비교하는 단계를 포함하는, 대상을 모니터링하는 방법을 제공한다. 전형적으로, 대상은 제1 샘플 및 제2 샘플이 수득된 시간 사이의 치료적 중재를 받았다. 제1 결정 및 제2 결정 사이의 발현 패턴의 변화 검출은 치료적 중재의 효과를 반영하는 것으로 간주될 수 있다. 이 실시양태는 또한 특정 치료적 중재에 대응하는 발현 정도의 변화를 나타내는 특정 바이오마커를 동정하는 데에도 유용하다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 1A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 복수개의 바이오마커들은 표 1A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

상기 실시양태들은 표 1A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 1A의 바이오마커가 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3 또는 표 4의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

B. 남성 집단

본 발명은 또한 (a) 남성 대상으로부터 수득된 샘플 내, 표 5A 또는 16A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 상기 남성 대상 내 제1 발현 정도를 결정하는 단계; (b) 상기 제1 발현 정도와 상이한 시점에서 대상으로부터 수득된 제2 샘플 내, 표 1A 또는 16A로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 상기 남성 대상 내 제2 발현 정도를 결정하는 단계; 및 (d) 상기 제1 발현 정도와 상기 제2 발현 정도를 비교하는 단계를 포함하는, 남성 대상을 모니터링하는 방법을 제공한다. 전형적으로, 남성 대상은 제1 샘플 및 제2 샘플이 수득된 시간 사이의 치료적 중재를 받았다. 제1 결정 및 제2 결정 사이의 발현 패턴의 변화 검출은 치료적 중재의 효과를 반영하는 것으로 고려될 수 있다. 이 실시양태는 또한 특정 치료적 중재에 대한 발현 정도의 변화를 나타내는 특정 바이오마커를 동정하는 데에도 유용하다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 5A 또는 16A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 복수개의 바이오마커들은 표 5A 또는 16A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

상기 실시양태들은 표 5A 또는 16A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 5A 또는 16A의 바이오마커가 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8 또는 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18 또는 표 19의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

C. 여성 집단

본 발명은 또한 (a) 여성 대상으로부터 수득된 샘플 내, 표 9A 또는 20A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 상기 여성 대상 내 제1 발현 정도를 결정하는 단계; (b) 상기 제1 발현 정도와 상이한 시점에서 대상으로부터 수득된 제2 샘플 내, 표 9A 또는 20A로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 상기 여성 대상 내 제2 발현 정도를 결정하는 단계; 및 (d) 상기 제1 발현 정도와 상기 제2 발현 정도를 비교하는 단계를 포함하는, 여성 대상을 모니터링하는 방법을 제공한다. 전형적으로, 여성 대상은 제1 샘플 및 제2 샘플이 수득된 시간 사이의 치료적 중재를 받았다. 제1 결정 및 제2 결정 사이의 발현 패턴의 변화 검출은 치료적 중재의 효과를 반영하는 것으로 고려될 수 있다. 이 실시양태는 또한 특정 치료적 중재에 대한 발현 정도의 변화를 나타내는 특정 바이오마커를 동정하는 데에도 유용하다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 9A 또는 20A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 복수개의 바이오마커들은 표 9A 또는 20A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

상기 실시양태들은 표 9A 또는 20A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 9A 또는 20A의 바이오마커가 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22 또는 표 23의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 방법

본 발명은 이하 기재된 바와 같은 각종 집단들 내 치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 방법에 관한 것이다. 일반적으로, 이 방법은 특정 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 것에 의존한다.

A. 일반 집단

본 발명은 또한 (a) 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 대상 내, 표 1A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 1A로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 상기 치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 것을 보조함)를 포함하는, 치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 본 실시양태에 사용하기에 바람직한 바이오마커는 대상의 집단을 모니터링함으로써 관심 치료적 중재에 대해 반응성이 있는 것으로 나타난 바이오마커이다. 이 실시양태는 또한 치료에 대한 반응성이 있을 가능성이 더 큰 환자를 선택하는 데 사용될 수도 있다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 1A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 복수개의 바이오마커들은 표 1A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

상기 실시양태들은 표 1A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 1A의 바이오마커가 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3 또는 표 4의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

B. 남성 집단

본 발명은 또한 (a) 남성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 남성 대상 내, 표 5A 또는 16A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 5A 또는 16A로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 남성 상기 치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 것을 보조함)를 포함하는, 치료적 중재에 대한 남성 대상의 반응을 제공한다. 본 실시양태에 사용하기에 바람직한 바이오마커는 남성 대상의 집단을 모니터링함으로써 관심 치료적 중재에 대해 반응성이 있는 것으로 나타난 바이오마커이다. 이 실시양태는 또한 치료에 대한 반응성을 가질 가능성이 더 큰 남성 환자를 선택하기 위해 사용될 수도 있다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 5A 또는 16A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 복수개의 바이오마커들은 5A 또는 16A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

상기 실시양태들은 표 5A 또는 16A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 5A 또는 16A의 바이오마커가 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18 또는 표 19의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

C. 여성 집단

본 발명은 또한 (a) 여성 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계; 및 (b) 상기 여성 대상 내, 표 9A 또는 20A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계(여기에서, 표 9A 또는 20A로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 여성 상기 치료적 중재에 대한 대상의 반응을 예측하는 것을 보조함)를 포함하는, 치료적 중재에 대한 여성 대상의 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 본 실시양태에 사용하기에 바람직한 바이오마커는 여성 대상의 집단을 모니터링함으로써 관심 치료적 중재에 대해 반응성이 있는 것으로 나타난 바이오마커이다. 이 실시양태는 또한 치료에 대한 반응성이 있을 가능성이 더 큰 여성 환자를 선택하는 데 사용될 수도 있다.

한 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 표 9A 또는 20A로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함한다. 복수개의 바이오마커들은 9A 또는 20A에 대해 상기 기재된 바이오마커들의 조합들 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 실제로, 이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

상기 실시양태들은 표 9A 또는 20A의 바이오마커와 관련된 것이다. 그러나, 상기 기재된 실시양태들 중 임의의 것에서 표 9A 또는 20A의 바이오마커가 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22 또는 표 23의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

키트를 설계하는 방법

A. 일반 집단

본 발명은 또한 (a) 표 1A로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 폐 질환을 진단하는 것을 보조하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 1B로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 1C로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 2로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 3으로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 비소세포 폐암을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 4로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 폐 질환을 진단하는 것을 보조하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

상기 방법들에서, 단계 (b) 및 (c)는 대안적으로 상기 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 선택하고, (c) 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 상기 검출제를 포함하는 키트를 설계함으로써 수행될 수 있다.

본 발명은 또한 1개 초과의 표로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커 및 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 4로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 이 방법들은 또한 전술된 바와 같은 단계 (b) 및 (c)를 포함함을 이해한다.

이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

B. 남성 집단

본 발명은 또한 (a) 표 5A 또는 표 16A로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 남성 대상에서 폐 질환을 진단하는 것을 보조하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 5B 또는 16B로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 남성 대상에서 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 5C 또는 16C로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 남성 대상에서 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 6 또는 17로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 남성 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 7 또는 18로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 남성 대상에서 비소세포 폐암을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 8 또는 19로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 남성 대상에서 폐 질환을 진단하는 것을 보조하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

상기 방법들에서, 단계 (b) 및 (c)는 대안적으로 상기 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 선택하고, (c) 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 상기 검출제를 포함하는 키트를 설계함으로써 수행될 수 있다.

본 발명은 또한 1개 초과의 표로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 표 6으로부터의 하나 이상의 바이오마커 및 표 7로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 6으로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 7로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 8로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 17로부터의 하나 이상의 바이오마커 및 표 18로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 17로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 18로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 19로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 이 방법들은 또한 전술된 바와 같은 단계 (b) 및 (c)를 포함함을 이해한다.

이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

C. 여성 집단

본 발명은 또한 (a) 표 9A 또는 20A로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 여성 대상에서 폐 질환을 진단하는 것을 보조하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 9B 또는 20B로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 여성 대상에서 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 9C 또는 20C로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 여성 대상에서 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 10 또는 21로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 여성 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 11 또는 22로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 여성 대상에서 비소세포 폐암을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 12 또는 23으로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계; (b) 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및 (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 여성 대상에서 폐 질환을 진단하는 것을 보조하기 위한 키트를 설계하는 방법을 제공한다.

상기 방법들에서, 단계 (b) 및 (c)는 대안적으로 상기 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 선택하고, (c) 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 상기 검출제를 포함하는 키트를 설계함으로써 수행될 수 있다.

본 발명은 또한 1개 초과의 표로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 표 10으로부터의 하나 이상의 바이오마커 및 표 11로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 10으로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 11로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 12로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 21로부터의 하나 이상의 바이오마커 및 표 22로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 또 다른 예에서, 본 발명은 표 21로부터의 하나 이상의 바이오마커, 표 22로부터의 하나 이상의 바이오마커, 및 표 23으로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 포함하는, 키트를 설계하는 방법을 제공한다. 이 방법들은 또한 전술된 바와 같은 단계 (b) 및 (c)를 포함함을 이해한다.

이 특정 방법들로 결정되는 복수개의 바이오마커들은 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

키트

본 발명은 본원에 기재된 바이오마커들 중 하나 이상의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트를 제공한다. 본 발명은 또한 본원에 기재된 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 표 1A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 검출하기 위한 수단을 포함하는 키트를 제공한다. 본 발명은 표 1A로부터의 바이오마커들 중 하나 이상을 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 서열 번호 12의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트를 제공한다. 한 실시양태에서, 키트는 서열 번호 12, 및 서열 번호 1 내지 11 및 13 내지 17 중 임의의 조합의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함한다.

본 발명은 또한 서열 번호 12를 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트를 제공한다. 한 실시양태에서, 키트는 서열 번호 12를 검출하기 위한 검출제 및 서열 번호 1 내지 11 및 13 내지 17의 임의의 조합을 포함한다.

본 발명은 또한 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하기 위한 수단, 및 표 1A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트를 제공한다.

본 발명은 또한 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드를 검출하기 위한 검출제, 및 하나 이상의 표 1A로부터의 바이오마커 중 하나 이상을 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트를 제공한다.

상기 실시양태들은 표 1A의 바이오마커에 관한 것이다. 그러나, 상기 키트들 중 임의의 키트에서 표 1A의 바이오마커는 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 SB, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22 또는 표 23의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다.

본 발명은 또한 (a) 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 제1 수단; 및 (b) 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 제2 수단을 포함하는 키트(여기에서, 표 2 및 표 3으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않음)를 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제; 및 (b) 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트(여기에서, 표 2 및 표 3으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않음)를 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 제1 수단; (b) 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 제2 수단; 및 (c) 표 4로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 제3 수단을 포함하는 키트(여기에서, 표 2, 표 3 및 표 4로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않음)를 제공한다.

본 발명은 또한 (a) 표 2로부터의 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제; (b) 표 3으로부터의 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제; 및 (c) 표 4로부터의 하나 이상의 바이오마커를 검출하기 위한 검출제를 포함하는 키트(여기에서, 표 2, 표 3 및 표 4로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커는 동일하지 않음)를 제공한다.

상기 실시양태들은 표 2, 표 3 및 표 4의 바이오마커에 관한 것이다. 그러나, 상기 키트들 중 임의의 키트에서 표 2, 표 3 및 표 4의 바이오마커는 표 6, 표 7, 표 8, 표 17, 표 18 또는 표 19의 바이오마커로 각기 치환될 수 있음을 인지한다. 또한, 상기 키트들 중 임의의 키트에서 표 2, 표 3 및 표 4의 바이오마커는 각기 표 10, 표 11, 표 12, 표 21, 표 22 또는 표 23의 바이오마커로 치환될 수 있음을 인지한다. 더욱이, 숙련가는 복수개의 바이오마커들의 한 특정 검출을 요하는 임의의 방법을 위한 상기 기재된 바이오마커들 중 임의의 특정 조합을 검출하기 위한 키를 고려함을 이해한다. 또한, 이 특정 키트로 결정되는 복수개의 바이오마커들이 제목 "결정을 위한 바이오마커의 선택" 단락에 상기 논의된 기준을 이용하여 지명된 표로부터 선택될 수 있음을 인지한다.

하기 실시예는 본원에 개시된 각종 형태의 본 발명을 예시하기 위해 제공된 것으로, 어떠한 식으로도 본 발명을 제한하지 않는 것으로 한다.

실시예 1

자원자로부터 인간 혈액 샘플을 수집하였다. 비소세포 폐암 또는 천식을 앓는 것으로 알려지지 않은 개체로부터 30개의 샘플을 수집하였다. 이 30개의 샘플은 "정상 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 천식을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 28개의 혈액 샘플을 수집하였다. 이 28개의 샘플은 "천식 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 비소세포 폐암을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 30개의 혈액 샘플을 수집하였다. 이 30개의 샘플은 "폐암 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다.

변경된 발현 수준이 폐암 또는 천식과 관련된 것으로 판단되는 바이오마커를 선택하기 위해 연구를 수행하였다. 본원에 사용되는 "폐암"은 비소세포성 폐암인 것으로 공지된 폐암들을 포괄하는 것으로 한다. 이하 59개의 바이오마커를 선택하여 시험하였다: CD40, 간세포 성장 인자("HGF"), I-TAC ("CXCL11"; "케모카인(C-X-C 모티프) 리간드 11", "인터페론-유도성 T-세포 알파 화학유인물질"), 렙틴("LEP"), 기질 메탈로프로테아제("MMP") 1, MMP 2, MMP3, MMP 7, MMP 8, MMP 9, MMP 12, MMP 13, CD40 가용성 리간드("CD40 리간드"), 상피세포 성장 인자("EFG"), 이오탁신(Eotaxin)("CCL11"), 프렉탈카인(Fractalkine), 과립구 콜로니 자극 인자("G-CSF"), 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자("GM-CSF"), 인터페론 γ ("IFN γ"), 인터류킨("IL") α, IL-1β, IL-1ra, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10, IL-12(p40), IL-12(p70), IL-13, IL-15, IL-17, IP-10, 단핵구 주화성 단백질 1("MCP-1"), 대식세포 염증성 단백질("MIP") 1α, MIP-1β, 형질전환 성장 인자 α("TGF α"), 종양 괴사 인자 α("TNF α"), 혈관 내피세포 성장 인자("VEGF"), 인슐린("Ins"), C-펩티드, 글루카곤 유사 단백질-1/아밀린("GLP-1/아밀린"), 아밀린(총), 글루카곤, 아디포넥틴, 플라스미노겐 활성자 억제제 1("PAI-1"; "세르핀(Serpin)")(활성/총, 레시스틴("RETN"; "xcp1"), sFas, 가용성 Fas 리간드("sFasL"), 대식세포 유주 저지 인자("MIF"), sE-셀렉틴, 가용성 혈관세포 접착 분자("sVCAM"), 가용성 세포내 접착 분자("sICAM"), 마이엘로퍼옥시다제("MPO"), C-반응성 단백질("CRP"), 혈청 아밀로이드 A("SAA"; "SAA1") 및 혈청 아밀로이드 P("SAP").

각각의 정상, 천식 및 폐암 집단에 대한 혈장 검체(specimen)를, 그 혈장 검체를 자동화 비드 기재 기술을 이용한 정량적 복합 면역검정법인 루미넥스(Luminex)사 xMAP 기술을 이용하여 분석함으로써, 59개 바이오마커에 대해 스크리닝하였다.

수개의 상이한 검정법 키트를 루미넥스사 xMAP 기술과 함께 사용하여, 바이오마커, 즉 밀리포어(Millipore)사 인간 사이토카인/케모카인(카탈로그# MPXHCYTO-60K, 인간 내분비계(카탈로그# HENDO-65K), 인간 혈청 아디포카인(카탈로그# HADK1-61K), 인간 패혈증/세포괴사(카탈로그# HSEP-63K), 인간 심혈관계 패널 1(카탈로그# HCVD1-67AK) 및 인간 심혈관계 패널 2(HCVD2-67BK), R&D 시스템즈 인코포레이티드(R&D Systems, Inc.)사 인간 플루오로카인 MAP 프로파일링 베이스 키트 B(카탈로그# LUB00) 및 인간 플루오로카인 MAP MMP 프로파일링 베이스 키트(카탈로그# LMP000)를 스크리닝하였다. 다중 면역검정법으로부터 얻은 형광 강도 수준을 각 집단에 대한 각 혈장 검체의 각각의 59개의 바이오마커에 대해 기록하였다. 기록된 형광 강도는 샘플 내 상응하는 바이오마커 및 개체 내 그것의 발현 정도에 비례한다. 각 집단에 대한 각 바이오마커와 관련된 형광 강도 수준에 대한 평균, 표준 편차 및 상대 표준 편차를 계산하였다. 도 1A 내지 1C는 정상(NO), 비소세포 폐암(L-C) 및 천식(AST) 집단 내 각 바이오마커에 대한 중앙 평균, 표준 편차 및 상대 표준 편차를 나타낸다.

스튜던트 t 테스트를 이용하여, 각 집단 간의 각 특정 바이오마커에 대한 병리간 차이를 특징분석하였다. 정상 환자로부터의 샘플에 대한 각 바이오마커의 평균 형광 강도 측정값을, 폐암을 앓는 환자로부터의 샘플의 평균 형광 강도 측정 및 천식을 앓는 환자로부터의 샘플의 평균 형광 강도 측정값과 비교하였다. 도 1D는 각 마커에 대한 각종 집단 평균들 간의 차이를 보여준다. 부가적으로, 폐암 환자에 대한 평균 형광 강도 측정값을 천식 환자에 대한 평균 형광 강도 측정값과 비교하고, 스튜던트 t 통계학을 이용하여 유의도를 평가하였다.

정상, 천식 및 폐암 집단 간의 각 바이오마커에 대한 통계학적 차이의 추가 분석을 수행하였다. 집단 간의 각 바이오마커에 대한 평균 발현 수준의 차이를 특징분석하기 위해, 마이크로소프트 엑셀(Microsoft EXCEL) 소프트웨어 팩키지에 이용가능한 t-테스트 함수를 이용하여, 스튜던트 t 값을 계산하였다. 액셀 t-테스트 함수를 사용하여, 2-테일 분포를 이용하여 등분산의 가정 하에 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 계산하였다.

집단 간의 발현 수준의 차이의 유의도를, 연관 확률이 0.05 미만인 임의의 스튜던트 t 값은 천식 또는 폐암 여부와 무관하게, 소정의 병리가 존재함을 표시하는 데 유의적인 것으로 간주한다는 기준 하에 결정하였다. 0.05 이하의 기준의 이용은 일반적으로 과학 공동체에서 수용된다. 0.1 초과의 연관 확률을 갖는 임의의 스튜던트 t 값은 소정의 병리의 존재를 표시하는 데 비유의적인 것으로 간주되었다. 또한, 0.051 내지 0.1의 연관 확률을 갖는 임의의 스튜던트 t 값은 한계적인 것으로 결정되었다.

이제 도 1E를 참조해보면, 각 집단에 대한 각 바이오마커를 비교하여 계산한 연관 확률을 갖는 스튜던트 t 값이 나와 있다. 도 1E에 나와 있는 연관 확률을 가지는 스튜던트 t 값은, 각각의 천식 집단, 정상 집단, 및 폐암 집단이 단일 평균 및 정규 분포를 가진다는 기초 하에 계산된다는 것을 주목하도록 한다.

바이오마커 발현 수준 차이의 유의도를 이용하여, 바이오마커의 상대 중요도를 분급하였다. 병리 간에 가장 유의적으로 상이한 것으로 나타난 바이오마커가 비교적 더욱 중요한 것으로 분류된다. 평균 형광 강도의 측정값을 조사하였고, 다른 집단 내 검체의 평균 강도와 유의적으로 편차를 가지지 않은 강도를 가지는 모든 바이오마커들에 대한 데이터는 추가 분석을 위해 배제하였다. 비교적 낮은 상대 표준 편차를 가지는 바이오마커는 비교적 높은 표준 편차를 가지는 것보다 더욱 유의적인 것으로 분류하였다.

한 특정 마커의 상대 유의도를 판정하기 위해, 편차 방향, 즉 한 특정 마커의 평균 수준이 다른 병리들 중 임의의 병리에 비해 증가 또는 감소하였는지의 여부를 사용하지 않았다. 이러한 식으로, 병리 간의 높은 변화도, 비교적 낮은 상대 표준 편차 및 양호한 기기 검출능(0이 아닌 비보정 평균 형광 강도로 정의됨)을 나타낸 바이오마커의 군을 조합하였다. 상기 계산값을 이용하여 면역검정법의 효율을 시험하고, 상기 계산값을 분석하여 정상 집단의 발현 수준 간의 발현 수준의 유의적 차이를 나타낸 바이오마커를 결정하고 폐암 및/또는 천식의 병리의 특성 및 그러한 병리와 관련된 기준 범위를 결정하였다.

역시 도 1E를 참조해보면, 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 계산하여, 천식 집단을 정상 집단과 비교하였다. 천식 집단과 정상 집단 간의 유의적 차이를, 바이오마커 sE-셀렉틴, EGF, 렙틴, IL-5, PAI-1, 레시스틴, MMP-13, CD40 리간드 sVCAM-1, HGF, C-펩티드, sICAM-1, MMP-7, 아디포넥틴, GM-CSF 및 MIF에 대한 스튜던트 t 확률로부터 결정하였다. 이 결정은, 천식 집단으로부터의 28개의 검체를 정상 집단으로부터의 30개의 검체와 본원에 기재된 스튜던트 t 함수를 이용하여 비교할 때, 각각의 상기 바이오마커에 대한 스튜던트 t 값과 연관된 확률이 0.05 미만이라는 것에 기초하여 수행되었다. 각각의 바이오마커 CRP, MMP-9, IL-4, IL-1α, SAA, IL-7 및 IL-6에 대한 스튜던트 t 확률이 0.05보다 유의적으로 클 때, 차이는 상기 바이오마커들에 대해 천식 집단과 정상 집단 간에 비유의적인 것으로 결정되었다.

도 1E에도 나와 있는 바와 같이, 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 계산하여, 폐암 집단을 정상 집단과 비교하였다. 폐암 집단과 정상 집단 간의 유의적 차이를 바이오마커 sE-셀렉틴, EGF, 렙틴, IL-5, PAL-1, 레시스틴, CRP, MMP-9, IL-4, IL-1α, SAA, IL-7, CD40 리간드, MMP-7 및 MMP-12에 대한 스튜던트 t 확률에 대해 결정하였다. 이 역시, 이러한 결정은, 폐암 집단으로부터의 30개의 검체를 정상 집단으로부터의 30개의 검체와 본원에 기재된 스튜던트 t 함수를 이용하여 비교할 때, 각각의 상기 바이오마커에 대한 스튜던트 t 확률이 0.05 미만이라는 것에 기초하여 수행되었다. 각각의 바이오마커 MMP-13, HGF, C-펩티드, sICAM, 아디포넥틴, GM-CSF, IL-17, TNF α, ITAC 및 MIF에 대한 스튜던트 t 확률이 0.05보다 유의적으로 클 때, 차이는 상기 바이오마커들에 대해 폐암 집단과 정상 집단 간에 비유의적인 것으로 결정되었다.

3개의 바이오마커는 폐암 집단과 정상 집단 간에 단지 0.05를 초과하는 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 가졌다. 구체적으로, 폐암 집단을 정상 집단과 비교해볼 때, IL-6은 0.076195528의 스튜던트 t 확률을 가졌고, VCAM-1은 0.08869949의 스튜던트 t 확률을 가졌으며, IL-15은 0.086324372의 스튜던트 t 확률을 가졌다. 이 바이오마커들은 폐암 집단과 정상 집단 간에 비유의적 차이를 가지는 것으로 간주된다. 그러나, 이 3개의 바이오마커에 대한 스튜던트 t 확률이 0.05에 근접하다는 사실로 인해, 각 집단은 정상 집단과 폐암 집단 간에 유의적으로 변동될 가능성이 있다.

마지막으로, 도 1E에 나와 있는 바와 같이, 스튜던트 t 값과 연관된 확률을 계산하여 폐암 집단을 천식 집단과 비교함으로써, 추가 분석을 행하였다. 폐암 집단과 천식 집단 간의 유의적 차이를, 바이오마커 sE-셀렉틴, EGF, 렙틴, IL-5, PAI-1, 레시스틴, CRP, MMP-9, IL-4, IL-1α, SAA, IL-7, IL-6, MMP-13 sVCAM, HGF, C-펩티드, sICAM, 아디포넥틴, GM-CSF, IL-17, IL-15, TNF α 및 I-TAC에 대한 스튜던트 t 확률로부터 결정하였다. 이 결정은, 폐암 집단으로부터의 30개의 검체를 천식 집단으로부터의 28개의 검체와 본원에 기재된 스튜던트 t 함수를 이용하여 비교할 때, 각각의 상기 바이오마커에 대한 스튜던트 t 값과 연관된 확률이 0.05 미만이라는 것에 기초하여 수행되었다. 각각의 바이오마커 CD 40 리간드, MMP-7, MMP-12 및 MIF에 대한 스튜던트 t 확률이 0.05보다 유의적으로 클 때, 차이는 상기 바이오마커들에 대해 천식 집단과 정상 집단 간에 비유의적인 것으로 결정되었다.

실시예 2

자원자로부터 인간 혈액 샘플을 수집하였다. 비소세포 폐암 또는 천식을 앓는 것으로 알려지지 않은 개체로부터 142개의 샘플을 수집하였다. 이 샘플들은 "정상 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 천식을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 108개의 혈액 샘플을 수집하였다. 이 샘플들은 "천식 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 비소세포 폐암을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 146개의 혈액 샘플을 수집하였다. 이 샘플들은 "폐암 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다.

실시예 1에 기재된 바와 동일한 방법을 수행하였다. 도 2A 내지 2E는 수득된 결과를 보여준다. 이 결과는 본 발명의 방법에 적당한 바이오마커를 선택하기 위한 자침을 제공한다. 특히, 이와 관련하여 특정 마커에 대한 확률 값이 유용하다.

도 2E는 상이한 집단의 생리학적 상태를 구별하기 위한 각종 바이오마커의 유효성과 연관된 확률을 보여준다. 0.1 이하의 확률 값이 관심 바이오마커를 확인하기 위해 본 표에 강조 표시되어 있다. 본 발명의 바람직한 방법에 사용되는 바이오마커는 0.05 이하, 더욱 바람직하게는 0.01, 더욱 더 바람직하게는 0.001 이하의 확률 값을 가질 것이다.

실시예 3

자원자로부터 인간 혈액 샘플을 수집하였다. 비소세포 폐암 또는 천식을 앓는 것으로 알려지지 않은 개체로부터 288개의 샘플을 수집하였다. 이 샘플들은 "정상 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 천식을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 180개의 혈액 샘플을 수집하였다. 이 샘플들은 "천식 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 비소세포 폐암을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 360개의 혈액 샘플을 수집하였다. 이 샘플들은 "폐암 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다.

실시예 1에 기재된 바와 동일한 방법을 수행하였다. 파노믹스 프로카르타(Panomics' Procarta) 사이토카인 키트(카탈로그# PC1017)을 또한 사용하였다. 상이한 키트로부터의 PAI-1 및 렙틴에 대한 항체를 사용하였다. PAI-1^A 및 렙틴¹에 대한 항체는 밀리포어사에 의해 생산되었다. PAI-1^B에 대한 항체는 파노믹스사에 의해 생산되었다. 도 3A 내지 3E는 수득된 결과를 보여준다. 이 결과는 본 발명의 방법에 적당한 바이오마커를 선택하기 위한 자침을 제공한다. 특히, 이와 관련하여 특정 마커에 대한 확률 값이 유용하다.

도 3E는 상이한 집단의 생리학적 상태를 구별하기 위한 각종 바이오마커의 유효성과 연관된 확률을 보여준다. 관심 바이오마커를 확인하기 위해 0.1 이하의 확률 값이 본 표에 강조 표시되어 있다. 본 발명의 바람직한 방법에 사용되는 바이오마커는 0.05 이하, 더욱 바람직하게는 0.01, 더욱 더 바람직하게는 0.001 이하의 확률 값을 가질 것이다.

이어서, 수득된 데이터를 성별로 구별하여 분석하였다.

도 4A 내지 4C는 정상(NO), 비소세포 폐암(LC), 및 천식(AST) 여성 집단 내 바이오마커의 평균 형광 강도 수준을 보여준다. 도 4D는 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단에서의 각각의 바이오마커의 평균의 변화율 %을 보여준다. 도 4E는 각 바이오마커에 대해 측정된 평균 형광 강도를 비교함으로써 계산된 스튜던트 t 값과 연관된 확률(여기에서, 비교하는 평균은 각기 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단임)을 보여준다.

남성 집단에 대한 동일한 정보가 도 5A 내지 5E에 나와 있다.

다음으로, 여성 및 남성 집단 데이터를 비교하였다. 도 6A는 AST 여성 집단 대비의 AST 남성 집단, LC 여성 집단 대비의 LC 남성 집단, 및 NO 여성 집단 대비의 NO 남성 집단에서의 각각의 바이오마커의 평균의 변화율 %을 보여준다. 도 6B는 실시예 3으로부터의 남성 및 여성 집단에서 각 바이오마커에 대해 측정된 평균 형광 강도를 비교함으로써 계산되는 스튜던트 t 값과 연관된 확률(여기에서, 비교하는 집단은 각기 AST 남성 및 여성 집단, LC 남성 및 여성 집단, 및 NO 남성 및 여성 집단임)을 보여준다.

실시예 4

크루스칼-왈리스 시험은 공지된 비모수적 통계학적 방법이다. 실시예 3으로부터 수득된 데이터를 성별로 분리하여, 크루스칼-왈리스(U 시험)를 이용하여 분석하였다. 0.05 이하의 확률 값을 갖는 마커는 유의적인 것으로 간주되었다. 한계적으로 유의적인 차이(0.051 내지 0.10의 확률) 및 비유의적 차이(0.10 초과의 확률)를 나타내는 마커는 폐기하였다. 보유된 마커에 대한 결과가 도 7 내지 8에 나와 있다.

도 7A는 LC 대 NO 여성 집단, AST 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단의 각각의 바이오마커의 평균 농도의 변화율 %을 보여준다. 스칼라 합계(즉, 3개 모든 비교에 대한 변화율 %의 절대 값들의 합)가 또한 제공되고, 이를 바이오마커의 분급을 위해 사용하였다. 도 7B는 각 바이오마커에 대해 측정된 농도를 비교함으로써 계산된 크루스칼-왈리스 시험과 연관된 확률(여기에서, 비교하는 집단은 각기 AST 대 NO 여성 집단, LC 대 NO 여성 집단, 및 AST 대 LC 여성 집단임)을 보여준다.

남성 집단에 대한 동일한 정보가 도 8A 및 8B에 나와 있다.

바이오마커는 성에 특이적인 독특한 패턴 및 질환에 특이적인 패턴을 나타냈다. LC에 대한 양성(unisex) 분석을 위해, 25% 컷오프 역치 이상의 절대 변화를 가지는 36개의 마커, 및 50% 컷오프 이상을 가지는 32개의 마커를 동정하였다. 여성에 있어, 25% 컷오프 이상을 가지는 32개의 마커 및 50% 컷오프 이상으로 가지는 30개의 마커를 찾아냈다. 남성에 있어, 25% 컷오프 이상에서 39개의 마커를 찾아냈고, 50% 컷오프 이상에서 37개의 마커를 찾아냈다. 4개의 마커, 즉 IL-8 및 혈청 아밀로이드 P(하향조절됨), 혈청 아밀로이드 A, 및 C-반응성 단백질(모두 상향조절됨)에 대한 발현은 NO에 비해 LC 여성에 대해 독특하였다. 5개의 마커, 즉 인슐린(하향조절), 기질 메탈로프로테아제-7 및 -8, 레시스틴 및 간세포 성장 인자(모두 상향조절됨)가 NO에 비해 LC 남성에 대해 독특하였다. 3개의 마커는 반대 발현 패턴을 나타냈다: (i) VEGF는 NO 대비, LC 여성에서 하향조절되었고, LC 남성에서 상향조절되었으며; (ii) 렙틴은 여성에서 상향조절되고, 남성에서 하향조절되었으며; (iii) MIP-1a는 NO 대비, LC 남성에서 상향조절되고, LC 여성에서 하향조절되었다.

본 발명은 질환 상태의 성별에 기초하는 동정을 위한 각종 방법들을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 인슐린이 하향조절되고/되거나 기질 메탈로프로테아제-7 및 -8, 레시스틴 및 간세포 성장 인자가 상향조절되는지의 여부를 결정하는 단계를 포함하는, 남성 대상 내 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 그러한 패턴은 질환을 표시한다. 본 발명이 고려하는 범주 내의 검정법은 남성 대상에서 상기 바이오마커들 중 3개, 4개 또는 5개의 상향조절/하향조절을 검출하는 단계를 포함한다.

또 다른 예에서, 본 발명은 IL-8 및/또는 혈청 아밀로이드 P가 하향조절되고/되거나, 혈청 아밀로이드 A, 및 C-반응성 단백질이 상향조절되는지의 여부를 결정하는 단계를 포함하는, 여성 대상 내 생리학적 특징분석 방법을 제공한다. 그러한 패턴은 질환을 표시한다. 본 발명이 고려하는 범주 내의 검정법은 여성 대상에서 상기 바이오마커들 중 3개 또는 4개의 상향조절/하향조절을 검출하는 단계를 포함한다.

실시예 5

자원자로부터 인간 혈액 샘플을 수집하였다. 비소세포 폐암 또는 천식을 앓는 것으로 알려지지 않은 개체로부터 30개의 샘플을 수집하였다. 비소세포 폐암 또는 천식을 앓지 않는 것으로 알려진 개체는 "정상 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 천식을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 28개의 혈액 샘플을 수집하였다. 천식을 가지고 있는 것으로 알려진 개체는 "천식 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 비소세포 폐암을 앓고 있으며 의사에 의해 그러한 것으로 진단된 개체로부터 30개의 혈액 샘플을 수집하였다. 비소세포 폐암을 앓고 있는 것으로 알려진 개체는 "폐암 집단"을 포함하고, 본원에서 그것으로 칭해진다. 용어 "폐암" 또는 "폐암들"은 비소세포 폐암을 가리키는 것으로 의미된다.

각각의 천식 집단, 정상 집단, 및 폐암 집단으로부터의 8개 내지 10개 혈장 검체를 무작위로 선택하여 시험하였다. 각 집단으로부터의 각 혈장 검체를 프로테아제 또는 분해제로 처리하였다. 프로테아제로서 트립신을 사용하고, 프롤린이 리신 또는 아르기닌 바로 뒤에 존재하는 경우를 제외하고는 트립신이 리신 및 아르기닌의 카르복실 측기에서 펩티드 사슬을 절단하는 것으로 알려져 있다는 사실로 인해 매우 특이적이고 매우 예측가능한 절단을 가능하게 하기 때문에, 트립신을 프로테아제로 사용하는 것이 바람직하다. 트립신을 사용했을지라도, 다른 프로테아제 또는 분해제를 사용하는 것도 가능하다. 적어도 트립신 정도의 특이성으로 절단하는, 프로테아제 또는 프로테아제들의 혼합물을 사용하는 것이 바람직하다.

이어서, 절단 후에 트립신에 의해 남게 되는 펩티드인 잠재 펩티드를, 검체를 원심분리 및 모세관 액체 크로마토그래피 처리함으로써 불용물로부터 분리하였고, 여기에서는 발생된 트립신에 의한 펩티드의 크로마토그래피 분해를 수행하기 위해 엑시젠트(Eksigent) 2D 모세관 HPLC 상의 0.375×180 mm 수펠코실(Supelcosil) ABZ+ 칼럼을 이용하여 0.1% 포름산으로의 수성 아세토니트릴 구배를 사용하였다. 이러한 펩티드 분리는, 전자분무 이온화(electrospray Ionization) 공정을 이온 공억제(ion co-suppression)에 적용하기 때문에 필요하며, 여기에서 보다 높은 양성자 친화도를 갖는 유형의 이온이, 보다 낮은 양성자 친화도를 갖는 이온과 동시에 전자분무 방출기로부터 용출될 경우(이 경우에 그 전자분무 방출기는 HPLC 칼럼의 끝과 함께 말단에 위치함), 보다 낮은 양성자 친화도를 가지는 이온의 이온 형성을 억제할 것이다.

이 방법은 트립신에 의한 분해로 생성된 다수의 펩티드가 크로마토그래피로 분리되도록 하고, 공억제 문제를 최소화하는 것을 도우며, 이로써 유사-분자 이온 공억제의 형성 가능성을 최대화하고, 이에 따라 이온 샘플링을 최대화한다. 이어서, 각 검체에 대한 트립신에 의한 펩티드를 LC-ESIMS에 적용하였다. LC-ESIMS에 의해, 각 검체 내의 펩티드를 상기 기재된 바와 같이 물, 아세토니트릴 및 포름산으로 구성된 용매계의 칼럼에 통과시킴으로써 경시적으로 각 검체 내 각 펩티드가 분리되었다.

이어서, 펩티드에 전자분무 이온화 소스를 분무함으로써, 펩티드를 이온화하고, 상기 기재된 바와 같이 펩티드 유사-분자 이온을 생성시켰다. 펩티드를 LC-ESIMS 내의 질량 분석기에 통과시켰고, 거기에서 각 펩티드 유사-분자 이온에 대해 분자 질량을 측정하였다. LC-ESIMS 내 통과 후, 질량 분광 데이터, 즉 강도, 분자량, 및 펩티드가 크로마토그래피 칼럼에서 용출하는 시간으로부터 각 샘플 내에 존재하는 펩티드에 대해 질량 분광 판독치를 산출하였다. 질량 분광 판독치는 일반적으로 LC-ESIMS에 의해 기록되는 펩티드 유사-분자 이온 기호를 그래프로 나타낸 것이고, 여기에서 x-축은 질량 대 전하 비의 측정값이고, y-축은 유사-분자 이온 기호의 강도이다. 이어서, 이 데이터를 LC-ESIMS를 통제하는 소프트웨어 시스템에 의해 처리하고, 이에 결과 데이터를 습득하여 저장한다.

일단 질량 분광 데이터를 수득하여 질량 분광 판독에 적용하면, 비교 분석을 수행하였고, 이 때 각 집단에 대해 LC-ESIMS로 시험한 각 혈장 검체의 질량 분광 판독을 병리간(interpathologically) 및 병리내(interpathologically) 양 방식 모두에 의해 수행하였다. 정상 집단에서 시험한 각 검체 간에 질량 분광 피크를 비교하였다. 이어서, 천식 집단, 및 폐암 집단에서 시험한 각 검체 간에 질량 분광 피크를 비교하였다. 일단 병리내 비교를 수행한 경우, 병리간 비교를 수행하였고, 여기에서 천식 집단에 대해 LC-ESIMS로 시험한 각 검체에 대한 질량 분광 판독치를 정상 집단에서 시험한 각 검체와 비교하였다. 마찬가지로, 폐암 집단에 대해 LC-ESIMS로 시험한 각 검체에 대한 질량 분광 판독치를 정상 집단에서 시험한 각 검체와 비교하였다.

펩티드 강도가 일관되지 않게 병리내 차등 발현되었거나 실질적으로 변경되지 않았음(강도가 10배 미만 변동됨)을 나타내는 질량 분광 판독치를 가지는 펩티드는, 천식 집단 또는 폐암 집단을 정상 집단과 비교할 때 비유의적이고 배제되는 것으로 결정되었다. 일반적으로, 사용된 배제 기준은 각 병리로부터의 개별 환자 혈장 검체의 분석에서 유도되는 10개 이상의 데이터 세트 전반에 걸쳐 소정의 단백질에 대한 동정된 특징적 펩티드의 절반 이상에 대한 펩티드 피크 강도들을 비교하는 것을 수반하였다. 소정의 단백질로부터 유래된 대부분의 펩티드 피크들의 강도가 혈장 데이터 세트의 80%에서 10배 이상 더 높은 강도였다면, 그 단백질을 2가지 병리학적 부류 간에 차등 제어되는 것으로 분류되었다.

그러나, 차등 제어되는 것으로 관찰된 펩티드를 일으키는 단백질의 실체가 알려져 있지 않았으며, 동정될 필요가 있었다. 단백질을 동정하기 위해, 공지된 단백질 및 펩티드와 의심의 단백질 및 펩티드의 라이브러리를 가지는 공지된 데이터베이스 전반에 걸쳐 펩티드 유사-분자 이온 신호 강도를 비교하였다.

각각의 정상 집단, 폐암 집단, 및 천식 집단으로부터의 각 검체에 대한 트립신에 의한 분해의 질량 분광 판독치를 MASCOT로 불리는 공지된 검색 엔진에 입력하였다. MASCOT는 4가지 주요 시퀀싱 데이터베이스, 즉 MSDB, NCBInr, SwissProt 및 dbEST 데이터베이스로부터 단백질을 동정하기 위해 질량분석 데이터를 이용하는, 당업계에 공지된 검색 엔진이다. 이 데이터베이스들은 유전자 서열로부터 유래되는 특징적 단백질 전사 개시 영역의 관찰에 기초하는 모든 추정 단백질 및 공지된 서열의 모든 단백질에 대한 정보를 포함한다. 이 데이터베이스들은 정확도 및 중복성을 위해 연속 체크하고, 신규 단백질로서 계속 부가하고, 유전자 서열은 동정되어 과학 문헌 및 특허 문헌에 공개되어 있다.

검색 기준 및 매개변수를 MASCOT 프로그램에 입력하였고, 각 집단에 대한 질량 분광 판독치로부터의 질량 분광 데이터를 MASCOT 프로그램에 운영시켰다. MASCOT 프로그램에 들어간 질량 분광 데이터는 각 병리의 모든 검체들에 대한 것이었다. 이어서, MASCOT 프로그램은 시퀀싱 데이터베이스에 대해 입력된 펩티드에 대한 질량 분광 데이터를 운영하였고, 이 때 각 펩티드에 대한 피크 강도 및 질량이 공지된 펩티드 및 단백질의 질량 및 피크 강도와 비교되었다. 이어서, MASCOT로써 검색 결과가 산출되었고, 이로부터 또한 시험한 각 샘플에 대한 "유의적 매치(matches)"로서 통상 알려진, 가능한 단백질 동정 매치의 후보 리스트가 얻어졌다.

시험한 각 검체에 대해 "MOWSE 스코어"로 알려진 스코어를 할당함으로써 MASCOT 프로그램에 의해 유의적 매치를 결정하였다. MOWSE 스코어는, 스코어가 -10^*LOG₁₀(P)(여기에서, P는 p가 0.05 미만일 경우에 관찰된 매치가 유의도 p 값에 상관하는 무작위 발생인 확률이고, 이는 과학 공동체에서 일반적으로 받아들여지는 표준임)인 알고리즘이다. 대략 55 내지 대략 66 이상의 MOWSE 스코어가 일반적으로 유의적인 것으로 간주된다. 유의도 수준은 특정 검색 고려사항 및 데이터베이스 매개변수로 인해 다소 변동된다. 유의적 매치는 각 펩티드 운영을 위해 회수되었고, 이에 따라 단백질의 후보 리스트가 얻어졌다.

다음으로, 본원에 전문이 참조 인용되는 US 20090069189에 기재된 것과 동일한 방법을 이용하여 비교 분석을 수행하였다.

질량 분광 판독치로부터의 데이터를 유의적 매치와 크로스체크하여, 원 데이터, 피크 실체, 전하 다중성, 동위원소 분포, 및 플랭킹 하전 상태를 확인하였다. 이어서, 역검색을 수행하여, 펩티드를 MASCOT 프로그램을 통한 자동화 검색에 의해 결실되었을 수 있는 후보 목록에 부가하였다. 비교 펩티드의 각 매개변수에 실질적으로 매칭되는 단일 단백질을 의미하는 "최량 매치(best match)"를 선택하고, 컴퓨터 시뮬레이션에 의한 분해를 수행함(여기에서, 트립신에 의한 펩티드 및 이의 각각의 분자량을 단백질의 공지된 아미노산 또는 유전자 서열에 기초하여 계산됨)으로써, 부가적 펩티드를 동정하였다. 이어서, 이 예측 펩티드 질량을 원 질량 분광 데이터에 대해 검색하고, 동정된 임의의 피크를 상기와 같이 조사하여 정량화하였다. 이어서, MASCOT에 의해 자동화 방식으로 동정된 펩티드 및 수동 조사에 의해 동정된 펩티드를 비롯한 모든 펩티드들을 MASCOT에 의해 질량 목록에 도입하였다. 이어서, 엄밀한(refined) 매치를 사용하여, 엄밀한 MOWSE 스코어를 유도한다.

동정 과정의 결과, 단백질 아르기나제-1은 천식 집단, 폐암 집단, 및/또는 정상 집단 간에 유의적으로 차등 발현되는 것으로 결정되었다. 상기 방법을 이용하여 동정된 다른 단백질은 BAC04615, Q6NSC8, CAF17350, Q6ZUD4, Q8N7P1, CAC69571, FERM 도메인 포함 단백질 4, JCC1445 프로테아좀 엔도펩티다제 복합 사슬 C2 장형 스플라이스 형태, 신탁신(Syntaxin) 11, AAK13083 및 AAK130490이다. 본원에 전문이 참조 인용되는 US 20090069189를 참조한다.

천식 환자 및 폐암 환자에서 일관되게 차등 발현되는 특정 단백질을 동정함에 따라, 환자의 혈장 내 단백질을 트립신에 의해 분해하고 LC-ESIMS에 의해 분석하고, 질량 분광 데이터를 수득하고, 질량 분광 데이터가 아르기나제-1, BAC04615, Q6NSC8, CAF17350, Q6ZUD4, Q8N7P1, CAC69571, FERM 도메인 포함 단백질 4, JCC1445 프로테아좀 엔도펩티다제 복합 사슬 C2 장형 스플라이스 형태, 신탁신 11, AAK13083 및 AAK130490 중 하나 이상의 피크를 포함하는지의 여부를 결정함으로써 질환의 진행에 있어 조기에 상기 병리를 진단하는 것이 가능하다. 이어서, 환자 샘플 내에서 발견되는 임의의 단백질의 수준을 정상 집단에서 발견되는 수준과 비교한다.

서열 번호 1에 개시된 아미노산 서열은 단백질 BAC04615에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 2에 개시된 아미노산 서열은 단백질 Q6NSC8에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 3에 개시된 아미노산 서열은 단백질 CAF17350에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 4에 개시된 아미노산 서열은 단백질 Q6ZUD4에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 5에 개시된 아미노산 서열은 단백질 FERM 도메인 포함 단백질 4에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 6에 개시된 아미노산 서열은 단백질 AAK1308에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 7에 개시된 아미노산 서열은 단백질 Q8N7P1에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 8에 개시된 아미노산 서열은 단백질 CAC69571에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 9에 개시된 아미노산 서열은 JCC1445 프로테아좀 엔도펩티다제 복합 사슬 C2 장형 스플라이스에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 10에 개시된 아미노산 서열은 단백질 신탁신 11에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 11에 개시된 아미노산 서열은 단백질 AAK13049에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다. 서열 번호 12에 개시된 아미노산 서열은 단백질 아르기나제-1에 대해 본원의 출원일자에 공지된 일차 아미노산 서열이다.

실시예 6

천식 환자로부터의 선택된 조직 검체를 실시예 5에 기재된 바와 동일한 방법에 적용하였다. 또한, 전문이 본원에 참조 인용되는 특허 출원 제61/176,437호를 참조한다.

동정 과정의 결과로서, 하기 단백질들이 천식 환자에서 유의적으로 차등 발현되는 것으로 결정되었다:

천식 환자에서 일관되게 차등 발현되는 5개의 특정 단백질을 동정함에 따라, 환자의 조직 검체 내 단백질을 트립신에 의해 분해하고 LC-ESIMS에 의해 분석하고, 질량 분광 데이터를 수득하며, 질량 분광 데이터가 서열 번호 13 내지 17 중 하나 이상의 피크를 포함하는지의 여부를 결정함으로써, 그 질환의 진행에 있어 조기에 상기 병리를 진단하는 것이 가능하다. 이어서, 환자 샘플 내 발견되는 임의의 단백질의 수준을 정상 집단에서 발견되는 수준과 비교한다.

실시예 7

비소세포 폐암에 대한 진단 시험

진단 정보가 요망되는 환자로부터 체액의 샘플을 수득한다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 하기 14개의 바이오마커들 중 7개의 샘플 내 농도를 결정한다: IL-13, I-TAC, MCP-1, MMP-1, MPO, HGF, 이오탁신, MMP-9, MMP-7, IP-10, SAA, 레시스틴, IL-5 및 sVACM-1. 각 바이오마커에 대한 샘플로부터의 측정 농도를 정상 인간 개체, 천식으로 진단된 개체의 집단, 및 NSCLC로 진단된 개체의 집단에서 동일 체액 내 발견되는 마커의 농도 범위와 비교한다. 정상 범위로부터의 편차는 폐 질환을 표시하고, 천식을 앓는 개체의 집단에 대한 범위로부터의 편차는 NSCLC를 표시한다. 14개로 된 동일 세트로부터의 바이오마커를 이용하는 환자에 대한 시험은 천식 또는 기타 반응성 기도 질환과 유사한 절차로 이용될 수 있다.

실시예 8

비소세포 폐암에 대한 치료의 모니터링

체액의 예비처리 샘플을, NSCLS로 진단된 환자로부터 그 질환에 대한 임의의 치료 전 상태에서 수득한다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 하기 24개 바이오마커들 중 8개의 샘플 내 농도를 결정한다: IL-13, EGF, I-TAC, MMP-1, IL-12(p70), 이오탁신, MMP-8, MCP-1, MPO, IP-10, SAA, HGF, MMP-9, MMP-12, 아밀린(총), MMP-7, IL-6, MIL-1β, 아디포넥틴, IL-10, IL-5, IL-4, SE-셀렉틴 및 MIP-1α. 각 바이오마커에 대한 샘플로부터의 측정 농도를 정상 인간 개체 내 동일 체액 내 발견되는 마커의 농도 범위와 비교할 수 있다. 예비처리 샘플을 취한 후, 환자는 수술 및 그에 이은 방사선 요법을 포함하는 치료적 중재를 받는다. 동일 체액의 샘플을 방사선 조사 전이 아닌, 수술 후에 취한다. 각 방사선 조사 기간 후에 부가 샘플을 취한다. 동일한 8개의 바이오마커의 각 샘플 내 농도를 결정한다. 각 바이오마커의 발현 수준의 변화를 주시하여, 질환 진행의 다른 증상과 비교한다.

실시예 9

예측 바이오마커의 선택

체액의 예비처리 샘플을, NSCLS로 진단된 환자의 집단으로부터 그 질환에 대한 임의의 치료 전 상태에서 수득한다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 하기 24개의 바이오마커들의 샘플 내 농도를 결정한다: IL-13, EGF, I-TAC, MMP-1, IL-12(p70), 이오탁신, MMP-8, MCP-1, MPO, IP-10, SAA, HGF, MMP-9, MMP-12, 아밀린(총), MMP-7, IL-6, MIL-1β, 아디포넥틴, IL-10, IL-5, IL-4, SE-셀렉틴 및 MIP-1α. 각 바이오마커에 대한 샘플로부터 측정 농도를 정상 인간 개체 내 동일 체액 내 발견되는 마커의 농도 범위와 비교한다. 예비처리 샘플을 취한 후, 각 환자는 수술 및 그에 이은 방사선 요법을 포함하는 치료적 중재를 받는다. 동일 체액의 샘플을 방사선 조사 전이 아닌, 수술 후에 취한다. 각 방사선 조사 기간 후에 부가 샘플을 취한다. 24개의 바이오마커들의 각 샘플 내 농도를 결정한다. 각 바이오마커의 발현 수준의 변화를 주시하여, 질환 진행의 다른 증상과 비교한다. 치료 후에 수준이 변화하는 모든 바이오마커들을 동정한다.

실시예 10

감수성 환자의 선택

체액의 샘플은 NSCLS로 진단된 환자로부터 수득된다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 전 실시예에서 동정된 각각의 바이오마커의 샘플 내 농도를 결정하고, 가장 많은 수의 바이오마커가 정상과 편차를 가지는 값을 나타내는 환자를 치료를 위해 선택한다.

실시예 11

남성 대상 내 비소세포 폐암에 대한 진단 시험

체액의 샘플은 진단 정보가 요망되는 남성 환자로부터 수득된다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 하기 14개의 바이오마커들 중 7개의 샘플 내 농도를 결정한다: I-TAC, MPO, HGF, MMP-1, MMP-8, 이오탁신, IL-8, MMP-7, IP-10, sVACM-1, IL-10, 아디포넥틴, SAP 및 IFN-γ. 각 바이오마커에 대한 샘플로부터 측정 농도를, 정상 인간 남성 개체, 천식으로 진단된 남성 개체의 집단, 및 NSCLC로 진단된 남성 개체의 집단 내 동일 체액에서 발견되는 마커의 농도 범위와 비교한다. 정상 범위로부터의 편차는 폐 질환을 표시하고, 천식을 앓는 개체의 집단에 대한 범위로부터의 편차는 NSCLC를 표시한다. 14개로 된 동일 세트로부터의 바이오마커를 이용한 환자에 대한 시험은 천식 또는 기타 반응성 기도 질환과 유사한 절차로 이용될 수 있다.

실시예 12

남성 대상에서의 비소세포 폐암에 대한 대안 시험

표 1 내지 15에 나타낸 모든 바이오마커들 중 모두는 아니나 대다수의 바이오마커들은 상기 분류 소통 경로에 관여한다. 바이오마커들 중 일부는 일차 상호작용자로서 서로 관계된다. 진단 또는 예후 검정법에 사용하기 위한 마커의 선택은, 특정 바이오마커와 이의 일차 상호작용자 간의 공지된 관계를 이용하여 촉진될 수 있다. 표 16B 상에 열거된 바이오마커들 간의 공지된 소통 관계가 아리아드네 시스템에 의해 생성된 도 9에서 볼 수 있다. 도 9는, HGF(간세포 성장 인자)의 일차 상호작용자에는 sFasL(가용성 Fas 리간드), PAI-1(세파린 플라스미노겐 활성자 억제제 1)(활성/총), Ins(인슐린; 이 또한 C-펩티드를 포함함), EGF(상피세포 성장 인자), MPO(마이엘로퍼옥시다제) 및 MIF(유주 저지 인자)가 포함됨을 보여준다. 기타 상호작용자(일차 상호작용자는 아님)에는 RETN(레시스틴, xcp1), SAA1(혈청 아밀로이드 A, SAA), CCL11(이오탁신), LEP(렙틴) 및 CXCL11(케모카인(C-X-C 모티프) 리간드 11, 인터페론-유도성 T-세포 알파 화학유인물질(I-TAC) 또는 인터페론-감마-유도성 단백질 9(IP-9))이 포함됨을 보여준다. 부가적으로, 도 9는 2개의 바이오마커 MMP-1 및 MMP-8(기질 메탈로프로테아제 1 및 8)이 HGF과의 소통 경로에 있지 않음을 보여준다.

바이오마커의 선택을 측정함으로써 수집되는 정보를 최대화하기 위한 한 방식은, 동일 소통 경로에 있지 않은 바이오마커가 수집에 포함되도록 복수개의 바이오마커들을 선택하는 것이다. 표 16B 내의 바이오마커의 목록을 이용하면, 적어도 HGF, 또는 HGF와 일차 상호작용자인 또 다른 바이오마커, 및 MMP-8의 수준이 남성 대상에서 이상(abnormal)일 경우, 대상이 폐암을 앓을 가능성이 더욱 큰 것으로 보인다. MMP-1의 수준도 이상인 경우, 그 가능성은 더욱 높다. 따라서, 본 발명에 따른, 남성 대상에서 폐암을 진단하기 위한 한 방법은, 정상 집단에서 예상되는 범위와 비교되는, 적어도 HGF, 또는 HGF와 일차 상호작용자인 또 다른 바이오마커, 및 MMP-8의 수준을 결정하여, 그 수준을 정상 집단에 대해 예상되는 범위와 비교하여, 이 바이오마커들의 수준이 이상인지를 확인하는 것이다. 한 바람직한 방식에서, 진단 방법은 또한 MMP-1의 수준이 정상인지의 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 더욱 바람직하게, CXCL11, LEP, SAA1 및/또는 RETN 중 하나 이상도 또한 결정하여, 그 수준을 정상 개체의 집단에 대해 예상되는 범위와 비교한다. 이상 수준으로 존재하는 상기 바이오마커들의 수가 많을수록, 대상이 폐암을 앓을 가능성이 더욱 크다.

실시예 13

남성에서의 비소세포 폐암에 대한 치료의 모니터링

체액의 예비처리 샘플을, NSCLS로 진단된 환자의 집단으로부터 그 질환에 대한 임의의 치료 전 상태에서 수득한다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 하기 24개의 바이오마커들 중 8개의 샘플 내 농도를 결정한다: IL-13, I-TAC, EGF, MPO, HGF, MMP-1, MMP-8, MIF, 이오탁신, IL-12(p70), MCP-1, MMP-9, SAA, IP-10, 아밀린(총), MMP-7, 레시스틴, IL-6, MlP-1β, TNF-α, IL-8, IL-5, CRP 및 IL-10. 각 바이오마커에 대한 샘플로부터의 측정 농도를 정상 인간 개체 내 동일 체액 내 발견되는 마커의 농도 범위와 비교할 수 있다. 예비처리 샘플을 취한 후, 환자는 수술 및 그에 이은 방사선 요법을 포함하는 치료적 중재를 받는다. 동일 체액의 샘플을 방사선 조사 전이 아닌, 수술 후에 취한다. 각 방사선 조사 기간 후에 부가 샘플을 취한다. 동일한 8개의 바이오마커의 각 샘플 내 농도를 결정한다. 각 바이오마커의 발현 수준의 변화를 주시하여, 질환 진행의 다른 증상과 비교한다.

실시예 14

예측 바이오마커의 선택

체액의 예비처리 샘플을, NSCLS로 진단된 환자의 집단으로부터 그 질환에 대한 임의의 치료 전 상태에서 수득한다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 하기 24개의 바이오마커들의 샘플 내 농도를 결정한다: IL-13, I-TAC, EGF, MPO, HGF, MMP-1, MMP-8, MIF, 이오탁신, IL-12(p70), MCP-1, MMP-9, SAA, IP-10, 아밀린(총), MMP-7, 레시스틴, IL-6, MIP-1β, TNF-α, IL-8, IL-5, CRP 및 IL-10. 각 바이오마커에 대한 샘플로부터의 측정 농도를 정상 인간 개체 내 동일 체액 내 발견되는 마커의 농도 범위와 비교한다. 예비처리 샘플을 취한 후, 각 환자는 수술 및 그에 이은 방사선 요법을 포함하는 치료적 중재를 받는다. 동일 체액의 샘플을 방사선 조사 전이 아닌, 수술 후에 취한다. 각 방사선 조사 기간 후에 부가 샘플을 취한다. 24개의 바이오마커들의 각 샘플 내 농도를 결정한다. 각 바이오마커의 발현 수준의 변화를 주시하여, 질환 진행의 다른 증상과 비교한다. 치료 후에 수준이 변화하는 모든 바이오마커들이 동정된다.

실시예 15

감수성 환자의 선택

체액의 샘플을 NSCLS로 진단된 남성 환자로부터 수득한다. 샘플은 바람직하게 혈액 혈청 또는 혈장이다. 전 실시예에서 동정된 각각의 바이오마커의 샘플 내 농도를 결정하고, 가장 많은 수의 바이오마커가 정상과 편차를 가지는 값을 나타내는 환자를 치료를 위해 선택한다.

SEQUENCE LISTING <110> CANCER PREVENTION AND CURE, LTD. STREEPER, Robert T. IZBICKA, Elzbieta BAEK, Sung H. <120> METHODS OF IDENTIFICATION, ASSESSMENT, PREVENTION AND THERAPY OF LUNG DISEASES AND KITS THEREOF INCLUDING GENDER-BASED IDENTIFICATION, ASSESSMENT, PREVENTION AND THERAPY <130> 75398.000014 <140> PCT/US2010/27243 <141> 2010-03-12 <150> 61/237,198 <151> 2009-08-26 <150> 12/403,369 <151> 2009-03-12 <160> 17 <170> PatentIn version 3.3 <210> 1 <211> 319 <212> PRT <213> Homo sapien <400> 1 Met Val Leu Ser Glu Leu Ala Ala Arg Leu Asn Cys Ala Glu Tyr 5 10 15 Lys Asn Trp Val Lys Ala Gly His Cys Leu Leu Leu Leu Arg Ser 20 25 30 Cys Leu Gln Gly Phe Val Gly Arg Glu Val Leu Ser Phe His Arg 35 40 45 Gly Leu Leu Ala Ala Ala Pro Gly Leu Gly Pro Arg Ala Val Cys 50 55 60 Arg Gly Gly Ser Arg Cys Ser Pro Arg Ala Arg Gln Phe Gln Pro 65 70 75 Gln Cys Gln Val Cys Ala Glu Trp Lys Arg Glu Ile Leu Arg His 80 85 90 His Val Asn Arg Asn Gly Asp Val His Trp Gly Asn Cys Arg Pro 95 100 105 Gly Arg Trp Pro Val Asp Ala Trp Glu Val Ala Lys Ala Phe Met 110 115 120 Pro Arg Gly Leu Ala 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<211> 1046 <212> PRT <213> Homo sapien <400> 15 Arg Gln Gly Gly Arg Pro Ser Ser Pro Gln Ala Ser Arg Ala Arg Gln 1 5 10 15 Leu Pro Ser Ile Glu Ile Gln Gln Trp Glu Gln Asn Leu Glu Lys Phe 20 25 30 His Met Asp Leu Phe Arg Met Arg Cys Tyr Leu Ala Ser Leu Gln Gly 35 40 45 Gly Glu Leu Pro Asn Pro Lys Ser Leu Leu Ala Ala Ala Ser Arg Pro 50 55 60 Ser Lys Leu Ala Leu Gly Arg Leu Gly Ile Leu Ser Val Ser Ser Phe 65 70 75 80 His Ala Leu Val Cys Ser Arg Asp Asp Ser Ala Leu Arg Lys Arg Thr 85 90 95 Leu Ser Leu Thr Gln Arg Gly Arg Asn Lys Lys Gly Ile Phe Ser Ser 100 105 110 Leu Lys Gly Leu Asp Thr Leu Ala Arg Lys Gly Lys Glu Lys Arg Pro 115 120 125 Ser Ile Thr Gln Val Asp Glu Leu Leu His Ile Tyr Gly Ser Thr Val 130 135 140 Asp Gly Val Pro Arg Asp Asn Ala Trp Glu Ile Gln Thr Tyr Val His 145 150 155 160 Phe Gln Asp Asn His Gly Val Thr Val Gly Ile Lys Pro Glu His Arg 165 170 175 Val Glu Asp Ile Leu Thr Leu Ala Cys Lys Met Arg Gln Leu Glu Pro 180 185 190 Ser His Tyr Gly Leu Gln Leu Arg Lys Leu Val Asp Asp Asn Val Glu 195 200 205 Tyr Cys Ile Pro Ala Pro Tyr Glu Tyr Met Gln Gln Gln Val Tyr Asp 210 215 220 Glu Ile Glu Val Phe Pro Leu Asn Val Tyr Asp Val Gln Leu Thr Lys 225 230 235 240 Thr Gly Ser Val Cys Asp Phe Gly Phe Ala Val Thr Ala Gln Val Asp 245 250 255 Glu Arg Gln His Leu Ser Arg Ile Phe Ile Ser Asp Val Leu Pro Asp 260 265 270 Gly Leu Ala Tyr Gly Glu Gly Leu Arg Lys Gly Asn Glu Ile Met Thr 275 280 285 Leu Asn Gly Glu Ala Val Ser Asp Leu Asp Leu Lys Gln Met Glu Ala 290 295 300 Leu Phe Ser Glu Lys Ser Val Gly Leu Thr Leu Ile Ala Arg Pro Pro 305 310 315 320 Asp Thr Lys Ala Thr Leu Cys Thr Ser Trp Ser Asp Ser Asp Leu Phe 325 330 335 Ser Arg Asp Gln Lys Ser Leu Leu Pro Pro Pro Asn Gln Ser Gln Leu 340 345 350 Leu Glu Glu Phe Leu Asp Asn Phe Lys Lys Asn Thr Ala Asn Asp Phe 355 360 365 Ser Asn Val Pro Asp Ile Thr Thr Gly Leu Lys Arg Ser Gln Thr Asp 370 375 380 Gly Thr Leu Asp Gln Val Ser His Arg Glu Lys Met Glu Gln Thr Phe 385 390 395 400 Arg Ser Ala Glu Gln Ile Thr Ala Leu Cys Arg Ser Phe Asn Asp Ser 405 410 415 Gln Ala Asn Gly Met Glu Gly Pro Arg Glu Asn Gln Asp Pro Pro Pro 420 425 430 Arg Ser Leu Ala Arg His Leu Ser Asp Ala Asp Arg Leu Arg Lys Val 435 440 445 Ile Gln Glu Leu Val Asp Thr Glu Lys Ser Tyr Val Lys Asp Leu Ser 450 455 460 Cys Leu Phe Glu Leu Tyr Leu Glu Pro Leu Gln Asn Glu Thr Phe Leu 465 470 475 480 Thr Gln Asp Glu Met Glu Ser Leu Phe Gly Ser Leu Pro Glu Met Leu 485 490 495 Glu Phe Gln Lys Val Phe Leu Glu Thr Leu Glu Asp Gly Ile Ser Ala 500 505 510 Ser Ser Asp Phe Asn Thr Leu Glu Thr Pro Ser Gln Phe Arg Lys Leu 515 520 525 Leu Phe Ser Leu Gly Gly Ser Phe Leu Tyr Tyr Ala Asp His Phe Lys 530 535 540 Leu Tyr Ser Gly Phe Cys Ala Asn His Ile Lys Val Gln Lys Val Leu 545 550 555 560 Glu Arg Ala Lys Thr Asp Lys Ala Phe Lys Ala Phe Leu Asp Ala Arg 565 570 575 Asn Pro Thr Lys Gln His Ser Ser Thr Leu Glu Ser Tyr Leu Ile Lys 580 585 590 Pro Val Gln Arg Val Leu Lys Tyr Pro Leu Leu Leu Lys Glu Leu Val 595 600 605 Ser Leu Thr Asp Gln Glu Ser Glu Glu His Tyr His Leu Thr Glu Ala 610 615 620 Leu Lys Ala Met Glu Lys Val Ala Ser His Ile Asn Glu Met Gln Lys 625 630 635 640 Ile Tyr Glu Asp Tyr Gly Thr Val Phe Asp Gln Leu Val Ala Glu Gln 645 650 655 Ser Gly Thr Glu Lys Glu Val Thr Glu Leu Ser Met Gly Glu Leu Leu 660 665 670 Met His Ser Thr Val Ser Trp Leu Asn Pro Phe Leu Ser Leu Gly Lys 675 680 685 Ala Arg Lys Asp Leu Glu Leu Thr Val Phe Val Phe Lys Arg Ala Val 690 695 700 Ile Leu Val Tyr Lys Glu Asn Cys Lys Leu Lys Lys Lys Leu Pro Ser 705 710 715 720 Asn Ser Arg Pro Ala His Asn Ser Thr Asp Leu Asp Pro Phe Lys Phe 725 730 735 Arg Trp Leu Ile Pro Ile Ser Ala Leu Gln Val Arg Leu Gly Asn Pro 740 745 750 Ala Gly Thr Glu Asn Asn Ser Ile Trp Glu Leu Ile His Thr Lys Ser 755 760 765 Glu Ile Glu Gly Arg Pro Glu Thr Ile Phe Gln Leu Cys Cys Ser Asp 770 775 780 Ser Glu Ser Lys Thr Asn Ile Val Lys Val Ile Arg Ser Ile Leu Arg 785 790 795 800 Glu Asn Phe Arg Arg His Ile Lys Cys Glu Leu Pro Leu Glu Lys Thr 805 810 815 Cys Lys Asp Arg Leu Val Pro Leu Lys Asn Arg Val Pro Val Ser Ala 820 825 830 Lys Leu Ala Ser Ser Arg Ser Leu Lys Val Leu Lys Asn Ser Ser Ser 835 840 845 Asn Glu Trp Thr Gly Glu Thr Gly Lys Gly Thr Leu Leu Asp Ser Asp 850 855 860 Glu Gly Ser Leu Ser Ser Gly Thr Gln Ser Ser Gly Cys Pro Thr Ala 865 870 875 880 Glu Gly Arg Gln Asp Ser Lys Ser Thr Ser Pro Gly Lys Tyr Pro His 885 890 895 Pro Gly Leu Ala Asp Phe Ala Asp Asn Leu Ile Lys Glu Ser Asp Ile 900 905 910 Leu Ser Asp Glu Asp Asp Asp His Arg Gln Thr Val Lys Gln Gly Ser 915 920 925 Pro Thr Lys Asp Ile Glu Ile Gln Phe Gln Arg Leu Arg Ile Ser Glu 930 935 940 Asp Pro Asp Val His Pro Glu Ala Glu Gln Gln Pro Gly Pro Glu Ser 945 950 955 960 Gly Glu Gly Gln Lys Gly Gly Glu Gln Pro Lys Leu Val Arg Gly His 965 970 975 Phe Cys Pro Ile Lys Arg Lys Ala Asn Ser Thr Lys Arg Asp Arg Gly 980 985 990 Thr Leu Leu Lys Ala Gln Ile Arg His Gln Ser Leu Asp Ser Gln Ser 995 1000 1005 Glu Asn Ala Thr Ile Asp Leu Asn Ser Val Leu Glu Arg Glu Phe 1010 1015 1020 Ser Val Gln Ser Leu Thr Ser Val Val Ser Glu Glu Cys Phe Tyr 1025 1030 1035 Glu Thr Glu Ser His Gly Lys Ser 1040 1045 <210> 16 <211> 232 <212> PRT <213> Homo sapien <400> 16 Met Glu Asp Leu Glu Glu Asp Val Arg Phe Ile Val Asp Glu Thr Leu 1 5 10 15 Asp Phe Gly Gly Leu Ser Pro Ser Asp Ser Arg Glu Glu Glu Asp Ile 20 25 30 Thr Val Leu Val Thr Pro Glu Lys Pro Leu Arg Arg Gly Leu Ser His 35 40 45 Arg Ser Asp Pro Asn Ala Val Ala Pro Ala Pro Gln Gly Val Arg Leu 50 55 60 Ser Leu Gly Pro Leu Ser Pro Glu Lys Leu Glu Glu Ile Leu Asp Glu 65 70 75 80 Ala Asn Arg Leu Ala Ala Gln Leu Glu Gln Cys Ala Leu Gln Asp Arg 85 90 95 Glu Ser Ala Gly Glu Gly Leu Gly Pro Arg Arg Val Lys Pro Ser Pro 100 105 110 Arg Arg Glu Thr Phe Val Leu Lys Asp Ser Pro Val Arg Asp Leu Leu 115 120 125 Pro Thr Val Asn Ser Leu Thr Arg Ser Thr Pro Ser Pro Ser Ser Leu 130 135 140 Thr Pro Arg Leu Arg Ser Asn Asp Arg Lys Gly Ser Val Arg Ala Leu 145 150 155 160 Arg Ala Thr Ser Gly Lys Arg Pro Ser Asn Met Lys Arg Glu Ser Pro 165 170 175 Thr Cys Asn Leu Phe Pro Ala Ser Lys Ser Pro Ala Ser Ser Pro Leu 180 185 190 Thr Arg Ser Thr Pro Pro Val Arg Gly Arg Ala Gly Pro Ser Gly Arg 195 200 205 Ala Ala Ala Ser Pro Pro Thr Pro Ile Arg Ser Val Leu Ala Pro Gln 210 215 220 Pro Ser Thr Ser Asn Ser Gln Arg 225 230 <210> 17 <211> 63 <212> PRT <213> Homo sapien <400> 17 Met Leu Gly Gln Ser Ile Arg Arg Phe Thr Thr Ser Val Val Arg Arg 1 5 10 15 Ser His Tyr Glu Glu Gly Pro Gly Lys Asn Leu Pro Phe Ser Val Glu 20 25 30 Asn Lys Trp Ser Leu Leu Ala Lys Met Cys Leu Tyr Phe Gly Ser Ala 35 40 45 Phe Ala Thr Pro Phe Leu Val Val Arg His Gln Leu Leu Lys Thr 50 55 60 Page 1

Claims (47)

1. 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하고, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 폐 질환을 나타내는 것인, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법.
2. 대상의 생리학적 샘플 내, 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하는 단계, 및 상기 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 상기 표들의 조합으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하고, 상기 하나 이상의 폴리펩티드 및 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 상기 표들의 조합으로부터의 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 폐 질환을 나타내는 것인, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법.
3. 대상의 생리학적 샘플 내, 서열 번호 12의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하고, 상기 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도는 폐 질환을 나타내는 것인, 대상에서의 생리학적 특징분석 방법.
4. 제1항에 있어서, 생리학적 특징분석은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 2, 표 6, 표 10, 표 17 또는 표 21로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하는 대상에서 반응성 기도 질환을 진단하는 것이고, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 반응성 기도 질환을 나타내는 것인 방법.
5. 제1항에 있어서, 생리학적 특징분석은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 3, 표 7, 표 11, 표 18 또는 표 22로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 상기 대상에서 결정하는 단계를 포함하는 대상에서 비소세포 폐암을 진단하는 것이고, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 비소세포 폐암의 존재 또는 발생을 나타내는 것인 방법.
6. 제1항에 있어서, 생리학적 특징분석은 대상의 생리학적 샘플 내, 표 4, 표 8, 표 12, 표 19 또는 표 23으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하는 단계를 포함하는 대상에서 폐 질환을 진단하는 것이고, 상기 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도는 폐 질환을 진단하는 것을 보조하는 것인 방법.
7. 제1항, 제2항, 또는 제4항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 바이오마커는 복수개의 바이오마커들을 포함하는 방법.
8. 제1항, 제2항, 또는 제4항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 바이오마커는 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 복수개의 바이오마커는 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터 선택되는 것인 방법.
9. 제8항에 있어서, 추가로 상기 하나 이상의 바이오마커가 또한 표 13B 및/또는 표 14B에 있는 것인 방법.
10. 제1항, 제2항 또는 제4항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 인간은 남성이고, 상기 바이오마커는 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 복수개의 바이오마커는 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터 선택되는 것인 방법.
11. 제1항, 제2항 또는 제4항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 인간은 여성이고, 상기 하나 이상의 바이오마커는 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 복수개의 바이오마커는 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터 선택되는 것인 방법.
12. 제10항 또는 제11항에 있어서, 추가로 상기 하나 이상의 바이오마커가 또한 표 13A 및/또는 표 14A에 있는 것인 방법.
13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상의 생리학적 샘플 내, 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22 또는 표 23으로부터의 바이오마커에 연결된 하나 이상의 일차 상호작용자의 발현 정도를 결정하는 단계를 추가로 포함하고, 상기 하나 이상의 일차 상호작용자의 발현 정도는 폐 질환을 나타내는 것인 생리학적 특징분석 방법.
14. 제1항 내지 제3항 또는 제6항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폐 질환은 비소세포 폐암 또는 반응성 기도 질환인 방법.
15. 제4항 또는 제14항에 있어서, 상기 반응성 기도 질환은 천식인 방법.
16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 정도를 결정하는 단계는 정량적 다중 면역검정법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상의 생리학적 샘플을 수득하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 생리학적 샘플은 혈액 혈청 또는 혈장과 같은 체액인 방법.
19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상은 인간과 같은 포유동물인 방법.
20. (a) 대상 내 MMP-8의 수준이 비정상인지의 여부를 결정하는 단계; 및
    (b) 대상에서 간세포 성장 인자(HGF), 가용성 Fas 리간드(sFasL), PAI-I, 인슐린(INS), 상피세포 성장 인자(EGF), 마이엘로퍼옥시다제(MPO), 대식세포 유주 저지 인자(MIF) 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 바이오마커의 수준이 비정상인지의 여부를 결정하는 단계로서, 상기 바이오마커의 비정상 수준은 폐 질환을 나타내는 것인 단계를 포함하는, 대상의 생리학적 특징분석 방법.
21. 제21항에 있어서, 대상 내 MMP-1의 수준이 비정상인지의 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
22. 제20항 또는 제21항에 있어서, 단계 (b)는 대상 내 HGF의 수준이 비정상인지의 여부를 결정하는 것을 포함하는 방법.
23. (a) 대상 내 MMP-8 또는 이에 연결된 일차 상호작용자의 수준을 측정하는 단계; 및
    (b) 대상에서 HGF, sFasL, PAI-I, INS, EGF, MPO 및 MIF, 또는 이에 연결된 일차 상호작용자로 이루어진 군으로부터 선택되는 바이오마커의 수준을 측정하는 단계를 포함하고, 상기 바이오마커 또는 이에 연결된 상기 일차 상호작용자의 수준이 비정상인 경우, 대상은 폐 질환의 가능성이 증가되는 것인, 대상의 생리학적 특징분석 방법.
24. 제23항에 있어서, 대상 내 MMP-1 또는 이에 연결된 일차 상호작용자의 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함하고, 상기 바이오마커 또는 이에 연결된 상기 일차 상호작용자의 수준이 비정상인 경우, 대상은 폐 질환의 가능성이 증가되는 것인 방법.
25. 제23항 또는 제24항에 있어서, 단계 (b)는 대상 내 HGF의 수준을 측정하는 것을 포함하는 방법.
26. (a) 남성 대상 내 INS, MMP-7, MMP-8, 레시스틴 및/또는 HGF 중 2개 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계; 및
    (b) 단계 (a)에서 결정된 수준을 정상 대상 내 상기 2개 이상의 바이오마커의 수준과 비교하는 단계를 포함하고, 상기 비교에 의해 각 바이오마커가 상기 대상에서 상향조절 또는 하향조절되는지의 여부를 결정할 수 있고, 또한 INS가 하향조절되고/되거나 MMP-7, MMP-8, 레시스틴 및/또는 HGF가 상향조절되는 경우, 상기 남성 대상이 폐 질환을 앓을 가능성이 증가되는 것인, 남성 대상의 생리학적 특징분석 방법.
27. 제26항에 있어서, 단계 (a)는 상기 바이오마커들 중 3개 이상, 바람직하게는 4개 이상, 더욱 바람직하게는 5개 이상의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
28. (a) 여성 대상 내 IL-8, 혈청 아밀로이드 P, 혈청 아밀로이드 A, 및 C-반응성 단백질 중 2개 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계; 및
    (b) 단계 (a)에서 결정된 수준을 정상 대상 내 상기 2개 이상의 바이오마커의 수준과 비교하는 단계를 포함하고, 상기 비교에 의해 각 바이오마커가 상기 대상 내 상향조절 또는 하향조절되는지의 여부를 결정할 수 있고, 또한 IL-8 및/또는 혈청 아밀로이드 P가 하향조절되고/되거나, 혈청 아밀로이드 A 및/또는 C-반응성 단백질이 상향조절되는 경우, 상기 여성 대상이 폐 질환을 앓을 가능성이 증가되는 것인, 여성 대상의 생리학적 특징분석 방법.
29. 제26항에 있어서, 단계 (a)는 상기 바이오마커들 중 3개 이상, 바람직하게는 4개 이상의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
30. (a) 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터 복수개의 바이오마커를 선택하는 단계;
    (b) 상기 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및
    (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계를 포함하는, 대상에서 폐 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법.
31. (a) 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드, 및 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터의 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계;
    (b) 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드, 및 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 선택하는 단계; 및
    (c) 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단을 포함하는 키트를 설계하는 단계
    를 포함하는, 대상에서 폐 질환을 진단하기 위한 키트를 설계하는 방법.
32. 제30항 또는 제31항에 있어서, 상기 바이오마커는 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 상기 바이오마커는 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터의 복수개의 바이오마커들로부터 선택되는 것인 방법.
33. 제30항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 표 13B 및/또는 표 14B로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
34. 제30항 또는 제31항에 있어서, 상기 대상은 남성이고, 상기 바이오마커는 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되며, 바람직하게 복수개의 바이오마커는 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터 선택되는 것인 방법.
35. 제30항 또는 제31항에 있어서, 상기 대상은 여성이고, 상기 하나 이상의 바이오마커는 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되며, 바람직하게 복수개의 바이오마커는 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터 선택되는 것인 방법.
36. 제35항 또는 제36항에 있어서, 표 13A 및/또는 표 14A로부터 하나 이상의 바이오마커를 선택하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
37. 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터의 복수개의 바이오마커들의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트.
38. (a) 서열 번호 1 내지 17로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리펩티드의 발현 정도를 결정하기 위한 수단, 및 (b) 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 포함하는 키트.
39. 제37항 또는 제38항에 있어서, 상기 하나 이상의 바이오마커는 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 상기 바이오마커는 표 1A, 표 1B, 표 1C, 표 2, 표 3, 표 4, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터의 복수개의 바이오마커들로부터 선택되는 것인 키트.
40. 제37항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 표 13B 및/또는 표 14B로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 추가로 포함하는 키트.
41. 제37항 또는 제38항에 있어서, 상기 하나 이상의 바이오마커는 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 상기 바이오마커는 표 5A, 표 5B, 표 5C, 표 6, 표 7, 표 8, 표 16A, 표 16B, 표 16C, 표 17, 표 18, 표 19, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터의 복수개의 바이오마커들로부터 선택되는 것인 키트.
42. 제37항 또는 제38항에 있어서, 상기 하나 이상의 바이오마커는 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합으로부터 선택되고, 바람직하게 상기 바이오마커는 표 9A, 표 9B, 표 9C, 표 10, 표 11, 표 12, 표 20A, 표 20B, 표 20C, 표 21, 표 22, 표 23, 또는 이 표들의 조합의 바이오마커 번호 1 내지 20, 더욱 바람직하게는 바이오마커 번호 1 내지 10으로부터의 복수개의 바이오마커들로부터 선택되는 것인 키트.
43. 제41항 또는 제42항에 있어서, 표 13A 및/또는 표 14A로부터의 하나 이상의 바이오마커의 발현 정도를 결정하기 위한 수단을 추가로 포함하는 키트.
44. 제37항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 바이오마커는 폴리펩티드인 키트.
45. 제37항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 정도를 결정하기 위한 상기 수단은 검출제를 포함하는 키트.
46. 제45항에 있어서, 상기 검출제는 상기 바이오마커 또는 상기 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 시약을 포함하는 키트.
47. 제46항에 있어서, 상기 시약은 항체를 포함하는 키트.

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