KR20150068925A - 변형된 미생물 및 이를 사용하여 부타디엔을 만드는 방법 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 일반적으로 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 하나 이상의 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물에 관한 것이다. 또한 부타디엔 및 그것으로부터 유래된 생성물의 생산에서의 사용을 포함하는, 산업 공정에서 미생물을 사용하는 방법이 제공된다.
Description
부타디엔 (1,3-부타디엔, CH2=CH-CH=CH2, CAS 106-99-0)은 전형적으로 증기 분해 (steam cracking) 석유-기반 탄화수소에 의해 제조된 (다른 4-탄소 분자와 함께), 선형, 컨쥬게이티드(conjugated) 4-탄소 탄화수소이다. 이 공정은 열악한 조건 및 고온 (적어도 약 850℃)을 수반한다. 다른 부타디엔 생산 방법은 유독성 및/또는 고가의 촉매, 높은 가연성 및/또는 기체 탄소 공급원, 및 고온을 수반한다. 전세계적으로, 매년 수백만 톤의 부타디엔-함유 폴리머가 생산된다. 부타디엔은 폴리머화되어 폴리부타디엔을 형성하거나, 또는 니켈 촉매의 존재시 시안화수소(청산)와 반응하여 아디포니트릴, 나일론의 전구체를 형성할 수 있다. 하지만, 더 일반적으로는, 부타디엔은 다른 올레핀과 폴리머화되어 아크릴로니트릴-부타디엔-스티렌 (ABS), 아크릴로니트릴-부타디엔 (ABR), 또는 스티렌-부타디엔 (SBR) 코폴리머와 같은 코폴리머를 형성한다.
본 발명은 일반적으로 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 하나 이상의 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물(예를 들어,비-자연적으로 발생한 미생물, 본원에서 변형된 미생물로도 불림) 및 부타디엔 및 그것으로부터 유래된 생성물의 생산에 사용되는 것들을 포함하는, 산업 공정에서의 이러한 미생물의 사용에 관한 것이다.
본 발명은 발효성 탄소 공급원을 제공하는 단계; 발효성 탄소 공급원을 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및 발효 배지에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물과 접촉시키는 단계; 및 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 부타디엔을 생산하기 위해 미생물에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하는 단계를 포함하는, 발효성 탄소 공급원으로부터 부타디엔을 생산하는 방법을 제공한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 부타디엔은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질; 크로토닐-CoA 중간물질; 및/또는 포름산 중간물질을 통해 생산된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 58-78 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 케토티올라제를 포함하는, 케토티올라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 103-123 중 어느 하나에 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 산화 환원 효소를 포함하는 산화 환원 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, (R) 또는 (S) 히드록시알레릴-CoA의 2-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 37-55 중 어느 하나에 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 탈수 효소를 포함하는, 탈수 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 2-펜테노일-CoA의 2-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, 각각 SEQ ID NOs: 1-28 또는 29-33 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 전이 효소 또는 가수분해 효소를 포함하는, 전이 효소 또는 가수분해 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 2-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 79-98 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 데카르복실라제를 포함하는, 데카르복실라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 2-펜텐산의 4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 99-102 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 이소머라제를 포함하는, 이소머라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 79-98 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 데카르복실라제를 포함하는, 데카르복실라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 2-펜테노일-CoA의 펜트-2,4-디에노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 124-139 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 데히드로게나제를 포함하는, 데히드로게나제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 펜트-2,4-디에노일-CoA의 펜트-2,4-디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, 각각 SEQ ID NOs: 1-28 또는 29-33 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 전이 효소 또는 가수분해 효소를 포함하는, 전이 효소 또는 가수분해 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 2,4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 79-98 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 데카르복실라제를 포함하는, 데카르복실라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 크로토닐-CoA의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 103-123 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 산화 환원 효소를 포함하는, 산화 환원 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 크로토닐-CoA의 크로톤알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 103-123 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 산화 환원 효소를 포함하는, 산화 환원 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 크로톤알데히드의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 예를 들어, 각각 SEQ ID NOs: 103-123 또는 SEQ ID NOs: 34-36 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 산화 환원 효소 또는 합성 효소를 포함하는, 산화 환원 효소 또는 CoA 합성 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 크로토닐 알콜의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 37-55 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 탈수 효소를 포함하는, 탈수 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, C02의 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 124-139 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 데히드로게나제를 포함하는, 데히드로게나제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 피루베이트 및 CoA의 아세틸-CoA 및 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 58-78 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 케토티올라제를 포함하는, 케토티올라제를 포함한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 포름산의 포밀-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, 각각 SEQ ID NOs: 1-28 또는 34-36 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 전이 효소 또는 CoA 합성 효소를 포함하는, 전이 효소 또는 CoA 합성 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 2 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 58-78 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 케토티올라제를 포함하는, 케토티올라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 아세토아세틸-CoA 및 포밀-CoA의 3,5-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 58-78 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 케토티올라제를 포함하는, 케토티올라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 3,5-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 103-123 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 산화 환원 효소를 포함하는, 산화 환원 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 103-123 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 산화 환원 효소를 포함하는, 산화 환원 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 37-55 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 탈수 효소를 포함하는, 탈수 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, (R) 또는 (S)-3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, 각각 SEQ ID NOs: 1-28 또는 29-33 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 전이 효소 또는 가수분해 효소를 포함하는, 전이 효소 또는 가수분해 효소를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, SEQ ID NOs: 79-98 중 어느 하나에서 제시된 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화된 데카르복실라제를 포함하는, 데카르복실라제를 암호화한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 미생물은 부르크홀데리아(Burkholderia), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 프로피오니스피라(Propionispira), 클로스트리듐(Clostridium), 바실루스(Bacillus), 에스체리키아(Escherichia), 펠로박터(Pelobacter), 또는 락토바실루스(Lactaobacillus)로 구성된 속으로부터 선택된 박테리아이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 미생물은 진핵생물이고 효모, 사상균류, 원생동물, 또는 조류이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 효모는 사카로미세스 세레비시애(Saccharomyces cerevisiae), 지모모나스 모빌리스(Zymomonas mobilis), 또는 피치아 파스토리스(Pichia pastoris)이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 탄소 공급원은 어떤 형태로든 사탕수수 쥬스, 사탕수수 당밀(molasse), 가수분해된 전분, 가수분해된 리그노셀룰로스 물질, 글루코스, 슈크로스, 프럭토스, 락테이트, 락토스, 자일로스, 피루베이트, 또는 글리세롤 또는 이들의 혼합물이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 탄소 공급원은 단당류, 올리고당, 또는 다당류이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 부타디엔은 미생물에 의해 발효 배지로 분비된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 방법은 발효 배지로부터 부타디엔을 회수하는 단계를 더 포함할 수도 있다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 미생물은 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하기 위해 유전적으로 변형되었다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환은 ATP 양성이고 (예를 들어, 생산된 부타디엔의 몰 당 ATP의 네트(net)를 생성함) NADH를 소모하는 경로와 추가적으로 결합되어 부타디엔 생산을 위한 혐기성 공정을 제공할 수도 있다.
본 발명은 또한 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물을 제공한다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 부타디엔은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질; 크로토닐-CoA 중간물질; 및/또는 포름산 중간물질을 통해 생산된다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 미생물은 부르크홀데리아, 프로피오니박테리움, 프로피오니스피라, 클로스트리듐, 바실루스, 에스체리키아, 펠로박터, 또는 락토바실루스로 구성된 속으로부터 선택된 박테리아이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 미생물은 진핵생물이고 효모, 곰팡이, 원생동물, 또는 조류이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 효모는 사카로미세스 세레비시애, 지모모나스 모빌리스, 또는 피치아 파스토리스이다.
상기 또는 하기 언급된 구체예 중 어떤 것과 결합될 수도 있는 일부 구체예에서, 미생물은 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하기 위해 유전적으로 변형되었다.
본 발명의 이들 및 다른 구체예들은 하기 본원의 더 상세한 설명에서 개시될 것이다.
본 발명의 상기 언급된 개요, 뿐만 아니라 다음 상세한 설명은 첨부된 도면과 함께 읽을 때 더 잘 이해될 것이다. 본 발명을 도시할 목적을 위해, 지금 바람직한 구체예들이 도면에 나타난다. 하지만, 본 발명은 나타나있는 정확한 배치, 예 및 수단에 제한되지 않는 것으로 이해되어야 한다.
도 1은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질을 통해 발효성 탄소 공급원으로부터의 부타디엔의 생산을 위한 예시적 경로를 기술한다.
도 2는 크로토닐-CoA 중간물질을 통해 발효성 탄소 공급원으로부터의 부타디엔의 생산을 위한 예시적 경로를 기술한다.
도 3은 포름산 중간물질을 통해 발효성 탄소 공급원으로부터의 부타디엔의 생산을 위한 예시적 경로를 기술한다.
도 1은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질을 통해 발효성 탄소 공급원으로부터의 부타디엔의 생산을 위한 예시적 경로를 기술한다.
도 2는 크로토닐-CoA 중간물질을 통해 발효성 탄소 공급원으로부터의 부타디엔의 생산을 위한 예시적 경로를 기술한다.
도 3은 포름산 중간물질을 통해 발효성 탄소 공급원으로부터의 부타디엔의 생산을 위한 예시적 경로를 기술한다.
본 발명은 일반적으로 유전적으로 변형된 경로를 포함하는 미생물(예를 들어, 비-자연적으로 발생한 미생물; 변형된 미생물) 및 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 위한 미생물의 사용에 관한 것이다 (도 1-3을 참고하면 된다). 이러한 미생물은 새로운 효소적 경로를 통해 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 선택적으로, 생산된 부타디엔은 이후에 폴리부타디엔 또는 어떤 수의 다른 부타디엔-함유 폴리머로 전환될 수도 있다.
본 발명은, 부분적으로, 탄소 공급원 (예를 들어, 발효성 탄소 공급원)으로부터 부타디엔의 생산을 위해, 예를 들어, 효소적 경로의 새로운 조합을 포함하는, 새로운 효소적 경로의 발견을 제공한다. 본원에서 개시된 효소적 경로는 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질; 크로토닐-CoA 중간물질; 및/또는 포름산 중간물질을 통한 부타디엔의 효소적 생산을 허용한다.
본원에서 개시된 방법은 일반적으로 생산 공정을 통해 무균성을 확립하고 유지하는데 필요한 높은 자본 지출 및 계속해서 더 높아지는 관리 비용 없이 멸균한 것들과 유사한 최종 결과를 제공한다. 이점에 있어서, 대부분의 상업적-규모의 부타디엔 생산 공정은 그 공정들의 호기성 성질로 인해 측정 가능한 수의 박테리아 오염물질의 존재시 가동된다. 부타디엔 생산 공정의 박테리아 오염은 부타디엔을 생산하는 미생물의 생산 수율의 감소 및 성장의 억제를 유발하는 것으로 생각된다. 생산된 부타디엔의 유동성 성질이 생산 공정의 오염물질을 감소시키기 때문에 선행 방법의 이러한 문제점은 현재 개시된 방법에 의해 방지된다.
본원에서 개시된 효소적 경로는 본원에서 개시된 효소적 경로가 ATP 양성이고 NADH를 소모하는 경로와 결합될 때 그것은 부타디엔을 위한 혐기성 경로를 제공할 수 있다는 점에서 부타디엔의 생산을 위한 이전에 알려진 효소적 경로들 보다 유리하다. 부타디엔을 생산하기 위해 호기성 공정을 사용하는 것이 가능한 한편, 발효 공정 중에, 특히 부타디엔 발효 동안 올레핀(본질적으로 폭발성)이 산소와 혼합될 때 발생하는 위험으로 인해 혐기성 공정이 바람직하다. 게다가, 발효기에서 산소 및 질소의 보충은 공기 압축기, 발효기 (기포탑(bubble column) 또는 에어-리프트(air-lift) 발효기), 온도 조절 및 질소에 대한 추가적인 투자를 필요로 한다. 산소의 존재는 또한 부타디엔의 폴리머화를 촉진시킬 수 있고 발효기 브로스(broth)에서 호기성 오염물질의 성장을 촉진할 수 있다. 추가적으로, 부타디엔의 생산을 위한 호기성 발효 공정은 산업적 규모에서 (무균 상태를 유지하기위해 기술적으로 시도하는 경우) (i) 더 큰 바이오매스(biomass)가 얻어지고 원하는 생성물에 대한 탄소의 전체적인 수득율을 감소시키고; (ii) 산소의 존재는 오염물질의 성장에 알맞고 (Weusthuis et ah, 2011, Trends in Biotechnology, 2011, Vol. 29, No. 4, 153-158); (iii) 산소 및 부타디엔과 같은 기체 화합물의 혼합은 폭발의 심각한 위험을 제기하며; (iv) 산소는 올레핀의 원치않는 폴리머화 반응을 촉진시킬 수 있고, 최종적으로는, (v) 호기성 조건에서 발효 및 정제의 비용이 더 비싸다는 사실과 같은 여러 문제점을 제공한다. 추가적으로, 본원에 개시된 공정에 의해 생산된 부타디엔은 O2 및 N2에 의해 희석되지 않으며 따라서 생산된 부타디엔의 비용이 많이 들고 시간 소모가 큰 정제를 방지한다.
본원에 설명된 방법 중 모든 것에 수반되는 단계는 어떤 순서로도 수행될 수 있고 그것들이 특별히 인용된 순서로 제한되거나 한정되지 않아야 한다고 이해될 것이다. 예를 들어, 본 발명은 발효성 탄소 공급원을 제공하는 단계; 발효성 탄소 공급원을, 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진하는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및 발효 배지에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물과 접촉시키는 단계; 및 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 부타디엔을 생산하기 위해 미생물에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하는 단계를 포함하는, 본발효성 탄소 공급원으로부터 부타디엔을 생산하는 방법을 제공한다. 이와 같이, 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 부타디엔을 생산하기 위해 미생물에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 발현은 발효성 탄소 공급원을, 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및 발효 배지에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물과 접촉시키는 단계 전에 또는 후에 수행될 수도 있다.
또한 본원에서 개시된 미생물은 도 1-3 중 어느 것에서 개시된 전체 경로를 포함할 수도 있으며, 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는 것으로 이해될 것이다. 대안으로, 본원에서 개시된 미생물은 도 1-3 중 어느 것에서 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함할 수도 있는 것으로도 이해될 것이다 (예를 들어, 미생물은 도 1-3 중 어느 것에서 개시된 바와 같이 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다).
일부 구체예에서, 생산된 부타디엔의 그램 대 발효성 탄소 공급원의 그램의 비율은 0.20, 0.21, 0.22, 0.23, 0.24, 0.25, 0.26, 0.27, 0.28, 0.29, 0.30, 0.31, 0.32, 0.33, 0.34, 0.35, 0.36, 0.37, 0.38, 0.39, 0.40, 0.41, 0.42, 0.43, 0.44, 0.45, 0.46, 0.47, 0.48, 0.49, 0.50, 0.51, 0.52, 0.53, 0.54, 0.55, 0.56, 0.57, 0.58, 0.59, 0.60, 0.61, 0.62, 0.63, 0.64, 0.65, 0.66, 0.67, 0.68, 0.69, 0.70, 0.71, 0.72, 0.73, 0.74, 0.75, 0.76, 0.77, 0.78, 0.79, 0.80, 0.81, 0.82, 0.83, 0.84, 0.85, 0.86, 0.87, 0.88, 0.89, 0.90, 0.91, 0.92, 0.93, 0.94, 0.95, 0.96, 0.97, 0.98, 0.99, 또는 1.00이다.
일부 구체예에서, 생산된 부타디엔에서의 탄소의 몰수는 발효성 탄소 공급원에서의 탄소의 몰수의 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "부타디엔"은 부타-1,3-디엔 또는 1,3-부타디엔 (CAS 106-99-0)을 의미하기 위한 것이며, 일반식 CH2=CH-CH=CH2, 및 54.09 g/mol의 분자 질량을 갖는다.
본원에 사용된 바와 같이, 단백질, 폴리펩티드 또는 펩티드를 나타낼 때, 용어 "생물학적 활성" 또는 "기능적 활성"은 단백질, 폴리펩티드 또는 펩티드가 일부 생물학적 공정, 경로 또는 반응에 관한 것으로 유용한 기능성 또는 속성을 나타내는 것을 의미할 수도 있다. 생물학적 또는 기능적 활성은, 예를 들어, 또 다른 폴리펩티드 또는 분자와 상호작용하거나 이와 결합하는(예를 들어, 바인딩) 능력을 나타낼 수 있거나, 또는 그것은 다른 단백질 또는 분자의 상호작용(예를 들어, 효소 반응)을 촉진시키거나 조절하는 능력을 나타낼 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "배양"은 액체 배지에서 또는 고체 배지 상에서, 성장에 적합한 조건 하에, 세포의 집단, 예를 들어, 미생물 균체를 키우는 것을 나타낼 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "~로부터 유래된"은 ~로부터 기원된, ~로부터 얻어진, ~로부터 얻을 수 있는, ~로부터 분리된, ~로부터 생성된 용어를 포함할 수도 있고 일반적으로 한 명시된 물질이 또 다른 명시된 물질에서 그것의 기원을 발견하거나 또 다른 명시된 물질에 관하여 설명될 수 있는 특징을 갖는다는 것을 나타낸다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "발현 벡터"는 숙주에서 암호화 서열의 발현에 영향을 미칠 수 있는 하나 이상의 적합한 조절 서열(들)에 작동 가능하게 결합된 DNA 암호화 서열(예를 들어, 유전자 서열)과 같이, 폴리펩티드 또는 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드 또는 핵산 서열을 포함하는 DNA 구조를 나타낼 수도 있다. 이러한 조절 서열은 전사에 영향을 미치는 프로모터, 이러한 전사를 제어하기 위한 선택적 오퍼레이터(operator) 서열, 적합한 mRNA 리보솜 결합 부위를 암호화하는 서열, 및 전사 및 번역의 종결을 제어하는 서열을 포함한다. 벡터는 플라스미드, 파지 입자, 또는 단순히 잠재적 게놈 삽입물일 수도 있다. 적합한 숙주로 형질전환되면, 벡터는 숙주 게놈과 별개로 복제하고 기능할 수도 있거나 (예를 들어, 독립적 벡터 또는 플라스미드), 또는, 일부 예에서, 게놈 자체로 통합될 수도 있다 (예를 들어, 통합된 벡터). 플라스미드는 가장 흔히 사용되는 형태의 발현 벡터이다. 하지만, 본 발명은 동등한 기능을 제공하며 업계에 알려져 있거나, 알려지게 된 발현 벡터의 이러한 다른 형태를 포함하기 위한 것이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "발현"은 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 서열(예를 들어, 유전자)을 기반으로 하여 폴리펩티드가 생산되는 공정을 나타낼 수도 있다. 공정은 전사 및 번역 둘 다를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "유전자"는 폴리펩티드 또는 단백질 (예를 들어, 융합 단백질)의 생산에 수반되고 암호화 영역, 뿐만 아니라 개개의 암호화 세그먼트(엑손) 사이의 간섭 서열(인트론) 전 및 후의 영역을 포함하는 DNA 세그먼트를 나타낼 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 펩티드에 관하여, 용어 "이종 기원"은 명시된 세포, 예를 들어, 숙주 세포에서 자연적으로 발생하지 않는 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 펩티드를 나타낼 수도 있다. 용어는 자연적으로 발생한 유전자, 돌연변이된 유전자, 및/또는 합성 유전자에 의해 암호화된 단백질을 포함하기 위한 것이다. 반대로, 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 펩티드에 관하여, 용어 상동성은 세포에서 자연적으로 발생하는 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 펩티드를 나타낸다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "숙주 세포"는 재조합 발현 벡터가 폴리펩티드 또는 단백질(예를 들어, 융합 단백질)의 발현을 위해 형질전환될 수도 있는 미생물과 같은 세포를 포함하는, 세포 또는 세포주를 나타낼 수도 있다. 숙주 세포는 단일 세포의 자손을 포함하며, 자손은 자연적, 우연한, 또는 의도적인 돌연변이로 인해 반드시 원래의 모체 세포와 완벽하게 동일하지 않을 수도 있다 (형태적으로 또는 전체적인 게놈 DNA 상보성에서). 숙주 세포는 생체 내에서 발현 벡터로 트랜스펙션되거나 형질전환된 세포를 포함할 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "도입된"은 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드 서열의 세포로의 삽입의 맥락에서, 트랜스펙션, 형질전환, 또는 형질도입을 포함할 수도 있고 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드 서열의 진핵 세포 또는 원핵 세포로의 통합을 나타내며, 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드 서열은 세포의 게놈(예를 들어, 염색체, 플라스미드, 플라스티드, 또는 미토콘드리아 DNA)으로 통합되거나, 자율적 레플리콘(replicon)으로 전환되거나, 또는 일시적으로 발현될 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "비-자연적으로 발생한"은 본 발명의 미생물 유기체 또는 미생물에 관하여 사용될 때 미생물 유기체가 언급된 종의 야생형 균주를 포함하는, 언급된 종의 자연적으로 발생한 균주에서는 보통 발견되지 않는 적어도 하나의 유전적 변화를 갖는다는 것을 의미하기 위한 것이다. 유전적 변화는, 예를 들어, 대사적 폴리펩티드를 암호화하는 발현 가능한 핵산을 도입하는 변형, 다른 핵산 추가, 핵산 삭제 및/또는 미생물 유기체의 유전 물질의 다른 기능적 붕괴를 포함한다. 이러한 변형은, 예를 들어, 언급된 종에 대하여 이종 기원, 상동성 또는 이종 기원 및 상동성 둘 다인 폴리펩티드에 대한 암호화 영역 및 이들의 기능적 단편을 포함한다. 추가적인 변형은, 예를 들어, 변형이 유전자 또는 오페론의 발현을 변화시키는 비-암호화 조절 영역을 포함한다. 본 개시의 비-자연적으로 발생한 미생물 유기체는 안정한 유전적 변화를 포함할 수 있으며, 이는 변화의 손실 없이 5 세대 이상 동안 배양될 수 있는 미생물을 나타낸다. 일반적으로, 안정한 유전적 변화는 10 세대 이상 유지되는 변화를 포함하는데, 특히 안정한 변화는 약 25 세대 이상 유지될 것이고, 더 구체적으로는, 안정한 유전적 변형은 50 세대 이상이 될 것이며, 무기한을 포함한다. 당업자는 본원에서 예시된 대사적 변형을 포함하는 유전적 변화가 대장균 (E. coli)과 같이 적합한 숙주 유기체 및 그것들의 해당 대사 반응 또는 원하는 대사 경로에 대한 유전자와 같은 원하는 유전 물질에 대한 적합한 공급원 유기체에 관하여 설명된다는 것을 이해할 것이다. 하지만, 다양한 유기체의 완벽한 게놈 시퀀싱(genome sequencing) 및 유전체학 분야의 높은 수준의 기술이 제공되면, 당업자들은 본원에서 제공된 교시 내용 및 지침을 기본적으로 모든 다른 유기체에 쉽게 적용할 수 있을 것이다. 예를 들어, 본원에서 예시된 대장균 대사 변화는 언급된 종 이외의 종의 같거나 유사한 암호화 핵산을 통합함으로써 다른 종에 쉽게 적용될 수 있다. 이러한 유전적 변화는, 예를 들어, 종 상동체, 일반적으로, 및 구체적으로, 오솔로그(ortholog), 파랄로그(paralog) 또는 비오솔로그(nonortholog) 유전자 대체를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "부타디엔"은 분자식 C4H6, CH2=CH-CH=CH2의 일반식 및 54.09 g/mol의 분자 질량을 갖는 컨쥬게이티드 선형 디엔을 의미하기 위한 것이다. 부타디엔은 또한 1,3-부타디엔, 부타-1,3-디엔, 바이에틸렌, 에리트렌, 디비닐, 및 비닐에틸렌으로 업계에 알려져 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "작동 가능하게 결합된"은 한 효과를 초래하기 위해 협력하여 수행하게 하는, 명시된 요소의 병치(juxtaposition) 또는 배치를 나타낼 수도 있다. 예를 들어, 프로모터는 암호화 서열의 전사를 제어하면 암호화 서열에 작동 가능하게 결합될 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "프로모터"는 유전자의 전사를 개시하기 위해 RNA 폴리머라제와 결합하는데 수반되는 조절 서열을 나타낼 수도 있다. 프로모터는 유발성 프로모터 또는 구성원 프로모터일 수도 있다. 유발성 프로모터는 환경적 또는 발달적 조절 조건 하에 활성인 프로모터이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산 서열"은 어떤 길이와 어떤 3차원 구조 및 단일- 또는 다중-가닥 (예를 들어, 단일-가닥, 이중-가닥, 삼중-나선, 등)의 폴리머 형태의 뉴클레오티드도 나타낼 수도 있으며, 이것들은 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 및/또는 변형된 뉴클레오티드 또는 염기 또는 그것들의 유사체를 포함하는, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드의 유사체 또는 변형된 형태를 포함한다. 이러한 폴리뉴클레오티드 또는 핵산 서열은 아미노산(예를 들어, 폴리펩티드 또는 융합 단백질과 같은 단백질)을 암호화할 수도 있다. 유전 암호는 분해되기 때문에, 하나 이상의 코돈이 특정 아미노산을 암호화하기 위해 사용될 수도 있고, 본 발명은 특정 아미노산 서열을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 폴리뉴클레오티드가 사용 조건 하에, 뉴클레아제 저항을 증가시키는 변형을 포함하는, 원하는 기능성을 유지하는 동안, 어떤 타입의 변형된 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 유사체도 사용될 수 있다 (예를 들어, 데옥시, 2'-0-Me, 포스포로티오에이트, 등). 라벨, 예를 들어, 방사성 또는 비방사성 라벨 또는 앵커(anchor), 예를 들어, 비오틴이 또한 검출 및 캡쳐의 목적을 위해 통합될 수도 있다. 용어 폴리뉴클레오티드는 또한 펩티드 핵산 (PNA)을 포함한다. 폴리뉴클레오티드는 자연적으로 발생하거나 비-자연적으로 발생할 수도 있다. 용어 폴리뉴클레오티드, 핵산, 및 올리고뉴클레오티드는 본원에서 교체 가능하게 사용된다. 폴리뉴클레오티드는 RNA, DNA, 또는 둘 다, 및/또는 이들의 변형된 형태 및/또는 유사체를 포함할 수도 있다. 뉴클레오티드의 서열은 비-뉴클레오티드 구성요소에 의해 중단될 수도 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 결합은 대안의 결합기에 의해 대체될 수도 있다. 이 대안의 결합기들은 포스페이트가 P(0)S (티오에이트), P(S)S (디티오에이트), (0)NR2 (아미데이트), P(0)R, P(0)OR', COCH2 (포르마세탈)에 의해 대체되는 구체예들을 포함하지만, 이에 제한되지 않으며, 여기에서 각각의 R 또는 R'은 독립적으로 H 또는 선택적으로 에테르 (-0-) 결합을 포함하는 치환된 또는 치환되지 않은 알킬 (1-20 C), 아릴, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐 또는 아르알딜이다. 폴리뉴클레오티드에서 모든 결합이 동일할 필요는 없다. 폴리뉴클레오티드는 선형 또는 원형일 수도 있거나 선형 및 원형 부분의 조합을 포함할 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "단백질" 또는 "폴리펩티드"는 아미노산으로 구성되고 당업자에 의해 인식된 바와 같은 조성물을 나타낼 수도 있다. 아미노산 잔기에 대하여 통상적인 한 글자 또는 세 글자 암호가 본원에서 사용된다. 용어 단백질 및 폴리펩티드는 본원에서 교체 가능하게 사용되어 어떤 길이의 아미노산의 폴리머도 나타낼 수 있으며, 결합된 (예를 들어, 융합된) 펩티드/폴리펩티드 (예를 들어, 융합 단백질)를 포함하는 것들을 포함한다. 폴리머는 선형 또는 분지형일 수도 있고, 변형된 아미노산을 포함할 수도 있고, 비-아미노산에 의해 중단될 수도 있다. 용어는 또한 자연적으로 또는 간섭; 예를 들어, 이황화 결합 형성, 글리코실화, 지질화, 아세틸화, 인산화, 또는 표지 성분과의 컨쥬게이션과 같이, 어떤 다른 조작 또는 변형에 의해 변형된 아미노산 폴리머를 포함한다. 예를 들어, 아미노산의 하나 이상의 유사체(예를 들어, 비천연 아미노산, 등), 뿐만 아니라 업계에 알려진 다른 변형을 포함하는 폴리펩티드도 정의 내에 포함된다.
본원에 사용된 바와 같이, 관련된 단백질, 폴리펩티드 또는 펩티드는 변종 단배질, 폴리펩티드 또는 펩티드를 포함할 수도 있다. 변종 단백질, 폴리펩티드 또는 펩티드는 모체 단백질, 폴리펩티드 또는 펩티드와 및/또는 적은 수의 아미노산 잔기에 의해 서로 다르다. 일부 구체예에서, 다른 아미노산 잔기의 수는 약 1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 또는 50 중 어느 것일 수도 있다. 일부 구체예에서, 변종은 약 1 내지 약 10개의 아미노산 만큼 다르다. 대안으로 또는 추가적으로, 변종은 예를 들어, BLAST, ALIGN, 및 CLUSTAL과 같은 서열 정렬 도구를 사용하여 결정된 바와 같이, 참조 단백질 또는 핵산과 명시된 정도의 서열 동일성을 가질 수도 있다 (하기 참조). 예를 들어, 변종 단백질 또는 핵산은 참조 서열과 적어도 약 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 심지어 99.5% 아미노산 서열 동일성을 가질 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "회수된", "구분된", "정제된", "분리된"은 자연적으로 결합된 적어도 하나의 구성요소로부터 제거된 물질 (예를 들어, 단백질, 펩티드, 핵산, 폴리뉴클레오티드 또는 세포)를 나타낼 수도 있다. 예를 들어, 이들 용어는 예를 들어, 온전한 생물학적 시스템과 같은 그것의 고유의 상태로 발견되는 것처럼, 보통 그것을 동반하는 성분으로부터 실질적으로 또는 기본적으로 자유로운 물질을 나타낼 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "재조합"은 사람에 의해 조작되어, 자연에서 발견된 핵산, 폴리펩티드, 세포와 같지 않은 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드 또는 단백질, 및 그것들을 기반으로 하는 세포를 나타낼 수도 있다. 재조합은 또한 변화된 폴리펩티드를 생산하기 위해 암호화 서열의 돌연변이를 일으키고, 암호화 서열을 또 다른 암호화 서열 또는 유전자의 그것에 융합하고, 다른 프로모터의 조절 하에 유전자를 배치하고, 이종 기원 유기체에서 유전자를 발현시키고, 감소된 또는 증가된 수준으로 유전자를 발현시키고, 천연 발현 프로파일, 등과 다른 방식으로 조건부로 또는 기본적으로 유전자를 발현시킴으로써 서열 또는 발현 특성을 변화시키기 위해 변형된 유전 물질 (예를 들어, 그것들이 암호화하는 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드 또는 단백질, 및 이러한 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 및 세포)을 나타낼 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "선택적 마커" 또는 "선택 가능한 마커"는 도입된 핵산 서열, 폴리뉴클레오티드 또는 벡터를 포함하는 숙주의 선택의 용이함을 허용하는 숙주 세포에서의 발현이 가능한 유전자를 나타낼 수도 있다. 선택 가능한 마커의 예는 항미생물성 물질 (예를 들어, 하이그로마이신, 블레오마이신, 또는 클로람페니콜) 및/또는 숙주 세포에 영양상의 이점과 같은 대사적 이점을 부여하는 유전자를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "실질적으로 유사한" 및 "실질적으로 동일한"은 적어도 두 개의 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 폴리펩티드의 맥락에서 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 폴리펩티드가 참조 (예를 들어, 야생형) 핵산, 폴리뉴클레오티드, 단백질 또는 폴리펩티드와 비교하여 적어도 약 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 심지어 99.5% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다는 것을 의미할 수도 있다. 서열 동일성은 표준 파라미터를 사용하는 BLAST, ALIGN, 및 CLUSTAL과 같은 알려진 프로그램을 사용하여 결정될 수도 있다 (예를 들어, Altshul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410; Henikoff et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. 89:10915; Karin et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. 90:5873; 및 Higgins et al. (1988) Gene 73:237을 참고하면 된다).
BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 미국 생물 정보 센터를 통해 공개적으로 이용 가능하다. 또한, 데이터베이스는 FASTA를 사용하여 검색될 수도 있다 (Person et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. 85:2444-2448.). 일부 구체예에서, 실질적으로 동일한 폴리펩티드는 하나 이상의 보존적 아미노산 치환에 의해서만 차이가 난다. 일부 구체예에서, 실질적으로 동일한 폴리펩티드는 면역학적으로 교차 반응성이다. 일부 구체예에서, 실질적으로 동일한 핵산 분자는 엄중한 조건 하에 (예를 들어, 중간 내지 높은 엄중함의 범위 내에서) 서로 잡종화된다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "트랜스펙션" 또는 "형질전환"은 외인성 핵산 또는 폴리뉴클레오티드의 숙주 세포로의 삽입을 나타낼 수도 있다. 외인성 핵산 또는 폴리뉴클레오티드는 비-통합된 벡터, 예를 들어, 플라스미드로서 유지될 수도 있거나, 또는 대안으로, 숙주 세포 게놈으로 통합될 수도 있다. 용어 트랜스펙팅(transfecting) 또는 트랜스펙션은 핵산 또는 폴리뉴클레오티드를 숙주 세포로 도입시키기 위한 모든 통상적인 기술들을 포함하기 위한 것이다. 트랜스펙션 기술의 예는 칼슘 포스페이트 침전, DEAE-덱스트란-매개된 트랜스펙션, 리포펙션(lipofection), 전기천공, 및 미세주입법을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "형질전환된", "안정하게 형질전환된", 및 "형질 도입성"은 게놈에 통합된 또는 여러 세대에 걸쳐 유지된 에피솜 플라스미드로서 비-고유한 (예를 들어, 이종 기원) 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오티드 서열을 갖는 세포를 나타낼 수도 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "벡터"는 핵산을 하나 이상의 세포 타입으로 도입하도록 설계된 폴리뉴클레오티드 서열을 나타낼 수도 있다. 벡터는 클로닝 벡터, 발현 벡터, 셔틀 벡터, 플라스미드, 파지 입자, 단일 및 이중 가닥 카세트 등을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "야생형", "고유한", 또는 "자연적으로 발생한" 단백질은 자연에서 발견된 상기 단백질을 나타낼 수도 있다. 용어 야생형 서열은 자연에서 발견되거나 또는 자연적으로 발생한 아미노산 또는 핵산 서열을 나타낸다. 일부 구체예에서, 야생형 서열은 단백질 조작 프로젝트, 예를 들어, 변종 단백질의 생산의 출발점이다.
본원에서 달리 정의되지 않으면, 본원에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속한 업계의 당업자에 의해 보통 이해된 바와 같은 의미를 갖는다. Singleton, et ah, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology, second ed., John Wiley and Sons, New York (1994), 및 Hale & Markham, The Harper Collins Dictionary of Biology, Harper Perennial, NY (1991)은 본 발명에 사용된 많은 용어 중 일반 사전에 있는 기술 중 하나를 갖고 있는 당업자를 제공한다. 게다가, 본원의 경로 중 어느 하나에 개시된 기질 중 어떤 것도 대안으로 기질의 음이온 또는 양이온을 포함할 수 있는 것으로 이해될 것이다.
본원에서 제공된 숫자 범위는 범위를 한정하는 숫자를 포함한다.
달리 지시되지 않으면, 핵산 서열은 5' 방향에서 3' 방향으로 왼쪽에서 오른쪽으로 쓰여진다; 아미노산 서열은 아미노 방향에서 카르복실 방향으로 왼쪽에서 오른쪽으로 쓰여진다.
본 발명이 다양한 형태로 구현될 수 있는 한편, 여러 구체예의 하기 설명은 본 개시의 예로서 고려되어야 하고, 본 개시를 도시된 특정 구체예로 제한하기 위한 것은 아니라는 이해로 이루어진다. 제목은 편의를 위해서만 제공되며 어떤 방식으로도 본 발명을 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다. 어떤 제목 하에서 도시된 구체예도 어떤 다른 제목 하에 도시된 구체예와 조합될 수 있다.
진술된 범위 내의 최소값 및 최대값을 통해 진술된 범위는 둘 다 단어 "약"에 의해 시작되기 때문에, 본 출원에서 명시된 다양한 정량값에서 수치값의 사용은 달리 명백하게 지시되지 않으면, 근사값으로 진술된다. 또한, 범위의 개시는 인용된 최소값과 최대값 사이의 모든 범위, 뿐만 아니라 이러한 값에 의해 형성될 수 있는 어떤 범위를 포함하는 연속적인 범위를 위한 것이다. 개시된 수치값을 어떤 다른 개시된 수치값으로 나눔으로써 형성될 수 있는 모든 비율 (및 이러한 비율의 범위)이 또한 본원에서 개시된다. 따라서, 당업자는 이러한 많은 비율, 범위, 및 비율의 범위가 본원에서 제공된 수치값으로부터 명확하게 유도될 수 있고 모든 예에서 이러한 비율, 범위, 및 비율의 범위는 본 발명의 다양한 구체예를 나타낸다는 것을 인정할 것이다.
미생물의 변형
미생물은 발효성 탄소 공급원을 부타디엔으로 전환시킬 수 있는 하나 이상의 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 이종 기원 폴리뉴클레오티드 및/또는 비-이종 기원 폴리뉴클레오티드)를 포함하고 및/또는 발현하도록 (예를 들어, 과발현 포함) 업계에 알려진 어떤 방법에 의해서도 변형될 수 있다 (예를 들어, 유전적으로 조작될 수도 있다). 미생물은 발효성 탄소 공급원을 부타디엔으로 전환하기 위해 필요한 하나 이상의 경로에서의 효소 모두를 자연적으로 발현할 수도 있거나 하나 이상의 경로에서 하나 이상의 효소를 발현하도록, 예를 들어, 과발현하도록 변형될 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 이러한 경로에서의 효소 모두보다 더 적은 수를 포함할 수 있으며 결측 효소(missing enzyme)를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 미생물로 유전적으로 도입될 수도 있다. 예를 들어, 변형된 미생물은 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 하나 이상의 중간물질 (예를 들어, 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA; 크로토닐-CoA; 및/또는 포름산)로의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 변형될 수도 있다. 추가적으로 또는 대안으로, 변형된 미생물은 하나 이상의 중간물질 (예를 들어, 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA; 크로토닐-CoA; 및/또는 포름산)의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 변형될 수도 있다. 일부 구체예에서, 폴리뉴클레오티드는 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 하나 이상의 중간 물질의 전환을 촉진시키는 효소를 암호화할 수도 있다. 일부 구체예에서, 폴리뉴클레오티드는 암호화 효소의 기질 특이성을 조절하기 위해 (예를 들어, 증가 또는 감소) 변형될 수도 있거나 (예를 들어, 유전적으로 조작됨), 또는 폴리뉴클레오티드는 암호화된 효소의 기질 특이성을 변화시키도록 변형될 수도 있다 (예를 들어, 기질에 대한 특이성을 갖는 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 또 다른 기질에 대한 특이성을 갖도록 변형될 수도 있다). 바람직한 미생물은 표 1-3 및 도 1-3 중 어느 하나에서 제시된 효소 중 하나 이상을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수도 있다.
미생물은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않을 수도 있다:
- 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 히드록시발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- (R) 또는 (S) 히드록시알레릴-CoA의 2-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 히드록시발레릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 2-펜테노일-CoA의 2-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 펜테노일-CoA 가수분해 효소 또는 전이 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 2-펜텐산의 부타디엔으로의전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 2-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 2-펜텐산의 4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 전위(transposing) C=C 결합 이소머라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 2-펜테노일-CoA의 펜트-2,4-디에노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 펜테노일-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 펜트-2,4-디에노일-CoA의 펜트-2,4-디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 펜트-2,4-디에노일-CoA 가수분해 효소, 또는 전이 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는
- 2,4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 펜트,2,4-디엔산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드.
일부 구체예에서, 미생물은 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 메틸말로닐-CoA 및/또는 아크릴오일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 더 포함한다.
일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA를 부타디엔으로 전환시키는 예시적 효소, 뿐만 아니라 그것들이 작용하는 기질 및 그것들이 생산하는 생성물이 하기 표 1에서 제공된다. 표 1에서 나타난 효소 번호는 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질을 통한 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 효소적 전환을 도식적으로 나타낸, 도 1에서 사용된 효소 번호 붙이기와 연관된다.
| 효소 번호 | 효소명 |
E.C.
번호 |
매개된 전환 |
| A | 티올라제 | 2.3.1. | 아세틸-CoA + 프로피오닐-CoA → 케토발레릴-CoA |
| B | 히드록시발레릴-CoA 데히드로게나제 | 1.1.1. 1.1.1. |
케토발레릴-CoA + NADH → (R) 또는 (S) 3-히드록시알레릴-CoA |
| C | 히드록시발레릴-CoA 데히드라타제 | 4.2.1. |
(R) 또는 (S) 히드록시알레릴-CoA → 2-펜테노일-CoA |
| D | 펜테노일-CoA 가수분해 효소 또는 전이 효소 | 3.1.2, 2.8.3 또는 2.3.3 |
2-펜테노일-CoA → 2-펜텐산 |
| E | 2-펜텐산 데카르복실라제 | 4.1.1. |
2-펜텐산 → 부탄디엔 |
| F | 전위 C=C 결합 이소머라제 | 5.3.3 | 2-펜텐산 → 4-펜텐산 |
| G | 4-펜텐산 데카르복실라제 | 4.1.1.33 |
4-펜텐산 → 부탄디엔 |
| H | 펜테노일-CoA 데히드로게나제 | 1.3.1. | 2-펜테노일-CoA → 펜트-2,4-디에노일-CoA |
| I | 펜트-2,4-디에노일-CoA 가수분해 효소, 또는 전이 효소 | 3.1.2, 2.8.3 또는 2.3.3 |
펜트-2,4-디에노일-CoA → 펜트-2,4-디엔 |
| J | 펜트,2,4-디엔산 데카르복실라제 | 4.1.1. | 2,4-펜텐산 → 부탄디엔 |
미생물은 크로토닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 크로토닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않을 수도 있다:
- 크로토닐-CoA의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐-CoA 리덕타제 (이기능성))를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 크로토닐-CoA의 크로톤알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로톤알데히드 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 크로톤알데히드의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐 알콜 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는
- 크로토닐 알콜의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐 알콜 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드.
일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
바람직한 구체예에서, 미생물은 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 더 포함한다.
일부 구체예에서, 미생물은 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 3-히드록시부티릴-CoA 및/또는 4-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 더 포함할 수도 있다. 이러한 구체예에서, 미생물은 3-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및/또는 4-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 더 포함한다.
크로토닐-CoA를 부타디엔으로 전환시키는 예시적 효소, 뿐만 아니라 그것들이 작용하는 기질 및 그것들이 생산하는 생성물이 표 1에서 제공된다. 표 1에서 나타난 효소 번호는 크로토닐-CoA 중간물질을 통한 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 효소적 전환을 도식적으로 나타낸, 도 1에서 사용된 효소 번호 붙이기와 연관된다.
| 효소 번호 | 효소명 |
E.C.
번호 |
매개된 전환 |
| A | 크로토닐-CoA 리덕타제 (이기능성 ) |
1.1.1 |
크로토닐-CoA → 크로토닐 알콜 |
| B | 크로톤알데히드 데히드로게나제 | 1.2.1 |
크로토닐-CoA → 크로톤알데히드 |
| C | 크로토닐 알콜 데히드로게나제 | 1.1.1 1.1.1.1 |
크로톤알데히드 → 크로토닐 알콜 |
| D | 크로토닐 알콜 데히드라타제 | 4.2.1 4.2.1. |
크로토닐 알콜 → 부탄디엔 |
미생물은 포름산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 포름산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않을 수도 있다:
- C02의 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 포르메이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 피루베이트 및 CoA의 아세틸-CoA 및 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아세틸-CoA:포르메이트 C-아세틸전이 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 포름산의 포밀-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 포밀-CoA 전이 효소 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 2 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아세토아세틸-CoA 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 아세토아세틸-CoA 및 포밀-CoA의 3,5-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-케토발레릴-CoA 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- 3,5-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-케토발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-히드록시발레릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드;
- (R) 또는 (S)-3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 가수분해 효소, 전이 효소 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는
- 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드.
일부 구체예에서, 미생물은 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 더 포함한다.
일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
포름산을 부타디엔으로 전환시키는 예시적 효소, 뿐만 아니라 그것들이 작용하는 기질 및 그것들이 생산하는 생성물이 하기 표 3에서 제공된다. 표 3에서 나타난 효소 번호는 포름산 중간물질을 통한 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 효소적 전환을 도식적으로 나타낸, 도 3에서 사용된 효소 번호 붙이기와 연관된다.
| 효소 번호 | 효소명 | E.C. 번호 | 매개된 전환 |
| A | 포르메이트 데히드로게나제 | 1.2.1.2 | CO2 → 포르메이트 |
| B | 아세틸-CoA:포르메이트 C-아세틸전이 효소 | 2.3.1.54 | 피루베이트 + CoA → 아세틸-CoA + 포름산 |
| C | 포르밀-CoA 전이 효소 또는 신타제 |
2.8.3.16 6.2.1 |
포름산 → 포르밀-CoA |
| D | 아세토아세틸-CoA 티올라제 | 2.3.1.16 | 2 아세틸-CoA → 아세토아세틸-CoA |
| E | 3,5-케토발레릴-CoA 티올라제 | 2.3.1. 2.3.1.16 |
아세토아세틸-CoA + 포르밀-CoA → 3,5-케토발레릴-CoA |
| F | 3,5-케토발레릴-CoA 데히드로게나제 | 3,5-케토발레릴-CoA → (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA | |
| G | 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA 데히드로게나제 | 1.1.1.35 1.1.1.36 |
(R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA → (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA |
| H | 3,5-히드록시발레릴-CoA 데히드라타제 | 4.2.1.17 4.2.1.54 |
(R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA → (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA |
| I | 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 가수분해 효소, 전이 효소 또는 신타제 | 3.1.2, 2.8.3 또는 2.3.3 |
(R) 또는 (S)-3-히드록시-4-펜테노일-CoA → 3-히드록시-4-펜텐산 |
| J | 3-히드록시-4-펜텐산 데카르복실라제 | 4.1.1.33 | 3-히드록시-4-펜텐산 → 부탄디엔 |
발효성 탄소 공급원의 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다:
발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 메틸말로닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 메틸말로닐-CoA의 프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아크릴오일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아크릴오일-CoA의 프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 히드록시발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 3-히드록시발레릴-CoA의 2-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 히드록시발레릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜테노일-CoA의 2-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜텐산의 4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 전위 C=C 결합 이소머라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-펜텐 지방산 데카르복실라제 또는 2-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원의 에틸-말로닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 에틸-말로닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아세토아세틸-CoA 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세토아세틸-CoA의 3-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시부티릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 에틸-말로닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐-CoA 카르복실라제/리덕타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 부티르산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부티릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 부티르산의 에틸-말로닐-CoA으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부타노일-CoA:탄소-이산화물 리가제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 에틸-말로닐-CoA의 2-(포르몰)부탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 에틸-말로닐-CoA 리덕타제 (알데히드 형성))를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-(포르몰)부탄산의 2-(히드록시메틸)부탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 2-(포르밀)부탄산 리덕타제 (알콜 형성))를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 에틸 말로닐-CoA의 2-(히드록시메틸)부탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 에틸-말로닐-CoA 리덕타제 (알콜 형성))를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-(히드록시메틸)부탄산의 2-(포스파닐옥시메틸)부탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 2-(히드록시메틸)부탄산 키나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-(포스파닐옥시메틸)부탄산의 2-(디포스파닐옥시메틸)부탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 2-(포스파닐옥시메틸)부탄산 키나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-(디포스파닐옥시메틸)부탄산의 [(E)-부트-2-에녹시]-포스파닐-포스판으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 2-(디포스파닐옥시메틸)부탄산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 [(E)-부트-2-에녹시]-포스파닐-포스판의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부타디엔 합성 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원의 4-히드록시부티릴-CoA 및 3-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 4-히드록시부티릴-CoA 및 3-히드록시부티릴-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 PEP로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; PEP의 옥살로아세테이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, PEP 카르복시키나제 또는 PEP 카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; PEP의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 피루베이트 데히드로게나제 또는 피루베이트 페로독신 옥시리덕타제) 또는 옥살로아세테이트 (예를 들어, PEP 카르복시키나제 또는 PEP 카르복실라제)로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아세토아세틸-CoA 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세토아세틸-CoA의 3-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시부티릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 옥살로아세테이트의 말레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 말레이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 말레이트의 푸마레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 푸마라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 푸마레이트의 숙시네이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 푸마레이트 리덕타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시네이트의 숙시닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 숙시닐-CoA 전이 효소 또는 숙시닐-CoA 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시닐-CoA의 숙시닐 세미알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 숙시닐-CoA 리덕타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시닐 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-히드록시부티레이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시네이트의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 숙시네이트 리덕타제, 포스포판타테이닐라제 또는 4-히드록시부티레이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-히드록시부티레이트의 4-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-히드록시부티릴-CoA 전이 효소 또는 4-히드록시부티릴-CoA 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-히드록시부티릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 크로톤알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로톤알데히드 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로톤알데히드의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 알콜 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐-CoA 리덕타제 (이기능성))를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 크로토닐 알콜의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐 알콜 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원의 아크릴오일-CoA 및 아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 아크릴오일-CoA 및 아세틸-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 락테이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 락테이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 락테이트의 락토일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 락토일-CoA 전이 효소 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 락토일-CoA의 아크릴오일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아크릴오일-CoA 및 아세틸-CoA의 3-케토-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3-케토-4-펜테노일-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-케토-4-펜테노일-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 전이 효소, 가수분해 효소, 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 아세틸-CoA 및 3-히드록시프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 아세틸-CoA 및 3-히드록시프로피오닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 락테이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 락테이트의 락토일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 락토일-CoA 전이 효소 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 락토일-CoA의 아크릴오일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 락토일-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아크릴오일-CoA의 3-히드록시프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아크릴오일-CoA 히드라타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 3-히드록시프로피오네이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3-히드록시프로피오네이트의 3-히드록시프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA 및 3-히드록시프로피오닐-CoA의 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3,5-디히드록시-발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 3,5-디히드록시-발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-히드록시발레릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 가수분해 효소, 전이 효소, 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 아세토아세틸-CoA 및 포밀-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 아세토아세틸-CoA 및 포밀-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아세틸-CoA 및 포르메이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 피루베이트 포르메이트-리아제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; C02의 포르메이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 포르메이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 포르메이트의 포밀-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 포밀-CoA 전이 효소, 또는 포밀-CoA 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 포밀-CoA 및 아세토아세틸-CoA의 3,5-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3,5-케토발레릴-CoA의 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3,5-디히드록시-발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 3,5-디히드록시-발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-히드록시발레릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 가수분해 효소, 전이 효소, 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시-4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 아세틸-CoA 및 3-히드록시프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 아세틸-CoA 및 3-히드록시프로피오닐-CoA의 부타디엔로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아크릴오일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아크릴오일-CoA의 3-히드록시프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 3-히드록시프로피오네이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3-히드록시프로피오네이트의 3-히드록시프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA 및 3-히드록시프로피오닐-CoA의 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3,5-디히드록시-발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 5-히드록시-3-케토발레릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상; (R) 또는 (S) 3,5-디히드록시-발레릴-CoA의 3,5-히드록시펜탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-히드록시펜탄산 키나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3,5-히드록시펜탄산의 3,5-히드록시펜탄산 포스페이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-히드록시펜탄산 키나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3,5-히드록시펜탄산 포스페이트의 3,5-히드록시펜탄산 디포스페이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3,5-히드록시펜탄산 포스페이트 키나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3,5-히드록시펜탄산 디포스페이트의 1-부테닐-4-디포스페이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 히드록시펜탄산 디포스페이트 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 1-부테닐-4-디포스페이트의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부타디엔 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 에틸-말로닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 에틸-말로닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아세토아세틸-CoA 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세토아세틸-CoA의 3-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 3-히드록시부티릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 에틸-말로닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐-CoA 카르복실라제/리덕타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 부티르산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부티릴-CoA 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 부티르산의 에틸-말로닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부타노일-CoA:탄소-이산화물 리가제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 에틸-말로닐-CoA의 2-히드록시메틸-부탄산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 에틸-말로닐-CoA 리덕타제, 알콜 데히드로게나제, 또는 알데히드 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-히드록시메틸-부탄산의 2-부테닐 4-디포스페이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 2-히드록시메틸-부타노에이트 키나제, 히드록시메틸 부타노에이트-포스페이트 키나제, 또는 2-히드록시메틸 부타노에이트-디포스페이트 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-히드록시메틸-부탄산의 2-부테닐 4-포스페이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-부테닐 4-포스페이트의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및/또는 2-부테닐 4-디포스페이트의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 부타디엔 합성 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드. 일부 구체예에서, 상기에서 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는, 상기 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 미생물이 제공된다.
다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 락테이트 및 아세틸-CoA 및 옥살아세테이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 락테이트 및 아세틸-CoA 및 옥살아세테이트의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물이 또한 제공된다: 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 글루코스)의 PEP로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; PEP의 피루베이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트의 아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 락테이트의 락토일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 락테이트 CoA-전이 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 락토일-CoA의 아크릴오일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 락토일-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아크릴오일-CoA의 프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 아크릴오일-CoA 산화 환원 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 프로피오닐-CoA의 케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 티올라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 케토발레릴-CoA의 2-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 케토발레릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜테노일-CoA의 2-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 펜테노일-CoA 가수분해 효소, 전이 효소, 또는 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2 펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜텐산의 4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 전위 C=C 결합 이소머라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-펜텐산 데카르복실라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 옥살아세테이트의 말레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 말레이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 말레이트의 푸마레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 푸마라제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 푸마레이트의 숙시네이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 푸마레이트 리덕타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시네이트의 숙시닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 숙시닐-CoA 전이 효소 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시닐-CoA의 숙시네이트 세미알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 숙시닐-CoA 리덕타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 숙시네이트 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4 히드록시부티레이트 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-히드록시부티레이트의 4-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-히드록시부티릴-CoA 전이 효소, 또는 4-히드록시부티릴-CoA 신타제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-히드록시부티릴-CoA의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 4-히드록시부티릴-CoA 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 크로톤알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로톤알데히드 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 크로토닐-알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐-CoA 리덕타제 또는 이기능성 알콜 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로톤알데히드의 크로토닐-알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 알콜 데히드로게나제)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 크로토닐-알콜의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소 (예를 들어, 크로토닐 알콜 탈수 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드.
본원에서 제공된 미생물 중 어떤 것도 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 균형잡힌 산화 환원 전환을 허용하는 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 선택적으로 포함할 수있다.
미생물은 고세균류 (archea), 박테리아, 또는 진핵생물일 수도 있다. 일부 구체예에서, 박테리아는 프로피오니박테리움, 프로피오니스피라, 클로스트리듐, 바실루스, 에스체리키아, 펠로박터, 또는 락토바실루스이며, 예를 들어, 펠로박터 프로피오니쿠스(Pelobactor propionicus), 클로스트리듐 프로피오니쿰(Clostridium propionicum), 클로스트리듐 아세토부틸리쿰(Clostridium acetobutylicum), 락토바실루스, 프로피오니박테리움 아시디프로피오니시 (Propionibacterium acidipropionici) 또는 프로피오니박테리움 프로이덴레이치이(Propionibacterium freudenreichii)를 포함한다. 일부 구체예에서, 진핵생물은 효모, 곰팡이, 원생동물, 또는 조류이다. 일부 구체예에서, 효모는 사카로미세스 세레비시애, 지모모나스 모빌리스, 또는 피치아 파스토리스이다.
일부 구체예에서, 본 발명은 본원에서 제공된 효소 중 하나 이상의 변형 (예를 들어, 조작)을 고려한다. 이러한 변형은 특정 기질에 대한 그것의 선택성을 증가시키기 위해 효소의 기질 특이성을 재설계하고 다른 기질에 대한 그것의 활성을 변형시키도록 (예를 들어, 감소) 수행될 수도 있다. 추가적으로 또는 대안으로, 본원에서 제공된 하나 이상의 효소는 그것의 속성 중 하나 이상을 변화시키도록 (예를 들어, 향상, 예를 들어, 그것의 촉매 활성 또는 그것의 기질 특이성의 증가) 설계될 수도 있다.
효소 중 어떤 것 (예를 들어, 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드)도 업계에 알려진 어떤 방법에 의해 그것의 기질 특이성을 확장하거나 변화시키도록 (예를 들어, 한 기질에서 또 다른 기질로의 효소의 기질 특이성의 변화) 변형될 수 있다 (예를 들어, 돌연변이 또는 다양화). 이러한 방법은 EpPCR, Pritchard et al, J. Theor. Biol. 234:497-509 (2005); 오류가 발생하기 쉬운 회전환 증폭 (Error-prone Rolling Circle Amplification; epRCA), Fujii et al., Nucleic Acids Res. 32:el45 (2004); 및 Fujii et al., Nat. Protoc. 1:2493-2497 (2006); DNA 또는 패밀리 셔플링 (Family Shuffling), Stemmer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 10747-10751 (1994); 및 Stemmer, Nature 370:389-391 (1994); 시차 확장 (Staggered Extension; StEP), Zhao et al., Nat. Biotechnol. 16:258-261 (1998); 및/또는 랜덤 프라이밍 재조합 (Random Priming Recombination; RPR), Shao et al., Nucleic Acids Res 26:681-683 (1998)을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
폴리뉴클레오티드의 돌연변이 생성을 위한 추가적인 예시적 방법은 이형 이중 가닥 재조합(Heteroduplex Recombination) (Volkov et al., Nucleic Acids Res. 27:el8 (1999); 및 Volkov et al., Methods Enzymol. 328:456-463 (2000)); 일시적 주형에서 무작위 키메라 생성(Random Chimeragenesis on Transient Templates; RACHITT) (Coco et al., Nat. Biotechnol. 19:354-359 (2001)); 절단된 주형에서 재결합 확장(Recombined Extension on Truncated templates; RETT) (Lee et al., J. Molec. Catalysis 26: 119-129 (2003)); 퇴화된 올리고뉴클레오티드 유전자 셔플링(degenerate Oligonucleotide Gene Shuffling; DOGS) (Bergquist and Gibbs, Methods Mol. Biol. 352: 191-204 (2007); Bergquist et al., Biomol. Eng. 22:63-72 (2005); Gibbs et al., Gene 271:13-20 (2001)); 하이브리드 효소의 생성을 위한 증가한 절단(Incremental Truncation for the Creation of Hybrid Enzymes; ITCHY) (Ostermeier et al, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96:3562-3567 (1999); 및 Ostermeier et al, Nat. Biotechnol. 17: 1205-1209 (1999)); 하이브리드 효소의 생성을 위한 티오-증가 절단(Thio-Incremental Truncation for the Creation of Hybrid Enzymes; THIO-ITCHY) (Lutz et al, Nucleic Acids Res. 29:E16 (2001)); SCRATCHY (Lutz et al, Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 98: 11248-11253 (2001)); 랜덤 드리프트 돌연변이 생성(Random Drift Mutagenesis; RNDM) (Bergquist et al, Biomol. Eng. 22:63-72 (2005)); 서열 포화 돌연변이 생성(Sequence Saturation Mutagenesis; SeSaM) (Wong et al, Biotechnol. J. 3:74-82 (2008); Wong et al, Nucleic Acids Res. 32:e26 (2004); 및 Wong et al, Anal. Biochem. 341: 187-189 (2005)); 합성 셔플링 (Ness et al, Nat. Biotechnol. 20: 1251-1255 (2002)); 뉴클레오티드 교환 및 절제 기술(Nucleotide Exchange and Excision Technology; NexT) (Muller et al, Nucleic Acids Res. 33:el17 (2005))을 포함한다. 추가적인 예시적 방법은 서열 상동성-의존적 단백질 재조합(Sequence Homology-Independent Protein Recombination; SHIPREC) (Sieber et al, Nat. Biotechnol. 19:456-460 (2001)); 유전자 부위 포화 돌연변이 생성™(Gene Site Saturation Mutagenesis™; GSSM™) (Kretz et al, Methods Enymol. 388:3-11 (2004)); 조합 카세트 돌연변이 생성(Combinatorial Cassette Mutagenesis; CCM) (Reidhaar-Olson et al. Methods Enzymol. 208:564-586 (1991); 및 Reidhaar-Olson et al Science 241:53-57 (1988)); 조합 다중 카세트 돌연변이 생성(Combinatorial Multiple Cassette Mutagenesis; CMCM) (Reetz et al, Angew. Chem. Int. Ed Engl. 40:3589-3591 (2001)); 및 돌연변이 유발 균주 기술(Mutator Strains technique) (Selifonova et al, Appl. Environ. Microbiol. 67:3645-3649 (2001); Low et al, J. Mol. Biol. 260:359-3680 (1996))을 포함한다. 추가의 예시적 방법은 룩-스루 돌연변이 생성(Look-Through Mutagenesis; LTM) (Rajpal et al, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102:8466-8471 (2005)); 유전자 재조립 (Verenium Corporaiton에 의해 공급된 Tunable GeneReassembly™ (TGR™) 기술), 인실리코(in Silico) 단백질 설계 자동화 (Protein Design Automation; PDA) (Hayes et al, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99: 15926-15931 (2002)); 및 반복 포화 돌연변이 생성(Iterative Saturation Mutagenesis; ISM) (Reetz et al, Nat. Protoc. 2:891-903 (2007); 및 Reetz et al, Angew. Chem. Int. Ed Engl. 45:7745-7751 (2006))을 포함한다.
일부 구체예에서, 서열 정렬 및 단백질의 비교 모델링은 본원에서 개시된 효소 중 하나 이상을 변화시키기 위해 사용될 수도 있다. 상동성 모델링 또는 비교 모델링은 일차 아미노산 서열의 원하는 단백질의 원자-해상도 모델 및 유사한 단백질의 실험적 3차원 구조의 구축을 나타낸다. 이 모델은 효소 기질 결합 부위를 한정되게 하고, 기질 특이성을 재설계하기 위해 다른 천연 아미노산으로 대체될 수도 있는 특정 아미노산 위치의 확인을 허용한다.
변종 또는 본원에서 개시된 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드와 실질적인 동일성 또는 상동성을 갖는 서열은 본 발명의 실행에 활용될 수도 있다. 이러한 서열은 변종 또는 변형된 서열로서 나타날 수 있다. 즉, 폴리뉴클레오티드 서열은 원하는 활성을 나타내는 폴리펩티드를 암호화하는 능력을 유지하도록 변형될 수도 있다. 따라서 이러한 변종 또는 변형된 서열은 동등하다. 일반적으로, 변종 또는 변형된 서열은 고유한 서열과 적어도 약 40%-60%, 바람직하게는 약 60%-80%, 더 바람직하게는 약 80%-90%, 및 더 바람직하게는 약 90%-95% 서열 동일성을 포함할 수도 있다.
일부 구체예에서, 미생물은 본원에서 제공된 하나 이상의 효소를 발현하도록, 예를 들어, 과발현하도록 변형될 수도 있다. 미생물은 유전적 조작 기술(즉, 재조합 기술), 고전적 미생물학적 기술, 또는 이러한 기술의 조합에 의해 변형될 수도 있고, 유전적으로 변형된 미생물을 생산하기 위해 자연적으로 발생한 유전적 변종을 포함할 수 있다. 이러한 기술 중 일부는, 예를 들어, Sambrook et al., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Labs Press에서 일반적으로 개시된다.
미생물은 이러한 변형이 미생물 내에서 본원에서 제공된 하나 이상의 효소의 발현(예를 들어, 과발현)의 원하는 효과를 제공하는 방식으로, 폴리뉴클레오티드가 삽입되거나, 삭제되거나 변형된 (즉, 예를 들어, 뉴클레오티드의 삽입, 삭제, 치환, 및/또는 도치에 의한 돌연변이) 미생물을 포함할 수도 있다. 유전자 발현 또는 기능의 증가를 일으키는 유전적 변형은 유전자의 증폭, 과생산, 과발현, 활성화, 증가, 추가, 또는 상향 조절로서 나타날 수 있다. 유전자 발현을 증가시키기 위한 클로닝된 유전자의 추가는 복제 플라스미드상에서 클로닝된 유전자(들)를 유지하는 단계 또는 클로닝된 유전자(들)를 생산 유기체의 게놈에 통합하는 단계를 포함할 수 있다. 게다가, 원하는 클로닝된 유전자의 발현을 증가시키는 단계는 클로닝된 유전자(들)를 고유한 또는 이종 기원의 전사 제어 요소에 작동 가능하게 결합시키는 단계를 포함한다.
원하는 경우, 본원에서 제공된 효소 중 하나 이상의 발현은 발효 반응 중에 시간-의존적 방식으로 직접적으로 또는 간접적으로 효소의 발현을 제어하는 조절 서열에 의해 제어된다.
일부 구체예에서, 미생물은 본원에서 제공된 효소를 암호화하는 외인성 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 발현 벡터와 같은 유전적 비히클(vehicle)로 형질전환되거나 트랜스펙션된다.
원핵생물 또는 진핵생물 숙주로 도입을 위해 제조된 폴리뉴클레오티드 구조는 원하는 폴리펩티드를 암호화하는 의도된 폴리뉴클레오티드 단편을 포함하는, 숙주에 의해 인식된 복제 시스템 (즉, 벡터)을 보통 포함할 수도 있지만, 항상 포함하지는 않고, 바람직하게는, 폴리펩티드-암호화 세그먼트에 작동 가능하게 결합된 전사 및 번역 개시 조절 서열을 포함할 수도 있지만, 반드시 포함하지는 않는다. 발현 시스템(발현 벡터)는, 예를 들어, 복제의 기원 또는 자가 복제 서열 (ARS) 및 발현 조절 서열, 프로모터, 인핸서 및 리보솜-결합 부위, RNA 스플라이스 부위, 폴리아데닐화 부위, 전사 종결자 서열, mRNA 안정화 서열, 숙주 염색체 DNA와 상동성인 뉴클레오티드 서열, 및/또는 다중 클로닝 부위와 같이, 필요한 가공 정보 부위를 포함할 수도 있다. 신호 펩티드가 또한 적절한 경우, 바람직하게는, 바람직하게는 단백질이 세포 막에서 교차하고 및/또는 이에 존재하게 하는 같거나 또는 관련된 종의 분비된 폴리펩티드에 포함되거나, 세포로부터 분비될 수도 있다.
벡터는 표준 방법을 사용하여 구성될 수 있다 (예를 들어, Sambrook et al., Molecular Biology: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, N.Y. 1989; 및 Ausubel, et al, Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing, Co. N.Y, 1995를 참고하면 된다).
본원에서 개시된 효소 중 하나 이상을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 본 발명의 폴리뉴클레오티드의 조작은 전형적으로 재조합 벡터로 수행된다. 박테리아 플라스미드, 플라스미드, 박테리오파지, 인공 염색체, 에피솜 벡터 및 유전자 발현 벡터를 포함하는 많은 벡터들이 공개적으로 이용 가능하며, 이것들이 모두 이용될 수 있다. 본 발명에 따라 사용된 벡터는 원하는 크기의 단백질 암호화 서열을 공급하도록 선택될 수도 있다. 적합한 숙주 세포는 시험관 내 (in vitro) 클로닝 조작 후 벡터로 형질전환 된다. 숙주 세포는 다수의 박테리아 균주 중 어떤 것과 같은 원핵생물일 수도 있거나, 또는 효모 또는 다른 균류 세포와 같은 진핵 세포, 곤충 또는 양서류 세포, 또는, 예를 들어, 설치류, 유인원 또는 사람 세포를 포함하는 포유동물 세포일 수도 있다. 각각의 벡터는 다양한 기능적 구성요소를 포함하며, 이것들은 보통 클로닝 부위, 복제의 기원 및 적어도 하나의 선택 가능한 마커 유전자를 포함한다. 제공된 벡터가 발현 벡터이면, 그것은 추가적으로 인핸서 요소, 프로모터, 전사 종결 및 신호 서열 중 하나 이상을 소유하며, 각각 클로닝 부위의 주변에 위치하여, 본 발명에 따른 폴리펩티드 레퍼토리 멤버를 암호화하는 유전자에 작동 가능하게 결합된다.
클로닝 및 발현 벡터를 포함하는 벡터는 하나 이상의 선택된 숙주 세포에서 벡터가 복제 가능하게 하는 핵산 서열을 포함할 수도 있다. 예를 들어, 서열은 숙주 염색체 DNA의, 벡터가 독립적으로 복제 가능하게 하는 것일 수도 있고 복제의 기원 또는 자가 복제 서열을 포함할 수도 있다. 이러한 서열은 박테리아, 효모 및 바이러스에 대하여 잘 알려져 있다. 예를 들어, 플라스미드 pBR322의 복제의 기원은 대부분의 그람-음성 박테리아에 적합하고, 2 미크론 플라스미드 기원은 효모에 적합하고, 다양한 바이러스 기원(예를 들어, SV 40, 아데노바이러스(adenovirus))은 포유동물 세포에서 클로닝 벡터에 유용하다. 일반적으로, 복제의 기원은 이것들이 COS 세포와 같이, 높은 수준의 DNA를 복제할 수 있는 포유동물 세포에서 사용되지 않으면 포유동물 발현 벡터에 필요하지 않다.
클로닝 또는 발현 벡터는 선택 가능한 마커로도 불리는 선택 유전자를 포함할 수도 있다. 이 유전자는 선택 배양 배지에서 키워진 형질전환된 숙주 세포의 생존 또는 성장에 필요한 단백질을 암호화한다. 그러므로 선택 유전자를 포함하는 벡터로 형질전환되지 않은 숙주 세포는 배양 배지에서 생존하지 않을 것이다. 전형적인 선택 유전자는 항생제 및 다른 독소, 예를 들어, 앰피실린, 네오마이신, 메토트렉세이트, 히그로마이신, 티오스트렙톤, 아프라마이신 또는 테트라사이클린에 대한 저항성을 부여하거나, 영양 요구성 결핍을 보충하거나, 또는 성장 배지에서 이용 가능하지 않은 중요한 영양소를 공급하는 단백질을 암호화한다.
벡터의 복제는 대장균(예를 들어, 균주 TBI 또는 TGI, DH5α, DH10β, JM110)에서 수행될 수도 있다. 대장균-선택 가능한 마커, 예를 들어, 항생제 앰피실린에 대한 저항성을 부여하는 β-락타마제 유전자가 사용될 수도 있다. 이들 선택 가능한 마커는 pBR322와 같은 대장균 플라스미드 또는 pUC18 또는 pUC19, 또는 pUC119와 같은 pUC 플라스미드로부터 얻어질 수 있다.
발현 벡터는 숙주 유기체에 의해 인식되는 프로모터를 포함할 수도 있다. 프로모터는 원하는 암호화 서열에 작동 가능하게 결합될 수도 있다. 이러한 프로모터는 유발성 또는 구성적일 수도 있다. 폴리뉴클레오티드가 의도된 방식으로 그것들이 기능하게 하는 관계일 때 폴리뉴클레오티드는 작동 가능하게 결합된다.
원핵생물 숙주와 함께 사용에 적합한 프로모터는, 예를 들어, α-락타마제 및 락토스 프로모터 시스템, 알칼린 포스파타제, 트립토판 (trp) 프로모터 시스템, 에리트로마이신 프로모터, 아프라마이신 프로모터, 히그로마이신 프로모터, 메틸레노마이신 프로모터 및 tac 프로모터와 같은 하이브리드 프로모터를 포함할 수도 있다. 또한 숙주 구성적 또는 유발성 프로모터가 사용될 수도 있다. 박테리아 시스템에 사용을 위한 프로모터는 또한 보통 암호화 서열에 작동 가능하게 결합된 샤인-달가노 (Shine-Dalgarno) 서열을 포함할 것이다.
바이러스의 게놈으로부터 얻어지는 바이러스 프로모터는 폴리오마 바이러스(polyoma virus), 계두 바이러스(fowlpox virus), 아데노바이러스 (예를 들어, 아데노바이러스 2 또는 5), 단순 헤르페스 바이러스(herpes simplex virus) (티미딘 키나제 프로모터), 소 유두종 바이러스(bovine papilloma virus), 조류 육종 바이러스(avian sarcoma virus), 거대세포바이러스(cytomegalovirus), 레트로바이러스(retrovirus) (예를 들어, MoMLV, 또는 RSV LTR), B형 간염 바이러스(Hepatitis-B virus), 척수 증식성 육종 바이러스 프로모터 (Myeloproliferative sarcoma virus; MPSV), VISNA, 및 유인원 바이러스 40 (SV40)의 프로모터를 포함한다. 이종 기원 포유동물 프로모터는, 예를 들어, 액틴 프로모터, 면역글로불린 프로모터, 열-충격 단백질 프로모터를 포함한다.
SV40 바이러스의 초기 및 후기 프로모터는 편의상 SV40 바이러스의 복제의 기원을 또한 포함하는 제한 단편으로서 얻어진다 (예를 들어, Fiers et al., Nature, 273: 113 (1978); Mulligan and Berg, Science, 209: 1422-1427 (1980); 및 Pavlakis et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78:7398-7402 (1981)을 참고하면 된다). 사람 거대세포바이러스(CMV)의 급초기 프로모터는 편의상 Hind III E 제한 단편으로서 얻어진다 (예를 들어, Greenaway et al., Gene, 18:355-360 (1982)를 참고하면 된다). SV40 초기 프로모터 또는 라우스 육종 바이러스(Rous sarcoma virus) LTR과 같은 광범위한 숙주 프로모터는 본 발현 벡터에서 사용에 적합하다.
일반적으로, 강한 프로모터가 높은 수준의 전사 및 원하는 생성물의 발현을 제공하기 위해 이용될 수도 있다. 높은 수준의 발현을 위한 강한 프로모터로서 확인된 진핵생물 프로모터 중에, SV40 초기 프로모터, 아데노바이러스 주요 후기 프로모터, 마우스 메탈로티오네인-I 프로모터, 라우스 육종 바이러스 긴 말단 반복, 및 사람 거대세포바이러스 급초기 프로모터 (CMV 또는 CMV IE)가 있다. 구체예에서, 프로모터는 SV40 또는 CMV 초기 프로모터이다.
프로모터는 구성적 또는 조절 가능성, 예를 들어, 유발성일 수도 있다. 예시적 유발성 프로모터는 jun, fos 및 메탈로티오네인 및 열 충격 프로모터를 포함한다. 전사 유닛 중 하나 또는 두 개의 프로모터가 유발성 프로모터일 수 있다. 구체예에서, GFP는 구성적 프로모터로부터 발현되는 한편, 유발성 프로모터는 본원에서 개시된 하나 이상의 효소를 암호화하는 유전자 및/또는 증폭성 선택 가능한 마커의 전사를 구동한다.
고등 진핵생물의 전사 조절 영역은 인핸서 서열을 포함할 수도 있다. 포유동물 유전자의 많은 인핸서 서열은, 예를 들어, 글로빈, 엘라스타제, 알부민, α-태아단백질 및 인슐린 유전자에 관해서 알려져 있다. 적합한 인핸서는 진핵생물 세포 바이러스의 인핸서이다. 예는 복제 기원의 후기 측면 상의 SV40 인핸서, (bp 100-270), 거대세포바이러스 급초기 프로모터의 인핸서 (Boshart et al. Cell 41:521 (1985)), 복제 기원의 후기 측면 상의 폴리오마 인핸서, 및 아데노바이러스 인핸서 (또한, 예를 들어, 진핵생물 프로모터의 활성화를 위한 향상 요소에 대하여 Yaniv, Nature, 297: 17-18 (1982)를 참고하면 된다). 인핸서 서열은 원하는 유전자의 위치 5' 또는 3'에서 벡터로 도입될 수도 있지만, 바람직하게는 프로모터의 부위 5'에 위치한다.
효모 및 포유동물 발현 벡터는 박테리아에서 벡터의 증식을 가능하게 하는 원핵생물 서열을 포함할 수도 있다. 그러므로, 벡터는 복제의 기원(예를 들어, 벡터가 하나 이상의 선택된 숙주 세포에서 복제 가능하게 하는 핵산 서열), 박테리아에서 선택되는 항생제 저항 유전자, 및/또는 번역이 코돈을 통해 판독되는 것을 허용할 수 있는 앰버(amber) 종결 코돈과 같은 다른 요소들을 가질 수도 있다. 추가적인 진핵생물 선택 가능 유전자(들)이 포함될 수도 있다. 일반적으로, 클로닝 벡터에서 복제의 기원은 숙주 염색체 DNA의, 벡터가 독립적으로 복제하게 하는 것이고, 복제의 기원 또는 자가 복제 서열을 포함한다. 이러한 서열, 예를 들어, 예를 들어, 박테리아의 ColE1 복제의 기원이 잘 알려져 있다. 다양한 바이러스 기원 (예를 들어, SV40, 폴리오마, 아데노바이러스, VSV 또는 BPV)은 포유동물 세포의 클로닝 벡터에 유용하다. 일반적으로, 진핵생물의 레플리콘은 염색체 외의 (에피솜의) 복제가 의도되지 않으면 포유동물 세포에서의 발현에 필요하지 않다 (예를 들어, SV40 기원은 전형적으로 단지 그것이 초기 프로모터를 포함하기 때문에 사용될 수도 있다).
구조 및 발현 벡터로부터 본원에서 개시된 효소를 암호화하는 다른 유전자의 삽입 및 발현을 가능하게 하기 위해서, 구조는 본원에서 개시된 어떤 효소도 암호화하는 어떤 유전자의 삽입을 위한 적어도 하나의 클로닝 부위를 갖도록 설계될 수도 있다. 클로닝 부위는 다중 클로닝 부위일 수도 있으며, 예를 들어, 다중 제한 부위를 포함할 수도 있다.
플라스미드는 서브클로닝 단계 또는 진핵생물 숙주 세포로의 도입을 위한 DNA 스톡(stock)을 제조하기 위해 박테리아 숙주 세포에서 증식될 수도 있다. 진색생물 숙주 세포의 트랜스펙션은 업계에 잘 알려진 어떤 방법에 의해서도 수행될 수 있다. 트랜스펙션 방법은 리포펙션, 전기천공, 칼슘 포스페이트 동시-침전, 루비듐 클로라이드 또는 다가 양이온 매개된 트랜스펙션, 원생동물 융합 및 미세주입법을 포함한다. 바람직하게, 트랜스펙션은 안정한 트랜스펙션이다. 특정 숙주 세포주 및 타입에서 구조의 최적의 트랜스펙션 빈도 및 발현을 제공하는 트랜스펙션 방법이 선호된다. 적합한 방법은 일상적인 과정에 의해 결정될 수 있다. 안정한 트랜스펙턴트(transfectant)를 위해, 구조는 숙주 염색체 내에 안정하게 유지되도록 통합된다.
벡터는 당업자에게 알려져 있는 많은 적합한 방법 중 어떤 것에 의해서도 선택된 숙주 세포로 도입될 수 있다. 예를 들어, 벡터 구조는 플라스미드 벡터에 대한 많은 형질전환 방법 중 어떤 것에 의해서도 적절한 세포로 도입될 수 있다. 예를 들어, 표준 칼슘-클로라이드-매개된 박테리아 형질전환은 여전히 네이키드(naked) DNA를 박테리아에 도입하기 위해 흔히 사용되지만 (예를 들어, Sambrook et ah, 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.를 참고하면 된다), 전기천공 및 컨쥬게이션(conjugation)이 또한 사용될 수도 있다 (예를 들어, Ausubel et ah, 1988, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., NY, N.Y.를 참고하면 된다).
벡터 구조의 효모 또는 다른 균류 세포로의 도입을 위해서, 화학적 형질전환 방법이 사용될 수도 있다 (예를 들어, Rose et ah, 1990, Methods in Yeast Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.). 형질전환된 세포는 사용된 선택 가능한 마커에 적절한 선택 배지에서 분리될 수도 있다. 대안으로, 또는 추가로, 플레이트 또는 플레이트로부터 공수된 필터는 형질전환된 클론을 확인하기 위한 GFP 형광발광을 위해 스캔될 수도 있다.
차등적으로 발현되는 서열을 포함하는 벡터의 포유동물 세포로의 도입을 위해서, 사용된 방법은 벡터의 형태에 의존적일 수도 있다. 플라스미드 벡터는, 예를 efmdj, 지질-매개된 트랜스펙션 ("리포펙션", DEAE-덱스트란-매개된 트랜스펙션, 전기천공 또는 칼슘 포스페이트 침전을 포함하는 많은 트랜스펙션 방법 중 어떤 것에 의해서도 도입될 수 있다 (예를 들어, Ausubel et al, 1988, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., NY, N.Y.를 참고하면 된다).
다양한 형질전환된 및 형질전환되지 않은 또는 일차 세포의 일시적 트랜스펙션에 적합한 리포펙션 시약 및 방법은 널리 이용 가능하며, 리포펙션을 배양시 구조를 진핵생물, 및 특히 포유동물 세포로 도입하는 매력적인 방법으로 만든다. 예를 들어, LipofectAMINE™ (Life Technologies) 또는 LipoTaxi™ (Stratagene) 키트가 이용 가능하다. 리포펙션용 시약 및 방법을 제공하는 다른 회사들은 Bio-Rad Laboratories, CLONTECH, Glen Research, InVitrogen, JBL Scientific, MBI Fermentas, PanVera, Promega, Quantum Biotechnologies, Sigma-Aldrich, 및 Wako Chemicals USA를 포함한다.
숙주 세포는 원하는 단백질을 암호화하는 구조를 발현하고, 단백질을 가공하고 분비를 위해 분비된 단백질을 세포 표면으로 운반할 수도 있다. 가공은 선도 펩티드 분할, GPI 부착, 글리코실화, 유비퀴틴화, 및 이황화 결합 형성과 같은, 동시- 및 후-번역 변형을 포함한다. 트랜스펙션 및 시험관 내 세포 배양할 수 있고 유전적 조작에서 보통 이용되는 종류의, 불멸의 숙주 세포 배양이 바람직하다. 유용한 포유동물 숙주 세포주의 예는 SV40에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 세포주 (COS-7, ATCC CRL 1651); 사람 배아 신장 세포주 (현탁 배양에서의 성장에 적응된 293 또는 293 유도체, Graham et al, J. Gen Virol, 36:59 (1977); 새끼 햄스터 신장 세포 (BHK, ATCC CCL 10); DHFR-중국 햄스터 난소 세포 (ATCC CRL-9096); dp12.CHO 세포, CHO/DHFR-의 유도체 (1989년 3월 15일에 발행된 EP 307,247); 마우스 세르톨리 세포(mouse Sertoli cell) (TM4, Mather, Biol. Reprod., 23:243-251 (1980)); 원숭이 신장 세포 (CV1 ATCC CCL 70); 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포 (VERO-76, ATCC CRL-1587); 사람 경부 암 세포 (HELA, ATCC CCL 2); 개 신장 세포 (MDCK, ATCC CCL 34); 버팔로 래트 간 세포 (BRL 3A, ATCC CRL 1442); 사람 폐 세포 (WI38, ATCC CCL 75); 사람 간 세포 (Hep G2, HB 8065); 마우스 유선 종양 (MMT 060562, ATCC CCL51); TRI 세포 (Mather et al, Annals N.Y. Acad. Sci., 383:44-68 (1982)); PEER 사람 급성 림프아구성 세포주 (Ravid et al Int. J. Cancer 25:705-710 (1980)); MRC 5 세포; FS4 세포; 사람 간종양 주 (Hep G2), 사람 HT1080 세포, KB 세포, JW-2 세포, Detroit 6 세포, NIH-3T3 세포, 히브리도마(hybridoma) 및 골수종 세포이다. 형질 도입 유전자를 발생시키는데 사용된 배아 세포가 또한 적합하다 (예를 들어, 접합체 및 배아 줄기 세포).
벡터에서 폴리뉴클레오티드(예를 들어, DNA)를 클로닝하거나 발현하는데 적합한 숙주 세포는, 예를 들어, 원핵 세포, 효모, 또는 고등 진핵 세포를 포함할 수도 있다. 이 목적에 적합한 원핵 세포는 그람-음성 또는 그람-양성 유기체와 같은 진정세균, 예를 들어, 에스체리키아, 예를 들어, 대장균과 같은 엔테로박테리아세애(Enterobacteriaceae), 엔테로박터(Enterobacter), 에르비니아(Erwinia), 클레브시엘라(Klebsiella), 프로테우스(Proteus), 살모넬라(Salmonella), 예를 들어, 살모넬라 티피뮤리움(Salmonella typhimurium), 세라티아(Serratia), 예를 들어, 세라티아 마르세스칸스(Serratia marcescans), 및 시겔라(Shigella), 뿐만 아니라 B. 서브틸리스(B. subtilis) 및 B. 리체니포미스(B. licheniformis)와 같은 바실리(Bacilli) (예를 들어, 1989년 4월 12일에 발행된 DD 266,710에 개시된 B. 리체니포미스 41 P), P.애루기노사(P. aeruginosa)와 같은 슈도모나스(Pseudomonas), 및 스트렙토미세스(Streptomyces)를 포함한다. 한 바람직한 대장균 클로닝 숙주는 대장균 294 (ATCC 31,446)이지만, 대장균 B, 대장균 XI 776 (ATCC 31,537), 대장균 JM110 (ATCC 47,013) 및 대장균 W3110 (ATCC 27,325)과 같은 다른 균주가 적합하다.
원핵생물 이외에, 곰팡이 또는 효모와 같은 진핵 미생물이 하나 이상의 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터에 적합한 클로닝 또는 발현 숙주일 수도 있다. 사카로미세스 세레비시애, 또는 보통의 빵 효모가 하등 진핵 숙주 미생물 중에서 가장 흔히 사용된다. 하지만, 많은 다른 속, 종, 및 균주도 흔히 이용 가능하고 본원에서 유용하며, 쉬조사카로미세스 폼베(Schizosaccharomyces pombe); 예를 들어, K. 락티스(K. lactis), K. 프라길리스(K. fragilis) (ATCC 12,424), K. 불가리쿠스(K. bulgaricus) (ATCC 16,045), K. 위케라미이(K. wickeramii) (ATCC 24,178), K. 왈티이(K. waltii) (ATCC 56,500), K. 드로소필라룸(K. drosophilarum) (ATCC 36,906), K. 써모톨러란스(K. thermotolerans), 및 K. 막시아누스(K. marxianus)와 같은 클루이베로미세스(Kluyveromyces) 숙주; 야로위아(yarrowia) (EP 402,226); 피치아 파스터스(Pichia pastors) (EP 183,070); 칸디다(Candida); 트리코더마 리시아(Trichoderma reesia) (EP 244,234); 뉴로스포라 크라사(Neurospora crassa); 슈반니오미세스 옥시덴탈리스(Schwanniomyces occidentalis)와 같은 슈반니오미세스(Schwanniomyces); 및 예를 들어, 뉴로스포라(Neurospora), 페니실리움(Penicillium), 톨리포클라디움(Tolypocladium)과 같은 곰팡이, 및 A. 니둘란스(A. nidulans) 및 A. 니게르(A. niger)와 같은 아스페르질루스(Aspergillus) 숙주와 같은 것들이다.
효소가 글리코실화될 때, 발현에 적합한 숙주 세포는 다세포 유기체로부터 유도될 수도있다. 무척추동물 세포의 예는 식물 및 곤충 세포를 포함한다. 많은 바큘로바이러스(baculoviral) 균주 및 변종 및 스포돕테라 프루기페르다(Spodoptera frugiperda) (애벌레), 아에데스 아에집티(Aedes aegypti) (모기), 아에데스 알보픽투스(Aedes albopictus) (모기), 드로소필라 멜라노개스터(Drosophila melanogaster) (초파리), 및 봄빅스 모리(Bombyx mori) (누에나방)와 같은 숙주의 해당 허용 곤충 숙주 세포가 확인되었다. 트랜스펙션을 위한 다양한 바이러스 균주, 예를 들어, 오토그라파 칼리포미카(Autographa califomica) NPV의 L-1 변종 및 봄빅스 모리 NPV의 Bm-5 균주가 공개적으로 이용 가능하고, 이러한 바이러스는 본 발명에 따르는, 특히 스포돕테라 프루기페르다 세포의 트랜스펙션을 위한 바이러스로서 본원에서 사용될 수도 있다.
목화, 옥수수, 감자, 대두, 피튜니아(petunia), 토마토, 담배, 렘나(lemna)의 식물 세포 배양, 및 다른 식물 세포는 또한 숙주 세포로서 이용될 수 있다.
유용한 포유동물 숙주 세포의 예는 중국 햄스터 난소 세포이며, CHOK1 세포 (ATCC CCL61), DXB-11, DG-44, 및 중국 햄스터 난소 세포/-DHFR (CHO, Urlaub et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 4216 (1980)); SV40에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 라인 (COS-7, ATCC CRL 1651); 사람 배아 신장 세포주 (293 또는 현탁 배양에서의 성장을 위해 서브클로닝된 293 세포, (Graham et al., J. Gen Virol. 36: 59, 1977)); 새끼 햄스터 신장 세포 (BHK, ATCC CCL 10); 마우스 세르톨리 세포 (TM4, Mather, (Biol. Reprod. 23: 243-251, 1980); 원숭이 신장 세포 (CV1 ATCC CCL 70); 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포 (VERO-76, ATCC CRL-1587); 사람 경부 암 세포 (HELA, ATCC CCL 2); 개 신장 세포 (MDCK, ATCC CCL 34); 버팔로 래트 간 세포 (BRL 3A, ATCC CRL 1442); 사람 폐 세포 (W138, ATCC CCL 75); 사람 간 세포 (Hep G2, HB 8065); 마우스 유선 종양 (MMT 060562, ATCC CCL51); TRI 세포 (Mather et al, Annals N.Y Acad. Sci. 383: 44-68 (1982)); MRC 5 세포; FS4 세포; 및 사람 간종양 세포주 (Hep G2)를 포함한다.
숙주 세포는 본원에서 개시된 하나 이상의 효소의 생산을 위해 상기 설명된 발현 또는 클로닝 벡터 또는 본원에서 개시된 하나 이상의 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 형질전환되거나 트랜스펙션되고 프로모터의 유발, 형질전환체의 선택, 또는 원하는 서열을 암호화하는 유전자의 증폭에 적절하게 변형된 통상적인 영양 배지에서 배양된다.
개시된 효소를 암호화하는 원하는 핵산 서열을 포함하는 숙주 세포는 다양한 배지에서 배양될 수도 있다. Ham's F10 (Sigma), Minimal Essential Medium ((MEM), Sigma), RPMI-1640 (Sigma), 및 Dulbecco's Modified Eagle's Medium ((DMEM), Sigma)과 같이 상업적으로 이용 가능한 배지는 숙주 세포를 배양하는데 적합하다. 게다가, Ham et al., Meth. Enz. 58: 44, (1979); Barnes et al., Anal. Biochem. 102: 255 (1980); 미국 특허 제4,767,704호; 제4,657,866호; 제4,927,762호; 제4,560,655호; 또는 제5,122,469호; WO90103430호; WO 87/00195호; 또는 미국 특허 등록 번호 제30,985호에서 설명된 배지 중 어떤 것도 숙주 세포에 대한 배양 배지로서 사용될 수도 있다. 이들 배지 중 어떤 것도 호르몬 및/또는 다른 성장 인자 (예를 들어, 인슐린, 트랜스페린, 또는 표피 성장 인자), 염 (예를 들어, 염화 나트륨, 칼슘, 마그네슘, 및 인산염), 버퍼 (예를 들어, HEPES), 뉴클레오티드 (예를 들어, 아데노신 및 티미딘), 항생제 (예를 들어, GENTAMYCIN™ 약물), 미량의 요소 (보통 미크로몰 범위의 최종 농도로 존재하는 무기 화합물로서 정의됨), 및 글루코스 또는 동등한 에너지 공급원이 필요에 따라 보충될 수도 있다. 어떤 다른 필요한 보충물이 또한 당업자에게 알려질 적절한 농도로 포함될 수도 있다. 온도, Ph, 등과 같은 배양 조건은 발현을 위해 선택된 숙주 세포와 함께 이전에 사용된 것들과 같고, 당업자에게 명백해질 것이다.
폴리뉴클레오티드 및 암호화된 효소
표 1-3 또는 도 1-3 중 어느 것에서 제시된 효소를 포함하는, 효소 또는 효소적 전환을 촉진시킬 수 있는 이들의 변종을 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 유전자)도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다. 이러한 폴리뉴클레오티드는 암호화된 효소의 기질 특이성을 조절하기 위해 (예를 들어, 증가시키거나 감소시키기 위해) 변형될 수도 있거나 (예를 들어, 유전적으로 조작됨), 또는 폴리뉴클레오티드는 암호화된 효소의 기질 특이성을 변화시키도록 변형될 수도 있다 (예를 들어, 기질에 대한 특이성을 갖는 효소를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 대안의 기질에 대한 특이성을 갖도록 변형될 수도 있다). 바람직한 미생물은 표 1-3 및 도 1-3 중 어느 하나에서 제시된 효소 중 하나 이상을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수도 있다.
일부 구체예에서, 미생물은 히드록시발레릴-CoA 데히드로게나제, 크로토닐-CoA 리덕타제 (이기능성), 크로톤알데히드 데히드로게나제, 크로토닐 알콜 데히드로게나제, 3,5-케토발레릴-CoA 데히드로게나제, 또는 SEQ ID NOs: 103-123에 제시된 산화 환원 효소를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 펜테노일-CoA 전이 효소, 펜트-2,4-디에노일-CoA 전이 효소, 포밀-CoA 전이 효소, 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 전이 효소와 같은 산화 환원 효소, 또는 SEQ ID NOs: 1-28에 제시된 전이 효소와 같은 전이 효소를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 펜테노일-CoA 가수분해 효소, 펜트-2,4-디에노일-CoA 가수분해 효소, 3-히드록시-4-펜테노일-CoA 가수분해 효소와 같은 가수분해 효소, 또는 SEQ ID NOs: 29-33에 제시된 가수분해 효소를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 포밀-CoA 신타제와 같은 CoA 신타제 또는 SEQ ID NOs: 34-36에서 제시된 CoA 신타제를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 티올라제, 아세틸-CoA:포르메이트 C-아세틸전이 효소, 아세토아세틸-CoA 티올라제, 3,5-케토발레릴-CoA 티올라제와 같은 케토티올라제, 또는 SEQ ID NOs: 58-78에서 제시된 케토티올라제를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 펜테노일-CoA 데히드로게나제, 포르메이트 데히드로게나제와 같은 데히드로게나제, 또는 SEQ ID NOs: 124-139에서 제시된 데히드로게나제를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 히드록시발레릴 CoA 탈수 효소, 크로토닐 알콜 탈수 효소, 3,5-히드록시발레릴-CoA 탈수 효소와 같은 탈수 효소, 또는 SEQ ID NOs: 37-55에서 제시된 탈수 효소를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 전위 C=C 결합 이소머라제와 같은 이소머라제, 또는 SEQ ID NOs: 99-102에서 제시된 이소머라제를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 미생물은 2-펜텐산 데카르복실라제, 4-펜텐산 데카르복실라제, 펜트,2,4-디엔산 데카르복실라제, 3-히드록시-4-펜텐산 데카르복실라제와 같은 데카르복실라제, 또는 SEQ ID NOs: 79-98에서 제시된 데카르복실라제를 포함할 수도 있다.
도 1-3에서 전환을 촉진시키는 효소는 효소 위원회 (EC) 번호, 기능, 및 도 1-3에서 그것들이 전환을 촉진시키는 단계에 의해 표 4에서 분류된다.
| EC 번호 | 기능 | 도면 (번호) 및 번호 (문자) |
| 1.1.1. | 옥시도리덕타제 | 1B, 2A, 2B, 2C, 3F, 3G |
| 2.8.3. | 전이 효소 | 1D, 1I, 3C, 3I |
| 3.1.2. | 가수분해 효소 | 1D, 1I, 3I |
| 6.2.1 | CoA 합성 효소 | 3C |
| 2.3.1. | 케토티올라제 | 1A, 3B, 3D, 3E |
| 1.3.1. 또는 1.2.99 | 데히드로게나제 | 1H, 3A |
| 4.2.1. | 데히드라타제 | 1C, 2D, 3H |
| 5.3.3. | 이소머라제 | 1F |
| 4.1.1. | 데카르복실라제 | 1E, 1G, 1J, 3J |
도 1의 단계 D 및 I, 및 도 3의 단계 C 및 I는, 예를 들어, 한 분자에서 다른 분자로 CoA 모이어티의 가역적 전송을 촉진시키는 전이 효소를 포함하는, EC 2.8.3의 전이 효소에 의해 촉진될 수 있다. 예를 들어, 하기 표 5에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, CoA 전이 효소를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드는 본 발명에 의한 사용에 대해 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| atoA | 2492994 | 에스체리키아 콜리 K12 | 1 |
| atoD | 2492990 | 에스체리키아 콜리 K12 | 2 |
| actA | 62391407 | 코리네박테리움 글루타미쿤 ATCC 13032 | 3 |
| Cg0592 | 62289399 | 코리네박테리움 글루타미쿤 ATCC 13032 | 4 |
| ctfA | 15004866 | 클로스트리듐 아세토부틸리쿰 | 5 |
| ctfB | 15004867 | 클로스트리듐 아세토부틸리쿰 | 6 |
| Ach1 | 60396828 | 로세부리아 종 A2-183 | 7 |
| Pct | 7242549 | 클로스트리듐 프로피오니쿰 | 8 |
| Cbei_4543 | 150019354 | 클로스트리듐 베이제린치이 | 9 |
| pcaI | 50084858 | 아시네토박터 종 ADP1 | 10 |
| PcaJ | 141776 | 아시네토박터 종 ADP1 | 11 |
| pcaI | 24985644 | 슈도모나스 푸티다 | 12 |
| pcaJ | 141776 | 슈도모나스 푸티다 | 13 |
| ScoA | 16080950 | 바실루스 서브틸리스 | 14 |
| ScoB | 16080949 | 바실루스 서브틸리스 | 15 |
| Cat1 | 729048 | 클로스트리듐 클루이베리 | 16 |
| Cat2 | 172046066 | 클로스트리듐 클루이베리 | 17 |
| Cat3 | 146349050 | 클로스트리듐 클루이베리 | 18 |
| gctA | 559392 | 아시드아미노코쿠스 페르멘탄스 | 19 |
| gctB | 559393 | 아시드아미노코쿠스 페르멘탄스 | 20 |
| frc | 12931869 | 에스체리키아 콜리 | 21 |
| BBta_3113 | 5149017 | 브라디리조븀 종 | 22 |
| RPA1945 | 2688995 | 로도프슈도모나스 팔루스트리스 | 23 |
| SDY_2572 | 3797090 | 시겔라 디센테리애 | 24 |
| RPB_3427 | 3911229 | 로도프슈도모나스 팔루스트리스 | 25 |
| frc | 8191935 | 메틸로박테리움 엑스토르?스 | 26 |
| H16_B1711 | 4455693 | 랄스토니아 유트로파 H16 | 27 |
| Bxe_B2760 | 4006524 | 부르크홀데리아 제노보란스 | 28 |
도 1의 단계 D 및 I, 및 도 3의 단계 I는, 예를 들어, 2-페텐테노일-CoA, 2,4-펜테노일-CoA, 및 3-히드록시펜테노일-CoA를 그것들의 해당 산으로 가수분해할 수 있는 넓은 기질 범위를 갖는 가수분해 효소를 포함하는, EC 3.1.2의 가수분해 효소에 의해 촉진될 수 있다. 예를 들어, 하기 표 6에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 가수분해 효소를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| Orf1 | 23664428 | 아조아르쿠스 에반시이 | 29 |
| COG0824 | 46200680 | 마그네토스피릴룸 마그네토탁티쿰 | 30 |
| Jann_0674 | 89052491 | 잔나스키아 종 CCS1 | 31 |
| SSE37_24444 | 126729407 | 사지툴라 스텔라타 | 32 |
| entH | 1786813 | 에스체리키아 콜리 | 33 |
도 3의 단계 C는, 예를 들어, 포름산을 포밀-CoA로 활성화시킬 수 있는 넓은 기질 범위를 갖는 CoA 합성 효소를 포함하는, EC 6.2.1.의 CoA 합성 효소에 의해 촉진될 수도 있다. 예를 들어, 하기 표 7에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, CoA 합성 효소를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID (GI) | 유기체 | SEQ ID NO: |
| acs | 8434601 | 아세토박터 파스튜리아누스 | 34 |
| Avin_10660 | 7760010 | 아조토박터 비넬란디이 | 35 |
| acs | 8657923 | 데할로코코이데스 종 | 36 |
이중 결합의 수화는 EC 4.2.1.의 히드라타제 효소에 의해 촉진될 수 있고 이중 결합을 형성하기 위한 물의 제거는 EC 4.2.1.의 탈수 효소에 의해 촉진될 수 있다. 히드라타제 효소는 때때로 가역적이고 또한 탈수를 촉진시킬 수도 있다. 유사하게, 탈수 효소가 때때로 가역적이고 또한 탈수를 촉진시킬 수도 있다. 제공된 기질에 물의 추가 또는 제공된 기질로부터 물의 제거는 도 1의 단계 C, 도 2의 단계 D, 및 도 3의 단계 H에 필요하다. 예를 들어, 하기 표 7에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 히드라타제 또는 탈수 효소를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| mhpD | 87081722 | 에스체리키아 콜리 | 37 |
| ctmF | 1263188 | 슈도모나스 푸티다 | 38 |
| todG | 1263188 | 슈도모나스 푸티다 | 39 |
| hpaH | 7150958100 | 클레브시엘라 뉴모니애 | 40 |
| hpaH | 8178258 | 에스체리키아 콜리 | 41 |
| cnbE | 6386628 | 코마모나스 테스토스테로니 | 42 |
| leuD | 2122345 | 메타노칼도코쿠스 잔나스키이 | 43 |
| dmdA | 9884634 | 유박테리움 리모숨 | 44 |
| dmdB | 9884633 | 유박테리움 리모숨 | 45 |
| Olhyd_maccj | 7390838 | 마크로코쿠스 카세올리티쿠스 | 46 |
| ech | 1047000 |
슈도모나스 푸티다 | 47 |
| crt | 1118895 | 클로스트리듐 아세토부틸리쿰 | 48 |
| phaB | 1046931 | 슈도모나스 푸티다 | 49 |
| fadA | 12934462 | 에스체리키아 콜리 | 50 |
| fadB | 12934454 |
에스체리키아 콜리 | 51 |
| fadI | 12933009 | 에스체리키아 콜리 | 52 |
| fadJ | 12931539 | 에스체리키아 콜리 | 53 |
| fadR | 12931108 |
에스체리키아 콜리 | 54 |
| ldi | 302064203 |
카스텔라니엘라 데프라그란스
|
55 |
카스텔라니엘라 데프라그란스(Castellaniella defragrans) 균주 65Phen의 리날롤 탈수 효소-이소머라제는 베타-미르센의 (3S)-리날롤으로의 입체특이적 수화, (3S)-리날롤의 게라니올의 이소머화를 촉진시키고, 모노테르펜 베타-미르센의 혐기성 분해의 초기 단계에 수반된다. 추가적으로, 이 리날롤 탈수 효소-이소머라제는 가역 반응, 즉, 게라니올의 리날롤로의 이소머화 및 리날롤의 미르센으로의 탈수를 촉진시킨다. 이 방향에서, 게라니올로부터 미르센의 형성은 모노테르펜 알콜에 대한 해독 과정으로 보일 수도 있다. 다른 탈수 효소-이소머라제는 4-히드록시부티릴-CoA 탈수 효소/비닐아세틸-CoA-델타-이소머라제를 포함한다. 탈수 효소/이소머라제는 기질로서 크로토닐-알콜을 수용하기 위한 표준 방법에 의해 조작될 수도 있으며, 따라서 하기 도 2의 이러한 단계 D에 적합한 후보물질을 나타낸다:
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| ldi | 302064203 |
카스텔라니엘라 데프라그란스
|
56 |
| abdD | 1453964 | 술폴로부스 솔파타리쿠스 | 57 |
도 1의 단계 A, 및 도 3의 단계 C, D 및 E는 포밀-CoA 또는 프로피오닐-CoA와 함께 아세틸-CoA 또는 아세토아세틸-CoA의 응결이 필요하다. 이러한 응결은 EC 2.3.1.에서 제시된 케토티올라제로 촉진될 수 있다. 하지만, 예를 들어, 하기 표 10에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| paaJ | 12934018 | 에스체리키아 콜리 | 58 |
| phaD | 1046928 | 슈도모나스 푸티다 | 59 |
| pcaF | 10441755 | 슈도모나스 푸티다 | 60 |
| pcaF | 11639550 | 아시네토박터 칼코아세티쿠스 | 61 |
| fadA | 4490319 | 애로모나스 히드로필라 | 62 |
| AtoB | 4997503 | 애로모나스 살모니시다 | 63 |
| pcaF | 4383639 | 슈도모나스 애로기노사 | 64 |
| bktB | 428815 | 랄스토니아 유트로파 | 65 |
| pimB | 2692199 | 로도프슈도모나스 팔루스트리스 | 66 |
| syn_02642 | 3882984 | 신트로푸스 아시디트로피쿠스 | 67 |
| phaA | 10921806 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 68 |
| atoB | 12934272 | 에스체리키아 콜리 | 69 |
| thlA | 1119056 | 클로스트리듐 아세토부틸리쿰 | 70 |
| thlB | 1116083 | 클로스트리듐 아세토부틸리쿰 | 71 |
| ERG10 | 856079 | 사카로미세스 세레비시애 | 72 |
| pflB | 12931841 | 에스체리키아 콜리 | 73 |
| pflA | 12930359 | 에스체리키아 콜리 | 74 |
| pfl | 15671982 |
락토코쿠스 락티스
|
75 |
| pfl | 3168596 |
스트렙토코쿠스 에퀴누스 | 76 |
| act | 14141682 |
스트렙토코쿠스 에퀴누스 | 77 |
| Clo1313_1716 | 12421448 | 클로스트리듐 써모셀룸 | 78 |
도 1의 단계 E, G, 및 J, 및 도 2의 단계 J는 EC 등급 4.1.1.에서 제시된 데카르복실라제 효소에 의해 촉진될 수 있다. 많은 데카르복실라제가 특성화되고 데카르복실레이트가 2-펜텐산, 2,4-펜테디엔산 (도 1) 및 3-히드록시펜텐산 (도 3)과 구조적으로 유사한 기질임을 나타낸다. 도 1의 단계 J에 대한 예시적 효소는 EC 4.1.1.16.에 제시된 바와 같이 소르브산 데카르복실라제 및 아코니테이트 데카르복실라제를 포함한다. 도 1의 단계 G 및 E에 대한 예시적 효소는 제오트갈리코쿠스(Jeotgalicoccus)의 p450 지방산 데카르복실라제를 포함할 수도 있다. 도 3의 단계 J에 대한 예시적 효소는 디포스포메발로네이트 데카르복실라제와 같이, EC 4.1.1.33.에 제시된 상기 효소들을 포함할 수도 있다. 하지만, 예를 들어, 하기 표 11에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 데카르복실라제를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| OleTJE | 320526717 XXX |
제오트갈리코쿠스 종; ATCC8456 | 79 |
| PadA1 | 145235767 | 아스페르질루스 니게르 | 80 |
| ohbA1 | 145235771 | 아스페르질루스 니게르 | 81 |
| sdrA | 145235769 | 아스페르질루스 니게르 | 82 |
| padA1 | 169786362 | 아스페르질루스 오리재 | 83 |
| ohbA1 | 169768360 | 아스페르질루스 오리재 | 84 |
| sdrA | 169768362 | 아스페르질루스 오리재 | 85 |
| Mvd | 2845318 | 피크로필루스 토리두스 | 86 |
| mvd | 2845209 | 피크로필루스 토리두스 | 87 |
| mvd | 855779 | 사카로미세스 세레비시애 | 88 |
| mvd | 162312575 |
쉬조사카로미세스 폼베 | 89 |
| mvd | 257051090 |
할로라브두스 우타헨시스 | 90 |
| mvd | 8741675 | 할로테리게나 투르크메니카 | 91 |
| mvd | 9132821 | 류코노스토크 킴치이 | 92 |
| dvd | 1447408 | 할로박테리움 살리나룸 | 93 |
| dfd | 121708954 |
아스페르질루스 클라바투스 | 94 |
| 4593483 | 테오사르토리아 피스체리 | 95 |
|
| mvaD | 11027973 | 스트렙토코쿠스 슈도뉴모니애 | 96 |
| mvaD | 8433456 | 락토바실루스 람노수스 | 97 |
| mvaD | 12158799 | 보렐리아 아프젤리이 | 98 |
도 1의 단계 F는 EC 5.3.3.에서 제시된 이소머라제 효소를 수반한다. 단계에 대한 예시적 효소는 이소펜테닐-디포스페이트 델타-이소머라제를 포함한다. 하지만, 예를 들어, 하기 표 12에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 이소머라제를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| Idi | 12930440 | 에스체리키아 콜리 | 99 |
| Idi1 | 855986 | 사카로미세스 세레비시애 | 100 |
| fni | 1028286 | 스트렙토코쿠스 뮤탄스 | 101 |
| fni | 938985 | 바실루스 서브틸리스 | 102 |
도 1의 단계 B, 도 2의 단계 A, B 및 C, 및 도 3의 단계 F 및 G는 케톤의 알콜로의 환원을 수반하고 EC 등급 1.1.1.의 산화 환원 효소에 의해 촉진될 수 있다. 하지만, 예를 들어, 하기 표 13에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 산화 환원 효소를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| mdh | 6059112 | 에스체리키아 콜리 | 103 |
| idhA | 5591397 | 에스체리키아 콜리 | 104 |
| idh | 113866693 |
랄스토니아 유트로파
|
105 |
| adh | 60592974 | 클로스트리듐 베이제린키이 | 106 |
| Adh | 113443 | 써모언에어로박터 브로키이 | 107 |
| Sadh | 21615552 | 로도코쿠스 루버 | 108 |
| adhA | 3288810 | 피로코쿠스 퓨리오수스 | 109 |
| adhE | 12930611 | 에스체리키아 콜리 | 110 |
| adhE2 | 12958626 | 클로스트리듐 아세토부틸리쿰 | 111 |
| adhE | 55818563 | 류코노스토크 메센테로이데스 | 112 |
| HMG1 | 854900 | 사카로미세스 세레비시애 | 113 |
| CtCNB1_3119 | 8560791 | 코마모나스 테스토스테로니 | 114 |
| DKAM_0720 | 7170894 | 데술푸로코쿠스 캄차트켄시스 | 115 |
| mvaA | 1004602 | 스타필로코쿠스 아우레우스 | 116 |
| LJ1608 | 2742117 | 락토바실루스 존소니이 | 117 |
| acr1 | 2879608 |
아시네토박터 종 ADP1
|
118 |
| acr1 | 1684885 | 아시네토박터 바일리이 | 119 |
| sucD | 5394466 | 클로스트리듐 클루이베리 | 120 |
| sucD | 2551522 | 포피로모나스 깅기바리스 | 121 |
| bld | 31075383 | 클로스트리듐 사카로페르부틸 아세토니쿰 | 122 |
| Cbei_3832 | 5294993 | 클로스트리듐 베이제린키이 | 123 |
도 1의 단계 I, 및 도 3의 단계 A는 EC 1.3.1. 또는 1.2.99.에서 제시된 데히드로게나제를 수반한다. 하지만, 예를 들어, 하기 표 14에서 제시된 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 데히드로게나제를 암호화하는 어떤 알려진 폴리뉴클레오티드도 본 발명에 의한 사용에 대하여 고려된다.
| 유전자 | 유전자 ID | 유기체 | SEQ ID NO: |
| Msed_1426 | 5104797 | 메탈로스파에라 세둘라 | 124 |
| ST0480 | 1458422 | 술폴로부스 토코다이이 | 125 |
| Mcup_0809 | 10493000 | 메탈로스파에라 쿠프리나 | 126 |
| RBRH_02090 | 9986550 | 스트렙토미세스 클라불리게루스 | 127 |
| RSP_1434 | 3718801 | 로도박터 스패로이데스 | 128 |
| acrA | JN244654.1 | 클로스트리듐 프로피오니쿰 | 129 |
| acrB | JN244655 |
클로스트리듐 프로피오니쿰 | 130 |
| Fdh1 | 2276464 |
칸디다 보이디니이 | 131 |
| Fdh1 | 854570 | 사카로미세스 세레비시애 | 132 |
| Fdh2 | 1370568 |
사카로미세스 세레비시애 | 133 |
| fdsC | 4248880 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 134 |
| fdsA | 4248878 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 135 |
| fdsB | 4248879 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 136 |
| fdsD | 4248881 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 137 |
| fdsG | 4248882 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 138 |
| fdsR | 4248883 | 쿠프리아비두스 네카토르 | 139 |
부타디엔 (예를 들어, 발효 생성물)은 본원에서 제공된 하나 이상의 유전적으로 변형된 미생물을 발효성 탄소 공급원과 접촉시킴으로써 생산될 수도 있다. 이러한 방법은 바람직하게 충분한 조건 하에 및 적합한 기간 동안 발효 배지에서 발효성 탄소 공급원을 표 1-3 또는 도 1-3에서 제공된 중간물질 중 어떤 것으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 표 1-3 또는 도 1-3에서 제공된 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물과 접촉시키는 단계; 및 부타디엔을 생산하기 위한 미생물에서 발효성 탄소 공급원의 표 1-3 또는 도 1-3에서 제공된 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 표 1-3 또는 도 1-3에서 제공된 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하는 단계를 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환은 ATP 양성이고 (예를 들어, 생산된 부타디엔의 몰 당 ATP의 네트를 생성하고; 부산물로서 ATP를 생산함) NADH를 소모하는 경로와 결합될 때 그것은 부타디엔 생성을 위한 혐기성 공정을 제공할 수 있다. 예를 들어, 글루코스 또는 프럭토스와 같은 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환은 생산된 부타디엔의 몰 당 ATP 1 mol의 네트를 생성할 수도 있다.
예시적 발효성 탄소 공급원은 어떤 형태의 사탕수수 쥬스, 사탕수수 당밀, 가수분해된 전분, 가수분해된 리그노셀룰로스 물질, 글루코스, 슈크로스, 프럭토스, 락테이트, 락토스, 자일로스, 피루베이트, 또는 글리세롤 또는 이들의 혼합물도 포함할 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 일부 구체예에서, 탄소 공급원은 단당류, 올리고당, 또는 다당류이다.
부타디엔과 같이 산업상 중요한 화합물의 생산으로 이어지는 대사 경로는 산화-환원 (산화 환원) 반응을 수반한다. 예를 들어, 발효 중에, 글루코스는 일련의 효소 반응에서 부수적인 에너지 방출과 함께 더 작은 분자로 산화된다. 방출된 전자는 산화 환원 효소에 대한 보조인자로서 작용하는 니코틴아미드 아데닌 디뉴클레오티드 (NAD) 및 니코틴아미드 아데닌 디뉴클레오티드 포스페이트 (NAD(P))와 같은 일반적인 전자 운반체를 통해 한 반응에서 또 다른 것으로 전송된다. 미생물 이화작용에서, 글루코스는 환원된 보조인자 (NAD(P)H 및 NADH)의 형태의 환원 등가물을 발생시키는 공동인자로서 보조인자 (NAD(P)+ 및/또는 NAD+)의 산화된 형태를 사용하는 효소에 의해 산화된다. 발효를 계속하기 위해, 산화 환원-균형 잡힌 대사가 필요하다, 즉, 보조인자는 미생물 균체 대사 화합물의 환원에 의해 재생되어야 한다. 일부 구체예에서, 본원에서 개시된 새로운 경로는 그것들이 산화 환원 균형을 달성하기 위해 최종 생성물을 재분배하는 경로를 통해 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 공급한다는 점에서 이롭다.
본원에서 개시된 하나 이상의 변형된 미생물에 의한 발효성 탄소 공급원의 충분한 발효를 위한 일부 중요 파라미터는 더 높은 세포 밀도로 미생물을 성장시키는 능력, 원하는 생성물의 증가된 수득율, 용적 생산성의 증가된 양, 원하지 않는 동시-대사산물의 제거, 저가의 탄소 및 질소 공급원의 개선된 활용, 가변적 발효기 조건에 적응, 일차 대사산물의 증가된 생성, 이차 대사산물의 증가된 생성, 산성 조건에 대한 증가된 내성, 염기성 조건에 대한 증가된 내성, 유기 용매에 대한 증가된 내성, 고염 조건에 대한 증가된 내성 및 고온 또는 저온에 대한 증가된 내성을 포함한다. 이들 파라미터 중 어떤 것에서 비효율성은 높은 제조 비용, 시장 점유율의 캡쳐 또는 유지 불가능, 및/또는 시장에 발효된 최종 생성물의 제공 실패를 발생시킬 수 있다.
본 발명의 방법은 통상적인 발효 바이오리액터(bioreactor) (예를 들어, 배취(batch), 공급-배취, 세포 재활용, 및 연속적 발효)에 적용될 수 있다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 미생물(예를 들어, 유전적으로 변형된 미생물)은 액체 발효 배지에서 배양되며 (즉, 수중 배양) 발효된 생성물(들)의 발효 배지로의 배출로 이어진다. 발효는 교반 탱크, 기포탑, 에어리프트(airlift) 리액터 또는 업계에 알려진 어떤 다른 적합한 구성으로 구성된 바이오리액터에서 발생할 수도 있다. 한 구체예에서, 발효된 최종 생성물(들)은 업계에 알려진 어떤 다른 적합한 방법을 사용해서도 발효 배지로부터 분리될 수 있다.
일부 구체예에서, 발효된 생성물의 형성은 미생물의 초기, 빠른 성장 기간 동안 발생할 수도 있다. 한 구체예에서, 발효된 생성물의 형성은 배양이 느린 성장 또는 비-성장 상태에서 유지되는 제2 기간 동안 발생할 수도 있다. 한 구체예에서, 발효된 생성물의 형성은 미생물의 한 번 이상의 성장 기간 동안 발생할 수도 있다. 이러한 구체예에서, 시간 단위 당 형성된 발효된 생성물의 양은 일반적으로 미생물의 대사 활성, 생리학적 배양 조건(예를 들어, pH, 온도, 배지 조성), 및 발효 공정에 존재하는 미생물의 양의 함수이다.
일부 구체예에서, 발효 생성물은 분비된 대사산물로서 주변 세포질 또는 배양 배지로부터 회수된다. 한 구체예에서, 예를 들어, 미생물이 발효 생성물에 해당하는 분비 신호가 부족할 때, 발효 생성물은 미생물로부터 추출된다. 한 구체예에서, 미생물이 파열되고 배양 배지 또는 용해물이 원심분리되어 세포 파편을 제거한다. 그후 막 및 가용성 단백질 분획은 필요하면 분리될 수도 있다. 그후 원하는 발효 생성물은, 예를 들어, 증류, 분별, 크로마토그래피, 침전, 여과, 등에 의해 남아있는 상층액 용액 또는 현탁액으로부터 정제될 수도 있다. 한 구체예에서, 발효 생성물은 증류, 반응 증류(reactive distillation), 공비 증류(azeotropic distillation) 및 추출 증류(extractive distillation) 중 하나 이상에 의해 추출된다.
본 발명의 방법은 바람직하게는 혐기성 조건 하에서 수행된다. 생성물의 환원의 정도, 뿐만 아니라 그것의 합성의 ATP의 필요가 생산 공정이 호기성으로 또는 혐기성으로 진행될 수 있는지를 결정한다. 혐기성 미생물의 전환을 통한, 또는 산소 소모가 감소된 공정의 사용에 의한 부타디엔의 생산을 위해서, 산화 환원 불균형은 피해야 한다. 여러 타입의 대사 전환 단계는 표 1-3 또는 도 1-3에서 제시된 전환 중 일부를 포함하는 산화 환원 반응을 수반한다. 이러한 산화 환원 반응은 NADH, NADPH 및 페레독신과 같은 산화 환원 보조인자의 참여에 의해 매개된 전자 이동을 수반한다. 대사 공정의 지속을 허용하기 위해 세포에서 산화 환원 보조인자의 양이 제한되기 때문에, 보조인자가 재생되어야 한다. 이러한 산화 환원 불균형을 피하기 위해, 보조인자 재생의 대체 방법이 조작될 수도 있고, 일부 경우에서는 ATP 생성의 추가적인 공급원이 제공될 수도 있다. 대안으로, 산화 및 환원 공정은 생물전기화학 시스템에서 공간적으로 분리될 수도 있다 (Rabaey and. Rozendal, 2010, Nature reviews, Microbiology, vol 8: 706-716).
일부 구체예에서, 산화 환원 불균형은 더 산화되거나 더 환원되는 기질(예를 들어, 발효성 탄소 공급원)을 사용하여 방지될 수도 있다. 예를 들어, 기질의 활용이 전자의 부족 또는 과잉을 발생시키면, 각각 더 환원되거나 산화되는 기질을 사용함으로써 산소에 대한 요구를 피할 수 있다. 예를 들어, 바이오디젤 생성물의 주요 부산물인 글리세롤은 당보다 더 많이 환원되고, 그러므로 당의 생성물이 숙산산과 같이, 보조인자 산화를 일으키는 화합물의 합성에 더 적합하다. 일부 구체예에서, 기질의 생성물로의 전환이 전자 부족을 발생시키면, 전자 기증자로서 기능하는 보조 기질이 추가될 수 있다 (Babel 2009, Eng. Life Sci. 9,285-290). 보조 기질의 혐기성 사용에 대한 중요한 기준은 그것들의 산화 환원 전위가 NADH의 그것보다 더 높다는 것이다 (Geertman et al, 2006, FEMS 효모 Res. 6, 1193-1203). 기질의 생성물로의 전환이 전자 과잉을 발생시키면, 전자 수용체로서 기능하는 보조 기질이 추가될 수 있다.
폴리부타디엔 및 부타디엔의 다른 화합물의 생산 방법
부타디엔은 실온에서 또는 발효 조건(20-45℃)에서 기체이고, 발효 공정에서 그것들의 생산은 발효 탱크의 상부 공간에서 누적될 수 있는 기체를 발생시키고, 사이펀으로 옮겨져서 농축된다. 부타디엔은 용매 추출, 극저온 처리, 증류, 분별, 크로마토그래피, 침전, 여과, 등에 의해 기체 알콜, C02 및 다른 화합물을 포함하는, 가스의 발효로부터 정제될 수도 있다.
부타디엔은 본원에서 개시된 공정 또는 방법 중 어떤 것을 통해서도 생산되는 부타디엔은 폴리부타디엔으로 전환될 수 있다. 대안으로, 본원에서 개시된 방법을 통해 생산된 부타디엔은 아크릴로니트릴-부타디엔-스티렌 (ABS), 아크릴로니트릴-부타디엔 (ABR), 또는 스티렌-부타디엔 (SBR) 코폴리머, BR 부틸 고무 (RB), 폴리 부타디엔 고무 (PBR), 니트릴 고모 및 폴리클로로프렌 (Neoprene)과 같은 코폴리머를 형성하기 위해 다른 올레핀과 폴리머화될 수도 있다. 상기 합성 고무 또는 플라스틱 엘라스토머 용도는 타이어, 플라스틱 재료, 솔(sole), 구두 굽, 기술 제품, 가전제품, 네오프렌, 종이 코팅, 글러브, 개스킷(gasket) 및 시일(seal)의 생산을 포함한다.
추가의 설명 없이는, 당업자가 선행 설명 및 다음 예시적 예를 사용하여, 본 발명의 에이전트를 만들고 이용하고 청구된 방법을 실행할 수도 있는 것으로 생각된다. 다음 실시예는 본 발명의 실행을 가능하게 하기 위해 제공되고, 어떤 방법으로도 본 발명의 나머지를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
실시예
실시예 1
: 부타디엔의 생산을 위한 미생물의 변형
박테리아와 같은 미생물을 예를 들어, 글루코스를 포함하는 발효성 탄소 공급원으로부터 부타디엔을 생산하기 위해 유전적으로 변형시킬 수도 있다.
예시적 방법에서, 미생물을 i.) 발효성 탄소 공급원의 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및/또는 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; ii.) 발효성 탄소 공급원의 크로토닐-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및/또는 크로토닐-CoA의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 또는 iii.) 발효성 탄소 공급원의 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및/또는 포름산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 업계에 알려진 어떤 방법에 의해서도 유전적으로 조작할 수 있다.
대안으로, 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 위해 하나 이상의 효소 (예를 들어, 촉매에 의해 활성인 하나 이상의 기능적 효소)가 결핍된 미생물을 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키기 위해 미생물이 결핍된 경로에서 효소 (예를 들어, 기능적 효소, 예를 들어, 본원에서 개시된 어떤 효소)를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 유전적으로 변형시킬 수도 있다.
실시예 2
: 부타디엔을 생산하기 위해 유전적으로 변형된 미생물에 의한 탄소 공급원의 발효
상기 실시예 1에서 생산된 유전적으로 변형된 미생물을 부타디엔을 생산하기 위해 탄소 공급원을 발효시키는데 사용할 수도 있다.
예시적 방법에서, 발효성 탄소 공급원 (예를 들어, 9 g/L 글루코스, 1 g/L KH2P04, 2 g/L (NH4)2HP04, 5 mg/L FeS04·7H20, 10 mg/L MgS04·7H20, 2.5 mg/L MnS04·H20, 10 mg/L CaCl2·6H20, 10 mg/L CoCl2·6H20, 및 10 g/L 효모 추출물)을 포함하는 이전에 멸균된 배양 배지를 바이오리액터에 충전한다.
발효 중에, 혐기성 조건을, 예를 들어, 배양 배지를 통한 스파징(sparging) 질소에 의해 유지한다. 발효에 적합한 온도 (예를 들어, 약 30℃)를 업계에 알려진 어떤 방법의 사용에 의해서도 유지한다. 거의 생리학적 pH (예를 들어, 약 6.5)를, 예를 들어, 수산화나트륨의 자동 추가에 의해 유지한다. 바이오리액터를 예를 들어, 약 50 rpm으로 교반한다. 완료할 때까지 발효를 실행한다.
그후 생산된 부타디엔을 통상적인 방법을 사용하여 배양 배지로부터 회수한다. 발효 생성물이 증류에 의해 회수될 때, 부타디엔 분획은 선택적으로 폴리머화되어 폴리부타디엔을 형성할 수도 있다. 부타디엔 경로 (있으면)를 따르는 다른 중간물질을 포함하는 증류 분획은 추가적인 부타디엔을 생산하기 위해 바이오리액터에서 추가로 발효될 수 있다.
달리 지시되지 않으면, 명세서 및 청구범위에서 사용된 성분의 양, 분자량과 같은 속성, 반응 조건, 등을 표현하는 모든 숫자는 모든 경우에 용어 "약"에 의해 변형되는 것으로 이해되어야 한다. 따라서, 달리 지시되지 않으면, 명세서 및 첨부된 청구범위에서 제시된 수치 파라미터는 본 발명에 의해 얻으려고 하는 원하는 속성에 의존적으로 달라질 수도 있는 근사값이다. 적어도, 및 청구 범위에 대한 균등론의 적용을 제한하지 않으려는 시도로서, 각 수치 파라미터는 보고된 유효 숫자의 수에 비추어 및 보통의 반올림 기술을 적용함으로써 해석되어야 한다.
본 발명의 넓은 범위를 제시하는 수치 범위 및 파라미터가 근사값임에도 불구하고, 특정 예에서 제시된 수치값은 가능한 정확하게 보고된다. 하지만, 어떤 수치값도 필연적으로 각각의 테스트 측정에서 발견된 표준 오차로부터 반드시 발생하는 특정 오차를 포함한다.
용어 "하나의", "하나의", "그" 및 본 발명을 설명하는 맥락에서 (특히 하기 청구범위의 맥락에서) 사용된 유사한 지시대상은 본원에서 달리 지시되지 않거나 또는 맥락에서 명백하게 부인되지 않으면, 단수 및 복수 둘 다를 커버하는 것으로 해석되어야 한다.
본원에서 값의 범위의 설명은 단지 개별적으로 범위에 들어가는 각각의 별도의 값을 나타내는 단축 방법으로서 제공되기 위한 것이다. 본원에서 달리 지시되지 않으면, 각각의 개별적인 값은 그것이 본원에서 개별적으로 설명된 바와 같이 명세서에 포함된다. 본원에서 설명된 모든 방법은 본원에서 달리 지시되지 않거나 또는 맥락에 의해 달리 명백하게 부인되지 않으면 어떤 적합한 순서로도 수행될 수 있다. 본원에서 제공된 모든 예, 또는 예시적 언어(예를 들어, "와 같은")의 사용은 단지 본 발명을 더 잘 설명하기 위한 것이고 달리 청구된 본 발명의 범위를 제한하는 것은 아니다. 명세서의 언어는 본 발명의 실행에 필수적인 어떤 비-청구된 요소를 나타내는 것으로 해석되어서는 안된다.
본원에서 개시된 본 발명의 대체 요소 또는 구체예의 군은 제한으로서 해석되어서는 안된다. 각 군의 멤버는 군의 다른 멤버 또는 본원에서 발견된 다른 요소와 개별적으로 또는 어떤 조합으로도 언급되고 청구될 수 있다. 군의 하나 이상의 멤버는 편의성 및/또는 특허 가능성의 이유로 군에 포함되거나, 또는 군에서 삭제될 수 있는 것으로 예상된다. 이러한 포함 또는 삭제가 발생할 때, 명세서는 변형되고 따라서 첨부된 청구범위에서 사용된 모든 마커쉬(Markush) 군의 상세한 설명을 실행하는 군을 포함하는 것으로 생각된다.
본 발명을 수행하기 위한, 발명자에게 알려져 있는 최선의 방법을 포함하는, 본 발명의 특정 구체예가 본원에서 설명된다. 물론, 이들 설명된 구체예에 대한 변화는 상기 언급된 설명을 읽으면 당업자들에게 명백해질 것이다. 발명자는 당업자들이 이러한 변화를 적절하게 이용할 것으로 예상하고, 발명자들은 본 발명이 구체적으로 설명된 것들과 다르게 실행되기를 의도한다. 따라서, 본 발명은 적용 가능한 법에 의해 허용된 바와 같이 본원에 첨부된 청구항에서 인용된 주제의 모든 변형 및 동등물을 포함한다. 또한, 모든 가능한 변화에서 상기 설명된 요소들의 어떤 조합도 본원에서 달리 지시되지 않거나 또는 맥락에 의해 달리 명백하게 부인되지 않으면 본 발명에 포함된다.
본원에서 개시된 특정 구체예는 언어로 구성되거나 및/또는 반드시 이로 구성된 것들을 사용하여 청구범위에서 더 제한될 수 있다. 수정안마다 출원되거나 첨부되는지 청구범위에서 사용될 때, 전환 용어 "로 구성되는"은 청구범위에서 명시되지 않은 어떤 요소, 단계, 또는 성분도 제외한다. 전환 용어 "본질적으로 구성된"은 명시된 재료 또는 단계 및 기본적이고 새로운 특성(들)에 실질적으로 영향을 미치지 않는 것들에 대한 청구범위의 범위를 제한한다. 이렇게 청구된 본 발명의 구체예는 본원에서 기본적으로 또는 명백히 설명되고 가능해진다.
본원에서 개시된 본 발명의 구체예는 본 발명의 원칙을 설명하는 것으로 이해되어야 한다. 이용될 수 있는 다른 변형은 본 발명의 범위 내에 있다. 따라서, 예를 들면, 본 발명의 대체 구성은 본원의 교시내용에 따라 활용될 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 따라서, 본 발명은 정확하게 도시되고 설명된 것들에 제한되지 않는다.
본 발명이 다양한 특정 재료, 과정 및 예에 대한 참조로서 본원에서 설명되고 도시되는 한편, 본 발명은 상기 목적을 위해 선택된 재료 및 과정의 특정 조합에 제한되지 않는 것으로 이해된다. 이러한 상세한 설명 중 많은 변종은 당업자에 의해 인정되는 바와 같이 나타날 수 있다. 명세서 및 실시예는 단지 하기 청구범위에 의해 지시된 본 발명의 진정한 범위 및 사상을 갖는 예로서 고려되는 것으로 의도된다. 본 출원에서 언급된 모든 참조, 특허, 및 특허 출원은 그것들의 전문이 본원에 참조로 포함된다.
SEQUENCE LISTING
<110> Braskem SA
<120> MODIFIED MICROORGANISMS AND METHODS OF MAKING BUTADIENE USING
SAME
<130> 0812275.00323
<160> 139
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 651
<212> DNA
<213> Escherichia coli K12
<400> 1
atggatgcga aacaacgtat tgcgcgccgt gtggcgcaag agcttcgtga tggtgacatc 60
gttaacttag ggatcggttt acccacaatg gtcgccaatt atttaccgga gggtattcat 120
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gatctggtga acgctggcgg gcaaccgtgc ggtgttttac ccggtgcagc catgtttgat 240
agcgccatgt catttgcgct aatccgtggc ggtcatattg atgcctgcgt gctcggcggt 300
ttgcaagtag acgaagaagc aaacctcgcg aactgggtag tgcctgggaa aatggtgccc 360
ggtatgggtg gcgcgatgga tctggtgacc gggtcgcgca aagtgatcat cgccatggaa 420
cattgcgcca aagatggttc agcaaaaatt ttgcgccgct gcaccatgcc actcactgcg 480
caacatgcgg tgcatatgct ggttactgaa ctggctgtct ttcgttttat tgacggcaaa 540
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gctcggtttg aagtcgccgc cgatctgaat acgcaacggg gtgatttatg a 651
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<212> DNA
<213> Escherichia coli K12
<400> 2
atgaaaacaa aattgatgac attacaagac gccaccggct tctttcgtga cggcatgacc 60
atcatggtgg gcggatttat ggggattggc actccatccc gcctggttga agcattactg 120
gaatctggtg ttcgcgacct gacattgata gccaatgata ccgcgtttgt tgataccggc 180
atcggtccgc tcatcgtcaa tggtcgagtc cgcaaagtga ttgcttcaca tatcggcacc 240
aacccggaaa caggtcggcg catgatatct ggtgagatgg acgtcgttct ggtgccgcaa 300
ggtacgctaa tcgagcaaat tcgctgtggt ggagctggac ttggtggttt tctcacccca 360
acgggtgtcg gcaccgtcgt agaggaaggc aaacagacac tgacactcga cggtaaaacc 420
tggctgctcg aacgcccact gcgcgccgac ctggcgctaa ttcgcgctca tcgttgcgac 480
acacttggca acctgaccta tcaacttagc gcccgcaact ttaaccccct gatagccctt 540
gcggctgata tcacgctggt agagccagat gaactggtcg aaaccggcga gctgcaacct 600
gaccatattg tcacccctgg tgccgttatc gaccacatca tcgtttcaca ggagagcaaa 660
taa 663
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<212> DNA
<213> Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
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atgtctgatc gcattgcttc agaaaagctg cgctccaagc tcatgtccgc cgacgaggcg 60
gcacagtttg ttaaccacgg tgacaaggtt ggtttctccg gcttcaccgg cgctggctac 120
ccaaaggcac tgcctacggc aatcgctaac cgggctaaag aagcacacgg tgcaggcaac 180
gactacgcaa tcgacctgtt cactggcgca tcgaccgccc ctgactgcga tggcgtactt 240
gcagaagctg acgctatccg ctggcgcatg ccatacgcat ctgatccaat catgcgtaac 300
aagatcaact ccggctccat gggatactcc gatatccacc tgtcccactc cggccagcag 360
gttgaagagg gcttcttcgg ccagctcaac gtagctgtca ttgaaatcac ccgcatcact 420
gaagagggct acatcatccc ttcttcctcc gtgggtaaca acgttgagtg gctcaacgct 480
gcagagaagg tcatcctcga ggttaactct tggcagtctg aagacctcga aggtatgcac 540
gacatctggt ctgttcctgc cctgccaaac cgcattgccg tgccaatcaa caagccaggc 600
gaccgcatcg gtaagaccta catcgagttc gacaccgaca aggttgttgc tgttgttgag 660
accaacaccg cagaccgcaa cgcaccattc aagcctgtcg acgacatctc taagaagatc 720
gctggcaact tcctcgactt cctggaaagc gaagttgctg caggtcgcct gtcctacgac 780
ggctacatca tgcagtccgg cgtgggcaac gtgccaaacg cggtgatggc aggcctgctg 840
gaatccaagt ttgagaacat ccaggcctac accgaagtta tccaggacgg catggtggac 900
ctcatcgacg ccggcaagat gaccgttgca tccgcaactt ccttctccct gtctcctgag 960
tacgcagaga agatgaacaa cgaggctaag cgttaccgcg agtccattat cctgcgccca 1020
cagcagatct ctaaccaccc agaggtcatc cgccgcgttg gcctgatcgc caccaacggt 1080
ctcatcgagg ctgacattta cggcaacgtc aactccacca acgtttctgg ctcccgcgtc 1140
atgaacggca tcggcggctc cggcgacttc acccgtaacg gctacatctc cagcttcatc 1200
accccttcag aggcaaaggg cggcgcaatc tctgcgatcg ttcctttcgc atcccacatc 1260
gaccacaccg agcacgatgt catggttgtt atctctgagt acggttacgc agaccttcgt 1320
ggtctggctc cacgtgagcg cgttgccaag atgatcggcc tggctcaccc tgattaccgc 1380
ccactgctcg aggagtacta cgctcgcgca acctccggtg acaacaagta catgcagacc 1440
cctcatgatc ttgcaaccgc gtttgatttc cacatcaacc tggctaagaa cggctccatg 1500
aaggcataa 1509
<210> 4
<211> 378
<212> DNA
<213> Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
<400> 4
atgaatggta tcggcggctc gggcgatttc acgcgtaacg cctttgcttc cacatttatc 60
tctccctcgg cagccaaagt tgatgcgatt tccgcgattg tgcctttcgc gtcccatatc 120
gatcacacgg aacatgatgc gatggttgtc attactgaat atggctacgc agacctgcgc 180
gggctatcgc caaaacaacg agtccccaaa atgattgcca tcgcccaccc ggactatcga 240
ccactgctgg aagcatactt tgaccgggcg ctgaacagtg ctgattccta tcagcacacc 300
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aaaatcgaaa aagcatag 378
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<212> DNA
<213> Clostridium acetobutylicum
<400> 5
atgaactcta aaataattag atttgaaaat ttaaggtcat tctttaaaga tgggatgaca 60
attatgattg gaggtttttt aaactgtggc actccaacca aattaattga ttttttagtt 120
aatttaaata taaagaattt aacgattata agtaatgata catgttatcc taatacaggt 180
attggtaagt taatatcaaa taatcaagta aaaaagctta ttgcttcata tataggcagc 240
aacccagata ctggcaaaaa actttttaat aatgaacttg aagtagagct ctctccccaa 300
ggaactctag tggaaagaat acgtgcaggc ggatctggct taggtggtgt actaactaaa 360
acaggtttag gaactttgat tgaaaaagga aagaaaaaaa tatctataaa tggaacggaa 420
tatttgttag agctacctct tacagccgat gtagcattaa ttaaaggtag tattgtagat 480
gaggccggaa acaccttcta taaaggtact actaaaaact ttaatcccta tatggcaatg 540
gcagctaaaa ccgtaatagt tgaagctgaa aatttagtta gctgtgaaaa actagaaaag 600
gaaaaagcaa tgacccccgg agttcttata aattatatag taaaggagcc tgcataa 657
<210> 6
<211> 666
<212> DNA
<213> Clostridium acetobutylicum
<400> 6
atgattaatg ataaaaacct agcgaaagaa ataatagcca aaagagttgc aagagaatta 60
aaaaatggtc aacttgtaaa cttaggtgta ggtcttccta ccatggttgc agattatata 120
ccaaaaaatt tcaaaattac tttccaatca gaaaacggaa tagttggaat gggcgctagt 180
cctaaaataa atgaggcaga taaagatgta gtaaatgcag gaggagacta tacaacagta 240
cttcctgacg gcacattttt cgatagctca gtttcgtttt cactaatccg tggtggtcac 300
gtagatgtta ctgttttagg ggctctccag gtagatgaaa agggtaatat agccaattgg 360
attgttcctg gaaaaatgct ctctggtatg ggtggagcta tggatttagt aaatggagct 420
aagaaagtaa taattgcaat gagacataca aataaaggtc aacctaaaat tttaaaaaaa 480
tgtacacttc ccctcacggc aaagtctcaa gcaaatctaa ttgtaacaga acttggagta 540
attgaggtta ttaatgatgg tttacttctc actgaaatta ataaaaacac aaccattgat 600
gaaataaggt ctttaactgc tgcagattta ctcatatcca atgaacttag acccatggct 660
gtttag 666
<210> 7
<211> 1753
<212> DNA
<213> Roseburia sp. A2-183
<400> 7
agaaatctgc tacgaactgg gaacctattt tgtgggacag cgcgactacg cggaagcggt 60
tctctggttc tacaatgccg cctatgagac ggaaagcatc ctggacgttc acacaagcgg 120
ggatcttccg ctgctcggtc ttgtcgaatg ttacgagacg ctcctcgccg gggaggaagc 180
caaaattcct tccgacacag cgcttaccat ccagtacgaa atgatgctcg acaaataccg 240
ggaggcttcc agagactggc ggatgccgga ggagacctga tcttacaaat ctccggaaat 300
acgctccggc agggcttgta aaatacgaca taaagtgata ggatgaaact atggtaaaat 360
tttaacaatc ttttgtgtgg gaggtatttg agatggattt tcgtgaagaa tacaaacaga 420
agcttgtctc cgcagatgag gcggtaaagc tcatcaaatc cggagactgg gtagattacg 480
gctggtgcac caacaccgtt gacgcactgg atcaggctct cgcaaagcgc accgacgaac 540
tgacagacgt caagctgcgc ggcggtatcc tgatgaagcc gctggctgtt tttgcacgtg 600
aggatgcagg tgagcatttc tgctggaact cctggcatat gtccggtatc gagcgcaaga 660
tgataaacag aggcgtggct tactactgtc cgatccgcta ctccgagctg ccgcgctact 720
accgcgagct tgactgcccg gatgacgttg ccatgttcca ggttgctccg atggatgcgc 780
acggctactt taacttcggt ccgagtgcct cacatctggg tgcaatgtgc gagcgcgcaa 840
agcacatcat cgtagaagtc aatgaaaata tgccacgctg cctcggcggt accgagtgtg 900
gcatccacat ttccgatgtc acctacatcg tggaaggctc caacccgcca atcggtgaac 960
tgggtgcagg cggtcctgct acagatgtgg ataaggctgt cgcaaagctg atcgtcgatg 1020
agattccgaa cggtgcctgc ttacagctcg gtatcggcgg catgccaaac gctgtcggtt 1080
ccctgattgc agagtccgac ttgaaggatc tcggcgttca cactgagatg tacgtggatg 1140
catttgtcga tattgcaaag gcaggtaaga tcaacggttc caaaaagaat atcgaccgtt 1200
accgccagac ctacgctttc ggcgccggca ccaagaaaat gtacgattat ctggacgaca 1260
acccggaact gatgagcgct ccggtcgact acacgaacga catccgctcg atctccgcac 1320
tggataactt tatttccatc aacaatgccg tggatattga tctctatggt caggtaaatg 1380
cagagtctgc aggcatcaag cagatcagcg gcgcaggcgg acagcttgac ttcgtgctcg 1440
gagcttatct gtccaagggc ggcaagagct ttatctgctt atcctctacc ttcaagacca 1500
aggacggtca ggtgcagtcc cgtatccgcc cgacgctggc aaacggttcc atcgttaccg 1560
acgcaagacc gaatacacac tatgttgtaa ccgaatacgg caaggtgaac ttaaagggtc 1620
tgtctacctg gcagagagcc gaggctctga tctcgatcgc gcatcccgat ttccgcgacg 1680
acctcatcaa agaggcggag cagatgcaca tctggagaag aagcaaccgc tagtaccgga 1740
ggacgactga cgg 1753
<210> 8
<211> 1000
<212> DNA
<213> Clostridium propionicum
<400> 8
gaattcaaaa ttgctatcgt tgatgacgat ttggctcagg aatccagaca gattcgtgtt 60
gacgttctgg atggcgaagg tggccctctt tatagaatgg caaaagcttg gcagcaaatg 120
tacggttgct ctcttgcaac tgatacaaag aaaggccgcg gcagaatgct gatcaacaag 180
acaattcaga caggtgcaga tgctatcgtt gttgcgatga tgaaattctg tgatcctgaa 240
gaatgggatt accctgtaat gtacagagaa tttgaagaaa aaggcgttaa gagtctgatg 300
atcgaagttg atcaggaagt ttcttccttc gaacagatca agacaagact gcagtctttc 360
gtagaaatgc tgtaatttga acaatcgttt gctgaaaaac tgtacactgg ggtgggtgac 420
tgctccagtg tattgtaata agcaaataag caaaaatcga taagatttag gaggattttc 480
gacaatgaga aaggttccca ttattaccgc agatgaggct gcaaagctta ttaaagacgg 540
tgatacagtt acaacaagtg gtttcgttgg aaatgcaatc cctgaggctc ttgatagagc 600
tgtagaaaaa agattcttag aaacaggcga acccaaaaac attacatatg tttattgtgg 660
ttctcaaggt aacagagacg gaagaggtgc tgagcacttt gctcatgaag gccttttaaa 720
acgttacatc gctggtcact gggctacagt tcctgctttg ggtaaaatgg ctatggaaaa 780
taaaatggaa gcatataatg tatctcaggg tgcattgtgt catttgttcc gtgatatagc 840
ttctcataag ccaggcgtat ttacaaaggt aggtatcggt actttcattg accccagaaa 900
tggcggcggt aaagtaaatg atattaccaa agaagatatt gttgaattgg tagagattaa 960
gggtcaggaa tatttattct accctgcttt tcctattcat 1000
<210> 9
<211> 1554
<212> DNA
<213> Clostridium beijerinchii
<400> 9
gtgagaaaag taaaagtttt aacaagtcgc gaagcagtac aaatagtgaa ggatggagat 60
gtgttagtaa ctggcggatt tgttggtagt tgtgcacctg aaactcttag ttgtgcttta 120
gaaaaacgtt tcattgaaac aaatcatccg caaaatataa ctttatttca tgcagcagga 180
caaggcgata gtaaggggaa aggttcagat cattatgccc acgaaggctt acttaagaga 240
gtggttgcag gtcattataa tttagcaccg aaaattggaa agttaattaa tgaaaataaa 300
atagaagctt ataatctacc acaagggaca atttctcaat tatttagaga tattgcggga 360
aaaagaattg ggacaataac tcacgttgga ttgaatacat ttgtggatcc aagaattagt 420
ggtggaaaat taaatgaaaa aacaaaagaa gatctagtaa agctaataaa tatagaaggt 480
gaagaaaaat tattatacaa atcaattcca gttaatgtct gcttcttaag aggatctttt 540
gcagatgaat acggtaatgt atcattagaa aaagaaatag ctacacttga ggatacgtca 600
atagcccaag cttgtaagaa taatggcgga aaagtaatag ttcaagtaga aaaagtagtt 660
gaagcaggat ctttagaccc acgtcttata aaaattccag gtatatatgt agatgcggtt 720
gtaatctcaa ctcccgaaga gcatgaacaa tccttcgaat gcccatttaa tccagcagta 780
acaggtgaaa tgagaattcc attaaacagt gtagaaaaag ctccattaaa tgagagaaag 840
ataattgcga gaagagcagc tatggaatta aagaaagata cggtagtaaa tttaggtata 900
gggataccag aagttatttc tttagttgcg aatgaagaag gaattggtga atatatgaca 960
ttaactgtag aagccggtcc aataggaggt ataccacaag gatgcacagc ttttggagcg 1020
agtataaatc cagaagctat tatagatcag ccatatcaat ttgattttta tgatggtgga 1080
ggcgtcgata tagcattttt aggactagct caggttgatg aacatggaaa tttgaatgta 1140
agtaagtttg ggcctagaat tgctggatgt ggtggattca taaatataac tcaaaatgct 1200
aagaaagtgt tattttgtgg aacattcact gcaggaggct taaaagtagt aacaggagat 1260
ggcaaattag aaattaaaca agaaggaaaa gctaaaaaat tcattaagga tgtagagcaa 1320
attacattta gtggagatta tgcaagaagg atggatcaac aagttatgta tataactgag 1380
agagcagtat ttgagttaag gaaagatgga ttatacctta cagaaatagc gcctgggata 1440
gatctaaaaa aggatgtatt ggatttaatg gatttcaaac ctaaaatgga tggagtacct 1500
agactaatga atggaagaat attttatgat aagttgatgg gattaaggga gtaa 1554
<210> 10
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<212> DNA
<213> Acinetobacter sp. ADP1
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atgatagata aaagtgcagc gaccctaacg gaagcgctct cccagatcca cgacggtgcc 60
accatcctga ttggtggttt tggaacagcc ggccaacccg ccgagctgat tgacggactg 120
attgaactag gtcgcaagaa cctaaccatc gtcagcaaca acgccggcaa tggagactat 180
ggactggcca agctgctaaa aactggcgcc gtcaaaaaga tcatctgttc cttcccacgt 240
caggccgact cctacgtatt tgacgagcta taccgtgcgg gcaaaattga acttgaaatc 300
gtgccgcagg gcaatctggc ctgtcgtata caggccgccg gcatggggct ggggccgatc 360
tacaccccaa ccggttttgg cactttactc gcagaaggta aacctaccct gaactttgat 420
ggcaaagact acgtactgga aaacccgatc aaggccgact ttgccctgat caaagcctac 480
aagggcgacc gctggggcaa tctggtctat cgcaaatcag cacgaaactt cggcccgatc 540
atggccatgg ccgccaacgt gaccatcgca caagtgagcg aagtggtggc actaggagaa 600
ctcgacccgg aaaacgtggt gaccccaggc atctttgttc aacacgttgt accagtccaa 660
tctaccccag caagcgctgc accataa 687
<210> 11
<211> 654
<212> DNA
<213> Acinetobacter sp. ADP1
<400> 11
atgagttatc acaaactgac ccgtgaccag atcgcccagc gcgttgccca agacattccg 60
gaaggctcct atgtcaatct tggcattggc ctgccgacca agattgccag ctatctgcct 120
gccgacaaag acgtatttct acattcagaa aacggactgc tggcctttgg cccaccacca 180
gcggccggcg aagaagatcc ggaactgatc aacgcaggca aagaatacgt aaccatgctc 240
gaaggcggtt gcttctttca ccatggcgac tccttcgcca tgatgcgcgg tggacatctg 300
gatatctgcg tattaggcgc attccagatc gccgccaatg gagacctggc caactggcac 360
accggtgcac cggatgccat accgtcggtc ggtggagcca tggatcttgc ggttggggca 420
aaaaaagttt ttgtaaccac cgatcatgtc accaaaaaag gtgagccgaa gattgtagct 480
gaactgacgt atccagccac gggtcagaaa tgtgtcgacc ggatctacac cgacctgtgc 540
atcatcgatg tggtgccaga aggactgaaa gtgatcgaga aagtcgaagg cttaagcttt 600
gaagaactac aacgcctgac cggtgcaaca ctgatcgatg cgacacaagg ctaa 654
<210> 12
<211> 696
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 12
ttgatcaata aaacgtacga gtccatcgcc agcgcggtgg aagggattac cgacggttcg 60
accatcatgg tcggtggctt cggcacggct ggcatgccgt ccgagctgat cgatggcctc 120
attgccaccg gtgcccgcga cctgaccatc atcagcaaca acgccggcaa cggcgagatc 180
ggcctggccg ccctgctcat ggcaggcagc gtgcgcaagg tggtctgctc gttcccgcgc 240
cagtccgact cctacgtgtt cgacgaactg taccgcgccg gcaagatcga gctggaagtg 300
gtcccgcagg gcaacctggc cgagcgtatc cgcgccgcag gctccggcat tggtgcgttc 360
ttctcgccaa ccggctacgg caccctgctg gccgagggca aggaaacccg tgagatcgat 420
ggccgcatgt acgtgctgga aatgccgctg cacgccgact tcgcactgat caaggcgcac 480
aagggtgacc gttggggcaa cctgacctac cgcaaggccg cccgcaactt cggcccgatc 540
atggccatgg ctgccaagac cgccatcgcc caggtcgacc aggtcgtcga actcggtgaa 600
ctggacccgg aacacatcat caccccgggt atcttcgtcc agcgcgtggt cgccgtcacc 660
ggtgctgccg cttcttcgat tgccaaagct gtctga 696
<210> 13
<211> 642
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 13
atgaccatca ccaaaaagct ctcccgcacc gagatggccc aacgcgtggc cgcagacatc 60
caggaaggcg cgtatgtaaa cctgggtatc ggcgcaccaa ccctggtggc caactacctg 120
ggcgacaagg aagtgttcct gcacagcgaa aacggcctgc tgggcatggg cccaagccct 180
gcgccgggcg aggaagacga tgacctgatc aacgccggca agcagcacgt caccctgctg 240
accggtggtg ccttcttcca ccatgccgat tcgttctcga tgatgcgtgg cggccacctg 300
gacatcgccg tactgggtgc cttccaggtg tcggtcaagg gcgacctggc caactggcac 360
acgggtgccg aaggttcgat cccggccgta ggcggcgcaa tggacctggc caccggcgcc 420
cgccaggtgt tcgtgatgat ggaccacctg accaagaccg gcgaaagcaa gctggtgccc 480
gagtgcacct acccgctgac cggtatcgcg tgcgtcagcc gcatctacac cgacctggcc 540
gtgctggaag tgacaccgga agggctgaaa gtggtcgaaa tctgcgcgga catcgacttt 600
gacgaactgc agaaactcag tggcgtgccg ctgatcaagt aa 642
<210> 14
<211> 717
<212> DNA
<213> Bacillus subtilis
<400> 14
atgggaaaag tgctgtcatc aagcaaggaa gctgcgaaac tgattcatga tggggatacg 60
ctgatcgcgg gagggtttgg gctgtgcggc atccctgaac agctcatttt gtctataaga 120
gatcagggag taaaggattt aaccgttgtc agcaataact gcggagtcga tgactggggg 180
cttggtttgc ttctggctaa caagcaaatc aagaaaatga tcgcttccta tgtcggtgaa 240
aataaaattt ttgagcggca gtttttaagc ggagagcttg aggtagagct tgttccccaa 300
ggaacgctcg ctgagagaat tcgtgcaggc ggtgcaggca taccgggatt ttatacggcg 360
acaggcgtcg gcacctccat agccgaggga aaagaacata aaacattcgg cggccggact 420
tatgtgctgg agcgaggcat taccggcgat gtggcgatcg tcaaagcgtg gaaagcggac 480
accatgggca atttgatttt taggaaaacg gcgagaaatt tcaatcccat tgccgccatg 540
gcaggcaaga tcacgattgc cgaggcggaa gaaatcgtgg aagcaggaga gctcgatcca 600
gatcacatcc atacgccggg aatttacgta cagcatgtcg tgcttggcgc gagccaagaa 660
aaacggattg aaaaacgaac agttcagcaa gcatcgggaa agggtgaggc caagtga 717
<210> 15
<211> 651
<212> DNA
<213> Bacillus subtilis
<400> 15
gtgaaggaag cgagaaaacg aatggtcaaa cgggctgtac aagaaatcaa ggacggcatg 60
aatgtgaatc tcgggattgg aatgccgacg cttgtcgcaa atgagatacc cgatggcgtt 120
cacgtcatgc ttcagtcgga aaacggcttg ctcggaattg gcccctatcc tctggaagga 180
acggaagacg cggatttgat caatgcggga aaggaaacga tcactgaagt gacaggcgcc 240
tcttattttg acagcgctga gtcattcgcg atgataagag gcgggcatat cgatttagct 300
attctcggcg gaatggaggt ttcggagcag ggggatttgg ccaattggat gatcccgggc 360
aaaatggtaa aagggatggg cggcgccatg gatctcgtca acggggcgaa acgaatcgtt 420
gtcatcatgg agcacgtcaa taagcatggt gaatcaaagg tgaaaaaaac atgctccctt 480
ccgctgacag gccagaaagt cgtacacagg ctgattacgg atttggctgt atttgatttt 540
gtgaacggcc gcatgacact gacggagctt caggatggtg tcacaattga agaggtttat 600
gaaaaaacag aagctgattt cgctgtaagc cagtctgtac tcaattctta a 651
<210> 16
<211> 1617
<212> DNA
<213> Clostridium kluyveri
<400> 16
atgagtaaag ggataaagaa ttcacaattg aaaaaaaaga atgtaaaggc tagtaatgtg 60
gcagaaaaga ttgaagagaa agttgaaaaa acagataagg ttgttgaaaa ggcagctgag 120
gttacagaaa aacgaattag aaacttgaag cttcaggaaa aagttgtaac agcagatgtg 180
gcagctgata tgatagaaaa cggtatgatt gttgcaatta gcggatttac tccttccggg 240
tatcctaaag aagtacctaa agcattgact aaaaaagtta atgccttaga ggaagaattc 300
aaggtaacac tttatacagg ttcatctaca ggagccgata tagacggaga atgggcaaaa 360
gcaggaataa tagaaagaag aattccatat cagacaaatt ctgatatgag gaaaaaaata 420
aatgatggtt ctattaagta tgctgatatg catttaagcc atatggctca atatattaat 480
tattctgtaa ttcctaaagt agatatagct ataatagagg cagtagctat tacagaagaa 540
ggggatatta ttccttcaac aggaattgga aatacagcta cttttgtgga aaatgcagat 600
aaggtaatag tggaaattaa tgaggctcaa ccgcttgaat tggaaggtat ggcagatata 660
tatacattaa aaaaccctcc aagaagagag cccataccta tagttaatgc aggcaatagg 720
atagggacca catatgtgac ctgtggttct gaaaaaatat gcgctatagt gatgacaaat 780
acccaggata aaacaagacc tcttacagaa gtgtctcctg tatctcaggc tatatccgat 840
aatcttatag gatttttaaa taaagaggtt gaagagggaa aattacctaa gaacctgctt 900
cctatacagt caggagttgg aagtgtagca aatgcagttt tggccggact ttgtgaatca 960
aattttaaaa atttgagttg ttatacagaa gttatacagg attctatgct gaagcttata 1020
aaatgtggta aagcagatgt ggtgtcaggc acttccataa gtccttcacc ggagatgttg 1080
cctgagttca taaaggacat aaatttcttt agagaaaaga tagtattaag accacaggaa 1140
ataagtaata atccagagat agcaagaaga ataggagtta tatccataaa cactgctttg 1200
gaagtagata tatatggtaa tgtaaactcc actcatgtta tgggaagcaa aatgatgaat 1260
ggtataggcg gttctggaga ctttgccaga aatgcatatt tgactatatt cactacagag 1320
tctatcgcca aaaaaggaga tatatcatct atagttccta tggtatccca tgtggatcat 1380
acagaacatg atgtaatggt aattgttaca gaacagggag tagcagattt aagaggtctt 1440
tctcctaggg aaaaggccgt ggctataata gaaaattgtg ttcatcctga ttacaaggat 1500
atgcttatgg aatattttga agaggcttgt aagtcatcag gtggaaatac accacataat 1560
cttgaaaaag ctctttcctg gcatacaaaa tttataaaaa ctggtagtat gaaataa 1617
<210> 17
<211> 1290
<212> DNA
<213> Clostridium kluyveri
<400> 17
atggagtggg aagagatata taaagagaaa ctggtaactg cagaaaaagc tgtttcaaaa 60
atagaaaacc atagcagggt agtttttgca catgcagtag gagaacccgt agatttagta 120
aatgcactag ttaaaaataa ggataattat ataggactag aaatagttca catggtagct 180
atgggcaaag gtgaatatac aaaagagggt atgcaaagac attttagaca taatgcttta 240
tttgtaggcg gatgtactag agatgcagta aattcaggaa gagcagatta tacaccttgt 300
tttttctatg aagtgccaag tttgtttaaa gaaaaacgtt tgcctgtaga tgtagcactt 360
attcaggtaa gtgagccaga taaatatggc tactgcagtt ttggagtttc caatgactat 420
accaagccag cagcagaaag tgctaagctt gtaattgcag aagtgaataa aaacatgcca 480
agaactcttg gagattcttt tatacatgta tcagatattg attatatagt ggaagcttca 540
cacccattgt tagaattgca gcctcctaaa ttgggagatg tagaaaaagc cataggagaa 600
aactgtgcat ctttaattga agatggagct actcttcagc ttggaatagg tgctatacca 660
gatgcggtac ttttattctt aaagaacaaa aagaatttag gaatacattc tgagatgata 720
tcagatggtg tgatggaact ggtgaaggca ggggttatca ataacaagaa aaagaccctc 780
catccaggca aaatagttgt aacattttta atgggaacaa aaaaattata tgattttgta 840
aacaataatc caatggtaga aacttattct gtagattatg taaataatcc actggtaatt 900
atgaaaaatg acaatatggt ttcaataaat tcttgtgttc aagtagactt aatgggacaa 960
gtatgttctg aaagtatagg attgaaacag ataagtggag tgggaggcca ggtagatttt 1020
attagaggag ctaatctatc aaagggtgga aaggctatta tagctatacc ttccacagct 1080
ggaaaaggaa aagtttcaag aataactcca cttctagata ctggtgctgc agttacaact 1140
tctagaaatg aagtagatta tgtagttact gaatatggtg ttgctcatct taagggcaaa 1200
actttaagaa atagggcaag agctctaata aatatcgctc atccaaaatt cagagaatca 1260
ttaatgaatg aatttaaaaa gagattttag 1290
<210> 18
<211> 1314
<212> DNA
<213> Clostridium kluyveri
<400> 18
atggttttta aaaattggca ggatctttat aaaagtaaaa ttgttagtgc agacgaagct 60
gtatctaaag taagctgtgg agatagcata attttaggca atgcttgtgg agcatctctt 120
acacttttag atgccttggc tgcaaataag gaaaagtata agagtgtaaa gatacacaat 180
cttatactta attataaaaa tgatatatat actgatccgg aatcagaaaa gtatattcat 240
ggaaatactt tctttgtaag tggaggtaca aaggaagcag ttaattgtaa tagaacagat 300
tatactccat gcttttttta tgaaatacca aaattattaa aacaaaagta tataaatgca 360
gatgtagctt ttattcaagt aagtaagcct gatagccatg gatactgtag ctttggagta 420
tcaaccgatt attcacaggc aatggtacag tctgcaaagc ttataattgc agaagtaaac 480
gatcagatgc caagagtttt aggagacaat tttatacaca tttctgatat ggattacata 540
gtagaaagtt cacgtccaat tctagaattg actcctccta aaataggaga agtagagaag 600
acaataggaa aatactgtgc atctcttgta gaagatggtt ctacacttca gcttggaata 660
ggagctattc cagatgcagt acttttattc ttgaaggata aaaaggattt gggtatacat 720
tcagaaatga tatccgatgg tgttgttgaa ttagttgaag caggggtaat tacaaataag 780
aaaaagtccc ttcatccagg aaaaataatt attacattct taatgggaac taagaaatta 840
tatgatttca taaatgataa tcctatggta gaaggatacc ctgtagatta tgtaaatgat 900
cctaaggtta ttatgcaaaa ttctaagatg gtatgtataa actcctgtgt agaagtggat 960
ttcacaggac aagtgtgtgc tgaaagtgta ggatttaaac aaataagcgg tgtaggtgga 1020
caagttgatt acatgagagg agctagcatg gctgatggag gaaaatcaat tcttgctata 1080
ccatctactg cagctggcgg caaaatttca agaatagttc ctattttaac tgaaggagcg 1140
ggggttacta cttcaagata tgatgttcaa tatgttgtta cagaatatgg tattgcactt 1200
ctcaagggca aatccataag agaaagagct aaggagctta taaaaattgc acatcctaaa 1260
tttagggaag aattaacagc tcaatttgaa aaaagattca gttgtaagct ttaa 1314
<210> 19
<211> 963
<212> DNA
<213> Acidaminococcus fermentans
<400> 19
ttgagtaaag taatgacgtt aaaagacgca atcgccaagt atgtgcacag tggtgatcac 60
attgctctgg gtggttttac gacggaccgt aaaccctatg cggctgtgtt cgaaatcctg 120
agacagggta tcacggatct gaccggtctg ggcggcgctg ccggcggcga ctgggatatg 180
ctgatcggca acggccgtgt gaaagcctac atcaactgct acaccgccaa ctccggtgtg 240
accaacgttt ccagacggtt cagaaaatgg ttcgaagccg gcaaactgac catggaagac 300
tattcccagg atgttatcta catgatgtgg catgccgccg ctctgggcct gcccttcctg 360
cctgtaaccc tgatgcaggg ctccggcctg accgatgaat ggggcatcag caaggaagtc 420
cgtaaaaccc tggacaaagt tcctgatgac aaattcaaat acatcgacaa ccccttcaaa 480
ccgggtgaaa aagtcgtggc tgttcctgtt ccgcaggttg atgtggccat catccatgcc 540
cagcaggctt ctcccgatgg caccgttcgc atctggggcg gcaaattcca ggatgtggat 600
attgctgaag cagccaaata caccatcgtt acctgcgaag aaatcatttc tgatgaagaa 660
atcagaagag atcccaccaa gaacgatatc cccggcatgt gcgtagatgc tgttgtcctg 720
gctccttacg gtgcacatcc ttctcagtgc tatggcctgt acgactacga caatccgttc 780
ctgaaagtct atgacaaggt ctccaagacc caggaagact tcgatgcctt ctgcaaggaa 840
tgggtgttcg acctgaagga tcatgacgaa tacctgaaca aactgggtgc cactcgtctg 900
atcaacctga aggttgttcc tggtctgggc taccacatcg acatgacgaa ggaggacaaa 960
taa 963
<210> 20
<211> 963
<212> DNA
<213> Acidaminococcus fermentans
<400> 20
ttgagtaaag taatgacgtt aaaagacgca atcgccaagt atgtgcacag tggtgatcac 60
attgctctgg gtggttttac gacggaccgt aaaccctatg cggctgtgtt cgaaatcctg 120
agacagggta tcacggatct gaccggtctg ggcggcgctg ccggcggcga ctgggatatg 180
ctgatcggca acggccgtgt gaaagcctac atcaactgct acaccgccaa ctccggtgtg 240
accaacgttt ccagacggtt cagaaaatgg ttcgaagccg gcaaactgac catggaagac 300
tattcccagg atgttatcta catgatgtgg catgccgccg ctctgggcct gcccttcctg 360
cctgtaaccc tgatgcaggg ctccggcctg accgatgaat ggggcatcag caaggaagtc 420
cgtaaaaccc tggacaaagt tcctgatgac aaattcaaat acatcgacaa ccccttcaaa 480
ccgggtgaaa aagtcgtggc tgttcctgtt ccgcaggttg atgtggccat catccatgcc 540
cagcaggctt ctcccgatgg caccgttcgc atctggggcg gcaaattcca ggatgtggat 600
attgctgaag cagccaaata caccatcgtt acctgcgaag aaatcatttc tgatgaagaa 660
atcagaagag atcccaccaa gaacgatatc cccggcatgt gcgtagatgc tgttgtcctg 720
gctccttacg gtgcacatcc ttctcagtgc tatggcctgt acgactacga caatccgttc 780
ctgaaagtct atgacaaggt ctccaagacc caggaagact tcgatgcctt ctgcaaggaa 840
tgggtgttcg acctgaagga tcatgacgaa tacctgaaca aactgggtgc cactcgtctg 900
atcaacctga aggttgttcc tggtctgggc taccacatcg acatgacgaa ggaggacaaa 960
taa 963
<210> 21
<211> 1251
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 21
atgtcaactc cacttcaagg aattaaagtt ctcgatttca ccggtgtgca atctggccca 60
tcttgtactc aaatgctggc ctggtttggc gctgacgtta ttaaaattga acgtcccggc 120
gttggtgacg taacgcgtca ccagctgcga gatattcctg atatcgatgc gctttacttc 180
accatgctta acagtaacaa acgttctatt gagttaaata ccaaaacagc ggaaggcaaa 240
gaggtaatgg aaaagctgat ccgcgaagct gatatcttag tcgagaactt tcatccaggg 300
gccattgatc acatgggctt cacctgggag catattcaag aaatcaatcc acgtctgatt 360
tttggttcga tcaaagggtt tgatgagtgt tcgccttatg tgaatgtaaa agcctatgaa 420
aacgttgctc aggcagcggg tggcgcggca tccactacgg gtttttggga tggtccgccg 480
ctggtaagcg ctgcagcgtt gggtgacagc aacaccggaa tgcatttgct gatcggttta 540
cttgctgctt tgctgcatcg cgaaaaaacg gggcgtgggc aacgagtcac catgtcaatg 600
caggatgccg tattgaacct ttgccgcgtg aaattacgtg accagcagcg tctcgataaa 660
ttgggttatc tggaagaata cccgcagtat ccgaatggta catttggtga tgcagttccc 720
cgcggtggta atgcaggtgg tggcggtcag cctggctgga tcctgaaatg taaaggctgg 780
gaaaccgatc ctaacgccta tatttatttc actattcagg agcaaaactg ggaaaacacc 840
tgtaaagcca tcggcaaacc agaatggatt accgatccgg catacagtac agcccatgca 900
cgacagccac atattttcga tatttttgct gaaatcgaaa aatacactgt cactattgat 960
aaacatgaag cggtggccta tttgactcag tttgatattc cttgtgcacc ggttttaagt 1020
atgaaagaaa tttcacttga tccctctttg cgccaaagtg gcagtgttgt tgaagtggaa 1080
caaccgttgc gtggaaaata tctgaccgtt ggttgtccaa tgaaattctc tgcctttacg 1140
ccggatatta aagctgcgcc gctattaggt gaacataccg ctgctgtatt gcaggagctg 1200
ggttatagcg acgatgaaat tgctgcaatg aagcaaaacc acgccatctg a 1251
<210> 22
<211> 1278
<212> DNA
<213> Bradyrhizobium sp.
<400> 22
atgaccaagg cgctcgaggg cgttcgcatt ctcgacttca cccacgtcca gtccggaccg 60
acctgcaccc agctgctggc ctggttcggc gccgacgtga tcaaggtcga gcggccgggc 120
gtgggtgaca tcacccgcgg ccagctgcag gacattccca acgtggacag cctgtatttc 180
acgatgctga accacaacaa gcggtcgatc acgctcgaca ccaagaaccc caagggcaag 240
gaggttctga ccgagctgat caagaagtgc gacgtgctgg tcgagaattt cggccccggc 300
gtgcttgacc gcatgggctt cccctgggag aagatccagg ccatcaaccc gaagatgatc 360
gtcgcctcga tcaagggttt cggccctggc ccttacgagg actgcaaggt ctacgagaac 420
gtcgcgcagt gcaccggcgg cgccgcctcg accaccggct tccgtgacgg cctgccgctg 480
gtcaccggcg cgcagatcgg cgattccggc accggcctgc acctcgcgct cggcatcgtc 540
accgcgctct atcagcgcac ccataccggc aagggccagc gcgtcacggc tgcgatgcag 600
gacggcgtgc tcaacctctg ccgtgtcaag ctgcgcgacc agcagcgcct ggagcgcggc 660
ccgctcaagg aatacagcca gttcggtgag ggcgttccgt tcggcgacgc cgtgccgcgc 720
gccggcaacg attccggcgg tggccagccg ggccgcatcc tgaagtgcaa gggctgggag 780
accgacccga acgcctacat ctacttcatc acccaggccc cggtctggga gaagatctgc 840
gacgtgatcg gcgagcccac ctggaagacc gatccgaact acgccaagcc ggccgcccgc 900
ctgccgcgcc tgaacgagat cttcggccgc atcgagcagt ggaccatgac caagaccaag 960
ttcgaggcca tggacatcct caacgagttc gacatcccct gcggcccgat cctgtcgatg 1020
aaggagatcg ccgaggacga gtcgctgcgc aagaccggca ccctggtcga ggtcgaccac 1080
ccgacccgcg gcaaatatct ctcggtcggc aacccgatca agctgtcgga cagcccggcc 1140
gaggtgaccc gctcgccttt gctcggcgag cacaccgatg agatcctgcg ccaggtgctt 1200
ggcttcagcg accaccaggt cgccgagatc cacgactccg gcgcgctcga tccaccgcgt 1260
aaggaagctg cggagtaa 1278
<210> 23
<211> 1326
<212> DNA
<213> Rhodopseudomonas palustris
<400> 23
atgggagaga tgccgcttcg gcgcgcaaga gacaacagga gcacgaccat gaccaaggcg 60
ctcgacggcg ttcgcgttct cgacttcacc cacgtccaat ccggcccgac ctgcacgcag 120
ctcttggcgt ggttcggtgc cgacgtgatc aaggtggagc gccccggcag cggcgacatc 180
acccgcggtc agctgcagga catcccgaag gtggacagcc tgtatttcac catgctgaac 240
cacaacaagc ggtcgatcac gctcgacacc aagaacccga agggcaagga ggtgctgacc 300
gcgctgatcc gcacctgcga cgtgctggta gagaatttcg gccccggtgt gctcgaccgg 360
atgggcttca cctgggagaa gatccaggag atcaacccgc ggatgatcgt cgcctcgatc 420
aagggcttcg gtcccggccc gtatgaagac tgcaaggtgt acgagaacgt tgcgcagtgc 480
accggcggcg ccgcctcgac caccggattc cgcgaaggcc tgccgctggt caccggcgcg 540
cagatcggcg atagcggcac cggcctgcat ctcgcgctcg gcatcgtcac cgcgctgtat 600
cagcgccacc acaccggccg cggccagcgc gtcaccgcgg cgatgcagga cggcgtgctg 660
aacctctgcc gcgtcaagct gcgcgatcag cagcgcctcg accatggtcc gctgaaggaa 720
tacagccagt tcggcgaagg catcccgttc ggcgatgcgg tgccgcgtgc cggcaacgat 780
tccggtggcg gccagcccgg ccgcatcctg aagtgcaagg gctgggagca ggatccgaac 840
gcctacatct acgtcatcac ccaggcgccg gtgtgggaga agatctgcga cgtgatcggc 900
gagaccggct ggaagacgca ccccgactac gccacgccgc cggcgcggct gtcgcggctc 960
aacgagatct tcgcgcgcat tgagcaatgg accatgacca agaccaagtt cgaggccatg 1020
gagatcctca acgccgacga catcccctgc ggcccgatcc tgtcgatgaa ggaactcgcc 1080
gaagatcagt cgctgcgcgc caccggcacc atcgtcgagg tcgatcaccc gacccgcggc 1140
aagtatctgt cggtcggcaa cccgatcaag ctgtcggact ccccgaccga ggtgaagcgc 1200
tcgccgctac tcggtgaaca caccgacgaa atcctgcgcg acgtcctcgg ctacagcgac 1260
gcgcacgtcg cagagatcca cgactccggc gcgaccgctc cgccgcgcaa gcaagcggcg 1320
gagtaa 1326
<210> 24
<211> 1251
<212> DNA
<213> Shigella dysenteriae
<400> 24
atgtcaactc cacttcaagg aattaaagtt ctcgatttca ccggtgtgca atctggccca 60
tcttgtactc aaatgctggc ctggtttggc gctgacgtca ttaaaattga acgccccggc 120
gttggtgacg taacgcgtca ccagctgcga gatattcctg atatcgatgc gctttacttc 180
accatgctta acagtaacaa acgttctatt gagttaaata ccaaaacagc ggaaggcaaa 240
gaggtaatgg aaaagctgat ccgcgaagct gatatcttag tcgagaactt tcatccaggg 300
gccattgatc acatgggctt cacctgggag catattcaag aaatcaatcc acgtctgatt 360
tttggttcga tcaaagggtt tgacgagtgt tcgccttatg tgaatgtaaa agcctatgaa 420
aacgttgctc aggcagcggg tggcgcggca tccactacgg gtttttggga cggtccgccg 480
ctggtaagcg ctgcagcgtt aggagacagc aacaccggaa tgcatttgct gatcggttta 540
cttgctgctt tgctgcatcg cgaaaaaacg gggcgtgggc aacgagtcac catgtcaatg 600
caggatgccg tattgaacct ttgccgcgtg aaattacgcg accagcagcg tctcgataaa 660
ttgggttatc tggaagaata cccgcagtat ccgaatggta catttggtga tgcagttccc 720
cgcggaggta atgcgggtgg tggcggtcaa cctggatgga tcctgaaatg taaaggctgg 780
gaaacagatc ctaacgccta tatttatttc actattcagg agcaaaactg ggaaaacacc 840
tgtaaagcca tcggcaaacc agattggatt accgatccgg catacagtac agcccatgcc 900
cgacagccac atattttcga tatttttgct gaaatcgaaa aatacactgt cactattgat 960
aaacatgaag cggtggccta tttgactcag tttgatattc cttgtgcacc ggttttaagt 1020
atgaaagaaa tttcacttga tccctcttta cgccaaagtg gcagtgttgt cgaagtggaa 1080
caaccgttgc gtggaaaata tctgacagtt ggttgtccaa tgaaattctc tgcctttacg 1140
ccagatatta aagctgcgcc gctattaggt gaacataccg ctgctgtatt acaggagctg 1200
ggttatagcg acgatgaaat tgctgcaatg aagcaaaacc acgccatctg a 1251
<210> 25
<211> 1278
<212> DNA
<213> Rhodopseudomonas palustris
<400> 25
atgaccaagg cgctcgacgg cgttcgcatt ctcgatttca cccacgtcca gtccggcccg 60
acctgcaccc agttgctggc gtggttcggc gccgacgtca tcaaggtcga gcgtcccggc 120
accggcgaca tcacccgcgg gcagttgcag gacatcccga aggtggacag cctgtatttc 180
accatgctga accacaacaa gcgctcgatc acgctcgaca ccaagaaccc caagggcaag 240
gaggtgctga ccgcgctgat ccgctcctgc gacgtgctgg tggagaattt cggccccggc 300
gtgctcgatc gcatgggctt cacctgggac aagatccagg agatcaaccc gcggatgatc 360
gtcgcctcga tcaagggttt cggcccgggt ccctatgaag actgcaaggt ctacgagaac 420
gtcgcgcaat gcaccggcgg cgccgcctcg accaccggct tccgcgacgg cccgccgctg 480
gtcaccggcg cacagatcgg cgactcgggc accgggctgc atctcgcgct cggcatcgtc 540
accgcgctgt atcagcgcca tcacaccggc cgcggccagc gcgtcaccgc cgcgatgcag 600
gacggcgtgc tcaatttgtc gcgcgtcaag ctgcgcgatc agcagcgcct cgcccacggc 660
ccgctcaagg aatacagcca gttcggcgaa ggcattccgt tcggcgacgc ggtgccgcgc 720
gccggcaatg attccggcgg cggccagccc ggccgcatcc tgaaatgcaa gggctgggag 780
accgatccca acgcctacat ctacttcatc gcgcaggccc cggtgtggga gaagatctgc 840
gacgtgatcg gcgagaccgg ctggaagacc catccggact acgcgacgcc gccggcgcgg 900
ctgaagcacc tcaacgacat cttcgcccgc atcgaacaat ggaccatgac caagaccaag 960
ttcgaggcga tggacatcct caacagggac gacattccct gcgggccgat cctgtcgatg 1020
aaggaactcg ccgaggacgc ctcgctgcgc gccaccggca cgatcgtcga ggtcgatcat 1080
ccgacccgcg gcaaatatct gtcggtcggc aacccgatca aactgtcgga ctcgccgacc 1140
catgtcgagc gctcgccgct tctcggcgag cacaccgacg aaattctgcg cgacgtcctc 1200
ggcttcaacg atcatcaggt cgctgaaatc cacgattccg gcgcactcgc tccgccgcgc 1260
aagcaggccg cagagtaa 1278
<210> 26
<211> 1290
<212> DNA
<213> Methylobacterium extorquens
<400> 26
atgagcaagg caccgggcaa ggccctcgag ggcgttcgca tcctcgattt cacccatgtt 60
caatcggggc cgacctgcac gcaattgctc gcgtggttcg gggccgacgt catcaaggtc 120
gagcggccgg gtgcgggcga cgcgacgcgc cagcagcttc aggaccttcc cggcgtggac 180
agcctctatt tcacgatgct gaaccacaac aagcgttcga tcacgctcga cggcaagaac 240
cccaagggca acgcgatcct ctggcggctc attgccgagt gcgacgtgct ggtcgagaac 300
ttcgcccccg gtgcgctcga ccgcatgggg ctgacctggg agaagctgca ggccgccaat 360
ccgggcctga tcctggcctc ggtgaagggc ttcgggcccg gccgctacca ggattgcaag 420
gtctacgaga acgtcgccca atgcgtcggc ggcgcggcct ccaccaccgg ctggcgcgac 480
ggcgtgccga tggtgtcggg ggcgcagatc ggcgattccg gcaccggcct gcatctggcg 540
ctcggcatcg tcacggccct ctaccagcgc acccagacgg ggcagggcca gcgcgtcgat 600
tgtgccatgc aggacggggt gctcaacctc tgccgggtga agctgcggga ccagcagcgc 660
ctcgcccacg gcccgctgat ggaatacagc cagtacggcg agggcgtccc cttcggcgag 720
gcggtgccgc gggccggcaa cgattccggc ggggggcagc ccggccgcat cctcaagtgc 780
aagggctggg agcaggatcc caacgcttac atctacttca tcacgcaggg cgcggtctgg 840
gggccgatct gcgacatcat cggcgagccg gactggaaga ccgatccggc ctacgcgacg 900
ccgaaagccc gcctgccgca tctcaacgag atcttcacgc gcatcgaagc gtggacgatg 960
aagcacgaca agctcgaggc gatggagatc ctcaacgcct acgagatccc gtgcggaccg 1020
atcctgtcga tgcgggagat cgccgaggat ccgatgctgc gggcgaacgg cacggtggtc 1080
gaggtcgagc acccgacccg cggggcctat ctgacggtgg gcaacccgat caagctgtcg 1140
gcgagcccca ccgagatcac ccgcgcgccg ctgctcggcg agcataccga cgagatcctg 1200
cgcgaggtgc tgggctgcac cgatacggaa atcagcgaca tcctcggttc gggtgcggtg 1260
ggcggcgtcc accgcatcgc cgcggagtag 1290
<210> 27
<211> 1251
<212> DNA
<213> Ralstonia eutropha H16
<400> 27
gtgaacctcc cactcaacgg catcaagatc atcgacttca cgcacgtcca ggccggtccc 60
gcctgcacgc agcttctcgc gtggttcggt gcggacgtga tcaaggtcga gcgccccggt 120
tccggcgacg tgacgcgcac ccagctgcgc gacatcccgg atgtcgatgc cctgtacttc 180
accatgctca acagcaacaa gcgcagcctg acgctggata ccaagaagcc ggaaggcaag 240
aagatcctgg agcagctgat ccgcgagtcg gacgtgctgg tcgagaactt cggcccgggc 300
gcgctggacc gcatggggtt ctcgtgggaa cgcatcaacg aactgaaccc gaagatgatc 360
gtggcttcgg tcaagggctt cagcgacggc caccactatg aagacctgaa ggtctacgag 420
aacgtggccc agtgcgccgg cggcgcggcc tcgaccaccg gcttctggga tggcccgccg 480
acggtgtccg ccgcggcgct gggcgattcc aacaccggca tgcacctggc catcggcatc 540
ctcaccgcgc tgatcggccg cgacaagacc ggcaagggcc agaaggtggc tgtgtcgatg 600
caggatgcgg tgctgaacct gtgccgggtc aagctgcgcg accagcagcg cctggaccgc 660
ctgggctacc tggaggagta cccgcagtat ccgcacggca gcttcagcga cgtggtgccg 720
cgcggcggca acgcgggcgg cggcggccag ccgggctggg tgctgaagtg caaggggtgg 780
gaaaccgacc ccaacgccta tatctacttc accatccagg gccatgcctg ggagccgatc 840
tgcaaggcgc tgggcaagcc ggaatggatt tccgatccca actacgccac cgccaaggct 900
cgccagccgc atatcttcga tatcttcaac accatcgagg aatggctggc cgacaagacc 960
aagtacgagg ccgtggacat cctgcgcaag ttcgacatcc cgtgctcgcc ggtgctgtcg 1020
atgaaggaaa tcgccgccga tccgtcgctg cgcgccagcg gcagcatcac cgaggtgccg 1080
cacaaggagc gcggtaccta cctgacggtg ggcagcccga tcaagttctc cgacctcaag 1140
ccggagatca ccgggtcgcc actgctgggc gagcatagcg aagaggtgct ggccggcctg 1200
ggctacggcg cggacgacat caagcgcctg cgcgagtccc aggtgatctg a 1251
<210> 28
<211> 1251
<212> DNA
<213> Burkholderia xenovorans
<400> 28
atgaccaaac ctctcgaagg catccggatc atcgacttca cccatgttca agccggccct 60
gcatgcaccc agttgctcgc ctggttcggc gcggacgtca tcaaggttga acggccgggt 120
tcgggcgacg tgacgcgcaa ccagttgcgc gatattcccg acgccgacgc gttgtacttc 180
acgatgctca acagcaacaa gaaatcgctg acgttggaca caaaaaaacc cgaaggcaag 240
gaagtactcg aaaagctgat tcgcgaatcc gacgtgctgg tggagaattt cggcccgggc 300
gcgttggacc gcatgggctt ttcgtgggaa cggctgaatg aactcaatcc gaagatgatc 360
gtcgcctcgg tgaaaggctt cagcgacggc caccactacg acgacctgaa ggtctacgaa 420
aacgtggcgc aatgcgcggg cggtgcggcc tccaccaccg gcttctggga cggtccgccc 480
accatcagcg ccgccgcgct cggcgacagc aataccggta tgcatctggc catcggcatt 540
ctgaccgcgc tgctcggtcg cgacaaaacc ggcaaaggcc agaaggtcgc agtgtccatg 600
caggacagcg tgctgaatct gtgccgcgtg aagcttcgtg accagcagcg gctggaacgc 660
gttggctatc tcgaggagta tccgcaatat ccgcacggcg aattcagcga cgtggtaccg 720
cgcggcggca atgcaggcgg cggcggccag ccgggttggg tgctcaaatg caaaggctgg 780
gaaacggatc cgaacgccta catctacttc acgattcagg gccatgcgtg ggagcccatc 840
tgcaaggcgc tcggcaagcc cgagtggatc gacgacccgg cctacaagac tgcggaagcg 900
cgtcaaccgc atatcttcga tatcttccag accatcgaaa cctggctcgc ggacaaaacc 960
aagttcgaag cggtcgacat cttgcgcaag ttcgacattc cgtgcgcacc ggtgctgacc 1020
atgaaggaac tggccaacga tccgtcgttg cgcgcgagcg gcacgatcgt cgaagtaccg 1080
cacaagaaac gcggcacgta tctgactgtc ggcagcccga tcaagttttc ggatctgaag 1140
ccggaagtca ccgcgtcgcc gctgctcggc gaacacaccg acgaggtgct ggcgagcctt 1200
ggctacagcc agcagcaaat cttcaacctg cgcgaagtca aggcagttta a 1251
<210> 29
<211> 423
<212> DNA
<213> Azoarcus evansii
<400> 29
tcagtccttc ggcggttcca gatagcgccc gaagcgctcg cgccattcgt cgtcgatcaa 60
ggtcgcgcgc ggggcgccgc cgaggtcggc ccacacgacc gtctgcttcg cgcggaagcg 120
cacctgctcg cccatcgacg cggtcgtgac gatgtccatc gagctgccgc cgatgcgcgc 180
gacgtagagc gtgaaggtga gctcatcgcc gtgcatgctc ggtgcgaaaa agtcgacttc 240
gaggtggcgc atcggcacgc cgcggcggat ctccgcgtgc agcttgtaga agtccacgcc 300
gatgccgcgg tcgaaccagt cctcgaccac ctcattgcac agcaccaggc actgcgggta 360
gaagacgatg ccggccgggt cgcagtggtg gaaacggatg gatttcttgc attcgaagat 420
cat 423
<210> 30
<211> 432
<212> DNA
<213> Magnetospirillum magnetotacticum
<400> 30
tcattgggcc gcaacctcca ccagccgggt gcgataggct tccaggcgtt cgcgcatggg 60
accgggcatg ggaaccgcct tcaccttttc ctgatcggcg acgacacaga cgaaactggt 120
ctcgaaggcc accacgccgt caccccgcgc gccgatggtg cggaaatgaa tggaagagcc 180
ccccaccctg tccaccagga ccgagatatc cacccggtcg ccgggccgaa gcggcgattt 240
gatctccatg ccgatcttga cgaagggcgt gccgaagccg tgttccttgt tgatggtgta 300
ccagtcatag ccgatgacat cggccatgaa gacctccagc gcctccatgg cgtattccag 360
gaagcggggc gtatagacga tgcgcgccgc gtcggaatcg ccgaaatgga cccggcggcg 420
gtgaatgaac ac 432
<210> 31
<211> 411
<212> DNA
<213> Jannaschia sp. CCS1
<400> 31
atgacccacc tctggcccct gcgcgtctac tatgaagacg tcgatctggc ggggatcgtc 60
tactacgcca actacctgaa atacctggag cgggggcgct ctgaaatggt gcgtgaggcc 120
ggcatttccc agctcgacat gaaagctgcg gggctggtct ttgccgtgcg gcgggtggag 180
gcggaatacc tcaaacccgc caaatacgat gatgagctgg tcgtggagac gcagctggac 240
cgcctgaaag gggccagttt cgacatgccc cagcgggtcc tgcgcggcga tgacgtgctg 300
ctggacgcgc ggatcaaggt tgtgatcctc aacgcggacg gccgggcggc gcgacttccg 360
gcggatattc gcgcaaaagt cacagccgtc gcggcaagtg atggcccgta a 411
<210> 32
<211> 432
<212> DNA
<213> Sagittula stellata
<400> 32
atgtcgcagg aggaagccgt ggggcagccg ttcgagcatg agatccgggt gacctggggg 60
gactgcgatc ccgcgcggat cgcctatacg gcgcgcatcc cctggttcgc gctggatgcg 120
atcaacgcct ggtgggagga gaagctgggc ggcggctggt tccagatgga gctggaccgc 180
ggtgtcggca cgccgttcgt caacatgacc atcgatttcc gcagtccggt cacgccgcgc 240
caccggctgc tctgcgccgt gcgcccggtg cggctgggcg agacctcggt cagtttcgaa 300
gtgctgggac ggcaggacgg tgtgctgtgt ttcgaggggc ggttcacctg cgtgttcatc 360
gccgtgccgc gttttcgcaa ggcgccgccg ccggaggata tccgggcggt ggtggaggcg 420
catctgaact ag 432
<210> 33
<211> 414
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 33
atgatctgga aacgccattt aacgctcgac gaactgaacg ccaccagcga taacacaatg 60
gtggcgcatc tgggaattgt gtatacccgt ctgggcgatg atgtgctgga agccgaaatg 120
ccggttgata cccgtactca tcagccgttc ggtttactac atggcggcgc gtcggcggcg 180
ctggcggaaa cgctgggatc gatggccgga tttatgatga cccgcgacgg acagtgtgtg 240
gtaggcacag aacttaatgc aacacaccat cgcccggtgt ctgagggaaa ggtacgcggc 300
gtctgccagc cgctgcatct tggtcggcaa aatcagagct gggaaatcgt cgttttcgat 360
gaacaggggc ggcgttgctg cacttgtcgg ctgggtacgg cagttttggg atga 414
<210> 34
<211> 1989
<212> DNA
<213> Acetobacter pasteurianus
<400> 34
atgtcggaaa acatcactat cctgcctaca cagtatgcag attacccggc tctgatgcca 60
cctgcggaac tggccgccat gcagcgctat gcacgccgag acccggatgg tttttggctg 120
caacaggccc ggcgtgtgca ctggcaccgc aagcctaggc gaggctttac gggcagcttt 180
acgggtgatg tgtccataag ctggtttgaa gatggcctta tcaacgcatc cgtatgctgt 240
attgataagc atctgacaga caaggctgat cagattgccc ttatcagcca ccgtgaaggc 300
cgggccgagg cagaaaaaat tacatatgcc atgctgcatg aacgggtttg ccgcctgtct 360
aacgcgctgg tgcatttggg ggtggaggaa gggcaccgcg ttgccatttg cctgcccatg 420
atttcagaag ccgtggtggc catgctggcc tgtgcgcgta ttggcgcggt gcatgtggtg 480
ctgtttggtg gtttttcggc agaaggtatt gcagaacgta ttatagatag cggcgcagtt 540
gcggtaatta ccgccagcga aagcatgcgc ggcaacaaga tcgtgccctt taaagcgatt 600
atggatgaag ccctgtgcaa ggcaggtgca gaaagtggcg tgcgggctgt tctagttgtg 660
cgcacgtctg atgcacctgt tcccatgctg cctggtaggg attacgattt tcatgatttt 720
gtagattcgt ttgaggcaga ttttgtgccc gttgtcatgc gggcagaagc accattattt 780
atgctctaca catctggcag cacaggcaag cccaaagcag ttgtgcatgc cactggtggc 840
tatatggtgt gggcagctta cactatggac atggtgtacc atcatcaacc tggtgatgtg 900
ctgtggtgca cggcagatgt ggcatggata accgggcata catccgttgt gtatggcccg 960
ctggccaatg gcggaaccac catgatttcc gatagcctgc cttcataccc cgctccgggc 1020
agatggttgg atctgataga tgagcataag gtgaccatgc tgtttaccgc ccccacagcc 1080
gtgcgcgcca tgatggccga tggtgatgat gtggtgaacg cccgcaatct ggagtctctg 1140
cgtttgctgg gtgtggcggg ggagcccata agcccggatg cgtggctatg gtatcacgat 1200
gttgtgggta aaaagcgttg ccccgtggtg gatacatggt ggcagacaga aaccgccggc 1260
attgtgctgg ggccagtgcc gggtgtgcaa ccgcttaaac ccggctctgc cagcacgccg 1320
ctgccggggt tggaaatggt catagccgat acgcagggca ggccggtgca ggggcctgca 1380
gaaggtagcc tgtgcattgc gcgttcatgg ccggggcagg cccgcacaat ctggaaagat 1440
catgctcgct tctgccagac atattttggt atggttccgg ggcattattt cacgggtgat 1500
ggcgcacggc gagatgccga tggctattac tggattacgg ggcgcatgga cgatgttatc 1560
aatattgcag ggcaccgttt gggtacagca gaagtggaag atgcgttggc agcagatcat 1620
cgtattgtgg aatctgctgc agtgggcatc ccgcacccgg taaaggggca ggcgctggcg 1680
gtatttgtta tccagcgcca gaacgtggct acggaactga cagaaaaagg cataagccgc 1740
cttatctccg gtatgttggg gcgttatgcc acgccagagg ccgtttatct ggtgccagat 1800
ctgcctcgca cgcgctctgg caagattgta cgccgcctgc tgcgcaaaat tgccagtggg 1860
gaaatggata atctgggaga tctttcatcg ctgaatgatc cttccatcgt gcgtatgctg 1920
tgtgacagag tatggagcca catggctttt gatgaggaat ctgcacctcg cacacaggca 1980
agggcctga 1989
<210> 35
<211> 1890
<212> DNA
<213> Azotobacter vinelandii
<400> 35
atgaactatc agcactacca tgaacgctcc atcgccgatc ccgccggttt ctgggccgaa 60
caggcgcagg ccgtgcgctg gttccgccag ccgacggaaa ttctccgcgc cctggcggac 120
ggcacgcacc agtggttcgc cgacggccgg ttgaacagtt gctatctggc cctggatcat 180
cagatcgaac agggccgtgg cgagcagacg gccctgatcc acgactcgcc ggtcaccggc 240
ggcaaggccc gctacagcta ccgcgaactg cgcgacgaag tggcgcgcct ggccggcgcc 300
ctgcgcgagc tgggcgtgga aaagggcgac cgggtcatca tctacatgcc gatggtgccg 360
caagcggcca tggccatgct cgcctgcgcg cggatcggcg cggtgcactc ggtggtgttc 420
ggcggcttcg cccctcacga actggcgctg cgcatcgacg acgcccggcc caaactgctg 480
ctcaccgcgt cctgcggcct ggagttcgac cgggtcatcg aatacaaacc gctggtcgac 540
aaggccctgg aactggccag ccaccagccc gggcacgtac tggtgctgca acggccacaa 600
gcgagcgccg cgctgctccc agggcgcgac ctggactggc aggccagggt cccgctggcc 660
gcgccggtgg agcccgtgcc cctggacagc ggcgatccgc tgtacatcat gtacacctcc 720
ggcaccaccg gaaaacccaa gggcgtcgtg cgcgacaacg gcggcaacgc ggtggccctg 780
agcttcgcca tgcgccatgt ctacgccatg cgggccggcg acgtctggtg gggcatctcc 840
gacgtcggct gggtggtcgg ccattcgctg atcgtctacg gcccgctgat gaacggatgc 900
accagcatcc tctacgaagg caagccggtc cgcacgcccg acgccggcgc ctactggcgg 960
gtgatcgagg aatacggcgt caacggcctg ttctgcgcgc cgacggcgat ccgcgccatg 1020
cgcaaggaag atccttcggg cgaactgagc gggcgccacg acctgggctc gctgcggcac 1080
ctgttcctgg ccggcgagaa gctcgattcg agcacccacc ggtggctgga ggaactgacc 1140
gggaagccgg tgcacgacca ctggtggcag accgagaccg gctggccggt caccgctccc 1200
tgcgccgggc tggagggcca caccgcacgc cacggttcga gcaaccgccc ggtgcccggc 1260
tatcgcgtcc aggtgatgga cgaacagggt cacctgctcg gagcgaaccg gcagggctcg 1320
atcgtcatcg ccctgcccct gccgccgggc tgcgcgcaga ccctgtggaa cgaccacgag 1380
cgctatctgc gctcttatct gagctcctat cccggctact accacaccgg cgacggcggc 1440
tacctggacg acgagggctt cgtctacatc atgggccgca ccgacgacgt gataaacgtg 1500
gccggccacc gcctctccac cggagaaatg gaagacctgg tggcccggca tccggcggtg 1560
gccgaatgcg cggtgatcgg catccccgac gcgatcaagg gacaggtgcc gctgggcctg 1620
atcgtcctca aggacggcag ccgaatccgc gaggagcaac tgcagcggga gttgaccgcc 1680
tcgatccgcg agcagatcgg cgcgctggcc tgcttccagc ggatagcgac ggtcaagcgc 1740
ctgccgaaga cccgttcggg caaaatcctc cgggcggtgc tgcgcaagat cgccaacggc 1800
gaggaggtgg ccacgcccat gaccatcgac gatccggcga tactcgggga aatcggcgcc 1860
gccctggcgt tgtacacgcg cgccagttga 1890
<210> 36
<211> 1959
<212> DNA
<213> Dehalococcoides sp.
<400> 36
atgagtaccg aagaaaagaa gtttgacacg caaaacctgc ctaccaagac ttatttctgg 60
ccgctgaaaa gataccagga cctttataac agctcactgg ctgacccgga ggctttctgg 120
gccaaacact cagacgtgct ttcatgggaa aagccttggg aaaaagtact ggactggaat 180
ccgccttatg cccgctggtt tgtaggcggc aagctgaata tgtcttacca atgcgtagac 240
cgccatgcca aaagctggcg taagagcaag gtagctatct attgggaagg cgaaaacggg 300
gatacccaga ccataagcta ttcagacctt tacgaaaatg taaaccgtta tgcatccgtc 360
ctgaaaaagc tgggcatatg caagggtgac agggtaactg tctacctgcc catgatacct 420
gaaatggtct atattctatt agcctgcaac cgggttggag ccgtccataa cgtaatattc 480
tcaggtttct cttcccagtc tatcgcagac agggtaaatg actccggttc aaaaatggtt 540
gttaccgcca gcggcggaca ccgccgcggt aagatactgc ctcttaaaga aatcgtagat 600
gaggctgtaa aatccacccc gactatagaa catgtactgg ttattaaata taccggccac 660
gaagtagcca tggaccccac cagagacgta tgggcacatg atctgctgaa agatgcagat 720
aaatacgtag cccctgaagc tatggaatcc accgacccgc tttttatcct gtacacctca 780
ggcactaccg gtaaaccgaa gggtattctg catggtaccg gcggctacgg cgtctgggcg 840
tgcaataccc ttaagtgggc tttcaaaccc acggacgaat cagtcttctg gtgcacggca 900
gacgtaggct ggattaccgg gcacacatat gttgtatatg ccccgctggc gctgggactt 960
acccaggtta tttacgaggg agctccggat tatccttcag tagaccgctg gtgggagatt 1020
attgataaat acggggtaag catattctat acctcgccta ccgccatacg catgtttatg 1080
cgccacggcg aggagttgcc tgccagacac gaccttggca ctctggaaat gctgggaagc 1140
gtgggcgaac ccattaaccc tgaagcctgg gaatggtatt acaagaatat aggccatgag 1200
aactgcccca tttccgatac ttggtggcag accgaaacag gcggttttat gattaccccc 1260
tgccccggca tacaatcctt cccgctcaaa ccgggctcag ccactttgcc tctaccggga 1320
gttgacccgg tagtggtaga tgctgaaggc aaggaactgc cggctaatga aaccgggttt 1380
attgccatcc gcaaaccttg gccgggcata atgctgggta tatataacgg tgatgaactt 1440
tataaaaaga cctactggag ccgtttcccc ggctggtatt gtccgggaga cttttcaatg 1500
aaagattctg acggatatct gtggctgctg ggacgggctg acgaagttat caaggtagcc 1560
ggtcaccgca taagcaccgc cgaattggag catgctctgg taggccatag ttcagttgcc 1620
gaagcggcag tagcctcccg ccctgacgaa gtaaagggtg aagctattgt ggttttcgtc 1680
accctgaaaa aaggtgtaga agcctctgcg gaagtaaaga gagagcttac ccatcacctc 1740
cgctctgcta tcggcactat agccaccccg gaagagatca ttttcgtgga gaaactgccc 1800
aaaacccgtt cgggcaagat tatgcgccgc ctgctgaagg ccgttgccaa cgaagtaccc 1860
attggtgata ccactacact tgatgatgag acttcggtaa atgaggccag agcggctttt 1920
gatgaactgc tggcagcacg caaacaccac aaacactaa 1959
<210> 37
<211> 810
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 37
atgacgaagc atactcttga gcaactggcg gcggatttac gccgcgccgc agagcagggc 60
gaagcgattg caccgctgcg cgatctgatt ggtatcgata acgctgaagc ggcttacgcc 120
attcagcaca taaatgtgca acatgacgtt gcgcaggggc gtcgcgtggt agggcgtaaa 180
gtgggcctga cacatccgaa agtgcaacaa caactgggcg ttgatcaacc ggattttggg 240
acgttatttg ccgacatgtg ttatggcgat aacgaaatca ttcctttttc ccgtgttctg 300
caaccccgca ttgaagcgga gatcgcactg gtgttgaacc gcgatttgcc cgcaaccgat 360
atcaccttcg acgaattgta taacgccatt gaatgggtac ttccggcgct ggaagtggtg 420
gggagccgca ttcgcgactg gtcgattcag tttgtcgata ccgtggcaga taacgcctcc 480
tgtggggtgt atgtcatcgg cggtccggcg caacgtccgg cggggttaga cctgaaaaac 540
tgcgccatga agatgacgcg taataacgaa gaggtttcta gcgggcgcgg cagcgaatgc 600
ctgggacatc cgcttaatgc ggccgtctgg ctggcacgca aaatggccag tctgggtgaa 660
ccgctgcgca ccggagatat cattcttacc ggggcattag gtccgatggt ggcggtgaat 720
gcgggcgatc gttttgaagc ccatattgaa ggcataggtt cagttgctgc gacattttca 780
agcgcagccc caaaaggaag tctgtcatga 810
<210> 38
<211> 789
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 38
atgaatgaag ccaacgtgat tgcgaacctg ttatgggatg cgcagcggca aaagctgccc 60
tgtgcaccgg tgcgggaata tttcgagggg aagagcgagg ttgaccaggc gctattggcc 120
tatgccgtac agcaggtgaa tgttcagcgc caggtggagg gcggccgacg tatcgtcggt 180
cgcaagatcg gccttacctc tccggcagtg cagaagcaat tgggtgtaga tcggccggac 240
ttcggcacgt tgctggacga catggcgatc gtcgatggcg agccgatcaa cactgcgcgt 300
cttctgcagc ccaaggtcga agctgagatc gccctggtac tcgagcgtga cctcgatcgg 360
gagcgtcata cagtcgccga cctgatcgac gcgacagcgt atgcacttgc tgcaatcgag 420
gtggtggata gccgtatcac cggttggaac atccgctttg ttgacaccgt ggcagacaac 480
gcctcatcgg gcttgttcgt actcggtact cagcctgttg gcctgtcgaa gcttgatctg 540
gccggtatgt cgatgcgcat ggcgcgtggc gaagagcttg tatcgcaagg ggctggagct 600
gcctgccttg gcaacccgtt gaacgcagcg cgttggcttg ctgacacgtt ggtccaagtg 660
ggcacgccat tgcgtgccgg cgatgtggtt ctgaccggcg ctctggggcc aatggtcgcg 720
gtcgagtccg gtcacaccta tacggcatgg atcgatggct tcgccccggt acgagcaatt 780
ttctcctga 789
<210> 39
<211> 807
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 39
atgagcgaac tagataccgc gcggacaggt gccgtgcgta aagctgccga cctgctgtac 60
gaagccaccc ggtccggtgt ggccgtggtg ccggtgcgca atctgatcgg cgagacggat 120
ttggaggcag cctatgcagt acaggaggtt aatacacaga gagcattggt tgccgggcgg 180
cgcctggttg gacgcaagat tgggctgacc tctgtcgctg tacagaagca gctcggagtg 240
gaacagcccg actatggcat gttgttcgca gacatggcgc gtaccgaggg ggaggaaatc 300
gcccttgatg acgtgctcca acctaaagtc gaagccgaga tcgcctttgt cctgggacgt 360
gacctcgatg gcgatcaatt gacggtggcc gacctctttc gcgccatcga gttcgccgtt 420
ccggcgatcg agatcgtggg ttcgcggata accaattggg atatccgtat cacggacacc 480
attgctgaca atgcttcgtc tggcctgtat gtgctgggct ccacgccgaa gcgcttgtgc 540
gattttgact cgcgccaggc aggcatggtg atggagcggc aaggcatacc ggtgtcttcc 600
ggggtagggg ccgcctgcct tggagcgcct ctcaacgcag tcctttggtt ggccagggtc 660
atggctcgag cgggccgtcc gttgcgcact ggcgacacgg tgctttccgg tgcgctgggc 720
cccatggtgc cagtggcagg aggagatgta ttcgatgtgc ggatagccgg gcttggatcg 780
gtgaccgccg cttttgcaaa ggcataa 807
<210> 40
<211> 804
<212> DNA
<213> Klebsiella pneumoniae
<400> 40
atgctcgata aacagacccg taccctgatt gcccagcggc tgaaccaggc cgaaaagcag 60
cgtgaacaga tccgcgcgat ctcgctggat tatccgtcga tcaccattga ggacgcctac 120
gccgtccagc gcgagtgggt cgagatgaag atcgccgaag gccgcgtgct caaaggccac 180
aagatcggcc tgacctctaa agcgatgcag gccagttcgc agatcagcga gccggactac 240
ggcgcgctgc tcgacgatat gttcttccac gacggcagcg atattcccac cgaccgcttt 300
atcgttccgc gtatcgaagt cgagctggcc ttcgtgctgg ccaaaccgct gcgcggcccg 360
aactgtacgc tgtttgatgt ctacaacgcc accgactacg ttatcccggc gctggagctt 420
atcgacgcgc gctgccacaa catcgacccg gaaacccagc gtccgcgcaa agtgttcgac 480
accatctccg acaacgccgc caacgccggg gtgatcctcg gcggccggcc gattaaaccg 540
gacgagctcg acctgcgctg gatctccgcc ctgctgtatc gcaacggcgt aattgaagag 600
accggcgtcg ccgcgggcgt actcaatcat ccggccaacg gcgtggcctg gctggccaac 660
aagctggcgc cgtacgatgt ccagctcgaa gccgggcaga ttatcctcgg cggctccttc 720
acccgcccgg tcccggcgcg caagggcgat accttccacg tcgactacgg caacatgggc 780
gtcatcagct gccggtttgt ctag 804
<210> 41
<211> 804
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 41
atgttcgaca aacacaccca caccctgatc gcccagcgtc tggatcaggc agaaaaacag 60
cgcgaacaga tccgcgcgat ctcgctggat tacccggaga tcaccatcga agacgcttac 120
gcggtgcagc gtgaatgggt tcgactgaaa atcgccgaag gtcgcacgct gaaaggccac 180
aaaatcggcc tgacttcgaa agcgatgcag gccagctcgc agatcagcga accggattac 240
ggtgcactgc tggacgacat gttcttccac gatggcagcg atatcccgac cgatcgcttt 300
atcgtgccgc gcattgaagt ggagctggct tttgtgctgg caaaaccgct gcgtggacca 360
aactgcacgc tgttcgacgt ttacaacgcc acggactatg tgatcccggc gctggagctg 420
atcgacgctc gctgccacaa catcgatccg gaaacccagc gcccgcgtaa agtgttcgac 480
accatttctg ataacgccgc caatgccggg gtgatcctcg gtggtcgtcc cattaagccc 540
gatgagttgg atctacgttg gatctccgcc ctgatgtatc gcaatggcgt gattgaagaa 600
accggcgtcg ccgctggcgt gctgaatcat ccggcaaacg gcgtggcctg gctggcgaac 660
aaactcgccc cctatgacgt acaactggaa gccgggcaaa tcattctcgg cggttcgttc 720
acccgcccgg ttccggcgcg taagggcgac accttccacg tcgattacgg caacatgggc 780
tccattagct gccgctttgt ttaa 804
<210> 42
<211> 840
<212> DNA
<213> Comamonas testosteroni
<400> 42
atgaaccgaa cacaagccaa agtagtcgaa ggcaaatttc ccacacagaa caccatggac 60
aactccaaga tccagcacta cggcgacgag ctctaccagt cgctgctcga ccgccaaccc 120
gtcgctccgc tgaccgaccg cgaagcggac atcaccatcg aggacgccta ccagatccag 180
ctgcgcatga tccagcgccg gctggacgcg ggcgagcgcg tggtgggcaa gaaaataggc 240
gtgacgagca aggtcgtgat ggacatgctc aaggtcaacc agcccgactt cggccacctg 300
ctctcgggca tggtctacaa cgaaggccag cccatcccgg tgagcagcat gatcgcgccc 360
aaggccgagg cagaggtcgc cttcatcctg gcgcgcgacc tcgaaggccc cggcgtcacc 420
gcggccgacg tgctgcgcgc caccgactgc gtgatgccgt gcttcgagat cgtcgactcg 480
cgcatcaagg actggaagat caagatccag gacaccgtgg ccgacaacgc ctcctgcggc 540
gtgctcacgc tcggcggcct gcgcaagagc ccgcgcgacc tcgacctcgc gctggccggc 600
atggtgctgg aaaagaacgg cgaaatcatc agcacgtcct gcggcgcatc ggtgcagggc 660
tcgccggtca acgcggtggc ctggctggcc aacacgctcg gccgtctggg catcggcctc 720
aaggccggcg acatcatcct ctctggctcg cagtcgccgc tggtgccggt ggtcgcgggc 780
gacagcctgt attgcagcgt cggcggcctg ggcggcacgt cggtgcgttt cgtcgcctga 840
<210> 43
<211> 507
<212> DNA
<213> Methanocaldococcus jannaschii
<400> 43
atgagaagta taataaaggg aagagtttgg aagtttggaa ataacgtaga tacagatgct 60
atattaccag caaggtattt agtttataca aaaccagagg aattagctca gtttgttatg 120
actggggcag acccagattt tccaaagaag gttaagccag gagatataat agttggagga 180
aagaactttg gatgtggttc aagtagagag catgccccat taggattaaa aggagctgga 240
atcagctgtg ttattgctga gagcttcgca agaatatttt atagaaatgc cataaatgtt 300
ggattaccat taattgaatg taagggcatt tcagagaaag tcaatgaagg ggatgagtta 360
gaggttaatt tagagactgg agagattaaa aacttaacca ctggagaggt tttaaaaggt 420
caaaaattac cagaattcat gatggaaatt ttagaggctg gaggattaat gccatactta 480
aagaaaaaga tggctgaaag ccaataa 507
<210> 44
<211> 1263
<212> DNA
<213> Eubacterium limosum
<400> 44
ttgggtatga caatgactca gaaaatattg gcggcacatg ctggtctgga atccgtaaaa 60
ccgggtgatt tgatcatggc agacctggat ctggtgttgg ggaatgatat tacctcaccg 120
gtagccatca atgtttttaa aaatattaat aaggaaaccg tttttgacaa agacaaggtt 180
gcgctggtcc cagaccattt tgcgccgaac aaggatatta aggctgcgga gcagtgcaaa 240
caggtgcgct gttttgcctg tgagcaggat gtcaccaact attttgaaat cggcgaaatg 300
ggtgtagagc atgctctgct gccggaaaag ggactggtcg ttgccggcga tgtcgtgatt 360
ggggcagatt cgcacacctg tacctatggt gcgcttgggg ctttctcaac cggtgtgggt 420
tctaccgaca tggccgttgg tatggcaacc ggtaaagcct ggtttaaggt accgtctgcc 480
attaaattca atctgactgg cgctttcaaa gaaggtgttt caggaaaaga cctgattctt 540
cacattatcg gaatgattgg tgtggatggt gcgctttata aatcaatgga atttgccgga 600
gagggtgtgt caagcctgac gatggatgat cgcttcacca ttgcgaatat ggccattgaa 660
gctggcggta aaaatggtat cttccctgtc gacgataaga ccatcgaata tatgaaggag 720
cattctacca aggaatacaa ggcctttgaa gcagacgcag acgccgagta tgacgctgtg 780
tacgatatta atctggcaga tatcaagtct acggtagcat tcccgcactt gcctgaaaac 840
actaaaaccg ttgatgaaat tactgaaccg gttaagattg accaggttgt tatcggctca 900
tgcaccaatg gacgtttctc agactttaaa aaggccgcag atctgatgcg cggtaagcat 960
gttgccaaag gaatccgtgt tttgattatc ccagcaactc agcagattta cctggattgt 1020
atggaagcgg gatatttaaa agactttatt gaagcgggcg caacggtgag cacaccgacc 1080
tgcgggccat gcctgggcgg acatatgggg attctggcag cgggagaacg ctgcgtttcc 1140
acaacaaacc gtaactttgt cggacgcatg ggccatgtgg actcggaagt ctatctggcg 1200
agccccgagg ttgcggcggc atctgctatc ctgggccgta ttgccggacc agaagaatta 1260
taa 1263
<210> 45
<211> 492
<212> DNA
<213> Eubacterium limosum
<400> 45
atgaaagcaa aaggaaaagt atttagatat ggcaacaatg ttgatacaga cgttattatt 60
cccgcaagat acctgaacac cagcgatcct ctggaattag cggagcattg tatggaggat 120
attgacaagg attttataaa acgcgtggag gacggcgata tcatcgtcgc tgatgataat 180
tttggctgcg gctcttcaag agagcatgcg cccattgcca tcaaagcctc aggtgtctcc 240
tgtgtaatcg ccaatagctt tgcgcgtatt ttttatcgca attccatcaa tatcgggctg 300
ccgattctgg aatgtccgga agcggtggca gcgattgaag caggcgacga agtagaagtg 360
gattttgact ctggcgttat cactgacgtg accaagggac agagcttcca gggacaggca 420
ttccctgaat ttatgcagaa gctgatcgca gcaggcggcc tggtaaatta cgtcaacgag 480
aatctcattt ag 492
<210> 46
<211> 1770
<212> DNA
<213> Macrococcus caseolyticus
<400> 46
atgtactata gtaatggaaa ctatgaagca tttgcaagac cgaagaagcc ggaaggggta 60
gataataagt ctgcatattt agttggttct ggtttagcgt cattagcagc ggcaagtttt 120
ttaatacgag atggtcaaat gaaaggtgaa aatattcata tattagaaga actcgatctc 180
cctggaggaa gcttggatgg aatattgaat cctgaacgtg gctatataat gcgtggcggt 240
cgtgagatgg agaatcattt tgaatgttta tgggatttat ttcgttcagt accatcattg 300
gaagtcgaag atgcttctgt tctggatgaa ttttactggt taaataaaga agatccaaac 360
tattcgaagt gccgcgtaat agaaaatcgt ggacaacgcc tagaatcaga tggaaaaatg 420
actctaacaa aaaaagcaaa taaagaaatt atccagctgt gcttaatgaa agaagaacag 480
ctgaatgatg tgaagatctc tgatgtcttc agtaaagact tcttagactc aaacttctgg 540
atctactgga aaacgatgtt tgcatttgaa ccttggcatt ctgctatgga gatgcgtcga 600
tatttaatgc gtttcatcca tcatattggt ggacttgcag acttttcagc tctaaaattt 660
acgaagttca atcagttcga atcacttgtt atgcctctga ttgagcatct taaagcgaag 720
aacgttacat ttgaatatgg tgtaactgtt aagaatatac aagttgaatg ttcaaaagag 780
tcaaaagttg caaaggcaat agacatcgtg cgcagaggta acgaggaatc aattccttta 840
actgaaaatg atttagtatt tgtaacaaat ggcagtatca ctgaaagtac tacttatgga 900
gataatgaca cacctgcacc gcctacatca aaacctggtg gcgcatggca actatgggaa 960
aacttaagta cgcaatgtga ggagtttggt aatccagcta aattctataa agatttacca 1020
gaaaaaagct ggttcgtgtc tgctacagca acaacaaata acaaagaagt tatagattat 1080
attcaaaaaa tttgtaaacg cgatccatta tcaggtcgta cagtaactgg cggtatcgtt 1140
actgtagatg attcaaattg gcagttaagc tttacgctaa atcgacaaca gcagtttaaa 1200
aatcaacctg atgatcaagt gagtgtatgg atttacgcac tttattcaga tgaacgtgga 1260
gaacgtacaa ataaaacaat tgttgagtgt tctggtaaag aaatttgtga agaatggctt 1320
tatcatatgg gtgttcctga agagaagatt tcagcactag cagcagaatg taatacaatt 1380
ccaagctata tgccgtacat taccgcttac tttatgccgc gtaaagaagg agatcgtcct 1440
ttagtagtac cacatggttc aaagaatatt gcatttatag gtaactttgc agaaacagaa 1500
agagataccg tatttacaac agaatattca gtaagaactg ctatggaagc ggtgtataaa 1560
cttctagaag tagaccgtgg agtgcctgaa gtattcgctt cagtatacga tgtgagaatt 1620
ttattacatg cgttatctgt actgaatgat ggcaagaaac tagatgaaat tgatatgcca 1680
ttctatgaaa gattggtaga aaaacgcttg ttgaagaaag catctggtac gttcattgaa 1740
gaactgttag aagaagcaaa tttgatataa 1770
<210> 47
<211> 831
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 47
atgagcaaat acgaaggccg ctggaccacc gtgaaggtcg aactggaagc gggcatcgcc 60
tgggtgaccc tcaatcgccc ggaaaaacgc aatgccatga gccccaccct gaaccgggaa 120
atggtcgacg tgctggaaac ccttgagcag gacgctgacg ctggcgtgct ggtattgacc 180
ggtgccggcg agtcctggac cgccggcatg gacctgaagg agtacttccg cgaggtggac 240
gccggcccgg aaatcctcca ggaaaagatt cgtcgcgaag cctcgcaatg gcaatggaag 300
ttgctgcgtc tgtatgccaa accgaccatc gccatggtca acggctggtg cttcggcggc 360
ggcttcagcc cactggtggc atgcgacctg gcgatctgcg ccaacgaagc gaccttcggc 420
ctgtcggaaa tcaactgggg catcccgcct ggtaacctgg tcagcaaggc catggccgat 480
accgttggcc atcgtcagtc gctgtactac atcatgaccg gcaagacctt cgatggtcgc 540
aaggctgccg agatgggcct ggtgaacgac agtgtgccgc tggccgagct gcgtgaaacc 600
acccgcgagt tggcgctgaa cctgctggaa aagaacccgg tggtgctgcg tgccgcgaag 660
aatggcttca agcgttgccg cgagctgacc tgggaacaga acgaggacta cctctacgcc 720
aagctcgacc agtcgcgcct gctggacact accggcggcc gcgagcaggg catgaagcag 780
ttcctcgacg acaagagcat caagccaggc ctgcaggcct acaagcgctg a 831
<210> 48
<211> 786
<212> DNA
<213> Clostridium acetobutylicum
<400> 48
atggaactaa acaatgtcat ccttgaaaag gaaggtaaag ttgctgtagt taccattaac 60
agacctaaag cattaaatgc gttaaatagt gatacactaa aagaaatgga ttatgttata 120
ggtgaaattg aaaatgatag cgaagtactt gcagtaattt taactggagc aggagaaaaa 180
tcatttgtag caggagcaga tatttctgag atgaaggaaa tgaataccat tgaaggtaga 240
aaattcggga tacttggaaa taaagtgttt agaagattag aacttcttga aaagcctgta 300
atagcagctg ttaatggttt tgctttagga ggcggatgcg aaatagctat gtcttgtgat 360
ataagaatag cttcaagcaa cgcaagattt ggtcaaccag aagtaggtct cggaataaca 420
cctggttttg gtggtacaca aagactttca agattagttg gaatgggcat ggcaaagcag 480
cttatattta ctgcacaaaa tataaaggca gatgaagcat taagaatcgg acttgtaaat 540
aaggtagtag aacctagtga attaatgaat acagcaaaag aaattgcaaa caaaattgtg 600
agcaatgctc cagtagctgt taagttaagc aaacaggcta ttaatagagg aatgcagtgt 660
gatattgata ctgctttagc atttgaatca gaagcatttg gagaatgctt ttcaacagag 720
gatcaaaagg atgcaatgac agctttcata gagaaaagaa aaattgaagg cttcaaaaat 780
agatag 786
<210> 49
<211> 792
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 49
atgactttcc agcacatcct gttttccatc gaggacggcg ttgccttcct ttcattgaac 60
cgccccgagc agctgaacag cttcaatacg gccatgcacc tggaggtgcg cgaagcgctc 120
agacaagtgc gccagagcag tgacgcgcgg gtgctgctgc tgacggctga aggccgcggc 180
ttctgcgccg gccaggacct gtccgaccgc aacgttgccc caggcgccga gatgccagac 240
ctgggccagt cgatcgacaa gttctacaac ccgctggtgc gcaccctgcg cgacctgcct 300
ttgccggtga tatgtgcggt caacggcgtg gcggccggtg ccggtgccaa cattcccttg 360
gcctgcgacc tggtgctggc cgcccgctcg gccagtttca tccaggcctt ctgcaagatc 420
ggcctggtgc cggactccgg cggtacttgg ctgctgccgc gcttggtcgg catggcccgg 480
gccaaggcgc tggccatgct gggcgagcgc cttggcgccg aacaggccga gcaatggggg 540
ctgatctacc gcgtggtgga tgatgcagcg ctgcgtgatg aagccctcac cctcgcccgc 600
cacctcgccg cccagcccac ctacggcctg acactgatca agcgcagcct caatgccagt 660
ttcgacaatg gttttgaggc gcagctggag ctggagcgcg acctgcagcg cctggcaggg 720
cgcagcgagg actaccgcga aggcgtgaac gccttcatga acaaacgcac gccagccttc 780
aaggggcgct ga 792
<210> 50
<211> 1164
<212> DNA
<213> Escherechia coli
<400> 50
atggaacagg ttgtcattgt cgatgcaatt cgcaccccga tgggccgttc gaagggcggt 60
gcttttcgta acgtgcgtgc agaagatctc tccgctcatt taatgcgtag cctgctggcg 120
cgtaacccgg cgctggaagc ggcggccctc gacgatattt actggggttg tgtgcagcag 180
acgctggagc agggttttaa tatcgcccgt aacgcggcgc tgctggcaga agtaccacac 240
tctgtcccgg cggttaccgt taatcgcttg tgtggttcat ccatgcaggc actgcatgac 300
gcagcacgaa tgatcatgac tggcgatgcg caggcatgtc tggttggcgg cgtggagcat 360
atgggccatg tgccgatgag tcacggcgtc gattttcacc ccggcctgag ccgcaatgtc 420
gccaaagcgg cgggcatgat gggcttaacg gcagaaatgc tggcgcgtat gcacggtatc 480
agccgtgaaa tgcaggatgc ctttgccgcg cggtcacacg cccgcgcctg ggccgccacg 540
cagtcggccg catttaaaaa tgaaatcatc ccgaccggtg gtcacgatgc cgacggcgtc 600
ctgaagcagt ttaattacga cgaagtgatt cgcccggaaa ccaccgtgga agccctcgcc 660
acgctgcgtc cggcgtttga tccagtaaac ggtatggtaa cggcgggcac atcttctgca 720
ctttccgatg gcgcagctgc catgctggtg atgagtgaaa gccgcgccca tgaattaggt 780
cttaagccgc gcgctcgtgt gcgttcgatg gcggtcgttg gttgtgaccc atcgattatg 840
ggttacggcc cggttccggc ctcgaaactg gcgctgaaaa aagcggggct ttctgccagc 900
gatatcggcg tgtttgaaat gaacgaagcc tttgccgcgc agatcctgcc atgtattaaa 960
gatctgggac taattgagca gattgacgag aagatcaacc tcaacggtgg cgcgatcgcg 1020
ctgggtcatc cgctgggttg ttccggtgcg cgtatcagca ccacgctgct gaatctgatg 1080
gaacgcaaag acgttcagtt tggtctggcg acgatgtgta tcggtctggg tcagggtatt 1140
gcgacggtgt ttgagcgggt ttaa 1164
<210> 51
<211> 2190
<212> DNA
<213> Escherechia coli
<400> 51
atgctttaca aaggcgacac cctgtacctt gactggctgg aagatggcat tgccgaactg 60
gtatttgatg ccccaggttc agttaataaa ctcgacactg cgaccgtcgc cagcctcggc 120
gaggccatcg gcgtgctgga acagcaatca gatctaaaag ggctgctgct gcgttcgaac 180
aaagcagcct ttatcgtcgg tgctgatatc accgaatttt tgtccctgtt cctcgttcct 240
gaagaacagt taagtcagtg gctgcacttt gccaatagcg tgtttaatcg cctggaagat 300
ctgccggtgc cgaccattgc tgccgtcaat ggctatgcgc tgggcggtgg ctgcgaatgc 360
gtgctggcga ccgattatcg tctggcgacg ccggatctgc gcatcggtct gccggaaacc 420
aaactgggca tcatgcctgg ctttggcggt tctgtacgta tgccacgtat gctgggcgct 480
gacagtgcgc tggaaatcat tgccgccggt aaagatgtcg gcgcggatca ggcgctgaaa 540
atcggtctgg tggatggcgt agtcaaagca gaaaaactgg ttgaaggcgc aaaggcggtt 600
ttacgccagg ccattaacgg cgacctcgac tggaaagcaa aacgtcagcc gaagctggaa 660
ccactaaaac tgagcaagat tgaagccacc atgagcttca ccatcgctaa agggatggtc 720
gcacaaacag cggggaaaca ttatccggcc cccatcaccg cagtaaaaac cattgaagct 780
gcggcccgtt ttggtcgtga agaagcctta aacctggaaa acaaaagttt tgtcccgctg 840
gcgcatacca acgaagcccg cgcactggtc ggcattttcc ttaacgatca atatgtaaaa 900
ggcaaagcga agaaactcac caaagacgtt gaaaccccga aacaggccgc ggtgctgggt 960
gcaggcatta tgggcggcgg catcgcttac cagtctgcgt ggaaaggcgt gccggttgtc 1020
atgaaagata tcaacgacaa gtcgttaacc ctcggcatga ccgaagccgc gaaactgctg 1080
aacaagcagc ttgagcgcgg caagatcgat ggtctgaaac tggctggcgt gatctccaca 1140
atccacccaa cgctcgacta cgccggattt gaccgcgtgg atattgtggt agaagcggtt 1200
gttgaaaacc cgaaagtgaa aaaagccgta ctggcagaaa ccgaacaaaa agtacgccag 1260
gataccgtgc tggcgtctaa cacttcaacc attcctatca gcgaactggc caacgcgctg 1320
gaacgcccgg aaaacttctg cgggatgcac ttctttaacc cggtccaccg aatgccgttg 1380
gtagaaatta ttcgcggcga gaaaagctcc gacgaaacca tcgcgaaagt tgtcgcctgg 1440
gcgagcaaga tgggcaagac gccgattgtg gttaacgact gccccggctt ctttgttaac 1500
cgcgtgctgt tcccgtattt cgccggtttc agccagctgc tgcgcgacgg cgcggatttc 1560
cgcaagatcg acaaagtgat ggaaaaacag tttggctggc cgatgggccc ggcatatctg 1620
ctggacgttg tgggcattga taccgcgcat cacgctcagg ctgtcatggc agcaggcttc 1680
ccgcagcgga tgcagaaaga ttaccgcgat gccatcgacg cgctgtttga tgccaaccgc 1740
tttggtcaga agaacggcct cggtttctgg cgttataaag aagacagcaa aggtaagccg 1800
aagaaagaag aagacgccgc cgttgaagac ctgctggcag aagtgagcca gccgaagcgc 1860
gatttcagcg aagaagagat tatcgcccgc atgatgatcc cgatggtcaa cgaagtggtg 1920
cgctgtctgg aggaaggcat tatcgccact ccggcggaag cggatatggc gctggtctac 1980
ggcctgggct tccctccgtt ccacggcggc gcgttccgct ggctggacac cctcggtagc 2040
gcaaaatacc tcgatatggc acagcaatat cagcacctcg gcccgctgta tgaagtgccg 2100
gaaggtctgc gtaataaagc gcgtcataac gaaccgtact atcctccggt tgagccagcc 2160
cgtccggttg gcgacctgaa aacggcttaa 2190
<210> 52
<211> 702
<212> DNA
<213> Escherechia coli
<400> 52
atgacaacct taagctgtaa agtgacctcg gtagaagcta tcacggatac cgtatatcgt 60
gtccgcatcg tgccagacgc ggccttttct tttcgtgctg gtcagtattt gatggtagtg 120
atggatgagc gcgacaaacg tccgttctca atggcttcga cgccggatga aaaagggttt 180
atcgagctgc atattggcgc ttctgaaatc aacctttacg cgaaagcagt catggaccgc 240
atcctcaaag atcatcaaat cgtggtcgac attccccacg gagaagcgtg gctgcgcgat 300
gatgaagagc gtccgatgat tttgattgcg ggcggcaccg ggttctctta tgcccgctcg 360
attttgctga cagcgttggc gcgtaaccca aaccgtgata tcaccattta ctggggcggg 420
cgtgaagagc agcatctgta tgatctctgc gagcttgagg cgctttcgtt gaagcatcct 480
ggtctgcaag tggtgccggt ggttgaacaa ccggaagcgg gctggcgtgg gcgtactggc 540
accgtgttaa cggcggtatt gcaggatcac ggtacgctgg cagagcatga tatctatatt 600
gccggacgtt ttgagatggc gaaaattgcc cgcgatctgt tttgcagtga gcgtaatgcg 660
cgggaagatc gcctgtttgg cgatgcgttt gcatttatct ga 702
<210> 53
<211> 2145
<212> DNA
<213> Escherechia coli
<400> 53
atggaaatga catcagcgtt tacccttaat gttcgtctgg acaacattgc cgttatcacc 60
atcgacgtac cgggtgagaa aatgaatacc ctgaaggcgg agtttgcctc gcaggtgcgc 120
gccattatta agcaactccg tgaaaacaaa gagttgcgag gcgtggtgtt tgtctccgct 180
aaaccggaca acttcattgc tggcgcagac atcaacatga tcggcaactg caaaacggcg 240
caagaagcgg aagctctggc gcggcagggc caacagttga tggcggagat tcatgctttg 300
cccattcagg ttatcgcggc tattcatggc gcttgcctgg gtggtgggct ggagttggcg 360
ctggcgtgcc acggtcgcgt ttgtactgac gatcctaaaa cggtgctcgg tttgcctgaa 420
gtacaacttg gattgttacc cggttcaggc ggcacccagc gtttaccgcg tctgataggc 480
gtcagcacag cattagagat gatcctcacc ggaaaacaac ttcgggcgaa acaggcatta 540
aagctggggc tggtggatga cgttgttccg cactccattc tgctggaagc cgctgttgag 600
ctggcaaaga aggagcgccc atcttcccgc cctctacctg tacgcgagcg tattctggcg 660
gggccgttag gtcgtgcgct gctgttcaaa atggtcggca agaaaacaga acacaaaact 720
caaggcaatt atccggcgac agaacgcatc ctggaggttg ttgaaacggg attagcgcag 780
ggcaccagca gcggttatga cgccgaagct cgggcgtttg gcgaactggc gatgacgcca 840
caatcgcagg cgctgcgtag tatctttttt gccagtacgg acgtgaagaa agatcccggc 900
agtgatgcgc cgcctgcgcc attaaacagc gtggggattt taggtggtgg cttgatgggc 960
ggcggtattg cttatgtcac tgcttgtaaa gcggggattc cggtcagaat taaagatatc 1020
aacccgcagg gcataaatca tgcgctgaag tacagttggg atcagctgga gggcaaagtt 1080
cgccgtcgtc atctcaaagc cagcgaacgt gacaaacagc tggcattaat ctccggaacg 1140
acggactatc gcggctttgc ccatcgcgat ctgattattg aagcggtgtt tgaaaatctc 1200
gaattgaaac aacagatggt ggcggaagtt gagcaaaatt gcgccgctca taccatcttt 1260
gcttcgaata cgtcatcttt accgattggt gatatcgccg ctcacgccac gcgacctgag 1320
caagttatcg gcctgcattt cttcagtccg gtggaaaaaa tgccgctggt ggagattatt 1380
cctcatgcgg ggacatcggc gcaaaccatc gctaccacag taaaactggc gaaaaaacag 1440
ggtaaaacgc caattgtcgt gcgtgacaaa gccggttttt acgtcaatcg catcttagcg 1500
ccttacatta atgaagctat ccgcatgttg acccaaggtg aacgggtaga gcacattgat 1560
gccgcgctag tgaaatttgg ttttccggta ggcccaatcc aacttttgga tgaggtagga 1620
atcgacaccg ggactaaaat tattcctgta ctggaagccg cttatggaga acgttttagc 1680
gcgcctgcaa atgttgtttc ttcaattttg aacgacgatc gcaaaggcag aaaaaatggc 1740
cggggtttct atctttatgg tcagaaaggg cgtaaaagca aaaaacaggt cgatcccgcc 1800
atttacccgc tgattggcac acaagggcag gggcgaatct ccgcaccgca ggttgctgaa 1860
cggtgtgtga tgttgatgct gaatgaagca gtacgttgtg ttgatgagca ggttatccgt 1920
agcgtgcgtg acggggatat tggcgcggta tttggcattg gttttccgcc atttctcggt 1980
ggaccgttcc gctatatcga ttctctcggc gcgggcgaag tggttgcaat aatgcaacga 2040
cttgccacgc agtatggttc ccgttttacc ccttgcgagc gtttggtcga gatgggcgcg 2100
cgtggggaaa gtttttggaa aacaactgca actgacctgc aataa 2145
<210> 54
<211> 720
<212> DNA
<213> Escherechia coli
<400> 54
atggtcatta aggcgcaaag cccggcgggt ttcgcggaag agtacattat tgaaagtatc 60
tggaataacc gcttccctcc cgggactatt ttgcccgcag aacgtgaact ttcagaatta 120
attggcgtaa cgcgtactac gttacgtgaa gtgttacagc gtctggcacg agatggctgg 180
ttgaccattc aacatggcaa gccgacgaag gtgaataatt tctgggaaac ttccggttta 240
aatatccttg aaacactggc gcgactggat cacgaaagtg tgccgcagct tattgataat 300
ttgctgtcgg tgcgtaccaa tatttccact atttttattc gcaccgcgtt tcgtcagcat 360
cccgataaag cgcaggaagt gctggctacc gctaatgaag tggccgatca cgccgatgcc 420
tttgccgagc tggattacaa catattccgc ggcctggcgt ttgcttccgg caacccgatt 480
tacggtctga ttcttaacgg gatgaaaggg ctgtatacgc gtattggtcg tcactatttc 540
gccaatccgg aagcgcgcag tctggcgctg ggcttctacc acaaactgtc ggcgttgtgc 600
agtgaaggcg cgcacgatca ggtgtacgaa acagtgcgtc gctatgggca tgagagtggc 660
gagatttggc accggatgca gaaaaatctg ccgggtgatt tagccattca ggggcgataa 720
<210> 55
<211> 1000
<212> DNA
<213> Castellaniella defragrans
<400> 55
atgcggttca cattgaagac gacggcgatt gtgtcggccg ccgccctgct ggccggtttc 60
gggccgccgc cccgcgcggc ggaactgccg ccggggcggc tcgccaccac cgaggactat 120
ttcgcgcagc aggcgaagca ggccgtcacc cccgacgtga tggcccagct ggcctacatg 180
aactacatcg atttcatctc gcccttctac agccggggct gctccttcga ggcctgggag 240
ctcaagcaca cgccgcagcg ggtcatcaag tattcgatcg ccttctatgc gtatggcctg 300
gccagcgtgg cgctcatcga cccgaagctg cgtgcgctcg ccggccatga cctggacatc 360
gcggtctcca agatgaagtg caagcgggtc tggggcgact gggaggaaga cgggttcggc 420
accgacccga tcgagaaaga gaacatcatg tacaagggcc acctgaacct gatgtacggc 480
ctctatcagc tggtgaccgg cagccgccgg tacgaagccg agcatgccca cctcacccgc 540
atcatccatg acgagatcgc ggccaacccc tttgccggca tcgtctgcga gccggacaat 600
tattttgtcc agtgcaattc ggtcgcctac ctgagcctgt gggtctatga ccggctgcat 660
ggcaccgact accgggcggc caccagggcc tggctggatt tcatccagaa ggacctgatc 720
gatcccgagc ggggcgcctt ctacctgtcc tatcaccccg agtccggcgc ggtgaagccg 780
tggatctcgg cgtatacgac agcctggacg ctcgccatgg tgcacggcat ggaccccgcc 840
ttttccgagc gctactaccc ccggttcaag cagaccttcg tcgaggtcta cgacgagggc 900
cgcaaggccc gggtgcgcga gacggccggc acggacgacg cggatggcgg ggtgggcctg 960
gcttcggcgt tcaccctgct gctggcccgc gagatgggcg 1000
<210> 56
<211> 1000
<212> DNA
<213> Castellaniella defragrans
<400> 56
atgcggttca cattgaagac gacggcgatt gtgtcggccg ccgccctgct ggccggtttc 60
gggccgccgc cccgcgcggc ggaactgccg ccggggcggc tcgccaccac cgaggactat 120
ttcgcgcagc aggcgaagca ggccgtcacc cccgacgtga tggcccagct ggcctacatg 180
aactacatcg atttcatctc gcccttctac agccggggct gctccttcga ggcctgggag 240
ctcaagcaca cgccgcagcg ggtcatcaag tattcgatcg ccttctatgc gtatggcctg 300
gccagcgtgg cgctcatcga cccgaagctg cgtgcgctcg ccggccatga cctggacatc 360
gcggtctcca agatgaagtg caagcgggtc tggggcgact gggaggaaga cgggttcggc 420
accgacccga tcgagaaaga gaacatcatg tacaagggcc acctgaacct gatgtacggc 480
ctctatcagc tggtgaccgg cagccgccgg tacgaagccg agcatgccca cctcacccgc 540
atcatccatg acgagatcgc ggccaacccc tttgccggca tcgtctgcga gccggacaat 600
tattttgtcc agtgcaattc ggtcgcctac ctgagcctgt gggtctatga ccggctgcat 660
ggcaccgact accgggcggc caccagggcc tggctggatt tcatccagaa ggacctgatc 720
gatcccgagc ggggcgcctt ctacctgtcc tatcaccccg agtccggcgc ggtgaagccg 780
tggatctcgg cgtatacgac agcctggacg ctcgccatgg tgcacggcat ggaccccgcc 840
ttttccgagc gctactaccc ccggttcaag cagaccttcg tcgaggtcta cgacgagggc 900
cgcaaggccc gggtgcgcga gacggccggc acggacgacg cggatggcgg ggtgggcctg 960
gcttcggcgt tcaccctgct gctggcccgc gagatgggcg 1000
<210> 57
<211> 1392
<212> DNA
<213> Sulfolobus solfataricus
<400> 57
atgagatcaa aagaagattt cctaaagtcc ttaaaagatg gaagaaattt gtattatagg 60
gggaagttag tagaagatat aacaacacat cagatcttaa agacagccgc attgcacgca 120
gctaagttat atgaatacgc tgatagagtc tatgaggata ataaaatggg aaaaatgagc 180
aagttcttta aggtaccttg gacatctcaa gatttgctag atagacataa actaatttac 240
gatttaacga tgtattgtaa tggggtattt aacatttcac aagcaatagg aagtgatgcg 300
atctttgccc ttatgatcac ggcaaaacaa gttgatagaa aatacggaac tgattactca 360
aaacgtgttg aaaaatattt tgagagagtt gctaaagaag atttaacgtt agccactgcc 420
cagactgacg ttaagggaga tcgaagtaag aggccttctg aacaagttga tccagatatg 480
tatgttagag tagttgatgt gaaaagcgat ggaatagttg ttagaggagc aaaggctcat 540
acaactcaat ctgcggtatc tgatgagatt attgtcatac caaccagagt aatgagggat 600
agcgataaag attacgcagt agcctttgcg gttccagcta atactaaagg tttgaagatg 660
tatattagac caattgatga aattgagggc aattcctcct cagtactcag tagaaaagat 720
tatgagctag aaacattaac cgtcttcaac gacgttttcg ttccttggga tagggtattt 780
ttatttaagg aatacgacta cgctggaaca ttggctatgc tatttgcaac cttccatagg 840
tttactgcat tatcgtatag gtcagcgacc atgaatctat atttgggagc atctaaagtg 900
gcatctcaag taaatggcat tgagaatgaa aagcatgtga gagatgatat agttgatata 960
attctctaca aggaaattat gaggagtagc gcgatagctg cggctgtgta tccagtaaac 1020
atggagggta tagctgtgcc caacccgctt tttactaatg ttggtaaatt atactccaat 1080
atgcatttcc atgatgttgt aagagattta attgacattg ctggggggat aatagctact 1140
atgccctctc aagaagattt ggaaagtgat gaaggaaaga atattgttaa atatttaagg 1200
ggctcagttg atggagagga aagagcaaaa gtgttaaaac tagctaagga attaggggct 1260
agtacgttta ctggctattt gctaactggt atgatacatg cggaaggttc tatggaagct 1320
agcaaaatag agctattcag aagttataat tttaaggagg ccgagaactt agttaaaagg 1380
gtattaagct ag 1392
<210> 58
<211> 1206
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 58
atgcgtgaag cctttatttg tgacggaatt cgtacgccaa ttggtcgcta cggcggggca 60
ttatcaagtg ttcgggctga tgatctggct gctatccctt tgcgggaact gctggtgcga 120
aacccgcgtc tcgatgcgga gtgtatcgat gatgtgatcc tcggctgtgc taatcaggcg 180
ggagaagata accgtaacgt agcccggatg gcgactttac tggcggggct gccgcagagt 240
gtttccggca caaccattaa ccgcttgtgt ggttccgggc tggacgcact ggggtttgcc 300
gcacgggcga ttaaagcggg cgatggcgat ttgctgatcg ccggtggcgt ggagtcaatg 360
tcacgggcac cgtttgttat gggcaaggca gccagtgcat tttctcgtca ggctgagatg 420
ttcgatacca ctattggctg gcgatttgtg aacccgctca tggctcagca atttggaact 480
gacagcatgc cggaaacggc agagaatgta gctgaactgt taaaaatctc acgagaagat 540
caagatagtt ttgcgctacg cagtcagcaa cgtacggcaa aagcgcaatc ctcaggcatt 600
ctggctgagg agattgttcc ggttgtgttg aaaaacaaga aaggtgttgt aacagaaata 660
caacatgatg agcatctgcg cccggaaacg acgctggaac agttacgtgg gttaaaagca 720
ccatttcgtg ccaatggggt gattaccgca ggcaatgctt ccggggtgaa tgacggagcc 780
gctgcgttga ttattgccag tgaacagatg gcagcagcgc aaggactgac accgcgggcg 840
cgtatcgtag ccatggcaac cgccggggtg gaaccgcgcc tgatggggct tggtccggtg 900
cctgcaactc gccgggtgct ggaacgcgca gggctgagta ttcacgatat ggacgtgatt 960
gaactgaacg aagcgttcgc ggcccaggcg ttgggtgtac tacgcgaatt ggggctgcct 1020
gatgatgccc cacatgttaa ccccaacgga ggcgctatcg ccttaggcca tccgttggga 1080
atgagtggtg cccgcctggc actggctgcc agccatgagc tgcatcggcg taacggtcgt 1140
tacgcattgt gcaccatgtg catcggtgtc ggtcagggca tcgccatgat tctggagcgt 1200
gtttga 1206
<210> 59
<211> 1221
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 59
atgaatgaac cgacccacgc cgatgccttg atcatcgacg ccgtgcgcac gcccattggc 60
cgctatgccg gggccctgag cagcgtgcgc gccgacgacc tggcggccat cccgctcaaa 120
gccttgatcc agcgtcaccc cgaactggac tggaaagcca ttgatgacgt tatcttcggc 180
tgtgccaacc aggctggcga agacaaccgc aacgtggccc acatggcgag cctgctggcc 240
gggctgccac tcgaagtacc agggaccacg atcaaccgcc tgtgcggttc cggtctggat 300
gccatcggta atgcggcacg tgccctgcgc tgcggtgaag cggggctcat gctggccggt 360
ggtgtggagt ccatgtcgcg tgcaccgttt gtgatgggta agtcggagca ggcattcggg 420
cgtgcggccg agctgttcga caccaccatc ggctggcgtt tcgtcaaccc gctgatgaag 480
gccgcctacg gcatcgattc gatgccggaa acggctgaaa acgtggccga acagttcggc 540
atctcgcgcg ccgaccagga tgcctttgcc ctgcgcagcc agcacaaagc cgcagcagct 600
caggcccgcg gccgcctggc gcgggaaatc gtgccggtcg aaatcccgca acgcaaaggc 660
ccagccaaag tggtcgagca tgacgagcac ccgcgcggcg acacgaccct ggagcagctg 720
gctcggctcg ggacgccgtt tcgtgaaggc ggcagcgtaa cggcgggtaa tgcctccggc 780
gtgaatgacg gcgcttgcgc cctgctgctg gccagcagcg ccgcggcccg ccgccatggg 840
ttgaaggccc gcggccgcat cgtcggcatg gcggtggccg gggttgagcc caggctgatg 900
ggcattggtc cggtgcctgc gacccgcaag gtgctggcgc tcaccggcct ggcactggct 960
gacctggatg tcatcgaact caatgaggcc tttgccgccc aagggctggc cgtgttgcgc 1020
gagctgggcc tggccgacga cgacccgcga gtcaaccgca acggcggcgc catcgccctg 1080
ggccatcccc tgggcatgag cggtgcccgg ttggtgacca ctgccttgca cgagcttgaa 1140
gaaacggccg gccgctacgc cctgtgcacc atgtgcatcg gcgtaggcca aggcattgcc 1200
atgatcatcg agcgcctctg a 1221
<210> 60
<211> 1203
<212> DNA
<213> Pseudomonas putida
<400> 60
atgcacgacg tattcatctg tgacgccatc cgtaccccga tcggccgctt cggcggcgcc 60
ctggccagcg tgcgggccga cgacctggcc gccgtgccgc tgaaggcgct gatcgagcgc 120
aaccctggcg tgcagtggga ccaggtagac gaagtgttct tcggctgcgc caaccaggcc 180
ggtgaagaca accgcaacgt ggcccgcatg gcactgctgc tggccggcct gccggaaagc 240
atcccgggcg tcaccctgaa ccgtctgtgc gcgtcgggca tggatgccgt cggcaccgcg 300
ttccgcgcca tcgccagcgg cgagatggag ctggtgattg ccggtggcgt cgagtcgatg 360
tcgcgcgccc cgttcgtcat gggcaaggct gaaagcgcct attcgcgcaa catgaagctg 420
gaagacacca ccattggctg gcgtttcatc aacccgctga tgaagagcca gtacggtgtg 480
gattccatgc cggaaaccgc cgacaacgtg gccgacgact atcaggtttc gcgtgctgat 540
caggacgctt tcgccctgcg cagccagcag aaggctgccg ctgcgcaggc tgccggcttc 600
tttgccgaag aaatcgtgcc ggtgcgtatc gctcacaaga agggcgaaat catcgtcgaa 660
cgtgacgaac acctgcgccc ggaaaccacg ctggaggcgc tgaccaagct caaaccggtc 720
aacggcccgg acaagacggt caccgccggc aacgcctcgg gcgtgaacga cggtgctgcg 780
gcgatgatcc tggcctcggc cgcagcggtg aagaaacacg gcctgactcc gcgtgcccgc 840
gttctgggca tggccagcgg cggcgttgcg ccacgtgtca tgggcattgg cccggtgccg 900
gcggtgcgca aactgaccga gcgtctgggg atagcggtaa gtgatttcga cgtgatcgag 960
cttaacgaag cgtttgccag ccaaggcctg gcggtgctgc gtgagctggg tgtggctgac 1020
gatgcgcccc aggtaaaccc taatggcggt gccattgccc tgggccaccc cctgggcatg 1080
agcggtgcac gcctggtact gactgcgttg caccagctgg agaagagtgg cggtcgcaag 1140
ggcctggcga ccatgtgtgt gggtgtcggc caaggtctgg cgttggccat cgagcgggtt 1200
tga 1203
<210> 61
<211> 1212
<212> DNA
<213> Acinetobacter calcoaceticus
<400> 61
atgacattaa aaaacgctta tatcatcgat gccatccgta ctccattcgg tcgttatgcc 60
ggtggccttg cacctgtccg tgcagatgac cttggtgctg tgccgattaa agccctcatg 120
caacgtaacc caagtgtaga ttgggaacag gtcgatgatg tgatctatgg ctgtgccaac 180
caagccggtg aagataaccg taatgtcggt cgtatgtcag cacttcttgc aggtttacca 240
tatcaggtac cggcaaccac tattaaccgt ttatgcggtt cttcactcga tgccattgcc 300
attgcagccc gtgctattaa agcaggtgaa gcgaacttgg tgattgcagg tggtgtagaa 360
agcatgagcc gtgcgcctta tgtaatgggt aagtcagaca gtgcttttgg ccgtagccag 420
aagattgaag acaccaccat gggctggcgt tttattaacc caaaacttaa agaattgtat 480
ggtgtagaca ccatgcccca gactgccgaa aacgtggctg aacagtttaa cgtcaatcgt 540
gcagatcagg accagtttgc cttggtgagc caacaacgca ccgcaagcgc gcaagccaaa 600
ggcttttttt ctaaagaaat cgtggcagtt gaaatccctc agcgtaaggg tgatgctgtt 660
gtgattgata ctgatgaaca tccacgtgca tcaaccaccc ttgaaggttt aagcaaactt 720
aaatctgtgg ttaaagcaga tggcacagta acagcaggca atgcttcagg tattaatgat 780
ggtgcagcag ctctactgat tgcttctgat gaagcagttc aggcatacaa cctaaaaccc 840
cgcgccaaga ttattgcttc aacagcggtg ggtgtagaac cacggattat gggctttgct 900
ccagcaccag ccattaaaaa attacttaaa caagctaacc tgactttaga tcagatggat 960
gtaattgagc tcaatgaagc ttttgctgct caggctttgg cagtgacccg tgatttaggt 1020
ttgccagatg attctcacaa ggtaaaccca aatggtggtg ccattgcttt gggtcatcca 1080
cttggtgctt caggtgcacg catcgtgact acagccttga accagcttga acaaacaggt 1140
ggtcgctacg ctttgtgttc aatgtgtatt ggggtgggcc aaggcatcgc attgattatt 1200
gagagagtct aa 1212
<210> 62
<211> 1164
<212> DNA
<213> Aeromonas hydrophila
<400> 62
atgaaagacg tagtcattgt cgactgtatc cggaccccga tgggccggtc caagggcggc 60
gccttccgca acgtgcgtgc agaagacttg tccgcgcacc tgatgaaatc catcctgctg 120
cgcaacccca acctcgaccc gaacgagatc gaggatatct actggggctg cgtgcagcag 180
accctggagc agggcttcaa catcgcccgc aacgcagcct tgctggccgg cattcccaag 240
caggtggggg cggtcaccgt caaccgcctg tgcggctcca gcatgcaggc gctgcacgat 300
gcctcccgcg ccattcaggt aggtgatggg gatatcttca tcatcggcgg tgtcgagcac 360
atgggccacg tgccgatgag ccacggggtg gacttccacc ccggcatggc caagtcggtg 420
gcgaaagcct ccggcatgat ggggctgacc gccgagatgc tcggcaagct gcacggcatc 480
agtcgtcagc agcaggacga gtttgccgcc cgctcccatc gtcgcgctca cgccgccacc 540
gtggaaggac gtttcgccaa ggagatcgtc gggctggaag gccatgacgc cagcggcgcc 600
cgcttcttct acgactacga cgaggtgatc cgccccgaga ccacggtgga aaccctgagc 660
cagctgcgcc cggtgttcga cccggtcaac ggcaccgtca ccgccggcac ctcgtcggcc 720
ctgtccgatg gcgccgccgc catgctggtg atgagtgcgg accgcgccaa ggcgctcggc 780
ctcaccccgc gcgccaagat acgtgccatg gccgtcgccg gctgcgatgc cgccatcatg 840
ggttacggcc cggtaccggc cacccagaag gcgctcaagc gggccggcct gaccatcggc 900
gacatcgacc tgttcgagct gaacgaggcg tttgccgccc agtccctgcc ttgcgtgaag 960
gatctgggtc tgcaagacgt ggtggatgag aaggtgaacc tgaacggcgg cgccatcgcc 1020
ctgggtcacc cgctcggctg ctccggcgcc cgcatctcca ccaccctgct caacctgatg 1080
gaagagaagg acgccaccct gggggttgcc accatgtgca tcggcctggg tcagggcatc 1140
gccaccgtgt tcgaacgagt gtaa 1164
<210> 63
<211> 1005
<212> DNA
<213> Aeromonas salmonicida
<400> 63
atggatattg tgattgttgc ggccaagcgt acccccatgg gggccttcca gggagccttg 60
gccaacctga ctgcccccga gcttggcgct tgcgccattg ctgccgccat agcacaagcc 120
gggctcaagg gggagcagat cgatgaagcc tacatgggca atgtgctcag tgccggggtg 180
gggcaggcac ccgcccgtca ggctgtgttg aaggcaggtt tgccggagag tgtgccatgc 240
accactgtca acaaggtgtg tggttccggc atgaaggcgg tgatgctggc ggcagacagc 300
ttgcgtctgg gtgacaccga catagtgatc gccggtggca tggagagcat gagccgggcg 360
ccttacctgc tcgacaaggc gcgcagcggt tttcgcatgg ggcatcagag cgtgctggat 420
catatgttcc tcgatggctt gcaggatgct tacgaaggcc agttgatggg gcattatgcc 480
cagttgagtg cggatcgcgc cggtctggcc cgctccgaca tggacgcttt tgccatcgct 540
tccctgacgc gtgcgctggc tgcccagcag agcggtgctt tcaaggccga gctggcccag 600
gttactgtcg gtgacaccct gctgctcgcc gaggatgagc agcctgccaa ggccaggccc 660
gacaagatcc ctcatctgaa accggcattc agcaagcagg gcaccataac ggctgccaat 720
gccagctcca tctcggacgg agcggcggcg ctcatcctga tgcgagccga gacggcggcg 780
cagctgggcc tgcctgtgct ggccatggcg ggttgcaacc tgcctcatga caaggtgaac 840
gtgaacggcg gggcctgcgc actggggcat ccactggggg cgagtggtgc ccgtattctg 900
gttacgctca ttcatgcact gcatgcgcgc agtctgaaac ggggtgtggc aagcctgtgt 960
atcggtggag gggaggcgac tgccgtcgcc atcgagttga gctaa 1005
<210> 64
<211> 1206
<212> DNA
<213> Pseudomonas aeroginosa
<400> 64
atgagccgcg aggtattcat ctgcgatgcc gtgcgcacgc cgatcggccg tttcggcggc 60
agtctttccg cggtgcgcgc cgacgacctc gcggcggtgc cgctgaaggc cctggtcgag 120
cgcaacccgg gggtcgactg gtcggcgctg gacgaggtgt tcctcggctg cgccaaccag 180
gccggcgagg acaaccgtaa cgtggcgcgc atggcgctgc tgctggccgg tttgccggag 240
agcgtgcccg gcgtcaccct caaccgcctc tgcgcctcgg ggatggacgc catcggcacg 300
gcgttccgcg ccatcgcctg cggcgagatg gagctggcca tcgccggcgg cgtcgagtcg 360
atgtcgcgcg cgccgtacgt gatgggcaag gccgatagcg ccttcgggcg cggccagaag 420
atcgaggaca ccaccatcgg ctggcgcttc gtcaacccgc tgatgaagga gcagtacggc 480
atcgacccga tgccgcagac cgccgacaac gtcgccgacg actatcgcgt gtcgcgtgcc 540
gaccaggatg ccttcgccct gcgcagccag cagcgcgccg gcagggcgca ggcggccggt 600
ttcttcgccg aggaaatcgt cccggtgacg attcgcgggc gcaagggcga caccctggtc 660
gagtacgacg agcatccgcg tcccgacacc accctggagg cgctggcccg gctcaagccg 720
gtcaacgggc cggagaagac cgtcaccgcc ggcaacgcgt ccggggtcaa cgacggcgcc 780
gccgcgctgg tcctggcctc cgccgaggca gtggagaagc acggcctgac tccgcgcgcg 840
cgggtgctgg gcatggccag cgccggcgtc gccccacgga tcatgggcat cggcccggtg 900
ccggcggtgc gcaagctgct gcggcgcctg gacctggcga tcgacgcctt cgacgtgatc 960
gaactcaacg aagccttcgc cagccagggc ctggcctgcc tgcgcgaact gggcgtggcc 1020
gacgacagtg agaaggtcaa cccgaacggc ggtgccatcg ccctcggcca cccgctgggg 1080
atgagcggtg cgcggctggt cctcaccgcg ctccatcaac ttgagaagag cggcggccgg 1140
cgcggcctgg cgaccatgtg cgtaggcgtc ggccaaggcc tggcgctggc catcgagcgg 1200
gtctga 1206
<210> 65
<211> 1185
<212> DNA
<213> Ralstonia eutropha
<400> 65
atgacgcgtg aagtggtagt ggtaagcggt gtccgtaccg cgatcgggac ctttggcggc 60
agcctgaagg atgtggcacc ggcggagctg ggcgcactgg tggtgcgcga ggcgctggcg 120
cgcgcgcagg tgtcgggcga cgatgtcggc cacgtggtat tcggcaacgt gatccagacc 180
gagccgcgcg acatgtatct gggccgcgtc gcggccgtca acggcggggt gacgatcaac 240
gcccccgcgc tgaccgtgaa ccgcctgtgc ggctcgggcc tgcaggccat tgtcagcgcc 300
gcgcagacca tcctgctggg cgataccgac gtcgccatcg gcggcggcgc ggaaagcatg 360
agccgcgcac cgtacctggc gccggcagcg cgctggggcg cacgcatggg cgacgccggc 420
ctggtcgaca tgatgctggg tgcgctgcac gatcccttcc atcgcatcca catgggcgtg 480
accgccgaga atgtcgccaa ggaatacgac atctcgcgcg cgcagcagga cgaggccgcg 540
ctggaatcgc accgccgcgc ttcggcagcg atcaaggccg gctacttcaa ggaccagatc 600
gtcccggtgg tgagcaaggg ccgcaagggc gacgtgacct tcgacaccga cgagcacgtg 660
cgccatgacg ccaccatcga cgacatgacc aagctcaggc cggtcttcgt caaggaaaac 720
ggcacggtca cggccggcaa tgcctcgggc ctgaacgacg ccgccgccgc ggtggtgatg 780
atggagcgcg ccgaagccga gcgccgcggc ctgaagccgc tggcccgcct ggtgtcgtac 840
ggccatgccg gcgtggaccc gaaggccatg ggcatcggcc cggtgccggc gacgaagatc 900
gcgctggagc gcgccggcct gcaggtgtcg gacctggacg tgatcgaagc caacgaagcc 960
tttgccgcac aggcgtgcgc cgtgaccaag gcgctcggtc tggacccggc caaggttaac 1020
ccgaacggct cgggcatctc gctgggccac ccgatcggcg ccaccggtgc cctgatcacg 1080
gtgaaggcgc tgcatgagct gaaccgcgtg cagggccgct acgcgctggt gacgatgtgc 1140
atcggcggcg ggcagggcat tgccgccatc ttcgagcgta tctga 1185
<210> 66
<211> 1188
<212> DNA
<213> Rhodopseudomonas palustris
<400> 66
atgaccgagg ccgttatcgt ttcaaccgcg cgcacgccga tcggcaaggc gtatcgcggc 60
gccctcaacg ccaccgaggg tgccacactg ctcggccacg ccatcgagca cgcggtgaag 120
cgcgccggta tcgacccgaa ggaggtcgag gacgtggtga tgggcgcggc gatgcagcag 180
ggcgccaccg gcggcaacat cgcccgcaag gcgctgctgc gcgccggcct gccggtgact 240
accgccggca ccaccatcga tcggcagtgc gcctccggcc tgcaggcgat cgcgctcgcc 300
gctcgctcgg tgctgttcga cggcgtcgag atcgcggtcg gcggtggcgg cgagtcgatc 360
tcgctcgtcc agaacgacaa gatgaacacc ttccacgccg tcgatccggc gctcgaggcg 420
atcaagggcg acgtctacat ggcgatgctc gacaccgccg aaaccgtggc gaagcgctac 480
ggcatctcgc gcgagcgcca ggacgagtat tcgctggaaa gccagcgccg caccgcggct 540
gcgcagcagg gcggcaagtt caacgacgag atcgcgccga tctcgaccaa gatgggcgtc 600
gtcgacaagg ccaccggcgc ggtgtcgttc aaggatatca cgctgtcgca ggacgaaggc 660
ccgcggccgg aaaccaccgc tgaaggtctc gccggtctta aggccgtgcg tggtgaaggc 720
ttcaccatca ctgccggcaa tgccagccag ctgtcggacg gcgcctcggc cacggtgatc 780
atgagcgaca agacggcggc cgcgaagggc ctcaagccgc tcggcatctt ccgcggcatg 840
gtctcctacg gctgcgagcc ggacgagatg ggcatcggcc cggtgttcgc ggtgccgcgc 900
ctgttgaagc gccatggtct cagcgtcgac gacatcggtc tgtgggagct gaacgaagcc 960
ttcgccgtgc aggtgctgta ctgccgcgac aagctcggca tcgatccgga gaagctcaat 1020
gtcaacggcg gcgcgatctc ggtcggccac ccctacggca tgtcgggtgc acgcctcgcc 1080
ggccacgcgc tgatcgaagg ccgtcgccgc aaggcgaagt acgcggtggt cacgatgtgc 1140
gtcggcggcg gcatgggctc cgccggcctg ttcgagatcg tgcactga 1188
<210> 67
<211> 1293
<212> DNA
<213> Syntrophus aciditrophicus
<400> 67
atgaaagatg tcgtcatcgt aagcggcgcc agaaccgccg tgggtgcttt tggcggatcg 60
ctgaaaggcg tgagagttac ggatttggga gcgctggtca tcaaagaggc catcaagaga 120
gcggggctgc ggccggccat cagtgaagaa gtgaaaggct gccgttgcga taccttcgga 180
gaattcgaca agaccgaaat caacaagaaa tattatgatt acgatgaatc cctgaccccc 240
gtttatttcg acgagtgcat catggggaac tgcctgatcg ccggcctggg acagaatccc 300
ggccgtcagt ccagcatcta tgccggtctg cccgaagaaa cgaacaccat cacagtgaac 360
aaggtctgcg catccggcat gaaagccatc accctggccg cccagatcat caaagccggc 420
gatgccgaca tcatggtggc cggcggcatg gaaaacatga gcaatgtacc ctacgccctg 480
cccgacgccc gctggggata ccggatgaac atgcctacgg gttccatcat cgacctcatg 540
gttcatgatg gtctctggga aatcttcaac ggctatcaca tgggattcac ggcggaaaat 600
atcgcctccc gttatggaat cagccgtcag gcccaggacg agctggccct catgagccat 660
cagcgcgccc gtgcggccat cgccagcggc gccgtcgccg atgaaatcat ccccgttccg 720
ctgcccgtga agaaaggcgc ggctccgcag tttttctccg tcgacgagcg tcccatggac 780
accagcctgg aaaagatggc gaagctggcc ccagtcttca agaaggacgg aaccgtcacg 840
gcggccaacg cctcgggtat caatgacggt gcggcggctg tcgtcgtgat gagcgccgac 900
aaggcaaagg aactgggcct caaaccgctg gcgaagatcc tcggctatgc ctccggcggc 960
gtcgatccgg catacatggg tctgggtccg attccggcaa cccgcaaggt cttcaagaaa 1020
ctcggcctga ccatgaagga catggacatc gtggaactga acgaggcctt tgcatcccag 1080
gccctgggct gcgtccagga aatgggtgtg gatctggaca aaaccaatct caacggcagc 1140
gggatctcca tcggtcaccc cgtcggctgc accggcgccc ggatcaccta cagcttggcc 1200
atgcagctgc agaagaagaa cgcgcacctc ggactcgcca cgctgtgtat cggtggcgga 1260
caggggatgg ccattgtcct ggaaagagtg taa 1293
<210> 68
<211> 1209
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 68
atgcgcagag ctgcaatcgt cactcccctc cgcacgcccg tcggcacctt cggcggcagc 60
ctgcgcccgg tgcccgtgga ggagctggcc gccaccgccg tgcgcgccgt ggtggaacgc 120
agcggcatcg atcccgcgcg tatcgatgac gtggtctttg cccagtccta cgccaacagc 180
gaagtgccct gcgtcggccg ctgggccgcg ctgcaggccg gcctgccggt cgaagtgccg 240
ggcatgcagc tggaccgccg ctgcggcggc ggcctgcagg ccatcgtcac ggcctcgatg 300
atggtgcaaa gcggcgccgc cgacgtggtg atcgcgggcg gcgtcgagag catgagcaat 360
atcgagtact acaccaccga catgcgctgg ggcgcgcgct cgggcaatgt gcgcttcttc 420
gaccgcctcg accgcggccg tgaacgctcc cagccggtcg agcgcttcgg caagatctcc 480
gggatgatcg agacggccga gaacctggcg cgcgactacg gcatcagccg cgaagcggcc 540
gatgtcttcg ccgcccgcag ccacgcacgc gccgcggcag cctgggaggc cggccgcttc 600
gatgccgagg tcgtccccgt gcaggtgccc cagcgcaagg gcgatccggt gcggttcgcg 660
cgcgacgaag gtttccgccc ggaaaccacg cgtgaaagcc tgggcaagct gcgcacgctg 720
atgccgaacg gtaccgtcac cgccggcaac gccagccagc agaacgacgc ctcggccgcg 780
tgcctgatcg tggccgaaga caagctggcc gaattgggcc tcacccccat ggcctcgctg 840
gtgggctggg cggcggctgg ctgcgagccc tcgcacatgg gcatcggccc ggtgcccgcg 900
gtgaagaagc tgctggcgcg cctgaacctg acgctggacc ggatggacct ggtcgagctg 960
aacgaagcct tcgcctgcca ggtgctggcc gtgctcaagg gctgggaatg gcatgaccag 1020
gacgcgatcg agcagaagct caacgtgaac ggctcgggca tctcgcttgg ccatccgatc 1080
ggcgccaccg gcgtgcgcat cctggccacg ctgctgcacg aactgcagcg ccgcggcggc 1140
cgctatggcc tggaaaccat gtgcatcggc ggcggccagg gtattgccgc ggtcttcgaa 1200
cgctactga 1209
<210> 69
<211> 1185
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 69
atgaaaaatt gtgtcatcgt cagtgcggta cgtactgcta tcggtagttt taacggttca 60
ctcgcttcca ccagcgccat cgacctgggg gcgacagtaa ttaaagccgc cattgaacgt 120
gcaaaaatcg attcacaaca cgttgatgaa gtgattatgg gtaacgtgtt acaagccggg 180
ctggggcaaa atccggcgcg tcaggcactg ttaaaaagcg ggctggcaga aacggtgtgc 240
ggattcacgg tcaataaagt atgtggttcg ggtcttaaaa gtgtggcgct tgccgcccag 300
gccattcagg caggtcaggc gcagagcatt gtggcggggg gtatggaaaa tatgagttta 360
gccccctact tactcgatgc aaaagcacgc tctggttatc gtcttggaga cggacaggtt 420
tatgacgtaa tcctgcgcga tggcctgatg tgcgccaccc atggttatca tatggggatt 480
accgccgaaa acgtggctaa agagtacgga attacccgtg aaatgcagga tgaactggcg 540
ctacattcac agcgtaaagc ggcagccgca attgagtccg gtgcttttac agccgaaatc 600
gtcccggtaa atgttgtcac tcgaaagaaa accttcgtct tcagtcaaga cgaattcccg 660
aaagcgaatt caacggctga agcgttaggt gcattgcgcc cggccttcga taaagcagga 720
acagtcaccg ctgggaacgc gtctggtatt aacgacggtg ctgccgctct ggtgattatg 780
gaagaatctg cggcgctggc agcaggcctt acccccctgg ctcgcattaa aagttatgcc 840
agcggtggcg tgccccccgc attgatgggt atggggccag tacctgccac gcaaaaagcg 900
ttacaactgg cggggctgca actggcggat attgatctca ttgaggctaa tgaagcattt 960
gctgcacagt tccttgccgt tgggaaaaac ctgggctttg attctgagaa agtgaatgtc 1020
aacggcgggg ccatcgcgct cgggcatcct atcggtgcca gtggtgctcg tattctggtc 1080
acactattac atgccatgca ggcacgcgat aaaacgctgg ggctggcaac actgtgcatt 1140
ggcggcggtc agggaattgc gatggtgatt gaacggttga attaa 1185
<210> 70
<211> 1179
<212> DNA
<213> Clostridium acetobutylicum
<400> 70
atgaaagaag ttgtaatagc tagtgcagta agaacagcga ttggatctta tggaaagtct 60
cttaaggatg taccagcagt agatttagga gctacagcta taaaggaagc agttaaaaaa 120
gcaggaataa aaccagagga tgttaatgaa gtcattttag gaaatgttct tcaagcaggt 180
ttaggacaga atccagcaag acaggcatct tttaaagcag gattaccagt tgaaattcca 240
gctatgacta ttaataaggt ttgtggttca ggacttagaa cagttagctt agcagcacaa 300
attataaaag caggagatgc tgacgtaata atagcaggtg gtatggaaaa tatgtctaga 360
gctccttact tagcgaataa cgctagatgg ggatatagaa tgggaaacgc taaatttgtt 420
gatgaaatga tcactgacgg attgtgggat gcatttaatg attaccacat gggaataaca 480
gcagaaaaca tagctgagag atggaacatt tcaagagaag aacaagatga gtttgctctt 540
gcatcacaaa aaaaagctga agaagctata aaatcaggtc aatttaaaga tgaaatagtt 600
cctgtagtaa ttaaaggcag aaagggagaa actgtagttg atacagatga gcaccctaga 660
tttggatcaa ctatagaagg acttgcaaaa ttaaaacctg ccttcaaaaa agatggaaca 720
gttacagctg gtaatgcatc aggattaaat gactgtgcag cagtacttgt aatcatgagt 780
gcagaaaaag ctaaagagct tggagtaaaa ccacttgcta agatagtttc ttatggttca 840
gcaggagttg acccagcaat aatgggatat ggacctttct atgcaacaaa agcagctatt 900
gaaaaagcag gttggacagt tgatgaatta gatttaatag aatcaaatga agcttttgca 960
gctcaaagtt tagcagtagc aaaagattta aaatttgata tgaataaagt aaatgtaaat 1020
ggaggagcta ttgcccttgg tcatccaatt ggagcatcag gtgcaagaat actcgttact 1080
cttgtacacg caatgcaaaa aagagatgca aaaaaaggct tagcaacttt atgtataggt 1140
ggcggacaag gaacagcaat attgctagaa aagtgctag 1179
<210> 71
<211> 1179
<212> DNA
<213> Clostridium acetobutylicum
<400> 71
atgagagatg tagtaatagt aagtgctgta agaactgcaa taggagcata tggaaaaaca 60
ttaaaggatg tacctgcaac agagttagga gctatagtaa taaaggaagc tgtaagaaga 120
gctaatataa atccaaatga gattaatgaa gttatttttg gaaatgtact tcaagctgga 180
ttaggccaaa acccagcaag acaagcagca gtaaaagcag gattaccttt agaaacacct 240
gcgtttacaa tcaataaggt ttgtggttca ggtttaagat ctataagttt agcagctcaa 300
attataaaag ctggagatgc tgataccatt gtagtaggtg gtatggaaaa tatgtctaga 360
tcaccatatt tgattaacaa tcagagatgg ggtcaaagaa tgggagatag tgaattagtt 420
gatgaaatga taaaggatgg tttgtgggat gcatttaatg gatatcatat gggagtaact 480
gcagaaaata ttgcagaaca atggaatata acaagagaag agcaagatga attttcactt 540
atgtcacaac aaaaagctga aaaagccatt aaaaatggag aatttaagga tgaaatagtt 600
cctgtattaa taaagactaa aaaaggtgaa atagtctttg atcaagatga atttcctaga 660
ttcggaaaca ctattgaagc attaagaaaa cttaaaccta ttttcaagga aaatggtact 720
gttacagcag gtaatgcatc cggattaaat gatggagctg cagcactagt aataatgagc 780
gctgataaag ctaacgctct cggaataaaa ccacttgcta agattacttc ttacggatca 840
tatggggtag atccatcaat aatgggatat ggagcttttt atgcaactaa agctgcctta 900
gataaaatta atttaaaacc tgaagactta gatttaattg aagctaacga ggcatatgct 960
tctcaaagta tagcagtaac tagagattta aatttagata tgagtaaagt taatgttaat 1020
ggtggagcta tagcacttgg acatccaata ggtgcatctg gtgcacgtat tttagtaaca 1080
ttactatacg ctatgcaaaa aagagattca aaaaaaggtc ttgctactct atgtattggt 1140
ggaggtcagg gaacagctct cgtagttgaa agagactaa 1179
<210> 72
<211> 1197
<212> DNA
<213> Saccahromyces cerevisiae
<400> 72
atgtctcaga acgtttacat tgtatcgact gccagaaccc caattggttc attccagggt 60
tctctatcct ccaagacagc agtggaattg ggtgctgttg ctttaaaagg cgccttggct 120
aaggttccag aattggatgc atccaaggat tttgacgaaa ttatttttgg taacgttctt 180
tctgccaatt tgggccaagc tccggccaga caagttgctt tggctgccgg tttgagtaat 240
catatcgttg caagcacagt taacaaggtc tgtgcatccg ctatgaaggc aatcattttg 300
ggtgctcaat ccatcaaatg tggtaatgct gatgttgtcg tagctggtgg ttgtgaatct 360
atgactaacg caccatacta catgccagca gcccgtgcgg gtgccaaatt tggccaaact 420
gttcttgttg atggtgtcga aagagatggg ttgaacgatg cgtacgatgg tctagccatg 480
ggtgtacacg cagaaaagtg tgcccgtgat tgggatatta ctagagaaca acaagacaat 540
tttgccatcg aatcctacca aaaatctcaa aaatctcaaa aggaaggtaa attcgacaat 600
gaaattgtac ctgttaccat taagggattt agaggtaagc ctgatactca agtcacgaag 660
gacgaggaac ctgctagatt acacgttgaa aaattgagat ctgcaaggac tgttttccaa 720
aaagaaaacg gtactgttac tgccgctaac gcttctccaa tcaacgatgg tgctgcagcc 780
gtcatcttgg tttccgaaaa agttttgaag gaaaagaatt tgaagccttt ggctattatc 840
aaaggttggg gtgaggccgc tcatcaacca gctgatttta catgggctcc atctcttgca 900
gttccaaagg ctttgaaaca tgctggcatc gaagacatca attctgttga ttactttgaa 960
ttcaatgaag ccttttcggt tgtcggtttg gtgaacacta agattttgaa gctagaccca 1020
tctaaggtta atgtatatgg tggtgctgtt gctctaggtc acccattggg ttgttctggt 1080
gctagagtgg ttgttacact gctatccatc ttacagcaag aaggaggtaa gatcggtgtt 1140
gccgccattt gtaatggtgg tggtggtgct tcctctattg tcattgaaaa gatatga 1197
<210> 73
<211> 2283
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 73
atgtccgagc ttaatgaaaa gttagccaca gcctgggaag gttttaccaa aggtgactgg 60
cagaatgaag taaacgtccg tgacttcatt cagaaaaact acactccgta cgagggtgac 120
gagtccttcc tggctggcgc tactgaagcg accaccaccc tgtgggacaa agtaatggaa 180
ggcgttaaac tggaaaaccg cactcacgcg ccagttgact ttgacaccgc tgttgcttcc 240
accatcacct ctcacgacgc tggctacatc aacaagcagc ttgagaaaat cgttggtctg 300
cagactgaag ctccgctgaa acgtgctctt atcccgttcg gtggtatcaa aatgatcgaa 360
ggttcctgca aagcgtacaa ccgcgaactg gatccgatga tcaaaaaaat cttcactgaa 420
taccgtaaaa ctcacaacca gggcgtgttc gacgtttaca ctccggacat cctgcgttgc 480
cgtaaatctg gtgttctgac cggtctgcca gatgcatatg gccgtggccg tatcatcggt 540
gactaccgtc gcgttgcgct gtacggtatc gactacctga tgaaagacaa actggcacag 600
ttcacttctc tgcaggctga tctggaaaac ggcgtaaacc tggaacagac tatccgtctg 660
cgcgaagaaa tcgctgaaca gcaccgcgct ctgggtcaga tgaaagaaat ggctgcgaaa 720
tacggctacg acatctctgg tccggctacc aacgctcagg aagctatcca gtggacttac 780
ttcggctacc tggctgctgt taagtctcag aacggtgctg caatgtcctt cggtcgtacc 840
tccaccttcc tggatgtgta catcgaacgt gacctgaaag ctggcaagat caccgaacaa 900
gaagcgcagg aaatggttga ccacctggtc atgaaactgc gtatggttcg cttcctgcgt 960
actccggaat acgatgaact gttctctggc gacccgatct gggcaaccga atctatcggt 1020
ggtatgggcc tcgacggtcg taccctggtt accaaaaaca gcttccgttt cctgaacacc 1080
ctgtacacca tgggtccgtc tccggaaccg aacatgacca ttctgtggtc tgaaaaactg 1140
ccgctgaact tcaagaaatt cgccgctaaa gtgtccatcg acacctcttc tctgcagtat 1200
gagaacgatg acctgatgcg tccggacttc aacaacgatg actacgctat tgcttgctgc 1260
gtaagcccga tgatcgttgg taaacaaatg cagttcttcg gtgcgcgtgc aaacctggcg 1320
aaaaccatgc tgtacgcaat caacggcggc gttgacgaaa aactgaaaat gcaggttggt 1380
ccgaagtctg aaccgatcaa aggcgatgtc ctgaactatg atgaagtgat ggagcgcatg 1440
gatcacttca tggactggct ggctaaacag tacatcactg cactgaacat catccactac 1500
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cgcaccatgg cgtgtggtat cgctggtctg tccgttgctg ctgactccct gtctgcaatc 1620
aaatatgcga aagttaaacc gattcgtgac gaagacggtc tggctatcga cttcgaaatc 1680
gaaggcgaat acccgcagtt tggtaacaat gatccgcgtg tagatgacct ggctgttgac 1740
ctggtagaac gtttcatgaa gaaaattcag aaactgcaca cctaccgtga cgctatcccg 1800
actcagtctg ttctgaccat cacttctaac gttgtgtatg gtaagaaaac gggtaacacc 1860
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gttcgtaaga ccaacctggc tggtctgatg gatggttact tccaccacga agcatccatc 2100
gaaggtggtc agcacctgaa cgttaacgtg atgaaccgtg aaatgctgct cgacgcgatg 2160
gaaaacccgg aaaaatatcc gcagctgacc atccgtgtat ctggctacgc agtacgtttc 2220
aactcgctga ctaaagaaca gcagcaggac gttattactc gtaccttcac tcaatctatg 2280
taa 2283
<210> 74
<211> 741
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 74
atgtcagtta ttggtcgcat tcactccttt gaatcctgtg gaaccgtaga cggcccaggt 60
attcgcttta tcaccttttt ccagggctgc ctgatgcgct gcctgtattg tcataaccgc 120
gacacctggg acacgcatgg cggtaaagaa gttaccgttg aagatttgat gaaggaagtg 180
gtgacctatc gccactttat gaacgcttcc ggcggcggcg ttaccgcatc cggcggtgaa 240
gcaatcctgc aagctgagtt tgttcgtgac tggttccgcg cctgcaaaaa agaaggcatt 300
catacctgtc tggacaccaa cggttttgtt cgtcgttacg atccggtgat tgatgaactg 360
ctggaagtaa ccgacctggt aatgctcgat ctcaaacaga tgaacgacga gatccaccaa 420
aatctggttg gagtttccaa ccaccgcacg ctggagttcg ctaaatatct ggcgaacaaa 480
aatgtgaagg tgtggatccg ctacgttgtt gtcccaggct ggtctgacga tgacgattca 540
gcgcatcgcc tcggtgaatt tacccgtgat atgggcaacg ttgagaaaat cgagcttctc 600
ccctaccacg agctgggcaa acacaaatgg gtggcaatgg gtgaagagta caaactcgac 660
ggtgttaaac caccgaagaa agagaccatg gaacgcgtga aaggcattct tgagcagtac 720
ggtcataagg taatgttcta a 741
<210> 75
<211> 2364
<212> DNA
<213> Lactococcus lactis
<400> 75
atgaaaaccg aagttacgga aaatatcttt gaacaagctt gggatggttt taaaggaacc 60
aactggcgcg ataaagcaag cgttactcgc tttgtacaag aaaactacaa accatatgat 120
ggtgatgaaa gctttcttgc tgggccaaca gaacgtacac ttaaagtaaa gaaaattatt 180
gaagatacaa aaaatcacta cgaagaagta ggatttccct tcgatactga ccgcgtaacc 240
tctattgata aaatccctgc tggatatatc gatgctaatg ataaagaact tgaactcatc 300
tatgggatgc aaaatagcga acttttccgc ttgaatttca tgccaagagg tggacttcgt 360
gttgctgaaa agattttgac agaacacggt ctctcagttg acccaggctt gcatgatgtt 420
ttgtcacaaa caatgacttc tgtaaatgat ggaatctttc gtgcttatac ttcagcaatt 480
cgtaaagcac gtcatgctca tactgtaaca ggtttgccag atgcttactc tcgtggacgt 540
atcattggtg tctatgcacg tcttgccctt tacggtgctg attaccttat gaaggaaaaa 600
gcaaaagaat gggatgcaat cactgaaatt aacgaagaaa acattcgtct taaagaagaa 660
attaatatgc aataccaagc tttgcaagaa gttgtaaact ttggtgcttt atatggtctt 720
gatgtttcac gtccagctat gaacgtaaaa gaagcaatcc aatgggttaa catcgcttat 780
atggcagtat gtcgtgtcat taatggagct gcaacttcac ttggacgtgt tccaatcgtt 840
cttgatatct ttgcagaacg tgaccttgct cgtggaacat ttactgaaca agaaattcaa 900
gaatttgttg atgatttcgt tttgaagctt cgtacaatga aatttgcgcg tgcagctgct 960
tatgatgaac tttattctgg tgacccaaca ttcatcacaa catctatggc tggtatgggt 1020
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ttcaaacgtt attcaatgtc tatgagccac aagcattctt ctattcaata tgaaggtgtt 1200
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cttgatccag aaaatgaaga aggacgtcat aacctccaat actttggtgc gcgtgtaaac 1320
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cattacatga ctgataaata taactatgaa gcagttcaaa tggccttctt gcctactaaa 1560
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gcaattaaat atgctaaagt taaaacattg cgtgatgaaa atggctatat ctacgattac 1680
gaagtagaag gtgatttccc tcgttatggt gaagatgatg atcgtgctga tgatattgct 1740
aaacttgtca tgaaaatgta ccatgaaaaa ttagcttcac acaaacttta caaaaatgct 1800
gaagctactg tttcactttt gacaattaca tctaacgttg cttactctaa acaaactggt 1860
aattctccag tacataaagg agtattcctc aatgaagatg gtacagtaaa taaatctaaa 1920
cttgaattct tctcaccagg tgctaaccca tctaataaag ctaagggtgg ttggttgcaa 1980
aatcttcgct cattggctaa gttggaattc aaagatgcaa atgatggtat ttcattgact 2040
actcaagttt cacctcgtgc acttggtaaa actcgtgatg aacaagtgga taacttggtt 2100
caaattcttg atggatactt cacaccaggt gctttgatta atggtactga atttgcaggt 2160
caacacgtta acttgaacgt aatggacctt aaagatgttt acgataaaat catgcgtggt 2220
gaagatgtta tcgttcgtat ctctggttac tgtgtcaata ctaaatacct cacaccagaa 2280
caaaaacaag aattaactga acgtgtcttc catgaagttc tttcaaacga tgatgaagaa 2340
gtaatgcata cttcaaacat ctaa 2364
<210> 76
<211> 2325
<212> DNA
<213> Streptococcus equinus
<400> 76
atggcgactg ttaaaacaaa tgcagatgtt tttgaaaaag cctgggaagg ctttaaaggt 60
actgactgga aagaaaaagc cagcgtttct cgcttcgttc aagctaacta cacaccatat 120
gatggtgatg aaagcttctt agcaccagct actgaacgct ctcttaaaat caagaaaatc 180
attgaagaca ctaaagctga atacgaagca actcgtttcc caatggacac tcgtccaaca 240
tcaatcgcag atattcctgc cggctatatt caaaaagacg atgaattaat ctacggtatt 300
caaaatgatg agttgttcaa attgaatttc atgccaaaag gtggtatccg tatggcagaa 360
acagcactta aagaacatgg ttatgaacca gatcctgctg ttcatgaaat tttcacaaaa 420
tacactacta cagtaaatga cggaattttc cgcgcttata catctaatat ccgccgtgcc 480
cgtcacgctc acacagtaac tggtcttcca gatgcttact cacgcggacg tatcatcggt 540
gtttatgctc gtcttgctct ttatggtgca gactacttga tgcaagaaaa agttaacgac 600
tggaacgcta tcacagaaat cgacgaagaa tctattcgtc ttcgcgaaga agttaacatg 660
caataccaag ctcttggtga agttgttaaa cttggtgacc tttacggact tgatgtccgt 720
aaaccagcca tgaacgttaa agaagctatc caatgggtaa acatcgcctt catggccgta 780
tgtcgtgtta tcaacggtgc tgctacttct cttggacgtg tgccaatcgt tcttgatatc 840
tttgctgaac gtgaccttgc tcgtggtact ttcacagaat cagaaatcca agaatttgtc 900
gatgactttg tcttgaaact tcgtactgta aaatttgctc gtactaaagc ttacgacgaa 960
ctttactctg gtgacccaac attcatcact acatctatgg ctggtatggg tgctgacggt 1020
cgtcaccgtg ttactaaaat ggactaccgt ttcttgcaca cacttgataa tatcggtaac 1080
gctccagaac caaacttgac agttctttgg actgataaat tgccatattc attccgtcgc 1140
tactgtatga aaatgtcaca caaacactcg tcaatccaat acgaaggtgt gacaacaatg 1200
gctaaagatg gttacggtga aatgtcatgt atctcatgtt gtgtatcacc acttgaccca 1260
gaaaacgaag aacaacgtca caacatccaa tactttggtg ctcgtgtaaa cgtccttaaa 1320
gctcttctta ctggtttgaa cggtggttat gacgacgtcc acaaagacta caaagtattt 1380
gatatcgaac cagttcgtga tgaaatcctt gatttcgaaa cggttaaagc taatttcgaa 1440
aaatctcttg attggttgac ttcaacttac gtagatgccc ttaacatcat tcactacatg 1500
actgataaat acaactacga agctgttcaa atggcattct tgccaactaa acaacgtgcc 1560
aacatgggat tcggtatctg tggtttcgct aataccgttg atactttatc agcaatcaaa 1620
tacgctactg ttaaaccaat ccgtgacgaa gatggttaca tctacgacta cgaaacaact 1680
ggtgacttcc ctcgttgggg tgaagatgac cctcgttcta acgaacttgc tgaatggttg 1740
gtagaagctt acactactcg tcttcgtagc cacaaacttt acaagaacgc tgaagctact 1800
gtatcacttc ttacaatcac ttcaaacgtt gcttattcta aacaaactgg taactctcca 1860
gttcacaaag gtgtttacct taacgaagat ggtactgtaa acctttctaa acttgaattc 1920
ttctcaccag gtgccaaccc atctaacaaa gctcgtggtg gttggttgca aaacttgaac 1980
tctcttgcaa gccttgactt ctcatatgct gcagatggta tctcacttac aactcaagtt 2040
tctccacgcg ctcttggtaa gacatttgat gaacaagttg ataacttggt aactatcctt 2100
gatggttact tcgaaaacgg tggacaacac gttaacttga acgtcatgga ccttaaagat 2160
gtttatgaca agattatgaa tggtgaagat gttatcgttc gtatatcagg ttactgtgtc 2220
aacactaaat accttactaa agaacaaaag acagaattga cacaacgcgt cttccacgaa 2280
gttctttcaa tggatgatgt tgctgaaact gttgctgcta aataa 2325
<210> 77
<211> 789
<212> DNA
<213> Streptococcus equinus
<400> 77
atgactgaaa tagattacgg aaaagtgaca ggaatgattc attcaacaga aagttttggt 60
tctgtggatg ggcctggtgt tcgctttgtc atttttatgc aaggctgcaa gatgcgttgc 120
caatattgtc acaatccaga tacttgggca ttagagacaa ataattctcg tgaacgcact 180
gttgatgatg ttttagcaga agctttgcgt tatcgacatt tctggggtga aaatggtggg 240
attaccgttt caggtggtga agccatgttg caaattgagt ttgtaacagc cctttttacc 300
aaggctaaag aattaggaat tcattgcacg cttgatacgt gtggttttac gttccgagat 360
acgcctgaat atcacgaaat tgtggataag ttactagctg tgacggattt agttctttta 420
gatttaaaag aaatcaatcc taaacaacac attgttgtaa cacgtcaacc caatactaat 480
attctagctt ttgctcgtta tttgtctgat aagggtgttc cagtctggat tcgtcatgtc 540
ttggttccag gattgaccga ttttgatgaa gacttaattg agctagggaa atttgttgaa 600
acgttaaaaa acgtggataa atttgaaatt ttgccttatc ataccttggg tgaattcaag 660
tggcgtgaat tgggaattcc ttataccctt gaaggggtta aaccaccgac tagagaacgt 720
gtccaaaatg ctaaaaagct tatgcataca gagtcttaca cagactacat gaaacgcatt 780
catcactag 789
<210> 78
<211> 717
<212> DNA
<213> Clostridium thermocellum
<400> 78
atgacattaa agggcaggat acactcattt gaatcttttg ggacactgga cggaccgggt 60
ataagatttg tggttttcat gcagggctgt cccttgcgtt gtatatattg ccacaacagg 120
gatacctggg atgttaatgc ggggagtgag tacactcccc ggcaagtaat tgatgaaatg 180
atgaaataca tagactatat aaaggtctcc ggaggcggaa taactgttac cggcggggag 240
cctgttctcc aggccgattt tgtggccgag gtgttcagac ttgcaaaaga gcagggagtg 300
catacggcgc tggataccaa tggatttgct gacatagaga aggttgaaag gcttataaaa 360
tacaccgatc ttgtattgct ggatataaag catgcccggg aggataaaca taagataatt 420
accggtgtgt ccaacgaaaa aatcaagcgt tttgcgctgt atctttcgga ccagggagtg 480
cctatctgga taagatatgt ccttgtcccc ggatataccg acgatgaaga tgaccttaaa 540
atggcggctg atttcataaa aaagcttaaa acggtggaaa aaatcgaagt tcttccttat 600
cacaacatgg gagcatacaa atgggaaaaa cttggtcaga aatacatgct tgaaggagta 660
aaggggccga gtgcgcaaga ggtggaaaaa gcaaagagga ttctgtcagg caaataa 717
<210> 79
<211> 1269
<212> DNA
<213> Jeotgalicoccus sp; ATCC8456
<400> 79
atggcaacac ttaagaggga taagggctta gataatactt tgaaagtatt aaagcaaggt 60
tatctttaca caacaaatca gagaaatcgt ctaaacacat cagttttcca aactaaagca 120
ctcggtggta aaccattcgt agttgtgact ggtaaggaag gcgctgaaat gttctacaac 180
aatgatgttg ttcaacgtga aggcatgtta ccaaaacgta tcgttaatac gctttttggt 240
aaaggtgcaa tccatacggt agatggtaaa aaacacgtag acagaaaagc attgttcatg 300
agcttgatga ctgaaggtaa cttgaattat gtacgagaat taacgcgtac attatggcat 360
gcgaacacac aacgtatgga aagtatggat gaggtaaata tttaccgtga atctatcgta 420
ctacttacaa aagtaggaac acgttgggca ggcgttcaag caccacctga agatatcgaa 480
agaatcgcaa cagacatgga catcatgatc gattcattta gagcacttgg tggtgccttt 540
aaaggttaca aggcatcaaa agaagcacgt cgtcgtgttg aagattggtt agaagaacaa 600
attattgaga ctcgtaaagg gaatattcat ccaccagaag gtacagcact ttacgaattt 660
gcacattggg aagactactt aggtaaccca atggactcaa gaacttgtgc gattgactta 720
atgaacacat tccgcccatt aatcgcaatc aacagattcg tttcattcgg tttacacgcg 780
atgaacgaaa acccaatcac acgtgaaaaa attaaatcag aacctgacta tgcatataaa 840
ttcgctcaag aagttcgtcg ttactatcca ttcgttccat tccttccagg taaagcgaaa 900
gtagacatcg acttccaagg cgttacaatt cctgcaggtg taggtcttgc attagatgtt 960
tatggtacaa cgcatgatga atcactttgg gacgatccaa atgaattccg cccagaaaga 1020
ttcgaaactt gggacggatc accatttgac cttattccac aaggtggtgg agattactgg 1080
acaaatcacc gttgtgcagg tgaatggatc acagtaatca tcatggaaga aacaatgaaa 1140
tactttgcag aaaaaataac ttatgatgtt ccagaacaag atttagaagt ggacttaaac 1200
agtatcccag gatacgttaa gagtggcttt gtaatcaaaa atgttcgcga agttgtagac 1260
agaacataa 1269
<210> 80
<211> 684
<212> DNA
<213> Aspergillus niger
<400> 80
atgttcaact cacttctatc cggtactact acaccaaact ccggccgtgc atctcctccc 60
gccagcgaaa tgcccatcga taatgatcac gtggccgttg cccgtccagc tccccgccgc 120
cgccgcattg tagtagccat gacgggtgcc actggagcca tgctcggcat caaagtccta 180
attgctctgc gccgtctaaa tgtggagaca cacctggtga tgagtaaatg ggcggaggct 240
acgatcaaat acgagactga ctaccatccc tcaaacgtgc gagcgctggc cgactacgtg 300
cacaacatca atgacatggc cgccccagta tccagcggct cattccgcgc ggacggaatg 360
attgtggtac cgtgcagcat gaaaacattg gctgctatcc actcgggctt ttgcgacgat 420
ctcatttcaa ggacagcaga tgtgatgctc aaggagcgca ggcggttggt gctagtagcg 480
cgggagacgc cattgagcga gatccatctg cgaaacatgt tggaggttac acgcgctggg 540
gcagtcatct tccccccagt accggcgttc tacatcaagg ccggaagtat cgaggacctc 600
atcgaccaga gtgttggacg aatgttggat ttatttgacc tcgacacggg ggattttgaa 660
cgttggaatg gatgggaaaa ataa 684
<210> 81
<211> 1555
<212> DNA
<213> Aspergillus niger
<400> 81
atgtctgcgc aacctgctca cctgtgtttc cgctccttcg tcgaagccct caaggtcgac 60
aacgaccttg ttgaaatcaa taccccaatt gaccccaatc tcgaagctgc tgctattacc 120
cgccgagtat gtgagaccaa cgacaaggct cctttattca acaacctcat cggcatgaaa 180
aatggcctct tccgtatact tggggctcct ggctctctca ggaagtcgtc tgctgatcgc 240
tacggccgcc ttgctcgtca cctagccctc ccacctacgg cctcaatgcg tgagattctc 300
gataagatgc tctccgccag cgatatgcct cccatccctc cgaccattgt tcccaccggg 360
ccatgcaagg agaacagctt agatgactct gaattcgacc ttaccgaact ccccgttcct 420
cttattcaca aatcggatgg tggtaaatac atccaaacct atggcatgca cattgtgcag 480
tctccggatg gaacctggac caactggtct attgcccgtg cgatggtcca tgacaagaac 540
catctgaccg gcctggttat tccccctcag cacatctggc agattcacca gatgtggaag 600
aaggaaggcc gcagtgacgt tccctgggct ttggcctttg gtgtcccacc cgctgccatt 660
atggcctcta gcatgcctat tcccgatggt gtcaccgaag ctgggtacgt gggagctatg 720
acgggatcct ccctggagct tgttaaatgt gatacgaacg atctatatgt ccccgctacc 780
tcagaaatcg ttctcgaggg cacactctct atcagcgaga caggcccaga gggacctttc 840
ggtgagatgc atggttacat cttccccggg gatactcacc tcggcgccaa atacaaggtt 900
aaccggatca cctaccgcaa caacgccatc atgcccatgt cttcttgtgg ccgcttgacg 960
gatgaaacgg taagtttagt ccctgtcctg ccatttatag ccaaggacta acacggtcta 1020
gcacaccatg atcggctctc tggctgcggc ggagatccgt aagctctgcc agcagaatga 1080
cctccctatc actgatgcct tcgctccttt cgagtctcaa gttacctggg ttgctctgcg 1140
ggtcgatact gagaagctac gtgccatgaa gacaacgtct gagggattcc gcaagagagt 1200
gggagacgtc gtcttcaacc acaaggccgg atacaccatt catcgtctgg tgttggtcgg 1260
tgacgacatt gatgtctatg aaggaaagga tgtgctctgg gcgttctcca cccgttgccg 1320
tcctggtatg gacgagactt tgtttgagga tgttcgtggg ttccccttga ttccgtatat 1380
gggacacggg aatgggcccg cccaccgcgg cggaaaggtt gtgtccgacg ctcttatgcc 1440
gactgagtac accactggtc gcaactggga ggctgctgac ttcaaccaat cttatcccga 1500
ggatctgaag cagaaggtgt tggacaactg gacgaagatg ggtttcagca actaa 1555
<210> 82
<211> 2224
<212> DNA
<213> Aspergillus niger
<400> 82
atgggcaccc cgataaatcg tgaagagatt gaccgcgtgc tgcgaatgaa acgcaatcag 60
cgcgaggctc gagcgtgtta tccttgccgc cagcgcaagg tgaaatgcga cagcactcag 120
ccgtgtcgaa catgtcgccg acgaggccat ccccaaatat gtgtgtatga ccaagattcg 180
tctgggtcta aaaaggctcg tagcaccggc caaagacgtt cctctgctgc ttctcgtgga 240
acaaatcaga caccaaccgc cgagcaggca ttcgatgccg aaccacaatc tctgccctca 300
gcgcgcagtt taccagaagt ccagccaaaa acaagacagt actatagtac tcgaatcccg 360
tcttccgatg gccccgataa tgatcttatc tactcgggcg acaactcggt attgtcttat 420
ttgcgcaacc ggacgcaaga taccaatggc tccatgaccc gtgaggtggg ctctgttcta 480
ggcctgcaaa atacctacgg cagttatcca tttatggact ttcggacacc ccaggaccgg 540
tggaaggagc ttctacgtat tattccgcag cgagcggaac tgttgaagta agcacatctt 600
attgttgttt ttgataacct ctaacggata gcaggttctt ccatttctac agaatatcag 660
cttacccttt caatccgatc atacttgaca ttgagagatt tgagcaagat gtgtgttcat 720
acctcaatga tcttgcagca ggagagctgc agaacacttc aaagatttgc gaacgttggg 780
ccactgatcg gtctgtcggg ctgatcagcc tgctacttgc ggccttggct tccggtgcgc 840
attattctga cctggattac atgcaaagaa cagagctatg ccaggatttt ggtacgtaac 900
cagtatcttt acctatgcat gtttgactaa acaggagaag caaaacgatc ctttcaagct 960
cttcgactag ccaattttct tttccgtccg acgatggata taatacaagc acttctaatc 1020
ataggaaaca ctctgcaaaa caatggccag tctgatgcag catgggtttt gttagggaca 1080
acagtccgtc tcgcgcagac attaggtctt cacacagaaa agagtgtagc acgcctaccg 1140
gatcatgtca aatacaaagc acgaaagcta tggtacataa accatgctac aggtaacgac 1200
acaagctgac gcggctacag gtacactgtc gtttggcaag attgcctgct ctgtttatgt 1260
tacgaccggc ctcgcgtagt ctctatgacc gggtgggctc cagattattc aatcctctcg 1320
agcagcgaac tatctttcac agaagctatg tattttctat gccaaactgc cttaaatatg 1380
atcacaacag acggaccgga gatatcggaa aatgcgcgac agcttgacat tttggccacg 1440
attgatagcc tcaaccaacg cactcagcca tatctgcgtg accgccagga atgcaaaacc 1500
ctccaacaca atctggagca cctggcgtta cgaatgcaca tgtctctagt tatttccgtc 1560
ctgacacgtc cagcactgaa gcgcactgta atgcaagacg cgtcctatga catcttgcgc 1620
acccgcgcca aattgagcct gatcgacgcc tctagggcct ttttggattt tcaggctctg 1680
agtgtggtac ccctccgaag ctggtcaatg gtgcacacgg tgcttagttc cactttactt 1740
ctctgcattt gggaggagac ccgaaacgat cccgagtgtc gtgatttaca gcaaaaggtg 1800
attgaggtct tttctgccgc tggcacagtg ggcacagtgg agaacacagc atcggagaat 1860
gggcaatggc tatcggaacg gcatatacga gcgctaatca cactgcgcaa ttcggtccga 1920
acggcagtcg aacgtgaaaa gggggaggca agcgttggga cagaacgcgc ggagcagccc 1980
cagccttttt ttcctgtcta tgggtatgtg cacccgctat tgtctgataa gtggagctgt 2040
gcgatggatg ctgattttgc agtatgccga acgggatccc ggatgacttc ggtcaagact 2100
tctcaccagc aagctatctt gactccatta tgaacggtat gctgaggctc ccgactattt 2160
atcgatcgaa ctaaccgtcg tagtacccat gtttgactta tcccaagagc tgggttttct 2220
ttga 2224
<210> 83
<211> 723
<212> DNA
<213> Aspergillis oryzae
<400> 83
atgctctcct ccttccttcc ttccggcacc aacacatcaa actccggtca tcacagcccc 60
gacaatgcat ccgaaacaca atcaaccaca cagtccgcac cactcgagca catatccacc 120
gcaatgccac cagtcccaac caaaggtcga cgcaaacgaa tcgtcgtagc catgaccgga 180
gccaccggct caatcctggg aatcaaagtc ctcatcgccc ttcgccgcct caacatcgaa 240
acccacctcg taatcagcaa atgggccgaa gcaaccataa aatacgaaac agactatcac 300
ccgcggaatg ttcgtgccct agccgactac gtccacaaca taaacgacat ggcggcaccc 360
atatccagcg ggtccttcaa gaccgacggc atgatcgtcg tcccatgttc catgaaaaca 420
ctcgccgcta tcaactccgg gttctgtgaa gatctcatct cccggactgc agacgtcatg 480
ctcaaggagc gcaggaagct ggttcttgtt gctagggaaa cgcctcttag tgatattcat 540
cttcgcaata tgctttctgt gtctcaggct ggggctatta tcttcccgcc tgtgccggcg 600
tactatatca aggcggcgtc tgtggatgaa cttgtggatc agagtgttgg gcgcatgttg 660
gatctgtttg atctggatac ggctgatttt gctagatggg agggttggaa gaaggataac 720
tga 723
<210> 84
<211> 1512
<212> DNA
<213> Aspergillis oryzae
<400> 84
atggccgcga ttaacgaagt cgatcattcc ttccgcgcct ttgtcgaagc cctcaaggcc 60
gacgatgact tggtcgagat caacaccgag atcgactcta acctggaagc cgccgcgatc 120
actcgtcttg tctgcgagac cgatgacaaa gcccccctct tcaataacct caaaggcatg 180
ggaaagaatg gcctcttccg tatcctgggc gctccgggct ctctcagaaa gtccaaacgt 240
gaccgctacg gccggctcgc ccgccacctg gcgctgcctc ctactgccag catgaaggaa 300
atccttgaca agatgctctc cgcctctcag ctacctccca ttgaccctaa gattgtagag 360
actggtcctg tgaaggacaa ttcccttgaa ggcgacgaaa tcgacctcac tgcgctccca 420
gtgcccatgg tgcacaagtc tgacggcggc aaatatctac aaacatacgg aatgcatgtc 480
gtgcagtctc ctgatggaaa gtggacgaac tggtctatcg cccgtgcgat ggtcaaggac 540
aagaaccatt tgacaggcct ggttattgag ccccagcata tttggcaaat ccaccagatg 600
tggaaaaagg agggaaagga tgtcccgtgg gctctatgct tcggagttcc tcctgccgct 660
atcatggcat catcgatgcc catcccggat ggtgtaactg aggctggcta cgttggtgcc 720
atgactggtc gcgccttgga gctcgtcaag tgcgacacca accatctcta cgtccctgcc 780
aatgcggaga ttgtcctcga gggtaccctc tccatcactg aaaccgccga tgaaggcccc 840
ttcggtgaga tgcacggcta cgtcttcccc ggcgatagcc acaagtgtcc cgtttacaaa 900
gttaacaaga tcacctaccg caccgatgct atcctgccca tgtccgcctg cggtcgtctt 960
accgacgaga cccatactat gattggctcg ttggctgccg ctgagattcg taaaatttgc 1020
caactggccg gcctccccat caccgacacc ttttctccct tcgaggcaca ggttacctgg 1080
gtggctctca aagttgacac cgcaaagctt cgtcaaatga agctagcccc taaagagctt 1140
cagaaatggg tcggagacgt ggtctttaac cacaaggctg ggtacactat ccaccgcctg 1200
gtcctggttg gcgatgatat tgacccgtat gagtggaagg atgtcatgtg ggctttcgca 1260
acacggtgtc gacccaatgc tgatgaaatg ttctttgaag acgtccgtgg tttccccctt 1320
atcccgtata tgggtcacgg cacggggtcg cccaccaagg gtggtaaggt ggtttccgac 1380
gctctgatgc ccacagagta taccacaggt gctgattggg aagctgctga ctttgagcac 1440
tcctatccgg aggagatcaa ggccaaggtg agggccaact gggaggcttt gggattcaga 1500
aaacaggatt aa 1512
<210> 85
<211> 723
<212> DNA
<213> Aspergillis oryzae
<400> 85
atgctctcct ccttccttcc ttccggcacc aacacatcaa actccggtca tcacagcccc 60
gacaatgcat ccgaaacaca atcaaccaca cagtccgcac cactcgagca catatccacc 120
gcaatgccac cagtcccaac caaaggtcga cgcaaacgaa tcgtcgtagc catgaccgga 180
gccaccggct caatcctggg aatcaaagtc ctcatcgccc ttcgccgcct caacatcgaa 240
acccacctcg taatcagcaa atgggccgaa gcaaccataa aatacgaaac agactatcac 300
ccgcggaatg ttcgtgccct agccgactac gtccacaaca taaacgacat ggcggcaccc 360
atatccagcg ggtccttcaa gaccgacggc atgatcgtcg tcccatgttc catgaaaaca 420
ctcgccgcta tcaactccgg gttctgtgaa gatctcatct cccggactgc agacgtcatg 480
ctcaaggagc gcaggaagct ggttcttgtt gctagggaaa cgcctcttag tgatattcat 540
cttcgcaata tgctttctgt gtctcaggct ggggctatta tcttcccgcc tgtgccggcg 600
tactatatca aggcggcgtc tgtggatgaa cttgtggatc agagtgttgg gcgcatgttg 660
gatctgtttg atctggatac ggctgatttt gctagatggg agggttggaa gaaggataac 720
tga 723
<210> 86
<211> 1050
<212> DNA
<213> Picrophilus torridus
<400> 86
ttgaatgatc ttaatgttta tggtgaaaaa ataagaaata tgcttcttga acttggcatt 60
tataataaat cagatgatta ttcacctgat attaaataca ataaaacgtt ccacgcaaat 120
ggatacccaa taacaggtct ttataaattc cttggatact atgataggga taataacata 180
gccaactttc catcgatatc gttcacaacg aacttttcat catgtgatgt tacatgcagg 240
gtattaagat caggcaatga caggatcata ttcaacggga aaaacaatga aaagtattac 300
aaaagggctg aaaaggccct gtcatttctc aggaaaaaat atagaataga tgcagcattt 360
gagtttaaca tcaggataaa tagaagatac agggatgcca aaggccttgg agaatcggca 420
gccgtggcat cggcaaccgc cagggccgtt gccgcagcag tctttggcat ggatgctgca 480
aaagacaggg gttttgtatc atacctggcc aggcatgtct ctggctccgg taccagatct 540
gcggcaggaa acctttcaat gtggctttca tatcctggaa tagacgattt atcttcaatt 600
ggcttcgaaa taagaaaaga cgatttattc catttctatg ccataccaat gagatcaaga 660
atagagacat taaatgcaca tgattatgca tcctcatcaa ttttttataa tgcatgggtc 720
aaatcaaaat tttttgatat aatagacatc attgaaaaca aattcaatac aaggatgatg 780
cttgaatact ccatgaagga tatgtacagg ctgcaggcgc ttttaatatc ctctggatat 840
atcatatatg aaaagcatta tttagacatt ataagaaaat taagatcatc attaaataac 900
tacaaaaacg tttatttcac atctgataca ggaacaagca ttgttgttat gtcaacatca 960
atgaatgagc tttcaaggtt cgttaacgat cttgatcttg atggtataag cggcaatttt 1020
ccagagaaga tcattataga ggaactatga 1050
<210> 87
<211> 975
<212> DNA
<213> Picrophilus torridus
<400> 87
atggaaaatt acaatgttaa gacaagggcg ttcccaacaa taggcataat actgcttggt 60
gggatctcgg ataaaaagaa caggataccg ctgcatacaa cggcaggcat agcatatact 120
ggtataaaca atgatgttta cactgagaca aagctttatg tatcaaaaga tgaaaaatgc 180
tatattgatg gaaaggaaat tgatttaaat tcagatagat caccatcgaa ggttattgat 240
aaattcaagc atgaaatact tatgagagta aatcttgatg atgaaaataa cctttcaatt 300
gattcaagga actttaatat attaagtggc agctcagatt ctggggccgc tgcactggga 360
gagtgcatag aatcaatttt tgaatacaat ataaatatat ttacatttga aaacgatctt 420
cagaggatat cagaaagtgt tggaagaagc ctttacggtg gtttaacagt aaactatgcc 480
aatggcaggg aatcattaac agagccatta cttgagcctg aggcatttaa taactttaca 540
ataattggtg cacattttaa cattgataga aaaccatcaa atgagattca tgaaaatatc 600
ataaaacatg aaaattacag ggaaagaata aaaagtgctg agagaaaggc gaaaaaactt 660
gaggagctat caaggaatgc aaacataaag ggtatctttg aacttgcaga atccgataca 720
gtggaatacc ataaaatgct ccatgatgtt ggcgttgaca taataaatga tagaatggag 780
aacctcattg aaagggtaaa agaaatgaaa aataacttct ggaattcata catagttacc 840
ggcggcccga acgtttttgt aataacagag aaaaaggacg ttgataaggc aatggaagga 900
ttaaatgatc tgtgcgatga tataagatta ttaaaagttg caggaaagcc acaggtcatt 960
tcaaaaaact tttaa 975
<210> 88
<211> 1191
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 88
atgaccgttt acacagcatc cgttaccgca cccgtcaaca tcgcaaccct taagtattgg 60
gggaaaaggg acacgaagtt gaatctgccc accaattcgt ccatatcagt gactttatcg 120
caagatgacc tcagaacgtt gacctctgcg gctactgcac ctgagtttga acgcgacact 180
ttgtggttaa atggagaacc acacagcatc gacaatgaaa gaactcaaaa ttgtctgcgc 240
gacctacgcc aattaagaaa ggaaatggaa tcgaaggacg cctcattgcc cacattatct 300
caatggaaac tccacattgt ctccgaaaat aactttccta cagcagctgg tttagcttcc 360
tccgctgctg gctttgctgc attggtctct gcaattgcta agttatacca attaccacag 420
tcaacttcag aaatatctag aatagcaaga aaggggtctg gttcagcttg tagatcgttg 480
tttggcggat acgtggcctg ggaaatggga aaagctgaag atggtcatga ttccatggca 540
gtacaaatcg cagacagctc tgactggcct cagatgaaag cttgtgtcct agttgtcagc 600
gatattaaaa aggatgtgag ttccactcag ggtatgcaat tgaccgtggc aacctccgaa 660
ctatttaaag aaagaattga acatgtcgta ccaaagagat ttgaagtcat gcgtaaagcc 720
attgttgaaa aagatttcgc cacctttgca aaggaaacaa tgatggattc caactctttc 780
catgccacat gtttggactc tttccctcca atattctaca tgaatgacac ttccaagcgt 840
atcatcagtt ggtgccacac cattaatcag ttttacggag aaacaatcgt tgcatacacg 900
tttgatgcag gtccaaatgc tgtgttgtac tacttagctg aaaatgagtc gaaactcttt 960
gcatttatct ataaattgtt tggctctgtt cctggatggg acaagaaatt tactactgag 1020
cagcttgagg ctttcaacca tcaatttgaa tcatctaact ttactgcacg tgaattggat 1080
cttgagttgc aaaaggatgt tgccagagtg attttaactc aagtcggttc aggcccacaa 1140
gaaacaaacg aatctttgat tgacgcaaag actggtctac caaaggaata a 1191
<210> 89
<211> 1182
<212> DNA
<213> Schizosaccharomyces pombe
<400> 89
atggacaaaa aggtttatca atgcaccgtt agtgcgcctg ttaatattgc agtaattaaa 60
tactggggaa agagagatgt ggcattgaac ttgcctacca atagctcgat cagtgtgacc 120
ctttctcaag atgacttacg tactgttact acagctagtt gtagcgagaa gtttgagaat 180
gatacactgt ggttaaatgg aaacgctgag gaaatctttg ccaataaacg acttcgtgtc 240
tgtgtagagg aactgcgtaa agctagatta gatctcgaag aggaaaatga tgatcttgac 300
aagattggtg cattgaagct tcatgtcgtt tcagaaaaca acttccctac tgctgctggt 360
ttggcatctt cagctgctgg ttatgctgct ttttgtgaag caatcgctag attgtacgat 420
ttaccatgga cacccactca attatctcgc attgctagac aggggtctgg aagtgcttgt 480
cgtagcttgt ttgggggcta tgtagcctgg gagatgggcg agcttcatag cggtgctgat 540
agtgtagcag ttcaagttga acctgttgaa aattggcccg aaatacgtgt tgctgtttta 600
gtagcgtccg ctgccaaaaa aggggtttcc tcaacagctg gcatgcaagc tacagttgca 660
tcttctacct tgttccaaca tcgtattcaa aacatcgttc cacaacgtat ccaagaaatg 720
aagaccgcca ttcgtgagcg tgattttgag acttttgcga agcttaccat gactgattcc 780
aatcaattcc atgcgtgctg ccttgatact tttcccccta tcttttactt gaacgatact 840
tcacgtgcgg ttatccgagt tgttgagaat ataaatgcta ctgctggaaa gaccattgct 900
gcctatacat ttgatgctgg cccaaatgct gttatttact tcttggaaga aaactccgag 960
attgtattaa atacacttta tgctgttact aaaaatgctg aaggatggag caagcagtat 1020
ggctcttccc ccgttactgt tgattctgct gcagccaata ttgtatcatc tggtataagc 1080
cgagttatct taactcgagt gggtaatggg cctcgagttt tgacgattga cgaatctttg 1140
atcgatgcat ctggcaaccc taaatttata ggaagtcatt aa 1182
<210> 90
<211> 972
<212> DNA
<213> Halorhabdus utahensis
<400> 90
atgaaagcga cagcgacggc ccacccgatc caggggctgg tgaagtacca cgggatacgc 60
gaccccgaac tccggacgcc gtatcacgat tcgatcagcc tctgcactgc gccgagtaac 120
tccacgacga cggtcgcctt cgaacccgag cgtcccgagg acgagtacgt catcgacggc 180
gaacacatcg acgggcgcgg ggccgagcgc atccggaccg tcgtcgataa cgttcgcgaa 240
cgggccgatc tcgacgagcg cgtccgcgtc gcaagtgaga acaacttccc gtcgaacgtc 300
ggctttggct cctcggcgtc gggattcgcg gcgctggcga ctgctctcgt tgaggccgct 360
ggcctggacc tctcacgccc ggagatctcg acgattgccc gccgcggctc gacctcggcg 420
gcgcgggcgg tcacgggtgg cttttcggat ctgcgggcgg gcagtaacga cgccgactgc 480
cgttcgaagc gactcgacgt ccccttggag gatgacgttc gcatcgtcgg cgcagtgatt 540
cctgcataca aagagaccga ggcggcccac gaggaggccg ccgagagcca catgttcgag 600
ggccgactcg cccacgtcca cgagcaactc gcggacatgc gcgacgcgct cggtcgcggg 660
gacttcgagc ggtccttcga gatcgccgaa cacgacacac tctcgctggc ggcgacgacg 720
atgaccggac cgagcggctg ggtctactgg caacccgaga gcctcgaagt cttcgagacg 780
gttcgggacc ttcgcgacga cggggttccc gtctacttct ccggggatac cggcgcaagc 840
atctacgtca acaccacggc cgagtacgtc gaccgcgtcg aatcggcgat cgaaaccctc 900
gggatcgaga cgctcacctg gcgcgtcggt ggccccgcgc gcgtccgtga tcccgagaag 960
gcactgttct ga 972
<210> 91
<211> 984
<212> DNA
<213> Haloterrigena turkmenica
<400> 91
atgaaagcga ccgccatggc ccacccgatt caggggctgg tcaagtatca cgggatgcga 60
gacgagatcg agcgcctgcc gtatcacgac agtatcagtc tctgtacggc cccgagccac 120
actcgcacga ccgtggagtt ctcgatggac tacgaggagg acacgttcgt cgtcgacggc 180
gaggaactcg acggccgggc ctacgagcgc gtcgaagccg tcgtcgagaa ggctcgttcg 240
aagtccgacg cggcccacac cgtctatccg gttcgcctcg agagcgagaa cagtttcccg 300
tcgaacgtcg ggctgggctc ctcttcctcg ggcttcgccg ccgccgcgat ggcgctggcc 360
gaggccgccg aactcgacgc ctcccgccag gagatttcga cgatcgctcg cgtcggctcg 420
gcgtcggccg cccgcgcggt caccggcgcg ttttcgcaac tgcacacggg tctgaacgac 480
gaggattgtc gctcgcggcg catcccgagt gaccttcacg aggacctgaa gatcgtcgtc 540
ggcctcgtcc cctaccacaa ggagaccgag gacgcccacc gcgaggccgc cgacagccac 600
atgttccagg cccgcaacgc ccacatccac ggccagatcg ccgagatgcg cgacgccctg 660
cggaacaacg agttcgaccg cgccttcgaa ctcgccgagc aggactccct ctcgctggcc 720
gcgacgacga tgaccggccc ctccgggtgg gtctactggc agcccgctac cctgaagatc 780
ttcaatacgg tgcgggaact ccgcgaggag gaggacatcc ccgtctactt ctcgacggac 840
accggcgcca gcgtctacgt caacaccacc gaggaacacg tcgacgaggt cgaggaggcg 900
gtctcggatt gcggcgtctc caccaccgtc tgggacgtcg gcggccctgc gaagctgcta 960
gacgaggaaa agcacctgtt ctag 984
<210> 92
<211> 951
<212> DNA
<213> Leuconostoc kimchii
<400> 92
atgcctacaa cagccacagc acatactaat attgcattta ttaaatattg gggtaaaaaa 60
gatgcgcgct taaatttacc gacaaccagt tctttatccc taacactctc acaattttat 120
acaacaacaa cagtcacaca aaacaccgac aaagatcaac ttgttttaaa cggtgagcta 180
gccgacccta ctagaataca tcatttttta aatacaatac gtgatatcct tggtgatttt 240
cctgctgtga cagtcacttc agaaaaccat gtgccaacca gtgcaggtct agcctcttcg 300
gcttcatctt tcgctgcgct aacaggtgca gtaacaagag aaatgggatt tgatttgtct 360
aatcaatcct tatctcggtt agcacgccgt ggatctggtt ccgcctcacg atcgttttac 420
agtcactttg ctatctggca tgctggtatg gatgatgcct catcttttgc tgaaagttta 480
aatgcccctg acatgccgat tgcccttgtc gttgccgaag tgtccacttc agcaaagaaa 540
gtgagctcaa gtgatggcat gcaacgtgca atcacttcac caaactacga tgattggctc 600
aaccgcagcg cgacacaatt tatggatatg cagtctgcca ttcaacaatc agacatcgaa 660
aaaattggta cgcttgctga agaaaacgct ttagctatgc atgcgcttaa tctcactgca 720
cgccataaac cattcaccta tttcacgcaa gaaacccaac aaatacttgc cctagtatca 780
gatttacgac gacaagggat cctagccttc gcaacaatgg atgctggtcc aaacgtcaaa 840
attataacga ctttaaatga tgcaccaaaa attgttacag cactacattc tgctttacca 900
tatatccatc tcgaaactgc tacaagcgga tcaggtatta cctatgacta a 951
<210> 93
<211> 1005
<212> DNA
<213> Halobacterium salinarum
<400> 93
atgcgcgcga cacccccgca tcgacgtatg aaagcaaccg cgcgcgcaca ccccatccag 60
ggcctcgtga aataccacgg gatgcgcgac gagtcgcttc gcatgccgta ccacgactcc 120
atcagcgtct gcaccgcgcc cagcaacacc acgacgaccg tcgagttcga tcccgaccgc 180
gacgccgacc agtacgtcgt cgacggcgac acggtcaccg gtcacggcgc ggaccgcatc 240
cgcagtgtgg tcgatgcggt ccgcgaccgc gccgggttcg accaccgcgt gcgcctggag 300
agccagaaca gcttccccac gaacatcggc ctggggtcgt cgtcgtcggg gttcgcggcg 360
gccgcgctgg cgtgcgtccg cgccgccggc ctggatctgg acctcccgac ggtgtcgacg 420
gtcgcgcgcc gcggatcggc gtcggcggcc cgcgccgtca cgggcgggtt ctcggatctg 480
cacgcgggat tgaacgacgc cgactgccgc agcgaacgcc tcgacgcccc cgcggagttc 540
gcgtccgatc tgcgcatcgt cgtgggcgaa gtgcccgcgt acaaggagac ggagtctgcc 600
cacgccgagg ccgccgacag ccacatgttc gacgcgcggc tggcacacgt ccagggccaa 660
ctcgcggaga tgcgtgacgc cgtccgcgcg ggcgacttcc agcgcgtctt cgagaccgcc 720
gaacacgact cgctgtcgct cgcggcgacg acgatgacgg ggccgtccgg gtgggtgtac 780
tggaagcccg agacgctctc gatattcgag accgtgcggg agctccgggc ggacggcgtg 840
ccgacgtact tctcgacgga taccggcgcg acagtgtacg tgaacaccac tgcgagtcac 900
gccgacgagg tcgaggctgc ggtcgccgac tgcggcgtcg acaccgccgt ctgggaggtc 960
ggcgggcctg cccacgaact cgacgagcgc gacgcgatct tctga 1005
<210> 94
<211> 1300
<212> DNA
<213> Aspergillus clavatus
<400> 94
atggcggctg cggactcttc ggtctatagg gccaccacta ctgcccctgt caatattgct 60
gtcatcaagt aagttgactg cccccccccc ctaaataaac caaccgcctc cttttcttct 120
atcattaaat ttgtactaac gctgggactt ctctagatac tggggaaaac gggacgcaac 180
tctgaacctg cccaccaatt cttccctctc tgtgaccctt tcccagcgtt cgctccgcac 240
cctcaccacc gcctcctgtt ctgctatcta ccccaccgca gatgagctta tcctcaatgg 300
caagcctcaa gatatccaat cctccaagcg tacgctcgcc tgtctctcca gcctgcgctc 360
tcttcgccag gcgctggaat ctacagactc atcgttgccg aaattatcta cacttccctt 420
gcggattgtt tccgagaaca atttccccac ggccgctggt cttgctagct cagctgctgg 480
gtttgcagcc ctcgttcgtg ctgtagcgaa cctctaccaa cttccgcaat cacctcggga 540
gctcagccgt atcgctcgtc agggatctgg ctctgcttgc cggtctctga tgggcggcta 600
cgtggcttgg cgcgctggag agttggagga cggcagcgat agtcttgctg aggaggttgc 660
acctgcctca cactggcctg agatgcgtgc cattgtcctg gtggtcagcg ccgagaagaa 720
ggatgtcccc agtaccgagg gcatgcagac gacggtcgct acctcgagtc tcttcgctac 780
cagagcgaca tctgttgttc ccgagcggat ggctgccatt gagacagcaa tcctgaacaa 840
ggactttcct gccttcgccg aactcaccat gcgcgactct aacggcttcc acgccacctg 900
ccttgactcc tggcccccaa ttttctatat gaacgacgtt tcccgggctg ctgtcagaat 960
tgtccacgat atcaaccgtg ctattggccg aactgtgtgt gcgtacacct ttgatgctgg 1020
accgaatgct gttatctatt atctggaaaa ggattcggag ctggtcgcag gaactgtcaa 1080
ggcaatcttg accaccaaca ctgacggctg gaatggtcct ttctacgata ttctgaagga 1140
cgtcactgcc ccgggtgttt ctttggataa gattgactct agagccgttg aagttctcaa 1200
ggagggagtc agccgcgtga ttctgaccgg tgttggtgag ggtcctgtca gtgtagaaga 1260
ccacctggtc agcgcaactg gagatgttct ttcgcactaa 1300
<210> 95
<211> 1283
<212> DNA
<213> Neosartorya fischeri
<400> 95
atggcggcta cttctgatca taccgtctat cgtgctacca ctaccgcccc ggtcaatatt 60
gctgttatta agtgagttga ctatcgcccc ctaatccgtc ctgtggtgat tcttgtttcc 120
tcctaacagg gtcctctagg tattggggta aaagagatgc gtctctgaat ctgccaacca 180
attcctccct ctctgttacc ctctctcagc gctccctccg aaccctcact accgcctcct 240
gctcagctat ctaccccgcc gcagacgagc tcatcttgaa cggcaagcca caggatattc 300
agtcctccaa acgcacactc gcttgtctct ccaacctacg ttccctccgt caggctctcg 360
aaaatgccga cccctcattg cctaaactgt ctgctctccc attgcgaatt gtttccgaga 420
acaacttccc caccgctgct ggtctcgcga gctcagctgc tggtttcgca gcccttgtcc 480
gtgctatagc agatctttat cagcttccac aatctcctct ggagctcagc cgtattgccc 540
gtcagggttc cggctctgct tgtcggtctc tgatgggcgg ttatgttgcc tggcgtgctg 600
gcgagcggga agatggtagc gacagtctgg ctgaggaagt cgctcccgca tctcattggc 660
ctgagatgcg tgcaattatc ctggtggtta gtgccgagaa gaaagacgtc cccagtacag 720
agggtatgca gactacagtt gctacctcga gtctctttgc tacccgggcc gcatctgttg 780
tccctgagcg gatggccgcc attgagacgg caatccagaa caaggacttc gctacctttg 840
cggaaatcac catgcgtgac tctaacagtt tccacgcaac ttgcctcgac tcctggcctc 900
cgatcttcta catgaacgac gtctccagag ctgccgtgag actcgtccac gacatcaacc 960
gtgctgttgg ccggactgtg tgtgcttaca cattcgacgc tggcccgaat gccgttatct 1020
actaccttga gaaagactcg gaggtggtcg caggaaccgt caaggctatt ttgggcccca 1080
acaccgaagg gttcgacggc ccattctatg atatcttgaa gaatgtcact gcttcagtcg 1140
tgcctctgga gaatgttgac tctagagctg tagaagtctt gaagaacggc atcagccgcg 1200
tcattctgac tggtgtcggg gagggtccta tcagcgtgga ggatcacctt gtgagcgcga 1260
cgggtgatat cctcgcttct tga 1283
<210> 96
<211> 954
<212> DNA
<213> Streptococcus pseudopneumoniae
<400> 96
atggatagag agcctgtaac agtacgttcc tacgcaaata ttgctattat caaatattgg 60
ggaaagaaaa aagaaaaaga gatagtgcct gctactagca gtatttctct aactttggaa 120
aatatgtata cagagacgac cttgtcgcct ttaccagcca atgtaacagc tgacgaattt 180
tacatcaatg ctcagctaca aaatgaggtc gagcatgcca agatgagtaa gattattgac 240
cgttatcgtc cagctggtga gggctttgtc cgtatcgata ctcaaaataa tatgcctacg 300
gcagcgggcc tgtcctcaag ttctagtggt ttgtccgccc tggtcaaggc ttgtaatgct 360
tatttccagc ttggtttgtc tcggagtcag ttggcacagg aggctaagtt tgcctcaggt 420
tcttcttctc ggagttttta tggaccacta ggtgcctggg acaaggatag tgggggaatt 480
taccctgtag agacaaactt gaaactagct atgatcatgt tggtgctaga ggacaagaaa 540
aaaccaatct ctagccgtga cgggatgaaa ctttgtgtgg agacttcgac gacttttgac 600
gactgggttc gtcagtctga gaaggactat caggatatgc tgatttatct caaggaaaat 660
gactttgcca agattggaga attaacggag aaaaatgctc ttgctatgca cgctacgaca 720
aaaacagcat caccagcctt ttcttatctg accgattcat cttatgaagc gatggacttt 780
gttcgtcaac ttcgcgagca aggagaggcc tgctacttta ctatggatgc cggtcctaat 840
gtcaaagttc tttgtcaaga gaaagacttg gagcatttat caaaaatctt cggtcaacgt 900
taccgcttga ttgtgtcaaa aacaaaggat ttgagtcaag atgattgctg ttaa 954
<210> 97
<211> 1005
<212> DNA
<213> Lactobacillus rhamnosus
<400> 97
atgacaactt atgcacgtgc gcacactaac attgcattga tcaaatattg gggcaaagca 60
aataagcaac tgatgctgcc ggcaaccagc agtatttcgc ttaccttgaa tgacttttac 120
acggacacgg cggtaacttt tgaccctgca ctcgatcagg atcaattcac gttaaatcac 180
caaatgcagt cgcctactgc tgtcagccgc tttttggatc atgttcggca cctggcccaa 240
attgatacac gcgctcgggt caactcgttg aatcatgtac cgactgctgc cggtttggcc 300
agttcggctt ctgcgtttgc ggcactggca ctggctacaa gtcgcgcggc tggcctaaat 360
ttaaccccta ccgctttgtc acggttggca cgtcgcggct cagggtcggc cacccgttca 420
atctttggcg gagcggtaat ttggcaccgt ggcagcgatg atcaatcctc gtttgccgaa 480
cccttaacca ttcagccaac tctgccgctg cggatgttgg tcgtcacggt ttccgatcag 540
aaaaaggcag tcagctcccg caccggcatg gccaacacgg ttgcgaccag cccttattac 600
caggcatggg tacaatcgaa tgaagcgtta atttcaccta tgatcacggc attggccgaa 660
aatgatctga cgacgattgg tgcactcacc gaattatcga gtatgcgcat gcacgctgcc 720
attatggctg aggagccgcc gttcacctac tttttgccgg aaactttacg cgcctggcaa 780
ttggtgcaag aacaacgggc actcggcatt ccggcgtttg ccacgatgga tgccggaccc 840
aacgtcaaga tcctcacaac cgcaccgtac gtggatgttc tcatgaccgc cttgcagcct 900
gtttttggcg accggatttt gagcacccgc ctcggcccgg acgcgcaagt gattacaaag 960
gagcaattta atgacacaga gtcagcaatc acatcgcaag gatga 1005
<210> 98
<211> 939
<212> DNA
<213> Borrelia afzelii
<400> 98
atgaaagtaa agtgtaaagc caatgcaagc ttggctttaa ttaaatattg gggaaagaag 60
gatgtttttt taaacattcc agcgacttct agtcttgctg ttagtgttga taaattttat 120
tcaataagtg agcttgaact ttcagatcga gatgaaataa ttttaaattc aaagccagtt 180
atattgcaaa atagagaaaa ggtgtttttt gattatgcaa gaaaaattct tagtgaaccg 240
aatgttagat ttaaaattaa aagtgaaaac aattttccaa cagcagcagg ccttgcaagt 300
tcaagttcag gatttgcttc tattgctgct tgtattttga aatattttga taaatattct 360
tttaatagtg catctaatct tgcaagagta ggatcagctt ctgcagcaag ggctatttac 420
ggagggttta ctattttgaa agaaggttca aaagaatctt ttcaattaag agatgaatct 480
tattttaatg atttgcgcat aatatttgcc ataattgata gtagtgaaaa agaattgtcc 540
tcaagagccg caatgaatat ttgcaaacac catggatttt attatgatgc ttggattgct 600
tctagtaaaa agatttttaa agatgcttta tatttttttt taaaaaaaga ttttgtgcat 660
tttggagcaa ctattgtaaa aagttatcag aatatgtttg ctttaatgtt tgcatcttct 720
attttttatt ttaaaaatag cacaatagat ttaattaaat atgccgctta tttaagaaat 780
aaaggaattt tggtatttga gacaatggat gcgggccccc aagtgaagtt tctttgtttg 840
gagaaaaatt taaatactat tttaaaagga cttaagcaga attttactga cattgagttt 900
attgtttcaa aggttggatg tgacttagaa tggatttga 939
<210> 99
<211> 549
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 99
atgcaaacgg aacacgtcat tttattgaat gcacagggag ttcccacggg tacgctggaa 60
aagtatgccg cacacacggc agacacccgc ttacatctcg cgttctccag ttggctgttt 120
aatgccaaag gacaattatt agttacccgc cgcgcactga gcaaaaaagc atggcctggc 180
gtgtggacta actcggtttg tgggcaccca caactgggag aaagcaacga agacgcagtg 240
atccgccgtt gccgttatga gcttggcgtg gaaattacgc ctcctgaatc tatctatcct 300
gactttcgct accgcgccac cgatccgagt ggcattgtgg aaaatgaagt gtgtccggta 360
tttgccgcac gcaccactag tgcgttacag atcaatgatg atgaagtgat ggattatcaa 420
tggtgtgatt tagcagatgt attacacggt attgatgcca cgccgtgggc gttcagtccg 480
tggatggtga tgcaggcgac aaatcgcgaa gccagaaaac gattatctgc atttacccag 540
cttaaataa 549
<210> 100
<211> 867
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 100
atgactgccg acaacaatag tatgccccat ggtgcagtat ctagttacgc caaattagtg 60
caaaaccaaa cacctgaaga cattttggaa gagtttcctg aaattattcc attacaacaa 120
agacctaata cccgatctag tgagacgtca aatgacgaaa gcggagaaac atgtttttct 180
ggtcatgatg aggagcaaat taagttaatg aatgaaaatt gtattgtttt ggattgggac 240
gataatgcta ttggtgccgg taccaagaaa gtttgtcatt taatggaaaa tattgaaaag 300
ggtttactac atcgtgcatt ctccgtcttt attttcaatg aacaaggtga attactttta 360
caacaaagag ccactgaaaa aataactttc cctgatcttt ggactaacac atgctgctct 420
catccactat gtattgatga cgaattaggt ttgaagggta agctagacga taagattaag 480
ggcgctatta ctgcggcggt gagaaaacta gatcatgaat taggtattcc agaagatgaa 540
actaagacaa ggggtaagtt tcacttttta aacagaatcc attacatggc accaagcaat 600
gaaccatggg gtgaacatga aattgattac atcctatttt ataagatcaa cgctaaagaa 660
aacttgactg tcaacccaaa cgtcaatgaa gttagagact tcaaatgggt ttcaccaaat 720
gatttgaaaa ctatgtttgc tgacccaagt tacaagttta cgccttggtt taagattatt 780
tgcgagaatt acttattcaa ctggtgggag caattagatg acctttctga agtggaaaat 840
gacaggcaaa ttcatagaat gctataa 867
<210> 101
<211> 996
<212> DNA
<213> Streptococcus mutans
<400> 101
atgacaaata gaaaagatga tcatataaaa tatgccttag actatcgttc gccatataat 60
agtttcgatg acatagaact cattcatcat tctttaccag attatgattt agccgagatt 120
gatttgtcta cacattttgc tggtcaggat tttgattttc ctttttatat caacgctatg 180
acaggcggaa gccaaaaagg gaaagaagtt aatgaaaaat tagctcaggt agcggacacc 240
tgtggtcttc tttttgtaac aggttcttac agcacagctc ttaaaaatcc agacgatact 300
tcttatcagg taaaaaaatc cagacctcat ttattactag caaccaatat cggccttgac 360
aaaccttatc aggctggctt acaggcagtt agggatttac agcctttatt tcttcaagtt 420
catattaatc ttatgcaaga gctccttatg ccagaggggg aacgcgaatt taggtcttgg 480
aagaaacatt tatctgacta tgcgaagaaa ctacaacttc cttttatttt aaaagaagtt 540
ggttttggta tggacgttaa aacaatccaa actgctattg acctaggggt taaaactgtc 600
gatatttctg gccgaggcgg aactagtttt gcttatatcg aaaatagacg tggcggaaat 660
cgttcttatc ttaatcaatg gggacaaacc acagcgcaag ttctattaaa tgctcagccg 720
cttatggata aggtagaaat cctggctagc ggcgggattc gtcatccatt ggacataata 780
aaagctttgg tccttggagc caaagcggtc ggtttatctc gaacgatgtt agaattagtt 840
gaacagcatt ctgttcatga agtcattgct attgtaaatg gttggaaaga agatttgcgc 900
ctgatcatgt gcgcccttaa ctgtcaaacg attgcagaac ttcgaaatgt tgactatctt 960
ttatatgggc gcttaagaga aggacagaga caataa 996
<210> 102
<211> 1050
<212> DNA
<213> Bacillus subtilis
<400> 102
gtgactcgag cagaacgaaa aagacaacac atcaatcatg ccttgtccat cggccagaag 60
cgggaaacag gtcttgatga tattacgttt gttcacgtca gtctgcccga tcttgcatta 120
gaacaagtag atatttccac aaaaatcggc gaactttcaa gcagttcgcc gatttttatc 180
aatgcaatga ctggcggcgg cggaaaactt acatatgaga ttaataaatc gcttgcgcga 240
gcggcttctc aggctggaat tccccttgct gtgggatcgc aaatgtcagc attaaaagat 300
ccatcagagc gtctttccta tgaaattgtt cgaaaggaaa acccaaacgg gctgattttt 360
gccaacctgg gaagcgaggc aacggctgct caggcaaagg aagccgttga gatgattgga 420
gcaaacgcac tgcagatcca cctcaatgtg attcaggaaa ttgtgatgcc tgaaggggac 480
agaagcttta gcggcgcatt gaaacgcatt gaacaaattt gcagccgggt cagtgtaccg 540
gtcattgtga aagaagtcgg cttcggtatg agcaaagcat cagcaggaaa gctgtatgaa 600
gctggtgctg cagctgttga cattggcggt tacgggggaa caaatttctc gaaaatcgaa 660
aatctccgaa gacagcggca aatctccttt tttaattcgt ggggcatttc gacagctgca 720
agtttggcgg aaatccgctc tgagtttcct gcaagcacca tgatcgcctc tggcggtctg 780
caagatgcgc ttgacgtggc aaaggcaatt gcgctggggg cctcttgcac cggaatggca 840
gggcattttt taaaagcgct gactgacagc ggtgaggaag gactgcttga ggagattcag 900
ctgatccttg aggaattaaa gttgattatg accgtgctgg gtgccagaac aattgccgat 960
ttacaaaagg cgccccttgt gatcaaaggt gaaacccatc attggctcac agagagaggg 1020
gtcaatacat caagctatag tgtgcgataa 1050
<210> 103
<211> 939
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 103
atgaaagtcg cagtcctcgg cgctgctggc ggtattggcc aggcgcttgc actactgtta 60
aaaacccaac tgccttcagg ttcagaactc tctctgtatg atatcgctcc agtgactccc 120
ggtgtggctg tcgatctgag ccatatccct actgctgtga aaatcaaagg tttttctggt 180
gaagatgcga ctccggcgct ggaaggcgca gatgtcgttc ttatctctgc aggcgtagcg 240
cgtaaaccgg gtatggatcg ttccgacctg tttaacgtta acgccggcat cgtgaaaaac 300
ctggtacagc aagttgcgaa aacctgcccg aaagcgtgca ttggtattat cactaacccg 360
gttaacacca cagttgcaat tgctgctgaa gtgctgaaaa aagccggtgt ttatgacaaa 420
aacaaactgt tcggcgttac cacgctggat atcattcgtt ccaacacctt tgttgcggaa 480
ctgaaaggca aacagccagg cgaagttgaa gtgccggtta ttggcggtca ctctggtgtt 540
accattctgc cgctgctgtc acaggttcct ggcgttagtt ttaccgagca ggaagtggct 600
gatctgacca aacgcatcca gaacgcgggt actgaagtgg ttgaagcgaa ggccggtggc 660
gggtctgcaa ccctgtctat gggccaggca gctgcacgtt ttggtctgtc tctggttcgt 720
gcactgcagg gcgaacaagg cgttgtcgaa tgtgcctacg ttgaaggcga cggtcagtac 780
gcccgtttct tctctcaacc gctgctgctg ggtaaaaacg gcgtggaaga gcgtaaatct 840
atcggtaccc tgagcgcatt tgaacagaac gcgctggaag gtatgctgga tacgctgaag 900
aaagatatcg ccctgggcga agagttcgtt aataagtaa 939
<210> 104
<211> 990
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 104
atgaaactcg ccgtttatag cacaaaacag tacgacaaga agtacctgca acaggtgaac 60
gagtcctttg gctttgagct ggaatttttt gactttctgc tgacggaaaa aaccgctaaa 120
actgccaatg gctgcgaagc ggtatgtatt ttcgtaaacg atgacggcag ccgcccggtg 180
ctggaagagc tgaaaaagca cggcgttaaa tatatcgccc tgcgctgtgc cggtttcaat 240
aacgtcgacc ttgacgcggc aaaagaactg gggctgaaag tagtccgtgt tccagcctat 300
gatccagagg ccgttgctga acacgccatc ggtatgatga tgacgctgaa ccgccgtatt 360
caccgcgcgt atcagcgtac ccgtgacgct aacttctctc tggaaggtct gaccggcttt 420
actatgtatg gcaaaacggc aggcgttatc ggtaccggta aaatcggtgt ggcgatgctg 480
cgcattctga aaggttttgg tatgcgtctg ctggcgttcg atccgtatcc aagtgcagcg 540
gcgctggaac tcggtgtgga gtatgtcgat ctgccaaccc tgttctctga atcagacgtt 600
atctctctgc actgcccgct gacaccggaa aactaccatc tgttgaacga agccgccttc 660
gatcagatga aaaatggcgt gatgatcgtc aataccagtc gcggtgcatt gattgattct 720
caggcagcaa ttgaagcgct gaaaaatcag aaaattggtt cgttgggtat ggacgtgtat 780
gagaacgaac gcgatctgtt ctttgaagat aaatccaacg acgtgatcca ggatgacgta 840
ttccgtcgcc tgtctgcctg ccacaacgtg ctgtttaccg ggcaccaggc attcctgaca 900
gcagaagctc tgaccagtat ttctcagact acgctgcaaa acttaagcaa tctggaaaaa 960
ggcgaaacct gcccgaacga actggtttaa 990
<210> 105
<211> 1050
<212> DNA
<213> Ralstonia eutropha
<400> 105
atgaagatct ccctcaccag cgcccgccag cttgcccgcg acatcctcgc cgcgcagcag 60
gtgcccgccg acatcgctga cgacgtggcc gagcacctgg tcgaatccga ccgctgcggc 120
tatatcagcc acggcctgtc gatcctgccc aactaccgca ccgccctcga cggccacagc 180
gtcaacccgc aaggccgcgc caaatgcgtg ctggaccagg gcacgctgat ggtgttcgac 240
ggcgacggcg gcttcggcca gcacgtgggc aagtccgtga tgcaagcagc gatcgagcgc 300
gtgcgccagc atggccactg catcgtcact ctgcgccgct cgcaccatct cggccgcatg 360
ggccactacg gcgagatggc ggccgccgcc ggctttgtgc tgctgagctt caccaacgtg 420
atcaaccgcg cgccggtggt ggcgccgttc ggcggccgcg tggcgcggct caccaccaac 480
ccgctgtgtt tcgccggccc gatgcccaac gggcggccgc ctctggtggt ggacatcgcc 540
accagcgcga ttgccatcaa caaggcccgt gtgctggccg agaaaggcga gccggcgccc 600
gaaggcagca tcatcggcgc cgacggcaac cccaccaccg acgcgtcaac catgttcggc 660
gaacaccccg gcgcgctgct gccctttggc ggccacaagg gctacgcact gggcgttgtg 720
gccgagctgc tggcgggcgt gctgtccggc ggcggtacca tccagccaga caatccgcgc 780
ggcggcgtgg ccaccaacaa cctgttcgcg gtgctgctca atcccgcgct ggacctgggc 840
ctggactggc agagcgccga ggtcgaggcg ttcgtgcgct acctgcacga cacaccgccg 900
gcgccgggcg tcgaccgcgt gcagtacccc ggcgagtacg aggccgccaa ccgggcgcag 960
gccagcgaca cgctaaacat caacccggcc atctggcgca atcttgagcg cctggcgcag 1020
tcgctcaacg tggccgtccc cacggcctga 1050
<210> 106
<211> 1056
<212> DNA
<213> Clostridium beijerinckii
<400> 106
atgaaaggtt ttgcaatgct aggtattaat aagttaggat ggatcgaaaa agaaaggcca 60
gttgcgggtt catatgatgc tattgtacgc ccattagcag tatctccgtg tacatcagat 120
atacatactg tttttgaggg agctcttgga gataggaaga atatgatttt agggcatgaa 180
gctgtaggtg aagttgttga agtaggaagt gaagtgaagg attttaaacc tggtgacaga 240
gttatagttc cttgtacaac tccagattgg agatctttgg aagttcaagc tggttttcaa 300
cagcactcaa acggtatgct cgcaggatgg aaattttcaa atttcaagga tggagttttt 360
ggtgaatatt ttcatgtaaa tgatgcggat atgaatcttg cgattctacc taaagacatg 420
ccattagaaa atgctgttat gataacagat atgatgacta ctggatttca tggagcagaa 480
cttgcagata ttcaaatggg ttcaagtgtt gtggtaattg gcattggagc tgttggctta 540
atgggaatag caggtgctaa attacgtgga gcaggtagaa taattggagt ggggagcagg 600
ccgatttgtg ttgaggctgc aaaattttat ggagcaacag atattctaaa ttataaaaat 660
ggtcatatag ttgatcaagt tatgaaatta acgaatggaa aaggcgttga ccgcgtaatt 720
atggcaggcg gtggttctga aacattatcc caagcagtat ctatggttaa accaggagga 780
ataatttcta atataaatta tcatggaagt ggagatgctt tactaatacc acgtgtagaa 840
tggggatgtg gaatggctca caagactata aaaggaggtc tttgtcctgg gggacgtttg 900
agagcagaaa tgttaagaga tatggtagta tataatcgtg ttgatctaag taaattagtt 960
acacatgtat atcatggatt tgatcacata gaagaagcac tgttattaat gaaagacaag 1020
ccaaaagact taattaaagc agtagttata ttataa 1056
<210> 107
<211> 1059
<212> DNA
<213> Thermoanaerobacter brockii
<400> 107
atgaaaggtt ttgcaatgct cagtatcggt aaagttggct ggattgagaa ggaaaagcct 60
gctcctggcc catttgatgc tattgtaaga cctctagctg tggccccttg cacttcggac 120
attcataccg tttttgaagg cgccattggc gaaagacata acatgatact cggtcacgaa 180
gctgtaggtg aagtagttga agtaggtagt gaggtaaaag attttaaacc tggtgatcgc 240
gttgttgtgc cagctattac ccctgattgg cggacctctg aagtacaaag aggatatcac 300
cagcactccg gtggaatgct ggcaggctgg aaattttcga atgtaaaaga tggtgttttt 360
ggtgaatttt ttcatgtgaa tgatgctgat atgaatttag cacatctgcc taaagaaatt 420
ccattggaag ctgcagttat gattcccgat atgatgacca ctggttttca cggagctgaa 480
ctggcagata tagaattagg tgcgacggta gcagttttgg gtattggccc agtaggtctt 540
atggcagtcg ctggtgccaa attgcgtgga gccggaagaa ttattgccgt aggcagtaga 600
ccagtttgtg tagatgctgc aaaatactat ggagctactg atattgtaaa ctataaagat 660
ggtcctatcg aaagtcagat tatgaatcta actgaaggca aaggtgtcga tgctgccatc 720
atcgctggag gaaatgctga cattatggct acagcagtta agattgttaa acctggtggc 780
accatcgcta atgtaaatta ttttggcgaa ggagaggttt tgcctgttcc tcgtcttgaa 840
tggggttgcg gcatggctca taaaactata aaaggcgggc tatgccccgg tggacgtcta 900
agaatggaaa gactgattga ccttgttttt tataagcgtg tcgatccttc taagctcgtc 960
actcacgttt tccggggatt tgacaatatt gaaaaagcct ttatgttgat gaaagacaaa 1020
ccaaaagacc taatcaaacc tgttgtaata ttagcataa 1059
<210> 108
<211> 2537
<212> DNA
<213> Rhodococcus ruber
<400> 108
ctgcagggct tcaccctcgg ccactacacc cacgtcttcc ccgagttcgc ggcgaagatg 60
gggccgtggc tcgcggccgg cgacgtggtg ttcgacgaga cgatcgtcga cggcatcggc 120
aactcggtcg atgccttcct cgacctcatg cgcgggcgca acgtcggcaa gatgctcgtc 180
cgaaccgcct gacgtccgga gccggaacgg ccggcgtcgt gcagcggaag attcgctcca 240
gtgccgggcg ggcgcacctt cccggccgta gagtcgggcg catgaaagcc ctccagtaca 300
ccgagatcgg ctccgagccg gtcgtcgtcg acgtccccac cccggcgccc gggccgggtg 360
agatcctgct gaaggtcacc gcggccggct tgtgccactc ggacatcttc gtgatggaca 420
tgccggcaga gcagtacatc tacggtcttc ccctcaccct cggccacgag ggcgtcggca 480
ccgtcgccga actcggcgcc ggcgtcaccg gattcgagac gggggacgcc gtcgccgtgt 540
acgggccgtg ggggtgcggt gcgtgccacg cgtgcgcgcg cggccgggag aactactgca 600
cccgcgccgc cgagctgggc atcaccccgc ccggtctcgg ctcgcccggg tcgatggccg 660
agtacatgat cgtcgactcg gcgcgccacc tcgtcccgat cggggacctc gaccccgtcg 720
cggcggttcc gctcaccgac gcgggcctga cgccgtacca cgcgatctcg cgggtcctgc 780
ccctgctggg acccggctcg accgcggtcg tcatcggggt cggcggactc gggcacgtcg 840
gcatccagat cctgcgcgcc gtcagcgcgg cccgcgtgat cgccgtcgat ctcgacgacg 900
accgactcgc gctcgcccgc gaggtcggcg ccgacgcggc ggtgaagtcg ggcgccgggg 960
cggcggacgc gatccgggag ctgaccggcg gtgagggcgc gacggcggtg ttcgacttcg 1020
tcggcgccca gtcgacgatc gacacggcgc agcaggtggt cgcgatcgac gggcacatct 1080
cggtggtcgg catccatgcc ggcgcccacg ccaaggtcgg cttcttcatg atcccgttcg 1140
gcgcgtccgt cgtgacgccg tactggggca cgcggtccga gctgatggac gtcgtggacc 1200
tggcccgtgc cggccggctc gacatccaca ccgagacgtt caccctcgac gagggaccca 1260
cggcctaccg gcggctacgc gagggcagca tccgcggccg cggggtggtc gtcccgggct 1320
gacacgacga cgaaggctcc gcactcggat cgagtgcgga gccttcgtcg ggtacgggga 1380
tcagcgagcg aacagcagcg cgcgcttgac ctcctggatc gccttcgtca cctggatgcc 1440
gcgcgggcac gcgtcggtgc agttgaaggt ggtgcggcag cgccacacgc cctcgacgtc 1500
gttgaggatg tcgagacgct cggcggcgcc ctcgtcacgg ctgtcgaaga tgaaccggtg 1560
cgcgttgacg atggcggcgg gaccgaagta gctgccgtcg ttccagtaca ccgggcacga 1620
ggtggtgcag cacgcgcaca ggatgcactt ggtggtgtcg tcgaaccggg cacggtcggc 1680
ctgcgactgg atccgctcgc gggtgggctc gttgcccgtg gcgatgagga acggcttcac 1740
ggcgcggaac gcgtcgaaga agggctccat gtcgacgacg aggtccttct cgaccggcag 1800
gccgcggatc ggctcgacgg tgatggtcac cggcttgccg tccttgggca gcatgtcctt 1860
catcaggatc ttgcaggcca ggcggttgac gccgttgatc cgcatggcgt ccgagccgca 1920
caccccgtgc gcgcagctgc ggcggaacgt gagggtgccg tcgaggtagc ccttcacgta 1980
gagcagcagg ttgagcatgc ggtccgacgg cagcgccgga acctggaagc tgtcccagtg 2040
ctgacccttg ccgtcctcgg ggttgaaccg cgcgatcttg agggtgacca tcgtggcgcc 2100
ctcgggcacg ggtggcaggt tcgagacgtc ggcttcgttc ttctcgaggg ttgtcatcaa 2160
gtacttccgc tccatcggct cgtagcgggt ctgcaccacc ggcttgtagt ccaggcggat 2220
gggggagatc agctccgtcc cctccttgta ggccatggtg tgcttgagga acttctcgtc 2280
gtcgcgcttc gggaagtcct cgcgggcgtg accgccgcgc gattccttcc ggttgagcgc 2340
accggcgacg gtgacctcgg ccatctcgag caggaagccc agctcgacgg cctcgagcag 2400
gtcgctgttg tagcgcttgc ccttgtcctg gacggtgatg ttcttgtacc gctccttcag 2460
cgcgtggatg tcctcgagcg ccttggtgag cgtctcctcg gtgcggaaca ccgaggcgtt 2520
gttgtccatg gactgca 2537
<210> 109
<211> 1173
<212> DNA
<213> Pyrococcus furiosus
<400> 109
atgtttgaga tatcaattta tcttcccaca gaaatagttt ttggtcctgg gaagcttgaa 60
atgcttccta aactagtgaa gaagcatggg ctttctggga aggccctaat agtaactgga 120
aggagaagca caaaggaaac tggagttctt tatagagttc aagaactact taagcaagct 180
ggggtagaga gcatagtttt tgacaaaatt attccaaatc caatatctac tcatgtggat 240
gaaggggcag agatagcgag aaaagaaaat gttagctttg ttgttggctt gggtggtgga 300
agtgcgatag atagtgcaaa agctatagca atgactgccg ccagtggagg taaatattgg 360
gactatgttc cagctgtggg aggaggaaag aagcctactg gagcgcttcc aatagttgca 420
attccaacaa cccacgggac tggaacggag gctgatcctt atgctgttat aactaatcct 480
gaaacaaagg agaagcaggg aattggatat gatgttctct tccccaaatt ctctatagtt 540
gatccagaac ttatgcttac tcttccaaaa gatcaaacag tgtacacttc aatggatgct 600
ttctaccact ccattgaggc ctttcttaat gttagagcaa atccatattc ggatgttctg 660
gctctcgact caatgaggcg cattgttaca taccttccat tggcctacga aaacttgaga 720
aatcttgaag caagaacgca acttgcctgg gcaagtactg aggctggaat aacggaaacg 780
gtaacgggag ttgtggcaaa tcatgcactt gagcatggtc taagtggatt ctatcctgaa 840
gtgcctcatg gtctgggcct ctgcattcta ggaccctacc tctttgaata cattctcgac 900
tatgcctatg aaaagttggc gatagtcgga agagaggtat ttggagttta cgagccaaat 960
gacagaaagg cagcagagct agctattaag aagctacgtg acttccagag cctctttgga 1020
gtaaacaaga agctcagaga attaggggtt aaagaggaag acattccaga gatggctagg 1080
actgcttata gaatgatgaa acctgttata gaggcaacac cgggagattt gaaagttgaa 1140
gacttggaag agatctatag aagagcatac taa 1173
<210> 110
<211> 2676
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 110
atggctgtta ctaatgtcgc tgaacttaac gcactcgtag agcgtgtaaa aaaagcccag 60
cgtgaatatg ccagtttcac tcaagagcaa gtagacaaaa tcttccgcgc cgccgctctg 120
gctgctgcag atgctcgaat cccactcgcg aaaatggccg ttgccgaatc cggcatgggt 180
atcgtcgaag ataaagtgat caaaaaccac tttgcttctg aatatatcta caacgcctat 240
aaagatgaaa aaacctgtgg tgttctgtct gaagacgaca cttttggtac catcactatc 300
gctgaaccaa tcggtattat ttgcggtatc gttccgacca ctaacccgac ttcaactgct 360
atcttcaaat cgctgatcag tctgaagacc cgtaacgcca ttatcttctc cccgcacccg 420
cgtgcaaaag atgccaccaa caaagcggct gatatcgttc tgcaggctgc tatcgctgcc 480
ggtgctccga aagatctgat cggctggatc gatcaacctt ctgttgaact gtctaacgca 540
ctgatgcacc acccagacat caacctgatc ctcgcgactg gtggtccggg catggttaaa 600
gccgcataca gctccggtaa accagctatc ggtgtaggcg cgggcaacac tccagttgtt 660
atcgatgaaa ctgctgatat caaacgtgca gttgcatctg tactgatgtc caaaaccttc 720
gacaacggcg taatctgtgc ttctgaacag tctgttgttg ttgttgactc tgtttatgac 780
gctgtacgtg aacgttttgc aacccacggc ggctatctgt tgcagggtaa agagctgaaa 840
gctgttcagg atgttatcct gaaaaacggt gcgctgaacg cggctatcgt tggtcagcca 900
gcctataaaa ttgctgaact ggcaggcttc tctgtaccag aaaacaccaa gattctgatc 960
ggtgaagtga ccgttgttga tgaaagcgaa ccgttcgcac atgaaaaact gtccccgact 1020
ctggcaatgt accgcgctaa agatttcgaa gacgcggtag aaaaagcaga gaaactggtt 1080
gctatgggcg gtatcggtca tacctcttgc ctgtacactg accaggataa ccaaccggct 1140
cgcgtttctt acttcggtca gaaaatgaaa acggcgcgta tcctgattaa caccccagcg 1200
tctcagggtg gtatcggtga cctgtataac ttcaaactcg caccttccct gactctgggt 1260
tgtggttctt ggggtggtaa ctccatctct gaaaacgttg gtccgaaaca cctgatcaac 1320
aagaaaaccg ttgctaagcg agctgaaaac atgttgtggc acaaacttcc gaaatctatc 1380
tacttccgcc gtggctccct gccaatcgcg ctggatgaag tgattactga tggccacaaa 1440
cgtgcgctca tcgtgactga ccgcttcctg ttcaacaatg gttatgctga tcagatcact 1500
tccgtactga aagcagcagg cgttgaaact gaagtcttct tcgaagtaga agcggacccg 1560
accctgagca tcgttcgtaa aggtgcagaa ctggcaaact ccttcaaacc agacgtgatt 1620
atcgcgctgg gtggtggttc cccgatggac gccgcgaaga tcatgtgggt tatgtacgaa 1680
catccggaaa ctcacttcga agagctggcg ctgcgcttta tggatatccg taaacgtatc 1740
tacaagttcc cgaaaatggg cgtgaaagcg aaaatgatcg ctgtcaccac cacttctggt 1800
acaggttctg aagtcactcc gtttgcggtt gtaactgacg acgctactgg tcagaaatat 1860
ccgctggcag actatgcgct gactccggat atggcgattg tcgacgccaa cctggttatg 1920
gacatgccga agtccctgtg tgctttcggt ggtctggacg cagtaactca cgccatggaa 1980
gcttatgttt ctgtactggc atctgagttc tctgatggtc aggctctgca ggcactgaaa 2040
ctgctgaaag aatatctgcc agcgtcctac cacgaagggt ctaaaaatcc ggtagcgcgt 2100
gaacgtgttc acagtgcagc gactatcgcg ggtatcgcgt ttgcgaacgc cttcctgggt 2160
gtatgtcact caatggcgca caaactgggt tcccagttcc atattccgca cggtctggca 2220
aacgccctgc tgatttgtaa cgttattcgc tacaatgcga acgacaaccc gaccaagcag 2280
actgcattca gccagtatga ccgtccgcag gctcgccgtc gttatgctga aattgccgac 2340
cacttgggtc tgagcgcacc gggcgaccgt actgctgcta agatcgagaa actgctggca 2400
tggctggaaa cgctgaaagc tgaactgggt attccgaaat ctatccgtga agctggcgtt 2460
caggaagcag acttcctggc gaacgtggat aaactgtctg aagatgcatt cgatgaccag 2520
tgcaccggcg ctaacccgcg ttacccgctg atctccgagc tgaaacagat tctgctggat 2580
acctactacg gtcgtgatta tgtagaaggt gaaactgcag cgaagaaaga agctgctccg 2640
gctaaagctg agaaaaaagc gaaaaaatcc gcttaa 2676
<210> 111
<211> 3015
<212> DNA
<213> Clostridium acetobutylicum
<400> 111
attttacttt attctaataa tacgtaatac acccacttat aactagtatt tggcaataaa 60
aatagttata atcattaatt attgttaaat gtttgacaat ctttaattac tgttatataa 120
taatattata gaaaataaaa tgactgcata attttactat agaaatacaa gcgttaaata 180
tgtacatatc aacggtttat cacattagaa gtaaataatg taaggaaacc acactctata 240
atttataagg catcaaagtg tgttatataa tacaataagt tttatttgca atagtttgtt 300
aaatatcaaa ctaataataa attttataaa ggagtgtata taaatgaaag ttacaaatca 360
aaaagaacta aaacaaaagc taaatgaatt gagagaagcg caaaagaagt ttgcaaccta 420
tactcaagag caagttgata aaatttttaa acaatgtgcc atagccgcag ctaaagaaag 480
aataaactta gctaaattag cagtagaaga aacaggaata ggtcttgtag aagataaaat 540
tataaaaaat cattttgcag cagaatatat atacaataaa tataaaaatg aaaaaacttg 600
tggcataata gaccatgacg attctttagg cataacaaag gttgctgaac caattggaat 660
tgttgcagcc atagttccta ctactaatcc aacttccaca gcaattttca aatcattaat 720
ttctttaaaa acaagaaacg caatattctt ttcaccacat ccacgtgcaa aaaaatctac 780
aattgctgca gcaaaattaa ttttagatgc agctgttaaa gcaggagcac ctaaaaatat 840
aataggctgg atagatgagc catcaataga actttctcaa gatttgatga gtgaagctga 900
tataatatta gcaacaggag gtccttcaat ggttaaagcg gcctattcat ctggaaaacc 960
tgcaattggt gttggagcag gaaatacacc agcaataata gatgagagtg cagatataga 1020
tatggcagta agctccataa ttttatcaaa gacttatgac aatggagtaa tatgcgcttc 1080
tgaacaatca atattagtta tgaattcaat atacgaaaaa gttaaagagg aatttgtaaa 1140
acgaggatca tatatactca atcaaaatga aatagctaaa ataaaagaaa ctatgtttaa 1200
aaatggagct attaatgctg acatagttgg aaaatctgct tatataattg ctaaaatggc 1260
aggaattgaa gttcctcaaa ctacaaagat acttataggc gaagtacaat ctgttgaaaa 1320
aagcgagctg ttctcacatg aaaaactatc accagtactt gcaatgtata aagttaagga 1380
ttttgatgaa gctctaaaaa aggcacaaag gctaatagaa ttaggtggaa gtggacacac 1440
gtcatcttta tatatagatt cacaaaacaa taaggataaa gttaaagaat ttggattagc 1500
aatgaaaact tcaaggacat ttattaacat gccttcttca cagggagcaa gcggagattt 1560
atacaatttt gcgatagcac catcatttac tcttggatgc ggcacttggg gaggaaactc 1620
tgtatcgcaa aatgtagagc ctaaacattt attaaatatt aaaagtgttg ctgaaagaag 1680
ggaaaatatg ctttggttta aagtgccaca aaaaatatat tttaaatatg gatgtcttag 1740
atttgcatta aaagaattaa aagatatgaa taagaaaaga gcctttatag taacagataa 1800
agatcttttt aaacttggat atgttaataa aataacaaag gtactagatg agatagatat 1860
taaatacagt atatttacag atattaaatc tgatccaact attgattcag taaaaaaagg 1920
tgctaaagaa atgcttaact ttgaacctga tactataatc tctattggtg gtggatcgcc 1980
aatggatgca gcaaaggtta tgcacttgtt atatgaatat ccagaagcag aaattgaaaa 2040
tctagctata aactttatgg atataagaaa gagaatatgc aatttcccta aattaggtac 2100
aaaggcgatt tcagtagcta ttcctacaac tgctggtacc ggttcagagg caacaccttt 2160
tgcagttata actaatgatg aaacaggaat gaaataccct ttaacttctt atgaattgac 2220
cccaaacatg gcaataatag atactgaatt aatgttaaat atgcctagaa aattaacagc 2280
agcaactgga atagatgcat tagttcatgc tatagaagca tatgtttcgg ttatggctac 2340
ggattatact gatgaattag ccttaagagc aataaaaatg atatttaaat atttgcctag 2400
agcctataaa aatgggacta acgacattga agcaagagaa aaaatggcac atgcctctaa 2460
tattgcgggg atggcatttg caaatgcttt cttaggtgta tgccattcaa tggctcataa 2520
acttggggca atgcatcacg ttccacatgg aattgcttgt gctgtattaa tagaagaagt 2580
tattaaatat aacgctacag actgtccaac aaagcaaaca gcattccctc aatataaatc 2640
tcctaatgct aagagaaaat atgctgaaat tgcagagtat ttgaatttaa agggtactag 2700
cgataccgaa aaggtaacag ccttaataga agctatttca aagttaaaga tagatttgag 2760
tattccacaa aatataagtg ccgctggaat aaataaaaaa gatttttata atacgctaga 2820
taaaatgtca gagcttgctt ttgatgacca atgtacaaca gctaatccta ggtatccact 2880
tataagtgaa cttaaggata tctatataaa atcattttaa aaaataaaga atgtaaaata 2940
gtctttgctt cattatatta gcttcatgaa gcacatagac tattttacat tttactcttg 3000
ttttttatct ttcaa 3015
<210> 112
<211> 2685
<212> DNA
<213> Leuconostoc mesenteroides
<400> 112
atgagcaagt aaaggagcaa agattatggc agaagcaatt gcaaagaaac ccgcaaaaaa 60
ggttttgacc cctgaagaaa aagcggaatt acaaacacaa gctgagaaga tgactgttgt 120
attgattgaa aaatcacaaa aggcattgtc tgaattttca acattttcgc aagaacaagt 180
tgataaaatt gttgcagcta tggccttggc aggttctgag aattcacttc tgttagccca 240
tgctgctcac gacgagactg gacgtggggt tgtggaagat aaggatacga aaaatcgttt 300
cgcctcagaa tcagtttata acgctattaa gtttgataag actgtgggtg ttattagtga 360
agacaagatt caaggtaagg tagaattagc agccccactt ggtattttgg ctggaatcgc 420
tccaacgaca aatccaacgt cgacaactat tttcaaatca atgttgacag caaagacacg 480
taacacaatt atctttgctt tccatcccca gcctcaaaaa gcatcggttc ttgctgcaaa 540
aattgtttat gatgctgctg ttaaagcagg cgcaccggaa aactttatcc aatggattga 600
aaagccttca ctttatgcaa caagtgcgct gatacaaaat cctcacattg cttcaattct 660
agctactggt gggccatcaa tggttaatgc agctttgaag tcaggaaatc catccatggg 720
tgtcggtgct ggaaacggtg cagtttatat tgatgcaact gttgacacag atcgtgccgt 780
gtctgatttg ttgttatcaa agcgtttcga taatggcatg atttgtgcca cagaaaactc 840
agccgttatt caagcaccaa tctatgacga aattttaact aagttacaag aacaaggtgc 900
ataccttgtt cctaagaaag actacaagaa aattgctgat tatgtcttta agcctaacgc 960
agagggattt ggtattgctg gtcctgttgc tggtatgtca ggacgttgga ttgctgagca 1020
agcaggcgta aagattcctg atggtaaaga tgtacttttg ttcgaattag atcagaagaa 1080
cataggtgaa gcgttatctt ctgaaaagtt atcgccatta ctttcaattt ataaagttga 1140
gaagcgtgaa gaagctattg agactgttca atccttgtta aactatcaag gcgcagggca 1200
caacgcagca attcaaattg gttcacaaga tgatccattc attaaagagt atgctgacgc 1260
tattggtgca tcacgtattt tggttaacca acctgactca atcggtggcg ttggggatat 1320
ttatacagat gctatgcgtc catcgttgac acttggtacc ggatcatggg ggaagaattc 1380
attgtctcat aacttatcaa catacgactt acttaatatt aagaccgtgg ctcgccgccg 1440
taatcgtcct caatgggttc gtttacctaa ggaagtttac tacgaaacca atgccattac 1500
ttacttacaa gacttgccta ctataaaccg tgcatttatt gtcgctgatc ctggtatggt 1560
tcagttcgga tttgttggca gagtactagg tcaacttaag ttacgtcaag aacaggttga 1620
aacaaatatc tatggttcag ttaagcctga cccaactttg tcacaagctg ttgaaattgc 1680
tcgccaaatg gcagacttca aaccagatac agttatttta cttggcggtg gttcggcact 1740
tgacgctggt aaaattggtc ggttcttgta cgaatactcg acacgccatg aaggaatttt 1800
agaagatgac gaggcgatta aagagctatt cttagaacta caacaaaagt ttatggatat 1860
tcgtaagcga atcgttaagt tttaccacgc acgtttgaca caaatggttg cgattccaac 1920
aacttcaggt actggatcag aagtcacacc atttgccgtt attacagatg atgaaacaca 1980
tgtaaagtat ccactagccg attatgaatt gacaccggaa gttgctattg ttgatccaga 2040
atttgttatg accgtaccac aacacacggt atcttggtca ggattagatg ctttgtcaca 2100
tgctttggaa tcgtatgtct cagtgatggc ttctgaattc tcacgtcctt gggcattaca 2160
agctattaag ttgatttttg ataacttaac aaattcatac aattatgatc ctaaacaccc 2220
aactaaggaa ggtcagaatg cacgcacaaa gatgcactat gcgtcaacat tggctggtat 2280
gtcatttgcg aatgccttct tgggacttaa ccactcacta gcacacaaaa ctggtggaga 2340
attcggacta cctcacggta tggcaatcgc tattgcaatg ccacatgtga ttaagtttaa 2400
tgcggtaaca ggaaatgtaa agcgcacacc atacccacga tacgaaacct atacagcaca 2460
aaaagattat gctgatattg cacgttactt aggtttgaaa ggtgaaacag atgctgaatt 2520
ggtcgatgta ttgattgcag aaatcaagaa gttggctgca tcagtgggtg tcaatcaaac 2580
actatctggc aacggtgttt caaagcatga ctttgataca aagttagaaa agatgattga 2640
cttagtttac aatgaccaat gcacgccggg aaaccctcgc caacc 2685
<210> 113
<211> 3164
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 113
atgccgccgc tattcaaggg actgaaacag atggcaaagc caattgccta tgtttcaaga 60
ttttcggcga aacgaccaat tcatataata cttttttctc taatcatatc cgcattcgct 120
tatctatccg tcattcagta ttacttcaat ggttggcaac tagattcaaa tagtgttttt 180
gaaactgctc caaataaaga ctccaacact ctatttcaag aatgttccca ttactacaga 240
gattcctctc tagatggttg ggtatcaatc accgcgcatg aagctagtga gttaccagcc 300
ccacaccatt actatctatt aaacctgaac ttcaatagtc ctaatgaaac tgactccatt 360
ccagaactag ctaacacggt ttttgagaaa gataatacaa aatatattct gcaagaagat 420
ctcagtgttt ccaaagaaat ttcttctact gatggaacga aatggaggtt aagaagtgac 480
agaaaaagtc ttttcgacgt aaagacgtta gcatattctc tctacgatgt attttcagaa 540
aatgtaaccc aagcagaccc gtttgacgtc cttattatgg ttactgccta cctaatgatg 600
ttctacacca tattcggcct cttcaatgac atgaggaaga ccgggtcaaa tttttggttg 660
agcgcctcta cagtggtcaa ttctgcatca tcacttttct tagcattgta tgtcacccaa 720
tgtattctag gcaaagaagt ttccgcatta actctttttg aaggtttgcc tttcattgta 780
gttgttgttg gtttcaagca caaaatcaag attgcccagt atgccctgga gaaatttgaa 840
agagtcggtt tatctaaaag gattactacc gatgaaatcg tttttgaatc cgtgagcgaa 900
gagggtggtc gtttgattca agaccatttg ctttgtattt ttgcctttat cggatgctct 960
atgtatgctc accaattgaa gactttgaca aacttctgca tattatcagc atttatccta 1020
atttttgaat tgattttaac tcctacattt tattctgcta tcttagcgct tagactggaa 1080
atgaatgtta tccacagatc tactattatc aagcaaacat tagaagaaga cggtgttgtt 1140
ccatctacag caagaatcat tttaaagcag aaaagaaatc cgtatcttct ttcttaaatc 1200
tcagtgtggt tgtcattatc atgaaactct ctgtcatact gttgtttgtc ttcatcaact 1260
tttataactt tggtgcaaat tgggtcaatg atgccttcaa ttcattgtac ttcgataagg 1320
aacgtgtttc tctaccagat tttattacct cgaatgcctc tgaaaacttt aaagagcaag 1380
ctattgttag tgtcacccca ttattatatt acaaacccat taagtcctac caacgcattg 1440
aggatatggt tcttctattg cttcgtaatg tcagtgttgc cattcgtgat aggttcgtca 1500
gtaaattagt tctttccgcc ttagtatgca gtgctgtcat caatgtgtat ttattgaatg 1560
ctgctagaat tcataccagt tatactgcag accaattggt gaaaactgaa gtcaccaaga 1620
agtcttttac tgctcctgta caaaaggctt ctacaccagt tttaaccaat aaaacagtca 1680
tttctggatc gaaagtcaaa agtttatcat ctgcgcaatc gagctcatca ggaccttcat 1740
catctagtga ggaagatgat tcccgcgata ttgaaagctt ggataagaaa atacgtcctt 1800
tagaagaatt agaagcatta ttaagtagtg gaaatacaaa acaattgaag aacaaagagg 1860
tcgctgcctt ggttattcac ggtaagttac ctttgtacgc tttggagaaa aaattaggtg 1920
atactacgag agcggttgcg gtacgtagga aggctctttc aattttggca gaagctcctg 1980
tattagcatc tgatcgttta ccatataaaa attatgacta cgaccgcgta tttggcgctt 2040
gttgtgaaaa tgttataggt tacatgcctt tgcccgttgg tgttataggc cccttggtta 2100
tcgatggtac atcttatcat ataccaatgg caactacaga gggttgtttg gtagcttctg 2160
ccatgcgtgg ctgtaaggca atcaatgctg gcggtggtgc aacaactgtt ttaactaagg 2220
atggtatgac aagaggccca gtagtccgtt tcccaacttt gaaaagatct ggtgcctgta 2280
agatatggtt agactcagaa gagggacaaa acgcaattaa aaaagctttt aactctacat 2340
caagatttgc acgtctgcaa catattcaaa cttgtctagc aggagattta ctcttcatga 2400
gatttagaac aactactggt gacgcaatgg gtatgaatat gatttctaaa ggtgtcgaat 2460
actcattaaa gcaaatggta gaagagtatg gctgggaaga tatggaggtt gtctccgttt 2520
ctggtaacta ctgtaccgac aaaaaaccag ctgccatcaa ctggatcgaa ggtcgtggta 2580
agagtgtcgt cgcagaagct actattcctg gtgatgttgt cagaaaagtg ttaaaaagtg 2640
atgtttccgc attggttgag ttgaacattg ctaagaattt ggttggatct gcaatggctg 2700
ggtctgttgg tggatttaac gcacatgcag ctaatttagt gacagctgtt ttcttggcat 2760
taggacaaga tcctgcacaa aatgttgaaa gttccaactg tataacattg atgaaagaag 2820
tggacggtga tttgagaatt tccgtatcca tgccatccat cgaagtaggt accatcggtg 2880
gtggtactgt tctagaacca caaggtgcca tgttggactt attaggtgta agaggcccgc 2940
atgctaccgc tcctggtacc aacgcacgtc aattagcaag aatagttgcc tgtgccgtct 3000
tggcaggtga attatcctta tgtgctgccc tagcagccgg ccatttggtt caaagtcata 3060
tgacccacaa caggaaacct gctgaaccaa caaaacctaa caatttggac gccactgata 3120
taaatcgttt gaaagatggg tccgtcacct gcattaaatc ctaa 3164
<210> 114
<211> 1290
<212> DNA
<213> Comamonas testosteroni
<400> 114
atggccgtcg attcgcgtct tcccaatttc cgagctctca cccccgcaca gcgctgggag 60
catgtcgcca ccgcatgcaa tctcagcgcc gaagaacgca atctactgac ccaggcgggc 120
gccctgcccg ccaccttggc tgacggcatg atcgaaaatg tggtgggcac gttcgagcta 180
cccatgggca tcgcaggcaa cttccgcatc aacggtcgcg atgtgctgat tccgctcgca 240
gtggaagagc cctccatcat cgctgctgct tcgtatatgg ccaagctggc ccgtgaagac 300
ggaggctttg aaacgtcgag caccttgccg ctgatgcgtg cgcaggtgca aatcgtcggc 360
atcagcgacc cctatggtgc aagactggcg ttgttcaagg cccgcgatga gatcctcgcg 420
caagccaata gccgagacaa ggtgctgatc agcctgggcg gtggctgcaa ggacatcgaa 480
atccacgtct tcccagattc tccgcgcggc cctatggtcg tgatgcactt gatcgtggac 540
gtgcgcgatg ccatgggtgc caacaccgtg aacaccatgg ccgaatcagt ctcgccactg 600
gtggaaaaga ttaccggtgg ttcggtgcgc ctgcgcattc tctcgaacct ggcagacctg 660
cgcctggccc gtgctcgtgt acgcctgaca ccgcaaacct tggccaccaa agagcgcagc 720
ggcgaagcaa ttattgaagg cgtgctcgac gcctacactt tcgccgccat tgacccctac 780
cgcgccgcta cccacaacaa gggcatcatg aacggtatcg accccgtcat cgtcgctaca 840
ggcaacgatt ggcgcgcggt cgaagccggt gcccatgcct atgccagccg caacggccaa 900
tacacctcgc tgacgcactg ggaaaaagac aatgccggcg ccttggtggg aacgatcgag 960
ctacccatgc ccgtgggctt ggtgggcggt gccaccaaga cccatccgct ggcgcgcctg 1020
gcgctcaaga tcatggaggt gaagtctgcc caggaactgg gcgagattgc cgccgcagtg 1080
ggtctggccc agaacctggg tgctttgcgc gcgctggcca ccgaaggcat tcagcgcggc 1140
catatggcac ttcatgctcg caatattgcg caggtcgcag gagccgtggg tgaagaagta 1200
gagatcgtcg ccaagcgcct ggctaccgag catgacgtgc gcaccgatcg cgcactggaa 1260
gtgctgcaag aaattcgcgc ccagcgctaa 1290
<210> 115
<211> 1284
<212> DNA
<213> Desulfurococcus kamchatkensis
<400> 115
atggagaaga caagccgtat acagggcttc tacaagcttc cccttgaaga aagacggagg 60
atagtctgcg agtgggctgg gctaacagag gaagagtgca ggacactgag cgaattcggt 120
aatctaccag ttaagatagg ggacagcatg attgagaacg ttataggcgc gatgagctat 180
cccttcgcag tagcgacaaa cttcctgatc aatgggaggg attaccttgt cccaatggtt 240
atagaggaga caagcgtcgt agcggctgca agcaatgcgg ccaggatgct taggcatggg 300
aaagggatac ttgcaaatgc tgagagacag gagatgatca gccaaataca cctggttaaa 360
gtaaactccc cacgctttaa agccatgaag attatcgagg ccaagaagga gctactggac 420
tacgcggcac agcaggatcc aaccctgcta aagtacggcg ggggtcccag ggacctcgag 480
gtaagagcaa tggagcaccc tgctttaggc ggggtcataa tagtccacct agtagtagac 540
gtcagagacg ccatgggtgc taacactgtt aacacgatgg ctgaagcgat agccccgctt 600
ctagagaaga taacgggtgg ggaagcaagg ctcagaatag tttcaaacca cgcagtatac 660
agggttacac gggcatgggc tgcgacacct gtcgaagaag tgggaggcct tgaagtagcc 720
aggaggataa tggaggcatc tatactcgcc gagatagatc cctatagggc ggtaacccat 780
aacaagggca taatgaatgg agtaatagca gtagccctcg cgacgggaca ggatcaccgc 840
gccatagagg ctggagccca tgcatacgcc tctagaacgg gggtctacaa gcccctcagc 900
tactgggagg taacaagcga taactatctt gcgggaagcc ttgagatacc tctccaaata 960
ggcgttgttg gaggagcagt caaggtacac cctgtggcaa agatagcatt gaagatccta 1020
ggggtaaaca cggctaggga gctcgccgag gtaatggctg cggtagggct agcccagaac 1080
ctagccgctc taagagccct cgtgacagag ggtattcaga aaggccatat gaggctccac 1140
gccagaaacc tcgctataat ggctggtgca tcaggagatc taatagataa gatagccgag 1200
aaaatgatca gggacggtag aataagatac gactacgcta aacaactagt agagaaagca 1260
ctacagggcg agccattaga ctag 1284
<210> 116
<211> 1281
<212> DNA
<213> Staphylococcus aureus
<400> 116
atgcaaaatt tagataagaa ttttcgacat ttatctcgta aagaaaagtt acaacaattg 60
gttgataagc aatggttatc agaagaacaa ttcgacattt tactgaatca tccattaatc 120
gatgaagaag tagccaatag tttaattgaa aatgtcatcg cgcaaggtgc attacccgtt 180
ggattattac cgaatatcat tgtggacgat aaggcatatg ttgtacctat gatggtggaa 240
gagccttcag ttgtcgctgc agctagttat ggtgcaaagc tagtgaatca gactggcgga 300
tttaaaacgg tatcttctga acgtattatg ataggtcaaa tcgtctttga tggcgttgac 360
gatactgaaa aattatcagc agacattaaa gctttagaaa agcaaattca taaaattgcg 420
gatgaggcat atccttctat taaagcgcgt ggtggtggtt accaacgtat agcgattgat 480
acatttcctg agcaacagtt actatcttta aaagtatttg ttgatacgaa agatgctatg 540
ggcgctaata tgcttaatac gattttagag gccataactg catttttaaa aaatgaattt 600
ccgcaaagcg acattttaat gagtatttta tccaatcatg caacagcgtc cgttgttaaa 660
gttcaaggcg aaattgatgt taaagattta gcaaggggcg agagaactgg agaagaggtt 720
gccaaacgaa tggaacgtgc ttctgtattg gcacaagtag atattcatcg tgcagcaaca 780
cataataaag gtgttatgaa tggcatacat gctgttgttt tagcaacagg aaatgatacg 840
cgtggtgcag aagcaagtgc gcatgcatac gcaagtcgtg acggacagta tcgtggtatt 900
gctacatggc gttacgatca agatcgtcaa cgattgattg gtacaattga agtgcctatg 960
acattggcaa ttgttggggg tggtacgaaa gtattaccaa tagctaaagc ttcattagag 1020
ctactaaatg tagagtcagc acaagaatta ggtcatgtag ttgctgccgt tggtttagcg 1080
caaaactttg cagcatgtcg cgcgcttgtg tcagaaggta ttcaacaagg tcatatgagt 1140
ttacaatata aatcattagc tattgttgta ggagcaaaag gtgatgaaat tgctaaagta 1200
gctgaagctt tgaaaaaaga accccgtgca aatacacaag cagcggaacg tattttacaa 1260
gatttaagaa gccaacaata g 1281
<210> 117
<211> 1236
<212> DNA
<213> Lactobacillus johnsonii
<400> 117
atgaaattag aagaatcatc taaaaagaaa ttttatcaat ggttaccaga ggaaagaaga 60
gtctttttaa ctgaaaaagg aattaaacta agtgagattg agtctgaaac tttggaaaga 120
ctagataaac ttagtgaaaa tgtaattggt caagtccgtc ttcctcttgg tgtgcttcct 180
aagttaatag ttaacgggaa agattatcaa gtaccaatgg ccgtagaaga accatcggtt 240
gttgcagcag caaaccatgc agctaaaatt tttaatcaaa atggtggagc agtagctgat 300
agtagacgaa atggaatata tggtcaaatt gttttagagg taactgataa ttttgattta 360
actaagttta ctactgaatt tcctcaatta attagcttag ctaataaaaa attcgttagc 420
ttagtcaagc atggtggagg agttcgtaaa attgaagctt ctcaaaaaga aaatttagtt 480
tttcttagag ttttggttga cccagcagaa gctatgggag ctaataaaac aaatgctatt 540
ttagaatttt taggaaatga attagagaag cagccagata ttgaacaaac tctgtatgca 600
attttgtcta attatcctac gcaattgact agtgctaaag taagtctttc aattgacagt 660
gtaggaggat taaaagttgc taaaaagata gctttattga gtaaaatagg acaaactgat 720
atttaccggg cagtgactaa taataaagga attatgaatg gtattgatag tgtattggtt 780
gcaactggta atgattatcg tggagttgaa gcagcaactg ctgtttgggc taataaaaat 840
ggtgcctata catctttgag taagtggaaa attgaagaag atagactagt ggggactgta 900
acagttccct tagcaatcgg tgtagtaggt ggctcaatta aggctcgtcg agacgttcaa 960
caaagcttta gtttattagg taatatatct gccaagcaac tagcagaagt tattgcgaca 1020
actggcttag caaataactt ttcagctctt ttagcaattt ctactaaggg aattcaagct 1080
gggcatatga aattgcaggc gagaaattta gtagcaacct taaaagctag tgaaggtgaa 1140
aaagcaatag ttttaaaaaa attgcaggaa agtaaaaaat atactcaaga agcagctttt 1200
gaatttttaa gcgaaataag aaaggatcaa aaataa 1236
<210> 118
<211> 912
<212> DNA
<213> Acinetobacter sp. ADP1
<400> 118
ttgatatcaa tcagggaaaa acgcgtgaac aaaaaacttg aagctctctt ccgagagaat 60
gtaaaaggta aagtggcttt gatcactggt gcatctagtg gaatcggttt gacgattgca 120
aaaagaattg ctgcggcagg tgctcatgta ttattggttg cccgaaccca agaaacactg 180
gaagaagtga aagctgcaat tgaacagcaa gggggacagg cctctatttt tccttgtgac 240
ctgactgaca tgaatgcgat tgaccagtta tcacaacaaa ttatggccag tgtcgatcat 300
gtcgatttcc tgatcaataa tgcagggcgt tcgattcgcc gtgccgtaca cgagtcgttt 360
gatcgcttcc atgattttga acgcaccatg cagctgaatt actttggtgc ggtacgttta 420
gtgttaaatt tactgccaca tatgattaag cgtaaaaatg gccagatcat caatatcagc 480
tctattggtg tattggccaa tgcgacccgt ttttctgctt atgtcgcgtc taaagctgcg 540
ctggatgcct tcagtcgctg tctttcagcc gaggtactca agcataaaat ctcaattacc 600
tcgatttata tgccattggt gcgtacccca atgatcgcac ccaccaaaat ttataaatac 660
gtgcccacgc tttccccaga agaagccgca gatctcattg tctacgccat tgtgaaacgt 720
ccaaaacgta ttgcgacgca cttgggtcgt ctggcgtcaa ttacctatgc catcgcacca 780
gacatcaata atattctgat gtcgattgga tttaacctat tcccaagctc aacggctgca 840
ctgggtgaac aggaaaaatt gaatctgcta caacgtgcct atgcccgctt gttcccaggc 900
gaacactggt aa 912
<210> 119
<211> 1670
<212> DNA
<213> Acinetobacter baylyi
<400> 119
cagaagatat ggttcggtta tcggttggga ttgaacatat tgatgatttg attgcagatc 60
tggaacaagc attggccaca gtttgagcgt aaattttata aaaaacctct gcaatttcag 120
aggttttttt atatttgctt tattatcgta tgatgttcat aattgatcta gcaaataata 180
aaaattagag caattactct aaaaacattt gtaatttcag atacttaaca ctagattttt 240
taaccaaatc actttagatt aactttagtt ctggaaattt tatttccctt taaccgtctt 300
caatccaaat acaataatga cagcctttac agtttgatat caatcaggga aaaacgcgtg 360
aacaaaaaac ttgaagctct cttccgagag aatgtaaaag gtaaagtggc tttgatcact 420
ggtgcatcta gtggaatcgg tttgacgatt gcaaaaagaa ttgctgcggc aggtgctcat 480
gtattattgg ttgcccgaac ccaagaaaca ctggaagaag tgaaagctgc aattgaacag 540
caagggggac aggcctctat ttttccttgt gacctgactg acatgaatgc gattgaccag 600
ttatcacaac aaattatggc cagtgtcgat catgtcgatt tcctgatcaa taatgcaggg 660
cgttcgattc gccgtgccgt acacgagtcg tttgatcgct tccatgattt tgaacgcacc 720
atgcagctga attactttgg tgcggtacgt ttagtgttaa atttactgcc acatatgatt 780
aagcgtaaaa atggccagat catcaatatc agctctattg gtgtattggc caatgcgacc 840
cgtttttctg cttatgtcgc gtctaaagct gcgctggatg ccttcagtcg ctgtctttca 900
gccgaggtac tcaagcataa aatctcaatt acctcgattt atatgccatt ggtgcgtacc 960
ccaatgatcg cacccaccaa aatttataaa tacgtgccca cgctttcccc agaagaagcc 1020
gcagatctca ttgtctacgc cattgtgaaa cgtccaacac gtattgcgac gcacttgggt 1080
cgtctggcgt caattaccta tgccatcgca ccagacatca ataatattct gatgtcgatt 1140
ggatttaacc tattcccaag ctcaacggct gcactgggtg aacaggaaaa attgaatctg 1200
ctacaacgtg cctatgcccg cttgttccca ggcgaacact ggtaaaattt ataaaagaag 1260
cctctcatac cgagaggctt ttttatggtt acgaccatca gccagattta gaggaaattg 1320
acttttcctg tttttacatc ataaatcgca ccaacaatat caatttcttt gcgatccagc 1380
atatctttaa gtacagaact atgctgaata atgtattgaa tattatagtg aacattcata 1440
gcagtcacct gatcaataaa tgctttgctt aattcacgcg gttgcataat atcaaataca 1500
ctgccaaccg aatgcatgag tggcccaagc acgtattgga tgtgtggcat ttcctgaata 1560
tcggaaatct gcttatgttg caatcttaac tggcatgcgc tggtgaccgc accacagtcg 1620
gtatgtccca aaaccagaat cactttggaa cctttggctt gacaggcaaa 1670
<210> 120
<211> 1362
<212> DNA
<213> Clostridium kluyveri
<400> 120
atgagtaatg aagtatctat aaaagaatta attgaaaagg caaaggtggc acaaaaaaaa 60
ttggaagcct atagtcaaga acaagttgat gtactagtaa aagcactagg aaaagtggtt 120
tatgataatg cagaaatgtt tgcaaaagaa gcagttgaag aaacagaaat gggtgtttat 180
gaagataaag tagctaaatg tcatttgaaa tcaggagcta tttggaatca tataaaagac 240
aagaaaactg taggcataat aaaagaagaa cctgaaaggg cacttgttta tgttgctaag 300
ccaaagggag ttgtggcagc tactacgcct ataactaatc cagtggtaac tcctatgtgt 360
aatgcaatgg ctgctataaa gggcagaaat acaataatag tagcaccaca tcctaaagca 420
aagaaagttt cagctcatac tgtagaactt atgaatgctg agcttaaaaa attgggagca 480
ccagaaaata tcatacagat agtagaagca ccatcaagag aagctgctaa ggaacttatg 540
gaaagtgctg atgtagttat tgctacaggc ggtgctggaa gagttaaagc tgcttactcc 600
agtggaagac cagcttatgg cgttggacct ggaaattcac aggtaatagt tgataaggga 660
tacgattata acaaagctgc acaggatata ataacaggaa gaaaatatga caatggaatt 720
atatgttctt cagagcaatc agttatagct cctgctgaag attatgataa ggtaatagca 780
gcttttgtag aaaatggggc attctatgta gaagatgagg aaacagtaga aaagtttaga 840
tcaactttat ttaaagatgg aaaaataaac agcaagatta taggtaaatc cgtccaaatt 900
attgcggatc ttgcaggagt aaaagtacca gaaggtacta aggttatagt acttaagggt 960
aaaggtgcag gagaaaaaga tgtactttgt aaagaaaaaa tgtgtccagt tttagtagca 1020
ttgaaatatg atacttttga agaagcagtt gaaatagcta tggctaatta tatgtatgaa 1080
ggagctggtc atacagcagg catacattct gacaatgacg agaacataag atatgcagga 1140
actgtattac ctataagcag attagttgta aatcagcctg caactactgc tggaggaagt 1200
ttcaataatg gatttaaccc tactactaca ctaggctgcg gatcatgggg cagaaacagt 1260
atttcagaaa atcttactta cgagcatctt ataaatgttt caagaatagg gtatttcaat 1320
aaagaagcaa aagttcctag ctatgaggaa atatggggat aa 1362
<210> 121
<211> 1356
<212> DNA
<213> Porphyromonas gingivalis
<400> 121
atggaaatca aagaaatggt gagccttgca cgcaaggctc agaaggagta tcaagctacc 60
cataaccaag aagcagttga caacatttgc cgagctgcag caaaagttat ttatgaaaat 120
gcagctattc tggctcgcga agcagtagac gaaaccggca tgggcgttta cgaacacaaa 180
gtggccaaga atcaaggcaa atccaaaggt gtttggtaca acctccacaa taaaaaatcg 240
attggtatcc tcaatataga cgagcgtacc ggtatgatcg agattgcaaa gcctatcgga 300
gttgtaggag ccgtaacgcc gacgaccaac ccgatcgtta ctccgatgag caatatcatc 360
tttgctctta agacctgcaa tgccatcatt attgcccccc accccagatc caaaaaatgc 420
tctgcacacg cagttcgtct gatcaaagaa gctatcgctc cgttcaacgt accggaaggt 480
atggttcaga tcatcgaaga acccagcatc gagaagacgc aggaactcat gggcgccgta 540
gacgtagtag ttgctacggg tggtatgggc atggtgaagt ctgcatattc ttcaggaaag 600
ccttctttcg gtgttggagc cggtaacgtt caggtgatcg tggatagcaa catcgatttc 660
gaagctgctg cagaaaaaat catcaccggt cgtgctttcg acaacggtat catctgctca 720
ggcgaacaga gcatcatcta caacgaggct gacaaggaag cagttttcac agcattccgc 780
aaccacggtg catatttctg tgacgaagcc gaaggagatc gggctcgtgc agctatcttc 840
gaaaatggag ccatcgcgaa agatgtagta ggtcagagcg ttgccttcat tgccaagaaa 900
gcaaacatca atatccccga gggtacccgt attctcgttg ttgaagctcg cggcgtagga 960
gcagaagacg ttatctgtaa ggaaaagatg tgtcccgtaa tgtgcgccct cagctacaag 1020
cacttcgaag aaggtgtaga aatcgcacgt acgaacctcg ccaacgaagg taacggccac 1080
acctgtgcta tccactccaa caatcaggca cacatcatcc tcgcaggatc agagctgacg 1140
gtatctcgta tcgtagtgaa tgctccgagt gccactacag caggcggtca catccaaaac 1200
ggtcttgccg taaccaatac gctcggatgc ggatcatggg gtaataactc tatctccgag 1260
aacttcactt acaagcacct cctcaacatt tcacgcatcg caccgttgaa ttcaagcatt 1320
cacatccccg atgacaaaga aatctgggaa ctctaa 1356
<210> 122
<211> 1407
<212> DNA
<213> Clostridium saccharoperbutylacetonicum
<400> 122
atgattaaag acacgctagt ttctataaca aaagatttaa aattaaaaac aaatgttgaa 60
aatgccaatc taaagaacta caaggatgat tcttcatgtt tcggagtttt cgaaaatgtt 120
gaaaatgcta taagcaatgc cgtacacgca caaaagatat tatcccttca ttatacaaaa 180
gaacaaagag aaaaaatcat aactgagata agaaaggccg cattagaaaa taaagagatt 240
ctagctacaa tgattcttga agaaacacat atgggaagat atgaagataa aatattaaag 300
catgaattag tagctaaata cactcctggg acagaagatt taactactac tgcttggtca 360
ggagataacg ggcttacagt tgtagaaatg tctccatatg gcgttatagg tgcaataact 420
ccttctacga atccaactga aactgtaata tgtaatagta taggcatgat agctgctgga 480
aatactgtgg tatttaacgg acatccaggc gctaaaaaat gtgttgcttt tgctgtcgaa 540
atgataaata aagctattat ttcatgtggt ggtcctgaga atttagtaac aactataaaa 600
aatccaacta tggactctct agatgcaatt attaagcacc cttcaataaa actactttgc 660
ggaactggag ggccaggaat ggtaaaaacc ctcttaaatt ctggtaagaa agctataggt 720
gctggtgctg gaaatccacc agttattgta gatgatactg ctgatataga aaaggctggt 780
aagagtatca ttgaaggctg ttcttttgat aataatttac cttgtattgc agaaaaagaa 840
gtatttgttt ttgagaacgt tgcagatgat ttaatatcta acatgctaaa aaataatgct 900
gtaattataa atgaagatca agtatcaaag ttaatagatt tagtattaca aaaaaataat 960
gaaactcaag aatactctat aaataagaaa tgggtcggaa aagatgcaaa attattctta 1020
gatgaaatag atgttgagtc tccttcaagt gttaaatgca taatctgcga agtaagtgca 1080
aggcatccat ttgttatgac agaactcatg atgccaatat taccaattgt aagagttaaa 1140
gatatagatg aagctattga atatgcaaaa atagcagaac aaaatagaaa acatagtgcc 1200
tatatttatt caaaaaatat agacaaccta aataggtttg aaagagaaat cgatactact 1260
atctttgtaa agaatgctaa atcttttgcc ggtgttggtt atgaagcaga aggctttaca 1320
actttcacta ttgctggatc cactggtgaa ggaataactt ctgcaagaaa ttttacaaga 1380
caaagaagat gtgtactcgc cggttaa 1407
<210> 123
<211> 1407
<212> DNA
<213> Clostridium beijerinckii
<400> 123
atgaataaag acacactaat acctacaact aaagatttaa aagtaaaaac aaatggtgaa 60
aacattaatt taaagaacta caaggataat tcttcatgtt tcggagtatt cgaaaatgtt 120
gaaaatgcta taagcagcgc tgtacacgca caaaagatat tatcccttca ttatacaaaa 180
gagcaaagag aaaaaatcat aactgagata agaaaggccg cattacaaaa taaagaggtc 240
ttggctacaa tgattctaga agaaacacat atgggaagat atgaggataa aatattaaaa 300
catgaattgg tagctaaata tactcctggt acagaagatt taactactac tgcttggtca 360
ggtgataatg gtcttacagt tgtagaaatg tctccatatg gtgttatagg tgcaataact 420
ccttctacga atccaactga aactgtaata tgtaatagca taggcatgat agctgctgga 480
aatgctgtag tatttaacgg acacccatgc gctaaaaaat gtgttgcctt tgctgttgaa 540
atgataaata aggcaattat ttcatgtggc ggtcctgaaa atctagtaac aactataaaa 600
aatccaacta tggagtctct agatgcaatt attaagcatc cttcaataaa acttctttgc 660
ggaactgggg gtccaggaat ggtaaaaacc ctcttaaatt ctggtaagaa agctataggt 720
gctggtgctg gaaatccacc agttattgta gatgatactg ctgatataga aaaggctggt 780
aggagcatca ttgaaggctg ttcttttgat aataatttac cttgtattgc agaaaaagaa 840
gtatttgttt ttgagaatgt tgcagatgat ttaatatcta acatgctaaa aaataatgct 900
gtaattataa atgaagatca agtatcaaaa ttaatagatt tagtattaca aaaaaataat 960
gaaactcaag aatactttat aaacaaaaaa tgggtaggaa aagatgcaaa attattctta 1020
gatgaaatag atgttgagtc tccttcaaat gttaaatgca taatctgcga agtaaatgca 1080
aatcatccat ttgttatgac agaactcatg atgccaatat tgccaattgt aagagttaaa 1140
gatatagatg aagctattaa atatgcaaag atagcagaac aaaatagaaa acatagtgcc 1200
tatatttatt ctaaaaatat agacaaccta aatagatttg aaagagaaat agatactact 1260
atttttgtaa agaatgctaa atcttttgct ggtgttggtt atgaagcaga aggatttaca 1320
actttcacta ttgctggatc tactggtgag ggaataacct ctgcaaggaa ttttacaaga 1380
caaagaagat gtgtacttgc cggctaa 1407
<210> 124
<211> 999
<212> DNA
<213> Metallosphaera sedula
<400> 124
atgaaagctg tcgtagtgaa aggacataaa cagggttatg aggtcaggga agttcaggac 60
ccgaaacctg cttcaggaga agtaatcatc aaggtcagga gagcagccct gtgttatagg 120
gaccttctcc agctacaggg gttctaccct agaatgaagt accctgtggt tctaggacat 180
gaggttgttg gggagatact ggaggtaggt gagggagtga ccggtttctc tccaggagac 240
agagtaattt cactcctcta tgcgcctgac ggaacctgcc actactgcag acagggtgaa 300
gaggcctact gccactctag gttaggatac tctgaggaac tagatggttt cttctctgag 360
atggccaagg tgaaggtaac cagtctcgta aaggttccaa cgagagcttc agatgaggga 420
gccgttatgg ttccctgcgt cacaggcatg gtgtacagag ggttgagaag ggccaatcta 480
agagagggtg aaactgtgtt agttacggga gcaagcggtg gagttggaat acatgccctg 540
caagtggcaa aggccatggg agccagggta gtgggtgtca cgacgtcgga ggagaaggca 600
tccatcgttg gaaagtatgc tgatagggtc atagttggat cgaagttctc ggaggaggca 660
aagaaagagg acattaacgt ggtaatagac accgtgggaa cgccaacctt cgatgaaagc 720
ctaaagtcgc tctggatggg aggtaggata gtccaaatag gaaacgtgga cccaacccaa 780
tcctatcagc tgaggttagg ttacaccatt ctaaaggata tagccataat tgggcacgcg 840
tcagccacaa ggagggatgc agagggagca ctaaagctga ctgctgaggg gaagataaga 900
ccagtggttg cgggaactgt tcacctggag gagatagaca agggatatga aatgcttaag 960
gataagcaca aagtggggaa agtactcctt accacgtaa 999
<210> 125
<211> 1005
<212> DNA
<213> Sulfolobus tokodaii
<400> 125
atgaaagcaa ttgtagttcc aggacctaag caagggtata aacttgaaga ggtacctgat 60
cctaagccgg gaaaagatga agtaataatt agggtagata gagctgctct ttgttataga 120
gatttgcttc aactacaagg atattatcca agaatgaaat acccagttat actagggcat 180
gaagttgtag gaaccataga agaagtcgga gaaaatataa agggatttga agtaggtgat 240
aaagtaattt ctttattata tgcaccagat ggtacatgcg aatattgcca aataggtgag 300
gaagcatatt gtcatcatag gttaggctac tcagaagagc tagacggatt ttttgcagag 360
aaagctaaaa ttaaagtaac tagcttagta aaggttccaa aaggtacccc agatgaggga 420
gcagtacttg taccttgtgt aaccggaatg atatatagag gtattagaag ggctggtggt 480
atacgtaaag gggagctagt gttagttact ggtgccagtg gtggagtagg aatacatgca 540
attcaagttg ctaaggcctt aggtgctaaa gttatagggg taacaacatc agaagaaaaa 600
gcaaagataa ttaagcagta tgcggattat gtcatcgttg gtacaaagtt ttctgaagaa 660
gcaaagaaga taggtgatgt tactttagtt attgatactg tgggtactcc tactttcgat 720
gaaagcttaa agtcattgtg gatgggcgga aggattgttc aaatagggaa tgtcgaccct 780
tctcaaatct ataatttaag attgggctac ataatattaa aagatttaaa gatagttggt 840
catgcctcag ctaccaaaaa agatgctgaa gatacactaa aattaacaca agagggaaaa 900
attaaaccag ttattgcagg aacagtcagt cttgaaaata ttgatgaagg ttataaaatg 960
ataaaggata agaataaagt aggcaaagtc ttagtaaaac cataa 1005
<210> 126
<211> 999
<212> DNA
<213> Metallosphaera cuprina
<400> 126
atgaaagctg ttatcgttaa gggagccaaa caaggttatg aagtcagaga cgttcaagat 60
ccgaaacctc aacctgatga ggtagtaata aaggttaaca gagctgccct atgttacaga 120
gatctccttc aacttcaggg gttttacccc aggatgaaat acccagtggt tctgggacac 180
gaagtgatag gcgaaatcgt tgacgtaggt agagacgtga aggggttcgc cataggggat 240
agagtcatat ccttacttta cgctcctgac ggtagctgtc actactgtaa aaggggagag 300
gaggcatact gtcactctag actgggctat tctgaggagc ttgatggatt cttcgcggag 360
atggcaaggg ttaaagtaag tagcctcgtt aaggtacctc ctggagtttc cgatgagggg 420
ggagtcatgg taccttgcgt aaccgggatg atatatagag gtttaagaag agctaactta 480
agcgaagggg agaccgtttt agtgacaggg gccagtggag gagtcggaat acacgccctg 540
caagtcgcga aaggaatggg ggccagagtg attggggtga cgacttcaga ggagaagagt 600
tcgattatag cgaagtactc tgacagggta atagtaggtt ccaagttctc ggaagaggcc 660
aagaaagagg acgtcaacgt gatcattgat accgttggaa ctcctacgtt tgaggaaagc 720
ctcagatcgt tatggatggg aggtagaata gtccagattg gtaacgtaga tcctacacag 780
gcttaccaat tgagattagg ctacacgatt ctcaaagata ttgccataat tgggcatgcc 840
tcagctacca aacgcgatgc tgaagccgct ttaaaactaa cttcagaagg caaggtaagg 900
ccgatagtag ctggaaccgt cagcttagag gagatagata agggttacga aatcctcaag 960
gacaaacaca aagtagggaa ggtattgcta aagccttag 999
<210> 127
<211> 1788
<212> DNA
<213> Streptomyces clavuligerus
<400> 127
atgggacagt acgctgcacc gttgcgcgac atgcaattcg tcttgcacga attgctgaac 60
gtcgaagccg aactgaagca actgcctaag cacgcggatc tggatgccga tacgatcaat 120
gcggtgctgc aggaggcggg caagttctgc tccgaggtcc tgtttccgtt gaaccaggtt 180
ggcgaccagc agggttgtac gtatgtcggc gacggcgtgg tgaccacgcc cgagggcttc 240
aagcaagcgt accagcagta tatcgaggcc ggctggccgg cgttgggctg cgatccggcc 300
tatggcggcc agggcttgcc cgcgttcgtg aacaacgcgc tgtacgagat gctcaattcg 360
gcgaaccagg catggaccat gtatcctggc ctgtcgcacg gcgcgtacga atgcctgcac 420
gcgcacggca cgccggagct tcaacagcgg tatctaccga agctggtatc cggtcagtgg 480
accggcacga tgtgcttgac cgagccgcat tgcggcaccg accttgggat cttgcgcacg 540
cgggccgagc ccaacggcga cggctcgtac tcgattaccg gcacgaagat ctttatttcg 600
agcggcgagc acgacctcgc cgacaacatc gtccacctgg tgctcgcgcg gttgccggac 660
gcgccggcgg ggaccaaggg catttcattg ttcatcgtgc ccaagttcat cccggacgac 720
aacggcgagc ctgggcagcg caacggcgtc aagtgtggct cgatcgagca caagatgggc 780
atccatggca atgcgacgtg cgtaatcaat ctggatgatg ccaggggctg gctggtcggc 840
gagccgaaca agggcttgaa tgcgatgttc gtgatgatga atgcggcgcg gctcggcgtg 900
ggcatgcaag gcctggggct gaccgaagtc gcgtaccaga actcgctcgc ctacgcgagg 960
cagcggctgc agatgcgctc gcttagcggt cctaaggcgc cggacaaggc ggccgacccg 1020
atcatcgtgc acccggatgt gcgacgcatg ttgttgacgc agaaggccta cgtcgaggcg 1080
gggcgcgcgt tcacgtactg ggcggctctg cagatcgaca aggaactgtc gcacgaggac 1140
gaggcggtgc gccgggatgc ggccgacctg gttgcgttgc tcacaccggt catcaaggcg 1200
ttcctgaccg acaacgcgtt cgaggcgacc aacaacgcca tgcaggtgtt gggcggccat 1260
ggctatatcg ctgagtgggg catcgagcaa tatgtgcgtg atgcgcgcat caacatgatt 1320
tacgaaggca ctaacacgat tcagtcgctg gacctgctgg ggcgcaaggt gctcggcgac 1380
atgggcgcga agctgaagaa gtttggcaag ctcgtgcagg attttgtcca ggccgagggc 1440
atcaaccccg acatgcagga gttcgtcaat ccgctggcgg acatcggcga aaaggtacag 1500
aagctgacga tggaaatcgg catgaaggcg atgcagagcc cggacgaagt tggcgccgcg 1560
gcggtaccgt acctgcgcac ggtcgggcat ttagtgttct cgtacttttg ggcgcgcatg 1620
gcccgtctgg cgctggacaa gcaaggtagc ggcgacccat tctaccggtc caagctcgcg 1680
accgcgcggt tctactttgc gaagctgtta cccgagacgg ccttcacgat ccgcgccgcg 1740
cgtgccggag ccaagccgct gaccgagatc gacgaagcgc tgttttaa 1788
<210> 128
<211> 981
<212> DNA
<213> Rhodobacter sphaeroides
<400> 128
gtgagagccg ttctgataga gaaatccgac gatacgcagt ccgtttcggt gacggagctt 60
gccgaggacc agctgcccga gggcgacgtt ctggtcgacg tcgcctattc gaccttgaac 120
tacaaggacg cgctggcgat caccggcaag gcgccggtcg tgcggcgctt ccccatggtg 180
ccgggcatcg acttcacggg cacggtggca caaagcagcc atgccgattt caagcccggc 240
gaccgggtca tcctgaatgg ctggggcgtg ggggaaaaac actggggcgg gctggccgaa 300
cgggcacggg tccgcggcga ctggctggtt ccgctgccgg cgcccctcga cttgcggcag 360
gcggcgatga tcggcacggc gggctatacg gccatgctct gcgttctggc gctcgagcgg 420
cacggggtcg tgcccggcaa tggcgagatc gtcgtgagcg gcgccgctgg cggtgtcggc 480
agcgttgcga cgacacttct tgccgcgaag ggctacgaag ttgctgcggt caccggccgt 540
gcctccgagg cggagtatct gcgcggtctg ggcgccgcgt cggtgatcga ccgcaacgaa 600
ctgaccggca aggtccgtcc gctggggcag gagcgttggg ccggcggcat cgatgttgcg 660
ggcagcacgg tgctggcgaa catgctctcg atgatgaaat accggggcgt cgtcgcggcc 720
tgcggtcttg ccgcgggaat ggatctgccc gcgtcggtgg cgcccttcat cctgcgcggt 780
atgaccctgg ccggggtcga cagcgtcatg tgcccgaaaa ccgaccgcct tgcggcctgg 840
gctcggctcg ccagcgatct cgatccggca aagctcgagg agatgacgac cgaactgccc 900
ttctccgagg tcatcgagac cgccccgaag ttccttgacg ggaccgtccg aggacgcatc 960
gtcattccgg tcaccccctg a 981
<210> 129
<211> 1104
<212> DNA
<213> Clostridium propionicum
<400> 129
atggctttta acagtgctga tataaattcg tttcgagata tttgggtatt ttgcgaacag 60
agagaaggca agcttattaa tacagatttt gagctgattt cagaaggaag aaagctcgct 120
gatgagcggg gctcaaaatt ggttggtatt ttattaggac atgaggtaga agagattgca 180
aaagagctag gtggatatgg tgcagataaa gtgattgttt gcgaccatcc cgaattaaaa 240
ttttatacca cagatgctta tgccaaggta ctttgtgatg tggttatgga ggagaaaccc 300
gaggttattt tgattggtgc aacaaatatt ggccgtgatt taggccccag atgtgcagca 360
cgcttacata cgggtttaac agcagattgt acccatttgg atattgatat gaacaaatat 420
gtggactttc tttccacctc ctcaacattg gatatatcat ccatgacctt tcctatggag 480
gacacaaatt taaaaatgac ccgtcctgcc tttggcggac atttgatggc aactatcatt 540
tgccctagat tccgcccttg tatgtctact gtaagacccg gggttatgaa aaaagcagag 600
tttagccagg aaatggctca ggcttgtcag gttgttacac gccatgtaaa tttatctgat 660
gaggacttaa agacgaaagt aatcaatatt gtgaaagaaa ctaaaaaaat tgttgattta 720
atcggcgccg aaattattgt ttctgttgga cgtggaatca gcaaggatgt gcaagggggc 780
attgccctag cagaaaagct tgccgatgcg tttgggaatg gtgttgttgg cggttctcgt 840
gcggttattg attccggttg gctccctgcg gatcatcagg ttgggcagac gggaaaaacc 900
gtgcatccta aggtatatgt tgcccttggt atttccggcg ccattcagca taaggcaggt 960
atgcaggatt cagagttgat tattgcggta aataaagacg agactgctcc tattttcgat 1020
tgtgctgatt atggtataac aggggatttg tttaaaattg taccaatgat gattgatgca 1080
attaaggaag gtaaaaatgc ttga 1104
<210> 130
<211> 804
<212> DNA
<213> Clostridium propionicum
<400> 130
atgagaattt atgtttgtgt aaaacaagtt ccggatacat cgggaaaggt tgctgtaaac 60
cccgatggaa ccttaaaccg tgcatctatg gcggctatta ttaatcccga tgatatgagt 120
gccattgagc aggccttaaa gttgaaggat gaaacaggct gtcaagttac agcccttacc 180
atggggccac ctcctgcgga gggaatgttg cgggaaatta tcgcaatggg cgcagatgat 240
ggcgttttaa tttccgccag agagttcggt ggttccgata ccttcgcaac ctctcaaatt 300
atatcggcgg cgatacataa attagggctt tccaatgagg atatgatttt ttgcggtagg 360
caggcaattg atggagatac agcacaggta ggaccgcaaa ttgcagaaaa attaagcatt 420
cctcaggtga cttatggggc agggattaaa aaaagcggag atttggtttt ggtaaagcgc 480
atgctggaag atggatatat gatgatagag gtggaaacac cctgcttgat tacttgcatt 540
caggataagg ctgtaaaacc acgctatatg actttgaatg gaattatgga atgctatagc 600
aagcctcttt tggtattaga ttatgaagcc cttaaggatg aacccctaat cgaattggat 660
acgatcggtc tgaaaggttc tcctacaaat atatttaaat cctttacgcc gccacaaaag 720
ggtgtaggcg ttatgcttca aggaacagac aaagaaaaag ttgaagattt ggtggacaaa 780
ttgatgcaga agcatgtcat ttaa 804
<210> 131
<211> 1562
<212> DNA
<213> Candida boidinii
<400> 131
ttcaactaaa aattgaacta tttaaacact atgatttcct tcaattatat taaaatcaat 60
ttcatatttc cttacttctt tttgctttat tatacatcaa taactcaatt aactcattga 120
ttatttgaaa aaaaaaaaca tttattaact taactccccg attatatatt atattattga 180
ctttacaaaa tgaagatcgt tttagtctta tatgatgctg gtaagcacgc tgctgatgaa 240
gaaaaattat atggttgtac tgaaaataaa ttaggtattg ctaattggtt aaaagatcaa 300
ggtcatgaac taattactac ttctgataaa gaaggtgaaa caagtgaatt ggataaacat 360
atcccagatg ctgatattat catcaccact cctttccatc ctgcttatat cactaaggaa 420
agacttgaca aggctaagaa cttaaaatta gtcgttgtcg ctggtgttgg ttctgatcac 480
attgatttag attatattaa tcaaacaggt aagaaaatct cagtcttgga agttacaggt 540
tctaatgttg tctctgttgc tgaacacgtt gtcatgacca tgcttgtctt ggttagaaat 600
ttcgttccag cacatgaaca aattattaac cacgattggg aggttgctgc tatcgctaag 660
gatgcttacg atatcgaagg taaaactatt gctaccattg gtgctggtag aattggttac 720
agagtcttgg aaagattact cccttttaat ccaaaagaat tattatacta cgattatcaa 780
gctttaccaa aagaagctga agaaaaagtt ggtgctagaa gagttgaaaa tattgaagaa 840
ttagttgctc aagctgatat cgttacagtt aatgctccat tacacgcagg tacaaaaggt 900
ttaattaata aggaattatt atctaaattt aaaaaaggtg cttggttagt caataccgca 960
agaggtgcta tttgtgttgc tgaagatgtt gcagcagctt tagaatctgg tcaattaaga 1020
ggttacggtg gtgatgtttg gttcccacaa ccagctccaa aggatcaccc atggagagat 1080
atgagaaata aatatggtgc tggtaatgcc atgactcctc actactctgg tactacttta 1140
gatgctcaaa caagatacgc tgaaggtact aaaaatatct tggaatcatt ctttactggt 1200
aaatttgatt acagaccaca agatattatc ttattaaatg gtgaatacgt tactaaagct 1260
tacggtaaac acgataagaa ataaattttc ttaacttgaa aactataatt gctataacaa 1320
ttcttcaatt tctctttttc ttcctttttt tgaagaattt ttaacaatca aaattttgac 1380
tctttgattt cccgcaatct ctgagctcag catactcatt attattttat tattattatt 1440
attattactt ttattattat tatattttty cttctttaac gatatcgttt gtgttttatc 1500
ttttatgatt taaattttat acgaatttat gaatacaaca aaatatttaa gtttacacaa 1560
tg 1562
<210> 132
<211> 1131
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 132
atgtcgaagg gaaaggtttt gctggttctt tacgaaggtg gtaagcatgc tgaagagcag 60
gaaaagttat tggggtgtat tgaaaatgaa cttggtatca gaaatttcat tgaagaacag 120
ggatacgagt tggttactac cattgacaag gaccctgagc caacctcaac ggtagacagg 180
gagttgaaag acgctgaaat tgtcattact acgccctttt tccccgccta catctcgaga 240
aacaggattg cagaagctcc taacctgaag ctctgtgtaa ccgctggcgt cggttcagac 300
catgtcgatt tagaagctgc aaatgaacgg aaaatcacgg tcaccgaagt tactggttct 360
aacgtcgttt ctgtcgcaga gcacgttatg gccacaattt tggttttgat aagaaactat 420
aatggtggtc atcaacaagc aattaatggt gagtgggata ttgccggcgt ggctaaaaat 480
gagtatgatc tggaagacaa aataatttca acggtaggtg ccggtagaat tggatatagg 540
gttctggaaa gattggtcgc atttaatccg aagaagttac tgtactacga ctaccaggaa 600
ctacctgcgg aagcaatcaa tagattgaac gaggccagca agcttttcaa tggcagaggt 660
gatattgttc agagagtaga gaaattggag gatatggttg ctcagtcaga tgttgttacc 720
atcaactgtc cattgcacaa ggactcaagg ggtttattca ataaaaagct tatttcccac 780
atgaaagatg gtgcatactt ggtgaatacc gctagaggtg ctatttgtgt cgcagaagat 840
gttgccgagg cagtcaagtc tggtaaattg gctggctatg gtggtgatgt ctgggataag 900
caaccagcac caaaagacca tccctggagg actatggaca ataaggacca cgtgggaaac 960
gcaatgactg ttcatatcag tggcacatct ctggatgctc aaaagaggta cgctcaggga 1020
gtaaagaaca tcctaaatag ttacttttcc aaaaagtttg attaccgtcc acaggatatt 1080
attgtgcaga atggttctta tgccaccaga gcttatggac agaagaaata a 1131
<210> 133
<211> 438
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 133
atgtcgaagg gaaaggtttt gctggttctt tatgaaggtg gtaagcatgc tgaagagcag 60
gaaaagttat tggggtgtat tgaaaatgaa cttggtatca gaaatttcat tgaagaacag 120
ggatacgagt tggttactac cattgacaag gaccctgagc caacctcaac ggtagacagg 180
gagttgaaag acgctgaaat tgtcattact acgccctttt tccccgccta catctcgaga 240
aacaggattg cagaagctcc taacctgaag ctctgtgtaa ccgctggcgt cggttcagac 300
catgtcgatt tagaagctgc aaatgaacgg aaaatcacgg tcaccgaagt tactggttct 360
aacgtcgttt ctgtcgcaga gcacgttatg gccacaattt tggttttgat aagaaactat 420
aatggtggtc atcaataa 438
<210> 134
<211> 867
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 134
atgatgcgct gcatgcagtc accggaggtg catccggccg cggccggaga cgccgagccg 60
cccactcaca gcaccttcgc cgtcagccgc tggcgccgcg gcgagctgat gctgagcccc 120
gatgaagtgg ccgaggaagt gccggtcgcg ctggtgtaca acggcatctc gcacgcggtg 180
atgctggcga cgccggccga cctggaggac ttcgcactcg gcttcagcct gagcgaaggc 240
atcgttaccc gtgccagcga cgtctatgac atcgagatcg acacgcgcga gcacggcatc 300
gccgtgcagc tggagatcgc atcggaagcc ttcatgcggc tcaaggaccg ccgccgctcg 360
ctggccgggc gcaccggctg cgggctgtgc ggcaccgaat cgctggaaca ggtgatgcgc 420
ctgccggcac cggtgcgcag cgatgccagc ttccataccg acgtgatcca ggccgcgttc 480
gtgcaactgc aactgcggca ggaactgcag caacacacgg gtgcgacgca cgctgccgca 540
tggctgcgtg ccgatggcca tgtatcactg gtgcgtgaag acgtgggccg ccacaacgcg 600
ctggacaagc tggcgggcgc gctcgccagc agcggcgagg acatctccag cggcgcggtg 660
ctggtgacca gccgcgccag ctatgaaatg gtgctgaaga ccgccgccat cggcgccggc 720
gtgctcgccg cagtgtccgc accgacggcg ctggccgtgc ggcttgccga acaagccagc 780
atcaccctgg ccggcttcgt gcgcgccggc gcgcacgtgg tctatgccca tccccaacgc 840
ctgcagcacg aagcgagcct ggcatga 867
<210> 135
<211> 2880
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 135
atgaacgccc gcaacgagat cgatttcggc acgcccgcca gcccatccac cgaactggtc 60
accctggagg tcgatggcgt cagcgtcacc gtgcccgccg gcacctcggt gatgcgcgcc 120
gcgatggaag cgcagatcgc cgtccccaag ctgtgcgcca ccgacagcct cgaagccttc 180
ggctcgtgcc ggctgtgcct ggtcgagatc gaagggcgcc gcggctatcc ggcatcgtgc 240
accacgccgg tcgaagccgg catgaaggtc aagacccaga gcgacaagct ggccgacctg 300
cgccgcggcg tgatggagct gtatatctcc gaccacccgc tcgattgcct gacctgcccg 360
accaacggca actgcgagct gcaggacatg gccggcgtgg tcggcctgcg tgaagtgcgc 420
tacaacgacg gcggcccgga agctgcgccg atcgcgaccc acacgcagat gaagaaggac 480
gaatccaatc cttacttcac ctacgacccc tccaagtgca tcgtctgcaa ccgctgcgtg 540
cgcgcctgcg aggaaacgca gggcaccttc gccctgacca tcagcggccg cggcttcgat 600
tcccgcgtct cgcccggaac cagccagtcg ttcatggaat cggactgcgt ctcgtgcggc 660
gcctgcgtgc aggcgtgccc gaccgcgacg ctgaccgaga cctcggtgat caagttcggc 720
cagccctcgc acagcaccgt gaccacctgt gcctattgcg gcgtgggctg ttcgttcaag 780
gccgagatga agggcaatga agtggtgcgc atggtgccgt acaaggacgg caaggccaat 840
gaaggccacg cctgcgtcaa gggccgcttt gcctggggct acgccacgca caaggaccgc 900
atcctcaagc cgatgatccg cgccaagatc accgatccgt ggcgcgaggt gtcgtgggaa 960
gaggcgatcg actatgccgc gtcgcagttc aagcgtatcc aggccgagca cggcaaggac 1020
tccatcggcg gcatcgtgtc gtcgcgctgc accaatgaag agggctacct ggtgcagaag 1080
ctggtgcgcg cagccttcgg caacaacaac gtcgacacct gcgcgcgcgt gtgccattcg 1140
ccgaccggct acggcctgaa gcagaccctg ggcgaatcgg ccggcacgca gaccttcaag 1200
tcggtggaga aggccgacgt gatcatggtg atcggtgcca acccgaccga cggccacccg 1260
gtctttgcgt cgcgcatgaa gaagcgcctg cgcgccggcg ccaggctgat cgtggtcgat 1320
ccgcgccgca tcgacctggt cgactccccg catatccgtg ccgactatca cctgcaactg 1380
cgcccgggca ccaacgtggc gctggtgacc tcgctggccc acgtgatcgt caccgaaggc 1440
ctgctcaacg aagctttcat cgccgagcgc tgcgaggacc gcgccttcca gcaatggcgc 1500
gatttcgtct cgctgccgga gaactcgccg gaggcgatgg aaagcgtgac cggcattccg 1560
gcggaacagc tgcgcggtgc cgcacgcctg tatgccaccg gcggcaacgc tgcgatctac 1620
tacggcctgg gcgtgaccga gcatgcgcaa ggctcaacca ccgtgatggg cattgccaac 1680
ctcgccatgg ccaccggcaa tatcggccgc gaaggcgtgg gtgtgaaccc gctgcgcggg 1740
cagaacaatg tgcagggctc gtgcgacatc ggttcgttcc cgcatgagct gccgggctat 1800
cgccacgtgt cggactcgac cacgcgcggt ctgttcgaag ccgcgtggaa tgtcgagatc 1860
agccccgagc cgggcctgcg catccccaat atgtttgaag ccgcgctggc cggcagcttc 1920
aagggcctct actgccaggg cgaggacatt gtccagtccg acccgaacac gcagcacgtg 1980
tccgaggcgc tgtcatcgat ggaatgcatc gtggtgcagg acatcttcct gaacgagacc 2040
gccaagtacg cgcacgtgtt cctgccgggc tcgtccttcc tggaaaagga cggcaccttc 2100
accaacgccg agcgccgcat ctcgcgcgtg cgcaaggtga tgccgcccaa ggcgcgctat 2160
gccgactggg aagccaccat cctgctggcc aatgcgctgg gctacccgat ggactacaag 2220
catccgtcgg agatcatgga cgagatcgcg cgcctgacgc cgaccttcgc cggtgtcagc 2280
tacaagcgcc tggaccagct cggcagcatc cagtggccgt gcaacgccga cgcgccggaa 2340
ggcacgccga ccatgcatat cgacaccttc gtgcgcggca agggcaagtt catcatcacc 2400
aagtacgtgc ccaccaccga gaagatcacg cgcgccttcc cgctgatcct gaccaccggc 2460
cgcatcctgt cgcaatacaa cgtcggcgcg cagacgcgcc gtaccgacaa cgtctactgg 2520
catgccgagg accggctcga gatccatccg cacgatgccg aggagcgcgg catcaaggac 2580
ggcgactggg tcggggtgca gagccgtgcc ggcgacacgg tgctgcgcgc gatcgtcagc 2640
gagcgcatgc agccgggcgt ggtctacacc accttccact tcccggaatc cggcgccaac 2700
gtgatcacca ccgacaactc cgactgggcc accaactgcc cggagtacaa ggtgaccgcg 2760
gtgcaggtgc tgccggtggc gcagccgtcg gcgtggcagc gggagtacca ggagttcaac 2820
gcccagcagc tgcaactgct ggaagccgcc agcgccgacc cggcgcaggc cgtacgctga 2880
<210> 136
<211> 1563
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 136
atgatcacga tcaccaccat cttcgtgccg cgcgattcca ccgcgctggc actgggcgcc 60
gacgacgtcg cccgcgccat cgcgcgtgaa gccgcggcgc gcaacgagca cgtgcgcatt 120
gtgcgcaatg gctcgcgcgg catgttctgg ctggagccgc tggtcgaggt gcagaccgga 180
gccggccgcg tggcctatgg cccggtcagc gccgcagacg tgccggggct gttcgacgcc 240
ggcttgctgc aaggcggcga gcacgcgctg tcgcagggcg tcaccgaaga gatccccttc 300
ctgaagcagc aggagcgcct gaccttcgcc cgcgtcggca tcaccgatcc gctgtcgctg 360
gacgactacc gcgcgcatga gggctttgcc ggcctggagc gcgcgctggc gatgcagccc 420
gccgagatcg tgcaggaggt caccgactcc ggcctgcgcg gccgcggcgg cgcggcgttc 480
ccgaccggca tcaagtggaa gaccgtgctg ggcgcgcagt ccgcggtcaa gtacatcgtc 540
tgcaatgccg acgagggcga ctcgggcacg ttctccgatc gcatggtgat ggaagacgac 600
ccgttcatgc tgatcgaagg catgaccatt gccgcgcttg cggtgggtgc ggagcagggc 660
tacatctact gccgttccga atacccgcac gcgattgccg tgctggaaag cgcgattggt 720
atcgccaacg ccgccggctg gctcggcgac gacatccgcg gcagcggcaa gcgcttccac 780
ctcgaagtgc gcaagggcgc cggcgcctat gtctgcggcg aggaaaccgc gctgctggaa 840
agcctggaag gacggcgcgg cgtggtgcgc gccaagccgc cgctgccggc gctgcagggg 900
ctgttcggca agcccacggt gatcaacaac gtgatctcgc tggccaccgt gccggtgatc 960
ctggcgcgcg gcgcgcagta ctaccgcgac tacggcatgg gccgttcgcg cggcacgctg 1020
ccgttccagc ttgccggcaa catcaagcag ggcggactgg tggaaaaggc gttcggcgtg 1080
acgctgcgcg agctgctggt cgactacggc ggcggcacgc gcagcggccg cgccatccgc 1140
gcggtgcagg tgggcgggcc gctgggcgcc tacctgcccg agtcgcgctt cgacgtgccg 1200
ctggactatg aagcctatgc cgcgttcggc ggcgtggtcg gccacggcgg catcgtggtg 1260
ttcgatgaaa ccgtcgacat ggcaaagcag gcccgctacg cgatggagtt ctgcgcgatc 1320
gaatcgtgcg gcaagtgcac cccgtgccgg atcggctcga cccgcggcgt cgaagtgatg 1380
gaccgcatca tcgccggcga gcagccggtc aagcacgtcg ccctggtgcg cgacctgtgc 1440
gacaccatgc tcaacggctc gctgtgcgcg atgggcggca tgaccccgta cccggtgctg 1500
tccgcgctga atgaattccc cgaggacttc ggcctcgcct ccaacccagc caaggccgcc 1560
tga 1563
<210> 137
<211> 225
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 137
atgaagatcg acaacctcat caccatggcc aaccagatcg gcagcttctt cgaggccatg 60
ccggatcggg aagaggccgt ctctgatatt gcagggcata tcaagcggtt ttgggagccg 120
cgcatgcgca aggccttgct ggggcatgtg gatgccgagg cagggagcgg gctgctggac 180
atcgtgcgcg aggcgctggg gcggcatcgg gcgatgctgg agtag 225
<210> 138
<211> 531
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 138
atgccagaaa tttcccccca cgcaccggca tccgccgatg ccacgcgcat cgccgccatc 60
gtggccgcgc gccaggacat accgggcgcc ttgctgccga tcctgcatga gatccaggac 120
acacagggct atatccccga cgccgccgtg cccgtcattg cccgcgcgct gaacctgtcg 180
cgcgccgagg tgcacggcgt gatcaccttc taccaccatt tccgccagca gccggccggg 240
cgccacgtgg tgcaggtctg ccgcgccgaa gcctgccagt cggtcggcgc cgaagcgctg 300
gccgagcatg cgcagcgcgc acttggctgt ggctttcatg aaaccaccgc ggacgggcag 360
gtgacgctgg agccggttta ttgcctgggc cagtgcgcct gcggccccgc cgtgatggtc 420
ggcgagcagc tgcacggcta tgtcgatgcc aggcgcttcg acgcgctggt gcgctcgctg 480
cgcgagtcgt ccgcggaaaa gaccacggaa gccgcggagg cacaggcatg a 531
<210> 139
<211> 1095
<212> DNA
<213> Cupriavidus necator
<400> 139
atgattcgca tctcgatcca cccgcacctg cagatccggg acgacgccag ccccggtggc 60
gaggccctgg acgtgtcccg cctggtggcc ctgctcggcc atatcgagga atccggcagc 120
atcagccact cggcgcaggc ggtatcgctg tcctaccgct acgcctgggg catcctgcgc 180
gatgccgagg cgctgttcgg cggcccgctg atcgacaaga cccgcgggcg cggcagcgcg 240
ctgacgccgc tggcgcagca gttggtgtgg gccagcaagc ggatcggcgc gcggctgtcg 300
ccgacgctgg acagcctggc gtccgagctg gagatcgagt tgaagaagct gatggaccag 360
cccgaagcca cggcgcggct gcatgccagc cacggcttcg cggtggcggc gctgcgcgac 420
ttcctcgacg agcagcaggt gcggcacgac ctgaagtact gcggcagcgt cgaggccgtg 480
gcggcactgg ccgaaggcgc ctgcgatatc gccggcttcc atgtgccggt gggcgagttc 540
gagcacggca tgtggcggca tttcaccacc tggctcaagc cggacaccca ctgcctggtg 600
cacctggcgg tgcgcagcca gggactgttc gtgcggccgg acaacccgct tggcatccac 660
acgctggaag acctgacccg gcgcgaggtg cgcttcgtca accgccaggt gggctcgggc 720
acgcgcctgc tgctggacct gatgctggcc gcgcgcggca tcgacacggc ccgcatcgag 780
ggctacagca acggtgaatt cacccacgcc gcggtggccg cgtatatcgg cagcggcatg 840
gccgacgtgg gctttggcgt ggaaaccgcg gcgcggcgct tcgggctggc gttcgtgccg 900
gtgatcaagg agcgctactt ctttgcgatc gagcgcgcca agctgcgcag cgcggcactg 960
gccggcgcgg tggacgcgct taccagcgaa gccttccgcc agcgcgtcaa tgcactgccc 1020
ggctacgacg gcacgctgac cggcaccgtg ctgacgctgg aagaagcgtt cccggattac 1080
gctgaggcgc gctag 1095
Claims (27)
- a.) 발효성 탄소 공급원을 제공하는 단계;
b.) 발효성 탄소 공급원을 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 및 발효 배지에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물과 접촉시키는 단계; 및
c.) 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 부타디엔을 생산하기 위한 미생물에서 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현시키는 단계를 포함하는,
발효성 탄소 공급원으로부터 부타디엔을 생산하는 방법. - 제1 항에 있어서, 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 부타디엔은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질; 크로토닐-CoA 중간물질; 및/또는 포름산 중간물질을 통해 생산되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 미생물은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 히드록시알레릴-CoA의 2-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜테노일-CoA의 2-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜텐산의 4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜테노일-CoA의 펜트-2,4-디에노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 펜트-2,4-디에노일-CoA의 펜트-2,4-디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 2,4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 미생물은 크로토닐-CoA의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 크로톤알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로톤알데히드의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 크로토닐 알콜의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 미생물은 C02의 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트 및 CoA의 아세틸-CoA 및 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 포름산의 포밀-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세토아세틸-CoA 및 포밀-CoA의 3,5-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3,5-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S)-3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 미생물은 부르크홀데리아, 프로피오니박테리움, 프로피오니스피라, 클로스트리듐, 바실루스, 에스체리키아, 펠로박터, 또는 락토바실루스로 구성된 속으로부터 선택된 박테리아인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 미생물은 진핵생물이고 효모, 곰팡이, 원생동물, 또는 조류인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제9 항에 있어서, 효모는 사카로미세스 세레비시애, 지모모나스 모빌리스, 또는 피치아 파스토리스인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 탄소 공급원은 어떤 형태의 사탕수수 쥬스, 사탕수수 당밀, 가수분해된 전분, 가수분해된 리그노셀룰로스 물질, 글루코스, 슈크로스, 프럭토스, 락테이트, 락토스, 자일로스, 피루베이트, 또는 글리세롤 또는 이들의 혼합물인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 탄소 공급원은 단당류, 올리고당, 또는 다당류인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 부타디엔은 미생물에 의해 발효 배지로 분비되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제13 항에 있어서, 발효 배지로부터 부타디엔을 회수하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항에 있어서, 미생물은 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하도록 유전적으로 변형된 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1 항 내지 제15 항 중 어느 한 항에 있어서, 발효성 탄소 공급원의 부타디엔으로의 전환은 ATP 양성이고 NADH를 소모하는 경로와 결합될 때 부타디엔 생산을 위한 혐기성 공정을 제공할 수 있는 것을 특징으로 하는 방법.
- 부타디엔의 생산을 위한 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시되는 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 효소는 표 1-3 중 어느 하나에서 제시되는 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 부타디엔은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA 중간물질; 크로토닐-CoA 중간물질; 및/또는 포름산 중간물질을 통해 생산되는 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 미생물은 아세틸-CoA 및 프로피오닐-CoA의 케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S) 히드록시알레릴-CoA의 2-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜테노일-CoA의 2-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜텐산의 4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2-펜테노일-CoA의 펜트-2,4-디에노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 펜트-2,4-디에노일-CoA의 펜트-2,4-디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 2,4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 미생물은 크로토닐-CoA의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로토닐-CoA의 크로톤알데히드로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 크로톤알데히드의 크로토닐 알콜로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 크로토닐 알콜의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 미생물은 C02의 포름산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 피루베이트 및 CoA의 아세틸-CoA 및 포름산으로의전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 포름산의 포밀-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 2 아세틸-CoA의 아세토아세틸-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 아세토아세틸-CoA 및 포밀-CoA의 3,5-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 3,5-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S)-5-히드록시-3-케토발레릴-CoA의 (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S)-3,5-디히드록시알레릴-CoA의 (R) 또는 (S) 3-히드록시-4-펜테노일-CoA로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; (R) 또는 (S)-3-히드록시-4-펜테노일-CoA의 3-히드록시-4-펜텐산으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드; 및/또는 3-히드록시-4-펜텐산의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 미생물은 부르크홀데리아, 프로피오니박테리움, 프로피오니스피라, 클로스트리듐, 바실루스, 에스체리키아, 펠로박터, 또는 락토바실루스로 구성된 속으로부터 선택된 박테리아인 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 미생물은 진핵생물이고 효모, 곰팡이, 원생동물, 또는 조류인 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제25 항에 있어서, 효모는 사카로미세스 세레비시애, 지모모나스 모빌리스, 또는 피치아 파스토리스인 것을 특징으로 하는 미생물.
- 제17 항에 있어서, 미생물은 부타디엔의 생산 경로에서 발효성 탄소 공급원의 하나 이상의 중간물질로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 및 하나 이상의 중간물질의 부타디엔으로의 전환을 촉진시키는 경로에서 효소를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 발현하도록 유전적으로 변형된 것을 특징으로 하는 미생물.
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