KR20100023824A - 향상된 수율 및(또는) 품질로 이종 단백질을 발현하는 특정 균주를 동정하기 위해 미생물 숙주를 신속히 스크리닝하는 방법 - Google Patents

Abstract

본 발명은 이종 폴리펩티드를 향상된 수율 및(또는) 품질로 생산할 수 있는 숙주 세포 집단을 신속하게 동정하기 위한 어레이를 제공한다. 이 어레이는 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 증가시키거나, 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 감소시키거나, 둘 다를 하도록 유전적으로 변형된 하나 이상의 숙주 세포 집단을 포함한다. 어레이 내 균주들 중 1종 이상이 주목 대상 이종 단백질을 주변세포질 구역에서 발현할 수도 있으며, 외부 세포벽을 통과하여 이종 단백질을 세포 외로 분비할 수도 있다. 균주 어레이는 치료제용 단백질, 호르몬, 성장 인자, 세포외 수용체 또는 리간드, 프로테아제, 키나제, 혈중 단백질, 케모카인, 시토카인, 항체 등을 비롯한 임의의 주목 대상 단백질의 향상된 발현 여부에 대해 스크리닝하는 데 유용하다.

이종 단백질 발현, 최적 숙주 동정, 스크리닝 방법, 슈도모나스 플루오레센스

Description

향상된 수율 및(또는) 품질로 이종 단백질을 발현하는 특정 균주를 동정하기 위해 미생물 숙주를 신속히 스크리닝하는 방법 {METHOD FOR RAPIDLY SCREENING MICROBIAL HOSTS TO IDENTIFY CERTAIN STRAINS WITH IMPROVED YIELD AND/OR QUALITY IN THE EXPRESSION OF HETEROLOGOUS PROTEINS}

본 발명은 단백질 생산 분야, 특히 올바로 프로세싱된 이종 단백질의 대규모 생산을 위한 최적의 숙주 세포를 동정하는 것에 관한 것이다.

150종을 넘는 재조합 생산된 단백질 및 폴리펩티드가 생물공학 약물 및 백신으로 사용하도록 미국 식품의약청 (FDA)의 승인을 받았고, 또 다른 370종이 임상 시험 중이다. 화학 합성을 통해 생산되는 소분자 약품들과 달리, 단백질 및 폴리펩티드는 살아 있는 세포에서 가장 효율적으로 생산된다. 그러나 세균에서 재조합 단백질을 생산하는 기존의 방법들은 종종 올바로 폴딩되지 않거나, 응집되거나, 불활성인 단백질을 만들어 내며, 많은 종류의 단백질은 공지된 방법을 사용해서는 비효율적으로 이루어지는 2차적인 변형을 요구한다.

재조합 시스템에서 올바로 폴딩된 단백질의 생산을 증진시키기 위해 수많은 시도가 있었다. 예를 들면, 연구자들은 발효 조건을 바꾸거나 (Schein (1989) Bio/Technology, 7: 1141-1149), 프로모터 강도를 달리하거나, 또는 응집체의 형성을 방지하는 데 도움이 될 수 있는 과발현된 샤페론 단백질을 사용했다 (Hockney (1994) Trends Biotechnol. 12:456-463).

단백질들을 세포에서 상징액 중으로 분비시키기 위해 전략들이 개발되었다. 예를 들면, 미국 특허 제5,348,867호; 미국 특허 제6,329,172호; PCT 공개 번호 WO96/17943; PCT 공개 번호 WO02/40696; 및 미국 출원 공개 제2003/0013150호 참조. 발현을 증진시키기 위한 다른 시도로 단백질을 주변세포질로 가도록 만드는 데 대한 것들이 있다. 몇몇 연구자들은 비-Sec 방식 분비에 초점을 맞추고 있다 (예컨대, PCT 공개 번호 WO 03/079007; 미국 공개 제2003/0180937호; 미국 공개 제2003/0064435호; 및 PCT 공개 번호 WO 00/59537 참조). 그러나 대부분의 연구에서는 Sec 방식의 시스템을 이용한 외래 단백질의 분비에 초점을 두어 왔다.

다수의 분비 신호가 재조합 폴리펩티드 또는 단백질을 발현시키는 데 사용할 수 있다고 보고되었다. 예를 들면, 미국 특허 제5,914,254호; 미국 특허 제4,963,495호; 유럽 특허 제0 177 343호; 미국 특허 제5,082,783호; PCT 공개 번호 WO 89/10971; 미국 특허 제6,156,552호; 미국 특허 제6,495,357; 6,509,181; 6,524,827; 6,528,298; 6,558,939; 6,608,018; 6,617,143호; 미국 특허 제5,595,898; 5,698,435; 및 6,204,023호; 미국 특허 제6,258,560호; PCT 공개 번호 WO 01/21662, WO 02/068660 및 미국 출원 공개 제2003/0044906호; 미국 특허 제5,641,671호; 및 유럽 특허 제EP 0 121 352호 참조.

이종 단백질 생산은 종종 불용성이거나 올바로 폴딩되지 않은 단백질이 형성되는 결과를 가져오며, 이러한 단백질은 회수하기 어렵고 불활성일 수도 있다. 게다가 특정한 숙주 세포 프로테아제가 존재하여 주목 대상 단백질을 분해하고 그에 따라 최종 수율을 저하시킬 수 있다. 모든 이종 단백질의 생산을 개선시켜 줄 단일 요소는 없다. 그 결과, 업계에서는 재조합 폴리펩티드를 분비하고 올바로 프로세싱하여 유전자조작 단백질을 올바로 프로세싱된 형태로 생산할 수 있는 개선된 대규모 발현 시스템을 알아내는 것이 요구되고 있다.

<발명의 요약>

본 발명은 1종 이상의 이종 폴리펩티드를 원하는 요건에 맞게 향상된 수율 및(또는) 품질로 생산할 수 있는 숙주 세포 집단을 신속하게 동정할 수 있는 조성물 및 방법을 제공한다. 이들 조성물은 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 증가시키거나, 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 감소시키거나, 단백질 생성물에 영향을 주는 이종 유전자를 발현하거나, 이들 열거된 것 중 둘 이상을 하도록 유전적으로 변형된 숙주 세포 집단을 둘 이상 포함한다. 주목 대상 폴리펩티드를 다양한 변형된 숙주 세포에서 발현시킬 수 있다는 것은 주목 대상 폴리펩티드에 대한 최적의 숙주 세포를 결정하는 신속하고 효율적인 수단을 제공한다. 원하는 요건은 주목 대상 폴리펩티드에 따라 달라지겠지만 수율, 품질, 활성 등을 포함한다.

주목 대상 폴리펩티드의 발현을 용이하게 만드는 내생 서열 및(또는) 외래 서열의 발현 수준에 영향을 주는 많은 조합의 핵산 서열을 발현하도록 숙주 세포 집단을 변형시킬 수 있다고 인식되고 있다. 한 실시태양에서는, 숙주 세포 집단 중 둘 이상을 유전적으로 변형시켜 주목 대상 이종 단백질의 올바른 발현, 프로세싱, 및(또는) 위치이동 중 하나 이상에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 증가시켰다. 다른 한 실시태양에서는, 표적 유전자가 단백질 폴딩 조절인자이다. 다른 한 실시태양에서는, 단백질 폴딩 조절인자를 표 1에 제시된 리스트에서 선택한다.

다른 한 실시태양에서는, 숙주 세포 집단 중 하나 이상을 유전적으로 변형시켜 프로테아제에 의한 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 감소시켰다. 다른 한 실시태양에서는, 표적 유전자가 프로테아제이다. 다른 한 실시태양에서는, 프로테아제를 표 2에 제시된 리스트에서 선택한다.

한 실시태양에서는, 주목 대상 단백질을 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 본 명세서에 기재된 바와 같이 P. fluorescens Sec 시스템 분비 신호에 작동가능하게 연결시킨다. 어레이 내 균주들 중 하나 이상이 주목 대상 이종 단백질을 주변세포질 구역에서 발현할 수도 있다. 일부 실시태양에서는, 하나 이상의 균주가 그에 더하여 외부 세포벽을 통과하여 이종 단백질을 세포 외로 분비할 수도 있다.

숙주 세포에는 효모 세포, 곤충 세포, 포유류 세포, 식물 세포 등을 비롯한 진핵 세포, 및 P. fluorescens, 대장균 등과 같은 세균 세포를 비롯한 원핵 세포가 포함된다.

제시한 것처럼, 이종발현되는 단백질의 수율 및(또는) 품질이 개선된 특정 균주(들)을 동정하기 위해 숙주 세포 집단의 라이브러리를 신속하게 스크리닝할 수 있다. 균주 어레이는 치료제용 단백질, 호르몬, 성장 인자, 세포외 수용체 또는 리간드, 프로테아제, 키나제, 혈중 단백질, 케모카인, 시토카인, 항체 등을 비롯한 임의의 주목 대상 단백질의 개선된 발현 여부에 대해 스크리닝하는 데 유용하다.

도 1A는 P. fluorescens에서 유전자 결실을 조작하는 데 사용한 플라스미드 pDOW1261-2를 도시한 것이다. 도 1B는 유전자 X 결실을 구축하는 과정의 개략도이다.

도 2는 Δprc1, ΔdegP2, ΔLa2 및 grpEdnaKJ 동시발현 균주에서 유도 후 0 및 24 시간 (각각 I0 및 I24)에 마련한 가용성 세포 분획의 웨스턴 블롯 분석결과이다 (실시예 6). 상단 화살표는 동시발현 균주에는 있지만 대조군 (DC440)에는 없는 완전히 조립된 단일클론 항체를 가리킨다. r = 재조합; n-r = 비재조합.

이하에서는 본 발명을 본 발명의 전체가 아닌 일부 실시태양을 보여주는 첨부된 도면을 참조하여 더 상세히 설명할 것이다. 실제로는 본 발명은 많은 상이한 형태로 구현될 수 있으며, 본 명세서에 나열된 실시태양으로 한정된다고 여겨서는 안 된다. 본 명세서에 기재된 실시태양은 명세서가 법적 요건을 만족시키도록 하기 위해 제공하는 것일 뿐이다.

본 명세서에 제시된 교시와 관련 도면을 접한 당업자에게는 본 명세서에 열거된 발명의 많은 변경이나 다른 실시태양이 떠오를 것이다.

따라서, 본 발명이 명세서에 개시된 특정한 실시태양으로 한정되는 것이 아니라 변경이나 다른 실시태양들이 본 발명의 범위 내에 포함되어야 한다는 것을 이해해야 한다. 구체적인 용어가 본 명세서에서 사용되더라도 이들은 포괄적이고 설명적인 의미에서 사용된 것일 뿐, 제한의 목적으로 사용된 것은 아니다.

개괄

본 발명은, 숙주 세포에서 올바로 프로세싱된 이종 폴리펩티드를 고수준으로 생산하기 위한 최적 숙주 균주, 예컨대 슈도모나스 플루오레센스 숙주 균주를 동정하는 조성물 및 방법을 제공한다. 구체적으로, 숙주 균주의 라이브러리 (또는 "어레이")를 제공하는데, 여기서 라이브러리 내 각 균주 (또는 "숙주 세포 집단")는 숙주 세포 내 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 조절하기 위해 유전적으로 변형된 것이다. "최적 숙주 균주"는 어레이 중 표현형으로 구별되는 다른 숙주 세포 집단과 비교하여 발현된 주목 대상 단백질의 양, 질, 및(또는) 위치에 기초하여 동정하거나 선별할 수 있다. 따라서, 최적 숙주 균주는 원하는 요건에 맞게 주목 대상 폴리펩티드를 생산하는 균주이다. 원하는 요건은 생산되는 폴리펩티드에 따라 달라지겠지만, 요건에는 단백질의 품질 및(또는) 양, 단백질이 봉입되는지 분비되는지 여부, 단백질 폴딩 등이 포함된다.

"이종," "이종발현," 또는 "재조합"은 숙주 세포에 내생적이 아니거나 현재 있는 자연적인 게놈 내 위치에 내생적이 아니며 감염, 트랜스펙션, 미세주입, 전기천공, 마이크로프로젝션 등에 의해 세포에 가해진 유전자 또는 단백질을 일반적으로 가리킨다.

어레이 내 숙주 세포 집단 중 하나 이상을 변형시켜 숙주 세포에서 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 조절한다. "표적 유전자"라 함은 숙주 세포 내 이종 단백질의 생산에 영향을 주는 유전자를 지칭하려는 것이다. 이종 단백질 생산에 영향을 주는 표적 유전자에는 이종 단백질의 발현, 활성, 가용성, 위치이동, 프로테아제에 의한 분해 및(또는) 절단을 조절하는 단백질을 코딩하는 유전자가 포함된다. 예를 들면, 표적 유전자는 숙주 세포 프로테아제, 단백질 폴딩 조절인자, 전사인자, 번역인자, 분비 조절인자, 또는 주목 대상 이종 단백질의 올바른 전사, 번역, 프로세싱 및(또는) 위치이동에 관련된 임의의 다른 단백질 중 하나 이상을 코딩할 수 있다. "표적 단백질"은 표적 유전자의 발현 결과로 만들어지는 단백질 또는 폴리펩티드를 말한다. 표적 유전자의 발현 및(또는) 활성은 표적 유전자 또는 단백질의 기능에 따라서 증가 또는 감소시킨다. 예를 들면, 1종 이상의 숙주 세포 프로테아제의 발현을 감소시킬 수 있는 반면, 1종 이상의 단백질 폴딩 조절인자의 발현은 증가시킬 수 있다.

본 명세서에 기재된 어레이는 주목 대상 이종 단백질 또는 펩티드의 생산을 위한 최적 숙주 세포를 신속하게 동정하는 데 유용하다. 이종 단백질 생산은 종종 불용성이거나 올바로 폴딩되지 않은 단백질이 형성되는 결과를 가져오며, 이러한 단백질은 회수하기 어렵고 불활성일 수도 있다. 게다가, 특정한 숙주 세포 프로테아제가 존재하여 주목 대상 단백질을 분해하고 그에 따라 최종 수율을 저하시킬 수도 있다. 모든 주목 대상 폴리펩티드 또는 단백질을 최적으로 생산해 줄 단일한 숙주 세포 집단은 없다. 따라서, 본 발명의 조성물 및 방법을 사용하면, 변형된 세포 집단의 라이브러리로부터 최적 숙주 세포를 신속하고 효율적으로 동정할 수 있다. 그 다음 이 최적 숙주 균주는 충분한 양의 주목 대상 단백질을 생산하는 데 사용하거나 상업적 생산을 위해 사용할 수 있다. 마찬가지로, 최적 숙주 균주에 기초하여 주목 대상 단백질의 발현을 위해 숙주 균주를 변형시킬 수 있다.

한 실시태양에서, 본 발명의 방법은, 적어도 제1 및 제2의 P. fluorescens 세포 집단을 포함하고, 여기서 각 집단이 (i) 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 감소되도록 유전적으로 변형된 P. fluorescens 세포 집단; (ii) 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형된 P. fluorescens 세포 집단; 및, (iii) 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 감소되고 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형된 P. fluorescens 세포 집단으로 이루어진 군으로부터 선택되는 어레이를 얻는 단계; 각 집단의 적어도 하나의 세포에, 하나 이상의 주목 대상 이종 단백질을 코딩하는 하나 이상의 유전자를 포함하는 발현 구축물을 도입시키는 단계; 상기 세포들을 하나 이상의 세포 집단에서 상기 주목 대상 단백질이 발현되기에 충분한 조건 하에 유지하는 단계; 및 주목 대상 이종 단백질이 생산되는 최적의 세포 집단을 선별하는 단계;를 포함하며, 여기서 어레이 내 각 집단은 동일하지 않고 각 집단이 물리적으로 서로 분리되어 있으며, 주목 대상 이종 단백질은 어레이 내의 다른 집단과 비교하여 최적의 세포 집단에서 향상된 발현, 향상된 활성, 향상된 가용성, 향상된 위치이동 또는 감소된 프로테아제 분해 또는 절단 중 하나 이상을 나타낸다.

어레이는 숙주 세포 프로테아제 또는 단백질 폴딩 조절인자의 발현이 변경되도록 유전적으로 변형되지 않은 숙주 세포 (예, P. fluorescens 숙주 세포) 집단을 더 포함할 수도 있다. 이 집단은 야생형 균주일 수도 있으나, 단백질 생산, 프로세싱, 또는 위치 이동에 관련되지 않은 하나 이상의 유전자의 발현을 변경시키도록 유전적으로 변형된 균주일 수 있다. (예, 선별가능한 마커 유전자 등을 발현하도록 유전적으로 변형될 수 있음).

한 실시태양에서, P. fluorescens 숙주 세포 각 집단은 표현형상 서로 구별된다 (즉, "동일하지 않음"). "표현형상 구별된다"는 것은 각 집단이 하나 이상의 표적 단백질을 측정가능하게 상이한 양으로 생산함을 말하려는 것이다. 이 실시태양에서는, 각 균주는 하나 이상의 상이한 표적 유전자의 발현을 변경시키도록 유전적으로 변형된 것이다. 숙주 세포 집단에서 둘 이상의 표적 유전자의 발현을 조절하면, 표적 유전자들의 조합은 라이브러리 내의 다른 집단으로부터 표현형상 구별된다. 본 발명에 따른 복수의 표현형상 구별되는 숙주 세포 집단을 포함하는 어레이는 주목 대상 이종 단백질 또는 펩티드를 생산하는 데 유용한 1종 이상의 균주를 선별하게 될 다양한 집단을 제공하는 것이다. 당업자는 그러한 어레이가 하나 이상의 숙주 세포 집단의 복제본 (예, 이중본, 삼중본, 등)도 함유할 수 있다는 것을 이해할 것이다.

어레이

본 발명에서는 이종 단백질의 수율 및(또는) 품질이 향상된 특정 균주(들)을 동정하기 위해 신속하게 스크리닝할 수 있는 숙주 세포 집단의 어레이 (즉 "균주 어레이")를 제공한다. 본 명세서에서, "균주 어레이"라는 용어는 체계적으로 번지가 지정되었거나 번지를 지정할 수 있는 복수의 위치 (예, 딥 웰 또는 마이크로웰과 같은 웰)를 가리킨다. 주목 대상 이종 단백질의 발현을 위한 최적 숙주 세포의 동정이 가능하도록, 어레이 중에서 마이크로웰이나 마이크로웰군 각각의 위치는 대개 알려져 있다.

균주 어레이는 복수의 표현형상 구별되는 숙주 균주들을 포함한다. 어레이는 저밀도 어레이 또는 고밀도 어레이일 수 있으며, 약 2 개 이상, 약 4 개 이상, 약 8 개 이상, 약 12 개 이상, 약 16 개 이상, 약 20 개 이상, 약 24 개 이상, 약 32 개 이상, 약 40 개 이상, 약 48 개 이상, 약 64 개 이상, 약 72 개 이상, 약 80 개 이상, 약 96 개 이상, 약 192 개 이상, 약 384 개 이상의 숙주 세포 집단을 함유할 수 있다.

본 발명의 숙주 세포 집단은 다중-웰 또는 딥 웰 용기에 든 상태로 유지하고(하거나) 스크리닝할 수 있다. 용기는 원하는 수의 웰을 담을 수 있으나 미니어쳐화된 세포 배양 마이크로어레이 플랫폼이 최소한의 시약과 비교적 소수의 세포를 사용하여 각 숙주 세포 집단을 개별적으로 동시에 스크리닝하는 데 유용하다. 이 검사법에 유용한 전형적인 다중-웰, 마이크로리터 용기는 비제한적으로, 10-웰 플레이트, 28-웰 플레이트, 96-웰 플레이트, 384-웰 플레이트, 및 384 개보다 많은 웰이 있는 플레이트를 비롯한 다중-웰 플레이트이다. 다른 방식으로는, 목적하는 부피에 따라 튜브, 홀더, 카트리지, 미니튜브, 마이크로퓨지 튜브, 동결 바이알, 사각 웰 플레이트 튜브, 플레이트, 슬랜트, 또는 배양 플라스크의 어레이도 사용할 수 있다.

용기는 주목 대상 숙주 세포, 예, 슈도모나스를 배양 및(또는) 스크리닝하기에 적절한 임의의 재료로 만들어질 수 있다. 예를 들면 용기는, 재료가 생체적합성인 한 플라스틱 또는 다른 합성 중합체 재료와 같이 쉽게 멸균할 수 있는 재료일 수 있다. 사용할 수 있는 재료의 수에는 제한이 없으며, 폴리스티렌; 폴리프로필렌; 폴리비닐 화합물 (예, 폴리비닐클로라이드); 폴리카르보네이트 (PVC); 폴리테트라플루오로에틸렌 (PTFE); 폴리글리콜산 (PGA); 셀룰로스; 유리, 불화중합체, 불화 에틸렌 프로필렌, 폴리비닐리덴, 폴리디메틸실록산, 실리콘 등이 포함되나 이것으로 한정되지는 않는다.

자동화된 세포 형질전환 및 자동화된 콜로니 선별 장치가 원하는 세포들의 신속한 스크리닝을 용이하게 해 줄 것이다. 어레이는 당업계에 알려져 있는 스파터(spotter) 장치 (예, 자동화된 로봇 장치)를 사용하여 제조하고(하거나) 스크리닝할 수 있다.

표적 유전자

본 발명의 균주 어레이는 복수의 표현형 및 유전자형 면에서 구별되는 숙주 세포 집단을 포함하며, 여기서 어레이 내 각 집단은 숙주 세포에서 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 조절하기 위해 유전적으로 변형된 것이다. "표적 유전자"라 함은 숙주 세포 내 이종 단백질 생산에 영향을 주는 유전자를 말하려는 것이다. 표적 유전자는 숙주 세포 프로테아제, 내생 또는 외래 단백질 폴딩 조절인자, 전사인자, 번역인자, 분비 조절인자, 또는 주목 대상 이종 단백질의 올바른 발현, 프로세싱 및(또는) 위치이동에 관련된 임의의 다른 단백질을 코딩할 수 있다. "표적 단백질"은 표적 유전자의 발현 결과로 만들어지는 단백질 또는 폴리펩티드를 말한다. 표적 유전자의 발현 및(또는) 활성은 표적 유전자 또는 단백질의 기능에 따라서 증가 또는 감소시킨다. 표적 유전자는 숙주 세포에 내생적일 수도 있고, 어레이 내 숙주 세포 집단 각각에서 이종발현되는 유전자일 수도 있다.

한 실시태양에서, 표적 유전자 또는 유전자들은 1종 이상의 단백질 폴딩 조절인자, 추정 단백질 폴딩 조절인자, 또는 폴딩 조절인자의 보조인자 또는 서브유닛이다. 일부 실시태양에서는, 표적 유전자 또는 유전자들을 샤페론 단백질, 폴다제, 펩티딜 프롤릴 이소머라제 및 디술피드 결합 이소머라제로부터 선택할 수 있다. 일부 실시태양에서는, 표적 유전자 또는 유전자들을 htpG, cbpA, dnaJ, dnaK 및 fkbP로부터 선택할 수 있다. P. fluorescens에서 유래하는 예시적인 단백질 폴딩 조절인자가 표 1에 열거되어 있다.

다른 실시태양에서, 표적 유전자는 하나 이상의 추정 프로테아제, 프로테아제-유사 단백질, 또는 프로테아제의 보조인자 또는 서브유닛을 포함한다. 예를 들면, 표적 유전자 또는 유전자들은 세린, 트레오닌, 시스테인, 아스파르트산 또는 메탈로-펩티다제일 수 있다. 한 실시태양에서는, 표적 유전자 또는 유전자들을 hslV, hslU, clpA, clpB 및 clpX로부터 선택할 수 있다. 표적 유전자는 프로테아제의 보조인자일 수도 있다. P. fluorescens에서 유래하는 예시적인 프로테아제가 표 2에 열거되어 있다. 다양한 미생물에서 유래하는 프로테아제를 영국 캠브리지 소재 웰컴 트러스트 생거 인스티튜트 (Wellcome Trust Sanger Institute)에 의해 유지되는 MEROPS 펩티다제 데이터베이스에서 찾아볼 수 있다 (웹사이트 주소 merops.sanger.ac.uk/ 참조).

단백질 폴딩 조절인자

숙주 세포에서 이종 단백질을 생산하는 데 있어서 또 하나의 주요 장애물은 세포가 종종 가용성이거나 활성인 단백질을 생산하기에 적합한 기구를 갖추고 있지 않다는 것이다. 단백질의 일차 구조는 그의 아미노산 서열에 의해 정해지지만, 이차 구조는 알파 헬릭스 또는 베타 쉬트의 존재에 의해 정해지고, 삼차 구조는 이웃한 단백질 영역들 간의 공유 결합, 예컨대 디술피드 결합에 의해 정해진다. 이종 단백질을 발현시킬 때, 특히 대규모 생산의 경우, 단백질 자체의 이차 및 삼차 구조가 결정적으로 중요하다. 단백질 구조의 현저한 변화는 기능적으로 비활성인 분자 또는 생물학적 활성이 현저히 저하된 단백질이 산출되는 결과를 가져올 수 있다. 많은 경우, 숙주 세포는 활성 이종 단백질의 적절한 생산에 필요한 단백질 폴딩 조절인자 (PFM)를 발현한다. 그러나 사용할 수 있고 경제적으로 만족스러운 생물공학 제품을 생산하기 위해 일반적으로 요구되는 높은 발현 수준에서는 종종 세포가 이종발현된 단백질을 프로세싱하기에 충분한 양의 천연 단백질 폴딩 조절인자를 생산할 수 없다.

특정 발현 시스템에서는, 이종 단백질의 과발현이 이들 단백질의 폴딩 오류 및 불용성 응집체로의 분리를 수반할 수 있다. 세균 세포에서는 이들 응집체가 봉입체로 알려져 있다. 대장균에서, 폴딩 조절인자/샤페론의 네트워크는 Hsp70 족을 포함한다. 주요 Hsp70 샤페론인 DnaK는 단백질 응집을 효율적으로 예방하고, 손상된 단백질의 리폴딩(refolding)을 돕는다. 단백질 응집체 내에 열충격 단백질이 편입되면 응집 해소를 촉진할 수 있다. 그러나 봉입체로 프로세싱된 단백질은, 특정 경우에, 불용성 분획의 추가적인 프로세싱을 통해 회수할 수 있다. 봉입체에서 발견되는 단백질들은 전형적으로 변성 및 탈변성을 포함하여 여러 단계를 통해 정제되어야 한다. 봉입체를 표적으로 하는 단백질에 대한 전형적인 탈변성 과정에는 농축된 변성제 중에 응집체를 용해시키려는 시도 및 후속적으로 희석에 의해 변성제를 제거하는 것이 수반된다. 이 단계에서 응집체가 다시 형성되는 일이 빈번하다. 추가적인 프로세싱은 비용을 증가시키고, 시험관내 리폴딩으로 생물학적으로 활성인 생성물이 산출될 것이라는 보장이 없으며, 회수된 단백질은 다량의 단편 불순물을 포함할 수 있다.

생체내 단백질 폴딩이 폴딩 중간체와 일시적으로 상호작용함으로써 다른 폴리펩티드의 적절한 이성체화 및 세포 표적화를 촉진하는 분자 샤페론에 의해서, 그리고 폴딩 경로 상의 속도-제한 단계를 가속화시키는 폴딩효소 (foldase)에 의해서 보조된다는 최근의 이해는 봉입체 형성의 문제에 대항하는 추가적인 접근법을 제공하였다 (예를 들어, 문헌 [Thomas J G et al. (1997), Appl Biochem Biotechnol, 66:197-238] 참조).

특정한 경우에, 샤페론의 과발현이 응집하기 쉬운 단백질의 가용성 수율을 증가시키는 것으로 밝혀졌다 (문헌 [Baneyx, F. (1999), Curr. Opin. Biotech. 10:411-421] 및 이의 참고문헌 참조). 이러한 샤페론의 세포내 농도 증가와 연관된 이로운 효과는 과잉생산된 단백질의 성질에 고도로 의존적인 것으로 보이며, 모든 이종 단백질에 대해 동일한 단백질 폴딩 조절인자(들)이 과발현되어야 할 필요는 없을 수 있다.

샤페론, 디술피드 결합 이성화 효소 및 펩티딜-프롤릴 시스-트랜스 이성화 효소 (PPIase)를 비롯한 단백질 폴딩 조절인자는 생성 중인 폴리펩티드의 폴딩, 언폴딩 및 분해를 돕는 모든 세포에 존재하는 단백질 부류이다.

샤페론은 신생 폴리펩티드에 결합하고, 이들을 안정화시키고, 이들이 올바로 폴딩되도록 함으로써 작용한다. 단백질은 소수성과 친수성 잔기를 다 가지며, 전자는 통상 표면에 노출되어 있는 반면 후자는 구조물 내에 묻혀 분자를 둘러싼 물이 아니라 다른 친수성 잔기와 상호작용한다. 그러나 폴딩 중인 폴리펩티드 사슬에서는, 단백질이 부분적으로 폴딩되거나 잘못 폴딩된 상태로 존재할 때 친수성 잔기가 종종 약간의 기간 동안 노출된다. 형성되는 폴리펩티드가 영구적으로 잘못 폴딩되거나 다른 잘못 폴딩된 단백질과 상호작용하여 큰 응집체 또는 세포 내부의 봉입체를 형성할 수 있는 것은 이 기간 동안이다. 샤페론은 일반적으로 부분 폴딩된 사슬의 소수성 영역에 결합하여 이들이 완전히 잘못 폴딩되거나 다른 단백질들과 응집하는 것을 방지함으로써 작용한다. 샤페론은 심지어 봉입체 중의 단백질에 결합하고 이들의 응집이 해소되도록 할 수도 있다 (Ranson et. al. 1998). GroES/EL, DnaKJ, Clp, Hsp90 및 SecB 폴딩 조절인자족은 모두 샤페론 유사 활성을 지닌 단백질의 예이다.

또다른 중요한 폴딩 조절인자 유형은 디술피드 결합 이성화 효소이다. 이들 단백질은 매우 특수한 일련의 반응을 촉매하여 폴딩 중인 폴리펩티드가 올바른 단백질내 디술피드 결합을 형성하는 것을 돕는다. 두 개를 초과하는 시스테인을 가진 모든 단백질은 잘못된 잔기들 간에 디술피드 결합을 형성할 위험이 있다. 디술피드 결합 형성 족은 주변세포질의 비환원성 환경에서 디술피드 결합의 형성을 촉매하는 Dsb 단백질들로 이루어진다. 주변세포질 내의 폴리펩티드가 잘못 폴딩되면 디술피드 결합 이성화 효소인 DsbC가 디술피드 결합들을 재배열하고 단백질이 정확한 연결부위를 가진 상태로 재생되도록 할 수 있다.

프롤린 잔기는 그에 바로 선행하는 펩티드 결합이 시스 또는 트랜스 배열 중 하나를 취할 수 있다는 점에서 아미노산들 중에서 특이하다. 다른 모든 아미노산의 경우 이것은 입체 장해로 인해 용이하지 않다. 펩티딜-프롤릴 시스-트랜스 이성화 효소 (PPIase)는 이 결합이 하나에서 다른 하나로 전환되는 것을 촉매한다. 이 이성화는 단백질 폴딩, 리폴딩, 서브유닛 조립 및 세포 내에서의 이동에 도움을 줄 수 있다 (Dolinski, et. al. 1997).

단백질들과 비특이적인 방식으로 상호작용하는 것처럼 보이는 일반적 샤페론에 더하여, 특이적인 표적의 폴딩을 돕는 샤페론도 있다. 이들 단백질 특이적 샤페론은 표적과 복합체를 형성하여, 응집과 분해를 방지하고 표적이 다중 서브유닛 구조물로 조립될 시간을 부여한다. PapD 샤페론은 이런 유형의 잘 알려진 한 예이다 (Lombardo et. al. 1997).

폴딩 조절인자에는 또한 예를 들면, HSP70 단백질, HSP110/SSE 단백질, HSP40 (DNAJ-관련) 단백질, GRPE-유사 단백질, HSP90 단백질, CPN60 및 CPNlO 단백질, 세포질 샤페로닌 (샤페로닌), Hsp100 단백질, 소형 HSP, 칼넥신 (Calnexin) 및 칼레티쿨린 (calreticulin), PDI 및 티오레독신-관련 단백질, 펩티딜-프롤릴 이성화 효소, 사이클로필린 (Cyclophilin) PPIase, FK-506 결합 단백질, 파르불린 (Parvulin) PPIase, 개별적 샤페로닌, 단백질 특이적 샤페론, 또는 분자내 샤페론이 포함된다. 폴딩 조절인자는 문헌 ["Guidebook to Molecular Chaperones and Protein-Folding Catalysts" (1997) ed. M. Gething, 호주 멜번 대학교]에 개괄적으로 기술되어 있다.

대장균의 세포질에 있는 가장 잘 파악된 분자 샤페론은 ATP-의존성 DnaK-DnaJ-GrpE 및 GroEL-GroES 시스템이다. 시험관내 연구 및 상동성 고려사항을 기초로, 다수의 추가적인 세포질 단백질이 대장균에서 분자 샤페론으로 기능하는 것으로 제안되었다. 여기에는 ClpB, HtpG 및 IbpA/B가 포함되고, 이들은 DnaK-DnaJ-GrpE 및 GroEL-GroES와 마찬가지로 스트레스 레귤론(regulon)에 속하는 열충격 단백질 (Hsp)이다. 생성중인 단백질 사슬에서는 X-Pro 결합의 트랜스 배열이 에너지론적 측면에서 선호된다; 그러나, 모든 프롤릴 펩티드 결합의 약 5％가 천연 단백질에서 시스 배열로 발견된다. X-Pro 결합의 트랜스에서 시스로의 이성화는 많은 폴리펩티드의 폴딩에서 속도 제한성이고, 생체내에서 펩티딜 프롤릴 시스/트랜스 이성화 효소 (PPIase)에 의해 촉매된다. 현재까지 대장균에서는 SlyD, SlpA 및 촉발 인자 (TF: 촉발 인자)라는 3가지 세포질 PPIase가 확인되었다. 5OS 리보솜 서브유닛과 회합된 48 kDa 단백질인 TF는 대장균에서 샤페론과 협력하여 새로 합성된 단백질의 적절한 폴딩을 보장한다고 가정되었다. 적어도 5개의 단백질 (각각 trxA, trxC, grxA, grxB 및 grxC 유전자의 생성물인, 티오레독신 1 및 2, 및 글루타레독신(glutaredoxin) 1, 2 및 3)이 세포질 효소에서 일시적으로 발생하는 디술피드 다리의 환원에 관여한다. 따라서, 표적 유전자는 디술피드 결합 형성 단백질 또는 올바른 디술피드 결합이 형성되도록 해 주는 샤페론일 수 있다.

프로테아제

이종발현된 단백질의 원치않는 분해는 일부 발현 시스템의 효율적인 이용에 장해가 된다. 세포가 다량의 표적 단백질을 생산하도록 변형되면, 세포는 스트레스 상태에 놓이게 되고 종종 다른 단백질들을 유도하거나 억제하는 것으로 반응한다. 이종 단백질의 생산 동안 숙주 세포가 겪는 스트레스는, 예를 들어 특정 단백질 또는 보조인자의 발현을 증가시켜 과발현된 이종 단백질의 분해를 야기할 수 있다. 보상적인 단백질의 증가된 발현은 높은 수준의 활성 전장(全長) 이종 단백질을 발현시킨다는 목표에 역행하는 결과를 가져올 수 있다. 또다른 단백질들의 감소된 발현 또는 충분한 발현의 결여는 이종발현된 단백질의 폴딩 오류 및 응집을 야기할 수 있다. 스트레스 하의 세포가 그의 단백질 발현 프로파일을 바꿀 것이라는 것은 공지되어 있으나, 모든 이종발현 단백질들이 특정한 숙주 세포에서 동일한 단백질들의 발현을 변조시키지는 않을 것이다.

따라서, 최적 숙주 균주, 예컨대 P. fluorescens 숙주 균주는 1종 이상의 프로테아제 효소의 발현이 감소되도록 유전공학적으로 처리된 복수의 숙주 세포 집단을 포함하는 어레이를 이용하여 동정할 수 있다. 한 실시태양에서는, 하나 이상의 숙주 세포 집단을 적어도 한 프로테아제의 발현을 감소시키거나, 억제하거나, 또는 게놈에서 삭제함으로써 변형시킨다. 둘 이상의 프로테아제에 대해 변형을 행할 수도 있다. 관련된 한 실시태양에서는, 프로테아제 보조인자 또는 프로테아제 단백질의 발현을 감소시켜 세포를 변형시킨다. 다른 한 실시태양에서는, 프로테아제 또는 관련된 단백질에 대한, 자연상태에서의 프로모터일 수도 있는 프로모터를 억제시킴으로써 숙주 세포를 변형시킨다. 다른 방식으로는, 유전자 변형이 표적 유전자에 대해 상동성인 단백질을 조절하는 것일 수 있다.

변형된 숙주 균주들을 포함하는 어레이는 후술하는 바와 같이 주목 대상 이종 단백질(들)을 발현시키고 단백질 생산의 품질 및(또는) 양을 분석함으로써 스크리닝할 수 있다. 다른 방법으로는, 주목 대상 이종 단백질 단리물을 프로테아제-결핍 숙주 세포 집단 각각으로부터 수집한 세포용해물과 독립적으로 인큐베이션하고 프로테아제에 의한 분해의 정도를 이용하여 최적 숙주 세포를 동정할 수 있다. 이 실시태양에서 최적 숙주 세포 집단은 이종 단백질 분해가 최소량이 되게 하는 집단이다. 따라서 한 실시태양에서, 최적 숙주 세포 집단에서 얻어진 세포용해물은 이종 단백질의 약 50% 미만, 약 45% 미만, 약 40% 미만, 약 35% 미만, 약 30% 미만, 약 25% 미만, 약 20% 미만, 약 10% 미만, 약 5% 미만, 약 4% 미만, 약 3%, 약 2%, 약 1%, 또는 더 적은 비율이 분해될 수 있다.

예시적인 표적 프로테아제 유전자에는 다음 부류로 분류되는 프로테아제들이 포함된다: 아미노펩티다제; 디펩티다제; 디펩티딜-펩티다제 및 트리펩티딜 펩티다제; 펩티딜-디펩티다제; 세린형 카르복시펩티다제; 메탈로카르복시펩티다제; 시스테인-형 카르복시펩티다제; 오메가펩티다제; 세린 단백질분해효소; 시스테인 단백질분해효소; 아스파르트산 단백질분해효소; 메탈로 단백질분해효소; 또는 미지의 메카니즘의 단백질분해효소.

아미노펩티다제에는 세포질 아미노펩티다제 (류실 아미노펩티다제), 막 알라닐 아미노펩티다제, 시스티닐 아미노펩티다제, 트리펩티드 아미노펩티다제, 프롤릴 아미노펩티다제, 아르기닐 아미노펩티다제, 글루타밀 아미노펩티다제, x-프로 아미노펩티다제, 박테리아성 류실 아미노펩티다제, 호열성 아미노펩티다제, 클로스트리디움 아미노펩티다제, 세포질 알라닐 아미노펩티다제, 라이실 아미노펩티다제, x-trp 아미노펩티다제, 트립토파닐 아미노펩티다제, 메티오닐 아미노펩티다제, d-입체특이적 아미노펩티다제, 아미노펩티다제 ey가 포함된다. 디펩티다제에는 x-his 디펩티다제, x-arg 디펩티다제, x-메틸-his 디펩티다제, cys-gly 디펩티다제, glu-glu 디펩티다제, pro-x 디펩티다제, x-pro 디펩티다제, met-x 디펩티다제, 비-입체특이적 디펩티다제, 비-특이적 세포질 디펩티다제, 막 디펩티다제, 베타-ala-his 디펩티다제가 포함된다. 디펩티딜-펩티다제 및 트리펩티딜-펩티다제에는 디펩티딜-펩티다제 i, 디펩티딜-펩티다제 ii, 디펩티딜 펩티다제 iii, 디펩티딜-펩티다제 iv, 디펩티딜-디펩티다제, 트리펩티딜-펩티다제 I, 트리펩티딜-펩티다제 II가 포함된다. 펩티딜-디펩티다제에는 펩티딜-디펩티다제 a 및 펩티딜-디펩티다제 b가 포함된다. 세린형 카르복시펩티다제에는 라이소좀 pro-x 카르복시펩티다제, 세린형 D-ala-D-ala 카르복시펩티다제, 카르복시펩티다제 C, 카르복시펩티다제 D가 포함된다. 메탈로카르복시펩티다제에는 카르복시펩티다제 a, 카르복시펩티다제 B, 라이신(아르기닌) 카르복시펩티다제, gly-X 카르복시펩티다제, 알라닌 카르복시펩티다제, 뮤라모일펜타펩티드 카르복시펩티다제, 카르복시펩티다제 h, 글루타메이트 카르복시펩티다제, 카르복시펩티다제 M, 뮤라모일테트라펩티드 카르복시펩티다제, 아연 d-ala-d-ala 카르복시펩티다제, 카르복시펩티다제 A2, 막 pro-x 카르복시펩티다제, 튜불리닐-tyr 카르복시펩티다제, 카르복시펩티다제 t가 포함된다. 오메가펩티다제에는 아실아미노아실-펩티다제, 펩티딜-글리신아미다제, 피로글루타밀-펩티다제 I, 베타-아스파르틸-펩티다제, 피로글루타밀-펩티다제 II, n-포르밀메티오닐-펩티다제, 프테로일폴리-[감마]-글루타메이트 카르복시펩티다제, 감마-glu-X 카르복시펩티다제, 아실뮤라모일-ala 펩티다제가 포함된다. 세린 단백질분해효소에는 키모트립신, 키모트립신 c, 메트리딘(metridin), 트립신, 트롬빈, 응고 인자 Xa, 플라스민, 엔테로펩티다제, 아크로신, 알파-용해성 프로테아제, 글루타밀 엔도펩티다제, 카텝신 G, 응고 인자 viia, 응고 인자 ixa, 쿠쿠미시 (cucumisi), 프롤릴 올리고펩티다제, 응고 인자 xia, 브라키우린 (brachyurin), 혈장 칼리크레인, 조직 칼리크레인, 췌장 엘라스타제, 백혈구 엘라스타제, 응고 인자 xiia, 치마제(chymase), 보체 성분 clr55, 보체 성분 cls55, 전통적인 보체 경로 c3/c5 전환효소, 보체 인자 I, 보체 인자 D, 대안적 보체 경로 c3/c5 전환효소, 세레비신, 하이포데르민(hypodermin) C, 라이실 엔도펩티다제, 엔도펩티다제 Ia, 감마-레니(gamma-reni), 베놈빈(venombin) ab, 류실 엔도펩티다제, 트립타제(tryptase), 스쿠텔라린(scutelarin), 켁신(kexin), 서브틸리신, 오리진 (oryzin), 엔도펩티다제 k, 테르모마이콜린(thermomycolin), 테르미타제 (thermitase), 엔도펩티다제 SO, T-플라스미노겐 활성화제, 단백질 C, 췌장 엔도펩티다제 E, 췌장 엘라스타제 ii, IGA-특이적 세린 엔도펩티다제, U-플라스미노겐 활성화제, 베놈빈 A, 푸린(furin), 미엘로블리스틴(myeloblastin), 세메노겔라제 (semenogelase), 그란자임(granzyme) A 또는 세포독성 T-림프구 단백질분해효소 1, 그란자임 B 또는 세포독성 T-림프구 단백질분해효소 2, 스트렙토그리신 (streptogrisin) A, 스트렙토그리신 B, 글루타밀 엔도펩티다제 II, 올리고펩티다제 B, 리물러스(limulus) 응고 인자 c, 리물러스 응고 인자, 리물러스 응고 효소, 옴프틴(omptin), 리프레서 lexA, 세균성 리더 펩티다제 I, 토가비린(togavirin), 플라비린(flavirin)이 포함된다. 시스테인 단백질분해효소에는 카텝신 B, 파파인, 피신(ficin), 키모파파인(chymopapain), 아스클레파인 (asclepain), 클로스트리파인, 스트렙토파인, 아크티니드 (actinide), 카텝신 1, 카텝신 H, 칼파인, 카텝신 t, 글리실 엔도펩티다제, 암 응고전구체(procoagulant), 카텝신 S, 피코르나인 3C, 피코르나인 2A, 카리카인(caricain), 아나나인(ananain), 줄기 브로멜라인 (bromelain), 과일 브로멜라인, 레구마인, 히스토라이사인(histolysain), 인터류킨 1-베타 전환 효소가 포함된다. 아스파르트산 단백질분해효소에는 펩신 A, 펩신 B, 개스트리신(gastricsin), 카이모신 (chymosin), 카텝신 D, 네오펜테신 (neopenthesin), 레닌, 레트로펩신, 프로-오피오멜라노코르틴 (pro-opiomelanocortin) 전환 효소, 아스페르길로펩신 (aspergillopepsin) I, 아스페르길로펩신 II, 페니실로펩신(penicillopepsin), 리조푸스펩신 (rhizopuspepsin), 엔도티아펩신 (endothiapepsin), 무코로펩신 (mucoropepsin), 카디나펩신(candidapepsin), 사르카로펩신 (saccharopepsin), 로도토룰라펩신 (rhodotorulapepsin), 파이사로펩신 (physaropepsin), 아크로실린드로펩신 (acrocylindropepsin), 폴리포로펩신(polyporopepsin), 파이크노포로펩신 (pycnoporopepsin), 사이탈리도펩신(scytalidopepsin) a, 사이탈리도펩신 b, 잔토모나펩신(xanthomonapepsin), 카텝신 e, 바리에르펩신(barrierpepsin), 박테리아성 리더 펩티다제 I, 슈도모나펩신, 플라스멥신(plasmepsin)이 포함된다. 메탈로 단백질분해효소에는 아트로라이신(atrolysin) a, 미생물 콜라게나제, 류코라이신 (leucolysin), 세포간질 콜라게나제, 네프릴라이신 (neprilysin), 엔벨라이신(envelysin), iga-특이적 메탈로엔도펩티다제, 프로콜라겐(procollagen) N-엔도펩티다제, 티멧(thimet) 올리고펩티다제, 뉴로라이신(neurolysin), 스트로멜라이신(stromelysin) 1, 메프린(meprin) A, 프로콜라겐 C-엔도펩티다제, 펩티딜-lys 메탈로엔도펩티다제, 아스타신(astacin), 스트로멜라신(stromelysin) 2, 마트릴라이신 (matrilysin) 젤라틴분해효소, 애로모노라이신(aeromonolysin), 슈도라이신(pseudolysin), 써모라이신, 바실로라이신 (bacillolysin), 아우레오라이신(aureolysin), 코코라이신(coccolysin), 마이코라이신(mycolysin), 베타-용해성 메탈로엔도펩티다제, 펩티딜-asp 메탈로엔도펩티다제, 호중구 콜라겐분해효소, 젤라틴분해효소 B, 레이쉬마노라이신 (leishmanolysin), 사카로라이신 (saccharolysin), 오토라이신(autolysin), 듀테로라이신(deuterolysin), 세라라이신 (serralysin), 아트로라이신(atrolysin) B, 아트로라이신 C, 아트록사제 (atroxase), 아트로라이신 E, 아트로라이신 F, 아다마라이신(adamalysin), 호릴라이신 (horrilysin), 루베르라이신(ruberlysin), 보트로파신(bothropasin), 보트로라이신 (bothrolysin), 오피오라이신(ophiolysin), 트리메레라이신(trimerelysin) I, 트리메레라이신 II, 뮤크로라이신 (mucrolysin), 피트릴라이신(pitrilysin), 인슐라이신(insulysin), O-시알로당단백질 엔도펩티다제, 루셀라이신 (russellysin), 미토콘트리아 중간체 펩티다제, 닥틸라이신(dactylysin), 나르딜라이신 (nardilysin), 마그노라이신 (magnolysin), 메프린 B, 미토콘드리아 프로세싱 펩티다제, 대식세포 엘라스타제, 코리오라이신(choriolysin), 톡실라이신(toxilysin)이 포함된다. 미지의 메카니즘의 단백질분해효소에는 써몹신(thermopsin) 및 다촉매작용성 엔도펩티다제 복합체가 포함된다.

추가의 단백질 변형 효소

다른 한 실시태양에서는, 표적 유전자가 올바른 단백질 프로세싱 및(또는) 변형에 관여하는 유전자를 포함한다. 통상적인 변형에는 디술피드 결합 형성, 글리코실화, 아세틸화, 아실화, 포스포릴화, 및 감마-카르복실화가 포함되며, 이들은 모두 단백질 폴딩 및 생물학적 활성을 제어할 수 있다. 단백질 프로세싱에 관여하는 몇몇 부류의 효소의 일부 예가 표 3에 제시되어 있다. 당업자는 어레이를 위해 선택된 숙주 세포에서, 또는 주목 대상 이종 단백질과 사용하기에 유용한 표적 유전자를 표 3에 열거된 단백질 변형 효소 부류들 중으로부터 어떻게 동정하는지를 알 수 있을 것이다. 표적 유전자는 활용되는 숙주 세포에 내생적일 수도 있고, 주목 대상 이종 단백질이 유래한 생물체에 내생적일 수도 있으며, 이종발현 주목 대상 단백질의 올바른 프로세싱을 용이하게 해 주는 것으로 알려진 것일 수도 있다. 주목 대상 이종 단백질에 원하는 요건들에 따라서는 단백질 생산에 관여하는 어떤 유전자든 표적으로 삼을 수 있다는 것 역시 이해될 것이다.

표적 유전자의 발현을 조절하는 방법

어레이의 하나 이상의 숙주 세포 집단을 당업계에 공지된 임의의 기술로, 예를 들면 하나 이상의 표적 유전자를 게놈에서 녹아웃시키는 기술로, 또는 하나 이상의 표적 유전자를 돌연변이시켜 유전자의 발현이 감소되도록 함으로써, 하나 이상의 표적 유전자의 하나 이상의 프로모터를 변경시켜 표적 유전자의 발현을 감소시킴으로써, 또는 표적 유전자 또는 숙주 게놈 내의 표적 유전자의 억제제를 (주목 대상 이종 단백질 또는 폴리펩티드와 함께) 동시발현시킴으로써 변형시킬 수 있다. 위에서 논의된 것처럼, 표적 유전자는 어레이 내 숙주 세포 집단에 내생적일 수도 있고, 숙주 세포 집단 각각에서 이종발현시킬 수도 있다.

표적 유전자의 발현은 예를 들면, 숙주 집단 내 하나 이상의 세포에 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자를 포함하는 발현 벡터를 도입시킴으로써 증가시킬 수 있다. 표적 유전자 발현은 또한 예를 들어 표적 유전자의 프로모터를 돌연변이시킴으로써 증가시킬 수 있다. 이종 단백질을 발현하는 숙주 세포 또는 생물체는 또한 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 증가시키고 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 감소시키도록 유전적으로 변형될 수 있다.

발현 벡터를 사용하여 외래 유전자 또는 프로모터 요소를 게놈 또는 숙주에 포함시킴으로써, mRNA 또는 단백질을 생산하는 특정한 표적 유전자의 능력을 향상시킴으로써, 또는 표적 유전자 또는 프로모터 요소를 삭제 또는 파괴시킴으로써, 또는 mRNA 또는 단백질을 생산하는 표적 유전자의 능력을 감소시킴으로써 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 조절되도록 게놈을 변형시킬 수 있다. 예를 들면 치환, 결실 ("녹아웃"), 동시발현, 또는 삽입 ("녹인") 기술을 통해 유전자 코드를 변경시켜 그에 의해 표적 유전자의 전사 및(또는) 번역에 영향을 줄 수 있다. 기왕에 존재하는 표적 서열의 전사를 조절하는 원하는 단백질 또는 조절 서열에 대한 추가의 유전자 역시 삽입할 수 있다.

게놈 변형

숙주 세포의 게놈은 유전자 표적화 이벤트를 통해 변형시킬 수 있고, 이는 삽입 또는 재조합, 예를 들어 상동 재조합에 의한 것일 수 있다. 상동 재조합은 서열 상동성을 기초로 하는 DNA 재조합 프로세스를 지칭한다. 상동 재조합은 내생 유전자에서의 부위-특이적 변형을 허용하고, 따라서 새로운 변경사항들을 게놈 내로 도입시킬 수 있다 (예를 들어 문헌[Radding (1982) Ann. Rev. Genet. 16: 405]; 미국 특허 제4,888,274호 참조).

표적 유전자좌에서의 상동 재조합을 위해 다양한 구축물들을 제조할 수 있다. 일반적으로, 구축물은 확인된 유전자좌와 상동성인 서열을 적어도 10 bp, 20 bp, 30 bp, 40 bp, 50 bp, 70 bp, 100 bp, 500 bp, 1 kbp, 2 kbp, 4 kbp, 5 kbp, 10 kbp, 15 kbp, 20 kbp, 또는 50 kbp 포함할 수 있다. 표적 유전자 서열의 상동성 정도를 결정하는 데는 예를 들어, 표적 유전자좌의 크기, 서열의 이용가능성, 표적 유전자좌에서 이중 교차 이벤트의 상대적 효율, 및 표적 서열과 다른 서열의 유사성과 같은 다양한 고려사항이 관련될 수 있다.

변형된 유전자는 원하는 서열 변형들의 양쪽에 변형 대상 게놈 내의 상응하는 표적 서열과 실질적으로 동질 유전자형(isogenic)인 DNA가 이웃하고 있는 서열을 포함할 수 있다. "변형된 유전자"는 숙주 세포 내 프로테아제 또는 단백질 폴딩 조절인자의 발현을 변경시키기 위해 게놈 내로 도입되는 서열이다. "표적 유전자"는 변형된 유전자에 의해 대체되는 서열이다. 실질적으로 동질 유전자형인 서열은 상응하는 표적 서열과 적어도 약 95％, 97-98％, 99.0-99.5％, 99.6-99.9％, 또는 100％ 동일할 수 있다 (원하는 서열 변형들 제외). 변형된 유전자와 표적이 되는 유전자는 적어도 약 10, 20, 30, 50, 75, 150 또는 500 염기쌍 길이의 100％ 동일한 DNA 구간들을 공유할 수 있다.

내생적인 표적 유전자 생성물을 변형시키기 위해 뉴클레오티드 구축물을 디자인할 수 있다. 변형된 유전자 서열은 얻어지는 유전자 생성물의 기능을 파괴하도록 디자인된 하나 이상의 결실, 삽입, 치환 또는 이들의 조합을 가질 수 있다. 한 실시태양에서, 변경은 표적 유전자의 상류 서열과 리딩 프레임이 일치하도록 융합되는 선별가능한 마커 유전자의 삽입일 수 있다.

게놈은 삽입형 불활성화를 이용해서 변형시킬 수도 있다. 이 실시태양에서는, 유전자에 유전자 생성물의 형성을 억제하는 서열을 재조합해 넣음으로써 게놈을 변형시킨다. 이 삽입은 별도의 요소를 삽입시킴으로써 유전자를 단절시킬 수도 있고, 아니면 유전자의 필수적인 부분을 제거할 수도 있다. 한 실시태양에서는, 삽입형 결실에 항생제와 같은 특정 스트레스 요인에 대한 저항성을 코딩하거나, 또는 특정 매체 내에서의 성장, 예컨대 필수 아미노산의 생산을 코딩하는 유전자의 삽입도 포함된다.

동종 재조합과는 독립적인 메카니즘에 의해 원핵생물 게놈 내의 위치들에 삽입될 수 있는 유전 요소인 트랜스포존을 사용하여 게놈을 변형시킬 수도 있다. 트랜스포존으로는 예를 들어, 대장균의 Tn7, Tn5, 또는 Tn1O, 황색 포도상구균의 Tn554, 마이코박테리움 파라투베르쿨로시스(M. paratuberculosis)의 IS900, 슈도모나스 아틀란티카(Pseudomonas atlantica)의 IS492, 스트렙토마이세스 (Streptomyces)의 IS116 및 M. paratuberculosis의 IS900 등이 있다. 전위에 관련된 것으로 여겨지는 단계들에는 3' OH를 생성시켜 주는 트랜스포존 말단의 절단; 유전자 전위효소가 트랜스포존의 3'OH 노출 말단과 확인된 서열을 접합시키는 가닥 전달; 및 트랜스포존이 확인된 DNA에 공유 결합시켜 주는 단일 단계 에스테르교환 반응이 포함된다. 유전자 전위효소에 의해 수행되는 핵심 반응은 닉킹(nicking) 또는 가닥 교환인 것으로 일반적으로 생각되고, 나머지 과정은 숙주 효소에 의해 수행된다.

한 실시태양에서는, 표적 단백질 또는 그의 상동체를 코딩하는 유전자 서열을 재조합에 의해 게놈 내로 편입시킴으로써 표적 유전자 또는 단백질의 발현 또는 활성을 증가시킨다. 다른 한 실시태양에서는, 프로모터를 게놈 내로 삽입하여 표적 유전자 또는 상동체의 발현을 증강시킨다. 또 다른 실시태양에서는, 비활성 유전자와의 재조합에 의해 표적 유전자 또는 그의 상동체의 발현 또는 활성을 감소시킨다. 또 다른 실시태양에서는, 세포 내에서 별개의 기능을 할 수 있거나 저항성 마커 또는 다른 검출가능한 마커 유전자와 같은 리포터 유전자일 수 있는 다른 유전자를 코딩하는 서열을 재조합을 통해 게놈 내로 삽입할 수 있다. 또 다른 실시태양에서는, 하나 이상의 위치에서 돌연변이된 표적 유전자의 적어도 일부의 사본을 재조합을 통해 게놈 내로 삽입시킨다. 돌연변이된 버젼의 표적 유전자가 단백질을 코딩하지 못할 수도 있고, 돌연변이된 유전자에 의해 코딩된 단백질이 비활성이게 될 수도 있고, 활성이 조절 (증가 또는 감소)될 수도 있고, 또는 돌연변이체 단백질이 천연 단백질과 비교했을 때 상이한 활성을 가질 수도 있다.

세균 내의 유전자를 녹아웃시키는 전략들이 있으며, 이들은 일반적으로 대장균에서 예시되었다. 한 경로는 유전자-내부 DNA 단편을 항생제 저항성 유전자 (예를 들어 앰피실린)를 함유하는 벡터 내로 클로닝하는 것이다. 접합성 전달, 화학적 형질전환 또는 전기천공법 ([Puehler, et al. (1984), Advanced Molecular Genetics, New York, Heidelberg, Berlin, Tokyo, Springer Verlag])을 통해 세포를 형질전환시키기 전에, 복제 기점, 예컨대 증식성 플라스미드 복제 기점 (oriV 유전자좌)을 잘라내고, 나머지 DNA 단편을 재결찰시키고 정제한다 ([Sambrook, et al. (2000) Molecular cloning: A laboratory manual, third edition, Cold Spring Harbor, New York, Cold Spring Harbor Laboratory Press]). 다른 방법으로는, DNA 복제 기점을 가진 항생제-저항성 플라스미드를 사용할 수 있다. 형질전환 후, 세포를 예를 들어 적합한 항생제 (예, 200 ㎍/㎖ 앰피실린)를 함유하는 LB 한천 플레이트 상에 플레이팅한다. 항생제를 함유한 플레이트 상에서 성장하는 콜로니는 전체 DNA 단편이 상동성 유전자좌에서 게놈 내로 통합되도록 하는 단일 재조합 이벤트를 거쳤을 것으로 추정된다 ([Snyder, L., W. Champness, et al. (1997), Molecular Genetics of Bacteria, Washington DC, ASM Press]). 원하는 유전자 녹아웃이 원하는 유전자좌에서 발생하였는지를 확인하기 위한 항생제-저항성 세포의 추가적인 분석은, 예를 들어, 진단용 PCR에 의해 이루어질 수 있다 ([McPherson, M. J., P. Quirke, et al. (1991), PCR: A Practical Approach, New York, Oxford University Press]). 이 방법에서는, 유전자 녹아웃의 구축에 사용된 DNA 영역 바깥에서 혼성화하는 것과 나머지 플라스미드 골격 내에 혼성화하는 것을 비롯하여 두 개 이상의 프라이머가 디자인된다. 정확한 크기의 DNA 단편의 성공적인 PCR 증폭 및 후속적인 DNA 서열 분석으로 유전자 녹아웃이 세균 염색체 내의 정확한 위치에서 일어났는지를 확인하게 될 것이다. 그 후, 새롭게 구축된 돌연변이 균주의 표현형을 예를 들어 SDS 폴리아크릴아미드 겔 전기영동을 이용하여 분석할 수 있다 ([Simpson, R. J. (2003), Proteins and Proteomics - A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor, New York, Cold Spring Harbor Laboratory Press]).

유전자 녹아웃을 발생시키는 또 다른 경로는 온도-민감성 복제단위 (replicon), 예컨대 pSC1Ol 복제단위를 사용하여 유전자 교환을 용이하게 하는 것이다 ([Hamilton, et al. (1989), Journal of Bacteriology 171(9): 4617-22]). 이 방법은 염색체 상의 유전자와 DNA 복제에 대해 온도 민감성인 플라스미드 상에 담지된 상동성 서열 간의 상동 재조합에 의해 진행된다. 적합한 숙주 내로 플라스미드가 형질전환된 후, 44℃에서 염색체 내로의 플라스미드의 통합을 선별할 수 있다. 이어서 이러한 통합체(cointegrate)를 30℃에서 성장시키면 2차 재조합 이벤트가 일어나서, 이들이 분별된다. 2차 재조합 이벤트가 발생한 장소에 따라, 염색체에서는 유전자 교환이 일어났거나 유전자 원본이 유지되었을 것이다.

특정 유전자 생성물의 발현을 억제하기 위한 다른 전략들도 개발되어 왔다. 예를 들면, 특정 유전자 생성물의 발현을 감소시키거나 심지어 제거하기 위해, RNA 간섭 (RNAi), 특히 소형 간섭 RNA (siRNA)를 사용하는 것이 광범위하게 개발되었다. siRNA는 분해를 위해 상보적인 mRNA를 표적으로 할 수 있는 짧은 이중 가닥 RNA 분자이다. RNAi는 이중 가닥 RNA의 도입이 상동성 유전자의 발현을 억제하는 현상이다. 생체내에서 dsRNA 분자는 RNAi 효과의 매개물인 뉴클레오티드 21-23개의 siRNA로 변형된다. 도입 시, 이중 가닥 RNA는 다이서(Dicer)로 불리는 RNase III-유사 효소에 의해 뉴클레오티드 20-25개의 siRNA로 프로세싱된다 (개시 단계). 그 후, siRNA는 RNA-유도 사일런싱 복합체 (RISC: RNA induced silencing complex)로 알려진 엔도리보뉴클레아제-함유 복합체 내로 어셈블링되며 그 과정에서 꼬임이 풀린다. 이어서 siRNA 가닥들은 RISC를 상보적인 RNA 분자로 안내하고, 여기서 상동 RNA를 절단 및 파괴한다 (이펙터 단계). 상동성 RNA의 절단은 siRNA 가닥에 붙잡혀 있는 영역의 중간 근처에서 발생한다. RNAi는 제브라피시, 선충 (예쁜꼬마선충(C. elegans )), 곤충 (노랑초파리 (Drosophila melanogaster)), 플라나리아, 자포동물, 트리파노소마, 생쥐 및 포유류 세포를 포함한 다양한 생물체에서 유전자 발현을 감소시키는 데 성공적으로 사용되었다.

게놈은 또한 표적 유전자를 코딩하는 오픈 리딩 프레임 내의 하나 이상의 뉴클레오티드를 돌연변이시킴으로써 변형시킬 수 있다. 유전자 돌연변이를 위한 기법, 예를 들어 부위 지정 돌연변이 유발은 당업계에 잘 알려져 있다. 일부 접근법은 X선 및 화학물질에 의해 유발되는 것들과 같이 염색체 DNA에서의 무작위 돌연변이의 발생에 초점을 맞춘다.

동시발현

한 실시태양에서, 표적 유전자와 이종 단백질 또는 펩티드의 동시발현이 용이해지도록 표적 유전자(들)을 코딩하는 하나 이상의 벡터를 포함시킴으로써 숙주 세포 내 하나 이상의 표적 유전자를 변형시킬 수 있다. 다른 한 실시태양에서는, 숙주 세포 게놈에 외래 프로모터를 가하는 것을 비롯하여 표적 유전자에 대한 프로모터를 증강시킴으로써 숙주 세포를 변형시킨다.

다른 한 실시태양에서는, 표적 유전자의 억제제, 예컨대 프로테아제 억제제를 코딩하여 표적 프로테아제의 활성을 억제하는 하나 이상의 벡터를 포함시킴으로써 숙주 세포 내 하나 이상의 표적 유전자를 변형시킨다. 그러한 억제제는 표적 유전자, 표적 유전자의 보조인자 또는 표적 유전자의 상동체의 발현을 제한하는 안티센스 분자일 수 있다. 안티센스는 표적 유전자의 적어도 일부에 상보적인 서열을 가진 핵산분자를 지칭하는 것으로 일반적으로 사용된다. 또한, 억제제는 간섭 RNA, 또는 간섭 RNA를 코딩하는 유전자일 수 있다. 진핵생물에서 이같은 간섭 RNA는, 예를 들어 문헌들 [Fire, A. et al.(1998), Nature 391:806-11], [Elbashir et al. (2001) Genes & Development 15(2):188-200], [Elbashir et al. (2001), Nature 411(6836):494-8], 미국 특허 제6,506,559호 (Carnegie Institute), 제6,573,099호 (Benitec), 미국 특허 출원 제2003/0108923호 (Whitehead Inst.), 및 제2003/0114409호, 국제특허 공개 WO03/006477, WO03/012052, WO03/023015, WO 03/056022, WO03/064621 및 WO03/070966에 기술된 바와 같이, 소형 간섭 RNA 또는 리보자임일 수 있다.

억제제는 다른 단백질 또는 펩티드일 수도 있다. 억제제는 예를 들어, 표적 단백질에 대한 컨센서스 서열을 갖는 펩티드일 수 있다. 억제제는 또한 숙주에서 표적 단백질에 대한 직접 또는 간접 억제성 분자를 생산할 수 있는 단백질 또는 펩티드일 수 있다. 예를 들어, 프로테아제 억제제에는 아마스타틴(Amastatin), E-64, 안티파인(Antipain), 엘라스타티날(Elastatinal), APMSF, 류펩틴(Leupeptin), 베스타틴(Bestatin), 펩스타틴(Pepstatin), 벤즈아미딘(Benzamidine), 1,10-페난트롤린(Phenanthroline), 키모스타틴(Chymostatin), 포스포르아미돈(Phosphoramidon), 3,4-디클로로이소쿠마린, TLCK, DFP, TPCK가 포함될 수 있다. 100개가 넘는 천연발생 단백질 프로테아제 억제제가 현재까지 확인되어 있다. 이들은 세균에서 동물 및 식물까지 다양한 생물에서 단리되었다. 이들은 프로테아제의 가역성 또는 유사-비가역성 밀착-결합 억제제로 거동하여, 입체 장애를 통해 기질이 활성부위에 접근하는 것을 방지한다. 잔기 50개 (예, BPTI: 소 췌장 트립신 억제제)에서 잔기 400개 (예, 알파-1PI: 알파-1 단백질분해효소 억제제)까지 이들의 크기 또한 극히 가변적이다. 분자 트랩 메카니즘을 통해 대부분의 프로테아제에 결합하여 이를 억제하는 알파-마크로글로불린 족 (예, 알파-2 마이크로글로불린)의 단백질을 제외하고는, 이들은 엄격하게 클래스-특이적이다.

외래 벡터 또는 DNA 구축물을 숙주 세포 내로 형질감염 또는 형질전환시킬 수 있다. 진핵 및 원핵 세포를 각각 외래 핵산으로 형질감염 및 형질전환시키는 기술은 당업계에 잘 알려져 있다. 이러한 기술에는 지질 소포 매개 흡수(uptake), 인산칼슘 매개 형질감염 (인산칼슘/DNA 동시 침전), 바이러스 감염, 특히 예를 들어 변형된 아데노바이러스와 같은 변형된 바이러스를 사용하는 감염, 미세주입 및 전기천공이 포함될 수 있다. 원핵생물 형질전환을 위한 기술에는 열 충격 매개 흡수, 무손상 세포와의 세균 원형질체 융합, 미세주입 및 전기천공 등이 포함될 수 있다. 식물 형질전환을 위한 기술에는 아그로박테리움 투메파시엔스와 같은 아그로박테리움에 의해 매개되는 전달, 급속 추진 텅스텐 또는 금 유전자총, 전기천공, 미세주입 및 폴리에틸렌 글리콜 매개 흡수가 포함된다. DNA는 단일 또는 이중 가닥, 선형 또는 원형, 이완 또는 초나선형 DNA일 수 있다. 포유류 세포를 형질감염시키기 위한 다양한 기술에 대해서는 문헌 [Keown et al. (1990), Processes in Enzymology, Vol. 185, pp. 527-537] 등을 참조.

주목 대상 이종 단백질 또는 폴리펩티드를 포함하는 발현 구축물에 대해 후술한 바와 같이 표적 유전자 또는 그의 인핸서 또는 억제제를 코딩하는 발현 구축물을 구축할 수 있다. 예를 들면, 구축물은 하나, 또는 그보다 많은 내부 리보솜 진입 부위 (IRES)를 포함할 수 있다. 구축물은 표적 유전자의 적어도 일부 또는 표적 유전자의 보조인자, 또는 표적 유전자의 적어도 일부의 돌연변이체 형태, 또는 일부 실시태양에서는 표적 유전자의 억제제를 코딩하는 핵산 서열에 작동가능하게 연결된 프로모터를 또한 포함할 수 있다. 다른 방식으로는, 구축물에 프로모터가 없을 수 있다. 구축물이 세포 DNA/게놈 내로 통합되도록 디자인되지 않는 상황이라면, 벡터는 전형적으로 하나 이상의 프로모터 요소를 함유한다. 상기 핵산 서열에 더하여, 발현 벡터는 선별가능한 마커 서열을 포함할 수 있다. 발현 구축물은 전사 개시, 종결을 위한 부위 및(또는) 리보솜 결합 부위를 추가로 함유할 수 있다. 확인된 구축물은 세균 세포, 예컨대 슈도모나스 플루오레센스 또는 대장균, 효모 세포, 포유류 세포, 예컨대 CHO 세포, 또는 식물 세포가 포함되지만 이에 한정되지 않는 임의의 원핵 또는 진핵 세포 내로 삽입시키고 발현시킬 수 있다.

구축물은 당업계에 공지된 방법에 따라 제조할 수 있다. 다양한 단편들을 모아서 연결하고, 적합한 벡터 내로 도입시키고, 클로닝하고, 분석한 후, 원하는 구축물이 달성될 때까지 추가로 조작할 수 있다. 제한 분석, 절단, 프로브의 확인 등을 위해 다양한 변형이 서열에 이루어질 수 있다. 원한다면, 침묵 돌연변이를 도입할 수 있다. 다양한 단계에서, 제한 분석, 서열분석, 중합효소 연쇄 반응에 의한 증폭, 프라이머 복구, 시험관내 돌연변이 유발 등을 사용할 수 있다. 항생제 저항성 유전자 및 음성 선별 인자의 편입을 위한 방법은 당업자에게 친숙할 것이다 (예, WO 99/15650; 미국 특허 제6,080,576호; 미국 특허 제6,136,566호; 문헌[Niwa, et al., J. Biochem. 113:343-349 (1993)]; 및 [Yoshida, et al., Transgenic Research, 4:277-287 (1995)] 참조).

원핵생물 복제 시스템, 예를 들어 슈도모나스 플루오레센스 또는 대장균과 같은 원핵 세포에 의해 인식가능한 복제 기점을 포함하여, 세균 벡터를 사용하여 구축물을 제조할 수 있다. 삽입에 사용할 마커와 동일하거나 상이한 마커를 사용할 수 있고, 이것은 숙주 세포 내로의 도입 전에 제거할 수 있다. 구축물을 함유하는 벡터가 일단 완성되면, 예컨대 특정 서열의 결실, 선형화, 또는 상동성 서열에 돌연변이, 결실 또는 기타 서열을 도입하는 것에 의해 이를 추가로 조작할 수 있다. 한 실시태양에서는, 표적 유전자 구축물 및 이종 단백질 구축물이 동일한 발현 벡터의 일부이며, 동일한 프로모터 요소의 조절 하에 있을 수도, 그렇지 않을 수도 있다. 다른 한 실시태양에서는, 이들은 별개의 발현 벡터들 상에 있다. 최종 조작 후, 구축물을 세포 내로 도입시킬 수 있다.

세포 성장 조건

본 명세서에서 설명되는 숙주 세포에 대한 세포 성장 조건은, 어레이 중 하나 이상의 균주 (또는 적어도 그의 세포들의 일부)에서 주목 대상 단백질의 발현을 용이하게 하는 것, 및(또는) 발현된 주목 대상 단백질의 발효를 용이하게 하는 것을 포함한다. 본 명세서에서 사용될 때, "발효"라는 용어는 문자 그대로의 발효가 이용되는 실시태양과 아울러 다른, 비발효 배양 방식이 이용되는 실시태양 모두를 포함한다. 어레이 내 숙주 세포 집단의 성장, 유지 및(또는) 발효는 어떤 규모로도 행할 수 있다. 그러나 여러 숙주 세포 집단을 동시에 스크리닝하는 경우, 규모는 상이한 집단의 수 및 여러 숙주 세포 집단을 성장시키고 시험할 수 있는 수용능에 의해 제한될 것이다. 한 실시태양에서는, 발효 배지를 풍부 배지, 최소 배지, 및 무기염 배지 중에서 선택할 수 있다. 다른 한 실시태양에서는, 최소 배지 또는 무기염 배지 중 하나를 선택한다. 또 다른 실시태양에서는, 최소 배지를 선택한다. 또 다른 한 실시태양에서는, 무기염 배지를 선택한다.

무기염 배지는 무기염 및 글루코스, 수크로스, 또는 글리세롤 등과 같은 탄소 공급원으로 이루어진다. 무기염 배지의 예로는 예컨대 M9 배지, 슈도모나스 배지 (ATCC 179), 데이비스 및 밍기올리 배지 (문헌 [BD Davis & ES Mingioli, (1950) J. Bact. 60:17-28] 참조) 등이 있다. 무기염 배지를 제조하는 데 사용되는 무기염에는 예컨대 인산칼륨, 황산암모늄 또는 염화암모늄, 황산마그네슘 또는 염화마그네슘, 및 미량 미네랄, 예를 들어 염화칼슘, 붕산염, 및 철, 구리, 망간 및 아연의 황산염 중에서 선택된 것들이 포함된다. 펩톤, 트립톤, 아미노산 또는 효모 추출물과 같은 유기 질소 공급원은 무기염 배지에 포함되지 않는다. 대신에, 무기 질소 공급원을 사용하며, 이것은 예컨대 암모늄 염, 수성 암모니아 및 기체상 암모니아 중에서 선택할 수 있다. 바람직한 무기염 배지는 탄소 공급원으로서 글루코스를 함유할 것이다. 무기염 배지와 비교하자면, 최소 배지 역시 무기염 및 탄소 공급원을 함유할 수 있으나, 비록 최소한의 수치로 첨가될지라도 예컨대 낮은 수치의 아미노산, 비타민, 펩톤 또는 다른 성분이 보충될 수 있다.

한 실시태양에서, 배지는 하기 표 4에 나열된 성분을 사용하여 제조할 수 있다. 성분은 다음 순서로 첨가할 수 있다: 처음에 (NH₄)₂HP0₄, KH₂P0₄ 및 시트르산을 증류수 대략 30 L에 용해시킬 수 있다; 그 후 미량 원소의 용액, 이어서 유콜러브 (Ucolub) N 115와 같은 기포 방지제를 첨가할 수 있다. 이어서, 가열 멸균 (예를 들어 대략 121℃에서) 후, 글루코스 MgS0₄ 및 티아민-HCL의 멸균 용액을 첨가할 수 있다. 수성 암모니아를 이용하여 대략 6.8로 pH를 조절할 수 있다. 이어서, 멸균 증류수를 첨가하여 초기 부피를 371 - 글리세롤 원액 (123 mL)으로 조정한다. 화학물질은 머크(Merck)와 같은 다양한 제조사로부터 시판된다.

본 발명에서, 형질전환된 숙주 세포의 성장, 배양 및(또는) 발효는 숙주 세포의 생존이 허용되는 온도 범위 내에서, 바람직하게는 약 4℃ 내지 약 55℃ (경계값 포함) 범위의 온도에서 수행한다. 따라서 예를 들어, 본 명세서에서 본 발명의 숙주 세포와 관련하여 사용되는 경우 용어 "성장" (및 "성장시키다," "성장시키는"), "배양하는" (및 "배양"), 및 "발효" (및 "발효시키다," "발효시키는")는 본래 약 4℃ 내지 약 55℃ (경계값 포함) 온도 범위 내에서의 "성장," "배양," 및 "발효"를 뜻한다. 또한, "성장"은 활동적인 세포 분할 및(또는) 확대가 일어나는 생물학적 상태와 아울러 비분할 및(또는) 비확대 세포가 대사적으로 유지되고 있는 생물학적 상태 둘 다를 지시하는 데 사용되며, 용어 "성장"의 후자에 따른 사용은 용어 "유지"와 유의어적이다.

어레이의 숙주 세포는 해당 세포 유형의 정상적인 성장에 적절한 온도에서 성장되고 유지되어야 한다. 그러한 정상 성장 온도는 선택된 숙주 세포의 공지된 성장 조건에 기초하여 용이하게 선택할 수 있다. 바람직하게는, 배양의 확립 과정 및 특히 스크리닝 과정에서는 세포 배양물을 주목 대상 이종 단백질 또는 폴리펩티드로의 형질전환 전 및 후에 선택된 세포의 성장에 적절한 조절된 CO₂/N₂ 습도에서 인큐베이션한다. 인큐베이션시의 습도는 배양 용기로부터의 증발을 최소화하고, 더 작은 부피의 사용을 허용하도록 조절한다. 대안적으로, 또는 습도 조절에 더하여, 증발을 최소화하기 위해 용기를 뚜껑으로 덮을 수 있다. 인큐베이션 온도의 선택은 이용하는 숙주 세포가 무엇인지에 크게 좌우된다. 증발을 제어하기 위한 상대 습도의 선택은 선택된 용기 부피 및 용기 내 세포 배양물의 농도 및 분량, 그리고 인큐베이션 온도에 기초한다. 따라서, 습도는 약 10%에서 약 80%까지 달라질 수 있다. 적절한 조건의 선택이 당업계의 기술수준 이내라는 것을 이해해야 한다.

스크리닝

본 명세서에서 설명하는 균주 어레이는 주목 대상 이종 단백질을 발현시킬 최적 숙주 세포 집단에 대해 스크리닝할 수 있다. 최적 숙주 세포 집단은 발현된 주목 대상 단백질의 양, 품질, 및(또는) 위치에 기초하여 동정 또는 선택할 수 있다. 한 실시태양에서, 최적 숙주 세포 집단은 어레이 내의 표현형상 구별되는 숙주 세포의 다른 집단들과 비교하여 숙주 세포 내에서의 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드 수율에 증가를 가져오는 것이다.

증가된 생산은 다른 경우로는 생산된 단백질 g 당, 또는 숙주 단백질 g 당 올바로 프로세싱된 단백질 또는 폴리펩티드의 증가된 수준일 수도 있다. 증가된 생산은 또한 이종 단백질 g 당, 또는 숙주 세포 단백질 g 당 회수가능한 단백질 또는 폴리펩티드의 증가된 수준일 수도 있다. 증가된 생산은 또한 총 단백질의 증가된 수준, 올바로 프로세싱되거나 올바로 폴딩된 단백질의 증가된 수준, 또는 활성 또는 가용성 단백질의 증가된 수준의 임의의 조합일 수도 있다. 이 실시태양에서, 용어 "증가" 또는 "향상"은 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드가 어레이 내 하나 이상의 다른 숙주 세포 집단에서 발현되었을 때 생산, 올바로 프로세싱, 가용성 및(또는) 회수가능해지는 단백질 또는 폴리펩티드의 수준에 대해 상대적인 것이다. 증가된 생산은, 예를 들어 에너지 소비를 감소시키거나, 가용 자원의 이용을 증가시키거나, 또는 성장 배지 내 배양 보충성분에 대한 요건을 줄임으로써 세포 또는 생물체의 효율을 최적화시킬 수 있다. 증가된 생산은 발현된 단백질의 프로테아제 분해가 감소한 결과일 수도 있다.

한 실시태양에서는, 어레이 내 적어도 하나의 균주가 0.1 mg/ml 이상의 올바로 프로세싱된 단백질을 생산한다. 올바로 프로세싱된 단백질은 천연 단백질의 아미노 말단을 가진다. 다른 한 실시태양에서는, 적어도 하나의 균주가 세포 내에서 0.1 내지 10 mg/ml의 올바로 프로세싱된 단백질을 생산하며, 여기에는 적어도 약 0.2, 약 0.3, 약 0.4, 약 0.5, 약 0.6, 약 0.7, 약 0.8, 약 0.9 또는 적어도 약 1.0 mg/ml의 올바로 프로세싱된 단백질이 포함된다. 다른 한 실시태양에서는, 어레이 내 하나 이상의 균주에 의해 생산되는 전체 올바로 프로세싱된 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드가 적어도 1.0 mg/ml, 적어도 약 2 mg/ml, 적어도 약 3 mg/ml, 약 4 mg/ml, 약 5 mg/ml, 약 6 mg/ml, 약 7 mg/ml, 약 8 mg/ml, 약 10 mg/ml, 약 15 mg/ml, 약 20 mg/ml, 약 25 mg/ml, 약 30 mg/ml, 약 35 mg/ml, 약 40 mg/ml, 약 45 mg/ml, 적어도 약 50 mg/ml, 또는 그보다 많다. 일부 실시태양에서는, 생산된 올바로 프로세싱된 단백질의 양이 올바로 프로세싱된 형태로 있는 총 이종 단백질의 적어도 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 그 이상을 차지한다.

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 향상된 발현은 또한 해당 단백질의 가용성의 증가를 말할 수도 있다. 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 숙주 세포의 세포질, 주변세포질, 또는 세포외 배지에서 생산되고 회수될 수 있다. 이 단백질 또는 폴리펩티드는 불용성이거나 가용성일 수 있다. 상술한 바와 같이, 이 단백질 또는 폴리펩티드는 하나 이상의 표적화 (예, 신호 또는 리더) 서열(들)을 포함하여 정제를 도울 수 있다.

본 명세서에서 사용된 용어 "가용성"은 단백질이 생리적 조건 하의 버퍼에 넣어 10 내지 30분 동안 회전시켰을 때 약 5,000 내지 20,000×g에서의 원심분리에 의해 침전되지 않는다는 것을 뜻한다. 가용성인 단백질은 봉입체 또는 기타 침전물의 일부가 아니다. 이와 비슷하게, "불용성"은 단백질 또는 폴리펩티드가 생리적 조건 하의 버퍼에 넣어 10 내지 30분 동안 회전시켰을 때 약 5,000 내지 20,000×g에서의 원심분리에 의해 침전될 수 있다는 것을 뜻한다. 불용성 단백질 또는 폴리펩티드는 봉입체 또는 기타 침전물의 일부가 될 수 있다. 용어 "봉입체"는 세포 내에 있는 세포내 구조체이며 단백질 또는 폴리펩티드들의 응집체가 격리되어 있는 임의의 구조체를 포함하는 것으로 한다.

다른 한 실시태양에서, 최적 숙주 세포 집단은 숙주 세포의 주변세포질로 이송되거나 세포외 공간으로 분비되는 주목 대상 단백질을 증가된 양으로 생산한다. 한 실시태양에서는, 어레이 내 적어도 하나의 균주가 주변세포질 구획에서 0.1 mg/ml 이상의 단백질을 생산한다. 다른 한 실시태양에서는, 적어도 하나의 균주가 세포에서 0.1 내지 10 mg/ml의 주변세포질 단백질을, 또는 적어도 약 0.2, 약 0.3, 약 0.4, 약 0.5, 약 0.6, 약 0.7, 약 0.8, 약 0.9 또는 적어도 약 1.0 mg/ml의 주변세포질 단백질을 생산한다. 한 실시태양에서, 어레이 내 하나 이상의 균주에 의해 생산되는 총 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 적어도 1.0 mg/ml, 적어도 약 2 mg/ml, 적어도 약 3 mg/ml, 약 4 mg/ml, 약 5 mg/ml, 약 6 mg/ml, 약 7 mg/ml, 약 8 mg/ml, 약 10 mg/ml, 약 15 mg/ml, 약 20 mg/ml, 적어도 약 25 mg/ml, 또는 그보다 많다. 일부 실시태양에서는, 생산되는 주변세포질 단백질의 양이 생산되는 총 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 적어도 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 그 이상을 차지한다.

본 발명의 어레이 내 적어도 하나의 균주는 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 증가된 수율을 가져올 수도 있다. 한 실시태양에서는, 적어도 하나의 균주가 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 총 세포 단백질 (tcp)의 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 또는 그보다 큰 비율로 생산한다. "총 세포 단백질 백분율"은 숙주 세포 내 단백질 또는 폴리펩티드의 양을 세포 단백질 총량의 백분율로 나타낸 것이다. 총 세포 단백질의 측정 방법은 당업계에 잘 알려져 있다.

특정한 한 실시태양에서, 어레이 내 적어도 하나의 숙주 세포 집단은 무기염 배지에서 (즉 약 10℃, 약 15℃, 약 20℃, 약 25℃, 약 30℃, 약 35℃, 약 40℃, 약 45℃, 및 약 50℃를 포함하여 약 4℃ 내지 약 55℃의 온도범위 내에서) 성장시켰을 때 이종 단백질 생산 수준이 1% tcp 이상이고 세포 밀도가 40 mg/ml 이상일 수 있다. 특히 바람직한 한 실시태양에서, 발현 시스템은 무기염 배지에서 (즉 약 4℃ 내지 약 55℃ (경계값 포함)의 온도범위 내에서) 성장시켰을 때 단백질 또는 폴리펩티드 발현 수준이 5% tcp 이상이고 세포 밀도가 40 g/L 이상일 것이다.

실제로는, 주변세포질로 표적화된 이종 단백질들이 아마도 세포 외막에 대한 손상 또는 세포 외막의 유동성 증가 때문에 종종 배양액 중에서 발견된다 (유럽 특허 제EP 0 288 451호 참조). 이 "수동적" 분비의 속도는 세포 외막을 투과성으로 만드는 다양한 메카니즘을 이용하여 증가시킬 수 있으며, 여기에는 콜히친 (Miksch et al. (1997) Arch. Microbiol. 167:143-150); 성장 속도 (Shokri et al. (2002) App Miocrobiol Biotechnol 58:386-392); TolIII 과발현 (Wan 및 Baneyx (1998) Protein Expression Purif. 14:13-22); 주변세포질 단백질을 누출하는 박테리오신 방출 단백질 (Hsiung et al. (1989) Bio/Technology 7:267-71), 콜히친 A 용해 단백질 (Lloubes et al. (1993) Biochimie 75:451-8) 돌연변이체 (Furlong 및 Sundstrom (1989) Developments in Indus. Microbio. 30:141-8); 융합 파트너 (Jeong 및 Lee (2002) Appl. Environ. Microbio. 68: 4979-4985); 또는 삼투압 쇼크에 의한 회수 (Taguchi et al. (1990) Biochimica Biophysica Acta 1049: 278-85)가 포함된다. 유전자 조작된 단백질의 주변세포질 공간으로의 이송 및 후속적인 배양액 내 배치는 대장균에서 올바로 폴딩되고 활성인 단백질을 생산하는 데 사용되었다 (Wan 및 Baneyx (1998) Protein Expression Purif. 14:13-22; Simmons et al. (2002) J. Immun. Meth. 263:133-147; Lundell et al. (1990) J. Indust. Microbio. 5:215-27).

상기 방법은 또한 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 주변세포질로부터나 세포외 매질로부터 정제하는 단계를 포함할 수도 있다. 이종 단백질 또는 폴리펩티드는 이것을 태그 단백질에 연결시키는 방식으로 발현시킬 수 있으며, 이 "태그달린" 단백질은 세포 또는 세포외 매질로부터 정제할 수 있다.

일부 실시태양에서는, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드가 어레이 내 하나 이상의 균주에 의해 활성 형태로 생산될 수도 있다. 용어 "활성"은 상응하는 천연 단백질 또는 폴리펩티드의 생물학적 활성에 비할 만하거나 실질적으로 그에 상당하는 생물학적 활성의 존재를 뜻한다. 단백질과 관련한 경우 이것은 대개 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드가 표준적 파라미터를 사용하여 상응하는 천연 단백질 또는 폴리펩티드에 비교했을 때 적어도 약 20%, 약 50%, 바람직하게는 적어도 약 60-80%, 및 가장 바람직하게는 적어도 약 90- 95%의 활성을 갖는 생물학적 기능 또는 효과를 가진다는 것을 뜻한다. 그러나 일부 실시태양에서는, 천연 단백질과 비교하여 변경되거나 향상된 활성을 가진 폴리펩티드(예컨대, 변경되거나 향상된 면역반응성, 기질 특이성 등을 갖는 것)를 생산하는 것이 바람직할 수 있다. 변경되거나 향상된 폴리펩티드는 어레이의 숙주 세포 집단 중 하나 이상에 의해 만들어진 특정한 입체배열에서 기인할 수 있다.

단백질 또는 폴리펩티드 활성의 측정은, 생물학적 활성을 평가하는 데 사용할 수 있는 특정한 단백질 또는 폴리펩티드에 대한 상응하는 표준적이고 표적화된 생물학적 비교 분석법을 활용하여 수행할 수 있다.

활성 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 회수 역시 본 발명의 어레이 내 하나 이상의 다른 균주에 비해 최적 숙주 균주에서 향상될 수 있다. 활성 단백질은 서열이 유래한 천연 단백질 또는 폴리펩티드 활성의 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 약 50%, 약 60%, 적어도 약 70%, 약 80%, 약 90%, 또는 적어도 약 95%의 특이적 활성을 가질 수 있다. 더욱이, 기질 특이성 (k_cat/K_m)은 경우에 따라서는 천연 단백질 또는 폴리펩티드와 실질적으로 유사하다. 전형적으로는, k_cat/K_m이 적어도 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 그보다 클 것이다. 단백질 및 폴리펩티드 활성 및 기질 특이성 (k_cat/K_m)의 척도를 분석하고 정량하는 방법들은 당업자들에게 잘 알려져 있다.

단백질 활성의 측정

이종발현된 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 활성을 기존에 확립된 천연 단백질 또는 폴리펩티드 기준 활성과 비교할 수 있다. 다른 방식으로는, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 활성을 천연 단백질 또는 폴리펩티드와의 동시적, 또는 실질적으로 동시적인 비교 검정에서 측정할 수 있다. 예를 들면, 시험관내 검정법을 사용하여 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드와 표적 사이의, 예컨대 발현된 효소와 기질 사이, 발현된 호르몬과 호르몬 수용체 사이, 발현된 항체와 항원 사이 등의 검출가능한 상호작용을 측정할 수 있다. 그러한 검출에는 열함량 변화, 증식의 변화, 세포 사멸, 세포 반발, 방사능의 변화, 가용성의 변화, 겔 전기영동 및(또는) 겔 배제법으로 측정되는 분자량의 변화, 포스포릴화 능력, ELISA 검정법과 같은 항체 특이성 검정법, 등의 측정이 포함된다. 또한, 생체내 검정법은 이종발현 단백질 또는 폴리펩티드의 생리학적 효과, 예컨대 체중 증가, 전해질 균형의 변화, 혈액 응고 시간의 변화, 응혈 용해의 변화 및 항원 응답의 유도를 천연 단백질 또는 폴리펩티드의 생리학적 효과와 비교하여 검출하는 검정법을 포함하나 이것으로 한정되는 것은 아니다. 일반적으로, 천연 단백질 또는 폴리펩티드와의 비교 분석이 가능한 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 활성 속성을, 그런 활성이 평가 가능하다면, 임의의 시험관내 또는 생체내 검정법을 사용하여 측정할 수 있다. 다른 방법으로, 본 발명의 어레이 내 하나 이상의 균주에서 생산되는 단백질 또는 폴리펩티드는 정상 상태에서 해당 단백질 또는 폴리펩티드와 상호작용하는 분자, 예컨대 천연 단백질이 정상상태에서 상호작용하는 기질 또는 신호 전달경로의 요소와 그 단백질 또는 폴리펩티드의 상호작용을 자극 또는 억제하는 능력에 대해 평가할 수 있다. 그러한 검정법은 전형적으로 단백질 또는 폴리펩티드가 표적 분자와 상호작용할 수 있게 해 주는 조건 하에서 해당 단백질을 기질 분자와 합치고 단백질과 표적 분자의 상호작용의 생화학적 결과를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.

단백질 또는 폴리펩티드 활성을 측정하는 데 사용할 수 있는 검정법은 예를 들면 하기 문헌들 [Ralph, P. J., et al. (1984) J. Immunol. 132: 1858] 또는 [Saiki et al. (1981) J. Immunol. 127:1044], [Steward, W. E. II (1980) The Interferon Systems. Springer-Verlag, Vienna 및 New York], [Broxmeyer, H. E., et al. (1982) Blood 60:595], [Molecular Cloning: A Laboratory Manua", 2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Sambrook, J., E. F. Fritsch and T. Maniatis eds., 1989], 및 [Methods in Enzymology: Guide to Molecular Cloning Techniques, Academic Press, Berger, S. L. 및 A. R. Kimmel eds., 1987], [A K Patra et al., Protein Expr Purif, 18(2): p/182-92 (2000)], [Kodama et al., J. Biochem. 99: 1465-1472 (1986)]; [Stewart et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 90: 5209-5213 (1993)]; [Lombillo et al., J. Cell Biol. 128: 107-115 (1995)]; [Vale et al., Cell 42:39-50 (1985)]에 기재되어 있다. 활성은 어레이 내 다른 숙주 세포 집단 중 하나 이상에서 유래한 이종발현 단백질 샘플들 간에 비교할 수도 있고, 천연 단백질의 활성과 비교할 수도 있으며, 둘 다 행할 수도 있다. 활성 측정은 단리된 단백질에 대해 행할 수도 있고, 숙주 세포에서 시험관내로 행할 수도 있다.

다른 한 실시태양에서는, 단백질 생산 및(또는) 활성을 예를 들어 통상적인 현미경, 루미노미터, 또는 플레이트 판독기 상에서의 형광 또는 분광학적 측정에 의해 배양물에서 직접 모니터링할 수 있다. 주목 대상 단백질이 기질이 알려진 효소인 경우에는, 기질이 효소에 의해 생성물로 변환되면 형광 신호가 방출되는 배양 배지에 기질을 가할 수 있다. 한 실시태양에서, 주목 대상 이종 단백질 또는 폴리펩티드를 코딩하는 발현 구축물은 리포터가 달린 단백질을 추가로 코딩한다. "리포터 단백질"이라 함은 어떤 세포 내 또는 세포 상의 그의 존재에 의해서 또는 배지로 분비되었을 때 해당 세포를 리포터 단백질을 함유하지 않은 세포로부터 구별되도록 해 주는 단백질을 뜻한다. 주목 대상 이종 단백질의 생산은 숙주 세포 집단에 검출가능한 변화를 가져온다. 리포터 분자는 반딧불이 루시퍼라제 및 GFP 또는 다른 형광 분자, 그리고 베타-갈락토시다제 유전자 (beta.gal) 및 클로람페니콜 및 아세틸트랜스퍼라제 유전자 (CAT)일 수 있다. 이들 리포터 유전자 요소 각각과 함께 생산된 발현에 대한 검정법은 당업자들에게 잘 알려져 있다.

리포터 유전자는 검출가능한 단백질 또는 간접적으로 검출가능한 단백질을 코딩할 수도 있고, 리포터 유전자가 생존 유전자가 될 수도 있다. 바람직한 한 실시태양에서, 리포터 단백질은 검출가능한 단백질이다. "검출가능한 단백질" 또는 "검출 단백질" (검출가능한 또는 검출 유전자에 의해 코딩됨)은 직접 표지로 사용할 수 있는 단백질이다: 즉, 해당 단백질은 추가의 조작 없이도 검출가능하다 (그리고 바람직하게는, 검출가능한 단백질을 함유한 세포가 검출가능하다). 따라서 이 실시태양에서는, 리포터 유전자 자체의 단백질 생성물이 이 검출가능한 유전자를 발현하는 세포를 구별해주는 역할을 할 수 있다. 이 실시태양에서, 적절한 검출가능한 유전자에는 자가형광 단백질을 코딩하는 것들이 포함된다.

당업계에 알려져 있는 바와 같이, 다양한 자가형광 단백질들이 공지되어 있으며; 이들은 일반적으로 에쿼리아(Aequorea) 및 그 변종에서 유래한 녹색 형광 단백질 (GFP)에 기초한 것으로, GFP, (Chalfie, et al. (1994) Science 263(5148):802-805); 증강된 GFP (EGFP; Clontech-Genbank Accession Number U55762)), 청색 형광 단백질 (BFP; Quantum Biotechnologies, Inc., Montreal, Canada); Stauber (1998) Biotechniques 24(3):462-471; Heim 및 Tsien (1996) Curr. Biol. 6: 178-182), 증강된 황색 형광 단백질 (EYFP; Clontech Laboratories, Inc., Palo Alto, CA) 및 적색 형광 단백질을 포함하나 그에 한정되지는 않는다. 또한, 레닐라 (Renilla) 및 프틸로사르커스 (Ptilosarcus) 종들에서 유래한 자가형광 단백질들이 최근에 보고되었다. 모두 본 명세서에 포함시키기로 하는 하기 특허문헌: WO 92/15673; WO 95/07463; WO 98/14605; WO 98/26277; WO 99/49019; 미국 특허 제5,292,658호; 미국 특허 제5,418,155호; 미국 특허 제5,683,888호; 미국 특허 제5,741,668호; 미국 특허 제5,777,079호; 미국 특허 제5,804,387호; 미국 특허 제5,874,304호; 미국 특허 제5,876,995호; 및 미국 특허 제5,925,558호 참조.

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 단리

주목 대상 단백질의 수율, 가용성, 입체형태, 및(또는) 활성을 측정하기 위해 어레이 내 하나 이상의 균주로부터 단백질을 단리하는 것이 바람직할 수 있다. 단리는 적합한 측정을 하는 데 이용되는 분석법의 요건에 따라서 미정제, 반정제 또는 순수 단리일 수 있다. 단백질은 세포질 내에서 생산될 수도 있고, 주변세포질을 표적으로 할 수도 있고, 배양 또는 발효 배지 내로 분비될 수도 있다. 주변세포질을 표적으로 한 단백질을 방출시키기 위해, 클로로포름 (Ames et al. (1984) J. Bacteriol., 160: 1181-1183), 구아니딘-HCl, 및 Triton X-1OO (Naglak 및 Wang (1990) Enzyme Microb. Technol., 12: 603-611)과 같은 화학물질을 사용한 처리를 이용해왔다. 그러나 이들 화학물질은 비활성이 아니며 많은 이종 단백질 생성물 또는 후속 정제 과정에 해로운 영향을 끼칠 수도 있다. 세포 외막을 투과성으로 만드는, 대장균 세포의 글리신 처리 역시 주변세포질 내용물을 방출시키는 것으로 보고되었다 (Ariga et al. (1989) J. Ferm. Bioeng., 68: 243-246). 이종 단백질의 주변세포질 방출을 위해 가장 널리 사용되는 방법들은 삼투압 충격 (Nosal 및 Heppel (1966) J. Biol. Chem., 241 : 3055-3062; Neu 및 Heppel (1965) J. Biol. Chem., 240: 3685-3692), 닭 난백 (HEW)-리소자임/에틸렌디아민 테트라아세트산 (EDTA) 처리 (Neu 및 Heppel (1964) J. Biol. Chem., 239:3893-3900; Witholt et al. (1976) Biochim. Biophys. Acta, 443:534-544; Pierce et al. (1995) ICheme Research. Event, 2:995-997), 및 HEW-리소자임/삼투압 충격 병용 처리 (French et al. (1996) Enzyme and Microb. Tech., 19: 332-338)이다. French의 방법은 세포를 분별 완충액에 재현탁시킨 후 주변세포질 분획을 회수하는 것이며, 리소자임 처리 직후에 삼투압 충격이 뒤따른다.

전형적으로, 이들 과정에는 삼투 안정화 매질 중에서의 초기 파괴에 이어서 비안정화 매질 중에서의 선별적인 방출이 포함된다. 이들 매질의 조성 (pH, 보호제) 및 사용되는 파괴 방법 (클로로포름, HEW-리소자임, EDTA, 초음파 처리)은 보고된 구체적 절차들 간에 차이가 있다. EDTA 대신에 쌍극성 이온성 계면활성제를 사용하는 HEW-리소자임/EDTA 처리의 변형 방법이 문헌 [Stabel et al. (1994) Veterinary Microbiol., 38:307-314]에 논의되어 있다. 대장균을 파괴하기 위한 세포내 용해 효소 시스템의 사용에 대한 전반적인 검토에 대해서는 문헌 [Dabora 및 Cooney (1990) in Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology, Vol. 43, A. Fiechter, ed. (Springer-Verlag: Berlin), pp. 11-30]을 참조한다.

세포질로부터 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 가용성 단백질 또는 굴절성 입자로 회수하기 위한 종래의 방법들은, 기계적 파괴에 의한 세균 세포의 분해를 포함했다. 기계적 파괴는 대개 액상 현탁물 내 국소적 공동의 생성, 단단한 비드를 이용한 신속한 진탕, 초음파 처리 또는 세포 현탁물의 분쇄를 포함한다 (Bacterial Cell Surface Techniques, Hancock 및 Poxton (John Wiley & Sons Ltd, 1988), Chapter 3, p. 55).

HEW-리소자임은 생화학적으로 작용하여 세포벽의 펩티도글리칸 골격을 가수분해한다. 이 방법은 Zinder 및 Arndt [(1956) Proc. Natl. Acad. ScL USA, 42:586-590]에 의해 처음으로 개발되었으며, 이들은 대장균을 달걀 알부민 (HEW-리소자임을 함유함)으로 처리하여 나중에 스페로플라스트로 알려진 둥글어진 세포 구를 생성시켰다. 이러한 구조물은 일부 세포벽 성분을 보유하였지만 세포막이 노출된 큰 표면 영역들을 가졌다. 미국 특허 제5,169,772호에는 삼투압 안정화된 매질, 예컨대 20% 수크로스 용액 중에서 EDTA, 리소자임, 또는 유기 화합물 등을 사용하여 세균의 외피를 파괴시키고, 세균을 저이온강도 완충액에 노출시킴으로써 파괴된 세균의 주변세포질 공간으로부터 비-헤파리나제 유사 단백질을 방출시키고, 저이온강도로 세척된 세균을 완충된 염 용액에 노출시킴으로써 헤파리나제 유사 단백질을 방출시키는 것을 포함하는, 세균으로부터 헤파리나제를 정제하는 방법이 개시되어 있다.

이들 방법의 여러 가지 상이한 수정본이 광범위한 발현 시스템에서 다양한 성공률을 보이며 사용되어 왔다 (Joseph-Liazun et al. (1990) Gene, 86: 291-295; Carter et al. (1992) Bio/Technology, 10:163-167). 재조합 세포 배양이 리소자임을 생산하도록 유도하려는 노력이 보고되었다. 유럽특허 제0 155 189호는 보통이라면 세포벽 구조의 파괴 또는 용해에 의해 이러한 숙주 세포를 죽일 것으로 예상될, 재조합 세포 배양이 리소자임을 생산하도록 유도하는 수단을 개시한다.

미국 특허 제4,595,658호는 세균의 주변세포질 공간으로 이송된 단백질의 외부배출을 용이하게 하는 방법을 개시한다. 이 방법은 세포의 리소자임 처리, 기계적 분쇄, 또는 삼투압 충격 처리 없이 주변세포질 내에 위치하는 단백질의 선택적 단리를 허용한다. 미국 특허 제4,637,980호는 직접 또는 간접적으로 생성물을 코딩하는 DNA 분자로 온도-민감성 용원을 형질전환시키고, 유전자 생성물의 세포내부적 발현을 허용하는 조건 하에서 형질전환체를 배양하고, 파지가 코딩하는 기능을 유도하기 위해 온도를 높여 생성물을 외부배출시켜 세균 생성물을 생산하는 것을 개시한다. 문헌 [Asami et al. (1997) J. Ferment, and Bioeng., 83: 511-516]은 T4 파지 감염에 의한 대장균 세포의 동시적 파괴를 개시하고, 문헌[Tanji et al. (1998) J. Ferment, and Bioeng., 85:74-78]은 대장균 세포의 완만한 붕괴를 위한 T 파지에 코딩된 용균 유전자의 조절된 발현을 개시한다.

세포가 용해되면, 염색체 DNA는 세포질에서 배지로 새어나오고, 이는 원심 분리 필드에서 고체 침강을 방해할 수 있는 유체 점도의 현저한 증가를 가져온다. DNA 중합체를 분해하기 위해 기계적 파괴 동안 가해지는 것과 같은 전단력이 없는 상황에서는, 점성 유체를 통한 고체의 더 느린 침강 속도는 원심분리 동안 고체와 액체가 제대로 분리되지 않는 원인이 된다. 기계적 전단력 외에, DNA 중합체를 분해하는 핵산분해 효소가 존재한다. 대장균에서, 내생 유전자 endA는 원래 주변세포질로 분비되어 내부핵산분해 방식으로 DNA를 올리고데옥시리보뉴클레오티드로 절단하는 엔도뉴클레아제 (성숙 단백질의 분자량은 대략 24.5 kD)를 코딩한다. endA는 대장균에 의해 상대적으로 약하게 발현된다고 제안되었다 [Wackernagel et al. (1995) Gene 154:55- 59].

원한다면, 본 발명의 어레이 내 하나 이상의 균주를 이용하여 생산된 단백질은 황산암모늄 또는 에탄올 침전법, 산 추출, 음이온 또는 양이온 교환 크로마토그래피, 포스포셀룰로스 크로마토그래피, 소수성 상호작용 크로마토그래피, 친화도 크로마토그래피, 니켈 크로마토그래피, 히드록실아파타이트 크로마토그래피, 역상 크로마토그래피, 렉틴 크로마토그래피, 예비 전기영동, 세제 가용화, 칼럼 크로마토그래피와 같은 이러한 물질을 이용한 선택적 침전, 면역정제법 등을 포함하나 이에 한정되지는 않는 당업계에 잘 알려진 표준 기법으로 분리하고 상당한 순도로 정제할 수 있다. 예를 들어, 확립된 분자 부착성을 가지는 단백질을 리간드에 가역적으로 융합시킬 수 있다. 적합한 리간드와 함께, 단백질은 정제 칼럼에 선택적으로 흡착된 뒤 비교적 순수한 형태로 칼럼으로부터 방출될 수 있다. 융합된 단백질은 그 후 효소적 활성에 의해 제거된다. 또한, 단백질은 면역친화도 칼럼 또는 Ni-NTA 칼럼을 이용하여 정제할 수 있다. 일반적인 기법은 예를 들어, 문헌들 [R. Scopes, Protein Purification: Principles and Practice, Springer- Verlag: N.Y. (1982)]; [Deutscher, Guide to Protein Purification, Academic Press (1990)]; 미국 특허 제4,511,503호; [S. Roe, Protein Purification Techniques: A Practical Approach (Practical Approach Series), Oxford Press (2001)]; [D. Bollag, et al., Protein Methods, Wiley-Lisa, Inc. (1996)]; [AK Patra et al., Protein Expr Purif, 18(2): p/182-92 (2000)]; 및 [R. Mukhija, et al., Gene 165(2): p. 303-6 (1995)]에 추가로 설명되어 있다. 또한, 예를 들어 문헌 [Ausubel, et al. (1987 및 정기적 증보판); Deutscher (1990) "Guide to Protein Purification," Methods in Enzymology vol. 182], 및 이 시리즈의 다른 권들; [Coligan, et al. (1996 및 정기적 증보판) Current Protocols in Protein Science Wiley/Greene, NY]; 및 단백질 정제 제품들의 사용에 관한 제조자의 문헌, 예컨대 파마시아(Pharmacia, Piscataway, N.J.), 또는 바이오-래드(Bio-Rad, Richmond, Calif)를 참조할 수 있다. 재조합 기법과의 조합은 적절한 조각, 예를 들어, FLAG 서열 또는 단백질 분해효소로 제거가능한 서열을 통해 융합될 수 있는 균등물에 대한 융합을 가능하게 한다. 또한, 예를 들어 문헌들 [Hochuli (1989) Chemische Industrie 12:69-70]; [Hochuli (1990) "Purification of Recombinant Proteins with Metal Chelate Absorbent" in Setlow (ed.) Genetic Engineering, Principle and Methods 12:87-98, Plenum Press, NY]; 및 [Crowe, et al. (1992) QIAexpress: The High Level Expression & Protein Purification System QUIAGEN, Inc., Chatsworth, Calif]을 참조할 수 있다.

발현된 단백질의 검출은 당업계에 알려진 방법에 의해 행해지고, 예를 들어 방사성면역검정, 웨스턴 블로팅 기법 또는 면역침전법을 포함한다.

본 발명의 어레이 내 균주에서 발현되는 일부 단백질들은 불용성 응집체("봉입체")를 형성할 수 있다. 몇몇 프로토콜이 봉입체로부터 단백질을 정제하는 데 적절하다. 예를 들어, 봉입체의 정제는 전형적으로, 50 mM TRIS/HCl pH 7.5, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl₂, 1 mM DTT, 0.1 mM ATP, 및 1 mM PMSF로 이루어진 완충액 중에서의 인큐베이션 등을 통한 숙주세포의 파괴에 의한 봉입체의 추출, 분리 및(또는) 정제를 포함한다. 세포 현탁액은 전형적으로 프렌치 프레스를 2 내지 3회 통과시켜 용균시킨다. 세포 현탁액은 또한 폴리트론 (Brinkman Instruments)을 이용하여 균질화하거나 또는 얼음 위에서의 초음파 처리할 수 있다. 세균을 용균시키는 다른 방법들은 당업자에게 자명하다(예, 문헌[Sambrook et al., supra]; [Ausubel et al., supra] 참조).

필요하다면, 봉입체는 가용화시킬 수 있고, 용균된 세포 현탁액은 대개 원심분리하여 원하지 않는 불용성 물질을 제거할 수 있다. 봉입체를 형성한 단백질은 융화성 완충액으로 희석 또는 투석하여 탈변성시킬 수 있다. 적절한 용매는 우레아 (약 4 M 내지 약 8 M), 포름아미드 (약 80% (v/v) 이상), 및 구아니딘 염산염 (약 4 M 내지 약 8 M)을 포함하나, 이에 한정되지는 않는다. 구아니딘 염산염 및 유사한 시약은 변성제이나 이 변성은 비가역적이지 않고, 변성제의 제거(예를 들어 투석에 의해) 또는 희석에 의해 탈변성이 일어나 면역학적 및(또는) 생물학적으로 활성인 단백질이 재형성되도록 할 수 있다. 다른 적절한 완충액은 당업자들에게 알려져 있다.

상징액에 존재하는 이종발현된 단백질은 당업자에게 잘 알려진 표준 분리 기법으로 숙주 단백질로부터 분리할 수 있다. 예를 들면, 초기 염 분획법은 많은 원하지 않는 숙주 세포 단백질 (또는 세포 배양 배지에서 기원한 단백질)을 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드로부터 분리해 줄 수 있다. 황산암모늄이 이러한 예 중 하나일 수 있다. 황산암모늄은 단백질 혼합물에서 수분량을 효과적으로 감소시켜 단백질을 침전시킨다. 그러면 단백질은 그들의 용해도에 따라 침전한다. 단백질이 소수성일수록, 더 낮은 황산암모늄 농도에서 침전될 가능성이 크다. 전형적인 프로토콜은 단백질 용액에 포화 황산암모늄을 첨가하여 최종 황산암모늄 농도가 20 내지 30%가 되도록 하는 것을 포함한다. 이 농도는 단백질 중 소수성이 가장 큰 것들을 침전시킬 것이다. 그런 다음 침전물을 버리고 (주목 대상 단백질이 소수성이지 않는 한) 황산암모늄을 주목 대상 단백질을 침전시키는 것으로 알려진 농도로 상징액에 첨가한다. 그런 다음 침전물을 완충액 중에서 가용화하고, 필요하다면 투석 또는 투석여과로 과량의 염을 제거한다. 냉 에탄올 침전법과 같이 단백질의 용해도에 의존하는 다른 방법들이 당업자에게 잘 알려져 있고, 복잡한 단백질 혼합물을 분획화하는데 사용할 수 있다.

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 분자량은 상이한 세공 크기의 막 (예를 들어, 아미콘(Amicon) 또는 밀리포어(Milipore) 막)을 통한 한외여과를 이용하여 더 크거나 더 작은 크기의 단백질로부터 해당 단백질 또는 폴리펩티드를 단리하는 데 이용할 수 있다. 첫 단계로, 단백질 혼합물을 주목 대상 단백질의 분자량보다 낮은 분자량 제한선을 가진 세공 크기의 막을 통해 한외여과할 수 있다. 이 한외여과의 잔류물을 그 후 주목 대상 단백질의 분자량보다 큰 분자량 제한선을 가진 막에 대해 한외여과할 수 있다. 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 막을 통과해 여액으로 빠져나갈 것이다. 그런 다음 여액을 하기에 설명하는 것과 같이 크로마토그래피할 수 있다.

발현된 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 또한 그 크기, 총 표면전하, 소수성, 및 리간드에 대한 친화성에 기반하여 다른 단백질로부터 분리될 수 있다. 또한, 단백질에 대항하여 생성된 항체를 칼럼 매트릭스에 컨쥬게이션시키고 단백질을 면역정제할 수 있다. 이들 방법은 모두 당업계에 잘 알려져 있다. 크로마토그래피 기법은 어떠한 규모로든, 많은 다른 제조사 (예, 파마시아 바이오테크)의 기기를 사용하여 실시할 수 있다는 것이 당업자에게 자명할 것이다.

탈변성 및 리폴딩

이종발현된 단백질이 변성된 형태로 생산되는 경우, 불용성 단백질은 2차 및 3차 단백질 구조 형상이 생성되도록 탈변성 또는 리폴딩될 수 있다. 이종 생성물 형태의 완성에, 필요하다면 단백질 리폴딩 단계를 이용할 수 있다. 리폴딩 및 탈변성은 단백질의 해리/회합을 촉진하는 것으로 당업계에 공지된 작용제를 사용하여 달성할 수 있다. 예를 들어, 단백질을 디티오트레이톨과 함께 인큐베이션한 후 산화된 글루타티온 2나트륨 염과 함께 인큐베이션하고, 이어서 우레아와 같은 리폴딩제를 함유하는 완충액과 함께 인큐베이션할 수 있다.

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는, 예를 들어, 이를 포스페이트-완충 염수 (PBS) 또는 50 mM Na-아세테이트, pH 6 완충액 + 200 mM NaCl에 대해 투석함으로써 또한 탈변성될 수 있다. 다른 방법으로, 단백질을 Ni NTA 컬럼과 같은 컬럼 상에 고정시키고, 프로테아제 억제제를 함유하는 500 mM NaCl, 20 ％ 글리세롤, 20 mM 트리스/HCl pH 7.4에서 선형 6M - 1M 우레아 구배를 사용함으로써 단백질을 리폴딩시킬 수 있다. 탈변성은 1.5 시간 이상의 기간에 걸쳐 수행될 수 있다. 탈변성 후, 단백질은 250 mM 이미다졸의 첨가에 의해 용출될 수 있다. 이미다졸은 PBS 또는 50 mM 아세트산나트륨 pH 6 완충액 + 200 mM NaCl에 대한 최종 투석 단계에 의해 제거할 수 있다. 정제된 단백질은 4℃에서 보관하거나 -80℃에서 동결시킬 수 있다.

다른 방법으로는, 예를 들어, 문헌들 [M H Lee et al., Protein Expr. Purif., 25(1): p. 166-73 (2002)], [W. K. Cho et al., J. Biotechnology, 77(2-3): p. 169-78 (2000)], [Ausubel, et al. (1987 및 정기적 증보판), Deutscher (1990) "Guide to Protein Purification," Methods in Enzymology vol. 182, 및 이 시리즈의 다른 권들], [Coligan, et al. (1996 및 정기적 증보판) Current Protocols in Protein Science Wiley/Greene, NY], [S. Roe, Protein Purification Techniques: A Practical Approach (Practical Approach Series), Oxford Press (2001)]; [D. Bollag, et al., Protein Methods, Wiley-Lisa, Inc. (1996)]에 기술될 수 있는 것들이 포함된다.

발현 벡터

주목 대상 이종 단백질은 본 명세서에 개시된 숙주 세포들 중 하나 이상에서 각 균주에 주목 대상 이종 단백질을 코딩하는 발현 벡터를 도입시킴으로써 생산할 수 있다. 한 실시태양에서, 벡터는 선택된 숙주 세포에서 기능을 다할 수 있는 프로모터에 작동가능하게 연결된 주목 대상 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열, 그리고 모든 다른 필수적인 전사 및 번역 조절 요소들을 포함한다.

용어 "작동가능하게 연결된"은 전사 및 임의의 번역 조절 요소들이, 숙주 세포 내에서 숙주 세포의 작용에 의해 조절 요소들이 코딩 서열의 발현을 이끌어낼 수 있는 상대적 위치배열로 코딩 서열에 공유결합으로 부착된 임의의 구성형태를 말한다.

주목 대상 이종 단백질은 이종 폴리펩티드 코딩 서열이 전사 및 번역 조절 요소에 작동가능하게 연결되어 숙주 세포가 단백질 또는 폴리펩티드를 발현할 수 있는 기능적 유전자를 형성한 폴리뉴클레오티드로부터 발현시킬 수 있다. 코딩 서열은 이종 폴리펩티드에 대한 천연 코딩 서열일 수도 있고, 선택된 발현 숙주 세포에서 사용하기 위해 숙주 종의 코돈 사용 경향을 반영하도록 유전자를 합성한다든가 하여 선택, 개선, 또는 최적화시킨 코딩 서열일 수도 있다. 본 발명의 한 실시태양에서, 숙주 종은 P. fluorescens이며, 폴리펩티드 코딩 서열을 디자인할 때 P. fluorescens의 코돈 경향을 고려에 넣는다. 유전자(들)을 하나 이상의 벡터(들) 내에서 구축하거나 벡터 내로 삽입하며, 그 다음 이 벡터를 발현 숙주 세포 내로 형질전환시킬 수 있다.

다른 조절 요소를 벡터 ("발현 구축물"이라는 용어도 사용)에 포함시킬 수 있다. 벡터는 대개 하나 이상의 표현형 선별가능 마커 및 복제 기점을 포함하여 숙주 내에서 벡터의 유지를 보장하고, 바람직하다면 증폭을 제공하도록 할 것이다. 부가적인 요소에는 예를 들어, 전사 인핸서 서열, 번역 인핸서 서열, 기타 프로모터, 활성화 요소, 번역 시작 및 정지 신호, 전사 종결인자, 시스트론성 조절인자, 다시스트론성 조절인자, 또는 발현된 폴리펩티드의 동정, 분리, 정제 및(또는) 단리를 용이하게 하는 태그 서열, 예컨대 뉴클레오티드 서열 "태그" 및 "태그" 펩티드 코딩 서열이 포함되지만, 이에 한정되지는 않는다.

다른 한 실시태양에서, 발현 벡터는 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드에 대한 코딩 서열에 이웃한 태그 서열을 추가로 포함한다. 한 실시태양에서, 이 태그 서열은 단백질의 정제를 가능하게 한다. 태그 서열은 헥사-히스티딘 친화도 태그와 같은 친화도 태그일 수 있다. 다른 한 실시태양에서는, 친화도 태그가 글루타티온-S-트랜스퍼라제 분자일 수 있다. 태그는 또한 YFP 또는 GFP, 또는 이러한 형광 단백질의 유사체와 같은 형광 분자일 수 있다. 태그는 또한 항체 분자의 일부, 또는 정제에 유용한 공지된 결합 파트너에 대한 공지된 항원 또는 리간드일 수 있다.

본 발명에 따른 단백질-코딩 유전자는 단백질 코딩 서열에 더하여 그에 작동가능하게 연결된 하기의 조절 요소를 포함할 수 있다: 프로모터, 리보좀 결합 부위 (RBS), 전사 종결인자, 번역 시작 및 정지 신호. 유용한 RBS는 본 발명에 따른 발현 시스템에서 숙주 세포로 유용한 임의의 종으로부터, 바람직하게는 선택된 숙주 세포로부터 수득될 수 있다. 많은 특이적이고 다양한 컨센서스 RBS, 예를 들어 문헌 [D. Frishman et al. Gene 234(2):257-65 (8 JuI. 1999)]; 및 [B. E. Suzek et al., Bioinformatics 17(12): 1123-30 (December 2001)]에 기술되고 참조된 것들이 공지되어 있다. 또한, 천연 또는 합성 RBS, 예를 들어 EP 0207459 (합성 RBS); [O. Ikehata et al., Eur. J. Biochem. 181(3):563-70 (1989)] (AAGGAAG의 천연 RBS 서열)에 기술된 것들을 사용할 수 있다. 본 발명에서 유용한 방법, 벡터, 및 번역 및 전사 요소, 및 기타 요소의 추가적인 예는, 예를 들어 미국 특허 제5,055,294호(Gilroy) 및 미국 특허 제5,128,130호 (Gilroy et al.); 미국 특허 제5,281,532호 (Rammler et al.); 미국 특허 제4,695,455 및 4,861,595호 (Barnes et al.); 미국 특허 제4,755,465호 (Gray et al.); 및 미국 특허 제5,169,760호 (Wilcox)에 기술되어 있다.

주목 대상 이종 단백질을 코딩하는 DNA의 전사는 인핸서 서열을 벡터 또는 플라스미드 내로 삽입함으로써 증가된다. 전형적인 인핸서는 프로모터에 작용하여 이의 전사를 증가시키는, 크기가 통상 약 10 내지 300 bp인 DNA의 시스-작용성 요소이다. 인핸서의 예에는 각종 슈도모나스 인핸서가 포함된다.

일반적으로, 이종 발현 벡터는 복제 기점 및 숙주 세포의 형질전환을 허용하는 선택가능한 마커, 및 하류의 구조 서열의 전사를 지시하는 고수준으로 발현되는 유전자에서 유래한 프로모터를 포함할 것이다. 이같은 프로모터는 특히 3-포스포글리세레이트 키나제 (PGK), 산 포스파타제와 같은 효소, 또는 열충격 단백질을 코딩하는 오페론으로부터 유래할 수 있다. 신호 서열이 사용되는 경우, 이종 코딩 서열은 번역 개시 및 종결 서열, 그리고 번역된 단백질의 세포 구획내 축적 또는 분비를 지시할 수 있는 신호 서열과 과 적합한 위상으로 조립된다. 경우에 따라서 이종 서열은 원하는 특징, 예를 들어, 발현된 이종 생성물의 안정화 또는 단순화된 정제를 제공하는 N-말단 동정 폴리펩티드를 포함하는 융합 효소를 코딩할 수 있다. 융합 폴리펩티드는 상기 논의된 바와 같이 하나 이상의 표적 단백질 또는 그의 억제제 또는 인핸서도 포함할 수 있다.

숙주 세포에서 이종 단백질을 발현시키기 위한 벡터들이 당업계에 공지되어 있으며, 이들 중 어느 것이나 본 발명에 따른 유전자를 발현시키는 데 사용할 수 있다. 이러한 벡터로는, 플라스미드, 코스미드, 및 파지 발현 벡터 등이 있다. 유용한 플라스미드 벡터로는 발현 플라스미드 pBBR1MCS, pDSK519, pKT240, pML122, pPS1O, RK2, RK6, pRO1600, 및 RSF1010이 포함되지만 이에 한정되지는 않는다. 이러한 유용한 벡터의 다른 예로는, 예를 들어 문헌들 [N. Hayase, in Appl. Envir. Microbiol. 60(9):3336-42 (September 1994)]; [A. A. Lushnikov et al., in Basic Life Sci. 30:657-62 (1985)]; [S. Graupner & W. Wackemagel, in Biomolec. Eng. 17(1): 11-16. (October 2000)]; [H. P. Schweizer, in Curr. Opin. Biotech. 12(5):439-45 (October 2001)]; [M. Bagdasarian & K. N. Timmis, in Curr. Topics Microbiol. Immunol. 96:47-67 (1982)]; [T. Ishii et al., in FEMS Microbiol. Lett. 116(3):307-13 (Mar. 1, 1994)]; [I. N. Olekhnovich & Y. K. Fomichev, in Gene 140(l):63-65 (Mar. 11, 1994)]; [M. Tsuda & T. Nakazawa, in Gene 136(1- 2):257-62 (Dec. 22, 1993)]; [C. Nieto et al., in Gene 87(1): 145-49 (Mar. 1, 1990)]; [J. D. Jones & N. Gutterson, in Gene 61(3):299-306 (1987)]; [M. Bagdasarian et al., in Gene 16(l-3):237-47 (December 1981)]; [H. P. Schweizer et al., in Genet. Eng. (NY) 23:69- 81 (2001)]; [P. Mukhopadhyay et al., in J. Bact. 172(l):477-80 (January 1990)]; [D. O. Wood et al., in J. Bact. 145(3): 1448-51 (March 1981)]; 및 [R. Holtwick et al., in Microbiology 147 (Pt 2):337-44 (February 2001)]에 기술된 것들이 있다.

본 발명의 숙주 세포에서 유용할 수 있는 발현 벡터의 추가적인 예에는 표 5에 열거된 것들이 포함되며, 각각은 제시된 복제단위에서 유래한 것이다.

발현 플라스미드인 RSFlOlO은 예를 들어 문헌 [F. Heffron et al., in Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 72(9):3623-27 (September 1975)], 및 [K. Nagahari & K. Sakaguchi, in J. Bact. 133(3): 1527-29 (March 1978)]에 기술되어 있다. 플라스미드 RSF1010 및 이의 유도체는 본 발명에서 특히 유용한 벡터이다. 당업계에 공지된, RSF1010의 예시적인 유용한 유도체로는, 예를 들어, pKT212, pKT214, pKT231 및 관련 플라스미드, 및 pMYC1050 및 관련 플라스미드 (미국 특허 제5,527,883호 및 제5,840,554호 (Thomson et al.) 등을 참조), 예를 들어, pMYC1803이 포함된다. 플라스미드 pMYC1803은 RSF1010을 기초로 하는 플라스미드 pTJS260 (Wilcox의 미국 특허 제5,169,760호 참조)로부터 유래되고, 이것은 조절된 테트라사이클린 저항성 마커 및 RSF1010 플라스미드로부터 온 복제 및 가동화 유전자좌를 갖는다. 다른 예시적인 유용한 벡터에는 미국 특허 제4,680,264호 (Puhler et al.)에 기술된 것들이 포함된다.

한 실시태양에서는, 발현 플라스미드가 발현 벡터로 사용된다. 다른 한 실시태양에서는, RSF1010 또는 이의 유도체가 발현 벡터로 사용된다. 또 다른 실시태양에서는, pMYC1050 또는 이의 유도체, 또는 pMYC1803 또는 이의 유도체가 발현 벡터로 사용된다.

플라스미드에 선별 마커 유전자를 포함시킴으로써 플라스미드를 숙주 세포 내에 유지시킬 수 있다. 선별 마커 유전자는 항생제 저항성 유전자(들)일 수도 있고 이 경우 상응하는 항생제(들)을 발효 배지에 첨가하게 되며, 당업계에 공지된 임의의 다른 유형의 선별 마커 유전자, 예를 들어 자가영양-복구 유전자일 수도 있고, 이 경우 상응하는 형질, 예컨대 아미노산 생합성 또는 뉴클레오티드 생합성 형질과 같은 생체촉매성 형질 또는 탄소원 활용 형질에 대해 영양요구성인 숙주 세포에서 플라스미드를 사용하게 된다.

본 발명에 따라 사용되는 프로모터는 구성 프모모터 또는 조절된 프로모터일 수 있다. 유용한 조절된 프로모터의 통상적인 예로는 lac 프로모터로부터 유래된 족의 프로모터 (즉, lacZ 프로모터), 특히 DeBoer의 미국 특허 제4,551,433호에 기술된 tac 및 trc 프로모터, 뿐만 아니라 Ptac16, Ptac17, PtacII, PlacUV5, 및 T7lac 프로모터가 포함된다. 한 실시태양에서는, 프로모터가 숙주 세포 기관에서 유래하지 않는다. 일부 실시태양에서는, 프로모터가 대장균 기관에서 유래한다.

본 발명에 따른 발현 시스템에서 유용한 lac-유형이 아닌 프로모터의 통상적인 예에는, 예컨대 표 6에 열거된 것들이 포함된다.

예를 들어 문헌들 [J. Sanchez-Romero & V. De Lorenzo (1999) Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology (A. Demain & J. Davies, eds.) pp. 460-74 (ASM Press, Washington, D.C.)]; [H. Schweizer (2001) Current Opinion in Biotechnology, 12:439-445]; 및 [R. Slater & R. Williams (2000 Molecular Biology and Biotechnology (J. Walker & R. Rapley, eds.) pp. 125-54 (The Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK))] 참조. 선택된 세균 숙주 세포에 본래 존재하는 프로모터의 뉴클레오티드 서열을 갖는 프로모터, 예컨대 슈도모나스 안트라닐레이트 또는 벤조에이트 오페론 프로모터 (Pant, Pben) 또한 표적 폴리펩티드를 코딩하는 변이유전자의 발현을 제어하는데 사용될 수 있다. 서열이 동일 또는 상이하고, 동일 또는 상이한 생물체에서 유래할 수 있는 둘 이상의 프로모터가 서로 공유결합적으로 부착된 직렬 프로모터, 예컨대 Pant-Pben 직렬 프로모터 (프로모터간 혼성물) 또는 Plac-Plac 직렬 프로모터 또한 사용될 수 있다.

조절된 프로모터는 프로모터가 그 일부인 유전자의 전사를 제어하기 위해 프로모터 조절 단백질을 이용한다. 조절된 프로모터가 본원에서 사용되는 경우, 상응하는 프로모터 조절 단백질 또한 본 발명에 따른 발현 시스템의 일부일 것이다. 프로모터 조절 단백질의 예로는 하기의 것들이 포함된다: 활성화 단백질, 예를 들어, 대장균 이화생성물 활성화 단백질, MalT 단백질; AraC 족 전사 활성화제; 억제인자 단백질, 예를 들어, 대장균 LacI 단백질; 및 이중-기능 조절 단백질, 예를 들어, 대장균 NagC 단백질. 많은 조절된 프로모터/프로모터 조절 단백질 쌍이 당업계에 공지되어 있다. 한 실시태양에서, 표적 단백질(들) 및 주목 대상 이종 단백질을 위한 발현 구축물은 동일한 조절 요소의 제어 하에 놓인다.

프로모터 조절 단백질은, 이펙터(effector) 화합물, 즉 조절 단백질과 가역적으로 또는 비가역적으로 회합하여 조절 단백질이 프로모터의 제어 하에 있는 유전자의 1 개 이상의 DNA 전사 조절 영역을 노출시키거나 이러한 영역에 결합할 수 있도록 함으로써 유전자 전사의 개시에서 전사효소의 작용을 허용 또는 차단하는 화합물과 상호작용한다. 이펙터 화합물은 유도인자 또는 공억제인자 (co-repressor)로 분류되고, 이러한 화합물에는 천연 이펙터 화합물 및 무상 유도인자 화합물이 포함된다. 많은 조절된 프로모터/프로모터 조절 단백질/이펙터 화합물 트리오가 당업계에 공지되어 있다. 이펙터 화합물은 세포 배양 또는 발효 전반에 걸쳐 사용될 수 있지만, 조절된 프로모터가 사용되는 한 바람직한 실시태양에서는, 원하는 양 또는 밀도로 숙주 세포 바이오매스가 성장한 후에 이펙터 화합물을 배양물에 첨가하여 직접적으로 또는 간접적으로 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 코딩하는 원하는 유전자(들)이 발현되도록 한다.

예를 들자면, lac 족 프로모터가 사용되는 경우, lacI 유전자 역시 시스템에 존재할 수 있다. (정상적으로는) 구성적으로 발현되는 유전자인 lacI 유전자는 이러한 프로모터들의 lac 오퍼레이터에 결합하는 Lac 억제인자 단백질 (LacD 단백질)을 코딩한다. 따라서, lac 족 프로모터가 사용되는 경우, lacI 유전자 또한 발현 시스템에 포함되어 발현될 수 있다. lac 프로모터 족 구성원, 예를 들어, tac 프로모터의 경우, 이펙터 화합물은 유도인자, 바람직하게는 IPTG (이소프로필-D-1-티오갈락토피라노시드, "이소프로필티오갈락토시드"로도 불림)와 같은 무상 유도인자이다.

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 발현을 위해, 임의의 식물 프로모터 또한 사용할 수 있다. 한 프로모터는 식물 RNA 폴리머라제 II 프로모터일 수 있다. 식물 프로모터에 포함되는 요소들은, 대개는 전사 개시 부위에서 대략 25 내지 35 염기쌍 상류 (5')에 위치한 TATA 박스 또는 Goldberg-Hogness 박스 및 70 내지 100 염기쌍 상류에 위치한 CCAAT 박스일 수 있다. 식물에서, CCAAT 박스는 기능적으로 유사한 포유류 프로모터 서열과는 상이한 컨센서스 서열을 가질 수 있다 (Messing et al., (1983) In: Genetic Engineering of Plants, Kosuge et al., eds., pp. 211-227). 또한, 사실상 모든 프로모터는 전사 개시 부위에서 약 -100 bp 내지-1,000 bp 이상 상류까지 이어지는 추가적인 상류의 활성화 서열 또는 인핸서를 포함한다 (Benoist and Chambon, (1981) Nature 290:304-310; Gruss et al. (1981) Proc. Nat. Acad. Sci. 78:943-947; 및 Khoury 및 Gruss (1983) Cell 27:313-314).

발현 시스템

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 어레이 내 숙주 세포 집단 중 하나 이상의 주변세포질로, 또는 세포외 공간으로 표적화하는 것이 바람직할 수 있다. 한 실시태양에서, 발현 벡터는 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열에 작동가능하게 연결된 분비 신호 서열 폴리펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 추가로 포함한다. 일부 실시태양에서는, 신호 서열과 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드 사이에 아무런 변형도 가해지지 않는다. 그러나 일부 실시태양에서는, 폴리펩티드 아미노 말단의 적절한 프로세싱을 촉진하기 위해 추가적인 절단 신호가 도입된다.

벡터는 상술한 특징들 중 어느 것이나 가질 수 있다. 한 실시태양에서는, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드에 대한 코딩 서열을 포함하는 벡터가 신호 서열, 예컨대 분비 신호 서열을 추가로 포함한다.

따라서, 한 실시태양에서, 이 단리된 폴리펩티드는 분비 신호와 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 융합 단백질이다. 그러나 분비 신호는 단백질이 주변세포질로 표적화될 때 단백질로부터 절단될 수도 있다. 한 실시태양에서, Sec 시스템 분비 신호와 단백질 또는 폴리펩티드 간의 연결부는 분비 신호의 절단을 증가시키도록 변형된다.

CHAMPION™ pET 발현 시스템은 높은 수준의 단백질 생산을 제공한다. 발현은 강력한 T7lac 프로모터로부터 유도된다. 이 시스템은 주목 대상 유전자의 높은 수준의 전사를 위해 박테리오파지 T7 RNA 중합효소의 높은 활성 및 특이성을 이용한다. 프로모터 영역에 위치한 lac 오퍼레이터는 전통적인 T7계 벡터보다 엄격한 조절을 제공하여, 플라스미드 안정성과 세포 생존력을 향상시킨다 ([Studier, F. W. and B. A. Moffatt (1986), J Molecular Biology 189(1):113-30]; [Rosenberg, et al. (1987), Gene 56(1):125-35]). T7 발현 시스템은 주목 대상 유전자의 높은 수준의 전사를 위해 T7 프로모터 및 T7 RNA 중합효소 (T7 RNAP)를 사용한다. T7 RNAP가 천연 대장균 RNAP보다 더 진행성이고 주목 대상 유전자의 전사에 집중하기 때문에, 높은 수준의 발현이 T7 발현 시스템에서 달성된다. 확인된 유전자의 발현은 숙주 세포 내에 T7 RNAP의 공급원을 제공함으로써 유도된다. 이것은 T7 RNAP 유전자의 염색체 카피를 함유하는 BL21 대장균 숙주를 사용함으로써 달성된다. T7 RNAP 유전자는 IPTG에 의해 유도될 수 있는 lacUV5 프로모터의 제어를 받는다. 유도를 받으면 T7 RNAP가 발현되어 주목 대상 유전자를 전사한다.

pBAD 발현 시스템은 특정 탄소 공급원 예컨대 글루코스, 글리세롤 및 아라비노스의 존재를 통해 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 발현이 엄격하게 제어되고 적정가능하도록 한다 ([Guzman, et al. (1995), J Bacteriology 177(14):4121-30]). pBAD 벡터는 발현 수준에 대한 정밀한 제어를 제공하도록 독특하게 디자인된다. pBAD 벡터로부터의 이종 유전자 발현은 araBAD 프로모터에서 개시된다. 이 프로모터는 araC 유전자의 생성물에 의해 증강 및 약화 조절된다. AraC는 L-아라비노스와 복합체를 형성하는 전사 조절인자이다. L-아라비노스가 없는 경우, AraC 이량체는 전사를 차단한다. 최대의 전사 활성화를 위해, 2개의 이벤트가 요구된다: (i) L-아라비노스가 AraC에 결합하여 전사가 시작되게 함, (ii) cAMP 활성인자 단백질 (CAP)-cAMP 복합체가 DNA에 결합하여, AraC가 프로모터 영역의 정확한 위치에 결합하는 것을 자극함.

trc 발현 시스템은 대장균에서 trc 프로모터로부터 높은 수준의 조절된 발현을 허용한다. trc 발현 벡터는 대장균에서 진핵생물 유전자를 발현시키는 것을 위해 최적화되었다. trc 프로모터는 트립토판 (trp)과 락토스 (lac) 프로모터로부터 유래된 강력한 혼성 프로모터이다. 이것은 lacO 오퍼레이터 및 lacIQ 유전자 생성물에 의해 조절된다 ([Brosius, J. (1984), Gene 27(2):161-72]).

숙주 세포를 본 명세서에 개시된 벡터(들)로 형질전환시키는 것은 당업계에 공지된 임의의 형질전환 기술을 사용하여 수행할 수 있고, 세균 숙주 세포는 무손상 세포 또는 원형질체 (즉 세포질 포함) 상태로 형질전환될 수 있다. 예시적인 형질전환 방법에는 천공 방법, 예를 들어, 전기천공, 원형질체 융합, 세균 접합, 및 2가 양이온 처리, 예컨대 염화칼슘 처리 또는 CaCl/Mg2+ 처리, 또는 당업계에 주지된 기타 방법이 포함된다. 예를 들어, 문헌들 [Morrison, J. Bact., 132:349-351 (1977)]; [Clark-Curtiss & Curtiss, Methods in Enzymology, 101 :347-362 (Wu et al., eds, 1983)], [Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2nd ed. 1989)]; [Kriegler, Gene Transfer and Expression: A Laboratory Manual (1990)]; 및 [Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel et ah, eds., 1994)] 참조.

주목 대상 단백질

본 발명의 방법 및 조성물은 올바로 프로세싱된 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 높은 수준으로 생산하는 데 최적인 P. fluorescens 균주를 동정하는 데 유용하다. 본 발명의 어레이는 임의의 종, 임의의 크기의 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드의 생산을 스크리닝하는 데 유용하다. 그러나 일부 실시태양에서, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 의료적으로 유용한 단백질 또는 폴리펩티드이다. 일부 실시태양에서는, 단백질이 포유류 단백질, 예를 들어 인간 단백질일 수 있으며, 예를 들면 성장인자, 시토카인, 케모카인 또는 혈액 단백질일 수 있다. 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 천연 단백질 또는 폴리펩티드와 유사한 방식으로 프로세싱될 수 있다. 일부 실시태양에서, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 크기가 100 kD 미만, 50 kD 미만, 또는 30 kD 미만이다. 일부 실시태양에서, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드는 아미노산이 적어도 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 또는 100개 이상인 폴리펩티드이다

주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 위한 코딩 서열은, 가능하다면 해당 폴리펩티드에 대한 천연 코딩 서열일 수 있으나 더 바람직하게는 예를 들어 P. fluorescens와 같은 슈도모나스 종들이나 다른 적절한 생물체의 코돈 사용 경향을 반영하도록 유전자를 최적화시키는 등 어레이의 균주들에서 발현가능한 형태로 사용하기 위해 선택, 개선, 또는 최적화된 코딩 서열이 될 것이다. 유전자 최적화를 위해서는, 하나 이상의 희귀 코돈을 제거하여 리보솜 지연을 피하고 아미노산 도입오류를 최소화할 수 있다. 하나 이상의 유전자 내부 리보솜 결합 부위 역시 제거하여 중간이 잘리 단백질 생성물이 생기는 것을 피할 수 있다. C와 G 뉴클레오티드가 길게 이어지는 구간을 제거하여, 프레임 이동을 초래할 수 있는 RNA 폴리머라제의 미끄러짐을 피할 수도 있다. 강한 유전자 내부 줄기-루프 구조, 특히 리보솜 결합 부위를 덮고 있는 것들 역시 제거할 수 있다.

다른 실시태양에서, 생산되었을 때 단백질은 추가의 표적 서열, 예를 들어 단백질을 주변세포질 또는 세포외 배지로 표적화하는 서열도 포함한다. 한 실시태양에서, 추가의 표적 서열은 단백질의 카르복시 말단에 작동가능하게 연결된다. 다른 한 실시태양에서, 단백질은 자가트랜스포터에 대한 분비 신호, 이성분 파트너 분비 시스템, 주된 말단 분지 시스템 또는 섬모 어셔 포린을 포함한다.

생성되는 유전자(들)은 하나 이상의 벡터 내에 구성되어 있거나 삽입되어 있고, 그 후 어레이 내 숙주 세포 집단 각각 내부로 형질전환된다. "발현가능한 형태"로 제공된다고 언급된 핵산 또는 폴리뉴클레오티드는 본 발명의 숙주 세포 집단 중 하나 이상에 의해 발현될 수 있는 유전자를 하나 이상 함유하는 핵산 또는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.

분자 유전학 및 유전 공학 기술에 요구되는 광범위한 서열 정보는 널리 공개적으로 이용가능하다. 인간뿐 아니라 포유동물 유전자의 완전한 뉴클레오티드 서열, cDNA 서열, 아미노산 서열 및 게놈에 대한 접근은 웹사이트 www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez의 진뱅크(GenBank)에서 제공된다. 추가의 정보는 또한 와이즈만 연구소 (Weizmann Institute of Science Genome and Bioinformatics) (bioinformatics.weizmann.ac.il/cards)에서 제공하는 유전자 및 그의 생성물에 관한 정보와 생물의료적 응용을 통합하는 전자 백과사전인 진카즈(GeneCards)로부터 입수할 수 있고, 뉴클레오티드 서열 정보는 EMBL 뉴클레오티드 서열 데이타베이스 (www.ebi.ac.uk/embl/) 또는 일본의 DNA 데이타뱅크 (DDBJ, www.ddbj.nig.ac.jp/)로부터 입수할 수 있고; 아미노산 서열 정보에 대한 추가 사이트로는 조지타운 대학의 단백질 정보 자원 웹사이트 (www-nbrf.georgetown.edu/pir/) 및 Swiss-Prot (au.expasy.org/sprot/sprot-top.html)가 포함된다.

본 발명에서 발현시킬 수 있는 단백질의 예에는 다음과 같은 분자들이 포함된다: 레닌, 성장 호르몬, 예를 들어 인간 성장 호르몬; 소 성장 호르몬; 성장 호르몬 방출 인자; 부갑상선 호르몬; 갑상선 자극 호르몬; 지단백질; α-1-안티트립신; 인슐린 A-사슬; 인슐린 B-사슬; 프로인슐린; 트롬보포이에틴; 여포 자극 호르몬; 칼시토닌; 황체 형성 호르몬; 글루카곤; 응고 인자, 예를 들어 인자 VIIIC, 인자 IX, 조직 인자, 및 폰 빌레브란트 인자; 단백질 C와 같은 항응고 인자; 심방성 나트륨이뇨 인자; 폐 표면활성 물질; 플라스미노겐 활성인자, 예를 들어 유로키나제 또는 인간 소변 또는 조직형 플라스미노겐 활성인자 (t-PA); 봄베신; 트롬빈; 조혈 성장 인자; 종양 괴사 인자-알파 및 -베타; 엔케팔리나제; 혈청 알부민, 예를 들어 인간 혈청 알부민; 뮬러관 억제 물질; 릴랙신 A-사슬; 릴랙신 B-사슬; 프로릴랙신; 마우스 성선자극호르몬 관련 펩티드; 미생물 단백질, 예를 들어 베타-락탐아제; 디엔아제; 인히빈; 액티빈; 혈관 내피 성장 인자 (VEGF); 호르몬 또는 성장 인자용 수용체; 인테그린; 단백질 A 또는 D; 류마티스 인자; 신경 인자, 예를 들어 뇌유도성 신경 인자 (BDNF), 뉴로트로핀-3, -4, -5, 또는 -6 (NT-3, NT-4, NT-5, 또는 NT-6), 또는 신경 성장 인자, 예를 들어 NGF-β; 카디오트로핀 (심장 비대 인자), 예를 들어 카디오트로핀-1 (CT-1); 혈소판-유래 성장 인자 (PDGF); 섬유아세포 성장 인자, 예를 들어 aFGF 및 bFGF; 표피 성장 인자 (EGF); 변형 성장 인자 (TGF), 예를 들어 TGF-α 및 TGF-β, 예를 들어 TGF-β1, TGF-β2, TGF-β3, TGF-β4, 또는 TGF-β5; 인슐린 유사 성장 인자-I 및 -II (IGF-I 및 IGF-II); 데스(1-3)-IGF-I (뇌 IGF-I), 인슐린 유사 성장 인자 결합 단백질; CD 단백질, 예를 들어 CD-3, CD-4, CD-8, 및 CD-19; 에리트로포이에틴; 골유도 인자; 면역독소; 골 형성 단백질 (BMP); 인터페론, 예를 들어 인터페론-알파, -베타, 및 -감마; 콜로니 자극 인자 (CSF), 예컨대 M-CSF, GM-CSF, 및 G-CSF; 인터류킨 (IL), 예컨대, IL-1 내지 IL-10; 항-HER-2 항체; 수퍼옥시드 디스뮤타제; T-세포 수용체; 표면 막 단백질; 부패 촉진 인자; 바이러스 항원, 예를 들어 AIDS 외피의 일부; 수송 단백질; 귀환 수용체; 어드레신; 조절 단백질; 항체; 및 상기 나열한 임의의 폴리펩티드의 단편.

일부 실시태양에서, 단백질 또는 폴리펩티드는 다음으로부터 선택될 수 있다: IL-1, IL-1a, IL-1b, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12, IL-12elasti, IL-13, IL-15, IL-16, IL-18, IL-18BPa, IL-23, IL-24, VIP, 에리트로포이에틴, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, 혈소판-유래 성장 인자 (PDGF), MSF, FLT-3 리간드, EGF, 섬유아세포 성장 인자 (FGF; 예컨대, α-FGF (FGF-1), β-FGF (FGF-2), FGF-3, FGF-4, FGF-5, FGF-6, 또는 FGF-7), 인슐린 유사 성장 인자 (예컨대, IGF-1, IGF-2); 종양 괴사 인자 (예컨대, TNF, 림포톡신), 신경 성장 인자 (예컨대, NGF), 혈관 내피 성장 인자 (VEGF); 인터페론 (예컨대, IFN-α, IFN-β, IFN-γ); 백혈병 저해 인자 (LIF); 섬모체 신경영양 인자 (CNTF); 옹코스타틴 M; 줄기 세포 인자 (SCF); 변형 성장 인자 (예컨대, TGF-α, TGF-β1, TGF-β2, TGF-β3); TNF 상과 (예컨대, LIGHT/TNFSF14, STALL-1/TNFSF13B (BLy5, BAFF, THANK), TNF알파/TNFSF2 및 TWEAK/TNFSF12); 또는 케모카인 (BCA-1/BLC-1, BRAK/Kec, CXCL16, CXCR3, ENA-78/LIX, 에오탁신(Eotaxin)-1, 에오탁신-2/MPIF-2, 엑소두스(Exodus)-2/SLC, 프랙탈카인(Fractalkine)/뉴로탁틴(Neurotactin), GRO알파/MGSA, HCC-1, I-TAC, 림포탁틴(Lymphotactin)/ATAC/SCM, MCP-1/MCAF, MCP-3, MCP-4, MDC/STCP-1/ABCD-1, MIP-1α, MIP-1β, MIP-2α/GROβ, MIP-3α/엑소두스/LARC, MIP-3/엑소두스-3/ELC, MIP-4/PARC/DC-CK1, PF-4, RANTES, SDF1, TARC, TECK, 세균 독소, ADP 리보실화 독소, 세균 또는 바이러스 항원.

본 발명의 한 실시태양에서, 주목 대상 단백질은 다중-서브유닛 단백질 또는 폴리펩티드일 수 있다. 발현시킬 수 있는 다중 서브유닛 단백질에는 동형결합체 및 이형결합체 단백질이 포함된다. 다중 서브유닛 단백질은 동일하거나 상이한 2 개 이상의 서브유닛을 포함할 수 있다. 예를 들어, 이러한 단백질은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 개 또는 그 이상의 서브유닛을 포함하는 동형결합체 단백질일 수 있다. 또한 이러한 단백질은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 개 또는 그 이상의 서브유닛을 포함하는 이형결합체 단백질일 수 있다. 예시적인 다중 서브유닛 단백질로는 이온 채널 수용체를 비롯한 수용체; 콘드로이틴을 비롯한 세포외 매트릭스 단백질; 콜라겐; MHC 단백질, 전장 항체 및 항체 단편이 포함되는 면역조절제; RNA 중합효소 및 DNA 중합효소를 비롯한 효소; 및 막 단백질이 있다.

다른 한 실시태양에서는, 주목 대상 단백질이 혈액 단백질일 수 있다. 이 실시태양에서 발현되는 혈액 단백질은 담체 단백질, 예컨대 인간 알부민 및 소 알부민을 비롯한 알부민, 트랜스페린, 재조합 트랜스페린 반(半)-분자, 합토글로빈, 피브리노겐 및 기타 응고 인자, 보체 성분, 면역글로불린, 효소 저해제, 안지오텐신 및 브라디키닌과 같은 물질의 전구체, 인슐린, 엔도텔린, 알파, 베타 및 감마-글로불린를 비롯한 글로불린, 및 포유동물의 혈액에서 주로 발견되는 기타 유형의 단백질, 펩티드 및 이들의 단편을 포함하지만 이에 한정되는 것은 아니다. 인간 혈청 알부민 (Lawn, L. M. et al., (1981) Nucleic Acids Research 9:6103-6114) 및 인간 혈청 트랜스페린 (Yang, F. et al., (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81;2752-2756)에 대한 아미노산 서열을 포함하여, 수많은 혈액 단백질에 대한 아미노산 서열이 보고되어 있다 ([S. S. Baldwin (1993) Comp. Biochem Physiol. 106b:203-218] 참조).

다른 한 실시태양에서는, 주목 대상 단백질이 효소 또는 보조인자일 수 있다. 이 실시태양에서 발현되는 효소 또는 보조인자에는 알돌라제, 아민 산화효소, 아미노산 산화효소, 아스파르타제, B12 의존성 효소, 카르복시펩티다제, 카르복시에스테라제, 카르복실라제, 케모트립신, CoA 요구 효소, 시아노히드린 합성효소, 시스타티온 합성효소, 데카르복실라제, 탈수소효소, 알코올 탈수소효소, 디히드라타제, 디아포라제, 디옥시게나제, 에노에이트 환원효소, 에폭시드 히드라제, 푸머라제, 갈락토스 산화효소, 글루코스 이성화효소, 글루코스 산화효소, 글리코실트랜스퍼라제, 메틸트랜스퍼라제, 니트릴 히드라제, 뉴클레오시드 인산화효소, 산화환원효소, 옥시니틸라제, 펩티다제, 글리코실트랜스퍼라제, 퍼옥시다제, 및 치료 활성 폴리펩티드인 조직 플라스미노겐 활성화인자에 융합된 효소; 유로키나제, 렙틸라제, 스트렙토키나제; 카탈라제, 과산화물 디스뮤타제; Dnase, 아미노산 가수분해효소 (예, 아스파라기나제, 아미도히드롤라제); 카르복시펩티다제; 프로테아제, 트립신, 펩신, 키모트립신, 파파인, 브로멜라인, 콜라게나제; 뉴라미니다제; 락타제, 말타제, 수크라제, 및 아라비노푸라노시다제가 포함되지만, 이에 한정되지는 않는다.

다른 한 실시태양에서는, 주목 대상 단백질이 단일쇄, Fab 단편 및/또는 전체 사슬 항체 또는 이의 단편 또는 일부분일 수 있다. 단일쇄 항체는 하나의 안정하게 폴딩된 폴리펩티드 사슬에 항체의 항원 결합 영역을 포함할 수 있다. Fab 단편은 특정 항체의 조각일 수 있다. Fab 단편은 항원 결합 부위를 함유할 수 있다. Fab 단편은 2 개의 사슬: 경쇄 및 중쇄 단편을 함유할 수 있다. 이러한 단편들은 링커 또는 디술피드 결합에 의해 연결될 수 있다.

다른 실시태양에서, 주목 대상 단백질은 약 20 내지 약 42℃의 온도에서 활성인 단백질이다. 한 실시태양에서, 단백질은 생리적 온도에서 활성이며 고온 또는 극심한 온도, 예컨대 65℃를 넘는 온도로 가열되면 불활성화된다.

한 실시태양에서, 주목 대상 단백질은 약 20 내지 약 42℃의 온도에서 활성이고(이거나) 고온 또는 극심한 온도, 예컨대 65℃를 넘는 온도로 가열되면 불활성화되며; 천연 단백질, 예컨대 천연 포유동물 또는 인간 단백질이거나 그에 실질적으로 상동성이고, 프로모터가 어레이에 사용된 숙주 세포에 천연적인 프로모터가 아니라 대장균과 같은 다른 생물체에서 유래된 것인 직렬연쇄체 형태의 핵산으로부터 발현된 것이 아닌 단백질이다.

숙주 세포

한 실시태양에서, 본 발명은 주목 대상 이종 단백질 또는 펩티드를 최적으로 생산하게 되는 P. fluorescens 숙주 세포의 어레이를 제공한다. P. fluorescens는 다양한 단백질의 생산을 위한 개선된 플랫폼인 것으로 밝혀졌으며, 이 생물체로부터 몇몇 효율적인 분비 신호가 확인되었다 (전체 내용을 본 명세서에 포함시키기로 하는 미국 출원 공개 제2006/0008877호 참조).

슈도모나드 시스템은 다른 세균 발현 시스템과 비교하여 폴리펩티드 및 효소의 상업적 발현에 이점을 제공한다. 특히, P. fluorescens가 유리한 발현 시스템으로 확인되었다. P. fluorescens는 토양, 물 및 식물 표면 환경에 군생하는 일군의 흔한 비병원성 부생기생생물을 포괄한다. P. fluorescens에서 유래한 상업용 효소는 세제 첨가물로서 환경 오염을 감소시키기 위해, 그리고 입체선택적 가수분해를 위해 사용되어 왔다. P. fluorescens는 또한 농업적으로 병원체 구제에 사용된다. 미국 특허 제4,695,462호에는 P. fluorescens에서의 재조합 세균 단백질 발현이 기술되어 있다.

그러나 위에서 논의한 바와 같이, 교대되는 숙주 세포들, 또는 심지어 다수의 상이한 숙주 세포들을 사용하여, 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 조절하기 위해 유전적으로 변형된 복수의 표현형상 구별되는 숙주 세포를 포함하는 어레이를 생성시킬 수 있다고 생각된다. 숙주 세포는 표적 유전자에 변경을 가할 수 있는 임의의 생물체가 될 수 있다. 표 1 및 2에 열거된 것들과 상동성인 표적 유전자를 동정하는 방법이 당업계에 공지되어 있다. 또한, 당업자는 주목 대상 숙주 세포에 본래 존재하거나 유용한 표적 유전자를 어떻게 동정하는지 이해할 것이다. 이들 단백질 중 다수가 당업계에 잘 알려져 있다. 예를 들어, 미국 출원 공개 제2006/0110747호 참조.

숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 18"로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 18"은 하기의 것들에 속하는 것들을 포함하여 슈도모나스 플루오레센스 종의 모든 아종, 변종, 균주 및 기타 하위-특정 유닛의 그룹으로 정의된다 (예시적인 균주(들)의 ATCC 또는 다른 기탁 번호가 괄호 안에 제시됨): 슈도모나스 플루오레센스 생물형 A (생물변이형(biovar) 1 또는 생물변이형 I로도 칭해짐) (ATCC 13525); 슈도모나스 플루오레센스 생물형 B (생물변이형 2 또는 생물변이형 II로도 칭해짐) (ATCC 17816); 슈도모나스 플루오레센스 생물형 C (생물변이형 3 또는 생물변이형 III으로도 칭해짐) (ATCC 17400); 슈도모나스 플루오레센스 생물형 F (생물변이형 4 또는 생물변이형 IV로도 칭해짐) (ATCC 12983); 슈도모나스 플루오레센스 생물형 G (생물변이형 5 또는 생물변이형 V로도 칭해짐) (ATCC 17518); 슈도모나스 플루오레센스 생물변이형 VI; 슈도모나스 플루오레센스 Pf0-1; 슈도모나스 플루오레센스 Pf-5 (ATCC BAA-477); 슈도모나스 플루오레센스 SBW25; 및 슈도모나스 플루오레센스 아종 셀룰로사 (NCIMB 10462).

숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 19"로부터 선택될 수 있다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 19"는 슈도모나스 플루오레센스 생물형 A의 모든 균주의 그룹으로 정의된다. 이러한 생물형의 전형적인 균주는 슈도모나스 플루오레센스 균주 MB101 (미국 특허 제5,169,760호 (Wilcox) 참조), 및 이의 유도체이다. 이의 유도체의 예는 MB101 염색체 asd (아스파르테이트 탈수소효소 유전자) 유전자좌 내로 천연 대장균 PlacI-lacI-lacZYA 구축물 (즉, PlacZ가 결실됨)을 삽입하여 구축된 슈도모나스 플루오레센스 균주 MB214이다.

본 발명에서 사용될 수 있는 추가적인 슈도모나스 플루오레센스 균주는 하기의 ATTC 명칭을 갖는 슈도모나스 플루오레센스 미굴라(Migula) 및 슈도모나스 플루오레센스 로이토키토크(Loitokitok)를 포함한다: [NCIB 8286]; NRRL B-1244; NCB 8865 균주 CO1; NCIB 8866 균주 CO2; 1291 [ATCC 17458; IFO 15837; NCIB 8917; LA; NRRL B-1864; 피롤리딘; PW2 [ICMP 3966; NCPPB 967; NRRL B-899]; 13475; NCTC 10038; NRRL B-1603 [6; IFO 15840]; 52-1C; CCEB 488-A [BU 140]; CCEB 553 [IEM 15/47]; IAM 1008 [AHH-27]; IAM 1055 [AHH-23]; 1 [IFO 15842]; 12 [ATCC 25323; NIH 11; den Dooren de Jong 216]; 18 [IFO 15833; WRRL P-7]; 93 [TR-1O]; 108 [52-22; IFO 15832]; 143 [IFO 15836; PL]; 149 [2-40-40; IFO 15838]; 182 [IFO 3081; PJ 73]; 184 [IFO 15830]; 185 [W2 L-1]; 186 [IFO 15829; PJ 79]; 187 [NCPPB 263]; 188 [NCPPB 316]; 189 [PJ227; 1208]; 191 [IFO 15834; PJ 236; 22/1]; 194 [Klinge R-60; PJ 253]; 196 [PJ 288]; 197 [PJ 290]; 198 [PJ 302]; 201 [PJ 368]; 202 [PJ 372]; 203 [PJ 376]; 204 [IFO 15835; PJ 682]; 205 [PJ 686]; 206 [PJ 692]; 207 [PJ 693]; 208 [PJ 722]; 212 [PJ 832]; 215 [PJ 849]; 216 [PJ 885]; 267 [B-9]; 271 [B-1612]; 401 [C71A; IFO 15831; PJ 187]; NRRL B-3178 [4; IFO 15841]; KY 8521; 3081; 30-21; [IFO 3081]; N; PYR; PW; D946-B83 [BU 2183; FERM-P 3328]; P-2563 [FERMP 2894; IFO 13658]; IAM-1126 [43F]; M-I; A506 [A5-06]; A505 [A5-O5-1]; A526 [A5-26]; B69; 72; NRRL B-4290; PMW6 [NCIB 11615]; SC 12936; A1 [IFO 15839]; F 1847 [CDC-EB]; F 1848 [CDC 93]; NCIB 10586; P17; F-12; AmMS 257; PRA25; 6133D02; 6519E01; N1; SC15208; BNL-WVC; NCTC 2583 [NCIB 8194]; H13;1013 [ATCC 11251; CCEB 295]; IFO 3903; 1062; 또는 Pf-5.

한 실시태양에서, 숙주 세포는 상술한 P. fluorescens 세포를 포함하여, 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 생산할 수 있는 임의의 세포일 수 있다. 주목 대상 단백질 또는 폴리펩티드를 생산하기 위한 가장 통상적으로 사용되는 시스템에는 특정 세균 세포, 특히 대장균이 포함되는데, 이들의 비교적 저렴한 성장 요건 및 대형 뱃치(batch) 배양에서 단백질을 생산하는 잠재적인 능력 때문이다. 효모 또한 생물학적으로 관련된 단백질 및 펩티드를 발현하기 위해, 특히 연구 목적으로 사용된다. 시스템은 사카로마이세스 세레비지애 (Saccharomyces cerevisiae) 또는 피키아 파스토리스 (Pichia pastoris)를 포함한다. 이러한 시스템들은 잘 특성화되어 있고, 일반적으로 허용가능한 수준의 전체 단백질 발현을 제공하며, 비교적 빠르고 저비용이다. 곤충 세포 발현 시스템이 또한 생물학적으로 활성인 형태의 재조합 단백질을 발현시키기 위한 대안으로 밝혀졌다. 일부 경우에, 번역 후에 변형된 올바로 폴딩된 단백질이 생산될 수 있다. 포유류 세포 발현 시스템, 예컨대 차이니즈 햄스터 난소 세포가 또한 재조합 단백질의 발현을 위해 사용되었다. 작은 규모인 경우, 이들 발현 시스템들은 종종 효과적이다. 특정 생물제제가, 특히 동물 또는 인간 건강 용도에서, 포유류 단백질로부터 유도될 수 있다. 또 다른 실시태양에서, 숙주 세포는 담배 세포, 옥수수, 아라비돕시스(Arabidopsis) 종으로부터의 세포, 감자 또는 쌀 세포가 포함되지만 이에 한정되지는 않는 식물 세포이다.

다른 한 실시태양에서, 숙주 세포는 에쉐리키아 또는 슈도모나스 종이 포함되지만 이에 한정되지는 않는 세균 세포와 같은 원핵생물일 수 있다. 전형적인 세균 세포는, 예를 들어, 미국 아리조나의 에스트렐라 마운틴 커뮤니티 대학 (Estrella Mountain Community College)의 MJ Farabee 박사가 웹사이트 www.emc.maricopa.edu/faculty/farabee/BIOBK/BioBookDiversity에서 제공하는 온라인 생물학 저서의 ["Biological Diversity: Bacteria and Archaeans"] 챕터에 기술되어 있다. 일부 실시태양에서, 숙주 세포는 슈도모나드 세포일 수 있고, 전형적으로 슈도모나스 플루오레센스 세포일 수 있다. 또 다른 실시태양에서, 숙주 세포는 또한 대장균 세포일 수 있다. 또 다른 실시태양에서, 숙주 세포는 진핵생물 세포, 예를 들어, 스포돕테라, 트리코플루시아, 드로소필라 또는 에스티그멘 종이 포함되지만 이에 한정되지는 않는 곤충 세포, 또는 마우스 세포, 햄스터 세포, 원숭이, 영장류 또는 인간 세포가 포함되지만 이에 한정되지는 않는 포유류 세포일 수 있다.

한 실시태양에서, 숙주 세포는 임의의 세균 분류군의 구성원일 수 있다. 세포는, 예를 들어, 유박테리아(eubacteria)의 임의의 종의 구성원일 수 있다. 숙주는 임의의 하기 분류군 중 하나의 구성원일 수 있다: 애시도박테리아(Acidobacteria), 액티노박테리아(Actinobacteira), 애퀴피케(Aquificae), 박테로이데테스(Bacteroidetes), 클로로비(Chlorobi), 클라미디에(Chlamydiae), 코로플렉시(Choroflexi), 크리시오제네테스(Chrysiogenetes), 시아노박테리아(Cyanobacteria), 데페리박테레스(Deferribacteres), 데이노코커스(Deinococcus), 딕티요글로미(Dictyoglomi), 피브로박테레스 (Fibrobacteres), 피르미쿠테스(Firmicutes), 푸소박테리아(Fusobacteria), 겜마티모나데테스(Gemmatimonadetes), 렌티스페레(Lentisphaerae), 니트로스피래(Nitrospirae), 플랑크토미세테스(Planctomycetes), 프로테오박테리아 (Proteobacteria), 스피로캐테스(Spirochaetes), 테르모데술포박테리아(Thermodesulfobacteria ), 테르모마이크로비아 (Thermomicrobia), 테르모토개(Thermotogae), 테르무스(Thermus) 테르말레스(Theamales)), 또는 베루코미크로비아 (Verrucomicrobia). 유박테리아 숙주 세포의 한 실시태양에서, 세포는 시아노박테리아(Cyanobacteria)를 제외한 임의의 유박테리아 종의 구성원일 수 있다.

세균 숙주는 또한 프로테오박테리아(Proteobacteria)의 임의의 종의 구성원일 수 있다. 프로테오박테리아 숙주 세포는 분류군 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria), 델타프로테오박테리아(Deltaproteobacteria), 또는 입실론프로테오박테리아 (Epsilonproteobacteria) 중 임의의 하나의 구성원일 수 있다. 또한, 숙주는 분류군 알파프로테오박테리아, 베타프로테오박테리아, 또는 감마프로테오박테리아 중 임의의 하나의 구성원, 및 감마프로테오박테리아의 임의의 종의 구성원일 수 있다.

감마프로테오박테리아 숙주의 한 실시태양에서, 숙주는 분류군 에어로모나달레스(Aeromonadales), 알테로모나달레스 (Alteromonadales), 엔테로박테리알레스(Enterobacteriales), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 또는 잔토모나달레스(Xanthomonadales) 중 임의의 하나의 구성원; 또는 엔테로박테리알레스 또는 슈도모나달레스 중 임의의 종의 구성원일 수 있다. 한 실시태양에서, 숙주 세포는 엔테로박테리알레스 목일 수 있고, 숙주 세포는 엔테로박테리아시에 (Enterobacteriaceae) 과의 구성원, 또는 에르위니아(Erwinia) 속, 에쉐리키아 속, 또는 세라티아(Serratia) 속 중 임의의 하나의 구성원; 또는 에쉐리키아 속의 구성원일 것이다. 슈도모나달레스 목의 숙주 세포의 한 실시태양에서, 숙주 세포는 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae) 과의 구성원, 심지어는 슈도모나스 속의 구성원일 것이다. 감마 프로테오박테리아 숙주에는 대장균 종의 구성원 및 슈도모나스 플루오레센스 종의 구성원이 포함된다.

다른 슈도모나스 생물이 또한 유용할 수 있다. 슈도모나드 및 밀접하게 관련된 종들은 그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 1을 포함하고, 이는 문헌 [R.E. Buchanan 및 N.E. Gibbons (eds.), Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, pp. 217-289 (8th ed., 1974) (The Williams & Wilkins Co., Baltimore, MD, USA) (이하, "Bergey (1974)")]에서 "그람-음성 호기성 간균 및 구균"으로 기술된 과 및/또는 속에 속하는 프로테오박테리아의 그룹을 포함한다. 표 7은 이러한 과 및 속의 생물들을 나타낸다.

"그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 1"은 분류에 사용된 기준에 따라 이러한 제목으로 분류되는 프로테오박테리아를 또한 포함한다. 상기 제목은 또한 종전에는 이 섹션으로 분류되었지만 더 이상은 아닌 그룹, 예컨대 애시도보락스 (Acidovorax) 속, 브레분디모나스(Brevundimonas) 속 부르크홀데리아(Burkholderia) 속, 히드로게노파가 (Hydrogenophaga) 속, 오세아니모나스(Oceanimonas)) 속, 랄스토니아(Ralstonia) 속 및 스테노트로포모나스 (Stenotrophomonas) 속; 잔토모나스(Xanthomonas) 속에 속하는 (그리고 종전에는 잔토모나스(Xanthomonas) 속의 종으로 칭해진) 생물을 재분류하여 생성된 스핑고모나스(Sphingomonas) 속 (및 이로부터 유래된 블라스토모나스(Blastomonas) 속); [Bergey (1974)]에 정의된 아세토박터 속에 속하는 생물을 재분류하여 생성된 애시도모나스 (Acidomonas) 속을 포함한다. 또한, 숙주는 슈도모나스 속인 슈도모나스 에날리아(Pseudomonas enalia) (ATCC 14393), 슈도모나스 니그리파시엔스(Pseudomonas nigrifaciens) (ATCC 19375), 및 슈도모나스 푸트레파시엔스 (Pseudomonas putrefaciens) (ATCC 8071)로부터의 세포를 포함할 수 있고, 이들은 각각 알테로모나스 할로플랑크티스 (Alteromonas haloplanktis), 알테로모나스 니그리파시엔스(Alteromonas nigrifaciens) 및 알테로모나스 푸트레파시엔스(Alteromonas putrefaciens)로 재분류되었다. 유사하게, 예를 들어, 슈도모나스 애시도보란스(Pseudomonas acidovorans) (ATCC 15668) 및 슈도모나스 테스토스테로니(Pseudomonas testosteroni) (ATCC 11996)은 각각 코마모나스 애시도보란스(Comamonas acidovorans) 및 코마모나스 테스토스테로니(Comamonas testosteroni)로 재분류되었고; 슈도모나스 니그리파시엔스 (ATCC 19375) 및 슈도모나스 피시시다(Pseudomonas piscicida) (ATCC 15057)은 각각 슈도알테로모나스 니그리파시엔스(Pseudoalteromonas nigrifaciens) 및 슈도알테로모나스 피시시다 (Pseudoalteromonas piscicida)로 재분류되었다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 1"은 임의의 하기 과에 속하는 것으로 분류된 프로토박테리아를 또한 포함한다: 슈도모나다시에, 아조토박테라시에 (현재 슈도모나다시에의 "아조토박터 그룹"이라는 동의어로 종종 칭해짐), 리조비아시에, 및 메틸로모나다시에 (현재 "메틸로코카시에(Methylococcaceae)"라는 동의어로 종종 칭해짐). 따라서, 본원에 다르게 기술된 속들에 더하여, "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 1"에 속하는 추가적인 프로테오박테리아 속은: 1) 아조리조필루스(Azorhizophilus) 속의 아조토박터 그룹 박테리아; 2) 셀비브리오(Cellvibrio) 속, 올리겔라(Oligella) 속 및 테레디니박터(Teredinibacter) 속의 슈도모나다시에 과 박테리아; 3) 켈라토박터(Chelatobacter) 속, 엔시퍼(Ensifer) 속, 리버리박터(Liberibacter) 속 ("칸디다투스 리베리박터(Candidatus Liberibacter)"로 또한 칭해짐), 및 시노리조비움(Sinorhizobium) 속의 리조비아시에 과 박테리아; 및 4) 메틸로박터 (Methylobacter) 속, 메틸로칼덤(Methylocaldum) 속, 메틸로마이크로비움(Methylomicrobium) 속, 메틸로사르시나 (Methylosarcina) 속 및 메틸로스파에라(Methylosphaera) 속의 메틸로코카시에 과 박테리아를 포함한다.

또다른 실시태양에서, 숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 2"로부터 선택된다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 2"는 하기 속의 프로테오박테리아의 그룹으로 정의된다 (카탈로그-열거된, 공개적으로 입수가능한, 기탁된 균주의 총 수가 괄호 안에 지시되고, 달리 지적되지 않는 한 모두 ATCC에 기탁됨): 애시도모나스 (2); 아세토박터 (93); 글루코노박터 (37); 브레분디모나스 (23); 베이제린키아 (13); 데륵시아 (2); 브루셀라 (4); 아그로박테리움 (79); 켈라토박터 (2); 엔시퍼 (3); 리조비움 (144); 시노리조비움 (24); 블라스토모나스 (1); 스핑고모나스 (27); 알칼리게네스 (88); 보르데텔라 (43); 부르크홀데리아 (73); 랄스토니아 (33); 애시도보락스 (20); 히드로게노파가 (9); 주글로에 (9); 메틸로박터 (2); 메틸로칼덤 (1, NCIMB); 메틸로코커스 (2); 메틸로마이크로비움 (2); 메틸로모나스 (9); 메틸로사르시나 (1); 메틸로스파에라; 아조모나스 (9); 아조리조필루스 (5); 아조토박터 (64); 셀비브리오 (3); 올리겔라 (5); 슈도모나스 (1139); 프란시셀라 (4); 잔토모나스 (229); 스테노트로포모나스 (50); 및 오세아니모나스 (4).

"그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 2"의 예시적인 숙주 세포 종에는 하기의 박테리아가 포함되지만, 이에 한정되지는 않는다 (예시적인 균주(들)의 ATCC 또는 다른 기탁 번호가 괄호 안에 제시됨): 애시도모나스 메타놀리카(Acidomonas methanolica) (ATCC 43581); 아세토박터 아세티(Acetobacter aceti) (ATCC 15973); 글루코노박터 옥시단스 (Gluconobacter oxydans) (ATCC 19357); 브레분디모나스 디미누타(Brevundimonas diminuta) (ATCC 11568); 베이제린키아 인디카(Beijerinckia indica) (ATCC 9039 및 ATCC 19361); 데륵시아 굼모사(Derxia gummosa) (ATCC 15994); 브루셀라 멜리텐시스(Brucella melitensis) (ATCC 23456), 브루셀라 아보르투스(Brucella abortus) (ATCC 23448); 아그로박테리움 투메파시엔스(Agrobacterium tumefaciens) (ATCC 23308), 아그로박테리움 라디오박터 (Agrobacterium radiobacter) (ATCC 19358), 아그로박테리움 리조게네스(Agrobacterium rhizogenes) (ATCC 11325); 켈라토박터 헤인치이(Chelatobacter heintzii) (ATCC 29600); 엔시퍼 아드하에렌스(Ensifer adhaerens) (ATCC 33212); 리조비움 레구미노사룸(Rhizobium leguminosarum) (ATCC 10004); 시노리조비움 프레디 (Sinorhizobium fredii) (ATCC 35423); 블라스토모나스 나타토리아(Blastomonas natatoria) (ATCC 35951); 스핑고모나스 파우시모빌리스(Sphingomonas paucimobilis) (ATCC 29837); 알칼리게네스 파에칼리스(Alcaligenes faecalis) (ATCC 8750); 보르데텔라 페르투시스(Bordetella pertussis) (ATCC 9797); 부르크홀데리아 세파시아(Burkholderia cepacia) (ATCC 25416); 랄스토니아 피케티이(Ralstonia pickettii) (ATCC 27511); 애시도보락스 파실리스 (Acidovorax facilis) (ATCC 11228); 히드로게노파가 플라바(Hydrogenophaga flava) (ATCC 33667); 주글로에 라미게라(Zoogloea ramigera) (ATCC 19544); 메틸로박터 루테우스(Methylobacter luteus) (ATCC 49878); 메틸로칼덤 그라실레(Methylocaldum gracile)(NCIMB 11912); 메실로코커스 캅술라투스(Methylococcus capsulatus) (ATCC 19069); 메틸로마이크로비움 아길레(Methylomicrobium agile) (ATCC 35068); 메틸로모나스 메타니카(Methylomonas methanica) (ATCC 35067); 메틸로사르시나 피브라타(Methylosarcina fibrata) (ATCC 700909); 메틸로스파에라 한소니이(Methylosphaera hansonii)(ACAM 549); 아조모나스 아길리스(Azomonas agilis) (ATCC 7494); 아조리조필루스 파스팔리(Azorhizophilus paspali) (ATCC 23833); 아조토박터 크로오코쿰(Azotobacter chroococcum) (ATCC 9043); 셀비브리오 믹스투스(Cellvibrio mixtus) (UQM 2601); 올리겔라 우레트랄리스(Oligella urethralis) (ATCC 17960); 슈도모나스 애루기노사(Pseudomonas aeruginosa) (ATCC 10145), 슈도모나스 플루오레센스 (ATCC 35858); 프란시셀라 툴라렌시스(Francisella tularensis) (ATCC 6223); 스테노트로포모나스 말토필리아(Stenotrophomonas maltophilia) (ATCC 13637); 잔토모나스 캄페스트리스(Xanthomonas campestris) (ATCC 33913); 및 오세아니모나스 도우도로피 (Oceanimonas doudoroffii) (ATCC 27123).

또다른 실시태양에서, 숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 3"으로부터 선택된다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 3"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 브레분디모나스; 아그로박테리아; 시노리조비움; 블라스토모나스; 스핑고모나스; 알칼리게네스; 부르크홀데리아; 랄스토니아; 애시도보락스; 히드로게노파가; 메틸로박터; 메틸로칼덤; 메틸로코커스; 메틸로마이크로비움; 메틸로모나스; 메틸로사르시나; 메틸로스파에라; 아조모나스; 아조리조필루스; 아조토박터; 셀비브리오; 올리겔라; 슈도모나스; 테레디니박터; 프란시셀라; 스테노트로포모나스; 잔토모나스; 및 오세아니모나스.

또 다른 실시태양에서, 숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 4"로부터 선택된다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 4"는 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 브레분디모나스; 블라스토모나스; 스핑고모나스; 부르크홀데리아; 랄스토니아; 애시도보락스; 히드로게노파가; 메틸로박터; 메틸로칼덤; 메틸로코커스; 메틸로마이크로비움; 메틸로모나스; 메틸로사르시나; 메틸로스파에라; 아조모나스; 아조리조필루스; 아조토박터; 셀비브리오; 올리겔라; 슈도모나스; 테레디니박터; 프란시셀라; 스테노트로포모나스; 잔토모나스; 및 오세아니모나스.

한 실시태양에서, 숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 5"로부터 선택된다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 5"는 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 메틸로박터; 메틸로칼덤; 메틸로코커스; 메틸로마이크로비움; 메틸로모나스; 메틸로사르시나; 메틸로스파에라; 아조모나스; 아조리조필루스; 아조토박터; 셀비브리오; 올리겔라; 슈도모나스; 테레디니박터; 프란시셀라; 스테노트로포모나스; 잔토모나스; 및 오세아니모나스.

숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 6"으로부터 선택될 수 있다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 6"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 브레분디모나스; 블라스토모나스; 스핑고모나스; 부르크홀데리아; 랄스토니아; 애시도보락스; 히드로게노파가; 아조모나스; 아조리조필루스; 아조토박터; 셀비브리오; 올리겔라; 슈도모나스; 테레디니박터; 스테노트로포모나스; 잔토모나스; 및 오세아니모나스.

숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 7"로부터 선택될 수 있다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 7"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 아조모나스; 아조리조필루스; 아조토박터; 셀비브리오; 올리겔라; 슈도모나스; 테레디니박터; 스테노트로포모나스; 잔토모나스; 및 오세아니모나스.

숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 8"로부터 선택될 수 있다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 8"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 브레분디모나스; 블라스토모나스; 스핑고모나스; 부르크홀데리아; 랄스토니아; 애시도보락스; 히드로게노파가; 슈도모나스; 스테노트로포모나스; 잔토모나스; 및 오세아니모나스.

숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 9"로부터 선택될 수 있다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 9"는 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 브레분디모나스; 부르크홀데리아; 랄스토니아; 애시도보락스; 히드로게노파가; 슈도모나스; 스테노트로포모나스; 및 오세아니모나스.

숙주 세포는 "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 10"으로부터 선택될 수 있다. "그람-음성 프로테오박테리아 하위 그룹 10"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 부르크홀데리아; 랄스토니아; 슈도모나스; 스테노트로포모나스; 및 잔토모나스.

숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 11"로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 11"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 슈도모나스; 스테노트로포모나스; 및 잔토모나스. 숙주세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 12"로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 12"는 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 부르크홀데리아; 랄스토니아; 슈도모나스. 숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 13"으로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 13"은 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 부르크홀데리아; 랄스토니아; 슈도모나스; 및 잔토모나스. 숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 14"로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 14"는 하기 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 슈도모나스 및 잔토모나스. 숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 15"으로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 15"는 슈도모나스 속의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다.

숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 16"으로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 16"은 하기의 슈도모나스 종의 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다 (예시적인 균주(들)의 ATCC 또는 다른 기탁 번호가 괄호 안에 제시됨): 슈도모나스 아비에타니필라(Pseudomonas abietaniphila) (ATCC 700689); 슈도모나스 아에루지노사(Peudomonas aeruginosa) (ATCC 10145); 슈도모나스 알칼리게네스(Peudomonas alcaligenes) (ATCC 14909); 슈도모나스 안귈리셉티카(Pseudomonas anguilliseptica) (ATCC 33660); 슈도모나스 시트로넬로리스(Pseudomonas citronellolis) (ATCC 13674); 슈도모나스 플라베센스(Pseudomonas flavescens) (ATCC 51555); 슈도모나스 멘도시나 (Pseudomonas mendocina) (ATCC 25411); 슈도모나스 니트로레듀센스(Pseudomonas nitroreducens) (ATCC 33634); 슈도모나스 올레오보란스(Pseudomonas oleovorans) (ATCC 8062); 슈도모나스 슈도알칼리게네스 (Pseudomonas pseudoalcaligenes) (ATCC 17440); 슈도모나스 레시노보란스(Pseudomonas resinovorans) (ATCC 14235); 슈도모나스 스트라미네아(Pseudomonas straminea) (ATCC 33636); 슈도모나스 아가리치(Pseudomonas agarici) (ATCC 25941); 슈도모나스 알칼리필라(Pseudomonas alcaliphila); 슈도모나스 알기노보라(Pseudomonas alginovora); 슈도모나스 안데르소니이(Pseudomonas andersonii); 슈도모나스 아스플레니이(Pseudomonas asplenii) (ATCC 23835); 슈도모나스 아젤라이카(Pseudomonas azelaica) (ATCC 27162); 슈도모나스 베이제린키이 (Pseudomonas beijerinckii) (ATCC 19372); 슈도모나스 보레알리스(Pseudomonas borealis); 슈도모나스 보레오폴리스(Pseudomonas boreopolis) (ATCC 33662); 슈도모나스 브라시카세아룸(Pseudomonas brassicacearum); 슈도모나스 부타노보라(Pseudomonas butanovora) (ATCC 43655); 슈도모나스 셀룰로사(Pseudomonas cellulosa) (ATCC 55703); 슈도모나스 아우란티아카(Pseudomonas aurantiaca) (ATCC 33663); 슈도모나스 클로로라피스(Pseudomonas chlororaphis) (ATCC 9446, ATCC 13985, ATCC 17418, ATCC 17461); 슈도모나스 프라기(Pseudomonas fragi) (ATCC 4973); 슈도모나스 룬덴시스(Pseudomonas lundensis) (ATCC 49968); 슈도모나스 타에트롤렌스 (Pseudomonas taetrolens) (ATCC 4683); 슈도모나스 시스시콜라(Pseudomonas cissicola) (ATCC 33616); 슈도모나스 코로나파시엔스(Pseudomonas coronafaciens); 슈도모나스 디테르페니필라(Pseudomonas diterpeniphila); 슈도모나스 엘롱가타(Pseudomonas elongata) (ATCC 10144); 슈도모나스 플렉텐스(Pseudomonas flectens) (ATCC 12775); 슈도모나스 아조토포르만스(Pseudomonas azotoformans); 슈도모나스 브렌네리(Pseudomonas brenneri); 슈도모나스 세드렐라(Pseudomonas cedrella); 슈도모나스 코루가타(Pseudomonas corrugata) (ATCC 29736); 슈도모나스 엑스트레모리엔탈리스(Pseudomonas extremorientalis); 슈도모나스 플루오레센스 (ATCC 35858); 슈도모나스 게사르디이 (Pseudomonas gessardii); 슈도모나스 리바넨시스(Pseudomonas libanensis); 슈도모나스 만델리이(Pseudomonas mandelii) (ATCC 700871); 슈도모나스 마르기날리스(Pseudomonas marginalis) (ATCC 10844); 슈도모나스 미굴래 (Pseudomonas migulae); 슈도모나스 무시돌렌스(Pseudomonas mucidolens) (ATCC 4685); 슈도모나스 오리엔탈리스 (Pseudomonas orientalis); 슈도모나스 로데시애(Pseudomonas rhodesiae); 슈도모나스 신산타(Pseudomonas synxantha) (ATCC 9890); 슈도모나스 톨라아시이(Pseudomonas tolaasii) (ATCC 33618); 슈도모나스 베로니이 (Pseudomonas veronii) (ATCC 700474); 슈도모나스 프레데릭스베르겐시스(Pseudomonas frederiksbergensis); 슈도모나스 게니쿨라타(Pseudomonas geniculata) (ATCC 19374); 슈도모나스 진제리(Pseudomonas gingeri); 슈도모나스 그라미니스( Pseudomonas graminis); 슈도모나스 그리몬티(Pseudomonas grimontii); 슈도모나스 할로데니트리피칸스 (Pseudomonas halodenitrificans); 슈도모나스 할로필라(Pseudomonas halophila); 슈도모나스 히비스시콜라 (Pseudomonas hibiscicola) (ATCC 19867); 슈도모나스 후티엔시스(Pseudomonas huttiensis) (ATCC 14670); 슈도모나스 히드로게노보라(Pseudomonas hydrogenovora); 슈도모나스 제세니이( Pseudomonas jessenii) (ATCC 700870); 슈도모나스 킬로넨시스(Pseudomonas kilonensis); 슈도모나스 란세올라타(Pseudomonas lanceolata) (ATCC 14669); 슈도모나스 리니(Pseudomonas lini); 슈도모나스 마르기나타(Pseudomonas marginata) (ATCC 25417); 슈도모나스 메피티카(Pseudomonas mephitica) (ATCC 33665); 슈도모나스 데니트리피칸스(Pseudomonas denitrificans) (ATCC 19244); 슈도모나스 페르투치노게나(Pseudomonas pertucinogena) (ATCC 190); 슈도모나스 픽토룸(Pseudomonas pictorum) (ATCC 23328); 슈도모나스 사이크로필라(Pseudomonas psychrophila); 슈도모나스 풀바(Pseudomonas fulva) (ATCC 31418); 슈도모나스 몬테일리이(Pseudomonas monteilii) (ATCC 700476); 슈도모나스 모셀리이 (Pseudomonas mosselii); 슈도모나스 오리지하비탄스(Pseudomonas oryzihabitans) (ATCC 43272); 슈도모나스 플레코글로시시다(Pseudomonas plecoglossicida) (ATCC 700383); 슈도모나스 푸티다(Pseudomonas putida) (ATCC 12633); 슈도모나스 레악탄스(Pseudomonas reactans); 슈도모나스 스피노사(Pseudomonas spinosa) (ATCC 14606); 슈도모나스 발레아리카(Pseudomonas balearica); 슈도모나스 루테올라(Pseudomonas luteola) (ATCC 43273); 슈도모나스 스투트제리(Pseudomonas stutzeri) (ATCC 17588); 슈도모나스 아미그달리(Pseudomonas amygdali) (ATCC 33614); 슈도모나스 아벨라내(Pseudomonas avellanae) (ATCC 700331); 슈도모나스 카리카파파예(Pseudomonas caricapapayae) (ATCC 33615); 슈도모나스 시초리이(Pseudomonas cichorii) (ATCC 10857); 슈도모나스 (Pseudomonas ficuserectae) (ATCC 35104); 슈도모나스 푸스코바기내(Pseudomonas fuscovaginae); 슈도모나스 멜리애(Pseudomonas meliae) (ATCC 33050); 슈도모나스 시린개(Pseudomonas syringae) (ATCC 19310); 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) (ATCC 13223); 슈도모나스 테르모카록시도보란스(Pseudomonas thermocarhoxydovorans) (ATCC 35961); 슈도모나스 테르모톨레란스(Pseudomonas thermotolerans); 슈도모나스 티베르발렌시스(Pseudomonas thivervalensis); 슈도모나스 반코우베렌시스(Pseudomonas vancouverensis) 700688); 슈도모나스 위스콘시넨시스(Pseudomonas wisconsinensis); 및 슈도모나스 시아메넨시스(Pseudomonas xiamenensis).

숙주 세포는 "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 17"로부터 선택될 수 있다. "그람 음성 프로테오박테리아 하위 그룹 17"은 하기의 슈도모나스 종에 예를 들어 속하는 것들을 포함하여 "형광성 슈도모나드"로 당업계에 공지된 프로테오박테리아 그룹으로 정의된다: 슈도모나스 아조토포르만스; 슈도모나스 브렌네리; 슈도모나스 세드렐라; 슈도모나스 코루가타; 슈도모나스 엑스트레모리엔탈리스; 슈도모나스 플루오레센스; 슈도모나스 게사르디이; 슈도모나스 리바넨시스; 슈도모나스 만델리이; 슈도모나스 마르지날리스; 슈도모나스 미굴래; 슈도모나스 무시돌렌스; 슈도모나스 오리엔탈리스; 슈도모나스 로데시애; 슈도모나스 신산타; 슈도모나스 톨라아시; 및 슈도모나스 베로니이.

다른 적절한 숙주는 그람 양성 프로테오박테리아와 같이 참고문헌의 다른 부분에 분류된 것을 포함한다. 한 실시태양에서, 숙주 세포는 대장균이다. 대장균의 게놈 서열은 대장균 MG1655에 대해 확립되어 있고 ([Blattner, et al. (1997), The complete genome sequence of Escherichia coli K-12, Science 277(5331): 1453-74]), 대장균 K12에 대한 DNA 마이크로어레이가 시판된다 (MWG Inc (High Point, NC)). 대장균을 1% 글루코스와 같은 적절한 탄소 공급원과 함께 루리아-베르타니(Luria-Bertani) (LB) (10 g/ℓ 트립톤, 5 g/ℓ NaCl, 5 g/ℓ 효모 추출물)와 같은 영양 배지 또는 M9 (6 g/ℓ Na₂HPO₄, 3 g/ℓ KH₂PO₄, 1 g/ℓ NH₄Cl, 0.5 g/ℓ NaCl, pH 7.4)와 같은 한정된 최소 배지에서 배양할 수 있다. 통상적으로, 대장균 세포의 하룻밤 배양액을 희석하여, 진탕 플라스크 또는 발효기 내의 신선한 영양 또는 최소 배지에 접종하고, 37 ℃에서 성장시킨다.

숙주 세포는 인간 또는 비-인간 포유동물을 포함하는 포유동물로부터 유래된 세포와 같이, 포유류 기원일 수 있다. 포유류에는 영장류, 원숭이, 돼지(porcine), 양, 소, 설치류, 유제류, 돼지(pig), 돼지(swine), 면양(sheep), 양(lamb), 염소, 소 (cattle), 사슴, 노새, 말, 원숭이, 영장류(apes), 개, 고양이, 래트, 및 마우스가 포함될 수 있지만, 이에 한정되지는 않는다.

숙주 세포는 또한 식물 기원일 수도 있다. 주목 대상 이종 단백질의 생산을 위해 임의의 식물 유래 세포를 선택할 수 있다. 적절한 식물의 예로는 알팔파, 사과, 살구, 애기장대, 아티초크, 아루굴라, 아스파라거스, 아보카도, 바나나, 보리, 콩, 비트, 블랙베리, 블루베리, 브로콜리, 방울양배추, 양배추, 카놀라, 칸탈로프, 당근, 카사바, 피마자, 꽃양배추, 셀러리, 체리, 치커리, 고수, 감귤류, 클레멘타인, 토끼풀, 코코넛, 커피, 옥수수, 목화, 크랜베리, 오이, 미송, 가지, 꽃상추, 에스캐롤(escarole), 유칼리나무, 회향, 무화과, 마늘, 호리병박, 포도, 그레이프프루트, 감로멜론, 지카마 (jicama), 키위, 양상추, 부추, 레몬, 라임, 테다소나무, 아마인, 망고, 멜론, 버섯, 승도 복숭아, 견과류, 귀리, 기름야자나무, 유채, 오크라, 올리브, 양파, 오렌지, 장식용 식물, 야자, 파파야, 파슬리, 파스닙, 완두콩, 복숭아, 땅콩, 배, 후추, 감, 솔, 파인애플, 질경이, 서양자두, 석류, 포플러, 감자, 호박, 모과, 라디아타 파인(radiata pine), 래디스치오(radiscchio), 무, 평지씨, 나무딸기, 쌀, 호밀, 사탕수수(sorghum), 남부소나무, 대두, 시금치, 호박(squash), 딸기, 사탕무, 사탕수수 (sugarcane), 해바라기, 고구마, 소합향, 탄제린, 찻잎, 담배, 토마토, 라이밀, 잔디, 순무, 포도나무, 수박, 밀, 얌 및 주키니가 포함되지만, 이에 한정되지는 않는다. 일부 실시태양에서, 방법에 유용한 식물은 애기장대, 옥수수, 밀, 대두, 및 목화이다.

키트

본 발명은 또한 주목 대상 이종 단백질 또는 폴리펩티드를 생산하는 데 최적인 숙주 균주, 예컨대 P. fluorescens 숙주 균주를 동정하는 데 유용한 키트를 제공한다. 이 키트는 복수의 표현형상 구별되는 숙주 세포를 포함하며, 여기서 각 집단은 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 증가시키기 위해, 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 감소시키기 위해, 또는 양쪽 모두를 위해 유전적으로 변형시킨 것이다. 어레이는 단백질 생산에 관련된 유전자 또는 단백질 분해에 관련된 유전자 중 하나의 발현을 조절하도록 유전적으로 변형되지 않은 하나 이상의 세포 집단을 더 포함할 수도 있다. 이들 키트는 또한 세포 집단의 성장 및 유지를 용이하게 해 주는 시약 및 주목 대상 이종 단백질 또는 폴리펩티드의 발현을 위한 시약 및(또는) 구축물을 포함할 수 있다. 숙주 세포 집단은 보관, 이송, 및 세포 집단의 재구성에 적합한 임의의 방식으로 키트 내에 제공될 수 있다. 세포 집단은 튜브 중, 플레이트 상, 또는 슬랜트 상에 살아있는 상태로 제공될 수도 있고, 튜브 또는 바이알 중에 동결 건조 또는 동결된 상태로 보존될 수도 있다. 세포 집단은 글리세롤, 수크로스, 알부민 또는 다른 적합한 보호 또는 보관 시약과 같은 추가 성분을 보관 매질에 함유할 수 있다.

하기 실시예는 제한으로서가 아니라 단지 예시를 위해 제공되는 것이다.

개괄

이종 단백질 생산은 종종 불용성이거나 올바로 폴딩되지 않은 단백질이 형성되는 결과를 가져오며, 이러한 단백질은 회수하기 어렵고 불활성일 수도 있다. 게다가 특정한 숙주 세포 프로테아제가 존재하여 주목 대상 단백질을 분해하고 그에 따라 최종 수율을 저하시킬 수 있다. 모든 이종 단백질의 생산을 개선시켜 줄 단일 요소는 없다. 그래서 가능성 있는 후보 집단으로부터 특정한 이종 단백질에 대해 특이적인 요소들을 동정하기 위한 방법을 찾았다.

시스템 생물학 도구를 이용하여 P. fluorescens 게놈을 조사하여 숙주 세포 단백질 폴딩 조절인자 및 프로테아제 유전자를 동정하였다. 그 다음 전체적 유전자 발현 분석을 행하여 상향조절되는 표적의 순위를 정하고, 그 후 새로운 단백질 생산 균주를 구축하였다. 그 결과로, 숙주 세포 프로테아제가 결여되거나 단백질 폴딩 조절인자의 동시과발현을 허용하는 복수의 표현형상 구별되는 P. fluorescens 숙주 균주들로 이루어진 "Pfenex 균주 어레이"를 조성하였다. 이 균주 어레이는 특정 이종 단백질의 수율 또는 품질을 특이적으로 향상시키는 인자에 대해 스크리닝하는 데 사용할 수 있다. 복수의 표현형상 구별되는 숙주 균주들을 제공하면 개별 주목 대상 이종 단백질의 생산을 증가시킬 숙주 균주 동정의 성공 가능성이 높아진다.

본 발명은 슈도모나스 플루오레센스에서 이종 단백질을 생산하는 데 개선점을 제공한다. 유전적 배경이 동일한 숙주 균주의 라이브러리가 이용가능해지면 이종발현 단백질의 수율 및(또는) 품질을 상승시키는 인자의 신속한 스크리닝 및 동 정이 가능해진다. P. fluorescens의 게놈 서열은 주석 보고되었으며, 표적화된 숙주 세포 폴딩 조절인자 및 프로테아제들이 동정되었다. 폴딩 조절인자는 단백질의 올바른 폴딩을 도우며, 여기에는 샤페론, 샤페로닌, 펩티딜-프롤린 이성화 효소 (PPIase), 및 디술피드 결합 형성 단백질이 포함된다. 프로테아제는 주목 대상 단백질을 분해할 수 있고, 따라서 이종 단백질 수율 및 품질에 영향을 미칠 수 있다. 문헌에서 얻은 배경 지식과 DNA 마이크로어레이 분석을 이용하여 가능성이 큰 표적을 확인하여 약 80개의 표적 유전자로 된 리스트를 도출하였다. 동일한 유전적 배경을 가진 숙주 세포에서, 이들 유전자를 게놈으로부터 제거하거나 플라스미드 내로 클로닝하여 이종 단백질과 함께 동시과발현이 일어날 수 있도록 하였다. 그 결과 얻어지는 균주들을 96-웰 형태로 배열하고, 주목 대상 이종 단백질을 발현하는 플라스미드로 형질전환 후에, 향상된 단백질 수율 및(또는) 품질에 대해 스크리닝하였다.

실시예 1

P. fluorescens 균주 MB214의 게놈 내 폴딩 조절인자 유전자의 동정

폴딩 조절인자는 신생 및 이종 폴리펩티드의 폴딩, 언폴딩 및 분해를 돕는, 모든 세포에 존재하는 단백질 부류이다. 폴딩 조절인자에는 샤페론, 샤페로닌, 펩티딜-프롤릴 시스-트랜스 이성화 효소, 및 단백질 디술피드 결합 형성에 관여하는 단백질이 포함된다. 이종 단백질의 폴딩을 돕는 능력이 있는 새로운 생산 균주를 구축하는 첫 단계로서, P. fluorescens 게놈을 조사하여 숙주 세포 폴딩 조절인자 유전자를 동정하였다.

후술하는 방법을 사용하여, P. fluorescens MB214 게놈의 6,433 개의 예상 ORF 각각을 폴딩 조절인자를 코딩하고 있을 가능성에 대해 분석하였다. 몇몇 주목 대상 폴딩 조절인자는 게놈 주석의 분석을 통해 다우(Dow)사 연구자들에 의해 이미 동정되었다 (Ramseier et. al. 2001). 출발 단백질을 조회 대상으로 하고 모든 MB214 번역 ORF의 데이터베이스를 검색 대상으로 하는 단백질/단백질 BLAST를 이용하여 이들 출발 단백질의 상동체를 동정하였다. 조회 단백질과 현저한 상동성을 보이며 매치되는 번역된 ORF는 추가 분석을 위한 리스트에 추가하였다. 여기서 현저한 상동성은 e-스코어가 1e-30 이하인 것으로 정의되며, 정렬의 길이 및 품질에 기초한 사람의 판단에 대한 여지를 둔다. 이 조사의 의도는 모든 잠재적 폴딩 조절인자가 동정될 가능성을 최대화하도록 매우 포괄적이 되는 것이었다.

키워드 "샤페론"을 포함하는 기존 주석으로부터 기록된 기능에 기초하여 더 많은 ORF를 리스트에 추가하였다. 최종적으로, ORF들을 단백질 시그너춰 패밀리 탐색 프로그램 InterProScan (Quevillon et. al. 2005)을 통해 InterPro 데이터베이스 버젼 7.0 (Mulder et. al. 2005)과 대비하여 분석하였다. ORF들은 InterProScan 소프트웨어에 의해 단백질 족에 배정되었으며 이들 족과 연관된 유전자 온톨로지 (GO) 카테고리에도 배정되었다 (Gene Ontology Consortium. 2004). 이들 자동 GO 배정결과를 이용하여 GO 용어 "GO:0006457 Biological Process: protein folding" 또는 "GO:0003754 Molecular Function: chaperone activity"가 배정된 ORF 모두를 추가 분석을 위한 리스트에 추가하였다.

그 다음 리스트를 분석하여 폴딩 조절인자를 코딩할 확률이 낮은 ORF를 제거하였다. 여기서도 본 조사의 의도는 매우 포괄적이 되는 것이었으나, 상기 반자동화된 방법에 의해 리스트에 할당된 ORF들 중 많은 것들이 한정된 기준들과 사람의 판단에 기초할 때 폴딩 조절인자를 코딩하지 않는 것으로 쉽게 확인할 수 있었다.

어떤 ORF를 배제하는 가장 흔한 이유는 해당 ORF가 실제로 폴딩 조절인자라는 증거가 약하다는, 즉 해당 ORF가 폴딩 조절인자라고 주석을 단 근거가 불명확하거나 상충되는 기존 주석에 기초하여 리스트에 할당된 ORF라는 것이다. InterProScan은 사실 상이한 프로그램들의 집합체이며, 이들 프로그램 중 일부는 다른 것들보다 더 신뢰할 수 있다고 여겨진다. ORF가 ScanRegExp 또는 ProfileScan 성분들의 결과에만 기초하여 리스트에 할당되었으면, 해당 ORF를 제거하였다. P. fluorescens 폴딩 조절인자의 최종 리스트에는 43 개의 구성원이 있으며, 표 1에 제시되어 있다.

실시예 2

P. fluorescens 균주 MB214의 게놈 내 프로테아제 유전자의 동정

프로테아제는 펩티드 결합을 가수분해하는 효소이며, 모든 생물체의 생존에 필요하다. 그러나 이들의 세포 내 역할은 프로테아제가 Pfenex Expression Technology™도 포함하는 이종 단백질 발현 시스템에서 재조합 단백질의 수율 및(또는) 품질에 해로울 수 있음을 뜻한다. 게놈에서 프로테아제 유전자가 제거된 새로운 생산 균주를 구축하는 첫 단계로서, P. fluorescens 게놈을 조사하여 숙주 세포 프로테아제 유전자를 동정하였다.

후술하는 방법을 사용하여, P. fluorescens MB214 게놈의 6,433 개의 예상 ORF 각각을 프로테아제를 코딩하고 있을 가능성에 대해 분석하였다. MEROPS 데이터베이스는 영국 캠브리지 소재 웰컴 트러스트 생거 인스티튜트 (Wellcome Trust Sanger Institute)의 연구자들에 의해 수동으로 기록 유지된다 (Rawlings et. al. 2006, http://merops.sanger.ac.uk). 이 데이터베이스는 실험실 실험을 통해서나 공지된 프로테아제 족에 대한 상동성을 통해 발견된 프로테아제의 포괄적인 리스트이다. 이 데이터베이스의 장점 중 하나는 MEROPS 계층 분류 방식이다. 이 방식에서는, 동일한 기능을 공유하는 상동체들을 족으로 함께 묶는다. 족들은 유사한 구조적 특징에 기초하는 진화적 관련도에 기초하여 클랜으로 묶인다. 본 발명의 방법은 P. fluorescens 게놈 내부의 프로테아제 상동체를 동정하기 위해 상기 데이터베이스를 크게 이용한다.

MB214의 번역된 ORF 각각을 조회 대상으로 하고 MEROPS 단백질 모두의 데이터베이스를 검색 대상으로 하는 단백질/단백질 BLAST를 이용하여 MEROPS 데이터베이스에 대한 상동체를 동정하였다. 조회 단백질과 현저한 상동성을 보이며 매치되는 번역된 ORF는 추가 분석을 위한 리스트에 추가하였다. 이 경우에 현저한 상동성은 e-스코어가 1e^-60 이하인 것으로 정의되며, 정렬의 길이 및 품질에 기초한 사람의 판단에 대한 여지를 둔다. 이 단계에서는 리스트에 109 개의 잠재적 프로테아제가 포함되었다.

ORF들을 단백질 시그너춰 패밀리 탐색 프로그램 InterProScan (Quevillon et al. 2005)을 통해 InterPro 데이터베이스 버젼 7.0 (Mulder et al. 2005)과 대비하여 분석하였다. ORF들은 InterProScan 소프트웨어에 의해 단백질 족에 배정되었으며 이들 족과 연관된 유전자 온톨로지 (GO) 카테고리에도 배정되었다 (Gene Ontology Consortium. 2004). 이들 자동 GO 배정결과를 이용하여, 문자열 "펩티다제" "프로테아제" 또는 "프로테올리시스"를 포함하는 GO 명칭이 배정된 ORF 모두를 추가 분석을 위한 리스트에 추가하였다. 이 단계에서는 전 단계에서 확인되지 않았던 추가 70 개의 잠재적 프로테아제가 나타났다.

키워드 "펩티다제" 또는 "프로테아제"를 포함하는 기존 주석 (Ramseier et al. 2001)으로부터 기록된 기능에 기초하여 더 많은 ORF를 리스트에 추가하였다. 이 단계에서는 다시 전 단계들에서 확인되지 않았던 32 개의 잠재적 프로테아제가 나타났다.

그 다음 리스트를 분석하여 프로테아제를 코딩할 확률이 낮은 ORF를 제거하였다. 여기서도 본 조사의 의도는 매우 포괄적이 되는 것이었으나, 상기 반자동화된 방법에 의해 리스트에 할당된 ORF들 중 많은 것들이 한정된 기준들과 사람의 판단에 기초할 때 프로테아제를 코딩하지 않는 것으로 쉽게 확인할 수 있었다. 어떤 유전자를 배제하는 두 가지 가장 흔한 이유는 어떤 ORF가 실제로 프로테아제라는 증거가 약하거나, 또는 특정한 유전자가, 프로테아제 상동체로 알려져 있으나 프로테아제 자체는 아닌 다른 단백질과 가장 큰 상동성을 보였다는 것이다. P. fluorescens 프로테아제의 최종 리스트에는 90 개의 구성원이 있으며, 표 2에 제시 되어 있다.

실시예 3

폴딩 조절인자 및 프로테아제 단백질의 컴퓨터 시뮬레이션에 의한 세포내 위치 예측

Pfenex Expression Technology™의 강점 중 하나는 특정한 이종 단백질이 격리될 수 있는 세포 구획을 조절하는 능력이다. 따라서, 확인된 숙주 세포 폴딩 조절인자 및 프로테아제 단백질이 위치하는 세포 구획을 예측하였다. 이 예측을 위해, 두 가지 프로그램을 선택하였다. PsortB 2.0은 주어진 펩티드의 세포하위 위치를 예측하는 12 가지 독립적 알고리듬의 결과를 통합한다. 이들 알고리듬의 대다수는 조회 단백질과 세포하위 위치가 알려진 단백질간의 상동성 검출에 기반한다. PsortB는 또한 은닉 마르코프 모델 (HMM)을 이용하여 각각 막통과 폴딩 도메인 또는 타입 I 분비 신호 서열의 존재를 검출하는 HMMTOP 및 SignalP와 같은 알고리듬도 포함한다. PsortB 결과 외에, SignalP HMM을 사용하여 타입 I 분비 신호 서열의 존재를 예측하였다. 이것은, 신호 서열이 검출되지만 세포하위 위치를 나타내는 다른 구체적 정보가 주어지지 않을 때 PsortB 결과가 모호할 수 있기 때문에 필요하다. 이런 경우, PsortB는 단백질의 세포하위 위치가 미지상태라고 표시하는데, 이것은 단백질이 실제로 세포질막, 주변세포질, 세포 외막 또는 세포외 구획들 중 임의의 장소로 분리될 수 있을 것이기 때문이다. 그러나 단백질이 아마도 세포질 내에 위치하지 않을 것임을 아는 것은 표에서 인식하는 것이 가치있을 만큼 충 분히 정보를 준다. 따라서 표 2에는 결과가 미지인 경우를 제외하고는 PsortB 알고리듬의 결과를 제시한다. 미지인 경우에는 SignalP HMM 단독의 결과를 표시하며, 여기서 "신호 펩티드"는 신호 펩티드가 검출된 것을 나타내고 및 "비분비성"은 신호 펩티드가 검출되지 않은 것을 나타낸다.

실시예 4

폴딩 조절인자의 동시과발현을 가능하게 하는 플라스미드의 구축

폴딩 조절인자 유전자를 pCN의 플라스미드 유도체 내로 클로닝하였으며 (Nieto et al. 1990), 이 플라스미드는 주목 대상 이종 단백질을 발현시키는 데 통상 사용되는 다른 플라스미드와 융화성이다 (Squires et al. 2004; Chew et al. 2005). 만니톨-유도형 grpE-dnaKJ-함유 플라스미드의 구축을 예시한다. 아래에 약술된 바와 같이 다른 폴딩 조절인자를 - 단일 유전자로서 또는 오페론으로 조직화된 경우 복수 유전자로서 - 유사하게 클로닝하였다. 슈도모나스 플루오레센스 MB214 (DNeasy; Qiagen (Valencia, CA))로부터 단리된 염색체 DNA를 주형으로, 그리고 프라이머 RC199 (5'-ATATACTAGTAGGAGGTAACTTATGGCTGACGAACAGACGCA-3') (서열 번호 l) 및 RC200 (5'-ATATTCTAGATTACAGGTCGCCGAAGAAGC-3') (서열 번호 2)을 사용하고, PfuTurbo (Stratagene (La Jolla, CA))를 제조자의 권고사항에 따라 사용하여 grpE-dnaKJ 유전자를 증폭시켰다. 생성된 4 kb PCR 생성물을 SpeI 및 XbaI (상기프라이머에서 밑줄친 제한 부위)로 소화시키고, pDOW1306-6 (Schneider et al. 2005b)의 유도체인 pDOW2236 내로 결찰 도입시켜, grpE-dnaKJ 유전자를 tac 프로모 터 제어 하에 함유하는 pDOW2240을 생성시켰다. 플라스미드 pDOW2240을 다시 SpeI 및 HindIII로 소화시키고, 얻어지는 grpE-dnaKJ 함유 4.0 kb DNA 단편을 Qiaquick (Qiagen, (Valencia, CA))을 사용하여 겔-정제한 후, P. fluorescens 만니톨-조절 프로모터를 담지한 pCN 유도체이며 (Schneider et al. 2005a) 역시 SpeI 및 HindIII로 소화시켜 둔 pDOW2247 내로 결찰 도입시켰다. 그 결과 생성되는 플라스미드 pDOW3501은 만니톨 프로모터 제어 하에 grpE-dnaKJ 오페론을 함유하였다. 그 다음 플라스미드 pDOW3501를 250 ㎍/㎖ 우라실이 보충된 M9 글루코스 플레이트 상에서의 선별에 의해 DC388 및 다른 우라실 영양요구성 균주들 내로 형질도입시켰다.

실시예 5

프로테아제 유전자가 게놈에서 결실된 P. fluorescens 균주의 구축

염색체 유전자의 결실을 도출할 수 있게 해 준 플라스미드는 결실시킬 유전자의 5' 및 3' 양쪽에 있는 500-1000 bp DNA 단편들을 증폭함으로써 구성하였다. 그 결과 얻어지는 5' PCR 생성물은 전형적으로 결실시킬 유전자의 번역 개시 코돈 (ATG 또는 GTG 또는 TGT)으로 끝나고, 3' PCR 생성물은 전형적으로 결실시킬 유전자의 정지 코돈 (TAA 또는 TGA 또는 TAG)으로 시작한다. 이들 두 PCR 생성물을 추가의 증폭 단계를 통해 서로 융합시킨 다음 SOE PCR (Horton et al. 1990)을 이용하여 pDOW1261 내로 클로닝하였다 (도 1) (Chew et al. 2005).

실시예 6

P. fluorescens 균주들에서 고속 성장 및 이종 단백질 발현의 분석

플라스미드 pDOW2787은 단일클론 항체 (mAb) gal2를 코딩하며; 중쇄가 Pbp 분비 리더와 함께, tac 프로모터의 제어 하에 발현된다. 경쇄는 OprF 분비 리더와 함께 만니톨 프로모터의 제어 하에 발현된다. 이 플라스미드를, 특정 유전자 결실을 보유하거나 동시발현을 위한 폴딩 조절인자를 담지한 pDOW2247 보유한 63 균주 및 야생형 균주를 함유한 5개의 대조군 균주의 수용성 세포에 전기천공법으로 도입시켰다. 세포를 글리세롤 함유 성장 배지를 담은 여러 벌의 딥-웰 블록에서 300 rpm으로 진탕하여 배양하였다. 단백질 발현은 24 시간째에 0.1 mM 이소프로필 β-D-티오갈락토피라노시드 (IPTG) 및 1% 만니톨로 유도하였다. 유도 후 24 시간째에, 분취액을 용균시키고, 항체의 항원 결합을 측정하여 활성 항체를 정량하였다. 이 값을 OD₆₀₀으로 나누어 세포 특이적 활성을 측정하였다. 균주 Δprc1, ΔdegP2, ΔLa2, ΔclpP, 및 Δprc2, Δprc2, grpEdnaKJ 동시발현 균주, Δtig, ΔclpX, 및 Δlon은 모두 대조군 균주보다 2.4-배 이상 높았으며, 이것은 통계적으로 유의성이 있었다 (p<0.5). Δprc1, ΔdegP2, ΔLa2 및 grpEdnaKJ 동시발현 균주로부터 가용성 세포 분획을 수득하여 웨스턴 분석을 시행하였다 (도 2). 완전히 조립된 항체와 합치되는 크기의 밴드가 상기 4 종의 시험 균주들에서 검출되었으나 대조군에서는 검출되지 않았다.

참고문헌

Chew, L. C, T. M. Ramseier, D. M. Retallack, J. C. Schneider, C. H. Squires and H. W. Talbot (2005). Pseudomonas fluorescens. Production of Recombinant Proteins. Novel Microbial and Eucaryotic Expression Systems. G. Gellissen. Weinheim, WILEY-VCH: 45-66

Dolinski, K, Heitman, J. 1997. Peptidyl-prolyl isomerases - an overview of the cyclophilin, FKBP and parvulin families, in Guidebook to Molecular Chaperones and Protein-Folding Catalysts. Gething M-J Ed. Oxford University Press Inc., New York:359-369

Gardy, J.L., M.R. Laird, F. Chen, S. Rey, CJ. Walsh, M. Ester, and F.S.L. Brinkman 2005 PSORTb v.2.0: expanded prediction of bacterial protein subcellular localization and insights gained from comparative proteome analysis. Bioinformatics 21(5):617-623.

Gene Ontology Consortium. 2004. The Gene Ontology (GO) database and informatics resource. Nucleic Acids Research 32:D258-D261.

Gething M-J Ed. 1997. Guidebook to Molecular Chaperones and Protein- Folding Catalysts. Oxford University Press Inc., New York.

Horton, R. M., Z. Cai, S. N. Ho and L. R. Pease (1990). "Gene splicing by overlap extension: tailor-made genes using the polymerase chain reaction." BioTechniques 8(5): 528-30, 532, 534-5

Lombardo, M-J, Thanassi, DG, Hultgren, SJ. 1997. Escherichia coli PapD. in Guidebook to Molecular Chaperones and Protein-Folding Catalysts. Gething M-J Ed. Oxford University Press Inc., New York:463-465

Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D, Harte N, HuIo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH. 2005. InterPro, Progress and Status in 2005. Nucleic Acids Res. 33, Database Issue:D201-5.

Nieto, C, E. Fernandez-Tresguerres, N. Sanchez, M. Vicente and R. Diaz (1990). "Cloning vectors, derived from a naturally occurring plasmid of Pseudomonas savastanoi, specifically tailored for genetic manipulations in Pseudomonas." Gene 87(1): 145-9.

Quevillon E., Silventoinen V., Pillai S., Harte N., Mulder N., Apweiler R., Lopez R. (2005) InterProScan: protein domains identifier. Nucleic Acids Research 33: W116-W120.

Ramseier TM, S. C, Payne J, Chew L, Rothman LD, Subramanian M. 2001. The Pseudomonas fluorescens MB214 Genome Sequence. CRI CRI2001001442; BIOTECH 01-007. The Dow Chemical Company.

Ranson, NA, White, HE, Saibil, HR. 1998. Chaperonins Biochem. J. 333, 233-242.

Rawlings, N.D., Morton, F.R. & Barrett, AJ. 2006. MEROPS: the peptidase database. Nucleic Acids Res 34, D270-D272.

Schneider, J. C, A. F. Jenings, D. M. Mun, P. M. McGovern and L. C. Chew (2005a). "Auxotrophic markers pyrF and proC can replace antibiotic markers on protein production plasmids in high-cell-density Pseudomonas fluorescens fermentation." Biotechnology Progress 21(2): 343-348.

Schneider, J. C, B. Rosner and A. Rubio (2005b). Mannitol Induced Promoter Systems in Bacterial Host Cells. USA, The Dow Chemical Company.

Squires, C. H., D. M. Retallack, L. C. Chew, T. M. Ramseier, J. C. Schneider and H. W. Talbot (2004). "Heterologous protein production in P. fluorescens." BioProcess International 2(11): 54-56, 58-59

본 명세서에 언급된 모든 문헌 및 특허 출원은 당업자의 기술수준을 드러내 는 것이다. 모든 문헌 및 특허 출원은 각 개별 문헌 또는 특허 출원이 구체적, 개별적으로 본 명세서에 포함됨을 명시한 것처럼 본 명세서에 포함시키기로 한다.

위에서는 명확한 이해를 위해 설명과 예시로서 본 발명을 상세히 기술하였으나, 첨부된 특허청구범위의 취지 내에서 변경과 수정이 가해질 수 있음은 자명할 것이다.

<110> Ramseier, Thomas M. Coleman, Russell J. Schneider, Jane C. Hershberger, Charles D. <120> METHOD FOR RAPIDLY SCREENING MICROBIAL HOSTS TO IDENTIFY CERTAIN STRAINS WITH IMPROVED YIELD AND/OR QUALITY IN THE EXPRESSION OF HETEROLOGOUS PROTEINS <130> 43292/342905 <150> 60/914,361 <151> 2007-04-27 <160> 137 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> oligonucleotide primer <400> 1 atatactagt aggaggtaac ttatggctga cgaacagacg ca 42 <210> 2 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> oligonucleotide primer <400> 2 atattctaga ttacaggtcg ccgaagaagc 30 <210> 3 <211> 291 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 3 atgaagcttc gtcctctgca cgaccgcgtc gtaatccgtc gcagcgaaga agaaaagaaa 60 accgctggcg ggatcgttct gccaggttcg gctgctgaaa aagccaacca cggtgtaatc 120 gtcgctgctg gcccaggcaa aaccctggag aatggtgatg tacgcgcact ggccgtgaaa 180 gtgggtgaca aggttgtttt cggcccttac tccggcagca acactgtgaa agtagacggc 240 gaagacctgc tggtaatggc tgagaacgaa attctcgccg ttctggaaga c 291 <210> 4 <211> 762 <212> DNA <213> 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caaaggcagc gacctgtatt tcgaacgcca tgacggccag 1260 gccgtgacct gcgacgactt catcaaggcc atggaagacg ccaatggcgc cgacctcagc 1320 cagttcaagc gctggtacag ccaggccggc accccgcgcc tggcggtcag cgaggcctac 1380 gacgcagcgg ccaagaccta cagcctgacc ttccgccaga gttgcccgcc cactccggac 1440 aaggtcgaga aactgccctt tgtgatcccg gtggagctgg gcttgctgga cgggcagggc 1500 gccggcattg ccttgcgcct ggccggtgaa gcgacggcgg gcgacacttc gcgggtaatc 1560 tcggtgaccg aagcggagca gacgtttacc ttcgtcgaca tcgctgaaaa acccttgcct 1620 tcgttgctgc gtggtttctc ggcgccggtg aagctcagct tcccctacag ccgtgatcaa 1680 ctgatgttcc tgatgcagca cgacagcgac ggtttcaacc gctgggatgc cggccagcaa 1740 ttggccgtgc aggtgctgca ggagctgatc ggccagcatc aggcgggcca gccgctgaag 1800 ctcgatcaac gcttgatcga cgcgctgcgc acggtgttga gcgatgaaag cctggaccag 1860 gccatggtcg ccgaaatgct ctcgctgccg agcgaagcct acctcaccga aatcagcgaa 1920 gtggcggatg tggacgccat ccacgctgcc cgcgagtttg cccgcaagca actggccgac 1980 aacctgttcg aagggttgtg gctgcgctac caggccaacc gcgagctgtc caagcaaacg 2040 ccatatgtgg cagaggccga gcacttcgcc cggcgtgcgc tgcagaacat cgcgctgtcg 2100 tacttgatgc tcagcggcaa gccagaagta ttggcggcca ccctggatca gttcgacacc 2160 agcgataaca tgaccgaacg cctgacggcg ttggcggtgc tggtgaactc gccgtttgaa 2220 gcagagaaag cccaggcctt ggcggtgttt gccgaaaact tcaaggacaa cccgctggtc 2280 atggaccaat ggttcagcgt acaggccggc agcaccttgc cgggcgggct ggcgcgggtc 2340 aaggcgttga tgcagcaccc ggcgttcacc atcaagaacc ccaacaaggt acgcgcgctg 2400 gtgggcgcat ttgccgggca gaacctgatc aacttccatg cggcggatgg ctcgggttac 2460 cggttcctgg cggatctggt gatccagctc aataccttga acccgcagat tgcctcgcgc 2520 caactggcgc cgctgacccg ctggcgtaaa tacgacagcg cacggcaggc gctgatgaaa 2580 gcggagctgg agcgcatcct gggcgcgggt gagctgtcca gcgatgtgtt tgaggtggtc 2640 agcaagagcc tggcg 2655 <210> 131 <211> 1080 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 131 gtggccgtca cgccgaacca gcgcgccgtg gccggcgccg tcgagcaatt gggcgcgggc 60 aacggtgtgt atgaaagctt gctgctggca cccacggccg cctcggccca gggcgcgttc 120 cagcaactga gcggcgaggt ttacccggcg ctggaaaccg cgctggtcaa tgacagccgc 180 tacgtgcgcg aagccgtggg cgaacgcctg cgcaacggtg aaatgggcgc tgccagccaa 240 gccatcgaca gccgtggcaa cgtgtgggtc aaggcactgg gcgcatgggg caagaccgac 300 agccgcaacg acaccgcggg ctacaccacc tccatcggcg gcatgctcgc cggtgtggac 360 ggtgccctcg atgacgccac acgcattggc ctggtggccg gctacagcga cacgtcgctg 420 aacatgggca gcggcaccca cagccgcgct tcggtcgaca gctaccattt cggcgcctat 480 gccgggcatg aaatcggcgc ctggcgcctg agtggcggcg cgacctacag ctggcaccgc 540 gccgatgtca aacgcgacct gcaatacggc gacgtcagcg gcaagcaaaa ggccaaggtc 600 gatgcccaca gcacccaggt gttcaccgaa gctgcgtacc gcatcaacct gcaaccgctg 660 gccctggagc cgttcgccaa tctggcctac gtgcacctgg caactgacag cttcaaagag 720 aagggcgacg ccgccgcgct gagaagtggc gatgacagcc gtgacctggt gctcagcacc 780 ctgggtatgc gcgccttgaa gaccttcaat atcaacgatc accagcaact ggaagtctcc 840 ggcaccctgg gctggcagca caacctgagc agcaccgatt cggagcagca cctggcgttt 900 gcctcgggcg gcccttcgtt cgctgtggaa agtgcgccaa tggtgcgcga tgctgcgttg 960 gtcggggcac gggtcagcct ggcattgagc aaggatgcgc gggtgaactt cgattacaac 1020 ggcctgctgg ccagcaagga gaaggtgcac ggcgtcggct tgagcctgga ttgggcgttc 1080 <210> 132 <211> 1149 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 132 atgaccgtgg ccttgacctc catcaagatc agcaccgact tcgacagcgg caacattcag 60 gtcctggatg ccagcgacgc ttatcagttg ttgctggcaa tcaaacccga cacccgcagc 120 gatcactacc aatggttcca cttcaaggcc gaaggcatgc acgtggggca cacccacacc 180 tttcgcttga gcaacgcagg gcgctcgtcc tacaagcatg cctggagcgg ttacaacgcc 240 gtggcgtcct atgaccatat caactggttc cgggtaccga cacgttttga tggcgagatc 300 ctgcacatca ctctccagac ccggcaaaag tacgcctggt ttgcctactt cgagccctac 360 agccgtgaac gccacgactg gttgatcgag caagccctga agtacgccgg agtcaccctg 420 ctggccaccg gcaagagcgc tgaaggccgc gatatccaac tgctgcgccg tggcaaaggg 480 atcgaaggcc ggcgcaaggt gtggatcatc gcccagcagc accccggcga acacatggcc 540 gaatggttta tggagggcgt gattgagcgc ctgcaaaaag acggcgacga cgaactgaaa 600 aaactgctgg ccgtcgccga tctgtacctg gtgccgaacg tgaacccgga cggtgccttc 660 catggccacc tgcgcaccaa tgccatgggc caggacctca accgcgcctg gcaaagcgcc 720 agccaggaac tcagccccga agtcctgttc gtccagcaac agatggaaaa atacggcgtg 780 gatatgttcc tcgacataca cggcgatgaa gaaatcccct acgtgttcac cgccggctgc 840 gaaggcaacc ctggctacac cccgcgtatc gaagccctgg aaaaacactt ccgcagccat 900 ttgagccacc tgacccggga cttccagacc acccacggct acacccgcga cctgcctggc 960 caagccaaca tgaccctggc ctgcaacgcg gtgggggaaa agtacgactg cctgtccctg 1020 accctggaaa tgcccttcaa ggacaacgac gacgcgccca acctgcgaac tggctggtca 1080 ggcgatcgtt cgaaacagtt gggcaaggac gtattgagca gcatcgccga tatcgtcggg 1140 cgtttgcgc 1149 <210> 133 <211> 1293 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 133 atgcttcgcg ccttgataac ccttgctctt gtctgcctgc tccaaccggc gtttgccgat 60 gagcgcgcac aaacccaaca acagttggac gctacgcgtc aggacattac cgagctgaaa 120 aagctgctcg gcaagctcca ggaagaaaaa tccggggtgc agaaagacct gcgcggcacg 180 gaaaccgaaa tgggcaagct ggagaagcag gtccaggagc tgcaaaaaga actaaagaag 240 agcgagtcgg aactggagcg actcgacgct gagaaaaaaa aactccagag cgcacgcgtt 300 gaacagcaac gtctgatcgc gatccaggcc cgtgccgcgt accagagcgg ccgccaggag 360 tacctcaagc tgctgctcaa ccagcagaat ccggaaaaat tcgcccgtac cctcacctat 420 tacgattacc tgagccaggc gcgcctggcg caattgaagg ggtttaacga aaccctgcgc 480 caattggcca atgtcgaaca ggaaatcgcc gaccagcaat cccagctgct cgaccagaaa 540 accgccctgg acacccagcg cgaccagctc gataaagtac gcaaggaacg ccagcaggcc 600 ctggccaagc tcaacagcga cgtaaaagcc cgcgacgcca agctccaggc ccgcgagcag 660 gaccaggccg acctggccaa agtcctcaag accatcgaag aaaccctggc ccgccaggca 720 cgcgaggccg aagaagcgcg gcaaaaagcg ctgatcgccc agcaggaagc cgaaaaaaag 780 cgtcagcgtg aggctgaact ggctgccacc accgacgctc cggccccgcg caaacccgcg 840 cgcgcagccc ctggcccgct ggtttccagc agtggcgagt cgttcggcgg cccttttgct 900 tcagcgcgcg gcaaacttcc atggccggtt gatggtcgat tactggcacg ctttggggaa 960 acccgtggcg atgacacccg cgccaagtgg gatggcgtga tgatcagcgc ctctgccggc 1020 agccaggtcc acgccgtgca tggtggccgc gtggtgtttg ccgattggtt gcggggcgcc 1080 ggcttgctgg tgattcttga ccacggtaat ggctatttga gcctttacgg ccacaatcag 1140 acattactca agtcggcagg tgatgttgta aaagccggtg aatccatctc cactgtcggt 1200 aacagtggtg gccaggacac cccggcgctg tacttcgcta ttcgtcagca gggccgcccg 1260 agcgaccctg cacaatggtg ccggtcccaa gga 1293 <210> 134 <211> 1440 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 134 atgttcgaac accacgccac gctcaagaaa cacttcagcg ccctgcgcac caccgccgaa 60 tttttctccc tgcgctacgt acgcgaatcc ggccagtacc tgtcggtgcg caagaacgtc 120 gccgagccgc ctcacctggg ccatgacgaa ggcgcgatgc tcaccgtgcg tctcaacggg 180 gtagaagcct acgccgcgac caacgatatt tcccttgccg gcctgcaagc cgcccttgag 240 cgtgctgaac agcaagcccg gttgatcaag ccccacgccc tgctcgacct gcaccagcag 300 ccggtgtcca gcgacgtcgc cgactacctg tcgcccgacc tcgaccagcc cttcccatcc 360 ctgagcgact gctaccaatt gctcggcgat gagtccgccg ccgtgcccaa ggatgagcgc 420 ctggtgagct gggaagtcag cctgggaacc acgcgggtcg aacagatcta cctcaacagc 480 gccggcgcgc aattgcgtca ggcccagcgc tttgtctttc cgggcctgag tgtgaccgcc 540 ttcgacggca acgacagcca gacccgtacc ctgggcggca ccaacttcgg ccagcaaggc 600 agtgccggcg tgatccagcg ctttggcctg gtgggcgccg cccgcaaagt ggccgacgaa 660 gccctgcaat tgctgctcgc accgaatacg ccccacggcc cgcgtgacct gctgctgatg 720 cccgaccaga tgatcctgca gatccacgag tccatcggcc atccgctgga gctggatcgc 780 atcctcggtg acgagcgcaa ttacgccggc accagttttg tgaaagccag cgacttcggc 840 cacctgcaat atggctcacc gctgcttaat gtcaccttcg acccggacat ccccgaacag 900 cttgccagtt acggccatga cgacgacggc acgcctgcca gcaagcaatt tctgattcgc 960 gagggcctgc tgctcaagcc attgggcggg gccttgtcgc aatttcgcgc caacctgcca 1020 ggcgttgcca acagccgcgc ctgcggctgg aaccgtgcgc ccatcgaccg catggccaac 1080 ctgaatatcg agcctggcga taaaagcctc gcgcaactgg tgggcggcat cgagaacggc 1140 atcctgatgt cgaccaaccg ttcgtggtcc atcgacgatg cgcgcaacaa gttccagttc 1200 ggctgcgagt ggggccagtt gatcgaaaac ggcgaactca agggcgtggt gaagaacccc 1260 aactaccggg cgatttccgc gcagttctgg cgcaagctca gcgcggtggg cgacgccagc 1320 accttcaagg tgttgggcac gccaaactgc ggcaaaggcg aacccaacca ggtgatccgc 1380 gtcggccatg cgtcgccggc ctgtgtattc agcaatgtcg atgtatttgg gggagatgcc 1440 <210> 135 <211> 711 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 135 atgcgaatga acggtcttac acaccaatgg gttttggggt tgctcggcgc ggttgcgagc 60 agtgccgtgg ttgccgccag cagcggccag gacagtgccc gggaggaaat tgccgcccag 120 gcaaaaatcc tcgaacccag cctgttggaa acccgccgcg atatccacgc ccatcccgaa 180 ctgggcaata ccgaaacccg caccgccgag ttggtcgcca aacagttgcg cgaactcggc 240 cttgaagtaa agaccggggt ggcccgcact ggcgtcgtcg ccatcttgaa aggtgccctg 300 cccggcccga ccgtggccct gcgcgccgac atggatgcgc tgccggtcaa ggaagtcgcc 360 gacctgccct tcgcctccaa agccaagggc acctacctgg gcaaggaagt cgacgtgatg 420 cacgcctgcg gccacgacgc acataccgct atcctgctga gcactgcgaa gattcttacg 480 gggatgcgcg agcgcctgcc cggcaccgtg gtgttttatt tccaaccggc cgaagaaggc 540 cccagcgact ttatccccga cggcaagaac acttggggcg cgaagatgat ggtgcaggaa 600 ggcgtaatga aagcgcccaa gccggatgcg gtgtttggcc tgcacgtatg ggccggtgtg 660 cctgccgggg caaatcgcct atcgcccggg cccgactttg gccagctccg a 711 <210> 136 <211> 720 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 136 atgcggtgtt tggcctgcac gtatgggccg gtgtgcctgc cggggcaaat cgcctatcgc 60 ccgggcccga ctttggccag ctccgatgac ctgcgcatca aaatcctcgg caaacagacc 120 cacgccggcc gcccctggga cggtatcgac ccgatcaccg tcggcgcgca aaccattgtc 180 ggcctgcaga ccgtggtcag ccgccgtacc gatatttcgt cattcccctc tgtggtgagc 240 atcggcacca tcaacggtgg cactcgctac aacatcatcc ccgagtcggt ggacatgagc 300 ggcacccttc gctcctacga ctacggcatt cgtcagaagc tgcatgcaga cgtgcgtcaa 360 accgtagaga aaatcgccga aagcggtggc gccaaggccg aagtgacaat catcgagaag 420 tacgacccca ccatcaacaa cccggcgctg accgagaaaa tgctgccgag cctgcgttgg 480 gcggctcagg atgatgtggt gcaaggccca ttggtaggtg gcgccgaaga cttctcgttc 540 tatgccaagg aagcgccggg gctgtttgtg ttcctggggg tgaccccaag ggaccaggac 600 atgagcaagg cggcgccgaa tcacaaccca gggttctttg tggatgagtc ggcattggtg 660 gtgggcgtga ggacactggc gtcgttggcg acggattacc tttacaccca cacccccctg 720 <210> 137 <211> 870 <212> DNA <213> Pseudomonas fluorescens <400> 137 ctggcgactc tggttgtgaa caacatgcgt ggtatcgtca aggttgcagc cgtcaaggct 60 ccaggcttcg gcgaccgtcg caaggccatg ctgcaggaca tcgccgtatt gactggcggt 120 accgttatct ccgaagagat cggcctgagc ctggaaagcg ccaccctgga aaacctgggt 180 agcgccaagc gcgtgaccat ctccaaggaa aacaccatca tcgttgacgg tgctggcgtt 240 gaaggcgaca tcgagtcccg catcgcgcag atccgtgccc aggttgctga aacctcctcg 300 gactacgacc gtgaaaaact gcaagagcgc ctggccaagc tgtccggcgg cgttgcggtg 360 atcaaggttg gcgctggttc cgaagttgaa atgaaagaga agaaggcccg cgttgaagac 420 gccttgcacg caacccgtgc agccgttgaa gaaggcgtgg tacctggcgg tggcgttgcg 480 ctgatccgtg ctctggaagc cctgaccaac ctgaccggcg acaatgccga ccagaacgtt 540 ggtatcgctg tgctgcgtcg tgccgttgaa gcaccgctgc gccagatcgc tgccaactcc 600 ggcgacgagc caagcgttgt ggtcaacgaa gtcaagaacg gcaaaggtaa ctacggttac 660 aacgctgcga ctggcgtcta cggcgacatg atcgaaatgg gcatcctgga tccaaccaag 720 gtgactcgtt cggcgctgca agcagcagcc tccatcggtg gcttgatcct gaccaccgaa 780 gctgccatcg ctgacaagcc gaaggctgaa ggcgcagctg gcggcggtat gccagacatg 840 ggcggcatgg gtggcatggg cggcatgatg 870

Claims (28)

1. 적어도 제1 및 제2의 슈도모나스 플루오레센스 (P. fluorescens) 세포 집단을 포함하는 어레이로서, 각 집단은

   a) 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 감소되도록 유전적으로 변형된 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단;

   b) 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형된 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단; 및,

   c) (a) 및 (b)에 따라 유전적으로 변형된 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단

   으로 이루어진 군으로부터 선택되고; 어레이 내 각 집단은 동일하지 않고 각 집단이 물리적으로 서로 분리되어 있는 어레이.
2. 제1항에 있어서, 단백질 분해에 관련된 상기 하나 이상의 표적 유전자가 프로테아제인 어레이.
3. 제2항에 있어서, 상기 하나 이상의 프로테아제가 표 2에 나열된 프로테아제들로부터 선택되는 것인 어레이.
4. 제1항에 있어서, 단백질 생산에 관련된 상기 하나 이상의 표적 유전자가 이 종 단백질의 올바른 단백질 전사, 번역, 프로세싱 또는 위치 이동에 관련된 유전자인 어레이.
5. 제4항에 있어서, 상기 하나 이상의 표적 유전자가 단백질 폴딩 조절인자인 어레이.
6. 제5항에 있어서, 상기 단백질 폴딩 조절인자가 표 1에 나열된 단백질 폴딩 조절인자들로부터 선택되는 것인 어레이.
7. 제1 내지 6 항 중 어느 한 항에 있어서, 단백질 생산에 관련된 상기 표적 유전자 또는 단백질 분해에 관련된 상기 표적 유전자의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형되지 않은 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단을 더 포함하는 어레이.
8. 제1 내지 7 항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 세포 집단이 단백질 생산에 관련된 표적 유전자들 둘 이상의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형된 것인 어레이.
9. 제1 내지 7 항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 세포 집단이 단백질 분해에 관련된 표적 유전자들 둘 이상의 발현이 감소되도록 유전적으로 변형된 것인 어레이.
10. 제1 내지 9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 어레이가 해당 어레이의 고처리량 스크리닝에 도움이 되는 형태인 어레이.
11. 제10항에 있어서, 상기 형태가 96 웰 형태인 어레이.
12. 제1 내지 11항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 세포 집단이, 하나 이상의 주목 대상 이종 단백질을 코딩하는 하나 이상의 유전자를 포함하는 발현 구축물로 형질전환되면 상기 하나 이상의 주목 대상 이종 단백질을 발현할 수 있는 것인 어레이.
13. 제1 내지 12항 중 어느 한 항에 따른 어레이를 포함하는 키트.
14. a) 적어도 제1 및 제2의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단을 포함하는 어레이를 얻는 단계 (여기서 각 집단은

    i) 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 감소되도록 유전적으로 변형된 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단;

    ii) 단백질 생산에 관련된 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형된 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단; 및,

    iii) (i) 및 (ii)에 따라 유전적으로 변형된 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단

    으로 이루어진 군으로부터 선택되고; 어레이 내 각 집단은 동일하지 않고 각 집단이 물리적으로 서로 분리되어 있음);

    b) 각 집단의 적어도 하나의 세포에, 하나 이상의 주목 대상 이종 단백질을 코딩하는 하나 이상의 유전자를 포함하는 발현 카세트를 도입시키는 단계;

    c) 상기 세포들을, 하나 이상의 세포 집단에서 상기 주목 대상 단백질이 발현되기에 충분한 조건 하에 유지하는 단계; 및

    d) 주목 대상 이종 단백질이 생산되는 최적의 세포 집단을 선별하는 단계;

    를 포함하며, 여기서 주목 대상 이종 단백질은 어레이 내의 다른 집단과 비교하여 최적의 세포 집단에서 향상된 발현, 향상된 활성, 향상된 가용성, 향상된 위치이동 또는 감소된 프로테아제 분해 중 하나 이상을 나타내는,

    하나 이상의 주목 대상 이종 단백질의 발현을 위한 최적의 슈도모나스 플루오레센스 (P. fluorescens) 숙주 세포를 동정하는 방법.
15. 제14항에 있어서, 단백질 분해에 관련된 상기 하나 이상의 표적 유전자가 프로테아제인 방법.
16. 제15항에 있어서, 상기 프로테아제가 표 2에 나열된 프로테아제들로부터 선택되는 것인 방법.
17. 제14항에 있어서, 단백질 생산에 관련된 상기 하나 이상의 표적 유전자가 이종 단백질의 올바른 단백질 전사, 번역, 프로세싱 또는 위치 이동에 관련된 유전자인 방법.
18. 제17항에 있어서, 상기 하나 이상의 표적 유전자가 단백질 폴딩 조절인자인 방법.
19. 제18항에 있어서, 상기 단백질 폴딩 조절인자가 표 1에 나열된 단백질 폴딩 조절인자들로부터 선택되는 것인 방법.
20. 제14 내지 19항 중 어느 한 항에 있어서, 어레이가 단백질 생산에 관련된 상기 표적 유전자 또는 단백질 분해에 관련된 상기 표적 유전자의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형되지 않은 하나 이상의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단을 더 포함하는 것인 방법.
21. 제14 내지 20항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 세포 집단이 단백질 생산에 관련된 표적 유전자들 둘 이상의 발현이 증가되도록 유전적으로 변형된 것인 방법.
22. 제14 내지 20항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 세포 집단이 단백질 분해에 관련된 표적 유전자들 둘 이상의 발현이 감소되도록 유전적으로 변형된 것인 방법.
23. 제14 내지 22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 어레이가 해당 어레이의 고처리량 스크리닝에 도움이 되는 형태인 방법.
24. 제23항에 있어서, 상기 형태가 96 웰 형태인 방법.
25. 제14항에 있어서, 상기 발현 카세트가 주목 대상 이종 단백질에 작동가능하게 연결된 신호 펩티드를 더 포함하는 것인 방법.
26. 제19항에 있어서, 상기 신호 펩티드가 분비 신호 펩티드인 방법.
27. 제19항에 있어서, 상기 신호 펩티드가 슈도모나스 플루오레센스 숙주 세포에 천연적으로 존재하는 것인 방법.
28. a) 적어도 제1 및 제2의 슈도모나스 플루오레센스 세포 집단을 포함하는 어레이를 얻는 단계 (여기서 각 집단은 단백질 분해에 관련된 하나 이상의 단백질의 발현이 감소되도록 유전적으로 변형된 것이고, 어레이 내 각 집단은 동일하지 않고 각 집단이 물리적으로 서로 분리되어 있음);

    b) 상기 세포들을 용해시키는 단계;

    c) 각 세포 집단에서 얻어진 세포 용해물을 주목 대상 이종 단백질과 접촉시키는 단계; 및

    d) 최적의 세포 집단을 선별하는 단계;

    를 포함하며, 여기서 최적의 세포 집단은 어레이 내의 다른 집단과 비교하여 단계 (c)에서 주목 대상 이종 단백질의 분해 수준을 감소시키는 집단인,

    주목 대상 이종 단백질의 발현을 위한 최적의 슈도모나스 플루오레센스 (P. fluorescens) 숙주 세포를 동정하는 방법.

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