KR102389677B1 - Pd-1 및 pd-l1 관련 상태를 치료하기 위한 바이오마커 및 방법 - Google Patents

Pd-1 및 pd-l1 관련 상태를 치료하기 위한 바이오마커 및 방법 Download PDF

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Abstract

병리학적 상태, 예컨대 암의 치료를 위한 바이오마커, 및 PD-1/PD-L1 경로 길항제를 사용하는 방법이 본원에서 제공된다. 특히, 암에서의 환자 선택 및 예후를 위한 바이오마커 뿐만 아니라, 치유적 치료 방법, 제조품 및 그의 제조 방법, 진단 키트, 검출 방법, 및 이와 관련된 광고 방법이 제공된다.

Description

PD-1 및 PD-L1 관련 상태를 치료하기 위한 바이오마커 및 방법 {BIOMARKERS AND METHODS OF TREATING PD-1 AND PD-L1 RELATED CONDITIONS}
관련 출원에 대한 상호 참조
본원은 미국 가출원 번호 61/802,296 (2013년 3월 15일 출원); 61/812,678 (2013년 4월 16일 출원); 61/829,236 (2013년 5월 30일 출원) 및 61/883,186 (2013년 9월 26일 출원) (이들은 그의 전문이 본원에 참조로 포함됨)을 우선권 주장한다.
기술분야
병리학적 상태, 예컨대 암의 치료를 위한 바이오마커, 및 PD-L1/PD-1 경로 길항제를 사용하는 방법이 본원에서 제공된다. 특히, 암에서의 환자 선택 및 예후를 위한 바이오마커 뿐만 아니라, 치유적 치료 방법, 제조품 및 그의 제조 방법, 진단 키트, 검출 방법, 및 이와 관련된 광고 방법이 제공된다.
암은 인간 건강에 가장 치명적인 위협 중 하나로 남아있다. 미국에서 암은 매년 거의 130만명의 새로운 환자를 발생시키고, 이는 심장 질환 다음으로 두번째 주요 사망 원인이며, 사망자 4명 중 대략 1명을 차지한다. 예를 들어, 폐암은 가장 흔한 형태의 암이며, 미국 여성 사이에서 주요 암 사망 원인이다. 또한, 암은 5년내 사망의 1위 원인으로서 심혈관 질환을 능가할 수도 있을 것으로 예상된다. 고형 종양은 대부분의 이러한 사망의 원인이 된다. 특정 암의 의학적 치료에 있어 상당한 진전이 있었으나, 모든 암에 대한 전반적 5년 생존율은 지난 20년 동안 단지 약 10%만 개선되었다. 암 또는 악성 종양은 비제어된 방식으로 신속하게 전이되어 성장하기 때문에, 적시의 검출 및 치료가 극히 어려워진다.
암 치료에서의 상당한 진전에도 불구하고, 개선된 요법이 여전히 요망되고 있다.
특허 출원 및 공개를 포함하여 본원에 인용된 모든 참고문헌은 그의 전문이 참조로 포함된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하며, 여기서 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타내는 것인 단계, 및 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 클 것이라는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 큰 질환 또는 장애를 갖는 개체를 확인하는 방법이 본원에 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하며, 여기서 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응성일 가능성이 더 크다는 것을 나타내는 것인 단계, 및 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응성일 가능성이 증가할 것이라는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 대한 반응성을 예측하는 방법이 본원에 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하며, 여기서 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가한다는 것을 나타내는 것인 단계, 및 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가할 것이라는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성을 결정하는 방법이 본원에 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하는 단계, 및 개체를 위해 선택된 요법이 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재에 기초하여 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료를 포함한다는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 위한 요법을 선택하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함한다.
개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하는 단계, 및 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 개체에서 질환 또는 장애를 치료하는 방법이 본원에 제공된다.
개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 개체에서 질환 또는 장애를 치료하는 방법이며, 여기서 치료는 개체로부터의 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재에 기초하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
표적 청중에게, PD-L1 바이오마커의 존재에 기초하여 질환 또는 장애를 갖는 개체를 치료하기 위해 PD-L1 축 결합 길항제를 사용할 것을 프로모션하는 것을 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 광고하는 방법이 본원에 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하는 단계, 및 PD-L1 바이오마커의 존재에 기초하여 PD-L1 축 결합 길항제를 권장하는 단계를 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 제공받을 질환 또는 장애를 갖는 개체를 확인하기 위한 검정이 본원에 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 여기서 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받는 경우에 효능이 나타날 가능성이 더 크다는 것을 의미하고, PD-L1 바이오마커의 부재는 질환을 갖는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받는 경우에 효능이 나타날 가능성이 더 작다는 것을 의미하는 것인, 진단 키트가 본원에 제공된다.
또한, PD-L1 축 결합 길항제를, 제약상 허용되는 담체 및 PD-L1 바이오마커의 발현에 기초하여 PD-L1 축 결합 길항제가 질환 또는 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물과 함께 포장하여 포함하는 제조품이 본원에 제공된다. 치료 방법은 본원에 개시된 임의의 치료 방법을 포함한다. 또한, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 제약 조성물, 및 PD-L1 바이오마커의 발현에 기초하여 이 제약 조성물이 질환 또는 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포장 내에 조합하는 것을 포함하는, 제조품을 제조하는 방법이 제공된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 면역-관련 마커이다. 일부 실시양태에서, 면역-관련 마커는 T-세포 관련 마커이다. 일부 실시양태에서, T-세포 관련 마커는 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, CXCL9 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 면역-관련 마커는 CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 면역-관련 질환 또는 장애이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암 및 다른 혈액 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 개체로부터 수득한 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 실시양태에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 그의 임의의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 포르말린 고정 및 파라핀 포매된 것이거나, 보존된 것이거나, 새로운 것이거나 또는 동결된 것이다. 일부 실시양태에서, 샘플은 전혈이다. 일부 실시양태에서, 전혈은 면역 세포, 순환 종양 세포 및 그의 임의의 조합을 포함한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 샘플은 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료 전에 수득된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받는 경우에 개체에서 임상 이익의 증가가 나타날 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 임상 이익의 증가는 하기: 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 그의 조합 중 하나 이상의 상대적 증가를 포함한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플 중 0% 포함되는 경우에 샘플에 존재하지 않는다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플 중 0% 초과 포함되는 경우에 샘플에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 1%에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 5%에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 10%에 존재한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침전, 면역조직화학, 면역형광, 방사성면역검정, 도트 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광분석법, 질량 분광측정법, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이(MassARRAY) 기술, 및 FISH, 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 이용하여 샘플에서 검출된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 단백질 발현에 의해 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 항-PD-L1 항체를 사용하여 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 약한 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 중간 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 강한 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 그의 임의의 조합 상에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 염색은 막 염색, 세포질 염색 또는 그의 조합이다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 부재는 샘플에서 존재하지 않거나 또는 염색되지 않는 것으로 검출된다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 존재는 샘플에서의 임의의 염색으로 검출된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 핵산 발현에 의해 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 또는 FISH를 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 그의 임의의 조합 상에서 검출된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 세포독성제, 화학요법제, 성장 억제제, 방사선 요법 작용제 및 항혈관신생제 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 제2 요법제의 유효량을 추가로 포함한다.
(a) PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 동안 또는 그 후의 시점에서 개체로부터 유래된 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (b) 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 참조 수준과 비교한 결과에 기초하여 개체의 치료를 유지하거나, 조정하거나 또는 중단하는 단계를 포함하며, 여기서 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)의 변화는 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응한다는 것을 나타내는 것인, PD-L1 축 결합 길항제를 사용한 치료에 대한 개체의 반응을 평가하는 방법이 본원에 제공된다.
(a) PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 동안 또는 그 후의 시점에서 개체로부터 유래된 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (b) PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료를 받고 있는 개체에서의 반응을 모니터링하기 위해 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받은 개체의 반응을 모니터링하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커의 참조 수준은 (1) PD-L1 축 결합 길항제를 투여하기 전의 개체로부터의 하나 이상의 바이오마커의 수준; (2) 참조 집단으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 수준; (3) 하나 이상의 바이오마커에 대해 미리-할당된 수준; 및 (4) 제1 시점 이전의 제2 시점에서의 개체로부터의 하나 이상의 바이오마커의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)의 변화는 수준의 증가이다.
일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)의 변화는 수준의 감소이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커는 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 증가는 치료에 대한 양성 반응을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 면역 관련 마커이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 T-세포 관련 마커이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 T-세포 활성화 마커이다.
일부 실시양태에서, T-세포 활성화 마커는 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다.
일부 실시양태에서, T-세포 활성화 마커는 CD8, IFN-g, 그랜자임-A, TNF-a, 퍼포린 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 CD8, IFN-g, 그랜자임-A, TNF-a, 퍼포린 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 T-세포 활성화 마커의 증가는 치료에 대한 양성 반응을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 활성화된 증식 T 세포다.
일부 실시양태에서, 활성화된 증식 T 세포는 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다.
일부 실시양태에서, 활성화된 증식 T 세포는 CD8+/Ki67+ 세포, CD8+/HLA-DR+/Ki67+ 세포 및 그의 임의의 조합이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 IL-6이다. 일부 실시양태에서, IL-6 수준은 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 감소한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 IL-6 수준의 감소는 치료에 대한 양성 반응을 나타낸다. 일부 실시양태에서, IL-6 수준은 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 IL-6 수준의 증가는 치료에 대한 음성 반응을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 개체로부터 유래된 생물학적 샘플은 세포, 조직, 조직 배양물, 종양, 생물학적 유체 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 생물학적 유체는 혈장, 혈청, 전혈, PBMC 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 조직은 종양 조직이다. 일부 실시양태에서, 종양 조직은 종양 세포, 종양 침윤 세포, 기질 세포 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 세포는 순환 종양 세포 (CTC)이다.
일부 실시양태에서, 개체는 증식성 질환 또는 장애를 앓고 있다.
일부 실시양태에서, 개체는 암 또는 악성종양을 앓고 있다. 일부 실시양태에서, 암 또는 악성종양은 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암 및 다른 혈액 악성종양으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 개체는 면역-관련 질환 또는 장애를 앓고 있다.
일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제한다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제한다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
특허 또는 출원 파일은 컬러로 제작된 하나 이상의 도면을 함유한다. 컬러 도면(들)을 갖는 본 특허 또는 특허 출원 공개의 사본은 필요한 요금의 청구 및 납부 시 해당 관청에 의해 제공될 것이다.
도 1은 대조 세포 샘플의 예시적인 IHC 분석을 보여준다. (A) 부모 HEK-293 세포의 음성 대조군 IHC 염색; (B) 약한 염색 강도를 갖는, 재조합 인간 PD-L1로 형질감염된 HEK-293 세포의 IHC 염색; (C) 중간 염색 강도를 갖는, 재조합 인간 PD-L1로 형질감염된 HEK-293 세포의 IHC 염색; (D) 강한 염색 강도를 갖는, 재조합 인간 PD-L1로 형질감염된 HEK-293 세포의 IHC 염색; (E) 태반 조직 샘플의 양성 조직 대조군 IHC 염색; (F) 편도 조직 샘플의 양성 조직 대조군 IHC 염색. 모든 IHC 염색은 등록된 항-PD-L1 항체를 사용하여 수행하였다.
도 2는 (A) 삼중-음성 유방암; (B) 악성 흑색종; (C) NSCLC, 선암종으로부터의 종양 샘플의 예시적인 PD-L1 양성 IHC 염색을 보여준다.
도 3은 종양 침윤 면역 세포에서의 PD-L1 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR/CR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응. (A) PD-L1 IHC 분석을 이용한, 종양 샘플 구역 내의 PD-L1 + 종양 침윤 면역 세포의 %. (B) PD-L1 IHC 분석을 이용한, 종양 샘플 내의 전체 면역 침윤물 내의 PD-L1+ IC의 %.
도 4는 PD-L1 qPCR 분석을 이용하여, 종양 세포에서의 PD-L1 유전자 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR/CR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응.
도 5는 종양 샘플에서의 PD-1 유전자 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR/CR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응.
도 6은 종양 샘플에서의 다양한 면역 유전자 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응.
도 7은 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 환자로부터의 일련의 치료전/치료중 종양 생검의 개략도를 보여준다. 쌍을 이룬 기준선 (치료전 또는 보존된 종양 조직 포함), 및 흑색종, 신세포암종 (RCC), 비소세포 폐암 (NSCLC), 두경부암 (H&N), 결장직장암 (CRC), 위암, 및 유방암을 포함한 다양한 적응증을 앓고 있는, 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 환자 (n=26)로부터의 치료중 종양 생검을 평가하였다.
도 8은 (a) CD8+ T 세포 침윤의 증가가 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자로부터의 종양 샘플에서의 PD-L1 발현의 증가와 연관된다는 것; 및 (b) 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자에서, 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료 후에 그랜자임 A, 퍼포린, IFN-g, TNFa 및 CD8을 포함하는 T 세포 활성화 마커가 증가한 것을 보여준다.
도 9는 항-PD-L1 항체 치료를 받고 있는 환자에서의 PD-L1 발현의 변화를 요약한다.
도 10은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료를 받고 있는 환자에서의, (a) 혈액 중의 증식 T-세포 (CD8+/Ki67+ 세포인 것으로 확인됨)의 빈도수 증가; 및 (b) 활성화된 증식 T-세포 (CD8+/HLA-DR+/Ki67+ 세포인 것으로 확인됨)의 빈도수 증가를 보여준다.
도 11은 혈장에서의 IL-6 수준의 감소가 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자와 연관되고, 혈장에서의 IL-6 수준의 증가가 항-PD-L1 항체 치료시에 질환이 진행된 환자와 연관된다는 것을 보여준다.
도 12는 종양 샘플에서의 다양한 면역 유전자 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR/CR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응.
도 13은 흑색종 또는 NSCLC로부터의 종양 샘플에서의 IDO1 유전자 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR/CR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응.
도 14는 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자로부터 수집된 혈액에서의, 순환 T 세포 상에서의 PD-L1 발현의 증가를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응.
도 15는 종양 샘플에서의 세포독성 Th1 세포, IFN-g 및 T-세포 트래픽킹 마커의 유전자 발현과 암 환자에서의 항-PD-L1 치료에 대한 PD 또는 PR/CR 반응의 상관관계를 보여준다. PD = 진행성 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응.
도 16은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 흑색종 환자에서의 T 세포 활성화 마커의 증가를 보여준다.
도 17은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하지 않는 흑색종 환자에서의, 종양내 T 세포의 낮은 빈도수 및 T 세포 활성화 마커에서의 T 세포 활성화의 결여를 보여준다.
도 18은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자의 혈액에서의 CD8+/HLA-DR+/Ki-67+ 활성화된 T 세포의 빈도수의 일시적 증가를 보여준다.
도 19는 반응과 상관관계가 있는 CD4+/ICOS+ T 세포 집단에서 증가가 지연되고, 질환 진행 (사이클 3 이후에 발생)에 따라 감소되는, CD4+/ICOS+ T 세포의 변동을 보여준다.
도 20은 PD-L1 발현의 적절한 증가가 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자에서 현저하게 나타난다는 것을 보여준다.
도 21은 프랙탈카인/CX3CL1의 발현은 질환 진행과 상관관계가 있는 반면 CTLA4 발현은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 반응과 상관관계가 있다는 것을 보여준다.
도 22는 6가지 암 적응증 사이에서의 Teff (T-이펙터) 세포, Treg (T-조절) 세포, 및 Th17 세포와 연관된 유전자 서명의 상관관계를 보여준다.
도 23은 항-PD-L1 치료에 반응하지 않는 환자에서의 IL17F의 보다 높은 종양 유전자 발현에 대한 경향을 보여준다. R = 반응자; nR = 비-반응자.
도 24는 IL-17F의 종양 유전자 발현이 항-PD-L1 치료에 대해 늦은 반응을 나타낸 환자에서 더 높다는 것을 보여준다.
도 25는 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료를 받고 있는 환자에서의 순환 CD8+/HLA-DR+/Ki67+ 세포의 일시적 증가를 보여준다. (a) UBC 환자, (b) 모든 환자.
도 26은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료를 받고 있는 환자에서의 혈장 IL-18의 일시적 증가를 보여준다. 또한, 기준선 혈장 MCP-1은 항-PD-L1 치료에 대해 부분 반응/완전 반응 (PR/CR)을 나타내는 환자에서 더 낮았다. IL-18 및 MCP-1은 또한 단핵구에서 우세하게 발현되었다.
도 27은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료 후에 질환이 진행된 환자로부터의 치료전 종양이 골수 세포 (예를 들어, 단핵구, 수지상 세포)에서 우세하게 발현되는, 비교적 높은 골수 유전자 서명 (IL-8, CCL2, 및 IL1B)을 나타내었다는 것을 보여준다.
도 28은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자의 혈액에서의 가용성 PD-L1의 상관관계를 보여준다.
도 29는 종양 침윤 면역 세포 (IC)에서의 PD-L1 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 반응 사이의 연관성을 보여준다. (a) NSCLC, (b) 모든 종양.
도 30은 종양 세포에서의 PD-L1 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 반응 사이의 연관성을 보여준다. (a) NSCLC, (b) 모든 종양.
정의
용어 "PD-L1 축 결합 길항제"는 PD-L1 신호전달 축 상의 신호전달로부터 발생한 T-세포 기능이상을 제거하여 T-세포 기능을 복원 또는 증진시키는 결과를 나타내도록, PD-L1 축 결합 파트너와 하나 이상의 그의 결합 파트너의 상호작용을 억제하는 분자이다. 본원에 사용된 PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제 뿐만 아니라 PD-L1 및 PD-1 사이의 상호작용 (예를 들어, PD-L2-Fc 융합)을 방해하는 분자를 포함한다.
용어 "PD-L1 결합 길항제"는 PD-L1과 그의 결합 파트너, 예컨대 PD-1, B7-1 중 하나 이상의 상호작용으로부터 발생한 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 제거 또는 방해하는 분자이다. 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 그의 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 구체적 측면에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및/또는 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체, 그의 항원 결합 단편, 이뮤노어드헤신, 융합 단백질, 올리고펩티드, 및 PD-L1과 그의 결합 파트너, 예컨대 PD-1, B7-1 중 하나 이상의 상호작용으로부터 발생한 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 제거 또는 방해하는 다른 분자를 포함한다. 한 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 기능이상 T-세포가 보다 덜 비-기능이상적이 되도록, PD-L1 또는 PD-1을 통한 T 림프구 - 및 다른 세포 - 매개된 신호전달시에 발현되는 세포 표면 단백질에 의해 매개되거나 또는 이를 통한 음성 신호를 감소시킨다.
용어 "PD-1 결합 길항제"는 PD-1과 그의 결합 파트너, 예컨대 PD-L1, PD-L2 중 하나 이상의 상호작용으로부터 발생한 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 제거 또는 방해하는 분자이다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그의 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 구체적 측면에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및/또는 PD-L2에 대한 결합을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체, 그의 항원 결합 단편, 이뮤노어드헤신, 융합 단백질, 올리고펩티드, 및 PD-1과 PD-L1 및/또는 PD-L2의 상호작용으로부터 발생한 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 제거 또는 방해하는 다른 분자를 포함한다. 한 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 기능이상 T-세포가 보다 덜 비-기능이상적이 되도록, PD-1 또는 PD-L1을 통한 T 림프구 - 및 다른 세포 - 매개된 신호전달시에 발현되는 세포 표면 단백질에 의해 매개되거나 또는 이를 통한 음성 신호를 감소시킨다.
용어 "예정된 사멸 리간드 1" 및 "PD-L1"은 본원에서 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드, 폴리펩티드 변이체 및 천연 서열 폴리펩티드 및 폴리펩티드 변이체의 단편 (본원에서 추가로 정의됨)을 지칭한다. 본원에 기재된 PD-L1 폴리펩티드는 다양한 공급원으로부터, 예컨대 인간 조직 유형으로부터 또는 또 다른 공급원으로부터 단리되거나, 또는 재조합 또는 합성 방법에 의해 제조된 것일 수 있다.
"천연 서열 PD-L1 폴리펩티드"는 자연으로부터 유래된 상응하는 PD-L1 폴리펩티드와 동일한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다.
"PD-L1 폴리펩티드 변이체" 또는 그의 변이체는 본원에 개시된 바와 같은 임의의 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열과 적어도 약 80%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 PD-L1 폴리펩티드, 일반적으로 활성 PD-L1 폴리펩티드를 의미한다. 이러한 PD-L1 폴리펩티드 변이체는 예를 들어 1개 이상의 아미노산 잔기가 천연 아미노산 서열의 N- 또는 C-말단에서 첨가 또는 결실된 PD-L1 폴리펩티드를 포함한다. 통상적으로, PD-L1 폴리펩티드 변이체는 본원에 개시된 바와 같은 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열에 대해 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성, 대안적으로 적어도 약 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 통상적으로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는 길이가 적어도 약 10개 아미노산, 대안적으로 길이가 적어도 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289개 아미노산 또는 그 초과일 것이다. 임의로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는 천연 PD-L1 폴리펩티드 서열에 비해 1개 이하의 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 천연 PD-L1 폴리펩티드 서열에 비해 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 이하의 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
본원에 정의된 용어 "PD-L1 길항제"는 천연 서열 PD-L1에 의해 매개되는 생물학적 활성 및/또는 기능을 부분적으로 또는 완전히 차단, 억제 또는 중화하는 임의의 분자이다. 특정 실시양태에서 이러한 길항제는 PD-L1에 결합한다. 한 실시양태에 따르면, 길항제는 폴리펩티드이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 길항제는 소분자 길항제이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 길항제는 폴리뉴클레오티드 길항제이다.
"폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은 본원에서 교환가능하게 사용되며, 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형 뉴클레오티드 또는 염기 및/또는 그의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해, 또는 합성 반응에 의해 중합체 내로 혼입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화 뉴클레오티드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 존재하는 경우에 중합체의 어셈블리 이전 또는 이후에 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열에 비-뉴클레오티드 성분이 개재될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 합성 후에 예컨대 표지와의 접합에 의해 추가로 변형될 수 있다. 다른 유형의 변형은 예를 들어 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 "캡" 치환, 뉴클레오티드간 변형, 예컨대 예를 들어 비하전된 연결부 (예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카르바메이트 등) 및 하전된 연결부 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)를 갖는 것, 펜던트 모이어티, 예컨대 예를 들어 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-리신 등)을 함유하는 것, 삽입제 (예를 들어, 아크리딘, 프소랄렌 등)을 갖는 것, 킬레이트화제 (예를 들어, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화 금속 등)을 함유하는 것, 알킬화제를 함유하는 것, 변형 연결부 (예를 들어, 알파 아노머 핵산 등)를 갖는 것 뿐만 아니라, 폴리뉴클레오티드(들)의 비변형된 형태를 포함한다. 추가로, 당 내에 통상적으로 존재하는 임의의 히드록실 기가 예를 들어 포스포네이트 기, 포스페이트 기로 대체되거나, 표준 보호 기로 보호되거나, 추가의 뉴클레오티드에 대한 추가의 연결이 만들어지도록 활성화되거나, 또는 고체 또는 반고체 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH가 인산화되거나 또는 아민 또는 1 내지 20개의 탄소 원자의 유기 캡핑 기 모이어티로 치환될 수 있다. 다른 히드록실이 또한 표준 보호기로 유도체화될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한 일반적으로 관련 기술분야에 공지된 리보스 또는 데옥시리보스 당의 유사형, 예를 들어 2'-O-메틸-, 2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보스, 카르보시클릭 당 유사체, α-아노머 당, 에피머 당, 예컨대 아라비노스, 크실로스 또는 릭소스, 피라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비-시클릭 유사체 및 무염기 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 메틸 리보시드를 함유할 수 있다. 1개 이상의 포스포디에스테르 연결이 대안적인 연결 기로 대체될 수 있다. 이들 대안적인 연결 기는 포스페이트가 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), "(O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("포름아세탈") (여기서, 각각의 R 또는 R'는 독립적으로 H이거나 또는 임의로 에테르 (-O-) 연결부를 함유하는 치환 또는 비치환 알킬 (1-20 C), 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐 또는 아랄딜임)로 대체되는 실시양태를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 폴리뉴클레오티드 내의 모든 연결이 동일할 필요는 없다. 상기 기재는 RNA 및 DNA를 비롯하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오티드에 적용된다.
본원에 사용된 "올리고뉴클레오티드"는 일반적으로 (반드시는 아니지만) 길이가 약 250개 미만의 뉴클레오티드인 짧은 단일-가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 합성될 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기재는 올리고뉴클레오티드에 동일하고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 혼성화하고, 일반적으로 유리 3'-OH 기를 제공함으로써 상보성 핵산의 중합을 허용할 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
용어 "소분자"는 약 2000 달톤 이하, 바람직하게는 약 500 달톤 이하의 분자량을 갖는 임의의 분자를 지칭한다.
용어 "숙주 세포", "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양물"은 교환가능하게 사용되고, 외인성 핵산이 도입된 세포 (이러한 세포의 자손 포함)를 지칭한다. 숙주 세포는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"를 포함하며, 이는 1차 형질전환된 세포 및 계대배양 횟수와 관계없이 그로부터 유래된 자손을 포함한다. 자손은 모 세포와 핵산 함량이 완전히 동일하지 않을 수 있으나, 돌연변이를 함유할 수 있다. 본래 형질전환된 세포에 대해 스크리닝 또는 선택되는 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이체 자손이 본원에 포함된다.
본원에 사용된 용어 "벡터"는 그 벡터가 연결된 또 다른 핵산을 증식시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 상기 용어는 자기-복제 핵산 구조로서의 벡터 뿐만 아니라 벡터가 그 내부로 도입된 숙주 세포의 게놈 내로 통합되는 벡터를 포함한다. 특정 벡터는 그 벡터가 작동가능하게 연결된 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터는 본원에서 "발현 벡터"로 지칭된다.
"단리된" 항체는 그의 자연 환경의 성분에서 분리된 것이다. 일부 실시양태에서, 항체는 예를 들어 전기영동 (예를 들어, SDS-PAGE, 등전 포커싱 (IEF), 모세관 전기영동) 또는 크로마토그래피 (예를 들어, 이온 교환 또는 역상 HPLC)에 의해 결정된 바와 같이 95% 또는 99% 초과의 순도로 정제된다. 항체 순도의 평가 방법의 검토를 위해, 예를 들어 문헌 [Flatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)]을 참조한다.
"단리된" 핵산은 그의 자연 환경의 성분으로부터 분리된 핵산 분자를 지칭한다. 단리된 핵산은 핵산 분자를 통상적으로 함유하는 세포에 함유되는 핵산 분자를 포함하지만, 핵산 분자는 염색체 외에 또는 그의 천연 염색체 위치와 상이한 염색체 위치에 존재한다.
본원에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 이중특이적 항체), 및 원하는 항원-결합 활성을 나타내는 한 항체 단편을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 항체 구조를 포함한다.
용어 "항-PD-L1 항체" 및 "PD-L1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-L1의 표적화에서 진단제 및/또는 치료제로서 유용하도록 충분한 친화도로 PD-L1에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 한 실시양태에서, 항-PD-L1 항체의 비관련, 비-PD-L1 단백질에 대한 결합의 정도는 예를 들어 방사성면역검정 (RIA)에 의해 측정시에 항체의 PD-L1에 대한 결합의 약 10% 미만이다. 특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 상이한 종으로부터의 PD-L1 사이에서 보존된 PD-L1의 에피토프에 결합한다.
"차단" 항체 또는 "길항제" 항체는 그가 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 또는 감소시키는 항체이다. 바람직한 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 실질적으로 또는 완전히 억제한다.
"친화도"는 분자 (예를 들어, 항체)의 단일 결합 부위와 그의 결합 파트너 (예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총 합계의 강도를 지칭한다. 달리 나타내지 않는 한, 본원에 사용된 "결합 친화도"는 결합 쌍의 구성원들 (예를 들어, 항체 및 항원) 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 내인성 결합 친화도를 지칭한다. 분자 X의 그의 파트너 Y에 대한 친화도는 일반적으로 해리 상수 (Kd)로 표시될 수 있다. 친화도는 본원에 기재된 것들을 비롯하여 관련 기술분야에 공지된 통상의 방법에 의해 측정될 수 있다. 결합 친화도 측정을 위한 구체적인 설명적 및 예시적 실시양태가 하기 기재된다.
"친화도 성숙" 항체는 항원에 대한 항체의 친화도를 개선시키는 변경을 갖지 않는 모 항체와 비교하여 하나 이상의 초가변 영역 (HVR)에서 하나 이상의 변경을 갖는 항체를 지칭한다.
"항체 단편"은 무손상 항체가 결합하는 항원에 결합하는 무손상 항체의 일부를 포함하는, 무손상 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일-쇄 항체 분자 (예를 들어, scFv); 및 항체 단편들로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
참조 항체와 "동일한 에피토프에 결합하는 항체"는 경쟁 검정에서 참조 항체의 그의 항원에 대한 결합을 50% 이상 차단하고, 반대로 경쟁 검정에서 참조 항체가 항체의 그의 항원에 대한 결합을 50% 이상 차단하는 항체를 지칭한다. 예시적인 경쟁 검정이 본원에 제공된다.
용어 "키메라" 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정한 공급원 또는 종으로부터 유래된 반면, 중쇄 및/또는 경쇄의 나머지가 다른 공급원 또는 종으로부터 유래된 항체를 지칭한다.
항체의 "부류"는 그의 중쇄가 보유하는 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 5종의 주요 부류의 항체: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM이 존재하고, 이들 중 몇몇은 하위부류 (이소형), 예를 들어 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2로 추가로 분류될 수 있다. 상이한 부류의 이뮤노글로불린에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ 및 μ로 불린다.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 본원에서 교환가능하게 사용되며, 천연 항체 구조와 실질적으로 유사한 구조를 갖거나 또는 본원에 정의된 바와 같은 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 동종인 항체 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하도록 사용되고, 즉 이러한 집단을 구성하는 개별 항체는 일반적으로 소량으로 존재할 수도 있는, 예를 들어 자연 발생 돌연변이를 포함하거나 모노클로날 항체 제제의 생산 동안 생성되는 가능한 변이체 항체를 제외하고는 동일하고/하거나, 동일한 에피토프에 결합한다. 전형적으로 상이한 결정기 (에피토프)에 대해 지시된 상이한 항체를 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 달리, 모노클로날 항체 제제의 각각의 모노클로날 항체는 항원 상의 단일 결정기에 대해 지시된다. 따라서, 수식어 "모노클로날"은 항체의 실질적으로 동종인 집단으로부터 수득된 항체의 특성을 나타내고, 임의의 특정한 방법에 의한 항체 생산을 필요로 하는 것으로 간주되지 않아야 한다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용되는 모노클로날 항체는 하이브리도마 방법, 재조합 DNA 방법, 파지-디스플레이 방법, 및 인간 이뮤노글로불린 로커스의 전부 또는 일부를 함유하는 트랜스제닉 동물을 이용하는 방법을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 기술에 의해 제조할 수 있고, 상기 방법 및 모노클로날 항체를 제조하기 위한 다른 예시적인 방법이 본원에 기재된다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산된 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 보유하거나, 또는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체-코딩 서열을 이용하여 비-인간 공급원으로부터 유래된 항체이다. 인간 항체의 이러한 정의에서 비-인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체는 명확하게 배제된다.
"인간화" 항체는 비-인간 HVR로부터의 아미노산 잔기 및 인간 FR로부터의 아미노산 잔기를 포함하는 키메라 항체를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 인간화 항체는 실질적으로 1개 이상, 전형적으로 2개의 가변 도메인을 모두 포함할 것이며, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 HVR (예를 들어, CDR)은 비-인간 항체의 것에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 항체의 것에 상응한다. 인간화 항체는 임의로 인간 항체로부터 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 항체, 예를 들어 비-인간 항체의 "인간화 형태"는 인간화를 거친 항체를 지칭한다.
"면역접합체"는 세포독성제를 포함하나 이에 제한되지는 않는 하나 이상의 이종 분자(들)에 접합된 항체이다.
참조 폴리펩티드 서열에 대한 "아미노산 서열 동일성 퍼센트(%)"는 서열을 정렬시키고 필요한 경우에는 최대 서열 동일성 퍼센트 달성을 위해 갭을 도입한 후 임의의 보존적 치환을 서열 동일성의 일부로 간주하지 않으면서 참조 폴리펩티드 서열 내의 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열 내의 아미노산 잔기의 백분율로서 정의된다. 아미노산 서열 동일성 퍼센트를 결정하기 위한 정렬은 관련 기술분야 기술 범위 내의 다양한 방법, 예를 들어 공개적으로 이용가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 메갈린(Megalign) (DNASTAR) 소프트웨어를 이용하여 달성할 수 있다. 통상의 기술자는 비교할 전장 서열에 대한 최대 정렬을 달성하는데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여 서열 정렬에 적절한 파라미터를 정할 수 있다. 그러나, 본원의 목적상, 아미노산 서열 동일성 % 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 이용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제넨테크, 인크.(Genentech, Inc.) 소유로서, 소스 코드는 미국 저작권청 (20559 워싱턴 디.씨.)에 사용자 문서로 제출되어 있고, 미국 저작권 등록 번호 TXU510087로 등록되어 있다. ALIGN-2 프로그램은 제넨테크, 인크. (캘리포니아주 사우스 샌프란시스코)를 통해 공개적으로 이용가능하거나, 소스 코드로부터 컴파일링될 수 있다. ALIGN-2 프로그램은 디지털 UNIX V4.0D를 비롯한 UNIX 운영 시스템에서 사용되도록 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 파라미터는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되어 있으며 변하지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교를 위해 사용되는 상황에서, 주어진 아미노산 서열 B에, 주어진 아미노산 서열 B와, 또는 주어진 아미노산 서열 B에 대한 주어진 아미노산 서열 A의 아미노산 서열 동일성 % (대안적으로, 주어진 아미노산 서열 B에, 주어진 아미노산 서열 B와, 또는 주어진 아미노산 서열 B에 대해 특정 아미노산 서열 동일성 %를 갖거나 또는 이를 포함하는 주어진 아미노산 서열 A라는 어구로 기재될 수 있음)는 하기와 같이 계산된다:
X/Y의 분율 x 100
여기서, X는 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의한 A 및 B의 프로그램 정렬시에 상기 프로그램에 의해 동일한 매치로 스코어링된 아미노산 잔기의 수이고, Y는 B의 아미노산 잔기의 전체 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않은 경우에는 B에 대한 A의 아미노산 서열 동일성 %가 A에 대한 B의 아미노산 서열 동일성 %와 동일하지 않을 것임을 이해할 것이다. 달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 아미노산 서열 동일성 % 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 이용하여 상기 단락에 기재한 바와 같이 수득한다.
용어 "검출"은 직접 및 간접 검출을 비롯한 임의의 검출 수단을 포함한다.
본원에 사용된 용어 "바이오마커"은 샘플에서 검출될 수 있는 표지자, 예를 들어 예측, 진단 및/또는 예후를 지칭한다. 바이오마커는 특정의 분자, 병리학적적, 조직학적 및/또는 임상적 특징에 의해 특성화된 특정한 하위유형의 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)의 표지자로서 역할을 할 수 있다. 일부 실시양태에서, 바이오마커는 유전자이다. 바이오마커는 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, DNA 및/또는 RNA), 폴리뉴클레오티드 카피수 변경 (예를 들어, DNA 카피수), 폴리펩티드, 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 변형 (예를 들어, 번역후 변형), 탄수화물 및/또는 당지질-기재 분자 마커를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
용어 "바이오마커 서명", "서명", "바이오마커 발현 서명" 또는 "발현 서명"은 본원에서 교환가능하게 사용되고, 그의 발현이 표지자, 예를 들어 예측, 진단 및/또는 예후인 바이오마커 중 하나 또는 그의 조합을 지칭한다. 바이오마커 서명은 특정의 분자, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징에 의해 특성화된 특정한 하위유형의 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)의 표지자로서 역할을 할 수 있다. 일부 실시양태에서, 바이오마커 서명은 "유전자 서명"이다. 용어 "유전자 서명"은 "유전자 발현 서명"과 교환가능하게 사용되고, 그의 발현이 표지자, 예를 들어 예측, 진단 및/또는 예후인 폴리뉴클레오티드 중 하나 또는 그의 조합을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 바이오마커 서명은 "단백질 서명"이다. 용어 "단백질 서명"은 "단백질 발현 서명"과 교환가능하게 사용되고, 그의 발현이 표지자, 예를 들어 예측, 진단 및/또는 예후인 폴리펩티드 중 하나 또는 그의 조합을 지칭한다.
개체에 대한 증가된 임상적 이익과 연관된 바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플 중의 검출가능한 수준이다. 이것은 통상의 기술자에게 공지되고 또한 본 발명에 의해 개시된 방법에 의해 측정될 수 있다. 평가되는 바이오마커의 발현 수준 또는 양은 치료에 대한 반응을 결정하기 위해 사용될 수 있다.
용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 일반적으로 교환가능하게 사용되고, 일반적으로 생물학적 샘플에서 바이오마커의 양을 지칭한다. "발현"은 일반적으로 정보 (예를 들어, 유전자-코딩 및/또는 후성학)가 세포 내에 존재하고 작동하는 구조로 전환되는 과정을 지칭다. 따라서, 본원에 사용된 "발현"은 폴리뉴클레오티드로의 전사, 폴리펩티드로의 번역 또는 심지어 폴리뉴클레오티드 및/또는 풀리펩티드 변형 (예를 들어, 폴리펩티드의 번역후 변형)을 지칭할 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 및/또는 풀리펩티드 변형 (예를 들어, 폴리펩티드의 번역후 변형)은 또한 이들이 대안적 스플라이싱에 의해 생성된 전사체 또는 분해된 전사체로부터 유래하든지 또는 예를 들어 단백질분해에 의한 폴리펩티드의 번역후 프로세싱으로부터 유래하든지 발현되는 것으로 여겨질 것이다. "발현된 유전자"는 mRNA로서 폴리뉴클레오티드로 전사되고, 이어서 폴리펩티드로 번역되는 것, 또한 RNA로 전사되지만 폴리펩티드로 번역되지 않는 것 (예를 들어, 운반 및 리보솜 RNA)을 포함한다.
"상승된 발현", "상승된 발현 수준" 또는 "상승된 수준"은 대조군, 예컨대 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 앓고 있지 않은 개체 또는 개체들 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 바이오마커)에 비해 개체에서 바이오마커의 증가된 발현 또는 증가된 수준을 지칭한다.
"감소된 발현", "감소된 발현 수준" 또는 "감소된 수준"은 대조군, 예컨대 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 앓고 있지 않은 개체 또는 개체들 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 바이오마커)에 비해 개체에서 바이오마커의 감소된 발현 또는 감소된 수준을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 감소된 발현은 거의 없거나 또는 전혀 없는 발현이다.
용어 "하우스키핑 바이오마커"는 전형적으로 모든 세포 유형에서 유사하게 존재한 바이오마커 또는 바이오마커의 군 (예를 들어, 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드)을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 하우스키핑 바이오마커는 "하우스키핑 유전자"이다. "하우스키핑 유전자"는 본원에서 그의 활성이 세포 기능의 유지에 필수적이고 전형적으로 모든 세포 유형에서 유사하게 존재하는 단백질을 코딩하는 유전자 또는 유전자의 군을 지칭한다.
본원에 사용된 "증폭"은 일반적으로 원하는 서열의 다중 카피를 생산하는 과정을 지칭한다. "다중 카피"는 적어도 2개의 카피를 의미한다. "카피"가 반드시 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하는 것이 아니다. 예를 들어, 카피는 뉴클레오티드 유사체, 예를 들어 데옥시이노신, 의도적인 서열 변경 (예컨대, 주형에 혼성화가능하지만 상보성이지는 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입되는 서열 변경), 및/또는 증폭 동안 발생하는 서열 오류를 포함할 수 있다.
용어 "멀티플렉스-PCR"은 단일 반응에서 2개 이상의 DNA 서열을 증폭시키는 목적을 위해 하나 초과의 프라이머 세트를 사용하여 단일 공급원 (예를 들어, 개체)으로부터 수득한 핵산에 대해 수행되는 단일 PCR 반응을 지칭한다.
혼성화 반응의 "엄격도"는 통상의 기술자에 의해 용이하게 결정될 수 있고, 일반적으로 프로브 길이, 세척 온도 및 염 농도에 따라 실험적으로 계산된다. 일반적으로, 프로브가 길수록 적절한 어닐링을 위해 더 높은 온도가 필요하고, 프로브가 짧으면 보다 낮은 온도가 필요하다. 혼성화는 일반적으로 상보성 가닥이 그의 융점 미만의 환경에 존재할 때 변성 DNA가 재어닐링되는 능력에 따라 결정된다. 프로브와 혼성화 가능 서열 사이의 바람직한 상동성 정도가 클수록 사용될 수 있는 상대적 온도가 더 높다. 그 결과, 보다 높은 상대 온도는 반응 조건을 보다 엄격하게 만들고, 보다 낮은 온도는 덜 엄격하게 만드는 경향이 있다. 혼성화 반응의 엄격도에 대한 추가의 상세한 내용 및 설명에 대해 문헌 [Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)]을 참조한다.
본원에 정의된 바와 "엄격한 조건" 또는 "고 엄격도 조건"은 다음에 의해 확인될 수 있다: (1) 세척시 낮은 이온 강도 및 높은 온도, 예를 들어 50℃에서 0.015 M 염화나트륨/0.0015 M 시트르산나트륨/0.1% 소듐 도데실 술페이트를 사용하거나, (2) 혼성화 동안에 42℃에서 포름아미드, 예를 들어 0.1% 소 혈청 알부민/0.1% 피콜/0.1% 폴리비닐피롤리돈/750 mM 염화나트륨, 75 mM 시트르산나트륨을 함유하는 50 mM 인산나트륨 완충제 (pH 6.5)를 함유하는 50% (v/v) 포름아미드와 같은 변성제를 사용하거나, 또는 (3) 42℃에서 50% 포름아미드, 5 x SSC (0.75 M NaCl, 0.075 M 시트르산나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 6.8), 0.1% 피로인산나트륨, 5 x 덴하르트(Denhardt) 용액, 음파처리된 연어 정자 DNA (50 μg/ml), 0.1% SDS 및 10% 덱스트란 술페이트를 사용하고 42℃에서 0.2 x SSC (염화나트륨/시트르산나트륨) 중에 10분 세척한 후에, 55℃에서 EDTA가 함유된 0.1 x SSC로 이루어진 고엄격도 세척을 10분 수행하여 용액 중에서 밤샘 혼성화한다.
"중간 정도 엄격한 조건"은 문헌 [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989]에 기재된 바와 같이 확인할 수 있고, 상기한 것보다 엄격성이 낮은 세척 용액 및 혼성화 조건 (예를 들어, 온도, 이온 강도 및 %SDS)의 사용을 포함한다. 중간 정도 엄격한 조건의 예는 20% 포름아미드, 5 x SSC (150 mM NaCl, 15 mM 시트르산삼나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 7.6), 5 x 덴하르트 용액, 10% 덱스트란 술페이트 및 20 mg/ml의 변성되고 전단된 연어 정자 DNA를 포함하는 용액 중에서 37℃에서 밤새 인큐베이션한 후, 필터를 약 37-50℃에서 1 x SSC로 세척하는 것이다. 통상의 기술자는 프로브 길이 등과 같은 인자를 조정하기 위해 필요한 온도, 이온 강도 등의 조정 방법을 알 것이다.
본원에 사용된 "폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "PCR"의 기술은 일반적으로 미량의 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정 조각이 1987년 7월 28일에 허여된 미국 특허 번호 4,683,195에 기재된 바와 같이 증폭되는 절차를 지칭한다. 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있도록, 관심 영역 말단 또는 그 너머로부터의 서열 정보는 활용될 필요가 있으며; 이러한 프라이머는 증폭시키려는 주형의 대향하는 가닥에 대한 서열과 동일하거나 유사할 것이다. 2개 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭되는 물질의 말단과 일치할 수 있다. PCR은 특정한 RNA 서열, 전체 게놈 DNA로부터의 특정한 DNA 서열, 및 전체 세포 RNA로부터 전사되는 cDNA, 박테리오파지 또는 플라스미드 서열 등을 증폭하는데 사용될 수 있다. 일반적으로 문헌 [Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)]을 참조한다. 본원에 사용된 PCR은 프라이머로서 공지의 핵산 (DNA 또는 RNA)을 사용하는 것을 포함하는 핵산 시험 샘플을 증폭시키는 핵산 폴리머라제 반응 방법의 하나의 예이지만 유일한 예는 아닌 것으로 간주되고, 핵산 폴리머라제를 활용하여 특정 조각의 핵산을 증폭 또는 생성시키거나 또는 특정한 핵산에 상보성인 특정 조각의 핵산을 증폭 또는 생성시킨다.
"정량적 실시간 폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "qRT-PCR"은 PCR 생성물의 양이 PCR 반응에서 각각의 단계에서 측정되는 PCR의 형태를 지칭한다. 상기 기술은 문헌 [Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004); 및 Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004)]을 포함한 다양한 공개 문헌에 기재되어 있다.
용어 "마이크로어레이"는 기판 상의 혼성화가능한 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브의 정렬된 배열을 지칭한다.
용어 "폴리뉴클레오티드"는 단수 또는 복수로 사용될 때 일반적으로 비변형된 RNA 또는 DNA 또는 변형된 RNA 또는 DNA일 수 있는 임의의 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 지칭한다. 따라서, 예를 들어 본원에 정의된 바와 같은 폴리뉴클레오티드는 비제한적으로 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥 또는 보다 전형적으로는 이중-가닥일 수도 있거나 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함할 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 또한, 본원에 사용된 용어 "폴리뉴클레오티드"는 RNA 또는 DNA, 또는 RNA와 DNA 둘 다를 포함하는 삼중-가닥 영역을 지칭한다. 이러한 영역 내 가닥들은 동일한 분자 또는 상이한 분자로부터의 것일 수 있다. 상기 영역은 모두 1개 이상의 분자를 포함할 수 있지만, 보다 전형적으로는 오직 일부 분자의 영역을 포함한다. 삼중-나선 영역의 분자 중 1개는 종종 올리고뉴클레오티드이다. 용어 "폴리뉴클레오티드"는 구체적으로 cDNA를 포함한다. 용어는 1개 이상의 변형된 염기를 함유하는 DNA (cDNA 포함) 및 RNA를 포함한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 인해 변형된 백본을 갖는 DNA 또는 RNA는 본원에서 의도된 용어와 같은 "폴리뉴클레오티드"이다. 또한, 이노신과 같은 비통상적 염기 또는 삼중수소화 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA가 본원에 정의된 바와 같은 용어 "폴리뉴클레오티드"에 포함된다. 일반적으로, 용어 "폴리뉴클레오티드"는 비변형된 폴리뉴클레오티드의 모든 화학적으로, 효소적으로 및/또는 대사적으로 변형된 형태 뿐만 아니라 바이러스 및 세포 (단순 및 복합 세포 포함)의 특징적인 DNA 및 RNA의 화학적 형태를 포함한다.
용어 "올리고뉴클레오티드"는 단일-가닥 데옥시리보뉴클레오티드, 단일-가닥 또는 이중-가닥 리보뉴클레오티드, RNA:DNA 하이브리드 및 이중-가닥 DNA를 포함하나 이에 제한되지 않는 비교적 짧은 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드, 예컨대 단일-가닥 DNA 프로브 올리고뉴클레오티드는 종종 예를 들어 상업적으로 입수가능한 자동화 올리고뉴클레오티드 합성기를 이용하여 화학적 방법에 의해 합성된다. 그러나, 올리고뉴클레오티드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기술을 비롯한 다양한 다른 방법에 의해 및 세포 및 유기체에서 DNA의 발현에 의해 제조될 수 있다.
용어 "진단"은 분자 또는 병리학적 상태, 질환 또는 상태 (예를 들어, 암)의 확인 또는 분류를 지칭하기 위해 본원에 사용된다. 예를 들어, "진단"은 특정한 유형의 암의 확인을 지칭할 수 있다. "진단"은 또한 예를 들어 조직병리학적 기준, 또는 분자 특징 (예를 들어, 바이오마커 (예를 들어, 특정한 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질) 중 하나 또는 그의 조합의 발현에 의해 특성화된 하위유형)에 의한 특정한 유형의 암의 분류를 지칭할 수 있다.
용어 "진단을 돕는 것"은 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)의 특정한 유형의 증상 또는 상태의 존재 또는 특성에 대한 임상적 결정을 돕는 방법을 지칭하기 위해 본원에 사용된다. 예를 들어, 질환 또는 상태 (예를 들어, 암)의 진단을 돕는 방법은 개체로부터 생물학적 샘플에서 특정 바이오마커를 측정하는 것을 포함할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "샘플"은 예를 들어 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특징에 기초하여 특성화 및/또는 확인되는 세포성 및/또는 다른 분자 엔티티를 함유하는 관심 대상체 및/또는 개체로부터 얻거나 이들체로부터 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 그의 변형 표현은 특성화되는 세포성 및/또는 분자 엔티티를 함유하는 것으로 예상되거나 공지된 관심 대상으로부터 얻은 임의의 샘플을 의미한다. 샘플은 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 유리체액, 림프액, 활액, 여포액, 정액, 양수, 유액, 전혈, 혈액-유래 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 객담, 누액, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물, 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직 및 세포 추출물, 및 그의 조합을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
"조직 샘플" 또는 "세포 샘플"은 대상체 또는 개체의 조직으로부터 얻은 유사한 세포의 집합을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선하고/하거나 냉동되고/되거나 보존된 기관, 조직 샘플, 생검 및/또는 흡인물로부터의 고체 조직, 혈액 또는 임의의 혈액 구성성분, 예를 들어 뇌 척수액, 양수, 복수액 또는 간질액과 같은 체액 및 대상체의 임신 또는 발생 중 임의의 시점으로부터의 세포 또는 혈장일 수 있다. 또한, 조직 샘플은 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/기관으로부터 수득한다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연적으로 서로 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양소, 항생제 등을 함유할 수 있다.
본원에 사용된 "참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직", "대조 샘플", "대조 세포" 또는 "대조 조직"은 비교 목적을 위해 사용되는 샘플, 세포, 조직, 표준 또는 수준을 지칭한다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 동일한 대상체 또는 개체의 건강한 및/또는 비-이환된 신체 일부 (예를 들어, 조직 또는 세포)로부터 수득한다. 예를 들어, 건강한 및/또는 비-이환된 세포 또는 조직은 이환된 세포 또는 조직 (예를 들어, 종양에 인접한 세포 또는 조직)에 인접하여 있다. 또 다른 실시양태에서, 참조 샘플은 동일한 대상체 또는 개체의 신체의 비처리 조직 및/또는 세포로부터 수득한다. 또 다른 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 개체의 건강한 및/또는 비-이환된 신체의 일부 (예를 들어, 조직 또는 세포)로부터 수득한다. 또 다른 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 개체의 신체의 비처리 조직 및/또는 세포로부터 수득한다.
본원에서의 목적을 위해, 조직 샘플의 "절편"은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예를 들어 조직 샘플로부터 절단한 조직의 박편 또는 세포를 의미한다. 조직 샘플의 동일한 절편이 형태 및 분자 수준 둘 다에서 분석되거나, 또는 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 둘 다에 대해 분석될 수 있음을 이해한다면, 조직 샘플의 다수의 절편을 채취하여 분석에 적용할 수 있음이 이해된다.
"상관시키다" 또는 "상관시키는"은 임의의 방식으로든 제1 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 제2 프로토콜의 수행시에 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용할 수 있고/있거나 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 제2 분석 또는 프로토콜을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 폴리뉴클레오티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 특정 치료 요법을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 폴리뉴클레오티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 특정 치료 요법을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다.
"개체 반응" 또는 "반응"은 (1) 질환 진행 (예를 들어, 암 진행)의 어느 정도까지의 억제, 예를 들어 지연 및 완전한 정지, (2) 종양 크기의 감소, (3) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 암 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지), (4) 전이의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지), (5) 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)와 연관된 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 완화, (6) 생존 (전체 생존 및 무진행 생존 포함)의 기간의 증가 또는 연장, 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 감소된 사망률을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 개체에게 이익을 나타내는 임의의 종점을 이용하여 평가할 수 있다.
의약을 사용하는 치료에 대한 환자의 "유효 반응" 또는 환자의 "반응성" 및 유사한 용어는 질환 또는 장애, 예컨대 암에 걸릴 위험이 있거나 또는 이를 앓고 있는 환자에게 부여되는 임상적 또는 치료적 이익을 지칭한다. 한 실시양태에서, 이러한 이익은 생존 (전체 생존 및 무진행 생존 포함) 연장; 객관적 반응 (완전 반응 또는 부분 반응 포함)의 발생; 또는 암의 증상 또는 징후의 개선 중 어느 하나 이상을 포함한다. 한 실시양태에서, 바이오마커 (예를 들어, PD-L1 발현 (예를 들어, IHC를 이용하여 결정됨))는 바이오마커를 발현하지 않는 환자에 비해 의약 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)을 사용하는 치료에 반응할 가능성이 증가할 것으로 예측되는 환자를 확인하기 위해 사용된다. 한 실시양태에서, 바이오마커 (예를 들어, PD-L1 발현 (예를 들어, IHC를 이용하여 결정됨))는 바이오마커를 동일한 수준으로 발현하지 않는 환자에 비해, 의약 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)을 사용하는 치료에 반응할 가능성이 증가할 것으로 예측되는 환자를 확인하기 위해 사용된다. 한 실시양태에서, 바이오마커의 존재는 바이오마커가 존재하지 않는 환자에 비해, 의약을 사용하는 치료에 대해 반응할 가능성이 더 큰 환자를 확인하기 위해 사용된다. 또 다른 실시양태에서, 바이오마커의 존재는 바이오마커가 존재하지 않는 환자에 비해, 의약을 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가할 환자를 결정하기 위해 사용된다.
생존"은 환자가 계속 살아있는 것을 지칭하고, 전체 생존 뿐만 아니라 무진행 생존을 포함한다.
전체 생존은 진단 또는 치료 시점로부터 소정의 기간, 예컨대 1년, 5년 등의 기간 동안 환자가 계속 살아있는 것을 지칭한다.
무진행 생존은 암이 진행되거나 악화되지 않으면서 환자가 계속 살아있는 것을 지칭한다.
"생존 연장"은 치료받지 않은 환자에 비해 (즉, 의약을 사용하여 치료받지 않은 환자에 비해) 또는 바이오마커를 지정된 수준으로 발현하지 않는 환자에 비해, 및/또는 승인된 항종양제를 사용하여 치료받은 환자에 비해, 치료받은 환자에서의 전체 생존 또는 무진행 생존이 증가하는 것을 의미한다. 객관적 반응은 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 포함하는 측정가능한 반응을 지칭한다.
완전 반응 또는 "CR"은 치료에 반응하여 암의 모든 증상이 사라짐을 의도한다. 이것은 항상 암이 치유되었음을 의미하지는 않는다.
부분 반응 또는 "PR"은 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변 크기의 감소, 또는 신체 내 암 정도의 감소를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "실질적으로 동일한"은 통상의 기술자가 2개의 수치값 (예를 들어, Kd 값 또는 발현)에 의해 측정된 생물학적 특징과 관련하여 이들 2개 값 사이의 차이를 생물학적 및/또는 통계적 유의성이 거의 없거나 또는 전혀 없는 것으로 간주하도록, 상기 값 사이의 충분히 높은 정도의 유사성을 나타낸다. 상기 2개의 값 사이의 차이는 참조/비교 값의 함수로서, 예를 들어 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만 및/또는 약 10% 미만이다.
본원에 사용된 어구 "실질적으로 상이한"은 통상의 기술자가 2개의 수치 값 (예를 들어, Kd 값)에 의해 측정된 생물학적 특징과 관련하여 이들 2개 값 사이의 차이를 통계적 유의성이 있는 것으로 간주할 정도의, 상기 값 사이의 충분히 높은 정도의 차이를 나타낸다. 상기 2개의 값 사이의 차이는 참조/비교 분자에 대한 값의 함수로서 예를 들어 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과 및/또는 약 50% 초과이다.
단어 "표지"는 본원에 사용된 경우에 검출가능한 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 전형적으로 시약, 예컨대 폴리뉴클레오티드 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 융합되고, 그와 접합되거나 융합된 시약의 검출을 용이하게 한다. 표지는 그 자체로 검출가능할 수도 있고 (예를 들어, 방사선동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우에는 검출가능한 생성물을 생성하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매할 수도 있다.
"유효량"은 목적하는 치료 또는 예방 결과 달성에 필요한 투여량에서 이러한 기간 동안 유효한 양을 지칭한다.
"치료 유효량"은 포유동물에서 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하기 위한 치료제의 양을 지칭한다. 암의 경우에, 치료제의 치료 유효량은 암 세포의 수를 감소시킬 수 있고/거나; 원발성 종양 크기를 감소시킬 수 있고/거나; 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제할 수 있고/거나 (즉, 어느 정도까지 느리게 하고, 바람직하게는 정지시킴); 종양 전이를 억제할 수 있고/거나 (즉, 어느 정도까지 느리게 하고, 바람직하게는 정지시킴); 종양 성장을 어느 정도까지 억제할 수 있고/거나; 장애와 연관된 하나 이상의 증상을 어느 정도까지 완화할 수 있다. 약물은, 존재하는 암 세포의 성장을 방지하고/거나 존재하는 암 세포를 사멸시킬 수 있는 정도까지 세포증식억제성 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 요법의 경우에, 생체내 효능은 예를 들어 생존 기간, 질환 진행까지의 시간 (TTP), 반응률 (RR), 반응 지속기간 및/또는 삶의 질을 평가하여 측정될 수 있다.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 비조절된 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리학적 상태를 지칭하거나 기재한다. 이 정의는 양성 및 악성 암을 포함한다. "초기 병기 암" 또는 "초기 병기 종양"은 침습성 또는 전이성이 아닌 암을 의미하거나, 또는 0, I 또는 II기의 암으로 분류된다. 암의 예는 암종, 림프종, 모세포종 (수모세포종 및 망막모세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종 및 도세포암 포함), 중피종, 슈반세포종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프성 악성종양을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 이러한 암의 보다 특정한 예는 편평세포암 (예를 들어, 상피 편평세포암), 폐암, 예를 들어 소세포 폐암 (SCLC), 비소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종 및 폐의 편평세포 암종, 복막암, 간세포성암, 위장암을 비롯한 위의 암 또는 위암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간세포암, 유방암 (전이성 유방암 포함), 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액선 암종, 신장암 또는 신암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 메르켈 세포 암, 균상식육종, 고환암, 식도암, 담도의 종양 뿐만 아니라 두경부암 및 혈액 악성종양을 포함한다. 일부 실시양태에서, 암은 국부 재발성 또는 전이성 질환 (여기서 국부 재발성 질환은 치유 의도를 갖는 절제로 다룰 수 없음)을 갖는 유방의 임의의 조직학적으로 확인된 삼중-음성 (ER-, PR-, HER2-) 선암종을 비롯한 삼중-음성 전이성 유방암이다.
용어 "제약 제제"는 그 안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하는 형태로 존재하며, 제제가 투여될 대상체에게 허용되지 않는 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다.
"제약상 허용되는 담체"는 대상체에게 비독성인, 활성 성분 이외의 다른 제약 제제 내의 성분을 지칭한다. 제약상 허용되는 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 보존제를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 "치료" (및 "치료하다" 또는 "치료하는"과 같은 그의 문법적 변형)는 치료되는 개체의 자연적 과정을 변경시키려는 임상적 개입을 지칭하고, 임상 병리상태의 예방을 위해 또는 그 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발생 또는 재발 예방, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접적 또는 간접적 병리학적 결과의 축소, 전이의 예방, 질환 질행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 완화 또는 개선된 예후를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 항체는 질환의 발생을 지연시키거나 또는 질환의 진행을 느리게 하기 위해 사용된다.
용어 "항암 요법"은 암을 치료하는데 유용한 요법을 지칭한다. 항암 치료제의 예는, 예를 들어 화학요법제, 성장 억제제, 세포독성제, 방사선 요법에 사용되는 작용제, 항혈관신생제, 아폽토시스성 작용제, 항-튜불린 작용제, 및 암을 치료하기 위한 다른 작용제, 항-CD20 항체, 혈소판 유래 성장 인자 억제제 (예를 들어, 글리벡(Gleevec)™ (이마티닙 메실레이트)), COX-2 억제제 (예를 들어, 셀레콕시브), 인터페론, 시토카인, 하기 표적 PDGFR-베타, BlyS, APRIL, BCMA 수용체(들) 중 하나 이상에 결합하는 길항제 (예를 들어, 중화 항체), TRAIL/Apo2, 및 다른 생물활성제 및 유기 화학적 작용제 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 그의 조합이 또한 본 발명에 포함된다.
본원에 사용된 용어 "세포독성제"는 세포의 기능을 억제 또는 방해하고/거나 세포의 파괴를 유발하는 물질을 지칭한다. 이 용어는 방사성 동위원소 (예를 들어, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, 및 Lu의 방사성 동위원소), 화학요법제, 예를 들어, 메토트렉세이트, 아드리아미신, 빈카 알칼로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로람부실, 다우노루비신 또는 다른 삽입제, 효소 및 그의 단편, 예컨대 핵산분해 효소, 항생제, 및 독소, 예컨대 소분자 독소 또는 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소 활성 독소 (그의 단편 및/또는 변이체 포함), 및 하기 개시되는 다양한 항종양제 또는 항암제를 포함하도록 의도된다. 다른 세포독성제는 하기 기재되어 있다. 종양사멸제는 종양 세포의 파괴를 유발한다.
"화학요법제"는 암의 치료에 유용한 화학적 화합물을 지칭한다. 화학요법제의 예는 알킬화제, 예컨대 티오테파 및 시클로포스파미드 (시톡산(CYTOXAN)®); 알킬 술포네이트, 예컨대 부술판, 임프로술판 및 피포술판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸라멜라민 (알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸올로멜라민 포함); 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 델타-9-테트라히드로칸나비놀 (드로나비놀, 마리놀(MARINOL)®); 베타-라파콘; 라파콜; 콜키신; 베툴린산; 캄프토테신 (합성 유사체 토포테칸 (하이캄틴(HYCAMTIN)®), CPT-11 (이리노테칸, 캄프토사르(CAMPTOSAR)®), 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴 및 9-아미노캄프토테신 포함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (그의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체 포함); 포도필로톡신; 포도필린산; 테니포시드; 크립토피신 (특히 크립토피신 1 및 크립토피신 8); 돌라스타틴; 두오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘레우테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드, 예컨대 클로람부실, 클로르나파진, 클로로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥시드 히드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비킨, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스타드; 니트로스우레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴 및 라니무스틴; 항생제, 예컨대 에네디인 항생제 (예를 들어, 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 감마1I 및 칼리케아미신 오메가I1 (예를 들어, 문헌 [Nicolaou et al., Angew. Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)] 참조); CDP323 (경구 알파-4 인테그린 억제제); 다이네미신 (다이네미신 A 포함); 에스페라미신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소단백질 에네디인 항생 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신 (아드리아마이신(ADRIAMYCIN)®, 모르폴리노-독소루비신, 시아노모르폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신, 독소루비신 HCl 리포솜 주사 (독실(DOXIL)®), 리포솜 독소루비신 TLC D-99 (마이오세트(MYOCET)®), PEG화 리포솜 독소루비신 (케릭스(CAELYX)®) 및 데옥시독소루비신 포함), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 예컨대 미토마이신 C, 미코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포트피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항대사물, 예컨대 메토트렉세이트, 겜시타빈 (겜자르(GEMZAR)®), 테가푸르 (유프토랄(UFTORAL)®), 카페시타빈 (젤로다(XELODA)®), 에포틸론 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 폴산 유사체, 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐, 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론, 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-아드레날, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄; 폴산 보충물, 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코시드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르니틴; 엘리프티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 히드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드, 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 2-에틸히드라지드; 프로카르바진; PSK® 폴리사카라이드 복합체 (JHS 내츄럴 프로덕츠(JHS Natural Products), 오레곤주 유진); 라족산; 리족신; 시조피란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2'-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신 (엘디신(ELDISINE)®, 필데신(FILDESIN)®); 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노시드 ("Ara-C"); 티오테파; 탁소이드, 예를 들어, 파클리탁셀 (탁솔(TAXOL)®), 파클리탁셀의 알부민-조작된 나노입자 제제 (아브락산(ABRAXANE)™), 및 도세탁셀 (탁소테레(TAXOTERE)®); 클로란부실; 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 작용제, 예컨대 시스플라틴, 옥살리플라틴 (예를 들어, 엘록사틴(ELOXATIN)®) 및 카르보플라틴; 미세소관을 형성하는 튜불린 중합을 억제하는 빈카 (빈블라스틴 (벨반(VELBAN)®), 빈크리스틴 (온코빈(ONCOVIN)®), 빈데신 (엘디신®, 필데신®) 및 비노렐빈 (나벨빈(NAVELBINE)®) 포함); 에토포시드 (VP-16); 이포스파미드; 미톡산트론; 류코보빈; 노반트론; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 이반드로네이트; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드, 예컨대 레티노산 (벡사로텐 (탈그레틴(TARGRETIN)®) 포함); 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트 (예를 들어, 보네포스(BONEFOS)® 또는 오스탁(OSTAC)®), 에티드로네이트 (디드로칼(DIDROCAL)®), NE-58095, 졸레드론산/졸레드로네이트 (조메타(ZOMETA)®), 알렌드로네이트 (포사맥스(FOSAMAX)®), 파미드로네이트 (아레디아(AREDIA)®), 틸루드로네이트 (스켈리드(SKELID)®) 또는 리세드로네이트 (악토넬(ACTONEL)®); 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식과 연관된 신호전달 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 것, 예컨대 예를 들어, PKC-알파, Raf, H-Ras 및 표피 성장 인자 수용체 (EGF-R); 백신, 예컨대 테라토프(THERATOPE)® 백신 및 유전자 요법 백신, 예를 들어, 알로벡틴(ALLOVECTIN)® 백신, 류벡틴(LEUVECTIN)® 백신 및 박시드(VAXID)® 백신; 토포이소머라제 1 억제제 (예를 들어, 루르토테칸(LURTOTECAN)®); rmRH (예를 들어, 아바렐릭스(ABARELIX)®); BAY439006 (소라페닙; 바이엘(Bayer)); SU-11248 (수니티닙, 수텐트(SUTENT)®, 화이자(Pfizer)); 페리포신, COX-2 억제제 (예를 들어, 셀레콕시브 또는 에토리콕시브), 프로테오솜 억제제 (예를 들어, PS341); 보르테조밉 (벨케이드(VELCADE)®); CCI-779; 티피파르닙 (R11577); 오라페닙, ABT510; Bcl-2 억제제, 예컨대 오블리메르센 나트륨 (게나센스(GENASENSE)®); 픽산트론; EGFR 억제제 (하기의 정의 참조); 티로신 키나제 억제제 (하기의 정의 참조); 세린-트레오닌 키나제 억제제, 예컨대 라파마이신 (시롤리무스, 라파뮨(RAPAMUNE)®); 파르네실트랜스퍼라제 억제제, 예컨대 로나파르닙 (SCH 6636, 사라사르(SARASAR)™); 및 상기 중 임의의 것의 제약상 허용되는 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 상기 중 2종 이상의 조합물, 예컨대 CHOP (시클로포스파미드, 독소루비신, 빈크리스틴 및 플레드니솔론의 조합 요법의 약어) 및 FOLFOX (5-FU 및 류코보빈과 조합된 옥살리플라틴 (엘록사틴(ELOXATIN)™)을 사용한 치료 요법의 약어)를 포함한다.
본원에 정의된 바와 같은 화학요법제는 암의 성장을 촉진할 수 있는 호르몬의 효과를 조절, 감소, 차단 또는 억제하는 작용을 하는 "항호르몬제" 또는 "내분비 치료제"를 포함한다. 이들은 혼합된 효능제/길항제 프로파일을 갖는 항에스트로겐, 예를 들어 타목시펜 (놀바덱스(NOLVADEX)®), 4-히드록시타목시펜, 토레미펜 (파레스톤(FARESTON)®), 이독시펜, 드롤록시펜, 랄록시펜 (에비스타(EVISTA)®), 트리옥시펜, 케옥시펜, 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절제 (SERM), 예컨대 SERM3; 효능제 특성을 갖지 않는 순수한 항에스트로겐, 예컨대 풀베스트란트 (파슬로덱스(FASLODEX)®) 및 EM800 (이러한 작용제는 에스트로겐 수용체 (ER) 이량체화를 차단하고/거나, DNA 결합을 억제하고/거나, ER 턴오버를 증가시키고/거나 ER 수준을 억제할 수 있음); 아로마타제 억제제, 예를 들어 스테로이드성 아로마타제 억제제, 예컨대 포르메스탄 및 엑세메스탄 (아로마신(AROMASIN)®), 및 비스테로이드성 아로마타제 억제제, 예컨대 아나스트라졸 (아리미덱스(ARIMIDEX)®), 레트로졸 (페마라(FEMARA)®) 및 아미노글루테티미드, 및 다른 아로마타제 억제제, 예를 들어 보로졸 (리비소르(RIVISOR)®), 메게스트롤 아세테이트 (메가세(MEGASE)®), 파드로졸 및 4(5)-이미다졸; 황체화 호르몬-방출 호르몬 효능제, 예를 들어 류프롤리드 (루프론(LUPRON)® 및 엘리가드(ELIGARD)®), 고세렐린, 부세렐린 및 트립테렐린; 성 스테로이드, 예를 들어 프로게스틴, 예컨대 메게스트롤 아세테이트 및 메드록시프로게스테론 아세테이트, 에스트로겐, 예컨대 디에틸스틸베스트롤 및 프레마린, 및 안드로겐/레티노이드, 예컨대 플루옥시메스테론, 모든 트랜스레티온산 및 펜레티니드; 오나프리스톤; 항프로게스테론; 에스트로겐 수용체 하향 조절제 (ERD); 항안드로겐, 예컨대 플루타미드, 닐루타미드 및 비칼루타미드; 및 상기 중 임의의 것의 제약상 허용되는 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 상기 중 2종 이상의 조합물을 포함하나 이에 제한되지는 않는 호르몬 그 자체일 수 있다.
본원에 사용된 용어 "전구약물"은 모 약물에 비해 종양 세포에 덜 세포독성이고, 보다 활성의 모 형태로 효소에 의해 활성화되거나 전환될 수 있는, 제약 활성 물질의 전구체 또는 유도체 형태를 지칭한다. 예를 들어, 문헌 [Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) 및 Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985)]을 참조한다. 본 발명의 전구약물은, 보다 활성의 세포독성 유리 약물로 전환될 수 있는, 포스페이트-함유 전구약물, 티오포스페이트-함유 전구약물, 술페이트-함유 전구약물, 펩티드-함유 전구약물, D-아미노산-개질된 전구약물, 글리코실화 전구약물, β-락탐-함유 전구약물, 임의로 치환된 페녹시아세트아미드-함유 전구약물 또는 임의로 치환된 페닐아세트아미드-함유 전구약물, 5-플루오로시토신 및 다른 5-플루오로우리딘 전구약물을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 본 발명에 사용하기 위한 전구약물 형태로 유도체화될 수 있는 세포독성 약물의 예는 상기 기재된 화학요법제를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 경우에 "성장 억제제"는 세포 (예를 들어, 시험관내 또는 생체내에서 그의 성장이 PD-L1 발현에 의존하는 세포)의 성장을 억제하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 성장 억제제의 예는 세포 주기 진행을 (S기 이외의 다른 단계에서) 차단하는 작용제, 예컨대 G1 정지 및 M-기 정지를 유도하는 작용제를 포함한다. 전통적인 M-기 차단제는 빈카 (빈크리스틴 및 빈블라스틴), 탁산, 및 토포이소머라제 II 억제제, 예컨대 독소루비신, 에피루비신, 다우노루비신, 에토포시드 및 블레오마이신을 포함한다. G1을 정지시키는 작용제, 예를 들어 DNA 알킬화제, 예컨대 타목시펜, 프레드니손, 다카르바진, 메클로레타민, 시스플라틴, 메토트렉세이트, 5-플루오로우라실 및 ara-C는 또한 S-기 정지로까지 이어진다. 추가의 정보는 문헌 [The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn and Israel, eds., Chapter 1, entitled "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" by Murakami et al. (WB Saunders: Philadelphia, 1995)] (특히, p. 13)에서 찾아볼 수 있다. 탁산 (파클리탁셀 및 도세탁셀)은 둘 다 주목으로부터 유래된 항암 약물이다. 유럽 주목으로부터 유래된 도세탁셀 (탁소테레®, 롱-프랑 로러(Rhone-Poulenc Rorer))은 파클리탁셀 (탁솔®, 브리스톨-마이어스 스큅(Bristol-Myers Squibb))의 반합성 유사체이다. 파클리탁셀 및 도세탁셀은 튜불린 이량체로부터의 미세관 어셈블리를 촉진하고, 탈중합을 방지함으로써 미세관을 안정화시켜서 세포에서의 유사분열 억제를 유발한다.
"방사선 요법"은 정상적으로 기능하거나 세포를 파괴하는 능력이 완전히 제한되도록 세포에 대한 충분한 손상을 유도하기 위해 지정된 감마선 또는 베타선을 사용하는 것을 의미한다. 투여량 및 치료의 지속시간을 결정하기 위한 관련 기술분야에 공지된 수많은 방법이 있음을 이해할 것이다. 전형적인 치료는 1회 투여로 제공되며, 전형적인 투여량은 1일에 10 내지 200 유닛 (Gray)의 범위이다.
"개체" 또는 "대상체"는 포유동물이다. 포유동물은 가축 (예를 들어, 소, 양, 고양이, 개 및 말), 영장류 (예를 들어, 인간 및 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이), 토끼, 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 래트)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 개체 또는 대상체는 인간이다.
용어 "공동으로"는 2종 이상의 치료제의 투여가 적어도 일부의 투여 시간이 중첩되는 경우를 지칭하도록 본원에 사용된다. 따라서, 공동 투여는 하나 이상의 작용제(들)의 투여를 하나 이상의 다른 작용제(들)의 투여를 중단한 후에 계속하는 경우의 투여 요법을 포함한다.
"감소시키거나 또는 억제하는"은 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 그 초과의 전반적 감소를 발생시키는 능력을 의미한다. 감소 또는 억제는 치료할 장애의 증상, 전이물의 존재 또는 크기, 또는 원발성 종양의 크기를 지칭할 수 있다.
용어 "포장 삽입물"은 치료 제품의 상업용 포장 내에 통상적으로 포함되어 있으며 적응증, 용법, 투여량, 투여, 조합 요법, 금기 사항, 및/또는 이러한 치료 제품의 사용에 관한 경고에 대한 정보를 함유하는 설명서를 지칭하는데 사용된다.
"제조품"은 하나 이상의 시약, 예를 들어 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 치료하기 위한 의약 또는 본원에 기재된 바이오마커를 특이적으로 검출하기 위한 프로브를 포함하는 임의의 제조품 (예를 들어, 포장 또는 용기) 또는 키트이다. 특정 실시양태에서, 제조품 또는 키트는 본원에 기재된 방법을 수행하기 위한 유닛으로서 판촉되거나, 배급되거나 또는 판매된다.
"표적 청중"은, 마케팅 또는 광고에 의해서와 같이, 특히 특정한 용도, 치료 또는 적응증을 위한 특정한 의약이 프로모션되고 있거나 프로모션되도록 의도되는 일군의 사람들 또는 기관, 예컨대 개체, 집단, 신문, 의학 문헌 및 잡지의 구독자, 텔레비젼 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 의사, 제약 회사 등이다.
본원에 사용되는 경우에 어구 "에 기초하여"는 하나 이상의 바이오마커에 대한 정보가 치료 결정, 포장 삽입물 상에 제공되는 정보, 또는 마케팅/프로모션 안내 등을 알리는데 이용된다는 것을 의미한다.
통상의 기술자에 의해 이해되는 바와 같이, 본원에서 "약" 값 또는 파라미터에 대한 언급은 그 값 또는 파라미터 자체에 대한 실시양태를 포함(하고 이를 기재)한다. 예를 들어, "약 X"를 언급하는 기재는 "X"의 기재를 포함한다.
본원에 기재된 측면 및 실시양태는 측면 및 실시양태로 "로 이루어지는" 및/또는 "로 본질적으로 이루어지는" 것을 포함하는 것으로 이해된다. 본원에 사용된 단수 형태는 달리 나타내지 않는 한 복수 언급대상을 포함한다.
I. 방법 및 용도
PD-L1 바이오마커를 사용하는 방법이 본원에 제공된다. 특히, PD-L1 축 결합 길항제 및 PD-L1 바이오마커를 사용하는 방법이 제공된다.
진단 방법
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하며, 여기서 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타내는 것인 단계, 및 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 클 것이라는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 큰 질환 또는 장애를 갖는 개체를 확인하는 방법이 본원에 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하며, 여기서 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응성일 가능성이 더 크다는 것을 나타내는 것인 단계, 및 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 반응성일 가능성이 증가할 것이라는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 대한 반응성을 예측하는 방법이 본원에 추가로 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하며, 여기서 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가한다는 것을 나타내는 것인 단계, 및 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가할 것이라는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성을 결정하는 방법이 본원에 추가로 제공된다.
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하는 단계, 및 개체를 위해 선택된 요법이 샘플 중의 PD-L1 바이오마커의 존재에 기초하여 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료를 포함한다는 제안을 제공하는 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 위한 요법을 선택하는 방법이 추가로 제공된다.
일부 실시양태에서, 방법은 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 면역-관련 마커이다. 면역-관련 마커는 면역 세포에 의해, 또는 다른 세포 (예를 들어 종양 세포, 내피 세포, 섬유모세포 또는 다른 기질 세포)에 의해 발현되는 마커를 지칭한다. 면역 세포 이외의 다른 세포에 의해 발현되면, 마커는 면역 세포 생물학 및 기능, 예컨대 활성화, 프라이밍, 항원 인식 및 제시, 시토카인 및 케모카인 생산, 증식, 이동, 생존, 항체 생산 및 기타의 조절에 관여할 수 있다. 일부 실시양태에서, 면역-관련 마커는 T-세포 관련 마커이다. 일부 실시양태에서, T-세포 관련 마커는 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, CXCL9 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 면역-관련 마커는 CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받는 경우에 개체에서 임상 이익의 증가가 나타날 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 임상 이익의 증가는 하기: 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 그의 조합 중 하나 이상의 상대적 증가를 포함한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플 중 0% 포함되는 경우에 샘플에 존재하지 않는다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플 중 0% 초과 포함되는 경우에 샘플에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 1%에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 5%에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 10%에 존재한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침전, 면역조직화학, 면역형광, 방사성면역검정, 도트 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광분석법, 질량 분광측정법, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 및 FISH, 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 이용하여 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 단백질 발현에 의해 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 항-PD-L1 항체를 사용하여 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 약한 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 중간 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 강한 염색 강도로 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 단백질 발현 분석, 예컨대 IHC 분석을 이용하여 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포 또는 그의 조합 상에서 검출된다. 종양 침윤 면역 세포는 종양내 면역 세포, 종양주위 면역 세포 또는 그의 임의의 조합, 다른 종양 기질 세포 (예를 들어, 섬유모세포)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 이러한 종양 침윤 면역 세포는 T 림프구 (예컨대, CD8+ T 림프구 및/또는 CD4+ T 림프구), B 림프구, 또는 다른 골수-계통 세포, 예를 들어 과립구 (호중구, 호산구, 호염기구), 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 (즉, 지상감입 수지상 세포), 조직구, 및 자연 킬러 세포일 수 있다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커에 대한 염색은 막 염색, 세포질 염색 및 그의 조합으로 검출된다. 다른 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 부재는 샘플에서 존재하지 않거나 또는 염색되지 않는 것으로 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 핵산 발현에 의해 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 핵산 발현은 qPCR, rtPCR, RNA-seq, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 또는 FISH를 이용하여 결정된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 qPCR 분석과 같이 핵산 발현을 이용하여, 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 그의 조합 상에서 검출된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, 개체로부터 수득한 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 샘플은 조직 샘플이다. 일부 실시양태에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 실시양태에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 또는 그의 임의의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 샘플은 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료 전에 수득된다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 포르말린 고정 및 파라핀 포매된 것이거나, 보존된 것이거나, 새로운 것이거나 또는 동결된 것이다.
일부 실시양태에서, 샘플은 전혈이다. 일부 실시양태에서, 전혈은 면역 세포, 순환 종양 세포 및 그의 임의의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 면역-관련 질환 또는 장애이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암 및 다른 혈액 악성종양이다.
바이오마커 (예를 들어, PD-L1)의 존재 및/또는 발현 수준/양은 대사물, DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 카피수를 포함하나 이에 제한되지는 않는 관련 기술분야에 공지된 임의의 적합한 기준에 기초하여 정성적으로 및/또는 정량적으로 결정될 수 있다. 특정 실시양태에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양에 비해 증가 또는 상승된다. 특정 실시양태에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서의 존재 및/또는 발현 수준/양에 비해 감소 또는 저하된다. 특정 실시양태에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직이다. 유전자의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양을 결정하기 위한 추가의 개시내용이 본원에 기재된다.
일부 실시양태에서, 상승된 발현은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직과 비교하여 표준 관련 기술분야 공지의 방법, 예컨대 본원에 기재된 것에 의해 검출된 바이오마커 (예를 들어, 단백질 또는 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA))의 수준의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적 증가를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 상승된 발현은 샘플에서 바이오마커의 발현 수준/양의 증가를 지칭하며, 여기서 증가는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직에서 각각의 바이오마커의 발현 수준/양의 적어도 약 1.5X, 1.75X, 2X, 3X, 4X, 5X, 6X, 7X, 8X, 9X, 10X, 25X, 50X, 75X 또는 100X이다. 일부 실시양태에서, 상승된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 대조 조직 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)과 비교하여 약 1.5배, 약 1.75배, 약 2배, 약 2.25배, 약 2.5배, 약 2.75배, 약 3.0배 또는 약 3.25배 초과의 전반적 증가를 지칭한다.
일부 실시양태에서, 감소된 발현은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직과 비교하여 표준 관련 기술분야 공지의 방법, 예컨대 본원에 기재된 것에 의해 검출된 바이오마커 (예를 들어, 단백질 또는 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA))의 수준의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적 감소를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 감소된 발현은 샘플에서 바이오마커의 발현 수준/양의 감소를 지칭하며, 여기서 감소는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직에서 각각의 바이오마커의 발현 수준/양의 적어도 약 0.9X, 0.8X, 0.7X, 0.6X, 0.5X, 0.4X, 0.3X, 0.2X, 0.1X, 0.05X, 또는 0.01X이다.
샘플 중 다양한 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 면역조직화학 ("IHC"), 웨스턴 블롯 분석, 면역침전, 분자 결합 검정, ELISA, ELIFA, 형광 활성화 세포 분류 ("FACS"), 매스어레이, 단백질체학, 정량적 혈액 기반 검정 (예를 들어, 혈청 ELISA), 생화학적 효소적 활성 검정, 계내 혼성화, 서던 분석, 노던 분석, 전체 게놈 서열분석, 폴리머라제 연쇄 반응 ("PCR") (정량적 실시간 PCR ("qRT-PCR") 포함) 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예를 들어 분지형 DNA, SISBA, TMA 등), RNA-Seq, FISH, 마이크로어레이 분석, 유전자 발현 프로파일링 및/또는 유전자 발현의 일련의 분석 ("SAGE") 뿐만 아니라 단백질, 유전자 및/또는 조직 어레이 분석에 의해 수행될 수 있는 매우 다양한 검정 중 어느 하나를 포함하나 이에 제한되지는 않는 다수의 방법론에 의해 분석될 수 있으며, 이들 중 다수는 관련 기술분야에 공지되어 있고 통상의 기술자에 의해 이해된다. 유전자 및 유전자 산물의 상태를 평가하기 위한 전형적인 프로토콜은 예를 들어 문헌 [Ausubel et al., eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology] (유닛 2 (노던 블롯팅), 4 (서던 블롯팅), 15 (이뮤노블롯팅) 및 18 (PCR 분석))에서 찾아볼 수 있다. 또한, 멀티플렉스화 면역검정, 예컨대 룰즈 베이스드 메디슨(Rules Based Medicine) 또는 메조 스케일 디스커버리(Meso Scale Discovery) ("MSD")로부터 입수가능한 것이 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 (a) 샘플 (예컨대, 대상체 암 샘플)에 대해 유전자 발현 프로파일링, PCR (예컨대, rtPCR 또는 qRT-PCR), RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 또는 FISH를 수행하는 것; 및 b) 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양을 결정하는 것을 포함하는 방법을 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 마이크로어레이 방법은 엄격한 조건 하에 상기 언급된 유전자를 코딩하는 핵산 분자에 혼성화할 수 있는 하나 이상의 핵산 분자를 갖거나 또는 상기 언급된 유전자에 의해 코딩되는 단백질 중 하나 이상에 결합할 수 있는 하나 이상의 폴리펩티드 (예컨대, 펩티드 또는 항체)를 갖는 마이크로어레이 칩의 사용을 포함한다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 qRT-PCR이다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 멀티플렉스-PCR이다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현은 마이크로어레이에 의해 측정된다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현은 qRT-PCR에 의해 측정된다. 일부 실시양태에서, 발현은 멀티플렉스-PCR에 의해 측정된다.
세포에서 mRNA의 평가 방법은 널리 공지되어 있고, 예를 들어 상보적 DNA 프로브를 사용하는 혼성화 검정 (예컨대, 하나 이상의 유전자에 특이적인 표지된 리보프로브를 사용하는 계내 혼성화, 노던 블롯 및 관련 기술) 및 다양한 핵산 증폭 검정 (예컨대, 하나 이상의 유전자에 특이적인 상보적 프라이머를 사용하는 RT-PCR, 및 다른 증폭 유형의 검출 방법, 예를 들어 분지형 DNA, SISBA, TMA 등)을 포함한다.
포유동물로부터의 샘플은 노던, 도트 블롯 또는 PCR 분석을 이용하여 mRNA에 대해 편리하게 검정될 수 있다. 또한, 이러한 방법은 생물학적 샘플에서 표적 mRNA의 수준의 결정 (예를 들어, "하우스키핑" 유전자, 예컨대 액틴 패밀리 구성원의 비교 대조 mRNA 서열 수준을 동시에 조사함으로써 결정됨)을 허용하는 하나 이상의 단계를 포함할 수 있다. 임의로, 증폭된 표적 cDNA의 서열을 결정할 수 있다.
임의의 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플 중의 mRNA, 예컨대 표적 mRNA를 검사 또는 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 이용하여, 시험 및 대조 조직 샘플로부터의 시험 및 대조 mRNA 샘플을 역전사시키고, 표지하여 cDNA 프로브를 생성한다. 이어서, 프로브를 고체 지지체 상에 고정된 핵산의 어레이에 혼성화시킨다. 어레이는 어레이의 각각의 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 구성된다. 예를 들어, 그의 발현이 항혈관신생 요법의 증가된 또는 감소된 임상적 이익과 상관되는 유전자의 선택물을 고체 지지체 상에 배열할 수 있다. 특정한 어레이 구성원을 갖는 표지된 프로브의 혼성화는 프로브가 유래된 샘플이 그 유전자를 발현한다는 것을 나타낸다.
일부 실시양태에 따르면, 존재 및/또는 발현 수준/양은 상기 언급된 유전자의 단백질 발현 수준을 관찰함으로써 측정된다. 특정 실시양태에서, 방법은 본원에 기재된 바이오마커 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)의 결합을 허용하는 조건 하에 상기 바이오마커에 대한 항체와 생물학적 샘플을 접촉시키는 것, 및 항체와 바이오마커 사이에 복합체가 형성되는지 여부를 검출하는 것을 포함한다. 이러한 방법은 시험관내 또는 생체내 방법일 수 있다. 한 실시양태에서, 항체는 PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어 개체의 선택을 위한 바이오마커를 사용하는 요법에 적격인 대상체를 선택하는데 사용된다.
특정 실시양태에서, 샘플 내의 바이오마커 단백질의 존재 및/또는 발현 수준/양은 IHC 및 염색 프로토콜을 이용하여 조사된다. 조직 절편의 IHC 염색은 샘플 내의 단백질의 존재를 결정 또는 검출하는 신뢰할만한 방법인 것으로 밝혀졌다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 PD-L1이다. 일부 실시양태에서, PD-L1은 면역조직화학에 의해 검출된다. 일부 실시양태에서, 개체로부터의 샘플에서의 PD-L1 바이오마커의 상승된 발현은 상승된 단백질 발현이고, 추가 실시양태에서 IHC를 이용하여 결정된다. 한 실시양태에서, 바이오마커의 발현 수준은 (a) 항체를 사용하여 샘플 (예컨대, 대상체 암 샘플)의 IHC 분석을 수행하는 것; 및 b) 샘플에서 바이오마커의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법을 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 염색 강도는 참조물과 비교하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 참조물은 참조 값이다. 일부 실시양태에서, 참조물은 참조 샘플 (예를 들어, 대조군 세포주 염색 샘플 또는 비-암성 환자로부터의 조직 샘플)이다.
IHC는 형태 염색 및/또는 형광 계내 혼성화와 같은 추가의 기술과 함께 수행할 수 있다. 2가지 일반적 IHC 방법; 즉 직접 및 간접 검정이 이용가능하다. 첫번째 검정에 따르면, 표적 항원에 대한 항체의 결합은 직접 결정된다. 이러한 직접 검정은 추가의 항체 상호작용 없이도 시각화될 수 있는 표지된 시약, 예컨대 형광 태그 또는 효소-표지된 1차 항체를 사용한다. 전형적인 간접 검정에서, 미접합 1차 항체가 항원에 결합한 후에, 표지된 2차 항체가 1차 항체에 결합한다. 2차 항체가 효소 표지에 접합된 경우에, 발색 또는 형광 기질을 첨가하여 항원의 시각화를 제공한다. 여러 2차 항체가 1차 항체 상의 상이한 에피토프와 반응할 수 있기 때문에 신호 증폭이 발생한다.
IHC에 사용되는 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 다수의 표지가 이용가능하고, 이들은 일반적으로 하기 카테고리로 분류될 수 있다: (a) 방사성동위원소, 예컨대 35S, 14C, 125I, 3H 및 131I; (b) 콜로이드성 금 입자; (c) 희토류 킬레이트 (유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드, 로다민, 플루오레세인, 단실, 리사민, 움벨리페론, 피코크리테린, 피코시아닌, 또는 상업적으로 입수가능한 형광단, 예컨대 스펙트럼 오렌지7(SPECTRUM ORANGE7)과 스펙트럼 그린7(SPECTRUM GREEN7) 및/또는 상기 중 임의의 하나 이상의 유도체를 포함하나 이에 제한되지는 않는 형광 표지; (d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하고, 미국 특허 번호 4,275,149는 이들 중 일부의 개관을 제공한다. 효소 표지의 예는 루시페라제 (예를 들어, 반딧불이 루시페라제 및 박테리아 루시페라제; 미국 특허 번호 4,737,456), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데히드로게나제, 우레아제, 퍼옥시다제, 예컨대 양고추냉이 퍼옥시다제 (HRPO), 알칼리성 포스파타제, β-갈락토시다제, 글루코아밀라제, 리소자임, 사카라이드 옥시다제 (예를 들어, 글루코스 옥시다제, 갈락토스 옥시다제 및 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제), 헤테로시클릭 옥시다제 (예컨대, 우리카제 및 크산틴 옥시타제), 락토퍼옥시다제, 마이크로퍼옥시다제 등을 포함한다.
효소-기질 조합물의 예는 예를 들어 기질로서 수소 퍼옥시다제와의 양고추냉이 퍼옥시다제 (HRPO); 발색 기질로서 파라-니트로페닐 포스페이트와의 알칼리성 포스파타제 (AP); 및 발색 기질 (예를 들어, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다제) 또는 형광 기질 (예를 들어, 4-메틸움벨리페릴-β-D-갈락토시다제)과의 β-D-갈락토시다제 (β-D-Gal)를 포함한다. 이들의 일반적 검토를 위해, 미국 특허 번호 4,275,149 및 4,318,980을 참조한다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, PD-L1은 항-PD-L1 진단 항체 (즉, 1차 항체)를 사용 하는 면역조직화학에 의해 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 진단 항체는 인간 PD-L1에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 진단 항체는 비인간 항체이다. 일부 실시양태에서, PD-L1 진단 항체는 래트, 마우스 또는 토끼 항체이다. 일부 실시양태에서, PD-L1 진단 항체는 모노클로날 항체이다. 일부 실시양태에서, PD-L1 진단 항체는 직접 표지된다.
이에 따라 제조된 시료를 탑재하고 이에 커버슬립을 덮을 수 있다. 이어서, 예를 들어 현미경을 사용하여 슬라이드 평가를 수행하고, 관련 기술분야에 통상적으로 사용되는 염색 강도 기준을 이용할 수 있다. 한 실시양태에서, 종양으로부터의 세포 및/또는 조직을 IHC를 이용하여 조사하는 경우, 염색은 일반적으로 (샘플에 존재할 수 있는 기질 또는 주위 조직에 반대되는 것으로서) 종양 세포 및/또는 조직에서 결정 또는 평가되는 것으로 이해된다. 일부 실시양태에서, 종양으로부터의 세포 및/또는 조직을 IHC를 이용하여 조사하는 경우, 염색은 종양 침윤 면역 세포 (종양내 또는 종양주위 면역 세포 포함)에서의 결정 또는 평가를 포함하는 것으로 이해된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 존재는 IHC에 의해 샘플 중 0%, 적어도 1%의 샘플, 적어도 5%의 샘플, 적어도 10%의 샘플에서 검출된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 존재는 IHC에 의해 임의의 강도의 PD-L1 염색으로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 약한 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 중간 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 강한 염색 강도로 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포 및 그의 조합에서 IHC에 의해 검출된다.
IHC에 사용하기에 적합한 항-PD-L1 항체는 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 통상의 기술자는 추가의 적합한 항-PD-L1 항체가 예를 들어 본원에 개시된 IHC 프로토콜을 이용하여 항-PD-L1 항체와 비교함으로써 확인 및 특성화될 수 있음을 이해한다.
양성 조직 대조군은 태반 및 편도 조직 (강한 PD-L1 염색 강도); 재조합 인간 PD-L1로 형질감염된 HEK-293 세포 (약한, 중간 및 강한 강도의 다양한 정도의 PD-L1 염색 강도)를 사용하여 예시한다. 다음이 예시적인 PD-L1 IHC 기준을 위해 언급될 수 있다.
Figure 112020097824815-pat00001
일부 실시양태에서, PD-L1 IHC 진단 평가를 위한 기준은 다음과 같이 제공된다:
Figure 112020097824815-pat00002
대안적 방법에서, 샘플을 항체-바이오마커 복합체 형성에 충분한 조건하에서 상기 바이오마커에 특이적인 항체와 접촉시킨 후에 상기 복합체를 검출할 수 있다. 바이오마커의 존재는 다수의 방법, 예를 들어 혈장 및 혈청을 포함하는 다양한 조직 및 샘플을 검정하기 위한 웨스턴 블롯팅 및 ELISA 절차에 의해 검출될 수 있다. 이러한 검정 포맷을 이용한 광범위한 면역검정 기술이 이용가능하고, 예를 들어 미국 특허 번호 4,016,043, 4,424,279 및 4,018,653을 참조한다. 이들은 비-경쟁적 유형의 단일-부위 및 2-부위 또는 "샌드위치" 검정 뿐만 아니라, 통상적인 경쟁적 결합 검정을 둘 다 포함한다. 또한, 이러한 검정은 표적 바이오마커에 대한 표지된 항체의 직접 결합을 포함한다.
조직 또는 세포 샘플에서 선택된 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 또한 기능 또는 활성-기반 검정에 의해 조사될 수 있다. 예를 들어, 바이오마커가 효소인 경우에, 관련 기술분야에 공지된 검정을 수행함으로써 조직 또는 세포 샘플에서 주어진 효소 활성의 존재를 결정 또는 검출할 수 있다.
특정 실시양태에서, 샘플은 검정된 바이오마커의 양의 차이 및 사용된 샘플의 품질의 가변성 둘 다, 및 검정 수행 사이의 가변성에 대해 정규화된다. 널리 공지되어 있는 하우스키핑 유전자를 비롯한, 특정의 표준화 바이오마커의 발현을 검출하고 그를 도입함으로써 상기와 같은 정규화를 달성할 수 있다. 대안적으로, 정규화는 검정된 유전자 또는 그의 큰 하위세트 모두의 평균 또는 중간 신호에 기초할 수 있다 (전반적 정규화 접근법). 유전자마다, 대상체 종양 mRNA 또는 단백질의 측정된 정규화 양을 참조 세트에서 확인된 양과 비교한다. 각 대상체마다 시험된 종양당 각 mRNA 또는 단백질에 대해 정규화된 발현 수준은 참조 세트에서 측정된 발현 수준의 백분율로서 표현될 수 있다. 분석할 특정한 대상체 샘플에서 측정된 존재 및/또는 발현 수준/양은 이러한 범위 내의 일부 백분위수에 포함될 것이며, 이는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해 결정될 수 있다.
한 실시양태에서, 샘플은 임상 샘플이다. 또 다른 실시양태에서, 샘플은 진단 검정에 사용된다. 일부 실시양태에서, 샘플은 원발성 또는 전이성 종양으로부터 수득된다. 조직 생검은 종양 조직의 대표적인 조각을 얻기 위해 종종 사용된다. 대안적으로, 종양 세포는 관심 종양 세포를 함유하는 것으로 공지되어 있거나 그렇게 여겨지는 조직 또는 유체의 형태로 간접적으로 수득될 수 있다. 예를 들어, 폐암 병변의 샘플은 절제, 기관지경검사, 미세 바늘 흡인, 기관지 찰과술에 의해, 또는 객담, 흉막액 또는 혈액으로부터 수득될 수 있다. 유전자 또는 유전자 산물은 암 또는 종양 조직으로부터, 또는 다른 신체 샘플, 예를 들어 소변, 객담, 혈청 또는 혈장으로부터 검출될 수 있다. 암성 샘플에서 표적 유전자 또는 유전자 산물의 검출에 대해 상기 논의된 것과 동일한 기술이 다른 신체 샘플에도 적용될 수 있다. 암 세포는 암 병변으로부터 벗겨져서 이러한 신체 샘플 중에 나타날 수 있다. 이러한 신체 샘플을 스크리닝함으로써 이들 암에 관한 간단한 조기 진단을 달성할 수 있다. 또한, 요법의 진행은 이러한 신체 샘플을 표적 유전자 또는 유전자 산물에 대해 시험함으로써 보다 용이하게 모니터링될 수 있다.
특정 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 단일 샘플 또는 시험 샘플이 수득되는 때보다 하나 이상의 다른 시점에 수득된 동일한 대상체 또는 개체로부터의 조합된 다중 샘플이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 시험 샘플이 수득된 때보다 이른 시점에 동일한 대상체 또는 개체로부터 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 시험 샘플이 암이 전이성이 되었을 때 이후에 수득되는 경우에 유용해질 수 있다.
특정 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 건강한 개체로부터의 조합된 다중 샘플이다. 특정 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 갖는 하나 이상의 개체로부터의 조합된 다중 샘플이다. 특정 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 정상 조직으로부터 모은 RNA 샘플 또는 대상체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 개체로부터 모은 혈장 또는 혈청 샘플이다. 특정 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 종양 조직으로부터 모은 RNA 샘플 또는 대상체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 갖는 하나 이상의 개체로부터 모은 혈장 또는 혈청 샘플이다.
일부 실시양태에서, 샘플은 개체로부터 조직 샘플이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플 (예를 들어, 생검 조직)이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 폐 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 신장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 피부 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 췌장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 위 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 방광 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 식도 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 중피 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 유방 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 갑상선 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 결장직장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 두경부 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 골육종 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 전립선 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 샘플은 난소 조직, HCC (간), 혈액 세포, 림프절, 골/골수이다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 종양이다. 일부 실시양태에서, 종양은 악성 암성 종양 (즉, 암)이다. 일부 실시양태에서, 종양 및/또는 암은 고형 종양 또는 비-고형 또는 연부 조직 종양이다. 연부 조직 종양의 예는 백혈병 (예를 들어, 만성 골수 백혈병, 급성 골수 백혈병, 성인 급성 림프모구성 백혈병, 급성 골수 백혈병, 성숙 B-세포 급성 림프모구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 전림프구성 백혈병 또는 모발상 세포 백혈병) 또는 림프종 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 피부 T-세포 림프종 또는 호지킨병)을 포함한다. 고형 종양은 혈액, 골수 또는 림프계 이외의 신체 조직의 임의의 암을 포함한다. 고형 종양은 상피 세포 기원의 종양 및 비-상피 세포 기원의 종양으로 추가로 나누어질 수 있다. 상피 세포 고형 종양의 예는 위장관, 결장, 결장직장 (예를 들어, 기저양 결장직장 암종), 유방, 전립선, 폐, 신장, 간, 췌장, 난소 (예를 들어, 자궁내막양 난소 암종), 두경부, 구강, 위, 십이지장, 소장, 대장, 항문, 담낭, 음순, 비인두, 피부, 자궁, 남성 생식 기관, 비뇨 기관 (예를 들어, 요로상피 암종, 이형성 요로상피 암종, 이행 세포 암종), 방광 및 피부의 종양을 포함한다. 비-상피 기원의 고형 종양은 육종, 뇌 종양 및 골 종양을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폐암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이다. 일부 실시양태에서, 암은 2차 또는 3차 국부 진행성 또는 전이성 비소세포 폐암이다. 일부 실시양태에서, 암은 선암종이다. 일부 실시양태에서, 암은 편평 세포 암종이다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침전, 면역조직화학, 면역형광, 방사성면역검정, 도트 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광분석법, 질량 분광측정법, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 및 FISH, 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 이용하여 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 FACS 분석을 이용하여 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 PD-L1이다. 일부 실시양태에서, PD-L1 발현은 혈액 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 발현은 혈액 샘플에서 순환 면역 세포 상에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 순환 면역 세포는 CD3+/CD8+ T 세포이다. 일부 실시양태에서, 분석 전에, 면역 세포는 혈액 샘플로부터 단리된다. 세포 분류를 포함하나 이에 제한되지는 않는, 이러한 세포 집단을 단리/풍부화하는데 적합한 임의의 방법이 이용될 수 있다. 일부 실시양태에서, PD-L1 발현은 PD-L1/PD-1 축 경로의 억제제, 예컨대 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 개체로부터의 샘플에서 상승된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 발현은 혈액 샘플에서 순환 면역 세포, 예컨대 CD3+/CD8+ T 세포 상에서 상승된다.
치료 방법
개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하는 단계, 및 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 개체에서 질환 또는 장애를 치료하는 방법이 제공된다.
또한, 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 개체에서 질환 또는 장애를 치료하는 방법이 본원에 제공되며, 여기서 치료는 개체로부터의 샘플에서의 PD-L1 바이오마커의 존재에 기초한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 면역-관련 마커이다. 면역-관련 마커는 면역 세포에 의해, 또는 다른 세포 (예를 들어, 종양 세포, 내피 세포, 섬유모세포 또는 다른 기질 세포)에 의해 발현되는 마커를 지칭한다. 면역 세포 이외의 다른 세포에 의해 발현되면, 마커는 면역 세포 생물학 및 기능, 예컨대 활성화, 프라이밍, 항원 인식 및 제시, 시토카인 및 케모카인 생산, 증식, 이동, 생존, 항체 생산 및 기타의 조절에 관여할 수 있다. 일부 실시양태에서, 면역-관련 마커는 T-세포 관련 마커이다. 일부 실시양태에서, T-세포 관련 마커는 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, CXCL9 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 면역-관련 마커는 CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료되는 경우에 개체가 임상 이익의 증가를 나타낼 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 임상 이익의 증가는 하기: 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 그의 조합 중 하나 이상의 상대적 증가를 포함한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플 중 0% 포함되는 경우에 샘플에 존재하지 않는다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플 중 0% 초과 포함되는 경우에 샘플에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 1%에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 5%에 존재한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 샘플의 적어도 10%에 존재한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침전, 면역조직화학, 면역형광, 방사성면역검정, 도트 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광분석법, 질량 분광측정법, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 및 FISH, 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 이용하여 샘플에서 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 단백질 발현에 의해 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 항-PD-L1 항체를 사용하여 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 약한 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 중간 염색 강도로 검출된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 IHC에 의해 강한 염색 강도로 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 단백질 발현 분석, 예컨대 IHC 분석을 이용하여 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포 또는 그의 조합 상에서 검출된다. 종양 침윤 면역 세포는 종양내 면역 세포, 종양주위 면역 세포 또는 그의 임의의 조합, 다른 종양 기질 세포 (예를 들어, 섬유모세포)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 이러한 종양 침윤 면역 세포는 T 림프구 (예컨대, CD8+ T 림프구 및/또는 CD4+ T 림프구), B 림프구, 또는 다른 골수-계통 세포, 예를 들어 과립구 (호중구, 호산구, 호염기구), 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 (즉, 지상감입 수지상 세포), 조직구, 및 자연 킬러 세포일 수 있다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커에 대한 염색은 막 염색, 세포질 염색 및 그의 조합으로 검출된다. 다른 실시양태에서, PD-L1 바이오마커의 부재는 샘플에서 존재하지 않거나 또는 염색되지 않는 것으로 검출된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 핵산 발현에 의해 샘플에서 검출된다. 일부 실시양태에서, 핵산 발현은 qPCR, rtPCR, RNA-seq, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 또는 FISH를 이용하여 결정된다.
일부 실시양태에서, PD-L1 바이오마커는 qPCR 분석과 같이 핵산 발현을 이용하여 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 그의 조합 상에서 검출된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제한다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
본 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체, 및 그의 제조 방법의 예는 PCT 특허 출원 WO 2010/077634 A1에 기재되어 있으며, 이는 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 PD-L1과 PD-1 사이 및/또는 PD-L1과 B7-1 사이의 결합을 억제할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 모노클로날 항체이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 이루어진 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 인간화 항체이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다.
한 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 폴리펩티드를 함유하며, 여기서
(a) HVR-H1 서열은 GFTFSX1SWIH (서열 1)이고;
(b) HVR-H2 서열은 AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (서열 2)이고;
(c) HVR-H3 서열은 RHWPGGFDY (서열 3)이고;
추가로 여기서 X1은 D 또는 G이고; X2는 S 또는 L이고; X3은 T 또는 S이다.
한 구체적 측면에서, X1은 D이고; X2는 S이고, X3은 T이다. 또 다른 측면에서, 폴리펩티드는 식: (HC-FR1)-(HVR-H1)-(HC-FR2)-(HVR-H2)-(HC-FR3)-(HVR-H3)-(HC-FR4)에 따라 HVR 사이에 병렬된 가변 영역 중쇄 프레임워크 서열을 추가로 포함한다. 또 다른 측면에서, 프레임워크 서열은 인간 컨센서스 프레임워크 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 프레임워크 서열은 VH 하위군 III 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 프레임워크 서열 중 적어도 하나는 하기와 같다:
HC-FR1은 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (서열 4)이고,
HC-FR2는 WVRQAPGKGLEWV (서열 5)이고,
HC-FR3은 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (서열 6)이고,
HC-FR4는 WGQGTLVTVSA (서열 7)이다.
추가 측면에서, 중쇄 폴리펩티드는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 포함하는 가변 영역 경쇄와 추가로 조합되며, 여기서
(a) HVR-L1 서열은 RASQX4X5X6TX7X8A (서열 8)이고;
(b) HVR-L2 서열은 SASX9LX10S (서열 9)이고;
(c) HVR-L3 서열은 QQX11X12X13X14PX15T (서열 10)이고;
추가로, 여기서 X4는 D 또는 V이고; X5는 V 또는 I이고; X6은 S 또는 N이고; X7은 A 또는 F이고; X8은 V 또는 L이고; X9는 F 또는 T이고; X10은 Y 또는 A이고; X11은 Y, G, F, 또는 S이고; X12는 L, Y, F 또는 W이고; X13은 Y, N, A, T, G, F 또는 I이고; X14는 H, V, P, T 또는 I이고; X15는 A, W, R, P 또는 T이다.
추가 측면에서, X4는 D이고; X5는 V이고; X6은 S이고; X7은 A이고; X8은 V이고; X9는 F이고; X10은 Y이고; X11은 Y이고; X12는 L이고; X13은 Y이고; X14는 H이고; X15는 A이다. 추가 측면에서, 경쇄는 식: (LC-FR1)-(HVR-L1)-(LC-FR2)-(HVR-L2)-(LC-FR3)-(HVR-L3)-(LC-FR4)에 따라 HVR 사이에 병렬된 가변 영역 경쇄 프레임워크 서열을 추가로 포함한다. 추가 측면에서, 프레임워크 서열은 인간 컨센서스 프레임워크 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 프레임워크 서열은 VL 카파 I 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 프레임워크 서열 중 적어도 하나는 하기와 같다:
LC-FR1은 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (서열 11)이고,
LC-FR2는 WYQQKPGKAPKLLIY (서열 12)이고,
LC-FR3은 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (서열 13)이고,
LC-FR4는 FGQGTKVEIKR (서열 14)이다.
또 다른 실시양태에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체 또는 항원 결합 단편이 제공되며, 여기서
(a) 중쇄는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 포함하고, 여기서 또한
(i) HVR-H1 서열은 GFTFSX1SWIH (서열 1)이고,
(ii) HVR-H2 서열은 AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (서열 2)이고,
(iii) HVR-H3 서열은 RHWPGGFDY (서열 3)이고,
(b) 경쇄는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 포함하고, 여기서 또한
(i) HVR-L1 서열은 RASQX4X5X6TX7X8A (서열 8)이고,
(ii) HVR-L2 서열은 SASX9LX10S (서열 9)이고,
(iii) HVR-L3 서열은 QQX11X12X13X14PX15T (서열 10)이다.
또한, 여기서, X1은 D 또는 G이고; X2는 S 또는 L이고; X3은 T 또는 S이고; X4는 D 또는 V이고; X5는 V 또는 I이고; X6은 S 또는 N이고; X7은 A 또는 F이고; X8은 V 또는 L이고; X9는 F 또는 T이고; X10은 Y 또는 A이고; X11은 Y, G, F, 또는 S이고; X12는 L, Y, F 또는 W이고; X13은 Y, N, A, T, G, F 또는 I이고; X14는 H, V, P, T 또는 I이고; X15는 A, W, R, P 또는 T이다.
구체적 측면에서, X1은 D이고; X2는 S이고, X3은 T이다. 또 다른 측면에서, X4는 D이고; X5는 V이고; X6은 S이고; X7은 A이고; X8은 V이고; X9는 F이고; X10은 Y이고; X11은 Y이고; X12는 L이고; X13은 Y이고; X14는 H이고; X15는 A이다. 또 다른 측면에서, X1은 D이고; X2는 S이고, X3은 T이고, X4는 D이고; X5는 V이고; X6은 S이고; X7은 A이고; X8은 V이고; X9는 F이고; X10은 Y이고; X11은 Y이고; X12는 L이고; X13은 Y이고; X14는 H이고, X15는 A이다.
추가 측면에서, 중쇄 가변 영역은 (HC-FR1)-(HVR-H1)-(HC-FR2)-(HVR-H2)-(HC-FR3)-(HVR-H3)-(HC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함하고, 경쇄 가변 영역은 (LC-FR1)-(HVR-L1)-(LC-FR2)-(HVR-L2)-(LC-FR3)-(HVR-L3)-(LC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다. 추가 측면에서, 프레임워크 서열은 인간 컨센서스 프레임워크 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카바트 하위군 I, II 또는 III 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위군 III 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
HC-FR1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (서열 4)
HC-FR2 WVRQAPGKGLEWV (서열 5)
HC-FR3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (서열 6)
HC-FR4 WGQGTLVTVSA (서열 7).
추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카바트 카파 I, II, II 또는 IV 하위군 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
LC-FR1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (서열 11)
LC-FR2 WYQQKPGKAPKLLIY (서열 12)
LC-FR3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (서열 13)
LC-FR4 FGQGTKVEIKR (서열 14).
추가의 구체적 측면에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 추가 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가의 구체적 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 추가의 구체적 측면에서, 항체는 감소되거나 또는 최소 이펙터 기능을 갖는다. 추가의 구체적 측면에서 최소 이펙터 기능은 "이펙터-무함유 Fc 돌연변이" 또는 비-글리코실화로부터 발생한다. 추가 실시양태에서, 이펙터-무함유 Fc 돌연변이는 불변 영역에서의 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
또 다른 실시양태에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 항-PD-L1 항체가 제공되며, 여기서
(a) 중쇄는 각각 GFTFSDSWIH (서열 15), AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16) 및 RHWPGGFDY (서열 3)에 대해 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 추가로 포함하거나, 또는
(b) 경쇄는 각각 RASQDVSTAVA (서열 17), SASFLYS (서열 18) 및 QQYLYHPAT (서열 19)에 대해 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3 서열을 추가로 포함한다.
구체적 측면에서, 서열 동일성은 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%이다. 또 다른 측면에서, 중쇄 가변 영역은 (HC-FR1)-(HVR-H1)-(HC-FR2)-(HVR-H2)-(HC-FR3)-(HVR-H3)-(HC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함하고, 경쇄 가변 영역은 (LC-FR1)-(HVR-L1)-(LC-FR2)-(HVR-L2)-(LC-FR3)-(HVR-L3)-(LC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다. 또 다른 측면에서, 프레임워크 서열은 인간 컨센서스 프레임워크 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카바트 하위군 I, II 또는 III 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위군 III 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
HC-FR1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (서열 4)
HC-FR2 WVRQAPGKGLEWV (서열 5)
HC-FR3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (서열 6)
HC-FR4 WGQGTLVTVSA (서열 7).
추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카바트 카파 I, II, II 또는 IV 하위군 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
LC-FR1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (서열 11)
LC-FR2 WYQQKPGKAPKLLIY (서열 12)
LC-FR3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (서열 13)
LC-FR4 FGQGTKVEIKR (서열 14).
추가의 구체적 측면에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 추가 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가의 구체적 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 추가의 구체적 측면에서, 항체는 감소되거나 또는 최소 이펙터 기능을 갖는다. 추가의 구체적 측면에서 최소 이펙터 기능은 "이펙터-무함유 Fc 돌연변이" 또는 비-글리코실화로부터 발생한다. 추가 실시양태에서, 이펙터-무함유 Fc 돌연변이는 불변 영역에서의 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
추가 실시양태에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되며, 여기서
(a) 중쇄 서열은 중쇄 서열: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWIS PYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSA (서열 20)에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖거나,
(b) 경쇄 서열은 경쇄 서열: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIY SASF LYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열 21)에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는다.
구체적 측면에서, 서열 동일성은 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%이다. 또 다른 측면에서, 중쇄 가변 영역은 (HC-FR1)-(HVR-H1)-(HC-FR2)-(HVR-H2)-(HC-FR3)-(HVR-H3)-(HC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함하고, 경쇄 가변 영역은 (LC-FR1)-(HVR-L1)-(LC-FR2)-(HVR-L2)-(LC-FR3)-(HVR-L3)-(LC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다. 또 다른 측면에서, 프레임워크 서열은 인간 컨센서스 프레임워크 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카바트 하위군 I, II 또는 III 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위군 III 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
HC-FR1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (서열 4)
HC-FR2 WVRQAPGKGLEWV (서열 5)
HC-FR3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (서열 6)
HC-FR4 WGQGTLVTVSA (서열 7).
추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카바트 카파 I, II, II 또는 IV 하위군 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
LC-FR1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (서열 11)
LC-FR2 WYQQKPGKAPKLLIY (서열 12)
LC-FR3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (서열 13)
LC-FR4 FGQGTKVEIKR (서열 14).
추가의 구체적 측면에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 추가 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가의 구체적 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 추가의 구체적 측면에서, 항체는 감소되거나 또는 최소 이펙터 기능을 갖는다. 추가의 구체적 측면에서, 최소 이펙터 기능은 원핵 세포에서의 생산으로부터 발생한다. 추가의 구체적 측면에서 최소 이펙터 기능은 "이펙터-무함유 Fc 돌연변이" 또는 비-글리코실화로부터 발생한다. 추가 실시양태에서, 이펙터-무함유 Fc 돌연변이는 불변 영역에서의 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
추가 실시양태에서, 본 발명은 임의의 상기 기재된 항-PD-L1 항체를 하나 이상의 제약상 허용되는 담체와 조합하여 포함하는 조성물을 제공한다.
추가 실시양태에서, 항-PD-L1 항체의 경쇄 또는 중쇄 가변 영역 서열을 코딩하는 단리된 핵산이 제공되며, 여기서
(a) 중쇄는 각각 GFTFSDSWIH (서열 15), AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16) 및 RHWPGGFDY (서열 3)에 대해 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 추가로 포함하고,
(b) 경쇄는 각각 RASQDVSTAVA (서열 17), SASFLYS (서열 18) 및 QQYLYHPAT (서열 19)에 대해 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3 서열을 추가로 포함한다.
구체적 측면에서, 서열 동일성은 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%이다. 측면에서, 중쇄 가변 영역은 (HC-FR1)-(HVR-H1)-(HC-FR2)-(HVR-H2)-(HC-FR3)-(HVR-H3)-(HC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함하고, 경쇄 가변 영역은 (LC-FR1)-(HVR-L1)-(LC-FR2)-(HVR-L2)-(LC-FR3)-(HVR-L3)-(LC-FR4)와 같이, HVR 사이에 병렬된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다. 또 다른 측면에서, 프레임워크 서열은 인간 컨센서스 프레임워크 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카바트 하위군 I, II 또는 III 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위군 III 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
HC-FR1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (서열 4)
HC-FR2 WVRQAPGKGLEWV (서열 5)
HC-FR3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (서열 6)
HC-FR4 WGQGTLVTVSA (서열 7).
추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카바트 카파 I, II, II 또는 IV 하위군 서열로부터 유래된다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 컨센서스 프레임워크이다. 추가 측면에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 하기와 같다:
LC-FR1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (서열 11)
LC-FR2 WYQQKPGKAPKLLIY (서열 12)
LC-FR3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (서열 13)
LC-FR4 FGQGTKVEIKR (서열 14).
추가의 구체적 측면에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 추가 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가의 구체적 측면에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가 측면에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 추가의 구체적 측면에서, 항체는 감소되거나 또는 최소 이펙터 기능을 갖는다. 추가의 구체적 측면에서, 최소 이펙터 기능은 원핵 세포에서의 생산으로부터 발생한다. 추가의 구체적 측면에서 최소 이펙터 기능은 "이펙터-무함유 Fc 돌연변이" 또는 비-글리코실화로부터 발생한다. 추가 측면에서, 이펙터-무함유 Fc 돌연변이는 불변 영역에서의 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
추가 측면에서, 핵산은 상기 기재된 임의의 항-PD-L1 항체를 코딩하는 핵산의 발현에 적합한 벡터를 추가로 포함한다. 추가의 구체적 측면에서, 벡터는 핵산의 발현에 적합한 숙주 세포를 추가로 포함한다. 추가의 구체적 측면에서, 숙주 세포는 진핵 세포 또는 원핵 세포이다. 추가의 구체적 측면에서, 진핵 세포는 포유동물 세포, 예컨대 차이니즈 햄스터 난소 (CHO)이다.
항-PD-L1 항체 또는 그의 항원 결합 단편은 관련 기술분야에 공지된 방법을 사용하여, 예를 들어 발현에 적합한 형태의 상기 기재된 임의의 항-PD-L1 항체 또는 항원-결합 단편을 코딩하는 핵산을 함유하는 숙주 세포를 이러한 항체 또는 단편을 생산하는데 적합한 조건 하에서 배양하는 단계, 및 항체 또는 단편을 회수하는 단계를 포함하는 방법에 의해 제조될 수 있다. 추가 실시양태에서, 본 발명은 본원에 제공된 바와 같은 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원 결합 단편 및 하나 이상의 제약상 허용되는 담체를 포함하는 조성물을 제공한다.
A. 항체
1. 항체 친화도
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 ≤ 1 μM의 해리 상수 (Kd)를 갖는다. 한 실시양태에서, Kd는 하기 검정에 기재된 바와 같이 관심 항체의 Fab 버전 및 그의 항원을 사용하여 수행된 방사성표지된 항원 결합 검정 (RIA)에 의해 측정된다. 항원에 대한 Fab의 용액 결합 친화도는 비표지된 항원의 적정 시리즈의 존재 하에 Fab를 최소 농도의 (125I)-표지된 항원과 평형화시킨 다음, 결합된 항원을 항-Fab 항체-코팅된 플레이트로 포획함으로써 측정된다 (예를 들어, 문헌 [Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)] 참조). 검정 조건을 확립하기 위해, 마이크로타이터(MICROTITER)® 멀티-웰 플레이트 (써모 사이언티픽(Thermo Scientific))를 50 mM 탄산나트륨 (pH 9.6) 중의 5 μg/ml의 포획 항-Fab 항체 (카펠 랩스(Cappel Labs))로 밤새 코팅한 후, PBS 중의 2% (w/v) 소 혈청 알부민으로 2 내지 5시간 동안 실온 (대략 23℃)에서 차단하였다. 비-흡착 플레이트 (눈크(Nunc) #269620)에서는 100 pM 또는 26 pM [125I]-항원을 관심 Fab의 연속 희석물과 혼합한다 (예를 들어, 문헌 [Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)]의 항-VEGF 항체, Fab-12의 평가와 일치함). 이어서, 관심 Fab를 밤새 인큐베이션하지만; 평형에 도달하는 것을 확실하게 하기 위해 더 오랜 시간 (예를 들어, 약 65시간) 동안 계속 인큐베이션할 수 있다. 이후에, 혼합물을 포획 플레이트로 옮겨 실온에서 (예를 들어, 1시간 동안) 인큐베이션한다. 이어서, 용액을 제거하고, 플레이트를 PBS 중의 0.1% 폴리소르베이트 20 (트윈(TWEEN)-20®)으로 8회 세척하였다. 플레이트를 건조시킬 때, 150 μl/웰의 섬광제 (마이크로신트(MICROSCINT)-20™; 팩커드(Packard))를 첨가하고, 플레이트를 탑카운트(TOPCOUNT)™ 감마 계수기 (팩커드)로 10분 동안 계수한다. 최대 결합의 20% 이하를 제공하는 각 Fab의 농도를 선택하여 경쟁 결합 검정에 사용한다.
또 다른 실시양태에 따르면, Kd는 예를 들어 ~10 반응 단위 (RU)로 고정화된 항원 CM5 칩을 사용하여 25℃에서 비아코어(BIACORE)®-2000 또는 비아코어®-3000 (비아코어, 인크.(BIAcore, Inc.), 뉴저지주 피스카타웨이)을 사용하는 표면 플라즈몬 공명 검정을 사용하여 측정된다. 간략하게, 카르복시메틸화 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, 비아코어, 인크.)을 공급업체의 지침에 따라 N-에틸-N'-(3-디메틸아미노프로필)-카르보디이미드 히드로클로라이드 (EDC) 및 N-히드록시숙신이미드 (NHS)로 활성화시킨다. 항원을 10 mM 아세트산나트륨 (pH 4.8)을 사용하여 5 μg/ml (~0.2 μM)로 희석한 후에 커플링된 단백질 대략 10 반응 단위 (RU)가 달성되도록 5 μl/분의 유량으로 주사한다. 항원의 주입 후, 1 M 에탄올아민을 주입하여 미반응기를 차단한다. 동역학적 측정을 위해, Fab의 2배 연속 희석물 (0.78 nM 내지 500 nM)을 대략 25 μl/분의 유량으로 25℃에서 0.05% 폴리소르베이트 20 (트윈-20™) 계면활성제를 갖는 PBS (PBST) 내에 주사한다. 간단한 일-대-일 랭뮤어(Langmuir) 결합 모델 (비아코어® 평가 소프트웨어 버전 3.2)을 이용하여 회합 및 해리 센서그램을 동시에 피팅시켜 회합률 (kon) 및 해리율 (koff)을 계산한다. 평형 해리 상수 (Kd)는 koff/kon의 비로 계산한다. 예를 들어, 문헌 [Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)]을 참조한다. 상기 표면-플라즈몬 공명 검정에 의한 온-레이트가 106 M-1 s-1을 초과하는 경우, 온-레이트는 분광측정계, 예컨대 정지-유동 설치 분광광도계 (아비브 인스트루먼츠(Aviv Instruments)) 또는 교반 큐벳이 장착된 8000-시리즈 SLM-아민코(SLM-AMINCO)™ 분광광도계 (써모스펙트로닉(ThermoSpectronic))에서 측정할 때 증가하는 농도의 항원의 존재 하에 PBS (pH 7.2) 중 20 nM의 항-항원 항체 (Fab 형태)의 25℃에서의 형광 방출 강도 (여기 = 295nm, 방출 = 340nm, 16nm 대역-통과)의 증가 또는 감소를 측정하는 형광 켄칭 기술을 이용하여 결정할 수 있다.
2. 항체 단편
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 항체 단편이다. 항체 단편은 Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv 및 scFv 단편, 및 하기 기재된 다른 단편을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 특정 항체 단편의 검토를 위해, 문헌 [Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)]을 참조한다. scFv 단편의 검토를 위해, 예를 들어, 문헌 [Pluckthuen, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)]을 참조하고; 또한 WO 93/16185; 및 미국 특허 번호 5,571,894 및 5,587,458을 참조한다. 샐비지 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 단편의 논의에 대해, 미국 특허 번호 5,869,046을 참조한다.
디아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있는 2개의 항원-결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 예를 들어, EP 404,097; WO 1993/01161; 문헌 [Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); 및 Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)]을 참조한다. 트리아바디 및 테트라바디는 또한 문헌 [Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)]에 기재되어 있다.
단일-도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 실시양태에서, 단일-도메인 항체는 인간 단일-도메인 항체이다 (도만티스, 인크.(Domantis, Inc.), 매사추세츠주 월섬; 예를 들어 미국 특허 번호 6,248,516 B1 참조).
항체 단편은 본원에 기재된 바와 같은 무손상 항체의 단백질분해적 소화 뿐만 아니라 재조합 숙주 세포 (예를 들어, 이. 콜라이(E. coli) 또는 파지)에 의한 생산을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다.
3. 키메라 및 인간화 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 키메라 항체이다. 특정 키메라 항체는 예를 들어 미국 특허 번호 4,816,567; 및 문헌 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)]에 기재되어 있다. 한 예에서, 키메라 항체는 비-인간 가변 영역 (예를 들어, 마우스, 래트, 햄스터, 토끼 또는 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 예에서, 키메라 항체는 부류 또는 하위부류가 모 항체의 것으로부터 변화된 "부류 스위칭" 항체이다. 키메라 항체는 그의 항원-결합 단편을 포함한다.
특정 실시양태에서, 키메라 항체는 인간화 항체이다. 전형적으로, 비-인간 항체는 모 비-인간 항체의 특이성 및 친화도를 유지하면서 인간에 대한 면역원성이 감소하도록 인간화된다. 일반적으로, 인간화 항체는 HVR, 예를 들어 CDR (또는 그의 부분)이 비-인간 항체로부터 유래되고, FR (또는 그의 부분)이 인간 항체 서열로부터 유래된 1개 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화 항체는 또한 임의로 인간 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 것이다. 일부 실시양태에서, 인간화 항체의 일부 FR 잔기는, 예를 들어 항체 특이성 또는 친화도를 복원하거나 또는 개선하기 위해, 비-인간 항체 (예를 들어, HVR 잔기가 유래된 항체)로부터의 상응하는 잔기로 치환된다.
인간화 항체 및 그의 제조 방법은 예를 들어 문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)]에서 검토되었고, 예를 들어 문헌 [Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)]; 미국 특허 번호 5,821,337, 7,527,791, 6,982,321 및 7,087,409; [Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)] (SDR (a-CDR) 그라프팅 기재); [Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)] ("리서페이싱" 기재); [Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005)] ("FR 셔플링" 기재); 및 [Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)] (FR 셔플링에 대한 "가이드 선택" 접근법 기재)에 추가로 기재되어 있다.
인간화에 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은 "최적-적합" 방법을 사용하여 선택된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)] 참조); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정한 하위군의 인간 항체의 컨센서스 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); 및 Presta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)] 참조); 인간 성숙 (체세포 성숙) 프레임워크 영역 또는 인간 배선 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)] 참조); 및 FR 라이브러리 스크리닝으로부터 유래된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) 및 Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)] 참조)을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
4. 인간 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 다양한 관련 기술분야의 공지된 기술을 이용하여 생산될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 문헌 [van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)]에 기재되어 있다.
인간 항체는 항원 접종에 반응하여 인간 가변 영역을 갖는 무손상 인간 항체 또는 무손상 항체를 생산하도록 변형된 트랜스제닉 동물에게 면역원을 투여하여 제조할 수 있다. 이러한 동물은 전형적으로 내인성 이뮤노글로불린 로커스를 대체하거나 또는 염색체외에 존재하거나 동물의 염색체로 무작위적으로 통합된 인간 이뮤노글로불린 로커스의 전부 또는 일부를 함유한다. 이러한 트랜스제닉 마우스에서, 내인성 이뮤노글로불린 로커스는 일반적으로 불활성화된다. 트랜스제닉 동물로부터 인간 항체를 수득하는 방법의 검토를 위해, 문헌 [Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)]을 참조한다. 또한, 예를 들어 미국 특허 번호 6,075,181 및 6,150,584 (제노마우스(XENOMOUSE)™ 기술 기재); 미국 특허 번호 5,770,429 (HuMab® 기술 기재); 미국 특허 번호 7,041,870 (K-M 마우스(K-M MOUSE)® 기술 기재), 및 미국 특허 출원 공개 번호 US 2007/0061900 (벨로시마우스(VelociMouse)® 기술 기재)을 참조한다. 이러한 동물에 의해 생성된 무손상 항체로부터의 인간 가변 영역은 예를 들어 상이한 인간 불변 영역과 조합시켜 추가로 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마-기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 모노클로날 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되어 있다. (예를 들어, 문헌 [Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); and Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조.) 인간 B-세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체는 또한 문헌 [Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)]에 기재되어 있다. 추가의 방법은, 예를 들어 미국 특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터의 모노클로날 인간 IgM 항체 생산 기재) 및 문헌 [Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)] (인간-인간 하이브리도마 기재)에 기재된 것을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술 (트리오마(Trioma) 기술)은 또한 문헌 [Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)]에 기재되어 있다.
인간 항체는 또한 인간-유래 파지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리하여 생성될 수 있다. 이어서, 이러한 가변 도메인 서열은 바람직한 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하기 위한 기술은 하기 기재된다.
5. 라이브러리-유래 항체
항체는 원하는 활성 활성들을 갖는 항체에 대해 조합 라이브러리를 스크리닝하여 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 원하는 결합 특성을 갖는 항체에 대하여 이러한 라이브러리를 스크리닝하는 다양한 방법이 관련 기술분야에 공지되어 있다. 이러한 방법은 예를 들어 문헌 [Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)]에서 검토되고, 예를 들어 문헌 [McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)]에 추가로 기재되어 있다.
특정 파지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레퍼토리는 개별적으로 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)에 의해 클로닝되고, 파지 라이브러리에 무작위적으로 재조합되며, 이는 이어서 문헌 [Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)]에 기재된 바와 같이 항원-결합 파지에 대해 스크리닝될 수 있다. 파지는 전형적으로 항체 단편을 단일-쇄 Fv (scFv) 단편 또는 Fab 단편으로 디스플레이한다. 면역화된 공급원으로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 구축할 필요 없이 면역원에 대한 고-친화도 항체를 제공한다. 대안적으로, 나이브 레퍼토리를 클로닝 (예를 들어, 인간으로부터)하여, 문헌 [Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)]에 기재된 바와 같이 어떠한 면역화도 없이 광범위한 비-자기 및 또한 자기 항원에 대한 항체의 단일 공급원을 제공할 수 있다. 최종적으로, 문헌 [Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)]에 기재된 바와 같이, 줄기 세포로부터의 재배열되지 않은 V-유전자 절편을 클로닝하고, 고도로 가변성인 CDR3 영역을 코딩하고 시험관내 재배열이 달성되도록 무작위 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용함으로써, 나이브 라이브러리를 또한 합성적으로 제조할 수 있다. 인간 항체 파지 라이브러리를 기재하고 있는 특허 공개는 예를 들어 미국 특허 번호 5,750,373, 및 미국 특허 공개 번호 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936 및 2009/0002360을 포함한다.
인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체 또는 항체 단편은 본원에서 인간 항체 또는 인간 항체 단편으로 여겨진다.
6. 다중특이적 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들어 이중특이적 항체이다. 다중특이적 항체는 2개 이상의 상이한 부위에 대해 결합 특이성을 갖는 모노클로날 항체이다. 특정 실시양태에서, 결합 특이성 중 하나는 PD-L1에 대한 것이고, 다른 하나는 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 실시양태에서, 이중특이적 항체는 PD-L1의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한 PD-L1과 같은 폴리펩티드를 발현하는 세포에 세포독성제를 국재화시키는데 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로서 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하기 위한 기술은 상이한 특이성을 갖는 2개의 이뮤노글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 공-발현 (문헌 [Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983))], WO 93/08829 및 [Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)] 참조), 및 "노브-인-홀(knob-in-hole)" 조작 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,731,168 참조)을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 다중특이적 항체는 또한 항체 Fc-이종이량체 분자를 제조하기 위한 정전기 스티어링 효과의 조작 (WO 2009/089004A1); 2개 이상의 항체 또는 단편의 가교 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,676,980, 및 문헌 [Brennan et al., Science, 229: 81 (1985)] 참조); 이중특이적 항체를 생산하기 위한 류신 지퍼의 사용 (예를 들어, 문헌 [Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)] 참조); 이중특이적 항체 단편의 제조를 위한 "디아바디" 기술의 이용 (예를 들어, 문헌 [Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)] 참조); 및 단일-쇄 Fv (sFv) 이량체의 사용 (예를 들어, 문헌 [Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)] 참조); 및 예를 들어 문헌 [Tutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)]에 기재된 바와 같은 삼중특이적 항체의 제조에 의해 제조될 수 있다.
"옥토퍼스 항체"를 포함하여, 3개 이상의 기능적 항원 결합 부위를 갖는 조작된 항체가 또한 본원에 포함된다 (예를 들어, US 2006/0025576A1 참조).
본원의 항체 또는 단편은 또한 PD-L1 뿐만 아니라 또 다른 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이중 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다.
7. 항체 변이체
a) 글리코실화 변이체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 항체가 글리코실화되는 정도를 증가시키거나 감소시키도록 변경된다. 항체에 대한 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 1개 이상의 글리코실화 부위가 생성되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변경함으로써 편리하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우, 이에 부착된 탄수화물이 변경될 수 있다. 포유동물 세포에 의해 생산된 천연 항체는 전형적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에의 N-연결에 의해 일반적으로 부착되는 분지형 이중안테나 올리고사카라이드를 포함한다. 예를 들어, 문헌 [Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)]을 참조한다. 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예를 들어 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토스 및 시알산 뿐만 아니라 이중안테나 올리고사카라이드 구조의 "줄기" 내의 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항체 내의 올리고사카라이드의 변형은 특정 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 제조하기 위해 이루어질 수 있다.
한 실시양태에서, Fc 영역에 (직접 또는 간접적으로) 부착된 푸코스가 결핍된 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들어, 이러한 항체에서 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들어 WO 2008/077546에 기재된 바와 같이 MALDI-TOF 질량 분광측정법에 의해 측정된 Asn 297에 부착된 모든 당구조물 (예를 들어, 복합체, 하이브리드 및 고만노스 구조물)의 합에 비해 Asn297에서 당 쇄 내의 푸코스의 평균적인 양을 계산하여 결정된다. Asn297은 Fc 영역의 약 위치 297 (Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링)에 위치한 아스파라긴 잔기를 나타내지만; Asn297은 또한 항체의 부가적 서열 변이에 의해 위치 297의 약 ±3 아미노산 상류 또는 하류, 즉 위치 294 및 300 사이에 위치할 수 있다. 이러한 푸코실화 변이체는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 공개 번호 US 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (교와 핫코 고교 캄파니, 리미티드(Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd))을 참조한다. "탈푸코실화" 또는 "푸코스-결손" 항체 변이체에 대한 문헌의 예는 하기를 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; 문헌 [Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al., Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)]. 탈푸코실화 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 단백질 푸코실화가 결핍된 Lec13 CHO 세포 (문헌 [Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)]; 미국 특허 출원 번호 US 2003/0157108 A1 (Presta, L); 및 WO 2004/056312 A1 (Adams et al., 특히 실시예 11)), 및 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실트랜스퍼라제 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (예를 들어, 문헌 [Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)]; 및 WO2003/085107 참조)를 포함한다.
이등분된 올리고사카라이드를 갖는 항체 변이체가 추가로 제공되는데, 예를 들어 항체의 Fc 영역에 부착된 이중안테나 올리고사카라이드가 GlcNAc에 의해 이등분된다. 이러한 항체 변이체는 푸코실화가 감소될 수 있고/거나 ADCC 기능이 개선될 수 있다. 이러한 항체 변이체의 예가, 예를 들어 WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); 미국 특허 번호 6,602,684 (Umana et al.); 및 US 2005/0123546 (Umana et al.)에 기재되어 있다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드 내에 적어도 1개의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체는 개선된 CDC 기능을 가질 수 있다. 이러한 항체 변이체는 예를 들어 WO 1997/30087 (Patel et al.); WO 1998/58964 (Raju, S.); 및 WO 1999/22764 (Raju, S.)에 기재되어 있다.
b) Fc 영역 변이체
특정 실시양태에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본원에 제공된 항체의 Fc 영역에 도입되어 Fc 영역 변이체가 생성될 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 아미노산 변형 (예를 들어, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예를 들어, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 모든 이펙터 기능은 아니지만, 일부 이펙터 기능을 보유하고 있으므로, 생체내에서의 항체의 반감기가 중요하긴 하지만 특정의 이펙터 기능 (예컨대, 보체 및 ADCC)이 불필요하거나 해로운 적용에 대한 바람직한 후보가 되는 항체 변이체를 고려한다. CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확인하기 위해 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 검정을 수행할 수 있다. 예를 들어, 항체에 FcγR 결합이 결손되어 있지만 (따라서, 아마도 ADCC 활성이 결손될 것임), FcRn 결합 능력은 보유하고 있는 것을 확인하기 위해서 Fc 수용체 (FcR) 결합 검정을 수행할 수 있다. ADCC를 매개하는 1차 세포인 NK 세포는 단지 FcγRIII만을 발현하고, 반면에 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII를 발현한다. 조혈 세포 상의 FcR 발현은 문헌 [Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)]의 페이지 464, 표 3에 요약되어 있다. 관심 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 검정의 비제한적 예가 미국 특허 번호 5,500,362 (예를 들어, 문헌 [Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986) 및 Hellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)] 참조); 5,821,337 (문헌 [Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)] 참조)에 기재되어 있다. 대안적으로, 비-방사성 검정 방법을 이용할 수 있다 (예를 들어, 유동 세포측정법을 위한 악티(ACTI)™ 비-방사성 세포독성 검정 (셀테크놀로지, 인크.(CellTechnology, Inc.), 캘리포니아주 마운틴 뷰); 및 사이토톡스(CytoTox) 96® 비-방사성 세포독성 검정 (프로메가, 위스콘신주 매디슨) 참조). 이러한 검정에 유용한 이펙터 세포는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 및 자연 킬러 (NK) 세포를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로, 관심 분자의 ADCC 활성은 생체내에서, 예를 들어 문헌 [Clynes et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)]에 기재된 바와 같은 동물 모델에서 평가할 수 있다. 또한, C1q 결합 검정을 수행하여, 항체가 C1q에 결합할 수 없고, 따라서 CDC 활성이 결핍되었는지 확인할 수 있다. 예를 들어, WO 2006/029879 및 WO 2005/100402의 C1q 및 C3c 결합 ELISA를 참조한다. 보체 활성화를 평가하기 위해 CDC 검정을 수행할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003); 및 Cragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)] 참조). FcRn 결합 및 생체내 제거율/반감기 결정은 또한 관련 기술분야에 공지된 방법을 이용하여 수행할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)] 참조).
감소된 이펙터 기능을 갖는 항체는 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중 1개 이상의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 번호 6,737,056). 이러한 Fc 돌연변이체는 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 2개 이상에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체 (잔기 265 및 297의 알라닌으로의 치환을 갖는, 소위 "DANA" Fc 돌연변이체 포함)를 포함한다 (미국 특허 번호 7,332,581).
FcR에 대해 개선되거나 또는 감소된 결합을 갖는 특정 항체 변이체가 기재된다. (예를 들어, 미국 특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 및 문헌 [Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)] 참조.) 특정 실시양태에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선하는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들어 Fc 영역의 위치 298, 333 및/또는 334 (잔기의 EU 넘버링)에서의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 예를 들어 미국 특허 번호 6,194,551, WO 99/51642, 및 문헌 [Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)]에 기재된 바와 같이, 변경된 (즉, 개선된 또는 감소된) C1q 결합 및/또는 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 발생시키는 변경이 Fc 영역에서 만들어진다.
증가된 반감기, 및 모체 IgG를 태아에게 전달하는 것을 담당하는 신생아 Fc 수용체 (FcRn) (문헌 [Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)])에 대한 개선된 결합을 갖는 항체가 US2005/0014934A1 (Hinton et al.)에 기재되어 있다. 이들 항체는 FcRn에 대한 Fc 영역의 결합을 개선하는 1개 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 이러한 Fc 변이체는 Fc 영역 잔기: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중 1개 이상의 치환, 예를 들어 Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 번호 7,371,826). Fc 영역 변이체의 다른 예에 관하여 또한 문헌 [Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)]; 미국 특허 번호 5,648,260; 미국 특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351을 참조한다.
c) 시스테인 조작된 항체 변이체
특정 실시양태에서, 항체의 1개 이상의 잔기를 시스테인 잔기로 치환시킨 시스테인 조작된 항체, 예를 들어 "티오MAb"를 제조하는 것이 바람직할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 이와 같이 치환된 잔기는 항체의 접근가능한 부위에서 일어난다. 이들 잔기를 시스테인으로 치환함으로써 반응성 티올 기가 항체의 접근가능한 부위에 배치되게 되고, 이것을 이용하여 항체를 본원에 추가로 기재한 바와 같이 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 접합시켜 면역접합체를 생성할 수 있다. 특정 실시양태에서, 하기 잔기 중 임의의 1개 이상은 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205 (카바트 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 조작된 항체는, 예를 들어 미국 특허 번호 7,521,541에 기재된 바와 같이 생성될 수 있다.
d) 면역접합체
또한 하나 이상의 세포독성제, 예컨대 화학요법제 또는 약물, 성장 억제제, 독소 (예를 들어, 단백질 독소, 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소 활성 독소 또는 그의 단편) 또는 방사성 동위원소에 접합된 본원의 항-PD-L1 항체를 포함하는 면역접합체가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 면역접합체는 항체-약물 접합체 (ADC)이며, 여기서 항체는 메이탄시노이드 (미국 특허 번호 5,208,020, 5,416,064 및 유럽 특허 EP 0 425 235 B1 참조); 아우리스타틴, 예컨대 모노메틸아우리스타틴 약물 모이어티 DE 및 DF (MMAE 및 MMAF) (미국 특허 번호 5,635,483 및 5,780,588, 및 7,498,298 참조); 돌라스타틴; 칼리케아미신 또는 그의 유도체 (미국 특허 번호 5,712,374, 5,714,586, 5,739,116, 5,767,285, 5,770,701, 5,770,710, 5,773,001, 및 5,877,296; 문헌 [Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342 (1993); 및 Lode et al., Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)] 참조); 안트라시클린, 예컨대 다우노마이신 또는 독소루비신 (문헌 [Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006); Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002); King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)]; 및 미국 특허 번호 6,630,579 참조); 메토트렉세이트; 빈데신; 탁산, 예컨대 도세탁셀, 파클리탁셀, 라로탁셀, 테세탁셀 및 오르타탁셀; 트리코테센; 및 CC1065를 포함하나 이에 제한되지는 않는 하나 이상의 약물에 접합된다.
또 다른 실시양태에서, 면역접합체는 효소 활성 독소 또는 그의 단편 (디프테리아 A 쇄, 디프테리아 독소의 비결합 활성 단편, 외독소 A 쇄 (슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa)로부터 유래됨), 리신 A 쇄, 아브린 A 쇄, 모데신 A 쇄, 알파-사르신, 알레우리테스 포르디이(Aleurites fordii) 단백질, 디안틴 단백질, 피토라카 아메리카나(Phytolaca americana) 단백질 (PAPI, PAPII 및 PAP-S), 모모르디카 카란티아(momordica charantia) 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스(sapaonaria officinalis) 억제제, 겔로닌, 미토겔린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신 및 트리코테센을 포함하나 이에 제한되지는 않음)에 접합된 본원에 기재된 항체를 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 면역접합체는 방사성접합체를 형성하기 위해 방사성 원자에 접합된 본원에 기재된 바와 같은 항체를 포함한다. 다양한 방사성 동위원소가 방사성접합체의 생산을 위해 이용가능하다. 그 예는 At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212, 및 Lu의 방사성 동위원소를 포함한다. 방사성접합체는 검출용으로 사용되는 경우에 신티그래피 연구를 위한 방사성 원자, 예를 들어 tc99 또는 I123, 또는 핵 자기 공명 (NMR) 영상화 (또한 자기 공명 영상화, mri로 공지됨)용 스핀 표지, 예컨대 아이오딘-123, 아이오딘-131, 인듐-111, 플루오린-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망가니즈 또는 철을 포함할 수 있다.
항체 및 세포독성제의 접합체는 다양한 이관능성 단백질 커플링제, 예컨대 N-숙신이미딜-3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트 (SPDP), 숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸) 시클로헥산-1-카르복실레이트 (SMCC), 이미노티올란 (IT), 이미도에스테르의 이관능성 유도체 (예컨대, 디메틸 아디프이미데이트 HCl), 활성 에스테르 (예컨대, 디숙신이미딜 수베레이트), 알데히드 (예컨대, 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물 (예컨대, 비스 (p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체 (예컨대, 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트 (예컨대, 톨루엔 2,6-디이소시아네이트) 및 비스-활성 플루오린 화합물 (예컨대, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 사용하여 제조할 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 문헌 [Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)]에 기재된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지된 1-이소티오시아네이토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아민펜타아세트산 (MX-DTPA)은 항체에 방사성뉴클레오티드를 접합시키기 위한 예시적인 킬레이트화제이다. WO94/11026을 참조한다. 링커는 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "절단가능한 링커"일 수 있다. 예를 들어, 산-불안정성 링커, 펩티다제-감수성 링커, 광불안정성 링커, 디메틸 링커 또는 디술피드-함유 링커 (문헌 [Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992)]; 미국 특허 번호 5,208,020)가 사용될 수 있다.
본원의 면역접합체 또는 ADC는 상업적으로 입수가능한 (예를 들어, 피어스 바이오테크놀로지, 인크.(Pierce Biotechnology, Inc.), 미국 일리노이주 록포드)로부터의) 가교-링커 시약 (BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 술포-EMCS, 술포-GMBS, 술포-KMUS, 술포-MBS, 술포-SIAB, 술포-SMCC 및 술포-SMPB, 및 SVSB (숙신이미딜-(4-비닐술폰)벤조에이트)를 포함하나 이에 제한되지는 않음)으로 제조된 이러한 접합체를 명백하게 고려하나 이에 제한되지는 않는다.
C. 결합 폴리펩티드
결합 폴리펩티드는 본원에 기재된 바와 같은 PD-L1에 결합하는, 바람직하게는 특이적으로 결합하는 폴리펩티드이다. 일부 실시양태에서, 결합 폴리펩티드는 PD-L1 축 결합 길항제이다. 결합 폴리펩티드는 공지된 폴리펩티드 합성 방법을 이용하여 화학적으로 합성될 수 있거나 또는 재조합 기술을 이용하여 제조 및 정제될 수 있다. 결합 올리고펩티드는 통상적으로는 적어도 약 5개 아미노산 길이, 대안적으로는 적어도 약 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100개 또는 그 초과의 아미노산 길이이고, 여기서 이러한 결합 폴리펩티드는 본원에 기재된 바와 같은 표적, PD-L1에 바람직하게는 특이적으로 결합할 수 있다. 결합 폴리펩티드는 널리 공지된 기술을 이용하여 과도한 실험 없이 확인될 수 있다. 이와 관련하여, 폴리펩티드 표적에 특이적으로 결합할 수 있는 결합 폴리펩티드에 대해 폴리펩티드 라이브러리를 스크리닝하는 기술이 관련 기술분야에 널리 공지되어 있는 것으로 주지된다 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,556,762, 5,750,373, 4,708,871, 4,833,092, 5,223,409, 5,403,484, 5,571,689, 5,663,143; PCT 공개 번호 WO 84/03506 및 WO84/03564; 문헌 [Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81:3998-4002 (1984); Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82:178-182 (1985); Geysen et al., in Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986); Geysen et al., J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987); Schoofs et al., J. Immunol., 140:611-616 (1988), Cwirla, S. E. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378; Lowman, H.B. et al. (1991) Biochemistry, 30:10832; Clackson, T. et al. (1991) Nature, 352: 624; Marks, J. D. et al. (1991), J. Mol. Biol., 222:581; Kang, A.S. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363, 및 Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668] 참조).
이와 관련하여, 박테리오파지 (파지) 디스플레이는 널리 공지된 기술이며, 이는 큰 폴리펩티드 라이브러리를 스크리닝하여 표적 폴리펩티드, 예를 들어 PD-L1에 특이적으로 결합할 수 있는 라이브러리의 구성원(들)을 확인하는 것을 허용한다. 파지 디스플레이는 변이체 폴리펩티드가 박테리오파지 입자의 표면 상의 코트 단백질에 대한 융합 단백질로서 디스플레이되는 기술이다 (문헌 [Scott, J.K. and Smith, G. P. (1990) Science, 249: 386]). 파지 디스플레이의 유용성은, 선택적으로 무작위화된 단백질 변이체 (또는 무작위 클로닝된 cDNA)의 대규모 라이브러리가 표적 분자에 고친화도로 결합하는 서열에 대하여 빠르고 효율적으로 분류될 수 있다는 사실에 있다. 파지 상에서 펩티드 (문헌 [Cwirla, S. E. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378]) 또는 단백질 (문헌 [Lowman, H.B. et al. (1991) Biochemistry, 30:10832; Clackson, T. et al. (1991) Nature, 352: 624; Marks, J. D. et al. (1991), J. Mol. Biol., 222:581; Kang, A.S. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363]) 라이브러리의 디스플레이가 수백만가지의 폴리펩티드 또는 올리고펩티드를 특이적 결합 특성을 갖는 것에 대해 스크리닝하는데 사용되고 있다 (문헌 [Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668]). 무작위 돌연변이체의 파지 라이브러리 분류는 다수의 변이체를 구축하여 증식시키는 전략, 표적 수용체를 사용하여 친화도 정제하는 절차, 및 결합 풍부화의 결과를 평가하는 수단을 필요로 한다. 미국 특허 번호 5,223,409, 5,403,484, 5,571,689, 및 5,663,143.
대부분의 파지 디스플레이 방법에서 필라멘트형 파지가 사용되어 왔지만, 람다형 파지 디스플레이 시스템 (WO 95/34683; U.S. 5,627,024), T4 파지 디스플레이 시스템 (문헌 [Ren et al., Gene, 215: 439 (1998); Zhu et al., Cancer Research, 58(15): 3209-3214 (1998); Jiang et al., Infection & Immunity, 65(11): 4770-4777 (1997); Ren et al., Gene, 195(2):303-311 (1997); Ren, Protein Sci., 5: 1833 (1996); Efimov et al., Virus Genes, 10: 173 (1995)]) 및 T7 파지 디스플레이 시스템 (문헌 [Smith and Scott, Methods in Enzymology, 217: 228-257 (1993)]; U.S. 5,766,905)이 또한 공지되어 있다.
추가의 개선은 선택된 표적 분자와의 결합에 대해 펩티드 라이브러리를 스크리닝하고 이러한 단백질을 바람직한 특성에 대해 스크리닝하는 잠재성을 이용하여 기능적 단백질을 디스플레이하는 디스플레이 시스템의 능력을 증진시킨다. 파지 디스플레이 반응에 대한 조합 반응 장치가 개발되었으며 (WO 98/14277), 파지 디스플레이 라이브러리를 이용하여 이분자 상호작용 (WO 98/20169; WO 98/20159) 및 억제된 나선형 펩티드의 특성 (WO 98/20036)을 분석 및 제어하였다. WO 97/35196은 파지 디스플레이 라이브러리를, 리간드가 표적 분자에 결합할 하나의 용액 및 친화성 리간드가 표적 분자에 결합하지 않을 제2 용액과 접촉시켜 친화성 리간드를 단리함으로써 결합 리간드를 선택적으로 단리하는 방법을 기재한다. WO 97/46251은 친화도 정제된 항체를 사용하여 무작위 파지 디스플레이 라이브러리를 바이오패닝한 후에 결합 파지를 단리하고, 이후에 마이크로플레이트 웰을 사용하는 마이크로패닝 과정에 의해 고친화도 결합 파지를 단리하는 방법을 기재한다. 친화성 태그로서의 스타필로코쿠스 아우레우스(Staphlylococcus aureus) 단백질 A의 용도가 또한 보고되었다 (문헌 [Li et al. (1998) Mol Biotech., 9:187]). WO 97/47314는 파지 디스플레이 라이브러리일 수 있는 조합 라이브러리를 사용하여 효소 특이성을 구별하는 기질 제외 라이브러리의 사용을 기재한다. 파지 디스플레이를 이용하여 세제 중에 사용하기에 적합한 효소를 선택하는 방법은 WO 97/09446에 기재되어 있다. 특이적 결합 단백질을 선택하는 추가의 방법은 미국 특허 번호 5,498,538, 5,432,018, 및 WO 98/15833에 기재되어 있다.
펩티드 라이브러리를 생성하고 이러한 라이브러리를 스크리닝하는 방법이 또한 미국 특허 번호 5,723,286, 5,432,018, 5,580,717, 5,427,908, 5,498,530, 5,770,434, 5,734,018, 5,698,426, 5,763,192, 및 5,723,323에 개시되어 있다.
D. 결합 소분자
PD-L1 소분자 길항제로서 사용하기 위한 결합 소분자가 본원에 제공된다.
결합 소분자는 바람직하게는 본원에 기재된 바와 같은 PD-L1에 바람직하게는 특이적으로 결합하는 본원에 정의된 바와 같은 결합 폴리펩티드 또는 항체 이외의 유기 분자이다. 결합 유기 소분자는 공지된 방법론을 이용하여 확인되고 화학적으로 합성될 수 있다 (예를 들어, PCT 공개 번호 WO00/00823 및 WO00/39585 참조). 결합 유기 소분자는 통상적으로 크기가 약 2000 달톤 미만이고, 대안적으로 크기가 약 1500, 750, 500, 250 또는 200 달톤 미만이며, 여기서 본원에 기재된 바와 같은 폴리펩티드에 결합, 바람직하게는 특이적으로 결합할 수 있는 이러한 유기 소분자는 널리 공지된 기술을 이용하여 과도한 실험 없이 확인될 수 있다. 이와 관련하여, 폴리펩티드 표적에 결합할 수 있는 분자에 대해 유기 소분자 라이브러리를 스크리닝하는 기술은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있는 것으로 주지된다 (예를 들어, PCT 공개 번호 WO00/00823 및 WO00/39585 참조). 결합 유기 소분자는 예를 들어 알데히드, 케톤, 옥심, 히드라존, 세미카르바존, 카르바지드, 1급 아민, 2급 아민, 3급 아민, N-치환된 히드라진, 히드라지드, 알콜, 에테르, 티올, 티오에테르, 디술피드, 카르복실산, 에스테르, 아미드, 우레아, 카르바메이트, 카르보네이트, 케탈, 티오케탈, 아세탈, 티오아세탈, 아릴 할라이드, 아릴 술포네이트, 알킬 할라이드, 알킬 술포네이트, 방향족 화합물, 헤테로시클릭 화합물, 아닐린, 알켄, 알킨, 디올, 아미노 알콜, 옥사졸리딘, 옥사졸린, 티아졸리딘, 티아졸린, 엔아민, 술폰아미드, 에폭시드, 아지리딘, 이소시아네이트, 술포닐 클로라이드, 디아조 화합물, 산 클로라이드 등일 수 있다.
E. 길항제 폴리뉴클레오티드
폴리뉴클레오티드 길항제가 본원에 제공된다. 폴리뉴클레오티드는 안티센스 핵산 및/또는 리보자임일 수 있다. 안티센스 핵산은 PD-L1 유전자의 RNA 전사체의 적어도 일부에 상보적인 서열을 포함한다. 그러나, 절대 상보성은 바람직하기는 하지만 요구되지는 않는다.
본원에 지칭된 "RNA의 적어도 일부에 상보적인" 서열은 RNA와 혼성화하여 안정한 듀플렉스를 형성할 수 있도록 충분한 상보성을 갖는 서열을 의미하고; 따라서 이중 가닥 PD-L1 안티센스 핵산의 경우에, 듀플렉스 DNA의 단일 가닥을 시험할 수 있거나 또는 트리플렉스 형성을 검정할 수 있다. 혼성화 능력은 안티센스 핵산의 상보성 정도 및 길이 둘 다에 따라 달라질 것이다. 일반적으로, 혼성화 핵산이 길수록 PD-L1 RNA와의 염기 미스매치가 더 많을 수 있고, 안정한 듀플렉스 (또는 경우에 따라 트리플렉스)를 함유하고 계속 형성할 수 있다. 통상의 기술자는 혼성화된 복합체의 융점을 결정하기 위해 표준 절차를 이용하여 허용가능한 미스매치의 정도를 확인할 수 있다.
메시지의 5' 말단, 예를 들어 AUG 개시 코돈까지 및 이를 포함하는 5' 비번역 서열에 상보적인 폴리뉴클레오티드는 번역을 억제하는데 가장 효율적으로 작동해야 한다. 그러나, mRNA의 3' 비번역 서열에 상보적인 서열이 또한 mRNA의 번역을 억제하는데 효과적인 것으로 밝혀졌다. 일반적으로, 문헌 [Wagner, R., 1994, Nature 372:333-335]을 참조한다. 따라서, PD-L1 유전자의 5'- 또는 3'-비-번역, 비-코딩 영역에 상보적인 올리고뉴클레오티드를 안티센스 접근법에 사용하여 내인성 PD-L1 mRNA의 번역을 억제할 수 있다. mRNA의 5' 비번역 영역에 상보적인 폴리뉴클레오티드는 AUG 개시 코돈의 상보체를 포함해야 한다. mRNA 코딩 영역에 상보적인 안티센스 폴리뉴클레오티드는 번역의 보다 덜 효율적인 억제제이지만, 본 발명에 따라 사용될 수 있다. PD-L1 mRNA의 5'-, 3'- 또는 코딩 영역에 혼성화되도록 설계되는지 여부에 관계없이, 안티센스 핵산은 적어도 6개의 뉴클레오티드 길이를 가져야 하며, 바람직하게는 6 내지 약 50개 뉴클레오티드 범위의 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드이다. 구체적 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 10개의 뉴클레오티드, 적어도 17개의 뉴클레오티드, 적어도 25개의 뉴클레오티드 또는 적어도 50개의 뉴클레오티드이다.
한 실시양태에서, PD-L1 안티센스 핵산은 외인성 서열로부터의 전사에 의해 세포내에서 생산된다. 예를 들어, 벡터 또는 그의 일부가 전사되어, PD-L1 유전자의 안티센스 핵산 (RNA)을 생산한다. 이러한 벡터는 PD-L1 안티센스 핵산을 코딩하는 서열을 함유할 것이다. 이러한 벡터는 원하는 안티센스 RNA를 생산하도록 전사될 수 있는 한 에피솜을 보유하거나 또는 염색체에 통합될 수 있다. 이러한 벡터는 관련 기술분야 표준의 재조합 DNA 기술 방법에 의해 구축될 수 있다. 벡터는 척추동물 세포에서 복제 및 발현을 위해 사용되는, 플라스미드, 바이러스 또는 관련 기술분야에 공지된 다른 것일 수 있다. PD-L1, 또는 그의 단편을 코딩하는 서열의 발현은 척추동물, 바람직하게는 인간 세포에서 작용하는 것으로 관련 기술분야에 공지된 임의의 프로모터에 의한 것일 수 있다. 이러한 프로모터는 유도성 또는 구성적일 수 있다. 이러한 프로모터는 SV40 초기 프로모터 영역 (문헌 [Bernoist and Chambon, Nature 29:304-310 (1981)]), 라우스(Rous) 육종 바이러스의 3' 긴 말단 반복부에 함유된 프로모터 (문헌 [Yamamoto et al., Cell 22:787-797 (1980)]), 헤르페스 티미딘 프로모터 (문헌 [Wagner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:1441-1445 (1981)]), 메탈로티오네인 유전자의 조절 서열 (문헌 [Brinster, et al., Nature 296:39-42 (1982)]) 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
F. 항체 및 결합 폴리펩티드 변이체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 결합 친화도 및/또는 다른 생물학적 특성을 개선하는 것이 바람직할 수 있다. 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 아미노산 서열 변이체는 항체 및/또는 결합 폴리펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열에 적절한 변경을 도입하거나 펩티드 합성에 의해 제조할 수 있다. 이러한 변형은 예를 들어 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 아미노산 서열 내 잔기의 결실 및/또는 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 최종 구축물이 원하는 특성, 예를 들어 표적-결합을 보유하도록, 최종 구축물에 도달하기 위해 결실, 삽입 및 치환의 임의의 조합이 이루어질 수 있다.
특정 실시양태에서, 1개 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체 및/또는 결합 폴리펩티드 변이체가 제공된다. 치환 돌연변이유발을 위한 관심 부위는 HVR 및 FR을 포함한다. 보존적 치환은 "보존적 치환"의 표제 하에 표 1에 제시된다. 보다 더 실질적인 변화는 "예시적인 치환"의 표제 하의 표 1에 아미노산 측쇄 부류에 관하여 하기 추가로 기재된 바와 같이 제공된다. 아미노산 치환은 관심 항체 및/또는 결합 폴리펩티드에 도입되고, 생성물은 원하는 활성, 예를 들어 유지/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대해 스크리닝될 수 있다.
<표 1>
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아미노산은 공통적인 측쇄 특성에 따라 분류될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 쇄 배향에 영향을 미치는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비-보존적 치환은 이들 부류 중의 하나의 구성원을 또 다른 부류로 교환하는 것을 수반할 것이다.
치환 변이체의 한 유형은 모 항체 (예를 들어, 인간화 또는 인간 항체)의 하나 이상의 초가변 영역 잔기가 치환되는 것을 수반한다. 일반적으로, 추가 연구를 위해 선택된 생성된 변이체(들)는 모 항체에 비해 특정 생물학적 특성 (예를 들어, 상승된 친화도, 감소된 면역원성)의 변형 (예를 들어, 개선)을 가질 것이고/거나 모 항체의 특정 생물학적 특성을 실질적으로 유지할 것이다. 예시적인 치환 변이체는 예를 들어 본원에 기재된 것과 같은 파지 디스플레이-기반 친화도 성숙 기술을 이용하여 편리하게 생성될 수 있는 친화도 성숙 항체이다. 간략하게, 1개 이상의 HVR 잔기가 돌연변이화되고, 변이체 항체가 파지 상에 디스플레이되고, 특정한 생물학적 활성 (예를 들어, 결합 친화도)에 대해 스크리닝된다.
변경 (예를 들어, 치환)은 예를 들어 항체 친화도를 개선하기 위해 HVR에서 이루어질 수 있다. 이러한 변경은 HVR "핫스팟", 즉 체세포 성숙 과정 (예를 들어, 문헌 [Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)] 참조), 및/또는 SDR (a-CDR) 동안 결합 친화도에 대해 시험된 생성된 변이체 VH 또는 VL로 높은 빈도에서 돌연변이화를 수행하는 코돈에 의해 코딩되는 잔기에서 이루어질 수 있다. 2차 라이브러리로부터의 구축 및 재선택에 의한 친화도 성숙은 예를 들어 문헌 [Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001)]에 기재되어 있다. 친화도 성숙의 일부 실시양태에서에서, 다양성은 임의의 다양한 방법 (예를 들어, 오류-유발 PCR, 쇄 셔플링, 또는 올리고뉴클레오티드-지정된 돌연변이유발)에 의한 성숙을 위해 선택된 가변 유전자로 도입된다. 이어서, 2차 라이브러리를 생성한다. 이어서, 원하는 친화도를 갖는 임의의 항체 변이체를 확인하게 위해 라이브러리를 스크리닝한다. 다양성을 도입하는 다른 방법은 HVR-지정된 접근법과 연관되며, 여기서 여러 HVR 잔기 (예를 들어, 한 번에 4-6개의 잔기)가 무작위화된다. 항원 결합과 연관된 HVR 잔기는 예를 들어 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모델링을 이용하여 구체적으로 확인될 수 있다. 특히, CDR-H3 및 CDR-L3이 종종 표적화된다.
특정 실시양태에서, 치환, 삽입 또는 결실은 이러한 변경이 항원에 결합하는 항체의 능력을 실질적으로 감소시키지 않는 한, 1개 이상의 HVR 내에서 일어날 수 있다. 예를 들어, 결합 친화도를 실질적으로 감소시키지 않는 보존적 변경 (예를 들어, 본원에 제공된 바와 같은 보존적 치환)이 HVR에서 이루어질 수 있다. 이러한 변경은 HVR "핫스팟" 또는 SDR의 외부일 수 있다. 상기에서 제공된 변이체 VH 및 VL 서열의 특정 실시양태에서, 각각의 HVR은 변경되지 않거나, 또는 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 치환을 함유한다.
문헌 [Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085]에 기재된 바와 같이, 돌연변이유발을 위해 표적화될 수 있는 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 잔기 또는 영역의 확인에 유용한 방법은 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"이라고 지칭된다. 이 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기의 군이 확인되고 (예를 들어, 하전된 잔기, 예컨대 arg, asp, his, lys 및 glu), 중성 또는 음으로 하전된 아미노산 (예를 들어, 알라닌 또는 폴리알라닌)으로 대체되어 항체의 항원과의 상호작용에 영향을 미치는지의 여부를 결정한다. 추가의 치환은 초기 치환에 대한 기능적 감수성을 입증하는 아미노산 위치에 도입될 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 항체와 항원 사이의 접촉점을 확인하기 위해 항원-항체 복합체의 결정 구조를 분석하는 것이 유익할 수 있다. 이러한 접촉 잔기 및 인접한 잔기는 치환을 위한 후보로 표적화되거나 또는 제거될 수 있다. 변이체는 그들이 원하는 특성을 함유하는지의 여부를 결정하기 위해 스크리닝될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 길이 범위가 1개의 잔기 내지 100개 이상의 잔기를 함유하는 폴리펩티드에 이르는 아미노- 및/또는 카르복실-말단 융합, 뿐만 아니라 단일 또는 다중 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 효소 (예를 들어, ADEPT의 경우) 또는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 폴리펩티드가 상기 항체의 N- 또는 C-말단에 융합된 것을 포함한다.
G. 항체 및 결합 폴리펩티드 유도체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체 및/또는 결합 폴리펩티드는 관련 기술분야에 공지되고 용이하게 입수가능한 추가의 비단백질성 모이어티를 함유하도록 추가로 변형될 수 있다. 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 유도체화에 적합한 모이어티는 수용성 중합체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 수용성 중합체의 비제한적 예는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 에틸렌 글리콜/프로필렌 글리콜의 공중합체, 카르복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1,3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 공중합체, 폴리아미노산 (단독중합체 또는 랜덤 공중합체), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐 피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 단독중합체, 폴리프로필렌 옥시드/에틸렌 옥시드 공중합체, 폴리옥시에틸화 폴리올 (예를 들어, 글리세롤), 폴리비닐 알콜, 및 그의 혼합물을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데히드가 물에서의 안정성으로 인해 제조에 이점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량을 가질 수 있고, 분지형 또는 비분지형일 수 있다. 항체 및/또는 결합 폴리펩티드에 부착되어 있는 중합체의 수는 달라질 수 있고, 하나 초과의 중합체가 부착되어 있는 경우에, 이들은 동일하거나 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 사용되는 중합체의 수 및/또는 유형은 개선될 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 특정한 특성 또는 기능, 항체 유도체 및/또는 결합 폴리펩티드 유도체가 규정된 조건 하에 요법에서 사용될 것인지의 여부 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는 고려사항을 기반으로 결정될 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 방사선 노출에 의해 선택적으로 가열될 수 있는 비단백질성 모이어티에 대한 항체 및/또는 결합 폴리펩티드의 접합체가 제공된다. 한 실시양태에서, 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브이다 (문헌 [Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)]). 방사선은 임의의 파장일 수 있고, 통상적인 세포에는 해를 끼치지 않지만 항체 및/또는 결합 폴리펩티드-비단백질성 모이어티에 근접한 세포는 사멸시키는 온도로 비단백질성 모이어티를 가열하는 파장을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 샘플은 조직 샘플이다. 일부 실시양태에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 실시양태에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 종양내 면역 세포, 종양주위 면역 세포 또는 그의 임의의 조합, 종양 기질 세포 (예를 들어, 섬유모세포)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 샘플은 환자의 암으로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 샘플은 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료 전에 수득된다. 일부 실시양태에서, 샘플은 포르말린 고정 및 파라핀 포매된 것이다.
일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 면역-관련 질환 또는 장애이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 실시양태에서, 암은 비소세포 폐암, 신세포암, 난소암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 유방암, 갑상선암, 결장직장암, 두경부암, 골육종, 전립선암 또는 교모세포종이다. 일부 실시양태에서, 암은 비소세포 폐암 (NSCLC)이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 2차 또는 3차 국부 진행성 또는 전이성 NSCLC이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 선암종이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 편평 세포 암종이다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, 임의의 상기 실시양태에 따른 개체는 인간일 수 있다.
추가 실시양태에서, 암을 치료하기 위한 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 방법은 이러한 암을 갖는 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 것을 포함한다. 한 이러한 실시양태에서, 방법은 개체에게 유효량의 하나 이상의 추가의 치료제를 투여하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 개체는 인간일 수 있다.
본원에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제는 요법에서 단독으로 또는 다른 작용제와 조합하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 본원에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제는 하나 이상의 추가의 치료제와 공동-투여될 수 있다. 특정 실시양태에서, 추가의 치료제는 화학요법제이다.
상기 언급된 이러한 조합 요법은 조합 투여 (여기서 2종 이상의 치료제가 동일한 또는 개별 제제에 포함됨) 및 개별 투여를 포괄하고, 이 경우에 길항제의 투여는 추가의 치료제 및/또는 아주반트의 투여 전에, 그와 동시에 및/또는 그 후에 일어날 수 있다. 본원에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제는 또한 방사선 요법와 조합하여 사용될 수 있다.
본원에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항체, 결합 폴리펩티드 및/또는 소분자) (및 임의의 추가의 치료제)는 비경구, 폐내 및 비강내를 포함하여 임의의 적합한 수단에 의해 투여될 수 있고, 원하는 경우에 국부 치료를 위해 병변내 투여될 수 있다. 비경구 주사는 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 부분적으로는 투여가 단기간인지 또는 장기간인지의 여부에 따라, 임의의 적합한 경로, 예를 들어 주사, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사에 의해 투여될 수 있다. 단일 투여 또는 다양한 시점에 걸친 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 투여 스케줄이 본원에서 고려된다.
본원에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항체, 결합 폴리펩티드 및/또는 소분자)는 우수한 의료 행위와 일치하는 방식으로 제제화, 투약 및 투여될 수 있다. 이와 관련하여 고려할 요인은 치료할 특정한 장애, 치료할 특정한 포유동물, 개별 환자의 임상 상태, 장애의 원인, 작용제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케줄링, 및 진료의에게 공지된 다른 요인을 포함한다. PD-L1 축 길항제는 반드시 그러할 필요는 없지만, 임의로 해당 장애를 예방 또는 치료하는데 현재 사용되는 하나 이상의 작용제와 함께 제제화된다. 이러한 다른 작용제의 유효량은 제제에 존재하는 PD-L1 축 결합 길항제의 양, 장애 또는 치료의 유형, 및 상기 논의된 다른 요인에 따라 달라진다. 이는 일반적으로 상기 기재된 바와 동일한 투여량 및 투여 경로로, 또는 본원에 기재된 투여량의 약 1 내지 99%로, 또는 실험적으로/임상적으로 적절한 것으로 결정된 임의의 투여량 및 임의의 경로에 의해 사용된다.
질환의 예방 또는 치료를 위해, 본원에 기재된 PD-L1 축 결합 길항제의 적절한 투여량 (단독으로, 또는 하나 이상의 다른 추가의 치료제와 조합되어 사용되는 경우)은 치료할 질환의 유형, 질환의 중증도 및 경과, PD-L1 축 결합 길항제가 예방 또는 치료 목적으로 투여되는지의 여부, 선행 요법, 환자의 임상 병력 및 PD-L1 축 결합 길항제에 대한 반응, 및 담당의의 판단에 따라 달라질 것이다. PD-L1 축 결합 길항제는 환자에게 1회 또는 일련의 치료에 걸쳐 적합하게 투여된다. 한 가지 전형적인 1일 투여량은 상기 언급된 인자에 따라 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 초과의 범위일 수 있다. 수일 이상에 걸친 반복 투여의 경우에, 치료는 일반적으로 상태에 따라 질환 증상의 목적하는 억제가 일어날 때까지 지속될 것이다. 이러한 용량은 간헐적으로, 예를 들어 매주 또는 3주마다 투여될 수 있다 (예를 들어, 약 2회 내지 약 20회, 또는 예를 들어 약 6회 용량의 PD-L1 축 결합 길항제가 환자에게 제공됨). 보다 높은 초기 부하 용량을 투여한 후, 1회 이상의 보다 낮은 용량을 투여할 수 있다. 예시적인 투여 요법은 투여를 포함한다. 그러나, 다른 투여 요법이 유용할 수 있다. 이러한 요법의 진행은 통상의 기술 및 검정에 의해 용이하게 모니터링된다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)는 약 0.3-30 mg/kg의 투여량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)는 약 0.3 mg/kg, 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2 mg/kg, 4 mg/kg, 8 mg/kg, 15 mg/kg, 20 mg/kg 또는 30 mg/kg 중 어느 것의 투여량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)는 21일 사이클에서 약 2 mg/kg, 4 mg/kg, 8 mg/kg, 15 mg/kg 또는 30 mg/kg 중 어느 것의 투여량으로 투여된다. 임의의 상기 제제 또는 치료 방법이 PD-L1 축 결합 길항제 대신에 또는 이에 더하여 면역접합체를 사용하여 수행될 수 있을 것으로 이해된다.
본원에 기재된 바와 같은 PD-L1 축 결합 길항제의 제약 제제는 바람직한 정도의 순도를 갖는 이러한 항체를 하나 이상의 임의적인 제약상 허용되는 담체 (문헌 [Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)])와 혼합하여 동결건조 제제 또는 수용액의 형태로 제조한다. 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 결합 소분자, 항체, 결합 폴리펩티드 및/또는 폴리뉴클레오티드이다. 제약상 허용되는 담체는 일반적으로 사용된 투여량 및 농도에서 수용자에게 비독성이며, 이는 완충제, 예컨대 포스페이트, 시트레이트 및 다른 유기 산; 항산화제, 예컨대 아스코르브산 및 메티오닌; 보존제 (예컨대, 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤즈알코늄 클로라이드, 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알콜; 알킬 파라벤, 예컨대 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량 (약 10개 미만의 잔기) 폴리펩티드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴 또는 이뮤노글로불린; 친수성 중합체, 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산, 예컨대 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신; 모노사카라이드, 디사카라이드 및 다른 탄수화물, 예컨대 글루코스, 만노스 또는 덱스트린; 킬레이트화제, 예컨대 EDTA; 당, 예컨대 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염-형성 반대-이온, 예컨대 나트륨; 금속 착체 (예를 들어, Zn-단백질 착체); 및/또는 비-이온성 계면활성제, 예컨대 폴리에틸렌 글리콜 (PEG)을 포함하나 이에 제한되지 않다. 본원에서 예시적인 제약상 허용되는 담체는 간질성 약물 분산액 작용제, 예컨대 가용성 중성-활성 히알루로니다제 당단백질 (sHASEGP), 예를 들어 인간 가용성 PH-20 히알루로니다제 당단백질, 예컨대 rHuPH20 (힐레넥스(HYLENEX)®, 백스터 인터내셔널, 인크.(Baxter International, Inc.))을 추가로 포함한다. rHuPH20을 포함하는, 특정의 예시적인 sHASEGP 및 사용 방법은 미국 특허 공개 번호 2005/0260186 및 2006/0104968에 기재되어 있다. 한 실시양태에서, sHASEGP는 하나 이상의 추가의 글리코사미노글리카나제, 예컨대 콘드로이티나제와 조합된다.
예시적인 동결건조된 제제는 미국 특허 번호 6,267,958에 기재되어 있다. 수성 항체 제제는 미국 특허 번호 6,171,586 및 WO2006/044908에 기재된 것을 포함하고, 후자의 제제는 히스티딘-아세테이트 완충제를 포함한다.
또한, 본원에서 제제는 치료되는 특정한 적응증에 필요한 하나 초과의 활성 성분, 바람직하게는 서로 유해한 영향을 주지 않는 보완적 활성을 갖는 것을 함유할 수 있다. 이러한 활성 성분은 의도된 목적에 유효한 양으로 조합되어 적합하게 존재한다.
활성 성분은 예를 들어 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들어, 리포솜, 알부민 마이크로구체, 마이크로에멀젼, 나노입자 및 나노캡슐)에서 또는 마크로에멀젼에서 코아세르베이션 기술 또는 계면 중합에 의해 제조되는 마이크로캡슐, 예를 들어 각각 히드록시메틸셀룰로스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타크릴레이트) 마이크로캡슐 내에 봉입될 수 있다. 이러한 기술은 문헌 [Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)]에 개시되어 있다.
지속-방출 제제를 제조할 수 있다. 지속-방출 제제의 적합한 예는 PD-L1 축 결합 길항제를 함유하는 고체 소수성 중합체의 반투과성 매트릭스를 포함하고, 이러한 매트릭스는 성형품, 예를 들어 필름 또는 마이크로캡슐의 형태이다.
생체내 투여에 사용되는 제제는 일반적으로 멸균된다. 멸균은 예를 들어 멸균 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성할 수 있다.
임의의 상기 제조품이 PD-L1 길항제 대신에 또는 이에 더하여 본원에 기재된 면역접합체를 포함할 수 있는 것으로 이해된다.
바이오마커의 확인 및 사용 방법
치료-반응성 바이오마커를 확인하기 위한 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 약동학적 바이오마커는 분석물 발현 수준과, 하나 이상의 치료전 기준선 반응과 비교한 대상체의 반응의 양성 또는 음성 변화 사이의 상관관계 또는 규정된 관계에 기초하여 확인될 수 있다. 일부 실시양태에서, 분석물 발현 수준은 치료 또는 치료적 개입 전에, 그 동안 및 그 후에 대상체로부터 수집된 샘플에서 측정될 수 있다.
약동학적 바이오마커는, 비제한적으로, 치료 모니터링 및 치료 유효성 평가에 사용될 수 있다. 예를 들어, 약동학적 바이오마커 수준은 대상체를 위한 치료 과정을 확립 또는 변경하는데 사용하기 위해 임상의에게 제공될 수 있다. 치료가 선택되어 치료를 시작한 경우에, 대상체는 2가지 이상의 간격으로 생물학적 샘플을 수집하고, 주어진 시간 간격 치료 전, 치료 동안 및 치료 후에 해당하는 임상 반응을 결정하고, 시간 경과에 따라 임상 반응을 비교함으로써 주기적으로 모니터링될 수 있다. 이러한 반응, 및 임상 반응 또는 약동학적 바이오마커 수준의 변화의 증가, 감소 또는 안정화와 관련하여 관찰되는 임의의 경향에 기초하여, 임상의, 치료사, 또는 다른 건강-관리 전문가는 치료를 계속할지, 치료를 중단할지, 또는 시간 경과에 따른 개선을 목적으로 치료 계획을 조정할지 선택할 수 있다.
따라서, (a) PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 동안 또는 그 후의 시점에서 개체로부터 유래된 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (b) 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 참조 수준과 비교한 결과에 기초하여 개체의 치료를 유지하거나, 조정하거나, 또는 중단하는 단계를 포함하며, 여기서 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)의 변화는 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 대해 반응한다는 것을 나타내는 것인, PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 대한 개체의 반응을 평가하는 방법이 본원에 제공된다.
또한, (a) PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 동안 또는 그 후의 시점에서 개체로부터 유래된 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (b) PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료를 받고 있는 개체에서 반응을 모니터링하기 위해 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료한 개체의 반응을 모니터링하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커의 참조 수준은 (1) PD-L1 축 결합 길항제를 투여하기 전의 대상체로부터의 하나 이상의 바이오마커의 수준; (2) 참조 집단으로부터의 하나 이상의 바이오마커의 수준; (3) 하나 이상의 바이오마커에 대해 미리-할당된 수준; 및 (4) 제1 시점 이전의 제2 시점에서의 개체로부터의 하나 이상의 바이오마커의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
개체의 생물학적 샘플을 참조 집단과 상관시키고 비교하기 위해서는, PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료 전에 및/또는 후에 치료를 받는 개체의 집단, 즉 임상 집단에서 나타난 임상 반응에 대한 데이터를 수득해야 한다. 이러한 임상 데이터는 임상 시험(들) 결과의 후향적 분석에 의해 얻을 수 있다. 대안적으로, 임상 데이터는 하나 이상의 새로운 임상 시험을 설계 및 수행함으로써 얻을 수 있다. 임상 집단 데이터의 분석은 표준 참조 집단을 규정하는데 유용하고, 이는 다시 치유적 치료의 선택을 위한 대상체를 분류하고/거나 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료에 대한 양성 반응을 나타내는 대상체를 분류하는데 유용하다.
일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)의 변화는 수준의 증가이다.
일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 바이오마커의 수준(들)의 변화는 수준의 감소이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 PD-L1, PD-1, PD-L2 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커의 증가는 치료에 대한 양성 반응을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 면역 관련 마커이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 T-세포 관련 마커이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 T-세포 활성화 마커이다.
일부 실시양태에서, T-세포 활성화 마커는 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다.
일부 실시양태에서, T-세포 활성화 마커는 CD8, IFN-g, 그랜자임-A, TNF-a, 퍼포린 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 CD8, IFN-g, 그랜자임-A, TNF-a, 퍼포린 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 T-세포 활성화 마커의 증가는 치료에 대한 양성 반응을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 활성화된 증식 T 세포이다.
일부 실시양태에서, 활성화된 증식 T 세포는 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다.
일부 실시양태에서, 활성화된 증식 T 세포는 CD8+/Ki67+ 세포, CD8+/HLA-DR+/Ki67+ 세포 및 그의 임의의 조합이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 IL-6이다.
일부 실시양태에서, IL-6 수준은 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 감소한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 IL-6 수준의 감소는 치료에 대한 양성 반응을 나타낸다. 일부 실시양태에서, IL-6 수준은 참조 수준과 비교하여 생물학적 샘플에서 증가한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교시에 생물학적 샘플에서의 IL-6 수준의 증가는 치료에 대해 반응하지 않음을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 개체로부터 유래된 생물학적 샘플은 세포, 조직, 조직 배양물, 종양, 생물학적 유체 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 생물학적 유체는 혈장, 혈청, 전혈, PBMC 및 그의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 조직은 종양 조직이다.
일부 실시양태에서, 종양 조직은 종양 세포, 종양 침윤 세포, 기질 세포 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 세포는 순환 종양 세포 (CTC)이다.
일부 실시양태에서, 개체는 증식성 질환 또는 장애를 앓고 있다.
일부 실시양태에서, 개체는 암 또는 악성종양을 앓고 있다.
일부 실시양태에서, 암 또는 악성종양은 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포 암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교모세포종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암 및 다른 혈액 악성종양으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 개체는 면역-관련 질환 또는 장애를 앓고 있다.
일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다.
일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다.
일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다.
일부 실시양태에서, 항체는 모노클로날 항체이다.
일부 실시양태에서, 항체는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다.
광고 방법
또한, 표적 청중에게, PD-L1 바이오마커의 존재 및/또는 수준에 기초하여 질환 또는 장애를 갖는 환자를 치료하기 위해 PD-L1 축 결합 길항제를 사용할 것을 프로모션하는 것을 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 광고하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 축 결합 길항제의 사용은 PD-L1 바이오마커의 상승된 수준에 기초한다.
광고는 일반적으로 광고주가 확인되고 메시지가 제어된, 비-개인적인 매체를 통한 유료 커뮤니케이션이다. 본원의 목적을 위한 광고는 선전, 홍보, 간접 광고, 후원, 인수 및 판촉을 포함한다. 이러한 용어는 또한 본원에서 본 발명을 구입하거나 지지하거나 승인하는 유리한 패턴으로 설득하거나 정보를 제공하거나 프로모션하거나 동기부여하거나 또는 다르게는 행동을 변형시키기 위해 대중에게 호소하도록 고안된 인쇄 커뮤니케이션 매체들 중 임의의 것으로 나타나는, 후원받은 정보성 공시를 또한 포함한다.
본원에서의 진단 방법의 광고 프로모션은 임의의 수단에 의해 달성될 수 있다. 이러한 메시지를 전달하기 위해 사용되는 광고 매체의 예는 방송 매체에서 메시지를 나타내는, 텔레비젼, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷 및 광고판 (광고방송 포함)를 포함한다. 광고는 또한 식품점 카트의 시트, 공항 보도의 벽 및 버스 측면 상의 것들, 통화중 대기 메시지 또는 점포내 PA 시스템에서 들리는 것들, 시각적 또는 청각적 커뮤니케이션이 존재할 수 있는 어디에서든지 존재할 수 있는 것들을 포함한다.
프로모션 또는 광고 수단의 보다 구체적 예는 텔레비전, 라디오, 영화, 인터넷, 예컨대 웹 캐스트 및 웨비나, 동시 사용자들에게 도달하도록 의도된 쌍방향 컴퓨터 네트워크, 고정형 또는 전자식 광고판 및 기타 공공 간판, 포스터, 전통적 또는 전자식 인쇄물, 예컨대 잡지 및 신문, 기타 매스컴, 프레젠테이션 또는 개인적인 접촉 (예를 들어, 이메일, 전화, 인스턴트 메시지, 우편, 택배, 대중, 또는 배달 우편, 개인 방문 등에 의함)을 포함한다.
사용되는 광고의 유형은 많은 요인, 예를 들어 도달하려는 표적 청중의 특성, 예를 들어 병원, 보험 회사, 진료소, 의사, 간호사 및 환자, 뿐만 아니라 비용 고려사항, 및 의약 및 진단 광고를 규제하는 관련 관할 법률 및 규칙에 따라 결정될 것이다. 광고는 서비스 상호작용에 의해 정의되는 사용자 특성화 및/또는 기타 데이터, 예컨대 사용자 통계 및 지리적 위치를 기초로 하여 개별화 또는 주문제작될 수 있다.
진단 키트, 검정 및 제조품
질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 여기서 PD-L1 바이오마커의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받는 경우에 효능이 나타날 가능성이 더 크다는 것을 의미하고, PD-L1 바이오마커의 부재는 질환을 갖는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하여 치료받는 경우에 효능이 나타날 가능성이 더 작다는 것을 의미하는 것인 진단 키트가 본원에 제공된다. 임의로, 키트는 개체가 PD-L1 바이오마커를 발현하는 경우에 질환 또는 장애를 치료하는데 사용되는 의약 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예컨대 항-PD-L1 항체)을 선택하기 위한 키트의 사용에 대한 지침을 추가로 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 지침은 개체가 PD-L1 바이오마커를 발현하지 않는 경우에 PD-L1 축 결합 길항제가 아닌 다른 의약을 선택하기 위한 키트의 사용에 대한 것이다.
또한, 질환 또는 장애를 갖는 개체로부터의 샘플에서 PD-L1 바이오마커의 존재를 결정하는 단계, 및 PD-L1 바이오마커의 존재에 기초하여 PD-L1 축 결합 길항제를 권장하는 단계를 포함하는, PD-L1 축 결합 길항제를 제공받을 질환 또는 장애를 갖는 개체를 확인하기 위한 검정이 본원에 제공된다.
또한, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)를, 제약상 허용되는 담체 및 PD-L1 바이오마커의 발현에 기초하여 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)가 질환 또는 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 함께 포장하여 포함하는 제조품이 본원에 제공된다. 치료 방법은 본원에 개시된 임의의 치료 방법을 포함한다. 또한, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)를 포함하는 제약 조성물, 및 PD-L1 바이오마커의 발현에 기초하여 이 제약 조성물이 질환 또는 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포장 내에 조합하는 것을 포함하는, 제조품을 제조하는 방법에 관한 것이다.
제조품은 용기, 및 용기 상에 있거나 용기와 회합된 라벨 또는 포장 삽입물을 포함한다. 적합한 용기는, 예를 들어 병, 바이알, 시린지 등을 포함한다. 용기는 다양한 물질, 예컨대 유리, 또는 플라스틱으로부터 형성될 수 있다. 용기는 활성제로서의 암 의약을 포함하는 조성물을 보유 또는 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 수 있다 (예를 들어, 용기는 피하 주사 바늘로 관통가능한 스토퍼를 갖는 정맥내 용액 백 또는 바이알일 수 있음).
제조품은 제약상 허용되는 희석제, 완충제, 예컨대 정박테리아 주사용수 (BWFI), 포스페이트-완충 염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 제2 용기를 추가로 포함할 수 있다. 제조품은 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질, 예를 들어 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 제조품은 또한 조성물이 본원의 바이오마커(들)의 발현 수준에 기초하여 암을 치료하기 위해 사용되는 것임을 나타내는 정보를, 예를 들어 포장 삽입물 형태로 포함한다. 삽입물 또는 라벨은 임의의 형태, 예컨대 종이 또는 전자 매체, 예컨대 자기 기록 매체 (예를 들어, 플로피 디스크) 또는 CD-ROM을 취할 할 수 있다. 라벨 또는 삽입물은 또한 키트 또는 제조품 내의 제약 조성물 및 투여 형태에 관한 다른 정보를 포함할 수도 있다.
본 발명은 또한 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)를 포함하는 제약 조성물, 및 PD-L1 바이오마커의 발현에 기초하여 이 제약 조성물이 암 (예컨대, NSCLC)을 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포장 내에 조합하는 것을 포함하는, 제조품을 제조하는 방법에 관한 것이다.
제조품은 제약상 허용되는 희석제, 완충제, 예컨대 정박테리아 주사용수 (BWFI), 포스페이트-완충 염수, 링거액 및/또는 덱스트로스 용액을 포함하는 추가의 용기를 추가로 포함할 수 있다. 제조품은 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질, 예를 들어 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 추가로 포함할 수 있다.
실시예
다음은 방법 및 조성물의 예이다. 상기 제공된 일반적 설명을 고려하여 다양한 다른 실시양태가 실시될 수 있는 것으로 이해된다.
실시예를 위한 물질 및 방법
샘플: 종양 샘플 또는 암 세포주의 포르말린-고정된 파라핀-포매 (FFPE) 부분을 분석하였다.
면역조직화학 (IHC): 포르말린-고정된, 파라핀-포매 조직 절편을 탈파라핀화시킨 후에 항원 검색, 차단, 및 1차 항-PD-L1 항체와의 인큐베이션을 수행하였다. 2차 항체와 인큐베이션하고, 효소 색을 발현시킨 후에, 절편을 대조염색시키고 일련의 알콜 및 크실렌에서 탈수시킨 다음 커버슬립을 덮었다.
하기 프로토콜을 IHC에 이용하였다. 벤타나 벤치마크(Ventana Benchmark) XT 또는 벤치마크 울트라(Benchmark Ultra) 시스템을 이용하여 하기 시약 및 물질을 사용하는 PD-L1 IHC 염색을 수행하였다:
1차 항체: 항-PD-L1 토끼 모노클로날 1차 항체
시편 유형: 조직 샘플의 포르말린-고정된 파라핀 포매 (FFPE) 부분 및 변화하는 염색 강도의 대조 세포 펠릿
절차 종: 인간
기기 : 벤치마크 XT 또는 벤치마크 울트라
에피토프 회수 조건: 세포 컨디셔닝, 표준 1 (CC1, 벤타나, 카탈로그 # 950-124)
1차 항체 조건: 1/100, 6.5 μg/ml/16분 (36℃)
희석제: 항체 희석 완충제 (운반체 단백질 및 Brig-35를 함유하는 트리스-완충 염수)
음성 대조군: 6.5 μg/ml의 나이브 토끼 IgG (셀 시그널링(Cell Signaling)) 또는 희석제 단독
검출: 옵티뷰(Optiview) 또는 울트라뷰(Ultraview) 유니버셜 DAB 검출 키트 (벤타나), 및 증폭 키트 (적용 가능한 경우)를 제조업체의 지침 (벤타나)에 따라 이용하였다.
대조염색: 벤타나 헤마톡실린 II (카탈로그 # 790-2208)/청색화 시약 (카탈로그 # 760-2037) 포함 (각각 4분 및 4분)
벤치마크 프로토콜은 다음과 같았다:
1. 파라핀 (선택됨)
2. 탈파라핀화 (선택됨)
3. 세포 컨디셔닝 (선택됨)
4. 컨디셔너 #1 (선택됨)
5. 표준 CC1 (선택됨)
6. Ab 인큐베이션 온도 (선택됨)
7. 36C Ab 인큐베이션 (선택됨)
8. 적정 (선택됨)
9. 자동-분배 (1차 항체), 및 (16분) 동안 인큐베이션
10. 대조염색 (선택됨)
11. (헤마톡실린 II) 한 방울 적용 (대조염색), 커버슬립 적용, 및 (4분) 동안 인큐베이션
12. 포스트 대조염색 (선택됨)
13. (청색화 시약) 한 방울 적용 (포스트 대조염색), 커버슬립 적용, 및 (4분) 동안 인큐베이션
14. 슬라이드를 비누 물에서 세척하여 오일 제거
15. 슬라이드를 물로 세정
16. 95% 에탄올, 100% 에탄올에서 크실렌 (라이카(Leica) 자동염색기 프로그램 #9)을 통한 슬라이드의 탈수
17. 커버슬립 덮기.
실시예 1 - IHC에 의한 PD-L1 발현 스코어링
종양 시편에서의 PD-L1 발현의 존재 또는 부재를 IHC에 의해 인간 포르말린-고정된, 파라핀-포매 (FFPE) 조직에서 PD-L1을 검출할 수 있는 항-PD-L1-특이적 항체를 이용하여 평가하였다. 종양 샘플에서 PD-L1의 상대 발현을 측정 및 정량화하기 위해, PD-L1 IHC 스코어링 시스템을 개발하여 종양 세포 및 종양 침윤 면역 세포에서 PD-L1 특이적 신호를 측정하였다. 면역 세포는 림프양 및/또는 대식세포/조직구 형태를 갖는 세포로 규정된다.
종양 세포 염색은 임의의 강도의 막 염색을 보여주는 모든 종양 세포의 퍼센트로 표현된다. 침윤 면역 세포 염색은 임의의 강도의 염색을 보여주는 면역 세포가 차지하는 전체 종양 구역의 퍼센트로 규정된다. 전체 종양 구역은 주요 종양 덩어리에 바로 인접한 및 이와 근접한 면역 침윤물의 구역을 포함하여, 악성 세포 뿐만 아니라 종양-연관 기질을 포괄한다. 또한, 침윤 면역 세포 염색은 모든 종양 침윤 면역 세포의 퍼센트로 규정된다.
종양 조직에 매우 광범위한 PD-L1 염색 강도가 존재하였다. 세포내 국재화에 관계없이, 신호는 또한 강함, 중간 정도, 약함 또는 음성 염색으로 분류되었다.
도 1에 나타난 바와 같이, 음성 신호 강도는 HEK-293 세포를 사용하여 예시된 바와 같이 임의의 검출가능한 신호의 부재를 특징으로 한다. 대조적으로, 양성 신호 강도는 재조합 인간 PD-L1로 형질감염된 HEK-293 세포를 사용하여 예시된 바와 같이, 금색 내지 암갈색의 막 염색을 특징으로 한다. 마지막으로, 양성 신호 강도는 또한 태반 영양막의 염색 및 편도 음와 영역의 강한 염색 및 종종 금색 내지 암갈색 염색을 특징으로 하는 막 패턴에 의해 설명된다. 종양 조직에서, PD-L1 음성 샘플은 20x 배율을 사용하여 평가시에 검출가능한 신호가 없거나 또는 오직 약한 세포질 배경 염색을 나타내는 것으로 정성화된다. 대조적으로, PD-L1 양성 샘플은 주로 종양 세포 및/또는 침윤 면역 세포에서의 막 염색을 입증한다. PD-L1 염색은 흐린, 밝은-갈색 막으로 나타나는 약한 강도에서부터 낮은 배율에서도 용이하게 인식되는 진한 암갈색 막으로 나타나는 강한 강도까지 다양한 강도로 관찰된다. 도 2에 도시된 바와 같이, 3가지 대표적인 PD-L1 양성 종양 샘플이 제시된다: (A) 삼중-음성 유방암 (여기서, 대부분의 종양 세포는 막 및 세포질 염색의 조합을 보여주며 PD-L1에 대해 강하게 양성임 (100x 배율)); (B) 악성 흑색종 (여기서, 면역 세포의 클러스터 (이들 중 일부는 PD-L1에 대해 막 염색됨)가 나타남; PD-L1에 대해 막 염색된 종양 세포 (화살표)가 드물게 나타남 (400x 배율)); (C) NSCLC, 선암종 (여기서, PD-L1에 대해 강하게 염색된 면역 세포의 클러스터가 나타남; PD-L1에 대해 막 및/또는 세포질 염색된 종양 세포 (화살표)가 여러 개 존재함 (400x 배율)).
양성의 경우에서의 염색은 공간 분포 및 강도와 관련하여 집중되는 경향이 있다. 임의의 강도의 염색을 나타내는 종양 또는 면역 세포의 백분율을 시각적으로 추정하고, 이를 이용하여 PD-L1 상태를 결정하였다. 이소형 음성 대조군을 사용하여 시험 샘플에서의 배경의 존재를 평가하였다.
염색은 H&E의 경우에 하나의 연속 조직 절편, 항-PD-L1의 경우에 제2의 연속 조직 절편, 및 이소형 음성 대조군 항체의 경우에 제3의 연속 조직 절편을 필요로 하였다. PD-L1-형질감염된 HEK-293 세포주 대조군 또는 편도 슬라이드를 수행 대조군 및 검정 특이성을 위한 참조로 사용하였다.
PD-L1 상태 기준
Figure 112020097824815-pat00004
일부 경우에, PD-L1 양성 상태는 종양 세포, 연관된 종양내, 및 인접한 종양주위 결합조직형성 기질에 의해 점유되는 종양 구역의 최대 50%에서의 종양 세포 또는 종양 침윤 면역 세포에서 임의의 강도의 식별가능한 PD-L1 염색의 존재를 포함할 수 있다. 따라서, PD-L1 양성 염색은 임의의 강도의 염색을 나타내는 종양 세포 또는 종양 침윤 면역 세포를 50%만큼 많이 포함한다.
항-PD-L1로 염색된 평가가능한 슬라이드를 상기 기재된 바와 같이 평가하였다. 음성 염색 강도는 임의의 검출가능한 신호의 부재 또는 (갈색 또는 암갈색보다는 오히려) 연회색에서 청색을 특징으로 하는 신호 및 막 증진의 부재를 특징으로 하였다. 막 염색이 없는 (예를 들어, 부재하는) 경우가 음성이었다.
실시예 2 - 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료
상 I 연구 설계는 구체적으로 (a) 항-PD-L1 IHC 시약 (b) PD-L1 qPCR 시약에 의해 측정된 바와 같은 PD-L1 유전자 발현 (c) 멀티플렉스 qPCR "이뮤노칩"에 의해 측정된 바와 같은 면역 유전자 서명에 의해 평가된 바와 같은 PD-L1 종양 상태 및 (i) RECIST 1.1 기반 반응 (ii) 면역-관련 반응 기준 (iii) PFS (iv) OS (v) 완전 반응률 (vi) 반응의 지속성 (vii) 6주에서의 PD에 의해 측정된 바와 같은 PD-L1/PD-1 경로의 단독요법 억제의 임상 이익 사이의 상관관계를 평가하였다. 확장 코호트에서의 환자는 PD-L1 종양 상태의 평가를 위한 종양 조직을 제공할 필요가 있었으며, PD-L1 종양 상태에 관계없이 확장 코호트에 등록하거나, 또는 PD-L1에 대한 IHC 검정에 의해 측정된 바와 같은 PD-L1 종양 상태에 기초하여 환자를 예측적으로 선택한 확장 코호트에 등록하였다. 등록된 종양 유형은 구체적으로 NSCLC (편평 및 비-편평 조직학), 흑색종, RCC, CRC, 위암, 유방암, SCCHN, 췌장암, 방광암 및 혈액 악성종양을 포함하였다. 추가로, 림프종, 골수종, 육종, 난소암, 전립선암, 식도암, 소세포 폐암, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 자궁경부암, HPV 또는 EBV+ SCCHN, 및 흉선 암종을 갖는 환자가 또한 등록된다/등록되었다.
기준선 PD-L1 종양 상태와 PD-L1/PD-1 경로의 단독요법 억제로부터의 임상 이익의 상관관계를 평가하는 것 뿐만 아니라, 연구는 또한 (a) 보존된 종양 샘플 대 새로운 또는 최근의 종양 생검 샘플에서의 PD-L1 상태 측정 (b) 항-CD8 IHC 시약을 사용하는, 종양에서의 CD8+ T 세포 침윤 평가 (c) 상이한 세포 유형 %, 구획 또는 염색 강도에서의 PD-L1 염색 평가 (d) PD-L1 또는 CD8의 종양주위 대 종양내 염색의 영향 (e) PD-L1 염색 증폭의 영향 (f) qPCR 또는 이뮤노칩 평가 이전의 종양의 매크로해부의 영향 (g) PD-L1 상태 평가 및 이익과의 상관관계에 대한 조직 샘플 연령 및 고정화의 영향 (h) 상기 기재된 종양 특성화 방법을 이용하여 임상 이익 또는 독성을 평가하는데 있어서의 치료중 종양 생검의 유용성 (i) 치료중 이익의 평가 또는 환자 선택에 있어서의 FDG PET 영상화 및 CT 조영 증강의 유용성 (j) 상기 치료에 대한 이익을 예측하는데 있어서 종양 돌연변이/종양유전자 상태 (예를 들어, KRAS, bRAF, PI3K 경로 돌연변이 상태, Met 상태, Her2neu 상태, PTEN 상태)의 유용성 (k) CTC 수 및 PD-L1 특성화 (l) 순환 세포 유형, 하위세트 및 수 (m) 순환 혈장/혈청 바이오마커 (n) 인종 차이 (o) 흡연 상태 (p) FcgRIII 다형성 상태 (q) 면역-관련 다형성 상태의 이익을 평가하였다.
연구 설계. 본 연구는 고체 또는 액체 종양에서 항-PD-L1 항체 (MPDL3280A)를 사용하는 PD-L1/PD-1 경로 억제를 수반한 치료의 예비 활성 및 안전성을 평가하기 위해 설계된 상 I 다기관 시험이었다. 250명 초과의 환자가 17개 초과의 다국적 지역에서 등록하였다. MPDL3280A를 사용하는 치료는 질환 진행이 일어날 때까지, 환자의 임상 상태에 따라 허용되지 않는 독성이 발생할 때까지 계속하였다 (즉, 질환 진행의 증거가 나타난 환자는 이들이 ECOG PS를 유지하고, 연구자가 평가하였을 때 임상 이익을 나타낼 잠재력이 있는 경우에 계속 연구 치료를 받게 된다). 본 연구로부터의 데이터의 중간 분석을, 2012년 7월 1일 이전에 등록한 환자 (n=122)가 포함된 연구에 등록된 환자에 대해 2013년 1월 10일을 비롯한 연구 개시일 이후에 여러 번 수행하였다. 이러한 데이터는 종양이 낮은 수준의 PD-L1을 발현하는 환자가 PD-L1/PD-1 경로 억제로부터 최소의 이익을 도출하였으나, 특히 종양 면역 침윤 세포 상에서 측정시에 그의 종양에 높은 수준의 PD-L1이 존재하는 환자는 지속적인 반응에 의해 측정시에 연구 상에서 대부분의 이익을 도출하였다는 것을 시사한다.
연구 동안, 종양 측정 및 생존 상태에 대한 데이터를 PFS, 전체 생존 (OS) 및 전체 반응률 (ORR) 및 상기 언급된 바와 같은 다른 척도의 평가를 위해 수집하였다. CT 스캔을 기준선 및 대략 6주마다 수득하였다. 일부 환자에서의 영상화는 FDG-PET 영상화를 포함하였다. 혈액 바이오마커를 기준선 및 혈액 기반 및 세포 하위세트 기반 바이오마커에 대한 연구에서 평가하였다. 이들 및 다른 종양 바이오마커를 임상 결과와 상관시키는 것은 예측성 바이오마커, 예를 들어 약물 활성 및 요법에 대한 반응을 반영할 수 있는 순환 마커를 확인하는 것을 도울 것이다. 혈청 및 혈장을 위한 혈액을 미리 지정된 시간에 동의한 환자에서 채혈하였고, 이들 탐색적 마커의 수준을 평가하였다.
실시예 3 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 개체로부터의 샘플의 IHC에 의한 스코어링은 PD-L1 발현과 치료에 대한 반응 사이의 상관관계를 보여준다
도 3A에 도시된 바와 같이, 항-PD-L1 항체 MPDL3280A를 사용하여 치료받은 상 I 환자로부터의 종양 샘플을 PD-L1 발현에 대해 분석하였다. 데이터 세트는 2012년 7월 1일 이전에 등록한 환자를 포함한다. 종양 샘플에서 PD-L1 상태에 대한 염색을 상기 기재된 IHC 프로토콜을 이용하여 수행하였다.
예비 결과는 종양 침윤 세포 (IC)에서의 PD-L1 발현 및 항-PD-L1 치료에 대한 환자의 임상 반응 사이에 상관관계가 존재한다는 것을 보여준다. 특히, 항-PD-L1 치료에 대해 부분 반응 (PR) 또는 완전 반응 (CR)을 나타내는 환자는 IHC에 의해 검출시에, 종양 샘플 구역 내의 PD-L1 발현 종양 침윤 세포의 염색과 상관관계가 있었다. 종양 샘플 구역은 주요 종양 덩어리에 바로 근접한 또는 이와 인접한 면역 침윤물의 영역을 포함하여, 악성 세포 뿐만 아니라 종양-연관 기질을 포괄한다. 대조적으로, 항-PD-L1 치료에 대해 임상 반응을 나타내지 않는 (예를 들어, 진행성 질환 (PD)을 나타내는) 환자의 종양은 종양 샘플 구역 내의 종양 침윤 면역 세포에서 보다 낮은 PD-L1 발현을 나타내었다. p < 0.0001.
항-PD-L1 치료에 대한 환자의 임상 반응과 전체 면역 세포 내의 PD-L1 발현 종양 침윤 면역 세포 (IC)의 염색 사이의 상관관계가 또한 관찰되었다. 도 3B에 나타난 바와 같이, 항-PD-L1 치료를 이용하는 치료에 대한 반응성을 나타내는 환자는 종양 샘플내 전체 면역 침윤물 내에서의 PD-L1 발현 종양 침윤 세포의 염색과 상관관계가 있었다. 종양 샘플 내의 면역 침윤물의 전체 수는 H&E 염색에 의해 결정되었다. 항-PD-L1 치료에 대해 부분 반응 (PR) 또는 완전 반응 (CR)을 나타내는 환자는 전체 면역 침윤물 내의 PD-L1 발현 종양 침윤 세포의 염색과 상관관계가 있었다. 대조적으로, 항-PD-L1 치료에 대해 임상 반응을 나타내지 않는 (예를 들어, 진행성 질환 (PD)을 나타내는) 환자의 종양은 종양 샘플 영역 내의 종양 침윤 면역 세포에서 보다 낮은 PD-L1 발현을 나타내었다. p < 0.0005.
예비 데이터는 PD-L1 종양 상태가 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대해 반응할 가능성이 더 큰 환자를 확인하기 위한 예측성 마커일 수 있음을 시사한다. 지금까지 관찰된 초기 임상 이익은 PR 및/또는 CR을 포함하나, 지속적으로 모니터링하여 반응의 지속성, PFS 평가, 전체 생존 (OS) 및 전체 반응률 (ORR)을 포함하는 추가의 이익을 반영할 수 있다. 이러한 예비 데이터는 종양 샘플에서의 PD-L1 발현 (종양 침윤 면역 세포 (IC) 상에서의 발현 포함)이 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측할 수 있다는 근거를 제공한다. 데이터는 또한 PD-L1 종양 상태가 환자가 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성을 결정할 수 있다는 것을 뒷받침한다.
실시예 4 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 개체로부터의 샘플의 qPCR에 의한 스코어링은 PD-L1 발현과 치료에 대한 반응 사이의 상관관계를 보여준다
PD-L1 유전자 발현 상태가 항-PD-L1 치료에 대한 환자 반응과 상관관계가 있는지 여부를 평가하기 위해, 종양 샘플에서의 PD-L1의 유전자 발현 수준을 qPCR에 의해 결정하였다. 상 1 환자로부터의 조직을 매크로-해부하여 종양 함량을 풍부하게 하였다. RNA를 FFPE 절편으로부터 단리하고, PD-L1 유전자 발현을 PCR-기반 방법 (플루이다임(Fluidigm))을 이용하여 측정하였다. PD-L1 발현을 하우스키핑 유전자 (GusB)에 대해 정규화하였다.
FFPE RNA 단리
FFPE 종양 시편으로부터의 H&E 슬라이드는 조직 진단 및 종양 함량 평가를 위해 병리학자에 의해 검증되었다. 전체 종양 함량이 70-75% 미만인 경우, RNA를 매크로-해부된 조직으로부터 단리하여 종양 함량을 풍부하게 하였다.
FFPE 조직 절편을 엔비렌(Envirene) 시약 (하디 디아그노스틱스(Hardy Diagnostics), 미국 캘리포니아주 산타 마리아)을 사용하여 탈파라핀화시킨 후에 조직 용해물을 준비하였다. RNA 단리는 LC 페르투주맙 FFPET RNA 키트 (로슈 다이아그노스틱(Roche Diagnostic) 파트 #06474 969 001)를 사용하여 수행하였다. RNA 농도 및 260/280 비를 나노드롭(NanoDrop)® ND-2000 /8000 UV-Vis 분광광도계로 결정하였다. 각 샘플에 대해, 20ng-200ng RNA (2 μL 부피)를 바이오마크(BioMark) 실시간 PCR 플랫폼 (이뮨 플루이다임(Immune Fluidigm) 패널)을 이용하는 유전자 발현 분석에 사용하였다. 110ng - 115ng RNA를 PDL1 qPCR 검정에 사용하였다.
PD-L1 qPCR 검정
PD-L1 qPCR을 로슈 몰레큘라 사이언스 (RMS)에서 개발한 PDL1 mRNA qRT-PCR 검정을 이용하여 수행하였다. PDL1 및 참조 유전자 (GusB 또는 TMEM55B) mRNA를, RMS에 의해 제공된 반응 믹스 및 올리고 믹스를 제조업체의 지침에 따라 사용하여 역전사시키고, 증폭시키고, 검출하였다. 열 순환 조건은 다음과 같았다: 50℃에서 5분 동안 1 사이클, 95℃에서 1분 동안 1 사이클, 61℃에서 30분 동안 1 사이클, 이어서 95℃에서 15초 동안 및 61℃에서 30초 동안 2 사이클, 이어서 92℃에서 15초 동안 및 61℃에서 30초 동안 53 사이클, 이어서 40℃에서 30초 동안 및 25℃에서 10초 동안 1 사이클. 반응을 코바즈(Cobas) z480 분석기 (로슈)에서 수행하였다. PD-L1 발현 수준은 다음과 같이 델타 Ct (dCt) 방법을 이용하여 결정하였다: Ct(PD-L1) - Ct(참조 유전자). 데이터 세트는 2012년 11월 1일에 이전에 이용가능한 샘플을 갖는 환자를 포함한다.
도 4에 도시된 바와 같이, 예비 결과는 종양 샘플에서의 상승된 PD-L1 유전자 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 환자의 임상 반응 사이에 상관관계가 존재한다는 것을 보여준다. 항-PD-L1 치료에 대해 부분 반응 (PR) 또는 완전 반응 (CR)을 나타내는 환자는 종양 샘플 내의 PD-L1 유전자 발현과 상관관계가 있었다. 대조적으로, 항-PD-L1 치료에 대해 임상 반응을 나타내지 않는 (예를 들어, 진행성 질환 (PD)을 나타내는) 환자의 종양은 종양 샘플에서 보다 낮은 PD-L1 유전자 발현을 나타내었다. p = 0.0037.
이러한 예비 데이터는 PD-L1 종양 유전자 발현 상태가 항-PD-L1 항체를 사용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측하는데 유용한 바이오마커일 수 있음을 시사한다. PD-L1 종양 유전자 발현 프로파일은 종양 세포, 종양 침윤 세포 또는 둘 다의 조합으로부터 유래될 수 있다.
실시예 5 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 개체로부터의 샘플의 qPCR에 의한 스코어링은 PD-1 발현과 치료에 대한 반응 사이의 상관관계를 보여준다
종양 샘플에서의 PD-L1 유전자 발현과 환자 임상 반응 사이에서 관찰되는 상관관계 뿐만 아니라, PD-1 유전자 발현 상태가 또한 임상 반응과 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다. 도 5에 나타난 바와 같이, 종양 샘플에서의 PD-1 유전자 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 환자의 임상 반응 사이에 상관관계가 관찰되었다. 항-PD-L1 치료에 대해 부분 반응 (PR)을 나타내는 환자는 종양 샘플 내에서의 PD-1 유전자 발현과 상관관계가 있었다. 대조적으로, PD-1 유전자 발현 상태와 항-PD-L1 치료에 대해 임상 반응을 나타내지 않는 (예를 들어, PD) 환자 사이에는 보다 낮은 상관관계가 존재하였다. p = 0.0206. 데이터 세트는 2012년 11월 1일 전에 이용가능한 샘플을 갖는 환자를 포함한다.
이러한 예비 데이터는 PD-1 종양 상태가 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 반응할 가능성이 더 큰 환자를 확인하기 위한 또 다른 예측성 마커일 수 있음을 시사한다. 종양 샘플에서의 PD-1 유전자 발현 (종양 침윤 면역 세포 (IC), 종양 세포 또는 둘 다의 조합에서의 발현 포함)은 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측할 수 있다.
이러한 예비 데이터는 PD-1 종양 상태가 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 반응할 가능성이 더 큰 환자를 확인하기 위한 또 다른 예측성 마커일 수 있음을 시사한다. 종양 샘플에서의 PD-1 유전자 발현 (종양 침윤 면역 세포 (IC), 종양 세포 또는 이들 둘의 조합에서의 발현 포함)은 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측할 수 있다
실시예 6 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 개체로부터의 샘플의 종양 면역 유전자 서명은 치료에 대한 반응과 상관관계를 보여준다
특정 면역 유전자 서명과 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 환자의 반응 사이에 상관관계가 존재하는지 여부를 결정하기 위해, 하기 프로토콜을 수행하였다.
플루이다임 유전자 발현 분석
유전자 발현 분석을 바이오마크 실시간 PCR 플랫폼 (이뮨 플루이다임)을 이용하여 수행하였다. 2 μl의 전체 RNA를 cDNA로 역전사시키고, 슈퍼스크립트(Superscript) III/백금 Taq 및 2X 반응 믹스 (인비트로젠(Invitrogen))를 사용하여 단일 반응물에서 예비-증폭시켰다. 96개의 택맨(Taqman) 프라이머/프로브 세트를 0.2X 택맨 검정 농도 (어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems))의 최종 희석 농도로 예비-증폭 반응물에 포함시켰다. 열 순환 조건은 다음과 같았다: 50℃에서 15분 동안 1 사이클, 70℃에서 2분 동안 1 사이클, 이어서 95℃에서 15초 동안 및 60℃에서 4분 동안 18 사이클.
예비-증폭된 cDNA를 1.94배로 희석한 후에, 제조업체의 지침에 따라 바이오마크 BMK-M-96.96 플랫폼 (플루이다임) 상에서 택맨 유니버설 PCR 마스터믹스 (어플라이드 바이오시스템즈)를 사용하여 증폭시켰다. 모든 샘플을 삼중으로 검정하였다. 5가지 참조 유전자, GusB, SDHA, SP2, TMEM55B 및 VPS-33B를 포함하는 발현 패널에서의 모든 택맨 검정은 FAM-MGB였고, 라이프 테크놀로지스(Life Technologies) 통해 주문제작 또는 맞춤-설계되도록 주문하였다. 참조 유전자에 대한 Ct 값의 중앙값을 각 샘플에 대해 계산하고, 발현 수준을 다음과 같이 델타 Ct (dCt) 방법을 이용하여 결정하였다: Ct(표적 유전자) - 중앙 Ct(참조 유전자). 대안적으로, 지시될 때마다, 발현 수준은 각 표적 유전자의 Ct 값을 모든 유전자의 중앙 Ct 값에 대해 정규화시킨 후에 결정하였다.
도 6에 도시된 바와 같이, 특정 면역 유전자 서명과 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 환자의 반응 사이에 상관관계가 존재한다. 이 결과는 특정 면역 유전자의 발현이 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 환자 반응과 상관관계가 있다는 것을 보여준다. 예를 들어, IFN-g, CD8A, EOMES, 그랜자임 A 및 CXCL9를 포함하는 T 세포 활성화 면역 유전자는 항-PD-L1을 사용하는 치료에 대한 환자 부분 반응과 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다. 데이터 세트는 2012년 11월 1일 전에 이용가능한 샘플을 갖는 환자를 포함한다.
이러한 예비 데이터는 항-PD-L1 항체 치료를 이용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대해 반응할 가능성이 더 큰 환자의 확인을 도울 수 있는 추가의 예측성 바이오마커가 확인되었음을 시사한다. 면역 유전자 서명는 IFN-g, CD8A, EOMES, 그랜자임 A 및 CXCL9를 포함하나 이에 제한되지는 않고, 면역 세포 활성화와 연관된다.
실시예 7 - PD-L1 및 PD-L2 발현과 항-PD-L1 항체 치료에 대한 반응의 상관관계
PD-L1 축 결합 길항제, 예컨대 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은, 국부 진행성 또는 전이성 종양을 갖는 환자의 임상 활성, 안전성 및 바이오마커.
PD-L1 및 PD-L2는 Th1 및 Th2 면역 반응을 조절하는 것으로 보고되었다. 종양-발현된 PD-L1은 활성화된 T 세포 상에서 PD-1 또는 B7.1에 결합되었을 때 암 면역 회피를 조정할 수 있다. PD-L1의 그의 수용체에 대한 결합의 억제는 종양-특이적 T-세포 면역을 복원하기 위한 유망한 전략을 제시한다. 그러나, 종양 미세환경에서 발현된 PD-L2는 또한 PD-1-발현 T 세포에 결합하여, 그의 기능을 약화시킬 수 있다. Th1-구동된 반응을 촉진하여 효능 및 안전성이 최적화되도록 설계된 조작된 Fc-도메인을 함유하는 인간 모노클로날 항체인 MPDL3280A (항-PD-L1 항체)가 상 I 결과와 함께 여기에 기재된다.
물질 및 방법: 연구는 3+3 용량-상승 및 확장 코호트를 포함하여, 국부 진행성 또는 전이성 고형 종양을 갖는 환자에게 투여 (IV q3w)된 MPDL3280A를 사용하여 수행하였다. ORR을 RECIST v1.1에 의해 평가하였으며, 이는 u/cCR 및 u/cPR을 포함한다. 보존된 종양 시편에서 PD-L1을 IHC (양성 대 음성)에 의해 측정하고, PD-L2를 qPCR (높은 대 낮음)에 의해 측정하였다.
결과: 2013년 2월 1일에, 171명 환자를 안전성에 대해 평가할 수 있었다. 투여된 용량은 ≤1 (n=9), 3 (n=3), 10 (n=35), 15 (n=57) 및 20 mg/kg (n=67)을 포함한다. 용량-상승 코호트의 환자는 용량 제한 독성 (DLT)을 경험하지 않았다. 최대 허용 용량 (MTD)이 확인되지 않았다. 환자는 147일 (1-450일 범위)의 중앙 지속기간 동안 MPDL3280A를 제공받았다. 환자의 41%에서 원인에 관계없이 G3/4 AE가 보고되었다. 급성 폐장염은 관찰되지 않았다. 2012년 7월 1일 이전에 등록한 122명의 환자를 효능에 대해 평가할 수 있었다. RECIST 반응이 NSCLC (9/37), RCC (5/39), 흑색종 (9/35), CRC (1/4) 및 위암 (1/1)을 포함하는 여러 종양 유형에서 관찰되었다. 21% (25/122)의 ORR이 비-선택된 고형 종양 (반응 지속기간 범위 1+ 내지 253+ 일)에서 관찰되었다. 다른 환자는 명백한 방사선 진행 후에 지연된 반응을 나타내었다 (ORR에 포함되지 않음). 24주 PFS는 42%였다. 94명의 환자가 PD-L1 상태에 대해 평가가능한 종양을 갖고 있었으며, 81명의 환자가 PD-L2에 대해 평가가능한 종양을 갖고 있었다. 중앙 PD-L2 발현은 PD-L1-음성 종양에 비해 PD-L1-양성 종양에서
Figure 112020097824815-pat00005
2x 더 높았다. ORR은 PD-L1-음성 종양을 갖는 환자에서의 13% (8/61)에 비해 PD-L1-양성 종양을 갖는 환자에서는 39% (13/33)였다. PD-L2 낮은 종양을 갖는 환자가 13% (5/40)의 ORR을 나타낸 것에 비해, PD-L2 높은 종양을 갖는 환자는 27% (11/41)의 ORR을 나타내었다.
MPDL3280A는 내약성이 우수하였고, 폐장염-관련 사망이 발생하지 않았다. 지속적인 반응이 다양한 종양에서 관찰되었다. PD-L1 및 PD-L2 종양 상태는 MPDL3280A에 대한 반응과 상관관계가 있는 것으로 보인다. 이러한 예비 데이터는 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포 (IC) 상에서의, 및/또는 종양 미세환경, 예컨대 기질 세포 내에서의, 및 그의 임의의 조합에서의 발현을 포함하는, 종양 샘플에서의 PD-L1 발현 뿐만 아니라 PD-L2 발현이 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측할 수 있다는 것에 대한 추가의 근거를 제공한다. 이 데이터는 또한 PD-L1 및 PD-L2 종양 상태가, 환자가 항-PD-L1 항체와 같은 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성을 결정할 수 있다는 것을 뒷받침한다.
실시예 8 - 항-PD-L1 항체 치료는 치료에 반응하는 PD-L1+ 환자에서 T-세포 활성화를 증가시킨다
항-PD-L1 항체에 반응하는 환자에 대한 임상 이익을 평가하는데 있어서의 치료중 종양 생검의 유용성 및 치료 유효성 및 연관된 약역학적 (PD) 바이오마커의 확인에 대한 평가를 수행하였다.
도 7에 도시된 바와 같이, 진행 중인 상 I 연구로부터 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 환자로부터의 일련의 치료전/치료중 종양 생검을 평가하였다. 쌍을 이룬 기준선 (치료전 또는 보존된 종양 조직 포함), 및 흑색종, RCC, NSCLC, H&N, CRC, 위암, 및 유방암을 포함하여 다양한 적응증을 앓고 있는, 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 환자 (n=26)로부터의 치료중 종양 생검을 유전자 발현 분석을 통해 항-CD8 IHC 시약 뿐만 아니라 약역학적 바이오마커를 사용하여 CD8+ T 세포 침윤에 대해 분석하였다.
도 8(a)에 도시된 바와 같이, CD8+ T 세포 침윤의 증가는 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자로부터의 종양 샘플에서의 PD-L1 발현 증가와 연관되었다. 기준선 조건 하에, T-세포 및 PD-L1+ 종양 세포는 공동-국재화될 수 있고, 집중된 PD-L1 발현이 암 세포와 면역 세포 사이의 인터페이스에서 나타날 수 있다 (항-종양 T-세포 공격이 종양 또는 면역 세포 PD-L1 발현에 의해 제어될 수 있다). 항-PD-L1 항체를 사용하는 사이클 1 제1일 (C1D1) 치료 4주 후에, 종양 샘플 내에서의 PD-L1 발현의 증가가 밀집한 림프구 침윤, 특히 CD8+ T 세포 침윤과 함께 검출되었다. 이러한 CD8+ T 세포의 증가는 종양 세포의 T-세포 매개된 사멸로 이어질 수 있고, 이어서 T-세포 증식 및 활성화로 이어질 수 있다. 이러한 활성화된 T-세포는 IFN-g를 방출할 수 있고, 또한 이웃하는 종양 세포 및/또는 면역 세포에서 PD-L1 발현을 유도할 수 있다.
도 8(b)에 도시된 바와 같이, 다수의 T-세포 활성화 마커가 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자에서 증가하는 것으로 밝혀졌다. 그랜자임 A, 퍼포린, IFN-g, TNFa 및 CD8을 포함하는 T 세포 활성화 마커의 유전자 발현 수준은 치료전 기준선 수준과 비교하여 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자에서 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 후에 증가하는 것으로 밝혀졌다.
이러한 데이터는 CD8+ T 세포 침윤의 증가가 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자로부터의 종양 샘플에서의 PDL-1 발현의 증가와 상관관계가 있음을 시사한다. 또한, 그랜자임 A, 퍼포린, IFN-g, TNFa 및 CD8을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다수의 T 세포 활성화 마커의 발현이 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자로부터의 종양 샘플에서 증가하는 것으로 밝혀졌다. 이들 마커는 항-PD-L1 항체를 사용하는 것을 포함하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 요법의 임상 이익 및 효능을 평가하는데 유용한 약역학적 바이오마커일 수 있다.
실시예 9 - PD-L1 발현의 적절한 증가는 치료에 반응하는 환자에서 현저하게 나타난다
항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자로부터의 종양 샘플에서의 CD8+ T 세포 침윤 및 T 세포 활성화 마커의 발현의 증가 뿐만 아니라, 종양 PD-L1 발현의 증가가 또한 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자에서 관찰되었다.
도 9에 도시된 바와 같이, 쌍을 이룬 종양 생검에서의 항-PD-L1 항체에 대한 반응의 개요가 제시된다. 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자에서 표적 병변의 최장 직경의 합 (SLD)이 >30% 감소한 모든 경우 (4명/4명 환자; 100%)에, PD-L1 IHC에 의해 측정된 바와 같이 종양 PD-L1 발현도 증가하였다. 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자에서 SLD가 0-30% 감소할지라도, 환자의 33% (2명/6명 환자)는 치료 후에 종양 PD-L1 발현의 증가를 나타내었다.
대조적으로, 항-PD-L1 항체 치료에 반응하지 않고, SLD의 0-20% 증가를 나타내는 환자에서는, 1명/10명 환자만이 종양 PD-L1 발현의 증가를 나타내었다. 또한, SLD의 >20% 증가를 나타내는 환자의 경우, 종양 PD-L1 발현에 있어서 임의의 측정가능한 증가를 나타내는 환자가 존재하지 않았다 (0명/4명 환자).
이러한 예비 데이터는 종양에서의 PD-L1 발현이 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 환자에서 증가할 수 있으며, 이러한 증가가 종양을 공격하는 국부 종양 침윤 백혈구 (TIL)의 표지자인 약역학적 바이오마커로서, 또한 항-PD-L1 항체를 사용하는 것을 포함하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 요법의 임상 이익 및 효능을 평가하기 위한 마커로서의 역할을 수행할 수 있는 적절한 증가일 수 있음을 시사한다.
실시예 10 - 항-PD-L1 항체 치료는 혈액에서 활성화된 T-세포의 빈도수를 증가시킨다
혈액에서 항-PD-L1 항체 치료의 약역학적 (PD) 바이오마커 확인에 대한 평가를 또한 수행하였다.
유동 세포측정법 (FACS) 분석:
전혈을 나트륨 헤파린 (NaHep) 혈액 수집 튜브에 수집하였다. 수집 튜브를 천천히 전도시켜 혈액을 혼합하였다. 세포를 적절한 항체 조합으로 염색하고, 실온에서 30분 동안 어두운 곳에서 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후에, FACSLyse를 모든 튜브에 첨가하였다. 튜브를 볼텍싱하고, 실온에서 10분 동안 어두운 곳에서 인큐베이션하였다. 세포를 1%BSA를 포함하는 PBS로 세척하였다. 세척 후에, FACSPerm2를 모든 튜브에 첨가하고, 실온에서 10분 동안 어두운 곳에서 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후에, 세포를 1%BSA를 포함하는 PBS로 세척하고, 적용가능한 경우에 항체와 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후에, 세포를 1%BSA를 포함하는 PBS로 세척하고, 1% 파라포름알데히드에 재현탁시켰다. 튜브를 팩스칸토(FACSCanto)II 유동 세포측정기 상에서 획득될 때까지 2-8℃에 저장하였다.
도 10(a)에 도시된 바와 같이, 혈액 중의 증식 T-세포 (CD8+/Ki67+인 것으로 확인됨)는, 항-PD-L1 항체 치료 과정 동안 C1D1 (사이클 1 제1일)과 비교하여 C2D1 (사이클 2 제1일)에 ~2배 증가로 증가한다. 또한, 도 10(b)에 도시된 바와 같이, 또한 혈액에서 활성화된 증식 T-세포 (CD8+/HLA-DR+/Ki67+인 것으로 확인됨)는 항-PD-L1 치료 과정 동안 증가하고, C2D1에서 빈도수가 더 높았다 (~2배 증가).
이러한 예비 데이터는 혈액에서의 활성화된 T-세포 증식이 항-PD-L1 항체 치료 과정 동안 증가할 수 있고, 항-PD-L1 항체를 사용하는 것을 포함하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 요법의 약역학적 바이오마커로서의 역할을 수행할 수 있다는 것을 시사한다.
실시예 11 - 혈장에서의 IL-6 발현의 감소는 치료에 반응하는 환자와 연관될 수 있다
혈장에서의 항-PD-L1 항체 치료의 약역학적 (PD) 바이오마커 확인에 대한 평가를 또한 수행하였다.
혈장 분석
혈액을 나트륨 헤파린 혈액 수집 튜브에 수집하였다. 수집 튜브를 천천히 전도시켜 튜브를 완전히 혼합하였다. 이어서, 수집 튜브를 냉각된 원심분리기에서 15분 동안 최소 1500-2000 x g로 원심분리하였다. 혈장을 폴리프로필렌 동결바이알로 옮기고, 분석시까지 계속 냉동시켰다. 변형된 ELISA를 제조업체의 권장에 따라 이용하여 혈장을 IL-6 및 다른 시토카인에 대해 분석하였다.
도 11에 도시된 바와 같이, 혈장에서의 IL-6 수준의 감소는 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자와 연관되었다. 특히, 치료 과정 동안 유익한 PR/CR 반응 (부분 반응/완전 반응)을 나타내는 환자는 또한 IL-6 수준의 측정가능한 감소를 나타내었다.
대조적으로, 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료로부터 이익을 나타내지 못한 환자는 치료 과정 동안 혈장에서의 IL-6 수준의 증가와 연관되었다. 도 11에 도시된 바와 같이, 치료 과정 동안 PD 반응 (진행성 질환)을 나타내는 환자는 IL-6 수준의 측정가능한 증가를 나타내었다.
이러한 예비 데이터는 혈장에서의 IL-6 수준이 항-PD-L1 항체를 사용하는 것을 포함하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 요법의 임상 이익 및 효능을 평가하기 위해 약역학적 바이오마커로서의 역할을 수행할 수 있다는 것을 시사한다.
실시예 12 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료한 개체로부터의 샘플에서의 종양 면역 유전자 발현은 치료에 대한 반응과 상관관계를 보여준다
추가의 면역 유전자 서명 및 프로토콜을 사용하는 치료에 대한 환자의 반응성을 추가로 평가하기 위해, 유전자 발현 분석을 플루이다임 유전자 발현 분석을 이용하여 이전에 실시예 6에 기재된 바와 같이 수행하였다.
도 12에 도시된 바와 같이, 다수의 추가의 면역 관련 유전자와 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 환자의 반응 사이에 상관관계가 존재한다. 특히, CTLA4 및 CD45RO의 유전자 발현 수준이 진행성 질환 (PD)을 갖는 환자와 비교하여 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료 후에 부분 반응 (PR) 또는 완전 반응 (CR)을 나타내는 환자에서 더 높은 것으로 관찰되었다. 도 12는 또한 CX3CL1 (케모카인), LGLS9 (갈렉틴-9), MIC-A 및 MIC-B의 유전자 발현 수준이 PD를 갖는 환자와 비교하여 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 반응하는 (PR/CR) 환자에서 더 낮은 것으로 관찰되었다는 것을 보여준다. 이러한 데이터는 하기 암 적응증: 흑색종, RCC, NSCLC, CRC, 위암, 방광암, 난소암, 유방암, 두경부암, 췌장암, 육종, 식도암, SCLC, 다발성 골수종, NHL, 및 자궁내막암을 앓고 있는 환자로부터 수집된 샘플로서의 합산된 유전자 발현 수준을 나타낸다.
흥미롭게도, 특정 면역 관련 유전자는 질환 적응증에 따라 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 환자의 반응과 상이한 상관관계 패턴을 나타낸다. 도 13에 도시된 바와 같이, IDO1 (인돌아민-피롤 2,3-디옥시게나제)의 유전자 발현 수준은 진행성 질환 (PD)을 갖는 환자와 비교하여 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료 후에 부분 반응 (PR) 또는 완전 반응 (CR)을 나타내는 흑색종 환자에서 더 높았다. 그러나, NSCLC 환자에서는, IDO1의 유전자 발현 수준이 PD를 갖는 환자와 비교하여 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료 후에 PR 또는 CR을 나타내는 환자에서 더 낮았다. 따라서, 이들 바이오마커가 질환 적응증에 따라 상이한 상관관계 프로파일을 나타낼 수 있다는 것이 가능하다.
이러한 결과는 항-PD-L1 항체를 사용하는 것과 같은 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 반응할 가능성이 더 큰 환자의 확인을 도울 수 있는 추가의 예측성 바이오마커가 확인되었음을 시사한다.
실시예 13 - 혈액에서 순환 T 세포 상에서의 PD-L1 발현은 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 반응과 상관관계가 있다
순환 T 세포 상에서의 PD-L1 발현이 항-PD-L1 항체를 사용하는 치료에 대한 환자 반응과 상관관계가 있는지 여부를 평가하기 위해, 혈액 샘플을 치료전 60일 내에 수집하고, FACs 분석을 수행하여 샘플에서 T 세포 상에서의 PD-L1 발현 수준을 결정하였다.
간략하게, 치료전 환자로부터의 혈액 샘플을 항응고제 (예를 들어, 나트륨 헤파린, EDTA, 또는 시트레이트)를 함유하는 튜브에 수집하였다. 수집 튜브를 적어도 3회 천천히 전도시켜 수집된 혈액을 수집 튜브에서 완전히 혼합하였다. 대략100μL의 항응고된 전혈을 적절하게 라벨링된 시험 튜브에 피펫팅하였다. 혈액을 하기 1차 항체: 항-CD3 항체, 항-CD8 항체 및 항-PD-L1 항체로 염색하고, 실온에서 30분 동안 어두운 곳에서 인큐베이션하였다. 이어서, 1차 항체 염색 후에, 적혈구 세포를 예를 들어 염화암모늄 용해 용액을 사용하여 용해시킨 다음, 세포를 1%BSA를 포함하는 2mL PBS로 세척하였다. 이어서, 혈액 세포를 2차 항체 또는 적절한 양의 스트렙타비딘-(염료) (비오티닐화된 1차 항체가 사용된 경우)로 실온에서 20분 동안 어두운 곳에서 염색하였다. 이어서, 세포를 1%BSA를 함유하는 PBS로 다시 세척하고, 1% 파라포름알데히드에 재현탁시키고, 이들이 유동 세포측정기 상에서 획득될 때까지 2-8℃에 저장하였다.
도 14에 나타난 바와 같이, 순환 T 세포 (CD3+/CD8+) 상에서의 상승된 PD-L1 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 환자의 임상 반응 사이에 상관관계가 존재한다. 항-PD-L1 치료 후에 부분 반응 (PR) 또는 완전 반응 (CR)을 나타내는 환자가 순환 T 세포 상에서의 PD-L1 발현의 상승된 수준과 상관관계가 있었다. 대조적으로, 항-PD-L1 치료에 대해 임상 반응을 나타내지 않는 (예를 들어, 진행성 질환 (PD)을 갖는) 환자는 순환 T 세포 상에서 보다 낮은 PD-L1 발현을 나타내었다.
이러한 결과는 순환 T 세포 상에서의 PD-L1 발현이 예를 들어 항-PD-L1 항체를 사용하는 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측하는데 있어서 가치있고 유용한 바이오마커일 수 있음을 시사한다.
실시예 14 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 개체의 상 1a 연구 및 진단상 선택된 개체에서의 치료에 대한 반응과의 상관관계
연구 PCD4989g는 3주마다 정맥내 주입에 의해 투여된 항-PD-L1 항체 (MPDL3280A)의 안전성 및 내약성을 평가하기 위해 진행성 고형 종양 및 혈액 악성종양을 갖는 환자에서 진행 중인 상 Ia 시험이다. 연구는 NSCLC 환자의 대규모 코호트 (n = 79, 최소 6개월의 추적 관찰을 받은 53명 포함)를 함유한다.
연구 PCD4989g로부터의 이러한 예비 결과는 종양-침윤 면역 세포에서의 PD-L1 발현이 MPDL3280A에 대한 반응과 연관된다는 것을 시사한다. NSCLC에서의 PD-L1 양성은 종양 세포, 연관된 종양내, 및 인접한 종양주위 결합조직형성 기질에 의해 점유되는 종양 구역의 ≥ 5%를 차지하는 종양-침윤 면역 세포에서의 임의의 강도의 식별가능한 PD-L1 염색으로 정의된다. NSCLC에서의 PD-L1 진단 평가를 위해 제안된 기준이 하기에 제공된다:
Figure 112020097824815-pat00006
2013년 4월 30일의 데이터 컷오프시에, 2012년 10월 1일 이전에 투여되고 최소 6개월의 추적 관찰을 받은 국부 진행성 또는 전이성 NSCLC 환자 53명이 있었다. 이러한 군의 중앙 연령은 62세 (24-84세 범위)였으며, 이 군은 수차례 선행 치료받은 환자 집단을 나타내었다: 84.9%가 ≥ 2 선행 전신 요법을 받았고, 52.8%가 ≥ 4 선행 전신 요법을 받았다. 여러 전신 요법이 실패하였고/거나 치료 시작 전에 증상을 보였던 환자를 포함하여, NSCLC에서 현저한 반응이 관찰되었다. 반응까지의 중앙 시간은 11.7주이며, 반응의 대략 90%가 24주 (6개월)까지 관찰되었다. 최소 6개월의 추적 관찰을 받은 모든 NSCLC 환자에서의 객관적 반응률 (ORR)은 22.6% (95% CI: 12.3%-35.1%)이다.
종양-침윤 면역 세포의 PD-L1 양성은 MPDL3280A를 사용하여 치료받은 NSCLC 환자에서 보다 높은 반응을 예측하는 것으로 나타났다. ≥ 5% PD-L1-양성 종양-침윤 면역 세포 (IHC 2/3)를 갖는 NSCLC 환자는 IHC 0/1의 진단 프로파일을 갖는 환자에서의 18.2% (95% CI: 8.2%-33.8%)와 비교하여 46.2% (95% CI: 22.4%-74.0%)의 ORR을 나타내었다. ≥ 10% PD-L1-양성 종양-침윤 면역 세포 (IHC 3)의 보다 높은 진단 역치가 사용된 경우, PD-L1-양성 환자는 IHC 0/1의 진단 프로파일을 갖는 환자에서의 17.5% (95% CI: 7.8%-31.5%)와 비교하여 83.3% (95% CI: 40.2%-99.1%)의 ORR을 나타내었다. 사전 경험은 IHC 2/3의 진단 컷오프가 MPDL3280A를 사용하여 치료받은 NSCLC 환자에 대한 유의한 임상 이익과 연관된다는 것을 보여준다. 반응한 환자는 발전된 지속적인 항-종양 면역성을 갖는 것으로 나타났으며, 데이터 컷오프의 시점에서의 연구에서 모든 NSCLC 반응이 170 내지 534일 지속되었다.
실시예 15 - 항-PD-L1 항체를 사용하여 치료받은 개체로부터의 샘플의 종양 면역 유전자 서명은 치료에 대한 반응과의 상관관계를 보여준다
면역학적 약역학 효과를 MPDL3280A를 사용하여 치료받은 환자로부터의 종양 및 혈액에서 평가하였다. 치료시에, 반응하는 종양은 종양 세포의 발현 및 종양 침윤 면역 세포 PD-L1 발현, CD8+ T-세포의 침윤 및 Th1-우성 면역 침윤물의 증가를 보여주며, 이는 적응 PD-L1 상향조절의 증거를 제공한다. 비-반응자는 최소의 종양 CD8+ T-세포 침윤 및 T-세포 활성화 (그랜자임, 퍼포린 및 EOMES 발현에 의해 측정됨)의 부재를 보여주었다.
도 15에 도시된 바와 같이, MPDL3280A에 대한 항-종양 반응은 T-세포 생물학에 관련된 마커와 연관되었다. 특히, 세포독성 T h1 세포, IFN-g 및 T-세포 트래픽킹 마커의 보다 높은 유전자 발현이 기준선에서의 종양 조직에서 검출되었으며, 이는 MPDL3280A 활성과 연관되었다. 예를 들어, IFN-g, CD8A, 그랜자임 B 및 CXCL9를 포함하는 T 세포 활성화 면역 유전자가 MPDL3280A를 사용하는 치료에 대한 환자 부분 반응/완전 반응과 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다. 데이터 세트는 2013년 6월 1일자로 이용가능한 샘플을 갖는 환자를 포함한다.
도 16에 도시된 바와 같이, MPDL3280A는 치료에 반응하는 흑색종 환자에서 T 세포 활성화를 증가시킨다. 특히, 그랜자임 A, 그랜자임 B, 퍼포린, EOMES, IFN-g, TNF, CXCL9, CXCL10, CD8A 및 ICOS를 포함하는 다수의 T-세포 활성화 마커가 MPDL3280A에 반응하는 환자에서 증가하는 것으로 밝혀졌다.
대조적으로, 도 17에 도시된 바와 같이, MPDL3280A에 반응하지 않는 흑색종 환자에서 낮은 빈도의 종양내 T 세포가 나타났으며, T 세포 활성화가 결여되었다.
순환 바이오마커를 또한 임상 결과와의 그의 연관성에 대해 평가하였다. 혈액에서의 CD8+HLA-DR+Ki67+ T-세포의 빈도수는 모든 환자에서 평가하였을 때, MPDL3280A의 첫번째 투여 후에 바로 증가하였고, 사이클 2의 종점에서 기준선 수준으로 돌아왔으며, 이는 PD-L1 억제의 일시적인 약역학적 측정 결과를 보여준다. 도 18에 도시된 바와 같이, MPDL3280A는 혈액에서 활성화된 T 세포의 빈도수를 일시적으로 증가시키고, 이는 CD8+HLA-DR+Ki67+ T-세포가 MPDL3280A 치료의 잠재적 약역학적 바이오마커일 수 있음을 시사한다.
도 19에 도시된 바와 같이, 반응과 상관관계가 있는 CD4+/ICOS+ T 세포 집단에서 증가가 지연되고, 질환 진행 (사이클 3 이후에 발생함)에 따라 감소하는, 이러한 T 세포에서의 유의한 변동이 관찰되었다. CD4+/ICOS+ T 세포의 증가는 MPDL3280A를 사용하는 치료 후에 강한 CD8+ 항-종양 T 세포 반응을 보이는 환자에서 T 헬퍼 세포 반응의 보조적 활성화를 반영할 수 있다.
또한, PD-L1 발현의 적응 증가는 MPDL3280A에 반응하는 환자에서 우세하였다. 도 20에 도시된 바와 같이, 쌍을 이룬 종양 생검에서의 MPDL3280A에 대한 반응의 개요가 제시된다. MPDL3280A에 반응하는 환자에서, PD-L1 IHC 검정에 의해 측정시에, 종양 세포 PD-L1 발현 뿐만 아니라 종양 침윤 면역 세포 PDL-1 발현이 둘 다 증가하였다.
실시예 16 - CTLA4 및 프랙탈카인 발현과 항-PD-L1 항체 치료 후의 반응 또는 진행의 상관관계
다양한 암 유형 사이에서, Th1-관련 유전자 발현, CTLA4의 존재, 및 프랙탈카인/CX3CL1의 부재를 나타내는 치료전 종양은 활성과 연관되었다. 특히, 도 21에 도시된 바와 같이, CTLA4의 발현은 MPDL3280A에 대한 반응과 강한 상관관계가 있는 반면, 치료전 종양에서의 프랙탈카인/CX3CL1의 발현은 MPDL3280A에 대한 진행과 강한 상관관계가 있었다. T 세포 활성화를 추가로 억제할 수 있는 CTLA4의 역할은 T 세포에 의해 발현되는 인자로서 널리 확립되어 있다. 상이한 종양 유형 사이에서 MPDL3280A에 반응하는 환자에서의 보다 높은 치료전 CTLA4 발현의 상관관계는 CTLA4가 항암 면역 반응에서 중요한 피드백 메카니즘으로서의 역할을 수행하고, 활성 T 세포 면역 및 염증의 마커를 나타낸다는 것을 시사한다. 그러나, 주변부에서, 음성 조절제로서의 CTLA4의 기능적 역할은 PD-L1보다 덜 중요한 것으로 보인다.
또한 MPDL3280A에 대해 질환 진행을 경험한 환자에서의 보다 높은 치료전 프랙탈카인 (CX3CL1) 발현의 상관관계는, 이 케모카인이 일반적으로는 T 세포 침윤 유도와 연관되기 때문에 예상하지 못한 것이었다. 그러나, 프랙탈카인은 그의 비절단된 형태에서 내피 세포에 대한 림프구 부착을 유도하고, 이에 따라 종양 층으로의 T 세포 진입을 실제로 제한할 수 있다. 종양에서의 프랙탈카인 발현 및 MPDL3280A를 사용하여 치료받은 환자에서의 진행성 질환의 연관성은 프랙탈카인 발현이 또한 활성 면역 반응이 결여된 종양에서의 피드백 메카니즘을 나타낼 수 있거나 또는 활성 종양 면역 반응 억제 인자를 나타낼 수 있음을 시사한다.
이러한 결과는 CTLA4 및 프랙탈카인이 항-PD-L1 항체를 사용하는 것과 같이 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 반응할 가능성이 더 큰 환자의 확인을 돕는데 유용한 예측성 바이오마커일 수 있음을 시사한다.
실시예 17 - 6가지 암 유형에서의 종양 침윤 림프구 서명 및 그의 질환 예후 인자와의 연관성
항-종양 면역성을 조정하거나 또는 억제할 수 있어 면역 조절 요법에 대한 반응 또는 저항성에 기여할 수 있는 복잡한 인자를 추가로 평가하고 이해하기 위해, 플루이다임 바이오마커 플랫폼을 사용하는 다수의 고도로 민감한 면역 유전자 발현 검정 (iCHIP)을 이용하여, CRC (n=48), BC (n=126), NSCLC (n=51), 흑색종 (n=35), RCC (n=48), 및 방광암 (n=42)을 포함하는 6가지 암 적응증에서 면역 반응의 품질을 조사하였다. iCHIP 플랫폼은 IFNg 경로와 연관된 서명, 세포독성 T-세포, Th2 세포, T-이펙터 세포, T-이펙터 세포, T-조절 세포, Th17 세포, 골수 세포, 수지상 세포, NK 세포, B-세포 및 면역 체크포인트 마커를 대표하는 96개의 유전자로 이루어진다.
RNA를 임상 수집물로부터 유래되거나 또는 MPDL3280A (항-PD-L1 항체)의 진행 중인 상 I 연구에서 수집한 포르말린-고정된 파라핀 포매 보존된 조직으로부터 추출하였다. 적절한 환자 사전 동의서를 바이오마커의 탐색적 평가를 위한 기관 감사 위원회로부터 입수하였다.
도 22에 나타난 바와 같이, Teff (T-이펙터 세포), Treg (T-조절 세포), 및 Th17과 연관된 유전자 서명이 제시된다. Teff 세포는 유전자 클러스터: CD8A, GZMB, IFNg, EOMES, GZMA, 퍼포린에 의해 규정되고; Treg 세포는 유전자 클러스터: FOXP3에 의해 규정되고; Th17 세포는 유전자 클러스터: RORC, IL17F, IL17A에 의해 규정된다.
면역 유전자 발현 분석은 적응증에서의 면역억제 및 면역반응 인자 및 세포 유형의 특유한 패턴을 보여주었다. 삼중-음성 유방암 (TNBC), NSCLC 및 방광암을 포함하는 적응증에서 IFN-g 서명이 최고의 출현률을 나타낸 반면, CRC 및 호르몬 수용체-양성 유방암은 가장 낮은 발현을 갖는 질환을 구성한다. TNBC에서의 높은 IFN-g 서명 뿐만 아니라, 이러한 유방암의 하위유형에서 흑생종과 비교하였을 때 높은 Treg 서명이 또한 나타나며, 이는 최고 비의 IFN-g:Treg 유전자 발현을 나타낸다. Th17 유전자 서명은 다른 모든 적응증에 비해 CRC에서 가장 많이 출현한다. 이들 유전자 서명을 질환 단계, 결과 (이용가능한 경우) 및 다른 질환 특이적인 공지된 예후 인자 (KRAS, BRAF, PIK3CA 및 EGFR의 분자 하위유형 및 돌연변이 포함)와 연관시키는 것이 현재 진행 중이다.
특히, RCC 환자의 코호트에서, PD-L1 (CD274)의 종양 유전자 발현이 항-PD-L1 치료에 대한 반응자에서 보다 높음에도 불구하고, 도 23에 도시된 바와 같이 항-PD-L1 치료에 반응하지 않는 환자에서 IL17F의 종양 유전자 발현이 보다 높은 경향이 관찰되었다.
또한, IL-17F의 종양 유전자 발현은 도 24에 도시된 바와 같이 적응증 (흑색종, 폐암, RCC) 사이에서 항-PD-L1에 대해 늦은 반응 (요법 6개월 후에 반응함)을 나타내는 환자에서 더 높다.
따라서, 특정 바이오마커가 질환 단계 및 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 요법의 타이밍에 따라 상이한 상관관계 프로파일을 보여줄 수 있는 것이 가능하다.
실시예 18 - MPDL3280A에 의한 PD-L1의 억제는 전이성 요로상피 방광암 (UBC) 환자에서 임상 활성을 나타낸다
전이성 UBC는 불량한 예후 및 제한된 치료 옵션과 연관된다. PD-L1 발현이 이 질환에서 흔하게 나타나며, 이는 그의 수용체 PD-1 및 B7.1에 결합함으로써 암 세포가 면역-매개 파괴되지 않도록 할 수 있다.
상 I 연구에서, UBC 환자에게 최대 1년 동안 MPDL3280A 15 mg/kg (IV q3w)를 제공하였다. 객관적 반응률 (ORR; 확인되지 않은 반응 포함)을 RECIST v1.1에 의해 평가하였다. 이와 함께, 종양 및 순환 바이오마커를 평가하여 MPDL3280A 면역 상관성을 연구하였다.
2013년 9월 19일에, 31명의 PD-L1+ UBC 환자를 MPDL3280A를 사용하여 치료하였다. 환자는 84%가 남성이고, 중앙 연령이 66세 (42-86세)이고, 57%가 ECOG PS 1이고, 68%가 내장 전이되었다. 71%가 ≥ 2 선행 요법을 받았고; 97%가 선행 백금-기반 화학요법을 받았다. 환자에게 43일 (1-153일) (데이터 컷오프)의 중앙 지속기간 동안 MPDL3280A를 제공하였다. ≥ 2 환자에서 발생한 G1-4 치료-관련 AE는 발열, 빈혈, 식욕 저하, 피로 및 오심이었다. 관련 G3-4 AE는 환자의 3.2%에서 발생하였다. 면역-관련 AE는 나타나지 않았다. 2.8개월 (1.4-5개월)의 중앙 기간의 추적 관찰을 받은 20명의 환자는 분석 시점에 효능에 대해 평가할 수 있었다. ORR은 50% (1명 CR 및 9명 PR) (43일 (39-82일)의 반응까지의 중앙 시간을 가짐)였으며, 이는 첫번째 방사선 평가에 해당하고, 기준선에서 CNS, 폐 및 골 전이를 갖는 환자를 포함한다. 모든 반응자는 임상 컷오프의 시점에서 여전히 반응하고 있었다.
종양 침윤 면역 세포 상에서의 PD-L1 상태와 항-PD-L1 치료에 대한 반응 사이에 연관이 관찰되었으며, 종양 세포 상에서의 PD-L1 상태 및 항-PD-L1 치료에 대한 반응의 연관성을 결정하기 위한 추가의 평가가 진행 중이다.
치료는 순환 Ki-67+CD8+ T 세포를 일시적으로 증가시켰으며, 이는 UBC 환자에서 PD-1/PD-L1 경로의 억제제를 사용하는 요법에 대한 활성의 잠재적 약역학적 (PD) 바이오마커를 나타낸다. 도 25에 도시된 바와 같이, 순환 Ki67+CD8+ T 세포는 MPDL3280A를 사용하는 치료 동안 일시적 상승을 입증하였다.
도 26에 도시된 바와 같이, 치료는 또한 IFN-g 신호전달의 상류에 있는 혈장 단백질, 예컨대 IL-18을 일시적으로 증가시켰으며, 이는 활성의 또 다른 PD 바이오마커를 나타낸다. 또한, 기준선 혈장 MCP-1은 부분 반응/완전 반응 (PR/CR)을 나타내는 환자에서 더 낮았다. IL-18 및 MCP-1은 둘 다 골수 세포의 성분인 단핵구에서 우세하게 발현되었다 (도 26 참조).
치료전 종양으로부터의 유전자 발현 데이터는 질환이 진행된 환자가 비교적 높은 골수 유전자 서명을 갖는다는 것을 보여주었다. 도 27에 도시된 바와 같이, 진행성 질환 (PD)을 갖는 환자는 IL-8, CCL2, 및 IL1B의 상승된 수준을 나타내었으며, 이들은 골수 유형 세포 (예를 들어, 단핵구, 수지상 세포)에 우세하게 존재하는 것과 연관이 있었다.
MPDL3280A는 이러한 치료전 PD-L1+ UBC 집단에서 내약성이 우수하였다. 치료된 환자의 50%가 치료에 반응하였다. 반응은 신속하였으며, 계속 진행된다. 바이오마커 분석은 PD 마커 뿐만 아니라 요법에 대한 내성의 잠재적 메카니즘의 마커를 밝혀내었다.
실시예 19 - 가용성 PD-L1의 상승된 수준은 치료에 반응하는 환자에서 현저하게 나타난다
가용성 PD-L1의 상승된 기준선 혈장 수준은 또한 진행 중인 상 1 연구에서 항-PD-L1 항체 치료에 반응하는 환자로부터의 혈액 샘플에서 관찰되었다.
혈액을 나트륨 헤파린 수집 튜브에 수집하였다. 수집 튜브를 천천히 전도시켜 튜브를 완전하게 혼합하였다. 이어서, 수집 튜브를 냉각된 원심분리기에서 최소 1500-2000 x g로 15분 동안 원심분리하였다. 혈장을 폴리프로필렌 동결바이알로 옮기고, 분석까지 계속 냉동시켰다. 변형된 ELISA를 제조업체의 권장에 따라 이용하여 혈장을 IL-6 및 다른 시토카인에 대해 분석하였다.
도 28에 도시된 바와 같이, 표적 병변의 최장 직경의 합 (SLD)이 >=30% 감소하면서 항-PD-L1 항체 치료에 반응한 RCC 환자는 SLD이 단지 >=20%만 감소한 환자에서보다 높은 수준의 혈장 샘플 중 가용성 PD-L1 (sPDL1)과 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다.
이러한 예비 데이터는 혈장에서의 가용성 PD-L1 발현이 PD-L1/PD-1 경로의 억제를 수반한 암 요법에 대한 환자의 반응성을 예측하기 위한 가치있고 유용한 바이오마커일 수 있음을 시사한다.
실시예 20 - 종양 침윤 면역 세포 및 종양 세포 상에서의 PD-L1 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 반응의 연관성
진행 중인 상 1 연구에서, 항-PD-L1 치료에 대한 반응과 PD-L1 발현의 명확한 연관성이 종양 침윤 면역 세포 (IC) 및 종양 세포 둘 다에서 관찰되었다. 도 29에 도시된 바와 같이, 종양 침윤 면역 세포 (IC)에서의 PD-L1 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 반응 사이의 연관성이 NSCLC 환자 (도 29(a)) 뿐만 아니라 모든 환자 (도 29(b))에서 관찰되었다. 유사하게, 종양 세포 (TC)에서의 PD-L1 발현과 항-PD-L1 치료에 대한 반응 사이의 연관성이 NSCLC 환자 (도 30(a)) 뿐만 아니라 모든 환자 (도 30(b))에서 관찰되었다.
상기 본 발명은 이해를 명확하게 하고자 하는 목적으로 예시 및 실시예로서 어느 정도 상세하게 기재되었지만, 상기 설명 및 실시예가 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 본원에 인용된 모든 특허 및 과학 문헌의 개시내용은 그 전문이 명백하게 참조로 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> GENENTECH, INC. ET AL. <120> BIOMARKERS AND METHODS OF TREATING PD-1 AND PD-L1 RELATED CONDITIONS <130> P5574R1-WO <140> <141> <150> 61/883,186 <151> 2013-09-26 <150> 61/829,236 <151> 2013-05-30 <150> 61/812,678 <151> 2013-04-16 <150> 61/802,296 <151> 2013-03-15 <160> 21 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <220> <221> VARIANT <222> (6)..(6) <223> /replace="Gly" <220> <221> misc_feature <222> (1)..(10) <223> /note="Variant residues given in the sequence have no preference with respect to those in the annotations for variant positions" <400> 1 Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His 1 5 10 <210> 2 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <220> <221> VARIANT <222> (4)..(4) <223> /replace="Leu" <220> <221> VARIANT <222> (10)..(10) <223> /replace="Ser" <220> <221> misc_feature <222> 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Claims (121)

  1. a. 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것이고, 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준이 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타내는 것인 단계, 및
    b. 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 클 것이라는 제안을 제공하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 반응할 가능성이 더 큰 암을 갖는 개체를 확인하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 방법.
  2. a. 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것이고, 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준이 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 반응성일 가능성이 더 크다는 것을 나타내는 것인 단계, 및
    b. 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 반응성일 가능성이 증가할 것이라는 제안을 제공하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    암을 갖는 개체의 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 대한 반응성을 예측하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 방법.
  3. a. 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것이고, 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준이 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가한다는 것을 나타내는 것인 단계, 및
    b. 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성이 증가할 것이라는 제안을 제공하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    암을 갖는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료로부터 이익을 나타낼 가능성을 결정하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 방법.
  4. a. 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것인 단계, 및
    b. 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준에 기초하여 개체를 위해 선택된 요법이 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료를 포함한다는 제안을 제공하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    암을 갖는 개체를 위한 요법을 선택하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 방법.
  5. 유효량의 항-PD-L1 길항제 항체를 포함하는, 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 따른 방법에 정의된 개체에게 투여되는 제약 조성물.
  6. a. 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것인 단계, 및
    b. 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준에 기초하여 유효량의 항-PD-L1 길항제 항체를 개체에게 투여하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    인간을 제외한 개체에서 암을 치료하는 방법.
  7. 유효량의 항-PD-L1 길항제 항체를 포함하는, 개체에서 암을 치료하기 위한 제약 조성물이며, 여기서 치료는 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 개체로부터의 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준에 기초하는 것이고, 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것이고, 항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    제약 조성물.
  8. a. 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것인 단계, 및
    b. 참조 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 수준과 대비되는 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 존재 또는 증가된 수준에 기초하여 항-PD-L1 길항제 항체를 권장하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    항-PD-L1 길항제 항체를 제공받을 암을 갖는 개체를 확인하는데 사용하기 위한 정보를 제공하기 위한 검정 방법.
  9. 암을 갖는 개체로부터의 종양 조직 샘플에서 PD-L1의 존재 또는 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 여기서 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것이고, 여기서
    a. PD-L1의 존재는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하여 치료받는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하고, 또는
    b. 참조 샘플에서의 PD-L1의 수준과 비교하여 PD-L1의 수준의 증가는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체로 치료되는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것이고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    진단 키트.
  10. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, PD-1, PD-L2, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  11. 제10항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  12. 제11항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 방법.
  13. 제12항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  14. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 흑색종, 두경부암, 육종, 전립선암, 자궁경부암, 흉선 암종, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 또는 혈액 악성종양인 방법.
  15. 제14항에 있어서,
    a. 폐암이 비소세포 폐암이거나;
    b. 신장암이 신세포암종이거나;
    c. 유방암이 삼중-음성 유방암이거나;
    d. 방광암이 요로상피 방광암인
    방법.
  16. 제5항에 있어서, 치료가 PD-1, PD-L2, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준에 추가로 기초하는 것인 제약 조성물.
  17. 제16항에 있어서, 치료가 추가로 하나 이상의 T-세포 관련 마커의 존재 또는 수준에 기초하는 것인 제약 조성물.
  18. 제17항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 제약 조성물.
  19. 제18항에 있어서, 치료가 추가로 CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준에 기초하는 것인 제약 조성물.
  20. 제5항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 흑색종, 두경부암, 육종, 전립선암, 자궁경부암, 흉선 암종, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 또는 혈액 악성종양인 제약 조성물.
  21. 제20항에 있어서,
    a. 폐암이 비소세포 폐암이거나;
    b. 신장암이 신세포암종이거나;
    c. 유방암이 삼중-음성 유방암이거나;
    d. 방광암이 요로상피 방광암인
    제약 조성물.
  22. 제7항에 있어서, 치료가 PD-1, PD-L2, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준에 추가로 기초하는 것인 제약 조성물.
  23. 제22항에 있어서, 치료가 추가로 하나 이상의 T-세포 관련 마커의 존재 또는 수준에 기초하는 것인 제약 조성물.
  24. 제23항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 제약 조성물.
  25. 제24항에 있어서, 치료가 추가로 CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준에 기초하는 것인 제약 조성물.
  26. 제7항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 흑색종, 두경부암, 육종, 전립선암, 자궁경부암, 흉선 암종, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 또는 혈액 악성종양인 제약 조성물.
  27. 제26항에 있어서,
    a. 폐암이 비소세포 폐암이거나;
    b. 신장암이 신세포암종이거나;
    c. 유방암이 삼중-음성 유방암이거나;
    d. 방광암이 요로상피 방광암인
    제약 조성물.
  28. 제8항에 있어서, PD-1, PD-L2, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 검정 방법.
  29. 제28항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 검정 방법.
  30. 제29항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 검정 방법.
  31. 제30항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 검정 방법.
  32. 제8항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 흑색종, 두경부암, 육종, 전립선암, 자궁경부암, 흉선 암종, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 또는 혈액 악성종양인 검정 방법.
  33. 제32항에 있어서,
    a. 폐암이 비소세포 폐암이거나;
    b. 신장암이 신세포암종이거나;
    c. 유방암이 삼중-음성 유방암이거나;
    d. 방광암이 요로상피 방광암인
    검정 방법.
  34. 제9항에 있어서, PD-1, PD-L2, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 추가로 포함하는 키트.
  35. 제34항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커의 존재 또는 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 추가로 포함하는 키트.
  36. 제35항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 키트.
  37. 제36항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 추가로 포함하는 키트.
  38. 제9항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 흑색종, 두경부암, 육종, 전립선암, 자궁경부암, 흉선 암종, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 또는 혈액 악성종양인 키트.
  39. 제38항에 있어서,
    a. 폐암이 비소세포 폐암이거나;
    b. 신장암이 신세포암종이거나;
    c. 유방암이 삼중-음성 유방암이거나;
    d. 방광암이 요로상피 방광암인
    키트.
  40. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 종양 조직 샘플이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  41. 제40항에 있어서,
    a. 종양 조직 샘플이 종양 조직 샘플 중의 종양 구역의 1% 이상을 차지하는 종양 침윤 세포에서의 PD-L1의 검출가능한 발현 수준을 갖는 것으로 결정되는 것이거나;
    b. 종양 조직 샘플이 종양 조직 샘플 중의 종양 구역의 5% 이상을 차지하는 종양 침윤 세포에서의 PD-L1의 검출가능한 발현 수준을 갖는 것으로 결정되는 것이거나;
    c. 종양 조직 샘플이 종양 조직 샘플 중의 종양 구역의 10% 이상을 차지하는 종양 침윤 세포에서의 PD-L1의 검출가능한 발현 수준을 갖는 것으로 결정되는 것인,
    방법.
  42. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 종양 조직 샘플이 포르말린 고정 및 파라핀 포매된 것이거나, 보존된 것이거나, 신선한 것이거나 또는 동결된 것인 방법.
  43. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1이 개체로부터의 종양 조직 샘플 중에 존재하거나 개체로부터의 종양 조직 샘플이 참조 샘플에서의 PD-L1의 수준과 비교하여 PD-L1의 증가된 수준을 갖고, PD-L1의 존재 또는 증가된 수준이 개체가 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하여 치료되는 경우에 증가된 임상 이익을 가질 가능성이 있다는 것을 나타내는 것인 방법.
  44. 제43항에 있어서, 증가된 임상 이익이 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR), 또는 이들의 조합의 상대적 증가를 포함하는 것인 방법.
  45. 제44항에 있어서, 증가된 임상 이익이 OS, PFS, 또는 OS 및 PFS 양자 모두에서의 상대적 증가를 포함하는 것인 방법.
  46. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플의 0% 초과로 포함되는 경우에 종양 조직 샘플에 존재하는 것인 방법.
  47. 제46항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플의 적어도 1%, 종양 조직 샘플의 적어도 5%, 또는 종양 조직 샘플의 적어도 10%로 존재하는 것인 방법.
  48. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1이 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침전, 면역조직화학, 면역형광, 방사성면역검정, 도트 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광분석법, 질량 분광측정법, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이(MassARRAY) 기술, FISH, 또는 이들의 조합을 이용하여 종양 조직 샘플에서 검출되는 것인 방법.
  49. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1이 단백질 발현에 의하여 종양 조직 샘플에서 검출되는 것인 방법.
  50. 제49항에 있어서, 단백질 발현이 면역조직화학 (IHC)에 의하여 결정되는 것인 방법.
  51. 제50항에 있어서, PD-L1이 항-PD-L1 항체를 사용하여 검출되는 것인 방법.
  52. 제46항에 있어서, PD-L1이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합 상에서 검출되는 것인 방법.
  53. 제46항에 있어서, PD-L1이 막 염색, 세포질 염색, 또는 이들의 조합에 의하여 검출되는 것인 방법.
  54. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 것인 방법.
  55. 제11항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 방법.
  56. 제55항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 방법.
  57. 제13항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 방법.
  58. 제54항에 있어서, 참조 샘플의 검출된 핵산 발현의 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 검출된 핵산 발현의 수준의 증가는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체로 치료되는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것인 방법.
  59. 제54항에 있어서, 핵산 발현이 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술, 또는 FISH를 이용하여 결정되는 것인 방법.
  60. 제59항에 있어서, 핵산 발현이 종양 조직 샘플에서 RT-qPCR 또는 RNA-seq에 의하여 검출되는 것인 방법.
  61. 제54항에 있어서, PD-L1이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합 상에서 검출되는 것인 방법.
  62. 제5항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 것인 제약 조성물.
  63. 제17항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 제약 조성물.
  64. 제63항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 제약 조성물.
  65. 제19항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 제약 조성물.
  66. 제7항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 것인 제약 조성물.
  67. 제23항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 제약 조성물.
  68. 제67항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 제약 조성물.
  69. 제25항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 제약 조성물.
  70. 제62항에 있어서, 참조 샘플의 검출된 핵산 발현의 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 검출된 핵산 발현의 수준의 증가는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체로 치료되는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것인 제약 조성물.
  71. 제66항에 있어서, 참조 샘플의 검출된 핵산 발현의 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 검출된 핵산 발현의 수준의 증가는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체로 치료되는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것인 제약 조성물.
  72. 제8항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 것인 검정 방법.
  73. 제29항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 검정 방법.
  74. 제73항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 검정 방법.
  75. 제31항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 검정 방법.
  76. 제72항에 있어서, 참조 샘플의 검출된 핵산 발현의 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 검출된 핵산 발현의 수준의 증가는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체로 치료되는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것인 검정 방법.
  77. 제9항에 있어서, PD-L1이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 것인 키트.
  78. 제35항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 키트.
  79. 제78항에 있어서, 하나 이상의 T-세포 관련 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, 또는 이들의 조합인 키트.
  80. 제37항에 있어서, CX3CL1, CD45RO, IDO1, 갈렉틴 9, MIC-A, MIC-B, CTLA-4, 또는 이들의 조합이 종양 조직 샘플에서 핵산 발현에 의하여 검출되는 키트.
  81. 제77항에 있어서, 참조 샘플의 검출된 핵산 발현의 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 검출된 핵산 발현의 수준의 증가는 개체가 항-PD-L1 길항제 항체로 치료되는 경우에 효능의 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것인 키트.
  82. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 방법.
  83. 제82항에 있어서,
    a. 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제하는 것이거나;
    b. 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제하는 것이거나;
    c. 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 PD-1과 B7-1 양자 모두에 대한 결합을 억제하는 것인,
    방법.
  84. 제82항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 모노클로날 항체인 방법.
  85. 제84항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 인간, 인간화 또는 키메라 항체인 방법.
  86. 제6항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 방법.
  87. 제5항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 제약 조성물.
  88. 제7항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 제약 조성물.
  89. 제8항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 검정 방법.
  90. 제9항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 키트.
  91. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 세포독성제, 화학요법제, 성장 억제제, 방사선 요법 작용제, 항혈관신생제, 또는 이들의 조합의 유효량으로 치료하는 제안을 제공하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  92. 제5항에 있어서, 세포독성제, 화학요법제, 성장 억제제, 방사선 요법 작용제, 항혈관신생제, 또는 이들의 조합의 유효량과 함께 투여되도록 제제화되는 제약 조성물.
  93. 제7항에 있어서, 세포독성제, 화학요법제, 성장 억제제, 방사선 요법 작용제, 항혈관신생제, 또는 이들의 조합의 유효량과 함께 투여되도록 제제화되는 제약 조성물.
  94. 제8항에 있어서, 세포독성제, 화학요법제, 성장 억제제, 방사선 요법 작용제, 항혈관신생제, 또는 이들의 조합의 유효량을 제안하는 단계를 추가로 포함하는 검정 방법.
  95. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 샘플이
    (a) 치료가 진행 중인 개체가 아닌 암을 갖는 하나 이상의 개체로부터의 샘플;
    (b) 치료가 진행 중인 개체가 아닌 하나 이상의 건강한 개체로부터의 샘플; 또는
    (c) 치료가 진행 중인 개체로부터의 샘플
    인 방법.
  96. 제1항 내지 제4항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 샘플이 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 혈청 샘플인 방법.
  97. (a) 항-PD-L1 길항제 항체를 투여하는 동안 또는 그 후의 시점에서 개체로부터 유래된 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준을 결정하는 단계; 및
    (b) 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준과 참조 수준과의 비교에 기초하여 개체의 치료를 유지하거나, 조정하거나 또는 중단하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 단계
    를 포함하며,
    여기서 참조 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준의 변화는 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료에 대한 반응을 나타내는 것이고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    항-PD-L1 길항제 항체로 치료된 암을 갖는 개체의 치료 반응을 평가하는데 사용하기 위한 정보를 제공하는 방법.
  98. (a) 항-PD-L1 길항제 항체를 투여하는 동안 또는 그 후의 시점에서 개체로부터 유래된 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준을 결정하는 단계; 및
    (b) 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료를 받고 있는 개체에서 반응을 모니터링하기 위해 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계
    를 포함하고,
    항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    항-PD-L1 길항제 항체로 치료된 암을 갖는 개체의 반응을 모니터링하는 방법.
  99. 제97항 또는 제98항에 있어서, PD-L1의 참조 수준이 (1) 항-PD-L1 길항제 항체를 투여하기 전의 개체로부터의 PD-L1의 수준; (2) 참조 집단으로부터의 PD-L1의 수준; (3) PD-L1에 대해 미리-할당된 수준; 또는 (4) 제1 시점 이전의 제2 시점에서의 개체로부터의 PD-L1의 수준인 방법.
  100. 제97항 또는 제98항에 있어서,
    a. 참조 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준의 변화가 수준의 증가이거나;
    b. 참조 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서의 PD-L1의 수준의 변화가 수준의 감소인
    방법.
  101. 제97항 또는 제98항에 있어서, PD-1, PD-L2, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  102. 제101항에 있어서, T-세포 관련 마커, T-세포 활성화 마커, 활성화된 증식 T 세포, IL-6, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  103. 제102항에 있어서, 참조 수준이 (1) 항-PD-L1 길항제 항체를 투여하기 전의 개체로부터의 T-세포 활성화 마커의 수준; (2) 참조 집단으로부터의 T-세포 활성화 마커의 수준; (3) T-세포 활성화 마커에 대해 미리-할당된 수준; 또는 (4) 제1 시점 이전의 제2 시점에서의 개체로부터의 T-세포 활성화 마커의 수준을 추가로 포함하고, T-세포 활성화 마커가 참조 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서 증가하는 것인 방법.
  104. 제103항에 있어서, T-세포 활성화 마커가 CD8A, IFN-g, EOMES, 그랜자임-A, 그랜자임-B, CXCL9, TNF-a, 퍼포린, 또는 이들의 조합인 방법.
  105. 제103항에 있어서, CD8A, IFN-g, 그랜자임-A, 그랜자임-B, TNF-a, 퍼포린, 또는 이들의 조합의 존재 또는 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  106. 제102항에 있어서, 참조 수준이 (1) 항-PD-L1 길항제 항체를 투여하기 전의 개체로부터의 활성화된 증식 T 세포의 수준; (2) 참조 집단으로부터의 활성화된 증식 T 세포의 수준; (3) 활성화된 증식 T 세포에 대해 미리-할당된 수준; 또는 (4) 제1 시점 이전의 제2 시점에서의 개체로부터의 활성화된 증식 T 세포의 수준을 추가로 포함하고, 활성화된 증식 T 세포가 참조 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서 증가하는 것인 방법.
  107. 제106항에 있어서, 활성화된 증식 T 세포가 CD8+/Ki67+ 세포, CD8+/HLA-DR+/Ki67+ 세포, 또는 CD8+/Ki67+ 세포와 CD8+/HLA-DR+/Ki67+ 세포 양자 모두인 방법.
  108. 제102항에 있어서, 참조 수준이 (1) 항-PD-L1 길항제 항체를 투여하기 전의 개체로부터의 IL-6의 수준; (2) 참조 집단으로부터의 IL-6의 수준; (3) IL-6에 대해 미리-할당된 수준; 또는 (4) 제1 시점 이전의 제2 시점에서의 개체로부터의 IL-6의 수준을 추가로 포함하고, IL-6의 수준이 참조 수준과 비교하여 종양 조직 샘플에서 감소하는 것인 방법.
  109. 제97항 또는 제98항에 있어서, 종양 조직 샘플이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  110. 제97항 또는 제98항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 신세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 흑색종, 두경부암, 육종, 전립선암, 자궁경부암, 흉선 암종, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포 암, 또는 혈액 악성종양인 방법.
  111. 제97항 또는 제98항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 그 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 억제하는 것인 방법.
  112. 제111항에 있어서,
    a. 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제하는 것이거나;
    b. 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제하는 것이거나;
    c. 항-PD-L1 길항제 항체가 PD-L1의 PD-1과 B7-1 양자 모두에 대한 결합을 억제하는 것인,
    방법.
  113. 제111항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 모노클로날 항체인 방법.
  114. 제111항에 있어서, 항-PD-L1 길항제 항체가 인간, 인간화 또는 키메라 항체인 방법.
  115. 유효량의 항-PD-L1 길항제 항체를 포함하는, 개체에서 암을 치료하기 위한 제약 조성물이며, 여기서 치료는 종양 조직 샘플 중의 종양 구역의 10% 이상을 차지하는 종양 침윤 면역 세포에서의 PD-L1 단백질의 검출가능한 발현 수준을 갖는 개체로부터의 종양 조직 샘플에 기초하는 것이고, 이로써 개체가 항-PD-L1 길항체 항체를 사용하는 치료로 증가된 임상적 이익을 가질 것이라는 점을 나타내고, 종양 조직 샘플은 항-PD-L1 길항제 항체를 사용하는 치료 전에 수득되는 것이고, 항-PD-L1 길항제 항체는 하기 초가변 영역 (HVR)을 포함하는 것인:
    (i) GFTFSDSWIH (서열 15)의 HVR-H1 서열;
    (ii) AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 16)의 HVR-H2 서열;
    (iii) RHWPGGFDY (서열 3)의 HVR-H3 서열;
    (iv) RASQDVSTAVA (서열 17)의 HVR-L1 서열;
    (v) SASFLYS (서열 18)의 HVR-L2 서열; 및
    (vi) QQYLYHPAT (서열 19)의 HVR-L3 서열,
    제약 조성물.
  116. 제115항에 있어서, 암이 전이성 비소세포 폐암인 제약 조성물.
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