KR101498630B1

KR101498630B1 - Ｌ-라이신 생산능이 향상된 코리네박테리움 속 미생물 및 이를 이용한 l-라이신 생산방법

Info

Publication number: KR101498630B1
Application number: KR1020130128634A
Authority: KR
Inventors: 박상희; 문준옥; 배현원; 이광호
Original assignee: 씨제이제일제당 주식회사
Priority date: 2013-10-28
Filing date: 2013-10-28
Publication date: 2015-03-04
Also published as: JP6286571B2; WO2015064917A1; BR112016009324A2; EP3064569A4; CN105849249B; RU2016114418A; RU2667425C2; BR112016009324B1; MY181203A; US9758801B2; US20160251687A1; JP2016533771A; EP3064569A1; CN105849249A

Abstract

코리네박테리움 글루타미쿰의 NCgl0862 유전자가 과발현되도록 변형된 L-라이신 생산능이 향상된 코리네박테리움 속 미생물 및 이를 이용한 L-라이신 생산방법을 제공한다.

Description

Ｌ-라이신 생산능이 향상된 코리네박테리움 속 미생물 및 이를 이용한 L-라이신 생산방법 {A microorganism of corynebacterium genus having enhanced L-lysine productivity and a method for producing L-lysine using the same}

L-라이신 생산능이 향상된 코리네박테리움 속 미생물 및 이를 이용한 L-라이신 생산방법에 관한 것이다.

L-라이신은 필수 아미노산의 일종으로 사료, 의약품 및 식품 등의 분야에 사용되고 있다. L-라이신은 주로 대장균이나 코리네박테리움 등 미생물을 이용한 직접발효법에 의해 생산되고 있기 때문에, 수율 등이 향상된 생산균주의 개발 또는 발효공정의 개선에 의한 L-라이신의 생산성 향상은 큰 경제적 효과를 가져온다.

라이신의 생산효율을 개선시키기 위한 방법으로, 라이신 생합성 경로상의 유전자를 증폭시키거나 유전자의 프로모터를 변형시켜 생합성 경로상의 효소 활성을 증대시키는 방법이 이용되어 왔다. 또한, 생합성 경로 관련 유전자 외에도 라이신의 생산능을 높이기 위한 유전자의 탐색은 꾸준히 이루어져 왔다.

본 발명자들은 라이신 생산능과 관련된 형질을 탐색하기 위하여 코리네박테리움 글루타미쿰의 야생형 DNA 라이브러리 제작 및 탐색을 시도하였다. 그 결과, NCgl0862 유전자의 발현이 강화될 경우 라이신을 효율적으로 생산할 수 있는 것을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다. 지금까지, 코리네박테리움 유래 NCgl0862를 추가적으로 도입하여 L-라이신을 생산하는 코리네박테리움 속 미생물에 대해서는 보고된 바 없다.

본 발명은 서열번호 1의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 발현이 강화된 코리네박테리움 속 미생물을 제공한다.

본 발명은 상기 미생물을 이용하여 L-라이신을 생산하는 방법을 제공한다.

일 양상은 서열번호 1의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 발현이 강화된 코리네박테리움 속 미생물을 제공한다.

상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호 1의 아미노산 서열과 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85%이상, 약 90% 이상, 약 92% 이상, 약 95% 이상, 약 97% 이상, 약 98% 이상, 또는 약 99% 이상의 서열 상동성을 갖는 아미노산 서열을 코딩하는 것일 수 있다. 여기에서, "상동성"은 두 개의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 모이티 사이의 동일성의 퍼센트를 말한다. 하나의 모이티로부터 다른 하나의 모이티까지의 서열간 상동성은 알려진 당해 기술에 의해 결정될 수 있다. 예를 들면, 문헌에 의한 알고리즘 BLAST [참조: Karlin 및 Altschul, Pro. Natl. Acad. Sci. USA, 90, 5873(1993)]나 Pearson에 의한 FASTA [참조: Methods Enzymol., 183, 63(1990)]을 사용하여 결정할 수 있다. 이러한 알고리즘 BLAST에 기초하여, BLASTN이나 BLASTX라고 불리는 프로그램이 개발되어 있다 [참조: www.ncbi.nlm.nih.gov].

상기 폴리뉴클레오티드의 발현량 강화는 발현 조절 서열의 치환 또는 돌연변이에 의한 변형, 폴리뉴클레오티드 서열 자체의 변이 도입, 개시 코돈의 교체, 염색체에 삽입하는 것 또는 벡터를 통해 도입하는 것에 의한 카피수 증가, 또는 이의 조합에 의한 것일 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드의 발현 조절 서열은 변형된 것일 수 있다. 상기 발현 조절 서열은 그와 작동가능하게 연결된 폴리뉴클레오티드의 발현을 조절하는 서열로, 예를 들면, 프로모터, 터미네이터, 인핸서, 사일렌서, 샤인-달가노(Shine-Dalgarno) 서열 등이 포함될 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 개시 코돈이 교체된 것일 수 있다. 상기 개시 코돈은 TTG 혹은 GTG로 이루어진 개시 코돈을 ATG로 치환함으로써, 해당 유전자의 효소 활성을 증가시킨 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 염색체 내 특정 위치에 삽입됨으로써 카피수가 증가된 것일 수 있다. 상기 특정 위치는 예를 들면, 트랜스포존 또는 인터제닉(intergenic) 부위 등을 포함할 수 있다. 또한, 상기 폴리뉴클레오티드는 발현 벡터 내에 삽입되고, 그 발현 벡터를 숙주 세포 내로 도입함으로써 카피수가 증가된 것일 수 있다.

상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면, 서열번호 2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.

본 발명에서 용어, "작동가능하게 연결된"은 상기 조절 서열과 상기 폴리뉴클레오티드 서열 사이의 기능적인 결합을 의미하며, 이에 의해 상기 조절 서열은 상기 폴리뉴클레오티드 서열의 전사 및/또는 번역을 조절하게 된다. 상기 조절 서열은 상기 폴리뉴클레오티드의 발현량을 증가시킬 수 있는 강력한 프로모터일 수 있다. 상기 조절 서열은 코리네박테리움 속 또는 다른 미생물에서 유래한 프로모터일 수 있다. 상기 프로모터는 예를 들면, trc 프로모터, gap 프로모터, tac 프로모터, T7 프로모터, lac 프로모터, trp 프로모터, araBAD 프로모터 또는 cj7 프로모터일 수 있다. 상기 조절 서열은 예를 들면, 코리네박테리움 속 미생물에서 라이신 생합성 경로 상의 주요 유전자의 프로모터 서열을 더 높은 프로모터 활성을 갖도록 변형시킨 것일 수 있다. 상기 조절 서열은 예를 들면, lysCP1 프로모터일 수 있다. 상기 "lysCP1 프로모터"는 아스파테이트 키나제 및 아스파테이트 세미알데히드 데히드로게나제를 코딩하는 유전자의 프로모터 부위에서 염기서열을 치환함으로써, 아스파테이트 키나제 유전자의 발현량 증가를 통해 상기 효소의 활성을 야생형 대비 약 5배 정도 향상시킨 강력한 프로모터를 의미한다(대한민국 등록특허 제10-0930203호).

본 발명에서 용어, "벡터"는 적합한 숙주 내에서 목적 유전자를 발현시킬 수 있도록 유전자의 조절 서열과 염기서열을 함유하는 폴리뉴클레오티드 제조물을 의미한다. 혹은 숙주 세포 내로 도입시켜 숙주의 게놈상의 내생적(endogenous) 유전자의 조절 서열을 바꾸거나, 게놈상의 특정 부위에 발현 가능한 목적 유전자를 삽입할 수 있도록 상동 재조합이 가능한 염기서열을 함유하는 폴리뉴클레오티드 제조물을 의미한다. 그러므로 본 발명의 벡터는 숙주 내로의 도입 혹은 염색체 삽입 여부를 확인하기 위한 선별 마커(selection marker)를 추가로 포함할 수 있는데, 선별 마커는 약물 내성, 영양 요구성, 세포 독성제에 의한 내성 또는 표면 단백질의 발현과 같은 선택 가능한 표현형을 부여하는 마커들이 사용될 수 있다. 선택제가 처리된 환경에서는 선별 마커를 발현하는 세포만 생존하거나, 다른 표현 형질을 나타내므로, 형질전환된 세포를 선별할 수 있다.

본 발명에서 사용되는 벡터는 대장균과 코리네형 세균에서 양방향으로 자가복제가 가능한 pECCG122 벡터(대한민국 등록특허 제10-0057684호) 또는 숙주세포로 형질전환되어 목적 단백질을 암호화하는 유전자를 숙주세포 내의 염색체 내로 삽입시킬 수 있는 벡터로 코리네박테리움 글루타미쿰(Corynebacterium glutamicum) 내에서 복제되지 않는 pDZ 벡터(대한민국 등록특허 제10-0924065호)를 예로 들 수 있다. 또한, pDZ 벡터로부터 유래한 벡터로서 코리네박테리움 글루타미쿰 ATCC13032 균주의 염색체 내 트랜스포존 부위 유전자를 삽입시킬 수 있는 pDZTn(대한민국 등록특허 제10-1126041호)을 예로 들 수 있으나 이에 한정되는 것은 아니다.

본 발명에서 용어, "형질전환"은 폴리뉴클레오티드를 숙주로 도입하여 폴리뉴클레오티드가 게놈 외 인자로서 또는 게놈에 삽입됨으로써 복제가능하게 되는 것을 의미한다. 본 발명의 벡터를 형질전환시키는 방법은 핵산을 세포 내로 도입하는 방법도 포함되며, 숙주에 따라 당 분야에서 공지된 바와 같이 전기펼스법으로 수행할 수 있다.

상기 코리네박테리움 속 미생물은 예를 들면, 코리네박테리움 글루타미쿰, 코리네박테리움 이피시언스, 코리네박테리움 디프테리아, 또는 코리네박테리움 암모니아게네스일 수 있다.

상기 코리네박테리움 속 미생물은 L-라이신 생산능을 갖는 것일 수 있다. 상기 미생물은 L-라이신 생산능을 갖는 코리네박테리움 속 미생물에 상기 폴리뉴클레오티드를 도입하여 L-라이신 생산능이 향상된 것일 수 있다.

본 발명에서 용어, "L-라이신 생산능을 갖는"은 본 발명의 미생물이 배지에서 배양되는 경우, 배지 내에 L-라이신을 생산하고 분비하는 능력을 갖는 것을 의미한다. 상기 미생물은 야생형 또는 모균주보다 대량으로 배양 배지에 L-라이신을 생산하고 축적시킬 수 있는 미생물일 수 있다.

상기 L-라이신 생산능을 갖는 코리네박테리움 속 미생물은 NADPH 생성 관련 유전자 및/또는 L-라이신 생합성 또는 분비 관련 유전자의 발현이 강화 또는 약화되거나, 외래 유전자로 치환된 것일 수 있다. 상기 NADPH 생성 관련 유전자는 예를 들면, 글루코스 데히드로게나제(glucose dehydrogenase), 글루코네이트 키나아제(gluconate kinase), 글리세르알데히드-3-포스페이트 데히드로게나제(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제(glucose 6-phosphate dehydrogenase) 또는 6-포스포글루코네이트 데히드로게나제(6-phosphogluconate dehydrogenase)를 코딩하는 유전자일 수 있다. 상기 L-라이신 생합성 관련 유전자는 아스파테이트 아미노트란스퍼라제, 아스파테이트 키나제, 아스파테이트 세미알데히드 데히드로게나제, 데히드로디피콜리네이트 신타제, 데히드로디피콜리네이트 리덕타제, 메조-디아미노피멜레이트 데히드로게나제 또는 디아미노디피멜레이트 디카르복실라제를 코딩하는 유전자일 수 있다. 상기 L-라이신 분비 관련 유전자는 라이신 배출 캐리어 유전자인 lysE일 수 있다. 상기 L-라이신 생산능을 갖는 코리네박테리움 속 미생물은 또한, 자일로스를 탄소원으로 이용하여 L-라이신을 생산할 수 있는 능력을 획득한 것일 수 있다.

일 구체예에서, 상기 코리네박테리움 속 미생물은 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P(KFCC10881)일 수 있다(대한민국 등록특허 제10-0159812호).

다른 구체예에서, 상기 코리네박테리움 속 미생물은 아스파테이트 아미노트란스퍼라제, 아스파테이트 키나제, 아스파테이트 세미알데히드 데히드로게나제, 데히드로디피콜리네이트 신타제, 데히드로피콜리네이트 리덕타제 및 디아미노피멜레이트 디카르복실라제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 도입한 것일 수 있다. 예를 들면, 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM10770P일 수 있다(대한민국 등록특허 제10-0924065호).

또 다른 구체예에서, 상기 코리네박테리움 속 미생물은 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11347P(KFCC10750)일 수 있다.

또 다른 구체예에서, 상기 코리네박테리움 속 미생물은 피루베이트 카르복실라제 (pyruvate carboxylase; pyc)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 변이체, 호모세린 데히드로게나제 (homoserine dehydrogenase; hom)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 변이체 및 아스파르테이트 키나아제 (aspartate kinase; lysC)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 변이체가 도입되어 라이신 생산능을 갖게 된 미생물일 수 있다 (Binder et al, Genome Biology, 2012, 13:R40). 상기 미생물은 예를 들면, 코리네박테리움 글루타미쿰 CJ3P일 수 있다.

다른 양상은, 상기 미생물을 배양하는 단계; 및 배양물 중의 L-라이신을 수득하는 단계를 포함하는, L-라이신을 생산하는 방법을 제공한다.

상기 미생물에 대해서는 전술한 바와 같다.

상기 미생물의 배양은 당업계에 알려진 적당한 배지 및 배양조건에 따라 이루어질 수 있다. 이러한 배양 과정은 선택되는 미생물에 따라 용이하게 조정하여 사용할 수 있다. 상기 배양의 방법은 회분식, 연속식, 및 유가식 배양으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 배양을 포함할 수 있다.

상기 배양에 사용되는 배지는 특정한 미생물의 요구조건을 만족시킬 수 있는 배지일 수 있다. 상기 배지는 탄소원, 질소원, 미량원소 성분, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 배지일 수 있다.

상기 탄소원은 탄수화물, 지방, 지방산, 알코올, 유기산, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 탄소원일 수 있다. 상기 탄수화물은 포도당, 자당, 유당, 과당, 말토오스, 전분, 셀룰로오스, 및 이들의 조합일 수 있다. 상기 지방은 대두유, 해바라기유, 파자마유, 코코넛유, 및 이들의 조합일 수 있다. 상기 지방산은 팔미트산, 스테아린산, 리놀레산, 또는 이들의 조합일 수 있다. 상기 알코올은 글리세롤 또는 에탄올일 수 있다. 상기 유기산은 아세트산을 포함할 수 있다.

상기 질소원은 유기 질소원, 무기 질소원, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 상기 유기 질소원은 펩톤, 효모 추출물, 육즙, 맥아 추출물, 옥수수 침지액(CSL), 대두밀, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 상기 무기 질소원은 요소, 황산암모늄, 염화암모늄, 인산암모늄, 탄산암모늄, 질산암모늄, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.

상기 배지는 인, 금속염, 아미노산, 비타민, 전구체 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 포함할 수 있다. 상기 인의 공급원은 인산이수소칼륨, 인산수소이칼륨, 또는 이들에 상응하는 소듐-함유염을 포함할 수 있다. 상기 금속염은 황산마그네슘 또는 황산철일 수 있다.

상기 배지 또는 이를 이루는 개별 성분은 회분식, 연속식, 또는 유가식 배양으로 첨가될 수 있다.

상기 배양 방법에 있어서, 배양물의 pH를 조정할 수 있다. 상기 pH의 조정은 상기 배양물에 수산화암모늄, 수산화칼륨, 암모니아, 인산, 또는 황산을 첨가하여 이루어질 수 있다. 또한, 상기 배양 방법은 기포 생성 억제를 포함할 수 있다. 상기 기포 생성 억제는 소포제의 사용을 통하여 이루어질 수 있다. 상기 소포제는 지방산 폴리글리콜 에스테르를 포함할 수 있다. 또한, 상기 배양 방법은 배양물 내로 기체의 주입을 포함할 수 있다. 상기 기체는 배양물의 호기 상태를 유지하기 위한 어떤 기체도 포함할 수 있다. 상기 기체는 산소 또는 산소 함유 기체일 수 있다. 상기 산소 함유 기체는 공기를 포함한다. 상기 배양에 있어서, 배양물의 온도는 20 내지 45℃, 예를 들면, 22 내지 42℃, 또는 25 내지 40℃일 수 있다. 배양기간은 원하는 L-라이신의 생성량을 획득할 때까지 지속될 수 있다.

생산된 L-라이신은 예를 들면, 배양액을 황산 또는 염산 처리한 후에 음이온 교환 크로마토그래피, 농축, 정석, 등전점 침전 등의 공정을 병용하여 배양물로부터 회수될 수 있다.

일 양상에 따른 미생물을 이용하여 L-라이신의 생산을 증가시킬 수 있다.

다른 양상에 따른 L-라이신을 생산하는 방법을 이용하여 L-라이신의 생산을 증가시킬 수 있다.

이하, 하기 실시예에 의해 본 발명을 좀더 구체적으로 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 실시하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.

실시예 1: 야생형 코리네박테리움 글루타미쿰 genomic DNA 라이브러리 제작

코리네박테리움 글루타미쿰 ATCC13032 균주의 genomic DNA를 준비한 후, 제한효소 Sau3AI를 처리하여 6 내지 8 kb의 부분 절편을 획득하였다. 상기 절편을 제한효소 BamHI 말단을 갖는 대장균 및 코리네박테리움의 형질전환용 셔틀벡터 pECCG122에 연결한 후, 대장균 DH5α에 형질전환하고 카나마이신 (25 mg/L)이 포함된 LB 고체배지에 도말하였다. PCR(서열번호 3 및 4의 프라이머 이용)을 통해 상기 절편이 삽입된 벡터로 형질전환된 콜로니를 선별한 후, 이들을 모두 혼합 배양하여 통상적으로 알려진 플라스미드 추출법에 의해 플라스미드를 추출하였다.

서열번호 3 : TCAGGGTGTAGCGGTTCGGTTTAT

서열번호 4 : CCGCGCGTAATACGACTCACTATA

실시예 2 : 라이브러리 도입 및 라이신 생산능 향상 균주 선별

실시예 1에서 제작한 재조합 벡터를 전기펄스법을 이용하여 라이신 생산 균주인 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P에 형질전환 후, 하기의 복합평판 배지에 도말하였다.

<복합평판 배지>

포도당 20 g, (NH4)2SO4 50g, 펩톤 10 g, 효모추출물 5 g, 요소 1.5 g, KH₂PO₄ 5 g, K₂HPO₄ 10 g, MgSO₄·7H₂O 0.5 g, 바이오틴 100 ㎍, 티아민 염산염 1000 ㎍, 칼슘-판토텐산 2000 ㎍, 니코틴아미드 2000 ㎍, 한천 20 g, 카나마이신 25 mg (증류수 1리터 기준)

콜로니 약 2000개를 하기의 복합 액체배지 200 ㎕를 함유하는 96 deep well plate(bioneer 社)의 개별 well에 접종하고, 30℃에서 24시간 동안, 200 rpm으로 진탕 배양하였다. 라이신 옥시다제(oxidase)법에 따라 배양액 각 50 ㎕를 라이신 옥시다제를 함유하는 반응 혼합물(Potassium phosphate(pH 7.5) 200 ㎕, Lysine oxidase(0.1 unit/㎕) 0.04 ㎕, Peroxidase(1 unit/㎕) 0.04 ㎕, ABTS 0.4 mg)이 분주되어 있는 96 well plate에 첨가하고 30분간 반응 후 OD_405nm에서 흡광도를 측정하여 발색 정도를 비교하였다. 이로부터 대조군(KCCM11016P/pECCG122)보다 높은 흡광도를 나타내는 7종의 실험구를 선별하였다.

<복합액체 배지>

포도당 20 g, 펩톤 10 g, 효모추출물 5 g, 요소 1.5 g, KH₂PO₄ 4 g, K₂HPO₄ 8 g, MgSO₄·7H₂O 0.5 g, 바이오틴 100 ㎍, 티아민 HCl 1000 ㎍, 칼슘-판토텐산 2000 ㎍, 및 니코틴아미드 2000 ㎍ (증류수 1리터 기준)

각 균주를 하기의 종배지 25 ㎖을 함유하는 250 ㎖ 코너-바플 플라스크에 접종하고, 30℃에서 20시간 동안, 200 rpm으로 진탕 배양하였다. 그 후, 1 ㎖의 종배양액을 하기의 생산배지 24 ㎖을 함유하는 250 ㎖ 코너-바플 플라스크에 접종하고, 37℃에서 96시간 동안, 200 rpm에서 진탕 배양하였다. 배양을 종료한 후, HPLC를 이용하여 분석한 L-라이신 농도를 하기 표 1에 나타내었다.

< 종배지 ( pH 7.0)>

포도당 20 g, (NH₄)₂SO₄ 10 g, 펩톤 10 g, 효모추출물 5 g, 요소 1.5 g, KH₂PO₄ 4 g, K₂HPO₄ 8 g, MgSO₄·7H₂O 0.5 g, 바이오틴 100 ㎍, 티아민 HCl 1000 ㎍, 칼슘-판토텐산 2000 ㎍, 니코틴아미드 2000 ㎍(증류수 1리터 기준)

< 생산배지 ( pH 7.0)>

포도당 100 g, (NH₄)₂SO₄ 40 g, 대두 단백질 2.5 g, 옥수수 침지 고형분 (cornsteep solid) 5 g, 요소 3 g, KH₂PO₄ 1 g, MgSO₄·7H₂O 0.5 g, 바이오틴 100 ㎍, 티아민 염산염 1000 ㎍, 칼슘-판토텐산 2000 ㎍, 니코틴아미드 3000 ㎍, CaCO₃ 30 g (증류수 1리터 기준)

균주 번호		라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)
KCCM11016P/pECCG122	1	43.1	43.4
	2	42.5
	3	44.5
KCCM11016P/M2	1	46.5	47.6
	2	47.5
	3	48.7
KCCM11016P/L52	1	48.8	48.1
	2	47.9
	3	47.5
KCCM11016P/B20	1	42.5	43.2
	2	43.5
	3	43.5
KCCM11016P/B1	1	44.1	44.1
	2	44.2
	3	43.9
KCCM11016P/A59	1	42.8	43.4
	2	43.8
	3	43.7
KCCM11016P/A9	1	43.5	44.0
	2	44.5
	3	43.9
KCCM11016P/D50	1	42.9	43.2
	2	43.9
	3	42.9

상기 결과로부터 대조군 대비 라이신 생산능이 증가한 KCCM11016P/M2와 KCCM11016P/L52를 선택하고 이로부터 플라스미드를 추출하였다. 그 후, 서열번호 3 및 4의 프라이머를 이용하여 염기서열을 분석하였다. KCCM11016P/M2에서 유래된 플라스미드는 pEC-L1, KCCM11016P/L52에서 유래된 플라스미드는 pEC-L2로 명명하였다. 플라스미드 pEC-L1은 NCgl0857 유전자 ORF 개시코돈 상류 약 200 bp 지점부터 NCgl0862의 유전자 ORF 종결코돈 하류 약 200 bp 부근까지를 포함하고, 플라스미드 pEC-L2는 NCgl0861 유전자 ORF 종결코돈 하류 약 250 bp 지점부터 NCgl0865 유전자의 ORF 개시코돈 상류 약 300 bp 부근까지를 포함하고 있었다. 이를 통해 2종의 플라스미드에는 NCgl0862 유전자가 공통적으로 포함되어 있음을 확인하였다.

실시예 3 : NCgl0862 유전자의 프로모터 교체를 위한 벡터 제작

실시예 2에서 얻어진 결과를 바탕으로, NCgl0862 유전자가 과발현되었을 경우 실제 라이신 생산능 향상을 유도하는지 확인하기 위하여 염색체 상의 NCgl0862 유전자의 프로모터를 교체하기 위한 벡터를 제작하였다. 이를 위해 lysC 유전자의 프로모터로서 야생형 프로모터(lysCP)와 개량형 프로모터인 lysCP1을 사용하였다.

이를 자세히 설명하면 다음과 같다.

미국 국립보건원의 유전자은행(NIH Genbank)을 근거로 하여 NCgl0862 유전자(서열번호 2)의 ORF 개시코돈을 중심으로 상류와 하류를 각각 증폭하기 위한 프라이머 쌍(서열번호 5 및 6 또는 서열번호 7 및 8)을 고안하였다. 또한 lysC 유전자 상류의 염기서열로부터 프로모터 부위를 증폭하기 위한 프라이머(서열번호 9 및 10)를 고안하였다. 아래 서열번호 및 염기서열을 나타내었다. 밑줄 친 서열은 제한효소에 대한 인식부위를 나타낸다.

서열번호 5 : GTGAATTCCGCCCGTATGGTGATT

서열번호 6 : TAGGATCCAGAAGGCGCTGGCTT

서열번호 7 : AGGGATCCTAACATATGGAAGCCGAAGCACCT

서열번호 8 : AGGTCGACTCATTCGTTCATAATT

서열번호 9 : TAGGATCCTAGGGAGCCATCTTTTGGGG

서열번호 10 : TAACATATGTGTGCACCTTTCGATCTACG

코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P 균주의 genomic DNA를 주형으로 하여 서열번호 5 및 6 와 서열번호 7 및 8와 서열번호 9 및 10의 프라이머 쌍으로 PCR을 수행하였다. 이로부터 NCgl0862 유전자의 ORF 개시코돈으로부터 양쪽 300 bp의 DNA 절편과 lysC 유전자의 야생형 프로모터 절편을 획득하였다. PCR 증폭은 94℃에서 5분간 변성 후, 94℃ 30초 변성, 56℃ 30초 어닐링, 72℃ 30초 중합을 30회 반복한 후, 72℃에서 7분간 중합반응을 수행하였다. 상기 NCgl0862 유전자의 ORF 개시코돈으로부터 양쪽 300 bp의 PCR 증폭 산물을 각각 EcoRⅠ과 BamHⅠ, BamHⅠ과 SalⅠ으로 처리한 후, 코리네박테리움 속 미생물의 염색체 삽입용 벡터 pDZ를 제한효소 SalⅠ과 EcoRⅠ으로 처리하여 얻은 DNA절편과 연결하여 벡터를 획득하였다.

프로모터인 lysCP 또는 lysCP1을 증폭하기 위하여 코리네박테리움 글루타미쿰 ATCC 13032 또는 KCCM11016P-lysCP1(대한민국 등록특허 제10-0930203) 균주의 genomic DNA를 주형으로 하여 서열번호 9 및 10의 프라이머 쌍으로 PCR을 수행하였고 300 bp의 lysCP 및 lysCP1 프로모터 절편을 획득하였다. 상기의 lysC 야생형 프로모터와 lysCP1 프로모터 DNA 절편을 BamHⅠ과 NdeⅠ으로 처리한 후, 상기 제작된 벡터를 BamHⅠ과 NdeⅠ으로 처리하여 얻은 DNA절편과 연결하여 재조합 플라스미드 pDZ-lysCP_N0862와 pDZ-lysCP1_N0862를 각각 제작하였다.

실시예 4 : 라이신 생산균주 유래 NCgl0862 유전자 프로모터 교체 균주의 라이신 생산능 분석

상기 실시예 3에서 제작한 재조합 플라스미드 pDZ-lysCP_N0862, pDZ-lysCP1_N0862를 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P에 전기펄스법으로 형질전환시키고(van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999) 통상적으로 알려진 염색체 상동 재조합에 의해 염색체 상의 NCgl0862 유전자의 프로모터 부위에 lysC 프로모터가 삽입된 균주를 PCR(서열번호 5 및 8)을 통하여 선별하였다. 선별된 재조합 균주를 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P::lysCP_N0862 및 KCCM11016P::lysCP1_N0862라 명명하였다.

상기와 같이 제작된 라이신 생산균주 KCCM11016P::lysCP_N0862와 KCCM11016P::lysCP1_N0862의 라이신 생산능을 확인하기 위하여 상기 실시예 2와 동일한 방법으로 종 배양 및 생산 배양하였고, 배양액 중의 라이신 농도를 분석하였다(표 2).

균주 번호		1차		2차		3차
균주 번호		라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)
KCCM11016P	1	42.0	42.1	43.1	42.4	41.9	42.1
	2	42.3		41.9		42.2
	3	42.1		42.1		42.1
KCCM11016P ::lysCP_N0862	1	42.8	42.6	42.9	43.0	42.0	42.5
	2	42.6		43.4		42.5
	3	42.5		42.7		43.1
KCCM11016P ::lysCP1_N0862	1	44.1	44.0	45.1	44.7	44.1	43.9
	2	44.1		44.1		43.9
	3	43.9		44.9		43.8

표 2에서 나타낸 바와 같이, lysC 야생형 프로모터로 교체된 균주 KCCM11016P::lysCP_N0862는 모균주인 KCCM11016P 대비 라이신 생산능이 평균 1% 증가되었고 lysCP1 프로모터로 교체된 균주 KCCM11016P::lysCP1_N0862는 모균주 대비 라이신 생산능이 평균 4% 증가된 것을 확인하였다. 이후, 상기 균주 KCCM11016P::lysCP1_N0862를 CA01-2269로 명명하고, 2013년 6월 12일자로 한국미생물보존센터(KCCM)에 기탁하였고, 기탁번호는 KCCM11430P이다.

실시예 5 : 염색체 내로 NCgl0862 유전자의 추가 삽입을 위한 벡터 제작

트랜스포존 유전자 위치에 목적 유전자를 삽입할 수 있도록 pDZ 벡터로부터 고안된 pDZTN 벡터를 기본 벡터로 사용하여 상기 실시예 2의 NCgl0862 유전자를 염색체 상에 추가 삽입하기 위한 벡터를 고안 및 제작하였다.

보고된 염기서열에 근거하여 NCgl0862 유전자 부위를 증폭하기 위한 프라이머(서열번호 7 및 12)를 합성하고, 코리네박테리움 글루타미쿰 ATCC 13032의 염색체를 주형으로 한 PCR을 통하여 NCgl0862 유전자 약 370 bp의 ORF 부위를 증폭하였다.

또한, lysC 유전자의 프로모터 부위를 증폭하기 위한 프라이머 (서열번호 10 및 11)를 합성하고, 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P-lysCP1 도입 균주의 염색체 DNA를 주형으로 한 PCR을 통하여 약 300 bp의 프로모터 부위를 증폭하였다. 이때, PCR은 94℃에서 5분간 변성 후, 94℃ 30초 변성, 56℃ 30초 어닐링, 72℃ 30초 중합을 30회 반복한 후, 72℃에서 7분간 중합반응 하여 수행하였다.

서열번호 11 : TAACTAGTTAGGGAGCCATCTTTTGGGG

PCR로 증폭된 유전자 단편을 제한효소 SpeI과 NdeI으로 처리하여 각각의 DNA 절편을 획득한 후, 이를 제한효소 SpeI 말단을 가지는 염색체 도입용 pDZTN 벡터에 연결한 후 대장균 DH5α에 형질전환하고 25 mg/L의 카나마이신이 포함된 LB 고체배지에 도말하였다. PCR(서열번호 12 및 13)을 통해 목적한 유전자가 삽입된 벡터로 형질전환된 콜로니를 선별한 후 통상적으로 알려진 플라스미드 추출법을 이용하여 플라스미드를 획득하였고 이 플라스미드를 pDZTN-N0862라 명명하였다.

서열번호 12 : TAACTAGTATGCTCGGTCCGGGCA

서열번호 13 : GCAGGCGGTGAGCTTGTCAC

실시예 6 : 염색체 내 NCgl0862 유전자 추가 삽입 균주의 라이신 생산능 분석

상기 실시예 5에서 제작한 벡터 pDZTN-N0862를 염색체상에서의 상동 재조합에 의해 L-라이신 생산균주인 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11016P에 형질전환시켰다. 그 후 PCR (서열번호 12 및 13) 방법으로 콜로니를 선택적으로 분리하고, KCCM11016P::N0862-Tn이라고 명명하였다. KCCM11016P::N0862-Tn과 대조군을 실시예 2와 동일한 방법으로 배양하고, 배양액 중의 L-라이신의 농도를 분석하였다 (표 3).

균주 번호		1차		2차		3차
균주 번호		라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)
KCCM11016P	1	42.1	42.6	43.5	42.6	42.6	42.5
	2	42.5		42.5		43.1
	3	43.1		41.9		41.9
KCCM11016P::N0862-Tn	1	45.6	46.2	45.4	45.2	46.1	45.7
	2	46.8		45.2		45.9
	3	46.2		45.1		45.1

상기 NCgl0862 유전자가 염색체 상에 추가 삽입된 균주, KCCM11016P::N0862-Tn은 모균주인 KCCM11016P 대비 라이신 생산능이 8% 증가된 것을 확인하였다.

실시예 7 : 염색체 내에 NCgl0862 유전자가 추가 삽입된 KCCM10770P 유래 미생물을 이용한 L-라이신 생산

상기 실시예 5에서 제작한 벡터 pDZTN-N0862를 L-라이신 생합성 경로 구성 유전자 7종이 염색체 상에 추가 삽입된 라이신 생산균주인 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM 10770P에 형질전환시켰다. 그 후 PCR 방법으로, NCgl0862 유전자가 염색체 상에 추가 삽입된 균주를 선별하여 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM 10770P::N0862-Tn이라고 명명하였다. 실시예 2와 동일한 방법으로 배양하고, 배양액 중의 L-라이신의 농도를 분석하였다 (표 4).

균주 번호		1차		2차		3차
균주 번호		라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)
KCCM10770P	1	45.8	46.3	45.9	46.5	45.9	45.9
	2	46.2		46.8		45.7
	3	46.8		46.7		46.1
KCCM10770P::N0862-Tn	1	48.1	48.6	48.6	48.7	48.5	48.6
	2	49.1		47.5		48.7
	3	48.7		49.9		48.6

그 결과, 모균주 대비 라이신 생산능이 5% 증가된 것을 확인하였다.

실시예 8 : 염색체 내에 NCgl0862 가 추가 삽입된 CJ3P 유래 미생물을 이용한 L-라이신 생산

코리네박테리움 글루타미쿰에 속하는 다른 균주에서의 효과도 확인하기 위하여, 상기 실시예 5에서 제작한 벡터 pDZTN-N0862를 L-라이신 생산능 향상 관련 3종의 유전자 변이를 갖는 라이신 생산균주인 코리네박테리움 글루타미쿰 CJ3P에 형질전환시켰다. 그 후 PCR 방법으로 NCgl0862 유전자가 염색체 상에 추가 삽입된 균주를 선별하여 코리네박테리움 글루타미쿰 CJ3P::N0862-Tn이라고 명명하였다. 실시예 2와 동일한 방법으로 배양하고, 이로부터 회수된 L-라이신의 농도를 분석하였다 (표 5).

균주 번호		1차		2차		3차
균주 번호		라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)
CJ3P	1	8.0	8.0	7.9	8.0	8.1	8.1
	2	7.9		8.1		8.2
	3	8.1		8.0		8.0
CJ3P::N0862-Tn	1	9.3	9.1	9.1	9.0	9.1	9.2
	2	9.1		8.9		8.9
	3	8.9		9.1		9.5

그 결과, 모균주 대비 라이신 생산능이 12% 증가된 것을 확인하였다.

실시예 9 : 염색체에 NCgl0862 가 도입된 KCCM11347P 유래 미생물을 이용한 L-라이신 생산

코리네박테리움 글루타미쿰에 속하는 다른 균주에서의 효과도 확인하기 위하여, 상기 실시예 5와 같은 방법으로 L-라이신 생산균주인 코리네박테리움 글루타미쿰 KCCM11347P(대한민국 등록특허 제1994-0001307호)에 pDZTN-N0862를 도입하고 KCCM11347P::N0862-Tn이라고 명명하였다. 실시예 2와 동일한 방법으로 배양하고, 이로부터 회수된 L-라이신의 농도를 분석하였다 (표 6).

균주 번호		1차		2차		3차
균주 번호		라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)	라이신 농도 (g/L)	평균 (g/L)
KCCM11347P	1	37.9	38.2	38.1	38.2	37.9	38.4
	2	38.7		38.0		39.1
	3	38.1		38.6		38.2
KCCM11347P::N0862-Tn	1	40.2	40.3	41.1	40.5	41.1	40.9
	2	39.9		40.5		40.1
	3	39.8		39.9		41.5

그 결과, 모균주 대비 라이신 생산능이 6% 증가된 것을 확인하였다.

한국미생물보존센터(국외)

KCCM11347P

19911210

한국미생물보존센터(국외)

KCCM11430P

20130612

<110> CJ Corporation <120> A microorganism of corynebacterium genus having enhanced L-lysine productivity and a method for producing L-lysine using the same <130> PN099343 <160> 13 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 98 <212> PRT <213> Corynebacterium glutamicum <400> 1 Met Glu Ala Glu Ala Pro Val Glu Asp Leu Ser Ala Phe Ile Glu Gln 1 5 10 15 Glu Lys Ala Ser Phe Pro Ile Thr Trp Met Cys Arg Lys Leu Gly Val 20 25 30 Ser Arg Ala Ser Tyr Tyr Arg Trp Ala Lys Pro Ala Gly Leu Thr Pro 35 40 45 Thr Ala Ile Arg His Leu Glu Leu Arg Ala Glu Val Ala Gln Glu Phe 50 55 60 Glu Lys Ser Asn Gln Met Ala Gly Arg Asp Gln Leu Thr Thr Leu Leu 65 70 75 80 Asn Gln Arg Gly Val Lys Val Ser Thr Gly Thr Val Gly Ser Ile Met 85 90 95 Asn Glu <210> 2 <211> 297 <212> DNA <213> Corynebacterium glutamicum <400> 2 ttggaagccg aagcacctgt agaggatctc tcagcgttca tcgagcaaga gaaggcgtcg 60 tttcccatta catggatgtg cagaaagttg ggtgtgtcca gagcgtcgta ttaccggtgg 120 gccaagcctg cgggtctgac tccgacagcc ataaggcatt tagaactcag ggctgaggtt 180 gcccaggagt ttgaaaaaag caaccagatg gctggcaggg atcagctgac cacgttgctc 240 aaccagcgtg gtgtcaaagt ttctactggg actgtgggat caattatgaa cgaatga 297 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> library_primer_F <400> 3 tcagggtgta gcggttcggt ttat 24 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> library_primer_R <400> 4 ccgcgcgtaa tacgactcac tata 24 <210> 5 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 0862up_primer_F <400> 5 gtgaattccg cccgtatggt gatt 24 <210> 6 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 0862up_primer_R <400> 6 taggatccag aaggcgctgg ctt 23 <210> 7 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 0862dn_primer_F <400> 7 agggatccta acatatggaa gccgaagcac ct 32 <210> 8 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 0862dn_primer_R <400> 8 aggtcgactc attcgttcat aatt 24 <210> 9 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> lysCP_primer_F <400> 9 taggatccta gggagccatc ttttgggg 28 <210> 10 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> lysCP_primer_R <400> 10 taacatatgt gtgcaccttt cgatctacg 29 <210> 11 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> lysCP1_primer_F <400> 11 taactagtta gggagccatc ttttgggg 28 <210> 12 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pDZTN_N0862_primer_F <400> 12 taactagtat gctcggtccg ggca 24 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pDZTN_N0862_primer_R <400> 13 gcaggcggtg agcttgtcac 20

Claims

서열번호 1의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 발현이 강화된, L-라이신 생산능을 가지는 코리네박테리움 속 미생물.
청구항 1에 있어서, 상기 발현 강화는 카피수 증가 또는 발현 조절 서열의 조작 또는 이의 조합에 의한 것인 미생물.
청구항 1에 있어서, 상기 미생물은 코리네박테리움 글루타미쿰인 것인 미생물.
청구항 1의 미생물을 배양하는 단계; 및
배양물 중의 L-라이신을 수득하는 단계를 포함하는, L-라이신을 생산하는 방법.