JPWO2009104730A1 - 高血圧感受性遺伝子群の同定 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2008年2月21日に、日本に出願された特願2008−040208号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
本発明の第七の発明においては、前記工程(a)が、さらにAGT遺伝子のSNPであるSNP(rs699)をタイピングする工程であることが好ましい。
本発明の第八の発明においては、さらに、前記固相担体上に、下記の(a)〜(f)の何れかの塩基配列を有し、SNP(rs699)を検出するためのプライマー又はプローブとして用いることができるポリヌクレオチドも固定されていることが好ましい;(a)配列番号33で表される塩基配列、又は配列番号33で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列;(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列;(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列;(d)配列番号34で表される塩基配列、又は配列番号34で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列;(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列;(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
また、本発明の第二〜第四の発明、又は第六の発明である高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、該高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドが固定されている本発明の第八の発明である高血圧発症リスク判定用マイクロアレイ、該高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド又は該高血圧発症リスク判定用マイクロアレイを有する本発明の第九の発明及び/又は第十の発明である高血圧発症リスク判定用SNPタイピングキットのいずれかを用いることにより、本発明の高血圧の遺伝子マーカーであるSNPを、適確かつ簡便に検出し、高精度に効率よく高血圧発症リスクを判定することができる。
本発明において、「SNPをタイピングする」とは、核酸の塩基配列を解析し、SNPを検出し、多型を同定することを意味する。例えば、判定対象である核酸のSNP(rs11105378)が、TT型、TC型、CC型のいずれであるのかを同定する。
(a)配列番号5で表される塩基配列、又は配列番号5で表される塩基配列のSNP(rs11105378)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs11105378)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号6で表される塩基配列、又は配列番号6で表される塩基配列のSNP(rs11105378)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs11105378)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(a)配列番号12で表される塩基配列、又は配列番号12で表される塩基配列のSNP(rs2681472)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs2681472)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号13で表される塩基配列、又は配列番号13で表される塩基配列のSNP(rs2681472)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs2681472)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(a)配列番号19で表される塩基配列、又は配列番号19で表される塩基配列のSNP(rs1401982)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs1401982)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号20で表される塩基配列、又は配列番号20で表される塩基配列のSNP(rs1401982)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs1401982)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(a)配列番号26で表される塩基配列、又は配列番号26で表される塩基配列のSNP(rs1799998)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs1799998)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号27で表される塩基配列、又は配列番号27で表される塩基配列のSNP(rs1799998)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs1799998)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(a)配列番号33で表される塩基配列、又は配列番号33で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号34で表される塩基配列、又は配列番号34で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
8924人の一般地域住民を対象とし、SNPの遺伝子型と高血圧との関連を調べるための後向きコホート研究を行った。これらの対象者は、横浜(1811人)、滋賀(3730人)、愛媛(3383人)で集められた。
まず、対象者から採取した末梢血中の白血球からDNA抽出キットであるQIAamp DNA Blood Kit(キアゲン社製)を用いて、それぞれのゲノムDNAを抽出した。得られたゲノムDNAを、GenomiPhi DNA Amplification Kit(GEヘルスケアバイオサイエンス社製)を用いて増幅した。増幅したDNAをbuffer AE(キアゲン社製)を用いて50倍に希釈したものを、SNPタイピングに供した。
各対象者の増幅済みゲノムDNAを鋳型として、ATP2B1遺伝子上のSNP(rs11105378)をTaqManプローブ法で解析した。具体的には、実施例1で得られたDNA溶液2.0μLに、2.5μLのTaqMan Universal Master Mix(アプライドバイオシステムズ社製)、0.05μLのrs11105378の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assay (Assay ID;C__32174448_10、アプライドバイオシステムズ社製)、0.45μLの蒸留水を加えて反応溶液を調整した後、PCR法による伸長反応に供した。伸長反応は、52℃で2分間、ついで95℃で10分間の加温の後、95℃で15秒間、60℃で1分間の加温を60回繰り返した。伸長反応後に、7900HT Fast リアルタイムPCRシステム(アプライドバイオシステムズ社製)を用いて蛍光強度を測定することにより、遺伝子多型をタイピングした。
実施例2において同定されたSNPの遺伝子型と高血圧との相関を、一般地域住民を対象に相関解析(アソシエーション法)により解析した。
該結果から、SNP(rs11105378)の遺伝子型を調べることにより、遺伝子多型高血圧を発症する相対危険度を判定出来ることが明らかである。
実施例2において同定されたrs11105378多型と高血圧との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
表1に示した対象者を実施例3と同様に高血圧群と正常血圧群とに分類した。ここで分類された高血圧の有無を従属変数としたロジスティック回帰分析を、実施例2において同定されたrs11105378多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖を独立変数として実施した。解析結果を表3に示す。
該結果から、rs11105378多型を調べることにより、高血圧を発症する相対危険度を、他の環境因子の影響を調整した上で判定出来ることが明らかである。さらに、SNP(rs11105378)がTT型の場合に低リスク群であり、TC型又はCC型の場合に高リスク群であると判定し得ることも、該結果から明らかである。
実施例2において同定された多型ごとの収縮期血圧および拡張期血圧の粗平均値を求め、その差を一元配置の分散分析により統計学的に解析した。解析結果を表4に示す。
該結果から、rs11105378多型を調べることにより、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例2において同定されたrs11105378多型と血圧値との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
収縮期血圧又は拡張期血圧を従属変数とした重回帰分析を、実施例2において同定されたrs11105378多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表5に示す。
該結果から、rs11105378多型を調べることにより、他の環境因子の影響を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例6において示された、実施例2において同定されたrs11105378多型と血圧値との回帰分析から、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を調整した上でのrs11105378多型ごとの平均収縮期血圧および拡張期血圧(調整済み平均血圧値)を算出した。解析結果を表6に示す。
該結果から、rs11105378多型を調べることにより、他の環境因子の影響を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
9452人の一般地域住民を対象とし、SNPの遺伝子型と高血圧との関連を調べるための後向きコホート研究を行った。これらの対象者は、横浜(1871人)、滋賀(4021人)、愛媛(3560人)で集められた。
まず、対象者から採取した末梢血中の白血球から、実施例1と同様にして、それぞれのゲノムDNAを抽出し、増幅することにより、SNPタイピングに供するDNA溶液を得た。
このようにして得られた各対象者の増幅済みゲノムDNAを鋳型として、ATP2B1遺伝子上のSNP(rs2681472)をTaqManプローブ法で解析した。具体的には、rs11105378の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assayに代えて、rs2681472の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assay (Assay ID;C__16057071_10、アプライドバイオシステムズ社製)を用いた以外は実施例2と同様にして遺伝子多型をタイピングした。
実施例8において同定されたSNPの遺伝子型と高血圧との相関を、一般地域住民を対象に相関解析(アソシエーション法)により解析した。
該結果から、SNP(rs2681472)の遺伝子型を調べることにより、遺伝子多型高血圧を発症する相対危険度を判定出来ることが明らかである。
実施例8において同定されたrs2681472多型と高血圧との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
表7に示した対象者を実施例9と同様に高血圧群と正常血圧群とに分類した。ここで分類された高血圧の有無を従属変数としたロジスティック回帰分析を、実施例8において同定されたrs2681472多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表9に示す。
該結果から、rs2681472多型を調べることにより、高血圧を発症する相対危険度を、他の環境因子の影響を調整した上で判定出来ることが明らかである。さらに、SNP(rs2681472)がGG型又はAG型の場合に低リスク群であり、AA型の場合に高リスク群であると判定し得ることも、該結果から明らかである。
実施例8において同定された多型ごとの収縮期血圧および拡張期血圧の粗平均値を求め、その差を一元配置の分散分析により統計学的に解析した。解析結果を表10に示す。
該結果から、rs2681472多型を調べることにより、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例8において同定されたrs2681472多型と血圧値との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
収縮期血圧又は拡張期血圧を従属変数とした重回帰分析を、実施例8において同定されたrs2681472多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表11に示す。
該結果から、rs2681472多型を調べることにより、他の環境因子の影響を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例12において示された、実施例8において同定されたrs2681472多型と血圧値との回帰分析から、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を調整した上でのrs2681472多型ごとの平均収縮期血圧および拡張期血圧(調整済み平均血圧値)を算出した。解析結果を表12に示す。
該結果から、rsrs2681472多型を調べることにより、他の環境因子の影響を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
9388人の一般地域住民を対象とし、SNPの遺伝子型と高血圧との関連を調べるための後向きコホート研究を行った。これらの対象者は、横浜(1869人)、滋賀(3950人)、愛媛(3569人)で集められた。
まず、対象者から採取した末梢血中の白血球から、実施例1と同様にして、それぞれのゲノムDNAを抽出し、増幅することにより、SNPタイピングに供するDNA溶液を得た。
このようにして得られた各対象者の増幅済みゲノムDNAを鋳型として、ATP2B1遺伝子上のSNP(rs1401982)をTaqManプローブ法で解析した。具体的には、rs11105378の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assayに代えて、rs1401982の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assay (Assay ID;C__2775503_10、アプライドバイオシステムズ社製)を用いた以外は実施例2と同様にして遺伝子多型をタイピングした。
実施例14において同定されたSNPの遺伝子型と高血圧との相関を、一般地域住民を対象に相関解析(アソシエーション法)により解析した。
該結果から、SNP(rs1401982)の遺伝子型を調べることにより、遺伝子多型高血圧を発症する相対危険度を判定出来ることが明らかである。
実施例14において同定されたrs1401982多型と高血圧との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
表13に示した対象者を実施例15と同様に高血圧群と正常血圧群とに分類した。ここで分類された高血圧の有無を従属変数としたロジスティック回帰分析を、実施例14において同定されたrs1401982多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表15に示す。
該結果から、rs1401982多型を調べることにより、高血圧を発症する相対危険度を、他の環境因子の影響を調整した上で判定出来ることが明らかである。さらに、SNP(rs1401982)がGG型又はAG型の場合に低リスク群であり、AA型の場合に高リスク群であると判定し得ることも、該結果から明らかである。
実施例14において同定された多型ごとの収縮期血圧および拡張期血圧の粗平均値を求め、その差を一元配置の分散分析により統計学的に解析した。解析結果を表16に示す。
該結果から、rs1401982多型を調べることにより、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例14において同定されたrs1401982多型と血圧値との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
収縮期血圧又は拡張期血圧を従属変数とした重回帰分析を、実施例14において同定されたrs1401982多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表17に示す。
該結果から、rs1401982多型を調べることにより、他の環境因子の影響を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例18において示された、実施例14において同定されたrs1401982多型と血圧値との回帰分析から、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を調整した上でのrs1401982多型ごとの平均収縮期血圧および拡張期血圧(調整済み平均血圧値)を算出した。解析結果を表18に示す。
該結果から、rsrs1401982多型を調べることにより、他の環境因子の影響を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定し得ることが明らかである。
実施例2で得られた各対象者の増幅済みゲノムDNAを鋳型として、ATP2B1遺伝子上の多型部位(rs11105364)をTaqManプローブ法で解析した。具体的には、実施例2で得られたDNA溶液2.0ulに、2.5ulのTaqMan Universal Master Mix(アプライドバイオシステムズ社製)、0.05ulのrs11105364多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assay (Assay ID; C__32174448_10、アプライドバイオシステムズ社製)、0.45ulの蒸留水を加えて反応溶液を調整した後にpolymerase chain reaction法による伸長反応に供した。伸長反応は、52℃で2分間、ついで95℃で10分間の加温の後、95℃で15秒間、60℃で1分間の加温を60回繰り返した。伸長反応後に、蛍光強度を7900HT Fast リアルタイムPCRシステム(アプライドバイオシステムズ社製)で測定することにより、遺伝子多型をタイピングした。
実施例20で同定された多型と高血圧との相関を、一般地域住民を対象に相関解析(アソシエーション法)で解析した。解析対象とした8924人の臨床背景を表19に示す。これらのサンプルは、横浜(1860人)、滋賀(3953人)、愛媛(3539人)で集められた。
実施例20で同定された多型と高血圧との相関を、一般地域住民を対象に他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
表19に示した対象者を高血圧群(収縮期血圧140mmHg以上、及び/又は拡張期血圧90mmHg以上、及び/又は降圧薬服用)と正常血圧群(高血圧群以外)とに分類した。ここで分類された高血圧の有無を従属変数としたロジスティック回帰分析を、実施例3で同定された多型に加えて性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホートを独立変数として実施した。解析結果を表21に示す。
実施例20で同定された多型ごとの収縮期血圧および拡張期血圧の粗平均値を求め、その差を一元配置の分散分析により統計学的に解析した。解析結果を表22に示す。
実施例20で同定された多型と血圧値との相関を、一般地域住民を対象に他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
収縮期血圧または拡張期血圧を従属変数とした重回帰分析を、実施例20で同定された多型に加えて性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表23に示す。
このことは、当該遺伝子多型を調べることにより、表23に示した関連する環境因子を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定できることを示すものである。
実施例24に示した実施例20で同定された多型と血圧値との回帰分析から、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、降圧薬の有無、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホートを調整した上での遺伝子多型ごとの平均収縮期血圧および拡張期血圧(調整済み平均血圧値)を算出した。解析結果を表24に示す。
このことは、当該遺伝子多型を調べることにより、表23に示した関連する環境因子を調整した上でも、遺伝子多型ごとの血圧上昇の程度を推定できることを示すものである。
各対象者の増幅済みゲノムDNAを鋳型として、CYP11B2遺伝子上のSNP(rs1799998)をTaqManプローブ法で解析した。具体的には、実施例1で得られたDNA溶液2.0μLに、2.5μLのTaqMan Universal Master Mix(アプライドバイオシステムズ社製)、0.05μLのrs1799998の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assay (Assay ID;C__8896484_10、アプライドバイオシステムズ社製)、0.45μLの蒸留水を加えて反応溶液を調整した後、PCR法による伸長反応に供した。伸長反応は、52℃で2分間、ついで95℃で10分間の加温の後、95℃で15秒間、60℃で1分間の加温を60回繰り返した。伸長反応後に、7900HT Fast リアルタイムPCRシステム(アプライドバイオシステムズ社製)を用いて蛍光強度を測定することにより、遺伝子多型をタイピングした。
各対象者の増幅済みゲノムDNAを鋳型として、AGT遺伝子上のSNP(rs699)をTaqManプローブ法で解析した。具体的には、実施例1で得られたDNA溶液2.0μLに、2.5μLのTaqMan Universal Master Mix(アプライドバイオシステムズ社製)、0.05μLのrs699の各多型に特異的なTaqMan Pre−Designed SNP Genotyping Assay (Assay ID;C__1985481_20、アプライドバイオシステムズ社製)、0.45μLの蒸留水を加えて反応溶液を調整した後、PCR法による伸長反応に供した。伸長反応は、52℃で2分間、ついで95℃で10分間の加温の後、95℃で15秒間、60℃で1分間の加温を60回繰り返した。伸長反応後に、7900HT Fast リアルタイムPCRシステム(アプライドバイオシステムズ社製)を用いて蛍光強度を測定することにより、遺伝子多型をタイピングした。
実施例2において同定されたrs11105378多型と、実施例26において同定されたrs1799998多型と、実施例27において同定されたrs699多型と、高血圧との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
表1に示した対象者を実施例3と同様に高血圧群と正常血圧群とに分類した。ここで分類された高血圧の有無を従属変数としたロジスティック回帰分析を、実施例2、26、及び27において同定された各遺伝子多型に加えて、性別、年齢、body mass index、循環器疾患の既往、喫煙、飲酒量、HDLコレステロール、中性脂肪、血糖、コホート変数を独立変数として実施した。解析結果を表25に示す。
該結果から、rs1799998多型又はrs699多型を調べることにより、高血圧を発症する相対危険度を、他の環境因子の影響を調整した上で判定出来ることが明らかである。さらに、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型の場合に低リスク群であり、TT型の場合に高リスク群であると判定し得ること、及びSNP(rs699)がMM型又はMT型の場合に低リスク群であり、TT型の場合に高リスク群であると判定し得ることも、該結果から明らかである。
rs11105378多型のTC型を1、CC型を2、rs1799998多型のTT型を1、rs699多型のTT型を1として、各対象者におけるリスク遺伝子多型の保有数を算出し、高血圧との相関を、他の関連する環境因子を含めた回帰分析により解析した。
具体的には、実施例2、26、及び27において同定された各遺伝子多型に代えて、前記リスク遺伝子多型の保有数を従属変数として用いた以外は、実施例28と同様にしてロジスティック回帰分析を実施した。解析結果を表26に示す。
該結果から、他の環境因子の影響を調整した上での高血圧発症に対する相対危険度を、rs11105378多型、rs1799998多型、及びrs699多型の組み合わせを調べることにより、個々の遺伝子多型単独での評価より適確に評価し得ることが明らかである。
実施例1において対象者から採取した末梢血中の白血球から抽出したゲノムDNAを増幅したものを鋳型とし、表27記載の塩基配列を有するプライマーを用いてSNPタイピングを行った。
具体的には、10μLの2×AmpliTaq Gold Master Mix(アプライドバイオシステムズ社製)に、2.0μLのSNP(rs11105378)_1st_Fw Primer(5μM)、2.0μLのSNP(rs11105378)_1st_Rv Primer(5μM)、1μLの抽出されたゲノムDNA(5ng/μL)、5μLの滅菌水をそれぞれ添加し、20μLの一次PCR反応溶液を調製した。その後、該反応溶液を、95℃で10分間処理した後、95℃で30秒間、57.5℃で30秒間、72℃で1分間の熱サイクルを40サイクル行い、さらに72℃で10分間処理することにより、ゲノムDNAを増幅した。
その後、2μLの10×Stoffel Buffer(アプライドバイオシステムズ社製)、1.6μLのdNTP(10mM)、2.0μLの塩化マグネシウム溶液(25mM)、1.0μLの増幅済みゲノムDNA、2.0μLのTAMRA標識SNP(rs11105378)_ASPrimer_Fw(C)(200nM)、2.0μLのCy5標識SNP(rs11105378)_ASPrimer_Fw(T)(200nM)、2.0μLのSNP(rs11105378)_Rv(200nM)、0.1μLのStoffel fragment(10units/μL、アプライドバイオシステムズ社製)、及び適当量の滅菌水をそれぞれ添加し、20μLの二次PCR反応溶液を調製した。その後、該反応溶液を、95℃で2分間処理した後、95℃で30秒間、63.2℃で30秒間、72℃で30秒間の熱サイクルを40サイクル行い、さらに72℃で10分間処することにより、二次PCRを行った。なお、PCR装置は、旧MJ Research社(現Bio Rad Laboratories社)のGradient Thermal Cycler PTC−200を用いて行った。
二次PCR後の反応溶液を、一分子蛍光分析装置MF20(オリンパス社製)専用のガラスプレートに分注し、543nmと633nmを測定波長とし、2波長同時測定を行い、PCR産物の有無を測定し、SNPタイピングを行った。得られたSNPタイピング結果は、実施例3と同じ結果であった。
また、SNP(rs11105378)_ASPrimer_Fw(C)に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs11105378)を配置した配列番号3の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs11105378)_SSPrimer_Fw(C))を、SNP(rs11105378)_ASPrimer_Fw(T) に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs11105378)を配置した配列番号4の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs11105378)_SSPrimer_Fw(T))を、それぞれ用いて、同様にSNPタイピングを行ったところ、やはり、実施例3と同じ結果となった。
これらの結果から、本発明の第二の発明である高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドを用いることにより、SNP(rs11105378)SNPタイピングが高精度に行い得ることが明らかである。
実施例8において対象者から採取した末梢血中の白血球から抽出したゲノムDNAを増幅したものを鋳型とし、表28記載の塩基配列を有するプライマーを用いてSNPタイピングを行った。
また、SNP(rs2681472)_ASPrimer_Fw(A)に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs2681472)を配置した配列番号10の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs2681472)_SSPrimer_Fw(A))を、SNP(rs2681472)_ASPrimer_Fw(G) に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs2681472)を配置した配列番号11の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs2681472)_SSPrimer_Fw(G))を、それぞれ用いて、同様にSNPタイピングを行ったところ、やはり、実施例8と同じ結果となった。
これらの結果から、本発明の第三の発明である高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドを用いることにより、SNP(rs2681472)SNPタイピングが高精度に行い得ることが明らかである。
実施例14において対象者から採取した末梢血中の白血球から抽出したゲノムDNAを増幅したものを鋳型とし、表29記載の塩基配列を有するプライマーを用いてSNPタイピングを行った。
また、SNP(rs1401982)_ASPrimer_Fw(G)に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs1401982)を配置した配列番号17の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs1401982)_SSPrimer_Fw(G))を、SNP(rs1401982)_ASPrimer_Fw(A) に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs1401982)を配置した配列番号18の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs1401982)_SSPrimer_Fw(A))を、それぞれ用いて、同様にSNPタイピングを行ったところ、やはり、実施例14と同じ結果となった。
これらの結果から、本発明の第四の発明である高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドを用いることにより、SNP(rs1401982)SNPタイピングが高精度に行い得ることが明らかである。
実施例2において対象者から採取した末梢血中の白血球から抽出したゲノムDNAを増幅したものを鋳型とし、表30記載の塩基配列を有するプライマーを用いてSNPタイピングを行った。
また、SNP(rs1799998)_ASPrimer_Fw(T)に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs1799998)を配置した配列番号24の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs1799998)_SSPrimer_Fw(T))を、SNP(rs1799998)_ASPrimer_Fw(C) に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs1799998)を配置した配列番号25の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs1799998)_SSPrimer_Fw(C))を、それぞれ用いて、同様にSNPタイピングを行ったところ、やはり、実施例26と同じ結果となった。
これらの結果から、本発明の第六の発明である高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドを用いることにより、SNP(rs1799998)SNPタイピングが高精度に行い得ることが明らかである。
実施例2において対象者から採取した末梢血中の白血球から抽出したゲノムDNAを増幅したものを鋳型とし、表31記載の塩基配列を有するプライマーを用いてSNPタイピングを行った。
また、SNP(rs699)_ASPrimer_Fw(T)に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs699)を配置した配列番号31の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs699)_SSPrimer_Fw(T))を、SNP(rs699)_ASPrimer_Fw(M) に代えて、プライマーの3’末端にSNP(rs699)を配置した配列番号32の塩基配列を有するフォワードプライマー(SNP(rs699)_SSPrimer_Fw(M))を、それぞれ用いて、同様にSNPタイピングを行ったところ、やはり、実施例27と同じ結果となった。
これらの結果から、本発明の第六の発明である高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドを用いることにより、SNP(rs699)SNPタイピングが高精度に行い得ることが明らかである。
高血圧との相関性が高い前記ATP2B1遺伝子のSNP(rs11105378)、SNP(rs2681472)、SNP(rs1401982)、SNP(rs11105364)、CYP11B2遺伝子のSNP(rs1799998)及びAGT遺伝子のSNP(rs699)の以外に、高血圧との相関性が低いSNPを複数集めてリスクをスコア化することで、高血圧とスコアの相関を解析し、高血圧のリスク判定を行うことも可能である。
その手法は、下記の通りである。
1.高血圧リスクSNPをリスクタイプを3点、ヘテロタイプを2点、非リスクタイプを1点としてスコア化する。
2.複数の高血圧リスクSNPを1.の手法でスコア化し、足し合わせてリスク値とする。
3.サンプル集団のそれぞれの人に対して、2.のリスク値を求め、頻度×リスク値のヒストグラムを作る。
4.ヒストグラムを高リスク群、中リスク群、低リスク群にわける。
5.被験者のSNPを検査して、スコアがヒストグラムのどこに当てはまるかで、被験者を高リスク群、中リスク群、低リスク群に割り当てる。
上記対象者の8467人のうち、高血圧群(160/90mmHg以上、及び/又は降圧薬服用;1655人)と正常血圧群(120/90mmHg未満、及び/又は降圧薬服用なし;1786人)との2群で高リスク群/中リスク群/低リスク群の頻度を比較した。比較結果を表34に示す。
Claims (56)
- ATP2B1遺伝子のSNP(一塩基多型)を含むATP2B1遺伝子の部分塩基配列又は全塩基配列と相同的又は相補的な配列からなり、前記SNPがSNP(rs11105378)、SNP(rs2681472)、SNP(rs1401982)、及びSNP(rs11105364)からなる群より選択される1以上であることを特徴とする高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs11105378)及びSNP(rs2681472)からなる群より選択される1以上であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs11105378)及びSNP(rs1401982)からなる群より選択される1以上であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs2681472)及びSNP(rs1401982)からなる群より選択される1以上であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs11105378)であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs2681472)であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs1401982)であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 前記SNPがSNP(rs11105364)であることを特徴とする請求項1記載の高血圧の遺伝子マーカー。
- 下記の(a)〜(f)の何れかの塩基配列を有し、SNP(rs11105378)を検出するためのプライマー又はプローブとして用いることができることを特徴とする高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド。
(a)配列番号5で表される塩基配列、又は配列番号5で表される塩基配列のSNP(rs11105378)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs11105378)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号6で表される塩基配列、又は配列番号6で表される塩基配列のSNP(rs11105378)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs11105378)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。 - 下記の(a)〜(f)の何れかの塩基配列を有し、SNP(rs2681472)を検出するためのプライマー又はプローブとして用いることができることを特徴とする高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド。
(a)配列番号12で表される塩基配列、又は配列番号12で表される塩基配列のSNP(rs2681472)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs2681472)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号13で表される塩基配列、又は配列番号13で表される塩基配列のSNP(rs2681472)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs2681472)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。 - 下記の(a)〜(f)の何れかの塩基配列を有し、SNP(rs1401982)を検出するためのプライマー又はプローブとして用いることができることを特徴とする高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド。
(a)配列番号19で表される塩基配列、又は配列番号19で表される塩基配列のSNP(rs1401982)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs1401982)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号20で表される塩基配列、又は配列番号20で表される塩基配列のSNP(rs1401982)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs1401982)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。 - CYP11B2遺伝子のSNPであるSNP(rs1799998)を含むCYP11B2遺伝子の部分塩基配列又は全塩基配列と、相同的又は相補的な塩基配列からなることを特徴とする高血圧の遺伝子マーカー。
- 下記の(a)〜(f)のいずれかの塩基配列を有し、SNP(rs1799998)を検出するためのプライマー又はプローブとして用いることができることを特徴とする高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド。
(a)配列番号26で表される塩基配列、又は配列番号26で表される塩基配列のSNP(rs1799998)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs1799998)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号27で表される塩基配列、又は配列番号27で表される塩基配列のSNP(rs1799998)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs1799998)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。 - 遺伝子マーカーを用いて、高血圧発症リスクを判定する方法であって、
(a)ヒト個体から採取された核酸の、SNP(rs11105378)、SNP(rs2681472)、SNP(rs1401982)、SNP(rs11105364)、及びSNP(rs1799998)からなる群より選択される1以上をタイピングする工程と、
(b)前記工程(a)により得られたタイピング結果に基づき、前記ヒト個体の高血圧発症リスクを判定する工程と、を有することを特徴とする、高血圧発症リスク判定方法。 - 前記工程(a)が、さらにAGT遺伝子のSNPであるSNP(rs699)をタイピングする工程であることを特徴とする、請求項14記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105378)がCC型、TC型、TT型の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs2681472)がAA型、AG型、GG型の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1401982)がGG型、AG型、AA型の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105364)がTT型、TG型、GG型の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105378)がTT型の場合に低リスク群であり、TC型又はCC型の場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs2681472)がGG型又はAG型の場合には低リスク群であり、AA型の場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1401982)がAA型の場合には低リスク群であり、AG型又はGG型の場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105364)がGG型の場合には低リスク群であり、TT型又はTG型の場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型の場合に低リスク群であり、TT型の場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)の場合に低リスク群であり、TT型の場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型である場合に低リスク群であり、SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs1799998)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型である場合に低リスク群であり、SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs1799998)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型である場合に低リスク群であり、SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs1799998)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 前記工程(b)において、SNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合に低リスク群であり、SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合に高リスク群であると判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs11105378)のCC型、SNP(rs1799998)のTT型、SNP(rs699)のTT型(Tはトレオニン(Thr)を示す。)をそれぞれ高リスク多型とし、前記工程(b)において、前記高リスク多型の数が3個、2個、1個、0個の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs2681472)のAA型、SNP(rs1799998)のTT型、SNP(rs699)のTT型(Tはトレオニン(Thr)を示す。)をそれぞれ高リスク多型とし、前記工程(b)において、前記高リスク多型の数が3個、2個、1個、0個の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs1401982)のGG型、SNP(rs1799998)のTT型、SNP(rs699)のTT型(Tはトレオニン(Thr)を示す。)をそれぞれ高リスク多型とし、前記工程(b)において、前記高リスク多型の数が3個、2個、1個、0個の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs11105378)のTT型、SNP(rs1799998)のCC型、SNP(rs699)のMM型(Mはメチオニン(Met)を示す。)をそれぞれ低リスク多型とし、前記工程(b)において、前記低リスク多型の数が0個、1個、2個、3個の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs2681472)のGG型、SNP(rs1799998)のCC型、SNP(rs699)のMM型(Mはメチオニン(Met)を示す。)をそれぞれ低リスク多型とし、前記工程(b)において、前記低リスク多型の数が0個、1個、2個、3個の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs1401982)のAA型、SNP(rs1799998)のCC型、SNP(rs699)のMM型(Mはメチオニン(Met)を示す。)をそれぞれ低リスク多型とし、前記工程(b)において、前記低リスク多型の数が0個、1個、2個、3個の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- SNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合を第一群とし、
SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合、SNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合、又は、SNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合を第二群とし、
SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合、SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合、又はSNP(rs11105378)がTT型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合を第三群とし、
SNP(rs11105378)がTC型又はCC型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合を第四群とし、
前記工程(b)において、前記第四群、前記第三群、前記第二群、前記第一群の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。 - SNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合を第一群とし、
SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合、SNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合、又はSNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合を第二群とし、
SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合、SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合、又はSNP(rs2681472)がGG型又はAG型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合を第三群とし、
SNP(rs2681472)がAA型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合を第四群とし、
前記工程(b)において、前記第四群、前記第三群、前記第二群、前記第一群の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。 - SNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型(Mはメチオニン(Met)であり、Tはトレオニン(Thr)を示す。)である場合を第一群とし、
SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合、SNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合、又はSNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合を第二群とし、
SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs1799998)がCC型又はCT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合、SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がMM型又はMT型である場合、又はSNP(rs1401982)がAA型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合を第三群とし、
SNP(rs1401982)がAG型又はGG型であり、SNP(rs1799998)がTT型であり、SNP(rs699)がTT型である場合を第四群とし、
前記工程(b)において、前記第四群、前記第三群、前記第二群、前記第一群の順にリスクが高いと判定することを特徴とする、請求項15に記載の高血圧発症リスク判定方法。 - 前記ヒト個体の性別、年齢、BMI値、脳血管疾患の有無、心疾患の有無、喫煙の有無、飲酒量、総コレステロール値、HDLコレステロール値、中性脂肪値、空腹時血糖値からなる群より選ばれる1つ以上の環境因子と、前記工程(a)により得られたタイピング結果を組み合わせて行うことを特徴とする、請求項14に記載の高血圧発症リスク判定方法。
- 固相担体上に、請求項9、10、11、及び13記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチドからなる群より選択される1以上が固定されていることを特徴とする高血圧発症リスク判定用マイクロアレイ。
- さらに、前記固相担体上に、下記の(a)〜(f)の何れかの塩基配列を有し、SNP(rs699)を検出するためのプライマー又はプローブとして用いることができるポリヌクレオチドも固定されていることを特徴とする請求項46記載の高血圧発症リスク判定用マイクロアレイ。
(a)配列番号33で表される塩基配列、又は配列番号33で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号34で表される塩基配列、又は配列番号34で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。 - 請求項9記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項10記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項11記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項13記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、及び請求項46記載の高血圧発症リスク判定用マイクロアレイからなる群より選ばれる1以上を含むことを特徴とする高血圧発症リスク判定用SNPタイピングキット。
- 請求項9記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項10記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項11記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項13記載の高血圧発症リスク判定用ポリヌクレオチド、請求項46記載の高血圧発症リスク判定用マイクロアレイ、請求項47記載の高血圧発症リスク判定用マイクロアレイ、及び、下記の(a)〜(f)の何れかの塩基配列を有しSNP(rs699)を検出するためのプライマー及びプローブとして用いることができるポリヌクレオチドからなる群より選ばれる1以上を含むことを特徴とする高血圧発症リスク判定用SNPタイピングキット。
(a)配列番号33で表される塩基配列、又は配列番号33で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列。
(b)前記(a)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(c)前記(a)又は(b)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(a)又は(b)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。
(d)配列番号34で表される塩基配列、又は配列番号34で表される塩基配列のSNP(rs699)を含む部分配列である塩基配列。
(e)前記(d)の塩基配列と相補的な塩基配列。
(f)前記(d)又は(e)の塩基配列において、SNP(rs699)以外の1〜数個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列であって、当該塩基配列からなるポリヌクレオチドが、前記(d)又は(e)の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる塩基配列。 - ATP2B1遺伝子の塩基配列の全部又は一部がloxP配列で挟まれている塩基配列を含むことを特徴とする、ATP2B1遺伝子局所的欠損小動物作製用loxP組み込みベクター。
- 請求項50記載のベクターを用いて作製されたことを特徴とする、ATP2B1遺伝子局所的欠損小動物作製用loxP組み込み小動物。
- Tie−2プロモーター、Tie−1プロモーター、Flk−1プロモーター、SM22プロモーター、SM−MHCプロモーター、Wt1プロモーター、P0プロモーター、Pax3プロモーター、αMHCプロモーター、Nkx2.5プロモーター、Tbx1プロモーター、tetracycline−inducibleプロモーター、及びCMV enhancer−chicken β−actinプロモーターからなる群より選択される一のプロモーターを、Cre Recombinaseの発現プロモーターとする選択的Cre発現トランスジェニック小動物に、請求項48記載のATP2B1遺伝子局所的欠損小動物作製用loxP組み込み小動物を掛け合わせることにより作製されたことを特徴とする、ATP2B1遺伝子局所的欠損小動物。
- 高血圧症状を呈することを特徴とする、請求項52記載のATP2B1遺伝子局所的欠損小動物。
- 請求項53に記載のATP2B1遺伝子局所的欠損小動物を、カルシウム拮抗薬のスクリーニングのための試験動物として使用することを特徴とする、ATP2B1遺伝子の局所的欠損小動物の使用方法。
- 請求項53に記載のATP2B1遺伝子の局所的欠損小動物を、ATP2B1遺伝子の遺伝子多型及び発現異常を有する疾患のモデル小動物として使用することを特徴とする、ATP2B1遺伝子の局所的欠損小動物の使用方法。
- 前記遺伝子多型がSNP(rs11105378)、SNP(rs2681472)、SNP(rs1401982)、及びSNP(rs11105364)からなる群より選択される1以上であることを特徴とする、請求項55に記載のATP2B1遺伝子の局所的欠損小動物の使用方法。
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